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JP2000197491A - 枯草菌/大腸菌シャトルベクター - Google Patents

枯草菌/大腸菌シャトルベクター

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Publication number
JP2000197491A
JP2000197491A JP11305433A JP30543399A JP2000197491A JP 2000197491 A JP2000197491 A JP 2000197491A JP 11305433 A JP11305433 A JP 11305433A JP 30543399 A JP30543399 A JP 30543399A JP 2000197491 A JP2000197491 A JP 2000197491A
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JP
Japan
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amylase
gene
mutant
mutation
vector
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JP11305433A
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Wilhelmus J Quax
ウィルヘルムス ヨハネス クワックス
Yves Laroche
イヴ ラロッシュ
Adrianus W H Vollebregt
アドリアヌス ウィルヘルムス ヘルマヌス ヴォーレブレヒト
Patrick Stanssens
パトリック スタンサン
Marc Lauwereys
マルク ローヴェレイ
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Bayer CropScience NV
Danisco US Inc
Original Assignee
Plant Genetic Systems NV
Genencor International Inc
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Publication date
Application filed by Plant Genetic Systems NV, Genencor International Inc filed Critical Plant Genetic Systems NV
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Abstract

(57)【要約】 【課題】 突然変異と発現のための枯草菌/大腸菌シャ
トルベクターを提供すること。 【解決手段】 構造遺伝子から調節配列を物理的に分離
することにより大腸菌内でクローン化した遺伝子の発現
を不可能にし、また枯草菌中でクローン化した遺伝子の
発現を1種の制限酵素による消化及びその後の再環状化
により回復することのできる枯草菌/大腸菌シャトルベ
クター。

Description

【発明の詳細な説明】
【0001】
【発明の属する技術分野】本発明は遺伝子操作技術分野
に関し、α−アミラーゼ活性を持つ酵素をコードするD
NA配列を含む新しいDNA分子に関する。具体的に
は、澱粉の分解や繊維の糊抜き、他の工業的工程の使用
に優れた特長を有する細菌由来突然変異体α−アミラー
ゼが開示される。この開示されたα−アミラーゼは温
度、酸及びアルカリに対し高い安定性を示し、それによ
り今まで使われなかった工程においても理想的に適した
活性を示すことができる。
【0002】
【従来の技術及び発明が解決しようとする課題】澱粉は
アミロース(15−30%重量/重量)と、アミロペク
チン(70−85%重量/重量)の混合物からなる。ア
ミロースは約60000から800000の分子量を持
つ直鎖のα−1、4−結合グルコース単位から成る。ア
ミロペクチンは、24−30グルコース単位ごとにα−
1、6分岐点をもつ分岐状高分子であり、分子量は1億
に達すると思われる。澱粉由来の糖は、濃縮ブドウ糖シ
ロップの形で、現在、(1)α−アミラーゼを用い固体澱
粉を平均約7−10の重合度を持つデキストリンへ液化
(または稀薄化(thinning))する工程、及び(2)生じた
液化澱粉(すなわち澱粉水解物)をアミログルコシダー
ゼ(グルコアミラーゼまたはAGと呼ぶ)を用いて糖化
する工程を含む酵素触媒方法で生産されている。生じた
シロップは高濃度のブドウ糖を含む。工業的に生産した
ブドウ糖シロップの多くは次に酵素的にイソシロップと
いうブドウ糖/フルクトースの混合物へと異性化され
る。αアミラーゼ(EC 3.2.1.1)は、澱粉と
グリコーゲン、類縁の多糖類を内部のα−1、4−グル
コシド結合を不規則に切断することによって加水分解す
る。この酵素は、例えば糖、醸造、アルコール、繊維産
業などにおいて多数の重要な工業的応用が図られてい
る。α−アミラーゼは、種々の細菌、真菌類、植物、動
物から単離される。工業的に最も重要なα−アミラーゼ
は枯草菌(Bacilli)から単離されるものである。澱粉の
加水分解過程の第一段階では、澱粉スラリーは比較的高
い温度(110度)まで熱することによりゼラチン化す
る。ゼラチン化した澱粉は、連続した2段階の工程で熱
に安定なα−アミラーゼにより液化されデキストリン化
される。主要な変動因子は澱粉濃度、α−アミラーゼ
量、温度そしてpHである。液化−デキストリン化反応で
は良い転換比率を得るために変動因子を狭い範囲に保つ
必要がある。さもなくば濾過の際重大な問題を生じるか
らである。例えば、コッカー(L. E. Coker)とフェンカ
ッタズブラマニアン(K.Venkatasubramanian)、バイオテ
クノロジー、165−171頁、シェレミシノフ(P. N.
Cheremisinoff)、ケレット(P. B. Quellette)編、テク
ニコム出版(株)ランカスター、1985年)参照。頻
繁に生じる問題の1つは分解過程の初期段階の適当な温
度調節である。すなわち過熱によりα−アミラーゼが変
性し最終の稀薄化が不充分になる。これを防ぐ1つの方
法は、さらに高い熱安定性のα−アミラーゼを用いるこ
とである。
【0003】そのためにカルシウムイオンや両親媒性化
合物(例えばEP−A−0189838参照)を加える
ことが提案されてきた。しかしこの解決法は不満足な結
果に終わったようである。従ってなおさら本質的に、よ
り高い熱安定性をもったα−アミラーゼを用いることに
興味がもたれる。 関連文献 EP−A−057976では、熱安定なバチルス
(B).ステアロテモルフィルスからのα−アミラーゼ
をコードする遺伝子の単離、そしてその遺伝子は枯草菌
または大腸菌の複製開始部位を含むプラスミドに組み込
んであることについて述べている。α−アミラーゼを産
生するのにそのようなキメラのプラスミドが用いられ
る。該α−アミラーゼ遺伝子は、単離後修飾を施さずに
使われた。EP−A−0134048では、工業的に用
いられる枯草菌株の1つ以上のα−アミラーゼ遺伝子を
クローン化し発現することにより、α−アミラーゼをと
りわけ工業的に多量に生産する方法について述べてい
る。EP−A−252666では、一般にQ−R−Lと
書かれるキメラのα−アミラーゼについて説明してい
る。(式中、Qは、B.アミロリクエファシエンス由来
のα−アミラーゼのN末37個のアミノ酸残基と最低7
5%一致するN末の55から60個のアミノ酸残基を示
し、Rは付け加えられたポリペプチドを示し、LはB.
リケニホルミスのα−アミラーゼのC末395個のアミ
ノ酸残基と最低75%のホモロジーをもつ390から4
00個からなるC末のポリペプチドを示す)。
【0004】グレイらは(ジャーナル オブ バクテリ
オロジー、166号、635頁、1986年)B.ステ
アロテルモルフィルスのα−アミラーゼのアミノ末端部
位とB.リケニフォルミスのα−アミラーゼのC末端部
位からなるキメラα−アミラーゼについて報告してい
る。ほとんどのハイブリッド酵素は親株の酵素より不安
定であることが示されている。さらにいずれのハイブリ
ッド酵素についても、より高い安定性を有することは示
されていない。上に利用した関連文献のうち新規なα−
アミラーゼを得るために単一アミノ酸置換を利用したも
のは全くない。EP−A−0285123は、塩基配列
の完全な突然変異の方法を開示している。B.ステアロ
テルモフィルスのα−アミラーゼが突然変異の例として
説明されている。この方法はこれまでより高い安定性を
もつB.ステアロモルフィルスのα−アミラーゼの変異
体を得るのに用いることができると示唆しているが、例
はあげられていない。
【0005】
【課題を解決するための手段】本発明では、変異体α−
アミラーゼ及びその様な異変体の生産方法について述べ
る。該変異体α−アミラーゼは野生型α−アミラーゼと
少なくともアミノ酸1つが異なることを特徴とする。さ
らに、これらの変異体をコードするDNAと、これらの
DNAを発現可能な形で含むベクター、及び該ベクター
を含む宿主細胞について報告する。本発明の第一の態様
として、クローン化されたα−アミラーゼ遺伝子の不規
則突然変異が開示される。該変異遺伝子は、適当なベク
ター系を用いて適したホストの細菌中で発現させる。発
明の第2の態様として、変異体α−アミラーゼをスクリ
ーニングする方法を説明し応用する。該方法は、より熱
安定でより酸耐性のα−アミラーゼを産生する。さら
に、この方法は、わずかに修正することによりアルカリ
耐性のα−アミラーゼを得るのにも用いられる。そのよ
うに検出されたクローンの発現産物は、単離、精製され
る。本発明の第三の態様として、熱安定性が上昇し、こ
れら変異体α−アミラーゼを澱粉分解に用いる条件下で
の濾過の問題を減少させたαアミラーゼが提供される。
【0006】本発明の第4の態様として、酸耐性が上昇
し、マルチュロースなどの好ましくない副産物の生成を
減少させ、それと同時にアミログルコシダーゼとの反応
の前に加える酸の量を減少させたα−アミラーゼが提供
される。新しいα−アミラーゼは、熱安定性と酸耐性の
点で、あるいは熱安定とアルカリ耐性の点で好ましくは
両者の優れた性質を有する。本発明の第5の態様として
は、変異蛋白が澱粉の液化に用いる条件下でより良い効
率を示すことである。該アルカリ耐性は特に繊維糊抜き
への応用に有用である。これらの点は後述する発明の開
示と実施例でさらに説明される。
【0007】
【発明の実施の形態】本説明中、「変異体α−アミラー
ゼ」に関連して「性質が向上した」と呼ぶ場合、高い酵
素活性、または澱粉液化、繊維の糊抜き、または他の工
業的生産への応用での条件下で長い半減期を有するα−
アミラーゼを意味する。「高い熱安定性」を有すると
は、変異体酵素が高い温度の工程で活性を保持する、あ
るいはその変異体酵素が由来する野生型の酵素より、同
じ酵素においてより長時間活性を保持することを意味す
る。「高い酸(あるいはアルカリ)安定性」を持つと
は、変異体酵素がより低い(あるいは高い)pH値でその
野生型の酵素より高い活性を示すことを意味する。向上
した性質は1つか2つのアミノ酸の置換により生じたも
のであることを理解すべきである。染色体DNAはα−
アミラーゼを含む微生物から単離できる。好ましくは枯
草菌属に属する細菌、さらに好ましくはバチルス リケ
ニホルミス、さらに好ましくはバチルス リケニホルミ
ス T5を用いる(EP−A−134048参照)。染
色体DNAは適当な制限酵素で消化し、ベクターにクロ
ーン化した。クローンの選択にはハイブリダイゼイショ
ン、免疫学的検出、酵素活性など多くの方法を用いるこ
とができる。制限酵素消化した染色体DNAをクローニ
ングするのに用いるベクターの選択は、使用可能なクロ
ーン選択の方法に依存する。もしハイブリダイゼイショ
ンを用いるなら何も注意は必要でない。しかし、もし検
出が免疫学的なものまたは酵素活性に基づいたものであ
るならベクターは適当な発現シグナルを含んでいなけれ
ばならない。α−アミラーゼを含むクローンの実際の検
出は、澱粉を含む寒天プレート上で行った。ヨード蒸気
存在下で増殖、培養した後ポジティブクローンの周りち
ハロー(halo)が検出される。次の段階として遺伝子の配
列を決定する。そこから得られたアミノ酸配列を、重要
なアミノ酸についての最初の情報を得るために他の既知
のα−アミラーゼの配列と比較するのに用いる(例 活
性部位、Ca2+結合、S−S結合の可能性など)。3次
元構造を決定するとさらに詳しい情報が得られる。これ
はしばしば手間がかかるので他の方法が用いられる。3
次元構造がなくとも2次元構造要素(例、α−ヘリック
ス、β−シート)を決定する予測プログラムをうまく用
い最終的に3次元構造要素、例えばベータバレル(β−
barrel)を決定できる。総説としジャニンとオダック、
プログレス イン バイオフィジックス アンド モレ
キュラーバイオロジー、42巻、21−78頁、198
3年がある。
【0008】重要なアミノ酸の置換を予想することがで
きる。蛋白質の構造の安定性はタンパク質の折りたたま
れた部分と伸びた部分の間の自由エネルギーの合計差に
より決定される。プロリン残基は他のアミノ酸よりとれ
る構造が限られているのでアミノ酸残基がプロリンに置
換されているときには蛋白質を伸ばそうとする空間配置
上のエントロピーは減少する(そしてそれにより安定性
は上昇する)。別の有用な置換はグリシンをアラニンに
置換することである。分枝したβ−炭素を持つトレオニ
ン、バリン、イソロイシンなどの残基は分枝していない
残基よりも骨格のコンフォメーションを制限する。ある
種の蛋白の熱安定性は部分的には塩橋によるのでリジン
とアルギニン残基を導入することは有用かもしれない
(トモジックとクリバノフ、ジャーナル オブ バイオ
ロジカル ケミストリー、263巻、3092−309
6頁、1988年)。さらにアルギニンは新たな水素結
合を形成することができるのでリジンをアルギニン残基
で置換することにより塩橋の安定性を高めるかもしれな
い。総説としてウイグビーら、バイオケミカル アンド
バイオフィジカル リサーチコミュニケーションズ、
149巻、927−929頁、1987年 参照。アス
パラギンとグルタミンの脱アミド化は酵素の構造を大幅
に破壊すると言われているので非アミド残基への置換は
このような破壊を防ぐかもしれない。アミノ酸の置換は
DNAレベルでの突然変異により最もうまくできる。原
則的に突然変異実験は単離したクローンに対しても即座
に行うことができる。しかし、挿入配列は突然変異/発
現ベクターにクローン化する方が好ましい。ランダム突
然変異は可能であり、また部位限定突然変異(site-dire
cted mutagenesis)もまた可能である。前者の方法によ
ると突然変異をおこしたクローンは莫大な数に上ること
を考慮し、また部位限定突然変異について経験に基づき
推測することができるα−アミラーゼの3次元構造は知
られていないので、特定の部位においてランダム突然変
異を行うことを決定した。
【0009】次に示すのは本発明を実行するための可能
な方法である。始めに遺伝子は「サイレント」制限酵素
切断部位の導入を行うことにより修飾する。非サイレン
ト切断部位の導入も可能である。このことにより遺伝子
の特定の部位を欠損させることができる。2番目に遺伝
子はファスミドにクローニングする。このファージとプ
ラスミドの結合により1本鎖のDNAを産生することが
容易になる。1本鎖DNAを得る他の方法も可能であ
る。解離した2本鎖のベクター(挿入断片を含む)DN
Aを挿入断片にギャップの入ったベクター/挿入断片の
結合体とハイブリダイゼイションすることにより、ギャ
ップの入ったヘテロ2本鎖DNAが得られた(詳しくは
森永ら、バイオテクノロジー、2巻、636頁、198
4年)。ギャップは化学的あるいは酵素による突然変異
においても用いられる。好ましくは我々はの用いた重亜
硫酸法(フォークとホフステッター、セル、33巻、5
85頁、1983年)と酵素的な偽導入(misincorporat
ion)法である(レートバアラら、プロテインエンジニア
リング、2巻、63頁、1988年)である。これらの
方法はギャップ中の全ての1つのヌクレオチドを他の3
つのヌクレオチド全てと置換する(飽和突然変異)様に
行うことができる。後者の方法は数種の方法に応用する
ことができる。そのうちの一つは合成プライマーをギャ
ップとハイブリダイズする方法である。ついでプライマ
ーから3’側の最初のデオキシヌクレオチドに相補的な
デオキシヌクレオチドが欠けている部分において伸長反
応を行う。原則的に3つのデオキシヌクレオチド全てを
このように導入することができる。このことは3つのデ
オキシヌクレオチドの混合物を用いることにより、ある
いは1つのヌクレオチドを含む3つの別々の反応を用い
ることにより達成される。その方法を応用した別の方法
によりランダムクローンが得られる。つまりそれぞれ1
つの限られた量のデオキシヌクレオチドを含む4つの別
々の反応を行う。この方法により各1つのヌクレオチド
の前で止まる2番目の鎖を得ることができる。次の段階
は前述したように行うことができる。重亜硫酸法と酵素
的突然変異の方法の両者を変異体を得るのに用いた。
【0010】酵素的性質を調べるのに突然変異実験に用
いた宿主細胞と同じ宿主細胞中でクローニングした遺伝
子を発現させるのが都合がよいかもしれない。原則的に
宿主細胞は適当な突然変異/発現ベクター系がその細胞
に対して可能であればどんな細胞でもかまわない。多く
の場合大腸菌、例えば大腸菌WK6株などがとても便利
である。コロニーをマイクロタイタープレート中で増殖
させた後プレートのウェルからとったサンプルを異なっ
たpH値にバッファライズした澱粉を含む寒天プレートに
スポットする。陽性クローンはハロー(halo)形成により
検出することができる。熱安定性、酸安定性、アルカリ
安定性、生理食塩水安定性、スクリーニングできるその
他の安定性について選択するのに適当な緩衝液を用いた
スクリーニングを用いることができる。変異体α−アミ
ラーゼの産生に適当な宿主細胞株には、α−アミラーゼ
の発現が可能である形質転換可能な細胞がある。特に枯
草菌などのα−アミラーゼを得たのと同じ種あるいは属
の宿主細胞株が適する。好ましくはα−アミラーゼを含
まない枯草菌株であり、より好ましくはα−アミラーゼ
とプロテアーゼを含まない枯草菌株である。例えばバチ
ルス リケニホルミス T9を大量の変異体α−アミラ
ーゼを得るのに用いた。好ましくは産生されるα−アミ
ラーゼが培地中に(醗酵中に)分泌されることであり、
これによりα−アミラーゼの回収が容易になる。分泌さ
せるために、いずれの適当なシグナル配列も用いること
ができる。
【0011】発現されたα−アミラーゼは宿主細胞から
分泌され、ついで適当な方法により精製することができ
る。例えばゲル濾過とモノQクロマトグラフィーを挙げ
ることができる。単離されたα−アミラーゼは種々のC
2+濃度(0.5−15mM)、広いpH値範囲(5.5
−8.0)での熱失活について検討した。検討は実際の
適用条件下でも行った。特に変異体α−アミラーゼはpH
5.5からpH5.25での澱粉液化の条件下で試験した。さ
らに繊維の糊抜きへの応用についても検討を行った。ス
クリーニングされた変異体のいくつかの性質は期待する
適用条件下でより適しているであろう。本発明は熱安定
性、酸耐性、アルカリ耐性の上昇したα−アミラーゼに
ついて開示している。一般的に置換するアミノ酸の数は
変異体蛋白の活性が野生型の酵素の活性と同じかそれよ
り良い限り重要でない。変異体α−アミラーゼは野生型
酵素と少なくとも1つのアミノ酸、好ましくは1つから
10個のアミノ酸が異なる。向上した性質を持つ具体的
変異体として111、133、149番目(番号付けは
バチルス リケニホルミスのα−アミラーゼに従った)
のアミノ酸の1つかそれ以上の置換を含むα−アミラー
ゼがある。好ましいアミノ酸の置換にはAla−111
−The、His−133−Tyr、Tyr−149−
Ileがある。このような変異体酵素は6.5以下及び/
または7.5以上のpH値での活性が向上した。例えば11
0度までの高い温度で半減期が長くなるなどの向上した
活性を示した。
【0012】入手可能なα−アミラーゼ製品の多くは細
菌を原料として得られている。特に枯草菌、例えばバチ
ルス、ズブチリス、バチルス リケニホルミス、バチル
スステアロテルモフィリス、バチルス、コアギュラン
ス、バチルス アミロリクエンファシエンスである。こ
れらの酵素は高いホモロジーと類似性を示す(結城ら、
ジャーナル オブ バイオケミストリー、98巻、11
47頁、1985年;中島ら、アプライド マイクロバ
イオロジー アンド バイオテクノロジー、23巻、3
55頁、1986年)。従って、これらのα−アミラー
ゼの1つから得た好ましい変異に関する情報は他のα−
アミラーゼを改良するのに用いることができる。本発明
はそのような情報を得るためのアプローチを提供する。
次に述べるのは用いた実験上の方法と発明を具体的に示
すための実施例である。これらの実施例は単に説明のた
めであり、従って発明の範囲を限定することを意図した
ものでは決してない。
【0013】実施例 材料と方法 1.一般的なクローニングの技術 クローニングの技術は以下のハンドブックに説明してあ
るものを用いた。マニアティスら、モレキュラー クロ
ーニング、コールド スプリング ハーバーラボラトリ
ー、1982年;アウスベルら、カレントプロトコール
ズインモレキュラーバイオロジー、ニューヨーク 19
87年;パーバル、プラクティカルガイド ツウ モレ
キュラー クローニング、第2版、ジョンウィリーアン
ドサンズ(株)、ニューヨーク、1988年。これらの
ハンドブックは組み換え体DNAの構築とその増殖、遺
伝子ライブラリーを作る手順、DNAのシークエンスと
突然変異のためのプロトコール、およびDNA分子に関
する酵素の取扱いのプロトコールについて詳しく説明し
てある。 2.化学的突然変異 クローン化されたDNAはDNA中に変異を導入するた
めに試験管内(invitro)で化学薬品で処理してよい。も
しこれらの変異をアミノ酸をコードするトリプレットコ
ドンに起こすならば、変異を起こしたクローン化DNA
により変異体蛋白質が産生される。重亜硫酸ナトリウム
を用いた化学的突然変異の方法はショールとボートシュ
タインにより説明されている(メソーズ イン エンザ
イモロジー、100巻、457頁、1983年)。好ま
しい方法はフォークとホッフシュテッター(セル、33
巻、585頁、1983年)により説明されている。突
然変異を起こす他の方法はスミスによりアニュアル レ
ビュー オブ ジェネティックス、19巻、423頁、
1985年 に説明されている。特に有用なプロトコー
ルはアウスベールらにより同誌に説明されている。
【0014】3.ギャップの入った2本鎖DNAの突然変
異 ギャップの入った2本鎖DNAを用いる方法(クレイマ
ーら、ヌクレイックアシッズ リサーチ、12巻、9441
頁、1984年)とファスミド(プラスミド/ファージ
のハイブリッド)を用いた。その方法は本質的に、野生
型遺伝子の抗生物質耐性マーカーの入ったギャップの入
った鎖(−鎖)と抗生物質耐性を与える遺伝子にアンバ
ー突然変異の入った鋳型鎖(+鎖)からなるギャップの
入った2本鎖DNAの中間体を用いるものである。アニ
ール後は、変異を起こしたオリゴヌクレオチドを試験管
内のギャップ埋め(gap filling)と結合(sealing)反応の
間にギャップの入った鎖に組み込む。その結果生じた分
子を、目的とした突然変異と抗生物質耐性マーカー間の
連結を保持しているミスマッチ修復欠損宿主細胞株(M
ut S)を形質転換するのに用いた。この株から分離
した混合ファスミド群は、サプレッサーを持たない宿主
細胞株中で分離される。形質転換株は抗生物質を含む培
地のプレートにまくことにより、ギャップの入った鎖か
ら生じた子孫細胞を選択する。ツインベクター系pMa
/c5−8は、スタンセンらにより記載されているが
(ヌクレイック アシッズ リサーチ、17巻、444
1頁、1989年)次の領域からなっている。 pos11−105:バクテリオファージ fd、ター
ミネーター pos121−215:バクテリオファージfd、ター
ミネーター pos221−307:プラスミッドpBR322(p
os2069−2153) pos313−768:バクテリオファージfl,複製
開始領域(pos5482−5943) pos772−2571:プラスミッド pBR32
2、複製開始領域及びβ−ラクタマーゼ遺伝子 pos2572−2685:トランスポゾン Tn90
3 pos2519−2772:トリプトファンターミネー
タ(ダブル) pos2773−3229:トランスポゾン Tn9、
クロラムフェニコールアセチルトランスフェラーゼ遺伝
子 pos3730−3803:マルチプルクローニングサ
イト配列は図1に示している。
【0015】pMc型ベクターでは2238番目のヌク
レオチドはGからCに変えられているのに対しpMa型
ベクターで3409番目のヌクレオチドがGからAに変
えられているが、それは、それぞれアセチルトランスフ
ェラーゼ遺伝子とβ−ラクタマーゼ遺伝子中にアンバー
停止コドンを作り、該遺伝子を不活性化するためであ
る。ここであげた全ての配列はジーンバンク(Genbank)
(TM)、ナショナル ヌクレイック アシッド シー
クエンス データ バンクNIH USAから入手し
た。プラスミッドpMc5−8はDSM 4566とし
て登録されている。突然変異を行うために目的のDNA
断片はpMa5−8のマルチプル クローニング サイ
トに組み入れた。次に目的のDNAを含むpMa5−8
とpMc5−8の間のギャップの入った二本鎖を構築し
た。目的のDNAから成る一本鎖のギャップは、突然変
異誘発性オリゴヌクレオチド、長い合成オリゴヌクレオ
チド、低いレベルで偽導入された(misincorporated)ヌ
クレオチド、化学薬品、または不規則突然変異PCRを
適用できる酵素的なヌクレオチドの偽導入(misincorpor
ation)により突然変異を起こすことができる。詳細はア
ウスベールら、(同上)あるいは、パーバル(同上)参
照。試験管内突然変の他の方法としては、UV照射また
は化学薬品によるもの、あるいは大腸菌ミューテイター
株を用いる生体内(in vivo)突然変を用いることができ
る(ファウラーら、ジャーナル オブ バクテリオロジ
ー、167巻、130頁、1986年)。突然変異誘発性ヌク
レオチドはアプライドバイオシステムから入手可能な装
置を用い、合成できる。
【0016】4.ヌクレオチドの酵素的偽導入による不規
則突然変異 pMa/pMcのギャップの入った2本鎖に対しプライ
マー伸長と偽導入突然変異を行うことができる。これは
最初にショートルら(プロシーディングス オブ ナシ
ョナル アカデミー オブ サイエンシズ オブ TH
E USA 79巻、1588頁、1982年)、カニ
ングハムとウェルズ(プロテインエンジニアリング、1
巻、319頁、1987年)により報告されたもので、
この方法の改良法はトレバアラらにより報告されている
(プロテイン エンジニアリング、63巻、2頁、19
88年)。この方法はポリメラーゼの制限的使用に基づ
いている。始めにDNA分子の4種を、pMa/pMc
のギャップの入った2本鎖のプライマー伸長により、ギ
ャップの中で不規則に、しかしいつも決まった塩基種の
前で停止するように(それぞれ、A、C、G、またはT
の前で)調製した。次に4つの各グループはそれぞれ別
々の、今度は正しい塩基を除去することができる偽導入
反応において突然変異を起こした。この方法で全ての型
の塩基置換型突然変異をギャップの全ての位置において
起こすことができる。クレノウポリメラーゼよりもシー
ケナーゼ(TM)(U.S.バイオケミカルコーポレイ
ション)を好んで用いた。さらにレトバアラ(同上)ら
が用いたMoMuLV逆転写酵素をA.M.V.逆転写
酵素の代わりに用いた。1塩基置換を確認するため、レ
トバアラら(同上)のプロトコールに次の改良点を導入
した。逆転写酵素緩衝液中に3種でなく1種のみ偽導入
ヌクレオチドを入れる。例えば、A特異的に制限された
塩基伸長混合物は250μMdCTP、250μM d
GTP、250μM dTTPとそれぞれ別々の3種の
反応液中でインキュベートする。4塩基特異的制限伸長
反応混合物の完全な組み合わせに対し、全部で12種の
偽導入反応を行った。42℃で1.5時間のインキュベー
ション後、4種全てのデオキシヌクレオチドを0.5m
Mの濃度で加え、反応液をさらに最低20分間37℃で
インキュベートした。サンプルはレトバアラらの方法
(同上)により処理し、その中でウラシルを含むDNA
鎖へのカウンターセレクション(counterselection)でな
くpMA/cベクターに基づくカウンターセレクション
を適用するという変更を行った。
【0017】5.変異体α−アミラーゼの生産 α−アミラーゼ遺伝子を含む発現ベクターを持つ大腸菌
変異株WK6(ツエル、フリッツ、エンボジャーナル、
6巻、1809頁、1987年)を30℃でTB培地
(10ml)に接種した。TB培地は0.017M K
2PO4、0.072M K2HPO4、12g/Lバク
トトリプトン、24g/Lバクトイーストエクストラク
ト、0.4%グリセロールと抗生物質(pMAにはアン
ピシリンまたはpMcにはクロラムフェニコール)を含
む。培養液の一部を2Lのフラスコ中の250mlのT
B培地に植え付いだ。OD600が10−12のとき0.
1mMIPTG(イソプロピル−β−d−チオガラクト
ピラノシド)を加え、さらに12−16時間培養を続け
た。 6.変異体α−アミラーゼの精製 菌体は遠心により集菌し、20%ショ糖を含む緩衝液に
0℃で懸濁した。2回目の遠心の後、菌体は冷水に懸濁
した。菌体の残さは3回目により除き、上清を20mM
トリス緩衝液でpH8.0に合わせた。CaCl2を最終濃度
50mMになるよう加えた。サンプルは15分間70℃
で熱処理し、不溶物を遠心で除いた。上清は0.22μ
ミリポアメンブレンによりろ過し、初期容量の1/10
まで濃縮した。精製はさらに、ゲルろ過(TSK HW
−55−メルク社)とモノQクロマトグラフィーにより
行った。MonoSクロマトグラフィーの前に酵素活性
を含むフラクションについて、酢酸ナトリウムを用い、
pHを4.8に調整した。α−アミラーゼは250mMNa
Clで溶出した。失活を防ぐため、pHを速やかに8.0に
調整した。
【0018】実施例 実施例1 バチルスリケニホルミスのα−アミラーゼ遺伝子のモレ
キュラークローニングバチルスリケニホルミスのT5
(EP−A−134048;CBS470.83)から
単離した染色体DNAを制限酵素EcoKIで消化し、
PUB110(グリンザンら、ジャーナルオブバクテリ
オロジー、134巻、318頁、1978年)のEco
RI部位に組み込んだ。組換え体はバチルスズブチリス
IA40(バチルス ジェネティック ストックセンタ
ー)にトランスフォームした。α−アミラーゼ産生につ
いて、ネオマイシン耐性コロニーを0.4g/L澱粉
(ツルコフスキー澱粉、メルク社)を加えたHI寒天プ
レートで検定した。ヨー素蒸気中で増殖、インキュベー
ション後、大きな透明のハロを作った陽性コロニーは次
の解析に選択された。この陽性コロニーから単離したプ
ラスミドはバチルスリクニホルミスT5から生じた3.
4kbのEcoRI−EcoRI断片を含むことが示さ
れた。このプラスミドはpGB33(EP−A−134
048;CBS466.83)と命名された。α−アミ
ラーゼをコードする挿入断片は合成シャインダルガル1
7配列とバクテリオファージSPO2プロモーターに組
み込み、その結果できたプラスミドをpRromSPO
2とした(EP−A−0224294参照。CBS69
6.85)。サンガー法(プロシーティング オブ ナ
ショナル アカデミー サイエンス オブ U.S.
A.74巻、6453頁、1977年)により決定した
pPromSPO2の挿入断片のヌクレオチド配列は図
2に示した。配列はα−アミラーゼをコードする1つの
大きなオープンリーディングフレームを示し、これは、
結城ら(同上)により決定されたバチルスリケニホルミ
スのα−アミラーゼの配列と実質的に一致する。初めの
29個のアミノ酸はα−アミラーゼが分泌される際切り
出されるシグナル配列である。この応用を通じて、アミ
ノ酸の番号づけは成熟蛋白に応じた番号である。結城の
配列は、次の箇所において異なっている。134番目、
ロイシンの代わりにアルギニンが存在し、310番目の
グリシンの代わりにセリンが存在し、320番目、セリ
ンの代わりにアラニンが存在する。
【0019】実施例2 突然変異/発現ベクターpMaTLia6の構築 プラスミドpPROM SPO2はEcoRIとBcl
Iで消化し、1.8kbのEcoRI−BclI断片を
精製し、EcoRI−BamHI消化したpMa5−8
に組み込んだ。このpMa5−8ベクターは改変したマ
ルチプルクローニングサイトを前もって付加しておい
た。図1の3767番目から3786番目のBamHI
−HindIII断片は図3の5647番目から5660
番目にくるように合成DNA配列と交換した。このこと
は、α−アミラーゼ遺伝子中の制限酵素部位のいくつか
を単一箇所にするために行った。生成したα−アミラー
ゼを含むpMa5−8誘導体はEcoRIとBamHI
とで消化し、TACプロモーター(デュボアら、プロシ
ーディングス オブ ナショナルアカデミー オブサイ
エンスシズ オブTheU.S.A.80巻、21頁、1983
年)のコピーをもつ合成DNA断片と連結した。この合
成DNA断片の配列は3757番目から3859番目ま
で、最終的なα−アミラーゼの突然変異/発現ベクター
のpMaTLia6と共に図3に示した。この最終α−
アミラーゼ突然変異/発現ベクターは突然変異実験の際
にα−アミラーゼ遺伝子中にギャップを生じるよう数か
所サイレント制限酵素切断部位を導入することにより完
成した(図4)。この目的のため次の突然変異を部位限
定オリゴヌクレオチド突然変異を用いて行った。 −SpeI部位をサイレント突然変異により導入した。 T49T と S50S ACG→ACT AGC→AGT −NarI部位をサイレント突然変異により導入した。 A269A GCG→GCC −BstEII部位をTAG終止コドンの下流直後に導入
した。 TAGAAGAGC→TAGGTGACC
【0020】このα−アミラーゼ突然変異ベクターpM
aTLia6はギャップ入り2本鎖法を用いた突然変異
に適している。適当な制限酵素による消化により調製し
た二本鎖pMaTLia6DNAはアニールし1本鎖p
McTLia6DNAとした。生じた1本鎖ギャップに
対し、実験の項に説明した部位限定突然変異、化学的突
然変異、そして不規則酵素的突然変異を行った。α−ア
ミラーゼ遺伝子の前にTALプロモーターをつけること
によってIPTGを加えることにより大腸菌にα−アミ
ラーゼを誘導発現させ得る。大腸菌WK6中のプラスミ
ドpMaTLia6は1989年6月2日にCBS25
5.89として寄託した。
【0021】実施例3 突然変異と発現のための枯草菌/大腸菌シャトルベクタ
ーの構築 このベクターは大腸菌内での挿入した遺伝子の突然変
異、及び枯草菌内での速やかな発現を可能にする。ベク
ターの構築のために選んだ方法はpUB110系プラス
ミド(グリクザン、同上)をpMa/cツインベクター
系と次のような方法で結合することである。 1. バチルスサチリスの遺伝子単位(casette)は1回の
制限酵素切断及び再ライゲーション実験により除くこと
ができる。 2. 異なるα−アミラーゼ遺伝子と異なるプロモーター
を容易にこのベクターにクローン化することができる。 3. 再環状化の後、クローン化した遺伝子は適当な枯草
菌のプロモーターの制御下に置くことができる。 4. 大腸菌の突然変異の間、枯草菌のプロモーターと構
造α−アミラーゼ遺伝子は大腸菌内にα−アミラーゼを
蓄積させると致死的であるかもしれないのでそれを避け
るために物理的に分離する。シャトルベクターの図は図
5に示した。ベクターpBMa/c1の最終的な構造は
図6に示した。ベクターpBMa1は1989年6月2日に
CBS 252.89として寄託してある。ベクターは
次のように構築された。 −REP遺伝子とNeoR遺伝子を含むpUB110の
EcoRI−SnaBI断片は精製しEcoRI−Sm
aIで消化したpUC8に組み込んだ。 −BamHI−XbaIポリリンカー断片はバクテリオ
ファージSPO2のSPO2プロモーターをコードするD
NA(ウィリアムズら、ジャーナル オブ バクテリオ
ロジー、146巻、1162頁、1981年)及びSa
cII、ApaI、XhoI、SucI、BglI、Ml
uIとXbaIの制限酵素認識部位の合成断片で置換し
た。
【0022】−pMa5−80の単一のEcoRI部位
は、次の制限認識部位を構成するポリリンカーDNA断
片を挿入するのに用いた:EcoRI、SmaI、Sa
cI、EcoRV、SphI、KpnI、XbaI、及
びHindIII、特定の目的のために誘導体pBMa/
c2とpBMa/c6がpBMa/c1から開発され
た。 −pBMa/c2ではpBMa/c1のEcoRI−H
indIIIポリリンカーはpUC19の相当するポリリ
ンカーにより置換した。 −pBMa/c6ではさらにpBMa/c1の右のポリ
リンカー中のSacII部位をクレノー反応により除い
た。バチルスリケニホルミスのα−アミラーゼに対する
部位限定突然変異はpBMa/c6Lia6を構築した
後行った。このベクターはpMaTLia6から単離し
たBamHI−HindIII断片をBamHIとHin
dIIIにより開裂させた上述のpBMa/c6に組み込
むことにより構築した。生じたプラスミド(図7)は大
腸菌の突然変異でギャップの入った2本鎖を構築するの
に用いることができる。生じた変異体はチャンとコーエ
ンの方法に従い(モレキュラー アンド ジェネラル
ジェネティックス、168巻、111頁、1979年)
SacIによる制限酵素処理、再ライゲーション、及び
トランスフォーメーションによりバチルスズブチリス
1A40(BGSc 1A40)で発現された。
【0023】実施例4 完全な成熟蛋白としてのバチルスリケニホルミスのα−
アミラーゼの大腸菌における発現 pMaTLia6(例2)により産生されたα−アミラ
ーゼの解析によりα−アミラーゼの一部は分泌される間
に誤って修飾されることがわかった。アミノ末端シーク
エンスにより大腸菌WK6の産生するα−アミラーゼは
余分なアラニン残基があることがわかった。このことに
よりアミラーゼが異なる性質を持つか否かわからない
が、α−アミラーゼのシグナル配列をアルカリホスファ
ターゼPhoAのシグナル配列と交換した。この目的の
ためFspI制限酵素切断部位をpMaTLia6のシ
グナルペプチドと成熟α−アミラーゼの連結部位に導入
するように突然変異実験を行った。FspIとBamH
I消化の後、phoAシグナル配列(ミカエリスら、ジ
ャーナルオブバクテリオロジー、154巻、366頁、
1983年)をコードする合成DNA断片を挿入した。
このプラスミドの配列は図8に示す。pMa/cTLP
ia6が産生するα−アミラーゼは正確なアミノ末端配
列を持つことがわかった。
【0024】実施例5 安定なα−アミラーゼのスクリーニング A.酸耐性α−アミラーゼ突然変異体のスクリーニング 野生型α−アミラーゼよりも低いpHで良くも悪くも活性
を示すα−アミラーゼ突然変異体は、異なるpH値で緩衝
化した澱粉プレートにできるハローをヨウ素液ででんぷ
んを染色した後に比較することにより選択できる。 方法; 1.増殖 突然変異株の候補はマイクロタイタープレートで増殖さ
せる。増殖培地はブレインハートインフュージョンブロ
ス250μL(ディフコ社)である。補足したものは クロラムフェニコール 50μg/ml I.P.T.G.(シグマ社) 0.2mM CaCl2 2mM コロニーは滅菌つまようじで寒天プレートから拾いマイ
クロタイタープレートの各ウェル(96)に植菌した。
各プレートには4つの野生型コロニーを対照として植菌
した。これらのマイクロタイタープレートは振とうせず
40時間37℃に置いた。
【0025】2.プレート試験 α−アミラーゼの産生されたインキュベーション後、各
ウェルからサンプル5μLをとり2種の異なった種類の
寒天プレート(144×140nm)にスポットした。
第一のタイプは栄養分の多いハートインフュージョン寒
天プレート(DIFIO社)+0.4%澱粉(ツルコフ
スキー澱粉−メルク社)+クロラムフェニコール50μ
g/mlである。37℃16時間インキュベーションの
後、このプレートは突然変異体を保存するのに用いられ
た。第2のプレートのタイプは実際のスクリーニング用
のプレートで、バクトラガー(DIFICO社)1.5
%スルコフスキー澱粉0.2%を含む。寒天と澱粉は合
成生水(StW)に溶解した。 これは脱金属水+CaCl2 2mM MgCl2 1mM NaHCO3 2.5mM BSA 10μg/ml である。 スクリーングプレートはこの培地中に5Mのストック用
酢酸カリウム緩衝液を100倍希釈して緩衝化する。測
定した寒天プレート中の最終pH値はストック用溶液より
少し低い。各ウェルから5μLの培養液を異なったpH値
の3種のスクリーニングプレートにスポットする。pH値
の範囲は最低pH値のプレートにおいて野生型のα−アミ
ラーゼに対し、ほとんどまたは全く活性が残存しないよ
うに選ぶ。 3.染色 スクリーニングプレートは55℃で2時間インキュベー
トする。この後ヨー素液をプレートに注ぎかける。10
倍ヨウ素液は1Lにつき30gのヨウ素と70gのKI
を含む。スポットの透明な部分の面積はそのpHにおいて
残存するα−アミラーゼ活性と相関する。野生型株の対
照より高い活性を示した突然変異株は第2次のスクリー
ニングに選択する。野生型のハローはこの実験において
良好な再現性を示す。
【0026】4.第2次スクリーニング 栄養分の高いプレートから陽性コロニーを拾い新たなH
Iプレート+クロラムフェニコール上で精製する。各突
然変異株から4つのシングルコロニーを拾い、第一次ス
クリーニングの際と同様の方法で再度検定する。さら
に、これらの培養液の希釈系列をSTWで作りそれを中
性pHのスクリーニングプレート(pH=7.0)にスポットす
る。野生型株の培養との比較から低いpHで高い活性を示
すのがα−アミラーゼの産生が全般に高かったためか本
質的により安定なα−アミラーゼのためであるのかを決
定することができる。第2次スクリーニングに「生き残
った」突然変異株は突然変異をおこされた遺伝子の部分
のヌクレオチド配列を決定することにより解析を行う。
【0027】B.アルカリ耐性α−アミラーゼのスクリ
ーニング アルカリ耐性のα−アミラーゼのスクリーニングは酸耐
性α−アミラーゼに用いられた方法と同様の方法で行わ
れる。マイクロタイタープレートで増殖後サンプル5μ
Lを各ウェルからとり保存用プレートと実際のスクリー
ニングプレートにスポットする。後者は バクトアガー(DIFCO) 1.5% ツルコフスキーでん粉 0.2% を含み、脱金属水と CaCl2 2mM MgCl2 1mM NaHCO3 2.5mM BSa 10μg/ml を加え完成する。 スクリーニングプレートはpH値9.0、9.5、10.0の50m
M炭酸/重炭酸緩衝液で緩衝化する。pH値の範囲は最も
高いpH値において野生型のα−アミラーゼがほとんどま
たは全く活性を示さなくなるように選ぶ。55℃で2時
間培養後ヨー素液をプレートに注ぐ。野生型酵素よりよ
いハローを形成した突然変異株はスクリーニング第2段
階に選択する。この第2次スクリーニングは酸耐性株の
スクリーニングの際と同様の方法で行う。
【0028】C.熱耐性α−アミラーゼ突然変異株のス
クリーニング 高温で野生型α−アミラーゼより高いあるいは低い活性
をもつα−アミラーゼ突然変異体は過熱後の培養液の残
存するα−アミラーゼ活性により生じた澱粉プレートの
ハローの比較により選択することができる。 方法: 1. 突然変異体はpHスクリーニングの際と同じ方法で増
殖させる。 2. 突然変異体をpHスクリーニングの際のようにHI寒
天プレート上で増殖させる。 3. マイクロタイタープレートの各ウェルを加熱時に培
養液が蒸発しないよう使い捨てキャップ(フロウラボラ
トリーズ)で密閉する。 4. マイクロタイタープレートを水浴で95℃1時間加
熱する。加熱後マイクロタイタープレートはサンプル全
てをマイクロタイタープレートの底に集めるため遠心し
た。 5. 熱耐性突然変異体のスクリーニングは次のように行
った。各ウェルから5μLの培養液をとり中性のスクリ
ーニングプレート(pHスクリーニング参照)にスポット
した。このプレートは55℃1時間培養した。ヨウ素液
で澱粉を染色した後突然変異体と対照はスポットの透明
部分(ハロー)を比較することにより残存するα−アミ
ラーゼ活性に対するスクリーニングを行うことができ
る。対照の残存する活性が高すぎる場合、野生型酵素よ
り耐熱性の突然変異体を識別するため希釈系列を作製し
スクリーニングプレートにスポットしなければならな
い。 6. 興味深い突然変異体である可能性のあるものはpHス
クリーニング法で行ったようにさらに試験する。スクリ
ーニングタイプAまたはBとCの組み合わせは、組み合
わせた特長を望むならば用いることができる。例えばア
ルカリ耐性のα−アミラーゼのスクリーニングの第一次
段階の後、熱耐性のスクリーニングの第2段階を行うこ
とができる。両方の試験で陽性の結果を示した突然変異
体は望まし性質を合わせ持った候補として選択すること
ができよう。
【0029】実施例6 pMaTLia6の重亜硫酸突然変異 4315番目から4569番目(図3)までのギャップ
の入ったヘテロ2本鎖を得るためpMaTLia6の1
本鎖DNAをSacII−ClaIで切断したpMcTL
ia6と共にアニールした。このヘテロ二本鎖に対し重
亜硫酸突然変異を行った(実施例参照)。大腸菌WK6
muts(ツェルとフリッツ、同上)に導入し、クロラ
ムフェニコールを含む寒天プレート(50μg/ml)
で選択後、プラスミドDNAを単離し大腸菌WK6に導
入した。大腸菌WK6MutSはCBS472.88と
して、大腸菌WK6はCBS473.88として寄託さ
れている。生じた形質転換体は2.0mM CaC
2、50μg/mlクロラムフェニコール及び0.2
0mM IPTG(シグマ社)を含むBHI培地(DI
FCO社)中37℃40時間、マイクロタイタープレー
トで振とうせず培養する。pH耐性突然変異体のスクリー
ニングは実施例5で述べたようにして行った。約300
個のクロラムフェニコール耐性形質転換株をスクリーニ
ングした。DNAシークエンスにより決定した突然変異
頻度はギャップ上平均0.4回/分子であった。1つの
酸耐性突然変異体D7がpHスクリーニングの後同定され
た。この突然変異体の配列からトリプレットがCACか
らTACに変わったことによるH133Yの変異である
ことがわかった。
【0030】突然変異体D7は熱耐性スクリーニングア
ッセイ(実施例5)においても陽性であることがわかっ
た。SacII−ClaI断片の直前から始まるよう計画
された特定のオリゴヌクレオチドを用い、1本鎖DNA
のDNAシークエンスが行われた。別々の突然変異実験
において1000個のクロラムフェニコール耐性形質転
換体をスクリーニングした。他の酸耐性突然変異体であ
る2D5がpHスクリーニングの後同定された。この突然
変異体は次の変異を持つ。 H133Y CAC→TAC T149I CAC→ATA 重亜硫酸突然変異を図3の4569番目から4976番
目までのClaI−SalIギャップに対してもこれま
で述べたのと同様の方法で行った。約300個のクロラ
ムフェニコール耐性形質転換株をスクリーニングした
(突然変異頻度0.6回/分子)。酸耐性形質転換体は
全く見出されなかった。多数の酸不安定な変異体を見出
した。この酸に不安定な突然変異体の中にはよりアルカ
リ耐性の表現型を生じるpHスペクトラムの移行があるも
のがあるのかもしれない。
【0031】実施例7 pMaTLia6の酵素的突然変異 4569番目から4976番目(図3)までに渡るヘテ
ロ2本鎖を得るため、ClaI−SalIで切断したp
McTLia6と共に、1本鎖pMaTLia6(図
4)をアニールした。ギャップの入った2本鎖に対し実
施例に述べたように酵素的に偽導入し突然変異を行っ
た。dATP制限プライマー伸長後に得たサンプルは3
つに分け、それぞれdCTP、dGTP、dTTPと共
に逆転写酵素存在下インキュベーションした。37℃1
0分間インキュベーション後4つの全てのdNTPとク
レノウポリメラーゼを加え反応させ、T4−DNAリガ
ーゼを完全に2本鎖DNAに伸長させるために加えた。
このDNAは大腸菌WK6MutSに導入し、プラスミ
ドDNAを回収した。プラスミドDNAは続いて大腸菌
WK6に導入しクロラムフェニコール(50μg/m
l)を含む寒天プレート上でコロニーを選択した。得ら
れた突然変異株は実施例5で述べたようにα−アミラー
ゼの安定性に関してスクリーニングを行った。別の実験
でSpeI−SacIIギャップに対し、それぞれdAT
P、dCTP、dTTPとの制限プライマー伸長を行っ
た。このプライマー群に対し偽導入(実験の項参照)に
より突然変異を行った。100個のクロラムフェニコー
ル耐性形質転換株をpHプレート上で試験し(実施例5)
突然変異体M29を低いpHでより耐性を示すと同定し
た。この変異は次の配列であると決定した。A111T
→GCG→TCG
【0032】実施例8 耐性突然変異体の性質 重亜硫酸突然変異実験で得られた2つの突然変異体をさ
らに解析した。前述したようにDNAシークエンスによ
り次のアミノ酸の置換が示唆された。−D7では133
番目のヒスチジンの代わりにチロシンを含み(D7=H
133Y)、−2D5はD7の変異とその他に149番
目のトレオニンがイソロイシンに置換されている(2D
5=H133Y、T149I)。 a)酵素活性の測定 バチルスリケニホルミスのα−アミラーゼの野生型と突
然変異体の酵素活性を4−ニトロフェニル−マルトペン
タオシド(4NP−DP5)を基質として用い測定し
た。反応の結果4ニトロフェノールとマルトペンタオー
スが生じOD405の変化を測定することにより活性を
調べることができる。アッセイは50mMMOPS、5
0mMNaCl、2mMCaCl2(pH7.15)及び0−1
mM4NP−DP5存在下35℃で行った。初速度を測
定し、E−ニトロフェノールは10.000L/M1c
mと定めた。図9に野生型酵素と2D5α−アミラーゼ
についての結果を示す。VmaxとKmを計算し表1に
示した。 表1 Vmax(μmol/min/mg Km(mM) WT 66.7±0.9 0.112±0.005 2D5 66.3±0.7 0.119±0.004 表1はα−アミラーゼ2D5の変異が本質的に酵素活性
に影響を及ぼさないことを明らかにしている。
【0033】b)熱失活性に対するCa2+の効果 種々のカルシウム濃度下での熱失活性実験を野生型酵
素、D7、2D5に対し行った。方法は以下の通り。 1)脱金属 酵素(2−3mg/ml)は24時間以下の緩衝液に対して透析 3×1L 20mM MOPS 5mM EDTA 5mM EGTA pH7.0 3×1L 20mM MOPS pH7.0 2)再金属付加 −500μL緩衝液100mM(例MES、MOPS、EDPS) −145μL脱金属化酵素(例、2.15mg/ml) −100μL CaCl2(100、50、30、20、10、5:または2. 5mM) −XμL K2SO4(100mM) −(255−X)μLH2O 〔CaCl2〕最終濃度 〔K2SO4〕最終濃度 (mM) (mM) 0.25 14.75 0.5 14.5 1 14 2 13 3 12 5 10 10 0 *−MESのpH・例、室温で6.77は90℃で6.0となる。 (pKa6.15 pKa/℃=−0.011)。 −pKa値はメルク社の表(2価イオン緩衝液)から採用した。
【0034】3)熱失活 約0.2mg/mlの濃度の、室温でプレインキュベー
ションした酵素液1mlを密閉したビアスバイアル(テ
フロンコートしたシール)中で90.5℃または95℃
で熱した。0から6時間後一定時間ごとにシリンジでサ
ンプル50μLをとり氷上で冷却した。残存する酵素活
性を4NP−DD5(0.5mM)を用い測定した。シ
ングル エフスポネンシャル デケイ フィティング
プログラム(Singleexponential Decay Fitting Progra
m)、(グラフパッド社 GRAPHPAD)を用い半減
期を計算した。図10、11に野生型酵素とD7α−ア
ミラーゼのpH5.5及びpH7.0各々での90.5℃での半減
期をCa2+濃度の関数として示している。2D5のCa
2+依存性は95℃においてはpH7.0において求めたのみ
である(図12)。変異体のCa2+依存性も野生型酵素
の場合と変わらないことがわかる。 C.異なるpH値での突然変異体α−アミラーゼの熱耐性 D7と2D5両方の熱耐性のpH依存性を上述したように
1mMCa2+を含む緩衝液中で90.5℃及び95℃各
々において求めた。D7と2D5両方について熱耐性は
pHの範囲全般において大きく向上した(2D5では2倍
まで)と結論できる。
【0035】実施例9 枯草菌での突然変異体酵素の産生 バチルスリケンホルミスのα−アミラーゼでの突然変異
遺伝子は大腸菌WK−6において発現させることにより
同定されたが、これを2つの異なった方法で枯草菌の発
現ベクターに挿入した。 a)α−アミラーゼ遺伝子の単一の制限酵素切断部位を
用い(図4)、突然変異箇所を含むDNA断片をpMa
TLia6突然変異株から単離しpBMa6、Lia6
の相固な位置にサブクローンした。後者のプラスミドは
大腸菌、枯草菌いずれにおいても複製できるが、それを
次にSacIで切断しT4DNAリガーゼで再環状化し
た。バチルスサチリスIA40に導入後、SPO2プロ
モーター制御下でα−アミラーゼの多量の産生が認めら
れた。再環状化したpBMa6、Lia6はベクターの
大腸菌のDNA断片が除かれたのを示すためにpB6、
Lia6と命名する。 b)pBMa6、Lia6の1本鎖DNAを大腸菌から
再回収し、α−アミラーゼ遺伝子上に目的のギャップを
もつ2本鎖DNAを得るために制限酵素で切断したpB
Mc6、Lia6の2本鎖DNAとアニールした。この
ギャップに対し望む突然変異をコードするオリゴヌクレ
オチドとの部位限定突然変異(実験の項で述べたよう
に)を行った。pBMc6、Lia6ベクターは次に上
述したようにpB6、Lia6型ベクターに変換する。
a)においてはもし突然変異が異なるギャップで選択的
におこるならば、異なる単一部位突然変異(single site
mutation)の組み合わせを行うことができるが、方法
b)を用いる。突然変異株D7と2D5の変異DNA
は、方法a)により、SacII−SalIDNA断片を
交換することによりpBMa6、Lia6に挿入した。
そしてα−アミラーゼを形質転換したバチルスズブチリ
ス1A40の培養上清から回収した。両方の突然変異株
の培養上清に対し実施例のスクリーニング操作を行い、
両方の突然変異株の培養上清に対し実施例のスクリーニ
ング操作を行い、両方の突然変異株は野生型株のpB
6、Liaにより産生されたα−アミラーゼより酸耐性
かつ熱耐性であるα−アミラーゼを産生することを確か
めた。
【0036】従って、枯草菌でのα−アミラーゼ突然変
異株の表現型は大腸菌での表現型と異ならない。最終的
にpB6、Lia6突然変異体は、バチルスリヘニホル
ミスT9に導入された。この菌はバチルスリヘニホルミ
スT5のプロテアーゼ、α−アミラーゼ欠損類縁株であ
る(EP−0253455、CBS470.83)。宿
主のT9は宿主と同一の系でα−アミラーゼの突然変異
株を多量に産生するために用いられた。染色体のα−ア
ミラーゼ遺伝子がないためにこの株は野生型のα−アミ
ラーゼが全く混合して産生されないので突然変異株α−
アミラーゼを産生するのに非常に適している。この菌株
から回収した酵素は工業上の応用試験に用いた。突然変
異体pB6、Lia6、2D5とpB6、Lia6、D
7の工業上の利用を示した。
【0037】実施例10 澱粉分解の条件下での突然変異株α−アミラーゼの応用
試験 突然変異株α−アミラーゼ2D5をより実際的状況で試
験するため、我々は限外濾過により発酵培養液(実施例
9)を精製し酵素を50%プロピレングリコールで処理
した。3種のサンプルを試験した。 893701:野生型株 バチルスリヘニホルミスT5α−ア
ミラーゼ1530TAU/g 893703:2D5 野生型と同様に調製した突然変異株
2820TAU/g Maxamyl 0819 工業用サンプル 7090TAU/g 1TAU(熱耐性α−アミラーゼ単位)は標準化した条
件下で1分間に1gの澱粉をヨウ素と反応後620nm
で対照の色と同一の吸収を持つ産物に変換する酵素の量
として定義する。標準条件はpH6.6、30℃、反応時間
20分である。対照の色は100ml蒸留水中25gC
oCl2・6H2O、2.84g K2Cr27及び1m
lHCl(1M)である。 1.低いpH(5.5及び5.25)での液化試験 澱粉のスラリーの温度を110℃±0.5℃にできるだ
け急速に上げ6分間この温度に保つ。液化は連続的流路
(5.4L/n)中で行う。135ml(液化1.5
分)の3種のサンプルを液化45、60、及び75分後
取り、95℃に2時間保つ。この後、サンプル50ml
を1NH2SO4 0.4mlでpH3.5に調製し、D.
【0038】E.決定の前に酵素活性を止めるために1
0分間沸騰水に入れる。 サンプルの残りは残存酵素活性を測定するため冷却す
る。 スラリー組成: 3.3kgとうもろこしでん粉D.S.88%(2.9
04kg乾燥澱粉)。 3.45L 井戸水(40T.H.) スラリーの乾燥物質は33%。pHは1N硫酸または1N
NaOHにより調製する。 酵素濃度:4.4TAU/gr乾燥澱粉。 流速は試験の間2、3回確認する。 2.D.E.測定 液化澱粉の乾燥物質を屈折率測定計により確認する(約
34%)。D.E.は有名なレインエイノン法により決
定する。結果は図15に示す。 3.残存酵素活性 液化澱粉中の残存アミラーゼ活性は、ブラベンダーアミ
ログラフを用いて測定した。 40g ジャガイモ澱粉 390ml 蒸留水50℃ 50ml トリス緩衝液 0.05M pH6.50 5mM 30g/L CaCl2・2H2O 粘度が安定したら(10分)温度を80℃に上げ(1.
5°/分)希釈した液化澱粉5ml(7gを蒸留水で5
0mlにする)を加え、20分後粘度の減少を測定す
る。この減少は酵素活性と相関している。既知の酵素濃
度を用いた標準曲線により、T.A.U.で表される残
存活性を推定することができる。変異体2D5はpH5.5
以下及び110℃において野生型酵素より顕著に高い活
性を示す。変異体2D5についてpH5.25において2−3
DE単位の上昇が得られる。
【0039】実施例11 変異体α−アミラーゼの繊維糊抜きの条件下での適用試
験 アルカリ性α−アミラーゼ変異株の工業的応用を試験す
るため次の溶液中で20℃での安定性に関して試験を行
う。 1.4% 過酸化水素(35%) 1.0−1.5% 苛性ソーダ(100%) 15−20ml/L ケイ酸ナトリウム(38Be) 0.3−0.5% スルホン酸アルキルベンゼン(Lanaryl N.A.-ICI) 0.5−1.0% 有機安定剤(Tinoclarite G) 2.5時間インキュベーション後、望ましい性質を有す
るために選んだ変異体α−アミラーゼにはいくらかの酵
素活性が残存するはずである。
【図面の簡単な説明】
【図1A】pMa5−8のヌクレオチド配列を示した図
である。。スタンセンら、1987年、エンボラボラト
リーコースマルチンスリード、1987年7月。別のプ
ラスミドの説明に関しては本文参照。
【図1B】pMa5−8のヌクレオチド配列を示した図
である。。スタンセンら、1987年、エンボラボラト
リーコースマルチンスリード、1987年7月。別のプ
ラスミドの説明に関しては本文参照。
【図1C】pMa5−8のヌクレオチド配列を示した図
である。。スタンセンら、1987年、エンボラボラト
リーコースマルチンスリード、1987年7月。別のプ
ラスミドの説明に関しては本文参照。
【図1D】pMa5−8のヌクレオチド配列を示した図
である。。スタンセンら、1987年、エンボラボラト
リーコースマルチンスリード、1987年7月。別のプ
ラスミドの説明に関しては本文参照。
【図2A】プラスミドpPROM SPO2 インサー
トのヌクレオチド配列を示した図である。このベクター
の構造はEP−A−0224294で説明されている。
α−アミラーゼのアミノ酸配列はトリプレットの下に書
かれている。番号付けは成熟蛋白の最初のアミノ酸から
始まっている(クーンら、ジャーナルオブバクテリオロ
ジー、194巻:372頁)。SPO2プロモーター挿
入配列(insert)は61番目から344番目までに組み込
まれている。
【図2B】プラスミドpPROM SPO2 インサー
トのヌクレオチド配列を示した図である。このベクター
の構造はEP−A−0224294で説明されている。
α−アミラーゼのアミノ酸配列はトリプレットの下に書
かれている。番号付けは成熟蛋白の最初のアミノ酸から
始まっている(クーンら、ジャーナルオブバクテリオロ
ジー、194巻:372頁)。SPO2プロモーター挿
入配列(insert)は61番目から344番目までに組み込
まれている。
【図2C】プラスミドpPROM SPO2 インサー
トのヌクレオチド配列を示した図である。このベクター
の構造はEP−A−0224294で説明されている。
α−アミラーゼのアミノ酸配列はトリプレットの下に書
かれている。番号付けは成熟蛋白の最初のアミノ酸から
始まっている(クーンら、ジャーナルオブバクテリオロ
ジー、194巻:372頁)。SPO2プロモーター挿
入配列(insert)は61番目から344番目までに組み込
まれている。
【図3A】pMaTLia6のヌクレオチド配列を示し
た図である。このベクターはpMa5−8と、pPRO
M SPO2の挿入配列、そしてTACプロモーターを
コードする合成DNAフラグメントから成る。TACプ
ロモーターDNAフラグメントは3757番目から3859
番目までに組み込まれている。α−アミラーゼのアミノ
酸配列はトリプレットの下に示す。
【図3B】pMaTLia6のヌクレオチド配列を示し
た図である。このベクターはpMa5−8と、pPRO
M SPO2の挿入配列、そしてTACプロモーターを
コードする合成DNAフラグメントから成る。TACプ
ロモーターDNAフラグメントは3757番目から3859
番目までに組み込まれている。α−アミラーゼのアミノ
酸配列はトリプレットの下に示す。
【図3C】pMaTLia6のヌクレオチド配列を示し
た図である。このベクターはpMa5−8と、pPRO
M SPO2の挿入配列、そしてTACプロモーターを
コードする合成DNAフラグメントから成る。TACプ
ロモーターDNAフラグメントは3757番目から3859
番目までに組み込まれている。α−アミラーゼのアミノ
酸配列はトリプレットの下に示す。
【図3D】pMaTLia6のヌクレオチド配列を示し
た図である。このベクターはpMa5−8と、pPRO
M SPO2の挿入配列、そしてTACプロモーターを
コードする合成DNAフラグメントから成る。TACプ
ロモーターDNAフラグメントは3757番目から3859
番目までに組み込まれている。α−アミラーゼのアミノ
酸配列はトリプレットの下に示す。
【図3E】pMaTLia6のヌクレオチド配列を示し
た図である。このベクターはpMa5−8と、pPRO
M SPO2の挿入配列、そしてTACプロモーターを
コードする合成DNAフラグメントから成る。TACプ
ロモーターDNAフラグメントは3757番目から3859
番目までに組み込まれている。α−アミラーゼのアミノ
酸配列はトリプレットの下に示す。
【図3F】pMaTLia6のヌクレオチド配列を示し
た図である。このベクターはpMa5−8と、pPRO
M SPO2の挿入配列、そしてTACプロモーターを
コードする合成DNAフラグメントから成る。TACプ
ロモーターDNAフラグメントは3757番目から3859
番目までに組み込まれている。α−アミラーゼのアミノ
酸配列はトリプレットの下に示す。
【図4】pMaTLia6の制限酵素地図を示した図で
ある。次の各1箇所の制限酵素切断部位がα−アミラー
ゼ遺伝子のギャップ形成に利用可能である:BamH
I、SpeI、SacII、KpnI、C1aI、Nar
I、Sa1I、Tht111I、XmaIII、そしてB
stEII。変異配列を容易に決定するために可能性のあ
る全ての切断部位に対するシークエンシングプライマー
を合成した。プラスミドpMcTLia6はpMaTL
ia6とアンピシリン遺伝子中にアンバーコドンが存在
すること(ScaI部位を除いた)とクロラムフェニコ
ール遺伝子中にアンバーコドンを含まないこと(Pvu
II部位の存在に伴い)を除いて同一である。
【図5】枯草菌/大腸菌のシャトルベクターpMa/c
の概略を示した図である。(左)pMa/c部分は大腸
菌に簡便に突然変異を起こすのを可能にする。(右)バ
チルスズブチリスの遺伝子単位(cassette)はα−アミラ
ーゼ遺伝子(または他の枯草菌遺伝子)とバチルスズブ
チリスの増殖に最小限のレプリコンを含む。大腸菌での
突然変異が成功した後はバチルスズブチリス遺伝子単位
は枯草菌にトランスフォーメーションする際環状化し、
SPO2プロモーターをα−アミラーゼ遺伝子の前に動
かすことができる。
【図6】pBMa/c1の制限酵素地図を示した図であ
る。このベクターは図5に示した突然変異発現ベクター
の具体的な例である。(1)及び(2):マルチプルクローニ
ングサイト。目的の遺伝子は(2)に組み込まれている。
(1)と(2)で制限酵素位置を変えることにより2本鎖への
ギャップ形成のために便利な制限酵素部位を構築するこ
とができる:FDT:転写終結位置 FI.ORI:ファージF1由来複製開始領域 E.coli ORI:pBR322の複製開始領域 BLA:アンピシリン耐性遺伝子 CAT:クロラムフェニコール耐性遺伝子 BAC ORI:pUB110の複製開始領域 KANAMAYCIN:pUB110のカナマイシン
(メオマイシン)耐性遺伝子 SPO2:ファージSPO2のプロモーター
【図7】pBMa/c6Lia6の制限酵素地図を示し
た図である。バチルスリケニホルミスのα−アミラーゼ
遺伝子を図6のpMa/c1のマルチプルクローニング
サイト(2)に組み込んだ。この図ではSPO2のプロモ
ーターは(2)と、大腸菌のORIは(4)と表されている。
【図8】pMa/cTPLia6中のphoAのシグナ
ル配列断片の配列を示した図である。TACプロモータ
ーの上流のEcoRI部位から成熟α−アミラーゼの最
初のアミノ酸までを示してある。phoAのアミノ酸配
列はDNA配列の下に示す。
【図9】野生型と2D5α−アミラーゼのミカエリスメ
ンテンプロットを示した図である。このグラフは基質濃
度に対する酵素活性の初速度を野生型α−アミラーゼと
2D5α−アミラーゼについて表したものである。アッ
セイ条件は実施例8に説明する。
【図10】野生型α−アミラーゼとD7α−アミラーゼ
の熱失活を示したグラフである。このプロットはpH5.
5、90.5℃において野生型とD7α−アミラーゼ両方の
半減期をCa2+濃度の関数として表している。
【図11】野生型及びD7α−アミラーゼの熱失活を示
したグラフである。pHが7.0であるのを除き図10と同
様。
【図12】野性型及び2D5α−アミラーゼの熱失活を
示したグラフである。このプロットはpH7.0、95℃での
親株及び2D5α−アミラーゼ両方の半減期をCa2+
度の関数として表している。
【図13】野生型及びD7α−アミラーゼの熱失活のpH
依存性を示したグラフである。
【図14】野生型及び2D5α−アミラーゼの熱失活の
pH依存性を示したグラフである。
【図15】110℃での液化後に測定した最終pHに対す
るDEを示したグラフである。
───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.7 識別記号 FI テーマコート゛(参考) (C12N 1/21 C12R 1:125) (71)出願人 599152658 プラント ジェネティック システムズ ナムローゼ フェンノートシャップ ベルギー国 ベー1040 ブリュッセル ビ ュス6 コロン ブールグストラート 106 (72)発明者 クワックス ウィルヘルムス ヨハネス オランダ国 エヌエル‐2253ヴェーベー フォールショッテン ヤン ファン ガレ ンラーン 8 (72)発明者 ラロッシュ イヴ ベルギー国 ベー1150 ブリュッセル リ ュー ベーメル 115 (72)発明者 ヴォーレブレヒト アドリアヌス ウィル ヘルムス ヘルマヌス オランダ国 エヌエル‐2671ウェーゼット ナールトウェイク ベレクラウ 13 (72)発明者 スタンサン パトリック ベルギー国 サン デニーズ ウェストラ ン ド ジェイラーン 13 (72)発明者 ローヴェレイ マルク ベルギー国 ベー2950 ハールテール ヴ ィルジャンストラート 22

Claims (1)

    【特許請求の範囲】
  1. 【請求項1】 構造遺伝子から調節配列を物理的に分離
    することにより大腸菌内でクローン化した遺伝子の発現
    を不可能にし、また枯草菌中でクローン化した遺伝子の
    発現を1種の制限酵素による消化及びその後の再環状化
    により回復することのできる枯草菌/大腸菌シャトルベ
    クター。
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