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JP2024501403A - ガンマ-デルタt細胞受容体に結合する抗体 - Google Patents

ガンマ-デルタt細胞受容体に結合する抗体 Download PDF

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Abstract

本発明は、ヒトVγ9Vδ2T細胞受容体に結合することができる抗体に関する。本発明はさらに、本発明の抗体を含む医薬組成物、および医療のための本発明の抗体の使用に関する。【選択図】なし

Description

本発明は、ヒトVγ9Vδ2T細胞受容体のVδ2鎖に結合することができる新規の抗体に関する。本発明はさらに、本発明の抗体を含む医薬組成物、および医療のための本発明の抗体の使用に関する。
ガンマ-デルタ(γδ)T細胞は、ガンマ鎖およびデルタ鎖からなるT細胞受容体(TCR)を発現するT細胞である。大多数のγδT細胞は、Vγ9およびVδ2領域を含むTCRを発現する。Vγ9Vδ2T細胞は、広範な病原体および腫瘍細胞に対して反応することができる。この広範な反応性は、TCR依存性の様式でこのT細胞サブセットを特異的に活性化することができるリン酸抗原によってもたらされることは理解される。Vγ9Vδ2T細胞の広範な抗微生物および抗腫瘍反応性は、癌および感染症の免疫制御に直接関与することを示唆する。
病原体または感染細胞または癌細胞に対するVγ9Vδ2T細胞反応性を促進する可能性があるため、Vγ9Vδ2T細胞を活性化することができる薬剤は、感染症または癌の治療に有用であり得る。国際公開第2015156673号は、Vγ9Vδ2 TCRに結合し、Vγ9Vδ2T細胞を活性化する能力がある抗体を記載する。国際公開第2020060405号は、Vγ9Vδ2T細胞と腫瘍細胞標的の両方に結合し、したがってVγ9Vδ2T細胞を腫瘍に動員して、それゆえ治療効果を刺激する可能性のある二重特異性抗体を記載する。
宿主細胞における抗体の組み換え産生は、しばしば、ポリペプチド鎖の翻訳後修飾の様々なタイプおよび程度を有する異なる形態の抗体を含む異種産物を生じる。翻訳後修飾は、例えば、標的抗原に対する親和性に関して、薬物動態特性、産物安定性、凝集などに関して、抗体の機能特性を変化させ得るため、そのような不均一性は、医学的使用のための抗体生成物にとって望ましくない。
本発明は、宿主細胞中で産生された時により均質な生成物をもたらし、標的細胞に対する標的結合および機能的効果、ならびに安定性などの良好な構造特性に関して、良好な機能的特性を維持している、改善されたVγ9Vδ2 TCR結合抗体配列を提供する。
本発明者らは驚くべきことに、国際公開第2015156673号に記載される抗体5C8が、この翻訳後修飾の対象となると予測されなかった抗体中の部位で硫酸化されることを見出した。硫酸化は、様々な宿主細胞において部分的に発生し、その結果、異種抗体生成物をもたらす。
驚くべきことに、硫酸化の対象となるチロシン残基は、抗体の抗原結合領域における抗原結合特異性の主要な決定因子であることが知られている、CDR3領域に位置するが、抗体の抗原結合特性に影響を与えることなく、フェニルアラニンまたはセリンに変異誘発され得る。
変異を介して硫酸化部位を除去することにより、より均質な抗体生成物を得た。
したがって、第一の態様では、本発明は、ヒトVδ2に結合する能力がある第一の抗原結合領域を含む抗体を提供し、当該第一の抗原結合領域は、配列番号1に記載されるCDR1配列、配列番号2に記載されるCDR2配列、および配列番号3に記載されるCDR3配列を含む。
さらなる態様では、本発明は、本明細書に定義されるヒトVδ2に結合する能力がある第一の結合領域および第二の抗原を結合する能力がある第二の抗原結合領域を含む二重特異性抗体を提供し、第二の抗原は、好ましくは、ヒトEGFRである。さらなる態様では、本発明は、本発明の抗体を含む医薬組成物、医療における本発明の抗体の使用、ならびに本発明の抗体を産生するための核酸構築物、発現ベクター、およびかかる核酸構築物または発現ベクターを含む宿主細胞に関する。さらに、本発明は、硫酸化を回避し、より均質な生成物を生じる本発明の抗体を産生するためのプロセスに関する。
本発明のさらなる態様および実施形態が、以下に記載される。
図1:Superdex-75カラムを使用した、タンパク質-A精製したLAVA化合物(VHH 5C8を示す)のサイズ排除特性の代表的なクロマトグラム。優性単量体ピークの画分(画分1E11-1G2)をプールし、定量した。 図2:精製したVHH 5C8のラボチップポリアクリルアミドゲル電気泳動の代表例。左:非還元、右:還元条件。 図3:精製したVHH 5C8(A)およびVHH 5C8var1(B)のHP-SEC特性。 同上。 図4:精製した二重特異性VHH(bsVHH)1D12var5-5C8var1の代表的なHP-SEC特性。ピキア・パストリス(Pichia pastoris)の上清からタンパク質Aアフィニティークロマトグラフィーにより発現および精製したbsVHH 1D12var5-5C8var1バッチ。B:HEK-293 E細胞からのタンパク質Aとサイズ排除クロマトグラフィーの両方によって発現および精製したbsVHH 1D12var5-5C8var1バッチ。 同上。 図5:非還元条件下での精製したVHH 5C8var1-Y105Fおよび5C8var1-Y105Sのラボチップ分析。 図6:VHH 5C8var1-Y105F(A)および5C8var1-Y105S(B)のHP-SEC分析。 同上。 図7:BLIを使用した組換えVγ9Vδ2-TCRタンパク質に結合するVH断片の親和性測定。タンパク質質量(応答、nm)を時間の関数としてプロットする。点線の垂直線は、解離相(右)から会合相(左)を分離する。A:VHH 5C8var1;B:VHH 5C8var1-Y105F;C:VHH 5C8var1-Y105S。黒色の直線は、測定した実際の応答に適合したデータを表す。 図8:bsVHH 7D12var8-5C8var1-Y105FとbsVHH 7D12-5C8の両方が、強力なVγ9Vδ2T細胞活性化を誘導し、Vγ9Vδ2T細胞介在性腫瘍細胞溶解を引き起こす。A:4時間の脱顆粒アッセイ:CD107A(LAMP-1)+Vγ9Vδ2T細胞のパーセンテージを、使用した抗体濃度の関数としてプロットする。左:7D12-5C8(非ヒト化);右:7D12var8-5C8var1-Y105F。B:使用した抗体濃度の関数としてA431腫瘍細胞殺傷パーセンテージを示す24時間の細胞傷害性アッセイ。左:7D12-5C8(非ヒト化);右:7D12var8-5C8var1-Y105F。 図9:フローサイトメトリーを使用して、健康なヒトPBMCから単離した初代γδT細胞への7D12var8-5C8var1(Y105F)-Fcの結合。二つのパネルは、二つの異なるドナーを表す。 図10:細胞ベースのELISAによる腫瘍細胞上のEGFRへの7D12var8-5C8var1(Y105F)-Fcの結合。 図11:A431細胞株に依存して7D12var8-5C8var1(Y105F)-Fcが誘導したγδT細胞の脱顆粒。 図12:γδT細胞および7D12-5C8との共培養におけるA-388細胞の生存性。 図13:健康なドナー由来のVγ9Vδ2T細胞(1:1のE:T比)および7D12-5C8(50nM)または培地対照を用いた、解離した腫瘍細胞懸濁液(原発CRC:n=10、腹膜CRC転移:n=5、肝臓CRC転移:n=3、原発HNSCC:n=5、および原発NSCLC:n=4)の4時間培養後の溶解した腫瘍細胞。 図14:健康なドナー由来Vγ9Vδ2T細胞(1:1のE:T比)および7D12-5C8var1(Y105S)-Fc(50nM)、gp120-5C8var1(Y105S)-Fc(50nM)又は培地対照を用いた解離した腫瘍細胞懸濁液(腹膜CRC転移:n=4)の24時間培養後の溶解した腫瘍細胞。 図15:非ヒト霊長類研究のための構築物の構造。 図16:7A5-7D12var8-Fcの抗原標的への結合。 図17:7A5-7D12var8-Fcが媒介す脱顆粒および細胞傷害性。 図18:三匹の処置した動物の血液中の7A5-7D12var8-Fc濃度のPK分析。IgG様PKを有する分子を示す濃度-時間曲線を示す。 図19:処置した動物の血中のT細胞(CD3+、左グラフ)の総数およびVγ9陽性細胞の数(CD3+集団のパーセンテージとして)。矢印は、化合物の注射を示す。凡例の数字は、処置したサルの数である。 図20:処置した動物の血中のIL-6サイトカインの経時的なレベル。低レベルのサイトカインのみを観察し、放出は最初の注射後にほぼ限定された。矢印は処置モーメントを示す。
定義
本明細書において使用される場合、用語「ヒトVδ2」は、Vγ9Vδ2-T細胞受容体(TCR)の再構成されたδ2鎖を指す。UniProtKB-A0JD36(A0JD36_HUMAN)は、可変TRDV2配列の例を提供する。Vδ2は、Vγ9Vδ2-TCRのデルタ鎖の一部である。ヒトVδ2に結合する能力がある抗体は、可変領域内に完全に位置しているエピトープに結合するか、または定常領域内に位置しているエピトープに結合するか、またはデルタ鎖の可変領域と定常領域の残基の組み合わせであるエピトープに結合することができる。
本明細書において使用される場合、用語「ヒトVγ9」は、Vγ9Vδ2-T細胞受容体(TCR)の再構成されたy9鎖を指す。UniProtKB-Q99603_HUMANは、可変TRGV9配列の例を提供する。
本明細書において使用される場合、用語「EGFR」は、ヒトEGFRタンパク質(UniProtKB-P00533(EGFR_HUMAN))を指す。
用語「抗体」は、イムノグロブリン分子、イムノグロブリン分子の断片、またはそのいずれかの誘導体であって、少なくとも約30分、少なくとも約45分、少なくとも約1時間、少なくとも約2時間、少なくとも約4時間、少なくとも約8時間、少なくとも約12時間、約24時間以上、約48時間以上、約3、4、5、6、7日以上などの、有意な期間の半減期あるいは任意の他の関連する機能的に定義された期間(例えば、抗原に結合する抗体と関連する生理学的応答を誘導し、促進し、強化し、および/もしくは強化するのに十分な時間ならびに/または抗体がエフェクター活性を動員するのに十分な時間)を有する典型的な生理学的条件下で抗原に特異的に結合する能力を有する。抗原と相互作用する抗原結合領域(または抗原結合ドメイン)は、イムノグロブリン分子の重鎖と軽鎖の両方の可変領域を含んでもよく、または単一ドメイン抗原結合領域、例えば、重鎖可変領域のみであってもよい。抗体の定常領域は、存在する場合、免疫系の様々な細胞(エフェクター細胞およびT細胞など)ならびに補体活性化の古典的経路における第一の構成要素であるC1qなどの補体系の構成要素を含む、宿主組織または因子へのイムノグロブリンの結合を媒介し得る。
イムノグロブリンのFc領域は、イムノグロブリンの二つのCH2-CH3領域および例えば、ヒンジ領域などの結合領域を含むパパインを有する抗体の消化後に典型的には生成される抗体の断片として定義される。抗体重鎖の定常ドメインは、抗体アイソタイプ、例えば、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1、IgA2、IgM、IgD、またはIgEを定義する。Fc領域は、Fc受容体および補体系のタンパク質と呼ばれる細胞表面受容体を用いて抗体のエフェクター機能を介在する。
本明細書で使用される場合、「ヒンジ領域」という用語は、イムノグロブリン重鎖のヒンジ領域を指すことが意図される。したがって、例えば、ヒトIgG1抗体のヒンジ領域は、EUナンバリングによるアミノ酸216~230に対応する。
本明細書で使用される場合、「CH2領域」または「CH2ドメイン」という用語は、イムノグロブリン重鎖のCH2領域を指すことが意図される。したがって、例えば、ヒトIgG1抗体のCH2領域は、EUナンバリングによるアミノ酸231~340に対応する。しかしながら、CH2領域は、本明細書に記載される他のサブタイプのいずれかであってもよい。
本明細書で使用される場合、「CH3領域」または「CH3ドメイン」という用語は、イムノグロブリン重鎖のCH3領域を指すことが意図される。したがって、例えば、ヒトIgG1抗体のCH3領域は、EUナンバリングによるアミノ酸341~447に対応する。しかしながら、CH3領域は、本明細書に記載される他のサブタイプのいずれかであってもよい。
本発明におけるFc領域/Fcドメインのアミノ酸位置への言及は、EUナンバリングによる(Edelman et al.,Proc Natl Acad Sci U S A.1969 May;63(1):78-85;Kabat et al.,Sequences of proteins of immunological interest.5th Edition-1991 NIH Publication No.91-3242)。
上で示された通り、本明細書で使用される抗体という用語は、別段の記載がないか、または文脈によって明らかに矛盾しない限り、抗原に特異的に結合する能力を保持している抗体の断片を含む。抗体の抗原結合機能は、全長抗体の断片によって行われ得ることが示されている。用語「抗体」内に包含される結合断片の例としては、(i)Fab’またはFab断片、すなわち、VL、VH、CLおよびCH1ドメインからなる一価の断片または国際公開第2007059782号に記載される一価の抗体;(ii)F(ab’)2断片、すなわち、ヒンジ領域でジスルフィド架橋によって連結された二つのFab断片を含む二価の断片;(iii)VHドメインおよびCH1ドメインから本質的になるFd断片;ならびに(iv)抗体の単一アームのVLドメインおよびVHドメインから本質的になるFv断片が挙げられる。さらに、Fv断片の二つのドメインであるVLおよびVHは、別個の遺伝子によってコードされているが、組換え法を使用して、VL領域およびVH領域が対形成して、一価の分子を形成する単一のタンパク質鎖(単鎖抗体または単鎖Fv(scFv)として知られる、例えば、Bird et al.,Science 242,423-426 (1988)およびHuston et al.,PNAS USA 85,5879-5883(1988))として作られることを可能にする合成リンカーによって結合されてもよい。かかる一本鎖抗体は、文脈によって別段示されない限り、抗体という用語内に包含される。かかる断片は概して抗体の意味に含まれるが、それらは、まとめておよび各々独立して、本発明の固有の特徴であり、異なる生物学的特性および有用性を示す。抗体という用語は、別途指定されない限り、ポリクローナル抗体、モノクローナル抗体(mAb)、キメラ抗体およびヒト化抗体、ならびに酵素切断、ペプチド合成、および組み換え技術などの任意の公知技術によってもたらされる抗体断片も含む。
本発明の抗体の一部の実施形態では、第一の抗原結合領域もしくは第二の抗原結合領域、またはその両方は、単一ドメイン抗体である。単一ドメイン抗体は当業者に周知であり、例えば、Hamers-Casterman et al.(1993)Nature 363:446,Roovers et al.(2007)Curr Opin Mol Ther 9:327およびKrah et al.(2016)Immunopharmacol Immunotoxicol 38:21を参照のこと。単一ドメイン抗体は、単一のCDR1、単一のCDR2、および単一のCDR3を含む。単一ドメイン抗体の例は、重鎖のみの抗体、天然では軽鎖を含まない抗体、従来の抗体に由来する単一ドメイン抗体、および操作された抗体の可変断片である。単一ドメイン抗体は、マウス、ヒト、ラクダ、ラマ、サメ、ヤギ、ウサギ、およびウシを含む任意の種に由来し得る。例えば、単一ドメイン抗体は、ラクダ科、例えば、ラクダ、ヒトコブラクダ、ラマ、アルパカおよびグアナコにおいて生じた抗体に由来し得る。抗体全体のように、単一ドメイン抗体は、特定の抗原に選択的に結合することができる。単一ドメイン抗体は、イムノグロブリン鎖の可変ドメイン、すなわち、CDR1、CDR2およびCDR3およびフレームワーク領域のみを含有してもよい。このような抗体は、Nanobody(登録商標)、またはVHとも呼ばれる。
本明細書で使用される場合、用語「イムノグロブリン」は、二つの対のポリペプチド鎖、一つの対の軽(L)鎖および一つの対の重(H)鎖からなる構造的に関連する糖タンパク質のクラスを指すことが意図され、これら四つすべてがジスルフィド結合によって相互に連結される可能性がある。本明細書で使用される場合、「イムノグロブリン重鎖」、「イムノグロブリンの重鎖」、「重鎖」という用語は、イムノグロブリンの鎖のうちの一つを指すことが意図される。重鎖は、典型的には、イムノグロブリンのアイソタイプを定義する重鎖可変領域(本明細書ではVHと略される)および重鎖定常領域(本明細書ではCHと略される)からなる。重鎖定常領域は、典型的には、CH1、CH2、およびCH3である三つのドメインからなる。重鎖定常領域は、ヒンジ領域をさらに含む。イムノグロブリン(例えば、IgG)の構造内で、二つの重鎖は、ヒンジ領域内のジスルフィド結合を介して相互結合される。重鎖と等しく、各軽鎖は、典型的には、軽鎖可変領域(VL)および軽鎖定常領域(CL)のいくつかの領域からなる。さらに、VH領域およびVL領域は、フレームワーク領域(FR)と呼ばれる、より保存された領域が散在する、相補性決定領域(CDR)とも呼ばれる、超可変領域(または配列における高頻度可変性であるか、および/または構造的に定義されたループを形成する超可変領域)に細分され得る。各VHおよびVLは、典型的には、以下の順序:FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4でアミノ末端からカルボキシ末端に配置された三つのCDRおよび四つのFRからなる。CDR配列は、様々な方法、例えば、Chothia and Lesk(1987)J.Mol.Biol.196:901またはKabat et al.(1991)Sequence of protein of immunological interest,fifth edition.NIH publicationによって提供される方法を使用することによって決定されてもよい。CDR決定およびアミノ酸ナンバリングの様々な方法は、www.abysis.org(UCL)で比較することができる。
本明細書で使用される場合、用語「アイソタイプ」は、イムノグロブリン(サブ)クラス(例えば、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgD、IgA、IgE、もしくはIgM)または重鎖定常領域遺伝子によってコードされるIgG1m(za)およびIgG1m(f)などのその任意のアロタイプを指す。各重鎖アイソタイプを、カッパー(k)またはラムダ(λ)軽鎖のいずれかと組み合わせてもよい。本発明の抗体は、任意のアイソタイプを有し得る。
用語「親抗体」は、本発明による抗体と同一であるが、親抗体が、一つ以上の特定の変異を有さない抗体として理解されるべきである。本発明の「バリアント」または「抗体バリアント」または「親抗体のバリアント」は、「親抗体」と比較して一つ以上の変異を含む抗体分子である。アミノ酸置換は、天然のアミノ酸を、別の天然に生じるアミノ酸、または天然に生じないアミノ酸誘導体と置き換え得る。アミノ酸置換は、保存的または非保存的であってもよい。本発明の文脈では、保存的置換は、以下の三つの表のうちの一つ以上に反映されるアミノ酸のクラス内の置換によって定義され得る。


本発明の文脈において、バリアントにおける置換は、オリジナルのアミノ酸-位置-置換されたアミノ酸として示される。
アミノ酸残基を示すためのコードXaaおよびXを含む、三文字コードまたは一文字コードが使用される。したがって、記載「T366W」は、バリアントが、親抗体中の366位のアミノ酸に対応するバリアントアミノ酸位置においてトレオニンをトリプトファンで置換することを含むことを意味する。
さらに、用語「置換」は、他の19個の天然のアミノ酸のいずれか一つに、または非天然のアミノ酸などの他のアミノ酸への置換を包含する。例えば、366位のアミノ酸Tの置換は、以下の置換:366A、366C、366D、366G、366H、366F、366I、366K、366L、366M、366N、366P、366Q、366R、366S、366E、366V、366W、および366Yの各々を含む。
本明細書において使用される場合、用語「全長抗体」は、全ての重鎖および軽鎖定常ドメイン、ならびにそのアイソタイプの野生型抗体に通常存在するドメインに対応する可変ドメインを含有する抗体を指す。
用語「キメラ抗体」は、可変領域が非ヒト種(例えば、齧歯類に由来する)に由来し、定常領域がヒトなどの異なる種に由来する抗体を指す。キメラ抗体は、遺伝子操作によって生成されてもよい。治療適用のためのキメラモノクローナル抗体は、抗体免疫原性を低減させるために開発される。
用語「ヒト化抗体」は、ヒト抗体定常ドメインおよびヒト可変ドメインに対して高レベルの配列相同性を含有するよう修飾された非ヒト可変ドメインを含有する、遺伝子操作された非ヒト抗体を指す。これは、一緒になって抗原結合部位を形成する六つの非ヒト抗体相補性決定領域(CDR)を相同なヒト受容体フレームワーク領域(FR)に移植することによって達成することができる。親抗体の結合親和性および特異性を完全に再構成するために、親抗体(すなわち、非ヒト抗体)からヒトフレームワーク領域(逆変異)へのフレームワーク残基の置換が必要とされ得る。構造相同性モデリングは、抗体の結合特性に重要なフレームワーク領域内のアミノ酸残基を同定するのに役立つ場合がある。したがって、ヒト化抗体は、非ヒトCDR配列、主に、任意選択的に非ヒトアミノ酸配列への一つ以上のアミノ酸バック変異を含むヒトフレームワーク領域、および任意選択的に完全ヒト定常領域を含んでもよい。任意選択的に、必ずしもバック変異ではない追加のアミノ酸修飾を導入して、親和性および生化学的特性などの好ましい特徴を有するヒト化抗体を得てもよい。非ヒト治療用抗体のヒト化は、ヒト化された抗体が非ヒト起源の抗体の特異性および結合親和性を維持するのと同時に、人におけるその免疫原性を最小化するために行われる。
用語「多特異性抗体」は、少なくとも三つの異なる典型的には重複しないエピトープなどの、少なくとも二つの異なる特異性を有する抗体を指す。こうしたエピトープは、同じまたは異なる標的抗原上にあってもよい。エピトープが異なる標的上にある場合、かかる標的は、同じ細胞もしくは異なる細胞または細胞タイプ上にあってもよい。一部の実施形態では、多重特異性抗体は、一つ以上の単一ドメイン抗体を含んでもよい。
用語「二重特異性抗体」は、二つの異なる典型的には重複しないエピトープについての特異性を有する抗体を指す。こうしたエピトープは、同じまたは異なる標的上にあってもよい。エピトープが異なる標的上にある場合、かかる標的は、同じ細胞もしくは異なる細胞または細胞タイプ上にあってもよい。一部の実施形態では、二重特異性抗体は、一つまたは二つの単一ドメイン抗体を含んでもよい。
二重特異性抗体などの多特異性抗体の異なるクラスの例としては、(i)ヘテロ二量体化を強制する相補的なCH3ドメインを有するIgG様分子;(ii)組換えIgG様二重標的化分子、ここで、分子の二つの側面それぞれが、少なくとも二つの異なる抗体のFab断片またはFab断片の一部を含有する;(iii)IgG融合分子、ここで、全長IgG抗体は、外Fab断片またはFab断片の一部に融合される;(iv)Fc融合分子、ここで、一本鎖Fv分子または安定化されたディアボディは、重鎖定常ドメイン、Fc領域またはその一部に融合される;(v)Fab融合分子、ここで、異なるFab断片は、重鎖定常ドメイン、Fc領域またはその部分に一緒に融合される;ならびに(vi)ScFvおよび二重特異性抗体ベースの抗体および重鎖抗体(例えば、ドメイン抗体、Nanobodies(登録商標))、ここで、異なる一本鎖Fv分子または異なるディアボディまたは異なる重鎖抗体(例えば、ドメイン抗体、Nanobodies(登録商標))を互いに、もしくは別のタンパク質、または重鎖定常ドメイン、Fc領域またはその部分に融合された担体分子に融合される、が挙げられるが、これらに限定されない。
相補的なCH3ドメイン分子を有するIgG様分子の例としては、Triomab(登録商標)(Trion Pharma/Fresenius Biotech)、Knobs-into-Holes(Genentech)、CrossMAb(Roche)および電気的適合した(Amgen、Chugai、Oncomed)、LUZ-Y(Genentech、Wranik et al.J.Biol.Chem.2012,287(52):43331-9,doi:10.1074/jbc.M112.397869.Epub 2012 Nov 1)、DIGボディおよびPIGボディ(Pharmabcine、国際公開第2010134666号、国際公開第2014081202号)、鎖置換操作されたドメインボティ(SEEDbody)(EMD Serono)、Biclonics(Merus、国際公開第2013157953号)、FcΔAdp(Regeneron)、二重特異性IgG1およびIgG2(Pfizer/Rinat)、非対称のスキャフォールド(Zymeworks/Merck)、mAb-Fv(Xencor)、二価の二重特異性抗体(Roche、国際公開第2009080254号)ならびにDuoBody(登録商標)分子(Genmab)が挙げられるが、これらに限定されない。
組換えIgG様二重標的化分子の例としては、二重標的化(DT)-Ig(GSK/Domantis、国際公開第2009058383号)、Two-in-one抗体(Genentech、Bostrom,et al 2009.Science 323,1610-1614)、架橋結合したMab(Karmanos Cancer Center)、mAb2(F-Star)、Zybodies(商標)(Zyngenia、LaFleur et al.MAbs.2013 Mar-Apr;5(2):208-18)、共通の軽鎖を用いたアプローチ、κλBodies(NovImmune、国際公開第2012023053号)およびCovX-body(登録商標)(CovX/Pfizer、Doppalapudi,V.R.,et al 2007.Bioorg.Med.Chem.Lett.17,501-506)が挙げられるが、これらに限定されない。
IgG融合分子の例としては、二重可変ドメイン(DVD)-Ig(Abbott)、二重ドメインダブルヘッド抗体(Unilever;Sanofi Aventis)、IgG様二重特異性抗体(ImClone/Eli Lilly、Lewis et al.Nat Biotechnol.2014 Feb;32(2):191-8)、Ts2Ab(MedImmune/AZ、Dimasi et al.J Mol Biol.2009 Oct 30;393(3):672-92)ならびにBsAb(Zymogenetics、国際公開第2010111625号)、HERCULES(Biogen Idec)、scFv融合(Novartis)、scFv融合(Changzhou Adam Biotech Inc)およびTvAb(Roche)が挙げられるが、これらに限定されない。
Fc融合分子の例としては、ScFv/Fc融合物(Academic Institution、Pearce et al Biochem Mol Biol Int.1997 Sep;42(6):1179)、SCORPION(Emergent BioSolutions /Trubion、Blankenship JW,et al.AACR 100th Annual meeting 2009(Abstract #5465);Zymogenetics/BMS、国際公開第2010111625号)、二重親和性再標的化テクノロジー(Fc-DARTTM)(MacroGenics)および二重(ScFv)2-Fab(National Research Center for Antibody Medicine-China)が挙げられるが、これらに限定されない。
Fab融合二重特異性抗体の例としては、F(ab)2(Medarex/AMGEN)、Dual-ActionまたはBis-Fab(Genentech)、Dock-and-Lock(登録商標)(DNL)(ImmunoMedics)、二価の二重特異性抗体(Biotecnol)およびFab-Fv(UCB-Celltech)が挙げられるが、これらに限定されない。
ScFvベースの抗体、二重特異性抗体ベースの抗体およびドメイン抗体の例としては、二重特異性T細胞エンゲイジャー(BiTE(登録商標))(Micromet、タンデム二重特異性抗体(Tandab)(Affimed)、二重親和性再標的化テクノロジー(DARTTM)(MacroGenics)、一本鎖二重特異性抗体(Academic、Lawrence FEBS Lett.1998 Apr 3;425(3):479-84)、TCR様抗体(AIT、ReceptorLogics)、ヒト血清アルブミンScFv融合物(Merrimack、国際公開第2010059315号)ならびにCOMBODY分子(Epigen Biotech、Zhu et al.Immunol Cell Biol.2010 Aug;88(6):667-75)、二重標的化ナノボディ(登録商標)(Ablynx、Hmila et al.,FASEB J.2010)、二重標的化重鎖のみのドメイン抗体が挙げられるが、これらに限定されない。
抗原に結合する抗体の文脈において、用語「結合する」または「特異的に結合する」は、抗体の予め決定された抗原または標的(例えば、ヒトVδ2もしくはヒトEGFR)への結合を指し、それへの結合は、典型的には約10-6M以下、例えば、本明細書の実施例に記載されるフローサイトメトリーを使用して決定されたとき、約10-9M以下、約10-10M以下、または約10-11M以下などの、約10-8M以下などの10-7M以下のKに相応する見かけの親和性を有する。あるいは、K値は、例えば、BIAcore T200における表面プラズモン共鳴(SPR)テクノロジーまたはリガンドとして抗原を、ならびに分析物として結合部分または結合分子を使用したOctet RED96機器におけるバイオレイヤー干渉法(BLI)を使用して決定することができる。特異的結合は、抗体が、所定の抗原または密接に関連する抗原以外の非特異的抗原(例えば、BSA、カゼイン)への結合についてのその親和性よりも、例えば、少なくとも100倍低い、例えば、少なくとも1,000倍低い、例えば、少なくとも10,000倍低い、例えば、少なくとも100,000倍低いなど、少なくとも10倍低いKに対応する親和性で、所定の抗原に結合することを意味する。結合部分または結合分子のKが非常に低い(すなわち、結合部分または結合分子が非常に特異的である)場合、次いで、抗原についての親和性が非特異的な抗原についての親和性よりも低い程度が、少なくとも10,000倍であり得るように、親和性がより低い程度は、結合部分または結合分子のKに依存する。本明細書において使用される場合、用語「K(M)」は、抗原と結合部分または結合分子との間の特定の相互作用の解離平衡定数を指す。
本発明の文脈において、「競合」または「競合することができる」または「競合する」は、結合パートナーに結合する別の分子(例えば、異なるEGFR抗体)の存在下で、特定の結合パートナー(例えば、EGFR)に結合するための特定の結合分子(例えば、EGFR抗体)に対する傾向の任意の検出可能に有意な減少を指す。典型的には、競合とは、例えば、有意な量の二つ以上の競合する分子、例えば、抗体を使用したELISA分析またはフローサイトメトリーによって決定される、別の分子、例えば抗体の存在による結合の、少なくとも約25%の低減、例えば、少なくとも約50%、例えば、少なくとも約75%、例えば、少なくとも90%の低減を意味する。競合的阻害によって結合特異性を決定するためのさらなる方法は、例えば、Harlow et al.,Antibodies:A Laboratory Manual,Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.,1988),Colligan et al.,eds.,Current Protocols in Immunology,Greene Publishing Assoc,and Wiley InterScience N.Y.,(1992,1993)、およびMuller,Meth.Enzymol.92,589-601(1983))において見ることができる。
一実施形態では、本発明の抗体は、抗体7D12と同じEGFR上のエピトープおよび/または抗体5C8と同じVδ2上のエピトープに結合する。当技術分野で公知の標的抗原上の抗体エピトープのマッピングのため利用可能ないくつかの方法が存在し、これらは、エピトープの一部であるペプチドの識別を可能にする、架橋結合質量分析法、およびエピトープを形成する抗原上の個々の残基を識別するX線結晶構造解析を含むが、これらに限定されない。エピトープ残基は、抗体から5Å以下の、少なくとも一つの原子を有する全てのアミノ酸残基であると決定することができる。5Åは、ファンデルワールス半径内の原子と可能性のある水介在性水素結合とを可能にするためのエピトープカットオフ距離として選択された。次に、エピトープ残基は、8Å以下の少なくとも一つの原子を有するすべてのアミノ酸残基であると決定することができる。8Å以下は、アルギニンアミノ酸の伸長を可能にするためのエピトープカットオフ距離として選択される。架橋結合質量分析は、抗体および抗原を質量標識された化学架橋剤で結合させることによって開始される。次に、複合体の存在が、高質量MALDI検出を使用して確認される。架橋結合化学の後、Ab/Ag複合体は非常に安定しているため、多くの様々な酵素および消化条件を複合体に適用して、多くの異なる重複ペプチドを提供することができる。これらのペプチドの同定は、高分解能質量分析およびMS/MS技術を使用して行われる。架橋結合されたペプチドの同定は、架橋結合試薬に連結された質量タグを使用して決定される。MS/MS断片化およびデータ解析後、架橋され、抗原から誘導されたペプチドは、エピトープの一部であり、一方、抗体から誘導されたペプチドは、パラトープの一部である。見出された個々の架橋結合されたペプチド由来の大部分のN末端とC末端の架橋結合された残基の間のすべての残基は、エピトープまたはパラトープの一部であるとみなされる。抗体7D12のエピトープは、Schmitz et al.(2013)Structure 21:1214に記載されるX線結晶解析によって決定され、ドメインIIIリガンド結合部位に対応するドメインIII上の平坦な表面(残基R353、D355、F357、Q384、N420)からなる。
本明細書において使用される場合、用語「第一の」および「第二の」抗原結合領域は、抗体中のそれらの向き/位置を指すものではなく、すなわち、それらはN末端またはC末端に関して意味を持たない。「第一の」および「第二の」という用語は、単に、特許請求の範囲および明細書における二つの異なる抗原結合領域を正確かつ一貫して指すのに役立つ。
本明細書において使用される場合、「%配列同一性」は、最適なアライメントのために導入される必要のある、ギャップの数および各ギャップの長さを考慮して、異なる配列によって共有される同一のヌクレオチドまたはアミノ酸位置の数(すなわち、%同一性=同一の位置の数/位置の総数×100)を指す。二つのヌクレオチド配列またはアミノ酸配列間の%同一性は、例えば、PAM120重量残渣表、ギャップ長ペナルティ12およびギャップペナルティ4を使用してALIGNプログラム(バージョン2.0)に組み込まれた、E.Meyers and W.Miller,Comput.Appl.Biosci 4,11-17(1988)のアルゴリズムを使用して決定されてもよい。
本発明のさらなる態様および実施形態
上で記載された通り、第一の態様では、本発明は、ヒトVδ2に結合する能力がある第一の抗原結合領域を含む抗体に関し、当該第一の抗原結合領域は、配列番号1に記載されるCDR1配列、配列番号2に記載されるCDR2配列、および配列番号3に記載されるCDR3配列を含む。
一実施形態では、配列番号1のXは、S(Ser)である。別の実施形態では、配列番号1のXは、G(Gly)である。
一実施形態では、配列番号3のXは、F(Phe)である。別の実施形態では、配列番号3のX、S(Ser)である。
一実施形態では、配列番号1のXは、S(Ser)であり、配列番号3のXは、F(Phe)である。
一実施形態では、配列番号1のXは、S(Ser)であり、配列番号3のXは、S(Ser)である。
一実施形態では、配列番号1のXは、G(Gly)であり、配列番号3のXは、F(Phe)である。
一実施形態では、配列番号1のXは、G(Gly)であり、配列番号3のXは、S(Ser)である。
好ましい実施形態では、抗体は、ヒトVγ9Vδ2T細胞を活性化することができる。Vγ9Vδ2T細胞の活性化は、遺伝子発現および/または(表面)マーカー発現(例えば、CD25、CD69、もしくはCD107aなどの活性化マーカー)および/または分泌タンパク質(例えば、サイトカインもしくはケモカイン)特性の変化を測定することによって測定され得る。好ましい実施形態では、抗体は、活性化(例えば、CD69および/またはCD25発現の上方制御)を誘導することができ、その結果、Vγ9Vδ2T細胞によるCD107a発現および/またはサイトカイン産生(例えば、TNF、IFNγ)の増加によってマークされる脱顆粒をもたらす。
さらなる好ましい実施形態では、抗体は、例えば、1nM、好ましくは100pM、好ましくは10pM、好ましくは1pM、なおより好ましくは100fMの濃度で、本明細書の実施例9に記載されるように試験されたとき、少なくとも2倍、例えば、少なくとも5倍、CD107aが陽性の細胞数を増加させることができる。別の好ましい実施形態では、本発明の抗体は、本明細書の実施例9に記載されるVγ9Vδ2T細胞およびA431標的細胞を使用して試験されたとき、100pM以下、例えば50pM以下、例えば25pM以下、例えば20pM以下、例えば15pM以下のCD107a陽性細胞のパーセンテージを増加させるためのEC50値を有する。
一実施形態では、第一の抗原結合領域は、単一ドメイン抗体である。したがって、一実施形態では、本発明の抗体は、ヒトVδ2に結合する能力がある単一ドメイン抗体を含み、ここで、当該第一の抗原結合領域は、配列番号1に記載されるCDR1配列、配列番号2に記載されるCDR2配列および配列番号3に記載されるCDR3配列を含む。
別の実施形態では、第一の抗原結合領域はヒト化され、好ましくは、抗原結合領域は、
・配列番号4に記載される配列、または
・配列番号4に記載される配列と少なくとも90%、例えば少なくとも92%、例えば少なくとも94%、例えば少なくとも96%、例えば少なくとも98%の配列同一性を有する配列を含むか、またはそれからなる。
一実施形態では、配列番号4のXは、S(Ser)である。別の実施形態では、配列番号4のXは、G(Gly)である。一実施形態では、配列番号4のXは、F(Phe)である。別の実施形態では、配列番号4のX、S(Ser)である。一実施形態では、配列番号4のXは、S(Ser)であり、配列番号4のXは、F(Phe)である。一実施形態では、配列番号4のXは、S(Ser)であり、配列番号4のXは、S(Ser)である。一実施形態では、配列番号4のXは、G(Gly)であり、配列番号4のXは、F(Phe)である。一実施形態では、配列番号4のXは、G(Gly)であり、配列番号4のXは、S(Ser)である。
一部の実施形態では、本発明の抗体は、二重特異性抗体などの多重特異性抗体である。したがって、一実施形態では、抗体は、第二の抗原結合領域をさらに含む。一実施形態では、第二の抗原結合領域は、単一ドメイン抗体である。
さらなる実施形態では、抗体は、第一の抗原結合領域と第二の抗原結合領域の両方が単一ドメイン抗体である、二重特異性抗体である。さらなる実施形態では、多特異性抗体は、第一の抗原結合領域が単一ドメイン抗体であり、第二の抗原結合領域が単一ドメイン抗体である、二重特異性抗体である。
一実施形態では、本発明の抗体は、第二の抗原結合領域を含み、第二の抗原結合領域は、ヒトEGFRに結合する能力がある。Vγ9Vδ2-T細胞とEGFRの両方を標的化する二重特異性抗体は、in vitroとin vivoマウス異種移植片モデルの両方で、強力なVγ9Vδ2T細胞活性化および腫瘍細胞溶解を誘導することが示されている(de Bruin et al.(2018)Oncoimmunology 1,e1375641)。
さらなる実施形態では、抗体は、第二の抗原結合領域を含み、第二の抗原結合領域は、配列番号5に記載されるCDR1配列、配列番号6に記載されるCDR2配列および配列番号7に記載されるCDR3配列を含む。
一実施形態では、第二の抗原結合領域はヒト化される。
さらなる実施形態では、抗体は、第二の抗原結合領域を含み、第二の抗原結合領域は、
・配列番号8に記載される配列、または
・配列番号8に記載される配列と少なくとも90%、例えば少なくとも92%、例えば少なくとも94%、例えば少なくとも96%、例えば少なくとも98%の配列同一性を有する配列を含むか、またはそれからなる。
さらなる実施形態では、抗体は、ヒトEGFRへの結合について、配列番号8に記載される配列を有する抗体と競合し(すなわち、競合することができ)、好ましくは、抗体は、配列番号8に記載される配列を有する抗体と同じヒトEGFR上のエピトープに結合する。
さらなる実施形態では、本発明の抗体は、第一の抗原結合領域および第二の抗原結合領域を含み、ここで、第一の抗原結合領域は、配列番号1に記載されるCDR1配列、配列番号2に記載されるCDR2配列および配列番号3に記載されるCDR3配列を含み、ここで、第二の抗原結合領域は、配列番号5に記載されるCDR1配列、配列番号6に記載されるCDR2配列および配列番号7に記載されるCDR3配列を含む。
さらなる実施形態では、本発明の抗体は、第一の抗原結合領域および第二の抗原結合領域を含み、ここで、第一の抗原結合領域は、配列番号4に記載される配列を含み、第二の抗原結合領域は、配列番号8に記載される配列を含む。本明細書のさらなる実施形態では、
配列番号4のXが、S(Ser)であり、配列番号3のXが、F(Phe)であるか、または
配列番号4のXが、S(Ser)であり、配列番号4のXが、S(Ser)であるか、または
配列番号4のXが、G(Gly)であり、配列番号4のXが、F(Phe)であるか、または
配列番号4のXが、G(Gly)であり、配列番号4のXが、S(Ser)である。
さらなる実施形態では、抗体は、ヒトEGFR発現細胞の殺傷を媒介する能力がある。好ましい実施形態では、抗体は、本明細書の実施例9に記載されるように試験されたとき、少なくとも50%、例えば少なくとも2倍などの少なくとも25%、A431細胞などのEGFR発現細胞のVγ9Vδ2T細胞介在性殺傷を増加させることができる。
さらなる実施形態では、抗体は、EGFR陰性ヒト細胞などのEGFR陰性細胞の殺傷を媒介する能力がない。
一実施形態では、抗体は、第一の抗原結合領域および第二の抗原結合領域を含み、ここで、第一の抗原結合領域および第二の抗原結合領域は、ペプチドリンカー、例えば、1~20アミノ酸長、例えば、1~10アミノ酸長、例えば、2、3、4、5、6、7、8または10アミノ酸長を有するリンカーを介して共有結合される。一実施形態では、ペプチドリンカーは、配列番号9に記載される配列GGGGSを含むか、またはからなる。
別の実施形態では、抗体は、第一の抗原結合領域および第二の抗原結合領域を含み、ここで、ヒトVδ2に結合する能力がある第一の抗原結合領域は、ヒトEGFRに結合する能力がある第二の抗原結合領域のC末端に位置する。
本発明の一実施形態では、抗体は、半減期延長ドメインをさらに含む。一実施形態では、抗体は、ヒト対象に投与されたとき、約168時間より長い終末半減期を有する。最も好ましくは、終末半減期は336時間以上である。本明細書において使用される場合、抗体の「末端半減期」は、ポリペプチドの血清濃度が、除去の最終段階でin vivoで、50%低減するのにかかる時間を指す。
一実施形態では、抗体は、半減期延長ドメインをさらに含み、半減期延長ドメインは、Fc領域である。さらなる実施形態では、抗体は、Fc領域を含む二重特異性抗体などの多重特異性抗体である。二重特異性抗体を作製するための様々な方法は、当該技術分野で記載されており、例えば、Brinkmann and Kontermann(2017)MAbs 9:182によって概説されている。本発明の一実施形態では、Fc領域は、二つのFcポリペプチドを含むヘテロダイマーであり、第一の抗原結合領域は、第一のFcポリペプチドに融合され、第二の抗原結合領域は、第二のFcポリペプチドに融合され、第一および第二のFcポリペプチドは、ホモダイマーの形成よりもヘテロダイマーの形成を支持する非対称なアミノ酸変異を含む(例えば、Ridgway et al.(1996)’Knobs-into-holes’engineering of antibody CH3 domains for heavy chain heterodimerization.Protein Eng 9:617を参照のこと)。本明細書のさらなる実施形態では、FcポリペプチドのCH3領域は、当該非対称なアミノ酸変異を含み、好ましくは、第一のFcポリペプチドは、T366W置換を含み、第二のFcポリペプチドは、T366S、L368AおよびY407V置換を含み、またはその逆も同様であり、アミノ酸位置は、EUナンバリングシステムによるヒトIgG1に対応する。さらなる実施形態では、第一および第二のFcポリペプチドの位置220のシステイン残基は、欠失または置換されており、アミノ酸位置は、EUナンバリングシステムによるヒトIgG1に対応する。さらなる実施形態では、領域は、配列番号10に記載されるヒンジ配列を含む。
一部の実施形態では、第一および/または第二のFcポリペプチドは、抗体を不活性にする、すなわち、エフェクター機能を媒介することができないか、またはエフェクター機能を媒介する低減した能力を有する変異を含有する。一実施形態では、不活性なFc領域は、さらにC1qに結合することができない。一実施形態では、第一および第二のFcポリペプチドは、234および/または235位に変異を含み、好ましくは、第一および第二のFcポリペプチドは、L234FおよびL235E置換を含み、アミノ酸位置は、EUナンバリングシステムによるヒトIgG1に相当する。別の実施形態では、抗体は、L234A変異、L235A変異、およびP329G変異を含有する。別の実施形態では、抗体は、L234F変異、L235E変異およびD265A変異を含有する。
好ましい実施形態では、第一の抗原結合領域は、配列番号4に記載される配列を含み、第二の抗原結合領域は、配列番号8に記載される配列を含み、
- 第一のFcポリペプチドが、配列番号11に記載される配列を含み、第二のFcポリペプチドが、配列番号12に記載される配列を含むか、または
- 第一のFcポリペプチドが、配列番号11に記載される配列を含み、第二のFcポリペプチドが、配列番号12に記載される配列を含む。
さらなる好ましい実施形態では、抗体は、配列番号16および配列番号17に記載される配列を含むか、またはそれからなる。
さらなる好ましい実施形態では、抗体は、配列番号16および配列番号18に記載される配列を含むか、またはそれからなる。
さらなる主な態様では、本発明は、本明細書に記載される本発明による抗体および薬学的に許容される賦形剤を含む医薬組成物に関する。
抗体は、Rowe et al.2012 Handbook of Pharmaceutical Excipients,ISBN 9780857110275において開示されるものなどの従来の技術に従い、薬学的に許容される賦形剤を用いて製剤化され得る。薬学的に許容される賦形剤ならびに任意の他の担体、希釈剤またはアジュバントは、抗体および選択された投与様式に適しているべきである。医薬組成物の賦形剤およびその他の成分についての適合性は、本発明の選択された抗体または医薬組成物の所望の生物学的特性に対する有意な負の影響の欠如(例えば、抗原結合の際の実質的な影響未満(10%以下の相対阻害、5%以下の相対阻害など))に基づき決定される。
医薬組成物は、希釈剤、充填剤、塩、緩衝液、界面活性剤(例えば、Tween-20もしくはTween-80などの非イオン性界面活性剤)、安定剤(例えば、糖もしくはタンパク質を含まないアミノ酸)、保存剤、組織固定剤、可溶化剤、および/または医薬組成物への含有に適した他の材料を含明でもよい。さらなる薬学的に許容される賦形剤には、本発明の抗体と生理学的に適合する、任意およびすべての適当な溶媒、分散媒体、コーティング剤、抗菌剤および抗真菌剤、等張剤、酸化防止剤および吸収遅延剤などが含まれる。
さらなる主な態様では、本発明は、医薬として使用するための本明細書に記載の本発明による抗体に関する。
本発明による抗体は、Vγ9Vδ2T細胞による腫瘍細胞の殺傷に有益な微小環境を生じることを可能にする。したがって、好ましい実施形態では、抗体は、癌の治療に使用するためのものである。
一実施形態では、抗体は、原発性もしくは転移性結腸癌または結腸直腸癌の治療に使用するためのものである。別の実施形態では、抗体は、腹膜の癌の治療に使用するためのものである。別の実施形態では、抗体は、肝臓癌の治療に使用するためのものである。別の実施形態では、抗体は、頭頸部扁平上皮細胞癌(HNSCC)の治療に使用するためのものである。別の実施形態では、抗体は、非小細胞肺癌(NSCLC)の治療に使用するためのものである。別の実施形態では、抗体は、皮膚の平上皮細胞癌の治療に使用するためのものである。
同様に、本発明は、本明細書に記載される本発明による多特異性抗体のそれを必要とするヒト対象への投与を含む、疾患を治療する方法に関する。一実施形態では、疾患は癌である。
一部の実施形態では、抗体は、単独療法として投与される。しかしながら、本発明の抗体はまた、併用療法、すなわち、治療される疾患または状態に関連する他の治療剤と組み合わされて投与されてもよい。
「治療」または「治療すること」は、症状または病態を緩和、改善、休止、根絶(治癒)または予防する目的で、本発明による有効量の抗体を投与することを意味する。「有効量」は、望ましい治療結果を達成するために必要な投与量および期間での有効な量を指す。抗体などのポリペプチドの有効量は、個体の病期、年齢、性別、および体重などの要因、ならびに個体において所望の応答を誘発する抗体の能力に応じて変化し得る。有効量はまた、抗体の任意の毒性または有害な作用より、治療上有益な作用が優るものである。投与は、任意の適切な経路によって行われてもよいが、典型的には、静脈内、筋肉内、または皮下などの非経口である。
本発明の多特異性抗体は、典型的には、組換え的に、すなわち、適当な宿主細胞における抗体をコードする核酸構築物の発現、続いて、細胞培養物から産生された組換え抗体を生成することによって生成される。核酸構築物は、当技術分野で周知の標準的な分子生物学的技術によって生成することができる。構築物は、典型的には、発現ベクターを使用して宿主細胞内に導入される。適当な核酸構築物および発現ベクターは、当該技術分野で公知である。抗体の組換え発現に適した宿主細胞は、当該技術分野で周知であり、CHO、HEK-293、Expi293F、PER-C6、NS/0およびSp2/0細胞を含む。
したがって、さらなる態様では、本発明は、本発明による抗体をコードする核酸構築物に関する。一実施形態では、構築物は、DNA構築物である。別の実施形態では、構築物は、RNA構築物である
さらなる態様では、本発明は、本発明による抗体をコードする核酸構築物を含む発現ベクターに関する。
さらなる態様では、本発明は、本発明による抗体をコードする一つ以上の核酸構築物を含む宿主細胞、または本発明による抗体をコードする核酸構築物を含む発現ベクターに関する。
さらなる態様では、本発明は、本発明による抗体をコードする一つ以上の核酸を宿主細胞中で発現させることを含む、本発明の抗体を製造するためのプロセスに関する。
さらなる態様では、本発明は、本発明による抗体をコードする一つ以上の核酸を宿主細胞中で発現させることを含む、本発明の抗体の臨床バッチを製造するためのプロセスに関する。本明細書で使用される場合、「臨床バッチ」は、ヒトにおける使用に適した生成組成物を指す。
さらなる態様では、本発明は、本発明による抗体をコードする一つ以上の核酸を宿主細胞中で発現させることを含む、チロシン硫酸化を有さない抗体を製造するためのプロセスに関する。
さらなる態様では、本発明は、ヒトVγ9Vδ2T細胞を活性化する能力がある抗体のチロシン硫酸化を回避するためのプロセスに関し、当該プロセスは、本発明の抗体をコードする核酸を構築すること、および宿主細胞中で当該核酸の発現によって当該抗体を産生することを含む。
さらなる態様では、本発明は、ヒトVγ9Vδ2T細胞を活性化する能力がある抗体の均質な抗体調製物を生成するためのプロセスに関し、当該プロセスは、本発明の抗体をコードする核酸を構築すること、および宿主細胞中で当該核酸の発現によって当該抗体を産生することを含む。
一実施形態では、上記製造プロセスにおける宿主細胞は、CHO細胞もしくはHEK細胞などの哺乳動物細胞、またはピキア・パストリス細胞などの酵母細胞である。


本明細書に引用されるすべての参考文献、論文、刊行物、特許、特許公開公報、および特許出願は、すべての目的のためにその全体が参照により援用される。しかし、本明細書のあらゆる参考文献、論文、刊行物、特許、特許公開公報、および特許出願の言及は、それらが有効な従来技術を構成している、または世界中のどの国においても共通の一般知識の一部を形成していること承認、または何らかの形の示唆として解釈するものではなく、するべきではない。
実施例1|VHH化合物の生成および精製
VHH化合物を、HEK293-E 253細胞におけるコードプラスミドの一過性トランスフェクション及びタンパク質Aアフィニティークロマトグラフィー、続いて分取ゲル濾過による(産生の1週間後)条件培地からのタンパク質の精製によって主に生成した。Superdex-75カラムを使用した分取サイズ排除で観察した優性単量体ピーク(画分1E11~1G2)を精製した:図1。
精製したタンパク質は、ポリアクリルアミドゲル電気泳動における還元条件および非還元条件下で単一のバンドとして遊走することを示した:図2は、代表的な例を示す。
実施例2|精製したVHH化合物のHP-SEC分析
Waters Acquity ARC-bioシステムを、精製したVHH化合物のHP-SEC分析に使用した。10ugの抗体(1mg/mLの濃度の抗体10ug)を、Waters BEH200 SECカラム(ビーズサイズ2.5μm、カラム寸法7.8×300mm)に注入した。移動層は、50mMのリン酸ナトリウム、0.2Mの塩化ナトリウム緩衝液pH7.0で構成され、緩衝液速度0.8mL/分を実行に使用した。タンパク質を、214nmの波長での吸収を測定することによって検出した。合計分析時間は、一回の注入当たり15分であった。VH化合物を生成し、実施例1に記載されるように精製した。驚くべきことに、when VHH 5C8(配列番号13)(国際公開第2015156673号に既に記載された)および5C8var1(配列番号14)(国際公開第2020060405号に既に記載された)を完全性および単量性について試験したとき、二つのピークを観察した:図3。
実施例3|5C8の質量分析により、さらなる80Daの質量が明らかになった
5C8の二つのアイソフォームが質量において異なっていたかどうかを決定するために、5C8のタンパク質調製物を、LC-ESI-MS質量分析によって分析した。この分析で見出した主な種は、翻訳後修飾またはシグナルペプチドを有さない5C8であった。第二の種は、+80.3ダルトン(Da)の質量差を有するタンパク質であり、これは硫酸化またはリン酸化の可能性を示した。これを、ホスファターゼまたはスルファターゼを用いた処理および続く、タンパク質消化後のペプチドのLC-ESI-MS質量分析によってさらに調べた。スルファターゼ処理は、CDR3の7番目の残基であるY105を含有するペプチド(配列番号15)の質量を80Da減少させたが、ホスファターゼ処理は効果を有さなかったことを示した。これは、5C8中のY105が、硫酸化によって翻訳後修飾されることを証明する。この硫酸化は、タンパク質調製物の約30%に存在した。
実施例4|同じ抗Vγ9Vδ2 VHHを含有する1D12var5-5C8var1は、HP-SECにおいて同じ不均一性、および80Daの同じさらなる質量を示す。
1D12var5-5C8var1は、抗CD1d VHHから構成される二重特異性VH化合物であり、可撓性リンカーを介して5C8var1に結合する(国際公開第2020060405号の配列番号87に記載される)。このタンパク質は、上記の通り、HEK293E細胞で発現された。さらに、タンパク質調製物を異なる発現系から得て、二特異性VHHはまた、ピキア・パストリスおよびチャイニーズハムスター卵巣(CHO)細胞でも発現された。異なるタンパク質調製物をHP-SEC分析で試験したとき、事前ピークを体系的に観察した:図4。
観察した前ピークは、再度、異なるアイソフォームである、有意なパーセンテージのタンパク質を示す。5C8 VHは硫酸化され、5C8var1は全く同じCDR3配列を含有するため、1D12var5-5C8var1バッチも、それらの分子量について質量分析により分析した。タンパク質バッチに応じて、15%~40%が、さらなる80Daの質量を含有することを見出した。これは、VHH 5C8について観察した硫酸化と一致する。
実施例5|VHH 5C8および5C8var1のインシリコ分析
5C8および5C8var1の相同モデルを、PDB ID 5M2Wに基づき、Maestro(Schrodinger)を使用して構築した。CDR1およびCDR3は、Prime(Schrodinger)を使用したde novoループ予測による精密化を必要とした。生成したモデルは、CDR3残基Y105が、5C8var1モデル中の205.1Å及び5C8のモデル中の122.2Åの高い溶媒可溶性表面積を示すことを示し、したがって、抗原結合に寄与すると予想する。その後、モデルを、反応性残基について分析し、これは、翻訳後修飾(PTM)を受けやすい残基を示している。次に、配列ベースのPTM予測ツールであるModPredを使用してタンパク質配列を解析した。構造と配列の両方で予測した修飾を、表2に列挙する。個々の予測したPTMは、HP-SEC解析で観察した質量差を説明することができなかった。
実施例6|5C8var1 VH CDR3変異体Y105FおよびY105Sの設計および生成
実施例5に記載する相同性モデルを使用して、5C8および5C8var1におけるY105の硫酸化を防止する変異を導入した。二つの異なる変異体を、VHHのモデル構造に基づき設計した:Y105S(アルコール機能を保持)およびY105F(芳香族環を保持)。残基Y105は、CDR3の7番目の残基であり、変異を導入することによって、結合に対する作用を予想した。上記の通り、両方の変異をヒト化VH配列5C8var1において設計し、両方のタンパク質をHEK293E細胞で産生させ、精製した。ヒト化VHHのCDR3アミノ酸配列を、非ヒト化VHHのアミノ酸配列と同一のままであった。
5C8var1-Y105Fと5C8var1-Y105Sの両方を良好に生成し、分取サイズ排除において単量体タンパク質として現れた(データは示さず)。両方のタンパク質は、非常に純粋であり(図5)、ポリアクリルアミドゲル電気泳動において単一種として遊走した。
実施例7| 設計したCDR3変異を含有する精製したVHHのHP-SEC分析
HP-SEC分析を、5C8に記載した通り行った。5C8var1-Y105Fならびに5C8var1-Y105Sの両方を分析した(図6)。
設計したCDR3変異を含有する精製したVHH分子のHP-SEC分析から結論付けることができるように、いずれの変異体についても、もはや不均一性を観察しなかった。これは、観察した翻訳後修飾Y105は存在せず、タンパク質は均質であることを示した。
実施例8| バイオレイヤー干渉法(BLI)を使用した5C8var1、5C8var1-Y105Fおよび5C8va1-Y105Sのアフィニティ測定は、親和性に差がないことを示している
5C8var1 VH抗体断片ならびにバリアント5C8var1-Y105Fおよび5C8var1-Y105SのVy9Vδ2TCRへの結合を、Octet RED96機器(ForteBio社)を使用したバイオレイヤー干渉法によって測定した。組換えヒトVy9Vδ2-Fc融合タンパク質(20μg/ml)を、抗ヒトFc捕捉バイオセンサー上のリガンドとして捕捉した。リガンドが捕捉したバイオセンサーを、10×動態緩衝液(ForteBio社)中の連続希釈VHH抗体断片(40~0.63nM)と共にインキュベートしたときに、センサーグラムを記録した。1:1の結合モデルに適合するグローバルデータを使用して、kon(会合速度定数)およびkoff(解離速度定数)の値を推定した。これらの値を使用して、KD=koff/konを用いてKD(平衡解離定数)を計算した。
図7および表3から結論付けることができるように、二つの異なるY105 VHH変異体について見出したKD値は、5C8var1について見出した値と実質的に異なっていなかった。特に、Y105F変異体は、5C8var1について見出したものと同程度の親和性を有していた。
実施例9|Y105F変異を含有する抗(EGFR×Vγ9Vδ2 TCR)二重特異性VHHの機能性を完全に保持する
5C8var1と比較してVHH 5C8var1-Y105Fの等しい親和性が、同等の機能性に翻訳されるか否かを決定するために、二特異性VHH 7D12var8-5C8var1-Y105Fを設計し、ヒト化抗EGFR VHH 7D12var8(Gainkam et al.(2008)J Nucl Med 49(5):788に記載されるVHHに基づく)を、G4Sリンカーを介して5C8var1-Y105F VHHに結合させて、7D12var8-5C8var1-Y105Fを形成した。二つのVHH分子を、可撓性G4Sリンカー配列によって分けた。この分子は、上記の通り生成し、精製し、次いで、EGFR陽性腫瘍細胞株(A431)に依存してVγ9Vδ2T細胞活性化を誘導し、T細胞介在性腫瘍細胞溶解を引き起こす能力について試験紙た。簡潔に述べると、標準的な手順に従って、抗Vδ2抗体と組み合わせて磁気活性化細胞ソーティング(MACS)を使用して、健康なドナーの血液からVγ9Vδ2T細胞を単離した。次いで、これらの細胞を、サイトカインと照射したフィーダー細胞の混合物、すなわちJY細胞株と異なるドナー由来のPBMCとの混合を使用して、1週間拡大させた。Vγ9Vδ2T細胞は、アッセイで使用したとき、常に>90%純粋であった(FACSにおいてVγ9およびVδ2について二重陽性と染色した)。A431細胞株(ATCC、カタログ番号CRL-1555)を、供給元の推奨に従い培養した。活性化または細胞傷害性アッセイアッセイのため、アッセイの前日に、50,000個の腫瘍標的細胞を96ウェルの組織培養プレートに播種した。翌日、50,000個の拡大し精製したVγ9Vδ2T細胞を、濃度範囲の二重特異性VHH化合物と共に培地に加えた。活性化アッセイでは、混合物に添加した標識抗CD3抗体および抗CD107A抗体の混合物を使用して、Vy9Vδ2-T細胞脱顆粒を評価した。4時間後、細胞を採取し、洗浄し、脱顆粒マーカーCD107Aの発現についてFACSにより分析した。細胞傷害性アッセイのため、CytoTox-Glo細胞傷害性アッセイキット:(Promega G9290)を使用して、タンパク質分解酵素(細胞死を示す)の存在について、翌日に共培養物の上清を調べた。界面活性剤を使用した細胞溶解を使用して、アッセイの終了時に100%の殺傷を設定した。図8は、データを示す。
図8は、7D12var8-5C8var1-Y105F、ならびに非ヒト化7D12-5C8が、強力なVγ9Vδ2T細胞活性化および腫瘍細胞溶解を誘導したことを示す。これらの結果は、Y105変異7D12wt-5C8を有さない非ヒト化「前駆」分子の効力と一致する。表4は、曲線フィッティング後に取得したEC50値を示す。7D12var8-5C8var1-Y105Fは、7D12-5C8と比較して、細胞傷害性アッセイにおいてわずかに低いEC50を有した。
最大レベルの腫瘍細胞殺傷は、7D12-5C8について観察した腫瘍細胞殺傷のレベルと比較して、7D12var8-5C8var1-Y105Fの場合、わずかに低かった。しかし、これらは、二つの異なるVγ9Vδ2T細胞ドナーを使用した二つの異なる測定値であり、この最高レベルの細胞傷害性は、特にドナー依存性であり得る。
実施例10|Y105変異を含有するVHH 5C8var1の温度安定性は変化しなかった
異なるバリアントに導入した変異が、VHHフォールディングの熱安定性に影響を与えたかどうかを決定するために、変異体の溶融温度を、NanoDSF(示差走査蛍光測定法)を使用して測定した。抗体試料を、最低濃度の試料と等しくなるまでPBSを使用して希釈した。その後、抗体試料をnanoDSFグレードのキャピラリーに充填し、Prometheus NT.48で測定した。実験中、温度は20~95°Cに上昇した。タンパク質の固有蛍光を、350および330nmで検出し、反射光の量と共に記録した。これらの測定値から、見かけの融解温度(Tm)および凝集開始(Tagg)を決定した。三つの抗体断片すべてについて、VHHが完全に展開した開始融解温度(Ton)および融解温度(Tm)を報告した(表4)。5C8var1-Y105Fおよび5C8var1-Y105Sについて測定し融解温度を、5C8var1の融解温度と一致した:表4。
実施例11|半減期延長(Fc含有)二重特異性構築物
より長いin vivo血漿半減期を有する分子を得るために、7D12var8-5C8var1-Y105F二重特異性VHHを、ヒトFcを含有する治療抗体フォーマットに再フォーマット化した。両方のVHHドメインを、以下の特徴を有するヒトIgG1 Fc(すなわち、CH2およびCH3)ドメインに結合し、VHドメインを、改変ヒンジ(AAA、続いてSDKTHTCPPCP、システイン220が欠失)ならびにヒトCH2ドメインおよびCH3ドメインに結合させた。CH2ドメインを、LFLE変異対(L234F、L235E)によってFcサイレンシングし、CH3ドメインを、同じ細胞内の二つの鎖の共発現時に、ヘテロ二量体化する「ノブ・イントゥ・ホール」変異体(ノブ:T366Wならびにホール:T366S、L368AおよびY407V)を用いて変異誘発した。この変異対は、科学文献(Ridgway et al.(1996)Protein Eng 9:617)に記載されている。構築物の配列を、配列番号16および配列番号17に記載する。Fc領域を有する得られた抗体構築物7D12var8-5C8var1(Y105F)を、7D12var8-5C8var1(Y105F)-Fcと称した。同様に、105位のYをSで置換した構築物(7D12var8-5C8var1(Y105S)-Fc)も調製した。構築物の配列を、配列番号16および配列番号18に記載する。
実施例1に記載した通り、HEK293E細胞中の二つのコード発現ベクターの同時トランスフェクションおよびタンパク質A アフィニティークロマトグラフィー、続いて分取サイズ排除クロマトグラフィーによって培養上清からの精製を介してタンパク質を作成した。これにより、高度に単量体性タンパク質調製物を得た。
実施例12|健康なヒトPBMCから単離した初代Vγ9Vδ2 T細胞への7D12var8-5C8var1(Y105F)-Fcの結合
7D12var8-5C8var1(Y105F)-FcのVγ9Vδ2T細胞受容体(TCR)への結合を示すために、ヒトVγ9Vδ2T細胞を、磁気活性化細胞ソーティング(MACS)により健康な末梢血単核細胞(PBMC)から単離し、その後、記載された(de Bruin et al.,Clin.Immunology 169(2016),128-138;de Bruin et al.,J.Immunology 198(1)(2017),308-317)通り拡大した。次いで、拡大したポリクローナルおよび純粋(>95%)なVγ9Vδ2T細胞を、50000個の細胞/ウェルの密度で播種し、7D12var8-5C8var1(Y105F)-Fc抗体または100nMで開始する半対数滴定における陽性対照としてのGP120-5C8var1(Y105F)-Fc抗体のいずれかと、4℃で1時間インキュベートした。抗体のVγ9Vδ2 TCRへの結合を、蛍光標識した二次抗IgG1抗体を使用したフローサイトメトリーによって可視化した。図9は、二つの異なるPBMCドナー(D336およびD339)についての、フローサイトメトリーによって測定した抗IgG1抗体染色の平均蛍光強度(MFI)シグナルを示す。シグモイド曲線は、7D12var8-5C8var1(Y105F)-FcのVγ9Vδ2T細胞への有意な結合を強調し、低いナノモル範囲(約3nM)の半最大有効濃度(EC50)を有する。
実施例13|細胞ベースのELISAによるEGFR陽性腫瘍細胞への7D12var8-5C8var1(Y105F)-Fcの結合
7D12var8-5C8var1(Y105F)-Fcの上皮成長因子受容体(EGFR)への結合を、EGFR発現腫瘍細胞株A-431、HCT-116およびHT-29を使用して、細胞ベースの酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)で試験した。この目的のために、腫瘍細胞を、-1日目に異なる濃度でまず播種し、0日目におよそ50000個の細胞/ウェルの濃度に達した。0日目に、100nMで開始する、7D12var8-5C8var1(Y105F)-Fc抗体又は陰性対照としてのGP120-5C8var1(Y105F)-Fc抗体の半対数滴定を、37℃で1時間加えた。次いで、結合した抗体を、抗IgG1-HRPを用いて37℃で1時間、二次インキュベーション工程で標識した。次いで、二次抗体結合を、3,3′,5,5′-テトラメチルベンジジンの添加によって分解させ、HRPによって比色分析変化を誘導し、続いて、H2SO4の添加によって、反応を停止させた。次いで、光学密度(OD)を、波長450nmでUV分光計で測定した。図10は、7D12var8-5C8var1(Y105F)-Fcが、約7nMのEC50でA-431、HCT-116およびHT-29腫瘍細胞に強く結合するのに対し、非標的化対照抗体は、試験した細胞株のいずれにも測定可能に結合しなかったことを示す。
実施例14|7D12var8-5C8var1(Y105F)-Fcによって誘導したA-431細胞に依存したVγ9Vδ2 T細胞の脱顆粒
Vγ9Vδ2T細胞を活性化する7D12var8-5C8var1(Y105F)-Fcの能力を調べるために、上で記載した通り、Vγ9Vδ2T細胞をまず単離し、拡大させた。次に、異なる濃度の7D12var8-5C8var1(Y105F)-Fc抗体及びPE標識抗CD107a蛍光抗体の存在下で、1:1のE:T比でA-431腫瘍細胞と一緒に、Vγ9Vδ2T細胞を培養した。24時間後、細胞を採取し、蛍光標識した抗Vγ9および抗CD3抗体で染色して、Vγ9Vδ2T細胞を腫瘍細胞から区別した。フローサイトメトリーを使用して、標的依存性脱顆粒を反映する、Vγ9Vδ2T細胞上のCD107a発現の程度を調べた。図11は、7D12var8-5C8var1(Y105F)-Fcの濃度が増加すると、Vγ9Vδ2T細胞細胞を効率的に誘導して、A-431細胞に応じて脱顆粒したことを示す。7D12var8-5C8var1(Y105F)-Fcによって誘導したVγ9Vδ2T細胞の脱顆粒のEC50は、ピコモル範囲(約40~90pM)にある。
実施例15|抗体7D12-5C8は、T細胞介在性標的細胞傷害を誘導する
二重特異性VHH 7D12-5C8が、標的細胞に対するVγ9Vδ2T細胞介在性細胞傷害性の誘導において効率的であるかどうかを調べるために、A-388表皮腫瘍細胞株(ATCC、CRL-7905)の生存率を、Vγ9Vδ2T細胞およびbsVHH抗体断片との共培養設定で評価した。このアッセイでは、既に記載した通りだが、続いて凍結し、-150℃で保存した、健康なPBMCから単離したVγ9Vδ2T細胞を使用した。凍結したVγ9Vδ2T細胞を解凍し、IL-2補充培地中で一晩静置した。A-388腫瘍細胞を、単独または1:1または1:0.1の比率で休止Vγ9Vδ2T細胞と共に、7D12-5C8(10nM)あり、またはなしで播種した。さらなる対照として、Vγ9Vδ2T細胞を、抗体7D12-5C8(10nM)と共に、またはなしで単独で播種した。72時間後、ATP Lite(Perkin Elmer、6016731)の添加およびマイクロプレートリーダーによる発光シグナルの読み取りによって、細胞の生存率を決定した。図12は、ATP由来蛍光シグナルを示し、これは、生細胞の代謝活性、それによる生細胞数を表す。1:1のE:T比で、抗体は、約50%の生細胞の減少を誘導し、一方で、A-388とVγ9Vδ2T細胞の未処理の共培養は影響を受けず、T細胞介在性細胞傷害性を誘発するその能力を強調することを、観察することができる。
実施例16|7D12-5C8および7D12-5C8var1(Y105S)-Fc活性化Vγ9Vδ2 T細胞による腫瘍細胞殺傷
bsVHH 7D12-5C8および抗体7D12-5C8var1(Y105S)-Fcが、患者由来の腫瘍細胞に対するVγ9Vδ2T細胞介在性細胞傷害性を誘導することができたかどうかを調べるために、かかる腫瘍細胞の生存率を、Vγ9Vδ2T細胞および抗体との共培養設定で評価した。様々な異なるタイプの腫瘍細胞を試験した。
組織試料(すなわち、結腸、腹膜および肝臓、頭頸部扁平上皮細胞癌(HNSCC)および非小細胞肺癌(NSCLC)に由来する原発性および転移性腫瘍材料)を、書面によるインフォームドコンセント後に、Amsterdam UMC(ロケーションVUmc)で癌患者から採取した。組織を外科手術ブレード(サイズNo.22;Swann Morton Ltd)を用いて小さい片に切断し、0.1%のDNAse I、0.14%のコラーゲンA、5%のFCS、100 IU/mlのペニシリンナトリウム、100μg/mlの硫酸ストレプトマイシンおよび2.0 mMのL-グルタミンを補充したIMDMからなる解離培地中に再懸濁し、撹拌棒を含む滅菌フラスコに移し、37℃の水浴中で45分間、磁気攪拌器上でインキュベートした。インキュベーション後、細胞懸濁液を100μMの細胞ストレーナーに通した。腫瘍を三回解離させ、その後、細胞をトリパンブルー排除を用いた生細胞数のため洗浄した。
解離させた患者由来腫瘍細胞を、50nMの7D12-5C8の存在下または非存在下で4時間又は7D12-5C8var1(Y105S)-Fc若しくはgp120-5C8var1(Y105S)-Fcの存在下又は非存在下で24時間、健康なドナー由来のVγ9Vδ2T細胞(1:1のE:T比)と共にインキュベートした。
接着した細胞を、必要に応じて、トリプシン-EDTAを使用して培養期間後に剥離し、FACS緩衝液(0.5%ウシ血清アルブミンおよび20μg/ml NaN3を補充したPBS)中に再懸濁し、蛍光色素標識した抗体と共に、4度で30分間インキュベートし、その後、LSR Fortessa XL-20(BD)を使用してフローサイトメトリーにより染色を測定した。
生細胞を、製造業者の指示に従って、123計数eBeads(商標)と組み合わせて、生/死マーカー7AADを使用して識別した。フローサイトメトリーのデータを、Kaluza Analysis Version 1.3(Beckman Coulter)およびFlowJo Version 10.6.1および10.7.2(Becton Dickinson)を使用して分析した。
腫瘍細胞の7D12-5C8および7D12-5C8var1(Y105S)-Fc誘導性Vγ9Vδ2T細胞介在性細胞傷害性を、拡大した健康なドナー由来のVγ9Vδ2T細胞を、様々な悪性腫瘍(原発性CRC、腹膜および肝臓、頭頸部扁平上皮細胞癌および非小細胞肺癌におけるCRC転移)の単一細胞懸濁液と共にインキュベートすることによって評価した。
図13に示すように、7D12-5C8は、Vγ9Vδ2T細胞による患者の腫瘍細胞の実質的な溶解を誘導した(7D12-5C8が誘導した溶解の平均%:CRC原発52.3%およびp値0.0003、CRC腹膜46.0%およびp値0.0052、CRC肝臓31.8%およびp値0.0360、頭頸部扁平上皮細胞癌46.1%およびp値0.0187ならびに非小細胞肺癌64.1%およびp値0.0153)。
さらに、図14に示すように、7D12-5C8var1(Y105S)-Fcは、Vγ9Vδ2T細胞による患者腫瘍細胞の有意な量の溶解を誘導した(7D12-5C8var1(Y105S)-Fcが誘導した溶解の平均%:71.2%ならびにp<0.0001および0.0012)。対照化合物gp120-5C8var1(Y105S)-Fcは、測定可能な腫瘍細胞溶解も誘導しなかった。
実施例17|非ヒト霊長類研究のための構築物の設計、生成および精製
非ヒト霊長類におけるインビボ研究のため、カニクイザルVγ9 TCR鎖と交差反応する結合ドメインを有する構築物を生成した(図15)。この結合ドメインは、TCR Vγ9特異的抗体である抗体7A5に基づいていた(Janssen et al.,J.Immunology 146(1)(1991),35-39)。7A5に基づく抗体は、カニクイザルVγ9Vδ2 T細胞に結合することが見出されている(国際公開第2021052995号の実施例1を参照)。7A5および抗EGFR VHH 7D12var8を含む二重特異性Fc含有抗体を構築した。分子は、ノブ・イン・ホールテクノロジー(KiH;Carter et al.,2001 Imm.Meth.2001:248、7;ノブ:T366W;ホール:T366S、L368AおよびY407V)を使用してヘテロ二量体化のため操作したヒトIgG1 Fcテールを含有していた。7A5抗体のVγ9結合scFvは、「ノブ」鎖に結合し、EGFR結合VHH 7D12var8を、KiH Fc対の「ホール」鎖と共にインフレームでクローニングした。さらに、上部ヒンジを「AAASDKTHTCPPCP」に操作して、通常CLに架橋するシステイン(C220)を除去し、「EPK」を「AAA」に変更することによって、さらに柔軟性を高めた。CH2のN末端部分を操作して、FcRN結合を維持しながら、Fc受容体(CD16、32および64)相互作用(サイレンシング変異L234F、L235E)を破壊した。得られた構築物を、7A5-7D12var8-Fcと称した。
HEK293E細胞中の二つの異なる鎖をコードする二つのプラスミドの一過性の共トランスフェクションによって分子を生成し、タンパク質Aアフィニティークロマトグラフィー続いて分取サイズ排除クロマトグラフィーにより培養上清から精製した(実施例1)。分子は、ELISAおよび両方の抗原の組み換え形態を使用して、約3ナノモル(nM)の見かけ親和性で、いずれかの標的に結合することを示した(図16)。in vitroで拡大させたVγ9Vδ2T細胞およびその後のT細胞媒介性腫瘍細胞溶解の標的依存性活性化(CD107a発現)を引き起こしたことを示すことによって、分子の機能性を示した(図17)。
実施例18|二重特異性抗体7A5-7D12var8-Fcは、探索性複数用量非ヒト霊長類(NHP:カニクイザル)試験で忍容性良好であった
複数用量の探索性NHP試験では、メスカニクイザル三匹に、それぞれ1mg/kg、5mg/kgおよび23mg/kgの用量で7A5-7D12var8-Fcを投与した。抗体は、5mL/kgで30分間の注入で投与し、4週間毎の注入を行った。1および5mg/kgの最初の二つの用量群(1用量当たり一匹の動物)を、同時に投与し、三回(週一回)投与後、第三の用量群(23mg/kg)は、一回目の用量を受け取った。PK解析、臨床化学パラメータの分析、サイトカインレベルの測定、およびフローサイトメトリーによる血液細胞サブセットの分析のため、動物から定期的に血液を採取した。最終投与の1日後、動物を安楽死させ、組織を採取し、病理組織学的検査および免疫組織化学(IHC)用に調製した。
処置した動物の血中の7A5-7D12var8-Fc濃度の薬物動態解析(ELISAで測定、図18)は、抗体が、84~127時間の範囲の半減期を有するIgG様PKを示したことを明らかにした。1mg/kgの用量で投与した動物では、抗体は、三回目の注射後の半減期が短く、これはその動物における抗薬物抗体(ADA)応答の可能性によるようであった。
得られたクリアランス値は、0.36~0.72mL/h/kgであり、分布体積は、58.5~115.2mL/kgであった。全身曝露は、1~23mg/kgの間で用量比例的に増加させた。しかし、反復投与後に蓄積を観察しなかった。
化合物は、異なる組織(リンパ節、筋肉、皮膚および結腸)においてIHCによって検出することができ、予想通り、これらの組織における用量比例性強度の化合物染色があった(データは示さず)。血液細胞のフローサイトメトリー分析は、これらの種類の複数用量試験でしばしば観察し、処置に関連するリンパ球(図19)のいくつかの一時的な減少を示した。図19は、投与の2時間後の各時点でのT細胞数の一時的な減少を示す。しかし、T細胞数は、注射の2日後にベースラインレベルに戻った。
対照的に、Vγ9陽性T細胞は、末梢血中の数が減少し、以前の頻度を取り戻さなかった。これらの細胞は、試験の過程中ほとんど存在せず、化合物の特異的な薬力学的効果を示した。処置した動物の血中のサイトカインの測定値は、処置がサイトカイン放出をほとんど引き起こさず、これは、化合物の初回注射にほぼ独占的に限定されたことを示した。図20は、一例として測定したIL-6のレベルを示す。
一般的な結論として、7A5-7D12var8-FcによるNHPの処置は、忍容性が非常に良好であり、毒性の臨床徴候を示さなかった。さらに、調べた器官の肉眼的または顕微鏡的異常を、病理組織学で観察しなかった(データはここに示す)。比較において、抗EGFR×CD3 BiTEは、用量31μg /kg/日の持続点滴でNHPに対して致死性であった(Lutterbuese et al.,Proc Natl Acad Sci US 2010:107(28),12605)。

Claims (21)

  1. ヒトVδ2に結合する能力がある第一の抗原結合領域を含む抗体であって、前記第一の抗原結合領域が、配列番号1に記載されるCDR1配列、配列番号2に記載されるCDR2配列および配列番号3に記載されるCDR3配列を含む、抗体。
  2. ・配列番号1のXが、S(Ser)であり、配列番号3のXが、F(Phe)であるか、または
    ・配列番号1のXが、S(Ser)であり、配列番号3のXが、S(Ser)である、請求項1に記載の抗体。
  3. 前記第一の抗原結合領域が単一ドメイン抗体である、請求項1~2のいずれか一項に記載の抗体。
  4. 前記第一の抗原結合領域が、
    ・配列番号4に記載される配列、または
    ・配列番号4に記載される前記配列と少なくとも90%、例えば少なくとも92%、例えば少なくとも94%、例えば少なくとも96%、例えば少なくとも98%の配列同一性を有する配列を含むか、またはそれからなる、請求項1~3のいずれか一項に記載の抗体。
  5. 前記抗体が、第二の抗原結合領域をさらに含み、前記第二の抗原結合領域が、好ましくは、単一ドメイン抗体である、請求項1~4のいずれか一項に記載の抗体。
  6. 前記抗体が二重特異性抗体である、請求項4に記載の抗体。
  7. 前記抗体が、第二の抗原結合領域を含み、前記第二の抗原結合領域が、ヒトEGFRに結合する能力がある、請求項1~6のいずれか一項に記載の抗体。
  8. 前記抗体が、第二の抗原結合領域を含み、前記第二の抗原結合領域が、配列番号5に記載されるCDR1配列、配列番号6に記載されるCDR2配列および配列番号7に記載されるCDR3配列を含み、
    好ましくは、前記第二の抗原結合領域が、
    ・配列番号8に記載される配列、または
    ・配列番号8に記載される前記配列と少なくとも90%、例えば少なくとも92%、例えば少なくとも94%、例えば少なくとも96%、例えば少なくとも98%の配列同一性を有する配列を含むか、またはそれからなる、請求項1~7のいずれか一項に記載の抗体。
  9. 前記抗体が、第二の抗原結合領域を含み、前記第一の抗原結合領域が、配列番号1に記載される前記CDR1配列、配列番号2に記載される前記CDR2配列および配列番号3に記載される前記CDR3配列を含み、前記第二の抗原結合領域が、配列番号5に記載される前記CDR1配列、配列番号6に記載される前記CDR2配列および配列番号7に記載される前記CDR3配列を含む、請求項1~8のいずれか一項に記載の抗体。
  10. 前記抗体が、ヒトEGFR発現細胞の殺傷を媒介する能力がある、請求項1~9のいずれか一項に記載の抗体。
  11. 前記第一の抗原結合領域および第二の抗原結合領域が、ペプチドリンカーを介して共有結合している、請求項1~10のいずれか一項に記載の抗体。
  12. 前記抗体が、半減期延長ドメイン、例えば、Fc領域をさらに含む、請求項1~11のいずれか一項に記載の抗体。
  13. 前記抗体がFc領域を含み、前記Fc領域が、二つのFcポリペプチドを含むヘテロダイマーであり、前記第一の抗原結合領域が、第一のFcポリペプチドに融合され、前記第二の抗原結合領域が、第二のFcポリペプチドに融合され、前記第一および第二のFcポリペプチドが、ホモダイマーの形成よりヘテロダイマーの形成を好む非対称なアミノ酸変異を含む、請求項5~10のいずれか一項に記載の抗体。
  14. 前記FcポリペプチドのCH3領域が、前記非対称なアミノ酸変異を含み、好ましくは、前記第一のFcポリペプチドが、T366W置換を含み、前記第二のFcポリペプチドが、T366S、L368AおよびY407V置換を含み、またはその逆も同様であり、前記アミノ酸位置が、EUナンバリングシステムによるヒトIgG1に対応する、請求項13に記載の抗体。
  15. 前記第一および第二のFcポリペプチドが、234および/または235位に変異を含み、好ましくは、前記第一および第二のFcポリペプチドが、L234FおよびL235E置換を含み、前記アミノ酸位置が、EUナンバリングシステムによるヒトIgG1に対応する、請求項12~14のいずれか一項に記載の抗体。
  16. 前記抗体が、第二の抗原結合領域を含み、前記第一の抗原結合領域が、配列番号4に記載される前記配列を含み、前記第二の抗原結合領域が、配列番号8に記載される前記配列を含み、
    -前記第一のFcポリペプチドが、配列番号11に記載される配列を含み、前記第二のFcポリペプチドが、配列番号12に記載される配列を含むか、または
    -前記第一のFcポリペプチドが、配列番号11に記載される前記配列を含み、前記第二のFcポリペプチドが、配列番号12に記載される前記配列を含む、請求項12~15のいずれか一項に記載の抗体。
  17. 前記抗体が、配列番号16および配列番号17に記載される配列を含むか、もしくはそれらからなるか、または配列番号16および配列番号18に記載される配列を含むか、もしくはそれらからなる、請求項12~16のいずれか一項に記載の抗体。
  18. 請求項1~17のいずれか一項に記載の抗体および薬学的に許容される賦形剤を含む、医薬組成物。
  19. 医薬として使用するため、好ましくは、癌の治療において使用するための、請求項1~17のいずれか一項に記載の抗体。
  20. 請求項1~17のいずれか一項に記載の抗体をコードする核酸構築物、前記核酸を含む発現ベクター、または請求項1~17のいずれか一項に記載の抗体をコードする一つ以上の核酸構築物を含む宿主細胞。
  21. 宿主細胞において請求項1~17のいずれか一項に記載の抗体をコードする一つ以上の核酸を発現させることを含む、チロシン硫酸化のない抗体を製造するプロセスであって、前記宿主細胞が、好ましくは、チャイニーズハムスター卵巣細胞、ヒト胚性腎細胞またはピキア・パストリス細胞である、プロセス。
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