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CN106573053A - 干扰素α和ω抗体拮抗剂 - Google Patents

干扰素α和ω抗体拮抗剂 Download PDF

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Abstract

本发明涉及广泛中和干扰素‑α和干扰素‑ω的抗体、编码所述抗体或片段的多核苷酸，以及制备和使用前述物质的方法。

Description

干扰素α和ω抗体拮抗剂
技术领域
本发明涉及广泛中和干扰素-α和干扰素-ω的抗体、编码这些抗体或片段的多核苷酸，以及制备和使用前述物质的方法。
背景技术
I型干扰素(IFN)(IFN-I)是一类细胞因子，这类细胞因子通过遍在表达的异源二聚体受体IFNAR(IFNAR1和IFNAR2的异源二聚体)进行信号传导，从而产生抗病毒、抗增殖和免疫调节效应。在人体中，I型IFN由至少12个IFN-α蛋白亚型以及IFN-β、IFN-ε、IFN-κ和IFN-ω各1个亚型构成。IFN-I响应于微生物配体和无菌配体两者而发生释放。IFN-I在与受体结合后，通过活化JAK1和TYK2而引发信号级联，导致STAT家族的若干成员(包括STAT 1-6)发生磷酸化。STAT1和STAT2活化导致其与IFN调节因子9(IRF9)形成复合物，随后该复合物(也称为IFN刺激基因因子3(ISGF3)复合物)结合至核中的IFN刺激反应元件(ISRE)，引起许多干扰素刺激基因(ISG)(包括IRF7和CXCL10(IP-10))转录(Gonzalez-Navajaset al.,Nature reviews.Immunology 12,125(Feb,2012)。IFN-I还通过包括v-crk肉瘤病毒CT10癌基因同源物样(鸟类)(CRKL)、促分裂原活化蛋白激酶(MAPK)、磷脂酰肌醇-3激酶(PI3K)在内的其他途径、以及通过活化B细胞的核因子K轻链增强子(NF-κβ)来调节细胞功能(Hervas-Stubbs et al.,Clinical cancer research:an official journal of theAmerican Association for Cancer Research 17,2619(May 1,2011))。
若干种免疫介导的炎性疾病或自体免疫性疾病，诸如狼疮(包括系统性红斑狼疮(SLE)和皮肤型红斑狼疮(CLE))、I型糖尿病、牛皮癣、干燥综合症、系统性硬化症、类风湿性关节炎、免疫性血小板减少症(ITP)、Aicardi-Goutieres综合征(AGS)、肌炎、普通变异型免疫缺陷病(CVID)和自体免疫性甲状腺疾病，至少在患者亚群中与存在于全血和/或组织内、通常被称为IFN特征的IFN诱导型基因转录物的过表达有关，或与IFN-I升高有关。
SLE为慢性的自体免疫性疾病或免疫介导的炎性疾病，其中，病原性自身抗体和免疫复合物的产生导致多个器官系统交叉出现组织损伤。该疾病显现出广泛的具有异质临床表现的症状，这些临床表现可包括系统性表现、皮肤表现、肾脏表现、肌肉骨骼表现、神经学表现和血液学表现。SLE在严重程度方面差别很大，而且是一种慢性疾病，缓解或复发时伴随活动周期复燃，在活动周期中，改良期或缓解期可持续数周、数月或数年。SLE患者体内的IFN-α升高，据信，IFN-α促使机体对自身的耐受性丧失。现已证实，IFN-α有助于树突细胞持续活化，从而有助于抗原呈递、以及对促成SLE的Treg功能的抑制。IFN-α还诱导BLyS表达，BLyS是市售的SLE治疗药物BENLYSTATM的靶点。现已鉴别出与IFN-I的产生或对IFN-I的应答相关联的多种多态性，这些多态性占与SLE相关联的已确认多态性的一半以上(Ghodke-Puranik&Niewold,International journal of clinical rheumatology 8,doi:10.2217/ijr.13.58(2013))。针对SLE的临床试验正在评价中和各种IFN-α亚型的抗体(pan-IFN-α抗体)(参见例如国际专利公布No.WO02/066649、国际专利公布No.WO05/059106、国际专利公布No.WO06/086586、国际专利公布No.WO09/135861)。
IFN-ω构成病毒性感染后产生的人白细胞IFN制备物中总IFN-I活性的约15％(Adolf,Virology 175,410(Apr,1990))。已报道SLE患者体内的IFN-ω基因表达升高(Hanet al.,Genes and immunity 4,177(Apr,2003)；Yao et al.,Hum Genomics Proteomics2009,(2009))，还报道了IFN-ω能够诱导DC分化(Walker and Tough,European journalof immunology 36,1827(Jul,2006))。目前在临床试验中，抗IFN-α抗体(西法木单抗(MEDI-545)、罗利珠单抗和AGS-009)不中和IFN-ω。使用这些抗体的临床试验数据表明，用抗IFN-α抗体治疗后，患者体内的I型IFN特征部分地减少(Merrill et al.,Ann Rheum Dis70:1905-1913,2011；Yao et al.,Arthritis Rheum 60:1785-1796,2009)，并且使用罗利珠单抗(一种pan抗IFN-α抗体)的二期试验数据表明，在干扰素特征度量标准(ISM)-低中到严重活性狼疮受试者的预先指定的生物标记定义组中，在第24周，SLE的病征和症状、复燃率和类固醇负担均得到改善。然而，在IFN诱导型基因表达水平较高，预先被定义为ISM高的患者体内，并未观察到任何功效(Kalunian et al.,2012ACR/ARHP Annual Meeting；Abstract#2622,2012)。
除抗IFN抗体之外，还在研究抗IFNAR1抗体治疗狼疮的功效(Wang et al.,2013；Clinical Pharmacology&Therapeutics accepted article preview 14February 2013；doi:10.1038/clpt.2013.35)。IFNAR1阻断有可能破坏由所有I型IFN(包括IFN-β)诱导的IFN信号传导。由于编码IFN-β的基因的特异性缺失引发病毒宿主相比于类似暴露的具有功能性IFN-β的小鼠易感性显著升高，所以IFN-β在抗病毒防御中可能发挥更关键的作用(Lazear et al.,J Virol 85:7186-7194；Deonarain et al.,J Virol 74(7):3404-340,2000；Deonarain et al.,Circulation 110:3540-3543,2004；Gerlach,et al.,J Virol80:3438-3444,2006)。因此，抗IFNAR1抗体可能增大出现副作用的风险。
目前护理SLE的标准包括施用皮质类固醇、抗疟疾药物、免疫抑制剂或B细胞调节剂。不过，这些治疗药物可能表现出毒性和其他严重的副作用，而且可能只适合治疗一部分狼疮患者。因此，有必要开发另外的治疗手段，来治疗狼疮和其他免疫介导的炎性疾病或自体免疫性疾病。
附图说明
图1A示出了中国SLE患者的血浆中的IFN-ω和IFN-α水平(pg/ml)。图中的水平条表示重复抽样样品的平均ELISA值，竖直条表示标准偏差(SD)。
图1B示出了白种人SLE患者的血清中的IFN-ω和IFN-α水平(pg/ml)。黑色实线圆表示最高的IFN-α水平，虚线圆表示各供体中最高的IFN-ω血浆水平。图中的水平条表示重复抽样样品的平均ELISA值，竖直条表示SD。
图1C示出了患者血清激活下游干扰素信号传导通路(使用ISRE报告基因测定法测量)。表现出最大量IFN-α蛋白(黑色实线圆)和IFN-ω(虚线圆)的供体还在该报告基因测定中显示出最高水平的ISRE诱导。结果为来自每个血清样品的单个孔的读数。
图2示出了SLE免疫复合物诱导的IFN的抑制，其中单独使用抗IFN-α抗体并逐渐增大其浓度(0.4–100μg/ml)，或使用100μg/ml的这种抗体与20μg/ml的抗IFN-ω抗体的组合。SLE免疫复合物(SLE IC)由两个不同的供体(SLE供体232或293)制备。联合阻断IFN-α和IFN-ω导致对SLE IC诱导的IFN活性的抑制增强，如使用ISRE测定法测得。HV IC条件培养基为来自用健康供体提供的免疫复合物刺激过的PBMC的条件培养基。
图3示出了如图所示的用IFN-αA或IFN-ω刺激过的6个健康个体提供的PBMC分泌IP-10受到诱导的情况。
图4A示出了在存在分化的DC的情况下(DC在存在如图所示的IFN-ω、IFN-α、IFN-ω和抗IFN-ω抗体，或IFN-α和抗IFN-α抗体，或同种型对照(iso)的情况下分化)，CD4+T细胞分泌IFN-γ的情况。在存在IFN-ω或IFN-α的情况下分化的DC诱导CD4+T细胞活化至相同程度，而在存在抗IFN-ω或抗IFN-α中和抗体的情况下分化的DC未诱导CD4+T细胞分化。将分化的DC与纯化的CD4+T细胞以1:20的DC:CD4+T细胞比例进行培养。在第6天测量分泌的IFN-γ。数据代表两项研究。误差条表示一式三份的Luminex的SD。CONC：浓度。
图4B示出了在存在分化的DC的情况下(DC在存在如图所示的IFN-ω、IFN-α、IFN-ω和抗IFN-ω抗体，或IFN-α和抗IFN-α抗体，或同种型对照(iso)的情况下分化)，CD4+T细胞分泌IL-17的情况。在存在IFN-ω或IFN-α的情况下分化的DC诱导CD4+T细胞活化至相同程度，而在存在抗IFN-ω或抗IFN-α中和抗体的情况下分化的DC未诱导CD4+T细胞分化。将分化的DC与纯化的CD4+T细胞以1:20的DC:CD4+T细胞比例进行培养。在第6天测量分泌的IL-17。数据代表两项研究。误差条表示一式三份的Luminex的SD。CONC：浓度。
图5A示出了IFN-ω诱导T细胞非依赖性B细胞活化，至与IFN-α相同的程度。使用荧光标记的抗CD86抗体，通过CD86表面表达来评估B细胞活化的情况。通过如附图中所示的CpG(ODN2006)抗体和/或抗B细胞受体(aBCR)抗体来诱导T细胞非依赖性B细胞活化。以指定的浓度使用IFN-ω或IFN-α(IFN-αB2)。测量中值荧光。B细胞获自一个供体。结果以重复样品的平均值±SD表示。
图5B示出了IFN-ω诱导以非T细胞依赖性方式活化的B细胞分泌IL-6，至与IFN-α相同的程度。通过如附图中所示的CpG(ODN-2006)抗体和/或抗BCR抗体(aBCR)来诱导T细胞非依赖性B细胞活化。以指定的浓度使用IFN-ω或IFN-α(IFN-α2B)。IL-6的浓度用pg/ml表示。B细胞获自一个供体。结果以重复样品的平均值±SD表示。
图6示出了IFN-ω诱导人PBMC分泌BLyS，至与IFN-α(IFN-αB2)相同的程度。以X轴表示用于刺激PBMC的IFN-ω或IFN-α的浓度。BLyS的浓度用pg/ml示出。结果以重复样品的平均值±SD表示。
图7A示出了IFN-ω/Fab IFWM371复合物的整体分子结构(仅示出了抗体的Fv)。方框区域在图7B中得到放大。图中显示了IFN-ω的IFN-ωAB环(AB)、E螺旋(E)和D螺旋(D)。小圆代表水分子。还显示了VL和VH或IFWM371。
图7B示出了图7A的方框区域的放大图，展示了通过IFN-ω/Fab IFWM371界面处的水分子(水复合物(WC)1、2和3)介导的氢键网络。
图8A示出了IFN-ω/Fab IFWM371复合物中的表位。IFN-ω残基根据SEQ ID NO:1编号。
图8B示出了IFN-ω/Fab IFWM371复合物中的互补位。残基Y32、Y92、T94和L96是VL中的残基，而残基W33、I50、D57、T58、R59、H99、P100、G101、L102、N103、W104、A105和D107是与IFN-ω接触的VH中的残基。VL：SEQ ID NO:29；VH：SEQ ID NO:28。附图中未示出T94和A105。
图8C示出了IFN-ω和Fab IFWM371之间的二维相互作用图。带框的残基为VL互补位残基，带圈的残基为VH互补位残基。以灰色突出显示的残基为IFN-ω表位残基。VL、VH和IFN-ω残基分别根据SEQ ID NO:29、28和1编号。范德华(VDW)相互作用和疏水相互作用以实线示出，静电键和H键以虚线示出，箭头指示主链相互作用，并且箭头指向主链原子。大部分相互作用是由F27、L30和R33这三种IFN-ω表位残基形成的。
图9示出了IFN-ω与各种IFN-α亚型的比对。箭头指示IFWM371结合的表位残基。F27、L30和R33在I型IFN之间(在IFWM371不结合到其上的IFN-αD中除外)是保守的。残基根据人IFN-ωSEQ ID NO:1(附图中的IFNω-01)编号。IFNα-01/D/1：SEQ ID NO:18；IFNα-02/A：SEQ ID NO:5；IFNα-04/a/b：SEQ ID NO:15；IFNα-07/J：SEQ ID NO:13；IFNα-10/C：SEQID NO:7；IFNα-17/I：SEQ ID NO:12；IFNα-21/F：SEQ ID NO:9；IFNα-14/H：SEQ ID NO:11；IFNα-16/WA：SEQ ID NO:16；IFNα-08/B2：SEQ ID NO:6；IFNα-05/G：SEQ ID NO:10；IFNα-06/K：SEQ ID NO:14。
图10示出了ISRE测定中针对各种I型IFN的选择抗体的IC50值。
图11A示出了用抗IFN-α/ω抗体中和人全血中白细胞IFN诱导的IP10释放的情况。使用白细胞IFN(Lk)诱导来自两名受试者的健康供体全血分泌IP-10。将全血与白细胞干扰素(LK)一起温育，该白细胞干扰素含有或不含有如附图中所示的各种浓度(10μg/ml-10pg/ml)的抗IFN-α/ω抗体IFWM3522或IFWM3525。柱条代表两个复孔的平均值，误差条代表两个复孔的SD。数据是使用来自两名不同人供体的全血进行两次独立实验获得的代表性结果。
图11B示出了用抗IFN-α/ω抗体中和人全血中白细胞IFN诱导的IP-10释放的情况。使用白细胞IFN(Lk)诱导来自两名受试者的健康供体全血分泌IP-10。将全血与白细胞干扰素(LK)一起温育，该白细胞干扰素含有或不含有如附图中所示的各种浓度(10μg/ml-10pg/ml)的抗IFN-α/ω抗体IFWM3399或同种型对照。柱条代表两个复孔的平均值，误差条代表两个复孔的SD。数据是使用来自两名不同人供体的全血进行两次独立实验获得的代表性结果。
图12A示出了用抗IFN-α/ω抗体中和人全血中SLE免疫复合物诱导的IP-10释放的情况。将全血与SLE免疫复合物诱导的干扰素制备物一起温育，该干扰素制备物含有或不含有如附图中所示的各种浓度(10μg/ml-10pg/ml)的抗IFN-α/ω抗体IFWM3522或IFWM3525，然后使用ELISA试剂盒分析来自血浆的IP-10。柱条代表两个复孔的平均值，误差条代表两个复孔的SD。数据是使用来自两名不同人供体的全血进行四次独立实验获得的代表性结果。
图12B示出了用抗IFN-α/ω抗体中和人全血中SLE免疫复合物诱导的IP-10释放的情况。将全血与SLE免疫复合物诱导的干扰素制备物一起温育，该干扰素制备物含有或不含有如附图中所示的各种浓度(10μg/ml-10pg/ml)的抗IFN-α/ω抗体IFWM3399或同种型对照，然后使用ELISA试剂盒分析来自血浆的IP-10。柱条代表两个复孔的平均值，误差条代表两个复孔的SD。数据是使用来自两名不同人供体的全血进行四次独立实验获得的代表性结果。
图13A示出了将SLE患者的血液在体外暴露于如附图中所示的各种浓度(μg/ml)的IFN-α/ω抗体IFWM2423或同种型对照24小时之后，血液中MX1基因表达的归一化情况。柱条代表三个复孔的平均值，误差条代表三个复孔的SD。MX1基因表达被归一化为β-肌动蛋白。
图13B示出了将SLE患者的血液在体外暴露于如附图中所示的各种浓度(μg/ml)的IFN-α/ω抗体IFWM3522和IFWM2525或同种型对照24小时之后，血液中MX1基因表达的归一化情况。柱条代表三个复孔的平均值，误差条代表三个复孔的SD。MX1基因表达被归一化为β-肌动蛋白。
图14A示出了在IFN-ω/M341结构中，表位残基R33与M371的VH以及抗体/抗原界面处的水分子之间的氢(H)键相互作用。
图14B示出了在IFN-ω/M3421结构中，表位残基R33与M3421的VH以及水分子之间的改性H键相互作用。
图14C示出了M371成熟后的序列变化(L96I突变)和结构变化。在M371结构中，最好将VH的F108描述为具有两种可选的构象。在M3421结构中，这两种可选构象转变成一种构象，表明VH和VL之间堆积得更紧密。此外，VH的W47的侧链旋转异构体出现翻转。
图14D示出了M371成熟后的序列变化和结构变化。VL Y32突变成疏水性更强的F(Y32F)，从而除去了M371中的Y32与IFN-ω之间的两个H键。VL A50突变成F(A50F)。该残基不直接接触抗原，而是靠着VH中接触抗原的W104堆叠。两个其他变化(S31G和S30D)不参与抗原结合，也不直接影响结合残基如A50F。这些残基变化有可能影响局部疏水性并优化溶剂相互作用。
图15示出了IFN-ω和Fab IFWM3421之间的二维相互作用图。带框的残基为VL互补位残基，带圈的残基为VH互补位残基。以灰色突出显示的残基为IFN-ω表位残基。VL、VH和IFN-ω残基分别根据SEQ ID NO:28、71和1编号。范德华(VDW)相互作用和疏水相互作用以实线示出，静电键和H键以虚线示出，箭头指示主链相互作用，并且箭头指向主链原子。大部分相互作用是由F27、L30和R33这三种IFN-ω表位残基形成的。
图16示出了IFN-ω和IFWM3525的Fab之间的二维相互作用图。带框的残基为VL互补位残基，带圈的残基为VH互补位残基。以灰色突出显示的残基为IFN-ω表位残基。VL、VH和IFN-ω残基分别根据SEQ ID NO:28、71和1编号。范德华(VDW)相互作用和疏水相互作用以实线示出，静电键和H键以虚线示出，箭头指示主链相互作用，并且箭头指向主链原子。大部分相互作用是由F27、L30和R33这三种IFN-ω表位残基形成的。
发明内容
本发明的一个实施方案为分离的单克隆抗体，该抗体结合至人干扰素ω(IFN-ω)和至少三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或十一种人干扰素α(IFN-α)亚型并中和其生物活性。
本发明的另一个实施方案是分离的单克隆抗体，该抗体结合至人干扰素ω(IFN-ω)和至少三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或十一种人干扰素α(IFN-α)亚型并中和其生物活性，其中，该抗体以至少约1×10-9M或更小、约1×10-10M或更小、约5×10-11M或更小、或者约1×10-11M或更小的IC50中和人IFN-ω的生物活性。
在其他实施方案中，本发明的抗体以至少约2×10-10M或更小、约1.5×10-10M或更小、或者约1×10-10M或更小的IC50值，中和至少三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或十一种人IFN-α亚型的活性。
在其他实施方案中，该抗体包含分别为SEQ ID NO:109、114和121的重链互补决定区(HCDR)1(HCDR1)、2(HCDR2)和3(HCDR3)氨基酸序列，以及为SEQ ID NO:118、119和120的轻链互补决定区(LCDR)1(LCDR1)、2(LCDR2)和3(LCDR3)氨基酸序列。
在其他实施方案中，该抗体包含分别为SEQ ID NO:109、114、121、159、119和160的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
在其他实施方案中，该抗体中和至少十种人IFN-α亚型，这些亚型选自IFN-αA、IFN-αB2、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αI、IFN-αJ1、IFN-αK、IFN-αWA和IFN-α4a。
在其他实施方案中，该抗体至少在氨基酸残基F27、L30和R33处与为SEQ ID NO:1的人IFN-ω结合。
在其他实施方案中，该抗体包含分别为SEQ ID NO:109、114、121、161、119和162的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
在其他实施方案中，该抗体中和至少人IFN-α亚型：IFN-αA、IFN-αB2、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αJ1和IFN-α4a。
在其他实施方案中，该抗体包含与SEQ ID NO:28具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的重链可变区(VH)氨基酸序列，以及与SEQ IDNO:150具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的轻链可变区(VL)氨基酸序列。
在其他实施方案中，该抗体包含如本文所述的某些HCDR序列和LCDR序列。
在其他实施方案中，该抗体包含如本文所述的某些VH序列和VL序列。
本发明的另一个实施方案是一种药物组合物，其包含本发明的抗体和药学上可接受的载体。
本发明的另一个实施方案是编码本发明的抗体VH和/或VL的多核苷酸。
本发明的另一个实施方案是一种包含本发明的多核苷酸的载体。
本发明的另一个实施方案是一种包含本发明的载体的宿主细胞。
本发明的另一个实施方案是一种制备本发明的抗体的方法，该方法包括在使该抗体表达的条件下培养本发明的宿主细胞，以及回收由该宿主细胞产生的抗体。
本发明的另一个实施方案是一种治疗免疫介导的炎性疾病或自体免疫性疾病的方法，该方法包括将治疗有效量的本发明的分离抗体施用至对其有需要的患者，维持足以治疗或预防所述疾病的一段时间。
在一些实施方案中，所述免疫介导的炎性疾病或自体免疫性疾病为狼疮、牛皮癣、免疫性血小板减少症(ITP)、Aicardi-Goutieres综合征(AGS)、系统性硬化症、干燥综合症、肌炎、普通变异型免疫缺陷病(CVID)、自体免疫性甲状腺疾病、I型糖尿病、类风湿性关节炎、移植排斥或移植物抗宿主疾病(GVHD)。
具体实施方式
本说明书中引用的所有出版物(包括但不限于专利和专利申请)均以引用方式并入本文，如同在本文中完整阐述。
应当理解，本文所用的术语只是为了描述具体实施方案的目的，并非旨在进行限制。除非另有定义，否则本文使用的所有技术和科学术语的含义与本发明所属领域的普通技术人员通常所理解的含义相同。
虽然与本文所述的那些方法和材料相似或等效的任意方法和材料都可以用于检验本发明的实践中，然而本文中描述示例性材料和方法。在描述和要求保护本发明时，将使用以下术语。
如本文所用，术语“特异性结合”、或“特异性地结合”或“结合”是指抗体以比针对其他抗原更高的亲和力结合至某个抗原或该抗原内的表位。通常，抗体以1×10-8M或更小(例如1×10-9M或更小、1×10-10M或更小、1×10-11M或更小、或者1×10-12M或更小)的解离常数(KD)结合至抗原或抗原内的表位，通常该KD最多不超过该抗体结合至非特异性抗原(如BSA、酪蛋白)的KD的十分之一。可以使用标准程序来测量解离常数。然而，特异性地结合至抗原或抗原内的表位的抗体可能对其他相关的抗原具有交叉反应性，例如，对来自其他物种(同源)(诸如人或猴，例如食蟹猕猴(Macaca fascicularis)(cynomolgus,cyno)或黑猩猩(Pan troglodytes)(chimpanzee,chimp))的相同抗原具有交叉反应性。特异性地结合至抗原或抗原内的表位的抗体还可结合在两种或更多种不同抗原诸如至少一种干扰素α(IFN-α)亚型与干扰素ω(IFN-ω)之间共享的表位；也就是说，抗体与IFN-α亚型和IFN-ω交叉反应。
如本文所用，术语“中和的”、或“中和”、或“中和抗体”或“抗体拮抗剂”是指部分或完全抑制重组人干扰素ω(IFN-ω)和/或至少一种重组人干扰素α(IFN-α)亚型的生物活性的抗体或抗体片段。可使用如本文所述的IFN-α和/或IFN-ω生物活性测定法来鉴别中和抗体。IFN-α和/或IFN-ω中和抗体可将测量的IFN-α和/或IFN-ω生物活性抑制20％、30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％。
如本文所用，术语“干扰素-α”(IFN-α)是指人α干扰素的所有天然亚型。天然的IFN-α由至少12种密切相关的蛋白亚型组成，这些蛋白亚型由具有高度结构同源性的不同基因编码(Weissmann and Weber,Prog Nucl Acid Res Mol Biol.,33:251,1986；Robertset al.,J Interferon Cytokine Res.18:805-816,1998)。人干扰素的命名详见：http://www_genenames_org/genefamilies/_IFN。表4示出了本文所用的IFN-α亚型的序列，还示出了其他I型IFN的序列。
如本文所用，术语“IFN-ω”是指具有以SEQ ID NO:1和UniProt登录号P05000示出的氨基酸序列的人IFN-ω。人IFN-ω还包括SEQ ID NO:2的在位置80(T80)处具有苏氨酸至谷氨酸置换的变体。
术语“I型干扰素”或“IFN-I”是指人干扰素-α的所有天然亚型以及干扰素-β、干扰素-ε、干扰素-ω和干扰素-κ的一种亚型，这些亚型都结合至共同的干扰素受体IFNAR上。
如本文所用，术语“IFNAR”是指众所周知的干扰素受体，其为异源二聚体或IFNAR1和IFNAR2。IFNAR1和IFNAR2的蛋白序列分别以SEQ ID NO:26和27示出。IFNAR1的成熟胞外结构域跨越SEQ ID NO:26的第28至436位残基，IFNAR2的成熟胞外结构域则跨越SEQ IDNO:27的第27至243位残基。
如本文所用，术语“抗体”广义上是指并包括免疫球蛋白分子，具体包括多克隆抗体、单克隆抗体(包括鼠科动物单克隆抗体、人单克隆抗体、人源化单克隆抗体和嵌合单克隆抗体)、抗体片段、由至少两种完整抗体或抗体片段形成的双特异性或多特异性抗体，二聚、四聚或多聚抗体，单链抗体、结构域抗体，以及包含所需特异性的抗原识别位点的免疫球蛋白分子的任何其他经修饰构型。
根据重链恒定结构域氨基酸序列，可将免疫球蛋白指定为五大类，即IgA、IgD、IgE、IgG和IgM。将IgA和IgG进一步亚分类为同种型IgA1、IgA2、IgG1、IgG2、IgG3和IgG4。任何脊椎动物物种的抗体轻链都可基于其恒定结构域的氨基酸序列被指定为两种完全不同的类型(即κ和λ)之一。
术语“抗体片段”是指免疫球蛋白分子的一部分，该部分保留重链和/或轻链抗原结合位点，诸如重链互补决定区(HCDR)1、2和3，轻链互补决定区(LCDR)1、2和3，重链可变区(VH)或轻链可变区(VL)。抗体片段包括众所周知的Fab、F(ab')2、Fd和Fv片段，以及由一个VH结构域组成的结构域抗体(dAb)。VH域和VL域可经由合成接头连接在一起以形成各种类型的单链抗体设计，其中在VH域和VL域由单独的单链抗体构建体表达的情况下，VH/VL域在分子内或分子间配对，以形成单价抗原结合位点，诸如单链Fv(scFv)或双价抗体(diabody)；例如在国际专利公布No.WO1998/44001、国际专利公布No.WO1988/01649、国际专利公布No.WO1994/13804、国际专利公布No.WO1992/01047中所述。
抗体可变区由被三个“抗原结合位点”中断的“框架”区组成。使用多个术语来定义抗原结合位点：(i)三个在VH中(HCDR1、HCDR2、HCDR3)并且三个在VL中(LCDR1、LCDR2、LCDR3)的互补决定区(CDR)以序列变异性为基础(Wu and Kabat,J Exp Med 132:211-50,1970；Kabat et al.,Sequences of Proteins of Immunological Interest,5thEd.Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,Md.,1991)。(ⅱ)三个在VH(H1、H2、H3)中并且三个在VL(L1、L2、L3)中的“超变区”、“HVR”或“HV”，是指抗体可变域中的在结构上超变的区域，如Chothia和Lesk所定义(Chothia和Lesk，Mol Biol196:901-17,1987)。其他术语包括“IMGT-CDR”(Lefranc等人，Dev Comparat Immunol 27:55-77,2003)和“特异性决定残基用途”(SDRU)(Almagro,Mol Recognit 17:132-43,2004)。国际免疫遗传学(IMGT)数据库(http://www_imgt_org)提供了抗原结合位点的标准化编号和定义。CDR、HV与IMGT划分之间的对应性在Lefranc et al.,Dev Comparat Immunol 27:55-77,2003中有所描述。
如本文所用，“单克隆抗体”是指具有单一分子组成的同质抗体群。单克隆抗体可以是非特异性的，也可以是多特异性的。
如本文所用，“Chothia残基”是抗体VL和VH的残基，其根据Al-Lazikani编号(Al-Lazikani et al.,J Mol Biol 273:927-48,1997)。
“框架”或“框架序列”是可变区的除了被定义为抗原结合位点的那些序列之外的其余序列。因为抗原结合位点可以由如上所述的不同术语定义，所以框架的精确氨基酸序列取决于如何定义抗原结合位点。
“人源化抗体”是指其中抗原结合位点来源于非人物种且可变区框架来源于人免疫球蛋白序列的抗体。人源化抗体在框架区中可包含置换，使得该框架可能不是表达的人免疫球蛋白序列或种系基因序列的精确拷贝。
“人适应性”抗体或“人框架适应性(HFA)”抗体是指根据美国专利公布No.US2009/0118127中描述的方法改造的人源化抗体。通过如下方式将人适应性抗体人源化：基于CDR1和CDR2环及一部分轻链CDR3环的最大CDR与FR相似性、长度相容性和序列相似性，来选择受体人框架。
“人抗体”是指具有重链可变区和轻链可变区的抗体，其中框架和抗原结合位点区均来源于人起源的序列。如果所述抗体包含恒定区，则该恒定区也来源于人起源的序列。
如果人抗体的可变区来源于使用人种系免疫球蛋白或重排免疫球蛋白基因的系统，则人抗体包含“来源于”人起源序列的重链可变区或轻链可变区。此类示例性系统为噬菌体上展示的人免疫球蛋白基因文库，以及转基因非人动物，诸如携带如本文所述的人免疫球蛋白基因座的小鼠。在与人种系或重排免疫球蛋白序列进行比较时，“人抗体”可包含由于例如天然存在的体细胞突变或特意引入置换所引起的氨基酸差异。通常，“人抗体”的氨基酸序列与由人种系基因或重排免疫球蛋白基因编码的氨基酸序列具有至少约80％、81％、82％、83％、84％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％的同一性。在一些情况下，“人抗体”可包含来源于人框架序列分析的共有框架序列(例如，如Knappik et al(2000)J.Mol.Biol.296:57-86中所述)，或结合到噬菌体上展示的人免疫球蛋白基因文库中的合成HCDR3(例如，如Shi et al(2010)J.Mol.Biol.397:385-96,2010和国际专利公布No.WO2009/085462中所述)。
分离的人源化抗体是合成的。虽然人抗体来源于人免疫球蛋白序列，但可使用诸如噬菌体展示的系统结合合成的CDR和/或合成的框架来生成，或者可对其进行体外诱变以改善抗体特性，从而得到并非天然存在于体内整套人抗体种系内的抗体。
人抗体可包括框架中或抗原结合位点中的置换，使得其可能不是表达的人免疫球蛋白或种系基因序列的精确拷贝。然而，“人抗体”的定义并不包括抗原结合位点来源于非人物种的抗体。
如本文所用，术语“重组”包括通过重组方式制备、表达、构建或分离的抗体和其他蛋白，诸如各种IFN-α亚型或IFN-ω。
如本文所用，术语“表位”意指抗原的与抗体特异性结合的部分。表位通常由部分(moiety)(诸如氨基酸或多糖侧链)的化学活性(诸如，极性、非极性或疏水性)表面定群(grouping)组成，并且可以具有特定的三维结构特征以及特定的电荷特征。表位可由形成构象空间单元的连续和/或不连续氨基酸构成。对于不连续表位，来自抗原线性序列的不同部分的氨基酸凭借蛋白质分子的折叠而在三维空间上靠近。
如本文所用，“双特异性”是指结合两个不同抗原或抗原内的两个不同表位的抗体。双特异性抗体可能对其他相关的抗原具有交叉反应性，或者可结合在两个或更多个不同抗原诸如至少一种IFN-α亚型与IFN-ω之间共享的表位。
如本文所用，术语“与……组合”意指药物或治疗剂可以在混合物中一起、作为单一药剂同时地或作为单一药剂以任何顺序依次地施用于动物物种(诸如人)。
如本文所用，术语“IFN-α生物活性”和“IFN-ω生物活性”是指由于IFN-α和IFN-ω分别结合至其受体IFNAR而产生的任何活性。一种IFN-α和IFN-ω生物活性是在运用标准方法稳定地表达信号转导子和转录激活子2(STAT2)、干扰素调节因子9(IRF9)以及SEAP的HEK293细胞中，在干扰素诱导型启动子(诸如ISG54)下，IFN-α和IFN-ω诱导分泌型胚胎碱性磷酸酶(SEAP)表达的能力。另一种IFN-α和IFN-ω生物活性是诱导从外周血单核细胞(PBMC)或如本文所述的全血产生趋化因子IP-10(CXCL10)。
术语“载体”是指能够在生物系统内复制或可以在此类系统间移动的多核苷酸。载体多核苷酸通常含有诸如复制起点、聚腺苷酸化信号或选择标记的元件，其功能是促进这些多核苷酸在生物系统中的复制或保持。此类生物系统的示例可包括细胞、病毒、动物、植物和用能够复制载体的生物组分再造的生物系统。包含载体的多核苷酸可为DNA或RNA分子或这些分子的杂合体。
术语“表达载体”是指可在生物系统或再造生物系统中用于指导由存在于表达载体中的多核苷酸序列所编码的多肽翻译的载体。
术语“多核苷酸”是指包含由糖-磷酸主链或其他等同的共价化学方式所共价连接的核苷酸链的分子。双链DNA和单链DNA以及双链RNA和单链RNA是多核苷酸的典型示例。
术语“多肽”或“蛋白质”是指包含至少两个由肽键连接以形成多肽的氨基酸残基的分子。少于50个氨基酸的小多肽可以称作“肽”。
本文使用常规的单字母氨基酸代码和三字母氨基酸代码，如表1中所示。
表1.
物质的组成
本发明提供了结合至人干扰素ω(IFN-ω)和多种人干扰素α(IFN-α)亚型并中和其活性的单克隆抗体(抗IFN-α/ω抗体)。本发明至少部分地基于对INF-ω在狼疮发病机制中的作用的理解，该作用具有与单独的IFN-α相似的免疫调节效应。已发现IFN-ω存在于狼疮患者的血清中并具有活性，还发现在与IFN-α相比时，IFN-ω诱导相似的细胞因子释放和基因表达谱、树突细胞分化以及T细胞非依赖性B细胞活化，这些发现为中和IFN-α和IFN-ω两者以最大化治疗效果的基本原理提供了基础。本发明还至少部分地基于对IFN-ω和多种IFN-α亚型所共享的最小中和表位的鉴别，其中本发明的IFN-α/ω抗体结合至该表位上。本发明的IFN-α/ω抗体可高效地中和IFN-ω和多种IFN-α亚型，因此在中和I型IFN和IFN特征的SLE相关制备物方面，可能比中和多种IFN-α亚型但不中和IFN-ω的抗体更有效。因此，本发明的抗体可更有效地治疗免疫介导的炎性疾病或自体免疫性疾病(包括狼疮)。由于本发明的IFN-α/ω抗体不中和IFN-β，所以与预期能够阻断所有I型IFN的抗IFNAR治疗相比，可能具有更好的安全性和PK分布。
在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，如本文所述的本发明的一个实施方案为分离的单克隆抗体，该抗体结合至人干扰素ω(IFN-ω)和至少三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或十一种人干扰素α(IFN-α)亚型并中和其生物活性。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体以至少约1×10-9M或更小、约1×10-10M或更小、约5×10-11M或更小、或者约1×10-11M或更小的IC50中和人IFN-ω的活性，其中人IFN-ω的活性是在稳定地表达信号转导子和转录激活子2(STAT2)、干扰素调节因子9(IRF9)以及SEAP的HEK293细胞中，在干扰素诱导型ISG54启动子下，人IFN-ω诱导分泌型胚胎碱性磷酸酶(SEAP)表达(如本文所述的“ISRE测定法”)。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体中和IFN-ω以及至少三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或十一种人干扰素α(IFN-α)亚型，所述亚型选自IFN-αA、IFN-αB2、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αI、IFN-αJ1、IFN-αK、IFN-αWA和IFN-α4a。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体中和IFN-ω与IFN-αA、IFN-αH2和IFN-αK。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体中和IFN-ω与IFN-αA、IFN-αG、IFN-αH2和IFN-αK。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体中和IFN-ω与IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2和IFN-αK。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体中和IFN-ω与IFN-αA、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2和IFN-αK。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体中和IFN-ω与IFN-αA、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αJ1和IFN-αK。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体中和IFN-ω与IFN-αA、IFN-αB、IFN-αG、IFN-αH2和IFN-αK。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体中和IFN-ω与IFN-αA、IFN-αB、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2和IFN-αK。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体中和IFN-ω与IFN-αA、IFN-αB、IFN-αC、IFN-αG、IFN-αH2和IFN-αK。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体中和IFN-ω与IFN-αA、IFN-αB、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG和IFN-α4a。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体中和IFN-ω与IFN-αA、IFN-αB、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αI和IFN-αK。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体中和IFN-ω与IFN-αA、IFN-αB、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αJ1和IFN-αK。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体中和IFN-ω与IFN-αA、IFN-αB、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αJ1和IFN-αK。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体中和IFN-ω与IFN-αA、IFN-αB、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αI、IFN-αJ1、IFN-αK和IFN-α4a。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体中和IFN-ω与IFN-αA、IFN-αB、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αI、IFN-αJ1、IFN-αWA和IFN-α4a。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体中和IFN-ω与IFN-αA、IFN-αB、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αJ1、IFN-αK、IFN-αWA和IFN-α4a。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体中和IFN-ω与IFN-αA、IFN-αB、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αI、IFN-αJ1、IFN-αK、IFN-αWA和IFN-α4a。
如本文所述，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体除了中和IFN-ω外，还可结合至少三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或十一种IFN-α亚型并将其中和。可使用标准方法通过重组表达制备IFN-α亚型和IFN-ω。可用于引导分泌的示例性信号序列以SEQ ID NO:21-25示出。
如本文所述，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体可在报告基因测定中测试其中和IFN-α和IFN-ω的能力，在该报告基因测定中采用在干扰素应答性启动子下表达报告基因的细胞系，并用各种IFN-α亚型和/或IFN-ω刺激细胞。例如，可如本文所述使用HEK-BlueTM IFN-α/β细胞(InvivoGen,San Diego,CA)，该细胞经工程改造以表达具有完整活性的I型IFN信号传导通路(稳定地表达STAT2和IRF9)，并且在IFNα/β诱导型ISG54启动子的调控下用SEAP报告基因转染。可检测来自碱性磷酸酶的信号，并且可使用熟知的方法来计算抑制的IC50。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体以约1×10-9M或更小、约1×10-10M或更小、约5×10-11M或更小、或约1×10-11M或更小的IC50值中和人IFN-ω的生物活性，其中人IFN-ω的生物活性是在稳定地表达信号转导子和转录激活子2(STAT2)、干扰素调节因子9(IRF9)以及SEAP的HEK293细胞中，在干扰素诱导型ISG54启动子下，抑制分泌型胚胎碱性磷酸酶(SEAP)表达(使用如本文的实施例1中所述的测定法即“ISRE报告基因测定法”)。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体以至少约1×10-10M或更小的IC50值中和人IFN-ω的生物活性，其中IC50依据本文所述的“ISRE报告基因测定法”测量。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体以介于约1×10-10M至约6×10-12M之间的IC50值中和人IFN-ω的生物活性，其中IC50依据本文所述的“ISRE报告基因测定法”测量。本领域的技术人员将会知道，ISRE报告基因测定法的测定偏差通常可大约在约0.28(log(M))的pIC50内。因此术语“约”反映测定中的典型标准偏差。例如，为1×10-9M的IC50的典型SD介于约0.53×10-9至1.9×10-9之间。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体以至少约2×10-10M或更小、约1.5×10-10M或更小、或者约1×10-10M或更小的IC50值，中和至少三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或十一种人IFN-α亚型的生物活性。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体以至少约1×10-10M或更小的IC50值中和人IFN-ω的活性，并且以约2×10-10M或更小、约1.5×10-10M或更小、或者约1×10-10M或更小的IC50值中和至少6种人IFN-α亚型的活性，其中IC50值使用本文所述的“ISRE报告基因测定法”测量。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体以至少约1×10-10M或更小的IC50值中和人IFN-ω的活性，并且以约2×10-10M或更小、约1.5×10-10M或更小、或者约1×10-10M或更小的IC50值中和至少10种人IFN-α亚型的活性，其中IC50值使用本文所述的“ISRE报告基因测定法”测量。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体以至少约1×10-10M或更小的IC50值中和人IFN-ω的活性，并且以约1×10-10M或更小的IC50值中和至少6种人IFN-α亚型的活性，其中IC50值使用本文所述的“ISRE报告基因测定法”测量。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体以至少约1×10-10M或更小的IC50值中和人IFN-ω的活性，并且以约1×10-10M或更小的IC50值中和至少10种人IFN-α亚型的活性，其中IC50值使用本文所述的“ISRE报告基因测定法”测量。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体抑制由250U/ml干扰素诱导的白细胞干扰素诱导的IP-10在全血中释放，存在10μg/ml抗体时比不存在该抗体时抑制约50％或更多。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体抑制系统性红斑狼疮(SLE)免疫复合物诱导的IP-10在全血中释放，存在10μg/ml抗体时比不存在该抗体时抑制约50％或更多。
如本文所述，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体可通过评估其抑制IFN诱导的细胞因子释放(诸如IP-10从IFN诱导的外周血单核细胞(PBMC)或全血中释放)的能力来测试其中和能力。例如，采用标准方案从健康志愿者的肝素化全血中分离出PBMC，然后用IFN与待测试抗体的预先形成的复合物处理PBMC，并且用标准方法诸如Milliplex细胞因子/趋化因子试剂盒(Millipore，预混合39plex)测定IP-10释放。与不存在抗体时IFN诱导的IP-10释放相比，本发明的抗体可至少将IP-10释放抑制30％、40％、50％、60％、70％、75％、80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％、99％或100％。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体以约1×10-10M或更小、约5×10-11M或更小、约1×10-11M或更小、或者约5×10-12M或更小的解离常数(KD)结合人IFN-ω。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体以约5×10-10M或更小、约1×10-10M或更小、约5×10-11M或更小、约1×10-11M或更小、或者约5×10-12M或更小的KD，结合IFN-ω与至少三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或十一种人干扰素α(IFN-α)亚型，所述亚型选自IFN-αA、IFN-αB2、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αI、IFN-αJ1、IFN-αK、IFN-αWA和IFN-α4a。
可使用任何合适的方法通过实验测定抗体对IFN-ω或各种IFN-α亚型的亲和力。这类方法可采用本领域技术人员已知的ProteOn XPR36、Biacore 3000或KinExA仪器，ELISA或竞争性结合测定法。如果在不同的条件(例如，同渗容摩、pH)下测量，则特定的抗体/IFN-ω或抗体/IFN-α亚型相互作用的所测得亲和力可能不同。因此，亲和力和其他结合参数(如，KD、Kon、Koff)的测量优选地用标准化条件和标准化缓冲液诸如本文所述的缓冲液进行。本领域技术人员将会知道，使用例如Biacore 3000或ProteOn进行亲和力测量的内部误差(测量为标准偏差，SD)通常可在典型检出限内的测量值的5-33％内。因此术语“约”反映测定中的典型标准偏差。例如，1×10-9M的KD的典型SD为至多±0.33×10-9M。
通过人IFN-ω和/或IFN-α亚型淘选并且可选地通过进一步抗体亲和力成熟，可从变体或片段的文库中选择具有所需的亲和力与中和分布的结合人IFN-ω和IFN-α亚型的抗体。在示例性的淘选活动中，可按顺序淘选或使用黑猩猩IFN-ω和人IFN-α亚型：IFN-α2、IFN-α1、IFN-αH2、IFN-αG和IFN-αF的混合物淘选噬菌体文库。或者，可用黑猩猩和猕猴IFN-ω、人IFN-α亚型：IFN-αD、IFN-αJ1、IFN-αC、IFN-αB2、IFN-αH2、IFN-αA、IFN-α4a、IFN-αG、IFN-αF、IFN-αWA和IFN-αI来使小鼠免疫，接着筛选结合至IFN-ω和各种IFN-α亚型的杂种细胞，随后使用本文所述的方法来评估抗体的中和能力，由此产生本发明的抗体。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含分别为SEQ ID NO:109、114和121的重链互补决定区(HCDR)1(HCDR1)、2(HCDR2)和3(HCDR3)氨基酸序列，以及为SEQ ID NO:118、119和120的轻链互补决定区(LCDR)1(LCDR1)、2(LCDR2)和3(LCDR3)氨基酸序列。
示例性的此类抗体为抗体IFWM3308、IFWM3307、IFWM3410、IFWM3322、IFWM3385、IFWM3416、IFWM3310、IFWM3400、IFWM3321、IFWM3522、IFWM3524、IFWM3320、IFWM3304、IFWM3520、IFWM3399、IFWM3314、IFWM3331、IFWM3405、IFWM3442、IFWM3525、IFWM3423、IFWM3444和IFWM3421。这些抗体以约1×10-10M或更小的IC50值中和人IFN-ω与至少三种IFN-α亚型，并包含共有的LCDR1(SEQ ID NO:118)、LCDR2(SEQ ID NO:119)、LCDR3(SEQ IDNO:120)、HCDR2(SEQ ID NO:114)和HCDR3(SEQ ID NO:121)氨基酸序列以及不变的HCDR1(SEQ ID NO:109)氨基酸序列。抗体至少在SEQ ID NO:28、31、157或158中的第103位VH残基处，SEQ ID NO:35、39、40、42、46、52、53、54、71、73、75或135中的第30、31、32、50、91至94或96位VL残基处，以及SEQ ID NO:57、61、62、68和150中的第30、31、32、50、51、92至95或97位VL残基处具有置换，使得抗体相比亲本IFWM371抗体具有改善的效力。
SEQ ID NO:118
QSIX1X2X3X4；其中
X1为G、D、A、R、E、S或N；
X2为D、G、N、S、R、E或K；
X3为F、A、N、T、S或V；
X4为Y、N或缺失。
SEQ ID NO:119
X5AS；其中
X5为F、W或G。
SEQ ID NO:120
QQX6X7X8X9PX10T；其中
X6为A、G、S或W；
X7为L、Y、H、W、F或I；
X8为D或S；
X9为F、T、L、N或W；并且
X10为L、F或I。
SEQ ID NO:114
IX11X12SDSDT；其中
X11为D或A；并且
X12为P或A。
SEQ ID NO:121
ARHPGLX13WAPDFDY；其中
X13为A或N。
SEQ ID NO:109
GYSFTSYW
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含分别为SEQ ID NO:109、114、121、159、119和160的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
示例性的此类抗体为抗体IFWM3400、IFWM3321、IFWM3522、IFWM3524、IFWM3320、IFWM3304、IFWM3520、IFWM3399、IFWM3314、IFWM3331、IFWM3405、IFWM3442、IFWM3525、IFWM3423、IFWM3444和IFWM3421。这些抗体以约1×10-10M或更小的IC50值中和人IFN-ω与至少六种IFN-α亚型，并包含共有的LCDR1(SEQ ID NO:159)、LCDR2(SEQ ID NO:119)、LCDR3(SEQ ID NO:160)、HCDR2(SEQ ID NO:114)和HCDR3(SEQ ID NO:121)氨基酸序列以及不变的HCDR1(SEQ ID NO:109)氨基酸序列。
SEQ ID NO:159
QSIX14X15X16X17；其中
X14为G、D、A、E、S或N；
X15为D、G、N、S或R；
X16为F、A、N、S或V；并且
X17为Y、N或缺失。
SEQ ID NO:160
QQX18X19X20X21PX22T；其中
X18为A、G或S；
X19为Y、H、W或F；
X20为D或S；
X21为F、T、L或W；并且
X22为L、F或I。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含分别为SEQ ID NO:109、114、121、161、119和162的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
示例性的此类抗体为抗体IFWM3405、IFWM3442、IFWM3525、IFWM3423、IFWM3444和IFWM3421。这些抗体以至少约2×10-10M或更小、约1.5×10-10M或更小、或者约1×10-10M或更小的IC50值中和人IFN-ω与至少十种IFN-α亚型，并包含共有的LCDR1(SEQ ID NO:161)、LCDR2(SEQ ID NO:119)、LCDR3(SEQ ID NO:162)、HCDR2(SEQ ID NO:114)和HCDR3(SEQ IDNO:121)序列以及不变的HCDR1(SEQ ID NO:109)序列。
SEQ ID NO:161
QSIX23X24X25X26；其中
X23为A或D；
X24为N或G；
X25为F、N或S；并且
X26为Y、N或缺失。
SEQ ID NO:162
QQX27X28X29X30PX31T；其中
X27为G或S；
X28为Y；
X29为D；
X30为F、T或L；并且
X31为L、F或I。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体中和人IFN-ω与至少十种人IFN-α亚型，所述亚型选自IFN-αA、IFN-αB2、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αI、IFN-αJ1、IFN-αK、IFN-αWA和IFN-α4a。
在本文所述的本发明的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，所述抗体中和人IFN-ω和至少人IFN-α亚型：IFN-αA、IFN-αB2、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αJ1和IFN-α4a。
在本文所述的本发明的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，所述抗体不结合也不中和IFN-αD或IFN-α1。
在本文所述的本发明的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，所述抗体不结合也不中和IFN-β。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含：
为SEQ ID NO:109的HCDR1氨基酸序列；
为SEQ ID NO:111、112或113的HCDR2氨基酸序列；
为SEQ ID NO:115或116的HCDR3氨基酸序列；
为SEQ ID NO:76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90或91的LCDR1氨基酸序列；
为SEQ ID NO:93、94或95的LCDR2氨基酸序列；以及
为SEQ ID NO:96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106或107的LCDR3氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含分别为下列序列号(SEQ ID NO)的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列：
a)109、113、116、77、93和104；
b)109、113、116、85、93和96；
c)109、113、115、79、95和107；
d)109、113、116、76、93和103；
e)109、113、115、85、93和96；
f)109、113、115、89、95和100；
g)109、113、116、86、93和105；
h)109、113、115、76、93和103；
i)109、113、116、80、93和97；
j)109、113、116、84、93和97；
k)109、113、116、90、93和97；
l)109、113、116、88、93和102；
m)109、113、116、87、93和105；
n)109、113、116、91、93和106；
o)109、113、115、80、93和97；
p)109、113、116、83、93和101；
q)109、113、116、82、94和98；
r)109、113、115、78、95和100；
s)109、111、116、81、93和106；
t)109、113、116、82、94和99；
u)109、113、115、81、93和106；
v)109、112、116、81、93和106；或者
w)109、113、116、81、93和106。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含分别为SEQ ID NO:109、113、116、77、93和104的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含分别为SEQ ID NO:109、113、116、85、93和96的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含分别为SEQ ID NO:109、113、115、79、95和107的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含分别为SEQ ID NO:109、113、116、76、93和103的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含分别为SEQ ID NO:109、113、115、85、93和96的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含分别为SEQ ID NO:109、113、115、89、95和100的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含分别为SEQ ID NO:109、113、116、86、93和105的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含分别为SEQ ID NO:109、113、115、76、93和103的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含分别为SEQ ID NO:109、113、116、80、93和97的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含分别为SEQ ID NO:109、113、116、84、93和97的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含分别为SEQ ID NO:109、113、116、90、93和97的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含分别为SEQ ID NO:109、113、116、88、93和102的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含分别为SEQ ID NO:109、113、116、87、93和105的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含分别为SEQ ID NO:109、113、116、91、93和106的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含分别为SEQ ID NO:109、113、115、80、93和97的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含分别为SEQ ID NO:109、113、116、83、93和101的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含分别为SEQ ID NO:109、113、116、82、94和98的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含分别为SEQ ID NO:109、113、115、78、95和100的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含分别为SEQ ID NO:109、111、116、81、93和106的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含分别为SEQ ID NO:109、113、116、82、94和99的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含分别为SEQ ID NO:109、113、115、81、93和106的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含分别为SEQ ID NO:109、112、116、81、93和106的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含分别为SEQ ID NO:109、113、116、81、93和106的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，所述抗体包含VH和VL，其中所述VH包含为SEQ ID NO:28、31、157或158的氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，所述抗体包含VH和VL，其中所述VL包含为SEQ ID NO:35、39、40、42、46、52、53、54、57、61、62、68、71、73、75、135或150的氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，所述抗体包含为SEQ ID NO:28、31、157或158的VH，以及为SEQ ID NO:35、39、40、42、46、52、53、54、57、61、62、68、71、73、75、135或150的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28和40、28和39、31和62、28和54、31和39、31和68、28和42、31和54、28和53、28和73、28和75、28和52、28和35、28和135、31和53、28和46、28和61、31和57、157和71、28和150、31和71、158和71或者28和71的VH和VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，所述抗体包含VH和VL，其中VH包含为SEQ ID NO:28、30、31、157或158的氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，所述抗体包含为SEQ ID NO:28、30、31、157或158的VH的HCDR1、HCDR2和HCDR3氨基酸序列，以及为SEQ ID NO:29、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、73、74、75、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、74、148、149、150、151、152或153的VL的LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列，其中CDR根据Kabat、Chothia和/或IMGT定义。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，所述抗体包含VH和VL，其中VL包含为SEQ ID NO:29、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、73、74、75、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、74、148、149、150、151、152或153的氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，所述抗体包含VH和VL，其中VH包含为SEQ ID NO:28、30、31、157或158的氨基酸序列，并且VL包含为SEQ ID NO:29、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、50、51、52、53、54、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65、66、67、68、69、70、71、73、74、75、123、124、125、126、127、128、129、130、131、132、133、134、135、136、137、138、139、140、141、142、143、144、145、146、147、74、148、149、150、151、152或153的氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:29的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:32的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:33的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:34的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:35的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:36的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:37的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:38的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:39的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:40的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:41的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:42的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:43的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:44的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:45的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:46的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:47的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:48的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:49的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:50的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:51的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:52的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:53的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:54的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:55的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:56的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:57的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:58的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:59的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:60的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:61的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:62的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:63的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:64的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:65的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:66的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:67的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:68的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:69的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:32的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:33的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:34的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:35的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:36的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:37的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:38的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:39的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:40的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:41的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:42的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:43的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:44的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:45的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:46的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:47的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:48的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:49的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:50的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:51的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:52的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:53的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:54的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:56的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:57的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:58的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:59的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:60的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:61的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:62的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:63的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:64的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:65的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:66的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:67的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:68的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:69的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:32的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:33的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:34的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:35的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:36的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:37的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:38的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:39的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:40的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:41的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:42的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:43的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:44的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:45的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:46的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:47的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:48的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:49的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:50的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:51的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:52的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:53的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:54的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:56的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:57的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:58的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:59的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:60的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:61的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:62的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:63的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:65的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:66的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:67的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:68的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:69的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:70的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:70的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:30的VH，以及为SEQ ID NO:70的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:71的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:31的VH，以及为SEQ ID NO:71的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:123的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:124的VL。
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在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:128的VL。
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在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:130的VL。
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在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:132的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:133的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:134的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:135的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:136的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:137的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:138的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:139的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:140的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:141的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:73的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:142的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:143的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:74的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:75的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:144的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:145的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:146的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:147的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:148的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:149的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:150的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:151的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:152的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:28的VH，以及为SEQ ID NO:153的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:157的VH，以及为SEQ ID NO:71的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体包含为SEQ ID NO:158的VH，以及为SEQ ID NO:71的VL。
包含表9、表13、表15、表17、表19和表21中所示的VH或VL氨基酸序列的抗IFN-ω/本发明抗体的变体在本发明的范围之内。例如，变体可在VH和/或VL中包含1、2、3、4、5、6、7、8、9、10或11个不会对抗体特性产生不利影响的氨基酸置换。在一些实施方案中，相对于本发明的VH或VL氨基酸序列的序列同一性可为约90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％。同一性百分数可以例如通过使用Vector NTI v.9.0.0(Invitrogen,Carlsbad,CA)的AlignX模块的默认设置的成对比对而确定。示例性修饰为例如在抗原结合位点中或在框架中的保守氨基酸置换，这些置换不会不利地改变抗体的特性。还可作出保守置换以改善抗体特性，例如稳定性或亲和力。保守置换是在其侧链中相关的氨基酸家族内发生的那些置换。基因编码的氨基酸可分为四类：(1)酸性(天冬氨酸、谷氨酸)；(2)碱性(赖氨酸、精氨酸、组氨酸)；(3)非极性(丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、脯氨酸、苯丙氨酸、甲硫氨酸、色氨酸)；以及(4)非荷电极性(甘氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、半胱氨酸、丝氨酸、苏氨酸、酪氨酸)。苯丙氨酸、色氨酸和酪氨酸有时被共同分类为芳族氨基酸。另选地，氨基酸所有组成成分可以分组为：(1)酸性(天冬氨酸、谷氨酸)；(2)碱性(赖氨酸、精氨酸、组氨酸)、(3)脂族的(甘氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、丝氨酸、苏氨酸)，其中丝氨酸和苏氨酸任选地分别分组为含羟基脂族的；(4)芳族(苯丙氨酸、酪氨酸、色氨酸)；(5)酰胺(天冬酰胺、谷氨酰胺)；和(6)含硫(半胱氨酸和甲硫氨酸)(Stryer(编辑)，Biochemistry，第2版，WH Freeman and Co.，1981)。此外，多肽中的任何天然残基还可以用丙氨酸来置换，如此前针对丙氨酸扫描诱变所述(MacLennan et al(1998)ActaPhysiol.Scand.Suppl.643:55-67；Sasaki et al(1998)Adv.Biophys.35:1-24)。所需的氨基酸置换可以由本领域技术人员在需要此类置换时确定。可使用本文所述的测定法来测试所得抗体变体的特征。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗IFN-α/ω抗体包含与SEQ ID NO:28具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的重链可变区(VH)氨基酸序列，以及与SEQID NO:71具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的轻链可变区(VL)氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗IFN-α/ω抗体包含与SEQ ID NO:28具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的重链可变区(VH)氨基酸序列，以及与SEQID NO:150具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的轻链可变区(VL)氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗IFN-α/ω抗体包含与SEQ ID NO:28具有至少95％同一性的重链可变区(VH)氨基酸序列，以及与SEQ ID NO:71具有至少95％同一性的轻链可变区(VL)氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗IFN-α/ω抗体包含与SEQ ID NO:28具有至少95％同一性的重链可变区(VH)氨基酸序列，以及与SEQ ID NO:150具有至少95％同一性的轻链可变区(VL)氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗IFN-α/ω抗体包含与SEQ ID NO:28具有至少97％同一性的重链可变区(VH)氨基酸序列，以及与SEQ ID NO:71具有至少97％同一性的轻链可变区(VL)氨基酸序列。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗IFN-α/ω抗体包含与SEQ ID NO:28具有至少97％同一性的重链可变区(VH)氨基酸序列，以及与SEQ ID NO:150具有至少97％同一性的轻链可变区(VL)氨基酸序列。
氨基酸置换可以例如通过PCR诱变来进行(美国专利No.4,683,195)。另选地，可使用已知的方法生成变体文库，例如使用随机(NNK)密码子或非随机密码子(例如DVK密码子，其编码11个氨基酸(Ala、Cys、Asp、Glu、Gly、Lys、Asn、Arg、Ser、Tyr、Trp))，然后在文库内筛选具有所需特性的变体。
尽管实施例中所示的实施方案包括成对的可变区，一个来自重链并且一个来自轻链，但本领域技术人员将认识到另选实施方案可包括单一重链可变区或单一轻链可变区。单一可变区可用于筛选能够形成二结构域特异性抗原结合片段(能够例如结合至人IFN-ω或各种人IFN-α亚型)的可变结构域。所述筛选可通过噬菌体展示筛选方法来完成，这些方法使用例如国际专利公布No.WO92/01047所公开的分级双重组合法。在该组合法中，使用包含H链克隆或L链克隆的单个菌落来感染编码另一条链(L或H)的克隆的完全文库，然后根据所描述的噬菌体展示技术来选择所得的双链特异性抗原结合结构域。因此，单独的VH多肽链和VL多肽链可用于鉴定特异性地结合至人IFN-ω或各种IFN-α亚型的另外的抗体，该鉴定过程采用国际专利公布No.WO92/01047中所公开的方法。
可使用多种用于产生抗体的技术来制备本发明的抗体。例如，可使用Kohler和Milstein在Nature256:495,1975中提出的杂交瘤方法来产生单克隆抗体。在杂交瘤方法中，用人IFN-ω和/或各种IFN-α亚型或这些蛋白的片段来免疫小鼠或其他宿主动物(诸如仓鼠、大鼠或猴)，之后使用标准方法将来自免疫动物的脾细胞与骨髓瘤细胞融合以形成杂交瘤细胞(Goding,Monoclonal Antibodies:Principles and Practice,pp.59-103(Academic Press,1986))。筛选出由单个永生化杂交瘤细胞产生的菌落，用以制备具有所需特性(诸如结合特异性、交叉反应性或缺乏结合特异性、缺乏交叉反应性，以及抗原的亲和力)的抗体。
可使用各种宿主动物制备本发明的IFN-α/ω抗体。例如，可使用Balb/c小鼠来制备小鼠抗人IFN-α/ω抗体。可使用各种技术来人源化在Balb/c小鼠和其他非人动物体内制备的抗体，以产生更类似人的序列。包括选择人受体框架的示例性人源化技术是本领域技术人员已知的，包括CDR接枝(美国专利No.5,225,539)、SDR接枝(美国专利No.6,818,749)、表面重塑(Padlan,Mol Immunol 28:489-499,1991)、特异性决定残基表面重塑(美国专利公布No.20100261620)、人改型(或人框架改型)(美国专利公布No.US2009/0118127)、超人源化(美国专利No.7,709,226)和定向选择(Osbourn et al(2005)Methods 36:61-68,2005；美国专利No.5,565,332)。
可采用诸如国际专利公布No.WO90/007861和国际专利公布No.WO92/22653中所述的那些公开的技术，通过引入修改的框架支持残基来保持结合亲和力(回复突变)，来进一步优化人源化抗体以改善其对所需抗原的选择性或亲和力。
可使用基因组中携带人免疫球蛋白(Ig)基因座的转基因小鼠来产生抗目标蛋白质的人抗体，这描述于例如国际专利公布No.WO90/04036、美国专利No.6150584、国际专利公布No.WO99/45962、国际专利公布No.WO02/066630、国际专利公布No.WO02/43478；Lonberg et al(1994)Nature 368:856-9；Green et al(1994)Nature Genet.7:13-21；Green&Jakobovits(1998)Exp.Med.188:483-95；Lonberg and Huszar(1995)Int.Rev.Immunol.13:65-93；Bruggemann et al(1991)Eur.J.Immunol.21:1323-1326；Fishwild et al(1996)Nat.Biotechnol.14:845-851；Mendez et al(1997)Nat.Genet.15:146-156；Green(1999)J.Immunol.Methods 231:11-23；Yang et al(1999)Cancer Res.59:1236-1243；Brüggemann and Taussig(1997)Curr.Opin.Biotechnol.8:455-458；国际专利公布No.WO02/043478)。可破坏此类鼠中的内源性免疫球蛋白基因座或使该基因座缺失，并且可使用转染色体或微小基因，通过同源或非同源重组将至少一种完整或部分的人免疫球蛋白基因座插入小鼠基因组中。可邀请诸如Regeneron(http://_www_regeneron_com)、Harbour Antibodies(http://_www_harbourantibodies_com)、Open MonoclonalTechnology,Inc.(OMT)(http://_www_omtinc_net)、KyMab(http://_www_kymab_com)、Trianni(http://_www.trianni_com)和Ablexis(http://_www_ablexis_com)等公司使用上述技术以提供抗所选抗原的人抗体。
人抗体可选自噬菌体展示文库，其中噬菌体经工程改造以表达人免疫球蛋白或其部分，诸如Fab、单链抗体(scFv)或者未配对或配对抗体可变区(Knappiket al(2000)J.Mol.Biol.296:57-86；Krebset al(2001)J.Immunol.Meth.254:67-84；Vaughanet al(1996)Nature Biotechnology 14:309-314；Sheets et al(1998)PITAS(USA)95:6157-6162；Hoogenboom and Winter,(1991)J.Mol.Biol.227:381；Marks et al(1991)J.Mol.Biol.222:581)。本发明的抗体可分离自例如噬菌体展示文库，所述噬菌体展示文库将抗体的重链可变区和轻链可变区表达为具有噬菌体pIX外壳蛋白的融合蛋白，如Shi etal(2010)J.Mol.Biol.397:385-96和国际专利公布No.WO09/085462中所述。可筛选文库中结合至人IFN-ω和IFN-α的噬菌体，并可进一步表征获得的阳性克隆，从克隆裂解物分离Fab，将其表达为全长IgG。此类用于分离人抗体的噬菌体展示方法描述于例如：授予Ladner等人的美国专利No.5,223,409、5,403,484和5,571,698；授予Dower等人的美国专利No.5,427,908和5,580,717；授予McCafferty等人的美国专利No.5,969,108和6,172,197；以及授予Griffiths等人的美国专利No.5,885,793、6,521,404、6,544,731、6,555,313、6,582,915和6,593,081。
免疫原性抗原的制备以及单克隆抗体的产生可用任何合适的技术诸如重组蛋白产生来执行。免疫原性抗原可按纯化蛋白质或蛋白质混合物(包括全细胞、细胞提取物或组织提取物)的形式施用于动物，或者抗原可在动物体内由编码所述抗原或其部分的核酸从头形成。
在一个示例性方法中，可针对生物素酰化人IFN-α2或生物素酰化人IFN-αG，对噬菌体展示文库进行淘选。在三轮淘选之后，可执行使用人IFN-α2、IFN-αG和IFN-ω作为抗原的多克隆噬菌体ELISA，以检测单独淘选实验的特异性富集。可收集对IFN-α2、IFN-αG和IFN-ω的结合剂表现出富集的噬菌体，然后在标准ELISA测定中进一步筛选其与另外的Fab形式的IFN-α亚型的结合。可将鉴别出的Fab克隆克隆至全长抗体，然后可使用如本文所述的ProteOn和ISRE报告基因测定法，就所述Fab克隆对人IFN-ω和各种IFN-α亚型的亲和力与中和能力对所述Fab克隆进行进一步表征。
本发明的抗体可为人抗体或人源化抗体。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的IFN-α/ω抗体包含来源于人种系基因IGHV5-51的VH框架(SEQ IDNO:155)。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的IFN-α/ω抗体包含来源于人种系基因IGKV1D-39的VL框架(SEQ IDNO:156)。
在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，如本文所述的本发明的抗体可为IgA、IgD、IgE、IgG或IgM型。本发明的抗体可为IgG1、IgG2、IgG3、IgG4型。
本发明的抗体的免疫效应子特性可通过本领域技术人员已知的技术经由Fc修饰得到增强或沉默。例如，Fc效应子功能诸如C1q结合、补体依赖性细胞毒性(CDC)、抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)、吞噬作用、细胞表面受体(例如B细胞受体；BCR)的下调等，可通过修饰Fc中负责这些活性的残基提供并/或得到控制。本发明抗体的药代动力学特性可通过使Fc结构域中延长抗体半衰期的残基突变而得到增强(Strohl(2009)Curr OpinBiotechnol 20:685-91)。示例性Fc修饰为IgG4S228P/L234A/L235A、IgG2M252Y/S254T/T256E(Dall’Acqua et al(2006)J.Biol.Chem.281:23514–24)；或IgG2V234A/G237A/P238S、V234A/G237A/H268Q、H268A/V309L/A330S/P331，或IgG2上的V234A/G237A/P238S/H268A/V309L/A330S/P331S(国际专利公布No.WO11/066501)，或美国专利No.6,737,056中所述的那些修饰(残基根据EU编号系统编号)。
另外，在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，如本文所述的本发明的抗体可通过诸如糖基化、异构化、去糖基化或非天然存在的共价修饰(诸如添加聚乙二醇部分(聚乙二醇化)和脂质化)等方法进行翻译后修饰。此类修饰可在体内或体外进行。例如，本发明的抗体可缀合至聚乙二醇(聚乙二醇化)，以改善抗体的药代动力学特性。缀合可通过本领域技术人员已知的技术来执行。现已证实，治疗抗体与PEG缀合增强了药效动力学，同时不干扰功能(Knighet al(2004)Platelets 15:409-18；Leong et al(2001)Cytokine 16:106-19；Yang et al(2003)Protein Eng.16:761-70)。
经修饰以改善稳定性、选择性、交叉反应性、亲和力、免疫原性或其他所需生物学或生物物理学特性的本发明抗体或其片段处于本发明的范围内。抗体的稳定性受多种因素的影响，包括(1)影响各个结构域固有稳定性的各个结构域的核心堆积；(2)影响HC和LC配对的蛋白质/蛋白质界面相互作用；(3)极性和带电残基的掩埋；(4)极性和带电残基的H键网络；以及(5)表面电荷与极性残基分布连同其他的分子内力和分子间力(Worn et al(2001)J.Mol.Biol.305:989-1010)。潜在的结构不稳定残基可根据该抗体的晶体结构或在某些情况下通过分子建模来鉴定，并且所述残基对于抗体稳定性的影响可通过生成并评估在所鉴定残基中携带突变的变体来测试。一种增加抗体稳定性的方法是升高由差示扫描量热法(DSC)测得的热转变中点温度(Tm)。一般来讲，蛋白质Tm与其稳定性相关联，并且与其对溶液中的解折叠和变性以及依赖于蛋白质解折叠趋向的降解过程的敏感性负相关(Remmele et al(2000)Biopharm13:36-46)。大量研究已经发现，通过DSC以热稳定性测得的制剂物理稳定性的级别与通过其他方法测得的物理稳定性之间存在相关性(Gupta etal(2003)AAPS PharmSci 5E8；Zhanget al(2004)J.Pharm.Sci.93:3076-89；Maa et al(1996)Int.J.Pharm.140:155-68；Bedu-Addo et al(2004)Pharm.Res.21:1353-61；Remmele et al(1997)Pharm.Res.15:200-8)。制剂研究表明，Fab Tm对相应mAb的长期物理稳定性有影响。框架中或CDR内的氨基酸差别对Fab结构域的热稳定性可能有显著影响(Yasui et al(1994)FEBS Lett.353:143-6)。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体与分离抗体竞争结合至人IFN-ω，该分离抗体包含为SEQ IDNO:28的VH，以及为SEQ ID NO:71的VL。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体与分离抗体竞争结合至人IFN-ω，该分离抗体包含为SEQ IDNO:28的VH，以及为SEQ ID NO:150的VL。
使用熟知的方法，可在体外测定特异性结合至人IFN-ω的抗体与包含特定VH序列和VL序列的本发明抗体之间的竞争。例如，可通过ELISA评估在存在未标记抗体的情况下MSD Sulfo-TagTM NHS酯标记抗体与人IFN-ω的结合，或者可使用Bioacore分析法或流式细胞术来证实与本发明抗体的竞争作用。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体结合至人干扰素ω(IFN-ω)和至少三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或十一种人干扰素α(IFN-α)亚型并中和其生物活性，其中所述抗体至少在残基F27、L30和R33处与为SEQ ID NO:1的IFN-ω结合。
IFN-ω的残基F27、L30和R33限定本发明IFN-α/ω抗体的广泛中和活性所需的最小表位。几种抗体/IFN-α或抗体/IFN-ω复合物的晶体结构揭示，这三个残基对抗体结合作出主要贡献。F27残基在除IFN-αD(α1)(本发明的抗体不与其结合)外的全部人IFN-α中都是保守的。L30和R33在全部人IFN-α以及人IFN-ω中都是保守的。从与各种食蟹猕猴IFN-α亚型的结合研究中，进一步证实F27对表位的贡献显而易见：本发明的抗体不结合食蟹猕猴IFN-α13(其与人IFN-αD类似，在第27位处具有丝氨酸(S27))。
在本文所述的另一个实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体至少在残基S25、P26、F27、L28、L30、K31、R33、R34和D35处与为SEQ ID NO:1的人IFN-ω结合。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体结合至人干扰素ω(IFN-ω)和至少三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或十一种人干扰素α(IFN-α)亚型并中和其生物活性，其中所述抗体在一个或多个残基(包括F27)处与为SEQ ID NO:1的人IFN-ω结合。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，本发明的抗体为双特异性抗体，其结合至人干扰素ω(IFN-ω)和至少三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或十一种人干扰素α(IFN-α)亚型并中和其生物活性，并且结合BLyS、CD40L、IL-6、CD27、BDCA2、IL-12、IL-23、IFN-αD、IL-17、CD20、IL-10、CD22、IL-21、ICOS、ICOSL或IFN-γ。
考虑到SLE患者体内存在升高的IFN-ω，并且已证实IFN-ω可以在体外诱导PBMC中的BLyS分泌，所以在SLE患者体内联合阻断IFN-α/ω相比抗IFN-α特异性方法可以更有效地降低BLyS水平。SLE患者体内IFN特征和IFN活性的范围似乎与可溶性BLyS的水平相关。
在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，如本文所述的本发明的IFN-α/ω抗体可被工程改造成双特异性抗体，这些双特异性抗体也涵盖在本发明的范围之内。可使用已公布的方法将本发明抗体的VL区和/或VH区工程改造成结构诸如设计(国际专利公布No.WO99/57150；美国专利公布No.US2011/0206672)的单链双特异性抗体，或结构诸如美国专利No.US5869620、国际专利公布No.WO95/15388、国际专利公布No.WO97/14719或国际专利公布No.WO11/036460中所公开的那些结构的双特异性scFV。
本发明抗体的VL区和/或VH区可被工程改造成双特异性全长抗体，其中每条抗体臂结合不同的抗原或表位。通常通过调节这两条抗体重链之间的CH3相互作用制备此类双特异性抗体，以使用诸如美国专利No.7,695,936、国际专利公布No.WO04/111233、美国专利公布No.2010/0015133、美国专利公布No.2007/0287170、国际专利公布No.WO2008/119353、美国专利公布No.2009/0182127、美国专利公布No.2010/0286374、美国专利公布No.2011/0123532、国际专利公布No.WO2011/131746、国际专利公布No.WO2011/143545或美国专利公布No.2012/0149876中所述的技术来形成双特异性抗体。
例如，根据国际专利公布No.WO2011/131746中所述的方法，通过在两种单特异性同源二聚体抗体的CH3区引入非对称突变，然后在还原条件下(以允许二硫键异构化)由两种亲本单特异性同源二聚体抗体形成双特异性异源二聚体抗体，可在体外于无细胞环境中产生本发明的双特异性抗体。在所述方法中，第一单特异性二价抗体(例如，本发明的抗IFN-α/ω抗体)和第二单特异性二价抗体(例如，抗BLyS、抗CD40L、抗IL-6、抗CD27、抗BDCA2、抗IL-12、抗IL-23、抗IFN-αD、抗IL-17、抗CD20、抗IL-10、抗CD22、抗IL-21、抗ICOS、抗ICOSL或抗IFN-γ抗体)被工程改造成在CH3结构域具有促进异二聚体稳定性的特定置换；在足以允许铰链区中的半胱氨酸发生二硫键异构化的还原条件下，将抗体一起温育；由此通过Fab臂交换产生双特异性抗体。最佳的是，温育条件可恢复至非还原条件。可使用的示例性还原剂为2-巯基乙胺(2-MEA)、二硫苏糖醇(DTT)、二硫赤藓糖醇(DTE)、谷胱甘肽、三(2-羧乙基)膦(TCEP)、L-半胱氨酸和β-巯基乙醇；优选地，还原剂选自2-巯基乙胺、二硫苏糖醇和三(2-羧乙基)膦。例如，可在存在至少25mM 2-MEA或至少0.5mM二硫苏糖醇的情况下，在5至8的pH(例如，7.0或7.4的pH)以及至少20℃的温度下温育至少90分钟。
可用于双特异性抗体的第一重链和第二重链的示例性CH3突变为K409R和/或F405L。
可在其中结合本发明抗体的VL区和/或VH区的另外的双特异性结构，是例如双可变结构域免疫球蛋白(DVD)(国际专利公布No.WO2009/134776)，或包括多种二聚化结构域以连接具有不同特异性的两条抗体臂的结构，诸如亮氨酸拉链或胶原二聚化结构域(国际专利公布No.WO2012/022811、美国专利No.5,932,448、美国专利No.6,833,441)。DVD为包含具有结构VH1-接头-VH2-CH的重链和具有结构VL1-接头-VL2-CL的轻链的全长抗体；接头是任选的。
结合BLyS、CD40L、IL-6、CD27、BDCA2、IL-12、IL-23、IFN-αD、IL-17、CD20、IL-10、CD22、IL-21、ICOS、ICOSL或IFN-γ，并且将结合到双特异性抗IFN-α/ω抗体中的VH和VL可使用本文所述的方法从头产生，或可由现有的单特异性抗体经工程改造而得。可用于产生本发明的双特异性抗体的示例性抗BLyS抗体为可使用的示例性CD40L抗体为美国专利No.5,474,771、美国专利No.5,747,037、国际专利公布No.WO01/68860、国际专利公布No.WO06/033702或国际专利公布No.WO08/118356中所述的那些。可使用的示例性抗IL-6抗体为国际专利公布No.WO06/119115、国际专利公布No.WO10/056948、国际专利公布No.WO10/088444或国际专利公布No.WO07/076927中所述的那些。可使用的示例性抗CD27抗体为国际专利公布No.WO13/138586、国际专利公布No.WO11/130434或国际专利公布No.WO12/004367中所述的那些。可使用的示例性IL-12和IL-23抗体为可使用的示例性IL-23抗体为国际专利公布No.WO07/005955、国际专利公布No.WO07/027714、国际专利公布No.WO08/103432、国际专利公布No.WO07/106769、国际专利公布No.WO07/147019或国际专利公布No.WO08/134659中所述的那些。可使用的示例性IL-17抗体为国际专利公布No.WO06/013107、国际专利公布No.WO06/054059、国际专利公布No.WO07/070750、国际专利公布No.WO08/134659、国际专利公布No.WO07/149032、国际专利公布No.WO08/021156、国际专利公布No.WO08/047134、国际专利公布No.WO09/130459、国际专利公布No.WO10/025400、国际专利公布No.WO11/053763和国际专利公布No.WO12/095662中所述的那些。
在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，如本文所述的本发明的另一个实施方案为一种具有特定的VH序列和VL序列的抗体，该抗体结合至人干扰素ω(IFN-ω)和至少三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或十一种人干扰素α(IFN-α)亚型并中和其生物活性，其中所述抗体的VH由第一多核苷酸编码，所述抗体的VL由第二合成多核苷酸编码。所述多核苷酸可为互补脱氧核酸(cDNA)，并且可经过密码子优化，以便在合适的宿主中表达。密码子优化是一种熟知的技术。
在本文所述的一些实施方案中，以及在下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，编码本发明的抗体VH或VL的多核苷酸包含为SEQ ID NO:72、92、108、110、117或122的序列。
本发明的另一个实施方案是一种分离的多核苷酸，其编码本发明的任一个抗体重链可变区和/或抗体轻链可变区。本文公开了某些示例性的多核苷酸，但是，鉴于在给定表达系统中的遗传密码简并性或密码子优先性而编码本发明抗体的其他多核苷酸也在本发明的范围内。示例性的多核苷酸为例如具有以SEQ ID NO:72、92、108、110、117或122示出的序列的多核苷酸。编码本发明抗体的VH或VL或它们的片段的多核苷酸序列可有效连接至一个或多个调控元件，诸如启动子或增强子，所述调控元件允许核苷酸序列在预期宿主细胞中表达。多核苷酸可为cDNA。
本发明的另一个实施方案是一种包含本发明的多核苷酸的载体。此类载体可以是质粒载体、病毒载体、用于杆状病毒表达的载体、基于转座子的载体或任何其他适于通过任何手段将本发明的合成多核苷酸引入给定生物体或遗传背景的载体。例如，将任选地连接至恒定区并且编码本发明抗体的轻链可变区和/或重链可变区的多核苷酸插入表达载体中。可将轻链和/或重链克隆到相同或不同的表达载体中。可将编码免疫球蛋白链的DNA片段有效连接至一个或多个表达载体中确保免疫球蛋白多肽表达的对照序列。此类对照序列包括信号序列、启动子(例如，天然相关联的或异源的启动子)、增强子元件和转录终止子序列，对此类对照序列进行选择，以使其与选择用于表达抗体的宿主细胞相容。一旦载体被结合到适当的宿主中，该载体将宿主保持在适于高水平表达蛋白质的条件下，所述蛋白质由结合的多核苷酸编码。
合适的表达载体通常可以在宿主生物体中作为游离基因或宿主染色体DNA的一部分进行复制。通常，表达载体包含选择标记，诸如氨苄青霉素抗性、潮霉素抗性、四环素抗性、卡那霉素抗性或新霉素抗性，以便对那些转化了所需DNA序列的细胞进行检测。
合适的启动子和增强子元件是本领域已知的。对于在细菌细胞中的表达，示例性启动子包括lacl、lacZ、T3、T7、gpt、λP和trc。对于真核细胞中的表达，示例性启动子包括轻链和/或重链免疫球蛋白基因启动子和增强子元件；细胞巨化病毒极早期启动子；单纯疱疹病毒胸苷激酶启动子；早期和晚期SV40启动子；存在于逆转录酶病毒长末端重复序列中的启动子；小鼠金属硫蛋白-I启动子；以及各种本领域已知的组织特异性启动子。对于酵母细胞中的表达，示例性启动子是组成型启动子，诸如ADH1启动子、PGK1启动子、ENO启动子、PYK1启动子等等；或调控型启动子，诸如GAL1启动子、GAL10启动子、ADH2启动子、PH05启动子、CUP1启动子、GAL7启动子、MET25启动子、MET3启动子、CYC1启动子、HIS3启动子、ADH1启动子、PGK启动子、GAPDH启动子、ADC1启动子、TRP1启动子、URA3启动子、LEU2启动子、ENO启动子、TP1启动子和AOX1(例如，用于毕赤酵母(Pichia))。对合适的载体和启动子的选择在本领域普通技术人员的能力范围内。
大量合适的载体和启动子都是本领域的技术人员已知的；许多可商购获得用于生成受试者重组构建体。以下载体以举例的方式提供。细菌载体：pBs、phagescript、PsiX174、pBluescript SK、pBs KS、pNH8a、pNH16a、pNH18a、pNH46a(Stratagene,La Jolla,Calif.,USA)；pTrc99A、pKK223-3、pKK233-3、pDR540和pRIT5(Pharmacia,Uppsala,Sweden)。真核载体：pWLneo、pSV2cat、pOG44、PXR1、pSG(Stratagene)，pSVK3、pBPV、pMSG和pSVL(Pharmacia)。
本发明的另一个实施方案是一种包含一个或多个本发明的载体的宿主细胞。术语“宿主细胞”是指其中已引入载体的细胞。应当理解，术语“宿主细胞”不仅旨在指特定的受试细胞，还指这种细胞的子代，而且也指由特定受试细胞产生的稳定细胞系。由于突变或者由于环境影响，在后代中可能出现某些修饰，因此这种子代可能与亲本细胞不同，但仍包含在本文所用的术语“宿主细胞”的范围内。此类宿主细胞可以是真核细胞、原核细胞、植物细胞或古菌细胞。
大肠杆菌(Escherichia coli)、杆菌属(bacilli)(诸如枯草芽孢杆菌(Bacillussubtilis))和其他肠杆菌科(enterobacteriaceae)(诸如沙门氏菌(Salmonella)、沙雷氏菌(Serratia))以及各种假单胞菌属(Pseudomonas)物种是原核宿主细胞的示例。其他微生物诸如酵母也可用于表达。酵母属(Saccharomyces)(例如，酿酒酵母(S.cerevisiae))和毕赤酵母属(Pichia)是合适的酵母宿主细胞的示例。示例性的真核细胞可以来自哺乳动物、昆虫、鸟类或其他动物来源。哺乳动物真核细胞包括无限增殖化细胞系，诸如杂交瘤或骨髓瘤细胞系，诸如SP2/0(美国典型培养物保藏中心(ATCC)，Manassas,VA,CRL-1581)、NS0(欧洲细胞培养物保藏中心(ECACC)，Salisbury,Wiltshire,UK，ECACC No.85110503)、FO(ATCCCRL-1646)和Ag653(ATCC CRL-1580)鼠细胞系。一种示例性人骨髓瘤细胞系是U266(ATTCCRL-TIB-196)。其他可用的细胞系包括来源于中国仓鼠卵巢(CHO)细胞的那些细胞系，诸如CHO-K1SV(Lonza Biologics,Walkersville,MD)、CHO-K1(ATCC CRL-61)或DG44。
本发明的另一个实施方案是一种制备本发明的抗体的方法，该方法包括在使该抗体表达的条件下培养本发明的宿主细胞，然后回收由该宿主细胞产生的抗体。制备抗体并将其纯化的方法是本领域所熟知的。全部抗体、其二聚体、各条轻链和/或重链、或者其他抗体片段(诸如VH和/或VL)一旦被合成(以化学方式或重组方式)，就可根据标准程序进行纯化，所述标准程序包括硫酸铵沉淀、亲和色谱柱、柱层析法、高效液相色谱(HPLC)纯化、凝胶电泳等等(参见generally Scopes,Protein Purification(Springer-Verlag,N.Y.,(1982))。受试抗体可以基本上是纯净的，例如，至少约80％至85％纯净、至少约85％至90％纯净、至少约90％至95％纯净、或至少约98％至99％纯净，或者更加纯净，例如不含污染物(诸如细胞碎片、除受试抗体之外的大分子等)。
本发明的另一个实施方案是一种用于制备抗体的方法，该抗体结合至人干扰素ω(IFN-ω)和至少三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或十一种人干扰素α(IFN-α)并中和其生物活性，该方法包括：
将编码抗体VH的第一多核苷酸和编码抗体VL的第二多核苷酸结合到表达载体中；
用该表达载体转化宿主细胞；
在使VL和VH表达以及形成所述抗体的条件下，在培养基中培养宿主细胞；然后
从宿主细胞或培养基回收抗体。
使用标准分子生物方法将编码本发明的特定VH或VI序列的多核苷酸结合到载体中。使用熟知的方法完成宿主细胞转化、培养、抗体表达和纯化。
治疗方法
本发明的IFN-α/ω抗体可用于治疗免疫介导的炎性疾病或自体免疫性疾病诸如狼疮(包括系统性红斑狼疮(SLE)和皮肤型红斑狼疮(CLE))，或其他免疫介导的炎性疾病诸如牛皮癣、免疫性血小板减少症(ITP)、Aicardi-Goutieres综合征(AGS)、系统性硬化症、干燥综合症、肌炎、普通变异型免疫缺陷病(CVID)、自体免疫性甲状腺疾病、I型糖尿病、类风湿性关节炎、移植排斥或移植物抗宿主疾病(GVHD)。这些疾病可能与IFN-α和/或IFN-ω或I型IFN特征的产生增加有关。
本发明的一个实施方案为一种治疗免疫介导的炎性疾病或自体免疫性疾病的方法，该方法包括将治疗有效量的结合至人干扰素ω(IFN-ω)和至少三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或十一种人干扰素α(IFN-α)亚型并中和其生物活性的分离抗体施用至对其有需要的患者，维持足以治疗免疫介导的炎性疾病或自体免疫性疾病的一段时间。
本发明的另一个实施方案为一种治疗狼疮的方法，该方法包括将治疗有效量的结合至人干扰素ω(IFN-ω)和至少三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或十一种人干扰素α(IFN-α)亚型并中和其生物活性的分离抗体施用至对其有需要的患者，维持足以治疗狼疮的一段时间。
在一些实施方案中，狼疮为系统性红斑狼疮(SLE)或皮肤型红斑狼疮(CLE)。
在一些实施方案中，患者患有狼疮性肾炎。
在一些实施方案中，所述免疫介导的炎性疾病或自体免疫性疾病为牛皮癣、免疫性血小板减少症(ITP)、Aicardi-Goutieres综合征(AGS)、系统性硬化症、干燥综合症、肌炎、普通变异型免疫缺陷病(CVID)、自体免疫性甲状腺疾病、I型糖尿病、类风湿性关节炎、移植排斥或移植物抗宿主疾病(GVHD)。
本发明的另一个实施方案为一种治疗慢性病毒感染的方法，该方法包括将治疗有效量的结合至人干扰素ω(IFN-ω)和至少三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或十一种人干扰素α(IFN-α)亚型并中和其生物活性的分离抗体施用至对其有需要的患者，维持足以治疗所述慢性病毒感染的一段时间。
IFN-I在急性病毒感染中具有保护作用是众所周知的。最近，已证实IFN-I通过至少部分地由IL-10和程序性细胞死亡1配体1(PDL1)介导的机制，在慢性病毒感染中发挥免疫抑制作用(Teijaro et al.,Science 340,207-211,(2013)；Wilson et al.,Science340,202-207,2013)。联合阻断多种IFN-α亚型和IFN-ω可通过下调有利于病毒持续感染的免疫抑制环境，而在患有慢性病毒感染(包括HIV和丙型肝炎)的患者体内提供有益效果。
在一些实施方案中，慢性病毒感染为HIV或丙型肝炎。
“治疗”是指用治疗药物进行治疗。可治疗的患者还包括倾向于或易于患上疾病、但其疾病将得到预防的患者。需要治疗的个体包括已经患上疾病或呈现疾病症状的个体。有益或期望的临床结果包括症状减轻、疾病程度减弱、疾病状态稳定(即未恶化)、疾病进展延迟或减慢、疾病状态改善或缓和，以及缓解(不论是部分缓解还是完全缓解)，不论是可检测的还是不可检测的。“治疗”也可意指与未接受治疗时的预期生存期相比延长生存期。
可用于本发明的方法中的示例性抗体包含如表9、13、15、17、19、21、22、23、24、25、26或27所示的VH区、VL区、HCDR区和/或LCDR区，包括抗体IFWM3308、IFWM3307、IFWM3410、IFWM3322、IFWM3385、IFWM3416、IFWM3310、IFWM3400、IFWM3321、IFWM3522、IFWM3524、IFWM3320、IFWM3304、IFWM3520、IFWM3399、IFWM3314、IFWM3331、IFWM3405、IFWM3442、IFWM3525、IFWM3423、IFWM3444和IFWM3421。
可用于本文所述的本发明方法中以及下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中的其他示例性抗体为结合至人干扰素ω(IFN-ω)和至少三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或十一种人干扰素α(IFN-α)亚型并中和其生物活性的抗体，其中所述抗体至少在残基F27、L30和R33处与为SEQ ID NO:1的IFN-ω结合。
可用于本文所述的本发明方法中以及下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中的其他示例性抗体为至少在残基S25、P26、F27、L28、L30、K31、R33、R34和D35处与为SEQ ID NO:1的人IFN-ω结合的抗体。
本发明的方法可用于治疗属于任何类别的动物患者。此类动物的示例包括哺乳动物，诸如人、啮齿动物、犬类、猫类和农畜。
本发明的抗体可用于制备用于此类治疗的药物，其中所述药物被制备用于按本文限定的剂量施用。SLE是一种慢性多器官自体免疫性疾病，遗传因素和环境因素均促成该疾病的发生。
SLE的特征在于产生病原性自身抗体、以及免疫复合物沉积在组织中，导致多个器官交叉出现组织损伤。在患者中观察到皮肤并发症、肌肉骨骼并发症、血液学并发症、神经学并发症和肾脏并发症的组合，这些并发症具有复燃期和缓解期。狼疮性肾炎被定义为具有肾炎、蛋白尿、血尿和/或肾衰竭诊断症状的SLE病例。在狼疮性肾炎患者中，肾脏损害的特征在于蛋白尿(>0.5g/24小时)和/或尿样中出现红细胞或管型。
不希望受到任何特定理论的束缚，我们提出SLE触发物(诸如自身抗体免疫复合物)引发与IFN-α和IFN-ω而非IFN-β的过度产生有关的I型IFN应答。因此，本发明的IFN-α/ω抗体可更有效地治疗狼疮和其他免疫介导的炎性疾病，在保留IFN-β功能的同时广泛抑制IFN-ω和多种IFN-α亚型，所述抗体可在抗病毒防御中发挥更关键的作用，并且其分子在狼疮中可能不具有生物相关性。例如，抗IFN-β抗体无法中和SLE与AGS这两种患者的患者血清活性，其中，AGS是一种也与IFN-I型活性和IFN特征升高相关的疾病(Hooks et al.,Arthritis and Rheumatism 25:396-400,1982；Hua et al.,Arthritis and Rheumatism54:1906(Jun,2006)；Rice et al.,Lancet Neurology doi:10.1016/S1474-4422(13)70258-8(2013))。
除SLE之外的其他类型的狼疮包括皮肤型红斑狼疮(CLE)和儿科狼疮。
与狼疮有关的症状包括关节疼痛和关节僵硬、非侵蚀性关节炎、肌肉痛、疼痛、虚弱、发烧、不适、口腔组织溃疡、皮肤表现(例如鼻子和面颊遍布蝶形疹；阳光诱发的皮肤发斑)、体重异常减轻或异常增加、贫血、淋巴细胞和/或血小板计数低、神经学或神经精神病学表现(例如思考困难、记忆问题、意识模糊、抑郁、头痛、癫痫、中风)、肾脏问题(例如肾炎，如肾小球肾炎)、对阳光或光敏感、脱发、遇压力或遇冷时手指发紫或变白、血管病变或其他血管表现，或者心肺症状(诸如心包炎或胸膜炎)。有文件记载，狼疮患者体内的白介素IL-1、IL-6、IL-10、Il-12、IL-17、IL-18、IL-5和IL-16的水平升高，TNF-α或I型干扰素的水平升高，并且IFN诱导型基因过表达。患者抗核成分和细胞成分(诸如双链DNA(dsDNA)、核糖核蛋白(RNP)、SS-a/Ro、SS-b/La、磷脂、组蛋白或心磷脂)的自身抗体的水平可能升高。患者的至少一个组织中可能出现免疫复合物沉积。
可例如使用由美国风湿病学会(ACR)或由系统性红斑狼疮国际临床协助组标准(SLICC)提出的用于系统性红斑狼疮分类的建议，对SLE进行诊断或分类。例如，2012SLICC标准要求患者表现出11项标准中的至少4项，其中至少包括一项临床标准和一项免疫学标准，或在存在抗DNA抗体(ADA)或抗核酸抗体(ANA)的情况下，通过活检证实患有狼疮性肾炎。临床标准为急性皮肤狼疮、慢性皮肤狼疮、口腔溃疡或鼻溃疡、非瘢痕性脱发、关节炎、浆膜炎、肾脏症状、神经系统症状、溶血性贫血、白细胞减少或血小板减少(<100,000/mm3)。免疫学标准包括ANA、ADA、抗Sm抗体、抗磷脂抗体、补体(C3、C4或CH50)低或直接抗人球蛋白试验(Coombs’试验)，Coombs阳性在存在溶血性贫血的情况下不计为一项(Petre et al.,Arthritis and Rheumatism Aug 2012)。活动性疾病可由如下所述定义：一项不列颠群岛狼疮活动分组(BILAG)的“A”标准或两项BILAG“B”标准；SLE疾病活动指数(SLEDAI)；或系统性红斑狼疮(SLE)反应指数(SRI)，其描述于Furie et al.,Arthritis Rheum.61(9)：1143-51(2009)。
SLE的严重度和疾病活动度可由拥有SLE专业知识的临床医生的BILAG评分限定。BILAG 2004指数用于确定BILAG评分(参见Yee,et alArthritis&Rheumatism 54:3300-3305,2006；Isenberg et al.,Rheumatology 44:902-906；2005)。BILAG 2004指数评估跨九个器官系统领域的97种临床征象、症状和实验室参数，这九个器官系统领域分别为：一般情况、皮肤黏膜、神经精神、肌肉骨骼、心脏呼吸、胃肠、眼、肾脏和血液。结合前一个月(4周)内的严重度以及相比之前检查结果的任何改变(新发、改善、稳定、加重、未有)，对97种症状进行评分。然后由每个器官类别的检查结果导出九个领域中每个领域的单字母得分(A至E)。表2示出了BILAG类别。
表2.
根据临床特征的集中度、皮肤病变的持续时间、实验室异常和皮肤活检组织学改变，将CLE进一步分类为急性CLE(ACLE)、亚急性CLE(SCLE)、慢性CLE(CCLE)或间歇性CLE(ICLE)。Kuhn and Landmann,JAutiommunity 48-49:14-19,2014对各种CLE形式的分类和临床表现进行了综述。
据报道，I型IFN基因标记与狼疮的临床特征和血清学特征都呈正相关(Karageorgas et al.,J Biomed Biotechnol 273907,2011；Baechler et al.,Proc NatlAcad Sci USA 100:2610-2615,2003；Bennett et al.,J Exp Med 197:711-723,2003；Dall'era et al.Ann Rheum Dis 64:1692-1697,2005；Niewold et al.Genes Immun 8:492-502,2007)。自身抗体的优势结合其清除受损导致IFN生成出现反馈循环，在此过程中，免疫复合物的Fc受体依赖性内化进入浆细胞样树突状细胞(pDC)，导致IFN量增加，从而建立IFN特征。在临床试验中，SLE患者体内的抗IFN-α抗体已证实：大多数表现出IFN特征的患者体内I型IFN特征局部减少，并且这类抗体在探索性分析中具有轻微的功效(Petri etal.,Arthritis and rheumatism 65,1011(Apr,2013)；Merrill J et al.,Annals of therheumatic diseases 70,314(2011)；Kennedy et al.,The 10th InternationalCongress on SLE,Buenos Aires,Argentina Oral Presentation 5,022,(April 20th,2013))。
狼疮管理中的护理标准基于当前公认的医疗实践模式、由风湿病协会(例如，美国风湿病学会、欧洲抗风湿病联盟)开发的获批准指导文件，以及主治医师的判断。即便得到了恰当的管理，狼疮患者在诊断后很长一段时间内继续具有疾病活动，通常涉及新器官系统或特定器官系统受损。狼疮有三种疾病活动模式：复燃(或疾病活动缓解、疾病活动复发)、慢性活动性疾病和长期静止。采用系统性临床评估、实验室常规试验、疾病活动的标准化测量，以及将这些评估结果与患者自身对健康状况和生活质量的感知整合，来表征这些疾病模式。患者狼疮复燃时，随着其病征和症状持续或恶化，医师可能会发现有必要改变药物和/或剂量。用于控制狼疮的药物包括但不限于以下：(1)NSAID，包括非处方NSAID(例如萘普生(Aleve)和布洛芬(Advil、Motrin及其他))，以及凭处方可购买的更强效的NSAID；(2)抗疟疾药物，例如羟氯喹(Plaquenil)；(3)皮质类固醇，例如泼尼松和其他类型的皮质类固醇；(4)免疫抑制剂，例如环磷酰胺(Cytoxan)、硫唑嘌呤(Imuran、Azasan)、麦考酚酸酯(Cellcept)、来氟米特(Arava)和甲氨蝶呤(Trexall)。
可使用疾病相关的IFN制备物，在疾病相关的细胞中体外测试本发明抗体的功效。此类体外测试可为例如评价对SLE患者免疫复合物在全血中诱导的IFN产生的抑制，或评估抗体减少全血中如本文所述的IFN特征的能力。也可使用狼疮的动物模型，诸如NZB/NZW F1小鼠，其表现出时间依赖性和偏雌性疾病，这种疾病呈现若干种人狼疮特征(包括肾小球肾炎)。然而，由于小鼠不产生IFN-ω，所以将它们用作模型来评估本发明抗体的功效受到更多限制。
在一些实施方案中，患者表现出I型干扰素特征。如本文所用，“I型干扰素特征”或“干扰素特征”是指由IFN-I诱导的基因子集上调。各种I型IFN特征是已知的，涉及的范围从3个到27个基因。这些特征可被用作例如药效动力学标记，以评估用于治疗SLE以及用于SLE患者分层目的的I型IFN抑制剂的靶向结合。
一种示例性的I型干扰素特征示于表3，其由21个上调基因组成，如Yao et al.,Arthritis and rheumatism 60,1785(Jun,2009)中所述。其他示例性的I型干扰素特征描述于Tcherepanova,I.,et al.,Annals of the rheumatic diseases 71(Suppl3)(2012)和Richardson,B.et al.Development of A Quantitative PCR Method to DetermineInterferon Signature Metric Status in SLE Patients:Distribution and Clinical&Serological Associations in Two Lupus Clinical Trials.ACR/ARHP 2012AnnualMeeting Abstract 620(2012)。
在一些方法中，抗IFN-α/ω抗体为双特异性抗体。
在一些方法中，抗IFN-α/ω双特异性抗体中和BLyS、CD40L、IL-6、CD27、BDCA2、IL-12、IL-23、IFN-αD、IL-17或CD20。
表3.
编号 基因符号 基因名称
1 IFI27 干扰素，α诱导蛋白27
2 IFI6 干扰素，α诱导蛋白6
3 RSAD2 含自由基S-腺苷甲硫氨酸结构域的2
4 IFI44 干扰素诱导的蛋白44
5 IFI44L IFI44L干扰素诱导的蛋白44样
6 USP18 泛素特异性肽酶18
7 LY6E 淋巴细胞抗原6复合物，基因座E
8 OAS1 2',5'-寡腺苷酸合成酶1，40/46kDa
9 SIGLEC1 SIGLEC1唾液酸结合性Ig样凝集素1
10 ISG15 ISG15泛素样修饰基因
11 IFIT1 干扰素诱导的三角形四肽重复蛋白
12 OAS3 OAS3 2',5'-寡腺苷酸合成酶3，100kDa
13 HERC5 hect结构域和RLD 5
14 MX1 粘病毒(流感病毒)抵抗基因1
15 LAMP3 溶酶体相关膜蛋白3
16 EPSTI1 上皮基质相互作用1(乳腺)
17 IFIT3 干扰素诱导的三角形四肽重复蛋白
18 OAS2 2',5'-寡腺苷酸合成酶2，69/71kDa
19 RTP4 受体(化学感受)转运蛋白4
20 PLSCR1 磷脂爬行酶1
21 DNAPTP6 DNA聚合酶反式激活蛋白6
施用/药物组合物
本发明提供了药物组合物，这些药物组合物包含本文所述的、以及下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中的本发明的抗IFN-α/ω抗体，以及药学上可接受的载体。出于治疗用途，本发明的抗IFN-α/ω抗体可被制备成药物组合物，这些药物组合物包含有效量的抗IFN-α/ω抗体，作为药学上可接受的载体中的活性成分。术语“载体”是指据以施用所述活性化合物的稀释剂、辅助剂、赋形剂或媒介物。此类媒介物可以是液体，诸如水和油，包括那些来源于石油、动物、植物的油或合成的油，诸如花生油、大豆油、矿物油和芝麻油等。例如，可使用0.4％的盐水和0.3％的甘氨酸。这些溶液是无菌的，并且通常不含颗粒物。它们可通过熟知的常规灭菌技术(例如，过滤)进行灭菌。所述组合物可根据需要含有药学上可接受的辅助物质，以接近生理条件，所述辅助物质诸如pH调节剂和缓冲剂、稳定剂、增稠剂、润滑剂和着色剂等。此类药物制剂中的本发明分子或抗体的浓度可在很大范围内变化，即，从小于约0.5重量％，通常到至少约1重量％至多达15重量％、20重量％、25重量％、30重量％、35重量％、40重量％、45重量％或50重量％，并且将根据所选择的具体施用方式，主要基于所需的剂量、流体体积、粘度等进行选择。合适的媒介物及制剂(包含其他人蛋白例如人血清白蛋白在内)描述于例如Remington:The Science and Practice ofPharmacy，第21版，Troy，D.B.编辑，Lipincott Williams and Wilkins,Philadelphia,PA2006，第5部分，Pharmaceutical Manufacturing，第691-1092页，特别参见第958-989页。
本文所述的本发明方法中以及下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中的施用抗IFN-α/ω抗体的方式可为任何合适的途径，诸如胃肠外施用，例如真皮内、肌肉内、腹膜内、静脉内或皮下、肺、粘膜(口腔、鼻内、阴道内、直肠)或技术人员了解的其他方式，这是本领域众所周知的。
本文所述的本发明方法中以及下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中的抗IFN-α/ω抗体可通过任何合适的途径施用至患者，例如通过静脉内(i.v.)输注或推注进行肠胃外施用，肌肉内施用、皮下施用或腹膜内施用。可在例如15、30、60、90、120、180或240分钟内，或1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11或12小时内给予静脉内输注。
向患有免疫介导的炎性疾病或自体免疫性疾病(诸如狼疮)的患者给予的剂量足以缓解或至少部分地遏止正在治疗的疾病(“治疗有效量”)，有时可为0.005mg/kg至约100mg/kg，例如约0.05mg/kg至约20mg/kg或约0.1mg/kg至约20mg/kg，或约1mg/kg至约20mg/kg，或约4mg/kg、约8mg/kg、约16mg/kg或约24mg/kg，或者例如约1、2、3、4、5、6、7、8、9或10mg/kg，但甚至可能更高，例如约15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、30、40、50、60、70、80、90或100mg/kg。
也可以给予固定的单位剂量，例如50、100、200、500或1000mg，或者可根据患者的体表面积确定剂量，例如500、400、300、250、200或100mg/m2。通常可施用介于1剂和8剂之间的剂量(例如，1、2、3、4、5、6、7或8剂)，以治疗免疫介导的炎性疾病(诸如狼疮)，但是可给予9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20剂或更多剂。
本发明的方法中以及下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中的抗IFN-α/ω抗体，可在一天、两天、三天、四天、五天、六天、一周、两周、三周、一个月、五周、六周、七周、两个月、三个月、四个月、五个月、六个月或更长时间之后重复施用。也可以重复治疗疗程，按照慢性施用一样。重复施用可为相同剂量或不同剂量。例如，本发明方法中的抗IFN-α/ω抗体可通过静脉内输注以0.1mg/kg、1mg/kg、5mg/kg、8mg/kg或16mg/kg按一周的时间间隔施用8周，接着以8mg/kg或16mg/kg按每两周一次的方式再施用16周，然后以8mg/kg或16mg/kg按每四周一次的方式施用。
在本发明的方法中以及下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中，可通过维持疗法来施用抗IFN-α/ω抗体，诸如一周一次，持续6个月或更长时间。
例如，本发明的方法中以及下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中的抗IFN-α/ω抗体可在治疗开始后第1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39或40天中的至少一天，或者另选地，在治疗开始后第1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20周中的至少一周，或其任意组合，采用单次剂量或者每24、12、8、6、4或2小时一次的分次剂量，或其任意组合，以约0.1至100mg/kg的量作为日剂量提供，诸如0.5、0.9、1.0、1.1、1.5、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、40、45、50、60、70、80、90或100mg/kg/天。
本发明的方法中以及下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中的抗IFN-α/ω抗体也可被预防性地施用，以降低患上免疫介导的炎性疾病或自体免疫性疾病(诸如狼疮)的风险、延迟免疫介导的炎性疾病或自体免疫性疾病的发作，并且/或者降低处于缓解状态的免疫介导的炎性疾病或自体免疫性疾病(诸如狼疮)复发的风险。
因此，本发明的用于肌内注射的药物组合物可被制备为包含1mL无菌缓冲水，以及介于约1ng/kg至约100mg/kg之间(例如，约50ng/kg至约30mg/kg，或更优选地约5mg/kg至约25mg/kg)的本发明的抗IFN-α/ω抗体。
例如，包含本文所述的本发明方法中以及下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中的抗IFN-α/ω抗体并用于静脉内输注的药物组合物可被制成包含约200ml无菌林格氏溶液，以及约8mg至约2400mg、约400mg至约1600mg、或者约400mg至约800mg抗INF-α/ω抗体，以便施用至80kg的患者。用于制备可肠胃外施用的组合物的方法是众所周知的，并且较详细地描述于例如“Remington's Pharmaceutical Science”,15th ed.,MackPublishing Company,Easton,PA。
有效地治疗免疫介导的炎性疾病或自体免疫性疾病的本发明IFN-α/ω抗体的“治疗有效量”可通过标准研究技术确定。例如，可采用体外测定法来帮助鉴定最佳剂量范围。任选地，可有效治疗免疫介导的炎性疾病或自体免疫性疾病(诸如狼疮，包括SLE)的本发明IFN-α/ω抗体的剂量可通过将IFN-α/ω抗体施用至本领域熟知的相关动物模型来确定。对具体的有效剂量的选择可由本领域的技术人员基于对若干种因素的考量(例如，经由临床试验)来确定。此类因素包括待治疗或预防的疾病、所涉及的症状、患者体重、患者免疫状态以及技术人员已知的其他因素。在制剂中待使用的精确剂量也将取决于给药途径以及疾病的严重程度，并且应该根据医生的判断和每位患者的情况来决定。有效剂量可通过来自体外或动物模型测试体系的剂量响应曲线来推导。可以使用本文所述模型中的任何一个来测试本发明抗体的功效和有效剂量。
本文所述的本发明方法中以及下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中的抗IFN-α/ω抗体可冻干储存，并在使用之前在合适的载体中复原。此项技术已被证实对常规的蛋白制剂有效，并且可采用熟知的冻干和复原技术。
本文所述的本发明方法中以及下列带有编号的实施方案的每一者中的一些实施方案中的抗IFN-α/ω抗体可与第二治疗剂联合，同时地、依序地或单独地施用。
第二治疗剂可为皮质类固醇、抗疟疾药物、免疫抑制剂、细胞毒性药物或B细胞调节剂。
在一些实施方案中，第二治疗剂为泼尼松、泼尼松龙、甲泼尼龙、地夫可特、羟氯喹、硫唑嘌呤、甲氨蝶呤、环磷酰胺、麦考酚酸莫酯(MMF)、霉酚酸钠、环胞素、来氟米特、他克莫司、rituximabTM或belimumabTM。
本发明的其他实施方案
下文根据本文别处的公开内容陈述了本发明的某些其他实施方案。上文陈述为与本文所公开的发明相关的本发明的实施方案的特征还涉及这些其它带有编号的实施方案中的每一者。
1)一种分离的单克隆抗体，该抗体结合至人干扰素ω(IFN-ω)和至少三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或十一种人干扰素α(IFN-α)亚型并中和其生物活性。
2)根据实施方案1的抗体，其中人IFN-ω和人IFN-α亚型的生物活性是在稳定地表达信号转导子和转录激活子2(STAT2)、干扰素调节因子9(IRF9)和SEAP的HEK293细胞中，在干扰素诱导型ISG54启动子下，人IFN-ω或人IFN-α亚型诱导分泌型胚胎碱性磷酸酶(SEAP)表达。
3)根据实施方案1或2的抗体，其中该抗体以至少约1×10-9M或更小、约1×10-10M或更小、约5×10-11M或更小、或者约1×10-11M或更小的IC50中和人IFN-ω的生物活性。
4)根据实施方案1至3中任一项的抗体，其中该抗体以至少约1×10-10M或更小的IC50值中和人IFN-ω的生物活性。
5)根据实施方案1至4中任一项的抗体，其中该抗体以介于约1×10-10M至约6×10-12M之间的IC50值中和人IFN-ω的活性。
6)根据实施方案1至5中任一项的抗体，其中该抗体以至少约1×10-10M或更小的IC50值中和至少三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或十一种人IFN-α亚型的活性。
7)根据实施方案6的抗体，其中IFN-α亚型选自IFN-αA、IFN-αB2、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αI、IFN-αJ1、IFN-αK、IFN-αWA和IFN-α4a。
8)根据实施方案7的抗体，其中该抗体包含分别为SEQ ID NO:109、114和121的重链互补决定区(HCDR)1(HCDR1)、2(HCDR2)和3(HCDR3)氨基酸序列，以及为SEQ ID NO:118、119和120的轻链互补决定区(LCDR)1(LCDR1)、2(LCDR2)和3(LCDR3)氨基酸序列。
9)根据实施方案1至5中任一项的抗体，其中该抗体中和至少六种人IFN-α亚型，这些亚型选自IFN-αA、IFN-αB2、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αI、IFN-αJ1、IFN-αK、IFN-αWA和IFN-α4a。
10)根据实施方案9的抗体，其中该抗体包含分别为SEQ ID NO:109、114、121、159、119和160的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
11)根据实施方案1至5中任一项的抗体，其中该抗体中和至少十种人IFN-α亚型，这些亚型选自IFN-αA、IFN-αB2、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αI、IFN-αJ1、IFN-αK、IFN-αWA和IFN-α4a。
12)根据实施方案11的抗体，其中该抗体至少在氨基酸残基F27、L30和R33处与为SEQ ID NO:1的人IFN-ω结合。
13)根据实施方案1至5中任一项的抗体，其中该抗体包含分别为SEQ ID NO:109、114、121、161、119和162的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3氨基酸序列。
14)根据实施方案11至13中任一项的抗体，其中该抗体中和至少人IFN-α亚型：IFN-αA、IFN-αB2、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αJ1和IFN-α4a。
15)根据实施方案14的抗体，其中该抗体还中和IFN-αI、IFN-αK或IFN-αWA。
16)根据实施方案1至15中任一项的抗体，其中该抗体
a)抑制由250U/ml干扰素诱导的白细胞干扰素诱导的IP-10在全血中释放，存在10μg/ml抗体时抑制约50％或更多；或者
b)抑制系统性红斑狼疮(SLE)免疫复合物诱导的IP-10在全血中释放，存在10μg/ml抗体时抑制约50％或更多。
17)根据实施方案1至16中任一项的抗体，其中该抗体包含与SEQID NO:28具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的重链可变区(VH)氨基酸序列，以及与SEQ ID NO:150具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的轻链可变区(VL)氨基酸序列。
18)根据实施方案1至17中任一项的抗体，该抗体包含
a)为SEQ ID NO:109的HCDR1氨基酸序列；
b)为SEQ ID NO:111、112或113的HCDR2氨基酸序列；
c)为SEQ ID NO:115或116的HCDR3氨基酸序列；
d)为SEQ ID NO:76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90或91的LCDR1氨基酸序列；
e)为SEQ ID NO:93、94或95的LCDR2氨基酸序列；以及
f)为SEQ ID NO:96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106或107的LCDR3氨基酸序列。
19)根据实施方案18的抗体，该抗体包含分别为下列序列号(SEQ ID NO)的HCDR1、HCDR2、HCDR3、LCDR1、LCDR2和LCDR3序列：
a)109、113、116、77、93和104；
b)109、113、116、85、93和96；
c)109、113、115、79、95和107；
d)109、113、116、76、93和103；
e)109、113、115、85、93和96；
f)109、113、115、89、95和100；
g)109、113、116、86、93和105；
h)109、113、115、76、93和103；
i)109、113、116、80、93和97；
j)109、113、116、84、93和97；
k)109、113、116、90、93和97；
l)109、113、116、88、93和102；
m)109、113、116、87、93和105；
n)109、113、116、91、93和106；
o)109、113、115、80、93和97；
p)109、113、116、83、93和101；
q)109、113、116、82、94和98；
r)109、113、115、78、95和100；
s)109、111、116、81、93和106；
t)109、113、116、82、94和99；
u)109、113、115、81、93和106；
v)109、112、116、81、93和106；或
w)109、113、116、81、93和106。
20)根据实施方案1至19中任一项的抗体，其中该抗体为人源化抗体或人抗体。
21)根据实施方案20的抗体，其中该人抗体重链可变区框架来源于人种系基因IGHV5-51(SEQ ID NO:155)。
22)根据实施方案21的抗体，其中该人抗体轻链可变区框架来源于人种系基因IGKV1D-39(EQ ID NO:156)。
23)根据实施方案1至22中任一项的抗体，其中该抗体为IgG1、IgG2、IgG3或IgG4亚型。
24)根据实施方案23的抗体，其中该抗体在Fc区具有至少一处置换。
25)根据实施方案24的抗体，其中该置换包括置换M252Y/S254T/T256E、V234A/G237A/P238S/H28A/V309L/A330S/P331S或P238S/L234A/L235A，其中残基编号是根据EU编号进行的。
26)根据实施方案1至26中任一项的抗体，该抗体包含重链可变区(VH)和轻链可变区(VL)，其中
a)VH包含为SEQ ID NO:28、31、157或158的氨基酸序列。
27)根据实施方案26的抗体，其中该VL包含为SEQ ID NO:35、39、40、42、46、52、53、54、57、61、62、68、71、73、75、135或150的氨基酸序列。
28)根据实施方案27的抗体，该抗体包含分别为下列序列号(SEQ ID NO)的所述VH和所述VL：
a)28和40；
b)28和39；
c)31和62；
d)28和54；
e)31和39；
f)31和68；
g)28和42；
h)31和54；
i)28和53；
j)28和73；
k)28和75；
l)28和52；
m)28和35；
n)28和135；
o)31和53；
p)28和46；
q)28和61；
r)31和57；
s)157和71；
t)28和150；
u)31和71；
v)158和71；或
w)28和71。
29)根据实施方案1至28中任一项的抗体，其中该抗体是双特异性的。
30)根据实施方案29的抗体，其中该抗体结合BLyS、CD40L、IL-6、CD27、BDCA2、IL-12、IL-23、IFN-αD、IL-17、CD20、IL-10、CD22、IL-21、ICOS、ICOSL或IFN-γ。
31)一种药物组合物，该药物组合物包含根据实施方案1至30中任一项的抗体以及药学上可接受的载体。
32)一种多核苷酸，该多核苷酸编码实施方案1至28中任一项的抗体VH或VL，或抗体VH和VL。
33)一种载体，该载体包含实施方案32的多核苷酸。
34)一种宿主细胞，该宿主细胞包含实施方案33的载体。
35)一种制备实施方案19的抗体的方法，该方法包括：在使该抗体表达的条件下培养实施方案33的宿主细胞，以及回收由该宿主细胞产生的抗体。
36)根据实施方案1至30中任一项的抗体，该抗体用于治疗免疫介导的炎性疾病或自体免疫性疾病。
37)根据实施方案36的抗体，该抗体用于
a)免疫介导的炎性疾病或自体免疫性疾病，其中该免疫介导的炎性疾病或自体免疫性疾病任选地为狼疮、牛皮癣、免疫性血小板减少症(ITP)、Aicardi-Goutieres综合征(AGS)、系统性硬化症、干燥综合征、肌炎、普通变异型免疫缺陷病(CVID)、自体免疫性甲状腺疾病、I型糖尿病、类风湿性关节炎、移植排斥或移植物抗宿主病(GVHD)；
b)慢性病毒感染，其中该慢性病毒感染任选地为HIV或丙型肝炎感染。
38)根据实施方案1至30中任一项的抗体，该抗体用于治疗狼疮。
39)根据实施方案38的抗体，该抗体用于狼疮，其中该狼疮为系统性红斑狼疮(SLE)或皮肤型红斑狼疮(CLE)。
40)根据实施方案1至30中任一项的抗体，该抗体用于治疗免疫介导的炎性疾病或狼疮，其中待治疗的患者具有
a)狼疮性肾炎；或
b)表现出I型干扰素特征。
41)根据实施方案1至30中任一项的抗体，该抗体根据实施方案37至40用于与第二治疗剂联用。
42)根据实施方案41的抗体，其中第二治疗剂为
a)结合BLyS、CD40L、IL-6、CD27、BDCA2、IL-12、IL-23、IFN-αD、IL-17、CD20、IL-10、CD22、IL-21、ICOS、ICOSL或IFN-γ的抗体；
b)皮质类固醇、抗疟疾药物、免疫抑制剂、细胞毒性药物或B细胞调节剂；或者
c)泼尼松、泼尼松龙、甲泼尼龙、地夫可特、羟氯喹、硫唑嘌呤、甲氨蝶呤、环磷酰胺、麦考酚酸莫酯(MMF)、霉酚酸钠、环胞素、来氟米特、他克莫司、rituximabTM或belimumabTM。
43)根据实施方案1至30中任一项的抗体，其中该抗体不中和IFN-αD、IFN-α1和/或IFN-β。
现结合以下具体的非限制性实施例描述本发明。
材料和方法
ISRE报告基因测定(“ISRE报告基因测定”)
使用HEK-BlueTM IFN-α/β细胞(InvivoGen,San Diego,CA)，该细胞经工程改造可表达具有完整活性的I型IFN信号传导通路(稳定表达STAT2和IRF9)，并且在IFN-α/β诱导型ISG54启动子的调控下用SEAP报告基因转染。使细胞在以下条件下生长：胶原I型涂布的T150烧瓶中，含有10％胎牛血清、100μg/ml杀稻瘟菌素和30μg/ml博莱霉素的达尔伯克氏改良伊格尔培养基中，37℃、5％CO2下。收获细胞，并以50μl/孔、50,000个细胞/ml接种于384孔板中。将接种的细胞在37℃、5％CO2下温育24小时。制备测试的干扰素样品并稀释于用过的HEK ISRE无血清培养基中，并向每个孔加入50μl IFN样品。将接种的细胞在37℃、5％CO2下温育20小时。在室温下温育20分钟后，用重悬于过滤水的60μl/孔QUANTI-BlueTM从20μl接种的细胞上清液检测碱性磷酸酶。在Biotek Synergy读板器上在650nm下读取光密度。
在96孔板中按如下方式进行一些ISRE报告基因测定：将HEK-BlueTM IFN-α/β细胞(InvivoGen,San Diego,CA)以50,000个细胞/孔接种于100μl选择自由培养基(DMEM+Glutamax/10％FBS,Gibco)，并使其在37℃下温育过夜。第二天，在存在或不存在I型IFN抑制剂的情况下，在单独的96孔U底转移板(BD Falcon)中制备I型IFN刺激物(即，重组干扰素、白细胞IFN、IC诱导的IFN制剂、血清等)，并在37℃下预热10分钟。从培养箱中取出细胞板，并将培养基移除并替换为100μl在96孔U底转移板中制备的适当处理剂。将细胞重置于37℃下24小时。第二天，将40μl上清液转移至含有160μl QUANTI-BlueTM SEAP底物(Invivogen)的96孔平底板(BD Falcon)。使板反应约15分钟，然后使用光度计在650nm的吸光度下读数。
实施例1.可溶性IFN-ω存在于SLE患者的血液中并且具有活性
根据制造商说明书使用VeriPlex人干扰素多重ELISA试剂盒(PBL AssayScience,cat no 51500-1)，通过多重ELISA分析来自中国南京的两个独立SLE组的血浆以及从美国白种人组采集的血清中的可溶性IFN-ω和IFN-α。多重ELISA能够检测多种但并非所有的IFN-α亚型，并且可能不能准确地反映总IFN-α水平与IFN-ω之间的定量差异。
在中国南京组(图1A)和白种人组(图1B)中每一组的某些患者中发现除了IFN-α之外，IFN-ω也升高。图1A示出了只要发现其IFN-α或IFN-ω升高的那些患者的结果。使用ISRE报告基因测定进一步筛选白种人组的血清样品中的IFN-I活性。通过ELISA表现出最大量可检测IFN蛋白的供体在报告基因测定中也展现出最大水平的ISRE诱导(图1C)。
实施例2.IFN-ω和IFN-α联合阻断比IFN-α单独阻断对SLE免疫复合物诱导的IFN 具有更强的抑制
评价了单独的IFN-α或者IFN-ω和IFN-α两者在降低SLE免疫复合物诱导的IFN(一种较好地代表SLE中存在的I型IFN环境的刺激物)方面的抑制作用。通过用从两个独立的SLE供体制备的免疫复合物刺激人PBMC，从而制备SLE免疫性复合物诱导的IFN，并且在存在IFN抑制剂和对照的情况下将这种条件培养基用于I型IFN诱导型报告基因测定(ISRE报告基因测定)中。
免疫复合物的制备
根据制造商说明书，使用蛋白A/G柱(Thermo Scientific,Cat#89958)，将SLE供体232血浆和SLE供体293血浆(对IFN活性进行了预筛)以及健康对照血浆(AstarteBiologics)用于纯化IgG。合并后的健康供体制剂的血清(Life Technologies,Cat#34005100)用于纯化健康对照IgG。为了产生用于形成免疫复合物的裂解物，将HEK293T细胞(ATCC,Cat#CRL-3216)在1×DPBS(Life Technologies,Cat#14190-250)中浓缩至5×107个细胞/ml。为了产生裂解物，除了最初冷冻30分钟之外，还要进行4轮10分钟的冻融：-80℃下冷冻，37℃下融化。在第4轮冻融之后，通过在400×g下离心5分钟除去细胞碎片。然后根据制造商说明书，使用BCA蛋白测定(Pierce,Cat#23225)对纯化后的IgG制剂和细胞裂解物进行定量分析。为了产生免疫复合物刺激的条件培养基制备物，使用细胞制备管(BDVacutainer,Cat#362753)从健康供体肝素钠血液中分离PBMC，将其以2×106个细胞/ml重悬于RPMI 1640(Life Technologies,Cat#11875-085)+10％FBS(Life Technologies,Cat#16140-063)培养基中，并以2ml/孔的体积接种于6孔板中。分别将SLE血清和健康血清的纯化后的IgG与细胞裂解物以500ug/ml的相同浓度预混合，在室温下温育30分钟，然后以2ml/孔的体积添加到PBMC中，并在37℃下温育24小时。将平板在1000rpm下离心5分钟，收集PBMC免疫复合物刺激的条件培养基，分装后保存在-80℃下备用。
活性测定
将HEK-Blue IFNα/β细胞(Invivogen)以50,000个细胞/孔接种在含有200μl DMEM(Life Technologies)+10％胎牛血清(Life Technologies)的96孔平底板中，并在37℃下温育5小时使细胞贴附于板上。5小时后，从培养箱中取出Hek-Blue细胞，并将上清液替换为1:6稀释的供体232PBMC条件培养基或1:81稀释的供体293条件培养基(使用HEK-Blue细胞培养基作为稀释剂)，用或不用以下物质进行处理：0.4、2、10、50和100μg/ml的广谱抗IFN-α拮抗剂mAb(M24，人IgG1)以及固定浓度为20μg/ml的同种型对照(R&D Systems，鼠IgG1)，100μg/ml的抗IFN-α与20μg/ml的抗IFN-ω拮抗剂mAb(eBioscience，克隆OMG5，鼠IgG1)的组合，或者100μg/ml的人IgG1同种型对照(Southern Biotech)与20μg/ml的鼠IgG1同种型对照的组合。将细胞在37℃下温育过夜。第二天，从每个孔中移出40μl细胞上清液，并添加到单独的96孔平底板中的160μl Quanti-Blue碱性磷酸酶底物(Invivogen)中。使上清液与底物反应10分钟，然后在分光光度计上于650nm波长下读数。用GraphPad Prism绘制光密度。
在存在IFN-α拮抗剂的情况下，IFN-ω的附加阻断比IFN-α单独阻断对SLE相关的IFN-I活性具有更强的抑制(图2)。可以预知，来自用健康供体的免疫复合物刺激PBMC的条件培养基(HV IC条件培养基)不具有可检测ISRE活性(ISRE活性指示SLE患者免疫复合物的干扰素基因潜在性)。
实施例3.IFN-ω的免疫调节作用类似于IFN-α的免疫调节作用
评价了IFN-ω相较于IFN-α在诱导趋化因子分泌、IFN基因特征、树突细胞成熟和活化以及B细胞成熟方面的能力。在这些研究中，主要使用最广泛使用的治疗性IFN-α分子中的两种(IFN-αA和IFN-α2)作为代表性IFN-α亚型对照。在一些测定中，使用IFN-αB2。
趋化因子分泌和IFN基因特征的诱导
用IFN-αA(IFN-α2)或IFN-ω刺激从6个独立的健康人供体分离的PBMC，收集上清液和沉淀物以供分析。处理后3、6和24小时，使用Luminex免疫测定法测量上清液中的25种细胞因子：IL-1β、IL-1RA、IL-2、IL-2R、IL-4、IL-5、IL-6、IL-7、IL-8、IL-10、IL-12、IL-13、IL-15、IL-17、TNFα、IFN-α、IFN-γ、GM-CSF、MIP-1α、MIP-1β、IP-10、MIG、Eotaxin、RANTES和MCP-1。IFN-ω和IFN-α2二者均增加了可检测IP-10、MCP-1、IL-1RA、IL-6、MIP-1α和MIP-1β的水平。图3示出了IFN-ω和IFN-α2诱导IP-10的结果。在这些实验中，两种处理均降低了IL-8分泌。IFN-α或IFN-ω处理未改变IL-2R、IL-12和RANTES水平(除了仅有RANTES增加的一个供体之外)。细胞因子组中的所有其他分析物相对于IFN-α或IFN-ω处理未发生改变，或低于检测限。
处理收集的沉淀物获取RNA，并通过微阵列使用21基因IFN组特征对沉淀物进行评价，评价IFN-ω和IFN-α诱导的表达之间的可能相似性和/或差异性。与IFN-αA处理的细胞相比，用IFN-ω处理的人PBMC的定性和动力学基因表达响应几乎难以区分。92.5％的受IFN-αA处理与未处理对照调节的基因在第3小时也受IFN-ω处理调节。在处理后6小时和24小时，分别有97.83％和99.25％的受IFN-α处理调节的基因也受IFN-ω调节(数据未示出)。
总之，IFN-α和IFN-ω在获自6个独立的健康人供体的PBMC制剂之间所诱导的定性细胞因子释放和基因表达谱难以区分，这表明IFN-α和IFN-ω可能具有相似的免疫调节作用。
IFN-ω诱导由IFN-ω阻断抗体抑制的树突细胞的分化
评价了IFN-ω和IFN-α在诱导单核细胞分化成DC方面的能力和功能。
在存在或不存在50μg/ml抗IFN-α或抗IFN-ω的情况下，在GM-CSF单独存在或者与IFN-α或IFN-ω一起存在时，使用标准方法使纯化后的单核细胞分化成DC，持续3天。收获细胞，通过8色FACS分析表面标记物表达。IFN-α和IFN-ω二者均诱导了特征DC表面标记物CD83、CD80、CD86、CD40、CD11c表达，但降低了单核细胞标记物CD14表达。在培养开始时添加浓度为50μg/ml的抗IFN-α或抗IFN-ω部分地抑制了DC分化，但添加同种型抗体却没有影响(数据未示出)。
利用混合淋巴细胞反应(MLR)证明分化的DC的功能。收获分化的DC，洗涤并将其重悬于新鲜培养基中，并与纯化的CD4+T细胞一起培养，其中DC:CD4+T细胞之比为1:10、1:20和1:100。第6天收集上清液，并使用26种细胞因子/趋化因子的多珠测定法分析所分泌的细胞因子。在存在IFN-α或IFN-ω的情况下分化的DC活化了CD4+细胞，这通过分泌T细胞特异性细胞因子IFN-γ和IL-17得以证明。在存在抗IFN-α或抗IFN-ω抗体的情况下分化的DC不诱导CD4+T细胞活化。图4A示出了在存在抗IFN-α或抗IFN-ω抗体的情况下分化的DC所活化的CD4+细胞中缺少诱导的IFN-γ分泌的情况。图4B示出了在存在抗IFN-α或抗IFN-ω抗体的情况下分化的DC所活化的CD4+细胞中缺少诱导的IL-17分泌的情况。IFN-α和IFN-ω还诱导了IL-4、IL-5、IL-12p40和IL-13的分泌(数据未示出)。所有培养条件均包括GM-CSF。数据代表两项研究。误差条表示一式三份的Luminex的SD。在图中所示的实验中，使用了DC:CD4T细胞之比为1:20的结果数据。
IFN-ω诱导T细胞非依赖性B细胞活化
B细胞能够产生病原性自身抗体和细胞因子并将抗原呈递给T细胞，因而在狼疮发病机制中发挥着至关重要的作用。B细胞活化和功能成熟可以T细胞依赖性(TD)或T细胞非依赖性(TI)方式发生。在TI B细胞应答中，B细胞从T依赖性耐受控制中释放，因为TLR配体或树突细胞衍生的细胞因子能够替代T细胞的作用。在SLE(其中人们认为TLR配体(例如双链DNA)和DC衍生的细胞因子(例如I型IFN)均与发病机制有关)中，TI B细胞活化代表可能的相关机制。除了产生自身抗体之外，自身反应性B细胞被认为通过将自身抗原呈递至T细胞并分泌促炎性细胞因子而发挥重要的致病作用。据报道，在不存在T细胞衍生因子的情况下，IFN-α增加了由用抗体活化的人B细胞所产生的促炎性IL-6，其中该抗体为抗B细胞受体(BCR)和CpG(分别模拟特异性抗原和TLR信号)的抗体。此外，证明与浆细胞样DC共培养能够增强B细胞活化，这是通过依赖于可溶性因子的CD86表达水平确定的。使用T细胞非依赖性培养体系研究了IFN-ω在增加CD86表达以及人B细胞产生促炎性细胞因子方面的能力。如所示，将外周血B细胞与CpG(ODN-2006)、抗BCR和CpG以及抗BCR与不同浓度的IFN-α2(α2b)或IFN-ω一起培养(IFN浓度单位U/ml)。3天后通过流式细胞术测定CD86表达(中值荧光水平)，并且通过26-plexLuminex免疫测定法分析上清液，包括IL-6。结果以重复样品的平均值±SD表示。
在所测试的两个供体样品中均观察到，在抗BCR和抗BCR/CpG刺激后剂量依赖性IFN-ω诱导了CD86的上调表达，而在无刺激情况下B淋巴细胞的共培养仅表现出微弱的效果。INF-ω诱导CD86表达至与IFN-α2B相似的程度。图5A示出了IFN-ω诱导来自一个供体的B细胞的CD86表达。在所测试的两个供体样品中，IFN-ω还在CpG和抗BCR/CpG刺激后以剂量依赖性方式诱导产生IL-6至与IFN-α2B相似的程度。图5B示出了IFN-ω诱导来自一个供体的B细胞的IL-6分泌。
IFN-ω诱导BLyS分泌
BLyS(BAFF)是一种B细胞存活因子，并且是人SLE中的临床验证靶点。已发现，IFN-α处理可诱导体内BLyS基因表达，这是通过对给药后24小时从患者体内分离的PBMC进行微阵列以及qPCR分析测定的。因而评估了IFN-ω诱导BLyS分泌的能力。
PBMC分离自两个不同的正常健康供体。使用相同浓度的IFN-ω和IFN-α刺激细胞72小时，然后收集上清液并通过ELISA分析可溶性BLyS。结果以重复样品的平均值±SD表示。
IFN-ω和IFN-α在体外诱导人PBMC中分泌BLyS的能力相当。一个供体的结果在图6中示出。
实施例4用于免疫、噬菌体淘选、抗体表征和晶体学研究的人I型IFN抗原的生成
使用标准方法并使用信号序列(诸如SEQ ID NO:21-25)，在HEK 293细胞中克隆并表达表4中所示的20个单独重组人I型IFNα。除非另有说明，否则蛋白质为人蛋白。为了提高表达水平和溶解性，在人IFN-ω的第80位(IFN-ωT80E)生成单氨基酸突变体，并在HEK 293细胞中表达。T80E IFN-ω变体(SEQ ID NO:2)具有类似于野生型蛋白质的活性。IFN-αD和IFN-α1在第114位相差一个氨基酸(缬氨酸与丙氨酸)。αA和α2在第23位相差一个氨基酸(αA为赖氨酸，α2为精氨酸)。α4具有4a和4b两种形式，这两种形式在第51位(α4a为丙氨酸，α4b为苏氨酸)和第114位(α4a为谷氨酸，α4b为缬氨酸)相差两个氨基酸。这些变异位于受体结合区域之外，不影响活性。发现抗体对这些变体对(αD/α1、αA/α2和α4a/α4b)的中和效果都比较好，因此在一些实验中仅使用每对中的一个抗原。
表4.
实施例5.结合至IFN-α和IFN-ω的抗体的产生
IFN-α和IFN-ω结合的Fab选自从头合成pIX噬菌体展示文库，如在Shi等人的JMol Biol 397:385-96,2010、国际专利公布WO2009/085462、美国专利公布No.US2010/0021477中所述。简而言之，通过多样化人支架而生成文库，其中种系VH基因IGHV1-69*01、IGHV3-23*01和IGHV5-51*01与人IGHJ-4微小基因经由H3环重组，并且人种系VLkappa基因O12(IGKV1-39*01)、L6(IGKV3-11*01)、A27(IGKV3-20*01)和B3(IGKV4-1*01)与IGKJ-1微小基因重组以组装完整的VH结构域和VL结构域。选择围绕H1、H2、L1、L2和L3环的重链和轻链可变区中的位置用于多样化，所述位置与被鉴别为经常与蛋白和肽抗原接触的位置相对应。在选定位置处的序列多样性限于在各个IGHV或IGLV基因的IGHV或IGLV种系基因家族中的每个位置处出现的残基。通过使用长度为7至14个氨基酸的短至中等大小的合成环来产生H3环处的多样性。设计H3处的氨基酸分布，以模仿在人抗体中观察到的氨基酸变异。文库设计在Shi等人的JMol Biol 397:385-96,2010中有详细描述。用于生成文库的支架根据其人VH和VL种系基因起源而命名。将3个重链文库与4个种系轻链或种系轻链文库组合，以产生12个独特的VH:VL组合，用于针对IFN-α和IFN-ω的淘选实验。
针对生物素酰化人IFN-α2或生物素酰化人IFN-αG对文库进行淘选。在三轮淘选之后，使用人IFN-α2、IFN-αG和食蟹猕猴IFN-ω作为抗原进行多克隆噬菌体ELISA分析，以检测各淘选实验的特异性富集。用单克隆Fab ELISA进一步筛选从某些淘选实验(对结合至IFN-α2、IFN-αG和IFN-ω的结合剂表现出富集)收集的噬菌体，其中由各Fab克隆表达的Fab蛋白被用作结合剂。选择与20nM生物素酰化抗原的结合信号比阴性对照高三倍的Fab克隆，用于二级Fab筛选。将所选Fab克隆到IgG1/κ背景中，并进一步使用ProteOn和ISRE报告基因测定进行表征。从这些测定中选择mAb IFWM371用于进一步工程改造和亲和力成熟。
表5示出了对于IFWM371的亲和力(KD)和IC50值，如使用ProteOn和ISRE报告基因测定法对于各种I型IFN以及IFN-β测得。除了IFN-α1(IFN-αD)，IFWM371结合至所有所测试的人IFN-α蛋白，范围从179pM-10nM不等。该抗体未结合IFN-α1(IFN-αD)。该抗体还结合人、黑猩猩和食蟹猕猴IFN-ω，但不结合IFN-β。除了IFWM371不中和的IFN-α1(αD)，该抗体对所有所测试的IFN-α分子均显示出中和活性。IFWM371包含VH IFWH591(SEQ ID NO:28)和VLPH9L4(种系O12)(SEQ ID NO:29)。
表5.
实施例6.IFWM371与IFN-ωT80E形成的复合物的晶体结构
为了揭露表位和互补位(其对IFN-α亚型和IFN-ω的广泛结合特异性的结构基础)，并提供对工程改造以改善亲和力和特异性的支持，对人IFN-ωT80E与IFWM371的Fab形成的复合物进行了晶体学研究。
在HEK293细胞中克隆并表达His标记的Fab IFWM371(IgG1/kappa同种型)，并且使用亲和色谱、离子交换色谱和体积排阻色谱进行纯化。Fab溶于20mM Tris(pH 7.4)、50mMNaCl中。在HEK293细胞中表达具有C末端6xHis标签的人IFN-ωT80E变体(下文简称为IFN-ω)。蛋白质溶于20mM Tris(pH 7.4)、50mM NaCL。
将IFN-ω与Fab IFWM371以1.2:1.0(过量IFN-ω)的摩尔比混合，从而制备复合物，将该复合物在4℃下温育过夜，并在用20mM HEPES(pH 7.5)、0.25M NaCl平衡的Superdex 200柱上纯化，然后使用Amicon-Ultra 10kDa截留值浓缩至9.96mg/ml。从MMS接种的20％PEG 3K、0.2M磷酸氢二铵中获得适用于X衍射的晶体(Obmolova、G.、Malia、T.J.、Teplyakov、A.、Sweet、R.&Gilliland、G.L.(2010).Promoting crystallization ofantibody-antigen complexes via microseed matrix screening.Acta Crystallogr DBiol Crystallogr 66,927-33.)。
对于X射线数据采集，将IFN-ω/Fab IFWM371复合物的一种晶体在补充有20％甘油的母液(20％PEG 3350，0.2M(NH4)2HPO4，pH 7.9)中浸泡几秒，并以100K氮流快速冷冻。使用配备有OsmicTM VariMaxTM共聚焦光学器件、Saturn 944CCD检测器和X-streamTM2000cryo冷却系统(Rigaku,TX)的Rigaku MicroMaxTM-007HF微焦X射线发生器采集X射线衍射数据。通过205°晶体旋转在四分之一度图像中检测衍射强度。使用程序XDS处理X射线数据。表6给出了X射线数据统计。
使用Phaser，通过分子置换法(MR)解析IFN-ω/Fab IFM371复合物的结构。MR的搜索模型是Fab15的晶体结构(PDB ID 3NA9；Luo、J.、Obmolova、G.、Huang、A.、Strake、B.、Teplyakov、A.、Malia、T.、Muzammil、S.、Zhao、Y.、Gilliland、G.L.&Feng、Y.(2010).Coevolution of antibody stability and Vkappa CDR-L3canonical structure.J MolBiol 402,708-19)和IFN-α4A的晶体结构。然而，由于分子间碰撞剧烈，所以无法获得IFN-ω的MR溶液。检查用单独的Fab IFWM371定相的电子密度图，显示出超过IFN-ω分子一半的电子密度缺失。然而，IFN-ω分子的剩余部分容易充满密度。然后使用PHENIX进行结构精修，并使用COOT进行模型调整。
表6.
*括号中为高分辨率层的值
图7A中示出了IFN-ω/Fab IFWM371复合物的整体分子结构。在不对称单元中存在一个复合物。IFN-ω分子的分子模型包含与螺旋片段AB和螺旋D和E相对应的残基23-39和残基119-153。其中残基的编号是根据SEQ ID NO:1中所示的IFN-ω氨基酸序列进行的。螺旋A、B和C以及连接环是无序的。Fab分子模型的轻链(SEQ ID NO:29)包含从第1位至第212位的残基，重链(SEQ ID NO:28)包含从第1位至第222位的残基。C末端6xHis标签、链间二硫键和重链第137-141位的残基是无序的。此外，在形成广泛H键网络的抗体/抗原界面处存在许多水分子(图7B)。
IFN-ω分子中所观察到的部分与公开的IFN-ω(PDB代码3se4，40个残基的Cαrmsd为0.54)全长模型的相应部分几乎相同，并且与IFN-α2十分相似，该IFN-α2约40个Cα原子的平均Cαrmsd为(六个IFN-α2分子，pdb代码1rh2)。IFN-ω/Fab IFWM371中的IFN-ω的模型仅包含螺旋C和D的一部分以及连接环(环AB)。其他部分不存在电子密度。晶体堆积分析表明，没有足够的空间用于缺失的螺旋。仔细分析衍射数据，结果表明这并非是由于异常(诸如形成双晶或空间群分配不正确)而造成的人为结果。因此，最可能的是IFN-ω蛋白在结晶过程中被裂解。
Fab IFWM371识别了由AB环(S25和D35之间)的残基以及螺旋E的残基M146和K150构成的构象表位(图8A)。互补位由除LCDR2之外的五个CDR的残基构成。互补位残基形成一系列袋，与IFN-ω的短AB螺旋的残基F27、L30和R33侧链对接。图8B示出了IFWM371的VL和VH中的互补位残基。抗体和抗原的相互作用多为范德华(vdw)作用和疏水性堆积，以及抗体和抗原之间的H键作用。图8C示出了IFN-ω和IFWM371之间相互作用的二维相互作用图。图中，IFN-ω表位残基以灰色突出显示，VL互补位残基以方框框出，VH互补位残基以圆圈圈出。该图表明大多数抗原/抗体相互作用是由IFN-ωAB螺旋的三种表位残基F27、L30和R33形成的。因此，IFN-ω的这一区域构成表位的主要部分。此复合物的另一特征是水分子在介导抗原识别中显露出重要作用。在界面处存在三种水团簇(WC)。WC1促成HCDR3与IFN-ω的R34、F36和E147之间的H键相互作用。WC2介导VH/VL配对以及Fv与主表位残基L30、R33及其邻位之间的H键合。WC3水分子在界面的外围，对于相互作用可能较为次要。
IFWM371强力结合许多除IFN-αD和IFN-α1之外的IFN-α亚型和IFN-ω。IFWM371不结合IFN-β。图9中示出了IFN的序列比对。IFWM371表位残基在亚型中是高度保守的，这表明IFNM371的广泛特异性是表位保守的结果。然而，IFWM371不结合的IFN-αD或IFN-α1包含S27而非F27，这导致F27侧链的大部分疏水性接触丧失。由于F27对接于由HCDR2、HCDR3和LCDR3的残基所形成的深袋，因此侧链接触的丧失最可能导致IFN-αD和IFN-α1蛋白的结合程度非常低或者不结合。这也表明F27是结合的“热点”残基之一。P26是不太保守的残基。His或Leu残基在若干IFN-α亚型中占据该位置。由于大小和形状差异，此残基能够显著影响IFWM371和具有这些突变的IFN-α亚型之间的局部相互作用。
实施例7.IFWM371的丙氨酸扫描
对IFWM371重链和轻链CDR残基进行丙氨酸扫描，以指导后续的亲和力成熟工作。除了低溶剂暴露或非溶剂暴露的一些残基之外，用丙氨酸替代重链和轻链CDR中的所有残基。当CDR中的天然残基为丙氨酸时，用酪氨酸和/或丝氨酸和/或天冬氨酸替代这些残基。用丙氨酸、酪氨酸、丝氨酸和天冬氨酸替代具有可展性倾向的一个位置(IFWH591中的W104，SEQ ID NO:28)。在HEK 293细胞中瞬时表达突变的mAb，并且通过ELISA测试细胞上清液对一组IFN的结合活性。相比于亲本mAb而言，IFWH591R59A(SEQ ID NO:30)和IFWH591N103A(SEQ ID NO:31)这两种VH突变体的结合效果显著改善。
实施例8.IFWM371的亲和力成熟
文库设计
设计两个不同的VL文库(PH9L4L2和PH9L4L3)，并且将其用于亲和力成熟的IFWM371轻链PH9L4(O12)(SEQ ID NO:29)。用于多样化文库PH9L4L2的位置是基于在抗蛋白和抗肽复合物中经常发现的残基位置来选择的。在IGKV基因的种系基因家族内编码用于多样化每个位置的残基(Shi等人(2010)J.Mol.Biol.397:385-96)。限制文库复杂度不超过107个文库成员，以便在亲和力成熟期间充分评估多样性(实际文库复杂度：3.57)。表7示出了文库中VL PH9L4(O12)的LCDR1的第30、31和32位，LCDR2的第50位，以及LCDR3的第91、92、93、94和96位的文库设计多样化方案。残基编号是根据Kabat进行的。
表7.
基于抗体-蛋白复合物之间的结构分析，选择第二轻链亲和力成熟文库PH9L4L3中待多样化的残基位置，并且基于对抗体蛋白结构以及种系基因中每个位置的氨基酸使用情况的分析，设计每个位置的多样性(G.Raghunathan等人，Antigen-binding site anatomyand somatic mutations in antibodies that recognize different types ofantigens.J.Mol Recognit.25:103-113(2012))。对于LCDR3，将多样性扩展超过所有天然组库，以确保每个位置具有不同生化特性(即极性/非极性，带正电/带负电)的氨基酸。此外，使用Sloning文库合成技术，改变每一位置每个氨基酸的相对频率。表8示出了PH9L4L3的文库组成。根据Kabat进行残基编号。
表8.
淘选和表征
通过将轻链文库PH9L4L2或PH9L4L3与亲本重链IFWH591(SEQ ID NO:28)相组合，生成亲和力成熟文库。然后将该文库用于淘选，以选择高亲和力抗体。一些亲和力成熟淘选实验产生了仅结合至IFN-ω或仅结合至一些IFN-α亚型但不结合至两者的偏向性改善。为了产生对大多数IFN-α亚型和IFN-ω具有改善的IC50的广泛中和抗体，在每轮淘选之前，用食蟹猕猴或人IFN-ω交替地淘选彼此更多样化的IFN-α亚型(IFN-α2、IFN-α4a、IFN-αF和IFN-αG)的子集。对于每次淘选实验，总共进行三轮淘选。
在TG-1大肠杆菌中表达各种克隆的Fab蛋白，并且将细菌细胞裂解物用于FabELISA，以确定Fab蛋白相比于IFWM371对人IFN-α4a、IFN-αF和IFN-ω的亲和力。由于IFWM371Fab较弱地与这些抗原结合，因此对抗原具有更高亲和力的Fab IFWF477被用作替代Fab用于比较。鉴定了在ELISA中表现出比替代Fab高出几倍的结合活性的42个克隆。一些变体在LCDR1上包含一个氨基酸插入，该氨基酸插入不是原始文库设计的一部分，而是在文库合成期间被引入的部分。总的来说，相比于替代Fab，VL的亲和力成熟导致结合程度得到显著改善。来自两个文库的最佳克隆分别显示出对人IFN-ω的结合活性比替代FabIFWF477高出超过23倍。
为了进一步进行功能表征和生物物理表征，将来源于文库的总共42条轻链与亲本重链IFWH591(SEQ ID NO:28)以及具有改善的结合活性的两个VH变体IFWH624(IFWH591R59A，SEQ ID NO:30)和IFWH629(IFWH591N103A，SEQ ID NO:31)配对，这两个变体从实施例7中所述的丙氨酸扫描实验得到鉴定。然后表达总共126个转化的mAb(42条轻链与三条重链配对)，并进一步对其进行表征。表9示出了亲本抗体和所选亲和力成熟抗体及其重链和轻链可变区。
表9.
通过ProteOn测量126个所产生的mAb对于一组人IFN-ω和人IFN-α亚型的亲和力。将mAb与对照一式三份瞬时转染到48孔板的HEK 293E细胞中，并且在该实验中使用细胞上清液。为增加测定通量，单独抗原仅使用一种浓度。表10示出了亲本IFWM371和所选亲和力成熟抗体的KD值。大多数mAb显示出对所有所测试抗原的结合亲和力显著改善。其中一些mAb显示出比亲本mAb高出超过100倍的改善。
表10.
在ISRE测定中表征来自126组的所选抗体抑制IFN-α亚型和IFN-ω光谱的能力，并评估所选抗体的溶解性和生物物理特征。对于所选抗体，来自ISRE测定的IC50值示于表11和表12中。对于若干结合至11种重组IFN-α亚型的抗体和结合至IFN-ω的抗体，IC50值为两位数pM或更低。这代表着比亲本mAb IFWM371(其针对其抗原的IC50的范围从单位数nM到两位数nM)改进了超过一百倍。作为亲本抗体，亲和力成熟抗体不中和IFN-αD或IFN-β。最有效的亲和力成熟抗体mAb IFWM3423对其结合的所有干扰素亚型几乎具有单位数皮摩尔IC50。
表11.
表12.
NN＝未中和
实施例9.对抗体进行工程改造以最小化翻译后修饰的风险
基于中和活性、溶解性和生物物理特性，进一步分析来源于IFWM371、IFWM3331(IFWB3066)、IFWM3399(IFWB3134)、IFWM3421(IFWB3156)和IFWM3423(IFWB3158)的亲和力成熟的四种mAb。这些mAb的重链由IFWH591(SEQ ID NO:28)或IFWH629(SEQ ID NO:31)构成，其轻链由IFWL984(SEQ ID NO:71)或IFWL1048(SEQ ID NO:53)或IFWL1073(EQ ID NO:61)构成。
两条VH链在其CDR中均包含若干潜在的翻译后修饰(PTM)基序，包括酸催化水解序列基序(D52-P53)、HCDR2上的异构化基序(D55-S56)以及HCDR1(W33)和CDR-H3(W104)上的潜在氧化位点。
IFWL984(SEQ ID NO:71)和IFWL1048(SEQ ID NO:53)的VL在LCDR1上包含一个异构化基序(D30-G31)，而IFW1073(SEQ ID NO:61)的VL在LCDR3(W92和W94)上包含潜在氧化位点，并且在LCDR1(N31-S32)上包含潜在脱酰胺位点。
为降低重链CDR上的PTM风险，将HCDR2中的D52回复突变成种系残基酪氨酸(D52Y)。将P53突变成丙氨酸。将HCDR3中的W104(VH_W104)替换成丙氨酸、酪氨酸、丝氨酸或天冬氨酸。将突变的重链与三条不同的轻链共表达，并在ISRE测定中测试重链。根据这些实验，进一步表征具有重链IFWH615(SEQ ID NO:157)和IFWH617(SEQ ID NO:158)的抗体。
为降低VL IFWL984(SEQ ID NO：和IFWL1048(SEQ ID NO:53)53)上的PTM风险，在从实施例6中所述IFWM371/IFN-ω复合物结构获得的结构信息的引导下，设计了一系列去除潜在PTM基序的突变。此外，为改善具有共同轻链IFWL984的IFWM3421(IFWB3156)和IFWM3423(IFWB3158)的溶解性，在其CDR中的若干疏水残基上进行了一系列突变，以降低抗体轻链的整体表面疏水性。将IFWL984变体与亲本重链IFWH591在HEK293E细胞中表达，并使用实施例11中所述的方法，就细胞上清液中所表达的抗体对IFN-ω和白细胞IFN的抑制，在ISRE报告基因测定中对该抗体进行筛选。所得的抗体IFWB3196(D30E F32Y)、IFWB3201(D30S,G31S)和IFWB3202(D30S,G31S,F32Y)保留了良好的中和活性。表13示出了所产生的具有亲本IFWH591重链可变区(SEQ ID NO:28)和变体IFWL984轻链的抗体的VL序列。亲本IFWM3421具有IFWH591VH，亲本IFWM3423具有IFWH629VH。表14示出了所选产生的抗体中和IFN-ω和白细胞IFN的IC50值。
表13.
表14.
类似地，构建了26个IFWL1048变体，以降低PTM风险。将所产生的轻链与重链IFWH591在HEK293E细胞中共表达，并用ISRE测定筛选含有抗体的上清液。表15示出了所产生的抗体的VH和VL序列，表16示出了抗体对于IFN-ω和白细胞IFN的IC50值。具有变体IFWL1048链(其中除去了LCDR1中的DG基序(D30-G31))的所得抗体(包括IFWB3210(D30S)、IFWB3211(D30E)和IFWB3223(D30S,G31S))显示出与亲本mAb IFWB3056(VL：IFWL1048，VH：IFWH591)和IFWB3134(VL：IFWL1048；VH：IFWH629)相似的中和活性。然而，具有除去了DG基序的变体IFWL1048链和为降低疏水性而进行的置换的所得抗体(包括IFWB3219(D30E,A32Y)、IFWB3227(D30S,G31S,F94L)和IFWB3230(D30S,G31S,A32Y,F94L))表现出比亲本mAb更低的活性。
表15.
表16.
IFWB3066的VL IFWL1073上的潜在PTM基序包括LCDR3(W92和W94)上的潜在氧化位点。IFWL1073(QQGWDWPLT；SEQ ID NO:98)的LCDR3被替换成共有的LCDR3序列，该共有的LCDR3序列经鉴定存在于许多亲和力成熟抗体(QQSYDFPLT；SEQ ID NO:154)的LCDR3中。此外，设计了若干突变体，以处理LCDR1上的潜在脱酰胺位点(N31-S32)。将所产生的IFWL1073的14个变体与IFWH591配对，并通过48孔HEK293E瞬时转染将其表达。在ISRE测定中直接测试细胞上清液对重组人IFN-ω和病毒诱导型白细胞表达的IFN的中和活性。具有突变W93Y和/或W95F的mAb的中和活性有所改善。通过置换或通过缩短CDR-L1除去NS基序的突变体的中和活性降低或丧失。表17示出了所产生的抗体的VH序列和VL序列，表18示出了对IFN-ω和白细胞IFN的IC50值。
表17.
表18.
将所选来源于工程改造以最小化PTM风险的VL变体与IFWH591或IFWH629配对，并放大用于表达和纯化。表19示出了抗体的VL/VH配对。表20示出了选择的所得抗体对各种重组IFN-α亚型和IFN-ω的IC50值。
表19.
表20.
实施例10.抗IFN-α/ω抗体的广泛中和能力
若干所产生的抗体以100pM或更小的IC50(使用上述ISRE测定所测量)中和IFN-ω和多种IFN-α亚型。这些抗体的可变区序列示于表21。表22示出了抗体的LCDR1序列，表23示出了抗体的LCDR2序列，表24示出了抗体的LCDR3序列，表25示出了抗体的HCDR1序列，表26示出了抗体的HCDR2序列，表27示出了抗体的HCDR3序列。图10示出了ISRE测定中每种I型IFN的IC50值。
表21.
表22.
表23.
表24.
表25.
表26.
表27.
实施例11.抗IFN-α/ω抗体中和白细胞IFN
通过抗体抑制IFN诱导的IP-10从全血中释放的能力，评估抗体中和白细胞IFN的能力。
进一步表征来自亲和力成熟筛选或最小化PTM风险后的所选抗体抑制内源性I型IFN的能力。所有表征的抗体属于IgG1/κ类型。在测定中使用抗体IFWM3522、IFWM3525、IFWM3399和IFWM3423。
IP-10释放测定：
将240μl全血(Biological Specialty Corporation)添加到96孔U底板的各个孔中，该板中含有30μl抗体(抗IFN-α/ω或同种型对照)，具有或不具有含IFN或IFN的以细胞培养基(RPMI1640，含有10％HI FBS和1％青霉素/链霉素)稀释的条件培养基。为了进行刺激，每孔使用250U/ml(最终体积)人白细胞IFN(Sigma-Aldrich)和10μl SLE免疫复合物处理的条件培养基。在加入全血前，将IFN和抗体混合物在室温下预温育20-30分钟。将板在37℃下温育过夜20-22小时。第二天，在室温下将板于400xg下离心5分钟，取出血浆并冷冻于-20℃下。使用购自Qiagen的CXCL10/IP-10ELISA试剂盒分析来自每一处理的重复样品。解冻后，使用样品稀释缓冲液将收集的血浆稀释2.5倍，并用于测定。遵循制造商方案，在标准品的稀释中以如下方式稍作修改。以4000pg/ml为开始浓度并且以31.25pg/ml为结束浓度，制备抗原标准品的两倍系列稀释液。在停止反应的30内，在450nm下读取平板的吸光度。使用Softmax Pro进行分析。
结果
对所选抗体中和相关细胞类型中的内源性IFN-I制剂的能力进行表征。全血的IFN-I刺激诱导体外和体内IP-10(CXCL10)释放(Arico,E.等人，Concomitant detectionof IFNalpha signature and activated monocyte/dendritic cell precursors in theperipheral blood of IFNalpha-treated subjects at early times after repeatedlocal cytokine treatments.J Transl Med 9,67,doi:10.1186/1479-5876-9-67(2011).；Mohty,A.M.等人，Induction of IP-10/CXCL10secretion as animmunomodulatory effect of low-dose adjuvant interferon-αduring treatment ofmelanoma.Immunobiology 215,113-123,doi:10.1016/j.imbio.2009.03.008(2010))。IP-10在SLE中升高，并且若干研究显示IP-10与疾病活动和疾病的临床表现相关(Bauer,J.W.等人，Interferon-regulated chemokines as biomarkers of systemic lupuserythematosus disease activity:a validation study.Arthritis and rheumatism60,3098-3107,doi:10.1002/art.24803(2009).；Kong,K.O.等人，Enhanced expressionof interferon-inducible protein-10correlates with disease activity andclinical manifestations in systemic lupus erythematosus.Clinical andexperimental immunology 156,134-140,doi:10.1111/j.1365-2249.2009.03880.x(2009).；Rose,T.等人，IFNalpha and its response proteins,IP-10and SIGLEC-1,arebiomarkers of disease activity in systemic lupus erythematosus.Annals of therheumatic diseases 72,1639-1645,doi:10.1136/annrheumdis-2012-201586(2013))。
体外检查抗IFN-α/ωmAb抑制由白细胞IFN诱导的IP-10在全血中释放的能力。IFN-I响应于感染原(诸如病毒)而快速产生，以帮助控制感染。人白细胞IFN是病毒感染后由白细胞产生的IFN的天然混合物，并且主要由IFN-α亚型和IFN-ω组成。据信，IFN-ω构成这些制剂中总IFN-I活性的约15％。重要的是，据信感染可能促成SLE的诱导和恶化。在本研究中，在存在抑制剂和对照的情况下，将人白细胞IFN添加到来自2个健康人供体的全血样品中，并且在IFN暴露后24小时评估血浆的IP-10释放。抗IFN-α/ωmAb：在所测试的两个供体中，IFWM3522和IFWM3525(图11A)以及IFWM3399(图11B)都剂量依赖性地中和白细胞IFN-诱导的IP-10释放。
实施例12.抗IFN-α/ω抗体中和SLE免疫复合物
SLE的标志是存在自身抗体，诸如通常在临床上定义的疾病发展之前的抗双链DNA(抗dsDNA)。结合至核酸配体的自身抗体被认为是SLE患者中I型IFN的内源性诱导物。自身抗体的优势结合受损的自身抗原清除导致IFN生成的反馈循环，其中免疫复合物的Fc受体依赖性内化进入浆细胞样树突状细胞(pDC)，导致循环IFN的量增加，从而建立IFN基因特征。
我们进一步测试了抗IFN-α/ω抗体中和更多疾病相关的内源性IFN制剂的能力。
基本上如实施例1中所述制备了免疫复合物。然后将这些来自SLE患者的免疫复合物加入到健康供体PBMC中，并从细胞培养物(IC92和IC163)中收集含IFN的条件培养基。接下来，在存在抑制剂或对照的情况下，将条件培养基加入到来自4个健康供体的健康供体全血中，以确定IFN-α/ω中和对IFN诱导的IP-10释放的影响。IFWM3522、IFWM3525和IFWM3399在所有所测试的全血供体中均使用SLE免疫复合物诱导的IFN制剂，剂量依赖性地中和IP-10释放。图12A示出了来自一个供体(SLE供体92)的抗体IFWM3522和IFWM2525中和人全血中SLE免疫复合物诱导的IFN刺激的IP-10释放。图12B示出了抗体IFWM3399和同种型对照的结果。
实施例13.抗IFN-α/ω抗体中和SLE血浆
抗IFN-α/ωmAb表现出有效剂量依赖性中和内源性IFN-I制剂，该内源性IFN-I制剂是人原代细胞暴露于无菌配体(免疫复合物；实施例12)和微生物配体(白细胞IFN；实施例11)之后所产生的。通过抗体中和来自SLE患者血清和血浆的IFN-I活性的能力，进一步评估IFN-α/ωmAb中和生理性I型IFN的效力。因此，该方法评估抗体中和来自患者的实际循环IFN-I环境的能力，实际循环IFN-I环境可含有可能在体外难以重现的IFN光谱。
使用SLE血清的ISRE测定：
将HEK Blue(α/β)细胞(InvivoGen)以每孔50,000个细胞接种于总体积为200μl的DMEM+10％FBS中，并在37℃下温育过夜。将经过预先选择(根据在该测定中温育30分钟后实现OD大于或等于1.0)的合并血浆(3个供体)或血清(13个供体)解冻，并与DMEM+10％FBS以1:1(v/v)的比例混合。将上清液从先前接种的Hek Blue细胞中移去，并替换成100μl的SLE血浆或血清/培养基混合物，在37℃下温育过夜。第二天，取出40μl条件培养基，并添加至新平板中的160μl Quanti-Blue底物(InvivoGen)中，温育30分钟。使用分光光度计650纳米的波长下读板，并使用GraphPad Prism计算IC50值。
结果
使用ISRE测定对来自中国患者组(SLE组1)的SLE血清和来自主要为美国黑人的组(SLE组2)的SLE血浆进行IFN-I活性的预筛选。具有～1.0或更大的OD的SLE供体血清或血浆样品经确定具有足够的IFN-I活性窗口，使得可以轻易地测量拮抗剂抗体的抑制。然后合并这些供体样品以产生血清或血浆储液，从而产生足够体积的样品，使得能够进行重复实验和抗体滴定。利用来自不同人种/种族组的SLE患者样品，以更好地捕获SLE患者中定性和定量IFN-I应答的潜在多样性。认为美国黑人和亚洲人供体具有比白种人供体更高的IFN-I活性。所测试的抗IFN-α/ωmAb剂量依赖性地中和合并SLE患者血清和血浆样品中的IFN-I活性。使用来自两个SLE组的合并样品，将来自两个独立实验的IC50值示于表28。
表28.
实施例14.抗IFN-α/ω抗体中和IFN基因特征
I型IFN诱导基因谱，与健康对照相比，该基因谱在一些SLE患者中也过表达。当将来自表现出该IFN基因特征的SLE患者的血浆样品加入到健康供体PBMC或细胞系中时，该血浆样品能够诱导类似组的基因过表达，并且该活性主要由以IFN-α为靶点的抗体中和(Hua等人，Arthritis and rheumatism 54,1906-1916,doi:10.1002/art.21890(2006))。
开发了一种测定法，以确定抗体对归一化存在于SLE患者肝素化全血中的IFN-I特征的影响。使用IFN-I诱导型基因MX1(粘病毒抵抗基因1)表达作为IFN-I活性的标记。
材料
将SLE或健康血液收集到肝素钠管中后2-4小时，取240μl接种到含有抗IFN-α/ω抗体或人IgG1同种型对照的96孔U底板中。将稀释于PBS中的抗体以每孔30μl添加到240μl血液中。在37℃下温育24小时后，将745μl PAX基因稳定剂(QIAGEN)添加到96深孔板中，转移血液样品，并通过吹打充分混合。将板密封并冷冻于-80℃下，直至进一步处理。解冻后，将样品转移至2ml Safe-Lock离心管(Eppendorf)中，并在5000xg下离心10分钟。吸出上清液，并通过涡旋将样品沉淀物重悬于432μl不含DNase/RNase的水中。将样品进一步在5000xg下离心，将沉淀物重悬于350μl BR1缓冲液中。接下来加入300μl BR2缓冲液，然后加入40μl蛋白酶K，将样品在55℃下温育，并以800rpm振摇10分钟。遵循制造商关于剩余物纯化的方案(QIAGEN,cat#762164)。使用iScript cDNA Synthesis试剂盒(BIO-RAD)，将来自每个样品的120ng总RNA转化为cDNA，并且将人MX1和β肌动蛋白(ACTB)(分别为cat#Hs00895608_m1和Hs01060665_g1)的引物/探针对用于qPCR。在Viia7实时PCR系统上采集数据，并使用GraphPad Prism分析数据，该数据表示了相对于ACTB(dCT)的MX1表达的变化。
结果
使用MX1基因表达作为IFN-I活性的标记，评估IFN-α/ω抗体减少患者血液中IFN-I特征的能力。
当与健康对照相比时，SLE患者血液中MX1基因表达增加了约7倍。温育24小时后，所测试的抗IFN-α/ω抗体剂量依赖性地减少SLE患者血液中的MX1表达，并且在最高抗体浓度下，MX1表达被归一化为接近于健康对照中观察到的水平。图13示出了抗体处理对一SLE供体中MX1表达被归一化为β肌动蛋白表达的影响，图中结果代表了与健康对照相比基线MX1表达升高的多个供体。
实施例15.抗IFN-α/ω抗体中和食蟹猕猴I型IFN
使用ISRE报告基因测定，评估所选抗IFN-α/ω抗体中和各种食蟹猕猴I型IFN的能力。
将食蟹猕猴IFN-α2(PBL Assay Sciences)、IFN-α4(Sino Biological)、IFN-α8(Sino Biological)和IFN-α13(Sino Biological)用于测定中。使用先前确定的每种IFN的EC75值(IFN-α2为0.078ng/ml，IFN-α4为2.68ng/ml，IFN-α8为0.66ng/ml，IFN-α13为18.4ng/ml)，确定IC50值。所选抗IFN-α/ωmAb的IC50示于表29中。表20中的数据是两次独立实验的平均值。IFN-α/ωmAb IFWM3525和IFWM3522在可用于测试的人抗原和直系同源食蟹猕猴抗原之间表现出相似的交叉中和特性。预期不会中和食蟹猕猴IFN-α13，因此该分子跟人IFN-αD一样，在第27位处具有丝氨酸(S27)。
表29.
实施例16.IFWM3421与IFN-ωT80E形成的复合物的晶体结构
基本上如实施例6中所述进行结晶，采集X射线数据和确定结构，不同之处在于以下改变：
按照IFN-ω:Fab为1.05:1.00的比例(过量IFN-ω)混合两者而制备复合物，在4℃下温育过夜，然后不经纯化在20mM Tris(pH 7.4)、50mM NaCl中浓缩至8.37mg/mL。从MMS接种的HEPES(pH 7.5)、0.2M Li2SO4、18％PEG 3350中获得用于采集X射线数据的晶体。
为了采集IFNω/Fab3186复合物的X射线数据，将晶体在合成母液(0.1M HEPES(pH7.5)、20％PEG 3350、0.2M LiSO4与20％甘油)中浸泡，并在液氮中快速冷冻。在APS(Argonne National Lab)ELN ATeplyak-2013-0014上收集X射线数据。使用XDS处理衍射数据。表30中给出了结构精修统计。
表30.
*括号中为高分辨率层的值
确定IFNω/Fab3421的晶体结构为(表30)。IFN-ω模型包含第23-39位和第118-153位的残基。大部分IFN-ω分子不具有任何电子密度，并且在晶体中没有容纳它们的空间，这表明还发生了IFN-ω裂解。
IFN-ω/Fab3421复合物的整体结构与IFNω/FabM371非常相似。各组分的主链结构(VH、VL和IFNω)都几乎相同(分别为Cαrmsd 和)。
然而，存在一些显著的结构差异。首先，当将两种结构叠加在VL上时，VH旋转4度，抗原旋转11度，这导致IFN-ω分子相对于VL的偏移很大。第二，两种结构之间的H键和水结构(特别是WC2)不同(图14A和14B)。IFN-ω的R33构建了6个H键，包括与亲本M371复合物中的HCDR3的D107形成的盐桥(图14A)。在成熟形式中，IFN-ω的R33和VH的D107的侧链电子密度未完全确定(未示出)，并且它们相隔较远，因此减少了电荷-电荷相互作用的数量和密度(图14B)。此时不存在与M371中VH的H99作用的水分子(图14A、14B)。第三，HCDR3的F108不参与抗原结合，而是成为VL/VH界面的一部分。它在母体结构中采用两种替代构象。VL/VH结构域与VL中的L96I突变的相对旋转将F108还原为单个旋转异构体。因此，部分成熟突变似乎导致了Fv更好地配对。第四，在成熟期间，两个位置突变成F(A50F和Y32F)。Y32与IFN-ω的主链形成两个H键。但是这些H键也因两个位置突变成F而丧失(图14D)。A50F突变不与抗原产生任何新的接触。相反，A50F突变的苯环与VH W104堆叠，VH W104转而与抗原结合(图14D)。在LCDR3中，另外两个疏水突变(T94L和L96I)似乎对抗原的L30和F27形成较好的疏水袋。另外两个负电荷突变(S39D和S93D)不形成任何相互作用(除了与溶剂之间的相互作用)。总的来说，亲和力改善是是成熟过程的结果，该过程减少了极性相互作用，但有利于/加强了与抗原的疏水性堆积以及更好的VL/VH配对。
表位和互补位残基。图15示出了IFN-ω和IFWM3421之间的二维相互作用图。表位残基与M371结构中的表位残基相同。互补位残基也几乎相同(图15)。然而，如上所述，成熟过程导致许多结构差异和相互作用差异，这可能导致结合亲和力的改善。
实施例17.IFWM3525 1与IFN-ωT80E形成的复合物的晶体结构。
基本上如实施例6中所述进行结晶，采集X射线数据和确定结构。
通过以1.05:1.0的摩尔比(过量IFN-ω，1.92:1.12mg)将IFN-ω与IFWM3525的Fab混合，从而制备复合物，将该复合物在4℃下温育过夜，并在用20mM HEPES(pH 7.5)、0.25MNaCl、10％甘油平衡的Superdex 200柱上纯化，然后浓缩至9.79mg/ml。通过用来自IFN-ω/Fab3186晶体的籽晶进行MMS接种，而从18％PEG 3K、0.2M柠檬酸钠中获得适于X衍射的晶体。
为了采集X射线数据，将IFN-ω/IFWM3525复合物的一个晶体在合成母液(20％PEG3350、0.2M柠檬酸钠、25％甘油)中浸泡几秒钟，并在液氮中快速冷冻。在APS(ArgonneNational Lab)上采集X射线数据。使用XDS10处理衍射数据。
使用Phaser，通过分子置换(MR)解析IFN-ω/IFWM3525复合物的结构。MR的搜索模型是IFN-ω/FabM371的晶体结构。然后使用PHENIX进行结构精修，并使用COOT进行模型调整。所有其他晶体计算均使用CCP4套件程序执行。使用PyMol生成所有分子图形。表31中给出了结构精修统计。
表31.
*括号中为高分辨率层的值
IFN-ω/IFWM35258复合物的整体结构与IFN-ω/FabM371非常相似。IFN-ω分子的分子模型包含与螺旋片段AB和螺旋D和E相对应的残基23-39和残基119-153。螺旋A、B和C以及连接环是无序的。IFN-ω这些部分的缺失可能是由于蛋白质水解有限，如对M371和M3421复合物结构所发现。Fab分子模型的轻链包含从第1位至第213位的残基，重链包含从第1位至第222位的残基。C末端6xHis标签、链间二硫键和重链第137-141位的残基是无序的。由于衍射分辨率低，所以不包含溶剂水分子。
图16示出了IFN-ω和IFWM3525的Fab之间的二维相互作用图。多数Ab/Ag相互作用是由AB螺旋的表位残基F27、L30和R33造成的。因此，IFN-ω的这一区域看来是构成表位的主要部分。与亲本M371相比，表位还包含两个来自IFN-ω的螺旋E的残基，这两个残基与IFWM3525的HCDR3形成相互作用。
IFWM3525对IFNω和大多数IFNα亚型具有广泛的结合特异性。它不结合IFNβ和IFNα–D/1。IFN的序列比对(图9)表明IFWM3525表位残基在IFN-ω和IFN-α亚型中是高度保守的。此外，IFN-α(pdb代码2RH2，其使用沉积数据进行重建和精修，因为在PDB中仅Cα微量可用)和IFN-ω中表位残基的结构比对表明表位残基的主链和侧链结构非常相似。因此，序列和结构保守(或表位保守)可能负责IFNα/ω通过IFWM3525的广泛结合。
序列表

Claims (51)

1.一种分离的单克隆抗体，所述分离的单克隆抗体结合至人干扰素ω (IFN-ω)和至少三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或十一种人干扰素α (IFN-α)亚型，并中和其生物活性。
2.根据权利要求1所述的抗体，其中所述人IFN-ω和所述人IFN-α亚型的生物活性是在稳定地表达信号转导子和转录激活子2 (STAT2)、干扰素调节因子9 (IRF9)和SEAP的HEK293细胞中，在干扰素诱导型ISG54启动子下，所述人IFN-ω或所述人IFN-α亚型诱导分泌型胚胎碱性磷酸酶(SEAP)表达。
3.根据权利要求2所述的抗体，其中所述抗体以至少约1×10-9M或更小，约1×10-10M或更小，约5×10-11M或更小，或者约1×10-11M或更小的IC50值中和所述人IFN-ω的生物活性。
4.根据权利要求3所述的抗体，其中所述抗体以至少约1×10-10M或更小的IC50值中和所述人IFN-ω的生物活性。
5.根据权利要求4所述的抗体，其中所述抗体以介于约1×10-10M至约6×10-12M之间的IC50值中和所述人IFN-ω的活性。
6.根据权利要求5所述的抗体，其中所述抗体以至少约2×10-10M或更小，约1.5×10-10M或更小，或者约1×10-10M或更小的IC50值，中和至少三种、四种、五种、六种、七种、八种、九种、十种或十一种人IFN-α亚型的活性。
7.根据权利要求6所述的抗体，其中所述IFN-α亚型选自IFN-αA、IFN-αB2、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αI、IFN-αJ1、IFN-αK、IFN-αWA和IFN-α4a。
8.根据权利要求6所述的抗体，包含
a) 为SEQ ID NO:109的HCDR1氨基酸序列；
b) 为SEQ ID NO:111、112或113的HCDR2氨基酸序列；
c) 为SEQ ID NO:115或116的HCDR3氨基酸序列；
d) 为SEQ ID NO:76、77、78、79、80、81、82、83、84、85、86、87、88、89、90或91的LCDR1氨基酸序列；
e) 为SEQ ID NO:93、94或95的LCDR2氨基酸序列；以及
f) 为SEQ ID NO:96、97、98、99、100、101、102、103、104、105、106或107的LCDR3氨基酸序列。
9.根据权利要求8所述的抗体，其中所述抗体包含分别为SEQ ID NO:109、113和116的重链互补决定区(HCDR) 1 (HCDR1)、2 (HCDR2)和3 (HCDR3)氨基酸序列，以及分别为SEQID NO:82、94和99的轻链互补决定区(LCDR) 1 (LCDR1)、2 (LCDR2)和3 (LCDR3)氨基酸序列。
10.根据权利要求6所述的抗体，其中所述抗体包含分别为SEQ ID NO:109、114和121的重链互补决定区(HCDR) 1 (HCDR1)、2 (HCDR2)和3 (HCDR3)氨基酸序列，以及分别为SEQID NO:118、119和120的轻链互补决定区(LCDR) 1 (LCDR1)、2 (LCDR2)和3 (LCDR3)氨基酸序列。
11.根据权利要求6所述的抗体，其中所述抗体中和至少六种人IFN-α亚型，所述亚型选自IFN-αA、IFN-αB2、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αI、IFN-αJ1、IFN-αK、IFN-αWA和IFN-α4a。
12.根据权利要求11所述的抗体，其中所述抗体包含分别为SEQ ID NO:109、114、121、159、119和160的所述HCDR1、所述HCDR2、所述HCDR3、所述LCDR1、所述LCDR2和所述LCDR3氨基酸序列。
13.根据权利要求6所述的抗体，其中所述抗体中和至少十种人IFN-α亚型，所述亚型选自IFN-αA、IFN-αB2、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αI、IFN-αJ1、IFN-αK、IFN-αWA和IFN-α4a。
14.根据权利要求13所述的抗体，其中所述抗体至少在氨基酸残基F27、L30和R33处与为SEQ ID NO:1的人IFN-ω结合。
15.根据权利要求14所述的抗体，其中所述抗体包含分别为SEQ ID NO:109、114、121、161、119和162的所述HCDR1、所述HCDR2、所述HCDR3、所述LCDR1、所述LCDR2和所述LCDR3氨基酸序列。
16.根据权利要求15所述的抗体，其中所述抗体中和至少所述人IFN-α亚型：IFN-αA、IFN-αB2、IFN-αC、IFN-αF、IFN-αG、IFN-αH2、IFN-αJ1和IFN-α4a。
17.根据权利要求16所述的抗体，其中所述抗体还中和IFN-αI、IFN-αK或IFN-αWA。
18.根据权利要求14所述的抗体，其中所述抗体
a) 抑制由250U/ml干扰素诱导的白细胞干扰素诱导的IP-10在全血中释放，存在10µg/ml抗体时比不存在所述抗体时抑制约50%或更多；或者
b) 抑制系统性红斑狼疮(SLE)免疫复合物诱导的IP-10在全血中释放，存在10µg/ml抗体时比不存在所述抗体时抑制约50%或更多。
19.根据权利要求5所述的抗体，其中所述抗体包含与SEQ ID NO:28具有至少90%、95%或97%同一性的重链可变区(VH)氨基酸序列，以及与SEQ ID NO:150具有至少90%、95%或97%同一性的轻链可变区(VL)氨基酸序列。
20.根据权利要求19所述的抗体，所述抗体包含分别为下列序列号(SEQ ID NO)的所述HCDR1、所述HCDR2、所述HCDR3、所述LCDR1、所述LCDR2和所述LCDR3序列：
a) 109、113、116、77、93和104；
b) 109、113、116、85、93和96；
c) 109、113、115、79、95和107；
d) 109、113、116、76、93和103；
e) 109、113、115、85、93和96；
f) 109、113、115、89、95和100；
g) 109、113、116、86、93和105；
h) 109、113、115、76、93和103；
i) 109、113、116、80、93和97；
j) 109、113、116、84、93和97；
k) 109、113、116、90、93和97；
l) 109、113、116、88、93和102；
m) 109、113、116、87、93和105；
n) 109、113、116、91、93和106；
o) 109、113、115、80、93和97；
p) 109、113、116、83、93和101；
q) 109、113、116、82、94和98；
r) 109、113、115、78、95和100；
s) 109、111、116、81、93和106；
t) 109、113、116、82、94和99；
u) 109、113、115、81、93和106；
v) 109、112、116、81、93和106；或者
w) 109、113、116、81、93和106。
21.根据权利要求20所述的抗体，其中所述抗体为人源化抗体或人抗体。
22.根据权利要求21所述的抗体，其中所述人抗体重链可变区框架来源于人种系基因IGHV5-51（SEQ ID NO:155）。
23.根据权利要求22所述的抗体，其中所述人抗体轻链可变区框架来源于人种系基因IGKV1D-39（SEQ ID NO:156）。
24.根据权利要求21所述的抗体，其中所述抗体为IgG1、IgG2、IgG3或IgG4亚型。
25.根据权利要求24所述的抗体，其中所述抗体在Fc区具有至少一处置换。
26.根据权利要求25所述的抗体，其中所述置换包括置换M252Y/S254T/T256E、V234A/G237A/P238S/H28A/V309L/A330S/P331S或P238S/L234A/L235A，其中残基编号是根据EU编号进行的。
27.根据权利要求19所述的抗体，所述抗体包含重链可变区(VH)和轻链可变区(VL)，其中所述
a) VH包含为SEQ ID NO:28、31、157或158的氨基酸序列。
28.根据权利要求27所述的抗体，其中所述VL包含为SEQ ID NO:35、39、40、42、46、52、53、54、57、61、62、68、71、73、75、135或150的氨基酸序列。
29.根据权利要求28所述的抗体，所述抗体包含分别为下列序列号(SEQ ID NO)的所述VH和所述VL：
a) 28和40；
b) 28和39；
c) 31和62；
d) 28和54；
e) 31和39；
f) 31和68；
g) 28和42；
h) 31和54；
i) 28和53；
j) 28和73；
k) 28和75；
l) 28和52；
m) 28和35；
n) 28和135；
o) 31和53；
p) 28和46；
q) 28和61；
r) 31和57；
s) 157和71；
t) 28和150；
u) 31和71；
v) 158和71；或
w) 28和71。
30.根据权利要求19所述的抗体，所述抗体包含为SEQ ID NO: 28的VH氨基酸序列和为SEQ ID NO: 150的VL氨基酸序列。
31.根据权利要求1、20或29所述的抗体，其中所述抗体是双特异性的。
32.根据权利要求31所述的抗体，其中所述抗体结合BLyS、CD40L、IL-6、CD27、BDCA2、IL-12、IL-23、IFN-αD、IL-17、CD20、IL-10、CD22、IL-21、ICOS、ICOSL或IFN-γ。
33.一种药物组合物，所述药物组合物包含根据权利要求1、20或29所述的抗体以及药学上可接受的载体。
34.一种多核苷酸，所述多核苷酸编码(i)根据权利要求20或29所述的抗体VH或VL，或(ii)根据权利要求20或29所述的抗体VH和VL。
35.一种载体，所述载体包含根据权利要求35所述的多核苷酸。
36.一种宿主细胞，所述宿主细胞包含根据权利要求35所述的载体。
37.一种制备根据权利要求20所述的抗体的方法，所述方法包括：在使所述抗体表达的条件下培养根据权利要求36所述的宿主细胞，以及回收由所述宿主细胞产生的所述抗体。
38.一种治疗免疫介导的炎性疾病、自体免疫性疾病或慢性病毒感染的方法，所述方法包括将治疗有效量的根据权利要求1、20或29所述的分离的抗体施用至对其有需要的患者，持续足以治疗所述疾病或所述感染的时间。
39.根据权利要求38所述的方法，其中所述免疫介导的炎性疾病或所述自体免疫性疾病为狼疮、牛皮癣、免疫性血小板减少症(ITP)、Aicardi-Goutieres综合征(AGS)、系统性硬化症、干燥综合征、肌炎、普通变异型免疫缺陷病(CVID)、自体免疫性甲状腺疾病、I型糖尿病、类风湿性关节炎、移植排斥或移植物抗宿主病(GVHD)。
40.根据权利要求39所述的方法，其中狼疮为系统性红斑狼疮(SLE)或皮肤型红斑狼疮(CLE)。
41.根据权利要求40所述的方法，其中所述患者具有狼疮性肾炎。
42.根据权利要求38所述的方法，其中所述患者表现出I型干扰素特征。
43.根据权利要求38所述的方法，其中所述慢性病毒感染为HIV或丙型肝炎感染。
44.根据权利要求38所述的方法，其中所述抗体包括根据权利要求20或29所述的抗体。
45.根据权利要求38所述的方法，其中所述抗体为双特异性抗体。
46.根据权利要求45所述的方法，其中所述双特异性抗体中和BLyS、CD40L、IL-6、CD27、BDCA2、IL-12、IL-23、IFN-αD、IL-17、CD20、IL-10、CD22、IL-21、ICOS、ICOSL或IFN-γ。
47.根据权利要求38所述的方法，所述方法进一步施用第二治疗剂。
48.根据权利要求47所述的方法，其中所述第二治疗剂为结合BLyS、CD40L、IL-6、CD27、BDCA2、IL-12、IL-23、IFN-αD、IL-17、CD20、IL-10、CD22、IL-21、ICOS、ICOSL或IFN-γ的抗体。
49.根据权利要求47所述的方法，其中所述第二治疗剂为皮质类固醇、抗疟疾药物、免疫抑制剂、细胞毒性药物或B细胞调节剂。
50.根据权利要求49所述的方法，其中所述第二治疗剂为泼尼松、泼尼松龙、甲泼尼龙、地夫可特、羟氯喹、硫唑嘌呤、甲氨蝶呤、环磷酰胺、麦考酚酸莫酯(MMF)、霉酚酸钠、环胞素、来氟米特、他克莫司、rituximab™或belimumab™。
51.根据权利要求1-32所述的抗体，其中所述抗体不中和IFN-αD、IFN-α1和/或IFN-β。
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