Nothing Special   »   [go: up one dir, main page]

FI102387B - Menetelmä ribonukleiinihapon (RNA) valmistamiseksi - Google Patents

Menetelmä ribonukleiinihapon (RNA) valmistamiseksi Download PDF

Info

Publication number
FI102387B
FI102387B FI902318A FI902318A FI102387B FI 102387 B FI102387 B FI 102387B FI 902318 A FI902318 A FI 902318A FI 902318 A FI902318 A FI 902318A FI 102387 B FI102387 B FI 102387B
Authority
FI
Finland
Prior art keywords
dna
rna
sequence
nucleic acid
followed
Prior art date
Application number
FI902318A
Other languages
English (en)
Swedish (sv)
Other versions
FI102387B1 (fi
FI902318A0 (fi
Inventor
Peter Franklin Lens
Cheryl Davey
Lawrence T Malek
Frits Wielaard
Original Assignee
Akzo Nv
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Akzo Nv filed Critical Akzo Nv
Publication of FI902318A0 publication Critical patent/FI902318A0/fi
Application granted granted Critical
Publication of FI102387B1 publication Critical patent/FI102387B1/fi
Publication of FI102387B publication Critical patent/FI102387B/fi

Links

Classifications

    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12NMICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6865Promoter-based amplification, e.g. nucleic acid sequence amplification [NASBA], self-sustained sequence replication [3SR] or transcription-based amplification system [TAS]
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C07ORGANIC CHEMISTRY
    • C07HSUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12PFERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIRED CHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERS FROM A RACEMIC MIXTURE
    • C12P19/00Preparation of compounds containing saccharide radicals
    • C12P19/26Preparation of nitrogen-containing carbohydrates
    • C12P19/28N-glycosides
    • C12P19/30Nucleotides
    • C12P19/34Polynucleotides, e.g. nucleic acids, oligoribonucleotides
    • CCHEMISTRY; METALLURGY
    • C12BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12QMEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/70Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving virus or bacteriophage
    • C12Q1/701Specific hybridization probes
    • C12Q1/705Specific hybridization probes for herpetoviridae, e.g. herpes simplex, varicella zoster

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Virology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Saccharide Compounds (AREA)
  • Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)

Description

102387
Menetelmä ribonukleiinlhapon (RNA) valmistamiseksi
Keksintö koskee menetelmää ribonukleiinihapon (RNA) valmistamiseksi, jossa aloitetaan deoksiribonukleiiniha-5 posta (DNA), jossa kohdesekvenssi on läsnä. Ts. DNA si sältää spesifiset nukleiinihapposekvenssit (kohdesek-venssit).
Suuri osa molekyylibiologisesta työstä koskee nuk-leiinihapposekvenssin spesifisten fragmenttien eristystä 10 ja/tai tunnistusta. Perusongelma on nukleiinihapposekvens- sin spesifisen fragmentin määrän ja/tai läsnäolon määrittäminen nukleiinihapon eristyksen jälkeen. Tämä ongelma ei ole yksinkertainen ratkaista, koska biologinen materiaali, kuten soluviljelmät ja/tai kudosviljelmät ja myös kehon 15 nesteet, kuten virtsa ja veri, sisältävät usein nukleiini happojen kompleksin, joista nukleiinihapoista vain erittäin pieni osa sisältää halutun sekvenssin. US-patentissa 4683202 Cetus esittää menetelmän kohdesekvenssin replikoi-miseksi niin kutsutulla PCR-menetelmällä (polymeraasiket-20 jureaktio) tämän ongelman ratkaisemiseksi. Tämän menetel män, jossa käytetään hyväksi ainakin kahta aluketta, jotka . . tunnistavat kohdesekvenssissä olevat fragmentit, avulla • * « • ’ kohdesekvenssi replikoidaan eksponentiaalisesti useissa sykleissä. Tätä menetelmää käyttäen kohdesekvenssi repii- • » · : .· 25 koidaan noin 105-kertaisesti 20 syklissä 3 tunnin ajanjak- • · son aikana. Sitten on mahdollista tunnistaa kohdesekvens- ··· J ! si.
··· :*·*: Hyvin äskettäin SISKA Diagnostics julkaisi menetel- män patenttihakemuksessa WO 88/10315 RNA:n muodostamiseksi .V, 30 aloittaen kaksijuosteisesta DNA-fragmentista.
♦ · · #···# Tämän kaksi juosteisen DNA-fragment in saamiseksi, • · · aloittaen koenesteestä, jossa DNA on läsnä, mainitussa »rt V · SISKA patenttihakemuksessa käytetään kahta aluketta, kuten
I i I
:,t#: on esitetty myös aiemmin mainitussa Cetus-patentissa. SIS- . 35 KA-keksinnön mukaisesti yksi alukkeista omaa promootto-
« I
2 102387 risekvenssin, esimerkiksi bakteriofaagi T7 promoottorin. RNA voidaan sitten transkriptoida käyttäen T7 RNA polyme-raasia. Tällä menetelmällä on se huono puoli, kuten on myös laita Cetus-yhtiön esittämällä menetelmällä, että 5 aina täytyy käyttää kahta aluketta kohdesekvenssin repii- koimiseksi.
Esillä oleva keksintö koskee menetelmää RNA:n valmistamiseksi aloittaen deoksiribonukleiinihaposta (DNA), jossa kohdesekvenssi on läsnä, käsittelemällä tätä DNA:ta 10 yhdellä tai useammalla restriktioentsyymillä, jonka jäl keen näin saatu DNA-fragmentti tehdään yksijuosteiseksi juosteet erottavalla vaiheella, jonka jälkeen hybridisoi-daan yksi nukleiinihappoaluke, joka sisältää promoottori-sekvenssin, joka on liitetty nukleotidisekvenssiin, joka 15 vastaa osaa kohdesekvenssistä, sopivissa olosuhteissa vas taavaan yksijuosteiseen DNA:hän, jonka jälkeen kahta hyb-ridimuotoon saatettua nukleiinihapposekvenssiä pidennetään vapaasta 31-päästä DNA polymeraasilla kaksijuosteisen DNA:n saamiseksi, jota sitten käytetään RNA polymeraasin 20 mallina valmistettaessa RNA:ta. Keksinnön mukaiselle mene telmälle on tunnusomaista se, mitä patenttivaatimuksessa 1 esitetään.
Tämän uuden menetelmän suuri etu on, että, käyttäen :yhtä tai useampaa restriktioentsyymiä, tarvitaan vain yksi 25 promoottorisekvenssin omaava nukleiinihappoaluke kaksi- • · ;**·. juosteisen DNA:n saamiseksi, josta RNA voidaan sen jälkeen • · · transkriptoida RNA polymeraasilla. Lisäksi keksinnön mu- • · · kaisesti erotusvaihe tarvitaan vain kerran yllä mainitun .. kaksijuosteisen DNA:n saamiseksi.
• · · 3 0 Tämä uusi menetelmä tuottaa monia yksijuosteisia • · · * RNA-fragmentteja, jotka vastaavat kohdesekvenssiä. Tämä RNA-fragmenttien ylimäärä, suhteessa kohdesekvenssiin, josta aloitettiin, voidaan tunnistaa nopeasti ja yksinker-taisesti spesifisten menetelmien avulla. Yksi näistä mene-' ··] 35 telmistä on se, että valmistettu RNA tunnistetaan denatu-
I I
3 102387 roivissa olosuhteissa suoritetun geelielektroforeesin ja sen jälkeisen blottauksen, jonka jälkeen tapahtuu hybridisaatio leimatulla spesifisellä oligonukleotidisekvenssillä (koetin), avulla. Sopivia leimausaineita ovat radioaktii-5 viset aineet, joita käytetään tähän tarkoitukseen, kuten 3H, 32P tai 3sS. Ne aineet, jotka voidaan muuttaa entsymaat-tisella reaktiolla, jonka jälkeen tunnistus on mahdollista, ovat myös samalla tavalla sopivia leimausaineita. Esimerkiksi avidiini/biotiinikompleksi on erittäin sopiva 10 tähän tarkoitukseen.
Keksinnön mukaisessa menetelmässä voidaan käyttää testipakkausta, joka sisältää yhden tai useamman restrik-tioentsyymin sekä yhden, promoottorisekvenssin omaavan, nukleiinihappoalukkeen, DNA polymeraasin ja RNA polymeraa-15 sin.
Tätä keksintöä kuvataan yksityiskohtaisemmin kuvattaessa yksityiskohtaisesti menetelmä RNA-fragmentin valmistamiseksi aloittaen DNArsta, jossa kohdesekvenssi on läsnä.
20 "Aloittaen deoksiribonukleiinihaposta (DNA), jossa kohdesekvenssi on läsnä" tarkoittaa, että keksinnön mukai-:.·\· nen menetelmä voi alkaa joko kaksijuosteisella DNA: 11a tai yksijuosteisella DNArlla.
Termi "kohdesekvenssi" merkitsee sekvenssiä, joka 25 on läsnä kokonais-DNA:ssa, tavallisesti kutsutaan genomik- • · .*·*. si, jota halutaan tunnistaa. Tämän tyyppinen kohdesekvens- * · * si voi koodittaa spesifistä proteiinia, joka on esimerkik- • · · si olennainen osa viruksen kuoriproteiinia.
. . Jos menetelmä aloitetaan kaksijuosteisesta DNA:sta, • · c ·’·' 30 kohdesekvenssi voidaan poistaa genomista yhden tai useam- • · · *·* * man restriktioentsyymin avulla. Tähän tarkoitukseen voi- :*·*: daan käyttää restriktioentsyymeitä, jotka muodostavat joko määritellyt eripituiset juosteet omaavat päät ("sticky-päät") tai samanpituiset juosteet omaavat päät ("blunt-'··] 35 päät") . Suositeltavasti käytetään restriktioentsyymeitä, 4 102387 jotka tunnistavat 4 tai 6 nukleotidin pituisen sekvenssin DNA:ssa.
Jos menetelmä aloitetaan yksijuosteisesta DNA:sta, voidaan käyttää erinomaisesti endonukleaasia, joka kuuluu 5 luokan IIs restriktioentsyymeihin, kuten esimerkiksi Fok I-entsyymiä. Tämän entsyymin toiminnan ja ominaisuuksien yksityiskohdat ovat kuvanneet Podhajska ja Szybalski artikkelissaan [Gene, 40 (1985), 175 - 182]. Tämän tyyppisten entsyymien avulla on mahdollista poistaa kohdesekvens-10 si yksijuosteisesta DNA:sta.
Seuraavaksi täytyy erottaa kaksijuosteisesta DNA:-sta muodostuvan kohdesekvenssin kaksi juostetta. Tämän kaltainen erotus voi tapahtua tavanomaisella tavalla nostamalla lämpötilaa tai entsymaattisella reaktiolla käyt-15 täen esimerkiksi helikaasia tai topoisomeraasia, tai kemi allisella reaktiolla, kuten käsittelemällä lipeällä.
Seuraavaksi hybridisoidaan "nukleiinihappoaluke, joka sisältää promoottorisekvenssin, joka on liitetty nuk-leotidisekvenssiin, joka vastaa osaa kohdesekvenssistä" 20 sopivissa olosuhteissa tällä tavalla saatuihin yksijuos- teisiin DNA-molekyyleihin, jotka sisältävät kohdesekvens-sin, jossa on restriktioentsyymeillä tehdyt vapaat 3'-päät.
Termi nukleiinihappoaluke merkitsee nukleiinihap- ;*·,· 25 posekvenssiä (valmistettu orgaanisella kemiallisella syn- • · .···. teesillä tai saatu yhdistelmä-DNA-menetelmällä) , joka omaa • · · riittävästi homologiaa kohdesekvenssin kanssa niin, että • · · sopivissa olosuhteissa nukleiinihappoaluke voi hybridisoi-., tua kohdesekvenssiin. Aluke on tavallisesti ainakin 10 • I i *·|·* 30 nukleotidia pitkä ja suositeltavasti noin 35 nukleotidia ’·* * pitkä.
:*·*; "Promoottorisekvenssi" tarkoittaa nukleiinihappo- sekvenssiä (valmistettu orgaanisella kemiallisella syntee-_ sillä tai saatu yhdistelmä-DNA-menetelmällä), jonka tun-
35 nistaa spesifisesti RNA polymeraasi. Tämän tyyppinen RNA
5 102387 polymeraasi sitoutuu tunnistussekvenssiin ja aloittaa transkriptioprosessin, jolla RNA-fragmentti tuotetaan. Periaatteessa voidaan käyttää mitä tahansa promoottorisek-venssiä, jolle on saatavissa RNA polymeraasi. Sopivia pro-5 moottoreita ovat ne, jotka spesifiset bakteriofaagipolyme- raasit, kuten bakteriofaagi T3, T7 tai SP6, tunnistavat. T7 ja SP6 RNA polymeraasit ovat suositeltavia.
"Promoottorisekvenssi on liitetty nukleotidisek-venssiin, joka vastaa osaa kohdesekvenssistä" tarkoittaa, 10 että mainittu promoottorisekvenssi on liitetty suoraan tai epäsuorasti yhden tai useamman nukleotidin välityksellä sinänsä tunnetulla tavalla nukleotidisekvenssiin, jonka ainakin osa kohdesekvenssistä tunnistaa. Mainittu tunnistus tapahtuu, jos on olemassa riittävästi homologiaa sopi-15 vissa olosuhteissa nukleotidisekvenssin ja kohdesekvenssin välillä.
Sopivissa olosuhteissa suoritetun nukleiinihappo-alukkeen hybridisaation jälkeen hybridisaatiomuotoon saatuja kahta nukleiinihapposekvenssiä pidennetään vapaasta 20 31-päästä DNA polymeraasilla saaden kaksijuosteinen DNA- fragmentti.
Sopivia DNA polymeraaseja tähän tarkoitukseen ovat
• : E. coli-bakteerin DNA polymeraasi I, E. coli-bakteerin DNA
: ·’: polymeraasi I:n Klenow-fragmentti, T4 DNA polymeraasi, AMV
25 käänteistranskriptaasi, MMLV käänteistranskriptaasi ja • · ·***. niiden kaltaiset.
• * • · · RNA, joka seuraavaksi valmistetaan muodostetusta • · » kaksijuosteisesta DNA:sta sopivalla RNA polymeraasilla, . . valmistetaan enemmän tai vähemmän yhtäjaksoisesti riippuen • < * 3 0 läsnäolevan RNA polymeraasin määrästä.
• · · ' Valmistettu RNA voidaan sitten tunnistaa yhdellä aiemmin kuvatuista menetelmistä keksinnön mukaisesti. Jos * halutaan tunnistaa useita RNA molekyylejä, jo valmistettua RNA:ta voidaan lisätä tunnetuilla amplifikaatiomenetelmil-:';·; 35 lä.
• <•44 6 102387
Esimerkki tämän tyyppisestä amplifikaatiomenetel-mästä on kuvattu SISKA Diagnostics1 in patenttihakemuksessa (WO 88/10 315) .
Keksintöä kuvataan yksityiskohtaisemmin seuraavan 5 ei-rajoittavan esimerkin avulla.
Esimerkki 1 DNA eristetään 10® valkosolusta potilaalta, jolla on mahdollinen CMV-infektio (sytomegalovirus), käyttäen standardia menetelmää (Maniatis, CSH): proteinaasi K digestio, 10 fenoli/kloroformiuutto, jota seuraa alkoholisaostus.
Kun DNA on liuotettu EcoRV-digestiopuskuriin (10 mM Tr is, pH 7,5, 7 mM MgCl2, 7 mM 2-merkaptoetanoli, 100 mM NaCl, 100 Mg/ml härän seerumialbumiinia) konsentraatioksi 1 μg/μl, lisätään 3 yksikköä EcoRV-restriktioentsyymiä per 15 μg DNA:ta ja tätä seuraa 2 tunnin katkaisu 37 °C:ssa.
EcoRV-restriktioentsyymi tunnistaa sekvenssin CMV-DNA:ssa, esimerkiksi nukleotidinumerot 2069 - 2074 (Akrigg'in mukaisesti julkaisussa Virus Research, 2, 1985, 107 - 121) ja tuottaa tasapäiset päät omaavan fragmentin.
20 Seuraavaksi DNA:ta sisältävä näyte kuumennetaan 95 °C:ssa 10 minuuttia (kiehuva vesihaude tai lämpöblokissa) DNA:n denaturoimiseksi . Näyte jäähdytetään nopeasti kuiva-: jäässä. Lisätään 2 ug aluketta, joka sisältää 55 nukleo- : tidia (katso kaava I), ja alukkeen sitoutuminen tapahtuu :*♦.· 25 65 °C:ssa 1 minuutin ja sitten 42 °C:ssa 1 minuutin. Lisä- • » tään 20 yksikköä linnun myeloblastoosiviruksen käänteis- • · · transkriptaasia, kun läsnä on 200 μΜ dATP:tä, 200 μΜ • · · dTTP:tä, 200 μΜ dGTP:tä, 200 μΜ dCTP:tä, 1 mM ATP:tä, 1 mM . . GTP:tä, 1 mM CTP:tä ja 1 mM UTP:tä, ja seosta inkuboidaan • « i 30 42 °C:ssa 15 minuuttia. Lisätään Promega Biotec'in RNasin'- • · · ’·* * iaR ribonukleaasi-inhibiittoriksi konsentraationa 1 yksikkö per ml (1 yksikkö on 50 % inhibiittorimäärästä, joka tar-vitaan inhiboimaan 5 ug:n RNaasi A:n aktiivisuus). Lisätään T7 RNA polymeraasia ja seosta inkuboidaan 37 °C:ssa 25 ···'_ 35 minuuttia.
7 102387
Transkriptien tunnistamiseksi näyte denaturoidaan 7,4 % (tilavuus/tilavuus) formaldehydi/10 x SSC-liuoksessa 55 °C:ssa 20 minuuttia. Kun on jäähdytetty jäässä, näytteet kiinnitetään nitroselluloosakalvolle slot-blot-laitteen 5 (Bio Rad) avulla.
Kalvoja esihybridisoidaan 55 °C:ssa 10 minuuttia 0,5 % härän seerumialbumiini/0,5 % polyvinyylipyrrolido-ni/5 x SSPE/1 % SDS-liuoksessa ja sitten hybridisoidaan samassa puskurissa 32P-leimatulla oligonukleotidikoettimel-10 la 5'-GAT GGC CCC GTA CAT GGT CAT CAT ACA AGC-3' (2 - 5 x 106 cpm/ml) tämän ollessa sekvenssi, joka sijaitsee nukleo-tidinumeroiden 2155 ja 2126 välissä oikeassa polariteetissa .
Kalvoja hybridisoidaan 1 tunti 55 °C:ssa ja pestään 15 sitten 3x5 minuuttia huoneen lämpötilassa 1 x SSPE/l % SDS-liuoksella ja 2 minuuttia 55 °C:ssa. Autoradiografia tapahtuu 16 tunnin ajan -70 °C:ssa käyttäen niin kutsuttuja "vahvistinlevyjä".
Autoradiografia vahvistaa, että CMV-RNA transkrip-20 tejä voidaan valmistaa DNA mallista keksinnön mukaisen menetelmän avulla.
Kaava 1
• · 55 nukleotidin pituinen aluke, joka sisältää T7 RNA
; V polymeraasin sitoutumiskohdan ja transkription aloituskoh- 25 dan kuin myös sekvenssin (30-meeri), joka vastaa osaa tun- nostettavasta CMV-kohdesekvenssistä.
• · ·
5 1 -AAT TTA ATA CGA CTC ACT ATA GGGA ATC CTC ACT ACA
• · · TGT GTG GAA ACA ATG TGT-3'.
• · • · « • · · • ♦ • · « « · · • · · • · · • · · • · · t · ·

Claims (2)

102387 1. Menetelmä ribonukleiinihapon (RNA) valmistamiseksi, jossa aloitetaan deoksiribonukleiinihaposta (DNA), 5 jossa kohdesekvenssi on läsnä, tunnettu siitä, että käsitellään tätä DNA:ta yhdellä tai useammalla res-triktioentsyymillä, minkä jälkeen erotetaan näin saatu DNA-fragmentti, jolloin saadaan muodostettua yksijuostei-nen DNA, minkä jälkeen hybridisoidaan yksi nukleiinihappo-10 aluke, joka sisältää promoottorisekvenssin, jonka DNA.-sta riippuvainen RNA-polymeraasi tunnistaa ja joka on liitetty nukleotidisekvenssiin, joka vastaa osaa kohdesekvenssistä, sopivissa olosuhteissa vastaavaan yksijuosteiseen DNA:hän, minkä jälkeen hybridimuotoon saatuja kahta nukleiinihappo-15 sekvenssiä pidennetään vapaasta 3 '-päästään DNA-polymeraa- silla kaksijuosteisen DNA:n tuottamiseksi, joka sisältää toiminnallisen promoottorin ja jota sitten käytetään mallina senjälkeiseen RNA-synteesiin DNA:sta riippuvaisella RNA-polymeraasilla. 2. Patenttivaatimuksen 1 mukainen menetelmä, tun nettu siitä, että valmistettu RNA tunnistetaan dena-turoivissa olosuhteissa tapahtuvan geelielektroforeesin ja sitä seuraavan blottauksen avulla, jonka jälkeen tapahtuu : hybridisaatio leimatulla spesifisellä oligonukleotidisek- 25 venssillä. • · • · · • · • · • · · • · · • · · • · · • · • · · • · · • · • · · • · · • · · • · · • · · • · · 1 · 102387
1. Förfarande för syntes av ribonukleinsyra (RNA) med deoxiribonukleinsyra (DNA) som utgängspunkt i vilken 5 en mälsekvens ingär, kännetecknat därav, att man behandlar detta DNA med ett eller flera restriktions-enzym, varefter man separerar det sälunda erhällna DNA-fragmentet, varvid man erhäller ett enkelsträngat DNA, varefter man hybridiserar en nukleinsyraprimer innehällande 10 en promotorsekvens, som känns igen av ett DNA-beroende RNA-polymeras och som är kopplad tili en nukleotidsekvens, vilken motsvarar en del av mälsekvensen, under lämpliga förhällanden, med det motsvarande enkelsträngade DNA:t, varefter man förlänger de tvä i hybridform erhällna nuk-15 leinsyrasekvenserna i deras fria 3'-ändor med ett DNA-po- lymeras för att producers ett dubbelstrangat DNA som in-kluderar en funktionell promotor och som sedan används som modell i den efterföljande syntesen av RNA med det DNA-beroende RNA-polymeraset. 20
2. Förfarande enligt patentkrav 1, känne tecknat därav, att det syntetiserade RNA:t detekte-ras medelst gelelektrofores under denaturerande förhällan-den ätföljt av blotting, varefter hybridisering med en märkt specifik oligonukleotidsekvens äger rum. • · · • · • · • · · • •f • · · * · · • · • · · • · · « 1 • · · • · · • · · • * · · • · · • · ·
FI902318A 1989-05-10 1990-05-09 Menetelmä ribonukleiinihapon (RNA) valmistamiseksi FI102387B (fi)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
NL8901172 1989-05-10
NL8901172 1989-05-10

Publications (3)

Publication Number Publication Date
FI902318A0 FI902318A0 (fi) 1990-05-09
FI102387B1 FI102387B1 (fi) 1998-11-30
FI102387B true FI102387B (fi) 1998-11-30

Family

ID=19854626

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
FI902318A FI102387B (fi) 1989-05-10 1990-05-09 Menetelmä ribonukleiinihapon (RNA) valmistamiseksi

Country Status (13)

Country Link
US (1) US5466586A (fi)
EP (1) EP0397269B1 (fi)
JP (1) JP2839639B2 (fi)
KR (1) KR0185376B1 (fi)
AT (1) ATE118549T1 (fi)
AU (1) AU641159B2 (fi)
CA (1) CA2016358C (fi)
DE (1) DE69016826T2 (fi)
DK (1) DK0397269T3 (fi)
ES (1) ES2070995T3 (fi)
FI (1) FI102387B (fi)
IE (1) IE66597B1 (fi)
ZA (1) ZA903453B (fi)

Families Citing this family (48)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5622820A (en) * 1988-03-10 1997-04-22 City Of Hope Method for amplification and detection of RNA and DNA sequences
GB8808892D0 (en) * 1988-04-15 1988-05-18 British Bio Technology Gene synthesis
US5130238A (en) * 1988-06-24 1992-07-14 Cangene Corporation Enhanced nucleic acid amplification process
US5169766A (en) * 1991-06-14 1992-12-08 Life Technologies, Inc. Amplification of nucleic acid molecules
MX9300492A (es) * 1992-01-29 1994-07-29 Hitachi Chemical Co Ltd Soporte inmovilizado de nucleotido y metodo para su produccion.
KR100249110B1 (ko) * 1992-05-06 2000-04-01 다니엘 엘. 캐시앙 핵산 서열 증폭 방법, 이에 이용되는 조성물 및 키트
WO1994002636A1 (en) * 1992-07-28 1994-02-03 Hitachi Chemical Company Ltd. Gene detection system
US5712127A (en) 1996-04-29 1998-01-27 Genescape Inc. Subtractive amplification
DE19633427C2 (de) * 1996-08-20 2001-10-04 Hubert S Bernauer Verfahren zur Synthese von Nukleinsäuremolekülen mit zumindest teilweise vorbestimmter Nukleotidsequenz
DE19812103A1 (de) * 1998-03-19 1999-09-23 Bernauer Annette Verfahren zur Synthese von Nucleinsäuremolekülen
CN1269966C (zh) 2001-03-07 2006-08-16 拜奥默里克斯有限公司 用基于转录的扩增来扩增和检测hbvdna的方法
US20040152090A1 (en) * 2001-03-07 2004-08-05 Deiman Birgit Alberta Louisa Maria Method for the amplificaton and detection of dna using a transcription based amplification
US8137911B2 (en) * 2001-05-22 2012-03-20 Cellscript, Inc. Preparation and use of single-stranded transcription substrates for synthesis of transcription products corresponding to target sequences
US7838270B2 (en) * 2001-05-22 2010-11-23 The University Of Chicago Target-dependent transcription using deletion mutants of N4 RNA polymerase
US7504215B2 (en) 2002-07-12 2009-03-17 Affymetrix, Inc. Nucleic acid labeling methods
US20050003369A1 (en) * 2002-10-10 2005-01-06 Affymetrix, Inc. Method for depleting specific nucleic acids from a mixture
CN102268428A (zh) 2002-11-21 2011-12-07 震源技术公司 使用编码双链启动子一条链的引物的方法
US7266295B2 (en) * 2003-04-17 2007-09-04 Intel Corporation Modular reconfigurable multi-server system and method for high-speed networking within photonic burst-switched network
US7713697B2 (en) * 2004-08-27 2010-05-11 Gen-Probe Incorporated Methods and kits for amplifying DNA
DE602005026730D1 (de) 2004-08-27 2011-04-14 Gen Probe Inc Einfach-Primernukleinsäuren-Erweiterungsverfahren
WO2006122354A1 (en) 2005-05-17 2006-11-23 Ozgene Pty Ltd Sequential cloning system
US8293684B2 (en) * 2006-11-29 2012-10-23 Exiqon Locked nucleic acid reagents for labelling nucleic acids
US8183359B2 (en) * 2007-03-01 2012-05-22 Gen-Probe Incorporated Kits for amplifying DNA
CA2707436C (en) 2007-06-29 2014-01-28 Epicentre Technologies Corporation Copy dna and sense rna
WO2010126913A1 (en) 2009-04-27 2010-11-04 Gen-Probe Incorporated Methods and kits for use in the selective amplification of target sequences
WO2010148085A1 (en) 2009-06-16 2010-12-23 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Rna nanoparticles and methods of use
TWI518325B (zh) 2010-02-04 2016-01-21 自治醫科大學 對alk抑制劑具有先抗性或後抗性癌症的識別、判斷和治療
EP2600901B1 (en) 2010-08-06 2019-03-27 ModernaTX, Inc. A pharmaceutical formulation comprising engineered nucleic acids and medical use thereof
MX2013003681A (es) 2010-10-01 2013-11-20 Moderna Therapeutics Inc Ácidos nucleicos manipulados y métodos de uso de los mismos.
DE12722942T1 (de) 2011-03-31 2021-09-30 Modernatx, Inc. Freisetzung und formulierung von manipulierten nukleinsäuren
US9464124B2 (en) 2011-09-12 2016-10-11 Moderna Therapeutics, Inc. Engineered nucleic acids and methods of use thereof
KR102014061B1 (ko) 2011-10-03 2019-08-28 모더나 세라퓨틱스, 인코포레이티드 변형된 뉴클레오사이드, 뉴클레오타이드, 및 핵산, 및 이들의 용도
FR2984357B1 (fr) 2011-12-16 2016-11-18 Biomerieux Sa Procede d'amplification transcriptionnelle d'acides nucleiques reunissant des etapes de temperatures differentes
JP2015501844A (ja) 2011-12-16 2015-01-19 モデルナ セラピューティクス インコーポレイテッドModerna Therapeutics,Inc. 修飾ヌクレオシド、ヌクレオチドおよび核酸組成物
US9572897B2 (en) 2012-04-02 2017-02-21 Modernatx, Inc. Modified polynucleotides for the production of cytoplasmic and cytoskeletal proteins
US9283287B2 (en) 2012-04-02 2016-03-15 Moderna Therapeutics, Inc. Modified polynucleotides for the production of nuclear proteins
US9878056B2 (en) 2012-04-02 2018-01-30 Modernatx, Inc. Modified polynucleotides for the production of cosmetic proteins and peptides
JP2015518704A (ja) 2012-04-02 2015-07-06 モデルナ セラピューティクス インコーポレイテッドModerna Therapeutics,Inc. 膜タンパク質の産生のための修飾ポリヌクレオチド
HRP20220607T1 (hr) 2012-11-26 2022-06-24 Modernatx, Inc. Terminalno modificirana rna
US8980864B2 (en) 2013-03-15 2015-03-17 Moderna Therapeutics, Inc. Compositions and methods of altering cholesterol levels
US10190143B2 (en) * 2013-07-08 2019-01-29 The Board Of Regents Of The University Of Texas System Method for synthesizing selectively labeled RNA
AU2014312208B2 (en) 2013-08-28 2019-07-25 Becton, Dickinson And Company Massively parallel single cell analysis
AU2014321443B2 (en) 2013-09-17 2020-07-09 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health & Human Services Multifunctional RNA nanoparticles and methods of use
US10023626B2 (en) 2013-09-30 2018-07-17 Modernatx, Inc. Polynucleotides encoding immune modulating polypeptides
CA2926218A1 (en) 2013-10-03 2015-04-09 Moderna Therapeutics, Inc. Polynucleotides encoding low density lipoprotein receptor
JP2016539639A (ja) 2013-11-13 2016-12-22 アンスティチュ ナショナル ドゥ ラ サンテ エ ドゥ ラ ルシェルシュ メディカル キッシング複合体を形成することができる核酸を含むキットオブパーツ及びその使用
US10517890B2 (en) 2014-05-06 2019-12-31 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Triggering RNA interference with RNA-DNA and DNA-RNA nanoparticles
WO2018187373A1 (en) 2017-04-03 2018-10-11 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health & Human Services Functionally-interdependent shape switching nucleic acid nanoparticles

Family Cites Families (5)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4683202A (en) * 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
US4766072A (en) * 1985-07-17 1988-08-23 Promega Corporation Vectors for in vitro production of RNA copies of either strand of a cloned DNA sequence
IL86724A (en) * 1987-06-19 1995-01-24 Siska Diagnostics Inc Methods and kits for amplification and testing of nucleic acid sequences
ATE92538T1 (de) * 1988-01-21 1993-08-15 Genentech Inc Verstaerkung und nachweis von nukleinsaeuresequenzen.
CA1340807C (en) * 1988-02-24 1999-11-02 Lawrence T. Malek Nucleic acid amplification process

Also Published As

Publication number Publication date
US5466586A (en) 1995-11-14
DK0397269T3 (da) 1995-05-29
ZA903453B (en) 1991-02-27
ATE118549T1 (de) 1995-03-15
KR0185376B1 (ko) 1999-04-01
JP2839639B2 (ja) 1998-12-16
AU641159B2 (en) 1993-09-16
CA2016358C (en) 2000-11-28
FI102387B1 (fi) 1998-11-30
FI902318A0 (fi) 1990-05-09
ES2070995T3 (es) 1995-06-16
AU5487790A (en) 1990-11-15
DE69016826D1 (de) 1995-03-23
JPH03180184A (ja) 1991-08-06
EP0397269A1 (en) 1990-11-14
IE901624L (en) 1990-11-10
KR900018376A (ko) 1990-12-21
CA2016358A1 (en) 1990-11-10
IE66597B1 (en) 1996-01-24
DE69016826T2 (de) 1995-06-08
EP0397269B1 (en) 1995-02-15

Similar Documents

Publication Publication Date Title
FI102387B (fi) Menetelmä ribonukleiinihapon (RNA) valmistamiseksi
EP0487628B1 (en) Enhanced nucleic acid amplification process
EP0368906B1 (en) Transcription-based nucleic acid amplification/detection systems
CA1340807C (en) Nucleic acid amplification process
US5554517A (en) Nucleic acid amplification process
FI99143C (fi) Itseään ylläpitävä sekvenssin replikaatiosysteemi
JP3515108B2 (ja) 二本鎖rnaの製法とその応用
US5874260A (en) Oligonucleotide which can be used as primer in a method of amplification based on a replication accompanied by strand displacement
US5824517A (en) Method for amplifying nucleic acid sequences by strand displacement using DNA/RNA chimeric primers
EP0300796A2 (en) Amplification method for polynucleotide assays
JPH02503054A (ja) 核酸配列の増幅および検出
JP2012080871A (ja) Rnaの直接検出法
JP2001512301A (ja) 核酸増幅のための内部陽性対照
AU2126588A (en) Transcription-based nucleic acid amplification/detection systems
JPH0576399A (ja) イン ビトロで複製可能な核酸の製造方法
US20110097791A1 (en) Novel process, construct and conjugate for producing multiple nucleic acid copies
IE83297B1 (en) Transcription-based nucleic acid amplification/detection systems

Legal Events

Date Code Title Description
FG Patent granted

Owner name: AKZO N.V.