Acides Aminés
Acides Aminés
Acides Aminés
BEKARA A
Ces deux fonctions sont portées par une atome de carbone α. ainsi les acides aminés diffèrent
par la chaine latérale
Il existe plus de 300 acides aminés mais seules 20 composent les protéines naturelles
(d’origine : virale, bactérienne, animale ou végétale)
1
Module de Biochimie 1 er année Médecine (UHBC)2023-2024 Dr. BEKARA A
3. Classification
Les acides aminés qui forment les protéines peuvent être classés selon :
2
Module de Biochimie 1 er année Médecine (UHBC)2023-2024 Dr. BEKARA A
3
Module de Biochimie 1 er année Médecine (UHBC)2023-2024 Dr. BEKARA A
4
Module de Biochimie 1 er année Médecine (UHBC)2023-2024 Dr. BEKARA A
4. Nomenclature :
5
Module de Biochimie 1 er année Médecine (UHBC)2023-2024 Dr. BEKARA A
Les énantiomères sont optiquement actifs donc ils possèdent une action sur la lumière
polarisée :
L’un dévie le plan de polarisation à droite : il est dextrogyre (+) c’est le cas de la
plupart des acides aminés
L’autre le dévie à gauche : il est lévogyre (-)
5.4. Absorption dans l’ultra-violet :
Les solutions des acides aminés sont incolores mais ils absorbent la lumière dans l’ultra-violet
< 230 nm. Ainsi les acides aminés aromatiques absorbent les rayonnements entre 260 et 280
nm.
6
Module de Biochimie 1 er année Médecine (UHBC)2023-2024 Dr. BEKARA A
5.5. Ionisation :
À un pH acide (en excès de H+) : le groupement aminé peut fixer un proton (H+) et
s’ionise sous forme de cation–NH3+ chargé positivement, l'ensemble ayant une charge
électrique globale +1
À un pH alcalin (en excès d’OH-) : le groupement carboxyle peut céder un proton et
s’ionise en –COO– chargé négativement l'ensemble ayant une charge électrique globale
–1.
À un pH proche du pHi : le groupe carboxylate –COO– chargé négativement et un
groupe ammonium –NH3+chargé positivement, l'ensemble étant globalement neutre :
ion dipolaire ou Zwitterion charge nette est nulle = 0
5.5.1. Le zwitterion : est une forme neutre qui possède autant de charges positives que
de charges négatives
5.5.2. Le pHi : pH isoélectrique ou point isoélectrique : c’est le pH pour lequel on a un
ion dipolaire ou zwitterion de charge nulle, ne migrant pas dans un champ électrique.
Chaque acide aminé possède un pHi propre à lui.
Le pHi se calcule comme suit :
Les pK sont les pH pour laquelle 50% des molécules sont ionisées et 50% sont non ionisées
ainsi au pK COOH il y a 50% de –COOH et 50% de-COO-, au pKNH2 il y a 50% de –NH2 et 50%
de –NH3+
Au pHi, la charge de l’acide aminé est nulle ; lorsqu’il est placé dans un champ
Si pH < pHi : l’acide aminé est chargé positivement et il migre vers la cathode.
Si pH > pHi : l’acide aminé est chargé négativement et il migre vers l’anode.
En cas d’un acide aminé acide ou basique : troisième pK qui correspond au pK du groupement
radical (pKr).
8
Module de Biochimie 1 er année Médecine (UHBC)2023-2024 Dr. BEKARA A
Un acide aminé se lie par son groupement carboxyle au groupement aminé d’une autre molécule
pour former un amide.
Le groupement COOH d’un acide aminé en présence d’un alcool (méthanol par exemple)
dans un milieu acide forme un ester.
6.1.3. Décarboxylation
Cette réaction est obtenue par un chauffage de l’échantillon dans un solvant (Hydroxyde de
baryum) ou par voie enzymatique (décarboxylases). Elle conduit à la formation des amines avec
propriétés particulières
9
Module de Biochimie 1 er année Médecine (UHBC)2023-2024 Dr. BEKARA A
Exemple :
En présence d’une base « KOH » ou NaOH, les acides aminés forment des sels.
C’est une réaction de transfert réversible du groupement aminé entre un acide aminé et un acide
α-cétonique. Cette réaction est catalysée par une aminotransférase (AT) (plus de détails dans le
métabolisme des acides aminés)
6.2.2. Désamination :
10
Module de Biochimie 1 er année Médecine (UHBC)2023-2024 Dr. BEKARA A
Le 1-fluoro 2,4-dinitrobenzéne (DNB) réagit facilement avec les fonctions amines pour
former un dérivé N-2,4- dinitrophénylé. Ce composé jaune est identifié facilement par
chromatographie et doser par spectrophotométrie à 360 nm.
11
Module de Biochimie 1 er année Médecine (UHBC)2023-2024 Dr. BEKARA A
Le phényl-isothiocyanate réagit avec les acides aminés pour former des dérivés facilement
détectables dans l’UV. Cette réaction est utilisée pour déterminer la séquence de protéine
(Réaction d’Edman).
12
Module de Biochimie 1 er année Médecine (UHBC)2023-2024 Dr. BEKARA A
Remarque :
Cette réaction détecte les acides aminés primaires mais la proline est le seul Aa qui devient
jaune (440nm) avec la ninhydrine car il réagit partiellement du fait de sa fonction amine
secondaire.
13
Module de Biochimie 1 er année Médecine (UHBC)2023-2024 Dr. BEKARA A
b) Réactif d’Ellman
Pour accéder au dosage des thiols (R-S-H), il faut ajouter au milieu réactionnel le réactif
d’Ellman (Dithionitrobenzoate) qui réagit avec ces groupements pour donner un composé de
couleur jaune facilement mesurable à 412 nm.
Glycosylation
14
Module de Biochimie 1 er année Médecine (UHBC)2023-2024 Dr. BEKARA A
7.1. Électrophorèse :
C’est un technique de séparation des molécules chargées sous l’effet d’un champ électrique
L’échantillon à analyser doit être placé sur un support et dans un tampon où il va se déplacer
sous l’influence d’un champ électrique (e-)
Le SDS attribue une charge négative à toutes les protéines donc la séparation se fait
selon la taille.
Le béta Mercaptoéthanol rompe les ponts disulfures, donc il diminue l’importance de
la taille.
7.1.2. Types d’électrophorèse :
a) Iso électrophorèse (ou bien isoélectrofocalisation) :
La séparation se fait selon le point isoélectrique sur gel de polyacrylamide avec gradient de
pH stabilisé
Les molécules migrent vers l’anode ou la cathode jusqu’à ce qu’elles attiennent une
position dans le gradient de pH où leur charge devient nulle.
15
Module de Biochimie 1 er année Médecine (UHBC)2023-2024 Dr. BEKARA A
Phase stationnaire : phase fixe soit sur la surface intérieure d'une colonne soit sur une
surface plane.
Phase mobile : phase qui se déplace à travers la phase stationnaire, en entraînant les
analytes. La phase mobile ne doit pas interagir avec la phase stationnaire mais
uniquement avec les analytes.
7.2.2. Chromatographie sur couche mince (CCM)
Le mélange à étudier est ensuite posé à environ 1 cm du bord puis placé dans une cuve
contenant l’éluant. Le niveau de l’éluant devant être en dessous du produit déposé. La cuve de
chromatographie est ensuite refermée par un couvercle. L’éluant migre sur la plaque de silice
par capillarité et entraîne les composés du mélange étudié
La plaque de chromatographie est lue directement si les composés sont visibles (colorés), ou
placée sous une lumière UV s’ils sont fluorescents. Ils peuvent également être révélés en
pulvérisant un révélateur dont le résultat sera coloré.
16
Module de Biochimie 1 er année Médecine (UHBC)2023-2024 Dr. BEKARA A
17