Nothing Special   »   [go: up one dir, main page]

Idi na sadržaj

YBX2

S Wikipedije, slobodne enciklopedije
YBX2
Identifikatori
AliasiYBX2
Vanjski ID-jeviOMIM: 611447 MGI: 1096372 HomoloGene: 22942 GeneCards: YBX2
Lokacija gena (čovjek)
Hromosom 17 (čovjek)
Hrom.Hromosom 17 (čovjek)[1]
Hromosom 17 (čovjek)
Genomska lokacija za YBX2
Genomska lokacija za YBX2
Bend17p13.1Početak7,288,263 bp[1]
Kraj7,294,639 bp[1]
Lokacija gena (miš)
Hromosom 11 (miš)
Hrom.Hromosom 11 (miš)[2]
Hromosom 11 (miš)
Genomska lokacija za YBX2
Genomska lokacija za YBX2
Bend11|11 B3Početak69,935,796 bp[2]
Kraj69,941,605 bp[2]
Obrazac RNK ekspresije
Više referentnih podataka o ekspresiji
Ontologija gena
Molekularna funkcija vezivanje sa DNK
vezivanje sa RNK
nucleic acid binding
GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Ćelijska komponenta citoplazma
jedro
fibrillar center
Biološki proces GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated
translational attenuation
transcription by RNA polymerase II
Spermatogeneza
oocyte development
GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II
positive regulation of cold-induced thermogenesis
Izvori:Amigo / QuickGO
Ortolozi
VrsteČovjekMiš
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (mRNK)

NM_015982

NM_016875
NM_001347634

RefSeq (bjelančevina)

NP_057066

n/a

Lokacija (UCSC)Chr 17: 7.29 – 7.29 MbChr 11: 69.94 – 69.94 Mb
PubMed pretraga[3][4]
Wikipodaci
Pogledaj/uredi – čovjekPogledaj/uredi – miš

Y-boksni protein 2 je protein koji je kod ljudi kodiran genom YBX2.[5][6][7] YBX2 je specifičan za klicine ćelije iz porodice kičmenjačkih Y-boksnih proteina koji vežu nukleinske kiseline.

Dužina polipeptidnog lanca je 364 aminokiseline, a molekulska težina 38.518 Da.[8].

PCR analizom s hibridima somatskih ćelija čovjeka-glodara, Tekur et al. (1999) mapirali su gen YBX2 u hromosomskoj sekvenci 17p13.1-p11.2.[9]

Aminokiselinski sastav

Simboli
1020304050
MSEVEAAAGATAVPAATVPATAAGVVAVVVPVPAGEPQKGGGAGGGGGAA
SGPAAGTPSAPGSRTPGNPATAVSGTPAPPARSQADKPVLAIQVLGTVKW
FNVRNGYGFINRNDTKEDVFVHQTAIKRNNPRKFLRSVGDGETVEFDVVE
GEKGAEATNVTGPGGVPVKGSRYAPNRRKSRRFIPRPPSVAPPPMVAEIP
SAGTGPGSKGERAEDSGQRPRRWCPPPFFYRRRFVRGPRPPNQQQPIEGT
DRVEPKETAPLEGHQQQGDERVPPPRFRPRYRRPFRPRPRQQPTTEGGDG
ETKPSQGPADGSRPEPQRPRNRPYFQRRRQQAPGPQQAPGPRQPAAPETS
APVNSGDPTTTILE

Kloniranje i ekspresija

[uredi | uredi izvor]

Preglednjem biblioteka cDNK ljudskog i mišjeg testisa Ybx2, nakon ponovnog skeniranja s pet osnovnih oligonukleotida iz pozitivnih klonova, Tekur et al. (1999) klonirali su YBX2, koji su nazvali contrin. Izvedeni protein s 364 aminokiseline ima izračunatu molekulsku masu od 38,6 kD i bogat je argininom i prolinom. Dijeli 69% i 73% aminokiselinskih identiteta s DBPA (CSDA), odnosno YB1 (NSEP1) i sadrži N-terminalni domen hladnog šoka (CSD), sedam navodnih mjesta fosforilacija za kazein-kinazu II, tri potencijalna mjesta fosforilacije za protein kinazu C i dvije signala jedarne lokalizacije unutar B/A otoka. Northern blot analizom otkriven je transkript od 1,8 kb samo u ljudskim testisima. YBX2 dijeli 93%, odnosno 77% aminokiselinskih identiteta s mišjim Ybx2 i ksenopusovim Frgy2.

Gu et al. (1998) klonirali su miša Ybx2, kojeg su nazvali Msy2, i alternativno preradili izoforme, Msy2a. Izvedene izoforme mišjeg Msy2 od 360 aminokiselina i Msy2a od 282 aminokiselina imale su izračunate molekulske mase od 38, odnosno 31 kD. Northern blot analizom mišjih tkiva, otkriven je Msy2 u zametnim ćelijama miša, samo s ekspresijom koja je prvi put otkrivena u testisima miševa starih 12 dana, povećavajući se značajno za 17 dana i dostigavši maksimalni nivo u testisima miša starim 22 dana , zadržavajući se u odrasloj dobi. Western blot analiza i imunohistokemijske studije otkrile su protein Msy2 u testisima miša te u oocitima u fazi diplotena i u zrelim. SDS-PAGE su pokazali da su izoforme mišjeg Msy2 i Msy2a migrirale s molekulskom masom od 52, odnosno 48 kD. Ova razlika u migraciji u odnosu na pravu molekulsku masu karakteristika je koja se dijeli s ostalim proteinima Y-boksa.

Koristeći imunohistohemijske studije, Kohno et al. (2006) otkrili su najviše nivoe DBPC u oocitima, spermatogonijama i spermatocitima sa umerenom ekspresijom u trofoblastima i niskim nivoima u plućima, srcu, kori nadbubrežne žlijezde i skeletnim mišićima. Suprotno ograničenoj distribuciji u normalnim ćelijama, pronašli su povećani nivo DBPC u različitim ljudskim karcinomima, uključujući adenokarcinome debelog crijeva (9/10) i holangiocelularne karcinome (8/10). Svi testirani tumori zametnih ćelija, uključujući seminome testisa i disgerminome jajnika, imunohistokemijskom analizom, pokazali su visok nivo DBPC.[10][11]

Također pogledajte

[uredi | uredi izvor]

Reference

[uredi | uredi izvor]
  1. ^ a b c ENSG00000288504 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000006047, ENSG00000288504 - Ensembl, maj 2017
  2. ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000018554 - Ensembl, maj 2017
  3. ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
  5. ^ Tekur S, Pawlak A, Guellaen G, Hecht NB (Jul 1999). "Contrin, the human homologue of a germ-cell Y-box-binding protein: cloning, expression, and chromosomal localization". J Androl. 20 (1): 135–44. PMID 10100484.
  6. ^ Gu W, Tekur S, Reinbold R, Eppig JJ, Choi YC, Zheng JZ, Murray MT, Hecht NB (Dec 1998). "Mammalian male and female germ cells express a germ cell-specific Y-Box protein, MSY2". Biol Reprod. 59 (5): 1266–74. doi:10.1095/biolreprod59.5.1266. PMID 9780336.
  7. ^ "Entrez Gene: YBX2 Y box binding protein 2".
  8. ^ "UniProt, Q9Y2T7". Pristupljeno 14. 6. 2021.
  9. ^ Gu, W., Tekur, S., Reinbold, R., Eppig, J. J., Choi, Y.-C., Zheng, J. Z., Murray, M. T., Hecht, N. B. Mammalian male and female germ cells express a germ cell-specific Y-box protein, MSY2. Biol. Reprod. 59: 1266-1274, 1998. [PubMed]: 9780336
  10. ^ Kohno, Y., Matsuki, Y., Tanimoto, A., Izumi, H., Uchiumi, T., Kohno, K., Shimajiri, S., Sasaguri, Y. Expression of Y-box-binding protein dbpC/contrin, a potentially new cancer/testis antigen. Brit. J. Cancer 94: 710-716, 2006. [PubMed]: 16479255.
  11. ^ Tekur, S., Pawlak, A., Guellaen, G., Hecht, N. B. Contrin, the human homologue of a germ-cell Y-box-binding protein: cloning, expression, and chromosomal localization. J. Androl. 20: 135-144, 1999. PubMed: 10100484

Dopunska literatura

[uredi | uredi izvor]