TOM1L1
TOM1-oliki protein 1 je protein koji je kod ljudi kodiran gen om TOM1L1.[5][6][7][8]
Dužina polipeptidnog lanca je 476 aminokiselina, a molekulska težina 52.989.[9].
Aminokiselinska sekvenca
- Simboli
C: Cistein
D: Asparaginska kiselina
E: Glutaminska kiselina
F: Fenilalanin
G: Glicin
H: Histidin
I: Izoleucin
K: Lizin
L: Leucin
M: Metionin
N: Asparagin
P: Prolin
Q: Glutamin
R: Arginin
S: Serin
T: Treonin
V: Valin
W: Triptofan
Y: Tirozin
| 10 | 20 | 30 | 40 | 50 | ||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| MAFGKSHRDP | YATSVGHLIE | KATFAGVQTE | DWGQFMHICD | IINTTQDGPK | ||||
| DAVKALKKRI | SKNYNHKEIQ | LTLSLIDMCV | QNCGPSFQSL | IVKKEFVKEN | ||||
| LVKLLNPRYN | LPLDIQNRIL | NFIKTWSQGF | PGGVDVSEVK | EVYLDLVKKG | ||||
| VQFPPSEAEA | ETARQETAQI | SSNPPTSVPT | APALSSVIAP | KNSTVTLVPE | ||||
| QIGKLHSELD | MVKMNVRVMS | AILMENTPGS | ENHEDIELLQ | KLYKTGREMQ | ||||
| ERIMDLLVVV | ENEDVTVELI | QVNEDLNNAI | LGYERFTRNQ | QRILEQNKNQ | ||||
| KEATNTTSEP | SAPSQDLLDL | SPSPRMPRAT | LGELNTMNNQ | LSGLNFSLPS | ||||
| SDVTNNLKPS | LHPQMNLLAL | ENTEIPPFAQ | RTSQNLTSSH | AYDNFLEHSN | ||||
| SVFLQPVSLQ | TIAAAPSNQS | LPPLPSNHPA | MTKSDLQPPN | YYEVMEFDPL | ||||
| APAVTTEAIY | EEIDAHQHKG | AQNDGD |
TOM1L1 pripada porodici proteina povezanih s TOM1, koji su uključeni u endocitozu. Ovi proteini imaju N-terminalni Vps27 / HGS /STAM (VHS) domen, nakon čega slijedi GGA/ TOM1 (GAT) domen.
Kloniranje i ekspresija
[uredi | uredi izvor]N-terminalni domen TOM1 dijeli sličnost sekvenci s N-terminalnim domenima ljudskog HGS-a i STAM-a i kvščevog VPS27, a svi su proteini povezani s prometom vezikula na endosomu. Pretražujući baze podataka sa sekvencama, koristeći TOM1 kao upit, Seroussi et al. (1999) identificirali su TOM1L1 kao drugi protein sa N-terminalnim domenom sličnom onom kod TOM1. Autori su složili sekvence grupe ljudskih TOM1L1 EST u susjednu cDNK, koja kodira izvedeni protein od 476 aminokiselina. TOM1L1 dijeli 37% identiteta sekvence s TOM1; njegov domen C-terminala nije sličan domenu TOM1.[10] PCR-om biblioteke cDNK ljudske jetre, Katoh et al. (2006) klonirani ljudski TOM1L2. Izvedeni protein ima N-terminalni VHS domen, centraln GAT domen i C-terminalni domen sa sekvencom kutije klatrina.
Funkcija gena
[uredi | uredi izvor]Koristeći 2-hibridne testove kvasaca, Puertollano (2005) otkrio je da je ljudski TOM1L1 stupio u interakciju sa komponentama multivezikulskih mehanizma za sortiranje tijela, uključujući TSG101 (601387) i HRS (HGS), endosomski regulator razgradnje proteina.[11] Epitop-označeni TOM1L1 eksprimiran je u citosolu transficiranih HeLa ćelija, ali koekspresija HRS-a preraspodijelila je TOM1L1 na endosome. Ekspresija konstitutivno aktivnog oblika FYN promovirala je fosforilaciju tirozina TOM1L1, inducirala povećanje endosoma i promovirala regrutaciju TOM1L1 u povećane endosome. Koristeći testove in vitro, Franco et al. (2006) otkrili su da je miš Tom1l1 stupio u interakciju i bio supstrat za kinaze porodice SRC (SFK) ljudskog SRC-a i goveđeg Fyn.[12] Fosforilirani Tom1l1 stabilizirao je Fyn u otvorenoj i aktivnoj konformaciji i povećao aktivnost fosforilacija rekombinantnih ljudskih SRC i FYN. Tom1l1 inhibirao je mitogeni efekt SFK signalizacije, induciran PDGF-om u fibroblastima miša, ometajući interakciju SFK-PDGF receptora, uzrokujući blokadu G1-fazu ćelijskog ciklusa. Koekspresija ljudskih SFK suprotstavila se G1 bloku induciranom Tom1l1. Nokdaun Tom1l1, neutralizacijom antitijela ili malom interferirajućom RNK, povećao je broj ćelija koje su ušle u S-fazu nakon PDGF stimulacije. Prekomjerna ekspresija srodnih molekula Tom1l2 i Tom1 također je inhibirala PDGF-induciranu sintezu DNK, ali sa znatno nižom snagom. S obzirom na predviđenu ulogu proteina povezanih s TOM1 u endocitozi, Franco et al. (2006) pretpostavili su da TOM1L1 može sudjelovati u reciklaži PDGF receptora. Koristeći imunoprecipitaciju i Western blot analizu, Katoh et al. (2006) pokazali su da su C-terminalni domeni TOM1L1 i TOM1L2 u interakciji sa teškim lancem klatrina (CLTC). GAT domene TOM1L1 i TOM1L2 u interakciji su s endosomnim proteinom TOLLIP. Kada su se koeksprimirali, TOM1 i TOM1L1 regrutovani su u TOLLIP pozitivne endosome. Katoh i dr. (2006) zaključili su da, zajedno s TOLLIP-om, proteini porodice TOM1 regrutuju klatrin na endosome i moduliraju endosomsku funkciju.[13]
Gross (2012) mapirao je gen TOM1L1 u hromosomsku sekvencu 17q22, na osnovu poravnanja sekvence TOM1L1 (GenBank AJ010071) sa genomskom sekvencom (GRCh37).[14]
Reference
[uredi | uredi izvor]
- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000141198 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000020541 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ Seroussi E, Kedra D, Kost-Alimova M, Sandberg-Nordqvist AC, Fransson I, Jacobs JF, Fu Y, Pan HQ, Roe BA, Imreh S, Dumanski JP (Aug 1999). "TOM1 genes map to human chromosome 22q13.1 and mouse chromosome 8C1 and encode proteins similar to the endosomal proteins HGS and STAM". Genomics. 57 (3): 380–8. doi:10.1006/geno.1998.5739. PMID 10329004.
- ^ Puertollano R (Mar 2005). "Interactions of TOM1L1 with the multivesicular body sorting machinery". J Biol Chem. 280 (10): 9258–64. doi:10.1074/jbc.M412481200. PMID 15611048.
- ^ Zhang J, Suzuki K, Hitomi T, Siraganian RP (Dec 2007). "TOM1L1 is a Lyn substrate involved in FcepsilonRI signaling in mast cells". J Biol Chem. 282 (52): 37669–77. doi:10.1074/jbc.M705168200. PMID 17977829.
- ^ "Entrez Gene: TOM1L1 target of myb1 (chicken)-like 1".
- ^ "UniProt, O75674". Pristupljeno 12. 6. 2021.
- ^ Seroussi, E., Kedra, D., Kost-Alimova, M., Sandberg-Nordqvist, A.-C., Fransson, I., Jacobs, J. F. M., Fu, Y., Pan, H.-Q., Roe, B. A., Imreh, S., Dumanski, J. P. TOM1 genes map to human chromosome 22q13.1 and mouse chromosome 8C1 and encode proteins similar to the endosomal proteins HGS and STAM. Genomics 57: 380-388, 1999. [PubMed]: 10329004
- ^ Puertollano, R. Interactions of TOM1L1 with the multivesicular body sorting machinery. J. Biol. Chem. 280: 9258-9264, 2005. [PubMed]: 15611048
- ^ Franco, M., Furstoss, O., Simon, V., Benistant, C., Hong, W. J., Roche, S. The adaptor protein Tom1L1 is a negative regulator of Src mitogenic signaling induced by growth factors. Molec. Cell. Biol. 26: 1932-1947, 2006. PubMed: 16479011
- ^ Katoh, Y., Imakagura, H., Futatsumori, M., Nakayama, K. Recruitment of clathrin onto endosomes by the Tom1-Tollip complex. Biochem. Biophys. Res. Commun. 341: 143-149, 2006. [PubMed]: 16412388
- ^ Franco, M., Furstoss, O., Simon, V., Benistant, C., Hong, W. J., Roche, S. The adaptor protein Tom1L1 is a negative regulator of Src mitogenic signaling induced by growth factors. Molec. Cell. Biol. 26: 1932-1947, 2006. [PubMed]: 16479011
Dopunska literatura
[uredi | uredi izvor]
- Maruyama K, Sugano S (1994). "Oligo-capping: a simple method to replace the cap structure of eukaryotic mRNAs with oligoribonucleotides". Gene. 138 (1–2): 171–4. doi:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID 8125298.
- Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, et al. (1997). "Construction and characterization of a full length-enriched and a 5'-end-enriched cDNA library". Gene. 200 (1–2): 149–56. doi:10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID 9373149.
- Seykora JT, Mei L, Dotto GP, Stein PL (2002). "'Srcasm: a novel Src activating and signaling molecule". J. Biol. Chem. 277 (4): 2812–22. doi:10.1074/jbc.M106813200. PMID 11711534.
- Ministerial Meeting on Population of the Non-Aligned Movement (1993: Bali) (1995). "Non-aligned movement support for South-South collaboration in the field of population and family planning". Integration (Tokyo, Japan) (40): 37–42. PMID 12345679.
- Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). "Generation and initial analysis of more than 15,000 full-length human and mouse cDNA sequences". Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 99 (26): 16899–903. doi:10.1073/pnas.242603899. PMC 139241. PMID 12477932.
- Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T, et al. (2004). "Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs". Nat. Genet. 36 (1): 40–5. doi:10.1038/ng1285. PMID 14702039.
- Katoh Y, Shiba Y, Mitsuhashi H, et al. (2004). "Tollip and Tom1 form a complex and recruit ubiquitin-conjugated proteins onto early endosomes". J. Biol. Chem. 279 (23): 24435–43. doi:10.1074/jbc.M400059200. PMID 15047686.
- Li W, Marshall C, Mei L, et al. (2005). "Srcasm modulates EGF and Src-kinase signaling in keratinocytes". J. Biol. Chem. 280 (7): 6036–46. doi:10.1074/jbc.M406546200. PMID 15579470.
- Stelzl U, Worm U, Lalowski M, et al. (2005). "A human protein-protein interaction network: a resource for annotating the proteome". Cell. 122 (6): 957–68. doi:10.1016/j.cell.2005.08.029. hdl:11858/00-001M-0000-0010-8592-0. PMID 16169070. S2CID 8235923.
Vanjski linkovi
[uredi | uredi izvor]- TOM1L1 lokacija ljudskog genoma UCSC Genome Browser.
TOM1L1 detalji ljudskog genoma u UCSC Genome Browser.