YBX2
Y-boksni protein 2 je protein koji je kod ljudi kodiran genom YBX2.[5][6][7] YBX2 je specifičan za klicine ćelije iz porodice kičmenjačkih Y-boksnih proteina koji vežu nukleinske kiseline.
Dužina polipeptidnog lanca je 364 aminokiseline, a molekulska težina 38.518 Da.[8].
PCR analizom s hibridima somatskih ćelija čovjeka-glodara, Tekur et al. (1999) mapirali su gen YBX2 u hromosomskoj sekvenci 17p13.1-p11.2.[9]
Aminokiselinski sastav
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
MSEVEAAAGA | TAVPAATVPA | TAAGVVAVVV | PVPAGEPQKG | GGAGGGGGAA | ||||
SGPAAGTPSA | PGSRTPGNPA | TAVSGTPAPP | ARSQADKPVL | AIQVLGTVKW | ||||
FNVRNGYGFI | NRNDTKEDVF | VHQTAIKRNN | PRKFLRSVGD | GETVEFDVVE | ||||
GEKGAEATNV | TGPGGVPVKG | SRYAPNRRKS | RRFIPRPPSV | APPPMVAEIP | ||||
SAGTGPGSKG | ERAEDSGQRP | RRWCPPPFFY | RRRFVRGPRP | PNQQQPIEGT | ||||
DRVEPKETAP | LEGHQQQGDE | RVPPPRFRPR | YRRPFRPRPR | QQPTTEGGDG | ||||
ETKPSQGPAD | GSRPEPQRPR | NRPYFQRRRQ | QAPGPQQAPG | PRQPAAPETS | ||||
APVNSGDPTT | TILE |
Kloniranje i ekspresija
[uredi | uredi izvor]Preglednjem biblioteka cDNK ljudskog i mišjeg testisa Ybx2, nakon ponovnog skeniranja s pet osnovnih oligonukleotida iz pozitivnih klonova, Tekur et al. (1999) klonirali su YBX2, koji su nazvali contrin. Izvedeni protein s 364 aminokiseline ima izračunatu molekulsku masu od 38,6 kD i bogat je argininom i prolinom. Dijeli 69% i 73% aminokiselinskih identiteta s DBPA (CSDA), odnosno YB1 (NSEP1) i sadrži N-terminalni domen hladnog šoka (CSD), sedam navodnih mjesta fosforilacija za kazein-kinazu II, tri potencijalna mjesta fosforilacije za protein kinazu C i dvije signala jedarne lokalizacije unutar B/A otoka. Northern blot analizom otkriven je transkript od 1,8 kb samo u ljudskim testisima. YBX2 dijeli 93%, odnosno 77% aminokiselinskih identiteta s mišjim Ybx2 i ksenopusovim Frgy2.
Gu et al. (1998) klonirali su miša Ybx2, kojeg su nazvali Msy2, i alternativno preradili izoforme, Msy2a. Izvedene izoforme mišjeg Msy2 od 360 aminokiselina i Msy2a od 282 aminokiselina imale su izračunate molekulske mase od 38, odnosno 31 kD. Northern blot analizom mišjih tkiva, otkriven je Msy2 u zametnim ćelijama miša, samo s ekspresijom koja je prvi put otkrivena u testisima miševa starih 12 dana, povećavajući se značajno za 17 dana i dostigavši maksimalni nivo u testisima miša starim 22 dana , zadržavajući se u odrasloj dobi. Western blot analiza i imunohistokemijske studije otkrile su protein Msy2 u testisima miša te u oocitima u fazi diplotena i u zrelim. SDS-PAGE su pokazali da su izoforme mišjeg Msy2 i Msy2a migrirale s molekulskom masom od 52, odnosno 48 kD. Ova razlika u migraciji u odnosu na pravu molekulsku masu karakteristika je koja se dijeli s ostalim proteinima Y-boksa.
Koristeći imunohistohemijske studije, Kohno et al. (2006) otkrili su najviše nivoe DBPC u oocitima, spermatogonijama i spermatocitima sa umerenom ekspresijom u trofoblastima i niskim nivoima u plućima, srcu, kori nadbubrežne žlijezde i skeletnim mišićima. Suprotno ograničenoj distribuciji u normalnim ćelijama, pronašli su povećani nivo DBPC u različitim ljudskim karcinomima, uključujući adenokarcinome debelog crijeva (9/10) i holangiocelularne karcinome (8/10). Svi testirani tumori zametnih ćelija, uključujući seminome testisa i disgerminome jajnika, imunohistokemijskom analizom, pokazali su visok nivo DBPC.[10][11]
Također pogledajte
[uredi | uredi izvor]Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c ENSG00000288504 GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000006047, ENSG00000288504 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000018554 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Tekur S, Pawlak A, Guellaen G, Hecht NB (Jul 1999). "Contrin, the human homologue of a germ-cell Y-box-binding protein: cloning, expression, and chromosomal localization". J Androl. 20 (1): 135–44. PMID 10100484.
- ^ Gu W, Tekur S, Reinbold R, Eppig JJ, Choi YC, Zheng JZ, Murray MT, Hecht NB (Dec 1998). "Mammalian male and female germ cells express a germ cell-specific Y-Box protein, MSY2". Biol Reprod. 59 (5): 1266–74. doi:10.1095/biolreprod59.5.1266. PMID 9780336.
- ^ "Entrez Gene: YBX2 Y box binding protein 2".
- ^ "UniProt, Q9Y2T7". Pristupljeno 14. 6. 2021.
- ^ Gu, W., Tekur, S., Reinbold, R., Eppig, J. J., Choi, Y.-C., Zheng, J. Z., Murray, M. T., Hecht, N. B. Mammalian male and female germ cells express a germ cell-specific Y-box protein, MSY2. Biol. Reprod. 59: 1266-1274, 1998. [PubMed]: 9780336
- ^ Kohno, Y., Matsuki, Y., Tanimoto, A., Izumi, H., Uchiumi, T., Kohno, K., Shimajiri, S., Sasaguri, Y. Expression of Y-box-binding protein dbpC/contrin, a potentially new cancer/testis antigen. Brit. J. Cancer 94: 710-716, 2006. [PubMed]: 16479255.
- ^ Tekur, S., Pawlak, A., Guellaen, G., Hecht, N. B. Contrin, the human homologue of a germ-cell Y-box-binding protein: cloning, expression, and chromosomal localization. J. Androl. 20: 135-144, 1999. PubMed: 10100484
Dopunska literatura
[uredi | uredi izvor]- Hammoud S, Emery BR, Dunn D, et al. (2009). "Sequence alterations in the YBX2 gene are associated with male factor infertility". Fertil. Steril. 91 (4): 1090–5. doi:10.1016/j.fertnstert.2008.01.009. PMID 18339382.
- Yoshida T, Izumi H, Uchiumi T, et al. (2006). "Expression and cellular localization of dbpC/Contrin in germ cell tumor cell lines". Biochim. Biophys. Acta. 1759 (1–2): 80–8. doi:10.1016/j.bbaexp.2006.02.005. PMID 16624424.
- Kohno Y, Matsuki Y, Tanimoto A, et al. (2006). "Expression of Y-box-binding protein dbpC/contrin, a potentially new cancer/testis antigen". Br. J. Cancer. 94 (5): 710–6. doi:10.1038/sj.bjc.6602987. PMC 2361212. PMID 16479255.
- Kimura K, Wakamatsu A, Suzuki Y, et al. (2006). "Diversification of transcriptional modulation: large-scale identification and characterization of putative alternative promoters of human genes". Genome Res. 16 (1): 55–65. doi:10.1101/gr.4039406. PMC 1356129. PMID 16344560.
- Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA, et al. (2004). "The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC)". Genome Res. 14 (10B): 2121–7. doi:10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.