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CN102099487B - 用于体重管理的遗传标记物及其使用方法 - Google Patents

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CN102099487B CN200980127719.9A CN200980127719A CN102099487B CN 102099487 B CN102099487 B CN 102099487B CN 200980127719 A CN200980127719 A CN 200980127719A CN 102099487 B CN102099487 B CN 102099487B
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Abstract

本申请涉及根据主体关键新陈代谢基因上的新陈代谢基因型来建立主体个人体重降低计划的方法和实验。这里公开了用于确定主体新陈代谢基因型的试剂盒和方法,根据主体对某些特定的饮食和活动水平发生反应的可能性,这些试剂盒和方法可以用于选择合适的治疗剂/饮食方案或者推荐的生活方式。这种私人化的体重降低计划与不考虑遗传信息的传统的体重降低计划相比,具有明显的优势(例如,在体重损失和体重维持方面产生更好的结果)。

Description

用于体重管理的遗传标记物及其使用方法
相关申请的交叉引用:
本申请要求2008年5月16日递交的美国临时专利申请第61/053,888号的优先权,该专利在此通过引证全部并入本文。
发明领域
本申请涉及确定主体新陈代谢基因型的方法和根据主体新陈代谢曲线,和对反向体重管理问题的敏感性选择适当的治疗剂/饮食方案或者推荐的生活方式的方法。
背景技术
根据世界卫生组织(WHO)刊登于1998年的报道,肥胖症在世界范围内达到猖獗的比例:全世界大约17亿人体重过重,并且,其中有3亿人是肥胖的。在美国,大约一亿两千七百万成年人体重过重并且其中六千九百万是肥胖的。肥胖的主体具有增加的患有一种或者一种以上严重医学疾病的风险,所述严重的医学疾病包括糖尿病、心脏病、高血压和高血胆固醇水平。在过去的25年中,肥胖症的发病率提高了2倍以上,现在,在美国20岁及以上的成年人中有31%患有肥胖症。在非洲裔美国人和西班牙裔美国人,尤其是妇女中,肥胖症有更高的发病率(30%到50%)。
在过去的十年中,全世界肥胖症的发病率都有所增加,这种增加是由于环境变化造成的,所述环境变化是指体育活动水平的逐渐减少和丰富的高可口食物的摄入。世界卫生组织的报告认为这些变化是现代生活方式的两个基本特点,促进了肥胖症的发展。但是,尽管都暴露于相同的环境下,并不是人人都变得肥胖,这说明主体遗传基因曲线在体重管理问题发展过程中的作用。即,当暴露于不利的环境中时,遗传基因决定了主体对肥胖的敏感度以及主体对日常饮食和运动的反应方式。
因此,对建立个人体重降低计划的方法存在需要,这里所述的个人体重降低计划考虑个人对肥胖症的遗传敏感度,相对于不考虑遗传信息的类似计划来讲,能够提供改善的体重降低和体重维持结果。同时,对主体新陈代谢基因型和对饮食和/或运动的反应之间的关联方法存在一种需要。
这里描述的已知方法的缺点和问题并不意味着将本申请文件描述的实施方案限制在这些缺点和问题之外。
发明内容
本发明提供了用于确定主体新陈代谢基因型和选择适当的治疗剂/饮食方式或者推荐的生活方式的方法和试剂盒。根据一些实施方案,这里提供了确定主体新陈代谢基因型的方法、将主体分为一种或一种以上主体可能敏感的营养和锻炼种类的方法、和传达给主体适当的治疗/饮食方案或推荐的生活方式的方法。以这样的方式,个人体重降低计划可以根据主体的新陈代谢基因型进行选择。这种私人化的体重降低计划与不考虑遗传信息的传统的体重降低计划相比,具有明显的优势(例如,在体重损失和体重维持方面产生更好的结果)。
根据一些实施方案,这里提供了一种选择适当的治疗/饮食方案或者对主体推荐的生活方式的方法,所述方法包括:根据选自脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883;G/A)位点、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282;C/G)位点、β-3肾上腺素能受体(ADRB3)(rs4994;C/T)位点、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713;A/G)位点或者B-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs1042714;C/G)位点中任意两个、任意三个或者任意四个多态性位点确定主体的基因型;其中,根据所述位点确定的主体的基因型提供了主体对反向体重管理问题的增加的敏感度信息,并允许根据主体对反向体重管理问题的敏感度选择适于主体的治疗/饮食方案或者推荐的生活方式。
根据一些实施方案,这里提供了为主体选择适当的治疗/饮食方案或者推荐的生活方式的方法,该方法包括:a)根据脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883;G/A)位点、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282;C/G)位点、β-3肾上腺素能受体(ADRB3)(rs4994;C/T)位点、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713;A/G)位点或者β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs 1042714;C/G)位点确定主体的基因型,其中,根据所述位点确定的主体的基因型提供了主体对反向体重管理问题的增加的敏感度信息,并允许根据主体对反向体重管理问题的敏感度选择适于主体的治疗/饮食方案或者推荐的生活方式。
根据一些实施方案,这里提供了一种选择适当的治疗/饮食方案或者对主体推荐的生活方式的方法,所述方法包括:a)根据选自脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883;G/A)位点、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282;C/G)位点、β-3肾上腺素能受体(ADRB3)(rs4994;C/T)位点、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713;A/G)位点或者β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs 1042714;C/G)位点中任意两个、任意三个或者任意四个多态性位点确定主体的基因型;和b)将主体基因型分为营养反应型种类和/或运动反应型种类。一旦主体基因型被分类或者归类为营养反应型种类和/或运动反应型种类,可以对主体提供一种治疗/饮食方案或者推荐的生活方式,包括但不局限于,根据主体更有可能做出反应的类型选择适当的饮食和活动水平。
根据一些实施方案,这里提供了一种选择适当的治疗/饮食方案或者对主体推荐的生活方式的方法,所述方法包括:a)根据选自脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883;G/A)位点、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282;C/G)位点、β-3肾上腺素能受体(ADRB3)(rs4994;C/T)位点、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713;A/G)位点或者β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs 1042714;C/G)位点中任意两个、任意三个或者任意四个多态性位点确定主体的基因型;和b)将主体基因型分为营养反应型种类和/或运动反应型种类。
根据一些实施方案,这里提供了一种选择适当的治疗/饮食方案或者对主体推荐的生活方式的方法,所述方法包括:a)检测选自下列中至少两个、至少三个、至少四个、至少五个、至少六个、至少七个或者至少八个等位基因的等位基因方式:脂肪酸结合蛋白2(FABP2)单一核苷酸多态性(SNP)rsl799883,等位基因1(基因型:G;氨基酸:丙氨酸);脂肪酸结合蛋白2(FABP2)单一核苷酸多态性(SNP)rsl799883,等位基因2(基因型:A;氨基酸:苏氨酸);过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)单一核苷酸多态性(SNP)rsl 801282,等位基因1(基因型:C;氨基酸:脯氨酸);过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)单一核苷酸多态性(SNP)rsl801282,等位基因2(基因型:G;氨基酸:丙氨酸);β-3肾上腺素能受体(ADRB3)单一核苷酸多态性(SNP)rs4994,等位基因1(基因型:T;氨基酸:色氨酸);β-3肾上腺素能受体(ADRB3)单一核苷酸多态性(SNP)rs4994,等位基因2(基因型:C;氨基酸:精氨酸);β-2肾上腺素能受体(ADRB2)单一核苷酸多态性(SNP)rsl 042713,等位基因1(基因型:G;氨基酸:甘氨酸);β-2肾上腺素能受体(ADRB2)单一核苷酸多态性(SNP)rsl 042713,等位基因2(基因型:A;氨基酸:精氨酸);β-2肾上腺素能受体(ADRB2)单一核苷酸多态性(SNP)rsl 042714,等位基因1(基因型:C;氨基酸:谷氨酰胺);和β-2肾上腺素能受体(ADRB2)单一核苷酸多态性(SNP)rsl 042714,等位基因2(基因型:G;氨基酸:谷氨酸)位点,其中,等位基因方式的存在预示着主体对日常饮食和/或运动的反应,和(b)选择与主体对日常饮食和/或运动的预计反应相适应的治疗/饮食方案或者推荐的生活方式。
根据一些实施方案,这里提供了识别主体新陈代谢基因型的方法,所述方法包括:根据选自脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883;G/A)位点、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282;C/G)位点、β-3肾上腺素能受体(ADRB3)(rs4994;C/T)位点、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713;A/G)位点和/或β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs 1042714;C/G)位点中任意两个、任意三个或者任意四个多态性位点识别主体的基因型。
根据一些实施方案,这里提供了识别主体新陈代谢基因型的方法,所述方法包括:根据脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883;G/A)位点、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282;C/G)位点、β-3肾上腺素能受体(ADRB3)(rs4994;C/T)位点、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713;A/G)位点和/或β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs 1042714;C/G)位点识别主体的基因型。
根据一些实施方案,这里提供了一种试剂盒,这种试剂盒包括确定主体基因型的工具,在该工具中,根据脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883;G/A)位点、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282;C/G)位点、β-3肾上腺素能受体(ADRB3)(rs4994;C/T)位点、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713;A/G)位点和/或β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs1042714;C/G)位点确定主体基因型。所述试剂盒还包括样品收集工具。所述试剂盒还可以同时包括阳性对照样品或者阴性对照样品或者一种标准化装置和/或一种计算装置,用于评价结果和其他试剂与成分。
本发明的试剂盒可以以DNA检测的形式存在,用于根据通过脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883;G/A)位点、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282;C/G)位点、β-3肾上腺素能受体(ADRB3)(rs4994;C/T)位点、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713;A/G)位点和/或β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs 1042714;C/G)位点识别的主体的基因型对主体提供推荐的日常饮食和运动。通过主体基因型提供的信息可以帮助健康专家研究个人饮食和运动方法,改善肥胖症的预防和治疗。
本发明其他的实施方案和优点在下面的详细说明和所附权利要求书中进行了阐述。
优选实施方案的详细介绍
本发明的试剂盒和方法至少部分的依赖于一种发现,即某些新陈代谢等位基因的方式与主体对某些饮食和运动方案的反应之间存在某种联系。也就是说,在新陈代谢基因的等位基因方式与体重管理有关的临床结果与表现型之间存在一种联系。某些基因能够影响对体重发生作用的多种途径,并且,这些基因与提高的肥胖症患病风险有关,并且由于基因型不同,这些基因对分化主体对体重管理介入性治疗的反应能力也有关。为了实现本发明的目的,这种基因被成为“新陈代谢基因”或者“体重管理基因”。这些基因包括,但是不局限于,脂肪酸结合蛋白2(FABP2);过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG);β-2肾上腺素能受体(ADRB2)和β-3肾上腺素能受体(ADRB3)。
本发明提供了重量管理试验,从而确定主体“新陈代谢基因型”,该试验包括确定主体一种或者一种以上(例如,2种、3种、4种,等等)新陈代谢基因的基因型。基因定型的结果可以用来预测主体在有或者没有运动的情况下,对日常饮食中为了减轻体重进行的相对主要营养元素和卡路里限制的反应。识别主体基因型可以使主体与一种治疗替代方式、营养替代方式、或者生活方式替代方式或其结合相匹配,从而设计出一种策略,来完成和/或持续性的减轻体重。因此,根据某些实施方案,多态性基因定型结果(对于单一多态性或其结合)可以用来确定:1)对体重管理介入性治疗的遗传影响/结果,和2)有或者没有运动的情况下,对日常饮食中为了减轻体重进行的主要营养元素和能量限制的反应。
总起来说,确定主体一种或者一种以上新陈代谢基因的基因型能够整理出一份可行性报告,用于对主体选择适当的治疗/饮食方案或者推荐的生活方式。设计一种体重管理试验,该试验根据一种或者一种以上新陈代谢基因检测主体遗传多态性方式,使用这种体重管理试验确定主体新陈代谢基因型。通过识别相应的基因多态性和基因型方式结果,该试验可以评价可能的体重管理结果风险并指导主体选择与其个人遗传组成相匹配的营养和生活方式介入性疗法。
新陈代谢基因
新陈代谢基因包括,但是不局限于,脂肪酸结合蛋白2(FABP2);过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG);β-2肾上腺素能受体(ADRB2)和β-3肾上腺素能受体(ADRB3)。主体根据一种或者一种以上这些基因的遗传多态性方式显示了主体的新陈代谢基因型。更优选的,根据脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883;G/A)位点、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282;C/G)位点、β-3肾上腺素能受体(ADRB3)(rs4994;C/T)位点、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713;A/G)位点和/或β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs1042714;C/G)位点中的一种或者一种以上(例如,2种、3种、4种,或者5种)来识别主体的遗传多态性方式,从而确定主体的新陈代谢基因型。
脂肪酸结合蛋白2(FABP2)rsl 799883(Ala54Thr;G/A)多态性。
所述脂肪酸结合蛋白2(FABP2)基因编码脂肪酸结合蛋白的肠形式,脂肪酸结合蛋白是一族调节脂类运输和新陈代谢作用的蛋白质。脂肪酸结合蛋白2(FABP2)被发现位于小肠上皮细胞中,在小肠上皮细胞中,脂肪酸结合蛋白2(FABP2)控制脂肪吸收。体外,该蛋白质的Thr54形式对长链脂肪酸显示2倍以上的结合亲合力(参见Baier et al,J Clin Invest 95:1281-1287,1995(Baier等人1995年在“临床调查杂质”第95期1281-1287页的文献)),并且与脂肪在肠道中增强的吸收作用有关(参见,Levy et aL,J Biol Chem 276:39679-39684,2001(Levy等人2001年在“生物化学杂质”第276期39679-39684页的文献))。因此,Thr54变体能够增加饮食脂肪酸通过肠道的吸收和/或处理作用,并从而增加脂肪氧化。根据最近的肥胖症基因图谱,总共5项研究证明脂肪酸结合蛋白2(FABP2)基因和肥胖症之间存在联系;其中有四项涉及Ala54Thr多态性。54Thr变体与提高的BMI和身体脂肪有关(Hegele et al,Clin Endocrinol Metab 81:4334-4337,1996(Hegele等人于1996年在“临床内分泌学学报”第81期:4334-4337页))、与日本男性增加的腹部脂肪有关(Yamada et al,Diabetologia 40:706-710,1997(Yamada等人于1997年在“糖尿病学”第40期706-710页发表的文献))、以及与肥胖症和妇女体内较高的瘦素(leptin)水平有关(Albala et al,Obes Res 12:340-345,2004(Albala等人于2004年在“观察研究”第12期340-345页发表的文献))。
许多研究显示,Ala54Thr多态性能影响主体对检测食物中饮食脂肪变化的反应。在高脂肪餐进食7小时后,与54Ala/丙氨酸同型接合体相比,在54Thr/苏氨酸同型接合体主体中的非酯化脂肪酸(NEFA)高20%(Pratley et al,J Lipid Res 41:2002-2008,2000(Pratley等人于2000年在“脂类研究杂质”第41期2002-2008页的文献))。在摄取脂肪之后,54Thr等位基因也被认为与饭后三酸甘油酯增加的水平有关(Agren et al,Arterioscler ThrombVase Biol 18:1606-1610,1998(Agren等人于1998年在“Arterioscler Thromb Vase Biol”第18期1606-1610页的文献))、与14-18碳链脂肪酸增加的水平有关(Agren et al,Am J Clin Nutr73:31-35,2001(Agren等人于2001年在″临床营养学杂质″第73期31-35页的文献))。相对于进食富含顺式脂肪酸的食物之后,进食富含反式脂肪酸的试验食物之后的饭后新陈代谢曲线显示,具有Thr54等位基因的至少一个拷贝的主体比Ala54等位基因同型结合的主体表现出增加的饭后葡萄糖水平和脂肪形成(Lefevreet al,Metabolism 54:1652-1658,2005(Lefevre等人于2005年在“新陈代谢”第54期1652-1658页发表的文献))。生活方式修正计划由低热量饮食(1,520千卡/天)和每周进行三次有氧运动组成(de Luis DA et al,Ann Nutr Metab 50:354-360,2006(de LuisDA等人于2006年在“营养代谢年报”第50期354-360页发表的文献)),在进行生活方式修正计划之前和三个月之后,对一组肥胖但不患有糖尿病的病人进行分析,结果显示54Thr等位基因(与野生型54丙氨酸/丙氨酸同型接合体相比)不能明显的减少脂肪量、低密度脂蛋白-胆固醇含量和瘦素(leptin)水平。其他的研究显示脂肪酸结合蛋白2(FABP2)基因型和饮食脂肪吸收与适度的碳水化合物摄取量有关系(Marin et al,Am J Clin Nutr82:196-200,2005(Marin等人于2005年在“美国临床营养杂志”第82期第196-200页发表的文献);Takakura et al,DiabetesResearch and Clinical Practice 67:36-42,2005(Takakura等人于2005年在“糖尿病研究和临床实践”第67期第36-42页发表的文献))。
过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)rsl 801282(C/G;Prol2Ala)的多态性。
过氧化物酶增殖因子活化的受体(PPARs)是转录因子核激素受体亚族的成员。过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)在脂肪细胞中大量表达并且在脂肪细胞形成、脂类代谢和2型糖尿病发展过程中起到关键作用。敲除过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)的小鼠不能产生正常的脂肪组织,并且,当喂养高脂肪食物时,该小鼠体重增加减少并且不会产生胰岛素抵抗作用(Jones et al,PNAS 102:6207-6212,2005)(Jones等人于2005年在“美国科学院院刊”第102期第6207-6212页发表的文献)。12AIa变体与该受体和其目标基因中过氧化物酶增殖因子活化的受体(PPAR)反应因子的结合亲合力降低有关,因此,该变体调节目标基因表达的能力有所下降(Deeb et al,Nat Genet 20:284-287,1998)(Deeb等人于1998年在“自然遗传学”第20期第284-287页发表的文献)。根据2006年的肥胖症基因图(Rankinen et al.,Obesity 14:529-644(Rankinen等人在“肥胖症”第14期529-644页发表的文献)),总共30项研究表明过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)基因和肥胖症之间存在联系,并且大多数阳性发现涉及脯氨酸12丙氨酸多态性。
一种大横向研究,魁北克家庭研究(QFS)(Robitaille et al,Clin Genet 63:109-116,2003(Robitaille等人于2003年在“临床基因”第63其109-116页发表的文献))显示,携带有12脯氨酸等位基因的主体更容易对日常饮食中的脂肪量起反应。相似的研究(Memisoglu et al,Human Molecular Genetics 12:2923-2929,2001(Memisoglu等人于2001年在“人分子遗传学”第12期:2923-2929页发表的文献))也表明,能够消耗大量脂肪的12脯氨酸/脯氨酸主体比消耗少量脂肪的主体具有更高的体重指数(BMI)。在12丙氨酸载体中,不能观察到饮食脂肪摄取量和体重指数(BMI)之间的这种关系,这再次说明12脯氨酸/*主体对日常饮食中的脂肪量更为敏感。芬兰糖尿病预防研究为饮食介入反应的遗传性差异提供了强有力的证据(Lindi et al,Diabetes51:2581-2586,2002(Lindi等人于2002年在“糖尿病”第51期2581-2586页的文献))。在进行3年的饮食和运动干预之后,12丙氨酸/丙氨酸主体的体重减少量(-8.3千克))大于脯氨酸12丙氨酸主体的体重减少量(-4.0千克),大于12脯氨酸/脯氨酸主体的体重减少量(-3.4千克)。对超重和肥胖妇女的研究表明,在进行6个月的低热量饮食之后,12脯氨酸/脯氨酸和12丙氨酸/*携带者的体重减少了没有差异,但是在随后(一年),携带有丙氨酸等位基因的妇女的体重恢复要大于12脯氨酸等位基因同型结合体妇女。作为这种干预的反应,丙氨酸载体显示更为增加的胰岛素灵敏度和空腹碳水化合物氧化作用,以及空腹脂类氧化作用明显的下降(Nicklas et al,Diabetes 50:2172-2176,2001(Nicklas等人于2001年在“糖尿病”第50期2172-2176页的文献))。
12脯氨酸/脯氨酸主体(最常见的基因型)对日常饮食中的脂肪量最为敏感,对体重降低的抵抗力更强并且具有增加的患上糖尿病的风险。对于该基因,基因-饮食相互作用证据十分有力。日常饮食干预研究的发现说明,12丙氨酸携带者在储存和运用脂肪方面具有更好的新陈代谢适应性,与此一致,研究表明,干预之后产生增加的体重指数(BMI)、更大的体重减轻和更好的胰岛素敏感度和降低的患上糖尿病的风险。因此,与研究结果相一致,12脯氨酸等位基因是高风险等位基因。
β-2肾上腺素能受体(ADRB2)rs 1042713(G/A;精氨酸16甘氨酸)和β-2肾上腺素能受体(ADRB2)rs1042714(C/G;Gln27Glu)多态性
β-2肾上腺素能受体(ADRB2)是在脂肪细胞中表达的受体的主要形式,其在脂肪受儿茶酚胺影响从脂肪细胞中分解出来产生能量的过程中发挥主要作用。已经识别出该基因若干能够导致氨基酸变化的多态性,其中,精氨酸16甘氨酸和谷氨酰胺27谷氨酸(Gln27Glu)多态性是白种人中最常见的一种,并且已经进行了大量关于肥胖症的调查。这两种多态性处于强烈的连接失衡中(Meirhaeghe et al.,Intntl J Obesity 24:382-87,2000(Meirhaeghe等人于2000年在“世界肥胖症杂志”第24期第382-387页发表的文献))。这些受体在中国仓鼠成纤维细胞中的重组表达体外研究显示了这两种多态性的功能性影响(Green et al.,Biochemistry33:9414-9419,1994(Green等人于1994年在“生物化学”第33期第9414-9419页发表的文献))。与他们各自正常的等位基因相比,16甘氨酸(16Gly)等位基因与激动剂(异丙基醇酯(isoproteranol))治疗造成的增强的β-2肾上腺素能受体(ADRB2)表达下调作用有关,并且27谷氨酸(27Glu)与增加的(即,抵抗下调作用)β-2肾上腺素能受体(ADRB2)表达有关。有趣的是,上述两种突变体等位基因(16甘氨酸(16Gly)和27谷氨酸(27Glu))的结合会导致增加的受体生产下调作用。根据最近的肥胖症基因谱图(Rankinen et al,The human obesitygene map:The 2005update.Obesity 14:529-644(Rankinen在“2005更新版肥胖症”第14期529-644页发表的名为“人类肥胖症基因谱图”)),总共20项研究结果证明β-2肾上腺素能受体(ADRB2)基因和肥胖症之间存在联系,并且大部分阳性发现涉及精氨酸16甘氨酸(Arg16Gly)或者谷氨酰胺27谷氨酸(Gln27Glu)多态性,此外,还有迹象表明,与27谷氨酸等位基因存在更强的关系。一些研究显示了具有这些多态性的患者在患上肥胖症风险方面的性别差异(22.Hellstrom et al,J Intern Med245:253-259,1999(Hellstrom等人于1999年在“国际医学杂志”第245期253-259页的文献);Garenc et al,Obes Res 11:612-618,2003(Garenc等人于2003年在“观察研究”第11期612-618页的文献)),但是在这一组中,证据优势并不产生性别特异性基因型分析。
许多研究显示27谷氨酸(27Glu)等位基因与腹部肥胖症有正向关系(Lange et al,Int J Obes(Lond)29:449-457,2005;Gonzalez et al,Clin Endocrinol(Oxf)59:476-481,2003),并且,研究显示,27谷氨酸(27Glu)和16甘氨酸(16Gly)等位基因都与肥胖症患病风险和提高的脂肪量有关(Masuo et al,Am JHypertens,19:1084-91,2006)。纵向研究显示,携带16甘氨酸(16Gly)等位基因的主体与16精氨酸/精氨酸主体相比,从儿童期到成人期的体重增加(Ellsworth et a1.Int J Obes Relat MetabDisord 26:928-937,2002(Ellsworth等人于2002年在“关于代谢疾病的观察”第26期928-937页))和成人期的体重增加(Masuoet al,Circulation 111:3429-3434,2005(Masuo等人于2005年在“循环系统”第111期3429-3434页发表的文献);van Rossum et al,Int J Obes Relat Metab Disord 26:517-528,2002(van Rossum等人于2002年在“关于代谢疾病的观察″第26期第517-528页发表的文献))较高。
在具有高碳水化合物摄取量(总能量摄取量中碳水化合物>49%)的27谷氨酰胺/谷氨酸妇女中观察到增加的肥胖症患病风险(OR=2.56),但是在27谷氨酰胺/谷氨酰胺妇女中没有观察到任何关系(Martinez et al,J Nutr 133:2549-2554,2003(Martinez等人于2003年在“营养学杂志”第133期第2549-2554页发表的文献))。有时,关于确定最佳多态性的等位基因解释和选择饮食方式的等位基因来自相反的干预(超量进食)研究结果和选择相反的等位基因。例如,对男性同卵双胞胎同时进行超量进食研究(在100天的时间内额外加食1000千卡/天),其结果显示27谷氨酰胺/谷氨酰胺主体比携带27谷氨酸(27Glu)等位基因的主体得到更多的重量和皮下脂肪(Ukkola et al.,Int JObes Relat Metab Disord 25:1604-1608,2001(Ukkola等人于2001年在“新陈代谢疾病相关观察”第25期1604-1608页的文献))。对超重的日本男性进行了为期24个月的减肥计划(低卡路里饮食(1,600千卡/天)和每日一小时有氧运动),该研究显示携带16甘氨酸(16Gly)等位基因的男性常常对体重减轻具有抵抗力(定义为体重指数(BMI)变化小于10%;n=81)并且这些男性在成功减轻体重6个月后恢复体重(Masuo et ah,Circulation111:3429-3434,2005(Masuo等人于2005年在“循环系统”第111期3429-3434页发表的文献))。在休闲时间更爱活动并且是27谷氨酸(27Glu)等位基因携带者的女性与非携带者相比具有较高的体重指数(BMI),这说明这些女性可能对体重减少更具抵抗力(Corbalan et al.,Clin Genet 61:305-307,2002)。
肾上腺素能β-3受体(ADRB3)rs4994(C/T;Arg64Trp)多态性
肾上腺素能β-3受体(ADRB3)涉及白色脂肪组织脂肪分解调节过程,并且主要在内脏脂肪组织、与肥胖症有关的新陈代谢并发症密切相关的脂肪库中表达。对分离的脂肪细胞进行体外试验显示,作为特异性激动剂在携带64精氨酸等位基因的细胞中的反应,突变导致脂肪分解退化(Umekawa et al.,Diabetes 48:117-120,1999(Umekawa等人于1999年在“糖尿病”第48期第117-120页发表的文献))。已经发现,肾上腺素能β-3受体(ADRB3)基因中三个变体组成的单倍体,包括64精氨酸变体,能够增加体重指数(BMI)(n=208)并且内脏脂肪细胞对选择性β3-受体激动剂的敏感度(诱导脂肪分解)降低10倍(Hoffstedtet al.,Diabetes 48:203-205,1999(Hoffstedt等人于1999年在“糖尿病”第48期第203-205页发表的文献))。这三个变体处于连锁不平衡状态,这说明64精氨酸变体与减少的受体功能有关。总共29项研究表明肾上腺素能β-3受体(ADRB3)基因和肥胖症之间存在关系。对针对超过9000位主体进行的31项研究进行荟萃分析(Meta-analysis),结果显示,与64色氨酸/色氨酸同型结合主体相比,64精氨酸变体的携带者具有更高的体重指数(BMI)(平均高0.30千克/平方米)(F ujisawa et al.,J ClinEndocrinol Metab 83:2441-2444,1998(Fujisawa等人于1998年在“临床内分泌代谢杂志”第83期2441-2444页的文献))。根据针对超过6500位主体(主要是日本人)的22项研究结果也显示,与非携带者相比,64精氨酸变体的携带者具有较高的体重指数(BMI)(平均高0.26千克/平方米)(Kurokawa et al,Obes Res9:741-745,2001(Kurokawa等人于2001年在“观察研究”第9期第741-745页发表的文献))。
病例对照研究(158位肥胖者、154位体重正常者)显示64精氨酸携带者(较高的体重指数(BMI))具有增加的患上肥胖症的风险(OR=2.98),这种增加的风险只针对静止主体,但不针对活动的主体,其中未观察到体重指数(BMI)遗传型差异(Marti et al,Diabetes Obes Metab 4:428-430,2002(Marti等人于2002年在“糖尿病、肥胖与代谢”第4期:428-430页发表的文献))。对61位患有2型糖尿病的肥胖女性进行3个月的干预治疗,结合低卡路里饮食和运动,结果显示与64色氨酸/色氨酸女性相比,带有64精氨酸变体的女性体重降低较少(4.6千克相对于8.3千克)和体重密度降低较少(1.9千克/平方米相对于3.4千克/平方米)(Sakane et al,Diabetes Care 20:1887-1890,1997(Sakane等人于1997年在“糖尿病护理”第20期第1887-1890页公开的文献))。对76位更年期女性进行研究,对其进行3个月的干预疗法,结合运动和日常饮食,结果发现,48%的携带有64精氨酸变体的妇女有体重减轻现象,与此相对,不含有该变体的女性有69%发生体重下降(Shiwaku et al,Int J Obes Relat Metab Disord27:1028-1036,2003(Shiwaku等人于2003年在“肥胖相关代谢疾病研究杂志”第27期:1028-1036页发表的文献))。这两个研究证实该变体与通过日常饮食和运动减轻体重的困难性有关。对29位男性和41位女性进行研究(Phares et al,Obes Res 12:807-815,2004(Phares等人于2004年在“肥胖症研究”第12期:807-815页发表的文献)),结果显示,在经过24周有监督的有氧运动训练之后,与非携带者相比,肾上腺素能β-3受体(ADRB3)64精氨酸携带者损失更多的脂肪块和躯干部体脂。这一结果显示对运动具有相反的等位基因反应,在此研究方案中的运动水平是更为有力的、有指导的耐力训练。对运动反应的遗传性差异解释在许多研究中变得更为复杂,这是由于肥胖状态可能会成为一种混淆因子,掩盖变体对能量消耗的适度作用(Tchernof et al,Diabetes 48:1425-1428,1999(Tchernof等人于1999年在“糖尿病”第48期1425-1428页的文献))。
因此,根据一些实施方案,这里提供了一种识别主体新陈代谢基因型的方法,包括根据脂肪酸结合蛋白2(FABP2)位点、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)位点、肾上腺素能β-3受体(ADRB3)位点和/或β-2肾上腺素能受体(ADRB2)位点中的一种或者一种以上(即,2种、3种、或者4种)识别主体基因型。根据一些实施方案,这里提供了识别主体新陈代谢基因型的方法,包括使用主体带有脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883;G/A)位点、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282;C/G)位点、肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994;C/T)位点、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713;A/G)位点、和/或β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs1042714;C/G)位点中一种或一种以上(即2种、3种、4种或者5种)的基因型识别主体基因型。
根据一些实施方案,这里提供了一种识别主体单一多态性新陈代谢基因型的方法,包括根据一种新陈代谢基因等位基因识别所述基因型,所述新陈代谢基因等位基因选自由脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883;G/A)位点、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282;C/G)位点、肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994;C/T)位点、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713;A/G)位点、和/或β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs 1042714;C/G)位点所组成的组中。
根据一些实施方案,这里提供了一种识别主体复合新陈代谢基因型的方法,包括根据至少两种新陈代谢基因等位基因识别所述基因型,所述新陈代谢基因等位基因选自由脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883;G/A)位点、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282;C/G)位点、肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994;C/T)位点、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713;A/G)位点、和/或β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs 1042714;C/G)位点所组成的组中。
根据一些实施方案,这里提供了一种识别主体复合新陈代谢基因型的方法,包括根据至少三种新陈代谢基因等位基因识别所述基因型,所述新陈代谢基因等位基因选自由脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883;G/A)位点、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282;C/G)位点、肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994;C/T)位点、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713;A/G)位点、和/或β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs 1042714;C/G)位点所组成的组中。
根据一些实施方案,这里提供了一种识别主体新陈代谢基因型的方法,包括根据至少四种新陈代谢基因等位基因识别复合多态性基因型,所述新陈代谢基因等位基因选自由脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883;G/A)位点、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282;C/克)位点、肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994;C/T)位点、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713;A/G)位点、和/或β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs 1042714;C/G)位点所组成的组中。
根据一些实施方案,这里提供了一种识别主体新陈代谢基因型的方法,包括根据每种脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883;G/A)位点、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282;C/G)位点、肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994;C/T)位点、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713;A/G)位点、和/或β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs 1042714;C/G)位点新陈代谢基因等位基因识别复合多态性基因型。
主体单一多态性新陈代谢基因型和/或复合新陈代谢的基因型结果可以根据他们与体重管理风险之间的关系进行分类,包括那些会构成对日常饮食和/或运动干预“减少的反应性”或者“增加的反应性”,2)与其相关的临床结果或健康有关的生物标记物,3)干预方式选择与体重管理之间的关系,和4)每种基因型的发生率。如下所示表1和表2定义了某些新陈代谢基因型的等位基因并解释了某些代谢失调/参数敏感性增加的风险。
表1:主体新陈代谢基因/多态性
*Pop.Freq=人群频率,使用魁北克家庭研究(QFS)数据确定的白种人频率
表2:根据新陈代谢基因型的主体敏感度表
**BMI=体重指数,TGs=甘油三酯,abd fat=腹部脂肪,BS=血糖,TNFa=肿瘤坏死因子α,RMR=静止代谢率,HDL=高密度脂蛋白
***代谢,营养和运动的影响
根据一些实施方案,这里提供了用于测量主体血脂水平的方法和试剂盒,用于为主体选择或者筛选适当的治疗或者饮食干预或者生活方式变化。本发明提供了测量主体高密度脂蛋白、低密度脂蛋白和/或甘油三酯的方法。当筛选出具有低水平的高密度脂蛋白,即男性为大约40毫克/分升或者更低,女性为50毫克/分升或者更低,或者具有高水平的低密度脂蛋白,即大约100毫克/分升以上,或者具有高水平的甘油三酯,即大约150毫克/分升以上,或其任意结合时,主体被认为具有失常的脂类曲线或者血脂异常(dyslipidemia)。
根据一些实施方案,较低水平的高密度脂蛋白是20-60毫克/分升或者50-59毫克/分升或者40-49毫克/分升或者30-39毫克/分升或者<30毫克/分升;较高水平的低密度脂蛋白是100->190毫克/分升或者100-129毫克/分升或者130-159毫克/分升或者160-190毫克/分升或者>190毫克/分升;并且,高水平的甘油三酯是150->500毫克/分升或者150-199毫克/分升或者200-500毫克/分升或者>500毫克/分升。
根据一些实施方案,选择主体进行临床试验,检测其对体重管理策略、或者治疗干预的反应,该试验包括通过他们的等位基因曲线和/或本发明复合基因型识别主体,并根据他们预计的高密度脂蛋白、或者低密度脂蛋白或者甘油三酯水平预测他们对推荐的治疗/饮食/生活方式或其结合的反应。
根据一些实施方案,这里提供了用于筛选主体进行体重管理临床试验的方法和试剂盒,其中体重不足的主体具有的体重指数(BMI)<18.5;体重超重的主体体重指数(BMI)在25-29.9范围内,肥胖主体的体重指数(BMI)为30-39.9,体重指数(BMI)>40.0被认为是极端肥胖。在这些主体内识别新陈代谢基因型可以为健康专家提供手段来研究仅仅使用低卡路里饮食将体重指数(BMI)为25的主体的体重指数(BMI)降低到22的难度。
表3提供了某些新陈代谢基因型在不同人种中的发生率。
表3:不同种族间基因型/风险方式的发生率
这些基因变化的结合影响1)主体对其日常饮食中的某些主要营养元素会做出什么反应,和2)能量代谢的不同趋势,所述能量代谢会最终影响其通过运动维持或者减轻体重的能力。确定新陈代谢基因型会帮助健康的主体识别反向体重管理问题的遗传风险度,即使还没有发生。较早获知基因相关的风险可以帮助制定个人健康决定(营养、生活方式),保证未来的健康,同时为如何最好的按优先次序列出主体营养和生活方式选择从而更好的管理体重和身体结构提供指导。
从主体新陈代谢基因型获得的信息可以用来预测主体对不利体重管理问题的遗传风险。主体基因型可以用来评价风险并选择适当的治疗/饮食方案或者推荐的生活方式。主体基因型的识别可以用于将主体与一种治疗或者营养或者替换的生活方式或任意两个或者三个的结合向配对,从而设计一种策略,来完成和/或维持体重减少。通常,在体重降低管理计划中,主体一种或者一种以上新陈代谢基因的等位基因方式可以用来在有或者没有运动的情况下,将主体对饮食中主要营养元素和能量限制的反应进行分类。因此,可以根据主体预计的反应选择个人的体重管理计划。例如,根据主体对某些主要营养元素和运动程度的反应倾向,体重管理计划可以将主体的新陈代谢基因型分类为一种营养种类系列和一种运动种类系列。根据主体的遗传方式选择所述营养种类、运动种类或其结合。
根据一些实施方案,这里提供了一种为主体选择适当的治疗/饮食方案或者推荐的生活方式的方法,该方法包括根据任意四个多态性位点确定主体的基因型,所述多态性位点选自由脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883;G/A)位点、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282;C/G)位点、β-3肾上腺素能受体(ADRB3)(rs4994;C/T)位点、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs1042713;A/G)位点和/或β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs 1042714;C/G)位点所组成的组中,其中,根据上述位点确定的主体基因型提供了主体对不利体重管理问题增加的敏感度的信息,并根据主体对不利体重管理问题的敏感度选择适当的治疗/饮食方案或者推荐的生活方式。
根据一些实施方案,携带有脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rs1799883)1.1、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rs1801282)1.1、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs1042714)1.1和β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713)2.2和肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994)1.1组合基因型的主体被预计能够对:低脂肪或者低碳水化合物、卡路里限制性饮食;定期运动或者二者的结合起反应。
根据一些实施方案,携带有脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rs1799883)1.1或者1.2和过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rs 1801282)1.1复合基因型,以及附加的β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042714)1.1、1.2,或者2.2与β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713)2.2和肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994)1.1结合的基因型的主体被预计能够对:低脂肪、卡路里限制性饮食;定期运动或者二者的结合起反应。
根据一些实施方案,携带有脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rs1799883)1.2或者2.2和/或β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042714)1.2或者2.2与β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs1042713)2.2和肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994)1.1结合的复合基因型的主体被预计能够对:低脂肪、卡路里限制性饮食;定期运动或者二者的结合起反应。
根据一些实施方案,携带有一个过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rs 1801282)1.2或者2.2和一个脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883)1.1或者1.2与β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs 1042713)2.2和肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994)1.1结合的基因型的主体被预计能够对:低脂肪、卡路里限制性饮食;定期运动或者二者的结合起反应。
根据一些实施方案,携带有脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883)1.1和过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)1.1与一个β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713)1.2或者1.1或者一个肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994)1.2或者2.2结合的结合基因型的主体被预计能够对:低脂肪或者低碳水化合物、卡路里限制性饮食起反应。根据一些实施方案,该主体进一步被预计对定期运动反应不足。
根据一些实施方案,携带有脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883)1.1或者1.2和过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)1.1中的一个与β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713)1.1、1.2或者2.2中的一个或者β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713)1.1或者1.2中的一个,或者肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994)1.2或者2.2中的一个的结合的结合基因型的主体被预计能够对:低脂肪、卡路里限制性饮食起反应。根据一些实施方案,该主体进一步被预计对定期运动反应不足。
根据一些实施方案,携带有过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)1.2或者2.2中的一个与β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713)1.2或者2.2中的一个与β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713)1.1或者1.2中的一个,或者肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994)1.2或者2.2中的一个的结合的结合基因型的主体被预计能够对:低碳水化合物、卡路里限制性饮食起反应。根据一些实施方案,该主体进一步被预计对定期运动反应不足。
根据一些实施方案,携带有过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)1.2或者2.2中的一个与脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883)1.1或者1.2中的一个与β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713)1.1或者1.2中的一个,或者肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994)1.2或者2.2中的一个的结合的结合基因型的主体被预计能够对:低碳水化合物、卡路里限制性饮食起反应。根据一些实施方案,该主体进一步被预计对定期运动反应不足。
根据一些实施方案,所述治疗/饮食方案包括给药一种营养保健品(nutraceutical)。
根据一些实施方案,上述方法进一步包括根据治疗/饮食方案或者生活方式变化带来的可能的益处将主体进行分类。
根据一些实施方案,上述方法的低脂肪饮食提供不超过大约百分之35的总卡路里。
根据一些实施方案,上述方法的低碳水化合物饮食提供总卡路里的小于大约百分之50。
根据一些实施方案,上述方法的卡路里限制性饮食将总卡路里限制到小于主体体重管理水平的95%。
根据一些实施方案,这里提供了一种识别主体新陈代谢基因型的方法,该方法包括:根据脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883;G/A)位点、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282;C/G)位点、肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994;C/T)位点、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713;A/G)位点和/或β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042714;C/G)位点中的至少三个识别主体基因型。
根据一些实施方案,这里提供了一种识别主体新陈代谢基因型的方法,该方法包括:根据脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883;G/A)位点、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282;C/G)位点、肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994;C/T)位点、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713;A/G)位点和/或β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042714;C/G)位点中的至少四个识别主体基因型。
根据一些实施方案,这里提供了为主体选择适当的治疗/饮食方案或者推荐的生活方式的方法,包括:a)根据任意四个多态性位点确定主体的基因型,所述多态性位点选自:脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883;G/A)位点、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282;C/G)位点、肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994;C/T)位点、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713;A/G)位点和/或β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042714;C/G)位点;和b)根据主体预计可能获得的有益效果将主体分类为一种营养种类和/或一种运动种类,其中,所述营养种类选自一种低脂肪饮食;一种地碳水化合物饮食;一种高蛋白质饮食;和一种卡路里限制性饮食,并且,其中运动种类选自:轻度运动;正常运动;和剧烈运动。
根据一些实施方案,这里提供了一种为主体选择适当的治疗/饮食方案或者推荐的生活方式的方法,该方法包括:a)根据至少2个等位基因确定主体的基因型,所述等位基因选自由脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883)等位基因1(丙氨酸或者G)、脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883)等位基因2(苏氨酸或者一种)、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)等位基因1(脯氨酸或者C)、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)等位基因2(丙氨酸或者G)、肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994)等位基因1(色氨酸或者T)、肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994)等位基因2(精氨酸或者C)、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713)等位基因1(甘氨酸或者G)、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713)等位基因2(精氨酸或者A)、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rslO42714)等位基因1(谷氨酰胺或者C)和β-2肾上腺素能受体(ADRB2)((rslO42714)等位基因2(谷氨酸或者G);其中存在的等位基因方式能够预计主体对日常饮食和/或的反应,和b)根据主体对日常饮食和/或运动预计的反应选择治疗/饮食方案或者推荐的生活方式。
根据一些实施方案,携带有脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883)1.1(丙氨酸/丙氨酸或者G/G)、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)1.1(脯氨酸/脯氨酸或者C/C)、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rslO42714)1.1(谷氨酰胺/谷氨酰胺或者C/C)和β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713)2.2(精氨酸/精氨酸或者A/A)和肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994)1.1(色氨酸/色氨酸或者T/T)的结合基因型的主体被预计能够对:低脂肪或者低碳水化合物、卡路里限制性饮食;定期运动或者二者的结合起反应。
根据一些实施方案,携带有脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883)1.1(丙氨酸/丙氨酸或者G/G)或者1.2(丙氨酸/苏氨酸或者G/A)和过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)1.1(脯氨酸/脯氨酸或者C/C)、和β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rslO42714)1.1(谷氨酰胺/谷氨酰胺或者C/C)、1.2(谷氨酰胺/谷氨酸或者C/G)、或者2.2(谷氨酸/谷氨酸或者G/G)中的一个和β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713)2.2(精氨酸/精氨酸或者A/A)和肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994)1.1(色氨酸/色氨酸或者T/T)的结合基因型的主体被预计能够对:低脂肪或者低碳水化合物、卡路里限制性饮食;定期运动或者二者的结合起反应。
根据一些实施方案,携带有过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)1.2(脯氨酸/丙氨酸(C/G)或者2.2(丙氨酸/丙氨酸或者G/G)的一个和/或β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rslO42714)1.2(谷氨酰胺/谷氨酸或者C/G)或者2.2(谷氨酸/谷氨酸或者G/G)中的一个与β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713)2.2(精氨酸/精氨酸或者A/A)和肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994)1.1(色氨酸/色氨酸或者T/T)的结合基因型的主体被预计能够对:低碳水化合物、卡路里限制性饮食;定期运动或者二者的结合起反应。
根据一些实施方案,携带有过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)1.2(脯氨酸/丙氨酸(C/G)或者2.2(丙氨酸/丙氨酸或者G/G)的一个和脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rs 1799883)1.1(丙氨酸/丙氨酸或者G/G)或者1.2(丙氨酸/苏氨酸或者G/A)中的一个与β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713)2.2(精氨酸/精氨酸或者A/A)和肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994)1.1(色氨酸/色氨酸或者T/T)的结合基因型的主体被预计能够对:低碳水化合物、卡路里限制性饮食;定期运动或者二者的结合起反应。
根据一些实施方案,携带有脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883)1.1(丙氨酸/丙氨酸或者G/G)和过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)1.1(脯氨酸/脯氨酸或者C/C),与β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713)1.2(甘氨酸/精氨酸或者G/A)或者2.2(精氨酸/精氨酸或者A/A)中的一个、或者肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994)1.2(精氨酸/色氨酸或者T/C)或者2.2(精氨酸/精氨酸或者C/C)中的一个的结合基因型的主体被预计能够对:低脂肪或者低碳水化合物、卡路里限制性饮食起反应。根据一些实施方案,该主体进一步被预计对定期运动反应不足。
根据一些实施方案,携带有脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883)1.1(丙氨酸/丙氨酸或者G/G)或者1.2(丙氨酸/苏氨酸或者G/A)和过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)1.1(脯氨酸/脯氨酸或者C/C),与β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042714)1.1(谷氨酰胺/谷氨酰胺或者C/C)、1.2(谷氨酰胺/谷氨酸或者C/G)或者2.2(谷氨酸/谷氨酸或者G/G))中的一个与β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs 1042713)1.1(甘氨酸/甘氨酸或者G/G)或者1.2(甘氨酸/精氨酸或者G/A)的任意一个,或者肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994)1.2(精氨酸/色氨酸或者T/C)或者2.2(精氨酸/精氨酸或者C/C)中的一个的结合基因型的主体被预计能够对:低脂肪、卡路里限制性饮食起反应。根据一些实施方案,该主体进一步被预计对定期运动反应不足。
根据一些实施方案,携带有过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)1.2(脯氨酸/丙氨酸或者C/G)或者2.2(丙氨酸/丙氨酸或者G/G)中的一个和/或β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rslO42714)1.2(谷氨酰胺/谷氨酸或者C/G)或者2.2(谷氨酸/谷氨酸或者G/G)中的一个与β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs1042713)1.1(甘氨酸/甘氨酸或者G/G)或者1.2(甘氨酸/精氨酸或者G/A)中的一个或者肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994)1.2(色氨酸/精氨酸或者T/C)或者2.2(精氨酸/精氨酸或者C/C)中的一个相结合的复合基因型的主体被预计能够对:低碳水化合物、卡路里限制性饮食起反应。根据一些实施方案,该主体进一步被预计对定期运动反应不足。
根据一些实施方案,携带有过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)1.2(脯氨酸/丙氨酸或者C/G)或者2.2(丙氨酸/丙氨酸或者G/G)中的一个和脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rs 1799883)1.1(丙氨酸/丙氨酸或者G/G)或者1.2(丙氨酸/苏氨酸或者G/A)中的一个与β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs1042713)1.1(甘氨酸/甘氨酸或者G/G)或者1.2(甘氨酸/精氨酸或者G/A)中的一个或者肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994)1.2(色氨酸/精氨酸或者T/C)或者2.2(精氨酸/精氨酸或者C/C)中的一个相结合的复合基因型的主体被预计能够对:低碳水化合物、卡路里限制性饮食起反应。根据一些实施方案,该主体进一步被预计对定期运动反应不足。
根据一些实施方案,这里提供了一种预测主体对于不利重量管理问题遗传风险的方法,该方法包括:检测一种遗传多态性方式,所述遗传多态性方式包括至少两种等位基因选自由脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883)等位基因1(丙氨酸或者G)、脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883)等位基因2(苏氨酸或者A)、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)等位基因1(脯氨酸或者C)、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)等位基因2(丙氨酸或者G)、肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994)等位基因1(色氨酸或者T)、肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994)等位基因2(精氨酸或者C)、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs 1042713)等位基因1(甘氨酸或者G)、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs 1042713)等位基因2(精氨酸或者A)、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rslO42714)等位基因1(谷氨酰胺或者C)和β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042714)等位基因2(谷氨酸或者G)所组成的组中,其中,遗传多态性方式的存在预示了主体对日常饮食和/或运动的反应。
根据一些实施方案,所述治疗/饮食方案包括给药一种营养保健品(nutraceutical)。
根据一些实施方案,上述方法进一步包括根据治疗/饮食方案或者生活方式变化带来的可能的益处将主体进行分类。
根据一些实施方案,上述方法的低脂肪饮食提供不超过大约百分之35的总卡路里。
根据一些实施方案,上述方法的低碳水化合物饮食提供总卡路里的小于大约百分之50。
根据一些实施方案,上述方法的卡路里限制性饮食将总卡路里限制到小于主体体重管理水平的95%。
根据一些实施方案,这里提供了试剂盒,包括:a)根据任意四个多态性位点确定主体基因型的试剂,所述多态性位点选自:脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883;G/A)位点、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282;C/G)位点、肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994;C/T)位点、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713;A/G)位点;和β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042714;C/G)位点;和b)确定主体新陈代谢基因型的说明书,和根据主体预计可能获得的有益效果将主体分类为一种营养种类和/或一种运动种类的工具,其中,所述营养种类选自一种低脂肪饮食;一种地碳水化合物饮食;一种高蛋白质饮食;和一种卡路里限制性饮食,并且,其中运动种类选自:轻度运动;正常运动;和剧烈运动。
根据一些实施方案,所述试剂盒进一步根据治疗/饮食方案或者生活方式变化带来的可能的益处对主体进行分类。
根据一些实施方案,所述试剂盒包括对主体进行基因定型的试剂,携带有脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883)1.1、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)1.1、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rslO42714)1.1和β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713)2.2和肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994)1.1的结合基因型的主体被预计能够对:低脂肪或者低碳水化合物、卡路里限制性饮食;定期运动或者二者的结合起反应。
根据一些实施方案,所述试剂盒包括对主体进行基因定型的试剂,携带有脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883)1.1或者1.2中的一个和过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)1.1、和β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rslO42714)1.1、1.2或者2.2中的一个和β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rsl042713)2.2和肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994)1.1的结合的复合基因型的主体被预计能够对:低脂肪、卡路里限制性饮食;正常运动或者二者的结合起反应。
根据一些实施方案,所述试剂盒包括对主体进行基因定型的试剂,携带有过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)1.2或者2.2和/或β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rslO42714)1.2或者2.2中的一个与β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rslO42713)2.2和肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994)1.1的结合基因型的主体被预计能够对:低碳水化合物、卡路里限制性饮食;定期运动或者二者的结合起反应。
根据一些实施方案,所述试剂盒包括对主体进行基因定型的试剂,携带有过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)1.2或者2.2中的一种和脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rs 1799883)1.1或者1.2中的一种,与β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rslO42713)2.2和肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994)1.1的结合基因型的主体被预计能够对:低碳水化合物、卡路里限制性饮食;定期运动或者二者的结合起反应。
根据一些实施方案,所述试剂盒包括对主体进行基因定型的试剂,携带有脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883)1.1和过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)1.1,与β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rslO42713)1.2或者1.1中的一个或者肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994)1.2或者2.2中的一个的结合基因型的主体被预计能够对:低脂肪、低碳水化合物、卡路里限制性饮食起反应。
根据一些实施方案,所述试剂盒包括对主体进行基因定型的试剂,携带有脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883)1.1或者1.2和过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)1.1,与β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs 1042714)1.1、1.2、或者2.2中的一个或者β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rslO42713)1.1或者1.2中的一个或者肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994)1.2或者2.2中的一个的结合基因型的主体被预计能够对:低脂肪、卡路里限制性饮食起反应。
根据一些实施方案,所述试剂盒包括对主体进行基因定型的试剂,携带有过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)1.2或者2.2和/或β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs 1042714)1.2或者2.2中的一个,与β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rslO42713)1.1或者1.2中的一个或者肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994)1.2或者2.2中的一个的结合基因型的主体被预计能够对:低碳水化合物、卡路里限制性饮食起反应。
根据一些实施方案,所述试剂盒包括对主体进行基因定型的试剂,携带有过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)1.2或者2.2中的一个和/或脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rs 1799883)1.1或者1.2中的一个,与β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rslO42713)1.1或者1.2中的一个或者肾上腺素能β-3受体(ADRB 3)(rs4994)1.2或者2.2中的一个的结合基因型的主体被预计能够对:低碳水化合物、卡路里限制性饮食起反应。
根据一些实施方案,这里提供了试剂盒,该试剂盒包括:用于确定主体新陈代谢基因型的试剂和说明书,包括,根据脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883;G/A)位点、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282;C/G)位点、肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994;C/T)位点、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs 1042713;A/G)位点,和/或β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs 1042714;C/G)位点中的至少四个识别主体的基因型。
根据一些实施方案,这里提供了试剂盒,该试剂盒包括:用于确定主体新陈代谢基因型的试剂盒说明书,包括,根据脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(rsl799883;G/A)位点、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282;C/G)位点、肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(rs4994;C/T)位点、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs 1042713;A/G)位点,和/或β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rs 1042714;C/G)位点中的至少三个识别主体的基因型。
营养种类
通常根据主要营养元素的量(即,脂肪、碳水化合物、蛋白质)区分营养种类,所述主要营养元素是根据主体新陈代谢基因型而推荐主体进食的。选择主体适当的治疗/饮食方案或者推荐的生活方式的主要目标是将主体的新陈代谢基因型与该主体最有可能起反应的营养种类相配合。通常根据主体日常饮食中提供的主要营养元素相对量或者根据卡路里限制(例如,限制主体接受的卡路里总量和/或限制主体从某种具体的主要营养元素收到的卡路里量)来表示营养种类。例如,营养种类可能包括,但是不局限于:1)低脂肪、低碳水化合物饮食;2)低脂肪饮食;或者3)低碳水化合物饮食。作为选择,可以根据对某些主要营养元素的限制区分营养种类,所述主要营养元素师根据主体新陈代谢基因型二推荐主体进食的。例如,营养种类可以被表示为:1)平衡的或者卡路里限制性饮食;2)脂肪限制性饮食,或者3)碳水化合物限制性日常饮食。
携带能够对脂肪限制或者低脂肪饮食起反应的新陈代谢基因型的主体趋向于向体内吸收更多的饮食脂肪,并且具有较慢的新陈代谢作用。他们对于体重增加具有更明显的趋向性。临床研究显示,这些主体通过减少总饮食脂肪能够在较短的时间内达到健康体重。随后,通过减少饮食中的脂肪和/或减少饮食中的卡路里,他们可以在减轻体重方面获得更大的成就。另外,在降低卡路里的饮食中,将饱和脂肪酸换成但不饱和脂肪酸也会对这些主体产生有益效果。临床研究还显示,这些饮食变化能够改善身体代谢糖和脂肪的能力。
携带有对碳水化合物限制或者低碳水化合物饮食起反应的新陈代谢基因型的主体倾向于对过度碳水化合物摄取造成的体重增加更为敏感。通过降低卡路里饮食中碳水化合物含量能够使这些主体更好的减轻体重。如果在日常饮食中摄取高碳水化合物的话,例如,当每日碳水化合物摄取量超过,例如,大约49%的总卡路里时,携带这种基因方式的主体易于患有肥胖症并在调节血糖方面有困难。已经显示,减少碳水化合物能够最优化血糖调节作用并减少体重进一步增加的风险。如果主体的饮食中具有高饱和脂肪酸和低单不饱和脂肪酸的话,体重增加和血糖升高的风险也相应增加。当限制总卡路里时,限制总碳水化合物的摄取量并将其饮食中的脂肪组合物转变成单不饱和脂肪酸(例如一种低保和脂肪饮食和低碳水化合物饮食),这能够给这些主体带来益处。
携带有对脂肪和碳水化合物的平衡起反应的新陈代谢基因型的主体并不一致的需要低脂肪或者低碳水化合物饮食。在这些主体中,关键的生物标记物,例如,体重、身体脂肪和血脂曲线,对脂肪和碳水化合物的均衡饮食反应良好。对于携带这种基因方式的主体,当他们有兴趣减轻体重时,研究发现,限制卡路里的均衡饮食有利于加速体重降低并降低身体脂肪。
一种低脂肪饮食是指从脂肪中提供的卡路里占总卡路里量的大约10%到小于40%之间。根据一些实施方案,一种低脂肪饮食是指从脂肪中提供的卡路里不超过总卡路里的大约百分之三十五(例如,不超过大约19%、21%、23%、22%、24%、26%、28%、33%等等)。根据一些实施方案,一种低脂肪饮食是指从脂肪中提供的卡路里不超过总卡路里百分之三十的饮食。根据一些实施方案,一种低脂肪饮食是指从脂肪中提供的卡路里不超过总卡路里的百分之二十五。根据一些实施方案,一种低脂肪饮食是指从脂肪中提供的卡路里不超过总卡路里的百分之二十。根据一些实施方案,一种低脂肪饮食是指从脂肪中提供的卡路里不超过总卡路里的百分之十五。根据一些实施方案,一种低脂肪饮食是指从脂肪中提供的卡路里不超过总卡路里的百分之十。
根据一些实施方案,一种低脂肪饮食是指每日的脂肪摄取量在大约10克到大约60克之间的饮食。根据一些实施方案,一种低脂肪饮食是指每日的脂肪摄取量小于大约50克(例如,小于大约10克、25克、35克、45克,等等)的饮食。根据一些实施方案,一种低脂肪饮食是指每日的脂肪摄取量小于大约40克的饮食。根据一些实施方案,一种低脂肪饮食是指每日的脂肪摄取量小于大约30克的饮食。根据一些实施方案,一种低脂肪饮食是指每日的脂肪摄取量小于大约20克的饮食。
脂肪包括饱和脂肪酸和不饱和脂肪酸(单不饱和脂肪酸和多不饱和脂肪酸)。根据一些实施方案,饱和脂肪的量减少到小于百分之十卡路里的饮食是低饱和脂肪饮食。根据一些实施方案,饱和脂肪的量减少到小于百分之十五卡路里的饮食是低饱和脂肪饮食。根据一些实施方案,饱和脂肪的量减少到小于百分之二十卡路里的饮食是低饱和脂肪饮食。
一种低碳水化合物(CHO)饮食是指碳水化合物提供的卡路里量占总卡路里量在大约20%到小于50%之间的饮食。根据一些实施方案,一种低碳水化合物(CHO)饮食是指碳水化合物提供的卡路里量不超过总卡路里的大约百分之五十(例如,不超过大约20%、25%、30%、35%、40%、45%,等等)。根据一些实施方案,一种低碳水化合物(CHO)饮食是指碳水化合物提供的卡路里量不超过总卡路里的大约百分之四十五。根据一些实施方案,一种低碳水化合物(CHO)饮食是指碳水化合物提供的卡路里量不超过总卡路里的大约百分之四十。根据一些实施方案,一种低碳水化合物(CHO)饮食是指碳水化合物提供的卡路里量不超过总卡路里的大约百分之三十五。根据一些实施方案,一种低碳水化合物(CHO)饮食是指碳水化合物提供的卡路里量不超过总卡路里的大约百分之三十。根据一些实施方案,一种低碳水化合物(CHO)饮食是指碳水化合物提供的卡路里量不超过总卡路里的大约百分之二十五。根据一些实施方案,一种低碳水化合物(CHO)饮食是指碳水化合物提供的卡路里量不超过总卡路里的大约百分之二十。
一种低碳水化合物(CHO)饮食可以指能够限制饮食中碳水化合物克数的饮食,例如,每日饮食中的碳水化合物的量在大约20克到250克之间。根据一些实施方案,一种低碳水化合物饮食包括每日不超过大约220克的碳水化合物(例如,不超过大约40克、70克、90克、110克、130克、180克、210克,等等)。根据一些实施方案,一种低碳水化合物饮食包括每日不超过大约200克的碳水化合物。根据一些实施方案,一种低碳水化合物饮食包括每日不超过大约180克的碳水化合物。根据一些实施方案,一种低碳水化合物饮食包括每日不超过大约150克的碳水化合物。根据一些实施方案,一种低碳水化合物饮食包括每日不超过大约130克的碳水化合物。根据一些实施方案,一种低碳水化合物饮食包括每日不超过大约100克的碳水化合物。根据一些实施方案,一种低碳水化合物饮食包括每日不超过大约75克的碳水化合物。
一种卡路里限制性饮食或者均衡饮食是指将使用的总卡路里限制到低于主体体重维持水平(WML)的饮食,无论是否优先于某种主要营养元素。均衡饮食或者卡路里限制性饮食能够通过,例如将主体的总卡路里摄入量减少到低于体重维持水平(WML)的程度,并且不具体限制任意具体主要营养元素的使用,从而减少主体的总卡路里摄入量。因此,根据一些实施方案,均衡饮食可以被表示为主体体重维持水平(WML)的百分比。例如,均衡饮食是包括总卡路里摄入量在大约50%到大约100%体重维持水平(WML)之间的饮食。根据一些实施方案,一种均衡饮食是指包括总卡路里摄入量小于100%体重维持水平(WML)的饮食(例如,小于大约99%、97%、95%、90%、85%、80%、75%、70%、65%、60%、55%体重维持水平(WML))。在这种结构内,均衡饮食能够实现主要营养元素在饮食中的健康或者需要的平衡,并且可以是:低脂肪;低饱和脂肪;低碳水化合物;低脂肪和低碳水化合物;或者低饱和脂肪和低碳水化合物。例如,饮食可以使一种低脂肪、卡路里限制性饮食(其中,低脂肪具有如上所述的意义)。饮食可以是一种低碳水化合物、卡路里限制性饮食(其中,低碳水化合物具有如上所述的意义)。饮食可以使一种均衡的、卡路里限制性饮食(例如,主要营养元素的相对部分可以是变化的,其中,使用的总卡路里小于体重维持水平(WML))。根据一些实施方案,一种低碳饮食(碳:45%,蛋白质:20%,脂肪:35%)包括阿特金斯饮食(Atkins diet)、升糖作用饮食(Glycemic Impact Diet)、南滩饮食法(South BeachDiet)、糖弹饮食法(Sugar Busters Diet)和/或Zone饮食。
根据一些实施方案,一种低脂肪饮食(碳:65%,蛋白质:15%,脂肪:20%)包括生命选择饮食(Ornish饮食)、Pritikin饮食和/或市场上可商业购得的其他心脏健康饮食。
根据一些实施方案,均衡饮食(碳:55%,蛋白质:20%,脂肪:25%)包括最佳生活饮食(Best Life Diet)、地中海型饮食、Sonoma饮食、Volumetrics Eating饮食、Weight Watchers饮食。
其他的低碳水化合物、低脂肪、均衡饮食和卡路里限制性饮食是本领域普通技术人员所熟知的,因此,可以根据主体的新陈代谢基因型推荐给主体,并预计其对卡路里限制性饮食或者其他种类饮食的反应。
运动种类
通常参照主体新陈代谢基因型,根据主体对运动的反应区分运动类型。例如,主体可能对轻度运动、中度运动、强烈运动或者十分强烈的运动起反应。
携带有能够对运动起反应的新陈代谢基因型的主体能够作为对物理运动的反应,有效的分解身体脂肪。他们倾向于对运动作出反应,显著的减轻体重,并很可能维持减轻的体重。如果对轻度或者中度运动有反应的话,主体属于这一种类。
与携带有其他遗传方式的主体相比,携带有对运动不怎么起反应的新陈代谢基因型的主体作为对物理运动的反应,不太能够将身体脂肪分解为能量。在中等强度的运动中,他们减少的体重和身体脂肪比预计的要少。这些主体要求更多的运动从而使身体脂肪分解为能量并减轻体重。他们还必须维持持续的运动计划从而保持减轻的体重。
轻度运动主要指主体每周运动1-3天(参加锻炼或者运动)。中度运动主要指主体每周运动3-5天(参加锻炼或者运动)。高活性运动是指主体每周运动6-7天(参加锻炼或者运动)。强烈运动或者非常强烈的运动主要指主体平均每天不只锻炼一次(例如,每天锻炼2次)。定期运动是指至少为轻度运动或者至少为中度运动的运动。
更准确的说,活动水平可以根据基础代谢率的百分比来表示。例如,哈里斯-本尼迪克特公式或者Katch-McArdle公式的因子可以用作定义活动水平的基础。因此,轻度运动是指一种推荐的运动水平,目的是使主体的每日总能量消耗(TDEE)达到大约125%的基础代谢率(即,大约增加25%)到小于大约140%的基础代谢率(例如,大约128%、130%、133%、135%、137.5%,等等)之间。中度运动是指一种推荐的运动水平,目的是使主体的每日总能量消耗(TDEE)达到大约140%的基础代谢率到小于大约160%的基础代谢率(例如,大约142%、145%、150%、155%、158%,等等)之间。剧烈运动是指一种推荐的运动水平,目的是使主体的每日总能量消耗(TDEE)达到大约160%的基础代谢率到小于大约180%的基础代谢率(例如,大约162%、165%、170%、172.5%、175%、178%等等)之间。十分剧烈的运动或者极端剧烈的运动是指一种推荐的运动水平,目的是使主体的每日总能量消耗(TDEE)达到大约180%的基础代谢率到小于大约210%的基础代谢率(例如,大约182%、185%、190%、195%、200%,等等)之间。
做为选择,根据一些实施方案,“正常运动”通常包括:每周2.5小时(150分钟)的中等强度运动(中等强度运动的定义是3.0-5.9METs),“轻度运动”通常包括:每周小于2.5小时的中等强度运动,且“剧烈运动”通常包括:每周大约13METs的剧烈强度运动(剧烈强度运动的定义为6METs或者更高)。1MET等于1卡路里/千克体重/每小时。主体消耗的总千卡路里=运动的MET值x千克单位的体重x小时为单位的时间。
体重的增加和降低取决于卡路里吸收和卡路里消耗之间的平衡。当吸收的卡路里的量大于消耗的卡路里的量时,体重增加。相反,如果吸收的卡路里的量小于消耗的卡路里的量时,体重降低。主体体重维持水平(WML)是指主体为了维持现有体重需要吸收的总卡路里摄取量。主体的体重维持水平(WML)可以使用本领域已知的任何方法来确定或者计算出来。体重维持水平(WML)通常表示为每日总能量消耗(TDEE)或者估计的能量需要(EER)。尽管本领域中使用的每日总能量消耗(TDEE)和估计的能量需要(EER)的意义存在技术区别,这些区别反映了主体体重维持水平的计算方式,但是在维持其技术区别的情况下,这两个术语可以以其广义定义互换使用。使用本领域技术人员已知的任何方法可以计算出体重维持水平(WML)(例如,每日总能量消耗(TDEE)或者估计的能量需要(EER)),从而确定主体的体重维持水平(WML)。
平均,对于美国女性,体重维持水平(WML)在每天2000-2100卡路里之间。男性的平均体重维持水平(WML)较高,在每天2700-2900卡路里之间。计算每日总能量消耗(TDEE)更优选的方法是使用哈里斯-本尼迪克特公式计算或者Katch-McArdle公式计算,这两种公式是本发明所属领域普通技术人员所熟知的。简单的,哈里斯-本尼迪克特公式首先确定主体的基础代谢率(BMR),然后根据运动水平进行校准,从而给出主体的每日总能量消耗(TDEE)。例如,女性的基础代谢率可以根据下列公式计算:BMRf=65.51+(9.563x千克)+(1.850x厘米)-(4.676x年龄)。男性的基础代谢率可以通过以下公式计算:BMR m=66.5+(13.75x千克)+(5.003x厘米)-(6.775x年龄)。然后,通过将基础代谢率乘以具体活动水平指定的因子,对基础代谢率进行校准。下表提供了这种因子的实施例。结果是主体的每日总能量消耗(TDEE)。
表4:运动种类
每日总能量消耗(TDEE)
Katch&McArdle公式基于主体的去脂肪体重(LBM)。例如,根据以下公式计算基础代谢率:基础代谢率(男性和女性)=370+(21.6X千克单位的去脂肪体重(LBM))。由于Katch-McArdle公式得到的是去脂肪体重(LBM),这一种公式对男性和女性同样适用。然后使用哈里斯-本尼迪克特公式中使用的运动因子(见上表)确定每日总能量消耗(TDEE)。
分类
通常,主体的新陈代谢基因型被分为单一营养种类和单一运动种类。因此,根据一些实施方案,根据主体的新陈代谢基因型将主体区分为一种营养种类和运动种类。例如,主体可能被分为下列六种种类中的一种:1)对脂肪限制发生反应和对运动发生反应;2)对脂肪限制发生反应和对运动反应较小;3)对碳水化合物限制发生反应和对运动发生反应;4)对碳水化合物限制发生反应和对运动反应较小;5)脂肪和碳水化合物平衡并对运动起反应;和6)脂肪和碳水化合物平衡并对运动反应较小。
1)对脂肪限制发生反应和对运动发生反应:具有这种遗传方式的主体向身体内吸收更多的饮食脂肪,并具有较慢的新陈代谢作用。他们具有更大的体重增加的趋势。临床研究证明,这类主体通过减少总饮食脂肪能够较快的达到健康体重。他们能够通过减少脂肪、减少卡路里饮食在体重减轻方面取得较大的成就。另外,将减少卡路里的饮食中的饱和脂肪替换为单不饱和脂肪也能使这些主体受益。临床研究还显示,这些相同的饮食改变能够改善主体代谢糖和脂肪的能力。
具有这种遗传方式的主体能够对身体运动做出反应,有效的分解身体脂肪。作为对运动的反应,这些主体能够明显的降低体重并很有可能维持降低的体重。这些主体还能够受益于任何水平的增加的运动,例如,至少轻度运动或者至少中度运动。
2)对脂肪限制发生反应和对运动反应较小;具有这种遗传方式的主体向身体内吸收更多的饮食脂肪,并具有较慢的新陈代谢作用。他们具有更大的体重增加的趋势。临床研究证明,这类主体通过减少总饮食脂肪能够较快的达到健康体重。他们能够通过减少脂肪、减少卡路里饮食在体重减轻方面取得较大的成就。另外,将减少卡路里的饮食中的饱和脂肪替换为单不饱和脂肪也能使这些主体受益。临床研究还显示,这些相同的饮食改变能够改善主体代谢糖和脂肪的能力。
与携带其他遗传方式的主体相比,具有这种遗传方式的主体在运动的影响下具有较小的将身体脂肪分解的能力。在中等强度运动条件下,他们比预计的减少更少的体重和身体脂肪。这些主体需要进行更多的运动来活化身体脂肪分解为能量并减轻体重。他们必须同时维持连续的运动计划来保持体重降低。
3)对碳水化合物限制发生反应和对运动发生反应:具有这种遗传方式的主体更容易从过度的碳水化合物摄取量中获得体重增加。通过减少低卡路里饮食中碳水化合物的量能够使他们更为成功的减轻体重。如果每日的碳水化合物摄取量超过49%的总卡路里量的话,具有这种遗传方式的主体易于患有肥胖症并具有血糖调节方面的困难。已经显示,减少碳水化合物能够最优化血糖调节作用并减少进一步增加体重的风险。如果饮食中含有高饱和和第单不饱和脂肪的话,体重增加和血糖上升的风险也增加。当限制总卡路里量时,这些主体能够受益于限制总碳水化合物摄取量和将其饮食中的脂肪组成改变为单不饱和脂肪。
具有这种遗传方式的主体能够对身体运动做出反应,有效的分解身体脂肪。作为对运动的反应,这些主体能够明显的降低体重并很有可能维持降低的体重。
对碳水化合物限制发生反应和对运动反应较小:具有这种遗传方式的主体更容易从过度的碳水化合物摄取量中获得体重增加。通过减少低卡路里饮食中碳水化合物的量能够使他们更为成功的减轻体重。如果每日的碳水化合物摄取量超过49%的总卡路里量的话,具有这种遗传方式的主体易于患有肥胖症并具有血糖调节方面的困难。已经显示,减少碳水化合物能够最优化血糖调节作用并减少进一步增加体重的风险。如果饮食中含有高饱和和第单不饱和脂肪的话,体重增加和血糖上升的风险也增加。当限制总卡路里量时,这些主体能够受益于限制总碳水化合物摄取量和将其饮食中的脂肪组成改变为单不饱和脂肪。
与携带其他遗传方式的主体相比,具有这种遗传方式的主体在运动的影响下具有较小的将身体脂肪分解的能力。在中等强度运动条件下,他们比预计的减少更少的体重和身体脂肪。这些主体需要进行更多的运动来活化身体脂肪分解为能量并减轻体重。他们必须同时维持连续的运动计划来保持体重降低。
5)脂肪和碳水化合物平衡并对运动起反应:具有这种遗传方式的主体不需要持续的低脂肪或者低碳水化合物饮食。在这些主体中,主要生物标记物,例如体重、身体脂肪、和血脂曲线对脂肪和碳水化合物均衡饮食反应良好。具有这种遗传方式的主体如果有兴趣减轻体重的话,已经发现,限制卡路里的均衡饮食能够促进体重降低并降低身体脂肪。
具有这种遗传方式的主体能够对身体运动做出反应,有效的分解身体脂肪。作为对运动的反应,这些主体能够明显的降低体重并很有可能维持降低的体重。
6)脂肪和碳水化合物平衡并对运动反应较小:具有这种遗传方式的主体不需要持续的低脂肪或者低碳水化合物饮食。在这些主体中,主要生物标记物,例如体重、身体脂肪、和血脂曲线对脂肪和碳水化合物均衡饮食反应良好。具有这种遗传方式的主体如果有兴趣减轻体重的话,已经发现,限制卡路里的均衡饮食能够促进体重降低并降低身体脂肪。
与携带其他遗传方式的主体相比,具有这种遗传方式的主体在运动的影响下具有较小的将身体脂肪分解的能力。在中等强度运动条件下,他们比预计的减少更少的体重和身体脂肪。这些主体需要进行更多的运动来活化身体脂肪分解为能量并减轻体重。他们必须同时维持连续的运动计划来保持体重降低。
除了推荐的营养和运动之外,个人治疗/饮食方案可以同时包括推荐的饮食增补剂、食品增补剂或者保健品。“保健品”是指一种功能性食品,这种食品除了提供营养之外,还能够提供其他利益。这类物质可以包括保健饮料、营养饮料(例如,SlimfastTM等等)以及运动草本饮料和其他加酒精的饮料。
试剂盒
根据一些实施方案,这里提供了用于检测主体新陈代谢基因型的试剂盒,该试剂盒包括试剂(低聚核苷酸、盐、酶、缓冲剂,等等)和使用试剂盒的说明书。
根据一些实施方案,试剂盒包括一种样品收集工具,包括但是不局限于,一种收集唾液的棉签;一种储存工具,用于存储收集的样品并用于运输。所述试剂盒进一步包括一张CD或者CD-ROM,记载如何收集样品、运输样品的说明书,和从样品DNA中获得的遗传信息的解释方式,并将此信息转变成治疗/饮食或者推荐的生活方式。基因型方式可以通过计算机网络和国际互联网络储存、传播并展示。治疗/饮食和推荐的生活方式包括但不限于本发明描述的那些。
等位基因的检测
使用任何可利用的技术检测组成的等位基因,这样可以识别出等位基因方式、多态性方式或者单倍体方式,所述技术包括:1)在核酸样品和能够与等位基因杂交的探针之间进行杂交反应;2)测序至少一部分等位基因;3)确定等位基因或其片段(例如通过核酸内切酶消化作用产生的片段)的电泳流动性。在检测步骤之前,所述等位基因可以选择性的经历扩增步骤。优选的扩增方法选自由:聚合酶链式反应(PCR)、连接酶链式反应(LCR)、链取代扩增作用(SDA)、克隆和上述扩增方法的变形(例如,反向聚合酶链式反应(RT-PCR)、和等位基因特异性扩增)。可以从,例如,新陈代谢基因位点,包括所关心的标记物侧链(按照聚合酶链式反应扩增的要求)选择需要进行扩增的低聚核苷酸,或者直接重叠所述标记物(如在等位基因特异性低聚核苷酸(ASO)杂交中)。在一种特别优选的实施方案中,使用一组引物对样品进行杂交,所述引物在某些情况下将5′和3′或者反义序列与血管病相关等位基因杂交,并进行聚合酶链式反应扩增。
也可以间接检测等位基因,例如,通过分析DNA编码的蛋白质产物。例如,如果待检测的标记物能够翻译为一种突变体蛋白质的话,可以通过任意一种蛋白质检测方法检测这种蛋白质。这些方法包括免疫检测和生物化学试验,例如,分级分离,其中,所述蛋白质的通过截断、延长、改变折叠或者改变后翻译修饰作用在表观分子量方面有变化。
设计扩增特有的人染色体基因组序列的引物的宗旨是这些引物的熔化温度至少为50℃,其中,使用公式Tmelt=[2X(#of A或者T)+4X(#of G或者C)]可以估计大致的熔化温度。
许多方法都可以用来检测人多态性位点上的特定等位基因。检测特定多态性等位基因的优选方法部分取决于所述多态性的分子性质。例如,所述多态性位点的不同等位基因形式的差别可能是所述DNA的单个碱基对。这种单核苷酸多态性(或SNP)是基因变化的主要形式,包括所有已知多态性的80%。它们在人基因组中的密度估计是平均每1,000个碱基对中有1个。单核苷酸多态性(SNP)通常是双等位基因,只有两种不同的形式(虽然理论上可能是单核苷酸多态性(SNP)有四种不同的形式,相应于DNA中四种不同的核苷酸碱基)。不过,从突变上来说单核苷酸多态性(SNP)比其它多态性更稳定,这使得它们更适用于用于定位致病突变的对标记和未知变体之间的连锁不平衡的关联研究。此外,由于单核苷酸多态性(SNP)典型地仅有两个等位基因,它们可以通过简单的加/减检测,而不用进行长度测量以确定其基因型,这使得它们更容易实现自动化。
有多种方法可用于检测主体中特定单核苷酸多态性等位基因的存在。该领域中的进展已提供了准确,简单,并且便宜的大规模单核苷酸多态性(SNP)基因分型方法。最近,例如,已描述了几种新技术,包括动态等位基因特异性杂交(DASH),微板阵列对角线凝胶电泳(MADGE),高温测序,寡核苷酸特异性连接,TaqMan系统以及各种DNA“芯片”技术例如AffymetrixSNP芯片。这些方法要求扩增靶基因区域,通常是通过PCR。还有其它新开发的方法,其是基于通过侵入性的切割,然后用质谱或固定化padlock探针和滚环扩增产生小信号分子,这可能最终会导致不再需要进行PCR。几种本领域公知的检测特定单核苷酸多态性的方法总结如下。本发明的方法理解为包括了所有可获得的方法。
已开发了几种方法使得更容易对单核苷酸多态性进行分析。在一个实施方案中,可以使用专门的抗核酸外切酶的核苷酸,如例如Mundy,C.R.的文献(美国专利第4,656,127号)中公开的,检测单碱基多态性。根据该方法,使与紧邻多态性位点3’的等位基因序列互补的引物与从特定动物或人获得的靶分子杂交。如果靶分子上的多态性位点含有与存在的特定的抗核酸外切酶的核苷酸衍生物互补,那么所述衍生物会掺入到杂交引物的末端。这种掺入使得所述引物可抵抗核酸外切酶,因此可以进行检测。由于样品的抗核酸外切酶的衍生物是已知的,发现所述引物能抵抗核酸外切酶,这一发现说明靶分子的多态性位点上存在的核苷酸与反应中使用的核苷酸衍生物的核苷酸互补。该方法的优点在于它不需要测定大量的无关序列数据。
在本发明的另一个实施方案中,使用基于溶液的方法确定多态性位点的核苷酸。参见Cohen,D等人的文献(法国专利第2,650,840号;PCT申请WO91/02087)。如美国专利第4,656,127号中Mundy的方法所述,使用与紧邻多态性位点3’的等位基因序列互补的引物。该方法用标记的双脱氧核苷酸衍生物确定该位点的核苷酸,如果该标记的双脱氧核苷酸衍生物与所述多态性位点的核苷酸互补,就会掺入所述引物的末端。
另一种作为选择的方法,就是Genetic Bit Analysis或者GBATM,如Goelet,P.等人(PCT申请No.92/15712)所述。Goelet,P.等人的方法使用标记终止子的混合物和与多态性位点的3’的序列互补的引物。掺入的标记终止子通过与待评价的靶分子的多态性位点中存在的核苷酸互补来确定。与Cohen等人(法国专利第2,650,840号;PCT申请No.WO91/02087)的方法相反,Goelet,P.等人的方法优选是异质相检测,其中引物或靶分子固定于固相上。
近来,已经描述了几种用于检测DNA中多态性位点的引物指导的核苷酸掺入方法(Komher,J.S.et al.,Nucl.Acids.Res.17:7779-7784(1989)(Komher,J.S.等人于1989年在“核酸研究”第17期第7779-7784页发表的文献);Sokolov,B.P.,Nucl.AcidsRes.18:3671(1990)(Sokolov,B.P.于1990年在“核酸研究”第18期3671页发表的文献);Syvanen,A.-C.,et al.,Genomics 8:684-692(1990)(Syvanen,A.-C.等人于1990年在“基因组学”第8期684-692页发表的文献);Kuppuswamy,M.N.et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.(U.S.A.)88:1143-1147(1991)(Kuppuswamy,M.N.等人于1991年在“美国科学院院刊(U.S.A)第88期1143-1147页发表的文献”);Prezant,T.R.et al.,Hum.Mutat.1:159-164(1992)(Prezant,T.R.等人于1992年在“Hum.Mutat.”第1期159-164页发表的文献);Ugozzoli,L.et al.,GATA 9:107-112(1992)(Ugozzoli,L.等人于1992年在“GATA”第9期107-112页发表的文献);Nyren,P.et al.,Anal.Biochem.208:171-175(1993)(Nyren,P.等人于1993年在“生物化学分析”第208期171-175页发表的文献))。这些方法与GBATM的不同之处在于它们都依靠标记脱氧核苷酸的掺入以辨别多态性位点的碱基。在这种情况下,由于信号与掺入的脱氧核苷酸的数量成比例,在相同核苷酸组上发生的多态性可以导致信号与该组的长度成比例(Syvanen,A.-C.,et al.,Amer.J.Hum.Genet.52:46-59(1993))。
对于那些使蛋白质的翻译过早终止的突变,蛋白质截断检测(PTT)提供了有效的诊断方法(Roest,et.al.,(1993)Hum.Mol.Genet.2:1719-21(Roset等人于1993年在“人类分子基因”第2期第1719-1721页发表的文献);van der Luijt,et.al.,(1994)Genomics 20:1-4(van der Luijt等人于1994年在“基因组学”第20期第1-4页发表的文献))。在蛋白质截断检测(PTT)方法中,先从可获得的组织中分离RNA并反转录,然后用PCR扩增感兴趣的区段。然后用反转录PCR的产物作为模板进行巢式PCR扩增,引物含有RNA聚合酶启动子和能起始真核翻译的序列。扩增了感兴趣的区段以后,掺入到引物中的独特的基序使得可以继续进行体外转录和PCR产物的翻译。将翻译产物进行十二烷基硫酸钠-聚丙酰胺凝胶电泳,出现截断的多肽表示存在导致翻译过早终止的突变。在这项技术的一个变形中,当感兴趣的靶区域来自单个外显子的时候,用DNA(相对于RNA)作为PCR模板。
可以使用任何细胞类型或组织获得用于本文所述的诊断中的核酸样品。在一个优选的实施方案中,所述DNA样品得自于体液,例如,通过已知方法获得的血液(例如静脉穿刺),或唾液。或者,可以对干燥样品(例如头发或皮肤)进行核酸检测。当使用RNA或蛋白质的时候,可使用的细胞或组织必须表达IL-1基因。
也可以直接对得自于活组织检查或切除得到的患者组织的组织部分(固定化的和/或冷冻的)实施原位诊断方法,从而不需要进行核酸纯化。在这种原位方法中可使用核酸试剂作为探针和/或引物(参见,例如,Nuovo,G.J.,1992,PCR in situ hybridization:protocols and applications,Raven Press,NY(Nuovo,G.J.于1992年发表的“原位杂交PCR:方案和应用”,Raven出版社,纽约))。
除了主要用于检测一个核酸序列的方法,在这些检测方案中还可以对概况进行评估。例如可以通过使用差异显示方法,Northern分析和/或RT-PCR产生指纹概况。
优选的检测方法是用与IL-1促炎性单倍体型的至少一个等位基因的区域重叠,并具有突变或多态性区域周围的大约5,10,20,25,或30个核苷酸的探针进行的等位基因特异性杂交。在本发明的优选实施方案中,几个能够特异地与其它骨质疏松中涉及的等位基因变体杂交的探针与固相支持物,例如“芯片”(其能支持大约250,000个寡核苷酸)相连。寡核苷酸可以通过多种方法,包括平版印刷与固相支持物相连。用这些含有寡核苷酸的芯片,也称作“DNA探针阵列”进行突变检测分析如例如Cronin et al.(1996)Human Mutation 7:244中所述。在一个实施方案中,芯片含有基因的至少一个多态性区域的所有等位基因变体。然后使所述固相支持物与检测核酸接触,检测其与特定探针的杂交。相应地,一个或多个基因的多个等位基因变体可以通过简单的杂交实验鉴定。
这些技术还包含在分析之前扩增所述核酸的步骤。扩增技术是本领域技术人员公知的,包括但不限于克隆,聚合酶链式反应(PCR),特定等位基因的聚合酶链式反应(ASA)。连接酶链式反应(LCR),巢式聚合酶链式反应,自激序列复制(Guatelli,J.C.et al.,1990,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 87:1874-1878(Guatelli,J.C.等人于1990年在“美国科学院院刊(USA)”第87期1874-1878页发表的文献)),转录扩增系统(Kwoh,D.Y.etal.,1989,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86:1173-1177(Kwoh,D.Y.等人于1989年在“美国科学院院刊(USA)”第86期1173-1177页发表的文献))和Q-Beta复制酶(Lizardi,P.M.et al.,1988,Bio/Technology 6:1197(Lizardi,P.M.等人于1988年在“生物技术”第6期1197页发表的文献))。
扩增产物可以用多种方式检测,包括长度分析,限制性酶切然后分析片段长度,检测反应产物中特定的标记(tagged)寡核苷酸引物,等位基因特异的寡核苷酸(ASO)杂交,等位基因特异的5’外切酶检测,测序,杂交等。
基于聚合酶链式反应的检测方法包括对多个标记同时进行多元扩增。例如,本领域公知要选择PCR引物以产生在长度上不重叠并可同时进行分析的PCR产物。或者,可以用进行了不同标记(labeled)的引物扩增不同的标记(marker),从而可以分别检测。当然,基于杂交的检测方法使得可以对样品中的多个PCR产物分别检测。其它对多个标记进行多元分析的技术是本领域公知的。
在仅为举例说明的实施方案中,所述方法包括下述步骤:(i)收集患者细胞样品,(ii)从样品的细胞中分离核酸(例如基因组,mRNA或二者),(iii)使所述核酸样品与一个或多个能在所述等位基因发生杂交和扩增的条件下与IL-1促炎性单倍体型的至少一个等位基因的5’或3’特异性杂交的一个或多个引物接触,以及(iv)检测扩增产物。这些检测方案特别可用于检测存在量特别低的核酸分子。
在患者检测的优选实施方案中,通过限制性酶切模式的改变鉴别IL-1促炎性单倍体型的等位基因。例如,分离样品和对照DNA,扩增(选择性地),用一种或多种限制性内切酶消化,用凝胶电泳确定片段长度。
在另一个实施方案中,可以用本领域公知的多种测序反应中的任何一种直接对等位基因进行测序。示例性的测序反应包括那些基于Maxim and Gilbert((1977)Proc.Natl Acad Sci USA 74:560)或Sanger(Sanger et al(1977)Proc.Nat.Acad.Sci USA 74:5463)的技术的。当进行患者检测(参见,例如Biotechniques(1995)19:448),包括用质谱进行测序(参见,例如PCT出版物WO94/16101;Cohen et al.(1996)Adv Chromatogr 36:127-162(Cohen等人于1996年在“色谱技术发展”第36期第127-162页发表的文献);和Griffin et al.(1993)Appl Biochem Biotechnol 38:147-159(Griffin等人于1993年在“应用生物化学生物技术”第38期147-159页))的时候,可以使用多种自动测序方法中的任何一种。在特定的实施方案中,在测序反应中需要确定的是核酸碱基的仅仅一个、两个或三个的出现。例如,可以进行A-track等,例如,其中只有一个核酸被检测。
在另一个实施方案中,可以使用防止切割试剂(例如核酸酶,羟胺或四氧化锇和哌啶)作用的保护作用检测RNA/RNA或RNA/DNA或DNA/DNA异质双链中的错配碱基(Myers,et al.(1985)Science 230:1242(Myers等人于1985年在“科学”第230期1242页发表的文献))。通常,“错配切割”技术先是提供通过使含有野生型等位基因的(标记的)RNA或DNA与样品杂交形成的异质双链。用切割例如由于对照和样品链之间的碱基对错配而存在的双链体的单链区域的试剂处理双链的双链体。例如,可用RNase处理RNA/DNA双链体,用S1核酸酶处理DNA/DNA杂交体以酶解错配的区域。在其它实施方案中,可以用羟胺或四氧化锇以及哌啶处理DNA/DNA或RNA/DNA双链体以消化错配区域。错配区域被消化以后,将得到的物质在变性聚丙酰胺凝胶上根据长度分离,以确定突变的位点。参见,例如Cotton et al(1988)Proc.Natl Acad Sci USA 85:4397(Cotton等人于1988年在“美国科学院院刊”第85期4397页的文献);和Saleeba et al(1992)Methods Enzymol.217:286-295(Saleeba等人于1992年在“酶学方法”第217期第286-295页发表的文献)。在优选的实施方案中,可以标记对照DNA或RNA以进行检测。
在依旧另一个实施方案中,错配切割反应使用一个或多个能识别双链DNA的错配碱基对的蛋白质(所谓的“DNA错配修复”酶)。例如,E.coli的mutY酶切割G/A错配的A,HeLa细胞的胸腺嘧啶DNA糖基化酶切割G/T错配的T(Hsu et al.(1994)Carcinogenesis 15:1657-1662)。根据示例性的实施方案,基于IL-1基因座单倍体型的等位基因的探针与检测细胞的cDNA或其它DNA产物杂交。用DNA错配修复酶处理所述双链体,可用电泳方法等检测切割产物,如果有的话。参见,例如,美国专利第5,459,039号。
在其它实施方案中,可用电泳迁移率的改变鉴别IL-1基因座等位基因。例如,可用单链构象多态性(SSCP)检测突变的和野生型核酸的电泳迁移率的差异(Orita et al.(1989)Proc Natl.Acad.Sci USA 86:2766(Orita等人于1989年在“美国科学院院刊”第86期第2766页的文献),还可参见Cotton(1993)Mutat Res 285:125-144(Cotton于1993在“突变研究”第285期125-144页的文献);和Hayashi(1992)Genet Anal Tech Appl 9:73-79(Hayashi于1992年在“基因分析技术应用”第9期第73-79页的文献))。样品和对照IL-1基因座等位基因的单链DNA片段变性并且可以再复性。单链核酸的二级结构根据序列而不同,得到的电泳迁移率的改变甚至可检测到单个碱基的改变。DNA片段可被标记或者可用标记的探针检测。用RNA(胜于DNA)可增加所述检测的灵敏度,其中二级结构对序列变化更为敏感。在优选的实施方案中,主体方法用异质双链分析根据电泳迁移率的改变分离双链异质双链分子(Keen et al.(1991)Trends Genet 7:5)。
在依旧另一个实施方案中,用变性梯度凝胶电泳(DGGE)检测等位基因在含有变性剂梯度的聚丙酰胺凝胶上的移动(Myers et al.(1985)Nature 313:495)。当用变性梯度凝胶电泳(DGGE)做为分析方法的时候,要对DNA进行修饰以确保它不会完全变性,例如通过PCR加入大约40bp的高熔解点的富含GC的DNA的GC clamp。在另一个实施方案中,使用温度梯度代替变性试剂梯度鉴别对照和样品DNA的迁移率的差别(Rosenbaumand Reissner(1987)Biophys Chem 265:12753)。
用于检测等位基因的其它方法的实例包括但不限于,选择性寡核苷酸杂交,选择性扩增,或选择性引物延伸。例如,可以制备其中已知的突变或核苷酸差异(例如等位基因变体)位于中心的寡核苷酸引物,然后使之与靶DNA在只有存在完全配对才发生杂交的条件下杂交(Saiki et al.(1986)Nature 324:163)(Saiki等人于1986年在“自然”第324期第163页的文献);Saikiet al(1989)Proc.Natl Acad.Sci USA 86:6230(Saiki等人于1989年在“美国科学院院刊”第86期第6230页的文献))。这种等位基因特异性寡核苷酸杂交技术可用来检测每个反应中的一个突变或多态性区域,其中当所述寡核苷酸连接于杂交膜上并且与标记的靶DNA杂交的时候,所述寡核苷酸与PCR扩增的靶DNA或多种不同的突变或多态性区域杂交。
作为选择,依赖于选择性PCR扩增的等位基因特异性扩增技术可与本发明结合使用。用做特异性扩增的引物的寡核苷酸可以在该分子的中心(以使扩增依赖于差异杂交)(Gibbs et al(1989)Nucleic Acids Res.17:2437-2448(Gibbs等人于1989年在“核酸研究”第17期第2437-2448页发表的文献)),或在一个引物的3’末端,其在适当的条件下可以防止错配或减少聚合酶延伸(Prossner(1993)Tibtech 11:238),携带感兴趣的突变或多态性区域。此外,可以向突变区域中引入新的限制性位点,以进行基于切割的检测(Gasparini et al(1992)Mol.Cell Probes 6:1)。在特定的实施方案中,还可以用Taq连接酶进行扩增(Barany(1991)Proc.Natl.Acad.Sci USA 88:189)。在这种情况下,只有在5’序列的3’端完全配对的条件下才发生连接,这使得可以通过检查是否存在扩增检测特定位点上已知突变的存在。
在另一个实施方案中,用寡核苷酸连接检测(OLA)鉴别等位基因变体,如美国专利第4,998,617号和Landegren,U.et al.((1988)Science 241:1077-1080(Landegren,U等人与1988年在“科学”第241期第1077-1080页发表的文献))中所述。OLA方法使用两个能与靶的单链的相邻序列杂交的寡核苷酸。寡核苷酸中的一个与分离标记,例如生物素化的标记相连,另一个可检测地进行标记。如果在靶分子中发现精确的互补序列,所述寡核苷酸会杂交以使它们的末端相邻,产生连接底物。连接使得可以用抗生物素蛋白,或另一个生物素配体回收标记的寡核苷酸。Nickerson,D.A.等人描述了一种综合了PCR和OLA的特性的核酸检测方法(Nickerson,D.A.et al.(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 87:8923-27(Nickerson,D.A.等人于1990年在“美国科学院院刊”第87期第8923-8927页发表的文献))。在此方法中,用PCR实现对靶DNA的指数扩增,然后用OLA检测。
已开发了几种基于此OLA方法的技术,它们可以用于检测IL-1基因座单倍体型的等位基因。例如,美国专利第5,593,826号公开了一种OLA,其使用具有3’氨基基团和5’磷酸化寡核苷酸的寡核苷酸形成具有氨基磷酸酯键的结合物。在Tobe et al.((1996)Nucleic Acids Res 24:3728)描述的另一种OLA的变形中,OLA与PCR组合使得能在单个微量滴定孔中对两个等位基因定型。通过用独特的半抗原,即毛地黄毒苷和荧光素标记每个等位基因特异的引物,可以用不同的酶报告子,碱性磷酸酶或辣根过氧化物酶标记半抗原特异的抗体从而检测每个OLA反应。该系统使得可以用能产生两种不同颜色的高通量的形式检测两个等位基因。
在另一个方面,本发明的特点在于能够进行上述实验的试剂盒。根据一些实施方案,本发明的试剂盒可以包括根据一种或者一种以上新陈代谢基因确定主体基因型的工具。所述试剂盒还包括核酸样品收集工具。该试剂盒还包括一种对照样品,这种对照样品既可以是阳性对照也可以是阴性对照,还可以是标准品,和/或试剂盒还包括用于估计结果的计算仪器和一种附加的试剂和成分,包括:DNA扩增试剂、DNA聚合酶、核酸扩增试剂、限制性酶、缓冲液、核酸取样仪器、DNA扩增仪器、脱氧核苷、低聚核苷酸(例如探针和引物)等等。
用于试剂盒的时候,寡核苷酸可以是多种天然和/或合成组合物例如合成的寡核苷酸,限制性片段,cDNA,合成的肽核酸(PNA)等中的任何一种。所述检测试剂盒和方法还可以使用标记的寡核苷酸使得容易进行检测鉴定。可用的标记的实例包括放射性标记,酶,荧光化合物,抗生物素蛋白链菌素,抗生物素蛋白,生物素,磁性组分,金属结合组分,抗原或抗体组分等。
如上所述,参照物可以是阳性参照或者阴性参照。进一步的,所述参照样品可以包括所使用的等位基因检测技术的阳性(或者阴性)产物。例如,所述等位基因检测技术是PCR扩增,随后进行尺寸分馏,所得参照样品可以包括合适大小的DNA片段。等位基因检测技术包括突变蛋白质的检测,同样的,参照样品也可以包括突变蛋白质的样品。但是,优选的是参照样品包括被检测的材料。例如,所述参照物可以是一种基因组DNA样品或者新陈代谢基因的一种克隆部分。但是,优选的,所述参照样品是一种基因组DNA的高度纯化的样品,其中,被检测的样品是基因组DNA。
存在于所述试剂盒中的低聚核苷酸可以被用于扩增所关心的区域或者用于指导等位基因特异性低聚核苷酸(ASO)与待测标记物杂交。因此,所述低聚核苷酸可以位于所关心的标记物的侧面(按照PCR扩增的需要)或者直接与标记物重叠(如在等位基因特异性低聚核苷酸(ASO)杂交作用中)。
使用这里描述的试验和试剂盒获得的信息(单独使用或者与其他遗传缺陷或者环境因素信息一起使用)可以有效用于确定不显示任何症状的主体是否患有或者有可能发展成为具体的疾病或者病况。另外,这些信息能够提供一种更为专门的方式来预防所述疾病或者病况的发生或者恶化。例如,这些信息使医生能够更有效的制定一种治疗方法,从而解决所述疾病或者病况的分子基础。
任选的,所述试剂盒还可以包括DNA取样工具。DNA取样工具是本领域普通技术人员所熟知的,包括但不局限于底物,例如滤纸,AmpliCardTM(谢菲尔德大学,谢菲尔德,英格兰S1O 2JF;Tarlow,J W,et al,J.of Invest.Dermatol.103:387-389(1994)(Tarlow J.W等人于1994年在“J.of Invest.Dermatol”第103期387-389页的文献))等等;DNA纯化试剂,例如NucleonTM试剂盒、溶解缓冲液、蛋白酶溶液等等;PCR试剂,例如10X反应缓冲剂,恒温聚合酶、dNTP,等等;以及等位基因检测工具,例如Hinfl限制酶,等位基因特异性低聚核苷酸、用于从干燥的血液中进行巢式聚合酶链式反应的变性低聚核苷酸引物。
本发明的另一个实施方案涉及用于检测对某些饮食和/或运动水平有发生反应的倾向的试剂盒。这种试剂盒可以包括一种或者一种以上低聚核苷酸,包括5′和3′低聚核苷酸,所述5′和3′低聚核苷酸能在5′或者3′位点与至少一个新陈代谢基因位点或者单倍体的等位基因杂交。聚合酶链式反应扩增的低聚核苷酸可以部分地在25到2500之间杂交,优选的,在大约100和大约500碱基部分杂交,从而产生一种聚合酶链式反应产物,该产物具有合适的尺寸,方便进行后续分析实验。
表5:本发明所述诊断方法中使用的尤其优选的引物见下表:
通过利用从包括人脂肪酸结合蛋白2(FABP2)位点的人类染色体4q28-q31中获得的最新的序列信息和从该位点中获得的最新的人类多态性信息,可以更为方便的设计出其他的低聚核苷酸,用于本发明方法所述的新陈代谢基因多态性等位基因的扩增和检测中。使用这些序列信息和本领域内已知的用于设计和优化引物序列的标准技术,可以很容易的设计出用于检测新陈代谢基因中人类多态性的适当的引物。例如,通过使用可商业获得的引物选择程序,例如Primer 2.1、Primer 3或者GeneFisher(参见,Nicklin M.H.J.,Weith A.Duff G.W.,″A Physical Map of theRegion Encompassing the Human Interleukin-1α,interleukin-1β,and Interleukin-1Receptor Antagonist Genes″Genomics 19:382(1995)(Nicklin M.H.J.,Weith A.Duff G.W.于1995年在“基因组学”第19期第382页发表的名为“环绕人白细胞介素-1α、白细胞介素-1β和白细胞介素-1受体拮抗体基因的区域的物理图谱”的文献);Nothwang H.G.,et al.″Molecular Cloning of the Interleukin-1gene Cluster:Construction of an Integrated YAC/PAC Contig and apartial transcriptional Map in the Region of Chromosome 2q13″Genomics 41:370(1997)(Nothwang H.G.等人于1997年在“基因组学”第41期第370页发表的名为“白细胞介素-1基因簇的分子克隆:完整YAC/PAC构象的构建和染色体2q13区域的部分翻译谱图”的文献);Clark,et al.(1986)Nucl.Acids.Res.,14:7897-7914(Clark等人于1986年在“核酸研究”第14期第7897-7914页发表的文献)[由于排版错误,公布在1987年版的“核酸研究”第15期第868页和基因组数据库(GDB)计划中),可以实现这些引物序列的最佳设计。
在另一个方面,本发明的特点在于用于进行上述实验的试剂盒。根据一些实施方案,本发明的试剂盒可能包括根据一种或者一种以上新陈代谢基因确定主体基因型的工具。所述试剂盒还可以包括核酸取样工具。所述试剂盒还可以包括一种阳性或者阴性的参照样品和/或已知计算装置,用于评价所得结果,所述试剂盒还可以包括其他试剂和成分,包括:DNA扩增试剂、DNA聚合酶、核酸扩增试剂、限制性内切酶、缓冲剂、核酸取样装置、DNA纯化装置、脱氧核苷酸、低聚核苷酸(例如探针和引物等等。
为了在试剂盒中使用,低聚核苷酸可以是任意一种天然的和/或合成的组合物,例如,合成的低聚核苷酸、限制性片段、cDNA、合成的肽核酸(PNA)等等。试验试剂盒和方法还可以使用标记的低聚核苷酸,从而更轻易的识别试验。可以使用的标记物的实施例包括放射标记、酶、荧光化合物、抗生物素蛋白链菌素、抗生物素蛋白、生物素、磁性基团、金属结合基团、抗原或者抗原基团等等。
如上所述,所述参照物可以是阳性参照物或者阴性参照物。进一步的,所述参照样品可以包括这里所使用的等位基因检测技术的阳性(或者阴性)产物。例如,所述等位基因检测技术是PCR扩增,随后进行尺寸分馏,所得参照样品可以包括合适大小的DNA片段。等位基因检测技术包括突变蛋白质的检测,同样的,参照样品也可以包括突变蛋白质的样品。但是,优选的是参照样品包括被检测的材料。例如,所述参照物可以是一种基因组DNA样品或者新陈代谢基因的一种克隆部分。但是,优选的,所述参照样品是一种基因组DNA的高度纯化的样品,其中,被检测的样品是基因组DNA。
存在于所述试剂盒中的低聚核苷酸可以被用于扩增所关心的区域或者用于指导等位基因特异性低聚核苷酸(ASO)与待测标记物杂交。因此,所述低聚核苷酸可以位于所关心的标记物的侧面(按照PCR扩增的需要)或者直接与标记物重叠(如在等位基因特异性低聚核苷酸(ASO)杂交作用中)。
使用这里描述的试验和试剂盒获得的信息(单独使用或者与其他遗传缺陷或者环境因素信息一起使用,所述遗传缺陷或者环境因素信息促进关节炎的发生)可以有效用于确定不显示任何症状的主体是否患有或者有可能发展成为具体的疾病或者病况。另外,这些信息能够提供一种更为专门的方式来预防所述疾病或者病况的发生或者恶化。例如,这些信息使医生能够更有效的制定一种治疗方法,从而解决所述疾病或者病况的分子基础。
所述试剂盒,任选地,还可包括DNA取样工具。DNA取样工具是本领域技术人员公知的,包括但不限于底物,例如滤纸,AmpliCardTM(谢菲尔德大学,谢菲尔德,英格兰SlO 2JF;Tarlow,J W,et al,J.ofInvest.Dermatol.103:387-389(1994)(Tarlow J.W等人于1994年在“J.of Invest.Dermatol”第103期387-389页的文献))等;DNA纯化试剂例如NucleonTM试剂盒,溶解试剂,蛋白酶溶液等;PCR试剂,例如10x反应缓冲液,热稳定聚合酶,dNTPs等;和等位基因检测手段例如HinfI限制酶,等位基因特异的寡核苷酸,干血的巢式PCR的简并寡核苷酸引物。
定义
除非另有定义,这里使用的所有科学和技术名称具有与本发明所属领域普通技术人员通常的理解相同的意思。虽然在实践或者检测本发明时也可以使用与这里描述的方法和材料相似或者等效的方法和材料,但下面描述的是适当的材料的方法。这里提到的所有出版物、专利申请、专利、及其他参考文献通过引证在此全部并入本文。如果出现矛盾,以本发明说明书及其定义为准。此外,这里描述的材料、方法和实施例只起到说明性作用,并不意味着对本发明的限制。本发明其他的特点和优势通过下面的详细描述和权利要求书的定义变得显而易见。
为了促进对这里描述的实施方案的理解,在优选的实施方案中引用了参考文献,并且使用专用语言来描述优选的实施方案。这里使用的术语只为了说明具体的实施方案,并不意味着限制本发明的范围。如本发明公开文件中使用的,单数形式“一种(a)”、“一个(an)”和“该(the)”包括复数意义,除非上下文中另有明确解释。因此,例如,“一种组合物”包括该组合物的复数形式和单一组合物的形式,“一种治疗剂”是指一种或者一种以上治疗剂和/或药物制剂以及本发明所属领域普通技术人员已知的等同物,诸如此类。
术语“等位基因”是指在不同的多态性区域上发现的不同的序列变体。所述序列变体可以是单个碱基的变化或多个碱基的变化,包括但不限于插入,缺失,或取代,或者可以是可变数目的序列重复。
术语“等位基因方式”是指在一个或多个多态性区域上一个等位基因或多个等位基因的特性。例如,等位基因模式可以由多态性位点的单个等位基因组成,例如过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl 801282)等位基因1。或者,等位基因方式可以由单一多态性位点上的一种同性结合状态或者杂合状态组成。例如,过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)等位基因2.2是一种等位基因方式,其中存在两个第二等位基因拷贝和相当于过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)等位基因2同型结合的状态。或者,等位基因方式可以由在一个以上多态性位点的等位基因的一致性组成。
术语“参照物”或“参照样品”指任何适合于所使用的检测方法的样品。参照样品可以含有所用的等位基因检测技术的产物或者要检测的物质。进一步,所述参照物可以是阳性参照物或是阴性参照物。作为实施例,所述等位基因检测技术是PCR扩增,随后进行尺寸分馏,所得参照样品可以包括合适大小的DNA片段。等位基因检测技术包括突变蛋白质的检测,同样的,参照样品也可以包括突变蛋白质的样品。但是,优选的是参照样品包括被检测的材料。例如,所述参照物可以是一种基因组DNA样品或者新陈代谢基因的一种克隆部分。但是,优选的,所述参照样品是一种基因组DNA的高度纯化的样品,其中,被检测的样品是基因组DNA。
术语“基因的破坏”和“靶定破坏”或任何类似的短语是指与基因的野生型拷贝相比,对天然DNA序列进行位点特异性阻断,以防止该基因在细胞中表达。该阻断可以通过基因缺失,插入或改变,或其任意组合形成。
本文所用的术语“单倍体型”意指以统计学显著的水平(Pcorr<0.05)作为一个群组(连锁不平衡)一起遗传的一组等位基因。本文所用的短语“新陈代谢单倍体型”是指新陈代谢基因位点的单倍体型。
“增加的危险”是指与在不携带特定多态性等位基因的人群成员中的疾病或状况发生的频率相比,在携带特定多态性等位基因的个体中疾病或状况的发生有统计学较高的频率。
本文所用的术语“分离的”用于核酸,例如DNA或RNA时,分别指与天然来源的大分子中存在的其它DNA,或RNA分离的分子。本文所用的术语分离的还指当用重组DNA技术产生的时候,基本上不含细胞物质,病毒物质,或培养基的,当用化学合成的时候,基本上不含化学前体物质或其它化学物质的核酸或肽。而且,“分离的核酸”包括不以片段的形式天然存在的并且不以天然状态存在的核酸片段。本文所用的术语“分离的”还指从其它细胞蛋白分离的多肽,包括纯化的和重组的多肽。
“连锁不平衡”是指两个等位基因以比从每个等位基因在给定的控制人群中发生的单独频率预期的频率更高的频率共遗传。独立遗传的两个等位基因发生的预期频率是第一等位基因的频率乘以第二等位基因的频率。以预期频率共发生的等位基因称为“连锁不平衡”。连锁不平衡的原因通常是不清楚的。可能是因为特定等位基因组合的选择,或者近期的遗传上异质的人群的混合。此外,在标记物与疾病基因有紧密联系的情况下,如果近期发生疾病突变,预期等位基因(或连锁的等位基因群组)与所述疾病基因相关,因此没有足够的时间通过特定染色体区域上的重组事件获得平衡。当它是指由多于一个等位基因组成的等位基因方式的时候,如果包含第一等位基因方式的所有等位基因与第二等位基因模式的至少一个等位基因连锁不平衡,则第一等位基因模式与第二等位基因模式连锁不平衡。
术语“标记物”是指位于基因组的的一种序列,这种序列已知在不同的主体间是存在变化的。
“突变基因”或“突变”或“功能性突变”是指基因的等位基因形式,相对于没有该突变基因的患者,其能改变具有突变基因的患者的表型。由突变引起的表型改变可以用特定的试剂进行修正或补偿。如果患者必须对所述突变是纯合体才能具有改变的表型,则所述突变称为隐性的。如果所述突变基因的一个拷贝足以改变患者的表型,则所述突变称为显性的。如果患者具有所述突变基因的一个拷贝,并且具有介于纯合体患者和杂合体患者(对于该基因来说)之间的表型,则所述突变称为共显性的。
本文所用的术语“核酸”是指多核苷酸或低聚核苷酸,例如,脱氧核糖核酸(DNA),和,如果合适的话,核糖核酸(RNA)。该术语也可以被理解为包含用核苷酸类似物(例如肽核酸)制备的核糖核酸(RNA)或脱氧核糖核酸(DNA)的等同物或者类似物,以及可用于这里描述的实施方案中的,单链(正义或反义)或双链多聚核苷酸。
术语“多态性”是指基因或其部分(例如等位基因变体)有一种以上形式共同存在。具有至少两种不同形式,即两种不同的核苷酸序列的基因的部分称作“基因的多态性区域”。位于基因的多态性区域处的特定基因序列就是等位基因。多态性区域可以是单个核苷酸,在不同的等位基因中都不同。多态性区域还可以是几个核苷酸长。
术语“疾病的倾向性”,也叫疾病的“倾向性”或“易感性”或任何类似的短语,是指这里发现的特定的等位基因与患者发生特定疾病(例如,血管病)相关或可对患者是否发生特定疾病进行预测。所述等位基因在患有疾病的个体中与健康个体相比其频率表现过度。因此,这些等位基因可以用于甚至是在有症状前的或患病前的个体中预测疾病。
如这里所使用的术语“特异性杂交”或“特异性检测”是指核酸分子的能与样品核酸的至少大约6个连续核苷酸杂交的能力。
“转录调控序列”是在本说明书中通篇使用的通用术语,是指DNA序列,例如起始信号序列,增强子,和启动子,这种DNA序列能诱导或控制蛋白质编码序列的转录,所述蛋白质编码序列是与该DNA序列与其可操作地连接的蛋白编码序列。
术语“载体”是指一种核酸分子,该核酸分子能输送与之相连的另一个核酸。优选载体的一种类型是游离体,即能在染色体外复制的核酸。优选的载体是那些能自主复制和/或表达与之相连的核酸的载体。能直接表达与之可操作相连的基因的载体在本文中称为“表达载体”。通常,用于重组DNA技术的表达载体是“质粒”的形式,其通常指环形双链DNA环,这种环形双链DNA环处于载体形式时不与染色体结合。在本说明书中,由于质粒是最常使用的载体形式,“质粒”和“载体”可互换使用。但是,本发明还包括具有等同功能的以及后来成为本领域公知的表达载体的其它形式。
术语“野生型等位基因”是指一种基因的等位基因,当这种基因的等位基因在患者中存在两个拷贝的时候会导致野生型表型。由于基因中特定的核苷酸变化可能不会影响具有所述核苷酸变化的基因的两个拷贝的患者的表型,因此一个特定的基因可能有几种不同的野生型等位基因。
下列实施例只起到说明作用,不作为对本发明所述方法和组合物的限制。在治疗中通常使用的各种条件和参数的其他合适的修改以及调整,和本领域普通技术人员显而易见的其他修饰和调整也包括在本发明的精神和实施方案的范围中。
实施例1
进行临床研究识别基因和体重管理相关新陈代谢作用变化之间的关系;建立接受标准,从而确定哪种基因变异会影响新陈代谢途径,所述影响方式是可以通过改变饮食和生活方式进行调节的;确定已经显示具有增加的风险的基因型并建议能够通过饮食或者生活方式干预进行风险调节的基因型;以及,汇集能够支持试验结构选择的证据、试验结果解释、饮食/生活方式干预和利益/风险分析,综合上述临床研究结果,可以发展出一种体重管理试验。
基因/多态性选择标准要求以下证据:多态性与体重管理表型(例如,体重、身体脂肪、体重指数)之间具有重要关系,如三个或三个以上相互独立的相似研究所示,这些研究显示了相同的基因型关系;所述基因在体重管理中具有似乎合理的生物作用;所述多态性与在分子遗传水平上的功能性影响有关,或者,通过已知能够影响体重和/或健康结果的生物标记物确定该功能性影响;以及,从两个或者两个以上相互独立的多态性基因型导致的具体推荐种类的类似研究中可以看出,干预反应已经显示出基因型之间的差别。
试验小组的科学合理性
这些实验的科学原理基于对2007年4月之前所有科技文献的广泛总结。根据已接受标准的前瞻性表述评价这里公开的证据。按照基因>多态性>复合基因型的层次对这些证据进行整理,从而定义并调整试验小组的试验结果解释。
所述评价过程包括:
1.通过识别新陈代谢途径与体重动态平衡之间的重要关系确定试验对象基因。
2.建立验收标准,从而确定哪些遗传变异能够以某种特定的方式影响新陈代谢途径,所述特定的方式是指通过改善饮食和运动方式能够有效的改善新陈代谢途径。这些包括以下证据:
a)多态性与一种相应的表型(例如,体重、身体脂肪、体重指数)之间具有重要关系,如三个或三个以上相互独立的相似研究所示,这些研究显示了相同的基因型-表型关系。
b)所述基因在体重管理中具有似乎合理的生物作用。
c)所述多态性与在DNA水平上的功能性影响有关,或者,通过已知能够影响体重和/或健康结果的生物标记物确定该功能性影响。
d)主体对干预,例如饮食干预或者运动干预的反应可以通过基因型进行层选。这种证据必须有两个以上的独立存在。
3.进行全面的科学文献检索从而评价遗传变异对以下几个方面的影响:a)代谢作用的理化过程;b)肥胖症/体重管理和健康状况的关系,和c)通过改变体重或者肥胖度或者生物标记物变化进行调节时对干预的反应。
4.确定已经显示使主体更倾向于体重增加的基因型,并且所述体重的增加可以通过具体的饮食或者运动策略进行改变。
5.汇集能够支持试验结构选择、试验结果解释、饮食/生活方式干预和利益/风险分析的证据。
下列基因满足上面概括的标准。已经对他们进行了筛选从而确定其对影响体重的不同途径的影响,这些基因与增加的肥胖症患病风险相关。之所以选择这些基因是因为他们可以用来通过基因型区分主体对体重管理干预作用的反应。这些基因是:脂肪酸结合蛋白2(FABP2);过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG);β-2肾上腺素能受体(ADRB2);和肾上腺素能β-3受体(ADRB3)。
复合基因型理论
在识别出满足或者超过本实验小组所包含的预计发展标准的基因/多态性之后,分析其组合,从而确定所有5种多态性所遇到的所有复合基因型是否可以被分成不同的种类,并支持具体试验解释。根据主体对饮食主要营养元素的反应证据,将结果分为三个种类(对脂肪限制的反应、对碳水化合物限制的反应和脂肪和碳水化合物平衡)。还可以根据主体对运动的反应证据将结果分为两种不同的种类(对运动发生反应或者较少对运动发生反应)。所得三乘二(6个单元)的种类模型或者基因型方式在表7中进行了显示。
对脂肪限制性饮食起反应
这种种类由携带下述复合基因型的人构成:脂肪酸结合蛋白2(FABP2)丙氨酸54苏氨酸和过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)脯氨酸12丙氨酸。携带有过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)12脯氨酸/脯氨酸基因型的主体也携带有脂肪酸结合蛋白2(FABP2)苏氨酸54等位基因,这类主体也属于这种种类。在体重管理中,如果不限制具体脂肪摄入量,这类主体很难减轻体重。脂肪酸结合蛋白2(FABP2)苏氨酸54变体对长链脂肪(1)酸的结合亲合力强两倍以上,因此具有更强的脂肪吸收性和/或饮食脂肪酸通过肠道(2)处理的过程。苏氨酸54变体能够增加饮食脂肪酸通过肠道吸收和/或处理的过程。过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)在脂肪细胞形成(脂肪储存)和脂类代谢(脂肪移动)过程中发挥重要作用。过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)是一种位于脂肪细胞核中的受体。当通过饮食脂肪活化时,所述过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)受体结合特异性DNA序列,随后,该特异性DNA序列“开启”某些促进饮食脂肪在脂肪细胞中存储的基因。在人体中,加强的过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)活性与增加肥胖症有关。丙氨酸2变体与一种减少的过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)活性(43,44)有关。与携带12丙氨酸的人相比,携带12脯氨酸/脯氨酸的人更有可能对饮食中脂肪量起反应。作为对干预作用的反应,携带丙氨酸12的人在存储和移动脂肪方面具有更大的新陈代谢灵活性。因此,携带12脯氨酸/脯氨酸的主体能够更为有效的从饮食中积累脂肪。与携带丙氨酸12的人相比,携带12脯氨酸/脯氨酸基因型的人具有增加的过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)与DNA的结合亲合力,这回产生更为有效的受体活化作用,从而促进脂肪存储。
对碳水化合物限制起反应
这种种类包括携带如下不同基因组合的人:过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)脯氨酸12丙氨酸和β-2肾上腺素能受体(ADRB2)谷氨酰胺27谷氨酸(Gln27Glu)。携带有过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)12丙氨酸/*基因型(丙氨酸等位基因携带者)和/或携带β-2肾上腺素能受体(ADRB2)谷氨酸27等位基因的人在体重管理方面有难度,除非限制他们饮食中的碳水化合物摄入量。在两个独立的研究中,每个只针对基因/单一核苷酸多形性(SNP)两个中的一个进行研究,研究者发现,与携带相同基因型但碳水化合物摄取量多于总卡路里50%(30,38)的人相比,当碳水化合物摄取量被限制在小于总卡路里的50%时,携带该变体等位基因的主体具有减少的增加体重/患上肥胖症的倾向。这说明,这些变化中的一个在限制碳水化合物条件下在糖尿病患病风险上存在差异。另外,这些研究中的一个显示,在携带所述变体等位基因的主体中,当他们的碳水化合物摄取量小于总卡路里的50%时,主体具有减少的胰岛素抵抗风险(30)。对携带丙氨酸12的主体进行干预,结果证明,与不携带带基因的主体相比,作为对低卡路里饮食(19)和运动训练(45-47)的反应,携带丙氨酸12的主体具有更多的体重减少(18)和更大的胰岛素敏感性改善。这一结果可以通过与丙氨酸12变体有关的减少的过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)活性进行解释,减少的过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)活性导致过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)靶向基因的有效刺激作用减弱,更不容易产生肥胖症(降低储存脂肪的容量),并因此具有更大的胰岛素敏感度。对携带丙氨酸12或者谷氨酸27等位基因的主体推荐碳水化合物限制性食物是合理的,这是因为,这类携带者是对高碳水化合物食物具有增加的患有肥胖症风险的携带者,并且,这种基因型连同饮食/运动干预与胰岛素敏感度的改善有关。
使用体重和胰岛素敏感度变化进行的干预研究结果对于过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)12丙氨酸/*和β-2肾上腺素能受体(ADRB2)27谷氨酸(27Glu)/*(18,30,38,45-47)是有力的。但是,没有研究评价这两种多态性在一个群体中的作用。因此,与要求将两种单一核苷酸多形性(SNP)基因型相结合相比,将过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)12丙氨酸/*″和/或″β-2肾上腺素能受体(ADRB2)27谷氨酸(27Glu)/*基因型主体并入这一方式更为合适。
在五种单一核苷酸多形性(SNP)基因型方式中存在的唯一的矛盾在于,当携带β-2肾上腺素能受体(ADRB2)谷氨酸27的主体同时携带有过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)12脯氨酸/脯氨酸和脂肪酸结合蛋白2(FABP2)54苏氨酸/*的结合时,会使该主体更适于归类为“对脂肪限制性饮食发生反应”的方式。该试验将该主体指定为“对脂肪限制性饮食发生反应”的方式是根据过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)和脂肪酸结合蛋白2(FABP2)多态性与体重之间的基因-饮食相互作用具有明显优势的科学证据,和/或身体脂肪相关表型(1,2,9,10,16,18)的优势大于身体对碳水化合物调节(21,30,31)的β-2肾上腺素能受体(ADRB2)的基因-饮食相互作用。
很多研究已经证明,携带脂肪酸结合蛋白2(FABP2)苏氨酸54等位基因的主体具有患上新陈代谢综合症的风险(48-50)。其他研究也显示,通过减少饱和脂肪摄取量能够改善葡萄糖代谢作用有关的风险因子(胰岛素、血糖、甘油三酯)。在大多数情况下,针对饮食中脂肪类型的干预研究包括适当的饮食碳水化合物的量。不直接涉及脂肪酸结合蛋白2(FABP2)基因型的研究显示,通过调节碳水化合物摄取量能够改善胰岛素水平和血糖控制(51-53)。与其集中精力减少饮食中的脂肪,携带过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)12/丙氨酸/*和脂肪酸结合蛋白2(FABP2)54苏氨酸/*复合基因型的主体更有可能从减少其碳水化合物摄取量中受益。
对运动的反应较少
携带某种具体基因型的人,例如或者携带肾上腺素能β-3受体(ADRB3)基因或者携带β-2肾上腺素能受体(ADRB2)基因的人具有的遗传倾向性使他们对运动作为控制体重的策略反应较小。这两种多态性在通过调节对儿茶酚胺的反应造成的脂肪从脂肪组织中移出(脂肪分解)方面起重要作用。β-2肾上腺素能受体(ADRB2)甘氨酸16变体(即使在体外实验中与谷氨酸27变体相结合)与降低的肾上腺素能受体响应性有关(21)。这两种多态性处于紧密的连锁不平衡中。因此,对甘氨酸16变体的检测也识别出大部分携带谷氨酸27的变体,所述谷氨酸27变体也与同样的倾向性相关。肾上腺素能β-3受体(ADRB3)精氨酸64变体与减少的受体功能和减少的脂肪分解有关。在运动期间,携带该变体的主体很可能显示减少的脂肪分解,因此降低燃烧脂肪的能力,作为对运动的反应,这回导致较少的体重减少。许多干预研究一致证明,携带精氨酸64变体的人作为对饮食/运动的响应,比非携带者更难减轻体重。携带β-2肾上腺素能受体(ADRB2)甘氨酸16的主体比非携带者通过运动减轻体重的可能性更小(23),或者携带β-2肾上腺素能受体(ADRB2)甘氨酸16的主体比非携带者通过饮食和运动的结合减轻体重的可能性更小(28)。考虑到在运动期间,两种肾上腺素能受体会影响对儿茶酚胺的反应,并且β-2肾上腺素能受体(ADRB2)甘氨酸16和肾上腺素能β-3受体(ADRB3)精氨酸64具有减少的受体功能,携带上述任何一种多态性的主体也应视为包括在对运动反应性较小的复合方式内。
根据对饮食中主要营养元素的反应证据将结果分为三个独立的种类,并根据对运动的反应证据将结果分为两种不同的种类。所得三乘二种种类或基因型方式如下所示(表6)。
表6:复合基因型风险方式
注意:每种复合基因型种类中的百分比代表这种基因型在魁北克家庭研究(QFS)的白种人中预计的出现率。
在这些组中,我们根据由于DNA中核苷酸改变造成的蛋白质中的氨基酸变化来命名这些多态性(例如,“54苏氨酸”是指DNA中的核苷酸变化导致脂肪酸结合蛋白2(FABP2)蛋白质氨基酸序列的54位氨基酸被苏氨酸取代)。星号表示可能出现的等位基因(例如,“54苏氨酸/术”是指第二个等位基因可以是丙氨酸或者苏氨酸)。
复合基因型方式#_1-对脂肪和碳水化合物均衡饮食起反应,对运动起反应:携带有脂肪酸结合蛋白2(FABP2)rsl799883,1.1或者G/G(54丙氨酸/丙氨酸)、过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)rsl801282,1.1或者C/C(12脯氨酸/脯氨酸)、和β-2肾上腺素能受体(ADRB2)rslO42714,1.1或者C/C(27谷氨酰胺/谷氨酰胺)、和β-2肾上腺素能受体(ADRB2)rslO42713,2.2或者A/A(16精氨酸/精氨酸)、和肾上腺素能β-3受体(ADRB3)rs4994,1.1或者T/T(64色氨酸/色氨酸)复合基因型的主体。这种种类包括的主体基因型已知对低脂肪或者低碳水化合物、卡路里限制性饮食具有反应性,体现出体重差异。从小组中被检测的变体可知,当被分为限制饮食中脂肪或者限制饮食中碳水化合物时,这些主体对损伤反应不显示一致的遗传趋向。他们对定期运动显示正常的能量代谢反应,从而实现他们的体重管理目的。这些复合基因型在白种人中的存在比率为2%。
复合基因型方式#_2-对脂肪限制起反应,对运动起反应:携带有脂肪酸结合蛋白2(FABP2)rsl799883,2.2或者1.2(A/A或者G/A)(54苏氨酸/*)和过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)rsl 801282,1.1或者C/C(12脯氨酸/脯氨酸)和β-2肾上腺素能受体(ADRB2)rslO42714,1.2或者2.2(C/G或者G/G)(27谷氨酸(27Glu)*)或者β-2肾上腺素能受体(ADRB2)rslO42714,1.1(C/C)(27谷氨酰胺/谷氨酰胺)与β-2肾上腺素能受体(ADRB2)rslO42713,2.2(A/A)(16精氨酸/精氨酸)和肾上腺素能β-3受体(ADRB3)rs4994,1.1(T/T)(64色氨酸/色氨酸)相结合的复合基因型的主体。这类主体吸收更多的饮食脂肪并倾向于将他们储存在脂肪细胞中,而不是在新陈代谢期间消耗他们。这些主体对定期运动显示正常的能量代谢反应,从而实现他们的体重管理目的。这些复合基因型在白种人中的存在比率为5%。
复合基因型方式#_3-对碳水化合物限制起反应,对运动起反应:携带有过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)rsl801282(12AIa/*)1.2或者2.2(C/G或者G/G)和/或β-2肾上腺素能受体(ADRB2)rslO42714(27谷氨酸(27Glu)/*)1.2或者2.2(C/G或者G/G)基因型的主体,以及携带有过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)rsl801282(12AIa/*)1.2或者2.2(C/G或者G/G)和脂肪酸结合蛋白2(FABP2)rsl799883(54苏氨酸/*)2.2或者1.2(A/A或者G/A)复合基因型的主体。上述所有符合要求的基因型与β-2肾上腺素能受体(ADRB2)rs 1042713(16精氨酸/精氨酸)2.2(A/A)和肾上腺素能β-3受体(ADRB3)rs4994(64色氨酸/色氨酸)1.1(T/T)相结合以满足对运动起反应的必要条件。这类主体能够从高饮食碳水化合物摄取量中增加并保持体重,并显示有损伤的葡萄糖和胰岛素新陈代谢作用的迹象。这些主体对定期运动显示正常的能量代谢反应,从而实现他们的体重管理目的。这些复合基因型在白种人中的存在比率为5%。
复合基因型方式#_4-对脂肪和碳水化合物均衡饮食起反应,对运动反应性较小:携带有脂肪酸结合蛋白2(FABP2)rsl799883(54丙氨酸/丙氨酸)1.1或者G/G和过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)rsl801282(12脯氨酸/脯氨酸)1.1或者C/C和β-2肾上腺素能受体(ADRB2)rslO42713(16甘氨酸(16Gly)*)1.2或者1.1(G/G或者G/A)或者肾上腺素能β-3受体(ADRB3)rs4994(64Arg*)1.2或者2.2(C/T或者C/C)复合基因型的主体。这种种类包括的主体基因型已知对低脂肪或者低碳水化合物、卡路里限制性饮食具有反应性,体现出体重差异。从小组中被检测的变体可知,当被分为限制饮食中脂肪或者限制饮食中碳水化合物时,这些主体对损伤反应不显示一致的遗传趋向。他们具有受损伤的能量代谢,并对定期运动以实现他们的体重管理目的反应较小。这些复合基因型在白种人中的存在比率为14%。
复合基因型方式#_5-对脂肪限制起反应,对运动反应性较小:携带有脂肪酸结合蛋白2(FABP2)rsl799883(54苏氨酸/*)2.2或者1.2(A/A或者G/A)和过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)rsl 801282(12脯氨酸/脯氨酸)1.1或者C/C和β-2肾上腺素能受体(ADRB2)rslO42714(27谷氨酸(27Glu)*)1.2或者2.2(C/G或者G/G)或者β-2肾上腺素能受体(ADRB2)rslO42714(27谷氨酰胺/谷氨酰胺)1.1(C/C)与β-2肾上腺素能受体(ADRB2)rslO42713(16甘氨酸(16Gly)*)1.2或者1.1(G/A或者G/G)或者肾上腺素能β-3受体(ADRB3)rs4994(64Arg*)2.1或者2.2(C/T或者C/C)相结合的复合基因型的主体。这类主体吸收更多的饮食脂肪并倾向于将他们储存在脂肪细胞中,而不是在新陈代谢期间消耗他们。他们具有受损伤的能量代谢,并对定期运动以实现他们的体重管理目的反应较小。这些复合基因型在白种人中的预计的存在比率为34%。
复合基因型方式#_6-对碳水化合物限制起反应,对运动反应性较小:携带有过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)rsl 801282(12AIa/*)1.2或者2.2(C/G或者G/G)和/或β-2肾上腺素能受体(ADRB2)rslO42714(27谷氨酸(27Glu)/*)1.2或者2.2(C/G或者G/G)基因型的主体,以及携带有过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)rsl801282(12AIa/*)1.2或者2.2(C/G或者G/G)和脂肪酸结合蛋白2(FABP2)rsl799883(54苏氨酸/*)2.2或者1.2(A/A或者G/A)复合基因型的主体。上述所有符合要求的基因型与β-2肾上腺素能受体(ADRB2)rs 1042713(116甘氨酸(16Gly)*)1.2或者1.1(G/A或者G/G)或者肾上腺素能β-3受体(ADRB3)rs4994(64Arg*)2.1或者2.2(C/T或者C/C)相结合以满足对运动反应性较小的必要条件。这类主体能够从高饮食碳水化合物摄取量中增加并保持体重,并显示有损伤的葡萄糖和胰岛素新陈代谢作用的迹象。他们具有受损伤的能量代谢,并对定期运动以实现他们的体重管理目的反应较小。这些复合基因型在白种人中的存在比率为40%。
表7.主体复合基因型和风险方式
代表过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)和脂肪酸结合蛋白2(FABP2)是一种复合基因型,使体重管理目标属于“对脂肪限制起反应”种类;
代表术语“对运动反应性较少”种类的基因型;
代表复合过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)、β-2肾上腺素能受体(ADRB2)或者过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)+脂肪酸结合蛋白2(FABP2)基因型,该复合基因型使体重管理目标属于“对碳水化合物限制起反应”种类。
实施例2:临床基因定型方法
从口腔拭子(SOP#12,1.3版)中提取DNA,或者从Coriell细胞库中购买DNA。使用分离的DNA进行聚合么链式反应,放大五个单一核苷酸多形性(SNP)(SOP#_29,1.0版)周围的序列区域。从每种样品中获得4个扩增子,并用核酸外切酶I(Exo)和虾碱性磷酸酯酶(SAP)进行处理,从而去掉过量的引物和核苷酸(SOP#_29,1.0版)。使用纯化后的扩增子进行单碱基延长反应(SBE),在反应中,使用对其单一核苷酸多形性(SNP)靶子具有特异性的引物(SOP#_30,1.0版)。一旦完成单碱基延长反应(SBE),再次加入虾碱性磷酸酯酶(SAP),从而去掉未整合的核苷酸(SOP#_30,1.0版)。在具有已知标准迁移尺寸的Beckman Coulter CEQ8800遗传分析系统上分析所得单碱基延长反应(SBE)产物(SOP#_15,1.4版和SOP#_16,1.3版)。除过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)之外,在正向DNA链上检测所有的基因型。在反向DNA链上检测过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rs1801282),并在CEQ8800测序仪上作为补体碱基进行显示。记录所得基因型,然后将此基因型与使用Agencourt生物科学公司的DNA测序仪产生的基因型进行比较,或者与NCBI中记录的已知基因型进行比较。除过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rsl801282)之外,在正向DNA链上检测所有的基因型。在反向DNA链上检测过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rs1801282),并在CEQ8800测序仪上作为补体碱基进行显示。记录所得基因型,然后将此基因型与使用Agencourt生物科学公司的DNA测序仪产生的基因型进行比较,或者与NCBI中记录的已知基因型进行比较。Singleplex形式:通过相应的单碱基延长反应(SBE)引物分别扩增主体聚合酶链式反应产物和主体基因定型。Poolplex形式:分别放大主体聚合酶链式反应产物然后汇聚在一起,在单独的反应中,使用单碱基延长反应(SBE)引物,根据所有5个单一核苷酸多形性(SNP)确定汇聚的DNA的基因型。Multiplex形式:在单一的反应中产生所有四种聚合酶链式反应产物。在单独的反应中,使用单碱基延长反应(SBE)引物混合物,根据所有5个单一核苷酸多形性(SNP)确定多路的DNA的基因型。
标准化
将可商业购得的标准品(Beckman Coulter part#_608395)与样品一起运行,作为内部参照,进行基因定型。
准确性和特异性
为了保证靶向正确的基因并准确的进行基因定型,将聚合酶链式反应产物递交到专门的实验室(Agencourt生物科学公司)进行测序和基因定型。在Agencourt公司,将待测序列与基因组序列侧链单一核苷酸多形性(SNP)相比较,然后向Interleukin Genetics报告每个样品的基因型。将Agencourt公司和Interleukin的结果进行一致性比较。
单一核苷酸多形性(SNP)名称和缩写
本实验使用下列单一核苷酸多形性(SNP)名称和缩写:β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(R16G),rs 1042713=A1;β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(Q27E),rs 1042714=A2;肾上腺素能β-3受体(ADRB3)(R64W),rs4994=A3;脂肪酸结合蛋白2(FABP2)(A54T),rsl799883=FA;过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(P12A),rsl801282=PP。
结果
PCR结果
使用附录B中列出的引物对分离的DNA进行PCR扩增。β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rslO42713)和β-2肾上腺素能受体(ADRB2)(rslO42714)分别具有33个核苷酸并且在单一聚合酶链式反应产物上扩增。聚合物链式反应产物在琼脂糖凝胶上运行从而检验预计下列产物的大小:A1/A2=422碱基对,A3=569碱基对,FA=311碱基对,PP=367碱基对。
基因定型结果
峰值位移
设计具有独特长度的各个单一核苷酸多形性(SNP)-特异性单碱基扩增引物,从而在CEQ8800毛细管电泳仪上运行时,相对与已知长度的标准品在特定的位点产生峰值。由于染料迁移性、引物序列和分析软件的作用,引物大小不可能与峰值位点精确匹配,但是他们的确具有一致的位移。附录C中列出了单碱基扩增产物以及他们预计的峰值位移。
碱基查出
单碱基扩增反应将一种荧光标记的碱基添加到单一核苷酸多形性(SNP)-特异性引物的3′末端。所得产物能够通过CEQ8800中的两种激光读到。通过CEQ8800软件分析所得结果,并表示为带颜色的峰值-每种颜色代表不同的碱基。在指定位点存在单一颜色的峰表明存在一种同型接合体,存在两种不同颜色的峰表明存在一种异型结合体。在进行基因定型的三十九中样品中,几乎已经代表了五个单一核苷酸多形性(SNP)所有的同型结合基因型和所有的异型结合基因型。唯一的例外是过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)单一核苷酸多形性(SNP)的同型结合C基因型。由于C等位基因通常在人群中的出现率只有0.1(如dbSNP数据库rs#_1801282所示),因此这一结果并不出乎意料。但是,同型结合C基因型在本标准之外的其他样品中已经出现。
CEQ8800软件能够为用户指定单一核苷酸多形性(SNP)位点标记。用户可以根据单一核苷酸多形性(SNP)-特异性引物的预计位移表示位移量(在核苷酸中)。这使计算机能够根据与样品一起运行的标准化标记物的位移识别单一核苷酸多形性(SNP)。计算机还可以根据检测的染料指示剂识别单一核苷酸多形性(SNP)内部的碱基。对于这些标准,计算机能够最初查出各个单一核苷酸多形性(SNP)。然后,对这些数据独立地进行再次分析,通过两位专业人士的确认。在任何情况下,计算机查出和两种独立(人工)查出应该相一致。
Coriell样品
在对十五位Coriell DNA样品进行singleplex形式的基因定型之后,将所得结果与已知基因型向比较,得到100%的一致性(参见表8)。
表8:Coriell样品的基因定型结果
表8:比较已知基因型(Coriell)与Interleukin Genetics(ILI)获得的基因型,使用singleplex形式,用从Coriell细胞文库的DNA。沿着反向DNA链方向对过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)单碱基扩增引物退火。因此,ILI过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ(PPARG)(rs1801282)碱基以正向链基因型的补体形式列出,na=不能通过Coriell细胞文库使用的基因型
尽管已经针对特别优选的实施方案和实施例对本发明进行了描述,但是本领域普通技术人员应当承认,在不脱离本发明精神及其范围的情况下,本发明还可以进行多种修饰。
本发明说明书中引用的和/或记载在申请数据中的上述所有美国专利、美国专利申请出版物、美国专利申请、外国专利、外国专利申请和非专利出版物通过引证在此全部并入本文。
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29.van Rossum CT,Hoebee B,Seidell JC,Bouchard C,vanBaak MA,de Groot CP,Chagnon M,de Graaf C,and Saris WH.Genetic factors as predictors of weight gain in young adult Dutchmen and women.Int J Obes Relat Metab Disord 26:517-528,2002.(van Rossum CT,Hoebee B,Seidell JC,Bouchard C,van BaakMA,de Groot CP,Chagnon M,de Graaf C,和Saris WH等人于2002年在“国际肥胖与相关代谢性疾病杂志”第26期517-528页发表的名为“在荷兰男性和女性年轻人中使用基因因素作为体重预计因素”的文献)
30.Martinez JA,Corbalan MS,Sanchez-Villegas A,Forga L,Marti A,and Martinez-Gonzalez MA.Obesity risk is associatedwith carbohydrate intake in women carrying the Gln27Glubeta2-adrenoceptor polymorphism.JNutr 133:2549-2554,2003.(Martinez JA,Corbalan MS,Sanchez-Villegas A,Forga L,MartiA,和Martinez-Gonzalez MA.于2003年在“自然杂志”第133期2549-2554页发表的名为“在携带Gln27Gluβ-2肾上腺素能受体多态性的女性体内肥胖症风险与饮食碳水化合物摄取量有关”的文献)
31.Ukkola O,Tremblay A,and Bouchard C.Beta-2adrenergicreceptor variants are associated with subcutaneous fat accumulationin response to long-term overfeeding.Int J Obes Relat Metab Disord25:1604-1608,2001.(Ukkola O,Tremblay A,和Bouchard C.于2001年在“国际肥胖与相关代谢性疾病杂志”第25期第1604-1608页发表的名为“β-2肾上腺素能受体变体与长期饮食过量造成的皮下脂肪积累有关”的文献)
32.Corbalan  MS.The 27Glu polymorphism of thebeta2-adrenergic receptor gene interacts with physical activityinfluencing obesity risk among female subjects.Clin Gene*61:305-307,2002.(Corbalan MS于2002年在“临床基因组学”第61期305-307页发表的名为“β-2肾上腺素能受体基因27谷氨酸多态性与影响女性主体肥胖症患病风险的物理活动之间的相互作用”的文献)
33.Umekawa T,Yoshida T,Sakane N,Kogure A,Kondo M,and Honjyo H.Arg64Trp mutation of beta3-adrenoceptor genedeteriorates lipolysis induced by beta3-adrenoceptor agonist inhuman omental adipocytes.Diabetes 48:117-120,1999.(UmekawaT,Yoshida T,Sakane N,Kogure A,Kondo M,和Honjyo H.于1999年在“糖尿病”第48期117-120页发表的名为“β-3肾上腺素能受体基因精氨酸64苏氨酸突变使人网膜脂肪细胞中β-3肾上腺素能受体拮抗剂造成的脂质水解能力退化”的文献)
34.Hoffstedt J,Poirier O,Thorne A,Lonnqvist F,HerrmannSM,Cambien F,and Arner P.Polymorphism of the humanbeta3-adrenoceptor gene forms a well-conserved haplotype that isassociated with moderate obesity and altered receptor function.Diabetes 48:203-205,1999.(Hoffstedt J,Poirier O,Thorne A,Lonnqvist F,Herrmann SM,Cambien F,和Arner P.于1999年在“糖尿病”第48期203-205页发表的名为“人β-3肾上腺素能受体基因多态性形成一种保护良好的单倍体,该单倍体与中度肥胖症和改变的受体功能有关”的文献)
35.Allison DB,Heo M,Faith MS,and Pietrobelli A.Meta-analysis of the association of the Arg64Trp polymorphism inthe beta3 adrenergic receptor with body mass index.Int J Obes RelatMetab Disord 22:559-566,1998.(Allison DB,Heo M,Faith MS和Pietrobelli A.于1998年在“国际肥胖与相关代谢性疾病杂志”第22期第559-566页发表的名为“β-3肾上腺素能受体基因精氨酸64苏氨酸多态性与体重指数之间关系的元分析”的文献)
36.Fujisawa T,Ikegami H,Kawaguchi Y,and Ogihara T.Meta-analysis of the association of Arg64Trp polymorphism of beta3-adrenergic receptor gene with body mass index.J Clin EndocrinolMetab 83:2441-2444,1998.(Fujisawa T,Ikegami H,Kawaguchi Y,和Ogihara T于1998年在“临床内分泌和新陈代谢”第83期第2441-2444页发表的名为“β-3肾上腺素能受体基因精氨酸64苏氨酸多态性与体重指数之间关系的元分析”的文献)
37.Kurokawa N,Nakai K,Kameo S,Liu ZM,and Satoh H.Association of BMI with the beta3-adrenergic receptor genepolymorphism in Japanese:meta-analysis.Obes Res 9:741-745,2001.(Kurokawa N,Nakai K,Kameo S,Liu ZM和Satoh H.于2001年在“肥胖症研究”第9期741-745页发表的名为“日本人中BMI与β-3肾上腺素能受体多态性之间的关系”的文献)
38.Marti A,Corbalan MS,Martinez-Gonzalez MA,andMartinez JA.ARG64TRP polymorphism of the beta 3-adrenergicreceptor gene and obesity risk:effect modification by a sedentarylifestyle.Diabetes Obes Metab 4:428-430,2002.(Marti A,CorbalanMS,Martinez-Gonzalez MA和Martinez JA.于2002年在“糖尿病肥胖症和新陈代谢”第4期428-430页发表的名为“β-3肾上腺素能受体基因精氨酸64苏氨酸多态性和肥胖症患病风险:久坐生活方式中的作用修饰”的文献)
39.Sakane N,Yoshida T,Umekawa T,Kogure A,Takakura Y,and Kondo M.Effects of Arg64Trp mutation in the beta3-adrenergic receptor gene on weight loss,body fat distribution,glycemic control,and insulin resistance in obese type 2diabeticpatients.Diabetes Care 20:1887-1890,1997.(Sakane N,Yoshida T,Umekawa T,Kogure A,Takakura Y,和Kondo M.于1997年在“糖尿病护理”第20期1887-1890页发表的名为“β-3肾上腺素能受体基因精氨酸64苏氨酸多态性对肥胖的II型糖尿病患者的体重减轻、身体脂肪分布、血糖控制和胰岛素耐受性的作用”的文献)
40.Shiwaku K,Nogi A,Anuurad E,Kitaj ima K,Enkhmaa B,Shimono K,and Yamane Y.Difficulty in losing weight bybehavioral intervention for women with Arg64Trp polymorphism ofthe beta3-adrenergic receptor gene.Int J Obes Relat Metab Disord27:1028-1036,2003.(Shiwaku K,Nogi A,Anuurad E,Kitajima K,Enkhmaa B,Shimono K,和Yamane Y.于2003年在“国际肥胖与相关代谢性疾病杂志”第27期第1028-1036页发表的名为“对携带β-3肾上腺素能受体基因精氨酸64苏氨酸多态性的女性通过行为干预减轻体重的困难”的文献)
41.Phares DA,Halverstadt AA,Shuldiner AR,Ferrell RE,Douglass LW,Ryan AS,Goldberg AP,and Hagberg JM.Association between body fat response to exercise training andmultilocus ADR genotypes.Obes Res 12:807-815,2004.(PharesDA,Halverstadt AA,Shuldiner AR,Ferrell RE,Douglass LW,RyanAS,Goldberg AP,和Hagberg JM.于2004年在“肥胖症研究”第12期807-815页发表的名为“身体脂肪对运动训练的反应和多位点ADR基因型之间的关系”的文献)
42.Tchernof A,Starling RD,Walston JD,Shuldiner AR,et al.Obesity-related phenotypes and the β3-adrenoreceptor gene variantin postmenopausal women.Diabetes 48:1425-1428,1999.(Tchernof A,Starling RD,Walston JD,Shuldiner AR,等人于1999年在“糖尿病”第48期1425-1428页发表的名为“绝经后妇女肥胖症相关表型和β-3肾上腺素能受体基因变体”的文献)
43.Deeb SS,Fajas L,Nemoto M,Pihlajamaki J,Mykkanen L,Kuusisto J,Laakso M,Fujimoto W,and Auwerx J.A Pro 12AIasubstitution in PPARgamma2 associated with decreased receptoractivity,lower body mass index and improved insulin sensitivity.Nat Genet 20:284-287,1998.(Deeb SS,Fajas L,Nemoto M,Pihlajamaki J,Mykkanen L,Kuusisto J,Laakso M,Fujimoto W,和Auwerx J.于1998年在“自然基因”第20期第284-287页发表的名为“与降低的受体活性、较低的体重指数和改进的胰岛素敏感性有关的过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ2基因脯氨酸12丙氨酸取代”的文献)
44.Masugi J,Tamori Y,Mori H,Koike T,and Kasuga M.Inhibitory effect of a proline-to-alanine substitution at codon 12 ofperoxisome proliferator-activated receptor-gamma 2 onthiazolidinedione-induced adipogenesis.Biochem Biophys ResCommun is.178-182,2000.(MasugiJ,Tamori Y,Mori H,Koike T,和Kasuga M.于2000年在“生物化学和生物物理学研究交流”178-182页发表的名为“过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ2密码子12上脯氨酸-丙氨酸取代对噻唑烷二酮-诱导的脂肪生成的抑制作用”的文献)
45.Kahara T,Takamura T,Hayakawa T,Nagai Y,YamaguchiH,Katsuki T,Katsuki K,Katsuki M,and Kobayashi K.PPARgamma gene polymorphism is associated withexercise-mediated changes of insulin resistance in healthy men.Metabolism 52:209-212,2003.(Kahara T,Takamura T,HayakawaT,Nagai Y,Yamaguchi H,Katsuki T,Katsuki K,Katsuki M,和Kobayashi K.于2003年在“新陈代谢”第52期209-212页发表的名为“过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ基因多态性与健康男性体内运动介导的胰岛素耐受性变化有关”的文献)
46.Adamo KB,Sigal RJ,Williams K,Kenny G,Prud′hommeD,and Tesson F.Influence of Pro 12AIa peroxisomeproliferator-activated receptor gamma2 polymorphism on glucoseresponse to exercise training in type 2diabetes.Diabetologia 48:1503-1509,2005.(Adamo KB,Sigal RJ,Williams K,Kenny G,Prud′homme D,和Tesson F.于2005年在“糖尿病学”第48期1503-1509页发表的名为“过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ2脯氨酸12丙氨酸多态性对II型糖尿病患者运动训练的葡萄糖反应的影响”的文献)
47.Weiss EP,Kulaputana O,Ghiu IA,Brandauer J,Wohn CR,Phares DA,Shuldiner AR,and Hagberg JM.Endurancetraining-induced changes in the insulin response to oral glucose areassociated with the peroxisome proliferator-activated receptor-gamma2 Prol2Ala genotype in men but not in women.Metabolism54:97-102,2005.(Weiss EP,Kulaputana O,Ghiu IA,Brandauer J,Wohn CR,Phares DA,Shuldiner AR,和Hagberg JM.于2005年在“新陈代谢”第54期97-102页发表的名为“耐力训练诱导的胰岛素对口服葡萄糖的反应变化与男性,而非女性体内过氧化物酶增殖因子活化的受体-γ2脯氨酸12丙氨酸基因型有关”的文献)
48.Guettier J,Georgopoulos A,Tsai M,Radha V,Shanthrani S,Deepa R,Gross M,Rao G,Mohan V.Polymorphisms in the fattyacid-binding protein 2and apolipoprotein c-III genes are associatedwith the metabolic syndrome and dyslipidemia in a south Indianpopulation.J Clin Endocrinol Metab 90:1705-1711,2004.(GuettierJ,Georgopoulos A,Tsai M,Radha V,Shanthrani S,Deepa R,GrossM,Rao G,Mohan V于2004年在“临床内分泌和新陈代谢”第90期第1705-1711页发表的名为“脂肪酸结合蛋白2和载脂蛋白c-III基因的多态性与南印度人新陈代谢综合症和血脂异常有关”的文献)
49.Pollex R,Hanley A,Zinman B,Harris S,Khan H,Hegele R.Metabolic syndrome in aboriginal Canadians:prevalence andgenetic associations.Atherosclerosis 184:121-129,2006.(Pollex R,Hanley A,Zinman B,Harris S,Khan H,Hegele R于2006年在“动脉粥状硬化”杂志第184期121-129页发表的名为“加拿大土著居民中的新陈代谢综合症:流行程度和基因相关性”的文献)
50.Karani S,Radha V,Mohan V.Thr54allele carriers of theAla54Thr variant of FABP2gene have associations with metabolicsyndrome and hypertriglyceridemia in urban South Indians.Metabolism Clinical and Experimental 55:1222-12226,2006.(Karani S,Radha V,Mohan V.于2006年在“临床和实验新陈代谢”第55期:1222-1226页发表的名为“携带有FABP2基因丙氨酸54苏氨酸变体的苏氨酸54等位基因携带者与南印度城镇居民新陈代谢综合症和高甘油三脂血症有关”的文献)
51.Pereira M,Swain J,Goldfine A,Rifai N,Ludwig D.Effectsof a low-glycemic load diet on resting energy expenditure and heartdisease risk factors during weight loss.JAMA 292(20):2482-2490,2004.(Pereira M,Swain J,Goldfine A,Rifai N,Ludwig D.于2004年在“JAMA”第292(20)期2482-2490页发表的名为“在减轻体重期间低血糖指数食谱对静态能量消耗和心脏病患病风险因素发面的作用”的文献)
52.Hallikainen M,Toppinen L,Mykkanen H,Agren J,Laaksonen D,Miettinen T,Niskanen L,Poutanen K,Gylling H.Interaction between cholesterol and glucose metabolism duringdietary carbohydrate modification in subjects with the metabolicsyndrome.Am J Clin Nutr 84:1385-1392,2006.(Hallikainen M,Toppinen L,Mykkanen H,Agren J,Laaksonen D,Miettinen T,Niskanen L,Poutanen K,Gylling H.于2006年在“美国临床营养学杂志”第84期1385-1392页发表的名为“在患有新陈代谢综合症的患者中在进行饮食碳水化合物改进期间胆固醇和葡萄糖代谢的相互关系”的文献)
53.Kallio P,Kolehmainen M,Laaksonen D,Kekalainen J,Salopuro T,Sivenius K,Pulkkinen L,Mykkanen H,Niskanen L,Uusitupa M,Poutanen K.Dietary carbohydrate modification inducesalterations in gene expression in abdominal subcutaneous adiposetissue in persons with the metabolic syndrome:the FUNGENUTstudy.Am JCHn Nutr 85:1417-1427,2007.(Kallio P,KolehmainenM,Laaksonen D,Kekalainen J,Salopuro T,Sivenius K,PulkkinenL,Mykkanen H,Niskanen L,Uusitupa M,Poutanen K于2007年在“美国临床营养学杂志”第85期1417-1427页发表的名为“饮食碳水化合物修饰导致患有新陈代谢综合症的患者腹部皮下脂肪细胞组织基因表达的改变:FUNGENUT研究”的文献)
54.Paradis A-M,Fontaine-Bisson B,Bosse Y,Robitaille J,Lemieux S,Jaques H,Lamarche B,Tchernof A,Couture P,VohlM-C,The peroxisome proliferator-activated receptorαLeul62Valpolymorphism influences the metabolic response to a dietaryintervention altering fatty acid proportions in healthy men.Am JClin Nutr 81:523-30,2005.(Paradis A-M,Fontaine-Bisson B,Bosse Y,Robitaille J,Lemieux S,Jaques H,Lamarche B,TchernofA,Couture P,Vohl M-C于2005年在“美国临床营养学杂志”第81期523-530页发表的名为“过氧化物酶增殖因子活化的受体-α亮氨酸162缬氨酸多态性影响健康男性对改变脂肪酸比例的饮食干预的新陈代谢反应”的文献)
55.Macho-Azcarate T,Marti A,Gonzalez A,Martinez JA,Ibanez J.Gln27Glu polymorphism in the beta2 adrenergic receptorgene and lipid metabolism during exercise in obese women.Int JObesity 26:1434-41,2002.(Macho-Azcarate T,Marti A,GonzalezA,Martinez JA,Ibanez J于2002年在“糖尿病国际杂志”第26期1434-1441页发表的名为“在肥胖女性运动期间β-2肾上腺素能受体基因谷氨酰胺27谷氨酸多态性和脂类代谢”的文献)
56.Kahara T,Hayakawa T,Nagai Y,Shimizu A,Takamura T.Gln27Glu polymorphism of the β2 adrenergic receptor gene inhealthy Japanese men is associated with the change of fructosaminelevel caused by exercise.Diabet Res Clin Practice 64:207-12,2004.(Kahara T,Hayakawa T,Nagai Y,Shimizu A,Takamura T.于2004年在“糖尿病研究和临床实践”第64期207-212页发表的名为“健康日本男性体内β-2肾上腺素能受体基因谷氨酰胺27谷氨酸多态性与运动带来的果糖胺变化有关”的文献)
57.Marti A,Corbalan MS,Martinez-Gonzalez MA.CHOintake alters obesity risk associated with Prol2Ala polymorphism ofPPARG gene.J.Physiol.Biochem.,58(4):219-220,2002.(MartiA,Corbalan MS,Martinez-Gonzalez MA.于2002年在“生理学生物化学杂志”第58(4)期:219-220页发表的名为“碳水化合物摄取量改变与PPARG基因脯氨酸12丙氨酸多态性有关的肥胖症患病风险”的文献)
58.Centers for Disease Control and Prevention,available athttp://www.cdc.gov/nccdphp/dnpa/obesity/trend/maps/index.htm.Accessed 10/21/07.
59.National Center for Health Statistics,available at http://www.cdc.gov/nchs/fastats/overwt.htm.Accessed 10/21/07.
60.Flegal KM,Carroll MD,Ogden CL,Johnson CL.Prevalence and trends in obesity among US adults,1999-2000.JAMA,288:1723-1727,2002.(Flegal KM,Carroll MD,Ogden CL,Johnson CL于2002年在“JAMA”第288期1723-1727页发表的名为“美国成年人肥胖症流行率和趋势,1999-2000”的文献)
61.Ogden CL,Carroll MD,Curtin LR,McDowell MA,TabakCJ,Flegal KM.Prevalence of overweight and obesity in the UnitedStates,1999-2004.JAMA,295:1549-155,2006.(Ogden CL,CarrollMD,Curtin LR,McDowell MA,Tabak CJ,Flegal KM于2006年在“JAMA”第295页1549-1555页发表的名为“美国体重超重和肥胖症发病率,1999-2004”的文献)
62.Ogden CL,Flegal KM,Carroll MD,Johnson CL.Prevalence and trends in overweight among US children andadolescents,1999-2000.JAMA 288:1728-1732,2002.(Ogden CL,Flegal KM,Carroll MD,Johnson CL.于2002年在“JAMA”第288期1728-1732页发表的名为“美国儿童和青少年体重过重的流行率和趋势,1999-2000”的文献)
63.Centers for Disease Control and Prevention,available athttp://wwwxdc.gov/nccdphp/dnpa/obesity/consequences.htrn.Accessed 10/21/07.
64.Centers for Disease Control and Prevention,available athttp://www.cdc.gov/nccdphp/dnpa/obesity/economicconsequences.htm.Accessed 10/21/07.
65.WoIfAM,Colditz GA.Current estimates of the economiccost of obesity in the United States.Obes Res 6:97-106,1998.(WoIfAM,Colditz GA.于1998年在“肥胖症研究”第6期97-106页发表的名为“目前预计的美国肥胖症花费”的文献)
66.Finkelstein,EA,Fiebelkorn,IC,Wang,G.National medicalspending attributable to overweight and obesity:How much,andwho ′s paying?Health Affairs Suppl.W3;219-226,2003.(Finkelstein,EA,Fiebelkorn,IC,Wang,G于2003年在“健康事务支持”杂志第W3期219-226页发表的名为“国家医疗系统在体重过重和肥胖症方面的花费:数额以及谁来支付”的文献)
67.U.S.Department of Health and Human Services.TheSurgeon General′s Call to Action to Prevent and DecreaseOverweight and Obesity.Rockville,MD:U.S.Department of Healthand Human Services,Public Health Service,Office of the SurgeonGeneral;2001.(美国卫生与公共服务部,卫生局局长要求对预防或者降低体重过重和肥胖症做出行动,Rockville,MD:美国卫生与公共服务部,公共卫生服务,卫生局局长办公室,2001年)
68.Johnson R,Williams S,Spruill I.Genomics,nutrition,obesity and diabetes.J Nurs Scholarsh 38:11-18,2006.(Johnson R,Williams S,Spruill I.于2006年在“J Nurs Scholarsh”第38期11-18页发表的名为“基因组学、营养、肥胖和糖尿病”的文献)
69.Frosch D,Mello P,Lerman C.Behavioral consequences oftesting for obesity risk.Cancer Epidemiol Biomarkers Prev14:1485-1489,2005.(Frosch D,Mello P,Lerman C.于2005年在“Cancer Epidemiol Biomarkers Prev”第14期1485-1489页发表的名为“肥胖风险持续实验”的文献)
70.World Health Organization.BMI Classification.(世界卫生组织,BMI分类)

Claims (8)

1.一种试剂盒,包括:a)根据FABP2(rsl799883;G/A)、PPARG(rsl801282;C/G)和ADRB2(rs 1042714;C/G)多态性位点来确定主体新陈代谢基因型的试剂;和,b)确定主体新陈代谢基因型的说明书,以及将主体分类至一种营养种类的工具,其根据一种低脂肪饮食预计主体可能获得的有益效果。
2.根据权利要求1所述的试剂盒,其中,ADRB2谷氨酸27、PPARG 12脯氨酸/脯氨酸以及FABP2 54苏氨酸/*的主体新陈代谢基因型将主体分类至一种营养种类,其针对根据低脂肪饮食来预计主体可能获得的有益效果。
3.根据权利要求1所述的试剂盒,其中进一步包括根据ADRB3(rs4994;C/T)位点或者ADRB2(rsl042713;A/G)位点来确定主体新陈代谢基因型的试剂。
4.根据权利要求1所述的试剂盒,其中进一步包括根据ADRB3(rs4994;C/T)位点以及ADRB2(rsl042713;A/G)位点来确定主体新陈代谢基因型的试剂。
5.根据权利要求1所述的试剂盒,其中进一步包括至少一个选自由阳性参照样品和阴性参照样品所构成的组中的参照样品。
6.根据权利要求1所述的试剂盒,其中进一步包括DNA取样工具和/或PCR试剂。
7.根据权利要求1所述的试剂盒,其中进一步包括至少一个低聚核苷酸,该低聚核苷酸选自由5′TGTTCTTGTGCAAAGGCAATGCTACCG 3′(SEQ ID NO:1)、5′TCTTACCCTGAGTTCAGTTCCGTCTGC 3′(SEQ ID NO:2)、5′GCCCCTAGCACCCGACAAGCTGAGTGT 3′(SEQ ID NO:3)、5′CCAGGCCCATGACCAGATCAGCACAG 3′(SEQ ID NO:4)、5′AAGCGTCGCTACTCCTCCCCCAAGAGC 3′(SEQ ID NO:5)、5′GTCACACACAGCACGTCCACCGAGGTC 3′(SEQ ID NO:6)、5′TGCCAGCCAATTCAAGCCCAGTCCTTT 3′(SEQ ID NO:7)、5′ACACAACCTGGAAGACAAACTACAAGAGCAA 3′(SEQ ID NO:8)、5′GAAGGAAATAAATTCACAGTCAAAGAATCAAGC 3′(SEQ ID NO:9)、5′AACGGCAGCGCCTTCTTGCTGGCACCCAAT 3′(SEQ ID NO:10)、5′AGCCATGCGCCGGACCACGACGTCACGCAG 3′(SEQ ID NO:11)、5′GGGAGGCAACCTGCTGGTCATCGTGGCCATCGCC 3′(SEQ ID NO:12)、和5′GACAGTGTATCAGTGAAGGAATCGCTTTCTG 3′(SEQ ID NO:13)所构成的组中。
8.根据权利要求7所述的试剂盒,其中所述的低聚核苷酸包括一种可检测的标记物。
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