JP7256823B2 - メチル修飾酵素のモジュレーター、その組成物および使用 - Google Patents
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Description
本出願は、2018年4月18日出願の米国仮出願第62/659,408号の優先権の利益を主張し、その全内容は参照により本明細書に組み込まれる。
式I:
R1が、ハロ、-S(C1-C4)アルキル、-S(C3-C7)シクロアルキル、または-S[ハロ(C1-C4)アルキル]であり、
Xが、CHまたはNであり、
R2が、水素、ハロ、(C1-C4)アルキル、またはハロ(C1-C4)アルキルであり、
R3が、ハロ、(C1-C4)アルキル、またはハロ(C1-C4)アルキルであり、
R4が、(C3-C7)シクロアルキルまたは4~7員のヘテロシクリルであり、それらの各々が、ハロ、(C1-C4)アルキル、ハロ(C1-C4)アルキル、(C1-C4)アルコキシ、ハロ(C1-C4)アルコキシ、および-NRaRbから選択された1~3個の基で任意選択的に置換されており、
Raが、水素、(C1-C4)アルキル、またはハロ(C1-C4)アルキルであり、
Rbが、(C1-C4)アルキル、ハロ(C1-C4)アルキル、または4~7員のヘテロシクリルであり、当該ヘテロシクリルが、ハロ、(C1-C4)アルキル、ハロ(C1-C4)アルキル、(C1-C4)アルコキシ、およびハロ(C1-C4)アルコキシから選択された1~3個の基で任意選択的に置換されているか、あるいは、
RaおよびRbが、それらが結合している窒素原子と一緒になって、ハロ、(C1-C4)アルキル、ハロ(C1-C4)アルキル、および-ORcから選択された1~3個の基で任意選択的に置換されている4~7員のヘテロシクリルを形成し、
Rcが、(C1-C4)アルキル、ハロ(C1-C4)アルキル、または(C3-C7)シクロアルキルであり、
R5が、ハロ、(C1-C4)アルキル、またはハロ(C1-C4)アルキルである、化合物またはその薬学的に許容される塩が提供される。
複数の結合点を有し得る化学基を説明することに関連して使用されるとき、ハイフン(-)は、定義されている不定のものへのその基の結合点を示す。例えば、-S(C3-C7)シクロアルキルおよび-S[ハロ(C1-C4)アルキル]は、この基の結合点が硫黄原子上にあることを意味する。
R1は、ハロまたは-S(C1-C4)アルキルであり、
R2は、ハロであり、
R3は、(C1-C4)アルキルであり、
R4は、(C3-C7)シクロアルキルまたは(C4-C7)ヘテロシクリルであり、それらの各々は、ハロ(C1-C4)アルキルおよび-NRaRbから選択された1~2個の基で任意選択的に置換されており、
Raは、水素または(C1-C4)アルキルであり、
Rbは、(C1-C4)アルキルまたは(C4-C7)ヘテロシクリルであり、当該ヘテロシクリルは、ハロ(C1-C4)アルキルで任意選択的に置換されているか、あるいは
RaおよびRbは、それらが結合している窒素原子と一緒になって、ハロおよび-ORcから選択された1~3個の基で任意選択的に置換されている4~7員の窒素含有ヘテロシクリルを形成し、
Rcは、(C1-C4)アルキル、ハロ(C1-C4)アルキル、または(C3-C7)シクロアルキルであり、
R5は、ハロまたは(C1-C4)アルキルである。
またはその薬学的に許容される塩であり、式中、残りの不定のものおよび特色は、式I、または第2、第4、もしくは第5の実施形態について上記したとおりである。
いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に記載の化合物またはその薬学的に許容される誘導体、および薬学的に許容される担体を含む組成物を提供する。提供される組成物中の化合物の量は、生物学的試料または患者の、ヒストンメチル修飾酵素またはその変異体を測定可能に調節するのに有効であるような量である。
以下の代表的な例は、本発明を説明するのを助けることを意図しており、本発明の範囲を限定することを意図しておらず、限定すると解釈するべきではない。
中間体1:3-(アミノメチル)-6-メチル-4-(メチルチオ)ピリジン-2(1H)-オン(塩酸塩)
トルエン(30mL)中のナトリウムtert-ブトキシド(16.6g、172mmol)の混合物を真空下で脱気し、窒素でパージした(3サイクル)。次いで、アセトン(5.0g、6.4mL、86mmol)を0℃で添加し、続いて二硫化炭素(6.6g、5.24mL、86mmol)をゆっくりと添加した。得られた混合物を0℃で4時間撹拌し、次いで濾過した。フィルターケーキを真空下で乾燥させて、表題化合物(15.4g、粗製)を黄色の固体として得、これをさらに精製することなく次のステップで使用した。
メタノール(90mL)中の3-オキソブト-1-エン-1,1-ビス(チオラート)ナトリウム(15.4g、86.4mmol)の溶液に、ヨードメタン(24.5g、10.7mL、173mmol)をゆっくりと添加した。混合物を70℃で1時間撹拌し、次いで濃縮乾固させた。水(30mL)を添加し、所望の生成物を酢酸エチル(60mL×3mL)で抽出した。合わせた有機層を硫酸ナトリウム上で乾燥させ、減圧下で濃縮して、表題化合物(6.8g、収率42%)を褐色の油として得、これをさらに精製することなく次のステップで使用した。LCMS[M+H]+m/z:計算値163.0、実測値163.0。1H NMR(400MHz、クロロホルム-d) δ 6.02(s、1H)、2.45(s、3H)、2.43(s、3H)、2.15(s、3H)。
tert-ブタノール(50mL)中の4,4-ビス(メチルチオ)ブト-3-エン-2-オン(2.9g、18mmol)および2-シアノアセトアミド(1.5g、18mmol)の溶液に、tert-ブトキシドナトリウム(1.9g、20mmol)を添加した。混合物を80℃で12時間撹拌した(2つのバッチの反応を実施し、この段階で組み合わせた)。水(20mL)を添加し、10%の塩酸でpHを5~6に調整した。得られた混合物を濾過し、フィルターケーキを石油エーテル(20mL×2)で洗浄し、次いでケーキを真空下で乾燥させて、表題化合物(4.8g、収率74%)をオフホワイトの固体として得、これをさらに精製することなく次のステップで使用した。LCMS[M+H]+m/z:計算値181.0、実測値181.0。1H NMR(400MHz、ジメチルスルホキシド-d6) δ 6.27(s、1H)、2.56(s、3H)、2.25(s、3H)。
テトラヒドロフラン(50mL)中の6-メチル-4-(メチルチオ)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリジン-3-カルボニトリル(3.6g、20mmol)の混合物を真空下で脱気し、窒素でパージした(3サイクル)。次いで、0℃のボランジメチルスルフィド錯体(10M、8.0mL、80mmol)をゆっくりと添加した後、反応混合物を70℃に温め、2時間撹拌した。0℃のメタノール(15mL)をゆっくりと添加して反応物をクエンチした後、混合物を減圧下で濃縮して、表題化合物(3.8g、粗製)を淡黄色の固体として得、これをさらに精製することなく次のステップで使用した。LCMS[M+H]+m/z:計算値185.1、実測値185.0。
テトラヒドロフラン(80mL)中の3-(アミノメチル)-6-メチル-4-(メチルチオ)ピリジン-2(1H)-オン(3.6g、20mmol)の溶液にトリエチルアミン(5.9g、8.1mL、59mmol)を添加した。混合物を30分間撹拌した後、二炭酸ジ-tert-ブチル(6.4g、29mmol)を添加し、反応物を25℃で12時間撹拌した。次いで反応混合物を減圧下で濃縮乾固させた後、水(35mL)を添加し、所望の生成物を石油エーテル/酢酸エチルの5:1混合物(30mL×3)で抽出した。合わせた有機層を硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濃縮して、表題化合物(5.8g、粗製)を白色の固体として得、これをさらに精製することなく次のステップで使用した。LCMS[M+H]+m/z:計算値285.12、実測値284.9。1H NMR(400MHz、ジメチルスルホキシド-d6) δ 6.05(s、1H)、4.03-4.00(m、2H)、2.42(s、3H)、2.15(s、3H)、1.39(s、9H)。
25℃の1,4-ジオキサン中の塩化水素の溶液(4M、100mL、400mmol)に、tert-ブチル((6-メチル-4-(メチルチオ)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリジン-3-イル)メチル)カルバメート(5.0g、17.6mmol)を添加した。反応混合物を25℃で2時間撹拌し、次いで減圧下で濃縮乾固させた。残留物をジクロロメタン(30mL×2)および酢酸エチル(30mL)で洗浄して、表題化合物(4.5g、粗製、HCl塩)を黄色の固体として得、これをさらに精製することなく次のステップで使用した。LCMS[M+H]+m/z:計算値185.1、実測値185.0。1H NMR(400MHz、D2O) δ 6.31(s、1H)、4.03(s、2H)、2.41(s、3H)、2.18(s、3H)。
テトラヒドロフラン(400mL)中の水素化ナトリウム(鉱油中60%分散)(4.23g、106mmol)の懸濁液を0℃に冷却した後、シアノ酢酸メチル(8.90mL、101mmol)を滴加した。反応混合物を15分間激しく撹拌した後、反応温度を20℃未満に保ちながら二硫化炭素(6.1mL、101mmol)を滴加した(白い半固体が黄色に変わった)。次にヨードメタン(15.7mL、252mmol)を滴加し、反応混合物を室温で15分間撹拌した。次いで反応物を減圧下で濃縮し、残留物を氷水に注いだ。得られた沈殿物を濾過し、真空下で乾燥させて、表題化合物(11.9g、収率58%)を黄色/褐色の固体として得、これをさらに精製することなく次のステップで使用した。1H NMR(400MHz、クロロホルム-d) δ 3.83(s、3H)、2.76(s、3H)、2.61(s、3H)。
2-シアノ-3,3-ビス(メチルチオ)アクリル酸メチル(11.9g、58.5mmol)をエタノール(1000mL)中に溶解させた。アセトアミジン塩酸塩(5.53g、58.5mmol)およびトリエチルアミン(36.7mL、263mmol)を混合物に添加し、一晩還流撹拌した。次いで、反応物を減圧下で濃縮し、残留物を10%の塩酸で洗浄した。沈殿物を濾過し、フィルターケーキを水およびジエチルエーテルで洗浄した後、真空下で乾燥させて、表題化合物(5g、収率47%)を固体として得、これをさらに精製することなく次のステップで使用した。LCMS[M+H]+m/z:計算値182.03、実測値182.10。1H NMR(400MHz、ジメチルスルホキシド-d6) δ 2.57(s、3H)、2.37(s、3H)。
0℃のテトラヒドロフラン(50mL)中の2-メチル-4-(メチルチオ)-6-オキソ-1,6-ジヒドロピリミジン-5-カルボニトリル(1.5g、8.27mmol)の懸濁液に、テトラヒドロフラン中の水素化アルミニウムリチウムの溶液(2M、6.2mL、12.4mmol)を添加した。反応物をゆっくりと室温に温め、完了したら、水酸化ナトリウムの水溶液(1M、33mL、33.1mmol)でクエンチした。この混合物に、1,4-ジオキサン(50mL)およびジ-tert-ブチルジカーボネート(3.61g、16.6mmol)を順次添加した。アミンが完全に保護されるまで、二相混合物を激しく撹拌した。二相混合物を酢酸で中性pHに酸性化し、分離し、水層をジクロロメタンで抽出した。合わせた有機層を硫酸マグネシウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮乾固させた。残留物をジクロロメタンとともに粉砕し、濾液(所望の生成物を含有する)を減圧下で濃縮乾固させた。得られた固体を、逆相フラッシュクロマトグラフィー(C18カラム、0.1%のトリフルオロ酢酸で緩衝した水中に5%~95%の勾配のアセトニトリル)によって、次いで順相フラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル、ジクロロメタン中に30%~90%の勾配の酢酸エチル)によって精製して、表題化合物(2.57g、26%収率、>99%純度)を白色の固体として得た。LCMS[M-(C4H8)+H]+m/z:計算値230.1、実測値230.0。1H NMR(400MHz、クロロホルム-d) δ 13.20(s、1H)、5.37(t、J=5.5Hz、1H)、4.26(d、J=5.6Hz、2H)、2.51(s、3H)、2.44(s、3H)、1.44(s、9H)。
23℃の1,4-ジオキサン(7.2mL)中のtert-ブチル((2-メチル-4-(メチルチオ)-6-オキソ-1,6-ジヒドロピリミジン-5-イル)メチル)カルバメート(300mg、1.05mmol)の懸濁液に、1,4-ジオキサン中の塩化水素の溶液(4M、2.10mL、8.40mmol)を添加した。反応物を23℃で3時間撹拌し、次いで1,4-ジオキサン中の塩化水素の溶液(4M、2.10mL、8.40mmol)をさらに添加した。14時間後、次いで反応物を減圧下で濃縮乾固させて、表題化合物(254mg、収率94%)を白色の固体として得、これをさらに精製することなく次のステップで使用した。LCMS[M+Na]+(遊離塩基)m/z:計算値208.1、実測値208.1。
テトラヒドロフラン(500mL)中の水素化ナトリウム(鉱油中60%分散)(11.5g、286mmol)の懸濁液に、0℃のベンジルアルコール(14mL、143mmol)を添加した。反応混合物を20分間撹拌し、次いでテトラヒドロフラン(500mL)中の2,6-ジクロロピリジン-3-カルボン酸(25g、130mmol)の溶液を添加し、反応混合物を23℃で4時間撹拌した。次いで反応物を10%の塩酸(300mL)でクエンチし、pH~8まで固体のNaHCO3で処理し、酢酸(水中50%)で酸性化し、最後に酢酸エチル(200mL×3)で抽出した。合わせた有機層をブライン(200mL)で洗浄し、硫酸マグネシウム上で乾燥させ、濾過し、濃縮乾固させた。残留物をフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル、ジクロロメタン中5%~50%の勾配の酢酸エチル)によって精製して、標題化合物(33.68g、収率98%)を得た。
0℃のジクロロメタン(500mL)中の2-(ベンジルオキシ)-6-クロロニコチン酸(33.68g、128.2mmol)の溶液に、N,N-ジメチルホルムアミド(1mL)、続いて塩化オキサリル(11.9mL、141mmol)を添加した。反応物を23℃で2時間撹拌し、次いで濃縮乾固させた。残留物をジクロロメタン(200mL)中に溶解させ、0℃の水酸化アンモニウムの濃縮溶液(50mL)にゆっくりと添加した。1時間後、有機層を収集し、水相をジクロロメタン(50mL×3)で抽出した。合わせた有機層を硫酸マグネシウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮乾固させた。残留物をフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル、ジクロロメタン中0%~50%の勾配の酢酸エチル)によって精製して、標題化合物(定量収率)を固体として得た。
-78℃のテトラヒドロフラン(300mL)中の2,2,6,6-テトラメチルピペリジン(29.45mL、175.1mmol)の溶液に、ヘキサン中のn-ブチルリチウムの溶液(2.5M、70mL、175.1mmol)を添加した。反応混合物を0℃に30分間温め、次いで-78℃に冷却して戻した。次いで内部温度を-60℃未満に保ちながら、テトラヒドロフラン(100mL)中の2-(ベンジルオキシ)-6-クロロニコチンアミド(11.5g、43.8mmol)の溶液を添加した。反応混合物を-78℃で1時間撹拌し、次いでジメチルジスルフィド(15.77mL、175.1mmol)を添加した。反応を-78℃でさらに2時間撹拌し、次いで-78℃の酢酸水溶液(50%v/v)でクエンチした。所望の生成物を酢酸エチル(100mL×3)で抽出し、合わせた有機層を水(20mL)、炭酸水素ナトリウムの飽和水溶液(20mL)、ブライン(20mL)で洗浄し、硫酸マグネシウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮乾固させた。残留物をフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル、ジクロロメタン中0%~20%の勾配の酢酸エチル)によって精製して、標題化合物(4.86g、収率36%)を得た。
23℃のテトラヒドロフラン(100mL)中の2-(ベンジルオキシ)-6-クロロ-4-(メチルチオ)ニコチンアミド(4.86g、15.7mmol)の溶液に、テトラヒドロフラン中のボランの溶液(1M、63mL、63mmol)を添加した。反応混合物を還流で15時間撹拌し、次いで室温のメタノールをゆっくりと添加することによってクエンチした。反応混合物を減圧下で濃縮乾固させ、残留物をフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル、ジクロロメタン中0%~30%の勾配のメタノール)によって精製して、表題化合物(710mg、収率15%)を白色の固体として得た。
(2-(ベンジルオキシ)-6-クロロ-4-(メチルチオ)ピリジン-3-イル)メタンアミン(710mg、2.41mmol)を収容するフラスコに、濃塩酸(12M、5.0mL、60mmol)を添加した。反応混合物を23℃で2時間撹拌し、次いで減圧下で濃縮乾固させた。残留物をメタノールとジエチルエーテルとの混合物から再結晶させて、表題化合物(400mg、69%収率)を白色の固体として得た。
ジクロロメタン(50mL)中の3-(アミノメチル)-6-クロロ-4-(メチルチオ)ピリジン-2(1H)-オン塩酸塩(1.575g、6.53mmol)の懸濁液に、室温のジ-tert-ブチルジカーボネート(2.85g、13.1mmol)、続いてN,N-ジイソプロピルエチルアミン(3.4mL、19.6mmol)を添加した。(すべてが溶解するまで)反応物を室温で3時間撹拌し、次いで水でクエンチした。有機層を分離し、硫酸マグネシウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮乾固させた。残留物をフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル、ジクロロメタン中0~10%の勾配のメタノール)によって精製して、標題化合物(1.5g、収率75%)を白色の固体として得た。LCMS[M+H]+m/z:計算値305.1、実測値305.1。
1,4-ジオキサン(4.9mL)中のtert-ブチル((6-クロロ-4-(メチルチオ)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリジン-3-イル)メチル)カルバメート(300mg、984μmol)の懸濁液に、室温の1,4-ジオキサン中の塩化水素の溶液(4M、1.96mL、7.87mmol)を添加した。反応物を室温で3時間撹拌し、次いで1,4-ジオキサン中の塩化水素の溶液(4M、1.96mL、7.87mmol)をさらに添加した。14時間後、反応物を減圧下で濃縮乾固させて、表題化合物(253mg、定量収率)を白色の固体として得、これをさらに精製することなく次のステップで使用した。LCMS[M+Na]+(遊離塩基)m/z:計算値227.0、実測値227.0。
-20℃のテトラヒドロフラン(199mL)中の3,4-ジヒドロキシ-2-メチル安息香酸メチル(5.11g、27.9mmol)の溶液に、塩化スルフリル(2.45mL、30.6mmol)を滴加した。反応混合物を-20℃で3時間撹拌し、次いで塩化アンモニウムの飽和水溶液(50mL)でクエンチした。所望の生成物を酢酸エチル(25mL×3)で抽出した。合わせた有機層をブライン(25mL)で洗浄し、硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮乾固させた。残留物をフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル、ヘプタン中0%~60%の勾配の酢酸エチル)によって精製して、標題化合物(4.117g、収率68%)をベージュの固体として得た。LCMS[M+H]+m/z:計算値217.0、実測値217.1(Cl同位体パターン)。
5-クロロ-3,4-ジヒドロキシ-2-メチル安息香酸メチル(1.2g、5.53mmol)、トリルテニウムドデカカルボニル(176mg、276μmol)、およびトリフェニルホスフィン(145mg、553μmol)の混合物を真空下で脱気し、窒素でパージした(3サイクル)。トルエン(8.1mL)を添加し、反応混合物を30分間加熱還流した。次いで、トルエン(17mL)中の4-エチニルシクロヘキサン-1-オン(1.34g、11.0mmol)の溶液を滴加し、反応物を23時間還流で撹拌した。最後に、反応混合物を室温に冷却し、減圧下で濃縮乾固させた。残留物をフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル、ヘプタン中0~60%の勾配の酢酸エチル)によって精製して、標題化合物(1.327g、収率70%)を黄色の油として得た。LCMS[M+Na]+m/z:計算値361.1、実測値361.1(Cl同位体パターン)。
メチル-7-クロロ-2,4-ジメチル-2-(4-オキソシクロヘキシル)ベンゾ[d][1,3]ジオキソール-5-カルボキシレート(4.4g、13mmol)のラセミ混合物を、分取SFC[カラム:Daicel chemical industriesからのChiralPak AY(内径250mm×50mm、10μm)。移動相A:CO2/移動相B:メタノール中0.1%のNH4OH。無勾配(移動相A85%および移動相B15%)。流量:80mL/分。カラム温度:40℃]によって分離した。中間体4(ピーク1)(不要なエナンチオマー/ジストマー):保持時間=6.2分。回収=1.4g、4.05mmol、収率31%、90%ee、純度98%(黄色の固体)。1H NMR(400MHz、クロロホルム-d) δ 7.48(s、1H)、3.78(s、3H)、2.44-2.36(m、2H)、2.35-2.25(m、6H)、2.19(tdd、J=2.8、5.6、13.1Hz、2H)、1.70-1.57(m、5H)。中間体4(ピーク2)(所望のエナンチオマー/ユートマー):保持時間=7.0分。回収=1.1g、3.08mmol、収率23.75%、99%ee、純度95%(黄色の固体)。1H NMR(400MHz、クロロホルム-d) δ 7.49(s、1H)、3.78(s、3H)、2.44-2.36(m、2H)、2.36-2.25(m、6H)、2.20(tdd、J=2.8、5.6、13.1Hz、2H)、1.72-1.59(m、5H)。SFC分析方法:[カラム:ChiralPakAY-3(内径150×4.6mm、3μm)。移動相A:CO2/移動相B:iPrOH中0.05%のEt2NH。勾配:移動相B5~40%(5.5分以上)。流量:2.5mL/分。カラム温度:40℃]。中間体4(ピーク1-不要なエナンチオマー/ジストマー):保持時間=2.853分。中間体4(ピーク2-所望のエナンチオマー/ユートマー):保持時間=2.979分。
[カラム:Zorbax SB-C8(内径75×4.6mm、3.5μm)。移動相A:アセトニトリル中0.1%のトリフルオロ酢酸/移動相B:水中のトリフルオロ酢酸。勾配:移動相Bの5~100%(3.0分以上)、続いて移動相Bの100%(4.5分)。流量:1.5mL/分。カラム温度:20℃。]幾何異性体1(所望):保持時間=4.073分(278mg、31%)。幾何異性体2(不要):保持時間=4.277分(253mg 29%)。
オキシ塩化リン(150mL)中の2,4-ジヒドロキシ-6-メチルニコチノニトリル(80g、533.3mmol)の溶液を120℃で2時間撹拌し、次いで炭酸水素ナトリウムの飽和水溶液(pH=8まで)でクエンチした。それを水(2000mL)と酢酸エチル(1000mL)とに分配し、有機層を硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮乾固させて、表題化合物(85g、収率86%)を褐色の固体として得、これをさらに精製することなく次のステップで使用した。LCMS[M+H]+m/z:計算値186.98、実測値186.6。
N,N-ジメチルホルムアミド(50mL)中の2,4-ジクロロ-6-メチルニコチノニトリル(10g、53mmol)の溶液に、室温の酢酸セシウム(30.8g、160mmol)を添加した。反応物を80℃で一晩撹拌し、次いで水(800mL)でクエンチした。所望の生成物を酢酸エチル(800mL)で抽出し、有機層を硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮乾固させた。標題化合物(8.8g、収率98%)を褐色の固体として得、さらに精製することなく次のステップで使用した。LCMS[M+H]+m/z:計算値169.01、実測値168.8。
メタノール(50mL)中の2-クロロ-4-ヒドロキシ-6-メチルニコチノニトリル(8.8g、52.2mmol)とナトリウムメトキシド(14.1g、261mmol)との混合物を60℃で一晩撹拌した。pH=5になるまで、混合物を塩酸の1M溶液でクエンチした。それを水(500mL)と酢酸エチル(500mL)とに分配し、有機層を硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濃縮して、表題化合物(8.0g、収率93%)を褐色の固体として得、これをさらに精製することなく次のステップで使用した。LCMS[M+H]+m/z:計算値165.1、実測値164.8。
クロロホルム(100mL)中の4-ヒドロキシ-2-メトキシ-6-メチルニコチノニトリル(8.0g、48.7mmol)、五塩化リン(20.3g、97.5mmol)、オキシ塩化リン(14.9g、9.09mL、97.5mmol)、およびN,N-ジメチルホルムアミド(5mL)の混合物を60℃で30分間撹拌した。反応物を飽和炭酸水素ナトリウム水溶液でクエンチした(pH=8まで)。それを水(1000mL)と酢酸エチル(1000mL)とに分配し、有機層を硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濃縮乾固させて、表題化合物(8.0g、収率90%)を褐色の固体として得、これをさらに精製することなく次のステップで直接使用した。LCMS[M+H]+m/z:計算値183.0、実測値182.8。
テトラヒドロフラン(50mL)中の4-クロロ-2-メトキシ-6-メチルニコチノニトリル(8.0g、43.8mmol)の溶液に、ボランジメチルスルフィド錯体(10M、5.3mL、53mmol)を添加した。混合物を60℃で2時間撹拌し、次いで0℃のメタノール(10mL)でクエンチした。混合物を減圧下で濃縮乾固させて、表題(7.0g、収率93%)を褐色の固体として得、これをさらに精製することなく次のステップで直接使用した。LCMS[M+H]+m/z:計算値187.1、実測値187.1。
テトラヒドロフラン(50mL)中の(4-クロロ-2-メトキシ-6-メチルピリジン-3-イル)メタンアミン(7.0g、37.5mmol)、ジ-tert-ブチルジカーボネート(15.2g、75.0mmol)、およびトリエチルアミン(11.4g、15.7mL、113mmol)の混合物を20℃で16時間撹拌し、次いで水(500mL)でクエンチした。所望の生成物を酢酸エチル(500mL)で抽出し、有機層を硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮乾固させた。残留物をフラッシュカラム(シリカゲルカラム、石油エーテル:酢酸エチル40:1)によって精製して、標記化合物(3.0g、28%収率)を無色の油として得た。LCMS[M+H]+m/z:計算値287.1、実測値286.9。
水中の塩化水素の溶液(4M、10mL、10mmol)に、室温のtert-ブチル((4-クロロ-2-メトキシ-6-メチルピリジン-3-イル)メチル)カルバメート(3.0g、10.5mmol)を添加した。反応物を100℃で2時間加熱し、次いで減圧下で濃縮乾固させて、表題化合物(1.7g、94%収率)を黄色の固体として得た。LCMS[M+H]+m/z:計算値173.04、実測値173.1。1H NMR(400MHz、メタノール-d4):δ 6.38(s、1H)、4.15(s、2H)、2.32(s、3H)。
メタノール(5mL)およびテトラヒドロフラン(5mL)中の7-クロロ-2,4-ジメチル-2-(4-オキソシクロヘキシル)ベンゾ[d][1,3]ジオキソール-5-カルボン酸メチル(中間体4-ラセミ混合物)550mg、1.62mmol)、3,3-ジフルオロアゼチジン塩酸塩(839mg、6.48mmol)、およびトリエチルアミン(895μL、6.64mmol)の溶液を室温で一晩撹拌した。翌日、反応物を-78℃に冷却し、水素化ホウ素リチウムの溶液(テトラヒドロフラン中2M、1.21mL、2.43mmol)を滴加した。濃い黄色の混合物を徐々に室温に温め、次いで0℃の炭酸ナトリウムの飽和水溶液でクエンチした。所望の生成物をジクロロメタンで抽出し(3回)、合わせた有機層を硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮乾固させた。残留物をフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲルKP-NHカラム、ヘプタン中0~20%の勾配の酢酸エチル)によって2回精製して、標題化合物(354mg、53%収率)を単一幾何異性体(cisまたはトランス)のラセミ混合物として得た。LCMS[M+H]+m/z:計算値416.9、実測値416.2。
7-クロロ-2-(4-(3,3-ジフルオロアゼチジン-1-イル)シクロヘキシル)-2,4-ジメチルベンゾ[d][1,3]ジオキソール-5-カルボン酸メチル(560mg)のラセミ混合物を分取SFC[カラム:Daicel chemical industriesからのChiralpak AD-H。移動相A:CO2/移動相B:ヘキサンおよびエタノール(1:1)の混合物中0.25%のイソプロピルアミン。無勾配(移動相A90%および移動相B10%)。流量:80g/分。カラム温度:25℃]によって分離した。SFC分析方法:カラム:Daicel chemical industriesからのChiralpak AD-H(100mm×4.6mm。移動相A:CO2/移動相B:ヘキサンとエタノールとの混合物中(3:1)0.1%のイソプロピルアミン。無勾配(移動相Aの85%および移動相Bの15%)。流量:4mL/分。カラム温度:40℃。中間体7(ピーク1):保持時間=1.02分(SFC分析方法)。回収=173mg、収率15%、96%ee。1H NMR(400MHz、クロロホルム-d) δ 7.48(s、1H)、3.78(s、3H)、2.44-2.36(m、2H)、2.35-2.25(m、6H)、2.19(tdd、J=2.8、5.6、13.1Hz、2H)、1.70-1.57(m、5H)。中間体7(ピーク2):保持時間=1.16分(SFC分析方法)。回収=150mg、収率13%、97%ee。LCMS[M+H]+m/z:計算値416.86、実測値416.2。
凝縮器を備えた100mLナシフラスコ内で、5-クロロ-3,4-ジヒドロキシ-2-メチル安息香酸メチル(1.219g、5.58mmol)、トリフェニルホスフィン(146mg、0.558mmol)、およびトリルテニウムドデカカルボニル(178mg、0.279mmol)の混合物を、窒素/真空サイクル(4サイクル)でパージし、次いでトルエン(12mL)を添加し、窒素/真空サイクルでパージし、次いで120℃で30分間撹拌した。トルエン(10mL)中のtert-ブチル4-エチニルピペリジン-1-カルボキシレート(2.32g、11.1mmol)の混合物を暗色の混合物に添加した。得られたオレンジ色の溶液を120℃でさらに2時間撹拌した。反応混合物を減圧下で濃縮し、次いでフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル、ヘプタン中0~100%の勾配の酢酸エチル)によって精製して、表題化合物(2.33g、98%)を黄色の油として得た。LCMS[M+Na]+m/z:計算値448.2、実測値448.2。
ジクロロメタン(2mL)中のtert-ブチル4-[7-クロロ-5-(メトキシカルボニル)-2,4-ジメチル-2H-1,3-ベンゾジオキソール-2-イル]ピペリジン-1-カルボキシレート(2.33g、5.47mmol)の黄色の溶液に、TFA(1mL)を添加した。30分後、反応混合物を減圧下で濃縮して、表題化合物(2.40g、定量的)をガムとして得、これをさらに精製することなく次のステップで使用した。LCMS[M+H]+m/z:計算値326.79、実測値326.2。
トルエン(20mL)およびアセトニトリル(10mL)中の7-クロロ-2,4-ジメチル-2-(ピペリジン-4-イル)-2H-1,3-ベンゾジオキソール-5-カルボン酸メチル、トリフルオロ酢酸塩(2.40g、5.45mmol)の溶液に、トリエチルアミン(8mL、57.6mmol)および2,2,2-トリフルオロエチルトリフルオロメタンスルホネート(3.0g、12.9mmol)を添加した。3時間後、反応混合物を減圧下で濃縮した。水(50mL)を添加し、混合物をEtOAc(30mLx3)で抽出した。合わせた有機層をブライン(50mLx2)で洗浄し、硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮し、次いでフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル、ヘプタン中0~50%の勾配の酢酸エチル)によって精製して、表題化合物(2.04g、92%)を黄色がかった油として得た。LCMS[M+H]+m/z:計算値408.81、実測値408.2。
メタノール(3mL)中の7-クロロ-2,4-ジメチル-2-[1-(2,2,2-トリフルオロエチル)ピペリジン-4-イル]-2H-1,3-ベンゾジオキソール-5-カルボン酸メチル(691mg、1.69mmol)の溶液に、水中6Mの水酸化ナトリウム(1mL、6.00mmol)を添加し、60℃で加熱した。25分後、反応混合物を減圧下で濃縮して、ほとんどのメタノールを除去した。次いで混合物を水で希釈し、0℃に冷却し、次いで1Mの塩酸でpH=7に中和した。混合物をジクロロメタンで抽出し(3回)、合わせた有機層を硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮して、表題化合物を白色の固体として得、これをさらに精製することなく次のステップで使用した。LCMS[M+H]+m/z:計算値394.79、実測値394.2。
ジクロロメタン(5mL)中の7-クロロ-2,4-ジメチル-2-[1-(2,2,2-トリフルオロエチル)ピペリジン-4-イル]-2H-1,3-ベンゾジオキソール-5-カルボン酸(665mg、1.68mmol)の撹拌した溶液に、ピリジン(1mL、12.4mmol)を添加し、続いて2,3,4,5,6-ペンタフルオロフェニル2,2,2-トリフルオロアセテート(500μL、2.90mmol)を添加した。20分後、反応混合物を減圧下で濃縮して、表題化合物を得、これをさらに精製することなく次のステップで使用した。LCMS[M+H]+m/z:計算値560.84、実測値560.2。
メタノール(30mL)中の3-メトキシアゼチジン塩酸塩(8g、64.75mmol)およびN,N-ジイソプロピルエチルアミン(12mL、68.9mmol)の溶液を室温で30分間撹拌した後、テトラヒドロフラン(30mL)中の7-クロロ-2,4-ジメチル-2-(4-オキソシクロヘキシル)-1,3-ベンゾジオキソール-5-カルボン酸メチル(中間体4-ピーク2)(4.1g、12.10mmol)の別の溶液の溶液を添加した。反応混合物を室温で1時間撹拌し、次いで-70℃に冷却した。水素化ホウ素リチウム(500mg、22.96mmol)を添加し、反応物を-70℃で30分間[または出発物質の完全な消費がTLC、酢酸エチル/メタノール5:1によって観察されるまで]撹拌した。次に、反応物の2つのバッチを合わせ、0℃の塩化アンモニウムの飽和水溶液(120mL)でクエンチし、所望の生成物をジクロロメタン(200mL×3)で抽出した。合わせた有機層を硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮乾固させた。残留物をフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル、ジクロロメタン中0~14%の勾配のメタノール)によって精製して、表題化合物(8.05g、67%収率、83%純度)を淡黄色の油として得た。分取薄層クロマトグラフィー(シリカゲル、酢酸エチル:メタノール15:1)によって、試料(50mg)をさらに精製した。LCMS[M+H]+m/z:計算値410.2、実測値410.1。1H NMR(400MHz、メタノール-d4) δ 7.39(s、1H)、3.95-3.91(m、1H)、3.73(s、3H)、3.59-3.51(m、2H)、3.16(s、3H)、2.97(br dd、J=6.4、8.0Hz、2H)、2.26(s、3H)、2.11-2.02(m、1H)、1.91-1.73(m、5H)、1.54(s、3H)、1.22-1.12(m、2H)、0.98-0.86(m、2H)。
メタノール(48mL)中の7-クロロ-2-(4-(3-メトキシアゼチジン-1-イル)シクロヘキシル)-2,4-ジメチルベンゾ[d][1,3]ジオキソール-5-カルボン酸メチル(4g、9.75mmol)の溶液に、水(12mL)中の水酸化リチウム水和物(4.03g、96.06mmol)の溶液を添加した。反応物を70℃で2時間撹拌し、次いで2つのバッチを合わせ、減圧下で濃縮した。水(50mL)を添加し、0℃のクエン酸の飽和水溶液でpHを6に調整した。所望の生成物を、ジクロロメタンとイソプロパノールとの3:1混合物(300mL×5)で抽出した。合わせた有機層を硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮乾固させて、表題化合物(6.1g、粗製)をオフホワイトの固体として得、これをさらに精製することなく次のステップで使用した。LCMS[M+H]+m/z:計算値396.2、実測値396.1。1H NMR(400MHz、メタノール-d4) δ 7.07(s、1H)、4.05-4.10(m、2H)、3.76-3.88(m、1H)、3.67(br dd、J=10、3.6Hz、2H)、3.22(s、3H)、2.71-2.81(m、1H)、2.19(s、3H)、1.91-1.99(m、4H)、1.75-1.85(m、1H)、1.52(s、3H)、1.18-1.28(m、2H)、1.06-1.14(m、2H)。
メタノール(2mL)とテトラヒドロフラン(2mL)との混合物中の、7-クロロ-2,4-ジメチル-2-(4-オキソシクロヘキシル)ベンゾ[d][1,3]ジオキソール-5-カルボン酸メチル(中間体4-ピーク2)(224mg、0.661mmol)、3-(ジフルオロメトキシ)アゼチジン(336mg、2.72mmol)、およびトリエチルアミン塩酸塩(373mg、2.71mmol)の溶液を、室温で1.5時間撹拌し、次いで-78℃に冷却した。-78℃のテトラヒドロフラン中の水素化ホウ素リチウム溶液(2M、500μL、1mmol)を滴加した後、反応物を室温まで15分間温めた。次に、混合物を0℃に冷却し、次いで炭酸水素ナトリウムの飽和水溶液でクエンチし、ジクロロメタンで希釈し、室温に温めた。所望の生成物をジクロロメタンで水層から抽出し(3回)、疎水性フィルターを使用して合わせた有機層を乾燥させ、減圧下で濃縮乾固させた。残留物をフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル、ヘプタン中10~100%の勾配の酢酸エチル、次いで酢酸エチル中0~100%の勾配のエタノール)によって精製して、標題化合物(205mg、収率70%)の単一幾何異性体(シスまたはトランス)を得た。LCMS[M+H]+m/z:計算値445.9、実測値446.2。
メタノール(3mL)中の7-クロロ-2-(4-(3-(ジフルオロメトキシ)アゼチジン-1-イル)シクロヘキシル)-2,4-ジメチルベンゾ[d][1,3]ジオキソール-5-カルボン酸メチル(205mg、0.460mmol)の溶液に、水酸化ナトリウムの水溶液(6M、1mL、6.00mmol)を添加した。反応物を60℃で20分間加熱し、次いで水で希釈し、0℃に冷却し、1Mの塩酸でpH=2に酸性化し、次いで1Mの水酸化ナトリウム水溶液でpH=7に中和した。所望の生成物をジクロロメタンで抽出し(3回)、疎水性フィルターを使用して乾燥させ、減圧下で濃縮乾固させて、表題化合物(176mg、89%収率)を白色の固体として得、これをさらに精製することなく次のステップで使用した。LCMS[M+H]+m/z:計算値431.9、実測値432.2。
ジクロロメタン(0.5mL)中の7-クロロ-2-(4-(3-(ジフルオロメトキシ)アゼチジン-1-イル)シクロヘキシル)-2,4-ジメチルベンゾ[d][1,3]ジオキソール-5-カルボン酸(176mg、0.408mmol)の溶液に、室温のピリジン(1.0mL、12.4mmol)を添加し、続いて2,3,4,5,6-ペンタフルオロフェニル2,2,2-トリフルオロアセテート(150μL、0.871mmol)を添加した。20分後、反応混合物を減圧下で濃縮乾固させて、標題化合物(100%理論収量=243mg)と副生成物との混合物を得た。粗混合物をさらに精製することなく次のステップで使用した。LCMS[M+H]+m/z:計算値597.91、実測値598.2。
ジメチルスルホキシド(1mL)中のペルフルオロフェニル7-クロロ-2-(4-(3-(ジフルオロメトキシ)アゼチジン-1-イル)シクロヘキシル)-2,4-ジメチルベンゾ[d][1,3]ジオキソール-5-カルボキシレート(≦243mg、≦0.406mmol)の溶液に、3-(アミノメチル)-6-メチル-4-(メチルチオ)ピリジン-2(1H)-オン(塩酸塩)(中間体1)(222mg、1.20mmol)およびN,N-ジイソプロピルエチルアミン(0.30mL、1.71mmol)を添加した。反応混合物を60℃で1時間撹拌し、次いで強い窒素流下で一晩濃縮乾固させた。残留物を逆相フラッシュクロマトグラフィー(C18カラム、0.1%のトリフルオロ酢酸とともに水中0~100%の勾配のアセトニトリル)によって2回精製した。残留物をジクロロメタンおよび炭酸水素ナトリウムの飽和溶液で希釈した。水層をジクロロメタンで洗浄した。合わせた有機層を硫酸ナトリウム上で乾燥させ、減圧下で濃縮して、標題化合物(166mg、2段階で収率68%)を単一幾何異性体(シスまたはトランス)として得た。LCMS[M+H]+m/z:計算値598.1、実測値598.3。1H NMR(400MHz、メタノール-d4) δ 6.88(s、1H)、6.26(s、1H)、6.38(t、J=74.3Hz、2H)、4.71(五重線、J=6.0Hz、1H)、4.48(s、2H)、3.69-3.60(m、2H)、3.18-3.11(m、2H)、2.52(s、3H)、2.29(s、3H)、2.18(s、3H)、2.10(tt、J=3.5、11.2Hz、1H)、1.98-1.86(m、4H)、1.85-1.78(m、1H)、1.60(s、3H)、1.32-1.21(m、2H)、1.06-0.92(m、2H)。
メタノール(1mL)中の7-クロロ-2,4-ジメチル-2-[4-{[3-(トリフルオロメチル)オキセタン-3-イル]アミノ}シクロヘキシル]-2H-1,3-ベンゾジオキソール-5-カルボン酸メチル(中間体5-ピーク1)(81mg、0.174mmol)の溶液に、水酸化ナトリウム(72mg、1.79mmol)を添加した。反応混合物を60℃で20分間加熱し、0℃に冷却し、次いで1Mの塩酸でpH=2に酸性化した。次いで、所望の生成物をジクロロメタンで抽出し(3回)、疎水性フィルターを使用して合わせた有機層を乾燥させた。濾液を減圧下で濃縮乾固させて、表題化合物(70mg、89%収率)を白色の固体として得、これをさらに精製することなく次のステップで使用した。LCMS[M+H]+m/z:計算値450.1、実測値450.2。
ジクロロメタン(0.5mL)中の7-クロロ-2,4-ジメチル-2-(4-((3-(トリフルオロメチル)オキセタン-3-イル)アミノ)シクロヘキシル)ベンゾ[d][1,3]ジオキソール-5-カルボン酸(70mg、155μmol)の溶液に、室温のピリジン(24.9μL、310μmol)および2,3,4,5,6-ペンタフルオロフェニル2,2,2-トリフルオロアセテート(39.8μL、232μmol)を添加した。15分後、反応物を減圧下で濃縮して、表題化合物と副産物との混合物(68mg、粗製)を得た。粗混合物をさらに精製することなく次のステップで使用した。LCMS[M+H]+m/z:計算値616.1、実測値616.2。
N,N-ジメチルホルムアミド(1mL)中の2,3,4,5,6-ペンタフルオロフェニル7-クロロ-2,4-ジメチル-2-[4-{[3-(トリフルオロメチル)オキセタン-3-イル]アミノ}シクロヘキシル]-2H-1,3-ベンゾジオキソール-5-カルボキシレート(≦68mg、≦110μmol)の溶液に、室温の3-(アミノメチル)-6-メチル-4-(メチルスルファニル)-1,2-ジヒドロピリジン-2-オン(遊離塩基)(30.4mg、0.165mmol)およびN,N-ジイソプロピルエチルアミン(0.1mL、574μmol)を添加した。反応物を50℃で30分間撹拌し、次いで逆相フラッシュクロマトグラフィー(C18カラム、0.1%のトリフルオロ酢酸とともに水中5~50%の勾配のアセトニトリル)による精製のために、C18カラムに直接添加して、表題化合物のトリフルオロ酢酸塩を得た。塩をジクロロメタン中に溶解させ、有機層を炭酸水素ナトリウムの飽和水溶液で洗浄した。最後に、有機層を減圧下で濃縮乾固させて、表題化合物(遊離塩基)(42mg、収率62%)を白色の固体として得た。LCMS[M+H]+m/z:計算値616.19、実測値616.3。1H NMR(400MHz、クロロホルム-d) δ 12.62-12.44(m、1H)、7.16(t、J=5.1Hz、1H)、6.91(s、1H)、6.04(s、1H)、4.76(s、3H)、4.62-4.46(m、4H)、2.72-2.63(m、1H)、2.49(s、3H)、2.32(s、3H)、2.27(s、3H)、1.92(d、J=5.9Hz、4H)、1.80(br.s.、1H)、1.60(s、3H)、1.36-1.10(m、6H)。
メタノール(10mL)中の3-(シクロプロポキシ)アゼチジン塩酸塩(1.9g、12.7mmol)およびN,N-ジイソプロピルエチルアミン(2.7mL、15.5mmol)の溶液を室温で1時間撹拌した後、テトラヒドロフラン(30mL)中の7-クロロ-2,4-ジメチル-2-(4-オキソシクロヘキシル)-1,3-ベンゾジオキソール-5-カルボン酸メチル(中間体4-ピーク2)(860mg、2.54mmol)の別の溶液の溶液を添加した。反応混合物を室温で1.5時間撹拌し、次いで-70℃に冷却した。水素化ホウ素リチウム(120mg、5.51mmol)を添加し、反応物を-70℃で30分間[または出発物質の完全な消費がTLC、酢酸エチル/メタノール5:1によって観察されるまで]撹拌した。次に、反応物を塩化アンモニウムの飽和水溶液(100mL)でクエンチし、所望の生成物を酢酸エチル(50mL×2)で抽出した。合わせた有機層をブライン(30mL)で洗浄し、硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮乾固させた。残留物をフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲル、石油エーテル中50~100%の勾配の酢酸エチル)によって精製して、表題化合物(760mg、収率65%、純度95%)を黄色の油として得た。LCMS[M+H]+m/z:計算値436.1、実測値436.0。
メタノール(15mL)および水(3mL)中の7-クロロ-2-(4-(3-シクロプロポキシアゼチジン-1-イル)シクロヘキシル)-2,4-ジメチルベンゾ[d][1,3]ジオキソール-5-カルボン酸メチル(760mg、1.74mmol)の溶液に、水酸化リチウム水和物(962mg、22.93mmol)を添加した。反応物を70℃で15時間撹拌し、次いで減圧下で濃縮した。水(15mL)を添加し、0℃のクエン酸の飽和水溶液でpHを6に調整した。所望の生成物を、ジクロロメタンとイソプロパノールとの10:1混合物(30mL×3)で抽出した。合わせた有機層をブライン(150mL×2)で洗浄し、硫酸ナトリウム上で乾燥させ、濾過し、減圧下で濃縮乾固させて、表題化合物(720mg、粗製)を黄色の固体として得、これをさらに精製することなく次のステップで使用した。LCMS[M+H]+m/z:計算値422.1、実測値422.0。
N,N-ジメチルホルムアミド(4mL)中の7-クロロ-2-[4-[3-(シクロプロポキシ)アゼチジン-1-イル]シクロヘキシル]-2,4-ジメチル-1,3-ベンゾジオキソール-5-カルボン酸(360mg、0.853mmol)の溶液に、O-(7-アザベンゾトリアゾール-1-イル)-N,N,N’,N’-テトラメチルウロニウムヘキサフルオロホスフェート(500mg、1.31mmol)およびN,N-ジイソプロピルエチルアミン(1mL、5.74mmol)を添加した。混合物を15℃で30分間撹拌した後、3-(アミノメチル)-4-クロロ-6-メチル-1H-ピリジン-2-オン塩酸塩(中間体6)(250mg、1.2mmol)を添加した。反応混合物を15℃でさらに4時間撹拌し、次いで濾過した。濾液を分取HPLC[カラム:Waters Xbridge(150mm×25mm、5μm)。移動相A:水(0.05%の水酸化アンモニウムv/v/移動相B:アセトニトリル。勾配(移動相Aの65~55%/移動相Bの35~65%、9.5分以上)。カラム温度:30℃]によって精製して、表題化合物(209mg、収率42%)を白色の固体として得た。LCMS[M+H]+m/z:計算値576.2、実測値576.2。1H NMR(400MHz、メタノール-d4) δ 6.90(s、1H)、6.30(s、1H)、4.52(s、2H)、4.22(五重線、J=6.0Hz、1H)、3.61(dd、J=6.4、8.6Hz、2H)、3.31-3.25(m、1H)、2.99(dd、J=6.3、8.4Hz、2H)、2.28(s、3H)、2.20(s、3H)、2.12-2.04(m、1H)、1.99-1.85(m、5H)、1.62(s、3H)、1.33-1.24(m、2H)、1.06-0.95(m、2H)、0.56-0.51(m、2H)、0.51-0.44(m、2H)。
ジメチルスルホキシド(4mL)中の2,3,4,5,6-ペンタフルオロフェニル7-クロロ-2,4-ジメチル-2-[1-(2,2,2-トリフルオロエチル)ピペリジン-4-イル]-2H-1,3-ベンゾジオキソール-5-カルボキシレート(中間体8)(752mg、1.34mmol)の溶液に、3-(アミノメチル)-6-メチル-4-(メチルスルファニル)-1,2-ジヒドロピリジン-2-オン(中間体1)(740mg、4.02mmol)およびN,N-ジイソプロピルエチルアミン(932μL、5.36mmol)を添加した。反応混合物を60℃で加熱し、1時間後、精製のためにC18カラムに添加した。所望の生成物を逆相フラッシュクロマトグラフィー(C18カラム、0.1%のトリフルオロ酢酸とともに水中0%~100%の勾配のアセトニトリル)によって2回精製して、表題化合物(289mg、収率38%)をガムとしてのラセミ混合物として得た。
7-クロロ-2,4-ジメチル-N-((6-メチル-4-(メチルチオ)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリジン-3-イル)メチル)-2-(1-(2,2,2-トリフルオロエチル)ピペリジン-4-イル)ベンゾ[d][1,3]ジオキソール-5-カルボキサミド(289mg)のラセミ混合物を分取SFC[カラム:ES IndustriesからのChromegaChiral CC4(内径250mm×20mm)。移動相A:CO2/移動相B:メタノール中0.25%のイソプロピルアミン。無勾配(移動相A55%および移動相B45%)。流量:80g/分。カラム温度:25℃]によって分離した。SFC分析方法:カラム:Chiral TechnologiesからのChiralcel OX-H(内径100mm×4.6mm)。移動相A:CO2/移動相B:メタノール中0.1%のイソプロピルアミン。無勾配(移動相A75%および移動相B25%)。流量:4mL/分。カラム温度:40℃。実施例16(エナンチオマー1)(所望のエナンチオマー/ユートマー):保持時間=3.74分(SFC分析方法)。回収=90mg、収率12%、99%ee(黄色の固体)。LCMS[M+H]+m/z:計算値560.2、実測値560.2。1H NMR(400MHz、メタノール-d4) δ 6.89(s、1H)、6.27(s、1H)、4.49(s、2H)、3.08-2.98(m、4H)、2.52(s、3H)、2.34(br t、J=11.0Hz、2H)、2.29(s、3H)、2.20(s、3H)、1.93-1.84(m、1H)、1.83-1.76(m、2H)、1.62(s、3H)、1.60-1.47(m、2H)。実施例16(エナンチオマー2)(不要なエナンチオマー/ジストマー):保持時間=4.25分(SFC分析方法)。回収=101mg g、収率13%、98%ee、(黄色の固体)。LCMS[M+H]+m/z:計算値560.2、実測値560.2。1H NMR(400MHz、メタノール-d4) δ 6.89(s、1H)、6.27(s、1H)、4.49(s、2H)、3.08-2.98(m、4H)、2.52(s、3H)、2.34(br t、J=11.0Hz、2H)、2.29(s、3H)、2.20(s、3H)、1.93-1.84(m、1H)、1.83-1.76(m、2H)、1.62(s、3H)、1.60-1.47(m、2H)。
ジメチルスルホキシド(1mL)中の2,3,4,5,6-ペンタフルオロフェニル7-クロロ-2,4-ジメチル-2-[1-(2,2,2-トリフルオロエチル)ピペリジン-4-イル]-2H-1,3-ベンゾジオキソール-5-カルボキシレート(中間体8)(188mg、0.3358mmol)の溶液に、3-(アミノメチル)-4-クロロ-6-メチル-1,2-ジヒドロピリジン-2-オン塩酸塩(中間体6)(70.2mg、0.336mmol)およびN,N-ジイソプロピルエチルアミン(233μL、1.34mmol)を添加した。反応混合物を60℃で加熱し、1時間後、精製のためにC18カラムに添加した。所望の生成物を逆相フラッシュクロマトグラフィー(C18カラム、0.1%のトリフルオロ酢酸とともに水中0%~100%の勾配のアセトニトリル)によって2回精製して、表題化合物(180mg、収率98%)をガムとしてのラセミ混合物として得た。
7-クロロ-N-((4-クロロ-6-メチル-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリジン-3-イル)メチル)-2,4-ジメチル-2-(1-(2,2,2-トリフルオロエチル)ピペリジン-4-イル)ベンゾ[d][1,3]ジオキソール-5-カルボキサミド(180mg)のラセミ混合物を分取SFC[カラム:ES IndustriesからのChromegaChiral CC4(内径250mm×20mm)。移動相A:CO2/移動相B:メタノール中0.25%のイソプロピルアミン。無勾配(移動相A65%および移動相B35%)。流量:80g/分。カラム温度:25℃]によって分離した。SFC分析方法:カラム:Chiral TechnologiesからのChiralcel OZ-H(内径100mm×4.6mm、xxμm)。移動相A:CO2/移動相B:メタノール中0.1%のイソプロピルアミン。無勾配(移動相Aの65%および移動相Bの35%)。流量:4mL/分。カラム温度:40℃。実施例17(エナンチオマー1)(所望のエナンチオマー/ユートマー):保持時間=0.73分(SFC分析方法)。回収=61mg、収率33%、100%ee(黄色の固体)。実施例17(エナンチオマー2)(不要なエナンチオマー/ジストマー):保持時間=0.98分(SFC分析方法)。回収=63mg、収率34%、97%ee(黄色の固体)。LCMS[M+H]+m/z:計算値548.1、実測値548.2。1H NMR(400MHz、メタノール-d4) δ 6.89(s、1H)、6.29(s、1H)、4.52(s、2H)、3.04(q、J=9.8Hz、4H)、2.35(br t、J=11.0Hz、H)、2.27(s、3H)、2.19(s、3H)、1.95-1.85(m、1H)、1.85-1.75(m、2H)、1.63(s、3H)、1.62-1.50(m、2H)。
EZH2を使用する阻害剤のIC50測定
EZH2生化学アッセイ(IC50):化合物の効力は、3H-SAMをビオチン化H3ペプチドに組み込むことによって評価した。具体的には、wt EZH2(社内で調製した五量体複合体)を含有する30pMのPRC2を、50mMのTris(pH8.5)、1mMのDTT、0.07mMのBrij-35、0.1%のBSA、および0.8%DMSOの総量12.5μl中で、450nMのSAM、450nMの3H-SAM、2μMのH3K27me3活性化ペプチド(H2N-RKQLATKAAR(Kme3)SAPATGGVKKP-アミド)、および化合物(DMSO中10ポイントの二重用量反応滴定(duplicate dose response titration)、最終アッセイ0.8%DMSO(v/v))とともに事前に3~5時間インキュベートした。反応は、2μMストックとしてビオチン化H3基質ペプチド(H2N-RKQLATKAAR(Kme1)SAPATGGVKKP-NTPEGBiot)を12.5μlの緩衝液中で開始し、室温で18~22時間反応させた。20μlのSTOP溶液(50mMのTris(pH8.5)、200mMのEDTA、2mMのSAH)を添加することによって、クエンチを完了した。35μlのクエンチした溶液をストレプトアビジンでコーティングしたFlashPlates(PerkinElmer)に移し、1~2時間インキュベートし、洗浄し、TopCount Reader(PerkinElmer)で読み取った。IC50は、非線形最小二乗法4パラメーターフィットを使用するGenedata Screenerで計算し、4つのパラメーターが、IC50、Hill slope、移行前のベースライン(0%のINH)、および移行後のベースライン(100%のINH)であった。
H3K27me3アルファHelaアッセイ(AlphaLISA)。各試験化合物の10腫の異なる用量(一連の3倍希釈)を、384ウェルの組織培養処理プレート2枚(カタログ#6007680、Perkin Elmer(Waltham,MA))にプレーティングした。培養で成長させたHela細胞をトリプシン処理し、Countess(登録商標)セルカウンター(カタログ#C10281、Life Technologies(Grand Island,NY))を使用してカウントした。細胞を10%のDMEM(カタログ#10569-010、Life Technologies(Grand Island,NY))中1mLあたり67,000個の細胞に希釈し、15μL(1,000細胞)を、BiotekMicroFlo(商標)Select Dispenser(BioTek Instruments,Inc.(Vermont,USA))の384ウェルプレートを使用して各ウェルにプレーティングした。プレートを37℃/5%のCO2で72時間インキュベートした。2つのプレートのうちの1つは、HeLaアッセイ用に処理し、もう1つは、生存率用に処理した。1ウェルあたり5μLのCell-Histone Lysis緩衝液(1X)(カタログ#AL009F1 Perkin Elmer(Waltham,MA))をAlphaLISA用に処理したプレートに添加し、プレートを低速のプレートシェーカー(モデル#4625-Q Thermo Scientific(Waltham,MA))を用いてRTで30分間インキュベートした。次いで、1ウェルあたり10μLのHistone Extraction緩衝液(カタログ#AL009F2、Perkin Elmer(Waltham,MA))を添加し、プレートを低速のプレートシェーカーを用いてRTで20分間さらにインキュベートした。次に、抗K27me3アクセプタービーズとビオチン化抗ヒストンH3(C-ter)抗体(最終的に3nMに希釈)(カタログ#AL118 Perkin Elmer(Waltham,MA))との5X混合液10μLを各ウェルに添加した。アクセプタービーズおよび抗ヒストンH3の希釈は、提供された10Xストックを希釈することによって生成した1XHistone Detection緩衝液(カタログ#AL009F3 Perkin Elmer(Waltham,MA))で行った。プレートをアルミニウムプレートシーラーで密封し、23℃で60分間インキュベートした。次に、Streptavidin Donorビーズの5X溶液10μL(カタログ#6760002 Perkin Elmer(Waltham,MA)(1XHistone Detection緩衝液中最終20μg/mL)を添加し、=プレートをアルミニウムプレートシーラーで密封し、23℃で30分間インキュベートした。次いでEnVision-Alpha Reader(モデル#2104 Perkin Elmer(Waltham,MA))を使用してプレートを読み取った。
培地を含む細胞とともに15μLのCell Titer Glo((カタログ#G9241 PromegaMadison(WI))を各ウェルに添加することによって、細胞生存率をアッセイした。プレートを低速のプレートシェーカーを用いてRTで15~20分間インキュベートした。次いで、EnVision-Alpha Reader(モデル#2104 Perkin Elmer(Waltham,MA))を使用してプレートを読み取った。
Karpas-422細胞株は、DSMZ(Braunschweig,Germany)から入手し、RPMI-1640培地で成長させた。すべての培地は、10%のウシ胎児血清(FBS)および1%のペニシリン/ストレプトマイシン(Invitrogen)を含有した。1ウェルあたり20Kの細胞を、化合物でコーティングされた96ウェルプレートにプレーティングした。細胞を分割し、元のプレーティング密度(DMSOウェル数に基づく)で4日ごとに新鮮なEZH2阻害剤を含有するプレートに播種した。相対細胞数は、8日目にCell Titer-Glo発光細胞生存率アッセイ(Promega)によって評価した。カーブフィッティングにGraphPad Prism 5を使用し、GI50値を報告した。データを表5に示す。
EZH2滞留時間アッセイ:事前に形成された酵素阻害剤複合体の100倍希釈後の酵素活性の回復(希釈反応)を監視し、それをすべての試薬の同じ最終濃度の未希釈対照の活性と比較(対照反応)することによって、化合物滞留時間を評価した。酵素活性は、3H-SAMをビオチン化H3ペプチドに組み込むことによって測定した。希釈反応では、wt EZH2(社内で調製した五量体複合体)を含有する20nMのPRC2を、1μMの活性化ペプチド(H2N-RKQLATKAAR(Kme3)SAPATGGVKKP-アミド)およびそのKiの600倍の化合物とともに、40μLの緩衝液(50mMのトリス、pH8.5、4mMのDTT、1mMのMgCl2、0.07mMのBrij-35、および0.1mg/mLのBSA)中で2時間事前にインキュベートし、次いで100倍に希釈し、1μMの活性化ペプチド、5.05μMの基質ペプチド(H2N-RKQLATKAARKSAPATGGVKKP-NTPEGbiot)、1.01μMのSAM、および1.01μMの3H-SAMを含有する緩衝液138.6μL体積に反応物1.4μLを移すことによって開始した。対照反応用に、0.202nMのPRC2を、138.6μLの緩衝液中で2時間、1μMの活性化ペプチド、1.01μMのSAM、1.01μM3のH-SAM、およびそのKiの6.06倍の化合物とともに事前にインキュベートし、次いで1.4μLの500μM基質ペプチドを水に添加することによって反応を開始した。10時間までの様々な時点で、8μLのアリコートを反応容器から1ウェルあたり8μLのSTOP溶液(50mMのTris、pH8.5、200mMのEDTA、2mMのSAH)を含有するプレートに移すことによって反応物をクエンチした。最終時点の後、12μLのクエンチした溶液を、1ウェルあたり40μLのSTOP溶液を含有するストレプトアビジンでコーティングしたFlashPlate(PerkinElmer)に移し、1~8時間インキュベートし、洗浄し、TopCountプレートリーダー(PerkinElmer)で読み取った。
細胞培養:MDCK II細胞(Netherlands Cancer InstituteのPiet Borstから入手)を、96ウェルBDインサートシステムのポリエチレン膜(PET)上に2.5x105細胞/mLで播種し、集密的な細胞単層を形成するまでに4~7日かけた。
Papp=(dCr/dt)xVr/(AxC0)
式中、dCr/dtが、時間と相関するレシーバーチャンバ内の化合物の累積濃度(μM/秒)であり、Vrが、レシーバーチャンバ内の溶液体積(頂端部側で0.075mL、基底外側で0.25mL)であり、Aが、輸送の表面積、すなわち、単層面積0.0804cm2であり、C0が、ドナーチャンバ内の初期濃度(μM)である。
流出率=Papp(BA)/Papp(AB)
回復パーセントは、次の等式を使用して計算した。
回復率%=100x[(VrxCr)+(VdxCd)]/(VdxC0)
式中、Vdが、ドナーチャンバの体積(頂端部側で0.075mL、基底外側で0.25mL)であり、CdおよびCrが、それぞれドナーおよびレシーバーチャンバ内の輸送化合物の最終濃度である。
Claims (27)
- 式Iの化合物:
R1が、ハロ、-S(C1-C4)アルキル、-S(C3-C7)シクロアルキル、または-S[ハロ(C1-C4)アルキル]であり、
Xが、CHまたはNであり、
R2が、水素、ハロ、(C1-C4)アルキル、またはハロ(C1-C4)アルキルであり、
R3が、ハロ、(C1-C4)アルキル、またはハロ(C1-C4)アルキルであり、
R4が、(C3-C7)シクロアルキルまたは4~7員のヘテロシクリルであり、それらの各々が、ハロ、(C1-C4)アルキル、ハロ(C1-C4)アルキル、(C1-C4)アルコキシ、ハロ(C1-C4)アルコキシ、および-NRaRbから選択された1~3個の基で任意選択的に置換されており、
Raが、水素、(C1-C4)アルキル、またはハロ(C1-C4)アルキルであり、
Rbが、(C1-C4)アルキル、ハロ(C1-C4)アルキル、または4~7員のヘテロシクリルであり、前記ヘテロシクリルが、ハロ、(C1-C4)アルキル、ハロ(C1-C4)アルキル、(C1-C4)アルコキシ、およびハロ(C1-C4)アルコキシから選択された1~3個の基で任意選択的に置換されているか、あるいは、
RaおよびRbが、それらが結合している窒素原子と一緒になって、ハロ、(C1-C4)アルキル、ハロ(C1-C4)アルキル、および-ORcから選択された1~3個の基で任意選択的に置換されている4~7員のヘテロシクリルを形成し、
Rcが、(C1-C4)アルキル、ハロ(C1-C4)アルキル、または(C3-C7)シクロアルキルであり、
R5が、ハロ、(C1-C4)アルキル、またはハロ(C1-C4)アルキルである、化合物またはその薬学的に許容される塩。 - R1が、ハロまたは-S(C1-C4)アルキルであり、
R2が、ハロであり、
R3が、(C1-C4)アルキルであり、
R4が、(C3-C7)シクロアルキルまたは(C4-C7)ヘテロシクリルであり、それらの各々が、ハロ(C1-C4)アルキルおよび-NRaRbから選択された1~2個の基で任意選択的に置換されており、
Raが、水素または(C1-C4)アルキルであり、
Rbが、(C1-C4)アルキルまたは(C4-C7)ヘテロシクリルであり、前記ヘテロシクリルが、ハロ(C1-C4)アルキルで任意選択的に置換されているか、あるいは
RaおよびRbが、それらが結合している窒素原子と一緒になって、ハロおよび-ORcから選択される1~3個の基で任意選択的に置換されている4~7員の窒素含有ヘテロシクリルを形成し、
Rcが、(C1-C4)アルキル、ハロ(C1-C4)アルキル、または(C3-C7)シクロアルキルであり、
R5が、ハロまたは(C1-C4)アルキルである、請求項1に記載の化合物。 - R1が、クロロである、請求項1~3のいずれか一項に記載の化合物。
- R1が、-SCH3である、請求項1~4のいずれか一項に記載の化合物。
- R4が、シクロヘキシルまたはピペリジニルであり、それらの各々が、ハロ(C1-C4)アルキルおよび-NRaRbから選択された1~2個の基で任意選択的に置換されている、請求項1~5のいずれか一項に記載の化合物。
- Rbが、(C1-C4)アルキルまたはオキセタニルであり、前記オキセタニルが、ハロ(C1-C4)アルキルで任意選択的に置換されているか、またはRaおよびRbが、それらが結合している窒素原子と一緒になって、ハロもしくは-ORcで任意選択的に置換されているアゼチジニルを形成する、請求項1~6および9~11のいずれか一項に記載の化合物。
- Raが、水素またはメチルであり、Rbが、メチルまたはオキサタニルであり、式中、前記オキセタニルが、-CH2Fまたは-CF3で任意選択的に置換されている、請求項1~6および9~12のいずれか一項に記載の化合物。
- RaおよびRbが、それらが結合している窒素原子と一緒になって、1~2個のフルオロまたは-ORcで任意選択的に置換されているアゼチジニルを形成し、Rcが、-CH3、-CHF2、またはシクロプロピルである、請求項1~6および9~13のいずれか一項に記載の化合物。
- 1,3-ジオキソラニルのキラル中心の立体化学的配置が、Rである、請求項1~17のいずれか一項に記載の化合物。
- 1,3-ジオキソラニルのキラル中心の立体化学的配置が、Sである、請求項1~17のいずれか一項に記載の化合物。
- 請求項1~21のいずれか一項に記載の化合物またはその薬学的に許容される塩、および薬学的に許容される担体を含む、薬学的組成物。
- 対象の癌を治療するために用いる、請求項22に記載の薬学的組成物であって、請求項1~21のいずれか一項に記載の化合物もしくはその薬学的に許容される塩の有効量が対象に投与される、前記薬学的組成物。
- 前記癌が、乳癌、前立腺癌、結腸癌、腎細胞癌腫、多形性膠芽腫癌、膀胱癌、黒色腫、気管支癌、リンパ腫、胆管肉腫、多発性骨髄腫、肺癌、卵巣癌、および肝臓癌から選択される、請求項23に記載の薬学的組成物。
- 請求項1~21のいずれか一項に記載の化合物もしくはその薬学的に許容される塩の、薬学的組成物の製造における使用。
- 前記薬学的組成物は、対象の癌を治療するために用いられる、請求項25に記載の使用。
- 前記癌が、乳癌、前立腺癌、結腸癌、腎細胞癌腫、多形性膠芽腫癌、膀胱癌、黒色腫、気管支癌、リンパ腫、胆管肉腫、多発性骨髄腫、肺癌、卵巣癌、および肝臓癌から選択される、請求項26に記載の使用。
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