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CN105884898B - 抗成纤维细胞激活蛋白抗体及使用方法 - Google Patents

抗成纤维细胞激活蛋白抗体及使用方法 Download PDF

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Abstract

本发明提供了针对成纤维细胞激活蛋白(FAP)的抗体及其使用方法。

Description

抗成纤维细胞激活蛋白抗体及使用方法
本申请是申请日为2011年08月09日、中国申请号为201180049329.1、发明名称为“抗成纤维细胞激活蛋白抗体及使用方法”的发明申请的分案申请。
发明领域
本发明涉及对成纤维细胞激活蛋白(FAP)特异性的抗体。另外，本发明涉及编码此类抗体的多核苷酸，及包含此类多核苷酸的载体和宿主细胞。本发明进一步涉及用于生成该抗体的方法和在疾病的治疗中使用它们的方法。
发明背景
成纤维细胞激活蛋白(FAP)和抗FAP抗体
人成纤维细胞激活蛋白(FAP；GenBank登录号AAC51668)，也称作Seprase，是一种170kDa膜整合型丝氨酸肽酶(EC 3.4.21.B28)。与二肽基肽酶IV(也称作CD26；GenBank登录号P27487)，一种密切相关的细胞表面酶，和其它肽酶一起，FAP属于二肽基肽酶IV家族(Yuet al.,FEBS J 277,1126-1144(2010))。它是同二聚体，含有两个N-糖基化的亚基，该亚基带有较大C端胞外域，该酶的催化域位于其中(Scanlan et al.,Proc Natl Acad Sci USA91,5657-5661(1994))。FAP以其糖基化形式具有脯氨酰后二肽基肽酶和明胶酶活性二者(Sun et al.,Protein Expr Purif 24,274-281(2002))。
人FAP最初是使用单克隆抗体(mAb)F19(记载于WO 93/05804，ATCC编号HB 8269)在培养的成纤维细胞中鉴定的。在多个物种中找到了该蛋白的同源物，包括小鼠(Niedermeyer et al.,Int J Cancer 71,383-389(1997)；Niedermeyer et al.,Eur JBiochem 254,650-654(1998)；GenBank登录号AAH19190)。FAP具有独特的组织分布：发现它的表达在超过90％的所有原发性和转移性上皮肿瘤(包括肺、结肠直肠、膀胱、卵巢和乳腺癌瘤)的反应性基质成纤维细胞上高度上调，但是它通常不存在于正常成体组织中(Rettiget al.,Proc Natl Acad Sci USA 85,3110-3114(1988)；Garin-Chesa et al.,Proc NatlAcad Sci USA 87,7235-7239(1990))。后续报告显示了FAP不仅在基质成纤维细胞中表达，而且还在上皮起源的一些恶性细胞类型中表达，而且FAP表达直接与恶性表型有关(Jin etal.,Anticancer Res 23,3195-3198(2003))。
由于它在多种常见癌症中的表达及它在正常组织中的受限表达，认为FAP有希望成为多种癌瘤的成像、诊断和治疗的抗原靶标。因此，已经针对FAP生成了多种单克隆抗体，用于研究、诊断和治疗目的。
开发了西罗珠单抗(Sibrotuzumab)/BIBH1，特异性结合人FAP的F19抗体的一种人源化型式(记载于WO 99/57151)，和别的针对FAP抗原、具有F19表位特异性的人源化或完全人抗体(记载于Mersmann et al.,Int J Cancer 92,240-248(2001)；Schmidt et al.,EurJ Biochem 268,1730-1738(2001)；WO 01/68708)。OS4抗体是F19抗体的另一种人源化(CDR嫁接)型式(Wüest et al.,J Biotech 92,159-168(2001))，而scFv 33和scFv 36具有与F19不同的结合特异性且对于人和小鼠FAP蛋白是交叉反应性的(Brocks et al.,Mol Med7,461-469(2001))。更近地，开发了其它鼠抗FAP抗体，及其嵌合和人源化形式(WO 2007/077173,Ostermann et al.,Clin Cancer Res 14,4584-4592(2008))。
通过对胞外基质(ECM)成分的蛋白水解性降解，肿瘤基质中的蛋白酶推动诸如血管发生和/或肿瘤细胞迁移等过程。此外，肿瘤基质在对肿瘤的营养物和氧供应中，以及在肿瘤侵入和转移中发挥重要作用。这些基本功能使得它不仅成为诊断靶而且成为潜在的治疗靶。
在一项用131I标记的F19抗体进行的I期临床研究中获得了使用抗FAP抗体体内靶向肿瘤基质的概念的可行性的证据，证明了该抗体在肿瘤中的特异性富集和对转移的检测(Welt et al.,J Clin Oncol 12,1193-1203(1994))。类似地，一项用西罗珠单抗进行的I期研究证明了131I标记的抗体的特异性肿瘤积累(Scott et al.,Clin Cancer Res 9,1639-1647(2003))。然而，未偶联的西罗珠单抗在具有转移性结肠直肠癌的患者中的一项早期II期试验因抗体缺少抑制肿瘤发展的功效而停止(Hofheinz et al.,Onkologie 26,44-48(2003))。还有，一种更近开发的抗FAP抗体未能以未偶联形式显示出体内抗肿瘤效果(WO 2007/077173)。
因此，仍然需要增强的治疗办法，包括靶向FAP、具有改良功效的抗体，来治疗癌症。
抗体糖基化
寡糖组分可以显著影响与治疗性糖蛋白的功效有关的特性，包括物理稳定性、对蛋白酶攻击的抗性、与免疫系统的相互作用、药动学、和特定生物学活性。此类特性可以不仅取决于寡糖的存在或缺乏，而且还取决于寡糖的特定结构。可以做出寡糖结构与糖蛋白功能间的一些概括。例如，某些寡糖结构经由与特定碳水化合物结合蛋白的相互作用来介导糖蛋白自血流的快速清除，而其它寡糖结构可以被抗体结合，并且触发不想要的免疫反应。(Jenkins et al.,Nature Biotechnol 14,975-81(1996))。
IgG1型抗体(即癌症免疫疗法中最常使用的抗体)是在每个CH2域中的Asn297处具有保守的N连接的糖基化位点的糖蛋白。附着于Asn297的两个复合双触角寡糖掩埋于各CH2域间，与多肽主链形成广泛的接触，并且其存在对于抗体介导效应器功能诸如抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)是至关重要的(Lifely et al.,Glycobiology 5,813-822(1995)；Jefferis et al.,Immunol Rev 163,59-76(1998)；Wright and Morrison,TrendsBiotechnol 15,26-32(1997))。蛋白质工程研究显示了FcγR与IgG CH2结构域的下部铰链区相互作用。Lund et al.,J.Immunol.157:4963-69(1996)。然而，FcγR结合还需要CH2区中的寡糖存在。Lund et al.,J.Immunol.157:4963-69(1996)；Wright and Morrison,Trends Biotech.15:26-31(1997)提示，或是寡糖和多肽二者直接促成相互作用位点，或是维持活性CH2多肽构象需要寡糖。因此可以探索寡糖结构的修饰，作为提高IgG1和FcγR之间相互作用亲和力和提高IgG1的ADCC活性的一种手段。
一种获得单克隆抗体效力大幅升高的方式是通过工程化改造它们的寡糖组分来增强其天然的、细胞介导的效应器功能，如记载于
Figure BDA0000964176760000031
et al.,Nat Biotechnol 17,176-180(1999)和美国专利No.6,602,684(WO 99/54342)，在此通过提及而完整收录其内容。
Figure BDA0000964176760000032
等显示了β(1,4)-N-乙酰葡糖胺转移酶III(GnTIII)(一种催化两分型寡糖形成的糖基转移酶)在中国仓鼠卵巢(CHO)细胞中的过表达显著提高在那些细胞中生成的抗体的体外ADCC活性。生产细胞系中的GnTIII过表达产生富含两分型寡糖(通常也是非岩藻糖基化的且是杂合物类型的)的抗体。如果在GnTIII之外，生产细胞系中还过表达甘露糖苷酶II(ManII)，那么获得富含复合物类型的两分型非岩藻糖基化寡糖的抗体(Ferrara etal.,Biotechn Bioeng 93,851-861(2006))。与具有未修饰聚糖的抗体相比，这两种类型的抗体显示强烈增强的ADCC，但是只有其中大部分N-聚糖属于复合物类型的抗体能够诱导显著的补体依赖性细胞毒性(Ferrara et al.,Biotechn Bioeng 93,851-861(2006))。Asn297碳水化合物的组成改变或其消除也影响抗体Fc域对Fcγ受体(FcγR)和补体C1q蛋白的结合，这分别对于ADCC和CDC是重要的(
Figure BDA0000964176760000041
et al.,Nat Biotechnol 17,176-180(1999)；Davies et al.,Biotechnol Bioeng 74,288-294(2001)；Mimura et al.,J BiolChem276,45539-45547(2001)；Radaev et al.,J Biol Chem 276,16478-16483(2001)；Shields et al.,J Biol Chem 276,6591-6604(2001)；Shields et al.,J Biol Chem277,26733-26740(2002)；Simmons et al.,J Immunol Methods 263,133-147(2002))。
发明概述
本发明提供了特异性结合成纤维细胞激活蛋白(FAP)、具有高亲和力和/或增强的效应器功能的抗体。
在一个方面，本发明涉及特异性结合FAP的抗体，其包含SEQ ID NO 3,5,7,9,11,13,15,17,19,21,23,25,27,29,31,33,35,37,39,41,43,45,47,49,51,53,55,57,59,61,63,65,67,69,71,73,75,77,79,81,83,85,87,89,91,93,95,97,99,101,103,105,107,109,111,113,115,117,119,121,123,125,127,129,131,133,135,137,139,141,143,145,147,149,151,153,155,157,159,161,163,165,167,169,171,173,175和177所列至少一个(即一个、两个、三个、四个、五个或六个)互补决定区(CDR)。在一个实施方案中，该抗体包含选自SEQ ID NO 3,5,7,9,11,13,15,17,19,21,23,25,27,29,31,33,35,37,39,41,43,45,47,49,51,53,55,57,59,61,63,65,67,69,71,73,75,77,79,81,83,85,87,89,91,93,95,97,99,101,103,105,107,109,111,113,115,117,119,121,123,125,127,129,131,133,135,137,139,141,143,145,147,149,151,153,155,157,159,161,163,165,167,169,171,173,175和177的三个重链CDR(即HCDR1、HCDR2、和HCDR3)和/或三个轻链CDR(即LCDR1、LCDR2、和LCDR3)。在一个更特别的实施方案中，该抗体包含选自SEQ ID NO 193,195,197,199,201,203,205,207,209,211,213,215,217,219,221,223,225,227,229,231,233,235,237,239,241,243,245,247,249,251,253,255,257,259,261,263,265,267,269,271,273,275,277,279,281,283,285,287,289,291,293,295,297,299,301,303,305,307,309和311所列重和轻链可变区序列的抗体重链可变区和/或抗体轻链可变区，特别是重和轻链可变区二者。在一个实施方案中，该抗体包含Fc区，特别是IgG Fc区。在又一个实施方案中，该抗体是全长抗体，特别是IgG类抗体。在另一个实施方案中，该抗体包含人抗体恒定区。在一个实施方案中，该抗体是人的。在一个实施方案中，该抗体通过糖工程化改造成具有Fc区中经过修饰的寡糖。在一个实施方案中，与非糖工程化抗体相比，该抗体具有Fc区中比例升高的非岩藻糖基化和/或两分型寡糖。在又一个实施方案中，该抗体具有升高的效应器功能和/或升高的Fc受体结合亲和力。在一个特别的实施方案中，升高的效应器功能是升高的抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)。在另一个实施方案中，该抗体以低于约1μM、优选低于约100nM、最优选低于约1nM或甚至低于约0.1nM的KD值结合FAP。在一个实施方案中，该抗体是亲和力成熟的。在一个实施方案中，该抗体结合人组织中的FAP。在一个实施方案中，该抗体不诱导FAP内在化。
在其它方面，本发明还涉及与该抗体有关的多肽、多核苷酸、宿主细胞、和表达载体。在又一个方面，本发明涉及制备该抗体的方法。在又一个方面，本发明涉及使用该抗体的方法，特别是用于治疗以FAP表达为特征的疾病(诸如癌症)。
本申请涉及下述技术方案。
1.一种特异性结合成纤维细胞激活蛋白(FAP)的抗体，其中所述抗体糖工程化改造成具有升高的效应器功能。
2.一种特异性结合成纤维细胞激活蛋白(FAP)的抗体，其中所述抗体包含至少一种选自下组的重或轻链互补决定区(CDR)：SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:7、SEQID NO:9、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:19、SEQID NO:21、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:31、SEQID NO:33、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:43、SEQID NO:45、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:55、SEQID NO:57、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:67、SEQID NO:69、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:79、SEQID NO:81、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:91、SEQID NO:93、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:113、SEQ IDNO:115、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:127、SEQ ID NO:129、SEQ ID NO:131、SEQ ID NO:133、SEQ ID NO:135、SEQ IDNO:137、SEQ ID NO:139、SEQ ID NO:141、SEQ ID NO:143、SEQ ID NO:145、SEQ ID NO:147、SEQ ID NO:149、SEQ ID NO:151、SEQ ID NO:153、SEQ ID NO:155、SEQ ID NO:157、SEQ IDNO:159、SEQ ID NO:161、SEQ ID NO:163、SEQ ID NO:165、SEQ ID NO:167、SEQ ID NO:169、SEQ ID NO:171、SEQ ID NO:173、SEQ ID NO:175、和SEQ ID NO:177，或其组合。
3.技术方案1或2的抗体，其中所述抗体包含重链可变区，该重链可变区包含
(a)选自SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:31、和SEQ ID NO:33的重链CDR1；
(b)选自SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:53、SEQ IDNO:55、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:65、SEQ IDNO:67、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:77、SEQ IDNO:79、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:89、SEQ IDNO:91、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:101、SEQID NO:103、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:123、SEQID NO:125、SEQ ID NO:127、SEQ ID NO:129、SEQ ID NO:131、和SEQ ID NO:133的重链CDR2；和
(c)选自SEQ ID NO:135、SEQ ID NO:137、SEQ ID NO:139、和SEQ ID NO:141的重链CDR3。
4.技术方案1至3任一项的抗体，其中所述抗体包含轻链可变区，该轻链可变区包含
(a)选自SEQ ID NO:143、SEQ ID NO:145、SEQ ID NO:147、和SEQ ID NO:149的轻链CDR1；
(b)选自SEQ ID NO:151、SEQ ID NO:153、SEQ ID NO:155、SEQ ID NO:157、SEQ IDNO:159、和SEQ ID NO:161的轻链CDR2；和
(c)选自SEQ ID NO:163、SEQ ID NO:165、SEQ ID NO:167、SEQ ID NO:169、SEQ IDNO:171、SEQ ID NO:173、SEQ ID NO:175、和SEQ ID NO:177的轻链CDR3。
5.技术方案1至4任一项的抗体，其中所述抗体包含至少一种不是选自下组的CDR的重或轻链CDR：SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:101、SEQ IDNO:103、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:135、SEQ ID NO:137、SEQ ID NO:139、SEQ ID NO:141、SEQ ID NO:143、SEQ ID NO:145、SEQ ID NO:147、SEQ ID NO:149、SEQ IDNO:151、SEQ ID NO:153、SEQ ID NO:155、SEQ ID NO:157、SEQ ID NO:159、SEQ ID NO:161、SEQ ID NO:163、SEQ ID NO:165、SEQ ID NO:167、SEQ ID NO:169、SEQ ID NO:171、SEQ IDNO:173、和SEQ ID NO:175。
6.技术方案1至5任一项的抗体，其中所述抗体包含重链可变区，该重链可变区包含选自SEQ ID NO:197、SEQ ID NO:201、SEQ ID NO:203、SEQ ID NO:207、SEQ ID NO:211、SEQ ID NO:215、SEQ ID NO:219、SEQ ID NO:223、SEQ ID NO:227、SEQ ID NO:231、SEQ IDNO:235、SEQ ID NO:239、SEQ ID NO:243、SEQ ID NO:247、SEQ ID NO:251、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:275、SEQ IDNO:279、SEQ ID NO:283、SEQ ID NO:287、SEQ ID NO:291、SEQ ID NO:295、SEQ ID NO:299、SEQ ID NO:303、SEQ ID NO:307、和SEQ ID NO:311的氨基酸序列。
7.技术方案1至6任一项的抗体，其中所述抗体包含轻链可变区，该轻链可变区包含选自SEQ ID NO:193、SEQ ID NO:195、SEQ ID NO:199、SEQ ID NO:205、SEQ ID NO:209、SEQ ID NO:213、SEQ ID NO:217、SEQ ID NO:221、SEQ ID NO:225、SEQ ID NO:229、SEQ IDNO:233、SEQ ID NO:237、SEQ ID NO:241、SEQ ID NO:245、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:273、SEQ IDNO:277、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:285、SEQ ID NO:289、SEQ ID NO:293、SEQ ID NO:297、SEQ ID NO:301、SEQ ID NO:305、和SEQ ID NO:309的氨基酸序列。
8.技术方案1至7任一项的抗体，其中所述抗体包含至少一种不包含选自下组的氨基酸序列的重或轻链可变区：SEQ ID NO:193、SEQ ID NO:195、SEQ ID NO:197、SEQ ID NO:199、SEQ ID NO:201、SEQ ID NO:203、SEQ ID NO:205、SEQ ID NO:207、SEQ ID NO:209、SEQID NO:211、SEQ ID NO:213、SEQ ID NO:215、SEQ ID NO:217、SEQ ID NO:219、SEQ ID NO:221、SEQ ID NO:223、SEQ ID NO:225、SEQ ID NO:227、SEQ ID NO:229、SEQ ID NO:231、SEQID NO:233、SEQ ID NO:235、SEQ ID NO:237、SEQ ID NO:239、SEQ ID NO:241、SEQ ID NO:243、SEQ ID NO:245、SEQ ID NO:247、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:251、SEQ ID NO:253、和SEQ ID NO:255。
9.技术方案1至8任一项的抗体，其中所述抗体包含Fc区或与免疫球蛋白Fc区等同的区域。
10.技术方案9的抗体，其中所述Fc区是IgG Fc区。
11.技术方案1至10任一项的抗体，其中所述抗体是全长IgG类抗体。
12.技术方案1至11任一项的抗体，其中所述抗体包含人恒定区。
13.技术方案1至12任一项的抗体，其中所述抗体是人抗体。
14.技术方案1至13任一项的抗体，其中所述抗体包含糖工程化Fc区。
15.技术方案14的抗体，其中与非糖工程化抗体相比，所述抗体具有所述Fc区中比例升高的非岩藻糖基化寡糖。
16.技术方案14或15的抗体，其中所述Fc区中至少约20％至约100％的N连接寡糖是非岩藻糖基化的。
17.技术方案14至16任一项的抗体，其中与非糖工程化抗体相比，所述抗体具有所述Fc区中比例升高的两分型寡糖。
18.技术方案14至17任一项的抗体，其中所述Fc区中至少约20％至约100％的N连接寡糖是两分型的。
19.技术方案14至18任一项的抗体，其中所述Fc区中至少约20％至约50％的N连接寡糖是两分型、非岩藻糖基化的。
20.技术方案1至19任一项的抗体，其中所述抗体具有升高的效应器功能和/或升高的Fc受体结合亲和力。
21.技术方案20的抗体，其中所述升高的效应器功能是升高的ADCC。
22.技术方案1至21任一项的抗体，其中所述抗体是亲和力成熟的。
23.技术方案1至22任一项的抗体，其中所述抗体以低于约1μM的KD值结合人FAP。
24.技术方案1至23任一项的抗体，其中所述抗体结合人组织中的FAP。
25.技术方案1至24任一项的抗体，其中所述抗体不显示对DPPIV/CD26的实质性交叉反应性。
26.技术方案1至25任一项的抗体，其中所述抗体在结合细胞表面上表达的FAP时不诱导FAP内在化。
27.一种分离的多核苷酸，其编码形成依照技术方案1至26任一项的抗体一部分的多肽。
28.一种分离的多肽，其由技术方案27的多核苷酸编码。
29.一种组合物，其包含第一分离的多核苷酸和第二分离的多核苷酸，该第一分离的多核苷酸编码包含选自SEQ ID NO:197、SEQ ID NO:201、SEQ ID NO:203、SEQ ID NO:207、SEQ ID NO:211、SEQ ID NO:215、SEQ ID NO:219、SEQ ID NO:223、SEQ ID NO:227、SEQID NO:231、SEQ ID NO:235、SEQ ID NO:239、SEQ ID NO:243、SEQ ID NO:247、SEQ ID NO:251、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:263、SEQID NO:267、SEQ ID NO:271、SEQID NO:275、SEQ ID NO:279、SEQ ID NO:283、SEQ ID NO:287、SEQ ID NO:291、SEQ ID NO:295、SEQ ID NO:299、SEQ ID NO:303、SEQ ID NO:307、和SEQ ID NO:311的序列的多肽，该第二分离的多核苷酸编码包含选自SEQ ID NO:193、SEQ ID NO:195、SEQ ID NO:199、SEQID NO:205、SEQ ID NO:209、SEQ ID NO:213、SEQ ID NO:217、SEQ ID NO:221、SEQ ID NO:225、SEQ ID NO:229、SEQ ID NO:233、SEQ ID NO:237、SEQ ID NO:241、SEQ ID NO:245、SEQID NO:249、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:285、SEQ ID NO:289、SEQID NO:293、SEQ ID NO:297、SEQ ID NO:301、SEQ ID NO:305、和SEQ ID NO:309的序列的多肽。
30.一种载体，其包含技术方案27的多核苷酸。
31.一种宿主细胞，其包含技术方案27的多核苷酸、技术方案29的组合物、或技术方案30的载体。
32.技术方案31的宿主细胞，其中所述宿主细胞经过操作，表达升高水平的一种或多种具有GnTIII活性的多肽。
33.技术方案32的宿主细胞，其中所述具有GnTIII活性的多肽是融合多肽，该融合多肽包含GnTIII的催化结构域和ManII的Golgi定位结构域。
34.技术方案32或33的宿主细胞，其中所述宿主细胞经过进一步操作，表达升高水平的一种或多种具有ManII活性的多肽。
35.一种生成特异性结合成纤维细胞激活蛋白(FAP)的抗体的方法，所述方法包括
a)在容许该抗体表达的条件下在培养基中培养技术方案31的宿主细胞，和
b)回收该抗体。
36.一种生成特异性结合成纤维细胞激活蛋白(FAP)的抗体的方法，所述方法包括
a)在容许该抗体表达和所述具有GnTIII活性的多肽修饰所述抗体Fc区上存在的寡糖的条件下在培养基中培养技术方案32至34任一项的宿主细胞，和
b)回收该抗体。
37.一种特异性结合FAP的抗体，其中所述抗体通过技术方案35或36的方法来生成。
38.一种抗体偶联物，其包含技术方案1至26任一项的抗体和细胞毒剂。
39.一种药物组合物，其技术方案1至26任一项的抗体和药学可接受载体。
40.技术方案39的药物组合物，其进一步包含别的治疗剂。
41.技术方案1至26任一项的抗体，其作为药物使用。
42.技术方案1至26任一项的抗体，其用于治疗以FAP表达为特征的疾病。
43.技术方案42的抗体，其中所述疾病是癌症。
44.技术方案1至26任一项的抗体，其用于诱导肿瘤细胞或肿瘤基质细胞的细胞裂解。
45.技术方案1至26任一项的抗体在制造药物中的用途。
46.技术方案1至26任一项的抗体在制造用于治疗以FAP表达为特征的疾病的药物中的用途。
47.技术方案46的用途，其中所述疾病是癌症。
48.技术方案1至26任一项的抗体在制造用于诱导肿瘤细胞或肿瘤基质细胞的细胞裂解的药物中的用途。
49.一种治疗具有以FAP表达为特征的疾病的个体的方法，包括对该个体施用有效量的技术方案1至26任一项的抗体或技术方案39或40的药物配制剂。
50.技术方案49的方法，进一步包括对该个体施用别的治疗剂。
51.技术方案49或50的方法，其中所述疾病是癌症。
52.一种诱导肿瘤细胞或肿瘤基质细胞的细胞裂解的方法，所述方法包括使所述肿瘤细胞或肿瘤基质细胞与技术方案1至26任一项的抗体接触。
53.技术方案52的方法，其中所述细胞裂解是通过该抗体的抗体依赖性细胞毒性诱导的。
54.一种诊断个体中的疾病的方法，所述方法包含对该个体施用有效量的诊断剂，其中所述诊断剂包含技术方案1至26任一项的抗体和标记物，该标记物容许检测所述诊断剂和FAP的复合物。
55.如本文描述的发明。
附图简述
图1显示亲和力成熟抗FAP Fab片段的基于表面等离振子共振(SPR)的动力学分析。为克隆19G1结合人(hu)FAP(A)和鼠(mu)FAP(B)、为克隆20G8结合hu FAP(C)、mu FAP(D)及为克隆4B9结合hu FAP(E)和mu FAP(F)呈现了经过加工的动力学数据集。平滑线呈现数据对1:1相互作用模型的整体拟合。
图2显示亲和力成熟抗FAP Fab片段的基于SPR的动力学分析。为克隆5B8结合huFAP(A)和mu FAP(B)、为克隆5F1结合hu FAP(C)、mu FAP(D)及为克隆14B3结合hu FAP(E)和mu FAP(F)呈现了经过加工的动力学数据集。平滑线呈现数据对1:1相互作用模型的整体拟合。
图3显示亲和力成熟抗FAP Fab片段的基于SPR的动力学分析。为克隆16F1结合huFAP(A)和mu FAP(B)、为克隆16F8结合hu FAP(C),mu FAP(D)及为克隆O3C9结合hu FAP(E)和mu FAP(F)呈现了经过加工的动力学数据集。平滑线呈现数据对1:1相互作用模型的整体拟合。
图4显示亲和力成熟抗FAP Fab片段的基于SPR的动力学分析。为克隆O2D7结合huFAP(A)和mu FAP(B)、为克隆28H1结合hu FAP(C)、mu FAP(D)、猕猴(cyno)FAP(E)及为克隆22A3结合hu FAP(F)、mu FAP(G)和cyno FAP(H)呈现了经过加工的动力学数据集。平滑线呈现数据对1:1相互作用模型的整体拟合。
图5显示亲和力成熟抗FAP Fab片段的基于SPR的动力学分析。为克隆29B11结合huFAP(A)、mu FAP(B)、cyno FAP(C)及为克隆23C10结合hu FAP(D)、mu FAP(E)和cyno FAP(F)呈现了经过加工的动力学数据集。平滑线呈现数据对1:1相互作用模型的整体拟合。
图6A-6C显示3F2(图6A)、4G8(图6B)和3D9(图6C)抗FAP抗体(作为Fab片段)结合人、小鼠和猕猴FAP的基于SPR的动力学分析。呈现了经过加工的动力学数据集，平滑线呈现数据对1:1相互作用模型的整体拟合。
图7A-7C显示3F2(图7A)、4G8(图7B)和3D9(图7C)抗FAP抗体(作为人IgG)结合人、小鼠和猕猴FAP的基于SPR的动力学分析。呈现了经过加工的动力学数据集，平滑线呈现数据对1:1相互作用模型的整体拟合。
图8A-8D显示(图8A)使用2F3小鼠IgG2a抗体对FAP免疫组织化学染色的非小细胞肺癌(NSCLC)，(图8B)使用2F3小鼠IgG2a抗体对FAP免疫组织化学染色的结肠腺癌，(图8C)使用3D9小鼠IgG2a抗体对FAP免疫组织化学染色的结肠腺癌，和(图8D)使用4G8小鼠IgG2a抗体对FAP免疫组织化学染色的结肠腺癌的人样品的代表性图片。通过所有抗体且在所有样品中的肿瘤基质中检测到FAP(左边小图)，而对同种型对照抗体没有观察到染色(右边小图)。
图9显示人IgG1抗FAP抗体对在经人(A)或鼠(B)FAP稳定转染的HEK293细胞上表达的FAP的结合，如通过FACS测定的。
图10显示人IgG1抗FAP抗体对稳定转染的HEK 293细胞上表达的DPPIV(CD26)或HER2的结合，如通过FACS测定的。使用抗HER2抗体曲妥单抗(trastuzumab)和抗CD26抗体作为阳性对照。使用二抗、对照IgG或根本不使用抗体(仅细胞)作为阴性对照。
图11显示人IgG1抗FAP抗体对人成纤维细胞(细胞系GM05389)上的FAP的结合，如通过FACS测定的。使用二抗或根本不使用抗体作为阴性对照。
图12显示人IgG1抗FAP抗体对人成纤维细胞(细胞系GM05389)、不同人肿瘤细胞系、或经人FAP稳定转染的HEK 293细胞的结合，如通过FACS测定的。
图13A和13B显示与抗FAP人IgG1抗体3F2或4G8一起温育后不同时间点，GM05389肺成纤维细胞表面上的FAP表达水平，如通过FACS测定的。没有观察到FAP表达水平的显著降低，其指示FAP内在化。显示仅二抗作为阴性对照。
图14A-14D呈现代表性免疫荧光图像，显示4℃45分钟(图14A)、37℃20分钟(图14B)、37℃1小时(图14C)或37℃6小时(图14D)抗FAP 4G8IgG结合后获得的GM05389肺成纤维细胞上的质膜染色。作为同种型对照使用的抗CD20抗体GA101显示背景染色。EEA1标记早期内体。注意，抗FAP 4G8抗体结合后FAP表面质膜染色持续多至6小时。
图15显示野生型28H1人IgG的纯化和分析。A)蛋白A亲和层析纯化步骤。B)大小排阻层析纯化步骤。C)分析性SDS-PAGE。D)分析性大小排阻层析。实验规程如实施例1所述。
图16显示糖工程化28H1人IgG的纯化和分析。A)蛋白A亲和层析纯化步骤。B)大小排阻层析纯化步骤。C)分析性SDS-PAGE。D)分析性大小排阻层析。实验规程如实施例1所述。
图17显示野生型29B11人IgG的纯化和分析。A)蛋白A亲和层析纯化步骤。B)大小排阻层析纯化步骤。C)分析性SDS-PAGE。D)分析性大小排阻层析。实验规程如实施例1所述。
图18显示糖工程化29B11人IgG的纯化和分析。A)蛋白A亲和层析纯化步骤。B)大小排阻层析纯化步骤。C)分析性SDS-PAGE。D)分析性大小排阻层析。实验规程如实施例1所述。
图19显示野生型3F2人IgG的纯化和分析。A)蛋白A亲和层析纯化步骤。B)大小排阻层析纯化步骤。C)分析性SDS-PAGE。D)分析性大小排阻层析。实验规程如实施例1所述。
图20显示糖工程化3F2人IgG的纯化和分析。A)蛋白A亲和层析纯化步骤。B)大小排阻层析纯化步骤。C)分析性SDS-PAGE。D)分析性大小排阻层析。实验规程如实施例1所述。
图21显示野生型4G8人IgG的纯化和分析。A)蛋白A亲和层析纯化步骤。B)大小排阻层析纯化步骤。C)分析性SDS-PAGE。D)分析性大小排阻层析。实验规程如实施例1所述。
图22显示糖工程化4G8人IgG的纯化和分析。A)蛋白A亲和层析纯化步骤。B)大小排阻层析纯化步骤。C)分析性SDS-PAGE。D)分析性大小排阻层析。实验规程如实施例1所述。
图23显示亲和力成熟的抗FAP抗体28H1对HEK293细胞上的人FAP的结合，与亲本4G8抗FAP抗体的结合比较。
图24显示测试由野生型(wt)和糖工程化(ge)形式的抗FAP IgG抗体28H1(亲和力成熟的)和4G8、3F8(亲本)介导的ADCC的LDH释放测定法的结果，HEK293-hFAP作为靶细胞，PBMNC作为效应细胞(F/F FcγRIIIa基因型)。
发明详述
I.定义
出于本文中的目的，“受体人框架”指包含自人免疫球蛋白框架或如下文定义的人共有框架衍生的轻链可变域(VL)框架或重链可变域(VH)框架的氨基酸序列的框架。自人免疫球蛋白框架或人共有框架“衍生”的受体人框架可以包含其相同的氨基酸序列，或者它可以含有氨基酸序列变化。在一些实施方案中，氨基酸变化的数目是10或更少、9或更少、8或更少、7或更少、6或更少、5或更少、4或更少、3或更少、或2或更少。在一些实施方案中，VL受体人框架与VL人免疫球蛋白框架序列或人共有框架序列在序列上相同。
“亲和力”指分子(例如抗体)的单一结合位点与其结合配偶体(例如抗原)之间全部非共价相互作用总和的强度。除非另有指示，如本文中使用的，“结合亲和力”指反映结合对的成员(例如抗体和抗原)之间1:1相互作用的内在结合亲和力。分子X对其配偶体Y的亲和力通常可以用解离常数(KD)来表述，它是解离和结合速率常数(分别为koff和kon)之比。如此，等同的亲和力可包含不同的速率常数，只要速率常数之比保持相同。亲和力可以通过本领域知道的常用方法来测量，包括本文中所描述的方法。下文描述了用于测量结合亲和力的具体的说明性和例示性的实施方案。
“亲和力成熟的”抗体指在一个或多个高变区(HVR)(例如CDR)中具有一处或多处改变(例如氨基酸突变)的抗体，与不拥有此类改变的亲本抗体相比，此类改变导致该抗体对抗原的亲和力改善。典型地，亲和力成熟的抗体与亲本抗体结合相同表位。
术语“抗FAP抗体”和“结合成纤维细胞激活蛋白(FAP)的抗体”指能够以足够亲和力结合FAP，使得该抗体可作为诊断剂和/或治疗剂用于靶向FAP的抗体。在一个实施方案中，根据例如通过放射免疫测定法(RIA)或流式细胞术(FACS)的测量，抗FAP抗体结合无关的、非FAP的蛋白质的程度小于该抗体对FAP的结合的约10％。在一个实施方案中，本发明的抗FAP抗体结合DPPIV(一种与FAP密切相关的蛋白质，也称作CD26，GenBank登录号P27487)的程度小于该抗体对FAP的结合的约15％、约10％或约5％，如通过FACS测量的。在某些实施方案中，结合FAP的抗体具有≤1μM、≤100nM、≤10nM、≤1nM、≤0.1nM、≤0.01nM、或≤0.001nM(例如10-8M或更少，例如10-8M到10-13M，例如10-9M到10-13M)的解离常数(KD)。在某些实施方案中，抗FAP抗体结合在来自不同物种的FAP中保守的FAP表位。
本文中的术语“抗体”以最广义使用，并且涵盖各种抗体结构，包括但不限于单克隆抗体、多克隆抗体、多特异性抗体(例如双特异性抗体)、和抗体片段，只要它们展现出期望的抗原结合活性。还包括具有Fc区的抗体片段，和包含与免疫球蛋白Fc区等同的区域的融合蛋白。
“抗体片段”指与完整抗体不同的分子，其包含完整抗体中结合完整抗体结合的抗原的部分。抗体片段的例子包括但不限于Fv、Fab、Fab’、Fab’-SH、F(ab’)2、单链抗体分子(例如scFv)、双抗体、和由抗体片段形成的多特异性抗体。
与参照抗体“结合相同表位的抗体”指在竞争测定法中将参照抗体对其抗原的结合阻断50％或更多的抗体，且相反，参照抗体在竞争测定法中将该抗体对其抗原的结合阻断50％或更多。本文中提供了例示性的竞争测定法。
术语“抗原结合域”指抗原结合分子中包含特异性结合部分或整个抗原并与部分或整个抗原互补的区域的部分。在抗原较大的情况中，抗原结合分子可以仅结合抗原的特定部分，该部分称作表位。抗原结合域可以由例如一个或多个抗体可变域(也称作抗体可变区)提供。优选地，抗原结合域包含抗体轻链可变区(VL)和抗体重链可变区(VH)。
术语“嵌合”抗体指其中的重和/或轻链的一部分自特定的来源或物种衍生，而重和/或轻链的剩余部分自不同来源或物种衍生的抗体。对于例如嵌合抗体，非抗原结合构件可以自极其多种物种，包括灵长类诸如黑猩猩和人衍生。人源化抗体是嵌合抗体的一种特别优选的形式。
抗体的“类”指其重链拥有的恒定域或恒定区的类型。抗体有5大类：IgA、IgD、IgE、IgG、和IgM，并且这些中的几种可以进一步分成亚类(同种型)，例如，IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1、和IgA2。与不同类免疫球蛋白对应的重链恒定域分别称作α、δ、ε、γ、和μ。
在用于本文时，术语“细胞毒剂”指抑制或阻止细胞功能和/或引起细胞死亡或破坏的物质。细胞毒剂包括但不限于：放射性同位素(例如At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212和Lu的放射性同位素)；化学治疗剂或药物(例如甲氨蝶呤(methotrexate)、阿霉素(adriamycin)、长春花生物碱类(vinca alkaloids)(长春新碱(vincristine)、长春碱(vinblastine)、依托泊苷(etoposide))、多柔比星(doxorubicin)、美法仑(melphalan)、丝裂霉素(mitomycin)C、苯丁酸氮芥(chlorambucil)、柔红霉素(daunorubicin)或其它嵌入剂)；生长抑制剂；酶及其片段，诸如溶核酶；抗生素；毒素，诸如小分子毒素或者细菌、真菌、植物或动物起源的酶活性毒素，包括其片段和/或变体；及下文公开的各种抗肿瘤或抗癌剂。
“效应器功能”指那些可归于抗体Fc区且随抗体同种型而变化的生物学活性。抗体效应器功能的例子包括：C1q结合和补体依赖性细胞毒性(CDC)；Fc受体结合；抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)；吞噬作用；细胞因子分泌；免疫复合物介导的抗原呈递细胞的抗原摄取；细胞表面受体(例如B细胞受体)下调；和B细胞活化。
药剂(例如药物配制剂)的“有效量”指在必需的剂量和时段上有效实现期望的治疗或预防结果的量。
本文中的术语“Fc区”用于定义免疫球蛋白重链中至少含有恒定区一部分的C端区。该术语包括天然序列Fc区和变体Fc区。在一个实施方案中，人IgG重链Fc区自Cys226，或自Pro230延伸至重链的羧基端。然而，Fc区的C端赖氨酸(Lys447)可以存在或不存在。除非本文中另有规定，Fc区或恒定区中的氨基酸残基的编号方式依照EU编号系统，又称作EU索引，如记载于Kabat等,Sequences of Proteins of Immunological Interest,第5版Public Health Service,National Institutes of Health,Bethesda,MD,1991。
术语“与免疫球蛋白的Fc区等同的区域”意图包括免疫球蛋白的Fc区的天然存在等位变体及具有产生替代、添加、或删除的变化，但是没有实质性降低免疫球蛋白介导效应器功能(诸如抗体依赖性细胞的细胞毒性)的能力的变体。例如，可以在没有实质性生物学功能损失的情况中自免疫球蛋白Fc区的N端或C端删除一个或多个氨基酸。可以依照本领域中已知的一般规则来选择此类变体，使得对活性具有最小的影响。(见例如Bowie,J.U.等,Science 247:1306-10(1990))。
“框架”或“FR”指除高变区(HVR)(或CDR)残基外的可变域残基。一般地，可变域的FR由4个FR域组成：FR1、FR2、FR3、和FR4。因而，HVR和FR序列在VH(或VL)中一般以如下的顺序出现：FR1-H1(L1)-FR2-H2(L2)-FR3-H3(L3)-FR4。
术语“全长抗体”、“完整抗体”、和“全抗体”在本文中可互换使用，指与天然抗体结构具有基本上类似的结构或者具有含有如本文中所限定的Fc区的重链的抗体。
术语“宿主细胞”、“宿主细胞系”、和“宿主细胞培养物”可互换使用，并且指已经导入外源核酸的细胞，包括此类细胞的后代。宿主细胞包括“转化体”和“经转化的细胞”，其包括原代的经转化的细胞及自其衍生的后代而不考虑传代的次数。后代在核酸内容物上可以与亲本细胞不完全相同，而是可以含有突变。本文中包括具有与在初始转化细胞中筛选或选择的相同功能或生物学活性的突变体后代。在一个实施方案中，将宿主细胞工程化改造成容许生成具有经修饰寡糖的抗体。在某些实施方案中，已经对宿主细胞进一步操作以表达升高水平的一种或多种具有β(1,4)-N-乙酰葡糖氨基转移酶III(GnTIII)活性的多肽。宿主细胞包括培养的细胞，例如哺乳动物培养细胞，诸如CHO细胞、BHK细胞、NS0细胞、SP2/0细胞、YO骨髓瘤细胞、P3X63小鼠骨髓瘤细胞、PER细胞、PER.C6细胞或杂交瘤细胞、酵母细胞、昆虫细胞、和植物细胞等等，而且还有转基因动物、转基因植物或培养的植物或动物组织内包含的细胞。
“人抗体”指拥有与由人或人细胞生成的或利用人抗体全集或其它人抗体编码序列自非人来源衍生的抗体的氨基酸序列对应的氨基酸序列的抗体。人抗体的此定义明确排除包含非人抗原结合残基的人源化抗体。
“人共有框架”指代表人免疫球蛋白VL或VH框架序列选集中最常存在的氨基酸残基的框架。通常，人免疫球蛋白VL或VH序列选集来自可变域序列亚组。通常，序列亚组是如Kabat等，Sequences of Proteins of Immunological Interest,第五版,NIHPublication 91-3242,Bethesda MD(1991),第1-3卷中的亚组。在一个实施方案中，对于VL，亚组是如Kabat等，见上文中的亚组κI。在一个实施方案中，对于VH，亚组是如Kabat等，见上文中的亚组III。
“人源化”抗体指包含来自非人HVR的氨基酸残基和来自人FR的氨基酸残基的嵌合抗体。在某些实施方案中，人源化抗体会包含至少一个，通常两个基本上整个可变域，其中所有或基本上所有HVR(例如，CDR)对应于非人抗体的那些，且所有或基本上所有FR对应于人抗体的那些。任选地，人源化抗体可以至少包含自人抗体衍生的抗体恒定区的一部分。抗体，例如非人抗体的“人源化形式”指已经经历人源化的抗体。
在用于本文时，术语“高变区”或“HVR”指抗体可变域中在序列上高变的和/或形成结构上限定的环(“高变环”)的每个区。一般地，天然的4链抗体包含6个HVR；三个在VH中(H1、H2、H3)，且三个在VL中(L1、L2、L3)。HVR一般包含来自高变环和/或来自“互补决定区”(CDR)的氨基酸残基，后一种是最高序列变异性的和/或牵涉抗原识别。除了VH中的CDR1外，CDR一般包含形成高变环的氨基酸残基。“高变区”(HVR)又称为互补决定区(CDR)，而且这些术语在本文中提及形成抗原结合区的可变区部分时可互换使用。此特定区域已经由Kabat等,美国卫生与公众服务部(U.S.Dept.of Health and Human Services),“Sequences ofProteins of Immunological Interest”(1983)及由Chothia等,J.Mol.Biol.196:901-917(1987)描述，其中定义包括在彼此比较时氨基酸残基的交叠或子集。然而，任一个定义指抗体或其变体的CDR的应用意图在该术语的范围内，如本文中定义并使用的。涵盖如由上文所引用的每篇参考文献定义的CDR的合适的氨基酸残基在下文在表I中列出作为比较。涵盖特定CDR的精确残基编号会随CDR的序列和大小而有所变化。给出抗体的可变区氨基酸序列时，本领域技术人员可以常规地确定哪些残基构成特定的CDR。
表1：CDR定义1
CDR Kabat Chothia AbM<sup>2</sup>
V<sub>H</sub> CDR1 31-35 26-32 26-35
V<sub>H</sub> CDR2 50-65 52-58 50-58
V<sub>H</sub> CDR3 95-102 95-102 95-102
V<sub>L</sub> CDR1 24-34 26-32 24-34
V<sub>L</sub> CDR2 50-56 50-52 50-56
V<sub>L</sub> CDR3 89-97 91-96 89-97
1表1中的所有CDR定义的编号依照由Kabat等所列的编号约定(见下文)。
2如表1中所使用的具有小写字母“b”的“AbM”指如由Oxford Molecular的“AbM”抗体建模软件定义的CDR。
Kabat等还限定了可应用于任何抗体的可变区序列的编号系统。本领域普通技术人员可以将“Kabat编号方式”的此系统明确指派给任何可变区序列，而不依赖于超出序列自身的任何实验数据。如本文中所使用的，“Kabat编号方式”指由Kabat等,美国卫生与公众服务部,“Sequence of Proteins of Immunological Interest”(1983)所列的编号系统。除非另有规定，提及抗体可变区中的特定氨基酸残基位置的编号是依照Kabat编号系统。
CDR还包含“特异性决定残基”，或“SDR”，其是接触抗原的残基。SDR包含在称作缩短的-CDR，或a-CDR的CDR区内。一般地，给定CDR中仅五分之一至三分之一的残基参与抗原结合。可以通过例如自三维建模计算原子间接触，并依照记载于Padlan等,FASEB J.9(1):133-139(1995)的方法测定给定残基位置处的序列变异性来鉴定特定CDR中的特异性决定残基。例示性的a-CDR(a-CDR-L1、a-CDR-L2、a-CDR-L3、a-CDR-H1、a-CDR-H2、和a-CDR-H3)存在于L1的氨基酸残基31-34、L2的50-55、L3的89-96、H1的31-35B、H2的50-58、和H3的95-102(见Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008))。
“抗体缀合物”指与细胞毒剂缀合的抗体。
“个体”或“受试者”是哺乳动物。哺乳动物包括但不限于驯养的动物(例如，牛、绵羊、猫、犬、和马)、灵长类(例如，人和非人灵长类诸如猴)、家兔、和啮齿类(例如，小鼠和大鼠)。在某些实施方案中，个体或受试者是人。
“分离的”抗体指已经与其天然环境的组分分开的抗体。在一些实施方案中，抗体纯化至大于95％或99％的纯度，如通过例如电泳(例如，SDS-PAGE、等电聚焦(IEF)、毛细管电泳)或层析(例如，离子交换或反相HPLC)方法测定的。关于用于评估抗体纯度的方法的综述，见例如Flatman等,J.Chromatogr.B 848:79-87(2007)。
“分离的”的多核苷酸指已经与其天然环境的组分分开的多核苷酸分子。分离的多核苷酸包括通常含有核酸分子的细胞中含有的多核苷酸分子，但是多核苷酸分子在染色体外或在与其天然染色体位置不同的染色体位置处存在。
“编码抗FAP抗体的分离的多核苷酸”指编码抗体重和轻链(或其片段)的一种或多种多核苷酸分子，包括单一载体或不同载体中的此类多核苷酸分子，和存在于宿主细胞中的一个或多个位置的此类多核苷酸分子。
在用于本文时，术语“单克隆抗体”指从一群基本上同质的抗体获得的抗体，即构成群体的各个抗体是相同的和/或结合相同表位，除了例如含有天然存在的突变或在单克隆抗体制备物的生成期间发生的可能的变体抗体外，此类变体一般以极小量存在。与通常包含针对不同决定簇(表位)的不同抗体的多克隆抗体制备物不同，单克隆抗体制备物的每种单克隆抗体针对抗原上的单一决定簇。如此，修饰语“单克隆”指示抗体自一群基本上同质的抗体获得的特性，而不应解释为要求通过任何特定方法来生成抗体。例如，可以通过多种技术来生成要依照本发明使用的单克隆抗体，包括但不限于杂交瘤方法、重组DNA方法、噬菌体展示方法、和利用含有所有或部分人免疫球蛋白基因座的转基因动物的方法，本文中描述了用于生成单克隆抗体的此类方法和其它例示性方法。
“裸抗体”指未与异源模块(例如细胞毒性模块)或放射性标记物缀合的抗体。裸抗体可以存在于药物配制剂中。
“天然抗体”指具有不同结构的天然存在的免疫球蛋白分子。例如，天然IgG抗体是约150,000道尔顿的异四聚糖蛋白，由二硫化物键合的两条相同轻链和两条相同重链构成。从N至C端，每条重链具有一个可变区(VH)，又称作可变重域或重链可变域，接着是三个恒定域(CH1、CH2、和CH3)，也称作重链恒定区。类似地，从N至C端，每条轻链具有一个可变区(VL)，又称作可变轻域或轻链可变域，接着是一个恒定轻(CL)域，也称作轻链恒定区。根据其恒定域氨基酸序列，抗体轻链可归入两种类型中的一种，称作卡帕(κ)和拉姆达(λ)。
术语“没有实质性交叉反应性”意指分子(例如抗体)不识别或特异性结合与该分子的实际靶抗原不同的抗原(例如与靶抗原密切相关的抗原)，特别地在与该靶抗原相比时。例如，抗体可以结合少于约10％至少于约5％的与实际靶抗原不同的抗原，或者可以结合选自由少于约10％、9％、8％、7％、6％、5％、4％、3％、2％、1％、0.5％、0.2％、或0.1％组成的组的量的所述与实际靶抗原不同的抗原，优选地少于约2％、1％、或0.5％与实际靶抗原不同的抗原，且最优选地少于约0.2％或0.1％与实际靶抗原不同的抗原。
术语“包装插页”用于指治疗产品的商业包装中通常包含的用法说明书，其含有关于涉及此类治疗产品应用的适应症、用法、剂量、施用、联合疗法、禁忌症和/或警告的信息。
术语“亲本”抗体指作为制备变体的起始点或基础使用的抗体。
关于参照多肽序列的“百分比(％)氨基酸序列同一性”定义为比对序列并在必要时引入缺口以获取最大百分比序列同一性后，且不将任何保守替代视为序列同一性的一部分时，候选序列中与参照多肽序列中的氨基酸残基相同的氨基酸残基的百分率。为测定百分比氨基酸序列同一性目的的对比可以以本领域技术范围内的多种方式进行，例如使用公众可得到的计算机软件，诸如BLAST、BLAST-2、ALIGN或Megalign(DNASTAR)软件。本领域技术人员可以决定用于比对序列的合适参数，包括对所比较序列全长获得最大对比所需的任何算法。然而，为了本发明的目的，％氨基酸序列同一性值是使用序列比较计算机程序ALIGN-2产生的。ALIGN-2序列比较计算机程序由Genentech,Inc.编写，并且源代码已经连同用户文档一起提交给美国版权局(US Copyright Office,Washington D.C.,20559)，其中其以美国版权注册号TXU510087注册。公众自Genentech,Inc.,South San Francisco,California可获得ALIGN-2程序，或者可以从源代码编译。ALIGN2程序应当编译成在UNIX操作系统，包括数码UNIX V4.0D上使用。所有序列比较参数由ALIGN-2程序设定且不变。
在采用ALIGN-2来比较氨基酸序列的情况中，给定氨基酸序列A相对于(to)、与(with)、或针对(against)给定氨基酸序列B的％氨基酸序列同一性(或者可表述为具有或包含相对于、与、或针对给定氨基酸序列B的某一％氨基酸序列同一性的给定氨基酸序列A)如下计算：
分数X/Y 乘 100
其中X是由序列比对程序ALIGN-2在该程序的A和B比对中评分为相同匹配的氨基酸残基数，且其中Y是B中的氨基酸残基总数。应当领会，若氨基酸序列A的长度与氨基酸序列B的长度不相等，则A相对于B的％氨基酸序列同一性将不等于B相对于A的％氨基酸序列同一性。除非另有明确说明，本文中所使用的所有％氨基酸序列同一性值都是依照上一段所述，使用ALIGN-2计算机程序获得的。
类似地，具有与本发明的参照核苷酸序列至少例如95％“相同”的核苷酸序列的核酸或多核苷酸意指多核苷酸的核苷酸序列与参照序列相同，只是多核苷酸序列可以按参照核苷酸序列的每100个核苷酸包含多至5处点突变。换言之，为了获得具有与参照核苷酸序列至少95％相同的核苷酸序列的多核苷酸，可以将参照序列中的多至5％的核苷酸删除或用另一个核苷酸替换，或者可以将占参照序列中的总核苷酸的多至5％数目的核苷酸插入参照序列中。参照序列的这些变化可以在参照核苷酸序列的5’或3’端位置或者在那些末端位置间的任何地方发生，个别地在参照序列中的残基间或在参照序列内的一个或多个连续组中散布。实际上，可以使用已知的计算机程序(诸如上文所列的)来常规地测定任何特定的多核苷酸或多肽是否与本发明的核苷酸序列或多肽序列至少80％、85％、90％、95％、96％、97％、98％或99％相同。
术语“药物配制剂”指处于如下的形式，使得容许其中含有的活性成分的生物学活性是有效的，且不含对会接受配制剂施用的受试者具有不可接受的毒性的别的组分的制剂。
“药学可接受载体”指药物配制剂中与活性成分不同的，且对受试者无毒的成分。药学可接受载体包括但不限于缓冲剂、赋形剂、稳定剂、或防腐剂。
如本文中使用的，术语“成纤维细胞激活蛋白(FAP)”指来自任何脊椎动物来源，包括哺乳动物诸如灵长类(例如人，参见GenBank登录号AAC51668)和啮齿类(例如小鼠，参见GenBank登录号AAH19190)的任何天然FAP，除非另外指明。该术语涵盖“全长”、未加工的FAP以及FAP因细胞中的加工所致的任何形式。该术语还涵盖FAP的天然存在变体，例如剪接变体或等位变体。优选地，本发明的抗FAP抗体结合FAP的胞外域。例示性人、小鼠和猕猴FAP胞外域(带C端聚赖氨酸和6x His标签)的氨基酸序列分别显示于SEQ ID NO:317、SEQ ID NO:319、和SEQ ID NO:321。
在用于本文时，“治疗/处理”(及其语法变型)指试图改变所治疗个体的疾病的天然过程的临床干预，并且可以为了预防或者在临床病理学的过程期间实施。治疗的期望效果包括但不限于预防疾病的发生或复发、减轻症状、减轻/减少疾病的任何直接或间接病理后果、预防转移、降低疾病进展速率、改善或减轻疾病状态、和消退或改善的预后。在一些实施方案中，使用本发明的抗体来延迟疾病的形成或减缓疾病的进展。
术语“可变区”或“可变域”指抗体重或轻链中牵涉抗体结合抗原的域。天然抗体的重链和轻链可变域(分别为VH和VL)一般具有类似的结构，其中每个域包含4个保守的框架区(FR)和3个高变区(HVR)。(见例如Kindt等Kuby Immunology,第6版,W.H.Freeman andCo.,第91页(2007))。单个VH或VL域可以足以赋予抗原结合特异性。此外，可以分别使用来自结合抗原的抗体的VH或VL域筛选互补VL或VH域的文库来分离结合特定抗原的抗体。见例如，Portolano等,J.Immunol.150:880-887(1993)；Clarkson等,Nature352:624-628(1991)。
在用于本文时，术语“载体”指能够增殖与其连接的另一种核酸的核酸分子。该术语包括作为自身复制型核酸结构的载体及整合入接受其导入的宿主细胞的基因组中的载体。某些载体能够指导与其可操作连接的核酸的表达。此类载体在本文中称为“表达载体”。
如本文中所使用的，术语“具有GnTIII活性的多肽”指能够催化将N-乙酰葡糖胺(GlcNAc)残基以β-1-4连接添加至N连接的寡糖的三甘露糖基核心的β-连接的甘露糖苷的多肽。这包括以或不以剂量依赖性展现出与β(1,4)-N-乙酰葡糖胺基转移酶III(依照国际生物化学和分子生物学联合会命名委员会(Nomenclature Committee of theInternational Union of Biochemistry and Molecular Biology,NC-IUBMB)，又称为β-1,4-甘露糖基-糖蛋白4-β-N-乙酰葡糖胺基转移酶(EC 2.4.1.144))活性相似，但不必相同的酶活性的融合多肽，如特定的生物学测定法中测量的。在剂量依赖性确实存在的情况中，它不需要与GnTIII的剂量依赖性相同，而是与GnTIII相比与给定活性的剂量依赖性基本上相似(即，相对于GnTIII，候选多肽会展现出更大的活性或小不超过约25倍且优选地，小不超过约10倍的活性，且最优选地，小不超过约3倍的活性)。
如本文中所使用的，术语“高尔基(Golgi)定位域”指高尔基驻留多肽中负责将多肽锚定至高尔基复合体内的某个位置的氨基酸序列。一般地，定位域包含酶的氨基端“尾部”。
如本文中所使用的，认为特别地具有前缀“糖”的术语“工程化”或“工程化改造”及术语“糖基化工程”包括对天然存在的或重组的多肽或其片段的糖基化样式的任何操作。糖基化工程包括细胞的糖基化结构的代谢工程，包括对寡糖合成途径的遗传操作以实现细胞中表达的糖蛋白的改变的糖基化。此外，糖基化工程包括突变和细胞环境对糖基化的影响。在一个实施方案中，糖基化工程是糖基转移酶活性的变化。在一个具体的实施方案中，工程化改造导致改变的葡糖胺基转移酶活性和/或岩藻糖基转移酶活性。
如本文中所使用的，术语“Fc介导的细胞的细胞毒性”包括抗体依赖性细胞的细胞毒性(ADCC)和由含有人Fc区的可溶性Fc-融合蛋白介导的细胞的细胞毒性。它是一种导致“人免疫效应细胞”裂解“靶定细胞”的免疫机制。
如本文中所使用的，术语“人免疫效应细胞”指在其表面上展示Fc受体的白细胞群体，它们通过Fc受体结合抗体或Fc融合蛋白的Fc区并执行效应器功能。此类群体可以包括但不限于外周血单个核细胞(PBMC)和/或天然杀伤(NK)细胞。
如本文中所使用的，术语“靶定细胞”指包含Fc区的抗原结合分子(例如，抗体或其包含Fc区的片段)或Fc融合蛋白特异性结合的细胞。抗原结合分子或Fc融合蛋白经由Fc区N端的蛋白质部分结合靶细胞。
如本文中所使用的，术语“升高的Fc介导的细胞的细胞毒性”定义为通过上文限定的Fc介导的细胞的细胞毒性的机制在靶细胞周围的介质中给定浓度的抗体或Fc融合蛋白在给定时间中裂解的“靶定细胞”的数目增加和/或通过Fc介导的细胞的细胞毒性的机制在给定时间中实现给定数目的“靶定细胞”裂解需要的靶细胞周围的介质中的抗体或Fc融合蛋白的浓度降低。Fc介导的细胞的细胞毒性的升高相对于使用相同的标准生成、纯化、配制和贮存方法(其是本领域技术人员已知的)，由相同类型的宿主细胞产生的，但是并非由通过本文中所描述的方法工程化改造成具有改变的糖基化样式(例如，表达糖基转移酶GnTIII、或其它糖基转移酶)的宿主细胞产生的相同抗原结合分子或Fc融合蛋白介导的细胞的细胞毒性。
“具有升高的抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)的抗体”意指具有升高的ADCC的抗体(如所述术语在本文中定义的)，如通过本领域普通技术人员已知的任何合适的方法测定的。一种公认的体外ADCC测定法如下：
1)该测定法使用已知表达被抗体的抗原结合区识别的靶抗原的靶细胞；
2)该测定法使用自随机选定的健康供体的血液分离的人外周血单个核细胞(PBMC)作为效应细胞；
3)依照如下的方案实施该测定法：
i)将PBMC使用标准的密度离心规程来分离，并以5x 106个细胞/ml在RPMI细胞培养基中悬浮；
ii)将靶细胞通过标准的组织培养方法来培养，自具有高于90％的存活力的指数生长期收获，在RPMI细胞培养基中清洗，用100微居里的51Cr标记，用细胞培养基清洗两次，并以105个细胞/ml的密度在细胞培养基中重悬；
iii)将100微升上述最终的靶细胞悬浮液转移至96孔微量滴定板的每孔；
iv)将所述抗体在细胞培养基中自4000ng/ml至0.04ng/ml连续稀释，并将50微升所得抗体溶液添加至96孔微量滴定板中的靶细胞，一式三份测试覆盖上述整个浓度范围的各个抗体浓度；
v)对于最大释放(MR)对照，含有经标记的靶细胞的板中的3个额外的孔接受50微升2％(V/V)非离子型去污剂(Nonidet,Sigma,St.Louis)的水溶液，替代抗体溶液(上述的第iv点)；
vi)对于自发释放(SR)对照，含有经标记的靶细胞的板中的3个额外的孔接受50微升RPMI细胞培养基，替代抗体溶液(上述的第iv点)；
vii)然后，将96孔微量滴定板以50xg离心1分钟，并于4℃温育1小时；
viii)将50微升PBMC悬浮液(上述第i点)添加至每孔以产生效应细胞:靶细胞比率25:1，并将平板在培养箱中在5％CO2气氛下于37℃放置4小时；
ix)收获来自每孔的无细胞上清液，并使用γ计数器来量化实验释放的放射性(ER)；
x)依照公式(ER-MR)/(MR-SR)x 100对每个抗体浓度计算比裂解的百分比，其中ER是对所述抗体浓度量化(见上述第ix点)的平均放射性，MR是对MR对照(见上述第v点)量化(见上述第ix点)的平均放射性，而SR是对SR对照(见上述第vi点)量化(见上述第ix点)的平均放射性；
4)“升高的ADCC”定义为上文测试的抗体浓度范围内观察到的比裂解的最大百分比的增加和/或达到上文测试的抗体浓度范围内观察到的比裂解的最大百分比的一半所需要的抗体浓度的降低。ADCC的升高相对于用上述测定法测量的，使用本领域技术人员已知的相同的标准生成、纯化、配制和贮存方法，由相同类型的宿主细胞产生的，但是并非由工程化改造成过表达GnTIII的宿主细胞产生的相同抗体介导的ADCC。
II.组合物和方法
成纤维细胞激活蛋白(FAP)在大多数肿瘤中表达，但是在健康成年组织中基本上缺失，如此，靶向这种抗原的抗体具有极大的治疗潜力。本发明提供了结合FAP的抗体，特别是具有高亲和力和强效应器功能的抗体。本发明的抗体可用于例如以FAP表达为特征的疾病，诸如癌症的诊断和治疗。
A.例示性抗FAP抗体
本发明提供了特异性结合成纤维细胞激活蛋白(FAP)的抗体。特别地，本发明提供了特异性结合FAP的抗体，其中所述抗体糖工程化改造成具有升高的效应器功能。
在一个实施方案中，本发明的抗FAP抗体包含至少一种(例如一种、两种、三种、四种、五种、或六种)选自下组的重或轻链互补决定区(CDR)：SEQ ID NO:3，SEQ ID NO:5，SEQID NO:7，SEQ ID NO:9，SEQ ID NO:11，SEQ ID NO:13，SEQ ID NO:15，SEQ ID NO:17，SEQID NO:19，SEQ ID NO:21，SEQ ID NO:23，SEQ ID NO:25，SEQ ID NO:27，SEQ ID NO:29，SEQID NO:31，SEQ ID NO:33，SEQ ID NO:35，SEQ ID NO:37，SEQ ID NO:39，SEQ ID NO:41，SEQID NO:43，SEQ ID NO:45，SEQ ID NO:47，SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:53、SEQID NO:55、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:65、SEQID NO:67、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:77、SEQID NO:79、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:89、SEQID NO:91、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:111、SEQ IDNO:113、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:127、SEQ ID NO:129、SEQ ID NO:131、SEQ ID NO:133、SEQ IDNO:135、SEQ ID NO:137、SEQ ID NO:139、SEQ ID NO:141、SEQ ID NO:143、SEQ ID NO:145、SEQ ID NO:147、SEQ ID NO:149、SEQ ID NO:151、SEQ ID NO:153、SEQ ID NO:155、SEQ IDNO:157、SEQ ID NO:159、SEQ ID NO:161、SEQ ID NO:163、SEQ ID NO:165、SEQ ID NO:167、SEQ ID NO:169、SEQ ID NO:171、SEQ ID NO:173、SEQ ID NO:175、和SEQ ID NO:177，或上述序列的变体或截短形式(其至少含有特异性决定残基(SDR))，作为所述CDR。
在一个实施方案中，所述至少一种CDR是重链CDR，特别是选自SEQ ID NO:135、SEQID NO:137、SEQ ID NO:139、和SEQ ID NO:141的重链CDR3。在另一个实施方案中，该抗体包含至少一种重链CDR和至少一种轻链CDR，特别是选自SEQ ID NO:135、SEQ ID NO:137、SEQID NO:139、和SEQ ID NO:141的重链CDR3和选自SEQ ID NO:163、SEQ ID NO:165、SEQ IDNO:167、SEQ ID NO:169、SEQ ID NO:171、SEQ ID NO:173、SEQ ID NO:175和SEQ ID NO:177的轻链CDR3。
在一个实施方案中，本发明的抗体包含至少一种、至少两种、或所有三种重链CDR(HCDR)序列，其选自(a)包含选自SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:31、和SEQ IDNO:33的氨基酸序列的HCDR1；(b)包含选自SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:61、SEQ IDNO:63、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:73、SEQ IDNO:75、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:85、SEQ IDNO:87、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:97、SEQ IDNO:99、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:119、SEQ IDNO:121、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:127、SEQ ID NO:129、SEQ ID NO:131、和SEQ ID NO:133的氨基酸序列的HCDR2；和(c)包含选自SEQ ID NO:135、SEQ ID NO:137、SEQ ID NO:139、和SEQ ID NO:141的氨基酸序列的HCDR3。在又一个实施方案中，该抗体包含重链可变区，其包含(a)选自SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:9、SEQID NO:11、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:21、SEQID NO:23、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:31、和SEQ ID NO:33的重链CDR1；(b)选自SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:41、SEQ IDNO:43、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:53、SEQ IDNO:55、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:65、SEQ IDNO:67、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:77、SEQ IDNO:79、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:89、SEQ IDNO:91、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:101、SEQID NO:103、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:123、SEQID NO:125、SEQ ID NO:127、SEQ ID NO:129、SEQ ID NO:131、和SEQ ID NO:133的重链CDR2；和(c)选自SEQ ID NO:135、SEQ ID NO:137、SEQ ID NO:139、和SEQ ID NO:141的重链CDR3，或上述序列的变体或截短形式(其至少含有SDR)，作为所述CDR。
在一个实施方案中，本发明的抗体包含至少一种、至少两种、或所有三种轻链CDR(LCDR)序列，其选自(a)包含选自SEQ ID NO:143、SEQ ID NO:145、SEQ ID NO:147、和SEQID NO:149的氨基酸序列的LCDR1；(b)包含选自SEQ ID NO:151、SEQ ID NO:153、SEQ IDNO:155、SEQ ID NO:157、SEQ ID NO:159、和SEQ ID NO:161的氨基酸序列的LCDR2；和(c)包含选自SEQ ID NO:163、SEQ ID NO:165、SEQ ID NO:167、SEQ ID NO:169、SEQ ID NO:171、SEQ ID NO:173、SEQ ID NO:175、和SEQ ID NO:177的氨基酸序列的LCDR3。在又一个实施方案中，该抗体包含轻链可变区，其包含(a)选自SEQ ID NO:143、SEQ ID NO:145、SEQ ID NO:147、和SEQ ID NO:149的轻链CDR1；(b)选自SEQ ID NO:151、SEQ ID NO:153、SEQ ID NO:155、SEQ ID NO:157、SEQ ID NO:159、和SEQ ID NO:161的轻链CDR2；和(c)选自SEQ ID NO:163、SEQ ID NO:165、SEQ ID NO:167、SEQ ID NO:169、SEQ ID NO:171、SEQ ID NO:173、SEQID NO:175、和SEQ ID NO:177的轻链CDR3，或上述序列的变体或截短形式(其至少含有的SDR)，作为所述CDR。
在一个更具体的实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含选自SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:23、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:31、和SEQ ID NO:33的重链CDR1；选自SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:43、SEQID NO:45、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:55、SEQID NO:57、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:67、SEQID NO:69、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:79、SEQID NO:81、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:91、SEQID NO:93、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:113、SEQ IDNO:115、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:127、SEQ ID NO:129、SEQ ID NO:131、和SEQ ID NO:133的重链CDR2；和选自SEQID NO:135、SEQ ID NO:137、SEQ ID NO:139、和SEQ ID NO:141的重链CDR3，该轻链可变区包含选自SEQ ID NO:143、SEQ ID NO:145、SEQ ID NO:147、和SEQ ID NO:149的轻链CDR1；选自SEQ ID NO:151、SEQ ID NO:153、SEQ ID NO:155、SEQ ID NO:157、SEQ ID NO:159、和SEQ ID NO:161的轻链CDR2；和选自SEQ ID NO:163、SEQ ID NO:165、SEQ ID NO:167、SEQID NO:169、SEQ ID NO:171、SEQ ID NO:173、SEQ ID NO:175、和SEQ ID NO:177的轻链CDR3，或上述序列的变体或截短形式(其至少含有SDR)，作为所述CDR。
在另一个实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含选自SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:11、SEQ IDNO:13、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:23、SEQ IDNO:25、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:31、和SEQ ID NO:33的重链CDR1；选自SEQID NO:35、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:45、SEQID NO:47、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:57、SEQID NO:59、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:69、SEQID NO:71、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:81、SEQID NO:83、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:93、SEQID NO:95、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:115、SEQ IDNO:117、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:127、SEQ ID NO:129、SEQ ID NO:131、和SEQ ID NO:133的重链CDR2；和选自SEQ ID NO:135、SEQID NO:137、SEQ ID NO:139、和SEQ ID NO:141的重链CDR3，该轻链可变区包含选自SEQ IDNO:143、SEQ ID NO:145、SEQ ID NO:147、和SEQ ID NO:149的轻链CDR1；选自SEQ ID NO:151、SEQ ID NO:153、SEQ ID NO:155、SEQ ID NO:157、SEQ ID NO:159、和SEQ ID NO:161的轻链CDR2；和选自SEQ ID NO:163、SEQ ID NO:165、SEQ ID NO:167、SEQ ID NO:169、SEQ IDNO:171、SEQ ID NO:173、SEQ ID NO:175、和SEQ ID NO:177的轻链CDR3，其中至少一种所述CDR选自下组：SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:31、SEQ ID NO:33、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:55、SEQ IDNO:57、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:67、SEQ IDNO:77、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:87、SEQ IDNO:89、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:95、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:99、SEQ IDNO:109、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:127、SEQ ID NO:129、SEQ IDNO:131、SEQ ID NO:133和SEQ ID NO:177。
在另一个实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含选自SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:7、SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:11、SEQ IDNO:13、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:23、SEQ IDNO:25、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:29、SEQ ID NO:31、和SEQ ID NO:33的重链CDR1；选自SEQID NO:35、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:43、SEQ ID NO:45、SEQID NO:47、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:53、SEQ ID NO:55、SEQ ID NO:57、SEQID NO:59、SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:69、SEQID NO:71、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:77、SEQ ID NO:79、SEQ ID NO:81、SEQID NO:83、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:89、SEQ ID NO:91、SEQ ID NO:93、SEQID NO:95、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:99、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:115、SEQ IDNO:117、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:123、SEQ ID NO:125、SEQ ID NO:127、SEQ ID NO:129、SEQ ID NO:131、和SEQ ID NO:133的重链CDR2；和选自SEQ ID NO:135、SEQID NO:137、SEQ ID NO:139、和SEQ ID NO:141的重链CDR3，该轻链可变区包含选自SEQ IDNO:143、SEQ ID NO:145、SEQ ID NO:147、和SEQ ID NO:149的轻链CDR1；选自SEQ ID NO:151、SEQ ID NO:153、SEQ ID NO:155、SEQ ID NO:157、SEQ ID NO:159、和SEQ ID NO:161的轻链CDR2；和选自SEQ ID NO:163、SEQ ID NO:165、SEQ ID NO:167、SEQ ID NO:169、SEQ IDNO:171、SEQ ID NO:173、SEQ ID NO:175、和SEQ ID NO:177的轻链CDR3，其中至少一种所述CDR不是选自下组的CDR：SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:15、SEQ IDNO:23、SEQ ID NO:25、SEQ ID NO:27、SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:39、SEQ IDNO:41、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:101、SEQID NO:103、SEQ ID NO:105、SEQ ID NO:107、SEQ ID NO:135、SEQ ID NO:137、SEQ ID NO:139、SEQ ID NO:141、SEQ ID NO:143、SEQ ID NO:145、SEQ ID NO:147、SEQ ID NO:149、SEQID NO:151、SEQ ID NO:153、SEQ ID NO:155、SEQ ID NO:157、SEQ ID NO:159、SEQ ID NO:161、SEQ ID NO:163、SEQ ID NO:165、SEQ ID NO:167、SEQ ID NO:169、SEQ ID NO:171、SEQID NO:173、和SEQ ID NO:175。
在另一个实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含选自SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:5、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:15、SEQ ID NO:23、SEQID NO:25、和SEQ ID NO:27的重链CDR1；选自SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:41、SEQ ID NO:69、SEQ ID NO:71、SEQ ID NO:73、SEQ ID NO:75、SEQ ID NO:101、SEQ ID NO:103、SEQ ID NO:105、和SEQ ID NO:107的重链CDR2；和选自SEQ ID NO:135、SEQ ID NO:137、SEQ ID NO:139、和SEQ ID NO:141的重链CDR3，该轻链可变区包含选自SEQ ID NO:143、SEQ ID NO:145、SEQ ID NO:147、和SEQ ID NO:149的轻链CDR1；选自SEQID NO:151、SEQ ID NO:153、SEQ ID NO:155、SEQ ID NO:157、SEQ ID NO:159、和SEQ IDNO:161的轻链CDR2；和选自SEQ ID NO:163、SEQ ID NO:165、SEQ ID NO:167、SEQ ID NO:169、SEQ ID NO:171、SEQ ID NO:173、和SEQ ID NO:175的轻链CDR3，或上述序列的变体或截短形式(其至少含有SDR)，作为所述CDR。
在一个具体的实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含选自SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:13、和SEQ ID NO:23的重链CDR1；选自SEQ IDNO:35、SEQ ID NO:69、和SEQ ID NO:101的重链CDR2；和重链CDR3SEQ ID NO:135，该轻链可变区包含轻链CDR1SEQ ID NO:143，轻链CDR2SEQ ID NO:151；和轻链CDR3SEQ ID NO:163。在另一个具体的实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含选自SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:13、和SEQ ID NO:23的重链CDR1；选自SEQ ID NO:37、SEQ ID NO:71、和SEQ ID NO:103的重链CDR2；和重链CDR3SEQ ID NO:137，该轻链可变区包含轻链CDR1SEQ ID NO:145，轻链CDR2SEQ ID NO:153；和轻链CDR3SEQ ID NO:165。在又一个具体的实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含选自SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:13、和SEQ ID NO:23的重链CDR1；选自SEQ ID NO:35、SEQ IDNO:69、和SEQ ID NO:101的重链CDR2；和重链CDR3SEQ ID NO:137，该轻链可变区包含轻链CDR1SEQ ID NO:147，轻链CDR2SEQ ID NO:155；和轻链CDR3SEQ ID NO:167。在另一个具体的实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含选自SEQID NO:3、SEQ ID NO:13、和SEQ ID NO:23的重链CDR1；选自SEQ ID NO:39、SEQ ID NO:73、和SEQ ID NO:105的重链CDR2；和重链CDR3SEQ ID NO:135，该轻链可变区包含轻链CDR1SEQID NO:145，轻链CDR2SEQ ID NO:153；和轻链CDR3SEQ ID NO:169。在另一个具体的实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含选自SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:13、和SEQ ID NO:23的重链CDR1；选自SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:69、和SEQ IDNO:101的重链CDR2；和重链CDR3SEQ ID NO:137，该轻链可变区包含轻链CDR1SEQ ID NO:149，轻链CDR2SEQ ID NO:157；和轻链CDR3SEQ ID NO:167。在另一个具体的实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含选自SEQ ID NO:3、SEQ IDNO:7、SEQ ID NO:13、SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:23、和SEQ ID NO:29的重链CDR1；选自SEQID NO:43、SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:49、SEQ ID NO:51、SEQ ID NO:53、SEQID NO:55、SEQ ID NO:57、SEQ ID NO:59、SEQ ID NO:63、SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:77、SEQID NO:79、SEQ ID NO:81、SEQ ID NO:83、SEQ ID NO:85、SEQ ID NO:87、SEQ ID NO:89、SEQID NO:91、SEQ ID NO:93、SEQ ID NO:97、SEQ ID NO:109、SEQ ID NO:111、SEQ ID NO:113、SEQ ID NO:115、SEQ ID NO:117、SEQ ID NO:119、SEQ ID NO:121、SEQ ID NO:123、SEQ IDNO:125、SEQ ID NO:129、和SEQ ID NO:131的重链CDR2；和重链CDR3SEQ ID NO:135，该轻链可变区包含轻链CDR1SEQ ID NO:143，轻链CDR2SEQ ID NO:151；和轻链CDR3SEQ ID NO:163。在又一个具体的实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含选自SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:11、SEQ ID NO:19、SEQ ID NO:21、SEQ ID NO:31、和SEQ ID NO:33的重链CDR1；选自SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:67、SEQ ID NO:95、SEQ IDNO:99、SEQ ID NO:127、和SEQ ID NO:133的重链CDR2；和重链CDR3SEQ ID NO:137，该轻链可变区包含轻链CDR1SEQ ID NO:147，轻链CDR2SEQ ID NO:155；和轻链CDR3SEQ ID NO:167。在另一个具体的实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含选自SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:13、和SEQ ID NO:23的重链CDR1；选自SEQ ID NO:35、SEQ ID NO:69、和SEQ ID NO:101的重链CDR2；和重链CDR3SEQ ID NO:135，该轻链可变区包含轻链CDR1SEQ ID NO:143，轻链CDR2SEQ ID NO:151；和轻链CDR3SEQ ID NO:177。在又一个具体的实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含选自SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:13、和SEQ ID NO:23的重链CDR1；选自SEQ ID NO:43、SEQID NO:77、和SEQ ID NO:109的重链CDR2；和重链CDR3SEQ ID NO:135，该轻链可变区包含轻链CDR1SEQ ID NO:143，轻链CDR2SEQ ID NO:151；和轻链CDR3SEQ ID NO:163。在又一个具体的实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含选自SEQID NO:3、SEQ ID NO:13、和SEQ ID NO:23的重链CDR1；选自SEQ ID NO:45、SEQ ID NO:79、和SEQ ID NO:111的重链CDR2；和重链CDR3SEQ ID NO:135，该轻链可变区包含轻链CDR1SEQID NO:143，轻链CDR2SEQ ID NO:151；和轻链CDR3SEQ ID NO:163。在又一个具体的实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含选自SEQ ID NO:3、SEQ ID NO:13、和SEQ ID NO:23的重链CDR1；选自SEQ ID NO:65、SEQ ID NO:89、和SEQ IDNO:131的重链CDR2；和重链CDR3SEQ ID NO:135，该轻链可变区包含轻链CDR1SEQ ID NO:143，轻链CDR2SEQ ID NO:151；和轻链CDR3SEQ ID NO:163。在又一个具体的实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含选自SEQ ID NO:3、SEQ IDNO:13、和SEQ ID NO:23的重链CDR1；选自SEQ ID NO:47、SEQ ID NO:81、和SEQ ID NO:113的重链CDR2；和重链CDR3SEQ ID NO:135，该轻链可变区包含轻链CDR1SEQ ID NO:143，轻链CDR2SEQ ID NO:151；和轻链CDR3SEQ ID NO:163。在又一个具体的实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含选自SEQ ID NO:9、SEQ ID NO:19、和SEQ ID NO:31的重链CDR1；选自SEQ ID NO:61、SEQ ID NO:95、和SEQ ID NO:127的重链CDR2；和重链CDR3SEQ ID NO:137，该轻链可变区包含轻链CDR1SEQ ID NO:147，轻链CDR2SEQ ID NO:155；和轻链CDR3SEQ ID NO:167。
在一个实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区(VH)，该重链可变区(VH)包含与选自SEQ ID NO:197、SEQ ID NO:201、SEQ ID NO:203、SEQ ID NO:207、SEQ ID NO:211、SEQ ID NO:215、SEQ ID NO:219、SEQ ID NO:223、SEQ ID NO:227、SEQ ID NO:231、SEQ IDNO:235、SEQ ID NO:239、SEQ ID NO:243、SEQ ID NO:247、SEQ ID NO:251、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:275、SEQ IDNO:279、SEQ ID NO:283、SEQ ID NO:287、SEQ ID NO:291、SEQ ID NO:295、SEQ ID NO:299、SEQ ID NO:303、SEQ ID NO:307、和SEQ ID NO:311的序列具有至少约90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的氨基酸序列。在一个实施方案中，该抗体包含重链可变区，该重链可变区包含选自SEQ ID NO:197、SEQ ID NO:201、SEQ ID NO:203、SEQ ID NO:207、SEQ ID NO:211、SEQ ID NO:215、SEQ ID NO:219、SEQ ID NO:223、SEQ IDNO:227、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:235、SEQ ID NO:239、SEQ ID NO:243、SEQ ID NO:247、SEQ ID NO:251、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:267、SEQ IDNO:271、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:279、SEQ ID NO:283、SEQ ID NO:287、SEQ ID NO:291、SEQ ID NO:295、SEQ ID NO:299、SEQ ID NO:303、SEQ ID NO:307、和SEQ ID NO:311的氨基酸序列。
在某些实施方案中，具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的VH序列相对于参照序列含有替代(例如保守替代)、插入、或删除，但是包含该序列的抗FAP抗体保留结合FAP的能力。在某些实施方案中，已经在SEQ ID NO 197、201、203、207、211、215、219、223、227、231、235、239、243、247、251、255、259、263、267、271、275、279、283、287、291、295、299、303、307或311中替代、插入和/或删除总共1至10个氨基酸。在某些实施方案中，在HVR或CDR外部的区域(即在FR中)发生替代、插入、或删除。任选地，依照本发明的抗FAP抗体包含SEQ ID NO 197、201、203、207、211、215、219、223、227、231、235、239、243、247、251、255、259、263、267、271、275、279、283、287、291、295、299、303、307或311中的VH序列，包括该序列的翻译后修饰。在一个特别的实施方案中，VH包含1、2或3个选自SEQ ID NOs 3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139和141所示序列的重链CDR作为HCDR1、HCDR2和HCDR3。
在另一个实施方案中，本发明的抗体包含轻链可变区，该轻链可变区包含与选自SEQ ID NO:193、SEQ ID NO:195、SEQ ID NO:199、SEQ ID NO:205、SEQ ID NO:209、SEQ IDNO:213、SEQ ID NO:217、SEQ ID NO:221、SEQ ID NO:225、SEQ ID NO:229、SEQ ID NO:233、SEQ ID NO:237、SEQ ID NO:241、SEQ ID NO:245、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:253、SEQ IDNO:257、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:285、SEQ ID NO:289、SEQ ID NO:293、SEQ ID NO:297、SEQ IDNO:301、SEQ ID NO:305、和SEQ ID NO:309的序列具有至少约90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的氨基酸序列。在还有另一个实施方案中，该抗体包含轻链可变区，该轻链可变区包含选自SEQ ID NO:193、SEQ ID NO:195、SEQ ID NO:199、SEQID NO:205、SEQ ID NO:209、SEQ ID NO:213、SEQ ID NO:217、SEQ ID NO:221、SEQ ID NO:225、SEQ ID NO:229、SEQ ID NO:233、SEQ ID NO:237、SEQ ID NO:241、SEQ ID NO:245、SEQID NO:249、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:285、SEQ ID NO:289、SEQID NO:293、SEQ ID NO:297、SEQ ID NO:301、SEQ ID NO:305、和SEQ ID NO:309的氨基酸序列。
在某些实施方案中，具有至少90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％同一性的VL序列相对于参照序列含有替代(例如保守替代)、插入、或删除，但是包含该序列的抗FAP抗体保留结合FAP的能力。在某些实施方案中，已经在SEQ ID NO 193、195、199、205、209、213、217、221、225、229、233、237、241、245、249、253、257、261、265、269、273、277、281、285、289、293、297、301、305或309中替代、插入和/或删除总共1至10个氨基酸。在某些实施方案中，在HVR或CDR外部的区域(即在FR中)发生替代、插入、或删除。任选地，本发明的抗FAP抗体包含SEQ ID NO 193、195、199、205、209、213、217、221、225、229、233、237、241、245、249、253、257、261、265、269、273、277、281、285、289、293、297、301、305或309中的VL序列，包括该序列的翻译后修饰序列。在一个特别的实施方案中，VL包含1、2或3个选自SEQ ID NOs 143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175和177所示序列的轻链CDR作为LCDR1、LCDR2和LCDR3。
在另一个方面，提供了抗FAP抗体，其中该抗体包含如上文提供的任何实施方案中的VH和如上文提供的任何实施方案中的VL。在一个实施方案中，该抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含与选自SEQ ID NO:197、SEQ ID NO:201、SEQ ID NO:203、SEQ ID NO:207、SEQ ID NO:211、SEQ ID NO:215、SEQ ID NO:219、SEQ ID NO:223、SEQ IDNO:227、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:235、SEQ ID NO:239、SEQ ID NO:243、SEQ ID NO:247、SEQ ID NO:251、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:267、SEQ IDNO:271、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:279、SEQ ID NO:283、SEQ ID NO:287、SEQ ID NO:291、SEQ ID NO:295、SEQ ID NO:299、SEQ ID NO:303、SEQ ID NO:307、和SEQ ID NO:311的序列至少约90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％相同的氨基酸序列，该轻链可变区包含与选自SEQ ID NO:193、SEQ ID NO:195、SEQ ID NO:199、SEQ ID NO:205、SEQ ID NO:209、SEQ ID NO:213、SEQ ID NO:217、SEQ ID NO:221、SEQ ID NO:225、SEQID NO:229、SEQ ID NO:233、SEQ ID NO:237、SEQ ID NO:241、SEQ ID NO:245、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:269、SEQID NO:273、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:285、SEQ ID NO:289、SEQ ID NO:293、SEQ ID NO:297、SEQ ID NO:301、SEQ ID NO:305、和SEQ ID NO:309的序列至少约90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％相同的氨基酸序列。在一个实施方案中，该抗体包含分别在SEQ ID NO 197、201、203、207、211、215、219、223、227、231、235、239、243、247、251、255、259、263、267、271、275、279、283、287、291、295、299、303、307或311和SEQ ID NO 193、195、199、205、209、213、217、221、225、229、233、237、241、245、249、253、257、261、265、269、273、277、281、285、289、293、297、301、305或309中的VH和VL序列，包括那些序列的翻译后修饰。
在一个实施方案中，该抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含选自SEQ ID NO:197、SEQ ID NO:201、SEQ ID NO:203、SEQ ID NO:207、SEQ ID NO:211、SEQID NO:215、SEQ ID NO:219、SEQ ID NO:223、SEQ ID NO:227、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:235、SEQ ID NO:239、SEQ ID NO:243、SEQ ID NO:247、SEQ ID NO:251、SEQ ID NO:255、SEQID NO:259、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:279、SEQ ID NO:283、SEQ ID NO:287、SEQ ID NO:291、SEQ ID NO:295、SEQ ID NO:299、SEQID NO:303、SEQ ID NO:307、和SEQ ID NO:311的氨基酸序列，该轻链可变区包含选自SEQID NO:193、SEQ ID NO:195、SEQ ID NO:199、SEQ ID NO:205、SEQ ID NO:209、SEQ ID NO:213、SEQ ID NO:217、SEQ ID NO:221、SEQ ID NO:225、SEQ ID NO:229、SEQ ID NO:233、SEQID NO:237、SEQ ID NO:241、SEQ ID NO:245、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:277、SEQID NO:281、SEQ ID NO:285、SEQ ID NO:289、SEQ ID NO:293、SEQ ID NO:297、SEQ ID NO:301、SEQ ID NO:305、和SEQ ID NO:309的氨基酸序列，其中至少一种所述可变区不包含选自SEQ ID NO:193、SEQ ID NO:195、SEQ ID NO:197、SEQ ID NO:199、SEQ ID NO:201、SEQID NO:203、SEQ ID NO:205、SEQ ID NO:207、SEQ ID NO:209、SEQ ID NO:211、SEQ ID NO:213、SEQ ID NO:215、SEQ ID NO:217、SEQ ID NO:219、SEQ ID NO:221、SEQ ID NO:223、SEQID NO:225、SEQ ID NO:227、SEQ ID NO:229、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:233、SEQ ID NO:235、SEQ ID NO:237、SEQ ID NO:239、SEQ ID NO:241、SEQ ID NO:243、SEQ ID NO:245、SEQID NO:247、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:251、SEQ ID NO:253、和SEQ ID NO:255的氨基酸序列。
在一个实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含选自SEQ ID NO:197、SEQ ID NO:201、SEQ ID NO:203、SEQ ID NO:207、SEQ ID NO:211、SEQ ID NO:215、SEQ ID NO:219、SEQ ID NO:223、SEQ ID NO:227、SEQ ID NO:231、SEQID NO:235、SEQ ID NO:239、SEQ ID NO:243、SEQ ID NO:247、SEQ ID NO:251、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:275、SEQID NO:279、SEQ ID NO:283、SEQ ID NO:287、SEQ ID NO:291、SEQ ID NO:295、SEQ ID NO:299、SEQ ID NO:303、SEQ ID NO:307、和SEQ ID NO:311的氨基酸序列，该轻链可变区包含选自SEQ ID NO:193、SEQ ID NO:195、SEQ ID NO:199、SEQ ID NO:205、SEQ ID NO:209、SEQID NO:213、SEQ ID NO:217、SEQ ID NO:221、SEQ ID NO:225、SEQ ID NO:229、SEQ ID NO:233、SEQ ID NO:237、SEQ ID NO:241、SEQ ID NO:245、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:253、SEQID NO:257、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:285、SEQ ID NO:289、SEQ ID NO:293、SEQ ID NO:297、SEQID NO:301、SEQ ID NO:305、和SEQ ID NO:309的氨基酸序列，且至少一种所述可变区包含选自SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:275、SEQID NO:279、SEQ ID NO:283、SEQ ID NO:287、SEQ ID NO:291、SEQ ID NO:293、SEQ ID NO:299、SEQ ID NO:303、SEQ ID NO:307、和SEQ ID NO:311的氨基酸序列。
在一个实施方案中，该抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含与选自SEQ ID NO:197、SEQ ID NO:201、SEQ ID NO:203、SEQ ID NO:207、SEQ ID NO:211、SEQID NO:215、SEQ ID NO:219、SEQ ID NO:223、SEQ ID NO:227、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:235、SEQ ID NO:239、SEQ ID NO:243、SEQ ID NO:247、SEQ ID NO:251、和SEQ ID NO:255的序列至少约90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％相同的氨基酸序列，该轻链可变区包含与选自SEQ ID NO:193、SEQ ID NO:195、SEQ ID NO:199、SEQ IDNO:205、SEQ ID NO:209、SEQ ID NO:213、SEQ ID NO:217、SEQ ID NO:221、SEQ ID NO:225、SEQ ID NO:229、SEQ ID NO:233、SEQ ID NO:237、SEQ ID NO:241、SEQ ID NO:245、SEQ IDNO:249、和SEQ ID NO:253的序列至少约90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％相同的氨基酸序列。
在一个具体的实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含氨基酸序列SEQ ID NO:197，该轻链可变区包含氨基酸序列SEQ ID NO:193或SEQ ID NO:195。在另一个具体的实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含氨基酸序列SEQ ID NO:201或SEQ ID NO:203，该轻链可变区包含氨基酸序列SEQ ID NO:199。在还有另一个具体的实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含氨基酸序列SEQ ID NO:207，该轻链可变区包含氨基酸序列SEQ ID NO:205。在另一个具体的实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含氨基酸序列SEQ ID NO:211，该轻链可变区包含氨基酸序列SEQ IDNO:209。在还有另一个具体的实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含氨基酸序列SEQ ID NO:219，该轻链可变区包含氨基酸序列SEQ ID NO:217。在另一个实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区或轻链可变区，该重链可变区包含选自SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:279、SEQ ID NO:283、SEQ ID NO:287、SEQ ID NO:291、SEQ ID NO:299、SEQ IDNO:303、SEQ ID NO:307、和SEQ ID NO:311的氨基酸序列，该轻链可变区包含氨基酸序列SEQ ID NO:293。在一个具体的实施方案中，本发明的抗体包含a)重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含选自259、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:271、SEQ IDNO:275、SEQ ID NO:279、SEQ ID NO:283、SEQ ID NO:287、SEQ ID NO:291、SEQ ID NO:303、和SEQ ID NO:307的氨基酸序列，该轻链可变区包含氨基酸序列SEQ ID NO:195；或b)重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含氨基酸序列SEQ ID NO:299或SEQ ID NO:311，该轻链可变区包含氨基酸序列SEQ ID NO:205；或c)重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含氨基酸序列SEQ ID NO:197，该轻链可变区包含氨基酸序列SEQ ID NO:293。在一个具体的实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含氨基酸序列SEQ ID NO:259，该轻链可变区包含氨基酸序列SEQ ID NO:195。在另一个具体的实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含氨基酸序列SEQID NO:263，该轻链可变区包含氨基酸序列SEQ ID NO:195。在一个具体的实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含氨基酸序列SEQ ID NO:307，该轻链可变区包含氨基酸序列SEQ ID NO:305。在一个具体的实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含氨基酸序列SEQ ID NO:267，该轻链可变区包含氨基酸序列SEQ ID NO:265。在另一个具体的实施方案中，本发明的抗体包含重链可变区和轻链可变区，该重链可变区包含氨基酸序列SEQ ID NO:299，该轻链可变区包含氨基酸序列SEQ ID NO:205。在一个特别的实施方案中，依照任何上述实施方案的抗体还包含Fc区或与免疫球蛋白Fc区等同的区域。
在一个实施方案中，本发明的抗体包含Fc区，特别是IgG Fc区，最特别地IgG1Fc区。
在一个特别的实施方案中，本发明的抗体是全长抗体，特别是IgG类抗体，最特别地IgG1同种型抗体。在另一个实施方案中，本发明的抗体是抗体片段，其选自下组：scFv片段，Fv片段，Fab片段，和F(ab’)2片段。在又一个实施方案中，本发明的抗体是具有Fc区的抗体片段，或包含与免疫球蛋白Fc区等同的区域的融合蛋白。在一个实施方案中，本发明的抗体是单克隆抗体。
在一个实施方案中，本发明的抗体是嵌合的，最特别地人源化的。在一个特别的实施方案中，本发明的抗体是人的。在另一个实施方案中，本发明的抗体包含人恒定区。在一个实施方案中，本发明的抗体包含人Fc区，特别是人IgG Fc区，最特别地人IgG1 Fc区。
在一个实施方案中，本发明的抗体包含重链恒定区，其中所述重链恒定区是人IgG恒定区，特别是人IgG1恒定区，其包含Fc区。在一个具体的实施方案中，该抗体包含重链恒定区，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:313。在另一个具体的实施方案中，本发明的抗体包含轻链恒定区，其包含氨基酸序列SEQ ID NO:315。在还有另一个具体的实施方案中，本发明的抗体包含重链恒定区和轻链恒定区，该重链恒定区包含氨基酸序列SEQ ID NO:313，该轻链恒定区包含氨基酸序列SEQ ID NO:315。
在一个特别的实施方案中，本发明提供了特异性结合FAP的抗体，其中所述抗体包含a)重链可变区或轻链可变区，该重链可变区包含与选自SEQ ID NO:197、SEQ ID NO:201、SEQ ID NO:203、SEQ ID NO:207、SEQ ID NO:211、SEQ ID NO:215、SEQ ID NO:219、SEQ IDNO:223、SEQ ID NO:227、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:235、SEQ ID NO:239、SEQ ID NO:243、SEQ ID NO:247、SEQ ID NO:251、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:263、SEQ IDNO:267、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:279、SEQ ID NO:283、SEQ ID NO:287、SEQ ID NO:291、SEQ ID NO:295、SEQ ID NO:299、SEQ ID NO:303、SEQ ID NO:307、和SEQID NO:311的序列至少约90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％相同的氨基酸序列，该轻链可变区包含与选自SEQ ID NO:193、SEQ ID NO:195、SEQ ID NO:199、SEQ ID NO:205、SEQ ID NO:209、SEQ ID NO:213、SEQ ID NO:217、SEQ ID NO:221、SEQID NO:225、SEQ ID NO:229、SEQ ID NO:233、SEQ ID NO:237、SEQ ID NO:241、SEQ ID NO:245、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:265、SEQID NO:269、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:285、SEQ ID NO:289、SEQ ID NO:293、SEQ ID NO:297、SEQ ID NO:301、SEQ ID NO:305、和SEQ ID NO:309的序列至少约90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％或100％相同的氨基酸序列，或上述重链可变区和轻链可变区的任意组合，和b)Fc区或与免疫球蛋白Fc区等同的区域。
在一个实施方案中，本发明的抗体包含Fc区，其中所述Fc区是糖工程化Fc区。在又一个实施方案中，本发明的抗体糖工程化改造成具有Fc区中修饰的寡糖。在一个具体的实施方案中，与非糖工程化抗体相比，该抗体具有Fc区中比例升高的两分型寡糖。在一个更具体的实施方案中，该抗体的Fc区中至少约10％、约15％、约20％、约25％、约30％、约35％、约40％、约45％、约50％、约55％、约60％、约65％、约70％、约75％、约80％、约85％、约90％、约95％、或约100％、优选至少约50％、更优选至少约70％的N连接寡糖是两分型的。该两分型寡糖可以是可以是杂合物或复合物类型。
在另一个具体的实施方案中，与非糖工程化抗体相比，本发明的抗体具有Fc区中比例升高的非岩藻糖基化寡糖。在一个更具体的实施方案中，该抗体的Fc区中至少约20％、约25％、约30％、约35％、约40％、约45％、约50％、约55％、约60％、约65％、约70％、约75％、约80％、约85％、约90％、约95％、或约100％、优选至少约50％、更优选至少约70％的N连接寡糖是非岩藻糖基化的。该非岩藻糖基化寡糖可以是杂合物或复合物类型。
在一个特别的实施方案中，与非糖工程化抗体相比，本发明的抗体具有Fc区中比例升高的两分型、非岩藻糖基化寡糖。具体地，该抗体包含Fc区，其中至少约10％、约15％、约20％、约25％、约30％、约35％、约40％、约45％、约50％、约55％、约60％、约65％、约70％、约75％、约80％、约85％、约90％、约95％、或约100％、优选至少约15％、更优选至少约25％、至少约35％或至少约50％的N连接寡糖是两分型、非岩藻糖基化的。该两分型、非岩藻糖基化寡糖可以是杂合物或复合物类型。
在一个实施方案中，本发明的抗体具有升高的效应器功能和/或升高的Fc受体结合亲和力。升高的效应器功能和/或升高的Fc受体结合可源自例如抗体的糖工程和/或亲和力成熟。在一个实施方案中，升高的效应器功能和/或升高的Fc受体结合是糖工程化改造抗体Fc区的结果。在另一个实施方案中，升高的效应器功能和/或升高的Fc受体结合升高的亲和力和糖工程组合的结果。升高的效应器功能可包括但不限于下述一项或多项：升高的Fc介导的细胞的细胞毒性(包括升高的抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC))、升高的抗体依赖性细胞的吞噬(ADCP)、升高的细胞因子分泌、升高的免疫复合物介导的抗原呈递细胞的抗原摄取、升高的对NK细胞的结合、升高的对巨噬细胞的结合、升高的对单核细胞的结合、升高的对多形核细胞的结合、升高的诱导凋亡的直接信号传导、升高的靶物-结合的抗体的交联、升高的树突细胞成熟、或升高的T细胞引发。在一个特别的实施方案中，升高的效应器功能是升高的ADCC。升高的Fc受体结合优选升高对Fc活化受体，最优选FcγRIIIa的结合。
在一个实施方案中，本发明的抗体在以治疗有效量对个体施用时不引起临床显著水平的毒性。
在一个实施方案中，本发明的抗体是亲和力成熟的。在又一个实施方案中，本发明的抗体以低于约1μM至约0.001nM的解离常数(KD)值，特别是低于约100nM、低于约10nM、低于约1nM、或低于约0.1nM的KD值结合成纤维细胞激活蛋白。在一个实施方案中，本发明的抗体结合人、小鼠、或猕猴FAP。在一个实施方案中，本发明的抗体结合人和猕猴FAP。在一个更具体的实施方案中，本发明的抗体以低于约200nM、低于约100nM、更特别地低于约10nM或低于约1nM、最特别地低于约0.1nM的KD值结合人、小鼠和猕猴FAP。使用Fab或IgG，特别是IgG形式的抗体通过表面等离振子共振来测定KD值。
在一个实施方案中，本发明的抗FAP抗体结合人组织中的FAP。
在一个实施方案中，本发明的抗FAP抗体对人和鼠FAP有交叉反应性。在另一个实施方案中，本发明的抗体对二肽基肽酶IV家族的其它成员(特别是对DPPIV/CD26)没有实质性交叉反应性。在一个实施方案中，本发明的抗FAP抗体在所述抗体结合细胞表面上表达的FAP时不诱导FAP内在化。
在一个特别的实施方案中，本发明提供了特异性结合FAP的抗体，其中所述抗体包含重链可变区、轻链可变区、和人IgG Fc区，该重链可变区包含选自SEQ ID NO:197、SEQ IDNO:201、SEQ ID NO:203、SEQ ID NO:207、SEQ ID NO:211、SEQ ID NO:215、SEQ ID NO:219、SEQ ID NO:223、SEQ ID NO:227、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:235、SEQ ID NO:239、SEQ IDNO:243、SEQ ID NO:247、SEQ ID NO:251、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:279、SEQ ID NO:283、SEQ IDNO:287、SEQ ID NO:291、SEQ ID NO:295、SEQ ID NO:299、SEQ ID NO:303、SEQ ID NO:307、和SEQ ID NO:311的氨基酸序列，该轻链可变区包含选自SEQ ID NO:193、SEQ ID NO:195、SEQ ID NO:199、SEQ ID NO:205、SEQ ID NO:209、SEQ ID NO:213、SEQ ID NO:217、SEQ IDNO:221、SEQ ID NO:225、SEQ ID NO:229、SEQ ID NO:233、SEQ ID NO:237、SEQ ID NO:241、SEQ ID NO:245、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:261、SEQ IDNO:265、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:285、SEQ ID NO:289、SEQ ID NO:293、SEQ ID NO:297、SEQ ID NO:301、SEQ ID NO:305、和SEQID NO:309的氨基酸序列，且其中任选地所述抗体糖工程化改造成具有升高的效应器功能和/或Fc受体结合亲和力。在另一个特别的实施方案中，本发明提供了特异性结合FAP的抗体，其中所述抗体包含重链可变区、轻链可变区、和人IgG Fc区，该重链可变区包含选自SEQID NO:197、SEQ ID NO:201、SEQ ID NO:203、SEQ ID NO:207、SEQ ID NO:211、SEQ ID NO:215、SEQ ID NO:219、SEQ ID NO:223、SEQ ID NO:227、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:235、SEQID NO:239、SEQ ID NO:243、SEQ ID NO:247、SEQ ID NO:251、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:263、SEQ ID NO:267、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:279、SEQID NO:283、SEQ ID NO:287、SEQ ID NO:291、SEQ ID NO:295、SEQ ID NO:299、SEQ ID NO:303、SEQ ID NO:307、和SEQ ID NO:311的氨基酸序列，该轻链可变区包含选自SEQ ID NO:193、SEQ ID NO:195、SEQ ID NO:199、SEQ ID NO:205、SEQ ID NO:209、SEQ ID NO:213、SEQID NO:217、SEQ ID NO:221、SEQ ID NO:225、SEQ ID NO:229、SEQ ID NO:233、SEQ ID NO:237、SEQ ID NO:241、SEQ ID NO:245、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:257、SEQID NO:261、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:285、SEQ ID NO:289、SEQ ID NO:293、SEQ ID NO:297、SEQ ID NO:301、SEQID NO:305、和SEQ ID NO:309的氨基酸序列，且其中所述抗体具有所述Fc区中比例升高的非岩藻糖基化寡糖和/或比例升高的两分型寡糖。
在一个方面，本发明提供了特异性结合FAP的抗体，其中所述抗体衍生自亲本抗体，该亲本抗体包含重链CDR1SEQ ID NO:3、重链CDR2SEQ ID NO:35、选自SEQ ID NO:135、SEQ ID NO:137、SEQ ID NO:139和SEQ ID NO:141的重链CDR3、轻链CDR1SEQ ID NO:145、轻链CDR2SEQ ID NO:153、和选自SEQ ID NO:165、SEQ ID NO:167、SEQ ID NO:169、SEQ IDNO:171、SEQ ID NO:173和SEQ ID NO:175的轻链CDR3，且其中所述抗体在该亲本抗体的至少一种重或轻链CDR中包含至少一处氨基酸替代或删除。例如，该抗体可以在亲本抗体的一种或多种高变区或CDR(即1、2、3、4、5、或6种高变区或CDR)中包含至少一处，例如约一处至约十处(即约1、2、3、4、5、6、7、8、9、或10处)，特别是约两处至约五处替代。在某些实施方案中，在下述CDR位置处替代或删除上文提供的亲本抗体的任何一个或多个氨基酸：
-重链CDR1(SEQ ID NO:3)：第2和3位
-重链CDR2(SEQ ID NO:35)：第1、3、4、5、6、7、8和9位
-轻链CDR1(SEQ ID NO:145)：第7、8和9位
-轻链CDR2(SEQ ID NO:153)：第1、2、3、4和5位
-轻链CDR3(SEQ ID NO 165、167、169、171、173、或175)：第4、5、6、和7位
在某些实施方案中，替代是保守替代，如本文中提供的。在某些实施方案中，可以以任意组合进行下述一项或多项替代或删除：
-重链CDR1(SEQ ID NO:3)：Y2F、H或S、A3T
-重链CDR2(SEQ ID NO:35)：A1G、S3G、I、W或L、G4V、S、A或T、S5G或N、G6T或A、G7R、S、A、E或N、S8Y、L、R、I、N、Q、I或删除、T9删除
-轻链CDR1(SEQ ID NO:145)：S7T、S8R或S9N
-轻链CDR2(SEQ ID NO:153)：Y1N、I或Q、G2V、A3G、S4T或Y、S5R、T或I
-轻链CDR3(SEQ ID NO 165、167、169、171、173、或175)：G4A、Q、N、L或H5I、L、V、Q、N或I6M、I7L
另外，与亲本抗体相比，该抗体还可包含一种或多种重或轻链的框架区中的一处或多处添加、删除和/或替代。在一个实施方案中，所述至少一种CDR中的至少一处氨基酸替代促成该抗体的结合亲和力与其亲本抗体相比升高。在另一个实施方案中，所述抗体具有比亲本抗体大至少约2倍至约10倍的对FAP的亲和力(在以相同形式，例如Fab形式比较本发明的抗体和亲本抗体)。另外，自亲本抗体衍生的抗体可单一地或组合地并入前述段落中涉及本发明抗体描述的任何特征。
本发明还提供了编码特异性结合FAP的抗体的多核苷酸。在一个方面，本发明涉及分离的多核苷酸，编码构成依照上文所述发明的抗FAP抗体一部分的多肽。在一个实施方案中，该分离的多核苷酸编码构成依照上文所述发明的抗FAP抗体一部分的抗体重链和/或抗体轻链。
在一个实施方案中，本发明涉及一种分离的多核苷酸，其包含编码SEQ ID NOs 3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175和177所示一种或多种(例如一种、两种、三种、四种、五种、或六种)重或轻链互补决定区(CDR)，或上述序列的变体或截短形式(该变体或截短形式至少含有特异性决定残基(SDR))的序列，作为所述CDR。在另一个实施方案中，该多核苷酸包含编码选自SEQ ID NOs 3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175和177，或上述序列的变体或截短形式(该变体或截短形式至少含有SDR)的三种重链CDR(例如HCDR1、HCDR2、和HCDR3)或三种轻链CDR(例如LCDR1、LCDR2、和LCDR3)的序列，作为所述三种互补决定区每一种。在还有另一个实施方案中，该多核苷酸包含编码选自SEQ ID NOs 3、5、7、9、11、13、15、17、19、21、23、25、27、29、31、33、35、37、39、41、43、45、47、49、51、53、55、57、59、61、63、65、67、69、71、73、75、77、79、81、83、85、87、89、91、93、95、97、99、101、103、105、107、109、111、113、115、117、119、121、123、125、127、129、131、133、135、137、139、141、143、145、147、149、151、153、155、157、159、161、163、165、167、169、171、173、175和177的三种重链CDR(例如HCDR1、HCDR2、和HCDR3)和三种轻链CDR(例如LCDR1、LCDR2、和LCDR3)的序列。在一个特别的实施方案中，该多核苷酸编码一种或多种CDR，包含与SEQ ID NOs 4、6、8、10、12、14、16、18、20、22、24、26、28、30、32、34、36、38、40、42、44、46、48、50、52、54、56、58、60、62、64、66、68、70、72、74、76、78、80、82、84、86、88、90、92、94、96、98、100、102、104、106、108、110、112、114、116、118、120、122、124、126、128、130、132、134、136、138、140、142、144、146、148、150、152、154、156、158、160、162、164、166、168、170、172、174、176、178、179、180、181、182、183、184、185、186、187、188、189、190、191和192中所示一种或多种CDR核苷酸序列至少约90％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％相同的序列。
在又一个实施方案中，该多核苷酸包含编码选自SEQ ID NO:197、SEQ ID NO:201、SEQ ID NO:203、SEQ ID NO:207、SEQ ID NO:211、SEQ ID NO:215、SEQ ID NO:219、SEQ IDNO:223、SEQ ID NO:227、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:235、SEQ ID NO:239、SEQ ID NO:243、SEQ ID NO:247、SEQ ID NO:251、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:263、SEQ IDNO:267、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:279、SEQ ID NO:283、SEQ ID NO:287、SEQ ID NO:291、SEQ ID NO:295、SEQ ID NO:299、SEQ ID NO:303、SEQ ID NO:307、和SEQID NO:311的重链可变区的序列和/或编码选自SEQ ID NO:193、SEQ ID NO:195、SEQ IDNO:199、SEQ ID NO:205、SEQ ID NO:209、SEQ ID NO:213、SEQ ID NO:217、SEQ ID NO:221、SEQ ID NO:225、SEQ ID NO:229、SEQ ID NO:233、SEQ ID NO:237、SEQ ID NO:241、SEQ IDNO:245、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:265、SEQ ID NO:269、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:285、SEQ IDNO:289、SEQ ID NO:293、SEQ ID NO:297、SEQ ID NO:301、SEQ ID NO:305、和SEQ ID NO:309的轻链可变区的序列。在一个特别的实施方案中，该多核苷酸编码重链和/或轻链可变区，其包含选自SEQ ID NOs 194、196、198、200、202、204、206、208、210、212、214、216、218、220、222、224、226、228、230、232、234、236、238、240、242、244、246、248、250、252、254、256、258、260、262、264、266、268、270、272、274、276、278、280、282、284、286、288、290、292、294、296、298、300、302、304、306、308、310和312所示可变区核苷酸序列组的序列，或其组合。
在一个具体的实施方案中，该多核苷酸包含编码选自SEQ ID NO:197、SEQ ID NO:201、SEQ ID NO:203、SEQ ID NO:207、SEQ ID NO:211、SEQ ID NO:215、SEQ ID NO:219、SEQID NO:223、SEQ ID NO:227、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:235、SEQ ID NO:239、SEQ ID NO:243、SEQ ID NO:247、SEQ ID NO:251、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:263、SEQID NO:267、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:279、SEQ ID NO:283、SEQ ID NO:287、SEQ ID NO:291、SEQ ID NO:295、SEQ ID NO:299、SEQ ID NO:303、SEQ ID NO:307、和SEQ ID NO:311的重链可变区的序列和编码重链恒定区，特别是人重链恒定区的序列。在一个特别的实施方案中，所述重链恒定区是包含Fc区的人IgG重链恒定区，具体是人IgG1重链恒定区。在一个具体的实施方案中，所述重链恒定区包含序列SEQ ID NO:313。在另一个具体的实施方案中，该多核苷酸包含编码选自SEQ ID NO:193、SEQ ID NO:195、SEQ ID NO:199、SEQ ID NO:205、SEQ ID NO:209、SEQ ID NO:213、SEQ ID NO:217、SEQ ID NO:221、SEQID NO:225、SEQ ID NO:229、SEQ ID NO:233、SEQ ID NO:237、SEQ ID NO:241、SEQ ID NO:245、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:265、SEQID NO:269、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:285、SEQ ID NO:289、SEQ ID NO:293、SEQ ID NO:297、SEQ ID NO:301、SEQ ID NO:305、和SEQ ID NO:309的轻链可变区的序列和编码轻链恒定区，特别是人轻链恒定区的序列。在一个具体的实施方案中，所述轻链恒定区包含序列SEQ ID NO:315。
在一个实施方案中，本发明涉及一种组合物，其包含第一分离的多核苷酸和第二分离的多核苷酸，该第一分离的多核苷酸编码包含与选自SEQ ID NO:197、SEQ ID NO:201、SEQ ID NO:203、SEQ ID NO:207、SEQ ID NO:211、SEQ ID NO:215、SEQ ID NO:219、SEQ IDNO:223、SEQ ID NO:227、SEQ ID NO:231、SEQ ID NO:235、SEQ ID NO:239、SEQ ID NO:243、SEQ ID NO:247、SEQ ID NO:251、SEQ ID NO:255、SEQ ID NO:259、SEQ ID NO:263、SEQ IDNO:267、SEQ ID NO:271、SEQ ID NO:275、SEQ ID NO:279、SEQ ID NO:283、SEQ ID NO:287、SEQ ID NO:291、SEQ ID NO:295、SEQ ID NO:299、SEQ ID NO:303、SEQ ID NO:307、和SEQID NO:311的序列至少约90％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％相同的氨基酸序列的多肽，该第二分离的多核苷酸编码包含与选自SEQ ID NO:193、SEQ ID NO:195、SEQ ID NO:199、SEQ ID NO:205、SEQ ID NO:209、SEQ ID NO:213、SEQ ID NO:217、SEQ ID NO:221、SEQID NO:225、SEQ ID NO:229、SEQ ID NO:233、SEQ ID NO:237、SEQ ID NO:241、SEQ ID NO:245、SEQ ID NO:249、SEQ ID NO:253、SEQ ID NO:257、SEQ ID NO:261、SEQ ID NO:265、SEQID NO:269、SEQ ID NO:273、SEQ ID NO:277、SEQ ID NO:281、SEQ ID NO:285、SEQ ID NO:289、SEQ ID NO:293、SEQ ID NO:297、SEQ ID NO:301、SEQ ID NO:305、和SEQ ID NO:309的序列至少约90％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％相同的氨基酸序列的多肽。
在一个实施方案中，本发明涉及一种组合物，其包含第一分离的多核苷酸和第二分离的多核苷酸，该第一分离的多核苷酸包含与选自SEQ ID NO:198、SEQ ID NO:202、SEQID NO:204、SEQ ID NO:208、SEQ ID NO:212、SEQ ID NO:216、SEQ ID NO:220、SEQ ID NO:224、SEQ ID NO:228、SEQ ID NO:232、SEQ ID NO:236、SEQ ID NO:240、SEQ ID NO:244、SEQID NO:248、SEQ ID NO:252、SEQ ID NO:256、SEQ ID NO:260、SEQ ID NO:264、SEQ ID NO:268、SEQ ID NO:272、SEQ ID NO:276、SEQ ID NO:280、SEQ ID NO:284、SEQ ID NO:288、SEQID NO:292、SEQ ID NO:296、SEQ ID NO:300、SEQ ID NO:304、SEQ ID NO:308、和SEQ IDNO:312的序列至少约90％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％相同的序列，该第二分离的多核苷酸包含与选自SEQ ID NO:194、SEQ ID NO:196、SEQ ID NO:200、SEQ ID NO:206、SEQ ID NO:210、SEQ ID NO:214、SEQ ID NO:218、SEQ ID NO:222、SEQ ID NO:226、SEQ IDNO:230、SEQ ID NO:234、SEQ ID NO:238、SEQ ID NO:242、SEQ ID NO:246、SEQ ID NO:250、SEQ ID NO:254、SEQ ID NO:258、SEQ ID NO:262、SEQ ID NO:266、SEQ ID NO:270、SEQ IDNO:274、SEQ ID NO:278、SEQ ID NO:282、SEQ ID NO:286、SEQ ID NO:290、SEQ ID NO:294、SEQ ID NO:298、SEQ ID NO:302、SEQ ID NO:306、和SEQ ID NO:310的序列至少约90％、95％、96％、97％、98％、99％、或100％相同的序列。
在又一个方面，本发明还涉及分离的多肽，其由依照上文所述发明的任何多核苷酸编码。
在又一个方面，依照任何上述实施方案的抗FAP抗体可单一地或组合地并入下文1-6节中描述的任何特征：
1.抗体亲和力
在某些实施方案中，本文中提供的抗体具有≤1μM、≤100nM、≤10nM、≤1nM、≤0.1nM、≤0.01nM、或≤0.001nM(例如10-8M或更少，例如10-8M至10-13M，例如，10-9M至10-13M)的解离常数(KD)。优选地，本文中提供的抗体以低于1nM的KD值(如通过表面等离振子共振(SPR)测定的)结合成纤维细胞激活蛋白(FAP)，特别是人FAP。
依照一个实施方案，利用表面等离振子共振来测量KD。此类测定法可以例如使用
Figure BDA0000964176760000511
-T100机器(GE Healthcare)于25℃用进行抗原固定化的CM5芯片实施。简言之，依照供应商的说明书，用N-乙基-N’-(3-二甲基氨基丙基)-碳二亚胺盐酸盐(EDC)和N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)活化羧甲基化右旋糖酐生物传感器芯片(CM5,GE Healthcare.)。将抗His抗体(Penta His,Qiagen)用10mM乙酸钠,pH 5稀释至40μg/ml，之后以流速10μl/min注射以实现大约9000个响应单位(RU)的偶联蛋白质。注射抗His抗体之后，注射1M乙醇胺以封闭未反应的基团。随后，以10μl/min注射带His标签的抗原，10mM 20秒(用于Fab片段的测量)或20nM 25秒(用于IgG抗体的测量)，并经其His标签被固定化的抗His抗体捕获。合适FAP蛋白构建物的蛋白质和DNA序列显示于SEQ ID NO：317-322。对于动力学测量，在10mMHEPES,150mM NaCl,3mM EDTA,0.05％Surfactant P20,pH 7.4中于25℃以流速90μl/min注射抗体的连续稀释液(Fab片段是两倍稀释液，介于6.25nM至200nM之间的范围，或IgG是5倍稀释液，介于3.2pM至10nM之间的范围)。应用下述参数：结合时间180秒，解离时间300秒(用于Fab)或900秒(用于IgG)，在每个循环之间实施60秒10mM甘氨酸pH 2再生。使用简单一对一朗格缪尔结合模型(
Figure BDA0000964176760000512
T100Evaluation Software)通过同时拟合结合和解离传感图计算结合速率(kon)和解离速率(koff)。以比率koff/kon计算平衡解离常数(KD)。见例如Chen等,J.Mol.Biol.293:865-881(1999)。
2.抗体片段
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是抗体片段。抗体片段包括但不限于Fab、Fab’、Fab’-SH、F(ab’)2、Fv、和scFv片段，及下文所描述的其它片段。关于某些抗体片段的综述，见Hudson等Nat.Med.9:129-134(2003)或Carter,Nat.Rev.Immunol.6:343-357(2006)。
单链Fv或scFv片段以单一多肽链包含VH域和VL域。典型地，通过接头序列来连接VH和VL域。关于scFv片段的综述，见例如Plückthun,于The Pharmacology of MonoclonalAntibodies,第113卷,Rosenburg和Moore编,(Springer-Verlag,New York),第269-315页(1994)；还可见WO 93/16185；及美国专利No.5,571,894和5,587,458。关于包含补救受体结合表位残基，并且具有延长的体内半衰期的Fab和F(ab’)2片段的讨论，见美国专利No.5,869,046。
双抗体是具有两个抗原结合位点的抗体片段，其可以是二价的或双特异性的。见例如EP 404,097；WO 1993/01161；Hudson等,Nat.Med.9:129-134(2003)；及Hollinger等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA90:6444-6448(1993)。三抗体和四抗体也记载于Hudson等,Nat.Med.9:129-134(2003)。
微型抗体指含有恒定区，通常是免疫球蛋白，优选地IgG，更优选地IgG1的CH3区作为二聚化区的二价、同二聚体scFv衍生物。一般地，恒定区经由铰链区和/或接头区与scFv连接。微型抗体蛋白质的例子可见Hu等,Cancer Res.56:3055-61(1996)。
单域抗体是包含抗体的整个或部分重链可变域或整个或部分轻链可变域的抗体片段。在某些实施方案中，单域抗体是人单域抗体(Domantis,Inc.,Waltham,MA；见例如美国专利No.6,248,516B1)。
可以通过多种技术，包括但不限于对完整抗体的蛋白水解消化及重组宿主细胞(例如大肠杆菌或噬菌体)的生成来生成抗体片段，如本文中所描述的。
3.嵌合的和人源化的抗体
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是嵌合抗体。某些嵌合抗体记载于例如美国专利No.4,816,567；及Morrison等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,81:6851-6855(1984))。在一个例子中，嵌合抗体包含非人可变区(例如，自小鼠、大鼠、仓鼠、家兔、或非人灵长类，诸如猴衍生的可变区)和人恒定区。在又一个例子中，嵌合抗体是“类转换的”抗体，其中类或亚类已经自亲本抗体的类或亚类改变。嵌合抗体包括其抗原结合片段。
在某些实施方案中，嵌合抗体是人源化抗体。通常，将非人抗体人源化以降低对人的免疫原性，同时保留亲本非人抗体的特异性和亲和力。一般地，人源化抗体包含一个或多个可变域，其中HVR，例如CDR(或其部分)自非人抗体衍生，而FR(或其部分)自人抗体序列衍生。任选地，人源化抗体还会至少包含人恒定区的一部分。在一些实施方案中，将人源化抗体中的一些FR残基用来自非人抗体(例如衍生HVR残基的抗体)的相应残基替代，例如以恢复或改善抗体特异性或亲和力。
人源化可以通过多种方法来实现，包括但不限于(a)将整个非人可变域嫁接至人恒定区上以生成嵌合抗体；(b)仅将非人(例如供体抗体)CDR在保留或不保留至关重要的框架残基(例如，那些对于保留良好的抗原结合亲和力或抗体功能重要的残基)的情况中嫁接至人(例如，接受体抗体)框架和恒定区上，(c)仅将非人特异性决定区(SDR或a-CDR；对于抗体-抗原相互作用至关重要的残基)嫁接至人框架和恒定区上，或(d)移植整个非人可变域，但是通过替换表面残基用人样部分“掩盖”它们。人源化抗体及其生成方法综述于例如Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008)，并且进一步记载于例如Riechmann等,Nature 332:323-329(1988)；Queen等,Proc.Nat’l Acad.Sci.USA 86:10029-10033(1989)；美国专利No.5,821,337,7,527,791,6,982,321和7,087,409；Jones等,Nature 321:522-525(1986)；Morrison等,Proc.Natl.Acad.Sci.81:6851-6855(1984)；Morrison和Oi,Adv.Immunol.44:65-92(1988)；Verhoeyen等,Science 239:1534-1536(1988)；Padlan,Molec.Immun.31(3):169-217(1994)；Kashmiri等,Methods 36:25-34(2005)(描述了SDR(a-CDR)嫁接)；Padlan,Mol.Immunol.28:489-498(1991)(描述了“重修表面”)；Dall’Acqua等,Methods 36:43-60(2005)(描述了“FR改组”)；及Osbourn等,Methods 36:61-68(2005)和Klimka等,Br.J.Cancer 83:252-260(2000)(描述了FR改组的“引导选择”方法)。
可以用于人源化的人框架区包括但不限于：使用“最佳拟合(best-fit)”方法选择的框架区(见例如Sims等J.Immunol.151:2296(1993))；自轻或重链可变区的特定亚组的人抗体的共有序列衍生的框架区(见例如Carter等Proc.Natl.Acad.Sci.USA,89:4285(1992)；及Presta等J.Immunol.,151:2623(1993))；人成熟的(体细胞突变的)框架区或人种系框架区(见例如Almagro和Fransson,Front.Biosci.13:1619-1633(2008))；和通过筛选FR文库衍生的框架区(见例如Baca等,J.Biol.Chem.272:10678-10684(1997)及Rosok等,J.Biol.Chem.271:22611-22618(1996))。
4.人抗体
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是人抗体。可以使用本领域中已知的多种技术来生成人抗体。一般地，人抗体记载于van Dijk和van de Winkel,Curr.Opin.Pharmacol.5:368-74(2001)及Lonberg,Curr.Opin.Immunol.20:450-459(2008)。
可以通过对转基因动物施用免疫原来制备人抗体，所述转基因动物已经修饰为响应抗原性攻击而生成完整人抗体或具有人可变区的完整抗体。此类动物通常含有所有或部分人免疫球蛋白基因座，其替换内源免疫球蛋白基因座，或者其在染色体外存在或随机整合入动物的染色体中。在此类转基因小鼠中，一般已经将内源免疫球蛋白基因座灭活。关于自转基因动物获得人抗体的方法的综述，见Lonberg,Nat.Biotech.23:1117-1125(2005)。还可见例如美国专利No.6,075,181和6,150,584，其描述了XENOMOUSETM技术；美国专利No.5,770,429，其描述了
Figure BDA0000964176760000541
技术；美国专利No.7,041,870，其描述了K-M
Figure BDA0000964176760000542
技术，和美国专利申请公开文本No.US 2007/0061900，其描述了
Figure BDA0000964176760000543
技术)。可以例如通过与不同人恒定区组合进一步修饰来自由此类动物生成的完整抗体的人可变区。
也可以通过基于杂交瘤的方法生成人抗体。已经描述了用于生成人单克隆抗体的人骨髓瘤和小鼠-人异骨髓瘤细胞系(见例如Kozbor J.Immunol.,133:3001(1984)；Brodeur等,Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications,第51-63页(Marcel Dekker,Inc.,New York,1987)；及Boerner等,J.Immunol.,147:86(1991))。经由人B细胞杂交瘤技术生成的人抗体也记载于Li等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,103:3557-3562(2006)。其它方法包括那些例如记载于美国专利No.7,189,826(其描述了自杂交瘤细胞系生成单克隆人IgM抗体)和Ni,Xiandai Mianyixue,26(4):265-268(2006)(其描述了人-人杂交瘤)的方法。人杂交瘤技术(Trioma技术)也记载于Vollmers和Brandlein,Histology and Histopathology,20(3):927-937(2005)及Vollmers和Brandlein,Methodsand Findings in Experimental and Clinical Pharmacology,27(3):185-91(2005)。
也可以通过分离自人衍生的噬菌体展示文库选择的Fv克隆可变域序列生成人抗体。然后，可以将此类可变域序列与期望的人恒定域组合。下文描述了自抗体文库选择人抗体的技术。
5.文库衍生的抗体
可以通过对组合文库筛选具有期望的一种或多种活性的抗体来分离本发明的抗体。例如，用于生成噬菌体展示文库并对此类文库筛选拥有期望结合特征的抗体的多种方法是本领域中已知的。此类方法综述于例如Hoogenboom等于Methods in MolecularBiology 178:1-37(O’Brien等编,Human Press,Totowa,NJ,2001)，并且进一步记载于例如McCafferty等,Nature348:552-554；Clackson等,Nature 352:624-628(1991)；Marks等,J.Mol.Biol.222:581-597(1992)；Marks和Bradbury,于Methods in MolecularBiology248:161-175(Lo编,Human Press,Totowa,NJ,2003)；Sidhu等,J.Mol.Biol.338(2):299-310(2004)；Lee等,J.Mol.Biol.340(5):1073-1093(2004)；Fellouse,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 101(34):12467-12472(2004)；及Lee等,J.Immunol.Methods284(1-2):119-132(2004)。
在某些噬菌体展示方法中，将VH和VL基因的全集分别通过聚合酶链式反应(PCR)克隆，并在噬菌体文库中随机重组，然后可以对所述噬菌体文库筛选抗原结合噬菌体，如记载于Winter等,Ann.Rev.Immunol.,12:433-455(1994)的。噬菌体通常以单链Fv(scFv)片段或以Fab片段展示抗体片段。来自经免疫的来源的文库提供针对免疫原的高亲和力抗体，而不需要构建杂交瘤。或者，可以(例如自人)克隆天然全集以在没有任何免疫的情况中提供针对一大批非自身和还有自身抗原的抗体的单一来源，如由Griffiths等,EMBO J,12:725-734(1993)描述的。最后，也可以通过自干细胞克隆未重排的V基因区段，并使用含有随机序列的PCR引物编码高度可变的CDR3区并在体外实现重排来合成生成未免疫文库，如由Hoogenboom和Winter,J.Mol.Biol.,227:381-388(1992)所描述的。描述人抗体噬菌体文库的专利公开文本包括例如：美国专利No.5,750,373、和美国专利公开文本No.2005/0079574,2005/0119455,2005/0266000,2007/0117126,2007/0160598,2007/0237764,2007/0292936和2009/0002360。
认为自人抗体文库分离的抗体或抗体片段是本文中的人抗体或人抗体片段。
6.多特异性抗体
在某些实施方案中，本文中提供的抗体是多特异性抗体，例如双特异性抗体。多特异性抗体是对至少两个不同位点具有结合特异性的单克隆抗体。在某些实施方案中，结合特异性之一针对FAP，而另一种针对任何其它抗原。在某些实施方案中，双特异性抗体可以结合FAP的两个不同表位。也可以使用双特异性抗体来将细胞毒剂定位于表达FAP的细胞。双特异性抗体可以以全长抗体或抗体片段制备。
用于生成多特异性抗体的技术包括但不限于具有不同特异性的两对免疫球蛋白重链-轻链对的重组共表达(见Milstein和Cuello,Nature 305:537(1983)、WO 93/08829、和Traunecker等,EMBO J.10:3655(1991))、和“突起-入-空穴”工程化(见例如美国专利No.5,731,168)。也可以通过用于生成抗体Fc-异二聚体分子的工程化静电操纵效应(WO2009/089004A1)；交联两个或更多个抗体或片段(见例如美国专利No.4,676,980,及Brennan等,Science,229:81(1985))；使用亮氨酸拉链来生成双特异性抗体(见例如Kostelny等,J.Immunol.,148(5):1547-1553(1992))；使用用于生成双特异性抗体片段的“双抗体”技术(见例如Hollinger等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,90:6444-6448(1993))；及使用单链Fv(scFv)二聚体(见例如Gruber等,J.Immunol.,152:5368(1994))；及如例如Tutt等J.Immunol.,147:60(1991)中所描述的，制备三特异性抗体来生成多特异性抗体。
本文中还包括具有三个或更多个功能性抗原结合位点的工程化改造抗体，包括“章鱼抗体”(见例如US 2006/0025576A1)。
本文中的抗体或片段还包括包含结合FAP及另一种不同抗原的抗原结合位点的“双重作用FAb”或“DAF”(见例如US 2008/0069820)。
7.抗体变体
在某些实施方案中，涵盖本文中提供的抗体的氨基酸序列变体。例如，可以期望改善抗体的结合亲和力和/或其它生物学特性。可以通过将合适的修饰引入编码抗体的核苷酸序列中，或者通过肽合成来制备抗体的氨基酸序列变体。此类修饰包括例如对抗体的氨基酸序列内的残基的删除、和/或插入和/或替代。可以进行删除、插入、和替代的任何组合以得到最终的构建体，只要最终的构建体拥有期望的特征，例如，抗原结合。
a)替代、插入、和删除变体
在某些实施方案中，提供了具有一处或多处氨基酸替代的抗体变体。替代诱变感兴趣的位点包括HVR和FR。
氨基酸替代可以导致将一个氨基酸用具有相似结构和/或化学特性的另一个氨基酸替换，例如保守氨基酸替换。“保守”氨基酸替代可以基于所牵涉残基的极性、电荷、溶解度、疏水性、亲水性和/或两亲性性质的相似性产生。例如，非极性(疏水性)氨基酸包括丙氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸、苯丙氨酸、色氨酸和甲硫氨酸；极性中性氨基酸包括丝氨酸、苏氨酸、半胱氨酸、酪氨酸、天冬酰胺和谷氨酰胺；带正电荷的(碱性)氨基酸包括精氨酸、赖氨酸和组氨酸；而带负电荷的(酸性)氨基酸包括天冬氨酸和谷氨酸。保守替代在表2中在“优选替代”的标题下显示。更实质的变化在表2中在“例示性替代”的标题下提供，并且如下文参照氨基酸侧链类别进一步描述的。可以将氨基酸替代引入感兴趣的抗体中，并且对产物筛选期望的活性，例如保留/改善的抗原结合、降低的免疫原性、或改善的ADCC或CDC。
表2
初始残基 例示性替代 优选的替代
Ala(A) Val；Leu；Ile Val
Arg(R) Lys；Gln；Asn Lys
Asn(N) Gln；His；Asp,Lys；Arg Gln
Asp(D) Glu；Asn Glu
Cys(C) Ser；Ala Ser
Gln(Q) Asn；Glu Asn
Glu(E) Asp；Gln Asp
Gly(G) Ala Ala
His(H) Asn；Gln；Lys；Arg Arg
Ile(I) Leu；Val；Met；Ala；Phe；正亮氨酸 Leu
Leu(L) 正亮氨酸；Ile；Val；Met；Ala；Phe Ile
Lys(K) Arg；Gln；Asn Arg
Met(M) Leu；Phe；Ile Leu
Phe(F) Trp；Leu；Val；Ile；Ala；Tyr Tyr
Pro(P) Ala Ala
Ser(S) Thr Thr
Thr(T) Val；Ser Ser
Trp(W) Tyr；Phe Tyr
Tyr(Y) Trp；Phe；Thr；Ser Phe
Val(V) Ile；Leu；Met；Phe；Ala；正亮氨酸 Leu
依照共同的侧链特性，氨基酸可以如下分组：
(1)疏水性的：正亮氨酸,Met,Ala,Val,Leu,Ile；
(2)中性、亲水性的：Cys,Ser,Thr,Asn,Gln；
(3)酸性的：Asp,Glu；
(4)碱性的：His,Lys,Arg；
(5)影响链取向的残基：Gly,Pro；
(6)芳香族的：Trp,Tyr,Phe。
非保守替代会需要用这些类别之一的成员替换另一个类别的。例如，氨基酸替代还可以导致将一个氨基酸用具有不同结构和/或化学特性的另一个氨基酸替换，例如将来自一组(例如，极性)的一个氨基酸用来自不同组(例如碱性)的另一个氨基酸替换。可以通过使用重组DNA技术来系统性生成多肽分子中的氨基酸插入、删除、或替代，并对所得的重组变体测定活性来以实验确定所容许的变异。
一类替代变体牵涉替代亲本抗体(例如人源化或人抗体)的一个或多个高变区残基。一般地，为进一步研究选择的所得变体相对于亲本抗体会具有某些生物学特性的改变(例如改善)(例如升高的亲和力、降低的免疫原性)和/或会基本上保留亲本抗体的某些生物学特性。例示性的替代变体是亲和力成熟的抗体，其可以例如使用基于噬菌体展示的亲和力成熟技术诸如本文中所描述的那些技术来方便地生成。简言之，将一个或多个HVR残基突变，并将变体抗体在噬菌体上展示，并对其筛选特定的生物学活性(例如结合亲和力)。
可以对HVR做出变化(例如，替代)，例如以改善抗体亲和力。可以对HVR“热点”，即由在体细胞成熟过程期间以高频率经历突变的密码子编码的残基(见例如Chowdhury,Methods Mol.Biol.207:179-196(2008))，和/或SDR(a-CDR)做出此类变化，其中对所得的变体VH或VL测试结合亲和力。通过次级文库的构建和再选择进行的亲和力成熟已经记载于例如Hoogenboom等于Methods in Molecular Biology 178:1-37(O’Brien等编,HumanPress,Totowa,NJ,(2001))。在亲和力成熟的一些实施方案中，通过多种方法(例如，易错PCR、链改组、或寡核苷酸指导的诱变)将多样性引入为成熟选择的可变基因。然后，创建次级文库。然后，筛选文库以鉴定具有期望的亲和力的任何抗体变体。另一种引入多样性的方法牵涉HVR指导的方法，其中将几个HVR残基(例如，一次4-6个残基)随机化。可以例如使用丙氨酸扫描诱变或建模来特异性鉴定牵涉抗原结合的HVR残基。特别地，经常靶向CDR-H3和CDR-L3。
在某些实施方案中，可以在一个或多个HVR内发生替代、插入、或删除，只要此类变化不实质性降低抗体结合抗原的能力。例如，可以对HVR做出保守变化(例如，保守替代，如本文中提供的)，其不实质性降低结合亲和力。此类变化可以在HVR“热点”或SDR外部。在上文提供的变体VH和VL序列的某些实施方案中，每个HVR或者是未改变的，或者含有不超过1、2或3处氨基酸替代。
一种可用于鉴定抗体中可以作为诱变靶位的残基或区域的方法称作“丙氨酸扫描诱变”，如由Cunningham和Wells(1989)Science,244:1081-1085所描述的。在此方法中，将残基或靶残基的组(例如，带电荷的残基诸如Arg、Asp、His、Lys、和Glu)鉴定，并用中性或带负电荷的氨基酸(例如，丙氨酸或多丙氨酸)替换以测定抗体与抗原的相互作用是否受到影响。可以在对初始替代表明功能敏感性的氨基酸位置引入进一步的替代。或者/另外，分析抗原-抗体复合物的晶体结构来鉴定抗体与抗原间的接触点可能是有益的。作为替代的候选，可以靶向或消除此类接触残基和邻近残基。可以筛选变体以确定它们是否含有期望的特性。
氨基酸序列插入包括长度范围为1个残基至含有100或更多个残基的多肽的氨基和/或羧基端融合，及单个或多个氨基酸残基的序列内插入。末端插入的例子包括具有N端甲硫氨酰基残基的抗体。抗体分子的其它插入变体包括抗体的N或C端与酶(例如对于ADEPT)或延长抗体的血清半衰期的多肽的融合物。
b)糖基化变体
在一些实施方案中，可以对本发明抗体中的寡糖进行修饰以创建具有某些改善的特性的抗体变体。
在一方面，本发明提供了具有升高的效应器功能，包括抗体依赖性细胞的细胞毒性的抗FAP抗体的糖形式。先前已经描述了抗体的糖基化工程。见例如美国专利No.6,602,684，通过提及而将其完整收入本文。本文中还详细描述了自具有牵涉糖基化的基因的改变的活性的宿主细胞生成抗FAP抗体的方法(见例如前面题目为“重组方法和组合物”的部分)。
IgG分子在其Fc区中携带两个N连接的寡糖，每个重链上一个。与任何糖蛋白一样，抗体以共享相同多肽主链，但是具有附着于糖基化位点的不同寡糖的糖形式群体生成。通常在血清IgG的Fc区中找到的寡糖是复合的双触角型的(Wormald等,Biochemistry 36:130-38(1997)，具有低水平的末端唾液酸和两分型N-乙酰葡糖胺(GlcNAc)，和可变程度的末端半乳糖基化和核心岩藻糖基化(附着于双触角寡糖结构的“主干”中的GlcNAc残基的岩藻糖)。一些研究提示了FcγR结合需要的最少碳水化合物结构位于寡糖核心内。Lund等,J.Immunol.157:4963-69(1996)。
工业和学术界中用于生成抗体的小鼠或仓鼠衍生的细胞系通常将需要的寡糖决定簇附着于Fc位点。然而，这些细胞系中表达的IgG缺乏在血清IgG中以较低的量找到的两分型GlcNAc。Lifely等,Glycobiology 318:813-22(1995)。在N连接的糖基化途径中，通过GnTIII添加两分型GlcNAc。Schachter,Biochem.Cell Biol.64:163-81(1986)。
Figure BDA0000964176760000602
等人使用单一的抗体生成CHO细胞系，其先前工程化改造成以外部调节方式表达不同水平的克隆GnTIII酶基因(
Figure BDA0000964176760000601
P.等,Nature Biotechnol.17:176-180(1999))。此办法第一次建立了糖基转移酶(例如GnTIII)表达与经修饰的抗体的ADCC活性之间的严格关联。如此，本发明涵盖如下的抗FAP抗体，其包含具有改变抗体生成宿主细胞中的糖基转移酶基因的表达水平所致改变的糖基化的Fc区或与Fc区等同的区域。在一个具体的实施方案中，基因表达水平的变化是GnTIII活性的升高。升高的GnTIII活性导致抗体的Fc区中两分型寡糖的百分比升高及岩藻糖基化寡糖的百分比降低。此抗体或其片段具有升高的Fc受体结合亲和力和升高的效应器功能。
提供了具有两分型寡糖的抗体，例如其中附着于抗体Fc区的双触角寡糖是通过GlcNAc两分的。此类抗体变体可以具有降低的岩藻糖基化和/或改善的ADCC功能。此类抗体变体的例子记载于例如WO 2003/011878(Jean-Mairet等)；美国专利No.6,602,684(
Figure BDA0000964176760000603
等)；及US 2005/0123546(
Figure BDA0000964176760000604
等)。
在一个实施方案中，本发明的抗FAP抗体由于通过本发明的方法对其寡糖的修饰而具有Fc区中比例增加的两分型寡糖。在一个实施方案中，本发明抗FAP抗体的Fc区中两分型N连接寡糖的百分比是总寡糖的至少约10％至约100％、特别地至少约50％、更特别地至少约60％、至少约70％、至少约80％、或至少约90-95％。两分型寡糖可以是杂合物或复合物类型。
在另一个实施方案中，本发明的抗FAP抗体由于通过本发明的方法对其寡糖的修饰而具有Fc区中比例增加的非岩藻糖基化寡糖。在一个实施方案中，非岩藻糖基化寡糖的百分比是至少约20％至约100％、特别地至少约50％、至少约60％至约70％、且更特别地至少约75％。非岩藻糖基化寡糖可以是杂合物或复合物类型。
通过相对于附着于Asn297的所有糖结构(例如，复合的、杂合的和高甘露糖的结构)的总和，计算Asn297处糖链内岩藻糖的平均量来测定岩藻糖量，如通过MALDI-TOF质谱术测量的，例如如记载于WO 2008/077546的。Asn297指位于Fc区中的约第297位(Fc区残基的EU编号方式)的天冬酰胺残基；然而，Asn297也可以由于抗体中的微小序列变异而位于第297位上游或下游约±3个氨基酸，即在第294位和第300位之间。岩藻糖的相对量指根据MALDI-TOF MS，含有岩藻糖的结构相对于N-糖苷酶F处理的样品中鉴定的所有糖结构(例如复合、杂合和高甘露糖结构)的百分比。此类岩藻糖基化变体可以具有改善的ADCC功能。
可用于本发明抗FAP抗体的糖工程方法已经极为详细地记载于美国专利No.6,602,684；美国专利申请公开文本No.2004/0241817A1；美国专利申请公开文本No.2003/0175884A1；美国临时专利申请No.60/441,307及WO 2004/065540，通过述及将每一篇的全部内容完整收入本文。或者，依照美国专利申请公开文本No.2003/0157108(Genentech)或EP 1 176 195A1；WO 03/084570；WO 03/085119及美国专利申请公开文本No.2003/0115614；No.2004/093621；No.2004/110282；No.2004/110704；No.2004/132140；Niwa etal.,J Immunol Methods 306,151/160(2006)；美国专利No.6,946,292(Kyowa)中披露的技术，本发明的抗FAP抗体可以糖工程化改造成具有Fc区中减少的岩藻糖残基。也可以在生成经修饰糖蛋白的表达系统(诸如中美国专利申请公开文本No.60/344,169和WO 03/056914(GlycoFi,Inc.)中或WO 2004/057002和WO 2004/024927(Greenovation)中教导的那些)中生成本发明的糖工程化抗FAP抗体。
涉及“脱岩藻糖基化的”或“岩藻糖缺乏的”抗体变体的出版物的其它例子包括：WO2000/61739；WO 2001/29246；US 2002/0164328；US 2004/0109865；WO 2005/035586；WO2005/035778；WO2005/053742；WO2002/031140；Okazaki等J.Mol.Biol.336:1239-1249(2004)；Yamane-Ohnuki等Biotech.Bioeng.87:614(2004)。能够生成脱岩藻糖基化抗体的细胞系的例子包括蛋白质岩藻糖基化缺陷的Lec13CHO细胞(Ripka等Arch.Biochem.Biophys.249:533-545(1986)；美国专利申请No US 2003/0157108A1,Presta,L；及WO 2004/056312A1,Adams等，尤其在实施例11)，和敲除细胞系，诸如α-1,6-岩藻糖基转移酶基因FUT8敲除CHO细胞(见例如Yamane-Ohnuki等Biotech.Bioeng.87:614(2004)；Kanda,Y.等,Biotechnol.Bioeng.,94(4):680-688(2006)；及WO2003/085107)。
在一个具体的实施方案中，本发明的抗FAP抗体具有Fc区中比例增加的两分型、非岩藻糖基化寡糖。两分型、非岩藻糖基化寡糖可以是杂合物或复合物。具体地，本发明的方法可用于生成如下的抗FAP抗体，其中抗原结合分子的Fc区中至少约10％至约100％、特别地至少约15％、更特别地至少约20％至约25％、且更特别地至少约30％至约35％的寡糖是两分型、非岩藻糖基化的。本发明的抗FAP抗体也可以包含如下的Fc区，其中抗体的Fc区中至少约10％至约100％、特别地至少约15％、更特别地至少约20％至约25％、且更特别地至少约30％至约35％的寡糖是两分型、杂合、非岩藻糖基化的。
在某些实施方案中，改变本文中提供的抗体以提高或降低抗体糖基化的程度。可以通过改变氨基酸序列，使得创建或消除一个或多个糖基化位点来方便地实现对抗体的糖基化位点的添加或删除。
还提供了在附着于Fc区的寡糖中具有至少一个半乳糖残基的抗体变体。此类抗体变体可以具有改善的CDC功能。此类抗体变体记载于例如WO 1997/30087(Patel等)；WO1998/58964(Raju,S.)；及WO 1999/22764(Raju,S.)。
也通过提高抗原结合分子对FAP的亲和力，例如通过亲和力成熟或其它改善亲和力的方法(见Tang等,J.Immunol.2007,179:2815-2823)或通过Fc区中的氨基酸修饰(如下文描述的)来实现本发明抗FAP抗体的ADCC或其它效应器功能的升高。本发明也涵盖这些办法的组合。
c)Fc区变体
在某些实施方案中，可以将一处或多处氨基酸修饰引入本文中提供的抗体的Fc区中，由此生成Fc区变体。Fc区变体可以包含在一个或多个氨基酸位置包含氨基酸修饰(例如替代)的人Fc区序列(例如，人IgG1、IgG2、IgG3或IgG4Fc区)。
在某些实施方案中，本发明涵盖拥有一些但不是所有效应器功能的抗体变体，所述效应器功能使其成为如下应用的期望候选物，其中抗体的体内半衰期是重要的，而某些效应器功能(诸如补体和ADCC)是不必要的或有害的。可以进行体外和/或体内细胞毒性测定法以确认CDC和/或ADCC活性的降低/消减。例如，可以进行Fc受体(FcR)结合测定法以确保抗体缺乏FcγR结合(因此有可能缺乏ADCC活性)，但是保留FcRn结合能力。介导ADCC的主要细胞NK细胞仅表达FcγRIII，而单核细胞表达FcγRI、FcγRII和FcγRIII。在Ravetch和Kinet,Annu.Rev.Immunol.9:457-492(1991)的第464页上的表3中汇总了造血细胞上的FcR表达。评估感兴趣分子的ADCC活性的体外测定法的非限制性例子记载于美国专利No.5,500,362(见例如Hellstrom,I.等Proc.Nat’l Acad.Sci.USA 83:7059-7063(1986))和Hellstrom,I等,Proc.Nat’l Acad.Sci.USA 82:1499-1502(1985)；5,821,337(见Bruggemann,M.等,J.Exp.Med.166:1351-1361(1987))。或者，可以采用非放射性方法(见例如用于流式细胞术的ACTITM非放射性细胞毒性测定法(CellTechnology,Inc.MountainView,CA；和CytoTox
Figure BDA0000964176760000631
非放射性细胞毒性测定法(Promega,Madison,WI))。对于此类测定法有用的效应细胞包括外周血单个核细胞(PBMC)和天然杀伤(NK)细胞。或者/另外，可以在体内评估感兴趣分子的ADCC活性，例如在动物模型中，诸如披露于Clynes等Proc.Nat’lAcad.Sci.USA 95:652-656(1998)的。也可以实施C1q结合测定法以确认抗体不能结合C1q，并且因此缺乏CDC活性。见例如WO 2006/029879和WO 2005/100402中的C1q和C3c结合ELISA。为了评估补体激活，可以实施CDC测定法(见例如Gazzano-Santoro等,J.Immunol.Methods 202:163(1996)；Cragg,M.S.等,Blood 101:1045-1052(2003)；及Cragg,M.S.和M.J.Glennie,Blood 103:2738-2743(2004))。也可以使用本领域中已知的方法来实施FcRn结合和体内清除/半衰期测定(见例如Petkova,S.B.等,Int’l.Immunol.18(12):1759-1769(2006))。
具有降低的效应器功能的抗体包括那些具有Fc区残基238,265,269,270,297,327和329中的一个或多个的替代的(美国专利No.6,737,056)。此类Fc突变体包括在氨基酸位置265、269、270、297和327中的两处或更多处具有替代的Fc突变体，包括残基265和297替代成丙氨酸的所谓的“DANA”Fc突变体(美国专利No.7,332,581)。
描述了具有改善的或降低的对FcR的结合的某些抗体变体(见例如美国专利No.6,737,056；WO 2004/056312，及Shields等,J.Biol.Chem.9(2):6591-6604(2001))。
在某些实施方案中，抗体变体包含具有改善ADCC的一处或多处氨基酸替代，例如Fc区的位置298、333、和/或334(残基的EU编号方式)的替代的Fc区。
在一些实施方案中，对Fc区做出改变，其导致改变的(即，改善的或降低的)C1q结合和/或补体依赖性细胞毒性(CDC)，例如，如记载于美国专利No.6,194,551、WO 99/51642、及Idusogie等J.Immunol.164:4178-4184(2000)的。
具有延长的半衰期和改善的对新生儿Fc受体(FcRn)的结合的抗体记载于US2005/0014934A1(Hinton等)，新生儿Fc受体(FcRn)负责将母体IgG转移至胎儿(Guyer等,J.Immunol.117:587(1976)及Kim等,J.Immunol.24:249(1994))。那些抗体包含其中具有改善Fc区对FcRn结合的一处或多处替代的Fc区。此类Fc变体包括那些在Fc区残基238,256,265,272,286,303,305,307,311,312,317,340,356,360,362,376,378,380,382,413,424或434中的一处或多处具有替代，例如，Fc区残基434的替代的(美国专利No.7,371,826)。
至于关注Fc区变体的其它例子，还可见美国专利申请No.60/439,498；60/456,041；60/514,549；或WO 2004/063351(由于氨基酸修饰而具有升高的结合亲和力的变体Fc区)；或美国专利申请No.10/672,280或WO 2004/099249(由于氨基酸修饰的具有改变的对FcγR的结合的Fc变体)；Duncan和Winter,Nature 322:738-40(1988)；美国专利No.5,648,260；美国专利No.5,624,821；及WO 94/29351。
d)经半胱氨酸工程化改造的抗体变体
在某些实施方案中，可以期望创建经半胱氨酸工程化改造的抗体，例如，“thioMAb”，其中抗体的一个或多个残基用半胱氨酸残基替代。在具体的实施方案中，替代的残基存在于抗体的可接近位点。通过用半胱氨酸替代那些残基，反应性硫醇基团由此定位于抗体的可接近位点，并且可以用于将抗体与其它模块，诸如药物模块或接头-药物模块缀合，以创建抗体缀合物，如本文中进一步描述的。在某些实施方案中，可以用半胱氨酸替代下列残基之任一个或多个：轻链的V205(Kabat编号方式)；重链的A118(EU编号方式)；和重链Fc区的S400(EU编号方式)。可以如例如美国专利No.7,521,541所述生成经半胱氨酸工程化改造的抗体。
e)抗体衍生物
在某些实施方案中，可以进一步修饰本文中提供的抗体以含有本领域知道的且易于获得的额外非蛋白质性质模块。适合于抗体衍生化的模块包括但不限于水溶性聚合物。水溶性聚合物的非限制性例子包括但不限于聚乙二醇(PEG)、乙二醇/丙二醇共聚物、羧甲基纤维素、右旋糖苷、聚乙烯醇、聚乙烯吡咯烷酮、聚-1,3-二氧戊环、聚-1,3,6-三口恶烷、乙烯/马来酸酐共聚物、聚氨基酸(均聚物或随机共聚物)、和右旋糖苷或聚(n-乙烯吡咯烷酮)聚乙二醇、丙二醇均聚物、环氧丙烷/环氧乙烷共聚物、聚氧乙烯化多元醇(例如甘油)、聚乙烯醇及其混合物。由于其在水中的稳定性，聚乙二醇丙醛在生产中可能具有优势。聚合物可以是任何分子量，而且可以是分支的或不分支的。附着到抗体上的聚合物数目可以变化，而且如果附着了超过一个聚合物，那么它们可以是相同或不同的分子。一般而言，可根据下列考虑来确定用于衍生化的聚合物的数目和/或类型，包括但不限于抗体要改进的具体特性或功能、抗体衍生物是否将用于指定条件下的治疗等。
在另一个实施方案中，提供了抗体和可以通过暴露于辐射选择性加热的非蛋白质性质模块的缀合物。在一个实施方案中，非蛋白质性质模块是碳纳米管(Kam等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 102:11600-11605(2005))。辐射可以是任何波长的，并且包括但不限于对普通细胞没有损害，但是将非蛋白质性质模块加热至抗体-非蛋白质性质模块附近的细胞被杀死的温度的波长。
B.重组方法和组合物
可以使用重组方法和组合物来生成抗体，例如，如记载于美国专利No.4,816,567的。在一个实施方案中，提供了编码本文中所描述的抗FAP抗体的分离的多核苷酸。此类多核苷酸可以编码包含抗体VL的氨基酸序列和/或包含VH的氨基酸序列(例如，抗体的轻和/或重链)。在又一个实施方案中，提供了包含此类多核苷酸的一种或多种载体(例如，克隆载体或表达载体)。在又一个实施方案中，提供了包含此类多核苷酸或此类载体的宿主细胞。在一个此类实施方案中，宿主细胞包含(例如，已经用下列载体转化)：(1)包含多核苷酸的载体，所述多核苷酸编码包含抗体的VL的氨基酸序列和包含抗体的VH的氨基酸序列(例如多顺反子载体)，或(2)第一载体和第二载体，所述第一载体包含编码包含抗体的VL的氨基酸序列的多核苷酸，所述第二载体包含编码包含抗体的VH的氨基酸序列的多核苷酸。在一个实施方案中，宿主细胞是真核细胞，特别是哺乳动物细胞，例如中国仓鼠卵巢(CHO)细胞、幼仓鼠肾细胞(BHK)细胞或淋巴样细胞(例如，Y0、NS0、Sp20细胞)。在一个实施方案中，提供了生成抗FAP抗体的方法，其中该方法包括在适合于表达抗体的条件下培养包含编码抗体的多核苷酸的宿主细胞，如上文提供的，并且任选地，自宿主细胞(或宿主细胞培养液)回收抗体。
对于抗FAP抗体的重组生成，将一种或多种编码抗体的多核苷酸(例如如上文所描述的)分离，并插入一种或多种载体中，以在宿主细胞中进一步克隆和/或表达。可以使用本领域技术人员公知的方法来构建与合适的转录/翻译控制信号一起含有抗FAP抗体的编码序列的表达载体。这些方法包括体外重组DNA技术、合成技术和体内重组/遗传重组。见例如记载于Maniatis等,MOLECULAR CLONING:ALABORATORY MANUAL,Cold Spring HarborLaboratory,N.Y.(1989)及Ausubel等,CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY,Greene Publishing Associates and Wiley Interscience,N.Y(1989)的技术。
在一个实施方案中，可以在组成性启动子或备选地调节性表达系统的控制下表达一种或几种编码抗FAP抗体的多核苷酸。合适的调节性表达系统包括但不限于四环素调节性表达系统、蜕皮激素诱导型表达系统、lac转换表达系统、糖皮质素诱导型表达系统、温度诱导型启动子系统、和金属硫蛋白金属诱导型表达系统。若编码本发明抗体的几种不同多核苷酸包含在宿主细胞系统内，则它们中的一些可以在组成性启动子的控制下表达，而其它在调节性启动子的控制下表达。
适合于克隆或表达抗体编码载体的宿主细胞包括本文中所描述的原核或真核细胞。例如，可以在细菌中生成抗体，特别是在不需要糖基化和Fc效应器功能时。对于抗体片段和多肽在细菌中的表达，见例如美国专利No.5,648,237,5,789,199和5,840,523(还可见Charlton,Methods in Molecular Biology,第248卷(B.K.C.Lo编,Humana Press,Totowa,NJ,2003),第245-254页，其描述了抗体片段在大肠杆菌(E.coli.)中的表达)。表达后，可以将抗体在可溶性级分中自细菌细胞团糊分离，并可以进一步纯化。
在原核生物外，真核微生物诸如丝状真菌或酵母是适合于抗体编码载体的克隆或表达宿主，包括其糖基化途径已经“人源化”，导致生成具有部分或完全人的糖基化样式的抗体的真菌和酵母菌株。见Gerngross,Nat.Biotech.22:1409-1414(2004),及Li等,Nat.Biotech.24:210-215(2006)。此类表达系统还教导于美国专利申请No.60/344,169和WO 03/056914(用于在非人真核宿主细胞中生成人样糖蛋白的方法)。
适合于表达糖基化抗体的宿主细胞也自多细胞生物体(无脊椎动物和脊椎动物)衍生。无脊椎动物细胞的例子包括植物和昆虫细胞。已经鉴定出许多杆状病毒株，其可以与昆虫细胞一起使用，特别是用于转染草地夜蛾(Spodoptera frugiperda)细胞。
也可以利用植物细胞培养物作为宿主。见例如美国专利No.5,959,177,6,040,498,6,420,548,7,125,978和6,417,429(其描述了用于在转基因植物中生成抗体的PLANTIBODIESTM技术)。
也可以使用脊椎动物细胞作为宿主。例如，适合于在悬浮液中生长的哺乳动物细胞系可以是有用的。有用的哺乳动物宿主细胞系的其它例子是经SV40转化的猴肾CV1系(COS-7)；人胚肾系(293或293T细胞，如记载于例如Graham等,J.Gen Virol.36:59(1977)的)；幼年仓鼠肾细胞(BHK)；小鼠塞托利(sertoli)细胞(TM4细胞，如记载于例如Mather,Biol.Reprod.23:243-251(1980)的)；猴肾细胞(CV1)；非洲绿猴肾细胞(VERO-76)；人宫颈癌细胞(HELA)；犬肾细胞(MDCK)；牛鼠(buffalo rat)肝细胞(BRL 3A)；人肺细胞(W138)；人肝细胞(Hep G2)；小鼠乳房肿瘤(MMT 060562)；TRI细胞，如记载于例如Mather等,AnnalsN.Y.Acad.Sci.383:44-68(1982)的；MRC 5细胞；和FS4细胞。其它有用的哺乳动物宿主细胞系包括中国仓鼠卵巢(CHO)细胞，包括DHFR-CHO细胞(Urlaub等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA77:4216(1980))；和骨髓瘤细胞系诸如Y0、NS0和Sp2/0。关于适合于抗体生成的某些哺乳动物宿主细胞系的综述，见例如Yazaki和Wu,Methods inMolecular Biology,第248卷(B.K.C.Lo编,Humana Press,Totowa,NJ),第255-268页(2003)。
一般地，稳定的表达对于瞬时表达而言是优选的，因为它通常实现更加可再现的结果，而且还更适合于大规模生产；然而，本领域技术人员技术内的是测定瞬时表达对于特定的情况是否更好。
本发明进一步涉及用于修饰由宿主细胞生成的本发明抗FAP抗体的糖基化概况的方法，包括在所述宿主细胞中表达一种或多种编码抗FAP抗体的多核苷酸和一种或多种编码具有糖基转移酶活性的多肽的多核苷酸，或包含此类多核苷酸的载体。一般地，可以使用任何类型的培养细胞系，包括上文所讨论的细胞系来生成用于生成具有改变的糖基化样式的抗FAP抗体的细胞系。优选的细胞系包括CHO细胞、BHK细胞、NS0细胞、SP2/0细胞、YO骨髓瘤细胞、P3X63小鼠骨髓瘤细胞、PER细胞、PER.C6细胞或杂交瘤细胞、和其它哺乳动物细胞。具有糖基转移酶活性的多肽包括β(1,4)-N-乙酰葡糖氨基转移酶III(GnTIII)、α-甘露糖苷酶II(ManII)、β(1,4)-半乳糖基转移酶(GalT)、β(1,2)-N-乙酰葡糖氨基转移酶I(GnTI)、和β(1,2)-N-乙酰葡糖氨基转移酶II(GnTII)。在一个实施方案中，在宿主细胞中表达编码具有糖基转移酶活性的多肽的多核苷酸的组合(例如，GnTIII和Man II)。同样地，该方法还涵盖在已经破坏或以其它方式灭活糖基转移酶基因的宿主细胞(例如，已经敲除编码α1,6核心岩藻糖基转移酶的基因的活性的宿主细胞)中表达一种或多种编码抗FAP抗体的多核苷酸。在一个具体的实施方案中，可以在进一步表达编码具有GnTIII活性的多肽的多核苷酸以修饰下述抗体的糖基化样式的宿主细胞中生成本发明的抗FAP抗体。在一个具体的实施方案中，具有GnTIII活性的多肽是包含高尔基驻留多肽的高尔基定位域的融合多肽。在另一个具体的实施方案中，表达编码具有GnTIII活性的多肽的多核苷酸的宿主细胞中本发明抗FAP抗体的表达生成具有升高的Fc受体结合亲和力和/或升高的效应器功能的抗FAP抗体。因而，在一个实施方案中，本发明涉及宿主细胞，其包含(a)一种或多种包含编码具有GnTIII活性的多肽的序列的分离的多核苷酸；和(b)一种或多种编码本发明抗FAP抗体的分离的多核苷酸。在一个具体的实施方案中，具有GnTIII活性的多肽是包含GnTIII的催化域和异源高尔基驻留多肽的高尔基定位域的融合多肽。特别地，所述高尔基定位域是甘露糖苷酶II的高尔基定位域。用于生成此类融合多肽及使用它们来生成具有升高的效应器功能的抗体的方法披露于WO2004/065540；美国临时专利申请No.60/495,142和美国专利申请公开文本No.2004/0241817，通过提及而将其全部内容明确收入本文。在另一个实施方案中，宿主细胞另外包含分离的多核苷酸，其包含编码具有甘露糖苷酶II(ManII)活性的多肽的序列。可以在组成性启动子或备选地调节性表达系统的控制下表达编码多肽的多核苷酸，像编码抗FAP抗体的多核苷酸。此类系统是本领域中公知的，并且包括上文所讨论的系统。
可以例如通过下述方法来鉴定含有抗FAP抗体的编码序列和/或具有糖基转移酶活性的多肽的编码序列，并且表达生物学活性基因产物的宿主细胞：DNA-DNA或DNA-RNA杂交；“标志物”基因功能的存在或缺乏；评估转录水平，如通过宿主细胞中的各自mRNA转录物的表达测量的；和检测基因产物，如通过免疫测定法或通过其生物学活性(本领域公知的方法)测量的。GnTIII或Man II活性可以例如通过采用结合GnTIII或ManII的生物合成产物的凝集素来检测。此类凝集素的一个例子是优先结合含有两分型GlcNAc的寡糖的E4-PHA凝集素。具有GnTIII或ManII活性的多肽的生物合成产物(即具体寡糖结构)也可以通过自由表达所述多肽的细胞生成的糖蛋白释放的寡糖的质谱分析来检测。或者，可以使用如下的功能性测定法，其测量由用如下多核苷酸工程化改造的细胞生成的抗体介导的升高的效应器功能或升高的Fc受体结合，所述多核苷酸编码具有GnTIII活性的多肽。
本发明还涉及用于生成具有经修饰的寡糖的抗FAP抗体的方法，包括(a)在容许生成依照本发明的抗FAP抗体的条件下培养宿主细胞，所述宿主细胞工程化改造为表达编码具有糖基转移酶活性的多肽的至少一种多核苷酸，其中所述具有糖基转移酶活性的多肽以足以修饰由所述宿主细胞生成的所述抗FAP抗体的Fc区中的寡糖的量表达；并(b)分离所述抗FAP抗体。在一个实施方案中，具有糖基转移酶活性的多肽是GnTIII。在另一个实施方案中，存在两种具有糖基转移酶活性的多肽。在一个具体的实施方案中，两种具有糖基转移酶活性的肽是GnTIII和ManII。在另一个实施方案中，具有糖基转移酶活性的多肽是包含GnTIII的催化域的融合多肽。在一个更具体的实施方案中，融合多肽进一步包含高尔基驻留多肽的高尔基定位域。特别地，高尔基定位域是甘露糖苷酶II或GnTI的定位域，最特别地甘露糖苷酶II的定位域。或者，高尔基定位域选自下组：甘露糖苷酶I的定位域、GnTII的定位域、和α1,6核心岩藻糖基转移酶的定位域。
在一个具体的实施方案中，由上文所述方法或宿主细胞生成的经修饰的抗FAP抗体具有包含Fc区的IgG恒定区或其片段。在另一个具体的实施方案中，抗FAP抗体是包含Fc区的人源化或人抗体或其片段。
由上文所述方法或宿主细胞生成的具有改变的糖基化的抗FAP抗体通常由于宿主细胞的修饰(例如，通过表达糖基转移酶基因)而展现出升高的Fc受体结合亲和力和/或升高的效应器功能。优选地，升高的Fc受体结合亲和力是升高的对Fcγ活化受体，最优选FcγRIIIa受体的结合。优选地，升高的效应器功能是下列一项或多项的升高：升高的抗体依赖性细胞的细胞毒性、升高的抗体依赖性细胞的吞噬(ADCP)、升高的细胞因子分泌、升高的免疫复合物介导的抗原呈递细胞的抗原摄取、升高的Fc介导的细胞的细胞毒性、升高的对NK细胞的结合、升高的对巨噬细胞的结合、升高的对多形核细胞(PMNC)的结合、升高的对单核细胞的结合、靶物-结合的抗体的交联升高、升高的诱导凋亡的直接信号传导、升高的树突细胞成熟、和升高的T细胞引发。
C.测定法
可以通过本领域中已知的多种测定法对本文中提供的抗FAP抗体鉴定、筛选、或表征其物理/化学特性和/或生物学活性。
1.结合测定法和其它测定法
一方面，对本发明的抗体测试其抗原结合活性，例如通过已知的方法诸如ELISA、Western印迹等来进行。
另一方面，可使用竞争测定法来鉴定与另一种特异性抗FAP抗体竞争对FAP的结合的抗体。在某些实施方案中，此类竞争性抗体结合与所述另一种特异性抗FAP抗体所结合表位相同的表位(例如线性或构象表位)。用于定位抗体所结合表位的详细例示性方法见Morris(1996)“Epitope Mapping Protocols”,Methods in Molecular Biology vol.66(Humana Press,Totowa,NJ)。
在一种例示性竞争测定法中，在包含第一经标记抗体(其结合FAP，例如实施例中描述的3F2抗体)和第二未标记抗体(其要测试与第一抗体竞争对FAP的结合的能力)的溶液中温育固定化FAP。第二抗体可存在于杂交瘤上清液中。作为对照，在包含第一经标记抗体但不包含第二未标记抗体的溶液中温育固定化FAP。在允许第一抗体结合FAP的条件下温育后，除去过量的未结合抗体，并测量与固定化FAP联合的标记物的量。如果测试样品中与固定化FAP联合的标记物的量与对照样品相比实质性降低，那么这指示第二抗体与第一抗体竞争对FAP的结合。参见Harlow and Lane(1988)Antibodies:A Laboratory Manual ch.14(Cold Spring Harbor Laboratory,Cold Spring Harbor,NY)。
2.活性测定法
一方面，提供了用于鉴定具有生物学活性的抗FAP抗体的测定法。生物学活性可包括例如靶定细胞的裂解、抗体依赖性细胞介导的细胞毒性(ADCC)、补体依赖性细胞毒性(CDC)、或凋亡的诱导。还提供了在体内和/或在体外具有此类生物学活性的抗体。在某些实施方案中，对本发明的抗体测试此类生物学活性。
上文(见“定义”下：“具有升高的ADCC的抗体”)和实施例11中描述了“用于测试ADCC的例示性测定法。用于检测细胞裂解(例如通过测量LDH释放)或凋亡(例如使用TUNEL测定法)的测定法是本领域公知的。用于测量ADCC或CDC的测定法还记载于WO 2004/065540(参见其中的实施例1)，通过述及将其完整内容收入本文。
D.抗体缀合物
本发明还提供了包含与一种或多种细胞毒剂，诸如化学治疗剂或药物、生长抑制剂、毒素(例如，蛋白质毒素、细菌、真菌、植物、或动物起源的酶活性毒素、或其片段)、或放射性同位素缀合的本文中的抗FAP抗体的缀合物。
在一个实施方案中，在抗体-药物缀合物(ADC)中，抗体与一种或多种药物缀合，包括但不限于美登木素生物碱(见美国专利No.5,208,020、5,416,064和欧洲专利EP 0 425235B1)；auristatin诸如单甲基auristatin药物模块DE和DF(MMAE和MMAF)(见美国专利No.5,635,483和5,780,588及7,498,298)；多拉司他汀(dolastatin)；加利车霉素(calicheamicin)或其衍生物(见美国专利No.5,712,374,5,714,586,5,739,116,5,767,285,5,770,701,5,770,710,5,773,001和5,877,296；Hinman等,Cancer Res.53:3336-3342(1993)；及Lode等,Cancer Res.58:2925-2928(1998))；蒽环类抗生素诸如道诺霉素(daunomycin)或多柔比星(doxorubicin)(见Kratz等,Current Med.Chem.13:477-523(2006)；Jeffrey等,Bioorganic&Med.Chem.Letters 16:358-362(2006)；Torgov等,Bioconj.Chem.16:717-721(2005)；Nagy等,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97:829-834(2000)；Dubowchik等,Bioorg.&Med.Chem.Letters 12:1529-1532(2002)；King等,J.Med.Chem.45:4336-4343(2002)；及美国专利No.6,630,579)；甲氨蝶呤；长春地辛(vindesine)；紫杉烷(taxane)诸如多西他赛(docetaxel)、帕利他塞、larotaxel、tesetaxel、和ortataxel；单端孢霉素(trichothecene)；和CC1065。
在另一个实施方案中，抗体缀合物包含与酶活性毒素或其片段缀合的如本文中所描述的抗体，所述酶活性毒素包括但不限于白喉A链、白喉毒素的非结合活性片段、外毒素A链(来自铜绿假单胞菌(Pseudomonas aeruginosa))、蓖麻毒蛋白(ricin)A链、相思豆毒蛋白(abrin)A链、蒴莲根毒蛋白(modeccin)A链、α-帚曲霉素(sarcin)、油桐(Aleutitesfordii)毒蛋白、香石竹(dianthin)毒蛋白、美洲商陆(Phytolaca americana)蛋白(PAPI、PAPII和PAP-S)、苦瓜(Momordica charantia)抑制物、麻疯树毒蛋白(curcin)、巴豆毒蛋白(crotin)、肥皂草(sapaonaria officinalis)抑制剂、白树毒蛋白(gelonin)、丝林霉素(mitogellin)、局限曲菌素(restrictocin)、酚霉素(phenomycin)、依诺霉素(enomycin)和单端孢菌素(trichothecenes)。
在另一个实施方案中，抗体缀合物包含与放射性原子缀合以形成放射性缀合物的如本文中所描述的抗体。多种放射性同位素可用于生成放射性缀合物。例子包括At211、I131、I125、Y90、Re186、Re188、Sm153、Bi212、P32、Pb212和Lu的放射性同位素。在使用放射性缀合物进行检测时，它可以包含供闪烁法研究用的放射性原子，例如tc99m或I123，或供核磁共振(NMR)成像(又称为磁共振成像，mri)用的自旋标记物，诸如再一次的碘-123、碘-131、铟-111、氟-19、碳-13、氮-15、氧-17、钆、锰或铁。
可以使用多种双功能蛋白质偶联剂来生成抗体和细胞毒剂的缀合物，诸如N-琥珀酰亚氨基3-(2-吡啶基二硫代)丙酸酯(SPDP)，琥珀酰亚氨基-4-(N-马来酰亚氨基甲基)环己烷-1-羧酸酯(SMCC)，亚氨基硫烷(IT)，亚氨酸酯(诸如盐酸己二酰亚氨酸二甲酯)、活性酯类(诸如辛二酸二琥珀酰亚氨基酯)、醛类(诸如戊二醛)、双叠氮化合物(诸如双(对-叠氮苯甲酰基)己二胺)、双重氮衍生物(诸如双(对-重氮苯甲酰基)-乙二胺)、二异硫氰酸酯(诸如甲苯2,6-二异氰酸酯)、和双活性氟化合物(诸如1,5-二氟-2,4-二硝基苯)的双功能衍生物。例如，可以如Vitetta等,Science 238:1098(1987)中所述制备蓖麻毒蛋白免疫毒素。碳-14标记的1-异硫氰酸苄基-3-甲基二亚乙基三胺五乙酸(MX-DTPA)是用于将放射性核苷酸与抗体偶联的例示性螯合剂。参见WO94/11026。接头可以是便于在细胞中释放细胞毒性药物的“可切割接头”。例如，可使用酸不稳定接头、肽酶敏感性接头、光不稳定接头、二甲基接头或含二硫化物接头(Chari等,Cancer Res 52:127-131(1992)；美国专利No.5,208,020)。
本文中的缀合物明确涵盖，但不限于用交联试剂制备的此类缀合物，所述交联试剂包括但不限于BMPS、EMCS、GMBS、HBVS、LC-SMCC、MBS、MPBH、SBAP、SIA、SIAB、SMCC、SMPB、SMPH、sulfo-EMCS、sulfo-GMBS、sulfo-KMUS、sulfo-MBS、sulfo-SIAB、sulfo-SMCC、和sulfo-SMPB，及SVSB(琥珀酰亚氨基-(4-乙烯基砜)苯甲酸酯)，它们是商品化的(例如，来自Pierce Biotechnology,Inc.,Rockford,IL.,U.S.A)。
E.用于诊断和检测的方法和组合物
在某些实施方案中，本文中提供的任何抗FAP抗体可用于检测生物学样品中FAP的存在。在用于本文时，术语“检测”涵盖定量或定性检测。在某些实施方案中，生物学样品包含细胞或组织，诸如来自脑、乳腺/乳房、结肠、肾、肝、肺、卵巢、胰、前列腺、骨骼肌、皮肤、小肠、胃或子宫的细胞或组织，也包括这些器官的细胞或组织肿瘤。
在一个实施方案中，提供了在诊断或检测方法中使用的抗FAP抗体。在又一方面，提供了检测生物学样品中FAP的存在的方法。在某些实施方案中，该方法包括在容许抗FAP抗体结合FAP的条件下使生物学样品(任选有对照样品)与抗FAP抗体接触，如本文中所描述的，并检测是否在抗FAP抗体与FAP之间形成复合物。此类方法可以是体外或体内方法。在一个实施方案中，使用抗FAP抗体来选择适合用抗FAP抗体治疗的受试者，例如其中FAP是一种用于选择患者的生物标志。
可使用本发明的抗体来诊断的例示性病症包括与FAP表达有关的疾病，诸如癌症和某些炎性状况。
在一个方面，提供了诊断受试者中的疾病的方法，所述方法包括对所述受试者施用有效量的诊断剂，其中所述诊断剂包含本文所述抗FAP抗体和标记物，通常是成像剂，其容许检测所述诊断剂和FAP的复合物。
在某些实施方案中，提供了经标记的抗FAP抗体。标记物包括但不限于直接检测的标记物或模块(诸如荧光、发色、电子致密、化学发光、和放射性标记物)、及例如经由酶反应或分子相互作用间接检测的模块，诸如酶或配体。例示性的标记物包括但不限于放射性同位素32P、14C、125I、3H、和131I、荧光团诸如稀土螯合物或荧光素及其衍生物、罗丹明(rhodamine)及其衍生物、丹酰、伞形酮、萤光素酶，例如，萤火虫萤光素酶和细菌萤光素酶(美国专利No.4,737,456)、萤光素、2,3-二氢酞嗪二酮、辣根过氧化物酶(HRP)、碱性磷酸酶、β-半乳糖苷酶、葡糖淀粉酶、溶菌酶、糖类氧化酶，例如，葡萄糖氧化酶、半乳糖氧化酶、和葡萄糖-6-磷酸脱氢酶、杂环氧化酶诸如尿酸酶和黄嘌呤氧化酶(其与采用过氧化氢氧化染料前体的酶诸如HRP偶联)、乳过氧化物酶、或微过氧化物酶、生物素/亲合素、自旋标记物、噬菌体标记物、稳定的自由基、等等。
F.药物配制剂
通过混合具有期望纯度的此类抗体与一种或多种任选的药学可接受载体(Remington’s Pharmaceutical Sciences第16版,Osol,A.编(1980))混合以冻干配制剂或水性溶液形式制备如本文中所描述的抗FAP抗体的药物配制剂。一般地，药学可接受载体在所采用的剂量和浓度对接受者是无毒的，而且包括但不限于缓冲剂，诸如磷酸盐、柠檬酸盐、乙酸盐和其它有机酸；抗氧化剂，包括抗坏血酸和甲硫氨酸；防腐剂(诸如氯化十八烷基二甲基苄基铵；氯化己烷双胺；苯扎氯铵、苯索氯铵；酚、丁醇或苯甲醇；对羟基苯甲酸烃基酯，诸如对羟基苯甲酸甲酯或丙酯；邻苯二酚；间苯二酚；环己醇；3-戊醇；和间甲酚)；低分子量(少于约10个残基)多肽；蛋白质，诸如血清清蛋白、明胶或免疫球蛋白；亲水性聚合物，诸如聚乙烯吡咯烷酮；氨基酸，诸如甘氨酸、谷氨酰胺、天冬酰胺、组氨酸、精氨酸或赖氨酸；单糖、二糖和其它碳水化合物，包括葡萄糖、甘露糖或糊精；螯合剂，诸如EDTA；糖类，诸如蔗糖、甘露醇、海藻糖或山梨醇；成盐相反离子，诸如钠；金属复合物(例如Zn-蛋白质复合物)；和/或非离子表面活性剂，诸如聚乙二醇(PEG)。本文中的例示性的药学可接受载体进一步包含间质药物分散剂诸如可溶性中性活性透明质酸酶糖蛋白(sHASEGP)，例如人可溶性PH-20透明质酸酶糖蛋白，诸如rHuPH20(
Figure BDA0000964176760000741
Baxter International,Inc.)。某些例示性的sHASEGP和使用方法，包括rHuPH20记载于美国专利公开文本No.2005/0260186和2006/0104968。在一方面，将sHASEGP与一种或多种别的糖胺聚糖酶诸如软骨素酶组合。
例示性的冻干抗体配制剂记载于美国专利No.6,267,958。水性抗体配制剂包括那些记载于美国专利No.6,171,586和WO2006/044908的，后一种配制剂包含组氨酸-乙酸盐缓冲液。
本文中的配制剂还可含有超过一种所治疗具体适应症所必需的活性组分，优选那些活性互补且彼此没有不利影响的化合物。例如，如果要治疗的疾病是癌症的话，可能希望进一步提供一种或多种抗癌剂，例如化疗剂、肿瘤细胞增殖抑制剂、或肿瘤细胞凋亡激活剂。此类活性组分适于以有效用于所需目的的量而组合存在。
活性成分可包载于例如通过凝聚技术或通过界面聚合制备的微胶囊中(例如分别是羟甲基纤维素或明胶微胶囊和聚(甲基丙烯酸甲酯)微胶囊)，在胶状药物投递系统中(例如脂质体、清蛋白微球体、微乳剂、纳米颗粒和纳米胶囊)，或在粗滴乳状液中。此类技术披露于例如Remington′s Pharmaceutical Sciences,第16版,Osol,A.编(1980)。
可以制备持续释放制剂。持续释放制剂的合适的例子包括含有抗体的固体疏水性聚合物的半透性基质，该基质为成形商品形式，例如膜，或微胶囊。
用于体内施用的配制剂一般是无菌的。无菌性可容易地实现，例如通过穿过无菌滤膜过滤。
本文中所描述的分子可以为多种剂量形式，其包括但不限于液体溶液或悬浮液、片剂、丸剂、粉剂、栓剂、聚合物微胶囊或微泡、脂质体、和可注射或可输注溶液。优选的形式取决于施用模式和治疗应用，但是通常会是可注射或可输注溶液。
G.治疗性方法和组合物
可以在治疗性方法中使用本文中提供的任何抗FAP抗体或包含抗FAP抗体的药物组合物。
本文中提供的抗FAP抗体可用于治疗以FAP表达，特别是与相同细胞类型的正常组织相比的FAP异常表达(例如细胞中的过表达或不同样式的表达)为特征的疾病。与相同细胞类型的非肿瘤组织相比，FAP在许多人肿瘤中异常表达(例如过表达)。如此，本文中提供的抗FAP抗体特别可用于预防肿瘤形成、根除肿瘤和抑制肿瘤生长或转移。本文中提供的抗FAP抗体可用于治疗任何表达FAP的肿瘤。可通过本文中提供的抗FAP抗体来治疗的具体恶性肿瘤包括例如肺癌、结肠癌、胃癌、乳腺癌、头和颈癌、皮肤癌、肝癌、肾癌、前列腺癌、胰腺癌、脑癌、骨骼肌癌。
本文中公开的抗FAP抗体可用于抑制肿瘤生长或杀死肿瘤细胞。例如，抗FAP抗体能结合癌性细胞(肿瘤细胞或肿瘤基质细胞)的细胞膜或细胞表面上的FAP并引发例如ADCC或其它效应器来介导对癌性细胞的杀伤。
或者，抗FAP抗体可用于阻断FAP的功能，特别是通过物理上干扰它与其它化合物的结合。例如，抗原结合分子可用于阻断FAP的酶活性(例如丝氨酸肽酶、明胶酶、胶原酶活性)、FAP介导的ECM降解、和/或FAP介导的细胞侵入或迁移。
在一个方面，提供了作为药物使用的抗FAP抗体。在又一些方面，提供了在治疗以FAP表达为特征的疾病中使用的抗FAP抗体。在某些实施方案中，提供了在治疗方法中使用的抗FAP抗体。在某些实施方案中，本发明提供了在治疗具有以FAP表达为特征的疾病的个体的方法中使用的抗FAP抗体，所述治疗包括对个体施用有效量的抗FAP抗体。在一个此类实施方案中，所述方法进一步包括对个体施用有效量的至少一种别的治疗剂，例如如下文所描述的。在又一些实施方案中，本发明提供了在诱导细胞裂解中使用的抗FAP抗体。在某些实施方案中，本发明提供了在个体中诱导细胞裂解的方法中使用的抗FAP抗体，所述方法包括对个体施用有效量的抗FAP抗体以诱导细胞裂解。依照任何上述实施方案的“个体”优选是人。依照任何上述实施方案的“个体”优选是人。依照任何上述实施方案的“以FAP表达为特征的疾病”优选是癌症，最优选选自下组的癌症：肺癌，结肠癌，胃癌，乳腺癌，头和颈癌、皮肤癌，肝癌，肾癌，前列腺癌，胰腺癌，脑癌，骨骼肌癌。依照任何上述实施方案的“细胞”优选是肿瘤中存在的细胞，诸如肿瘤细胞或肿瘤基质细胞，最优选肿瘤细胞。依照任何上述实施方案的“FAP表达”优选是与相同细胞类型的正常组织相比，细胞中的异常表达，诸如过表达或不同样式的表达。
在又一方面，本发明提供了抗FAP抗体在制造或制备药物中的用途。在一个实施方案中，药物用于治疗以FAP表达为特征的疾病。在又一个实施方案中，所述药物用于治疗以FAP表达为特征的疾病的方法，包括对具有以FAP表达为特征的疾病的个体施用有效量的药物。在一个此类实施方案中，所述方法进一步包括对个体施用有效量的至少一种别的治疗剂，例如如下文所描述的。在又一个实施方案中，药物用于诱导细胞裂解。在又一个实施方案中，药物用于在个体中诱导细胞裂解的方法，所述方法包括对个体施用有效量的药物以诱导细胞裂解。依照任何上述实施方案的“个体”优选是人。依照任何上述实施方案的“以FAP表达为特征的疾病”优选是癌症，最优选选自下组的癌症：肺癌，结肠癌，胃癌，乳腺癌，头和颈癌、皮肤癌，肝癌，肾癌，前列腺癌，胰腺癌，脑癌，骨骼肌癌。依照任何上述实施方案的“细胞”优选是肿瘤中存在的细胞，诸如肿瘤细胞或肿瘤基质细胞，最优选肿瘤细胞。依照任何上述实施方案的“FAP表达”优选是与相同细胞类型的正常组织相比，细胞中的异常表达，诸如过表达或不同样式的表达。
在又一方面，本发明提供了治疗以FAP表达为特征的疾病的方法。在一个实施方案中，所述方法包括对具有此类以FAP表达为特征的疾病的个体施用有效量的抗FAP抗体。在一个此类实施方案中，所述方法进一步包括对个体施用有效量的至少一种别的治疗剂，如下文所描述的。在又一个实施方案中，本发明提供了用于在个体中诱导细胞裂解的方法。在一个实施方案中，所述方法包括对个体施用有效量的抗FAP抗体以诱导细胞裂解。依照任何上述实施方案的“个体”可以是人。依照任何上述实施方案的“以FAP表达为特征的疾病”优选是癌症，最优选选自下组的癌症：肺癌，结肠癌，胃癌，乳腺癌，皮肤癌，肝癌，肾癌，前列腺癌，胰腺癌，脑癌，骨骼肌癌。依照任何上述实施方案的“细胞”优选是肿瘤中存在的细胞，诸如肿瘤细胞或肿瘤基质细胞，最优选肿瘤细胞。依照任何上述实施方案的“FAP表达”优选是与相同细胞类型的正常组织相比，细胞中的异常表达，诸如过表达或不同样式的表达。
在又一方面，本发明提供了药物配制剂，其包含本文中提供的任何抗FAP抗体，例如在任何上述治疗性方法中使用的药物配制剂。在一个实施方案中，药物配制剂包含本文中提供的任何抗FAP抗体和一种或多种药学可接受载体。在另一个实施方案中，药物配制剂包含本文中提供的任何抗FAP抗体和至少一种别的治疗剂，例如如下文所描述的。
可以单独或与疗法中的其它药剂组合使用本发明的抗体。例如，可以与至少一种别的治疗剂共施用本发明的抗体。在某些实施方案中，别的治疗剂是抗癌剂，例如化疗剂、肿瘤细胞增殖的抑制剂、或肿瘤细胞凋亡的激活剂。
上文记录的此类联合疗法涵盖联合施用(其中两种或更多种治疗剂包含在相同或不同配制剂中)，和分开施用，在该情况中，可以在施用别的治疗剂和/或佐剂之前、同时、和/或之后进行本发明的抗体的施用。也可以与放射疗法组合使用本发明的抗体。
可以通过任何合适的手段，包括胃肠外、肺内、和鼻内，及若期望用于局部治疗的话，损伤内施用来施用本发明的抗体(和任何别的治疗剂)。胃肠外施用包括肌肉内、静脉内、动脉内、腹膜内、或皮下施用。静脉内施用通常是优选的。然而，预期腹膜内路径特别可用于例如治疗结肠直肠肿瘤。部分根据施用是短暂的还是长期的，剂量给药可以通过任何合适的路径，例如通过注射，诸如静脉内或皮下注射进行。本文中涵盖各种剂量给药日程表，包括但不限于单次施用或在多个时间点里的多次施用、推注施用、和脉冲输注。
本发明的抗体应当以一种符合良好的医学实践的方式配制、确定剂量及给药。关于这一点考虑的因素包括在治疗的特定病症、在治疗的特定哺乳动物、患者个体的临床状态、病因、药物递送部位、给药方法、服药日程以及其它为开业医生所知的因素。抗体无需但可任选地与一种或多种目前用于预防或治疗所述病症的药物一起配制。上述其它药物的有效量取决于配方中所存在的抗体的量、所治疗病症的类型、以及其它上述讨论的因素。这些药物通常以相同的剂量使用并具有本文中所描述的给药途径，或以约1-99％的本文所描述的剂量使用，或以任何剂量并通过任何途径使用，所述剂量和途径是凭经验确定的/经临床测定合适的。
为了预防或治疗疾病，本发明的抗体(当单独或与一种或多种其它别的治疗剂联合使用时)的合适剂量应取决于所要治疗的疾病的类型、抗体的种类、疾病的严重性和病程、所给予抗体的预防或治疗目的、之前的治疗、患者的临床史和对抗体的应答、以及主治医师的斟酌决定。抗体适合于在一次或一系列的治疗中给予患者。取决于疾病的类型和严重性，约1μg/kg-15mg/kg(例如0.1mg/kg-10mg/kg)的抗体可作为首次候选用量给予患者，无论是例如通过一次或多次单独的给药或通过连续输注。取决予上述提及的因素，一个典型的日剂量可在约1μg/kg-100mg/kg或更多的范围内。对于几天或更长时间的重复给药，取决于病情，治疗应通常持续直至出现病症得到期望的抑制为止。抗体以一种例示性剂量会在约0.05mg/kg至约10mg/kg的范围中。如此，可以对患者施用约0.5mg/kg、2.0mg/kg、4.0mg/kg或10mg/kg(或它们的任意组合)的一剂或多剂。上述剂量可间歇给予，如每周或每三周给予一次(如使得患者得到约2-约20个，或例如约6个剂量的抗体)。可给予初始较高的负荷剂量，接着给予一个或多个较低的剂量。然而，可使用其它给药方案。通过常规技术和测定方法易于监测该治疗的进展。
应当理解，可以使用本发明的抗体缀合物来替换抗FAP抗体，或者在抗FAP抗体之外还使用本发明的抗体缀合物来实施任何上述配制剂或治疗性方法。
H.制品
在本发明的另一方面，提供了一种制品，其含有可用于治疗、预防和/或诊断上文所描述的病症的材料。所述制品包含容器和容器上或与容器相连的标签或包装插页。合适的容器包括例如瓶、管形瓶、注射器、IV溶液袋、等等。容器可以由多种材料诸如玻璃或塑料形成。容器容纳单独或与另一种组合物组合有效治疗、预防和/或诊断状况的组合物，并且可以具有无菌存取口(例如，容器可以是具有由皮下注射针可穿过的塞子的管形瓶或静脉内溶液袋)。组合物中的至少一种活性剂是本发明的抗体。标签或包装插页指示使用组合物来治疗选择的状况。此外，制品可以包含(a)具有其中含有的组合物的第一容器，其中组合物包含本发明的抗体；和(b)具有其中含有的组合物的第二容器，其中组合物包含别的细胞毒性或其它方面治疗性的药剂。在本发明的此实施方案中的制品可以进一步包含包装插页，其指示可以使用组合物来治疗特定的状况。或者/另外，制品可以进一步包含第二(或第三)容器，其包含药学可接受缓冲液，诸如抑菌性注射用水(BWFI)、磷酸盐缓冲盐水、Ringer氏溶液和右旋糖溶液。它可以进一步包含从商业和用户观点看期望的其它材料，包括其它缓冲液、稀释剂、滤器、针、和注射器。
应当理解，任何上述制品可包括本发明的抗体缀合物来代替抗FAP抗体或作为对抗FAP抗体的补充。
III.实施例
下面是本发明的方法和组合物的实施例。要理解，鉴于上文提供的一般描述，可以实施各种其它实施方案。
实施例1
重组DNA技术
使用标准方法来操作DNA，如记载于Sambrook,J.et al.,Molecular cloning:Alaboratory manual；Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,NewYork,1989。依照制造商的说明书使用分子生物学试剂。通过双链测序测定DNA序列。在一些情况中，由Geneart AG(Regensburg,Germany)通过自动化基因合成自合成寡核苷酸和PCR产物制备期望的基因区段。将侧翼为单一限制性内切核酸酶切割位点的基因区段克隆入pGA18(ampR)质粒中。自经过转化的细菌纯化质粒DNA，并通过UV光谱术测定浓度。通过DNA测序确认亚克隆基因片段的DNA序列。基因区段设计成具有合适的限制性位点以容许亚克隆入相应表达载体中。
关于人免疫球蛋白轻和重链的核苷酸序列的一般信息见Kabat,E.A.et al.,(1991)Sequences of Proteins of Immunological Interest,Fifth Ed.,NIHPublication No 91-3242。为了表达，所有构建物含有编码将蛋白质靶向真核细胞中分泌的前导肽的5’端DNA序列。例示性前导肽和编码它们的多核苷酸序列见SEQ ID NO 323至331。
(糖工程化)抗体的制备
通过以符合预先插入相应接受体哺乳动物表达载体中的恒定重链或恒定轻链的读码框的方式亚克隆可变区，已经获得了完整抗体重和轻链DNA序列。由MPSV启动子驱动抗体表达，而且载体在CDS的3’端携带合成polyA信号序列。另外，每一种载体均含有EBV OriP序列。
通过使用磷酸钙转染用哺乳动物抗体表达载体共转染HEK293-EBNA细胞来生成抗体。通过磷酸钙方法转染指数式生长的HEK293-EBNA细胞。或者，通过聚乙撑亚胺转染悬浮生长的HEK293细胞。为了生成未修饰的非糖工程化抗体，只用抗体重和轻链表达载体以1:1的比例转染细胞。
为了生成糖工程化抗体，用两种额外的质粒(一种用于融合GnTIII多肽表达(GnT-III表达载体)，一种用于甘露糖苷酶II表达(高尔基甘露糖苷酶II表达载体))分别以4:4:1:1的比例共转染细胞。在T烧瓶中使用补充有10％FCS的DMEM培养基作为贴壁单层培养物培养细胞，并在它们介于50和80％汇合之间时转染。对于T150烧瓶转染，转染前24小时在25ml补充有FCS(最终10％V/V)的DMEM培养基中接种15x106个细胞，并将细胞在5％CO2气氛的温箱中于37℃放置过夜。对于每一个要转染的T150烧瓶，通过混合94μg总质粒载体DNA(在轻和重链表达载体之间等分)、水(至终体积469μl)和469μl 1M CaCl2溶液来制备DNA、CaCl2和水的溶液。对此溶液，添加938μl50mM HEPES、280mM NaCl、1.5mM pH 7.05的Na2HPO4溶液，立即混合10秒，并于室温静置20秒。用10ml补充有2％FCS的DMEM稀释悬浮液，并添加至T150替换现有的培养基。然后另外添加13ml转染培养基。将细胞于37℃、5％CO2温育约17至20小时，然后用25ml DMEM、10％FCS更换培养基。更换培养基后大约7天通过于210x g离心15分来收获条件化培养基，将溶液无菌过滤(0.22um滤器)，以终浓度0.01％w/v添加叠氮化钠，并保存于4℃。
通过亲和层析使用蛋白A(HiTrap ProtA,GE Healthcare)亲和层析自细胞培养物上清液纯化分泌的野生型或糖工程化岩藻糖基化抗体。简言之，用20mM磷酸钠、20mM柠檬酸钠pH 7.5平衡柱，加载细胞上清液，接着是20mM磷酸钠、20mM柠檬酸钠pH 7.5的第一清洗和13.3mM磷酸钠、20mM柠檬酸钠、500mM氯化钠pH 5.45的第二清洗。用20mM柠檬酸钠、100mM氯化钠、100mM甘氨酸pH 3洗脱抗体。在后续的HiLoad Superdex 200柱(GE Healthcare)上的大小排阻层析步骤中，将缓冲液更换成25mM磷酸钾、125mM氯化钠、100mM甘氨酸溶液pH 6.7或140mM氯化钠、20mM组氨酸pH 6.0，并收集纯的单体IgG1抗体。如果需要，在两个标准纯化步骤之间包括额外的阳离子交换层析步骤。
使用基于氨基酸序列计算的摩尔消光系数，通过测量280nm处的光密度(OD)来测定纯化的蛋白质样品的蛋白质浓度。通过还原剂(5mM 1,4-二硫苏糖醇)存在和缺失下的SDS-PAGE和考马斯染色(SimpleBlueTM SafeStain,Invitrogen)来分析抗体的纯度和分子量。依照制造商的说明书使用
Figure BDA0000964176760000812
预制凝胶系统(Invitrogen,USA)(4-20％Tris-甘氨酸凝胶或3-12％Bis-Tris)。使用Superdex 200 10/300GL分析级大小排阻柱(GEHealthcare,Sweden)在2mM MOPS、150mM NaCl、0.02％NaN3pH 7.3运行缓冲液中于25℃分析抗体样品的聚集体含量。通过肽-N糖苷酶F(Roche Molecular Biochemicals)酶处理消除N-聚糖后，通过NanoElectrospray Q-TOF质谱术来验证还原的抗体轻和重链的氨基酸主链的完整性。
野生型和糖工程化28H1、29B11、3F2和4G8人IgG抗体的纯化和分析结果显示于图15至22。产量见下表：
Figure BDA0000964176760000811
通过MALDI TOF-MS来分析附着至抗体Fc区的寡糖，如下所述。通过PNGaseF消化自抗体酶促释放寡糖。所得含有释放的寡糖的消化物溶液或是直接准备进行MALDI TOF-MS分析或是进一步用EndoH糖苷酶消化之后进行MALDI TOF-MS分析的样品制备。
(糖工程化)抗体的糖结构分析
为了测定含有岩藻糖和非岩藻糖(a-岩藻糖)的寡糖结构的相对比例，通过MALDI-Tof质谱术分析纯化的抗体材料释放的聚糖。将抗体样品(约50μg)与5mU N-糖苷酶F(QAbio；PNGaseF:E-PNG01)一起在2mM Tris pH 7.0中于37℃温育过夜以自蛋白质主链释放寡糖。为了测定聚糖，添加乙酸至终浓度150mM并于37℃温育1小时。对于通过MALDI TOF质谱术的分析，将2μL样品在MALDI靶上与2μL DHB基质溶液(在50％乙醇/5mM NaCl中以4mg/ml溶解的2,5-二羟基苯甲酸[Bruker Daltonics#201346])混合并用MALDI TOF质谱仪Autoflex II仪器[Bruker Daltonics]分析。例行地，记录50-300个射击，并合计为一次实验。通过flex analysis软件(Bruker Daltonics)评估获得的谱，并为检测到的每一个峰测定质量。随后，通过比较为各结构(例如分别为复合物、杂合物和寡或高甘露糖，有和无岩藻糖)计算质量和理论预期质量给峰指派含有岩藻糖或a-岩藻糖(非岩藻糖)的碳水化合物结构。
为了测定杂合物结构的比例，相伴地用N-糖苷酶F和内切糖苷酶H[QAbio；EndoH:E-EH02]处理抗体样品。N-糖苷酶F自蛋白质主链释放所有N连接聚糖结构(复合物、杂合物和寡和高甘露糖结构)，而内切糖苷酶H额外在聚糖还原末端处的两个N-乙酰基葡糖胺(GlcNAc)残基之间切割所有杂合物类型聚糖。随后以与上文关于N-糖苷酶F消化的样品所述相同的方式处理此消化物并通过MALDI TOF质谱术进行分析。通过比较来自N-糖苷酶F消化物和组合N-糖苷酶F/内切H消化物的样式，使用特定碳水化合物结构的信号的降低程度来估算杂合物结构的相对含量。自各结构的峰高度和检测的所有寡糖的峰高度之和的比例计算每一种碳水化合物结构的相对量。岩藻糖的量指含有岩藻糖的结构相对于N-糖苷酶F处理样品中鉴定的所有碳水化合物结构(例如分别为复合物、杂合物和寡和高甘露糖结构)的百分比。非岩藻糖基化的量指缺乏岩藻糖的结构相对于N-糖苷酶F处理样品中鉴定的所有碳水化合物结构(例如分别为复合物、杂合物和寡和高甘露糖结构)的百分比。
不同野生型和糖工程化抗FAP抗体的非岩藻糖基化程度见下表：
Figure BDA0000964176760000821
实施例2
通用Fab文库的构建
使用下述V域配对在人种系基因基础上构建Fab形式的通用抗体文库：Vk3_20卡帕轻链及VH3_23重链用于DP47-3文库，和Vk1_17卡帕轻链及VH1_69重链用于DP88-3文库。见SEQ ID NO 1和2。
这两个文库都在轻链CDR3(L3)和重链CDR3(H3)中随机化，而且通过交叠延伸剪接(splicing by overlapping extension,SOE)PCR每个文库自3个片段组装。片段1包含抗体基因5’端，包括随机化的L3，片段2是中央恒定片段，跨越L3至H3，而片段3包含随机化的H3和抗体基因的3’部分。
使用下述引物组合来生成DP47-3文库的文库片段：片段1(LMB3–LibL1b_new)，片段2(MS63–MS64)，片段3(Lib2H-fdseqlong)。见表3。使用下述引物组合来生成DP88-3文库的文库片段：片段1(LMB3–RJH_LIB3)，片段2(RJH31–RJH32)和片段3(LIB88_2-fdseqlong)。见表4。
表3
Figure BDA0000964176760000831
表4
Figure BDA0000964176760000832
Figure BDA0000964176760000841
用于生成文库片段的PCR方案包括：5分钟94℃初始变性；25个周期的1分钟94℃、1分钟58℃、和1分钟72℃；和10分钟72℃终末延伸。对于组装PCR，使用等摩尔比的3种片段作为模板。组装PCR方案包括：3分钟94℃初始变性；和5个循环的30秒94℃、1分钟58℃、和2分钟72℃。在这个阶段，添加与片段1-3外部的序列互补的引物，并再进行20个循环，之后是10分钟72℃终末延伸。
组装足够量的全长随机化Fab构建物后，将Fab构建物用NcoI/NotI(用于DP47-3文库)和用NcoI/NheI(用于DP88-3文库)消化，同时类似地处理受体噬菌粒载体。对于DP47-3文库，将22.8μg Fab文库与16.2μg噬菌粒载体连接。对于DP88-3文库，将30.6μg Fab文库与30.6μg噬菌粒载体连接。
将经过纯化的连接体系分别用于68次DP47-3文库转化和64次DP88-3文库转化以获得DP47-3最终库容量4.2x 1010和DP88-3最终库容量3.3x 109。挽救展示Fab文库的噬菌粒颗粒，并通过PEG/NaCl纯化进行纯化，用于选择。
实施例3
抗FAP克隆的选择(初次选择)
针对克隆在聚赖氨酸和6xhis标签上游的人或鼠成纤维细胞激活蛋白(FAP)胞外域进行选择。见SEQ ID NO:317和319。在选择前，根据选择的轮次将抗原以10μg/ml或5μg/ml的浓度包被入免疫管中。依照下述方案进行选择：(i)约1012个文库DP47-3噬菌粒颗粒对固定化的人或鼠FAP结合2小时；(ii)使用5x 5ml PBS/Tween20和5x 5ml PBS清洗免疫管；(iii)通过添加1mL100mM TEA(三乙胺)10分钟来洗脱噬菌体颗粒，并通过添加500μL 1MTris/HCl pH 7.4来中和；并(iv)再感染对数期大肠杆菌TG1细胞，用辅助噬菌体VCSM13感染，随后PEG/NaCl沉淀噬菌粒颗粒，用于后续的选择轮次。
使用渐降抗原浓度的人FAP进行超过3轮或4轮选择及在一些情况中在最后一轮选择中以5μg/ml使用鼠FAP。特异性结合物定义为信号比背景高5倍且通过ELISA来鉴定。用10μg/ml人或鼠FAP包被NUNC maxisorp板，接着添加含有Fab的细菌上清液，并使用抗Flag/HRP二抗经其Flag标签来检测特异性结合的Fab。
以96孔板型式作为1mL培养物由细菌表达ELISA阳性克隆，并使用BIACORE T100对上清液进行动力学筛选实验。通过表面等离振子共振来测量KD，即使用
Figure BDA0000964176760000851
T100机器(GE Healthcare)于25℃用通过胺偶联在CM5芯片上固定化的抗人F(ab’)2片段特异性捕捉抗体(Jackson ImmunoResearch#109-005-006)，并随后自细菌上清液或自经过纯化的Fab制备物捕捉Fab。简言之，依照供应商的说明书，用N-乙基-N’-(3-二甲基氨基丙基)-碳二亚胺盐酸盐(EDC)和N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)活化羧甲基化右旋糖酐生物传感器芯片(CM5,GE Healthcare)。将抗人F(ab’)2片段特异性捕捉抗体用10mM乙酸钠,pH 5稀释至50μg/ml，之后以流速10μl/min注射以实现大约多至10.000个响应单位(RU)的偶联捕捉蛋白。注射捕捉抗体之后，注射1M乙醇胺以封闭未反应的基团。对于动力学测量，以10μl/min注射来自细菌上清液的Fab或经过纯化的Fab 300秒，且解离300秒，以实现捕捉基线稳定化。捕捉水平在100–500RU的范围中。在一个后续步骤中，于25℃以流速50μl/min注射人或鼠FAP分析物，所述人或鼠FAP分析物是在HBS-EP+(GE Healthcare,10mM HEPES,150mM NaCl,3mMEDTA,0.05％Surfactant P20,pH 7.4)中或是以单一浓度或是以一系列浓度(取决于介于100nM和250pM之间的范围中的克隆亲和力)稀释的。结合时间为120或180秒，解离时间为300至600秒。通过以90μl/min注射甘氨酸pH 1.5达30秒，接着以相同流速注射NaOH达20秒来再生传感器的表面。使用简单一对一朗格缪尔结合模型(
Figure BDA0000964176760000852
T100评估软件或Scrubber软件(BioLogic))通过同时拟合结合和解离传感图来计算结合速率(kon)和解离速率(koff)。以比率koff/kon计算平衡解离常数(KD)。
实施例4
构建抗FAP亲和力成熟文库
在来自初次抗FAP选择的预先选定抗体基础上构建三个亲和力成熟文库。更精确地说，它们基于(i)抗人FAP克隆2D9(文库a.m.FAP2D9)(见SEQ ID NO:229和231)，(ii)抗鼠FAP克隆4B8(文库a.m.FAP4B8)(见SEQ ID NO:233和235)和(iii)交叉反应性克隆7A1、13B2、13C2、13E8、14C10和17A11(文库a.m.FAPpool)(见SEQ ID NO:237和239，对应于7A1的可变区序列；SEQ ID NO:241和243，对应于13C2的可变区序列；SEQ ID NO:245和247，对应于13E8的可变区序列；SEQ ID NO:249和251，对应于14C10的可变区序列；及SEQ ID NO:253和255，对应于17A11的可变区序列)。
每一个这些文库由两个子文库组成，分别在轻链CDR1和CDR2中(L1/L2)或在重链CDR1和CDR2中(H1/H2)随机化。在转化时合并这些子文库。通过四个扩增和组装后续步骤来构建每一个这些子文库。
对于L1/L2文库，扩增和组装方案包括：(i)扩增片段1(LMB3–DPK22_CDR1_rand_ba_opt)和片段2(DPK22_CDR1_fo–DPK22_Ck_BsiWI_ba)；(ii)使用外部引物LMB3和DPK22_Ck_BsiWI_ba组装片段1和2以创建片段3的模板；(iii)扩增片段3(LMB3–DPK22_CDR2_rand_ba)和片段4(DPK22_CDR2_fo–DPK22_Ck_BsiWI_ba)；并(iv)使用与上文相同的外部引物最终组装片段3和4。引物序列见表5。
表5
Figure BDA0000964176760000861
Figure BDA0000964176760000871
粗体：60％初始碱基和40％随机化成M
下划线：60％初始碱基和40％随机化成N
对于H1/H2文库，扩增和组装方案包括：(i)扩增片段1(RJH53–DP47_CDR1_rand_ba_opt)和片段2(DP47_CDR1_fo–MS52)；(ii)使用外部引物RJH53和MS52组装片段1和2以创建片段3的模板；(iii)扩增片段3(RJH53–DP47_CDR2_rand_ba)和片段4(DP47_CDR2_fo–MS52)；并(iv)使用与上文相同的外部引物最终组装片段3和4。引物序列见表6。
表6
Figure BDA0000964176760000872
粗体：60％初始碱基和40％随机化成M
下划线：60％初始碱基和40％随机化成N
最终组装产物分别用NcoI/BsiWI(用于a.m.FAP2D9和a.m.FAP4B8的L1/L2子文库)和MunI/NheI(用于a.m.FAP2D9和a.m.FAP4B8的H1/H2子文库)以及用NcoI/BamHI(用于a.m.FAPpool的L1/L2文库)和BspEI/PstI(用于a.m.FAPpool的H1/H2文库)消化，连同相似处理的分别基于克隆2D9、4B8或克隆7A1、13B2、13C2、13E8、14C10和17A11的等摩尔混合物的质粒制备物的受体载体。为各文库连接下述量的经消化的随机化(部分)V域和经消化的受体载体(μg V域/μg载体)：a.m.FAP2D9L1/L2子文库(5.7/21.5)，a.m.FAP2D9H1/H2子文库(4.1/15.5)，a.m.FAP4B8L1/L2子文库(6.5/24.5)，a.m.FAP4B8H1/H2子文库(5.7/21.5)，a.m.FAPpool L1/L2子文库(4.4/20)，a.m.FAPpool H1/H2子文库(3.4/15.5)。
对于3个亲和力成熟文库每一个，合并经过纯化的L1/L2和H1/H2子文库连接体系并用于60次转化，以获得最终库容量6.2x 109(对于a.m.FAP2D9)、9.9x 109(对于a.m.FAP4B8)和2.2x 109(对于a.m.FAPpool)。
构建别的抗FAP亲和力成熟文库(基于克隆3F2、3D9、4G8、4B3和2C6)
在自抗FAP抗体的第一亲和力成熟阶段预先选择的交叉反应性抗体(即克隆3F2、3D9、4G8、4B3和2C6；见SEQ ID NO:195和197，对应于3F2的可变区序列；SEQ ID NO:199和201，对应于3D9的可变区序列；SEQ ID NO:205和207，对应于4G8的可变区序列；SEQ ID NO:209和211，对应于4B3的可变区序列；SEQ ID NO:217和219，对应于2C6的可变区序列)的基础上构建了四个别的亲和力成熟文库。更精确地，这四个文库基于1)抗FAP克隆3F2、4G8和4B3(VH文库，在可变重链的CDR 1和2中随机化，即H1/H2文库)，2)抗FAP克隆3D9和2C6(VL文库在可变轻链的CDR 1和2中随机化，即L1/L2文库)，3)抗FAP克隆3F2(L3文库，在轻链的CDR3中软随机化(soft randomization)，即L3文库)和4)抗FAP克隆3F2(H3文库，在重链的CDR3中软随机化，即H3文库)。前两个文库以与对抗FAP抗体的第一亲和力成熟时分别对L1/L2和H1/H2文库所实施的方法完全相同的方式构建。比较而言，对于基于克隆3F2的L3和H3亲和力成熟文库，使用两种新引物在亲本克隆的L3(AM_3F2_DPK22_L3_ba：CACTTTGGTCCCCTGGCCGAACGT CGGGGGAAGCA TAATACCCTGCTGACAGTAATACACTGC，其中标有下划线的碱基为60％给定碱基和40％混合物N(四种核苷酸A、C、G、和T的混合物))和H3(AM_3F2_DP47_H3_fo：GGCCGTATATTACTGTGCG AAA GGG TGG TTT GGT GGT TTT AACTACTGGGGCCAAGGAAC，其中标有下划线的碱基为60％给定碱基和40％混合物N，斜体的碱基为60％给定碱基和40％G，而标有下划线的斜体的碱基为60％给定碱基和40％混合物K(两种核苷酸G和T的混合物))中引入软随机化。库容量如下：H1/H2文库(1.13x1010)，L1/L2文库(5.6x 109)，L3文库(2.3x 1010)和H3文库(2.64x 1010)。
实施例5
亲和力成熟抗FAP克隆的选择
针对克隆在聚赖氨酸和6xhis标签5’的人或鼠成纤维细胞激活蛋白(FAP)进行选择。见SEQ ID NO:317和319。在选择前，根据文库和选择的轮次将抗原以10μg/ml、5μg/ml或0.2μg/ml的浓度包被入免疫管中。依照下述方案进行选择：(i)约1012个文库FAP2D9、a.m.FAP4B8或a.m.FAPpool噬菌粒颗粒对固定化的人或鼠FAP结合2小时；(ii)使用10-20x5ml PBS/Tween20和10-20x 5ml PBS清洗免疫管(根据文库和选择的轮次)；(iii)通过添加1mL100mM TEA(三乙胺)10分钟来洗脱噬菌体颗粒，并通过添加500μL 1M Tris/HCl pH 7.4来中和；并(iv)再感染对数期大肠杆菌TG1细胞，用辅助噬菌体VCSM13感染，随后PEG/NaCl沉淀噬菌粒颗粒，用于后续的选择轮次。
进行超过2轮选择，并为3个文库每一个个别地调整条件。详细地说，选择参数为：a.m.FAP2D9(第1轮5μg/mL人FAP和总共20次清洗，第2轮1μg/mL人FAP和总共30次清洗)，a.m.FAP4B8(第1轮1μg/mL鼠FAP和总共30次清洗，第2轮0.2μg/mL人FAP和总共40次清洗)和a.m.FAPpool(第1轮5μg/mL人FAP和总共30次清洗，第2轮5μg/mL鼠FAP和总共30次清洗)。特异性结合物定义为信号比背景高5倍且通过ELISA来鉴定。用1μg/ml或0.2μg/ml人或鼠FAP包被NUNC maxisorp板，接着添加含有Fab的细菌上清液，并使用抗Flag/HRP二抗经其Flag标签来检测特异性结合的Fab。
以96孔板型式作为1mL培养物由细菌表达ELISA阳性克隆，并随后如上所述(见实施例3)使用BIACORE T100对上清液进行动力学筛选实验。
别的亲和力成熟抗FAP克隆的选择
针对克隆在6x赖氨酸和6x-his标签(见SEQ ID NO:317和319)上游的人和鼠成纤维细胞激活蛋白(FAP)胞外域进行选择。在选择前，根据文库和选择轮次将抗原以1μg/ml、0.2μg/ml或0.02μg/ml任一浓度包被入免疫管中。如关于抗FAP抗体第一亲和力成熟阶段所述进行选择和基于ELISA的筛选。使用ProteOn XPR36生物传感器(Biorad)进行二次筛选，并通过在相同仪器上分析亲和力纯化的Fab制备物来测定动力学速率常数和亲和力。使用ProteOn XPR36仪器(Biorad)通过表面等离振子共振，于25℃用在GLM芯片上固定化的抗人F(ab’)2片段特异性捕捉抗体(Jackson ImmunoResearch#109-005-006)及随后自细菌上清液或自纯化的Fab制备物捕捉Fab来测量KD。简言之，GLM生物传感器芯片(Biorad)用N-乙基-N’-(3-二甲基氨基丙基)-碳二亚胺盐酸盐(EDC)和N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)的新鲜制备混合物活化5分钟。抗人F(ab’)2片段特异性捕捉抗体用10mM乙酸钠pH 5.0稀释至24μg/ml，之后注射5分钟以实现大约多至10.000个响应单位(RU)的偶联捕捉抗体。注射捕捉抗体后，1M乙醇胺注射5分钟以封闭未反应基团。对于动力学测量，来自细菌上清液的Fab以流速30μl/min注射100秒。捕捉水平在250RU的范围中。在随后的一个捕捉中，于25℃以流速50μl/min注射人、鼠或猕猴FAP分析物在PBS/0.005％Tween-20中稀释的连续稀释液(两倍稀释，最高浓度25nM)。结合时间为240秒，解离时间为600至1800秒。通过以100μl/min注射0.85％H3PO430秒，接着以相同流速注射50mM NaOH 30秒来再生芯片。使用简单一对一Langmuir结合模型(ProteOn管理软件2.1版)通过同时拟合结合和解离传感图计算结合速率(kon)和解离速率(koff)。以比率koff/kon来平衡解离常数(KD)。
鉴定了下述亲和力成熟克隆：19G1(见SEQ ID NO:257和259)，20G8(见SEQ ID NO:281和263)，4B9(见SEQ ID NO:265和267)，5B8(见SEQ ID NO:269和271)，5F1(见SEQ IDNO:273和275)，14B3(见SEQ ID NO:277和279)，16F1(见SEQ ID NO:281和283)，16F8(见SEQID NO:285和287)，O3C9(见SEQ ID NO:289和291)，22A3(见SEQ ID NO:301和303)和29B11(见SEQ ID NO:305和307)(所有这些克隆都是自H1/H2文库选择的，而且是自亲本克隆3F2衍生的)，O2D7(见SEQ ID NO:293和295)(自基于亲本抗体3F2的L3文库选择)，和28H1(见SEQ ID NO:297和299)和23C10(见SEQ ID NO:309和311)(这两种克隆是自H1/H2文库选择的，而且是自亲本克隆4G8衍生的)。
图1至5显示选定的亲和力成熟的Fab结合固定化FAP的表面等离振子共振传感图，而表7给出推导的相应亲和力。选定的Fab跨越高亲和力范围(pM至nM范围)，而且对人(hu)和鼠(mu)FAP以及猕猴(cyno)FAP有交叉反应性，如对选定克隆测定的。将亲和力成熟的抗FAP Fab转变成Fab-IL2-Fab形式和IgG抗体，进行特异性分析。结合特异性通过不结合HEK293或CHO细胞上表达的DPPIV(是FAP的密切同源物)来显示(见实施例9)。
表7
Fab片段形式的亲和力成熟抗FAP抗体的动力学平衡常数(KD)(单价结合)的汇总
Figure BDA0000964176760000901
Figure BDA0000964176760000911
实施例6
结合FAP的Fab的IgG转变
将亲本3F2、4G8和3D9Fab和亲和力成熟3F2和4G8Fab衍生物转变成人IgG1形式、小鼠IgG2a形式和人IgG1形式。
完整抗体重和轻链DNA序列通过以符合预先插入不同接受体哺乳动物表达载体中的相应重和轻链恒定区读码框的方式亚克隆可变区来获得，或通过融合与接受体载体插入位点同源的短序列串来重组。依照来自Invitrogen的“In-Fusion Cloning System”实施重组。
在所有载体中由MPSV启动子驱动抗体表达，而且所有载体都在CDS 3’端携带合成polyA信号序列。另外，每种载体均含有EBV OriP序列。
实施例7
对抗FAP IgG抗体的Biacore分析
随后于25℃使用
Figure BDA0000964176760000912
T100仪器(GE Healthcare)通过表面等离振子共振(SPR)分析来测定并确认抗FAP Fab片段3F2、4G8和3D9以及人IgG1转变抗FAP抗体对人、鼠和猕猴FAP的亲和力。为此目的，通过固定化的抗His抗体(Penta His Qiagen 34660)来捕捉人、小鼠或猕猴FAP胞外域(SEQ ID NO317-322)，并使用抗体作为分析物。为了固定化，依照供应商的说明书，用N-乙基-N’-(3-二甲基氨基丙基)-碳二亚胺盐酸盐(EDC)和N-羟基琥珀酰亚胺(NHS)活化羧甲基化右旋糖酐生物传感器芯片(CM5,GE Healthcare)。将PentaHis抗体用10mM乙酸钠pH 5稀释至40μg/ml，之后以流速10μl/min注射以实现大约9000个响应单位(RU)的偶联蛋白质。注射配体之后，注射1M乙醇胺以封闭未反应的基团。
对于动力学测量，以10μl/min注射人、小鼠或猕猴FAP胞外域，10nM达20秒(对于Fab片段)或20nM达25秒(对于IgG)，并通过固定化的5xHis抗体经其His标签来捕捉。在HBS-EP+(GE Healthcare,10mM HEPES,150mM NaCl,3mM EDTA,0.05％Surfactant P20,pH 7.4)中于25℃以流速90μl/min注射抗体的连续稀释液(Fab片段是两倍连续稀释液，介于6.25nM至200nM之间的范围，或IgG是5倍连续稀释液，介于3.2pM至10nM之间的范围)。应用下述参数：结合时间180秒，解离时间300秒(用于Fab)或900秒(用于IgG)，在每个循环之间实施60秒10mM甘氨酸pH 2再生。通过同时拟合结合和解离传感图使用简单一对一Langmuir结合模型(
Figure BDA0000964176760000921
T100评估软件1.1.1版)计算结合速率(kon)和解离速率(koff)(模型参数为局部Rmax和RI＝0)。以比率koff/kon来计算平衡解离成熟(KD)。
表8给出结合的KD值。图6A-6C显示Fab片段的相应的基于SPR的动力学分析，图7A-7C显示IgG抗体的动力学分析。
表8
Fab片段和IgG形式的3F2、4G8和3D9抗FAP抗体的动力学平衡常数(KD)的汇总
构建物 人FAP 鼠FAP 猕猴FAP
IgG 3F2 亲合力：39pM 亲合力：29pM 亲合力：42pM
IgG 4G8 亲合力：51pM 亲合力：1pM 亲合力：59pM
IgG 3D9 亲合力：93pM 亲合力：96pM 亲合力：96pM
Fab片段3F2 亲和力：13nM 亲和力：14nM 亲和力：11nM
Fab片段4G8 亲和力：74nM 亲和力：7nM或更低 亲和力：56nM
Fab片段3D9 亲和力：133nM 亲和力：32nM 亲和力：143nM
实施例8
人肿瘤组织切片上抗FAP抗体3F2、4G8和3D9的结合
我们使用抗FAP抗体克隆3F2、4G8和3D9(作为小鼠IgG2a)实施了实验来检测和比较新鲜冷冻的人肿瘤组织(乳腺癌、结肠腺癌和NSCLC组织)中的FAP表达。
使用来自Roche TRS Pathology&Tissue Biomarkers肿瘤库的一种新鲜冷冻组织微阵列(TMA)(AST 274)，其含有30种不同肿瘤，每种两个点。含有10种侵入性乳腺导管癌、10种结肠直肠腺癌和10种非小细胞肺癌的TMA得自Asterand Ltd,Royston,UK。
对于免疫组织化学(IHC)染色，使用下述抗体：单克隆小鼠抗人FAP克隆3F2(15.8ng/ml，在Ventana抗体稀释剂中稀释)，单克隆小鼠抗人FAP克隆4G8(1000ng/ml，在Ventana抗体稀释剂中稀释)，和单克隆小鼠抗人FAP克隆3D9(1000ng/ml，在Ventana抗体稀释剂中稀释)。使用多克隆小鼠IgG2a(浓度100μg/mL)(提供者：DAKO，X0943，批号00058066)作为同种型对照。
在Ventana Benchmark XT仪器上使用Ventana Ultra-View检测试剂盒及HRP检测系统(含有Universal HRP Multimer，和DAB，用于染色)依照标准方案实施染色。用苏木精II(Ventana,Mayer′s Hematoxylin)和Blueing试剂(Ventana)进行复染色8分钟。
半定量分析TMA，并评估肿瘤组织中的总FAP表达(染色强度)以及FAP表达的定位。
用所有三种抗FAP抗体，能评估的所有肿瘤组织样品(乳腺癌、结肠直肠癌和肺癌)都在肿瘤的基质成分中显示出中等至强的染色FAP信号强度。每个肿瘤的10份样品中至少7份和抗体能评估。剩余样品不能评估，因为组织核心具有折叠伪像(folding artifacts)、只含有正常组织、或丢失。
正如预期的，FAP信号不变地定位于肿瘤的基质成分中。克隆3F2与克隆3D9和4G8之间信号强度有轻微差异。用克隆3D9和4G8看到了略微更强的信号，然而差异是微小的。
图8A-8D显示使用抗FAP小鼠IgG2a 3F2、3D9或4G8，或同种型对照抗体对FAP免疫组织化学染色的人肿瘤组织样品的代表性显微照片。
实施例9
抗FAP抗体对细胞上的FAP的结合
通过FACS测量人IgG1抗体3F2、4B3和4G8对稳定转染HEK293细胞上表达的人和鼠FAP的结合。简言之，将每孔150.000个细胞与指定浓度的抗FAP抗体3F2、4B3和4G8一起在圆底96孔板中于4℃温育30分钟，并用PBS/0.1％BSA清洗一次。使用FACS CantoII(SoftwareFACS Diva)用FITC偶联的AffiniPure山羊抗人F(ab’)2特异性F(ab’)2片段(JacksonImmuno Research Lab#109-096-097，工作溶液：在PBS/0.1％BSA中1:20稀释，新鲜制备)于4℃温育30分钟来检测结合的抗体。
结果显示于图9。测定了结合人和鼠FAP的半最大结合处的EC50值，并在表9中给出。
表9
抗Fab抗体对细胞上的FAP的结合(EC50值)
Figure BDA0000964176760000941
FAP抗体的特异性
为了评估噬菌体展示衍生抗体的结合特异性，对抗FAP人IgG1抗体3F2、4B3和4G8测量对稳定表达DPPIV(在健康组织上表达的一种FAP密切同源物)或HER2的HEK293细胞的结合。简言之，将每孔200.000个细胞(HEK293-DPPIV或HEK293-HER2作为对照)与30μg/ml抗FAP抗体3F2、4B3或4G8一起在圆底96孔板中于4℃温育30分钟，并用PBS/0.1％BSA清洗一次。曲妥单抗(抗HER2抗体)或藻红蛋白(PE)偶联的小鼠抗人抗CD26/DPPIV抗体(CD26＝DPPIV，小鼠IgG1,k，BD Biosciences，#555437，克隆M-A261)用作阳性对照。使用FACSCantoII(Software FACS Diva)用PE偶联的AffiniPure山羊抗人IgG Fcγ特异性F(ab’)2片段(Jackson Immuno Research Lab#109-116-170，工作溶液：在PBS/0.1％BSA中1:20稀释，新鲜制备)于4℃温育30分钟来检测结合的抗体。此实验的结果显示于图10。抗FAP抗体无一显示出显著的对DPPIV或HER2的结合，而是信号在阴性对照(仅二抗，同种型对照抗体，或根本没有抗体)的范围中。
抗FAP抗体对人成纤维细胞上的FAP的结合
通过FACS测量人IgG1抗体对人成纤维细胞细胞系GM05389(衍生自人胎肺，National Institute of General Medical Sciences，Camden，NJ)上表达的人FAP的结合。简言之，将每孔200.000个细胞与30μg/ml抗FAP抗体3F2或4G8一起在圆底96孔板中于4℃温育30分钟，并用PBS/0.1％BSA清洗一次。使用FACS CantoII(Software FACS Diva)用FITC偶联的AffiniPure山羊抗人IgG Fcγ特异性F(ab’)2片段(Jackson Immuno ResearchLab#109-096-098，工作溶液：在PBS/0.1％BSA中1:20稀释，新鲜制备)于4℃温育30分钟来检测结合的抗体。此实验的结果显示于图11。两种抗FAP抗体都强烈结合在人成纤维细胞上表达的FAP。
抗FAP抗体对人肿瘤细胞上的FAP的结合
通过FACS将人IgG1抗体对人成纤维细胞细胞系GM05389上和稳定转染HEK293细胞上表达的人FAP的结合与人癌细胞系ACHN、Colo205、MDA-MB231、MDA-MB435和KPL4上的FAP表达比较。
简言之，将每孔200.000个细胞与10μg/ml抗FAP抗体3F2或4G8一起在圆底96孔板中于4℃温育30分钟，并用PBS/0.1％BSA清洗一次。使用FACS CantoII(Software FACSDiva)用FITC偶联的AffiniPure山羊抗人F(ab’)2特异性F(ab’)2片段(Jackson ImmunoResearch Lab#109-096-097，工作溶液：在PBS/0.1％BSA中1:20稀释，新鲜制备)于4℃温育30分钟来检测结合的抗体。此实验的结果显示于图12。数据显示了抗体3F2和4G8特异性结合在成纤维细胞和稳定转染HEK293细胞上强烈过表达的FAP；而在ACHN、Colo205、MDA-MB231、MDA-MB435和KPL4人肿瘤细胞系上仅能检测到弱结合。
实施例10
通过FACS分析抗FAP抗体结合时的FAP内在化
对于本领域已知的几种FAP抗体，已经记载了它们在结合时诱导FAP内在化(记载于例如Baum et al.,J Drug Target 15,399-406(2007)；Bauer et al.,Journal ofClinical Oncology,2010ASCO Annual Meeting Proceedings(Post-Meeting Edition),vol.28(May 20Supplement),abstract no.13062(2010)；Ostermann et al.,Clin CancerRes 14,4584-4592(2008))。
如此，我们分析了我们的抗体的内在化特性。简言之，解离在EMEM培养基+15％FCS中培养的GM05389细胞(人肺成纤维细胞)，清洗，计数，检查存活力，并以0.2mio细胞/孔的密度在12孔板中接种。次日，在冷培养基中将FAP抗体4G8和3F2(图13A)或仅4G8(图13B)稀释至10μg/ml，在冰上让细胞冷却，并如所示地那样添加稀释的抗体(0.5ml/孔)或仅培养基。随后，将细胞在冷室中温和摇动下温育30分钟，接着添加0.5ml温的培养基，并将细胞于37℃进一步温育所示时间段。当达到不同时间点时，将细胞转移至冰，用冷PBS清洗一次，并于0.4ml二抗(Alexa Fluor 633偶联的山羊抗人IgG,Molecular Probes#A-21091,2mg/ml,1:500使用)一起于4℃温育30分钟。然后，将细胞用PBS/0.1％BSA清洗两次，转移至96孔板，于4℃以400x g离心4分钟，并通过漩涡震动来重悬浮细胞团粒。使用100μl 2％PFA固定细胞。对于FACS测量，将细胞在200μl/样品PBS/0.1％BSA中重悬浮，并以FACS CantoII(Software FACS Diva)中的板方案测量。这些实验的结果呈现于图13A和13B，而且显示了4G8和3F2抗FAP抗体不诱导成纤维细胞上的FAP内在化。
通过免疫荧光分析抗FAP抗体结合时的FAP内在化
在EMEM培养基+15％FCS中在玻璃盖玻片上培养GM05389细胞(人肺成纤维细胞)。处理前，将细胞用PBS清洗三次，并在EMEM培养基+0.1％BSA中饥饿2小时。将抗FAP抗体(4G8IgG)或抗CD20抗体(GA101，用作同种型对照)在冷的EMEM培养基中稀释至终浓度10μg/ml。饥饿后，在冰上冷却细胞，用冷PBS漂洗两次，并与稀释的抗体(0.5ml/孔)一起于4℃在恒定摇动下温育45分钟以容许表面结合。然后将细胞用冷PBS清洗两次，并且或是用冷PFA(T0，PBS pH 7.4中的4％低聚甲醛)固定或是在EMEM+10％FCS中于37℃进一步温育20分钟、1小时、3小时和6小时。在每一个时间点，将细胞用冷PBS清洗两次，并在冰上PFA固定20分钟。固定后，将细胞用冷PBS清洗四次，用Triton 0.03％透化，并与抗EEA1(早期内体标志物)抗体一起在封闭缓冲液(PBS+10％FCS)中于室温温育45分钟。然后，将细胞用PBS清洗三次，并与荧光标记的二抗(驴抗小鼠Alexa Fluor 594偶联的抗体，和山羊抗人Alexa Fluor488偶联的抗体)一起于室温进一步温育45分钟。最后，清洗细胞，并使用Immuno Mount封固介质在玻璃支持载玻片上封固。
图14A-14D呈现代表性免疫荧光图像，显示4℃45分钟(图14A)、37℃20分钟(图14B)、37℃1小时(图14C)或37℃6小时(图14D)抗FAP 4G8IgG结合后获得的GM05389肺成纤维细胞上的FAP质膜染色。作为同种型对照使用的抗CD20抗体GA101显示背景染色。EEA1标记早期内体。注意，抗FAP 4G8抗体结合后FAP表面质膜染色持续多至6小时。
实施例11
对亲和力成熟抗FAP IgG抗体的Biacore分析
将自3F2和4G8衍生的亲和力成熟抗FAP Fab片段转变成家兔IgG抗体。随后于25℃通过SPR分析(Biacore)来测定并确认亲和力成熟的基于3F2和4G8的家兔IgG1转变抗FAP抗体对人、鼠和猕猴FAP的亲和力。为此目的，通过固定化的抗His抗体(Penta His Qiagen34660)来捕捉人、小鼠或猕猴FAP胞外域(SEQ ID NO 317-322)，并使用抗体作为分析物。将IgG 1:5稀释，从10nM至3.2pM。应用下述参数：结合时间180秒，解离时间900秒，流动90μl/min。用10mM甘氨酸pH 2再生60秒。用1:1模型拟合曲线以得到KD值(R最大局部，RI＝0)。
实施例12
亲和力成熟的抗FAP抗体对细胞上的FAP的结合
通过FACS测量自4G8亲本抗体衍生的Alexa-647标记(1.83摩尔染料/摩尔蛋白质)的亲和力成熟人IgG1抗体28H1(1.89mg/ml)对稳定转染HEK293细胞上表达的人FAP的结合。简言之，将每孔200.000个细胞与指定浓度2μg/ml和10μg/ml亲本4G8和亲和力成熟28H1抗FAP抗体一起在圆底96孔板中于4℃温育30分钟，并用PBS/0.1％BSA清洗一次。使用FACSCantoII(Software FACS Diva)于4℃温育30分钟来检测结合的抗体。数据显示了两种抗体都强烈结合经人FAP转染的HEK293细胞(图23)。
实施例13
亲和力成熟的抗FAP抗体对人成纤维细胞上的FAP的结合
通过FACS测量自3F2衍生的亲和力成熟人IgG1抗体对人成纤维细胞细胞系GM05389(衍生自人胎肺，National Institute of General Medical Sciences，Camden，NJ)上表达的人FAP的结合。简言之，将每孔200.000个细胞与30μg/ml亲和力成熟3F2抗FAP抗体一起在圆底96孔板中于4℃温育30分钟，并用PBS/0.1％BSA清洗一次。使用FACSCantoII(Software FACS Diva)用FITC偶联的AffiniPure山羊抗人IgG Fcγ特异性F(ab’)2片段(Jackson Immuno Research Lab#109-096-098，工作溶液：在PBS/0.1％BSA中1:20稀释，新鲜制备)于4℃温育30分钟来检测结合的抗体。测定半最大结合处结合人和鼠FAP的EC50值。
实施例14
由糖工程化抗FAP IgG1抗体介导的抗体依赖性细胞介导的细胞毒性
如实施例1所述，通过共转染编码GnTIII和ManII的质粒来糖工程化改造自4G8或3F2衍生的针对FAP的人IgG1抗体。随后，在ADCC测定法中对糖工程化亲本4G8和3F2和亲和力成熟28H1人IgG1抗体比较它们介导卓越的抗体介导的细胞的细胞毒性的潜力，与它们的非糖工程化野生型形式比较。简言之，收集作为靶细胞的经人FAP稳定转染的HEK293细胞，在培养基中清洗和重悬浮，用新鲜制备的钙黄绿素AM(Molecular Probes)于37℃染色30分钟，清洗三次，计数，并稀释至300.000个细胞/ml。将此悬浮液转移至圆底96孔板(30.000个细胞/孔)，添加相应抗体稀释液，并温育10分钟以推动测试抗体结合细胞，之后与效应细胞接触。对于PBMC，效应细胞对靶细胞的比为25比1。共温育实施4小时。作为读出值，测定受到攻击的细胞破裂后释放入上清液的乳酸脱氢酶(LDH)。自共培养上清液收集LDH，并用LDH检测试剂盒(Roche Applied Science)分析。用ELISA吸光度阅读仪(SoftMaxPro软件，参照波长：490nm对650nm)测量LDH酶的底物转变。如图24所示，测试的所有抗FAP抗体都能够对HEK293-hFAP细胞诱导ADCC。糖工程化(ge)形式的性能始终优于对应的野生型(wt)非糖工程化形式。
* * *
虽然出于清楚理解的目的，前述发明已经作为例示和例子相当详细地进行了描述，但是说明书和实施例不应解释为限制本发明的范围。通过提及而明确将本文中引用的所有专利和科学文献的公开内容完整收录。
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Claims (14)

1.一种特异性结合成纤维细胞激活蛋白(FAP)的抗体片段，其中所述抗体片段包含(i)SEQ ID NO:267的重链可变区和SEQ ID NO:265的轻链可变区，或(ii)SEQ ID NO:299的重链可变区和SEQ ID NO:297的轻链可变区，其中所述抗体片段选自下组：scFv片段，Fv片段，Fab片段，和F(ab’)2片段。
2.一种或多种分离的多核苷酸，其编码依照权利要求1的抗体片段的抗体重链和抗体轻链。
3.一种载体，其包含权利要求2的多核苷酸。
4.一种宿主细胞，其包含权利要求2的多核苷酸或权利要求3的载体。
5.一种生成特异性结合成纤维细胞激活蛋白(FAP)的抗体片段的方法，所述方法包括
a)在容许该抗体片段表达的条件下在培养基中培养权利要求4的宿主细胞，和
b)回收该抗体片段。
6.一种特异性结合FAP的抗体片段，其中所述抗体片段通过权利要求5的方法来生成。
7.一种抗体偶联物，其包含权利要求1或6的抗体片段和细胞毒剂。
8.一种抗体，其包含权利要求1或6的抗体片段和人IgG1 Fc区。
9.一种药物组合物，其包含权利要求1或6的抗体片段、权利要求7的抗体偶联物、或权利要求8的抗体，和药学可接受载体。
10.权利要求9的药物组合物，其进一步包含别的治疗剂。
11.权利要求1或6的抗体片段、权利要求7的抗体偶联物、或权利要求8的抗体在制造用于治疗乳腺癌、结肠癌、肾癌或肺癌的药物中的用途。
12.权利要求11的用途，其中所述治疗进一步包括施用别的治疗剂。
13.一种诊断剂，其包含权利要求1或6的抗体片段和标记物，该标记物容许检测所述诊断剂和FAP的复合物。
14.权利要求1或6任一项的抗体片段在制备用于诊断个体中的乳腺癌、结肠癌、肾癌或肺癌的诊断剂中的用途，其中所述诊断剂包含权利要求1或6任一项的抗体片段和标记物，该标记物容许检测所述诊断剂和FAP的复合物。
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