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JP2011519828A - フラジェリンの欠失変異体と使用方法 - Google Patents

フラジェリンの欠失変異体と使用方法 Download PDF

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JP2011519828A
JP2011519828A JP2011505037A JP2011505037A JP2011519828A JP 2011519828 A JP2011519828 A JP 2011519828A JP 2011505037 A JP2011505037 A JP 2011505037A JP 2011505037 A JP2011505037 A JP 2011505037A JP 2011519828 A JP2011519828 A JP 2011519828A
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protein
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domain
seq
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タッセイ，リンダ，ジー．
ショー，アラン，アール．
ベッカー，ロバート，エス．
チャン，イー
ウムラウフ，スコット，ダブリュ．
テイラー，デービッド，エヌ．
リウ，ゲー
イェーガー，マーク，ディー．
パウエル，トーマス，ジェイ．
Original Assignee
バクシネート コーポレーション
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
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Abstract

Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストと、少なくとも１つのインフルエンザ抗原の少なくとも一部とを含む組成物を、被検体における免疫応答、特に被検体における保護免疫応答を刺激する方法に使用可能である。組成物は粒子と会合可能であり、比較的低用量でウイルス感染に対する防御免疫を与える方法に使用可能である。

Description

関連出願の相互参照
本出願は、２００８年４月１８日に出願された米国仮特許出願第６１／１２４，６１７号明細書；２００８年４月１８日に出願された同第６１／１２４，６０４号明細書；２００８年４月１８日に出願された同第６１／１２４，６７０号明細書；２００８年４月２５日に出願された同第６１／１２５，６６０号明細書；２００８年５月８日に出願された同第６１／１２６，９９３号明細書；２００８年５月８日に出願された同第６１／１２６，９７８号明細書；２００８年６月２０日に出願された同第６１／１３２，５９４号明細書；２００８年８月４日に出願された同第６１／１３７，８４０号明細書；２００８年１１月１９日に出願された同第６１／１９９，７９３号明細書および２００８年１１月２６日に出願された同第６１／２００，３５４号明細書の優先権の利益を主張するものである。上記出願の教示内容全体を参照により本明細書に援用する。
ウイルス感染が、疾患、場合によっては死につながることもある。インフルエンザウイルス感染などのウイルス感染に関連した疾患を予防し、これに対処するための手法には、熱不活性ウイルスまたはインフルエンザ抗原の薬剤および組成物をアジュバントと併用することがあげられる。ヒトでのインフルエンザワクチン用として承認された唯一のアジュバントはミョウバンであるが、これはアルミニウムを主成分とする組成物である。通常、インフルエンザワクチン組成物には、ミョウバンとの組み合わせで、ヒトにおいて疼痛や炎症などのさまざまな副作用があり得る上に、有効性も適切とはいえない濃縮抗原が含まれる場合がある。また、現行のインフルエンザワクチン製造方法は通常、季節によって急増する需要を満たして変化するインフルエンザウイルスに対応し、インフルエンザ感染が原因となる疾患を予防するには不適切である。このため、ウイルス感染、特にインフルエンザウイルス感染に関連するまたはそれが原因となる疾患を予防および管理する方法に用いる、新規かつ改善された有効な組成物の開発が必要とされている。
本発明は、保護免疫応答を刺激する組成物などの組成物ならびに、被検体において保護免疫応答を刺激するタンパク質の製造方法に関する。
一実施形態では、本発明は、配列番号２９からの挿入または欠失を含めて配列番号２９（Ｒ３コンストラクト）に示すような近接アミノ酸配列との同一性が少なくとも約５０．０％のアミノ酸配列であって、単離されたアミノ酸配列がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、アミノ酸配列である。
もうひとつの実施形態では、本発明は、配列番号３０からの挿入または欠失を含めて配列番号３０（Ｒ３Ｄ０コンストラクト）に示すような近接アミノ酸配列との同一性が少なくとも約５０．０％のアミノ酸配列であって、単離されたアミノ酸配列がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、アミノ酸配列である。
さらに別の実施形態では、本発明は、配列番号３１からの挿入または欠失を含めて配列番号３１（Ｄ３Ｎコンストラクト）に示すような近接アミノ酸配列との同一性が少なくとも約６０．０％のアミノ酸配列であって、単離されたアミノ酸配列がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、アミノ酸配列である。
本発明の別の実施形態は、配列番号３２からの挿入または欠失を含めて配列番号３２（Ｄ３ＮＣｓコンストラクト）に示すような近接アミノ酸配列との同一性が少なくとも約６０．０％のアミノ酸配列であって、単離されたアミノ酸配列がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、アミノ酸配列である。
さらにもうひとつの実施形態では、本発明は、配列番号２９（Ｒ３コンストラクト）、配列番号３０（Ｒ３Ｄ０コンストラクト）、配列番号３１（Ｄ３Ｎコンストラクト）、配列番号３２（Ｄ３ＮＣｓコンストラクト）、配列番号３３（Ｄ１コンストラクト）からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーに示すようなアミノ酸配列である。
本発明のもうひとつの実施形態は、配列番号２８（ＲＯコンストラクト）に示すような少なくとも１つのアミノ酸配列と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部と、を配列に含む融合タンパク質であって、３９、４６、５０、３７８、３８２からなる群から選択される配列番号２８の少なくとも１つのアミノ酸残基がアラニン残基で置換され、融合タンパク質がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、融合タンパク質である。
別の実施形態では、本発明は、配列番号２９（Ｒ３コンストラクト）に示すような少なくとも１つのアミノ酸配列と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部と、を含む融合タンパク質であって、抗原が配列番号２９のアミノ酸残基１９０と１９１の間であり、融合タンパク質がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、融合タンパク質である。
本発明のもうひとつの実施形態は、配列番号２９（Ｄ３コンストラクト）に示すような少なくとも１つのアミノ酸配列と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部と、を配列に含む融合タンパク質であって、融合タンパク質がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、融合タンパク質である。
さらにもうひとつの実施形態では、本発明は、配列番号３０（Ｒ３Ｄ０コンストラクト）に示すような少なくとも１つのアミノ酸配列と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部と、を含む融合タンパク質であって、抗原が配列番号３０のアミノ酸残基１４５と１４６の間であり、融合タンパク質がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、融合タンパク質である。
本発明の他の実施形態は、配列番号３０（ＲＯ３コンストラクト）に示すような少なくとも１つのアミノ酸配列と、少なくとも２つの抗原の少なくとも一部と、を含む融合タンパク質であって、少なくとも１つの抗原が配列番号３０のアミノ酸残基１４５と１４６の間であり、少なくとも１つの他の抗原が配列番号３０のアミノ酸残基３１８に融合され、融合タンパク質がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、融合タンパク質である。
本発明の別の実施形態は、配列番号２９（Ｒ３−２ｘＡｇコンストラクト）に示すような少なくとも１つのアミノ酸配列と、少なくとも２つの抗原の少なくとも一部と、を含む融合タンパク質であって、少なくとも１つの抗原が配列番号２９のアミノ酸残基１９０と１９１の間であり、少なくとも１つの他の抗原が配列番号２９のアミノ酸残基４０５に融合され、融合タンパク質がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、融合タンパク質である。
さらにもうひとつの実施形態では、本発明は、配列番号３１（Ｄ３Ｎコンストラクト）に示すような少なくとも１つのアミノ酸配列と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部と、を配列に含む融合タンパク質であって、融合タンパク質がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、融合タンパク質である。
本発明のもうひとつの実施形態は、配列番号３２（Ｄ３ＮＣｓコンストラクト）に示すような少なくとも１つのアミノ酸配列と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部と、を配列に含む融合タンパク質であって、融合タンパク質がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、融合タンパク質である。
さらにもうひとつの実施形態では、本発明は、配列番号３３（Ｄ１コンストラクト）に示すような少なくとも１つのアミノ酸配列と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部と、を配列に含む融合タンパク質であって、融合タンパク質がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、融合タンパク質である。
本発明の別の実施形態は、ヒトにおいて免疫応答を刺激する方法であって、配列番号４５１〜４５３、４５５、４５７、４６０、４６３〜４６５、４６８、４７０〜４７４、５００〜５０６、５１１〜５１８、６６０、６６４、７０３、７０５、７０７、７０９、７１１、７１３、７１５、７１７、７１９、７２１、７２３、７２５、７２９、７３１、７３３、７３５、７３７、７３９、７４１、７４３、７４５、７４７、７４９、７５１、７５３、７５５、７５７、７５９、７６１、７６３、８０１〜８１２からなる群から選択される少なくとも１つの融合タンパク質を含む組成物をヒトに投与するステップを含み、融合タンパク質を、約１０．０μｇ用量、約５．０μｇ用量、約３．０μｇ用量、約２．５μｇ用量、約１．０μｇ用量、約０．５μｇ用量、約０．３μｇ用量、約０．２５μｇ用量、約０．１μｇ用量、約０．０５μｇ用量、約０．０２５μｇ用量、約０．０１μｇ用量からなる群から選択される少なくとも１つの用量でヒトに投与する、方法である。
さらに別の実施形態では、本発明は、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストを活性化するフラジェリンコンストラクト（Ｒ０コンストラクト、Ｒ３コンストラクト、Ｒ３Ｄ０コンストラクト、Ｒ３−２ｘＡｇコンストラクト、Ｄ３Ｎコンストラクト、Ｄ３ＮＣｓコンストラクト、Ｄ１コンストラクト）のアミノ酸配列をコードする単離された核酸配列である。
さらにもうひとつの実施形態では、本発明は、インフルエンザ抗原と、Ｔｏｌｌ様受容体５を活性化するフラジェリンコンストラクトと、を含む融合タンパク質をコードする単離された核酸配列である。
もうひとつの実施形態では、本発明は、天然に生じるフラジェリンタンパク質の一部を含む組成物であって、当該一部は、アミノ−ドメイン０、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１、カルボキシ−ドメイン０を配列に含む、組成物である（Ｒ３、Ｄ３、Ｒ３−２ｘＡｇコンストラクト）。
本発明の別の実施形態は、天然に生じるフラジェリンタンパク質の一部を含む組成物であって、当該一部が、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１を配列に含む、組成物である（Ｒ３Ｄ０コンストラクト；Ｒ０３コンストラクト）。
さらにもうひとつの実施形態では、本発明は、天然に生じるフラジェリンタンパク質の一部を含む組成物であって、当該一部が、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１、カルボキシ−ドメイン０を配列に含む、組成物である（Ｄ３Ｎコンストラクト）。
本発明のもうひとつの実施形態は、天然に生じるフラジェリンタンパク質の一部を含む組成物であって、当該一部が、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１、カルボキシ−ドメイン０の少なくとも一部を配列に含む、組成物である（Ｄ３ＮＣｓコンストラクト）。
本発明の他の実施形態は、天然に生じるフラジェリンタンパク質の一部を含む組成物であって、当該一部が、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１を配列に含み、天然に生じるフラジェリンの一部にカルボキシ−ドメイン０の一部が欠けている、組成物である（Ｄ３ＮＣｓコンストラクト）。
さらにもうひとつの実施形態では、本発明は、天然に生じるフラジェリンタンパク質の一部を含む組成物であって、当該一部が、アミノ−ドメイン１およびカルボキシ−ドメイン１を配列に含む、組成物である（Ｄ１コンストラクト）。
本発明の別の実施形態は、タンパク質の一部を天然に生じるフラジェリンから分離することで、アミノ−ドメイン０、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１、カルボキシ−ドメイン０を配列に含むタンパク質部分（Ｒ３コンストラクト、Ｄ３コンストラクト、Ｒ３−２ｘＡｇコンストラクト）を形成するステップと、このタンパク質部分をコードする核酸配列を宿主細胞に形質転換するステップと、この宿主細胞を培養することで、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストを製造するステップと、を含む、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストの製造方法である。
さらにもうひとつの実施形態では、本発明は、タンパク質の一部を天然に生じるフラジェリンから分離することで、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１を配列に含むタンパク質部分（Ｒ３Ｄ０コンストラクト、Ｒ０３コンストラクト）を形成するステップと、このタンパク質部分をコードする核酸配列を宿主細胞に形質転換するステップと、この宿主細胞を培養することで、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストを製造するステップと、を含む、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストの製造方法である。
さらにもうひとつの実施形態では、本発明は、タンパク質の一部を天然に生じるフラジェリンから分離することで、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１、カルボキシ−ドメイン０を配列に含むタンパク質部分（Ｄ３Ｎコンストラクト）を形成するステップと、このタンパク質部分をコードする核酸配列を宿主細胞に形質転換するステップと、この宿主細胞を培養することで、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストを製造するステップと、を含む、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストの製造方法である。
本発明のもうひとつの実施形態は、タンパク質の一部を天然に生じるフラジェリンから分離することで、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１を配列に含むタンパク質部分であって、かつ、カルボキシ−ドメイン０の一部を欠いているタンパク質部分（Ｄ３ＮＣｓコンストラクト）を形成するステップと、このタンパク質部分をコードする核酸配列を宿主細胞に形質転換するステップと、この宿主細胞を培養することで、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストを製造するステップと、を含む、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストの製造方法である。
さらに別の実施形態では、本発明は、タンパク質の一部を天然に生じるフラジェリンから分離することで、アミノ−ドメイン１およびカルボキシ−ドメイン１を配列に含むタンパク質部分（Ｄ１コンストラクト）を形成するステップと、このタンパク質部分をコードする核酸配列を宿主細胞に形質転換するステップと、この宿主細胞を培養することで、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストを製造するステップと、を含む、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストの製造方法である。
本発明のもうひとつの実施形態は、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体アゴニストの少なくとも一部と少なくとも１つの抗原の少なくとも一部とを含む少なくとも１つのナノ粒子を含む組成物であって、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストと抗原とがナノ粒子と会合し、抗原に対するＴｏｌｌ様受容体アゴニストのモル比が約１以下である、組成物である。
さらにもうひとつの実施形態では、本発明は、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体７アゴニストと、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体５アゴニストと、少なくとも１つの抗原と、を含む少なくとも１つのナノ粒子を含む組成物であって、Ｔｏｌｌ様受容体７アゴニストと抗原とがナノ粒子中に含有され、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストがナノ粒子の外面と会合している、組成物である。
もうひとつの実施形態では、本発明は、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体５アゴニストの少なくとも一部と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部と、Ｔｏｌｌ様受容体７アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体８アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体９アゴニストからなる群から選択される少なくとも１つの別のＴｏｌｌ様受容体アゴニストの少なくとも一部と、を含む少なくとも１つの粒子を含む組成物であって、別のＴｏｌｌ様受容体アゴニストならびに、任意に抗原が、粒子中に含有され、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストが粒子の外面と会合している、組成物である。
本発明の別の実施形態は、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体アゴニストの少なくとも一部を、少なくとも１つのナノ粒子の少なくとも一部と組み合わせ、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストとナノ粒子との会合を形成するステップと、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部を、ナノ粒子に会合したＴｏｌｌ様受容体アゴニストと組み合わせることで、ナノ粒子組成物を形成するステップと、を含むナノ粒子組成物の製造方法であって、抗原に対するＴｏｌｌ様受容体アゴニストのモル比が約１以下である、方法である。
さらにもうひとつの実施形態では、本発明は、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体５アゴニストの少なくとも一部をナノ粒子と会合させるステップと、Ｔｏｌｌ様受容体７アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体８アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体９アゴニストからなる群から選択される少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体アゴニストの少なくとも一部を、ナノ粒子中で接触させるステップと、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストを含有するナノ粒子を、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部と組み合わせることで、ナノ粒子組成物を形成するステップと、を含む、ナノ粒子組成物の製造方法である。
本発明の他の実施形態は、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体アゴニストの少なくとも一部と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部と、を含む少なくとも１つのナノ粒子を含む組成物を被検体に投与するステップを含む、被検体における免疫応答を刺激する方法であって、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストと抗原とがナノ粒子と会合し、抗原に対するＴｏｌｌ様受容体アゴニストのモル比が約１以下である、方法である。
本発明の別の実施形態は、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体７アゴニストの少なくとも一部と、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体５アゴニストの少なくとも一部と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部と、を含む少なくとも１つのナノ粒子を含む組成物を被検体に投与するステップを含む、被検体における免疫応答を刺激する方法であって、Ｔｏｌｌ様受容体７アゴニストと抗原とがナノ粒子中に含有され、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストがナノ粒子の外面と会合する、方法である。
本発明のもうひとつの実施形態は、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体５アゴニストの少なくとも一部と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部と、Ｔｏｌｌ様受容体７アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体８アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体９アゴニストからなる群から選択される少なくとも１つの別のＴｏｌｌ様受容体アゴニストの少なくとも一部と、を含む少なくとも１つのナノ粒子を含む組成物を被検体に投与するステップを含む、被検体における免疫応答を刺激する方法であって、別のＴｏｌｌ様受容体アゴニストならびに、任意に抗原が、ナノ粒子中に含有され、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストがナノ粒子の表面と会合している、方法である。
本発明の方法および組成物は、被検体において免疫応答、特に保護免疫応答を刺激するのに利用可能である。特許請求の範囲に記載の発明の利点として、アジュバントを使用せずに、比較的大量に生成でき、免疫原性応答を最大にするとともに有害な副作用を最小限にする比較的低用量で利用できる、コスト効率のよい組成物および方法があげられる。特許請求の範囲に記載の組成物および方法は、ウイルス感染に関連のあるまたはその結果として生じる疾患を予防、治療、管理することで、インフルエンザへの感染または曝露が原因となる重篤な病気や死を回避するのに利用可能である。
ＳＴＦ２．ＨＡ１−２融合タンパク質の概略を示す。 ＨＡ球状頭部の別の配置を示す。それぞれのフラジェリンコンストラクトで、球状頭部を丸で囲んである。 異なるベトナム（ＶＮ）コンストラクトの相対抗原性を示す。ＥＬＩＳＡプレートに表記のモル濃度の異なるタンパク質をコーティングした。フェレットの回復期血清（１：１０００）でプレートをプローブした。複製したウェルでの平均吸光度を示す。 別のＶＮコンストラクトに対するモノクローナル抗体の相対反応性を示す。ＥＬＩＳＡプレートに約４μｇ／ｍｌの各タンパク質を二重に一晩コーティングし、ブロックし、各モノクローナル抗体を１：５０００希釈したものと一緒に室温で２時間インキュベートした（１プレートあたり１抗体）後、３０分間ＨＲＰヤギ抗マウスＩｇＧの１：１０，０００希釈物を用いて３０分間インキュベーションし、ＴＭＢで展開した。複製したウェルでの平均吸光度を示す。 さまざまなＶＮコンストラクトで免疫化したマウスにおける血清ＨＡＩ抗体の誘導を示す。２週間間隔で３回（３×）または３週間間隔で２回（２×）のいずれかで、ＢＡＬＢ／ｃマウスを免疫化した。第２（２回目）または第３（３回目）の追加免疫の１２日後に回収したマウス血清試料（ｎ＝１０〜１５）をＲＤＥで処理し、熱不活性化し、インフルエンザＡ型／ベトナム／１２０３／０４（Ｈ５Ｎ１）ウイルスを用いてＨＡＩ試験した。ＧＭＴ（水平線）および９５％ＣＩ（バー）を用いてＨＡＩ力価を個々にプロットした。点線は、基線上の４倍ＨＡＩ力価を示す。括弧付きのバーは統計解析で比較した群を表す。＊、ｐ＜０．０５、Ｋｒｕｓｋａｌ−Ｗａｌｌｉｓ／Ｄｕｎｎｓ試験で有意；＊＊、ｐ＜０．０１、非常に有意；＊＊＊、ｐ＜０．００１、極めて有意。 図６Ａおよび６Ｂは、３μｇを３用量または２用量の投与計画での異なる球状頭部コンストラクトの有効性を示す。６週齢のメスのＢＡＬＢ／ｃマウスにチャレンジ前に表記のコンストラクトを３または２免疫化ワクチン接種ｓ．ｃ．した。０日目、マウスをインフルエンザＡ型／ベトナム／１２０３／０４（ＶＮ０４）に６．８×１０４ＴＣＩＤ５０／マウスでｉ．ｎ．感染させた。０日目から２１日目まで、疾患の発生と死亡率についての臨床観察結果を一定間隔で監視した。生存した動物の比率を（図６Ａ）に示し、０日目の基線からの体重の変化率を（図６Ｂ）に示す。凡例のキー：ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ （ＶＮ）（配列番号４５１）；ＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ （ＶＮ）（配列番号４５３）；ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ （ＶＮ）（配列番号４５２）。 図６Ａおよび６Ｂは、３μｇを３用量または２用量の投与計画での異なる球状頭部コンストラクトの有効性を示す。６週齢のメスのＢＡＬＢ／ｃマウスにチャレンジ前に表記のコンストラクトを３または２免疫化ワクチン接種ｓ．ｃ．した。０日目、マウスをインフルエンザＡ型／ベトナム／１２０３／０４（ＶＮ０４）に６．８×１０４ＴＣＩＤ５０／マウスでｉ．ｎ．感染させた。０日目から２１日目まで、疾患の発生と死亡率についての臨床観察結果を一定間隔で監視した。生存した動物の比率を（図６Ａ）に示し、０日目の基線からの体重の変化率を（図６Ｂ）に示す。凡例のキー：ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ （ＶＮ）（配列番号４５１）；ＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ （ＶＮ）（配列番号４５３）；ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ （ＶＮ）（配列番号４５２）。 フェレットの鼻洗浄物で測定したウイルス力価を示す。感染３日後と５日後に、緩衝液単独（偽薬）、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＶＮ （Ｒ３．ＨＡ１−２ ＶＮ）（配列番号４５２）またはＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２ ＶＮ （Ｒ３．２ｘＨＡ１−２ ＶＮ）（配列番号４５５）で免疫化した動物から鼻洗浄物試料を回収した。群平均力価±ＳＥを示す。 図８Ａおよび図８Ｂは、ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅでの免疫化後の体温と摂餌量を示す。図８Ａは、研究０日目、表記の用量のＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）での免疫化２時間後に測定した体温を示す。６匹のウサギからなる各群の平均±ＳＤ増加量を示す。基線体温は、緩衝液単独を与えられた群で得て、１０２．５°Ｆであった。図８Ｂは、摂餌量を０日目から１日目まで監視したことを示す。データは、各群６匹ずつのウサギについての平均摂餌量±標準偏差で示してある。 図８Ａおよび図８Ｂは、ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅでの免疫化後の体温と摂餌量を示す。図８Ａは、研究０日目、表記の用量のＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）での免疫化２時間後に測定した体温を示す。６匹のウサギからなる各群の平均±ＳＤ増加量を示す。基線体温は、緩衝液単独を与えられた群で得て、１０２．５°Ｆであった。図８Ｂは、摂餌量を０日目から１日目まで監視したことを示す。データは、各群６匹ずつのウサギについての平均摂餌量±標準偏差で示してある。 ウサギのワクチン接種後のＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）レベルを示す。６匹のウサギからなる群に表記の用量のＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）を０日目にｉ．ｍ．注射した。ワクチン接種の約２４時間後にウサギから採血し、血清を調製し、Ｃ反応性タンパク質を測定した（Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｃｏｎｓｕｌｔａｎｔｓ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ， Ｎｅｗｂｅｒｇ， ＯＲ）。データは群平均ＣＲＰ±ＳＤとして示してある。 図１０Ａ〜図１０Ｈは、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（配列番号４５１）、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（配列番号４５２）およびＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２ ＶＮ（配列番号４５５）コンストラクトの相対的な反応源性を示す。６匹のニュージーランド白ウサギからなる群を表記の用量のＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＶＮ（未変性）（配列番号４５１）、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＶＮ（Ｒ３）（配列番号４５２）、ＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２ ＶＮ（Ｒ３ ２ｘ）（配列番号４５５）タンパク質または製剤緩衝液単独で免疫化した。プライミング免疫化の２１日後に血清を回収し、ＨＡ特異的ＩｇＧをＥＬＩＳＡで評価した。μｇ／ｍｌ ＩｇＧ単位のＩｇＧ力価を図１０Ａに示す。図示の力価は個々の血清についてのものであり、群平均をバーで示してある。「未変性」コンストラクトとの比較を可能にするために、図１０Ａ〜図１０ＤではＳＴＦ２．ＨＡ１−２（配列番号４５１）およびＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（配列番号４５２）の場合、図１０Ｅ〜図１０ＨではＳＴＦ２．ＨＡ１−２（配列番号４５１）およびＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２（配列番号４５５）の場合について、摂餌量、温度およびＣＲＰレベルの群平均±ＳＤをＩｇＧレベルに対してプロットする。 図１０Ａ〜図１０Ｈは、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（配列番号４５１）、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（配列番号４５２）およびＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２ ＶＮ（配列番号４５５）コンストラクトの相対的な反応源性を示す。６匹のニュージーランド白ウサギからなる群を表記の用量のＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＶＮ（未変性）（配列番号４５１）、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＶＮ（Ｒ３）（配列番号４５２）、ＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２ ＶＮ（Ｒ３ ２ｘ）（配列番号４５５）タンパク質または製剤緩衝液単独で免疫化した。プライミング免疫化の２１日後に血清を回収し、ＨＡ特異的ＩｇＧをＥＬＩＳＡで評価した。μｇ／ｍｌ ＩｇＧ単位のＩｇＧ力価を図１０Ａに示す。図示の力価は個々の血清についてのものであり、群平均をバーで示してある。「未変性」コンストラクトとの比較を可能にするために、図１０Ａ〜図１０ＤではＳＴＦ２．ＨＡ１−２（配列番号４５１）およびＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（配列番号４５２）の場合、図１０Ｅ〜図１０ＨではＳＴＦ２．ＨＡ１−２（配列番号４５１）およびＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２（配列番号４５５）の場合について、摂餌量、温度およびＣＲＰレベルの群平均±ＳＤをＩｇＧレベルに対してプロットする。 図１０Ａ〜図１０Ｈは、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（配列番号４５１）、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（配列番号４５２）およびＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２ ＶＮ（配列番号４５５）コンストラクトの相対的な反応源性を示す。６匹のニュージーランド白ウサギからなる群を表記の用量のＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＶＮ（未変性）（配列番号４５１）、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＶＮ（Ｒ３）（配列番号４５２）、ＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２ ＶＮ（Ｒ３ ２ｘ）（配列番号４５５）タンパク質または製剤緩衝液単独で免疫化した。プライミング免疫化の２１日後に血清を回収し、ＨＡ特異的ＩｇＧをＥＬＩＳＡで評価した。μｇ／ｍｌ ＩｇＧ単位のＩｇＧ力価を図１０Ａに示す。図示の力価は個々の血清についてのものであり、群平均をバーで示してある。「未変性」コンストラクトとの比較を可能にするために、図１０Ａ〜図１０ＤではＳＴＦ２．ＨＡ１−２（配列番号４５１）およびＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（配列番号４５２）の場合、図１０Ｅ〜図１０ＨではＳＴＦ２．ＨＡ１−２（配列番号４５１）およびＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２（配列番号４５５）の場合について、摂餌量、温度およびＣＲＰレベルの群平均±ＳＤをＩｇＧレベルに対してプロットする。 図１０Ａ〜図１０Ｈは、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（配列番号４５１）、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（配列番号４５２）およびＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２ ＶＮ（配列番号４５５）コンストラクトの相対的な反応源性を示す。６匹のニュージーランド白ウサギからなる群を表記の用量のＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＶＮ（未変性）（配列番号４５１）、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＶＮ（Ｒ３）（配列番号４５２）、ＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２ ＶＮ（Ｒ３ ２ｘ）（配列番号４５５）タンパク質または製剤緩衝液単独で免疫化した。プライミング免疫化の２１日後に血清を回収し、ＨＡ特異的ＩｇＧをＥＬＩＳＡで評価した。μｇ／ｍｌ ＩｇＧ単位のＩｇＧ力価を図１０Ａに示す。図示の力価は個々の血清についてのものであり、群平均をバーで示してある。「未変性」コンストラクトとの比較を可能にするために、図１０Ａ〜図１０ＤではＳＴＦ２．ＨＡ１−２（配列番号４５１）およびＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（配列番号４５２）の場合、図１０Ｅ〜図１０ＨではＳＴＦ２．ＨＡ１−２（配列番号４５１）およびＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２（配列番号４５５）の場合について、摂餌量、温度およびＣＲＰレベルの群平均±ＳＤをＩｇＧレベルに対してプロットする。 図１０Ａ〜図１０Ｈは、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（配列番号４５１）、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（配列番号４５２）およびＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２ ＶＮ（配列番号４５５）コンストラクトの相対的な反応源性を示す。６匹のニュージーランド白ウサギからなる群を表記の用量のＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＶＮ（未変性）（配列番号４５１）、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＶＮ（Ｒ３）（配列番号４５２）、ＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２ ＶＮ（Ｒ３ ２ｘ）（配列番号４５５）タンパク質または製剤緩衝液単独で免疫化した。プライミング免疫化の２１日後に血清を回収し、ＨＡ特異的ＩｇＧをＥＬＩＳＡで評価した。μｇ／ｍｌ ＩｇＧ単位のＩｇＧ力価を図１０Ａに示す。図示の力価は個々の血清についてのものであり、群平均をバーで示してある。「未変性」コンストラクトとの比較を可能にするために、図１０Ａ〜図１０ＤではＳＴＦ２．ＨＡ１−２（配列番号４５１）およびＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（配列番号４５２）の場合、図１０Ｅ〜図１０ＨではＳＴＦ２．ＨＡ１−２（配列番号４５１）およびＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２（配列番号４５５）の場合について、摂餌量、温度およびＣＲＰレベルの群平均±ＳＤをＩｇＧレベルに対してプロットする。 図１０Ａ〜図１０Ｈは、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（配列番号４５１）、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（配列番号４５２）およびＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２ ＶＮ（配列番号４５５）コンストラクトの相対的な反応源性を示す。６匹のニュージーランド白ウサギからなる群を表記の用量のＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＶＮ（未変性）（配列番号４５１）、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＶＮ（Ｒ３）（配列番号４５２）、ＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２ ＶＮ（Ｒ３ ２ｘ）（配列番号４５５）タンパク質または製剤緩衝液単独で免疫化した。プライミング免疫化の２１日後に血清を回収し、ＨＡ特異的ＩｇＧをＥＬＩＳＡで評価した。μｇ／ｍｌ ＩｇＧ単位のＩｇＧ力価を図１０Ａに示す。図示の力価は個々の血清についてのものであり、群平均をバーで示してある。「未変性」コンストラクトとの比較を可能にするために、図１０Ａ〜図１０ＤではＳＴＦ２．ＨＡ１−２（配列番号４５１）およびＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（配列番号４５２）の場合、図１０Ｅ〜図１０ＨではＳＴＦ２．ＨＡ１−２（配列番号４５１）およびＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２（配列番号４５５）の場合について、摂餌量、温度およびＣＲＰレベルの群平均±ＳＤをＩｇＧレベルに対してプロットする。 図１０Ａ〜図１０Ｈは、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（配列番号４５１）、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（配列番号４５２）およびＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２ ＶＮ（配列番号４５５）コンストラクトの相対的な反応源性を示す。６匹のニュージーランド白ウサギからなる群を表記の用量のＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＶＮ（未変性）（配列番号４５１）、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＶＮ（Ｒ３）（配列番号４５２）、ＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２ ＶＮ（Ｒ３ ２ｘ）（配列番号４５５）タンパク質または製剤緩衝液単独で免疫化した。プライミング免疫化の２１日後に血清を回収し、ＨＡ特異的ＩｇＧをＥＬＩＳＡで評価した。μｇ／ｍｌ ＩｇＧ単位のＩｇＧ力価を図１０Ａに示す。図示の力価は個々の血清についてのものであり、群平均をバーで示してある。「未変性」コンストラクトとの比較を可能にするために、図１０Ａ〜図１０ＤではＳＴＦ２．ＨＡ１−２（配列番号４５１）およびＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（配列番号４５２）の場合、図１０Ｅ〜図１０ＨではＳＴＦ２．ＨＡ１−２（配列番号４５１）およびＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２（配列番号４５５）の場合について、摂餌量、温度およびＣＲＰレベルの群平均±ＳＤをＩｇＧレベルに対してプロットする。 図１０Ａ〜図１０Ｈは、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（配列番号４５１）、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（配列番号４５２）およびＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２ ＶＮ（配列番号４５５）コンストラクトの相対的な反応源性を示す。６匹のニュージーランド白ウサギからなる群を表記の用量のＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＶＮ（未変性）（配列番号４５１）、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＶＮ（Ｒ３）（配列番号４５２）、ＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２ ＶＮ（Ｒ３ ２ｘ）（配列番号４５５）タンパク質または製剤緩衝液単独で免疫化した。プライミング免疫化の２１日後に血清を回収し、ＨＡ特異的ＩｇＧをＥＬＩＳＡで評価した。μｇ／ｍｌ ＩｇＧ単位のＩｇＧ力価を図１０Ａに示す。図示の力価は個々の血清についてのものであり、群平均をバーで示してある。「未変性」コンストラクトとの比較を可能にするために、図１０Ａ〜図１０ＤではＳＴＦ２．ＨＡ１−２（配列番号４５１）およびＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（配列番号４５２）の場合、図１０Ｅ〜図１０ＨではＳＴＦ２．ＨＡ１−２（配列番号４５１）およびＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２（配列番号４５５）の場合について、摂餌量、温度およびＣＲＰレベルの群平均±ＳＤをＩｇＧレベルに対してプロットする。 図１１Ａ〜図１１Ｃは、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８（凡例では未変性と表示）（配列番号４６０）およびＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＰＲ８（凡例ではＲ３と表示）（配列番号４６４）の反応源性プロファイルの比較を示す。６匹のウサギからなる群を表記の用量のワクチンでｉ．ｍ．免疫化した。免疫化の日から１日後まで摂餌量を測定した（図１１Ａ）。免疫化の１０時間後に、体温を経直腸的に求めた（図１１Ｂ）。Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）について免疫化後２４時間の時点で血清を測定した（図１１Ｃ）。データ点は個々の動物での結果を表し、バーは平均を表す。 図１１Ａ〜図１１Ｃは、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８（凡例では未変性と表示）（配列番号４６０）およびＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＰＲ８（凡例ではＲ３と表示）（配列番号４６４）の反応源性プロファイルの比較を示す。６匹のウサギからなる群を表記の用量のワクチンでｉ．ｍ．免疫化した。免疫化の日から１日後まで摂餌量を測定した（図１１Ａ）。免疫化の１０時間後に、体温を経直腸的に求めた（図１１Ｂ）。Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）について免疫化後２４時間の時点で血清を測定した（図１１Ｃ）。データ点は個々の動物での結果を表し、バーは平均を表す。 図１１Ａ〜図１１Ｃは、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８（凡例では未変性と表示）（配列番号４６０）およびＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＰＲ８（凡例ではＲ３と表示）（配列番号４６４）の反応源性プロファイルの比較を示す。６匹のウサギからなる群を表記の用量のワクチンでｉ．ｍ．免疫化した。免疫化の日から１日後まで摂餌量を測定した（図１１Ａ）。免疫化の１０時間後に、体温を経直腸的に求めた（図１１Ｂ）。Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）について免疫化後２４時間の時点で血清を測定した（図１１Ｃ）。データ点は個々の動物での結果を表し、バーは平均を表す。 ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４６０）およびＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４６４）によるウイルスチャレンジに対する保護を示す。Ｂａｌｂ／ｃマウス（各群１０匹）を表記の用量のＳＴＦ２．ＨＡ１−２またはＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＰＲ８で、０日目と１４日目に免疫化した。４２日目、マウスを１０００ ＴＣＩＤ５０のインフルエンザＨ１Ｎ１ ＰＲ／３４／８でｉ．ｎチャレンジした。マウスを体重減少と生存について毎日監視した。プロトコールによって、約≧２０％体重が減ったらマウスを安楽死させた。 図１３Ａおよび図１３Ｂは、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４６３）とＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４６５）の反応源性プロファイルの比較を示す。ウサギ（各群６匹）を表記の用量のＳＴＦ２連結ワクチンでｉ．ｍ．免疫化した。免疫化の６時間後、体温を経直腸的に記録した（図１３Ａ）。免疫化の日から免疫化１日後まで摂餌量を記録した（図１３Ｂ）。データについては、誤差バーによって示す標準偏差とともに群平均でグラフ化してある。 図１３Ａおよび図１３Ｂは、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４６３）とＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４６５）の反応源性プロファイルの比較を示す。ウサギ（各群６匹）を表記の用量のＳＴＦ２連結ワクチンでｉ．ｍ．免疫化した。免疫化の６時間後、体温を経直腸的に記録した（図１３Ａ）。免疫化の日から免疫化１日後まで摂餌量を記録した（図１３Ｂ）。データについては、誤差バーによって示す標準偏差とともに群平均でグラフ化してある。 図１４Ａおよび図１４Ｂは、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ Ｂ ＦＬＡ（Ｒ３）（配列番号４７０）とＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ Ｂ ＦＬＡ（Ｒ３．２ｘ）（配列番号４７１）の反応源性プロファイルの評価を示す。６匹のウサギからなる群を表記の用量のワクチンでｉ．ｍ．免疫化した。免疫化の日から１日後まで摂餌量を測定した（図１４Ａ）。Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）について免疫化後２４時間の時点で血清を測定した（図１４Ｂ）。データ点は個々の動物での結果を表し、バーは平均を表す。 図１４Ａおよび図１４Ｂは、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ Ｂ ＦＬＡ（Ｒ３）（配列番号４７０）とＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ Ｂ ＦＬＡ（Ｒ３．２ｘ）（配列番号４７１）の反応源性プロファイルの評価を示す。６匹のウサギからなる群を表記の用量のワクチンでｉ．ｍ．免疫化した。免疫化の日から１日後まで摂餌量を測定した（図１４Ａ）。Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）について免疫化後２４時間の時点で血清を測定した（図１４Ｂ）。データ点は個々の動物での結果を表し、バーは平均を表す。 ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ Ｂ ＦＬＡ（Ｒ３）（配列番号４７０）とＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２ Ｂ ＦＬＡ（Ｒ３．２ｘ）（配列番号４７１）の免疫原性の評価を示す。６匹のウサギからなる群を表記の用量のワクチンで２回ｉ．ｍ．免疫化した。追加免疫用量の７日後に血清を回収し、ウイルス特異的ＩｇＧをＥＬＩＳＡで評価した。データ点は個々の動物での結果を表し、バーは平均を表す。 図１６Ａおよび図１６Ｂは、ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）、ＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．４ｘＭ２ｅ（配列番号４７２）、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４６３）ＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４７３）のＴＬＲ５活性の比較を示す。ＴＮＦ産生の誘導を測定することで、融合タンパク質のＴＬＲ５特異的活性を評価した。ＲＡＷ／ｈ５細胞を９６ウェルのマイクロタイタープレートで一晩培養した。表記の濃度のタンパク質で細胞を５時間処理した。上清を回収し、ＴＮＦ発現をＥＬＩＳＡで評価した。吸光度を読み取り、標準参照曲線と比較する。結果をｎｇ／ｍｌ単位で示す。 図１６Ａおよび図１６Ｂは、ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）、ＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．４ｘＭ２ｅ（配列番号４７２）、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４６３）ＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４７３）のＴＬＲ５活性の比較を示す。ＴＮＦ産生の誘導を測定することで、融合タンパク質のＴＬＲ５特異的活性を評価した。ＲＡＷ／ｈ５細胞を９６ウェルのマイクロタイタープレートで一晩培養した。表記の濃度のタンパク質で細胞を５時間処理した。上清を回収し、ＴＮＦ発現をＥＬＩＳＡで評価した。吸光度を読み取り、標準参照曲線と比較する。結果をｎｇ／ｍｌ単位で示す。 図１７Ａおよび図１７Ｂは、ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）またはＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．４ｘＭ２ｅ（配列番号４７２）での免疫化後の摂餌量およびＣＲＰレベルを示す。図１７Ａは、０日目から１日目に摂餌量を監視したことを示す。データについては、１群あたり６匹のウサギの平均摂餌量±標準偏差として表してある。図１７Ｂは、免疫化の２４時間後にＣＲＰレベルを測定したことを示す。データについては、１群あたり６匹のウサギの平均ＣＲＰレベル±標準偏差として表してある。 図１７Ａおよび図１７Ｂは、ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）またはＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．４ｘＭ２ｅ（配列番号４７２）での免疫化後の摂餌量およびＣＲＰレベルを示す。図１７Ａは、０日目から１日目に摂餌量を監視したことを示す。データについては、１群あたり６匹のウサギの平均摂餌量±標準偏差として表してある。図１７Ｂは、免疫化の２４時間後にＣＲＰレベルを測定したことを示す。データについては、１群あたり６匹のウサギの平均ＣＲＰレベル±標準偏差として表してある。 図１８Ａおよび図１８Ｂは、ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）およびＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．４ｘＭ２ｅ（配列番号４７２）の免疫原性および有効性を示す。ＢＡＬＢ／ｃマウスの群（ｎ＝１０）を０日目と１４日目に表記の用量のＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）またはＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．４ｘＭ２ｅ（またはＳＴＦ２Δ．４ｘＭ２ｅ）（配列番号４７２）で免疫化した。追加免疫用量の７日後に血清を回収し、Ｍ２ｅ特異的ＩｇＧをＥＬＩＳＡで試験した（図１８Ａ）。２８日目、マウスを１×ＬＤ９０のＰＲ８ウイルスでチャレンジした。チャレンジ後２１日間、マウスの生存を監視した（図１８Ｂ）。 図１８Ａおよび図１８Ｂは、ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）およびＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．４ｘＭ２ｅ（配列番号４７２）の免疫原性および有効性を示す。ＢＡＬＢ／ｃマウスの群（ｎ＝１０）を０日目と１４日目に表記の用量のＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）またはＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．４ｘＭ２ｅ（またはＳＴＦ２Δ．４ｘＭ２ｅ）（配列番号４７２）で免疫化した。追加免疫用量の７日後に血清を回収し、Ｍ２ｅ特異的ＩｇＧをＥＬＩＳＡで試験した（図１８Ａ）。２８日目、マウスを１×ＬＤ９０のＰＲ８ウイルスでチャレンジした。チャレンジ後２１日間、マウスの生存を監視した（図１８Ｂ）。 図１９Ａおよび図１９Ｂは、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４６３）ｖｓ．ＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４７３）での免疫化後のＣＲＰおよび摂餌量を示す。図１９Ａは、免疫化の２４時間後にＣＲＰレベルを測定したことを示す。データについては、１群あたり６匹のウサギの平均ＣＲＰレベル＋標準偏差として表してある。図１９Ｂは、０日目から１日目に摂餌量を監視したことを示す。データについては、１群あたり６匹のウサギの平均摂餌量±標準偏差として表してある。 図１９Ａおよび図１９Ｂは、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４６３）ｖｓ．ＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４７３）での免疫化後のＣＲＰおよび摂餌量を示す。図１９Ａは、免疫化の２４時間後にＣＲＰレベルを測定したことを示す。データについては、１群あたり６匹のウサギの平均ＣＲＰレベル＋標準偏差として表してある。図１９Ｂは、０日目から１日目に摂餌量を監視したことを示す。データについては、１群あたり６匹のウサギの平均摂餌量±標準偏差として表してある。 ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４６３）ｖｓ．ＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４７３）での免疫化後のソロモン諸島ＨＡ特異的ＩｇＧ応答を示す。免疫化の２４時間後にＣＲＰレベルを測定した。データについては、１群あたり６匹のウサギのＣＲＰレベル±標準偏差として表してある。 ＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ ＰＲ８ ＴＬＲ５活性を示す。融合タンパク質ＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４７４）およびＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４６３）（白丸）を表記の濃度まで希釈し、ＨＥＫ２９３細胞と混合した。２４時間後に上清を回収し、サンドイッチＥＬＩＳＡ（ＢＤ Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）でＩＬ−８を分析した。 図２２Ａ〜図２２Ｃは、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４６０）と比較したＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４７４）の反応源性を示す。ウサギ（各群６匹）を０日目に表記の用量相当でｉ．ｍ．免疫化した。図２２Ａは、体温（０日目の免疫化６時間後に測定、華氏）示す。図２２Ｂは、０日目と１日目の間に測定した摂餌量（ｇ単位）を示す。図２２Ｃは、２４時間時点での血清からのＣ反応性タンパク質（μｇ／ｍＬ）を示す。図示のデータはいずれも、群平均±標準偏差である。 図２２Ａ〜図２２Ｃは、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４６０）と比較したＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４７４）の反応源性を示す。ウサギ（各群６匹）を０日目に表記の用量相当でｉ．ｍ．免疫化した。図２２Ａは、体温（０日目の免疫化６時間後に測定、華氏）示す。図２２Ｂは、０日目と１日目の間に測定した摂餌量（ｇ単位）を示す。図２２Ｃは、２４時間時点での血清からのＣ反応性タンパク質（μｇ／ｍＬ）を示す。図示のデータはいずれも、群平均±標準偏差である。 図２２Ａ〜図２２Ｃは、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４６０）と比較したＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４７４）の反応源性を示す。ウサギ（各群６匹）を０日目に表記の用量相当でｉ．ｍ．免疫化した。図２２Ａは、体温（０日目の免疫化６時間後に測定、華氏）示す。図２２Ｂは、０日目と１日目の間に測定した摂餌量（ｇ単位）を示す。図２２Ｃは、２４時間時点での血清からのＣ反応性タンパク質（μｇ／ｍＬ）を示す。図示のデータはいずれも、群平均±標準偏差である。 ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４６０）と比較したＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４７４）での免疫化後のＰＲ８特異的ＩｇＧを示す。ウサギ（各群６匹）を０日目に表記の用量相当でｉ．ｍ．免疫化した。２１日目に採血し、ＰＲ８ウイルスに対するＩｇＧについて血清を分析した。ＥＬＩＳＡプレートにウイルス（２０５ＨＡＵ／ｍＬ）を標準曲線のポリクローナルＩｇＧと一緒にコーティングした。４パラメータのロジスティック式で標準曲線フィットを用いてウイルス特異的ＩｇＧを計算した。データについては、群平均ＩｇＧ（μｇ／ｍＬ）±標準偏差として表してある。 図２４Ａ〜図２４Ｃは、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８（全長）（配列番号４６０）と比較したＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ ＰＲ８（Ｒ０）（配列番号４７４）の反応源性／免疫原性比を示す。ＰＲ８特異的ＩｇＧ（Ｘ軸）を実測反応源性に対してプロットした。図２４Ａは、特異的ＩｇＧｖｓ．体温を示す。図２４Ｂは、特異的ＩｇＧｖｓ．摂餌量を示す。図２４Ｃは、特異的ＩｇＧｖｓ．Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）を示す。結果についてはいずれも、群平均±標準偏差として示してある。 図２４Ａ〜図２４Ｃは、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８（全長）（配列番号４６０）と比較したＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ ＰＲ８（Ｒ０）（配列番号４７４）の反応源性／免疫原性比を示す。ＰＲ８特異的ＩｇＧ（Ｘ軸）を実測反応源性に対してプロットした。図２４Ａは、特異的ＩｇＧｖｓ．体温を示す。図２４Ｂは、特異的ＩｇＧｖｓ．摂餌量を示す。図２４Ｃは、特異的ＩｇＧｖｓ．Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）を示す。結果についてはいずれも、群平均±標準偏差として示してある。 図２４Ａ〜図２４Ｃは、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８（全長）（配列番号４６０）と比較したＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ ＰＲ８（Ｒ０）（配列番号４７４）の反応源性／免疫原性比を示す。ＰＲ８特異的ＩｇＧ（Ｘ軸）を実測反応源性に対してプロットした。図２４Ａは、特異的ＩｇＧｖｓ．体温を示す。図２４Ｂは、特異的ＩｇＧｖｓ．摂餌量を示す。図２４Ｃは、特異的ＩｇＧｖｓ．Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）を示す。結果についてはいずれも、群平均±標準偏差として示してある。 １０匹のＢＡＬＢ／ｃマウスでのＡ／ＰＲ／８／３４ウイルス群での変化後の、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４６０）、ＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４７４）またはＦ１４７緩衝液で表記の用量にて０日目と１４日目にＳ．Ｃ．免疫化し、ＬＤ９０のＡ／ＰＲ／８／３４を３４日目にｉ．ｎ．（鼻腔内）チャレンジしたワクチン接種マウスの生存を示す。動物を体重減少と死亡率について２１日間毎日観察した。 ＳＴＦ２．ＨＡ１ ＳＩで免疫化したマウス由来の血清の中和抗体力価を示す。結果は、各群での１５の個々の血清における幾何平均±９５％ＣＩ（バー）ならびに、個々のマウスでの結果を示している。 ＳＴＦ２．ＨＡ１ ＳＩで免疫化したマウス由来の追加免疫後血清の中和抗体力価を示す。血清を回収し、マイクロ中和アッセイを用いて中和力価を評価した。結果は、各群での１５の個々の血清における幾何平均を示す。バーの上のアスタリスクは、ＡＮＯＶＡ／テューキー検定を用いてナイーブ群と比較した場合の有意な応答を示す。括弧で結んだ群もＡＮＯＶＡ／テューキー検定で比較し、統計的に異なることが明らかになった。アスタリスクは、ＡＮＯＶＡでの＊＝ｐ＜０．０５；＊＊＝ｐ＜０．０１；および＊＊＊＝ｐ＜０．００１で有意性のレベルを示す。 ウサギにおけるＳＴＦ２．ＨＡ１ ＳＩに対するＳＩ ＨＡ特異的ＩｇＧ応答を示す。各群で６匹のウサギに対し、ＳＴＦ２．ＨＡ１ ＳＩを表記の用量で０日目と２１日目に用いて２回免疫化した。−１日目（採血前）、２１日目（予備刺激後、上のパネル）、２８日目（追加免疫７日後、下のパネル）に、血清を回収した。１：２５から１：３９，０６２５の希釈率でＨＡ１−１（ＳＩ）（バキュロウイルス，１μｇ／ｍＬ）をコーティングしたプレートに、血清を結合させた。ＨＡ特異的ＩｇＧのＯＤ値を、４パラメータのロジスティック曲線でポリクローナルＩｇＧフィットの標準曲線を用いてμｇ／ｍｌに変換した（Ｓｏｆｔｍａｘ Ｐｒｏ ５．２、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ）。採血前の値を各群から引く。図示のデータは１群あたり６匹のウサギの平均＋／−標準偏差である。 ウサギにおけるＳＴＦ２．ＨＡ１ ＳＩに対するＳＩ ＨＡ特異的ＩｇＧ応答を示す。各群で６匹のウサギに対し、ＳＴＦ２．ＨＡ１ ＳＩを表記の用量で０日目と２１日目に用いて２回免疫化した。−１日目（採血前）、２１日目（予備刺激後、上のパネル）、２８日目（追加免疫７日後、下のパネル）に、血清を回収した。１：２５から１：３９，０６２５の希釈率でＨＡ１−１（ＳＩ）（バキュロウイルス，１μｇ／ｍＬ）をコーティングしたプレートに、血清を結合させた。ＨＡ特異的ＩｇＧのＯＤ値を、４パラメータのロジスティック曲線でポリクローナルＩｇＧフィットの標準曲線を用いてμｇ／ｍｌに変換した（Ｓｏｆｔｍａｘ Ｐｒｏ ５．２、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ）。採血前の値を各群から引く。図示のデータは１群あたり６匹のウサギの平均＋／−標準偏差である。 ＳＴＦ２．ＨＡ１ ＳＩ（ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＳＩ）としても知られる）またはＦｌｕｖｉｒｉｎ（登録商標）で免疫化したウサギ由来の追加免疫後血清の中和Ａｂ力価を示す。各群で６匹のウサギに対し、ＳＴＦ２．ＨＡ１ ＳＩまたはＦｌｕｖｉｒｉｎ（登録商標）を表記の用量で０日目と２１日目に用いて２回ｉ．ｍ．免疫化した。血清を追加免疫用量の７日後に回収し、マイクロ中和アッセイを用いて中和力価を評価した。結果は、各群での６つの個々の血清の幾何平均を示す。バーの上のアスタリスクは、ＡＮＯＶＡ／テューキー検定を用いてナイーブ群と比較した場合の有意な応答を示す。括弧で結んだ群も同じ検定で比較し、統計的に異なることが明らかになった。アスタリスクは、ＡＮＯＶＡ／テューキー検定での＊＝ｐ＜０．０５；＊＊＝ｐ＜０．０１；および＊＊＊＝ｐ＜０．００１で有意性のレベルを示す。ＣＤＣから得たフェレットの参照抗血清を陽性対照として含め、力価をグラフの下にあげておく。 ウサギにおいてＳＴＦ２．ＨＡ１ ＳＩが摂餌量におよぼす影響を示す。６匹のウサギからなる群に、表記の用量のＳＴＦ２．ＨＡ１ ＳＩ（ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＳＩ）としても知られる）を０日目にｉ．ｍ．注射した。０日目から１日目に摂餌量を監視した。データについては、群平均摂餌量±ＳＤとして表してある。 ウサギにおいてＳＴＦ２．ＨＡ１ ＳＩがＣＲＰレベルに対しておよぼす影響を示す。６匹のウサギからなる群に、表記の用量のＳＴＦ２．ＨＡ１ ＳＩ（ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＳＩ）としても知られる）を０日目にｉ．ｍ．注射した。ワクチン接種の２４時間後にウサギから採血し、血清を調製し、ＣＲＰを測定した（Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｃｏｎｓｕｌｔａｎｔｓ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ， Ｎｅｗｂｅｒｇ， ＯＲ）。データについては、群平均ＣＲＰ＋ＳＤとして表してある。 ウサギにおいてＳＴＦ２．ＨＡ１ ＳＩが体温に対しておよぼす影響を示す。６匹のウサギからなる群に、表記の用量のＳＴＦ２．ＨＡ１ ＳＩをｉ．ｍ．注射した。ワクチン接種後２時間、体温を監視した。データについては、平均体温±標準偏差として表してある。緩衝液単独を与えられた群から基線体温を得たところ、約１０２．５°Ｆであった。 ＳＴＦ２．ＨＡ１ ＳＩでの免疫化後の経時的な体温上昇を示す。ウサギにＦ１４７緩衝液または１５０μｇのＳＴＦ２．ＨＡ１ ＳＩをｉ．ｍ．免疫化した。表記の時点で皮下チップ系を用いて体温を測定した。結果については、６匹の動物の群平均として表してある。 ＳＴＦ２．ＨＡ１ ＳＩが体温に対しておよぼす影響を示す。ウサギに、表記の用量のＳＴＦ２．ＨＡ１ ＳＩをｉ．ｍ．免疫化した。Ｆ１４７緩衝液を０として表す。免疫化の６時間後に体温を経直腸的に測定した。データは、群平均プラス標準偏差で示したものである。 ウサギ追加免疫後免疫血清の段階希釈によるＡ／ソロモン諸島／３／０６の中和を示す。ＲＤＥ処理血清試料をＡ／ソロモン諸島／３／２００６ウイルスと同時インキュベートした後、ＭＤＣＫ細胞と同時インキュベートし、抗インフルエンザＡ型ＮＰ抗体を用いるＥＬＩＳＡを実施したことを示す。中和抗体力価については、陰性対照および陽性対照のＯＤ値から算出した特異的シグナルを上回る希釈数の逆数として定義する。データについては、（Ｎ＝６）を超える奏功率で自然なｌｏｇ（ＬＮ、中和力価）の平均±ＳＤとして示した。 ＶＡＸ１２５臨床血清のマイクロ中和力価を示す。血清試料をソロモン諸島ウイルスと混合した後、ＭＤＣＫ細胞に加えた。２０時間のインキュベーション後、細胞を溶解させ、核タンパク質（ＮＰ）の発現を染色してウイルス複製を定量化した。ウイルス複製を≧５０％まで減らした最高希釈数としてマイクロ中和力価を求めた。結果を個々の被検体力価として示し、バーは群の幾何平均を表している。 ＥＬＩＳＡによるＨＡ−およびフラジェリン特異的ＩｇＧを示す。血清を希釈し、組換えＨＡ１−１またはＳＴＦ２のいずれかをコーティングしたプレートでインキュベートした。抗ヒトＨＲＰおよびＴＭＢを用いて抗原特異的ＩｇＧを検出した。４パラメータのロジスティック式を用いて標準曲線から特異的ＩｇＧを算出した。データを群平均として示す。エラーバーは、平均（ＳＥＭ）の標準誤差を表している。 ＥＬＩＳＡによるＨＡ−およびフラジェリン特異的ＩｇＧを示す。血清を希釈し、組換えＨＡ１−１またはＳＴＦ２のいずれかをコーティングしたプレートでインキュベートした。抗ヒトＨＲＰおよびＴＭＢを用いて抗原特異的ＩｇＧを検出した。４パラメータのロジスティック式を用いて標準曲線から特異的ＩｇＧを算出した。データを群平均として示す。エラーバーは、平均（ＳＥＭ）の標準誤差を表している。 個々の被検体において０．３μｇ用量のＶＡＸ１０２または偽薬のｉ．ｍ．投与後のＭ２ｅ特異的ＩｇＧを示す。 個々の被検体において１．０μｇ用量のＶＡＸ１０２または偽薬のｉ．ｍ．投与後のＭ２ｅ特異的ＩｇＧを示す。 ２用量のＶＡＸ１０２を０日目と２８日目に投与した４２日後に測定した幾何平均力価（ＧＭＴ）によって規定されるＭ２ｅ抗体曲線を示す。 多用量での投与量および投与経路のＭ２ｅ特異的ＩｇＧ ＧＭＴを示す。 さまざまな投与経路および用量でのＭ２ｅ特異的ＩｇＧ（群平均）を示す。ｉ．ｄ．＝皮内。ｓ．ｃ．＝皮下。ｉ．ｍ．＝筋肉内。 さまざまな投与経路および用量でのＭ２ｅ特異的ＩｇＧ（群平均）を示す。ｉ．ｄ．＝皮内。ｓ．ｃ．＝皮下。ｉ．ｍ．＝筋肉内。 さまざまな投与経路および用量でのＭ２ｅ特異的ＩｇＧ（群平均）を示す。ｉ．ｄ．＝皮内。ｓ．ｃ．＝皮下。ｉ．ｍ．＝筋肉内。 図４２Ａ〜図４２Ｃは、免疫原性研究＃２でのＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＧ融合タンパク質に対するＩｇＧ抗体応答を示す。図４２Ａ−対照−免疫化マウス。図４２Ｂ−ＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＧ１３０−２３０（配列番号６２１）で免疫化したマウス。図４２Ｃ−ＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＧ１３０−２３０（配列番号６２１）で免疫化したマウス。ＥＬＩＳＡプレートにＲＳＶＧペプチドＨＰＥＶＦＮＦＶＰＣＳＩＣＳＮＮＰＴＣＷＡＩＣＫＲＩ（配列番号６２７）をコーティングした。 図４２Ａ〜図４２Ｃは、免疫原性研究＃２でのＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＧ融合タンパク質に対するＩｇＧ抗体応答を示す。図４２Ａ−対照−免疫化マウス。図４２Ｂ−ＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＧ１３０−２３０（配列番号６２１）で免疫化したマウス。図４２Ｃ−ＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＧ１３０−２３０（配列番号６２１）で免疫化したマウス。ＥＬＩＳＡプレートにＲＳＶＧペプチドＨＰＥＶＦＮＦＶＰＣＳＩＣＳＮＮＰＴＣＷＡＩＣＫＲＩ（配列番号６２７）をコーティングした。 図４２Ａ〜図４２Ｃは、免疫原性研究＃２でのＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＧ融合タンパク質に対するＩｇＧ抗体応答を示す。図４２Ａ−対照−免疫化マウス。図４２Ｂ−ＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＧ１３０−２３０（配列番号６２１）で免疫化したマウス。図４２Ｃ−ＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＧ１３０−２３０（配列番号６２１）で免疫化したマウス。ＥＬＩＳＡプレートにＲＳＶＧペプチドＨＰＥＶＦＮＦＶＰＣＳＩＣＳＮＮＰＴＣＷＡＩＣＫＲＩ（配列番号６２７）をコーティングした。 図４３Ａ〜図４３Ｂは、ホールセルＲＳＶ ＥＬＩＳＡアッセイを用いる研究＃２におけるＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＧ融合タンパク質に対するＩｇＧ抗体応答を示す。図４３Ａ−ＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＧ１３０−２３０（配列番号６２１）で免疫化したマウス。図４３Ｂ−ＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＧ６６−２９８（配列番号５７１）で免疫化したマウス。 図４３Ａ〜図４３Ｂは、ホールセルＲＳＶ ＥＬＩＳＡアッセイを用いる研究＃２におけるＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＧ融合タンパク質に対するＩｇＧ抗体応答を示す。図４３Ａ−ＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＧ１３０−２３０（配列番号６２１）で免疫化したマウス。図４３Ｂ−ＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＧ６６−２９８（配列番号５７１）で免疫化したマウス。 図４４Ａ〜図４４Ｂは、ホールセルＥＬＩＳＡアッセイでの免疫原性研究＃３におけるＲＳＶＦ．ＳＴＦ２Ｈｉｓ６（配列番号６１５）に対するＩｇＧ抗体応答を示す。 図４４Ａ〜図４４Ｂは、ホールセルＥＬＩＳＡアッセイでの免疫原性研究＃３におけるＲＳＶＦ．ＳＴＦ２Ｈｉｓ６（配列番号６１５）に対するＩｇＧ抗体応答を示す。 ＲＳＶＦ．ＳＴＦ２Ｈｉｓ６（配列番号６１５）のＲＳＶウイルス中和アッセイでの免疫原性を示す。 図４６Ａ〜図４６Ｄは、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイで判定した、免疫原性研究＃１においてＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＭ２（配列番号６２５）によって誘導されたＴ細胞応答を示す。図４６Ａ−ＩＦＮγ（一次）。図４６Ｂ−ＩＬ−４（一次）。図４６Ｃ−ＩＦＮγ（追加免疫）。図４６Ｄ−ＩＬ−５（追加免疫）。 図４６Ａ〜図４６Ｄは、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイで判定した、免疫原性研究＃１においてＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＭ２（配列番号６２５）によって誘導されたＴ細胞応答を示す。図４６Ａ−ＩＦＮγ（一次）。図４６Ｂ−ＩＬ−４（一次）。図４６Ｃ−ＩＦＮγ（追加免疫）。図４６Ｄ−ＩＬ−５（追加免疫）。 図４６Ａ〜図４６Ｄは、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイで判定した、免疫原性研究＃１においてＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＭ２（配列番号６２５）によって誘導されたＴ細胞応答を示す。図４６Ａ−ＩＦＮγ（一次）。図４６Ｂ−ＩＬ−４（一次）。図４６Ｃ−ＩＦＮγ（追加免疫）。図４６Ｄ−ＩＬ−５（追加免疫）。 図４６Ａ〜図４６Ｄは、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイで判定した、免疫原性研究＃１においてＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＭ２（配列番号６２５）によって誘導されたＴ細胞応答を示す。図４６Ａ−ＩＦＮγ（一次）。図４６Ｂ−ＩＬ−４（一次）。図４６Ｃ−ＩＦＮγ（追加免疫）。図４６Ｄ−ＩＬ−５（追加免疫）。 図４７Ａ〜図４７Ｄは、ＤＥＮ ８０％ＥＨｉｓＢｖタンパク質（配列番号６３６）；（配列番号６３８）；（配列番号６４０）および（配列番号６４２）を用いてＥＬＩＳＡで判定した、ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ（１−４）ＥＩＩＩ＋タンパク質（配列番号６２８）；（配列番号６３０）；（配列番号６３２）および（配列番号６３４）での免疫化後にマウスで誘発される血清ＩｇＧ応答を示す。 図４７Ａ〜図４７Ｄは、ＤＥＮ ８０％ＥＨｉｓＢｖタンパク質（配列番号６３６）；（配列番号６３８）；（配列番号６４０）および（配列番号６４２）を用いてＥＬＩＳＡで判定した、ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ（１−４）ＥＩＩＩ＋タンパク質（配列番号６２８）；（配列番号６３０）；（配列番号６３２）および（配列番号６３４）での免疫化後にマウスで誘発される血清ＩｇＧ応答を示す。 図４７Ａ〜図４７Ｄは、ＤＥＮ ８０％ＥＨｉｓＢｖタンパク質（配列番号６３６）；（配列番号６３８）；（配列番号６４０）および（配列番号６４２）を用いてＥＬＩＳＡで判定した、ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ（１−４）ＥＩＩＩ＋タンパク質（配列番号６２８）；（配列番号６３０）；（配列番号６３２）および（配列番号６３４）での免疫化後にマウスで誘発される血清ＩｇＧ応答を示す。 図４７Ａ〜図４７Ｄは、ＤＥＮ ８０％ＥＨｉｓＢｖタンパク質（配列番号６３６）；（配列番号６３８）；（配列番号６４０）および（配列番号６４２）を用いてＥＬＩＳＡで判定した、ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ（１−４）ＥＩＩＩ＋タンパク質（配列番号６２８）；（配列番号６３０）；（配列番号６３２）および（配列番号６３４）での免疫化後にマウスで誘発される血清ＩｇＧ応答を示す。 図４８Ａ〜図４８Ｄは、ＥＬＩＳＡで判定した、非相同ＤＥＮ ８０％ＥＨｉｓＢｖタンパク質に対する免疫血清ＩｇＧ交差反応性を示す。 図４８Ａ〜図４８Ｄは、ＥＬＩＳＡで判定した、非相同ＤＥＮ ８０％ＥＨｉｓＢｖタンパク質に対する免疫血清ＩｇＧ交差反応性を示す。 図４８Ａ〜図４８Ｄは、ＥＬＩＳＡで判定した、非相同ＤＥＮ ８０％ＥＨｉｓＢｖタンパク質に対する免疫血清ＩｇＧ交差反応性を示す。 図４８Ａ〜図４８Ｄは、ＥＬＩＳＡで判定した、非相同ＤＥＮ ８０％ＥＨｉｓＢｖタンパク質に対する免疫血清ＩｇＧ交差反応性を示す。 図４９Ａ、図４９Ｂ 図４９Ａ、図４９Ｂ ５０Ａおよび５０Ｂは、個々に（一価製剤）または四価製剤における組み合わせでＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ（１−４）ＥＩＩＩ＋タンパク質（配列番号６２８）；（配列番号６３０）；（配列番号６３２）および（配列番号６３４）での免疫化後にマウスで誘発される血清ＩｇＧ応答を示す。ＤＥＮ ８０％ＥＨｉｓＢｖタンパク質（配列番号６３６）；（配列番号６３８）；（配列番号６４０）および（配列番号６４２）を用いてＥＬＩＳＡで判定した場合。 ５０Ａおよび５０Ｂは、個々に（一価製剤）または四価製剤における組み合わせでＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ（１−４）ＥＩＩＩ＋タンパク質（配列番号６２８）；（配列番号６３０）；（配列番号６３２）および（配列番号６３４）での免疫化後にマウスで誘発される血清ＩｇＧ応答を示す。ＤＥＮ ８０％ＥＨｉｓＢｖタンパク質（配列番号６３６）；（配列番号６３８）；（配列番号６４０）および（配列番号６４２）を用いてＥＬＩＳＡで判定した場合。 ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ２ＥＩＩＩ＋タンパク質（配列番号６３０）での免疫化後に誘発されたデング中和抗体を示す。ＰＲＮＴアッセイで判定した場合。 図５２Ａおよび図５２Ｂは、ＩＦＮ−γ−陽性細胞（図５２Ａ）およびＩＬ−５−陽性細胞（図５２Ｂ）のＥＬＩＳＰＯＴアッセイによる、ＳＴＦ２．ＨＰＶ１６ Ｅ６（配列番号６７９）での１回の免疫化後のマウスでのＨＰＶ１６ Ｅ６抗原特異的Ｔ細胞応答を示す。 図５２Ａおよび図５２Ｂは、ＩＦＮ−γ−陽性細胞（図５２Ａ）およびＩＬ−５−陽性細胞（図５２Ｂ）のＥＬＩＳＰＯＴアッセイによる、ＳＴＦ２．ＨＰＶ１６ Ｅ６（配列番号６７９）での１回の免疫化後のマウスでのＨＰＶ１６ Ｅ６抗原特異的Ｔ細胞応答を示す。 図５３Ａおよび図５３Ｂは、ＩＦＮ−γ−陽性細胞（図５２Ａ）およびＩＬ−５−陽性細胞（図５２Ｂ）のＥＬＩＳＰＯＴアッセイによる、ＳＴＦ２．ＨＰＶ１６ Ｅ６（配列番号６７９）での２免疫化後のマウスにおけるＨＰＶ１６ Ｅ６抗原特異的Ｔ細胞応答を示す。 図５３Ａおよび図５３Ｂは、ＩＦＮ−γ−陽性細胞（図５２Ａ）およびＩＬ−５−陽性細胞（図５２Ｂ）のＥＬＩＳＰＯＴアッセイによる、ＳＴＦ２．ＨＰＶ１６ Ｅ６（配列番号６７９）での２免疫化後のマウスにおけるＨＰＶ１６ Ｅ６抗原特異的Ｔ細胞応答を示す。 ドメイン０、１、２、３を含む全長フラジェリン（ＦＬ）および融合タンパク質のドメイン（Ｄ０、Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３）と、フラジェリンのカルボキシ末端に融合された抗原（Ａｇ）（Ｙｏｎｅｋｕｒａ，ら， Ｎａｔｕｒｅ ４２４： ６４３〜６５０ （２００３））を示す。 フラジェリンコンストラクト（配列番号２８）のドメイン（Ｄ０、Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３）と、抗原（Ａｇ）と融合した、フラジェリンのアミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、ドメイン３、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１を配列に含む融合タンパク質とを示す。このフラジェリンコンストラクトを本明細書では「Ｒ０コンストラクト」と呼ぶ。 フラジェリンコンストラクト（配列番号２９）のドメイン（Ｄ０、Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３）と、フラジェリンのアミノ−ドメイン０、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１、カルボキシ−ドメイン０を配列に含む融合タンパク質とを示す。フラジェリンコンストラクトのドメイン２のアミノ末端とカルボキシ末端との間に、抗原（Ａｇ）が挿入されている。本明細書ではフラジェリンコンストラクトを「Ｒ３コンストラクト」と呼ぶ。配列番号２９は、融合抗原の場所が異なるＲ３コンストラクトおよびＤ３コンストラクトのアミノ酸配列である。 フラジェリンコンストラクト（配列番号２９）のドメイン（Ｄ０、Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３）と、抗原（Ａｇ）に融合した、フラジェリンのアミノ−ドメイン０、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１、カルボキシ−ドメイン０を配列に含む融合タンパク質とを示す。抗原（Ａｇ）は、フラジェリンコンストラクトのカルボキシ−ドメイン０の末端アミノ酸と融合されている。このフラジェリンコンストラクトを本明細書では「Ｄ３コンストラクト」と呼ぶ。 フラジェリンコンストラクト（配列番号３０）のドメイン（Ｄ０、Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３）と、フラジェリンのアミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１を配列に含む融合タンパク質とを示す。抗原（Ａｇ）は、フラジェリンコンストラクトのアミノ−ドメイン２とカルボキシ−ドメイン２との間に融合されている。このフラジェリンコンストラクトを本明細書では「Ｒ３Ｄ０コンストラクト」と呼ぶ。 フラジェリンコンストラクト（配列番号３０）のドメイン（Ｄ０、Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３）と、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１を配列に含む融合タンパク質とを示す。２つの抗原（Ａｇ）は配列番号３０で示す融合タンパク質にある。抗原は、フラジェリンコンストラクトのアミノ−ドメイン２とカルボキシ−ドメイン２との間に融合され、別の抗原がフラジェリンコンストラクトのカルボキシ−ドメイン１と融合されている。このフラジェリンコンストラクトを本明細書では「Ｒ０３コンストラクト」と呼ぶ。 フラジェリンコンストラクト（配列番号２９）のドメイン（Ｄ０、Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３）と、フラジェリンのアミノ−ドメイン０、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１、カルボキシ−ドメイン０を配列に含む融合タンパク質とを示す。２つの抗原（Ａｇ）は融合タンパク質にある。抗原は、フラジェリンコンストラクトのアミノ−ドメイン２とカルボキシ−ドメイン２の間に融合されている。もうひとつの抗原は、フラジェリンコンストラクトのドメイン０のカルボキシ−末端アミノ酸と融合されている。このフラジェリンコンストラクトを本明細書では「Ｒ３−２ｘＡｇコンストラクト」と呼ぶ。 フラジェリンコンストラクト（配列番号３１）のドメイン（Ｄ０、Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３）と、抗原（Ａｇ）と融合されたフラジェリンのアミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１、カルボキシ−ドメイン０を配列に含む融合タンパク質とを示す。このフラジェリンコンストラクトを本明細書では「Ｄ３Ｎコンストラクト」と呼ぶ。 フラジェリンコンストラクト（配列番号３２）のドメイン（Ｄ０、Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３）と、フラジェリンのアミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１を配列に含む融合タンパク質を示す。このフラジェリンコンストラクトには、カルボキシ−ドメイン０の一部、たとえば、アミノ酸配列ＶＰＱＮＶＬＳＬＬＡ（配列番号６９３）が欠けている。抗原は、フラジェリンコンストラクトのカルボキシ−末端アミノ酸と融合されている。このフラジェリンコンストラクトを本明細書では「Ｄ３ＮＣｓコンストラクト」と呼ぶ。 フラジェリンコンストラクト（配列番号３３）のドメイン（Ｄ０、Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３）と、抗原（Ａｇ）と融合したフラジェリンのアミノ−ドメイン１およびカルボキシ−ドメイン１を配列に含む融合タンパク質を示す。抗原は、フラジェリンコンストラクトのカルボキシ−ドメイン１のカルボキシ−末端アミノ酸と融合されている。このフラジェリンコンストラクトを本明細書では「Ｄ０Ｄ２Ｄ３コンストラクト」または「Ｄ１コンストラクト」と呼ぶ。 フラジェリンと、ＲＳＶ Ｆ タンパク質の一部とを含む融合タンパク質を示す。 ＲＳＶ Ｆ タンパク質におけるジスルフィド結合を示す（Ｓｍｉｔｈ，ら， Ｐｒｏｔ． Ｅｎｇ． １５：３６５〜３７１ （２００１））。 ＲＳＶ Ｇ タンパク質（配列番号５４４）を示す。 ＨＰＶ１６ゲノムを示す。 ＨＰＶゲノム、ｍＲＮＡ、タンパク質を示す。
本発明のステップまたは本発明の要素の組み合わせのいずれかで、本発明の特徴および他の詳細事項について一層詳細に説明し、特許請求の範囲で指摘する。本発明の特定の実施形態は、一例として示したものにすぎず、本発明を限定するものではないことは理解できよう。本発明の原理上の特徴は、本発明の範囲から逸脱することなくさまざまな実施形態に利用可能である。
本発明は主に、インフルエンザウイルス抗原（赤血球凝集素（ＨＡ）タンパク質、マトリクス２（Ｍ２）タンパク質、ノイラミニダーゼなど）、呼吸器多核体ウイルス（ＲＳＶ）抗原（融合タンパク質、付着糖タンパク質など）、パピローマウイルス抗原（Ｅ６タンパク質、Ｅ７タンパク質、Ｌ１タンパク質、Ｌ２タンパク質などのヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）など）、フラビウイルスのウイルス抗原（デングウイルス抗原、ウエストナイルウイルス抗原など）などのウイルス抗原を含む組成物、これらのウイルス抗原を含む融合タンパク質、本明細書に記載の組成物を用いる被検体において保護免疫応答などの免疫応答を刺激する方法に関するものである。
一実施形態では、本発明は、配列番号２９からの挿入または欠失を含めて配列番号２９（Ｒ３コンストラクト）に示すような近接アミノ酸配列との同一性が少なくとも約５０．０％のアミノ酸配列であって、単離されたアミノ酸配列がＴｏｌｌ様受容体５（ＴＬＲ５）を活性化する、アミノ酸配列である。配列番号２９に対する同一性が、たとえば、少なくとも約５０．０％、少なくとも約６０．０％、少なくとも約７０．０％、少なくとも約８０．０％、少なくとも約８５．０％、少なくとも約８８．０％、少なくとも約９０．０％、少なくとも約９５．０％、少なくとも約９８．０％または少なくとも約９９．０％のアミノ酸配列を、本発明の組成物、融合タンパク質、方法に使用可能である。配列番号２９に対する同一性が少なくとも約５０．０％の代表的なアミノ酸配列として、配列番号７７０〜７７５があげられる。
８４、９１、９５、３２２、３２６からなる群から選択される配列番号２９の少なくとも１つのアミノ酸残基を、アラニン、セリン、グリシン、アスパラギン酸、グルタミン酸、リジンからなる群から選択される少なくとも１つのメンバーなどの天然に生じるアミノ酸以外のアミノ酸で置換することが可能である。本明細書に記載のフラジェリンコンストラクトで置換されたアミノ酸は、ＴＬＲ５に対する相互作用（結合など）に関与すると考えられる。
Ｔｏｌｌ様受容体５を活性化する本明細書に記載のアミノ酸配列（配列番号２９、３０、３１、３２、３３など）に対する同一性を有するアミノ酸配列に関して本明細書で使用する場合の「近接」とは、同一率を共有するアミノ酸配列のどこにも挿入または欠失のないアミノ酸配列を示す。たとえば、配列番号２９に対する同一性が少なくとも５０％であるアミノ酸配列は、配列番号２９と比較したときにアミノ酸配列にギャップ（すなわち欠失）がなく、配列番号２９と比較したときにアミノ酸配列に対する追加のアミノ酸（すなわち挿入）もない。
アミノ酸配列または融合タンパク質を示す場合の「活性化する」とは、アミノ酸配列、融合タンパク質または融合タンパク質の成分（アミノ酸配列など）が、本明細書に記載したようなインターロイキン−８（ＩＬ−８）産生、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）産生、ＮＫ−κＢ活性化といった宿主炎症反応などのＴＬＲ５と関連のある応答を刺激することを意味する（Ｓｍｉｔｈ， Ｋ．Ｄ．ら、 Ｎａｔｕｒｅ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ４：１２４７〜１２５３ （２００３））。
Ｒ３コンストラクトは、本明細書に記載の少なくとも１つの抗原と融合可能である。たとえば、インフルエンザウイルスＨＡ抗原（配列番号４９９）と融合した代表的なＲ３コンストラクト（本明細書では「Ｒ３フラジェリンコンストラクト」または「フラジェリンのＲ３形態」とも呼ぶ）を以下に示す。ＨＡ抗原配列に下線を付してある。
ＳＴＦ２ｆｌｉＣ．Ｒ３ＨＡ１−２（ＳＩ）（配列番号５００）
ＭＡＱＶＩＮＴＮＳＬＳＬＬＴＱＮＮＬＮＫＳＱＳＡＬＧＴＡＩＥＲＬＳＳＧＬＲＩＮＳＡＫＤＤＡＡＧＱＡＩＡＮＲＦＴＡＮＩＫＧＬＴＱＡＳＲＮＡＮＤＧＩＳＩＡＱＴＴＥＧＡＬＮＥＩＮＮＮＬＱＲＶＲＥＬＡＶＱＳＡＮＳＴＮＳＱＳＤＬＤＳＩＱＡＥＩＴＱＲＬＮＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＫＶＬＡＱＤＮＴＬＴＩＱＶＧＡＮＤＧＥＴＩＤＩＤＬＫＱＩＮＳＱＴＬＧＬＤＴＬＮＶＱＱＫＹＫＶＳＤＴＡＡＴＶＴＧＫＧＩＡＰＬＱＬＧＮＣＳＶＡＧＷＩＬＧＮＰＥＣＥＬＬＩＳＲＥＳＷＳＹＩＶＥＫＰＮＰＥＮＧＴＣＹＰＧＨＦＡＤＹＥＥＬＲＥＱＬＳＳＶＳＳＦＥＲＦＥＩＦＰＫＥＳＳＷＰＮＨＴＴＴＧＶＳＡＳＣＳＨＮＧＥＳＳＦＹＫＮＬＬＷＬＴＧＫＮＧＬＹＰＮＬＳＫＳＹＡＮＮＫＥＫＥＶＬＶＬＷＧＶＨＨＰＰＮＩＧＤＱＲＡＬＹＨＫＥＮＡＹＶＳＶＶＳＳＨＹＳＲＫＦＴＰＥＩＡＫＲＰＫＶＲＤＱＥＧＲＩＮＹＹＷＴＬＬＥＰＧＤＴＩＩＦＥＡＮＧＮＬＩＡＰＲＹＡＦＡＬＳＲＧＦＧＳＧＩＩＮＳＮＡＤＬＴＥＡＫＡＡＬＴＡＡＧＶＴＧＴＡＳＶＶＫＭＳＹＴＤＮＮＧＫＴＩＤＧＧＬＡＶＫＶＧＤＤＹＹＳＡＴＱＮＫＤＧＳＩＳＩＮＴＴＫＹＴＡＤＤＧＴＳＫＴＡＬＮＫＬＧＧＡＤＧＫＴＥＶＶＳＩＧＧＫＴＹＡＡＳＫＡＥＧＨＮＦＫＡＱＰＤＬＡＥＡＡＡＴＴＴＥＮＰＬＱＫＩＤＡＡＬＡＱＶＤＴＬＲＳＤＬＧＡＶＱＮＲＦＮＳＡＩＴＮＬＧＮＴＶＮＮＬＴＳＡＲＳＲＩＥＤＳＤＹＡＴＥＶＳＮＭＳＲＡＱＩＬＱＱＡＧＴＳＶＬＡＱＡＮＱＶＰＱＮＶＬＳＬＬＲ
ＳＴＦ２ｆｌｊＢＲ３．ＨＡ１−２（ＳＩ）（配列番号４６５）
ＭＡＱＶＩＮＴＮＳＬＳＬＬＴＱＮＮＬＮＫＳＱＳＡＬＧＴＡＩＥＲＬＳＳＧＬＲＩＮＳＡＫＤＤＡＡＧＱＡＩＡＮＲＦＴＡＮＩＫＧＬＴＱＡＳＲＮＡＮＤＧＩＳＩＡＱＴＴＥＧＡＬＮＥＩＮＮＮＬＱＲＶＲＥＬＡＶＱＳＡＮＳＴＮＳＱＳＤＬＤＳＩＱＡＥＩＴＱＲＬＮＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＫＶＬＡＱＤＮＴＬＴＩＱＶＧＡＮＤＧＥＴＩＤＩＤＬＫＱＩＮＳＱＴＬＧＬＤＳＬＮＶＱＫＡＹＤＶＫＤＴＡＶＴＴＫＡＫＧＩＡＰＬＱＬＧＮＣＳＶＡＧＷＩＬＧＮＰＥＣＥＬＬＩＳＲＥＳＷＳＹＩＶＥＫＰＮＰＥＮＧＴＣＹＰＧＨＦＡＤＹＥＥＬＲＥＱＬＳＳＶＳＳＦＥＲＦＥＩＦＰＫＥＳＳＷＰＮＨＴＴＴＧＶＳＡＳＣＳＨＮＧＥＳＳＦＹＫＮＬＬＷＬＴＧＫＮＧＬＹＰＮＬＳＫＳＹＡＮＮＫＥＫＥＶＬＶＬＷＧＶＨＨＰＰＮＩＧＤＱＲＡＬＹＨＫＥＮＡＹＶＳＶＶＳＳＨＹＳＲＫＦＴＰＥＩＡＫＲＰＫＶＲＤＱＥＧＲＩＮＹＹＷＴＬＬＥＰＧＤＴＩＩＦＥＡＮＧＮＬＩＡＰＲＹＡＦＡＬＳＲＧＦＧＳＧＩＩＮＳＡＶＶＳＡＤＡＫＮＡＬＩＡＧＧＶＤＡＴＤＡＮＧＡＥＬＶＫＭＳＹＴＤＫＮＧＫＴＩＥＧＧＹＡＬＫＡＧＤＫＹＹＡＡＤＹＤＥＡＴＧＡＩＫＡＫＴＴＳＹＴＡＡＤＧＴＴＫＴＡＡＮＱＬＧＧＶＤＧＫＴＥＶＶＴＩＤＧＫＴＹＮＡＳＫＡＡＧＨＤＦＫＡＱＰＥＬＡＥＡＡＡＫＴＴＥＮＰＬＱＫＩＤＡＡＬＡＱＶＤＡＬＲＳＤＬＧＡＶＱＮＲＦＮＳＡＩＴＮＬＧＮＴＶＮＮＬＳＥＡＲＳＲＩＥＤＳＤＹＡＴＥＶＳＮＭＳＲＡＱＩＬＱＱＡＧＴＳＶＬＡＱＡＮＱＶＰＱＮＶＬＳＬＬＡ
大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）Ｒ３．ＨＡ１−２（ＳＩ）（配列番号５０１）
ＭＡＱＶＩＮＴＮＳＬＳＬＩＴＱＮＮＩＮＫＮＱＳＡＬＳＳＳＩＥＲＬＳＳＧＬＲＩＮＳＡＫＤＤＡＡＧＱＡＩＡＮＲＦＴＳＮＩＫＧＬＴＱＡＡＲＮＡＮＤＧＩＳＶＡＱＴＴＥＧＡＬＳＥＩＮＮＮＬＱＲＩＲＥＬＴＶＱＡＳＴＧＴＮＳＤＳＤＬＤＳＩＱＤＥＩＫＳＲＬＤＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＮＶＬＡＫＤＧＳＭＫＩＱＶＧＡＮＤＧＱＴＩＴＩＤＬＫＫＩＤＳＤＴＬＧＬＮＧＦＮＶＮＧＳＧＴＩＡＮＫＡＡＴＩＳＤＫＧＩＡＰＬＱＬＧＮＣＳＶＡＧＷＩＬＧＮＰＥＣＥＬＬＩＳＲＥＳＷＳＹＩＶＥＫＰＮＰＥＮＧＴＣＹＰＧＨＦＡＤＹＥＥＬＲＥＱＬＳＳＶＳＳＦＥＲＦＥＩＦＰＫＥＳＳＷＰＮＨＴＴＴＧＶＳＡＳＣＳＨＮＧＥＳＳＦＹＫＮＬＬＷＬＴＧＫＮＧＬＹＰＮＬＳＫＳＹＡＮＮＫＥＫＥＶＬＶＬＷＧＶＨＨＰＰＮＩＧＤＱＲＡＬＹＨＫＥＮＡＹＶＳＶＶＳＳＨＹＳＲＫＦＴＰＥＩＡＫＲＰＫＶＲＤＱＥＧＲＩＮＹＹＷＴＬＬＥＰＧＤＴＩＩＦＥＡＮＧＮＬＩＡＰＲＹＡＦＡＬＳＲＧＦＧＳＧＩＩＮＳＳＶＴＭＧＧＴＴＹＮＦＫＴＧＡＤＡＧＡＡＴＡＮＡＧＶＳＦＴＤＴＡＳＫＥＴＶＬＮＫＶＡＴＡＫＱＧＴＡＶＡＡＮＧＤＴＳＡＴＩＴＹＫＳＧＶＱＴＹＱＡＶＦＡＡＧＤＧＴＡＳＡＫＹＡＤＮＴＤＶＳＮＡＴＡＴＹＴＤＡＤＧＥＭＴＴＩＧＳＹＴＴＫＹＳＩＤＡＮＮＧＫＶＴＶＤＳＧＴＧＴＧＫＹＡＰＫＶＧＡＥＶＹＶＳＡＮＧＴＬＴＴＤＡＴＳＥＧＴＶＴＫＤＰＬＫＡＬＤＥＡＩＳＳＩＤＫＦＲＳＳＬＧＡＩＱＮＲＬＤＳＡＶＴＮＬＮＮＴＴＴＮＬＳＥＡＱＳＲＩＱＤＡＤＹＡＴＥＶＳＮＭＳＫＡＱＩＩＱＱＡＧＮＳＶＬＡＫＡＮＱＶＰＱＱＶＬＳＬＬＱＧ
枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）．Ｒ３ＨＡ１−２（ＳＩ）（配列番号５０２）
ＭＲＩＮＨＮＩＡＡＬＮＴＳＲＱＬＮＡＧＳＤＳＡＡＫＮＭＥＫＬＳＳＧＬＲＩＮＲＡＧＤＤＡＡＧＬＡＩＳＥＫＭＲＳＱＩＲＧＬＤＭＡＳＫＮＡＱＤＧＩＳＬＩＱＴＳＥＧＡＬＮＥＴＨＳＩＬＱＲＭＳＥＬＡＴＱＡＡＮＤＴＮＴＤＳＤＲＳＥＬＱＫＥＭＤＱＬＡＳＥＶＴＲＩＳＴＤＴＥＦＮＴＫＫＬＬＤＧＴＡＱＮＬＴＦＱＩＧＡＮＥＧＱＴＭＳＬＳＩＮＫＭＤＳＥＳＬＫＶＧＴＴＹＴＶＳＧＫＧＩＡＰＬＱＬＧＮＣＳＶＡＧＷＩＬＧＮＰＥＣＥＬＬＩＳＲＥＳＷＳＹＩＶＥＫＰＮＰＥＮＧＴＣＹＰＧＨＦＡＤＹＥＥＬＲＥＱＬＳＳＶＳＳＦＥＲＦＥＩＦＰＫＥＳＳＷＰＮＨＴＴＴＧＶＳＡＳＣＳＨＮＧＥＳＳＦＹＫＮＬＬＷＬＴＧＫＮＧＬＹＰＮＬＳＫＳＹＡＮＮＫＥＫＥＶＬＶＬＷＧＶＨＨＰＰＮＩＧＤＱＲＡＬＹＨＫＥＮＡＹＶＳＶＶＳＳＨＹＳＲＫＦＴＰＥＩＡＫＲＰＫＶＲＤＱＥＧＲＩＮＹＹＷＴＬＬＥＰＧＤＴＩＩＦＥＡＮＧＮＬＩＡＰＲＹＡＦＡＬＳＲＧＦＧＳＧＩＩＮＳＷＡＤＡＤＤＡＴＮＫＰＡＧＹＹＤＡＧＧＫＶＩＡＳＥＫＬＡＡＤＳＫＶＴＫＧＩＤＩＳＳＳＡＫＡＡＳＳＡＬＴＴＩＫＴＡＩＤＴＶＳＳＥＲＡＫＬＧＡＶＱＮＲＬＥＨＴＩＮＮＬＧＴＳＳＥＮＬＴＳＡＥＳＲＩＲＤＶＤＭＡＳＥＭＭＥＹＴＫＮＮＩＬＴＱＡＳＱＡＭＬＡＱＡＮＱ



アライメントデータ：
アライメント長：６６７
同一性（＊）：３２３は４８．４３％
強く類似（：）：７５が１１．２４％
弱く類似（．）：４４が６．６０％
異なる：２２５が３３．７３％
配列０００１：ｆｌｉＣＲ３ＨＡ１＿２ＳＩ（６２３残基）。
配列０００２：ｆｌｊＢＲ３ＨＡ１＿２ＳＩ（６２８残基）。
配列０００３：ＥｃｏｌｉＲ３ＨＡ１＿２ＳＩ（６６５残基）。
配列０００４：ＢｓｕｂＲ３ＨＡ１＿２ＳＩ（５２６残基）。
ＴＬＲ５を活性化する本発明の組成物および融合タンパク質は、ＴＬＲ１、ＴＬＲ２、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ６、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、ＴＬＲ９、ＴＬＲ１０、ＴＬＲ１１、ＴＬＲ１２からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーを活性化する成分を含み得るものであってもよい。細菌リポペプチドはＴＬＲ１を活性化し、Ｐａｍ３Ｃｙｓ、Ｐａｍ２ＣｙｓはＴＬＲ２を活性化し、ｄｓＲＮＡはＴＬＲ３を活性化し、ＬＢＳ（ＬＰＳ−結合タンパク質）およびＬＰＳ（リポ多糖）はＴＬＲ４を活性化し、イミダゾキノリン（抗ウイルス化合物およびｓｓＲＮＡ）はＴＬＲ７を活性化し、細菌ＤＮＡ（ＣｐＧ ＤＮＡ）はＴＬＲ９を活性化する。ＴＬＲ１およびＴＬＲ６は、リガンド（ＴＬＲアゴニスト、ＴＬＲアンタゴニストなど）の認識にＴＬＲ２とのヘテロ二量体化を必要とする。ＴＬＲ１／２は、トリアシルリポタンパク質（またはＰａｍ３Ｃｙｓなどのリポペプチド）によって活性化されるのに対し、ＴＬＲ６／２はジアシルリポタンパク質（Ｐａｍ２Ｃｙｓなど）によって活性化されるが、いくらかの交差認識が生じることもある。天然リガンドだけでなく、ＴＬＲ７またはＴＬＲ８に特異的なサブクラスのあるイミダゾキノリンをはじめとする合成小分子も、ＴＬＲ７とＴＬＲ８の両方を活性化する。また、モノホスホリル脂質Ａ［ＭＰＬ］などのＴＬＲ４を活性化するＬＰＳの合成類似体もある。
フラジェリンまたは細菌リポタンパク質などの病原体特異的分子パターン（ＰＡＭＰ）は、パターン認識受容体（ＰＲＲ）と結合した場合に、自然免疫応答を発動し得る、微生物に見られるクラスの分子（タンパク質、ペプチド、炭水化物、脂質、リポペプチド、核酸など）を示す。ＰＲＲはＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）であってもよい。
ＴＬＲは、抗原提示細胞（ＡＰＣ）で発現される最もキャラクタライズされているタイプのパターン認識受容体（ＰＲＲ）である。ＡＰＣはＴＬＲを利用して微小環境を調べ、ＴＬＲ、ＰＡＭＰの対応するリガンドを結合することで病原体感染のシグナルを検出する。ＴＬＲが活性化されると、サイトカイン、ケモカイン、他の炎症メディエーターの放出；食細胞の遊出；共刺激分子の発現ならびに、Ｔ細胞に対する抗原の効率的なプロセシングおよび提示につながる重要な細胞機序によって顕在化する、病原体傷害要因に対する防御の第一線である自然免疫応答が発動される。
Ｔｏｌｌ様受容体は、ショウジョウバエ（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ ｍｅｌａｎｇｏｇａｓｔｅｒ） Ｔｏｌｌタンパク質に対する相同性をもとに命名された。Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）は、インターロイキン１受容体と相同な細胞内ドメインおよび細胞外ロイシンリッチリピートドメインによってキャラクタライズされるＩ型膜貫通シグナル受容体タンパク質である。Ｔｏｌｌ様受容体としては、ＴＬＲ１、ＴＬＲ２、ＴＬＲ３、ＴＬＲ４、ＴＬＲ５、ＴＬＲ６、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８、ＴＬＲ９、ＴＬＲ１０、ＴＬＲ１１、ＴＬＲ１２があげられる。
ＴＬＲに対してＰＡＭＰが結合すると、自然免疫経路が活性化される。標的細胞は、主要組織適合遺伝子複合体分子との関連で、抗原ペプチドならびに、細胞表面の同時刺激分子の表示につながることがある。本発明の組成物およびタンパク質は、同時刺激シグナルの産生や表示をはじめ、ＡＰＣの分化と成熟を促進するＴＬＲ（ＴＬＲ５など）を含む。本発明のタンパク質は、ＴＬＲとの相互作用によって内部移行し、リソソーム経路によって処理されて、主要組織適合遺伝子複合体との関連で表面に表示される抗原ペプチドを生成できるものである。
本発明の組成物および融合タンパク質は、共刺激分子の発現、重要なサイトカインおよびケモカインの分泌、Ｔ細胞に対する抗原の効率的なプロセシングおよび提示につながる細胞イベントを発動し得る。上述したように、ＴＬＲは、細菌細胞壁成分（細菌リポタンパク質およびリポ多糖など）、自然免疫応答の発動因子ならびに適応免疫応答の門番役として作用する非メチル化ＣｐＧ残基および細菌フラジェリンを含む細菌ＤＮＡ配列をはじめとするＰＡＭＰを認識する（Ｍｅｄｚｈｉｔｏｖ， Ｒ．ら， Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇｓ Ｈａｒｂ． Ｓｙｍｐ． Ｑｕａｎｔ． Ｂｉｏｌ． ６４：４２９ （１９９９）；Ｐａｓａｒｅ， Ｃ．ら， Ｓｅｍｉｎ， Ｉｍｍｕｎｏｌ １６：２３ （２００４）；Ｍｅｄｚｈｉｔｏｖ， Ｒ．ら， Ｎａｔｕｒｅ ３８８：３９４ （１９９７）；Ｂａｒｔｏｎ， Ｇ．Ｍ．ら， Ｃｕｒｒ． Ｏｐｉｎ． Ｉｍｍｕｎｏｌ １４：３８０ （２００２）；Ｂｅｎｄｅｌａｃ， Ａ．ら， Ｊ． Ｅｘｐ． Ｍｅｄ． １９５：Ｆ１９ （２００２））。
本発明の組成物および融合タンパク質は、被検体の自然免疫系および適応免疫系のシグナル形質導入経路を発動することで、組成物の抗原成分に対する抗体および防御免疫を生成するよう被検体の免疫系を刺激できる。これが、結果として、インフルエンザウイルス、呼吸器多核体ウイルス、パピローマウイルス、フラビウイルスなどのウイルスによる感染を予防することになり、それによって被検体を治療あるいは、被検体を疾患や病気、場合によっては死から守ることになり得る。
もうひとつの実施形態では、本発明は、配列番号３０からの挿入または欠失を含めて配列番号３０（Ｒ３Ｄ０コンストラクト）に示すような近接アミノ酸配列との同一性が少なくとも約５０．０％のアミノ酸配列であって、単離されたアミノ酸配列がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、アミノ酸配列である。配列番号３０に対する同一性が少なくとも約５０．０％の代表的なアミノ酸配列として、配列番号７７６〜７８１があげられる。
３９、４６、５０、２７７、２８１からなる群から選択される配列番号３０の少なくとも１つのアミノ酸残基は、アラニン残基で置換可能である。本明細書に記載の融合タンパク質およびアミノ酸配列のアミノ酸残基の置換は、Ｔｏｌｌ様受容体５結合と、本発明のアミノ酸配列および融合タンパク質によるＴｏｌｌ様受容体５の活性化を維持するアミノ酸配列および融合タンパク質の領域におけるものである。
別の実施形態では、本発明は、配列番号３１からの挿入または欠失を含めて配列番号３１（Ｄ３Ｎコンストラクト）に示すような近接アミノ酸配列との同一性が少なくとも約６０．０％のアミノ酸配列であり、単離されたアミノ酸配列がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、アミノ酸配列である。配列番号３１に対する同一性が少なくとも約６０．０％の代表的なアミノ酸配列として、配列番号７８２〜７８７があげられる。
３９、４６、５０、２７７、２８１からなる群から選択される配列番号３１の少なくとも１つのアミノ酸残基は、アラニン残基で置換可能である。
さらにもうひとつの実施形態では、本発明は、配列番号３２からの挿入または欠失を含めて配列番号３２（Ｄ３ＮＣｓコンストラクト）に示すような近接アミノ酸配列との同一性が少なくとも約６０．０％であるアミノ酸配列であって、単離されたアミノ酸配列がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、アミノ酸配列である。配列番号３２に対する同一性が少なくとも約６０．０％の代表的なアミノ酸配列として、配列番号７８８〜７９３があげられる。
３９、４６、５０、２７７、２８１からなる群から選択される配列番号３２の少なくとも１つのアミノ酸残基は、アラニン残基で置換可能である。
もうひとつの実施形態では、本発明は、配列番号３３からの挿入または欠失を含めて配列番号３３（Ｄ１コンストラクト）に示すような近接アミノ酸配列との同一性が少なくとも約６０．０％のアミノ酸配列であって、単離されたアミノ酸配列がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、アミノ酸配列である。配列番号３３に対する同一性が少なくとも約６０．０％の代表的なアミノ酸配列として、配列番号７９４〜７９９があげられる。
３８、４５、４９、１３９、１４３からなる群から選択される配列番号３３の少なくとも１つのアミノ酸残基は、アラニン残基で置換されている。
さらにもうひとつの実施形態では、本発明は、配列番号２９（Ｒ３）、配列番号３０（Ｒ３Ｄ０）、配列番号３１（Ｄ３Ｎ）、配列番号３２（Ｄ３ＮＣｓ）、配列番号３３（Ｄ１）からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーに示すようなアミノ酸配列である。
さらに別の実施形態では、本発明は、配列番号２８（Ｒ０コンストラクト）に示すような少なくとも１つのアミノ酸配列と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部と、を配列に含む融合タンパク質であって、３９、４６、５０、３７８、３８２からなる群から選択される配列番号２８の少なくとも１つのアミノ酸残基がアラニン残基で置換され、融合タンパク質がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、融合タンパク質である。
図５５は、フラジェリンコンストラクト（融合タンパク質のフラジェリン成分など）のドメイン（Ｄ０、Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３）と、抗原（Ａｇ）と融合した、アミノ−ドメイン１（本明細書では「Ｄ１Ｎ」とも呼ぶ）、アミノ−ドメイン２（本明細書では「Ｄ２Ｎ」とも呼ぶ）、ドメイン３（本明細書では「Ｄ３」とも呼ぶ）、カルボキシ−ドメイン２（本明細書では「Ｄ２Ｃ」とも呼ぶ）、カルボキシ−ドメイン１（本明細書では「Ｄ１Ｃ」とも呼ぶ）を配列に含む融合タンパク質（配列番号２８）とを示す。図５５に示す融合タンパク質のフラジェリン成分には、フラジェリンのアミノ−およびカルボキシ−Ｄ０ドメイン（本明細書ではそれぞれ「Ｄ０Ｎ」および「Ｄ０Ｃ」と呼ぶ）が欠けており、本明細書ではこれを「Ｒ０コンストラクト」または「フラジェリンのＲ０形態」または「Ｒ０フラジェリンコンストラクト」と呼ぶ。「Ｒ０（Ｒｅｐｌａｃｅドメイン０）コンストラクト」とは、本明細書で使用する場合、本明細書に記載の抗原でＲｅｐｌａｃｅ（置換）されたフラジェリンのドメイン０を意味する。
「融合タンパク質」とは、本明細書で使用する場合、２つの成分の結合（本明細書では「融合」またはリンク」とも呼ぶ）（ＴＬＲ５、ウイルス抗原の少なくとも一部を活性化するアミノ酸配列など）によって生成されるタンパク質を示す。本発明の融合タンパク質は、組換えＤＮＡ技術または融合タンパク質成分の化学的コンジュゲーションによって生成可能なものである。組換えＤＮＡ技術および化学的コンジュゲーションの手法は十分に確立された手法であり、当業者間で周知である。Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストを含む融合タンパク質を生成するための代表的な手法は、本明細書に記載してあり、また、米国特許出願第１１／７１４，６８４号明細書および同第１１／７１４，８７３号明細書（両方の教示内容全体を参照により本明細書に援用する）にも記載されている。
一実施形態では、融合タンパク質の抗原成分のカルボキシ末端を、融合タンパク質のＴＬＲ５またはフラジェリン成分を活性化するアミノ酸配列のアミノ末端と融合させる。もうひとつの実施形態では、融合タンパク質の抗原成分のアミノ末端を、融合タンパク質のＴＬＲ５またはフラジェリン成分を活性化するアミノ酸配列のカルボキシ末端と融合させる。
「成分」とは、本明細書に記載の融合タンパク質に関して本明細書で使用する場合、融合タンパク質の構成要素を示す。たとえば、「ウイルス抗原成分」とは、本明細書で使用する場合、ウイルス抗原タンパク質の少なくとも一部または全体を含むウイルス抗原部分を示す。同様に、たとえば、「Ｔｏｌｌ様受容体アゴニスト成分」とは、本明細書で使用する場合、少なくとも、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストの少なくとも一部を含む融合タンパク質の部分を示す。Ｔｏｌｌ様受容体アゴニスト成分は、たとえば、Ｒ０コンストラクト、Ｒ３コンストラクト、Ｒ３Ｄ０コンストラクト、Ｄ３Ｎコンストラクト、Ｄ３ＮＣｓコンストラクト、Ｄ１コンストラクトをはじめとするフラジェリン成分であってもよい。「フラジェリン成分」とは、本明細書で使用する場合、少なくとも、フラジェリンの少なくとも一部または全体を含むタンパク質部分を示す。
本発明の融合タンパク質において用いる抗原は、少なくとも１つのウイルスタンパク質抗原の少なくとも一部を含むものであってもよい。ウイルスタンパク質抗原は、インフルエンザウイルスタンパク質抗原（インフルエンザＡ型ウイルスタンパク質抗原、インフルエンザＢ型ウイルスタンパク質抗原、インフルエンザＣ型ウイルスタンパク質抗原）、フラビウイルスタンパク質抗原（ウエストナイルフラビウイルスタンパク質抗原、デングフラビウイルスタンパク質抗原など）、呼吸器多核体ウイルスタンパク質抗原およびパピローマウイルスタンパク質抗原からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーを含み得る。
「少なくとも一部」とは、本発明の融合タンパク質または組成物の成分に関して本明細書で使用する場合、当該成分の一部または全体を意味する。「少なくとも一部」は、「断片」とも呼ばれる。
本発明の組成物および方法において用いるインフルエンザ抗原は、少なくとも１つの内在性膜タンパク質抗原を含み得る。内在性膜タンパク質抗原は、赤血球凝集素膜タンパク質、ノイラミニダーゼ膜タンパク質、マトリクス２膜タンパク質からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーの少なくとも一部などのインフルエンザ内在性膜タンパク質抗原を含むものであってもよい。内在性膜タンパク質は、配列番号２２８〜２８１、２８３〜２９５、４５４、４５６、４８１、４９９、６６２、６６５、８１３、８２６〜８３１からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーなどの少なくとも１つの赤血球凝集素膜タンパク質の少なくとも一部を含むものであってもよい。内在性膜タンパク質は、配列番号２９６、２９８、３００〜３２１、３２３〜３３６、５０７、６６６からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーなどの少なくとも１つのマトリクス２膜タンパク質（配列番号４８５といった少なくとも４つのマトリクス２膜タンパク質など）の少なくとも一部を含むものであってもよい。
本発明の融合タンパク質は、「．」で区切られる融合タンパク質の成分で表記可能である。たとえば、「ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＰＲ８」は、赤血球凝集素タンパク質の一部である、プエルトリコ８株のＨＡ１−２と融合された配列番号２９などのＲ３コンストラクトの１つのアミノ酸配列を含むタンパク質を示す。代表的な本発明の融合タンパク質としては、インフルエンザ抗原（配列番号４５１〜４５３、４６５、４７０、４７１、４７４）；呼吸器多核体ウイルス抗原（配列番号６１５、６２１、６２３、６２５）；パピローマウイルス抗原（配列番号１５７〜１８０、１８７〜１９２、２０４〜２０９、２１６〜２２７）、フラビウイルス抗原（配列番号６２８、６３０、６３２、６３４）、本明細書の配列表に記載して列挙する融合タンパク質があげられる。
本発明の融合タンパク質は、フラジェリンの一部（配列番号２８〜３４など）またはＴｏｌｌ様受容体アゴニストの一部（フラジェリンの少なくとも一部など）といったＴＬＲ５を活性化する２つ、３つ、４つ、５つ、６つまたはそれ以上のアミノ酸配列と、２つ、３つ、４つ、５つ、６つまたはそれ以上の抗原タンパク質と、を含むものであってもよい。２つ以上のＴＬＲアゴニストおよび／または２つ以上のタンパク質が本発明のタンパク質を含む場合、これは「多量体」とも呼ばれる。たとえば、インフルエンザまたはＲＳＶ Ｍ２タンパク質などのＭ２タンパク質の多量体はそれぞれ、配列番号４８５および５５１であり得るが、これを本明細書では４ｘＭ２と呼ぶ。
本発明のタンパク質はさらに、組成物の融合タンパク質の少なくとも１つの成分（抗原タンパク質など）と、タンパク質の少なくとも１つの他の成分（ＴＬＲ５、フラジェリン成分を活性化するアミノ酸配列など）との間のリンカー、タンパク質の少なくとも２つの類似の成分間（２つの抗原間など）のリンカー（アミノ酸リンカーなど）あるいは、これらの任意の組み合わせを含むものであってもよい。リンカーは、融合タンパク質のＴｏｌｌ様受容体アゴニスト成分またはフラジェリン成分と抗原成分との間であってもよい。「リンカー」とは、本発明のタンパク質に関して本明細書で使用する場合、タンパク質の成分が直接には接合されないような形でのタンパク質の成分間のコネクタを示す。たとえば、融合タンパク質の一成分（ＴＬＲ５、フラジェリン成分を活性化するアミノ酸配列など）を、融合タンパク質の別個の成分（抗原など）とリンクさせることが可能である。同様に、リンカーによって、融合タンパク質の少なくとも２つ以上の類似の成分または同様の成分をリンク（２つの（２）Ｒ３配列といったＴＬＲ５を活性化する２つのアミノ酸配列など）させることが可能であり、あるいは、２つの抗原成分がさらに抗原間のリンカーを含むものであってもよい。
上記に加えて、あるいはこれに代えて、本発明の融合タンパク質は、タンパク質の別個の成分間のリンカーと、タンパク質の類似の成分または同様の成分との組み合わせを含むものであってもよい。たとえば、融合タンパク質は、フラジェリンまたはＲ０、Ｒ３、Ｒ３Ｄ０、Ｄ３Ｎ、Ｄ３ＮＣｓまたはＤ１コンストラクトなどの少なくとも２つのＴＬＲアゴニスト（これがさらに、たとえば、２つ以上のフラジェリンコンストラクト間のリンカーを含む）、両者間のリンカーをさらに含む少なくとも２つの抗原タンパク質成分、タンパク質の一方の成分（フラジェリンコンストラクトなど）と抗原などの融合タンパク質の別の別個の成分との間のリンカーあるいは、これらの任意の組み合わせを含み得るものである。
リンカーは、アミノ酸リンカーであってもよい。アミノ酸リンカーは、合成または天然に生じるアミノ酸残基を含み得る。本発明のタンパク質に用いられるアミノ酸リンカーは、リジン残基、グルタミン酸残基、セリン残基、アルギニン残基からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーを含むものであってもよい。
さらにもうひとつの実施形態では、本発明は、配列番号２９（Ｒ３コンストラクト）に示すような少なくとも１つのアミノ酸配列と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部と、を含む融合タンパク質であって、抗原が配列番号２９のアミノ酸残基１９０と１９１の間であり、融合タンパク質がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、融合タンパク質である。
図５６は、フラジェリンコンストラクト（配列番号２９）のドメイン（Ｄ０、Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３）と、フラジェリンのアミノ−ドメイン０、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１、カルボキシ−ドメイン０を配列に含む融合タンパク質とを示す。フラジェリンコンストラクトのアミノ−ドメイン２とカルボキシ−ドメイン２との間に、抗原（Ａｇ）が融合されている。図５６に示す融合タンパク質のフラジェリンコンストラクトには、フラジェリンのＤ３ドメインが欠けており、本明細書ではこれを「Ｒ３コンストラクト」または「フラジェリンのＲ３形態」または「Ｒ３フラジェリンコンストラクト」と呼ぶ。「Ｒ３（Ｒｅｐｌａｃｅドメイン３）コンストラクト」とは、本明細書で使用する場合、フラジェリンのドメイン３が本明細書に記載の抗原でＲｅｐｌａｃｅ（置換）されていることを意味する。ＴＬＲ５を活性化し、なおかつ挿入または欠失がなく近接アミノ酸配列との同一性が少なくとも約５０．０％、少なくとも約６０．０％、少なくとも約８０．０％、少なくとも約８５．０％、少なくとも約９０．０％、少なくとも約９５．０％、少なくとも約９８．０％、少なくとも約９９．０％であるアミノ酸配列（配列番号２９で示す）を、本発明の組成物、融合タンパク質および方法で使用することが可能である。
もうひとつの実施形態では、本発明は、配列番号２９（Ｄ３コンストラクト）に示すような少なくとも１つのアミノ酸配列と少なくとも１つの抗原の少なくとも一部とを配列に含む融合タンパク質であって、融合タンパク質がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、融合タンパク質である。
図５７は、フラジェリン（配列番号２９）の一部のアミノ酸配列のドメイン（Ｄ０、Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３）と、抗原（Ａｇ）に融合した、フラジェリンのアミノ−ドメイン０、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１、カルボキシ−ドメイン０を配列に含む融合タンパク質とを示す。抗原は、フラジェリンコンストラクトのカルボキシ−ドメイン０の末端アミノ酸と融合されている。図５７に示す融合タンパク質のフラジェリン成分には、フラジェリンのＤ３ドメインが欠けており、本明細書ではこれを「Ｄ３コンストラクト」または「フラジェリンのＤ３形態」または「Ｄ３フラジェリンコンストラクト」と呼ぶ。「Ｄ３コンストラクト」とは、本明細書で使用する場合、フラジェリンのＤｏｍａｉｎ（ドメイン）３がフラジェリン成分に欠けており、抗原がフラジェリン成分のドメイン０のカルボキシ末端とリンクしていることを意味する。
別の実施形態では、本発明は、配列番号３０（Ｒ３Ｄ０コンストラクト）に示すような少なくとも１つのアミノ酸配列と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部とを含む融合タンパク質であって、抗原が配列番号３０のアミノ酸残基１４５と１４６の間であり、融合タンパク質がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、融合タンパク質である。
図５８は、フラジェリンコンストラクト（配列番号３０）のドメイン（Ｄ０、Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３）と、フラジェリンのアミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１を配列に含む融合タンパク質とを示す。抗原（Ａｇ）は、フラジェリンのアミノ−ドメイン２とカルボキシ−ドメイン２との間に融合されている。図５８に示す融合タンパク質のフラジェリン成分には、フラジェリンのＤ３ドメインが欠けており、本明細書ではこれを「Ｒ３Ｄ０コンストラクト」または「フラジェリンのＲ３Ｄ０形態」または「Ｒ３Ｄ０フラジェリンコンストラクト」と呼ぶ。「Ｒ３Ｄ０コンストラクト」とは、本明細書で使用する場合、フラジェリンのドメイン３が抗原でＲｅｐｌａｃｅ（置換）され、Ｄｏｍａｉｎ（ドメイン）０が欠けていることを意味する。ＴＬＲ５を活性化し、なおかつ挿入または欠失がなく近接アミノ酸配列との同一性が少なくとも約５０．０％、少なくとも約６０．０％、少なくとも約８０．０％、少なくとも約８５．０％、少なくとも約９０．０％、少なくとも約９５．０％、少なくとも約９８．０％、少なくとも約９９．０％のアミノ酸配列（配列番号３０で示す）を、本発明の組成物および融合タンパク質で使用することが可能である。
さらにもうひとつの実施形態では、本発明は、配列番号３０（ＲＯ３コンストラクト）に示すような少なくとも１つのアミノ酸配列と、少なくとも２つの抗原の少なくとも一部とを含む融合タンパク質であって、少なくとも１つの抗原が配列番号３０のアミノ酸残基１４５と１４６の間であり、少なくとも１つの他の抗原が配列番号３０のアミノ酸残基３１８に融合され、融合タンパク質がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、融合タンパク質である。
図５９は、フラジェリンコンストラクト（配列番号３０）のドメイン（Ｄ０、Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３）と、フラジェリンのアミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１を配列に含む融合タンパク質とを示す。一方の抗原の少なくとも一部はフラジェリンコンストラクトのアミノ−およびカルボキシ−ドメイン２間に融合され、他のひとつの抗原の少なくとも一部がフラジェリンコンストラクトのカルボキシ−ドメイン１と融合されている。図５９に示すフラジェリンコンストラクトには、フラジェリンのＤ３およびＤ０ドメインが欠けており、本明細書ではこれを「Ｒ０３コンストラクト」または「フラジェリンのＲ０３形態」または「Ｒ０３フラジェリンコンストラクト」と呼ぶ。「Ｒ０３コンストラクト」とは、本明細書で使用する場合、フラジェリンのドメイン３が抗原でＲｅｐｌａｃｅ（置換）され、カルボキシ末端ドメイン０が第２の類似の抗原または別個の抗原で置換されていることを意味する。
ＨＡインフルエンザ抗原（ＨＡ１−２（ＳＩ）（配列番号４９９）と融合された代表的なＲ０フラジェリンコンストラクトを以下に示す。ＨＡ抗原配列に下線を付してある。
ＳＴＦ２ｆｌｉＣＲＯ．ＨＡ１−２（ＳＩ）（配列番号５１５）
ＭＧＱＡＩＡＮＲＦＴＡＮＩＫＧＬＴＱＡＳＲＮＡＮＤＧＩＳＩＡＱＴＴＥＧＡＬＮＥＩＮＮＮＬＱＲＶＲＥＬＡＶＱＳＡＮＳＴＮＳＱＳＤＬＤＳＩＱＡＥＩＴＱＲＬＮＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＫＶＬＡＱＤＮＴＬＴＩＱＶＧＡＮＤＧＥＴＩＤＩＤＬＫＱＩＮＳＱＴＬＧＬＤＴＬＮＶＱＱＫＹＫＶＳＤＴＡＡＴＶＴＧＹＡＤＴＴＩＡＬＤＮＳＴＦＫＡＳＡＴＧＬＧＧＴＤＱＫＩＤＧＤＬＫＦＤＤＴＴＧＫＹＹＡＫＶＴＶＴＧＧＴＧＫＤＧＹＹＥＶＳＶＤＫＴＮＧＥＶＴＬＡＧＧＡＴＳＰＬＴＧＧＬＰＡＴＡＴＥＤＶＫＮＶＱＶＡＮＡＤＬＴＥＡＫＡＡＬＴＡＡＧＶＴＧＴＡＳＶＶＫＭＳＹＴＤＮＮＧＫＴＩＤＧＧＬＡＶＫＶＧＤＤＹＹＳＡＴＱＮＫＤＧＳＩＳＩＮＴＴＫＹＴＡＤＤＧＴＳＫＴＡＬＮＫＬＧＧＡＤＧＫＴＥＶＶＳＩＧＧＫＴＹＡＡＳＫＡＥＧＨＮＦＫＡＱＰＤＬＡＥＡＡＡＴＴＴＥＮＰＬＱＫＩＤＡＡＬＡＱＶＤＴＬＲＳＤＬＧＡＶＱＮＲＦＮＳＡＩＴＮＬＧＮＴＶＮＮＬＴＳＡＲＳＲＫＧＩＡＰＬＱＬＧＮＣＳＶＡＧＷＩＬＧＮＰＥＣＥＬＬＩＳＲＥＳＷＳＹＩＶＥＫＰＮＰＥＮＧＴＣＹＰＧＨＦＡＤＹＥＥＬＲＥＱＬＳＳＶＳＳＦＥＲＦＥＩＦＰＫＥＳＳＷＰＮＨＴＴＴＧＶＳＡＳＣＳＨＮＧＥＳＳＦＹＫＮＬＬＷＬＴＧＫＮＧＬＹＰＮＬＳＫＳＹＡＮＮＫＥＫＥＶＬＶＬＷＧＶＨＨＰＰＮＩＧＤＱＲＡＬＹＨＫＥＮＡＹＶＳＶＶＳＳＨＹＳＲＫＦＴＰＥＩＡＫＲＰＫＶＲＤＱＥＧＲＩＮＹＹＷＴＬＬＥＰＧＤＴＩＩＦＥＡＮＧＮＬＩＡＰＲＹＡＦＡＬＳＲＧＦＧＳＧＩＩＮＳ
ＳＴＦ２ｆｌｊＢＲＯ．ＨＡ１−２（ＳＩ）（配列番号５１６）
ＭＧＱＡＩＡＮＲＦＴＡＮＩＫＧＬＴＱＡＳＲＮＡＮＤＧＩＳＩＡＱＴＴＥＧＡＬＮＥＩＮＮＮＬＱＲＶＲＥＬＡＶＱＳＡＮＳＴＮＳＱＳＤＬＤＳＩＱＡＥＩＴＱＲＬＮＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＫＶＬＡＱＤＮＴＬＴＩＱＶＧＡＮＤＧＥＴＩＤＩＤＬＫＱＩＮＳＱＴＬＧＬＤＳＬＮＶＱＫＡＹＤＶＫＤＴＡＶＴＴＫＡＹＡＮＮＧＴＴＬＤＶＳＧＬＤＤＡＡＩＫＡＡＴＧＧＴＮＧＴＡＳＶＴＧＧＡＶＫＦＤＡＤＮＮＫＹＦＶＴＩＧＧＦＴＧＡＤＡＡＫＮＧＤＹＥＶＮＶＡＴＤＧＴＶＴＬＡＡＧＡＴＫＴＴＭＰＡＧＡＴＴＫＴＥＶＱＥＬＫＤＴＰＡＶＶＳＡＤＡＫＮＡＬＩＡＧＧＶＤＡＴＤＡＮＧＡＥＬＶＫＭＳＹＴＤＫＮＧＫＴＩＥＧＧＹＡＬＫＡＧＤＫＹＹＡＡＤＹＤＥＡＴＧＡＩＫＡＫＴＴＳＹＴＡＡＤＧＴＴＫＴＡＡＮＱＬＧＧＶＤＧＫＴＥＶＶＴＩＤＧＫＴＹＮＡＳＫＡＡＧＨＤＦＫＡＱＰＥＬＡＥＡＡＡＫＴＴＥＮＰＬＱＫＩＤＡＡＬＡＱＶＤＡＬＲＳＤＬＧＡＶＱＮＲＦＮＳＡＩＴＮＬＧＮＴＶＮＮＬＳＥＡＲＳＲＫＧＩＡＰＬＱＬＧＮＣＳＶＡＧＷＩＬＧＮＰＥＣＥＬＬＩＳＲＥＳＷＳＹＩＶＥＫＰＮＰＥＮＧＴＣＹＰＧＨＦＡＤＹＥＥＬＲＥＱＬＳＳＶＳＳＦＥＲＦＥＩＦＰＫＥＳＳＷＰＮＨＴＴＴＧＶＳＡＳＣＳＨＮＧＥＳＳＦＹＫＮＬＬＷＬＴＧＫＮＧＬＹＰＮＬＳＫＳＹＡＮＮＫＥＫＥＶＬＶＬＷＧＶＨＨＰＰＮＩＧＤＱＲＡＬＹＨＫＥＮＡＹＶＳＶＶＳＳＨＹＳＲＫＦＴＰＥＩＡＫＲＰＫＶＲＤＱＥＧＲＩＮＹＹＷＴＬＬＥＰＧＤＴＩＩＦＥＡＮＧＮＬＩＡＰＲＹＡＦＡＬＳＲＧＦＧＳＧＩＩＮＳ
大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＲＯ．ＨＡ１−２（ＳＩ）（配列番号５１７）
ＭＧＱＡＩＡＮＲＦＴＳＮＩＫＧＬＴＱＡＡＲＮＡＮＤＧＩＳＶＡＱＴＴＥＧＡＬＳＥＩＮＮＮＬＱＲＩＲＥＬＴＶＱＡＳＴＧＴＮＳＤＳＤＬＤＳＩＱＤＥＩＫＳＲＬＤＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＮＶＬＡＫＤＧＳＭＫＩＱＶＧＡＮＤＧＱＴＩＴＩＤＬＫＫＩＤＳＤＴＬＧＬＮＧＦＮＶＮＧＳＧＴＩＡＮＫＡＡＴＩＳＤＬＴＡＡＫＭＤＡＡＴＮＴＩＴＴＴＮＮＡＬＴＡＳＫＡＬＤＱＬＫＤＧＤＴＶＴＩＫＡＤＡＡＱＴＡＴＶＹＴＹＮＡＳＡＧＮＦＳＦＳＮＶＳＮＮＴＳＡＫＡＧＤＶＡＡＳＬＬＰＰＡＧＱＴＡＳＧＶＹＫＡＡＳＧＥＶＮＦＤＶＤＡＮＧＫＩＴＩＧＧＱＥＡＹＬＴＳＤＧＮＬＴＴＮＤＡＧＧＡＴＡＡＴＬＤＧＬＦＫＫＡＧＤＧＱＳＩＧＦＮＫＴＡＳＶＴＭＧＧＴＴＹＮＦＫＴＧＡＤＡＧＡＡＴＡＮＡＧＶＳＦＴＤＴＡＳＫＥＴＶＬＮＫＶＡＴＡＫＱＧＴＡＶＡＡＮＧＤＴＳＡＴＩＴＹＫＳＧＶＱＴＹＱＡＶＦＡＡＧＤＧＴＡＳＡＫＹＡＤＮＴＤＶＳＮＡＴＡＴＹＴＤＡＤＧＥＭＴＴＩＧＳＹＴＴＫＹＳＩＤＡＮＮＧＫＶＴＶＤＳＧＴＧＴＧＫＹＡＰＫＶＧＡＥＶＹＶＳＡＮＧＴＬＴＴＤＡＴＳＥＧＴＶＴＫＤＰＬＫＡＬＤＥＡＩＳＳＩＤＫＦＲＳＳＬＧＡＩＱＮＲＬＤＳＡＶＴＮＬＮＮＴＴＴＮＬＳＥＡＱＳＲＫＧＩＡＰＬＱＬＧＮＣＳＶＡＧＷＩＬＧＮＰＥＣＥＬＬＩＳＲＥＳＷＳＹＩＶＥＫＰＮＰＥＮＧＴＣＹＰＧＨＦＡＤＹＥＥＬＲＥＱＬＳＳＶＳＳＦＥＲＦＥＩＦＰＫＥＳＳＷＰＮＨＴＴＴＧＶＳＡＳＣＳＨＮＧＥＳＳＦＹＫＮＬＬＷＬＴＧＫＮＧＬＹＰＮＬＳＫＳＹＡＮＮＫＥＫＥＶＬＶＬＷＧＶＨＨＰＰＮＩＧＤＱＲＡＬＹＨＫＥＮＡＹＶＳＶＶＳＳＨＹＳＲＫＦＴＰＥＩＡＫＲＰＫＶＲＤＱＥＧＲＩＮＹＹＷＴＬＬＥＰＧＤＴＩＩＦＥＡＮＧＮＬＩＡＰＲＹＡＦＡＬＳＲＧＦＧＳＧＩＩＮＳ
枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ．ＨＡ１−２（ＳＩ）（配列番号５１８）
ＭＧＬＡＩＳＥＫＭＲＳＱＩＲＧＬＤＭＡＳＫＮＡＱＤＧＩＳＬＩＱＴＳＥＧＡＬＮＥＴＨＳＩＬＱＲＭＳＥＬＡＴＱＡＡＮＤＴＮＴＤＳＤＲＳＥＬＱＫＥＭＤＱＬＡＳＥＶＴＲＩＳＴＤＴＥＦＮＴＫＫＬＬＤＧＴＡＱＮＬＴＦＱＩＧＡＮＥＧＱＴＭＳＬＳＩＮＫＭＤＳＥＳＬＫＶＧＴＴＹＴＶＳＧＤＱＮＴＬＴＡＴＤＧＳＴＡＴＷＡＤＡＤＤＡＴＮＫＰＡＧＹＹＤＡＧＧＫＶＩＡＳＥＫＬＡＡＤＳＫＶＴＫＧＩＤＩＳＳＳＡＫＡＡＳＳＡＬＴＴＩＫＴＡＩＤＴＶＳＳＥＲＡＫＬＧＡＶＱＮＲＬＥＨＴＩＮＮＬＧＴＳＳＥＮＬＴＳＡＥＳＲＫＧＩＡＰＬＱＬＧＮＣＳＶＡＧＷＩＬＧＮＰＥＣＥＬＬＩＳＲＥＳＷＳＹＩＶＥＫＰＮＰＥＮＧＴＣＹＰＧＨＦＡＤＹＥＥＬＲＥＱＬＳＳＶＳＳＦＥＲＦＥＩＦＰＫＥＳＳＷＰＮＨＴＴＴＧＶＳＡＳＣＳＨＮＧＥＳＳＦＹＫＮＬＬＷＬＴＧＫＮＧＬＹＰＮＬＳＫＳＹＡＮＮＫＥＫＥＶＬＶＬＷＧＶＨＨＰＰＮＩＧＤＱＲＡＬＹＨＫＥＮＡＹＶＳＶＶＳＳＨＹＳＲＫＦＴＰＥＩＡＫＲＰＫＶＲＤＱＥＧＲＩＮＹＹＷＴＬＬＥＰＧＤＴＩＩＦＥＡＮＧＮＬＩＡＰＲＹＡＦＡＬＳＲＧＦＧＳＧＩＩＮＳ



アライメントデータ：
アライメント長：７３１
同一性（＊）：２９５は４０．３６％
強く類似（：）：６０は８．２１％
弱く類似（．）：３６は４．９２％
異なる：３４０は４６．５１％
配列０００１：ｆｌｉＣＲ０ＨＡ１＿２ＳＩ（６３１残基）。
配列０００２：ｆｌｊＢＲ０ＨＡ１＿２（６４２残基）。
配列０００３：ＢｓｕｂＲ０ＨＡ１＿２（４６５残基）。
配列０００４：ＥｃｏｌｉＲ０ＨＡ１＿２（７３０残基）。
本発明の組成物および融合タンパク質に２つ以上の抗原を用いる場合、抗原は別個の抗原であっても類似の抗原であってもよい。「別個」とは、抗原に関して本明細書で使用する場合、抗原が異なるタイプの抗原であることを意味する。別個の抗原は、たとえば、あるひとつのウイルスまたは異なる複数のウイルスの異なる領域の抗原であってもよい。たとえば、赤血球凝集素インフルエンザウイルスタンパク質抗原（配列番号４９９など）とマトリクス２インフルエンザウイルスタンパク質抗原（配列番号４８５など）は、本発明の融合タンパク質に用いられる別個の抗原である。同様に、インフルエンザＡ型抗原とインフルエンザＢ型抗原は別個の抗原である。「類似」とは、抗原に関して本明細書で使用する場合、抗原が共通のタイプの抗原であることを意味する。たとえば、配列番号４８１の赤血球凝集素インフルエンザウイルスタンパク質抗原と配列番号４９９の赤血球凝集素インフルエンザウイルスタンパク質抗原は、本発明の融合タンパク質に用いられる類似の抗原である。本発明の融合タンパク質で用いる類似の抗原は、同一または同じアミノ酸配列の抗原であってもよい。
さらにもうひとつの実施形態では、本発明は、配列番号２９（Ｒ３−２ｘＡｇコンストラクト）に示すような少なくとも１つのアミノ酸配列と少なくとも２つの抗原の少なくとも一部とを含む融合タンパク質であって、少なくとも１つの抗原が配列番号２９のアミノ酸残基１９０と１９１の間であり、少なくとも１つの他の抗原が配列番号２９のアミノ酸残基４０５に融合され、融合タンパク質がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、融合タンパク質である。
図６０は、フラジェリンコンストラクト（配列番号２９）のドメイン（Ｄ０、Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３）と、フラジェリンのアミノ−ドメイン０、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１、カルボキシ−ドメイン０を配列に含む融合タンパク質とを示す。配列番号２９に示す融合タンパク質は、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部と少なくとも１つの他の抗原の少なくとも一部とを含む。一方の抗原はフラジェリンコンストラクトのアミノ−ドメイン２とカルボキシ−ドメイン２の間に融合されている。他の抗原は、フラジェリンコンストラクトのドメイン０のカルボキシ−末端アミノ酸と融合されている。図６０に示すフラジェリンコンストラクトには、フラジェリンのＤ３ドメインが欠けており、本明細書ではこれを「Ｒ３−２ｘＡｇコンストラクト」または「フラジェリンのＲ３−２ｘＡｇ形態」または「Ｒ３２ｘフラジェリンコンストラクト」または「Ｒ３２ｘ」または「フラジェリンのＲ３２ｘ形態」または「２ｘＲ３」または「フラジェリンの２ｘＲ３形態」または「フラジェリンのＲ３／２ｘ形態」と呼ぶ。「Ｒ３−２ｘＡｇコンストラクト」とは、本明細書で使用する場合、フラジェリンのドメイン３が一方の抗原でＲｅｐｌａｃｅ（置換）され、もうひとつの抗原がドメイン０のカルボキシ末端と融合していることを意味する。
インフルエンザ抗原（ＨＡ１−２（ＳＩ）（配列番号４９９））と融合した代表的なＲ３２ｘフラジェリンコンストラクトを以下に示す。ＨＡ抗原配列に下線を付してある。
ＳＴＦ２ｆｌｉＣ．Ｒ３２ｘＨＡ１−２（ＳＩ）（配列番号５０３）
ＭＡＱＶＩＮＴＮＳＬＳＬＬＴＱＮＮＬＮＫＳＱＳＡＬＧＴＡＩＥＲＬＳＳＧＬＲＩＮＳＡＫＤＤＡＡＧＱＡＩＡＮＲＦＴＡＮＩＫＧＬＴＱＡＳＲＮＡＮＤＧＩＳＩＡＱＴＴＥＧＡＬＮＥＩＮＮＮＬＱＲＶＲＥＬＡＶＱＳＡＮＳＴＮＳＱＳＤＬＤＳＩＱＡＥＩＴＱＲＬＮＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＫＶＬＡＱＤＮＴＬＴＩＱＶＧＡＮＤＧＥＴＩＤＩＤＬＫＱＩＮＳＱＴＬＧＬＤＴＬＮＶＱＱＫＹＫＶＳＤＴＡＡＴＶＴＧＫＧＩＡＰＬＱＬＧＮＣＳＶＡＧＷＩＬＧＮＰＥＣＥＬＬＩＳＲＥＳＷＳＹＩＶＥＫＰＮＰＥＮＧＴＣＹＰＧＨＦＡＤＹＥＥＬＲＥＱＬＳＳＶＳＳＦＥＲＦＥＩＦＰＫＥＳＳＷＰＮＨＴＴＴＧＶＳＡＳＣＳＨＮＧＥＳＳＦＹＫＮＬＬＷＬＴＧＫＮＧＬＹＰＮＬＳＫＳＹＡＮＮＫＥＫＥＶＬＶＬＷＧＶＨＨＰＰＮＩＧＤＱＲＡＬＹＨＫＥＮＡＹＶＳＶＶＳＳＨＹＳＲＫＦＴＰＥＩＡＫＲＰＫＶＲＤＱＥＧＲＩＮＹＹＷＴＬＬＥＰＧＤＴＩＩＦＥＡＮＧＮＬＩＡＰＲＹＡＦＡＬＳＲＧＦＧＳＧＩＩＮＳＮＡＤＬＴＥＡＫＡＡＬＴＡＡＧＶＴＧＴＡＳＶＶＫＭＳＹＴＤＮＮＧＫＴＩＤＧＧＬＡＶＫＶＧＤＤＹＹＳＡＴＱＮＫＤＧＳＩＳＩＮＴＴＫＹＴＡＤＤＧＴＳＫＴＡＬＮＫＬＧＧＡＤＧＫＴＥＶＶＳＩＧＧＫＴＹＡＡＳＫＡＥＧＨＮＦＫＡＱＰＤＬＡＥＡＡＡＴＴＴＥＮＰＬＱＫＩＤＡＡＬＡＱＶＤＴＬＲＳＤＬＧＡＶＱＮＲＦＮＳＡＩＴＮＬＧＮＴＶＮＮＬＴＳＡＲＳＲＩＥＤＳＤＹＡＴＥＶＳＮＭＳＲＡＱＩＬＱＱＡＧＴＳＶＬＡＱＡＮＱＶＰＱＮＶＬＳＬＬＡＫＧＩＡＰＬＱＬＧＮＣＳＶＡＧＷＩＬＧＮＰＥＣＥＬＬＩＳＲＥＳＷＳＹＩＶＥＫＰＮＰＥＮＧＴＣＹＰＧＨＦＡＤＹＥＥＬＲＥＱＬＳＳＶＳＳＦＥＲＦＥＩＦＰＫＥＳＳＷＰＮＨＴＴＴＧＶＳＡＳＣＳＨＮＧＥＳＳＦＹＫＮＬＬＷＬＴＧＫＮＧＬＹＰＮＬＳＫＳＹＡＮＮＫＥＫＥＶＬＶＬＷＧＶＨＨＰＰＮＩＧＤＱＲＡＬＹＨＫＥＮＡＹＶＳＶＶＳＳＨＹＳＲＫＦＴＰＥＩＡＫＲＰＫＶＲＤＱＥＧＲＩＮＹＹＷＴＬＬＥＰＧＤＴＩＩＦＥＡＮＧＮＬＩＡＰＲＹＡＦＡＬＳＲＧＦＧＳＧＩＩＮＳ
ＳＴＦ２ｆｌｊＢＲ３２ｘＨＡ１−２（ＳＩ）（配列番号５０４）
ＭＡＱＶＩＮＴＮＳＬＳＬＬＴＱＮＮＬＮＫＳＱＳＡＬＧＴＡＩＥＲＬＳＳＧＬＲＩＮＳＡＫＤＤＡＡＧＱＡＩＡＮＲＦＴＡＮＩＫＧＬＴＱＡＳＲＮＡＮＤＧＩＳＩＡＱＴＴＥＧＡＬＮＥＩＮＮＮＬＱＲＶＲＥＬＡＶＱＳＡＮＳＴＮＳＱＳＤＬＤＳＩＱＡＥＩＴＱＲＬＮＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＫＶＬＡＱＤＮＴＬＴＩＱＶＧＡＮＤＧＥＴＩＤＩＤＬＫＱＩＮＳＱＴＬＧＬＤＳＬＮＶＱＫＡＹＤＶＫＤＴＡＶＴＴＫＡＫＧＩＡＰＬＱＬＧＮＣＳＶＡＧＷＩＬＧＮＰＥＣＥＬＬＩＳＲＥＳＷＳＹＩＶＥＫＰＮＰＥＮＧＴＣＹＰＧＨＦＡＤＹＥＥＬＲＥＱＬＳＳＶＳＳＦＥＲＦＥＩＦＰＫＥＳＳＷＰＮＨＴＴＴＧＶＳＡＳＣＳＨＮＧＥＳＳＦＹＫＮＬＬＷＬＴＧＫＮＧＬＹＰＮＬＳＫＳＹＡＮＮＫＥＫＥＶＬＶＬＷＧＶＨＨＰＰＮＩＧＤＱＲＡＬＹＨＫＥＮＡＹＶＳＶＶＳＳＨＹＳＲＫＦＴＰＥＩＡＫＲＰＫＶＲＤＱＥＧＲＩＮＹＹＷＴＬＬＥＰＧＤＴＩＩＦＥＡＮＧＮＬＩＡＰＲＹＡＦＡＬＳＲＧＦＧＳＧＩＩＮＳＡＶＶＳＡＤＡＫＮＡＬＩＡＧＧＶＤＡＴＤＡＮＧＡＥＬＶＫＭＳＹＴＤＫＮＧＫＴＩＥＧＧＹＡＬＫＡＧＤＫＹＹＡＡＤＹＤＥＡＴＧＡＩＫＡＫＴＴＳＹＴＡＡＤＧＴＴＫＴＡＡＮＱＬＧＧＶＤＧＫＴＥＶＶＴＩＤＧＫＴＹＮＡＳＫＡＡＧＨＤＦＫＡＱＰＥＬＡＥＡＡＡＫＴＴＥＮＰＬＱＫＩＤＡＡＬＡＱＶＤＡＬＲＳＤＬＧＡＶＱＮＲＦＮＳＡＩＴＮＬＧＮＴＶＮＮＬＳＥＡＲＳＲＩＥＤＳＤＹＡＴＥＶＳＮＭＳＲＡＱＩＬＱＱＡＧＴＳＶＬＡＱＡＮＱＶＰＱＮＶＬＳＬＬＡＫＧＩＡＰＬＱＬＧＮＣＳＶＡＧＷＩＬＧＮＰＥＣＥＬＬＩＳＲＥＳＷＳＹＩＶＥＫＰＮＰＥＮＧＴＣＹＰＧＨＦＡＤＹＥＥＬＲＥＱＬＳＳＶＳＳＦＥＲＦＥＩＦＰＫＥＳＳＷＰＮＨＴＴＴＧＶＳＡＳＣＳＨＮＧＥＳＳＦＹＫＮＬＬＷＬＴＧＫＮＧＬＹＰＮＬＳＫＳＹＡＮＮＫＥＫＥＶＬＶＬＷＧＶＨＨＰＰＮＩＧＤＱＲＡＬＹＨＫＥＮＡＹＶＳＶＶＳＳＨＹＳＲＫＦＴＰＥＩＡＫＲＰＫＶＲＤＱＥＧＲＩＮＹＹＷＴＬＬＥＰＧＤＴＩＩＦＥＡＮＧＮＬＩＡＰＲＹＡＦＡＬＳＲＧＦＧＳＧＩＩＮＳ
大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）Ｒ３２ｘＨＡ１−２（ＳＩ）（配列番号５０５）
ＭＡＱＶＩＮＴＮＳＬＳＬＩＴＱＮＮＩＮＫＮＱＳＡＬＳＳＳＩＥＲＬＳＳＧＬＲＩＮＳＡＫＤＤＡＡＧＱＡＩＡＮＲＦＴＳＮＩＫＧＬＴＱＡＡＲＮＡＮＤＧＩＳＶＡＱＴＴＥＧＡＬＳＥＩＮＮＮＬＱＲＩＲＥＬＴＶＱＡＳＴＧＴＮＳＤＳＤＬＤＳＩＱＤＥＩＫＳＲＬＤＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＮＶＬＡＫＤＧＳＭＫＩＱＶＧＡＮＤＧＱＴＩＴＩＤＬＫＫＩＤＳＤＴＬＧＬＮＧＦＮＶＮＧＳＧＴＩＡＮＫＡＡＴＩＳＤＫＧＩＡＰＬＱＬＧＮＣＳＶＡＧＷＩＬＧＮＰＥＣＥＬＬＩＳＲＥＳＷＳＹＩＶＥＫＰＮＰＥＮＧＴＣＹＰＧＨＦＡＤＹＥＥＬＲＥＱＬＳＳＶＳＳＦＥＲＦＥＩＦＰＫＥＳＳＷＰＮＨＴＴＴＧＶＳＡＳＣＳＨＮＧＥＳＳＦＹＫＮＬＬＷＬＴＧＫＮＧＬＹＰＮＬＳＫＳＹＡＮＮＫＥＫＥＶＬＶＬＷＧＶＨＨＰＰＮＩＧＤＱＲＡＬＹＨＫＥＮＡＹＶＳＶＶＳＳＨＹＳＲＫＦＴＰＥＩＡＫＲＰＫＶＲＤＱＥＧＲＩＮＹＹＷＴＬＬＥＰＧＤＴＩＩＦＥＡＮＧＮＬＩＡＰＲＹＡＦＡＬＳＲＧＦＧＳＧＩＩＮＳＳＶＴＭＧＧＴＴＹＮＦＫＴＧＡＤＡＧＡＡＴＡＮＡＧＶＳＦＴＤＴＡＳＫＥＴＶＬＮＫＶＡＴＡＫＱＧＴＡＶＡＡＮＧＤＴＳＡＴＩＴＹＫＳＧＶＱＴＹＱＡＶＦＡＡＧＤＧＴＡＳＡＫＹＡＤＮＴＤＶＳＮＡＴＡＴＹＴＤＡＤＧＥＭＴＴＩＧＳＹＴＴＫＹＳＩＤＡＮＮＧＫＶＴＶＤＳＧＴＧＴＧＫＹＡＰＫＶＧＡＥＶＹＶＳＡＮＧＴＬＴＴＤＡＴＳＥＧＴＶＴＫＤＰＬＫＡＬＤＥＡＩＳＳＩＤＫＦＲＳＳＬＧＡＩＱＮＲＬＤＳＡＶＴＮＬＮＮＴＴＴＮＬＳＥＡＱＳＲＩＱＤＡＤＹＡＴＥＶＳＮＭＳＫＡＱＩＩＱＱＡＧＮＳＶＬＡＫＡＮＱＶＰＱＱＶＬＳＬＬＱＧＫＧＩＡＰＬＱＬＧＮＣＳＶＡＧＷＩＬＧＮＰＥＣＥＬＬＩＳＲＥＳＷＳＹＩＶＥＫＰＮＰＥＮＧＴＣＹＰＧＨＦＡＤＹＥＥＬＲＥＱＬＳＳＶＳＳＦＥＲＦＥＩＦＰＫＥＳＳＷＰＮＨＴＴＴＧＶＳＡＳＣＳＨＮＧＥＳＳＦＹＫＮＬＬＷＬＴＧＫＮＧＬＹＰＮＬＳＫＳＹＡＮＮＫＥＫＥＶＬＶＬＷＧＶＨＨＰＰＮＩＧＤＱＲＡＬＹＨＫＥＮＡＹＶＳＶＶＳＳＨＹＳＲＫＦＴＰＥＩＡＫＲＰＫＶＲＤＱＥＧＲＩＮＹＹＷＴＬＬＥＰＧＤＴＩＩＦＥＡＮＧＮＬＩＡＰＲＹＡＦＡＬＳＲＧＦＧＳＧＩＩＮＳ
枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｒ３２ｘＨＡ１−２（ＳＩ）（配列番号５０６）
ＭＲＩＮＨＮＩＡＡＬＮＴＳＲＱＬＮＡＧＳＤＳＡＡＫＮＭＥＫＬＳＳＧＬＲＩＮＲＡＧＤＤＡＡＧＬＡＩＳＥＫＭＲＳＱＩＲＧＬＤＭＡＳＫＮＡＱＤＧＩＳＬＩＱＴＳＥＧＡＬＮＥＴＨＳＩＬＱＲＭＳＥＬＡＴＱＡＡＮＤＴＮＴＤＳＤＲＳＥＬＱＫＥＭＤＱＬＡＳＥＶＴＲＩＳＴＤＴＥＦＮＴＫＫＬＬＤＧＴＡＱＮＬＴＦＱＩＧＡＮＥＧＱＴＭＳＬＳＩＮＫＭＤＳＥＳＬＫＶＧＴＴＹＴＶＳＧＫＧＩＡＰＬＱＬＧＮＣＳＶＡＧＷＩＬＧＮＰＥＣＥＬＬＩＳＲＥＳＷＳＹＩＶＥＫＰＮＰＥＮＧＴＣＹＰＧＨＦＡＤＹＥＥＬＲＥＱＬＳＳＶＳＳＦＥＲＦＥＩＦＰＫＥＳＳＷＰＮＨＴＴＴＧＶＳＡＳＣＳＨＮＧＥＳＳＦＹＫＮＬＬＷＬＴＧＫＮＧＬＹＰＮＬＳＫＳＹＡＮＮＫＥＫＥＶＬＶＬＷＧＶＨＨＰＰＮＩＧＤＱＲＡＬＹＨＫＥＮＡＹＶＳＶＶＳＳＨＹＳＲＫＦＴＰＥＩＡＫＲＰＫＶＲＤＱＥＧＲＩＮＹＹＷＴＬＬＥＰＧＤＴＩＩＦＥＡＮＧＮＬＩＡＰＲＹＡＦＡＬＳＲＧＦＧＳＧＩＩＮＳＷＡＤＡＤＤＡＴＮＫＰＡＧＹＹＤＡＧＧＫＶＩＡＳＥＫＬＡＡＤＳＫＶＴＫＧＩＤＩＳＳＳＡＫＡＡＳＳＡＬＴＴＩＫＴＡＩＤＴＶＳＳＥＲＡＫＬＧＡＶＱＮＲＬＥＨＴＩＮＮＬＧＴＳＳＥＮＬＴＳＡＥＳＲＩＲＤＶＤＭＡＳＥＭＭＥＹＴＫＮＮＩＬＴＱＡＳＱＡＭＬＡＱＡＮＱＫＧＩＡＰＬＱＬＧＮＣＳＶＡＧＷＩＬＧＮＰＥＣＥＬＬＩＳＲＥＳＷＳＹＩＶＥＫＰＮＰＥＮＧＴＣＹＰＧＨＦＡＤＹＥＥＬＲＥＱＬＳＳＶＳＳＦＥＲＦＥＩＦＰＫＥＳＳＷＰＮＨＴＴＴＧＶＳＡＳＣＳＨＮＧＥＳＳＦＹＫＮＬＬＷＬＴＧＫＮＧＬＹＰＮＬＳＫＳＹＡＮＮＫＥＫＥＶＬＶＬＷＧＶＨＨＰＰＮＩＧＤＱＲＡＬＹＨＫＥＮＡＹＶＳＶＶＳＳＨＹＳＲＫＦＴＰＥＩＡＫＲＰＫＶＲＤＱＥＧＲＩＮＹＹＷＴＬＬＥＰＧＤＴＩＩＦＥＡＮＧＮＬＩＡＰＲＹＡＦＡＬＳＲＧＦＧＳＧＩＩＮＳ



アライメントデータ：
アライメント長：８９０
同一性（＊）：５４５は６１．２４％
強く類似（：）：７６は８．５４％
弱く類似（．）：４４は４．９４％
異なる：２２５は２５．２８％
配列０００１：ｆｌｉＣＲ３２ｘＨＡ１＿２ＳＩ（８４６残基）。
配列０００２：ｆｌｊＢＲ３２ｘＨＡ１＿２ＳＩ（８５１残基）。
配列０００３：ＥｃｏｌｉＲ３２ｘＨＡ１＿２ＳＩ（８８８残基）。
配列０００４：ＢｓｕｂＲ３２ｘＨＡ１＿２ＳＩ（７４９残基）。
本発明の別の実施形態は、配列番号３１（Ｄ３Ｎコンストラクト）に示すような少なくとも１つのアミノ酸配列と少なくとも１つの抗原の少なくとも一部とを配列に含む融合タンパク質であって、融合タンパク質がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、融合タンパク質である。
図６１は、フラジェリンコンストラクト（配列番号３１）のドメイン（Ｄ０、Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３）と、抗原（Ａｇ）と融合されたフラジェリンのアミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１、カルボキシ−ドメイン０を配列に含む融合タンパク質とを示す。図６１に示すフラジェリンコンストラクトには、フラジェリンのＤ３ドメインおよびアミノ−ドメイン０が欠けており、これを本明細書では「Ｄ３Ｎコンストラクト」または「フラジェリンのＤ３Ｎ形態」または「Ｄ３Ｎフラジェリンコンストラクト」と呼ぶ。「Ｄ３Ｎコンストラクト」とは、本明細書で使用する場合、ドメイン０のアミノ（Ｎ）−末端が欠けており、フラジェリンのＤｏｍａｉｎ（ドメイン）３が欠けており、ドメイン０のカルボキシ末端が本明細書に記載の抗原と融合されていることを意味する。ＴＬＲ５を活性化し、なおかつ挿入または欠失がなく近接アミノ酸配列との同一性が少なくとも約５０．０％、少なくとも約６０．０％、少なくとも約８０．０％、少なくとも約８５．０％、少なくとも約９０．０％、少なくとも約９５．０％、少なくとも約９８．０％、少なくとも約９９．０％であるアミノ酸配列（配列番号３１に示す）を、本発明の組成物、融合タンパク質および方法で使用することが可能である。
本発明の他の実施形態は、配列番号３２（Ｄ３ＮＣｓコンストラクト）に示すような少なくとも１つのアミノ酸配列と少なくとも１つの抗原の少なくとも一部とを配列に含む融合タンパク質であって、融合タンパク質がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、融合タンパク質である。
図６２は、フラジェリンコンストラクト（配列番号３２）のドメイン（Ｄ０、Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３）と、フラジェリンのアミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１、カルボキシ−ドメイン０の少なくとも一部を配列に含む融合タンパク質とを示す。特定の実施形態では、アミノ酸配列ＶＰＱＮＶＬＳＬＬＡ（「ＤＯ−Ｃｓ」と呼ぶ；配列番号６９３）をフラジェリンのカルボキシ−ドメイン０から除去し、得られるフラジェリンコンストラクトを抗原（Ａｇ）と融合させる。図６２に示すフラジェリンコンストラクトには、アミノ−ドメイン０が欠けており、フラジェリンのドメイン３が欠けており、フラジェリンのカルボキシ−末端アミノ酸配列ＶＰＱＮＶＬＳＬＬＡ（配列番号６９３）の欠けたカルボキシ−ドメイン０を有し、これに抗原がリンクされている。得られるフラジェリンコンストラクトを本明細書では「Ｄ３ＮＣｓコンストラクト」または「フラジェリンのＤ３ＮＣｓ形態」または「Ｄ３ＮＣｓフラジェリンコンストラクト」と呼ぶ。「Ｄ３ＮＣｓコンストラクト」とは、本明細書で使用する場合、ドメイン０のアミノ（Ｎ）−末端が欠けており、フラジェリンのＤｏｍａｉｎ（ドメイン）３が欠けており、配列番号６９３のアミノ酸配列がカルボキシ−ドメイン０から欠けており、フラジェリンの得られる部分のカルボキシ末端が抗原と融合されている。ＴＬＲ５を活性化し、なおかつ挿入または欠失がなく近接アミノ酸配列との同一性が少なくとも約６０．０％、少なくとも約７０．０％、少なくとも約８０．０％、少なくとも約８５．０％、少なくとも約９０．０％、少なくとも約９５．０％、少なくとも約９８．０％、少なくとも約９９．０％であるアミノ酸配列（配列番号３２で示す）を、本発明の組成物、融合タンパク質および方法で使用することが可能である。
本発明のもうひとつの実施形態は、配列番号３３（Ｄ１コンストラクト）に示すような少なくとも１つのアミノ酸配列と少なくとも１つの抗原の少なくとも一部とを配列に含む融合タンパク質であって、融合タンパク質がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、融合タンパク質である。
図６３は、フラジェリンコンストラクト（配列番号３３）のドメイン（Ｄ０、Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３）と、抗原（Ａｇ）と融合されているフラジェリンのアミノ−ドメイン１およびカルボキシ−ドメイン１を配列に含む融合タンパク質を示す。抗原は、フラジェリンコンストラクトのカルボキシ−ドメイン１のカルボキシ−末端アミノ酸と融合されている。図６３に示すフラジェリンコンストラクトには、アミノ−およびカルボキシ−ドメイン１以外のすべてのドメイン（Ｄ０、Ｄ２、Ｄ３）が欠けており、これを本明細書では「Ｄ１コンストラクト」または「フラジェリンのＤ１形態」または「Ｄ１フラジェリンコンストラクト」と呼ぶ。「Ｄ１コンストラクト」とは、本明細書で使用する場合、フラジェリン成分が本明細書に記載の抗原と融合されたＤｏｍａｉｎ（ドメイン）１からなることを意味する。ＴＬＲ５を活性化し、なおかつ挿入または欠失がなく近接アミノ酸配列との同一性が少なくとも約５０．０％、少なくとも約６０．０％、少なくとも約７０．０％、少なくとも約８０．０％、少なくとも約８５．０％、少なくとも約９０．０％、少なくとも約９５．０％、少なくとも約９８．０％、少なくとも約９９．０％であるアミノ酸配列（配列番号３３で示す）を、本発明の組成物、融合タンパク質および方法で使用することが可能である。
配列番号４５１〜４５３、４５５、４５７、４６０、４６３〜４６５、４６８、４７０〜４７４、５００〜５０６、５１１〜５１８、６６０、６６４、７０３、７０５、７０７、７０９、７１１、７１３、７１５、７１７、７１９、７２１、７２３、７２５、７２９、７３１、７３３、７３５、７３７、７３９、７４１、７４３、７４５、７４７、７４９、７５１、７５３、７５５、７５７、７５９、７６１、７６３、８０１〜８１２などのインフルエンザ抗原を含む本発明の代表的な融合タンパク質。
さらにもうひとつの実施形態では、本発明は、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部（インフルエンザ抗原、ＨＰＶ抗原、ＲＳＶ抗原、フラビウイルス抗原など）と、Ｒ０コンストラクト、Ｒ３コンストラクト、Ｒ３Ｄ０コンストラクト、Ｄ３Ｎコンストラクト、Ｄ３ＮＣｓコンストラクト、Ｄ０Ｄ２Ｄ３コンストラクトからなる群から選択される少なくとも１つのメンバーとを含む組成物である。
さらにもうひとつの実施形態では、本発明は、本発明の融合タンパク質を含む組成物をヒトに投与するステップを含む、被検体における免疫応答を刺激する方法である。被検体には、配列番号４５１〜４５３、４５５、４５７、４６０、４６３〜４６５、４６８、４７０〜４７４、５００〜５０６、５１１〜５１８、６６０、６６４、７０３、７０５、７０７、７０９、７１１、７１３、７１５、７１７、７１９、７２１、７２３、７２５、７２９、７３１、７３３、７３５、７３７、７３９、７４１、７４３、７４５、７４７、７４９、７５１、７５３、７５５、７５７、７５９、７６１、７６３、８０１〜８１２からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーを含む融合タンパク質を投与可能である。特定の実施形態では、約１０．０μｇ用量、約５．０μｇ用量、約３．０μｇ用量、約２．５μｇ用量、約１．０μｇ用量、約０．５μｇ用量、約０．３μｇ用量、約０．２５μｇ用量、約０．１μｇ用量、約０．０５μｇ用量、約０．０２５μｇ用量、約０．０１μｇ用量からなる群から選択される少なくとも１つの用量で融合タンパク質をヒトに投与する。
「免疫応答を刺激する」とは、本明細書で使用する場合、抗原の少なくとも一部（ＨＡ抗原、Ｍ２抗原、ＲＳＶ抗原、ヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）抗原、フラビウイルス抗原など）に対する抗体および／またはＴ細胞の生成を示す。抗体および／またはＴ細胞は、抗原の少なくとも一部に対して生成可能なものである。被検体において免疫応答を刺激することには、抗原に対して反応性の体液性および／または細胞性免疫応答の生成を含む。
被検体における免疫応答を刺激するための方法で用いられる本発明の組成物は、十分に確立された方法を用いて被検体で免疫応答を刺激する機能について評価可能である。本発明の組成物が被検体で免疫応答を刺激するか否かを判断するための代表的な方法として、ＥＬＩＳＡアッセイなどの好適な技法による抗原に特異的な抗体（ＩｇＧ抗体など）産生；二次感染の抗体依存性感染増強（ＡＤＥ）の誘導可能性；マクロファージ様アッセイ；インフルエンザ抗原のプラーク減少中和試験（ＰＲＮＴ８０）を用いて評価される中和；非ヒトモデル（マウス、ウサギ、サルなど）で血清抗体を生成する機能を測定することがあげられる（Ｐｕｔｎａｋら， Ｖａｃｃｉｎｅ ２３：４４４２〜４４５２ （２００５））。
「保護免疫応答を刺激する」とは、本明細書で使用する場合、本発明の組成物を投与するとタンパク質に対する抗体が産生され、それによってたとえば被検体がウイルスか、そうでなければ致死量のウイルスタンパク質に曝露された結果として生じる、ある用量のウイルスタンパク質による攻撃に対し、被検体を生存させることを意味する。また、被検体がウイルスへの曝露後に病気の最小限の兆候を呈した場合に、この被検体で保護免疫応答が刺激される。
防御免疫が得られるであろう本発明の組成物および融合タンパク質の用量を求めるための技術は当業者間で周知である（たとえば、ＷＨＯ／ＣＤＳ／ＣＳＲ／ＮＣＳ２００２．５ 「ＷＨＯ Ｍａｎｕａｌ ｏｎ Ａｎｉｍａｌ Ｉｎｆｌｕｅｎｚａ Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ ａｎｄ Ｓｕｒｖｅｉｌｌａｎｃｅ」 Ｗｏｒｌｄ Ｈｅａｌｔｈ Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ， Ｄｅｐｔ ｏｆ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｂｌｅ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｓｕｒｖｅｉｌｌａｎｃｅ ａｎｄ Ｒｅｓｐｏｎｓｅ， ＷＨＯ Ｇｌｏｂａｌ Ｉｎｆｌｕｅｎｚａ Ｐｒｏｇｒａｍｍｅ；Ｈａｒｍｏｎ， Ｍ．Ｗ．ら， Ｊ． Ｃｌｉｎ． Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ． ２６：３３３〜３３７ （１９８８）；Ｒｅｅｄ， Ｌ．Ｊ．ら， Ａｍ． Ｊ． Ｈｙｇ． ２７：４９３〜４９７ （１９３８）；Ｒｏｓｅ， Ｔ．ら， Ｊ． Ｃｌｉｎ． Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ． ３７：９３７〜９４３ （１９９９）；Ｗａｌｌｓ， Ｈ．Ｈ．ら， Ｊ． Ｃｌｉｎ． Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ． ２３：２４０〜２４５ （１９８６）；Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ， １９．１１．１〜１９．１１．３２， Ｃｏｔｔｅｙ， Ｒ．ら， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ， Ｉｎｃ （２００１）を参照のこと）。致死量を求めるための代表的な技術としては、さまざまな用量のウイルスを投与して、その用量のウイルスを投与した後に生存している被検体（マウスなど）の比率を求める（ＬＤ１０、ＬＤ２０、ＬＤ４０、ＬＤ５０、ＬＤ６０、ＬＤ７０、ＬＤ８０、ＬＤ９０など）方法があげられる。たとえば、被検体の個体群の約５０％が死亡するウイルスの致死量が、「ＬＤ５０」と呼ばれる。被検体の個体群の約８０％が死亡するウイルスの致死量を本明細書では「ＬＤ８０」と呼び、被検体の個体群の約９０％が死亡するウイルスの致死量については本明細書では「ＬＤ９０」と呼ぶ。
たとえば、さまざまな用量（たとえば約８×１０３発育鶏卵感染量（ＥＩＤ）の対数希釈および半対数希釈などの希釈）を鼻腔内投与した後、ウイルス感染の約１４日〜約２１日後に被検体の生存を評価することで、被検体（マウスなど）でインフルエンザウイルス抗原を含む組成物または融合タンパク質のＬＤ９０を判断することが可能である。防御免疫については、被検体の物理的な見た目、立ち居振る舞い（活発的）、体重（最初に体重が減少した後、ウイルス感染前の被検体の体重とほぼ同じところまで体重まで戻る）、ウイルス感染約１４〜約２１日後の生存によって評価可能である。
インフルエンザ抗原に対する防御免疫の刺激は、本発明の組成物に応答して産生された抗体（赤血球凝集素のタンパク質部分などの天然に生じるウイルスのタンパク質の一部など）が宿主細胞に対してウイルスタンパク質（赤血球凝集素タンパク質など）を結合させる機能を評価するアッセイを用いることでも評価可能である（たとえば、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｎｏｌｏｇｙ， １９．１１．１〜１９．１１．３２， Ｃｏｔｔｅｙ， Ｒ．ら， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ， Ｉｎｃ （２００１）を参照のこと）。また、抗体が赤血球凝集素結合を阻害する機能を測定するアッセイで防御免疫の刺激を評価することも可能である（たとえば、Ｂｕｒｎｅｔｔ， Ｆ．Ｍ．ら， Ｊ． ｅｘｐ． Ｂｉｏｌ． Ｍｅｄ． Ｓｃｉ． ２５：２２７〜２３３ （１９４７）；Ｓａｌｋ， Ｊ．Ｅ． Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ． ４９：８７〜９８ （１９４４）；Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ， １９．１１．１〜１９．１１．３２， Ｃｏｔｔｅｙ， Ｒ．ら， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ， Ｉｎｃ （２００１）を参照のこと）。
赤血球凝集素結合の阻害は、本発明の組成物から本発明の方法によって形成された抗体が、天然に生じるウイルス赤血球凝集素のシアル酸結合部位を中和する（「ＨＡ結合の中和」）ことで、保護免疫応答を刺激して宿主細胞の感染を予防する機能を示す指標であると考えられている。赤血球凝集素結合の阻害または中和は、免疫応答が致死量のウイルスから保護する機能と相関していると思われる。
ＨＡ結合の中和は、ｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイで評価可能である（たとえば、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ １９．１１．１〜１９．１１．３２， Ｃｏｔｔｅｙ， Ｒ．ら， Ｓｕｐｐｌ． ４２， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ， Ｉｎｃ． （２００１）およびＷＨＯ Ｍａｎｕａｌ ｏｎ Ａｎｉｍａｌ Ｉｎｆｌｕｅｎｚａ Ｄｉａｇｎｏｓｉｓ ａｎｄ Ｓｕｒｖｅｉｌｌａｎｃｅ， Ｗｅｂｓｔｅｒ， Ｒ．ら， 第２８〜３６ページ、４８〜５４ページ、８２〜９２ページ（２００２）を参照のこと）。代表的なウイルス中和アッセイは、血清がメイディン・ダービー・イヌ腎臓（ＭＤＣＫ）細胞系などの培養中でインフルエンザウイルスを特異的に結合してその複製を防止する機能に頼っている。簡単に説明すると、事前に力価を測定したウイルスの存在下で９６ウェルのプレートで細胞を培養し、複製しているウイルスの細胞変性効果を顕微鏡下で観察する。血清を試験するために、血清の段階希釈物を調製し、ウイルスストックと一緒に３７℃で約２時間プレインキュベートした後、ＭＤＣＫ細胞に感染させる。この混合物をさらに２時間インキュベートした後、ウイルス／血清混合物を取り出し、新鮮な培地と交換する。細胞を４日間増殖させる。特定の血清希釈でウェルの少なくとも約半分で少なくとも約５０％の細胞が死滅した場合に、そのウェルをウイルス増殖陽性と判定する。ウェルの少なくとも約半分で少なくとも約半分の細胞を死から守る血清の最高希釈数の逆数を、中和力価とみなす。
あるいは、マイクロ中和ｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイを実施して、ＨＡ結合の中和を評価することも可能である。たとえば、上述したようにして血清を希釈し、力価が周知のウイルスと一緒にプレインキュベートし、ＭＤＣＫ細胞と混合する。２日間のインキュベーション後、細胞を洗浄し、アセトンで固定する。インフルエンザ核抗原ＮＰに対するモノクローナル抗体を用いて、ＥＬＩＳＡでプレートを展開する。ウイルスだけの対照ウェルの抗ＮＰ読み値の約５０％未満となる最高希釈数の逆数としてマイクロ中和の力価を求める。
赤血球凝集阻害（ＨＡＩ）アッセイは、赤血球（ＲＢＣ）を凝集させて赤血球が沈殿するのを防ぐインフルエンザウイルス表面のＨＡ抗原を利用したものである。ＨＡのシアル酸結合領域と特異的に結合する抗体は、この凝集を防いで沈殿を可能にする。新鮮なニワトリＲＢＣの入った９６ウェルのＶ底プレートでアッセイを実施する。沈殿を防ぐのに必要な最小量に対して抗原が約４倍過剰になるように、ウイルス抗原のストックの力価を測定する。マウス、フェレット、家禽類またはヒトを含む複数の種から入手可能な被験血清を約５６℃まで加熱して、相補体を不活性化させる。不活性化された血清を２倍に段階希釈し、ストックＨＡと混合する。室温で約３０分間おいた後、ＲＢＣを加え、プレートを約３０〜約４５分間インキュベートする。結果について目視で評点を付ける。すなわち、凝集ではウェルが濁るが、阻害ではウェルの底に沈殿する赤血球の「ボタン」が生じる。対照には、ＨＡなしのＲＢＣ（ボタンが形成される）と、血清なしのＨＡおよびＲＢＣ（濁ったまま）を用いる。個々の血清試料のＨＡＩ力価は、凝集を防ぐ（すなわちボタンが形成される）最終希釈数の逆数である。たとえば、希釈数約１：１２８でボタンとなるが１：２５６の希釈ではそうならない場合、ＨＡＩ力価は約１２８となる。
ＨＰＶ抗原を含む組成物および融合タンパク質の防御免疫を判断するための代表的な技術として、さまざまな用量（対数希釈および半対数希釈などの希釈など）のマウスＴＣ−１肺腫瘍細胞を皮下移植し、移植の約５〜約６週間後の腫瘍量を測定することで、被検体（マウスなど）におけるＬＤ９０を求めることがあげられる。非免疫化マウスに対する実験的に免疫化したマウスの防御免疫を、たとえば、非免疫化宿主に対する実験的に免疫化した宿主での腫瘍量の減少や腫瘍成長の開始の遅れ、あるいは生存時間の延長を測定して評価することが可能である（Ｂｅｒｍｕｄｅｚ−Ｈｕｍａｒａｎ， Ｌｕｉｓ Ｇら， Ｊ． Ｉｍｍｕｎｏｌ．， １７５： ７２９７〜７３０２ （２００５）；Ｑｉａｎ， Ｘら， Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｌｅｔｔ．， １０２：１９１〜２０１ （２００６））。
ＲＳＶ抗原を含む組成物および融合タンパク質の防御免疫を評価するための技術としては、たとえば、さまざまな用量（対数希釈および半対数希釈などの希釈など）を鼻腔内投与した後、ウイルス感染の約１４日〜約２１日後に被検体の生存を評価することで、被検体（マウスなど）でＬＤ９０を判断することがあげられる。防御免疫については、被検体の物理的な見た目、立ち居振る舞い（活発的）、体重（最初に体重が減少した後、ウイルス感染前の被検体の体重とほぼ同じところまで体重まで戻る）、ウイルス感染約１４〜約２１日後の生存によって評価可能である。
よって、本発明の組成物および融合タンパク質を投与することで、ヒトが抗原源に曝露された結果として生じる感染に対する防御免疫が得られる。本発明の組成物および融合タンパク質は、疾患を予防し、ウイルス抗原への曝露に起因する病気の臨床症候群を最小限に抑えるためのワクチンとして使用可能なものである。
本明細書に記載のフラジェリンコンストラクト、たとえばＳＴＦ２、ＳＴＦ２Δ、Ｒ０コンストラクト、Ｒ３コンストラクト、Ｒ３Ｄ０コンストラクト、Ｒ０３コンストラクト、Ｒ３−２ｘＡｇコンストラクト、Ｄ３Ｎコンストラクト、Ｄ３ＮＣｓコンストラクト、Ｄ１コンストラクトは、免疫原性（コンストラクトが抗原と融合した場合に融合タンパク質のフラジェリン成分および抗原成分に対する抗体を生成する機能など）および反応源性（副作用の発生など）プロファイルが異なる場合があるが、これはフラジェリンコンストラクトに融合された抗原によっても左右されることがある。免疫原性と反応源性のさまざまなプロファイルが、異なる免疫学的経験と関連する被検体で免疫応答または防御免疫を刺激するための方法で有用なものとなり得る。
たとえば、本明細書に記載したように、Ｒ０コンストラクトとＨＡ抗原の一部とを含む融合タンパク質は、ウサギモデルで適度に免疫原性であり、重要なことに反応源性が低いが、これは被検体が抗原に対して免疫学的にナイーブ（被検体が過去にその抗原に曝露されたことがないなど）であるか、応答を抗原刺激するのに大量の抗原が必要であるか、複数の抗原を用いて多価ワクチンを形成し、全体としてのフラジェリン負荷が高いかのいずれかの場合に、組成物において有用となり得る。これらの場合、免疫強化に対する需要よりも低反応源性に対する需要のほうが勝っている。免疫学的にナイーブな状況としては、たとえば、爆発的感染の突発または鳥類から人間など種間でのウイルスの伝染に対する適用があげられる。多価ワクチンを用いる状況としては、たとえば、インフルエンザの複数のサブタイプに対応する抗原を単一のワクチンで一緒に送達する季節性インフルエンザがあげられよう。
対照的に、免疫強化に対する需要が高い場合、具体的にはそのような抗原もある。これは、インフルエンザＢ型またはＨ５などサブタイプによっては免疫原性が低いインフルエンザウイルスなどのさまざまな形態の抗原と関連し得るものである。本明細書に記載したように、Ｒ３２ｘコンストラクトおよびインフルエンザ抗原を含む融合タンパク質は、反応源性の低い状態でインフルエンザ抗原に対する強い免疫応答を引き起こす。
さらにもうひとつの実施形態では、本発明は、本発明のアミノ酸配列および融合タンパク質をコードする核酸配列である。単離された核酸は、単離された核酸配列における少なくとも１つのグリコシル化部位の欠失を含み得る。核酸配列を変化または変異させて、推定上のＮ−グリコシル化部位を含むグリコシル化部位を欠失させることが可能である。これについては、コンセンサス配列ＮＸＳまたはＮＸＴによって判断することが可能である。ここで、「Ｘ」はアミノ酸である。推定上のグリコシル化部位の変異は、融合タンパク質の少なくとも１つのフラジェリン成分の少なくとも一部と、少なくとも１つのＴＬＲアゴニスト（ＴＬＲ５アゴニストなど）と、融合タンパク質の少なくとも１つの抗原成分の少なくとも一部と、からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーであり得る。たとえば、配列番号２９のアミノ酸残基１９、１０１、２９２、３５６、３７５からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーを変異させ、推定上のグリコシル化部位を欠失させることが可能である。推定上のグリコシル化部位におけるアスパラギン（Ｄ）残基の変異については、グルタミン（Ｑ）またはアスパラギン酸などのどのアミノ酸配列に対する変異であってもよい。
同様に、配列番号２８のアミノ酸残基５５、３４７、４１１からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーを変異させて、推定上のグリコシル化部位を欠失させることが可能である。配列番号２９のアミノ酸残基１９、１０１、２９２、３５６、３７５からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーを変異させて、推定上のグリコシル化部位を欠失させることが可能である。配列番号３０のアミノ酸残基５５、２４６、３１０、３２９からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーを変異させて、推定上のグリコシル化部位を欠失させることが可能である。配列番号３１のアミノ酸残基５５、２４６、３１０、３２９からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーを変異させて、推定上のグリコシル化部位を欠失させることが可能である。配列番号３２のアミノ酸残基５５、２４６、３１０、３２９からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーを変異させて、推定上のグリコシル化部位を欠失させることが可能である。配列番号３３のアミノ酸残基５５および１７３からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーを変異させて、推定上のグリコシル化部位を欠失させることが可能である。
本発明のアミノ酸配列は、組成物の成分であってもよい。組成物は、天然に生じるフラジェリンタンパク質の少なくとも一部を含み得るものであり、当該一部が、アミノ−ドメイン０、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１およびカルボキシ−ドメイン０、たとえば、配列番号２９を配列に含む。
「少なくとも一部」とは、天然に生じるフラジェリンタンパク質に関して本明細書で使用する場合、天然に生じるフラジェリン全体よりも少ない天然に生じるフラジェリン部分を示す。「天然に生じる」とは、本明細書で使用する場合、自然界で生じるままのフラジェリン全体を示す。天然に生じるフラジェリンは、本明細書で示すように、アミノ−ドメイン０、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、ドメイン３、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１、カルボキシ−ドメイン０（たとえば、配列番号１２および２２を参照のこと）を有する。Ｙｏｎｅｋｕｒａ， Ｋら， Ｎａｔｕｒｅ ４２４： ６４３〜６５０ （２００３）に記載されているように、フラジェリンの一部を、ネズミチフス菌（Ｓ． ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）フラジェリンのアミノ−ドメイン０、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、ドメイン３、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１、カルボキシ−ドメイン０を示すフラジェリンの結晶構造に基づいて設計する。
本発明のアミノ酸配列を含む組成物は、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部をさらに含むものであってもよい。天然に生じるフラジェリンタンパク質および抗原の当該一部は、組成物中の融合タンパク質の成分であり得る。一実施形態では、アミノ−ドメイン２とカルボキシ−ドメイン２の間で天然に生じるフラジェリンタンパク質の当該一部に抗原を融合させる（Ｒ３コンストラクト）ことが可能であり、これがさらに、少なくとも１つの別の抗原の少なくとも一部を、天然に生じるフラジェリンタンパク質の当該一部のカルボキシ−ドメイン０に融合（Ｒ３−２ＸＡｇコンストラクト）させることを含み得る。抗原および別の抗原（本明細書では「他のひとつの抗原」とも呼ぶ）は、別個の抗原であっても類似の抗原であってもよい。もうひとつの実施形態では、天然に生じるフラジェリンタンパク質の当該一部のカルボキシ−ドメイン０に抗原を融合（Ｄ３コンストラクト）させる。
本発明の組成物は、天然に生じるフラジェリンタンパク質の一部を含み得るものであって、当該一部が、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１（たとえば、配列番号３０）を配列に含み、それがさらに、融合タンパク質を形成するために天然に生じるフラジェリンタンパク質と融合されていてもよい少なくとも１つの抗原の少なくとも一部を含み得る。抗原は、アミノ−ドメイン２とカルボキシ−ドメイン２との間に天然に生じるフラジェリンタンパク質の当該一部と融合可能（Ｒ３Ｄ０コンストラクト）であり、さらに、天然に生じるフラジェリンタンパク質の当該一部のカルボキシ−ドメイン１と融合された少なくとも１つの別の抗原の少なくとも一部を含むもの（Ｒ０３コンストラクト）であってもよい。
本発明の組成物は、天然に生じるフラジェリンタンパク質の一部を含み得るものであって、当該一部が、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１、カルボキシ−ドメイン０（Ｄ３Ｎ）を配列に含み、天然に生じるフラジェリンタンパク質の当該一部のカルボキシ−ドメイン０に少なくとも１つの抗原の少なくとも一部を融合させることをさらに含むものであってもよい。
本発明の組成物は、天然に生じるフラジェリンタンパク質の一部を含み得るものであって、当該一部が、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１、カルボキシ−ドメイン０の少なくとも一部を配列に含む（Ｄ３ＮＣｓ）ものであってもよく、カルボキシ−ドメイン０と融合された少なくとも１つの抗原の少なくとも一部をさらに含み得る。
本発明の組成物は、天然に生じるフラジェリンタンパク質の一部を含み得るものであって、当該一部が、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１を配列に含み、天然に生じるフラジェリンの一部がカルボキシ−ドメイン０の一部を欠いている（Ｄ３ＮＣｓ）。
本発明の組成物は、天然に生じるフラジェリンタンパク質の一部を含み得るものであって、当該一部が、アミノ−ドメイン１およびカルボキシ−ドメイン１を配列に含み（Ｄ１）、カルボキシ−ドメイン１と縮合された少なくとも１つの抗原の少なくとも一部を含むものであってもよい。
本明細書に記載の組成物、融合タンパク質および方法のフラジェリンは、ネズミチフス菌（Ｓ． ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）フラジェリン（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＦ０４５１５１）の少なくとも一部；配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５からなる群から選択されるネズミチフス菌（Ｓ． ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）フラジェリンの少なくとも一部；配列番号１６および配列番号１７の少なくとも一部を含むサルモネラミュンヘン（Ｓ． ｍｕｅｎｃｈｅｎ）フラジェリン（ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＢ０２８４７６）の少なくとも一部；配列番号１８の少なくとも一部を含む緑膿菌（Ｐ． ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）フラジェリンの少なくとも一部；配列番号１９の少なくとも一部を含むリステリア菌（Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）フラジェリンの少なくとも一部；配列番号２０および配列番号２１の少なくとも一部を含む大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）フラジェリンの少なくとも一部；エルシニア（Ｙｅｒｓｉｎｉａ）フラジェリンの少なくとも一部；カンピロバクター（Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）フラジェリンの少なくとも一部であり得る。
Ｔｏｌｌ様受容体５を活性化するアミノ酸配列（配列番号２９〜３４など）を含む本発明の組成物および融合タンパク質は、Ｔｏｌｌ様受容体２アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体３アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体４アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体６アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体７アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体８アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体９アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体１０アゴニストからなる群から選択される少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）アゴニストを含むものであってもよく、これとＴＬＲ５および本発明の融合タンパク質を活性化するアミノ酸配列とを組み合わせて、被検体に投与可能である。これらの別のＴＬＲアゴニストは、フラジェリンコンストラクトおよび本発明の融合タンパク質と組み合わせまたはこれらと逐次で投与可能である。
「アゴニスト」とは、ＴＬＲに関して本明細書で使用する場合、ＴＬＲシグナル伝達経路を活性化する分子を意味する。ＴＬＲシグナル伝達経路は、ＴＬＲリガンドまたはＴＬＲアゴニストによって活性化可能な特定のＴＬＲによって用いられる細胞内シグナル形質導入経路である。共通の細胞内経路がＴＬＲによって用いられ、これには、ＮＦ−κＢ、Ｊｕｎ Ｎ末端キナーゼおよびマイトジェン活性化タンパク質キナーゼなどが含まれる。Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストは、ＴＬＲ１アゴニスト、ＴＬＲ２アゴニスト（Ｐａｍ３Ｃｙｓ、Ｐａｍ２Ｃｙｓ、細菌リポタンパク質など）、ＴＬＲ３アゴニスト（ｄｓＲＮＡなど）、ＴＬＲ４アゴニスト（細菌リポ多糖など）、ＴＬＲ５アゴニスト（フラジェリンなど）、ＴＬＲ６アゴニスト、ＴＬＲ７アゴニスト、ＴＬＲ８アゴニスト、ＴＬＲ９アゴニスト（非メチル化ＤＮＡモチーフsなど）、ＴＬＲ１０アゴニスト、ＴＬＲ１１アゴニスト、ＴＬＲ１２アゴニストからなる群から選択される少なくとも１つのメンバーを含み得る。本発明で用いる代表的な好適なＴｏｌｌ様受容体アゴニスト成分は、たとえば、米国特許出願第１１／８２０，１４８号明細書、同第１１／８７９，６９５号明細書、同第１１／７１４，８７３号明細書、同第１１／７１４，６８４号明細書（そのすべての教示内容全体を参照により本明細書に援用する）に記載されている。
本発明の組成物および方法で使用するＴＬＲ４リガンド（ＴＬＲ４アゴニストなど）は、国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００６／００２９０６号明細書／国際公開第２００６／０８３７０６号パンフレット；国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００６／００３２８５号明細書／国際公開第２００６／０８３７９２号パンフレット；国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０４１８６５号明細書；国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０４２０５１号明細書、たとえば、ＧＧＫＳＧＲＴＧ（配列番号１）、ＫＧＹＤＷＬＶＶＧ（配列番号２）およびＥＤＭＶＹＲＩＧＶＰ（配列番号３）に記載されているＴＬ４リガンドを含み得る。
本発明の組成物および方法で使用するＴＬＲ２リガンド（ＴＬＲ２アゴニストなど）も、国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００６／００２９０６号明細書／国際公開第２００６／０８３７０６号パンフレット；国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００６／００３２８５号明細書／国際公開第２００６／０８３７９２号パンフレット；国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０４１８６５号明細書；国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０４２０５１号明細書、たとえば、ＮＰＰＴＴ（配列番号４）、ＭＲＲＩＬ（配列番号５）、ＭＩＳＳ（配列番号６）およびＲＧＧＳＫ（配列番号７）に記載されているＴＬＲ２リガンドを含み得る。
ＴＬＲ２リガンド（ＴＬＲ２アゴニストなど）は、カウロバクター・クレセンタス（Ｃａｕｌｏｂａｃｔｅｒ ｃｒｅｓｃｅｎｔｕｓ）のフラジェリン修飾タンパク質ＦｌｍＢ；細菌ＩＩＩ型分泌系タンパク質；サルモネラ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）のインベイシンタンパク質；シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）の４型線毛生合成タンパク質（ＰｉｌＸ）；サルモネラ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）ＳｃｉＪタンパク質；ストレプトマイセス（Ｓｔｒｅｐｔｏｍｙｃｅｓ）推定上の内在性膜タンパク質；シュードモナス（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ）の膜タンパク質；百日咳菌（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ ｐｅｒｔｕｓｉｓ）のアドヘシン；コレラ菌（Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ）のペプチダーゼＢ；ボルデテラ（Ｂｏｒｄｅｔｅｌｌａ）の病原性センサータンパク質；髄膜炎菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）の推定上の内在性膜タンパク質；クロストリジウム（Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ）の鞭毛生合成タンパク質ＦｌｉＲとＦｌｈＢの融合；アシネトバクター（Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ）の外膜タンパク質（ポリン）；ヘリコバクター（Ｈｅｌｉｃｏｂａｃｔｅｒ）の鞭毛生合成タンパク質ＦｌｈＦ；ザントモナス（Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ）のｏｍｐＡ関連タンパク質；ブルセラ（Ｂｒｕｃｅｌｌａ）のｏｍｐ２ａポリン；サルモネラ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）の推定上のポリン／線毛アセンブリタンパク質（ＬＨｒＥ）；サルモネラ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）のｗｂｄｋ；ＬＰＳ生合成に関与するグリコシルトランスフェラーゼ；サルモネラ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）の推定上のパーミアーゼからなる群から選択される少なくとも１つのメンバーの少なくとも一部も含み得る。
ＴＬＲ２リガンド（ＴＬＲアゴニストなど）は、リポタンパク質／リポペプチド（多岐にわたる病原体）；ペプチドグリカン（グラム陽性バクテリア）；リポテイコ酸（グラム陽性バクテリア）；リポアラビノマンナン（マイコバクテリア）；フェノール可溶性モジュリン（表皮ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓ））；グリコイノシトールリン脂質（クルーズトリパノソーマ（Ｔｒｙｐａｎｏｓｏｍａ Ｃｒｕｚｉ））；糖脂質（トレポネーマ・デンチコラ（Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ ｍａｌｔｏｐｈｉｌｕｍ））；ポリン（ナイセリア（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ））；ザイモサン（真菌）および非定型ＬＰＳ（レプトスピラ・インターロガンス（Ｌｅｐｔｏｓｐｉｒａ ｉｎｔｅｒｒｏｇａｎｓ）およびジンジバリス菌（Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ ｇｉｎｇｉｖａｌｉｓ））からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーの少なくとも一部を含み得る。
ＴＬＲ２リガンド（ＴＬＲ２アゴニストなど）は、（国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００６／００２９０６号明細書／国際公開第２００６／０８３７０６号パンフレット；国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００６／００３２８５号明細書／国際公開第２００６／０８３７９２号パンフレット；国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０４１８６５号明細書；国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００６／０４２０５１号明細書を参照のこと）からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーも含み得る。
ＴＬＲ２アゴニストは、細菌リポタンパク質（ＢＬＰ）の少なくとも一部を含むものであってもよい。
ＴＬＲ２アゴニストは、Ｐａｍ２Ｃｙｓ（Ｓ−［２，３−ビス（パルミトイルオキシ）プロピル］システイン）、Ｐａｍ３Ｃｙｓ（［パルミトイル］−Ｃｙｓ（（ＲＳ）−２，３−ジ（パルミトイルオキシ）−プロピルシステイン）または緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）ＯｐｒＩリポタンパク質（ＯｐｒＩ）などの細菌リポタンパク質であり得る。代表的なＯｐｒＩリポタンパク質としては、配列番号９でコードされる配列番号８があげられる。本明細書に記載の本発明にて用いる大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）細菌リポタンパク質の代表的なタンパク質成分は、配列番号１１でコードされる配列番号１０である。ＴＬＲ２シグナル伝達経路（ＴＬＲ２アゴニスト）を活性化する細菌リポタンパク質は、パルミトレイン酸を含む細菌タンパク質である（Ｏｍｕｅｔｉ， Ｋ．Ｏ．ら， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． ２８０： ３６６１６〜３６６２５ （２００５））。たとえば、細菌発現系で配列番号９および１１が発現（大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）など）されると、パルミトレイン酸部分が得られるタンパク質のシステイン残基に付加され（配列番号８および１０など）、本発明の組成物、融合タンパク質、ポリペプチドで用いられるＴＬＲ２アゴニストが生成される。細菌におけるトリパルミトイル化リポタンパク質（トリアシル−リポタンパク質とも呼ばれる）の産生は、システインのスルフヒドリル基（配列番号１０のシステイン２１など）にジアシルグリセロール基が付加された後、シグナル配列の切断と同じシステインの遊離Ｎ末端基（配列番号１０のシステイン２１など）に対する第３のアシル鎖付加（Ｓａｎｋａｒａｎ， Ｋ．ら， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． ２６９：１９７０６ （１９９４））によって、トリパルミチル化ペプチド（ＴＬＲ２アゴニスト）が生成されることで生じる。
本発明の組成物におけるＴｏｌｌ様受容体アゴニストは、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストのアミノ末端の末端アミノ酸および／またはアミノまたはカルボキシ末端の末端アミノ酸における少なくとも１つのシステイン残基をさらに含み得る。たとえば、ＲＧＧＳＫ（配列番号７）は、アミノ−またはカルボキシ末端残基に対するペプチド結合における少なくとも１つのシステイン残基をさらに含み得る。
本発明の方法および組成物で用いるＴｏｌｌ様受容体アゴニストは、システインが未変性Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストに生じることがなく、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニスト成分がＴｏｌｌ様受容体を活性化する位置で、少なくとも１つのシステイン残基を含むＴｏｌｌ様受容体アゴニストの少なくとも一部であるＴｏｌｌ様受容体アゴニスト成分であってもよい。システイン残基は、ＴＬＲ５アゴニスト（フラジェリンなど）またはフラジェリンコンストラクト（Ｒ０コンストラクト、Ｒ３コンストラクト、Ｒ３Ｄ０コンストラクト、Ｒ０３コンストラクト、Ｄ３Ｎコンストラクト、Ｄ３ＮＣｓコンストラクト、Ｄ１コンストラクトなど）などの未変性Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストに付加可能である。上記に代えてあるいは上記に加えて、システイン残基を本発明の天然に生じるフラジェリンまたはＴＬＲ５アゴニストまたはフラジェリンコンストラクトでアミノ酸と置換してもよい。システインまたはシステイン置換の付加は、周知の手法を用いるフラジェリン、ＴＬＲ５またはフラジェリンコンストラクトでシステイン残基をコードする核酸配列を変化させる組換え方法によって達成可能である。
フラジェリン成分の天然に生じるフラジェリンアミノ酸配列で少なくとも１つのアミノ酸残基を置換するシステイン残基は、フラジェリン成分のＴｏｌｌ様受容体５認識部位の少なくとも１つのアミノ酸から離れた位置にあってもよい。「Ｔｏｌｌ様受容体５認識部位」とは、細胞応答を媒介するようＴＬＲ５と相互作用するＴＬＲ５リガンド（ＴＬＲ５アゴニストなど）の部分を意味する。「Ｔｏｌｌ様受容体５認識部位」は、「Ｔｏｌｌ様受容体５活性化部位」および「Ｔｏｌｌ様受容体５活性化ドメイン」とも呼ばれる。
同様に、「Ｔｏｌｌ様受容体認識部位」は、細胞応答を媒介するようそれぞれのＴＬＲと相互作用するＴｏｌｌ様受容体リガンド（Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストなど）の部分を意味する。「Ｔｏｌｌ様受容体認識部位」は、「Ｔｏｌｌ様受容体活性化部位」および「Ｔｏｌｌ様受容体活性化ドメイン」とも呼ばれる。
融合タンパク質の抗原成分をフラジェリン成分（Ｒ０コンストラクト、Ｒ３コンストラクト、Ｒ３Ｄ０コンストラクト、Ｒ０３コンストラクト、Ｒ３−２ｘＡｇコンストラクト、Ｄ３Ｎコンストラクト、Ｄ３ＮＣｓコンストラクト、Ｄ１コンストラクトなど）およびＴｏｌｌ様受容体アゴニスト成分に対して化学的にコンジュゲートすることが可能である。化学的コンジュゲーション（本明細書では「化学的カップリング」とも呼ぶ）は、チオール基（システイン残基など）などの反応性基または一次（アミノ末端など）または二次（リジンなど）基による誘導体化によるコンジュゲーションを含み得る。異なる架橋剤を用いてフラジェリン成分を抗原成分に化学的にコンジュゲートすることが可能である。代表的な架橋剤は、たとえばＰｉｅｒｃｅ（Ｒｏｃｋｌａｎｄ， Ｉｌｌ）から市販されている。抗原成分をフラジェリン成分に化学的にコンジュゲートするための方法は周知であり、本明細書に記載のものなどの市販の架橋剤を用いることを含む。
たとえば、本発明のフラジェリン成分、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニスト成分またはフラジェリンコンストラクト（Ｒ０コンストラクト、Ｒ３コンストラクト、Ｒ３Ｄ０コンストラクト、Ｒ０３コンストラクト、Ｄ３Ｎコンストラクト、Ｄ３ＮＣｓコンストラクト、Ｄ１コンストラクトなど）に対する抗原成分のコンジュゲーションは、確立された手法を用いる、フラジェリン成分、Ｔｏｌｌ様受容体成分またはフラジェリンコンストラクトの少なくとも１つのシステイン残基ならびに、抗原成分の少なくとも１つのシステイン残基によるものであってもよい。抗原成分は、ホモ二官能化スルフヒドリル特異的架橋剤で誘導体化し、脱塩して未反応の架橋剤を除去した後、パートナーを加えて少なくとも１つのシステイン残基システインでコンジュゲート可能である。コンジュゲーション方法に用いる代表的な試薬は、ＢＭＢ（カタログ番号：２２３３１）、ＢＭＤＢ（カタログ番号：２２３３２）、ＢＭＨ（カタログ番号：２２３３０）、ＢＭＯＥ（カタログ番号：２２３２３）、ＢＭ［ＰＥＯ］３（カタログ番号：２２３３６）、ＢＭ［ＰＥＯ］４（カタログ番号：２２３３７）、ＤＰＤＰＢ（カタログ番号：２１７０２）、ＤＴＭＥ（カタログ番号：２２３３５）、ＨＢＶＳ（カタログ番号：２２３３４）など、Ｐｉｅｒｃｅ（Ｒｏｃｋｌａｎｄ， Ｉｌｌ）から購入可能である。
あるいは、本発明のフラジェリン成分、フラジェリン、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニスト成分、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストまたはフラジェリンコンストラクトのリジン残基に、抗原成分をコンジュゲートすることも可能である。システイン残基を含まないタンパク質成分をヘテロ二官能化アミンおよびスルフヒドリル特異的架橋剤で誘導体化する。脱塩後、システイン含有パートナーを加え、コンジュゲートする。このコンジュゲーション方法で使用する代表的な試薬は、ＡＭＡＳ（カタログ番号：２２２９５）、ＢＭＰＡ（カタログ番号２２２９６）、ＢＭＰＳ（カタログ番号：２２２９８）、ＥＭＣＡ（カタログ番号：２２３０６）、ＥＭＣＳ（カタログ番号：２２３０８）、ＧＭＢＳ（カタログ番号：２２３０９）、ＫＭＵＡ（カタログ番号：２２２１１）、ＬＣ−ＳＭＣＣ（カタログ番号：２２３６２）、ＬＣ−ＳＰＤＰ（カタログ番号：２１６５１）、ＭＢＳ（カタログ番号：２２３１１）、ＳＡＴＡ（カタログ番号：２６１０２）、ＳＡＴＰ（カタログ番号：２６１００）、ＳＢＡＰ（カタログ番号：２２３３９）、ＳＩＡ（カタログ番号：２２３４９）、ＳＩＡＢ（カタログ番号：２２３２９）、ＳＭＣＣ（カタログ番号：２２３６０）、ＳＭＰＢ（カタログ番号：２２４１６）、ＳＭＰＨ（カタログ番号２２３６３）、ＳＭＰＴ（カタログ番号：２１５５８）、ＳＰＤＰ（カタログ番号：２１８５７）、スルホ−ＥＭＣＳ（カタログ番号：２２３０７）、スルホ−ＧＭＢＳ（カタログ番号：２２３２４）、スルホ−ＫＭＵＳ（カタログ番号：２１１１１）、スルホ−ＬＣ−ＳＰＤＰ（カタログ番号：２１６５０）、スルホ−ＭＢＳ（カタログ番号：２２３１２）、スルホ−ＳＩＡＢ（カタログ番号：２２３２７）、スルホ−ＳＭＣＣ（カタログ番号：２２３２２）、スルホ−ＳＭＰＢ（カタログ番号：２２３１７）、スルホ−ＬＣ−ＳＭＰＴ（カタログ番号．：２１５６８）など、Ｐｉｅｒｃｅ（Ｒｏｃｋｌａｎｄ， Ｉｌｌ）から購入可能である。
上記に加えてまたは上記に代えて、抗原成分は、両方のコンジュゲートパートナーの少なくとも１つのリジン残基によって本発明のフラジェリン成分、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニスト成分（フラジェリンコンストラクトなど）にコンジュゲート可能である。２つのコンジュゲートパートナーをホモ二官能化アミン特異的架橋剤と一緒に組み合わせる。次に、適切なヘテロコンジュゲートを不要な凝集物およびホモコンジュゲートから精製する。このコンジュゲーション方法で使用する代表的な試薬は、ＢＳＯＣＯＥＳ（カタログ番号：２１６００）、ＢＳ３（カタログ番号：２１５８０）、ＤＦＤＮＢ（カタログ番号：２１５２５）、ＤＭＡ（カタログ番号：２０６６３）、ＤＭＰ（カタログ番号：２１６６６）、ＤＭＳ（カタログ番号：２０７００）、ＤＳＧ（カタログ番号：２０５９３）、ＤＳＰ（カタログ番号：２２５８５）、ＤＳＳ（カタログ番号：２１５５５）、ＤＳＴ（カタログ番号：２０５８９）、ＤＴＢＰ（カタログ番号：２０６６５）、ＤＴＳＳＰ（カタログ番号：２１５７８）、ＥＧＳ（カタログ番号：２１５６５）、ＭＳＡ（カタログ番号：２２６０５）、スルホ−ＤＳＴ（カタログ番号：２０５９１）、スルホ−ＥＧＳ（カタログ番号：２１５６６）、ＴＨＰＰ（カタログ番号：２２６０７）など、Ｐｉｅｒｃｅ（Ｒｏｃｋｌａｎｄ， Ｉｌｌ）から購入可能である。
同様に、一方のパートナーの少なくとも１つのカルボキシル基（ペプチドまたはタンパク質のグルタミン酸、アスパラギン酸またはカルボキシ末端など）と他方のパートナーのアミンによって、本発明のフラジェリン成分、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニスト成分またはフラジェリンコンストラクトにタンパク質成分をコンジュゲート可能である。２つのコンジュゲーションパートナーを適切なヘテロ二官能化架橋試薬と一緒に混合する。次に、適切なヘテロコンジュゲートを不要な凝集物およびホモコンジュゲートから精製する。このコンジュゲーション方法で使用する代表的な試薬は、ＡＥＤＰ（カタログ番号：２２１０１）、ＥＤＣ（カタログ番号：２２９８０）およびＴＦＣＳ（カタログ番号：２２２９９）など、Ｐｉｅｒｃｅ（Ｒｏｃｋｌａｎｄ， Ｉｌｌ）から購入可能である。
少なくとも１つのシステイン残基で、本発明の天然に生じるフラジェリンアミノ酸配列フラジェリン成分、フラジェリンまたはフラジェリンコンストラクトにおいて少なくとも１つのアミノ酸を置換することが可能である。システイン残基は、配列番号１３のアミノ酸１、２３７、２３８、２３９、２４０、２４１および４９５からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸；配列番号１２のアミノ酸１、２４０、２４１、２４２、２４３、２４４および５０５からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸；配列番号１６のアミノ酸１、２３７、２３８、２３９、２４０、２４１および５０４からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸；配列番号１８のアミノ酸１、２１１、２１２、２１３および３９３からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸；配列番号１９のアミノ酸１、１５１、１５２、１５３、１５４および２８７からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸；配列番号２０のアミノ酸１、２３８、２３９、２４０、２４１、２４２、２４３および４９７からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸；配列番号１３のアミノ酸１、２３７、２３８、２３９、２４０、２４１および４９５からなる群から選択される少なくとも１つのアミノ酸を置換できる。天然に生じるフラジェリンでシステインがアミノ酸を置換する、Ｒ０コンストラクト、Ｒ３コンストラクト、Ｒ３Ｄ０コンストラクト、Ｒ０３コンストラクト、Ｒ３−２ｘ Ａｇコンストラクト、Ｄ３Ｎコンストラクト、Ｄ３ＮＣｓコンストラクト、Ｄ１コンストラクトなどのフラジェリンまたはフラジェリンコンストラクトを使用して、フラジェリン成分を抗原に化学的にコンジュゲートすることが可能である。システイン残基は、本発明のフラジェリンまたはフラジェリンコンストラクトの天然に生じるアミノ酸配列に加えることが可能なものである。
システイン残基は、アミノ末端およびカルボキシ末端の近位側、ＴＬＲ５認識部位の遠位側でＤ１／Ｄ２ドメイン内に所在可能である。上記に代えてあるいは上記に加えて、システイン残基を、配列番号１３の約アミノ酸２３７、約２３８、約２３９、約２４０および約２４１の高頻度可変ドメインの遠位点に所在させることも可能である。疎水性のアミノ酸をシステイン残基で置換するには、極性または荷電アミノ酸の置換が好ましい。ＴＬＲ５認識部位内での置換は最も好ましくない。
ネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）ＳＴＦ１（ＦｌｉＣ）由来のフラジェリンを配列番号１３（受託番号：Ｐ０６１７９）に示す。ＴＬＲ５認識部位は、配列番号１３のアミノ酸約７９〜約１１７および約４０８〜約４３９である。システイン残基は、配列番号１３のアミノ酸約２３７〜約２４１などのＴＬＲ５認識部位の外側にあるアミノ酸を置換またはこれと組み合わせて含ませることが可能である。
ネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）フラジェリンＳＴＦ２（ＦｌｊＢ）を配列番号１２で示す。ＴＬＲ５認識部位は、配列番号１２のアミノ酸約８０〜約１１８および約４２０〜約４５１である。システイン残基は、配列番号１２のアミノ酸約２４０〜約２４４などのＴＬＲ５認識部位の外側にあるアミノ酸を置換またはこれと組み合わせて含ませることが可能である。
サルモネラミュンヘン（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｍｕｅｎｃｈｅｎ）フラジェリンを配列番号１６（受託番号：＃Ｐ０６１７９）で示す。ＴＬＲ５認識部位は、配列番号１６のアミノ酸約７９〜約１１７および約４１８〜約４４９である。システイン残基は、配列番号１６のアミノ酸約２３７〜約２４１などのＴＬＲ５認識部位の外側にあるアミノ酸を置換またはこれと組み合わせて含ませることが可能である。
大腸菌（Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ ｃｏｌｉ）フラジェリンを配列番号２０（受託番号：Ｐ０４９４９）で示す。ＴＬＲ５認識部位は、配列番号２０のアミノ酸約７９〜約１１７および約４１０〜約４４１である。システイン残基は、配列番号２０のアミノ酸約２３８〜約２４３などのＴＬＲ５認識部位の外側にあるアミノ酸を置換またはこれと組み合わせて含ませることが可能である。
緑膿菌（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ ａｕｒｕｇｉｎｏｓａ）フラジェリンを配列番号１８に示す。ＴＬＲ５認識部位は、配列番号１８のアミノ酸約７９〜約１１４および約３０８〜約３３８である。システイン残基は、配列番号１８のアミノ酸約２１１〜約２１３などのＴＬＲ５認識部位の外側にあるアミノ酸を置換またはこれと組み合わせて含ませることが可能である。
リステリア菌（Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）フラジェリンを配列番号１９に示す。ＴＬＲ５認識部位は、配列番号１９のアミノ酸約７８〜約１１６および約２００〜約２３１である。配列番号１９のアミノ酸約１５１〜約１５４などのシステイン残基ＴＬＲ５認識部位の外側にあるアミノ酸を置換またはこれと組み合わせて含ませることが可能である。
ＳＴＦ２の実験的に規定されたＴＬＲ５認識部位についての記載がある（たとえば、アミノ酸約７９〜約１１７および約４２０〜約４５１でＳｍｉｔｈ， Ｋ．Ｄ．ら， Ｎａｔｕｒｅ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ４：１２４７〜１２５３ （２００３）を参照のこと。また、Ｓｍｉｔｈ， Ｋ．Ｄ．ら， Ｎａｔｕｒｅ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ４：１２４７〜１２５３ （２００３）は、アミノ酸約７９〜約１１７、約４０８〜約４３９のＳＴＦ１；アミノ酸約７９〜約１１７、約３０８〜約３３９の緑膿菌（Ｐ． ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）；アミノ酸約７９〜約１１７、約３８１〜約４１９のレジオネラ・ニューモフィラ（Ｌ． ｐｎｅｕｍｏｐｈｉｌａ）；アミノ酸約７９〜約１１７、約４７７、約５０８の大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）；アミノ酸約７９〜約１１７、約２６５〜約２９６のセラチア・マルセセンス（Ｓ． ｍａｒｃｅｓｅｎｓ）；アミノ酸約７７〜約１１７、約２１８〜約２４９の枯草菌（Ｂ． ｓｕｂｔｉｌｕｓ）；アミノ酸約７７〜約１１５、約２００〜約２３１のリステリア・モノサイトゲネス（Ｌ． ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）など、配列相同性に基づいて、他のフラジェリンのＴＬＲ５認識部位を同定した。
高分解能構造ＳＴＦ１（ＦｌｉＣ）（配列番号１３）を求めたところ、システイン置換／付加の位置およびフラジェリンによるＴＬＲ５認識の基礎であり得る。フラジェリンの配列相同性が最も高い領域は、ＴＬＲ５認識部位にあり、これはＤ１およびＤ０ドメインを含む。Ｄ１およびＤ２ドメイン１およびドメイン０、これはＴＬＲ５認識部位を含む。フラジェリン間の配列相同性が最も低い領域が高頻度可変領域である。
ＴＬＲ５を活性化するフラジェリン成分、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニスト成分またはフラジェリンコンストラクトの機能は、コンジュゲーション部位（システイン残基との組み合わせで天然に生じるフラジェリンアミノ酸配列フラジェリン成分または天然に生じるフラジェリンアミノ酸配列の少なくとも一部の少なくとも１つのアミノ酸を置換したシステイン残基）をＴＬＲ５またはＴＬＲ認識部位とは離して維持することで達成可能と思われる。たとえば、高分解能構造判定を利用できるＳＴＦ１（配列番号１３）の場合、これはＤ１ドメイン、Ｄ２ドメインまたはヒンジ領域で達成できる。Ｄ１／Ｄ２ドメインでは、アミノ末端およびカルボキシ末端が、ＴＬＲ５認識部位から離れていてもよく（本明細書では「遠位」とも呼ぶ）、アミノ末端またはカルボキシ末端のいずれかから離れる方向に移動することでさえ、コンジュゲーション部位を認識部位に近づけて、ＴＬＲ５活性を妨げることがある。ヒンジ領域では、配列番号１３のアミノ酸約２３７〜約２４１が、「ブーメラン」のほぼ他方の先端にあり、アミノ末端およびカルボキシ末端としてのＴＬＲ５認識部位からほぼ同じ距離である。この部位は、ＴＬＲ５認識を維持する場所であってもよい。
アミノ酸同一性をコンジュゲーション部位の場所に考慮可能である。極性および荷電したアミノ酸（セリン、アスパラギン酸、リジンなど）のほうが、表面曝露されやすく、抗原結合の影響を受けやすい。疎水性アミノ酸（バリン、フェニルアラニンなど）のほうが隠れやすく、構造的相互作用に加わるため、回避すべきである。
システイン残基が システイン残基を含む組成物またはシステイン残基を有するＴｏｌｌ様受容体アゴニスト成分を含むフラジェリン成分が、ＴＬＲ５を活性化し、抗原に対して化学的にコンジュゲート可能である。
システイン残基（１、２、３、４、５、６、７、８システイン残基など）は、本発明のフラジェリン成分に対する化学的配置に対する抗原でアミノ酸に付加またはアミノ酸を置換可能である。たとえば、ＨＰＶ抗原またはＲＳＶインフルエンザ抗原、フラビウイルス抗原のシステイン残基をセリン残基またはアラニン残基で置換（本明細書では「置換された」とも呼ぶ）可能である。
組成物は、フラジェリンの少なくとも一部である抗原およびフラジェリンまたはフラジェリンコンストラクトの少なくとも一部を含み、フラジェリン成分またはフラジェリンコンストラクトの少なくとも１つのリジンが、アルギニンなどの少なくとも１つの他のアミノ酸で置換されることで、フラジェリン成分がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する。
「置換された」とは、フラジェリン、フラジェリン成分、フラジェリンコンストラクトＴｏｌｌ様受容体アゴニストまたはＴｏｌｌ様受容体アゴニスト成分との関連で本明細書で使用する場合、リジンなどフラジェリン成分の少なくとも１つのアミノ酸が、保存された置換（アルギニン、セリン、ヒスチジンなど）などもうひとつのアミノ酸残基に修飾され、これによって置換されたフラジェリン成分または置換されたＴｏｌｌ様受容体アゴニスト成分が形成されることを意味する。置換されたフラジェリン成分または置換されたＴｏｌｌ様受容体アゴニスト成分は、化学的手段、タンパク質合成手法によるフラジェリンの少なくとも一部のタンパク質またはペプチドの生成またはこれらの任意の組み合わせによって、置換のあるフラジェリンをコードする組換えコンストラクトを作製して生成可能である。
アミノ酸（アルギニン、セリン、ヒスチジンなど）で置換されたリジン残基は、配列番号１３のリジン１９、４１、５８、１３５、１６０、１７７、１７９、２０３、２１５、２２１、２２８、２３２、２４１、２５１、２７９、２９２、３０８、３１７、３２６、３３８、３４８、３５７、３６２、３６９、３７８、３８４、３９１および４１０からなる群から選択される少なくとも１つのリジン残基であってもよい。
フラジェリンは、配列番号１４を含むネズミチフス菌（Ｓ． ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）フラジェリンであってもよい。アミノ酸（アルギニン、セリン、ヒスチジンなど）で置換されたリジン残基、配列番号１４のリジン２０、４２、５９、１３６、１６１，１７７、１８２、１８９、２０９、２２７、２３４、２４９、２７１、２８１、２８８、２９９、３１９、３２５、３２８、３３７、３４１、３５５、３５７、３６９、３８１、３９０、３９６、４０３、４１４および４２２からなる群から選択される少なくとも１つのリジン残基であってもよい。
フラジェリンは、配列番号２０を含む大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）ｆｌｉＣであってもよい。フラジェリンは、配列番号１７を含むサルモネラミュンヘン（Ｓ． ｍｕｅｎｃｈｅｎ）であってもよい。フラジェリンは、配列番号１８を含む緑膿菌（Ｐ． ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）フラジェリンであってもよい。フラジェリンは、配列番号１９を含むリステリア菌（Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）フラジェリンであってもよい。
フラジェリンの特定のリジン残基は、ドメイン１付近またはその中にあり、ＴＬＲ５に対するフラジェリンの結合において重要なものとなり得る。たとえば、配列番号１３のアミノ酸５８、１３５、１６０および４１０のリジン残基は、アルギニン残基、セリン残基、ヒスチジン残基からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーで置換されていてもよい。たとえば、フラジェリンに対する化学的にコンジュゲートされた抗原へのこのようなリジン残基の誘導体化によって、フラジェリンの機能またはＴＬＲ５に対する結合親和性が落ち、よってＴＬＲ５に媒介される自然免疫応答が小さくなることがある。ＴＬＲ５（ドメイン１など）ともうひとつのアミノ酸（アルギニン、セリン、ヒスチジンなど）との相互作用を媒介する上で重要なフラジェリンの領域に近いことがあるフラジェリンにおける少なくとも１つのリジン残基の置換は、ＴＬＲ５に対するフラジェリン結合を保存または増強することがある。特定の実施形態では、アミノ酸置換は、アルギニン、セリン、ヒスチジンからなる群から選択される少なくとも１つのメンバーを有する保存されたアミノ酸置換である。化学的コンジュゲーション用の代表的な市販の試薬を本明細書に記載する。
フラジェリンの特定のリジン残基は、ドメイン（ドメイン１）にあり、ＴＬＲ５の活性化に重要なものとなり得る。たとえば、配列番号１３の５８位、１３５位、１６０位、４１０位のリジン残基がドメイン１にある。たとえば、化学的にコンジュゲートされた抗原へのこのようなリジン残基の誘導体化によって、ＴＬＲ５生活性が弱くなり、よってＴＬＲ５に媒介される自然免疫応答が小さくなることがある。
置換可能なリジン残基は、ＴＬＲ５活性化に関連したリジン残基を含むものであってもよい。モチーフＮ（配列番号１３のアミノ酸９５〜１０８）および／またはモチーフＣ（配列番号１３のアミノ酸４４１〜４４９）のリジン残基が置換に適していることがある。フラジェリンの特定のリジン残基（アミノ酸１９位、４１位のリジンなど）を、たとえば、アルギニン、セリンまたはヒスチジンで置換すると、ＴＬＲ５に対するフラジェリンの結合を維持し、他のリジンを抗原（タンパク質など）などの別の分子または別のタンパク質、ペプチドまたはポリペプチドなどの別の分子との化学的コンジュゲートに利用できるままにしておくことが可能である。
ネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）由来のフラジェリンのＦ４１断片のＸ線結晶構造は、フラジェリンのドメイン構造を示す（Ｓａｍａｔｅｙ， Ｆ．Ａ．ら， Ｎａｔｕｒｅ ４１０：３２１ （２００１））。全長フラジェリンタンパク質は、Ｄ０、Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３で示す４つのドメインを含む。これらのドメインのうちの３つは、この構造が全長フラジェリンのタンパク質分解断片を含む形で作られるため、結晶構造に示される。これらの領域のネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）フラジェリンのアミノ酸配列を配列番号１３に対して番号付与すると以下のとおりである。
Ｄ０は、領域Ａ１〜Ａ５５とＳ４５１〜Ｒ４９４とを含有する。
Ｄ１は、領域Ｎ５６〜Ｑ１７６とＴ４０２〜Ｒ４５０とを含有する。
Ｄ２は、領域Ｋ１７７〜Ｇ１８９とＡ２８４〜Ａ４０１とを含有する。
Ｄ３は、領域Ｙ１９０〜Ｖ２８３を含有する。
たとえば、アルギニン、ヒスチジンまたはセリンでの置換に適した配列番号１３の代表的なリジン残基としては、以下のものがあげられる。
Ｄ０は、２つのリジン残基Ｋ１９、Ｋ４１を含有する。
Ｄ１は、４つのリジン残基Ｋ５８、Ｋ１３５、Ｋ１６０およびＫ４１０を含有する。
Ｄ２は、１７７位、１７９位、２９２位、３０８位、３１７位、３２６位、３３８位、３４８位、３５７位、３６２位、３６９位、３７８位、３８４位、３９１位に１４のリジン残基を含有する。
Ｄ３は、２０３位、２１５位、２２１位、２２８位、２３２位、２４１位、２５１位、２７９位に８つのリジン残基を含有する。
置換に適した代表的なリジン残基として、配列番号１３の５８位、１３５位、１６０位および４１０位のリジンがあげられる（Ｊａｃｃｈｉｅｒｉ， Ｓ． Ｇ．ら， Ｊ． Ｂａｃｔｅｒｉｏｌ． １８５：４２４３ （２００３）；Ｄｏｎｎｅｌｌｙ， Ｍ．Ａ．ら， Ｊ． Ｂｉｏｌ． Ｃｈｅｍ． ２７７：４０４５６ （２００２））。これらの配列は、ｈｔｔｐ：／／ｕｓ．ｅｘｐａｓｙ．ｏｒｇ／ｓｐｒｏｔ／でオンラインにあるＳｗｉｓｓ−Ｐｒｏｔ Ｐｒｏｔａｉｎ Ｋｎｏｗｌｅｄｇｅｂａｓｅから入手した。修飾可能なリジン残基には＊を付してある。
置換に適した配列番号１４の代表的なリジン残基としては、以下のものがあげられる。
Ｄ０−２０位、４２位に２つのリジンを有する
Ｄ１−５９位、１３６位、１６１位、４１４位、４２２位に５つのリジンを有する
Ｄ２−１７７位、１８２位、１８９位、２９９位、３１９位、３２５位、３２８位、３３７位、３４１位、３５５位、３５７位、３６９位、３８１位、３９０位、３９６位、４０３位に１６のリジンを有する
Ｄ３−２０９位、２２７位、２３４位、２４９位、２７１位、２８１位、２８８位に７つのリジンを有する。
本発明の融合タンパク質で使用する抗原は、細菌タンパク質抗原、ウイルスタンパク質抗原、寄生虫タンパク質抗原、腫瘍タンパク質抗原、マイコプラズマタンパク質抗原、アレルゲンタンパク質抗原からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーなどのタンパク質抗原であってもよい。ウイルスタンパク質抗原は、インフルエンザウイルスタンパク質抗原、呼吸器多核体ウイルスタンパク質抗原、フラビウイルスタンパク質抗原からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーであってもよい。寄生虫タンパク質抗原は、マラリア寄生虫タンパク質抗原であってもよい。
抗原は、多糖抗原、脂質抗原、核酸抗原、リポ多糖抗原からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーなどの非タンパク質抗原であってもよい。多糖抗原は、腫瘍多糖抗原を含み得る。
肺炎連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）由来の血清型１４莢膜多糖（ＰＳ１４）は、トリエチルアミンの存在下で１−シアノ−４−ジメチルアミノピリジニウムテトラフルオロボーレート（ＣＤＡＰ）で活性化させた後、ヘキサンジアミンで誘導体化して遊離ヒドロキシルを遊離アミノ基に変換可能である。次に、この遊離アミノ基をＮ−ヒドロキシスクシンイミジルブロモアセテートと反応させることが可能である。遊離スルフヒドリルを有するシステイン残基を含有するフラジェリンコンストラクトを活性化多糖と反応させ、共有結合チオエーテルを形成可能である（Ｌｅｅｓ， Ａ．ら， Ｖａｃｃｉｎｅ １４：１９０ （１９９６））。多糖の活性化度については、多糖に対するコンジュゲートフラジェリンの密度が変わるよう制御可能である。類似の方法で莢膜多糖の他の血清型をフラジェリンにコンジュゲートすることも可能である。肺炎連鎖球菌（Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ）血清型１４（ＰＳ１４）由来の多糖の繰り返し単位構造は、→４）−β−Ｄ−Ｇｌｃｐ−（１→６）−［β−Ｄ−Ｇａｌｐ−（１→４）］−β−Ｄ−ＧｌｃｐＮＡｃ−（１→３）−β−Ｄ−Ｇａｌｐ−（１→である（Ｌｉｎｄｂｅｒｇ， Ｂ．ら， Ｃａｒｂｏｈｙｄｒ Ｒｅｓ ５８： １７７〜１８６ （１９７７））。
本発明の組成物および融合タンパク質は、ナノ粒子、リポソーム、ウイルス粒子、真菌粒子、誘導体化多糖、誘導体化タンパク質からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーなどの粒子と会合可能である。本発明の組成物および融合タンパク質は、約１０．０μｇ用量、約５．０μｇ用量、約３．０μｇ用量、約２．５μｇ用量、約１．０μｇ用量、約０．５μｇ用量、約０．３μｇ用量、約０．２５μｇ用量、約０．１μｇ用量、約０．０５μｇ用量、約０．０２５μｇ用量、約０．０１μｇ用量からなる群から選択される少なくとも１つの用量からなる群から選択される少なくとも１つの用量で被検体に投与可能なものである。
本発明の組成物および融合タンパク質は、一用量または複数用量（２用量、３用量、４用量など）でヒトなどの被検体に投与可能なものである。本発明の組成物および融合タンパク質を２以上の用量で投与する場合、その組成物または融合タンパク質の２回目以降の用量を１回目の用量を投与した約２８日後に投与可能である。
もうひとつの実施形態では、本発明は、タンパク質の一部を天然に生じるフラジェリンから分離することで、タンパク質部分を形成するステップであって、タンパク質部分が、アミノ−ドメイン０、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１、カルボキシ−ドメイン０（Ｒ３、Ｄ３、Ｒ３−２ｘＡｇ）を配列に含む、ステップと、このタンパク質部分をコードする核酸配列を宿主細胞に形質転換するステップと、この宿主細胞を培養することで、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストを製造するステップと、を含む、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストの製造方法である。この方法で得られる代表的なＴｏｌｌ様受容体５アゴニストとして、配列番号２９に示すＲ３コンストラクトがあげられる。
タンパク質ドメインは、そのタンパク質の他の部分とは独立して進化し、機能し、存在し得るタンパク質配列および構造の一部である。各ドメインは、三次元構造を構成し、独立して安定かつフォールド可能である。多くのタンパク質が複数の構造的ドメインからなる。通常、タンパク質のドメインは、長さが約２５アミノ酸長から最大５００アミノ酸長まで可変である。
ネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）鞭毛の高分解能原子モデルが、結晶構造解析と電子低温顕微鏡法によって得られている（Ｙｏｎｅｋｕｒａら， Ｎａｔｕｒｅ ４２４（６９４９）： ６４３〜５０ （２００３））。ネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）フラジェリン（配列番号４４８）は、図５４に示すようなＤ０、Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３と呼ぶ４つのドメインを含む。ドメインＤ０（本明細書では「ドメイン０」または「Ｄ０」とも呼ぶ）は、フィラメントの内側のコアをなし、ドメインＤ１（本明細書では「ドメイン１」または「Ｄ１」とも呼ぶ）はフィラメントの外側のコアをなす。ドメインＤ２（本明細書では「ドメイン２」または「Ｄ２」とも呼ぶ）およびＤ３（本明細書では「ドメイン３」または「Ｄ３」とも呼ぶ）は、フラジェリンフィラメント表面から外側に突出し、フィラメントの「ターボブレード」（本明細書では「プロペラ」とも呼ぶ）を形成している。４つのドメインＤ０、Ｄ１、Ｄ２、Ｄ３は、フラジェリンフィラメントの内側から外側に線形に接続されている。フラジェリンモノフィラメントのＮ末端鎖はＤ０で開始し、Ｄ１およびＤ２と順に進んでＤ３でフォールドされる。その後、フラジェリンモノフィラメントのペプチド鎖は、Ｄ２およびＤ１に戻り、最終的にカルボキシドメイン０で終端する。ドメイン間の接続（Ｄ０からＤ１、Ｄ１およびＤ２、Ｄ２からＤ３）は、短い逆平行鎖の対で形成されるが、ドメインＤ０とＤ１を接続するもののほうが他の２つより長く、「スポーク領域」と呼ぶことができる。
高分解能フラジェリンモデルは、ドメインＤ０が２本鎖コイルドコイルを形成する一対のαヘリックスを含むことを示している。各鎖はＮ末端およびＣ末端ペプチド由来である。特に、Ｎ末端ペプチド（１〜３３）（配列番号４４８）およびＣ末端ペプチド（４６１〜４９５）（配列番号４４８）がドメインＤ０の２本鎖コイルドコイル（配列番号４４８）に寄与している。この構造（配列番号４４８）では、Ｎ末端ヘリックスが約３３アミノ酸長であり、Ｃ末端鎖は約３５アミノ酸である。
鞭毛の内側の管を形成する場合、複数のフラジェリンのドメインＤ０が互いに螺旋状に充填される。一対の可撓性リンカーがドメインＤ０とＤ１（配列番号４４８）を接続する。Ｎ末端近位リンカー（３４〜４６、スポーク領域）（配列番号４４８）は比較的長めであり、約１３のアミノ酸を含むのに対し、Ｃ末端近位リンカー（４５４〜４６０）は７つのアミノ酸（配列番号４４８）を含む。ポリマー鞭毛構造の形成時には複数のＤ１ドメインも互いに充填される。ドメインＤ１は、鞭毛コアの外側の管の形成を担っている。ドメインＤ１ではα要素とβ要素が混在し、どちらの構造的要素もＮ末端およびＣ末端近位ペプチド（配列番号４４８）で形成される。Ｎ末端近位ペプチド（４７〜１７６）（配列番号４４８）は、ドメインＤ１の約７０％超を占めるものであり、２つのαヘリックスと１つの２本鎖βシートを含む。Ｃ末端近位ペプチド（４０４〜４５３）（配列番号４４８）はドメイン１の約５０アミノ酸長の単一のαヘリックスを形成する。
３つのヘリックスが一緒に充填されてＴＬＲ５結合部位を形成する（Ｓｍｉｔｈら， Ｎａｔｕｒｅ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ； ２２：１２４７〜１２５３ （２００３））。ドメインＤ２およびＤ３は、フラジェリンコアから外側に突出する。この領域は高度に可変であり、一次配列の中央の領域に存在するため、ドメインＤ２およびＤ３を「高頻度可変領域」または「ヒンジ領域」と呼ぶことができる。構造的に、ヒンジ領域の大部分がβ構造である。短いαヘリックス（約１０アミノ酸）以外、ドメインＤ２の約９３％はループとターンで接続されたβシートである。Ｎ末端近位ペプチド（１７７〜１９０）（配列番号４４８）は単一のβ鎖をなす。Ｃ末端近位ペプチド（２８６〜４０３）はドメインＤ２（配列番号４４８）の大部分（約９１％）をなす。ドメインＤ３は「ターボブレード」の先端にある。ドメインＤ２と同様に、Ｄ３もβ要素で形成される。８つのβ鎖がドメインＤ３（配列番号４４８）の３組のシートを形成する。
本明細書で使用する場合、いくつかのフラジェリンの一次アミノ酸配列は、比較的保存されたドメインＤ０およびＤ１と、比較的可変のドメインＤ２およびＤ３を有する。異なるフラジェリン間でのＤ０とＤ１の高度な相同性は、これらに鞭毛のコアを形成する上での共通の構造的な役割があることによる可能性がある。上述した高分解能モデルに見られるように、さまざまな種に由来する異なるフラジェリンのドメインが、同じ構造的要素を持つこともある。特に、ドメインＤ０は、約３０アミノ酸の範囲にわたる一対のコイルドコイルを含有しなければならない。ドメインＤ１ではαヘリックスとβシートが混在するが、これはＮ末端ペプチドでαヘリックスと２本鎖βシートが形成され、長いαヘリックスがＣ末端ペプチドから形成されるためである。ＴＬＲ５結合領域は、Ｎ末端ペプチド、Ｃ末端断片を含み、Ｄ１螺旋領域に集中している。ポリマー化フラジェリンのドメインＤ２およびＤ３は鞭毛のブレードを形成し、宿主免疫応答の主な標的でもある。これらの領域の超可変性は、細菌が宿主の防御から逃げる逃避機序であり得る。ドメインＤ２およびＤ３は一次配列が異なるが、全体としての構造的組織は異なるフラジェリン間で類似していると思われる。特定の種に由来するフラジェリンに、Ｄ２およびＤ３ドメインによって形成されるヒンジ領域の一部または全部が欠けていることがある。ドメインＤ１とＤ２のドメイン境界は十分に画定されている。
モノマーフラジェリンだけが宿主受容体ＴＬＲ５によって宿主の自然免疫応答を活性化する。細菌の鞭状の付属器官である鞭毛は、ポリマーフラジェリンで構成され、これはＴＬＲ５と結合もしなければこれを活性化することもない。上述したように、ＴＬＲ５と物理的に相互作用するフラジェリンの領域は、ドメインＤ１にマッピングされている（Ｓｍｉｔｈら， Ｎａｔｕｒｅ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ ２２： １２４７〜１２５３ （２００３））。保存されたＤ０ドメインを含めて他のドメインにおける臨界領域がいずれも今のところＴＬＲ５相互作用に関与していることが示されていないが、本明細書に記載したように、これらのドメイン内での変動がこの相互作用に影響する場合があり、それによって炎症応答や免疫応答が調節されることがある。たとえば、本明細書に記載のｉｎ ｖｉｔｒｏＴＬＲ５シグナル伝達アッセイおよびｉｎ ｖｉｖｏ反応源性モデルで測定した場合のフラジェリンコンストラクトの活性は、無傷のドメインＤ０の有無と関連している。
このドメインが部分的または完全に欠失すると、ＴＬＲ５活性が大幅に落ちるため、これを最小限のＴＬＲ５刺激が得られるような形でＴＬＲ５シグナル伝達を調節するのに使用できる。本明細書に記載したように、ドメインＤ３の欠失またはドメインＤ３と抗原の置換によって、ｉｎ ｖｉｖｏ反応源性モデルで測定した場合の反応源性プロファイルが小さくなる。Ｄ３欠失または置換のあるコンストラクトを用いて、抗原がコンストラクトと結合または融合した組成物を生成することができ、これを組成物で用いて、免疫原性を最大にするとともに反応源性を最小にする被検体の免疫応答、特に保護免疫応答を刺激することができる。
Ｒ３コンストラクト（本明細書では「Ｒ３フラジェリンコンストラクト」とも呼び、たとえば、配列番号４５２、４５７、４６４、４６５、４７０、５００〜５０２）またはＲ３２ｘコンストラクト（本明細書では「Ｒ３２ｘフラジェリンコンストラクト」とも呼び、たとえば、配列番号４５５、４７１、５０３〜５０６）などの本明細書に記載のＴｏｌｌ様受容体５アゴニストを用いる組成物を、抗原と併用することが可能である。よって、本発明の組成物および融合タンパク質は、ワクチン組成物において有用となり得る。Ｒ０コンストラクト（配列番号４５３、４７４、５１５〜５１８など）といったこれらのコンストラクトに基づくワクチンは、パンデミックインフルエンザなど宿主にワクチン関連抗原への既存の免疫がない（免疫学的にナイーブなど）場合に利用できる。ドメインＤ２およびＤ３（配列番号４７２および４７３など）の同時欠失では、反応源性プロファイルが有意に低減され、引き出される免疫応答が適度に低減される。これらのコンストラクトに基づくワクチンは、適度から強い免疫原性であり、適度に反応源性で、季節性インフルエンザワクチンの場合のように、宿主にワクチン関連抗原への既存の免疫がある場合に利用されやすい。
ドメインＤ０、Ｄ２またはＤ３の欠失または置換のある複数のフラジェリン変異体を本明細書に記載する。欠失変異体にはＤの文字を用いて名称を付け、置換変異体にはＲの文字を用いて名称を付けてある。たとえば、ＳＴＦ２．Ｒ３Ｄ０は、フラジェリンのドメインＤ３が抗原で置換され、ドメインＤ０が欠失したコンストラクトを示す。ドメイン境界の画定には、ネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）フラジェリン（ｆｌｉＣ、ＰＤＢ：１ＵＣＵ）（配列番号４４８）の原子モデルを用いた。設計のために、ネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）ｆｌｉｊＢのタンパク質配列を、ＣＬＵＳＴＡＬＷを用いて１ＵＣＵ配列とアライメントさせた（Ｔｈｏｍｐｓｏｎ， Ｊ．Ｄ．ら Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ， ２２：４６７３〜４６８０ （１９９４））。本明細書にあげた実験データは、これらの設計をｆｌｉｊＢフラジェリン（配列番号４４７）と融合した多数の異なるワクチン抗原に適用可能であることを示している。ｆｌｊＢコンストラクトの設計時、ｆｌｉＣ（配列番号４４８）のドメイン境界を一次配列のアライメントによってｆｌｉｊＢにマッピングする。異なるフラジェリン変異体（本明細書では「フラジェリンの形態」とも呼ぶ）の設計は、アライメントによって複数のフラジェリンにマッピング可能なドメイン境界に基づくものであってもよい。
たとえば、別のフラジェリンをＳＴＦ ２の周知のドメインとアライメントし、アミノ−ドメイン０、アミノドメイン１、アミノドメイン２、ドメイン３、カルボキシドメイン２、カルボキシドメイン１、カルボキシドメイン０などの対応するドメインを識別することが可能である。ドメインの同一性が少なくとも約５０％の配列を同定可能である。得られるフラジェリンコンストラクトは、本明細書に記載のｆｌｊＢコンストラクトと類似のＴＬＲ５シグナル伝達特性および宿主反応源特性を有することがある。
共通の共生細菌である大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）のフラジェリンのフラジェリンドメイン境界の同定を以下に示す（受託番号ＢＡＡ８５０８０）。表１に、Ｐｏｌｅ ＢｉｏＩｎｆｏｒｍａｔｉｑｕｅ Ｌｙｏｎｎａｉｓ部位（ｈｔｔｐ．ｐｂｉｌ．ｕｎｉｖ−ｌｙｏｎｌ．ｆｒ）でＣＬＵＳＴＡＬ Ｗを用いてｆｌｉＣ（配列番号４４８）、ｆｌｊＢ（配列番号４４７）、大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）フラジェリン（配列番号４４９）の配列アライメントを実施したものを示す。高分解能モデルで判断したネズミチフス菌（Ｓ． ｔｙｐｈｏｒｉｕｍ）ｆｌｉＣ（配列番号４４８）のドメイン成分を、交互の囲みで示す。ドメイン成分は、それぞれの成分の上にＤ０Ｎ、Ｄ１Ｎ、Ｄ２Ｎ、Ｄ３、Ｄ２Ｃ、Ｄ１Ｃ、Ｄ０Ｃと表示してある。次に、同じ成分をネズミチフス菌（Ｓ． ｔｙｐｈｏｒｉｕｍ）ｆｌｊＢ（配列番号４４７）および大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）フラジェリン（配列番号４４９）にアライメント基準でマッピングした。こうしてｆｌｊＢのＤ０Ｎ（配列番号４４７）を求めたところ、アミノ酸１〜４６にあり、大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）フラジェリン（配列番号４４９）の場合は１〜４６の範囲にあった。両方のスポーク領域は３４〜４６の範囲にあった。ｆｌｊＢのＤ１Ｎ（配列番号４４７）は４７〜１７６の範囲にあり、大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）の場合は４７〜１７６（配列番号４４９）の範囲にあった。Ｄ２ＮはｆｌｊＢ（配列番号４４７）の場合で１７７〜１９０、大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）（配列番号４４９）の場合で１７７〜１９０の範囲にあった。Ｄ３はｆｌｊＢ（配列番号４４７）の場合で１９１〜２９１、大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）（配列番号４４９）の場合で１９１〜３４３の範囲にあった。Ｄ２ＣはｆｌｊＢ（配列番号４４７）の場合で２９２〜４１４、大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）（配列番号４４９）の場合で３４４〜５０２の範囲にあった。Ｄ１ＣはｆｌｊＢ（配列番号４４７）の場合で４１５〜４６４、大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）（配列番号４４９）の場合で５０３〜５５２の範囲にあり、Ｄ０ＣはｆｌｊＢ（配列番号４４７）の場合で４６５〜５０６、大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）（配列番号４４９）の場合で
５５３〜５９５の範囲にあった。
アライメントデータ：
アライメント長：５９７
同一性（＊）：２３９は４０．０３％
強く類似（：）：７８は１３．０７％
弱く類似（．）：６５は１０．８９％
異なる：２１５は３６．０１％
配列０００１：Ｐ０６１７９＿ｆｌｉＣ（４９５残基）。
配列０００２：Ｐ５２６１６＿ｆｌｊＢ（５０６残基）。
配列０００３：ＢＡＡ８５０８０＿Ｅｃｏｌｉ（５９５残基）。
枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）由来のフラジェリン（配列番号４５０）のドメイン境界を表２に示す。枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）フラジェリン（配列番号４５０）には、ヒンジ領域に実質的な欠失があるのに対し、ドメインＤ０およびＤ１はネズミチフス菌（Ｓ． ｔｙｐｈｏｒｉｕｍ）と約６５％類似である。枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）フラジェリンのＤ０Ｎはアミノ酸残基１〜４４（配列番号４）であり、Ｄ１Ｎはアミノ酸残基４５〜１７０（配列番号４５０）であり、Ｄ２Ｎはアミノ酸残基１７１〜１７７（配列番号４５０）であり、Ｄ３はアミノ酸残基１７８〜１９１（配列番号４５０）であり、Ｄ２Ｃはアミノ酸残基１９２〜２３５（配列番号４５０）であり、Ｄ１Ｃはアミノ酸残基２３６〜２８６（配列番号４５０）であり、Ｄ０Ｃはアミノ酸残基２８６〜３１７（配列番号４５０）である。表２に示すように、枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）フラジェリンは比較的小さなＤ２Ｎ（７アミノ酸）（配列番号４５０）とＤ３ドメイン（１４アミノ酸）（配列番号４５０）を有する。Ｄ３ドメインはなく、単純なループまたは小さな二次構造要素で置換されている。しかしながら、Ｄ０、Ｄ１ならびに、Ｄ２の大部分は依然として同一である。表１および表２に示す異なるアライメントについての所見を表３にまとめておく。
アライメントデータ：
アライメント長：５０８
同一性（＊）：１２８は２５．２０％
強く類似（：）：７０は１３．７８％
弱く類似（．）：４４は８．６６％
異なる：２６６は５２．３６％
配列０００１：Ｐ０６１７９＿ｆｌｉＣ（４９５残基）。
配列０００２：Ｐ５２６１６＿ｆｌｊＢ（５０６残基）。
配列０００３：ＡＢＮ１３６０８＿Ｂｓｕｂ（３１７残基）。
本明細書に記載の方法に用いられる宿主細胞は、原核宿主細胞であっても真核宿主細胞であってもよい。原核宿主細胞は、大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）原核宿主細胞、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ（シュードモナス）原核宿主細胞、桿菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ）原核宿主細胞、サルモネラ（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ）原核宿主細胞、シュードモナス・フルオレッセンス（Ｐ． ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｓ）原核宿主細胞からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーである。
本発明の方法に用いられる真核宿主細胞は、サッカロマイセス（Ｓａｃｃｈａｒｏｍｙｃｅｓ）真核宿主細胞、昆虫真核宿主細胞（ヨトウガ（Sｐｏｄｏｐｔｅｒａ ｆｒｕｇｉｐｅｒｄａ）（Ｓｆ９）またはイラクサギンウワバ（Ｔｒｉｃｈｈｏｐｌｕｓｉａ ｎｉ）（Ｈｉｇｈ５）細胞などのバキュロウイルス（Ｂａｃｕｌｏｖｉｒｕｓ）感染昆虫細胞；Ｄｍｅ１２細胞などのショウジョウバエ（Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）昆虫細胞からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーなど）、真菌真核宿主細胞、寄生虫真核宿主細胞（リーシュマニア・タレントラエ（Ｌｅｉｓｈｍａｎｉａ ｔａｒｅｎｔｏｌａｅ）真核宿主細胞など）、ＣＨＯ細胞、酵母細胞（ピキア（Ｐｉｃｈｉａ）など）、クルイベロミセス・ラクチス（Ｋｌｕｙｖｅｒｏｍｙｃｅｓ ｌａｃｔｉｓ）宿主細胞を含み得る。
好適な真核宿主細胞およびベクターは、植物細胞（トマト；葉緑体；単子葉類および双子葉類植物細胞など；シロイヌナズナ（Ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓ ｔｈａｌｉａｎａ）；オオムギ（Ｈｏｒｄｅｕｍ ｖｕｌｇａｒｅ）；トウモロコシ（Ｚｅａ ｍａｙｓ）；ジャガイモ（Ｓｏｌａｎｕｍ ｔｕｂｅｒｏｓｕｍ）などの馬鈴薯；ニンジン（Ｄａｕｃｕｓ ｃａｒｏｔａ Ｌ．）などの人参；タバコ（Ｎｉｃｏｔｉａｎａ ｔａｂａｃｕｍ）、ベンサミアナタバコ（Ｎｉｃｏｔｉａｎａ ｂｅｎｔｈａｍｉａｎａ）などの煙草（Ｇｉｌｓ， Ｍ．ら， Ｐｌａｎｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ Ｊ． ３：６１３〜２０ （２００５）；Ｈｅ， Ｄ．Ｍ．ら， Ｃｏｌｌｏｉｄｓ Ｓｕｒｆ Ｂ Ｂｉｏｉｎｔｅｒｆａｃｅｓ， （２００６）；Ｈｕａｎｇ， Ｚ．ら， Ｖａｃｃｉｎｅ １９：２１６３〜７１ （２００１）；Ｋｈａｎｄｅｌｗａｌ， Ａ．ら， Ｖｉｒｏｌｏｇｙ． ３０８：２０７〜１５ （２００３）；Ｍａｒｑｕｅｔ−Ｂｌｏｕｉｎ， Ｅ．ら， Ｐｌａｎｔ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ５１：４５９〜６９ （２００３）；Ｓｕｄａｒｓｈａｎａ， Ｍ．Ｒ．ら Ｐｌａｎｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ Ｊ． ４：５５１〜９ （２００６）；Ｖａｒｓａｎｉ， Ａ．ら， Ｖｉｒｕｓ Ｒｅｓ， １２０：９１〜６ （２００６）；Ｋａｍａｒａｊｕｇａｄｄａ Ｓ．ら， Ｅｘｐｅｒｔ Ｒｅｖ Ｖａｃｃｉｎｅｓ ５：８３９〜４９ （２００６）；Ｋｏｙａ Ｖら， Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ．７３：８２６６〜７４ （２００５）；Ｚｈａｎｇ， Ｘ．ら， Ｐｌａｎｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ Ｊ． ４：４１９〜３２ （２００６））も含み得る。
もうひとつの実施形態では、本発明のタンパク質は無細胞系で作られる。
本発明の方法で作られるタンパク質および本発明の組成物は、本明細書に記載したような周知の方法（ゲルクロマトグラフィ、イオン交換クロマトグラフィ、ＳＤＳ−ＰＡＧＥなど）を用いて精製およびキャラクタライズ可能なものである。
タンパク質部分すなわち、アミノ−ドメイン０、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１、カルボキシ−ドメイン０（Ｒ３コンストラクト）を配列に含むＴｏｌｌ様受容体５の製造方法は、少なくとも１つの抗原をコードする第２の核酸配列を、タンパク質部分をコードする核酸配列（配列番号２９、６９９〜７０１）と作動的に連結させることで、Ｔｏｌｌ様受容体５を活性化する融合タンパク質を生成するステップをさらに含み得る。第２の核酸配列は、タンパク質部分をコードする核酸配列の３’末端に連結可能である（Ｄ３コンストラクト）。この方法は、少なくとも１つの抗原をコードする第２の核酸配列を、タンパク質部分をコードする核酸配列のアミノ−ドメイン２をコードする核酸配列とカルボキシ−ドメイン２をコードする核酸配列との間に作動的に連結（Ｒ３コンストラクト）させることで、配列番号４５２、４５７、４６４、４６５、４７０および５００〜５０２などのＴｏｌｌ様受容体５を活性化する融合タンパク質を生成するステップをさらに含み得る。
タンパク質部分すなわち、アミノ−ドメイン０、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１、カルボキシ−ドメイン０（Ｒ３コンストラクト）を配列に含むＴｏｌｌ様受容体５の製造方法は、少なくとも１つの抗原をコードする第２の核酸配列を、タンパク質部分をコードする核酸のアミノ−ドメイン２とカルボキシ−ドメイン２との間に作動的に連結させることで、第２のタンパク質部分を形成するステップと、少なくとも１つの別の抗原をコードする第３の核酸配列を、第２のタンパク質部分をコードする核酸配列の３’末端に作動的に連結（Ｒ３−２ｘＡｇコンストラクト）させることで、配列番号４５５、４７１および５０３〜５０６などのＴｏｌｌ様受容体５を活性化する融合タンパク質を生成するステップと、をさらに含み得る。一実施形態では、第３の核酸配列でコードされる別の抗原が、第２の核酸配列でコードされる抗原と類似である。もうひとつの実施形態では、第３の核酸配列でコードされる別の抗原が、第２の核酸配列でコードされる抗原とは別個である。
本明細書に記載の方法で用いる抗原をコードする核酸は、本明細書に記載したように、インフルエンザウイルス抗原（ＨＡ、Ｍ２など）、ＲＳＶ抗原（ＲＳＶＧ、ＲＳＶＦ、ＲＳＶＭ２など）、ＨＰＶ抗原（Ｅ１、Ｅ２、Ｅ４、Ｅ６、Ｅ７、Ｅ６Ｅ７、Ｌ１、Ｌ２など）、フラビウイルス抗原（デングフラビウイルス、ウエストナイルフラビウイルス、ダニ媒介脳炎、日本脳炎、ランガットフラビウイルス、ケンジンフラビウイルス、マレー渓谷フラビウイルス、Ｃ型肝炎フラビウイルスなど）などのウイルス抗原の少なくとも一部をコード可能である。代表的なＨＡ抗原としては、配列番号２２８〜２８１、２８３〜２９５、４５６、４８１、４９９、６６２および６６５があげられる。Ｍ２タンパク質の代表的な部分としては、配列番号２９８、３００〜３２１、３２３〜３３６、４８５、５０７、６６６などのＭ２の外部ドメイン（本明細書では「Ｍ２ｅ」とも呼ぶ）があげられる。代表的なＲＳＶ抗原には、配列番号５１９、５２２、５２４、５２６〜５４４、５４６〜５５１、５７７〜５８０、５８２、５８６、６１１、６１２、６１７、６２７、６９４、８４０〜８４３がある。代表的なＨＰＶ抗原には、配列番号５０〜５２、５４、５６、５８、６０、６２、６４、６６、６７、６９、７１、７３、７５、７６、７８、８０、８１、８３、８５、８７、８９、９０、９２、９４、９６、９８、１００〜１０２、１０４、１０６〜１１３、１２２〜１４４、１９３〜１９７、６８０がある。代表的なデングウイルス抗原には、配列番号３３９、３４３、３４５、３４７、３５１〜３５５、３７１、３８１〜３８４、３８７〜３９０、６３６、６３８、６４０、６４２、６４４、６４６、６４８、６５０、６５２、６５４、６５６、６５８がある。代表的なウエストナイルウイルス抗原には、配列番号３４１、３５６、３５８〜３６１、３７９、４４３、４４４がある。代表的な別のフラビウイルス抗原には、配列番号３３７、３４９、３６２〜３７０、３７２、３７３、３７５、３７７、３８０、３８５、３８６、３９１〜４４２、４４５がある。Ｔｏｌｌ様受容体アゴニスト、抗原および本発明の融合タンパク質をコードする代表的なアミノ酸配列および核酸配列については、ここに記載し配列表に示してある。
もうひとつの実施形態では、本発明は、タンパク質の一部を天然に生じるフラジェリンから分離することで、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２およびカルボキシ−ドメイン１（Ｒ３Ｄ０コンストラクト、Ｒ０３コンストラクト）を配列に含むタンパク質部分を形成するステップと、このタンパク質部分をコードする核酸配列を宿主細胞に形質転換するステップと、この宿主細胞を培養することで、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストを製造するステップと、を含むＴｏｌｌ様受容体５アゴニストの製造方法である。この方法で作られる代表的なＴｏｌｌ様受容体５アゴニストには、配列番号３０および８１４〜８１６がある。
アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２およびカルボキシ−ドメイン１を配列に含むタンパク質部分を含むＴｏｌｌ様受容体５アゴニストの製造方法は、少なくとも１つの抗原をコードする第２の核酸配列を、タンパク質部分をコードする核酸のアミノ−ドメイン２をコードする核酸配列とカルボキシ−ドメイン２をコードする核酸配列との間に作動的に連結させる（Ｒ３Ｄ０コンストラクト）ことで、配列番号８００〜８０３などのＴｏｌｌ様受容体５を活性化する融合タンパク質を形成するステップをさらに含み得る。この方法は、少なくとも１つの別の抗原をコードする第３の核酸配列を、タンパク質部分をコードする核酸配列の３’末端に作動的に連結させる（Ｒ０３コンストラクト）ことで、配列番号８０４〜８０７などのＴｏｌｌ様受容体５を活性化する融合タンパク質を形成するステップをさらに含み得る。一実施形態では、第３の核酸配列でコードされる別の抗原が第２の核酸配列でコードされる抗原と類似である。もうひとつの実施形態では、第３の核酸配列でコードされる別の抗原が第２の核酸配列でコードされる抗原とは別個である。
さらにもうひとつの実施形態では、本発明は、タンパク質の一部を天然に生じるフラジェリンから分離することで、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１、カルボキシ−ドメイン０を配列に含むタンパク質部分（Ｄ３Ｎコンストラクト）を形成するステップと、このタンパク質部分をコードする核酸配列を宿主細胞に形質転換するステップと、この宿主細胞を培養することで、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストを製造するステップと、を含むＴｏｌｌ様受容体５アゴニストの製造方法である。この方法で作られる代表的なＴｏｌｌ様受容体５アゴニストとしては、配列番号３１および８１７〜８１９があげられる。この方法は、少なくとも１つの抗原をコードする第２の核酸配列を、タンパク質部分をコードする核酸配列に作動的に連結させることで、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストを抗原と融合させて、配列番号７４１、７４７、７５５、８０８および８０９などの融合タンパク質を生成するステップをさらに含み得る。
さらに別の実施形態では、本発明は、タンパク質の一部を天然に生じるフラジェリンから分離することで、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１を配列に含み、なおかつカルボキシ−ドメイン０の一部を欠いたタンパク質部分を形成するステップと、このタンパク質部分をコードする核酸配列を宿主細胞に形質転換するステップと、この宿主細胞を培養することで、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストを製造するステップと、を含むＴｏｌｌ様受容体５アゴニストの製造方法である。一実施形態では、タンパク質部分から欠けているカルボキシ−ドメイン０の当該一部がＶＰＮＶＬＳＬＬＡ（配列番号６９３）である。この方法で作られる代表的なＴｏｌｌ様受容体５アゴニストとしては、配列番号３２および８２０〜８２２があげられる。
アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１を配列に含み、なおかつカルボキシ−ドメインの一部を欠いたタンパク質部分を有するＴｏｌｌ様受容体５アゴニストの製造方法は、少なくとも１つの抗原をコードする第２の核酸配列を、タンパク質部分をコードする核酸配列に作動的に連結させることで、Ｔｏｌｌ様受容体５を活性化する融合タンパク質を生成するステップをさらに含み得る。
さらにもうひとつの実施形態では、本発明は、タンパク質の一部を天然に生じるフラジェリンから分離することで、アミノ−ドメイン１およびカルボキシ−ドメイン１（Ｄ１コンストラクト）を配列に含むタンパク質部分を形成するステップと、このタンパク質部分をコードする核酸配列を宿主細胞に形質転換するステップと、この宿主細胞を培養することで、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストを製造するステップと、を含む、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストの製造方法である。この方法で作られる代表的なＴｏｌｌ様受容体５アゴニストとしては、配列番号３３および８２３〜８２５があげられる。この方法は、少なくとも１つの抗原をコードする第２の核酸配列を、タンパク質部分をコードする核酸配列に作動的に連結させるステップをさらに含み得る。本発明のＴｏｌｌ様受容体５アゴニストの製造方法は、タンパク質の一部を天然に生じるフラジェリンから分離することで、タンパク質部分を形成することを含み、タンパク質部分が、配列で、Ｒ０コンストラクト、Ｒ３コンストラクト、Ｒ３Ｄ０コンストラクト、Ｄ３Ｎコンストラクト、Ｄ３ＮＣｓコンストラクト、Ｄ１コンストラクトなどの天然に生じるフラジェリンの特定のドメインからなるものである。
さらにもうひとつの実施形態では、本発明は、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体アゴニストの少なくとも一部と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部と、を含む少なくとも１つの粒子を含む組成物であって、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストと抗原とが粒子と会合し、抗原に対するＴｏｌｌ様受容体アゴニストのモル比が約１以下である、組成物である。一実施形態では、粒子がミョウバン粒子ではなく、アデノウイルスではなく、ポックスウイルスではなく、アルファウイルスではなく、核酸ではなく、プラスミドＤＮＡではない。
さらにもうひとつの実施形態では、本発明は、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体アゴニストの少なくとも一部（フラジェリンなどのＴＬＲ ５アゴニスト、ＳＴＦ ２（配列番号１２〜１４、１６〜２２、４４７〜４５０、６６１、８３６）、ＳＴＦ２Δ（配列番号３４および４８７）、Ｒ０コンストラクト、Ｒ３コンストラクト、Ｒ３Ｄ０コンストラクト、Ｄ３Ｎコンストラクト、Ｄ３ＮＣｓコンストラクト、Ｄ１コンストラクトなど）と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部と、を含む少なくとも１つのナノ粒子を含む組成物であって、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストと抗原とがナノ粒子と会合し、抗原に対するＴｏｌｌ様受容体アゴニストのモル比が約１以下である、組成物である。たとえば、モル比は、約０．５、約０．１、約０．０５、約０．０１、約０．００５、約０．００１、約０．０００５、約０．０００１、約０．００００５、約０．００００１からなる群から選択される。
Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストは、粒子の外面または内面に会合可能である。抗原は、内面または粒子の内面に会合可能である。本発明の融合タンパク質は、粒子の外面または内面に会合可能である。１つ以上のＴｏｌｌ様受容体アゴニスト（ＴＬＲ５、ＴＬＲ７、ＴＬＲ８など）が、１つ以上の別個のまたは類似の抗原（ＨＡ、Ｍ２ｅ、ＲＳＶ Ｆタンパク質、ＲＳＶ Ｇタンパク質、ＨＰＶカプシドタンパク質、ＨＰＶ腫瘍サプレッサー、結合タンパク質など）と会合可能である。
もうひとつの実施形態では、本発明の融合タンパク質は、粒子と会合可能であり、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストおよび／または抗原も粒子と会合可能である。Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストは、融合タンパク質の成分であるＴＬＲアゴニストと類似であっても別個であってもよい。同様に、抗原は、融合タンパク質の成分である抗原と類似であっても別個であってもよい。たとえば、ＴＬＲアゴニストに融合していない、Ｒ３コンストラクトおよびＨＡ抗原（ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＳＩ）など）およびＭ２ｅ抗原（４ｘＭ２ｅなど）を含む融合タンパク質は、粒子と会合可能である。
本発明の組成物で用いられるナノ粒子の平均直径は、約２０ナノメートル、約２５ナノメートル、約３０ナノメートル、約４０ナノメートル、約５０ナノメートル、約７５ナノメートル、約１００ナノメートル、約１２５ナノメートル、約１５０ナノメートル、約１７５ナノメートル、約２００ナノメートルからなる群から選択される少なくとも１つのメンバーであり得る。もうひとつの実施形態では、粒子の平均直径が、約１０〜約２００ナノメートル、約０．５〜約５ミクロン、約５〜約１０ミクロンからなる群から選択される少なくとも１つのメンバーである。もうひとつの実施形態では、微小粒子の平均直径が、約０．１μｍ、約０．２μｍ、約０．４μｍ、約０．５μｍ、約１μｍ、約２μｍからなる群から選択される。
本発明の組成物に用いられるナノ粒子は、脂質または他の脂肪酸（たとえば、米国特許第５，７０９，８７９号明細書、同第６，３４２，２２６号明細書、同第６，０９０，４０６号明細書；Ｌｉａｎら， Ｊ． ｏｆ Ｐｈａｒｍａ． Ｓｃｉ． ９０：６６７〜６８０ （２００１）およびｖａｎ Ｓｌｏｏｔｅｎら， Ｐｈａｒｍ Ｒｅｓ． １７：４２〜４８ （２０００）を参照のこと）および非脂質組成物（たとえば、Ｋｒｅｕｔｅｒ， Ｊ． Ａｎａｔ． １８９：５０３〜５０５ （１９９６）を参照のこと。これらすべての教示内容全体を参照により本明細書に援用する）から生成可能である。組成物は、二層リポソームまたは多重膜リポソームで、リン脂質ベースであってもよい。米国特許第７，２８５，２８９号明細書（その教示内容全体を参照により本明細書に援用する）などに記載されたポリマー化ナノ粒子。
本発明の組成物で用いる金属酸化物ナノ粒子は、本明細書および米国特許第６，０８６，８８１号明細書（その教示内容全体を参照により本明細書に援用する）に記載の従来の手法を用いてチオエーテル結合を形成できる少なくとも１つの反応性部分で化学的に置換可能なものである。本明細書に記載の抗原は、少なくとも１つのチオエーテル結合を形成することで単一ステップで金属酸化物粒子にカップリング可能であり、あるいは、最初のチオエーテル結合形成後に金属酸化物粒子に対して段階的に合成または会合してもよい。金属酸化物粒子用の化学誘導体化試薬としては、チオアルカン官能性を与えるオルガノシラン試薬あるいは、容易にチオールまたはチオール反応性部分に変換できる他の基があげられる。この目的で使用できるオルガノシラン試薬には、３−メルカプトプロピルトリメトキシシラン、３−アミノプロピルトリエトキシシラン、３−ヨードプロピルトリメトキシシラン、２−クロロエチルトリクロロシラン、３−グリシドオキシプロピルトリメトキシシラン、ビニルトリクロロシラン、３−アクリルオキシプロピルトリメトキシシランがあるが、これに限定されるものではない。１つ以上のジスルフィド成分を含む部分も金属酸化物粒子表面に結合でき、これによってチオエーテル結合および接合部に入ってこれを形成できる対応する反応性部分が提供される。本発明の組成物で用いられる代表的なナノ粒子としては、「ポリ（乳酸−ｃｏ−グリコール酸）とも呼ばれるポリ（ｄ，ｌ−ラクチド−ｃｏ−グリコライドおよびビスアシルオキシプロピルシステインからなる群から選択される少なくとも１つのメンバーがあげられる。
本発明の組成物で用いられるナノ粒子は、無機材料で作られたものであってもよい。本発明の組成物で用いられるナノ粒子は、ポリスチレン、臭素化ポリスチレン、ポリアクリル酸、ポリアクリロニトリル、ポリアミド、ポリアクリルアミド、ポリアクロレイン、ポリブタジエン、ポリカプロラクトン、ポリカーボネート、ポリエステル、ポリエチレン、ポリエチレンテレフタレート、ポリジメチルシロキサン、ポリイソプレン、ポリウレタン、ポリ酢酸ビニル、ポリ塩化ビニル、ポリビニルピリジン、ポリ塩化ビニルベンジル、ポリビニルトルエン、ポリ塩化ビニリデン、ポリジビニルベンゼン、メタクリル酸ポリメチル、ポリラクチド、ポリグリコライド、ポリ（ラクチド−ｃｏ−グリコライド）、ポリ酸無水物、ポリオルトエステル、ポリホスファゼン、ポリホスファゼン、炭水化物、カルボキシメチルセルロース、ヒドロキシエチルセルロース、寒天、ゲル、タンパク質性ポリマー、ポリペプチド、真核細胞および原核細胞、ウイルス、脂質、金属、樹脂、ラテックス、ゴム、シリコーン（ポリジメチルジフェニルシロキサンなど）、ガラス、セラミック、木炭、カオリナイト、ベントナイトからなる群から選択される少なくとも１つのメンバーなどの高分子材料で製造可能である。
ＴＬＲアゴニストおよび抗原と会合するナノ粒子などの粒子は、細胞を用いてｉｎ ｖｉｖｏにて粒子調製物の相互作用を顕微鏡的に評価可能であり、動物（ウサギおよびマウスなど）において抗原に対する抗体の誘導、Ｔ細胞応答およびＴＬＲ媒介自然応答のｉｎ ｖｉｔｒｏでの誘導を、十分に確立された方法で評価可能である。
本明細書に記載の組成物は、ナノ粒子表面の抗原を含む、会合している融合タンパク質を含み得る。この組成物を用量応答実験で評価して、その粒子でのワクチンの多量体化が低めの用量でワクチンの免疫原性を増すか否かを判断することが可能である。
２つ以上の抗原（２、３、４、５、６、７、８など）を粒子の表面に配置し、粒子表面の複数の抗原を露出させることも可能である。これによって、Ｔ細胞および／またはＢ細胞の効力が増大することがある。
本発明の組成物における粒子に対する抗原のリンケージ（本明細書では「会合」とも呼ぶ）は、カルボキシ、アミン、スルフヒドリル基などの共有結合リンケージによるものであってもよい。カルボキシ末端にポリグルタミニン酸（ｐｏｌｙｇｌｕｔａｍｉｎｉｃ ａｃｉｄ）および／または少なくとも１つのシステイン残基を有するフラジェリンの少なくとも一部などのＴＬＲアゴニストが、粒子に対する抗原の指向性共有結合リンケージ点として作用することがある。イオン結合などの非共有結合による会合も、本発明の組成物で粒子に抗原をリンクさせるのに使用できる。たとえば、イオン結合用にポリグルタミニン酸をフラジェリンの少なくとも一部に加えてもよい。
本明細書に記載の組成物に用いる粒子は、平均直径が約０．５〜約５ミクロンおよび約５〜約１０ミクロンであればよい。この粒子は、リポソーム、ポリマー（デキストランなど）、ウイルス粒子、真菌粒子（多糖真菌粒子などの真菌粒子）、誘導体化多糖、誘導体化タンパク質、微小粒子（ポリスチレン微小粒子およびポリビニルトルエン微小粒子からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーなど）からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーであってもよい。微小粒子は、微小粒子の平均直径が約０．１μｍ、約０．２μｍ、約０．４μｍ、約０．５μｍ、約１μｍ、約２μｍからなる群から選択されるものであり得る。
「粒子」とは、本明細書で使用する場合、体積や密度などの肉眼で確認できる特性を付与できる十分に多くの原子または分子の凝集を示す。粒子は、可溶性粒子であっても不溶性粒子であってもよい。特定の実施形態では、粒子は、血液または血清などの水溶液または生物流体に可溶性である。
一実施形態では、粒子は、可溶性生物流体（血液、血清、粘膜など）であるポリマーなどのポリマーであってもよい。可溶性ポリマーは、デキストランであってもよい。本発明のＴｏｌｌ様受容体アゴニスト（フラジェリン、ＳＴＦ２、ＳＴＦ２Δ、Ｒ０コンストラクト、Ｒ２コンストラクト、Ｒ３Ｄ０コンストラクト、Ｄ３Ｎコンストラクト、Ｄ３ＮＣｓコンストラクト、Ｄ１コンストラクトなどのＴＬＲ５アゴニストなどと、抗原との組み合わせを、可溶性ポリマーとカップリングまたは会合させることが可能である。本発明の融合タンパク質は、可溶性ポリマーともカップリング可能である。可溶性ポリマー、抗原およびＴＬＲ５（本発明の融合タンパク質を含む）を含む組成物を、被検体に投与して、組成物または融合タンパク質の抗原成分に対する免疫応答特に保護免疫応答を刺激することが可能である。可溶性ポリマーをタンパク質にカップリングするための技術は当業者間で周知であり、共有結合的カップリング（たとえば、Ｄｕ， Ｊｉｎら， Ａｐｐｌｉｅｄ Ｒａｄｉａｔｉｏｎ ａｎｄ Ｉｓｏｔｏｐｅｓ ５３：４４３〜４４８ （２０００）およびＥｌｓｎｅｒ， Ｈ．Ｉ．ら， Ｊ． ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ １８１：６５〜７３ （１９９５）を参照のこと）を含む。ＴＬＲ ５アゴニストおよび抗原は、本明細書に記載したように、ＴＬＲ５アゴニストと抗原のモル比を約１以下として可溶性ポリマーにカップリング可能である。
一実施形態では、デキストランは、ＨＡ、Ｍ２ｅ、インフルエンザ切断断片、ＲＳＶ抗原、ＨＰＶ抗原、フラビウイルス抗原およびフラジェリンなどのさまざまな比の共有結合的にカップリングされた抗原をコンジュゲートデキストランマクロ分子として送達するための可溶性ポリマーとして使用可能である。未変性デキストランは、低分子量デキストラン（約３０〜約１００ｋＤａ）、中間分子量デキストラン（約１００〜約３００ｋＤａ）、高分子量デキストラン（約３００ｋＤａを超える）に分画可能である。大きさごとに分けたデキストラン画分を選択し、ペプチドとフラジェリンの所望の最終比を達成する。デキストランポリマーは、単一の末端アルデヒドを含有する。このアルデヒドは、シアノ水素化ホウ素によってアルカリ条件下で活性化させて、Ｃ末端システイン含有組換えフラジェリンと反応させ、デキストランポリマーの単一分子に共有結合的に連結させて、フラジェリンの単一分子を達成可能である。続いて、フラジェリン−コンジュゲートデキストランをさまざまな濃度の２，２，２−トリフルオルエタン塩化スルホニル（塩化トレシル）と反応させ、デキストランポリマーの遊離ヒドロキシル基を活性化することが可能である。その後、カルボキシ末端システイン含有ペプチドをデキストランと反応させ、フラジェリンと抗原の共有結合コンジュゲートを形成する。抗原とフラジェリンコンストラクトの比（フラジェリンと抗原の比に対するものとして）は、約３、約１０、約３０、約４０、約５０、約１００、約２５０、約５００、約１０００からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーであり得る。
一実施形態では、この組成物で用いる粒子の平均直径は、約１０〜約２００ナノメートル、約０．５〜約５ミクロン、約５〜約１０ミクロンからなる群から選択される少なくとも１つのメンバーであり得る。
粒子は、リポソーム、ウイルス粒子、真菌粒子、（多糖真菌タンパク質など）誘導体化多糖、誘導体化タンパク質からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーであってもよい。
「誘導体化」とは、多糖またはタンパク質との関連で本明細書で使用する場合、多糖またはタンパク質が、化学変換のプロセスを経た多糖またはタンパク質と構造的に関連していることを意味する。
粒子は、ポリスチレン微小粒子およびポリビニルトルエン微小粒子からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーなどの微小粒子であってもよい。微小粒子の平均直径は、約０．１μｍ、約０．２μｍ、約０．４μｍ、約０．５μｍ、約１μｍおよび約２μｍからなる群から選択される。
モノ粒子などの粒子と会合したＴｏｌｌ様受容体アゴニストは、Ｔｏｌｌ様受容体２アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体４アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体７アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体８アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体９アゴニストからなる群から選択される少なくとも１つのメンバーであり得る。
特定の実施形態では、粒子と関連のあるＴｏｌｌ様受容体アゴニストは、フラジェリンの少なくとも一部（配列番号２２および２８〜３４）などの少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体５アゴニストの少なくとも一部である。フラジェリンは、ネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）フラジェリン、大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）フラジェリン、サルモネラミュンヘン（Ｓ． ｍｕｅｎｃｈｅｎ）フラジェリン、エルシニア（Ｙｅｒｓｉｎｉａ）フラジェリン、緑膿菌（Ｐ． ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）フラジェリン、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌ． ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）フラジェリンからなる群から選択される少なくとも１つのメンバーを含み得る。粒子を用いる組成物に用いる好適なフラジェリンとして、ネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）フラジェリン（配列番号１２〜１５、２２、４４７〜４４８、６６１、８６３など）、大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）フラジェリン、サルモネラミュンヘン（Ｓ． ｍｕｅｎｃｈｅｎ）フラジェリン、エルシニア（Ｙｅｒｓｉｎｉａ）フラジェリン、緑膿菌（Ｐ． ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）フラジェリン、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌ． ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）フラジェリンからなる群から選択される少なくとも１つのメンバーがあげられる。
「少なくとも一部」とは、フラジェリン（ネズミチフス（Ｓ． ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）ｆｌｉＣ、大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）ｆｌｉＣ、サルモネラミュンヘン（Ｓ． ｍｕｅｎｃｈｅｎ）ｆｌｉＣなど）との関連で本明細書で使用する場合、Ｔｏｌｌ様受容体５の細胞内シグナル形質導入経路を開始できるフラジェリンの一部（ドメイン１、２、３など）またはフラジェリン全体を示す。
粒子（ナノ粒子など）を含む組成物などの本明細書に記載の組成物で用いるフラジェリンは、ヒンジ領域（配列番号３４および４８７など）の少なくとも一部を欠いたフラジェリンであってもよい。ヒンジ領域は、フラジェリンの頻度可変領域である。フラジェリンのヒンジ領域は、フラジェリンのドメイン２およびドメイン３を含み、本明細書では「プロペラドメインまたは領域」「高頻度可変ドメインまたは領域」「可変ドメインまたは領域」とも呼ぶ。フラジェリンのヒンジ領域の「欠け」は、フラジェリンのヒンジ領域を含む少なくとも１つのアミノ酸あるいは、少なくとも１つのアミノ酸をコードする少なくとも１つの核酸コドンが、フラジェリンに存在しないことを意味する。ヒンジ領域の例として、配列番号２３の核酸５２８〜１２４５でコードされる配列番号１２のアミノ酸１７６〜４１５；配列番号２６の核酸５２２〜１２６６でコードされる配列番号２０のアミノ酸１７４〜４２２；または配列番号２５の核酸５１９〜１３９２でコードされる配列番号１６のアミノ酸１７３〜４６４があげられる。よって、アミノ酸１７６〜４１５が配列番号１２のフラジェリンに存在しないと、このフラジェリンはヒンジ領域を欠くことになる。ヒンジ領域の少なくとも一部が欠けたフラジェリンを本明細書では「欠失型（ｔｒｕｎｃａｔｅｄ ｖｅｒｓｉｏｎ）」のフラジェリンと呼ぶ。
「ヒンジ領域の少なくとも一部」とは、本明細書で使用する場合、フラジェリンのヒンジ領域の任意の部分またはヒンジ領域全体を示す。「ヒンジ領域の少なくとも一部」は、本明細書では「ヒンジ領域の断片」も示す。ｆｌｊＢ／ＳＴＦ２のヒンジ領域の少なくとも一部は、たとえば、配列番号１２のアミノ酸２００〜３００であり得る。よって、アミノ酸２００〜３００が配列番号１２から欠けていると、ＳＴＦ２の得られるアミノ酸配列にもヒンジ領域の少なくとも一部が欠如することになる。
ヒンジ領域全体、ドメイン２（アミノ−ドメイン２およびカルボキシドメイン２）およびドメイン３を欠いたフラジェリンは、本明細書では「Ｄ２Ｄ３コンストラクト」「Ｄ２Ｄ３Ｌコンストラクト」または「Ｄ２Ｄ３Ｌフラジェリンコンストラクト」とも呼ばれる。Ｄ２Ｄ３の「Ｌ」は、Ｄ１Ｎの最後のアミノ酸に融合したリンカー（アミノ酸リンカーなど）（すなわち「ＬＤ２Ｄ３」）またはＤ１Ｃの最初のアミノ酸に融合したリンカー（すなわち「Ｄ２Ｄ３Ｌ」）を示す。ＨＡ抗原に融合した代表的なＤ２Ｄ３Ｌフラジェリンコンストラクトを以下に示す。ＨＡ抗原に下線を付し、融合タンパク質のリンカーには二重下線を付してある。
ＳＴＦ２ΔｆｌｉＣ．ＨＡ１−２（ＳＩ）（配列番号５１１）
ＭＡＱＶＩＮＴＮＳＬＳＬＬＴＱＮＮＬＮＫＳＱＳＡＬＧＴＡＩＥＲＬＳＳＧＬＲＩＮＳＡＫＤＤＡＡＧＱＡＩＡＮＲＦＴＡＮＩＫＧＬＴＱＡＳＲＮＡＮＤＧＩＳＩＡＱＴＴＥＧＡＬＮＥＩＮＮＮＬＱＲＶＲＥＬＡＶＱＳＡＮＳＴＮＳＱＳＤＬＤＳＩＱＡＥＩＴＱＲＬＮＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＫＶＬＡＱＤＮＴＬＴＩＱＶＧＡＮＤＧＥＴＩＤＩＤＬＫＱＩＮＳＱＴＬＧＬＤＴＬＮＶＨＧＡＰＶＤＰＡＳＰＷＴＴＥＮＰＬＱＫＩＤＡＡＬＡＱＶＤＴＬＲＳＤＬＧＡＶＱＮＲＦＮＳＡＩＴＮＬＧＮＴＶＮＮＬＴＳＡＲＳＲＩＥＤＳＤＹＡＴＥＶＳＮＭＳＲＡＱＩＬＱＱＡＧＴＳＶＬＡＱＡＮＱＶＰＱＮＶＬＳＬＬＲＫＧＩＡＰＬＱＬＧＮＣＳＶＡＧＷＩＬＧＮＰＥＣＥＬＬＩＳＲＥＳＷＳＹＩＶＥＫＰＮＰＥＮＧＴＣＹＰＧＨＦＡＤＹＥＥＬＲＥＱＬＳＳＶＳＳＦＥＲＦＥＩＦＰＫＥＳＳＷＰＮＨＴＴＴＧＶＳＡＳＣＳＨＮＧＥＳＳＦＹＫＮＬＬＷＬＴＧＫＮＧＬＹＰＮＬＳＫＳＹＡＮＮＫＥＫＥＶＬＶＬＷＧＶＨＨＰＰＮＩＧＤＱＲＡＬＹＨＫＥＮＡＹＶＳＶＶＳＳＨＹＳＲＫＦＴＰＥＩＡＫＲＰＫＶＲＤＱＥＧＲＩＮＹＹＷＴＬＬＥＰＧＤＴＩＩＦＥＡＮＧＮＬＩＡＰＲＹＡＦＡＬＳＲＧＦＧＳＧＩＩＮＳ
ＳＴＦ２ΔｆｌｊＢ．ＨＡ１−２（ＳＩ）（配列番号５１２）
ＭＡＱＶＩＮＴＮＳＬＳＬＬＴＱＮＮＬＮＫＳＱＳＡＬＧＴＡＩＥＲＬＳＳＧＬＲＩＮＳＡＫＤＤＡＡＧＱＡＩＡＮＲＦＴＡＮＩＫＧＬＴＱＡＳＲＮＡＮＤＧＩＳＩＡＱＴＴＥＧＡＬＮＥＩＮＮＮＬＱＲＶＲＥＬＡＶＱＳＡＮＳＴＮＳＱＳＤＬＤＳＩＱＡＥＩＴＱＲＬＮＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＫＶＬＡＱＤＮＴＬＴＩＱＶＧＡＮＤＧＥＴＩＤＩＤＬＫＱＩＮＳＱＴＬＧＬＤＳＬＮＶＨＧＡＰＶＤＰＡＳＰＷＴＥＮＰＬＱＫＩＤＡＡＬＡＱＶＤＡＬＲＳＤＬＧＡＶＱＮＲＦＮＳＡＩＴＮＬＧＮＴＶＮＮＬＳＥＡＲＳＲＩＥＤＳＤＹＡＴＥＶＳＮＭＳＲＡＱＩＬＱＱＡＧＴＳＶＬＡＱＡＮＱＶＰＱＮＶＬＳＬＬＲＫＧＩＡＰＬＱＬＧＮＣＳＶＡＧＷＩＬＧＮＰＥＣＥＬＬＩＳＲＥＳＷＳＹＩＶＥＫＰＮＰＥＮＧＴＣＹＰＧＨＦＡＤＹＥＥＬＲＥＱＬＳＳＶＳＳＦＥＲＦＥＩＦＰＫＥＳＳＷＰＮＨＴＴＴＧＶＳＡＳＣＳＨＮＧＥＳＳＦＹＫＮＬＬＷＬＴＧＫＮＧＬＹＰＮＬＳＫＳＹＡＮＮＫＥＫＥＶＬＶＬＷＧＶＨＨＰＰＮＩＧＤＱＲＡＬＹＨＫＥＮＡＹＶＳＶＶＳＳＨＹＳＲＫＦＴＰＥＩＡＫＲＰＫＶＲＤＱＥＧＲＩＮＹＹＷＴＬＬＥＰＧＤＴＩＩＦＥＡＮＧＮＬＩＡＰＲＹＡＦＡＬＳＲＧＦＧＳＧＩＩＮＳ
大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）Δ．ＨＡ１−２（ＳＩ）（配列番号５１３）
ＭＡＱＶＩＮＴＮＳＬＳＬＩＴＱＮＮＩＮＫＮＱＳＡＬＳＳＳＩＥＲＬＳＳＧＬＲＩＮＳＡＫＤＤＡＡＧＱＡＩＡＮＲＦＴＳＮＩＫＧＬＴＱＡＡＲＮＡＮＤＧＩＳＶＡＱＴＴＥＧＡＬＳＥＩＮＮＮＬＱＲＩＲＥＬＴＶＱＡＳＴＧＴＮＳＤＳＤＬＤＳＩＱＤＥＩＫＳＲＬＤＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＮＶＬＡＫＤＧＳＭＫＩＱＶＧＡＮＤＧＱＴＩＴＩＤＬＫＫＩＤＳＤＴＬＧＬＮＧＦＮＶＮＨＧＡＰＶＤＰＡＳＰＷＶＴＫＤＰＬＫＡＬＤＥＡＩＳＳＩＤＫＦＲＳＳＬＧＡＩＱＮＲＬＤＳＡＶＴＮＬＮＮＴＴＴＮＬＳＥＡＱＳＲＩＱＤＡＤＹＡＴＥＶＳＮＭＳＫＡＱＩＩＱＱＡＧＮＳＶＬＡＫＡＮＱＶＰＱＱＶＬＳＬＬＱＧＫＧＩＡＰＬＱＬＧＮＣＳＶＡＧＷＩＬＧＮＰＥＣＥＬＬＩＳＲＥＳＷＳＹＩＶＥＫＰＮＰＥＮＧＴＣＹＰＧＨＦＡＤＹＥＥＬＲＥＱＬＳＳＶＳＳＦＥＲＦＥＩＦＰＫＥＳＳＷＰＮＨＴＴＴＧＶＳＡＳＣＳＨＮＧＥＳＳＦＹＫＮＬＬＷＬＴＧＫＮＧＬＹＰＮＬＳＫＳＹＡＮＮＫＥＫＥＶＬＶＬＷＧＶＨＨＰＰＮＩＧＤＱＲＡＬＹＨＫＥＮＡＹＶＳＶＶＳＳＨＹＳＲＫＦＴＰＥＩＡＫＲＰＫＶＲＤＱＥＧＲＩＮＹＹＷＴＬＬＥＰＧＤＴＩＩＦＥＡＮＧＮＬＩＡＰＲＹＡＦＡＬＳＲＧＦＧＳＧＩＩＮＳ
枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Δ．ＨＡ１−２（ＳＩ）（配列番号５１４）
ＭＲＩＮＨＮＩＡＡＬＮＴＳＲＱＬＮＡＧＳＤＳＡＡＫＮＭＥＫＬＳＳＧＬＲＩＮＲＡＧＤＤＡＡＧＬＡＩＳＥＫＭＲＳＱＩＲＧＬＤＭＡＳＫＮＡＱＤＧＩＳＬＩＱＴＳＥＧＡＬＮＥＴＨＳＩＬＱＲＭＳＥＬＡＴＱＡＡＮＤＴＮＴＤＳＤＲＳＥＬＱＫＥＭＤＱＬＡＳＥＶＴＲＩＳＴＤＴＥＦＮＴＫＫＬＬＤＧＴＡＱＮＬＴＦＱＩＧＡＮＥＧＱＴＭＳＬＳＩＮＫＭＤＳＥＳＬＫＶＧＨＧＡＰＶＤＰＡＳＰＷＡＡＳＳＡＬＴＴＩＫＴＡＩＤＴＶＳＳＥＲＡＫＬＧＡＶＱＮＲＬＥＨＴＩＮＮＬＧＴＳＳＥＮＬＴＳＡＥＳＲＩＲＤＶＤＭＡＳＥＭＭＥＹＴＫＮＮＩＬＴＱＡＳＱＡＭＬＡＱＡＮＱＫＧＩＡＰＬＱＬＧＮＣＳＶＡＧＷＩＬＧＮＰＥＣＥＬＬＩＳＲＥＳＷＳＹＩＶＥＫＰＮＰＥＮＧＴＣＹＰＧＨＦＡＤＹＥＥＬＲＥＱＬＳＳＶＳＳＦＥＲＦＥＩＦＰＫＥＳＳＷＰＮＨＴＴＴＧＶＳＡＳＣＳＨＮＧＥＳＳＦＹＫＮＬＬＷＬＴＧＫＮＧＬＹＰＮＬＳＫＳＹＡＮＮＫＥＫＥＶＬＶＬＷＧＶＨＨＰＰＮＩＧＤＱＲＡＬＹＨＫＥＮＡＹＶＳＶＶＳＳＨＹＳＲＫＦＴＰＥＩＡＫＲＰＫＶＲＤＱＥＧＲＩＮＹＹＷＴＬＬＥＰＧＤＴＩＩＦＥＡＮＧＮＬＩＡＰＲＹＡＦＡＬＳＲＧＦＧＳＧＩＩＮＳ


アライメントデータ：
アライメント長：５０４
同一性（＊）：３３０は６５．４８％
強く類似（：）：６９は１３．６９％
弱く類似（．）：３２は６．３５％
異なる：７３は１４．４８％
配列０００１：ｆｌｉＣＤ２Ｄ３ＬＨＡ１＿２ＳＩ（５０１残基）。
配列０００２：ｆｌｊＢＤ２Ｄ３ＬＨＡ１＿２ＳＩ（５００残基）。
配列０００３：ＥｃｏｌｉＤ２Ｄ３ＬＨＡ１＿２ＳＩ（５０３残基）。
配列０００４：ＢｓｕｂＤ２Ｄ３ＬＨＡ１＿２ＳＩ（４８６残基）。
あるいは、天然に生じるフラジェリンの少なくとも一部を、本発明の組成物、融合タンパク質および方法で使用可能な人工ヒンジ領域の少なくとも一部と置換してもよい。天然に生じるヒンジ領域は、未変性フラジェリンに存在するヒンジ領域である。たとえば、配列番号１２のアミノ酸１７６〜４１５、配列番号２０のアミノ酸１７４〜４２２、配列番号１６のアミノ酸１７３〜４６４は、それぞれＳＴＦ２、大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）ｆｌｉＣ、サルモネラミュンヘン（Ｓ． ｍｕｅｎｃｈｅｎ）フラジェリンｆｌｉＣの天然のヒンジ領域に対応するアミノ酸である。「人工」とは、フラジェリンのヒンジ領域に関して本明細書で使用する場合、未変性ヒンジ領域を含むまたは含んでいたフラジェリンの領域で未変性フラジェリンに挿入されたヒンジ領域を意味する。
フラジェリンのヒンジ領域は、欠失および本明細書に記載の抗原タンパク質（ＨＡウイルス抗原、Ｍ２ウイルス抗原、Ｍ２ｅウイルス抗原、ＨＰＶ抗原、ＲＳＶ抗原など）の少なくとも一部での置換が可能である。一実施形態では、ヒンジ領域の少なくとも一部を欠いたフラジェリンを粒子および少なくとも１つの抗原と会合させることが可能である。
ヒンジ領域の少なくとも一部を欠いたフラジェリンで人工ヒンジ領域を用いることが可能であり、これによって、ＴＬＲ５に結合するためのフラジェリンのカルボキシ末端とアミノ末端の相互作用が容易になり、よってＴＬＲ５自然シグナル形質導入経路の活性化が容易になり得る。ヒンジ領域の少なくとも一部を欠いたフラジェリンについては、名称をフラジェリンに続けて「Δ」を付して示してある。たとえば、ヒンジ領域の少なくとも一部を欠いたＳＴＦ２（配列番号１２など）は、「ＳＴＦ２Δ」または「ｆｌｊＢ／ＳＴＦ２Δ」（配列番号１５など）と示される。
一実施形態では、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストおよび抗原とナノ粒子などの粒子との会合に、共有結合（非極性結合、極性結合など）を含み得る。もうひとつの実施形態では、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストおよび抗原とナノ粒子との会合が、水素結合、ファンデルワールス相互作用、イオン結合、疎水性相互作用、双極子−双極子結合からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーなどの非共有結合である。
本発明の組成物は、約２０ｎｍ〜約２０００ｎｍ（２０ｎｍ、５０ｎｍ、１００ｎｍ、２００ｎｍ、５００ｎｍ、１０００ｎｍなど）などのＴｏｌｌ様受容体アゴニストが細胞上のＴｏｌｌ様受容体に結合できるだけの十分な大きさの粒子を含み得る。本発明の組成物で用いるナノ粒子などの粒子は、細胞約２０ｎｍ〜約１０００ｎｍへの侵入を可能にできるだけの大きさのものであり得る。粒度が、細胞への粒子の侵入を可能にするものであってもよい。粒度は、細胞への部分的な侵入を可能にするものであってもよい。たとえば、粒子は、インフルエンザウイルス抗原、ＲＳＶ抗原、ＨＰＶ抗原、フラビウイルス抗原などの抗原と会合した粒子の一部が細胞の細胞外表面にとどまることを可能にし、それによって抗原が適応免疫応答を促進する方法で抗原を提示できるような方法で、細胞に部分的に侵入できるものであってもよい。
一実施形態では、粒子と会合した抗原は、細菌タンパク質抗原、ウイルスタンパク質抗原、寄生虫タンパク質抗原、マイコプラズマタンパク質抗原、腫瘍タンパク質抗原、アレルゲンタンパク質抗原からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーなどのタンパク質抗原であってもよい。ウイルスタンパク質抗原は、インフルエンザウイルスタンパク質抗原、呼吸器多核体ウイルスタンパク質抗原（配列番号５１９、５２２、５２４、５２６〜５４４、５４６〜５５１、５７７〜５８０、５８２、５８６、６１１、６１２、６１７、６２７および８４０〜８４３など）、フラビウイルスタンパク質抗原（配列番号３３９、３４３、３４５、３４７、３５１〜３５５、３７１、３８１〜３８４、３８７〜３９０、６３６、６３８、６４０、６４２、６４４、６４６、６４８、６５０、６５２、６５４、６５６、６５８、３４１、３５６、３５８〜３６１、３７９、４４３、４４４、３３７、３４９、３６２〜３７０、３７２、３７３、３７５、３７７、３７９、３８０、３８５、３８６および３９１〜４４２など）からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーであってもよい。
インフルエンザウイルス抗原は、赤血球凝集素膜タンパク質（３種類の赤血球凝集素膜タンパク質のうちの少なくとも一部が粒子と会合など）、ノイラミニダーゼ膜タンパク質、マトリクス２膜タンパク質（少なくとも４種類のマトリクス２膜タンパク質など）からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーの少なくとも一部などの少なくとも１つの内在性膜タンパク質抗原であってもよい。粒子を有する組成物に用いられる代表的な赤血球凝集素タンパク質としては、配列番号２２８〜２８１、２８３〜２９５、４５６、４８１、４９９、６６２、６６５、８１３、８２６〜８３１があげられる。本発明に用いられる代表的なマトリクス２タンパク質としては、２９６、２９８、３００〜３２１、３２３〜３３６、４８５、５０７、６６６などのＭ２（Ｍ２ｅ）の外部ドメインタンパク質があげられる。
本発明に用いられる粒子は、生分解性粒子であってもよい。「生分解性」とは、本明細書で使用する場合、哺乳動物の粒子が体液（血液、鼻粘膜、皮膚など）中などの天然条件または生物学的条件で分解可能であることを意味する。
粒子を含む組成物のＴｏｌｌ様受容体および抗原は、粒子と会合した融合タンパク質の成分であってもよい。少なくとも１つの粒子を有し、Ｒ０コンストラクト、Ｒ３コンストラクト、Ｒ３Ｄ０コンストラクト、Ｒ３−２ｘＡｇコンストラクト、Ｄ３Ｎコンストラクト、Ｄ３ＮＣｓコンストラクト、Ｄ１コンストラクトからなる群から選択される少なくとも１つのメンバーならびに、粒子と会合した少なくとも１つの抗原の少なくとも一部を含む組成物は、フラジェリンコンストラクトと抗原のモル比が約１以下であり、ミョウバン、リポソーム、アジュバント、キャリア、ウイルス（アデノウイルス、ポックスウイルス、アルファウイルスなど）、バクテリアまたは核酸（プラスミドＤＮＡなど）をさらに含み得る。
二層脂質は、リポソームと呼ばれる。本発明の組成物において用いるリポソームは、すでに確立された多岐にわたるリポソーム調製技術を用いて調製可能である。たとえば、米国特許第４，７２８，５７８号明細書、同第４，７２８，５７５号明細書、同第４，５３３，２５４号明細書、同第４，７３７，３２３号明細書ならびに、Ｍａｙｅｒら， Ｂｉｏｃｈｉｍｉｃａ ｅｔ Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａ Ａｃｔａ， ８５８：１６１〜１６８ （１９８６）、Ｈｏｐｅら， Ｂｉｏｃｈｉｍｉｃａ ｅｔ Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａ Ａｃｔａ， ８１２： ５５〜６５ （１９８５）、Ｍａｈｅｗら， Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ， １４９： ６４〜７７ （１９８７）、Ｍａｈｅｗら， Ｂｉｏｃｈｉｍｉｃａ ｅｔ Ｂｉｏｐｈｙｓｉｃａ Ａｃｔａ， ７５：１６９〜１７４ （１９８４）およびＣｈｅｎｇら， Ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｖｅ Ｒａｄｉｏｌｏｇｙ， ２２：４７〜５５ （１９８７）に記載されているような超音波処理、キレート透析、均質化、溶媒注入と押出の組み合わせ、凍結解凍押出およびマイクロ乳化。
本明細書に記載の本発明の組成物に用いるリポソームを調製するための材料は、天然または合成の材料を含み得る。このような材料は、コレステロール、ホスファチジルコリン、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルセリン、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジン酸、ホスファチジルイノシトール、リソ脂質、脂肪酸、スフィンゴミエリン、スフィンゴ糖脂質、糖脂質（ｇｌｕｃｏｌｉｐｉｄ）、糖脂質（ｇｌｙｃｏｌｉｐｉｄ）、スルファチド、エステル結合脂肪酸、重合可能な脂質からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーの脂質を含む。リポソームは、取り込まれた糖脂質、複合炭水化物、タンパク質または合成ポリマーの非存在下または存在下で、従来の手法を用いて合成できるものである。リポソームの表面を、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）などのポリマーで修飾してもよい。脂質マトリクス内に取り込まれた脂質は、生理学的に関連する条件下で、好適な生物分布特性およびクリアランス特性を有するリポソームを形成することになる。
重合リポソームは、粒度および表面化学の多様性を持たせる脂質分子の自己集合した凝集体である。重合リポソームは、たとえば、米国特許第５，５１２，２９４号明細書および同第６，１３２，７６４号明細書（その教示内容全体を本明細書に援用する）に記載されている。重合可能な脂質の疎水性の尾基は、ジアセチレン基などの重合可能な基で誘導体化され、紫外線または他のラジカル、アニオンまたはカチオン開始種に曝露されるとこれが不可逆的に架橋または重合する一方で、リポソーム表面での官能基の分布は保たれる。得られる重合リポソーム粒子は、細胞膜または他のリポソームと融合しないよう安定化され、酵素分解に対しても安定化されている。重合リポソームの大きさについては、押出または当業者間で周知の他の方法によって制御可能である。重合リポソームは、重合可能な脂質からなるものであってもよいが、飽和脂質、非アルキン脂質、不飽和脂質を含むものであってもよい。重合リポソームは、ビオチン、アミン、シアノ、カルボン酸、イソチオシアナート、チオール、ジスルフィドおよびアルキルヒドラジンなどの親水性露出表面での異なる官能基を提供する脂質の混合物であってもよい。これらの基は、本発明の融合タンパク質における抗原成分の会合に使用可能である。
リポソームは、超音波処理、キレート透析、均質化、溶媒注入と押出の組み合わせ、凍結解凍押出およびマイクロ乳化（たとえば、いずれも教示内容全体を参照により本明細書に援用する、米国特許第４，７２８，５７８号明細書、同第４，５３３，２５４号明細書、同第４，７２８，５７５号明細書、同第４，７３７，３２３号明細書、同第４，７５３，７８８号明細書、同第４，９３５，１７１号明細書に記載されているようなもの）などの多岐にわたる従来のリポソーム調製技術のいずれかを用いて調製可能である。
本発明のリポソームの調製に使用できる材料としては、天然または合成由来のいずれかを含む、リポソーム構築に好適な材料または組み合わせがあげられる。このような材料としては、コレステロール、ホスファチジルコリン、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルセリン、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジン酸、ホスファチジルイノシトール、リソ脂質、脂肪酸、スフィンゴミエリン、スフィンゴ糖脂質、糖脂質（ｇｌｕｃｏｌｉｐｉｄ）、糖脂質（ｇｌｙｃｏｌｉｐｉｄ）、スルファチド、アミドを有する脂質、エーテル、エステル結合脂肪酸、重合可能な脂質からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーの脂質があげられる。
組成物は、異なる材料または同じ材料の異なる比および／または大きさや形状などの特性が異なる材料で作られた複数の粒子を含有するものであってもよい。
生分解性であってもよい、生体適合性ポリマーなどのさまざまなポリマーを使用して、米国特許出願第２００８００６９８５７号明細書（その教示内容全体を本明細書に援用する）に記載されたような粒子を製造することが可能である。ポリマーは、ホモポリマー、コポリマー（ブロックコポリマーを含む）、直鎖、分岐鎖または架橋であってもよい。好適な生体適合性ポリマー（そのうちの多数が生分解性である）としては、たとえば、ポリ（ラクチド）、ポリ（グリコライド）、ポリ（ラクチド−ｃｏ−グリコライド）、ポリ（乳酸）、ポリ（グリコール酸）、ポリ（乳酸−ｃｏ−グリコール酸）、ポリカプロラクトン、ポリカーボネート、ポリエステルアミド、ポリ（βアミノエステル）、ポリ酸無水物、ポリ（アミド）、ポリ（アミノ酸）、ポリエチレングリコールおよびこれらの誘導体、ポリオルトエステル、ポリアセタール、ポリシアノアクリレート、ポリエーテルエステル、ポリ（ジオキサノン）、ポリ（アルキレンアルキレート）、ポリエチレングリコールとポリオルトエステルのコポリマー、生分解性ポリウレタンがあげられる。他のポリマーとしては、ポリ（エチレンオキシド）、ポリ（エチレングリコール）、ポリ（テトラメチレンオキシド）などのポリ（エーテル）；メチル、エチル、他のアルキル、ヒドロキシメタクリル酸エチル、アクリル酸およびメタクリル酸ならびに、ポリ（ビニルアルコール）、ポリ（ビニルピロリドン）、ポリ（酢酸ビニル）などの他のものなどのビニルポリマー−ポリ（アクリレート）およびポリ（メタクリレート）；ポリ（ウレタン）；アルキル、ヒドロキシアルキル、エーテル、エステル、ニトロセルロース、さまざまな酢酸セルロースなどのセルロースおよびその誘導体；ポリ（シロキサン）があげられる。他のポリマー材料としては、多糖（アルギネートキトサン、アガロース、ヒアルロン酸など）、ゼラチン、コラーゲン、および／または他のタンパク質ならびに、その混合物および／または修飾形態などの天然に生じる材料を主成分とするものがあげられる。本明細書に開示のポリマーの化学的または生物的誘導体（置換、化学基の付加、たとえば、アルキル、アルキレン、水酸化、酸化、当業者が日常的に実施している他の修飾など）を本明細書に記載の組成物に用いることも可能である。
別の代表的なポリマーは、カルボキシメチルセルロース、ポリカルバメートまたはポリ尿素などのセルロース誘導体、架橋ポリ（酢酸ビニル）など、エチレン−ビニルエステルコポリマー、エチレン−ビニルヘキサノエートコポリマー、エチレン−プロピオン酸ビニルコポリマー、エチレン−ビニルブチレートコポリマー、エチレン−ビニルペンタノエートコポリマー、エチレン−ビニルトリメチルアセテートコポリマー、エチレン−ビニルジエチルアセテートコポリマー、エチレン−ビニル３−メチルブタノエートコポリマー、エチレン−ビニル３−３−ジメチルブタノエートコポリマー、エチレン−ビニルベンゾエートコポリマーまたはこれらの混合物を含む。
さらにもうひとつの実施形態では、本発明は、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体７アゴニスト、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体５アゴニスト、少なくとも１つの抗原を含む少なくとも１つのナノ粒子を含む組成物であって、Ｔｏｌｌ様受容体７アゴニストと抗原とがナノ粒子中に含有され、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストが、Ｔｏｌｌ様受容体８アゴニストおよびＴｏｌｌ様受容体９アゴニストからなる群から選択される少なくとも１つの別のＴｏｌｌ様受容体アゴニストをさらに含んでもよいナノ粒子の外面と会合する、組成物である。細胞外ｐＨに対する細胞内でのｐＨの変化によって、少なくとも１つの別のＴｏｌｌ様受容体アゴニストをナノ粒子から解離できる。Ｔｏｌｌ様受容体７アゴニストとＴｏｌｌ様受容体５アゴニストのモル濃度の合計と抗原モル濃度からなるモル比を、約１以下にすることが可能である。
さらに別の実施形態では、本発明は、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体５アゴニストの少なくとも一部と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部と、Ｔｏｌｌ様受容体７アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体８アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体９アゴニストからなる群から選択される少なくとも１つの別のＴｏｌｌ様受容体アゴニストの少なくとも一部と、を含む少なくとも１つの粒子を含む組成物であって、別のＴｏｌｌ様受容体アゴニストならびに任意に抗原が粒子中に含有され、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストが粒子の外面に会合する、組成物である。
さらにもうひとつの実施形態では、本発明は、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体アゴニストの少なくとも一部を、少なくとも１つのナノ粒子の少なくとも一部と組み合わせ、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストとナノ粒子との会合を形成するステップと、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部を、ナノ粒子に会合したＴｏｌｌ様受容体アゴニストと組み合わせることで、ナノ粒子組成物を形成するステップと、を含むナノ粒子組成物の製造方法であって、抗原に対するＴｏｌｌ様受容体アゴニストのモル比が約１以下である、、方法である。
さらにもうひとつの実施形態では、本発明は、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体５アゴニストの少なくとも一部をナノ粒子と会合させるステップと、Ｔｏｌｌ様受容体７アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体８アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体９アゴニストからなる群から選択される少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体アゴニストの少なくとも一部を、ナノ粒子内に含有させるステップと、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストを含有するナノ粒子を、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部と組み合わせることで、ナノ粒子組成物を形成するステップと、を含む、ナノ粒子組成物の製造方法である。
本発明のもうひとつの実施形態は、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体アゴニストの少なくとも一部と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部と、を含む少なくとも１つのナノ粒子を含む組成物を被検体に投与するステップを含む、被検体における免疫応答を刺激する方法であって、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストと抗原とがナノ粒子と会合し、抗原に対するＴｏｌｌ様受容体アゴニストのモル比が約１以下である、方法である。
本発明の別の実施形態は、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体７アゴニストの少なくとも一部と、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体５アゴニストの少なくとも一部と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部と、を含む少なくとも１つのナノ粒子を含む組成物を被検体に投与するステップと、を含む、被検体における免疫応答を刺激する方法であって、Ｔｏｌｌ様受容体７アゴニストと抗原とがナノ粒子中に含有され、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストがナノ粒子の外面と会合する、方法である。ナノ粒子は、Ｔｏｌｌ様受容体８アゴニストおよびＴｏｌｌ様受容体９アゴニストからなる群から選択される少なくとも１つの別のＴｏｌｌ様受容体アゴニストの少なくとも一部をさらに含む。
さらに別の実施形態では、本発明は、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体５アゴニストの少なくとも一部と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部と、Ｔｏｌｌ様受容体７アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体８アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体９アゴニストからなる群から選択される少なくとも１つの別のＴｏｌｌ様受容体アゴニストの少なくとも一部と、を含む少なくとも１つのナノ粒子を含む組成物を被検体に投与するステップを含み、別のＴｏｌｌ様受容体アゴニストならびに、任意に抗原が、ナノ粒子中に含有され、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストがナノ粒子の表面と会合している、被検体における免疫応答を刺激する方法である。抗原およびＴｏｌｌ様受容体５アゴニストがナノ粒子の外面と会合する。粒子の平均直径は、約１０〜約２００ナノメートル、約０．５〜約５ミクロン、約５〜約１０ミクロンからなる群から選択される少なくとも１つのメンバーである。
本明細書に記載の方法で用いられる粒子は、ナノ粒子、リポソーム、ウイルス粒子、プラスミド、真菌粒子（多糖真菌粒子など）、微小粒子（ポリスチレン微小粒子およびポリビニルトルエン微小粒子からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーなど）であってもよい。微小粒子の平均直径は、約０．１μｍ、約０．２μｍ、約０．４μｍ、約０．５μｍ、約１μｍ、約２μｍからなる群から選択される少なくとも１つの直径であり得る。
少なくとも１つの細胞内シグナルレギュレーターの少なくとも一部と、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体アゴニストの少なくとも一部と、を含む少なくとも１つの粒子を含む組成物であって、細胞内シグナルレギュレーターが粒子中に含有され、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストが粒子の外面と会合する。Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストと細胞内シグナルレギュレーターとのモル比が約１以下である。粒度は、細胞への粒子の侵入を許容するものであってもよい。ひとたび細胞に入ると、細胞外ｐＨに対する細胞内でのｐＨの変化によって、細胞内シグナルレギュレーターが粒子から解離する。
少なくとも１つの細胞内シグナルレギュレーターの少なくとも一部と、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体５アゴニストの少なくとも一部、フラジェリンコンストラクト（Ｒ０コンストラクト、Ｒ３コンストラクト、Ｒ３Ｄ０コンストラクト、Ｒ３−２ｘＡｇコンストラクト、Ｄ３Ｎコンストラクト、Ｄ３ＮＣｓコンストラクト、Ｄ１コンストラクトなど）を含む少なくとも１つの粒子を含む組成物あるいは、ＴＬＲ ５アゴニストを含む本発明の融合タンパク質は、粒子中に含有されるＴｏｌｌ様受容体７アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体８アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体９アゴニストからなる群から選択される少なくとも１つの別のＴｏｌｌ様受容体アゴニストをさらに含み得るものである。
別の実施形態では、本発明は、少なくとも１つの細胞内シグナルレギュレーターの少なくとも一部を少なくとも１つの粒子と接触させるステップと、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体アゴニストの少なくとも一部を粒子と会合させることで、粒子組成物を形成するステップと、を含む、粒子組成物の製造方法である。
本発明の融合タンパク質、組成物および方法で用いられる抗原は、インフルエンザウイルス抗原、ＲＳＶ抗原、ＨＰＶ抗原、フラビウイルス抗原などのウイルス抗原を含む。
インフルエンザウイルス抗原は、ＨＡ抗原、Ｍ２抗原、ノイラミニダーゼ抗原であってもよい。赤血球凝集素（ＨＡ）は、宿主細胞でのＮ−アセチルノイラミン酸（ＮｅｕＮＡｃ；「シアル酸」とも呼ばれる）への結合と、その後のウイルス膜と宿主膜との融合を担うウイルス（インフルエンザウイルスなど）での表面糖タンパク質である。ＨＡの名前は、赤血球を凝塊または凝集させる機能に由来するものである。インフルエンザＨＡは、３つのモノマー（ＨＡ０）サブユニットからなる三量体である。ＨＡは、感染プロセスで、細胞表面シアリルオリゴ糖受容体への結合と、ウイルス膜および宿主細胞膜の融合という２つの重要な機能を果たす。宿主細胞の細胞膜に対するＨＡ三量体の結合後、宿主細胞膜はエンドソーム内のウイルスを貪食し、エンドソーム内側を酸性化してそれを宿主細胞のリソソームまで運ぶことで、エンドソームの中身を消化しようとする。しかしながら、リソソームの酸性環境がＨＡを不安定化するため、ＨＡ０が部分的に畳み込みされなくなり、これによってプロテアーゼ感受性部位（成熟切断部位）が露出して宿主プロテアーゼに切断され、単一ジスルフィド結合によって結合されるＨＡ１およびＨＡ２サブユニットが形成される（Ｗｉｌｅｙ， Ｄ． Ｃ．ら， Ａｎｎｕ． Ｒｅｖ． Ｂｉｏｃｈｅｍ． ５６：３６５〜３９４ （１９８７））。切断は特定のアミノ酸残基で生じ、ＨＡ２サブユニットの疎水性のアミノ末端を生成する。この疎水性のＨＡ２末端がウイルスエンベロープと宿主細胞のエンドソーム膜との融合を媒介し、ビリオンの中身を細胞の細胞質に放出する。これが、アンコーティングとして知られるプロセスである。よって、ＨＡポリペプチドの切断は、感染性に必要な要件である。
いくつかのウイルス赤血球凝集素の結晶構造が判断されている（たとえば、Ｗｉｌｓｏｎ， Ｉ．Ａ．ら， Ｎａｔｕｒｅ ２８９：３６６〜３７３ （１９８１）；Ｃｈｅｎ， Ｊ．ら， Ｃｅｌｌ ９５：４０９〜４１７ （１９９８）；Ｈａ， Ｙ．ら， Ｔｈｅ ＥＭＢＯ Ｊｏｕｒｎａｌ ２１： ８６５〜８７５ （２００２）；Ｒｕｓｓｅｌｌ， Ｒ．Ｊ．ら，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ３２５：２８７〜２９６ （２００４）；Ｃｏｘ， Ｎ．Ｊ．ら， Ｉｎ： Ｔｏｐｌｙ ａｎｄ Ｗｉｌｓｏｎ’ｓ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ，編集Ｂ．Ｗ．Ｊ． Ｍａｔｈｙら， 第１巻（第９版） Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， ＮＹ， Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ． Ｐｒｅｓｓ， Ｃｈ． ３２， 第６３４ページ（１９９８）を参照のこと）。Ｘ線結晶解析構造から、ＨＡが２つの構造的成分またはドメインすなわち、球状頭部と繊維状の柄とにフォールドされていることが分かる。球状頭部は、ＨＡ１のシアル酸と結合する部分（「受容体結合部位またはドメイン」または「シアル酸結合部位またはドメイン」とも呼ばれる）をはじめとするＨＡ１と、逆平行βシートとを含む。繊維状の柄のほうがウイルス膜に対して近位にあり、ＨＡ１とＨＡ２との間の切断部位を含めてＨＡ２すべてとＨＡ１の一部からなる。
インフルエンザＡ型ＨＡには、配列同一性が約４０〜約６０％である１５の周知のサブタイプがある（Ｈ１〜Ｈ１５）（Ｗｏｒｌｄ Ｈｅａｌｔｈ Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ ＢＵＬＬ． Ｗｏｒｌｄ Ｈｅａｌｔｈ Ｏｒｇａｎ．， ５８：５８５〜５９１ （１９８０））。１５のＨＡサブタイプすべてを含むインフルエンザウイルスが、トリの種（Ｈ５、Ｈ７、Ｈ９）、ウマ（Ｈ３およびＨ７）、アザラシ（Ｈ３、Ｈ４およびＨ７）、クジラ（Ｈ１およびＨ１３）、ブタ（Ｈ１、Ｈ３、Ｈ９）で単離されている。インフルエンザＡ型ウイルスのサブタイプは通常、ＨＡの特定の抗原決定（Ｈ、１５の主要なタイプ）とノイラミニダーゼ（Ｎ、約９の主要なタイプ）によって命名される。たとえば、サブタイプにはインフルエンザＡ型（Ｈ２Ｎ１）、Ａ（Ｈ３Ｎ２）、Ａ（Ｈ５Ｎ１）、Ａ（Ｈ７Ｎ２）、Ａ（Ｈ９Ｎ２）、Ａ（Ｈ１Ｎ１）、Ａ（Ｈ３Ｎ１）、Ａ（Ｈ５Ｎ２）を含む。前世紀に、インフルエンザＡ型の３つのサブタイプすなわち、１９１８年と１９７７にＨ１、１９５７年にＨ２、１９６８年にＨ３がパンデミックとなった。１９９７年に、トリのＨ５ウイルス、１９９９年にＨ９ウイルスが、香港で呼吸器疾患の突発につながった。インフルエンザＢ型ウイルス由来のＨＡが、ヒトおよびアザラシから単離されており、サブタイプには分けられていない。
インフルエンザに感染した宿主は、ＨＡと宿主細胞との相互作用を遮断すなわち、ウイルスの感染性を中和することで、その宿主を同じ株のウイルスによる以後の感染から保護する抗体応答をＨＡの球状頭部に持たせることができる。忠実度が低くインフルエンザＲＮＡ複製率が高いため、球状頭部構造および宿主細胞相互作用を保つＨＡ遺伝子のウイルスでは常に小さな変異が起こっているが、後代のウイルスを免疫監視から逃れさせることができる。これらの点変異は「抗原ドリフト」と呼ばれる。また、単一の宿主が２種類のインフルエンザＡ型株に同時に感染すると、再集合あるいは、インフルエンザＡ型ウイルスの異なる株間でのＲＮＡセグメントまたは遺伝子の交換の結果として新たなサブタイプのウイルス出現することがある。再集合によって出現したウイルスは、ヒト免疫系に新たな抗原を経験させるが、これは通常、羅患率および死亡率の高さにつながる。このタイプの劇的な抗原変化は「抗原シフト」として知られている。Ｂ型インフルエンザウイルスは、ほぼ人間だけで流行し、これらのウイルスは、動物株で再集合できないため、抗原ドリフトによってのみ変化する。
ＨＡに対する免疫は、感染が起こってしまった場合に感染の尤度と疾患の重症度を小さくできる。ＨＡは、重要な抗原標的であり、ワクチンの有効性はワクチン株と流行株との間の抗原整合性に左右される。赤血球凝集素タンパク質は、宿主の免疫防御を逃れるために容易に抗原シフトしてドリフトするため、従来のワクチンはその時点で流行しているインフルエンザ株に基づくものでなければならず、毎年更新が必要である。インフルエンザワクチンの毎年の更新にはコストがかかるだけでなく、相当な量の生産時間と製造インフラも必要である。ウイルスの不変領域に基づくワクチン組成物は、広く交差反応性の保護を提供できることがある。
ＨＡの球状頭部とは対照的に、ＨＡの成熟切断部位を囲むアミノ酸残基の変化は機能的な制約がゆえに制限される。ＨＡ成熟切断部位を囲むアミノ酸残基は、認識に影響するために、結果として宿主プロテアーゼの部位の切断性にも影響する。ウイルスはプロテアーゼをコードしないため、成熟切断部位を囲むアミノ酸残基の変化も限定される。結果として、成熟切断部位での約２０アミノ酸からなるペプチドは、同じＨＡサブタイプのインフルエンザウイルス間で（国際公開第２００４／０８０４０３号パンフレット；Ｂｉａｎｃｈｉら Ｊ Ｖｉｒｏｌ ７９：７３８０〜７３８８ （２００５））または分岐鎖ペプチドとして（Ｈｏｒｖａｔｈら Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｌｅｔｔｅｒｓ ６０：１２７〜１３６（１９９８）、Ｎａｇｙら Ｓｃａｎｄ Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ ４０：２８１〜２９１ （１９９４））遺伝的に安定した状態のまま残る。
インフルエンザＡ型ウイルスＨＡタンパク質は、Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３、Ｈ５、Ｈ７、Ｈ９からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーであり得る。本発明で用いられるＨＡ抗原の当該一部は、ＨＡの球状頭部であり得る。「球状頭部」とは、この言い回しを本明細書で用いる場合、受容体またはシアル酸結合領域を含む天然に生じるウイルス赤血球凝集素のタンパク質の一部を示す。「球状頭部」は、本明細書では「球状ドメイン」とも呼ばれる。ウイルス赤血球凝集素タンパク質の球状頭部は、たとえば、Ｗｉｌｓｏｎ Ｉ．Ａ．ら Ｎａｔｕｒｅ ２８９：３６６〜３７３ （１９８１）；Ｃｈｅｎ， Ｊ．ら， Ｃｅｌｌ ９５：４０９〜４１７ （１９９８）；Ｈａ Ｙ．ら， Ｔｈｅ ＥＭＢＯ Ｊｏｕｒｎａｌ ２１：８６５〜８７５ （２００２）；Ｒｕｓｓｅｌｌ， Ｒ．Ｊ．ら， Ｖｉｒｏｌｏｇｙ ３２５：２８７〜２９６ （２００４）；Ｃｏｘ， Ｎ．Ｊ．ら， Ｉｎ： Ｔｏｐｌｙ ａｎｄ Ｗｉｌｓｏｎ’ｓ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎｓ，編集ＢＷＪ Ｍａｔｈｙら， 第１巻（第９版） Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ， ＮＹ， Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖ． Ｐｒｅｓｓ， Ｃｈ． ３２， 第６３４ページ（１９９８）に記載されているようにして、ｘ線結晶解析で求められる。天然に生じるウイルス赤血球凝集素の球状頭部は、たとえば、インフルエンザウイルス赤血球凝集素のＨＡ１サブユニットの成分である。受容体結合ドメインに加えて、Ｈａ， Ｙ．ら Ｔｈｅ ＥＭＢＯ Ｊｏｕｒｎａｌ ２１：８６５〜８７５ （２００２）に記載されているように、球状頭部はＥ−サブドメインおよびＦ−サブドメインを含み得る。
本発明で用いられるＨＡタンパク質としては、ＰＲ８ ＨＡ（配列番号２２８）（Ｇａｍｂｌｉｎら， Ｓｃｉｅｎｃｅ ３０３：１８３８〜１８４２ （２００５）ＰＤＢ受託番号１ＲＵ７）；成熟Ａ／ベトナム１２０３／２００４ ＨＡ（配列番号２２９）；インドネシアＨＡ（配列番号２３０）；ニューカレドニアＨＡ（Ｈ１ＮＣ；配列番号２３１）；Ａ／サウスカロライナ／１／１８（配列番号２３２）；ウィスコンシンＨＡ（Ｈ３Ｗｉｓ；配列番号２３３）；Ａ／Ｘ３１サブタイプＨ３Ｎ２（Ｈ３Ｘ３１；配列番号２３４；ＰＤＢ受託番号：１ＶＩＵ））があげられる。代表的なＨＡ抗原としては、ＨＡ１−１抗原、ＨＡ１−２抗原、ＨＡ１−３抗原があげられる。ＨＡ１−１、ＨＡ１−２、ＨＡ１−３抗原を生成するための代表的な方法については、米国特許出願第１１／７１４，８７３号明細書に記載されている。
「ＨＡ１−１」は、本明細書で使用する場合、少なくとも約２つのβシートと、少なくとも約２〜約３つの短いαヘリックスと、少なくとも１つの小さなβシートと、分子の底における少なくとも１つの別の小さなβサンドイッチと、少なくとも約４つのジスルフィド結合と、を含む基質結合部位を含む少なくとも約１つのβサンドイッチを含むウイルス赤血球凝集素のタンパク質部分を示す。ＨＡ１−１の基質結合部位を含むβサンドイッチは、頂部シートとしての少なくとも約４つのβ鎖と、底部シートとしての少なくとも約３〜約４つのβ鎖とを含む。ＨＡ１−１部分の少なくとも約１つのαヘリックスは、基質結合部位を含むβサンドイッチの側面に存在し、少なくとも約１〜約２つは基質結合部位を含むβサンドイッチの底に存在する。ＨＡ１−１の小さなβサンドイッチは、各βシートに少なくとも約２〜約３つのβ鎖；または約３〜約４つのβ鎖を含み得る。代表的なＨＡ１−１タンパク質部分としては、配列番号２３５〜２４８、４５６、６６２があげられる。
「ＨＡ１−２」は、本明細書で使用する場合、基質結合部位と、少なくとも約２つから約３つの短いαヘリックスと、分子底部の少なくとも約１つの小さなβシートと、少なくとも約２つのジスルフィド結合とを含む、少なくとも約１つのβサンドイッチを含むウイルス赤血球凝集素のタンパク質部分を示す。ウイルス赤血球凝集素のβ鎖は、約２〜約１５のアミノ酸を含み得る。小さなβ鎖は、約２つのアミノ酸；または約２〜約３つのアミノ酸；または約２〜４つのアミノ酸または約２〜約５つのアミノ酸を含み得る。小さなβシートは、約２〜約３つのβ鎖；または約３〜約４つのβ鎖を含み得る。ＨＡ１−２の基質結合部位を含むβサンドイッチは、頂部シートとして少なくとも約４つのβ鎖と、底部シートとしての少なくとも約３〜約４つのβ鎖とを含み得る。ＨＡ１−２部分の少なくとも約１つのαヘリックスは、基質結合部位を含むβサンドイッチの側面に存在し、少なくとも約１〜約２つが基質結合部位を含むβサンドイッチの底に存在する。代表的なＨＡ１−２タンパク質部分として、配列番号２４９〜２６３、４８１、４９９があげられる。「ＨＡ１−３」は、本明細書で使用する場合、基質結合部位と、少なくとも約２つの短いαヘリックスと、少なくとも１つのジスルフィド結合とを含む少なくとも１つのβサンドイッチを含むウイルス赤血球凝集素のタンパク質部分を示す。「βサンドイッチ」は、本明細書で使用する場合、少なくとも約１つの相互作用層を形成する少なくとも約２組のβシートを示す。「基質結合部位」は、βサンドイッチとの関連で本明細書で使用する場合、天然に生じるウイルス赤血球凝集素の当該一部のうち、分子と相互作用または分子を結合できる部分を示す。たとえば、当該一部の基質結合部位を含むβサンドイッチは、シアル酸を結合する部分を含み得る。ＨＡ１−３の基質結合部位を含むβサンドイッチは、頂部シートとして少なくとも約４つのβ鎖と、底部シートとして少なくとも約３つのβ鎖とをさらに含み得る。ＨＡ１−１部分の少なくとも約１つのαヘリックスは、基質結合部位を含むβサンドイッチの側面に存在し、少なくとも１つの他のαヘリックスは、基質結合部位を含むβサンドイッチの底部に存在する。短いαヘリックスには、約５ターン未満（２、３、４、５ターン）をαヘリックスに含み得る。ウイルス赤血球凝集素のαヘリックスは、１〜約１５ターン；または約２〜１５ターンであればよい。代表的なＨＡ１−３タンパク質部分は、配列番号２６４〜２７３を含む。
ＨＡの成熟切断部位は、本発明の組成物、融合タンパク質および方法で使用可能である。成熟切断部位抗原は、（配列番号２７４〜２８１およびＮＶＰＥＫＱＴＲＧＩＦＧＡＩＡＧＦＩＥ（Ｈ３）（配列番号２８３）、ＮＩＰＳＩＱＳＲＧＬＦＧＡＩＡＧＦＩＥ（Ｈ１）（配列番号２８４）、ＰＡＫＬＬＫＥＲＧＦＦＧＡＩＡＧＦＬＥ（ＦＬＵ Ｂ）（配列番号２８５）、ＲＥＲＲＲＫＫＲＧＬＦＧＡＩＡＧＦＩＥ（Ｈ５）（配列番号２８６）、ＲＧＬＸＧＡＩＡＧＦＩＥ（配列番号２８７）、ＲＧＬＸＧＡＩＡＧＦＩＥ（配列番号２８８）、ＲＧＬＦＧＡＩＡＧＦＩＥ（インフルエンザＡ型保存領域）（配列番号２８９）およびＲＧＦＦＧＡＩＡＧＦＬＥ（インフルエンザＢ型保存領域）（配列番号２９０）からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーであってもよい。成熟切断部位抗原は、本明細書では「切断断片」、「ＣＦ」、「切断部位」または「ＣＳ」とも呼ばれる。ＨＡの成熟切断部位ペプチドの代表的な配列は、以下に列挙するペプチドも含むものであってもよい。
マトリクス２（Ｍ２）インフルエンザタンパク質の少なくとも一部を、本発明の組成物、融合タンパク質および方法に用いることが可能である。特定の実施形態では、Ｍ２タンパク質の当該一部が、Ｍ２タンパク質の外部ドメイン（Ｍ２ｅ）を含む。
マトリクスタンパク質２（Ｍ２またはＭ２タンパク質）は、インフルエンザＡ型ウイルスのプロトン選択的内在性膜イオンチャネルタンパク質である。Ｍ２は、成熟ビリオンでは低レベルで発現され、感染細胞ではそれよりかなり高いレベルで発現される９７アミノ酸からなるタンパク質である。Ｍ２タンパク質は、ウイルスの複製に必須のイオンチャネルとして機能するホモ四量体を形成するため、Ｍ２ｅの変異はＨＡにおける変異ほどは許容されない。Ｍ２は、ウイルス感染細胞の細胞膜で大量に発現されるが、通常はビリオンによって過小発現される。たとえば、インフルエンザＡ型のＭ２配列の一部は配列番号２９６であるが、これは配列番号２９７によってコードされる。Ｍ２タンパク質の未変性形態はホモ四量体（すなわち、４つの同じジスルフィド結合Ｍ２タンパク質分子）である。各単位は２つのジスルフィド結合によってヘリックス安定化されている。Ｍ２は、低ｐＨで活性化される。ホモ四量体のＭ２タンパク質分子は各々、配列番号２９９によってコードされる２４アミノ酸の外側すなわちＮ（アミノ）末端ドメイン（本明細書では「ヒトコンセンサス配列」とも呼ぶ配列番号２９８など）と、疎水性の１９アミノ酸の膜貫通領域と、５４アミノ酸の内側すなわちＣ（カルボキシ）末端ドメインという３つのドメインからなる。Ｍ２タンパク質は、たとえば、Ｍ２タンパク質の代表的なアミノ末端配列（配列番号３００〜３２１、３２３〜３３６、４８５、５０７および６６６）に示され、国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００５／０４６６６２号明細書（国際公開第２００６／０６９２６２号パンフレット）に記載されているように、インフルエンザウイルスサブタイプ（インフルエンザＡ型のＨ１およびＨ５サブタイプなど）およびインフルエンザウイルス源（プエルトリコ、タイ、ニューヨーク、香港など）に応じて可変である。
Ｍ２タンパク質には、インフルエンザＡ型ウイルスの寿命において重要な役割がある。これは、ウイルス粒子へのプロトンの侵入によってウイルス内のｐＨを下げることが可能であり、リボヌクレオタンパク質ＲＮＰからのウイルスマトリクスタンパク質Ｍ１の解離につながる未コーティング段階で重要である。結果として、ウイルスコートが取り除かれ、ウイルスの中身がエンドソームから宿主細胞の細胞質に放出されて感染源となる。
ウイルスが宿主細胞に感染するのを防ぐアマンタジンおよびリマンタジンなどの抗ウイルス薬によって、Ｍ２チャネルの機能を阻害することができる。このような抗ウイルス薬は通常、Ｍ２タンパク質の膜貫通領域を結合し、Ｍ２タンパク質によって生成されたイオンチャネルを立体的に遮断する。これによって、プロトンがビリオンに侵入してビリオンをアンコーティングしてしまうのを防ぐことになる。
本発明の組成物および方法で用いるＭ２タンパク質は、配列番号２９９でコードされる配列番号２９８の少なくとも一部または配列番号３２２でコードされる配列番号３００の少なくとも一部を含み得る。Ｍ２タンパク質は、配列番号３２３、配列番号３２４、配列番号３２５；配列番号３２６（セリンがシステインを置換しているＦｌｕ Ａ Ｈ５Ｎ１ Ｍ２ｅ、２００４ベトナム単離株）；配列番号３２７（Ｆｌｕ Ａ Ｈ５Ｎ１ Ｍ２ｅ、２００４ベトナム単離株）；配列番号３２８（セリンがシステインを置換しているＦｌｕ Ａ Ｈ５Ｎ１ Ｍ２ｅ、香港９７単離株）；配列番号３２９（Ｆｌｕ Ａ Ｈ５Ｎ１ Ｍ２ｅ、香港９７単離株）；配列番号３３０（セリンがシステインを置換しているＦｌｕ Ａ Ｈ７Ｎ２ Ｍ２ｅ ニワトリ／ニューヨーク９５単離株）；配列番号３３１（Ｆｌｕ Ａ Ｈ７Ｎ２ Ｍ２ｅ、ニワトリ／ニューヨーク９５単離株）；配列番号３３２（セリンがシステインを置換しているＦｌｕ Ａ Ｈ９Ｎ２ Ｍ２ｅ、香港９９単離株）；配列番号３３３（Ｆｌｕ Ａ、香港９９単離株）からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーを含むものであってもよい。特定のシステイン残基、たとえば、Ｍ２タンパク質の少なくとも一部の天然に生じる配列の配列番号３２７のアミノ酸１６および１８；配列番号３２９、３３１、３３３のアミノ酸１７および１９をセリンで置換可能である（それぞれ、配列番号３２８、３３０、３３２、３００を参照のこと）。
本明細書に記載のＴｏｌｌ様受容体５アゴニスト、融合タンパク質、組成物を含む組成物は、少なくとも１つのウイルス抗原と、ウイルス抗原と別個または類似の少なくとも１つの別のウイルス抗原とを含み得る。たとえば、Ｒ３２ｘ Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストを含む融合タンパク質は、成熟切断部位ペプチド、ＨＡウイルス抗原の一部（ＨＡ１−１、ＨＡ１−２など）、Ｍ２タンパク質の少なくとも一部を含み得る。
代表的なＭ２ｅタンパク質としては、ＳＬＬＴＥＶＥＴＰＩＲＮＥＷＧＳＲＳＮＤＳＳＤＰ（ヒトインフルエンザＭ２ｅ（配列番号３３４））；ＧＳＧＡＧ ＳＬＬＴＥＶＥＴＰＴＲＮＥＷＥＣＲＣＳＤＳＳＤＰ（ベトナムインフルエンザＭ２ｅ（配列番号３３５））およびＧＳＧＡＧＳＬＬＴＥＶＥＴＬＴＲＮＧＷＧＣＲＣＳＤＳＳＤＰ（香港インフルエンザＭ２ｅ（配列番号３３６））があげられる。
本発明の組成物に含まれ、本発明の方法で用いられる抗原は、ウエストナイルウイルスタンパク質、ランガットウイルスタンパク質、ケンジンウイルスタンパク質、マレー渓谷脳炎ウイルスタンパク質、日本脳炎ウイルスタンパク質、ダニ媒介脳炎ウイルスタンパク質、デング１ウイルスタンパク質、デング２ウイルスタンパク質、デング３ウイルスタンパク質、デング４ウイルスタンパク質、Ｃ型肝炎ウイルスタンパク質、黄熱ウイルスタンパク質（たとえば、国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００６／００１６２３号明細書（国際公開第２００６／０７８６５７号パンフレット）を参照のこと）からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーの少なくとも一部であってもよい。
フラビウイルス属は、Ｆｌａｖｉｖｉｒｉｄａｅウイルスファミリに属し、約７０のウイルスからなる。これらのウイルスの大半は蚊またはマダニによって伝染する。４種類のデングウイルス（Ｄｅｎ１、Ｄｅｎ２、Ｄｅｎ３、Ｄｅｎ４）、黄熱（ＹＦ）、日本脳炎（ＪＥ）、ウエストナイル（ＷＮ、本明細書では「ＷＮＶ」とも呼ぶ）、ダニ媒介脳炎（ＴＢＥ）（Ｗｅａｖｅｒ Ｓ．Ｃ．ら， Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ １０： ７８９〜８０１ （２００４））をはじめとするいくつかのフラビウイルスが、重要なヒト病原体である。フラビウイルス属は、交差中和試験によって、ＤＥＮ−１、ＤＥＮ−２、ＤＥＮ−３、ＤＥＮ−４という血清学的および遺伝学的に別個の４種類のウイルスを含むデング血清型をはじめとして、多数の血清型に分けられる。
フラビウイルスは、正二十面体のカプシドを有する小さなエンベロープウイルスである。フラビウイルスゲノムは、感染後に宿主細胞機構によって直接翻訳される一本鎖陽性センスＲＮＡ（約１１ｋｂ）である。ウイルスゲノムは、ウイルスおよび細胞酵素によって翻訳時と翻訳後に切断が生じ、フラビウイルスの３つの構造的タンパク質（カプシド（Ｃ）、膜（Ｍ）、エンベロープ（Ｅ）タンパク質）と７つの非構造的タンパク質（ＮＳ１、ＮＳ２Ａ、ＮＳ２Ｂ、ＮＳ３、ＮＳ４Ａ、ＮＳ４Ｂ、ＮＳ５）が生じる単一のポリペプチドとして翻訳される（Ｗｅａｖｅｒら， Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ １９９０：４４〜６４９ （２００４））。ウイルスカプシドはＣタンパク質からなるのに対し、ビリオンのエンベロープ表面にはＭタンパク質とエンベロープタンパク質の両方が存在する（Ｗｅａｖｅｒ， Ｓ．Ｃ．ら， Ｎａｔ． Ｒｅｖ． Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ． １０：７８９〜８０１ （２００４）；Ｃｈａｍｂｅｒｓら， Ａｎｎｕ Ｒｅｖ． Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ． ４４： ６４９〜６８８ （１９９０））。フラビウイルスの主要な免疫原は、膜エンベロープタンパク質である。
フラビウイルスは、ウイルスエンベロープタンパク質が受容体と結合し、エンドソームのｐＨ低下にコンホメーションの再配置によって応答すると、宿主細胞に侵入することができる。コンホメーションの変化は、ウイルスの細胞膜と宿主の細胞膜との融合を誘導する。
フラビウイルスのエンベロープは、受容体結合タンパク質として機能することがあり、ウイルスと宿主の細胞膜の融合を容易にする。フラビウイルスのエンベロープタンパク質は、構造（ドメインＩ、ＩＩ、ＩＩＩ）および機能（ウイルスおよび宿主細胞の受容体結合と融合機能）面で共通の特徴を有し、クラスＩＩ融合糖タンパク質である（Ｌｅｓｃａｒら， Ｃｅｌｌ １０５：１３７〜１４８ （２００１））。
融合前のコンホメーションでは、エンベロープタンパク質がウイルス粒子の外面にホモ二量体を形成する（Ｒｅｙら， Ｎａｔｕｒｅ ３７５：２９１〜２９８）；Ｋｕｈｎら， Ｃｅｌｌ １０８：７１７〜７２５ （２００２）；Ｍｕｋｈｏｐａｄｈｙａｙら， Ｓｃｉｅｎｃｅ ３０２：２４８ （２００３））。各エンベロープタンパク質モノマーは、フォールドされて主にβ鎖からなる３つの構造的ドメイン（ドメインＩ、ＩＩ、ＩＩＩ）になる。ドメインＩ（本明細書では「Ｉ」または「ＤＩ」とも呼ぶ）は、構造の中央に存在し、グリコシル化されたエンベロープタンパク質にＮ−グリコシル化部位を有する。エンベロープタンパク質のドメインＩＩ（本明細書では「ＩＩ」または「ＤＩＩ」とも呼ぶ）は、二量体化を促進し、ウイルスのｐＨ依存性融合時に標的宿主膜に侵入する融合ループを有する（Ｍｏｄｉｓら， Ｎａｔｕｒｅ ４２７：３１３〜３１９ （２００４）；Ｂｒｅｓｓａｎｅｌｌｉら， ＥＭＢＯ Ｊ ２３：７２８〜７３８ （２００４））。ドメインＩＩＩ（本明細書では「ＩＩＩ」または「DＩＩＩ」とも呼ぶ）は、エンベロープタンパク質のカルボキシ末端である。ドメインＩＩＩは、初期の抗原マッピング研究で「ドメインＢ」とも呼ばれている。ドメインＩＩＩには、ウイルス中和抗体を引き出すことができるいくつかのエピトープがある（Ｒｏｅｈｒｉｇ， Ａｄｖ Ｖｉｒｕｓ Ｒｅｓ ５９：１４１〜１７５ （２００３））。
ダニ媒介脳炎エンベロープタンパク質のドメインＩは、配列番号３３７のアミノ酸１〜５１、１３７〜１８９、２８５〜３０２に対応する。配列番号３３７のダニ媒介脳炎エンベロープタンパク質のドメインＩＩは、アミノ酸５２〜１３６および１９０〜２８４に対応し、ドメインＩＩＩは配列番号３３７のアミノ酸３０３〜３９５に対応する。（Ｒｅｙ， Ｆ．Ａ．ら， Ｎａｔｕｒｅ ３７５：２９１〜２９８ （１９９５））。配列番号３３７は、配列番号３３８によってコードされる。デング２フラビウイルスエンベロープタンパク質のドメインＩは、配列番号３３９のアミノ酸１〜５２、１３２〜１９３、２８０〜２９６に対応する。ドメインＩＩは、配列番号３３９のアミノ酸５３〜１３１および１９４〜２７９に対応し、ドメインＩＩＩは配列番号３３９のアミノ酸２９７〜４９５に対応する（Ｍｏｄｉｓ， Ｙ．ら， Ｎａｔｕｒｅ ４２７：３１３〜３１９ （２００４））。他のフラビウイルス（ウエストナイルウイルス、日本脳炎、デング１ウイルス、デング３ウイルスおよびデング４ウイルスなど）のドメインＩ、ＩＩ、ＩＩＩの位置は、ダニ媒介脳炎エンベロープタンパク質ドメインおよびデング２エンベロープタンパク質ドメインの相同性に基づくものである。よって、本明細書においてフラビウイルスタンパク質、特に、ダニ媒介脳炎フラビウイルスエンベロープタンパク質およびデング２フラビウイルスエンベロープタンパク質以外のフラビウイルスのドメインを参照する場合、これはダニ媒介脳炎フラビウイルスエンベロープタンパク質およびデング２フラビウイルスエンベロープタンパク質のドメインとの相同性に基づくものである。
ＤＥＮフラビウイルスのエンベロープタンパク質のドメインＩＩＩは、４種類のＤＥＮ（ＤＥＮ１、ＤＥＮ２、ＤＥＮ３、ＤＥＮ４）ウイルスを含む、フラビウイルスタイプ特異的近接臨界／優性中和エピトープ（Ｒｏｅｈｒｉｎｇ， Ｊ．Ｔ．， Ａｄｖ． Ｖｉｒｕｓ Ｒｅｓ． ５９：１４１ （２００３））の大部分をコードする。フラビウイルスエンベロープタンパク質は高度に相同的である。代表的なエンベロープタンパク質配列は、配列番号３４１、３３９、３４３、３４５、３４７、３４９である。
ウエストナイルウイルス（ＷＮＶ）は、一本鎖陽性センスＲＮＡエンベロープウイルスである。ウガンダのウエストナイル領域で１９３７年に発熱した成人女性から初めて単離および同定された（Ｓｍｉｔｈｂｕｒｎら， Ａｍ Ｊ Ｔｒｏｐ Ｍｅｄ Ｈｙｇ ３：９〜１８ （１９５４））。
日本脳炎（ＪＥ）ウイルスは、アジアと北オーストラリアに局在する（年間で約５０，０００症例のうち約１０，０００例が死に至る）。
デング（ＤＥＮ）病は、ＤＥＮ−１（本明細書では「Ｄｅｎ１」またはＤｅｎ １」とも呼ぶ）、ＤＥＮ−２（本明細書では「Ｄｅｎ２」または「Ｄｅｎ ２」とも呼ぶ）、ＤＥＮ−３（本明細書では「Ｄｅｎ３」または「Ｄｅｎ ３」とも呼ぶ）、ＤＥＮ−４（本明細書では「Ｄｅｎ４」またはＤｅｎ ４」とも呼ぶ）として知られる、蚊が媒介する血清学的に関連のある４種類のフラビウイルスによって引き起こされる。本発明の組成物、融合タンパク質およびポリペプチドは、Ｄｅｎ １配列番号３５１；Ｄｅｎ １ ＰＲ ９４（プエルトリコ、１９９４）配列番号３５２；Ｄｅｎ ３配列番号３５４；Ｄｅｎ ４配列番号３５５を含み得る。配列番号３５１、３５２、３５３、３５４および３５５は、Ｄｅｎ１、Ｄｅｎ２、Ｄｅｎ３、Ｄｅｎ４フラビウイルスのドメインＩＩＩの一部である。本発明の組成物、融合タンパク質、方法に用いられるデングウイルスの代表的な部分としては、配列番号３３９、３４３、３４５、３４７、３５１〜３５５、３７１、３８１〜３８４、３８７〜３９０、６３６、６３８、６４０、６４２、６４４、６４６、６４８、６５０、６５２、６５４、６５６、６５８があげられる。「ＥＩ」、「ＥＩＩ」、「ＥＩＩＩ」は、本明細書で使用する場合、それぞれウエストナイルフラビウイルスエンベロープタンパク質のドメインＩ、ＩＩ、ＩＩＩを示す。「ＪＥＩ」、「ＪＥＩＩ」、「ＪＥＩＩＩ」は、本明細書で使用する場合、それぞれ日本脳炎フラビウイルスエンベロープタンパク質のドメインＩ、ＩＩ、ＩＩＩを示す。「Ｄｅｎ１ Ｉ」、「Ｄｅｎ１ ＩＩ」、「Ｄｅｎ１ ＩＩＩ」は、本明細書で使用する場合、デング１フラビウイルスエンベロープタンパク質のドメインＩ、ＩＩ、ＩＩＩを示す。同様に、他のフラビウイルスのエンベロープタンパク質のドメインの表示も、フラビウイルス名にドメイン番号を続けて表記する（（マダニ媒介）ＴＢＩ（マダニ媒介）、ＴＢＩＩ、ＴＢＩＩＩ、Ｄｅｎ２ Ｉ、Ｄｅｎ２ ＩＩ、Ｄｅｎ２ ＩＩＩなど）。
フラビウイルスのエンベロープタンパク質の一部は、ドメインＩの少なくとも一部、ドメインＩＩの少なくとも一部およびドメインＩＩＩの少なくとも一部からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーを含むものであってもよい。ドメインに「ＥＩＩＩ＋」または「ＪＥＩＩＩ＋」といった具合に「＋」を付してある場合、「ＩＩＩ」で示したエンベロープタンパク質の当該一部がそのドメイン全体の一成分プラスドメインＩおよびＩＩのいずれかまたは両方の少なくとも一部のうちの少なくとも１つである。たとえば、「ＥＩＩＩ＋」は、本明細書で使用する場合、本発明の組成物、融合タンパク質およびポリペプチドが、ドメインＩＩＩとドメインＩの少なくとも一部とを含むことを意味する。また、「ＥＩＩＩ＋」は、「ＥＩ／ＩＩＩ」とも呼ばれる。「ＪＥＩＩＩ＋」は「ＪＥＩ／ＩＩＩ」とも呼ばれる。同様に、組成物がフラビウイルスのエンベロープタンパク質のドメインを含む場合、このドメインは、ドメインＩ、ＩＩ、ＩＩＩのどのような組み合わせであってもよく、ドメインを基準に表記される。たとえば、ＥＩ／ＩＩは、ウエストナイルフラビウイルスのドメインＩとＩＩを含む。本発明の組成物、融合タンパク質およびポリペプチドに用いられるエンベロープタンパク質のドメインに関して「＋」がない（ＥＩＩＩ、ＪＥＩＩＩ、Ｄｅｎ１ ＩＩＩなど）は、組成物、融合タンパク質およびポリペプチドが、表記のドメインを含むことを意味する。たとえば、「Ｄｅｎ１ ＩＩＩ」は、組成物、融合タンパク質および組成物が、デング１ウイルスのドメインＩＩＩを含み、ドメインＩとＩＩは含まないことを意味する。
ウエストナイルウイルスエンベロープタンパク質は、ＥＩＩＩ＋アミノ酸配列である配列番号３５６（イタリックを付したアミノ酸はエンベロープタンパク質のドメインＩであり、残りの配列はエンベロープタンパク質のドメインＩＩＩである）；配列番号３５８、ウエストナイルウイルス、Ｓｔａｎｆｏｒｄ， ＣＴ（「ウエストナイルＳ」とも呼ばれる）；配列番号３５９、ウエストナイルウイルス、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，ＮＹ（「ウエストナイルＮＹ」とも呼ばれる）；配列番号３６０からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーの少なくとも一部を含むものであってもよく、配列番号３５６は配列番号３５７によってコードされる。
ＬＴＳＧＨＬＫＣＲＶＫＭＥＫＬＱＬＫＧＴ ウエストナイルウイルスＥペプチド００１（配列番号３６１）。本発明の組成物、融合タンパク質および方法で用いるウエストナイルウイルスの代表的な部分としては、配列番号３４１、３５６、３５８〜３６１、３７９、４４３、４４４があげられる。
本発明の組成物、融合タンパク質およびポリペプチドで用いるランガットウイルスエンベロープタンパク質は、配列番号３６２の少なくとも一部を含むものであってもよい。ケンジンウイルスエンベロープタンパク質は、配列番号３６３の少なくとも一部を含むものであってもよい。マレー渓谷脳炎エンベロープタンパク質は、配列番号３６４の少なくとも一部を含むものであってもよい。日本脳炎エンベロープタンパク質は、配列番号３６５および配列番号３６６の少なくとも一部からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーを含むものであってもよい。ダニ媒介脳炎エンベロープタンパク質は、配列番号３６７の少なくとも一部を含むものであってもよい。黄熱ウイルスエンベロープタンパク質は、配列番号３６８の少なくとも一部を含むものであってもよい。フラビウイルスのエンベロープタンパク質は、配列番号３６９および配列番号３７０からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーの少なくとも一部を含むものであってもよい。配列番号３６２、３６３、３６４、３６５、３６６、３６７、３６８、３６９および３７０は、ウイルスエンベロープタンパク質のドメインＩＩＩの一部である。ＥＡＥＰＰＦＧＤＳＹＩＩＩＧＶＥＰＧＱＬＫＬＮＷＦＫＫ（配列番号３７１）デング２ ＥペプチドＳＬＬＴＥＶＥＴＰＩＲＮＥＷＧＳＲＳＮＤＳＳＤＰ ＢＣＲＡＢＬ（配列番号３７２）野生型ペプチド。
本発明の組成物、融合タンパク質および方法で用いるフラビウイルスの別の代表的な部分としては、配列番号３３７、３４９、３６２〜３７０、３７２、３７３、３７５、３７７、３７９、３８０、３８５、３８６、３９１〜４４２があげられる。本発明の組成物および方法で用いる別の代表的な融合タンパク質およびウイルス抗原としては、以下のものがあげられる。
代表的なインフルエンザ抗原、融合タンパク質、抗原および融合タンパク質をコードする核酸をあげておく。
配列番号４５１ ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＶＮ）
ＭＡＱＶＩＮＴＮＳＬＳＬＬＴＱＮＮＬＮＫＳＱＳＡＬＧＴＡＩＥＲＬＳＳＧＬＲＩＮＳＡＫＤＤＡＡＧＱＡＩＡＮＲＦＴＡＮＩＫＧＬＴＱＡＳＲＮＡＮＤＧＩＳＩＡＱＴＴＥＧＡＬＮＥＩＮＮＮＬＱＲＶＲＥＬＡＶＱＳＡＮＳＴＮＳＱＳＤＬＤＳＩＱＡＥＩＴＱＲＬＮＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＫＶＬＡＱＤＮＴＬＴＩＱＶＧＡＮＤＧＥＴＩＤＩＤＬＫＱＩＮＳＱＴＬＧＬＤＳＬＮＶＱＫＡＹＤＶＫＤＴＡＶＴＴＫＡＹＡＮＮＧＴＴＬＤＶＳＧＬＤＤＡＡＩＫＡＡＴＧＧＴＮＧＴＡＳＶＴＧＧＡＶＫＦＤＡＤＮＮＫＹＦＶＴＩＧＧＦＴＧＡＤＡＡＫＮＧＤＹＥＶＮＶＡＴＤＧＴＶＴＬＡＡＧＡＴＫＴＴＭＰＡＧＡＴＴＫＴＥＶＱＥＬＫＤＴＰＡＶＶＳＡＤＡＫＮＡＬＩＡＧＧＶＤＡＴＤＡＮＧＡＥＬＶＫＭＳＹＴＤＫＮＧＫＴＩＥＧＧＹＡＬＫＡＧＤＫＹＹＡＡＤＹＤＥＡＴＧＡＩＫＡＫＴＴＳＹＴＡＡＤＧＴＴＫＴＡＡＮＱＬＧＧＶＤＧＫＴＥＶＶＴＩＤＧＫＴＹＮＡＳＫＡＡＧＨＤＦＫＡＱＰＥＬＡＥＡＡＡＫＴＴＥＮＰＬＱＫＩＤＡＡＬＡＱＶＤＡＬＲＳＤＬＧＡＶＱＮＲＦＮＳＡＩＴＮＬＧＮＴＶＮＮＬＳＥＡＲＳＲＩＥＤＳＤＹＡＴＥＶＳＮＭＳＲＡＱＩＬＱＱＡＧＴＳＶＬＡＱＡＮＱＶＰＱＮＶＬＳＬＬＡＧＶＫＰＬＩＬＲＤＣＳＶＡＧＷＬＬＧＮＰＭＣＤＥＦＩＮＶＰＥＷＳＹＩＶＥＫＡＮＰＶＮＤＬＣＹＰＧＤＦＮＤＹＥＥＬＫＨＬＬＳＲＩＮＨＦＥＫＩＱＩＩＰＫＳＳＷＳＳＨＥＡＳＬＧＶＳＳＡＣＰＹＱＧＫＳＳＦＦＲＮＶＶＷＬＩＫＫＮＳＴＹＰＴＩＫＲＳＹＮＮＴＮＱＥＤＬＬＶＬＷＧＩＨＨＰＮＤＡＡＥＱＴＫＬＹＱＮＰＴＴＹＩＳＶＧＴＳＴＬＮＱＲＬＶＰＲＩＡＴＲＳＫＶＮＧＱＳＧＲＭＥＦＦＷＴＩＬＫＰＮＤＡＩＮＦＥＳＮＧＮＦＩＡＰＥＹＡＹＫＩＶＫＫＧＤＳＴＩＭＫＳＥ＊＊
配列番号４５２ ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（ＶＮ）
ＭＡＱＶＩＮＴＮＳＬＳＬＬＴＱＮＮＬＮＫＳＱＳＡＬＧＴＡＩＥＲＬＳＳＧＬＲＩＮＳＡＫＤＤＡＡＧＱＡＩＡＮＲＦＴＡＮＩＫＧＬＴＱＡＳＲＮＡＮＤＧＩＳＩＡＱＴＴＥＧＡＬＮＥＩＮＮＮＬＱＲＶＲＥＬＡＶＱＳＡＮＳＴＮＳＱＳＤＬＤＳＩＱＡＥＩＴＱＲＬＮＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＫＶＬＡＱＤＮＴＬＴＩＱＶＧＡＮＤＧＥＴＩＤＩＤＬＫＱＩＮＳＱＴＬＧＬＤＳＬＮＶＱＫＡＹＤＶＫＤＴＡＶＴＴＫＡＧＶＫＰＬＩＬＲＤＣＳＶＡＧＷＬＬＧＮＰＭＣＤＥＦＩＮＶＰＥＷＳＹＩＶＥＫＡＮＰＶＮＤＬＣＹＰＧＤＦＮＤＹＥＥＬＫＨＬＬＳＲＩＮＨＦＥＫＩＱＩＩＰＫＳＳＷＳＳＨＥＡＳＬＧＶＳＳＡＣＰＹＱＧＫＳＳＦＦＲＮＶＶＷＬＩＫＫＮＳＴＹＰＴＩＫＲＳＹＮＮＴＮＱＥＤＬＬＶＬＷＧＩＨＨＰＮＤＡＡＥＱＴＫＬＹＱＮＰＴＴＹＩＳＶＧＴＳＴＬＮＱＲＬＶＰＲＩＡＴＲＳＫＶＮＧＱＳＧＲＭＥＦＦＷＴＩＬＫＰＮＤＡＩＮＦＥＳＮＧＮＦＩＡＰＥＹＡＹＫＩＶＫＫＧＤＳＴＩＭＫＳＥＳＶＶＳＡＤＡＫＮＡＬＩＡＧＧＶＤＡＴＤＡＮＧＡＥＬＶＫＭＳＹＴＤＫＮＧＫＴＩＥＧＧＹＡＬＫＡＧＤＫＹＹＡＡＤＹＤＥＡＴＧＡＩＫＡＫＴＴＳＹＴＡＡＤＧＴＴＫＴＡＡＮＱＬＧＧＶＤＧＫＴＥＶＶＴＩＤＧＫＴＹＮＡＳＫＡＡＧＨＤＦＫＡＱＰＥＬＡＥＡＡＡＫＴＴＥＮＰＬＱＫＩＤＡＡＬＡＱＶＤＡＬＲＳＤＬＧＡＶＱＮＲＦＮＳＡＩＴＮＬＧＮＴＶＮＮＬＳＥＡＲＳＲＩＥＤＳＤＹＡＴＥＶＳＮＭＳＲＡＱＩＬＱＱＡＧＴＳＶＬＡＱＡＮＱＶＰＱＮＶＬＳＬＬＡ＊＊
配列番号４５３ ＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２（ＶＮ）
ＭＧＱＡＩＡＮＲＦＴＡＮＩＫＧＬＴＱＡＳＲＮＡＮＤＧＩＳＩＡＱＴＴＥＧＡＬＮＥＩＮＮＮＬＱＲＶＲＥＬＡＶＱＳＡＮＳＴＮＳＱＳＤＬＤＳＩＱＡＥＩＴＱＲＬＮＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＫＶＬＡＱＤＮＴＬＴＩＱＶＧＡＮＤＧＥＴＩＤＩＤＬＫＱＩＮＳＱＴＬＧＬＤＳＬＮＶＱＫＡＹＤＶＫＤＴＡＶＴＴＫＡＹＡＮＮＧＴＴＬＤＶＳＧＬＤＤＡＡＩＫＡＡＴＧＧＴＮＧＴＡＳＶＴＧＧＡＶＫＦＤＡＤＮＮＫＹＦＶＴＩＧＧＦＴＧＡＤＡＡＫＮＧＤＹＥＶＮＶＡＴＤＧＴＶＴＬＡＡＧＡＴＫＴＴＭＰＡＧＡＴＴＫＴＥＶＱＥＬＫＤＴＰＡＶＶＳＡＤＡＫＮＡＬＩＡＧＧＶＤＡＴＤＡＮＧＡＥＬＶＫＭＳＹＴＤＫＮＧＫＴＩＥＧＧＹＡＬＫＡＧＤＫＹＹＡＡＤＹＤＥＡＴＧＡＩＫＡＫＴＴＳＹＴＡＡＤＧＴＴＫＴＡＡＮＱＬＧＧＶＤＧＫＴＥＶＶＴＩＤＧＫＴＹＮＡＳＫＡＡＧＨＤＦＫＡＱＰＥＬＡＥＡＡＡＫＴＴＥＮＰＬＱＫＩＤＡＡＬＡＱＶＤＡＬＲＳＤＬＧＡＶＱＮＲＦＮＳＡＩＴＮＬＧＮＴＶＮＮＬＳＥＡＲＳＲＧＶＫＰＬＩＬＲＤＣＳＶＡＧＷＬＬＧＮＰＭＣＤＥＦＩＮＶＰＥＷＳＹＩＶＥＫＡＮＰＶＮＤＬＣＹＰＧＤＦＮＤＹＥＥＬＫＨＬＬＳＲＩＮＨＦＥＫＩＱＩＩＰＫＳＳＷＳＳＨＥＡＳＬＧＶＳＳＡＣＰＹＱＧＫＳＳＦＦＲＮＶＶＷＬＩＫＫＮＳＴＹＰＴＩＫＲＳＹＮＮＴＮＱＥＤＬＬＶＬＷＧＩＨＨＰＮＤＡＡＥＱＴＫＬＹＱＮＰＴＴＹＩＳＶＧＴＳＴＬＮＱＲＬＶＰＲＩＡＴＲＳＫＶＮＧＱＳＧＲＭＥＦＦＷＴＩＬＫＰＮＤＡＩＮＦＥＳＮＧＮＦＩＡＰＥＹＡＹＫＩＶＫＫＧＤＳＴＩＭＫＳＥ＊
配列番号４５４ ＨＡ０（ＶＮ）
ＶＬＳＬＬＲＱＩＣＩＧＹＨＡＮＮＳＴＥＱＶＤＴＩＭＥＫＮＶＴＶＴＨＡＱＤＩＬＥＫＫＨＮＧＫＬＣＤＬＤＧＶＫＰＬＩＬＲＤＣＳＶＡＧＷＬＬＧＮＰＭＣＤＥＦＩＮＶＰＥＷＳＹＩＶＥＫＡＮＰＶＮＤＬＣＹＰＧＤＦＮＤＹＥＥＬＫＨＬＬＳＲＩＮＨＦＥＫＩＱＩＩＰＫＳＳＷＳＳＨＥＡＳＬＧＶＳＳＡＣＰＹＱＧＫＳＳＦＦＲＮＶＶＷＬＩＫＫＮＳＴＹＰＴＩＫＲＳＹＮＮＴＮＱＥＤＬＬＶＬＷＧＩＨＨＰＮＤＡＡＥＱＴＫＬＹＱＮＰＴＴＹＩＳＶＧＴＳＴＬＮＱＲＬＶＰＲＩＡＴＲＳＫＶＮＧＱＳＧＲＭＥＦＦＷＴＩＬＫＰＮＤＡＩＮＦＥＳＮＧＮＦＩＡＰＥＹＡＹＫＩＶＫＫＧＤＳＴＩＭＫＳＥＬＥＹＧＮＣＮＴＫＣＱＴＰＭＧＡＩＮＳＳＭＰＦＨＮＩＨＰＬＴＩＧＥＣＰＫＹＶＫＳＮＲＬＶＬＡＴＧＬＲＮＳＰＱＲＥＲＲＲＫＫＲＧＬＦＧＡＩＡＧＦＩＥＧＧＷＱＧＭＶＤＧＷＹＧＹＨＨＳＮＥＱＧＳＧＹＡＡＤＫＥＳＴＱＫＡＩＤＧＶＴＮＫＶＮＳＩＩＤＫＭＮＴＱＦＥＡＶＧＲＥＦＮＮＬＥＲＲＩＥＮＬＮＫＫＭＥＤＧＦＬＤＶＷＴＹＮＡＥＬＬＶＬＭＥＮＥＲＴＬＤＦＨＤＳＮＶＫＮＬＹＤＫＶＲＬＱＬＲＤＮＡＫＥＬＧＮＧＣＦＥＦＹＨＫＣＤＮＥＣＭＥＳＶＲＮＧＴＹＤＹＰＱＹＳＥＥＡＲＬＫＲＥＥＩＳＧＶＫＬＥＳＩＧＩＹＱＩＬＳＩＹＳＴ＊＊
配列番号４５５ ＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２（ＶＮ）
ＭＡＱＶＩＮＴＮＳＬＳＬＬＴＱＮＮＬＮＫＳＱＳＡＬＧＴＡＩＥＲＬＳＳＧＬＲＩＮＳＡＫＤＤＡＡＧＱＡＩＡＮＲＦＴＡＮＩＫＧＬＴＱＡＳＲＮＡＮＤＧＩＳＩＡＱＴＴＥＧＡＬＮＥＩＮＮＮＬＱＲＶＲＥＬＡＶＱＳＡＮＳＴＮＳＱＳＤＬＤＳＩＱＡＥＩＴＱＲＬＮＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＫＶＬＡＱＤＮＴＬＴＩＱＶＧＡＮＤＧＥＴＩＤＩＤＬＫＱＩＮＳＱＴＬＧＬＤＳＬＮＶＱＫＡＹＤＶＫＤＴＡＶＴＴＫＡＧＶＫＰＬＩＬＲＤＣＳＶＡＧＷＬＬＧＮＰＭＣＤＥＦＩＮＶＰＥＷＳＹＩＶＥＫＡＮＰＶＮＤＬＣＹＰＧＤＦＮＤＹＥＥＬＫＨＬＬＳＲＩＮＨＦＥＫＩＱＩＩＰＫＳＳＷＳＳＨＥＡＳＬＧＶＳＳＡＣＰＹＱＧＫＳＳＦＦＲＮＶＶＷＬＩＫＫＮＳＴＹＰＴＩＫＲＳＹＮＮＴＮＱＥＤＬＬＶＬＷＧＩＨＨＰＮＤＡＡＥＱＴＫＬＹＱＮＰＴＴＹＩＳＶＧＴＳＴＬＮＱＲＬＶＰＲＩＡＴＲＳＫＶＮＧＱＳＧＲＭＥＦＦＷＴＩＬＫＰＮＤＡＩＮＦＥＳＮＧＮＦＩＡＰＥＹＡＹＫＩＶＫＫＧＤＳＴＩＭＫＳＥＳＶＶＳＡＤＡＫＮＡＬＩＡＧＧＶＤＡＴＤＡＮＧＡＥＬＶＫＭＳＹＴＤＫＮＧＫＴＩＥＧＧＹＡＬＫＡＧＤＫＹＹＡＡＤＹＤＥＡＴＧＡＩＫＡＫＴＴＳＹＴＡＡＤＧＴＴＫＴＡＡＮＱＬＧＧＶＤＧＫＴＥＶＶＴＩＤＧＫＴＹＮＡＳＫＡＡＧＨＤＦＫＡＱＰＥＬＡＥＡＡＡＫＴＴＥＮＰＬＱＫＩＤＡＡＬＡＱＶＤＡＬＲＳＤＬＧＡＶＱＮＲＦＮＳＡＩＴＮＬＧＮＴＶＮＮＬＳＥＡＲＳＲＩＥＤＳＤＹＡＴＥＶＳＮＭＳＲＡＱＩＬＱＱＡＧＴＳＶＬＡＱＡＮＱＶＰＱＮＶＬＳＬＬＡＧＶＫＰＬＩＬＲＤＣＳＶＡＧＷＬＬＧＮＰＭＣＤＥＦＩＮＶＰＥＷＳＹＩＶＥＫＡＮＰＶＮＤＬＣＹＰＧＤＦＮＤＹＥＥＬＫＨＬＬＳＲＩＮＨＦＥＫＩＱＩＩＰＫＳＳＷＳＳＨＥＡＳＬＧＶＳＳＡＣＰＹＱＧＫＳＳＦＦＲＮＶＶＷＬＩＫＫＮＳＴＹＰＴＩＫＲＳＹＮＮＴＮＱＥＤＬＬＶＬＷＧＩＨＨＰＮＤＡＡＥＱＴＫＬＹＱＮＰＴＴＹＩＳＶＧＴＳＴＬＮＱＲＬＶＰＲＩＡＴＲＳＫＶＮＧＱＳＧＲＭＥＦＦＷＴＩＬＫＰＮＤＡＩＮＦＥＳＮＧＮＦＩＡＰＥＹＡＹＫＩＶＫＫＧＤＳＴＩＭＫＳＥ
配列番号４５６ ＨＡ１−１（ＶＮ）
ＳＨＮＧＫＬＣＬＬＫＧＩＡＰＬＱＬＧＮＣＳＶＡＧＷＩＬＧＮＰＥＣＥＬＬＩＳＲＥＳＷＳＹＩＶＥＫＰＮＰＥＮＧＴＣＹＰＧＨＦＡＤＹＥＥＬＲＥＱＬＳＳＶＳＳＦＥＲＦＥＩＦＰＫＥＳＳＷＰＮＨＴＴＴＧＶＳＡＳＣＳＨＮＧＥＳＳＦＹＫＮＬＬＷＬＴＧＫＮＧＬＹＰＮＬＳＫＳＹＡＮＮＫＥＫＥＶＬＶＬＷＧＶＨＨＰＰＮＩＧＤＱＲＡＬＹＨＫＥＮＡＹＶＳＶＶＳＳＨＹＳＲＫＦＴＰＥＩＡＫＲＰＫＶＲＤＱＥＧＲＩＮＹＹＷＴＬＬＥＰＧＤＴＩＩＦＥＡＮＧＮＬＩＡＰＲＹＡＦＡＬＳＲＧＦＧＳＧＩＩＮＳＮＡＰＭＤＥＣＤＡＫＣＱＴＰＱＧＡＩＮＳＳＬＰＦＱＮＶＨＰＶＴＩＧＥＣＰＫＹＶＲ
配列番号４５７ ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ
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配列番号４５８ ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８の核酸配列；リンカーに二重下線を付してある
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配列番号４５９ ＨＡ１−２ ＰＲ８の核酸配列
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配列番号４６０ ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８；リンカーに二重下線を付してある
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配列番号４６１ ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＳＩの核酸配列
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配列番号４６２ ＨＡ１−２ ＳＩの核酸配列
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配列番号４６３ ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＳＩ
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配列番号４６４ ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＰＲ８
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配列番号４６５ ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＳＩ
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配列番号４６６ ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ Ｂ／Ｆｌａ（コドン最適化）の核酸配列
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配列番号４６７ ＨＡ１−２ Ｂ／Ｆｌａ（コドン最適化）の核酸配列
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配列番号４６８ ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ Ｂ／Ｆｌａ
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配列番号４６９ ＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２ Ｂ／Ｆｌａ（コドン最適化）の核酸配列
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配列番号４７０ ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ Ｂ／Ｆｌａ
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配列番号４７１ ＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２ Ｂ／Ｆｌａ
ＭＡＱＶＩＮＴＮＳＬＳＬＬＴＱＮＮＬＮＫＳＱＳＡＬＧＴＡＩＥＲＬＳＳＧＬＲＩＮＳＡＫＤＤＡＡＧＱＡＩＡＮＲＦＴＡＮＩＫＧＬＴＱＡＳＲＮＡＮＤＧＩＳＩＡＱＴＴＥＧＡＬＮＥＩＮＮＮＬＱＲＶＲＥＬＡＶＱＳＡＮＳＴＮＳＱＳＤＬＤＳＩＱＡＥＩＴＱＲＬＮＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＫＶＬＡＱＤＮＴＬＴＩＱＶＧＡＮＤＧＥＴＩＤＩＤＬＫＱＩＮＳＱＴＬＧＬＤＳＬＮＶＱＫＡＹＤＶＫＤＴＡＶＴＴＫＡＳＴＲＴＲＧＫＬＣＰＤＣＬＮＣＴＤＬＤＶＡＬＧＲＰＭＣＶＧＴＴＰＳＡＫＡＳＩＬＨＥＶＫＰＶＴＳＧＣＦＰＩＭＨＤＲＴＫＩＲＱＬＰＮＬＬＲＧＹＥＮＩＲＬＳＴＱＮＶＩＤＡＥＫＡＰＧＧＰＹＲＬＧＴＳＧＳＣＰＮＡＴＳＫＳＧＦＦＡＴＭＡＷＡＶＰＫＤＮＮＫＮＡＴＮＰＬＴＶＥＶＰＹＩＣＴＥＧＥＤＱＩＴＶＷＧＦＨＳＤＤＫＴＱＭＫＮＬＹＧＤＳＮＰＱＫＦＴＳＳＡＮＧＶＴＴＨＹＶＳＱＩＧＳＦＰＤＱＴＥＤＧＧＬＰＱＳＧＲＩＶＶＤＹＭＭＱＫＰＧＫＴＧＴＩＶＹＱＲＧＶＬＬＰＱＫＶＷＣＡＳＧＲＳＫＶＩＫＧＳＶＶＳＡＤＡＫＮＡＬＩＡＧＧＶＤＡＴＤＡＮＧＡＥＬＶＫＭＳＹＴＤＫＮＧＫＴＩＥＧＧＹＡＬＫＡＧＤＫＹＹＡＡＤＹＤＥＡＴＧＡＩＫＡＫＴＴＳＹＴＡＡＤＧＴＴＫＴＡＡＮＱＬＧＧＶＤＧＫＴＥＶＶＴＩＤＧＫＴＹＮＡＳＫＡＡＧＨＤＦＫＡＱＰＥＬＡＥＡＡＡＫＴＴＥＮＰＬＱＫＩＤＡＡＬＡＱＶＤＡＬＲＳＤＬＧＡＶＱＮＲＦＮＳＡＩＴＮＬＧＮＴＶＮＮＬＳＥＡＲＳＲＩＥＤＳＤＹＡＴＥＶＳＮＭＳＲＡＱＩＬＱＱＡＧＴＳＶＬＡＱＡＮＱＶＰＱＮＶＬＳＬＬＡＧＴＲＴＲＧＫＬＣＰＤＣＬＮＣＴＤＬＤＶＡＬＧＲＰＭＣＶＧＴＴＰＳＡＫＡＳＩＬＨＥＶＫＰＶＴＳＧＣＦＰＩＭＨＤＲＴＫＩＲＱＬＰＮＬＬＲＧＹＥＮＩＲＬＳＴＱＮＶＩＤＡＥＫＡＰＧＧＰＹＲＬＧＴＳＧＳＣＰＮＡＴＳＫＳＧＦＦＡＴＭＡＷＡＶＰＫＤＮＮＫＮＡＴＮＰＬＴＶＥＶＰＹＩＣＴＥＧＥＤＱＩＴＶＷＧＦＨＳＤＤＫＴＱＭＫＮＬＹＧＤＳＮＰＱＫＦＴＳＳＡＮＧＶＴＴＨＹＶＳＱＩＧＳＦＰＤＱＴＥＤＧＧＬＰＱＳＧＲＩＶＶＤＹＭＭＱＫＰＧＫＴＧＴＩＶＹＱＲＧＶＬＬＰＱＫＶＷＣＡＳＧＲＳＫＶＩＫＧ＊＊
配列番号４７２ ＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．４ｘＭ２ｅ（ＳＴＦ２Δ．４ｘＭ２ｅとも）
ＭＡＱＶＩＮＴＮＳＬＳＬＬＴＱＮＮＬＮＫＳＱＳＡＬＧＴＡＩＥＲＬＳＳＧＬＲＩＮＳＡＫＤＤＡＡＧＱＡＩＡＮＲＦＴＡＮＩＫＧＬＴＱＡＳＲＮＡＮＤＧＩＳＩＡＱＴＴＥＧＡＬＮＥＩＮＮＮＬＱＲＶＲＥＬＡＶＱＳＡＮＳＴＮＳＱＳＤＬＤＳＩＱＡＥＩＴＱＲＬＮＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＫＶＬＡＱＤＮＴＬＴＩＱＶＧＡＮＤＧＥＴＩＤＩＤＬＫＱＩＮＳＱＴＬＧＬＤＳＬＮＶＨＧＡＰＶＤＰＡＳＰＷＴＥＮＰＬＱＫＩＤＡＡＬＡＱＶＤＡＬＲＳＤＬＧＡＶＱＮＲＦＮＳＡＩＴＮＬＧＮＴＶＮＮＬＳＥＡＲＳＲＩＥＤＳＤＹＡＴＥＶＳＮＭＳＲＡＱＩＬＱＱＡＧＴＳＶＬＡＱＡＮＱＶＰＱＮＶＬＳＬＬＲＬＳＬＬＴＥＶＥＴＰＩＲＮＥＷＧＳＲＳＮＤＳＳＤＰＬＥＳＬＬＴＥＶＥＴＰＩＲＮＥＷＧＳＲＳＮＤＳＳＤＰＧＳＳＬＬＴＥＶＥＴＰＩＲＮＥＷＧＳＲＳＮＤＳＳＤＰＥＬＳＬＬＴＥＶＥＴＰＩＲＮＥＷＧＳＲＳＮＤＳＳＤＰＳＲ
配列番号４７３ ＳＴＦ２．Ｄ２Ｄ３Ｌ．ＳＩ（ＳＴＦ２Δ．ＨＡ１−２ ＳＩとも）
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配列番号４７４ ＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ ＰＲ８
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配列番号４７５ ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ Ｂ／Ｆｌａ（野生型）の核酸配列
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配列番号４７６ ＨＡ１−２ Ｂ／Ｆｌａ（野生型）の核酸配列
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配列番号４７７ ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＶＮの核酸配列
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配列番号４７８ ＳＴＦ２．Ｒ３．ＨＡ１−２ ＰＲ８の核酸配列
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配列番号４７９ ＳＴＦ２．Ｒ０．ＨＡ１−２ ＶＮの核酸配列
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配列番号４８０ ＳＴＦ２．Ｒ３２ｘ．ＨＡ１−２ ＶＮの核酸配列
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配列番号４８１ ＨＡ１−２ ＶＮ タンパク質
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配列番号４８２ ＨＡ１−２ ＶＮの核酸配列
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配列番号４８３ ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ Ｂ ＦＬＡの核酸配列
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配列番号４８４ ４ｘＭ２ｅの核酸配列
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配列番号４８５ ４ｘＭ２ｅタンパク質
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配列番号４８６ ＳＴＦ２．Ｄ２Ｄ３Ｌの核酸配列
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配列番号４８７ ＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌタンパク質
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配列番号４８８ ｆｌｊｂの核酸配列
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配列番号４８９ ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＰＲ８の核酸配列
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配列番号４９０ ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＳＩの核酸配列
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配列番号４９１ ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅの核酸配列
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配列番号４９２ ＳＴＦ２．Ｄ２Ｄ３Ｌ．４ｘＭ２ｅの核酸配列
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配列番号４９３ ＳＴＦ２．Ｒ０．ＨＡ１−２ ＰＲ８の核酸配列
ＡＴＧＧＧＴＣＡＧＧＣＧＡＴＴＧＣＴＡＡＣＣＧＴＴＴＣＡＣＣＧＣＧＡＡＣＡＴＣＡＡＡＧＧＴＣＴＧＡＣＴＣＡＧＧＣＴＴＣＣＣＧＴＡＡＣＧＣＴＡＡＣＧＡＣＧＧＴＡＴＣＴＣＣＡＴＴＧＣＧＣＡＧＡＣＣＡＣＴＧＡＡＧＧＣＧＣＧＣＴＧＡＡＣＧＡＡＡＴＣＡＡＣＡＡＣＡＡＣＣＴＧＣＡＧＣＧＴＧＴＧＣＧＴＧＡＡＣＴＧＧＣＧＧＴＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＡＡＣＡＧＣＡＣＣＡＡＣＴＣＣＣＡＧＴＣＴＧＡＣＣＴＣＧＡＣＴＣＣＡＴＣＣＡＧＧＣＴＧＡＡＡＴＣＡＣＣＣＡＧＣＧＣＣＴＧＡＡＣＧＡＡＡＴＣＧＡＣＣＧＴＧＴＡＴＣＣＧＧＣＣＡＧＡＣＴＣＡＧＴＴＣＡＡＣＧＧＣＧＴＧＡＡＡＧＴＣＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＡＣＡＡＣＡＣＣＣＴＧＡＣＣＡＴＣＣＡＧＧＴＴＧＧＣＧＣＣＡＡＣＧＡＣＧＧＴＧＡＡＡＣＴＡＴＣＧＡＴＡＴＣＧＡＴＣＴＧＡＡＧＣＡＧＡＴＣＡＡＣＴＣＴＣＡＧＡＣＣＣＴＧＧＧＴＣＴＧＧＡＣＴＣＡＣＴＧＡＡＣＧＴＧＣＡＧＡＡＡＧＣＧＴＡＴＧＡＴＧＴＧＡＡＡＧＡＴＡＣＡＧＣＡＧＴＡＡＣＡＡＣＧＡＡＡＧＣＴＴＡＴＧＣＣＡＡＴＡＡＴＧＧＴＡＣＴＡＣＡＣＴＧＧＡＴＧＴＡＴＣＧＧＧＴＣＴＴＧＡＴＧＡＴＧＣＡＧＣＴＡＴＴＡＡＡＧＣＧＧＣＴＡＣＧＧＧＴＧＧＴＡＣＧＡＡＴＧＧＴＡＣＧＧＣＴＴＣＴＧＴＡＡＣＣＧＧＴＧＧＴＧＣＧＧＴＴＡＡＡＴＴＴＧＡＣＧＣＡＧＡＴＡＡＴＡＡＣＡＡＧＴＡＣＴＴＴＧＴＴＡＣＴＡＴＴＧＧＴＧＧＣＴＴＴＡＣＴＧＧＴＧＣＴＧＡＴＧＣＣＧＣＣＡＡＡＡＡＴＧＧＣＧＡＴＴＡＴＧＡＡＧＴＴＡＡＣＧＴＴＧＣＴＡＣＴＧＡＣＧＧＴＡＣＡＧＴＡＡＣＣＣＴＴＧＣＧＧＣＴＧＧＣＧＣＡＡＣＴＡＡＡＡＣＣＡＣＡＡＴＧＣＣＴＧＣＴＧＧＴＧＣＧＡＣＡＡＣＴＡＡＡＡＣＡＧＡＡＧＴＡＣＡＧＧＡＧＴＴＡＡＡＡＧＡＴＡＣＡＣＣＧＧＣＡＧＴＴＧＴＴＴＣＡＧＣＡＧＡＴＧＣＴＡＡＡＡＡＴＧＣＣＴＴＡＡＴＴＧＣＴＧＧＣＧＧＣＧＴＴＧＡＣＧＣＴＡＣＣＧＡＴＧＣＴＡＡＴＧＧＣＧＣＴＧＡＧＴＴＧＧＴＣＡＡＡＡＴＧＴＣＴＴＡＴＡＣＣＧＡＴＡＡＡＡＡＴＧＧＴＡＡＧＡＣＡＡＴＴＧＡＡＧＧＣＧＧＴＴＡＴＧＣＧＣＴＴＡＡＡＧＣＴＧＧＣＧＡＴＡＡＧＴＡＴＴＡＣＧＣＣＧＣＡＧＡＴＴＡＣＧＡＴＧＡＡＧＣＧＡＣＡＧＧＡＧＣＡＡＴＴＡＡＡＧＣＴＡＡＡＡＣＴＡＣＡＡＧＴＴＡＴＡＣＴＧＣＴＧＣＴＧＡＣＧＧＣＡＣＴＡＣＣＡＡＡＡＣＡＧＣＧＧＣＴＡＡＣＣＡＡＣＴＧＧＧＴＧＧＣＧＴＡＧＡＣＧＧＴＡＡＡＡＣＣＧＡＡＧＴＣＧＴＴＡＣＴＡＴＣＧＡＣＧＧＴＡＡＡＡＣＣＴＡＣＡＡＴＧＣＣＡＧＣＡＡＡＧＣＣＧＣＴＧＧＴＣＡＴＧＡＴＴＴＣＡＡＡＧＣＡＣＡＡＣＣＡＧＡＧＣＴＧＧＣＧＧＡＡＧＣＡＧＣＣＧＣＴＡＡＡＡＣＣＡＣＣＧＡＡＡＡＣＣＣＧＣＴＧＣＡＧＡＡＡＡＴＴＧＡＴＧＣＣＧＣＧＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＴＧＧＡＴＧＣＧＣＴＧＣＧＣＴＣＴＧＡＴＣＴＧＧＧＴＧＣＧＧＴＡＣＡＡＡＡＣＣＧＴＴＴＣＡＡＣＴＣＴＧＣＴＡＴＣＡＣＣＡＡＣＣＴＧＧＧＣＡＡＴＡＣＣＧＴＡＡＡＣＡＡＴＣＴＧＴＣＴＧＡＡＧＣＧＣＧＴＡＧＣＣＧＴＡＡＡＧＧＣＡＴＣＧＣＧＣＣＧＣＴＧＣＡＧＣＴＧＧＧＴＡＡＡＴＧＴＡＡＣＡＴＴＧＣＧＧＧＣＴＧＧＣＴＧＣＴＧＧＧＴＡＡＴＣＣＧＧＡＡＴＧＣＧＡＴＣＣＧＣＴＧＣＴＧＣＣＧＧＴＣＣＧＴＡＧＣＴＧＧＴＣＴＴＡＣＡＴＴＧＴＴＧＡＡＡＣＴＣＣＧＡＡＣＴＣＴＧＡＧＡＡＴＧＧＣＡＴＣＴＧＣＴＡＣＣＣＧＧＧＣＧＡＴＴＴＴＡＴＣＧＡＣＴＡＴＧＡＡＧＡＡＣＴＧＣＧＴＧＡＡＣＡＧＣＴＧＴＣＴＴＣＣＧＴＴＴＣＴＴＣＣＴＴＴＧＡＡＣＧＴＴＴＣＧＡＡＡＴＣＴＴＣＣＣＧＡＡＡＧＡＡＡＧＣＡＧＣＴＧＧＣＣＧＡＡＴＣＡＣＡＡＴＡＣＧＡＡＣＧＧＴＧＴＴＡＣＴＧＣＴＧＣＧＴＧＴＴＣＴＣＡＴＧＡＡＧＧＴＡＡＡＴＣＣＡＧＣＴＴＣＴＡＣＣＧＴＡＡＣＣＴＧＣＴＧＴＧＧＣＴＧＡＣＣＧＡＡＡＡＡＧＡＧＧＧＴＴＣＴＴＡＴＣＣＴＡＡＡＣＴＧＡＡＡＡＡＣＡＧＣＴＡＣＧＴＴＡＡＣＡＡＡＡＡＧＧＧＣＡＡＡＧＡＡＧＴＧＣＴＧＧＴＧＣＴＧＴＧＧＧＧＴＡＴＣＣＡＴＣＡＣＣＣＴＣＣＧＡＡＣＴＣＴＡＡＡＧＡＡＣＡＡＣＡＧＡＡＴＣＴＧＴＡＴＣＡＧＡＡＣＧＡＡＡＡＣＧＣＴＴＡＣＧＴＴＴＣＣＧＴＧＧＴＧＡＣＣＴＣＴＡＡＣＴＡＴＡＡＣＣＧＴＣＧＴＴＴＴＡＣＣＣＣＧＧＡＧＡＴＴＧＣＴＧＡＡＣＧＴＣＣＧＡＡＡＧＴＧＣＧＣＧＡＴＣＡＧＧＣＴＧＧＣＣＧＴＡＴＧＡＡＣＴＡＣＴＡＴＴＧＧＡＣＣＣＴＧＣＴＧＡＡＡＣＣＧＧＧＣＧＡＴＡＣＣＡＴＣＡＴＴＴＴＣＧＡＡＧＣＴＡＡＣＧＧＣＡＡＣＣＴＧＡＴＴＧＣＴＣＣＧＡＴＧＴＡＴＧＣＧＴＴＴＧＣＴＣＴＧＴＣＴＣＧＴＧＧＣＴＴＣＧＧＣＴＣＴＧＧＴＡＴＴＡＴＴＡＣＧＴＣＴＴＡＡＴＡＡ
配列番号２９ Ｒ３タンパク質
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配列番号３６ Ｒ３の核酸配列
ＡＴＧＧＣＡＣＡＡＧＴＡＡＴＣＡＡＣＡＣＴＡＡＣＡＧＴＣＴＧＴＣＧＣＴＧＣＴＧＡＣＣＣＡＧＡＡＴＡＡＣＣＴＧＡＡＣＡＡＡＴＣＣＣＡＧＴＣＣＧＣＡＣＴＧＧＧＣＡＣＣＧＣＴＡＴＣＧＡＧＣＧＴＣＴＧＴＣＴＴＣＴＧＧＴＣＴＧＣＧＴＡＴＣＡＡＣＡＧＣＧＣＧＡＡＡＧＡＣＧＡＴＧＣＧＧＣＡＧＧＴＣＡＧＧＣＧＡＴＴＧＣＴＡＡＣＣＧＴＴＴＣＡＣＣＧＣＧＡＡＣＡＴＣＡＡＡＧＧＴＣＴＧＡＣＴＣＡＧＧＣＴＴＣＣＣＧＴＡＡＣＧＣＴＡＡＣＧＡＣＧＧＴＡＴＣＴＣＣＡＴＴＧＣＧＣＡＧＡＣＣＡＣＴＧＡＡＧＧＣＧＣＧＣＴＧＡＡＣＧＡＡＡＴＣＡＡＣＡＡＣＡＡＣＣＴＧＣＡＧＣＧＴＧＴＧＣＧＴＧＡＡＣＴＧＧＣＧＧＴＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＡＡＣＡＧＣＡＣＣＡＡＣＴＣＣＣＡＧＴＣＴＧＡＣＣＴＣＧＡＣＴＣＣＡＴＣＣＡＧＧＣＴＧＡＡＡＴＣＡＣＣＣＡＧＣＧＣＣＴＧＡＡＣＧＡＡＡＴＣＧＡＣＣＧＴＧＴＡＴＣＣＧＧＣＣＡＧＡＣＴＣＡＧＴＴＣＡＡＣＧＧＣＧＴＧＡＡＡＧＴＣＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＡＣＡＡＣＡＣＣＣＴＧＡＣＣＡＴＣＣＡＧＧＴＴＧＧＣＧＣＣＡＡＣＧＡＣＧＧＴＧＡＡＡＣＴＡＴＣＧＡＴＡＴＣＧＡＴＣＴＧＡＡＧＣＡＧＡＴＣＡＡＣＴＣＴＣＡＧＡＣＣＣＴＧＧＧＴＣＴＧＧＡＣＴＣＡＣＴＧＡＡＣＧＴＧＣＡＧＡＡＡＧＣＧＴＡＴＧＡＴＧＴＧＡＡＡＧＡＴＡＣＡＧＣＡＧＴＡＡＣＡＡＣＧＡＡＡＧＣＴ（抗原）ＧＣＡＧＴＴＧＴＴＴＣＡＧＣＡＧＡＴＧＣＴＡＡＡＡＡＴＧＣＣＴＴＡＡＴＴＧＣＴＧＧＣＧＧＣＧＴＴＧＡＣＧＣＴＡＣＣＧＡＴＧＣＴＡＡＴＧＧＣＧＣＴＧＡＧＴＴＧＧＴＣＡＡＡＡＴＧＴＣＴＴＡＴＡＣＣＧＡＴＡＡＡＡＡＴＧＧＴＡＡＧＡＣＡＡＴＴＧＡＡＧＧＣＧＧＴＴＡＴＧＣＧＣＴＴＡＡＡＧＣＴＧＧＣＧＡＴＡＡＧＴＡＴＴＡＣＧＣＣＧＣＡＧＡＴＴＡＣＧＡＴＧＡＡＧＣＧＡＣＡＧＧＡＧＣＡＡＴＴＡＡＡＧＣＴＡＡＡＡＣＴＡＣＡＡＧＴＴＡＴＡＣＴＧＣＴＧＣＴＧＡＣＧＧＣＡＣＴＡＣＣＡＡＡＡＣＡＧＣＧＧＣＴＡＡＣＣＡＡＣＴＧＧＧＴＧＧＣＧＴＡＧＡＣＧＧＴＡＡＡＡＣＣＧＡＡＧＴＣＧＴＴＡＣＴＡＴＣＧＡＣＧＧＴＡＡＡＡＣＣＴＡＣＡＡＴＧＣＣＡＧＣＡＡＡＧＣＣＧＣＴＧＧＴＣＡＴＧＡＴＴＴＣＡＡＡＧＣＡＣＡＡＣＣＡＧＡＧＣＴＧＧＣＧＧＡＡＧＣＡＧＣＣＧＣＴＡＡＡＡＣＣＡＣＣＧＡＡＡＡＣＣＣＧＣＴＧＣＡＧＡＡＡＡＴＴＧＡＴＧＣＣＧＣＧＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＴＧＧＡＴＧＣＧＣＴＧＣＧＣＴＣＴＧＡＴＣＴＧＧＧＴＧＣＧＧＴＡＣＡＡＡＡＣＣＧＴＴＴＣＡＡＣＴＣＴＧＣＴＡＴＣＡＣＣＡＡＣＣＴＧＧＧＣＡＡＴＡＣＣＧＴＡＡＡＣＡＡＴＣＴＧＴＣＴＧＡＡＧＣＧＣＧＴＡＧＣＣＧＴＡＴＣＧＡＡＧＡＴＴＣＣＧＡＣＴＡＣＧＣＧＡＣＣＧＡＡＧＴＴＴＣＣＡＡＣＡＴＧＴＣＴＣＧＣＧＣＧＣＡＧＡＴＴＣＴＧＣＡＧＣＡＧＧＣＣＧＧＴＡＣＴＴＣＣＧＴＴＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＣＴＡＡＣＣＡＧＧＴＣＣＣＧＣＡＧＡＡＣＧＴＧＣＴＧＴＣＴＣＴＧＴＴＡＧＣＧ
配列番号２９ Ｄ３タンパク質
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配列番号３６ Ｄ３の核酸配列
ＡＴＧＧＣＡＣＡＡＧＴＡＡＴＣＡＡＣＡＣＴＡＡＣＡＧＴＣＴＧＴＣＧＣＴＧＣＴＧＡＣＣＣＡＧＡＡＴＡＡＣＣＴＧＡＡＣＡＡＡＴＣＣＣＡＧＴＣＣＧＣＡＣＴＧＧＧＣＡＣＣＧＣＴＡＴＣＧＡＧＣＧＴＣＴＧＴＣＴＴＣＴＧＧＴＣＴＧＣＧＴＡＴＣＡＡＣＡＧＣＧＣＧＡＡＡＧＡＣＧＡＴＧＣＧＧＣＡＧＧＴＣＡＧＧＣＧＡＴＴＧＣＴＡＡＣＣＧＴＴＴＣＡＣＣＧＣＧＡＡＣＡＴＣＡＡＡＧＧＴＣＴＧＡＣＴＣＡＧＧＣＴＴＣＣＣＧＴＡＡＣＧＣＴＡＡＣＧＡＣＧＧＴＡＴＣＴＣＣＡＴＴＧＣＧＣＡＧＡＣＣＡＣＴＧＡＡＧＧＣＧＣＧＣＴＧＡＡＣＧＡＡＡＴＣＡＡＣＡＡＣＡＡＣＣＴＧＣＡＧＣＧＴＧＴＧＣＧＴＧＡＡＣＴＧＧＣＧＧＴＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＡＡＣＡＧＣＡＣＣＡＡＣＴＣＣＣＡＧＴＣＴＧＡＣＣＴＣＧＡＣＴＣＣＡＴＣＣＡＧＧＣＴＧＡＡＡＴＣＡＣＣＣＡＧＣＧＣＣＴＧＡＡＣＧＡＡＡＴＣＧＡＣＣＧＴＧＴＡＴＣＣＧＧＣＣＡＧＡＣＴＣＡＧＴＴＣＡＡＣＧＧＣＧＴＧＡＡＡＧＴＣＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＡＣＡＡＣＡＣＣＣＴＧＡＣＣＡＴＣＣＡＧＧＴＴＧＧＣＧＣＣＡＡＣＧＡＣＧＧＴＧＡＡＡＣＴＡＴＣＧＡＴＡＴＣＧＡＴＣＴＧＡＡＧＣＡＧＡＴＣＡＡＣＴＣＴＣＡＧＡＣＣＣＴＧＧＧＴＣＴＧＧＡＣＴＣＡＣＴＧＡＡＣＧＴＧＣＡＧＡＡＡＧＣＧＴＡＴＧＡＴＧＴＧＡＡＡＧＡＴＡＣＡＧＣＡＧＴＡＡＣＡＡＣＧＡＡＡＧＣＴＧＣＡＧＴＴＧＴＴＴＣＡＧＣＡＧＡＴＧＣＴＡＡＡＡＡＴＧＣＣＴＴＡＡＴＴＧＣＴＧＧＣＧＧＣＧＴＴＧＡＣＧＣＴＡＣＣＧＡＴＧＣＴＡＡＴＧＧＣＧＣＴＧＡＧＴＴＧＧＴＣＡＡＡＡＴＧＴＣＴＴＡＴＡＣＣＧＡＴＡＡＡＡＡＴＧＧＴＡＡＧＡＣＡＡＴＴＧＡＡＧＧＣＧＧＴＴＡＴＧＣＧＣＴＴＡＡＡＧＣＴＧＧＣＧＡＴＡＡＧＴＡＴＴＡＣＧＣＣＧＣＡＧＡＴＴＡＣＧＡＴＧＡＡＧＣＧＡＣＡＧＧＡＧＣＡＡＴＴＡＡＡＧＣＴＡＡＡＡＣＴＡＣＡＡＧＴＴＡＴＡＣＴＧＣＴＧＣＴＧＡＣＧＧＣＡＣＴＡＣＣＡＡＡＡＣＡＧＣＧＧＣＴＡＡＣＣＡＡＣＴＧＧＧＴＧＧＣＧＴＡＧＡＣＧＧＴＡＡＡＡＣＣＧＡＡＧＴＣＧＴＴＡＣＴＡＴＣＧＡＣＧＧＴＡＡＡＡＣＣＴＡＣＡＡＴＧＣＣＡＧＣＡＡＡＧＣＣＧＣＴＧＧＴＣＡＴＧＡＴＴＴＣＡＡＡＧＣＡＣＡＡＣＣＡＧＡＧＣＴＧＧＣＧＧＡＡＧＣＡＧＣＣＧＣＴＡＡＡＡＣＣＡＣＣＧＡＡＡＡＣＣＣＧＣＴＧＣＡＧＡＡＡＡＴＴＧＡＴＧＣＣＧＣＧＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＴＧＧＡＴＧＣＧＣＴＧＣＧＣＴＣＴＧＡＴＣＴＧＧＧＴＧＣＧＧＴＡＣＡＡＡＡＣＣＧＴＴＴＣＡＡＣＴＣＴＧＣＴＡＴＣＡＣＣＡＡＣＣＴＧＧＧＣＡＡＴＡＣＣＧＴＡＡＡＣＡＡＴＣＴＧＴＣＴＧＡＡＧＣＧＣＧＴＡＧＣＣＧＴＡＴＣＧＡＡＧＡＴＴＣＣＧＡＣＴＡＣＧＣＧＡＣＣＧＡＡＧＴＴＴＣＣＡＡＣＡＴＧＴＣＴＣＧＣＧＣＧＣＡＧＡＴＴＣＴＧＣＡＧＣＡＧＧＣＣＧＧＴＡＣＴＴＣＣＧＴＴＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＣＴＡＡＣＣＡＧＧＴＣＣＣＧＣＡＧＡＡＣＧＴＧＣＴＧＴＣＴＣＴＧＴＴＡＧＣＧ（抗原）
配列番号３０ Ｒ３Ｄ０タンパク質
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配列番号３７ Ｒ３Ｄ０の核酸配列
ＡＴＧＧＧＴＣＡＧＧＣＧＡＴＴＧＣＴＡＡＣＣＧＴＴＴＣＡＣＣＧＣＧＡＡＣＡＴＣＡＡＡＧＧＴＣＴＧＡＣＴＣＡＧＧＣＴＴＣＣＣＧＴＡＡＣＧＣＴＡＡＣＧＡＣＧＧＴＡＴＣＴＣＣＡＴＴＧＣＧＣＡＧＡＣＣＡＣＴＧＡＡＧＧＣＧＣＧＣＴＧＡＡＣＧＡＡＡＴＣＡＡＣＡＡＣＡＡＣＣＴＧＣＡＧＣＧＴＧＴＧＣＧＴＧＡＡＣＴＧＧＣＧＧＴＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＡＡＣＡＧＣＡＣＣＡＡＣＴＣＣＣＡＧＴＣＴＧＡＣＣＴＣＧＡＣＴＣＣＡＴＣＣＡＧＧＣＴＧＡＡＡＴＣＡＣＣＣＡＧＣＧＣＣＴＧＡＡＣＧＡＡＡＴＣＧＡＣＣＧＴＧＴＡＴＣＣＧＧＣＣＡＧＡＣＴＣＡＧＴＴＣＡＡＣＧＧＣＧＴＧＡＡＡＧＴＣＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＡＣＡＡＣＡＣＣＣＴＧＡＣＣＡＴＣＣＡＧＧＴＴＧＧＣＧＣＣＡＡＣＧＡＣＧＧＴＧＡＡＡＣＴＡＴＣＧＡＴＡＴＣＧＡＴＣＴＧＡＡＧＣＡＧＡＴＣＡＡＣＴＣＴＣＡＧＡＣＣＣＴＧＧＧＴＣＴＧＧＡＣＴＣＡＣＴＧＡＡＣＧＴＧＣＡＧＡＡＡＧＣＧＴＡＴＧＡＴＧＴＧＡＡＡＧＡＴＡＣＡＧＣＡＧＴＡＡＣＡＡＣＧＡＡＡＧＣＴ（抗原）ＧＣＡＧＴＴＧＴＴＴＣＡＧＣＡＧＡＴＧＣＴＡＡＡＡＡＴＧＣＣＴＴＡＡＴＴＧＣＴＧＧＣＧＧＣＧＴＴＧＡＣＧＣＴＡＣＣＧＡＴＧＣＴＡＡＴＧＧＣＧＣＴＧＡＧＴＴＧＧＴＣＡＡＡＡＴＧＴＣＴＴＡＴＡＣＣＧＡＴＡＡＡＡＡＴＧＧＴＡＡＧＡＣＡＡＴＴＧＡＡＧＧＣＧＧＴＴＡＴＧＣＧＣＴＴＡＡＡＧＣＴＧＧＣＧＡＴＡＡＧＴＡＴＴＡＣＧＣＣＧＣＡＧＡＴＴＡＣＧＡＴＧＡＡＧＣＧＡＣＡＧＧＡＧＣＡＡＴＴＡＡＡＧＣＴＡＡＡＡＣＴＡＣＡＡＧＴＴＡＴＡＣＴＧＣＴＧＣＴＧＡＣＧＧＣＡＣＴＡＣＣＡＡＡＡＣＡＧＣＧＧＣＴＡＡＣＣＡＡＣＴＧＧＧＴＧＧＣＧＴＡＧＡＣＧＧＴＡＡＡＡＣＣＧＡＡＧＴＣＧＴＴＡＣＴＡＴＣＧＡＣＧＧＴＡＡＡＡＣＣＴＡＣＡＡＴＧＣＣＡＧＣＡＡＡＧＣＣＧＣＴＧＧＴＣＡＴＧＡＴＴＴＣＡＡＡＧＣＡＣＡＡＣＣＡＧＡＧＣＴＧＧＣＧＧＡＡＧＣＡＧＣＣＧＣＴＡＡＡＡＣＣＡＣＣＧＡＡＡＡＣＣＣＧＣＴＧＣＡＧＡＡＡＡＴＴＧＡＴＧＣＣＧＣＧＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＴＧＧＡＴＧＣＧＣＴＧＣＧＣＴＣＴＧＡＴＣＴＧＧＧＴＧＣＧＧＴＡＣＡＡＡＡＣＣＧＴＴＴＣＡＡＣＴＣＴＧＣＴＡＴＣＡＣＣＡＡＣＣＴＧＧＧＣＡＡＴＡＣＣＧＴＡＡＡＣＡＡＴＣＴＧＴＣＴＧＡＡＧＣＧＣＧＴＡＧＣＣＧＴ
配列番号３１ Ｄ３Ｎタンパク質
ＭＧＱＡＩＡＮＲＦＴＡＮＩＫＧＬＴＱＡＳＲＮＡＮＤＧＩＳＩＡＱＴＴＥＧＡＬＮＥＩＮＮＮＬＱＲＶＲＥＬＡＶＱＳＡＮＳＴＮＳＱＳＤＬＤＳＩＱＡＥＩＴＱＲＬＮＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＫＶＬＡＱＤＮＴＬＴＩＱＶＧＡＮＤＧＥＴＩＤＩＤＬＫＱＩＮＳＱＴＬＧＬＤＳＬＮＶＱＫＡＹＤＶＫＤＴＡＶＴＴＫＡＡＶＶＳＡＤＡＫＮＡＬＩＡＧＧＶＤＡＴＤＡＮＧＡＥＬＶＫＭＳＹＴＤＫＮＧＫＴＩＥＧＧＹＡＬＫＡＧＤＫＹＹＡＡＤＹＤＥＡＴＧＡＩＫＡＫＴＴＳＹＴＡＡＤＧＴＴＫＴＡＡＮＱＬＧＧＶＤＧＫＴＥＶＶＴＩＤＧＫＴＹＮＡＳＫＡＡＧＨＤＦＫＡＱＰＥＬＡＥＡＡＡＫＴＴＥＮＰＬＱＫＩＤＡＡＬＡＱＶＤＡＬＲＳＤＬＧＡＶＱＮＲＦＮＳＡＩＴＮＬＧＮＴＶＮＮＬＳＥＡＲＳＲＩＥＤＳＤＹＡＴＥＶＳＮＭＳＲＡＱＩＬＱＱＡＧＴＳＶＬＡＱＡＮＱＶＰＱＮＶＬＳＬＬＡ（抗原）
配列番号３８ Ｄ３Ｎの核酸配列
ＡＴＧＧＧＴＣＡＧＧＣＧＡＴＴＧＣＴＡＡＣＣＧＴＴＴＣＡＣＣＧＣＧＡＡＣＡＴＣＡＡＡＧＧＴＣＴＧＡＣＴＣＡＧＧＣＴＴＣＣＣＧＴＡＡＣＧＣＴＡＡＣＧＡＣＧＧＴＡＴＣＴＣＣＡＴＴＧＣＧＣＡＧＡＣＣＡＣＴＧＡＡＧＧＣＧＣＧＣＴＧＡＡＣＧＡＡＡＴＣＡＡＣＡＡＣＡＡＣＣＴＧＣＡＧＣＧＴＧＴＧＣＧＴＧＡＡＣＴＧＧＣＧＧＴＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＡＡＣＡＧＣＡＣＣＡＡＣＴＣＣＣＡＧＴＣＴＧＡＣＣＴＣＧＡＣＴＣＣＡＴＣＣＡＧＧＣＴＧＡＡＡＴＣＡＣＣＣＡＧＣＧＣＣＴＧＡＡＣＧＡＡＡＴＣＧＡＣＣＧＴＧＴＡＴＣＣＧＧＣＣＡＧＡＣＴＣＡＧＴＴＣＡＡＣＧＧＣＧＴＧＡＡＡＧＴＣＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＡＣＡＡＣＡＣＣＣＴＧＡＣＣＡＴＣＣＡＧＧＴＴＧＧＣＧＣＣＡＡＣＧＡＣＧＧＴＧＡＡＡＣＴＡＴＣＧＡＴＡＴＣＧＡＴＣＴＧＡＡＧＣＡＧＡＴＣＡＡＣＴＣＴＣＡＧＡＣＣＣＴＧＧＧＴＣＴＧＧＡＣＴＣＡＣＴＧＡＡＣＧＴＧＣＡＧＡＡＡＧＣＧＴＡＴＧＡＴＧＴＧＡＡＡＧＡＴＡＣＡＧＣＡＧＴＡＡＣＡＡＣＧＡＡＡＧＣＴＧＣＡＧＴＴＧＴＴＴＣＡＧＣＡＧＡＴＧＣＴＡＡＡＡＡＴＧＣＣＴＴＡＡＴＴＧＣＴＧＧＣＧＧＣＧＴＴＧＡＣＧＣＴＡＣＣＧＡＴＧＣＴＡＡＴＧＧＣＧＣＴＧＡＧＴＴＧＧＴＣＡＡＡＡＴＧＴＣＴＴＡＴＡＣＣＧＡＴＡＡＡＡＡＴＧＧＴＡＡＧＡＣＡＡＴＴＧＡＡＧＧＣＧＧＴＴＡＴＧＣＧＣＴＴＡＡＡＧＣＴＧＧＣＧＡＴＡＡＧＴＡＴＴＡＣＧＣＣＧＣＡＧＡＴＴＡＣＧＡＴＧＡＡＧＣＧＡＣＡＧＧＡＧＣＡＡＴＴＡＡＡＧＣＴＡＡＡＡＣＴＡＣＡＡＧＴＴＡＴＡＣＴＧＣＴＧＣＴＧＡＣＧＧＣＡＣＴＡＣＣＡＡＡＡＣＡＧＣＧＧＣＴＡＡＣＣＡＡＣＴＧＧＧＴＧＧＣＧＴＡＧＡＣＧＧＴＡＡＡＡＣＣＧＡＡＧＴＣＧＴＴＡＣＴＡＴＣＧＡＣＧＧＴＡＡＡＡＣＣＴＡＣＡＡＴＧＣＣＡＧＣＡＡＡＧＣＣＧＣＴＧＧＴＣＡＴＧＡＴＴＴＣＡＡＡＧＣＡＣＡＡＣＣＡＧＡＧＣＴＧＧＣＧＧＡＡＧＣＡＧＣＣＧＣＴＡＡＡＡＣＣＡＣＣＧＡＡＡＡＣＣＣＧＣＴＧＣＡＧＡＡＡＡＴＴＧＡＴＧＣＣＧＣＧＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＴＧＧＡＴＧＣＧＣＴＧＣＧＣＴＣＴＧＡＴＣＴＧＧＧＴＧＣＧＧＴＡＣＡＡＡＡＣＣＧＴＴＴＣＡＡＣＴＣＴＧＣＴＡＴＣＡＣＣＡＡＣＣＴＧＧＧＣＡＡＴＡＣＣＧＴＡＡＡＣＡＡＴＣＴＧＴＣＴＧＡＡＧＣＧＣＧＴＡＧＣＣＧＴＡＴＣＧＡＡＧＡＴＴＣＣＧＡＣＴＡＣＧＣＧＡＣＣＧＡＡＧＴＴＴＣＣＡＡＣＡＴＧＴＣＴＣＧＣＧＣＧＣＡＧＡＴＴＣＴＧＣＡＧＣＡＧＧＣＣＧＧＴＡＣＴＴＣＣＧＴＴＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＣＴＡＡＣＣＡＧＧＴＣＣＣＧＣＡＧＡＡＣＧＴＧＣＴＧＴＣＴＣＴＧＴＴＡＧＣＧ（抗原）
配列番号３２ Ｄ３ＮＣｓタンパク質
ＭＧＱＡＩＡＮＲＦＴＡＮＩＫＧＬＴＱＡＳＲＮＡＮＤＧＩＳＩＡＱＴＴＥＧＡＬＮＥＩＮＮＮＬＱＲＶＲＥＬＡＶＱＳＡＮＳＴＮＳＱＳＤＬＤＳＩＱＡＥＩＴＱＲＬＮＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＫＶＬＡＱＤＮＴＬＴＩＱＶＧＡＮＤＧＥＴＩＤＩＤＬＫＱＩＮＳＱＴＬＧＬＤＳＬＮＶＱＫＡＹＤＶＫＤＴＡＶＴＴＫＡＡＶＶＳＡＤＡＫＮＡＬＩＡＧＧＶＤＡＴＤＡＮＧＡＥＬＶＫＭＳＹＴＤＫＮＧＫＴＩＥＧＧＹＡＬＫＡＧＤＫＹＹＡＡＤＹＤＥＡＴＧＡＩＫＡＫＴＴＳＹＴＡＡＤＧＴＴＫＴＡＡＮＱＬＧＧＶＤＧＫＴＥＶＶＴＩＤＧＫＴＹＮＡＳＫＡＡＧＨＤＦＫＡＱＰＥＬＡＥＡＡＡＫＴＴＥＮＰＬＱＫＩＤＡＡＬＡＱＶＤＡＬＲＳＤＬＧＡＶＱＮＲＦＮＳＡＩＴＮＬＧＮＴＶＮＮＬＳＥＡＲＳＲＩＥＤＳＤＹＡＴＥＶＳＮＭＳＲＡＱＩＬＱＱＡＧＴＳＶＬＡＱＡＮＱ（抗原）
配列番号３９ Ｄ３ＮＣｓの核酸配列
ＡＴＧＧＧＴＣＡＧＧＣＧＡＴＴＧＣＴＡＡＣＣＧＴＴＴＣＡＣＣＧＣＧＡＡＣＡＴＣＡＡＡＧＧＴＣＴＧＡＣＴＣＡＧＧＣＴＴＣＣＣＧＴＡＡＣＧＣＴＡＡＣＧＡＣＧＧＴＡＴＣＴＣＣＡＴＴＧＣＧＣＡＧＡＣＣＡＣＴＧＡＡＧＧＣＧＣＧＣＴＧＡＡＣＧＡＡＡＴＣＡＡＣＡＡＣＡＡＣＣＴＧＣＡＧＣＧＴＧＴＧＣＧＴＧＡＡＣＴＧＧＣＧＧＴＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＡＡＣＡＧＣＡＣＣＡＡＣＴＣＣＣＡＧＴＣＴＧＡＣＣＴＣＧＡＣＴＣＣＡＴＣＣＡＧＧＣＴＧＡＡＡＴＣＡＣＣＣＡＧＣＧＣＣＴＧＡＡＣＧＡＡＡＴＣＧＡＣＣＧＴＧＴＡＴＣＣＧＧＣＣＡＧＡＣＴＣＡＧＴＴＣＡＡＣＧＧＣＧＴＧＡＡＡＧＴＣＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＡＣＡＡＣＡＣＣＣＴＧＡＣＣＡＴＣＣＡＧＧＴＴＧＧＣＧＣＣＡＡＣＧＡＣＧＧＴＧＡＡＡＣＴＡＴＣＧＡＴＡＴＣＧＡＴＣＴＧＡＡＧＣＡＧＡＴＣＡＡＣＴＣＴＣＡＧＡＣＣＣＴＧＧＧＴＣＴＧＧＡＣＴＣＡＣＴＧＡＡＣＧＴＧＣＡＧＡＡＡＧＣＧＴＡＴＧＡＴＧＴＧＡＡＡＧＡＴＡＣＡＧＣＡＧＴＡＡＣＡＡＣＧＡＡＡＧＣＴＧＣＡＧＴＴＧＴＴＴＣＡＧＣＡＧＡＴＧＣＴＡＡＡＡＡＴＧＣＣＴＴＡＡＴＴＧＣＴＧＧＣＧＧＣＧＴＴＧＡＣＧＣＴＡＣＣＧＡＴＧＣＴＡＡＴＧＧＣＧＣＴＧＡＧＴＴＧＧＴＣＡＡＡＡＴＧＴＣＴＴＡＴＡＣＣＧＡＴＡＡＡＡＡＴＧＧＴＡＡＧＡＣＡＡＴＴＧＡＡＧＧＣＧＧＴＴＡＴＧＣＧＣＴＴＡＡＡＧＣＴＧＧＣＧＡＴＡＡＧＴＡＴＴＡＣＧＣＣＧＣＡＧＡＴＴＡＣＧＡＴＧＡＡＧＣＧＡＣＡＧＧＡＧＣＡＡＴＴＡＡＡＧＣＴＡＡＡＡＣＴＡＣＡＡＧＴＴＡＴＡＣＴＧＣＴＧＣＴＧＡＣＧＧＣＡＣＴＡＣＣＡＡＡＡＣＡＧＣＧＧＣＴＡＡＣＣＡＡＣＴＧＧＧＴＧＧＣＧＴＡＧＡＣＧＧＴＡＡＡＡＣＣＧＡＡＧＴＣＧＴＴＡＣＴＡＴＣＧＡＣＧＧＴＡＡＡＡＣＣＴＡＣＡＡＴＧＣＣＡＧＣＡＡＡＧＣＣＧＣＴＧＧＴＣＡＴＧＡＴＴＴＣＡＡＡＧＣＡＣＡＡＣＣＡＧＡＧＣＴＧＧＣＧＧＡＡＧＣＡＧＣＣＧＣＴＡＡＡＡＣＣＡＣＣＧＡＡＡＡＣＣＣＧＣＴＧＣＡＧＡＡＡＡＴＴＧＡＴＧＣＣＧＣＧＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＴＧＧＡＴＧＣＧＣＴＧＣＧＣＴＣＴＧＡＴＣＴＧＧＧＴＧＣＧＧＴＡＣＡＡＡＡＣＣＧＴＴＴＣＡＡＣＴＣＴＧＣＴＡＴＣＡＣＣＡＡＣＣＴＧＧＧＣＡＡＴＡＣＣＧＴＡＡＡＣＡＡＴＣＴＧＴＣＴＧＡＡＧＣＧＣＧＴＡＧＣＣＧＴＡＴＣＧＡＡＧＡＴＴＣＣＧＡＣＴＡＣＧＣＧＡＣＣＧＡＡＧＴＴＴＣＣＡＡＣＡＴＧＴＣＴＣＧＣＧＣＧＣＡＧＡＴＴＣＴＧＣＡＧＣＡＧＧＣＣＧＧＴＡＣＴＴＣＣＧＴＴＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＣＴＡＡＣＣＡＧ（抗原）
配列番号３３ Ｄ０Ｄ２Ｄ３タンパク質
ＭＧＱＡＩＡＮＲＦＴＡＮＩＫＧＬＴＱＡＳＲＮＡＮＤＧＩＳＩＡＱＴＴＥＧＡＬＮＥＩＮＮＮＬＱＲＶＲＥＬＡＶＱＳＡＮＳＴＮＳＱＳＤＬＤＳＩＱＡＥＩＴＱＲＬＮＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＫＶＬＡＱＤＮＴＬＴＩＱＶＧＡＮＤＧＥＴＩＤＩＤＬＫＱＩＮＳＱＴＬＧＬＤＳＬＮＶＱＴＴＥＮＰＬＱＫＩＤＡＡＬＡＱＶＤＡＬＲＳＤＬＧＡＶＱＮＲＦＮＳＡＩＴＮＬＧＮＴＶＮＮＬＳＥＡＲＳＲ（抗原）
配列番号４０ Ｄ０Ｄ２Ｄ３の核酸配列
ＡＴＧＧＧＴＣＡＧＧＣＧＡＴＴＧＣＴＡＡＣＣＧＴＴＴＣＡＣＣＧＣＧＡＡＣＡＴＣＡＡＡＧＧＴＣＴＧＡＣＴＣＡＧＧＣＴＴＣＣＣＧＴＡＡＣＧＣＴＡＡＣＧＡＣＧＧＴＡＴＣＴＣＣＡＴＴＧＣＧＣＡＧＡＣＣＡＣＴＧＡＡＧＧＣＧＣＧＣＴＧＡＡＣＧＡＡＡＴＣＡＡＣＡＡＣＡＡＣＣＴＧＣＡＧＣＧＴＧＴＧＣＧＴＧＡＡＣＴＧＧＣＧＧＴＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＡＡＣＡＧＣＡＣＣＡＡＣＴＣＣＣＡＧＴＣＴＧＡＣＣＴＣＧＡＣＴＣＣＡＴＣＣＡＧＧＣＴＧＡＡＡＴＣＡＣＣＣＡＧＣＧＣＣＴＧＡＡＣＧＡＡＡＴＣＧＡＣＣＧＴＧＴＡＴＣＣＧＧＣＣＡＧＡＣＴＣＡＧＴＴＣＡＡＣＧＧＣＧＴＧＡＡＡＧＴＣＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＡＣＡＡＣＡＣＣＣＴＧＡＣＣＡＴＣＣＡＧＧＴＴＧＧＣＧＣＣＡＡＣＧＡＣＧＧＴＧＡＡＡＣＴＡＴＣＧＡＴＡＴＣＧＡＴＣＴＧＡＡＧＣＡＧＡＴＣＡＡＣＴＣＴＣＡＧＡＣＣＣＴＧＧＧＴＣＴＧＧＡＣＴＣＡＣＴＧＡＡＣＧＴＧＣＡＧＡＣＣＡＣＣＧＡＡＡＡＣＣＣＧＣＴＧＣＡＧＡＡＡＡＴＴＧＡＴＧＣＣＧＣＧＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＴＧＧＡＴＧＣＧＣＴＧＣＧＣＴＣＴＧＡＴＣＴＧＧＧＴＧＣＧＧＴＡＣＡＡＡＡＣＣＧＴＴＴＣＡＡＣＴＣＴＧＣＴＡＴＣＡＣＣＡＡＣＣＴＧＧＧＣＡＡＴＡＣＣＧＴＡＡＡＣＡＡＴＣＴＧＴＣＴＧＡＡＧＣＧＣＧＴＡＧＣＣＧＴ（抗原）
配列番号３０ Ｒ０Ｒ３タンパク質またはＲ０３タンパク質
ＭＧＱＡＩＡＮＲＦＴＡＮＩＫＧＬＴＱＡＳＲＮＡＮＤＧＩＳＩＡＱＴＴＥＧＡＬＮＥＩＮＮＮＬＱＲＶＲＥＬＡＶＱＳＡＮＳＴＮＳＱＳＤＬＤＳＩＱＡＥＩＴＱＲＬＮＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＫＶＬＡＱＤＮＴＬＴＩＱＶＧＡＮＤＧＥＴＩＤＩＤＬＫＱＩＮＳＱＴＬＧＬＤＳＬＮＶＱＫＡＹＤＶＫＤＴＡＶＴＴＫＡ（抗原）ＡＶＶＳＡＤＡＫＮＡＬＩＡＧＧＶＤＡＴＤＡＮＧＡＥＬＶＫＭＳＹＴＤＫＮＧＫＴＩＥＧＧＹＡＬＫＡＧＤＫＹＹＡＡＤＹＤＥＡＴＧＡＩＫＡＫＴＴＳＹＴＡＡＤＧＴＴＫＴＡＡＮＱＬＧＧＶＤＧＫＴＥＶＶＴＩＤＧＫＴＹＮＡＳＫＡＡＧＨＤＦＫＡＱＰＥＬＡＥＡＡＡＫＴＴＥＮＰＬＱＫＩＤＡＡＬＡＱＶＤＡＬＲＳＤＬＧＡＶＱＮＲＦＮＳＡＩＴＮＬＧＮＴＶＮＮＬＳＥＡＲＳＲ（抗原）
配列番号３７ Ｒ０Ｒ３の核酸配列
ＡＴＧＧＧＴＣＡＧＧＣＧＡＴＴＧＣＴＡＡＣＣＧＴＴＴＣＡＣＣＧＣＧＡＡＣＡＴＣＡＡＡＧＧＴＣＴＧＡＣＴＣＡＧＧＣＴＴＣＣＣＧＴＡＡＣＧＣＴＡＡＣＧＡＣＧＧＴＡＴＣＴＣＣＡＴＴＧＣＧＣＡＧＡＣＣＡＣＴＧＡＡＧＧＣＧＣＧＣＴＧＡＡＣＧＡＡＡＴＣＡＡＣＡＡＣＡＡＣＣＴＧＣＡＧＣＧＴＧＴＧＣＧＴＧＡＡＣＴＧＧＣＧＧＴＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＡＡＣＡＧＣＡＣＣＡＡＣＴＣＣＣＡＧＴＣＴＧＡＣＣＴＣＧＡＣＴＣＣＡＴＣＣＡＧＧＣＴＧＡＡＡＴＣＡＣＣＣＡＧＣＧＣＣＴＧＡＡＣＧＡＡＡＴＣＧＡＣＣＧＴＧＴＡＴＣＣＧＧＣＣＡＧＡＣＴＣＡＧＴＴＣＡＡＣＧＧＣＧＴＧＡＡＡＧＴＣＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＡＣＡＡＣＡＣＣＣＴＧＡＣＣＡＴＣＣＡＧＧＴＴＧＧＣＧＣＣＡＡＣＧＡＣＧＧＴＧＡＡＡＣＴＡＴＣＧＡＴＡＴＣＧＡＴＣＴＧＡＡＧＣＡＧＡＴＣＡＡＣＴＣＴＣＡＧＡＣＣＣＴＧＧＧＴＣＴＧＧＡＣＴＣＡＣＴＧＡＡＣＧＴＧＣＡＧＡＡＡＧＣＧＴＡＴＧＡＴＧＴＧＡＡＡＧＡＴＡＣＡＧＣＡＧＴＡＡＣＡＡＣＧＡＡＡＧＣＴ（抗原）ＧＣＡＧＴＴＧＴＴＴＣＡＧＣＡＧＡＴＧＣＴＡＡＡＡＡＴＧＣＣＴＴＡＡＴＴＧＣＴＧＧＣＧＧＣＧＴＴＧＡＣＧＣＴＡＣＣＧＡＴＧＣＴＡＡＴＧＧＣＧＣＴＧＡＧＴＴＧＧＴＣＡＡＡＡＴＧＴＣＴＴＡＴＡＣＣＧＡＴＡＡＡＡＡＴＧＧＴＡＡＧＡＣＡＡＴＴＧＡＡＧＧＣＧＧＴＴＡＴＧＣＧＣＴＴＡＡＡＧＣＴＧＧＣＧＡＴＡＡＧＴＡＴＴＡＣＧＣＣＧＣＡＧＡＴＴＡＣＧＡＴＧＡＡＧＣＧＡＣＡＧＧＡＧＣＡＡＴＴＡＡＡＧＣＴＡＡＡＡＣＴＡＣＡＡＧＴＴＡＴＡＣＴＧＣＴＧＣＴＧＡＣＧＧＣＡＣＴＡＣＣＡＡＡＡＣＡＧＣＧＧＣＴＡＡＣＣＡＡＣＴＧＧＧＴＧＧＣＧＴＡＧＡＣＧＧＴＡＡＡＡＣＣＧＡＡＧＴＣＧＴＴＡＣＴＡＴＣＧＡＣＧＧＴＡＡＡＡＣＣＴＡＣＡＡＴＧＣＣＡＧＣＡＡＡＧＣＣＧＣＴＧＧＴＣＡＴＧＡＴＴＴＣＡＡＡＧＣＡＣＡＡＣＣＡＧＡＧＣＴＧＧＣＧＧＡＡＧＣＡＧＣＣＧＣＴＡＡＡＡＣＣＡＣＣＧＡＡＡＡＣＣＣＧＣＴＧＣＡＧＡＡＡＡＴＴＧＡＴＧＣＣＧＣＧＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＴＧＧＡＴＧＣＧＣＴＧＣＧＣＴＣＴＧＡＴＣＴＧＧＧＴＧＣＧＧＴＡＣＡＡＡＡＣＣＧＴＴＴＣＡＡＣＴＣＴＧＣＴＡＴＣＡＣＣＡＡＣＣＴＧＧＧＣＡＡＴＡＣＣＧＴＡＡＡＣＡＡＴＣＴＧＴＣＴＧＡＡＧＣＧＣＧＴＡＧＣＣＧＴ（抗原）
配列番号２９ Ｒ３ ２ｘ抗原タンパク質
ＭＡＱＶＩＮＴＮＳＬＳＬＬＴＱＮＮＬＮＫＳＱＳＡＬＧＴＡＩＥＲＬＳＳＧＬＲＩＮＳＡＫＤＤＡＡＧＱＡＩＡＮＲＦＴＡＮＩＫＧＬＴＱＡＳＲＮＡＮＤＧＩＳＩＡＱＴＴＥＧＡＬＮＥＩＮＮＮＬＱＲＶＲＥＬＡＶＱＳＡＮＳＴＮＳＱＳＤＬＤＳＩＱＡＥＩＴＱＲＬＮＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＫＶＬＡＱＤＮＴＬＴＩＱＶＧＡＮＤＧＥＴＩＤＩＤＬＫＱＩＮＳＱＴＬＧＬＤＳＬＮＶＱＫＡＹＤＶＫＤＴＡＶＴＴＫＡ（抗原）ＡＶＶＳＡＤＡＫＮＡＬＩＡＧＧＶＤＡＴＤＡＮＧＡＥＬＶＫＭＳＹＴＤＫＮＧＫＴＩＥＧＧＹＡＬＫＡＧＤＫＹＹＡＡＤＹＤＥＡＴＧＡＩＫＡＫＴＴＳＹＴＡＡＤＧＴＴＫＴＡＡＮＱＬＧＧＶＤＧＫＴＥＶＶＴＩＤＧＫＴＹＮＡＳＫＡＡＧＨＤＦＫＡＱＰＥＬＡＥＡＡＡＫＴＴＥＮＰＬＱＫＩＤＡＡＬＡＱＶＤＡＬＲＳＤＬＧＡＶＱＮＲＦＮＳＡＩＴＮＬＧＮＴＶＮＮＬＳＥＡＲＳＲＩＥＤＳＤＹＡＴＥＶＳＮＭＳＲＡＱＩＬＱＱＡＧＴＳＶＬＡＱＡＮＱＶＰＱＮＶＬＳＬＬＡ（抗原）
配列番号３６ Ｒ３ ２ｘ抗原の核酸配列
ＡＴＧＧＣＡＣＡＡＧＴＡＡＴＣＡＡＣＡＣＴＡＡＣＡＧＴＣＴＧＴＣＧＣＴＧＣＴＧＡＣＣＣＡＧＡＡＴＡＡＣＣＴＧＡＡＣＡＡＡＴＣＣＣＡＧＴＣＣＧＣＡＣＴＧＧＧＣＡＣＣＧＣＴＡＴＣＧＡＧＣＧＴＣＴＧＴＣＴＴＣＴＧＧＴＣＴＧＣＧＴＡＴＣＡＡＣＡＧＣＧＣＧＡＡＡＧＡＣＧＡＴＧＣＧＧＣＡＧＧＴＣＡＧＧＣＧＡＴＴＧＣＴＡＡＣＣＧＴＴＴＣＡＣＣＧＣＧＡＡＣＡＴＣＡＡＡＧＧＴＣＴＧＡＣＴＣＡＧＧＣＴＴＣＣＣＧＴＡＡＣＧＣＴＡＡＣＧＡＣＧＧＴＡＴＣＴＣＣＡＴＴＧＣＧＣＡＧＡＣＣＡＣＴＧＡＡＧＧＣＧＣＧＣＴＧＡＡＣＧＡＡＡＴＣＡＡＣＡＡＣＡＡＣＣＴＧＣＡＧＣＧＴＧＴＧＣＧＴＧＡＡＣＴＧＧＣＧＧＴＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＡＡＣＡＧＣＡＣＣＡＡＣＴＣＣＣＡＧＴＣＴＧＡＣＣＴＣＧＡＣＴＣＣＡＴＣＣＡＧＧＣＴＧＡＡＡＴＣＡＣＣＣＡＧＣＧＣＣＴＧＡＡＣＧＡＡＡＴＣＧＡＣＣＧＴＧＴＡＴＣＣＧＧＣＣＡＧＡＣＴＣＡＧＴＴＣＡＡＣＧＧＣＧＴＧＡＡＡＧＴＣＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＡＣＡＡＣＡＣＣＣＴＧＡＣＣＡＴＣＣＡＧＧＴＴＧＧＣＧＣＣＡＡＣＧＡＣＧＧＴＧＡＡＡＣＴＡＴＣＧＡＴＡＴＣＧＡＴＣＴＧＡＡＧＣＡＧＡＴＣＡＡＣＴＣＴＣＡＧＡＣＣＣＴＧＧＧＴＣＴＧＧＡＣＴＣＡＣＴＧＡＡＣＧＴＧＣＡＧＡＡＡＧＣＧＴＡＴＧＡＴＧＴＧＡＡＡＧＡＴＡＣＡＧＣＡＧＴＡＡＣＡＡＣＧＡＡＡＧＣＴ（抗原）ＧＣＡＧＴＴＧＴＴＴＣＡＧＣＡＧＡＴＧＣＴＡＡＡＡＡＴＧＣＣＴＴＡＡＴＴＧＣＴＧＧＣＧＧＣＧＴＴＧＡＣＧＣＴＡＣＣＧＡＴＧＣＴＡＡＴＧＧＣＧＣＴＧＡＧＴＴＧＧＴＣＡＡＡＡＴＧＴＣＴＴＡＴＡＣＣＧＡＴＡＡＡＡＡＴＧＧＴＡＡＧＡＣＡＡＴＴＧＡＡＧＧＣＧＧＴＴＡＴＧＣＧＣＴＴＡＡＡＧＣＴＧＧＣＧＡＴＡＡＧＴＡＴＴＡＣＧＣＣＧＣＡＧＡＴＴＡＣＧＡＴＧＡＡＧＣＧＡＣＡＧＧＡＧＣＡＡＴＴＡＡＡＧＣＴＡＡＡＡＣＴＡＣＡＡＧＴＴＡＴＡＣＴＧＣＴＧＣＴＧＡＣＧＧＣＡＣＴＡＣＣＡＡＡＡＣＡＧＣＧＧＣＴＡＡＣＣＡＡＣＴＧＧＧＴＧＧＣＧＴＡＧＡＣＧＧＴＡＡＡＡＣＣＧＡＡＧＴＣＧＴＴＡＣＴＡＴＣＧＡＣＧＧＴＡＡＡＡＣＣＴＡＣＡＡＴＧＣＣＡＧＣＡＡＡＧＣＣＧＣＴＧＧＴＣＡＴＧＡＴＴＴＣＡＡＡＧＣＡＣＡＡＣＣＡＧＡＧＣＴＧＧＣＧＧＡＡＧＣＡＧＣＣＧＣＴＡＡＡＡＣＣＡＣＣＧＡＡＡＡＣＣＣＧＣＴＧＣＡＧＡＡＡＡＴＴＧＡＴＧＣＣＧＣＧＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＴＧＧＡＴＧＣＧＣＴＧＣＧＣＴＣＴＧＡＴＣＴＧＧＧＴＧＣＧＧＴＡＣＡＡＡＡＣＣＧＴＴＴＣＡＡＣＴＣＴＧＣＴＡＴＣＡＣＣＡＡＣＣＴＧＧＧＣＡＡＴＡＣＣＧＴＡＡＡＣＡＡＴＣＴＧＴＣＴＧＡＡＧＣＧＣＧＴＡＧＣＣＧＴＡＴＣＧＡＡＧＡＴＴＣＣＧＡＣＴＡＣＧＣＧＡＣＣＧＡＡＧＴＴＴＣＣＡＡＣＡＴＧＴＣＴＣＧＣＧＣＧＣＡＧＡＴＴＣＴＧＣＡＧＣＡＧＧＣＣＧＧＴＡＣＴＴＣＣＧＴＴＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＣＴＡＡＣＣＡＧＧＴＣＣＣＧＣＡＧＡＡＣＧＴＧＣＴＧＴＣＴＣＴＧＴＴＡＧＣＧ（抗原）
配列番号４９９ ＨＡ１−２ ＳＩ
ＫＧＩＡＰＬＱＬＧＮＣＳＶＡＧＷＩＬＧＮＰＥＣＥＬＬＩＳＲＥＳＷＳＹＩＶＥＫＰＮＰＥＮＧＴＣＹＰＧＨＦＡＤＹＥＥＬＲＥＱＬＳＳＶＳＳＦＥＲＦＥＩＦＰＫＥＳＳＷＰＮＨＴＴＴＧＶＳＡＳＣＳＨＮＧＥＳＳＦＹＫＮＬＬＷＬＴＧＫＮＧＬＹＰＮＬＳＫＳＹＡＮＮＫＥＫＥＶＬＶＬＷＧＶＨＨＰＰＮＩＧＤＱＲＡＬＹＨＫＥＮＡＹＶＳＶＶＳＳＨＹＳＲＫＦＴＰＥＩＡＫＲＰＫＶＲＤＱＥＧＲＩＮＹＹＷＴＬＬＥＰＧＤＴＩＩＦＥＡＮＧＮＬＩＡＰＲＹＡＦＡＬＳＲＧＦＧＳＧＩＩＮＳ
配列番号５００ ＳＴＦ２ｆｌｉＣＲ３．ＨＡ１−２（ＳＩ）；抗原に下線を付してある
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配列番号５０１ 大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）Ｒ３．ＨＡ１−２（ＳＩ）；抗原に下線を付してある
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配列番号５０２ 枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｒ３．ＨＡ１−２（ＳＩ）；抗原に下線を付してある
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配列番号５０３ ＳＴＦ２ｆｌｉＣＲ３２ｘ．ＨＡ１−２（ＳＩ）；抗原に下線を付してある
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配列番号５０４ ＳＴＦ２ｆｌｊＢＲ３２ｘ．ＨＡ１−２（ＳＩ）；抗原に下線を付してある
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配列番号５０５ 大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）Ｒ３２ｘ．ＨＡ１−２（ＳＩ）；抗原に下線を付してある
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配列番号５０６ 枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｒ３２ｘ．ＨＡ１−２（ＳＩ）；抗原に下線を付してある
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配列番号５０７ Ｍ２ｅペプチド
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配列番号５１１ ＳＴＦ２ΔｆｌｉＣ．ＨＡ１−２（ＳＩ）；抗原に下線を付し、リンカーに二重下線を付してある
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配列番号５１２ ＳＴＦ２ΔｆｌｊＢ．ＨＡ１−２（ＳＩ）；抗原に下線を付し、リンカーに二重下線を付してある
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配列番号５１３ 大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）Δ．ＨＡ１−２（ＳＩ）；抗原に下線を付し、リンカーに二重下線を付してある
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配列番号５１４ 枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Δ．ＨＡ１−２（ＳＩ）；抗原に下線を付し、リンカーに二重下線を付してある
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配列番号５１５ ＳＴＦ２ｆｌｉＣＲＯ．ＨＡ１−２（ＳＩ）；抗原に下線を付してある
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配列番号５１６ ＳＴＦ２ｆｌｊＢＲＯ．ＨＡ１−２（ＳＩ）；抗原に下線を付してある
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配列番号５１７ 大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）ＲＯ．ＨＡ１−２（ＳＩ）；抗原に下線を付してある
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配列番号５１８ 枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）ＲＯ．ＨＡ１−２（ＳＩ）；抗原に下線を付してある
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配列番号６９９ ｆｌｉＣ Ｒ３
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配列番号７００ 大腸菌（Ｅ．ＣＯＬＩ）Ｒ３
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配列番号７０１ 枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ） Ｒ３
ＭＲＩＮＨＮＩＡＡＬＮＴＳＲＱＬＮＡＧＳＤＳＡＡＫＮＭＥＫＬＳＳＧＬＲＩＮＲＡＧＤＤＡＡＧＬＡＩＳＥＫＭＲＳＱＩＲＧＬＤＭＡＳＫＮＡＱＤＧＩＳＬＩＱＴＳＥＧＡＬＮＥＴＨＳＩＬＱＲＭＳＥＬＡＴＱＡＡＮＤＴＮＴＤＳＤＲＳＥＬＱＫＥＭＤＱＬＡＳＥＶＴＲＩＳＴＤＴＥＦＮＴＫＫＬＬＤＧＴＡＱＮＬＴＦＱＩＧＡＮＥＧＱＴＭＳＬＳＩＮＫＭＤＳＥＳＬＫＶＧＴＴＹＴＶＳＧＷＡＤＡＤＤＡＴＮＫＰＡＧＹＹＤＡＧＧＫＶＩＡＳＥＫＬＡＡＤＳＫＶＴＫＧＩＤＩＳＳＳＡＫＡＡＳＳＡＬＴＴＩＫＴＡＩＤＴＶＳＳＥＲＡＫＬＧＡＶＱＮＲＬＥＨＴＩＮＮＬＧＴＳＳＥＮＬＴＳＡＥＳＲＩＲＤＶＤＭＡＳＥＭＭＥＹＴＫＮＮＩＬＴＱＡＳＱＡＭＬＡＱＡＮＱ
配列番号７０２ ＳＴＦ２．ＨＡ１−１ Ｂ／Ｍａｌの核酸配列
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配列番号７０３ ＳＴＦ２．ＨＡ１−１ Ｂ／Ｍａｌ
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配列番号７０４ ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ Ｂ／ＭＡＬの核酸配列
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配列番号７０５ ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ Ｂ／Ｍａｌ
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配列番号７０６ ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ Ｂ／ＳＨの核酸配列
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配列番号７０７ ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ Ｂ／ＳＨ
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配列番号７０８ ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ Ｂ／ＯＨの核酸配列
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配列番号７０９ ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ Ｂ／ＯＨ
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配列番号７１０ ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ Ｂ／ＬＥＥの核酸配列
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配列番号７１１ ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ Ｂ／ＬＥＥ
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配列番号７１２ ＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３．ＨＡ１−１ Ｂ／ＭＡＬの核酸配列
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配列番号７１３ ＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３．ＨＡ１−１ Ｂ／ＭＡＬ
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配列番号７１４ ＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３．ＨＡ１−２ Ｂ／ＭＡＬの核酸配列
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配列番号７１５ ＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３．ＨＡ１−２ Ｂ／ＭＡＬ
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配列番号７１６ ＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３．ＨＡ１−２ Ｂ／ＳＨの核酸配列
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配列番号７１７ ＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３．ＨＡ１−２ Ｂ／ＳＨ
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配列番号７１８ ＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３．ＨＡ１−２ Ｂ／ＯＨの核酸配列
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配列番号７１９ ＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３．ＨＡ１−２ Ｂ／ＯＨ
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配列番号７２０ ＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３．ＨＡ１−２ Ｂ／ＬＥＥの核酸配列
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配列番号７２１ ＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３．ＨＡ１−２ Ｂ／ＬＥＥ
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配列番号７２２ ＳＴＦ２Ｄ０Ｄ２Ｄ３．ＨＡ１−２ Ｂ／ＭＡＬの核酸配列
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配列番号７２３ ＳＴＦ２Ｄ０Ｄ２Ｄ３．ＨＡ１−２ Ｂ／ＭＡＬ
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配列番号７２４ ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ Ａｎｈｕｉの核酸配列
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配列番号７２５ ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ Ａｎｈｕｉ
ＭＡＱＶＩＮＴＮＳＬＳＬＬＴＱＮＮＬＮＫＳＱＳＡＬＧＴＡＩＥＲＬＳＳＧＬＲＩＮＳＡＫＤＤＡＡＧＱＡＩＡＮＲＦＴＡＮＩＫＧＬＴＱＡＳＲＮＡＮＤＧＩＳＩＡＱＴＴＥＧＡＬＮＥＩＮＮＮＬＱＲＶＲＥＬＡＶＱＳＡＮＳＴＮＳＱＳＤＬＤＳＩＱＡＥＩＴＱＲＬＮＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＫＶＬＡＱＤＮＴＬＴＩＱＶＧＡＮＤＧＥＴＩＤＩＤＬＫＱＩＮＳＱＴＬＧＬＤＳＬＮＶＱＫＡＹＤＶＫＤＴＡＶＴＴＫＡＹＡＮＮＧＴＴＬＤＶＳＧＬＤＤＡＡＩＫＡＡＴＧＧＴＮＧＴＡＳＶＴＧＧＡＶＫＦＤＡＤＮＮＫＹＦＶＴＩＧＧＦＴＧＡＤＡＡＫＮＧＤＹＥＶＮＶＡＴＤＧＴＶＴＬＡＡＧＡＴＫＴＴＭＰＡＧＡＴＴＫＴＥＶＱＥＬＫＤＴＰＡＶＶＳＡＤＡＫＮＡＬＩＡＧＧＶＤＡＴＤＡＮＧＡＥＬＶＫＭＳＹＴＤＫＮＧＫＴＩＥＧＧＹＡＬＫＡＧＤＫＹＹＡＡＤＹＤＥＡＴＧＡＩＫＡＫＴＴＳＹＴＡＡＤＧＴＴＫＴＡＡＮＱＬＧＧＶＤＧＫＴＥＶＶＴＩＤＧＫＴＹＮＡＳＫＡＡＧＨＤＦＫＡＱＰＥＬＡＥＡＡＡＫＴＴＥＮＰＬＱＫＩＤＡＡＬＡＱＶＤＡＬＲＳＤＬＧＡＶＱＮＲＦＮＳＡＩＴＮＬＧＮＴＶＮＮＬＳＥＡＲＳＲＩＥＤＳＤＹＡＴＥＶＳＮＭＳＲＡＱＩＬＱＱＡＧＴＳＶＬＡＱＡＮＱＶＰＱＮＶＬＳＬＬＡＳＶＫＰＬＩＬＲＤＣＳＶＡＧＷＬＬＧＮＰＭＣＤＥＦＩＮＶＰＥＷＳＹＩＶＥＫＡＮＰＡＮＤＬＣＹＰＧＮＦＮＤＹＥＥＬＫＨＬＬＳＲＩＮＨＦＥＫＩＱＩＩＰＫＳＳＷＳＤＨＥＡＳＳＧＶＳＳＡＣＰＹＱＧＴＰＳＦＦＲＮＶＶＷＬＩＫＫＮＮＴＹＰＴＩＫＲＳＹＮＮＴＮＱＥＤＬＬＩＬＷＧＩＨＨＳＮＤＡＡＥＱＴＫＬＹＱＮＰＴＴＹＩＳＶＧＴＳＴＬＮＱＲＬＶＰＫＩＡＴＲＳＫＶＮＧＱＳＧＲＭＤＦＦＷＴＩＬＫＰＮＤＡＩＮＦＥＳＮＧＮＦＩＡＰＥＹＡＹＫＩＶＫＫＧＤＳＡＩＶＫＳＥ
配列番号７２６ ＳＴＦ２．１３Ｅの核酸配列
ＡＴＧＧＣＡＣＡＡＧＴＡＡＴＣＡＡＣＡＣＴＡＡＣＡＧＴＣＴＧＴＣＧＣＴＧＣＴＧＡＣＣＣＡＧＡＡＴＡＡＣＣＴＧＡＡＣＡＡＡＴＣＣＣＡＧＴＣＣＧＣＡＣＴＧＧＧＣＡＣＣＧＣＴＡＴＣＧＡＧＣＧＴＣＴＧＴＣＴＴＣＴＧＧＴＣＴＧＣＧＴＡＴＣＡＡＣＡＧＣＧＣＧＡＡＡＧＡＣＧＡＴＧＣＧＧＣＡＧＧＴＣＡＧＧＣＧＡＴＴＧＣＴＡＡＣＣＧＴＴＴＣＡＣＣＧＣＧＡＡＣＡＴＣＡＡＡＧＧＴＣＴＧＡＣＴＣＡＧＧＣＴＴＣＣＣＧＴＡＡＣＧＣＴＡＡＣＧＡＣＧＧＴＡＴＣＴＣＣＡＴＴＧＣＧＣＡＧＡＣＣＡＣＴＧＡＡＧＧＣＧＣＧＣＴＧＡＡＣＧＡＡＡＴＣＡＡＣＡＡＣＡＡＣＣＴＧＣＡＧＣＧＴＧＴＧＣＧＴＧＡＡＣＴＧＧＣＧＧＴＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＡＡＣＡＧＣＡＣＣＡＡＣＴＣＣＣＡＧＴＣＴＧＡＣＣＴＣＧＡＣＴＣＣＡＴＣＣＡＧＧＣＴＧＡＡＡＴＣＡＣＣＣＡＧＣＧＣＣＴＧＡＡＣＧＡＡＡＴＣＧＡＣＣＧＴＧＴＡＴＣＣＧＧＣＣＡＧＡＣＴＣＡＧＴＴＣＡＡＣＧＧＣＧＴＧＡＡＡＧＴＣＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＡＣＡＡＣＡＣＣＣＴＧＡＣＣＡＴＣＣＡＧＧＴＴＧＧＣＧＣＣＡＡＣＧＡＣＧＧＴＧＡＡＡＣＴＡＴＣＧＡＴＡＴＣＧＡＴＣＴＧＡＡＧＣＡＧＡＴＣＡＡＣＴＣＴＣＡＧＡＣＣＣＴＧＧＧＴＣＴＧＧＡＣＴＣＡＣＴＧＡＡＣＧＴＧＣＡＧＡＡＡＧＣＧＴＡＴＧＡＴＧＴＧＡＡＡＧＡＴＡＣＡＧＣＡＧＴＡＡＣＡＡＣＧＡＡＡＧＣＴＴＡＴＧＣＣＡＡＴＡＡＴＧＧＴＡＣＴＡＣＡＣＴＧＧＡＴＧＴＡＴＣＧＧＧＴＣＴＴＧＡＴＧＡＴＧＣＡＧＣＴＡＴＴＡＡＡＧＣＧＧＣＴＡＣＧＧＧＴＧＧＴＡＣＧＡＡＴＧＧＴＡＣＧＧＣＴＴＣＴＧＴＡＡＣＣＧＧＴＧＧＴＧＣＧＧＴＴＡＡＡＴＴＴＧＡＣＧＣＡＧＡＴＡＡＴＡＡＣＡＡＧＴＡＣＴＴＴＧＴＴＡＣＴＡＴＴＧＧＴＧＧＣＴＴＴＡＣＴＧＧＴＧＣＴＧＡＴＧＣＣＧＣＣＡＡＡＡＡＴＧＧＣＧＡＴＴＡＴＧＡＡＧＴＴＡＡＣＧＴＴＧＣＴＡＣＴＧＡＣＧＧＴＡＣＡＧＴＡＡＣＣＣＴＴＧＣＧＧＣＴＧＧＣＧＣＡＡＣＴＡＡＡＡＣＣＡＣＡＡＴＧＣＣＴＧＣＴＧＧＴＧＣＧＡＣＡＡＣＴＡＡＡＡＣＡＧＡＡＧＴＡＣＡＧＧＡＧＴＴＡＡＡＡＧＡＴＡＣＡＣＣＧＧＣＡＧＴＴＧＴＴＴＣＡＧＣＡＧＡＴＧＣＴＡＡＡＡＡＴＧＣＣＴＴＡＡＴＴＧＣＴＧＧＣＧＧＣＧＴＴＧＡＣＧＣＴＡＣＣＧＡＴＧＣＴＡＡＴＧＧＣＧＣＴＧＡＧＴＴＧＧＴＣＡＡＡＡＴＧＴＣＴＴＡＴＡＣＣＧＡＴＡＡＡＡＡＴＧＧＴＡＡＧＡＣＡＡＴＴＧＡＡＧＧＣＧＧＴＴＡＴＧＣＧＣＴＴＡＡＡＧＣＴＧＧＣＧＡＴＡＡＧＴＡＴＴＡＣＧＣＣＧＣＡＧＡＴＴＡＣＧＡＴＧＡＡＧＣＧＡＣＡＧＧＡＧＣＡＡＴＴＡＡＡＧＣＴＡＡＡＡＣＴＡＣＡＡＧＴＴＡＴＡＣＴＧＣＴＧＣＴＧＡＣＧＧＣＡＣＴＡＣＣＡＡＡＡＣＡＧＣＧＧＣＴＡＡＣＣＡＡＣＴＧＧＧＴＧＧＣＧＴＡＧＡＣＧＧＴＡＡＡＡＣＣＧＡＡＧＴＣＧＴＴＡＣＴＡＴＣＧＡＣＧＧＴＡＡＡＡＣＣＴＡＣＡＡＴＧＣＣＡＧＣＡＡＡＧＣＣＧＣＴＧＧＴＣＡＴＧＡＴＴＴＣＡＡＡＧＣＡＣＡＡＣＣＡＧＡＧＣＴＧＧＣＧＧＡＡＧＣＡＧＣＣＧＣＴＡＡＡＡＣＣＡＣＣＧＡＡＡＡＣＣＣＧＣＴＧＣＡＧＡＡＡＡＴＴＧＡＴＧＣＣＧＣＧＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＴＧＧＡＴＧＣＧＣＴＧＣＧＣＴＣＴＧＡＴＣＴＧＧＧＴＧＣＧＧＴＡＣＡＡＡＡＣＣＧＴＴＴＣＡＡＣＴＣＴＧＣＴＡＴＣＡＣＣＡＡＣＣＴＧＧＧＣＡＡＴＡＣＣＧＴＡＡＡＣＡＡＴＣＴＧＴＣＴＧＡＡＧＣＧＣＧＴＡＧＣＣＧＴＡＴＣＧＡＡＧＡＴＴＣＣＧＡＣＴＡＣＧＣＧＡＣＣＧＡＡＧＴＴＴＣＣＡＡＣＡＴＧＴＣＴＣＧＣＧＣＧＣＡＧＡＴＴＣＴＧＣＡＧＣＡＧＧＣＣＧＧＴＡＣＴＴＣＣＧＴＴＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＣＴＡＡＣＣＡＧＧＴＣＣＣＧＣＡＧＡＡＣＧＴＧＣＴＧＴＣＴＣＴＧＴＴＡＧＣＧＧＡＧＧＡＡＧＡＧＧＡＡＧＡＧＧＡＡＧＡＡＧＡＧＧＡＡＧＡＧＧＡＡＧＡＧＧＡＡＴＧＡＴＡＧ
配列番号７２７ ＳＴＦ２．１３Ｅ
ＭＡＱＶＩＮＴＮＳＬＳＬＬＴＱＮＮＬＮＫＳＱＳＡＬＧＴＡＩＥＲＬＳＳＧＬＲＩＮＳＡＫＤＤＡＡＧＱＡＩＡＮＲＦＴＡＮＩＫＧＬＴＱＡＳＲＮＡＮＤＧＩＳＩＡＱＴＴＥＧＡＬＮＥＩＮＮＮＬＱＲＶＲＥＬＡＶＱＳＡＮＳＴＮＳＱＳＤＬＤＳＩＱＡＥＩＴＱＲＬＮＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＫＶＬＡＱＤＮＴＬＴＩＱＶＧＡＮＤＧＥＴＩＤＩＤＬＫＱＩＮＳＱＴＬＧＬＤＳＬＮＶＱＫＡＹＤＶＫＤＴＡＶＴＴＫＡＹＡＮＮＧＴＴＬＤＶＳＧＬＤＤＡＡＩＫＡＡＴＧＧＴＮＧＴＡＳＶＴＧＧＡＶＫＦＤＡＤＮＮＫＹＦＶＴＩＧＧＦＴＧＡＤＡＡＫＮＧＤＹＥＶＮＶＡＴＤＧＴＶＴＬＡＡＧＡＴＫＴＴＭＰＡＧＡＴＴＫＴＥＶＱＥＬＫＤＴＰＡＶＶＳＡＤＡＫＮＡＬＩＡＧＧＶＤＡＴＤＡＮＧＡＥＬＶＫＭＳＹＴＤＫＮＧＫＴＩＥＧＧＹＡＬＫＡＧＤＫＹＹＡＡＤＹＤＥＡＴＧＡＩＫＡＫＴＴＳＹＴＡＡＤＧＴＴＫＴＡＡＮＱＬＧＧＶＤＧＫＴＥＶＶＴＩＤＧＫＴＹＮＡＳＫＡＡＧＨＤＦＫＡＱＰＥＬＡＥＡＡＡＫＴＴＥＮＰＬＱＫＩＤＡＡＬＡＱＶＤＡＬＲＳＤＬＧＡＶＱＮＲＦＮＳＡＩＴＮＬＧＮＴＶＮＮＬＳＥＡＲＳＲＩＥＤＳＤＹＡＴＥＶＳＮＭＳＲＡＱＩＬＱＱＡＧＴＳＶＬＡＱＡＮＱＶＰＱＮＶＬＳＬＬＡＥＥＥＥＥＥＥＥＥＥＥＥＥ
配列番号７２８ ＳＴＦ２（２ＣＳ）．ＨＡ１−２ Ｂ／ＭＡＬの核酸配列
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配列番号７２９ ＳＴＦ２（２ＣＳ）．ＨＡ１−２ Ｂ／ＭＡＬ（Ｃ末端へのＨＡ１−２の融合とＤ３への２ Ｈ１／Ｈ５ ＣＳの融合）
ＭＡＱＶＩＮＴＮＳＬＳＬＬＴＱＮＮＬＮＫＳＱＳＡＬＧＴＡＩＥＲＬＳＳＧＬＲＩＮＳＡＫＤＤＡＡＧＱＡＩＡＮＲＦＴＡＮＩＫＧＬＴＱＡＳＲＮＡＮＤＧＩＳＩＡＱＴＴＥＧＡＬＮＥＩＮＮＮＬＱＲＶＲＥＬＡＶＱＳＡＮＳＴＮＳＱＳＤＬＤＳＩＱＡＥＩＴＱＲＬＮＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＫＶＬＡＱＤＮＴＬＴＩＱＶＧＡＮＤＧＥＴＩＤＩＤＬＫＱＩＮＳＱＴＬＧＬＤＳＬＮＶＱＫＡＹＤＶＫＤＴＡＶＴＴＫＡＹＡＮＮＧＴＴＬＤＶＧＬＦＧＡＩＡＧＦＩＥＧＧＴＮＧＴＡＳＶＴＧＧＡＶＫＦＤＡＤＮＮＫＹＦＶＴＩＧＧＦＴＧＡＤＡＡＫＮＧＤＹＥＶＮＶＡＴＤＧＴＶＴＬＡＧＬＦＧＡＩＡＧＦＩＥＴＴＫＴＥＶＱＥＬＫＤＴＰＡＶＶＳＡＤＡＫＮＡＬＩＡＧＧＶＤＡＴＤＡＮＧＡＥＬＶＫＭＳＹＴＤＫＮＧＫＴＩＥＧＧＹＡＬＫＡＧＤＫＹＹＡＡＤＹＤＥＡＴＧＡＩＫＡＫＴＴＳＹＴＡＡＤＧＴＴＫＴＡＡＮＱＬＧＧＶＤＧＫＴＥＶＶＴＩＤＧＫＴＹＮＡＳＫＡＡＧＨＤＦＫＡＱＰＥＬＡＥＡＡＡＫＴＴＥＮＰＬＱＫＩＤＡＡＬＡＱＶＤＡＬＲＳＤＬＧＡＶＱＮＲＦＮＳＡＩＴＮＬＧＮＴＶＮＮＬＳＥＡＲＳＲＩＥＤＳＤＹＡＴＥＶＳＮＭＳＲＡＱＩＬＱＱＡＧＴＳＶＬＡＱＡＮＱＶＰＱＮＶＬＳＬＬＡＫＧＴＥＴＲＧＫＬＣＰＫＣＬＮＣＴＤＬＤＶＡＬＧＲＰＫＣＴＧＮＩＰＳＡＲＶＳＩＬＨＥＶＲＰＶＴＳＧＣＦＰＩＭＨＤＲＴＫＩＲＱＬＰＮＬＬＲＧＹＥＨＩＲＬＳＴＨＮＶＩＮＡＥＮＡＰＧＧＳＹＫＩＧＴＳＧＳＣＰＮＶＴＮＧＮＧＦＦＡＴＭＡＷＡＶＰＫＮＤＮＮＫＴＡＴＮＳＬＴＩＥＶＰＹＩＣＴＥＧＥＤＱＩＴＶＷＧＦＨＳＤＮＥＡＱＭＡＫＬＹＧＤＳＫＰＱＫＦＴＳＳＡＮＧＶＴＴＨＹＶＳＱＩＧＧＦＰＮＱＴＥＤＧＧＬＰＱＳＧＲＩＶＶＤＹＭＶＱＫＳＧＫＴＧＴＩＴＹＱＲＧＩＬＬＰＱＫＶＷＣＡＳＧＲＳＫＶＩＫＧ
配列番号７３０ ＳＴＦ２（２ＣＳ）．４Ｍ２ｅ（ＨＵ）の核酸配列
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配列番号７３１ ＳＴＦ２（２ＣＳ）．４Ｍ２ｅ（ＨＵ）（Ｃ末端への４ｘＭ２ｅの融合とＤ３への２ Ｈ１／Ｈ５ ＣＳの融合）
ＭＡＱＶＩＮＴＮＳＬＳＬＬＴＱＮＮＬＮＫＳＱＳＡＬＧＴＡＩＥＲＬＳＳＧＬＲＩＮＳＡＫＤＤＡＡＧＱＡＩＡＮＲＦＴＡＮＩＫＧＬＴＱＡＳＲＮＡＮＤＧＩＳＩＡＱＴＴＥＧＡＬＮＥＩＮＮＮＬＱＲＶＲＥＬＡＶＱＳＡＮＳＴＮＳＱＳＤＬＤＳＩＱＡＥＩＴＱＲＬＮＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＫＶＬＡＱＤＮＴＬＴＩＱＶＧＡＮＤＧＥＴＩＤＩＤＬＫＱＩＮＳＱＴＬＧＬＤＳＬＮＶＱＫＡＹＤＶＫＤＴＡＶＴＴＫＡＹＡＮＮＧＴＴＬＤＶＧＬＦＧＡＩＡＧＦＩＥＧＧＴＮＧＴＡＳＶＴＧＧＡＶＫＦＤＡＤＮＮＫＹＦＶＴＩＧＧＦＴＧＡＤＡＡＫＮＧＤＹＥＶＮＶＡＴＤＧＴＶＴＬＡＧＬＦＧＡＩＡＧＦＩＥＴＴＫＴＥＶＱＥＬＫＤＴＰＡＶＶＳＡＤＡＫＮＡＬＩＡＧＧＶＤＡＴＤＡＮＧＡＥＬＶＫＭＳＹＴＤＫＮＧＫＴＩＥＧＧＹＡＬＫＡＧＤＫＹＹＡＡＤＹＤＥＡＴＧＡＩＫＡＫＴＴＳＹＴＡＡＤＧＴＴＫＴＡＡＮＱＬＧＧＶＤＧＫＴＥＶＶＴＩＤＧＫＴＹＮＡＳＫＡＡＧＨＤＦＫＡＱＰＥＬＡＥＡＡＡＫＴＴＥＮＰＬＱＫＩＤＡＡＬＡＱＶＤＡＬＲＳＤＬＧＡＶＱＮＲＦＮＳＡＩＴＮＬＧＮＴＶＮＮＬＳＥＡＲＳＲＩＥＤＳＤＹＡＴＥＶＳＮＭＳＲＡＱＩＬＱＱＡＧＴＳＶＬＡＱＡＮＱＶＰＱＮＶＬＳＬＬＲＬＳＬＬＴＥＶＥＴＰＩＲＮＥＷＧＳＲＳＮＤＳＳＤＰＬＥＳＬＬＴＥＶＥＴＰＩＲＮＥＷＧＳＲＳＮＤＳＳＤＰＧＳＳＬＬＴＥＶＥＴＰＩＲＮＥＷＧＳＲＳＮＤＳＳＤＰＥＬＳＬＬＴＥＶＥＴＰＩＲＮＥＷＧＳＲＳＮＤＳＳＤＰＳＲ
配列番号７３２ ＳＴＦ２（２ＣＳ＋Ｒ）．４Ｍ２ｅ（ＨＵ）の核酸配列
ＡＴＧＧＣＡＣＡＡＧＴＡＡＴＣＡＡＣＡＣＴＡＡＣＡＧＴＣＴＧＴＣＧＣＴＧＣＴＧＡＣＣＣＡＧＡＡＴＡＡＣＣＴＧＡＡＣＡＡＡＴＣＣＣＡＧＴＣＣＧＣＡＣＴＧＧＧＣＡＣＣＧＣＴＡＴＣＧＡＧＣＧＴＣＴＧＴＣＴＴＣＴＧＧＴＣＴＧＣＧＴＡＴＣＡＡＣＡＧＣＧＣＧＡＡＡＧＡＣＧＡＴＧＣＧＧＣＡＧＧＴＣＡＧＧＣＧＡＴＴＧＣＴＡＡＣＣＧＴＴＴＣＡＣＣＧＣＧＡＡＣＡＴＣＡＡＡＧＧＴＣＴＧＡＣＴＣＡＧＧＣＴＴＣＣＣＧＴＡＡＣＧＣＴＡＡＣＧＡＣＧＧＴＡＴＣＴＣＣＡＴＴＧＣＧＣＡＧＡＣＣＡＣＴＧＡＡＧＧＣＧＣＧＣＴＧＡＡＣＧＡＡＡＴＣＡＡＣＡＡＣＡＡＣＣＴＧＣＡＧＣＧＴＧＴＧＣＧＴＧＡＡＣＴＧＧＣＧＧＴＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＡＡＣＡＧＣＡＣＣＡＡＣＴＣＣＣＡＧＴＣＴＧＡＣＣＴＣＧＡＣＴＣＣＡＴＣＣＡＧＧＣＴＧＡＡＡＴＣＡＣＣＣＡＧＣＧＣＣＴＧＡＡＣＧＡＡＡＴＣＧＡＣＣＧＴＧＴＡＴＣＣＧＧＣＣＡＧＡＣＴＣＡＧＴＴＣＡＡＣＧＧＣＧＴＧＡＡＡＧＴＣＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＡＣＡＡＣＡＣＣＣＴＧＡＣＣＡＴＣＣＡＧＧＴＴＧＧＣＧＣＣＡＡＣＧＡＣＧＧＴＧＡＡＡＣＴＡＴＣＧＡＴＡＴＣＧＡＴＣＴＧＡＡＧＣＡＧＡＴＣＡＡＣＴＣＴＣＡＧＡＣＣＣＴＧＧＧＴＣＴＧＧＡＣＴＣＡＣＴＧＡＡＣＧＴＧＣＡＧＡＡＡＧＣＧＴＡＴＧＡＴＧＴＧＡＡＡＧＡＴＡＣＡＧＣＡＧＴＡＡＣＡＡＣＧＡＡＡＧＣＴＴＡＴＧＣＣＡＡＴＡＡＴＧＧＴＡＣＴＡＣＧＣＴＧＧＡＴＧＴＡＣＧＣＧＧＣＴＴＧＴＴＣＧＧＣＧＣＴＡＴＴＧＣＴＧＧＴＴＴＣＡＴＴＧＡＡＧＧＴＧＧＴＡＣＧＡＡＴＧＧＴＡＣＧＧＣＴＴＣＴＧＴＡＡＣＣＧＧＴＧＧＴＧＣＧＧＴＴＡＡＡＴＴＴＧＡＣＧＣＡＧＡＴＡＡＴＡＡＣＡＡＧＴＡＣＴＴＴＧＴＴＡＣＴＡＴＴＧＧＴＧＧＣＴＴＴＡＣＴＧＧＴＧＣＴＧＡＴＧＣＣＧＣＣＡＡＡＡＡＴＧＧＣＧＡＴＴＡＴＧＡＡＧＴＴＡＡＣＧＴＴＧＣＴＡＣＴＧＡＣＧＧＴＡＣＡＧＴＡＡＣＣＣＴＴＧＣＧＣＧＣＧＧＣＴＴＧＴＴＣＧＧＣＧＣＴＡＴＴＧＣＴＧＧＴＴＴＣＡＴＴＧＡＡＡＣＡＡＣＴＡＡＡＡＣＡＧＡＡＧＴＡＣＡＧＧＡＧＴＴＡＡＡＡＧＡＴＡＣＡＣＣＧＧＣＡＧＴＴＧＴＴＴＣＡＧＣＡＧＡＴＧＣＴＡＡＡＡＡＴＧＣＣＴＴＡＡＴＴＧＣＴＧＧＣＧＧＣＧＴＴＧＡＣＧＣＴＡＣＣＧＡＴＧＣＴＡＡＴＧＧＣＧＣＴＧＡＧＴＴＧＧＴＣＡＡＡＡＴＧＴＣＴＴＡＴＡＣＣＧＡＴＡＡＡＡＡＴＧＧＴＡＡＧＡＣＡＡＴＴＧＡＡＧＧＣＧＧＴＴＡＴＧＣＧＣＴＴＡＡＡＧＣＴＧＧＣＧＡＴＡＡＧＴＡＴＴＡＣＧＣＣＧＣＡＧＡＴＴＡＣＧＡＴＧＡＡＧＣＧＡＣＡＧＧＡＧＣＡＡＴＴＡＡＡＧＣＴＡＡＡＡＣＣＡＣＡＡＧＴＴＡＴＡＣＴＧＣＴＧＣＴＧＡＣＧＧＣＡＣＴＡＣＣＡＡＡＡＣＡＧＣＧＧＣＴＡＡＣＣＡＡＣＴＧＧＧＴＧＧＣＧＴＡＧＡＣＧＧＴＡＡＡＡＣＣＧＡＡＧＴＣＧＴＴＡＣＴＡＴＣＧＡＣＧＧＴＡＡＡＡＣＣＴＡＣＡＡＴＧＣＣＡＧＣＡＡＡＧＣＣＧＣＴＧＧＴＣＡＴＧＡＴＴＴＣＡＡＡＧＣＡＣＡＡＣＣＡＧＡＧＣＴＧＧＣＧＧＡＡＧＣＡＧＣＣＧＣＴＡＡＡＡＣＣＡＣＣＧＡＡＡＡＣＣＣＧＣＴＧＣＡＧＡＡＡＡＴＴＧＡＴＧＣＣＧＣＧＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＴＧＧＡＴＧＣＧＣＴＧＣＧＣＴＣＴＧＡＴＣＴＧＧＧＴＧＣＧＧＴＡＣＡＡＡＡＣＣＧＴＴＴＣＡＡＣＴＣＴＧＣＴＡＴＣＡＣＣＡＡＣＣＴＧＧＧＣＡＡＴＡＣＣＧＴＡＡＡＣＡＡＴＣＴＧＴＣＴＧＡＡＧＣＧＣＧＴＡＧＣＣＧＴＡＴＣＧＡＡＧＡＴＴＣＣＧＡＣＴＡＣＧＣＧＡＣＣＧＡＡＧＴＴＴＣＣＡＡＣＡＴＧＴＣＴＣＧＣＧＣＧＣＡＧＡＴＴＴＴＧＣＡＧＣＡＧＧＣＣＧＧＴＡＣＴＴＣＣＧＴＴＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＣＴＡＡＣＣＡＧＧＴＣＣＣＧＣＡＧＡＡＣＧＴＧＣＴＧＴＣＴＣＴＧＴＴＡＣＧＴＣＴＧＡＧＣＴＴＧＣＴＧＡＣＴＧＡＧＧＴＴＧＧＡＣＣＣＣＧＡＴＴＣＧＣＡＡＣＧＡＡＴＧＧＧＧＴＴＣＣＣＧＴＴＣＣＡＡＣＧＡＴＴＣＴＴＣＣＧＡＣＣＣＧＣＴＣＧＡＧＡＧＣＣＴＧＴＴＧＡＣＣＧＡＧＧＴＴＧＡＡＡＣＣＣＣＴＡＴＣＣＧＴＡＡＴＧＡＡＴＧＧＧＧＣＴＣＣＣＧＴＡＧＣＡＡＣＧＡＣＴＣＴＴＣＴＧＡＣＣＣＡＧＧＡＴＣＣＴＣＣＣＴＣＴＴＧＡＣＣＧＡＡＧＴＧＧＡＡＡＣＧＣＣＴＡＴＴＣＧＴＡＡＴＧＡＧＴＧＧＧＧＴＴＣＴＣＧＴＡＧＣＡＡＴＧＡＣＡＧＣＴＣＧＧＡＣＣＣＧＧＡＧＣＴＣＴＣＧＣＴＧＣＴＧＡＣＧＧＡＡＧＴＧＧＡＧＡＣＴＣＣＧＡＴＣＣＧＴＡＡＣＧＡＧＴＧＧＧＧＣＴＣＴＣＧＣＴＣＴＡＡＣＧＡＴＡＧＣＴＣＡＧＡＣＣＣＧＴＣＴＡＧＡＴＡＡＴＡＡ
配列番号７３３ ＳＴＦ２（２ＣＳ＋Ｒ）．４Ｍ２ｅ（ＨＵ）（Ｃ末端への４ｘＭ２ｅの融合とＤ３への２ Ｈ１／Ｈ５ ＣＳの融合；保存Ｒ残基がＣＳのＮ末端に付加）
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配列番号７３４ ＳＴＦ２４ＣＳ．４Ｍ２ｅ（ＨＵ）の核酸（領域１での２ｘＣＳおよびＲｅｇ３での２ｘＣＳ）
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配列番号７３５ ＳＴＦ２４ＣＳ．４Ｍ２ｅ（ＨＵ）（領域１の２ｘＣＳおよびＲｅｇ３の２ｘＣＳ）（Ｃ末端への４ｘＭ２ｅの融合とＤ３の一部への４ Ｈ１／Ｈ５ ＣＳの融合）
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配列番号７３６ ＳＴＦ２（４ＣＳ：Ｒｅｇ１２３４）．４Ｍ２ｅ（ＨＵ）の核酸配列
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配列番号７３７ ＳＴＦ２（４ＣＳ：Ｒｅｇ１２３４）．４Ｍ２ｅ（ＨＵ）（Ｃ末端への４ｘＭ２ｅの融合とＤ３の一部への４ Ｈ１／Ｈ５ ＣＳの融合）
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配列番号７３８ ＳＴＦ２Ｄ３．ＨＡ１−１ ＳＩの核酸配列
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配列番号７３９ ＳＴＦ２Ｄ３．ＨＡ１−１ ＳＩ
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配列番号７４０ ＳＴＦ２Ｄ３Ｎ．ＨＡ１−１ ＳＩの核酸配列
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配列番号７４１ ＳＴＦ２Ｄ３Ｎ．ＨＡ１−１ ＳＩ
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配列番号７４２ ＳＴＦ２Ｄ３ＮＣｓ．ＨＡ１−１ ＳＩの核酸配列
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配列番号７４３ ＳＴＦ２Ｄ３ＮＣｓ．ＨＡ１−１ ＳＩ
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配列番号７４４ 核酸配列 ＳＴＦ２Ｄ３．ＨＡ１−１ ＶＮ
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配列番号７４５ ＳＴＦ２Ｄ３．ＨＡ１−１ ＶＮ
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配列番号７４６ ＳＴＦ２Ｄ３Ｎ．ＨＡ１−１ ＶＮの核酸配列
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配列番号７４７ ＳＴＦ２Ｄ３Ｎ．ＨＡ１−１ ＶＮ
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配列番号７４８ ＳＴＦ２Ｄ３ＮＣｓ．ＨＡ１−１ ＶＮの核酸配列
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配列番号７４９ ＳＴＦ２Ｄ３ＮＣｓ．ＨＡ１−１ ＶＮ
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配列番号７５０ ＳＴＦ２Ｄ０Ｄ２Ｄ３．ＨＡ１−１ ＶＮの核酸配列
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配列番号７５１ ＳＴＦ２Ｄ０Ｄ２Ｄ３．ＨＡ１−１ ＶＮ
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配列番号７５２ ＳＴＦ２Ｄ３．ＨＡ１−２ ＳＩの核酸配列
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配列番号７５３ ＳＴＦ２Ｄ３．ＨＡ１−２ ＳＩ
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配列番号７５４ ＳＴＦ２Ｄ３Ｎ．ＨＡ１−２ ＳＩの核酸配列
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配列番号７５５ ＳＴＦ２Ｄ３Ｎ．ＨＡ１−２ ＳＩ
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配列番号７５６ ＳＴＦ２Ｄ３ＮＣｓ．ＨＡ１−２ ＳＩの核酸配列
ＡＴＧＧＧＴＣＡＧＧＣＧＡＴＴＧＣＴＡＡＣＣＧＴＴＴＣＡＣＣＧＣＧＡＡＣＡＴＣＡＡＡＧＧＴＣＴＧＡＣＴＣＡＧＧＣＴＴＣＣＣＧＴＡＡＣＧＣＴＡＡＣＧＡＣＧＧＴＡＴＣＴＣＣＡＴＴＧＣＧＣＡＧＡＣＣＡＣＴＧＡＡＧＧＣＧＣＧＣＴＧＡＡＣＧＡＡＡＴＣＡＡＣＡＡＣＡＡＣＣＴＧＣＡＧＣＧＴＧＴＧＣＧＴＧＡＡＣＴＧＧＣＧＧＴＴＣＡＧＴＣＴＧＣＴＡＡＣＡＧＣＡＣＣＡＡＣＴＣＣＣＡＧＴＣＴＧＡＣＣＴＣＧＡＣＴＣＣＡＴＣＣＡＧＧＣＴＧＡＡＡＴＣＡＣＣＣＡＧＣＧＣＣＴＧＡＡＣＧＡＡＡＴＣＧＡＣＣＧＴＧＴＡＴＣＣＧＧＣＣＡＧＡＣＴＣＡＧＴＴＣＡＡＣＧＧＣＧＴＧＡＡＡＧＴＣＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＡＣＡＡＣＡＣＣＣＴＧＡＣＣＡＴＣＣＡＧＧＴＴＧＧＣＧＣＣＡＡＣＧＡＣＧＧＴＧＡＡＡＣＴＡＴＣＧＡＴＡＴＣＧＡＴＣＴＧＡＡＧＣＡＧＡＴＣＡＡＣＴＣＴＣＡＧＡＣＣＣＴＧＧＧＴＣＴＧＧＡＣＴＣＡＣＴＧＡＡＣＧＴＧＣＡＧＡＡＡＧＣＧＴＡＴＧＡＴＧＴＧＡＡＡＧＡＴＡＣＡＧＣＡＧＴＡＡＣＡＡＣＧＡＡＡＧＣＴＧＣＡＧＴＴＧＴＴＴＣＡＧＣＡＧＡＴＧＣＴＡＡＡＡＡＴＧＣＣＴＴＡＡＴＴＧＣＴＧＧＣＧＧＣＧＴＴＧＡＣＧＣＴＡＣＣＧＡＴＧＣＴＡＡＴＧＧＣＧＣＴＧＡＧＴＴＧＧＴＣＡＡＡＡＴＧＴＣＴＴＡＴＡＣＣＧＡＴＡＡＡＡＡＴＧＧＴＡＡＧＡＣＡＡＴＴＧＡＡＧＧＣＧＧＴＴＡＴＧＣＧＣＴＴＡＡＡＧＣＴＧＧＣＧＡＴＡＡＧＴＡＴＴＡＣＧＣＣＧＣＡＧＡＴＴＡＣＧＡＴＧＡＡＧＣＧＡＣＡＧＧＡＧＣＡＡＴＴＡＡＡＧＣＴＡＡＡＡＣＴＡＣＡＡＧＴＴＡＴＡＣＴＧＣＴＧＣＴＧＡＣＧＧＣＡＣＴＡＣＣＡＡＡＡＣＡＧＣＧＧＣＴＡＡＣＣＡＡＣＴＧＧＧＴＧＧＣＧＴＡＧＡＣＧＧＴＡＡＡＡＣＣＧＡＡＧＴＣＧＴＴＡＣＴＡＴＣＧＡＣＧＧＴＡＡＡＡＣＣＴＡＣＡＡＴＧＣＣＡＧＣＡＡＡＧＣＣＧＣＴＧＧＴＣＡＴＧＡＴＴＴＣＡＡＡＧＣＡＣＡＡＣＣＡＧＡＧＣＴＧＧＣＧＧＡＡＧＣＡＧＣＣＧＣＴＡＡＡＡＣＣＡＣＣＧＡＡＡＡＣＣＣＧＣＴＧＣＡＧＡＡＡＡＴＴＧＡＴＧＣＣＧＣＧＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＴＧＧＡＴＧＣＧＣＴＧＣＧＣＴＣＴＧＡＴＣＴＧＧＧＴＧＣＧＧＴＡＣＡＡＡＡＣＣＧＴＴＴＣＡＡＣＴＣＴＧＣＴＡＴＣＡＣＣＡＡＣＣＴＧＧＧＣＡＡＴＡＣＣＧＴＡＡＡＣＡＡＴＣＴＧＴＣＴＧＡＡＧＣＧＣＧＴＡＧＣＣＧＴＡＴＣＧＡＡＧＡＴＴＣＣＧＡＣＴＡＣＧＣＧＡＣＣＧＡＡＧＴＴＴＣＣＡＡＣＡＴＧＴＣＴＣＧＣＧＣＧＣＡＧＡＴＴＣＴＧＣＡＧＣＡＧＧＣＣＧＧＴＡＣＴＴＣＣＧＴＴＣＴＧＧＣＧＣＡＧＧＣＴＡＡＣＣＡＧＡＡＡＧＧＴＡＴＣＧＣＡＣＣＡＣＴＧＣＡＧＣＴＧＧＧＴＡＡＣＴＧＴＴＣＴＧＴＡＧＣＡＧＧＴＴＧＧＡＴＣＣＴＧＧＧＴＡＡＣＣＣＧＧＡＡＴＧＴＧＡＧＣＴＧＣＴＧＡＴＴＴＣＴＣＧＴＧＡＡＡＧＣＴＧＧＴＣＴＴＡＣＡＴＣＧＴＣＧＡＧＡＡＡＣＣＧＡＡＣＣＣＧＧＡＡＡＡＴＧＧＴＡＣＴＴＧＣＴＡＣＣＣＧＧＧＴＣＡＴＴＴＣＧＣＡＧＡＴＴＡＣＧＡＡＧＡＡＣＴＧＣＧＣＧＡＡＣＡＧＣＴＧＴＣＴＴＣＴＧＴＴＴＣＴＴＣＣＴＴＣＧＡＧＣＧＴＴＴＣＧＡＡＡＴＣＴＴＣＣＣＧＡＡＡＧＡＡＴＣＣＴＣＴＴＧＧＣＣＧＡＡＣＣＡＣＡＣＴＡＣＴＡＣＣＧＧＣＧＴＧＴＣＴＧＣＧＴＣＣＴＧＣＡＧＣＣＡＣＡＡＣＧＧＣＧＡＡＡＧＣＴＣＣＴＴＣＴＡＣＡＡＡＡＡＣＣＴＧＣＴＧＴＧＧＣＴＧＡＣＣＧＧＣＡＡＧＡＡＣＧＧＴＣＴＧＴＡＴＣＣＧＡＡＣＣＴＧＡＧＣＡＡＡＡＧＣＴＡＴＧＣＴＡＡＣＡＡＣＡＡＡＧＡＧＡＡＡＧＡＡＧＴＧＣＴＧＧＴＡＣＴＧＴＧＧＧＧＴＧＴＴＣＡＣＣＡＣＣＣＴＣＣＧＡＡＣＡＴＴＧＧＣＧＡＴＣＡＧＣＧＣＧＣＴＣＴＧＴＡＣＣＡＣＡＡＡＧＡＡＡＡＣＧＣＡＴＡＣＧＴＡＡＧＣＧＴＴＧＴＧＴＣＴＴＣＴＣＡＣＴＡＣＡＧＣＣＧＴＡＡＡＴＴＣＡＣＧＣＣＧＧＡＡＡＴＣＧＣＴＡＡＡＣＧＣＣＣＴＡＡＡＧＴＧＣＧＴＧＡＣＣＡＧＧＡＡＧＧＴＣＧＣＡＴＣＡＡＣＴＡＣＴＡＴＴＧＧＡＣＣＣＴＧＣＴＧＧＡＡＣＣＴＧＧＴＧＡＣＡＣＣＡＴＴＡＴＣＴＴＣＧＡＡＧＣＡＡＡＣＧＧＴＡＡＴＣＴＧＡＴＣＧＣＡＣＣＴＣＧＴＴＡＴＧＣＴＴＴＣＧＣＣＣＴＧＴＣＴＣＧＴＧＧＴＴＴＴＧＧＴＴＣＣＧＧＣＡＴＴＡＴＣＡＡＣＴＣＴＴＡＡＴＡＡ
配列番号７５７ ＳＴＦ２Ｄ３ＮＣｓ．ＨＡ１−２ ＳＩ
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配列番号７５８ ＳＴＦ２Ｄ３．ＨＡ１−２ ＶＮの核酸配列
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配列番号７５９ ＳＴＦ２Ｄ３．ＨＡ１−２ ＶＮ
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配列番号７６０ ＳＴＦ２Ｄ３Ｎ．ＨＡ１−２ ＶＮの核酸配列
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配列番号７６１ ＳＴＦ２Ｄ３Ｎ．ＨＡ１−２ ＶＮ
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配列番号７６２ ＳＴＦ２Ｄ３ＮＣｓ．ＨＡ１−２ ＶＮの核酸配列
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配列番号７６３ ＳＴＦ２Ｄ３ＮＣｓ．ＨＡ１−２ ＶＮ
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配列ＩＤ：８００ ＳＴＦ２．Ｒ３Ｄ０．ＨＡ１−２ ＰＲ８
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配列ＩＤ：８０４ ＳＴＦ２．Ｒ０３．ＨＡ１−２ ＰＲ８
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配列ＩＤ：８０５ ＳＴＦ２．Ｒ０３．ＨＡ１−２ ＳＩ
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配列ＩＤ：８０６ ＳＴＦ２．Ｒ０３．ＨＡ１−２ ＶＮ
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配列ＩＤ：８０７ ＳＴＦ２．Ｒ０３．ＨＡ１−２ Ｂ／Ｍａｌ
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配列ＩＤ：８０８ ＳＴＦ２．Ｄ３Ｎ．ＨＡ１−２ ＳＩ
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配列ＩＤ：８０９ ＳＴＦ２．Ｄ３Ｎ．ＨＡ１−２ ＶＮ
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配列ＩＤ：８１０ ＳＴＦ２．Ｄ３ＮＣｓ．ＨＡ１−２ ＳＩ
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配列ＩＤ：８１１ ＳＴＦ２．Ｄ３ＮＣｓ．ＨＡ１−２ ＶＮ
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配列ＩＤ：８１２ ＳＴＦ２．Ｄ１．ＨＡ１−１ ＶＮ （ＳＴＦ２．Ｄ０Ｄ２Ｄ３．ＨＡ１−１ ＶＮとも）
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配列番号８１４ ｆｌｉＣ Ｒ３Ｄ０
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配列番号８１５ 大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）Ｒ３Ｄ０
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配列番号８１６ 枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｒ３Ｄ０
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配列番号８１７ ｆｌｉＣ Ｄ３Ｎ
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配列番号８１８ 大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）Ｄ３Ｎ
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配列番号８１９ 枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｄ３Ｎ
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配列番号８２０ ｆｌｉＣ Ｄ３ＮＣｓ
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配列番号８２１ 大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）Ｄ３ＮＣｓ
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配列番号８２２ 枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｄ３ＮＣｓ
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配列番号８２３ ｆｌｉＣ Ｄ０Ｄ２Ｄ３
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配列番号８２４ 大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）Ｄ０Ｄ２Ｄ３
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配列番号８２５ 枯草菌（Ｂａｃｉｌｌｕｓ ｓｕｂｔｉｌｉｓ）Ｄ０Ｄ２Ｄ３
ｍｇｌａｉｓｅｋｍｒｓｑｉｒｇｌｄｍａｓｋｎａｑｄｇｉｓｌｉｑｔｓｅｇａｌｎｅｔｈｓｉｌｑｒｍｓｅｌａｔｑａａｎｄｔｎｔｄｓｄｒｓｅｌｑｋｅｍｄｑｌａｓｅｖｔｒｉｓｔｄｔｅｆｎｔｋｋｌｌｄｇｔａｑｎｌｔｆｑｉｇａｎｅｇｑｔｍｓｌｓｉｎｋｍｄｓｅｓｌｋｖｇａａｓｓａｌｔｔｉｋｔａｉｄｔｖｓｓｅｒａｋｌｇａｖｑｎｒｌｅｈｔｉｎｎｌｇｔｓｓｅｎｌｔｓａｅｓｒ
配列番号８２６ ＨＡ全長ＳＩ
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配列番号８２７ ＨＡ全長配列Ａ／ニューカレドニア／２０／９９
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ｆｗｍｃｓｎｇｓｌｑ ｃｒｉｃｉ
配列番号８２８ ＨＡ全長配列Ａ／ウィスコンシン／６７ｅ５／２００５
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配列番号８２９ ＨＡ全長配列Ａ／ベトナム／１２０３／２００４
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配列番号８３０ ＨＡ全長配列Ｂ／フロリダ／４／２００６
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配列番号８３１ ＨＡ全長配列Ｂ／マレーシア／２５０６／２００４
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別の実施形態では、本発明は、本発明のタンパク質、抗原タンパク質成分、融合タンパク質、アミノ酸配列、フラジェリン成分に対して配列同一性が少なくとも約５０．０％、少なくとも約６０．０％、少なくとも約７０．０％、少なくとも約７５．０％、少なくとも約８４．０％、少なくとも約８０．０％、少なくとも約８５．０％、少なくとも約８６．０％、少なくとも約８８．０％、少なくとも約９０．０％、少なくとも約９５．０％、少なくとも約９８．０％、少なくとも約９９．０％であるタンパク質、ペプチド、ポリペプチドを含む。
もうひとつの実施形態では、本発明は、配列番号配列番号２８〜３４に示すような、挿入または欠失がなく、近接アミノ酸配列と配列同一性が少なくとも約５０．０％、少なくとも約６０．０％、少なくとも約７０．０％、少なくとも約７５．０％、少なくとも約８４．０％、少なくとも約８０．０％、少なくとも約８５．０％、少なくとも約８６．０％、少なくとも約８８．０％、少なくとも約９０．０％、少なくとも約９５．０％、少なくとも約９８．０％、少なくとも約９９．０％のアミノ酸配列またはアミノ酸配列をコードする核酸配列である。
最適な比較目的（第１の配列の配列にギャップを導入可能など）で配列をアライメントして、２つのアミノ酸配列（または２つの核酸配列）の同一率を求めることが可能である。次に、対応する位置のアミノ酸配列または核酸配列を比較し、２つの配列の同一率は、配列間の同一位置の数の関数となる（すなわち、同一性の％＝同一位置の数／位置の合計数×１００）。タンパク質または核酸エンコーディングの長さを比較目的でアライメントすることが可能であり、たとえば、本発明の抗原の核酸配列（配列番号１１４〜１２０、５２３、５２５、５４５、６４５、６４７、６４９、６５１、６１８、４５９、４６２、４７６、４８４など）、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニスト（配列番号３４、２２、２７など）または融合タンパク質（配列番号６６７〜６７２、５５３、５５５、５６９、６２８、６３０、６３２、６３４、４５１〜４５３、４５５、４５７、４６３〜４６５、６６０、６６４など）の基準配列の長さの少なくとも約３０．０％、少なくとも約４０．０％、少なくとも約５０．０％、少なくとも約６０．０％、少なくとも約７０．０％、少なくとも約７５．０％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５．０％、少なくとも約９０．０％、少なくとも約９５．０％、少なくとも約９８．０％、少なくとも約９９．０％または１００％である。
２つの配列間の実際の比較は、たとえば、数学的アルゴリズムを用いて周知の方法で達成可能である。このような数学的アルゴリズムの好ましい非限定的な例が、Ｋａｒｌｉｎら（Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ． ＵＳＡ， ９０：５８７３〜５８７７ （１９９３）、その教示内容全体を参照により本明細書に援用する）に記載されている。Ｓｃｈａｆｆｅｒら（Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．， ２９：２９９４〜３００５ （２００１）、その教示内容全体を参照により本明細書に援用する）に記載されているように、このようなアルゴリズムは、ＢＬＡＳＴＮおよびＢＬＡＳＴＸプログラム（バージョン２．２）に取り入れられている。ＢＬＡＳＴおよびギャップＢＬＡＳＴプログラムを用いる場合、それぞれのプログラムのデフォルトのパラメータ（ＢＬＡＳＴＮ；Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎのインターネットサイトで利用可能など）を使用すればよい。一実施形態では、検索対象とするデータベースが非冗長（ＮＲ）データベースであり、配列比較のパラメータを以下のように設定可能である：フィルタなし；期待値１０；ワードサイズ３；マトリクスはＢＬＯＳＵＭ６２；Ｇａｐ ＣｏｓｔｓはＥｘｉｓｔｅｎｃｅが１１でＥｘｔｅｎｓｉｏｎが１。
配列の比較に利用するもうひとつの数学的アルゴリズムが、ＭｙｅｒｓおよびＭｉｌｌｅｒのアルゴリズムであり、ＣＡＢＩＯＳ（１９８９）、その教示内容全体を参照により本明細書に援用する。このようなアルゴリズムは、ＧＣＧ（Ａｃｃｅｌｒｙｓ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）配列アライメントソフトウエアパッケージの一部であるＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に取り入れられている。アミノ酸配列の比較にＡＬＩＧＮプログラムを利用する場合、ＰＡＭ１２０重み付き残差表、ギャップ長ペナルティ１２、ギャップペナルティ４を使用する。配列解析は従来技術において周知であり、ＴｏｒｅｌｌｉｓおよびＲｏｂｏｔｔｉ（Ｃｏｍｐｕｔ． Ａｐｐｌ． Ｂｉｏｓｃｉ．， １０： ３〜５ （１９９４）、その教示内容全体を参照により本明細書に援用する）に記載されているようなＡＤＶＡＮＣＥおよびＡＤＡＭ；ＰｅａｒｓｏｎおよびＬｉｐｍａｎ（Ｐｒｏｃ． Ｎａｔｌ． Ａｃａｄ． Ｓｃｉ ＵＳＡ， ８５： ２４４４〜２４４８ （１９８８）、その教示内容全体を参照により本明細書に援用する）に記載されているＦＡＳＴＡを含む。
２つのアミノ酸配列間の同一率は、Ｂｌｏｓｓｏｍ ６３マトリクスまたはＰＡＭ２５０マトリクスのいずれかを使用し、ギャップ重み１２、１０、８、６または４、長さ重み２、３または４で、ＧＣＧソフトウエアパッケージ（Ａｃｃｅｌｒｙｓ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）のギャッププログラムを用いて達成可能である。さらにもうひとつの実施形態では、２つの核酸配列の同一率を、ギャップ重み５０、長さ重み３でＧＣＧソフトウエアパッケージ（Ａｃｃｅｌｒｙｓ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）のＧＡＰプログラムを用いて達成可能である。
本明細書に記載の抗原タンパク質成分をコードする核酸配列あるいは、本発明のフラジェリン成分、本発明のポリペプチド、アミノ酸配列および融合タンパク質は、選択的ハイブリダイゼーション条件（高度にストリンジェントなハイブリダイゼーション条件など）で本発明の核酸配列または核酸配列の相補体とハイブリダイズする核酸配列と、本発明のアミノ酸配列および融合タンパク質をコードする核酸配列とを含み得る。本明細書で使用する場合、「低ストリンジェンシーでハイブリダイズする」、「中程度のストリンジェンシーでハイブリダイズする」、「高ストリンジェンシーでハイブリダイズする」または「極めて高ストリンジェンシーの条件でハイブリダイズする」という表現は、核酸配列のハイブリダイゼーションおよび洗浄の条件について示したものである。水性方法と非水性方法を含む、ハイブリダイゼーション反応を実施するための手引きが、Ａｕｂｕｓｅｌ， Ｆ．Ｍ．ら， Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ， Ｎ．Ｙ． （２００１）に見られ、その教示内容全体を参照により本明細書に援用する。
高い選択性が必要な用途では、ハイブリッドを形成するための比較的高ストリンジェンシーの条件を採用可能である。膜ベースのハイブリダイゼーションで用いる溶液において、ホルムアミドなどの有機溶媒を加えると、低温で反応を起こすことができる。高ストリンジェンシーな条件は、たとえば、比較的低塩および／または高温の条件である。高ストリンジェンシーは、約０．０２Ｍ〜約０．１０ＭのＮａＣｌを用いて、約５０℃〜約７０℃の温度で得られる。高ストリンジェンシーの条件を用いると、２つの配列間のミスマッチの数を抑えることができる。これよりは低ストリンジェントな条件を達成するには、塩濃度を高めるおよび／または温度を下げるようにすればよい。中程度のストリンジェンシー条件は、塩濃度がＮａＣｌ約０．１〜約０．２５Ｍ、温度約３７℃〜約５５℃で達成されるのに対し、低ストリンジェンシー条件は塩濃度がＮａＣｌ約０．１５Ｍ〜約０．９Ｍ、温度約２０℃〜約５５℃の範囲で達成される。ハイブリダイゼーションの成分と条件の選択については、当業者間で周知であり、Ａｕｓｕｂｅｌら（１９９７、Ｓｈｏｒｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ， Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ Ｎ．Ｙ．、ユニット２．８〜２．１１、３．１８〜３．１９、４〜６４．９）に概説されている。
「被検体」は、本明細書で使用する場合、霊長類または齧歯類（ラット、マウスなど）といった哺乳動物であってもよい。特定の実施形態では、被検体がヒトである。
「有効量」とは、本発明の組成物および融合タンパク質の量を示す場合、その量または用量の組成物および融合タンパク質が、被検体に投与したときに、治療有効性を得るのに十分な量（被検体における免疫応答を刺激するのに十分な量、被検体で防御免疫を提供するのに十分な量など）であることを示す。本発明の組成物および融合タンパク質については、一用量で投与してもよいし、複数用量で投与しても構わない。
本発明の方法は、経腸的手段または非経口手段によって本発明の組成物および融合タンパク質を投与することで達成可能である。具体的には、投与経路は、組成物および融合タンパク質の経口摂取（飲料剤、錠剤、カプセル形態など）または筋肉注射によるものである。静脈内、皮内、動脈内、腹腔内または皮下経路および鼻腔内投与をはじめとする、同じく本発明に包含される他の投与経路。坐薬または経皮パッチも利用可能である。
本発明の組成物、融合タンパク質およびタンパク質は、被検体の自家樹状細胞にｅｘ ｖｉｖｏで投与可能である。樹状細胞を本発明の組成物およびタンパク質に曝露した後、樹状細胞を被検体に投与することが可能である。
本発明の組成物、融合タンパク質およびタンパク質は、患者に対して単独で投与してもよいし、併用投与してもよい。併用投与とは、本発明の組成物、タンパク質またはポリペプチドの、単独または組み合わせでの同時または逐次投与を含むことを意図している。組成物およびタンパク質を個々に投与する場合、投与モードは、被検体において免疫応答を刺激する効果が最大になるように、互いに時間的に十分に近い状態で実施可能である（たとえば、組成物の投与が融合タンパク質の投与と時間的に近い）。また、複数の投与経路（筋肉内、経口、経皮など）を用いて本発明の組成物およびタンパク質を投与可能であることも想定されている。
本発明の組成物、融合タンパク質およびタンパク質は、単独あるいは、抽出物を有害な形で反応することのない経腸的適用または非経口適用に適した薬学的または生理学的に許容可能な有機または無機キャリア物質などの従来の賦形剤との混合物として投与可能である。薬学的に許容される好適なキャリアとしては、水、塩溶液（リンゲル溶液など）、アルコール、油、ゼラチンならびに、ラクトース、アミロースまたはスターチなどの炭水化物、脂肪酸エステル、ヒドロキシメチルセルロース、ポリビニルピロリジンがあげられる。このような調製物は滅菌可能であり、必要があれば、本発明の組成物、タンパク質またはポリペプチドと有害な形で反応することのない潤滑剤、保存剤、安定剤、湿潤剤、乳化剤、浸透圧に影響を与えるための塩、緩衝液、着色物質および／または芳香物質などの助剤と混合可能である。この調製物は、必要があれば、代謝分解を抑えるための他の活性物質とも組み合わせることが可能である。本発明の組成物およびタンパク質は、飲料剤などの経口投与、筋肉注射または腹腔内注射あるいは、鼻腔内送達によって投与可能である。組成物およびタンパク質単独あるいは、混合物との組み合わせた場合、単回用量または所望の効果を得るための期間にわたって２以上の用量で投与可能である。
非経口適用が必要または望ましい場合、この組成物、融合タンパク質およびタンパク質に特に適した混合物は、注射可能な滅菌溶液、好ましくは油性溶液または水溶液ならびに、懸濁液、エマルションまたはインプラント（坐薬を含む）である。特に、非経口投与用のキャリアとしては、デキストロース水溶液、生理食塩水、純水、エタノール、グリセロール、プロピレングリコール、落花生油、ゴマ油、ポリオキシエチレンブロックポリマーなどがあげられる。アンプルが都合のよい単位薬用量である。組成物、タンパク質またはポリペプチドは、経皮ポンプまたはパッチでも投与可能である。本発明で用いるのに適した薬学的混合物は当業者間で周知であり、たとえば、Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（第１７版， Ｍａｃｋ Ｐｕｂ． Ｃｏ．， Ｅａｓｔｏｎ， ＰＡ）および国際公開第９６／０５３０９号パンフレット（その教示内容を参照により本明細書に援用する）に記載されている。
本発明の組成物、融合タンパク質およびタンパク質は、本発明の組成物、タンパク質および融合タンパク質を被検体の免疫系に提示して、被検体で免疫応答を生成する支持体で被検体に投与可能である。本発明の組成物、タンパク質および融合タンパク質の提示は、好ましくはウイルスタンパク質の抗原部分を露出して抗体を生成することを含む。本発明の組成物、タンパク質および融合タンパク質の成分（ＰＡＭＰおよびウイルスタンパク質など）は、支持体上で互いに物理的に近接していてもよい。支持体は生体適合性である。「生体適合性」とは、本明細書で使用する場合、支持体が被検体で免疫応答（抗体産生など）を生成しないことを意味する。
被検体に投与される薬用量および頻度（単一または複数用量）は、ウイルス抗原への事前曝露、ウイルスタンパク質、ウイルス感染期間、ウイルス感染の前処置、組成物、タンパク質またはポリペプチドの投与経路；被検体の体格、年齢、性別、健康状態、体重、肥満度指数、食事；ウイルス曝露、ウイルス感染ならびに、ウイルス感染を担う特定のウイルスの性質と症候の度合い、またはウイルス抗原の治療または感染、併用処置の種類、ウイルス曝露、ウイルス感染または曝露による合併症または他の健康関連の問題をはじめとする多岐にわたる要因に応じて可変である。本発明の方法および組成物、タンパク質またはポリペプチドと併用して、他の治療計画または治療薬を使用可能である。たとえば、組成物およびタンパク質の投与は、他のウイルス治療手順、あるいはウイルスおよび抗原に曝露されることまたはウイルス感染などに関連するまたはその結果である症状の症候を治療するための作用剤の使用によるものである。確立された薬用量（頻度および期間など）の調節と操作については、当業者の能力の範囲内である。
一実施形態では、本発明の組成物、タンパク質および融合タンパク質を、約１０．０μｇ用量、約５．０μｇ用量、約３．０μｇ用量、約２．５μｇ用量、約１．０μｇ用量、約０．５μｇ用量、約０．３μｇ用量、約０．２５μｇ用量、約０．１μｇ用量、約０．０５μｇ用量、約０．０２５μｇ用量、約０．０１μｇ用量からなる群から選択される少なくとも１つの用量で、被検体（ヒトなど）に投与可能である。
組成物および／または組成物、タンパク質および融合タンパク質の用量を、一用量または複数用量（少なくとも２用量など）でヒトに投与可能である。複数用量を被検体に投与する場合、第２の、つまり初期用量に加えた用量を、初期用量の数日（１日、２日、３日、４日、５日、６日または７日など）後、数週間（１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間など）後、数ヵ月（１ヵ月、２ヵ月、３ヵ月、４ヵ月、５ヵ月、６ヵ月、７ヵ月、８ヵ月、９ヵ月、１０ヵ月など）後または数年（１年、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年など）後に投与可能である。たとえば、第１の用量の投与約７日後、約１４日後または約２８日後に、第２の用量の組成物を投与可能である。
本発明の組成物および当該組成物を用いる方法は、キャリアタンパク質をさらに含むものであってもよい。キャリアタンパク質は、破傷風トキソイド、コレラ菌トキソイド、ジフテリアトキソイド、ジフテリアトキソイドの交差反応突然変異体、熱不安定性エンテロトキシンの大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）Ｂサブユニット、タバコモザイクウイルスコートタンパク質、狂犬病ウイルスエンベロープタンパク質、狂犬病ウイルスエンベロープ糖タンパク質、サイログロブリン、熱ショックタンパク質６０、キーホールリンペットヘモシアニン、初期分泌抗原結核−６からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーであってもよい。
「キャリア」は、本明細書で使用する場合、保護免疫応答の刺激を強められる分子（タンパク質、ペプチドなど）を示す。キャリアは、組成物に対して物理的に結合（組換え技術、ペプチド合成、化学的コンジュゲーションまたは化学反応による連結など）または組成物と混合可能である。
本明細書に記載の方法および組成物で用いられるキャリアは、たとえば、破傷風トキソイド（Ｔｅｔａｎｕｓ ｔｏｘｏｉｄ）（ＴＴ）、コレラ菌（Ｖｉｂｒｉｏ ｃｈｏｌｅｒａｅ）トキソイド、ジフテリア（Ｄｉｐｈｔｈｅｒｉａ）トキソイド（ＤＴ）、ジフテリアトキソイドの交差反応突然変異体（ＣＲＭ）、大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）エンテロトキシン、熱不安定性エンテロトキシンの大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）Ｂサブユニット（ＬＴＢ）、タバコモザイクウイルス（ＴＭＶ）コートタンパク質、タンパク質狂犬病ウイルス（ＲＶ）エンベロープタンパク質（糖タンパク質）、サイログロブリン（Ｔｈｙ）、熱ショックタンパク質ＨＳＰ ６０Ｋｄａ、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）、初期分泌抗原結核−６（ＥＳＡＴ−６）、外毒素Ａ、コレラゲノイド、Ｂ型肝炎コア抗原、髄膜炎菌（Ｎ． ｍｅｎｉｎｇｉｄｉｔｉｓ）の外膜タンパク質複合体（ＯＭＰＣ）（たとえば、Ｓｃｈｎｅｅｒｓｏｎ， Ｒ．ら， Ｐｒｏｇ Ｃｌｉｎ Ｂｉｏｌ Ｒｅｓ ４７：７７〜９４ （１９８０）；Ｓｃｈｎｅｅｒｓｏｎ， Ｒ．ら， Ｊ Ｅｘｐ Ｍｅｄ １５２：３６１〜７６ （１９８０）；Ｃｈｕ， Ｃ．ら， Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ ４０： ２４５〜５６ （１９８３）；Ａｎｄｅｒｓｏｎ， Ｐ．， Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ ３９：２３３〜２３８ （１９８３）；Ａｎｄｅｒｓｏｎ， Ｐ．ら， Ｊ Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ ７６：５２〜５９ （１９８５）；Ｑｕｅ， Ｊ．Ｕ．ら Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ ５６：２６４５〜９ （１９８８）；Ｑｕｅ， Ｊ．Ｕ．ら Ｉｎｆｅｃｔ Ｉｍｍｕｎ ５６：２６４５〜９ （１９８８）；Ｍｕｒｒａｙ， Ｋ．ら， Ｂｉｏｌ Ｃｈｅｍ ３８０：２７７〜２８３ （１９９９）；Ｆｉｎｇｅｒｕｔ， Ｅ．ら， Ｖｅｔ Ｉｍｍｕｎｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｐａｔｈｏｌ １１２：２５３〜２６３ （２００６）；Ｇｒａｎｏｆｆ， Ｄ．Ｍ．ら， Ｖａｃｃｉｎｅ １１：Ｓｕｐｐｌ １：Ｓ４６〜５１ （１９９３）を参照のこと）からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーを含むものであってもよい。
本明細書に記載の方法および組成物で用いられる代表的なキャリアタンパク質は、ジフテリア毒素の交差反応性突然変異体（ＣＲＭ）（配列番号４１）、タバコモザイクウイルス（ＴＭＶ）コートタンパク質のコートタンパク質（配列番号４２）、アルファルファモザイクウイルス（ＡＭＶ）のコートタンパク質（配列番号４３）、ジャガイモウイルスＸのコートタンパク質（配列番号４４）、髄膜炎菌（Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ ｍｅｎｉｎｇｉｔｉｄｉｓ）のクラスＩ外膜タンパク質などのナイセリア種由来のポリン（配列番号４５）、メジャー線毛サブユニットタンパク質タイプＩ（フィンブリリン）（配列番号４６）、マイコプラズマ・ファーメンタンス（Ｍｙｃｏｐｌａｓｍａ ｆｅｒｍｅｎｔａｎｓ）マクロファージ活性化リポペプチド（ＭＡＬＰ−２）（配列番号４７）、結核菌（Ｍｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓ）のｐ１９タンパク質（配列番号４８）からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーを含むものであってもよい。
本発明の組成物、タンパク質および融合タンパク質は、少なくとも１つのアジュバントをさらに含むものであってもよい。アジュバントは、それ自体の免疫原性の低い物質に対する免疫応答を増大できる作用剤を含有する（たとえば、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍａｎｕａｌ，第２巻， Ｉ． Ｌｅｆｋｏｖｉｔｓ編， Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ， １９９７， ｃｈ． １３を参照のこと）。Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍａｎｕａｌは４巻セットで入手可能である（商品コードＺ３７，４３５−０）；ＣＤ−ＲＯＭ、（商品コードＺ３７，４３６−９）；または両方（商品コードＺ３７，４３７−７）。アジュバントは、たとえば、本明細書に記載の方法で得られた保護免疫応答を刺激するタンパク質などの本発明の組成物と一緒に投与した場合に、タンパク質に対する免疫応答をさらに増す、天然または合成化合物の混合物であってもよい。アジュバントをさらに含む組成物は、たとえば、細胞および／または体液応答を刺激すること（すなわち、疾患からの保護ｖｓ．抗体産生）によって、本発明の組成物によって刺激された保護免疫応答をさらに高めるものであってもよい。アジュバントは、タンパク質の取り込みと局在化を増すことによって作用したり、タンパク質の放出、マクロファージ活性化およびＴおよびＢ細胞刺激を延長または延期したりすることが可能である。本明細書に記載の方法および組成物で用いるアジュバントは、無機塩、オイルエマルション、マイコバクテリア産物、サポニン、合成産物およびサイトカインであってもよい。アジュバントは、本明細書に記載の組成物に対して物理的に結合（組換え技術、ペプチド合成または化学反応による連結など）または当該組成物と混合可能である。
本明細書に引用した特許、出願公開、参考文献の教示内容はいずれも、その内容全体を参照により本明細書に援用する。
以下、本発明の実施例について説明する。
例示
実施例１：フラジェリンのＲ３および２ｘＲ３形態を利用したＨ５ ＨＡ球状頭部ワクチンが、有効性を高め、免疫原性と反応源性との比を改善する
材料および方法
ワクチン産生
組換えＨＡ遺伝子のクローニング． ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＶＮ）：大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）での組換え赤血球凝集素（ＨＡ）の発現用に、インフルエンザＡ型／ベトナム／１２０３／０４のＨＡ球状頭部ドメインのコドン最適化合成遺伝子をネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）ｆｌｊＢ（フラジェリンフェーズ２）すなわちＳＴＦ２（配列番号４４７）（ＤＮＡ２．０ Ｉｎｃ．， Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ， ＣＡ）の全長配列のＣ末端に直接融合させ、（配列番号４５１）を生成するか、ドメイン３ ＳＴＦ２（ａａ１９１−ａａ２９２、（配列番号４４７））の置換に用いて（配列番号４５２）を生成するか、ＳＴＦ２（配列番号４４７のａａ１〜ａａ４６およびａａ４６５〜ａａ５０６、ａａ４６４に融合したＨＡ１−２）のドメイン０の置換に用いて（配列番号４５３）を生成した。Ｃ末端融合コンストラクト（配列番号４５１および４７７）では、フラジェリンの最後のアミノ酸Ｒ５０６をＡ５０６に変異させ、タンパク質分解性の崩壊を低減した。得られたコンストラクトをｐＥＴ２４ａベクターにクローニングした。プラスミドを用いてＢＬＲ３（ＤＥ３）細胞を形質転換し、機能している細胞バンク（Ｎｏｖａｇｅｎ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ）を生成した。
ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５２および４７８）。
ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＶＮを作出するために、二段階ＰＣＲ反応を用いてＳＴＦ２のＤ３ドメインをＨＡ１−２（ＶＮ）で置換した。第１のステップでは、ｐＥＴ２４ａ−ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４７７）由来のＤＮＡをＤＮＡテンプレートとして使用し、ＹＺ０１５、ＹＺ１２３、ＹＺ１２４、ＹＺ１４０をプライマーとして使用して、ＳＴＦ２ Ｎ末端およびＣ末端をそれぞれ増幅し、ＹＺ１２２およびＹＺ１２５プライマーを用いてＨＡ１−２（ＶＮ）を増幅した。第２のステップでは、ゲル精製ＳＴＦ２およびＨＡ１−２（ＶＮ）断片をＤＮＡテンプレートとして使用し、ＹＺ０１５およびＹＺ１４０を第２ステップのオーバーラッピングＰＣＲ反応のプライマーとして使用した。最終ＰＣＲ産物をＮｄｅＩおよびＸｈｏＩで消化し、ゲル精製し、コンパチブル末端によってｐＥＴ２４ａにライゲートして、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＶＮコンストラクト（配列番号４７８）を生成した。
ＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５３および４７９）：
ＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２（ＶＮ）遺伝子（配列番号４７９）を作出するために、Ｉｎｆｌｕｅｎｚａ Ａ／Ｖｉｅｔ Ｎａｍ／１２０３／２００４の赤血球凝集素（ＨＡ）球状頭部ドメインを用いてネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）ｆｌｊＢ（フラジェリンフェーズ２）のドメインＤ０を置換した。二段階ＰＣＲを用いてＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＶＮ）のドメインＤ０を除去した。第１のステップでは、ｐＥＴ２４ａ−ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＶＮ（配列番号４７７）由来のＤＮＡをＤＮＡテンプレートとして使用し、プライマーを用いてドメイン０のないＳＴＦ２断片とＨＡ１−２（ＶＮ）断片をそれぞれ増幅した。第２のステップでは、第１ステップで得られた２つのＰＣＲ断片をゲル精製し、ＤＮＡテンプレートとして使用した。ＰＣＲ反応でオーバーラップする第２ステップのプライマーを用いた。最終ＰＣＲ産物をＮｄｅＩおよびＸｈｏＩで消化し、ゲル精製し、コンパチブル末端によってｐＥＴ２４ａにライゲートして、ＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ ＶＮコンストラクトを生成した。
ＳＴＦ２Ｒ３．２ｘＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５５および４８０）
ＳＴＦ２Ｒ３．２ｘＨＡ１−２ ＶＮ遺伝子（配列番号４５５）を作出するために、ｐＥＴ２４ａ−ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４７７）由来のＤＮＡをＮｄｅＩおよびＭｆｅＩで消化し、６．６ｋｂの断片を精製し、ベクターとして用いた。ｐＥＴ２４ａ−ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４７８）由来のＤＮＡをＮｄｅＩおよびＭｆｅＩで消化し、１．４ｋｂの断片をインサートとして精製した。ベクターおよびインサートＤＮＡをライゲートして、ＳＴＦ２Ｒ３．２ｘＨＡ１−２ ＶＮコンストラクト（配列番号４８０）を生成した。
ＨＡ球状頭部フラジェリン融合タンパク質の発現と精製：
大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）での流加発酵プロセスを用いて、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニスト（本明細書では「フラジェリン融合タンパク質」とも呼ぶ）を含む融合タンパク質を製造した。バッチ段階で利用できるグルコースが完全に消耗した後、４リットルの濃縮合成原料培地を、制御した速度で、さらに１０．５時間かけてポンプ供給した（合計プロセス時間は３０．３時間であった）。標的タンパク質の発現を２．１ｍＭ ＩＰＴＧ（最終濃度）で誘導した。細胞を遠心分離によってペレット化し、細胞ペーストを−２０℃で保管した。細胞ペーストを解凍し、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ ２５ｍＭ ＮａＣｌ（ｐＨ８）中にて固体が１５％になるまで希釈した。懸濁液を１２ｋのＰＳＩ下にて３回均質化した。ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（配列番号４５１）およびＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２（配列番号４５３）が上清とペレットの両方に存在した。上清だけを処理した。
ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（配列番号４５２）の大部分がペレットで認められた。封入体だけを処理した。上清の処理のために、融合タンパク質を含有するタンパク質画分を１０％ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）または４Ｍ（ＮＨ４）２ＳＯ４のいずれかによって沈殿させた。ペレットを８Ｍ尿素にｐＨ４で溶解させ、標的タンパク質を可溶化した。可溶性タンパク質を上清相にて遠心分離で抽出した。６Ｍの尿素、低塩中で上清をＣＥＸカラム（Ｔｏｓｏｈ ＳＰ６５０Ｍ）に結合させた。標的タンパク質をＮａＣｌステップ溶出条件下で溶出させた。回収したタンパク質を、２０ｍＭ Ｔｒｉｓ、０．５Ｍ尿素、０．１Ｍトレハロース、２ｍＭ ＣａＣｌ２、３ｍＭシステイン、０．３ｍＭシスチン、１ｍＭ ＥＤＴＡ、０．１％ ＰＳ−８０、ｐＨ８．０を用いて一晩一定の攪拌をしながらすみやかに希釈してリフォールドした。
リフォールド後のタンパク質を１リットルまで濃縮し、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ、０．０５％ＰＳ８０、０．１Ｍトレハロース（ｐＨ８）を用いて、緩衝液を交換した。Ｑアニオン交換クロマトグラフィを実施し、残りの不純物を除去した。高タンパク質含有Ｑ溶出液ピーク画分を、さらに処理するために選択した。サイズ排除クロマトグラフィを最終精製ステップとして実施し、標的タンパク質の精製モノマー形態を単離した。ペレットプロセスのために、封入体を１％Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ−１００で洗浄し、８Ｍ尿素で可溶化した。同じ条件での高速希釈によって、タンパク質をリフォールドした。さらに精製する際には、上清プロセスと同じステップに準じる。最終的なバルクタンパク質を−７０℃で１ｍＬのアリコートとして保管した。製造業者の指示に従って標準的な発色性カブトガニ血球抽出液アッセイを用いて、残りのエンドトキシンをアッセイした（Ｃａｍｂｒｅｘ， Ｗａｌｋｅｒｓｖｉｌｌｅ， ＭＤ）。６ｘＨｉｓタグバキュロウイルス産生タンパク質の場合、金属キレート化カラムを用いた。２０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ８、０．５ＭのＮａＣｌにて平衡させたＮｉ−ＮＴＡカラムにタンパク質を仕込み、０〜０．５Ｍイミダゾールの勾配で溶出させた。サイズ排除カラム（１０／３００ＧＬ、ＧＥ／Ａｍｅｒｓｈａｍ）で標的タンパク質をさらに精製した。ピーク画分をプールし、濃縮し、１×ＰＢＳに対して透析した。アリコートタンパク質溶液を−８０℃で保管した。
フラジェリン−ＨＡ球状頭部融合タンパク質のキャラクタリゼーション
ウェスタンブロット： 大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）を発現させた精製ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５１）融合タンパク質をＳＤＳ−ＰＡＧＥで分離した。フラジェリンに特異的なモノクローナル抗体（６Ｈ１１； Ｉｎｏｔｅｋ， Ｌｅｘｉｎｇｔｏｎ， ＭＡ）またはインフルエンザＡ／ベトナム／１２０３／２００４ （ＶＮ０４）ウイルスに対して産生させた回復期フェレット免疫血清（Ｕ．Ｓ． Ｃｅｎｔｅｒｓ ｆｏｒ Ｄｉｓｅａｓｅ Ｃｏｎｔｒｏｌ ａｎｄ Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ， Ａｔｌａｎｔａ， ＧＡから提供）を用いて、ウェスタンブロットを実施した。
ＴＬＲ５バイオアッセイ： ＨＥＫ ２９３細胞（ＡＴＣＣ）によるＩＬ−８産生の誘導を測定することで、融合タンパク質のＴＬＲ５特異的活性を評価した。細胞を、９６ウェルのマイクロタイタープレート（Ｃｏｓｔａｒ）で、１０％ＦＣＳおよび抗生物質を加えたＤＭＥＭ培地にて１００μｌ／ウェルに約３〜約５×１０４細胞の播種密度で培養した。翌日、被験タンパク質を約５μｇ／ｍｌから始めて段階希釈して、細胞を５時間処理した。アッセイ終了時、上清を回収し、ＩＬ−８発現をＥＬＩＳＡ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ， Ｃａｒｌｓｂａｄ， ＣＡ）で評価した。ＯＤ４５０をマイクロプレート分光光度計（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ−ＭＤＳ， Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ， ＣＡ）で測定した。
免疫原性および有効性の評価
動物： 動物実験はすべて、Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ Ａｎｉｍａｌ Ｃａｒｅ ａｎｄ Ｕｓｅ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅの承認を受け、ＮＩＨガイドラインに従って実施した。ＢＡＬＢ／ｃマウスをＨａｒｌａｎ（Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ， Ｉｎｄｉａｎａ）から購入した。ワクチン接種と、遠隔温度測定記録用のトランスポンダの移植を、動物のバイオセイフティレベル（ＡＢＳＬ）−２の施設で実施した。Ｈ５Ｎ１ウイルス感染をＡＢＳＬ−４の施設で実施した。
ワクチン接種：６週齢のメスのＢＡＬＢ／ｃマウス（Ｈａｒｌａｎ）に、２用量または３用量のワクチン（−２８日目、−１４日目）または（−４２日目、−２８日目、−１４日目）をビヒクル（ＤＰＢＳ）４０μｌで皮下（ｓ．ｃ．）接種した。動物を最後のワクチン接種の７日後または１２日後に採血した。次に、抗体陽転をＨＡＩアッセイで評価した（赤血球凝集阻害を参照）。有効性を研究するために、続いてＨ５Ｎ１感染を実施した（チャレンジ参照）。ワクチン接種前の期間、疾患の発生と死亡率についての臨床観察結果を以下のように毎日監視した：−２８日目から−１日目（２ワクチン用量治験）または−４２日目から−１日目（３ワクチン用量治験）。体重を定期的に記録した。
チャレンジ：ウイルス感染の前に、５％イソフルオランを用いて麻酔を実施した。次に、４０μｌのＰＢＳ中、Ｈ５Ｎ１の動物あたり約５０％組織培養感染用量（ＴＣＩＤ５０）単位で求めた用量でインフルエンザＡ型／ベトナム／１２０３／０４をマウスに鼻腔内（ｉ．ｎ．）感染させた（０日目）。種菌の逆滴定を実施し、図に示す送達用量を求めた（ＴＣＩＤ５０アッセイ参照）。ワクチン接種前（ワクチン接種参照）またはチャレンジ後の期間（０日目から＋２０〜２１目）、疾患の発生と死亡率についての臨床観察結果を毎日監視し、図の凡例に示した時点で体重を記録した。麻痺が発生し、給餌器または飲料水ボトルに届かなかった動物をすべて安楽死させた。ＧｒａｐｈＰａｄ（登録商標） Ｐｒｉｓｍ（Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ）にて、ログランク検定を用いて有意水準α＜０．０５で表記の期間におけるすべての群についての生存の統計解析を実施した。ＧｒａｐｈＰａｄ（登録商標） Ｐｒｉｓｍにて、有意水準α＜０．０５で処理および未処理（または偽処理）群フィッシャー直接確率法での生存の一対比較を実施した。ｐ値（ログランクおよびフィッシャー直接確率法）を図の凡例にあげておく。１０％ホモジネート調製後に臓器での感染性ウイルスのレベルを評価した（ＴＣＩＤ５０アッセイ参照）。
臨床疾患定義：等しく訓練された動物看護士による標準化データ報告を毎日実施した。観察対象とした予後は、死ならびに、以下の定義での脳炎または麻痺の発生である。脳炎は、飲食機能を保ったままでの運動調節障害の発生、運動失調または一過性の痙攣；給餌器または飲料水ボトルに到達する機能が損なわれた状態での麻痺は、後肢（半身不随）または四肢麻痺。
Ｈ５−ＥＬＩＳＡ：ＥＬＩＳＡプレートに、ＰＢＳ中にて４℃で一晩、表記の濃度でそれぞれのＨＡタンパク質をコーティングし、２００〜３００μｌ／ウェルのアッセイ希釈緩衝液（ＡＤＢ； ＢＤ Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ）で２３〜２７℃にて２〜３時間ブロックした。表記の検出抗体を用いるインキュベーション後、ＡＤＢで希釈したＨＲＰ標識ヤギ抗マウス抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ， Ｗｅｓｔ Ｇｒｏｖｅ， ＰＡ）を加え、プレートを２３〜２７℃で１〜２時間インキュベートした。試薬添加ステップ間の洗浄はいずれも、１×ＰＢＳ／０．０５％ Ｔｗｅｅｎ−２０を用いて３回実施した。ＴＭＢ Ｕｌｔｒａ基質（Ｐｉｅｒｃｅ， Ｒｏｃｋｆｏｒｄ， ＩＬ）を添加し、発色を監視した後、１ＭのＨ２ＳＯ４を用いて反応を停止させ、ＯＤ４５０をマイクロプレート分光光度計で測定した。
赤血球凝集阻害（ＨＡＩ）試験：インフルエンザＡ型／ベトナム／１２０３／０４（ＶＮ０４）に対するＨＩ抗体力価を、本明細書に記載したようにしてＢＳＬ３施設（Ｓｏｕｔｈｅｒｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ； Ｂｉｒｍｉｎｇｈａｍ， ＡＬ）において標準的な方法で測定した。抗原を調製し、赤血球凝集アッセイで説明したようにしてストックの合計ＨＡ単位を求めた（Ｂｒｉｇｈｔ， Ｒ．Ａ．ら， ＰＬＯＳＩ ３：１５０１ （２００８））。受容体破壊酵素で血清を処理し、希釈し、約２５μｌの４ＨＡ単位（ＨＡＵ）のインフルエンザＡ型／ベトナム／１２０３／０４ウイルスとともに室温で約４５分間インキュベートした。ウマ赤血球（１％）を加え（５０μｌ／ウェル）、軽く混合し、室温で１時間インキュベートした。血清試料のＨＡＩ力価については、赤血球凝集が完全に阻害された最高希釈数の逆数で示す。
反応源性研究
動物：メスおよびオスのニュージーランド白ウサギでの研究をＣｏｖａｎｃｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ（Ｄｅｎｖｅｒ， ＰＡ）で実施した。
反応源性評価：ウサギ（６／群）を０日目と２１日目に筋肉内（ｉ．ｍ．）免疫した。プライミング免疫化１日後、ＣＲＰ測定用に血清を回収した（ＣＲＰ ＥＬＩＳＡキット、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｃｏｎｓｕｌｔａｎｔｓ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ， Ｎｅｗｂｅｒｇ， Ｏｒｅｇｏｎ）。０日目から１日目の食餌の消費量を測定した。
結果と考察
ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５１）の設計：ＨＡ球状頭部ドメインは、細胞表面受容体結合部位と、中和抗体エピトープの大部分とを含有する（Ｔａｋｅｄａら， Ａｎｎｕ Ｒｅｖ Ｉｍｍｕｎｏｌ ２１：３３５〜７６（２００３）；Ｂｅｎ−Ｙｅｄｉｄｉａら， Ｅｘｐｅｒｔ Ｒｅｖ Ｖａｃｃｉｎｅｓ ６（６）：９３９〜４８） （２００７））。Ａ／ベトナム／１２０３／２００４ ＨＡ球状頭部の中和エピトープを包含し、大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ）での組換えタンパク質発現後にこれらのエピトープを正しく表示するための自発的かつ効率的な畳み込みに必要な構造的要素を含有したサブユニットワクチンを設計した。ＨＡ１−２ ＶＮ（配列番号４８１および４８２）で示すＨＡサブユニットを生成するために、ドメイン境界を残基Ｇ６２とＥ２８４との間においた。ＨＡ１−２サブユニットをさらにネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）フラジェリンタイプ２（ＳＴＦ２）のＣ末端と遺伝的に融合させ、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５１および４７７）を形成した。図１は、フラジェリンのＣ末端に融合したＨＡ球状頭部ドメインのＣ末端融合のリボン図を示す。
２用量投与計画でのＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５１）関連の有効性：このワクチンの有効性をマウス致死チャレンジモデルで評価した。これらの研究のために、マウスに約１０×ＬＤ９０の高度に病原性のＡ／ベトナム／１２０３／２００４ （ＶＮ０４）株を鼻腔内チャレンジした。生存と疾患発生をチャレンジ後２０〜２１日間監視した。マウスにおける過去のＨ５Ｎ１−チャレンジ研究では、症候のあるマウスには感染８日後あたりで低体温が生じたため、これらの研究では定期的な遠隔測定による監視も実施し、疾患の発症が分かるようにした。
第１の有効性研究実施時、１５匹のＢＡＬＢ／ｃマウスの群に、ｓ．ｃ．送達した１、３または１０μｇのＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５１）ワクチンを２週間間隔で２回免疫した。追加免疫用量の２週間後、マウスにＶＮ０４ウイルスをチャレンジした。統計的に有意な（ログランク検定、ｐ＜０．０００１）、偽薬対照群に比して重症疾患および死の用量依存性の減少を観察したところ、１、３、１０μｇの用量群でそれぞれ、マウスの生存率は１８、４０、７３％であった。対照動物（偽ワクチン接種およびワクチン未接種）では、重篤な疾患が発生した後、チャレンジに屈した（表４、研究１）。
この第１の研究での用量レベルと有効性との間の明らかな関係から、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５１）の用量が約１０μｇを超えると有効性をさらに高められるのではないかと示唆された。したがって、ワクチンの用量レベルをさらに増すことで保護性を高められる可能性を評価した。しかしながら、最大３０μｇのＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５１）という薬用量で全生存率が改善されるようには見えなかった。
保護性を高められる可能性については、ワクチンの３通りの免疫化を用いてさらに評価（表４、研究２）。この研究では、１、３、１０μｇ用量のＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５１）を、チャレンジ前４２日目、２８日目、１４日目に送達した。すべての用量群で、８７％、９３％、１００％のマウスがチャレンジ後に生存するという高い生存率が観察された。偽薬（偽ワクチン接種）対照群の動物はチャレンジ後に生存せず、生存期間中央値は７日間であった。
無作為に事前選択した１群あたり５匹の動物で、臓器におけるウイルス力価について別の評価をして研究２を繰り返した。８７％、８０％、９３％という高生存率が観察された。対照群は平均６日で疾患に負けた（表４、研究３）。
マウスでは、ＨＰＡＩウイルスに対する広めの組織トロピズムが、（肺外部位でウイルスがプロテアーゼで容易に切断され、ＰＢ２タンパク質で特異的アミノ酸置換できるようにする）多塩基切断部位と関連していることが示された（Ｈａｔｔａら， Ｓｃｉｅｎｃｅ ７：２９３（５５３６） （２００１）：１８４０〜２；Ｋａｔｚら， Ｊ Ｖｉｒｏｌ ７４ （２２）：１０８０７〜１０ （２０００））。組織トロピズムとこれらのウイルスの病原性もヒトでは画定されていないが、ヒトでの全身感染の報告がある（Ｂｅｉｇｅｌら， Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ ３５：１３７４〜８５ （２００５））。したがって、肺と脳組織の両方におけるワクチン接種動物でのウイルス負荷を研究することは妥当性があった。研究２では、無作為に事前選択した動物（Ｎ＝５）から＋６日目に臓器を回収し、感染性ウイルスのレベルを評価した。個々の値ならびに群平均／標準偏差を表５にあげておく。
ワクチン用量（１、３または１０μｇ）とは関係なく、少なくとも約５つのｌｏｇ１０の平均脳力価における差異をワクチン接種群と偽薬群とで測定した。すべてのワクチン接種動物の脳ではウイルスが検出限界未満であった（組織１ｇあたり約＜１×１０４ＴＣＩＤ５０未満）のに対し、偽薬群の場合は平均力価が約４．９（±４．８）ｌｏｇ１０ＴＣＩＤ５０／ｇであった。肺では、２．２〜３．２ｌｏｇ１０という力価の差異が検出された。ワクチン接種動物の場合、平均力価は約４．３〜約５．３（±４．７〜５．６）ｌｏｇ１０ＴＣＩＤ５０／ｇであったのに対し、偽薬平均は７．６（±７．８）ｌｏｇ１０ＴＣＩＤ５０／ｇであった。ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＶＮ）の約１μｇワクチン接種では肺の約８０％、３μｇまたは１０μｇワクチン接種では６０％でウイルスが検出不能であった。対照的に、偽薬動物では１００％の肺と脳でウイルスを検出できた。３μｇ用量群での結果を基準にして、保護レベルは第１および第２の３用量治験間で互いに匹敵するものであった。
よって、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５１）ワクチンを、３用量の投与計画で用いると、２つの独立した研究での生存率≧８０％で示されるように一致する有意な保護が得られ、脳および肺でウイルス力価が下がった。
フラジェリンのＲ３および２ｘＲ３形態がＶＮ球状頭部ワクチンの抗原性および免疫原性を改善する
別のコンストラクトの設計：Ｈ９Ｎ２、Ｈ５Ｎ３、Ｈ５Ｎ１ウイルスに対する不活性化ウイルスワクチンのフェーズＩでの臨床治験で得られたデータから、トリインフルエンザウイルスに対するワクチンが至適に免疫原性であるとは限らず、保護免疫応答を誘導するのに複数用量および／またはアジュバントの包含を必要とする場合があることが分かる（Ｔｒｅａｎｏｒ，ら， Ｎｅｗ Ｅｎｇ． Ｊ． Ｍｅｄ． ３５４：１３４３〜１３５１ （２００６））。これらのワクチンの免疫効力が弱いのは主に、トリのサブタイプに関連したＨＡ抗原に対して人々が免疫学的にナイーブであることによる。別の寄与要因として、トリのＨＡ抗原が実際にＨ１、Ｈ３またはＢサブタイプのＨＡよりも抗原性が低いこともあり得る。トリの単離体による亜致死性の感染ならびに、ナイーブ動物モデルにおけるトリとヒトのＨＡの効力を比較する免疫原性研究によって、弱い中和力価が誘発される。
Ｈ１およびＨ５ワクチンの相対抗原性に関する同様の観察を実施した。たとえば、上述した有効性の研究、１００％保護を達成するにはＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５１）の３つの免疫化が必要であったという事実から、フラジェリンのＣ末端への融合時に、免疫系に対してＨ５球状頭部が至適に提示されていないと思われた。結晶学的かつ高分解能の電子低温顕微鏡モデルは、フラジェリンのＮ末端ペプチドおよびＣ末端ペプチドが一緒になってＤ０ドメインと呼ばれる２本鎖コイルドコイルを形成することを示している（Ｙｏｎｅｋｕｒａら， Ｎａｔｕｒｅ ４２４：６４３〜５０ （２００３））。鞭毛を形成する場合、Ｄ０ドメインは、高度に構造化されて鞭毛の中央の管をなすのに対し、隣接するＤ１ドメインは整列して外側の管を形成する。Ｄ０ドメインのコイルドコイル構造は、広範囲にわたる分子間相互作用によって、隣接するＤ０ドメインとＤ０およびＤ１ドメインで十分に維持される。これらの分子間制限がないと、Ｄ０ドメイン構造が安定しないこともあり得る。
溶液中で、モノマーフラジェリンのＤ０ドメインは不定形であり、Ｎ末端のほぼ６５残基とＣ末端の４５残基を可撓性の伸長ペプチドのままにしておく（Ｖｏｎｄｅｒｖｉｓｚｔら Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ２０９：１２７〜３３ （１９８９））。融合ＨＡ頭部に先行するペプチドの可撓性は、分子内または分子間の相互作用を可能にし、これがＨＡ球状頭部の至適な抗原提示の邪魔をする。これらの分子間または分子内相互作用の度合いは、球状頭部の表面の化学的性質次第でＨＡ分子ごとに異なる場合がある。
別のベトナムコンストラクトを設計した。第１の設計では、可撓性のＤ０ドメインをＨＡ球状頭部で置き換えて、ＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ ＶＮ（配列番号４５３）を生成した。第２の設計では、フラジェリン分子のＤ３ドメインを球状頭部で置き換えてＨＡ球状頭部ドメインの両末端をフラジェリンに繋留し、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＶＮ（配列番号４５２）を生成し、第３の設計では、両方のＤ３ドメインを球状頭部で置き換えて、球状頭部をＤ０ドメインのＣ末端に配置した。図２に、ＨＡ球状頭部の他の配置のリボン図を示す。
別のコンストラクトの比較抗原性：異なる別のコンストラクトの相対抗原性をＥＬＩＳＡで評価した。ＥＬＩＳＡプレートに、異なるベトナムタンパク質調製物を、濃度を減らしてコーティングした。異なるタンパク質のモル当量を制御した。
ＨＡ０（配列番号４５４）は、バキュロウイルス発現系を用いて産生されるタンパク質であり、陽性対照として含ませた。ＨＡ０はＨＡタンパク質の完全外部ドメインに相当する。タンパク質コートＥＬＩＳＡプレートを、フェレットにおいて産生させてＣＤＣ（Ａｔｌａｎｔａ， ＧＡ）から入手した回復期血清でプローブした。結果を図３に示す。陽性対照コンストラクト、ＨＡ０（配列番号４５４）のほうが強い反応性が観察された。Ｒ３（配列番号４５２）および２ｘ．Ｒ３（配列番号４５５）コンストラクトは、回復期血清と極めて強く反応した。いくぶん驚くべきことに、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５１）タンパク質は、Ｒ０（配列番号４５３）コンストラクトのように回復期血清にはあまり反応しなかった。
実験の第２シリーズでは、異なるベトナムコンストラクトを、ベトナムＨＡの球状頭部ドメイン内に存在するエピトープに特異的な５つの中和モノクローナル抗体からなるパネルでプローブした（Ｒｏｃｋｌａｎｄ Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ， Ｉｎｃ．， Ｇｉｌｂｅｒｔｓｖｉｌｌｅ， ＰＡ）。この実験での陽性対照には、バキュロウイルス産生ＨＡ１−１（配列番号４５６）タンパク質を用いた。ＨＡ１−１は、ＨＡ球状頭部とＨＡ柄の一部とを含む。ＶＮ特異的モノクローナル抗体でプローブすると、ＳＴＦ２．Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２（配列番号４５５）およびＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５２）コンストラクトの両方の反応性が、バキュロウイルス産生ＨＡ１−１に匹敵するものとなった（図３）。対照的に、ＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５３）およびＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５１）はそれほど反応せず、場合によっては、試験した５つのモノクローナル抗体のそれぞれとほとんど反応しなかった（図４）。これらの結果は、Ｒ３（配列番号４５２）コンストラクトでのほうがＨＡ球状頭部がよく提示されたことと一致する。被験コンストラクトはいずれも、ｍＡｂ９７７と相互作用せず、これらのコンストラクトに特異的エピトープが存在しないことによるものと思われる。
別のコンストラクトの比較ＴＬＲ５活性：ｉｎ ｖｉｔｒｏアッセイを用いてＴＬＲ５生物活性を評価した。簡単に説明すると、ＨＥＫ ２９３細胞（ＡＴＣＣ）を、９６ウェルのマイクロタイタープレート（Ｃｏｓｔａｒ）で、１０％ＦＣＳおよび抗生物質を加えたＤＭＥＭ培地にて１００μｌ／ウェルに約３〜約５×１０４細胞の播種密度で培養した。翌日、被験タンパク質を５μｇ／ｍｌから始めて段階希釈して、細胞を５時間処理した。アッセイ終了時、上清を回収し、ＩＬ−８発現をＥＬＩＳＡ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ， Ｃａｒｌｓｂａｄ， ＣＡ）で評価した。ＯＤ４５０をマイクロプレート分光光度計（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ−ＭＤＳ， Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ， ＣＡ）で測定した。
Ｃ末端融合ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＶＮ）コンストラクト（配列番号４５１）、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５２）およびＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２ ＶＮコンストラクト（配列番号４５５）は、このアッセイで強いＩＬ−８分泌を誘導したが、これは強力なＴＬＲ５活性を示すものである（表６）。しかしながら、ＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２（配列番号４５３）は、このアッセイではあまり挙動が認められず、フラジェリンのＤ０ドメインの少なくとも一部または全部がＴＬＲ５相互作用に有意に影響し得るという過去の報告と一致していた。
２用量ｖｓ．３用量のＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５１）、ＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５３）またはＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５２）のマウスにおける比較有効性：一対一の有効性研究で、３または０．３μｇ用量のＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５１）、ＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５３）またはＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５２）を、チャレンジの４２日前、２８日前、１４日前（用量間に２週間の間隔）またはチャレンジの４２日前と２１日前（用量間に３週間の間隔）に送達した。最終追加免疫の１２日後に血清試料を回収し、Ａ／ベトナム／１２０３／０４に対する標準ＨＡＩ試験を実施した（図５）。ＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５３）コンストラクトでは、２免疫化または３免疫化後に血清ＨＡＩ抗体の有意水準を引き出せなかった。これは、表６に示すようなＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５３）の低ＴＬＲ５活性と一致する。しかしながら、ＲＯコンストラクトは、本明細書で説明するように強いＴＬＲ５応答またはしっかりしたＴＬＲ５応答が望ましくない場合に、特定の組成物で有用となり得る。これらは、被検体が免疫学的にナイーブであるか予備刺激された組成物であり、免疫強化がほとんど必要なく、低反応源性が極めて望ましい。また、本明細書で使用する場合、ヒト用の治療ウィンドウを予測する免疫原性（すなわち、免疫原性、低反応源性）が、本明細書で使用する場合、動物モデルで変わることがある。
ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５２）は、３μｇで３免疫化と２免疫化後に、それぞれＧＭＴ６３および３５という最高ＨＡＩ力価を引き出した。０．３μｇのＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５２）（ＧＭＴ＝８）で、３μｇの場合に比して有意に低いレベルのＨＡＩ抗体を引き出した。２免疫化投与計画で、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５２）が有意水準のＨＡＩ抗体を誘導した唯一の免疫原であった。プールしたＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５２）試料のＨＡＩ力価は、３μｇと０．３μｇの３免疫化ならびに３μｇの２免疫化でそれぞれ、約１６０、約２０、約８０であった。ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５１）は、中間レベルのＨＡＩ抗体を誘導した。
最後の追加免疫用量の２週間（３免疫化）または３週間（２免疫化）後、マウスを約１０×ＬＤ９０の高度に病原性のＡ／ベトナム／１２０３／２００４株で経鼻チャレンジした。チャレンジ２０〜２１日後に生存と疾患の発生を監視した（表７および図９Ａおよび９Ｂ）。
別のコンストラクト、ＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５３）は、異なる各群で０〜約１０％のマウスしか生存せず、ほとんど有効ではなかった。これは、動物または被検体が免疫学的にナイーブな場合あるいは、特に免疫原に対する既存の免疫が存在しない場合に、強い保護免疫応答を駆動する上での機能的ＴＬＲリガンドの重要性を強調するものである。偽薬（偽ワクチン接種）対照群の動物はチャレンジで生存せず、生存期間中央値は６日間であった。
前の結果と同様に、３μｇのＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５１）ワクチンを３用量で受けた動物は１００％がチャレンジで生存したのに対し、３μｇのＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＶＮ）ワクチン（配列番号４５１）での２免疫化後は動物がチャレンジで約３０％しか生存しなかった。対照的に、３μｇのＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５２）ワクチンを２用量または３用量で受けた後は、１００％の動物がチャレンジで生存した。よって、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（ＶＮ）ワクチン（配列番号４５２）は、高度に病原性のトリチャレンジに対する有効性を顕著に改善する。チャレンジ後の生存および体重減少曲線を３μｇ用量群について図６および図６Ｂに示す。
要約すると、フラジェリンのドメイン３をＶＮ ＨＡ球状頭部に置き換えると、マウスモデルで致死チャレンジに対するワクチンの免疫効力および有効性が実質的に改善された。
ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５２）およびＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５５）のフェレットにおける比較有効性：一対一の有効性研究で、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５２）またはＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５５）１５μｇまたは４５μｇの用量を３週間間隔で２回、６匹のフェレットからなる群に送達した。研究５６日目または追加免疫用量の７週間後、フェレットを１０ＦＬＤ５０（具体的には、５０％のフェレットが感染に屈するウイルス用量の１０倍）のベトナム１２０３／２００４ウイルスでチャレンジした。生存および鼻洗浄物でのウイルス力価を評価した（表８および図７）。予想通り、偽薬群では６匹のフェレットのうち５匹がチャレンジに屈したのに対し、ワクチン群ではすべての動物がチャレンジで生存した。
感染３日後および５日後、感染フェレットから鼻洗浄物を取得し、ウイルス力価を評価し、鶏卵感染によって測定し、５０％発育鶏卵感染量（またはＥＩＤ５０）として報告した。
反応源性のウサギモデルの開発：ＶａｘＩｎｎａｔｅのＶＡＸ１０２フェーズＩ臨床治験では、Ｃ末端でインフルエンザイオンチャネルタンパク質、Ｍ２ｅ（ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ）（配列番号４５７）の外部ドメインの４つのタンデムコピーと融合した全長フラジェリンコンストラクトを利用した。ワクチンは約３μｇよりも少ない容量で十分に耐性があったが、これよりも高用量のワクチンでは、ワクチンでのプライミング免疫化後９０分以内に頭痛を経験した被検体が数名いた。他の症候として、悪寒、悪心、嘔吐および／または下痢があった。被検体の中には、体温が上昇したものもあった。羅患した被検体のうちの数名については、ワクチン接種後１日目のＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）のレベル上昇も試験した。
この一連の症候は、強い炎症誘発反応の同化と整合する。ヒトでは、体内での炎症プロセスの間にＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）が劇的に上昇する（最も多いのが炎症誘発性サイトカインＩＬ−６の上昇に応答したものである）ことが知られている。ＴＬＲシグナル伝達によって、ＩＬ−１、ＴＮＦ−α、ＩＬ−６産生と一緒に開示される炎症誘発性サイトカインカスケードの産生が開始される。このタイプの応答は、頑強な適応免疫応答を引き起こすのに必要であると考えられており、この頑強なＭ２ｅ特異的ＩｇＧ応答がＶＡＸ１０２研究で試験した被検体で観察されたことと整合する。臨床研究で観察された有害事象は、ＶＡＸ１０２ワクチン（配列番号４５７）のフラジェリン部分に応答してＴＬＲ５シグナル伝達によって開始される一過性の炎症誘発性カスケードによる可能性がある。
反応源性のウサギモデルを確立した。免疫化の１日後に測定した、熱、摂餌量およびＣＲＰ−レベル（ＣＲＰ ＥＬＩＳＡキット、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｃｏｎｓｕｌｔａｎｔｓ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ， Ｎｅｗｂｅｒｇ， Ｏｒｅｇｏｎ）は、いずれも炎症誘発反応の信頼できる尺度であることが分かった。目標は、臨床観察と、この反応源性についてのウサギモデルとの相関を確立した後、このモデルを用いて臨床背景における特定ワクチンの治療ウィンドウを予測することであった。特に、ワクチンが免疫原性かつ非反応源性である用量を予測すること。
有害事象と関連するＶＡＸ１０２臨床用量周囲の用量のＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）を用いて、非臨床研究を実施した。体温と摂餌量を監視し、結果を示す（図８Ａおよび図８Ｂ）。１５または５μｇのＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）を受けた動物では、約０．５°Ｆという若干の上昇が認められたが、このモデルでは、これは有意であるとみなされない。ＵＳＰウサギ発熱性モデルによれば、体温約１．０４°Ｆ以上の上昇が、有意であるとみなされる。ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）を５μｇ未満の用量で受けた群での群平均体温は、対照群と区別できなかった。この研究でも摂餌量を測定した。１５および５μｇ用量消費群では基線よりも減り、約５μｇ未満の用量群の動物は基本的に基線である。このように、ウサギの体温上昇と摂餌量低下が、有害事象と関連のある臨床用量を括弧で囲った用量で観察されたことから、これらの尺度でウサギとヒトとの間に相関が存在することを示している。
ウサギを両方の臨床用量選択での関連モデルとしてさらに確立するために、次にウサギの研究をＣＲＰレベルの評価まで広げた。１５〜０．５μｇの範囲の用量のＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅでウサギを免疫化した。０の時点と予備刺激免疫化の２４時間後に血清を回収し、ＣＲＰレベルをＥＬＩＳＡで測定した。ウサギではＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅのワクチン接種の２４時間後にＣＲＰが上昇していることが明らかになった（図９）。用量を高めると、ＣＲＰレベルが約２０倍（平均２８μｇ／ｍｌ〜６００μｇ／ｍｌ）まで上昇したのに対し、用量を下げてもレベルは約１０倍まで上昇した。ウサギでのこれらの上昇は、５および１５μｇの臨床的関連用量である。これらの結果は、用量選択を助ける潜在的な予測マーカーとしてのウサギモデルにおけるＣＲＰ評価の開発を支持するものであった。
これらの結果は、ＶＡＸ１０２ワクチンが、ウサギでの体温上昇や摂餌量の欠如、ＣＲＰレベルの上昇と関連することを実証している。これらの作用はいずれも、用量と関連している。熱、摂餌量の欠如およびＣＲＰレベルの上昇は、ＶＡＸ１０２で約１０〜約１００μｇという元の臨床用量範囲内の用量で観察される。これらの作用は、用量５μｇ以下で基線に戻るか基線のほうに向く。続いて、このウサギモデルで予測されたように、低マイクログラム用量のＶＡＸ１０２（配列番号５４７）が臨床背景で免疫原性かつ非反応源性であることが明らかになった。
別の形態のフラジェリンで、反応源性プロファイルが改善される
ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５１）、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５２）およびＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５５）の反応源性プロファイルの比較：ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５１）、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５２）およびＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５５）の反応源性プロファイルを一対一研究で比較した。６匹のウサギからなる群を１．５、１５または１５０μｇのＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＶＮ（配列番号４５１）、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＶＮ（配列番号４５２）またはＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２ ＶＮ（配列番号４５５）で免疫化した。免疫化２時間後に体温を測定し、摂餌量およびＣＲＰレベルについては免疫化の２４時間後に測定した。結果を図１０Ａ〜図１０Ｈに示す。
マウスモデルでの観察結果と整合し、結果はＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５１）よりもＲ３およびＲ３．２ｘコンストラクトの免疫原性が改善されることを示すものである。予想外に、結果はすべての用量で標準ＳＴＦ２．ＨＡ１−２コンストラクト（配列番号４５１）よりもＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（ＶＮ）（配列番号４５２）コンストラクトの反応源性プロファイルが改善されることも示している。ＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２（ＶＮ）コンストラクト（配列番号４５５）では、特に体温とＣＲＰの尺度で反応源性プロファイルのさらに大きな改善が観察された。
結論
これらのデータから、フラジェリンのドメイン３をＨＡ球状頭部に置き換えることで、パンデミックワクチンのプロファイルで反応源性を低減しつつ、免疫原性および有効性を実質的に高めることが可能であることが分かる。第２の球状頭部をコンストラクトに加えると、ワクチンの反応源性プロファイルがさらに改善された。
実施例２：Ｒ３形態のフラジェリンを利用しているＨ１ ＨＡ球状頭部ワクチンは、免疫効力を維持しつつ反応源性プロファイルを改善する
材料および方法
ワクチン産生
組換えＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８およびＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＰＲ８遺伝子のクローニング：ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８遺伝子（配列番号４５８）を作出するために、ＰＲ８の赤血球凝集素（ＨＡ）球状頭部ドメインを、１．５ｋｂの遺伝子（配列番号４８８）でコードされるネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）ｆｌｊＢ（フラジェリンフェーズ２）、ＳＴＦ２の全長配列のＣ末端に遺伝的に融合させた。ＰＲ８ ＨＡ１−２をコードするＨＡ遺伝子の細断片（配列番号４５９のａａ ６２−２８４）を、最初にＳＴＦ２と融合するコドン最適化合成遺伝子として生成した（ＤＮＡ２．０ Ｉｎｃ．， Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ， ＣＡ）。七量体配列Ｓｅｒ−Ｇｌｙ−Ｓｅｒ−Ｇｌｙ−Ｓｅｒ−Ｇｌｙ−Ｓｅｒ（ＳＧＳＧＳＧＳ）（配列番号４９８をＳＴＦ２およびＨＡの結合部分に可撓性リンカーとして取り入れた。フラジェリン−ＨＡ１−２合成遺伝子に対応する２．２ｋｂの断片をＮｄｅ ＩおよびＢｌｐＩで適切なプラスミドから切断し、ゲル精製し、コンパチブル末端によってｐＥＴ２４ａにライゲートして、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８コンストラクト（配列番号４５８）を生成した。
ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＰＲ８遺伝子（配列番号４８９）を作出するために、二段階ＰＣＲ反応を用いてＳＴＦ２のＤ３ドメインをＨＡ１−２（ＰＲ８）（配列番号４５８）で置換した。第１のステップでは、ｐＥＴ２４ａ−ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４５８）由来のＤＮＡをＤＮＡテンプレートとして使用し、プライマーを用いてＳＴＦ２のＮ末端とＣ末端をそれぞれ増幅した。プライマーをＰＲ８ ＨＡ１−２球状頭部の増幅に使用した。第２のＰＣＲステップでは、ゲル精製ＳＴＦ２およびＨＡ１−２（ＰＲ８）断片をＤＮＡテンプレートとして使用した。オーバーラッピングＰＣＲ反応におけるプライマー。最終ＰＣＲ産物を制限酵素ＮｄｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化し、ゲル精製し、コンパチブル末端によってｐＥＴ２４ａにライゲートして、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＰＲ８コンストラクト（配列番号４８９）を生成した。
ＤＮＡ配列決定によってコンストラクトを確認し、発現宿主株ＢＬＲ３（ＤＥ３）の形質転換に使用した（Ｎｏｖａｇｅｎ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ；カタログ番号６９０５３）。カナマイシン（５０μｇ／ｍｌ）、テトラサイクリン（５μｇ／ｍｌ）、グルコース（０．５％）を含有するプレート上で形質転換体を選択した。
組換えＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＳＩおよびＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＳＩ遺伝子のクローニング：ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＳＩ遺伝子（配列番号４６１）を作出するために、Ａ／ソロモン諸島／３／２００６（ＳＩ）の赤血球凝集素（ＨＡ）球状頭部ドメインを、１．５ｋｂの遺伝子（配列番号４８８）でコードされるネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）ｆｌｊＢ（フラジェリンフェーズ２）、ＳＴＦ２の全長配列のＣ末端に遺伝的に融合させた。ＳＩ ＨＡ１−２をコードするＨＡ遺伝子の細断片（ａａ６２−２８４）（配列番号４６２）を、最初にＳＴＦ２と融合するコドン最適化合成遺伝子として生成した（ＤＮＡ２．０ Ｉｎｃ．， Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ， ＣＡ）。フラジェリン−ＨＡ１−２合成遺伝子に対応する２．２ｋｂの断片をＮｄｅ ＩおよびＢｌｐＩで適切なプラスミドから切断し、ゲル精製し、コンパチブル末端によってｐＥＴ２４ａにライゲートして、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＳＩコンストラクト（配列番号４６１）を生成した。
ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＳＩ遺伝子（配列番号４９０）を作出するために、二段階ＰＣＲを用いてＳＴＦ２のＤ３ドメインをＨＡ１−２（ＳＩ）で置換した。第１のステップでは、ｐＥＴ２４ａ−ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４６１）由来のＤＮＡをＤＮＡテンプレートとして使用し、プライマーを用いてＳＴＦ２のＮ末端とＣ末端をそれぞれ増幅した。ＳＩ ＨＡ１−２球状頭部を増幅するためのプライマー。第２のＰＣＲステップでは、ゲル精製ＳＴＦ２およびＨＡ１−２（ＳＩ）断片をＤＮＡテンプレートとして使用した。オーバーラッピングＰＣＲ反応におけるプライマー。最終ＰＣＲ産物を制限酵素ＮｄｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化し、ゲル精製し、コンパチブル末端によってｐＥＴ２４ａにライゲートして、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＳＩコンストラクト（配列番号４９０）を生成した。
ＤＮＡ配列決定によってコンストラクトを確認し、発現宿主株ＢＬＲ３（ＤＥ３）の形質転換に使用した（Ｎｏｖａｇｅｎ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ；カタログ番号６９０５３）。カナマイシン（５０μｇ／ｍｌ）、テトラサイクリン（５μｇ／ｍｌ）、グルコース（０．５％）を含有するプレート上で形質転換体を選択した。
タンパク質精製：ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＰＲ８、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＳＩ、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＳＩクローンを一晩培養し、この培養を、２５μｇ／ｍｌカナマイシン、１２．５μｇ／ｍｌテトラサイクリン、０．５％グルコースを加えた新鮮なＬＢ培地に播種するのに用いた。ＯＤ６００＝０．６で、１ｍＭ ＩＰＴＧを用いて約３時間、約３７℃でタンパク質発現を誘導した。細胞を遠心分離（８０００×ｇで７分間）により回収し、２×リン酸緩衝生理食塩水（２×ＰＢＳ：２４ｍＭ ＫＨ２ＰＯ４／Ｎａ２ＨＰＯ４、２７４ｍＭ ＮａＣｌ、５．４ｍＭ ＫＣｌ）、１％グリセロール、ＤＮＡｓｅ、１ｍＭ ＰＭＳＦ、プロテアーゼ阻害剤カクテル、１ｍｇ／ｍｌリゾチームに再懸濁させた。８Ｍ尿素、２５ｍＭ ＮａＣｌおよび５０ｍＭアセテート（ｐＨ４．０）にペレットを溶解させ、５０ｍＭアセテート、２５ｍＭ ＮａＣｌ、８Ｍ尿素（ｐＨ４．０）を用いて事前に平衡させた３０ｍｌのＳＰ Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ Ｆａｓｔ Ｆｌｏｗカラム（ＸＫ１６、ＧＥ／Ａｍｅｒｓｈａｍ）に適用した。ピーク画分を濃縮し、緩衝液を５０ｍＭ Ｔｒｉｓ、２５ｍＭ ＮａＣｌ、８Ｍ尿素（ｐＨ８．０）に交換した。１００ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ緩衝液（ｐＨ８．０）にすみやかに希釈（１：１０）することで、タンパク質リフォールディングを達成し、４５ｍｌのＳｏｕｒｃｅ Ｑカラム（ＸＫ１６， ＧＥ／Ａｍｅｒｓｈａｍ）に仕込んだ。１００ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８．０）中、０から１．０ＭのＮａＣｌの線形塩勾配で、結合タンパク質を溶出させた。
最終調製とエンドトキシン除去のために、ピーク画分をプールし、１００ｍＭ Ｔｒｉｓ、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、１％グリセロール、１％Ｎａ−デオキシコール酸塩中にて事前に平衡させたＳｕｐｅｒｄｅｘ ２００ゲル濾過カラム（１０／３００ ＧＬ， ＧＥ／Ａｍｅｒｓｈａｍ）に直接仕込んだ。製造業者の指示に従って標準的な発色性カブトガニ血球抽出液アッセイを用いて、残りのエンドトキシンをアッセイした（Ｃａｍｂｒｅｘ， Ｗａｌｋｅｒｓｖｉｌｌｅ， ＭＤ）。中に収まる体積空間のカラムからのピーク画分をプールし、１×ＰＢＳに対して透析し、−８０℃で保管した。
タンパク質のキャラクタリゼーション：以下のアッセイを用いて、純度、同一性、エンドトキシン含有量、生物活性について、タンパク質をキャラクタライズした。
ＳＤＳ−ＰＡＧＥ：タンパク質（一般に約５μｇ）をＳＤＳ−ＰＡＧＥ試料緩衝液（１％ＳＤＳ、３０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、ｐＨ６．８、４％グリセロール、０．１ｍｇ／ｍｌブロモフェノールブルー）中にて、５ｍＭ β−メルカプトエタノールを用いる場合と用いない場合とで希釈した。試料を５分間沸騰させ、４〜２０％ＳＤＳポリアクリルアミドゲルに仕込んだ。電気泳動後、ゲルをクーマシーブルーで染色して、タンパク質バンドを可視化した。
エンドトキシンアッセイ：製造業者の指示に従って標準的な発色性カブトガニ血球抽出液アッセイを用いて、残りのエンドトキシンをアッセイした（Ｃａｍｂｒｅｘ， Ｗａｌｋｅｒｓｖｉｌｌｅ， ＭＤ）。
タンパク質アッセイ：製造業者の指示に従って、ＢＳＡを標準として用いる９６ウェルフォーマットで、ＭｉｃｒｏＢＣＡタンパク質アッセイ試薬キットでタンパク質濃度を求めた（Ｐｉｅｒｃｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）。
フラジェリンＥＬＩＳＡ：フラジェリンに特異的な抗体を用いて、ＥＬＩＳＡでタンパク質の完全性と濃度を調べた。ＥＬＩＳＡプレート（９６ウェル）に、ＰＢＳ中、５μｇ／ｍｌから始めて各標的タンパク質の段階希釈物を４℃で一晩コーティングした。プレートを２００μｌ／ウェルのアッセイ希釈緩衝液（ＡＤＢ；ＢＤ Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）で室温にて１時間ブロックした後、Ｔｗｅｅｎ−２０（ＰＢＳ−Ｔ、１２ｍＭ ＮａＰＯ４、１３７ｍＭ ＮａＣｌ、２．７ｍＭ ＫＣｌ、０．０５％Ｔｗｅｅｎ ２０）含有リン酸緩衝生理食塩水にて３回洗浄した。ＡＤＢ（１００μｌ／ウェル、１：５０００）中で希釈したウサギポリクローナル抗フラジェリン抗体をすべてのウェルに加え、プレートを室温で１時間または４℃で一晩インキュベートした後、ＰＢＳ−Ｔで３回洗浄した。ＡＤＢ中にて希釈したＨＲＰ標識ヤギ抗ウサギＩｇＧ抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ）を加え（１００μｌ／ウェル、１：５０００）、プレートを室温で１時間インキュベートした。このプレートをＰＢＳ−Ｔで３回洗浄した。ＴＭＢ Ｕｌｔｒａ基質（Ｐｉｅｒｃｅ）を添加し、発色を監視した後、Ａ４５０をＴｅｃａｎ Ｆａｒｃｙｔｅマイクロプレート分光光度計で測定した。
ＴＬＲ５生物活性アッセイ：ＨＥＫ２９３細胞（ＡＴＣＣ、カタログ番号ＣＲＬ−１５７３， Ｍａｎａｓｓａｓ， ＶＡ）はＴＬＲ５を構成的に発現し、ＴＬＲ５シグナル伝達に応答して、ＩＬ−８をはじめとするいくつかの可溶性因子を分泌する。９６ウェルのマイクロプレート（細胞５０，０００個／ウェル）に細胞を播種し、組換え被験タンパク質を加えた。翌日、条件培地を回収し、清潔な９６ウェルのマイクロプレートに移し、−２０℃で冷凍した。解凍後、製造業者の指示に従って抗ヒトＩＬ−８同系抗体対（Ｐｉｅｒｃｅ；Ｒｏｃｋｆｏｒｄ， ＩＬ， ＃Ｍ８０１Ｅおよび＃Ｍ８０２Ｂ）を用いて、サンドイッチＥＬＩＳＡで、ＩＬ−８の存在について条件培地をアッセイした。マイクロプレート分光光度計を用いて光学密度を測定した。
ワクチン評価
動物実験：６〜８週齢のＢＡＬＢ／ｃマウス（Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ， Ｃｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ， ＭＡ）をＪａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ， ＭＥ）から購入し、Ｙａｌｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ生体動物園（Ｎｅｗ Ｈａｖｅｎ， ＣＴ）またはＰｒｉｎｃｅｔｏｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ生体動物園（Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ， ＮＪ）のいずれかで飼育した。研究はすべて、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ Ａｎｉｍａｌ Ｃａｒｅ ａｎｄ Ｕｓｅ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅｓ（ＩＡＣＵＣ）に基づいて実施した。組換えタンパク質を、ＰＢＳ（リン酸緩衝生理食塩水）またはフォーミュラＦ１４７（１０ｍＭ Ｌ−ヒスチジン、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、５％トレハロース、０．０２％ポリソルベート８０、０．１ｍＭ ＥＤＴＡ、０．５％エタノール、１０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ７．２）の２種類のビヒクルのうちの一方で調製した。ビヒクルについては、結果に対する検出可能な影響のない状態で、交代で用いた。０日目と１４日目にマウスを皮下（ｓ．ｃ．）免疫化した。１３日目（一次）および２１日目（追加免疫）に、眼窩後穿刺によって個々のマウスから採血した。血清をヘパリン不含有血液試料の凝固と遠心分離によって回収した。
Ｃｏｖａｎｃｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ（Ｄｅｎｖｅｒ， ＰＡ）でメスおよびオスのニュージーランド白ウサギでの研究を実施した。ウサギ（６／群）を０日目と２１日目に５または１５μｇのＳＴＦ２．ＨＡ１−２で筋肉内（ｉ．ｍ．）免疫した。追加免疫の３週間後に血清を回収し、ＨＡ特異的マイクロ中和力価を評価した。
反応源性評価：ウサギ（６／群）を０日目と２１日目に筋肉内（ｉ．ｍ．）免疫した。プライミング免疫化１日後、ＣＲＰ測定用に血清を回収した（ＣＲＰ ＥＬＩＳＡキット、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｃｏｎｓｕｌｔａｎｔｓ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ， Ｎｅｗｂｅｒｇ， Ｏｒｅｇｏｎ）。０日目から１日目に摂餌量を測定した。免疫化の２〜１０時間後に体温を経直腸的に測定した。
マウスのインフルエンザウイルスチャレンジ：有効性を評価するために、０日目と１４日目に免疫化したマウスを、３５日目に１×ＬＤ９０（９０％のマウスに対する致死用量；約１×１０３ＴＣＩＤ５０）（ＴＣＩＤ＝組織培養感染用量）のインフルエンザＡ型単離体ＰＲ８を鼻腔内投与してチャレンジした。チャレンジ後２１日間、生存と体重減少について動物を毎日監視した。
結果と考察
Ｈ１Ｎ１コンストラクトＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４６０）およびＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４６４）の比較反応源性プロファイル：Ｃ末端融合分子ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ−８（配列番号４６０）をＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４６４）と比較し、ウサギモデルにおいて反応源性を判断し、マウスモデルでは有効性を試験した。反応源性モデルでは、各群６匹のウサギを、５０、１５、５、１．５および０．５μｇのＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ−８（配列番号４６０）またはＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４６４）でｉ．ｍ．免疫化した。免疫化前日、プライミング免疫化の１０時間後および１〜３日後に体温を経直腸的に測定した。免疫化の１日後に摂餌量を測定した。免疫化の前日と１日後に、市販のキット（Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｃｏｎｓｕｌｔｉｎｇ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ， Ｎｅｗｂｅｒｇ Ｏｒｅｇｏｎ）を用いての血清ＣＲＰレベルの判断のためにウサギから採血した。
図１１Ａ〜図１１Ｃに示すように、どちらのコンストラクトも、摂餌量、温度、ＣＲＰレベルに対して用量依存性の作用を示すが、比較結果から、全長フラジェリンのＣ末端に対する抗原の融合に関与するＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４６０）コンストラクトのほうが、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４６４）よりも強い反応源性応答を引き起こすことが分かる。Ｃ末端融合を伴う免疫化では、等用量のＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４６４）よりも高く体温およびＣＲＰの上昇がドライブされ、一層食欲が失われる。
ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４６０）およびＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（配列番号４６４）コンストラクトの比較有効性を評価するために、１０匹のＢａｌｂ／ｃマウスからなる群を、１、０．１または０．０１μｇのタンパク質で２週間間隔で免疫化した。３週間後、第２用量の動物を１×ＬＤ９０のＰＲ８ウイルスでチャレンジした。チャレンジ後２１日間、生存率を追跡した。ウサギでの免疫原性の結果と整合し、マウスでのウイルスチャレンジの結果も、フラジェリンのＲ３形態および全長が等しく免疫原性および保護性であることを示している（図１２）。
要約すると、ウサギとマウスでの研究で得られた結果から、Ｈ５コンストラクトに用いたものと同じ原理の設計を使用して、Ｈ１ ＰＲ８球状頭部を有するＲ３コンストラクトをワクチン抗原として生成でき、得られるコンストラクト（配列番号４６４）は、コンストラクトの免疫効力を損なわずに反応源性プロファイルが低減されることが分かる。
Ｈ１Ｎ１コンストラクトＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４６３）およびＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４６５）の比較反応源性プロファイル：ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＳＩ）（配列番号４６３）は、ネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）（タイプ２）フラジェリン（ＳＴＦ２）（配列番号４４７）のＣ末端に融合されたＡ／ソロモン諸島／３／２００６ ＨＡの球状頭部ドメイン（ＨＡ１−２）を含む。Ｃ末端融合コンストラクトＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４６３）をウサギモデルでＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４６５）と比較し、相対的な反応源性を評価した。反応源性モデルでは、各群６匹のウサギを、５０、１５、５、１．５μｇのＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４６３）またはＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４６５）でｉ．ｍ．免疫化した。製剤緩衝液Ｆ１４７単独を与えられた群を、対照として含めた。ワクチンに対する応答についてウサギを監視した：免疫化の１日前、免疫化の６時間後、免疫化の１日後、２日後、３日後に、体温を測った。１日間隔で、免疫化の１日前から３日後まで摂餌量を監視した。図１２に示すように、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４６３）では用量依存性で免疫化６時間後の体温が上昇し、ワクチン接種初日の摂餌量が減少しており、最高用量の１５０μｇで最大の効果となった。しかしながら、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４６５）を投与すると、同じ１５０μｇの用量で効果が小さくなり、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４６３）と比較してウサギの体温上昇がおだやかになり、摂餌量に対する影響もかなり減った。５０μｇ用量では、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４６５）のｉ．ｍ．注射は緩衝液の対照（Ｆ１４７）に比して摂餌量に影響しなかった。
結論
これらのデータから、フラジェリンのＤ３ドメインの欠失およびワクチン抗原との置換によって、フラジェリン融合ワクチンの反応源性プロファイルを一貫して低減できることが分かる。
実施例３：フラジェリンのＲ３およびＲ３２ｘ形態を用いるインフルエンザＢ型ＨＡ球状頭部ワクチンによって、反応源性プロファイルが改善される
材料および方法
組換えＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ Ｂ ＦＬＡおよびＳＴＦ２Ｒ３２ｘ．ＨＡ１−２ Ｂ ＦＬＡ遺伝子のクローニング： ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ Ｂ ＦＬＡ遺伝子（配列番号４６６）を作出するために、インフルエンザＢ型／フロリダ／０４／２００６の赤血球凝集素（ＨＡ）球状頭部ドメインを用いて、ネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ） ｆｌｊＢ（フラジェリンフェーズ２）（配列番号４８８）のドメインＤ３を置換した。Ｂ ＦＬＡ ＨＡ１−２（ａａ ５２−２９１）（配列番号４６７）をコードするＨＡ遺伝子の細断片を、二段階ＰＣＲによってまずはコドン最適化合成遺伝子として生成し（ＤＮＡ２．０ Ｉｎｃ．， Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ， ＣＡ）、ＳＴＦ２に取り込んだ。第１のステップでは、ｐＥＴ２４ａ−ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＦＬＡ（配列番号４８３）由来のＤＮＡをＤＮＡテンプレートとして使用し、プライマーを用いてＳＴＦ２のＮ末端およびＣ末端それぞれを増幅し、プライマーを用いてＨＡ１−２（ＦＬＡ）を増幅した。第２のステップでは、第１のＰＣＲステップでのＳＴＦ２およびＨＡ１−２（ＦＬＡ）断片をゲル精製し、第２ステップでのオーバーラッピングＰＣＲ反応のプライマーと一緒にＤＮＡテンプレートとして用いた。最終ＰＣＲ産物をＮｄｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化し、ゲル精製し、コンパチブル末端によってｐＥＴ２４ａにライゲートして、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２（ＦＬＡ）コンストラクト（配列番号４６６）を生成した。ＳＴＦ２Ｒ３．２ｘＨＡ１−２（ＦＬＡ）遺伝子（配列番号４６９）を生成するために、ｐＥＴ２４ａ−ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＦＬＡ（配列番号４８３）由来のＤＮＡをＮｄｅＩおよびＭｆｅＩで消化した。ゲル精製した６．６ｋｂの断片がベクターとして作用した。ｐＥＴ２４ａ−ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＦＬＡ（配列番号４６６）由来のＤＮＡをＮｄｅＩおよびＭｆｅＩで消化した。ゲル精製した１．４ｋｂの断片がインサートとして作用した。ベクターおよびインサートＤＮＡをライゲートして、ＳＴＦ２Ｒ３．２ｘＨＡ１−２ ＦＬＡコンストラクトを生成した。ＤＮＡ配列決定によってすべてのコンストラクトを確認し、発現宿主株ＢＬＲ３（ＤＥ３）の形質転換に使用した（Ｎｏｖａｇｅｎ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ；カタログ番号６９０５３）。カナマイシン（５０μｇ／ｍｌ）、テトラサイクリン（５μｇ／ｍｌ）、グルコース（０．５％）を含有するプレート上で形質転換体を選択した。
タンパク質精製：ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ Ｂ ＦＬＡ（配列番号４７０）およびＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２ Ｂ ＦＬＡ（配列番号４７１）クローンを一晩培養し、この培養を、２５μｇ／ｍｌカナマイシン、１２．５μｇ／ｍｌテトラサイクリン、０．５％グルコースを加えた新鮮なＬＢ培地に播種するのに用いた。ＯＤ６００＝０．６で、１ｍＭ ＩＰＴＧを用いて３時間、３７℃でタンパク質発現を誘導した。細胞を遠心分離（８０００×ｇで７分間）により回収し、２×リン酸緩衝生理食塩水（２×ＰＢＳ：２４ｍＭ ＫＨ２ＰＯ４／Ｎａ２ＨＰＯ４、２７４ｍＭ ＮａＣｌ、５．４ｍＭ ＫＣｌ）、１％グリセロール、ＤＮＡｓｅ、１ｍＭ ＰＭＳＦ、プロテアーゼ阻害剤カクテルおよび１ｍｇ／ｍｌリゾチームに再懸濁させた。８Ｍ尿素、２５ｍＭ ＮａＣｌおよび５０ｍＭアセテート（ｐＨ４．０）にペレットを溶解させ、５０ｍＭアセテート、２５ｍＭ ＮａＣｌ、８Ｍ尿素（ｐＨ４．０）を用いて事前に平衡させた３０ｍｌのＳＰ Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ Ｆａｓｔ Ｆｌｏｗカラム（ＸＫ１６、ＧＥ／Ａｍｅｒｓｈａｍ）に適用した。ピーク画分を濃縮し、緩衝液を５０ｍＭ Ｔｒｉｓ、２５ｍＭ ＮａＣｌ、８Ｍ尿素（ｐＨ８．０）に交換した。１００ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ緩衝液（ｐＨ８．０）にすみやかに希釈（１：１０）することで、タンパク質リフォールディングを達成し、４５ｍｌのＳｏｕｒｃｅ Ｑカラム（ＸＫ１６， ＧＥ／Ａｍｅｒｓｈａｍ）に仕込んだ。
１００ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（ｐＨ８．０）中、０から１．０ＭのＮａＣｌの線形塩勾配で、結合タンパク質を溶出させた。最終調製とエンドトキシン除去のために、ピーク画分をプールし、１００ｍＭ Ｔｒｉｓ、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、１％グリセロール、１％Ｎａ−デオキシコール酸塩中にて事前に平衡させたＳｕｐｅｒｄｅｘ ２００ゲル濾過カラムに直接仕込んだ（１０／３００ ＧＬ， ＧＥ／Ａｍｅｒｓｈａｍ）。中に収まる体積空間のカラムからのピーク画分をプールし、１×ＰＢＳに対して透析し、−８０℃で保管した。
タンパク質のキャラクタリゼーション：以下のアッセイを用いて、純度、同一性、エンドトキシン含有量、生物活性について、タンパク質をキャラクタライズした。
ＳＤＳ−ＰＡＧＥ：タンパク質（一般に５μｇ）をＳＤＳ−ＰＡＧＥ試料緩衝液（１％ＳＤＳ、３０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、ｐＨ６．８、４％グリセロール、０．１ｍｇ／ｍｌブロモフェノールブルー）中にて、５ｍＭ β−メルカプトエタノールを用いる場合と用いない場合とで希釈した。試料を約５分間沸騰させ、４〜２０％ＳＤＳポリアクリルアミドゲルに仕込んだ。電気泳動後、ゲルをクーマシーブルーで染色して、タンパク質バンドを可視化した。
エンドトキシンアッセイ：製造業者の指示に従って標準的な発色性カブトガニ血球抽出液アッセイを用いて、残りのエンドトキシンをアッセイした（Ｃａｍｂｒｅｘ， Ｗａｌｋｅｒｓｖｉｌｌｅ， ＭＤ）。
タンパク質アッセイ：製造業者の指示に従って、ＢＳＡを標準として用いる９６ウェルフォーマットで、ＭｉｃｒｏＢＣＡタンパク質アッセイ試薬キットでタンパク質濃度を求めた（Ｐｉｅｒｃｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）。
フラジェリンＥＬＩＳＡ：フラジェリンに特異的な抗体を用いて、ＥＬＩＳＡでタンパク質の完全性と濃度を調べた。ＥＬＩＳＡプレート（９６ウェル）に、ＰＢＳ中、５μｇ／ｍｌから始めて各標的タンパク質の段階希釈物を４℃で一晩コーティングした。プレートを２００μｌ／ウェルのアッセイ希釈緩衝液（ＡＤＢ；ＢＤ Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）で室温にて１時間ブロックした後、Ｔｗｅｅｎ−２０（ＰＢＳ−Ｔ、１２ｍＭ ＮａＰＯ４、１３７ｍＭ ＮａＣｌ、２．７ｍＭ ＫＣｌ、０．０５％Ｔｗｅｅｎ ２０）含有リン酸緩衝生理食塩水にて３回洗浄した。ＡＤＢ（１００μｌ／ウェル、１：５０００）中で希釈したウサギポリクローナル抗フラジェリン抗体をすべてのウェルに加え、プレートを室温で１時間または４℃で一晩インキュベートした後、ＰＢＳ−Ｔで３回洗浄した。ＡＤＢ中にて希釈したＨＲＰ標識ヤギ抗ウサギＩｇＧ抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ）を加え（１００μｌ／ウェル、１：５０００）、プレートを室温で１時間インキュベートした。このプレートをＰＢＳ−Ｔで３回洗浄した。ＴＭＢ Ｕｌｔｒａ基質（Ｐｉｅｒｃｅ）を添加し、発色を監視した後、Ａ４５０をＴｅｃａｎ Ｆａｒｃｙｔｅマイクロプレート分光光度計で測定した。
ＴＬＲ５生物活性アッセイ：ＨＥＫ２９３細胞（ＡＴＣＣ、カタログ番号ＣＲＬ−１５７３、Ｍａｎａｓｓａｓ， ＶＡ）はＴＬＲ５を構成的に発現し、ＴＬＲ５シグナル伝達に応答して、ＩＬ−８をはじめとするいくつかの可溶性因子を分泌する。９６ウェルのマイクロプレート（細胞５０，０００個／ウェル）に細胞を播種しおよび組換え被験タンパク質を加えた。翌日、条件培地を回収し、清潔な９６ウェルのマイクロプレートに移し、−２０℃で冷凍した。解凍後、製造業者の指示に従って抗ヒトＩＬ−８同系抗体対（Ｐｉｅｒｃｅ；Ｒｏｃｋｆｏｒｄ， ＩＬ， ＃Ｍ８０１Ｅおよび＃Ｍ８０２Ｂ）を用いて、サンドイッチＥＬＩＳＡで、ＩＬ−８の存在について条件培地をアッセイした。マイクロプレート分光光度計を用いて光学密度を測定した。
ウサギの反応源性および免疫原性研究：
動物：Ｃｏｖａｎｃｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ（Ｄｅｎｖｅｒ， ＰＡ）でメスおよびオスのニュージーランド白ウサギでの研究を実施した。
反応源性評価：ウサギ（６／群）を０日目と２１日目に筋肉内（ｉ．ｍ．）免疫した。プライミング免疫化１日後、ＣＲＰ測定用に血清を回収した（ＣＲＰ ＥＬＩＳＡキット、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｃｏｎｓｕｌｔａｎｔｓ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ， Ｎｅｗｂｅｒｇ， Ｏｒｅｇｏｎ）。０日目から１日目の食餌の消費量を測定した。
ウイルスＥＬＩＳＡ：鶏卵増殖したインフルエンザＢ型フロリダ／４／２００６をβプロピオラクトン（ＢＰＬ， Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ， Ｓｔ． Ｌｏｕｉｓ， ＭＯ）で不活性化した。簡単に説明すると、ウイルスを０．０５％で４時間、室温にてＢＰＬと混合した後、４℃で２４時間混合した。ＮＩＢＳＣ（Ｈｅｒｔｆｏｒｄｓｈｉｒｅ， ＵＫ）から入手したヒツジ抗Ｂフロリダ参照血清を用いて、最適なコーティング希釈を求めた。Ｃｏｓｔａｒ Ｈｉ−ｂｉｎｄ ＥＩＡプレート（Ｆｉｓｈｅｒ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ， Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇｈ， ＰＡ）に不活性化Ｂフロリダを１×ＰＢＳ（ＥＭＤ， Ｇｉｂｂｓｔｏｗｎ， ＮＪ）にて１：１０で一晩、４℃でコーティングした。ウサギＩｇＧの標準曲線（ＡｂＤ Ｓｅｒｏｔｅｃ， Ｒａｌｅｉｇｈ， ＮＣ）も一晩コーティングした。翌日、プレートを洗浄し、Ｔ２０を伴う３００μｌのＳｕｐｅｒｂｌｏｃｋ（Ｔｈｅｒｍｏ， Ｈｕｄｓｏｎ， ＮＨ）で２時間、２５℃でブロックする。１：２５倍希釈から始めて血清の希釈物を調製し、Ｓｕｐｅｒｂｌｏｃｋを用いて二重に５倍ステップで続けた。ブロックしたプレートを１×ＰＢＳ／０．０５％ Ｔｗｅｅｎ（Ｍａｌｌｉｎｃｋｒｏｄｔ Ｂａｋｅｒ， Ｐｈｉｌｌｉｐｓｂｕｒｇ， ＮＪ）で３回洗浄し、希釈血清および対照をウイルスコートウェルに加える。Ｓｕｐｅｒｂｌｏｃｋ単独で、ウサギＩｇＧをコーティングしたウェルに加える。２５℃で２時間インキュベーション後、プレートを再度洗浄し、ＨＲＰ−コンジュゲート抗ウサギＩｇＧ抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ， Ｗｅｓｔ Ｇｒｏｖｅ， ＰＡ）の１００μｌの１：１０，０００希釈物を用いて４０〜４５分間インキュベートする。プレートを３回洗浄し、１００μｌの事前に温めたＴＭＢ基質（Ｔｈｅｒｍｏ， Ｈｕｄｓｏｎ， ＮＨ）をウェルに加えた。３．５分間発色させた後、１００μｌの１Ｍ Ｈ２ＳＯ４（Ｍａｌｌｉｎｃｋｒｏｄｔ Ｂａｋｅｒ， Ｐｈｉｌｌｉｐｓｂｕｒｇ， ＮＪ）を加えて反応を停止させた。ＯＤ ４５０ ｎＭを反応停止４０分以内に読み取った（Ｓｐｅｃｔｒａｍａｘ １９０， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ， Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ， ＣＡ）。ウサギＩｇＧ標準とそこで得られるＯ．Ｄから生成した４パラメータのロジスティック曲線を用いて、抗ＢフロリダＩｇＧ抗体の濃度を求めた。
結果と考察
インフルエンザＢ型コンストラクトＳＴＦ２．ＨＡ１−２ Ｂ ＦＬＡ（配列番号４６８）およびＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ Ｂ ＦＬＡ（配列番号４７０）の比較反応源性および免疫原性プロファイル：ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ Ｂ ＦＬＡ（配列番号４７０）およびＳＴＦ２Ｒ３．２ｘ．ＨＡ１−２ Ｂ ＦＬＡ（配列番号４７１）コンストラクトをウサギモデルで評価し、反応源性を求めた。各群６匹のウサギを１５０または１５μｇのＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ Ｂ ＦＬＡ（配列番号４７０）またはＳＴＦ２Ｒ３２ｘ．ＨＡ１−２ Ｂ ＦＬＡ（配列番号４７１）でｉ．ｍ．免疫化した。製剤緩衝液Ｆ１４７単独を与えられた群を陰性対照として含めた。免疫化の１日後に、摂餌量を測定した。免疫化の前日と１日後に、市販のキット（Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｃｏｎｓｕｌｔｉｎｇ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ， Ｎｅｗｂｅｒｇ Ｏｒｅｇｏｎ）を用いての血清ＣＲＰレベルの判断のためにウサギから採血した。結果を図１４Ａおよび図１４Ｂに示す。
図１４Ａおよび図１４Ｂに示すように、１５μｇ用量では、製剤緩衝液（Ｆ１４７）単独を与えられた対照群と比較して、どちらのコンストラクトでも摂餌量の有意な低減には至らなかった。１５０μｇ用量では、Ｒ３（配列番号４７０）コンストラクトで穏やかな低減が観察されたが、Ｒ３．２ｘ群（配列番号４７１）で摂餌量の低減は観察されなかった。どちらの用量（図９、図１０、図１１に示す全長フラジェリンコンストラクトで観察される一般的な４００〜６００μｇ／ｍｌに対し、１０〜８０μｇ／ｍｌ）でもＣＲＰレベルの極めて穏やかな上昇がＲ３（配列番号４７０）コンストラクトで観察されたのに対し、Ｒ３．２ｘコンストラクト（配列番号４７１）のＣＲＰレベルでは散発性で最小限の上昇しか観察されなかった。
同じ実験で、２１日目に同じコンストラクトをウサギに追加免疫した。２８日目、血清を回収し、インフルエンザＢ型／フロリダ／４／２００６ウイルス特異的ＩｇＧを評価した。図１５に示す結果から、どちらのコンストラクトも、最小限の反応源性Ｒ３２ｘコンストラクト（配列番号４７１）でＩｇＧ力価を穏やかに低減させるだけの免疫原性であることが分かった。
結論
これらのデータから、Ｒ３およびＲ３２ｘコンストラクトを生成するために開発された設計の原理を一般化できることが分かる。ワクチンの反応源性プロファイルは、フラジェリンのドメイン３をワクチン抗原で置き換えることで実質的に低減可能である。第２のワクチン抗原をコンストラクトに加えると、ワクチンの反応源性プロファイルがさらに改善される。Ｒ３および２ｘ．Ｒ３設計の両方で、ワクチンの免疫原性が保たれ、場合によっては増強される。このように、フラジェリンのＲ３および２ｘＲ３形態は、ワクチンの反応源性プロファイルを一貫して改善する。これらのワクチンには、被検体がワクチン抗原に対してナイーブである場合や、ワクチン抗原が弱い免疫原であり、ワクチンの最大免疫効力が必要とされるときに、用途があろう。前者の例は、限られた宿主免疫がパンデミックの元であるパンデミックインフルエンザを含む。
実施例４：フラジェリンのＤ２Ｄ３Ｌ形態を利用したワクチンは、免疫原性を低から中程度に低減して反応源性プロファイルを改善する
材料および方法
ワクチン設計および製剤
組換え遺伝子のクローニング． ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４９１）のクローニング：ヒトインフルエンザＡ型ウイルス（Ｈ１Ｎ１、Ｈ２Ｎ１、Ｈ３Ｎ２）のコンセンサス配列に対応するＭ２ｅの４つのタンデムコピーを、ＤＮＡコンカテマー（配列番号４８４）として合成した（ＤＮＡ２．０， Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ， ＣＡ）。この合成遺伝子では、８つのシステイン残基（Ｍ２ｅコピー１つあたり２つ）をセリンに修飾（ＳＬＬＴＥＶＥＴＰＩＲＮＥＷＧＳＲＳＮＤＳＳＤＰＳＲ；配列番号５０７し、大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）発現とは不適合となり得るジスルフィド結合形成を防止した。Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ（ＬａＪｏｌｌａ， ＣＡ）のシームレスクローニングキットを用いて４ｘＭ２ｅ融合遺伝子を生成するためのテンプレートとして、プラスミドＤＮＡが作用した。
ｐＥＴ２４Ａベクター（Ｎｏｖａｇｅｎ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ）にてネズミチフス菌（Ｓ． ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ） ｆｌｊＢ遺伝子（ＳＴＦ２）の３予備刺激末端にＰＣＲ産物をライゲートし、ライゲーションミックスを用いてＸＬ１−Ｂｌｕｅ ＭＲＦ’細胞を形質転換し、ｐＥＴ２４Ａ特異的プライマーを用いるＰＣＲスクリーニングと制限マッピング解析で、ポジティブクローンを同定した。コンストラクト、ｐＥＴ／ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅをＤＮＡ配列決定で確認した。プラスミドＤＮＡを使用して、コンピテントなＢＬＲ（ＤＥ３）ｐＬｙｓＳ細胞を形質転換し、いくつかの形質転換体を選んで、１ｍＭ ＩＰＴＧでの誘導用に一晩増殖した。誘導の約２時間後、細菌を回収し、ＳＤＳ−ＰＡＧＥでライセートを分析した。ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅタンパク質に対応する６７ｋＤａのバンドが、クーマシーブルー染色と抗Ｍ２モノクローナル抗体１４Ｃ２（ＡＢＩ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を用いるイムノブロットで容易に目視確認可能であった。クローンを選択した。ｐＥＴ／ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅをテンプレートとして使用し、ＮｄｅＦ１（５＿ＧＡＡＴＴＣＣＡＴＡＴＧＡＧＣＴＴＧＣＴＧＡＣＴＧＡＧＧＴＴＧＡＧＡＣＣＣＣＧＡＴＴＣＧＣＡ；配列番号５０８およびＢｌｐＲ（５＿ＧＡＣＧＴＧＧＣＴＣＡＧＣＴＴＡＴＴＡＡＴＧＧＴＧＡＴＧＡＴＧＧＴＧＡＴＧＴＣＴＡＧＡＣＧＧＧＴＣＴＧＡＧＣＴＡＴＣＧＴＴＡＧＡＧＣＧ；配列番号５０９）をそれぞれ順方向プライマーと逆方向プライマーに用いて、ＰＣＲで４ｘＭ２ｅ遺伝子を生成した。２７０ｂｐの断片をＮｄｅＩおよびＢｌｐＩ酵素で消化し、同じ酵素で先に消化しておいたｐＥＴ２４Ａベクターに挿入した。Ｍ２ｅタンパク質のＣ末端にポリヒスチジンタグを含有するコンストラクトｐＥＴ／４ｘＭ２ｅを使用して、ＢＬＲ ＤＥ３細胞を上述したように形質転換した。
ＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．４ｘＭ２ｅ（配列番号４９２）のクローニング：ネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ） ｆｌｊｂ（フラジェリンフェーズ２）すなわちＳＴＦ２由来の全長フラジェリンを１．５ｋｂの遺伝子でコードする。ＳＴＦ２．Ｄ２Ｄ３Ｌ（配列番号４８６）と呼ぶＳＴＦ２の修飾版を、アミノ酸１７０から４１５におよぶ高頻度可変領域を欠失させて生成した。欠失領域を、ＴＬＲ５シグナル伝達に必要なＮＨ２とＣＯＯＨ末端領域の相互作用を保つよう設計された短い可撓性リンカー（ＧＡＰＶＤＰＡＳＰＷ；配列番号５１０）で置き換えた。合成４ｘＭ２ｅ遺伝子（配列番号４８４）をＳＴＦ２．Ｄ２Ｄ３Ｌ（配列番号４８６）のＣ末端に融合させ、ｐＥＴ／ＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．４ｘＭ２ｅ（配列番号４９２）を生成した。
融合タンパク質の発現と精製： 大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）にて流加発酵プロセスを用いてフラジェリン融合タンパク質を製造した。バッチ段階で利用できるグルコースが完全に消耗した後、４リットルの濃縮合成原料培地を、制御した速度で、さらに１０．５時間かけてポンプ供給した（合計プロセス時間は３０．３時間であった）。標的タンパク質の発現を２．１ｍＭ ＩＰＴＧ（最終濃度）で誘導した。細胞を遠心分離によってペレット化し、細胞ペーストを−２０℃で保管した。細胞ペーストを解凍し、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ ２５ｍＭ ＮａＣｌ（ｐＨ８）中にて固体が１５％になるまで希釈した。懸濁液を１２ｋのＰＳＩ下にて３回均質化した。ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）が上清とペレットの両方に存在した。上清だけを処理した。ＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．４ｘＭ２ｅ（配列番号４７２）の大部分がペレットで認められた。封入体だけを処理した。
上清の処理のために、融合タンパク質を含有するタンパク質画分を１０％ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）または４Ｍ（ＮＨ４）２ＳＯ４のいずれかによって沈殿させた。ペレットを８Ｍ尿素にｐＨ４で溶解させ、標的タンパク質を可溶化した。可溶性タンパク質を上清相にて遠心分離で抽出した。６Ｍの尿素、低塩中で上清をＣＥＸカラム（Ｔｏｓｏｈ ＳＰ６５０Ｍ）に結合させた。標的タンパク質をＮａＣｌステップ溶出条件下で溶出させた。回収したタンパク質を、２０ｍＭ Ｔｒｉｓ、０．５Ｍ尿素、０．１Ｍトレハロース、２ｍＭ ＣａＣｌ２、３ｍＭシステイン、０．３ｍＭシスチン、１ｍＭ ＥＤＴＡ、０．１％ ＰＳ−８０、ｐＨ８．０を用いて一晩一定の攪拌をしながらすみやかに希釈してリフォールドした。リフォールド後のタンパク質を１リットルまで濃縮し、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ、０．０５％ＰＳ８０、０．１Ｍトレハロース（ｐＨ８）を用いて、緩衝液を交換した。Ｑアニオン交換クロマトグラフィを実施し、残りの不純物を除去した。高タンパク質含有Ｑ溶出液ピーク画分を、さらに処理するために選択した。サイズ排除クロマトグラフィを最終精製ステップとして実施し、標的タンパク質の精製モノマー形態を単離した。ペレットプロセスのために、封入体を１％Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ−１００で洗浄し、８Ｍ尿素で可溶化した。同じ条件での高速希釈によって、タンパク質をリフォールドした。さらに精製する際には、上清プロセスと同じステップに準じる。最終的なバルクタンパク質を−７０℃で１ｍＬのアリコートとして保管した。
製造業者の指示に従って標準的な発色性カブトガニ血球抽出液アッセイを用いて、残りのエンドトキシンをアッセイした（Ｃａｍｂｒｅｘ， Ｗａｌｋｅｒｓｖｉｌｌｅ， ＭＤ）。６ｘＨｉｓタグバキュロウイルス産生タンパク質の場合、金属キレート化カラムを用いた。２０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ８、０．５ＭのＮａＣｌにて平衡させたＮｉ−ＮＴＡカラムにタンパク質を仕込み、０〜０．５Ｍイミダゾールの勾配で溶出させた。サイズ排除カラム（１０／３００ＧＬ、ＧＥ／Ａｍｅｒｓｈａｍ）で標的タンパク質をさらに精製した。ピーク画分をプールし、濃縮し、１×ＰＢＳに対して透析した。アリコートタンパク質溶液を−８０℃で保管した。
タンパク質のキャラクタリゼーション：以下のアッセイを用いて、純度、同一性、エンドトキシン含有量、生物活性について、タンパク質をキャラクタライズした。
ＳＤＳ−ＰＡＧＥ：タンパク質（一般に５μｇ）をＳＤＳ−ＰＡＧＥ試料緩衝液（１％ＳＤＳ、３０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、ｐＨ６．８、４％グリセロール、０．１ｍｇ／ｍｌブロモフェノールブルー）中にて、５ｍＭ β−メルカプトエタノールを用いる場合と用いない場合とで希釈した。試料を５分間沸騰させ、４〜２０％ＳＤＳポリアクリルアミドゲルに仕込んだ。電気泳動後、ゲルをクーマシーブルーで染色して、タンパク質バンドを可視化した。
エンドトキシンアッセイ：ＱＣＬ−１０００ Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ Ｃｈｒｏｍｏｇｅｎｉｃ ＬＡＬ試験キット（ＢｉｏＷｈｉｔｔａｋｅｒ ＃５０−６４８Ｕ）を用いて、マイクロプレート法に対する製造業者の指示に従って、エンドトキシンレベルを測定した。
タンパク質アッセイ：製造業者の指示に従って、ＢＳＡを標準として用いる９６ウェルフォーマットで、ＭｉｃｒｏＢＣＡタンパク質アッセイ試薬キットでタンパク質濃度を求めた（Ｐｉｅｒｃｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）。
フラジェリンＥＬＩＳＡ：フラジェリンに特異的な抗体を用いて、ＥＬＩＳＡでタンパク質の完全性と濃度を調べた。ＥＬＩＳＡプレート（９６ウェル）に、ＰＢＳ中、５μｇ／ｍｌから始めて各標的タンパク質の段階希釈物を約４℃で一晩コーティングした。プレートを約２００μｌ／ウェルのアッセイ希釈緩衝液（ＡＤＢ；ＢＤ Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）で室温にて１時間ブロックした後、Ｔｗｅｅｎ−２０（ＰＢＳ−Ｔ、１２ｍＭ ＮａＰＯ４、１３７ｍＭ ＮａＣｌ、２．７ｍＭ ＫＣｌ、０．０５％Ｔｗｅｅｎ ２０）含有リン酸緩衝生理食塩水にて３回洗浄した。ＡＤＢ（１００μｌ／ウェル、１：５０００）中で希釈したウサギポリクローナル抗フラジェリン抗体をすべてのウェルに加え、プレートを室温で１時間または４℃で一晩インキュベートした後、ＰＢＳ−Ｔで３回洗浄した。ＡＤＢ中にて希釈したＨＲＰ標識ヤギ抗ウサギＩｇＧ抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ）を加え（１００μｌ／ウェル、１：５０００）、プレートを室温で１時間インキュベートした。このプレートをＰＢＳ−Ｔで３回洗浄した。ＴＭＢ Ｕｌｔｒａ基質（Ｐｉｅｒｃｅ）を添加し、発色を監視した後、Ａ４５０をＴｅｃａｎ Ｆａｒｃｙｔｅマイクロプレート分光光度計で測定した。
ＴＬＲ５生物アッセイ： ｉｎ ｖｉｔｒｏ細胞ベースのアッセイを用いて、精製組換えタンパク質の生物活性を試験した。簡単に説明すると、ＲＡＷ２６４．７細胞をＡＴＣＣ（Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ， ＭＤ）から入手した。この細胞系は、ＴＬＲ２およびＴＬＲ４を発現するが、ＴＬＲ５を発現しない。ＲＡＷ２６４．７細胞を、ヒトＴＬＲ５をコードするプラスミド（Ｉｎｖｉｖｏｇｅｎ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ）でトランスフェクトし、ＲＡＷ／ｈ５細胞を生成した。ＴＮＦ産生の誘導を測定して、融合タンパク質のＴＬＲ５特異的活性を評価した。ＲＡＷ／ｈ５細胞を、９６ウェルのマイクロタイタープレート（Ｃｏｓｔａｒ）で、１０％ＦＣＳおよび抗生物質を加えたＤＭＥＭ培地にて１００μｌ／ウェルに（３〜５）×１０４細胞の播種密度で培養した。翌日、被験タンパク質を５μｇ／ｍｌから始めて段階希釈して、細胞を５時間処理した。アッセイ終了時、上清を回収し、ＴＮＦ発現発現をＥＬＩＳＡ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ， Ｃａｒｌｓｂａｄ， ＣＡ）で評価した。Ｍａｇｅｌｌａｎ Ｓｏｆｔｗａｒｅが動くＴＥＣＡＮマイクロプレート分光光度計（Ａｍｅｒｓｈａｍ）を用いて、吸光度およびルミネセンスを評価した。
ウサギの反応源性と免疫原性の研究：
動物：Ｃｏｖａｎｃｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ（Ｄｅｎｖｅｒ， ＰＡ）でメスおよびオスのニュージーランド白ウサギでの研究を実施した。
反応源性評価：ウサギ（６／群）を０日目と２１日目に筋肉内（ｉ．ｍ．）免疫した。プライミング免疫化１日後、ＣＲＰ測定用に血清を回収した（ＣＲＰ ＥＬＩＳＡキット、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｃｏｎｓｕｌｔａｎｔｓ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ， Ｎｅｗｂｅｒｇ， Ｏｒｅｇｏｎ）。０日目から１日目に摂餌量を測定した。
ＥＬＩＳＡ：ＥＬＩＳＡプレートに、ＰＢＳ中にて一晩、４℃でＭ２ｅペプチドまたはＳＩ ＨＡタンパク質をコーティングし、２００〜３００μｌ／ウェルのアッセイ希釈緩衝液（ＡＤＢ； ＢＤ Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ）で２〜３時間、２３〜２７℃でブロックした。表記の検出抗体を用いるインキュベーション後、ＡＤＢで希釈したＨＲＰ標識ヤギ抗マウス抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ， Ｗｅｓｔ Ｇｒｏｖｅ， ＰＡ）を加え、プレートを２３〜２７℃で１〜２時間インキュベートした。試薬添加ステップ間の洗浄はいずれも、１×ＰＢＳ／０．０５％ Ｔｗｅｅｎ−２０を用いて３回実施した。ＴＭＢ Ｕｌｔｒａ基質（Ｐｉｅｒｃｅ， Ｒｏｃｋｆｏｒｄ， ＩＬ）を添加し、発色を監視した後、１ＭのＨ２ＳＯ４を用いて反応を停止させ、ＯＤ４５０をマイクロプレート分光光度計で測定した。
マウスにおけるＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）およびＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．４ｘＭ２ｅ（配列番号４７２）の免疫原性と有効性の研究：６〜８週齢のＢＡＬＢ／ｃマウスをＪａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ， ＭＥ）から購入した。ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）およびＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．４ｘＭ２ｅ（配列番号４７２）組換えタンパク質を上述したように調製し、ＰＢＳ（リン酸緩衝生理食塩水）または処方Ｆ１０５（１０ｍＭヒスチジン、７５ｍＭ ＮａＣｌ、５％スクロース、０．０２％ポリソルベート８０，０．１ｍＭ ＥＤＴＡ、０．５％エタノール、１０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ７．２）という２つの製剤のうちの一方に処方した。製剤については、結果に対して検出可能な影響なく交換しながら利用した。有効性を評価するために、上述したように０日目と１４日目に免疫化したマウスを、２８日目にＬＤ９０（９０％のマウスに対する致死用量；８×１０３ＥＩＤ）のインフルエンザＡ型単離体ＰＲ８の鼻腔内投与によってチャレンジした。チャレンジ後２１日間、生存について動物を毎日監視した。
結果と考察
フラジェリンの全長およびＤ２Ｄ３Ｌ形態への融合物の相対ＴＬＲ５活性：精製ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）ＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．４ｘＭ２ｅ（配列番号４７２）ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４６３）およびＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４７３）融合タンパク質を、ＲＡＷ／ｈ５細胞系を用いてＴＬＲ５−特異的生物活性について評価した。タンパク質の段階希釈物をＲＡＷ／h５細胞と一緒に一晩インキュベートした。ＲＡＷ上清のＴＮＦレベルをアッセイした。フラジェリンのＤ２Ｄ３Ｌ形態に融合されたＭ２ｅ抗原（４ｘＭ２ｅ；配列番号４８５）およびＨＡ１−２ ＳＩ抗原（配列番号４９９）（「ＳＴＦ２Δ」または「ＳＴＦ２デルタ」とも呼ぶ）は、全長フラジェリンコンストラクトに融合された同じ抗原に匹敵する強力なＴＬＲ５特異的刺激活性を呈した（図１６Ａおよび図１６Ｂ）。得られた融合タンパク質は、（配列番号４７２）（ＳＴＦ２Δ．４ｘＭ２ｅ）および（配列番号４７３）（ＳＴＦ２Δ．ＨＡ１−２（ＳＩ））である。
ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）およびＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．４ｘＭ２ｅ（配列番号４７２）の比較反応源性：ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）およびＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．４ｘＭ２ｅ（配列番号４７２）タンパク質の反応源性をウサギモデルで調べた。６匹のウサギからなる群を０．１５〜５０μｇの範囲の用量で免疫化した。免疫化後２４時間の摂餌量を測定した。免疫化の前日と１日後に、市販のキット（Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｃｏｎｓｕｌｔｉｎｇ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ， Ｎｅｗｂｅｒｇ Ｏｒｅｇｏｎ）を用いての血清ＣＲＰレベルの判断のためにウサギから採血した。
図１７Ａおよび図１７Ｂに示すように、どちらのコンストラクトも摂餌量およびＣＲＰレベルに対して用量依存性の作用を示している。しかしながら、比較結果から、全長フラジェリンのＣ末端に対する抗原の融合に関与するＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）コンストラクトのほうが、ＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．４ｘＭ２ｅ（配列番号４７２）よりも強い反応源性応答を引き起こすことが分かる。Ｃ末端融合での免疫化では、等用量のＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．４ｘＭ２ｅ（配列番号４７２）よりも食欲の減退が大きく、ＣＲＰの上昇率も高い。
ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）およびＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．４ｘＭ２ｅ（配列番号４７２）の比較免疫原性および有効性：ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）およびＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．４ｘＭ２ｅ（配列番号４７２）タンパク質の免疫原性を、０日目と１４日目にＰＢＳ、ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）（３μｇ）またはＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．４ｘＭ２ｅ（配列番号４７２）（３または０．３μｇ）でｓ．ｃ．免疫化したＢＡＬＢ／ｃマウス（１０／群）で調べた。２１日目、マウスから採血し、Ｍ２ｅ特異的ＩｇＧ応答をＥＬＩＳＡで調べた。図１８Ａおよび図１８Ｂに示す結果から、３または０．３μｇのＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．４ｘＭ２ｅ（配列番号４７２）での免疫化によって、Ｍ２ｅ特異的ＩｇＧ応答が誘導されることが分かり、用量が多くなると、同じ用量のＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）で誘導されるものに匹敵する応答が認められた。２８日目、この研究のマウスにＬＤ９０のＰＲ／８（８×１０３ＥＩＤ（発育鶏卵感染量））をチャレンジし、ｉｎ ｖｉｖｏにて有効性を評価した。図１８Ａおよび図１８Ｂに示すように、ＰＢＳ単独で免疫化したマウスは１０％の生存であったのに対し、ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）で免疫化したマウスは、８０％の生存を示した。３または０．３μｇのＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．４ｘＭ２ｅ（配列番号４７２）で免疫化したマウスは、それぞれ９０％および８０％の生存を示したが、これはＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）を受けた動物で観察された結果に匹敵するものであった。このように、フラジェリンのＤ２およびＤ３ドメインの欠失は、融合４ｘＭ２ｅ抗原の免疫原性またはワクチンコンストラクトの有効性にマイナスの影響は持たない。
Ｈ１Ｎ１コンストラクトＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４６３）およびＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４７３）の比較反応源性および免疫原性プロファイル：ウサギモデルにおいて、Ｃ末端融合分子ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４６３）をＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４７３）と比較し、反応源性を求めた。各群６匹のウサギを、５０、１５、５、１．５および０．５μｇのＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４６３）またはＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３Ｌ．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４７３）でｉ．ｍ．免疫化した。免疫化後２４時間の摂餌量を測定した。免疫化の前日と１日後に、市販のキット（Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｃｏｎｓｕｌｔｉｎｇ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ， Ｎｅｗｂｅｒｇ Ｏｒｅｇｏｎ）を用いての血清ＣＲＰレベルの判断のためにウサギから採血した。
図１９Ａおよび図１９Ｂに示すように、どちらのコンストラクトも、摂餌量、温度、ＣＲＰレベルに対して用量依存性の作用を示すが、比較結果から、全長フラジェリンのＣ末端に対する抗原の融合に関与するＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４６０）コンストラクトのほうが、ＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４６４）よりも強い反応源性応答を引き起こすことが分かる。Ｃ末端融合を伴う免疫化では、等用量のＳＴＦ２Ｒ３．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４６４）よりも高く体温およびＣＲＰの上昇がドライブされ、一層食欲が失われる。
同じ研究の２１日目、ウサギの血清を回収し、ＳＩ特異的ＩｇＧ応答を試験した。図２０に示す結果から、ＳＴＦ２Ｄ２Ｄ３．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４７３）での免疫化では、低用量で約１０分の１、高用量で約２〜約５分の１の範囲の低いＳＩ ＨＡ−特異的ＩｇＧ応答が誘導されたことが分かる。
実施例５：フラジェリンのＲ０形態を利用したＨ１ ＨＡ球状頭部ワクチンが、限られた反応源性と低から中程度の免疫原性を提供する
材料および方法
ワクチン設計と製剤
組換えＨＡ遺伝子のクローニング： ＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２（ＰＲ８）遺伝子（配列番号４９３）を作出するために、二段階ＰＣＲ反応を用いてＳＴＦ２． ＨＡ１−２（ＰＲ８）のドメインＤ０を欠失させた。第１のステップでは、ｐＥＴ２４ａ−ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４５８）由来のＤＮＡをＤＮＡテンプレートとして使用し、プライマーを用いてそれぞれドメイン０およびＨＡ１−２（ＰＲ８）なしでＳＴＦ２を増幅した。第２のステップでは、第１のステップで得られた２つのＰＣＲ断片をゲル精製し、この第２ステップのオーバーラッピングＰＣＲ反応で用いるＤＮＡテンプレートおよびプライマーとして使用した。最終ＰＣＲ産物をＮｄｅＩおよびＥｃｏＲＩで消化し、ゲル精製し、コンパチブル末端によってｐＥＴ２４ａにライゲートして、ＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ ＰＲ８コンストラクト（配列番号４９３）を生成した。
ＨＡ球状頭部フラジェリン融合タンパク質の発現と精製： 大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）での流加発酵プロセスを用いて、フラジェリン融合タンパク質を製造した。バッチ段階で利用できるグルコースが完全に消耗した後、４リットルの濃縮合成原料培地を、制御した速度で、さらに１０．５時間かけてポンプ供給した（合計プロセス時間は３０．３時間であった）。標的タンパク質の発現を２．１ｍＭ ＩＰＴＧ（最終濃度）で誘導した。細胞を遠心分離によってペレット化し、細胞ペーストを−２０℃で保管した。細胞ペーストを解凍し、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ ２５ｍＭ ＮａＣｌ（ｐＨ８）中にて固体が１５％になるまで希釈した。懸濁液を１２ｋのＰＳＩ下にて３回均質化した。封入体を処理した。ペレットを８Ｍ尿素にｐＨ４で溶解させ、標的タンパク質を可溶化した。可溶性タンパク質を上清相にて遠心分離で抽出した。６Ｍの尿素、低塩中で上清をＣＥＸカラム（Ｔｏｓｏｈ ＳＰ６５０Ｍ）に結合させた。標的タンパク質をＮａＣｌステップ溶出条件下で溶出させた。回収したタンパク質を、２０ｍＭ Ｔｒｉｓ、０．５Ｍ尿素、０．１Ｍトレハロース、２ｍＭ ＣａＣｌ２、３ｍＭシステイン、０．３ｍＭシスチン、１ｍＭ ＥＤＴＡ、０．１％ ＰＳ−８０、ｐＨ８．０を用いて一晩一定の攪拌をしながらすみやかに希釈してリフォールドした。リフォールド後のタンパク質を１リットルまで濃縮し、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ、０．０５％ＰＳ８０、０．１Ｍトレハロース（ｐＨ８）を用いて、緩衝液を交換した。Ｑアニオン交換クロマトグラフィを実施し、残りの不純物を除去した。高タンパク質含有Ｑ溶出液ピーク画分を、さらに処理するために選択した。サイズ排除クロマトグラフィを最終精製ステップとして実施し、標的タンパク質の精製モノマー形態を単離した。ペレットプロセスのために、封入体を１％Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ−１００で洗浄し、８Ｍ尿素で可溶化した。同じ条件での高速希釈によって、タンパク質をリフォールドした。さらに精製する際には、上清プロセスと同じステップに準じる。最終的なバルクタンパク質を−７０℃で１ｍＬのアリコートとして保管した。製造業者の指示に従って標準的な発色性カブトガニ血球抽出液アッセイを用いて、残りのエンドトキシンをアッセイした（Ｃａｍｂｒｅｘ， Ｗａｌｋｅｒｓｖｉｌｌｅ， ＭＤ）。
タンパク質のキャラクタリゼーション：以下のアッセイを用いて、純度、同一性、エンドトキシン含有量、生物活性について、タンパク質をキャラクタライズした。
ＳＤＳ−ＰＡＧＥ：タンパク質（一般に５μｇ）をＳＤＳ−ＰＡＧＥ試料緩衝液（１％ＳＤＳ、３０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、ｐＨ６．８、４％グリセロール、０．１ｍｇ／ｍｌブロモフェノールブルー）中にて、５ｍＭ β−メルカプトエタノールを用いる場合と用いない場合とで希釈した。試料を５分間沸騰させ、４〜２０％ＳＤＳポリアクリルアミドゲルに仕込んだ。電気泳動後、ゲルをクーマシーブルーで染色して、タンパク質バンドを可視化した。
エンドトキシンアッセイ：製造業者の指示に従って標準的な発色性カブトガニ血球抽出液アッセイを用いて、残りのエンドトキシンをアッセイした（Ｃａｍｂｒｅｘ， Ｗａｌｋｅｒｓｖｉｌｌｅ， ＭＤ）。
タンパク質アッセイ：製造業者の指示に従って、ＢＳＡを標準として用いる９６ウェルフォーマットで、ＭｉｃｒｏＢＣＡタンパク質アッセイ試薬キットでタンパク質濃度を求めた（Ｐｉｅｒｃｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）。
フラジェリンＥＬＩＳＡ：フラジェリンに特異的な抗体を用いて、ＥＬＩＳＡでタンパク質の完全性と濃度を調べた。ＥＬＩＳＡプレート（９６ウェル）に、ＰＢＳ中、５μｇ／ｍｌから始めて各標的タンパク質の段階希釈物を４℃で一晩コーティングした。プレートを２００μｌ／ウェルのアッセイ希釈緩衝液（ＡＤＢ；ＢＤ Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）で室温にて１時間ブロックした後、Ｔｗｅｅｎ−２０（ＰＢＳ−Ｔ、１２ｍＭ ＮａＰＯ４、１３７ｍＭ ＮａＣｌ、２．７ｍＭ ＫＣｌ、０．０５％Ｔｗｅｅｎ ２０）含有リン酸緩衝生理食塩水にて３回洗浄した。ＡＤＢ（１００μｌ／ウェル、１：５０００）中で希釈したウサギポリクローナル抗フラジェリン抗体をすべてのウェルに加え、プレートを室温で１時間または４℃で一晩インキュベートした後、ＰＢＳ−Ｔで３回洗浄した。ＡＤＢ中にて希釈したＨＲＰ標識ヤギ抗ウサギＩｇＧ抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ）を加え（１００μｌ／ウェル、１：５０００）、プレートを室温で１時間インキュベートした。このプレートをＰＢＳ−Ｔで３回洗浄した。ＴＭＢ Ｕｌｔｒａ基質（Ｐｉｅｒｃｅ）を添加し、発色を監視した後、Ａ４５０をＴｅｃａｎ Ｆａｒｃｙｔｅマイクロプレート分光光度計で測定した。
ＴＬＲ５生物活性アッセイ：ＨＥＫ２９３細胞（ＡＴＣＣ、カタログ番号ＣＲＬ−１５７３， Ｍａｎａｓｓａｓ， ＶＡ）はＴＬＲ５を構成的に発現し、ＴＬＲ５シグナル伝達に応答して、ＩＬ−８をはじめとするいくつかの可溶性因子を分泌する。９６ウェルのマイクロプレート（細胞５０，０００個／ウェル）に細胞を播種し、組換え被験タンパク質を加えた。翌日、条件培地を回収し、清潔な９６ウェルのマイクロプレートに移し、−２０℃で冷凍した。解凍後、製造業者の指示に従って抗ヒトＩＬ−８同系抗体対（Ｐｉｅｒｃｅ；Ｒｏｃｋｆｏｒｄ， ＩＬ， ＃Ｍ８０１Ｅおよび＃Ｍ８０２Ｂ）を用いて、サンドイッチＥＬＩＳＡで、ＩＬ−８の存在について条件培地をアッセイした。マイクロプレート分光光度計を用いて光学密度を測定した。
ワクチン評価
マウスでの免疫原性および有効性研究：６〜８週齢のＢＡＬＢ／ｃマウスをＪａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ（Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ， ＭＥ）から購入し、Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ生体動物園（Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ， ＮＪ）で飼育した。研究はすべて、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ Ａｎｉｍａｌ Ｃａｒｅ ａｎｄ Ｕｓｅ Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅｓ（ＩＡＣＵＣ）に基づいて実施した。組換えタンパク質を、フォーミュラＦ１４７（１０ｍＭ Ｌ−ヒスチジン、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、５％トレハロース、０．０２％ポリソルベート８０、０．１ｍＭ ＥＤＴＡ、０．５％エタノール、１０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ７．２）で調製した。０日目と１４日目にマウスを皮下（ｓ．ｃ．）免疫化した。１３日目（一次）および２１日目（追加免疫）に、眼窩後穿刺によって個々のマウスから採血した。血清をヘパリン不含有血液試料の凝固と遠心分離によって回収した。有効性を評価するために、上述したように０日目と１４日目に免疫化したマウスを、３５日目に１×ＬＤ９０（９０％のマウスに対する致死用量；１×１０３ＴＣＩＤ５０）のインフルエンザＡ型単離体ＰＲ８を鼻腔内投与してチャレンジした。チャレンジ後２１日間、生存と体重減少について動物を毎日監視した。
ウサギにおける反応源性および免疫原性の研究：Ｃｏｖａｎｃｅ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ（Ｄｅｎｖｅｒ， ＰＡ）でメスおよびオスのニュージーランド白ウサギでの研究を実施した。ウサギ（６／群）を０日目と２１日目に筋肉内（ｉ．ｍ．）免疫した。プライミング免疫化１日後にＣＲＰ測定用、追加免疫用量の３週間後にＨＡ特異的ＩｇＧ測定用で血清を回収した。
結果と考察
本明細書に記載のデータは、ネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）タイプ２のフラジェリン（ＳＴＦ２）が、ヒトおよびウサギにおける用量依存性の反応源性と関連していることを示している。これは、どちらの種でも体温およびＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）の上昇、ヒトでは悪心、ウサギでは摂餌量の減少として観察される。これは、ほぼ間違いなくＳＴＦ２のＴＬＲ５活性と連動しており、それはｉｎ ｖｉｔｒｏサイトカイン放出アッセイで測定可能である。融合ワクチン抗原に特異的なＩｇＧとして測定した免疫原性も、反応源性および免疫原性の群平均をほぼ線形の相関でモデル化可能なような形で、用量依存性であることが明らかになっている。Ｈ５ ＨＡ球状頭部ワクチン（実施例１）の免疫効力を改善しようという本発明者らの最初の試みでは、組換え遺伝子配列を操作してフラジェリンの選択したドメインの欠失と置換を生成した。ドメインＤ０をインフルエンザＨ５Ｎ１ ＶＮ０４由来のＨＡの球状頭部で置換した分子ＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ ＶＮ（配列番号４５３）が、マウス致死チャレンジモデル（実施例１、図５、図６Ａおよび図６Ｂ）で、免疫原性が低く有効ではないことが明らかになった。マウスにおける免疫原性／有効性の低さは、このコンストラクトと関連するＴＬＲ５刺激活性が大幅に低減されたことによる可能性が高い（実施例１、表７）。
別の研究セットで、フラジェリンに融合したＨ１Ｎ１ ＰＲ８／３４球状頭部遺伝子の遺伝子配列を操作してＳＴＦ２のＤ０およびＤ３ドメインの欠失と置換を作り出した（配列番号４６０）。このコンストラクトを発現させ、タンパク質精製した後、ＴＬＲ５アッセイと確立されたウサギモデルの両方で、反応源性および免疫原性を評価した。Ｄ０ドメインがインフルエンザＨ１Ｎ１ ＰＲ８／３４由来のＨＡの球状頭部で置換された分子ＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４７４）では、想定外の結果が得られた。ＶＮ０４ Ｒ０での結果と整合し、ＰＲ８／３４ Ｒ０もＴＬＲ５刺激活性が低かった。反応源性も低いことが明らかになったが、驚くべきことに、中用量および高用量での免疫原性は、このウサギモデルではＰＲ８ ＨＡ（ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８）（配列番号４６０）と連結された未変性ＳＴＦ２に匹敵した。これによって、ヒトで高めの用量のフラジェリンベースのワクチンを安全に送達できるようになるかもしれない。
ＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４７４）ＴＬＲ５刺激活性のＩｎ ｖｉｔｒｏ解析：ＨＥＫ ２９３細胞（ＡＴＣＣ）を、９６ウェルのマイクロタイタープレート（Ｃｏｓｔａｒ）で、１０％ＦＣＳおよび抗生物質を加えたＤＭＥＭ培地にて１００μｌ／ウェルに約３〜約５×１０４細胞の播種密度で培養した。翌日、被験タンパク質を段階希釈して、細胞を５時間処理した。ＳＴＦ２．Ｒ０．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４７４）を、全長フラジェリンと融合されたソロモン諸島ＨＡ球状頭部である参照タンパク質ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＳＩ（配列番号４６１）と比較した。アッセイ終了時、上清を回収し、ＩＬ−８発現をＥＬＩＳＡ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ， Ｃａｒｌｓｂａｄ， ＣＡ）で評価した。ＯＤ４５０をマイクロプレート分光光度計（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ−ＭＤＳ， Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ， ＣＡ）で測定した。図２１に示す結果から、全長フラジェリン融合コンストラクトに比して、ＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ ＰＲ８タンパク質（配列番号４７４）が低いＴＬＲ５刺激活性を有することが分かる。
ＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ ＰＲ８の免疫原性および反応源性試験：ウサギ反応源性モデルを用いて、ＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４７４）の相対的な免疫原性および反応源性を、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８と比較した。１５０、１５および１．５μｇ用量のＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８を等質量調整用量の１３２．１、１３．２および１．３２μｇのＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４７４）と比較した。製剤対照も含めた。０日目と２１日目にｉ．ｍ．免疫化を実施した。研究−１日から＋３日まで摂餌量を測定した。同じく−１日から＋３日まで体温も経直腸的に測定した。０日目、免疫化の６時間後に体温を測定した。血液を回収し、血清を−１日目（採血前）、＋１、２１、２２、２８および４２日目に調製した。市販のＥＬＩＳＡ（(Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｃｏｎｓｕｌｔａｎｔｓ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、Ｏｒｅｇｏｎ）を用いてＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）を求めた。ウイルスＥＬＩＳＡを用いてＰＲ８ ＨＡ特異的ＩｇＧを求めた。プレートにＰＲ８ウイルス（２０５ＨＡＵ／ｍＬ）をポリクローナルＩｇＧの標準曲線（Ｓｅｒｏｔｅｃ， Ｒａｌｅｉｇｈ， ＮＣ）と並んでコーティングした。洗浄とブロック後、血清の希釈物をプレートコートウイルスに結合させた。さらに洗浄した後、ヤギ抗ウサギＩｇＧ−ＨＲＰ、ＴＭＢおよびＨ２ＳＯ４を用いて特異的ＩｇＧを検出する。４５０ｎｍでプレートを読み取り、４パラメータでのロジスティック式で標準曲線フィットを用いて特異的ＩｇＧをμｇ／ｍＬ単位で計算する（Ｓｏｆｔｍａｘ ５．２， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ， Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）。
摂餌量、体温およびＣＲＰの尺度を、反応源性プロファイルにおいて一緒に考慮する。ウサギに５０μｇ以上の用量で投与したＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４６０）に見られる野生型フラジェリンは、摂食を抑え、体温とＣＲＰ、肝臓で生成される急性期タンパク質の分泌を高める。これらの結果は、同じフラジェリン配列を含むＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号４５７）の臨床治験での観察結果と一致している。図２２Ａ〜図２２Ｃに示すように、ＳＴＦ２のドメイン０をＨＡ１−２（配列番号４７４）で置換すると、等用量での反応源性プロファイルが有意に減少する。最も顕著な点として、１５０μｇのＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４６０）のモル当量である１３２．１μｇのＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４７４）ですら、摂餌量が大幅に影響される。
Ｒ０（配列番号４７４）コンストラクトの反応源性が落ちたにもかかわらず、図２３に示すように、ウイルス特異的ＩｇＧは野生型ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（配列番号４６０）によって１５０および１５μｇ等用量で誘導したものと同じであることが明らかになった。１．５μｇ等用量で、未変性ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４６０）のほうがＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４７４）よりも高い抗ＰＲ８力価となる。
図２４Ａ〜図２４Ｃに示すように、測定した反応源性それぞれを比較するＰＲ８特異的ＩｇＧのプロットによって、野生型とＲ０分子との間の差異を示す独特な可視表示が得られる。特に、各プロットの最もフィットする線のＲ０勾配は、ＳＴＦ２とは異なる。これは、反応源性およびＩｇＧの尺度が平行して動くため、勾配が似たようなままの他の評価ＳＴＦ２変異体では観察されなかった。Ｒ０の反応源性プロファイルがよいとすれば、ＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２（配列番号４７４）の高めの用量がヒトで許容できる可能性があり、この場合、副作用なく同じかそれ以上の力価を達成できよう。
マウスにおけるＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４７４）の有効性：ＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８およびＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ ＰＲ８の保護有効性をマウス致死チャレンジモデルで比較した。ＢＡＬＢ／ｃマウスを２つの抗原で３通りの用量にて２週間間隔で免疫化し、Ａ／ＰＲ８／３４でチャレンジした。図２５に示すように、０．０３、０．１、１μｇのＳＴＦ２．ＨＡ１−２ ＰＲ８での免疫化では、２０％、８０％、１００％生存した。対照的に、最高用量（１μｇ）のＳＴＦ２Ｒ０．ＨＡ１−２ ＰＲ８（配列番号４７４）で免疫化したマウスの２０％しか致死ウイルスチャレンジで生存しなかった。
これらの結果は、ウサギとは対照的に、マウスでは、Ｒ０コンストラクト（配列番号４７４）の免疫原性が低いが、被検体が免疫学的にナイーブな場合の感染を予防または寛解するための組成物では有用となり得ることを裏付けるものである。
結論
Ｒ０（配列番号４７４）コンストラクトは、マウスでは免疫原性が低く有効ではないが、ウサギモデルでは、このコンストラクトは試験した低めの用量で免疫効力の中程度の低下が認められるだけで免疫原性である。ウサギモデルでは臨床で評価した２種類の異なるワクチンに対する治療ウィンドウの予測に成功したため、臨床背景で観察可能なものについて、ウサギモデルから正確な予測が得られる可能性がある。ウサギモデルは、特定のフラジェリンコンストラクトに対してヒトで用いられる治療ウィンドウの評価（反応源性を最小限に抑えつつ免疫学的応答を最大限にする用量範囲など）も提供できる。免疫応答の刺激に必要なＴＬＲ５シグナル伝達が最小限のワクチンコンストラクトには、臨床背景において実用性がある可能性がある。このようなワクチンは、季節性インフルエンザなどのワクチン抗原に対する既存の免疫が被検体にある場合や、同じく季節性インフルエンザの場合など複数のワクチン抗原を組み合わせて多価ワクチンを形成する必要があるときに、有用であろう。
実施例６：ＰＬＧＡ表面でのフラジェリンの吸着
コロイダル（ナノ粒子など）などの粒子と会合させることで、本発明の組成物、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストおよび融合タンパク質の免疫原性を改善できることがある。フラジェリンなどのＴｏｌｌ様受容体５アゴニストならびに、抗原を粒子の表面に結合させることができる。
方法：
生分解性ポリマーポリ（乳−ｃｏ−グリコール酸）（ＰＬＧＡ）を、１．２５ｍｇ〜１０．０ｍｇ／ｍＬの範囲の異なる濃度でアセトンに溶解させた。次に、有機ポリマー溶液をフラジェリン（配列番号４４７）と一緒に異なるｐＨ（ｐＨ約４〜約１０）でインキュベートした。初期溶液に続いて、ＰＬＧＡでのインキュベート後の最終溶液でのフラジェリンタンパク質の量を追跡して、フラジェリンをＰＬＧＡに吸着させるのに最適なｐＨを求めた。
結果：
表９に示す結果から、ＰＬＧＡ濃度１０ｍｇ／ｍｌでは粒子を回収できなかったことが分かる。ＰＬＧＡ濃度２．５または１．２５ｍｇ／ｍｌでは、低多分散性値でＰＬＧＡ粒子の作製に成功した。粒度と多分散性の制御は、分散液中のＰＬＧＡの濃度を調節することによる影響があった。粒子表面でのフラジェリンの吸着は、ｐＨ依存性であることが明らかになり、培地のｐＨがフラジェリンのｐＩと異なる場合、特に、ｐＨがフラジェリンのｐＩ（ｐＩ＝５）未満のときに、最大となった。（表９）。最適な吸着およびナノ粒子形成は、ｐＨ４で生じた。
結論：
フラジェリンは、コロイド系（ナノ粒子など）などの粒子の表面に吸着可能である。フラジェリンが吸着した粒子は、ＴＬＲ ５アゴニスト含有粒子の表面に同時吸着されるか、カプセル化または共有結合的に当該表面に結合された抗原との併用で有用なものとなり得る。これによって、抗原単独の場合よりも免疫細胞の抗原提示が改善され、結果として高い免疫応答が生じることがある。
配列番号４４７ ＳＴＦ２（ネズミチフス菌（Ｓ． ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）ｆｌｊＢ）
ＭＡＱＶＩＮＴＮＳＬＳＬＬＴＱＮＮＬＮＫＳＱＳＡＬＧＴＡＩＥＲＬＳＳＧＬＲＩＮＳＡＫＤＤＡＡＧＱＡＩＡＮＲＦＴＡＮＩＫＧＬＴＱＡＳＲＮＡＮＤＧＩＳＩＡＱＴＴＥＧＡＬＮＥＩＮＮＮＬＱＲＶＲＥＬＡＶＱＳＡＮＳＴＮＳＱＳＤＬＤＳＩＱＡＥＩＴＱＲＬＮＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＫＶＬＡＱＤＮＴＬＴＩＱＶＧＡＮＤＧＥＴＩＤＩＤＬＫＱＩＮＳＱＴＬＧＬＤＳＬＮＶＱＫＡＹＤＶＫＤＴＡＶＴＴＫＡＹＡＮＮＧＴＴＬＤＶＳＧＬＤＤＡＡＩＫＡＡＴＧＧＴＮＧＴＡＳＶＴＧＧＡＶＫＦＤＡＤＮＮＫＹＦＶＴＩＧＧＦＴＧＡＤＡＡＫＮＧＤＹＥＶＮＶＡＴＤＧＴＶＴＬＡＡＧＡＴＫＴＴＭＰＡＧＡＴＴＫＴＥＶＱＥＬＫＤＴＰＡＶＶＳＡＤＡＫＮＡＬＩＡＧＧＶＤＡＴＤＡＮＧＡＥＬＶＫＭＳＹＴＤＫＮＧＫＴＩＥＧＧＹＡＬＫＡＧＤＫＹＹＡＡＤＹＤＥＡＴＧＡＩＫＡＫＴＴＳＹＴＡＡＤＧＴＴＫＴＡＡＮＱＬＧＧＶＤＧＫＴＥＶＶＴＩＤＧＫＴＹＮＡＳＫＡＡＧＨＤＦＫＡＱＰＥＬＡＥＡＡＡＫＴＴＥＮＰＬＱＫＩＤＡＡＬＡＱＶＤＡＬＲＳＤＬＧＡＶＱＮＲＦＮＳＡＩＴＮＬＧＮＴＶＮＮＬＳＥＡＲＳＲＩＥＤＳＤＹＡＴＥＶＳＮＭＳＲＡＱＩＬＱＱＡＧＴＳＶＬＡＱＡＮＱＶＰＱＮＶＬＳＬＬＡ
実施例７：ＳＴＦ２．ＨＡ１（ＳＩ）を注射したマウスおよびウサギからの前臨床反応源性および免疫原性データ
緒言
ＶＡＸ１２５ワクチンの活性成分は、ＳＴＦ２．ＨＡ１（ＳＩ）（配列番号６６０）を含み、これにはフラジェリンと融合されたソロモン諸島ＨＡタンパク質の球状頭部ドメイン（ＳＴＦ２；配列番号６６１）が含まれる。これは、ＴＬＲ５（フラジェリン）のリガンドをカップリングすることで、自然免疫および適応免疫応答を同時活性化するＡ／ソロモン諸島／３／２００６（Ｈ１Ｎ１）株特異的抗原であり、ワクチン抗原（ＨＡ）に対する免疫応答の初期の生得的なフェーズのきっかけとなり、それが抗原特異的適応免疫応答を引き出すことになる。Ｔｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）は、さまざまな細胞型で発現され、最も顕著なのがプロフェッショナル抗原提示細胞（ＡＰＣ）である。そこでは、微生物産物の一次センサーとして機能し、免疫遺伝子や炎症性遺伝子の誘導につながるシグナル伝達経路を活性化する。
Ｆ１４７緩衝液（１０ｍＭ Ｔｒｉｓ、１０ｍＭ Ｌ−ヒスチジン、５％トレハロース（ｗ／ｗ）、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、０．０２％ポリソルベート−８０（ｗ／ｗ）、０．１ｍＭ ＥＤＴＡ、０．４１％（ｗ／ｗ）エタノール、ｐＨ７．０）中のＳＴＦ２．ＨＡ１（ＳＩ）融合タンパク質は、本明細書では「ＶＡＸ１２５」と呼ぶ組成物である。前臨床実験において、０．１μｇ〜１０μｇの範囲の用量でＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＳＩ）を含むＶＡＸ１２５でマウスを皮下免疫化した。０．１μｇという少ない融合タンパク質での予備刺激および追加免疫後に、保護赤血球凝集阻害（ＨＡＩ）および中和抗体力価が発生した。ウサギには、０．５μｇ〜３００μｇの範囲での筋肉内用量の融合タンパク質を与えた。ほとんどのウサギで一用量後に強いＩｇＧ応答が発生し、２用量後には全部のウサギでＩｇＧ応答が発生した。５μｇと低い用量では、中和抗体の保護レベルの誘導につながった。マウスとウサギのどちらでも、フラジェリンに対する抗体（既存またはプライミング免疫化で引き出したもの）は、以後の免疫化でワクチンに対する免疫応答に干渉しなかった。
材料および方法
ＴＬＲ５生物アッセイ
ＨＥＫ ２９３細胞（ＡＴＣＣ， Ｍａｎａｓｓａｓ， ＶＡ）によるＩＬ−８産生の誘導を測定して、融合タンパク質のＴＬＲ５特異的活性を評価した。細胞を、９６ウェルのマイクロタイタープレート（Ｃｏｓｔａｒ， ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ， Ｈｕｄｓｏｎ， ＮＨ）で、１０％ＦＣＳおよび抗生物質を加えたＤＭＥＭ培地（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ， Ｃａｒｌｓｂａｄ， ＣＡ）にて１００μｌ／ウェルに約３〜約５×１０４細胞の播種密度で培養した。翌日、被験タンパク質を５μｇ／ｍｌから始めて段階希釈して、細胞を約５時間処理した。アッセイ終了時、上清を回収し、ＩＬ−８発現をＥＬＩＳＡ（ＢＤ， Ｆｒａｎｋｌｉｎ Ｌａｋｅｓ， ＮＪ）で評価した。ＯＤ４５０をマイクロプレート分光光度計（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ−ＭＤＳ， Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ， ＣＡ）で測定した。
Ｉｎ ｖｉｖｏ研究：マウスおよびウサギ
ＢＡＬＢ／ｃマウスを５〜６週齢でＣｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒ Ｌａｂｓ（Ｗｉｌｍｉｎｇｔｏｎ， ＭＡ）から入手し、ＳＰＦ条件下で飼育した。１週間の馴化後、首の項部（容積０．１ｍＬ）または側腹部（各側腹部に０．２５ｍＬで合計０．５ｍＬ）のいずれかにおいて、融合タンパク質でｓ．ｃ．免疫化した。マウスを主に、０日目と１４日目に免疫化した。
マウスに眼窩後の非終末（ｎｏｎ−ｔｅｒｍｉｎａｌ）採血し、終末採血は眼窩後（Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ）または心臓穿刺によって実施した。ＢＤ血清セパレータチューブ（Ｆｒａｎｋｌｉｎ Ｌａｋｅｓ， ＮＪ）で血液を回収し、３，０００ＲＰＭで２０分間回転させて血清を生成した。
ニュージーランド白ウサギ（ＮＺＷ）をＣｏｖａｎｃｅまたはＣｈａｒｌｅｓ Ｒｉｖｅｒから入手した。ウサギは到着時に１２〜１７週齢で、免疫化の前に１週間馴化した。ウサギに、本明細書に記載したようなさまざまな用量のＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＳＩ）を含む（合計容量０．５ｍＬ）ＶＡＸ１２５をｉ．ｍ．免疫化した。予備刺激および追加免疫の注射液を大腿筋肉に交互に投与した。
どの時点でも耳の静脈から採血した。投入した餌と残った餌を２４時間間隔で秤量して、摂餌量を得た。皮下のチップを用いた図３３の研究以外では、体温を経直腸的に測った。
マウス効力：ＥＬＩＳＡによるＨＡ特異的ＩｇＧ
免疫効力を評価するＥＬＩＳＡでは、ＨＡ１−１（ＳＩ）抗原（ＶａｘＩｎｎａｔｅ， Ｃｒａｎｂｕｒｙ， ＮＪ）を１〜３μｇ／ｍＬでコーティングしたプレート（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ， Ｈｕｄｓｏｎ， ＮＨ）を使用して、マウス血清のＨＡ特異的活性を評価した。血清試料をＳｕｐｅｒｂｌｏｃｋ Ｔ２０（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ， Ｈｕｄｓｏｎ， ＮＨ）で希釈し、コーティングしてブロックしたプレートに移した。各血清試料について２回の独立した希釈を実施した。インキュベーションおよび洗浄（１×ＰＢＳ、０．０５％Ｔｗｅｅｎ ２０，Ｍａｌｌｉｎｋｒｏｄｔ−Ｂａｋｅｒ， Ｐｈｉｌｌｉｐｓｂｕｒｇ， ＮＪ）後、セイヨウワサビペルオキシダーゼに続いてＴＭＢ／Ｈ２ＳＯ４で直接にコンジュゲートしたヤギ抗マウスＩｇＧ（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ， Ｗｅｓｔ Ｇｒｏｖｅ， ＰＡ）を用いてプレートを展開した（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ， Ｈｕｄｓｏｎ， ＮＨおよびＭａｌｌｉｎｋｒｏｄｔ−Ｂａｋｅｒ， Ｐｈｉｌｌｉｐｓｂｕｒｇ， ＮＪ）。プレートを４５０ｎｍで読み取った（ＳｐｅｃｔｒａＭａｘ １９０， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ， Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ， ＣＡ）。精製マウスＩｇＧ（ＡｂＤ Ｓｅｒｏｔｅｃｈ， Ｏｘｆｏｒｄ， ＵＫ）の希釈系列を各プレートの一部にコーティングして標準曲線を生成し、４パラメータのロジスティック式（Ｓｏｆｔｍａｘ Ｐｒｏ ５．２， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ）を用いてこれをフィットさせた。この曲線によって、ＨＡ特異的ＩｇＧをμｇ／ｍＬ単位で計算できる。
マウス効力：マイクロ中和
マイクロ中和アッセイでは、血清試料を受容体破壊酵素（ＲＤＥ、１部の血清プラス３部のＲＤＥ、ＤＥＮＫＡ ＳＥＩＫＥＮ、Ａｃｃｕｒａｔｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ， Ｗｅｓｔｂｕｒｙ， ＮＹ経由で購入）で３７℃にて一晩処理し、熱不活性化（５６℃、３０分）し、１００ＴＣＩＤ５０のインフルエンザＡ型／ソロモン諸島／３／２００６（ＣＤＣ， Ａｔｌａｎｔａ， ＧＡ）で１時間、９６ウェルのマイクロタイタープレートにて同時培養した。次に、ＤＭＥＭ培地（１％ＢＳＡ、２０ｍＭ ＨＥＰＥＳ、１００ＩＵ／ｍｌペニシリンおよび１００μｇ／ｍＬストレプトマイシンを加えたＤＭＥＭ， Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ， Ｃａｒｌｓｂａｄ， ＣＡ）におけるＭＤＣＫ細胞（４×１０４／ウェル）を加えた。一晩インキュベーション（３７℃で２０時間）した後、培地を吸引した。次に、細胞をＰＢＳ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）で１回洗浄し、８０％アセトン（Ｍａｌｌｉｎｋｒｏｄｔ−Ｂａｋｅｒ， Ｐｈｉｌｌｉｐｓｂｕｒｇ， ＮＪ）に固定し、風乾させ、抗ＮＰモノクローナル抗体（ＢＥＩ Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ， Ｍａｎａｓｓａｓ， ＶＡ）を検出抗体（１：２０００）として、ヤギ抗マウスＦｃγ特異的ＩｇＧ：ＨＲＰ（１：５，０００、Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ， Ｗｅｓｔ Ｇｒｏｖｅ， ＰＡ）を二次抗体として用いてＥＬＩＳＡアッセイを実施した。適切なウイルス用量を用いていることを確認するために、ウイルス滴定対照も含めた。
マウス効力：赤血球凝集素阻害アッセイ（ＨＡＩ）
ＨＡＩアッセイでは、血清試料をＲＤＥ（ＤＥＮＫＡ ＳＥＩＫＥＮ、Ａｃｃｕｒａｔｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ， Ｗｅｓｔｂｕｒｙ， ＮＹ経由で購入）で１８〜２０時間、３７℃で処理し、熱不活性化（５６℃、３０分）した。２５マイクロリットルの処理血清試料をＶ底の９６ウェルのプレート（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ， Ｈｕｄｓｏｎ， ＮＨ）に二重に加え、段階（２倍）希釈した。インフルエンザＡ型／ソロモン諸島／０３／２００６ウイルス（２５μｌ中４ＨＡＵ）を血清試料に加え、室温で３０分間インキュベートした。５０マイクロリットルの０．５％ニワトリ赤血球（ＣＲＢＣ， Ｒｏｃｋｌａｎｄ Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌｓ， Ｇｉｌｂｅｒｔｓｖｉｌｌｅ， ＰＡ）をウイルス血清混合物に加えた。参照陽性血清（フェレット抗Ａ／ソロモン諸島／０３／２００６、ＣＤＣ， Ａｔｌａｎｔａ， ＧＡ）およびＣＲＢＣ対照も含める。室温にて約２時間のインキュベーション後、試料の赤血球凝集パターンを読み取った。ウイルス特異的赤血球凝集の完全な阻害を引き起こす希釈数の逆数としてＨＡＩ力価を定義した。
Ｃ反応性タンパク質ＥＬＩＳＡ
市販のサンドイッチＥＬＩＳＡキット（Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｃｏｎｓｕｌｔａｎｔｓ Ｌａｂ， Ｉｎｃ．， Ｎｅｗｂｅｒｇ， ＯＲ）を用いてウサギ血清からＣＲＰレベルを求めた。キットは、添付の試薬で製造業者の指示どおりに使用した。このキットには、４パラメータのロジスティック式（Ｓｏｆｔｍａｘ Ｐｒｏ ５．２， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ， Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ， ＣＡ）を用いてフィットさせた標準曲線を含む。血清試料を１：１，０００または１：５，０００希釈で流した。標準曲線の範囲内のＯＤ値のみを使用した。
ウサギ効力：ＥＬＩＳＡによるＨＡ−およびＳＴＦ２特異的ＩｇＧ
ＨＡ−およびＳＴＦ２特異的ＩｇＧを評価するＥＬＩＳＡでは、ＨＡ１−１（ＳＩ）タンパク質を３μｇ／ｍＬまたはＳＴＦ２を１μｇ／ｍＬでコーティングしたプレート（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ， Ｈｕｄｓｏｎ， ＮＨ）を使用して、ウサギ血清の比活性を評価した。簡単に説明すると、血清試料をＳｕｐｅｒｂｌｏｃｋ Ｔ２０（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ， Ｈｕｄｓｏｎ， ＮＨ）で希釈し、コーティングしてブロックしたプレートに移した。各血清試料について２回の独立した希釈を実施した。インキュベーションおよび洗浄（１×ＰＢＳ、０．０５％Ｔｗｅｅｎ ２０，Ｍａｌｌｉｎｋｒｏｄｔ−Ｂａｋｅｒ， Ｐｈｉｌｌｉｐｓｂｕｒｇ， ＮＪ）後、セイヨウワサビペルオキシダーゼに続いてＴＭＢ／Ｈ２ＳＯ４で直接にコンジュゲートしたヤギ抗ウサギＩｇＧ（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｒｅｓｅａｒｃｈ， Ｗｅｓｔ Ｇｒｏｖｅ， ＰＡ）を用いてプレートを展開した（ＴｈｅｒｍｏＦｉｓｈｅｒ， Ｈｕｄｓｏｎ， ＮＨおよびＭａｌｌｉｎｋｒｏｄｔ−Ｂａｋｅｒ， Ｐｈｉｌｌｉｐｓｂｕｒｇ， ＮＪ）。プレートを４５０ｎｍで読み取った（ＳｐｅｃｔｒａＭａｘ １９０， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ， Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ， ＣＡ）。精製ウサギＩｇＧ（Ｂｅｔｈｙｌ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ， Ｍｏｎｔｇｏｍｅｒｙ， ＴＸ）の希釈系列を各プレートの一部にコーティングして標準曲線を生成し、４パラメータのロジスティック式（Ｓｏｆｔｍａｘ Ｐｒｏ ５．２， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ）を用いてこれをフィットさせた。この曲線によって、ＨＡ特異的ＩｇＧおよびＳＴＦ２特異的ＩｇＧをμｇ／ｍＬ単位で計算できる。
ウサギ効力：マイクロ中和
マイクロ中和アッセイは、ウイルス抗体同時インキュベーションの結果としてのウイルス感染ＭＤＣＫ細胞におけるインフルエンザＮＰタンパク質の低減を定量化することで、血清試料中のウイルス特異的中和抗体（Ａｂ）のレベルを測定する。非特異的阻害剤を除去するために、血清試料をＲＤＥ ＩＩ（血清１部＋ＲＤＥ ＩＩ３部、ＤＥＮＫＡ ＳＥＩＫＥＮ、Ａｃｃｕｒａｔｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ， Ｗｅｓｔｂｕｒｙ， ＮＹ経由で購入）で３７℃で１８〜２０時間、５６℃で３０分間処理した。次に、処理血清を９６ウェルの組織培養プレートで二重に段階希釈し、１００ ＴＣＩＤ５０のインフルエンザＡ型／ソロモン諸島／０３／２００６（ＣＤＣ， Ａｔｌａｎｔａ， ＧＡ）と一緒に１〜１．５時間３７℃で同時インキュベートした。続いて、４×１０４／ウェルのＭＤＣＫ細胞／ウェル（ＡＴＣＣ， Ｍａｎａｓｓａｓ， ＶＡ）を加えた。１８〜２２時間のインキュベーション後、抗ＮＰ ＭＡｂ（ＢＥＩ、ＮＲ−４２８２、１：２，０００）を一次抗体として、ヤギ抗マウスＩｇＧを二次抗体（ＪａｃｋｓｏｎＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ、Ｗｅｓｔ Ｇｒｏｖｅ、ＰＡ、１：５，０００）として用いる標準ＥＬＩＳＡプロトコールを用いてＮＰタンパク質の定量化を実施する。ヒツジ抗Ａ／ソロモン諸島／０３／２００６血清（ＮＩＢＳＣ， Ｈｅｒｆｏｒｄｓｈｉｒｅ， ＵＫ）を参照血清として各プレートでインキュベートし、ばらつきを監視した。プレート洗浄、基質ＴＭＢおよび停止溶液、ＯＤ４５０読み取りは、上述のとおりとした。陰性対照および陽性対照のＯＤ値から算出した特異的シグナル未満の希釈数の逆数として中和抗体力価を定義する。
結果
ＩＬ−８分泌
異なるタンパク質ロットの生物活性を、同じ濃度の参照標準に対して、選択した濃度の被験物品（約２７８ｎｇ／ｍｌ）に応答して生成されるＩＬ−８の比として示す。比が１．００未満である場合、参照に比して生物活性が低下したことを示す。表１０に、２つの異なるロットのＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＳＩ）で、似たような量のＩＬ−８がＨＥＫ−２９３細胞から引き出されたことを示す。
マウスおよびウサギの免疫効力
一実験において、１５匹のＢＡＬＢ／ｃマウスからなる群を、１０μｇ、１μｇおよび０．１μｇの用量のＳＴＦ２．ＨＡ１（ＳＩ）で、２週間間隔にて２回ｓ．ｃ．免疫化した。方法のところで説明したように、追加免疫の７日後に血清試料を調製した。中和抗体力価については、陰性対照および陽性対照のＯＤ値から算出した特異的シグナル未満の希釈数の逆数として定義した。マイクロ中和の結果を、図２６に示す。これらの結果は、１μｇおよび１０μｇ用量のＳＴＦ２．ＨＡ１でのマウスの２つの免疫化で、Ａ／ソロモン諸島／０３／２００６に対する有意水準の中和抗体（ｐ＜０．０５、ＡＮＯＶＡ／テューキー検定にて）が誘発されたことを示していた。
第２の比較免疫原性研究では、１５匹のＢＡＬＢ／ｃマウスからなる群を、３μｇ、１μｇ、０．３μｇまたは０．１μｇのＳＴＦ２．ＨＡ１（ＳＩ）またはＦｌｕｖｉｒｉｎ（登録商標）（Ｎｏｖａｒｔｉｓ）で、２週間間隔にて２回ｓ．ｃ．免疫化した。追加免疫の７日後に血清試料を回収し、上述したようにしてマイクロ中和アッセイ用に調製した。図２７に示す結果は、ＳＴＦ２．ＨＡ１（ＳＩ）およびＦｌｕｖｉｒｉｎ（登録商標）のどちらも、用量依存的にウイルス特異的中和抗体を誘発することを示す。０．３μｇという低用量でのＳＴＦ２．ＨＡ１（ＳＩ）での免疫化によって、ウイルス特異的中和抗体が有意に増加した。１μｇまたは０．３μｇのＳＴＦ２．ＨＡ１（ＳＩ）と比較して、３μｇまたは１μｇのＦｌｕｖｉｒｉｎ（登録商標）によってマウスで誘導された中和抗体力価は、ＡＮＯＶＡ／テューキー検定で判断した場合には類似している。
ウサギにおける産物ＳＴＦ２．ＨＡ１（ＳＩ）の用量範囲研究も実施した。ウサギには、０日目と２１日目に３００μｇ、１５０μｇ、４５μｇ、１５μｇおよび５μｇの送達ｉ．ｍ．を受けさせた。プライミング免疫化の約２４時間後にウサギで用量関連の流涙が観察された。これは４８〜７２時間までに自己回復した。興味深いことに、この観察の頻度は１５０μｇで最も高く（動物６匹中６匹）なり、３００μｇでは実質的に低かった（動物６匹中１匹）。図２８Ａに示すように、すべての用量レベルでプライミング免疫化の２１日後に有意なＨＡ特異的ＩｇＧが観察される。すべての群で、図２８Ｂに示すようにこの応答を追加免疫した。
マウス血清について上述した方法を用いて、ウサギ血清でマイクロ中和アッセイを実施した。ＳＴＦ２．ＨＡ１（ＳＩ）での単一の追加免疫によって、正常血清の場合に比して抗体力価が強く増加した（４〜６４倍、表１１）。４５μｇから１５０μｇの用量群での血清試料中の中和抗体のレベルは低用量群の場合よりも高いように見えるが、ＡＮＯＶＡ／テューキー検定によれば、異なる用量群で統計的な差異はなかった。このように、ＳＴＦ２．ＨＡ１（ＳＩ）は、５μｇと低い用量でウサギにおいて高度に免疫原性であり、保護レベルの中和抗体の誘導につながる。
マウスで上述した比較免疫原性実験の延長で、６匹のニュージーランド白ウサギからなる群を、４５、１５または５μｇのＳＴＦ２．ＨＡ１（ＳＩ）またはＦｌｕｖｉｒｉｎ（登録商標）で、３週間間隔にて２回ｉ．ｍ．免疫化した。マイクロ中和アッセイのところで上述したようにして、追加免疫の７日後に血清試料を調製した。図２９に示す結果は、ウサギではどちらのワクチンも低用量で強い中和力価が引き出されることを示している。ＡＮＯＶＡによる特定の群間比較（１５μｇ ＳＴＦ２．ＨＡ１（ＳＩ）との比較で４５μｇ Ｆｌｕｖｉｒｉｎ（登録商標））では、ＳＴＦ２．ＨＡ１（ＳＩ）のほうがＦｌｕｖｉｒｉｎ（登録商標）よりも弱いことが分かるが、ＡＮＯＶＡ／テューキー検定による他の群間比較（５μｇのＳＴＦ２．ＨＡ１（ＳＩ）との比較で１５μｇ Ｆｌｕｖｉｒｉｎ（登録商標）では、Ｆｌｕｖｉｒｉｎ（登録商標）とＳＴＦ２．ＨＡ１（ＳＩ）で統計的な有意差は認められない。
ＶＡＸ１２５非臨床結果
上述したさまざまな用量のＶＡＸ１２５を用いるウサギでの研究では、予備刺激免疫化の２４時間後に用量関連の流涙が観察された。ＶＡＸ１２５の全身の反応源性をウサギで評価し、温度、摂餌量およびＣＲＰの用量関連の尺度を含めた。
ウサギの群を１５０μｇ〜０．５μｇの範囲の用量のＶＡＸ１２５中ＳＴＦ２．ＨＡ１（ＳＩ）で免疫化した。摂餌量およびＣＲＰレベルを予備刺激免疫化後に評価した。ＳＴＦ２．ＨＡ１（ＳＩ）の全体の用量範囲を１回の実験で評価した。データを図３０〜図３２に示す。ＳＴＦ２．ＨＡ１（ＳＩ）を投与すると、ウサギで用量依存的に食欲が抑制される。５０および１５μｇ用量群での摂餌量は基線に近づく。ＣＲＰは、ＳＴＦ２．ＨＡ１（ＳＩ）の投与後に用量依存的に増加した（図３１）。これらの観察結果と整合し、用量５０μｇおよび１５０μｇのＳＴＦ２．ＨＡ１（ＳＩ）でのワクチン接種後２時間の時点で、体温が上昇した（図３２）。
ＳＴＦ２．ＨＡ１（ＳＩ）注射後の体温上昇の動態学も求めた。この研究の結果から、免疫化後に少なくとも１０時間体温が上昇するのに対し、２４時間までには正常に戻る（図３３）ことが分かる。したがって、免疫化の６時間後に体温を測定するＳＴＦ２．ＨＡ１（ＳＩ）の用量範囲研究を実施した。１５〜０．５μｇの用量をＦ１４７緩衝液単独と比較した。２時間での結果と整合して、体温上昇は用量依存性（図３４）であり、用量≧１５μｇで有意に上昇しはじめた。
マイクロ中和アッセイで、ウサギの研究で得られた血清を評価した。図３５に示すように、ＳＴＦ２．ＨＡ１（ＳＩ）の用量は１．５μｇと低くても実質的な中和抗体力価が生成され、抗体陽転率は６７〜１００％の範囲にわたる。０．５μｇの用量でも３３％のウサギで中和抗体が引き出される。
結論
ネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）フラジェリンとインフルエンザＡ型ＨＡの球状頭部の分子連結が大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）において生成され、ウサギおよびマウスに与えると、ウイルス中和抗体が得られた。ＨＥＫ−２９３細胞からのＩＬ−８分泌ならびに、摂餌量の減少、高用量のワクチンで観察される体温および血清ＣＲＰの上昇で示されるように、ＳＴＦ２の自然免疫刺激機能は明らかに維持された。しかしながら、低めの用量では、有意な中和抗体力価ならびにＨＡ特異的ＩｇＧが検出されながらも、ウサギで測定される反応源性は緩衝液対照と類似であった。
これらの力価は、ヒトに用いられるワクチンであるＦｌｕｖｉｒｉｎ（登録商標）によって引き出したものと大きさが同等である。マウスでは、１μｇのＳＴＦ２．ＨＡ１（ＳＩ）で、ほぼ同じ量のＳＩ ＨＡタンパク質を含む３μｇのＦｌｕｖｉｒｉｎ（登録商標）より高い中和抗体力価が生成された。このように、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＳＩ）などのＴｏｌｌ様受容体５アゴニストとの併用で抗原を含む組成物には、従来のインフルエンザワクチンよりも有意な利点があることがある。このような組成物は、受精鶏卵ベースの製造に比して、製造能力１平方フィートあたりのタンパク質収率の高い大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）で生成可能であるからである。また、現在用いられているワクチンと比較して、強力な免疫原性応答と低用量での低反応源性も想定外であった。
実施例８：用量の増大−ヒトにおけるＶＡＸ１２５の安全性と免疫原性を評価するための範囲研究
Ｆ１４７（１０ｍＭ Ｔｒｉｓ、１０ｍＭ Ｌ−ヒスチジン、５％トレハロース（ｗ／ｗ）、１５０ｍＭ ＮａＣｌ、０．０２％ポリソルベート−８０（ｗ／ｗ）、０．１ｍＭ ＥＤＴＡ、０．４１％（ｗ／ｗ）エタノール、ｐＨ７．０）中でのＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＳＩ）融合タンパク質（配列番号６６０；本明細書では「ＳＴＦ２．ＨＡ１（ＳＩ）」とも呼ぶ）の安全性と有効性を評価するために、フェーズＩ臨床治験を実施した。Ｆ１４７緩衝液と併用したＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＳＩ）融合タンパク質を「ＶＡＸ１２５」と呼ぶ。ＶＡＸ１２５組成物の安全性および有効性を評価した。ＶＡＸ１２５組成物を、一用量の投与計画で、１８〜４９歳の健常な成人にｉ．ｍ．投与した。すべての被検体に対して症候記録カードを埋め、物理的な評価を実施した。また、組成物の投与前後に血清サイトカインレベルおよびＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）を定量化した。
ヒト被検体におけるＶＡＸ１２５組成物の免疫原性を評価した。一次端点は、鶏卵増殖Ａ／ソロモン諸島／０６に対する血清赤血球凝集阻害（ＨＡＩ）抗体とし、０日目、１４日目、２８日目に評価した（Ｂｅｌｓｈｅ，Ｒ．Ｂ．ら， Ｔｈｅ Ｊ． ｏｆ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅｓ １８１：１１３３〜１１３７ （２０００））。また、鶏卵増殖ソロモン諸島ウイルスを使用し、組換えＨＡを用いるＥＬＩＳＡにて、上述したようにしてマイクロ中和アッセイで血清を評価した（Ｋａｔｚ， Ｊ．Ｍ．ら， Ｔｈｅ Ｊ． ｏｆ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅｓ １８０：１７６３〜１７７０ （１９９９））。
材料および方法
研究の設計
ＶＡＸ１２５−０１フェーズ１、パート１：この研究は、健常で過去にワクチン接種を受けていない被検体での用量増大、プロスペクティブ、非盲検研究設計であった。研究は、０．１〜８μｇのＶＡＸ１２５（全タンパク質）範囲で、０．１μｇ、０．３μｇ、１μｇ、２μｇ、３μｇ、５μｇまたは８μｇという７群で構成した。各群に８名の被検体を含み、合計で５６名の被検体とした。０日目、７日目、１４日目、２８日目に免疫原性を評価した。０日目は組成物を投与した日であった。
ＶＡＸ１２５−０１フェーズ１、パート２：この研究は、健常な成人での無作為化、偽薬対照、盲検研究であった。この研究の目的は、１μｇまたは２μｇで三価製剤のベースとなり得る十分に許容される用量での別の安全性および免疫原性データを得ることであった。
研究の参加者：
研究手順に参加する前に、各ボランティアに対して書面による自発的なインフォームドコンセントを実施した。被検体は１８〜４９歳で、医療履歴ならびに、身体検査のスクリーニングと研究所での分析のスクリーニングによって確認したところ、健常であった。主な除外基準としては、何らかの病状の履歴があるか研究所でのスクリーニング結果に異常が認められる、何らかの理由で免疫応答が損なわれている、過去６ヶ月以内にインフルエンザ感染が確認された、最近、本研究以外のワクチンを受けた、あるいはワクチン成分に対してアレルギーがあることなどであった。
手順
第１の研究では、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＳＩ）融合タンパク質の濃度を高めるために、０．１μｇ、０．３μｇ、１μｇ、２μｇ、３μｇ、５または８μｇのいずれかの増大用量のＶＡＸ１２５の１回投与を受けるよう参加者を無作為に割り振った。研究の参加者には、利き腕ではないほうの腕の三角筋にワクチンを筋肉内（ｉ．ｍ．）注射した。参加者は、その用量でのＶＡＸ１２５の後とその後の６日間のことを覚えているようにして、その日に局所的反応と全身反応の両方で、なし、若干、中程度、重症の分類に従って質問に答えた。研究参加者によって、４段階の評点（０〜３）を使って有害反応を評価した。回答された局所反応は、赤み、腫脹または硬化、痛みおよび斑状出血であった。回答のあった全身反応は、熱、頭痛、関節痛、疲労、筋肉痛、ふるえ（悪寒）および発汗増加であった。
被検体は、ＶＡＸ１２５投与後１日目と７日目に安全性観察の目的で、簡単な身体検査と覚えている内容のレビュー、研究所での評価のためにクリニックに戻された。１４日目と２８日目に、別の安全性研究所評価も実施した。研究所での分析には、ＣＢＣ、ＢＵＮ、クレアチニン、尿検査、肝機能試験を含めた。０日目（ＶＡＸ１２５投与前）と１日目に、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ， Ｌａｔｅｘ Ｅｎｈａｎｃｅｄ Ｉｍｍｕｎｏｔｕｒｂｉｄｉｍｅｔｒｉｃ， Ｂａｙｅｒ， Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇ， ＰＡ）アッセイを実施した。ＨＡＩ、ＨＡに対するマイクロ中和およびＩｇＧ応答、フラジェリンアッセイを、ＶＡＸ１２５投与後０、７、１４、および２８日目に回収した血清で実施した。
用量増大手順（研究１）
各用量群の中で、１日目の来診、３日目の電話、１日目の安全性ラボの終了時、データについて安全性監視委員会の検査を受けた。
初期研究での用量増大部分の終了時、プロトコールでは、最適な安全性および免疫原性を持つと判断された２通りの用量レベルのうちの一方、または偽薬を受けるよう無作為に割り振った４８名の追加の被検体の登録が可能であった。
ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＳＩ）融合タンパク質
標準的なクロマトグラフィ（ＷＣＢＦ， Ｍａｄｉｓｏｎ， ＷＩ）方法を用いて、ＳＴＦ２．ＨＡ１−２（ＳＩ）融合タンパク質をＧＭＰ条件下で精製した。融合タンパク質を緩衝液Ｆ１４７で製剤化し、バイアルに入れ、ヒトに投与した。
臨床アッセイ
赤血球凝集阻害（ＨＡＩ）アッセイ
シチメンチョウ赤血球（ＲＢＣ， ＣＢＴ Ｆａｒｍｓ， Ｆｅｄｅｒａｌｓｂｕｒｇ， ＭＤ）および９６ウェルのＶ底マイクロタイタープレート（ＶＷＲ， Ｗｅｓｔ Ｃｈｅｓｔｅｒ． ＰＡ）を用いて臨床ＨＡＩアッセイを実施した。ＲＢＣをＰＢＳ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ， Ｃａｒｌｓｂａｄ， ＣＡ）にて３回洗浄した。細胞を最終濃度０．７５％ＲＢＣまでＰＢＳ中に再懸濁させた。被検体の血清を受容体破壊酵素（ＲＤＥ， Ｄｅｎｋａ Ｓｉｅｋｅｎ， Ａｃｃｕｒａｔｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ， Ｗｅｓｔｂｕｒｙ， ＮＹ）で処理し、非特異的阻害剤（１：４希釈）を除去した。インフルエンザＡ型／ソロモン諸島／３／２００６を４ＨＡＵ／２５μｌ ＬでＰＢＳ中にて調製した。各行の２５μｌ Ｌを残して、血清を１：２に段階希釈した。次に、２５μｌ Ｌの容量でウイルスを加え、プレートを静かに混合し、室温で１時間インキュベートした。次に、各ウェルに５０マイクロリットルの０．７５％ＲＢＣを加え、プレートを静かに混合し、細胞が十分に画定されたペレットを形成するまで４℃で放置した。
ＲＢＣのみ（ウイルスまたは血清のみ）；ＲＢＣ＋ウイルス（血清なし）およびＲＢＣ、ウイルスおよび対照物血清（プールしたヒト血清）を含有する対照ウェルを含めた。十分に画定されたペレットまたは「ボタン」が形成される最高希釈数として、血清ＨＡＩ力価を求めた。
マイクロ中和
（Ｋａｔｚ， Ｊ．Ｍ．， ｅｔ ．ａｌ．， Ｔｈｅ Ｊ． ｏｆ Ｉｎｆｅｃｔｉｏｕｓ Ｄｉｓｅａｓｅｓ １８０：１７６３-１７７０ （１９９９））によって開発されたものを改変したプロトコールを用いて、マイクロ中和アッセイを実施した。１：２０から始めて血清試料を二重に段階希釈し、１．５時間で９６ウェルのマイクロタイタープレートにてインフルエンザＡ型／ソロモン諸島／３／２００６の５０％溶解（ＴＣＩＤ５０）を引き起こす１００組織培養細胞感染用量（ＴＣＩＤ）で同時培養した。次に、ＤＭＥＭ培地（１％ＢＳＡ、２０ｍＭ ＨＥＰＥＳ、１００ＩＵ／ｍＬペニシリンおよび１００μｇ／ｍＬストレプトマイシン（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ， Ｃａｒｌｓｂａｄ， ＣＡ）を加えたＤＭＥＭ）中、ＭＤＣＫ細胞（ＡＴＣＣ， Ｍａｎａｓｓａｓ， ＶＡ、４×１０４／ウェル）を加えた。３７℃で２０時間のインキュベーション後、培地を吸引した。次に、細胞をＰＢＳ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ， Ｃａｒｌｓｂａｄ， ＣＡ）で１回洗浄し、８０％アセトン（Ｓｉｇｍａ， Ｓｔ． Ｌｏｕｉｓ， ＭＯ）に固定し、風乾させ、モノクローナル抗インフルエンザＡ型核タンパク質（１：２０００、クローンＡ１およびＡ３、ＡＴＣＣ／ＢＥＩリソース、Ｍａｎａｓｓａｓ， ＶＡ）を検出抗体として、ヤギ抗マウスＦｃγ特異的ＩｇＧ：ＨＲＰ（１：５０００、Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ， Ｉｎｃ．， Ｗｅｓｔ Ｇｒｏｖｅ， ＰＡ）を二次抗体として用いて、ＥＬＩＳＡアッセイを実施した。
１−ステップＵｌｔｒａ ＴＭＢ−ＥＬＩＳＡ基質（Ｔｈｅｒｍｏ， Ｈｕｄｓｏｎ， ＮＨ）の展開と１Ｍ Ｈ２ＳＯ４（Ｍａｌｌｉｎｃｋｒｏｄｔ Ｂａｋｅｒ， Ｐｈｉｉｌｉｐｓｂｕｒｇ， ＮＪ）での反応終了後、ＯＤ４５０を読み取った（Ｓｐｅｃｔｒａｍａｘ １９０， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ， Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ， ＣＡ）。ウイルス逆滴定、陽性血清対照、ウイルス対照（ＶＣ）、細胞対照（ＣＣ）を含めた。式：特異的シグナルの５０％＝［（ＶＣウェルの平均ＯＤ）−（ＣＣウェルの平均ＯＤ）］／２＋ＣＣウェルの平均ＯＤを用いて、各血清のウイルス中和抗体の端点を求めた。この値未満の値を中和活性陽性とみなす。
ＥＬＩＳＡ
Ｉｍｍｕｌｏｎ ４ＨＢＸプレート（Ｔｈｅｒｍｏｅｌｅｃｔｒｏｎ Ｃｏｒｐ．， Ｍｉｌｆｏｒｄ，ＭＡ）に、ＨＡ１−１（ＳＩ）（配列番号６６２）（昆虫細胞にて生成される配列番号６６５のソロモン諸島ウイルスＨＡ由来の組換えタンパク質アミノ酸５３−３２４）または組換えＳＴＦ２．ｈｉｓ６（大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）にて生成）を、１μｇ／ｍＬで、１５．５〜１７．５時間４℃でコーティングした。０．９μｇ／ｍＬの濃度から開始して１×ＰＢＳを用いて精製ヒトＩｇＧ（ＡｂＤ Ｓｅｒｏｔｅｃ， Ｒａｌｅｉｇｈ， ＮＣ）を８倍に希釈し（ＥＭＤ， Ｇｉｂｂｓｔｏｗｎ ＮＪ、その都度４倍）、一晩コーティングした。
翌日にプレートを洗浄し、３００μｌのＳｕｐｅｒｂｌｏｃｋｗｉｔｈ Ｔ２０（Ｔｈｅｒｍｏ， Ｈｕｄｓｏｎ， ＮＨ）で２時間、２３〜２７℃でブロックした。１：５００倍希釈から始まって、１：１５８０７倍希釈（その都度３．１６２倍希釈）まで、Ｓｕｐｅｒｂｌｏｃｋを用いて三重に血清の希釈物を調製した。陽性および陰性対照血清を、Ｓｕｐｅｒｂｌｏｃｋを用いて２５００倍に希釈した。ブロックしたプレートを、１×ＰＢＳ／０．０５％ Ｔｗｅｅｎ（Ｊ．Ｔ．Ｂａｋｅｒ， Ｐｈｉｌｌｉｐｓｂｕｒｇ， ＮＪ）で３回洗浄し、希釈血清および対照をＨＡ１−１コートウェルに加えた。Ｓｕｐｅｒｂｌｏｃｋ単独を、ヒトＩｇＧコートウェルに加えた。２３〜２７℃で２時間のインキュベーション後、プレートを再度洗浄し、ＨＲＰ−コンジュゲート抗ヒトＩｇＧ抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏ Ｒｅｓｅａｒｃｈ ｌａｂｓ Ｉｎｃ．， Ｗｅｓｔ Ｇｒｏｖｅ， ＰＡ）の１００μｌの１：５０００希釈物と一緒に４０〜４５分間インキュベートした。
プレートを３回洗浄し、１００μｌの予備加熱したＴＭＢ基質（Ｔｈｅｒｍｏ， Ｈｕｄｓｏｎ， ＮＨ）をウェルに加えた。４分間発色させた後、１００μｌの１ Ｍ Ｈ２ＳＯ４（Ｍａｌｌｉｎｃｋｒｏｄｔ Ｂａｋｅｒ， Ｐｈｉｌｌｉｐｓｂｕｒｇ， ＮＪ）を加えて反応を停止させた。４５０ｎｍのＯＤを反応停止から４０分以内に読み取った（Ｓｐｅｃｔｒａｍａｘ １９０， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ， Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ， ＣＡ）。ヒトＩｇＧ標準と、そこから得られるＯ．Ｄを用いて生成した４パラメータのロジスティック曲線（ＳｏｆｔＭａｘ Ｐｒｏ ５．２， Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ， Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ ＣＡ）を用いて、抗ＨＡ ＩｇＧ抗体の濃度を求める。高度に濃縮され、標準曲線の範囲から外れる血清については、３１，２５０〜３，９０６，２５０の希釈を用いて別のＥＬＩＳＡで同じことを繰り返した。
結果
表１２は、研究のパート１に参加した被検体の個体群統計特性を示すものである。群は、年齢、性別、民族の点で十分にバランスが取れている。
表１３は、パート１の各用量群の安全性プロファイルを示すものである。症候を、痛み、赤みまたは腫脹などの注射部位での症候である局所症候と、頭痛、疲労、関節痛、筋肉痛、悪寒、発汗などの全身症候とに分ける。融合タンパク質は、ほぼすべての被検体で十分に許容された。５μｇおよび８μｇ群の被検体で、中程度の腕の痛みが増した。重症の全身症候が認められた被検体が２名いた。一人は２μｇ群でＶＡＸ１２５とは関係ないように見えたが、もう一人は３μｇ群でＶＡＸ１２５投与の２時間後に始まって約２〜３時間続いた。
研究のパート１における用量および上昇率によるＨＡＩ幾何平均力価の概要を表１４に示す。０日目に有意なＨＡＩ力価が観察され（志願した個体群を最もよく反映している可能性が高い）、このうちの多くがここ何年かにインフルエンザのワクチン接種を受けていたかもしれない。ＶＡＸ１２５参加者は全員が１４日目と２８日目に赤血球凝集阻害幾何平均力価（ＨＡＩ ＧＭＴ）の上昇を示したが、増加率は０．１μｇおよび０．３μｇ用量レベルで４未満であった。
表１５では、パート１の７用量群を、低用量群、中用量群、高用量群を示す３つの用量群と組み合わせた。融合タンパク質投与の１日後にＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）を測定し、サイトカイン（ＩＬ−６）応答の指標とする。投与前ＶＡＸ１２５ ＨＡＩ力価にばらつきがあるため、免疫応答の尺度としては増加率のほうが有用なことがある。抗体陽転は力価の４倍増加と定義し、抗体保有率は投与後最小力価４０と定義する。この分析方法を使用すると、低用量群は低ＣＲＰ上昇率で、抗体陽転の上昇もわずかである。しかしながら、投与前ＨＡＩ力価がゆえに、１００％抗体保有率となった。中用量と高用量ではともに、ＣＲＰレベルが上昇し、ＨＡＩ ＧＭＴも上昇する。中レベル群では、抗体陽転が５０％まで上昇し、高用量群では抗体陽転率が７５％であった。抗体保有率は、中用量群と高用量群でそれぞれ１００および９４％であった。
研究のパート２の結果を表１６にまとめておく。この場合、抗体陽転率は、投与後の最小融合タンパク質力価４０で少なくとも４倍上昇として定義される。予想通り、偽薬群にはＨＡＩ力価の上昇は認められなかったのに対し、１および２μｇ群では抗体陽転率（それぞれ５０および８１％）と抗体保有率（それぞれ７５および１００％）が顕著に増加した。
ＨＡＩアッセイに加えて、マイクロ中和およびＥＬＩＳＡアッセイを実施した。図３６に示すように、パート１の被検体については、マイクロ中和アッセイの結果は、ＨＡＩでの結果に匹敵する：有意な投与前力価が観察された（Ｄ０）が、０．３μｇから８μｇへのＶＡＸ１２５の用量は、２８日目（Ｄ２８）までのマイクロ中和力価の増加を引き起こした。図３７Ａおよび図３７Ｂに示すように、パート２の被検体については、融合タンパク質の投与前に測定可能な抗ＨＡ特異的ＩｇＧは、０日目から７日目まで上昇し、１４日目までにはプラトーに達した。抗フラジェリンＩｇＧは低めの濃度から開始されたが、抗ＨＡ応答と類似の動態学で増加した。
結論
ＶＡＸ１２５は、０．１μｇから８μｇの用量での単回筋肉内用量後に高度に免疫原性である。１μｇから３μｇの範囲の用量で、１５μｇの用量で得られる標準抗原に匹敵するかこれよりも良い免疫応答が生じた。これらのデータから、インフルエンザのＨＡ球状頭部タンパク質を大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）で発現可能であり、これをフラジェリンと融合させると高度に免疫原性になることが分かる。３μｇ群の一名に、サイトカイン放出を示す全身性副作用が生じたが、これは自然免疫系によるＴＬＲ５刺激の可能性がある。
１μｇ以上のすべての用量で、ＨＡＩ力価、マイクロ中和およびＨＡ特異的ＩｇＧの顕著な増加が認められた。０．１μｇおよび０．３μｇでも増加が認められたが、測定可能な投与前力価によって抗体陽転率が落ちている間、１００％の被検体がこれらの用量で抗体保有状態となった。
配列番号６６０ ＳＴＦ２．ＨＡ１（ＳＩ）のアミノ酸配列

配列番号６６１ ＳＴＦ２
配列番号６６３ ＳＴＦ２．ｈｉｓ６のアミノ酸配列
ＭＡＱＶＩＮＴＮＳＬＳＬＬＴＱＮＮＬＮＫＳＱＳＡＬＧＴＡＩＥＲＬＳＳＧＬＲＩＮＳＡＫＤＤＡＡＧＱＡＩＡＮＲＦＴＡＮＩＫＧ
ＬＴＱＡＳＲＮＡＮＤＧＩＳＩＡＱＴＴＥＧＡＬＮＥＩＮＮＮＬＱＲＶＲＥＬＡＶＱＳＡＮＳＴＮＳＱＳＤＬＤＳＩＱＡＥＩＴＱＲＬ
ＮＥＩＤＲＶＳＧＱＴＱＦＮＧＶＫＶＬＡＱＤＮＴＬＴＩＱＶＧＡＮＤＧＥＴＩＤＩＤＬＫＱＩＮＳＱＴＬＧＬＤＳＬＮＶＱＫＡＹＤ
ＶＫＤＴＡＶＴＴＫＡＹＡＮＮＧＴＴＬＤＶＳＧＬＤＤＡＡＩＫＡＡＴＧＧＴＮＧＴＡＳＶＴＧＧＡＶＫＦＤＡＤＮＮＫＹＦＶＴＩＧ
ＧＦＴＧＡＤＡＡＫＮＧＤＹＥＶＮＶＡＴＤＧＴＶＴＬＡＡＧＡＴＫＴＴＭＰＡＧＡＴＴＫＴＥＶＱＥＬＫＤＴＰＡＶＶＳＡＤＡＫＮ
ＡＬＩＡＧＧＶＤＡＴＤＡＮＧＡＥＬＶＫＭＳＹＴＤＫＮＧＫＴＩＥＧＧＹＡＬＫＡＧＤＫＹＹＡＡＤＹＤＥＡＴＧＡＩＫＡＫＴＴＳ
ＹＴＡＡＤＧＴＴＫＴＡＡＮＱＬＧＧＶＤＧＫＴＥＶＶＴＩＤＧＫＴＹＮＡＳＫＡＡＧＨＤＦＫＡＱＰＥＬＡＥＡＡＡＫＴＴＥＮＰＬ
ＱＫＩＤＡＡＬＡＱＶＤＡＬＲＳＤＬＧＡＶＱＮＲＦＮＳＡＩＴＮＬＧＮＴＶＮＮＬＳＥＡＲＳＲＩＥＤＳＤＹＡＴＥＶＳＮＭＳＲＡ
ＱＩＬＱＱＡＧＴＳＶＬＡＱＡＮＱＶＰＱＮＶＬＳＬＬＲＨＨＨＨＨＨ
配列番号６６２ ＨＡ１−１（ＳＩ）のアミノ酸配列
ＳＨＮＧＫＬＣＬＬＫＧＩＡＰＬＱＬＧＮＣＳＶＡＧＷＩＬＧＮＰＥＣＥＬＬＩＳＲＥＳＷＳＹＩＶＥＫＰＮＰＥＮＧＴＣＹＰＧＨＦＡＤＹＥＥＬＲＥＱＬＳＳＶＳＳＦＥＲＦＥＩＦＰＫＥＳＳＷＰＮＨＴＴＴＧＶＳＡＳＣＳＨＮＧＥＳＳＦＹＫＮＬＬＷＬＴＧＫＮＧＬＹＰＮＬＳＫＳＹＡＮＮＫＥＫＥＶＬＶＬＷＧＶＨＨＰＰＮＩＧＤＱＲＡＬＹＨＫＥＮＡＹＶＳＶＶＳＳＨＹＳＲＫＦＴＰＥＩＡＫＲＰＫＶＲＤＱＥＧＲＩＮＹＹＷＴＬＬＥＰＧＤＴＩＩＦＥＡＮＧＮＬＩＡＰＲＹＡＦＡＬＳＲＧＦＧＳＧＩＩＮＳＮＡＰＭＤＥＣＤＡＫＣＱＴＰＱＧＡＩＮＳＳＬＰＦＱＮＶＨＰＶＴＩＧＥＣＰＫＹＶＲ
配列番号６６５ ＨＡ（ＳＩ）のアミノ酸配列
ＭＫＶＫＬＬＶＬＬＣＴＦＴＡＴＹＡＤＴＩＣＩＧＹＨＡＮＮＳＴＤＴＶＤＴＶＬＥＫＮＶＴＶＴＨＳＶＮＬＬＥＤＳＨＮＧＫＬＣＬＬＫＧＩＡＰＬＱＬＧＮＣＳＶＡＧＷＩＬＧＮＰＥＣＥＬＬＩＳＲＥＳＷＳＹＩＶＥＫＰＮＰＥＮＧＴＣＹＰＧＨＦＡＤＹＥＥＬＲＥＱＬＳＳＶＳＳＦＥＲＦＥＩＦＰＫＥＳＳＷＰＮＨＴＴＴＧＶＳＡＳＣＳＨＮＧＥＳＳＦＹＫＮＬＬＷＬＴＧＫＮＧＬＹＰＮＬＳＫＳＹＡＮＮＫＥＫＥＶＬＶＬＷＧＶＨＨＰＰＮＩＧＤＱＲＡＬＹＨＫＥＮＡＹＶＳＶＶＳＳＨＹＳＲＫＦＴＰＥＩＡＫＲＰＫＶＲＤＱＥＧＲＩＮＹＹＷＴＬＬＥＰＧＤＴＩＩＦＥＡＮＧＮＬＩＡＰＲＹＡＦＡＬＳＲＧＦＧＳＧＩＩＮＳＮＡＰＭＤＥＣＤＡＫＣＱＴＰＱＧＡＩＮＳＳＬＰＦＱＮＶＨＰＶＴＩＧＥＣＰＫＹＶＲＳＡＫＬＲＭＶＴＧＬＲＮＩＰＳＩＱＳＲＧＬＦＧＡＩＡＧＦＩＥＧＧＷＴＧＭＶＤＧＷＹＧＹＨＨＱＮＥＱＧＳＧＹＡＡＤＱＫＳＴＱＮＡＩＮＧＩＴＮＫＶＮＳＶＩＥＫＭＮＴＱＦＴＡＶＧＫＥＦＮＫＬＥＲＲＭＥＮＬＮＫＫＶＤＤＧＦＩＤＩＷＴＹＮＡＥＬＬＶＬＬＥＮＥＲＴＬＤＦＨＤＳＮＶＫＮＬＹＥＫＶＫＳＱＬＫＮＮＡＫＥＩＧＮＧＣＦＥＦＹＨＫＣＮＤＥＣＭＥＳＶＫＮＧＴＹＤＹＰＫＹＳＥＥＳＫＬＮＲＥＫＩＤＧＶＫＬＥＳＭＧＶＹＱＩＬＡＩＹＳＴＶＡＳＳＬＶＬＬＶＳＬＧＡＩＳＦＷＭＣＳＮＧＳＬＱＣＲＩＣＩ
実施例９：ヒトにおけるＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅの投与−用量範囲および投与経路
Ｆ１０５緩衝液（１０ｍＭ Ｔｒｉｓ、１０ｍＭ Ｌ−ヒスチジン、５％スクロース（ｗ／ｗ）、７５ｍＭ ＮａＣｌ、０．０２％ポリソルベート−８０（ｗ／ｗ）、０．１ｍＭ ＥＤＴＡ、０．４１％（ｗ／ｗ）エタノール、ｐＨ７．２）におけるＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（配列番号６６４）の安全性および免疫原性を求めるために、フェーズＩ臨床治験を実施した。Ｆ１０５緩衝液中のＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ融合タンパク質は、本明細書で「ＶＡＸ１０２」と呼ぶ組成物である。１８〜４９歳の百五十六（１５６）名の被検体が、用量０．０３〜１０μｇ範囲のＶＡＸ１０２を評価するための多施設、二重盲検、無作為化、偽薬対照治験に登録した。
ＶＡＸ１０２および偽薬を、０日目と２８日目に筋肉内（ｉ．ｍ．）、皮下（ｓ．ｃ．）または皮内（ｉ．ｄ．）投与した。臨床および研究所での安全性評価を、免疫化の１日後と７日後に実施した。各用量後７、１４、２８、３５、４２、６０、１２０および１８０日の時点でＥＬＩＳＡによるＭ２ｅおよびフラジェリンに対する免疫応答を評価した。抗体陽転については、０．１７４μｇ／ｍｌ以上の血清ＩｇＧ抗Ｍ２ｅ抗体値および力価の上昇率４倍として定義した。
材料および方法
研究の設計
ＶＡＸ１０２の安全性、許容度、免疫原性を評価するために、３種類の研究を実施した。第１のフェーズＩ臨床研究（本明細書では「ＶＡＸ１０２−０１」と呼ぶ）を用量０．３μｇ、１．０μｇ、３．０μｇおよび１０μｇで実施し、ｉ．ｍ投与した。第２のフェーズＩ臨床研究（本明細書では「ＶＡＸ１０２−０２」と呼ぶ）を用量０．０３μｇおよび０．１μｇで実施し、ｉ．ｍ．またはｉ．ｄ投与した。第３のフェーズＩ臨床研究（本明細書では「ＶＡＸ１０２−０３」と呼ぶ）を用量０．３μｇ（ｉ．ｍ．、ｓ．ｃ，またはｉ．ｄ．）、１μｇ（ｉ．ｍ．、ｓ．ｃ．またはｉ．ｄ．）および２μｇ（ｉ．ｍ．またはｓ．ｃ．）で実施した。この治験は臨床治験として政府の番号ＮＣＴ００６０３８１１で登録した。
研究参加者
被検体は１８〜４９歳で、医療履歴ならびに、身体検査のスクリーニングと研究所での分析のスクリーニングによって確認したところ、健常であった。主な除外基準としては、何らかの病状の履歴があるか研究所でのスクリーニング結果に異常が認められる、何らかの理由で免疫応答が損なわれている、過去６ヶ月以内にインフルエンザ感染が確認された、最近、本研究以外のワクチンを受けた、あるいは組成物に含まれる成分に対してアレルギーがあることなどであった。
手順
第１の研究では、ＶＡＸ１０２または偽薬のいずれかを、ＶＡＸ１０２レシピエント３に対して偽薬レシピエント１の割合で２用量を受けるように参加者を無作為に割り振った。研究材料は、非盲検薬剤師によって調製され、盲検臨床スタッフに提供された。研究参加者は、見た目が同じＶＡＸ１０２／偽薬を利き腕ではない腕の三角筋への筋肉内の注射で投与された。参加者は、その用量での各ＶＡＸ１０２の後とその後の６日間のことを覚えているようにして、その日に局所的反応と全身反応の両方で、なし、若干、中程度、重症の分類に従って質問に答えた。研究参加者によって、４段階の評点（０〜３）を使って有害反応を評価した。回答された局所反応は、赤み、腫脹または硬化、痛みおよび斑状出血であった。回答のあった全身反応は、熱、頭痛、関節痛、疲労、筋肉痛、ふるえ（悪寒）および発汗増加であった。
被検体は、各ＶＡＸ１０２投与後１日目と７日目に安全性観察の目的で、簡単な身体検査と覚えている内容のレビュー、研究所での評価のためにクリニックに戻された。１４、２８、４２、６０、１２０および１８０日目に、別の安全性研究所評価も実施した。研究所での分析には、ＣＢＣ、ＢＵＮ、クレアチニン、尿検査、肝機能試験を含めた。１０μｇ用量群以外のすべての研究個体で、０日目（ワクチン接種前と４時間後）、１日目、２８日目（ワクチン接種前と４時間後）、２９日目に、Ｃ反応性タンパク質（ＣＲＰ）アッセイを実施した。０日目は、ＶＡＸ１０２組成物または偽薬を投与した日である。ワクチン接種の０、７、１４、２８、３５、４２、６０、１２０および１８０日後に回収した血清で、Ｍ２ｅおよびフラジェリンアッセイに対するＩｇＧ応答を実施した。
用量増大手順（研究１）
各用量コホートの終わりに、データ管理チームが提出した安全性データを安全性監視委員会が検査した（Ｖｅｒｉｓｔａｔ， Ｉｎｃ， ＭＡ）。プロトコールは当初、第１の用量として１０μｇ用量を用いて設計された。このレベルでの第１の用量のＶＡＸ１０２後に何名かの被検体で高レベルの反応源性が認められ、免疫原性の結果が得られるまで研究は中断された。反応源性が同定されたら、可能な場合はＶＡＸ１０２の１日後にＣＲＰアッセイを実施した。望ましい免疫応答によって、プロトコールを再設計することになり、０．３〜３μｇの範囲の低用量を調べた。改訂後のプロトコールは、第１の用量のＶＡＸ１０２後に４時間の現場観察時間を取り、安全性の評価とＣＲＰのために１日目と２９日目にクリニックでのフォローアップを実施するように改変された。反応源性とプロトコールの再設計に関するデータについて独立したデータおよび安全性監視委員とそれぞれの施設の検査員の検査を受け、承認された。
各用量群内で、７日間の覚えておく作業と、１日、７日および１４日目の安全性ラボ終了時、安全性監視委員会がデータを検査した。この委員会は、それぞれの場所の主な調査員、スポンサーの医療従事者、独立した安全性モニターで構成されていた。用量増大に関する判断はすべて、この委員会の構成員の合意のもとになされた。
初期研究の用量増大部分の終了時、プロトコールでは、最適な安全性および免疫原性を持つとされた用量で１６名の別の被検体の登録を可能にした。
研究２
研究１での６０日目の来診後、８名の被検体からなる２つの群を第２の研究に登録し、０．０３および０．１μｇの用量を筋肉内または皮内投与した。別の研究アクティビティも、盲検がなく偽薬を与えられる個体がいないこと以外は、研究１の場合と同様とした。
研究３
８名の被検体からなる８群を第３の研究に登録し、０．３、１および２μｇの用量を筋肉内、皮下または皮内投与した。この第３の研究での研究手法は、参入基準と除外基準に関して上記にて概説したとおりとした。他の研究アクティビティも、盲検がなく偽薬を与えられる個体がいないこと以外は、研究１および２の場合と同様にした。
ヒトに投与される組成物
ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（Ｈｕ）（配列番号６６４）は、ネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）ｆｌｊＢの全長配列のＣ末端に融合されたインフルエンザＡ型ウイルスマトリクスタンパク質Ｍ２（Ｍ２ｅ）の外部ドメインの４つのタンデムリピートからなる（ＴＬＲ５リガンド）。ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（Ｈｕ）（配列番号：Ａ）遺伝子は、大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）での発現時にタンパク質分解的に切断されたＮ末端メチオニン残基をコードする。大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）から精製された状態の無傷のＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（Ｈｕ）は、６１０のアミノ酸残基を含有し、分子質量６４，０７７ダルトンである。ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（Ｈｕ）のアミノ酸配列を配列番号：Ａ）で示す。ｌａｃオペロンの制御下でこの産物をコードするプラスミド（ｐＥＴ／ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ）を大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）株ＢＬＲ（ＤＥ３）（Ｎｏｖａｇｅｎ−ＥＭＤ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ）に形質転換した。合成培地で組換えバクテリアを培養し、ＩＰＴＧを用いてタンパク質を誘導した。クロマトグラフィの標準的な方法で、材料をＧＭＰ条件下にて精製した（Ａｖｅｃｉａ， Ｂｉｌｌｉｎｇｈａｍ， ＵＫ）。この材料を緩衝液Ｆ１０５（１０ｍＭ Ｔｒｉｓ、１０ｍＭ Ｌ−ヒスチジン、５％スクロース（ｗ／ｗ）、７５ｍＭ ＮａＣｌ、０．０２％ポリソルベート−８０（ｗ／ｗ）、０．１ｍＭ ＥＤＴＡ、０．４１％（ｗ／ｗ）エタノール、ｐＨ７．２）中で製剤化し、一連の臨床治験でヒト被検体に投与した。
Ｍ２ｅ臨床ＥＬＩＳＡ
臨床Ｍ２ｅＥＬＩＳＡを実施するために、Ｍ２ｅコートプレートへのヒト血清試料の結合を、ヒトポリクローナルＩｇＧの標準曲線と比較した。Ｓｏｆｔｍａｘ Ｐｒｏ ５．２（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ， Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ， ＣＡ）にて４パラメータのロジスティック式を用いて、曲線をフィットさせた。プールした陽性および陰性対照の血清を各プレートに流した。標準曲線を用いて希釈用に調節することで、被検体および対照血清の結果をＯＤ値からＭ２ｅ特異的ＩｇＧに変換した。各アッセイの合格／不合格の基準は、標準曲線性能と陽性および陰性血清の調節結果の両方に基づいて確立した。
３．６μｇ／ｍＬから開始する４倍希釈で、ヒトＩｇＧ（ＡｂＤ Ｓｅｒｏｔｅｃ， Ｏｘｆｏｒｄ， ＵＫ）をプレート（Ｉｍｍｕｎｌｏｎ ４ ＨＢＸ Ｅｘｔｒａ高結合、Ｔｈｅｒｍｏ， Ｈｕｄｓｏｎ， ＮＨ）に結合させた。Ｍ２ｅペプチドは、ＶＡＸ１０２ ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅで用いた配列と同一とした（ＳＬＬＴＥＶＥＴＰＩＲＮＥＷＧＳＲＳＮＤＳＳＤＰ；配列番号６６６、Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ Ｂｉｏｍｏｌｅｃｕｌｅｓ， Ｌａｎｇｈｏｒｎｅ， ＰＡ）。このペプチドを使用してプレートに２μｇ／ｍＬでコーティングした。
２〜８℃で一晩のインキュベーション後、プレートを洗浄し、ブロックした（Ｐｉｅｒｃｅ Ｓｕｐｅｒｂｌｏｃｋ ｗｉｔｈ Ｔｗｅｅｎ ２０、Ｔｈｅｒｍｏ， Ｈｕｄｓｏｎ， ＮＨ）。別のプレートで被検体血清の希釈物を調製し、Ｍ２ｅコートプレートに移した。インキュベーションおよび洗浄後、プレートをヤギ抗ヒトＩｇＧコンジュゲートセイヨウワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ−Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎｏＲｅｓｅａｒｃｈ， Ｗｅｓｔ Ｇｒｏｖｅ， ＰＡ）、ＴＭＢ基質（Ｐｉｅｒｃｅ Ｏｎｅ Ｓｔｅｐ， Ｔｈｅｒｍｏ， Ｈｕｄｓｏｎ， ＮＨ）およびＨ２ＳＯ４停止溶液（Ｍａｌｌｉｎｃｋｒｏｄｔ Ｂａｋｅｒ， Ｐｈｉｌｌｉｐｓｂｕｒｇ， ＮＪ）で展開した。プレートを４５０ｎｍで読み取った。各被検体および採血日について調節結果を算出した。調節結果が＞０．１７４μｇ／ｍＬとなった場合に、試料を陽性とした。
ＳＴＦ２臨床ＥＬＩＳＡ
臨床ＳＴＦ２ ＥＬＩＳＡを実施するために、ＳＴＦ２コートプレートに対するヒト血清試料の結合を、ヒトポリクローナルＩｇＧの標準曲線と比較した。Ｓｏｆｔｍａｘ Ｐｒｏ ５．２（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｄｅｖｉｃｅｓ， Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ， ＣＡ）にて４パラメータのロジスティック式を用いて、曲線をフィットさせた。プールした陽性対照を各プレートに流した。標準曲線を用いて希釈用に調節することで、被検体および対照血清の結果をＯＤ値からＳＴＦ２特異的ＩｇＧに変換した。各アッセイの合格／不合格の基準は、標準曲線性能と陽性血清の調節結果の両方に基づいて確立した。
３．６μｇ／ｍＬから開始する４倍希釈で、ヒトＩｇＧ（ＡｂＤ Ｓｅｒｏｔｅｃ， Ｏｘｆｏｒｄ， ＵＫ）をプレート（Ｉｍｍｕｎｌｏｎ ４ ＨＢＸ Ｅｘｔｒａ高結合、Ｔｈｅｒｍｏ， Ｈｕｄｓｏｎ， ＮＨ）に結合させた。ＳＴＦ２タンパク質は、ＶＡＸ１０２ ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅで用いた配列と同一とした（ＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ）。このタンパク質を使用してプレートに１μｇ／ｍＬでコーティングした。
２〜８℃で一晩のインキュベーション後、プレートを洗浄し、ブロックした（Ｐｉｅｒｃｅ Ｓｕｐｅｒｂｌｏｃｋ ｗｉｔｈ Ｔｗｅｅｎ ２０、Ｔｈｅｒｍｏ， Ｈｕｄｓｏｎ， ＮＨ）。別のプレートで被検体血清の希釈物を調製し、ＳＴＦ２コートプレートに移した。インキュベーションおよび洗浄後、プレートをヤギ抗ヒトＩｇＧコンジュゲートセイヨウワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰ−Ｊａｃｋｓｏｎ ＩｍｍｕｎＲｅｓｅａｒｃｈ， Ｗｅｓｔ Ｇｒｏｖｅ， ＰＡ）、ＴＭＢ基質（Ｐｉｅｒｃｅ Ｏｎｅ Ｓｔｅｐ， Ｔｈｅｒｍｏ， Ｈｕｄｓｏｎ， ＮＨ）およびＨ２ＳＯ４停止溶液（Ｍａｌｌｉｎｃｋｒｏｄｔ Ｂａｋｅｒ， Ｐｈｉｌｌｉｐｓｂｕｒｇ， ＮＪ）で展開した。プレートを４５０ｎｍで読み取った。各被検体および採血日について調節結果を算出した。
特に明記しないかぎり、両側有意水準α＝０．０５で統計解析を実施した。あらゆる用量群からの偽薬被検体と、同じ用量を投与されたＶＡＸ１０２被検体を、まとめと分析用にプールした。複数回の統計試験に調節はしなかった。データ出力と分析用のプログラムはいずれも、ＳＡＳ（登録商標）バージョン９．１（ＳＡＳ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ， Ｃａｒｙ， ＮＣ）で記述されたものであった。
安全性および許容度の分析には、両方の研究におけるすべての被検体を含め、記述統計も含めた。カテゴリーデータ用のカイ二乗検定および連続データの分散の解析を使用して、基線特性での差異を求めた。ワクチン接種部位の異常の頻度；局所および全身のＡＥ出現率と、研究薬剤との関連性；臨床研究所での結果、ウイルスサイン、身体検査所見の変化が安全性を示す主な尺度であった。Ｆｉｓｈｅｒ’ｓ ＥｘａｃｔおよびＣｏｃｈｒａｎ Ｍａｎｔａｌ−Ｈａｅｎｓｚｅｌ 方法を用いて、反応速度を比較した。
血清学：各時点でＭ２ｅ特異的ＩｇＧ抗体滴定曲線を確立した。最小二乗平均分析を用いて、抗体力価の有意差を区別した。解析はいずれも、プロトコールごとのコホートに基づくものとし、ｉｎｔｅｎｔ−ｔｏ−ｔｒｅａｔ（ＩＴＴ）コホートで別の解析を実施した。プロトコールごとのコホートは、２免疫化を終えたすべてのボランティアとして定義した。一次免疫原性個体群は、両用量での研究処理を受け、基線と研究１の６０日目、研究２の４２日目に抗Ｍ２ｅ血清抗体力価のあったすべての被検体で構成された。抗体陽転は、Ｍ２ｅ値が０．１７４以上で力価が４倍上昇するとして定義した。各用量および時点の幾何平均を求めた。ロジスティック回帰モデルを用いて抗体陽転率を評価した。
結果
合計で１５６名の個体をフェーズＩの臨床研究１、２および３に登録した。研究１では、６０名の被検体を無作為化して、０．３、１．０、３および１０μｇ用量のＶＡＸ１０２（ｎ＝４４）または偽薬（ｎ＝１６）をｉ．ｍ．注射によって投与した。研究２では、３２名の被検体を登録し、０．０３または０．１μｇのＶＡＸ１０２をｉ．ｍまたはｉ．ｄで投与した。研究３では、６４名の被検体を登録し、０．３、１または２μｇのＶＡＸ１０２をｉ．ｍ．またはｓ．ｃ．で、０．３または１μｇをｉ．ｄ．で投与した。研究１では、１０μｇ用量でのＡＥの後にプロトコール設計が変わったため、十六（１６）名の個体に追加免疫用量のＶＡＸ１０２を投与しなかった。研究１および２での被検体の基線特性を表１７に示す。平均年齢は３１．７歳であった。女性が被検体の５９％を占め、白色人種が被検体の７８％を占めていた。研究１では、被検体を２箇所の臨床サイトに登録し、Ｋａｎｓａｓでのサイトに被検体の６８％を登録した。研究２および３では、被検体は全員がＫａｎｓａｓの臨床サイトに登録した。
ＶＡＸ１０２安全性
用量０．０３μｇ、０．１μｇ、０．３μｇ，および１μｇでのＶＡＸ１０２は、ｉ．ｍ．、ｓ．ｃ．またはｉ．ｄ投与した場合に、すべての被検体で十分に許容された。また、２μｇ用量のＶＡＸ１０２は、ｓ．ｃすれば十分に許容された。表１８Ａに示すように、研究１および２の用量をｉ．ｍ．投与した被検体の場合、高めの用量でのＶＡＸ１０２が高めのレベルの反応源性と関連し、これは第１の用量後に統計的に有意（ｐ＜．０５）であった。追加免疫後は有意な反応源性が認められなかった（表１８Ｂ）。どの個体にも、どの用量でも研究期間に重大な有害事象はなかった。
用量製剤０．０３、０．１、０．３、１μｇ
研究１および２の用量をｉ．ｍ．投与した研究被検体から報告された局所および全身反応の率と重症度を、第１の用量については表１８Ａ、第２の用量については表１８Ｂに示す。表１８Ａおよび表１８Ｂは、被検体によって報告された各カテゴリでの症候の最高レベルの重症度を示す。第１の用量後、ワクチン接種後７日間の観察期間に局所症候を主に若干から中程度に分類した。局所症候はワクチン接種後１〜２日で消えた。若干の頭痛、疲労または筋肉痛が、最も一般的な全身症候であり、ワクチン接種後７日間の観察期間に偽薬群で報告されたものと頻度も同等であった。全身症候はいずれも、ＶＡＸ１０２後１２〜１８時間で消えた。第１の用量後のほうが、同じ腕に対して２８日後に投与した２回目よりも局所症候および全身症候の報告頻度が高かった（表１８Ａおよび表１８Ｂ）。表１８Ｃに示すように、研究３では皮内投与することで、第１の用量後に同様の反応源性プロファイルが認められた。
用量製剤３および１０μｇ
用量３および１０μｇでのワクチン接種は、第１の用量後の高めのレベルの局所症候および全身症候と関連していた。１０μｇ群の被検体１名が重い局所反応を報告し、各用量群で半分を超える数が中程度の局所反応を報告した（表１８Ａ）。３μｇ群では６名の被検体のうち４名が、接種の６〜８時間後に開始されて１２〜１８時間で消える中程度の全身症候を報告した。１０μｇ群では、頭痛、筋肉痛、疲労および悪寒からなる全身症候が、注射の約２時間後に始まり、４〜５時間でおさまったが、１４名の被検体のうち６名がこの症候を重症であると説明した（表１８Ａ）。対照的に、第２の用量は、３μｇ用量を投与された６名の被検体と１０μｇ用量を投与された３名の被検体で十分に許容された。
安全性研究所での研究
ＣＲＰレベルは、１日目（研究１および２のｉ．ｍ．データを表１９に示す）に用量関連の上昇を示した。３μｇ群では、平均ＣＲＰは２．７ｍｇ／ｄＬ（０．５〜５．８の範囲であった）。１０μｇ群では、注射後の日にＣＲＰを定期的に取得しなかったが、１日目における中程度から重症の全身反応源性の評価の一環として、６名の被検体からＣＲＰを得た。この群では、平均ＣＲＰは６．４（３．９〜１２．５ｍｇ／ｄＬの範囲）であった。第１の用量後、１０μｇ群の３名の被検体で白血球数が左にシフトして上昇し、１名は肝機能試験の結果が上昇した（データ図示せず）。０．０３μｇおよび０．１μｇの低めの用量をｉ．ｄ．投与すると、基線レベルのＣＲＰだけが認められた（表１９Ｂ）。研究３では、ＶＡＸ１０２を０．３μｇ、１μｇおよび２μｇのｉ．ｍ．またはｓ．ｃ．注射あるいは、０．３μｇまたは１μｇのｉ．ｄ．注射することで、同様のＣＲＰレベルが誘導された（表２１）。
免疫応答
研究１および２におけるＭ２ｅおよびフラジェリンのｉ．ｍ．ワクチン接種に対する用量関連幾何平均ＩｇＧ血清抗体応答を、表２０Ａにまとめておく。０日目、Ｍ２ｅ抗体力価は辛うじて検出可能であった。すべてのワクチン接種被検体に、いくらかのＭ２ｅ抗体応答が認められ、第２の用量のＶＡＸ１０２後１４日目までに、すべての群で４倍を超えて増加した。図２８Ａおよび図２８Ｂに示すように、多くの被検体で０．３μｇおよび１μｇ用量での予備刺激７〜１４日後に急速なＭ２ｅ ＩｇＧ応答が認められた。特に、低めの用量では、第１の用量に対する用量応答が第２の用量よりも変化しやすかった。１μｇ用量のＶＡＸ１０２を投与された被検体では、２８日目に投与された用量に対する追加免疫応答が認められた（図２８Ｂ）。
追加免疫用量後の抗体応答は、一貫した用量関連のＭ２ｅ ＩｇＧ抗体応答を示した（表２０Ａおよび図２９）。すべての群における幾何平均の差は、２８日以降後に統計的に有意であった（ｐ＜０．０５）。偽薬群との一対比較によって、４２日の時点ですべての用量のすべての力価が偽薬よりも高いことが分かった（ｐ＜０．０００１）。図３０に示すように、２つの最高用量（３および１０μｇ）で抗体曲線のプラトーが観察された。Ｍ２ｅ抗体レベルは４２日目（第２の用量の１４日後）にピークに達した。Ｍ２ｅ抗体レベルは、１２０日目と１８０日目に、依然として０．１〜０．２μｇ／ｍｌの範囲すなわち基線での抗体濃度の約１０倍のレベルで存在していた（図３０）。表２１および図３１Ａ〜図３１Ｃに示すように、Ｍ２ｅ特異的ＩｇＧは、０．３μｇまたは１μｇのｉ．ｄ．、ｉ．ｍ．またはｓ．ｃ．経路での免疫化後ならびに、２μｇのｉ．ｍ．およびｓ．ｃ．免疫化後に基線の上まで上昇した。２８日以降に有意な追加免疫作用が認められる。
多くの被検体で基線におけるフラジェリンに対する基線抗体レベルが上昇し、第１のＶＡＸ１０２用量後にワクチン接種が強い用量関連抗体応答を誘導した（表２０Ａおよび表２０Ｂ）。第２の用量のＶＡＸ１０２に対する抗フラジェリンＩｇＧ応答は、Ｍ２ｅに対するＩｇＧ応答で観察されたものほど顕著ではなかった。
ｉ．ｍ．投与に対する抗体陽転率を表２０Ａに示す。抗体陽転の確率は、４２日目の用量で増加した（ｐ＜０．０００１）。ＧＭＴの場合と同様に、この定義では第１の用量後に８０％の被検体（３５／４４）に抗体陽転が認められた用量≧０．３μｇで、用量応答が観察され、９７％（３２／３３）が第２の用量後に抗体陽転した。０．０３μｇおよび０．１μｇの予備刺激用量をｉ．ｄ．で投与した場合に、等しい抗体陽転率が認められた（表２０Ｂ）。追加免疫に対するわずかに高い応答がｉ．ｄ．ｖｓ．ｉ．ｍ．に認められた。
考察
フラジェリンの融合タンパク質と、ヒトＭ２（配列番号６６４）の外部ドメインの４つのコピーを含む組成物は、ヒトにおいて、インフルエンザＡ型ウイルスのＭ２外部ドメインに対する強い免疫応答を誘導する。ＶＡＸ１０２は、３μｇ未満の用量で安全で十分に許容された。局所症候は通常は穏やかであった。３μｇ未満の用量では、全身症候の頻度と重症度が偽薬の場合に匹敵した。３および１０μｇの用量で、ＣＲＰ上昇と十分に相関しているサイトカイン応答と一致する症候の複合が観察され、２４時間以内に完全に消えた。フラジェリンは、他のＴＬＲアゴニスト同様に、適応免疫応答の組織化において重要であるとされるサイトカイン応答を活性化する。インターロイキン−６（ＩＬ−６）は、フラジェリンによるＴＬＲ５受容体の刺激後に放出される第１のサイトカインのうちの１つである。ＣＲＰは、急性期の反応物であり、ＩＬ−６の放出によって刺激される。ＶＡＸ１０２のフラジェリン成分は、３および１０μｇ用量で観察された症候の原因となった、強いが短期間のサイトカイン応答を誘導した。このプロファイルがゆえに、これ未満の用量を使用して、さらに評価した。予想どおり、Ｍ２ｅは流行しているインフルエンザＡ型ウイルスの成分であるが、すべての被検体がワクチン接種前に無視できるＭ２ｅ抗体力価を示した。１μｇ以上の用量での第２のワクチン接種後に、すべてのワクチン接種被検体で抗体陽転が認められた。
ヒトに用いられるほとんどのワクチンは、弱毒化または不活化したウイルスまたは細菌の組成物である。通常、インフルエンザワクチンなどの精製タンパク質を含むワクチンは、用量あたり約４５μｇの精製ＨＡタンパク質を含有する（３つの株を１５μｇずつ、たとえばＦｌｕｖｉｒｉｎ（登録商標）の２００８〜０９製剤にはＡ／ブリスベン／５９／２００７（Ｈ１Ｎ１）；Ａ／ウルグアイ／７１６／２００７（Ｈ３Ｎ２）、Ａ／ブリスベン／１０／２００７様株；Ｂ／フロリダ／４／２００６、Ｆｌｕｖｉｒｉｎ（登録商標）Ｐｒｏｄｕｃｔ Ｉｎｓｅｒｔ、２００８年１月〜２００９のＨＡが１５ｍｇずつ含有されている。
組換えタンパク質ワクチンは、組成物中の単離タンパク質の免疫原性が乏しいため、大部分が不成功であった。現在、米国で組換えタンパク質ワクチンが存在する疾患には、Ｂ型肝炎（ＨＢＶ）とヒトパピローマウイルス（ＨＰＶ）の２つがある。どちらの調製物もウイルス様の粒子を形成し、アジュバントとして機能するミョウバンに吸収されて送達される。たとえば、Ｅｎｇｅｒｉｘ（登録商標）ワクチンは、０．２５ｍｇのミョウバンに吸着された１０μｇ用量のＨＢＶ表面抗原として投与される（Ｅｎｇｅｒｉｘ（登録商標）Ｐｒｏｄｕｃｔ Ｉｎｓｅｒｔ、２００７年１月）。また、ＨＰＶワクチンであるＧａｒｄａｓｉｌ（登録商標）は、２０μｇのＨＰＶ ６ Ｌ１タンパク質と、４０μｇのＨＰＶ １１ Ｌ１タンパク質と、４０μｇのＨＰＶ １６ Ｌ１タンパク質と、２０μｇのＨＰＶ １８ Ｌ１タンパク質とを含有し、０．２２５ｍｇのミョウバンに吸着された（Ｇａｒｄａｓｉｌ（登録商標）Ｐｒｏｄｕｃｔ Ｉｎｓｅｒｔ、２００８年９月）。このように、アジュバントなしで送達される、高度に精製された組換えタンパク質であるＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅが、約 １μｇ以下の用量で有意なＭ２ｅ特異的抗体応答を引き出すことは、想定外である。
無傷のＳＴＦ２．４ｘＭ２ｅ（Ｈｕ）のアミノ酸配列（配列番号６６４）
実施例１０
ＤＮＡクローニングおよびタンパク質発現−方法
大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）におけるＤＮＡクローニングおよびタンパク質発現：糖タンパク質（Ｇ）のアミノ酸６６〜２９８および１３０〜２３０（配列番号５４４）とＲＳＶ株Ａ２由来のマトリクス２（Ｍ２）のアミノ酸１〜１９４（配列番号５５１）タンパク質をコードする合成遺伝子を、大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）での発現に対してコドン最適化し、商業ベンダー（ＤＮＡ ２．０； Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ， ＣＡ）によって合成した。フランキングＢｌｐＩ部位を５’末端と３’末端の両方に取り込むように遺伝子を設計した。ＢｌｐＩを用いてそれぞれのプラスミドから遺伝子断片を切断し、コンパチブル末端によってＳＴＦ２Δ．ｂｌｐベクターカセットにクローニングして、ＳＴＦ２Δ（配列番号６１９）すなわちヒンジ領域の少なくとも一部を欠いたフラジェリンとの融合物でＲＳＶ抗原配列を接合するキメラ配列を生成した。
それぞれの場合で、構築したプラスミドを用いてコンピテント大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）ＴＯＰ１０細胞を形質転換し、ＰＣＲスクリーニングおよび制限マッピング解析によって推定上の組換え体を同定した。ＤＮＡ配列決定によってコンストラクトの完全性を確認し、これらのコンストラクトをコードするプラスミドＤＮＡを用いて発現宿主であるＢＬＲ（ＤＥ３）（Ｎｏｖａｇｅｎ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ；カタログ番号６９０５３）を形質転換した。カナマイシン（５０μｇ／ｍＬ）、テトラサイクリン（５μｇ／ｍＬ）、グルコース（０．５％）を含有するプレートで形質転換体を選択した。コロニーをピックし、２５μｇ／ｍＬのカナマイシン、１２．５μｇ／ｍＬのテトラサイクリン、０．５％グルコースを加えた２ｍＬのＬＢ培地に播種し、一晩増殖させた。これらの培養のアリコートを用いて、同じ培地製剤に新鮮な培養を播種し、これを光学密度（ＯＤ６００nm）＝０．６に達するまで培養し、その時点で１ｍＭ ＩＰＴＧを加えてタンパク質発現を誘導して、３７℃で３時間培養した。次に、細胞を回収し、タンパク質の発現を分析した。
バキュロウイルスにおけるＤＮＡクローニングおよびタンパク質発現：ＲＳＶ株Ａ２由来の融合（Ｆ）タンパク質のアミノ酸２６〜５２４（配列番号５２４）をコードする合成遺伝子を、バキュロウイルスでの発現に対してコドン最適化し、商業ベンダー（ＤＮＡ ２．０； Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ， ＣＡ）によって合成した。この配列は、通常は分泌時に野生型Ｆタンパク質（配列番号５２２）を切断して２つの別々のポリペプチドにするＦタンパク質の細胞内タンパク質分解プロセシングを防ぐよう設計された特異的変異を含んでいた。フランキングＢｌｐＩ部位を５’末端と３’末端の両方に取り込むように遺伝子を設計した。ＢｌｐＩを用いてプラスミドから遺伝子断片を切断し、コンパチブル末端によって、培地への組換えタンパク質の分泌を指示するためのミツバチ分泌シグナルのｐＦａｓｔＢａｃベクタープラスミド（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ； Ｃａｒｌｓｂａｄ， ＣＡ）３’にクローニングした。ＳＴＦ２ｎｇ（配列番号６１３）すなわちＮ−グリコシル化を防ぐよう変異されたフラジェリン（「ｎｇ」の表示はグリコシル化なしを意味する）をＦ配列の３’末端にクローニングし、ＲＳＶＦ．ＳＴＦ２ｎｇＨｉｓ６（配列番号６１５）すなわちＦタンパク質配列をＳＴＦ２ｎｇのＮ末端と接合しているキメラ融合物を生成した。Ｃ末端Ｈｉｓ６タグをベクター配列から派生させる。同じＲＳＶＦ配列を、ＳＴＦ２ｎｇへの融合なしでミツバチ分泌シグナルのｐＦａｓｔＢａｃベクタープラスミド（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ； Ｃａｒｌｓｂａｄ， ＣＡ）３’にもクローニングし、ＲＳＶＦＨｉｓ６（配列番号６１７）を生成した。
コンピテント大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）ＴＯＰ１０細胞への形質転換後、ＰＣＲスクリーニングおよび制限マッピング解析によって推定上の組換え体を同定した。ＤＮＡ配列決定によってコンストラクトの完全性を確認し、組換えｐＦａｓｔＢａｃプラスミドＤＮＡを用いて、バキュロウイルスゲノム組換え宿主ＤＨ１０Ｂａｃ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ； Ｃａｒｌｓｂａｄ， ＣＡ）を形質転換した。Ｘ−ｇａｌを含むプレート上でのブルーホワイトスクリーニングによって、組換えバクミド形質転換体を選択した。コロニーをピックし、ＰＣＲスクリーニングによって組換えを確認した。組換えバクミドＤＮＡをｍｉｄｉ−ｐｒｅｐによって取得し、Ｓｆ９昆虫細胞（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ； Ｃａｒｌｓｂａｄ， ＣＡ）のトランスフェクトに使用した。プラークアッセイによる力価判定後、Ｓｆ９細胞を再度感染させることで組換えバキュロウイルスを増幅し、プラークアッセイで力価を判定した。
ＤＥＮタンパク質のバキュロウイルス発現のために、Ｈｉ−５細胞（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ； Ｃａｒｌｓｂａｄ， ＣＡ）を細胞１×１０６個／ｍｌの密度まで増殖させ、感染多重度（ＭＯＩ）２で組換えバキュロウイルスに感染させた。感染の２４時間後、遠心分離によって条件培地を回収した。Ｎｉ−ＮＴＡクロマトグラフィによって、条件培地から分泌タンパク質を精製した。
ＳＤＳ−ＰＡＧＥおよびウェスタンブロット：ゲル電気泳動およびイムノブロット解析によって、タンパク質の発現と同一性を求めた。細胞を遠心分離によって回収し、Ｌａｅｍｍｌｉ緩衝液に溶解させた。１００ｍＭのジチオトレイトール（ＤＴＴ）を還元剤として使用してまたは使用せずに、各ライセート１０μｌのアリコートをＳＤＳ−ＰＡＧＥ試料緩衝液中で希釈した。試料を５分間沸騰させ、１０％ＳＤＳポリアクリルアミドゲルに仕込み、ＳＤＳ−ＰＡＧＥで電気泳動した。ゲルをクーマシーＲ−２５０（Ｂｉｏ−Ｒａｄ； Ｈｅｒｃｕｌｅｓ， ＣＡ）で染色し、タンパク質バンドを可視化した。ウェスタンブロット用に、０．５ｍｌ／レーンの細胞可溶化物を電気泳動し、ＰＶＤＦ膜に電気移動し、５％（ｗ／ｖ）粉乳でブロックした。
大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）で発現されるフラジェリン融合タンパク質の場合、抗フラジェリン抗体（Ｉｎｏｔｅｋ； Ｂｅｖｅｒｌｙ， ＭＡ）を用いて膜をプローブした。アルカリホスファターゼコンジュゲート二次抗体（Ｐｉｅｒｃｅ； Ｒｏｃｋｌａｎｄ， ＩＬ）で装飾した後、アルカリホスファターゼ発色基質（Ｐｒｏｍｅｇａ， Ｍａｄｉｓｏｎ， ＷＩ）を用いて、タンパク質バンドを可視化した。
正しい分子量のタンパク質バンドを生成し、適切な抗体に対して反応性である細菌クローンを、生物学的アッセイおよび動物免疫原性実験に用いられるタンパク質の産生用に選択した。バキュロウイルスで発現されるＲＳＶＦタンパク質コンストラクトの場合、アルカリホスファターゼ結合抗Ｈｉｓ６（Ｃ末端）抗体（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ； Ｃａｒｌｓｂａｄ， ＣＡ）および／または抗Ｆタンパク質モノクローナル抗体を用いて膜をプローブした。
ＲＳＶ抗原を取り込んだＤＮＡおよびタンパク質コンストラクトを表２２にあげておく。
ＤＮＡクローニング−結果
ＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルのクーマシーブルー染色によってアッセイしたように、大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）発現クローンは予想分子量で遊走するバンドを示した。対照培養（ＩＰＴＧなし）にはこのバンドが存在しないことから、これがＩＰＴＧによって特異的に誘導されることが明らかになった。フラジェリンに特異的な抗体を用いるウェスタンブロットによって、この誘導された種がフラジェリン−ＲＳＶ抗原融合タンパク質であることを確認し、融合タンパク質の両方の部分が無傷で発現されたことを示した。選択したＲＳＶＦタンパク質コンストラクトでの予想分子量で、Ｈｉｓ６抗体、抗ＲＳＶモノクローナル抗体および抗フラジェリン抗体と反応するＨｉ−５細胞条件培地にて、組換えバキュロウイルスがタンパク質バンドの発現を誘導した。
タンパク質精製−方法
細菌成長および細胞溶解：ＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＭ２（配列番号６２６）、ＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＧ１３０−２３０（配列番号６２２）およびＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＧ６６−２９８（配列番号６２４）タンパク質を大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）宿主株ＢＬＲ（ＤＥ３）で産生した。大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）細胞を上述したようにして培養し、回収した。個々の株をグリセロールストックから取り出し、振盪フラスコにて最終容量１２リットルまで増殖させた。５０μｇ／ｍＬのカナマイシン、１２．５μｇ／ｍＬのテトラサイクリン、０．５％デキストロースを含有するＬＢ培地にてＯＤ６００＝０．６まで細胞を増殖させ、１ｍＭ ＩＰＴＧを加えて３７℃で３時間誘導した。細胞を遠心分離によって回収し（Ｓｏｒｖａｌｌ ＲＣ５Ｃ遠心機にて７０００ｒｐｍ×７分間）、１×ＰＢＳ、１％グリセロール、１μｇ／ｍＬ ＤＮＡｓｅ Ｉ、１ｍＭ ＰＭＳＦ、プロテアーゼ阻害剤カクテルおよび１ｍｇ／ｍＬリゾチームに再懸濁させた。次に、細胞を１５，０００ｐｓｉでマイクロフルイダイザに２回通して溶解させた。ライセートを４５，０００×ｇで１時間遠心処理し、可溶性画分と不溶性画分とを分離した。
組換え大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）からのタンパク質精製：溶解と遠心分離後、融合タンパク質を含有する不溶性（ペレット）画分を再懸濁させ、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ８．０、続いて５０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ８．０プラス０．５％（ｗ／ｖ）Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ−１００にて、Ｄｏｕｎｃｅホモジナイザを用いて均質化した。次に、ホモジネートを遠心処理した（１９，０００ｒｐｍ×１０分間）。得られたペレット画分を５０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ８．０プラス０．５％（ｗ／ｖ）Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ−１００＋０．１Ｍ ＮａＣｌで均質化し、遠心処理した。次に、この材料を５０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ８．０＋０．１Ｍ ＮａＣｌで洗浄した。封入体画分（ペレット）を緩衝液Ａ（５０ｍＭ 酢酸Ｎａ、ｐＨ４．０プラス８．０Ｍの尿素）に溶解させ、遠心処理（１９０００ｒｐｍ×１０分間）して、不溶性デブリを除去した。得られた上清を緩衝液Ａで平衡させたＳｏｕｒｃｅ Ｓカラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ； Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ， ＮＪ）で分画し、緩衝液Ｂ（５０ｍＭ酢酸Ｎａ、ｐＨ４．０、１．０Ｍ ＮａＣｌ）での線形勾配で溶出させた。次に、１００ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ緩衝液、ｐＨ８．０中に１０倍希釈してタンパク質をリフォールドした。リフォールドされたタンパク質を緩衝液Ｃ（１００ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ８．０）で平衡させたＱ Ｓｅｐｈａｒｏｓｅ ＨＰカラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ； Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ， ＮＪ）で分画し、緩衝液Ｄ（緩衝液Ｃ＋１Ｍ ＮａＣｌ）での０〜約６０％線形勾配で溶出させた。Ｑ ＨＰ溶出液をＳｕｐｅｒｄｅｘ ２００ １０／３０サイズ排除クロマトグラフィ（ＳＥＣ）カラム（ＧＥ／Ａｍｅｒｓｈａｍ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）で分画し、１×Ｔｒｉｓ−緩衝生理食塩水、ｐＨ８．０で平衡させ、モノマー融合タンパク質を凝集タンパク質から分離した。モノマー画分をプールし、アリコートし、−８０℃で保管した。
組換えバキュロウイルスからのタンパク質発現および精製：ＲＳＶタンパク質のバキュロウイルス発現のために、Ｈｉ−５細胞（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ； Ｃａｒｌｓｂａｄ， ＣＡ）を細胞約１×１０６個／ｍｌの密度まで増殖させ、感染多重度（ＭＯＩ）約２で組換えバキュロウイルスに感染させた。感染の２４時間後、遠心分離によって条件培地を回収した。Ｎｉ−ＮＴＡクロマトグラフィによって、条件培地から分泌タンパク質を精製した。分泌されたＲＳＶＦ．Ｈｉｓ６（配列番号６１７）およびＲＳＶＦ．ＳＴＦ２ｎｇＨｉｓ６（配列番号６１５）タンパク質をＮｉ−ＮＴＡ親和性クロマトグラフィによって条件培地から精製した。条件培地には、２０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ８＋０．５Ｍ ＮａＣｌを加え、２５０ｍＬ Ｎｉ−ＮＴＡカラム（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ； Ｓｔ． Ｌｏｕｉｓ， ＭＯ）に適用した。平衡緩衝液（２０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ８＋０．５Ｍ ＮａＣｌ）で洗浄後、結合タンパク質を０〜１００％溶出緩衝液（平衡緩衝液＋０．５Ｍイミダゾール）の５カラム容量の勾配で溶出させた。ＲＳＶ−Ｆタンパク質を含むピーク画分をプールし、平衡緩衝液に対して透析し、２５ｍＬ Ｎｉ−ＮＴＡカラム（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ； Ｓｔ． Ｌｏｕｉｓ， ＭＯ）に適用した。０〜１００％溶出緩衝液の勾配で溶出後、ピーク画分（ＳＤＳ−ＰＡＧＥおよびウェスタンブロットで判定）をプールし、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）に対して透析し、アリコートし、保管した。
ＳＤＳ−ＰＡＧＥおよびウェスタンブロット解析：タンパク質の同一性とＲＳＶタンパク質抗原コンストラクトの純度をＳＤＳ−ＰＡＧＥで求めた。１００ｍＭのＤＴＴを還元剤として使用してまたは使用せずに、各試料約５μｇのアリコートをＳＤＳ−ＰＡＧＥ試料緩衝液中で希釈した。試料を５分間沸騰させ、１０％ポリアクリルアミドゲル（ＬｉｆｅＧｅｌｓ； Ｆｒｅｎｃｈ’ｓ Ｆｏｒｅｓｔ， Ｎｅｗ Ｓｏｕｔｈ Ｗａｌｅｓ， ＡＵＳ）に仕込み、電気泳動させた。ゲルをクーマシーＲ２５０（Ｂｉｏ−Ｒａｄ； Ｈｅｒｃｕｌｅｓ， ＣＡ）で染色し、タンパク質バンドを可視化した。ウェスタンブロット用に、約０．５μｇ／レーンの総タンパク質を上述したようにして電気泳動した後、ゲルをＰＶＤＦ膜に電気移動して、５％（ｗ／ｖ）脱脂粉乳でブロックした上で、抗フラジェリン抗体（Ｉｎｏｔｅｋ； Ｂｅｖｅｒｌｙ， ＭＡ）でプローブした。アルカリホスファターゼコンジュゲート二次抗体（Ｐｉｅｒｃｅ； Ｒｏｃｋｌａｎｄ， ＩＬ）でプローブした後、アルカリホスファターゼ発色基質（Ｐｒｏｍｅｇａ； Ｍａｄｉｓｏｎ， ＷＩ）を用いて、タンパク質バンドを可視化した。
タンパク質アッセイ：ウシ血清アルブミンを標準として用いるマイクロプレートフォーマットで、Ｍｉｃｒｏ ＢＣＡ（ビシンコニン酸）アッセイ（Ｐｉｅｒｃｅ； Ｒｏｃｋｌａｎｄ， ＩＬ）を用いて、製造業者の指示に従ってすべてのタンパク質の総タンパク質濃度を求めた。
エンドトキシンアッセイ：ＱＣＬ−１０００ Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ Ｃｈｒｏｍｏｇｅｎｉｃ ＬＡＬ試験キット（Ｃａｍｂｒｅｘ； Ｅ． Ｒｕｔｈｅｒｆｏｒｄ， ＮＪ）を用いて、マイクロプレート法に対する製造業者の指示に従って、すべてのタンパク質のエンドトキシンレベルを求めた。
ＴＬＲ生物活性アッセイ：ＨＥＫ２９３細胞はＴＬＲ５を構成的に発現し、ＴＬＲ５シグナル伝達に応答して、ＩＬ−８をはじめとするいくつかの可溶性因子を分泌する。細胞を９６ウェルのマイクロプレートに蒔き（細胞５０，０００個／ウェル）、ＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＭ２（配列番号６２５）、ＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＧ１３０−２３０（配列番号６２１）、ＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＧ６６−２９８（配列番号６２３）またはＲＳＶＦ．ＳＴＦ２Ｈｉｓ６（配列番号６１５）を加えて、一晩インキュベートした。翌日、条件培地を回収し、清潔な９６ウェルのマイクロプレートに移し、−２０℃で冷凍した。解凍後、製造業者の指示に従って抗ヒトＩＬ−８同系抗体対（Ｐｉｅｒｃｅ；Ｒｏｃｋｆｏｒｄ， ＩＬ）＃Ｍ８０１Ｅおよび＃Ｍ８０２Ｂ）を用いて、サンドイッチＥＬＩＳＡで、ＩＬ−８の存在について条件培地をアッセイした。マイクロプレート分光光度計（ＦＡＲＣｙｔｅ， ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ； Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ， ＮＪ）を用いて光学密度を測定した。
タンパク質精製−結果
タンパク質の収率と純度：ＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＭ２（配列番号６２５）、ＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＧ１３０−２３０（配列番号６２１）およびＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＧ６６−２９８（配列番号６２３）を大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）細胞培養から高収率で産生した。精製後の合計収率は約５〜約１５ｍｇの範囲、３つのタンパク質すべての純度がＳＤＳ−ＰＡＧＥで約９０％を超え、各タンパク質のエンドトキシン値は０．０５ＥＵ／μｇ未満であった。大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）融合タンパク質で産生された３つのＳＴＦ２Δ．ＲＳＶ融合タンパク質はいずれも、ｉｎ ｖｉｔｒｏＴＬＲ５生物活性が陽性であった。
ＲＳＶＦ．ＳＴＦ２Ｈｉｓ６（配列番号６１５）およびＲＳＶＦ．Ｈｉｓ６（配列番号６１７）をＨｉ−５細胞条件培地にて組換えバキュロウイルスによって発現させ、合計収率約１〜約２ｍｇの範囲で部分的に精製した。ＲＳＶＦ．ＳＴＦ２Ｈｉｓ６（配列番号６１５）はｉｎ ｖｉｔｒｏＴＬＲ５活性が陽性で、どちらのタンパク質もエンドトキシンが検出不能なレベルであった。
免疫原性試験−方法
動物実験：メスのＢａｌｂ／ｃマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ， Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ， ＭＥ）を６〜８週齢で用いた。被験タンパク質を注射ごとに約１００μｌのリン酸緩衝生理食塩水で製剤化した。マウスを１０匹ずつの群に分け、以下のようにして鼠径部皮下（ｓ．ｃ．）免疫化した。
免疫原性研究＃１：
一次免疫化：０日目；追加免疫：２８日目
群
１． ＰＢＳ（リン酸緩衝生理食塩水；陰性対照）
２． ３μｇのＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＭ２（配列番号６２５）
予備刺激７日後および追加免疫７日後に、二（２）匹のマウス／群をＣＯ２吸入によって屠殺した。脾臓細胞を回収し、ＲＳＶＭ２特異的Ｔ細胞応答を後述するようにしてＥＬＩＳＰＯＴアッセイで分析した。
免疫原性研究＃２：
一次免疫化：０日目；追加免疫：１４日目
群
１． ＰＢＳ（リン酸緩衝生理食塩水；陰性対照）
２． ３μｇのＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＧ｜１（配列番号６２１）
３． ３μｇのＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＧ｜１（配列番号６２３）
２１日目に眼窩後穿刺によってマウスから採血した。血清をヘパリン不含有血液試料の凝固と遠心分離によって回収し、ＲＳＶ特異的ＩｇＧ抗体応答を後述するようにしてＥＬＩＳＡで試験した。
免疫原性研究＃３：
一次免疫化：０日目；追加免疫：２１日目
群
１． ＰＢＳ（リン酸緩衝生理食塩水；陰性対照）
２． １００μｌのＲＳＶＦ．ＳＴＦ２Ｈｉｓ６（配列番号６１５）
３． １０μｌのＲＳＶＦ．ＳＴＦ２Ｈｉｓ６（配列番号６１５）
４． ＴｉｔｅｒＭａｘ Ｇｏｌｄアジュバント（ＣｙｔＲｘ； Ｎｏｒｃｒｏｓｓ， ＧＡ）で製造業者の指示に従って製剤化された、５０μｌのＲＳＶＦ．ＳＴＦ２Ｈｉｓ６（配列番号６１５）
２８日目に眼窩後穿刺によってマウスから採血した。血清をヘパリン不含有血液試料の凝固と遠心分離によって回収し、ＲＳＶ特異的抗体応答を後述するようにしてＥＬＩＳＡで試験した。
ＲＳＶ血清抗体判定：ＲＳＶ ＧおよびＦタンパク質特異的ＩｇＧレベルをＥＬＩＳＡで判定した。ＥＬＩＳＡプレート（９６ウェル）に、１００ｍｌ／ウェルのＲＳＶＧペプチドＮＨ２−ＨＰＥＶＦＮＦＶＰＣＳＩＣＳＮＮＰＴＣＷＡＩＣＫＲＩ−ＣＯＯＨ（配列番号６２７）、ＲＳＶＦ．Ｈｉｓ６タンパク質（配列番号６１７）またはＲＳＶ Ａ２ウイルスを、濃度２μｇ／ｍｌでＰＢＳ中にて４℃で一晩コーティングした。プレートを２００μｌ／ウェルのアッセイ希釈緩衝液（ＡＤＢ； ＢＤ Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ）で室温にて１時間ブロックした。プレートをＰＢＳ−Ｔ中にて３回洗浄した。血清のＡＤＢ希釈液を加え（１００μｌ／ウェル）、プレートを４℃で一晩インキュベートした。このプレートをＰＢＳ−Ｔで３回洗浄した。ＡＤＢで希釈したＨＲＰ標識ヤギ抗マウス抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ； Ｗｅｓｔ Ｇｒｏｖｅ， ＰＡ）を加え（１００μｌ／ウェル）、プレートを室温で１時間インキュベートした。プレートをＰＢＳ−Ｔで３回洗浄した。ＴＭＢ（３、３’，５、５’−テトラメチルベンジジン）Ｕｌｔｒａ基質（Ｐｉｅｒｃｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ； Ｒｏｃｋｆｏｒｄ， ＩＬ）を添加し、発色を監視した後、４５０ｎｍでの吸光度（Ａ４５０）をＴｅｃａｎ Ｆａｒｃｙｔｅマイクロ分光光度計で測定した。
ＲＳＶＭ２抗原特異的ＥＬＩＳＰＯＴアッセイ：ＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＭ２（配列番号６２５）での一次免疫化７日後または追加免疫化７日後の動物由来の脾臓細胞（細胞１０６個／ウェル）を、製造業者の指示に従ってＰＢＳ中にて希釈した抗ＩＦＮγまたはＩＬ−５捕捉抗体（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ； Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ）をコーティングした９６ウェルのＭｕｌｔｉｓｃｒｅｅｎ−ＩＰプレート（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ； Ｂｉｌｌｅｒｉｃａ， ＭＡ）に加えた。次に、ＲＳＶ Ｍ２ タンパク質におよぶオーバーラッピング１５−ｍｅｒペプチド（ＡｎａＳｐｅｃ； Ｓａｎ Ｊｏｓｅ， ＣＡ）のプールの存在下または非存在下で、ナイーブ抗原提示細胞（ＡＰＣ）（細胞１０６個／ウェル）でＴ細胞を一晩刺激した。抗ＣＤ３（ＢＤ Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ； Ｓａｎ Ｊｏｓｅ， ＣＡ）を最終濃度０．２５μｇ／ｍｌで陽性対照として用いた。プレートを３７℃／５％ＣＯ２で一晩インキュベートした後、洗浄し、製造業者の指示に従ってＰＢＳ／１０％ウシ胎仔血清（ＦＢＳ）で希釈したビオチン化検出抗体と一緒にインキュベートした。製造業者のプロトコール（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ； Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ， ＭＮ）通りにＥＬＩＳＰＯＴ Ｂｌｕｅ Ｃｏｌｏｒ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ Ｍｏｄｕｌｅを用いて、プレートを展開した。個々の動物からの抗原特異的応答を二重にアッセイし、自動ＥＬＩＳＰＯＴリーダー（Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｌｔｄ．； Ｃｌｅｖｅｌａｎｄ， ＯＨ）を用いて定量化した。データについては、抗原特異的応答数／１０６ＡＰＣで表す。
ＲＳＶウイルス株Ａ２の増殖：未変性ビリオンとの免疫血清反応性を求めるための直接ＥＬＩＳＡアッセイ用のＲＳウイルスを産生した。ＨＥｐ−２単層膜にＲＳＶ Ａ２を感染させた。約７５％の細胞に細胞変性効果（ＣＰＥ）が認められたら、単層膜を掻爬し、ペレット化し、ＰＢＳ中で１回洗浄した。次に、ペレットを０．５％ＮＰ−４０水溶液に再懸濁させ（１００ｍｍのディッシュあたり１ｍｌ）た後、氷上で約１０分間インキュベートした。細胞可溶化物を１０ｋｒｐｍで４℃にて遠心処理して細胞核をペレット化した。上清をプールし、アリコートし、−２０℃で保管した。ライセートを用いてＥＬＩＳＡプレートをコーティングし、続いてこれをマウス免疫血清でプローブした。
ＲＳＶホールセルＥＬＩＳＡ：Ｖｅｒｏ細胞（ＡＴＣＣ； Ｍａｎａｓｓａｓ， ＶＡ）を、９６ウェルの透明組織培養プレートでほぼコンフルエントになるまで増殖させた。各プレートの半分にＲＳＶ Ａ２ウイルスを一晩感染させた。単層膜をホルマリンで固定した後、アッセイ希釈剤（ＢＤ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）でブロックした。個々の血清の滴定を固定単層膜に加え、一晩インキュベートした。翌日、ＨＲＰヤギ抗マウスＩｇＧを加えて、結合抗体を検出した。ＴＭＢ Ｕｌｔｒａ基質（Ｐｉｅｒｃｅ； Ｒｏｃｋｌａｎｄ， ＩＬ）を用いてプレートを展開し、Ａｂｓ ４５０ｎｍ（Ａ４５０）を測定した。未感染のウェルのバックグラウンド吸光度を対応する感染ウェルの吸光度から減算し、プロットした。
ＲＳＶ血清中和アッセイ：約１０００ｐｆｕ／ウェルのＲＳＶ株Ａ２を９６ウェルの組織培養プレートにピペットで取った。マウス免疫血清の段階希釈物を加えた。約３７℃で約６０分間のインキュベーション後、Ｖｅｒｏ細胞を加え、プレートを７日間培養した。製造業者の指示に従ってＣｙｔｏｔｏｘ Ｏｎｅ（商標）細胞毒性アッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ； Ｍａｄｉｓｏｎ， ＷＩ）で感染性と中和を評価した。結果を中和率としてプロットした。
免疫原性試験−結果
ＲＳＶＧ−およびＲＳＶＦ−特異的抗体応答：図４２Ａ〜図４２Ｃに示すように、ＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＧ１３０−２３０タンパク質（配列番号６２１）またはＳＴＦ２Δ．ＲＳＶＧ６６−２９８（配列番号６２４）でのマウスの免疫化によって、高度に保存されたＲＳＶＧペプチド、ＮＨ２−ＨＰＥＶＦＮＦＶＰＣＳＩＣＳＮＮＰＴＣＷＡＩＣＫＲＩ−ＣＯＯＨ（配列番号６２７）と反応するものに特異的な血清ＩｇＧの産生が誘発されたが、対照血清では誘発されなかった。免疫血清は、ホールセルＥＬＩＳＡアッセイでＲＳＶ Ａ２感染Ｖｅｒｏ細胞も特異的に認識した（図４３Ａおよび図４３Ｂ）ことから、これらのワクチンコンストラクトのいずれかで免疫化すると、未変性ＲＳウイルスを認識する抗体が誘発されることが分かる。ＲＳＶＦ．ＳＴＦ２Ｈｉｓ６（配列番号６１６）での免疫化によってもＲＳＶ特異的抗体が誘発された。図４４Ａに示すように、１０μｌまたは１００μｌのＲＳＶＦｎｇ．ＳＴＦ２Ｈｉｓ６で免疫化したマウス由来の免疫血清も組換えＲＳＶＦ．Ｈｉｓ６タンパク質と特異的に反応した。顕著に、図４４Ｂに示すように、これらの血清は、ホールウイルスＥＬＩＳＡフォーマットでＲＳ Ａ２ウイルスも認識したことから、ＲＳＶＦ．ＳＴＦ２Ｈｉｓ６（配列番号６１６）での免疫化によって未変性ウイルスを認識する抗体が誘発されることが分かる。ヒトでの使用は許可されていない強力なアジュバントであるＴｉｔｅｒＭａｘ（商標）で製剤化されたＲＳＶＦ．ＳＴＦ２Ｈｉｓ６（配列番号６１５）タンパク質を投与しても、ＲＳＶ特異的抗体応答は有意に高まらなかった。
呼吸器多核体ウイルス（ＲＳＶ）に有効なワクチンは、中和抗体応答を誘導しなければならない。ＲＳＶＦ．ＳＴＦ２Ｈｉｓ６（配列番号６１５）での免疫化によって産生される抗体は、ＲＳウイルス感染性をｉｎ ｖｉｔｒｏにて中和できる。図４５に示すように、群２（約１００μｌ用量、ＲＳＶＦ．ＳＴＦ２Ｈｉｓ６（配列番号６１５）タンパク質約１μｇ未満と推定からの免疫血清による中和は、血清希釈約１：５００で半値である。この用量の１０分の１（群３）でも免疫血清に検出可能な中和活性が誘発される。最後に、ＲＳＶ特異的ＩｇＧ応答（上述）の場合と同様に、強力なアジュバントであるＴｉｔｅｒＭａｘ Ｇｏｌｄ（商標）で製剤化した約５０μｌのＲＳＶＦ．ＳＴＦ２Ｈｉｓ６（配列番号６１５）タンパク質を投与すると、大きさが生理学的緩衝液だけで製剤化した場合の１００ｍｌ用量に極めて近い中和応答が誘発される。
ＲＳＶＭ２特異的Ｔ細胞応答：図４６Ａおよび図４６Ｂに示すＥＬＩＳＰＯＴアッセイの結果から、ＳＴＦ２．ＲＳＶＭ２（配列番号６２５）での１回の免疫化後にマウスに抗原特異的Ｔ細胞応答が発生し、偽免疫化マウスではそうならなかったことが分かる。ＲＳＶＭ２ペプチドプールで予備刺激した抗原提示細胞（ＡＰＣ）での刺激時、細胞約２５〜約５０個／１０６脾細胞がＩＦＮ−γを分泌したのに対し、偽免疫化群ではまったく分泌されなかった。ＳＴＦ２．ＲＳＶＭ２（配列番号６２５）で免疫化した動物由来のさらに多くの細胞が、ＩＬ−５を細胞約７５〜約２００個／１０６脾細胞の範囲で分泌した。緩衝液で偽予備刺激したナイーブＡＰＣは、どの群でもＩＦＮ−γまたはＩＬ−５の産生を刺激しなかった。
ＳＴＦ２．ＲＳＶＭ２（配列番号６２５）での追加免疫化７日後に回収した脾臓細胞で実施したＥＬＩＳＰＯＴアッセイで、一次免疫化後に回収した細胞と比較して、ＩＦＮγを分泌しているＲＳＶＭ２抗原特異的Ｔ細胞に有意な増加が認められた。ＲＳＶＭ２ペプチドプールで予備刺激した抗原提示細胞（ＡＰＣ）での刺激時、細胞約１５０〜約３００個／１０６脾細胞がＩＦＮ−γを分泌した。追加免疫後にＩＬ−５を分泌している細胞数は、細胞約５０〜約１００個／１０６脾細胞であった。予備刺激と追加免疫との間のＩＦＮ−γ産生の相対増加は、Ｔｈ２−優勢免疫応答からＴｈ−１優勢応答へのシフトを示す指標であり、標的抗原に対するエフェクターＴ細胞応答の誘導を示唆している。
実施例１１
ＤＮＡクローニングおよびタンパク質発現−方法
大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）でのＤＮＡクローニングとタンパク質発現：
ドメインＩＩＩ（ＥＩＩＩ）を囲む１１２のアミノ酸をコードし、デングウイルス血清型Ｄｅｎ１、Ｄｅｎ２、Ｄｅｎ３およびＤｅｎ４由来のエンベロープ（Ｅ）タンパク質のドメインＩ（ＥＩ）（それぞれ配列番号６５２；配列番号６５４；配列番号６５６；配列番号６５８）からのアミノ酸を含む合成遺伝子を、大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）での発現に対してコドン最適化し、商業ベンダー（ＤＮＡ ２．０； Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ， ＣＡ）によって合成した。フランキングＢｌｐＩ部位を５’末端と３’末端の両方に取り込むように遺伝子を設計した。ＢｌｐＩを用いてそれぞれのプラスミドから遺伝子断片を切断し、コンパチブル末端によって、１２のアミノ酸リンカーがＥＩＩＩドメインとＳＴＦ２Δドメインとの間にある状態で、ＳＴＦ２Δ．ｂｌｐベクターカセットにクローニングした。このＤＮＡコンストラクトを、ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ１ＥＩＩＩ＋（配列番号６２９）、ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ２ＥＩＩＩ＋（配列番号６３１）、ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ３ＥＩＩＩ＋（配列番号６３３）およびＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ４ＥＩＩＩ＋（配列番号６３５）とした。
構築したプラスミドを用いてコンピテント大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）ＴＯＰ１０細胞を形質転換し、ＰＣＲスクリーニングおよび制限マッピング解析によって推定上の組換え体を同定した。ＤＮＡ配列決定によってコンストラクトの完全性を確認し、コンストラクトを用いて発現宿主であるＢＬＲ（ＤＥ３）（Ｎｏｖａｇｅｎ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ；カタログ番号６９０５３）を形質転換した。カナマイシン（５０μｇ／ｍＬ）、テトラサイクリン（５μｇ／ｍＬ）、グルコース（０．５％）を含有するプレートで形質転換体を選択した。コロニーをピックし、２５μｇ／ｍＬのカナマイシン、１２．５μｇ／ｍＬのテトラサイクリン、０．５％グルコースを加えた２ｍＬのＬＢ培地に播種し、一晩増殖させた。これらの培養のアリコートを用いて、同じ培地製剤に新鮮な培養を播種し、これを光学密度（ＯＤ６００nm）＝０．６に達するまで培養し、その時点で１ｍＭ ＩＰＴＧを加えてタンパク質発現を誘導して、３７℃で３時間培養した。次に、細胞を回収し、タンパク質の発現を分析した。
バキュロウイルスでのＤＮＡクローニングおよびタンパク質発現：各デングウイルスＤｅｎ１、Ｄｅｎ２、Ｄｅｎ３およびＤｅｎ４の全長エンベロープ（Ｅ）タンパク質は、４９５のアミノ酸ポリペプチドからなり、二つ（２）の膜貫通配列を含有する約５０のアミノ酸Ｃ末端部分を含む（配列番号６５２、６５３、６５４、６５５、６５６、６５７および６５８を参照のこと）。ＥＬＩＳＡアッセイ試薬用の可溶性の組換えＥタンパク質を産生するために、各デングウイルス１〜４（Ｄｅｎ１、Ｄｅｎ２、Ｄｅｎ３およびＤｅｎ４）由来のエンベロープ（Ｅ）タンパク質のＮ末端の４００のアミノ酸をクローニングし、ＥＬＩＳＡアッセイ試薬として用いるためにバキュロウイルスで発現させた。「８０％Ｅ」という表現は、本明細書に記載のデングタンパク質配列に関して本明細書で使用する場合、その配列が二つ（２）のＣ末端膜貫通ドメインと外部ドメインの約４５のアミノ酸を欠いていることを示す。本明細書に記載のデングＥタンパク質の８０％Ｅ配列をコードする合成遺伝子を、バキュロウイルスでの発現に対してコドン最適化し、商業ベンダー（ＤＮＡ ２．０； Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ， ＣＡ）によって合成して、配列番号６３７；配列番号６３９；配列番号６４１および配列番号６４３を得た。６ｘＨｉｓタグが５’末端に、フランキングＢｌｐＩ部位が５’末端と３’末端の両方に含まれるように８０％Ｅ遺伝子を設計した。
ＢｌｐＩを用いてそれぞれのプラスミドから遺伝子断片を切断し、コンパチブル末端によって、培地への組換えタンパク質の分泌を指示するためのミツバチメリチン分泌シグナルのｐＦａｓｔＢａｃベクタープラスミド（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ； Ｃａｒｌｓｂａｄ， ＣＡ）３’にクローニングした。ＤＥＮ ８０％Ｅ遺伝子を取り込んだバキュロウイルスＤＮＡ発現コンストラクトを、ＤＥＮ１ＥＨｉｓＢｖ（配列番号６３７）、ＤＥＮ２ＥＨｉｓＢｖ（配列番号６３９）、ＤＥＮ３ＥＨｉｓＢｖ（配列番号６４１）および ＤＥＮ４ＥＨｉｓＢｖ（配列番号６４３）とした。
構築したプラスミドを用いてコンピテント大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）ＴＯＰ１０細胞を形質転換し、ＰＣＲスクリーニングおよび制限マッピング解析によって推定上の組換え体を同定した。ＤＮＡ配列決定によってコンストラクトの完全性を確認し、およびプラスミドＤＮＡを用いてバキュロウイルス組換え宿主ＤＨ１０Ｂａｃ（Ｉｎｖｉｔｏｒｇｅｎ； Ｃａｒｌｓｂａｄ， ＣＡ）を形質転換した。Ｘ−ｇａｌを含むプレート上でのブルーホワイトスクリーニングによって、組換えバクミド形質転換体を選択した。コロニーをピックし、ＰＣＲスクリーニングによって組換えを確認した。組換えバクミドＤＮＡをｍｉｄｉ−ｐｒｅｐによって取得し、Ｓｆ９昆虫細胞（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ； Ｃａｒｌｓｂａｄ， ＣＡ）のトランスフェクトに使用した。プラークアッセイによる力価判定後、Ｓｆ９細胞を再度感染させることで組換えバキュロウイルスを増幅し、プラークアッセイで力価を判定した。
ＤＥＮタンパク質のバキュロウイルス発現のために、Ｈｉ−５細胞（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ； Ｃａｒｌｓｂａｄ， ＣＡ）を細胞１×１０６個／ｍｌの密度まで増殖させ、感染多重度（ＭＯＩ）２で組換えバキュロウイルスに感染させた。感染の２４時間後、遠心分離によって条件培地を回収した。Ｎｉ−ＮＴＡクロマトグラフィによって、分泌されたＤＥＮ ８０％Ｅタンパク質を条件培地から精製した。
ＳＤＳ−ＰＡＧＥおよびウェスタンブロット：ゲル電気泳動およびイムノブロット解析によって、タンパク質発現とデングウイルスのタイプを求めた。細胞を遠心分離によって回収し、Ｌａｅｍｍｌｉ緩衝液に溶解させた。１００ｍＭのジチオトレイトール（ＤＴＴ）を還元剤として使用してまたは使用せずに、各ライセート１０μｌのアリコートをＳＤＳ−ＰＡＧＥ試料緩衝液中で希釈した。試料を約５分間沸騰させ、１０％ＳＤＳポリアクリルアミドゲルに仕込み、ＳＤＳ−ＰＡＧＥで電気泳動した。ゲルをクーマシーＲ−２５０（Ｂｉｏ−Ｒａｄ； Ｈｅｒｃｕｌｅｓ， ＣＡ）で染色し、タンパク質バンドを可視化した。ウェスタンブロット用に、０．５ｍｌ／レーンの細胞可溶化物を電気泳動し、ＰＶＤＦ膜に電気移動し、５％（ｗ／ｖ）粉乳でブロックした。
大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）で発現されるフラジェリン融合タンパク質の場合、抗フラジェリン抗体（Ｉｎｏｔｅｋ； Ｂｅｖｅｒｌｙ， ＭＡ）を用いて膜をプローブした。アルカリホスファターゼコンジュゲート二次抗体（Ｐｉｅｒｃｅ； Ｒｏｃｋｌａｎｄ， ＩＬ）でプローブした後、アルカリホスファターゼ発色基質（Ｐｒｏｍｅｇａ， Ｍａｄｉｓｏｎ， ＷＩ）を用いて、タンパク質バンドを可視化した。正しい分子量のタンパク質バンドを生成し、適切な抗体に対して反応性である細菌クローンを、生物学的アッセイおよび動物免疫原性実験に用いられるタンパク質の産生用に選択した。バキュロウイルスで発現されるＤＥＮ ８０％Ｅタンパク質の場合、アルカリホスファターゼ結合抗Ｈｉｓ６（Ｃ末端）抗体（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ； Ｃａｒｌｓｂａｄ， ＣＡ）を用いて膜をプローブした。
フラジェリンをデング抗原と連結しているＤＮＡおよびタンパク質コンストラクトを表２３にあげておく。
ＤＮＡクローニング−結果
ＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルのクーマシーブルー染色によってアッセイしたように、大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）発現クローンはいずれも、予想分子量で遊走するバンドを示した。対照培養（ＩＰＴＧなし）にはこのバンドが存在しないことから、これがＩＰＴＧによって特異的に誘導されることが明らかになった。フラジェリンに特異的な抗体を用いるウェスタンブロットによって、この誘導された種がフラジェリン−ＨＰＶ抗原融合タンパク質であることを確認し、融合タンパク質の両方の部分が無傷で発現されたことを示唆した。選択したＤＥＮ ８０％ ＥＨｉｓ６Ｂｖタンパク質での予想分子量で、Ｈｉｓ６抗体と反応するＨｉ−５細胞条件培地にて、すべての組換えバキュロウイルスがタンパク質バンドの発現を誘導した。
タンパク質精製−方法
細菌成長および細胞溶解：ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ１ＥＩＩＩ＋（配列番号６２８）、ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ２ＥＩＩＩ＋（配列番号６３０）、ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ３ＥＩＩＩ＋（配列番号６３２）およびＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ４ＥＩＩＩ＋（配列番号６３４）タンパク質を、大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）宿主株ＢＬＲ（ＤＥ３）で産生した。大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）細胞を上述したようにして培養し、回収した。個々の株をグリセロールストックから取り出し、振盪フラスコにて最終容量１２リットルまで増殖させた。５０μｇ／ｍＬのカナマイシン／１２．５μｇ／ｍＬのテトラサイクリン／０．５％デキストロースを含有するＬＢ培地にてＯＤ６００＝０．６まで細胞を増殖させ、１ｍＭ ＩＰＴＧを加えて３７℃で３時間誘導した。細胞を遠心分離によって回収し（Ｓｏｒｖａｌｌ ＲＣ５Ｃ遠心機にて約７０００ｒｐｍ×約７分間）、１×ＰＢＳ、１％グリセロール、１μｇ／ｍＬ ＤＮＡｓｅ Ｉ、１ｍＭ ＰＭＳＦ、プロテアーゼ阻害剤カクテルおよび１ｍｇ／ｍＬリゾチームに再懸濁させた。次に、細胞を１５，０００ｐｓｉでマイクロフルイダイザに２回通して溶解させた。ライセートを４５，０００×ｇで１時間遠心処理し、可溶性画分と不溶性画分とを分離した。
タンパク質精製：
遠心分離後、不溶性（封入体）画分を緩衝液Ａ（１×Ｔｒｉｓ緩衝生理食塩水、ｐＨ８．０＋１％（ｗ／ｖ）Ｔｒｉｔｏｎ Ｘ−１００）に再懸濁させ、ガラスボールＤｏｕｎｃｅホモジナイザを用いて再懸濁させた。次に、この再懸濁後のタンパク質を上記同様に再度遠心処理し、不可溶性材料を記録した。洗浄プロセスを３回繰り返した。次に、不溶性タンパク質を緩衝液Ｂ（８Ｍ尿素、２０ｍＭクエン酸、ｐＨ３．５）で変性させた。変性タンパク質を緩衝液Ｂ（８Ｍ尿素、２０ｍＭクエン酸塩、ｐＨ３．５）で平衡させたＳｏｕｒｃｅ ＳＰカラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ； Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ， ＮＪ）に適用し、０〜１００％緩衝液Ｃ（緩衝液Ｂ＋１Ｍ ＮａＣｌ）の５カラム−容量勾配でタンパク質を樹脂から溶出させた。溶出材料を緩衝液Ｄ（８Ｍ尿素、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、ｐＨ８．０）に対して広範に透析した後、１０倍容量の緩衝液Ｅ（５０ｍＭ Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ、ｐＨ８．０）で希釈してリフォールドした。リフォールドされた材料を緩衝液Ｆ（２０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ８．０）で平衡させたＳｏｕｒｃｅ Ｑカラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ； Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ， ＮＪ）に適用し、０〜１００％緩衝液Ｇ（緩衝液Ｆ＋１Ｍ ＮａＣｌ）の５カラム−容量線形塩勾配で結合モノマータンパク質を溶出させた。ピーク画分をプールし、１×ＴＢＳ、ｐＨ８．０に対して透析し、滅菌濾過した。
ＳＤＳ−ＰＡＧＥおよびウェスタンブロット解析：タンパク質の同一性とＳＴＦ２Δ．ＤＥＮＥＩＩＩ＋タンパク質（配列番号６２８、６３０、６３２、６３４）の純度をＳＤＳ−ＰＡＧＥで求めた。１００ｍＭのＤＴＴを還元剤として使用してまたは使用せずに、各試料５μｇのアリコートをＳＤＳ−ＰＡＧＥ試料緩衝液中で希釈した。試料を５分間沸騰させ、１０％ポリアクリルアミドゲル（ＬｉｆｅＧｅｌｓ； Ｆｒｅｎｃｈ’ｓ Ｆｏｒｅｓｔ， Ｎｅｗ Ｓｏｕｔｈ Ｗａｌｅｓ， ＡＵＳ）に仕込み、電気泳動させた。ゲルをクーマシーＲ２５０（Ｂｉｏ−Ｒａｄ； Ｈｅｒｃｕｌｅｓ， ＣＡ）で染色し、タンパク質バンドを可視化した。ウェスタンブロット用に、０．５μｇ／レーンの総タンパク質を上述したようにして電気泳動した後、ゲルをＰＶＤＦ膜に電気移動して、５％（ｗ／ｖ）脱脂粉乳でブロックした上で、抗フラジェリン抗体（Ｉｎｏｔｅｋ； Ｂｅｖｅｒｌｙ， ＭＡ）でプローブした。アルカリホスファターゼコンジュゲート二次抗体（Ｐｉｅｒｃｅ； Ｒｏｃｋｌａｎｄ， ＩＬ）でプローブした後、アルカリホスファターゼ発色基質（Ｐｒｏｍｅｇａ； Ｍａｄｉｓｏｎ， ＷＩ）を用いて、タンパク質バンドを可視化した。
タンパク質アッセイ：ウシ血清アルブミンを標準として用いるマイクロプレートフォーマットで、Ｍｉｃｒｏ ＢＣＡ（ビシンコニン酸）アッセイ（Ｐｉｅｒｃｅ； Ｒｏｃｋｌａｎｄ， ＩＬ）を用いて、製造業者の指示に従ってすべてのタンパク質の総タンパク質濃度を求めた。
エンドトキシンアッセイ：ＱＣＬ−１０００ Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ Ｃｈｒｏｍｏｇｅｎｉｃ ＬＡＬ試験キット（Ｃａｍｂｒｅｘ； Ｅ． Ｒｕｔｈｅｒｆｏｒｄ， ＮＪ）を用いて、マイクロプレート法に対する製造業者の指示に従って、すべてのタンパク質のエンドトキシンレベルを求めた。
ＴＬＲ生物活性アッセイ：ＨＥＫ２９３細胞はＴＬＲ５を構成的に発現し、ＴＬＲ５シグナル伝達に応答して、ＩＬ−８をはじめとするいくつかの可溶性因子を分泌する。細胞を９６ウェルのマイクロプレートに蒔き（細胞５０，０００個／ウェル）、個々のＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ１−４ＥＩＩＩ＋タンパク質（配列番号６２８、６３０、６３２、６３４）を加えて、一晩インキュベートした。翌日、条件培地を回収し、清潔な９６ウェルのマイクロプレートに移し、−２０℃で冷凍した。解凍後、製造業者の指示に従って抗ヒトＩＬ−８同系抗体対（Ｐｉｅｒｃｅ；Ｒｏｃｋｆｏｒｄ， ＩＬ）＃Ｍ８０１Ｅおよび＃Ｍ８０２Ｂ）を用いて、サンドイッチＥＬＩＳＡで、ＩＬ−８の存在について条件培地をアッセイした。マイクロプレート分光光度計（ＦＡＲＣｙｔｅ， ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ； Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ， ＮＪ）を用いて光学密度を測定した。
タンパク質精製−結果
タンパク質の収率と純度：４つのＳＴＦ２Δ．ＤＥＮＥＩＩＩ＋タンパク質（配列番号６２８、６３０、６３２、６３４）すべてを大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）細胞培養から高収率で産生した。精製後の合計収率は２５〜５０ｍｇの範囲であり、４つのタンパク質すべての純度がＳＤＳ−ＰＡＧＥで９５％を超え、各タンパク質のエンドトキシン値は０．０５ＥＵ／μｇ未満であった。４つのＳＴＦ２Δ．ＤＥＮＥＩＩＩ＋（配列番号６２８、６３０、６３２、６３４）融合タンパク質はいずれも、ｉｎ ｖｉｔｒｏＴＬＲ５生物活性を有していた。４つのＤＥＮ ８０％ＥＨｉｓ６Ｂｖタンパク質（配列番号６３６、６３８、６４０、６４２）をすべてＨｉ−５細胞条件培地にて発現させ、１２Ｌの培養から合計収率約５〜約２０ｍｇの範囲で精製した。
免疫原性試験−方法
動物研究＃１：メスのＣ５７Ｂ／６マウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ， Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ， ＭＥ）を６〜８週齢で用いた。被験タンパク質を１００μｌのリン酸緩衝生理食塩水で製剤化した。マウスを１０匹ずつの群に分け、０日目、１４日目、２８日目に以下のようにして鼠径部皮下（ｓ．ｃ．）免疫化した。四価製剤には、各々４種類のデング抗原（ＤＥＮ１ＥＩＩＩ＋、ＤＥＮ２ＥＩＩＩ＋、ＤＥＮ３ＥＩＩＩ＋、ＤＥＮ４ＥＩＩＩ＋ それぞれ配列番号６２８、６３０、６３２、６３４）を含む４つの融合タンパク質を含めた。
群
３． ＰＢＳ（リン酸緩衝生理食塩水）
４． ３μｇのＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ１ＥＩＩＩ＋（配列番号６２８）
５． ３μｇのＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ２ＥＩＩＩ＋（配列番号６３０）
６． ３μｇのＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ３ＥＩＩＩ＋（配列番号６３２）
７． ３μｇのＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ４ＥＩＩＩ＋（配列番号６３４）
８． 四価製剤：
３μｇのＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ１ＥＩＩＩ＋（配列番号６２８）
３μｇのＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ２ＥＩＩＩ＋（配列番号６３０）
３μｇのＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ３ＥＩＩＩ＋（配列番号６３２）
３μｇのＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ４ＥＩＩＩ＋（配列番号６３４）
２１日目と３５日目に眼窩後穿刺によってマウスから採血した。血清をヘパリン不含有血液試料の凝固と遠心分離によって回収し、ＥＬＩＳＡでＤＥＮ Ｅタンパク質との反応性を試験した。
動物研究＃２：
メスのＢａｌｂ／Ｃマウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ， Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ， ＭＥ）を６〜８週齢で用いた。被験タンパク質を１００μｌのリン酸緩衝生理食塩水で製剤化した。マウスを１０匹ずつの群に分け、０日目、１４日目、２８日目に以下のようにして鼠径部皮下（ｓ．ｃ．）免疫化した。
群
１． ＰＢＳ（リン酸緩衝生理食塩水）
２． ３μｇのＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ１ＥＩＩＩ＋（配列番号６２８）
３． ３０μｇのＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ１ＥＩＩＩ＋（配列番号６２８）
４． ３μｇのＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ２ＥＩＩＩ＋（配列番号６３０）
５． ３０μｇのＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ２ＥＩＩＩ＋（配列番号６３０）
６． ３μｇのＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ３ＥＩＩＩ＋（配列番号６３２）
７． ３０μｇのＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ３ＥＩＩＩ＋（配列番号６３２）
８． ３μｇのＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ４ＥＩＩＩ＋（配列番号６３４）
９． ３０μｇのＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ４ＥＩＩＩ＋（配列番号６３４）
２１日目と３５日目に眼窩後穿刺によってマウスから採血した。血清をヘパリン不含有血液試料の凝固と遠心分離によって回収し、ＥＬＩＳＡでＤＥＮ Ｅタンパク質との反応性を試験した。
ＤＥＮ血清抗体判定：ＤＥＮエンベロープタンパク質特異的ＩｇＧレベルをＥＬＩＳＡで判定した。ＥＬＩＳＡプレート（９６ウェル）に、１００ｍｌ／ウェルの選択したＤＥＮ ８０％Ｅタンパク質（配列番号６３６；配列番号６３８；配列番号６４０；または配列番号６４２）を、濃度２μｇ／ｍｌでＰＢＳ中にて４℃で一晩コーティングした。プレートを２００μｌ／ウェルのアッセイ希釈緩衝液（ＡＤＢ； ＢＤ Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ）で室温にて１時間ブロックした。プレートをＰＢＳ−Ｔ中にて３回洗浄した。血清のＡＤＢ希釈液を加え（１００μｌ／ウェル）、プレートを４℃で一晩インキュベートした。このプレートをＰＢＳ−Ｔで３回洗浄した。ＡＤＢで希釈したＨＲＰ標識ヤギ抗マウスＩｇＧ抗体（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ； Ｗｅｓｔ Ｇｒｏｖｅ， ＰＡ）を加え（１００μｌ／ウェル）、プレートを室温で１時間インキュベートした。プレートをＰＢＳ−Ｔで３回洗浄した。ＴＭＢ（３、３’，５、５’−テトラメチルベンジジン）Ｕｌｔｒａ基質（Ｐｉｅｒｃｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ； Ｒｏｃｋｆｏｒｄ， ＩＬ）を添加し、発色を監視した後、４５０ｎｍでの吸光度（Ａ４５０）をＴｅｃａｎ Ｆａｒｃｙｔｅマイクロ分光光度計で測定した。
ＰＲＮＴ５０アッセイ：マウス免疫血清がＤＥＮウイルス感染性をｉｎ ｖｉｔｒｏにて中和する機能を、プラーク減少中和試験（ＰＲＮＴ）によって判定した。免疫化マウス由来の３５日目の血清試料を、培養Ｖｅｒｏ細胞にてＤＥＮウイルス感染をブロックする機能について試験した。簡単に説明すると、個々のマウス血清試料を熱不活性化し、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）＋０．５％ゼラチンにて２倍に段階希釈した。１：１０から開始した希釈物を１００Ｐｆｕのデング２ウイルスと一緒にインキュベートした。ウイルス／血清混合物を３７℃で１時間インキュベートした後、Ｖｅｒｏ細胞のコンフルエントな単層膜（ＡＴＣＣ、カタログ番号ＣＣＬ−８１；Ｍａｎａｓｓａｓ， ＶＡ）に６ウェルの組織培養プレートにて二重のウェルで播種する。ウイルスを細胞単層膜に吸着させた後、１％アガロース重層を加えた。感染細胞培養を３７℃で４日間インキュベートした後、４％ニュートラルレッドを含む第２のアガロース重層を加えた。１２時間後にウイルスプラークを計数した。ウイルスプラーク数を５０％減少させた血清力価（ＰＲＮＴ５０）を記録した。
免疫原性試験−結果
ＤＥＮ Ｅ特異的抗体応答：図４７Ａ〜図４７Ｄに示すように、４つの個々のＳＴＦ２Δ．ＤＥＮＥＩＩＩ＋タンパク質（配列番号６２８；配列番号６３０；配列番号６３２；配列番号６３４）のいずれを用いてＣ５７Ｂ／６マウスの免疫化をしても、相同的なデングウイルス血清型由来のＤＥＮ ８０％ＥＨｉｓ６Ｂｖタンパク質と反応する高いレベルの血清ＩｇＧが誘発された。対照的に、偽免疫化（ＰＢＳ）ではＤＥＮ ８０％ＥＨｉｓ６Ｂｖ反応性抗体は誘発されなかった。
４つの個々に免疫化したマウス群各々の免疫血清を、他の３つの非相同デング血清型由来のＤＥＮ ８０％ＥＨｉｓ６Ｂｖタンパク質との交差反応性について試験した。図４８Ａ〜図４８Ｄに示すように、４つの個々のＳＴＦ２Δ．ＤＥＮＥＩＩＩ＋タンパク質（配列番号６２８；配列番号６３０；配列番号６３２；または配列番号６３４）での免疫化によって、非相同ＤＥＮ Ｅタンパク質よりも相同的なＤＥＮ Ｅタンパク質に対して一層特異的な抗体が誘発された。ＤＥＮ２の場合、相同的な抗体力価が非相同の場合の最大力価をｌｏｇ１０（１０３）のほぼ３倍超えた。ＤＥＮ１およびＤＥＮ４の場合、相同的な抗体力価が非相同の場合の最大力価をｌｏｇ１０（１０３）の約２倍超えた。ＤＥＮ３の場合、ＤＥＮ１との間にいくらか交差反応性が認められ、相同的な応答が非相同ＤＥＮ１応答を約２倍上回っており、ＤＥＮ２およびＤＥＮ４に対する非相同応答がｌｏｇ１０の１倍を上回っていた。
これらのデータから、ＳＴＦ２Δに融合されたＤＥＮＥＩＩＩ＋抗原が、相同的なデング血清型に対して高度に特異的であり、非相同血清型に対しては交差反応性が最小限の強力な抗体応答を誘発することが分かる。
一価投与に加えて、４つのＳＴＦ２Δ．ＤＥＮＥＩＩＩ＋タンパク質（配列番号６２８；配列番号６３０；配列番号６３２；または配列番号６３４）を四価ブレンドとして一緒に投与した。図４９Ａ、図４９Ｂ、図５０Ａおよび図５０Ｂに、一価および四価製剤によって誘発された相同的および非相同的な抗体応答を示す。図４９Ａおよび図４９Ｂに示すように、四価ブレンドでの免疫化によって、これらの２つの血清型に対して一価製剤によって誘発されるものに極めて類似した抗ＤＥＮ１ Ｅおよび抗ＤＥＮ２ Ｅ抗体応答が誘発される。図５０Ａおよび図５０Ｂに示すように、四価ブレンドＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ３ＥＩＩＩ＋（配列番号６３２）におけるＤＥＮ３成分に対する抗体応答が、このワクチンコンストラクトの一価投与と比較して、有意に低下する。四価ブレンドでのこうしたＤＥＮ３に対する弱まった応答を、四価ブレンドのＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ３ＥＩＩＩ＋（配列番号６３２）タンパク質の量を他の３つのＤＥＮ血清型の３倍まで増やすことで、補正可能である。四価ブレンドＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ４ＥＩＩＩ＋（配列番号６３４）でのＤＥＮ４成分に対する抗体応答は、ＤＥＮ４の一価投与に比べると、若干弱くもなる。
これらのデータから、ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ１ＥＩＩＩ＋（配列番号６２８）、ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ２ＥＩＩＩ＋（配列番号６３０）、ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ３ＥＩＩＩ＋（配列番号６３２）、ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ４ＥＩＩＩ＋（配列番号６３４）からなるＤＥＮワクチン成分の四価製剤は、４つのデングＥタンパク質血清型すべてに対する強力かつ特異的な抗体応答を誘発可能であり、個々の成分間の免疫干渉によって生じる弱まった応答個々の成分を、四価製剤における成分の比を調節することで補正可能であることも分かる。
動物研究＃１
デングウイルス感染性のＩｎ ｖｉｔｒｏ中和：デングウイルス中和抗体を誘発する機能は、ワクチンの有効性にとって必須である。ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ２ＥＩＩＩ＋（配列番号６３０）で免疫化したマウス由来の個々の免疫血清を、プラーク減少中和試験（ＰＲＮＴ）アッセイにてウイルス中和について試験した。このアッセイの結果を図５１に示す。ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ２ＥＩＩＩ＋（配列番号６３０）で免疫化したマウスの大部分（９／１０＝９０％）が抗体陽転し、ＰＲＮＴ５０力価≧２０−１として定義されたのに対し、対照物（ＰＢＳ）群には中和抗体が発生したマウスはいなかった。免疫化群のＰＲＮＴ５０力価は１：２０〜１：１６０の範囲であった。これらの結果から、ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ２ＥＩＩＩ＋（配列番号６３０）での免疫化は、強力な中和抗体を誘発することが分かる。ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ１ＥＩＩＩ＋（配列番号６２８）、ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ３ＥＩＩＩ＋（配列番号６３２）およびＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ４ＥＩＩＩ＋（配列番号６３４）で免疫化したＣ５７Ｂ／６マウス由来の血清のいずれもＰＲＮＴ５０力価≧２０−１には変換されなかった。
動物研究＃２：研究＃１のＣ５７Ｂ／６マウスでの場合と同様に、Ｂａｌｂ／ＣマウスをＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ１ＥＩＩＩ＋（配列番号６２８）、ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ２ＥＩＩＩ＋（配列番号６３０）、ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ３ＥＩＩＩ＋（配列番号６３２）またはＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ４ＥＩＩＩ＋（配列番号６３４）で免疫化したところ、ＥＬＩＳＡアッセイではＤＥＮ ８０％Ｅに対して相同的な高レベル血清ＩｇＧが発生した。
ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ１ＥＩＩＩ＋（配列番号６２８）、ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ２ＥＩＩＩ＋（配列番号６３０）、ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ３ＥＩＩＩ＋（配列番号６３２）またはＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ４ＥＩＩＩ＋（配列番号６３４）で免疫化したＢａｌｂ／Ｃマウス由来の個々の免疫血清を、プラーク減少中和試験（ＰＲＮＴ）アッセイで、ウイルス中和について試験した。これらのアッセイの結果を表２５Ａおよび表２５Ｂにあげておく。
ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ１ＥＩＩＩ＋（配列番号６２８）およびＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ２ＥＩＩＩ＋（配列番号６３０）のいずれかで免疫されたマウスはすべて抗体陽転するが、これはＰＲＮＴ５０力価約≧２０−１を表し、対照物（ＰＢＳ）群ではどのマウスにも中和抗体は発生しなかった。３μｇの免疫化群のＰＲＮＴ５０幾何平均力価は、ＤＥＮ１およびＤＥＮ２でそれぞれ約４３９−１および約１３６５−１であった。３μｇのＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ３ＥＩＩＩ＋（配列番号６３２）で免疫化した大部分のマウス（９／１０または９０％）が抗体陽転し、幾何平均力価は約１９−１であったのに対し、３０μｇのＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ３ＥＩＩＩ＋（配列番号６３２）で免疫化した１０匹のマウスのうち４匹が抗体陽転し、幾何平均力価は約１２−１であった。ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ４ＥＩＩＩ＋（配列番号６３４）でマウスは抗体陽転しなかった。
ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ１ＥＩＩＩ＋（配列番号６２８）、ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ２ＥＩＩＩ＋（配列番号６３０）、ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ３ＥＩＩＩ＋（配列番号６３２）で免疫化したＢａｌｂ／Ｃマウスからの血清中和力価は、さまざまなデング血清型に対する効力と幅広い応答の両方に関してＣ５７Ｂ／６マウスからのものよりもよい。これは、ＤＥＮ１、２および３融合タンパク質が、ウイルス中和抗体を誘発可能であることを示す。研究＃１（Ｃ５７Ｂ／６マウス）における動物との間のこの差異は、一部は、これら２つ遺伝的に別個のマウス株のワクチンのフラジェリン成分に対する免疫応答の差異によるものであろう。Ｃ５７Ｂ／６株はＢａｌｂ／Ｃに比して反応が低く、免疫応答の大きさがマウス株間で変わることがある。
Ｃ５７Ｂ／６およびＢａｌｂ／Ｃマウス株の両方で中和抗体を誘発するための融合タンパク質ＳＴＦ２Δ．ＤＥＮ４ＥＩＩＩ＋（配列番号６３４）のＤＥＮ４成分に対する中和抗体を検出できないのは、異なる要因の１つまたは組み合わせによるものであり得る。たとえば、融合タンパク質のＤＥＮ４ ＥＩＩＩ＋ドメインが精製プロセスで免疫系に対して臨床的に中和するエピトープを正しく提示するコンホメーションにリフォールドされなかったのかもしれない。もうひとつの可能性は、フラジェリンと抗原ドメインとの物理的な相互作用が免疫系に対する重要なエピトープの提示をブロックすることであり、この現象は他のフラジェリン−抗原融合物で見られる。デング４ウイルス抗原を有する別のフラジェリンコンストラクトを含む別のコンストラクトが、中和につながる可能性もある。
実施例１２．大腸菌（Ｅ．ｃｏｌｉ．）における組換えフラジェリン−ＨＰＶ抗原融合タンパク質のクローニング、産生および免疫原性試験
方法
ＤＮＡクローニング：ヒトパピローマウイルス株１６（ＨＰＶ １６）のＥ６、Ｅ７およびＬ２タンパク質をコードする合成遺伝子を、大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）での発現に対してコドン最適化し、商業ベンダー（ＤＮＡ ２．０； Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ， ＣＡ）によって合成した。フランキングＢｌｐＩ部位を５’末端と３’末端の両方に取り込むように遺伝子を設計した。ＢｌｐＩを用いてそれぞれのプラスミドから遺伝子断片を切断し、コンパチブル末端によってＳＴＦ２．ｂｌｐまたはＳＴＦ２Δ．ｂｌｐベクターカセットにクローニングした。全長フラジェリン遺伝子を取り込んだ融合コンストラクトを、ＳＴＦ２．Ｅ６（配列番号６６７）、ＳＴＦ２．Ｅ７（配列番号６６８）およびＳＴＦ２．Ｌ２．（配列番号６６９）とした。ヒンジ領域を欠いているフラジェリン遺伝子に対する類似のコンストラクト（本明細書では「切り詰めフラジェリン」とも呼ぶをＳＴＦ２Δ．Ｅ６（配列番号６７０）、ＳＴＦ２Δ．Ｅ７（配列番号６７１）およびＳＴＦ２Δ．Ｌ２（配列番号６７２）とした。また、Ｅ６とＥ７とを組み合わせる合成遺伝子をＳＴＦ２およびＳＴＦ２Δと融合させ、それぞれＳＴＦ２．Ｅ６Ｅ７（配列番号６７３）およびＳＴＦ２Δ．Ｅ６Ｅ７（配列番号６７４）を生成した。
それぞれの場合において、構築したプラスミドを用いてコンピテント大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）ＴＯＰ１０細胞を形質転換し、ＰＣＲスクリーニングおよび制限マッピング解析によって推定上の組換え体を同定した。ＤＮＡ配列決定によってコンストラクトの完全性を確認し、コンストラクトを用いて発現宿主であるＢＬＲ（ＤＥ３）（Ｎｏｖａｇｅｎ， Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ；カタログ番号６９０５３）を形質転換した。カナマイシン（５０μｇ／ｍＬ）、テトラサイクリン（５μｇ／ｍＬ）、グルコース（０．５％）を含有するプレートで形質転換体を選択した。コロニーをピックし、２５μｇ／ｍＬのカナマイシン、１２．５μｇ／ｍＬのテトラサイクリン、０．５％グルコースを加えた２ｍＬのＬＢ培地に播種し、一晩増殖させた。これらの培養のアリコートを用いて、同じ培地製剤に新鮮な培養を播種し、これを光学密度（ＯＤ６００nm）＝０．６に達するまで培養し、その時点で１ｍＭ ＩＰＴＧを加えてタンパク質発現を誘導して、３７℃で３時間培養した。次に、細胞を回収し、タンパク質の発現を分析した。
ＳＤＳ−ＰＡＧＥおよびウェスタンブロット：ゲル電気泳動およびイムノブロット解析によって、タンパク質の発現と同一性を求めた。細胞を遠心分離によって回収し、Ｌａｅｍｍｌｉ緩衝液に溶解させた。１００ｍＭのジチオトレイトール（ＤＴＴ）を還元剤として使用してまたは使用せずに、各ライセート１０μｌのアリコートをＳＤＳ−ＰＡＧＥ試料緩衝液中で希釈した。試料を５分間沸騰させ、１０％ＳＤＳポリアクリルアミドゲルに仕込み、ＳＤＳ−ＰＡＧＥで電気泳動した。ゲルをクーマシーＲ−２５０（Ｂｉｏ−Ｒａｄ； Ｈｅｒｃｕｌｅｓ， ＣＡ）で染色し、タンパク質バンドを可視化した。ウェスタンブロット用に、０．５ｍｌ／レーンの細胞可溶化物を電気泳動し、ＰＶＤＦ膜に電気移動し、５％（ｗ／ｖ）粉乳でブロックした。
次に、膜を抗フラジェリン抗体（Ｉｎｏｔｅｋ； Ｂｅｖｅｒｌｙ， ＭＡ）でプローブした。アルカリホスファターゼコンジュゲート二次抗体（Ｐｉｅｒｃｅ； Ｒｏｃｋｌａｎｄ， ＩＬ）でプローブした後、アルカリホスファターゼ発色基質（Ｐｒｏｍｅｇａ， Ｍａｄｉｓｏｎ， ＷＩ）を用いて、タンパク質バンドを可視化した。正しい分子量のタンパク質バンドを生成し、適切な抗体に対して反応性である細菌クローンを、生物学的アッセイおよび動物免疫原性実験に用いられるタンパク質の産生用に選択した。
フラジェリンをＨＰＶ １６抗原と連結しているＤＮＡコンストラクトを表２４にあげておく。
結果
ＳＤＳ−ＰＡＧＥゲルのクーマシーブルー染色によってアッセイしたように、クローンすべては予想分子量で遊走するバンドを示した。対照培養（ＩＰＴＧなし）にはこのバンドが存在しないことから、これがＩＰＴＧによって特異的に誘導されることが分かる。フラジェリンに特異的な抗体を用いるウェスタンブロットによって、この誘導された種がフラジェリン−ＨＰＶ抗原融合タンパク質であることを確認し、融合タンパク質の両方の部分が無傷で発現されたことを示唆した。
ＳＴＦ２．ＨＰＶ１６ Ｅ６（配列番号６７９）の精製
方法
細菌成長および細胞溶解：ＳＴＦ２．ＨＰＶ１６Ｅ６（配列番号６７９）を大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）宿主株ＢＬＲ（ＤＥ３）で発現させた。大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）細胞を上述したようにして培養し、回収した。個々の株をグリセロールストックから取り出し、振盪フラスコにて最終容量１２リットルまで増殖させた。５０μｇ／ｍＬのカナマイシン／１２．５μｇ／ｍＬのテトラサイクリン／０．５％デキストロースを含有するＬＢ培地にてＯＤ６００＝０．６まで細胞を増殖させ、１ｍＭ ＩＰＴＧを加えて３７℃で３時間誘導した。細胞を遠心分離によって回収し（Ｓｏｒｖａｌｌ ＲＣ５Ｃ遠心機にて７０００ｒｐｍ×７分間）、１×ＰＢＳ、１％グリセロール、１μｇ／ｍＬ ＤＮＡｓｅ Ｉ、１ｍＭ ＰＭＳＦ、プロテアーゼ阻害剤カクテルおよび１ｍｇ／ｍＬリゾチームに再懸濁させた。次に、細胞を１５，０００ｐｓｉでマイクロフルイダイザに２回通して溶解させた。ライセートを４５，０００×ｇで１時間遠心処理し、可溶性画分と不溶性画分とを分離した。
大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）からのＳＴＦ２．ＨＰＶ１６Ｅ６（配列番号６７９）の精製：細胞溶解および遠心分離（上記参照）後、上清（可溶性）画分を回収し、５０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ８を加えた。次に、この溶液をＳｏｕｒｃｅ Ｑアニオン交換カラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ： Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ， ＮＪ）に適用し、緩衝液Ａ（５０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ８．０＋５ｍＭ ＥＤＴＡ）で平衡させた。素通り画分と溶出液画分をＳＤＳ−ＰＡＧＥでアッセイした後、クーマシーブルー染色とウェスタンブロットを実施した。
フラジェリン−Ｅ６融合タンパク質は、カラムに結合せず、素通り画分に見られた。素通り画分を緩衝液Ｂ（２０ｍＭクエン酸、ｐＨ３．５／８Ｍ尿素／５ｍＭ ＥＤＴＡ／１ｍＭ β−メルカプトエタノール）に対して一晩透析し、緩衝液Ｂで平衡させたＳｏｕｒｃｅ Ｓカチオン交換カラムに適用した。緩衝液Ｂ中０〜１Ｍ ＮａＣｌの５カラム−容量線形勾配で溶出し、溶出液画分をクーマシーブルー染色とウェスタンブロットを伴うＳＤＳ−ＰＡＧＥでアッセイした。フラジェリン−Ｅ６タンパク質はこのカラムに結合せず、再度素通り画分に回収された。素通り画分を緩衝液Ｃ（５０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ８．０／５ｍＭ ＥＤＴＡ／８Ｍ尿素）に一晩透析し、緩衝液Ｃにて平衡させたＳｏｕｒｃｅ Ｑアニオン交換カラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ； Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ， ＮＪ）に適用した。緩衝液Ｃ中０〜１Ｍ ＮａＣｌの５カラム線形勾配で溶出後、素通り画分と溶出液画分をＳＤＳ−ＰＡＧＥでアッセイした後、クーマシーブルー染色とウェスタンブロットを実施した。フラジェリン−Ｅ６タンパク質はこのカラムに結合せず、再度素通り画分に見られた。フラジェリン−Ｅ６タンパク質を緩衝液Ｄ（２０ｍＭ Ｔｒｉｓ、ｐＨ８．０／０．１５Ｍ ＮａＣｌ／２ｍＭ ＥＧＴＡ／２μＭ ＺｎＣｌ２）に１０倍希釈してリフォールドさせ、緩衝液Ｄで平衡させたＳｕｐｅｒｄｅｘ ２００サイズ排除カラム（ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ； Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ， ＮＪ）に適用した。溶出液画分をＳＤＳ−ＰＡＧＥでアッセイした後、クーマシーブルー染色とウェスタンブロットを実施した。ピーク画分をプールし、滅菌濾過し、−８０℃で保管した。
ＳＤＳ−ＰＡＧＥおよびウェスタンブロット解析：タンパク質の同一性とＳＴＦ２．ＨＰＶ１６ Ｅ６（配列番号６７９）の純度をＳＤＳ−ＰＡＧＥで求めた。１００ｍＭ ＤＴＴを還元剤として使用してまたは使用せずに、各試料５μｇのアリコートをＳＤＳ−ＰＡＧＥ試料緩衝液中で希釈した。試料を５分間沸騰させ、１０％ポリアクリルアミドゲル（ＬｉｆｅＧｅｌｓ； Ｆｒｅｎｃｈ’ｓ Ｆｏｒｅｓｔ， Ｎｅｗ Ｓｏｕｔｈ Ｗａｌｅｓ， ＡＵＳ）に仕込み、電気泳動させた。ゲルをクーマシーＲ２５０（Ｂｉｏ−Ｒａｄ； Ｈｅｒｃｕｌｅｓ， ＣＡ）で染色し、タンパク質バンドを可視化した。ウェスタンブロット用に、０．５μｇ／レーンの総タンパク質を上述したようにして電気泳動した後、ゲルをＰＶＤＦ膜に電気移動して、５％（ｗ／ｖ）脱脂粉乳でブロックした上で、抗フラジェリン抗体（Ｉｎｏｔｅｋ； Ｂｅｖｅｒｌｙ， ＭＡ）でプローブした。アルカリホスファターゼコンジュゲート二次抗体（Ｐｉｅｒｃｅ； Ｒｏｃｋｌａｎｄ， ＩＬ）でプローブした後、アルカリホスファターゼ発色基質（Ｐｒｏｍｅｇａ； Ｍａｄｉｓｏｎ， ＷＩ）を用いて、タンパク質バンドを可視化した。
タンパク質アッセイ：ウシ血清アルブミンを標準として用いるマイクロプレートフォーマットで、Ｍｉｃｒｏ ＢＣＡ（ビシンコニン酸）アッセイ（Ｐｉｅｒｃｅ； Ｒｏｃｋｌａｎｄ， ＩＬ）を用いて、製造業者の指示に従ってすべてのタンパク質の総タンパク質濃度を求めた。
エンドトキシンアッセイ：ＱＣＬ−１０００ Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ Ｃｈｒｏｍｏｇｅｎｉｃ ＬＡＬ試験キット（Ｃａｍｂｒｅｘ； Ｅ． Ｒｕｔｈｅｒｆｏｒｄ， ＮＪ）を用いて、マイクロプレート法に対する製造業者の指示に従って、すべてのタンパク質のエンドトキシンレベルを求めた。
ＴＬＲ生物活性アッセイ：ＨＥＫ２９３細胞はＴＬＲ５を構成的に発現し、ＴＬＲ５シグナル伝達に応答して、ＩＬ−８をはじめとするいくつかの可溶性因子を分泌する。細胞を９６ウェルのマイクロプレートに蒔き（細胞５０，０００個／ウェル）、およびＳＴＦ２．ＨＰＶ１６ Ｅ６（配列番号６７９）を加えて、一晩インキュベートした。翌日、条件培地を回収し、清潔な９６ウェルのマイクロプレートに移し、−２０℃で冷凍した。解凍後、製造業者の指示に従って抗ヒトＩＬ−８同系抗体対（Ｐｉｅｒｃｅ；Ｒｏｃｋｆｏｒｄ， ＩＬ）＃Ｍ８０１Ｅおよび＃Ｍ８０２Ｂ）を用いて、サンドイッチＥＬＩＳＡで、ＩＬ−８の存在について条件培地をアッセイした。マイクロプレート分光光度計（ＦＡＲＣｙｔｅ、ＧＥ Ｈｅａｌｔｈｃａｒｅ； Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ， ＮＪ）を用いて光学密度を測定した。
動物実験：メスのＣ５７Ｂ／６マウス（Ｊａｃｋｓｏｎ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ， Ｂａｒ Ｈａｒｂｏｒ， ＭＥ）を６〜８週齢で用いた。マウスを６匹ずつの群に分け、０日目と１４日目に以下のようにして鼠径部皮下（ｓ．ｃ．）免疫化した。
９． ＰＢＳ（リン酸緩衝生理食塩水）
１０． ＰＢＳ中３μｇのＳＴＦ２．ＨＰＶ１６ Ｅ６（配列番号６７９）
１１． ＰＢＳ中ＳＴＦ２．ＨＰＶ１６Ｅ６（配列番号６７９）３０μｇ
１２． 製造業者の指示に従ってＴｉｔｅｒＭａｘ Ｇｏｌｄアジュバント（ＣｙｔＲｘ； Ｎｏｒｃｒｏｓｓ， ＧＡ）で製剤化した３μｇのＳＴＦ２．ＨＰＶ１６Ｅ６（配列番号６７９）
１３． ＴｉｔｅｒＭａｘ Ｇｏｌｄアジュバントで製剤化した３０μｇのＳＴＦ２．ＨＰＶ１６ Ｅ６（配列番号６７９）
一次免疫化の七（７）日後および追加免疫化の七（７）日後、各群から２匹の動物を屠殺し、脾臓を取り出し、脾細胞をＥＬＩＳＰＯＴアッセイに用いて抗原特異的免疫応答を分析した。
抗原特異的ＥＬＩＳＰＯＴアッセイ：ＳＴＦ２．ＨＰＶ１６ Ｅ６（配列番号６７９）での一次免疫化７日後または追加免疫化７日後の動物由来の脾臓細胞（細胞１０６個／ウェル）を、製造業者の指示に従ってＰＢＳ中にて希釈した抗ＩＦＮγまたはＩＬ−５捕捉抗体（ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ； Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ， ＣＡ）をコーティングした９６ウェルのＭｕｌｔｉｓｃｒｅｅｎ−ＩＰプレート（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ； Ｂｉｌｌｅｒｉｃａ， ＭＡ）に加えた。次に、ＨＰＶ Ｅ６特異的抗原ペプチド、ＮＨ３−ＥＶＹＤＦＡＦＲＤＬ−ＣＯＯＨ（ＡｎａＳｐｅｃ； Ｓａｎ Ｊｏｓｅ， ＣＡ）（配列番号６８０）の存在下または非存在下で、ナイーブ抗原提示細胞（ＡＰＣ）（細胞１０６個／ウェル）でＴ細胞を一晩刺激した。抗ＣＤ３（ＢＤ Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ； Ｓａｎ Ｊｏｓｅ， ＣＡ）を最終濃度０．２５μｇ／ｍｌで陽性対照として用いた。プレートを３７℃／５％ＣＯ２で一晩インキュベートした後、洗浄し、製造業者の指示に従ってＰＢＳ／１０％ウシ胎仔血清（ＦＢＳ）で希釈したビオチン化検出抗体と一緒にインキュベートした。製造業者のプロトコール（Ｒ＆Ｄ Ｓｙｓｔｅｍｓ； Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ， ＭＮ）通りにＥＬＩＳＰＯＴ Ｂｌｕｅ Ｃｏｌｏｒ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ Ｍｏｄｕｌｅを用いて、プレートを展開した。個々の動物からの抗原特異的応答を二重にアッセイし、自動ＥＬＩＳＰＯＴリーダー（Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｌｔｄ．； Ｃｌｅｖｅｌａｎｄ， ＯＨ）を用いて定量化した。データについては、抗原特異的応答数／１０６ＡＰＣで表す。
結果と考察
タンパク質の収率と純度：ＳＴＦ２．ＨＰＶ１６ Ｅ６（配列番号６７９）を大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）細胞培養から高収率で産生した。精製後、収率は総タンパク質約５．７ｍｇ、純度はＳＤＳ−ＰＡＧＥにて推定で約８５％を超え、エンドトキシンレベルは約０．９７ＥＵ／μｇであった。しかしながら、精製時の最終的なサイズ排除クロマトグラフィ（ＳＥＣ）ステップでは、空隙容量に溶出するＳＴＦ２．ＨＰＶ１６ Ｅ６（配列番号６７９）タンパク質が示された（データ図示せず）。この結果は、タンパク質がモノマー性ではなく、凝集しているのではないかということを示唆していた。ＳＴＦ２．ＨＰＶ１６ Ｅ６（配列番号６７９）融合タンパク質は、モノマーフラジェリン−抗原融合タンパク質で通常見られるよりは低かったが、ｉｎ ｖｉｔｒｏ ＴＬＲ５生物活性が陽性であった。
ＳＴＦ２．ＨＰＶ１６ Ｅ６（配列番号６７９）の免疫原性：ＥＬＩＳＰＯＴアッセイの結果から、ＳＴＦ２．ＨＰＶ Ｅ６（配列番号６７９）での１回の免疫化後にマウスに抗原特異的Ｔ細胞応答が発生し、偽免疫化マウスではそうならなかったことが分かる。ＨＰＶ１６ Ｅ６ペプチド（配列番号６８０）で予備刺激した抗原提示細胞（ＡＰＣ）での刺激時、細胞約１０個／１０６脾細胞がＩＦＮ−γを分泌したのに対し、偽免疫化群ではまったく分泌されなかった。ＳＴＦ２．ＨＰＶ１６ Ｅ６（配列番号６７９）で免疫化した動物由来の似たような数の細胞がＩＬ−５を分泌したのに対し、偽群では約３であった。緩衝液で偽予備刺激したナイーブＡＰＣは、どの群でもＩＦＮ−γまたはＩＬ−５の産生を刺激しなかった。陽性対照として、マウス群の半分をＴｉｔｅｒＭａｘ Ｇｏｌｄアジュバント（ＣｙｔＲｘ； Ｎｏｒｃｒｏｓｓ， ＧＡ）で製剤化したＳＴＦ２．ＨＰＶ１６ Ｅ６（配列番号６７９）タンパク質で免疫化した。驚くべきことではないが、この強力なアジュバント（ヒトでの使用は許可されていない）が多数のＩＦＮ−γおよびＩＬ−５分泌細胞を有意に追加免疫した。
ＳＴＦ２．ＨＰＶ１６ Ｅ６（配列番号６７９）での追加免疫化７日後に回収した脾臓細胞で実施したＥＬＩＳＰＯＴアッセイで、一次免疫化後に回収した細胞と比較して、Ｅ６抗原特異的Ｔ細胞応答に有意な増加が認められた。ＨＰＶ１６ Ｅ６ペプチド（配列番号６８０）で予備刺激した抗原提示細胞（ＡＰＣ）での刺激時、３μｇ群では＞１５０細胞／１０６脾細胞、３０μｇ群では＞５０細胞／１０６脾細胞がＩＦＮ−γを分泌した。３μｇ群では＞４０細胞／１０６脾細胞、３０μｇ群では＞２０細胞／１０６脾細胞がＩＬ−５を分泌した。偽免疫化群では１０細胞／１０６脾細胞未満がＩＦＮ−γまたはＩＬ−５を分泌した。このように、両方の追加免疫後用量群で、ＩＦＮ−γ応答のほうがＩＬ−５応答に勝っていたのに対し、これらの応答は一次免疫後化にアッセイするとほぼ同等であった。一方の免疫化しかなされていないマウスで見られるように、ＴｉｔｅｒＭａｘ Ｇｏｌｄアジュバント（ＣｙｔＲｘ； Ｎｏｒｃｒｏｓｓ， ＧＡ）で製剤化したＳＴＦ２．ＨＰＶ１６ Ｅ６（配列番号６７９）タンパク質で２回免疫化したマウスは、ＰＢＳだけで製剤化したＳＴＦ２．ＨＰＶ１６ Ｅ６（配列番号６７９）タンパク質で免疫化したマウスよりもＴ細胞応答が高まった。
この実験でＳＴＦ２．ＨＰＶ１６ Ｅ６（配列番号６７９）によって誘発された免疫応答に影響し得る要因のひとつに、ＳＴＦ２．ＨＰＶ１６ Ｅ６（配列番号２０９）融合タンパク質の凝集状態があり、これがＴＬＲ５によって正しくフラジェリンドメインのシグナル伝達がなされるのを邪魔している可能性がある。モノマーＳＴＦ２．ＨＰＶ１６ Ｅ６（配列番号６７９）融合タンパク質であれば、もっと強い抗原特異的Ｔ細胞応答を誘発するかもしれない。Ｅ６タンパク質から別のアミノ酸への１つ以上のシステイン残基の変異によって、不適切なジスルフィド結合の可能性を排除または減らすことで、モノマーであるか野生型Ｅ６−フラジェリン融合タンパク質よりは凝集の少ないＥ６−フラジェリン融合タンパク質を得ることができる。
均等物
以上、本発明についてその実施例を参照して図示し、説明してきたが、添付の特許請求の範囲に包含される本発明の範囲から逸脱することなく、形態および詳細に対してさまざまな変更が可能である旨は当業者であれば理解できよう。

Claims (125)

  1. 配列番号２９からの挿入または欠失を含めて、配列番号２９（Ｒ３）に示すような近接アミノ酸配列との同一性が少なくとも約５０．０％であるアミノ酸配列であって、単離されたアミノ酸配列がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、アミノ酸配列。
  2. ８４、９１、９５、３２２、３２６からなる群から選択される配列番号２９の少なくとも１つのアミノ酸残基がアラニン残基で置換されている、請求項１に記載のアミノ酸配列。
  3. 配列番号３０からの挿入または欠失を含めて、配列番号３０（Ｒ３Ｄ０）に示すような近接アミノ酸配列との同一性が少なくとも約５０．０％であるアミノ酸配列であって、単離されたアミノ酸配列がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、アミノ酸配列。
  4. ３９、４６、５０、２７７、２８１からなる群から選択される配列番号３０の少なくとも１つのアミノ酸残基がアラニン残基で置換されている、請求項３に記載のアミノ酸配列。
  5. 配列番号３１からの挿入または欠失を含めて、配列番号３１（Ｄ３Ｎ）に示すような近接アミノ酸配列との同一性が少なくとも約６０．０％であるアミノ酸配列であって、単離されたアミノ酸配列がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、アミノ酸配列。
  6. ３９、４６、５０、２７７、２８１からなる群から選択される配列番号３１の少なくとも１つのアミノ酸残基がアラニン残基で置換されている、請求項５に記載のアミノ酸配列。
  7. 配列番号３２からの挿入または欠失を含めて、配列番号３２（Ｄ３ＮＣｓ）に示すような近接アミノ酸配列との同一性が少なくとも約６０．０％であるアミノ酸配列であって、単離されたアミノ酸配列がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、アミノ酸配列。
  8. ３９、４６、５０、２７７、２８１からなる群から選択される配列番号３２の少なくとも１つのアミノ酸残基がアラニン残基で置換されている、請求項７に記載のアミノ酸配列。
  9. 配列番号２９（Ｒ３）、配列番号３０（Ｒ３Ｄ０）、配列番号３１（Ｄ３Ｎ）、配列番号３２（Ｄ３ＮＣｓ）、配列番号３３（Ｄ１）からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーに示されるようなアミノ酸配列。
  10. 配列番号２８（ＲＯコンストラクト）に示すような少なくとも１つのアミノ酸配列と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部とを配列に含む融合タンパク質であって、３９、４６、５０、３７８、３８２からなる群から選択される配列番号２８の少なくとも１つのアミノ酸残基がアラニン残基で置換され、融合タンパク質がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、融合タンパク質。
  11. 抗原がウイルスタンパク質抗原である、請求項１０に記載の融合タンパク質。
  12. ウイルスタンパク質抗原がインフルエンザウイルスタンパク質抗原である、請求項１０に記載の融合タンパク質。
  13. インフルエンザ抗原が少なくとも１つの内在性膜タンパク質抗原を含む、請求項１２に記載の融合タンパク質。
  14. 内在性膜タンパク質抗原が、赤血球凝集素膜タンパク質、ノイラミニダーゼ膜タンパク質、マトリクス２膜タンパク質からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーの少なくとも一部を含む、請求項１３に記載の融合タンパク質。
  15. 内在性膜タンパク質が、少なくとも１つの赤血球凝集素膜タンパク質の少なくとも一部を含む、請求項１４に記載の融合タンパク質。
  16. 赤血球凝集素膜タンパク質が、配列番号２２８〜２８１、２８３〜２９５、４５６、４８１、４９９、６６２、６６５、８１３、８２６〜８３１からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーを含む、請求項１５に記載の融合タンパク質。
  17. 内在性膜タンパク質が、少なくとも１つのマトリクス２膜タンパク質の少なくとも一部を含む、請求項１４に記載の融合タンパク質。
  18. 内在性膜タンパク質が少なくとも４つのマトリクス２膜タンパク質を含む、請求項１７に記載の融合タンパク質。
  19. マトリクス２膜タンパク質が、配列番号２９６、２９８、３００〜３２１、３２３〜３３６、４８５、５０７、６６６からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーである、請求項１７に記載の融合タンパク質。
  20. 配列番号２９（Ｒ３コンストラクト）に示すような少なくとも１つのアミノ酸配列と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部とを含む融合タンパク質であって、抗原が配列番号２９のアミノ酸残基１９０と１９１の間であり、融合タンパク質がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、融合タンパク質。
  21. 配列番号２９（Ｄ３コンストラクト）に示すような少なくとも１つのアミノ酸配列と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部とを配列に含む融合タンパク質であって、融合タンパク質がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、融合タンパク質。
  22. 配列番号３０（Ｒ３Ｄ０コンストラクト）に示すような少なくとも１つのアミノ酸配列と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部とを含む融合タンパク質であって、抗原が配列番号３０のアミノ酸残基１４５と１４６の間であり、融合タンパク質がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、融合タンパク質。
  23. 配列番号３０（ＲＯ３コンストラクト）に示すような少なくとも１つのアミノ酸配列と、少なくとも２つの抗原の少なくとも一部とを含む融合タンパク質であって、少なくとも１つの抗原が配列番号３０のアミノ酸残基１４５と１４６の間であり、少なくとも１つの他の抗原が配列番号３０のアミノ酸残基３１８に融合され、融合タンパク質がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、融合タンパク質。
  24. 抗原が別個の抗原である、請求項２３に記載の融合タンパク質。
  25. 抗原が類似の抗原である、請求項２３に記載の融合タンパク質。
  26. 配列番号２９（Ｒ３−２ｘＡｇコンストラクト）に示すような少なくとも１つのアミノ酸配列と、少なくとも２つの抗原の少なくとも一部とを含む融合タンパク質であって、少なくとも１つの抗原が配列番号２９のアミノ酸残基１９０と１９１の間であり、少なくとも１つの他の抗原が配列番号２９のアミノ酸残基４０５に融合され、融合タンパク質がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、融合タンパク質。
  27. 抗原が別個の抗原である、請求項２６に記載の融合タンパク質。
  28. 抗原が類似の抗原である、請求項２６に記載の融合タンパク質。
  29. 配列番号３１（Ｄ３Ｎコンストラクト）に示すような少なくとも１つのアミノ酸配列と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部とを配列に含む融合タンパク質であって、融合タンパク質がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、融合タンパク質。
  30. 配列番号３２（Ｄ３ＮＣｓコンストラクト）に示すような少なくとも１つのアミノ酸配列と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部とを配列に含む融合タンパク質であって、融合タンパク質がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、融合タンパク質。
  31. 配列番号３３（Ｄ１コンストラクト）に示すような少なくとも１つのアミノ酸配列と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部とを配列に含む融合タンパク質であって、融合タンパク質がＴｏｌｌ様受容体５を活性化する、融合タンパク質。
  32. 融合タンパク質配列番号４５１〜４５３、４５５、４５７、４６０、４６３〜４６５、４６８、４７０〜４７４、５００〜５０６、５１１〜５１８、６６０および６６４を含む組成物をヒトに投与するステップを含む、ヒトにおいて免疫応答を刺激する方法であって、約１０．０μｇ用量、約５．０μｇ用量、約３．０μｇ用量、約２．５μｇ用量、約１．０μｇ用量、約０．５μｇ用量、約０．３μｇ用量、約０．２５μｇ用量、約０．１μｇ用量、約０．０５μｇ用量、約０．０２５μｇ用量、約０．０１μｇ用量からなる群から選択される少なくとも１つの用量で、融合タンパク質をヒトに投与する、方法。
  33. ヒトに対する組成物の投与によって、ヒトの抗原源への曝露による感染に対する防御免疫を得る、請求項３２に記載の方法。
  34. 天然に生じるフラジェリンタンパク質の一部を含む組成物であって、当該一部が、アミノ−ドメイン０、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１、カルボキシ−ドメイン０を配列に含む（Ｒ３、Ｄ３、Ｒ３−２ｘＡｇ）、組成物。
  35. 少なくとも１つの抗原の少なくとも一部をさらに含む、請求項３４に記載の組成物。
  36. 天然に生じるフラジェリンタンパク質の当該一部と抗原が融合タンパク質の成分である、請求項３５に記載の組成物。
  37. 抗原が、アミノ−ドメイン２とカルボキシ−ドメイン２の間で天然に生じるフラジェリンタンパク質の当該一部に融合される（Ｒ３）、請求項３６に記載の組成物。
  38. 抗原が、天然に生じるフラジェリンタンパク質の当該一部のカルボキシ−ドメイン０に融合される（Ｄ３）、請求項３６に記載の組成物。
  39. 天然に生じるフラジェリンタンパク質の当該一部のカルボキシ−ドメイン０に融合された少なくとも１つの別の抗原の少なくとも一部をさらに含む（Ｒ３−２ＸＡｇ）、請求項３７に記載の組成物。
  40. 抗原および別の抗原が類似である、請求項３９に記載の組成物。
  41. 抗原および別の抗原が別個である、請求項３９に記載の組成物。
  42. 天然に生じるフラジェリンタンパク質の一部を含む組成物であって、当該一部が、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１を配列に含む（Ｒ３Ｄ０；Ｒ０３）、組成物。
  43. 少なくとも１つの抗原の少なくとも一部をさらに含む、請求項４２に記載の組成物。
  44. 天然に生じるフラジェリンタンパク質の当該一部と抗原が融合タンパク質の成分である、請求項４３に記載の組成物。
  45. 抗原が、アミノ−ドメイン２とカルボキシ−ドメイン２の間で天然に生じるフラジェリンタンパク質の当該一部に融合される（Ｒ３Ｄ０）、請求項４４に記載の組成物。
  46. 天然に生じるフラジェリンタンパク質の当該一部のカルボキシ−ドメイン１に融合された少なくとも１つの別の抗原の少なくとも一部をさらに含む（Ｒ０３）、請求項４５に記載の組成物。
  47. 天然に生じるフラジェリンタンパク質の一部を含む組成物であって、当該一部が、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１、カルボキシ−ドメイン０を配列に含む（Ｄ３Ｎ）、組成物。
  48. 少なくとも１つの抗原の少なくとも一部を、天然に生じるフラジェリンタンパク質の当該一部のカルボキシ−ドメイン０に融合させることをさらに含む、請求項４７に記載の組成物。
  49. 天然に生じるフラジェリンタンパク質の一部を含む組成物であって、当該一部が、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１、カルボキシ−ドメイン０の少なくとも一部を配列に含む（Ｄ３ＮＣｓ）、組成物。
  50. カルボキシ−ドメイン０の一部に融合された少なくとも１つの抗原の少なくとも一部をさらに含む、請求項４９に記載の組成物。
  51. 天然に生じるフラジェリンタンパク質の一部を含む組成物であって、当該一部が、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１を配列に含み、天然に生じるフラジェリンの一部がカルボキシ−ドメイン０の一部を欠いている（Ｄ３ＮＣｓ）、組成物。
  52. 天然に生じるフラジェリンタンパク質の一部を含む組成物であって、当該一部が、アミノ−ドメイン１およびカルボキシ−ドメイン１（Ｄ１）を配列に含む、組成物。
  53. カルボキシ−ドメイン１と融合された少なくとも１つの抗原の少なくとも一部をさらに含む、請求項５２に記載の組成物。
  54. Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストの製造方法であって、
    ａ）タンパク質の一部を天然に生じるフラジェリンから分離することで、アミノ−ドメイン０、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１、カルボキシ−ドメイン０を配列に含むタンパク質部分（Ｒ３、Ｄ３、Ｒ３−２ｘＡｇ）を形成するステップと、
    ｂ）このタンパク質部分をコードする核酸配列を宿主細胞に形質転換するステップと、
    ｃ）この宿主細胞を培養することで、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストを製造するステップと、を含む、製造方法。
  55. 宿主細胞が原核宿主細胞である、請求項５４に記載の方法。
  56. 宿主細胞が真核宿主細胞である、請求項５４に記載の方法。
  57. 少なくとも１つの抗原をコードする第２の核酸配列を、タンパク質部分をコードする核酸配列に作動的に連結させるステップをさらに含む、請求項５４に記載の方法。
  58. 第２の核酸配列がタンパク質部分をコードする核酸配列の３’末端に連結される（Ｄ３）、請求項５７に記載の方法。
  59. タンパク質部分をコードする核酸配列のアミノ−ドメイン２とカルボキシ−ドメイン２の間に少なくとも１つの抗原を含む第２の核酸配列を作動的に連結するステップをさらに含む（Ｒ３）、請求項５７に記載の方法。
  60. ａ）タンパク質部分をコードする核酸のアミノ−ドメイン２とカルボキシ−ドメイン２との間に少なくとも１つの抗原をコードする第２の核酸配列を作動的に連結させることで、第２のタンパク質部分を形成するステップと、
    ｂ）少なくとも１つの別の抗原をコードする第３の核酸配列を、第２のタンパク質部分をコードする核酸配列の３’末端に作動的に連結する（Ｒ３−２ｘＡｇ）ステップと、をさらに含む、請求項５４に記載の方法。
  61. 第３の核酸配列でコードされる別の抗原が、第２の核酸配列でコードされる抗原と類似である、請求項６０に記載の方法。
  62. 第３の核酸配列でコードされる別の抗原が、第２の核酸配列でコードされる抗原とは別個である、請求項６０に記載の方法。
  63. 抗原がインフルエンザ抗原である、請求項５４に記載の方法。
  64. インフルエンザ抗原が赤血球凝集素インフルエンザウイルス抗原である、請求項６３に記載の方法。
  65. インフルエンザ抗原がマトリクス２インフルエンザウイルス抗原である、請求項６３に記載の方法。
  66. Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストの製造方法であって、
    ａ）タンパク質の一部を天然に生じるフラジェリンから分離することで、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１を配列に含むタンパク質部分（Ｒ３Ｄ０、Ｒ０３）を形成するステップと、
    ｂ）このタンパク質部分をコードする核酸配列を宿主細胞に形質転換するステップと、
    ｃ）この宿主細胞を培養することで、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストを製造するステップと、を含む、製造方法。
  67. 少なくとも１つの抗原をコードする第２の核酸配列を、タンパク質部分をコードする核酸のアミノ−ドメイン２とカルボキシ−ドメイン２との間に作動的に連結させる（Ｒ３Ｄ０）ステップをさらに含む、請求項６６に記載の方法。
  68. 少なくとも１つの別の抗原をコードする第３の核酸配列を、タンパク質部分をコードする核酸配列の３’末端に作動的に連結させる（Ｒ０３）ステップをさらに含む、請求項６７に記載の方法。
  69. 第３の核酸配列でコードされる別の抗原が第２の核酸配列でコードされる抗原と類似である、請求項６８に記載の方法。
  70. 第３の核酸配列でコードされる別の抗原が第２の核酸配列でコードされる抗原とは別個である、請求項６８に記載の方法。
  71. Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストの製造方法であって、
    ａ）タンパク質の一部を天然に生じるフラジェリンから分離することで、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１、カルボキシ−ドメイン０を配列に含むタンパク質部分を形成する（Ｄ３Ｎ）ステップと、
    ｂ）このタンパク質部分をコードする核酸配列を宿主細胞に形質転換するステップと、
    ｃ）この宿主細胞を培養することで、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストを製造するステップと、を含む、製造方法。
  72. 少なくとも１つの抗原をコードする第２の核酸配列を、タンパク質部分をコードする核酸配列に作動的に連結させるステップをさらに含む、請求項７１に記載の方法。
  73. Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストの製造方法であって、
    ａ）タンパク質の一部を天然に生じるフラジェリンから分離することで、アミノ−ドメイン１、アミノ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン２、カルボキシ−ドメイン１を配列に含み、なおかつカルボキシ−ドメイン０の一部を欠いたタンパク質部分を形成する（Ｄ３ＮＣｓ）ステップと、
    ｂ）このタンパク質部分をコードする核酸配列を宿主細胞に形質転換するステップと、
    ｃ）この宿主細胞を培養することで、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストを製造するステップと、を含む、製造方法。
  74. タンパク質部分から欠けているカルボキシ−ドメイン０の一部がＶＰＮＶＬＳＬＬＡ（配列番号６９３）である、請求項７３に記載の方法。
  75. 少なくとも１つの抗原をコードする第２の核酸配列を、タンパク質部分をコードする核酸配列に作動的に連結させるステップをさらに含む、請求項７３に記載の方法。
  76. Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストの製造方法であって、
    ａ）タンパク質の一部を天然に生じるフラジェリンから分離することで、アミノ−ドメイン１およびカルボキシ−ドメイン１を配列に含むタンパク質部分を形成する（Ｄ１）ステップと、
    ｂ）このタンパク質部分をコードする核酸配列を宿主細胞に形質転換するステップと、
    ｃ）この宿主細胞を培養することで、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストを製造するステップと、を含む、製造方法。
  77. 少なくとも１つの抗原をコードする第２の核酸配列を、タンパク質部分をコードする核酸配列に作動的に連結するステップをさらに含む、請求項７６に記載の方法。
  78. 少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体アゴニストの少なくとも一部と少なくとも１つの抗原の少なくとも一部とを含む少なくとも１つのナノ粒子を含む組成物であって、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストと抗原とがナノ粒子と会合し、抗原に対するＴｏｌｌ様受容体アゴニストのモル比が約１以下である、組成物。
  79. モル比が、約０．５、約０．１、約０．０５、約０．０１、約０．００５、約０．００１、約０．０００５、約０．０００１、約０．００００５、約０．００００１からなる群から選択される、請求項７８に記載の組成物。
  80. Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストがナノ粒子の外面と会合する、請求項７８に記載の組成物。
  81. 抗原がナノ粒子の内面と会合する、請求項７８に記載の組成物。
  82. Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストがナノ粒子の外面と会合し、抗原がナノ粒子の内面と会合する、請求項７８に記載の組成物。
  83. ナノ粒子の平均直径が、約２０ナノメートル、約２５ナノメートル、約３０ナノメートル、約４０ナノメートル、約５０ナノメートル、約７５ナノメートル、約１００ナノメートル、約１２５ナノメートル、約１５０ナノメートル、約１７５ナノメートル、約２００ナノメートルからなる群から選択される少なくとも１つのメンバーである、請求項７８に記載の組成物。
  84. ナノ粒子が、ポリ（ｄ，ｌ−ラクチド−ｃｏ−グリコライド）およびビスアシルオキシプロピルシステインからなる群から選択される少なくとも１つのメンバーを含む、請求項７８に記載の組成物。
  85. Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストが、Ｔｏｌｌ様受容体２アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体４アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体７アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体８アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体９アゴニストからなる群から選択される少なくとも１つのメンバーである、請求項７８に記載の組成物。
  86. Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストがＴｏｌｌ様受容体５アゴニストである、請求項８５に記載の組成物。
  87. Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストがフラジェリンである、請求項８６に記載の組成物。
  88. フラジェリンが、ネズミチフス菌（Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａ ｔｙｐｈｉｍｕｒｉｕｍ）フラジェリン、大腸菌（Ｅ． ｃｏｌｉ）フラジェリン、サルモネラミュンヘン（Ｓ． ｍｕｅｎｃｈｅｎ）フラジェリン、エルシニア（Ｙｅｒｓｉｎｉａ）フラジェリン、緑膿菌（Ｐ． ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）フラジェリン、リステリア・モノサイトゲネス（Ｌ． ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ）フラジェリンからなる群から選択される少なくとも１つのメンバーを含む、請求項８７に記載の組成物。
  89. フラジェリンがヒンジ領域の少なくとも一部を欠いている、請求項８７に記載の組成物。
  90. Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストおよび抗原とナノ粒子との会合が共有結合である、請求項７８に記載の組成物。
  91. 共有結合が非極性結合である、請求項９０に記載の組成物。
  92. 共有結合が極性結合である、請求項９０に記載の組成物。
  93. Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストおよび抗原とナノ粒子との会合が非共有結合である、請求項７８に記載の組成物。
  94. 非共有結合が、水素結合、ファンデルワールス相互作用、イオン結合、疎水性相互作用、双極子−双極子相互作用からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーである、請求項９３に記載の組成物。
  95. ナノ粒子が、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストが細胞のＴｏｌｌ様受容体に結合できるだけの十分な大きさのものである、請求項７８に記載の組成物。
  96. ナノ粒子の大きさが細胞への侵入を可能にするものである、請求項９５に記載の組成物。
  97. 粒度が細胞への部分的な侵入を可能にするものである、請求項９５に記載の組成物。
  98. 抗原と会合した粒子の一部が、細胞の細胞外表面に残っている、請求項９７に記載の組成物。
  99. 抗原がタンパク質抗原である、請求項７８に記載の組成物。
  100. タンパク質抗原が、細菌タンパク質抗原、ウイルスタンパク質抗原、寄生虫タンパク質抗原、マイコプラズマタンパク質抗原、腫瘍タンパク質抗原、アレルゲンタンパク質抗原からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーである、請求項９９に記載の組成物。
  101. タンパク質抗原がウイルスタンパク質抗原である、請求項１００に記載の組成物。
  102. ウイルスタンパク質抗原が、インフルエンザウイルスタンパク質抗原、呼吸器多核体ウイルスタンパク質抗原、フラビウイルスタンパク質抗原からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーである、請求項１０１に記載の組成物。
  103. ウイルスタンパク質抗原が、インフルエンザウイルスタンパク質抗原である、請求項１０２に記載の組成物。
  104. インフルエンザ抗原が少なくとも１つの内在性膜タンパク質抗原を含む、請求項１０３に記載の組成物。
  105. 内在性膜タンパク質抗原が、赤血球凝集素膜タンパク質、ノイラミニダーゼ膜タンパク質、マトリクス２膜タンパク質からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーの少なくとも一部を含む、請求項１０４に記載の組成物。
  106. 内在性膜タンパク質が、少なくとも１つの赤血球凝集素膜タンパク質の少なくとも一部を含む、請求項１０５に記載の組成物。
  107. ３つの赤血球凝集素膜タンパク質の少なくとも一部が粒子と会合している、請求項１０６に記載の組成物。
  108. 内在性膜タンパク質が、少なくとも１つのマトリクス２膜タンパク質の少なくとも一部を含む、請求項１０５に記載の組成物。
  109. 内在性膜タンパク質が少なくとも４つのマトリクス２膜タンパク質を含む、請求項１０８に記載の組成物。
  110. ナノ粒子が生分解性である、請求項７８に記載の組成物。
  111. 少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体７アゴニスト、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体５アゴニスト、少なくとも１つの抗原を含む少なくとも１つのナノ粒子を含む組成物であって、Ｔｏｌｌ様受容体７アゴニストと抗原とがナノ粒子中に含有され、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストがナノ粒子の外面と会合する、組成物。
  112. Ｔｏｌｌ様受容体８アゴニストおよびＴｏｌｌ様受容体９アゴニストからなる群から選択される少なくとも１つの別のＴｏｌｌ様受容体アゴニストをさらに含む、請求項１１１に記載の組成物。
  113. ナノ粒子が、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストが細胞のＴｏｌｌ様受容体に結合できるだけの十分な大きさのものである、請求項１１１に記載の組成物。
  114. ナノ粒子の大きさが、細胞へのナノ粒子の侵入を可能にするものである、請求項１１３に記載の組成物。
  115. 細胞外ｐＨに対する細胞内でのｐＨの変化によって、少なくとも１つの別のＴｏｌｌ様受容体アゴニストがナノ粒子から解離する、請求項１１４に記載の組成物。
  116. Ｔｏｌｌ様受容体７アゴニストとＴｏｌｌ様受容体５アゴニストのモル濃度の合計と抗原モル濃度からなるモル比が約１以下である、請求項１１１に記載の組成物。
  117. 少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体５アゴニストの少なくとも一部と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部と、Ｔｏｌｌ様受容体７アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体８アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体９アゴニストからなる群から選択される少なくとも１つの別のＴｏｌｌ様受容体アゴニストの少なくとも一部と、を含む少なくとも１つの粒子を含む組成物であって、別のＴｏｌｌ様受容体アゴニストならびに、任意に抗原が、粒子中に含有され、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストが粒子の外面と会合する、組成物。
  118. 粒子が、ナノ粒子、リポソーム、ウイルス粒子、真菌粒子、誘導体化多糖、誘導体化タンパク質からなる群から選択される少なくとも１つのメンバーである、請求項１１７に記載の組成物。
  119. ナノ粒子組成物の製造方法であって、
    ａ）少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体アゴニストの少なくとも一部を、少なくとも１つのナノ粒子の少なくとも一部と組み合わせ、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストとナノ粒子との会合を形成するステップと、
    ｂ）少なくとも１つの抗原の少なくとも一部を、ナノ粒子に会合したＴｏｌｌ様受容体アゴニストと組み合わせることで、ナノ粒子組成物を形成するステップと、を含み、抗原に対するＴｏｌｌ様受容体アゴニストのモル比が約１以下である、製造方法。
  120. ナノ粒子組成物の製造方法であって、
    ａ）少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体５アゴニストの少なくとも一部をナノ粒子と会合させるステップと、
    ｂ）Ｔｏｌｌ様受容体７アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体８アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体９アゴニストからなる群から選択される少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体アゴニストの少なくとも一部を、ナノ粒子内に含有するステップと、
    ｃ）Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストを含有するナノ粒子を、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部と組み合わせることで、ナノ粒子組成物を形成するステップと、を含む、製造方法。
  121. 被検体における免疫応答を刺激する方法であって、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体アゴニストの少なくとも一部と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部と、を含む少なくとも１つのナノ粒子を含む組成物を被検体に投与するステップを含み、Ｔｏｌｌ様受容体アゴニストと抗原とがナノ粒子と会合し、抗原に対するＴｏｌｌ様受容体アゴニストのモル比が約１以下である、方法。
  122. 被検体における免疫応答を刺激する方法であって、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体７アゴニストの少なくとも一部と、少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体５アゴニストの少なくとも一部と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部と、を含む少なくとも１つのナノ粒子を含む組成物を被検体に投与するステップを含み、Ｔｏｌｌ様受容体７アゴニストと抗原とがナノ粒子中に含有され、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストがナノ粒子の外面と会合する、方法。
  123. ナノ粒子が、Ｔｏｌｌ様受容体８アゴニストおよびＴｏｌｌ様受容体９アゴニストからなる群から選択される少なくとも１つの別のＴｏｌｌ様受容体アゴニストの少なくとも一部をさらに含む、請求項１２２に記載の方法。
  124. 少なくとも１つのＴｏｌｌ様受容体５アゴニストの少なくとも一部と、少なくとも１つの抗原の少なくとも一部と、Ｔｏｌｌ様受容体７アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体８アゴニスト、Ｔｏｌｌ様受容体９アゴニストからなる群から選択される少なくとも１つの別のＴｏｌｌ様受容体アゴニストの少なくとも一部と、を含む少なくとも１つのナノ粒子を含む組成物を被検体に投与するステップを含む、被検体における免疫応答を刺激する方法であって、別のＴｏｌｌ様受容体アゴニストならびに、任意に抗原が、ナノ粒子中に含有され、Ｔｏｌｌ様受容体５アゴニストがナノ粒子の表面と会合している、方法。
  125. 抗原およびＴｏｌｌ様受容体５アゴニストが、ナノ粒子の外面と会合する、請求項１２４に記載の方法。
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