Ecbu 1471182

UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
ED N°2a
Diagnostic bactériologique des

infections urinaires
ECBU
Mise à jour le:

Objectif et prérequis
Objectif
•Savoir interpréter les résultats d'un examen
cytobactériologique des urines
Prérequis
•Cours 4 et 5, le monde bactérien
•Cours 28, antibiotiques: mécanisme d’action, mécanisme
de résistance
•Polycopié des TP page 28: les principales familles
d’antibiotiques

Mme D., 32 ans, consulte pour des
brûlures mictionnelles
• Pas d’antécédent médico-chirurgical

• Pas de traitement en cours
• Apparition brutale de brûlures mictionnelles la veille
• Pas de fièvre
• Pas de douleur lombaire
Quel diagnostic évoquez-vous?

Cystite aiguë
• Infection uniquement vésicale
• ≠ Pyélonéphrite aiguë
• Atteinte du parenchyme rénal
• Clinique: fièvre ± frissons, douleur de la fosse lombaire irradiant
vers le pubis
Quel est le mécanisme physiopathologique habituel des

infections urinaires communautaires?
Quelles sont les bactéries habituellement responsables?

Physiopathologie des IU
• Colonisation ascendante des voies

urinaires par des bactéries possédant
des facteurs de virulence spécifiques:
(adhésines, sidérophores )
• Femme : la longueur réduite de l’urètre

favorise l’infection
• Femme enceinte : facteurs favorisants

supplémentaires (diminution des défenses
immunitaires, compression de l’urètre par l’utérus,
imprégnation progestative)

Espèces bactériennes responsables
d’infections urinaires
Examen direct
Famille Espèce %
(coloration de Gram)
Escherichia coli 68
Proteus mirabilis 8
Entérobactéries 84%
Bacilles Gram négatif Klebsiella sp 5
Autres entérobactéries 3
Pseudomonadaceae Pseudomonas aeruginosa 1
Enterococcus 5
Cocci Gram positif (E. faecium, E. faecalis)
Streptococcaceae
en chainettes Streptocoques B
3
(Streptococcus agalactiae)
Cocci Gram positif en Staphylococcus aureus 3

Micrococcaceae
amas S. saprophyticus 3
Autres bactéries 1

Quel examen pour confirmer le
diagnostic?
• Examen Cyto-Bactériologique des Urines (ECBU)
• Il permet de mettre en évidence:

• Une réaction inflammatoire (cytologie : leucocytes)
• Des bactéries dans l’urine vésicale (physiologiquement stérile)
• Pyélonéphrites aiguës: hémocultures + ECBU
Comment bien réaliser un ECBU?

ECBU – Conditions de recueil
• Conditions standardisées pour :

• Eviter une contamination de l’échantillon (bactéries commensales de
l’urètre et du périnée)
• Eviter une multiplication ou une destruction des bactéries
• Permettre une conservation des leucocytes
• 1ères urines du matin de préférence (concentrées)
• Toilette soigneuse du méat urinaire (femme +++)
• Urine de milieu de jet
• Avant tout traitement antibiotique
• Transport rapide au labo (conservation 2h à T° ambiante, <24h à +4°C)

ECBU – Conditions de recueil
• Situations modifiant les critères d’interprétation

(conditions de recueil différentes) :
– Poche stérile adhésive chez le jeune enfant
– Doit être laissée en place moins de 30 min
– Fort risque de contamination
– Seule une urine négative est facilement interprétable, tout urine
positive prélevée ainsi, devrait être contrôlée++
– Recueil sur sonde urinaire (réanimation, incontinence, …)

– Leucocyturie ininterprétable
– Possible contamination de la sonde sans infection

Analyse d’un ECBU – J0
1. Cytologie quantitative
- Leucocytes
- Hématies
Par mm3 ou ml attention aux unités!!!!
2. Frottis →Coloration de Gram →Examen au microscope

- Présence de germes
- Morphologie et coloration
3. Ensemencement quantitatif++ sur milieu chromogène

- 10 µL (öse calibrée)
- Incubation 24h à 37°C
- Permet la culture des Gram+ et des Gram-

Interprétation à J0
Les normes : leuco <104/ml et abs de germe
•exemples
∙ 105 leucocytes/ml ET nombreux bacilles Gram négatif
→ Infection probable
∙Traitement antibiotique probabiliste
∙ 104 leucocytes/ml et plusieurs types de germes au Gram

∙Souillure probable
→ Refaire ECBU

• Numération des bactéries sur les cultures
• 1 colonie = 102 bactéries/mL
• Identification bactérienne
• Orientation si identification par les caractères biochimiques (galerie
API) grâce aux milieux chromogènes
• Identification définitive si identification par

spectrométrie de masse (Maldi-Tof)
• Réalisation d’un antibiogramme

• Interprétation à J1
Leucocyturie/mL Bactéries/mL Interpretation
< 104 < 104 Pas d'infection

≥ 104 ≥ 105 Infection urinaire
Bactériurie sans leucocyte

∙ Contamination du prélèvement surtout si plusieurs espèces
< 104
10 – 10
4 5 ∙ Infection débutante
∙ Infection sur terrain particulier : femme enceinte, nourrisson, diabétique ou
aplasique, immunodéprimé
Un nouveau prélèvement est nécessaire
Leucocyturie sans germe

∙ Infection décapitée par traitement antibiotique
∙ Sécrétions génitales
≥ 104 < 104 ∙ Tuberculose urinaire : bactéries ne cultivent pas sur les milieux usuels (Cf. cours
sur les mycobactéries).
∙ Urétrite (Chlamydiae, mycoplasme), donnant signes de cystite chez la femme
∙ Réaction inflammatoire d'origine non infectieuse (traumatisme ou tumeur)

• Identification bactérienne complète
E. coli
• Antibiogramme
50 % des E. coli : producteurs de pénicillinase

résistance à l ’ampicilline
Vérifier la sensibilité du germe à l’antibiotique

initialement prescrit +++

ECBU – Indications
• L’ECBU est indiqué pour le diagnostic initial

• Des cystites aigues compliquées
• Des cystites récidivantes
• Des pyélonéphrites aigues simples et compliquées
• Des prostatites
• Diagnostic initial des cystites aigues simples

• L’ECBU n’est PAS indiqué pour le diagnostic
• Le seul examen complémentaire recommandé est le test par la
bandelette urinaire (BU)

Place des bandelettes urinaires
• Détection
• Leucocyte estérase produite par les PNN
» Négatifs: infection débutante, neutropénie
» Faux négatifs: urine diluée, Vitamine C
» Faux positifs: urétrites, inflammation non infectieuses (sonde urinaire +++)
• Nitrites produits par les bactéries (nitrate réductase)
» Négatifs: germes en faible nombre ou non producteur de nitrate reductase
(Enterococcus, S. saprophyticus, Pseudomonas, Acinetobacter, Candida)
» Faux négatifs: Régime végétarien, Vitamine C, pH urinaire < 6
» Faux positifs: mauvaise conservation de l’échantillon
•Si les 2 tests sont négatifs: pas d’ECBU (VPN = 95% )

• Si 1 des 2 tests est positif : faire un ECBU
• Exception : ECBU d’emblée, sans BU préalable :
- Chez les patients à risque de complications (femmes enceintes, diabétiques,
neutropéniques)
- En cas de sondage urinaire

Traitement
• Entérobactéries (BGN)
• β-lactamines (pénicillines et céphalosporines)
– Résistance naturelle aux Pénicillines G et M (imperméabilité)
– E. coli : 50% de résistance acquise à l’ampicilline/amoxicilline
• Autres antibiotiques
– fluoroquinolones, fosfomycine, bactrim, aminosides
Traitement de la cystite aiguë

• 1re intention : Fosfomycine Traitement de la pyélonéphrite aiguë
• 2ième intention: Fluoroquinolone ou • Céphalosporine de 3e génération
Nitrofurantoïne injectable ou fluoroquinolone per os
•Traitement minute possible pour la • + aminoside si sepsis grave
fosfomycine et les fluoroquinolones si
femme jeune non-enceinte sans facteurs de
risques
• Entérocoques (Cocci à Gram + en chainette)

• Résistance naturelle aux céphalosporines+++, bactrim et quinolones
• Traitement par amoxicilline

Traitement
• Règles hygiéno-diététiques
• Mictions fréquentes
• Diurèse abondante
• Traitement d’une constipation
• Contrôle de l’ECBU
• Non recommandé dans les cystites aiguës et les pyélonéphrites aiguës simples
• Sauf en cas de persistance des symptômes 72h après le début du traitement
• Recommandé dans les pyélonéphrites aiguës compliquées (48h à 72h après le début du
traitement et 4 à 6 semaines après la fin du traitement)

A retenir
• L’ECBU est un examen simple et peu coûteux
• Il peut donner une première indication dès le 1er jour
• Les bactéries les plus fréquemment rencontrées sont des

Entérobactéries (E. coli +++)
• L’infection urinaire est très fréquente, généralement peu

grave... sauf chez certains patients à risque.

L’ECBU
dans ses différentes étapes
Urines de milieu de jet
Examen cytologique Examen bactériologique Ensemencement

(Öse calibrée 10 µL)
J0
Quantitatif Qualitatif
Leucocyturie Germes
Dénombrement,
différenciation et
J1 à 2 identification des
colonies
Antibiogramme(s)
J2 à 3 éventuel(s)

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• Pas d’antécédent médico-chirurgical

Quel diagnostic évoquez-vous?

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• Infection uniquement vésicale

Quel est le mécanisme physiopathologique habituel des

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• Colonisation ascendante des voies

• Femme : la longueur réduite de l’urètre

• Femme enceinte : facteurs favorisants

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Cocci Gram positif en Staphylococcus aureus 3

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• Examen Cyto-Bactériologique des Urines (ECBU)

• Il permet de mettre en évidence:

• Pyélonéphrites aiguës: hémocultures + ECBU

Comment bien réaliser un ECBU?

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• Conditions standardisées pour :

• 1ères urines du matin de préférence (concentrées)

• Toilette soigneuse du méat urinaire (femme +++)

• Urine de milieu de jet

• Avant tout traitement antibiotique

• Transport rapide au labo (conservation 2h à T° ambiante, <24h à +4°C)

UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

• Situations modifiant les critères d’interprétation

– Recueil sur sonde urinaire (réanimation, incontinence, …)

UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

2. Frottis →Coloration de Gram →Examen au microscope

3. Ensemencement quantitatif++ sur milieu chromogène

UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

∙ 104 leucocytes/ml et plusieurs types de germes au Gram

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• Identification définitive si identification par

• Réalisation d’un antibiogramme

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Leucocyturie/mL Bactéries/mL Interpretation

< 104 < 104 Pas d'infection

Bactériurie sans leucocyte

Leucocyturie sans germe

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50 % des E. coli : producteurs de pénicillinase

Vérifier la sensibilité du germe à l’antibiotique

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• L’ECBU est indiqué pour le diagnostic initial

• Diagnostic initial des cystites aigues simples

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•Si les 2 tests sont négatifs: pas d’ECBU (VPN = 95% )

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Traitement de la cystite aiguë

• Entérocoques (Cocci à Gram + en chainette)

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• Traitement d’une constipation

• Sauf en cas de persistance des symptômes 72h après le début du traitement

UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux

• L’ECBU est un examen simple et peu coûteux