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JP7224319B2 - キラルデザイン - Google Patents

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Description

関連出願の相互参照
本出願は、２０１４年１月１６日に出願された米国特許仮出願第６１／９２８，４０５号及び２０１４年１０月１３日に出願された同第６２／０６３，３５９号の優先権を主張し、各出願の全文は、参照により本明細書に組み入れられるものとする。
オリゴヌクレオチドは治療上または診断上の研究およびナノマテリアルの応用に役立っている。自然発生した核酸（たとえば，未修飾ＤＮＡまたはＲＮＡ）はその細胞外および細胞内ヌクレアーゼに対する不安定な性質および／または細胞透過および細胞分布がしにくい性質により治療での使用が限られている。さらに，生体外での研究ではアンチセンスオリゴヌクレオチドの特性である結合親和性，相補的なＲＮＡとの配列特異的結合，（Ｃｏｓｓｔｉｃｋ ａｎｄ Ｅｃｋｓｔｅｉｎ，１９８５；ＬａＰｌａｎｃｈｅ ｅｔ ａｌ．，１９８６；Ｌａｔｉｍｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９８９；Ｈａｃｉａ ｅｔ ａｌ．，１９９４；Ｍｅｓｍａｅｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，１９９５），ヌクレアーゼの安定性はリン原子の立体化学的な絶対配置の影響を受けやすいと示されている。それゆえに，たとえば新たなアンチセンスオリゴヌクレオチド，ｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチド組成物のような新しく改良されたオリゴヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチド組成物が必要とされている。
とりわけ、本発明は、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド調製物が、オリゴヌクレオチド鎖内の個々の骨格キラル中心の立体化学構造において互いに異なる複数の特異な化学的実体を含むという認識を包含する。さらに、本発明は、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド調製物が、関連するオリゴヌクレオチドの可能性のあるあらゆる立体異性体を含むことは通常はありそうにないという洞察を包含する。したがって、とりわけ、本発明は、興味あるオリゴヌクレオチドの特定の立体異性体である新規な化学的実体を提供する。すなわち、本発明は、特定のオリゴヌクレオチド化合物が、その塩基配列、その長さ、その骨格結合のパターン、およびその骨格キラル中心のパターンにより定義されてもよい、単一のオリゴヌクレオチド化合物の実質的に純粋な調製物を提供する。
本発明は、とりわけ、特定のオリゴヌクレオチドの個々の立体異性体が、互いに異なる安定性および／または活性を示し得ることを示す。さらに、本開示は、オリゴヌクレオチド内の特定のキラル構造の含有および／または位置により実現される安定性の改善が、特定の修飾された骨格結合、塩基、および／または糖の使用により（例えば、特定のタイプの修飾されたリン酸エステル（ｐｈｏｐｈａｔｅｓ）、２’－修飾、塩基修飾などの使用により）実現される安定性の改善と同等か、またはそれよりもさらに良くなり得ることを示す。
とりわけ、本発明は、オリゴヌクレオチドの特性および活性が、その骨格キラル中心のパターンを最適化することによって調節され得ることを認める。いくつかの実施形態において、本発明は、オリゴヌクレオチドの組成物を提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの安定性および／または生物活性を予想外に大きく向上させる骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、増加した安定性をもたらす。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、驚いたことに増加した活性をもたらす。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、増加した安定性および活性をもたらす。いくつかの実施形態において、核酸高分子を切断するためにオリゴヌクレオチドが利用されるとき、オリゴヌクレオチドの骨格キラル中心のパターンは、驚いたことに単独で、標的核酸高分子の切断パターンを変化させる。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、第２の部位での切断を効果的に防ぐ。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、新たな切断部位を生み出す。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、切断部位の数を最小にする。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドに対して相補的である標的核酸高分子の配列内のただ１つの部位で標的核酸高分子が切断されるように、骨格キラル中心のパターンは、切断部位の数を最小にする。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、切断部位での切断効率を向上させる。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの骨格キラル中心のパターンは、標的核酸高分子の切断を改善する。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、選択性を増加させる。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、オフターゲット効果を最小にする。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、選択性、例えば、一塩基多型（ＳＮＰ）のみが異なる２つの標的配列間の切断選択性を増加させる。
本出願で引用したすべての刊行物および特許文献は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
定義
脂肪族：本明細書中で使用されるとき、「脂肪族」または「脂肪族基」という語は、他の分子へのひとつの結合点を有する、完全に飽和もしくは１つ以上の不飽和単位を含有する直鎖（すなわち、分岐でない）もしくは分岐鎖、置換もしくは非置換炭化水素鎖、または完全に飽和もしくは１つ以上の不飽和単位を含有するが、芳香族でない単環式炭化水素もしくは多環式炭化水素（本明細書で、「炭素環」、「脂環式」または「シクロアルキル」とも呼ぶ）を意味する。いくつかの実施形態では、脂肪族基は、１～５０個の脂肪族炭素原子を含む。特に指定しない限り、脂肪族基は、１～１０個の脂肪族炭素原子を含む。いくつかの実施形態では、脂肪族基は、１～６個の脂肪族炭素原子を含む。いくつかの実施形態では、脂肪族基は、１～５個の脂肪族炭素原子を含む。他の実施形態では、脂肪族基は、１～４個の脂肪族炭素原子を含む。更に他の実施形態では、脂肪族基は、１～３個の脂肪族炭素原子を含み、更に他の実施形態では、脂肪族基は、１～２個の脂肪族炭素原子を含む。いくつかの実施形態では、「脂環式」（または「炭素環」または「シクロアルキル」）は、他の分子へのひとつの結合点を有する、完全に飽和もしくは１つ以上の不飽和単位を含有するが、芳香族でない単環式もしくは二環式Ｃ３～Ｃ１０炭化水素を表す。いくつかの実施形態では、「脂環式」（または「炭素環」または「シクロアルキル」）は、他の分子へのひとつの結合点を有する、完全に飽和もしくは１つ以上の不飽和単位を含有するが、芳香族でない単環式Ｃ３～Ｃ６炭化水素を表す。適切な脂肪族基としては、直鎖または分岐鎖、置換または非置換アルキル基、アルケニル基、アルキニル基、および（シクロアルキル）アルキル、（シクロアルケニル）アルキルまたは（シクロアルキル）アルケニルなどのそれらの複合体が挙げられるが、これに限定されない。
アルキレン：「アルキレン」という語は、二価アルキル基を表す。「アルキレン鎖」は、ポリメチレン基、すなわち、－（ＣＨ２）ｎ－であり、式中、ｎは正整数、好ましくは、１～６、１～４、１～３、１～２、または２～３である。置換アルキレン鎖は、１つ以上のメチレン水素原子が、置換基で置換されたポリメチレン基である。適切な置換基としては、置換脂肪族基について下に記載のものが挙げられる。
アルケニレン：「アルケニレン」という語は、二価アルケニル基を表す。置換アルケニレン基は、１つ以上の水素原子が、置換基で置換された、少なくとも１つの二重結合を含有するポリメチレン基である。適切な置換基としては、置換脂肪族基について下に記載のものが挙げられる。
動物：本明細書中で使用されるとき、「動物」という語は、動物界の任意の成員を表す。いくつかの実施形態では、「動物」は、発育の任意の段階における、ヒトを表す。いくつかの実施形態では、「動物」は、発育の任意の段階における、非ヒト動物を表す。特定の実施形態では、非ヒト動物は、哺乳類（例えば、げっ歯類、マウス、ラット、ウサギ、サル、イヌ、ネコ、ヒツジ、ウシ、霊長類、および／またはブタ）である。いくつかの実施形態では、動物としては、哺乳類、鳥類、爬虫類、両生類、魚類、および／または蠕虫類を挙げられるが、これに限定されない。いくつかの実施形態では、動物は、トランスジェニック動物、遺伝子組み換え動物、および／またはクローンであり得る。
およそ：本明細書中で使用されるとき、数を表すときの「およそ」または「約」という語は、一般に、特に明記もしくは特に文脈から明白でない限り（かかる数が、０％より小さいまたは１００％超の可能な値である場合を除き）、該数のどちらの方向でも（より大きいまたはより小さい）、５％、１０％、１５％、または２０％の範囲内に含まれる数を含むと考える。いくつかの実施形態では、投与量を表すときの「約」という語の使用は、±５ｍｇ／ｋｇ／日を意味する。
アリール：単独でまたは「アラルキル」、「アラルコシ」、または「アリールオキシアルキル」として大きな部分の一部として使用される「アリール」という語は、構造の少なくとも１つの環が芳香族であり、構造の各環が３～７環員を含む、全５～１４環員を有する単環式および二環式環構造を表す。「アリール」という語は、「アリール環」という語と、互換的に使用され得る。本発明の特定の実施形態では、「アリール」は、限定されないが、１つ以上の置換基を有してもよい、フェニル、ビフェニル、ナフチル、アントラシル（anthracyl）などを含む芳香族環構造を表す。インダニル、フタルイミジル、ナフトイミジル（naphthimidyl）、フェナントリジニル、またはテトラヒドロナフチルなどの、芳香族環が１つ以上の非芳香族環と縮合している基も、本明細書で、「アリール」という語の範囲に含まれる。
特徴的部分：本明細書中で使用されるとき、タンパク質またはポリペプチドの「特徴的部分」という言い回しは、全体で、タンパク質またはポリペプチドの特徴である一続きのアミノ酸、または一続きのアミノ酸の集合を含むものである。かかる各連続鎖は、一般に、少なくとも２つのアミノ酸を含むだろう。さらに、当業者は、通常、少なくとも、５、１０、１５、２０またはそれ以上のアミノ酸が、タンパク質の特徴であるために必要であることを認識するだろう。一般に、特徴的部分は、上記特定の配列相同性に加えて、少なくとも１つの機能的特徴を、関連性ある無傷タンパク質と共有する。
特徴的配列：「特徴的配列」は、ポリペプチドまたは核酸のファミリーの全成員中で見られる配列であり、従って、該ファミリーの成員を定義するために、当業者により使用され得る。
特徴的構造要素：「特徴的構造要素」という語は、ポリペプチド、小分子、または核酸のファミリーの全成員中で見られる、はっきりと区別できる構造要素（例えば、骨格構造、懸垂部分の集合、配列要素、他）を表し、従って、該ファミリーの成員を定義するために、当業者により使用され得る。
同等：「同等」という語は、得られた結果または観察された現象の比較を可能となるように、互いに十分似ている状態または環境の２つ（またはそれ以上）のセットを言い表すために、本明細書で使用される。いくつかの実施形態では、状態または環境の同等なセットは、複数の実質的に同じ特徴および１つまたは少数の変更された特徴により特徴付けられる。当業者は、実質的に同じ特徴の十分な数と型により特徴付けられ、異なるセットの状態または環境下で得られる結果または観察される現象における違いが、状態のセットが、変更されるそれらの特徴中の差異を原因とするまたは示すという合理的結論を正当化できるとき、互いに同等であることを認識するだろう。
投与計画：本明細書中で使用されるとき、「投与計画」または「治療レジメン」は、通常、ある期間により分けられて、対象に個別に投与される１組の単位用量（通常、１つ以上）を表す。いくつかの実施形態では、所与の治療薬は、１つ以上の用量を含み得る所要投与計画を有する。いくつかの実施形態では、投与計画は、その各々が、同じ長さの期間により互いに分離した複数の用量を含み；いくつかの実施形態では、投与計画は、複数の用量および別々の用量を分ける少なくとも２つの異なる期間を含む。いくつかの実施形態では、投与計画内の全用量は、同じ単位投与量である。いくつかの実施形態では、投与計画内の異なる用量は、異なる量である。いくつかの実施形態では、投与計画は、１番目の投与量で１番目の用量、次いで、１番目の投与量と異なる２番目の用量で１つ以上の追加の用量を含む。いくつかの実施形態では、投与計画は、１番目の投与量で１番目の用量、次いで、１番目の投与量と同じ２番目の用量で１つ以上の追加の用量を含む。
同等の薬剤：本開示を読んで、当業者は、本発明の文脈中の有用な薬剤の範囲が、本明細書で具体的に言及または例示したものに限定されないことを認識するだろう。具体的には、当業者は、活性剤が、通常、骨格および結合した懸垂部分から成る構造を有することを認識しており、従ってかかる骨格および／または懸垂部分の簡単な変更が、薬剤の活性を有意に変化させないことを理解するだろう。例えば、いくつかの実施形態では、同等の３次元構造および／または化学反応特性の基を有する１つ以上の懸垂部分の置換は、親の基準化合物または部分と同等の置換された化合物または部分を生成し得る。いくつかの実施形態では、１つ以上の懸垂部分の付加または分離は、親の基準化合物と同等な置換された化合物を生成し得る。いく つかの実施形態では、例えば、少数の結合（通常、５、４、３、２以下、または１つの結合、およびしばしば一重結合のみ）の付加または分離による骨格構造の変更は、親の基準化合物と同等置換された化合物を生成し得る。多くの実施形態では、同等の化合物は、例えば、容易に入手可能な物質、試薬および従来または提供される合成手順を用いて、下記一般的反応スキームで示された方法、またはその変法により、合成され得る。これらの反応で、それ自体では既知であるが、ここで言及されない変更も利用可能である。
同等の投与量：「同等の投与量」という語は、同じ生物学的結果をもたらす異なる薬剤的に活性な薬剤の投与量を比較するために、本明細書で使用される。２つの異なる薬剤の投与量は、もし、それらが、同等のレベルまたは程度の生物学的結果を達成するならば、本発明に従って、互いに「同等」であると見なされる。いくつかの実施形態では、本発明に従って使用される異なる医薬の同等の投与量は、本明細書で記載の生体外および／または生体内アッセイを用いて決定される。いくつかの実施形態では、本発明に従って使用される１つ以上のリソソーム活性剤は、基準リソソーム活性剤の用量と同等の用量で利用され；いくつかの実施形態では、かかる目的の基準リソソーム活性剤は、小分子アロステリック活性化剤（例えば、ピラゾロピリミジン類（pyrazolpyrimidines））、イミノ糖類（imminosugars）（例えば、イソファゴミン）、酸化防止剤（例えば、ｎ－アセチルシステイン）、および細胞輸送の制御因子（例えば、Ｒａｂ１ａポリペプチド）から成る群から選択される。
ヘテロ脂肪族：「ヘテロ脂肪族」という語は、Ｃ、ＣＨ、ＣＨ２、またはＣＨ３から選択される１つ以上の単位が、独立して、ヘテロ原子により置換された脂肪族基を表す。いくつかの実施形態では、ヘテロ脂肪族基は、ヘテロアルキルである。いくつかの実施形態では、ヘテロ脂肪族基は、ヘテロアルケニルである。
ヘテロアリール：単独でまたは大きな部分、例えば、「ヘテロアラルキル」、または「ヘテロアラルコシ」の一部として使用される「ヘテロアリール」および「ヘテロアル－」という語は、５～１０個の環原子、好ましくは、５個、６個、または９個の環原子を有し；環状配列中で共有される６個、１０個、または１４個のπ電子を有し；および炭素原子に加えて、１～５個のヘテロ原子を有する基を表す。「ヘテロ原子」という語は、窒素、酸素、または硫黄を表し、窒素もしくは硫黄のいずれの酸化形態も、およびいずれの塩基性窒素の四級化形態も含む。ヘテロアリール基としては、チエニル、フラニル、ピロリル、イミダゾリル、ピラゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、オキサジアゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、チアジアゾリル、ピリジル、ピリダジニル、ピリミジニル、ピラジニル、インドリジニル、プリニル、ナフチリジニル、およびプテリジニルが挙げられるが、これに限定されない。本明細書で、「ヘテロアリール」および「ヘテロアル－」という語は、ヘテロ芳香族環が、ラジカルまたは結合点が芳香族環上にある１つ以上のアリール、脂環式、またはヘテロシクリル環に縮合している基も含む。制限されない例としては、インドリル、イソインドリル、ベンゾチエニル、ベンゾフラニル、ジベンゾフラニル、インダゾリル、ベンゾイミダゾリル、ベンゾチアゾリル、キノリル、イソキノリル、シンノリニル、フタラジニル、キナゾリニル、キノキサリニル、４Ｈ－キノリジニル、カルバゾリル、アクリジニル、フェナジニル、フェノチアジニル、フェノキサジニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、およびピリド［２，３－ｂ］－１，４－オキサジン－３（４Ｈ）－オンが挙げられる。ヘテロアリール基は、単環式または二環式であり得る。「ヘテロアリール」という語は、「ヘテロアリール環」、「ヘテロアリール基」、または「芳香族複素環」という語と互換的に使用され得、その語のいずれも、置換されていてもよい環を含む。「ヘテロアラルキル」という語は、ヘテロアリールにより置換されたアルキル基を表し、該アルキルおよびヘテロアリール部分は、独立して、置換されていてもよい。
ヘテロ原子：「ヘテロ原子」という語は、１つ以上の酸素、硫黄、窒素、リン、ホウ素、セレンまたはケイ素（窒素、ホウ素、セレン、硫黄、リン、もしくはケイ素のいずれもの酸化形態；いずれもの塩基性窒素の四級化形態または；複素環、例えば、Ｎ（３，４－ジヒドロ－２Ｈ－ピロリル中の）、ＮＨ（ピロリジニル中の）もしくはＮＲ＋（Ｎ－置換ピロリジニル中の）の置換可能な窒素を含む）を意味する。
複素環：本明細書中で使用されるとき、「複素環（heterocycle）」、「ヘテロシクリル」、「複素環式ラジカル」、および「複素環（heterocyclic ring）」という語は、互換的に使用され、飽和あるいは部分的に不飽和であり、炭素原子に加えて、１つ以上の、好ましくは、１～４個の上記のヘテロ原子を有する安定な３～７員単環式または７～１０員二環式複素環式部分を表す。複素環の環原子を表すのに使用されるとき、「窒素」という語は、置換された窒素を含む。例えば、酸素、硫黄または窒素から選択される０～３個のヘテロ原子を有する飽和または部分的に不飽和な環で、該窒素は、Ｎ（３，４－ジヒドロ－２Ｈ－ピロリル中のような）、ＮＨ（ピロリジニル中のような）または＋ＮＲ（Ｎ－置換ピロリジニル中のような）であり得る。
複素環は、安定構造をもたらすいずれのヘテロ原子または炭素原子にあるその側基に結合され得、いずれの環原子も置換されていてもよい。かかる飽和または部分的に不飽和な複素環式ラジカルの例としては、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチオフェニル、ピロリジニル、ピペリジニル、ピロリニル、テトラヒドロキノリニル、テトラヒドロイソキノリニル、デカヒドロキノリニル、オキサゾリジニル、ピペラジニル、ジオキサニル、ジオキソラニル、ジアゼピニル、オキサゼピニル、チアゼピニル、モルホリニル、およびキヌクリジニルが挙げられるが、これに限定されない。「複素環」、「ヘテロシクリル」、「ヘテロシクリル環」、「複素環式基」、「複素環式部分」、および「複素環式ラジカル」という用語は、本明細書で、互換的に使用され、インドリニル、３Ｈ－インドリル、クロマニル、フェナントリジニル、またはテトラヒドロキノリニルなどの、ヘテロシクリル環が１つ以上のアリール基、ヘテロアリール基、または脂肪族環に縮合する基を含み、該ラジカルまたは結合点は、ヘテロシクリル環上にある。ヘテロシクリル環は、単環式または二環式であり得る。「ヘテロシクリルアルキル」という語は、ヘテロシクリルにより置換されたアルキル基を表し、該アルキルおよびヘテロシクリル部は、独立して、置換されていてもよい。
腹腔内：本明細書中で使用されるとき、「腹腔内投与」および「腹腔内に投与された」という言い回しは、対象の腹膜中への化合物または組成物の投与を表すその技術分野で理解される意味を有する。
生体外：本明細書中で使用されるとき、「生体外」という語は、生物（例えば、動物、植物、および／または微生物）内でなく、人工的環境、例えば、試験管または反応器中、細胞培養液中、その他で起こる事象を表す。
生体内：本明細書で、「生体内」という語は、生物（例えば、動物、植物、および／または微生物）内で起こる事象を表す。
低級アルキル：「低級アルキル」という語は、Ｃ１～４直鎖または分岐鎖アルキル基を表す。実例として低級アルキル基は、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、イソブチル、およびｔｅｒｔ－ブチルである。
低級ハロアルキル：「低級ハロアルキル」という語は、１つ以上のハロゲン原子で置換されたＣ１～４直鎖または分岐鎖アルキル基を表す。
置換されていてもよい：本明細書に記載されるとき、本発明の化合物は、「置換されていてもよい」部分を含み得る。一般に、「置換された」という語は、「してもよい」という語があるかないかに係わらず、該指定部分の１つ以上の水素が適切な置換基で置換されることを意味する。特に指示されない限り、「置換されていてもよい」基は、いずれかの所与の構造中の１つ以上の位置が、位置毎に同じあるいは異なり得るとき、該基の各置換可能な位置で適切な置換基を有し得る。本発明により考えられる置換基の組み合わせは、好ましくは、安定または化学的に有り得る化合物の生成をもたらすものである。本明細書中で使用されるとき、「安定」という語は、それらの製造、検出、および、特定の実施形態では、本明細書で開示の１つ以上の目的のそれらの回収、精製および使用を可能にする状態にあるとき、実質的に変化しない化合物を表す。
「置換されていてもよい」基の置換可能な炭素原子上の適切な一価置換基は、独立して、ハロゲン；－（ＣＨ２）０～４Ｒ○；－（ＣＨ２）０～４ＯＲ○；－Ｏ（ＣＨ２）０～４Ｒ○、－Ｏ－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）ＯＲ○；－（ＣＨ２）０～４ＣＨ（ＯＲ○）２；－（ＣＨ２）０～４ＳＲ○；Ｒ○で置換されていてもよい（ＣＨ２）０～４Ｐｈ；Ｒ○で置換されていてもよい（ＣＨ２）０～４Ｏ（ＣＨ２）０～１Ｐｈ；Ｒ○で置換されていてもよいＣＨ＝ＣＨＰｈ；Ｒ○で置換されていてもよい（ＣＨ２）０～４Ｏ（ＣＨ２）０～１－ピリジル；－ＮＯ２；－ＣＮ；－Ｎ３；（ＣＨ２）０～４Ｎ（Ｒ○）２；－（ＣＨ２）０～４Ｎ（Ｒ○）Ｃ（Ｏ）Ｒ○；－Ｎ（Ｒ○）Ｃ（Ｓ）Ｒ○；－（ＣＨ２）０～４Ｎ（Ｒ○）Ｃ（Ｏ）ＮＲ○ ２；Ｎ（Ｒ○）Ｃ（Ｓ）ＮＲ○ ２；－（ＣＨ２）０～４Ｎ（Ｒ○）Ｃ（Ｏ）ＯＲ○；－Ｎ（Ｒ○）Ｎ（Ｒ○）Ｃ（Ｏ）Ｒ○；Ｎ（Ｒ○）Ｎ（Ｒ○）Ｃ（Ｏ）ＮＲ○ ２；Ｎ（Ｒ○）Ｎ（Ｒ○）Ｃ（Ｏ）ＯＲ○；－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）Ｒ○；－Ｃ（Ｓ）Ｒ○；－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）ＯＲ○；－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）ＳＲ○；（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）ＯＳｉＲ○ ３；－（ＣＨ２）０～４ＯＣ（Ｏ）Ｒ○；－ＯＣ（Ｏ）（ＣＨ２）０～４ＳＲ－、ＳＣ（Ｓ）ＳＲ○；－（ＣＨ２）０～４ＳＣ（Ｏ）Ｒ○；－（ＣＨ２）０～４Ｃ（Ｏ）ＮＲ○ ２；－Ｃ（Ｓ）ＮＲ○ ２；－Ｃ（Ｓ）ＳＲ○；－ＳＣ（Ｓ）ＳＲ○、（ＣＨ２）０～４ＯＣ（Ｏ）ＮＲ○ ２；Ｃ（Ｏ）Ｎ（ＯＲ○）Ｒ○；－Ｃ（Ｏ）Ｃ（Ｏ）Ｒ○；－Ｃ（Ｏ）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）Ｒ○；－Ｃ（ＮＯＲ○）Ｒ○；（ＣＨ２）０～４ＳＳＲ○；－（ＣＨ２）０～４Ｓ（Ｏ）２Ｒ○；－（ＣＨ２）０～４Ｓ（Ｏ）２ＯＲ○；－（ＣＨ２）０～４ＯＳ（Ｏ）２Ｒ○；－Ｓ（Ｏ）２ＮＲ○ ２；（ＣＨ２）０～４Ｓ（Ｏ）Ｒ○；Ｎ（Ｒ○）Ｓ（Ｏ）２ＮＲ○ ２；－Ｎ（Ｒ○）Ｓ（Ｏ）２Ｒ○；－Ｎ（ＯＲ○）Ｒ○；－Ｃ（ＮＨ）ＮＲ○ ２；－Ｐ（Ｏ）２Ｒ○；Ｐ（Ｏ）Ｒ○ ２；ＯＰ（Ｏ）Ｒ○ ２；－ＯＰ（Ｏ）（ＯＲ○）２；－ＳｉＲ○３；－（Ｃ１～４直鎖または分岐鎖アルキレン）Ｏ－Ｎ（Ｒ○）２；または－（Ｃ１～４直鎖または分岐鎖アルキレン）Ｃ（Ｏ）Ｏ－Ｎ（Ｒ○）２（式中、各Ｒ○は、下記のように置換されてもよく、独立して、水素、Ｃ１～６脂肪族、－ＣＨ２Ｐｈ、－Ｏ（ＣＨ２）０～１Ｐｈ、－ＣＨ２－（５～６員ヘテロアリール環）または５～６員飽和、部分的に不飽和、または窒素、酸素、もしくは硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有するアリール環、または、上記定義にもかかわらず、独立して出現する２つのＲ○が、それらの介在する原子と一緒になって、下記のように置換されてもよく、独立して、窒素、酸素、もしくは硫黄から選択される０～４個のヘテロ原子を有する３～１２員飽和、部分的に不飽和、もしくはアリール単環式もしくは二環式環を形成する）である。
Ｒ○上の適切な一価置換基（または独立して出現する２つのＲ○が、それらの介在する原子と一緒になって形成する環）は、独立して、ハロゲン、－（ＣＨ２）０～２Ｒ●、－（ハロＲ●）、－（ＣＨ２）０～２ＯＨ、－（ＣＨ２）０～２ＯＲ●、－（ＣＨ２）０～２ＣＨ（ＯＲ●）２；Ｏ（ハロＲ●）、－ＣＮ、－Ｎ３、－（ＣＨ２）０～２Ｃ（Ｏ）Ｒ●、－（ＣＨ２）０～２Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－（ＣＨ２）０～２Ｃ（Ｏ）ＯＲ●、－（ＣＨ２）０～２ＳＲ●、－（ＣＨ２）０～２ＳＨ、－（ＣＨ２）０～２ＮＨ２、－（ＣＨ２）０～２ＮＨＲ●、－（ＣＨ２）０～２ＮＲ● ２、－ＮＯ２、－ＳｉＲ● ３、－ＯＳｉＲ● ３、Ｃ（Ｏ）ＳＲ●、－（Ｃ１～４直鎖または分岐鎖 アルキレン）Ｃ（Ｏ）ＯＲ●、または－ＳＳＲ●（式中、各Ｒ●は非置換または、「ハロ」が前に付く場合、１つ以上のハロゲンでのみ置換され、および、独立して、Ｃ１～４脂肪族、－ＣＨ２Ｐｈ、－Ｏ（ＣＨ２）０～１Ｐｈ、または５～６員飽和、部分的に不飽和、または窒素、酸素、もしくは硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有するアリール環から選択される）である。Ｒ○の飽和炭素原子上の適切な二価置換基としては、＝Ｏおよび＝Ｓが挙げられる。
「置換されていてもよい」基の飽和炭素原子上の適切な二価置換基としては、次のもの：＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＮＲ＊ ２、＝ＮＮＨＣ（Ｏ）Ｒ＊、＝ＮＮＨＣ（Ｏ）ＯＲ＊、＝ＮＮＨＳ（Ｏ）２Ｒ＊、＝ＮＲ＊、＝ＮＯＲ＊、－Ｏ（Ｃ（Ｒ＊ ２））２～３Ｏ－、または－Ｓ（Ｃ（Ｒ＊ ２））２～３Ｓ－（式中、独立して出現する各Ｒ＊は、水素、下記の置換され得るＣ１～６脂肪族、または非置換５～６員飽和、部分的に不飽和、または窒素、酸素、もしくは硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有するアリール環から選択される）が挙げられる。「置換されていてもよい」基の隣接する置換可能な炭素に結合した適切な二価置換基として：－Ｏ（ＣＲ＊ ２）２～３Ｏ－（式中、独立して出現する各Ｒ＊は、水素、下記の置換され得るＣ１～６脂肪族、または非置換５～６員飽和、部分的に不飽和、または窒素、酸素、もしくは硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有するアリール環から選択される）が挙げられる。
Ｒ＊の脂肪族基上の適切な置換基としては、ハロゲン、－Ｒ●、－（ハロＲ●）、－ＯＨ、－ＯＲ●、－Ｏ（ハロＲ●）、－ＣＮ、－Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ●、－ＮＨ２、－ＮＨＲ●、－ＮＲ● ２、または－ＮＯ２（式中、各Ｒ●は、非置換または、「ハロ」が前に付く場合、１つ以上のハロゲンにのみ置換され、および、独立して、Ｃ１～４脂肪族、－ＣＨ２Ｐｈ、－Ｏ（ＣＨ２）０～１Ｐｈ、または５～６員飽和、部分的に不飽和、または窒素、酸素、もしくは硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有するアリール環である）が挙げられる。
「置換されていてもよい」基の置換可能な窒素上の適切な置換基としては、－Ｒ†、－ＮＲ† ２、－Ｃ（Ｏ）Ｒ†、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ†、－Ｃ（Ｏ）Ｃ（Ｏ）Ｒ†、－Ｃ（Ｏ）ＣＨ２Ｃ（Ｏ）Ｒ†、－Ｓ（Ｏ）２Ｒ†、Ｓ（Ｏ）２ＮＲ† ２、－Ｃ（Ｓ）ＮＲ† ２、－Ｃ（ＮＨ）ＮＲ† ２、または－Ｎ（Ｒ†）Ｓ（Ｏ）２Ｒ†；（式中、各Ｒ†は、独立して、ハロゲン、下記の置換され得るＣ１～６脂肪族、非置換－ＯＰｈ、または非置換５～６員飽和、部分的に不飽和、または窒素、酸素、もしくは硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有するアリール環、または、上記定義にもかかわらず、独立して出現する２つのＲ†が、それらの介在する原子と一緒になって、独立して、窒素、酸素、もしくは硫黄から選択される０～４個のヘテロ原子を有する非置換３～１２員飽和、部分的に不飽和、もしくはアリール単環式もしくは二環式環を形成する）が挙げられる。
Ｒ†の脂肪族基上の適切な置換基は、独立して、ハロゲン、－Ｒ●、－（ハロＲ●）、－ＯＨ、－ＯＲ●、－Ｏ（ハロＲ●）、－ＣＮ、－Ｃ（Ｏ）ＯＨ、－Ｃ（Ｏ）ＯＲ●、－ＮＨ２、－ＮＨＲ●、－ＮＲ●２、または－ＮＯ２（式中、各Ｒ●は、非置換または、「ハロ」が前に付く場合、１つ以上のハロゲンにのみ置換され、および、独立して、Ｃ１～４脂肪族、－ＣＨ２Ｐｈ、－Ｏ（ＣＨ２）０～１Ｐｈ、または５～６員飽和、部分的に不飽和、または窒素、酸素、もしくは硫黄から独立して選択される０～４個のヘテロ原子を有するアリール環である）である。
経口：本明細書中で使用されるとき、「経口投与」および「経口的に投与した」という言い回しは、化合物または組成物の、口による投与を表し、その技術分野で理解される意味を有する。
非経口：本明細書中で使用されるとき、「非経口投与」および「非経口的に投与した」という言い回しは、通常注射による、腸内および局所的投与でない投与方法を表す、その技術分野で理解される意味を有し、静脈内、筋肉内、動脈内、くも膜下腔内、嚢内、眼窩内、心臓内、皮内、腹腔内、経気管内、皮下、表皮下、関節内、被膜下、くも膜下、脊髄内、および胸骨内注射および注入が挙げられるが、これに限定されない。
部分的に不飽和：本明細書中で使用されるとき、「部分的に不飽和」という語は、少なくとも１つの二重結合または三重結合を含む環部分を表す。「部分的に不飽和」という語は、不飽和の複数部を有する環を包含することを意図するが、本明細書で定義したアリールまたはヘテロアリール部分を含むことを意図しない。
中で使用されるときで、「医薬組成物」という語は、１つ以上の薬剤的に許容可能な担体と一緒に処方した活性剤を表す。いくつかの実施形態では、活性剤は、適切な集団に投与した時に、所定の治療効果を達成する統計的有意な確率を示す治療レジメンでの投与に適切な単位投与量中に存在する。いくつかの実施形態では、医薬組成物は、固体または液体の形態で投与するために特に処方され得、次の用途のもの：経口投与、例えば、水薬（水性もしくは非水性溶液または懸濁液）、錠剤、例えば、口腔、舌下、および全身吸収用途のもの、巨丸剤、散剤、顆粒剤、舌に適用するペースト剤；例えば、滅菌溶液もしくは懸濁液、または徐放処方物として、例えば、皮下、筋肉内、静脈内または硬膜外注射による非経口投与；例えば、皮膚、肺、もしくは口腔に適用するクリーム剤、軟膏剤、または徐放性パッチ剤もしくはスプレー剤として局所投与；例えば、ペッサリー、クリーム剤、もしくは泡末剤として腟腔内または直腸内に；舌下に；眼に；経皮的に；または経鼻的に、肺、および他の粘膜面が挙げられる。
薬剤的に許容可能：本明細書中で使用されるとき、「薬剤的に許容可能」という言い回しは、健全な医学的判断内で、合理的な利益／リスク比に見合っており、過剰な有害性、刺激、アレルギー応答、または他の問題もしくは合併症なしで、ヒトおよび動物の組織と接触して使用するのに適切な、化合物、物質、組成物、および／または剤形を表す。
薬剤的に許容可能な担体：本明細書中で使用されるとき、「薬剤的に許容可能な担体」という語は、１つの器官、または身体の部分から、別の器官、または身体の部分に運搬または輸送にかかわる液体もしくは固体充填剤、希釈剤、賦形剤、または溶媒封入材料などの薬剤的に許容可能な材料、組成物または媒体を意味する。各担体は、処方物の他成分と適合性があり、患者に有害でないという意味で、「許容可能」でなければならない。薬剤的に許容可能な担体として役立ち得る材料のいくつかの例としては：ラクトース、グルコースおよびショ糖などの糖類；コーンスターチおよびジャガイモデンプンなどのデンプン類；カルボキシメチルセルロースナトリウム、エチルセルロースおよび酢酸セルロースなどのセルロースおよびその誘導体；トラガント；麦芽；ゼラチン；タルク；カカオ脂および坐薬蝋などの賦形剤；ピーナッツ油、綿実油、紅花油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油およびダイズ油などの油類；プロピレングリコールなどのグルコール類；グリセリンなどのポリオール類、ソルビトール、マニトールおよびポリエチレングリコール；オレイン酸エチルおよびラウリン酸エチルなどのエステル類；寒天；水酸化マグネシウムおよび水酸化アルミニウムなどの緩衝剤；アルギン酸；発熱物質フリー水；等張食塩水；リンゲル液；エチルアルコール;ｐＨ緩衝溶液；ポリエステル類、ポリカーボネート類および／またはポリ酸無水物；および製剤処方物で使用される他の無害性適合物質が挙げられる。
薬剤的に許容可能な塩：本明細書中で使用されるとき、「薬剤的に許容可能な塩」という語は、薬剤的文脈中での使用に適切なかかる化合物の塩、すなわち、健全な医学的判断内で、合理的な利益／リスク比に見合っており、過度の有害性、刺激、アレルギー応答などがなく、ヒトおよび下等動物の組織と接触して使用するのに適切な塩を表す。薬剤的に許容可能な塩は、当技術分野で周知である。例えば、S. M. Bergeらは、J. Pharmaceutical Sciences, 66: 1-19 (1977)で、詳細に、薬剤的に許容可能な塩を記載している。いくつかの実施形態では、薬剤的に許容可能な塩としては、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、ショウノウ酸塩（camphorate）、樟脳スルホン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、ギ酸塩、フマル酸塩、グルコヘプタン酸塩、グリセロリン酸塩、グルコン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプタン酸塩、ヘキサン酸塩、ヨウ化水素酸塩、２－ヒドロキシ－エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリル酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸、メタンスルホン酸塩、２－ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、３－フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、ｐ－トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、吉草酸塩などが挙げられるが、これに限定されない。代表的なアルカリまたはアルカリ土類金属塩類は、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムなどを含む。いくつかの実施形態では、薬剤的に許容可能な塩としては、適切な場合、ハロゲン化物、水酸化物、カルボン酸塩、硫酸塩、リン酸塩、硝酸塩、１～６個の炭素原子を有するアルキルスルホン酸塩およびアリールスルホン酸塩などの対イオンを用いて生成した無害性のアンモニウム、第四級アンモニウム、およびアミンカチオンが挙げられる。
プロドラッグ：一般的、「プロドラッグ」は、本明細書で使用される語として、当技術分野で理解されるように、生物に投与した時、身体中で代謝されて、興味ある活性（例えば、治療または診断）剤を送達する実体である。典型的に、かかる代謝は、活性剤が生成されるように、少なくとも１つの「プロドラッグ部分」の除去を引き起こす。「プロドラッグ」の様々な形態が、当技術分野で周知である。かかるプロドラッグ部分の例としては：
ａ）Design of Prodrugs, edited by H. Bundgaard, (Elsevier, 1985) and Methods in Enzymology, 42:309-396, edited by K. Widder, et al. (Academic Press, 1985)；
ｂ）Prodrugs and Targeted Delivery, edited by by J. Rautio (Wiley, 2011)；
ｃ）Prodrugs and Targeted Delivery, edited by by J. Rautio (Wiley, 2011)；
ｄ）A Textbook of Drug Design and Development, edited by Krogsgaard-Larsen；
ｅ）Bundgaard, Chapter 5 “Design and Application of Prodrugs”, by H. Bundgaard, p. 113-191 (1991)；
ｆ）Bundgaard, Advanced Drug Delivery Reviews, 8:1-38 (1992)；
ｇ）Bundgaard, et al., Journal of Pharmaceutical Sciences, 77:285 (1988)；および
ｈ）Kakeya, et al., Chem. Pharm. Bull., 32:692 (1984)
参照。
本明細書に記載の他の化合物のように、プロドラッグは、様々な形態、例えば、結晶形、塩形態、他などのいずれでも、提供され得る。いくつかの実施形態では、プロドラッグは、その薬剤的に許容可能な塩として提供される。
保護基：本明細書中で使用されるとき、「保護基」という語は、当技術分野で周知であり、Protecting Groups in Organic Synthesis, T. W. Greene and P. G. M. Wuts, 3rd edition, John Wiley & Sons, 1999（この全文をおは、参照することにより、本明細書中に組み入れられたものとする）中、詳細に記載されたものを含む。Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry, edited by Serge L. Beaucage et al. 06/2012（第２章の全文は、参照することにより、本明細書中に組み入れられたものとする）中に記載のヌクレオチドおよびヌクレオチド化学に特に適応される保護基も含まれる。適切なアミノ保護基としては、メチルカルバメート、エチルカルバメート、９－フルオレニルメチルカルバメート（Ｆｍｏｃ）、９－（２－スルホ）フルオレニルメチルカルバメート、９－（２，７－ジブロモ）フルオレニルメチルカルバメート、２，７－ジ－ｔ－ブチル－［９－（１０，１０－ジオキソ－１０，１０，１０，１０－テトラヒドロチオキサンチル）］メチルカルバメート（ＤＢＤ－Ｔｍｏｃ）、４－メトキシフェナンシルカルバメート（Ｐｈｅｎｏｃ）、２，２，２－トリクロロエチルカルバメート（Ｔｒｏｃ）、２－トリメチルシリルエチルカルバメート（Ｔｅｏｃ）、２－フェニルエチルカルバメート（ｈＺ）、１－（１－アダマンチル）－１－メチルエチルカルバメート（Ａｄｐｏｃ）、１，１－ジメチル－２－ハロエチルカルバメート、１，１－ジメチル－２，２－ジブロモエチルカルバメート（ＤＢ－ｔ－ＢＯＣ）、１，１－ジメチル－２，２，２－トリクロロエチルカルバメート（ＴＣＢＯＣ）、１－メチル－１－（４－ビフェニリル）エチルカルバメート（Ｂｐｏｃ）、１－（３，５－ジ－ｔ－ブチルフェニル）－１－メチルエチルカルバメート（ｔ－Ｂｕｍｅｏｃ）、２－（２’－および４’－ピリジル）エチルカルバメート（Ｐｙｏｃ）、２－（Ｎ，Ｎ－ジシクロヘキシルカルボキサミド）エチルカルバメート、ｔ－ブチルカルバメート（ＢＯＣ）、１－アダマンチルカルバメート（Ａｄｏｃ）、ビニルカルバメート（Ｖｏｃ）、アリルカルバメート（Ａｌｌｏｃ）、１－イソプロピルアリルカルバメート（Ｉｐａｏｃ）、シンナミルカルバメート（Ｃｏｃ）、４－ニトロシンナミルカルバメート（Ｎｏｃ）、８－キノリルカルバメート、Ｎ－ヒドロキシピペリジニルカルバメート、アルキルジチオカルバメート、ベンジルカルバメート（Ｃｂｚ）、ｐ－メトキシベンジルカルバメート（Ｍｏｚ）、ｐ－ニトロベンジルカルバメート、ｐ－ブロモベンジルカルバメート、ｐ－クロロベンジルカルバメート、２，４－ジクロロベンジルカルバメート、４－メチルスルフィニルベンジルカルバメート（Ｍｓｚ）、９－アントリルメチルカルバメート、ジフェニルメチルカルバメート、２－メチルチオエチルカルバメート、２－メチルスルホニルエチルカルバメート、２－（ｐ－トルエンスルホニル）エチルカルバメート、［２－（１，３－ジチアニル）］メチルカルバメート（Ｄｍｏｃ）、４－メチルチオフェニルカルバメート（Ｍｔｐｃ）、２，４－ジメチルチオフェニルカルバメート（Ｂｍｐｃ）、２－ホスホニオエチルカルバメ－ト（Ｐｅｏｃ）、２－トリフェニルホスホニオイソプロピルカルバメ－ト（Ｐｐｏｃ）、１，１－ジメチル－２－シアノエチルカルバメ－ト、ｍ－クロロ－ｐ－アクリロキシベンジルカルバメ－ト、ｐ－（ジヒドロキシボリル）ベンジルカルバメ－ト、５－ベンズイソオキサゾリルメチルカルバメ－ト、２－（トリフルオロメチル）－６－クロモニルメチルカルバメ－ト（Ｔｃｒｏｃ）、ｍ－ニトロフェニルカルバメ－ト、３，５－ジメトキシベンジルカルバメ－ト、ｏ－ニトロベンジルカルバメ－ト、３，４－ジメトキシ－６－ニトロベンジルカルバメ－ト、フェニル（ｏ－ニトロフェニル）メチルカルバメ－ト、フェノチアジニル－（１０）－カルボニル誘導体、Ｎ’－ｐ－トルエンスルホニルアミノカルボニル誘導体、Ｎ’－フェニルアミノチオカルボニル誘導体、ｔ－アミルカルバメ－ト、Ｓ－ベンジルチオカルバメ－ト、ｐ－シアノベンジルカルバメ－ト、シクロブチルカルバメ－ト、シクロヘキシルカルバメ－ト、シクロペンチルカルバメ－ト、シクロプロピルメチルカルバメ－ト、ｐ－デシルオキシベンジルカルバメート、２，２－ジメトキシカルボニルビニルカルバメート、ｏ－（Ｎ，Ｎ－ジメチルカルボキサミド）ベンジルカルバメート、１，１－ジメチル－３－（Ｎ，Ｎ－ジメチルカルボキサミド）プロピルカルバメート、１，１－ジメチルプロピニルカルバメート、ジ（２－ピリジル）メチルカルバメート、２－フラニルメチルカルバメート、２－ヨードエチルカルバメート、イソボルニルカルバメート、イソブチルカルバメート、イソニコチニルカルバメート、ｐ－（ｐ’－メトキシフェニルアゾ）ベンジルカルバメート、１－メチルシクロブチルカルバメート、１－メチルシクロヘキシルカルバメート、１－メチル－１－シクロプロピルメチルカルバメート、１－メチル－１－（３，５－ジメトキシフェニル）エチルカルバメート、１－メチル－１－（ｐ－フェニルアゾフェニル）エチルカルバメート、１－メチル－１－フェニルエチルカルバメート、１－メチル－１－（４－ピリジル）エチルカルバメート、フェニルカルバメート、ｐ－（フェニルアゾ）ベンジルカルバメート、２，４，６－トリ－ｔ－ブチルフェニルカルバメート、４－（トリメチルアンモニウム）ベンジルカルバメート、２，４，６－トリメチルベンジルカルバメート、ホルムアミド、アセトアミド、クロロアセトアミド、トリクロロアセトアミド、トリフルオロアセトアミド、フェニルアセトアミド、３－フェニルプロパンアミド、ピコリンアミド、３－ピリジルカルボキサミド、Ｎ－ベンゾイルフェニルアラニル誘導体、ベンズアミド、ｐ－フェニルベンズアミド、ｏ－ニトロフェニルアセトアミド、ｏ－ニトロフェノキシアセトアミド、アセトアセトアミド、（Ｎ’－ジチオベンジルオキシカルボニルアミノ）アセトアミド、３－（ｐ－ヒドロキシフェニル）プロパンアミド、３－（ｏ－ニトロフェニル）プロパンアミド、２－メチル－２－（ｏ－ニトロフェノキシ）プロパンアミド、２－メチル－２－（ｏ－フェニルアゾフェノキシ）プロパンアミド、４－クロロブタンアミド、３－メチル－３－ニトロブタンアミド、ｏ－ニトロシンナミド、Ｎ－アセチルメチオニン誘導体、ｏ－ニトロベンズアミド、ｏ－（ベンゾイルオキシメチル）ベンズアミド、４，５－ジフェニル－３－オキサゾリン－２－オン、Ｎ－フタルイミド、Ｎ－ジチアコハク酸イミド（Ｄｔｓ）、Ｎ－２，３－ジフェニルマレイミド、Ｎ－２，５－ジメチルピロール、Ｎ－１，１，４，４－テトラメチルジシリルアザシクロペンタン付加物（ＳＴＡＢＡＳＥ）、５－置換１，３－ジメチル－１，３，５－トリアザシクロヘキサン－２－オン、５－置換１，３－ジベンジル－１，３，５－トリアザシクロヘキサン－２－オン、１－置換３，５－ジニトロ－４－ピリドン、Ｎ－メチルアミン、Ｎ－アリルアミン、Ｎ－［２－（トリメチルシリル）エトキシ］メチルアミン（ＳＥＭ）、Ｎ－３－アセトキシプロピルアミン、Ｎ－（１－イソプロピル－４－ニトロ－２－オキソ－３－ピロオリン－３－イル）アミン、第四級アンモニウム塩類、Ｎ－ベンジルアミン、Ｎ－ジ（４－メトキシフェニル）メチルアミン、Ｎ－５－ジベンゾスベリルアミン、Ｎ－トリフェニルメチルアミン（Ｔｒ）、Ｎ－［（４－メトキシフェニル）ジフェニルメチル］アミン（ＭＭＴｒ）、Ｎ－９－フェニルフルオレニルアミン（ＰｈＦ）、Ｎ－２，７－ジクロロ－９－フルオレニルメチレンアミン、Ｎ－フェロセニルメチルアミノ（Ｆｃｍ）、Ｎ－２－ピコリルアミノＮ’－オキシド、Ｎ－１，１－ジメチルチオメチレンアミン、Ｎ－ベンジリデンアミン、Ｎ－ｐ－メトキシベンジリデンアミン、Ｎ－ジフェニルメチレンアミン、Ｎ－［（２－ピリジル）メシチル］メチレンアミン、Ｎ－（Ｎ’，Ｎ’－ジメチルアミノメチレン）アミン、Ｎ，Ｎ’－イソプロピリデンアミン、Ｎ－ｐ－ニトロベンジリデンアミン、Ｎ－サリシリデンアミン、Ｎ－５－クロロサリシリデンアミン、Ｎ－（５－クロロ－２－ヒドロキシフェニル）フェニルメチレンアミン、Ｎ－シクロヘキシリデンアミン、Ｎ－（５，５－ジメチル－３－オキソ－１－シクロヘキセニル）アミン、Ｎ－ボラン誘導体、Ｎ－ジフェニルボリン酸誘導体、Ｎ－［フェニル（ペンタカルボニルクロム－またはタングステン）カルボニル］アミン、Ｎ－銅キレート、Ｎ－亜鉛キレート、Ｎ－ニトロアミン、Ｎ－ニトロソアミン、アミンＮ－オキシド、ジフェニルホスフィンアミド（Ｄｐｐ）、ジメチルチオホスフィンアミド（Ｍｐｔ）、ジフェニルチオホスフィンアミド（Ｐｐｔ）、ジアルキルホスホロアミダート類、ジベンジルホスホロアミダート、ジフェニルホスホロアミダート、ベンゼンスルフェナミド、ｏ－ニトロベンゼンスルフェナミド（Ｎｐｓ）、２，４－ジニトロベンゼンスルフェナミド、ペンタクロロベンゼンスルフェナミド、２－ニトロ－４－メトキシベンゼンスルフェナミド、トリフェニルメチルスルフェナミド、３－ニトロピリジンスルフェナミド（Ｎｐｙｓ）、ｐ－トルエンスルホンアミド（Ｔｓ）、ベンゼンスルホンアミド、２，３，６，－トリメチル－４－メトキシベンゼンスルホンアミド（Ｍｔｒ）、２，４，６－トリメトキシベンゼンスルホンアミド（Ｍｔｂ）、２，６－ジメチル－４－メトキシベンゼンスルホンアミド（Ｐｍｅ）、２，３，５，６－テトラメチル－４－メトキシベンゼンスルホンアミド（Ｍｔｅ）、４－メトキシベンゼンスルホンアミド（Ｍｂｓ）、２，４，６－トリメチルベンゼンスルホンアミド（Ｍｔｓ）、２，６－ジメトキシ－４－メチルベンゼンスルホンアミド（ｉＭｄｓ）、２，２，５，７，８－ペンタメチルクロマン－６－スルホンアミド（Ｐｍｃ）、メタンスルホンアミド（Ｍｓ）、β－トリメチルシリルエタンスルホンアミド（ＳＥＳ）、９－アントラセンスルホンアミド、４－（４’，８’－ジメトキシナフチルメチル）ベンゼンスルホンアミド（ＤＮＭＢＳ）、ベンジルスルホンアミド、トリフルオロメチルスルホンアミド、およびフェナシルスルホンアミドが挙げられる。
適切に保護されたカルボン酸としては、シリル－、アルキル－、アルケニル－、アリール－、およびアリールアルキル－保護カルボン酸が挙げられるが、これに限定されない。適切なシリル基の例としては、トリメチルシリル、トリエチルシリル、ｔ－ブチルジメチルシリル、ｔ－ブチルジフェニルシリル、トリイソプロピルシリルなどが挙げられる。適切なアルキル基の例としてはメチル、ベンジル、ｐ－メトキシベンジル、３，４－ジメトキシベンジル、トリチル、ｔ－ブチル、テトラヒドロピラン－２－イルが挙げられる。適切なアルケニル基の例としては、アリルが挙げられる。適切なアリール基の例としては、置換されていてもよいフェニル、ビフェニル、またはナフチルが挙げられる。適切なアリールアルキル基の例としては、置換されていてもよいベンジル（例えば、ｐ－メトキシベンジル（ＭＰＭ）、３，４－ジメトキシベンジル、Ｏ－ニトロベンジル、ｐ－ニトロベンジル、ｐ－ハロベンジル、２，６－ジクロロベンジル、ｐ－シアノベンジル）、および２－および ４－ピコリルが挙げられる。
適切なヒドロキシル保護基としては、メチル、メトキシメチル（ＭＯＭ）、メチルチオメチル（ＭＴＭ）、ｔ－ブチルチオメチル、（フェニルジメチシリル）メトキシメチル（ＳＭＯＭ）、ベンジルオキシメチル（ＢＯＭ）、ｐ－メトキシベンジルオキシメチル（ＰＭＢＭ）、（４－メトキシフェノキシ）メチル（ｐ－ＡＯＭ）、グアヤコールメチル（ＧＵＭ）、ｔ－ブトキシメチル、４－ペンテニルオキシメチル（ＰＯＭ）、シロキシメチル、２－メトキシエトキシメチル（ＭＥＭ）、２，２，２－トリクロロエトキシメチル、ビス（２－クロロエトキシ）メチル、２－（トリメチルシリル）エトキシメチル（ＳＥＭＯＲ）、テトラヒドロピラニル（ＴＨＰ）、３－ブロモテトラヒドロピラニル、テトラヒドロチオピラニル、１－メトキシシクロヘキシル、４－メトキシテトラヒドロピラニル（ＭＴＨＰ）、４－メトキシテトラヒドロチオピラニル、４－メトキシテトラヒドロチオピラニルＳ，Ｓ－ジオキシド、１－［（２－クロロ－４－メチル）フェニル］－４－メトキシピペラジン－４－イル（ＣＴＭＰ）、１，４－ジオキサン－２－イル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロチオフラニル、２，３，３ａ，４，５，６，７，７ａ－オクタヒドロ－７，８，８－トリメチル－４，７－メタノベンゾフラン－２－イル、１－エトキシエチル、１－（２－クロロエトキシ）エチル、１－メチル－１－メトキシエチル、１－メチル－１－ベンジルオキシエチル、１－メチル－１－ベンジルオキシ－２－フルオロエチル、２，２，２－トリクロロエチル、２－トリメチルシリルエチル、２－（フェニルセレニル）エチル、ｔ－ブチル、アリル、ｐ－クロロフェニル、ｐ－メトキシフェニル、２，４－ジニトロフェニル、ベンジル、ｐ－メトキシベンジル、３，４－ジメトキシベンジル、ｏ－ニトロベンジル、ｐ－ニトロベンジル、ｐ－ハロベンジル、２，６－ジクロロベンジル、ｐ－シアノベンジル、ｐ－フェニルベンジル、２－ピコリル、４－ピコリル、３－メチル－２－ピコリルＮ－オキシド、ジフェニルメチル、ｐ，ｐ’－ジニトロベンズヒドリル、５－ジベンゾスベリル、トリフェニルメチル、α－ナフチルジフェニルメチル、ｐ－メトキシフェニルジフェニルメチル、ジ（ｐ－メトキシフェニル）フェニルメチル、トリ（ｐ－メトキシフェニル）メチル、４－（４’－ブロモフェナシルオキシフェニル）ジフェニルメチル、４，４’，４’’－トリス（４，５－ジクロロフタルイミドフェニル）メチル、４，４’，４’’－トリス（レブリノイルオキシフェニル）メチル、４，４’，４’’－トリス（ベンゾイルオキシフェニル）メチル、３－（イミダゾール－１－イル）ビス（４’，４’’－ジメトキシフェニル）メチル、１，１－ビス（４－メトキシフェニル）－１’－ピレニルメチル、９－アントリル、９－（９－フェニル）キサンテニル、９－（９－フェニル－１０－オキソ）アントリル、１，３－ベンゾジチオラン－２－イル、ベンズイソチアゾリルＳ，Ｓ－ジオキシド、トリメチルシリル（ＴＭＳ）、トリエチルシリル（ＴＥＳ）、トリイソプロピルシリル（ＴＩＰＳ）、ジメチルイソプロピルシリル（ＩＰＤＭＳ）、ジエチルイソプロピルシリル（ＤＥＩＰＳ）、ジメチルテキシルシリル、ｔ－ブチルジメチルシリル（ＴＢＤＭＳ）、ｔ－ブチルジフェニルシリル（ＴＢＤＰＳ）、トリベンジルシリル、トリ－ｐ－キシリルシリル、トリフェニルシリル、ジフェニルメチルシリル（ＤＰＭＳ）、ｔ－ブチルメトキシフェニルシリル（ＴＢＭＰＳ）、ギ酸エステル、ベンゾイルギ酸エステル、酢酸エステル、クロロ酢酸エステル、ジクロロ酢酸エステル、トリクロロ酢酸エステル、トリフルオロ酢酸エステル、メトキシ酢酸エステル、トリフェニルメトキシ酢酸エステル、フェノキシ酢酸エステル、ｐ－クロロフェノキシ酢酸エステル、３－フェニルプロピオン酸エステル、４－オキソペンタン酸エステル（レブリン酸エステル）、４，４－（エチレンジチオ）ペンタン酸エステル（レブリノイルジチオアセタール）、ピバル酸エステル、アダマンテート、クロトン酸エステル、４－メトキシクロトン酸エステル、安息香酸エステル、ｐ－フェニル安息香酸エステル、２，４，６－トリメチル安息香酸エステル（メシトエート（mesitoate））、炭酸アルキルメチル、炭酸９－フルオレニルメチル（Ｆｍｏｃ）、炭酸アルキルエチル、炭酸アルキル２，２，２－トリクロロエチル（Ｔｒｏｃ）、炭酸２－（トリメチルシリル）エチル（ＴＭＳＥＣ）、炭酸２－（フェニルスルホニル）エチル（Ｐｓｅｃ）、炭酸２－（トリフェニルホスホニオ）エチル（Ｐｅｏｃ）、炭酸アルキルイソブチル、炭酸アルキルビニル、炭酸アルキルアリル、炭酸アルキルｐ－ニトロフェニル、炭酸アルキルベンジル、炭酸アルキルｐ－メトキシベンジル、炭酸アルキル３，４－ジメトキシベンジル、炭酸アルキルｏ－ニトロベンジル、炭酸アルキルｐ－ニトロベンジル、チオ炭酸アルキルＳ－ベンジル、炭酸４－エトキシ－１－ナフチル、ジチオ炭酸メチル、２－ヨード安息香酸エステル、４－アジド酪酸エステル、４－ニトロ－４－メチルペンタン酸エステル、ｏ－（ジブロモメチル）安息香酸エステル、２－ホルミルベンゼンスルホン酸エステル、２－（メチルチオメトキシ）エチル、４－（メチルチオメトキシ）酪酸エステル、２－（メチルチオメトキシメチル）安息香酸エステル、２，６－ジクロロ－４－メチルフェノキシ酢酸エステル、２，６－ジクロロ－４－（１，１，３，３－テトラメチルブチル）フェノキシ酢酸エステル、２，４－ビス（１，１－ジメチルプロピル）フェノキシ酢酸エステル、クロロジフェニル酢酸エステル、イソ酪酸エステル、モノコハク酸エステル、（Ｅ）－２－メチル－２－ブテン酸エステル、ｏ－（メトキシカルボニル）安息香酸エステル、α－ナフトエ酸、硝酸エステル、アルキルＮ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトラメチルホスホロジアミダート、アルキルＮ－フェニルカルバメート、ホウ酸エステル、ジメチルホスフィノチオニル、アルキル２，４－ジニトロフェニルスルフェネート、硫酸エステル、メタンスルホン酸エステル（メシル酸エステル）、ベンジルスルホン酸エステル、およびトシレート（Ｔｓ）が挙げられる。１，２－または１，３－ジオール類を保護するためには、該保護基としては、メチレンアセタール、エチリデンアセタール、１－ｔ－ブチルエチリデンケタール、１－フェニルエチリデンケタール、（４－メトキシフェニル）エチリデンアセタール、２，２，２－トリクロロエチリデンアセタール、アセトニド、シクロペンチリデンケタール、シクロヘキシリデンケタール、シクロヘプチリデンケタール、ベンジリデンアセタール、ｐ－メトキシベンジリデンアセタール、２，４－ジメトキシベンジリデンケタール、３，４－ジメトキシベンジリデンアセタール、２－ニトロベンジリデンアセタール、メトキシメチレンアセタール、エトキシメチレンアセタール、ジメトキシメチレンオルトエステル、１－メトキシエチリデンオルトエステル、１－エトキシエチリデンオルトエステル、１，２－ジメトキシエチリデンオルトエステル、α－メトキシベンジリデンオルトエステル、１－（Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノ）エチリデン誘導体、α－（Ｎ，Ｎ’－ジメチルアミノ）ベンジリデン誘導体、２－オキサシクロペンチリデンオルトエステル、ジ－ｔ－ブチルシリレン基（ＤＴＢＳ）、１，３－（１，１，３，３－テトライソプロピルジシロキサニリデン）誘導体（ＴＩＰＤＳ）、テトラ－ｔ－ブトキシジシロキサン－１，３－ジイリデン誘導体（ＴＢＤＳ）、環状炭酸エステル類、環状ボロン酸エステル類、ボロン酸エチル、およびボロン酸フェニルが挙げられる。
いくつかの実施形態では、ヒドロキシル保護基は、アセチル、ｔ－ブチル、ｔ－ブトキシメチル、メトキシメチル、テトラヒドロピラニル、１－エトキシエチル、１－（２－クロロエトキシ）エチル、２－トリメチルシリルエチル、ｐ－クロロフェニル、２，４－ジニトロフェニル、ベンジル、ベンゾイル、ｐ－フェニルベンゾイル、２，６－ジクロロベンジル、ジフェニルメチル、ｐ－ニトロベンジル、トリフェニルメチル（トリチル）、４，４’－ジメトキシトリチル、トリメチルシリル、トリエチルシリル、ｔ－ブチルジメチルシリル、ｔ－ブチルジフェニルシリル、トリフェニルシリル、トリイソプロピルシリル、ベンゾイルギ酸エステル、クロロアセチル、トリクロロアセチル、トリフルオロアセチル、ピバロイル、炭酸９－フルオレニルメチル、メシレート、トシレート、トリフレート、トリチル、モノメトキシトリチル（ＭＭＴｒ）、４，４’－ジメトキシトリチル、（ＤＭＴｒ）および４，４’，４’’－トリメトキシトリチル（ＴＭＴｒ）、２－シアノエチル（ＣＥまたはＣｎｅ）、２－（トリメチルシリル）エチル（ＴＳＥ）、２－（２－ニトロフェニル）エチル、２－（４－シアノフェニル）エチル２－（４－ニトロフェニル）エチル（ＮＰＥ）、２－（４－ニトロフェニルスルホニル）エチル、３，５－ジクロロフェニル、２，４－ジメチルフェニル、２－ニトロフェニル、４－ニトロフェニル、２，４，６－トリメチルフェニル、２－（２－ニトロフェニル）エチル、ブチルチオカルボニル、４，４’，４’’－トリス（ベンゾイルオキシ）トリチル、ジフェニルカルバモイル、レブリニル、２－（ジブロモメチル）ベンゾイル（Ｄｂｍｂ）、２－（イソプロピルチオメトキシメチル）ベンゾイル（Ｐｔｍｔ）、９－フェニルキサンテン－９－イル（ｐｉｘｙｌ）または９－（ｐ－メトキシフェニル）キサンチン－９－イル（ＭＯＸ）である。いくつかの実施形態では、ヒドロキシル保護基の各々は、独立して、アセチル、ベンジル、ｔ－ブチルジメチルシリル、ｔ－ブチルジフェニルシリルおよび４，４’－ジメトキシトリチルから選択される。いくつかの実施形態では、ヒドロキシル保護基は、トリチル、モノメトキシトリチルおよび４，４’－ジメトキシトリチル基から成る群から選択される。
いくつかの実施形態では、亜リン酸保護基は、オリゴヌクレオチド合成の至る所でのヌクレオチド間亜リン酸結合に結合した基である。いくつかの実施形態では、該亜リン酸保護基は、ヌクレオチド間ホスホロチオエート結合の硫黄原子に結合する。いくつかの実施形態では、該亜リン酸保護基は、ヌクレオチド間ホスホロチオエート結合の酸素原子に結合する。いくつかの実施形態では、該亜リン酸保護基は、ヌクレオチド間リン酸結合の酸素原子に結合する。いくつかの実施形態では、該亜リン酸保護基は、２－シアノエチル（ＣＥまたはＣｎｅ）、２－トリメチルシリルエチル、２－ニトロエチル、２－スルホニルエチル、メチル、ベンジル、ｏ－ニトロベンジル、２－（ｐ－ニトロフェニル）エチル（ＮＰＥまたはＮｐｅ）、２－フェニルエチル、３－（Ｎ－ｔｅｒｔ－ブチルカルボキサミド）－１－プロピル、４－オキソペンチル、４－メチルチオ－ｌ－ブチル、２－シアノ－１，１－ジメチルエチル、４－Ｎ－メチルアミノブチル、３－（２－ピリジル）－１－プロピル、２－［Ｎ－メチル－Ｎ－（２－ピリジル）］アミノエチル、２－（Ｎ－ホルミル，Ｎ－メチル）アミノエチル、４－［Ｎ－メチル－Ｎ－（２，２，２－トリフルオロアセチル）アミノ］ブチルである。
タンパク質：本明細書中で使用されるとき、「タンパク質」という語は、ポリペプチド（すなわち、ペプチド結合によりもう１つと結合した少なくとも２つのアミノ酸の鎖）を表す。いくつかの実施形態では、タンパク質は、天然に存在するアミノ酸のみを含む。いくつかの実施形態では、タンパク質は、１つ以上の天然に存在しないアミノ酸（例えば、隣接アミノ酸と１つ以上のペプチド結合を形成する部分）を含む。いくつかの実施形態では、タンパク質鎖の１つ以上の残基は、非アミノ酸部分（例えば、グリカン、他）を含む。いくつかの実施形態では、タンパク質は、例えば、１つ以上のジスルフィド結合により結合または他手段により会合した１つより多いポリペプチド鎖を含む。いくつかの実施形態では、タンパク質は、Ｌ－アミノ酸、Ｄ－アミノ酸、または両方を含む；いくつかの実施形態では、タンパク質は、当技術分野で周知の１つ以上のアミノ酸修飾物または類似体を含む。有用な修飾としては、例えば、末端アセチル化、アミド化、メチル化、他が挙げられる。「ペプチド」という語は、一般に、約１００個未満のアミノ酸、約５０個未満のアミノ酸、約２０個未満のアミノ酸、または約１０個未満のアミノ酸の長さを有するポリペプチドを表すために使用される。いくつかの実施形態では、タンパク質は抗体、抗体フラグメント、その生物学的活性部分、および／またはその特徴的部分である。
試料：本明細書において用いられる「試料」は、そこから得られる、特異的な生物または材料である。いくつかの実施形態において、試料は、本明細書に記載の、対象となる源から得られる、またはそれに由来する生物試料である。いくつかの実施形態では、対象となる源は、動物またはヒトなどの生物を含む。いくつかの実施形態では、生物試料は、生物組織または生体液を含む。いくつかの実施形態では、生物試料は、骨髄；血液；血液細胞；腹水；組織または細針生検試料；細胞含有体液；浮遊核酸；痰；唾液：尿；脳脊髄液、腹水；胸水；糞便：リンパ液；婦人科液；皮膚スワブ；膣スワブ；口腔スワブ；鼻スワブ；導管洗浄液または気管支肺胞洗浄液などの洗液または洗浄液；吸引液；擦過；骨髄検体；組織生検検体；外科検体；糞便、他の体液、分泌液、および／またはそれからの細胞、他であるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、生物試料は、個体から得られる細胞であるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、試料は、いずれかの適切な手段により、対象となる源から直接得られる「一次試料」である。例えば、いくつかの実施形態では、一次生物試料は、生検（例えば、細針吸引または組織生検）、手術、体液（例えば、血液、リンパ液、糞便、他）の収集、他から成る群から選択される方法により得られる。いくつかの実施形態では、文脈から明白になるように、「試料」という語は、一次試料を処理により（例えば、その１つ以上の成分の除去および／またはそれに１つ以上の薬剤の添加により）得られる調製物を表す。例えば、半透膜を用いた濾過。かかる「処理試料」は、例えば、試料から抽出または一次試料を、ｍＲＮＡの増幅もしくは逆転写、単離および／または特定成分の精製、他などの技術による処理により得られる核酸またはタンパク質を含み得る。いくつかの実施形態において、試料は生物である。いくつかの実施形態において、試料は植物である。いくつかの実施形態において、試料は動物である。いくつかの実施形態において、試料はヒトである。いくつかの実施形態において、試料は、ヒト以外の生物である。
立体化学異性体：本明細書中で使用されるとき、「立体化学異性体」という言い回しは、同じ一連の結合により結合された同じ原子で組み立てられているが、互換性でない異なる三次元構造を有する異なる化合物を表す。本発明のいくつかの実施形態では、提供される化学組成物は、化合物の個々の立体化学異性体の純粋な合成物であり得、またはそれを含み得る；いくつかの実施形態では、提供される化学組成物は、該化合物の２つ以上の立体化学異性体の混合物であり得、またはそれを含み得る。特定の実施形態では、かかる混合物は、同量の異なる立体化学異性体を含む；特定の実施形態では、かかる混合物は、異なる量の少なくとも２つの異なる立体化学異性体を含む。いくつかの実施形態では、化学組成物は、該化合物の全ジアステレオマーおよび／または鏡像異性体を含み得る。いくつかの実施形態では、化学組成物は、化合物の全部より少ないジアステレオマーおよび／または鏡像異性体を含み得る。いくつかの実施形態では、もし、本発明の化合物の特定の鏡像異性体が所望されるならば、例えば、不斉合成、またはキラル補助基を用いた誘導により合成され得、得られたジアステレオマー混合物は分離し、補助基を開裂して、純粋な所望の鏡像異性体を得る。あるいは、分子がアミノなどの塩基性官能基を含む場合、ジアステレオマー塩を、適切な光学活性酸を用いて生成し、例えば、分別再結晶により分割する。
対象：本明細書中で使用されるとき、「対象」または「被験者」という語は、提供される化合物または組成物が、例えば、実験、診断、予防、および／または治療目的用途で、本発明に従って投与されるいずれもの生物を表す。典型的な対象としては、動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ、非ヒト霊長類、およびヒト；昆虫；蠕虫；他などの哺乳類）および植物が挙げられる。いくつかの実施形態では、対象は、疾病、障害、および／または症状を患っている、および／またはこれらにかかり易い。
実質的：本明細書中で使用されるとき、「実質的」という語は、対象としている特徴または特性の全部またはほとんど全部の範囲もしくは程度を示す定性的状態を表す。生物学技術分野の当業者は、生物学的および化学的現象が、めったに、完結および／または完了もしくは達成もしくは絶対的結果を回避しないことを理解するだろう。従って、「実質的」という語は、多くの生物学的および／または化学的現象に本来備わる完全性の潜在的欠如を取り込むために、本明細書で使用される。
患っている：疾病、障害、および／または症状を「患っている」個体は、疾病、障害、および／または症状の１つ以上の症候を診断された、および／または示している。
（病気に）かかり易い：疾病、障害、および／または症状「にかかり易い」個体は、一般社会の成員よりも、該疾病、障害、および／または症状を発病するリスクが高いものである。いくつかの実施形態では、疾病、障害、および／または症状にかかり易い個体は、該疾病、障害、および／または症状と診断されない可能性がある。いくつかの実施形態では、疾病、障害、および／または症状にかかり易い個体は、該疾病、障害、および／または症状の症候を示し得る。いくつかの実施形態では、疾病、障害、および／または症状にかかり易い個体は、該疾病、障害、および／または症状の症候を示さない可能性がある。いくつかの実施形態では、疾病、障害、および／または症状にかかり易い個体は、該疾病、障害、および／または症状を発病するだろう。いくつかの実施形態では、疾病、障害、および／または症状にかかり易い個体は、該疾病、障害、および／または症状を発病しないだろう。
全身的：本明細書中で使用されるとき、「全身的投与」、「全身的に投与された」、「末梢投与」、および「末梢的に投与された」という言い回しは、それが、レシピエントの全身に入るように化合物または組成物を投与することを表す、その技術分野で理解される意味を有する。
互変異性体：本明細書中で使用されるとき、「互変異性体」という言い回しは、容易に転換可能な異なる異性体の有機化合物を言い表すために使用される。互変異性体は、一重結合および隣接する二重結合の転換と同時に起こる、水素原子またはプロトンのホルマール移動により特徴付けられ得る。いくつかの実施形態では、互変異性体は、プロトン互変異性（すなわち、プロトンの再配置）からもたらされ得る。いくつかの実施形態では、互変異性体は、原子価互変異性（すなわち、結合電子の急速な再配置）からもたらされ得る。かかる全互変異性体は、本発明の範囲内に含まれるものとする。いくつかの実施形態では、化合物の互変異性体は、別々の物質を合成する試みが、結果的に、混合物を生成するように、互いに可動な平衡中に存在する。いくつかの実施形態では、化合物の互変異性体は、分離可能および単離可能な化合物である。本発明のいくつかの実施形態では、化学組成物は、化合物の単一の互変異性体の純粋な合成物である、またはそれを含みものを提供され得る。本発明のいくつかの実施形態では、化学組成物は、化合物の２つ以上の互変異性体の混合物として提供され得る。特定の実施形態では、かかる混合物は、同量の異なる互変異性体を含む；特定の実施形態では、かかる混合物は、化合物の、異なる量の少なくとも２つの互変異性体を含む。本発明のいくつかの実施形態では、化学組成物は、化合物の全互変異性体を含み得る。本発明のいくつかの実施形態では、化学組成物は、化合物の全部より少ない互変異性体を含み得る。本発明のいくつかの実施形態では、化学組成物は、相互転換の結果として時間とともに変化する量で、化合物の１つ以上の互変異性体を含み得る。本発明のいくつかの実施形態では、該互変異性は、ケトエノール互変異性である。化学技術分野の当業者は、ケトエノール互変異性を、化学技術分野で周知のいずれかの適切な試薬を用いて、「捕捉」（すなわち、「エノール」体を保持するように化学的に修飾）し得、当技術分野で周知の１つ以上の適切な技術を用いて、引き続いて単離され得るエノール誘導体を得られる。特に指示がない限り、本発明は、純粋な形態または互いの混合物であろうとなかろうと、関連する化合物の全互変異性体を包含する。
治療薬：本明細書中で使用されるとき、「治療薬」という語は、対象に投与されたとき、治療効果および／または所望の生物学的および／または薬理学的効果を誘発するいずれもの薬剤を表す。いくつかの実施形態では、治療薬は、疾病、障害、および／または症状の１つ以上の症候もしくは特徴を、軽減、寛解、解放、抑制、予防、発病遅延、重篤度軽減、および／または発生率低下させるために使用され得るいずれもの物質である。
治療有効量：本明細書中で使用されるとき、「治療有効量」という語は、治療レジメンの一部として投与されるとき、所望の生物学的応答を誘発する物質（例えば、治療薬、組成物、および／または処方物）の量を意味する。いくつかの実施形態では、物質の治療有効量は、疾病、障害、および／または症状を患っている、またはかかり易い対象に投与するとき、該疾病、障害、および／または症状を治療、診断、予防、および／または発病遅延するために十分な量である。当業者により認識されるように、物質の有効量は、所望の生物学的エンドポイント、送達される物質、標的の細胞または組織、他などの要因に依存して変化し得る。例えば、疾病、障害、および／または症状を治療するための処方物中の化合物の有効量は、該疾病、障害、および／または症状の１つ以上の症候もしくは特徴を、軽減、寛解、解放、抑制、予防、発病遅延、重篤度軽減、および／または発生率低下させる量である。いくつかの実施形態では、治療有効量は、単一の用量で投与される；いくつかの実施形態では、複数の単位用量が、治療有効量を送達するために必要である。
治療：本明細書中で使用されるとき、「治療する」、「治療」または「治療すること」という語は、疾病、障害、および／または症状の１つ以上の症候もしくは特徴を、部分的にもしくは完全に、軽減、寛解、解放、抑制、予防、発病遅延、重篤度軽減、および／または発生率低下させるために使用されるいずれもの方法表す。治療は、疾病、障害、および／または症状の徴候を示さない対象に投与され得る。いくつかの実施形態では、例えば、疾病、障害、および／または症状に関連する病理を発病するリスクを低下させる目的で、治療は、該疾病、障害、および／または症状の初期徴候のみ示す対象に投与され得る。
不飽和：本明細書中で使用されるとき、「不飽和」という語は、部分が、１つ以上の不飽和単位を有することを意味する。
単位用量：本明細書中で使用されるとき、「単位用量」という表現は、医薬組成物の単一用量として、および／または物理的に別々単位で投与される量を表す。多くの実施形態では、単位用量は、所定量の活性薬を含む。いくつかの実施形態では、単位用量は、全単一用量の該薬剤を含む。いくつかの実施形態では、１つ以上の単位用量は、全単一用量を達成するために投与される。いくつかの実施形態では、複数の単位用量の投与は、意図された効果を達成するために、必要または必要であると期待される。単位用量は、例えば、所定量の１つ以上の治療薬、所定量の固体形態、徐放性処方物または所定量の１つ以上の治療薬を含む薬剤送達装置、他を含むある体積の液体（例えば、許容可能な担体）であり得る。単位用量は、治療薬に加えて、いずれかの様々な成分を含む処方物中に存在し得ることは、認識されるだろう。例えば、許容可能な担体（例えば、薬剤的に許容可能な担体）、希釈剤、安定剤、緩衝剤、保存剤、他が、下記のように、含まれ得る。多くの実施形態では、特定治療薬の１日の適切な全投与量が、一部分、または複数の単位用量を含み得、例えば、健全な医学的判断の範囲内で主治医により決定され得ることは、当業者により理解されるだろう。いくつかの実施形態では、いずれかの特定対象もしくは生物のための具体的有効用量レベルは、治療される障害および該障害の重篤度；使用される具体的活性化合物の活性度；使用される具体的組成物；対象の年齢、体重、健康状態、性別および食事；投与回数、および使用される具体的化合物の排出率；治療持続期間；使用される具体的化合物と併用または同時使用される薬剤および／または追加療法、および医学分野で周知の同様な要因を含む様々な要因に依存し得る。
野生型：本明細書中で使用されるとき、「野生型」という語は、「正常な」（突然変異の、病気の、変更された、他とは対照的に）状態または文脈中に、実際に見られる構造および／または活性を有する実体を表す、その技術分野で理解される意味を有する。当業者は、野生型遺伝子およびポリペプチドが、しばしば、複数の異なる形態（例えば、アレル）で存在することを認識するだろう。
核酸：「核酸」という語は、いずれものヌクレオチド、その類似体、およびその重合体を含む。本明細書中で使用されるとき、「ポリヌクレオチド」という語は、いずれもの長さのヌクレオチド類の重合形態、リボヌクレオチド（ＲＮＡ）あるいはデオキシリボヌクレオチド（ＤＮＡ）を表す。これらの語は、該分子の一次構造を表し、従って、二本鎖および一本鎖ＤＮＡ、および二本鎖および一本鎖ＲＮＡを含む。これらの語は、同等物として、限定されないが、メチル化、保護化および／またはキャップされたヌクレオチドまたはポリヌクレオチドなどのヌクレオチド類似体および修飾ポリヌクレオチドから合成されたＲＮＡあるいはＤＮＡいずれかの類似体を含む。該語は、ポリまたはオリゴリボヌクレオチド（ＲＮＡ）およびポリまたはオリゴデオキシリボヌクレオチド（ＤＮＡ）；核酸塩基および／または修飾核酸塩基のＮ－グリコシド類またはＣ－グリコシド類由来のＲＮＡまたはＤＮＡ；糖類および／または修飾糖類由来の核酸類；およびリン酸架橋および／または修飾リン原子架橋（本明細書中、「ヌクレオチド間結合」とも呼ぶ）由来の核酸類を包含する。該語は、核酸塩基、修飾核酸塩基、糖類、修飾糖類、リン酸架橋または修飾リン原子架橋のいずれかの組み合わせを含む核酸を包含する。例としては、限定されないが、リボース部分を含む核酸、デオキシリボース部分を含む核酸、リボース部分とデオキシリボース部分の両方を含む核酸、リボース部分と修飾リボース部分を含む核酸が挙げられる。接頭語ポリは、２～約１０，０００ヌクレオチドモノマー単位を含む核酸を表し、接頭語オリゴは、２～約２００ヌクレオチドモノマー単位を表す。
ヌクレオチド：本明細書中で使用されるとき、「ヌクレオチド」という語は、複素環式塩基、糖、および１つ以上のリン酸基またはリン含有ヌクレオチド間結合から成るポリヌクレオチドのモノマー単位を表す。天然塩基（グアニン（Ｇ）、アデニン（Ａ）、シトシン（Ｃ）、チミン（Ｔ）、およびウラシル（Ｕ））は、プリンまたはピリミジン誘導体であるが、天然および非天然塩基類似体も含まれると理解すべきである。天然糖は、ペントース（五炭糖）デオキシリボース（ＤＮＡを形成する）またはリボース（ＲＮＡを形成する）であるが、天然および非天然塩基類似体も含まれると理解すべきである。ヌクレオチドは、ヌクレオチド間結合を介して結合して、核酸、またはポリヌクレオチドを生成する。多くのヌクレオチド間結合は、当技術分野で周知である（限定されないが、リン酸、ホスホロチオエート、ボラノリン酸など）。人工核酸としては、ＰＮＡ類（ペプチド核酸）、ホスホトリエステル類、ホスホロチオナート類、Ｈ－ホスホン酸エステル、アミド亜リン酸エステル類、ボラノリン酸エステル類、メチルホンスホン酸エステル類、ホスホノ酢酸エステル類、チオホスホノ酢酸エステル類および本明細書に記載したものなど天然核酸のリン酸骨格の他の変異体が挙げられる。
ヌクレオシド：「ヌクレオシド」という語は、核酸塩基または修飾核酸塩基が、糖または修飾糖に共有結合で結合している部分を表す。
糖：「糖」という語は、閉形態および／または開形態の単糖を表す。糖類としては、リボース、デオキシリボース、ペントフラノース、ペントピラノース、およびヘキソピラノース部分を挙げられるが、これに限定されない。本明細書で、該語は、その重合体が核酸類似体、グリコール核酸（「ＧＮＡ」）の骨格を形成するグリコールなどの通常の糖分子の代わりに使用される構造的類似体も包含する。
修飾糖：「修飾糖」という語は、糖を置き換え得る部分を表す。該修飾糖は、空間配置、電子状態、または糖のいくつかの他物理化学的特性を模倣する。
核酸塩基：「核酸塩基」という語は、配列特異的方法で、１つの核酸鎖をもう１つの相補鎖と結合させる水素結合に関連する核酸部分を表す。ほとんどの天然核酸塩基は、アデニン（Ａ）、グアニン（Ｇ）、ウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）、およびチミン（Ｔ）である。いくつかの実施形態では、該天然核酸塩基は、修飾されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、またはチミンである。いくつかの実施形態では、該天然核酸塩基は、メチル化されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、またはチミンである。いくつかの実施形態では、核酸塩基は、「修飾核酸塩基」、例えば、アデニン（Ａ）、グアニン（Ｇ）、ウラシル（Ｕ）、シトシン（Ｃ）、およびチミン（Ｔ）以外の核酸塩基である。いくつかの実施形態では、該修飾核酸塩基は、メチル化されたアデニン、グアニン、ウラシル、シトシン、またはチミンである。いくつかの実施形態では、該修飾核酸塩基は、空間配置、電子状態、または核酸塩基のいくつかの他物理化学的特性を模倣し、配列特異的方法で、１つの核酸鎖をもう１つの相補鎖と結合させる水素結合の特性を保持する。いくつかの実施形態では、修飾核酸塩基は、融解挙動、細胞間酵素による認識またはオリゴヌクレオチド二本鎖の活性に実質的に影響なしで、該５つの全天然塩基（ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、またはグアニン）と対合し得る。
キラルリガンド：「キラルリガンド」または「キラル助剤」という語は、キラルであり、反応が特定の立体選択性を有して実行され得るように、反応物中に取り入れ得る部分を表す。
縮合試薬：縮合反応で、「縮合試薬」という語は、反応性の低い部位を活性化し、別試薬との作用感受性をより高くする試薬を表す。いくつかの実施形態では、かかる別試薬は、求核剤である。
ブロック基：「ブロック基」という語は、官能基の反応性を遮蔽する基を表す。該官能基は、続いて、該ブロック基の除去により遮蔽を取り除き得る。いくつかの実施形態では、ブロック基は、保護基である。
部分：「部分」という語は、分子の特異的セグメントまたは官能基を表す。化学的部分は、分子中に組み込まれた、または追加された化学的実体と、しばしば認識される。
固形担体：「固形担体」という語は、核酸の合成を可能にするいずれもの担体を表す。いくつかの実施形態では、該語は、核酸合成を実行し、反応性基を導入するために誘導化する反応ステップで使用される媒体中に不溶なガラスまたは重合体を表す。いくつかの実施形態では、該固形担体は、高度架橋ポリスチレン（ＨＣＰ）またはコントロールドポアガラス（ＣＰＧ）である。いくつかの実施形態では、該固形担体は、コントロールドポアガラス（ＣＰＧ）である。いくつかの実施形態では、該固形担体は、コントロールドポアガラス（ＣＰＧ）および高度架橋ポリスチレン（ＨＣＰ）の複合担体である。
結合部分：「結合部分」という語は、末端ヌクレオチドと該固形担体間または末端ヌクレオシドと別のヌクレオシド、ヌクレオチドまたは核酸間に位置してもよいいずれもの部分を表す。
ＤＮＡ分子：「ＤＮＡ分子」という語は、その一本鎖形態または二重らせんデオキシリボヌクレオチド（アデニン、グアニン、チミン、またはシトシン）の重合形態を表す。本用語は、該分子の一次および二次構造のみを表し、いずれの特定の三次形態にも限定しない。従って、本用語は、とりわけ、直鎖ＤＮＡ分子（例えば、制限酵素フラグメント）、ウィルス、プラスミド、および染色体中に見られる二本鎖ＤＮＡを含む。特定二本鎖ＤＮＡ分子構造を論じる中で、配列は、非転写鎖のＤＮＡ（すなわち、ｍＲＮＡと相同配列を有する鎖）に沿って５’から３’の方向の配列のみを与える通例に従って、本明細書中で記載され得る。
コード配列：ＤＮＡ「コード配列」または「コード領域」は、適切な発現制御配列の制御下に置かれたとき、生体内ポリペプチドに転写および翻訳される二本鎖ＤＮＡである。コード配列の境界（「オープンリーディングフレーム」または「ＯＲＦ」）は、５’（アミノ）末端での開始コドンおよび３’（カルボン酸）末端での翻訳終止コドンにより決定される。コード配列としては、限定されないが、原核生物配列、原核生物のｍＲＮＡからのｃＤＮＡ、原核生物（例えば、哺乳類）のＤＮＡからのゲノムＤＮＡ配列、および合成ＤＮＡ配列が挙げられる。ポリアデニル化シグナルおよび転写終止配列は、通常、該コード配列の３’側に位置する、「非コード配列」または「非コード領域」という語は、アミノ酸に翻訳されないポリヌクレオチド配列の領域（例えば、５’および３’非翻訳領域）を表す。
リーディングフレーム：「リーディングフレーム」という語は、二本鎖ＤＮＡ分子の各方向に３つの計６つの可能なリーディングフレームの内の１つを表す。使用される該リーディングフレームは、ＤＮＡ分子のコード配列内のアミノ酸をコードするために、どのコドンを使用するかを決定する。
アンチセンス：本明細書中で使用されるとき、「アンチセンス」核酸分子は、例えば、二本鎖ｃＤＮＡ分子のコード鎖に相補の、ｍＲＮＡ配列に相補の、または遺伝子コード鎖に相補の「センス」核酸コードタンパク質に相補の核酸配列を含む。従って、アンチセンス核酸分子は、センス核酸分子と水素結合を介して会合し得る。
ゆらぎ位置：本明細書中で使用されるとき、「ゆらぎ位置」は、コドンの３番目の位置を表す。いくつかの実施形態では、コドンのゆらぎ位置内のＤＮＡ分子中の突然変異は、アミノ酸レベルでサイレント変異または保存的変異をもたらす。例えば、グリシンをコードする４つのコドン、すなわち、ＧＧＵ、ＧＧＣ、ＧＧＡおよびＧＧＧがあり、従って、いずれものゆらぎ位置のヌクレオチドの、Ａ、Ｕ、ＣおよびＧから選択される他のヌクレオチドへの変異は、コードされるタンパク質のアミノ酸レベルでの変化をもたらさず、従って、サイレント置換である。
サイレント置換：「サイレント置換」または「サイレント変異」は、コドン内のヌクレオチドが変更されるが、該コドンによりコードされるアミノ酸残基の変化がもたらされないものである。例としては、ＡＧＧに変異したときでもまだ、Ａｒｇをコードするコドン「ＣＧＧ」などの特定のコドンの１番目の位置だけでなく、コドンの３番目の位置の突然変異が挙げられる。
遺伝子：本明細書中で使用されるとき、「遺伝子」、「組み換え遺伝子」および「遺伝子構築物」という語は、タンパク質またはその部分をコードするＤＮＡ分子、またはＤＮＡ分子部分を表す。該ＤＮＡ分子は、該タンパク質（エキソン配列として）をコードするオープンリーディングフレームを含み得、イントロン配列をさらに含み得る。本明細書で、「イントロン」という語は、タンパク質に翻訳されない所与の遺伝子中に存在、および全ての場合ではないが、いくつかの場合に、エキソン間で見られるＤＮＡ配列を表す。当技術分野で周知であるように、遺伝子が、１つ以上のプロモーター、エンハンサー、リプレッサーおよび／または該遺伝子の活性または発現を調節する他の制御配列と作動可能に結合する（または含み得る）ことは望まれ得る。
相補ＤＮＡ：本明細書中で使用されるとき、「相補ＤＮＡ」または「ｃＤＮＡ」は、ｍＲＮＡの逆転写により合成された組み換えポリヌクレオチドを含み、それから、介在配列（イントロン）が除去される。
相同性：「相同性」または「同一性」または「類似性」は、２つの核酸分子間の配列類似性を表す。相同性および同一性は各々、比較目的で配置し得る各配列の位置の比較により決定され得る。該比較される配列の同位置が、同じ塩基により占有されるとき、その時、該分子は、その位置で同一である；同部位が、同じまたは類似の核酸残基（例えば、立体的および／または電子状態で類似）により占有されるとき、その時、該分子は、その位置で相同（類似）であると呼ばれ得る。相同性／類似性または同一性の百分率での表現は、比較される配列により共有される位置で、同一または類似の核酸の数の関数を表す。「無関係」または「非相同」な配列は、本明細書に記載の配列と、４０％未満の同一性、３５％未満の同一性、３０％未満の同一性、または２５％未満の同一性を共有する。２つの配列を比較するとき、残基（アミノ酸または核酸）の欠如または余分な残基の存在も、該同一性および相同性／類似性を低下させる。
いくつかの実施形態では、「相同性」という語は、類似の機能またはモチーフと同一の遺伝子に使用される配列類似性の数学的に基づいた比較を記述する。本明細書に記載の核酸配列は、例えば、他のファミリー成員、関連する配列または相同体を特定するために、公開データベースに対して検索実行するための「問い合わせ配列」として使用され得る。いくつかの実施形態では、かかる検索は、Altschul, et al. (1990) J. Mol. Biol. 215:403-10のＮＢＬＡＳＴおよびＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２．０）を用いて実行され得る。いくつかの実施形態では、ＢＬＡＳＴヌクレオチド検索は、本発明の核酸分子と相同なヌクレオチド配列を得るために、ＮＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝１００、ワード長＝１２で実行され得る。いくつかの実施形態では、比較目的でギャップアライメントを得るため、ギャップＢＬＡＳＴを、Altschul et al., (1997) Nucleic Acids Res. 25(17):3389-3402中に記載のように利用され得る。ＢＬＡＳＴおよびギャップＢＬＡＳＴプログラムを利用するとき、それぞれのプログラム（例えば、ＸＢＬＡＳＴおよびＢＬＡＳＴ）のデフォルトパラメータを使用され得る（www.ncbi.nlm.nih.gov参照）。
同一性：本明細書中で使用されるとき、「同一性」は、配列を、配列マッチングが最大限になるように、すなわち、ギャップおよび挿入を考慮して、アライメントするとき、２つ以上の配列中の対応する位置における同一のヌクレオチド残基の百分率を意味する。同一性は、既知の方法により、容易に算出され得、Computational Molecular Biology, Lesk, A. M., ed., Oxford University Press, New York, 1988; Biocomputing: Informatics and Genome Projects, Smith, D. W., ed., Academic Press, New York, 1993; Computer Analysis of Sequence Data, Part I, Griffin, A. M., and Griffin, H. G., eds., Humana Press, New Jersey, 1994; Sequence Analysis in Molecular Biology, von Heinje, G., Academic Press, 1987; and Sequence Analysis Primer, Gribskov, M. and Devereux, J., eds., M Stockton Press, New York, 1991; and Carillo, H., and Lipman, D., SIAM J. Applied Math., 48: 1073 (1988)に記載のものが挙げられるが、これに限定されない。同一性を決定する方法は、被検配列間で最大に一致するように設計されている。さらに、同一性を決定する方法は、公的に入手可能なコンピュータープログラムでコードされている。２つの配列間の同一性を決定するコンピュータープログラム方法としては、ＧＣＧプログラムパッケージ（Devereux, J., et al., Nucleic Acids Research 12(1): 387 (1984)), BLASTP, BLASTN, and FASTA (Altschul, S. F. et al., J. Molec. Biol. 215: 403-410 (1990) and Altschul et al. Nuc. Acids Res. 25: 3389-3402 (1997)）が挙げられるが、これに限定されない。ＢＬＡＳＴ Ｘプログラムは、ＮＣＢＩおよび他出所から公的に入手可能である（BLAST Manual, Altschul, S., et al., NCBI NLM NIH Bethesda, Md. 20894; Altschul, S., et al., J. Mol. Biol. 215: 403-410 (1990)）。周知のスミスウォーターマンアルゴリズムも、同一性決定に使用できる。
非相同的：ＤＮＡ配列の「非相同」領域は、より大きな配列に関連して全く発見されないより大きなＤＮＡ配列内のＤＮＡの同定可能なセグメントである。従って、非相同領域が哺乳類遺伝子をコードするとき、該遺伝子は、通常、源生物ゲノム中の哺乳類ゲノムＤＮＡに隣接しないＤＮＡ側にあり得る。非相同性コード配列の別例は、該コード配列自体が、全く発見されない配列（例えば、ゲノムコード配列が無修飾遺伝子と異なるコドンまたはモチーフを有するイントロンまたは合成配列を含むｃＤＮＡ）である。アレル変異または天然突然変異イベントは、本明細書に定義のＤＮＡの非相同領域を生じさせない。
塩基転位型突然変異：「塩基転位型突然変異」という語は、ピリミジン（シチジン（Ｃ）またはチミジン（Ｔ））が、別のピリミジンにより置換される、またはプリン（アデノシン（Ａ）またはグアノシン（Ｇ））が、別のプリンにより置換される、ＤＮＡ配列中の塩基の変化を表す。
塩基転換型突然変異：「塩基転換型突然変異」という語は、ピリミジン（シチジン（Ｃ）またはチミジン（Ｔ））が、プリンにより置換される、またはプリン（アデノシン（Ａ）またはグアノシン（Ｇ））が、ピリミジンにより置換される、ＤＮＡ配列中の塩基の変化を表す。
オリゴヌクレオチド：「オリゴヌクレオチド」という語は、核酸塩基、修飾核酸塩基、糖、修飾糖、リン酸架橋、または修飾リン原子架橋（本明細書中、本明細書にさらに定義の「ヌクレオチド間結合」とも呼ぶ）のいずれもの組み合わせを含むヌクレオチドモノマーの重合体またはオリゴマーを表す。
オリゴヌクレオチドは、一本鎖または二本鎖であり得る。本明細書で、「オリゴヌクレオチド鎖」という語は、一本鎖オリゴヌクレオチドを包含する。一本鎖オリゴヌクレオチドは、二本鎖領域を有し得、二本鎖オリゴヌクレオチドは、一本鎖領域を有し得る。実例となるオリゴヌクレオチドとしては、構造遺伝子、制御領域および終端領域を含む遺伝子、ウィルスまたはプラスミドＤＮＡ、一本鎖および二本鎖ｓｉＲＮＡおよび他のＲＮＡ干渉剤（ＲＮＡｉ剤またはｉＲＮＡ剤）などの自己複製系、ｓｈＲＮＡ、アンチセンスオリゴヌクレオチド、リボザイム、マイクロＲＮＡ、マイクロＲＮＡ擬態、スーパーｍｉｒ（supermir）、アプタマー、抗ｍｉｒ（antimir）、アンタゴｍｉｒ（antagomir）、Ｕｌアダプター、三重鎖形成性オリゴヌクレオチド、グアニン四重鎖オリゴヌクレオチド、ＲＮＡアクチベーター、免疫賦活性オリゴヌクレオチド、およびデコイオリゴヌクレオチドが挙げられるが、これらに限定されない。
ＲＮＡ干渉の誘導に有効である二本鎖および一本鎖オリゴヌクレオチドは、本明細書中、ｓｉＲＮＡ、ＲＮＡｉ剤、またはｉＲＮＡ剤とも呼ぶ。いくつかの実施形態では、これらのＲＮＡ干渉誘導オリゴヌクレオチドは、ＲＮＡｉ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）として知られる細胞質多タンパク質複合体と関連する。多くの実施形態では、一本鎖および二本鎖ＲＮＡｉ剤は、それらが、ＲＩＳＣ機構に入り、標的配列、例えば、標的ｍＲＮＡのＲＩＳＣ介在の切断に関与し得るより小さいオリゴヌクレオチドを産生するために、内因性分子、例えば、ダイサーにより切断され得るほど十分に長い。
本発明のオリゴヌクレオチドは、様々な長さであり得る。特定の実施形態では、オリゴヌクレオチドは、約２～約２００ヌクレオチド長さの範囲であり得る。様々な関係する実施形態では、一本鎖、二本鎖、および三本鎖のオリゴヌクレオチドは、約４～約１０ヌクレオチド、約１０～約５０ヌクレオチド、約２０～約５０ヌクレオチド、約１５～約３０ヌクレオチド、約２０～約３０ヌクレオチドの長さの範囲であり得る。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、約９～約３９ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも４ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも５ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも６ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも７ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも８ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも９ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも１０ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも１１ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも１２ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも１５ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも２０ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも２５ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも３０ヌクレオチド長さである。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも１８ヌクレオチド長さの二本鎖の相補鎖である。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチドは、少なくとも２１ヌクレオチド長さの二本鎖の相補鎖である。
ヌクレオチド間結合：本明細書中で使用されるとき、「ヌクレオチド間結合」という言い回しは、一般に、オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位間のリン含有結合を表し、上記および本明細書中で、「糖間結合」および「リン原子架橋」と同義である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、天然ＤＮＡおよびＲＮＡ分子中に見られるホスホジエステル結合である。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、該ホスホジエステル結合の各酸素原子が任意におよび独立して、有機部分または無機部分により置換される「修飾ヌクレオチド間結合」である。いくつかの実施形態では、かかる有機部分または無機部分は、＝Ｓ、＝Ｓｅ、＝ＮＲ’、－ＳＲ’、－ＳｅＲ’、－Ｎ（Ｒ’）２、Ｂ（Ｒ’）３、－Ｓ－、－Ｓｅ－、および－Ｎ（Ｒ’）－（式中、各Ｒ’は、独立して、下記定義および記載の通りである）から選択されるが、これに限定されない。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド間結合は、ホスホトリエステル結合、ホスホロチオエートジエステル結合
Figure 0007224319000001
または修飾ホスホロチオエートトリエステル結合である。該ヌクレオチド間結合が、該結合の酸または塩基部分の存在により、所与のｐＨにおいて、アニオンまたはカチオンとして存在し得ることを、当業者は理解している。
特に指定しない限り、オリゴヌクレオチド配列を用いて使用されるとき、各ｓ、ｓ１、ｓ２、ｓ３、ｓ４、ｓ５、ｓ６およびｓ７は、独立して、下記表１に示される次の修飾ヌクレオチド間結合を表す。
表１．実例となる修飾ヌクレオチド間結合
Figure 0007224319000002
Figure 0007224319000003
Figure 0007224319000004
例えば、（Ｒｐ，Ｓｐ）－ＡＴｓＣｓ１ＧＡは、１）ＴとＣ間のホスホロチオエートヌクレオチド間結合
（
Figure 0007224319000005
 ）
；および２）ＣとＧ間の
Figure 0007224319000006
 の構造を有するホスホロチオエートトリエステルヌクレオチド間結合を有する。特に指定しない限り、オリゴヌクレオチド配列に先行するＲｐ／Ｓｐの表記は、該オリゴヌクレオチド配列の順次５’から３’の該ヌクレオチド間結合のキラル結合リン原子の立体配置を言い表す。例えば、（Ｒｐ，Ｓｐ）－ＡＴｓＣｓ１ＧＡでは、ＴとＣ間の「ｓ」結合のリンは、Ｒｐ立体配置を有し、ＣとＧ間の「ｓ１」結合のリンは、Ｓｐ立体配置を有する。いくつかの実施形態では、「全（Ｒｐ）」または「全（Ｓｐ）」は、オリゴヌクレオチドの全キラル結合リン原子が、それぞれ、同じＲｐまたはＳｐ立体配置を有することを示すために使用される。例えば、全（Ｒｐ）－ＧｓＣｓＣｓＴｓＣｓＡｓＧｓＴｓＣｓＴｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＧｓＣｓＡｓＣｓＣは、該オリゴヌクレオチドの全ての該キラル結合リン原子が、Ｒｐ立体配置を有することを示す；全（Ｓｐ）－ＧｓＣｓＣｓＴｓＣｓＡｓＧｓＴｓＣｓＴｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＧｓＣｓＡｓＣｓＣは、該オリゴヌクレオチドの全ての該キラル結合リン原子が、Ｓｐ立体配置を有することを示す。
オリゴヌクレオチド型：本明細書中で使用されるとき、「オリゴヌクレオチド型」という言い回しは、特定の塩基配列、骨格結合パターン（すなわち、ヌクレオチド間結合型パターン、例えば、リン酸、ホスホロチオエート、他）、骨格キラル中心パターン（すなわち、結合リン立体化学パターン（Ｒｐ／Ｓｐ））、および骨格リン修飾パターン（例えば、式Ｉの「－ＸＬＲ１」基のパターン）を有するオリゴヌクレオチドを定義するために使用される。共通に表記された「型」のオリゴヌクレオチドは、互いに、構造的に同一である。
当業者は、オリゴヌクレオチド鎖の各ヌクレオチド単位が、該結合リンにおける特定の立体化学および／または該結合リンにおける特定の修飾および／または特定の塩基および／または特定の糖を有するように、設計されおよび／または前以て選択され得るように、本発明の合成方法が、オリゴヌクレオチド鎖の合成中にある程度の制御を提供することを認識するだろう。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、該結合リンにおける特定の組み合わせの修飾を有するように、設計されおよび／または決定される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、特定の組み合わせの塩基を有するため、設計されおよび／または選択される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチド鎖は、特定の組み合わせの１つ以上の上記構造的特徴を有するように、設計されおよび／または選択される。本発明は、複数のオリゴヌクレオチド分子を含むまたはから成る組成物（例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物）を提供する。いくつかの実施形態では、かかる全分子は、同じ型である（すなわち、互いに構造的に同一である）。しかしながら、多くの実施形態では、提供される組成物は、通常、所定の相対量で、異なる型の複数のオリゴヌクレオチドを含む。
キラル制御：本明細書中で使用されるとき、「キラル制御」は、オリゴヌクレオチド鎖内のキラル結合リン毎の立体化学表記を制御する能力を表す。「キラル制御されたオリゴヌクレオチド」という言い回しは、該キラル結合リンに関して単一のジアステレオ異性体で存在するオリゴヌクレオチドを表す。
キラル制御オリゴヌクレオチド組成物：本明細書中で使用されるとき、「キラル制御オリゴヌクレオチド組成物」という言い回しは、所定のレベルの個々のオリゴヌクレオチド型を含むオリゴヌクレオチド組成物を表す。例えば、いくつかの実施形態では、キラル制御オリゴヌクレオチド組成物は、１つのオリゴヌクレオチド型を含む。いくつかの実施形態では、キラル制御オリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチド型の混合物を含む。実例となるキラル制御オリゴヌクレオチド組成物が、本明細書中にさらに記載される。
キラル純粋：本明細書で、「キラル純粋」という言い回しは、全オリゴヌクレオチドが、該結合リンに関して単一のジアステレオ異性体で存在するキラル制御オリゴヌクレオチド組成物を言い表すために使用される。
キラル均一：本明細書中で使用されるとき、「キラル均一」という言い回しは、全ヌクレオチド単位が、該結合リンにおいて、同じ立体化学を有するオリゴヌクレオチド分子または型を言い表すために使用される。例えば、そのヌクレオチド単位が、全て、結合リンにおいて、Ｒｐ立体化学を有するオリゴヌクレオチドは、キラル均一である。同様に、そのヌクレオチド単位が、全て、結合リンにおいて、Ｓｐ立体化学を有するオリゴヌクレオチドは、キラル均一である。
所定の：所定は、例えば、無作為に起こるまたは達成の反対語として、計画的に選択されることを意味する。当業者は、本明細書を読み、本発明が、提供される組成物の調剤および／または封入のための特定のオリゴヌクレオチド型の選択を可能にし、提供される組成物が調剤されるように、任意に、選択された特定の相対量で、正確に、選択された特定の型の制御された調剤をさらに可能にする新規および驚くべき技術を提供することを理解するであろう。かかる提供される組成物は、本明細書に記載の「所定の」ものである。それらが、偶然、特定のオリゴヌクレオチド型の意図的な作成を制御できないプロセスを通して作成されたので、特定の個々のオリゴヌクレオチド型を含み得る組成物は、「所定の」組成物ではない。いくつかの実施形態では、所定の組成物は、（例えば、制御されたプロセスの反復を通して）意図的に複製され得るものである。
結合リン：本明細書中で定義されるとき、「結合リン」という言い回しは、表される特定のリン原子が、ヌクレオチド間結合中に存在し、該リン原子が、天然ＤＮＡおよびＲＮＡ中に起こるヌクレオチド間結合のホスホジエステルのリン原子に対応することを示すために使用される。いくつかの実施形態では、結合リン原子は、修飾ヌクレオチド間結合中にあり、ホスホジエステル結合の各酸素原子が、有機または無機部分により、任意におよび独立して置換される。いくつかの実施形態では、結合リン原子は、式ＩのＰ＊である。いくつかの実施形態では、結合リン原子は、キラルである。いくつかの実施形態では、キラル結合リン原子は、式ＩのＰ＊である。
Ｐ修飾：本明細書中で使用されるとき、「Ｐ修飾」という語は、立体化学的修飾以外の結合リンにおけるいずれもの修飾を表す。いくつかの実施形態では、Ｐ修飾は、結合リンに共有結合した懸垂部分の付加、置換、または除去を含む。いくつかの実施形態では、該「Ｐ修飾」は、－Ｘ－Ｌ－Ｒ１（式中、Ｘ、ＬおよびＲ１は、独立して、本明細書および下記に定義および記載の通りである）である。
ブロックマー：本明細書中で使用されるとき、「ブロックマー」という語は、その各個別のヌクレオチド単位を特徴付ける構造的特徴のパターンが、該ヌクレオチド間リン結合において共通の構造的特徴を共有する少なくとも２つの連続したヌクレオチド単位の存在により特徴付けられるオリゴヌクレオチド鎖を表す。共通の構造的特徴は、該結合リンにおける共通立体化学または該結合リンにおける共通修飾を意味する。いくつかの実施形態では、該ヌクレオチド間リン結合における共通構造的特徴を共有する該少なくとも２つの連続ヌクレオチド単位は、「ブロック」と呼ばれる。
いくつかの実施形態では、ブロックマーは、「ステレオブロックマー」であり、例えば、少なくとも２つの連続ヌクレオチド単位は、該結合リンにおいて、同じ立体化学を有する。かかる少なくとも２つの連続ヌクレオチド単位は、「ステレオブロックマー」を形成する。例えば、少なくとも２つの連続ヌクレオチド単位、ＴｓおよびＣｓ１が、結合リン（両方のＳｐ）において、同じ立体化学を有するので、（Ｒｐ，Ｓｐ）－ＡＴｓＣｓ１ＧＡは、ステレオブロックマーである。同じオリゴヌクレオチドでは、（Ｒｐ，Ｓｐ）－ＡＴｓＣｓ１は、ブロックを形成し、それは、立体ブロックである。
いくつかの実施形態では、ブロックマーは、「Ｐ修飾ブロックマー」であり、例えば、少なくとも２つの連続ヌクレオチド単位は、該結合リンにおいて、同じ修飾を有する。かかる少なくとも２つの連続ヌクレオチド単位は、「Ｐ修飾ブロック」を形成する。例えば、（Ｒｐ，Ｓｐ）－ＡＴｓＣｓＧＡは、少なくとも２つの連続ヌクレオチド単位、ＴｓおよびＣｓが、同じＰ修飾（すなわち、両方がホスホロチオエートジエステルである）を有するので、Ｐ修飾ブロックマーである。（Ｒｐ，Ｓｐ）－ＡＴｓＣｓＧＡの同じオリゴヌクレオチドでは、ＴｓＣｓは、ブロックを形成し、それは、Ｐ修飾ブロックである。
いくつかの実施形態では、ブロックマーは、「結合ブロックマー」であり、例えば、少なくとも２つの連続ヌクレオチド単位は、該結合リンにおいて、同じ立体化学および同じ修飾を有する。少なくとも２つの連続ヌクレオチド単位は、「結合ブロック」を形成する。例えば、少なくとも２つの連続ヌクレオチド単位、ＴｓおよびＣｓが、同じ立体化学（両方のＲｐ）およびＰ修飾（両方のホスホロチオエート）を有するので、（Ｒｐ，Ｒｐ）－ＡＴｓＣｓＧＡは、結合ブロックマーである。（Ｒｐ，Ｒｐ）－ＡＴｓＣｓＧＡの同じオリゴヌクレオチドでは、ＴｓＣｓは、ブロックを形成し、結合ブロックである。
いくつかの実施形態では、ブロックマーは、独立して、立体ブロック、Ｐ修飾ブロックおよび結合ブロックから選択される１つ以上のブロックを含む。いくつかの実施形態では、ブロックマーは、１つのブロックに対するステレオブロックマー、および／または別のブロックに対するＰ修飾ブロックマー、および／またはさらに別のブロックに対する結合ブロックマーである。例えば、（Ｒｐ，Ｒｐ，Ｒｐ，Ｒｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ）－ＡＡｓＴｓＣｓＧｓＡｓ１Ｔｓ１Ｃｓ１Ｇｓ１ＡＴＣＧは、立体ブロックＡｓＴｓＣｓＧｓＡｓ１（結合リンにおける全Ｒｐ）もしくはＴｓ１Ｃｓ１Ｇｓ１（結合リンにおける全Ｓｐ）に関してステレオブロックマーであり、Ｐ修飾ブロックＡｓＴｓＣｓＧｓ（全ｓ結合）もしくはＡｓ１Ｔｓ１Ｃｓ１Ｇｓ１（全ｓ１結合）に関してＰ修飾ブロックマーであり、または結合ブロックＡｓＴｓＣｓＧｓ（結合リンにおける全Ｒｐおよび全ｓ結合）もしくはＴｓ１Ｃｓ１Ｇｓ１（結合リンにおける全Ｓｐおよび全ｓ１結合）に関して結合ブロックマーである。
アルトマー（altmer）：本明細書中で使用されるとき、「アルトマー」という語は、各個別のヌクレオチド単位を特徴付けるその構造的特徴パターンが、該ヌクレオチド間リン結合における特定の構造的特徴を共有する、オリゴヌクレオチド鎖中に連続する２つのヌクレオチド単位がないことで特徴付けられるオリゴヌクレオチド鎖を表す。いくつかの実施形態では、アルトマーは、それが、繰り返しパターンを含むように設計される。いくつかの実施形態では、アルトマーは、それが、繰り返しパターンを含まないように設計される。
いくつかの実施形態では、アルトマーは、「ステレオアルトマー」であり、例えば、該結合リンにおいて同じ立体化学を有する連続する２つのヌクレオチド単位はない。例えば、（Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ）－ＧｓＣｓＣｓＴｓＣｓＡｓＧｓＴｓＣｓＴｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＧｓＣｓＡｓＣｓＣ。
いくつかの実施形態では、アルトマーは、「Ｐ修飾アルトマー」であり、例えば、該結合リンにおいて同じ修飾を有する連続する２つのヌクレオチド単位はない。例えば、各結合リンが、他と異なるＰ修飾を有する、全（Ｓｐ）ＣＡｓ１ＧｓＴ。
いくつかの実施形態では、アルトマーは、「結合アルトマー」であり、例えば、該結合リンにおいて同一の立体化学または同一の修飾を有する連続する２つのヌクレオチド単位はない。例えば、（Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ）－ＧｓＣｓ１ＣｓＴｓ１ＣｓＡｓ１ＧｓＴｓ１ＣｓＴｓ１ＧｓＣｓ１ＴｓＴｓ２ＣｓＧｓ３ＣｓＡｓ４ＣｓＣ。
ユニマー：本明細書中で使用されるとき、「ユニマー」という語は、各個別のヌクレオチド単位を特徴付けるその構造的特徴パターンは、鎖内の全ヌクレオチド単位が、該ヌクレオチド間リン結合における少なくとも１つの共通構造的特徴を共有するものであるオリゴヌクレオチド鎖を表す。共通構造的特徴は、該結合リンにおける共通立体化学または該結合リンにおける共通修飾を意味する。
いくつかの実施形態では、ユニマーは、「ステレオユニマー」であり、例えば、全ヌクレオチド単位は、該結合リンにおいて同じ立体化学を有する。例えば、該結合全てがＳｐリンを有する、全（Ｓｐ）－ＣｓＡｓ１ＧｓＴ。
いくつかの実施形態では、ユニマーは、「Ｐ修飾ユニマー」であり、例えば、全ヌクレオチド単位は、該結合リンにおいて同じ修飾を有する。例えば、該ヌクレオチド間結合全てがホスホロチオエートジエステルである、（Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｒｐ）－ＧｓＣｓＣｓＴｓＣｓＡｓＧｓＴｓＣｓＴｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＧｓＣｓＡｓＣｓＣ。
いくつかの実施形態では、ユニマーは、「結合ユニマー」であり、例えば、全ヌクレオチド単位は、該結合リンにおいて同じ立体化学および同じ修飾を有する。例えば、該クレオチド間結合全てが、Ｓｐ結合リンを有するホスホロチオエートジエステルである、全（Ｓｐ）－ＧｓＣｓＣｓＴｓＣｓＡｓＧｓＴｓＣｓＴｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＧｓＣｓＡｓＣｓＣ。
ギャップマー：本明細書中で使用されるとき、「ギャップマー」という語は、オリゴヌクレオチド鎖の少なくとも１つのヌクレオチド間リン結合がリン酸ジエステル結合、例えば、天然ＤＮＡまたはＲＮＡ中に見られるものなどであることで特徴付けられるオリゴヌクレオチド鎖を表す。いくつかの実施形態では、該オリゴヌクレオチド鎖の１つ以上のヌクレオチド間リン結合は、天然ＤＮＡまたはＲＮＡ中に見られるものなどのリン酸ジエステル結合である。例えば、ＣとＡ間の該ヌクレオチド間結合がリン酸ジエステル結合である、全（Ｓｐ）－ＣＡｓ１ＧｓＴ。
スキップマー：本明細書中で使用されるとき、「スキップマー」という語は、該オリゴヌクレオチド鎖の１つおきのヌクレオチド間リン結合が、リン酸ジエステル結合、例えば、天然ＤＮＡまたはＲＮＡ中に見られるものなどであり、該オリゴヌクレオチド鎖の１つおきのヌクレオチド間リン結合が、修飾されたヌクレオチド間結合である、ギャップマーの型を表す。例えば、全（Ｓｐ）－ＡｓＴＣｓ１ＧＡｓ２ＴＣｓ３Ｇである。
本発明の目的のため、化学元素は、ＣＡＳ編集、化学と物理のハンドブック、６７版、１９８６－８７年、内表紙の元素周期表に従って特定される。
本発明の化合物および組成物に関する本明細書に記載の方法および構造は、薬剤的に許容可能な酸または塩基付加酸ならびにこれらの化合物および組成物の全立体異性体にも適用する。
ラット肝臓ホモジネートのインキュベーション後の逆相ＨＰＬＣを示す図である。ラット全肝臓ホモジネートを３７℃で異なる日数でインキュベートしたときに残留するオリゴヌクレオチドの総量を測定した。ＯＮＴ－１５４のインビトロ代謝安定性は、２’－ＭＯＥ翼を有するＯＮＴ－８７と同様であることが明らかになったが、いずれも、ステレオランダムである２’－ＭＯＥギャップマー（ＯＮＴ－４１、ミポメルセン）よりもはるかに良い安定性を有する。残留する全長のオリゴマーの量を逆相ＨＰＬＣで測定し、対象となるピークのピーク面積を内部標準で規格化した。
ラット全肝臓ホモジネート中のミポメルセン（ＯＮＴ－４１）の様々なキラル純粋な類似体の分解を示す図である。ラット全肝臓ホモジネートを３７℃で異なる日数でインキュベートしたときに残留するオリゴヌクレオチドの総量を測定した。Ｓｐヌクレオチド間結合の増加と共に、ヒトＡｐｏＢ配列ＯＮＴ－４１（ミポメルセン）のキラル純粋なジアステレオマーのインビトロ代謝安定性が増加することが明らかになった。残留する全長のオリゴマーの量を逆相ＨＰＬＣで測定し、対象となるピークのピーク面積を内部標準で規格化した。
ラット全肝臓ホモジネート中のマウスＡｐｏＢ配列（ＩＳＩＳ １４７７６４、ＯＮＴ－８３）の様々なキラル純粋な類似体の分解を示す図である。ラット全肝臓ホモジネートを３７℃で異なる日数でインキュベートしたときに残留するオリゴヌクレオチドの総量を測定した。Ｓｐヌクレオチド間結合の増加と共に、マウスＡｐｏＢ配列（ＯＮＴ－８３、２’－ＭＯＥギャップマー、ステレオランダムなホスホロチオエート）のキラル純粋なジアステレオマーのインビトロ代謝安定性が増加することが明らかになった。残留する全長のオリゴマーの量を逆相ＨＰＬＣで測定し、対象となるピークのピーク面積を内部標準で規格化した。
ラット全肝臓ホモジネート中のミポメルセン類似体ＯＮＴ－７５の分解を２４時間にわたって示す図である。この図は、ラット（ｒａｔｅ）全肝臓ホモジネート中のＯＮＴ－７５の安定性を示す。
ラット全肝臓ホモジネート中のミポメルセン類似体ＯＮＴ－８１の分解を２４時間にわたって示す図である。この図は、ラット（ｒａｔｅ）全肝臓ホモジネート中のＯＮＴ－８１の安定性を示す。
ＯＮＴ－８７、ＯＮＴ－８８、およびＯＮＴ－８９におけるノックダウンの期間を示す図である。立体異性体は、大幅に異なるノックダウンの期間を示し得る。ＯＮＴ－８７は、他の立体異性体よりも耐久性が大幅に高い抑制をもたらす。ＯＮＴ－８７の長い作用時間が複数のインビボ試験で観察された。ＯＮＴ－８８は、特定のインビボ試験において、ＯＮＴ－４１（ミポメルセン）と同様の効果および回復プロファイルを示した。Ｈｕ ＡｐｏＢトランスジェニックマウス（ｎ＝４）に、１０ ｍｐｋ ＩＰボーラスを投与した（２×／週、３週間）。マウスを無作為化して群を調査し、各投与日に投与する前に測定した個々のマウスの体重に基づいて、１０ｍｇ／ｋｇを腹腔内に（ＩＰ）投与した（１日目、４日目、８日目、１１日目、１５日目、１８日目、および２２日目）。０日目、１７日目、２４日目、３１日目、３８日目、４５日目および５２日目に顎下（頬）で出血させて血液を採取し、次に、５２日目に心穿刺により屠殺して血清処理した。ＡｐｏＢをＥＬＩＳＡにより測定した。強調表示部：投与３週後の維持されたノックダウン（７２％対３５％）。
いくつかのＲｐ、Ｓｐまたはステレオランダムなホスホロチオエート結合を有するｓｉＲＮＡ二本鎖における代謝安定性の違いを示す、ヒト血清中で測定されるＨＰＬＣプロファイルを示す図である。
リボヌクレアーゼＨの活性に対する立体化学の影響。オリゴヌクレオチドをＲＮＡとハイブリダイズさせ、次に、１×リボヌクレアーゼＨ緩衝液の存在下、リボヌクレアーゼＨと共に３７℃でインキュベートした。上から下へ（１２０分）：ＯＮＴ－８９、ＯＮＴ－７７、ＯＮＴ－８１、ＯＮＴ－８０、ＯＮＴ－７５、ＯＮＴ－４１、ＯＮＴ－８８、ＯＮＴ－１５４、ＯＮＴ－８７。ＯＮＴ－７７／１５４は互いに非常に近い。
ヒトＡｐｏＢ ｍＲＮＡの同じ領域を標的にするホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの立体異性体の異なる調製物とハイブリダイズさせたときの２０－ｍｅｒ ＲＮＡのヒトリボヌクレアーゼＨ１切断の分析。切断の特異的部位は、特異な立体化学の強い影響を受ける。矢印は、切断位置（切断部位）を示す。産物は、ＵＰＬＣ／ＭＳで分析した。矢印の長さは、反応混合物中に存在する産物の量を表し、この量は、ＵＶピーク面積と、そのフラグメントの理論上の吸光係数との比から求めた（矢印が長いほど、検出された切断産物が多い）。（Ａ）は、切断地図の記号を説明する。（Ｂ）および（Ｃ）は、オリゴヌクレオチドの切断地図を示す。
異なるオリゴヌクレオチド組成物の切断地図を示す（（Ａ）～（（Ｃ）））。これら３つの配列は、ＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡ中の異なる領域を標的にする。各配列を５つの異なる化学で調査した。切断地図は、１×ＰＢＳ緩衝液の存在下、それぞれの二本鎖をリボヌクレアーゼＨ１Ｃと共に３７℃で３０分インキュベーションした後、得られた反応混合物から作成される。矢印は、切断部位を示す。（┬）は、両方のフラグメント、５’－リン酸エステル種ならびに５’－ＯＨ ３’－ＯＨ種（ｓｐｅｃｉｅ）が反応混合物中で同定されたことを示す。（┌）は、５’－リン酸エステル種のみが検出されたことを示し、（┐）は、５’－ＯＨ ３’－ＯＨ成分が質量分析で検出されたことを示す。矢印の長さは、反応混合物中に存在する産物の量を表し、この量は、ＵＶピーク面積と、そのフラグメントの理論上の吸光係数との比から求めた（矢印が長いほど、検出可能な切断産物が多い）。５’－ＯＨ ３’－ＯＨが反応混合物中に検出されなかった場合のみ、５’－リン酸エステル種ピークを定量化に用いた。切断速度は、反応混合物中に残留する全長ＲＮＡの量を逆相ＨＰＬＣで測定することによって求めた。定めた時点で、３０ｍＭ Ｎａ２ＥＤＴＡで反応を止めた。
異なる共通塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチド組成物の切断地図を示す図である（（Ａ）～（Ｂ））。切断地図は、ステレオランダムなＤＮＡ組成物（上のパネル）と、立体化学的に純粋な、３つの特異なオリゴヌクレオチド組成物との比較を示す。データは、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の結果と、ＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡ中の異なる領域を標的にする２つのステレオランダムなホスホロチオエートオリゴヌクレオチド組成物（ＯＮＴ－３６６およびＯＮＴ－３６７）の結果とを比較する。各パネルは、ステレオランダムな（ｓｅｔｒｅｏｒａｎｄｏｍ）ＤＮＡ（上のパネル）と、立体化学的に純粋な、３つの特異なオリゴヌクレオチド調製物（ｐｒｅｐａｒａｉｔｏｎｓ）との比較を示す。切断地図は、１×ＰＢＳ緩衝液の存在下、それぞれの二本鎖をリボヌクレアーゼＨ１Ｃと共に３７℃で３０分インキュベーションした後、得られた反応混合物から作成した。矢印は、切断部位を示す。（┬）は、両方のフラグメント、５’－リン酸エステル種ならびに５’－ＯＨ ３’－ＯＨ種（ｓｐｅｃｉｅ）が反応混合物中で同定されたことを示す。（┌）は、５’－リン酸エステル種のみが検出されたことを示し、（┐）は、５’－ＯＨ ３’－ＯＨ成分が質量分析で検出されたことを示す。矢印の長さは、反応混合物中に存在する代謝産物の量を表し、この量は、ＵＶピーク面積と、そのフラグメントの理論上の吸光係数との比から求めた（矢印が長いほど、検出可能な切断産物が多い）。５’－ＯＨ ３’－ＯＨが反応混合物中に検出されなかった場合のみ、５’－リン酸エステル種ピークを定量化に用いた。
リボヌクレアーゼＨの活性に対する立体化学の影響。独立した２つの実験において、ＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡの同一領域を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドをＲＮＡとハイブリダイズさせ、次に、１×リボヌクレアーゼＨ緩衝液の存在下、リボヌクレアーゼＨと共に３７℃でインキュベートした。全長ＲＮＡの消失を、ＲＰ－ＨＰＬＣを用いて、２５４ｎｍでのそのピーク面積から測定した。（Ａ）は、残留するＲＮＡ基質（％）を示する（上から下へ（６０分）：ＯＮＴ－３５５、ＯＮＴ－３１６、ＯＮＴ－３６７、ＯＮＴ－３９２、ＯＮＴ－３９３およびＯＮＴ－３９４（６０分のとき、ＯＮＴ－３９３およびＯＮＴ－３９４はほぼ同じ；５分のとき、ＯＮＴ－３９３のほうが、残留するＲＮＡ基質（％）が高かった））。（Ｂ）は、残留するＲＮＡ基質（％）を示す（上から下へ（６０分）：ＯＮＴ－３１５、ＯＮＴ－３５４、ＯＮＴ－３６６、ＯＮＴ－３９１、ＯＮＴ－３８９およびＯＮＴ－３９０）。切断速度は、反応混合物中に残留する全長ＲＮＡの量を逆相ＨＰＬＣで測定することによって求めた。定めた時点で、３０ｍＭ Ｎａ２ＥＤＴＡで反応を止めた。
アンチセンスオリゴヌクレオチドのターンオーバーを示す図である。二本鎖は、６μＭに等しい各ＤＮＡ鎖濃度およびＲＮＡ１００μＭで形成させた。これらの二本鎖を、０．０２μＭ リボヌクレアーゼＨ酵素と共にインキュベートし、全長ＲＮＡの消失を、ＲＰ－ＨＰＬＣを用いて、２５４ｎｍでのそのピーク面積から測定した。切断速度は、反応混合物中に残留する全長ＲＮＡの量を逆相ＨＰＬＣで測定することによって求めた。定めた時点で、３０ｍＭ Ｎａ２ＥＤＴＡで反応を止めた。上から下へ（４０分）：ＯＮＴ－３１６、ＯＮＴ－３６７およびＯＮＴ－３９２。
ステレオランダムなホスホロチオエートオリゴヌクレオチドと、同じＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡ領域を標的にする立体化学的に純粋な、６つの特異なオリゴヌクレオチド調製物とを比較する切断地図を示す図である。
リボヌクレアーゼＨの活性に対する立体化学の影響。アンチセンスオリゴヌクレオチドをＲＮＡとハイブリダイズさせ、次に、１×リボヌクレアーゼＨ緩衝液の存在下、リボヌクレアーゼＨと共に３７℃でインキュベートした。リボヌクレアーゼＨの活性への立体化学の依存性が観察された。同様に、ＯＮＴ－３６７（ステレオランダムなＤＮＡ）とＯＮＴ－３１６（５－１０－５ ２’－ＭＯＥギャップマー）との比較において明らかなことは、リボヌクレアーゼＨの活性への組成物の化学の強い依存性である。上から下へ（４０分）：ＯＮＴ－３１６、ＯＮＴ－４２１、ＯＮＴ－３６７、ＯＮＴ－３９２、ＯＮＴ－３９４、ＯＮＴ－４１５、およびＯＮＴ－４２２（４０分のとき、ＯＮＴ－３９４／４１５／４２２は同等のレベルである；５分のとき、ＤＮＡ／ＲＮＡ二本鎖内に残留するＲＮＡ（％）は、ＯＮＴ－４２２＞ＯＮＴ－３９４＞ＯＮＴ－４１５）。
リボヌクレアーゼＨの活性に対する立体化学の影響。ＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡの同一領域を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドをＲＮＡとハイブリダイズさせ、次に、１×リボヌクレアーゼＨ緩衝液の存在下、リボヌクレアーゼＨと共に３７℃でインキュベートした。リボヌクレアーゼＨの活性への立体化学の依存性が観察された。上から（ｆｏｒｍ）下へ（４０分）：ＯＮＴ－３９６、ＯＮＴ－４０９、ＯＮＴ－４１４、ＯＮＴ－４０８（４０分のとき、ＯＮＴ－３９６／４０９／４１４／４０８は同等のレベルである。）、ＯＮＴ－４０４、ＯＮＴ－４１０、ＯＮＴ－４０２（４０分のとき、ＯＮＴ－４０４／４１０／４０８は同等のレベルである。）、ＯＮＴ－４０３、ＯＮＴ－４０７、ＯＮＴ－４０５、ＯＮＴ－４０１、ＯＮＴ－４０６およびＯＮＴ－４００（４０分のとき、ＯＮＴ－４０１／４０５／４０６／４００は同等のレベルである）。
リボヌクレアーゼＨの活性に対する立体化学の影響。ＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡの同一領域を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドをＲＮＡとハイブリダイズさせ、次に、１×リボヌクレアーゼＨ緩衝液の存在下、リボヌクレアーゼＨと共に３７℃でインキュベートした。リボヌクレアーゼＨの活性への立体化学の依存性が観察された。ホスホジエステルオリゴヌクレオチドＯＮＴ－４１５の切断速度をわずかに上回る速度で、ＯＮＴ－４０６が、二本鎖ＲＮＡの切断を誘発することが観察された。上から下へ（４０分）：ＯＮＴ－３９６、ＯＮＴ－４２１、ＯＮＴ－３９２、ＯＮＴ－３９４、ＯＮＴ－４１５ ＯＮＴ－４０６、およびＯＮＴ－４２２（４０分のとき、ＯＮＴ－３９４／４１５／４０６は同等のレベルである；５分のとき、ＤＮＡ／ＲＮＡ二本鎖内に残留するＲＮＡ（％）は、ＯＮＴ－３９４＞ＯＮＴ－４１５＞ＯＮＴ－４０６）。
ＲＮＡ（ＯＮＴ－３８８）をステレオランダムなＤＮＡ（ＯＮＴ－３６７）と二本鎖にしたとき（上）、および、ステレオ純粋なＤＮＡを繰り返しトリプレットモチーフ－３’－ＳＳＲ－５’（ＯＮＴ－３９４）と二本鎖にしたとき（下）に得られたＲＮＡ切断産物の例示的なＵＶクロマトグラムを示す図である。）。２．３５分：７ｍｅｒ；３．１６分：８ｍｅｒおよびＰ－６ｍｅｒ；４．４８分：Ｐ－７ｍｅｒ；５．８３分：Ｐ－８ｍｅｒ；６．８８分：１２ｍｅｒ；９．３２分：１３ｍｅｒ；１０．１３分：Ｐ－１１ｍｅｒ；１１．０分：Ｐ－１２ｍｅｒおよび１４ｍｅｒ；１１．９３分：Ｐ－１３ｍｅｒ；１３．１３分：Ｐ－１４ｍｅｒ。ＯＮＴ－３９４（下）のピークの帰属：４．５５分：ｐ－７ｍｅｒ；４．９７分：１０ｍｅｒ；９．５３分：１３ｍｅｒ。
ＲＮＡ切断産物のエレクトロスプレーイオン化スペクトルを示す図である。二本鎖を、１×ＲＮｓｅ Ｈ緩衝液の存在下、リボヌクレアーゼＨと共に３０分間インキュベートしたときに、二本鎖ＯＮＴ－３８７、ＲＮＡ／ＯＮＴ－３５４、（７－６－７、ＤＮＡ－２’－ＯＭｅ－ＤＮＡ）（上）およびＯＮＴ－３８７、ＲＮＡ／ＯＮＴ－３１５、（５－１０－５，２’－ＭＯＥギャップマー）（下）から得られたＲＮＡフラグメント。
リボヌクレアーゼＨと共に３０分インキュベーションした後のＯＮＴ－４０６およびＯＮＴ－３８８二本鎖のＵＶクロマトグラムおよびＴＩＣを示す図である。
提案されている例示的な切断を示す図である。提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、示す通り標的を切断することができる。
変異ハンチンチンのｍＲＮＡを標的にする例示的な対立遺伝子特異的切断を示す図である。（Ａ）および（Ｂ）：例示的なオリゴヌクレオチド。（Ｃ）～（Ｅ）：切断地図。（Ｆ）～（Ｈ）：ＲＮＡ切断。変異ハンチンチンを対立遺伝子選択的に抑制する目的で一塩基多型を標的にするために、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物およびキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を調製した。ＯＮＴ－４５３（ｍｕＨＴＴ）およびＯＮＴ－４５４（ｗｔＨＴＴ）を標的にするＯＮＴ－４５０（ステレオランダム）は、ＲＮＡ切断およびそれらの切断地図において、わずかな差異を示した。ＯＮＴ－４５３（ｍｕＨＴＴ）およびＯＮＴ－４５４（ｗｔＨＴＴ）を標的にし、リボヌクレアーゼＨ認識部位内に３’－ＳＳＲ－５’モチーフの選択的な配置を有するキラル制御されたＯＮＴ－４５１は、ＲＮＡ切断速度において大きな差異を示した。切断地図において、ＲＮＡの５’－末端から読まれる場合に、ミスマッチ後である８位と９位の間に切断を導くよう３’－ＳＳＲ－５’モチーフが配置されることは注目に値する。ＯＮＴ－４５３（ｍｕＨＴＴ）およびＯＮＴ－４５４（ｗｔＨＴＴ）を標的にし、リボヌクレアーゼＨ認識部位内に３’－ＳＳＲ－５’モチーフの選択的な配置を有するＯＮＴ－４５２は、ＲＮＡ切断速度において中程度の差異を示した。ＲＮＡの５’－末端から読まれる場合にはミスマッチ前である７位および８位での切断を導くよう３’－ＳＳＲ－５’モチーフは配置された。例示的なデータは、対立遺伝子特異的切断のために高度な識別を実現するには、３’－ＳＳＲ－５’モチーフの配置の位置が重要であることを示す。すべての切断地図は、１×ＰＢＳ緩衝液の存在下、それぞれの二本鎖をリボヌクレアーゼＨ１Ｃと共に３７℃で５分インキュベーションした後、得られた反応混合物から作成される。矢印は、切断部位を示す。（┬）は、両方のフラグメント、５’－リン酸エステル種ならびに５’－ＯＨ ３’－ＯＨ種が反応混合物中で同定されたことを示す。（┌）は、５’－リン酸エステル種のみが検出されたことを示し、（┐）は、５’－ＯＨ ３’－ＯＨ成分が質量分析で検出されたことを示す。矢印の長さは、反応混合物中に存在する代謝産物の量を表し、この量は、ＵＶピーク面積と、そのフラグメントの理論上の吸光係数との比から求めた。５’－ＯＨ ３’－ＯＨが反応混合物中に検出されなかった場合のみ、５’－リン酸エステル種ピークを定量化に用いた。
（Ａ）～（Ｃ）は、ＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡを標的にする例示的な対立遺伝子特異的切断を示す図である。
ＡｐｏＢオリゴヌクレオチドで処理後のＡｐｏＢ ｍＲＮＡのインビトロ用量反応サイレンシング（ｉｎ ｖｉｔｒｏ ｄｏｓｅ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｓｉｌｅｎｃｉｎｇ）を示す図である。２’－ＭＯＥ翼ありとなしの立体化学的に純粋なジアステレオマー（ｄｉａｓｅｔｅｒｅｏｍｅｒｓ）は、ＯＮＴ－４１（ミポメルセン）と同様の効果を示す。
ステレオランダムな組成物（ＯＮＴ－３６７）およびキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物（ＯＮＴ－４２１（すべてＳｐ）およびＯＮＴ－４５５（すべてＲｐ））およびＤＮＡ（ＯＮＴ－４１５）のリボヌクレアーゼＨ切断地図（Ａ）およびＲＮＡ切断速度（Ｂ）の比較を示す図である。これらの配列は、ＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡ中の同じ領域を標的にする。切断地図は、１×ＰＢＳ緩衝液の存在下、それぞれの二本鎖をリボヌクレアーゼＨ１Ｃと共に３７℃で５分インキュベーションした後、得られた反応混合物から作成した。矢印は、切断部位を示す。（┬）は、両方のフラグメント、５’－リン酸エステル種ならびに５’－ＯＨ ３’－ＯＨ種が反応混合物中で同定されたことを示す。（┌）は、５’－リン酸エステル種のみが検出されたことを示し、（┐）は、５’－ＯＨ ３’－ＯＨ成分が質量分析で検出されたことを示す。矢印の長さは、反応混合物中に存在する代謝産物の量を表し、この量は、ＵＶピーク面積と、そのフラグメントの理論上の吸光係数との比から求めた。５’－ＯＨ ３’－ＯＨが反応混合物中に検出されなかった場合のみ、５’－リン酸エステル種ピークを定量化に用いた。切断速度は、反応混合物中に残留する全長ＲＮＡの量を逆相ＨＰＬＣで測定することによって求めた。定めた時点で、３０ｍＭ Ｎａ２ＥＤＴＡで反応を止める。
ＤＮＡの３’－末端から開始する位置の変更を伴う１つのＲｐを含む配列の切断地図の比較を示す図である。これらの配列は、ＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡ中の同じ領域を標的にする。切断地図は、１×ＰＢＳ緩衝液の存在下、それぞれの二本鎖をリボヌクレアーゼＨ１Ｃと共に３７℃で５分インキュベーションした後、得られた反応混合物から作成される。矢印は、切断部位を示す。（┬）は、両方のフラグメント、５’－リン酸エステル種ならびに５’－ＯＨ ３’－ＯＨ種が反応混合物中で同定されたことを示す。（┌）は、５’－リン酸エステル種のみが検出されたことを示し、（┐）は、５’－ＯＨ ３’－ＯＨ成分が質量分析で検出されたことを示す。矢印の長さは、反応混合物中に存在する代謝産物の量を表し、この量は、ＵＶピーク面積と、そのフラグメントの理論上の吸光係数との比から求めた。５’－ＯＨ ３’－ＯＨが反応混合物中に検出されなかった場合のみ、５’－リン酸エステル種ピークを定量化に用いた。
（Ａ）ステレオ純粋なオリゴヌクレオチド（ＯＮＴ－４０６）、（ＯＮＴ－４０１）、（ＯＮＴ－４０４）および（ＯＮＴ－４０８）のリボヌクレアーゼＨ切断速度の比較を示す図である。４つの配列はすべて、１つのＲｐ結合を有するステレオ純粋なホスホロチオエートである。これらの配列は、ＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡ中の同じ領域を標的にする。すべての二本鎖を、１×ＰＢＳ緩衝液の存在下、リボヌクレアーゼＨ１Ｃと共に３７℃でインキュベーションした（ｗｅｒｅ ｉｎｃｕｂａｔｉｏｎ）。定めた時点で、３０ｍＭ Ｎａ２ＥＤＴＡで反応を止めた。切断速度は、反応混合物中に残留する全長ＲＮＡの量を逆相ＨＰＬＣで測定することによって求めた。ＯＮＴ－４０６およびＯＮＴ－４０１は、優れた切断速度を有することが明らかになった。（Ｂ）リボヌクレアーゼＨアッセイ（１０μＭオリゴヌクレオチド）において切断されたＲＮＡ（％）と、インビトロアッセイ（２０ｎＭオリゴヌクレオチド）におけるｍＲＮＡノックダウン（％）との相関関係を示す図である。すべての配列が、ＦＯＸＯ１標的内のｍＲＮＡの同じ領域を標的にする。残留するＲＮＡの量は、同じ反応混合物中のＤＮＡに対して規格化したときのＲＮＡのＵＶピーク面積により求められる。上述の切断地図はすべて、１×ＰＢＳ緩衝液の存在下、それぞれの二本鎖をリボヌクレアーゼＨ１Ｃと共に３７℃で５分インキュベーションした後、得られた反応混合物から作成される。ＯＮＴ－３９６からＯＮＴ－４１４のすべての配列は、１つのＲｐホスホロチオエートを有し、これらの配列は、Ｒｐの位置が異なる。ＯＮＴ－４２１（すべてＳｐ）ホスホロチオエートは、不活性なインビトロアッセイであった。これは、ＯＮＴ－４２１を相補ＲＮＡと二本鎖にしたときのリボヌクレアーゼＨアッセイにおけるＲＮＡの低い切断速度に関係する。
単一のＲｐウォーク（ｗａｌｋ）ＰＳ ＤＮＡ（ＯＮＴ－３９６－ＯＮＴ－４１４）、ステレオランダムなＰＳ ＤＮＡ（ＯＮＴ－３６７）、全Ｓｐ ＰＳ ＤＮＡ（ＯＮＴ－４２１）および全Ｒｐ ＰＳ ＤＮＡ（ＯＮＴ－４５５）のラット血清中の２日間の血清安定性アッセイを示す図である。ＯＮＴ－３９６およびＯＮＴ－４５５は、試験した時点で分解したことに留意されたい。
ヘミマーを含む例示的なオリゴヌクレオチドを示す図である。（Ａ）：切断地図。（Ｂ）：ＲＮＡ切断アッセイ。（Ｃ）：ＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡノックダウン。いくつかの実施形態において、配列の５’－末端への２’－修飾の導入は、リボヌクレアーゼＨの活性を維持しながら、標的ＲＮＡとの結合の安定性を増加させる。ＯＮＴ－３６７（ステレオランダムなホスホロチオエートＤＮＡ）およびＯＮＴ－４４０（５－１５、２’－Ｆ－ＤＮＡ）は、リボヌクレアーゼＨアッセイ（１０μＭオリゴヌクレオチド）において同様の切断地図および同様のＲＮＡ切断速度を有する。いくつかの実施形態において、ＯＮＴ－４４０（５－１１、２’－Ｆ－ＤＮＡ）配列は、より良い細胞透過性を有することができる。いくつかの実施形態において、非対称の２’－修飾は、リボヌクレアーゼＨの活性を維持しながら、Ｔｍの利点をもたらす。ＲＳＳモチーフの導入は、ヘミマーにおいてリボヌクレアーゼＨの効率をさらに向上させ得る。切断地図は、１×ＰＢＳ緩衝液の存在下、それぞれの二本鎖をリボヌクレアーゼＨ１Ｃと共に３７℃で５分インキュベーションした後、得られた反応混合物から作成される。矢印は、切断部位を示す。（┬）は、両方のフラグメント、５’－リン酸エステル種ならびに５’－ＯＨ ３’－ＯＨ種が反応混合物中で同定されたことを示す。（┌）は、５’－リン酸エステル種のみが検出されたことを示し、（┐）は、５’－ＯＨ ３’－ＯＨ成分が質量分析で検出されたことを示す。矢印の長さは、反応混合物中に存在する代謝産物の量を表し、この量は、ＵＶピーク面積と、そのフラグメントの理論上の吸光係数との比から求めた。５’－ＯＨ ３’－ＯＨが反応混合物中に検出されなかった場合のみ、５’－リン酸エステル種ピークを定量化に用いた。
切断アッセイの例示的な質量分析データを示す図である。上：ＯＮＴ－３６７のデータ：２．３５分：７ ｍｅｒ；３．１６分：８ ｍｅｒおよびＰ－６ ｍｅｒ；４．５８分：Ｐ－７ ｍｅｒ；５．９１分：Ｐ－８ ｍｅｒ；７．１９分：１２ ｍｅｒ；９．５５分：１３ ｍｅｒ；１０．１３分：Ｐ－１１ ｍｅｒ；１１．１４分：Ｐ－１２ ｍｅｒおよび１４ ｍｅｒ；１２．１１分：Ｐ－１３ ｍｅｒ；１３．２９分：Ｐ－１４ ｍｅｒ；１４．８０分：全長ＲＮＡ（ＯＮＴ－３８８）および１８．３３分：ステレオランダムなＤＮＡ（ＯＮＴ－３６７）。下：ＯＮＴ－４０６のデータ：４．７２分：ｐ－ｒＡｒＵｒＧｒＧｒＣｒＵｒＡ、５’－リン酸化７ ｍｅｒ ＲＮＡ；９．４６分：５’－ｒＧｒＵｒＧｒＡｒＧｒＣｒＡｒＧｒＣｒＵｒＧｒＣｒＡ、５’－ＯＨ ３’－ＯＨ １３ ｍｅｒ ＲＮＡ；１６．４５分：全長ＲＮＡ（ＯＮＴ－３８８）；１９．４８分および１９．４９分：ステレオ純粋なＤＮＡ（ＯＮＴ－４０６）。
合成オリゴヌクレオチドは、幅広い種類の応用へ有用な分子ツールを提供する。例えば、オリゴヌクレオチドは、治療、診断、研究および新規ナノマテリアル用途において有用である。天然の核酸の使用は（例えば、非修飾ＤＮＡまたはＲＮＡ）、例えば、エンドおよびエキソヌクレアーゼに対するそれらの感受性により制限される。よって、これらの短所を回避するために、さまざまな合成同等物が開発されている。合成同等物にはそれらの分子を分解されにくくする骨格修飾を含む合成オリゴヌクレオチドが含まれる。構造的な観点から見ると、そのようなインターヌクレオチドのリン酸結合に対する修飾は、キラリティーを導入する。オリゴヌクレオチドのある特性は、オリゴヌクレオチドの骨格を形成するリン原子の配置により影響を受ける可能性があることが明らかになっている。例えば、インビトロの研究では、結合親和性、相補ＲＮＡと特に結合する配列、ヌクレアーゼに対する安定性といったアンチセンスヌクレオチドの特性は、特に、骨格のキラリティーによって影響を受けることを示している（例えば、リン原子の配置）。
とりわけ、本発明は、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド調製物が、オリゴヌクレオチド鎖内の個々の骨格キラル中心の立体化学構造において互いに異なる複数の特異な化学的実体を含むという認識を包含する。さらに、本発明は、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド調製物が、関連するオリゴヌクレオチドの可能性のあるあらゆる立体異性体を含むことは通常はありそうにないという洞察を包含する。したがって、とりわけ、本発明は、興味あるオリゴヌクレオチドの特定の立体異性体である新規な化学的実体を提供する。すなわち、本発明は、特定のオリゴヌクレオチド化合物が、その塩基配列、その長さ、その骨格結合のパターン、およびその骨格キラル中心のパターンにより定義されてもよい、単一のオリゴヌクレオチド化合物の実質的に純粋な調製物を提供する。
本発明は、とりわけ、特定のオリゴヌクレオチドの個々の立体異性体が、互いに異なる安定性および／または活性を示し得ることを示す。さらに、本開示は、オリゴヌクレオチド内の特定のキラル構造の含有および／または位置により実現される安定性の改善が、修飾された骨格結合、塩基、および／または糖の使用により（例えば、特定のタイプの修飾されたリン酸エステル、２’－修飾、塩基修飾などの使用により）実現される安定性の改善と同等か、またはそれよりもさらに良くなり得ることを示す。いくつかの実施形態において、本開示は、オリゴヌクレオチド内の特定のキラル構造の含有および／または位置により実現される活性の向上が、修飾された骨格結合、塩基、および／または糖の使用により（例えば、特定のタイプの修飾されたリン酸エステル、２’－修飾、塩基修飾などの使用により）実現される活性の向上と同等か、またはそれよりもさらに良くなり得ることも示す。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチド内の特定のキラル結合の含有および／または位置は、驚いたことに、このようなオリゴヌクレオチドが核酸高分子の切断に利用されるとき、核酸高分子の切断パターンを変化させ得る。例えば、いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、予想外に高い標的核酸高分子の切断効率をもたらす。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、新たな切断部位をもたらす。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、例えば、特定の既存の切断部位をブロックすることにより、より少ない切断部位をもたらす。さらにもっと予想外に、いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、切断に利用されるオリゴヌクレオチドに対して相補的である配列内の標的核酸高分子のただ１つの部位での切断をもたらす。いくつかの実施形態において、切断部位の数を最小にする骨格キラル中心のパターンを選択することにより、さらに高い切断効率が実現される。
いくつかの実施形態において、本発明は、
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン
を有することにより定義されるオリゴヌクレオチドを含むキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）オリゴヌクレオチド組成物を提供し、この組成物は、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％が、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する、単一のオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物である。オリゴヌクレオチドの骨格キラル中心のパターンは、５’から３’の結合リン立体化学の組み合わせ（Ｒｐ／Ｓｐ）により指定することができる。例えば、下に例示の通り、ＯＮＴ－１５４は、５Ｓ－（ＳＳＲ）３－５Ｓのパターンを有し、ＯＮＴ－８０はＳ１９を有する。
いくつかの実施形態において、本発明は、同じオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、単一のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して組成物が濃縮されるオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、同じオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン
を共有する単一のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して組成物が濃縮されるオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの実質的にラセミの（またはキラル制御されない）調製物において、カップリングステップは、立体選択性を向上させるように特異的に行われないという点で、すべてまたはほとんどのカップリングステップはキラル制御されない。オリゴヌクレオチドの例示的な実質的にラセミの調製物は、テトラエチルチウラムジスルフィド（ｔｔｅｒａｅｔｈｙｌｔｈｉｕｒａｍ ｄｉｓｕｌｆｉｄｅ）または（ＴＥＴＤ）または３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール（ｂｅｎｓｏｄｉｔｈｉｏｌ）－３－オン１，１－ジオキシド（ＢＤＴＤ）のいずれかで亜リン酸トリエステルを硫化する当技術分野において周知のプロセスによるホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの調製物である。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物は、実質的にラセミのオリゴヌクレオチド組成物（またはキラル制御されないオリゴヌクレオチド組成物）をもたらす。
いくつかの実施形態において、本発明は、
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン
によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、この組成物は、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御される。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、オリゴヌクレオチドタイプの実質的に純粋な調製物であり、ここで、オリゴヌクレオチドタイプのものではない組成物中のオリゴヌクレオチドは、前記オリゴヌクレオチドタイプの調製プロセスからの（ｆｏｒｍ）（場合によっては、特定の精製手順後の）不純物である。
いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約２０％は、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約２５％は、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約３０％は、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約３５％は、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約４０％は、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約４５％は、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約５０％は、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約５５％は、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約６０％は、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約６５％は、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約７０％は、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約７５％は、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約８０％は、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約８５％は、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９０％は、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９２％は、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９４％は、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９５％は、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％は、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、組成物中のオリゴヌクレオチドの約９９％超は、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の純度は、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する組成物中のオリゴヌクレオチドの割合として表すことができる。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の純度は、オリゴヌクレオチドタイプのものである組成物中のオリゴヌクレオチドの割合として表される。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約２０％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約３０％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約４０％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約５０％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約６０％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約７０％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約８０％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９０％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９２％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９４％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９５％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９６％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９７％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９８％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９９％は、同じオリゴヌクレオチドタイプのものである。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の純度は、その調製プロセスにおける各結合工程の立体選択性により制御することができる。いくつかの実施形態において、結合工程は、６０％の立体選択性（例えば、ジアステレオ選択性）を有する（結合工程により形成される新たなヌクレオチド間結合の６０％は、所期の立体化学を有する）。このような結合工程の後、形成された新たなヌクレオチド間結合は、６０％の純度を有すると言われることもある。いくつかの実施形態において、各結合工程は、少なくとも６０％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各結合工程は、少なくとも７０％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各結合工程は、少なくとも８０％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各結合工程は、少なくとも８５％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各結合工程は、少なくとも９０％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各結合工程は、少なくとも９１％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各結合工程は、少なくとも９２％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各結合工程は、少なくとも９３％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各結合工程は、少なくとも９４％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各結合工程は、少なくとも９５％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各結合工程は、少なくとも９６％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各結合工程は、少なくとも９７％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各結合工程は、少なくとも９８％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各結合工程は、少なくとも９９％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、各結合工程は、実質的に１００％の立体選択性を有する。いくつかの実施形態において、結合工程は、実質的に１００％の立体選択性を有し、ここで、分析法（例えば、ＮＭＲ、ＨＰＬＣなど）によって検出可能な、結合工程によるすべての産物は、所期の立体選択性を有する。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、アンチセンスオリゴヌクレオチド（例えば、ｃｈｉｒｏｍｅｒｓｅｎ）である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、ｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、アンチセンスオリゴヌクレオチド、アンタゴｍｉｒ、マイクロＲＮＡ、プレマイクロＲＮｓ、抗ｍｉｒ、スーパーｍｉｒ、リボザイム、Ｕｌアダプター、ＲＮＡアクチベーター、ＲＮＡｉ剤、デコイオリゴヌクレオチド、三重鎖形成オリゴヌクレオチド、アプタマーまたはアジュバントであり得るオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、アンチセンスオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、アンタゴｍｉｒオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、マイクロＲＮＡオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、プレマイクロＲＮＡオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、抗ｍｉｒオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、スーパーｍｉｒオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、リボザイムオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、Ｕｌアダプターオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ＲＮＡアクチベーターオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ＲＮＡｉ剤オリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、デコイオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、三重鎖形成オリゴヌクレオチドオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、アプタマーオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、アジュバントオリゴヌクレオチドのものである。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、１つまたは複数の修飾された骨格結合、塩基、および／または糖を含むオリゴヌクレオチドのものである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、２つ以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、３つ以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、４つ以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、５つ以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１１個、１２個、１３個、１４個、１５個、１６個、１７個、１８個、１９個、２０個、２１個、２２個、２３個、２４個、または２５個のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、５以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、６以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、７以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、８以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、９以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、１０以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、１１以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、１２以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、１３以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、１４以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、１５以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、１６以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、１７以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、１８以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、１９以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、２０以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、２１以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、２２以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、２３以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、２４以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、２５以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。例示的なこのようなキラルな修飾されたリン酸結合は、上および本明細書に記述される。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％のキラルな修飾されたリン酸結合を含む。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、約８０％超の立体化学的純度のものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、約８５％超の立体化学的純度のものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、約９０％超の立体化学的純度のものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、約９１％超の立体化学的純度のものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、約９２％超の立体化学的純度のものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、約９３％超の立体化学的純度のものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、約９４％超の立体化学的純度のものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、約９５％超の立体化学的純度のものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、約９６％超の立体化学的純度のものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、約９７％超の立体化学的純度のものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、約９８％超の立体化学的純度のものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、約９９％超の立体化学的純度のものである。
いくつかの実施形態において、キラルな修飾されたリン酸結合は、キラルなホスホロチオエート結合、すなわち、ホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、すべてのキラルな修飾されたリン酸結合は、キラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約２０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約３０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約４０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約５０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約６０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約７０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約８０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約９０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約９５％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｓｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約２０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約３０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約４０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約５０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約６０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約７０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約８０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約９０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの少なくとも約９５％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの約１０％未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの約２０％未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの約３０％未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの約４０％未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの約５０％未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの約６０％未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの約７０％未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの約８０％未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの約９０％未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの約９５％未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ただ１つのＲｐキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有する。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ただ１つのＲｐキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有し、ここで、すべてのヌクレオチド間結合は、キラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、キラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、キラルなホスホロチオエートジエステル結合である。いくつかの実施形態において、キラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合はそれぞれ独立して、キラルなホスホロチオエートジエステル結合である。いくつかの実施形態において、ヌクレオチド間結合はそれぞれ独立して、キラルなホスホロチオエートジエステル結合である。いくつかの実施形態において、ヌクレオチド間結合はそれぞれ独立して、キラルなホスホロチオエートジエステル結合であり、ただ１つの結合は、Ｒｐである。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、１つまたは複数の修飾塩基を含むオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、修飾塩基を含まないオリゴヌクレオチドである。例示的なこのような修飾塩基は、上および本明細書に記述される。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも８個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも９個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも１０個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも１１個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも１２個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも１３個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも１４個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも１５個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも１６個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも１７個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも１８個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも１９個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも２０個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも２１個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも２２個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも２３個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも２４個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも２５個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのものである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、少なくとも３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、または７５個の塩基の共通塩基配列を有するオリゴヌクレオチドのものである。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、糖部分で修飾される１つまたは複数の残基を含むオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、糖部分の２’位で修飾される１つまたは複数の残基を含むオリゴヌクレオチドを含む（本明細書において、「２’－修飾」と呼ぶ）。例示的なこのような修飾は、上および本明細書に記述され、２’－ＯＭｅ、２’－ＭＯＥ、２’－ＬＮＡ、２’－Ｆなどを含むが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、２’－修飾される１つまたは複数の残基を含むオリゴヌクレオチドを含む。例えば、いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－ＭＯＥ）－修飾残基である１つまたは複数の残基を含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、どのような２’－修飾も含まないオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、どのような２’－ＭＯＥ残基も含まないオリゴヌクレオチドである。すなわち、いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ＭＯＥ－修飾されない。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）オリゴヌクレオチドは、翼－コア－翼の一般的なモチーフのものである（本明細書において、一般に、Ｘ－Ｙ－Ｘとも表される）。いくつかの実施形態において、各翼は、特定の修飾を有する１つまたは複数の残基を含み、この修飾は、コア「Ｙ」部分にはない。いくつかの実施形態において、各翼は、コア部分に存在しない２’修飾を有する１つまたは複数の残基を含む。例えば、いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）オリゴヌクレオチドは、Ｘ－Ｙ－Ｘと表される翼－コア－翼モチーフを有し、ここで、各「Ｘ」部分の残基は、特定のタイプの２’－修飾残基であり、コア「Ｙ」部分の残基は、同じ特定のタイプの２’－修飾残基ではない。例えば、いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）オリゴヌクレオチドは、Ｘ－Ｙ－Ｘと表される翼－コア－翼モチーフを有し、ここで、各「Ｘ」部分の残基は、２’－ＭＯＥ－修飾残基であり、コア「Ｙ」部分の残基は、２’－ＭＯＥ－修飾残基ではない。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）オリゴヌクレオチドは、Ｘ－Ｙ－Ｘと表される翼－コア－翼モチーフを有し、ここで、各「Ｘ」部分の残基は、２’－ＭＯＥ－修飾残基であり、コア「Ｙ」部分の残基は、２’－デオキシリボヌクレオチドである。このようなＸ－Ｙ－Ｘモチーフの文脈において、上および本明細書に記述されるすべてのこのような２’－修飾が意図されることを当業者は理解されよう。
いくつかの実施形態において、各翼領域が独立して、１塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、各翼領域が独立して、２塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、各翼領域が独立して、３塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、各翼領域が独立して、４塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、各翼領域が独立して、５塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、各翼領域が独立して、６塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、各翼領域が独立して、７塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、各翼領域が独立して、８塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、各翼領域が独立して、９塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、各翼領域が独立して、１０塩基以上の長さを有する。特定の実施形態では、各翼領域が、１塩基の長さを有する。特定の実施形態では、各翼領域が、２塩基の長さを有する。特定の実施形態では、各翼領域が、３塩基の長さを有する。特定の実施形態では、各翼領域が、４塩基の長さを有する。特定の実施形態では、各翼領域が、５塩基の長さを有する。
いくつかの実施形態において、コア領域が、１塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、コア領域が、２塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、コア領域が、３塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、コア領域が、４塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、コア領域が、５塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、コア領域が、６塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、コア領域が、７塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、コア領域が、８塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、コア領域が、９塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、コア領域が、１０塩基以上の長さを有する。いくつかの実施形態において、コア領域が、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５塩基以上の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、１０塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、３塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、４塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、５塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、６塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、７塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、８塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、９塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、１０塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、１１塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、１２塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、１３塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、１４塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、１５塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、１６塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、１７塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、１８塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、１９塩基の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、１１塩基以上の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、１２塩基以上の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、１３塩基以上の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、１４塩基以上の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、１５塩基以上の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、１６塩基以上の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、１７塩基以上の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、１８塩基以上の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、１９塩基以上の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、２０塩基以上の長さを有する。特定の実施形態では、コア領域が、２０以上の塩基の長さを有する。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの翼－コア－翼（すなわち、Ｘ－Ｙ－Ｘ）モチーフは、数字で、例えば、５－１０－５と表され、これは、オリゴヌクレオチドの各翼領域が、５塩基長であり、オリゴヌクレオチドのコア領域が、１０塩基長であることを意味する。いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフは、例えば、２－１６－２、３－１４－３、４－１２－４、５－１０－５などのいずれかである。特定の実施形態では、翼－コア－翼モチーフは、５－１０－５である。
いくつかの実施形態において、このような翼－コア－翼（すなわち、Ｘ－Ｙ－Ｘ）モチーフの提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、すべてキラルな修飾されたリン酸結合である。いくつかの実施形態において、このような翼－コア－翼（すなわち、Ｘ－Ｙ－Ｘ）モチーフの提供されるオリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合は、すべてキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、このような翼－コア－翼モチーフの提供されるオリゴヌクレオチドのキラルなヌクレオチド間結合は、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、５０％、７０％、８０％、または９０％のキラルな修飾されたリン酸エステルヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、このような翼－コア－翼モチーフの提供されるオリゴヌクレオチドのキラルなヌクレオチド間結合は、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、このような翼－コア－翼モチーフの提供されるオリゴヌクレオチドのキラルなヌクレオチド間結合は、Ｓｐ構造の少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、５０％、７０％、８０％、または９０％のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフの各翼領域は、キラルな修飾されたリン酸エステルヌクレオチド間結合を含んでもよい。いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフの各翼領域は、キラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含んでもよい。いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフの各翼領域は、キラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフの２つの翼領域は、同じヌクレオチド間結合立体化学を有する。いくつかの実施形態において、２つの翼領域は、異なるヌクレオチド間結合立体化学を有する。いくつかの実施形態において、翼内のヌクレオチド間結合はそれぞれ独立して、キラルなヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフのコア領域は、キラルな修飾されたリン酸エステルヌクレオチド間結合を含んでもよい。いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフのコア領域は、キラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含んでもよい。いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを含む。いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを有する。いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを含み、ここで、繰り返しパターンは、（Ｓｐ）ｍＲｐまたはＲｐ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍは、２、３、４、５、６、７または８である。）である。いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを有し、ここで、繰り返しパターンは、（Ｓｐ）ｍＲｐまたはＲｐ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍは、２、３、４、５、６、７または８である。）である。いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを有し、ここで、繰り返しパターンは、（Ｓｐ）ｍＲｐ（式中、ｍは、２、３、４、５、６、７または８である。）である。いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを有し、ここで、繰り返しパターンは、Ｒｐ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍは、２、３、４、５、６、７または８である。）である。いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを有し、ここで、繰り返しパターンは、（Ｓｐ）ｍＲｐまたはＲｐ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍは、２、３、４、５、６、７または８である。）である。いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを有し、ここで、繰り返しパターンは、Ｓ構造に、少なくとも３３％のヌクレオチド間結合を含むモチーフである。いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを有し、ここで、繰り返しパターンは、Ｓ構造に、少なくとも５０％のヌクレオチド間結合を含むモチーフである。いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを有し、ここで、繰り返しパターンは、Ｓ構造に、少なくとも６６％のヌクレオチド間結合を含むモチーフである。いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを有し、ここで、繰り返しパターンは、ＲｐＲｐＳｐおよびＳｐＳｐＲｐから選択される繰り返しトリプレットモチーフである。いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを有し、ここで、繰り返しパターンは、繰り返しＲｐＲｐＳｐである。いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフのコア領域は、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを有し、ここで、繰り返しパターンは、繰り返しＳｐＳｐＲｐである。
いくつかの実施形態において、本発明は、コア領域の骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）ｍＲｐまたはＲｐ（Ｓｐ）ｍを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、コア領域の骨格キラル中心のパターンがＲｐ（Ｓｐ）ｍを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、コア領域の骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）ｍＲｐを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、ｍは２である。いくつかの実施形態において、本発明は、コア領域の骨格キラル中心のパターンがＲｐ（Ｓｐ）２を含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、コア領域の骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）２を含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、コア領域の骨格キラル中心のパターンが（Ｒｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）２を含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、コア領域の骨格キラル中心のパターンがＲｐＳｐＲｐ（Ｓｐ）２を含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、コア領域の骨格キラル中心のパターンがＳｐＲｐＲｐ（Ｓｐ）２を含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、コア領域の骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）２Ｒｐを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
いくつかの実施形態において、本発明は、骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）ｍＲｐまたはＲｐ（Ｓｐ）ｍを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、骨格キラル中心のパターンがＲｐ（Ｓｐ）ｍを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）ｍＲｐを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、ｍは２である。いくつかの実施形態において、本発明は、骨格キラル中心のパターンがＲｐ（Ｓｐ）２を含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）２を含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、骨格キラル中心のパターンが（Ｒｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）２を含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、骨格キラル中心のパターンがＲｐＳｐＲｐ（Ｓｐ）２を含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、骨格キラル中心のパターンがＳｐＲｐＲｐ（Ｓｐ）２を含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）２Ｒｐを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
本明細書において定義される通り、ｍは、２、３、４、５、６、７または８である。いくつかの実施形態において、ｍは、３、４、５、６、７または８である。いくつかの実施形態において、ｍは、４、５、６、７または８である。いくつかの実施形態において、ｍは、５、６、７または８である。いくつかの実施形態において、ｍは、６、７または８である。いくつかの実施形態において、ｍは、７または８である。いくつかの実施形態において、ｍは２である。いくつかの実施形態において、ｍは３である。いくつかの実施形態において、ｍは４である。いくつかの実施形態において、ｍは５である。いくつかの実施形態において、ｍは６である。いくつかの実施形態において、ｍは７である。いくつかの実施形態において、ｍは８である。
いくつかの実施形態において、繰り返しパターンは、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎであり、式中、ｎは独立して、１、２、３、４、５、６、７または８であり、ｍは独立して、上で定義され、本明細書に記述される通りである。いくつかの実施形態において、本発明は、骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、コア領域の骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、繰り返しパターンは、（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍであり、式中、ｎは独立して、１、２、３、４、５、６、７または８であり、ｍは独立して、上で定義され、本明細書に記述される通りである。いくつかの実施形態において、本発明は、骨格キラル中心のパターンが（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは（Ｒｐ）（Ｓｐ）２である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｎ（Ｒｐ）ｍは（Ｓｐ）２（Ｒｐ）である。
いくつかの実施形態において、繰り返しパターンは、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔであり、式中、ｎおよびｔはそれぞれ独立して、１、２、３、４、５、６、７または８であり、ｍは、上で定義され、本明細書に記述される通りである。いくつかの実施形態において、本発明は、骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、コア領域の骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、繰り返しパターンは、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔであり、式中、ｎおよびｔはそれぞれ独立して、１、２、３、４、５、６、７または８であり、ｍは、上で定義され、本明細書に記述される通りである。いくつかの実施形態において、本発明は、骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、コア領域の骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
いくつかの実施形態において、繰り返しパターンは、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍであり、式中、ｎおよびｔはそれぞれ独立して、１、２、３、４、５、６、７または８であり、Ｎｐは独立して、ＲｐまたはＳｐであり、ｍは、上で定義され、本明細書に記述される通りである。いくつかの実施形態において、本発明は、骨格キラル中心のパターンが（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、コア領域の骨格キラル中心のパターンが（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、繰り返しパターンは、（Ｎｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔであり、式中、ｎおよびｔはそれぞれ独立して、１、２、３、４、５、６、７または８であり、Ｎｐは独立して、ＲｐまたはＳｐであり、ｍは、上で定義され、本明細書に記述される通りである。いくつかの実施形態において、本発明は、骨格キラル中心のパターンが（Ｎｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、コア領域の骨格キラル中心のパターンが（Ｎｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔを含むオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、ＮｐはＲｐである。いくつかの実施形態において、ＮｐはＳｐである。いくつかの実施形態において、Ｎｐはすべて同じである。いくつかの実施形態において、ＮｐはすべてＳｐである。いくつかの実施形態において、少なくとも１つのＮｐは、他のＮｐとは異なる。いくつかの実施形態において、ｔは２である。
本明細書において定義される通り、ｎは、１、２、３、４、５、６、７または８である。いくつかの実施形態において、ｎは、２、３、４、５、６、７または８である。いくつかの実施形態において、ｎは、３、４、５、６、７または８である。いくつかの実施形態において、ｎは、４、５、６、７または８である。いくつかの実施形態において、ｎは、５、６、７または８である。いくつかの実施形態において、ｎは、６、７または８である。いくつかの実施形態において、ｎは、７または８である。いくつかの実施形態において、ｎは１である。いくつかの実施形態において、ｎは２である。いくつかの実施形態において、ｎは３である。いくつかの実施形態において、ｎは４である。いくつかの実施形態において、ｎは５である。いくつかの実施形態において、ｎは６である。いくつかの実施形態において、ｎは７である。いくつかの実施形態において、ｎは８である。
本明細書において定義される通り、ｔは、１、２、３、４、５、６、７または８である。いくつかの実施形態において、ｔは、２、３、４、５、６、７または８である。いくつかの実施形態において、ｔは、３、４、５、６、７または８である。いくつかの実施形態において、ｔは、４、５、６、７または８である。いくつかの実施形態において、ｔは、５、６、７または８である。いくつかの実施形態において、ｔは、６、７または８である。いくつかの実施形態において、ｔは、７または８である。いくつかの実施形態において、ｔは１である。いくつかの実施形態において、ｔは２である。いくつかの実施形態において、ｔは３である。いくつかの実施形態において、ｔは４である。いくつかの実施形態において、ｔは５である。いくつかの実施形態において、ｔは６である。いくつかの実施形態において、ｔは７である。いくつかの実施形態において、ｔは８である。
いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、２より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、３より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、４より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、５より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、６より大きい。いくつかの実施形態において、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、７より大きい。
いくつかの実施形態において、ｎは１であり、ｍおよびｔのうちの少なくとも１つは、１より大きい。いくつかの実施形態において、ｎは１であり、ｍおよびｔはそれぞれ独立して、１より大きい。いくつかの実施形態において、ｍ＞ｎおよびｔ＞ｎである。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔは、（Ｓｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）２である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは（Ｓｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）２である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍはＳｐＲｐ（Ｓｐ）２である。いくつかの実施形態において、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは（Ｎｐ）ｔＲｐ（Ｓｐ）ｍである。いくつかの実施形態において、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは（Ｎｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）ｍである。いくつかの実施形態において、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは（Ｒｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）ｍである。いくつかの実施形態において、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは（Ｓｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）ｍである。いくつかの実施形態において、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍはＲｐＳｐＲｐ（Ｓｐ）ｍである。いくつかの実施形態において、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍはＳｐＲｐＲｐ（Ｓｐ）ｍである。
いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍはＳｐＲｐＳｐＳｐである。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは（Ｓｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）２である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは（Ｓｐ）３Ｒｐ（Ｓｐ）３である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは（Ｓｐ）４Ｒｐ（Ｓｐ）４である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは（Ｓｐ）ｔＲｐ（Ｓｐ）５である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍはＳｐＲｐ（Ｓｐ）５である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは（Ｓｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）５である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは（Ｓｐ）３Ｒｐ（Ｓｐ）５である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは（Ｓｐ）４Ｒｐ（Ｓｐ）５である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍは（Ｓｐ）５Ｒｐ（Ｓｐ）５である。
いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔは（Ｓｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）２である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔは（Ｓｐ）３Ｒｐ（Ｓｐ）３である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔは（Ｓｐ）４Ｒｐ（Ｓｐ）４である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔは（Ｓｐ）ｍＲｐ（Ｓｐ）５である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔは（Ｓｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）５である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔは（Ｓｐ）３Ｒｐ（Ｓｐ）５である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔは（Ｓｐ）４Ｒｐ（Ｓｐ）５である。いくつかの実施形態において、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔは（Ｓｐ）５Ｒｐ（Ｓｐ）５である。
いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフのコア領域は、少なくとも１つのＲｐヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフのコア領域は、少なくとも１つのＲｐホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフのコア領域は、少なくとも２つのＲｐヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフのコア領域は、少なくとも２つのＲｐホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフのコア領域は、少なくとも３つのＲｐヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフのコア領域は、少なくとも３つのＲｐホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフのコア領域は、少なくとも４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個のＲｐヌクレオチド間結合を含む。いくつかの実施形態において、翼－コア－翼モチーフのコア領域は、少なくとも４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個のＲｐホスホロチオエートヌクレオチド間結合を含む。
特定の実施形態では、翼－コア－翼モチーフは、各「Ｘ」翼領域の残基が、２’－ＭＯＥ－修飾残基である５－１０－５モチーフである。特定の実施形態では、翼－コア－翼モチーフは、コア「Ｙ」領域の残基が、２’－デオキシリボヌクレオチド残基である５－１０－５モチーフである。特定の実施形態では、翼－コア－翼モチーフは、５－１０－５モチーフであり、ここで、すべてのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。特定の実施形態では、翼－コア－翼モチーフは、５－１０－５モチーフであり、ここで、すべてのヌクレオシド間結合は、キラルなホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。特定の実施形態では、翼－コア－翼モチーフは、各「Ｘ」翼領域の残基が、２’－ＭＯＥ－修飾残基であり、コア「Ｙ」領域の残基が、２’－デオキシリボヌクレオチドであり、すべてのヌクレオシド間結合が、キラルなホスホロチオエートヌクレオシド間結合である５－１０－５モチーフである。
特定の実施形態では、翼－コア－翼モチーフは、各「Ｘ」翼領域の残基が、２’－ＭＯＥ－修飾残基ではない５－１０－５モチーフである。特定の実施形態では、翼－コア－翼モチーフは、コア「Ｙ」領域の残基が、２’－デオキシリボヌクレオチド残基である５－１０－５モチーフである。特定の実施形態では、翼－コア－翼モチーフは、５－１０－５モチーフであり、ここで、すべてのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。特定の実施形態では、翼－コア－翼モチーフは、５－１０－５モチーフであり、ここで、すべてのヌクレオシド間結合は、キラルなホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。特定の実施形態では、翼－コア－翼モチーフは、各「Ｘ」翼領域の残基が、２’－ＭＯＥ－修飾残基ではなく、コア「Ｙ」領域の残基が、２’－デオキシリボヌクレオチドであり、すべてのヌクレオシド間結合が、キラルなホスホロチオエートヌクレオシド間結合である５－１０－５モチーフである。
特定の実施形態では、提供されるキラル制御された（および／または立体化学的に純粋な）調製物は、塩基配列ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣのオリゴヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、本発明は、オリゴヌクレオチドの立体化学設計パラメータ（ｓｔｅｒｅｏｃｈｅｍｉｃａｌ ｄｅｓｉｇｎ ｐａｒａｍｅｔｅｒ）を提供する。すなわち、とりわけ、本開示は、例えば、同種リガンドおよび／またはプロセシング酵素を有するオリゴヌクレオチドの相互作用に対する影響を含む、オリゴヌクレオチドの安定性および／または活性に対する、オリゴヌクレオチド鎖に沿った異なる位置の立体化学構造の影響を示す。本発明は、具体的には、構造が、設計パラメータを取り入れ、または反映したオリゴヌクレオチドを提供する。このようなオリゴヌクレオチドは、同じ塩基配列および長さを有するステレオランダムな調製物に比べて新規な化学的実体である。
いくつかの実施形態において、本発明は、アンチセンスオリゴヌクレオチドの立体化学設計パラメータを提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、具体的には、リボヌクレアーゼＨにより結合および／または切断されてもよいオリゴヌクレオチドの設計パラメータを提供する。１つの（ｏｍｅ）実施形態では、本発明は、ｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチドの立体化学設計パラメータを提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、具体的には、例えば、ＤＩＣＥＲ、アルゴノートタンパク質（例えば、アルゴノート－１およびアルゴノート－２）などにより結合および／または切断されてもよいオリゴヌクレオチドの設計パラメータを提供する。
いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも１個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも２個がキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも３個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも４個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも５個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも６個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも７個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも８個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも９個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうち１個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうち２個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうち３個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうち４個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうち５個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうち６個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうち７個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうち８個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうち９個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうち１０個がキラルである領域を含む。
いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも１個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも２個はキラルである。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも３個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも４個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも５個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも６個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも７個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうち１個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうち２個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうち３個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうち４個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうち５個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうち６個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうち７個がキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうち８個がキラルである領域を含む。
いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも１個が、キラルであり、少なくとも１個のヌクレオチド間結合が、アキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも１個が、キラルであり、少なくとも１個のヌクレオチド間結合が、アキラルである領域を含む。いくつかの実施形態において、少なくとも２個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも２つのヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも３つのヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも４つのヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも５つのヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも６つのヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも７つのヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも８つのヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも９つのヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１０個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１１個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１２個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１３個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１４個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１５個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１６個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１７個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１８個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１９個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも２０個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、１つのヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、２つのヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、３つのヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、４つのヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、５つのヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、６つのヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、７つのヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、８つのヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、９つのヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、１0個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、１１個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、１２個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、１３個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、１４個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、１５個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、１６個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、１７個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、１８個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、１９個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、２０個のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、１つのヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、２つのヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、キラルである１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも１個を除く、すべてのヌクレオチド間結合がアキラルである領域を含む。
いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも１個がキラルであり、少なくとも１個のヌクレオチド間結合が、リン酸エステルである領域を含む。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも１個がキラルであり、少なくとも１個のヌクレオチド間結合が、リン酸エステルである領域を含む。いくつかの実施形態において、少なくとも２個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、少なくとも３個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、少なくとも４個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、少なくとも５個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、少なくとも６個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、少なくとも７個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、少なくとも８個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、少なくとも９個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１０個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１１個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１２個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１３個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１４個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１５個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１６個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１７個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１８個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、少なくとも１９個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、少なくとも２０個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、１個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、２個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、３個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、４個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、５個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、６個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、７個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、８個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、９個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、１０個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、１１個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、１２個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、１３個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、１４個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、１５個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、１６個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、１７個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、１８個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、１９個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、２０個のヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、１つのヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、２つのヌクレオチド間結合は、リン酸エステルである。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、キラルである１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも１個を除く、すべてのヌクレオチド間結合がリン酸エステルである領域を含む。
いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、８番目、９番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも１個がキラルの領域を含み、そして少なくとも、その領域における全体の内の１０％のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも１個がキラルの領域を含み、そして少なくとも、その領域における全体の内の１０％のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも、その領域における全体の内の２０％のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも、その領域における全体の内の３０％のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも、その領域における全体の内の４０％のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも、その領域における全体の内の５０％のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも、その領域における全体の内の６０％のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも、その領域における全体の内の７０％のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも、その領域における全体の内の８０％のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも、その領域における全体の内の９０％のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、少なくとも、その領域における全体の内の５０％のヌクレオチド間結合はアキラルである。いくつかの実施形態において、単一のアキラルなヌクレオチド間結合はリン酸結合である。いくつかの実施形態において、それぞれのアキラルなヌクレオチド間結合はリン酸結合である。
いくつかの実施形態において、領域の１番目のヌクレオチド間結合は、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の１番目のヌクレオチド間結合は、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の２番目のヌクレオチド間結合は、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の２番目のヌクレオチド間結合は、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の３番目のヌクレオチド間結合は、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の３番目のヌクレオチド間結合は、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の５番目のヌクレオチド間結合は、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の７番目のヌクレオチド間結合は、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の７番目のヌクレオチド間結合は、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の８番目のヌクレオチド間結合は、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の８番目のヌクレオチド間結合は、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の５番目のヌクレオチド間結合は、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の９番目のヌクレオチド間結合は、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の９番目のヌクレオチド間結合は、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の１８番目のヌクレオチド間結合は、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の１８番目のヌクレオチド間結合は、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の１９番目のヌクレオチド間結合は、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の１９番目のヌクレオチド間結合は、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の２０番目のヌクレオチド間結合は、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である。いくつかの実施形態において、領域の２０番目のヌクレオチド間結合は、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である。
いくつかの実施形態において、領域は、少なくとも２１塩基の長さを有する。いくつかの実施形態において、領域は、２１塩基の長さを有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、少なくとも２１塩基の長さを有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、２１塩基の長さを有する。
いくつかの実施形態において、キラルなヌクレオチド間結合は、式Ｉの構造を有する。いくつかの実施形態において、キラルなヌクレオチド間結合はホスホロチオエートである。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドのキラルなヌクレオチド間結合それぞれは独立して、式Ｉの構造を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドのキラルなヌクレオチド間結合はそれぞれ、ホスホロチオエートである。
当業者には既知であり、かつ、本開示に記載の通り、様々な修飾を糖部分の２’－位に導入することができる。一般に用いられる２’－修飾は、２’－ＯＲ１（式中、Ｒ１は水素ではない。）を含むが、これに限定されない。いくつかの実施形態において、修飾は２’－ＯＲ（式中、Ｒは、置換脂肪族でもよい。）である。いくつかの実施形態において、修飾は２’－ＯＭｅである。いくつかの実施形態において、修飾は２’－Ｏ－ＭＯＥである。いくつかの実施形態において、本発明は、特定のキラル純粋なヌクレオチド間結合の含有および／または位置が、修飾された骨格結合、塩基、および／または糖の使用により実現される安定性の改善と同等か、それよりも良い安定性の改善をもたらし得ることを示す。いくつかの実施形態において、提供される提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、糖上に修飾を持たない。いくつかの実施形態において、提供される提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、糖の２’－位に修飾を持たない（すなわち、２’－位の２つの基は、－Ｈ／－Ｈまたは－Ｈ／－ＯＨのいずれかである）。いくつかの実施形態において、提供される提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、どのような２’－ＭＯＥ修飾も持たない。
いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物と比べて、アルゴノートタンパク質（例えば、ｈＡｇｏ－１およびｈＡｇｏ－２）のより良い基質である。本開示（ｐｒｅｓｅｎｔ ｃｌｏｓｕｒｅ）に記載のキラル純粋な結合の選択および／または位置は、ｓｉＲＮＡなど、このようなタンパク質と相互に作用するオリゴヌクレオチドに有用な設計パラメータである。
いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約２５％を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約３０％を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約３５％を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約４０％を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約４５％を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約５０％を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約５５％を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約６０％を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約６５％を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約７０％を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約７５％を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約８０％を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約８５％を有する。いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置に、そのヌクレオチド間結合の少なくとも約９０％を有する。
いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、以下から選択されるオリゴヌクレオチドではない：
Figure 0007224319000007
下線のヌクレオチドは、２’－修飾されている。
いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、以下から選択されるオリゴヌクレオチドではない：
Figure 0007224319000008
下線のヌクレオチドは、２’－Ｏ－ＭＯＥ修飾されている。
いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、以下から選択されるオリゴヌクレオチドではない：
Figure 0007224319000009
表中、小文字は、２’－ＯＭｅ ＲＮＡ残基を表す；大文字は、２’－ＯＨ ＲＮＡ残基を表す；太字および「ｓ」は、ホスホロチオエート部分を示す；
Figure 0007224319000010
表中、小文字は、２’－ＯＭｅ ＲＮＡ残基を表す；大文字は、ＲＮＡ残基を表す；ｄ＝２’－デオキシ残基；「ｓ」は、ホスホロチオエート部分を示す；
Figure 0007224319000011
Figure 0007224319000012
表中、小文字は、２’－ＯＭｅ ＲＮＡ残基を表す；大文字は、ＲＮＡ残基を表す；ｄ＝２’－デオキシ残基；「ｓ」は、ホスホロチオエート部分を示す；
Figure 0007224319000013
表中、小文字は、２’－ＯＭｅ ＲＮＡ残基を表す；大文字は、２’－Ｆ ＲＮＡ残基を表す；ｄ＝２’－デオキシ残基；「ｓ」は、ホスホロチオエート部分を示す；
Figure 0007224319000014
Figure 0007224319000015
表中、小文字は、２’－ＯＭｅ ＲＮＡ残基を表す；大文字は、２’－Ｆ ＲＮＡ残基を表す；ｄ＝２’－デオキシ残基；「ｓ」は、ホスホロチオエート部分を示す。
いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、以下から選択されるオリゴヌクレオチドではない：
ｄ［ＡＲＣＳＡＲＣＳＡＲＣＳＡＲＣＳＡＲＣ］、ｄ［ＣＳＣＳＣＳＣＲＣＲＣＳＣＳＣＳＣＳＣ］、ｄ［ＣＳＣＳＣＳＣＳＣＳＣＳＣＲＣＲＣＳＣ］およびｄ［ＣＳＣＳＣＳＣＳＣＳＣＲＣＲＣＳＣＳＣ］（式中、Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合である）。
いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、以下から選択されるオリゴヌクレオチドではない：ＧＧＡＲＴＳＧＲＴＳＴＲ ｍＣＳＴＣＧＡ、ＧＧＡＲＴＲＧＳＴＳＴＲ ｍＣＲＴＣＧＡ、ＧＧＡＳＴＳＧＲＴＲＴＳ ｍＣＳＴＣＧＡ（式中、Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、他のすべての結合は、ＰＯであり、各ｍＣは、５－メチルシトシン修飾ヌクレオシドである）。
いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、以下から選択されるオリゴヌクレオチドではない：ＴｋＴｋ ｍＣｋＡＧＴｍＣＡＴＧＡｍＣＴｋＴｍＣｋ ｍＣｋ（式中、下付きの「ｋ」が続く各ヌクレオシドは、（Ｓ）－ｃＥｔ修飾を示し、Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、各ｍＣは、５－メチルシトシン修飾ヌクレオシドであり、すべてのヌクレオシド間結合は、ＲＳＳＳＲＳＲＲＲＳ、ＲＳＳＳＳＳＳＳＳＳＳ、ＳＲＲＳＲＳＳＳＳＲ、ＳＲＳＲＳＳＲＳＳＲ、ＲＲＲＳＳＳＲＳＳＳ、ＲＲＲＳＲＳＳＲＳＲ、ＲＲＳＳＳＲＳＲＳＲ、ＳＲＳＳＳＲＳＳＳＳ、ＳＳＲＲＳＳＲＳＲＳ、ＳＳＳＳＳＳＲＲＳＳ、ＲＲＲＳＳＲＲＲＳＲ、ＲＲＲＲＳＳＳＳＲＳ、ＳＲＲＳＲＲＲＲＲＲ、ＲＳＳＲＳＳＲＲＲＲ、ＲＳＲＲＳＲＲＳＲＲ、ＲＲＳＲＳＳＲＳＲＳ、ＳＳＲＲＲＲＲＳＲＲ、ＲＳＲＲＳＲＳＳＳＲ、ＲＲＳＳＲＳＲＲＲＲ、ＲＲＳＲＳＲＲＳＳＳ、ＲＲＳＲＳＳＳＲＲＲ、ＲＳＲＲＲＲＳＲＳＲ、ＳＳＲＳＳＳＲＲＲＳ、ＲＳＳＲＳＲＳＲＳＲ、ＲＳＲＳＲＳＳＲＳＳ、ＲＲＲＳＳＲＲＳＲＳ、ＳＲＲＳＳＲＲＳＲＳ、ＲＲＲＲＳＲＳＲＲＲ，ＳＳＳＳＲＲＲＲＲＳＲ、ＲＲＲＲＲＲＲＲＲＲ及びＳＳＳＳＳＳＳＳＳＳから選択される立体化学パターンを含むホスホロチオエート（ＰＳ）である）。
いくつかの実施形態において、提供される組成物の単一のオリゴヌクレオチドは、以下から選択されるオリゴヌクレオチドではない：ＴｋＴｋ ｍＣｋＡＧＴｍＣＡＴＧＡｍＣＴＴｋ ｍＣｋ ｍＣｋ（式中、下付きの「ｋ」が続く各ヌクレオシドは、（Ｓ）－ｃＥｔ修飾を示し、Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、各ｍＣは、５－メチルシトシン修飾ヌクレオシドであり、すべてのヌクレオシド間結合は、ＲＳＳＳＲＳＲＲＲＳ、ＲＳＳＳＳＳＳＳＳＳＳ、ＳＲＲＳＲＳＳＳＳＲ、ＳＲＳＲＳＳＲＳＳＲ、ＲＲＲＳＳＳＲＳＳＳ、ＲＲＲＳＲＳＳＲＳＲ、ＲＲＳＳＳＲＳＲＳＲ、ＳＲＳＳＳＲＳＳＳＳ、ＳＳＲＲＳＳＲＳＲＳ、ＳＳＳＳＳＳＲＲＳＳ、ＲＲＲＳＳＲＲＲＳＲ、ＲＲＲＲＳＳＳＳＲＳ、ＳＲＲＳＲＲＲＲＲＲ、ＲＳＳＲＳＳＲＲＲＲ、ＲＳＲＲＳＲＲＳＲＲ、ＲＲＳＲＳＳＲＳＲＳ、ＳＳＲＲＲＲＲＳＲＲ、ＲＳＲＲＳＲＳＳＳＲ、ＲＲＳＳＲＳＲＲＲＲ、ＲＲＳＲＳＲＲＳＳＳ、ＲＲＳＲＳＳＳＲＲＲ、ＲＳＲＲＲＲＳＲＳＲ、ＳＳＲＳＳＳＲＲＲＳ、ＲＳＳＲＳＲＳＲＳＲ、ＲＳＲＳＲＳＳＲＳＳ、ＲＲＲＳＳＲＲＳＲＳ、ＳＲＲＳＳＲＲＳＲＳ、ＲＲＲＲＳＲＳＲＲＲ，ＳＳＳＳＲＲＲＲＲＳＲ、ＲＲＲＲＲＲＲＲＲＲ及びＳＳＳＳＳＳＳＳＳＳから選択される立体化学パターンを含むホスホロチオエート（ＰＳ）である）。
修飾オリゴヌクレオチド構造
上述の通り、さまざまな用途および症状におけるオリゴヌクレオチド組成物の有用性を考慮して、当業者は、天然のオリゴヌクレオチド分子と比較し、例えば、特定の用途および症状に利用される、好ましいまたは望ましい特性や性質を有し得るオリゴヌクレオチド構造の修飾の開発の努力を行ってきた。そのような例示的な修飾が、以下に記載される。
国際公開第２０１０／１４１４７１号（以下「Ｔｒａｖｅｒｓａ Ｉ」）は、還元された正味ポリアニオン電荷を有するように修飾された異なる種類の核酸構成の修飾を教示している。国際公開第２０１０／０３９５４３号（以下「Ｔｒａｖｅｒａ ＩＩ」）は、還元ポリアニオン電荷を用いた中性ポリヌクレオチド（ＮＮ）の組成物および作製方法を教示している。国際公開第２００８／００８４７６号（ここでは、「Ｔｒａｖｅｒｓａ ＩＩＩ」）は、ＳＡＴＥ（Ｉｍｂａｃｈ－タイプ）リン酸プロドラッグの合成について記載している。Ｔｒａｖｅｒｓａ Ｉ、ＩＩおよびＩＩＩは、本発明に記載されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド、その組成物、およびそれを用いた作成方法を開示していない。
国際公開第２０１０／０７２８３１号（以下「Ｇｉｒｉｎｄｕｓら」）もまた、オリゴヌクレオチドの修飾を教示している。特に、Ｇｉｒｉｎｄｕｓらは、プロドラッグとしてのホスホロチオエートトリエステルを生成する硫化剤の使用を開示している。Ｇｉｒｉｎｄｕｓらは、本発明に記載されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド、その組成物、およびそれを用いた作成方法を開示していない。
同様に、国際公開第２００４／０８５４５４号（以下「Ａｖｅｃｉａ Ｉ」）は、例えば、ポリ－Ｈ－ホスホネートジエステルの一時的なシリル化を通じたホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの調製について教示している。国際公開第２００１／０２７１２６号（以下「Ａｖｅｃｉａ ＩＩ」）は、Ｈ－ホスホネートモノマーを固体支持された５’－ヒドロキシルオリゴヌクレオチドにカップリングし、さらに、得られたＨ－ホスホネートジエステルをホスホロチオエートトリエステルに硫化するホスホトリエステルオリゴヌクレオチドの固相合成のプロセスを教示している。国際公開第２００１／０６４７０２号（以下「Ａｖｅｃｉａ ＩＩＩ」）の開示は、Ａｖｅｃｉａ ＩＩに類似しており、さらに異なる固体支持体に関する固相合成を記載している。Ａｖｅｃｉａ Ｉ、ＩＩ、およびＩＩＩは、本発明に記載されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド、その組成物、およびそれを用いた作成方法を開示していない。
国際公開第１９９７／００６１８３号（以下「Ｃｈｉｒｏｎ」）は、カチオンインターヌクレオチド結合を有し、立体的に純粋なアミド化物などの非対称のリンを含むオリゴヌクレオチドを教示している。Ｃｈｉｒｏｎは、ジアステレオマーの混合物または例えば、カラムクロマトグラフィーなどの解決手段を用いて結晶化させて得られた立体的に純粋なオリゴヌクレオチドを教示している。Ｃｈｉｒｏｎは、本発明に記載されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド、その組成物、およびそれを用いた作成方法を教示していない。
国際公開第２００９／１４６１２３号（以下「Ｓｐｒｉｎｇ Ｂａｎｋ Ｉ」）は、置換されたリン酸オリゴヌクレオチドおよびホスホロチオエートトリエステルを用いた、ウイルス感染を治療する組成物および方法を開示している。国際公開第２００７／０７０５９８号（以下「Ｓｐｒｉｎｇ Ｂａｎｋ ＩＩ」）は、抗ウイルス核酸としてのホスホトリエステルプロドラッグおよびホスホロチオエートプロドラッグの合成について教示している。Ｓｐｒｉｎｇ Ｂａｎｋ ＩおよびＩＩは、本発明に記載されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド、その組成物、およびそれを用いた作成方法を開示していない。
欧州特許第０７７９８９３号（以下「Ｈｙｂｒｉｄｏｎ」）は、アンチセンスオリゴヌクレオチドの多くの細胞を取り込む脂溶性プロドラッグを教示しており、ＲｐおよびＳｐホスホロチオエートおよびホスホロチオエートトリエステルダイマーは、異なる酵素安定性を有することを確認した。Ｈｙｂｒｉｄｏｎは、本発明に記載されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド、その組成物、およびそれを用いた作成方法を開示していない。
国際公開第１９９７／０４７６３７号（以下「Ｉｍｂａｃｈ Ｉ」）は、一般的にＩｍｂａｃｈ「ＳＡＴＥ」（Ｓ－アシルチオエチル）プロドラッグオリゴヌクレオチド組成物および方法を教示している。Ｉｍｂａｃｈ Ｉは、例えば、生物可逆性ホスホトリエステルプロドラッグ、および合成後のアルキル化またはプロドラッグ基を含むホスホラミダイトを用いたあるプロドラッグオリゴヌクレオチドの調製を記載している。米国特許第６，１２４，４４５号（以下「Ｉｍｂａｃｈ ＩＩ」）は、修飾アンチセンスおよびキメラプロドラッグオリゴヌクレオチドを教示している。Ｉｍｂａｃｈ ＩおよびＩＩは、本発明に記載されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド、その組成物、およびそれを用いた作成方法を開示していない。
国際公開第２００６／０６５７５１号（以下「Ｂｅａｕｃａｇｅ」）は、熱的に不安定な置換基（ホスホラミダイトモノマーを通じて導入される置換基）を含むＣｐＧオリゴヌクレオチドホスホロチオエートプロドラッグおよびその用途について教示している。Ｂｅａｕｃａｇｅは、本発明に記載されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド、その組成物、およびそれを用いた作成方法を開示していない。
Ｔａｋｅｓｈｉ Ｗａｄａらは、アミダイトキラル補助剤を用いたＰ－キラル核酸の立体制御された合成の新規方法を開発した（日本特許第４３４８０７７号、国際公開第２００５／０１４６０９号、国際公開第２００５／９２９０９号、および国際公開第２０１０／０６４１４６号、ここで「Ｗａｄａ Ｉ」と順に呼ぶ）。特に、国際公開第２０１０／０６４１４６号（ここで「Ｗａｄａ ＩＩ」と呼ぶ）は、リンにおける立体化学的な配置が制御された、リン酸原子修飾核酸の合成方法を開示している。しかしながら、Ｗａｄａ ＩＩの方法は、各キラル結合したリン酸の個々のＰ－修飾を制御および設計された方法で提供していないという点において限定される。つまり、Ｗａｄａ ＩＩのＰ－修飾の結合方法は、一度、所望の長さに作られると、結合したリン酸で質量変更され、例えば、所望のホスホロチオエートジエステル、ホスホロアミド酸またはボラノリン酸または別のそのようなリン原子修飾核酸を提供する、縮合中間体ポリＨ－ホスホネートオリゴヌクレオチド鎖の生成を提供する（文献中、ルートＢと呼ぶ、スキーム６、３６頁）。さらに、Ｗａｄａ ＩＩのＨ－ホスホネートオリゴヌクレオチド鎖は、より短い長さである（例えば、ダイマー、トリマー、またはテトラマー）。キャッピングステップ、経路Ｂにおいてキャッピングステップが含まれておらず、それは「ｎ－１」型副生成物の蓄積の結果として、一般的に低い純度を示す事実と組み合わせると、Ｗａｄａ ＩＩ経路には、より長いオリゴヌクレオチドの合成に関して限定が含まれる。Ｗａｄａ ＩＩは、特定のオリゴヌクレオチドが、結合した各リン酸での異なる修飾を含みうることが予想されると一般的に企図するが、Ｗａｄａ ＩＩでは、そのような制御された修飾を繰り返し組み込む、本明細書に記載する方法を記載または示唆していない。Ｗａｄａ ＩＩは、結合したリン酸での修飾より前にＨ－ホスホネート中間体オリゴヌクレオチドが完全に組み込まれることを必要としない合成サイクルを記載している限りにおいて（文献中では、ルートＡ、３５頁、スキーム５、「ルートＡを通じた式１のキラルＸ－ホスホネート部分を含む核酸の合成」と呼ぶ）、この一般的な開示は、本発明によって提供される、あるＰ－修飾を組み込むために必要とされる重要なステップを教示しておらず、このサイクルがキラル制御されたＰ－修飾のオリゴヌクレオチドの合成、特により長いオリゴヌクレオチドの合成において、有用となり得るほどの効率性や多様性を有しているわけでもない。
Ｗａｄａ ＩＩにおける少なくともそのような１つの非効率性は、Ｗａｄａ ｅｔ ａｌの国際公開第２０１２／０３９４４８号（以下「Ｗａｄａ ＩＩＩ」）によって記載されている。Ｗａｄａ ＩＩＩは、新規キラル補助剤をＷａｄａ ＩＩの方法に使用して、一度構築したＨ－ホスホネートオリゴヌクレオチドを生成し、連続的に修飾して、とりわけ、ホスホロチオエートなどを得ることを開示している。Ｗａｄａらは、Ｗａｄａ ＩＩで開示されている４つの種類のキラル補助剤は、結合したリン酸において、リンとの強い結合を形成するため、効率的に除去できないことをＷａｄａ ＩＩＩの中で確認した。Ｗａｄａ ＩＩＩは、Ｗａｄａ ＩＩのキラル補助剤を除去するためには、オリゴヌクレオチド生成物の統合性を損なう傾向がある厳しい条件が必要とされる、と記載している。Ｗａｄａ ＩＩＩは、長鎖オリゴヌクレオチドを合成する場合、この点が特に問題であることを確認した。その理由としては、少なくとも分解反応が進むにつれ、さらにオリゴヌクレオチド生成物と反応し、オリゴヌクレオチド生成物を分解する更なる副生成物が生成されるためである。したがって、Ｗａｄａ ＩＩＩは、ＳＮ１の仕組みを用いて、弱酸性の状態下でＨ－ホスホネートインターヌクレオチド結合を開放し（ルートＢ）、または、比較的弱塩基性条件下のβ－除去経路を通じてオリゴヌクレオチドから効率よく切断できるキラル補助剤を提供している。
化学および合成の技術分野の当業者は、例えば、本発明により提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドの生成に関連する複雑さを容易に理解できるであろう。例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを合成および単離するために、モノマー１回ごとの添加の条件は、以下のとおりになるように設計されなければならない。（１）化学作用は、増加するオリゴヌクレオチドの各部分と適合する；（２）各モノマーを添加する間に生成される副生成物は、増加するオリゴヌクレオチドの構成的および立体化学的な統合性を損なわない；および（３）最終粗生成物の組成は、所望のキラル制御されたオリゴヌクレオチド生成物を単離させる組成である。
オリゴヌクレオチドホスホロチオエートは、治療の潜在的な可能性を示した（Ｓｔｅｉｎ ｅｔ ａｌ．， Ｓｃｉｅｎｃｅ （１９９３）， ２６１：１００４－１２； Ａｇｒａｗａｌ ｅｔ ａｌ．， Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓ． ａｎｄ Ｄｅｖ． （１９９２）， ２：２６１－６６； Ｂａｙｅｖｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｒｅｓ． ａｎｄ Ｄｅｖ． （１９９３）， ３：３８３－３９０）。ホスホロチオエートの立体化学と関連せずに調製されたオリゴヌクレオチドホスホロチオエートは、２ｎジアステレオマーの混合物として存在し、ここでｎは、インターヌクレオチドホスホロチオエート結合の数である。これらのジアステレオマーホスホロチオエートの化学的および生物学的な特性は、他のものとは明確に異なり得る。例えば、Ｗａｄａら（Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｓｙｍｐｏｓｉｕｍ Ｓｅｒｉｅｓ Ｎｏ． ５１ ｐ． １１９－１２０； ｄｏｉ：１０．１０９３／ｎａｓｓ／ｎｒｍ０６０）は、立体的に定義された－（Ｒｐ）－（Ｕｐｓ）９Ｕ／（Ａｐ）９Ａ二本鎖は、通常の－（Ｕｐ）９Ｕ／（Ａｐ）９Ａおよび立体的に定義され二本鎖を形成しなかった－（Ｓｐ）－（Ｕｐｓ）９Ｕよりも、より高いＴｍ値を示すことを発見した。別の例において、Ｔａｎｇらによる研究は、（Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ （１９９５）， １４：９８５－９９０）立体的に純粋なＲｐオリゴデオキシリボヌクレオシドホスホロチオエートは、定義されていないリンキラリティを有する親オリゴデオキシリボヌクレオシドホスホロチオエートよりも、ヒト血清に内在するヌクレアーゼに対して低い安定性を有することが発見された。
キラル制御されたオリゴヌクレオチドおよびキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物
本発明は、粗高純度および高ジアステレオマー純度のキラル制御されたオリゴヌクレオチド、およびキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、粗純度が高いキラル制御されたオリゴヌクレオチド、およびキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド、およびキラル制御されたジアステレオマーの純度が高いオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
いくつかの実施形態において、本発明は、
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン
を有することにより定義されるオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、この組成物は、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％が、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する、単一のオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物である。
いくつかの実施形態において、本発明は、同じオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、単一のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して組成物が濃縮されるオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、同じオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン
を共有する単一のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して組成物が濃縮されるオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
いくつかの実施形態において、本発明は、
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン
によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、この組成物は、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御される。
いくつかの実施形態において、当業者には理解されるように、オリゴヌクレオチドの実質的にラセミの（またはキラル制御されない）調製物において、結合工程は、立体選択性を向上させるように特異的に行われないという点で、すべてまたはほとんどの結合工程はキラル制御されない。オリゴヌクレオチドの例示的な実質的にラセミの調製物は、テトラエチルチウラムジスルフィド（ｔｔｅｒａｅｔｈｙｌｔｈｉｕｒａｍ ｄｉｓｕｌｆｉｄｅ）または（ＴＥＴＤ）または３Ｈ－１，２－ベンゾジチオール（ｂｅｎｓｏｄｉｔｈｉｏｌ）－３－オン１，１－ジオキシド（ＢＤＴＤ）のいずれかで亜リン酸トリエステルを硫化する当技術分野において周知のプロセスによるホスホロチオエートオリゴヌクレオチドの調製物である。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物は、実質的にラセミのオリゴヌクレオチド組成物（またはキラル制御されないオリゴヌクレオチド組成物）をもたらす。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、オリゴヌクレオチドタイプの実質的に純粋な調製物であり、ここで、オリゴヌクレオチドタイプのものではない組成物中のオリゴヌクレオチドは、前記オリゴヌクレオチドタイプの調製プロセスからの（ｆｏｒｍ）（場合によっては、特定の精製手順後の）不純物である。
いくつかの実施形態において、本発明は、キラル結合したリン酸に関してジアステレオマー的に純粋なインターヌクレオチド結合を１以上含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、式Ｉの構造を有するジアステレオマー的に純粋なインターヌクレオチド結合を１以上含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、キラル結合したリン酸に関してジアステレオマー的に純粋なインターヌクレオチド結合を１以上、およびリン酸ジエステル結合を１以上含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、ジアステレオマー的に純粋な式Ｉの構造を有するインターヌクレオチド結合を１以上、およびリン酸ジエステル結合を１以上含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、ジアステレオマー的に純粋な式Ｉ－ｃの構造を有するインターヌクレオチド結合を１以上、およびリン酸ジエステル結合を１以上含むオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、そのようなオリゴヌクレオチドは、本出願に記載されるとおり、立体選択的オリゴヌクレオチド合成を使用して調製され、キラル結合したリン酸に関して予め設計されたジアステレオマー的に純粋なインターヌクレオチド結合を形成する。例えば、（Ｒｐ／Ｓｐ，Ｒｐ／Ｓｐ，Ｒｐ／Ｓｐ，Ｒｐ，Ｒｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，ＳｐＳｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｓｐ，Ｒｐ，Ｒｐ，Ｒｐ，Ｒｐ，Ｒｐ）－ｄ［ＧｓＣｓＣｓＴｓＣｓＡｓＧｓＴｓＣｓＴｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＧｓ１Ｃｓ１Ａｓ１ＣｓＣ］で示される１つの例示的なオリゴヌクレオチドにおいて、始めの３つのインターヌクレオチド結合は、従来のオリゴヌクレオチド合成方法を用いて作製され、ジアステレオマー的に純粋なインターヌクレオチド結合は、本出願に記載されるとおり、立体化学的な制御により作製される。例示的なインターヌクレオチド結合には、式Ｉの構造を有する結合も含まれるが、さらに以下に記載される。
いくつかの実施形態において、本発明は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチド内の個々のインターヌクレオチド結合の少なくとも２個は、互いに異なる立体化学および／または異なるＰ－修飾を有する。ある特定の実施形態において、本発明は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチド内の少なくとも２個の個々のインターヌクレオチド結合は、互いに異なるＰ－修飾を有する。ある特定の実施形態において、本発明は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチド内の個々のインターヌクレオチド結合の少なくとも２個は、異なるＰ－修飾を互いに有し、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個のリン酸ジエステルインターヌクレオチド結合を含む。ある特定の実施形態において、本発明は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチド内の個々のインターヌクレオチド結合の少なくとも２個は、異なるＰ－修飾を互いに有し、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個のリン酸ジエステルインターヌクレオチド結合および少なくとも１個のホスホロチオエートジエステルインターヌクレオチド結合を含む。ある特定の実施形態において、本発明は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチド内の個々のインターヌクレオチド結合の少なくとも２個は、異なるＰ－修飾を互いに有し、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個のホスホロチオエートトリエステルインターヌクレオチド結合を含む。ある特定の実施形態において、本発明は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチド内の個々のインターヌクレオチド結合の少なくとも２個は、異なるＰ－修飾を互いに有し、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個のリン酸ジエステルインターヌクレオチド結合および少なくとも１個のホスホロチオエートトリエステルインターヌクレオチド結合を含む。
ある特定の実施形態において、本発明は、独立して式Ｉ：
Figure 0007224319000016
 の構造を有する１以上の修飾インターヌクレオチド結合を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、ここで、各変数は、下記のとおり定義され、記載するとおりである。いくつかの実施形態において、本発明は、式Ｉの１個以上の修飾されたインターヌクレオチド結合を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチド内の式Ｉの個々のインターヌクレオチド結合が互いに異なるＰ－修飾を有する。いくつかの実施形態において、本発明は、式Ｉの１個以上の修飾されたインターヌクレオチド結合を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチド内の式Ｉの個々のインターヌクレオチド結合は、互いに異なる－Ｘ－Ｌ－Ｒ１を有する。いくつかの実施形態において、本発明は、式Ｉの１個以上の修飾されたインターヌクレオチド結合を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチド内の式Ｉの個々のインターヌクレオチド結合は、互いに異なるＸを有する。いくつかの実施形態において、本発明は、式Ｉの１個以上の修飾されたインターヌクレオチド結合を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチド内の式Ｉの個々のインターヌクレオチド結合は、互いに異なる－Ｌ－Ｒ１を有する。
いくつかの実施形態において、本発明は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチド内の個々のインターヌクレオチド結合の少なくとも２個は、互いに異なる立体化学および／または異なるＰ－修飾を有する。いくつかの実施形態において、本発明は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチド内の個々のインターヌクレオチド結合の少なくとも２個は、互いに異なる立体化学を有し、少なくともキラル制御されたオリゴヌクレオチドの構造の一部分は、交互の立体化学の繰り返しパターンを特徴とする。
いくつかの実施形態において、本発明は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチド内の個々のインターヌクレオチド結合の少なくとも２個は、－ＸＬＲ１部分で異なるＸ原子を有する、および／または－ＸＬＲ１部分で異なるＬ基を有する、および／または－ＸＬＲ１部分で異なるＲ１原子を有するという意味で、異なるＰ－修飾を互いに有する。
いくつかの実施形態において、本発明は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチド内の個々のインターヌクレオチド結合の少なくとも２個は、互いに異なる立体化学および／または異なるＰ－修飾を有し、オリゴヌクレオチドは、下記の式:
［ＳＢｎ１ＲＢｎ２ＳＢｎ３ＲＢｎ４．．．ＳＢｎｘＲＢｎｙ］
によって表される構造を有し、
ここで、各ＲＢは、独立して、結合したリン酸においてＲ配置を有するヌクレオチド単位のブロックを表し；
各ＳＢは、独立して、結合したリン酸においてＳ配置を有するヌクレオチド単位のブロックを表し；
ｎ１～ｎｙのそれぞれは、少なくとも１つの奇数ｎおよび少なくとも１つの偶数ｎは、ゼロ以外の数であるという要件のもとに、ゼロまたは整数であることにより、オリゴヌクレオチドは、互いに異なる立体化学の少なくとも２個の個々のインターヌクレオチド結合を含み；および
ここで、ｎ１～ｎｙの合計は、２～２００であり、およびいくつかの実施形態においては、下限は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５以上から成るグループから選択され、上限は、５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、および２００以上から成るグループから選択され、上限は、下限より大きい。
そのようないくつかの実施形態において、各ｎは、同じ値である；いくつかの実施形態において、各偶数ｎは、互いに偶数ｎと同じ値である；いくつかの実施形態において、各奇数ｎは、互いに奇数ｎと同じ値である；いくつかの実施形態において、少なくとも２個の偶数ｎは、互いに異なる値である；いくつかの実施形態において、少なくとも２個の奇数ｎは、互いに異なる値である。
いくつかの実施形態において、少なくとも２個の隣接するｎは、互いに等しく、提供されるオリゴヌクレオチドは、等しい長さのＳ立体化学結合およびＲ立体化学結合の隣接するブロックを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、等しい長さのＳおよびＲ立体化学結合の繰り返しブロックを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ＳおよびＲ立体化学結合の繰り返しブロックを含み、少なくとも２個のそのようなブロックは、互いに異なる長さである；いくつかのそのような実施形態において、各Ｓ立体化学ブロックは、同じ長さで、各Ｒ立体化学の長さとは異なっており、各Ｒ立体化学の長さは、互いに任意に同じ長さであっても良い。
いくつかの実施形態において、ｎ以外をスキップして隣接する少なくとも２つのｎは、互いに等しく、提供されるオリゴヌクレオチドは、互いに長さが等しい第１立体化学の結合を少なくとも２ブロックを含み、別の立体化学の結合のブロックごとに分割され、分割されたブロックは、第１立体化学のブロックと同じ長さまたは異なる長さであって良い。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの末端で結合ブロックに関連するｎは、は、同じ長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、同じ結合立体化学の末端ブロックを有する。そのようないくつかの実施形態において、末端ブロックは、別の結合立体化学の中間ブロックにより、互いに分離される。
いくつかの実施形態において、式［ＳＢｎ１ＲＢｎ２ＳＢｎ３ＲＢｎ４．．．ＳＢｎｘＲＢｎｙ］で示され、提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオブロックマーである。いくつかの実施形態において、式［ＳＢｎ１ＲＢｎ２ＳＢｎ３ＲＢｎ４．．．ＳＢｎｘＲＢｎｙ］で示され、提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオスキップマーである。いくつかの実施形態において、式［ＳＢｎ１ＲＢｎ２ＳＢｎ３ＲＢｎ４．．．ＳＢｎｘＲＢｎｙ］で示され、提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオアルトマーである。いくつかの実施形態において、式［ＳＢｎ１ＲＢｎ２ＳＢｎ３ＲＢｎ４．．．ＳＢｎｘＲＢｎｙ］で示され、提供されるオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。
いくつかの実施形態において、式［ＳＢｎ１ＲＢｎ２ＳＢｎ３ＲＢｎ４．．．ＳＢｎｘＲＢｎｙ］で示され、提供されるオリゴヌクレオチドは、上記に記載したいずれのパターンであってもよく、さらにＰ－修飾のパターンを含む。例えば、いくつかの実施形態において、式［ＳＢｎ１ＲＢｎ２ＳＢｎ３ＲＢｎ４．．．ＳＢｎｘＲＢｎｙ］で示され、提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオスキップマーであり、Ｐ－修飾スキップマーである。いくつかの実施形態において、式［ＳＢｎ１ＲＢｎ２ＳＢｎ３ＲＢｎ４．．．ＳＢｎｘＲＢｎｙ］で示され、提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオブロックマーであり、Ｐ－修飾アルトマーである。いくつかの実施形態において、式［ＳＢｎ１ＲＢｎ２ＳＢｎ３ＲＢｎ４．．．ＳＢｎｘＲＢｎｙ］で示され、提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオアルトマーであり、およびＰ－修飾ブロックマーである。
いくつかの実施形態において、式［ＳＢｎ１ＲＢｎ２ＳＢｎ３ＲＢｎ４．．．ＳＢｎｘＲＢｎｙ］で示される、提供されるオリゴヌクレオチドは、独立して式Ｉ：
Figure 0007224319000017
の構造を有する１以上の修飾されたインターヌクレオチドの結合を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドであり、
ここで、Ｐ＊は、不斉リン原子であり、ＲｐまたはＳｐのいずれかであり；
Ｗは、Ｏ、ＳまたはＳｅであり；
Ｘ、ＹおよびＺのそれぞれは、独立して－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｎ（－Ｌ－Ｒ１）－、またはＬであり；
Ｌは、共有結合または置換されていてもよい、直鎖または分岐のＣ１～Ｃ１０アルキレンであり、ここでＬの１以上のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルキレン、Ｃ１～Ｃ６アルケニレン、－Ｃ≡Ｃ－、－Ｃ（Ｒ´）２－、－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ´）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ´）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｓ（Ｏ）２－、－ＳＣ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｓ－、－ＯＣ（Ｏ）－、または－Ｃ（Ｏ）Ｏ－により任意におよび独立して置換され；
Ｒ１は、ハロゲン、Ｒ、または置換されていてもよいＣ１～Ｃ５０脂肪族であり、１以上のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルキレン、Ｃ１～Ｃ６アルケニレン、－Ｃ≡Ｃ－、－Ｃ（Ｒ´）２－、－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ´）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ´）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｓ（Ｏ）２－、－ＳＣ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｓ－、－ＯＣ（Ｏ）－、または－Ｃ（Ｏ）Ｏ－により任意におよび独立して置換され；
各Ｒ´は、独立して－Ｒ、－Ｃ（Ｏ）Ｒ、－ＣＯ２Ｒ、もしくは－ＳＯ２Ｒであるか、または：
同じ窒素上の２つのＲ´は、それらの介在原子と一緒になって置換されていてもよいヘテロ環式、もしくはヘテロアリール環を形成するか、または
同じ炭素上の２つのＲ´は、それらの介在原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール、炭素環式、ヘテロ環式、またはヘテロアリール環を形成し；
－Ｃｙ－は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、またはヘテロシクリレンから選択される置換されていてもよい２価の環であり；
各Ｒは、独立して水素である、または、Ｃ１～Ｃ６脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、またはヘテロシクリルから選択される置換されていてもよい基であり；および各
Figure 0007224319000018
は、独立してヌクレオシドとの結合を表す。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、１以上の修飾されたインターヌクレオチドのリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、例えば、ホスホロチオエートまたはホスホロチオエートトリエステル結合を含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエートトリエステル結合を含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも２個のホスホロチオエートトリエステル結合を含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも３個のホスホロチオエートトリエステル結合を含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも４個のホスホロチオエートトリエステル結合を含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも５個のホスホロチオエートトリエステル結合を含む。そのような例示的な修飾インターヌクレオチドのリン酸結合は、さらにここに記載される。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、異なるインターヌクレオチドのリン酸結合を含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個のリン酸ジエステルインターヌクレオチド結合および少なくとも１個の修飾インターヌクレオチド結合を含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個のリン酸ジエステルインターヌクレオチド結合および少なくとも１個のホスホロチオエートトリエステル結合を含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個のリン酸ジエステルインターヌクレオチド結合および少なくとも２個のホスホロチオエートトリエステル結合を含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個のリン酸ジエステルインターヌクレオチド結合および少なくとも３個のホスホロチオエートトリエステル結合を含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個のリン酸ジエステルインターヌクレオチド結合および少なくとも４個のホスホロチオエートトリエステル結合を含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個のリン酸ジエステルインターヌクレオチド結合および少なくとも５個のホスホロチオエートトリエステル結合を含む。そのような例示的な修飾されたインターヌクレオチドのリン酸結合については、さらにここに記載される。
いくつかの実施形態において、ホスホロチオエートトリエステル結合は、例えば、反応の立体選択性を制御するために用いられるキラル補助剤を含む。くつかの実施形態において、ホスホロチオエートトリエステル結合は、キラル補助剤を含まない。いくつかの実施形態において、ホスホロチオエートトリエステル結合は、対象に対して投与を行うまで、および／または投与の間中、意図的に持続される。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、固体支持体に結合されている。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、固体支持体から切断される。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個のリン酸ジエステルインターヌクレオチド結合および連続して修飾されたインターヌクレオチド結合を少なくとも２個含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも１個のリン酸ジエステルインターヌクレオチド結合および少なくとも２個の連続するホスホロチオエートトリエステルインターヌクレオチド結合を含む。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ブロックマーである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ステレオブロックマーである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、Ｐ－修飾ブロックマーである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、結合ブロックマーである。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、アルトマーである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ステレオアルトマーである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、Ｐ－修飾アルトマーである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、結合アルトマーである。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ユニマーである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ステレオユニマーである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、Ｐ－修飾ユニマーである。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、結合ユニマーである。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、スキップマーである。
いくつかの実施形態において、本発明は、式Ｉ：
Figure 0007224319000019
 の構造を独立して有する１以上の修飾されたインターヌクレオチドの結合を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、
ここで、Ｐ＊は、不斉リン原子であり、ＲｐまたはＳｐのいずれかであり；
Ｗは、Ｏ、ＳまたはＳｅであり；
Ｘ、ＹおよびＺのそれぞれは、独立して－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｎ（－Ｌ－Ｒ１）－、またはＬであり；
Ｌは、共有結合または置換されていてもよい、直鎖または分岐のＣ１～Ｃ１０アルキレンであり、ここでＬの１以上のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルキレン、Ｃ１～Ｃ６アルケニレン、－Ｃ≡Ｃ－、－Ｃ（Ｒ´）２－、－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ´）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ´）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｓ（Ｏ）２－、－ＳＣ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｓ－、－ＯＣ（Ｏ）－、または－Ｃ（Ｏ）Ｏ－により任意におよび独立して置換され；
Ｒ１は、ハロゲン、Ｒ、または置換されていてもよいＣ１～Ｃ５０脂肪族であり、１以上のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルキレン、Ｃ１～Ｃ６アルケニレン、－Ｃ≡Ｃ－、－Ｃ（Ｒ´）２－、－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ´）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ´）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｓ（Ｏ）２－、－ＳＣ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｓ－、－ＯＣ（Ｏ）－、または－Ｃ（Ｏ）Ｏ－により任意におよび独立して置換され；
各Ｒ´は、独立して－Ｒ、－Ｃ（Ｏ）Ｒ、－ＣＯ２Ｒ、もしくは－ＳＯ２Ｒであるか、または：
同じ窒素上の２つのＲ´は、それらの介在原子と一緒になって置換されていてもよいヘテロ環式、もしくはヘテロアリール環を形成するか、または
同じ炭素上の２つのＲ´は、それらの介在原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール、炭素環式、ヘテロ環式、またはヘテロアリール環を形成し；
－Ｃｙ－は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、またはヘテロシクリレンから選択される置換されていてもよい２価の環であり；
各Ｒは、独立して水素である、または、Ｃ１～Ｃ６脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、またはヘテロシクリルから選択される置換されていてもよい基であり；および各
Figure 0007224319000020
は、独立してヌクレオシドとの結合を表す。
一般的に上記およびここに記載される通り、Ｐ＊は、不斉リン原子であり、ＲｐまたはＳｐのいずれかである。いくつかの実施形態において、Ｐ＊は、Ｒｐである。別の実施形態において、Ｐ＊は、Ｓｐである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、各Ｐ＊は、独立してＲｐまたはＳｐである式Ｉのインターヌクレオチド結合を１以上含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、各Ｐ＊は、Ｒｐである式Ｉのインターヌクレオチド結合を１以上含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、各Ｐ＊は、Ｓｐである式Ｉのインターヌクレオチド結合を１以上含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、Ｐ＊は、Ｒｐである式Ｉのインターヌクレオチド結合を少なくとも１個含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、の、Ｐ＊は、Ｓｐである式Ｉのインターヌクレオチド結合を少なくとも１個含む。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、Ｐ＊は、Ｒｐである式Ｉのインターヌクレオチド結合を少なくとも１個含み、Ｐ＊は、Ｓｐである式Ｉのインターヌクレオチド結合を少なくとも１個含む。
一般的に上記およびここに記載される通り、Ｗは、Ｏ、Ｓ、またはＳｅである。いくつかの実施形態において、Ｗは、Ｏである。いくつかの実施形態において、Ｗは、Ｓである。いくつかの実施形態において、Ｗは、Ｓｅである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、式Ｉのインターヌクレオチド結合を少なくとも１個含み、Ｗは、Ｏである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、式Ｉのインターヌクレオチド結合を少なくとも１個含み、Ｗは、Ｓである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、Ｗは、Ｓｅである式Ｉのインターヌクレオチド結合を少なくとも１個含む。
一般的に上記およびここに記載される通り、各Ｒは、独立して水素、または、Ｃ１～Ｃ６脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、またはヘテロシクリルから選択される置換されていてもよい基である。
いくつかの実施形態において、Ｒは、水素である。いくつかの実施形態において、Ｒは、Ｃ１～Ｃ６脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、またはヘテロシクリルから選択される置換されていてもよい基である。
いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６脂肪族である。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルキルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよい、直鎖または分岐のヘキシルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよい、直鎖または分岐のペンチルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよい、直鎖または分岐のブチルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよい、直鎖または分岐のプロピルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいエチルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいメチルである。
いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいフェニルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されたフェニルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、フェニルである。
いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいカルボシクリルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいＣ３～Ｃ１０カルボシクリルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよい単環式カルボシクリルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいシクロヘプチルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいシクロヘキシルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいシクロペンチルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいシクロブチルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいシクロプロピルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよい２環式カルボシクリルである。
いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいアリールである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよい２環式アリール環である。
いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいヘテロアリールである。いくつかの実施形態において、Ｒは、独立して窒素、硫黄、または酸素から選択される１～３個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい５～６員単環式ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態において、Ｒは、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～３個のヘテロ原子を有する、置換された５～６員単環式ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態において、Ｒは、独立して窒素、硫黄、または酸素から選択される１～３個のヘテロ原子を有する、非置換の５～６員単環式ヘテロアリール環である。
いくつかの実施形態において、Ｒは、独立して窒素、酸素または硫黄から選択される１～３個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい５員単環式ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態において、Ｒは、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～３個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい６員単環式ヘテロアリール環である。
いくつかの実施形態において、Ｒは、窒素、酸素または硫黄から選択される１個のヘテロ原子を有する、置換されていてもよい５員単環式ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態において、Ｒは、ピロリル、フラニル、またはチエニルから選択される。
いくつかの実施形態において、Ｒは、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される２個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい５員ヘテロアリール環である。ある特定の実施形態において、Ｒは、１個の窒素原子を有する置換されていてもよい５員ヘテロアリール環であり、さらなるヘテロ原子は、硫黄または酸素から選択される。例示的なＲ基は、置換されていてもよいピラゾリル、イミダゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、オキサゾリルまたはイソオキサゾリルを含む。
いくつかの実施形態において、Ｒは、１～３個の窒素原子を有する６員ヘテロアリール環である。別の実施形態において、Ｒは、１～２個の窒素原子を有する置換されていてもよい６員ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態において、Ｒは、２個の窒素原子を有する置換されていてもよい６員ヘテロアリール環である。ある特定の実施形態において、Ｒは、１個の窒素を有する置換されていてもよい６員ヘテロアリール環である。例示的なＲ基は、置換されていてもよいピリジニル、ピリミジニル、ピラジニル、ピリダジニル、トリアジニル、またはテトラジニルである。
ある特定の実施形態において、Ｒは、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～４個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい８～１０員２環式ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態において、Ｒは、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～４個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい５，６－縮合ヘテロアリール環である。別の実施形態において、Ｒは、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～２個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい５，６－縮合ヘテロアリール環である。ある特定の実施形態において、Ｒは、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい５，６－縮合ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいインドリルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいアザビシクロ［３．２．１］オクタニルである。ある特定の実施形態において、Ｒは、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される２個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい５，６－縮合ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいアザインドリル（azaindolyl）である。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいベンズイミダゾリルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいベンゾチアゾリルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいベンゾオキサゾリルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいインダゾリルである。ある特定の実施形態において、Ｒは、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される３個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい５，６－縮合ヘテロアリール環である。
ある特定の実施形態において、Ｒは、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～４個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい６，６－縮合ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態において、Ｒは、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～２個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい６，６－縮合ヘテロアリール環である。別の実施形態において、Ｒは、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい６，６－縮合ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいキノリニルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいイソキノリニルである。ある観点によれば、Ｒは、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される２個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい６，６－縮合ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態において、Ｒは、キナゾリンまたはキノキサリンである。
いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいヘテロシクリルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～２個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい３～７員飽和または部分的に不飽和のヘテロ環式環である。いくつかの実施形態において、Ｒは、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～２個のヘテロ原子を有する置換された３～７員飽和または部分的に不飽和のヘテロ環式環である。いくつかの実施形態において、Ｒは、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～２個のヘテロ原子を有する非置換の３～７員飽和または部分的に不飽和のヘテロ環式環である。
いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいヘテロシクリルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～２個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい６員飽和または部分的に不飽和のヘテロ環式環である。いくつかの実施形態において、Ｒは、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される２個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい部分的に不飽和の６員ヘテロ環式環である。いくつかの実施形態において、Ｒは、２個の酸素原子を有する置換されていてもよい部分的に不飽和の６員ヘテロ環式環である。
ある特定の実施形態において、Ｒは、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～２個のヘテロ原子を有する３～７員飽和または部分的に不飽和のヘテロ環式環である。ある特定の実施形態において、Ｒは、オキシラニル、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、オキセパニル、アジリジニル、アゼチジニル、ピロリジニル、ピペリジニル、アゼパニル、チイラニル、チエタニル、テトラヒドロチオフェニル、テトラヒドロチオピラニル、チエパニル、ジオキソラニル、オキサチオラニル、オキサゾリジニル、イミダゾリジニル、チアゾリジニル、ジチオラニル、ジオキサニル、モルホリニル、オキサチアニル、ピペラジニル、チオモルホリニル、ジチアニル、ジオキセパニル、オキサゼパニル、オキサチエパニル、ジチエパニル、ジアゼパニル、ジヒドロフラノニル、テトラヒドロピラノニル、オキセパノニル、ピロリジノニル、ピペリジノニル、アゼパノニル、ジヒドロチオフェノニル、テトラヒドロチオピラノニル、チエパノニル、オキサゾリジノニル、オキサジナノニル、オキサゼパノニル、ジオキソラノニル、ジオキサノニル、ジオキセパノニル、オキサチオリノニル、オキサチアノニル、オキサチエパノニル、チアゾリジノニル、チアジナノニル、チアゼパノニル、イミダゾリジノニル、テトラヒドロピリミジノニル、ジアゼパノニル、イミダゾリジンジオニル、オキサゾリジンジオニル、チアゾリジンジオニル、ジオキソランジオニル、オキサチオランジオニル、ピペラジンジオニル、モルホリンジオニル、チオモルホリンジオニル、テトラヒドロピラニル、テトラヒドロフラニル、モルホリニル、チオモルホリニル、ピペリジニル、ピペラジニル、ピロリジニル、テトラヒドロチオフェニル、またはテトラヒドロチオピラニルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～２個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい５員飽和または部分的に不飽和のヘテロ環式環である。
ある特定の実施形態において、Ｒは、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～２個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい５～６員部分的に不飽和の単環式環である。ある特定の実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいテトラヒドロピリジニル、ジヒドロチアゾリル、ジヒドロオキサゾリル、またはオキサゾリニル基である。
いくつかの実施形態において、Ｒは、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～４個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい８～１０員２環式飽和または部分的に不飽和のヘテロ環式環である。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいインドリニルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよいイソインドリニルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよい１、２、３、４－テトラヒドロキノリンである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよい１、２、３、４－テトラヒドロイソキノリンである。
一般的に上記およびここに記載される通り、各Ｒ´は、独立して－Ｒ、－Ｃ（Ｏ）Ｒ、－ＣＯ２Ｒ、もしくは－ＳＯ２Ｒであるか、または：
同じ窒素上の２つのＲ´は、それらの介在原子と一緒になって置換されていてもよいヘテロ環式、もしくはヘテロアリール環を形成するか、または
同じ炭素上の２つのＲ´は、それらの介在原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール、炭素環式、ヘテロ環式、またはヘテロアリール環を形成する；
いくつかの実施形態において、Ｒ’は、－Ｒ、－Ｃ（Ｏ）Ｒ、－ＣＯ２Ｒ、または－ＳＯ２Ｒであり、Ｒは、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、Ｒ’は、－Ｒであり、Ｒは、上記およびここに定義し記載したとおりである。である。いくつかの実施形態において、Ｒ’は、水素である。
いくつかの実施形態において、Ｒ’は、－Ｃ（Ｏ）Ｒであり、Ｒは、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。いくつかの実施形態において、Ｒ’は、－ＣＯ２Ｒであり、Ｒは、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。いくつかの実施形態において、Ｒ’は、－ＳＯ２Ｒであり、Ｒは、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、同じ窒素上の２つのＲ´は、それらの介在原子と一緒になって置換されていてもよいヘテロ環式、もしくはヘテロアリール環を形成する。いくつかの実施形態において、同じ炭素上の２つのＲ´は、それらの介在原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール、炭素環式、ヘテロ環式、またはヘテロアリール環を形成する。
一般的に上記およびここに記載される通り、－Ｃｙ－は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、またはヘテロシクリレンから選択される置換されていてもよい２価の環である。
いくつかの実施形態において、－Ｃｙ－は、置換されていてもよいフェニレンである。いくつかの実施形態において、－Ｃｙ－は、置換されていてもよいカルボシクリレンである。いくつかの実施形態において、－Ｃｙ－は、置換されていてもよいアリーレンである。いくつかの実施形態において、－Ｃｙ－は、置換されていてもよいヘテロアリーレンである。いくつかの実施形態において、－Ｃｙ－は、置換されていてもよいヘテロシクリレンである。
一般的に上記およびここに記載される通り、Ｘ、ＹおよびＺのそれぞれは、独立して－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｎ（－Ｌ－Ｒ１）－、またはＬであり、ＬおよびＲ１のそれぞれは、独立して上記のとおり定義し、下記に記載されるとおりである。
いくつかの実施形態において、Ｘは、－Ｏ－である。いくつかの実施形態において、Ｘは、－Ｓ－である。いくつかの実施形態において、Ｘは、－Ｏ－または－Ｓ－である。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１個の、式Ｉのインターヌクレオチドの結合を含み、Ｘは、－Ｏ－である。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１個の、式Ｉのインターヌクレオチドの結合を含み、Ｘは、－Ｓ－である。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１個の、式Ｉのインターヌクレオチド結合を含み、Ｘは、－Ｏ－であり、少なくとも１個の、式Ｉのインターヌクレオチド結合を含み、Ｘは、－Ｓ－である。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１個の、式Ｉのインターヌクレオチド結合を含み、Ｘは、－Ｏ－であり、少なくとも１個の、式Ｉインターヌクレオチド結合を含み、Ｘは、－Ｓ－であり、少なくとも１個の、式Ｉのインターヌクレオチド結合を含み、Ｌは、置換されていてもよい、直鎖または分岐のＣ１～Ｃ１０アルキレンであり、Ｌの１以上のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルキレン、Ｃ１～Ｃ６アルケニレン、－Ｃ≡Ｃ－、－Ｃ（Ｒ´）２－、－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ´）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ´）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｓ（Ｏ）２－、－ＳＣ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｓ－、－ＯＣ（Ｏ）－、または－Ｃ（Ｏ）Ｏ－により任意におよび独立して置換される。
いくつかの実施形態において、Ｘは、－Ｎ（－Ｌ－Ｒ１）－である。いくつかの実施形態において、Ｘは、－Ｎ（Ｒ１）－である。いくつかの実施形態において、Ｘは、－Ｎ（Ｒ’）－である。いくつかの実施形態において、Ｘは、－Ｎ（Ｒ）－である。いくつかの実施形態において、Ｘは、－ＮＨ－である。
いくつかの実施形態において、Ｘは、Ｌである。いくつかの実施形態において、Ｘは、共有結合である。いくつかの実施形態において、Ｘは、置換されていてもよい、直鎖または分岐のＣ１～Ｃ１０アルキレンであり、Ｌの１以上のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルキレン、Ｃ１～Ｃ６アルケニレン、－Ｃ≡Ｃ－、－Ｃ（Ｒ´）２－、－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ´）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ´）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｓ（Ｏ）２－、－ＳＣ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｓ－、－ＯＣ（Ｏ）－、または－Ｃ（Ｏ）Ｏ－により任意におよび独立して置換される。いくつかの実施形態において、Ｘは、置換されていてもよいＣ１～Ｃ１０アルキレンまたはＣ１～Ｃ１０アルケニレンである。いくつかの実施形態において、Ｘは、メチレンである。
いくつかの実施形態において、Ｙは、－Ｏ－である。くつかの実施形態において、Ｙは、－Ｓ－である。
いくつかの実施形態において、Ｙは、－Ｎ（－Ｌ－Ｒ１）－である。いくつかの実施形態において、Ｙは、－Ｎ（Ｒ１）－である。いくつかの実施形態において、Ｙは、－Ｎ（Ｒ’）－である。いくつかの実施形態において、Ｙは、－Ｎ（Ｒ）－である。いくつかの実施形態において、Ｙは、－ＮＨ－である。
いくつかの実施形態において、Ｙは、Ｌである。いくつかの実施形態において、Ｙは、共有結合である。いくつかの実施形態において、Ｙは、置換されていてもよいか、直鎖または分岐のＣ１～Ｃ１０アルキレンであり、Ｌの１以上のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルキレン、Ｃ１～Ｃ６アルケニレン、－Ｃ≡Ｃ－、－Ｃ（Ｒ´）２－、－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ´）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ´）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｓ（Ｏ）２－、－ＳＣ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｓ－、－ＯＣ（Ｏ）－、または－Ｃ（Ｏ）Ｏ－により任意におよび独立して置換される。いくつかの実施形態において、Ｙは、置換されていてもよいＣ１～Ｃ１０アルキレンまたはＣ１～Ｃ１０アルケニレンである。いくつかの実施形態において、Ｙは、メチレンである。
いくつかの実施形態において、Ｚは、－Ｏ－である。いくつかの実施形態において、Ｚは、－Ｓ－である。
いくつかの実施形態において、Ｚは、－Ｎ（－Ｌ－Ｒ１）－である。いくつかの実施形態において、Ｚは、－Ｎ（Ｒ１）－である。いくつかの実施形態において、Ｚは、－Ｎ（Ｒ’）－である。いくつかの実施形態において、Ｚは、－Ｎ（Ｒ）－である。いくつかの実施形態において、Ｚは、－ＮＨ－である。
いくつかの実施形態において、Ｚは、Ｌである。いくつかの実施形態において、Ｚは、共有結合である。いくつかの実施形態において、Ｚは、または置換されていてもよい、直鎖または分岐のＣ１～Ｃ１０アルキレンであり、Ｌの１以上のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルキレン、Ｃ１～Ｃ６アルケニレン、－Ｃ≡Ｃ－、－Ｃ（Ｒ´）２－、－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ´）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ´）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｓ（Ｏ）２－、－ＳＣ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｓ－、－ＯＣ（Ｏ）－、または－Ｃ（Ｏ）Ｏ－により任意におよび独立して置換される。いくつかの実施形態において、Ｚは、置換されていてもよいＣ１～Ｃ１０アルキレンまたはＣ１～Ｃ１０アルケニレンである。いくつかの実施形態において、Ｚは、メチレンである。
一般的に上記およびここに記載される通り、Ｌは、共有結合または任意に置換され、直鎖または分岐のＣ１～Ｃ１０アルキレンであり、Ｌの１以上のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルキレン、Ｃ１～Ｃ６アルケニレン、－Ｃ≡Ｃ－、－Ｃ（Ｒ´）２－、－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ´）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ´）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｓ（Ｏ）２－、－ＳＣ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｓ－、－ＯＣ（Ｏ）－、または－Ｃ（Ｏ）Ｏ－により任意におよび独立して置換される。
いくつかの実施形態において、Ｌは、共有結合である。いくつかの実施形態において、Ｌは、任意に置換され、直鎖または分岐のＣ１～Ｃ１０アルキレンであり、Ｌの１以上のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルキレン、Ｃ１～Ｃ６アルケニレン、－Ｃ≡Ｃ－、－Ｃ（Ｒ´）２－、－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ´）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ´）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｓ（Ｏ）２－、－ＳＣ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｓ－、－ＯＣ（Ｏ）－、または－Ｃ（Ｏ）Ｏ－により任意におよび独立して置換される。
いくつかの実施形態において、Ｌは、－Ｌ１－Ｖ－の構造を有し、ここで
Ｌ１は、置換されていてもよい基：
Figure 0007224319000021
Figure 0007224319000022
Figure 0007224319000023
Ｃ１～Ｃ６アルキレン、Ｃ１～Ｃ６アルケニレン、カルボシクリレン、アリーレン、Ｃ１～Ｃ６ヘテロアルキレン、ヘテロシクリレン、およびヘテロアリーレンから選択され；
Ｖは、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＲ’－、Ｃ（Ｒ’）２、－Ｓ－Ｓ－、－Ｂ－Ｓ－Ｓ－Ｃ－、
Figure 0007224319000024
 、または、Ｃ１～Ｃ６アルキレン、アリーレン、Ｃ１～Ｃ６ヘテロアルキレン、ヘテロシクリレン、およびヘテロアリーレンから選択される置換されていてもよい基から選択され；
Ａは、＝Ｏ、＝Ｓ、＝ＮＲ’、または＝Ｃ（Ｒ’）２であり；
ＢおよびＣのそれぞれは、独立して－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＲ’－、－Ｃ（Ｒ’）２－、または、Ｃ１～Ｃ６アルキレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロシクリレン、またはヘテロアリーレンから選択される置換されていてもよい基であり；および
各Ｒ’は独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、Ｌ１は、
Figure 0007224319000025
Figure 0007224319000026
である。
いくつかの実施形態において、Ｌ１は、
Figure 0007224319000027
 であり、
ここで環Ｃｙ’は、置換されていてもよいアリーレン、カルボシクリレン、ヘテロアリーレン、またはヘテロシクリレンである。いくつかの実施形態において、Ｌ１は、置換されていてもよい
Figure 0007224319000028
 である。いくつかの実施形態において、Ｌ１は、
Figure 0007224319000029
 である。
いくつかの実施形態において、Ｌ１は、Ｘと結合している。である。いくつかの実施形態において、Ｌ１は、置換されていてもよい基
Figure 0007224319000030
Figure 0007224319000031
から選択され、硫黄原子はＶに結合されている。いくつかの実施形態において、Ｌ１は、置換されていてもよい基
Figure 0007224319000032
Figure 0007224319000033
から選択され、炭素原子はＸに結合されている。
いくつかの実施形態では、Ｌは、
Figure 0007224319000034
 の構造を有し、
ここで、
Ｅは、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＲ’－又は－Ｃ（Ｒ’）２－であり；
- - -は単結合又は二重結合であり；
２つのＲＬ１は、これらが結合している２個の炭素原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール、炭素環式、ヘテロアリール又はヘテロ環式環を形成し；各Ｒ’は独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000035
 の構造を有し、
ここで、
Ｇは、－Ｏ－、－Ｓ－、または－ＮＲ’であり；
- - -は単結合又は二重結合であり；および
２つのＲＬ１は、これらが結合している２個の炭素原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール、Ｃ３～Ｃ１０炭素環式、ヘテロアリール又はヘテロ環式環を形成し。
いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000036
 の構造を有し、
ここでＥは、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＲ’－又は－Ｃ（Ｒ’）２－であり；
Ｄは、＝Ｎ－、＝Ｃ（Ｆ）－、＝Ｃ（Ｃｌ）－、＝Ｃ（Ｂｒ）－、＝Ｃ（Ｉ）－、＝Ｃ（ＣＮ）－、＝Ｃ（ＮＯ２）－、＝Ｃ（ＣＯ２－（Ｃ１～Ｃ６脂肪族））－、または＝Ｃ（ＣＦ３）－であり；および
各Ｒ’は独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000037
 の構造を有し、
ここで、
Ｇは、－Ｏ－、－Ｓ－、または－ＮＲ’であり；
Ｄは、＝Ｎ－、＝Ｃ（Ｆ）－、＝Ｃ（Ｃｌ）－、＝Ｃ（Ｂｒ）－、＝Ｃ（Ｉ）－、＝Ｃ（ＣＮ）－、＝Ｃ（ＮＯ２）－、＝Ｃ（ＣＯ２－（Ｃ１～Ｃ６脂肪族））－、または＝Ｃ（ＣＦ３）－である。
いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000038
 の構造を有し、
ここで、
Ｅは、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＲ’－又は－Ｃ（Ｒ’）２－であり；
Ｄは、＝Ｎ－、＝Ｃ（Ｆ）－、＝Ｃ（Ｃｌ）－、＝Ｃ（Ｂｒ）－、＝Ｃ（Ｉ）－、＝Ｃ（ＣＮ）－、＝Ｃ（ＮＯ２）－、＝Ｃ（ＣＯ２－（Ｃ１～Ｃ６脂肪族））－、または＝Ｃ（ＣＦ３）－であり；および
各Ｒ’は独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000039
の構造を有し、
ここで、
Ｇは、－Ｏ－、－Ｓ－、または－ＮＲ’であり；
Ｄは、＝Ｎ－、＝Ｃ（Ｆ）－、＝Ｃ（Ｃｌ）－、＝Ｃ（Ｂｒ）－、＝Ｃ（Ｉ）－、＝Ｃ（ＣＮ）－、＝Ｃ（ＮＯ２）－、＝Ｃ（ＣＯ２－（Ｃ１～Ｃ６脂肪族））－、または＝Ｃ（ＣＦ３）－である。
いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000040
 の構造を有し、
ここでＥは、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＲ’－又は－Ｃ（Ｒ’）２－であり；
- - -は単結合又は二重結合であり；
２つのＲＬ１は、これらが結合している２個の炭素原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール、Ｃ３～Ｃ１０炭素環式、ヘテロアリール又はヘテロ環式環を形成し；
各Ｒ’は独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000041
 の構造を有し、
ここでＧは、－Ｏ－、－Ｓ－、または－ＮＲ’であり；
- - -は単結合又は二重結合であり；
２つのＲＬ１は、これらが結合している２個の炭素原子と一緒になって、置換されても良いアリール、Ｃ３～Ｃ１０炭素環式、ヘテロアリールまたはヘテロ環式環を形成し；
各Ｒ’は独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000042
 の構造を有し、
ここで、
Ｅは、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＲ’－又は－Ｃ（Ｒ’）２－であり；
Ｄは、＝Ｎ－、＝Ｃ（Ｆ）－、＝Ｃ（Ｃｌ）－、＝Ｃ（Ｂｒ）－、＝Ｃ（Ｉ）－、＝Ｃ（ＣＮ）－、＝Ｃ（ＮＯ２）－、＝Ｃ（ＣＯ２－（Ｃ１～Ｃ６脂肪族））－、または＝Ｃ（ＣＦ３）－であり；および
各Ｒ’は独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、Ｌは：
Figure 0007224319000043
 （式中、
Ｇは、－Ｏ－、－Ｓ－、または－ＮＲ’であり；
Ｄは、＝Ｎ－、＝Ｃ（Ｆ）－、＝Ｃ（Ｃｌ）－、＝Ｃ（Ｂｒ）－、＝Ｃ（Ｉ）－、＝Ｃ（ＣＮ）－、＝Ｃ（ＮＯ２）－、＝Ｃ（ＣＯ２－（Ｃ１－Ｃ６脂肪族））－、または＝Ｃ（ＣＦ３）－であり；
Ｒ’はそれぞれ独立して、上で定義され、本明細書に記述される通りである。）の構造を有する。
いくつかの実施形態において、Ｌは：
Figure 0007224319000044
 （式中、
Ｅは、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＲ’－または－Ｃ（Ｒ’）２－であり；
Ｄは、＝Ｎ－、＝Ｃ（Ｆ）－、＝Ｃ（Ｃｌ）－、＝Ｃ（Ｂｒ）－、＝Ｃ（Ｉ）－、＝Ｃ（ＣＮ）－、＝Ｃ（ＮＯ２）－、＝Ｃ（ＣＯ２－（Ｃ１－Ｃ６脂肪族））－、または＝Ｃ（ＣＦ３）－であり；
Ｒ’はそれぞれ独立して、上で定義され、本明細書に記述される通りである。）の構造を有する。
いくつかの実施形態において、Ｌは：
Figure 0007224319000045
 （式中、
Ｇは、－Ｏ－、－Ｓ－、または－ＮＲ’であり；
Ｄは、＝Ｎ－、＝Ｃ（Ｆ）－、＝Ｃ（Ｃｌ）－、＝Ｃ（Ｂｒ）－、＝Ｃ（Ｉ）－、＝Ｃ（ＣＮ）－、＝Ｃ（ＮＯ２）－、＝Ｃ（ＣＯ２－（Ｃ１－Ｃ６脂肪族））－、または＝Ｃ（ＣＦ３）－であり；
Ｒ’はそれぞれ独立して、上で定義され、本明細書に記述される通りである。）の構造を有する。
いくつかの実施形態において、Ｌは：
Figure 0007224319000046
 （式中、Ｅは、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＲ’－または－Ｃ（Ｒ’）２－であり；
- - -は、単結合または二重結合であり；２つのＲＬ１は、これらが結合している２個の炭素原子と一緒になって、置換されてもよいアリール、Ｃ３－Ｃ１０炭素環、ヘテロアリール環または複素環を形成し；Ｒ’はそれぞれ独立して、上で定義され、本明細書に記述される通りである。）の構造を有する。
いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000047
の構造を有し、
ここでＧは、－Ｏ－、－Ｓ－、または－ＮＲ’であり；
- - -は単結合又は二重結合であり；
２つのＲＬ１は、これらが結合している２個の炭素原子と一緒になって、置換されても良いアリール、Ｃ３～Ｃ１０炭素環式、ヘテロアリールまたはヘテロ環式環を形成し；
各Ｒ’は独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000048
 の構造を有し、
ここでＥは、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＲ’－又は－Ｃ（Ｒ’）２－であり；
Ｄは、＝Ｎ－、＝Ｃ（Ｆ）－、＝Ｃ（Ｃｌ）－、＝Ｃ（Ｂｒ）－、＝Ｃ（Ｉ）－、＝Ｃ（ＣＮ）－、＝Ｃ（ＮＯ２）－、＝Ｃ（ＣＯ２－（Ｃ１～Ｃ６脂肪族））－、または＝Ｃ（ＣＦ３）－であり；および
各Ｒ’は独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000049
 の構造を有し、
ここで、
Ｇは、－Ｏ－、－Ｓ－、または－ＮＲ’であり；
Ｄは、＝Ｎ－、＝Ｃ（Ｆ）－、＝Ｃ（Ｃｌ）－、＝Ｃ（Ｂｒ）－、＝Ｃ（Ｉ）－、＝Ｃ（ＣＮ）－、＝Ｃ（ＮＯ２）－、＝Ｃ（ＣＯ２－（Ｃ１～Ｃ６脂肪族））－、または＝Ｃ（ＣＦ３）－であり；および
Ｒ’は、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000050
 の構造を有し、
ここで、
Ｅは、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＲ’－又は－Ｃ（Ｒ’）２－であり；
Ｄは、＝Ｎ－、＝Ｃ（Ｆ）－、＝Ｃ（Ｃｌ）－、＝Ｃ（Ｂｒ）－、＝Ｃ（Ｉ）－、＝Ｃ（ＣＮ）－、＝Ｃ（ＮＯ２）－、＝Ｃ（ＣＯ２－（Ｃ１～Ｃ６脂肪族））－、または＝Ｃ（ＣＦ３）－であり；および
各Ｒ’は独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000051
 の構造を有し、
ここで、
Ｇは、－Ｏ－、－Ｓ－、または－ＮＲ’であり；
Ｄは、＝Ｎ－、＝Ｃ（Ｆ）－、＝Ｃ（Ｃｌ）－、＝Ｃ（Ｂｒ）－、＝Ｃ（Ｉ）－、＝Ｃ（ＣＮ）－、＝Ｃ（ＮＯ２）－、＝Ｃ（ＣＯ２－（Ｃ１～Ｃ６脂肪族））－、または＝Ｃ（ＣＦ３）－であり；および
Ｒ’は、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000052
 の構造を有し、
ここで、フェニル環は、置換されていてもよい。いくつかの実施形態において、フェニル環は、置換されない。いくつかの実施形態において、フェニル環は、置換される。
いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000053
 の構造を有し、
ここで、フェニル環は、置換されていてもよい。いくつかの実施形態において、フェニル環は、置換されない。いくつかの実施形態において、フェニル環は、置換される。
いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000054
 の構造を有し、
ここで- - -は単結合又は二重結合であり；および
２つのＲＬ１は、これらが結合している２個の炭素原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール、Ｃ３～Ｃ１０炭素環式、ヘテロアリール又はヘテロ環式環を形成する。
いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000055
 の構造を有し、
ここで、
Ｇは、－Ｏ－、－Ｓ－、または－ＮＲ’であり；
- - -は単結合又は二重結合であり；および
２つのＲＬ１は、これらが結合している２個の炭素原子と一緒になって、置換されても良いアリール、Ｃ３～Ｃ１０炭素環式、ヘテロアリールまたはヘテロ環式環を形成する。
一般的に上記およびここに記載される通り、Ｅは、－Ｏ－、－Ｓ－、－ＮＲ’－または－Ｃ（Ｒ’）２－であり、各Ｒ’は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。いくつかの実施形態において、Ｅは、－Ｏ－、－Ｓ－、または－ＮＲ’－である。いくつかの実施形態において、Ｅは、－Ｏ－、－Ｓ－、または－ＮＨ－である。いくつかの実施形態において、Ｅは、－Ｏ－である。いくつかの実施形態において、Ｅは、－Ｓ－である。いくつかの実施形態において、Ｅは、－ＮＨ－である。
一般的に上記およびここに記載される通り、Ｇは、－Ｏ－、－Ｓ－、または－ＮＲ’であり、各Ｒ’は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。いくつかの実施形態において、Ｇは、－Ｏ－、－Ｓ－、または－ＮＨ－である。いくつかの実施形態において、Ｇは、－Ｏ－である。いくつかの実施形態において、Ｇは、－Ｓ－である。いくつかの実施形態において、Ｇは、－ＮＨ－である。
いくつかの実施形態において、Ｌは、－Ｌ３－Ｇ－であり、ここでＬ３は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ５アルキレンまたはアルケニレンであり、１以上のメチレン単位は、任意におよび独立して－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ’）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ’）－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、または
Figure 0007224319000056
 により置換され、
ＧおよびＲ’のそれぞれおよび環Ｃｙ’は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、Ｌは、－Ｌ３－Ｓ－であり、Ｌ３は、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。いくつかの実施形態において、Ｌは、－Ｌ３－Ｏ－であり、Ｌ３は、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。いくつかの実施形態において、Ｌは、－Ｌ３－Ｎ（Ｒ’）－であり、ここでＬ３およびＲ’のそれぞれは、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。いくつかの実施形態において、Ｌは、－Ｌ３－ＮＨ－であり、Ｌ３およびＲ’のそれぞれは、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、Ｌ３は、置換されていてもよいＣ５アルキレンまたはアルケニレンであり、１以上のメチレン単位は、任意におよび独立して－Ｏ－，－Ｓ－，－Ｎ（Ｒ´）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ´）－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、または
Figure 0007224319000057
 により置換され、Ｒ’および環Ｃｙ’のそれぞれは、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。いくつかの実施形態において、Ｌ３は、置換されていてもよいＣ５アルキレンである。いくつかの実施形態において、－Ｌ３－Ｇ－は、
Figure 0007224319000058
 である。
いくつかの実施形態において、Ｌ３は、置換されていてもよいＣ４アルキレンまたはアルケニレンであり、１以上のメチレン単位は、任意におよび独立して－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ´）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ´）－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、または
Figure 0007224319000059
により置換され、Ｒ’およびＣｙ’のそれぞれは、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ３－Ｇ－は、
Figure 0007224319000060
Figure 0007224319000061
である。
いくつかの実施形態において、Ｌ３は、置換されていてもよいＣ３アルキレンまたはアルケニレンであり、１以上のメチレン単位は、任意におよび独立して－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ´）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ´）－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、または
Figure 0007224319000062
 により置換され、Ｒ’およびＣｙ’のそれぞれは、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ３－Ｇ－は、
Figure 0007224319000063
Figure 0007224319000064
である。
いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000065
 である。いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000066
 である。いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000067
 である。
いくつかの実施形態において、Ｌ３は、置換されていてもよいＣ２は、アルキレンまたはアルケニレンであり、１以上のメチレン単位は、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ´）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ´）－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、または
Figure 0007224319000068
 により任意におよび独立して置換され、Ｒ’およびＣｙ’のそれぞれは、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ３－Ｇ－は、
Figure 0007224319000069
 であり、ＧおよびＣｙ’のそれぞれは、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000070
 である。
いくつかの実施形態において、Ｌは、－Ｌ４－Ｇ－であり、Ｌ４は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ２アルキレンである；およびＧは、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。いくつかの実施形態において、Ｌは、－Ｌ４－Ｇ－であり、Ｌ４は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ２アルキレンである；Ｇは、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである；Ｇは、Ｒ１に結合されている。いくつかの実施形態において、Ｌは、－Ｌ４－Ｇ－であり、Ｌ４は、置換されていてもよいメチレンである；Ｇは、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである；およびＧは、Ｒ１と結合している。いくつかの実施形態において、Ｌは、－Ｌ４－Ｇ－であり、Ｌ４は、メチレンである；Ｇは、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである；およびＧは、Ｒ１と結合している。いくつかの実施形態において、Ｌは、－Ｌ４－Ｇ－であり、Ｌ４は、置換されていてもよい－（ＣＨ２）２－である；Ｇは、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである；およびＧは、Ｒ１と結合している。いくつかの実施形態において、Ｌは、－Ｌ４－Ｇ－であり、Ｌ４は、－（ＣＨ２）２－である；Ｇは、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである；およびＧは、Ｒ１と結合している。
いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000071
 または
Figure 0007224319000072
 であり、ここで、Ｇは、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりであり、Ｇは、Ｒ１に結合されている。いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000073
 であり、Ｇは、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりであり、Ｇは、Ｒ１に結合されている。いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000074
 であり、Ｇは、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりであり、Ｇは、Ｒ１に結合されている。いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000075
 または
Figure 0007224319000076
 であり、ここで硫黄原子は、Ｒ１に結合されている。いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000077
 または
Figure 0007224319000078
であり、ここで酸素原子は、Ｒ１に結合されている。
いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000079
 であり、Ｇは、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、Ｌは、－Ｓ－ＲＬ３－または－Ｓ－Ｃ（Ｏ）－ＲＬ３－であり、ＲＬ３は、任意に置換され、直鎖または分岐のＣ１～Ｃ９アルキレンであり、１以上のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルキレン、Ｃ１～Ｃ６アルケニレン、－Ｃ≡Ｃ－、－Ｃ（Ｒ´）２－、－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ´）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ´）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｓ（Ｏ）２－、－ＳＣ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｓ－、－ＯＣ（Ｏ）－、または－Ｃ（Ｏ）Ｏ－により任意におよび独立して置換され、ここで、Ｒ’および－Ｃｙ－のそれぞれは、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。いくつかの実施形態において、Ｌは、－Ｓ－ＲＬ３－または－Ｓ－Ｃ（Ｏ）－ＲＬ３－であり、ＲＬ３は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルキレンである。いくつかの実施形態において、Ｌは、－Ｓ－ＲＬ３－または－Ｓ－Ｃ（Ｏ）－ＲＬ３－であり、ＲＬ３は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルケニレンである。いくつかの実施形態において、Ｌは、－Ｓ－ＲＬ３－または－Ｓ－Ｃ（Ｏ）－ＲＬ３－であり、ＲＬ３は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルキレンであり、１以上のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルケニレン、アリーレン、またはヘテロアリーレンにより任意におよび独立して置換される。いくつかの実施形態において、いくつかの実施形態において、ＲＬ３は、置換されていてもよい－Ｓ－（Ｃ１～Ｃ６アルケニレン）－、－Ｓ－（Ｃ１～Ｃ６アルキレン）－、－Ｓ－（Ｃ１～Ｃ６アルキレン）－アリーレン－（Ｃ１～Ｃ６アルキレン）－、－Ｓ－ＣＯ－アリーレン－（Ｃ１～Ｃ６アルキレン）－、または－Ｓ－ＣＯ－（Ｃ１～Ｃ６アルキレン）－アリーレン－（Ｃ１～Ｃ６アルキレン）－である。
いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000080
Figure 0007224319000081
である。
いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000082
 である。
いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000083
 である。
いくつかの実施形態において、
Figure 0007224319000084
 である。
いくつかの実施形態において、上記およびここに記載する実施形態におけるＬの硫黄原子は、Ｘと結合している。いくつかの実施形態において、上記およびここに記載する実施形態におけるＬの硫黄原子は、Ｒ１に結合されている。
一般的に上記およびここに記載される通り、Ｒ１は、ハロゲン、Ｒ、または置換されていてもよいＣ１～Ｃ５０脂肪族であり、１以上のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルキレン、Ｃ１～Ｃ６アルケニレン、－Ｃ≡Ｃ－、－Ｃ（Ｒ´）２－、－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ´）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ´）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｓ（Ｏ）２－、－ＳＣ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｓ－、－ＯＣ（Ｏ）－、または－Ｃ（Ｏ）Ｏ－により任意におよび独立して置換され、ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、ハロゲン、Ｒ、または置換されていてもよいＣ１～Ｃ１０脂肪族であり、１以上のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルキレン、Ｃ１～Ｃ６アルケニレン、－Ｃ≡Ｃ－、－Ｃ（Ｒ´）２－、－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ´）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ´）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｓ（Ｏ）２－、－ＳＣ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｓ－、－ＯＣ（Ｏ）－、または－Ｃ（Ｏ）Ｏ－により任意におよび独立して置換され、ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、水素である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、ハロゲンである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、－Ｆである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、－Ｃｌである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、－Ｂｒである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、－Ｉである。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、Ｒであり、Ｒは、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、水素である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、Ｃ１～Ｃ５０脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、またはヘテロシクリルから選択される置換されていてもよい基である。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ５０脂肪族である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ１０脂肪族である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６脂肪族である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルキルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、任意に置換され、直鎖または分岐のヘキシルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、任意に置換され、直鎖または分岐のペンチルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、任意に置換され、直鎖または分岐のブチルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、任意に置換され、直鎖または分岐のプロピルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいエチルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいメチルである。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいフェニルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されたフェニルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、フェニルである。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいカルボシクリルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ３～Ｃ１０カルボシクリルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよい単環式カルボシクリルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいシクロヘプチルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいシクロヘキシルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいシクロペンチルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいシクロブチルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいシクロプロピルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよい２環式カルボシクリルである。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ５０多環式炭化水素である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ５０多環式炭化水素であり、１以上のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルキレン、Ｃ１～Ｃ６アルケニレン、－Ｃ≡Ｃ－、－Ｃ（Ｒ´）２－、－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ´）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ´）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｓ（Ｏ）２－、－ＳＣ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｓ－、－ＯＣ（Ｏ）－、または－Ｃ（Ｏ）Ｏ－により任意におよび独立して置換され、ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよい
Figure 0007224319000085
 である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、
Figure 0007224319000086
 である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよい
Figure 0007224319000087
 である。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、１以上の、置換されていてもよい多環式炭化水素部分を含む置換されていてもよいＣ１～Ｃ５０脂肪族である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、１以上の、置換されていてもよい多環式炭化水素部分を含む置換されていてもよいＣ１～Ｃ５０脂肪族であり、１以上のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルキレン、Ｃ１～Ｃ６アルケニレン、－Ｃ≡Ｃ－、－Ｃ（Ｒ´）２－、－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ´）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ´）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｓ（Ｏ）２－、－ＳＣ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｓ－、－ＯＣ（Ｏ）－、または－Ｃ（Ｏ）Ｏ－により任意におよび独立して置換され、ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、１以上の、置換されていてもよいＣ１～Ｃ５０脂肪族
Figure 0007224319000088
 を含む。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、
Figure 0007224319000089
 である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、
Figure 0007224319000090
 である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、
Figure 0007224319000091
 である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、
Figure 0007224319000092
 である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、
Figure 0007224319000093
 である。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいアリールである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよい２環式アリール環である。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいヘテロアリールである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、独立して窒素、硫黄、または酸素から選択される１～３個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい５～６員単環式ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～３個のヘテロ原子を有する置換された５～６員単環式ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、独立して窒素、硫黄、または酸素から選択される１～３個のヘテロ原子を有する非置換の５～６員単環式ヘテロアリール環である。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、独立して窒素、酸素または硫黄から選択される１～３個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい５員単環式ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～３個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい６員単環式ヘテロアリール環である。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、窒素、酸素または硫黄から選択される１個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい５員単環式ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、ピロリル、フラニル、またはチエニルから選択される。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、窒素、酸素、または硫黄から独立して選択される２個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい５員ヘテロアリール環である。ある特定の実施形態において、Ｒ１は、１個の窒素原子を有する置換されていてもよい５員ヘテロアリール環であり、さらなるヘテロ原子は、硫黄または酸素から選択される。例示的なＲ１基は、置換されていてもよいピラゾリル、イミダゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、オキサゾリルまたはイソオキサゾリルを含む。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、１～３個の窒素原子を有する６員ヘテロアリール環である。別の実施形態において、Ｒ１は、１～２個の窒素原子を有する置換されていてもよい６員ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、２個の窒素原子を有する置換されていてもよい６員ヘテロアリール環である。ある特定の実施形態において、Ｒ１は、１個の窒素を有する置換されていてもよい６員ヘテロアリール環である。例示的なＲ基は、置換されていてもよいピリジニル、ピリミジニル、ピラジニル、ピリダジニル、トリアジニル、またはテトラジニルである。
ある特定の実施形態において、Ｒ１は、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～４個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい８～１０員２環式ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～４個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい５，６－縮合ヘテロアリール環である。別の実施形態において、Ｒ１は、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～２個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい５，６－縮合ヘテロアリール環である。ある特定の実施形態において、Ｒ１は、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい５，６－縮合ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいインドリルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいアザビシクロ［３．２．１］オクタニルである。ある特定の実施形態において、Ｒ１は、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される２個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい５，６－縮合ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいアザインドリル（azaindolyl）である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいベンズイミダゾリルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいベンゾチアゾリルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいベンゾオキサゾリルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいインダゾリルである。ある特定の実施形態において、Ｒ１は、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される３個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい５，６－縮合ヘテロアリール環である。
ある特定の実施形態において、Ｒ１は、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～４個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい６，６－縮合ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～２個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい６，６－縮合ヘテロアリール環である。別の実施形態において、Ｒ１は、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい６，６－縮合ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいキノリニルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいイソキノリニルである。ある態様によれば、Ｒ１は、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される２個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい６，６－縮合ヘテロアリール環である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、キナゾリンまたはキノキサリンである。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいヘテロシクリルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～２個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい３～７員飽和または部分的に不飽和のヘテロ環式環である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～２個のヘテロ原子を有する置換された３～７員飽和または部分的に不飽和のヘテロ環式環である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～２個のヘテロ原子を有する非置換の３～７員飽和または部分的に不飽和のヘテロ環式環である。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいヘテロシクリルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～２個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい６員飽和または部分的に不飽和のヘテロ環式環である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される２個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい部分的に不飽和の６員ヘテロ環式環である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、２個の酸素原子を有する置換されていてもよい部分的に不飽和の６員ヘテロ環式環である。
ある特定の実施形態において、Ｒ１は、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～２個のヘテロ原子を有する３～７員飽和または部分的に不飽和のヘテロ環式環である。ある特定の実施形態において、Ｒ１は、オキシラニル、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、オキセパニル、アジリジニル、アゼチジニル、ピロリジニル、ピペリジニル、アゼパニル、チイラニル、チエタニル、テトラヒドロチオフェニル、テトラヒドロチオピラニル、チエパニル、ジオキソラニル、オキサチオラニル、オキサゾリジニル、イミダゾリジニル、チアゾリジニル、ジチオラニル、ジオキサニル、モルホリニル、オキサチアニル、ピペラジニル、チオモルホリニル、ジチアニル、ジオキセパニル、オキサゼパニル、オキサチエパニル、ジチエパニル、ジアゼパニル、ジヒドロフラノニル、テトラヒドロピラノニル、オキセパノニル、ピロリジノニル、ピペリジノニル、アゼパノニル、ジヒドロチオフェノニル、テトラヒドロチオピラノニル、チエパノニル、オキサゾリジノニル、オキサジナノニル、オキサゼパノニル、ジオキソラノニル、ジオキサノニル、ジオキセパノニル、オキサチオリノニル、オキサチアノニル、オキサチエパノニル、チアゾリジノニル、チアジナノニル、チアゼパノニル、イミダゾリジノニル、テトラヒドロピリミジノニル、ジアゼパノニル、イミダゾリジンジオニル、オキサゾリジンジオニル、チアゾリジンジオニル、ジオキソランジオニル、オキサチオランジオニル、ピペラジンジオニル、モルホリンジオニル、チオモルホリンジオニル、テトラヒドロピラニル、テトラヒドロフラニル、モルホリニル、チオモルホリニル、ピペリジニル、ピペラジニル、ピロリジニル、テトラヒドロチオフェニル、またはテトラヒドロチオピラニルである。いくつかの実施形態において、Ｒは、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～２個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい５員飽和または部分的に不飽和のヘテロ環式環である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～２個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい５員飽和または部分的に不飽和のヘテロ環式環である。
ある特定の実施形態において、Ｒ１は、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～２個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい５－６員部分的に不飽和の単環式環である。ある特定の実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいテトラヒドロピリジニル、ジヒドロチアゾリル、ジヒドロオキサゾリル、またはオキサゾリニル基である。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、独立して窒素、酸素、または硫黄から選択される１～４個のヘテロ原子を有する置換されていてもよい８～１０員２環式飽和または部分的に不飽和のヘテロ環式環である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいインドリニルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいイソインドリニルである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよい１、２、３、４－テトラヒドロキノリンである。いくつかの実施形態において、Ｒは、置換されていてもよい１、２、３、４－テトラヒドロイソキノリンである。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ１０脂肪族であり、１以上のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルキレン、Ｃ１～Ｃ６アルケニレン、－Ｃ≡Ｃ－、－Ｃ（Ｒ´）２－、－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ´）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ´）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｓ（Ｏ）２－、－ＳＣ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｓ－、－ＯＣ（Ｏ）－、または－Ｃ（Ｏ）Ｏ－により任意におよび独立して置換され、ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ１０脂肪族であり、１以上のメチレン単位は、置換されていてもよい－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ´）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ´）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｓ（Ｏ）２－、－ＯＣ（Ｏ）－、または－Ｃ（Ｏ）Ｏ－により任意におよび独立して置換され、各Ｒ’は独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ１０脂肪族であり、１以上のメチレン単位は、任意の－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ´）－、－Ｃ（Ｏ）－、－ＯＣ（Ｏ）－、または－Ｃ（Ｏ）Ｏ－により、任意におよび独立して置換され、各Ｒ’は独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、
Figure 0007224319000094
Figure 0007224319000095
である。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、
Figure 0007224319000096
Figure 0007224319000097
である。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、Ｌに結合された置換されていてもよい－（ＣＨ２）２－部分を有する末端を含む。そのような例示的なＲ１基は、下記の通りである：
Figure 0007224319000098
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、Ｌに結合され、置換されていてもよい置換されていてもよい－（ＣＨ２）－部分を含む。そのような例示的なＲ１基は、下記の通りである：
Figure 0007224319000099
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、－Ｓ－ＲＬ２であり、ＲＬ２は、であり、置換されていてもよいＣ１～Ｃ９脂肪族であり、１以上のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルキレン、Ｃ１～Ｃ６アルケニレン、－Ｃ≡Ｃ－、－Ｃ（Ｒ´）２－、－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ´）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ´）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｓ（Ｏ）２－、－ＳＣ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｓ－、－ＯＣ（Ｏ）－、または－Ｃ（Ｏ）Ｏ－により任意におよび独立して置換され、Ｒ’および－Ｃｙ－のそれぞれは、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、－Ｓ－ＲＬ２であり、硫黄原子は、Ｌ基の硫黄原子と結合される。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、－Ｃ（Ｏ）－ＲＬ２であり、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ９脂肪族であり、１以上のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルキレン、Ｃ１～Ｃ６アルケニレン、－Ｃ≡Ｃ－、－Ｃ（Ｒ´）２－、－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ´）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ´）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｓ（Ｏ）２－、－ＳＣ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｓ－、－ＯＣ（Ｏ）－、または－Ｃ（Ｏ）Ｏ－により任意におよび独立して置換され、Ｒ’および－Ｃｙ－のそれぞれは、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、－Ｃ（Ｏ）－ＲＬ２であり、カルボニル基は、Ｌ基のＧと結合される。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、－Ｃ（Ｏ）－ＲＬ２であり、カルボニル基は、Ｌ基の硫黄原子と結合される。
いくつかの実施形態において、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ９脂肪族である。いくつかの実施形態において、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ９アルキルである。いくつかの実施形態において、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ９アルケニルである。いくつかの実施形態において、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ９アルキニルである。いくつかの実施形態において、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ９脂肪族であり、１以上のメチレン単位は、任意におよび独立して－Ｃｙ－または－Ｃ（Ｏ）－により置換される。いくつかの実施形態において、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ９脂肪族であり、１以上のメチレン単位は、－Ｃｙ－により任意におよび独立して置換される。いくつかの実施形態において、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ９脂肪族であり、１以上のメチレン単位は、置換されていてもよいヘテロシシレンにより任意におよび独立して置換される。いくつかの実施形態において、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ９脂肪族であり、１以上のメチレン単位は、置換されていてもよいアリーレンにより任意におよび独立して置換される。いくつかの実施形態において、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ９脂肪族であり、以上のメチレン単位は、置換されていてもよいヘテロアリーレンにより任意におよび独立して置換される。いくつかの実施形態において、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ９脂肪族であり、１以上のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ３～Ｃ１０カルボシクリレンにより任意におよび独立して置換される。いくつかの実施形態において、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ９脂肪族であり、２つのメチレン単位は、－Ｃｙ－または－Ｃ（Ｏ）－により任意におよび独立して置換される。いくつかの実施形態において、ＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ９脂肪族であり、２つのメチレン単位は、－Ｃｙ－または－Ｃ（Ｏ）－により任意におよび独立して置換される。例示的なＲＬ２基は、下記の通りである：
Figure 0007224319000100
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、水素であり、または、置換されていてもよい基
Figure 0007224319000101
Figure 0007224319000102
－Ｓ－（Ｃ１～Ｃ１０脂肪族）、Ｃ１～Ｃ１０脂肪族、アリール、Ｃ１～Ｃ６ヘテロアルキル、ヘテロアリールおよびヘテロシクリルから選択される。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、
Figure 0007224319000103
Figure 0007224319000104
または－Ｓ－（Ｃ１～Ｃ１０脂肪族）である。いくつかの実施形態において、Ｒ１は、
Figure 0007224319000105
Figure 0007224319000106
である。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、－Ｓ－（Ｃ１～Ｃ６脂肪族）、Ｃ１～Ｃ１０脂肪族、Ｃ１～Ｃ６ヘテロ脂肪族、アリール、ヘテロシクリルおよびヘテロアリールから選択される置換されていてもよい基である。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、
Figure 0007224319000107
 である。
いくつかの実施形態において、上記およびここに記載したＲ１の実施形態の硫黄原子は、上記およびここに記載したＬの実施形態の硫黄原子、Ｇ、Ｅ、または－Ｃ（Ｏ）－部分に結合されている。いくつかの実施形態において、上記およびここに記載したＲ１の実施形態の－Ｃ（Ｏ）－部分は、上記およびここに記載したＬの実施形態の硫黄原子、Ｇ、Ｅ、または－Ｃ（Ｏ）－部分と結合されている。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、上記およびここに記載したＬの実施形態およびＲ１の実施形態組み合わせのいずれかである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、－Ｌ３－Ｇ－Ｒ１であり、ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、－Ｌ４－Ｇ－Ｒ１であり、ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、－Ｌ３－Ｇ－Ｓ－ＲＬ２であり、ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、－Ｌ３－Ｇ－Ｃ（Ｏ）－ＲＬ２であり、ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000108
Figure 0007224319000109
であり、ここでＲＬ２は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ９脂肪族であり、１以上のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルキレン、Ｃ１～Ｃ６アルケニレン、－Ｃ≡Ｃ－、－Ｃ（Ｒ´）２－、－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ´）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ´）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｓ（Ｏ）２－、－ＳＣ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｓ－、－ＯＣ（Ｏ）－、または－Ｃ（Ｏ）Ｏ－により任意におよび独立して置換され、各Ｇは、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、－ＲＬ３－Ｓ－Ｓ－ＲＬ２であり、ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、－ＲＬ３－Ｃ（Ｏ）－Ｓ－Ｓ－ＲＬ２であり、ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000110
 の構造を有し、
ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000111
 の構造を有し、
ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000112
 の構造を有し、
ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000113
 の構造を有し、
ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000114
 の構造を有し、
ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000115
 の構造を有し、
ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000116
 の構造を有し、
ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000117
 の構造を有し、
ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000118
 の構造を有し、
ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000119
 の構造を有し、
ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000120
 の構造を有し、
ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000121
 の構造を有し、
ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000122
 の構造を有し、
ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000123
 の構造を有し、
ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000124
 の構造を有し、
ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000125
 の構造を有し、
ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000126
 の構造を有し、
ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000127
 の構造を有し、
ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000128
 の構造を有し、
ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000129
 の構造を有し、
ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000130
 の構造を有し、
ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、Ｌは、
Figure 0007224319000131
 の構造を有し、
ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｘ－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000132
 の構造を有し、
ここでフェニル環は、置換されていてもよく、および
Ｒ１およびＸのそれぞれは、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000133
Figure 0007224319000134
である。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000135
 である。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000136
である。いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000137
 である。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、Ｘに結合された置換されていてもよい－（ＣＨ２）２－部分の末端を含む。いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、Ｘに結合された－（ＣＨ２）２－部分の末端を含む。そのような例示的な－Ｌ－Ｒ１部分は、下記の通りである：
Figure 0007224319000138
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、Ｘに結合された置換されていてもよい－（ＣＨ２）－部分の末端を含む。いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、Ｘに結合された－（ＣＨ２）－部分の末端を含む。そのような例示的な－Ｌ－Ｒ１部分は、下記の通りである：
Figure 0007224319000139
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000140
 である。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000141
 であり；およびＸは、－Ｓ－である。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000142
 であり、Ｘは、－Ｓ－、Ｗは、Ｏ、Ｙは、－Ｏ－、およびＺは、－Ｏ－である。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、
Figure 0007224319000143
 または－Ｓ－（Ｃ１～Ｃ１０脂肪族）である。
いくつかの実施形態において、Ｒ１は、
Figure 0007224319000144
 である。
いくつかの実施形態において、Ｘは、－Ｏ－または－Ｓ－であり、およびＲ１は、
Figure 0007224319000145
 または－Ｓ－（Ｃ１～Ｃ１０脂肪族）である。
いくつかの実施形態において、Ｘは、－Ｏ－または－Ｓ－であり、およびＲ１は、
Figure 0007224319000146
 －Ｓ－（Ｃ１～Ｃ１０脂肪族）または－Ｓ－（Ｃ１～Ｃ５０脂肪族）である。
いくつかの実施形態において、Ｌは、共有結合であり、－Ｌ－Ｒ１は、Ｒ１である。
いくつかの実施形態において、－Ｌ－Ｒ１は、水素以外である。
いくつかの実施形態において、－Ｘ－Ｌ－Ｒ１は、Ｒ１は、
Figure 0007224319000147
Figure 0007224319000148
、－Ｓ－（Ｃ１～Ｃ１０脂肪族）または－Ｓ－（Ｃ１～Ｃ５０脂肪族）である。
いくつかの実施形態において、－Ｘ－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000149
 の構造を有し、部分
Figure 0007224319000150
 は、置換されていてもよい。いくつかの実施形態において、－Ｘ－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000151
 である。いくつかの実施形態において、－Ｘ－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000152
 である。いくつかの実施形態において、－Ｘ－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000153
 である。いくつかの実施形態において、－Ｘ－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000154
 の構造を有し、Ｘ’は、ＯまたはＳであり、Ｙ’は、－Ｏ－であり、－Ｓ－または－ＮＲ’－であり、部分
Figure 0007224319000155
 は、置換されていてもよい。いくつかの実施形態において、Ｙ’は、－Ｏ－であり、－Ｓ－または－ＮＨ－である。いくつかの実施形態において、
Figure 0007224319000156
 は、
Figure 0007224319000157
 である。いくつかの実施形態において、
Figure 0007224319000158
 は、
Figure 0007224319000159
 である。いくつかの実施形態において、
Figure 0007224319000160
 は、
Figure 0007224319000161
 である。いくつかの実施形態において、－Ｘ－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000162
 の構造を有し、Ｘ’は、ＯまたはＳであり、部分
Figure 0007224319000163
 は、置換されていてもよい。いくつかの実施形態において、
Figure 0007224319000164
 は、
Figure 0007224319000165
 である。いくつかの実施形態において、－Ｘ－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000166
 であり、
Figure 0007224319000167
 は、置換されていてもよい。いくつかの実施形態において、－Ｘ－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000168
 であり、
Figure 0007224319000169
 は、置換される。いくつかの実施形態において、－Ｘ－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000170
 であり、
Figure 0007224319000171
 は、非置換である。
いくつかの実施形態において、－Ｘ－Ｌ－Ｒ１は、Ｒ１－Ｃ（Ｏ）－Ｓ－Ｌｘ－Ｓ－であり、Ｌｘは、置換されていてもよい基
Figure 0007224319000172
 から選択される。いくつかの実施形態において、Ｌｘは、
Figure 0007224319000173
 である。いくつかの実施形態において、－Ｘ－Ｌ－Ｒ１は、（ＣＨ３）３Ｃ－Ｓ－Ｓ－Ｌｘ－Ｓ－である。いくつかの実施形態において、－Ｘ－Ｌ－Ｒ１は、Ｒ１－Ｃ（＝Ｘ’）－Ｙ’－Ｃ（Ｒ）２－Ｓ－Ｌｘ－Ｓ－である。いくつかの実施形態において、－Ｘ－Ｌ－Ｒ１は、Ｒ－Ｃ（＝Ｘ’）－Ｙ’－ＣＨ２－Ｓ－Ｌｘ－Ｓ－である。いくつかの実施形態において、－Ｘ－Ｌ－Ｒ１は、
Figure 0007224319000174
 である。
技術分野の当業者によって理解されるように、ここに記載した－Ｘ－Ｌ－Ｒ１基の多くは、切断可能で、対象に対して投与を行った後に、－Ｘ－へ変換可能である。いくつかの実施形態において、－Ｘ－Ｌ－Ｒ１は、切断可能である。いくつかの実施形態において、－Ｘ－Ｌ－Ｒ１は、－Ｓ－Ｌ－Ｒ１であり、対象に対して投与を行った後に－Ｓ－へ変換される。いくつかの実施形態において、対象の酵素により変換が促される。技術分野の当業者によって理解されるように、－Ｓ－Ｌ－Ｒ１基は、投与後に－Ｓ－に変換されることは、技術分野において公知であり、薬物代謝や薬物動態の研究に用いられるものを含め、実践されている。
いくつかの実施形態において、式Ｉの構造を有するインターヌクレオチド結合は、
Figure 0007224319000175
 である。
いくつかの実施形態において、式Ｉのインターヌクレオチド結合は、式Ｉ－ａの構造：
Figure 0007224319000176
 を有する。
ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、式Ｉのインターヌクレオチド結合は、式Ｉ－ｂの構造：
Figure 0007224319000177
 を有し、
ここで、各変数は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、式Ｉのインターヌクレオチド結合は、式Ｉ－ｃ：
Figure 0007224319000178
 の構造を有するホスホロチオエートトリエステル結合であり、
ここで、Ｐ＊は、不斉リン原子であり、ＲｐまたはＳｐのいずれかであり；
Ｌは、共有結合または任意に置換され、直鎖または分岐のＣ１～Ｃ１０アルキレンであり、ここでＬの１以上のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルキレン、Ｃ１～Ｃ６アルケニレン、－Ｃ≡Ｃ－、－Ｃ（Ｒ´）２－、－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ´）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ´）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｓ（Ｏ）２－、－ＳＣ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｓ－、－ＯＣ（Ｏ）－、または－Ｃ（Ｏ）Ｏ－により任意におよび独立して置換され；
Ｒ１は、ハロゲン、Ｒ、または置換されていてもよいＣ１～Ｃ５０脂肪族であり、１以上のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルキレン、Ｃ１～Ｃ６アルケニレン、－Ｃ≡Ｃ－、－Ｃ（Ｒ´）２－、－Ｃｙ－、－Ｏ－、－Ｓ－、－Ｓ－Ｓ－、－Ｎ（Ｒ´）－、－Ｃ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｓ）－、－Ｃ（ＮＲ´）－、－Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｃ（Ｏ）Ｏ－、－ＯＣ（Ｏ）Ｎ（Ｒ´）－、－Ｓ（Ｏ）－、－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｓ（Ｏ）２Ｎ（Ｒ´）－、－Ｎ（Ｒ´）Ｓ（Ｏ）２－、－ＳＣ（Ｏ）－、－Ｃ（Ｏ）Ｓ－、－ＯＣ（Ｏ）－、または－Ｃ（Ｏ）Ｏ－により任意におよび独立して置換され；
各Ｒ´は、独立して－Ｒ、－Ｃ（Ｏ）Ｒ、－ＣＯ２Ｒ、もしくは－ＳＯ２Ｒであるか、または：
同じ窒素上の２つのＲ´は、それらの介在原子と一緒になって置換されていてもよいヘテロ環式、もしくはヘテロアリール環を形成するか、または
同じ炭素上の２つのＲ´は、それらの介在原子と一緒になって、置換されていてもよいアリール、炭素環式、ヘテロ環式、またはヘテロアリール環を形成し；
－Ｃｙ－は、フェニレン、カルボシクリレン、アリーレン、ヘテロアリーレン、またはヘテロシクリレンから選択される置換されていてもよい２価の環であり；
各Ｒは、独立して水素であるか、または、Ｃ１～Ｃ６脂肪族、フェニル、カルボシクリル、アリール、ヘテロアリール、またはヘテロシクリルから選択される置換されていてもよい基であり；および
各
Figure 0007224319000179
 は、独立してヌクレオシドとの結合を表し；
Ｒ１は、Ｌが共有結合のとき、－Ｈ以外である。
いくつかの実施形態において、式Ｉの構造を有するインターヌクレオチド結合は、
Figure 0007224319000180
 である。
いくつかの実施形態において、式Ｉ－ｃの構造を有するインターヌクレオチド結合は、
Figure 0007224319000181
 である。
いくつかの実施形態において、本発明は、１以上のリン酸ジエステル結合、および式Ｉ－ａ、Ｉ－ｂ、またはＩ－ｃを有する１以上の修飾されたインターヌクレオチド結合を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態において、本発明は、少なくとも１個のリン酸ジエステルインターヌクレオチド結合、および式Ｉ－ｃの構造を有する少なくとも１個のホスホロチオエートトリエステル結合を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、少なくとも１個のリン酸ジエステルインターヌクレオチド結合、および式Ｉ－ｃの構造を有する少なくとも２個のホスホロチオエートトリエステル結合を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、少なくとも１個のリン酸ジエステルインターヌクレオチド結合、および式Ｉ－ｃの構造を有する少なくとも３個のホスホロチオエートトリエステル結合を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、少なくとも１個のリン酸ジエステルインターヌクレオチド結合、および式Ｉ－ｃの構造を有する少なくとも４個のホスホロチオエートトリエステル結合を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、少なくとも１個のリン酸ジエステルインターヌクレオチド結合、および式Ｉ－ｃの構造を有する少なくとも５個のホスホロチオエートトリエステル結合を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣに示される配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣに示される配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、前記配列は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣと５０％以上の同一性を有する。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣに示される配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、前記配列は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣと６０％以上の同一性を有する。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣに示される配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、前記配列は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣと７０％以上の同一性を有する。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣに示される配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、前記配列は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣと８０％以上の同一性を有する。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣに示される配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、前記配列は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣと９０％以上の同一性を有する。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣに示される配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、前記配列は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣと９５％以上の同一性を有する。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣに示される配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、少なくとも１個のインターヌクレオチド結合は、キラル結合したリン酸を有する。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣに示される配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、少なくとも１個のインターヌクレオチド結合は、式Ｉの構造を有する。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣに示される配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、各インターヌクレオチド結合は、式Ｉの構造を有する。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣに示される配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、少なくとも１個のインターヌクレオチド結合は、式Ｉ－ｃの構造を有する。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣに示される配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、各インターヌクレオチド結合は、式Ｉ－ｃの構造を有する。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣに示される配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、少なくとも１個のインターヌクレオチド結合は、
Figure 0007224319000182
 である。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣに示される配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、
各インターヌクレオチド結合は、
Figure 0007224319000183
 である。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣに示される配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、少なくとも１個のインターヌクレオチド結合は、
Figure 0007224319000184
 である。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣに示される配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、各インターヌクレオチド結合は、
Figure 0007224319000185
 である。
いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド提供し、少なくとも１個のインターヌクレオチド結合は、キラル結合したリン酸を有する。本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド提供し、少なくとも１個のインターヌクレオチド結合は、式Ｉの構造を有する。本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド提供し、各インターヌクレオチド結合は、式Ｉの構造を有する。本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド提供し、少なくとも１個のインターヌクレオチド結合は、式Ｉ－ｃの構造を有する。本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド提供し、各インターヌクレオチド結合は、式Ｉ－ｃの構造を有する。本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド提供し、少なくとも１個のインターヌクレオチド結合は、
Figure 0007224319000186
 である。本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド提供し、各インターヌクレオチド結合は、
Figure 0007224319000187
 である。本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド提供し、少なくとも１個のインターヌクレオチド結合は、
Figure 0007224319000188
 である。本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド提供し、各インターヌクレオチド結合は、
Figure 0007224319000189
 である。
いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、少なくとも１個のインターヌクレオチド結合は、キラル結合したリン酸を有する。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、少なくとも１個のインターヌクレオチド結合は、式Ｉの構造を有する。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、各インターヌクレオチド結合は、式Ｉの構造を有する。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、少なくとも１個のインターヌクレオチド結合は、式Ｉ－ｃの構造を有する。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、各インターヌクレオチド結合は、式Ｉ－ｃの構造を有する。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、少なくとも１個のインターヌクレオチド結合は、
Figure 0007224319000190
 である。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、各インターヌクレオチド結合は、
Figure 0007224319000191
 である。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、少なくとも１個のインターヌクレオチド結合は、
Figure 0007224319000192
 である。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、各インターヌクレオチド結合は、
Figure 0007224319000193
 である。
いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、少なくとも１つの結合したリン酸は、Ｒｐである。ある特定の実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ＲＮＡ配列を含み、各Ｔは、独立してかつ任意にＵと置換されることは、技術分野の当業者により理解される。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、結合したリン酸のそれぞれは、Ｒｐである。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、少なくとも１つの結合したリン酸は、Ｓｐである。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、結合したリン酸のそれぞれは、Ｓｐである。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは、ブロックマーである。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは、ステレオブロックマーである。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは、Ｐ－修飾ブロックマーである。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは、結合ブロックマーである。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは、アルトマーである。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは、ステレオアルトマーである。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは、Ｐ－修飾アルトマーである。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは、結合アルトマーである。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは、ユニマーである。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは、ステレオユニマーである。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは、Ｐ－修飾ユニマーである。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは、結合ユニマーである。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、オリゴヌクレオチドは、スキップマーである。
いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、各シトシンは、任意におよび独立して５－メチルシトシンに置換される。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、少なくとも１つのシトシンは、任意におよび独立して５－メチルシトシンに置換される。いくつかの実施形態において、本発明は、ＧＣＣＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＴＣＧＣＡＣＣの配列を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供し、各シトシンは、任意におよび独立して５－メチルシトシンに置換される。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、１以上のヌクレオチドが、ある特定状況下においてオートリリースしやすいリン酸修飾を含むように設計されている。つまり、ある条件下において、特定のリン修飾が、オリゴヌクレオチドから自力で切断し、天然のＤＮＡおよびＲＮＡ内に見られる、例えば、リン酸ジエステルを得るように設計される。いくつかの実施形態において、そのようなリン酸修飾は、－Ｏ－Ｌ－Ｒ１の構造を有し、ＬおよびＲ１のそれぞれは、は、独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。いくつかの実施形態において、オートリリース基は、モルホリノ基を含む。いくつかの実施形態において、オートリリース基は、インターヌクレオチドのリン酸リンカーに薬剤を送達する能力を特徴としており、薬剤は、例えば、脱硫などで、リン原子の修飾を促進する。いくつかの実施形態において、薬剤はは、水であり、加水分解により更に修飾され、天然のＤＮＡおよびＲＮＡに見られるリン酸ジエステルを形成する。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、得られる薬剤の性質がリン酸での１以上の特定の修飾を通じて改善されるように設計されている。あるオリゴヌクレオチドがヌクレアーゼにより急速に分解され、細胞膜を通じた細胞の取り込みが低下することは、当該技術分野において、多くの文書に記載されている（Ｐｏｉｊａｒｖｉ－Ｖｉｒｔａ ｅｔ ａｌ．， Ｃｕｒｒ． Ｍｅｄ． Ｃｈｅｍ． （２００６）， １３（２８）；３４４１－６５； Ｗａｇｎｅｒ ｅｔ ａｌ．， Ｍｅｄ． Ｒｅｓ． Ｒｅｖ． （２０００）， ２０（６）：４１７－５１； Ｐｅｙｒｏｔｔｅｓ ｅｔ ａｌ．， Ｍｉｎｉ Ｒｅｖ． Ｍｅｄ． Ｃｈｅｍ． （２００４）， ４（４）：３９５－４０８； Ｇｏｓｓｅｌｉｎ ｅｔ ａｌ．， （１９９６）， ４３（１）：１９６－２０８； Ｂｏｌｏｇｎａ ｅｔ ａｌ．， （２００２）， Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ＆ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ １２：３３－４１）。例えば、Ｖｉｖｅｓら（Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ （１９９９）， ２７（２０）：４０７１－７６）は、親オリゴヌクレオチドと比較すると、ｔｅｒｔ－ブチルＳＡＴＥプロ－オリゴヌクレオチドの細胞透過性が著しく上昇することを示したことを発見した。
いくつかの実施形態において、結合したリン酸おける修飾は、天然のＤＮＡおよびＲＮＡに存在するようなリン酸ジエステルへ変換される能力を特徴としており、１以上のエステラーゼ、ヌクレアーゼ、および／またはシトクロムＰ４５０酵素、下記の表３に列挙するものにより変換されるが、これらに限定されるものではない。
例示的な酵素
Figure 0007224319000194
Figure 0007224319000195
Figure 0007224319000196
いくつかの実施形態において、リン酸における修飾が、プロドラッグとして機能することを特徴とするＰ－修飾部分になり、例えば、Ｐ－修飾部分は、オリゴヌクレオチドを除去する前に所望の位置へ送達しやすくする。例えば、いくつかの実施形態において、Ｐ－修飾部分は、結合したリン酸でのペグ化によるものである。関連技術の当業者は、さまざまなＰＥＧ鎖の長さが有用であり、鎖の長さの選択は、一部は、ペグ化により実現しようとする結果によって決定されることを理解するであろう。例えば、いくつかの実施形態において、ペグ化は、ＲＥＳ取り込みを少なくし、オリゴヌクレオチドのインビボでの循環寿命を延ばす効果がある。
いくつかの実施形態において、本発明によるペグ化に用いる試薬は、分子量が約３００ｇ／ｍｏｌ～約１００，０００ｇ／ｍｏｌである。いくつかの実施形態において、ペグ化に用いる試薬の分子量は、約３００ｇ／ｍｏｌ～約１０，０００ｇ／ｍｏｌである。いくつかの実施形態において、ペグ化に用いる試薬の分子量は、約３００ｇ／ｍｏｌ～約５，０００ｇ／ｍｏｌである。いくつかの実施形態において、ペグ化に用いる試薬の分子量は、約５００ｇ／ｍｏｌである。いくつかの実施形態において、ペグ化に用いる試薬の分子量は、約１０００ｇ／ｍｏｌである。いくつかの実施形態において、ペグ化に用いる試薬の分子量は、約３０００ｇ／ｍｏｌである。いくつかの実施形態において、ペグ化に用いる試薬の分子量は、約５０００ｇ／ｍｏｌである。
ある特定の実施形態において、ペグ化に用いる試薬は、ＰＥＧ５００である。ある特定の実施形態において、ペグ化に用いる試薬は、ＰＥＧ１０００である。ある特定の実施形態において、ペグ化に用いる試薬は、ＰＥＧ３０００である。ある特定の実施形態において、ペグ化に用いる試薬は、ＰＥＧ５０００である。
いくつかの実施形態において、Ｐ－修飾部分は、例えば、脂質、ＰＥＧ化脂質などのＰＫエンハンサーとして機能することを特徴とする。
いくつかの実施形態において、Ｐ－修飾部分は、膜破壊脂質またはペプチドなどの細胞への侵入および／またはエンドソームの回避を促進する薬剤として機能することを特徴とする。
いくつかの実施形態において、Ｐ－修飾部分は、標的薬剤として機能することを特徴とする。いくつかの実施形態において、Ｐ－修飾部分は、標的薬剤である、または標的薬剤を含む。ここでの「標的薬剤」という用語は、対象のペイロードと関連するものであり（例えば、オリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物と関連）、また対象の標的部位と相互に作用する。そのため、確認されるより、または対象のペイロードが標的薬剤と関連していない場合の同等の状況下よりも、実質的により多くの標的薬剤と関連するとき、対象のペイロードが対象の標的部位を標的にする。標的薬剤は、例えば、小分子部分、核酸、ポリペプチド、炭水化物など種々の化学的部分のいずれかであってもよい、またはこれらを含む。標的薬剤は、さらにＡｄａｒｓｈ ｅｔ ａｌ．， “Ｏｒｇａｎｅｌｌｅ Ｓｐｅｃｉｆｉｃ Ｔａｒｇｅｔｅｄ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ － Ａ Ｒｅｖｉｅｗ，” Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ｉｎ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ ａｎｄ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， ２０１１， ｐ． ８９５に記載される。
例示的なそのような標的薬剤には、限定するものではないが、タンパク質（例えば、トランスフェリン）、オリゴペプチド（例えば、環式および非環式のＲＧＤ含有オリゴペプチド）、抗体（単クローン抗体および多クローン性抗体、例えば、ＩｇＧ、ＩｇＡ、ＩｇＭ、ＩｇＤ、ＩｇＥ抗体）、糖／炭水化物（例えば、単糖および／またはオリゴ糖（マンノース、マンノース－６－リン酸、ガラクトースなど））、ビタミン（例えば、葉酸）、または別の小生体分子が含まれる。いくつかの実施形態において、標的部分は、ステロイド分子である（例えば、コール酸、デオキシコール酸、デヒドロコール酸を含む胆汁酸；コルチゾン；ジゴキシゲニン；テストステロン；コレステロール；コルチゾン環の３位での二重結合を通じて結合するトリメチルアミノメチルヒドラジド基を有するコルチゾンなどのカチオン性ステロイドなど）。いくつかの実施形態において、標的部分は、脂溶性分子（例えば、脂環式炭化水素、飽和および不飽和脂肪酸、ワックス、テルペン、およびエナメル質およびバックミンスターフラーレンなどの多脂環式炭化水素）である。いくつかの実施形態において、脂溶性分子は、ビタミンＡ，レチノイン酸、レチナール、またはデヒドロレチナールなどのテルペノイドである。いくつかの実施形態において、標的部分は、ペプチドである。
いくつかの実施形態において、Ｐ－修飾部分は、式－－Ｘ－Ｌ－Ｒ１で示される標的薬剤であり、Ｘ、Ｌ、およびＲ１のそれぞれは、上記の式Ｉに定義のとおりである。
いくつかの実施形態において、Ｐ－修飾部分は、細胞の特異的送達を容易にすることを特徴とする。
いくつかの実施形態において、Ｐ－修飾部分は、上記記載の１以上のカテゴリーに含まれることを特徴とする。例えば、いくつかの実施形態において、Ｐ－修飾部分は、ＰＫエンハンサーおよび標的リガンドとして機能する。いくつかの実施形態において、Ｐ－修飾部分は、プロドラッグおよびエンドソーム回避剤として機能する。関連技術の当業者であれば、本発明により、そのような組み合わせが他にも数多く可能であり、企図されることを理解するであろう。
核酸塩基
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドに存在する核酸塩基は、自然の核酸塩基である、または自然の核酸塩基に由来する修飾された核酸塩基である。例としては、限定するものではないが、それぞれのアミノ基がアシル保護基により保護されているウラシル、チミン、アデニン、シトシン、およびグアニン、２－フルオロウラシル、２－フルオロシトシン、５－ブロモウラシル、５－ヨードウラシル、２，６－ジアミノプリン、アザシトシン、疑似イソシトシンや疑似ウラシルなどのピリミジン類似体、および８－置換プリン、キサンチン、またはヒポキサンチンなどの別の修飾された核酸塩基が挙げられる（最後の２つは、自然分解生成物）。例示的な修飾された核酸塩基は、Chiu and Rana, RNA, 2003, 9, 1034-1048, Limbach et al. Nucleic Acids Research, 1994, 22, 2183-2196 and Revankar and Rao, Comprehensive Natural Products Chemistry, vol. 7, 313に開示される。
以下の一般式で表される化合物もまた、修飾された核酸塩基として企図される：
Figure 0007224319000197
 ここで、Ｒ８は、置換されていてもよい、脂肪族、アリール、アラルキル、アリールオキシルアルキル、カルボシクリル、１～１５個の炭素原子を有するヘテロシクリルまたはヘテロアリール基から選択される直鎖または分岐の基であり、例にすぎないが、メチル、イソプロピル、フェニル、ベンジル、またはフェノキシメチル基が含まれ；およびＲ９ならびにＲ１０のそれぞれは、独立して直鎖または分岐の脂肪族、カルボシクリル、アリール、ヘテロシクリルおよびヘテロアリールから選択される置換されていてもよい基である。
修飾された核酸塩基には、例えばフェニル環などの１以上のアリール環が加えられた、拡大された大きさの核酸塩基も含まれる。核塩基の置換は、the Glen Research catalog (www.glenresearch.com); Krueger AT et al, Acc. Chem. Res., 2007, 40, 141-150; Kool, ET, Acc. Chem. Res., 2002, 35, 936-943; Benner S.A., et al., Nat. Rev. Genet., 2005, 6, 553-543; Romesberg, F.E., et al., Curr. Opin. Chem. Biol., 2003, 7, 723-733; Hirao, I., Curr. Opin. Chem. Biol.,2006,10,622-627に記載され、本明細書中に記載される核酸の合成に有用であると考えられる。拡大された大きさの核酸塩基のいくつかの例は、下記の通りである。
Figure 0007224319000198
ここで、修飾された核酸塩基は、核酸塩基とは見做されない構造も含有されるが、例えば、限定するものではないが、コリンまたはポルフィリン誘導環のような別の部分である。ポルフィリン誘導塩基置換は、Morales-Rojas, H and Kool, ET, Org. Lett., 2002, 4, 4377-4380に記載されている。塩基置換として使用されるポルフィリン誘導環の一例を以下に示す：
Figure 0007224319000199
いくつかの実施形態において、修飾された核酸塩基は、以下の構造のいずれかであり、置換されていてもよい：
Figure 0007224319000200
いくつかの実施形態において、修飾された核酸塩基は、蛍光性である。そのような蛍光性の例示的な修飾された核酸塩基には、以下に示すフェナントレン、ピレン、スチルベン、イソキサンチン、イソザントプテリン（isozanthopterin）、テルフェニル、テルチオフェン、ベンゾテルチオフェン、クマリン、ルマジン、テザースチルベン、ベンゾ－ウラシル、およびナフト－ウラシルが含まれる：
Figure 0007224319000201
いくつかの実施形態において、修飾された核酸塩基は、非置換である。いくつかの実施形態において、修飾された核酸塩基は、置換される。いくつかの実施形態において、修飾された核酸塩基は、例えば、ヘテロ原子、アルキル基、または蛍光部分に結合された結合部分、ビオチンもしくはアビジン部分、または別のタンパク質もしくはペプチドを含むように置換される。いくつかの実施形態において、修飾された核酸塩基は、最も古典的な意味では核酸塩基ではないが、核酸塩基と同様に機能する「ユニバーサル塩基」である。そのようなユニバーサル塩基の代表的な一例は、３－ニトロピロールである。
いくつかの実施形態において、別のヌクレオシドもまた本明細書中に開示されるプロセスにおいて使用することができ、修飾された核酸塩基、または修飾された糖と共有結合する核酸塩基を組み込んだヌクレオシドを含む。修飾された核酸塩基を組み込むヌクレオシドのいくつかの例には、４－アセチルシチジン；５－（カルボキシヒドロキシルメチル）ウリジン；２′－Ｏ－メチルシチジン；５－カルボキシメチルアミノメチル－２－チオウリジン；５－カルボキシメチルアミノメチルウリジン；ジヒドロウリジン；２′－Ｏ－メチルプソイドウリジン；ベータＤ－ガラクトシルキューオシン（beta,D-galactosylqueosine)；２′－Ｏ－メチルグアノシン；Ｎ６－イソペンテニルアデノシン；１－メチルアデノシン；１－メチルプソイドウリジン；１－メチルグアノシン；ｌ－メチルイノシン；２，２－ジメチルグアノシン；２－メチルアデノシン；２－メチルグアノシン；Ｎ７－メチルグアノシン；３－メチル－シチジン；５－メチルシチジン；５－ヒドロキシメチルシチジン；５－ホルミルシトシン；５－カルボキシルシトシン；Ｎ６－メチルアデノシン；７－メチルグアノシン；５－メチルアミノエチルウリジン；５－メトキシアミノメチル－２－チオウリジン；ベータＤ－マンノシルキューオシン（beta,D-mannosylqueosine）；５－メトキシカルボニルメチルウリジン；５－メトキシウリジン；２－メチルチオ－Ｎ６－イソペンテニルアデノシン；Ｎ－（（９－ベータＤリボフラノシル－２－メチルチオプリン－６－イル）カルバモイル）トレオニン；Ｎ－（（９－ベータＤリボフラノシルプリン－６－イル）－Ｎ－メチルカルバモイル）トレオニン；ウリジン－５－オキシ酢酸メチルエステル；ウリジン－５－オキシ酢酸（ｖ）；プソイドウリジン；キューオシン（queosine）；２－チオシチジン；５－メチル－２－チオウリジン；２－チオウリジン；４－チオウリジン；５－メチルウリジン；２′－Ｏ－メチル－５－メチルウリジン；および２′－Ｏ－メチルウリジンである。
いくつかの実施形態において、ヌクレオシドは、６′位に（Ｒ）または（Ｓ）のいずれかのキラリティーを有する６′－修飾２環式ヌクレオシド類似体を含み、米国特許第７，３９９，８４５号に記載される類似体を含む。別の実施形態において、ヌクレオシドは、５′位に（Ｒ）または（Ｓ）のいずれかのキラリティーを有する５′－修飾２環式ヌクレオシド類似体を含み、米国特許出願公開第２００７０２８７８３１号に記載される類似体を含む。
いくつかの実施形態において、核酸塩基または修飾された核酸塩基は、例えば、抗体、抗体フラグメント、ビオチン、アビジン、ストレプトアビジン、受容体リガンド、またはキレート部分などの１以上の生体分子結合部分を含む。別の実施形態において、核酸塩基または修飾された核酸塩基は、５－ブロモウラシル、５－ヨードウラシル、または２，６－ジアミノプリンである。いくつかの実施形態において、核酸塩基または修飾された核酸塩基は、蛍光または生体分子結合部分の置換により修飾される。いくつかの実施形態において、核酸塩基または修飾された核酸塩基上の置換基は、蛍光部分である。いくつかの実施形態において、核酸塩基上の置換基または修飾された核酸塩基は、ビオチンまたはアビジンである。
上記の修飾された核酸塩基および別の修飾された核酸塩基のうちのある特定のものの作製について教示する代表的な米国特許は、限定するものではないが、上述の米国特許第３，６８７，８０８号、および米国特許第４,８４５,２０５号；第５,１３０,３０号；第５,１３４,０６６号；第５,１７５,２７３号；第５,３６７,０６６号；第５,４３２,２７２号；第５,４５７,１８７号；第５,４５７,１９１号；第５,４５９,２５５号；第５,４８４,９０８号；第５,５０２,１７７号；第５,５２５,７１１号；第５,５５２,５４０号；第５,５８７,４６９号；５,５９４,１２１,第５,５９６,０９１号；第５,６１４,６１７号；第５,６８１,９４１号；第５,７５０,６９２号；第６,０１５,８８６号；第６,１４７,２００号；第６,１６６,１９７号；第６,２２２,０２５号；第６,２３５,８８７号；第６,３８０,３６８号；第６,５２８,６４０号；第６,６３９,０６２号；第６,６１７,４３８号；第７,０４５,６１０号；第７,４２７,６７２号；および第７,４９５,０８８号、が挙げられ、これらは、そのまま本明細書に組み込まれるものとする。
糖
最も一般的な天然のヌクレオチドは、核酸塩基、アデノシン（Ａ）、シトシン（Ｃ）、グアニン（Ｇ）、およびチミン（Ｔ）またはウラシル（Ｕ）に結合したリボース糖から成る。また、ヌクレオチド内のリン酸基または結合したリン酸が、糖または修飾された糖のさまざまな位置に結合可能である修飾されたヌクレオチドが企図される。非制限的な例としては、リン酸基または結合したリン酸は、糖または修飾された糖の２′、３′、４′または５′ヒドロキシル部分に結合可能である。本明細書中で記載される修飾された核酸塩基を組み込むヌクレオチドもまたこの文脈で企図される。いくつかの実施形態において、保護されていない－ＯＨ部分を含むヌクレオチドまたは修飾されたヌクレオチドが、本発明の方法により使用される。
別の修飾された糖もまた提供されるオリゴヌクレオチド内に組み込まれる。いくつかの実施形態において、修飾された糖は、以下のうちの１つ：－Ｆ；－ＣＦ３、－ＣＮ、－Ｎ３、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＯＲ’、－ＳＲ’、または－Ｎ（Ｒ’）２を２位に含む１以上の置換基を含み、ここで、各Ｒ’は独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである；－Ｏ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）、－Ｓ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）、－ＮＨ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）、または－Ｎ（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）２；－Ｏ－（Ｃ２－Ｃ１０アルケニル）、－Ｓ－（Ｃ２－Ｃ１０アルケニル）、－ＮＨ－（Ｃ２－Ｃ１０アルケニル）、または－Ｎ（Ｃ２－Ｃ１０アルケニル）２；－Ｏ－（Ｃ２－Ｃ１０アルキニル）、－Ｓ－（Ｃ２－Ｃ１０アルキニル）、－ＮＨ－（Ｃ２－Ｃ１０アルキニル）、または－Ｎ（Ｃ２－Ｃ１０アルキニル）２；または－Ｏ－－（Ｃ１～Ｃ１０アルキレン）－Ｏ－－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）、－Ｏ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキレン）－ＮＨ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）もしくは－Ｏ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキレン）－ＮＨ（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）２、－ＮＨ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキレン）－Ｏ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）、または－Ｎ（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）－（Ｃ１～Ｃ１０アルキレン）－Ｏ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）、ここで、アルキル、アルキレン、アルケニルおよびアルキニルは、置換若しくは非置換であってよい。置換基の例としては、限定するものではないが、－Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＣＨ３および－Ｏ（ＣＨ２）ｎＮＨ２が挙げられ、ここで、ｎは、１から約１０であり、ＭＯＥ、ＤＭＡＯＥ、ＤＭＡＥＯＥが挙げられる。また、ここで企図されるものは、国際公開第２００１／０８８１９８号；およびMartin et al., Helv. Chim. Acta, 1995, 78, 486-504に記載される修飾された糖である。いくつかの実施形態において、修飾された糖は、置換されたシリル基、ＲＮＡ切断基、レポーター基、蛍光標識、インターカレーター、核酸の薬物動態性を向上させる基、核酸の薬力学的性質を向上させる基、または同様の性質を持つ別の置換基から選択される１以上の基を含む。いくつかの実施形態において、３′－末端ヌクレオチドの糖の３′位または５′－末端ヌクレオチドの５′位を含む、糖または修飾された糖の２′、３′、４′、５′、または６′位の１以上で修飾が行われる。
いくつかの実施形態において、リボースの２’－ＯＨは、
以下：－Ｈ、－Ｆ；－ＣＦ３、－ＣＮ、－Ｎ３、－ＮＯ、－ＮＯ２、－ＯＲ’、－ＳＲ’、または－Ｎ（Ｒ’）２の１つを含む置換基と置換され、ここで、各Ｒ’は独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである；－Ｏ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）、－Ｓ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）、－ＮＨ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）、または－Ｎ（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）２；－Ｏ－（Ｃ２－Ｃ１０アルケニル）、－Ｓ－（Ｃ２－Ｃ１０アルケニル）、－ＮＨ－（Ｃ２－Ｃ１０アルケニル）、または－Ｎ（Ｃ２－Ｃ１０アルケニル）２；－Ｏ－（Ｃ２－Ｃ１０アルキニル）、－Ｓ－（Ｃ２－Ｃ１０アルキニル）、－ＮＨ－（Ｃ２－Ｃ１０アルキニル）、または－Ｎ（Ｃ２－Ｃ１０アルキニル）２；または－Ｏ－－（Ｃ１～Ｃ１０アルキレン）－Ｏ－－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）、－Ｏ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキレン）－ＮＨ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）もしくは－Ｏ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキレン）－ＮＨ（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）２、－ＮＨ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキレン）－Ｏ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）、または－Ｎ（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）－（Ｃ１～Ｃ１０アルキレン）－Ｏ－（Ｃ１～Ｃ１０アルキル）、ここで、アルキル、アルキレン、アルケニルおよびアルキニルは、置換若しくは非置換であってよい。いくつかの実施形態において、２’－ＯＨは、－Ｈ（デオキシリボース)により置換される。いくつかの実施形態において、２’－ＯＨは、－Ｆにより置換される。いくつかの実施形態において、２’－ＯＨは、－ＯＲ’により置換される。いくつかの実施形態において、２’－ＯＨは、－ＯＭｅにより置換される。いくつかの実施形態において、２’－ＯＨは、－ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＭｅにより置換される。
修飾糖は、ロックド核酸（ＬＮＡ）も含む。いくつかの実施形態において、糖炭素原子上の２つの置換基は、一緒になって二価部分を形成する。いくつかの実施形態において、２つの置換基は、２個の異なる糖炭素原子上にある。いくつかの実施形態において、形成された二価部分は、本明細書において定義される－Ｌ－の構造を有する。いくつかの実施形態において、－Ｌ－は、－Ｏ－ＣＨ２－であり、ここで、－ＣＨ２－は、置換されてもよい。いくつかの実施形態において、－Ｌ－は、－Ｏ－ＣＨ２－である。いくつかの実施形態において、－Ｌ－は、－Ｏ－ＣＨ（Ｅｔ）－である。いくつかの実施形態において、－Ｌ－は、糖部分のＣ２とＣ４の間にある。いくつかの実施形態において、ロックド核酸は、以下に示す構造を有する。下の構造のロックド核酸を示しており、式中、Ｂａは、本明細書に記載の核酸塩基または修飾核酸塩基を表し、式中、Ｒ２ｓは、－ＯＣＨ２Ｃ４’－である。
Figure 0007224319000202
いくつかの実施形態において、修飾された糖は、例えば、Sethet al.,Jam Chem Soc.2010 October 27;132(42): 14942－14950に記載されるようなＥＮＡである。いくつかの実施形態において、修飾された糖は、ＸＮＡ（ゼノ核酸）に見られるものであり、例えば、アラビノース、アンヒドロヘキシトール、トレオース、２’フルオロアラビノース、またはシクロヘキセンである。
修飾された糖は、ペントフラノシル糖の代わりにシクロブチルまたはシクロペンチル部分のような糖の模倣物を含む。そのような修飾された糖の構造の調製を教示する代表的な米国特許は、限定するものではないが、米国特許第４，９８１，９５７号；５，１１８，８００号；５，３１９，０８０号；および５，３５９，０４４号が挙げられる。企図されるいくつかの修飾された糖には、リボース環の酸素原子が、窒素、硫黄、セレン、または炭素で置換される糖が含まれる。いくつかの実施形態において、修飾された糖は、修飾されたリボースであり、リボース環内の酸素原子は、窒素と置換され、窒素は、アルキル基（例えば、メチル、エチル、イソプロピルなど）と置換されていてもよい。
修飾された糖の非限定的な例としては、グリセロール核酸（ＧＮＡ）類似体を形成するグリセロールを含む。ＧＮＡ類似体の一例は、以下に示され、Zhang, R et al., J. Am. Chem. Soc., 2008, 130, 5846-5847; Zhang L, et al., J. Am. Chem. Soc., 2005, 127, 4174-4175 and Tsai CH et al., PNAS, 2007, 14598-14603 (X = O－)に記載される：
Figure 0007224319000203
 。
ＧＮＡ誘導類似体の別の例である、ホルミルグリセロールの混合アセタールアミナールに基づく柔軟性核酸（ＦＮＡ）は、Joyce GF et al., PNAS, 1987, 84, 4398-4402およびHeuberger BD and Switzer C, J. Am. Chem. Soc., 2008, 130, 412-413に記載され、以下の通りである：
Figure 0007224319000204
 。
修飾された糖のさらなる非限定的な例は、ヘキソピラノシル（６’～４’）、ペントピラノシル（４’～２’）、ペントピラノシル（４’～３’）、またはテトロフラノシル（３’～２’）糖が挙げられる。いくつかの実施形態において、ヘキソピラノシル（６’～４’）糖は、次式：
Figure 0007224319000205
 のいずれか１つであり、
ここで、Ｘｓは、本明細書中に記載されるＰ－修飾基「－ＸＬＲ１」に対応し、Ｂａは、ここに定義するとおりである。
いくつかの実施形態において、ペントピラノシル（４’～２’）糖は、次式：
Figure 0007224319000206
 のいずれか１つであり、
ここで、Ｘｓは、本明細書中に記載されるＰ－修飾基「－ＸＬＲ１」に対応し、Ｂａは、ここに定義するとおりである。
いくつかの実施形態において、ペントピラノシル（４’～３’）糖は、次式：
Figure 0007224319000207
 ，
のいずれか１つであり、
ここで、Ｘｓは、本明細書中に記載されるＰ－修飾基「－ＸＬＲ１」に対応し、Ｂａは、ここに定義するとおりである。
いくつかの実施形態において、テトロフラノシル（３’～２’）糖は、次式：
Figure 0007224319000208
 ,
のいずれかであり、
ここで、Ｘｓは、本明細書中に記載されるＰ－修飾基「－ＸＬＲ１」に対応し、Ｂａは、ここに定義するとおりである。
いくつかの実施形態において、修飾された糖は、次式：
Figure 0007224319000209
 のいずれか１つであり、
ここで、Ｘｓは、本明細書中に記載されるＰ－修飾基「－ＸＬＲ１」に対応し、Ｂａは、ここに定義するとおりである。
いくつかの実施形態において、糖部分の１以上のヒドロキシル基は、独立してハロゲン、Ｒ’－Ｎ（Ｒ’）２、－ＯＲ’、または－ＳＲ’で置換されていてもよく、各Ｒ’は独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。
いくつかの実施形態において、糖の模倣物は、以下に示されるとおりであり、Ｘｓは、本明細書中に記載されるＰ－修飾基「－ＸＬＲ１」に対応し、Ｂａは、ここに定義するとおりであり、Ｘ１は、－Ｓ－、－Ｓｅ－、－ＣＨ２－、－ＮＭｅ－、－ＮＥｔ－または－ＮｉＰｒ－から選択される。
Figure 0007224319000210
いくつかの実施形態において、少なくとも１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、またはそれ以上（例えば、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、またはそれ以上）（それらを含む）キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の糖が、修飾される。いくつかの実施形態において、プリン残留物のみが修飾される（例えば、約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％,２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、またはそれ以上［例えば、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または以上］のプリン残留物が修飾される）。いくつかの実施形態において、ピリミジン残留物のみが修飾される（例えば、約１％、２％、３％、４％、５％、６％、７％、８％、９％、１０％、１１％、１２％、１３％、１４％、１５％、１６％、１７％、１８％、１９％、２０％、２１％、２２％、２３％、２４％、２５％、２６％、２７％、２８％、２９％、３０％、３１％、３２％、３３％、３４％、３５％、３６％、３７％、３８％、３９％、４０％、４１％、４２％、４３％、４４％、４５％、４６％、４７％、４８％、４９％、５０％、またはそれ以上［例えば、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、またはそれ以上］のピリジミン（pyridimine）残留物が修飾される）。いくつかの実施形態において、プリンおよびピリミジン残留物の両方が修飾される。
修飾された糖および糖の模倣物は、公知の方法により調製可能であり、限定されるものではないが、A.Eschenmoser,Science(1999),284:2118;M.Bohringeretal,Helv.Chim.Acta(1992),75:1416-1477;M.Eglietal,J.Am.Chem.Soc.(2006),128(33):10847-56;A.Eschenmoserin Chemical Synthesis:GnosistoPrognosis,C.ChatgilialogluandV.Sniekus,Ed.,(KluwerAcademic,Netherlands,1996),p.293;K.-U.Schoningetal,Science(2000),290:1347-1351;A.Eschenmoseretal,Helv.Chim.Acta(1992),75:218;J.Hunzikeretal,Helv.Chim.Acta(1993),76:259;G.Ottingetal,Helv.Chim.Acta(1993),76:2701;K.Groebkeetal,Helv.Chim.Acta(1998),81:375;andA.Eschenmoser,Science(1999),284:2118が含まれる。２’修飾に対する修飾は、Verma,S.etal.Annu.Rev.Biochem.1998,67,99-134およびそれに記載されるすべての文献に記載される。リボースに対する具体的な修飾は、以下の文献に記載される：2’-fluoro(Kawasakiet.al.,J.Med.Chem.,1993,36,831-841),2’-MOE(Martin,P.Helv.Chim.Acta1996,79,1930-1938),"LNA"(Wengel,J.Acc.Chem.Res.1999,32,301-310)。いくつかの実施形態において、修飾された糖は、ＰＣＴ公開、国際公開第２０１２／０３０６８３号に記載されるいずれかであり、公報は、参照により、本明細書に組み込まれものとし、本出願の図２６～３０に記載される。
オリゴヌクレオチド
いくつかの実施形態において、本発明は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチド組成物を提供する。例えば、いくつかの実施形態において、提供される組成物は、１以上の個々のオリゴヌクレオチドタイプの所定のレベルを含み、オリゴヌクレオチドタイプは、１）塩基配列；２）骨格結合のパターン；３）骨格キラル中心のパターン；および４）骨格Ｐ－修飾のパターンにより定義される。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ユニマーである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｐ－修飾ユニマーである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオユニマーである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｒｐ配置のステレオユニマーである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置のステレオユニマーである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、アルトマーである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｐ－修飾アルトマーである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオアルトマーである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ブロックマーである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｐ－修飾ブロックマーである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ステレオブロックマーである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ギャップマーである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、スキップマーである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドはヘミマーである。いくつかの実施形態において、ヘミマーは、残りのオリゴヌクレオチドが持たない構造特徴を５’－末端または３’－末端が持つ配列を有するオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、５’－末端または３’－末端は、２～２０個のヌクレオチドを有するか、または含む。いくつかの実施形態において、構造的特徴は、塩基修飾である。いくつかの実施形態において、構造的特徴は、糖修飾である。いくつかの実施形態において、構造的特徴は、Ｐ－修飾である。いくつかの実施形態において、構造的特徴は、キラルなヌクレオチド間結合の立体化学である。いくつかの実施形態において、構造的特徴は、塩基修飾、糖修飾、Ｐ－修飾、またはキラルなヌクレオチド間結合の立体化学、あるいはその組み合わせであるか、または、これらを含む。いくつかの実施形態において、ヘミマーは、５’－末端配列の各糖部分が、共通修飾を共有するオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、ヘミマーは、３’－末端配列の各糖部分が、共通修飾を共有するオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、５’または３’末端配列の共通糖修飾は、オリゴヌクレオチド内のその他の任意の糖部分によって共有されない。いくつかの実施形態において、例示的なヘミマーは、一方の末端に、置換または非置換の２’－Ｏ－アルキル糖修飾ヌクレオシド、二環式糖修飾ヌクレオシド、β－Ｄ－リボヌクレオシドまたはβ－Ｄ－デオキシリボヌクレオシド（例えば、２’－ＭＯＥ修飾ヌクレオシド、およびＬＮＡ（商標）またはＥＮＡ（商標）二環式糖（ｓｙｕｇａｒ）修飾ヌクレオシド）の配列、もう一方の末端に、異なる糖部分を持つヌクレオシド（置換または非置換の２’－Ｏ－アルキル糖修飾ヌクレオシド、二環式糖修飾ヌクレオシドまたは天然のものなど）の配列を含むオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数のユニマー、アルトマー、ブロックマー、ギャップマー、ヘミマーおよびスキップマーの組み合わせである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数のユニマー、アルトマー、ブロックマー、ギャップマー、およびスキップマーの組み合わせである。例えば、いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、アルトマーおよびギャップマーの両方である。いくつかの実施形態において、提供されるヌクレオチドは、ギャップマーおよびスキップマーの両方である。他の多くのパターンの組み合わせが利用可能であり、それらは、本発明の方法にしたがって提供されるオリゴヌクレオチドを合成するために必要な成分の商業的な入手可能性および／または合成の利用可能性によってのみ限定されることを化学および合成の技術分野の当業者は理解されよう。いくつかの実施形態において、ヘミマー構造は、図２９により例示の通り、有利な利益をもたらす。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、５’－末端配列に修飾糖部分を含む５’－ヘミマーである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、５’－末端配列に修飾２’－糖部分を含む５’－ヘミマーである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１以上の任意に置換されたヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１以上の修飾されたヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１以上の任意に置換されたヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１以上の修飾されたヌクレオシドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１以上の任意に置換されたＬＮＡを含む。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１以上の任意に置換された核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１以上の任意に置換された天然核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１以上の任意に置換された修飾された核酸塩基を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１以上の５－メチルシチジン；５－ヒドロキシメチルシチジン，５－ホルミルシトシン、または５－カルボキシルシトシンを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１以上の５－メチルシチジンを含む。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１以上の任意に置換された糖を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１以上の任意に置換された、天然のＤＮＡおよびＲＮＡに見出される糖を含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１以上の任意に置換されたリボースまたはデオキシリボースを含む。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１以上の任意に置換されたリボースまたはデオキシリボースを含み、リボースまたはデオキシリボース部分の１以上のヒドロキシル基は、独立してハロゲン、Ｒ’、－Ｎ（Ｒ’）２、－ＯＲ’または－ＳＲ’により置換されていてもよく、各Ｒ’は独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１以上の任意に置換されたデオキシリボースを含み、デオキシリボースの２’位は、独立してハロゲン、Ｒ’、－Ｎ（Ｒ’）２、－ＯＲ’、または－ＳＲ’により置換されていてもよく、各Ｒ’は独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１以上の任意に置換されたデオキシリボースを含み、デオキシリボースの２’位は、独立してハロゲンにより置換されていてもよい。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１以上の任意に置換されたデオキシリボースを含み、デオキシリボースの２’位は、独立して１以上の－Ｆ．ハロゲンにより置換されていてもよい。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１以上の任意に置換されたデオキシリボースを含み、デオキシリボースの２’位は、独立して－ＯＲ’により置換されていてもよく、各Ｒ’は独立して、上記のとおり定義し、ここに記載したとおりである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１以上の任意に置換されたデオキシリボースを含み、デオキシリボースの２’位は、独立して－ＯＲ’により置換されていてもよく、各Ｒ’は、独立して置換されていてもよいＣ１～Ｃ６脂肪族である。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１以上の任意に置換されたデオキシリボースを含み、デオキシリボースの２’位は、独立して－ＯＲ’により置換されていてもよく、各Ｒ’は、独立して置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルキルである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１以上の任意に置換されたデオキシリボースを含み、デオキシリボースの２’位は、独立して－ＯＭｅにより置換されていてもよい。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１以上の任意に置換されたデオキシリボースを含み、デオキシリボースの２’位は、独立して－Ｏ－メトキシエチルにより置換されていてもよい。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、一本鎖オリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ハイブリダイズしたオリゴヌクレオチド鎖である。ある実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、部分的にハイブリダイズしたオリゴヌクレオチド鎖である。ある実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、完全にハイブリダイズしたオリゴヌクレオチド鎖である。ある実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、二本鎖オリゴヌクレオチドである。ある実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、三重鎖オリゴヌクレオチド（例えば、三重鎖）である。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、キメラ性である。例えば、いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ＤＮＡ－ＲＮＡキメラ、ＤＮＡ－ＬＮＡキメラなどである。
いくつかの実施形態において、国際公開第２０１２／０３０６８３号に記載されるオリゴヌクレオチドを含む構造のいずれか１つは、本発明の方法に基づき修飾され、キラル制御されたその変異体を提供する。例えば、いくつかの実施形態において、キラル制御された変異体は、１以上の結合したリン酸のいずれかに立体化学的な修飾を含む、および／または１以上の結合したリン酸のいずれかにＰ－修飾を含む。例えば、いくつかの実施形態において、国際公開第２０１２／０３０６８３号のオリゴヌクレオチドの特定のヌクレオチド単位は、予め選択され、そのヌクレオチド単位の結合したリン酸で立体化学的に修飾される、および／またはそのヌクレオチド単位の結合したリン酸で、Ｐ－修飾されるようにする。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、図２６～３０に示されるいずれか１つの構造である。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、図２６～３０に示されるいずれか１つの構造の変異体（例えば、修飾されたバージョン）である。国際公開第２０１２／０３０６８３号の開示内容は、参照により全体を本明細書に組み込まれるものとする。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、治療の薬剤である。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、アンチジーンオリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、デコイオリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ＤＮＡワクチンの一部である。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、免疫調節オリゴヌクレオチド、例えば、免疫刺激性オリゴヌクレオチドおよび免疫抑制オリゴヌクレオチドである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、アジュバントである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、アプタマーである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、リボザイムである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、デオキシリボザイム（ＤＮＡザイムまたはＤＮＡ酵素）である。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、低分子干渉ＲＮＡである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ミクロＲＮＡ（ｍｉｃｒｏＲＮＡ）、またはミクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）である。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ｎｃＲＮＡ（非コードＲＮＡ）であり、長鎖非コードＲＮＡ（ｌｎｃＲＮＡ）およびＰｉｗｉ結合ＲＮＡ（ｐｉＲＮＡ）などの小分子非コードＲＮＡが含まれる。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、構造的ＲＮＡ、例えば、ｔＲＮＡに対して相補的である。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、核酸類似体であり、例えば、ＧＮＡ、ＬＮＡ、ＰＮＡ、ＴＮＡおよびモルホリノである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｐ－修飾のプロドラッグである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、プライマーである。いくつかの実施形態において、プライマーは、ポリメラーゼ連鎖反応（polymerase-based chain reactions）（すなわちＰＣＲ）に用いるものを使い、核酸を増幅させる。いくつかの実施形態において、プライマーは、逆転写ＰＣＲ（ＲＴ－ＰＣＲ）およびリアルタイムＰＣＲのような、公知のＰＣＲの変形のいずれかに用いるものである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ＲＮＡ分解酵素Ｈ活性化を調節する能力を有することを特徴とする。例えば、いくつかの実施形態において、ＲＮＡ分解酵素Ｈ活性化は、立体制御されたホスホロチオエート核酸類似体の存在により調節され、天然のＤＮＡ／ＲＮＡは、Ｒｐ立体異性体と比べて同等またはより高い感受性があり、Ｒｐ立体異性体は、対応するＳｐ立体異性体よりもより高い感受性がある。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、タンパク質の活性を間接的もしくは直接的に増加もしくは減少させる、または、タンパク質の発現を抑制もしくは促進する能力を有することを特徴とする。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、細胞の増殖、ウイルス複製、および／または別の細胞シグナル伝達過程の制御において有用であることを特徴とする。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２～約２００ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２～約１８０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２～約１６０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２～約１４０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２～約１２０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２～約１００ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２～約９０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２～約８０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２～約７０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２～約６０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２～約５０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２～約４０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２～約３０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２～約２９ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２～約２８ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２～約２７ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２～約２６ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２～約２５ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２～約２４ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２～約２３ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２～約２２ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２～約２１ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約２～約２０ヌクレオチド単位の長さである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４～約２００ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４～約１８０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４～約１６０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４～約１４０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４～約１２０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４～約１００ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４～約９０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４～約８０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４～約７０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４～約６０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４～約５０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４～約４０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４～約３０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４～約２９ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４～約２８ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４～約２７ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４～約２６ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４～約２５ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４～約２４ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４～約２３ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４～約２２ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４～約２１ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約４～約２０ヌクレオチド単位の長さである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約５～約１０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約１０～約３０ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約１５～約２５ヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、約５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５ヌクレオチド単位の長さである。
いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも２のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも３のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも４のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも５のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも６のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも７のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも８のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも９のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１０のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１１のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１２のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１３のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１４のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１５のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１６のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１７のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１８のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１９のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも２０のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも２１のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも２２のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも２２のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも２３のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも２４のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも２５のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの他の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも３０のヌクレオチド単位の長さである。いくつかの他の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも１８ヌクレオチド単位の長さの相補鎖の二本鎖である。いくつかの他の実施形態において、オリゴヌクレオチドは、少なくとも２１ヌクレオチド単位の長さの相補鎖の二本鎖である。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの５’末端および／または３’末端は、修飾される。いくつかの実施形態において提供されるオリゴヌクレオチドの５’末端および／または３’末端は、末端キャップ部分で修飾される。末端キャップ部分を含むそのような例示的な修飾は、本明細書中や技術分野で詳しく記載され、例えば、限定されるものではないが、米国特許出願公開第２００９／００２３６７５Ａ１に記載される。
いくつかの実施形態において、
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン
によって特徴づけられるオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドは、同じ化学構造を有する。例えば、これらは、同じ塩基配列、骨格結合の同じパターン（すなわち、ヌクレオチド間結合タイプのパターン、例えば、リン酸エステル、ホスホロチオエートなど）、骨格キラル中心の同じパターン（すなわち、結合リン立体化学のパターン（Ｒｐ／Ｓｐ））、および骨格リン修飾の同じパターン（例えば、式Ｉの「－ＸＬＲ１」基のパターン）を有する。
オリゴヌクレオチドの種
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ミポメルセンの配列を、またはミポメルセンの配列の一部を含む。ミポメルセンは、以下の塩基配列ＧＣＣＴ／ＵＣＡＧＴ／ＵＣＴ／ＵＧＣＴ／ＵＴ／ＵＣＧＣＡＣＣに基づく。いくつかの実施形態において、１以上のヌクレオチドまたは結合のいずれかは、本発明に基づき、修飾されてもよい。いくつかの実施形態において、本発明は、３’→５’のホスホロチオエート結合で以下の配列：Ｇ＊－Ｃ＊－Ｃ＊－Ｕ＊－Ｃ＊－ｄＡ－ｄＧ－ｄＴ－ｄＣ－ｄＴ－ｄＧ－ｄｍＣ－ｄＴ－ｄＴ－ｄｍＣ－Ｇ＊－Ｃ＊－Ａ＊－Ｃ＊－Ｃ＊［ｄ＝２’－デオキシ、＊＝２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）］を有するキラル制御されたオリゴヌクレオチドを提供する。例示的な修飾されたミポメルセン配列は、本出願を通じて記載され、限定するものではないが、表２に記載されるものが含まれる。
ある実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ミポメルセンユニマーである。ある実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｒｐ配置のミポメルセンユニマーである。ある実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、Ｓｐ配置のミポメルセンユニマーである。
ミポメルセンの配列、またはミポメルセンの配列の一部を含む例示的なキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、以下の表２に記載される。
表２．例示的なミポメルセンに関連する配列
Figure 0007224319000211
Figure 0007224319000212
Figure 0007224319000213
Figure 0007224319000214
Figure 0007224319000215
Figure 0007224319000216
オリゴヌクレオチド組成物
本発明は、複数の提供されるオリゴヌクレオチドを含む組成物、または、複数の提供されるオリゴヌクレオチドから成る組成物を提供する（例えば、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物）。いくつかの実施形態において、そのような提供されるオリゴヌクレオチドは、全て同じタイプであり、つまり、全て同じ塩基配列、骨格結合のパターン（つまり、インターヌクレオチド結合タイプのパターン、例えば、リン酸塩、ホスホロチオエートなど）、骨格キラル中心のパターン（つまり、結合したリン酸の立体化学（Ｒｐ／Ｓｐ）のパターン)、およびリン酸骨格修飾のパターン（例えば、式Ｉのパターンの「－ＸＬＲ１」基）を有する。しかしながら、多くの実施形態において、提供される組成物は、一般的には、予め決められた相対量の複数のオリゴヌクレオチドタイプを含む。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、キラル的に純粋なミポメルセン組成物である。すなわち、いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、結合したリン酸の配置に関して、１つのジアステレオマーとしてミポメルセンを提供する。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、キラル的に均一なミポメルセン組成物である。つまり、いくつかの実施形態において、ミポメルセンのそれぞれ全ての結合したリン酸は、Ｒｐ配置で存在するか、またはミポメルセンのそれぞれ全ての結合したリン酸は、Ｓｐ配置で存在する。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、１以上の提供されるオリゴヌクレオチドタイプの組み合わせを含む。提供される組成物における、提供されるオリゴヌクレオチドの１以上の各タイプの選択および量は、組成物の使用目的によって決まることは、化学および医薬分野の当業者により、認識されるであろう。つまり、関連技術分野の当業者は、提供されるオリゴヌクレオチドに含まれる量およびタイプが、組成物全体としてある望ましい特性（例えば、生物学的に好ましい特性、治療上好ましい特性、等）を有するように、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を設計するであろう。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、２以上の提供されるオリゴヌクレオチドタイプの組み合わせである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、３以上の提供されるオリゴヌクレオチドタイプの組み合わせである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、４以上の提供されるオリゴヌクレオチドタイプの組み合わせである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、５以上の提供されるオリゴヌクレオチドタイプの組み合わせである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、６以上の提供されるオリゴヌクレオチドタイプの組み合わせである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、７以上の提供されるオリゴヌクレオチドタイプの組み合わせである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、８以上の提供されるオリゴヌクレオチドタイプの組み合わせである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、９以上の提供されるオリゴヌクレオチドタイプの組み合わせである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、１０以上の提供されるオリゴヌクレオチドタイプの組み合わせである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、１５以上の提供されるオリゴヌクレオチドタイプの組み合わせである。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、Ｒｐ配置のキラル的に均一なミポメルセンの一定量およびＳｐ配置のキラル的に均一なミポメルセンの一定量の組み合わせである。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、Ｒｐ配置のキラル的に均一なミポメルセンの一定量、Ｓｐ配置のキラル的に均一なミポメルセンの一定量および、所望のジアステレオマー形態の１以上のキラル的に純粋なミポメルセンの一定量の組み合わせである。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドタイプは、ＰＣＴ／ＵＳ２０１３／０５０４０７（参照により本明細書に組み込まれる。）に記載のものから選択される。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ＰＣＴ／ＵＳ２０１３／０５０４０７に記載のものから選択されるオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む。
キラル制御されたオリゴヌクレオチドおよびその組成物の作製方法
本発明は、１以上の特異なヌクレオチドタイプを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチドおよびキラル制御された組成物の作製方法を提供する。上記の通り、ここでの「オリゴヌクレオチドタイプ」という用語は、特定の塩基配列、骨格結合のパターン、骨格キラル中心のパターン、およびリン酸骨格修飾のパターン（例えば、「－ＸＬＲ１」基）を有するオリゴヌクレオチドを定義する。一般的に指定される「タイプ」のオリゴヌクレオチドは、塩基配列、骨格結合のパターン、骨格キラル中心のパターン、およびリン酸骨格修飾のパターンに関して互いに構造的に同一である。
いくつかの実施形態において、本発明で提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、立体的にランダムなオリゴヌクレオチド混合物に対応するものとは異なる性質を有する。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、立体的にランダムなオリゴヌクレオチド混合物のものとは異なる脂溶性を有する。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、ＨＰＬＣにおいて異なる保持時間を有する。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、立体的にランダムなオリゴヌクレオチド混合物に対応するものとは、大きく異なるピーク保持時間であってよい。一般的に技術分野で行われるように、ＨＰＬＣを用いたオリゴヌクレオチド精製の間、ある特定のキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、完全にではないにせよ、大部分が失われる。一般的に技術分野で行われるように、ＨＰＬＣを用いたオリゴヌクレオチド精製の間ある特定のキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、完全にではないにせよ、大部分が失われる。１つの結果は、立体的にランダムなオリゴヌクレオチド混合物の、ある特定のジアステレオマー（あるキラル制御されたオリゴヌクレオチド）は、アッセイで試験されない。別の結果は、バッチごとに、不可避な機器的および人為的エラーにより、「純粋」であると推定される立体的にランダムなオリゴヌクレオチドは、組成物中のジアステレオマーおよびそれらの相対量ならびに絶対量がバッチごとでで異なるという点において矛盾した組成物を含むであろう。キラル制御されたオリゴヌクレオチドは、１つのジアステレオマーとして、キラル制御された方法で合成され、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、所定のレベルの１以上の個々のオリゴヌクレオチドタイプを含むため、本発明で提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドおよびキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、そのような問題点を克服する。
化学および合成分野の当業者は、本発明の合成方法が、提供されるオリゴヌクレオチドの合成の各ステップの間、ある程度の制御を提供し、オリゴヌクレオチドの各ヌクレオチド単位が予め、結合したリン酸で特定の立体化学、および／または、結合したリン酸で特定の修飾、および／または、特定の塩基、および／または、特定の糖を有するように設計可能および／または選択可能であることを認識するであろう。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、インターヌクレオチド結合の結合したリン酸で立体中心の特定の組み合わせを有するように予め設計および／または選択される。
いくつかの実施形態において、本発明の方法を用いて作られ、提供されるオリゴヌクレオチドは、結合したリン酸修飾の特定の組み合わせを有するように設計および／または決定される。いくつかの実施形態において、本発明の方法を用いて作られ、提供されるオリゴヌクレオチドは、塩基の特定の組み合わせを有するように設計および／または決定される。いくつかの実施形態において、本発明の方法を用いて作られ、提供されるオリゴヌクレオチドは、糖の特定の組み合わせを有するように設計および／または決定される。いくつかの実施形態において、本発明の方法を用いて作られ、提供されるオリゴヌクレオチドは、１以上の上記の構造的特性の特定の組み合わせを有するように設計および／または決定される。
本発明の方法は、高度なキラル制御を示す。例えば、本発明の方法は、提供されるオリゴヌクレオチド内で各１個の結合したリン酸の立体化学的な配置の制御を容易にする。いくつかの実施形態において、本発明の方法は、独立して式Ｉの構造を有する、１以上の修飾されたインターヌクレオチド結合を含むオリゴヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態において、本発明の方法は、ミポメルセンユニマーであるオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本発明の方法は、Ｒｐ配置のミポメルセンユニマーであるオリゴヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、本発明の方法は、Ｓｐ配置のミポメルセンユニマーであるオリゴヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態において、本発明の方法は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、つまり、所定のレベルの個々のオリゴヌクレオチドタイプを含むオリゴヌクレオチド組成物を提供する。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、１つのオリゴヌクレオチドタイプを含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、１より多いオリゴヌクレオチドタイプを含む。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドタイプを含む。本発明により作製される例示的なキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、本明細書中に記載されるとおりである。
いくつかの実施形態において、本発明の方法は、結合したリン酸の配置に関してキラル的に純粋なミポメルセン組成物を提供する。つまり、いくつかの実施形態において、本発明の方法は、結合したリン酸の配置に関してミポメルセンが単一のジアステレオマーの形態で組成物に存在するミポメルセンの組成物を提供する。
いくつかの実施形態において、本発明の方法は、結合したリン酸の配置に関して、キラル的に均一なミポメルセン組成物を提供する。つまり、いくつかの実施形態において、本発明の方法は、全てのヌクレオチド単位が結合したリン酸の配置に関して、同じ立体化学を有するミポメルセンの組成物を提供し、例えば、全てのヌクレオチド単位が、結合したリン酸において、Ｒｐ配置である、または全てのヌクレオチド単位が、結合したリン酸において、Ｓｐ配置である組成物である。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、５０％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約５５％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約６０％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約６５％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約７０％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約７５％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約８０％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約８５％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９０％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９１％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９２％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９３％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９４％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９５％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９６％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９７％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９８％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９９％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９９．５％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９９．６％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９９．７％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９９．８％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、約９９．９％超純粋である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、少なくとも約９９％純粋である。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、１個のオリゴヌクレオチドタイプを含むように設計された組成物である。ある特定の実施形態において、そのような組成物は、約５０％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、約５０％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、約５０％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、約５５％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、約６０％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、約６５％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、約７０％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、約７５％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、約８０％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、約８５％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、約９０％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、約９１％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、約９２％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、約９３％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、約９４％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、約９５％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、約９６％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、約９７％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、約９８％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、約９９％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、約９９．５％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、約９９．６％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、約９９．７％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、約９９．８％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、約９９．９％ジアステレオマー的に純粋である。いくつかの実施形態において、そのような組成物は、少なくとも約９９％ジアステレオマー的に純粋である。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、複数のオリゴヌクレオチドタイプを含むように設計された組成物である。いくつかの実施形態において、本発明の方法は、キラル制御されたオリゴヌクレオチドのライブラリの生成を可能にし、任意の１以上のキラル制御されたオリゴヌクレオチドタイプの予め選択された量を任意の１以上の別のキラル制御されたオリゴヌクレオチドタイプと混合させ、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を作るようにできる。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドタイプの予め選択された量は、上記記載のジアステレオマー純度のいずれか１つを有する組成物である。
いくつかの実施形態において、本発明は、以下のステップ：
（１）カップリング；
（２）キャッピング；
（３）修飾；
（４）脱ブロッキング；および
（５）所望の長さが実現されるまで、（１）～（４）の繰り返しステップを行う
を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド作製方法を提供する。
提供される方法を記載する場合、「サイクル」という用語は、当業者に理解される通常の意味を有する。いくつかの実施形態において、（１）～（４）のステップの一巡をサイクルと呼ぶ。
いくつかの実施形態において、本発明は、以下のステップ：
（ａ）第１のキラル制御されたオリゴヌクレオチドの一定量を提供する；および
（ｂ）任意で１以上のさらなるキラル制御されたオリゴヌクレオチドの一定量を提供すること
を含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の作製方法を提供する。
いくつかの実施形態において、第１のキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、本明細書中に記載されるオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態において、１以上のさらなるキラル制御されたオリゴヌクレオチドは、本明細書中に記載される１以上のオリゴヌクレオチドタイプである。
関連する化学および合成分野の当業者は、本発明の方法を用いて合成する場合、提供されるオリゴヌクレオチドは、一定の多用途性を有し、構造的変形ならびに立体化学的な配置に対して制御が可能であることを理解するであろう。例えば、第１のサイクル完了後、次に続くサイクルに対して個々に選択されたヌクレオチド単位を使用して次に続くサイクルを行うことが可能であり、いくつかの実施形態においては、第１サイクルの核酸塩基および／または糖とは異なる核酸塩基および／または糖が含まれる。同様に、次に続くサイクルのカップリングステップで用いられるキラル補助剤は、第１サイクルで用いられるキラル補助剤とは、異なっていてもよく、第２サイクルでは、異なった立体化学的な配置のリン酸結合を生成する。いくつかの実施形態において、新たに形成されたインターヌクレオチド結合で結合したリン酸の立体化学は、立体化学的に純粋なホスホラミダイトを使用して制御される。さらに、次に続くサイクルの修飾ステップで使用される修飾剤は、第１または前のサイクルで使用された修飾剤とは異なっていてもよい。この反復的な構築アプローチの累積的な効果は、提供されるオリゴヌクレオチドの各成分が、構造的および配置的に、高度に目的に合わせることができる。本アプローチのさらなる利点は、「ｎ－１」不純物の形成を最小限にするキャッピングステップである。キャッピングステップがない場合、提供されるオリゴヌクレオチドの単離は、特に長いオリゴヌクレオチドに関して、非常に難しくなるであろう。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチドを作る方法の例示的なサイクルが、スキームＩに記載される。スキームＩでは、
Figure 0007224319000217
 は、固体支持体を示し、固体支持体と結合した成長するキラル制御されたオリゴヌクレオチドの一部分であっても良い。例示的なキラル補助剤は、式３－Ｉ：
Figure 0007224319000218
 の構造を有し、
さらなる詳細は以下に記載される。「キャップ」は、キャッピングステップで窒素原子に導入される化学部分であり、いくつかの実施形態において、アミノ保護基である。第１サイクルでは、開始時に固体支持体に結合したヌクレオシドは、１つのみである可能性があるが、脱ブロッキングの前にサイクルの終了を行ってもよいことを、当業者は理解する。当業者により理解される通り、ＢＰＲＯは、オリゴヌクレオチド合成で使用される保護基である。スキームIの上記のサイクルの各ステップは、さらに以下に記載される。
スキームＩ．キラル制御されたオリゴヌクレオチドの合成
Figure 0007224319000219
固体支持体上の合成
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドの合成は、固相上で行われる。いくつかの実施形態において、固体支持体に存在する反応基は、保護される。いくつかの実施形態において、固体支持体に存在する反応基は、保護されていない。オリゴヌクレオチド合成の最中、固体支持体は、数回の合成サイクルにおいて、さまざまな試薬で処理され、個々のヌクレオチド単位で成長するオリゴヌクレオチド鎖の段階的伸長を実現する。固体支持体に直接結合し、鎖の末端のヌクレオシド単位を、ここでは「第１ヌクレオシド」と呼ぶ。第１のヌクレオシドは、リンカー部分、つまりジラジカルを通じて、ＣＰＧ、ポリマーまたは別の固体支持体のいずれかとヌクレオシドの間の共有結合により固体支持体に結合される。リンカーは、オリゴヌクレオチド鎖を構築する合成サイクルの間、無傷のままであり、鎖構築後に切り離され、支持体からオリゴヌクレオチドを遊離させる。
固相核酸合成の固体支持体には、例えば、米国特許第４，６５９，７７４号、第５，１４１，８１３号、第４，４５８，０６６号；Caruthersの米国特許第４，４１５，７３２号、第４，４５８，０６６号、第４，５００，７０７号、第４，６６８，７７７号、第４，９７３，６７９号、および第５，１３２，４１８号；Andrusらの米国特許第５，０４７，５２４号、第５，２６２，５３０号；およびKosterの米国特許第４，７２５，６７７号（Ｒｅ３４，０６９として再発行）に記載される支持体が含まれる。いくつかの実施形態において、固相は、有機ポリマー支持体である。いくつかの実施形態において、固相は、無機ポリマー支持体である。いくつかの実施形態において、有機ポリマー支持体は、ポリスチレンであり、アミノメチルポリスチレン、ポリエチレングリコール－ポリスチレングラフト共重合体、ポリアクリルアミド、ポリメタクリレート、ポリビニルアルコール、高度に架橋したポリマー（ＨＣＰ）、または別の合成ポリマー、セルロースおよびデンプンまたは別の高分子炭水化物のような炭水化物、または別の有機ポリマーおよび共重合体、上記の無機または有機材料の複合材料または組み合わせが含まれる。いくつかの実施形態において、無機ポリマー支持体は、シリカ、アルミナ、シリカゲル支持体、またはアミノプロピルＣＰＧなどの制御ポリグラス（ＣＰＧ）である。別の有用な固体支持体には、フルオラス固体支持体（例えば、ＷＯ／２００５／０７０８５９参照）、長鎖アルキルアミン（ＬＣＡＡ）制御多孔性ガラス（ＣＰＧ）固体支持体（例えば、S. P. Adams, K. S. Kavka, E. J. Wykes, S. B. Holder and G. R. Galluppi, J. Am. Chem. Soc., 1983, 105, 661-663; G. R. Gough, M. J. Bruden and P. T. Gilham, Tetrahedron Lett., 1981, 22, 4177-4180参照）が挙げられる。膜支持体およびポリマー膜（例えば、Innovation and Perspectives in Solid Phase Synthesis, Peptides, Proteins and Nucleic Acids, ch 21 pp 157-162, 1994, Ed. Roger Eptonおよび米国特許第４，９２３，９０１号参照）もまた核酸の合成に有用である。いったん形成されると、膜は、核酸合成において使用するために、化学的に官能化させることができる。膜への官能基の結合に加えて、膜に結合されたリンカーまたはスペーサ基の使用が、膜と合成鎖との間の立体障害を最小に抑えるために、用いられる。
別の好ましい固体支持体には、技術分野で一般的に知られ、固相方法で用いられる好ましいものが含まれ、例えば、ＰｒｉｍｅｒＴＭ２００サポートとして販売されるガラス、制御多孔性ガラス（ＣＰＧ）、オキサリル－制御多孔性ガラス（例えば、Alul, et al., Nucleic Acids Research, 1991, 19, 1527を参照）、ＴｅｎｔａＧｅｌサポート－アミノポリエチレングリコール誘導支持体（例えば、Wright, et al., Tetrahedron Lett., 1993, 34, 3373を参照)およびＰｏｒｏｓ－ポリスチレン／ジビニルベンゼンの共重合体が挙げられる。
表面活性されたポリマーは、いくつかの固体支持体媒体上で天然および修飾された核酸やタンパク質の合成に利用されている。固体支持体の材料は、どのようなポリマーであってもよく、多孔度が均一で、十分なアミン含有量、および十分な柔軟性を有して、統合性を失うことなく、付随するどのような操作にも耐えうるものが好ましい。選択される材料の例としては、好ましくは、ナイロン、ポリプロピレン、ポリエステル、ポリテトラフルオロエチレン、ポリスチレン、ポリカーボネート、およびニトロセルロースである。別の材料が、研究者の設計に依存して、固体支持体として機能し得る。いくつかの設計を考慮すると、例えば、特に金または白金をコーティングした金属が選択され得る（例えば、米国公開公報第２００１００５５７６１参照）。オリゴヌクレオチド合成の一実施形態において、例えば、ヌクレオシドは、ヒドロキシルまたはアミノ残基を用いて官能化された固体支持体に固定される。また、固体支持体は、誘導体化され、トリメトキシトリチル基（ＴＭＴ）のような、酸に不安定なトリアルコキシトリチル基を提供する。理論に縛られることなく、トリアルコキシトリチル保護基の存在は、ＤＮＡ合成装置で一般的に使用される条件下で、初期の脱トリチル化を可能にすることが予想される。アンモニア水溶液中のオリゴヌクレオチド材料をより早く切り離すためには、ジグリコートリンカー（diglycoate linker）を支持体上に導入してもよい。
いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、代替として、５’－３’方向で合成される。いくつかの実施形態において、核酸は、成長する核酸の５′末端を通じて固体支持体に結合され、それにより３′基を反応のために提示する。すなわち５′－ヌクレオシドホスホラミダイトを用いて、または酵素反応中にで反応が起こる(例えば、ヌクレオシド５′－三リン酸を用いたライゲーションおよび重合）。５’－３’合成を考慮する場合、本発明の反復ステップは、変化しない（つまり、キラルリン酸のキャッピングおよび修飾）。
結合部分
固体支持体を、自由求核部分を含む化合物に結合させるために結合部分またはリンカーを用いても良い。好適なリンカー、例えば、固相合成技術において固体支持体を初期ヌクレオシド分子の官能基（例えば、ヒドロキシル基）に結合させるように機能する短分子が知られている。いくつかの実施形態において、結合部分は、スクシンアミド酸リンカー、またはコハク酸リンカー（－ＣＯ－ＣＨ２－ＣＨ２－ＣＯ－）、またはオキサリルリンカー（－ＣＯ－ＣＯ－）である。いくつかの実施形態において、結合部分およびヌクレオシドはエステル結合を介して一緒に結合される。いくつかの実施形態において、結合部分およびヌクレオシドはアミド結合を介して一緒に結合する。いくつかの実施形態において、結合部分はヌクレオシドを別のヌクレオチドまたは核酸に結合させる。開示される好ましいリンカーは、例えば、Oligonucleotides And Analogues A Practical Approach, Ekstein, F. Ed., IRL Press, N.Y., 1991, Chapter 1 およびSolid-Phase Supports for Oligonucleotide Synthesis, Pon, R. T., Curr. Prot. Nucleic Acid Chem., 2000, 3.1.1-3.1.28に記載される。
リンカー部分は、自由求核部分を含む化合物を別のヌクレオシド、ヌクレオチド、または核酸に結合させるために使用される。いくつかの実施形態において、結合部分は、ホスホジエステル結合である。いくつかの実施形態において、結合部分は、Ｈ－ホスホネート部分である。いくつかの実施形態において、結合部分は、本明細書中に記載される修飾されたリン酸結合である。いくつかの実施形態において、ユニバーサルリンカー（ユニリンカー（UnyLinker））が、固体支持体にオリゴヌクレオチドを結合させるために使用される（Ravikumar et al., Org. Process Res. Dev., 2008, 12 (3), 399－410）。いくつかの実施形態において、別のユニバーサルリンカーが使用される（Pon, R. T., Curr. Prot. Nucleic Acid Chem., 2000, 3.1.1-3.1.28）。いくつかの実施形態において、さまざまな直交するリンカー（例えば、ジスルフィドリンカー）が使用される（Pon, R. T., Curr. Prot. Nucleic Acid Chem., 2000, 3.1.1-3.1.28）。
一般的な条件－合成に用いる溶媒
提供されるオリゴヌクレオチドの合成は、一般的に非プロトン性有機溶媒中で行われる。いくつかの実施形態において、溶媒は、例えば、アセトニトリルのようなニトリル溶媒中で行われる。いくつかの実施形態において、溶媒は、例えば、ピリジンのような塩基性アミン溶媒である。いくつかの実施形態において、溶媒は、例えば、テトラヒドロフランのようなエーテル溶媒である。いくつかの実施形態において、溶媒は、例えば、ジクロロメタンのようなハロゲン化炭化水素である。いくつかの実施形態において、溶媒の混合物を使用する。ある実施形態において、溶媒は、上記記載の分類の１以上の溶媒の混合物である。
いくつかの実施形態において、非プロトン性有機溶媒が塩基性ではない場合、塩基が、反応ステップに存在する。いくつかの実施形態において、塩基が存在する場合、塩基は、例えば、ピリジン、キノリン、またはＮ，Ｎ－ジメチルアニリンのように、アミン塩基である。例示的な別のアミン塩基には、ピロリジン、ピペリジン、Ｎ－メチルピロリジン、ピリジン、キノリン、Ｎ，Ｎ－ジメチルアミノピリジン（ＤＭＡＰ）、またはＮ，Ｎ－ジメチルアニリンが挙げられる。
いくつかの実施形態において、塩基は、アミン塩基以外である。
いくつかの実施形態において、非プロトン性有機溶媒は、無水である。いくつかの実施形態において、無水非プロトン性有機溶媒は、新たに蒸留される。いくつかの実施形態において、新たに蒸留される無水非プロトン性有機溶媒は、例えば、ピリジンのような塩基性アミン溶媒である。いくつかの実施形態において、新たに蒸留される無水非プロトン性有機溶媒は、例えば、テトラヒドロフランなどのエーテル溶媒である。いくつかの実施形態において、新たに蒸留される無水非プロトン性有機溶媒は、例えば、アセトニトリルのようなニトリル溶媒である。
活性化
アキラルなＨ－ホスホネート成分を第１の活性化試薬で処理して第１の中間体を形成する。一実施形態では、第１の活性化試薬を縮合ステップの間に反応混合物に加える。第１の活性化試薬の使用は、反応に用いる溶媒等、反応条件による。第１の活性化試薬の例としては、ホスゲン、クロロギ酸トリクロロメチル、ビス（トリクロロメチル）カーボネート（ＢＴＣ）、塩化オキサリル、Ｐｈ３ＰＣｌ２、（ＰｈＯ）３ＰＣｌ２、Ｎ，Ｎ’－ビス（２－オキソ－３－オキサゾリジニル）ホスフィン酸クロリド（ＢｏｐＣｌ）、１，３－ジメチル－２－（３－ニトロ－１，２，４－トリアゾール－１－イル）－２－ピロリジン－１－イル－１，３，２－ジアザホスホリジニウムヘキサフルオロホスフェート（ＭＮＴＰ）、又は３－ニトロ－１，２，４－トリアゾール－１－イル－トリス（ピロリジン－１－イル）ホスホニウムヘキサフルオロホスフェート（ＰｙＮＴＰ）がある。
アキラルなＨ－ホスホネート成分の例としては、上記スキームに示す化合物がある。ＤＢＵは、１，８－ジアザビシクロ［５．４．０］ウンデカ－７－エンを表す。Ｈ＋ＤＢＵは、例えば、それぞれが第１級、第２級、第３級若しくは第４級のアンモニウムイオン、アルキルアンモニウムイオン、複素環式芳香族イミニウムイオン、又は複素環式イミニウムイオンであってもよく、一価金属イオンであってもよい。
キラル試薬との反応
第１の活性化ステップの後、活性化したアキラルなＨ－ホスホネート成分は、式（Ｚ－Ｉ）又は（Ｚ－Ｉ’）で表されるキラル試薬と反応して、式（Ｚ－Ｖａ）、（Ｚ－Ｖｂ）、（Ｚ－Ｖａ’）、又は（Ｚ－Ｖｂ’）のキラル中間体を形成する。
立体特異的縮合ステップ
式Ｚ－Ｖａ（（Ｚ－Ｖｂ）、（Ｚ－Ｖａ’）、又は（Ｚ－Ｖｂ’））のキラル中間体を第２の活性化試薬及びヌクレオシドで処理して縮合中間体を形成する。ヌクレオシドは固体支持体上にあってもよい。第２の活性化試薬の例としては、４，５－ジシアノイミダゾール（ＤＣＩ）、４，５－ジクロロイミダゾール、１－フェニルイミダゾリウムトリフレート（ＰｈＩＭＴ）、ベンジミダゾリウムトリフレート（ＢＩＴ）、ベンゾトリアゾール（ｂｅｎｚｔｒｉａｚｏｌｅ）、３－ニトロ－１，２，４－トリアゾール（ＮＴ）、テトラゾール、５－エチルチオテトラゾール（ＥＴＴ）、５－ベンジルチオテトラゾール（ＢＴＴ）、５－（４－ニトロフェニル）テトラゾール、Ｎ－シアノメチルピロリジニウムトリフレート（ＣＭＰＴ）、Ｎ－シアノメチルピペリジニウムトリフレート、Ｎ－シアノメチルジメチルアンモニウムトリフレートが挙げられる。式Ｚ－Ｖａ（（Ｚ－Ｖｂ）、（Ｚ－Ｖａ’）、又は（Ｚ－Ｖｂ’））のキラル中間体はモノマーとして単離してもよい。通常、Ｚ－Ｖａ（（Ｚ－Ｖｂ）、（Ｚ－Ｖａ’）、又は（Ｚ－Ｖｂ’））のキラル中間体は単離せず、同じ容器の中でヌクレオシド又は修飾ヌクレオシドと反応を起こさせ、キラル亜リン酸化合物、即ち縮合中間体を得る。他の実施形態では、本方法を固相合成によって実施する場合、化合物を含む固体支持体からろ過によって副産物、不純物、及び／又は試薬を取り除く。
キャッピング・ステップ
最終的な核酸がダイマーより大きい場合、未反応の－ＯＨ成分をブロック基でキャッピングし、化合物中のキラル補助基もまたブロック基でキャッピングして、キャッピングされた縮合中間体を形成してもよい。最終的な核酸がダイマーである場合、キャッピング・ステップは必要ない。
修飾ステップ
化合物は、求電子試薬との反応によって修飾する。キャッピングされた縮合中間体に修飾ステップを行ってもよい。いくつかの実施形態では、修飾ステップをイオウ求電子試薬、セレニウム求電子試薬、又はホウ素化剤を用いて実施する。修飾ステップの例としては、酸化及び硫化のステップがある。
本方法のいくつかの実施形態では、イオウ求電子試薬は、次の式の１つを有する化合物であり：
Ｓ８（式Ｚ－Ｂ）、Ｚｚ１－Ｓ－Ｓ－Ｚｚ２、又はＺｚ１－Ｓ－Ｖｚ－Ｚｚ２、
式中、Ｚｚ１及びＺｚ２は互いに独立してアルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、複素環式、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アシル、アミド、イミド、又はチオカルボニル、又は、Ｚｚ１及びＺｚ２が一緒になって３～８員環の脂環式環又は複素環を形成したものであり、これらは置換されていても置換されていなくてもよく；
ＶｚはＳＯ２、Ｏ、又はＮＲｆであり；
Ｒｆは水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、又はアリールである。
本方法のいくつかの実施形態では、イオウ求電子試薬は次の式Ｚ－Ａ、Ｚ－Ｂ、Ｚ－Ｃ、Ｚ－Ｄ、Ｚ－Ｅ、又はＺ－Ｆの化合物である：
Figure 0007224319000220
いくつかの実施形態では、セレニウム求電子試薬は、次の式の１つを有する化合物であり：
Ｓｅ（式Ｚ－Ｇ）、Ｚｚ３－Ｓｅ－Ｓｅ－Ｚｚ４、又はＺｚ３－Ｓｅ－Ｖｚ－Ｚｚ４、
式中、Ｚｚ３及びＺｚ４は互いに独立してアルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、複素環式、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アシル、アミド、イミド、又はチオカルボニル、又は、Ｚｚ３及びＺｚ４は一緒になって３～８員環の脂環式環又は複素環を形成したものであり、これらは置換されていても置換されていなくてもよく；
ＶｚはＳＯ２、Ｓ、Ｏ、又はＮＲｆであり；
Ｒｆは水素、アルキル、アルケニル、アルキニル、又はアリールである。
いくつかの実施形態では、セレニウム求電子試薬は式Ｚ－Ｇ、Ｚ－Ｈ、Ｚ－Ｉ、Ｚ－Ｊ、Ｚ－Ｋ、又はＺ－Ｌの化合物である。
Figure 0007224319000221
いくつかの実施形態では、ホウ素化剤は、ボラン－Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルエチルアミン（ＢＨ３ ＤＩＰＥＡ）、ボラン－ピリジン（ＢＨ３ Ｐｙ）、ボラン－２－クロロピリジン（ＢＨ３ ＣＰｙ）、ボラン－アニリン（ＢＨ３ Ａｎ）、ボラン－テトラヒドロフィイラン（ｔｅｔｒａｈｙｄｒｏｆｉｉｒａｎｅ）（ＢＨ３ ＴＨＦ）、又はボラン－ジメチルスルフィド（ＢＨ３ Ｍｅ２Ｓ）である。
本方法のいくつかの実施形態では、修飾ステップは酸化ステップである。本方法のいくつかの実施形態では、修飾ステップは、本願において上に記載する同様の条件を用いた酸化ステップである。いくつかの実施形態では、酸化ステップは、例えばＪＰ２０１０－２６５３０４A及びＷＯ２０１０／０６４１４６に開示される通りである。
鎖伸長サイクル及び脱保護ステップ
キャッピングされた縮合中間体は、脱ブロッキングして、増殖している核酸鎖の５’－末端でブロック基を除去して、化合物を提供する。化合物は、鎖伸長サイクルに再度入って、縮合中間体、キャッピングされた縮合中間体、修飾されキャッピングされた縮合中間体、及び５’－脱保護され修飾されキャッピングされた中間体を形成してもよい。鎖伸長サイクルを少なくとも１周した後、５’－脱保護され修飾されキャッピングされた中間体は、キラル補助基リガンド及び他の保護基、例えば核酸塩基、修飾核酸塩基、糖及び修飾糖保護基の除去によってさらに脱ブロッキングし、核酸を提供する。他の実施形態では、５’－ＯＨ成分を含むヌクレオシドは、本明細書に記載される前出の鎖伸長サイクルからの中間体である。なおも別の実施形態では、５’－ＯＨ成分を含むヌクレオシドは、他の既知の核酸合成方法から得られる中間体である。固体支持体を用いる実施形態では、次いで、リン原子修飾核酸を固体支持体から切断する。ある特定の実施形態では、核酸は、精製を目的として固体支持体上に付けたままとし、次いで、精製後に固体支持体から切断する。
なおも別の実施形態では、５’－ＯＨ成分を含むヌクレオシドは、他の既知の核酸合成方法から得られる中間体である。なおも別の実施形態では、５’－ＯＨ成分を含むヌクレオシドは、本願に記載される他の既知の核酸合成方法から得られる中間体である。なおも別の実施形態では、５’－ＯＨ成分を含むヌクレオシドは、スキームＩに示す１つ又は複数のサイクルを含む他の既知の核酸合成方法から得られる中間体である。なおも別の実施形態では、５’－ＯＨ成分を含むヌクレオシドは、スキームＩ－ｂ、Ｉ－ｃ、又はＩ－ｄに例示する１つ又は複数のサイクルを含む他の既知の核酸合成方法から得られる中間体である。
いくつかの実施形態では、本発明は、出発材料として安定な市販される材料を用いるオリゴヌクレオチド合成方法を提供する。いくつかの実施形態では、本発明は、アキラルな出発材料を用いた立体制御されたリン原子修飾オリゴヌクレオチド誘導体を産生するようにオリゴヌクレオチド合成方法を提供する。
いくつかの実施形態では、本方法は脱保護ステップの下で分解を起こさない。さらに本方法では特別なキャッピング剤を必要とすることなくリン原子修飾オリゴヌクレオチド誘導体を産生する。
縮合試薬
本発明の方法に従って有用な縮合試薬（ＣＲ）は、次の一般式のいずれのものでもよく：
Figure 0007224319000222
 式中、Ｚ１、Ｚ２、Ｚ３、Ｚ４、Ｚ５、Ｚ６、Ｚ７、Ｚ８、及びＺ９は、互いに独立してアルキル、アミノアルキル、シクロアルキル、複素環、シクロアルキルアルキル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、若しくはヘテロアリールオキシより選択される、任意に置換された置換基であってもよく、あるいは、Ｚ２とＺ３、Ｚ５とＺ６、Ｚ７とＺ８、Ｚ８とＺ９、Ｚ９とＺ７、若しくはＺ７とＺ８とＺ９、のいずれかの組み合わせにより３～２０員環脂環式環又は複素環を形成し；Ｑ－は対アニオンであり、ＬＧは脱離基である。
いくつかの実施形態では、縮合試薬ＣＲの対イオンはＣｌ－、Ｂｒ－、ＢＦ４ －、ＰＦ６ －、ＴｆＯ－、Ｔｆ２Ｎ－、ＡｓＦ６ －、ＣｌＯ４ －、又はＳｂＦ６ －であり、ＴｆはＣＦ３ＳＯ２である。いくつかの実施形態では、縮合試薬ＣＲの脱離基はＦ、Ｃｌ、Ｂｒ、Ｉ、３－ニトロ－１，２，４－トリアゾール、イミダゾール、アルキルトリアゾール、テトラゾール、ペンタフルオロベンゼン、又は１－ヒドロキシベンゾトリアゾールである。
本発明の方法に従って用いる縮合試薬の例としては、ペンタフルオロベンゾイルクロリド、カルボニルジイミダゾール（ＣＤＩ）、１－メシチレンスルフォニル－３－ニトロトリアゾール（ＭＳＮＴ）、１－エチル－３－（３’－ジメチルアミノプロピル）カルボジイミドヒドロクロリド（ＥＤＣＩ－ＨＣｌ）、ベンゾトリアゾール－１－イルオキシトリス（ジメチルアミノ）ホスホニウムヘキサフルオロホスフェート（ＰｙＢＯＰ）、Ｎ，Ｎ’－ビス（２－オキソ－３－オキサゾリジニル）ホスフィン酸クロリド（ＢｏｐＣｌ）、２－（１Ｈ－７－アザベンゾトリアゾール－１－イル）－１，１，３，３－テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート（ＨＡＴＵ）、及びＯ－ベンゾトリアゾール－Ｎ，Ｎ，Ｎ，’Ｎ’－テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート（ＨＢＴＵ）、ＤＩＰＣＤＩ；Ｎ，Ｎ’－ビス（２－オキソ－３－オキサゾリジニル）ホスフィン酸ブロミド（ＢｏｐＢｒ）、１，３－ジメチル－２－（３－ニトロ－１，２，４－トリアゾール－１－イル）－２－ピロリジン－１－イル－１，３，２－ジアザホスホリジニウムヘキサフルオロホスフェート（ＭＮＴＰ）、３－ニトロ－１，２，４－トリアゾール－１－イル－トリス（ピロリジン－１－イル）ホスホニウムヘキサフルオロホスフェート（ＰｙＮＴＰ）、ブロモトリピロリジノホスホニウムヘキサフルオロホスフェート（ＰｙＢｒＯＰ）；Ｏ－（ベンゾトリアゾール－１－イル）－Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’－テトラメチルウロニウムテトラフルオロボレート（ＴＢＴＵ）；及びテトラメチルフルオロホルムアミジニウムヘキサフルオロホスフェート（ＴＦＦＨ）が挙げられるが、これらに限定されない。ある特定の実施形態では、縮合試薬ＣＲの対イオンはＣｌ－、Ｂｒ－、ＢＦ４ －、ＰＦ６ －、ＴｆＯ－、Ｔｆ２Ｎ－、ＡｓＦ６ －、ＣｌＯ４ －、又はＳｂＦ６ －であり、ＴｆはＣＦ３ＳＯ２である。
いくつかの実施形態では、縮合試薬は、１－（２，４，６－トリイソプロピルベンゼンスルホニル）－５－（ピリジン－２－イル）テトラゾリド、ピバロイルクロリド、ブロモトリスピロリジノホスホニウムヘキサフルオロホスフェート、Ｎ，Ｎ’－ビス（２－オキソ－３－オキサゾリジニル）ホスフィン酸クロリド（ＢｏｐＣｌ）、又は２－クロロ－５，５－ジメチル－２－オキソ－１，３，２－ジオキサホスフィナンである。いくつかの実施形態では、縮合試薬はＮ，Ｎ’－ビス（２－オキソ－３－オキサゾリジニル）ホスフィン酸クロリド（ＢｏｐＣｌ）である。いくつかの実施形態では、縮合試薬はＷＯ２００６／０６６２６０に記載のものより選択される。
いくつかの実施形態では、縮合試薬は１、３－ジメチル－２－（３－ニトロ－１，２，４－トリアゾール－１－イル）－２－ピロリジン－１－イル－１，３，２－ジアザホスホリジニウムヘキサフルオロホスフェート（ＭＮＴＰ）、又は３－ニトロ－１，２，４－トリアゾール－１－イル－トリス（ピロリジン－１－イル）ホスホニウムヘキサフルオロホスフェート（ＰｙＮＴＰ）：
Figure 0007224319000223
 である。
ヌクレオシド・カップリングパートナーの塩基及び糖の選択
本明細書に記載される通り、本発明の方法に従って用いられるヌクレオシド・カップリングパートナーは、互いに同じでもよく、互いに異なっていてもよい。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの合成において用いられるヌクレオチド・カップリングパートナーは、互いに同じ構造及び／又は立体化学的配置のものである。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチドの合成において用いられる各ヌクレオシド・カップリングパートナーは、オリゴヌクレオチドの所定の他のヌクレオシド・カップリングパートナーとは同じ構造及び／又は立体化学的配置のものではない。本発明の方法に従って用いられる例示的な核酸塩基及び糖は本明細書に記載される。関連する化学・合成技術分野の当業者は、本明細書に記載される核酸塩基及び糖のどのような組み合わせも本発明の方法による使用が意図されていると、認識するであろう。
カップリング・ステップ
本発明に従って用いられる例示的なカップリング手順、キラル試薬、及び縮合試薬は、とりわけ、Ｗａｄａ Ｉ（ＪＰ４３４８０７７；ＷＯ２００５／０１４６０９；ＷＯ２００５／０９２９０９）、Ｗａｄａ ＩＩ（ＷＯ２０１０／０６４１４６）、及びＷａｄａ ＩＩＩ（ＷＯ２０１２／０３９４４８）に概説される。本発明に従って用いられるキラルヌクレオシド・カップリングパートナーはまた、本明細書では「Ｗａｄａアミダイト」と称す。いくつかの実施形態では、カップリングパートナーは、
Figure 0007224319000224
 の構造を有し、ＢＰＲＯは保護核酸塩基である。いくつかの実施形態では、カップリングパートナーは、
Figure 0007224319000225
 の構造を有し、ＢＰＲＯは保護核酸塩基である。カップリングパートナーとして例示的なキラルホスホラミダイトを下に示す。
Figure 0007224319000226
カップリングパートナーを合成するために用いる方法の１つを下のスキームＩＩに示す。
スキームＩＩ カップリングパートナーの合成例
Figure 0007224319000227
いくつかの実施形態では、カップリングのステップは、オリゴヌクレオチドのヌクレオチド単位の遊離ヒドロキシル基をヌクレオシド・カップリングパートナーと適切な条件下で反応させてカップリングを起こすことを含む。いくつかの実施形態では、カップリングのステップの前に脱ブロッキングのステップを行う。例えば、いくつかの実施形態では、増殖しているオリゴヌクレオチドの５’ヒドロキシル基はブロックされ（即ち、保護され）、その後ヌクレオシド・カップリングパートナーと反応させるためには脱ブロッキングしなければならない。
増殖しているオリゴヌクレオチドの適切なヒドロキシル基を脱ブロッキングした後、キラル試薬を含む溶液と活性化剤を含む溶液との送り込みの準備に当たって、支持体を洗浄し、乾燥する。いくつかの実施形態では、キラル試薬及び活性化剤を同時に送り込む。いくつかの実施形態では、同時の送り込みは、溶液（例えば、ホスホラミダイト溶液）中キラル試薬いくらかと、溶液（例えば、ＣＭＰＴ溶液）中活性化剤いくらかとを、ニトリル溶媒（例えば、アセトニトリル）等の極性非プロトン性溶媒中に送り込むことを含む。
いくつかの実施形態では、カップリングのステップは、キラル亜リン酸エステル産物が９５％超のジアステレオマー過剰率で存在する粗産物組成物を提供する。いくつかの実施形態では、キラル亜リン酸エステル産物が９６％超のジアステレオマー過剰率で存在する。いくつかの実施形態では、キラル亜リン酸エステル産物が９７％超のジアステレオマー過剰率で存在する。いくつかの実施形態では、キラル亜リン酸エステル産物が９８％超のジアステレオマー過剰率で存在する。いくつかの実施形態では、キラル亜リン酸エステル産物が９９％超のジアステレオマー過剰率で存在する。
キャッピング・ステップ
キラル制御オリゴヌクレオチドを作るために提供される方法は、キャッピングのステップを含む。いくつかの実施形態では、キャッピングのステップは単一のステップである。いくつかの実施形態では、キャッピングのステップは２つのステップである。いくつかの実施形態では、キャッピングのステップは２つより多くのステップである。
いくつかの実施形態では、キャッピングのステップは、キラル補助基の遊離アミンをキャッピングするステップと、残留未反応５’ヒドロキシル基をキャッピングするステップとを含む。いくつかの実施形態では、キラル補助基の遊離アミンと未反応５’ヒドロキシル基は、同じキャッピング基でキャッピングされる。いくつかの実施形態では、キラル補助基の遊離アミンと未反応５’ヒドロキシル基は、同じキャッピング基でキャッピングされる。いくつかの実施形態では、キラル補助基の遊離アミンと未反応５’ヒドロキシル基は、異なるキャッピング基でキャッピングされる。ある特定の実施形態では、異なるキャッピング基でのキャッピングは、オリゴヌクレオチドの合成の間、１つのキャッピング基を他のキャッピング基より先に選択的に除去することを可能とする。いくつかの実施形態では、両方の基のキャッピングは同時に起こる。いくつかの実施形態では、両方の基のキャッピングは繰り返し起こる。
ある特定の実施形態では、キャッピングは繰り返し起こり、遊離アミンをキャッピングする第１ステップと、その後遊離５’ヒドロキシル基をキャッピングする第２ステップとを含み、遊離アミン及び５’ヒドロキシル基の両方は同じキャッピング基でキャッピングされる。例えば、いくつかの実施形態では、キラル補助基の遊離アミンは、無水物（例えばフェノキシ酢酸無水物、即ちＰａｃ２Ｏ）で５’ヒドロキシル基がキャッピングされる前に、同じ無水物を用いてキャッピングされる。ある特定の実施形態では、その同じ無水物による５’ヒドロキシル基のキャッピングは異なる条件下（例えば、１つ又は複数の追加試薬の存在下）で起こる。いくつかの実施形態では、５’ヒドロキシル基のキャッピングは、エーテル性溶媒中アミン塩基（例えば、ＴＨＦ中ＮＭＩ（Ｎ－メチルイミダゾール））の存在下で起こる。「キャッピング基」という表現は本明細書では、「保護基」及び「ブロック基」という句と互換的に用いられる。
いくつかの実施形態では、アミンキャッピング基は、中間体亜リン酸エステル種の転位及び／又は分解を防ぐようにアミンを効果的にキャッピングすることを特徴とする。いくつかの実施形態では、キャッピング基は、それがヌクレオチド間結合リンの分子内切断を防ぐことを目的としてキラル補助基のアミンを保護する能力で選択される。
いくつかの実施形態では、「ショートマー（ｓｈｏｒｔｍｅｒｓ）」例えば、「ｎ－ｍ」（ｍ及びｎは整数であり、ｍ＜ｎであり；ｎは標的オリゴヌクレオチドにおける塩基の数である）不純物であって、第１サイクルで反応せず次の１つ又は複数のサイクルで反応するオリゴヌクレオチド鎖の反応から起こる不純物、の発生を防ぐようにヒドロキシル基を効果的にキャッピングすることを、５’ヒドロキシル基キャッピング基は特徴とする。かかるショートマー、特に「ｎ－１］の存在は、粗オリゴヌクレオチドの純度に有害な影響を有し、オリゴヌクレオチドの最終的な精製を時間がかかって概して低収率なものとする。
いくつかの実施形態では、特定のキャップは、特定の条件下で特定のタイプの反応を容易にする傾向に基づいて選択される。例えば、いくつかの実施形態では、キャッピング基はＥ１脱離反応を容易にする能力で選択され、この反応はキャップ及び／又は補助基を増殖しているオリゴヌクレオチドから切断する。いくつかの実施形態では、キャッピング基はＥ２脱離反応を容易にする能力で選択され、この反応はキャップ及び／又は補助基を増殖しているオリゴヌクレオチドから切断する。いくつかの実施形態では、キャッピング基はβ－脱離反応を容易にする能力で選択され、この反応はキャップ及び／又は補助基を増殖しているオリゴヌクレオチドから切断する。
修飾ステップ
本明細書で使われる場合、「修飾ステップ（ｍｏｄｉｆｙｉｎｇ ｓｔｅｐ）」、「修飾ステップ（ｍｏｄｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｓｔｅｐ）」、及び「Ｐ－修飾ステップ」という句は互換的に用いられ、修飾ヌクレオチド間結合を導入するように用いられるいずれか１つ又は複数のステップを一般的に指す。いくつかの実施形態では、式Ｉの構造を有する修飾ヌクレオチド間結合。本発明のＰ－修飾ステップは、提供されるオリゴヌクレオチドの構築が完了する後ではなく、提供されるオリゴヌクレオチドの構築の間に起こる。こうして、提供されるオリゴヌクレオチドの各ヌクレオチド単位は、ヌクレオチド単位が導入されるサイクルの間、結合リンで個別に修飾され得る。
いくつかの実施形態では、適切なＰ－修飾試薬はイオウ求電子試薬、セレニウム求電子試薬、酸素求電子試薬、ホウ素化試薬、又はアジド試薬である。
例えば、いくつかの実施形態では、セレニウム試薬は元素セレニウム、セレニウム塩、又は置換ジセレニドである。いくつかの実施形態では、酸素求電子試薬は元素酸素、ペルオキシド、又は置換ペルオキシドである。いくつかの実施形態では、ホウ素化試薬は、ボラン－アミン（例えば、Ｎ，Ｎ－ジイソプロピルエチルアミン（ＢＨ３・ＤＩＰＥＡ）、ボラン－ピリジン（ＢＨ３・Ｐｙ）、ボラン－２－クロロピリジン（ＢＨ３・ＣＰｙ）、ボラン－アニリン（ＢＨ３・Ａｎ））、ボラン－エーテル試薬（例えば、ボラン－テトラヒドロフラン（ＢＨ３・ＴＨＦ））、ボラン－ジアルキルスルフィド試薬（例えば、ＢＨ３・Ｍｅ２Ｓ）、アニリン－シアノボラン、又はトリフェニルホスフィン－カルボアルコキシボランである。いくつかの実施形態では、アジド試薬は、続く還元を経てアミン基を提供することができるアジド基を含む。
いくつかの実施形態では、Ｐ－修飾試薬は本明細書に記載される硫化試薬である。いくつかの実施形態では、修飾のステップは、リンを硫化してホスホロチオエート結合又はホスホロチオエートトリエステル結合を提供することを含む。いくつかの実施形態では、修飾のステップは式Ｉのヌクレオチド間結合を有するオリゴヌクレオチドを提供する。
いくつかの実施形態では、本発明は硫化試薬、同試薬を作る方法、及び同試薬の使用法を提供する。
いくつかの実施形態では、かかる硫化試薬はチオスルホン酸試薬である。いくつかの実施形態では、チオスルホン酸試薬は式Ｓ－Ｉの構造を有し：
Figure 0007224319000228
 Ｓ－Ｉ、
式中、
Ｒｓ１はＲであり；
Ｒ、Ｌ、及びＲ１のそれぞれは互いに独立して上及び本明細書に定義され記載される通りである。
いくつかの実施形態では、硫化試薬はビス（チオスルホン酸）試薬である。いくつかの実施形態では、ビス（チオスルホン酸）試薬は式Ｓ－ＩＩの構造を有し：
Figure 0007224319000229
 Ｓ－ＩＩ、
式中、Ｒｓ１及びＬのそれぞれは互いに独立して上及び本明細書に定義され記載される通りである。
一般的に上に定義される通り、Ｒｓ１はＲであり、Ｒは上及び本明細書に定義され記載される通りである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１は置換されてもよい脂肪族、アリール、ヘテロシクリル、又はヘテロアリールである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１は置換されてもよいアルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１は置換されてもよいアルキルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１はメチルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１はシアノメチルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１はニトロメチルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１は置換されてもよいアリールである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１は置換されてもよいフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１はフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１はｐ－ニトロフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１はｐ－メチルフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１はｐ－クロロフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１はｏ－クロロフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１は２，４，６－トリクロロフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１はペンタフルオロフェニルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１はされてもよい置換ヘテロシクリルである。いくつかの実施形態では、Ｒｓ１はされてもよい置換ヘテロアリールである。
いくつかの実施形態では、 Ｒｓ１－Ｓ（Ｏ）２Ｓ－は
Figure 0007224319000230
 （ＭＴＳ）
である。いくつかの実施形態では、 Ｒｓ１－Ｓ（Ｏ）２Ｓ－は
Figure 0007224319000231
 （ＴＴＳ）
である。いくつかの実施形態では、 Ｒｓ１－Ｓ（Ｏ）２Ｓ－は
Figure 0007224319000232
 （ＮＯ２ＰｈｅＴＳ）
である。いくつかの実施形態では、 Ｒｓ１－Ｓ（Ｏ）２Ｓ－は
Figure 0007224319000233
 （ｐ－ＣｌＰｈｅＴＳ）
である。いくつかの実施形態では、 Ｒｓ１－Ｓ（Ｏ）２Ｓ－は
Figure 0007224319000234
 （ｏ－ＣｌＰｈｅＴＳ）
である。いくつかの実施形態では、 Ｒｓ１－Ｓ（Ｏ）２Ｓ－は
Figure 0007224319000235
 （２，４，６－ＴｒｉＣｌＰｈｅＴＳ）
である。いくつかの実施形態では、 Ｒｓ１－Ｓ（Ｏ）２Ｓ－は
Figure 0007224319000236
 （ＰｈｅＴＳ）
である。いくつかの実施形態では、 Ｒｓ１－Ｓ（Ｏ）２Ｓ－は
Figure 0007224319000237
 （ＰＦＰｈｅＴＳ）
である。いくつかの実施形態では、 Ｒｓ１－Ｓ（Ｏ）２Ｓ－は
Figure 0007224319000238
 （ａ－ＣＮＭＴＳ）
である。いくつかの実施形態では、 Ｒｓ１－Ｓ（Ｏ）２Ｓ－は
Figure 0007224319000239
 （ａ－ＮＯ２ＭＴＳ）
である。いくつかの実施形態では、 Ｒｓ１－Ｓ（Ｏ）２Ｓ－は
Figure 0007224319000240
 （ａ－ＣＦ３ＭＴＳ）
である。いくつかの実施形態では、 Ｒｓ１－Ｓ（Ｏ）２Ｓ－は
Figure 0007224319000241
 （ａ－ＣＦ３ＴＳ）
である。いくつかの実施形態では、 Ｒｓ１－Ｓ（Ｏ）２Ｓ－は
Figure 0007224319000242
 （ａ－ＣＨＦ２ＴＳ）
である。いくつかの実施形態では、 Ｒｓ１－Ｓ（Ｏ）２Ｓ－は
Figure 0007224319000243
 （ａ－ＣＨ２ＦＴＳ）
である。
いくつかの実施形態では、硫化試薬はＳ－Ｉ又はＳ－ＩＩの構造を有し、Ｌは－Ｓ－ＲＬ３－又は－Ｓ－Ｃ（Ｏ）－ＲＬ３－である。いくつかの実施形態では、Ｌは－Ｓ－ＲＬ３－又は－Ｓ－Ｃ（Ｏ）－ＲＬ３－であり、ＲＬ３は置換されてもよいＣ１～Ｃ６アルキレンである。いくつかの実施形態では、Ｌは－Ｓ－ＲＬ３－又は－Ｓ－Ｃ（Ｏ）－ＲＬ３－であり、ＲＬ３は置換されてもよいＣ１～Ｃ６アルケニレンである。いくつかの実施形態では、Ｌは－Ｓ－ＲＬ３－又は－Ｓ－Ｃ（Ｏ）－ＲＬ３－であり、ＲＬ３は置換されてもよいＣ１～Ｃ６アルキレンであり、１つ又は複数のメチレン単位は、置換されていてもよいＣ１～Ｃ６アルケニレン、アリーレン、又はヘテロアリーレンによって互いに独立して置換されていてもよい。いくつかの実施形態では、いくつかの実施形態では、ＲＬ３は置換されていてもよい－Ｓ－（Ｃ１～Ｃ６アルケニレン）－、－Ｓ－（Ｃ１～Ｃ６アルキレン）－、－Ｓ－（Ｃ１～Ｃ６アルキレン）－アリーレン－（Ｃ１～Ｃ６アルキレン）－、－Ｓ－ＣＯ－アリーレン－（Ｃ１～Ｃ６アルキレン）－、又は－Ｓ－ＣＯ－（Ｃ１～Ｃ６アルキレン）－アリーレン－（Ｃ１～Ｃ６アルキレン）－である。いくつかの実施形態では、硫化試薬はＳ－Ｉ又はＳ－ＩＩの構造を有し、Ｌは－Ｓ－ＲＬ３－又は－Ｓ－Ｃ（Ｏ）－ＲＬ３－であり、イオウ原子はＲ１に結合する。
いくつかの実施形態では、硫化試薬はＳ－Ｉ又はＳ－ＩＩの構造を有し、Ｌはアルキレン、アルケニレン、アリーレン、又はヘテロアリーレンである。
いくつかの実施形態では、硫化試薬はＳ－Ｉ又はＳ－ＩＩの構造を有し、Ｌは
Figure 0007224319000244
 である。いくつかの実施形態では、Ｌは
Figure 0007224319000245
Figure 0007224319000246
であり、イオウ原子はＲ１に結合する。
いくつかの実施形態では、硫化試薬はＳ－Ｉ又はＳ－ＩＩの構造を有し、Ｒ１は
Figure 0007224319000247
 である。いくつかの実施形態では、Ｒ１は
Figure 0007224319000248
 であり、イオウ原子はＬに結合する。
いくつかの実施形態では、硫化試薬はＳ－Ｉ又はＳ－ＩＩの構造を有し、Ｌは
Figure 0007224319000249
 であり、イオウ原子はＲ１に結合し、Ｒ１は
Figure 0007224319000250
 であり、イオウ原子はＬに結合する。
いくつかの実施形態では、硫化試薬はＳ－Ｉ又はＳ－ＩＩの構造を有し、Ｒ１は－Ｓ－ＲＬ２であり、ＲＬ２は上及び本明細書に定義され記載される通りである。いくつかの実施形態では、ＲＬ２は－Ｓ－（Ｃ１～Ｃ６アルキレン）－ヘテロシクリル、－Ｓ－（Ｃ１～Ｃ６アルケニレン）－ヘテロシクリル、－Ｓ－（Ｃ１～Ｃ６アルキレン）－Ｎ（Ｒ’）２、－Ｓ－（Ｃ１～Ｃ６アルキレン）－Ｎ（Ｒ’）３より選択される置換されていてもよい基であり、各Ｒ’は上に定義され本明細書に記載される通りである。
いくつかの実施形態では、－Ｌ－Ｒ１は－ＲＬ３－Ｓ－Ｓ－ＲＬ２であり、各変数は互いに独立して上に定義され本明細書に記載される通りである。いくつかの実施形態では、－Ｌ－Ｒ１は－ＲＬ３－Ｃ（Ｏ）－Ｓ－Ｓ－ＲＬ２であり、各変数は互いに独立して上に定義され本明細書に記載される通りである。
式Ｓ－ＩＩの例示的ビス（チオスルホン酸）試薬を下に示す：

Figure 0007224319000251
いくつかの実施形態では、硫化試薬は次の式のうちの１つを有する化合物であり：
Ｓ８、Ｒｓ２－Ｓ－Ｓ－Ｒｓ３、又はＲｓ２－Ｓ－Ｘｓ－Ｒｓ３、
式中、
Ｒｓ２及びＲｓ３のそれぞれは互いに独立して、脂肪族、アミノアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アシル、アミド、イミド、又はチオカルボニルより選択される置換されていてもよい基であり；又は
Ｒｓ２及びＲｓ３はそれらが結合している原子とともに一緒になって、置換されていてもよい複素環又はヘテロアリール環を形成し；
Ｘｓは－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｏ－、又は－Ｎ（Ｒ’）－であり；及び
Ｒ’は上及び本明細書に定義され記載される通りである。
いくつかの実施形態では、硫化試薬はＳ８、
Figure 0007224319000252
 である。いくつかの実施形態では、硫化試薬はＳ８、
Figure 0007224319000253
 である。いくつかの実施形態では、硫化試薬は
Figure 0007224319000254
 である。
例示的な硫化試薬を下の表５に示す。

表５ 例示的硫化試薬
Figure 0007224319000255
Figure 0007224319000256
いくつかの実施形態では、提供される硫化試薬を用いてＨ－ホスホネートを修飾する。例えば、いくつかの実施形態では、Ｈ－ホスホネートオリゴヌクレオチドは、例えば、Ｗａｄａ Ｉ又はＷａｄａ ＩＩの方法を用いて合成し、式Ｓ－Ｉ又はＳ－ＩＩの硫化試薬を用いて修飾する：



Figure 0007224319000257
 式中、ＲＳ１、Ｌ、及びＲ１のそれぞれは上及び本明細書に記載され定義される通りである。
いくつかの実施形態では、本発明はホスホロチオエートトリエステルを合成する方法を提供し、本方法は、
ｉ）構造：
Figure 0007224319000258
 （式中、Ｗ、Ｙ、及びＺのそれぞれは上及び本明細書に記載され定義される通りであり、シリル化試薬とともにシリルオキシホスホネートを提供する）のＨ－ホスホネートを反応させるステップと、
ｉｉ）シリルオキシホスホネートを構造Ｓ－Ｉ又はＳ－ＩＩ：
Figure 0007224319000259
 の硫化試薬と反応させ、ホスホロチオトリエステルを提供するステップと、
を含む。
いくつかの実施形態では、セレニウム求電子試薬を硫化試薬の代わりに用いてヌクレオチド間結合へ修飾を導入する。いくつかの実施形態では、セレニウム求電子試薬は次の式の１つを有する化合物であり：
Ｓｅ、Ｒｓ２－Ｓｅ－Ｓｅ－Ｒｓ３、又はＲｓ２－Ｓｅ－Ｘｓ－Ｒｓ３、
式中、Ｒｓ２及びＲｓ３のそれぞれは互いに独立して、脂肪族、アミノアルキル、カルボシクリル、ヘテロシクリル、ヘテロシクロアルキル、アリール、ヘテロアリール、アルキルオキシ、アリールオキシ、ヘテロアリールオキシ、アシル、アミド、イミド、又はチオカルボニルより選択される置換されていてもよい基であり；又は
Ｒｓ２及びＲｓ３はそれらが結合している原子とともに一緒になって、置換されていてもよい複素環又はヘテロアリール環を形成し；
Ｘｓは－Ｓ（Ｏ）２－、－Ｏ－、又は－Ｎ（Ｒ’）－であり；及び
Ｒ’は上及び本明細書に定義され記載される通りである。
他の実施形態では、セレニウム求電子試薬はＳｅ、ＫＳｅＣＮ、
Figure 0007224319000260
 の化合物である。いくつかの実施形態では、セレニウム求電子試薬はＳｅ又は
Figure 0007224319000261
 である。
いくつかの実施形態では、本発明に従って用いられる硫化試薬は、硫化の間リンに移動する成分が単一イオウ原子（例えば、－Ｓ－又は＝Ｓ）ではなく置換イオウ（例えば、－ＳＲ）であることを特徴とする。
いくつかの実施形態では、本発明に従って用いられる硫化試薬は、試薬の活性が、所定の電子吸引基又は電子供与基で試薬を修飾することによって調節可能であることを特徴とする。
いくつかの実施形態では、本発明に従って用いられる硫化試薬は、それが結晶性であることを特徴とする。いくつかの実施形態では、本発明に従って用いられる硫化試薬は、それが高い結晶化度を有することを特徴とする。ある特定の実施形態では、本発明に従って用いられる硫化試薬は、例えば再結晶によって試薬の精製が容易であることを特徴とする。ある特定の実施形態では、本発明に従って用いられる硫化試薬は、それにイオウ含有不純物が実質的にないことを特徴とする。いくつかの実施形態では、イオウ含有不純物が実質的にない硫化試薬は効率の向上を示す。
いくつかの実施形態では、提供されるキラル制御オリゴヌクレオチドは１つ又は複数のリン酸ジエステル結合を含む。かかるキラル制御オリゴヌクレオチドを合成するために、１つ又は複数の修飾ステップを酸化ステップに置き換えて、同等のリン酸ジエステル結合を導入してもよい。いくつかの実施形態では、酸化ステップは、通常のオリゴヌクレオチド合成と同様に実施する。いくつかの実施形態では、酸化ステップはＩ２の使用を含む。いくつかの実施形態では、酸化ステップはＩ２及びピリジンの使用を含む。いくつかの実施形態では、酸化ステップは、ＴＨＦ／ピリジン／水（７０：２０：１０－ｖ／ｖ／ｖ）共溶媒系中０．０２Ｍ Ｉ２の使用を含む。例示的サイクルをスキームＩ－ｃに示す。
いくつかの実施形態では、ホスホロチオエート前駆体を用いて、ホスホロチオエート結合を含むキラル制御オリゴヌクレオチドを合成する。いくつかの実施形態では、かかるホスホロチオエート前駆体は
Figure 0007224319000262
 である。いくつかの実施形態では、
Figure 0007224319000263
 は、サイクル終了後、標準脱保護／放出手順の間、ホスホロチオエートジエステル結合へと変換される。例をさらに下に示す。
いくつかの実施形態では、提供されるキラル制御オリゴヌクレオチドは１つ又は複数のリン酸ジエステル結合及び１つ又は複数のホスホロチオエートジエステル結合を含む。いくつかの実施形態では、提供されるキラル制御オリゴヌクレオチドは１つ又は複数のリン酸ジエステル結合及び１つ又は複数のホスホロチオエートジエステル結合を含み、少なくとも１つのリン酸ジエステル結合は、３’から５’に合成されるとき全てのホスホロチオエートジエステル結合の後で導入される。かかるキラル制御オリゴヌクレオチドを合成するために、いくつかの実施形態では、１つ又は複数の修飾ステップを酸化ステップに置き換えて、同等のリン酸ジエステル結合を導入してもよく、ホスホロチオエート前駆体をホスホロチオエートジエステル結合のそれぞれに対して導入する。いくつかの実施形態では、所望のオリゴヌクレオチド長を達成した後、ホスホロチオエート前駆体をホスホロチオエートジエステル結合に変換する。いくつかの実施形態では、サイクル終了の間か後の脱保護／放出ステップでホスホロチオエート前駆体をホスホロチオエートジエステル結合に変換する。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエート前駆体は、それをβ脱離経路によって除去できることを特徴とする。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエート前駆体は
Figure 0007224319000264
 である。当業者に理解されるように、合成の間、ホスホロチオエート前駆体、例えば、
Figure 0007224319000265
 を使用する利点の１つは、
Figure 0007224319000266
 はある特定の条件下でホスホロチオエートより安定しているということである。
いくつかの実施形態では、ホスホロチオエート前駆体は、本明細書に記載されるリン保護基、例えば、２－シアノエチル（ＣＥ又はＣｎｅ）、２－トリメチルシリルエチル、２－ニトロエチル、２－スルホニルエチル、メチル、ベンジル、ｏ－ニトロベンジル、２－（ｐ－ニトロフェニル）エチル（ＮＰＥ又はＮｐｅ）、２－フェニルエチル、３－（Ｎ－ｔｅｒｔ－ブチルカルボキサミド）－１－プロピル、４－オキソペンチル、４－メチルチオ－１－ブチル、２－シアノ－１，１－ジメチルエチル、４－Ｎ－メチルアミノブチル、３－（２－ピリジル）－１－プロピル、２－［Ｎ－メチル－Ｎ－（２－ピリジル）］アミノエチル、２－（Ｎ－ホルミル、Ｎ－メチル）アミノエチル、４－［Ｎ－メチル－Ｎ－（２，２，２－トリフルオロアセチル）アミノ］ブチルである。例をさらに下に示す。
所望の硫化試薬を合成する方法は、本明細書及び実施例の項に記載される。
上に記する通り、いくつかの実施形態では、硫化は、増殖しているオリゴヌクレオチドからキラル試薬を切断する条件下で起こる。いくつかの実施形態では、硫化は、増殖しているオリゴヌクレオチドからキラル試薬を切断しない条件下で起こる。
いくつかの実施形態では、硫化試薬を適切な溶媒に溶解させ、カラムに送り込む。ある特定の実施形態では、溶媒は、ニトリル溶媒等の極性非プロトン性溶媒である。いくつかの実施形態では、溶媒はアセトニトリルである。いくつかの実施形態では、硫化試薬の溶液は、ニトリル溶媒（例えば、アセトニトリル）中で、硫化試薬（例えば、本明細書に記載されるチオスルホン酸誘導体）をＢＳＴＦＡ（Ｎ，Ｏ－ビス－トリメチルシリル－トリフルオロアセトアミド）と混合することによって調製する。いくつかの実施形態では、ＢＳＴＦＡを含まない。例えば、本発明者は、一般式Ｒｓ２－Ｓ－Ｓ（Ｏ）２－Ｒｓ３の比較的より反応性のある硫化試薬がしばしば、ＢＳＴＦＡの不存在下、硫化反応に問題なく関与できることを見い出した。ほんの一例を挙げると、発明者は、Ｒｓ２がｐ－ニトロフェニルで、Ｒｓ３がメチルである場合ＢＳＴＦＡが必要ないことを例証した。本開示を参考にすると、当業者は、ＢＳＴＦＡを必要としない他の状況及び／又は硫化試薬を決定することが容易に可能となるであろう。
いくつかの実施形態では、硫化ステップを室温で実施する。いくつかの実施形態では、硫化ステップをより低い温度、例えば、約０℃、約５℃、約１０℃、又は約１５℃で実施する。いくつかの実施形態では、硫化ステップを約２０℃より高い温度で実施する。
いくつかの実施形態では、硫化反応は約１分～約１２０分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応は約１分～約９０分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応は約１分～約６０分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応は約１分～約３０分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応は約１分～約２５分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応は約１分～約２０分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応は約１分～約１５分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応は約１分～約１０分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応は約５分～約６０分間行う。
いくつかの実施形態では、硫化反応は約５分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応は約１０分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応は約１５分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応は約２０分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応は約２５分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応は約３０分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応は約３５分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応は約４０分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応は約４５分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応は約５０分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応は約５５分間行う。いくつかの実施形態では、硫化反応は約６０分間行う。
本発明の方法に従って作られる硫化修飾産物のいくつかは予想外に安定であることが期せずして見い出された。いくつかの実施形態では、予想外に安定な産物はホスホロチオエートトリエステルである。いくつかの実施形態では、予想外に安定な産物は、式Ｉ－ｃの構造を有する１つ又は複数のヌクレオチド間結合を含むキラル制御オリゴヌクレオチドである。
当業者は、本明細書に記載される硫化方法及び本明細書に記載される硫化試薬はまた、Ｗａｄａ ＩＩ（ＷＯ２０１０／０６４１４６）に記載されるもの等、修飾Ｈ－ホスホネートオリゴヌクレオチドに関連して有用であることを認識する。
いくつかの実施形態では、硫化反応は、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、又は９８％の段階的硫化効率を有する。いくつかの実施形態では、硫化反応は少なくとも純度９８％の粗ジヌクレオチド産物組成物を提供する。いくつかの実施形態では、硫化反応は少なくとも純度９０％の粗テトラヌクレオチド産物組成物を提供する。いくつかの実施形態では、硫化反応は少なくとも純度７０％の粗ドデカヌクレオチド産物組成物を提供する。いくつかの実施形態では、硫化反応は少なくとも純度５０％の粗イコサヌクレオチド産物組成物を提供する。
結合リンを修飾するステップが完了すると、オリゴヌクレオチドは、サイクルを再開するための準備として別の脱ブロッキングステップを経る。いくつかの実施形態では、キラル補助基は硫化後無傷のままであり、続く脱ブロッキングステップの間脱ブロッキングされ、この脱ブロッキングステップはサイクルを再開する前に必ず起こる。脱ブロッキング、カップリング、キャッピング、及び修飾のステップは、増殖しているオリゴヌクレオチドが所望の長さに達するまで繰り返し、所望の長さに達した時点でオリゴヌクレオチドを、固体支持体から直ぐに切断するか、精製目的の支持体に付けたままとして後で切断するか、どちらかが可能である。いくつかの実施形態では、１つ又は複数の保護基は、ヌクレオチド塩基の１つ又は複数において存在し、支持体からのオリゴヌクレオチドの切断と塩基の脱保護は単一ステップにおいて起こる。いくつかの実施形態では、１つ又は複数の保護基は、ヌクレオチド塩基の１つ又は複数において存在し、支持体からのオリゴヌクレオチドの切断と塩基の脱保護は１つより多数のステップにおいて起こる。いくつかの実施形態では、脱保護と、支持体からの切断とは、例えば、１つ又は複数のアミン塩基を用いた塩基性条件下で起こる。ある特定の実施形態では、１つ又は複数のアミン塩基はプロピルアミンを含む。ある特定の実施形態では、１つ又は複数のアミン塩基はピリジンを含む。
いくつかの実施形態では、支持体からの切断及び／又は脱保護は、約３０℃～約９０℃の高温で起こる。いくつかの実施形態では、支持体からの切断及び／又は脱保護は、約４０℃～約８０℃の高温で起こる。いくつかの実施形態では、支持体からの切断及び／又は脱保護は、約５０℃～約７０℃の高温で起こる。いくつかの実施形態では、支持体からの切断及び／又は脱保護は、約６０℃の高温で起こる。いくつかの実施形態では、支持体からの切断及び／又は脱保護は、周囲温度で起こる。
例示的な精製手順は、本明細書に記載されかつ当技術分野で周知であるか、又はそのいずれかである。
注目すべきは、各サイクル中、増殖しているオリゴヌクレオチドからキラル補助基を除去することが少なくとも次の理由で有利であることであり、その理由とは、
（１）敏感な可能性のある官能基をリンに導入するオリゴヌクレオチド合成の最後に、何らかの分離ステップで補助基を除去する必要がないこと、（２）副反応を起こしやすく、かつ／又は後続化学作用へ干渉しやすい不安定なリン－補助基中間体が避けられることである。このようにして、各サイクル中のキラル補助基の除去は合成全体をより効率的にする。
脱ブロッキングのステップがサイクルとの関連において上に記載されているが、一方、追加の一般的方法が下の通り含まれる。
脱ブロッキングステップ
いくつかの実施形態では、カップリングのステップは、その前に脱ブロッキングのステップが来る。例えば、いくつかの実施形態では、増殖しているオリゴヌクレオチドの５’ヒドロキシル基をブロッキングし（即ち、保護し）、それを続いてヌクレオシド・カップリングパートナーと反応させるためには脱ブロッキングしなければならない。
いくつかの実施形態では、酸性化を用いてブロック基を除去する。いくつかの実施形態では、酸はブレンステッド酸又はルイス酸である。有用なブレンステッド酸としては、有機溶媒又は水（８０％酢酸の場合）中に－０．６（トリフルオロ酢酸）～４．７６（酢酸）のｐＫａ（水中２５℃）値を有する、カルボン酸、アルキルスルホン酸、アリールスルホン酸、リン酸及びその誘導体、ホスホン酸及びその誘導体、アルキルホスホン酸及びそれらの誘導体、アリールホスホン酸及びそれらの誘導体、ホスフィン酸、ジアルキルホスフィン酸、並びにジアリールホスフィン酸がある。酸性化ステップで用いられる酸（１～８０％）の濃度は酸の酸性度による。強酸性条件は、脱プリン／脱ピリミジンを生じ、プリニル塩基又はピリミジニル塩基がリボース環及び／又は他の糖環から切断されるので、酸強度を考慮に入れなければならない。いくつかの実施形態では、酸はＲａ１ＣＯＯＨ、Ｒａ１ＳＯ３Ｈ、Ｒａ３ＳＯ３Ｈ、
Figure 0007224319000267
Figure 0007224319000268
より選択され、式中、Ｒａ１及びＲａ２のそれぞれは互いに独立して水素又は置換されていてもよいアルキル若しくはアリールであり、Ｒａ３は置換されていてもよいアルキル又はアリールである。
いくつかの実施形態では、酸性化は有機溶媒中ルイス酸によって達成する。例示的なかかる有用なルイス酸としては、Ｚｎ（Ｘａ）２があり、ＸａはＣｌ、Ｂｒ、Ｉ、又はＣＦ３ＳＯ３である。
いくつかの実施形態では、酸性化のステップは、プリン成分を縮合中間体から除去することなくブロック基を除去するのに有効な量のブレンステッド酸又はルイス酸を添加することを含む。
酸性化ステップに有用な酸としてはまた、有機溶媒中１０％リン酸、有機溶媒中１０％塩酸、有機溶媒中１％トリフルオロ酢酸、有機溶媒中３％ジクロロ酢酸又はトリクロロ酢酸又は水中８０％酢酸が挙げられるが、これらに限定されない。このステップで用いられるどのようなブレンステッド酸又はルイス酸の濃度も、酸の濃度が、糖成分からの核酸塩基の切断を起こす濃度を超えないように選択する。
いくつかの実施形態では、酸性化は、有機溶媒中約１％トリフルオロ酢酸を添加することを含む。いくつかの実施形態では、酸性化は、有機溶媒中約０．１％～約８％トリフルオロ酢酸を添加することを含む。いくつかの実施形態では、酸性化は、有機溶媒中３％のジクロロ酢酸又はトリクロロ酢酸を添加することを含む。いくつかの実施形態では、酸性化は、有機溶媒中約０．１％～約１０％ジクロロ酢酸又はトリクロロ酢酸を添加することを含む。いくつかの実施形態では、酸性化は、有機溶媒中３％トリクロロ酢酸を添加することを含む。いくつかの実施形態では、酸性化は、有機溶媒中約０．１％～約１０％トリクロロ酢酸を添加することを含む。いくつかの実施形態では、酸性化は、水中８０％酢酸を添加することを含む。いくつかの実施形態では、酸性化は、水中約５０％～約９０％、又は約５０％～約８０％、約５０％～約７０％、約５０％～約６０％、約７０％～約９０％酢酸を添加することを含む。いくつかの実施形態では、酸性化は、さらに酸性溶媒へカチオンスカベンジャーを添加することを含む。ある特定の実施形態では、カチオンスカベンジャーはトリエチルシラン又はトリイソプロピルシランであってもよい。いくつかの実施形態では、ブロック基を酸性化によって脱ブロッキングし、これは有機溶媒中１％トリフルオロ酢酸を添加することを含む。いくつかの実施形態では、ブロック基を酸性化によって脱ブロッキングし、これは有機溶媒中３％ジクロロ酢酸を添加することを含む。いくつかの実施形態では、ブロック基を酸性化によって脱ブロッキングし、これは有機溶媒中３％トリクロロ酢酸を添加することを含む。いくつかの実施形態では、ブロック基を酸性化によって脱ブロッキングし、これはジクロロメタン中３％トリクロロ酢酸を添加することを含む。
ある特定の実施形態では、本発明の方法は、合成装置上で完了し、増殖しているオリゴヌクレオチドのヒドロキシル基を脱ブロッキングするステップは、いくらかの量の溶媒を合成装置カラムへ送り込むことを含み、このコラムは、オリゴヌクレオチドを付ける固体支持体を含有する。いくつかの実施形態では、溶媒は、ハロゲン化溶媒（例えば、ジクロロメタン）である。ある特定の実施形態では、溶媒は、いくらかの量の酸を含む。いくつかの実施形態では、溶媒は、いくらかの量の有機酸、例えばトリクロロ酢酸を含む。ある特定の実施形態では、酸は約１％～約２０％ｗ／ｖの量で存在する。ある特定の実施形態では、酸は約１％～約１０％ｗ／ｖの量で存在する。ある特定の実施形態では、酸は約１％～約５％ｗ／ｖの量で存在する。ある特定の実施形態では、酸は約１％～約３％ｗ／ｖの量で存在する。ある特定の実施形態では、酸は約３％ｗ／ｖの量で存在する。ヒドロキシル基を脱ブロッキングする方法は本明細書にさらに記載される。いくつかの実施形態では、酸は、ジクロロメタン中３％ｗ／ｖで存在する。
いくつかの実施形態では、キラル補助基は、脱ブロッキングステップの前に除去する。いくつかの実施形態では、キラル補助基は脱ブロッキングステップの間に除去する。
いくつかの実施形態では、サイクル終了を脱ブロッキングステップの前に実施する。いくつかの実施形態では、サイクル終了を脱ブロッキングステップの後に実施する。
ブロック基／保護基除去の一般的条件
核酸塩基又は糖成分上に位置するヒドロキシル成分又はアミノ成分等の官能基は、合成の間ブロック（保護）基（成分）でルーチン的にブロッキングされ、その後脱ブロッキングされる。一般に、ブロック基は分子の化学官能成分を特定の反応条件に対して不活性とし、後でブロック基を分子内のそのような官能成分から、分子の残りを実質的に損傷することなく除去することが可能である（例えば、Ｇｒｅｅｎ ａｎｄ Ｗｕｔｓ，Ｐｒｏｔｅｃｔｉｖｅ Ｇｒｏｕｐｓ ｉｎ Ｏｒｇａｎｉｃ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ，２ｎｄ Ｅｄ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９１参照）。例えば、アミノ基は、フタルイミド、９－フルドレニルメトキシカルボニル（ｆｌｕｄｒｅｎｙｌｍｅｔｈｏｘｙｃａｒｂｏｎｙｌ）（ＦＭＯＣ）、トリフェニルメチルスルフェニル、ｔ－ＢＯＣ、４，４’－ジメトキシトリチル（ＤＭＴｒ）、４－メトキシトリチル（ＭＭＴｒ）、９－フェニルキサンチン－９－イル（ピキシル）、トリチル（Ｔｒ）、又は９－（ｐ－メトキシフェニル）キサンチン－９－イル（ＭＯＸ）等の窒素ブロック基でブロッキングすることができる。カルボキシル基はアセチル基として保護できる。ヒドロキシ基は、テトラヒドロピラニル（ＴＨＰ）、ｔ－ブチルジメチルシリル（ＴＢＤＭＳ）、１－［（２－クロロ－４－メチル）フェニル］－４－メトキシピペリジン－４－イル（Ｃｔｍｐ）、１－（２－フルオロフェニル）－４－メトキシピペリジン－４－イル（Ｆｐｍｐ）、１－（２－クロロエトキシ）エチル、３－メトキシ－１，５－ジカルボメトキシペンタン－３－イル（ＭＤＰ）、ビス（２－アセトキシエトキシ）メチル（ＡＣＥ）、トリイソプロピルシリルオキシメチル（ＴＯＭ）、１－（２－シアノエトキシ）エチル（ＣＥＥ）、２－シアノエトキシメチル（ＣＥＭ）、［４－（Ｎ－ジクロロアセチル－Ｎ－メチルアミノ）ベンジルオキシ］メチル、２－シアノエチル（ＣＮ）、ピバロイルオキシメチル（ＰｉｖＯＭ）、レヴュニル（ｌｅｖｕｎｙｌ）オキシメチル（ＡＬＥ）等として保護できる。他の代表的なヒドロキシルブロック基については記載がなされている（例えば、Ｂｅａｕｃａｇｅ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９２，４６，２２２３参照）。いくつかの実施形態では、ヒドロキシルブロック基は、トリチル、モノメトキシトリチル、ジメトキシトリチル、トリメトキシトリチル、９－フェニルキサンチン－９－イル（ピキシル）及び９－（ｐ－メトキシフェニル）キサンチン－９－イル（ＭＯＸ）等、酸に不安定な基である。化学官能基はまた、それらを前駆体形式で含むことによってブロッキングすことが可能である。このようにして、アジド基は容易にアミンに変換されるので、アミンのブロッキング形式と考えることができる。核酸合成において利用されるさらなる代表的保護基が知られている（例えば、Ａｇｒａｗａｌ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｆｏｒ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｃｏｎｊｕｇａｔｅｓ，Ｅｄｓ．，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｊｅｒｓｅｙ，１９９４，Ｖｏｌ．２６，ｐｐ．１－７２参照）。
核酸からブロック基を除去する種々の方法が知られ、用いられる。いくつかの実施形態では、全てのブロック基を除去する。いくつかの実施形態では、ブロック基の一部を除去する。いくつかの実施形態では、反応条件は、所定のブロック基を選択的に除去するように調整可能である。
いくつかの実施形態では、核酸塩基ブロック基が存在する場合、それは、提供されるオリゴヌクレオチドの構築の後、酸性試薬で切断可能である。いくつかの実施形態では、核酸塩基ブロック基が存在する場合、それは、酸性条件下でも塩基性条件下でも切断可能ではなく、例えば、フッ化物塩又はフッ化水素酸複合体で切断可能である。いくつかの実施形態では、核酸塩基ブロック基が存在する場合、それは、提供されるオリゴヌクレオチドの構築の後、塩基又は塩基性溶媒の存在下で切断可能である。ある特定の実施形態では、核酸塩基ブロック基の１つ又は複数は、提供されるオリゴヌクレオチドの構築の後、塩基又は塩基性溶媒の存在下で切断可能であるが、提供されるオリゴヌクレオチドの構築の間先に起こる１つ又は複数の脱保護ステップの特定の条件に対して安定していることを特徴とする。
いくつかの実施形態では、核酸塩基にブロック基は必要とされない。いくつかの実施形態では、核酸塩基にブロック基が必要とされる。いくつかの実施形態では、所定の核酸塩基は１つ又は複数のブロック基を必要とし、一方、他の核酸塩基は１つ又は複数のブロック基を必要としない。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、合成の後固体支持体から切断される。いくつかの実施形態では、固体支持体からの切断は、プロピルアミンの使用を含む。いくつかの実施形態では、固体支持体からの切断は、ピリジン中プロピルアミンの使用を含む。いくつかの実施形態では、固体支持体からの切断は、ピリジン中２０％プロピルアミンの使用を含む。いくつかの実施形態では、固体支持体からの切断は、無水ピリジン中プロピルアミンの使用を含む。いくつかの実施形態では、固体支持体からの切断は、無水ピリジン中２０％プロピルアミンの使用を含む。いくつかの実施形態では、固体支持体からの切断は、アセトニトリル、ＮＭＰ、ＤＭＳＯ、スルホン、及び／又はルチジン等の極性非プロトン性溶媒の使用を含む。いくつかの実施形態では、固体支持体からの切断は、溶媒、例えば極性非プロトン性溶媒、並びに１つ若しくは複数の一次アミン（例えば、Ｃ１～１０アミン）、並びに／又は、１つ又は複数のメトキシルアミン（ｍｅｔｈｏｘｙｌａｍｉｎｅ）、ヒドラジン、及び純無水アンモニアの１つ若しくは複数、の使用を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの脱保護はプロピルアミンの使用を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの脱保護はピリジン中プロピルアミンの使用を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの脱保護はピリジン中２０％プロピルアミンの使用を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの脱保護は無水ピリジン中プロピルアミンの使用を含む。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの脱保護は無水ピリジン中２０％プロピルアミンの使用を含む。
いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、切断中に脱保護される。
いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、およそ室温で実施する。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、高温で実施する。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、約３０℃、４０℃、５０℃、６０℃、７０℃、８０℃、９０℃、又は１００℃のそれぞれより高い温度で実施する。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、約３０℃、４０℃、５０℃、６０℃、７０℃、８０℃、９０℃、又は１００℃で実施する。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、約４０℃～８０℃で実施する。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、約５０℃～７０℃で実施する。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、約６０℃で実施する。
いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、０．１時間、１時間、２時間、５時間、１０時間、１５時間、２０時間、２４時間、３０時間、又は４０時間のそれぞれより長く実施する。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、約０．１～５時間実施する。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、約３～１０時間実施する。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、約５～１５時間実施する。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、約１０～２０時間実施する。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、約１５～２５時間実施する。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、約２０～４０時間実施する。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、約２時間実施する。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、約５時間実施する。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、約１０時間実施する。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、約１５時間実施する。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、約１８時間実施する。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、約２４時間実施する。
いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、室温で、０．１時間、１時間、２時間、５時間、１０時間、１５時間、２０時間、２４時間、３０時間、又は４０時間のそれぞれより長く実施する。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、室温で、約５～４８時間実施する。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、室温で、約１０～２４時間実施する。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、室温で、約１８時間実施する。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、高温で、０．１時間、１時間、２時間、５時間、１０時間、１５時間、２０時間、２４時間、３０時間、又は４０時間のそれぞれより長く実施する。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、高温で、約０．５～５時間実施する。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、約６０℃で、約０．５～５時間実施する。いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、約６０℃で、約２時間実施する。
いくつかの実施形態では、固体支持体からのオリゴヌクレオチドの切断、又はオリゴヌクレオチドの脱保護は、プロピルアミンの使用を含み、室温又は高温で、０．１時間、１時間、２時間、５時間、１０時間、１５時間、２０時間、２４時間、３０時間、又は４０時間のそれぞれより長く実施する。例示的な条件は、室温で約１８時間ピリジン中２０％プロピルアミン、及び６０℃で約１８時間ピリジン中２０％プロピルアミンである。
いくつかの実施形態では、活性化剤は「Ｗａｄａ」活性化剤であり、即ち、活性化剤は、上に引用されるＷａｄａ Ｉ、ＩＩ、又はＩＩＩ文書のいずれかを拠り所とする。
例示的な活性化基を下に示す：
Figure 0007224319000269
Figure 0007224319000270
Figure 0007224319000271
例示的サイクルをスキームＩ－ｂに示す。
スキームＩ－ｂ ホスホロチオエート結合の導入
Figure 0007224319000272
例示的サイクルをスキームＩ－ｃに示す。
スキームＩ－ｃ キラル制御オリゴヌクレオチドにおけるリン酸ジエステル及び修飾ヌクレオチド間結合の両方の導入
Figure 0007224319000273
スキームＩ－ｃにおいて、固体支持体（Ｃ－１）上のオリゴヌクレオチド（又はヌクレオチド、又は、修飾ヌクレオチド間結合をもったオリゴヌクレオチド）は、ホスホラミダイトＣ－２とカップリングされる。カップリングとキャッピングの後、酸化ステップを実施する。脱ブロッキングの後、リン酸ジエステル結合を形成する。サイクル産物Ｃ－３は、サイクルＣを再開してさらにリン酸ジエステル結合を導入するか、他のサイクルを開始して他のタイプのヌクレオチド間結合を導入するか、又はサイクル終了へと進むか、いずれかとなる。
いくつかの実施形態では、非キラル純粋ホスホラミダイトを、スキームＩ－ｃにおいてＣ－２の代わりに用いることができる。いくつかの実施形態では、ＤＭＴｒで保護したβ－シアノエチルホスホラミダイトを用いる。いくつかの実施形態では、用いられるホスホラミダイトは
Figure 0007224319000274
 の構造を有する。
いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートジエステル前駆体の使用は、合成の間、オリゴヌクレオチドの安定性を増加させる。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートジエステル前駆体の使用はキラル制御オリゴヌクレオチド合成の効率を向上させる。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートジエステル前駆体の使用はキラル制御オリゴヌクレオチド合成の収率を向上させる。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートジエステル前駆体の使用はキラル制御オリゴヌクレオチド合成の産物純度を向上させる。
いくつかの実施形態では、上記方法におけるホスホロチオエートジエステル前駆体は、
Figure 0007224319000275
 である。いくつかの実施形態では、
Figure 0007224319000276
 は、脱保護／放出の間、ホスホロチオエートジエステル結合に変換される。例示的なサイクルをスキームＩ－ｄに示す。さらに例を下に示す。
スキームＩ－ｄ キラル制御オリゴヌクレオチド合成におけるホスホロチオエートジエステル前駆体
Figure 0007224319000277
スキームＩ－ｄに例示する通り、ホスホロチオエート及びリン酸ジエステル結合の両方を、同じキラル制御オリゴヌクレオチドに組み入れることができる。当業者に理解される通り、提供される方法は、ホスホロチオエートジエステルとリン酸ジエステルが連続していることを必要とせず、両者間に他のヌクレオチド間結合が、上に記載のサイクルを用いて形成され得る。スキームＩ－ｄにおいて、ホスホロチオエートジエステル前駆体、
Figure 0007224319000278
 が、ホスホロチオエートジエステル結合の代わりに導入される。いくつかの実施形態では、かかる置き換えは、所定のステップ、例えば酸化ステップの間、合成効率の向上を提供した。いくつかの実施形態では、ホスホロチオエートジエステル前駆体の使用は一般的に、合成及び／又は貯蔵の間の、キラル制御オリゴヌクレオチドの安定性を向上させる。サイクルの後、脱保護／放出の間、ホスホロチオエートジエステル前駆体はホスホロチオエートジエステル結合に変換される。いくつかの実施形態では、キラル制御オリゴヌクレオチドにリン酸ジエステル結合が存在しないとき、又は、合成の間酸化ステップが必要でないときでも、ホスホロチオエートジエステル前駆体を用いることは有益である。
スキームＩ－ｃにある通り、いくつかの実施形態では、非キラル純粋ホスホラミダイトを、酸化ステップを含むサイクルに用いることができる。いくつかの実施形態では、ＤＭＴｒで保護されたβ－シアノエチルホスホラミダイトを用いる。いくつかの実施形態では、用いられるホスホラミダイトは
Figure 0007224319000279
 の構造を有する。
いくつかの実施形態では、本発明の方法は、特定のオリゴヌクレオチドタイプに濃縮されるキラル制御オリゴヌクレオチド組成物を提供する。
いくつかの実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約１０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約２０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約３０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約４０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約５０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約６０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約７０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約８０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約９０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される粗組成物の少なくとも約９５％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。
いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約１％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約２％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約３％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約４％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約５％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約１０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約２０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約３０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約４０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約５０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約６０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約７０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約８０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約９０％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。いくつかの実施形態では、提供される組成物の少なくとも約９５％は特定のオリゴヌクレオチドタイプである。
生物学的応用および例示的な使用
とりわけ、本発明は、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の使用を通じて、オリゴヌクレオチドの特性および活性が、その骨格キラル中心のパターンを最適化することによって調節され得ることを認める。いくつかの実施形態において、本発明は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供し、ここで、オリゴヌクレオチドは、その安定性および／または生物活性を向上させる骨格キラル中心の共通パターンを有する。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、予想外に増加した安定性をもたらす。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、驚いたことに、大幅に増加した活性をもたらす。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、増加した安定性および活性の両方をもたらす。いくつかの実施形態において、核酸高分子を切断するためにオリゴヌクレオチドが利用されるとき、オリゴヌクレオチドの骨格キラル中心のパターンは、驚いたことに単独で、標的核酸高分子の切断パターンを変化させる。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、第２の部位での切断を効果的に防ぐ。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、新たな切断部位を生み出す。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、切断部位の数を最小にする。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドに対して相補的である標的核酸高分子の配列内のただ１つの部位で標的核酸高分子が切断されるように、骨格キラル中心のパターンは、切断部位の数を最小にする。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、切断部位での切断効率を向上させる。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドの骨格キラル中心のパターンは、標的核酸高分子の切断を改善する。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、選択性を増加させる。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、オフターゲット効果を最小にする。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、選択性、例えば、点変異または一塩基多型（ＳＮＰ）が異なる標的配列の間の切断選択性を増加させる。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心のパターンは、選択性、例えば、ただ１つの点変異または一塩基多型（ＳＮＰ）が異なる標的配列の間の切断選択性を増加させる。
いくつかの実施形態において、本発明は、
１）核酸高分子に見られる配列に対して相補的である配列であるか、または、これらを含む、共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン
を有することにより定義されるオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供するステップを含む核酸高分子の制御された切断のための方法を提供し、この組成物は、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％が、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する、単一のオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物であり；ここで、核酸高分子は、キラル制御されないオリゴヌクレオチド組成物がもたらされるときの切断パターンとは異なる切断パターンで切断される。
本明細書において用いられるとき、核酸高分子の切断パターンは、切断部位の数、切断部位の位置、および各部位での切断割合により定義される。いくつかの実施形態において、切断パターンは、複数の切断部位を有し、各部位での切断割合は異なる。いくつかの実施形態において、切断パターンは、複数の切断部位を有し、各部位での切断割合は同じである。いくつかの実施形態において、切断パターンは、ただ１つの切断部位を有する。いくつかの実施形態において、切断パターンは、切断部位の数が異なるという点で、互いに異なる。いくつかの実施形態において、切断パターンは、少なくとも１つの切断位置が異なるという点で、互いに異なる。いくつかの実施形態において、少なくとも１つの共通の切断部位での切断割合が異なるという点で、切断パターンは、互いに異なる。いくつかの実施形態において、切断パターンは、切断部位の数が異なり、かつ／または、少なくとも１つの切断位置が異なり、かつ／または、少なくとも１つの共通の切断部位での切断割合が異なるという点で、切断パターンは、互いに異なる。
いくつかの実施形態において、本発明は、核酸高分子の制御された切断のための方法を提供し、本方法は、
１）核酸高分子に見られる標的配列に対して相補的である配列であるか、または、これらを含む、共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン
によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、ヌクレオチド配列が標的配列を含む核酸高分子とを接触させるステップを含み、この組成物は、特定の塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御される。
いくつかの実施形態において、本発明は、核酸高分子の制御された切断のための方法を提供し、本方法は、
１）核酸高分子に見られる標的配列に対して相補的である配列であるか、または、これらを含む、共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン
によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、ヌクレオチド配列が標的配列を含む核酸高分子とを接触させるステップを含み、この組成物は、特定の塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され、接触は、核酸高分子の切断が起こるような条件下で実施される。
いくつかの実施形態において、本発明は、第１のオリゴヌクレオチド組成物を用いる結果生じる第１の核酸高分子の切断パターンを変化させるための方法を提供し、本方法は、
１）核酸高分子に見られる配列に対して相補的である配列であるか、または、これらを含む、共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン
を有することにより定義されるオリゴヌクレオチドを含む第２のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供するステップを含み、この組成物は、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％が、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する、単一のオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物であり、ここで、核酸高分子は、第１の切断パターンとは異なる切断パターンで切断される。
いくつかの実施形態において、本発明は、ヌクレオチド配列が標的配列を含む核酸高分子を、特定の塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドを含む基準オリゴヌクレオチド組成物と接触させるときに観察される切断パターンを変更するための方法を提供し、この特定の塩基配列は、標的配列に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、本方法は、
核酸高分子と、特定の塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物とを接触させるステップを含み、この組成物は、特定の塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、
１）特定の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の特定のパターン；および
３）骨格キラル中心の特定のパターン
によって特徴づけられる単一のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され、接触は、核酸高分子の切断が起こるような条件下で実施される。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的配列内の切断部位の数を減少させる。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的配列内の単一部位の切断をもたらす。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的配列内の切断部位での切断速度を高める。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的配列内の切断部位での効率を高める。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的核酸高分子の切断のターンオーバーを高める。
いくつかの実施形態において、基準切断パターンとは異なる切断パターンで切断が起こる。いくつかの実施形態において、基準切断パターンは、核酸高分子を、同等な条件下で、基準オリゴヌクレオチド組成物と接触させるときに観察されるものである。いくつかの実施形態において、基準オリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の共通塩基配列および長さを共有するオリゴヌクレオチドのキラル制御されない（例えば、ステレオランダムな）オリゴヌクレオチド組成物である。いくつかの実施形態において、基準オリゴヌクレオチド組成物は、共通配列および長さを共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物である。
いくつかの実施形態において、核酸高分子はＲＮＡである。いくつかの実施形態において、核酸高分子はオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、核酸高分子はＲＮＡオリゴヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、核酸高分子は転写物である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドは、切断される核酸高分子と二本鎖を形成する。
いくつかの実施形態において、核酸高分子は、酵素により切断される。いくつかの実施形態において、酵素は、核酸高分子によって形成された二本鎖を切断する。いくつかの実施形態において、酵素はリボヌクレアーゼＨである。いくつかの実施形態において、酵素はＤｉｃｅｒである。いくつかの実施形態において、酵素はアルゴノートタンパク質である。いくつかの実施形態において、酵素はＡｇｏ２である。いくつかの実施形態において、酵素は、タンパク質複合体内にある。例示的なタンパク質複合体は、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）である。
いくつかの実施形態において、骨格キラル中心の共通パターンを有するオリゴヌクレオチドを含む、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、予想外に高い選択性をもたらし、したがって、標的領域内で配列が少ししか変化しない核酸高分子が選択的に標的にされ得る。いくつかの実施形態において、核酸高分子は、対立遺伝子からの転写物である。いくつかの実施形態において、異なる対立遺伝子からの転写物は、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物によって選択的に標的にされ得る。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物およびその方法は、標的配列内の切断部位の正確な制御を可能にする。いくつかの実施形態において、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列の周辺である。いくつかの実施形態において、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列の上流および付近にある。いくつかの実施形態において、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列の上流５塩基対以内にある。いくつかの実施形態において、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列の上流４塩基対以内にある。いくつかの実施形態において、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列の上流３塩基対以内にある。いくつかの実施形態において、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列の上流２塩基対以内にある。いくつかの実施形態において、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列の上流１塩基対以内にある。いくつかの実施形態において、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列の下流および付近にある。いくつかの実施形態において、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列の下流５塩基対以内にある。いくつかの実施形態において、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列の下流４塩基対以内にある。いくつかの実施形態において、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列の下流３塩基対以内にある。いくつかの実施形態において、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列の下流２塩基対以内にある。いくつかの実施形態において、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列の下流１塩基対以内にある。したがって、とりわけ、本発明は、標的配列内の切断部位の制御を可能にする。いくつかの実施形態において、例示的な切断を図２１に示す。いくつかの実施形態において、図２１に示す切断は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列の２塩基対下流の部位での切断と呼ぶ。本開示に詳しく記載の通り、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列は、（Ｎｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔ、（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔ、（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ、（Ｒｐ）ｍ（Ｓｐ）ｎ、（Ｓｐ）ｍＲｐおよび／またはＲｐ（Ｓｐ）ｍの単一単位または繰り返し単位内に見られ、そのそれぞれは独立して、上で定義され、本明細書に記述される通りである。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的分子内のＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の２塩基対下流に新たな切断部位を生み出し（例えば、図２１参照）、ここで、基準（例えば、キラル制御されない）オリゴヌクレオチド組成物が用いられる場合、前記新たな切断部位は存在しない（検出されない）。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的分子内のＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の２塩基対下流の切断部位での切断（例えば、図２１参照）を増加させ、ここで、このような部位での切断は、基準（例えば、キラル制御されない）オリゴヌクレオチド組成物が用いられるときよりも高い割合で起こる。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物によるこのような部位での切断は、基準オリゴヌクレオチド組成物による切断の少なくとも、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、２００倍、５００倍または１０００倍である（例えば、部位での切断割合によって測定されるとき）。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、基準（例えば、キラル制御されない）オリゴヌクレオチド組成物が用いられるときと比べて、標的分子内のＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の２塩基対下流の切断部位での切断（例えば、図２１参照）を促進する。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物による切断は、基準オリゴヌクレオチド組成物による切断よりも、少なくとも、２倍、３倍、４倍、５倍、６倍、７倍、８倍、９倍、１０倍、２０倍、３０倍、４０倍、５０倍、６０倍、７０倍、８０倍、９０倍、１００倍、２００倍、５００倍または１０００倍速い。いくつかの実施形態において、基準（例えば、キラル制御されない）オリゴヌクレオチド組成物が用いられるとき、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の、標的分子内のＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の２塩基対下流の切断部位（例えば、図２１参照）が切断部位である。いくつかの実施形態において、基準（例えば、キラル制御されない）オリゴヌクレオチド組成物が用いられるとき、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の、標的分子内のＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の２塩基対下流の切断部位（例えば、図２１参照）は、切断部位の１塩基対以内にある。いくつかの実施形態において、基準（例えば、キラル制御されない）オリゴヌクレオチド組成物が用いられるとき、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の、標的分子内のＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の２塩基対下流の切断部位（例えば、図２１参照）は、切断部位の２塩基対以内にある。いくつかの実施形態において、この切断部位は、３塩基対以内にある。いくつかの実施形態において、この切断部位は、４塩基対以内にある。いくつかの実施形態において、この切断部位は、５塩基対以内にある。いくつかの実施形態において、基準（例えば、キラル制御されない）オリゴヌクレオチド組成物が用いられるとき、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の、標的分子内のＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の２塩基対下流の切断部位は、主要な切断部位のうちの１つである。いくつかの実施形態において、基準（例えば、キラル制御されない）オリゴヌクレオチド組成物が用いられるとき、このような部位は、切断割合が最も高い切断部位である。いくつかの実施形態において、基準（例えば、キラル制御されない）オリゴヌクレオチド組成物が用いられるとき、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の、標的分子内のＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の２塩基対下流の切断部位は、切断速度がより大きい切断部位のうちの１つである。いくつかの実施形態において、基準（例えば、キラル制御されない）オリゴヌクレオチド組成物が用いられるとき、このような部位は、切断速度が最も大きい切断部位である。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、例えば、基準（例えば、キラル制御されない／ステレオランダムな）オリゴヌクレオチド組成物に比べて、１つまたは複数の部位での切断を増加させる。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、基準（例えば、キラル制御されない／ステレオランダムな）組成物に比べて、単一部位での切断を選択的に増加させる。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、より大きい切断速度をもたらすことにより、部位での切断を増加させる。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、より高い切断割合を部位にもたらすことにより、前記部位での切断を増加させる。部位での切断割合は、当技術分野において広く知られ、かつ、行われている様々な方法により求めることができる。いくつかの実施形態において、部位での切断割合は、例えば、図１８、図１９および図３０に示すＨＰＬＣ－ＭＳによる分析のように、切断産物の分析により求められる；図９、図１０、図１１、図１４、図２２、図２５および図２６などの例示的な切断地図も参照。いくつかの実施形態において、増加は、基準オリゴヌクレオチド組成物との比較である。いくつかの実施形態において、増加は、別の切断部位との比較である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、基準オリゴヌクレオチド組成物の好ましい切断部位である部位での切断を増加させる。いくつかの実施形態において、好ましい切断部位、または好ましい切断部位の基は、１つまたは複数の他の切断部位と比べて切断割合が比較的高い１つまたは複数の部位である。いくつかの実施形態において、好ましい切断部位は、酵素の選好を示し得る。例えば、リボヌクレアーゼＨでは、ＤＮＡオリゴヌクレオチドが用いられるとき、生じる切断部位は、リボヌクレアーゼＨの選好を示すことがある。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、酵素の好ましい切断部位である部位での切断を増加させる。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、基準オリゴヌクレオチド組成物の好ましい切断部位ではない部位での切断を増加させる。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、基準オリゴヌクレオチド組成物の切断部位ではない部位での切断を増加させ、基準オリゴヌクレオチド組成物が用いられるときには存在しない新たな切断部位を効果的に生み出す。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的突然変異またはＳＮＰから５塩基対以内の部位での切断を増加させ、それによって、望まれていない標的オリゴヌクレオチドの選択的な切断を増加させる。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的突然変異またはＳＮＰから４塩基対以内の部位での切断を増加させ、それによって、望まれていない標的オリゴヌクレオチドの選択的な切断を増加させる。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的突然変異またはＳＮＰから３塩基対以内の部位での切断を増加させ、それによって、望まれていない標的オリゴヌクレオチドの選択的な切断を増加させる。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的突然変異またはＳＮＰから２塩基対以内の部位での切断を増加させ、それによって、望まれていない標的オリゴヌクレオチドの選択的な切断を増加させる。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的突然変異またはＳＮＰのすぐ上流または下流の部位での切断を増加させ、それによって、望まれていない標的オリゴヌクレオチドの選択的な切断を増加させる（例えば、図２２、パネルＤ、ｍｕＲＮＡ）。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、例えば、基準（例えば、キラル制御されない／ステレオランダムな）オリゴヌクレオチド組成物に比べて、１つまたは複数の部位での切断を抑制する。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、基準（例えば、キラル制御されない／ステレオランダムな）組成物に比べて、単一部位での切断を選択的に抑制する。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、より小さい切断速度をもたらすことにより、部位での切断を抑制する。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、より低い切断割合を部位にもたらすことにより、前記部位での切断を抑制する。いくつかの実施形態において、抑制は、基準オリゴヌクレオチド組成物との比較である。いくつかの実施形態において、抑制は、別の切断部位との比較である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、基準オリゴヌクレオチド組成物の好ましい切断部位である部位での切断を抑制する。いくつかの実施形態において、好ましい切断部位、または好ましい切断部位の基は、１つまたは複数の他の切断部位と比べて切断割合が比較的高い１つまたは複数の部位である。いくつかの実施形態において、好ましい切断部位は、酵素の選好を示し得る。例えば、リボヌクレアーゼＨでは、ＤＮＡオリゴヌクレオチドが用いられるとき、生じる切断部位は、リボヌクレアーゼＨの選好を示すことがある。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、酵素の好ましい切断部位である部位での切断を抑制する。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、基準オリゴヌクレオチド組成物の好ましい切断部位ではない部位での切断を抑制する。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、基準オリゴヌクレオチド組成物のすべての切断部位を抑制する。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、一般に、標的オリゴヌクレオチドの切断を増加させる。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、一般に、非標的オリゴヌクレオチドの切断を抑制する。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的オリゴヌクレオチドの切断を増加させ、非標的オリゴヌクレオチドの切断を抑制する。一例として、図２２、パネルＤを用いると、切断のための標的オリゴヌクレオチドは、ｍｕＲＮＡである一方、非標的オリゴヌクレオチドは、ｗｔＲＮＡである。突然変異またはＳＮＰを含む患部組織を含む対象において、切断のための標的オリゴヌクレオチドは、突然変異またはＳＮＰを有する転写物であり得る一方、非標的オリゴヌクレオチドは、健康な組織において発現されるものなど、突然変異またはＳＮＰのない正常な転写物であり得る。
いくつかの実施形態において、本明細書に記述される骨格キラル中心のパターンに加えて、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾塩基、修飾糖、修飾骨格結合および任意のその組み合わせを含んでもよい。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、ユニマー、アルトマー、ブロックマー、ギャップマー、ヘミマーおよびスキップマーである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、１つまたは複数のユニマー部分、アルトマー部分、ブロックマー部分、ギャップマー部分、ヘミマー部分またはスキップマー部分、あるいは任意のその組み合わせを含む。いくつかの実施形態において、本明細書における骨格キラル中心のパターンに加えて、提供されるオリゴヌクレオチドはヘミマーである。いくつかの実施形態において、本明細書における骨格キラル中心のパターンに加えて、提供されるオリゴヌクレオチドは、修飾糖部分を有する５’－ヘミマーである。いくつかの実施形態において、提供されるオリゴヌクレオチドは、２’－修飾糖部分を有する５’－ヘミマーである。適した修飾は、当技術分野において広く知られており、例えば、本出願に記載のものである。いくつかの実施形態において、修飾は２’－Ｆである。いくつかの実施形態において、修飾は２’－ＭＯＥである。いくつかの実施形態において、修飾はｓ－ｃＥｔである。
いくつかの実施形態において、本発明は、複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的核酸配列からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法を提供し、そのそれぞれは、同じ標的核酸配列の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法は、
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン
によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、標的核酸配列の転写物を含む試料とを接触させるステップを含み；
この組成物は、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され；
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、標的対立遺伝子および同じ核酸配列の別の対立遺伝子の両方の転写物を含む系と組成物とを接触させるとき、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ核酸配列の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも高いレベルで抑制されることを特徴とする。
いくつかの実施形態において、本発明は、複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的核酸配列からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法を提供し、そのそれぞれは、同じ標的核酸配列の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法は、
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン
によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、標的核酸配列の転写物を含む試料とを接触させるステップを含み；
この組成物は、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され；
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、標的対立遺伝子および同じ核酸配列（ｓｅｑｅｕｎｃｅ）の別の対立遺伝子の両方の転写物を含む系と組成物とを接触させるとき、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ核酸配列の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも高いレベルで抑制されることを特徴とし、接触は、特定の対立遺伝子の転写物を組成物が抑制できるよう定められた条件下で実施される。
いくつかの実施形態において、本発明は、複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的核酸配列からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法を提供し、そのそれぞれは、同じ標的核酸配列の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法は、
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン
によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、標的核酸配列の転写物を含む試料とを接触させるステップを含み；
この組成物は、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され；
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、同じ標的核酸配列の転写物を含む系と組成物とを接触させるとき、
ａ）組成物がないときより高い；
ｂ）同じ核酸配列の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルより高い；または
ｃ）組成物がないときよりも高く、かつ、同じ核酸配列の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも高いレベルでの特定の対立遺伝子の転写物の抑制を示すことを特徴とする。
いくつかの実施形態において、本発明は、複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的核酸配列からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法を提供し、そのそれぞれは、同じ標的核酸配列の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法は、
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン
によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、標的核酸配列の転写物を含む試料とを接触させるステップを含み；
この組成物は、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され；
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、同じ標的核酸配列の転写物を含む系と組成物とを接触させるとき、
ａ）組成物がないときより高い；
ｂ）同じ核酸配列の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルより高い；または
ｃ）組成物がないときよりも高く、かつ、同じ核酸配列の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも高いレベルでの特定の（ｐａｒｔｉｃｕｌｅ）対立遺伝子の転写物の抑制を示すことを特徴とし、接触は、特定の対立遺伝子の転写物を組成物が抑制できるよう定められた条件下で実施される。
いくつかの実施形態において、転写物は、前記転写物の切断により抑制される。いくつかの実施形態において、特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素は、イントロン内にある。いくつかの実施形態において、特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素は、エキソン内にある。いくつかの実施形態において、特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素は、部分的にエキソン内に、部分的にイントロン内にある。いくつかの実施形態において、特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素は、ある対立遺伝子と他の対立遺伝子を区別する突然変異を含む。いくつかの実施形態において、突然変異は欠失である。いくつかの実施形態において、突然変異は挿入である。いくつかの実施形態において、突然変異は点変異である。いくつかの実施形態において、特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素は、ある対立遺伝子と他の対立遺伝子を区別する少なくとも１つの一塩基多型（ＳＮＰ）を含む。
いくつかの実施形態において、標的核酸配列は標的遺伝子である。
いくつかの実施形態において、本発明は、配列が、少なくとも１つの一塩基多型（ＳＮＰ）を含む遺伝子の対立遺伝子特異的抑制のための方法を提供し、本方法は、
１）第１の対立遺伝子からの転写物に見られる配列に対して完全に相補的であるが、第２の対立遺伝子からの転写物に見られる対応する配列に対しては完全には相補的でない配列であるか、または、これを含み、転写物に見られる配列が、ＳＮＰ部位を含む、共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン
を有することにより定義されるオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供するステップを含み、この組成物は、組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％が、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する、単一のオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物であり；
ここで、第１の対立遺伝子からの転写物は、第２の対立遺伝子からの転写物よりも少なくとも５倍大きく抑制される。
いくつかの実施形態において、本発明は、複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的遺伝子からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法を提供し、そのそれぞれは、同じ標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法は、
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン
によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、標的遺伝子の転写物を含む試料とを接触させるステップを含み；
この組成物は、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され；
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、標的対立遺伝子および同じ遺伝子の別の対立遺伝子の両方の転写物を含む系と組成物とを接触させるとき、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルで抑制されることを特徴とする。
いくつかの実施形態において、本発明は、複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的遺伝子からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法を提供し、そのそれぞれは、同じ標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法は、
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン
によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、標的遺伝子の転写物を含む試料とを接触させるステップを含み；
この組成物は、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され；
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、標的対立遺伝子および同じ遺伝子の別の対立遺伝子の両方の転写物を含む系と組成物とを接触させるとき、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルで抑制されることを特徴とし、接触は、特定の対立遺伝子の転写物を組成物が抑制できるよう定められた条件下で実施される。
いくつかの実施形態において、本発明は、複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的遺伝子からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法を提供し、そのそれぞれは、同じ標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法は、
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン
によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、標的遺伝子の転写物を含む試料とを接触させるステップを含み；
この組成物は、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され；
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、標的対立遺伝子および同じ遺伝子の別の対立遺伝子の両方の転写物を発現させる系と組成物とを接触させるとき、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルで抑制されることを特徴とし、
接触は、特定の対立遺伝子の発現を組成物が抑制できるよう定められた条件下で実施される。
いくつかの実施形態において、本発明は、複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的遺伝子からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法を提供し、そのそれぞれは、同じ標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法は、
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン
によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、標的遺伝子の転写物を含む試料とを接触させるステップを含み；
この組成物は、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され；
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、標的遺伝子の転写物を発現させる系と組成物とを接触させるとき、
ａ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍；
ｂ）同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高い；または
ｃ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍で、かつ、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルでの特定の対立遺伝子の転写物の発現の抑制を示すことを特徴とする。
いくつかの実施形態において、本発明は、複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的遺伝子からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法を提供し、そのそれぞれは、同じ標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法は、
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン
によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、標的遺伝子の転写物を含む試料とを接触させるステップを含み；
この組成物は、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され；
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、標的遺伝子の転写物を発現させる系と組成物とを接触させるとき、
ａ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍；
ｂ）同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高い；または
ｃ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍で、かつ、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルでの特定の対立遺伝子の転写物の発現の抑制を示すことを特徴とし、接触は、特定の対立遺伝子の転写物を組成物が抑制できるよう定められた条件下で実施される。
いくつかの実施形態において、本発明は、複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的遺伝子からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法を提供し、そのそれぞれは、同じ標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法は、
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン
によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、標的遺伝子の転写物を含む試料とを接触させるステップを含み；
この組成物は、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され；
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、標的遺伝子の転写物を発現させる系と組成物とを接触させるとき、
ａ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍；
ｂ）同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高い；または
ｃ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍で、かつ、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルでの特定の対立遺伝子の転写物の発現の抑制を示すことを特徴とし、
接触は、特定の対立遺伝子の発現を組成物が抑制できるよう定められた条件下で実施される。
いくつかの実施形態において、特定の対立遺伝子の転写物の抑制は、組成物がないときよりも高いレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて少なくとも１．１倍少ない量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で、特定の対立遺伝子の転写物の抑制は、組成物がないときと比べて少なくとも１．１倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１．２倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１．３倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１．４倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１．５倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１．６倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１．７倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１．８倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１．９倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも２倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも３倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも４倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも５倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも６倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも７倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも８倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも９倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１０倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１１倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１２倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１３倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１４倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１５倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも２０倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも３０倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも４０倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも５０倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも７５倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１００倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１５０倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも２００倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも３００倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも４００倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも５００倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも７５０倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１０００倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも５０００倍であるレベルでの抑制である。
いくつかの実施形態において、特定の対立遺伝子の転写物の抑制は、同じ核酸配列の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも高いレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、特定の対立遺伝子の転写物の抑制は、同じ核酸配列の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも１．１倍高いレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１．２倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１．３倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１．４倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１．５倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１．６倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１．７倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１．８倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１．９倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも２倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも３倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも４倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも５倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも６倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも７倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも８倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも９倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１０倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１１倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１２倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１３倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１４倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１５倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも２０倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも３０倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも４０倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも５０倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも７５倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１００倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１５０倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも２００倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも３００倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも４００倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも５００倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも７５０倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも１０００倍であるレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、少なくとも５０００倍であるレベルでの抑制である。
いくつかの実施形態において、特定の対立遺伝子の転写物の抑制は、組成物がないときよりも高いレベルでの抑制、および、同じ核酸配列の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも高いレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、特定の対立遺伝子の転写物の抑制は、組成物がないときと比べて少なくとも１．１倍であるレベルでの抑制、および、同じ核酸配列の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも１．１倍高いレベルでの抑制である。いくつかの実施形態において、倍数はそれぞれ独立して、上述の通りである。
いくつかの実施形態において、系は、転写物を含む組成物である。いくつかの実施形態において、系は、異なる対立遺伝子からの転写物を含む組成物である。いくつかの実施形態において、系は、インビボまたはインビトロにすることができて、いずれの方法でも、１つまたは複数の細胞、組織、臓器または生物を含むことができる。いくつかの実施形態において、系は、１つまたは複数の細胞を含む。いくつかの実施形態において、系は、１つまたは複数の組織を含む。いくつかの実施形態において、系は、１つまたは複数の臓器を含む。いくつかの実施形態において、系は、１つまたは複数の生物を含む。いくつかの実施形態において、系は対象である。
いくつかの実施形態において、転写物の抑制、または転写物が転写される対立遺伝子の発現の抑制は、インビトロアッセイで測定することができる。いくつかの実施形態において、アッセイでは、全長の転写物の代わりに、特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含む、転写物からの配列が用いられる（ｕｓｎｅｄ）。いくつかの実施形態において、アッセイは、生化学アッセイである。いくつかの実施形態において、アッセイは、核酸高分子、例えば、転写物、または、特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含む、転写物からの配列が、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の存在下で、酵素による切断について試験される生化学アッセイである。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が、対象に投与される。いくつかの実施形態において、対象は動物である。いくつかの実施形態において、対象は植物である。いくつかの実施形態において、対象はヒトである。
いくつかの実施形態において、特定の対立遺伝子からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のために、転写物は、特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素内の配列相違（ｓｅｑｕｅｎｃｅ ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅ）、例えば、変異付近の部位で切断され、この配列相違は、特定の対立遺伝子からの転写物と他の対立遺伝子からの転写物を区別する。いくつかの実施形態において、転写物は、このような配列相違付近の部位で選択的に切断される。いくつかの実施形態において、転写物は、キラル制御されないオリゴヌクレオチド組成物が用いられるときよりも（ｔｈａｔ）、このような配列相違付近の部位で高い割合で切断される。いくつかの実施形態において、転写物は、配列相違の部位で切断される。いくつかの実施形態において、転写物は、特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素内の配列相違の部位でのみ切断される。いくつかの実施形態において、転写物は、配列相違の下流または上流５塩基対以内の部位で切断される。いくつかの実施形態において、転写物は、配列相違の下流または上流４塩基対以内の部位で切断される。いくつかの実施形態において、転写物は、配列相違の下流または上流３塩基対以内の部位で切断される。いくつかの実施形態において、転写物は、配列相違の下流または上流２塩基対以内の部位で切断される。いくつかの実施形態において、転写物は、配列相違の下流または上流１塩基対以内の部位で切断される。いくつかの実施形態において、転写物は、配列相違の下流５塩基対以内の部位で切断される。いくつかの実施形態において、転写物は、配列相違の下流４塩基対以内の部位で切断される。いくつかの実施形態において、転写物は、配列相違の下流３塩基対以内の部位で切断される。いくつかの実施形態において、転写物は、配列相違の下流２塩基対以内の部位で切断される。いくつかの実施形態において、転写物は、配列相違の下流１塩基対以内の部位で切断される。いくつかの実施形態において、転写物は、配列相違の上流５塩基対以内の部位で切断される。いくつかの実施形態において、転写物は、配列相違の上流４塩基対以内の部位で切断される。いくつかの実施形態において、転写物は、配列相違の上流３塩基対以内の部位で切断される。いくつかの実施形態において、転写物は、配列相違の上流２塩基対以内の部位で切断される。いくつかの実施形態において、転写物は、配列相違の上流１塩基対以内の部位で切断される。このような切断パターンの正確な制御、および、その結果である、特定の対立遺伝子からの転写物の選択性の高い抑制は、本開示において出願人により提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物およびその方法がなければ、可能ではないであろう。
いくつかの実施形態において、本発明は、特定の対立遺伝子からの転写物、例えば、疾患を引き起こす、または、引き起こす恐れのある対立遺伝子を特異的に抑制することにより、対象を治療するための方法、または、対象の疾患を予防するための方法を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、疾患を患う対象を治療するための方法を提供し、本方法は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含む医薬組成物を対象に投与するステップを含み、ここで、疾患を引き起こす、または、疾患に寄与する対立遺伝子からの転写物は、選択的に抑制される。いくつかの実施形態において、本発明は、疾患を患う対象を治療するための方法を提供し、本方法は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含む医薬組成物を対象に投与するステップを含み、ここで、疾患を引き起こす対立遺伝子からの転写物は、選択的に抑制される。いくつかの実施形態において、本発明は、疾患を患う対象を治療するための方法を提供し、本方法は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含む医薬組成物を対象に投与するステップを含み、ここで、疾患に寄与する対立遺伝子からの転写物は、選択的に抑制される。いくつかの実施形態において、本発明は、疾患を患う対象を治療するための方法を提供し、本方法は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含む医薬組成物を対象に投与するステップを含み、ここで、疾患に関係する対立遺伝子からの転写物は、選択的に抑制される。いくつかの実施形態において、本発明は、疾患を引き起こす恐れのある特定の対立遺伝子からの転写物を特異的に抑制することにより、対象の疾患を予防するための方法を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、対象の疾患のリスクを高める特定の対立遺伝子からの転写物を特異的に抑制することにより、対象の疾患を予防するための方法を提供する。いくつかの実施形態において、提供される方法は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含む医薬組成物を対象に投与するステップを含む。いくつかの実施形態において、医薬組成物は、医薬担体をさらに含む。
疾患を引き起こす対立遺伝子に関わる疾患は、当技術分野において広く知られており、Ｈｏｈｊｏｈ，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ ２０１３，６，５２２－５３５；米国特許出願公開第２０１３／０１９７０６１号；Ｏｓｔｅｒｇａａｒｄら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２０１３，４１（２１），９６３４－９６５０；Ｊｉａｎｇら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２０１３，３４２，１１１－１１４に記載のものを含むが、これらには限定されない。いくつかの実施形態において、疾患はハンチントン病である。いくつかの実施形態において、疾患はヒト肥大型心筋症（ＨＣＭ）である。いくつかの実施形態において、疾患は拡張型心筋症である。いくつかの実施形態において、疾患を引き起こす対立遺伝子は、ミオシン重鎖（ＭＨＣ）の対立遺伝子である。いくつかの実施形態において、例示的な疾患は、以下から選択される：
Figure 0007224319000280
Figure 0007224319000281
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物および方法の例示的な標的、および、これらによって治療することができる疾患は、以下を含む：
Figure 0007224319000282
Figure 0007224319000283
Figure 0007224319000284
いくつかの実施形態において、標的ハンチンチンサイトはｒｓ９９９３５４２＿Ｃ，ｒｓ３６２３１０＿Ｃ，ｒｓ３６２３０３＿Ｃ，ｒｓ１０４８８８４０＿Ｇ，ｒｓ３６３１２５＿Ｃ，ｒｓ３６３０７２＿Ａ，ｒｓ７６９４６８７＿Ｃ，ｒｓ３６３０６４＿Ｃ，ｒｓ３６３０９９＿Ｃ，ｒｓ３６３０８８＿Ａ，ｒｓ３４３１５８０６＿Ｃ，ｒｓ２２９８９６７＿Ｔ，ｒｓ３６２２７２＿Ｇ，ｒｓ３６２２７５＿Ｃ，ｒｓ３６２３０６＿Ｇ，ｒｓ３７７５０６１＿Ａ，ｒｓ１００６７９８＿Ａ，ｒｓ１６８４３８０４＿Ｃ，ｒｓ３１２１４１９＿Ｃ，ｒｓ３６２２７１＿Ｇ，ｒｓ３６２２７３＿Ａ，ｒｓ７６５９１４４＿Ｃ，ｒｓ３１２９３２２＿Ｔ，ｒｓ３１２１４１７＿Ｇ，ｒｓ３０９５０７４＿Ｇ，ｒｓ３６２２９６＿Ｃ，ｒｓ１０８８５０＿Ｃ，ｒｓ２０２４１１５＿Ａ， ｒｓ９１６１７１＿Ｃ，ｒｓ７６８５６８６＿Ａ，ｒｓ６８４４８５９＿Ｔ，ｒｓ４６９００７３＿Ｇ，ｒｓ２２８５０８６＿Ａ，ｒｓ３６２３３１＿Ｔ，ｒｓ３６３０９２＿Ｃ，ｒｓ３８５６９７３＿Ｇ，ｒｓ４６９００７２＿Ｔ，ｒｓ７６９１６２７＿Ｇ，ｒｓ２２９８９６９＿Ａ，ｒｓ２８５７９３６＿Ｃ，ｒｓ６４４６７２３＿Ｔ，ｒｓ７６２８５５＿Ａ，ｒｓ１２６３３０９＿Ｔ，ｒｓ２７９８２９６＿Ｇ，ｒｓ３６３０９６＿Ｔ，ｒｓ１００１５９７９＿Ｇ，ｒｓ１１７３１２３７＿Ｔ，ｒｓ３６３０８０＿Ｃ，ｒｓ２７９８２３５＿Ｇ及びｒｓ３６２３０７＿Ｔから選択される。いくつかの実施形態において、標的ハンチンチンサイトはｒｓ３４３１５８０６＿Ｃ，ｒｓ３６２２７３＿Ａ，ｒｓ３６２３３１＿Ｔ，ｒｓ３６３０９９＿Ｃ，ｒｓ７６８５６８６＿Ａ，ｒｓ３６２３０６＿Ｇ，ｒｓ３６３０６４＿Ｃ，ｒｓ３６３０７５＿Ｇ，ｒｓ２２７６８８１＿Ｇ，ｒｓ３６２２７１＿Ｇ，ｒｓ３６２３０３＿Ｃ，ｒｓ３６２３２２＿Ａ，ｒｓ３６３０８８＿Ａ，ｒｓ６８４４８５９＿Ｔ，ｒｓ３０２５８３８＿Ｃ，ｒｓ３６３０８１＿Ｇ，ｒｓ３０２５８４９＿Ａ，ｒｓ３１２１４１９＿Ｃ，ｒｓ２２９８９６７＿Ｔ，ｒｓ２２９８９６９＿Ａ，ｒｓ１６８４３８０４＿Ｃ，ｒｓ４６９００７２＿Ｔ，ｒｓ３６２３１０＿Ｃ，ｒｓ３８５６９７３＿Ｇ，及びｒｓ２２８５０８６＿Ａから選択される。いくつかの実施形態において、標的ハンチンチンサイトはｒｓ３６２３３１＿Ｔ，ｒｓ７６８５６８６＿Ａ，ｒｓ６８４４８５９＿Ｔ，ｒｓ２２９８９６９＿Ａ，ｒｓ４６９００７２＿Ｔ，ｒｓ２０２４１１５＿Ａ，ｒｓ３８５６９７３＿Ｇ，ｒｓ２２８５０８６＿Ａ，ｒｓ３６３０９２＿Ｃ，ｒｓ７６９１６２７＿Ｇ，ｒｓ１００１５９７９＿Ｇ，ｒｓ９１６１７１＿Ｃ，ｒｓ６４４６７２３＿Ｔ，ｒｓ１１７３１２３７＿Ｔ，ｒｓ３６２２７２＿Ｇ，ｒｓ４６９００７３＿Ｇ及びｒｓ３６３０９６＿Ｔから選択される。いくつかの実施形態において、標的ハンチンチンサイトはｒｓ３６２２６７，ｒｓ６８４４８５９，ｒｓ１０６５７４６，ｒｓ７６８５６８６，ｒｓ３６２３３１，ｒｓ３６２３３６，ｒｓ２０２４１１５，ｒｓ３６２２７５，ｒｓ３６２２７３，ｒｓ３６２２７２，ｒｓ３０２５８０５，ｒｓ３０２５８０６，ｒｓ３５８９２９１３，ｒｓ３６３１２５，ｒｓ１７７８１５５７，ｒｓ４６９００７２，ｒｓ４６９００７４，ｒｓ１５５７２１０，ｒｓ３６３０８８，ｒｓ３６２２６８，ｒｓ３６２３０８，ｒｓ３６２３０７，ｒｓ３６２３０６，ｒｓ３６２３０５，ｒｓ３６２３０４，ｒｓ３６２３０３，ｒｓ３６２３０２，ｒｓ３６３０７５及びｒｓ２２９８９６９から選択される。いくつかの実施形態において、標的ハンチンチンサイトは以下から選択される：
Figure 0007224319000285
Figure 0007224319000286
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は２つ以上のサイトを標的にする。いくつかの実施形態において、標的となる２つ以上のサイトは、本明細書中に記載されたサイトから選択される。
提供される方法は、ミスマッチを含む任意の同様の標的に当てはまることが当業者には理解される。いくつかの実施形態において、ミスマッチは、母系遺伝子と父系遺伝子の間にある。対立遺伝子特異的抑制および／またはノックダウンを含む、抑制および／またはノックダウンのための別の例示的な標的は、任意の疾患に関連する任意の遺伝子異常（ｇｅｎｅｔｉｃ ａｂｎｏｒｍａｌｔｉｅｓ）、例えば、突然変異であり得る。いくつかの実施形態において、標的、または１組の標的は、例えば、Ｘｉｏｎｇら、Ｔｈｅ ｈｕｍａｎ ｓｐｌｉｃｉｎｇ ｃｏｄｅ ｒｅｖｅａｌｓ ｎｅｗ ｉｎｓｉｇｈｔｓ ｉｎｔｏ ｔｈｅ ｇｅｎｅｔｉｃ ｄｅｔｅｒｍｉｎａｎｔｓ ｏｆ ｄｉｓｅａｓｅ．Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｖｏｌ．３４７ ｎｏ．６２１８ ＤＯＩ：１０．１１２６／ｓｃｉｅｎｃｅ．１２５４８０６に開示されている疾患の遺伝的決定要因から選択される．いくつかの実施形態において、ミスマッチは、変異型と野生型の間にある。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物および方法は、疾患において突然変異を有するオリゴヌクレオチドを選択的に抑制するために用いられる。いくつかの実施形態において、疾患は癌である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物および方法は、癌において突然変異を有する転写物を選択的に抑制するために用いられる。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物および方法は、ＫＲＡＳの転写物を抑制するために用いられる。例示的な標的ＫＲＡＳ部位は、Ｇ１２Ｖ＝ＧＧＵ→ＧＵＵ ２２７位 Ｇ→Ｕ、Ｇ１２Ｄ＝ＧＧＵ→ＧＡＵ ２２７位 Ｇ→ＡおよびＧ１３Ｄ＝ＧＧＣ→ＧＡＣ ２３０位 Ｇ→Ａを含む。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物および方法は、生物において、転写物の対立遺伝子特異的抑制をもたらす。いくつかの実施形態において、生物は、２つ以上の対立遺伝子が存在する標的遺伝子を含む。例えば、対象は、その正常組織において野生型遺伝子を有する一方、同じ遺伝子は、腫瘍においてなど、患部組織において変異される。いくつかの実施形態において、本発明は、１つの対立遺伝子、例えば、突然変異またはＳＮＰを有する対立遺伝子を選択的に抑制するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物および方法を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、より高い効果および／または低い毒性、および／または本出願に記載の他の利益を有する治療を提供する。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、１つのオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ただ１つのオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ただ１つのオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを有する。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、２つ以上のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、このような組成物を用いて、提供される方法は、１つを超える標的を標的にすることができる。いくつかの実施形態において、２つ以上のオリゴヌクレオチドタイプを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、２つ以上の標的を標的にする。いくつかの実施形態において、２つ以上のオリゴヌクレオチドタイプを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、２つ以上のミスマッチを標的にする。いくつかの実施形態において、単一のオリゴヌクレオチドタイプは、２つ以上の標的、例えば、突然変異を標的にする。いくつかの実施形態において、１つのオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの標的領域は、２つの突然変異またはＳＮＰなど、２つ以上の「標的部位」を含む。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドは、修飾塩基または糖を含んでもよい。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、どのような修飾塩基または糖も持たない。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、どのような修飾塩基も持たない。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドは、修飾塩基および糖を含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドは、修飾塩基を含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドは、修飾糖を含む。オリゴヌクレオチドの修飾塩基および糖は、当技術分野において広く知られており、本開示に記載のものを含むが、これらに限定されない。いくつかの実施形態において、修飾塩基は５－ｍＣである。いくつかの実施形態において、修飾糖は２’－修飾糖である。オリゴヌクレオチド糖の適した２’－修飾は、当業者に広く知られている。いくつかの実施形態において、２’－修飾は２’－ＯＲ１（式中、Ｒ１は水素ではない。）を含むが、これに限定されない。いくつかの実施形態において、２’－修飾は２’－ＯＲ１（式中、Ｒ１は、置換されてもよいＣ１－６脂肪族である。）である。いくつかの実施形態において、２’－修飾は２’－ＭＯＥである。いくつかの実施形態において、修飾は２’－ハロゲンである。いくつかの実施形態において、修飾は２’－Ｆである。いくつかの実施形態において、修飾塩基または糖は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の活性、安定性および／または選択性をさらに向上させてもよく、その組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、予想外の活性、安定性および／または選択性をもたらす。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、どのような修飾糖も持たない。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、どのような２’－修飾糖も持たない。いくつかの実施形態において、本発明は、驚いたことに、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を用いることにより、安定性、活性、および／または切断パターンの制御に修飾糖が必要ないことが明らかになった。さらに、いくつかの実施形態において、本発明は、驚いたことに、修飾糖を持たないオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が、安定性、活性、ターンオーバーおよび／または切断パターンの制御の点で、より良い特性を与えることが明らかになった。例えば、いくつかの実施形態において、驚いたことに、修飾糖を持たないオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、修飾糖を持つオリゴヌクレオチドの組成物よりも、はるかに速く切断産物から解離し、大幅に高いターンオーバーをもたらすことが明らかになった。
いくつかの実施形態において、提供される方法に有用な、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドは、本開示に詳しく記載の構造を有する。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドは、記載の翼－コア－翼構造を有する。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、記載の（Ｓｐ）ｍＲｐを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、（Ｓｐ）２Ｒｐを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、記載の（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、記載の（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、記載のＲｐ（Ｓｐ）ｍを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、Ｒｐ（Ｓｐ）２を含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、記載の（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｔを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、記載の（Ｓｐ）ｍＲｐ（Ｓｐ）ｔを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、記載の（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、記載の（Ｓｐ）ｔＲｐ（Ｓｐ）ｍを含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、ＳｐＲｐＳｐＳｐを含む。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、（Ｓｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）２を含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、（Ｓｐ）３Ｒｐ（Ｓｐ）３を含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、（Ｓｐ）４Ｒｐ（Ｓｐ）４を含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、（Ｓｐ）ｔＲｐ（Ｓｐ）５を含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、ＳｐＲｐ（Ｓｐ）５を含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、（Ｓｐ）２Ｒｐ（Ｓｐ）５を含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、（Ｓｐ）３Ｒｐ（Ｓｐ）５を含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、（Ｓｐ）４Ｒｐ（Ｓｐ）５を含む。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、（Ｓｐ）５Ｒｐ（Ｓｐ）５を含む。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心の共通パターンは、ただ１つのＲｐを有し、他のヌクレオチド間結合はそれぞれ、Ｓｐである。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、本開示に記載の通り、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３２、３５、４０、４５または５０より長い。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、１０より長い。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、１１より長い。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、１２より長い。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、１３より長い。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、１４より長い。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、１５より長い。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、１６より長い。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、１７より長い。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、１８より長い。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、１９より長い。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、２０より長い。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、２１より長い。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、２２より長い。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、２３より長い。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、２４より長い。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、２５より長い。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、２６より長い。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、２７より長い。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、２８より長い。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、２９より長い。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、３０より長い。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、３１より長い。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、３２より長い。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、３３より長い。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、３４より長い。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、３５より長い。いくつかの実施形態において、骨格キラル中心の共通パターンは、ただ１つのＲｐを有し、他のヌクレオチド間結合はそれぞれ、Ｓｐである。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、本開示に記載の通り、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３２、３５、４０、４５または５０より長い。いくつかの実施形態において、共通塩基の長さは、１０より長い。
いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、高いターンオーバーをもたらす。いくつかの実施形態において、核酸高分子からの切断産物は、基準オリゴヌクレオチド組成物（例えば、キラル制御されないオリゴヌクレオチド組成物）のオリゴヌクレオチドからの解離よりも速い速度で、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドから解離する。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されないオリゴヌクレオチド組成物よりも、少ない単位投与、および／または総投与量、および／または少ない服用で投与することができる。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、基準オリゴヌクレオチド組成物と比べたとき、その共通塩基配列に対して相補的である核酸高分子の配列、または、その共通塩基配列内の配列に、少ない切断部位をもたらす。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、その共通塩基配列に対して相補的である核酸高分子の配列に、より少ない切断部位をもたらす。いくつかの実施形態において、核酸高分子は、共通塩基配列に対して相補的（ｃｏｍｐｌｉｍｅｎｔａｒｙ）である配列内の単一部位、または、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の、共通塩基配列内の配列で、選択的に切断される。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、共通塩基配列に対して相補的（ｃｏｍｐｌｉｍｅｎｔａｒｙ）である配列内の切断部位、または、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の、共通塩基配列内の配列で、より高い切断割合をもたらす。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の共通塩基配列に対して相補的（ｃｏｍｐｌｉｍｅｎｔａｒｙ）である配列内の切断部位で、より高い切断割合をもたらす。いくつかの実施形態において、より高い切断割合を有する部位は、基準オリゴヌクレオチド組成物が用いられるときの切断部位である。いくつかの実施形態において、より高い切断割合を有する部位は、基準オリゴヌクレオチド組成物が用いられるときに存在しない切断部位である。
驚いたことに、相補的（ｃｏｍｐｌｉｍｅｎｔａｒｙ）配列の切断部位の数が減少すると、切断速度が予想外に高くなり、かつ／または、より高い切断割合が実現されることが明らかになっている。本開示の実施例に示される通り、標的核酸高分子の相補的な配列内に、より少ない切断部位を生じる、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、特に単一部位の切断をもたらすものは、はるかに高い切断速度、および、はるかに低いレベルの残留する未切断の核酸高分子をもたらす。このような結果は、切断速度を高めるために、より多くの切断部位が追求されてきた当技術分野の一般的な教示とは著しい対照をなす。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、基準オリゴヌクレオチド組成物と比べて、切断速度を１．５倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも２倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも３倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも４倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも５倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも６倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも７倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも８倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも９倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも１０倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも１１倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも１２倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも１３倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも１４倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも１５倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも２０倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも３０倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも４０倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも５０倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも６０倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも７０倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも８０倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも９０倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも１００倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも２００倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも３００倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも４００倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも５００倍高める。いくつかの実施形態において、切断速度を少なくとも５００倍以上高める。
いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、基準オリゴヌクレオチド組成物よりも、低いレベルの残留する未切断の標的核酸高分子をもたらす。いくつかの実施形態において、残留するレベルは１．５倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも２倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも３倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも４倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも５倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも６倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも７倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも８倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも９倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも１０倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも１１倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも１２倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも１３倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも１４倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも１５倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも２０倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも３０倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも４０倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも５０倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも６０倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも７０倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも８０倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも９０倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも１００倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも２００倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも３００倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも４００倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも５００倍低い。いくつかの実施形態において、残留するレベルは少なくとも１０００倍低い。
本明細書に詳細に論じられる通り、本発明は他のことに加えてとりわけキラル制御オリゴヌクレオチド組成物を提供し、このことはその組成物が少なくとも１つのタイプのオリゴヌクレオチドを複数含有することを意味する。特定の「タイプ」の各オリゴヌクレオチド分子は、（１）塩基配列、（２）骨格結合のパターン、（３）骨格キラル中心のパターン、及び（４）骨格Ｐ－修飾成分のパターン、の点から予め選択した（例えば、所定の）構造要素からなる。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、単一の合成プロセスで調製されるオリゴヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、提供される組成物は、単一オリゴヌクレオチド分子（例えば、オリゴヌクレオチドに沿った複数の異なる残基が異なる立体化学を有する）内に１つより多いキラル構成を有するオリゴヌクレオチドを含有し；いくつかの実施形態では、かかるオリゴヌクレオチドは、１つより多いキラル結合をもった個々のオリゴヌクレオチド分子を二次的な結合ステップで生成する必要なく、単一の合成プロセスで得ることができる。
本明細書で提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、転写、翻訳、免疫応答、エピジェネティクス等を含み、但しこれらに限定されないいくつかの細胞関連のプロセス及び機構を調節する剤として用いることができる。加えて、本明細書で提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、研究及び／又は診断目的の試薬として用いることができる。当業者は、本明細書の本発明開示は、特定の使用に限定されないが、合成オリゴヌクレオチドの使用が望ましいどのような状況にも応用し得るということを容易に認識するものである。他のことに加えてとりわけ、提供される組成物は、治療、診断、農業、及び／又は研究の種々の用途において有用である。
いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、本明細書に詳細に記載される１つ又は複数の構造的修飾を含むオリゴヌクレオチド及び／又はその残基を含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、１つ又は複数の核酸類縁体を含有するオリゴヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、ペプチド核酸（ＰＮＡ）、モルホリノ及びロックト（ｌｏｃｋｅｄ）核酸（ＬＮＡ）、グリコン（ｇｌｙｃｏｎ）核酸（ＧＮＡ）、トレオース核酸（ＴＮＡ）、ゼノ核酸（ＺＮＡ）、並びにそのいずれもの組み合わせ等、但しそれらに限定されない１つ又は複数の人工的核酸又は残基を含有するオリゴヌクレオチドを含む。
いずれの実施形態においても本発明は、遺伝子発現、免疫応答等のオリゴヌクレオチドに基づく調節に有用である。したがって、本発明の立体的に規定されるオリゴヌクレオチド組成物は、所定のタイプの（即ち、キラル制御されており、任意でキラル純粋である）オリゴヌクレオチドを含有するものであり、従来の立体的にランダム又はキラル不純（ｃｈｉｒａｌｌｙ ｉｍｐｕｒｅ）な相当物の代わりに用いることができる。いくつかの実施形態では、提供される組成物は、意図する効果の増強及び／又は望ましくない副作用の低減を示す。本発明の生物学的用途及び臨床的／治療的用途のある特定の実施形態は、下に明示的に論じる。
種々の投与計画を利用して、提供されるキラル制御オリゴヌクレオチド組成物を投与することが可能である。いくつかの実施形態では、時間の間隔を空けて複数単位用量を投与する。いくつかの実施形態では、所与の組成物は推奨投与計画を有し、これには１回又は複数回の服用が関わる。いくつかの実施形態では、投与計画は、同じ長さの時間によってそれぞれ互いに隔てられる複数回の服用を含み；いくつかの実施形態では、投与計画は複数回の服用と、個々の服用を隔てる少なくとも２つの異なる時間とを含む。いくつかの実施形態では、投与計画内の全ての服用は、単位用量が同じである。いくつかの実施形態では、投与計画内の複数の異なる服用は、量が異なる。いくつかの実施形態では、投与計画は、第１の用量の第１の服用と、それに続く第１の用量とは異なる第２の用量の１回又は複数回の服用を含む。いくつかの実施形態では、投与計画は、第１の用量の第１の服用と、それに続く第１の服用（又は前の別の服用）の量と同じか又は異なる第２の（又は後続の）用量の１回又は複数回の追加服用を含む。いくつかの実施形態では、投与計画は、少なくとも１日間に少なくとも１単位用量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、投与計画は、少なくとも１日の期間、時には１日より長い期間にわたって１回分より多い用量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、投与計画は少なくとも週の期間にわたって複数回分の用量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、期間は、少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０週間、又はそれ以上（例えば、約４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００週間、又はそれ以上）の期間である。いくつかの実施形態では、投与計画は、１週間より長い間に、１週間当たり１回分の用量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、投与計画は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０週間、又はそれ以上（例えば、約４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００週間、又はそれ以上）の期間に、１週間当たり１回分の用量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、投与計画は、２週間より長い間に、２週間当たり１回分の用量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、投与計画は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０週間、又はそれ以上（例えば、約４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００週間、又はそれ以上）の期間に、２週間当たり１回分の用量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、投与計画は、１ヶ月間に１ヶ月当たり１回分の用量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、投与計画は、１ヶ月より長い間に１ヶ月当たり１回分の用量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、投与計画は、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２ヶ月、又はそれより長い間に１ヶ月当たり１回分の用量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、投与計画は、約１０週間に１週間当たり１回分の用量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、投与計画は、約２０週間に１週間当たり１回分の用量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、投与計画は、約３０週間に１週間当たり１回分の用量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、投与計画は、２６週間に１週間当たり１回分の用量を投与することを含む。いくつかの実施形態では、キラル制御オリゴヌクレオチド組成物は、同じ配列のキラル制御されていない（例えば、立体的ランダムな）オリゴヌクレオチド組成物、及び／又は、同じ配列の異なるキラル制御オリゴヌクレオチド組成物に利用される投与計画とは異なる投与計画に従って投与する。いくつかの実施形態では、キラル制御オリゴヌクレオチド組成物は、同じ配列のキラル制御されていない（例えば、立体的ランダムな）オリゴヌクレオチド組成物の投与計画に比べて低減された投与計画に従って投与し、これは、後者が所与の単位時間にわたってより低い総曝露量レベルを達成し、１回又は複数回のより低い単位用量を含み、かつ／又は、所与の単位時間にわたってより少数回の服用を含むということである。いくつかの実施形態では、キラル制御オリゴヌクレオチド組成物は、同じ配列のキラル制御されていない（例えば、立体的ランダムな）オリゴヌクレオチド組成物の投与計画よりも長い期間にわたる投与計画に従って投与する。理論によって限定されることを望まないが、いくつかの実施形態では、より短期的な投与計画及び／又はより長期的な服用間期間は、キラル制御オリゴヌクレオチド組成物の安定性、生物学的利用率、及び／又は有効性の向上によるものであり得る、ということを出願人は注記する。いくつかの実施形態では、キラル制御オリゴヌクレオチド組成物は、同等のキラル制御されていないオリゴヌクレオチド組成物に比べてより長い投与計画を有する。いくつかの実施形態では、キラル制御オリゴヌクレオチド組成物は、同等のキラル制御されていないオリゴヌクレオチド組成物に比べて、２つの服用間の期間がより短い。理論によって限定されることを望まないが、いくつかの実施形態では、より長期的な投与計画及び／又はより短期的な服用間期間は、キラル制御オリゴヌクレオチド組成物の安全性の向上によるものであり得る、ということを出願人は注記する。
単一用量は、用途によって適当に望まれる種々の量の一タイプのキラル制御オリゴヌクレオチドを含有していてもよい。いくつかの実施形態では、単一用量は、約１、５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００、又はそれ以上（例えば、約３５０、４００、４５０、５００、５５０、６００、６５０、７００、７５０、８００、８５０、９００、９５０、１０００、又それ以上）ｍｇの一タイプのキラル制御オリゴヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、単一用量は、約１ｍｇの一タイプのキラル制御オリゴヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、単一用量は、約５ｍｇの一タイプのキラル制御オリゴヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、単一用量は、約１０ｍｇの一タイプのキラル制御オリゴヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、単一用量は、約１５ｍｇの一タイプのキラル制御オリゴヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、単一用量は、約２０ｍｇの一タイプのキラル制御オリゴヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、単一用量は、約５０ｍｇの一タイプのキラル制御オリゴヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、単一用量は、約１００ｍｇの一タイプのキラル制御オリゴヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、単一用量は、約１５０ｍｇの一タイプのキラル制御オリゴヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、単一用量は、約２００ｍｇの一タイプのキラル制御オリゴヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、単一用量は、約２５０ｍｇの一タイプのキラル制御オリゴヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、単一用量は、約３００ｍｇの一タイプのキラル制御オリゴヌクレオチドを含有する。いくつかの実施形態では、キラル制御オリゴヌクレオチドは、キラル制御されていないオリゴヌクレオチドよりも、単一用量及び／又は総用量が少ない量で投与する。いくつかの実施形態では、キラル制御オリゴヌクレオチドは、キラル制御されていないオリゴヌクレオチドよりも、単一用量及び／又は総用量が少ない量で投与し、それは有効性が向上することによる。いくつかの実施形態では、キラル制御オリゴヌクレオチドは、キラル制御されていないオリゴヌクレオチドよりも、単一用量及び／又は総用量が多い量で投与する。いくつかの実施形態では、キラル制御オリゴヌクレオチドは、キラル制御されていないオリゴヌクレオチドよりも、単一用量及び／又は総用量が多い量で投与し、それは安全性が向上することによる。
生物活性オリゴヌクレオチド
本明細書で使用される、提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、一本鎖及び/又は複数鎖のオリゴヌクレオチドを含んでよい。いくつかの実施形態では、一本鎖オリゴヌクレオチドは、使用される一本鎖オリゴヌクレオチドさえも少なくとも部分的に二本鎖の特性を有することができるように、関連条件下でハイブリダイズし得る自己相補性部分を含む。いくつかの実施形態では、提供される組成物に含まれるオリゴヌクレオチドは、一本鎖、二本鎖、又は三本鎖である。いくつかの実施形態では、提供される組成物に含まれるオリゴヌクレオチドは、該オリゴヌクレオチド内に一本鎖部分及び複数鎖部分を含む。いくつかの実施形態では、上記のように、各々の一本鎖オリゴヌクレオチドは、二本鎖領域及び複数鎖領域を有することができる。
いくつかの実施形態では、提供される組成物は、以下の鎖に完全に又は部分的に相補的な１又はそれ以上のオリゴヌクレオチドを含む：構造遺伝子、遺伝子制御及び/又は終端領域、及び/又は自己複製系、例えばウイルス又はプラスミドDNA。いくつかの実施形態では、提供される組成物は、siRNA又は他のRNA干渉試薬（RNAi剤又はiRNA剤）、shRNA、アンチセンスオリゴヌクレオチド、自己開裂RNA、リボザイム、その断片及び/又はその変異体（例えば、ペプチジルトランスフェラーゼ23S rRNA、RNase P、グループI及びグループIIイントロン、GIR1分岐リボザイム、レッドザイム、ヘアピンリボザイム、ハンマーヘッド型リボザイム、HDVリボザイム、哺乳動物CPEB3リボザイム、VSリボザイム、glmSリボザイム、CoTCリボザイム等）、マイクロRNA、マイクロRNAミミック、スーパーmir、アプタマー、アンチmir、アンタゴニスト、アンタゴmir、Ulアダプター、三重鎖形成オリゴヌクレオチド、RNAアクチベータ、長鎖非コーディングRNA、短鎖非コーディング（例えば、piRNAs）、免疫調節オリゴヌクレオチド（免疫刺激オリゴヌクレオチド、免疫阻害オリゴヌクレオチド）、GNA、LNA、ENA、PNA、TNA、モルフォルノ、G-四重鎖（RNA及びDNA）、抗ウイルスオリゴヌクレオチド、及びデコイ・オリゴヌクレオチドである、又はそのようなものとして働く、１又はそれ以上のオリゴヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、提供される組成物は、1又はそれ以上のハイブリッド（例えば、キメラ）オリゴヌクレオチドを含む。本開示の文脈において、「ハイブリッド」という用語は、オリゴヌクレオチドの混合構成成分を広く意味する、ハイブリッドオリゴヌクレオチドは、例えば、（１）混合した種類のヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチド分子、例えば、単一分子（例えば、DNA-RNA）内の部分的DNA及び部分的RNA；（２）DNA-RNA塩基対形成が分子内又は分子間のいずれか、あるいはその両方で起こるような、異なった種類の核酸の相補対；（３）２又はそれ以上の種類の骨格又は塩基間結合を有するオリゴヌクレオチド、である。
いくつかの実施形態では、提供される組成物は、単一分子内に１種類超の核酸残基を含む１又はそれ以上のオリゴヌクレオチドを含む。例えば、本明細書に記載の実施態様のいずれかでは、オリゴヌクレオチドは、DNA部分及びRNA部分を含み得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、不変部分及び変更部分を含み得る。
提供されるオリゴヌクレオチド組成物は、例えば本明細書に記載の、多数の変更のいずれかを含むオリゴヌクレオチドを含むことができる。いくつかの実施形態では、例えば意図した使用の点から特定の変更が選択される。いくつかの実施形態では、二本鎖オリゴヌクレオチド（又は、一本鎖オリゴヌクレオチドの二本鎖部分）の１又は両鎖を変更することが好ましい。いくつかの実施形態では、該二本鎖（又は部分）は、異なった変更を含む。いくつかの実施形態では、該二本鎖は、同一の変更を含む。当業者は、本発明の方法によって可能となる変更の程度及び種類が、変更の多数の順列を作成できることを理解するだろう。このような変更の例は、本明細書に記載され、限定されるものではない。
本明細書で使用される用語「アンチセンス鎖」は、対象の標的配列に実質的に又は１００％相補性であるオリゴヌクレオチドを意味する。「アンチセンス鎖」という用語は、２つの別々の鎖から形成される両オリゴヌクレオチドのアンチセンス領域、及びヘアピン又はダンベル型構造を形成することができる単分子オリゴヌクレオチドを含む。「アンチセンス」及び「ガイド鎖」という用語は本明細書で交換的に使用される。
「センス鎖」という用語は、全部又は一部において、メッセンジャーRNA又はDNAの配列のような標的配列と同一のヌクレオチド配列を有するオリゴヌクレオチドを意味する。「センス鎖」という用語及び「パッセンジャー鎖」は本明細書で交換的に使用される。
「標的配列」は、その発現又は活性が調節される任意の核酸配列を意味する。標的核酸は、DNA又はRNA、例えば、内因性DNAもしくはRNA、ウイルスDNAもしくはウイルスRNA、又は遺伝子によってコードされる他のRNA、ウイルス、細菌、真菌、哺乳動物、あるいは植物でよい。いくつかの実施形態では、標的配列は疾患又は障害に関連する。
「特異的にバイブリダイズすることができる」及び「相補的」は、核酸が、典型的なワトソンクリック又は他の非典型型のいずれかによって、もう一つの核酸と水素結合（複数）を形成ることができることを意味する。本発明の核酸分子と関連して、核酸分子とその相補性配列との結合自由エネルギーは、核酸の関連機能を進行させる、例えば、RNAi活性、には十分である。核酸分子の結合自由エネルギーの決定は、当該分野では周知である（例えば、Turner 他, 1987, CSH Symp. Quant. Biol. LIT pp.123-133; Frier他., 1986, Proc. Nat. Acad. Sci. USA83: 9373-9377; Turner他, 1987, /. Ain. Chem. Soc. 109: 3783-3785参照）。
相補性のパーセントは、第二の核酸配列との水素結合（例えば、ワトソンクリック塩基対）を形成できる核酸分子中の連続残基のパーセンテージを示す（例えば、10個のうち5、6、7、8、9、10個は、50%、60%、70%、80%、90%、及び100%相補性である）。「完全に相補性」又は100%相補性は、核酸配列のすべての連続残基が同数の第２核酸配列中の連続残基と水素結合を形成することになる、ことを意味する。完全ではない相補性とは、２つの鎖のヌクレオシド単位の一部、但しすべてではない、が互いに水素結合を形成できる状態を意味する。「実質的に相補性」とは、非相補性であるように選択される、オーバーハングのようなポリヌクレオチド鎖領域を除いて、90%以上の相補性を示すポリヌクレオチド鎖を意味する。特異的結合は、特異的結合が望ましい条件下、例えばインビボアッセイ又は治療方法の場合、又はアッセイが行われる条件下でのインビトロアッセイの場合の生理学的条件下で、オリゴマー化合物の非標的配列への非特異的結合を避けるために十分な相補性の程度を必要とする。いくつかの実施形態では、非標的配列は、対応する標的配列と少なくとも５個のヌクレオチドが異なる。
治療として使用されるとき、提供されるオリゴヌクレオチドは、医薬組成物として投与される。いくつかの実施形態では、該医薬組成物は、その薬剤的に許容可能な塩を含む提供されるオリゴヌクレオチド、またはその薬剤的に許容可能な塩の治療効果量、および薬剤的に許容可能な希釈剤、薬剤的に許容可能な賦形剤、および薬剤的に許容可能な担体から選択される少なくとも１つの薬剤的に許容可能な不活性成分を含む。別の実施形態では、該医薬組成物は、静脈注射、経口投与、口腔投与、吸入、鼻腔内投与、局所投与、眼投与または耳投与用途に処方される。さらなる実施形態では、該医薬組成物は、錠剤、丸剤、カプセル剤、液剤、吸入剤、点鼻液剤、坐剤、懸濁剤、ゲル剤、コロイド剤、分散剤、懸濁剤、液剤、乳剤、軟膏剤、ローション剤、点眼剤または点耳剤である。
医薬組成物
治療として使用されるとき、本明細書に記載の提供されるオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチド組成物は、医薬組成物として投与される。いくつかの実施形態では、該医薬組成物は、提供されるオリゴヌクレオチド、またはその薬剤的に許容可能な塩の治療効果量、および薬剤的に許容可能な希釈剤、薬剤的に許容可能な賦形剤、および薬剤的に許容可能な担体から選択される少なくとも１つの薬剤的に許容可能な不活性成分を含む。いくつかの実施形態では、該医薬組成物は、静脈注射、経口投与、口腔投与、吸入、鼻腔内投与、局所投与、眼投与または耳投与用途に処方される。いくつかの実施形態では、該医薬組成物は、錠剤、丸剤、カプセル剤、液剤、吸入剤、点鼻液剤、坐剤、懸濁剤、ゲル剤、コロイド剤、分散剤、懸濁剤、液剤、乳剤、軟膏剤、ローション剤、点眼剤または点耳剤である。
いくつかの実施形態では、本発明は、キラル制御されたオリゴヌクレオチド、または薬剤的に許容可能な賦形剤と混合したその組成物を含む医薬組成物を提供する。当業者は、該医薬組成物は、上記の該キラル制御されたオリゴヌクレオチドの薬剤的に許容可能な塩、またはその組成物を含むことを認識するだろう。
様々な超分子ナノ担体は、核酸の送達のために使用され得る。実例となるナノ担体としては、リポソーム、カチオン性ポリマー複合体および様々な高分子が挙げられるが、これに限定されない。様々なポリカチオンと核酸の複合体形成は、細胞間送達のための別のアプローチであり；これは、ＰＥＧ化ポリカチオン、ポリエチレンアミン（ＰＥＩ）複合体、カチオン性ブロック共重合体、およびデンドリマーの使用が挙げられる。ＰＥＩおよびポリアミドアミンデンドリマーを含むいくつかのカチオン性ナノ担体は、エンドソームからの内容物の放出を助ける。他のアプローチとしては、ポリマーナノ粒子、ポリマーミセル、量子ドットおよびリポプレックスの使用が挙げられる。
さらなる核酸送達戦略が、本明細書に記載の例示的送達戦略に加えて知られている。
治療および／または診断応用では、本発明の化合物は、全身および局所または局在的投与を含む様々な投与方法用途で処方され得る。技術および処方物は、一般に、Remington, The Science and Practice of Pharmacy, (20th ed. 2000)中に見出される。
提供されるオリゴヌクレオチド、およびその組成物は、広い用量範囲に渡って有効である。例えば、成人治療では、１日に、約０．０１～約１０００ｍｇ、約０．５～約１００ｍｇ、約１～約５０ｍｇ、および１日に、約５～約１００ｍｇが、使用され得る用量の例である。正確な用量は、投与経路、化合物が投与される形態、被治療対象、被治療対象の体重、ならびに主治医の選好および経験に依存するだろう。
薬剤的に許容可能な塩は、一般に、当業者に周知であり、例えば、酢酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、ベシル酸塩、安息香酸塩、重炭酸塩、重酒石酸塩、臭化物、エデト酸カルシウム、カルンシレート（carnsylate）、炭酸塩、クエン酸塩、エデト酸塩、エジシル酸塩、エストレート、エシレート、フマル酸塩、グルセプト酸塩、グルコン酸塩、グルタミン酸塩、グリコリルアルサニレート、ヘキシルレゾルシン酸塩、ヒドラバミン、臭化水素、塩化水素、ヒドロキシナフトエ酸塩、ヨウ化物、イセチオン酸塩、乳酸塩、ラクトビオン酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マンデル酸塩、メシル酸塩、粘液酸塩、ナプシル酸塩、硝酸塩、パモ酸塩（パモ酸塩）、パントテン酸塩、リン酸塩／二リン酸塩、ポリガラクツロ酸塩、サリチル酸塩、ステアリン酸塩、塩基性酢酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、タンニン酸塩、酒石酸塩、またはテオクル酸塩が挙げられるが、これに限定されない。他の薬剤的に許容可能な塩は、例えば、Remington, The Science and Practice of Pharmacy (20th ed. 2000)で、見られ得る。好ましい薬剤的に許容可能な塩としては、例えば、酢酸塩、安息香酸塩、臭化物、炭酸塩、クエン酸塩、グルコン酸塩、臭化水素、塩化水素、マレイン酸塩、メシル酸塩、ナプシル酸塩、パモ酸塩（エンボン酸塩）、リン酸塩、サリチル酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、または酒石酸塩が挙げられる。
治療される特定の症状に依存して、かかる薬剤は、液または固体剤形に処方され、全身的にまたは局所的に投与され得る。該薬剤は、例えば、当業者に周知の時限的または持続的低放出形態で送達され得る。製剤技術および投与は、Remington, The Science and Practice of Pharmacy (20th ed. 2000)で見出され得る。適当な経路としては、経口、口腔、吸入スプレー、舌下、直腸内、経皮、経膣、経粘膜、経鼻または腸投与；筋肉内、皮下、くも膜下腔内、直接的脳（心）室内、静脈内、関節内、胸骨内、髄液包内、肝内、病巣内、頭蓋内、腹腔内、鼻腔内、または眼内注射だけでなく、髄内注射を含む非経口送達、または他の送達方法が挙げられ得る。
注射用では、本発明の薬剤は、ハンクス液、リンゲル溶液、または生理食塩水などの生理的に適合した緩衝液中などの水溶液中に処方および希釈され得る。かかる経粘膜投与用では、浸透される該関門に適切な浸透剤が、該処方物に使用される。かかる浸透剤は、一般に、当分野で周知である。
全身投与に適切な製剤中に、本発明の実践のため開示された本明細書中の化合物を処方するための薬剤的に許容可能な不活性担体の使用は、本発明の範囲内である。担体の適切な選択および適切な製造実践で、本発明の組成物、特に，液剤のこれらの処方物は、静脈内注射など、非経口投与され得る。
該化合物は、経口投与用途に適切な製剤中に、当業者に周知の薬剤的に許容可能な担体を使用して、容易に処方され得る。かかる担体は、本発明の化合物を、被治療対象（例えば、患者）の経口摂取用途の錠剤、丸剤、カプセル剤、液剤、ゲル剤、シロップ剤、スラリー剤、懸濁剤などとしての処方を可能にする。
経鼻または吸入送達用途では、本発明の薬剤は、当業者に周知の方法によっても処方され得、例えば、生理食塩水などの可溶化、希釈、または分散物質、ベンジルアルコールなどの保存剤、吸収促進剤、およびフッ化炭素の例が挙げられるが、これに限定されない。
本発明の使用に適切な医薬組成物としては、該活性成分がその意図される目的を達成するための効果量で含有される組成物が挙げられる。効果量の決定は、特に、本明細書で提供される詳細な開示に照らして、当業者なら十分に行うことができる。
該活性成分に加えて、これらの医薬組成物は、薬剤的に使用され得る製剤中に、該活性化合物の過程を促進する賦形剤および助剤を含む適当な薬剤的に許容可能な担体を含み得る。経口投与用途に処方される該製剤は、錠剤、糖衣剤、カプセル剤、または液剤の形態であり得る。
経口使用用途の医薬製剤は、該活性化合物を、適当な助剤を添加後、必要に応じて、錠剤または糖衣剤コアを得るために、固体賦形剤と混合し、得られた混合物を粉砕してもよく、および顆粒剤の混合加工により得られ得る。適当な賦形剤は、特に、ラクトース、ショ糖、マンニトール、またはソルビトールを含む糖類；セルロース製剤、例えば、トウモロコシデンブン、小麦デンプン、米デンプン、ジャガイモデンプン、ゼラチン、トラガカントゴム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、カルボキシメチルセルロース（ＣＭＣ）ナトリウム、および／またはポリビニルピロリドン（ＰＶＰ：ポビドン）などの充填剤である。必要に応じて、架橋ポリビニルピロリドン、寒天、またはアルギン酸もしくはアルギン酸ナトリウムなどのその塩など、崩壊剤が添加され得る。
糖衣剤コアは、適当なコーティングと一緒に提供される。この目的のため、高濃度糖溶液が使用され得、これは、アラビアゴム、タルク、ポリビニルピロリドン、カーボポールゲル、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、および／または二酸化チタン、ラッカー液、および適当な有機溶媒または溶媒混合物を含有してもよい。色素または顔料が、種々の組み合わせの活性化合物用量を識別または特徴付けするために、該錠剤または糖衣剤コーティングに添加され得る。
経口的に使用され得る医薬製剤としては、ゼラチンで製造される密封軟カプセル剤およびグリセロールまたはソルビトールなどの可塑剤だけでなく、ゼラチンで製造されたプッシュフィットカプセル剤が挙げられる。該プッシュフィットカプセル剤は、ラクトースなどの充填剤、デンプンなどの結合剤、および／またはタルクもしくはステアリン酸マグネシウムなどの滑沢剤との混合物中、および安定剤を混合してもよく、該活性成分を含み得る。軟カプセル剤中、該活性化合物は、脂肪油、流動パラフィンまたは液体ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）などの適当な液体中に溶解または懸濁され得る。加えて、安定剤が添加され得る。
治療または予防される特定に症状または病状に依存して、その症状を治療または予防するために正常に投与される追加の治療薬は、本発明のオリゴヌクレオチドと一緒に投与され得る。例えば、化学療法薬または他の抗増殖剤は、増殖性疾患および癌を治療するため、本発明のオリゴヌクレオチドと併用し得る。周知の化学療法薬の例としては、アドリアマイシン、デキサメタゾン、ビンクリスチン、シクロホスファミド、フルオロウラシル、トポテカン、タキソール、インターフェロン類、および白金誘導体が挙げられるが、これに限定されない。
本発明のこれらおよび他の実施形態の機能および利点は、下記実施例からもっと詳しく理解されるだろう。次の実施例は、本発明の利益を例示することを意図し、本発明の全範囲を例証するものではない。
いくつかの実施形態において、本発明は、以下の例示的実施形態を提供する：
Ｅ１．組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約１０％が、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する、単一のオリゴヌクレオチドの実質的に純粋な調製物であり、
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン
を有することにより定義されるオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物。
Ｅ２．１つまたは複数の塩基が修飾される、例Ｅ１の組成物。
Ｅ３．いずれの塩基も修飾されない、例Ｅ１の組成物。
Ｅ４．共通塩基配列が、少なくとも８塩基を有する、例Ｅ１からＥ３のいずれか１つの組成物。
Ｅ５．共通塩基配列が、少なくとも１０塩基を有する、例Ｅ１からＥ４のいずれか１つの組成物。
Ｅ６．共通塩基配列が、少なくとも１５塩基を有する、例Ｅ１からＥ５のいずれか１つの組成物。
Ｅ７．組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約２０％が、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する、例Ｅ１からＥ６のいずれか１つの組成物。
Ｅ８．組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約５０％が、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する、例Ｅ１からＥ７のいずれか１つの組成物。
Ｅ９．組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約８０％が、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する、例Ｅ１からＥ７のいずれか１つの組成物。
Ｅ１０．組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約８５％が、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する、例Ｅ１からＥ９のいずれか１つの組成物。
Ｅ１１．組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９０％が、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する、例Ｅ１からＥ１０のいずれか１つの組成物。
Ｅ１２．組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９５％が、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する、例Ｅ１からＥ１１のいずれか１つの組成物。
Ｅ１３．組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９７％が、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する、例Ｅ１からＥ１２のいずれか１つの組成物。
Ｅ１４．組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９８％が、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する、例Ｅ１からＥ１３のいずれか１つの組成物。
Ｅ１５．組成物中のオリゴヌクレオチドの少なくとも約９９％が、共通塩基配列および長さ、骨格結合の共通パターン、および骨格キラル中心の共通パターンを有する、例Ｅ１からＥ１４のいずれか１つの組成物。
Ｅ１６．単一のオリゴヌクレオチドが、１つまたは複数のキラルな修飾されたリン酸結合を含む、例Ｅ１からＥ１５のいずれか１つの組成物。
Ｅ１７．単一のオリゴヌクレオチドが、翼－コア－翼構造を有する、例Ｅ１からＥ１６のいずれか１つの組成物。
Ｅ１８．各翼が、キラルなヌクレオチド間結合を含んでもよい、例Ｅ１からＥ１７のいずれか１つの組成物。
Ｅ１９．各翼内のキラルなヌクレオチド間結合が独立して、同じ立体化学を有する、例Ｅ１からＥ１８のいずれか１つの組成物。
Ｅ２０．両方の翼のキラルなヌクレオチド間結合が、同じ立体化学のものである、例Ｅ１からＥ１９のいずれか１つの組成物。
Ｅ２１．各翼内のキラルなヌクレオチド間結合が独立して、同じ立体化学を有し、第１の翼の立体化学が、第２の翼の立体化学とは異なる、例Ｅ１からＥ２０のいずれか１つの組成物。
Ｅ２２．第１の翼領域が独立して、１つまたは複数の塩基長を有する、例Ｅ１からＥ２１のいずれか１つの組成物。
Ｅ２３．第１の翼領域が独立して、２つまたはそれ以上の塩基長を有する、例Ｅ１からＥ２２のいずれか１つの組成物。
Ｅ２４．第１の翼領域が独立して、３つまたはそれ以上の塩基長を有する、例Ｅ１からＥ２３のいずれか１つの組成物。
Ｅ２５．第１の翼領域が独立して、４つまたはそれ以上の塩基長を有する、例Ｅ１からＥ２４のいずれか１つの組成物。
Ｅ２６．第１の翼領域が独立して、５つまたはそれ以上の塩基長を有する、例Ｅ１からＥ２５のいずれか１つの組成物。
Ｅ２７．第１の翼領域が独立して、８未満の塩基長を有する、例Ｅ１からＥ２６のいずれか１つの組成物。
Ｅ２８．第２の翼領域が独立して、１つまたは複数の塩基長を有する、例Ｅ１からＥ２７のいずれか１つの組成物。
Ｅ３３．第２の翼領域が独立して、８未満の塩基長を有する、例Ｅ１からＥ３２のいずれか１つの組成物。
Ｅ３４．コア領域が、５以上の塩基長を有する、例Ｅ１からＥ３３のいずれか１つの組成物。
Ｅ３６．コア領域が、６以上の塩基長を有する、例Ｅ１からＥ３３のいずれか１つの組成物。
Ｅ３７．コア領域が、７以上の塩基長を有する、例Ｅ１からＥ３３のいずれか１つの組成物。
Ｅ３８．コア領域が、８以上の塩基長を有する、例Ｅ１からＥ３３のいずれか１つの組成物。
Ｅ３９．コア領域が、９以上の塩基長を有する、例Ｅ１からＥ３３のいずれか１つの組成物。
Ｅ４０．コア領域が、１０以上の塩基長を有する、例Ｅ１からＥ３３のいずれか１つの組成物。
Ｅ４１．コア領域が、１５以上の塩基長を有する、例Ｅ１からＥ３３のいずれか１つの組成物。
Ｅ４２．コア領域が、ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンを有する、例Ｅ１からＥ４１のいずれか１つの組成物。
Ｅ４３．ヌクレオチド間結合立体化学の繰り返しパターンが、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎまたは（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍおよびｎはそれぞれ独立して、１、２、３、４、５、６、７または８である。）である、例Ｅ１からＥ４２のいずれか１つの組成物。
Ｅ４４．ｍ＞ｎである、例Ｅ４３の組成物。
Ｅ４５．ｎが１である、例Ｅ４３またはＥ４４の組成物。
Ｅ４６．コア領域が、（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎまたは（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍおよびｎはそれぞれ独立して、２、３、４、５、６、７または８である。）のヌクレオチド間結合立体化学パターンを含む、例Ｅ１からＥ４５のいずれか１つの組成物。
Ｅ４７．ｍ＞ｎである、例Ｅ４６の組成物。
Ｅ４８．ｎが１である、例Ｅ４７の組成物。
Ｅ４９．コア領域のキラルなヌクレオチド間結合の５０％以上が、Ｓｐ配置を有する、例Ｅ１からＥ４８のいずれか１つの組成物。
Ｅ５０．コア領域のキラルなヌクレオチド間結合の６０％以上が、Ｓｐ配置を有する、例Ｅ１からＥ４８のいずれか１つの組成物。 Ｅ５１．コア領域が、少なくとも２つのＲｐヌクレオチド間結合を含む、例Ｅ１からＥ５０のいずれか１つの組成物。
Ｅ５２．コア領域が、少なくとも３つのＲｐヌクレオチド間結合を含む、例Ｅ１からＥ５０のいずれか１つの組成物。
Ｅ５３．コア領域が、少なくとも４つのＲｐヌクレオチド間結合を含む、例Ｅ１からＥ５０のいずれか１つの組成物。
Ｅ５４．コア領域が、少なくとも５つのＲｐヌクレオチド間結合を含む、例Ｅ１からＥ５０のいずれか１つの組成物。
Ｅ５５．少なくとも５個の骨格ヌクレオチド間結合がキラルである、例Ｅ１からＥ５４のいずれか１つの組成物。
Ｅ５６．各骨格ヌクレオチド間結合がキラルである、例Ｅ１からＥ５５のいずれか１つの組成物。
Ｅ５７．少なくとも１個の骨格ヌクレオチド間結合が、リン酸結合である、例Ｅ１～Ｅ５５のいずれか１つの組成物。
Ｅ５８．単一のオリゴヌクレオチドが、１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも１個がキラルである領域を含む、例Ｅ１～Ｅ１６のいずれか１つの組成物。
Ｅ５９．１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも２個がキラルである、例Ｅ５８の組成物。
Ｅ６０．１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも３個がキラルである、例Ｅ５８～Ｅ５９のいずれか１つの組成物。
Ｅ６１．１番目、２番目、３番目、５番目、７番目、１８番目、１９番目および２０番目のヌクレオチド間結合のうちの少なくとも３個がキラルである、例Ｅ５８～Ｅ６０のいずれか１つの組成物。
Ｅ６２．領域の少なくとも１個のヌクレオチド間結合がアキラルである、例Ｅ５８～Ｅ６１のいずれか１つの組成物。
Ｅ６３．領域の少なくとも１個のヌクレオチド間結合がリン酸結合である、例Ｅ５８～Ｅ６２のいずれか１つの組成物。
Ｅ６４．領域のヌクレオチド間結合の少なくとも１０％がリン酸結合である、例Ｅ５８～Ｅ６３のいずれか１つの組成物。
Ｅ６５．１番目のヌクレオチド間結合が、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である、例Ｅ５８～Ｅ６４のいずれか１つの組成物。
Ｅ６６．１番目のヌクレオチド間結合が、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である、例Ｅ５８～Ｅ６４のいずれか１つの組成物。
Ｅ６７．２番目のヌクレオチド間結合が、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である、例Ｅ５８～Ｅ６６のいずれか１つの組成物。
Ｅ６８．２番目のヌクレオチド間結合が、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である、例Ｅ５８～Ｅ６６のいずれか１つの組成物。
Ｅ６９．３番目のヌクレオチド間結合が、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である、例Ｅ５８～Ｅ６８のいずれか１つの組成物。
Ｅ７０．３番目のヌクレオチド間結合が、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である、例Ｅ５８～Ｅ６８のいずれか１つの組成物。
Ｅ７１．５番目のヌクレオチド間結合が、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である、例Ｅ５８～Ｅ７０のいずれか１つの組成物。
Ｅ７２．５番目のヌクレオチド間結合が、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である、例Ｅ５８～Ｅ７０のいずれか１つの組成物。
Ｅ７３．７番目のヌクレオチド間結合が、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である、例Ｅ５８～Ｅ７０のいずれか１つの組成物。
Ｅ７４．７番目のヌクレオチド間結合が、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である、例Ｅ５８～Ｅ７２のいずれか１つの組成物。
Ｅ７５．１８番目のヌクレオチド間結合が、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である、例Ｅ５８～Ｅ７４のいずれか１つの組成物。
Ｅ７６．１８番目のヌクレオチド間結合が、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である、例Ｅ５８～Ｅ７４のいずれか１つの組成物。
Ｅ７７．１９番目のヌクレオチド間結合が、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である、例Ｅ５８～Ｅ７６のいずれか１つの組成物。
Ｅ７８．１９番目のヌクレオチド間結合が、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である、例Ｅ５８～Ｅ７６のいずれか１つの組成物。
Ｅ７９．２０番目のヌクレオチド間結合が、Ｓｐ修飾ヌクレオチド間結合である、例Ｅ５８～Ｅ７８のいずれか１つの組成物。
Ｅ８０．２０番目のヌクレオチド間結合が、Ｒｐ修飾ヌクレオチド間結合である、例Ｅ５８～Ｅ７８のいずれか１つの組成物。
Ｅ８１．領域が、２１塩基の長さを有する、例Ｅ５８～Ｅ８０のいずれか１つの組成物。
Ｅ８２．単一のオリゴヌクレオチドが、２１塩基の長さを有する、例Ｅ５８～Ｅ８１のいずれか１つの組成物。
Ｅ８３．キラルなヌクレオチド間結合が、ホスホロチオエートである、例Ｅ５８～Ｅ８２のいずれか１つの組成物。
Ｅ８４．キラルなヌクレオチド間結合が、式Ｉの構造を有する、例Ｅ１からＥ８３のいずれか１つの組成物。
Ｅ８５．単一のオリゴヌクレオチドが、糖部分に２’－ＯＲ１を持たない、例Ｅ１からＥ８４のいずれか１つの組成物。
Ｅ８６．各糖部分が、２’－ＭＯＥを持たない、例Ｅ１からＥ８５のいずれか１つの組成物。
Ｅ８７．単一のオリゴヌクレオチドが、（Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ）－ｄ［５ｍＣｓ１Ａｓ１Ｇｓ１Ｔｓ１５ｍＣｓ１Ｔｓ１Ｇｓ１５ｍＣｓ１Ｔｓ１Ｔｓ１５ｍＣｓ１Ｇ］または（Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ）－Ｇｓ５ｍＣｓ５ｍＣｓＴｓ５ｍＣｓＡｓＧｓＴｓ５ｍＣｓＴｓＧｓ５ｍＣｓＴｓＴｓ５ｍＣｓＧｓ５ｍＣｓＡｓ５ｍＣｓ５ｍＣ（５Ｒ－（ＳＳＲ）３－５Ｒ）（式中、下線のヌクレオチド内は、２’－Ｏ－ＭＯＥ修飾されている。）ではない、例Ｅ１からＥ８６のいずれか１つの組成物。
Ｅ８８．単一のオリゴヌクレオチドが、以下から選択されるオリゴヌクレオチドではない、例Ｅ１からＥ８７のいずれか１つの組成物：
Figure 0007224319000287
 表中、小文字は、２’ＯＭｅ ＲＮＡ残基を表す；大文字は、２’ＯＨ ＲＮＡ残基を表す；太字および「ｓ」は、ホスホロチオエート部分を示す；
Figure 0007224319000288
Figure 0007224319000289
表中、小文字は、２’－ＯＭｅ ＲＮＡ残基を表す；大文字は、ＲＮＡ残基を表す；ｄ＝２’－デオキシ残基；「ｓ」は、ホスホロチオエート部分を示す；
Figure 0007224319000290
 表中、小文字は、２’－ＯＭｅ ＲＮＡ残基を表す；大文字は、ＲＮＡ残基を表す；ｄ＝２’－デオキシ残基；「ｓ」は、ホスホロチオエート部分を示す；
Figure 0007224319000291
 表中、小文字は、２’－ＯＭｅ ＲＮＡ残基を表す；大文字は、２’－Ｆ ＲＮＡ残基を表す；ｄ＝２’－デオキシ残基；「ｓ」は、ホスホロチオエート部分を示す；
Figure 0007224319000292
 表中、小文字は、２’－ＯＭｅ ＲＮＡ残基を表す；大文字は、２’－Ｆ ＲＮＡ残基を表す；ｄ＝２’－デオキシ残基；「ｓ」は、ホスホロチオエート部分を示す。
Ｅ８９．ヌクレオチド間結合の少なくとも約５０％が、Ｓｐ配置にある、例Ｅ１からＥ８８のいずれか１つの組成物。
Ｅ９０．コア部分が、少なくとも約５個のヌクレオチドを含む、例Ｅ１からＥ８９のいずれか１つの組成物。
Ｅ９１．コア部分が、少なくとも約１０個のヌクレオチドを含む、例Ｅ１からＥ８９のいずれか１つの組成物。
Ｅ９２．コア部分が、少なくとも約１５個のヌクレオチドを含む、例Ｅ１からＥ８９のいずれか１つの組成物。
Ｅ９３．コア部分が、少なくとも約２０個のヌクレオチドを含む、例Ｅ１からＥ８９のいずれか１つの組成物。
Ｅ９４．コア部分が、少なくとも約２５個のヌクレオチドを含む、例Ｅ１からＥ８９のいずれか１つの組成物。
Ｅ９５．（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎまたは（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍがＳＳＲである、例Ｅ１からＥ９４のいずれか１つの組成物。
Ｅ９６．（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎまたは（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍがＲＲＳである、例Ｅ１～Ｅ９５のいずれか１つの組成物。
Ｅ９７．繰り返しパターンが、Ｓｐ構造に骨格キラル中心の少なくとも約２０％を含むモチーフである、例Ｅ１からＥ９６のいずれか１つの組成物。
Ｅ９８．繰り返しパターンが、Ｓｐ構造に骨格キラル中心の少なくとも約５０％を含むモチーフである、例Ｅ１からＥ９６のいずれか１つの組成物。
Ｅ９９．繰り返しパターンが、Ｓｐ構造に骨格キラル中心の少なくとも約６６％を含むモチーフである、例Ｅ１からＥ９６のいずれか１つの組成物。
Ｅ１００．繰り返しパターンが、Ｓｐ構造に骨格キラル中心の少なくとも約７５％を含むモチーフである、例Ｅ１からＥ９６のいずれか１つの組成物。
Ｅ１０１．繰り返しパターンが、Ｓｐ構造に骨格キラル中心の少なくとも約８０％を含むモチーフである、例Ｅ１からＥ９６のいずれか１つの組成物。
Ｅ１０２．同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御されたキラル（ｃｈｉｒａｌｅｓ）。
Ｅ１０３．共通塩基配列が、標的配列に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、標的配列を含む核酸高分子と接触させたとき、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が、基準オリゴヌクレオチド組成物からの基準切断パターンより変更された切断パターンをもたらす、例Ｅ１０２の組成物。
Ｅ１０４．核酸高分子がＲＮＡであり、基準オリゴヌクレオチド組成物が、共通配列および長さを共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物である、例Ｅ１０３の組成物。
Ｅ１０５．核酸高分子がＲＮＡであり、基準オリゴヌクレオチド組成物が、共通配列および長さを共有するオリゴヌクレオチドのキラル制御されないオリゴヌクレオチド組成物である、例Ｅ１０３の組成物。
Ｅ１０６．変更された切断パターンが、基準切断パターンより少ない切断部位を有する、例Ｅ１０３～Ｅ１０５のいずれか１つの組成物。
Ｅ１０７．変更された切断パターンが、標的配列内にただ１つの切断部位を有し、基準切断パターンが、標的配列内に２つ以上の切断部位を有する、例Ｅ１０３～Ｅ１０６のいずれか１つの組成物。
Ｅ１０８．単一のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列が、集団内に存在する同じ標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して標的遺伝子の特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、標的対立遺伝子および同じ遺伝子の別の対立遺伝子の両方の転写物を発現させる系と組成物とを接触させるとき、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルで抑制されることを特徴とする、例Ｅ１０２の組成物。
Ｅ１０９．単一のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列が、集団内に存在する同じ標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して標的遺伝子の特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、標的遺伝子の転写物を発現させる系と組成物とを接触させるとき、
ａ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍；
ｂ）同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高い；または
ｃ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍で、かつ、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルでの特定の対立遺伝子の転写物の発現の抑制を示すことを特徴とする、例Ｅ１０２の組成物。
Ｅ１１０．特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが修飾塩基を含む、例Ｅ１０２～Ｅ１０９のいずれか１つの組成物。
Ｅ１１１．特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが修飾糖を含む、例Ｅ１０２～Ｅ１１０のいずれか１つの組成物。
Ｅ１１２．修飾糖が２’－修飾を含む、例Ｅ１１１の組成物。
Ｅ１１３．２’－修飾が２’－ＯＲ１である、例Ｅ１１２の組成物。
Ｅ１１４．２’－修飾が２’－ＭＯＥである、例Ｅ１１３の組成物。
Ｅ１１５．特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、修飾塩基または修飾糖を持たない、例Ｅ１０２～Ｅ１０９のいずれか１つの組成物。
Ｅ１１６．特定のオリゴヌクレオチドタイプの骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（式中、ｍは、２、３、４、５、６、７または８であり、およびｎは、１、２、３、４、５、６、７または８である。）を含む、例Ｅ１０２～Ｅ１１５のいずれか１つの組成物。
Ｅ１１７．特定のオリゴヌクレオチドタイプの骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）ｍＲｐ（式中、ｍは、２、３、４、５、６、７または８である。）を含む、例Ｅ１０２～Ｅ１１６のいずれか１つの組成物。
Ｅ１１８．特定のオリゴヌクレオチドタイプの骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）２Ｒｐを含む、例Ｅ１０２～Ｅ１１７のいずれか１つの組成物。
Ｅ１１９．特定のオリゴヌクレオチドタイプの骨格キラル中心のパターンが繰り返し（Ｓｐ）ｍ（Ｒｐ）ｎ（式中、ｍは、２、３、４、５、６、７または８であり、およびｎは、１、２、３、４、５、６、７または８である。）を含む、例Ｅ１０２～Ｅ１１８のいずれか１つの組成物。
Ｅ１２０．特定のオリゴヌクレオチドタイプの骨格キラル中心のパターンが繰り返し（Ｓｐ）ｍＲｐ（式中、ｍは、２、３、４、５、６、７または８である。）を含む、例Ｅ１０２～Ｅ１１９のいずれか１つの組成物。
Ｅ１２１．特定のオリゴヌクレオチドタイプの骨格キラル中心のパターンが繰り返し（Ｓｐ）２Ｒｐを含む、例Ｅ１０２～Ｅ１２０のいずれか１つの組成物。
Ｅ１２２．特定のオリゴヌクレオチドタイプの骨格キラル中心のパターンが（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍは、２、３、４、５、６、７または８であり、およびｎは、１、２、３、４、５、６、７または８である。）を含む、例Ｅ１０２～Ｅ１１５のいずれか１つの組成物。
Ｅ１２３．特定のオリゴヌクレオチドタイプの骨格キラル中心のパターンがＲｐ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍは、２、３、４、５、６、７または８である。）を含む、例Ｅ１０２～Ｅ１１５のいずれか１つの組成物。
Ｅ１２４．特定のオリゴヌクレオチドタイプの骨格キラル中心のパターンがＲｐ（Ｓｐ）２を含む、例Ｅ１０２～Ｅ１１５のいずれか１つの組成物。
Ｅ１２５．特定のオリゴヌクレオチドタイプの骨格キラル中心のパターンが繰り返し（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍは、２、３、４、５、６、７または８であり、およびｎは、１、２、３、４、５、６、７または８である。）を含む、例Ｅ１０２～Ｅ１１５のいずれか１つの組成物。
Ｅ１２６．特定のオリゴヌクレオチドタイプの骨格キラル中心のパターンが繰り返しＲｐ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍは、２、３、４、５、６、７または８である。）を含む、例Ｅ１０２～Ｅ１１５のいずれか１つの組成物。
Ｅ１２７．特定のオリゴヌクレオチドタイプの骨格キラル中心のパターンが繰り返しＲｐ（Ｓｐ）２を含む、例Ｅ１０２～Ｅ１１５のいずれか１つの組成物。
Ｅ１２８．特定のオリゴヌクレオチドタイプの骨格キラル中心のパターンが（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｎおよびｔのそれぞれは独立して、１、２、３、４、５、６、７または８であり、ｍは、２、３、４、５、６、７または８であり、および各Ｎｐは、独立したＲｐまたはＳｐである。）を含む、例Ｅ１０２～Ｅ１１５のいずれか１つの組成物。
Ｅ１２９．特定のオリゴヌクレオチドタイプの骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｎおよびｔはそれぞれ独立して、１、２、３、４、５、６、７または８であり、およびｍは、２、３、４、５、６、７または８である。）を含む、例Ｅ１０２～Ｅ１１５のいずれか１つの組成物。
Ｅ１３０．ｎが１である、例Ｅ１２８またはＥ１２９の組成物。
Ｅ１３１．ｔが、２、３、４、５、６、７または８である、例Ｅ１２８～Ｅ１３０のいずれか１つの組成物。
Ｅ１３２．ｍが、２、３、４、５、６、７または８である、例Ｅ１２８～Ｅ１３１のいずれか１つの組成物。
Ｅ１３３．ｔおよびｍのうちの少なくとも１つが５より大きい、例Ｅ１２８～Ｅ１３１のいずれか１つの組成物。
Ｅ１３４．特定のオリゴヌクレオチドタイプの骨格キラル中心のパターンがＳｐＳｐＲｐＳｐＳｐを含む、例Ｅ１０２～Ｅ１１５のいずれか１つの組成物。
Ｅ１３５．特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、ただ１つのＲｐを有し、他のヌクレオチド間結合がそれぞれＳｐである、例Ｅ１０２～Ｅ１３４のいずれか１つの組成物。
Ｅ１３６．特定のオリゴヌクレオチドタイプの共通塩基の長さが１０より大きい、例Ｅ１０２～Ｅ１３５のいずれか１つの組成物。
Ｅ１３７．特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチド内のキラルなヌクレオチド間結合がそれぞれ、式Ｉ：
Figure 0007224319000293
 の構造を有する、例Ｅ１０２～Ｅ１３６のいずれか１つの組成物。
Ｅ１３８．ＸがＳであり、かつＹおよびＺがＯである、例Ｅ１３７の組成物。
Ｅ１３９．－Ｌ－Ｒ１が－Ｈではない、例Ｅ１３７またはＥ１３８の組成物。
Ｅ１４０．式Ｉの構造が、ホスホロチオエートジエステル結合である、例Ｅ１３７またはＥ１３８の組成物。
Ｅ１４１．特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、アンチセンスオリゴヌクレオチド、アンタゴｍｉｒ、マイクロＲＮＡ、プレマイクロＲＮｓ、抗ｍｉｒ、スーパーｍｉｒ、リボザイム、Ｕｌアダプター、ＲＮＡアクチベーター、ＲＮＡｉ剤、デコイオリゴヌクレオチド、三重鎖形成オリゴヌクレオチド、アプタマーまたはアジュバントである、例Ｅ１０２～Ｅ１４０のいずれか１つの組成物。
Ｅ１４２．１）核酸高分子に見られる標的配列に対して相補的である配列であるか、または、これらを含む、共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；および
３）骨格キラル中心の共通パターン
によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、ヌクレオチド配列が標的配列を含む核酸高分子とを接触させるステップを含み、
この組成物は、特定の塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御される、核酸高分子の制御された切断のための方法。
Ｅ１４３．接触が、核酸高分子の切断が起こるような条件下で実施される、例Ｅ１４２の方法。
Ｅ１４４．核酸高分子を、同等な条件下で、基準オリゴヌクレオチド組成物と接触させるときに観察される基準切断パターンとは異なる切断パターンで切断が起こる、例Ｅ１４２～Ｅ１４３のいずれか１つの方法。
Ｅ１４５．ヌクレオチド配列が標的配列を含む核酸高分子を、特定の塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドを含む基準オリゴヌクレオチド組成物と接触させるときに観察される切断パターンを変更するための方法であって、この特定の塩基配列は、標的配列に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、本方法は、
核酸高分子と、特定の塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物とを接触させるステップを含み、組成物は、特定の塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、
１）特定の塩基配列および長さ；
２）骨格結合の特定のパターン；および
３）骨格キラル中心の特定のパターン
によって特徴づけられる単一のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御される方法。
Ｅ１４６．接触が、核酸高分子の切断が起こるような条件下で実施される、例Ｅ１４５の方法。
Ｅ１４７．基準オリゴヌクレオチド組成物が、共通配列および長さを共有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物である、例Ｅ１４４～Ｅ１４６のいずれか１つの方法。
Ｅ１４８．基準オリゴヌクレオチド組成物が、共通配列および長さを共有するオリゴヌクレオチドのキラル制御されないオリゴヌクレオチド組成物である、例Ｅ１４４～Ｅ１４６のいずれか１つの方法。
Ｅ１４９．キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物によってもたらされる切断パターンが、核酸高分子に見られる標的配列内に基準切断パターンよりも少ない切断部位を有するという点で基準切断パターンとは異なる、例Ｅ１４４～Ｅ１４８のいずれか１つの方法。
Ｅ１５０．キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物によってもたらされる切断パターンが、核酸高分子に見られる標的配列内に基準切断パターンよりも単一の切断部位を有する、例Ｅ１４９の方法。
Ｅ１５１．単一の切断部位が、基準切断パターンの切断部位である、例Ｅ１５０の方法。
Ｅ１５２．単一の切断部位が、基準切断パターンではない切断部位である、例Ｅ１５０の方法。
Ｅ１５３．キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物によってもたらされる切断パターンが、切断部位での切断割合を高めるという点で基準切断パターンとは異なる、例Ｅ１４４～Ｅ１４８のいずれか１つの方法。
Ｅ１５４．切断割合が増加した切断部位が、基準切断パターンの切断部位である、例Ｅ１５３の方法。
Ｅ１５５．切断割合が増加した切断部位が、基準切断パターンではない切断部位である、例Ｅ１５３の方法。
Ｅ１５６．キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が、基準オリゴヌクレオチド組成物よりも、大きい標的核酸高分子の切断速度をもたらす、例Ｅ１４２～Ｅ１５５のいずれか１つの方法。
Ｅ１５７．切断速度が少なくとも５倍大きい、例Ｅ１４２～Ｅ１５６のいずれか１つの方法。
Ｅ１５８．キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が、基準オリゴヌクレオチド組成物よりも、低いレベルの残留する未切断の標的核酸高分子をもたらす、例Ｅ１４２～Ｅ１５７のいずれか１つの方法。
Ｅ１５９．残留する未切断の標的核酸高分子が少なくとも５倍少ない、例Ｅ１４２～Ｅ１５８のいずれか１つの方法。
Ｅ１６０．核酸高分子からの切断産物が、基準オリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドからの解離よりも速い速度で、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドから解離する、例Ｅ１４２～Ｅ１５９のいずれか１つの方法。
Ｅ１６１．複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的核酸配列からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法であって、そのそれぞれは、同じ標的核酸配列の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法は、
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン
によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、標的核酸配列の転写物を含む試料とを接触させるステップを含み；
この組成物は、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され；
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、標的対立遺伝子および同じ核酸配列の別の対立遺伝子の両方の転写物を含む系と組成物とを接触させるとき、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ核酸配列の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも高いレベルで抑制されることを特徴とする方法。
Ｅ１６２．複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的遺伝子からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法であって、そのそれぞれは、同じ標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法は、
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン
によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、標的遺伝子の転写物を含む試料とを接触させるステップを含み；
この組成物は、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され；
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、標的対立遺伝子および同じ遺伝子の別の対立遺伝子の両方の転写物を含む系と組成物とを接触させるとき、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルで抑制されることを特徴とする。
Ｅ１６３．接触が、特定の対立遺伝子の転写物を組成物が抑制できるよう定められた条件下で実施される、例Ｅ１６１またはＥ１６２の方法。
Ｅ１６４．複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的遺伝子からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法であって、そのそれぞれは、同じ標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法は、
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン
によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、標的遺伝子の転写物を含む試料とを接触させるステップを含み；
この組成物は、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され；
特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、標的対立遺伝子および同じ遺伝子の別の対立遺伝子の両方の転写物を発現させる系と組成物とを接触させるとき、特定の対立遺伝子の転写物が、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルで抑制されることを特徴とする方法。
Ｅ１６５．接触が、特定の対立遺伝子の発現を組成物が抑制できるよう定められた条件下で実施される、例Ｅ１６４の方法。
Ｅ１６６．特定の対立遺伝子の転写物が、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも５倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、２００倍または５００倍高いレベルで抑制される、例Ｅ１６１～Ｅ１６５のいずれか１つの方法。
Ｅ１６７．複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的核酸配列からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法であって、そのそれぞれは、同じ標的核酸配列の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法は、
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン
によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、標的核酸配列の転写物を含む試料とを接触させるステップを含み；
この組成物は、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され；
ここで、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、同じ標的核酸配列の転写物を含む系と組成物とを接触させるとき、
ａ）組成物がないときより高い；
ｂ）同じ核酸配列の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルより高い；または
ｃ）組成物がないときよりも高く、かつ、同じ核酸配列の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも高いレベルでの特定の対立遺伝子の転写物の抑制を示すことを特徴とする。
Ｅ１６８．複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的遺伝子からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法であって、そのそれぞれは、同じ標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法は、
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン
によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、標的遺伝子の転写物を含む試料とを接触させるステップを含み；
この組成物は、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され；
特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、標的遺伝子の転写物を発現させる系と組成物とを接触させるとき、
ａ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍；
ｂ）同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高い；または
ｃ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍で、かつ、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルでの特定の対立遺伝子の転写物の発現の抑制を示すことを特徴とする。
Ｅ１６９．接触が、特定の対立遺伝子の転写物を組成物が抑制できるよう定められた条件下で実施される、例Ｅ１６７またはＥ１６８の方法。
Ｅ１７０．複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的遺伝子からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法であって、そのそれぞれは、同じ標的遺伝子の他の対立遺伝子に対して対立遺伝子を定義する特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素を含み、本方法は、
１）共通塩基配列および長さ；
２）骨格結合の共通パターン；
３）骨格キラル中心の共通パターン
によって特徴づけられる、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物と、標的遺伝子の転写物を含む試料とを接触させるステップを含み；
この組成物は、同じ塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され；
特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドの共通塩基配列は、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、または、これを含み、組成物は、標的遺伝子の転写物を発現させる系と組成物とを接触させるとき、
ａ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍；
ｂ）同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高い；または
ｃ）組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍で、かつ、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルでの特定の対立遺伝子の転写物の発現の抑制を示すことを特徴とする。
Ｅ１７１．接触が、特定の対立遺伝子の発現を組成物が抑制できるよう定められた条件下で実施される、例Ｅ１７０の方法。
Ｅ１７２．特定の対立遺伝子の転写物が、組成物が存在するとき、組成物がないときと比べて２分の１の量で特定の対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で、少なくとも５倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、２００倍または５００倍であるレベルで抑制される、例Ｅ１６７～Ｅ１７１のいずれか１つの方法。
Ｅ１７３．特定の対立遺伝子の転写物が、同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも５倍、１０倍、２０倍、５０倍、１００倍、２００倍または５００倍高いレベルで抑制される、例Ｅ１６７～Ｅ１７２のいずれか１つの方法。
Ｅ１７４．系が、インビトロまたはインビボの系である、例Ｅ１６１～Ｅ１７３のいずれか１つの方法。
Ｅ１７５．系が、１つまたは複数の細胞、組織または臓器を含む、例Ｅ１６１～Ｅ１７４のいずれか１つの方法。
Ｅ１７６．系が、１つまたは複数の生物を含む、例Ｅ１６１～Ｅ１７４のいずれか１つの方法。
Ｅ１７７．系が、１つまたは複数の対象を含む、例Ｅ１６１～Ｅ１７４のいずれか１つの方法。
Ｅ１７８．特定の対立遺伝子の転写物が切断される、例Ｅ１６１～Ｅ１７７のいずれか１つの方法。
Ｅ１７９．特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素が、標的核酸配列または遺伝子のイントロン内に存在する、例Ｅ１６１～Ｅ１７８のいずれか１つの方法。
Ｅ１８０．特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素が、標的核酸配列または遺伝子のエキソン内に存在する、例Ｅ１６１～Ｅ１７８のいずれか１つの方法。
Ｅ１８１．特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素が、標的核酸配列または遺伝子のエキソンおよびイントロンにまたがる、例Ｅ１６１～Ｅ１７８のいずれか１つの方法。
Ｅ１８２．特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素が突然変異を含む、例Ｅ１６１～Ｅ１８１のいずれか１つの方法。
Ｅ１８３．特異的ヌクレオチドに特徴的な配列要素がＳＮＰを含む、例Ｅ１６１～Ｅ１８１のいずれか１つの方法。
Ｅ１８４．キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が、対象に投与される、例Ｅ１４２～Ｅ１８３のいずれか１つの方法。
Ｅ１８５．標的核酸高分子または転写物がオリゴヌクレオチドである、例Ｅ１４２～Ｅ１８４のいずれか１つの方法。
Ｅ１８６．標的核酸高分子または転写物がＲＮＡである、例Ｅ１４２～Ｅ１８５のいずれか１つの方法。
Ｅ１８７．キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物中の特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが、核酸高分子または転写物と二本鎖を形成する、例Ｅ１４２～Ｅ１８６のいずれか１つの方法。
Ｅ１８８．核酸高分子または転写物が酵素により切断される、例Ｅ１４２～Ｅ１８７のいずれか１つの方法。
Ｅ１８９．酵素がリボヌクレアーゼＨである、例Ｅ１４２～Ｅ１８８のいずれか１つの方法。
Ｅ１９０．酵素がアルゴノートタンパク質であるか、または、ＲＮＡ誘導サイレンシング複合体（ＲＩＳＣ）内にある、例Ｅ１４２～Ｅ１８８のいずれか１つの方法。
Ｅ１９１．オリゴヌクレオチドタイプが、（Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ）－ｄ［５ｍＣｓ１Ａｓ１Ｇｓ１Ｔｓ１５ｍＣｓ１Ｔｓ１Ｇｓ１５ｍＣｓ１Ｔｓ１Ｔｓ１５ｍＣｓ１Ｇ］または（Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ）－Ｇｓ５ｍＣｓ５ｍＣｓＴｓ５ｍＣｓＡｓＧｓＴｓ５ｍＣｓＴｓＧｓ５ｍＣｓＴｓＴｓ５ｍＣｓＧｓ５ｍＣｓＡｓ５ｍＣｓ５ｍＣ（５Ｒ－（ＳＳＲ）３－５Ｒ）（式中、下線のヌクレオチド内は、２’－Ｏ－ＭＯＥ修飾されている。）ではない、例Ｅ１０２～Ｅ１４１のいずれか１つの組成物。
Ｅ１９２．オリゴヌクレオチドが翼－コア－翼モチーフを有し、コア領域の骨格キラル中心のパターンが（Ｎｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｎおよびｔのそれぞれは独立して、１、２、３、４、５、６、７または８であり、ｍは、２、３、４、５、６、７または８であり、および各Ｎｐは、独立したＲｐまたはＳｐである。）を含む、例Ｅ１０２～Ｅ１４１のいずれか１つの組成物。
Ｅ１９３．オリゴヌクレオチドが翼－コア－翼モチーフを有し、コア領域の骨格キラル中心のパターンが（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｎおよびｔのそれぞれは独立して、１、２、３、４、５、６、７または８であり、およびｍは、２、３、４、５、６、７または８である。）を含む、例Ｅ１０２～Ｅ１４１のいずれか１つの組成物。
Ｅ１９４．ｎが１である、例Ｅ１９２またはＥ１９３のいずれか１つの組成物。
Ｅ１９５．ｍが２である、例Ｅ１９２またはＥ１９４のいずれか１つの組成物。
Ｅ１９６．ｍが３、４、５、６、７または８である、例Ｅ１９２またはＥ１９４のいずれか１つの組成物。
Ｅ１９７．ｍが４、５、６、７または８である、例Ｅ１９２～Ｅ１９４のいずれか１つの組成物。
Ｅ１９８．ｍが５、６、７または８である、例Ｅ１９２～Ｅ１９４のいずれか１つの組成物。
Ｅ１９９．ｍが６、７または８である、例Ｅ１９２～Ｅ１９４のいずれか１つの組成物。
Ｅ２００．ｍが７または８である、例Ｅ１９２～Ｅ１９４のいずれか１つの組成物。
Ｅ２０１．ｍが８である、例Ｅ１９２～Ｅ１９４のいずれか１つの組成物。
Ｅ２０２．ｔが１である、例Ｅ１９２～Ｅ２０１のいずれか１つの組成物。
Ｅ２０３．ｔが２、３、４、５、６、７または８である、例Ｅ１９２～Ｅ２０１のいずれか１つの組成物。
Ｅ２０４．ｔが３、４、５、６、７または８である、例Ｅ１９２～Ｅ２０１のいずれか１つの組成物。
Ｅ２０５．ｔが４、５、６、７または８である、例Ｅ１９２～Ｅ２０１のいずれか１つの組成物。
Ｅ２０６．ｔが５、６、７または８である、例Ｅ１９２～Ｅ２０１のいずれか１つの組成物。
Ｅ２０７．ｔが６、７または８である、例Ｅ１９２～Ｅ２０１のいずれか１つの組成物。
Ｅ２０８．ｔが７または８である、例Ｅ１９２～２０１のいずれか１つの組成物。
Ｅ２０９．ｔが８である、例Ｅ１９２～Ｅ２０１のいずれか１つの組成物。
Ｅ２１０．各翼領域が独立して、２塩基以上の長さを有する、例Ｅ１９２～Ｅ２０９のいずれか１つの組成物。
Ｅ２１１．すべてのヌクレオチド間結合が、キラルな修飾されたリン酸結合である、例Ｅ１９２～Ｅ２１０のいずれか１つの組成物。
Ｅ２１２．コア領域が、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５塩基以上の長さを有する、例Ｅ１９２～Ｅ２１１のいずれか１つの組成物。
Ｅ２１３．共通塩基配列が、少なくとも１８塩基を有する、例Ｅ１０２～Ｅ１４１およびＥ１９２～Ｅ２１２のいずれか１つの組成物。
Ｅ２１４．共通塩基配列が、少なくとも１９塩基を有する、例Ｅ１０２～Ｅ１４１およびＥ１９２～Ｅ２１２のいずれか１つの組成物。
Ｅ２１５．共通塩基配列が、少なくとも１９塩基を有する、例Ｅ１０２～Ｅ１４１およびＥ１９２～Ｅ２１２のいずれか１つの組成物。
Ｅ２１６．共通塩基配列が、少なくとも１９塩基を有する、例Ｅ１０２～Ｅ１４１およびＥ１９２～Ｅ２１２のいずれか１つの組成物。
Ｅ２１７．共通塩基配列が、少なくとも１９塩基を有する、例Ｅ１０２～Ｅ１４１およびＥ１９２～Ｅ２１２のいずれか１つの組成物。
Ｅ２１８．共通塩基配列が、少なくとも１９塩基を有する、例Ｅ１０２～Ｅ１４１およびＥ１９２～Ｅ２１２のいずれか１つの組成物。
Ｅ２１９．共通塩基配列が、少なくとも１９塩基を有する、例Ｅ１０２～Ｅ１４１およびＥ１９２～Ｅ２１２のいずれか１つの組成物。
Ｅ２２０．共通塩基配列が、少なくとも１９塩基を有する、例Ｅ１０２～Ｅ１４１およびＥ１９２～Ｅ２１２のいずれか１つの組成物。
Ｅ２２１．オリゴヌクレオチドが、以下から選択されるオリゴヌクレオチドではない、例Ｅ１０２～Ｅ１４１およびＥ１９２～Ｅ２２０のいずれか１つの組成物：（Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ）－ｄ［５ｍＣｓ１Ａｓ１Ｇｓ１Ｔｓ１５ｍＣｓ１Ｔｓ１Ｇｓ１５ｍＣｓ１Ｔｓ１Ｔｓ１５ｍＣｓ１Ｇ］または（Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｓｐ、Ｓｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ、Ｒｐ）－Ｇｓ５ｍＣｓ５ｍＣｓＴｓ５ｍＣｓＡｓＧｓＴｓ５ｍＣｓＴｓＧｓ５ｍＣｓＴｓＴｓ５ｍＣｓＧｓ５ｍＣｓＡｓ５ｍＣｓ５ｍＣ（５Ｒ－（ＳＳＲ）３－５Ｒ）（式中、下線のヌクレオチド内は、２’－Ｏ－ＭＯＥ修飾されている）。
Ｅ２２２．オリゴヌクレオチドが、以下から選択されるオリゴヌクレオチドではない、例Ｅ１０２～Ｅ１４１およびＥ１９２～Ｅ２２１のいずれか１つの組成物：
Figure 0007224319000294
 表中、小文字は、２’ＯＭｅ ＲＮＡ残基を表す；大文字は、２’ＯＨ ＲＮＡ残基を表す；太字および「ｓ」は、ホスホロチオエート部分を示す；
Figure 0007224319000295
Figure 0007224319000296
表中、小文字は、２’－ＯＭｅ ＲＮＡ残基を表す；大文字は、ＲＮＡ残基を表す；ｄ＝２’－デオキシ残基；「ｓ」は、ホスホロチオエート部分を示す；
Figure 0007224319000297
 表中、小文字は、２’－ＯＭｅ ＲＮＡ残基を表す；大文字は、ＲＮＡ残基を表す；ｄ＝２’－デオキシ残基；「ｓ」は、ホスホロチオエート部分を示す；
Figure 0007224319000298
Figure 0007224319000299
表中、小文字は、２’－ＯＭｅ ＲＮＡ残基を表す；大文字は、２’－Ｆ ＲＮＡ残基を表す；ｄ＝２’－デオキシ残基；「ｓ」は、ホスホロチオエート部分を示す；および
Figure 0007224319000300
 Ｅ２２３．オリゴヌクレオチドが、以下から選択されるオリゴヌクレオチドではない、例Ｅ１～Ｅ１４１およびＥ１９２～Ｅ２２２のいずれか１つの組成物：
ｄ［ＡＲＣＳＡＲＣＳＡＲＣＳＡＲＣＳＡＲＣ］、ｄ［ＣＳＣＳＣＳＣＲＣＲＣＳＣＳＣＳＣＳＣ］、ｄ［ＣＳＣＳＣＳＣＳＣＳＣＳＣＲＣＲＣＳＣ］およびｄ［ＣＳＣＳＣＳＣＳＣＳＣＲＣＲＣＳＣＳＣ］（式中、Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合である）。
Ｅ２２４．オリゴヌクレオチドが、以下から選択されるオリゴヌクレオチドではない、例Ｅ１～Ｅ１４１およびＥ１９２～Ｅ２２３のいずれか１つの組成物：ＧＧＡＲＴＳＧＲＴＳＴＲ ｍＣＳＴＣＧＡ、ＧＧＡＲＴＲＧＳＴＳＴＲ ｍＣＲＴＣＧＡ、ＧＧＡＳＴＳＧＲＴＲＴＳ ｍＣＳＴＣＧＡ（式中、Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、他のすべての結合は、ＰＯであり、各ｍＣは、５－メチルシトシン修飾ヌクレオシドである）。
Ｅ２２５．オリゴヌクレオチドが、以下から選択されるオリゴヌクレオチドではない、例Ｅ１～Ｅ１４１およびＥ１９２～Ｅ２２４のいずれか１つの組成物：ＴｋＴｋ ｍＣｋＡＧＴｍＣＡＴＧＡｍＣＴｋＴｍＣｋ ｍＣｋ（式中、下付きの「ｋ」が続く各ヌクレオシドは、（Ｓ）－ｃＥｔ修飾を示し、Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、各ｍＣは、５－メチルシトシン修飾ヌクレオシドであり、すべてのヌクレオシド間結合は、ＲＳＳＳＲＳＲＲＲＳ、ＲＳＳＳＳＳＳＳＳＳ、ＳＲＲＳＲＳＳＳＳＲ、ＳＲＳＲＳＳＲＳＳＲ、ＲＲＲＳＳＳＲＳＳＳ、ＲＲＲＳＲＳＳＲＳＲ、ＲＲＳＳＳＲＳＲＳＲ、ＳＲＳＳＳＲＳＳＳＳ、ＳＳＲＲＳＳＲＳＲＳ、ＳＳＳＳＳＳＲＲＳＳ、ＲＲＲＳＳＲＲＲＳＲ、ＲＲＲＲＳＳＳＳＲＳ、ＳＲＲＳＲＲＲＲＲＲ、ＲＳＳＲＳＳＲＲＲＲ、ＲＳＲＲＳＲＲＳＲＲ、ＲＲＳＲＳＳＲＳＲＳ、ＳＳＲＲＲＲＲＳＲＲ、ＲＳＲＲＳＲＳＳＳＲ、ＲＲＳＳＲＳＲＲＲＲ、ＲＲＳＲＳＲＲＳＳＳ、ＲＲＳＲＳＳＳＲＲＲ、ＲＲＳＲＳＳＳＲＲＲ、ＲＳＲＲＲＲＳＲＳＲ、ＳＳＲＳＳＳＲＲＲＳ、ＲＳＳＲＳＲＳＲＳＲ、ＲＳＲＳＲＳＳＲＳＳ、ＲＲＲＳＳＲＲＳＲＳ、ＳＲＲＳＳＲＲＳＲＳ、ＲＲＲＲＳＲＳＲＲＲ、ＳＳＳＳＲＲＲＲＳＲ、ＲＲＲＲＲＲＲＲＲＲおよびＳＳＳＳＳＳＳＳＳＳから選択される立体化学パターンを含むホスホロチオエート（ＰＳ）である）。
Ｅ２２６．オリゴヌクレオチドが、以下から選択されるオリゴヌクレオチドではない、例Ｅ１～Ｅ１４１およびＥ１９２～Ｅ２２５のいずれか１つの組成物：ＴｋＴｋ ｍＣｋＡＧＴｍＣＡＴＧＡｍＣＴＴｋ ｍＣｋ ｍＣｋ（式中、下付きの「ｋ」が続く各ヌクレオシドは、（Ｓ）－ｃＥｔ修飾を示し、Ｒは、Ｒｐホスホロチオエート結合であり、Ｓは、Ｓｐホスホロチオエート結合であり、各ｍＣは、５－メチルシトシン修飾ヌクレオシドであり、すべてのヌクレオシド間結合は、ＲＳＳＳＲＳＲＲＲＳ、ＲＳＳＳＳＳＳＳＳＳ、ＳＲＲＳＲＳＳＳＳＲ、ＳＲＳＲＳＳＲＳＳＲ、ＲＲＲＳＳＳＲＳＳＳ、ＲＲＲＳＲＳＳＲＳＲ、ＲＲＳＳＳＲＳＲＳＲ、ＳＲＳＳＳＲＳＳＳＳ、ＳＳＲＲＳＳＲＳＲＳ、ＳＳＳＳＳＳＲＲＳＳ、ＲＲＲＳＳＲＲＲＳＲ、ＲＲＲＲＳＳＳＳＲＳ、ＳＲＲＳＲＲＲＲＲＲ、ＲＳＳＲＳＳＲＲＲＲ、ＲＳＲＲＳＲＲＳＲＲ、ＲＲＳＲＳＳＲＳＲＳ、ＳＳＲＲＲＲＲＳＲＲ、ＲＳＲＲＳＲＳＳＳＲ、ＲＲＳＳＲＳＲＲＲＲ、ＲＲＳＲＳＲＲＳＳＳ、ＲＲＳＲＳＳＳＲＲＲ、ＲＲＳＲＳＳＳＲＲＲ、ＲＳＲＲＲＲＳＲＳＲ、ＳＳＲＳＳＳＲＲＲＳ、ＲＳＳＲＳＲＳＲＳＲ、ＲＳＲＳＲＳＳＲＳＳ、ＲＲＲＳＳＲＲＳＲＳ、ＳＲＲＳＳＲＲＳＲＳ、ＲＲＲＲＳＲＳＲＲＲ、ＳＳＳＳＲＲＲＲＳＲ、ＲＲＲＲＲＲＲＲＲＲおよびＳＳＳＳＳＳＳＳＳＳから選択される立体化学パターンを含むホスホロチオエート（ＰＳ）である）。
Ｅ２２７．共通塩基配列、骨格結合の共通パターン、骨格キラル中心の共通パターン、および骨格リン修飾の共通パターンによって特徴づけられる１つのオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを所定のレベル含む、例Ｅ１～Ｅ１４１およびＥ１９２～Ｅ２２６のいずれか１つの組成物。
Ｅ２２８．骨格キラル中心の共通パターンが、Ｓｐ構造に骨格キラル中心の少なくとも約２０％を含む、請求項Ｅ１～Ｅ１４１およびＥ１９２～Ｅ２２６のいずれか一項に記載の組成物。
Ｅ２２９．骨格キラル中心の共通パターンが、Ｓｐ構造に骨格キラル中心の少なくとも約５０％を含む、請求項Ｅ１～Ｅ１４１およびＥ１９２～Ｅ２２６のいずれか一項に記載の組成物。
Ｅ２３０．骨格キラル中心の共通パターンが、Ｓｐ構造に骨格キラル中心の少なくとも約６６％を含む、請求項Ｅ１～Ｅ１４１およびＥ１９２～Ｅ２２６のいずれか一項に記載の組成物。
Ｅ２３１．骨格キラル中心の共通パターンが、Ｓｐ構造に骨格キラル中心の少なくとも約７５％を含む、請求項Ｅ１～Ｅ１４１およびＥ１９２～Ｅ２２６のいずれか一項に記載の組成物。
Ｅ２３２．骨格キラル中心の共通パターンが、Ｓｐ構造に骨格キラル中心の少なくとも約８０％を含む、請求項Ｅ１～Ｅ１４１およびＥ１９２～Ｅ２２６のいずれか一項に記載の組成物。
Ｅ２３３．請求項Ｅ１～Ｅ１４１およびＥ１９１～Ｅ２３２のいずれか一項に記載の組成物を含む医薬組成物。
Ｅ２３４．キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が、例Ｅ１～Ｅ１０１のいずれか１つの組成物である、例Ｅ１４２～Ｅ１９０のいずれか１つの方法。
Ｅ２３５．キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が、例Ｅ１０２～Ｅ１４１およびＥ１９１のいずれか１つの組成物である、例Ｅ１４２～Ｅ１９０のいずれか１つの方法。
Ｅ２３６．キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が、例Ｅ１０２～Ｅ１４１およびＥ１９１～Ｅ２３３のいずれか１つの組成物である、例Ｅ１４２～Ｅ１９０のいずれか１つの方法。
前述のものは、本発明の特定の非限定的な実施形態の記載である。したがって、本明細書において記載される本発明の実施形態は、本発明の原理の適用について単に説明するものであることが理解されるべきである。説明する実施形態の詳細について、本明細書における言及は、請求の範囲を限定することを意図するものではない。
プレインキュベートしたラット全肝臓ホモジネートにおけるヒトＣｈｉｒｏｍｅｒｓｅｎｓのインビトロ代謝安定性
本実施例は、ミポメルセン（立体化学的混合物）と、ミポメルセンのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物（「ｃｈｉｒｏｍｅｒｓｅｎｓ」）とのインビトロのラット全肝臓ホモジネート安定性の比較を示す。本方法は、とりわけ、インビボでの半減期を予測する化合物のスクリーニングにおいて有用である。
当技術分野において既知の通り、ミポメルセン（旧ＩＳＩＳ ３０１０１２、Ｋｙｎａｍｒｏという商品名で販売された。）は、塩基配列がアポリポタンパク質Ｂ遺伝子の一部に対するアンチセンスである、２０ｍｅｒのオリゴヌクレオチドである。ミポメルセンは、おそらくｍＲＮＡを標的にする（ｔａｒｇｅｔｇｉｎｇ）ことにより、アポリポタンパク質Ｂの遺伝子発現を抑制する。ミポメルセンは、３’→５’ホスホロチオエート結合を有する以下の構造を有する：
Ｇ ＊－Ｃ ＊－Ｃ＊－Ｕ ＊－Ｃ＊－ｄＡ－ｄＧ－ｄＴ－ｄＣ－ｄＴ－ｄＧ－ｄｍＣ－ｄＴ－ｄＴ－ｄｍＣ－Ｇ＊－Ｃ＊－Ａ＊－Ｃ＊－Ｃ＊
［ｄ＝２’－デオキシ、＊＝２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）］したがって、ミポメルセンは、２’－Ｏ－メトキシエチル－修飾リボース残基を両端に、デオキシリボース残基を中間に有する。
この実施例に記述される試験したキラル純粋なミポメルセン類似体は、３’→５’ホスホロチオエート結合を含んでいた。いくつかの実施形態において、試験した類似体は、１つまたは複数の２’－Ｏ－（２－メトキシエチル）－修飾残基を含む；いくつかの実施形態において、試験した類似体は、２’－デオキシ残基のみを含む。試験した特定の類似体は、以下の表３および表４に記載の構造を有していた。
プロトコル：Ｇｅａｒｙらによって報告されているプロトコルをいくらか変更して利用した（Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，Ｖｏｌｕｍｅ ２０，Ｎｕｍｂｅｒ ６，２０１０）。
試験系：６匹の雄のスプラーグドーリーラット（Ｒａｔｔｕｓ ｎｏｒｖｅｇｉｃｕｓ）が、Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｉｎｃ．，（カリフォルニア州ホリスター）から供給され、ＳＮＢＬ ＵＳＡにて受領した。
組織採取：組織採取前に２日間、動物を試験室に順化させた。組織採取時、ペントバルビタールナトリウム溶液を腹腔内（ＩＰ）注射して動物を麻酔した。肝門脈から投与した冷食塩水５００ｍｌ／動物を用いて肝灌流を行った。灌流後、肝臓を切離して、氷上で保持した。肝臓を小片に刻み、秤量した。
肝臓ホモジネート調製：刻んだ肝臓組織の小片を、風袋を量った５０ｍＬ遠心分離管に移して秤量した。冷却した均質化緩衝液（１００ｍＭトリス ｐＨ８．０、１ｍＭ酢酸マグネシウム、および抗生物質－抗真菌剤）を各管に加え、（１本または複数本の）管に、組織１グラムあたり５ｍＬの緩衝液が含まれるようにした。ＱＩＡＧＥＮ ＴｉｓｓｕｅＲｕｐｔｏｒ組織ホモジナイザーを用いて、管を氷上で保持しながら肝臓／緩衝液混合物をホモジナイズした。肝臓ホモジネートプールのタンパク質濃度は、Ｐｉｅｒｃｅ ＢＣＡタンパク質アッセイを用いて求めた。肝臓ホモジネートを５ｍＬの一定分量に分割して適切な大きさのラベル付きｃｒｙｏｖｉａｌに移し、－６０℃で保管した。
インキュベーション条件：冷凍した肝臓ホモジネート（タンパク質濃度＝２２．４８ｍｇ／ｍｌ）の一定分量５ｍｌを解凍し、３７℃で２４時間インキュベートした。表１の各オリゴマーについて、６本のエッペンドルフチューブ（２ｍｌ）を取り、４５０ｕｌのホモジネートを各チューブに加えた。５０ｕｌ ＡＳＯ（２００ｕＭ）を各チューブに加えた。混合直後に、１２５ｕｌの（５×）停止緩衝液（２．５％ ＩＧＥＰＡＬ、０．５Ｍ ＮａＣｌ、５ｍＭ ＥＤＴＡ、５０ｍＭ トリス、ｐＨ＝８．０）および１２．５ｕｌの２０ｍｇ／ｍｌプロテイナーゼＫ（Ａｍｂｉｏｎ、＃ＡＭ２５４６）を０時間の時点として１本のチューブに加えた。残りの反応混合物を、ＶＷＲインキュベーティングマイクロプレート振盪機で４００ｒｐｍで振盪しながら、３７℃でインキュベートした。指定の期間（１、２、３、４、および５日）のインキュベーション後、各混合物を、１２５ｕｌの（５×）停止緩衝液（２．５％ ＩＧＥＰＡＬ、０．５Ｍ ＮａＣｌ、５ｍＭ ＥＤＴＡ、５０ｍＭ トリス、ｐＨ＝８．０）および１２．５ｕｌの２０ｍｇ／ｍｌプロテイナーゼＫ（Ａｍｂｉｏｎ、＃ＡＭ２５４６）で処理した。
後処理および生物分析：ＩＳＩＳ ３５５８６８（５’－ＧＣＧＴＴＴＧＣＴＣＴＴＣＴＴＣＴＴＧＣＧＴＴＴＴＴＴ－３’）、２７－ｍｅｒのオリゴヌクレオチド（下線付きの塩基がＭＯＥ修飾される。）を、ｃｈｉｒｏｍｅｒｓｅｎｓの定量のために内部標準として用いた。５０ｕｌの内部標準（２００ｕＭ）を各チューブに加え、続いて、２５０ｕｌの３０％水酸化アンモニウム、８００ｕｌのフェノール：クロロホルム：イソアミルアルコール（２５：２４：１）を加えた。混合して、６００ｒｐｇで遠心分離後、水層をｓｐｅｅｄ ｖａｃで１００ｕｌまで蒸発させ、Ｓｅｐ Ｐａｋカラム（Ｃ１８、１ｇ、ＷＡＴ０３６９０５）に負荷した。Ｓｅｐ Ｐａｋカラムのすべての水洗液（２×２０ｍｌ）を高速イオン交換法で試験し、そこで産物が見られないことを確かめた。５０％ ＡＣＮ（３．５ｍｌ）を用いてオリゴヌクレオチドおよび代謝産物を溶離し、７０％ ＣＡＮ（３．５）でカラムをさらに洗浄して、カラムに何も残らないようにした。各配列につき５つの分画を集めた。Ｖｉｓｉｐｒｅｐ ｓｙｓｔｅｍ（Ｓｉｇｍａ、部品番号：５７０３１－Ｕ）を用いた水洗１、２、３、ＡＣＮ１および２。
イオン交換法
Figure 0007224319000301
 緩衝液Ａ＝１０ｍＭトリスＨＣｌ、５０％ＡＣＮ、ｐＨ＝８．０
緩衝液Ｂ＝Ａ＋８００ｍＭ ＮａＣｌＯ４
カラム＝ＤＮＡ ｐａｃ １００
カラム温度 ６０℃
各試験（Ｍ９－Ｅｘｐ２１に記載）の後、上述の同じ緩衝液および緩衝液ラインＣの５０：５０（メタノール：水）を用いて、洗浄方法を適用した。
Figure 0007224319000302
 アセトニトリル溶離液を濃縮乾固して１００ｕｌの水に溶解し、ＲＰＨＰＩＰＣを用いて分析した。
溶離液Ａ＝１０ｍＭ酢酸トリブチルアンモニウム、ｐＨ＝７．０
溶離液Ｂ＝ＡＣＮ（ＨＰＬＣグレード、Ｂ＆Ｊ）
カラム（Ｃｏｕｌｍｎ）：ＸＴｅｒｒａ ＭＳ Ｃ１８、３．５ｕｍ、４．６×５０ｍｍ、部品番号：１８６０００４３２
Ｐｈｅｎｏｍｅｎｅｘ製ガードカラム、部品番号：ＫＪ０－４２８２
カラム温度＝６０℃
ＨＰＬＣ勾配：
Figure 0007224319000303
ＲＰ ＨＰＬＣ分析のために、この原液１０ｕｌを４０ｕｌの水に加え、４０ｕｌ注入した。
表３
Figure 0007224319000304
考察：野生型のＤＮＡおよびｓｉＲＮＡと比較して、アンチセンスおよびｓｉＲＮＡの２’修飾は、これらの分子を安定化し、血漿および組織におけるこれらの持続性を向上させると予想される。
ミポメルセンの２’－ＭＯＥ翼－コア－翼設計。最初のアンチセンス臨床試験に用いられた第一世代のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、２’－デオキシリボヌクレオチド残基およびホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有していた。続いて、第二世代のアンチセンスオリゴヌクレオチドを作製したが、これは、各末端の５個の残基が２’－Ｏ－メトキシエチル（２’－ＭＯＥ）－修飾残基、中間の１０個の残基が２’－デオキシリボヌクレオチドであったので、通常、本明細書において「５－１０－５ ２’－ＭＯＥ翼－コア－翼設計」と呼ぶものであった；このようなオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合はホスホロチオエートであった。このような「５－１０－５ ２’－ＭＯＥ翼－コア－翼」オリゴヌクレオチドは、第一世代に対して顕著な有効性の改善を示した（ＰＣＴ／ＵＳ２００５／０３３８３７）。ヌクレアーゼに対するオリゴヌクレオチドの安定性を改善し、同時に、リボヌクレアーゼ活性のための十分なＤＮＡ構造を維持するために、２－１６－２、３－１４－３、４－１２－４、または５－１０－５のような同様の翼－コア－翼モチーフが設計された。
キラル純粋なオリゴヌクレオチド。本発明は、キラル純粋なオリゴヌクレオチドを提供し、とりわけ、それ自体における、かつ、それ自体の立体化学の選択が、オリゴヌクレオチドの安定性を改善し得ることを示す（すなわち、２’ＭＯＥ修飾などの残基修飾に依存しない）。実際、本発明は、キラル純粋なホスホロチオエートオリゴヌクレオチドが、対応するステレオランダムな２’－修飾ホスホロチオエート化合物と同じか、それよりも良い安定性をもたらし得ることを示す。
いくつかの実施形態において、試験したキラル純粋なオリゴヌクレオチドは、立体化学に関して一般構造Ｘ－Ｙ－Ｘのものであり、その構造内に、立体化学が変化するコアの「Ｙ」領域に隣接し、すべての残基が同じ立体化学を有する翼の「Ｘ」領域（通常、約１～１０残基の長さ）を含む。多くの実施形態において、試験したこのようなオリゴヌクレオチドのヌクレオチド類似体の約２０～５０％は、リボヌクレアーゼＨの基質ではない。ＤＮＡのホスホロチオエートの立体化学を制御できると、われわれは、リボヌクレアーゼの活性部位を保持しながら、ヌクレアーゼによる分解からオリゴマーを保護することができる。これらの設計のうちの１つは、ＯＮＴ－１５４であり、ここで、オリゴヌクレオチドの翼は、リボヌクレアーゼＨのより良い基質であるＲｐホスホロチオエートをほとんど保持しないＳｐホスホロチオエートの化学により、安定化されている（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｅｌｌ、２００７）。ＤＮＡ／ＲＮＡ二本鎖と複合体を形成したヒトリボヌクレアーゼＨの結晶構造は、ＤＮＡの近接する４つのリン酸エステルと接触する酵素のリン酸結合ポケットを示す。最初の３つの接触は、４つ目の接触よりも強いようであり、Ｐｒｏ－Ｒ／Ｐｒｏ－Ｒ／Ｐｒｏ－Ｓの３つのリン酸エステルそれぞれの酸素原子を好む。Ｓｐ立体化学に由来する安定性の利点とリボヌクレアーゼＨの活性部位とを組み合わせて、２’－修飾と競争する／または２’－修飾を改良するいくつかの配列を設計することができる。ミポメルセン（ＯＮＴ－４１）と、われわれの２’－修飾ありとなしの合理的（キラル制御）設計（ＯＮＴ－８７およびＯＮＴ－１５４）とを比較するラット全肝臓ホモジネート安定性実験（表１および図１）から、２’－修飾を除去し、ＲｐおよびＳｐホスホロチオエートを注意深くキラル制御することにより、後にインビボでの効果に影響を与えるこれらのオリゴヌクレオチドの安定性をわれわれが改善できることは明らかである。
表４．ラット全肝臓（ｌｉｖｅ）ホモジネート安定性について調査したＨｕ ｃｈｉｒｏｍｅｒｓｅｎｓ
Figure 0007224319000305
Figure 0007224319000306
表５．ラット全肝臓（ｌｉｖｅ）ホモジネート安定性について調査したマウスｃｈｉｒｏｍｅｒｓｅｎｓ
Figure 0007224319000307

例示的なキラル制御されたｓｉＲＮＡ分子
Figure 0007224319000308
当技術分野の異なる教示にも関わらず、本発明は、ヌクレオチド間結合の立体化学を利用して、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物により、オリゴヌクレオチドの安定性および活性を増加することができることを認める。このようなキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、本開示に示す通り、キラル制御されないオリゴヌクレオチド組成物よりもはるかに良い結果をもたらし得る。
ヒトアルゴノート－２タンパク質（ｈＡｇｏ２）と複合体を形成したＲＮＡの結晶構造が２種類報告されている：Ｔｈｅ Ｃｒｙｓｔａｌ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ Ｈｕｍａｎ Ａｒｇｏｎａｕｔｅ－２，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２０１２（ＰＤＢ－４ｅｉ３）；およびＴｈｅ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ Ｈｕｍａｎ Ａｒｇｏｎａｕｔｅ－２ ｉｎ Ｃｏｍｐｌｅｘ ｗｉｔｈ ｍｉＲ－２０ａ Ｃｅｌｌ，２０１２（ＰＤＢ－４ｆ３ｔ）。さらに、ヒトアルゴノート－１タンパク質（ｈＡｇｏ－１）と複合体を形成したＬｅｔ－７ ＲＮＡの結晶構造が１種類報告されている：Ｔｈｅ Ｍａｋｉｎｇ ｏｆ ａ Ｓｌｉｃｅｒ：Ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ ｏｆ Ｈｕｍａｎ Ａｒｇｏｎａｕｔｅ－１，Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ．２０１３（ＰＤＢ－４ｋｒｆ）。
これらの刊行物に含まれる情報に基づいて、ホスホジエステル結合が、ホスホロチオエートジエステル結合で置換される場合に、ヌクレオチド間のリン酸結合における立体化学に関する有利な選好について、いくつかの判断を行い得ることが予想された。これらの利点は、大幅に改善された有効性、安定性および他の薬理特性に関連し得る。これを念頭に置いて、コンピュータプログラムＰｙｍｏｌを利用し、３つの構造すべてについて、結晶化したＲＮＡのタンパク質およびヌクレオチド間ホスホジエステル結合のすべての極性相互作用を突き止めた。３．５Åを超える距離の極性相互作用は無視した。
この解析結果を表１にまとめた。ホスホロチオエートジエステル類似体においては、アミノ酸残基の極性基とそれぞれの（ｒｅｓｐｅｃｔｆｕｌ）リン酸エステルの酸素原子との間に、よく似た結合が形成されるであろうという仮定に基づいて、ＲＮＡ上のホスホジエステル骨格からの特定のリン原子は、Ｐｒｏ（Ｒ）またはＰｒｏ（Ｓ）配置と帰属された。したがって、非架橋酸素の代わりに、硫黄置換が、そのモチーフ内のリン原子に特有の立体化学（（Ｓｐ）または（Ｒｐ）絶対配置）を与えるであろう。
注目すべきは、ＲＮＡとの複合体のｈＡｇｏ－２の２つの構造が並外れて良く一致していることである。また、ＲＮＡとの複合体のｈＡｇｏ－１とｈＡｇｏ－２の構造が非常に良く一致しており、これは、ＲＮＡ分子が取る構造が、これら２つのタンパク質間で非常に良く保存されることを示す。したがって、この解析結果に基づいて導かれるどのような結論または規則も、両方のタンパク質分子において有効である可能性がある。
見て分かる通り、通常、どのホスホジエステル（ｐｈｏｓｐｏｄｉｅｓｔｅｒ）基にも１つを超える極性相互作用がある。ただし、９位および１０位リン酸エステルのホスホジエステルと、Ａｒｇ３５１およびＡｒｇ７１０それぞれとの結合を通じて排他的にＰｒｏ（Ｒｐ）を選好するｈＡｇｏ－２（Ｃｅｌｌ ２０１２）との間の極性相互作用を除く。
しかし、（より強い相互作用に対応する）より短い距離、ならびに、酸素あたりの結合の数は、Ｐｒｏ（Ｒｐ）酸素またはＰｒｏ（Ｓｐ）酸素における優勢な相互作用（したがって、優勢に１つの立体化学のタイプ、またはその他のものである、いくつかの相互作用を生じる。）を示唆する可能性がある。この群内では、２位（Ｓｐ）、３位（Ｒｐ）、４位（Ｒｐ）、６位（Ｒｐ）、８位（Ｓｐ）、１９位（Ｒｐ）、２０位（Ｓｐ）および２１位（Ｓｐ）リン酸エステルのホスホジエステル間の相互作用である。
残りの相互作用については、他の立体化学に対して、特定の立体化学を取る選好はないように見受けられ、よって、好ましい立体化学は、（Ｓｐ）か（Ｒｐ）のいずれかであり得る。
この区分内では、５位（ＲｐまたはＳｐ）および７位（ＲｐまたはＳｐ）リン酸エステルのホスホジエステル間に生じる相互作用である。
他のリン酸エステル骨格での相互作用については、結晶構造の情報がなく、よって、これらの位置の立体化学は、実験データがそれ以外を示すまでは、同様に（Ｒｐ）または（Ｓｐ）のいずれかであり得る。
そこで、表６に、個々のホスホロチオエートジエステルモチーフでの立体化学に対するこの選好を利用することが想起される、非限定的で例示的なｓｉＲＮＡの一般的な構成体をいくつか示す。
表６．例示的で一般的なｓｉＲＮＡ構成体
Figure 0007224319000309
 ＊数字は、ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖の５’末端からのリン酸エステルの位置を示す（例えば、＃２は、ヌクレオチド１と２の間に位置し、＃２１は、ヌクレオチド２０と２１の間に位置する）。（Ｓｐ）および（Ｒｐ）は、示した位置のホスホロチオエート（ＰＳ）ジエステルヌクレオチド間結合のリン原子の立体化学を表す。ＰＯは、示した位置のホスホジエステルヌクレオチド間結合を表す。
例示的なｓｉＲＮＡには、ｓｉＲＮＡ二本鎖のアンチセンス鎖の３’末端および５’末端のキラルなホスホロチオエートにおいてＳｐ配置を有するｓｉＲＮＡが含まれ、これは、ヒト血清中または生体液中で、これまでになく増加した安定性を与えるが、これに限定されない。ｓｉＲＮＡ二本鎖のアンチセンス鎖の３’末端および５’末端のキラルなホスホロチオエートにおけるその同じＳｐ配置は、Ａｇｏ２タンパク質に対する親和性（ａｆｆｉｔｎｉｔｙ）が向上したことによってもたらされる、これまでになく向上した生物学的有効性を与え、ＲＩＳＣ ＲＮＡｉサイレンシング複合体内での活性の増加につながる。
１つの実施形態では、単一のキラルなホスホロチオエートモチーフが独立して、ｓｉＲＮＡ分子のアンチセンス鎖またはセンス鎖に沿った各位置に導入される。２１ｍｅｒでは、これにより、（Ｓｐ）または（Ｒｐ）キラル制御されたホスホロチオエート基と共に、８０のユニーク配列がもたらされる。独立して二本鎖にしたとき、ｓｉＲＮＡの１６００のユニークな組み合わせが調製される。
キラルなｓｉＲＮＡ分子のｓｉＲＮＡトランスフェクション
Ｈｅｐ３Ｂ細胞、またはＨｅＬａ細胞を、９６ウェルプレートにおいて２．０×１０４細胞／ウェルの密度で逆トランスフェクトした。ｓｉＲＮＡのトランスフェクションは、リポフェクタミンＲＮＡｉＭａｘ（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、カタログ番号１３７７８－１５０）で、メーカーのプロトコルを用いて行われる。ただし、リポフェクタミンＲＮＡｉＭａｘの量を１ウェルあたり０．２ｕｌに減らしたことを除く。１ｕＭから出発して、１２の１：３ ｓｉＲＮＡ二本鎖希釈液を作製する。次に、１０ｕｌの１０× ｓｉＲＮＡ二本鎖を、１ウェルあたり９．８ｕｌの血清を含まない培地および０．２ｕｌのリポフェクタミンＲＮＡｉＭａｘの調製混合物とリポプレックスにした。１０～１５分のインキュベーション後、８０ｕｌの細胞増殖培地中の２．０×１０４細胞（ＡＴＣＣ、３０－２００３）を加え、最終的に１ウェルあたり体積１００ｕｌにする。各投与について、別々のトランスフェクション作業を２回行う。
トランスフェクションの２４時間後、Ｈｅｐ３ＢまたはＨｅＬａ細胞を溶解し、ＭａｇＭＡＸ（商標）－９６全ＲＮＡ単離キット（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、ＡＭ１８３０）を用いて、ｓｉＲＮＡが標的にされるｍＲＮＡを精製する；リボヌクレアーゼ阻害剤を用いる高容量ｃＤＮＡ逆転写キット（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、４３７４９６７）で１５ｕｌのｃＤＮＡを合成する。遺伝子発現は、Ｐｒｏｂｅｓ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ（Ｒｏｃｈｅ、０４ ７０７ ４９４ ００１）を用い、メーカーのプロトコルに従って、Ｌｉｇｈｔｃｙｃｌｅｒ４８０（Ｒｏｃｈｅ）でリアルタイムＰＣＲにより評価する。
ＩＣ５０およびデータ解析
デルタデルタＣｔ法を用いて値を計算する。試料はｈＧＡＰＤＨに規格化し、偽トランスフェクトした未処理の試料にあわせて校正する。ステレオランダムな分子を対照として用いる。Ｇｒａｐｈｐａｄ Ｐｒｉｓｍを用いて、２つの生物学的複製の平均としてデータを表す。相対的なＩＣ５０を計算するために、４パラメータの線形回帰曲線をデータにあてはめ、下端と上端を０と１００の定数にそれぞれ固定する。
本実施例は、本明細書に記述されるキラル制御されたオリゴヌクレオチドからなるｓｉＲＮＡ薬剤を用いて、標的遺伝子発現の抑制に成功することを示す。具体的には、この実施例は、本明細書に記載のキラル制御された合成により調製される個々のオリゴヌクレオチド鎖のハイブリダイゼーションを表し、したがって、キラル制御された二本鎖ｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチド組成物がもたらされる。この実施例はさらに、このような薬剤を用いて細胞のトランスフェクションに成功することを示し、さらには、標的遺伝子発現の抑制に成功することを示す。
立体制御されたホスホロチオエートジエステル結合を有するヒトＰＣＳＫ９ ｓｉＲＮＡ二本鎖のヒト血清中のインビトロ代謝安定性。
１０μＭのｓｉＲＮＡ二本鎖を、９０％ヒト血清（５０μＬ、Ｓｉｇｍａ、Ｈ４５２２）中、３７℃で２４時間インキュベートした。０分時点（５０μＬ）ならびにＰＢＳ対照インキュベーション時点（５０μＬ）を調製し、ここで、１０μＭ ｓｉＲＮＡ二本鎖を９０％ １×ＰＢＳ中でインキュベートした（５０μＬ、３７℃で２４時間）。インキュベーション完了後、各時点に、１０μＬの停止液（０．５Ｍ ＮａＣｌ、５０ｍＭトリス、５ｍＭ ＥＤＴＡ、２．５％ ＩＧＥＰＡＬ）を加え、続いて、３．２μＬのプロテイナーゼＫ（２０ｍｇ／ｍＬ、Ａｍｂｉｏｎ）を加えた。試料を６０℃で２０分間インキュベートし、次に、２０００ｒｐｍで１５分間遠心分離した。最終的な反応混合物を変性ＩＥＸ ＨＰＬＣ（注入量５０μＬ）で直接分析した。２４時間および０分の積分面積の比を用いて、各ｓｉＲＮＡの分解％を求めた。
ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖およびセンス鎖の両方において、ヒト血清中でのインキュベーション時に、２１位（３’末端）の単一のホスホロチオエートの立体化学配置が、二本鎖の安定性に極めて重要な影響を持つことが観察された（図１）。図１に示し、分解パターンの積分比に従って求められるように、（Ｒｐ、Ｒｐ）ｓｉＲＮＡ二本鎖は、２４時間後、５５．０％の著しい分解を示した。ステレオランダムなｓｉＲＮＡ中のホスホロチオエートのステレオランダムな混合物は、２４時間後に２５．２％の分解を示した。（Ｓｐ／Ｓｐ）ｓｉＲＮＡは、２４時間後にわずか７．３％の分解を示した。これは、ホスホロチオエートの立体化学が治療用ｓｉＲＮＡに与える多大な影響を示す。別の例示的なデータを図２、図３、図４および図５に提示した。
ステレオ純粋な構成体はそれぞれ、骨格に沿ったホスホロチオエートモチーフの位置に応じて、異なる有効性（ＩＣ５０値）を示すことが観察される。また、任意の単一の位置のホスホロチオエートモチーフが（Ｓｐ）か（Ｒｐ）かによって異なるＩＣ５０値が得られることも観察される（ｏｂｓｅｒｖｅｒｅｄ）。安定性に対する立体化学の影響も同じく明確で、上述のヒト血清、あるいはヒト肝サイトゾル抽出物またはヘビ毒ホスホジエステラーゼ、あるいは単離されたエンドヌクレアーゼまたは単離されたエキソヌクレアーゼのいずれかを用いて差異を生じるものである。
上述の実施例で得られたデータに基づいて、特定の設計規則が定められてもよい。これらの設計情報は、下に例示の通り、ｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖および／またはセンス鎖内への複数のキラルなホスホロチオエート結合の導入に適用することができる。本発明は、適切な位置に導入され、適切な立体化学配置を有するｓｉＲＮＡのアンチセンス鎖および／またはセンス鎖内のキラルなホスホロチオエートの増量が、インビトロでの有効性および代謝安定性の点で大幅に改善されたｓｉＲＮＡ構成体－言い換えれば、薬理学的に大幅に向上した治療用ｓｉＲＮＡにつながることを認める。
ＰＣＳＫ９を標的にする例示的なキラル制御されたｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチド
プロタンパク質転換酵素スブチリシン／ケキシン９型（ＰＣＳＫ９）は、コレステロール代謝に関与する酵素である。ＰＣＳＫ９は、低密度リポタンパク質（ＬＤＬ）の受容体に結合し、その破壊を誘発する。受容体が破壊されるとき、受容体と会合したＬＤＬも排除されるが、普通なら受容体は循環して細胞表面に戻り、より多くのコレステロールを除去するはずなので、ＰＣＳＫ９が結合する正味の作用は、実際、ＬＤＬのレベルを上昇させる。
いくつかの会社が、ＰＣＳＫ９を標的にする治療薬を開発している。本開示に特に関連する会社のうち、Ｉｓｉｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ、Ｓａｎｔａｒｉｓ Ｐｈａｒｍａ、およびＡｌｎｙｌａｍ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓがそれぞれ、ＰＣＳＫ９を阻害する核酸薬剤を開発している。Ｉｓｉｓ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓの製品のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、マウスにおいてＬＤＬＲの発現を増加させ、循環総コレステロール値を下げることが示されている（Ｇｒａｈａｍら、「Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ ｏｆ ｐｒｏｐｒｏｔｅｉｎ ｃｏｎｖｅｒｔａｓｅ ｓｕｂｔｉｌｉｓｉｎ／ｋｅｘｉｎ ｔｙｐｅ ９ ｒｅｄｕｃｅｓ ｓｅｒｕｍ ＬＤＬ ｉｎ ｈｙｐｅｒｌｉｐｉｄｅｍｉｃ ｍｉｃｅ」Ｊ．Ｌｉｐｉｄ Ｒｅｓ．４８（４）：７６３－７，Ａｐｒｉｌ ２００７）。Ａｌｎｙｌａｍ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓの製品、ＡＬＮ－ＰＣＳでの初期臨床試験では、ＲＮＡ干渉が、ＰＣＳＫ９を阻害する有効な機構を提供することが明らかになっている（Ｆｒａｎｋ－Ｋａｍｅｎｅｔｓｋｙら、「Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ ＲＮＡｉ ｔａｒｇｅｔｉｎｇ ＰＣＳＫ９ ａｃｕｔｅｌｙ ｌｏｗｅｒｓ ｐｌａｓｍａ ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ ｉｎ ｒｏｄｅｎｔｓ ａｎｄ ＬＤＬ ｃｈｏｌｅｓｔｅｒｏｌ ｉｎ ｎｏｎｈｕｍａｎ ｐｒｉｍａｔｅｓ」Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．１０５（３３）：１１９１５－２０，Ａｕｇｕｓｔ ２００８）。
既知の異なる結果にも関わらず、いくつかの実施形態において、本発明は、ある立体化学構造または別の立体化学構造のホスホロチオエートモチーフが、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物により、向上した有効性、安定性および他の薬理学的品質を利用するよう合理的に設計され得ることを認める。この考え方を補強するために、表３に、ＰＣＳＫ９メッセンジャーＲＮＡを標的にするｓｉＲＮＡ配列に基づいた例示的な立体化学的に純粋な構成体を示す。
この例示的実施形態において、単一のキラルなホスホロチオエートモチーフが独立して、ｓｉＲＮＡ分子のアンチセンス鎖またはセンス鎖に沿った各位置に導入される。２１ｍｅｒでは、これにより、（Ｓｐ）または（Ｒｐ）キラル制御されたホスホロチオエート基と共に、８０のユニーク配列がもたらされる。独立して二本鎖にしたとき、ｓｉＲＮＡの１６００のユニークな組み合わせが調製される。
他の例示的実施形態において、単一のキラルなホスホロチオエートモチーフが独立して、ｓｉＲＮＡ分子のアンチセンス鎖またはセンス鎖に沿った各位置に導入される一方、３’－（Ｓｐ）ホスホロチオエート結合は保存される。２１ｍｅｒでは、これにより、（Ｓｐ）または（Ｒｐ）キラル制御されたホスホロチオエート基と共に、さらに別の８０のユニーク配列がもたらされる。独立して二本鎖にしたとき、ｓｉＲＮＡの１６００のユニークな組み合わせが調製される。
他の例示的実施形態において、複数のキラルなホスホロチオエートモチーフが独立して、表７に示すコードに従って、ｓｉＲＮＡ分子のアンチセンス鎖またはセンス鎖に沿ったいくつかの位置に導入される一方、３’－（Ｓｐ）ホスホロチオエート結合は保存される。
表７．ＰＣＳＫ－９センスおよびアンチセンスＲＮＡの実施例
Figure 0007224319000310
Figure 0007224319000311
Figure 0007224319000312
注記：小文字は、２’－ＯＭｅ ＲＮＡ残基を表す；大文字は、ＲＮＡ残基を表す；ｄ＝２’－デオキシ残基；「ｓ」は、ホスホロチオエート部分を示す。
いくつかのキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合および全部がキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合を有するヒトＰＣＳＫ９ ｓｉＲＮＡアンチセンス鎖の合成例。
Figure 0007224319000313
Figure 0007224319000314
Figure 0007224319000315
Figure 0007224319000316
注記：小文字は、２’－ＯＭｅ ＲＮＡ残基を表す；大文字は、ＲＮＡ残基を表す；ｄ＝２’－デオキシ残基；「ｓ」は、ホスホロチオエート部分を示す。
ステレオ純粋なＦＯＸＯ－１アンチセンス類似体。
合理的設計－キラル制御されたアンチセンスオリゴヌクレオチド組成物
Ｓｐキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合のインビボおよびラット全肝臓ホモジネートモデルにおいて測定された、これまでにないヌクレアーゼ安定性は、新しいタイプのリボヌクレアーゼＨ基質ギャップマーの新規設計に適用され、これにより、外側面は、非修飾ＤＮＡから構成され、内側のギャップコアは、２’化学修飾（２’ＯＭｅ、２’ＭＯＥ、２’ＬＮＡ、２’Ｆなど）で修飾される。最終的に、この設計は、ホスホロチオエート骨格の注意深いキラル制御が、リボヌクレアーゼＨ治療用オリゴヌクレオチドの所望の薬理特性を与える、完全に非修飾のＤＮＡ治療用オリゴヌクレオチドに適用される。
ヒトリボヌクレアーゼＨの結晶構造を調査した後に設計されたトリプレット－リン酸エステル繰り返しモチーフの応用も同様に利用されてきた。リボヌクレアーゼＨの結晶構造は以前に公開されている（Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ Ｈｕｍａｎ ＲＮａｓｅ Ｈ１ Ｃｏｍｐｌｅｘｅｄ ｗｉｔｈ ａｎ ＲＮＡ／ＤＮＡ Ｈｙｂｒｉｄ：Ｉｎｓｉｇｈｔ ｉｎｔｏ ＨＩＶ Ｒｅｖｅｒｓｅ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ，Ｎｏｗｏｔｎｙら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｅｌｌ，Ｖｏｌｕｍｅ ２８，Ｉｓｓｕｅ ２，２６４－２７６，２００７，ｐｄｂ ｆｉｌｅ：２ｑｋｂ）。とりわけ、本発明は、例えば、本明細書の状況における、オリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合立体化学の重要性を認める。コンピュータによるこの構造の解析をプログラムＰｙｍｏｌを用いて実施したとき、出願人は、ヒトリボヌクレアーゼＨ１のリン酸結合ポケットが、複合体を形成したＤＮＡの近接する３つのリン酸エステルと極性の接触を持ち、Ｐｒｏ－Ｒ／Ｐｒｏ－Ｒ／Ｐｒｏ－Ｓ（または、Ｐｒｏ－Ｓ／Ｐｒｏ－Ｓ／Ｐｒｏ－Ｒ）のこれら３つのリン酸エステルそれぞれの各酸素原子と優先的に相互作用することを見出した。この観察に基づいて、われわれは、設計したリボヌクレアーゼＨ基質として、繰り返し（ＲＲＳ）および（ＳＳＲ）トリプレットホスホロチオエートモチーフを有する２つのキラルな構造を設計した。また、出願人は、他のヌクレオチド間結合立体化学パターンも設計した。本明細書に記載の例示的な結果により示される通り、特定の骨格ヌクレオチド間結合パターン（骨格キラル中心のパターンを形成する。）を含むオリゴヌクレオチドタイプの提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、大幅に増加した活性および／または速度をもたらす。とりわけ、５’－ＲＳＳ－３’骨格キラル中心の配列は特に有用であり、本開示に記載の通り、予想外の結果をもたらす。
また、（酵素安定性および他の薬理学的に有利な特性のための）増加したＳｐキラルな骨格と、（リボヌクレアーゼＨ基質としての特性を向上させるための）（ＲＲＳ）または（ＳＳＲ）キラルな繰り返しトリプレット骨格モチーフとの組み合わせも、新規設計において利用される。；「Ｓ」は、Ｓｐホスホロチオエート結合を表し、「Ｒ」は、Ｒｐホスホロチオエート結合を表す。
別の代替設計は、伸長した繰り返しモチーフ、例えば：
（ＳＳＳＲ）ｎ、ＳＲ（ＳＳＳＲ）ｎ、ＳＳＲ（ＳＳＳＲ）ｎ、ＳＳＲ（ＳＳＳＲ）ｎ；（ＳＳＳＳＲ）ｎ、ＳＲ（ＳＳＳＳＲ）ｎ、ＳＳＲ（ＳＳＳＳＲ）ｎ、ＳＳＲ（ＳＳＳＳＲ）ｎ、ＳＳＳＲ（ＳＳＳＳＲ）ｎ；（ＳＳＳＳＳＲ）ｎ；ＳＲ（ＳＳＳＳＳＲ）ｎ、ＳＳＲ（ＳＳＳＳＳＲ）ｎ、ＳＳＲ（ＳＳＳＳＳＲ）ｎ、ＳＳＳＲ（ＳＳＳＳＳＲ）ｎ、ＳＳＳＳＲ（ＳＳＳＳＳＲ）など（式中、各ヌクレオチド間結合の数に応じて、ｎ＝０～５０；「Ｓ」は、Ｓｐホスホロチオエート結合を表し、「Ｒ」は、Ｒｐホスホロチオエート結合を表す。）のＳｐキラルなホスホロチオエート骨格の増量に基づいている。いくつかの実施形態において、ｎは０である。いくつかの実施形態において、Ｒは１～５０である。いくつかの実施形態において、Ｒは１である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、本明細書に記述されるモチーフを含む。いくつかの実施形態において、モチーフは、コア領域にある。いくつかの実施形態において、ｎは０である。いくつかの実施形態において、Ｒは１～５０である。いくつかの実施形態において、Ｒは１である。いくつかの実施形態において、ｎは２である。いくつかの実施形態において、ｎは３である。いくつかの実施形態において、ｎは４である。いくつかの実施形態において、ｎは５である。
別の代替設計は、ステレオ骨格の「反転」構造設計に基づいている（「ステレオインバートマー」）。これらは、キラルなホスホロチオエートの立体化学を反転させて配置し、オリゴヌクレオチドの５’および３’－末端ならびにオリゴヌクレオチドの中間部分でいくつかのＳｐに富むモチーフを露出させ、両側に倒立像で配置した繰り返し立体化学モチーフ、例えば：
ＳＳ（ＳＳＲ）ｎ（ＳＳＳ）（ＲＳＳ）ｎＳＳ；
ＳＳ（ＳＳＲ）ｎ（ＳＲＳ）（ＲＳＳ）ｎＳＳ；
ＳＳ（ＳＳＲ）ｎ（ＳＳＲ）（ＲＳＳ）ｎＳＳ；
ＳＳ（ＳＳＲ）ｎ（ＲＳＳ）（ＲＳＳ）ｎＳＳ；
ＳＳ（ＲＳＳ）ｎ（ＳＳＳ）（ＳＳＲ）ｎＳＳ；
ＳＳ（ＲＳＳ）ｎ（ＳＲＳ）（ＳＳＲ）ｎＳＳ；
ＳＳ（ＲＳＳ）ｎ（ＳＳＲ）（ＳＳＲ）ｎＳＳ；
ＳＳ（ＲＳＳ）ｎ（ＲＳＳ）（ＳＳＲ）ｎＳＳ；など
（式中、各ヌクレオチド間結合の数に応じて、ｎ＝０～５０；「Ｓ」は、Ｓｐホスホロチオエート結合を表し、「Ｒ」は、Ｒｐホスホロチオエート結合を表す。）を有することによる結果である。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンは、本明細書に記述されるモチーフを含む。いくつかの実施形態において、モチーフは、コア領域にある。いくつかの実施形態において、ｎは０である。いくつかの実施形態において、ｎは１である。いくつかの実施形態において、ｎは１～５０である。いくつかの実施形態において、ｎは２である。いくつかの実施形態において、ｎは３である。いくつかの実施形態において、ｎは４である。いくつかの実施形態において、ｎは５である。
初期スクリーニング（ｉｎｉｔｉａｌ ｓｃｒｅｅｎ）
合成：ＤＮＡ／ＲＮＡ合成装置ＭｅｒＭａｄｅ－１２でのオリゴヌクレオチド合成の概要（２’－デオキシおよび２’－ＯＭｅサイクル）
Figure 0007224319000317
Figure 0007224319000318
ＤＮＡ－２’－ＯＭｅ－ＤＮＡ（７－６－７）設計を有するステレオランダムなＰＳオリゴヌクレオチド：

ＯＮＴ－１４１ ｄ（ＣｓＣｓＣｓＴｓＣｓＴｓＧｓ）ｇｓａｓｔｓｔｓｇｓａｓｄ（ＧｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡ）
ＯＮＴ－１４２ ｄ（ＡｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＴｓ）ｇｓｇｓｔｓｔｓｇｓｇｓｄ（ＧｓＣｓＡｓＡｓＣｓＡｓＣ）
ＯＮＴ－１４３ ｄ（ＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓ）ｔｓｇｓｇｓｇｓａｓｇｓｄ（ＣｓＴｓＴｓＣｓＴｓＣｓＣ）
ＯＮＴ－１４４ ｄ（ＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓ）ｇｓａｓｇｓｃｓｔｓｔｓｄ（ＣｓＴｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧ）
ＯＮＴ－１４５ ｄ（ＡｓＴｓＡｓＧｓＣｓＣｓＡｓ）ｔｓｔｓｇｓｃｓａｓｇｓｄ（ＣｓＴｓＧｓＣｓＴｓＣｓＡ）
ＯＮＴ－１４６ ｄ（ＴｓＧｓＧｓＡｓＴｓＴｓＧｓ）ａｓｇｓｃｓａｓｔｓｃｓｄ（ＣｓＡｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧ）
ＯＮＴ－１４７ ｄ（ＣｓＣｓＡｓＴｓＡｓＧｓＣｓ）ｃｓａｓｔｓｔｓｇｓｃｓｄ（ＡｓＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓＴ）
ＯＮＴ－１４８ ｄ（ＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓ）ｇｓｇｓｇｓａｓｇｓｃｓｄ（ＴｓＴｓＣｓＴｓＣｓＣｓＴ）
ＯＮＴ－１４９ ｄ（ＣｓＣｓＡｓＧｓＧｓＧｓＣｓ）ａｓｃｓｔｓｃｓａｓｔｓｄ（ＣｓＴｓＧｓＣｓＡｓＴｓＧ）
ＯＮＴ－１５０ ｄ（ＧｓＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓ）ａｓａｓｇｓｔｓｃｓａｓｄ（ＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡ）
ＯＮＴ－１５１ ｄ（ＧｓＡｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓ）ｔｓｇｓｇｓｔｓｔｓｇｓｄ（ＧｓＧｓＣｓＡｓＡｓＣｓＡ）
ＯＮＴ－１５２ ｄ（ＣｓＴｓＧｓＧｓＡｓＴｓＴｓ）ｇｓａｓｇｓｃｓａｓｔｓｄ（ＣｓＣｓＡｓＣｓＣｓＡｓＡ）
ＯＮＴ－１８３ ｄ（ＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓ）ｃｓｔｓｔｓｇｓｇｓｇｓｄ（ＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＴ）
ＯＮＴ－１８４ ｄ（ＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴｓ）ｃｓｃｓａｓａｓｇｓｔｓｄ（ＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧ）
ＯＮＴ－１８５ ｄ（ＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓ）ｇｓｃｓｃｓｔｓｇｓｇｓｄ（ＣｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴ）
ＯＮＴ－１８６ ｄ（ＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧｓ）ｃｓｔｓｔｓｃｓｔｓｃｓｄ（ＣｓＴｓＧｓＧｓＴｓＧｓＧ）
ＯＮＴ－１８７ ｄ（ＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧｓＣｓ）ｔｓｔｓｃｓｔｓｃｓｃｓｄ（ＴｓＧｓＧｓＴｓＧｓＧｓＡ）
ＯＮＴ－１８８ ｄ（ＴｓＴｓＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓ）ａｓｔｓｇｓｃｓｃｓｔｓｄ（ＧｓＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓＣ）
ＯＮＴ－１８９ ｄ（ＧｓＴｓＴｓＡｓＴｓＧｓＡｓ）ｇｓａｓｔｓｇｓｃｓｃｓｄ（ＴｓＧｓＧｓＣｓＴｓＧｓＣ）
ＯＮＴ－１９０ ｄ（ＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓ）ａｓｃｓｔｓｔｓｇｓｇｓｄ（ＧｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣ）
ＯＮＴ－１９１ ｄ（ＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＴｓＧｓ）ｇｓｔｓｔｓｇｓｇｓｇｓｄ（ＣｓＡｓＡｓＣｓＡｓＣｓＡ）
ＯＮＴ－１９２ ｄ（ＴｓＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓ）ｔｓｇｓｃｓｃｓｔｓｇｓｄ（ＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡ）
ＯＮＴ－１９３ ｄ（ＴｓＧｓＴｓＴｓＡｓＴｓＧｓ）ａｓｇｓａｓｔｓｇｓｃｓｄ（ＣｓＴｓＧｓＧｓＣｓＴｓＧ）
ＯＮＴ－１９４ ｄ（ＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓ）ｔｓｃｓａｓｃｓｔｓｔｓｄ（ＧｓＧｓＧｓＡｓＧｓＣｓＴ）
ＯＮＴ－１９５ ｄ（ＧｓＧｓＧｓＡｓＡｓＧｓＣｓ）ｔｓｔｓｔｓｇｓｇｓｔｓｄ（ＴｓＧｓＧｓＧｓＣｓＡｓＡ）
ＯＮＴ－１９６ ｄ（ＣｓＴｓＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓ）ｃｓａｓｔｓｇｓａｓｇｓｄ（ＧｓＴｓＣｓＡｓＴｓＴｓＣ）
ＯＮＴ－１９７ ｄ（ＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓ）ｔｓｔｓｇｓｇｓｇｓａｓｄ（ＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＴｓＣ）
ＯＮＴ－１９８ ｄ（ＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓ）ａｓｇｓｔｓｃｓａｓｃｓｄ（ＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧ）
ＯＮＴ－１９９ ｄ（ＴｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓ）ｃｓａｓｃｓｔｓｔｓｇｓｄ（ＧｓＧｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴ）
ＯＮＴ－２００ ｄ（ＣｓＣｓＴｓＣｓＴｓＧｓＧｓ）ａｓｔｓｔｓｇｓａｓｇｓｄ（ＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＣ）
ＯＮＴ－２０１ ｄ（ＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓ）ａｓｇｓｃｓｔｓｔｓｃｓｄ（ＴｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＴ）
ＯＮＴ－２０２ ｄ（ＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓ）ｇｓｃｓｔｓｔｓｃｓｔｓｄ（ＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＴｓＧ）
ＯＮＴ－２０３ ｄ（ＣｓＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡｓ）ｔｓｃｓｃｓａｓａｓｇｓｄ（ＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧ）
ＯＮＴ－２０４ ｄ（ＴｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓ）ｃｓａｓａｓｇｓｔｓｃｓｄ（ＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧ）
ＯＮＴ－２０５ ｄ（ＴｓＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓ）ａｓｔｓｇｓａｓｇｓｇｓｄ（ＴｓＣｓＡｓＴｓＴｓＣｓＣ）
ＯＮＴ－２０６ ｄ（ＡｓＧｓＧｓＧｓＣｓＡｓＣｓ）ｔｓｃｓａｓｔｓｃｓｔｓｄ（ＧｓＣｓＡｓＴｓＧｓＧｓＧ）
ＯＮＴ－２０７ ｄ（ＣｓＣｓＡｓＧｓＴｓＴｓＣｓ）ｃｓｔｓｔｓｃｓａｓｔｓｄ（ＴｓＣｓＴｓＧｓＣｓＡｓＣ）
ＯＮＴ－２０８ ｄ（ＣｓＡｓＴｓＡｓＧｓＣｓＣｓ）ａｓｔｓｔｓｇｓｃｓａｓｄ（ＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓＴｓＣ）
ＯＮＴ－２０９ ｄ（ＴｓＣｓＴｓＧｓＧｓＡｓＴｓ）ｔｓｇｓａｓｇｓｃｓａｓｄ（ＴｓＣｓＣｓＡｓＣｓＣｓＡ）
ＯＮＴ－２１０ ｄ（ＧｓＧｓＡｓＴｓＴｓＧｓＡｓ）ｇｓｃｓａｓｔｓｃｓｃｓｄ（ＡｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＡ）

初期のＤＮＡ－２’－ＯＭｅ－ＤＮＡ（７－６－７）設計のＨｅｐＧ２細胞におけるインビトロの生物学データ：（ｄ大文字）＝ＤＮＡ；小文字＝２’－ＯＭｅ；ｓ＝ホスホロチオエート。
ＦＯＸＯ１
２０ｎＭ時のレベル（％） ＳＤ
ＯＮＴ－１４１ ８９ ６
ＯＮＴ－１４２ ４５ １
ＯＮＴ－１４３ ９８ ２
ＯＮＴ－１４４ ８９ １
ＯＮＴ－１４５ ４６ ５
ＯＮＴ－１４６ ９９ １
ＯＮＴ－１４７ ６６ ６
ＯＮＴ－１４８ １０１ ２
ＯＮＴ－１４９ ９５ ６
ＯＮＴ－１５０ ５８ ４
ＯＮＴ－１５１ ４１ ５
ＯＮＴ－１５２ ８４ ５
ＯＮＴ－１８３ ９５ ２
ＯＮＴ－１８４ ５８ ４
ＯＮＴ－１８５ ４２ ２
ＯＮＴ－１８６ ９６ ４
ＯＮＴ－１８７ ９２ ３
ＯＮＴ－１８８ ４７ ５
ＯＮＴ－１８９ ６３ ５
ＯＮＴ－１９０ ８３ ２
ＯＮＴ－１９１ ５８ ４
ＯＮＴ－１９２ ４６ ２
ＯＮＴ－１９３ ５８ ２
ＯＮＴ－１９４ ７６ １
ＯＮＴ－１９５ ６６ ０
ＯＮＴ－１９６ ７７ ２
ＯＮＴ－１９７ ９０ ６
ＯＮＴ－１９８ ４２ ４
ＯＮＴ－１９９ ６８ １
ＯＮＴ－２００ ８９ ６
ＯＮＴ－２０１ ９１ ２
ＯＮＴ－２０２ ９４ ２
ＯＮＴ－２０３ ８６ １
ＯＮＴ－２０４ ５８ ２
ＯＮＴ－２０５ ７５ ３
ＯＮＴ－２０６ ９４ ５
ＯＮＴ－２０７ ９６ ０
ＯＮＴ－２０８ ５４ ０
ＯＮＴ－２０９ ８７ ４
ＯＮＴ－２１０ ９２ ４

ＦＯＸＯ１
２００ｎＭ時のレベル（％） ＳＤ
ＯＮＴ－１４１ ３７ ４
ＯＮＴ－１４２ ４５ ４
ＯＮＴ－１４３ ４６ ２
ＯＮＴ－１４４ ４２ ５
ＯＮＴ－１４５ ５３ ４
ＯＮＴ－１４６ ３１ ２
ＯＮＴ－１４７ ２８ ８
ＯＮＴ－１４８ ４５ ４
ＯＮＴ－１４９ ２９ ５
ＯＮＴ－１５０ ３２ ６
ＯＮＴ－１５１ ３８ ４
ＯＮＴ－１５２ ３０ ５
ＯＮＴ－１８３ ６０ ５
ＯＮＴ－１８４ ３４ ２
ＯＮＴ－１８５ ５０ ２
ＯＮＴ－１８６ ８６ ３
ＯＮＴ－１８７ ７６ ６
ＯＮＴ－１８８ ５０ ５
ＯＮＴ－１８９ ３８ ２
ＯＮＴ－１９０ ５１ １
ＯＮＴ－１９１ ４３ ５
ＯＮＴ－１９２ ５４ ７
ＯＮＴ－１９３ ４１ ６
ＯＮＴ－１９４ ５０ １
ＯＮＴ－１９５ ４３ ６
ＯＮＴ－１９６ ３３ ７
ＯＮＴ－１９７ ５７ ４
ＯＮＴ－１９８ ４０ ５
ＯＮＴ－１９９ ５０ ５
ＯＮＴ－２００ ２８ ９
ＯＮＴ－２０１ ４６ ６
ＯＮＴ－２０２ ５７ ９
ＯＮＴ－２０３ ２７ ７
ＯＮＴ－２０４ ３６ ６
ＯＮＴ－２０５ ２９ ５
ＯＮＴ－２０６ ８１ ０
ＯＮＴ－２０７ ３７ ４
ＯＮＴ－２０８ ４３ ３
ＯＮＴ－２０９ ３５ ４
ＯＮＴ－２１０ ４０ ４

２’－ＯＭｅ－ＤＮＡ－２’ＯＭｅ（３－１４－３）設計を有するステレオランダムなＰＳオリゴヌクレオチド：（ｄ大文字）＝ＤＮＡ；小文字＝２’－ＯＭｅ；ｓ＝ホスホロチオエート。
ＯＮＴ－１２９ ｃｓｃｓｃｓｄ（ＴｓＣｓＴｓＧｓＧｓＡｓＴｓＴｓＧｓＡｓＧｓＣｓＡｓＴｓ）ｃｓｃｓａ
ＯＮＴ－１３０ ａｓａｓｇｓｄ（ＣｓＴｓＴｓＴｓＧｓＧｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＣｓＡｓＡｓ）ｃｓａｓｃ
ＯＮＴ－１３１ ａｓｇｓｔｓｄ（ＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓ）ｔｓｃｓｃ
ＯＮＴ－１３２ ｃｓａｓｃｓｄ（ＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＴｓＣｓＣｓ）ｔｓｇｓｇ
ＯＮＴ－１３３ ａｓｔｓａｓｄ（ＧｓＣｓＣｓＡｓＴｓＴｓＧｓＣｓＡｓＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓ）ｔｓｃｓａ
ＯＮＴ－１３４ ｔｓｇｓｇｓｄ（ＡｓＴｓＴｓＧｓＡｓＧｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＣｓＣｓ）ａｓａｓｇ
ＯＮＴ－１３５ ｃｓｃｓａｓｄ（ＴｓＡｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴｓＴｓＧｓＣｓＡｓＧｓＣｓＴｓ）ｇｓｃｓｔ
ＯＮＴ－１３６ ｇｓｔｓｃｓｄ（ＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＴｓ）ｃｓｃｓｔ
ＯＮＴ－１３７ ｃｓｃｓａｓｄ（ＧｓＧｓＧｓＣｓＡｓＣｓＴｓＣｓＡｓＴｓＣｓＴｓＧｓＣｓ）ａｓｔｓｇ
ＯＮＴ－１３８ ｇｓｃｓｃｓｄ（ＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓ）ｇｓｇｓａ
ＯＮＴ－１３９ ｇｓａｓａｓｄ（ＧｓＣｓＴｓＴｓＴｓＧｓＧｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＣｓＡｓ）ａｓｃｓａ
ＯＮＴ－１４０ ｃｓｔｓｇｓｄ（ＧｓＡｓＴｓＴｓＧｓＡｓＧｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＣｓ）ｃｓａｓａ
ＯＮＴ－１５５ ｃｓａｓａｓｄ（ＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧｓＣｓＴｓ）ｔｓｃｓｔ
ＯＮＴ－１５６ ａｓｔｓｇｓｄ（ＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓ）ｔｓｇｓｇ
ＯＮＴ－１５７ ａｓｔｓｇｓｄ（ＡｓＧｓＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓ）ｃｓａｓｔ
ＯＮＴ－１５８ ｔｓｔｓｇｓｄ（ＧｓＧｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＴｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓ）ｔｓｇｓｇ
ＯＮＴ－１５９ ｔｓｇｓｇｓｄ（ＧｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＴｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＴｓ）ｇｓｇｓａ
ＯＮＴ－１６０ ｔｓｔｓａｓｄ（ＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＣｓＴｓ）ｇｓｃｓｃ
ＯＮＴ－１６１ ｇｓｔｓｔｓｄ（ＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＣｓ）ｔｓｇｓｃ
ＯＮＴ－１６２ ｃｓｃｓａｓｄ（ＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧｓＣｓ）ｔｓｔｓｃ
ＯＮＴ－１６３ ａｓｇｓｃｓｄ（ＴｓＴｓＴｓＧｓＧｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＣｓＡｓＡｓＣｓ）ａｓｃｓａ
ＯＮＴ－１６４ ｔｓａｓｔｓｄ（ＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＣｓＴｓＧｓ）ｃｓｃｓａ
ＯＮＴ－１６５ ｔｓｇｓｔｓｄ（ＴｓＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓ）ｃｓｔｓｇ
ＯＮＴ－１６６ ａｓｔｓｃｓｄ（ＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓ）ｇｓｃｓｔ
ＯＮＴ－１６７ ｇｓｇｓｇｓｄ（ＡｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＴｓＧｓＧｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓ）ｃｓａｓａ
ＯＮＴ－１６８ ｃｓｔｓｃｓｄ（ＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＧｓＴｓＣｓＡｓ）ｔｓｔｓｃ
ＯＮＴ－１６９ ａｓａｓｇｓｄ（ＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓ）ｃｓｔｓｃ
ＯＮＴ－１７０ ｃｓｃｓａｓｄ（ＴｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓ）ｇｓａｓｇ
ＯＮＴ－１７１ ｔｓｃｓｃｓｄ（ＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧｓ）ｃｓｔｓｔ
ＯＮＴ－１７２ ｃｓｃｓｔｓｄ（ＣｓＴｓＧｓＧｓＡｓＴｓＴｓＧｓＡｓＧｓＣｓＡｓＴｓＣｓ）ｃｓａｓｃ
ＯＮＴ－１７３ ａｓｃｓｔｓｄ（ＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＴｓＣｓＣｓＴｓ）ｇｓｇｓｔ
ＯＮＴ－１７４ ｃｓｔｓｔｓｄ（ＧｓＧｓＧｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＣｓＴｓＣｓＣｓＴｓＧｓ）ｇｓｔｓｇ
ＯＮＴ－１７５ ｃｓａｓｔｓｄ（ＧｓＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓ）ｔｓｔｓｇ
ＯＮＴ－１７６ ｔｓｇｓｃｓｄ（ＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓ）ｇｓｇｓｇ
ＯＮＴ－１７７ ｔｓｃｓｃｓｄ（ＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＧｓＴｓＣｓＡｓＴｓ）ｔｓｃｓｃ
ＯＮＴ－１７８ ａｓｇｓｇｓｄ（ＧｓＣｓＡｓＣｓＴｓＣｓＡｓＴｓＣｓＴｓＧｓＣｓＡｓＴｓ）ｇｓｇｓｇ
ＯＮＴ－１７９ ｃｓｃｓａｓｄ（ＧｓＴｓＴｓＣｓＣｓＴｓＴｓＣｓＡｓＴｓＴｓＣｓＴｓＧｓ）ｃｓａｓｃ
ＯＮＴ－１８０ ｃｓａｓｔｓｄ（ＡｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴｓＴｓＧｓＣｓＡｓＧｓＣｓＴｓＧｓ）ｃｓｔｓｃ
ＯＮＴ－１８１ ｔｓｃｓｔｓｄ（ＧｓＧｓＡｓＴｓＴｓＧｓＡｓＧｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓ）ｃｓｃｓａ
ＯＮＴ－１８２ ｇｓｇｓａｓｄ（ＴｓＴｓＧｓＡｓＧｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＣｓＣｓＡｓ）ａｓｇｓａ

２’－ＯＭｅ－ＤＮＡ－２’－ＯＭｅ（３－１４－３）設計のＨｅｐＧ２細胞におけるインビトロの生物学データ：
ＦＯＸＯ１
２０ｎＭ時のレベル（％） ＳＤ
ＯＮＴ－１２９ ８２ ５
ＯＮＴ－１３０ ４９ ４
ＯＮＴ－１３１ ９２ ３
ＯＮＴ－１３２ ９１ ２
ＯＮＴ－１３３ ５８ ３
ＯＮＴ－１３４ ７３ ２
ＯＮＴ－１３５ ６５ ５
ＯＮＴ－１３６ ９２ ２
ＯＮＴ－１３７ ９４ ２
ＯＮＴ－１３８ ７８ １
ＯＮＴ－１３９ ６１ １
ＯＮＴ－１４０ ８２ ４
ＯＮＴ－１５５ ９５ ２
ＯＮＴ－１５６ ７４ １
ＯＮＴ－１５７ ５６ ２
ＯＮＴ－１５８ ９３ １
ＯＮＴ－１５９ ９４ １
ＯＮＴ－１６０ ７１ １
ＯＮＴ－１６１ ６７ １
ＯＮＴ－１６２ ８９ １
ＯＮＴ－１６３ ５５ ７
ＯＮＴ－１６４ ６８ ４
ＯＮＴ－１６５ ７０ １
ＯＮＴ－１６６ ８９ ４
ＯＮＴ－１６７ ８１ ０
ＯＮＴ－１６８ ８１ ０
ＯＮＴ－１６９ ９４ ０
ＯＮＴ－１７０ ８８ １
ＯＮＴ－１７１ ９２ ４
ＯＮＴ－１７２ ８６ ２
ＯＮＴ－１７３ ９０ １
ＯＮＴ－１７４ ９３ ２
ＯＮＴ－１７５ ８４ １
ＯＮＴ－１７６ ８０ ２
ＯＮＴ－１７７ ８３ ２
ＯＮＴ－１７８ ９５ ２
ＯＮＴ－１７９ ９３ ８
ＯＮＴ－１８０ ６８ ７
ＯＮＴ－１８１ ８５ ５
ＯＮＴ－１８２ ８０ ５
ＦＯＸＯ１
２００ｎＭ時のレベル（％） ＳＤ
ＯＮＴ－１２９ ２７ １
ＯＮＴ－１３０ ４６ ４
ＯＮＴ－１３１ ５３ ９
ＯＮＴ－１３２ ５３ ２
ＯＮＴ－１３３ ４８ ６
ＯＮＴ－１３４ ３５ ９
ＯＮＴ－１３５ ４５ １５
ＯＮＴ－１３６ ４０ ７
ＯＮＴ－１３７ ５０ ４
ＯＮＴ－１３８ ８０ ３
ＯＮＴ－１３９ ４０ ３
ＯＮＴ－１４０ ３３ １３
ＯＮＴ－１５５ ５２ ２
ＯＮＴ－１５６ ３５ ４
ＯＮＴ－１５７ ３９ ２
ＯＮＴ－１５８ ８７ ６
ＯＮＴ－１５９ ８９ ５
ＯＮＴ－１６０ ３３ １０
ＯＮＴ－１６１ ４０ １１
ＯＮＴ－１６２ ６０ ７
ＯＮＴ－１６３ ４２ ８
ＯＮＴ－１６４ ３４ １０
ＯＮＴ－１６５ ３８ １
ＯＮＴ－１６６ ６２ ９
ＯＮＴ－１６７ ６４ １
ＯＮＴ－１６８ ３８ ２
ＯＮＴ－１６９ ６７ ３
ＯＮＴ－１７０ ７４ ８
ＯＮＴ－１７１ ６５ ５
ＯＮＴ－１７２ ３３ １８
ＯＮＴ－１７３ ７２ １５
ＯＮＴ－１７４ ６５ １５
ＯＮＴ－１７５ ３８ ２１
ＯＮＴ－１７６ ４８ ８
ＯＮＴ－１７７ ２８ ５
ＯＮＴ－１７８ ９７ １１
ＯＮＴ－１７９ ４７ ６
ＯＮＴ－１８０ ５６ １２
ＯＮＴ－１８１ ４５ ２６
ＯＮＴ－１８２ ３３ １７

Ｈｉｔの選択：
ＯＮＴ－１５１ ｄ（ＧｓＡｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓ）ｔｓｇｓｇｓｔｓｔｓｇｓｄ（ＧｓＧｓＣｓＡｓＡｓＣｓＡ）
ＯＮＴ－１９８ ｄ（ＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓ）ａｓｇｓｔｓｃｓａｓｃｓｄ（ＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧ）
ＯＮＴ－１８５ ｄ（ＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓ）ｇｓｃｓｃｓｔｓｇｓｇｓｄ（ＣｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴ）
ＯＮＴ－１４２ ｄ（ＡｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＴｓ）ｇｓｇｓｔｓｔｓｇｓｇｓｄ（ＧｓＣｓＡｓＡｓＣｓＡｓＣ）
ＯＮＴ－１４５ ｄ（ＡｓＴｓＡｓＧｓＣｓＣｓＡｓ）ｔｓｔｓｇｓｃｓａｓｇｓｄ（ＣｓＴｓＧｓＣｓＴｓＣｓＡ）
ＯＮＴ－１９２ ｄ（ＴｓＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓ）ｔｓｇｓｃｓｃｓｔｓｇｓｄ（ＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡ）
ＯＮＴ－１８８ ｄ（ＴｓＴｓＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓ）ａｓｔｓｇｓｃｓｃｓｔｓｄ（ＧｓＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓＣ）

二次スクリーニング。化学および立体化学スクリーニング
ＤＮＡ／ＲＮＡ合成装置ＭｅｒＭａｄｅ－１２でのオリゴヌクレオチド合成の概要（立体化学が明確な（ｓｔｅｒｅｏｄｅｆｉｎｅｄ）ホスホロチオエート２’－デオキシおよび２’－ＯＭｅサイクル）

Figure 0007224319000319
 ＦＯＸＯ１ Ｈｉｔ配列に適用される例：
例には、以下が含まれるが、これらに限定されない：
（Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ）ｄ［ＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧ］
（Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ）ｄ［ＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧ］
（Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ）ｄ［ＧｓＡｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＴｓＧｓＧｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＣｓＡｓＡｓＣｓＡ］
（Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ）ｄ［ＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧ］
（Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ）ｄ［ＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧ］
（Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ） ｄ［ＧｓＡｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＴｓＧｓＧｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＣｓＡｓＡｓＣｓＡ］
（Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ）ｄ［ＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴ］
（Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ）ｄ［ＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴ］
（Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ）ｄ［ＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴ］
（Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ）ｄ［ＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴ］
（Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ） ｄ［ＧｓＡｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＴｓＧｓＧｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＣｓＡｓＡｓＣｓＡ］
（Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ）ｄ［ＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓ］（ＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓ） ＯＭｅｄ［ＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧ］
（Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ）ｄ［ＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓ］（ＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓ） ＯＭｅ ｄ［ＣｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴ］
（Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ）ｄ［ＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓ］（ＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓ） ＬＮＡｄ［ＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧ］
（Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ）ｄ［ＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓ］（ＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓ） ＬＮＡ ｄ［ＣｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴ］
（Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ）ｄ［ＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓ］（ＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓ） ＭＯＥｄ［ＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧ］
（Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ）ｄ［ＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓ］（ＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓ） ＭＯＥ ｄ［ＣｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴ］
（Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ）（ＣｓＣｓＡｓ）ＯＭｅｄ［ＴｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓ］（ＧｓＡｓＧ）ＯＭｅ
（Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ）（ＡｓＴｓＧｓ）ＭＯＥｄ［ＡｓＧｓＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓ］（ＣｓＡｓＴ）ＭＯＥ
（Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ）（ＣｓＣｓＡｓ）ＬＮＡｄ［ＴｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓ］（ＧｓＡｓＧ）ＬＮＡ
（Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ）（ＡｓＴｓＧｓ）ＯＭｅｄ［ＡｓＧｓＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓ］（ＣｓＡｓＴ）ＯＭｅ
（Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ）ｄ［ＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧ］
（Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ）ｄ［ＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴ］
（Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ） ｄ［ＧｓＡｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＴｓＧｓＧｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＣｓＡｓＡｓＣｓＡ］
（Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ）ｄ［ＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴ］
（Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ）ｄ［ＣｓＣｓＡｓＴｓＣｓＣｓＡｓＡｓＧｓＴｓＣｓＡｓＣｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＡｓＧ］
（Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ）ｄ［ＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴ］
（Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ） ｄ［ＧｓＡｓＡｓＧｓＣｓＴｓＴｓＴｓＧｓＧｓＴｓＴｓＧｓＧｓＧｓＣｓＡｓＡｓＣｓＡ］
（Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｓｐ， Ｒｐ， Ｓｐ， Ｓｐ）ｄ［ＡｓＴｓＧｓＡｓＧｓＡｓＴｓＧｓＣｓＣｓＴｓＧｓＧｓＣｓＴｓＧｓＣｓＣｓＡｓＴ］
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核酸高分子の抑制
とりわけ、本発明は、例えば、場合によって、核酸高分子の切断により、このような核酸高分子を抑制するために用いられるとき、予想外の結果をもたらすキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物およびその方法を提供する。例には、本明細書に提示されているものが含まれるが、それらに限定されない。
リボヌクレアーゼＨアッセイ
ヌクレアーゼによる核酸高分子の切断速度、例えば、リボヌクレアーゼＨによるＲＮＡの切断速度は、アンチセンス技術などの治療技術におけるオリゴヌクレオチドの使用に関して重要である。われわれのアッセイを用いて、われわれは、特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドが相補ＲＮＡに結合するときの切断速度を調査し、特定のオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物（Ｐ－ジアステレオマー）の代謝産物を分析した。以下の結果も、本発明により認められる切断パターンの重要性を示す。
本明細書において用いられるリボヌクレアーゼＨは、ＲＮＡ／ＤＮＡハイブリッドのＲＮＡ鎖を加水分解する、普遍的に発現したエンドヌクレアーゼである。これは、アンチセンスオリゴヌクレオチドの作用機序において重要な役割を果たす。いくつかの実施形態において、ＲＮＡ基質が構成されるとき、リボヌクレアーゼＨ切断速度は大幅に小さくなる（Ｌｉｍａ，Ｗ．Ｆ．，Ｖｅｎｋａｔｒａｍａｎ，Ｍ．，Ｃｒｏｏｋｅ，Ｓ．Ｔ．Ｔｈｅ Ｉｎｆｌｕｅｎｃｅ ｏｆ Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ－ｉｎｄｕｃｅｄ ＲＮＡ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｎ Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ ＲＮａｓｅ Ｈ１ Ａｃｔｉｖｉｔｙ，Ｔｈｅ Ｊｏｕｒｎａｌ Ｏｆ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ２７２，Ｎｏ．２９，１８１９１－１８１９９（１９９７））。さらに、２’－ＭＯＥギャップマー設計（５－１０－５）は、ＲＮＡ標的に対するより高い親和性をもたらし、最小限のアンチセンス鎖のターンオーバーにつながる。翼内の２’－ＭＯＥ修飾の存在も、リボヌクレアーゼＨ切断部位の数を減少させる。
ＲＮＡ切断速度を調査するために、本発明は、リボヌクレアーゼＨと共にインキュベーションした後に残留するＲＮＡの長さを定量する簡便なアッセイを提供する。提供される方法は、とりわけ、ステレオランダムな２’－修飾ギャップマー、ステレオランダムなＤＮＡオリゴヌクレオチド組成物、および異なる標的の様々なオリゴマーのキラル純粋なＰ－ジアステレオマー（対応するオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物）のリボヌクレアーゼＨ切断の相対速度をもたらす。２’－修飾領域およびＤＮＡコアの立体化学を変化させると、これらの領域の立体化学が、その基質に対するリボヌクレアーゼＨの相互作用にどのように影響を与えるかについての情報が得られる。異なる時点でのリボヌクレアーゼＨ反応混合物をＬＣＭＳで分析して切断パターンを求めた。本発明は、とりわけ、最適な活性、例えば、アンチセンス活性のための立体化学的核酸構造の設計に極めて重要な核酸高分子（例えば、ＲＮＡ）切断速度および切断パターン（地図）を提供する。
装置：
Ａｌｌｉａｎｃｅ ＨＰＬＣ、２４８９－ＴＵＶ、２６９５Ｅ－オートサンプラーを装備
Ｃａｒｙ１００（Ａｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）
方法：
ＤＮＡ／ＲＮＡ二本鎖調製物：オリゴヌクレオチド濃度は、水中で２６０ｎｍの吸光度を測定して求めた。ＤＮＡ／ＲＮＡ二本鎖は、鎖の濃度が１０ｕＭの等モルのオリゴヌクレオチド溶液を混合して調製した。混合物は、水浴中、９０℃で２分間加熱し、数時間かけてゆっくりと冷却した。
ヒトリボヌクレアーゼＨタンパク質の発現および精製：ＮＩＨ ＢｅｔｈｅｓｄａのＷｅｉ Ｙａｎｇ教授の研究室からヒトリボヌクレアーゼＨＣクローンを入手した。このヒトリボヌクレアーゼＨＣ（残基１３６～２８６）を得るためのプロトコルが記述されている（Ｎｏｗｏｔｎｙ，Ｍ．ら、Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ Ｈｕｍａｎ ＲＮａｓｅ Ｈ１ Ｃｏｍｐｌｅｘｅｄ ｗｉｔｈ ａｎ ＲＮＡ／ＤＮＡ Ｈｙｂｒｉｄ：Ｉｎｓｉｇｈｔ ｉｎｔｏ ＨＩＶ Ｒｅｖｅｒｓｅ Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｅｌｌ ２８，２６４－２７６，（２００７））。タンパク質の発現は、生じるタンパク質がＮ末端のＨｉｓ６タグを有していたことを除いて、報告されているプロトコルに従って行った。ＬＢ培地のＢＬ２１（ＤＥ３）Ｅ．ｃｏｌｉ細胞をタンパク質発現に用いた。細胞は、ＯＤ６００がおよそ０．７に達するまで３７℃で増殖させた。次に、培地を冷却し、０．４ｍＭ ＩＰＴＧを加えて、１６℃で一晩、タンパク質発現を誘導した。プロテアーゼ阻害剤（Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ）を加えた緩衝液Ａ（４０ｍＭ ＮａＨ２ＰＯ４（ｐＨ７．０）、１Ｍ ＮａＣｌ、５％グリセロール、２．８ｍＭ β－メルカプトエタノールおよび１０ｍＭ イミダゾール）中で超音波処理して、Ｅ．ｃｏｌｉの抽出物を調製した。緩衝液Ａに６０ｍＭ イミダゾールを加えたものを用いて、Ｎｉアフィニティーカラムにより抽出物を精製した。６０～３００ｍＭ イミダゾールの直線勾配でタンパク質を溶離した。タンパク質のピークを集め、Ｍｏｎｏ Ｓカラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ）で、緩衝液Ｂにおいて１００ｍＭ－５００ｍＭ ＮａＣｌ勾配でさらに精製した。リボヌクレアーゼＨＣを含む分画を、保存緩衝液（２０ｍＭ ＨＥＰＥＳ（ｐＨ７．０）、１００ｍＭ ＮａＣｌ、５％グリセロール、０．５ｍＭ ＥＤＴＡ、２ｍＭ ＤＴＴ）中、０．３ｍｇ／ｍｌまで濃縮し、－２０℃で保管した。０．３ｍｇ／ｍｌの酵素濃度は、その報告された吸光係数（３２０９５ｃｍ－１Ｍ－１）およびＭＷ（１８９６３．３Ｄａ単位）に基づき、１７．４ｕＭに対応する。
リボヌクレアーゼＨアッセイ：９６ウェルプレートで、２５μＬ ＤＮＡ／ＲＮＡ二本鎖（１０μＭ）に、５μＬの１０×リボヌクレアーゼＨ緩衝液、続いて、１５μＬの水を加えた。混合物を３７℃で数分間インキュベートし、次に、５μＬの０．１μＭ酵素原液を加え、最終的な基質／酵素濃度５μＭ／０．０１μＭ（５００：１）で全体積５０μＬにして、さらに３７℃でインキュベートした。様々な比のＤＮＡ／ＲＮＡ二本鎖：これらの条件を用いてリボヌクレアーゼＨタンパク質を調査し、速度の調査に最適な比を求めた。１０μＬの５００ｍＭ ＥＤＴＡ二ナトリウム水溶液を用いて、様々な時点で反応を停止した。ゼロ分の時点では、酵素を加える前に反応混合物にＥＤＴＡを加えた。対照を試験して、ＥＤＴＡが酵素活性を完全にうまく抑制できることを確かめた。すべての反応を停止した後、１０μＬの各反応混合物を分析用ＨＰＬＣカラム（ＸＢｒｉｄｇｅ Ｃ１８、３．５ｕｍ、４．６×１５０ｍｍ、Ｗａｔｅｒｓ部品番号１８６００３０３４）に注入した。Ｋｃａｔ／Ｋｍは、二重標識したＲＮＡを用いる依存型ＦＲＥＴ（蛍光共鳴エネルギー移動）リボヌクレアーゼＨアッセイなど、いくつかの方法で測定することができて、ＳｐｅｃｔｒａＭａｘでモニターすることができる。
ＬＣＭＳ用サンプル調製の固相抽出カラムプロトコル：ＬＣＭＳ分析の前に、９６ウェルプレート（Ｗａｔｅｒｓ部品番号１８６００２３２１）を用いて、リボヌクレアーゼＨ反応混合物をきれいにした。マニホールド（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ部品番号ＭＳＶ ＭＨＴＳ００）を利用して、弱い真空下、５００μＬのアセトニトリル、続いて水を用いてプレートを平衡にした。プレートを乾燥させないように注意した。約５０～１００μＬのリボヌクレアーゼＨ反応混合物を各ウェルに入れ、続いて、弱い真空下、水洗浄（２ｍＬ）した。２×５００μＬの７０％ ＡＣＮ／水を用いて試料を回収した。回収した試料を２ｍＬ遠心分離管に移し、ｓｐｅｅｄ ｖａｃで濃縮乾固した。ＬＣＭＳ分析のために、乾燥した各試料を１００μＬの水で戻して、Ａｃｑｕｉｔｙ ＵＰＬＣ（ＯＳＴ Ｃ１８ １．７ｕｍ、２．１×５０ｍｍ（部品番号１８６００３９４９））に１０μＬ注入した。
質量分析のために、Ｃ１８ ９６ウェルプレート（Ｗａｔｅｒｓ）を用いて、反応停止後の反応混合物をきれいにした。オリゴマーを７０％アセトニトリル／水で溶離した。ｓｐｅｅｄｖａｃを用いてアセトニトリルを蒸発させ、生じた残留物を注入するため水で戻した。
溶離液Ａ＝５０ｍＭ酢酸トリエチルアンモニウム
溶離液Ｂ＝アセトニトリル
カラム温度＝６０℃
ＵＶを２５４ｎｍおよび２８０ｎｍで記録した
ＲＰ－ＨＰＬＣ勾配法
Figure 0007224319000320
ＨＰＬＣクロマトグラム上で、全長ＲＮＡオリゴマー（ＯＮＴ－２８）に対応するピーク面積を積分してＤＮＡピークを用いて規格化し、時間に対してプロットした（図８）。ＯＮＴ－８７は、二本鎖の形態のときの相補ＲＮＡにおいて、他の産物候補およびミポメルセンと比較して優れた切断を示した。このパネルのすべてのジアステレオマーは、リボヌクレアーゼＨ酵素を活性化しない２’－ＭＯＥ修飾翼を有するため、理論によって制限されることは意図しないが、活性はＤＮＡコアの立体化学の影響を受ける可能性があることに出願人は言及する。アンチセンス鎖にミポメルセンを含むＯＮＴ－７７からＯＮＴ－８１を有するヘテロ二本鎖は、非常に似たＲＮＡ切断速度を示す。交互のＳｐ／Ｒｐ立体化学を有するＯＮＴ－８９は、試験した条件下、試験した時間枠で最も低い活性を示した。ＭＯＥ修飾を有する試験したオリゴヌクレオチドのうち、アンチセンス鎖のＯＮＴ－８７およびＯＮＴ－８８単位は、残りのヘテロ二本鎖と比較して、活性の増加を示した。特に、ＯＮＴ－８７は驚いたことに、大きな切断速度および予想外に低レベルの残留標的ＲＮＡをもたらした。別の例示的なデータを図６および図２４に示した。
インビトロのオリゴヌクレオチドトランスフェクションアッセイ：トランスフェクションアッセイは当業者に広く知られており、行われている。例示的なプロトコルは、本明細書に記述される。Ｈｅｐ３Ｂ細胞は、リポフェクタミン２０００（Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、カタログ番号１１６６８－０１９）を用い、メーカーのプロトコルを用いて、９６ウェルプレートにおいて１８×１０３細胞／ウェルの密度でリバーストランスフェクトする。用量反応曲線のために、６０～１００ｎＭから出発して８ １／３連続希釈を用いる。２５μＬの６×オリゴヌクレオチド濃縮物は、０．４μＬのリポフェクタミン２０００と、１ウェルあたり２５μＬの血清を含まない培地Ｏｐｔｉ－ＭＥＭ培地（Ｇｉｂｃｏ、カタログ番号３１９８５－０６２）との調製混合物と混合される。２０分のインキュベーション後、ＤＭＥＭ細胞培地（Ｇｉｂｃｏ、カタログ番号１１９６５－０９２）中の１０％ ＦＢＳに懸濁させた１００μＬの１８０×１０３細胞／ｍＬを加え、最終的に１ウェルあたり体積１５０μＬにする。遺伝子導入後２４～４８時間に、培養細胞用のＱｕａｎｔｉＧｅｎｅ試料処理キット（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ、カタログ番号ＱＳ０１０３）を用いて、０．５ｍｇ／ｍｌのプロテイナーゼＫを含む７５μＬの溶解混合物を加えてＨｅｐ３Ｂ細胞を溶解する。細胞可溶化物中の標的ｍＲＮＡおよびＧＡＰＤＨ ｍＲＮＡの発現レベルは、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＱｕａｎｔｉＧｅｎｅ ２．０アッセイキット（カタログ番号ＱＳ００１１）を用い、メーカーのプロトコルに従って測定する。標的ｍＲＮＡ発現は、同じ試料からのＧＡＰＤＨ ｍＲＮＡ発現に対して規格化する；相対的な標的／ＧＡＰＤＨレベルは、リポフェクタミン２０００のみ（オリゴヌクレオチドなし）の対照を用いるトランスフェクションと比較する。用量反応曲線は、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ ６により、傾きが変化する（４パラメータ）反応曲線フィットに対する非線形回帰ログ（阻害剤）を用いて作成する。例示的な結果については、図２４、図２７および図２９を参照されたい。
提供される組成物および方法は、切断パターンを制御する
本発明では、驚いたことに、ヌクレオチド間結合立体化学パターンが、核酸高分子の切断パターンに対して予想外の影響を与えることが明らかになった。キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の骨格キラル中心の共通パターンを変化させることにより、驚いたことに、切断部位の数、切断部位での切断割合および／または切断部位の位置を単独でも組み合わせでも変更することができる。本明細書の実施例に記載の通り、提供される組成物および方法は、核酸高分子の切断パターンを制御することができる。
同様のアッセイ条件を用いて、異なるオリゴヌクレオチドタイプの様々なキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を試験した。例示的な標的ＲＮＡ配列の切断パターンを図９に提示している。ＯＮＴ－８７およびＯＮＴ－１５４のパターンなど、特定の骨格キラル中心のパターンは、驚いたことに、標的配列にただ１つの切断部位を生じる。さらに、驚いたことに、ＯＮＴ－８７およびＯＮＴ－１５４など、単一の切断部位をもたらすオリゴヌクレオチドは、予想外に大きな切断速度および低レベルの残留標的核酸高分子をもたらすことが明らかになった。図８、図１０および図１１も参照。
ＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡの例示的な切断
ＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡの異なる領域を標的にするオリゴヌクレオチド組成物を上述の通り切断アッセイにて試験した。それぞれの場合において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、同じ共通塩基配列および長さを共有するキラル制御されないオリゴヌクレオチド組成物からの基準切断パターンと比べて、変更された切断パターンをもたらすことができることが示された。例示的な結果については、図１０および図１１を参照されたい。図１２に示す通り、例示的なキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、キラル制御されない基準オリゴヌクレオチド組成物と比べたとき、著しく速い切断速度および予想外に低レベルの残留する基質の両方をもたらす。いくつかの実施形態において、図１１に示す通り、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐ骨格キラル中心の配列に関連する。いくつかの実施形態において、切断部位は、ＲｐＳｐＳｐの２塩基対上流である。
例示的なオリゴヌクレオチド組成物を以下に一覧にした。
Figure 0007224319000321
例示的なキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、より高いターンオーバーをもたらす。
オリゴヌクレオチドに切断された核酸高分子フラグメント（例えば、ＲＮＡフラグメント）のＴｍが生理的温度より高い場合、産物の解離が抑制されることがあり、オリゴヌクレオチドが解離できずに、他の標的鎖を見つけて二本鎖を形成し、標的鎖を切断させられないことがある。相補ＲＮＡに対するＯＮＴ－３１６（５－１０－５ ２’－ＭＯＥギャップマー）のＴｍは７６℃である。オリゴヌクレオチドに対して相補的なＲＮＡ配列における１回の切断または少数回の切断の後、２’－ＭＯＥフラグメントがＲＮＡと結合したままになることがあり、したがって、他の標的分子を切断させることができない。ＲＮＡと二本鎖にしたとき、ＤＮＡ鎖の熱融解温度は一般にはるかに低く、例えば、ＯＮＴ－３６７（６３℃）およびＯＮＴ－３９２（６０℃）である。さらに、ＤＮＡ配列の熱安定性は、２’－ＭＯＥ修飾オリゴヌクレオチドと比べて、比較的均一に分布することが多い。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドは、２’－ＭＯＥなどの２’－修飾を含まない。いくつかの実施形態において、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドは、２’－ＭＯＥなどの２’－修飾を含まないが、２’－ＭＯＥなどの２’－修飾を有するオリゴヌクレオチドよりも、核酸高分子切断フラグメントから容易に解離し、ターンオーバーが高い。いくつかの実施形態において、本発明は、すべてのＤＮＡ設計を提供し、その設計ではオリゴヌクレオチドは２’－修飾を持たない。いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチドが２’－修飾を持たないキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、リボヌクレアーゼＨなどのヌクレアーゼのより高いターンオーバーをもたらす。いくつかの実施形態において、切断後、リボヌクレアーゼＨは、ＲＮＡおよび提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物のオリゴヌクレオチドによって形成された二本鎖からもっと容易に解離する。上述の同様のプロトコルを用いて、２つの例示的なオリゴヌクレオチドタイプのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物ＯＮＴ－３６７およびＯＮＴ－３９２のターンオーバーは、実際、キラル制御されない基準オリゴヌクレオチド組成物よりも高いターンオーバー率を示した（図１３参照）。
図１４に例示の通り、本開示のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物およびその方法は、核酸高分子の制御された切断をもたらし得る。いくつかの実施形態において、本発明のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、切断部位の数、切断部位の位置、および／または相対的な切断部位の切断割合の点から変更された切断パターンを生じる。いくつかの実施形態において、ＯＮＴ－４０１およびＯＮＴ－４０６により例示の通り、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、単一部位の切断をもたらす。
いくつかの実施形態において、ＲＮＡ切断から、ただ１つの成分が検出された。理論によって制限されることは意図しないが、このような観察は、同じ二本鎖上で複数切断して、はるかに短い５’－ＯＨ ３’－ＯＨフラグメントを生じ得るリボヌクレアーゼＨ酵素の加工性による可能性があることに出願人は言及する。
別のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物をさらに試験した。上述の通り、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、例えば、切断速度、およびＤＮＡ／ＲＮＡ二本鎖に残留するＲＮＡ（％）の点から、予想外の結果をもたらす。図１５～図１７を参照されたい。例の分析データを図１８～図２０に提示した。理論によって制限されることは意図しないが、いくつかの実施形態において、切断が図２１に示す通り起こることがあることに出願人は言及する。図１７では、ＯＮＴ－４０６が、同じ塩基配列および長さを有する天然のＤＮＡオリゴヌクレオチドＯＮＴ－４１５の切断速度をわずかに上回る速度で二本鎖ＲＮＡの切断を誘発することが観察されたことに留意されたい。本開示において提供されるＯＮＴ－４０６のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物、および他のキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、ＯＮＴ－４１５組成物が持たない他の好ましい特性、例えば、インビトロおよび／またはインビボでのより良い安定性プロファイルを有することに出願人は言及する。別の例示的なデータを図２５に提示した。また、当業者によって理解されるように、図２６および図２７に示す例示的なデータは、提供される例示的なキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が、特に、骨格キラル中心のパターンによって切断パターンを制御するよう設計されたときに、基準オリゴヌクレオチド組成物、例えば、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物よりもはるかに良い結果をもたらしたことを裏づける。図２６に例示した通り、制御された骨格キラル中心のパターンは、とりわけ、ＤＮＡオリゴヌクレオチドが用いられるとき、既存の切断部位での切断を選択的に増加および／または減少させることができて、あるいは、ＤＮＡオリゴヌクレオチドが用いられるときには存在しない、全く新しい切断部位を生み出す（図２５、ＯＮＴ－４１５参照）。いくつかの実施形態において、ＤＮＡオリゴヌクレオチドからの切断部位は、リボヌクレアーゼＨの内因性の切断選好を示す。図２７により確認される通り、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的切断速度を調節することができる。いくつかの実施形態において、細胞活性の分散の約７５％は、骨格キラル中心のパターンによって制御され得る切断速度の差によって説明される。本出願において提供される通り、塩基修飾およびこれらのパターン、糖修飾およびこれらのパターン、ヌクレオチド間結合修飾およびこれらのパターン、ならびに／または任意のその組み合わせなどの別の構造的特徴と、骨格キラル中心のパターンとを組み合わせて、所望のオリゴヌクレオチドの特性をもたらすことができる。
ｍＨＴＴの例示的な対立遺伝子特異的抑制
いくつかの実施形態において、本発明は、他の対立遺伝子よりも選択性を有する１つの特定の対立遺伝子からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のためのキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物およびその方法を提供する。いくつかの実施形態において、本発明は、ｍＨＴＴの対立遺伝子特異的抑制を提供する。
図２２は、１つの対立遺伝子からの転写物を特異的に抑制するが、他の対立遺伝子からの転写物は特異的に抑制しない、例示的なキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を示す。オリゴヌクレオチド４５１および４５２を、上述の生化学アッセイを用いて、例示した両方の対立遺伝子からの転写物で試験した。対立遺伝子特異的抑制も、以下に記載の同様の手順を用いて、細胞および動物モデルにおいて試験した。Ｈｏｈｊｏｈ，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ ２０１３，６，５２２－５３５；米国特許出願公開第２０１３／０１９７０６１号；および、Ｏｓｔｅｒｇａａｒｄら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２０１３，４１（２１），９６３４－９６５０。すべての場合において、標的対立遺伝子からの転写物は、他の対立遺伝子からの転写物よりも選択的に抑制される。当業者によって理解されるように、図２２に示す例示的なデータは、提供される例示的なキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が、特に、立体化学によって切断パターンを制御するよう設計されたときに、基準オリゴヌクレオチド組成物、この場合、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物よりもはるかに良い結果をもたらしたことを裏づける図２２により確認される通り、骨格キラル中心のパターンは、切断パターンを劇的に変化させることができて（図２２Ｃ～図２２Ｅ）、かつ、立体化学パターンを用いて、ミスマッチ部位に切断部位を配置することができて（図２２Ｃ～図２２Ｅ）、かつ／または、変異型と野生型の間の選択性を劇的に改善することができる（図２２Ｇ～図２２Ｈ）。いくつかの実施形態において、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、標的のｗｔＲＮＡおよびｍｕＲＮＡと共にインキュベートされ、両方の二本鎖は、リボヌクレアーゼＨと共にインキュベートされる。
ハンチンチン対立遺伝子のＴｍ
Figure 0007224319000322
ＦＯＸＯ１の例示的な対立遺伝子特異的抑制
いくつかの実施形態において、本発明は、ＦＯＸＯ１の対立遺伝子特異的抑制を提供する。
図２３は、１つの対立遺伝子からの転写物を特異的に抑制するが、他の対立遺伝子からの転写物は特異的に抑制しない、例示的なキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を示す。オリゴヌクレオチドＯＮＴ－４００、ＯＮＴ－４０２およびＯＮＴ－４０６を、上述の生化学アッセイを用いて、例示した両方の対立遺伝子からの転写物で試験した。対立遺伝子特異的抑制も、以下に記載の同様の手順を用いて、細胞および動物モデルにおいて試験した。Ｈｏｈｊｏｈ，Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ ２０１３，６，５２２－５３５；米国特許出願公開第２０１３／０１９７０６１号；Ｏｓｔｅｒｇａａｒｄら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ２０１３，４１（２１），９６３４－９６５０；および、Ｊｉａｎｇら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２０１３，３４２，１１１－１１４。標的対立遺伝子からの転写物は、他の対立遺伝子からの転写物よりも選択的に抑制される。場合によっては、ＯＮＴ－３８８からのミスマッチＯＮＴ－４４２（Ａ／Ｇ、７位）およびＯＮＴ－４４３（Ａ／Ｇ、１３位）を有する２つのＲＮＡが合成され、ＯＮＴ－３９６からＯＮＴ－４１４と二本鎖にされる。リボヌクレアーゼＨアッセイを実施して、切断速度および切断地図を得る。
特定の例示的なオリゴヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチド組成物
相補ＲＮＡと二本鎖にしたとき、熱融解温度を持つＦＯＸＯ１ ｍＲＮＡの３つの特異な領域を標的にする異なる２’置換化学を有するステレオランダムなオリゴヌクレオチド。各鎖の濃度は、１×ＰＢＳ緩衝液中、１ｕＭであった。
Figure 0007224319000323
Figure 0007224319000324
別の例示的なステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物を以下に一覧にする。
Figure 0007224319000325
Figure 0007224319000326
例示的なＲＮＡおよびＤＮＡオリゴヌクレオチドを以下に一覧にする。
Figure 0007224319000327
例示的なキラル純粋なオリゴヌクレオチドを以下に提示する。いくつかの実施形態において、本発明は、以下の例示的なオリゴヌクレオチドそれぞれの対応するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
Figure 0007224319000328
Figure 0007224319000329
Figure 0007224319000330
Ｔｍを持つＦＯＸＯ１を標的にする別の例示的なオリゴヌクレオチドを以下に提示する。いくつかの実施形態において、本発明は、以下の例示的なオリゴヌクレオチドそれぞれの対応するキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を提供する。
Figure 0007224319000331
提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物による例示的な別の制御された切断
当業者によって理解されるように、図２６に示す例示的なデータは、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物およびその方法が、ステレオランダムなオリゴヌクレオチド組成物などの基準組成物と比べて、予想外の結果をもたらしたことを裏づける。とりわけ、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物は、切断部位の位置、切断部位の数、および相対的な切断部位の切断割合の制御を含むが、これらには限定されない制御された切断パターンをもたらし得る。図２７に提示されている例示的なデータも参照されたい。
キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の安定性
当業者によって理解されるように、図２６に示す例示的なデータは、提供されるキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物の安定性が、様々な骨格キラル中心のパターンによって調節され得ることを裏づける。例示的なデータについては、図７および図２８を参照されたい。血清安定性実験を実施するための例示的なプロトコルを以下で説明する。
プロトコル：Ｐ－立体化学的に純粋なＰＳ ＤＮＡ（ＯＮＴ－３９６－ＯＮＴ－４１４（３’末端から５’末端の単一のＲｐウォーク））、ステレオランダムなＰＳ ＤＮＡ（ＯＮＴ－３６７）、全Ｓｐ ＰＳ ＤＮＡ（ＯＮＴ－４２１）および全Ｒｐ ＰＳ ＤＮＡ（ＯＮＴ－４５５）をラット血清（Ｓｉｇｍａ、Ｒ９７５９）中でインキュベート（０時間および４８時間）し、ＩＥＸ－ＨＰＬＣで分析した。
インキュベーション法：５μＬの２５０μＭの各ＤＮＡ溶液および４５μＬのラット血清を混合し、各時点（０時間および４８時間）について３７℃でインキュベートした。各時点において、２５μＬの１５０ｍＭ ＥＤＴＡ溶液、３０μＬの溶解緩衝液（ｅｒｐｉｃｅｎｔｒｅ、ＭＴＣ０９６Ｈ）および３μＬのプロテイナーゼＫ溶液（２０ｍｇ／ｍＬ）を加えて反応を停止した。混合物を６０℃で２０分間インキュベートし、次に、２０μＬの混合物をＩＥＸ－ＨＰＬＣに注入して分析した。
インキュベーション対照サンプル：絶対的定量を確認するために、５μＬの２５０μＭの各ＤＮＡ溶液および１０３μＬの１×ＰＢＳ緩衝液の混合物を調製し、対照として２０μＬの混合物をＩＥＸ－ＨＰＬＣで分析した。
例示的な分析法：
ＩＥｘ－ＨＰＬＣ
Ａ：１０ｍＭ トリスＨＣｌ、５０％ＡＣＮ（ｐＨ８．０）
Ｂ：１０ｍＭ トリスＨＣｌ、８００ｍＭ ＮａＣｌ、５０％ＡＣＮ（ｐＨ８．０）
Ｃ：水－ＡＣＮ（１：１、ｖ／ｖ）
温度：６０℃
カラム：ＤＩＯＮＥＸ ＤＮＡＰａｃ ＰＡ－１００、２５０×４ｍｍ
勾配：
Figure 0007224319000332
 洗浄：
Figure 0007224319000333
 カラム温度：６０℃。
試料注入後に毎回洗浄を実施した。
ＨＰＬＣクロマトグラムの積分面積を用いて０時間から４８時間の比を解析し、残留ＰＳ ＤＮＡの割合を計算した。
例示的な分析結果（図１９）
図１９のピークの帰属（上のパネル、Ｍ１２－Ｅｘｐ１１ Ｂ１０、ＯＮＴ－３５４、３０分）
Figure 0007224319000334
Figure 0007224319000335
図１９のピークの帰属（下のパネル、Ｍ１２－Ｅｘｐ１１ Ａ１０、ＯＮＴ－３１５、３０分）
Figure 0007224319000336
Figure 0007224319000337
Figure 0007224319000338
例示的な分析結果（図３０）
図３０のピークの帰属（上のパネル、Ｍ１２－Ｅｘｐ１１ Ｄ２、ＯＮＴ－３６７、３０分）
Figure 0007224319000339
Figure 0007224319000340
Figure 0007224319000341
図３０のピークの帰属（下のパネル、Ｍ１２－Ｅｘｐ２１ ＮＭプレート１（プール）Ｆ１１ ＯＮＴ－４０６ ３０分
Figure 0007224319000342
Figure 0007224319000343

Claims (49)

  1. 核酸高分子を組成物と接触させることを含む、前記核酸高分子を切断するための方法に用いられる組成物であって、前記組成物は：
    ａ）
    １）共通塩基配列および長さ；
    ２）骨格結合の共通パターン；および
    ３）骨格キラル中心の共通パターン
    を有することにより定義される複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であって、
    ここで：
    骨格キラル中心の前記共通パターンが、５’から３’のＲｐ（Ｓｐ）２を含む；または
    ｂ）
    １）共通塩基配列および長さ；
    ２）骨格結合の共通パターン；および
    ３）骨格キラル中心の共通パターン
    を有することに定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含み：
    この組成物は、同じ前記塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され、ここで：
    骨格キラル中心の前記共通パターンが、５’から３’のＲｐ（Ｓｐ）２を含む、
    組成物。
  2. タンパク質をコードする核酸高分子を組成物と接触させることを含む、前記タンパク質の発現を抑制するもしくは活性を低下するための方法に用いられる組成物であって、前記組成物は：
    ａ）
    １）共通塩基配列および長さ；
    ２）骨格結合の共通パターン；および
    ３）骨格キラル中心の共通パターン
    を有することにより定義される複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であって、
    ここで：
    骨格キラル中心の前記共通パターンが、５’から３’のＲｐ（Ｓｐ）２を含む；または
    ｂ）
    １）共通塩基配列および長さ；
    ２）骨格結合の共通パターン；および
    ３）骨格キラル中心の共通パターン
    を有することに定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含み：
    この組成物は、同じ前記塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され、ここで：
    骨格キラル中心の前記共通パターンが、５’から３’のＲｐ（Ｓｐ）２を含み；
    ここで、（ａ）または（ｂ）のいずれかの前記共通塩基配列が、前記タンパク質をコードする核酸の塩基配列と相補的である
    組成物。
  3. 複数の対立遺伝子が集団内に存在する標的核酸配列からの転写物の対立遺伝子特異的抑制のための方法に用いられる組成物であって、そのそれぞれが、他の対立遺伝子に対して標的対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素を含み、前記方法は、
    前記組成物と前記標的対立遺伝子の転写物を含む試料とを接触させるステップを含み；
    前記標的対立遺伝子の転写物が、別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも高いレベルで抑制される方法であって、
    前記組成物は、
    ａ）
    １）共通塩基配列および長さ；
    ２）骨格結合の共通パターン；および
    ３）骨格キラル中心の共通パターン
    を有することにより定義される複数のオリゴヌクレオチドを含むキラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物であり、
    ここで：
    骨格キラル中心の前記共通パターンが、５’から３’のＲｐ（Ｓｐ）２を含む；または
    ｂ）
    １）共通塩基配列および長さ；
    ２）骨格結合の共通パターン；および
    ３）骨格キラル中心の共通パターン
    を有することに定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含む、キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物を含み：
    前記組成物は、同じ前記塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され、ここで：
    骨格キラル中心の前記共通パターンが、５’から３’のＲｐ（Ｓｐ）２を含む、
    組成物。
  4. 請求項１～３のいずれか一項に記載の組成物であって、前記キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が
    １）共通塩基配列および長さ；
    ２）骨格結合の共通パターン；および
    ３）骨格キラル中心の共通パターン
    を有することによって定義される複数のオリゴヌクレオチドを含み、
    前記組成物中の前記オリゴヌクレオチドの少なくとも１０％が、複数のオリゴヌクレオチドであって、
    骨格キラル中心の前記共通パターンが、５’から３’のＲｐ（Ｓｐ）２を含み、
    前記複数のオリゴヌクレオチドのそれぞれが５つ以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含み、
    前記複数のオリゴヌクレオチドのキラルな修飾されたリン酸結合の少なくとも５０％がＳｐ配置である、
    組成物。
  5. 請求項１～３のいずれか一項に記載の組成物であって、前記キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が
    １）共通塩基配列および長さ；
    ２）骨格結合の共通パターン；および
    ３）骨格キラル中心の共通パターン
    を有することによって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含み、
    前記組成物は、同じ前記塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され；
    骨格キラル中心の前記共通パターンが、５’から３’のＲｐ（Ｓｐ）２を含み、
    前記特定のオリゴヌクレオチドタイプの前記複数のオリゴヌクレオチドのそれぞれが５つ以上のキラルな修飾されたリン酸結合を含み、
    前記特定のオリゴヌクレオチドタイプの各オリゴヌクレオチドのキラルな修飾されたリン酸結合の少なくとも５０％がＳｐ配置である、
    組成物。
  6. 請求項５に記載の組成物であって、骨格キラル中心の前記パターンが（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｔは、１、２、３、４、５、６、７または８であり、ｎは１であり、およびｍは、２、３、４、５、６、７または８である。）を含む、
    組成物。
  7. 請求項１～５のいずれか一項に記載の組成物であって、前記キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が
    １）共通塩基配列および長さ；
    ２）骨格結合の共通パターン；および
    ３）骨格キラル中心の共通パターン
    を有することによって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含み、
    前記組成物は、同じ前記塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され；
    前記組成物中の前記オリゴヌクレオチドの少なくとも１０％が、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドであって；
    前記特定のオリゴヌクレオチドタイプの骨格キラル中心の前記パターンが（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｎは１であり、ｔは独立して、１、２、３、４、５、６、７または８であり、およびｍは、２、３、４、５、６、７または８である。）を含み；
    前記共通塩基配列が、少なくとも１０塩基を有する、
    組成物。
  8. 請求項１～５のいずれか一項に記載の組成物であって、前記キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が
    １）共通塩基配列および長さ；
    ２）骨格結合の共通パターン；および
    ３）骨格キラル中心の共通パターン
    を有することによって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含み、
    この組成物は、同じ前記塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され；
    前記組成物中の前記オリゴヌクレオチドの少なくとも１０％が、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドであって；
    前記特定のオリゴヌクレオチドタイプの骨格キラル中心の前記パターンが（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｎは１であり、ｔは独立して、１、２、３、４、５、６、７または８であり、およびｍは、２、３、４、５、６、７または８である。）を含み；
    前記共通塩基配列が、少なくとも１８塩基を有し；および
    前記オリゴヌクレオチドの少なくとも１０％および５０％未満のキラルなホスホロチオエートヌクレオチド間結合は、Ｒｐ構造のものである、
    組成物。
  9. 請求項１～５のいずれか一項に記載の組成物であって、前記キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が
    １）共通塩基配列および長さ；
    ２）骨格結合の共通パターン；および
    ３）骨格キラル中心の共通パターン
    を有することによって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含み、
    前記組成物は、同じ前記塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され；
    前記組成物中の前記オリゴヌクレオチドの少なくとも１０％が、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドであって；
    前記特定のオリゴヌクレオチドタイプの骨格キラル中心の前記パターンが（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｎは１であり、ｔは独立して、１、２、３、４、５、６、７または８であり、およびｍは、２、３、４、５、６、７または８である。）を含み；
    前記特定のオリゴヌクレオチドタイプの前記オリゴヌクレオチドの前記共通塩基配列が、特定の対立遺伝子を定義する特徴的な配列要素に対して相補的である配列であるか、またはそれを含む、
    組成物。
  10. 請求項９に記載の組成物であって、前記特徴的な配列要素がＳＮＰである、組成物。
  11. 請求項９に記載の組成物であって、前記特徴的な配列要素が突然変異である、組成物。
  12. 請求項９～１１のいずれか一項に記載の組成物であって、前記特定の対立遺伝子が疾患を引き起こす、又は、引き起こす恐れのある、組成物。
  13. 請求項１～１２のいずれか一項に記載の組成物であって、前記オリゴヌクレオチドは、それぞれ翼－コア－翼構造を含み、それぞれの翼領域は、独立して、２塩基以上の長さを有し、コア領域は１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５塩基以上の長さを有する、組成物。
  14. 請求項１～５および請求項１３のいずれか一項に記載の組成物であって、前記キラル制御されたオリゴヌクレオチド組成物が
    １）共通塩基配列および長さ；
    ２）骨格結合の共通パターン；および
    ３）骨格キラル中心の共通パターン
    を有することによって定義される特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドを含み、
    この組成物は、同じ前記塩基配列および長さを有するオリゴヌクレオチドの実質的にラセミの調製物に比べて、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドに関して濃縮されるという点でキラル制御され；
    前記オリゴヌクレオチドは翼－コア－翼構造を含み、前記コア領域の骨格キラル中心の前記パターンが（Ｓｐ）ｔ（Ｒｐ）ｎ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｔは、１、２、３、４、５、６、７または８であり、ｎは１であり、ｍは、２、３、４、５、６、７または８である。）を含み、各翼領域が独立して、２塩基以上の長さを有し；
    前記コア領域が、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５塩基以上の長さを有し;
    前記コア領域は、少なくとも２つのＲｐヌクレオチド間結合を含み、；および
    骨格キラル中心の前記共通パターンが、Ｓｐ構造に骨格キラル中心の少なくとも５０％を含む組成物。
  15. 請求１３～１４のいずれか一項に記載の組成物であって、第１の翼領域は、独立して２、３、４、５またはそれ以上の塩基長を有する、組成物。
  16. 請求項１３～１５のいずれか一項に記載の組成物であって、前記第１の翼領域は、独立して５つまたはそれ以上の塩基長を有する、組成物。
  17. 請求項１３～１６のいずれか一項に記載の組成物であって、前記第１の翼領域は、独立して８未満の塩基長を有する、組成物。
  18. 請求項１３～１７のいずれか一項に記載の組成物であって、第２の翼領域は、独立して２、３、４、５またはそれ以上の塩基長を有する、組成物。
  19. 請求項１３～１８のいずれか一項に記載の組成物であって、前記第２の翼領域は、独立して５つまたはそれ以上の塩基長を有する、組成物。
  20. 請求項１３～１９のいずれか一項に記載の組成物であって、前記第２の翼領域は、独立して８未満の塩基長を有する、組成物。
  21. 請求項１３～２０のいずれか一項に記載の組成物であって、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプの前記オリゴヌクレオチドは、修飾糖を含む、組成物。
  22. 請求項２１に記載の組成物であって、前記修飾糖が２’修飾を含む、組成物。
  23. 請求項２２に記載の組成物であって、前記２’修飾が、２’－ＯＲ１（式中、Ｒ１は置換されてもよいＣ１－６アルキル基である。）組成物。
  24. 請求項２３に記載の組成物であって、前記２’修飾が２’－ＭＯＥである、組成物。
  25. 請求項２３に記載の組成物であって、前記２’修飾が２’－ＯＭｅである、組成物。
  26. 請求項２１に記載の組成物であって、前記修飾糖は二価の置換基－Ｌ－を有し、ここで－Ｌ－は糖のＣ２とＣ４の間にある、組成物。
  27. 請求項２６に記載の組成物であって、－Ｌ－は－Ｏ－ＣＨ２－であり、－ＣＨ２－は置換されてもよい、組成物。
  28. 請求項１３～２７のいずれか一項に記載の組成物であって、前記翼領域が修飾糖を含む、組成物。
  29. 請求項１３～２３、及び２５～２８のいずれか一項に記載の組成物であって、特定のタイプの前記オリゴヌクレオチドが、前記２’修飾が２’－ＯＭｅを含む、組成物。
  30. 請求項１３～２９のいずれか一項に記載の組成物であって、特定のタイプの前記オリゴヌクレオチドの前記コア領域は、糖分子に２’－ＯＲ１を有さない、組成物。
  31. 請求項１～３０のいずれか一項に記載の組成物であって、それぞれのキラルな修飾されたリン酸結合は独立したキラルなホスホロチオエートジエステル結合である、組成物。
  32. 請求項３１に記載の組成物であって、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプの前記オリゴヌクレオチドがそれぞれ１以上の修飾されたリン酸ジエステル結合を含む、組成物。
  33. 請求項３１に記載の組成物であって、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプの前記オリゴヌクレオチドがそれぞれ前記修飾糖を含む、組成物。
  34. 請求項３２に記載の組成物であって、前記修飾糖が２’修飾を含む、組成物。
  35. 請求項６～３１のいずれか一項に記載の組成物であって、ｍが５、６、７又は８である、組成物。
  36. 請求項６～３２のいずれか一項に記載の組成物であって、ｔが、２、３、４、５、６、７又は８である組成物。
  37. 請求項１～３６のいずれか一項に記載の組成物であって、骨格キラル中心の前記パターンが、繰り返しのＲｐ（Ｓｐ）ｍ（式中、ｍは、２、３、４、５、６、７又は８である。）を含む、組成物。
  38. 請求項１～３７のいずれか一項に記載の組成物あって、キラルなヌクレオチド間結合の６６％又はそれ以上はＳｐ構造である、組成物。
  39. 請求項５～３８のいずれか一項に記載の組成物であって、前記組成物中の前記オリゴヌクレオチドの少なくとも１０％が、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドである、組成物。
  40. 請求項５～３８のいずれか一項において記載された組成物であって、前記組成物中の前記オリゴヌクレオチドの少なくとも１０％が、前記特定のオリゴヌクレオチドタイプのオリゴヌクレオチドである、組成物。
  41. 請求項１～３９のいずれか一項に記載の組成物であって、前記組成物は前記標的対立遺伝子および同じ遺伝子の別の対立遺伝子の両方の転写物を含む系と前記組成物とを接触させるとき、前記標的対立遺伝子の転写物が、前記同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルで抑制されることを特徴とする、組成物。
  42. 前記接触が、前記標的対立遺伝子の転写物を前記組成物が抑制できるよう定められた条件下で実施される、請求項４１に記載の組成物。
  43. 前記組成物は前記標的対立遺伝子および別の対立遺伝子の両方の転写物を含む系と前記組成物とを接触させるとき、前記組成物が存在するとき、前記組成物がないときと比べて２分の１の量で前記対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍のレベルでの、前記対立遺伝子の転写物の抑制を示すことを特徴とする、請求項４１に記載の組成物。
  44. 前記組成物は前記標的対立遺伝子および標的遺伝子の別の対立遺伝子の両方の転写物を発現させる系と前記組成物とを接触させるとき、
    ａ）前記組成物が存在するとき、前記組成物がないときと比べて２分の１の量で前記標的対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍である
    ｂ）前記同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高い；または
    ｃ）前記組成物が存在するとき、前記組成物がないときと比べて２分の１の量で前記標的対立遺伝子からの転写物が検出されるという点で少なくとも２倍で、かつ、前記同じ遺伝子の別の対立遺伝子において観察される抑制のレベルよりも少なくとも２倍高いレベルでの前記標的対立遺伝子の転写物の発現の抑制を示すことを特徴とする、
    請求項４１に記載の組成物。
  45. 前記特徴的な配列要素が、前記標的核酸配列または遺伝子のイントロン内に存在する、請求項４１に記載の組成物。
  46. 前記特徴的な配列要素が、前記標的核酸配列または遺伝子のエキソン内に存在する、請求項４１に記載の組成物。
  47. 前記特徴的な配列要素が、前記標的核酸配列または遺伝子のエキソンおよびイントロンにまたがる、請求項４１に記載の組成物。
  48. 前記特徴的な配列要素が突然変異を含み、前記試料が前記標的対立遺伝子からの転写物および前記突然変異において互いに異なる別の対立遺伝子を含む、請求項４１に記載の組成物。
  49. 前記特徴的な配列要素がＳＮＰを含み、前記試料が前記標的対立遺伝子からの転写物およびＳＮＰにおいて互いに異なる別の対立遺伝子を含む、請求項４１に記載の組成物。
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