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    Coproculture

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    Fodié Aly Camara
    Ce document décrit la méthodologie de la coproculture, qui est la recherche de bactéries pathogènes dans les selles. Il explique les bactéries recherchées, les indications de la coproculture, le prélèvement des selles, l'étude au laboratoire incluant la culture et l'identification des bactéries, et d'autres recherches possibles comme Campylobacter jejuni et Clostridium difficile.

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    Coproculture (1)

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    Coproculture

    Pr. A. Iyane SOW


    Bactériologie – Virologie
    Objectifs pédagogiques

     Citer les bactéries entéropathogènes


    recherchées dans les selles

     Expliquer les modalités de recueil, de transport


    et de conservation des selles

     Décrire la méthodologie de la coproculture


    1. Généralités
    Recherche de bactéries pathogènes dans les
    selles, produit pathologique polymicrobien

     Bactéries recherchées :
    - Salmonella
    - Shigella
    - Vibrio
    - Escherichia coli
    - Campylobacter
     Flore commensale digestive :
    Densité flore : 1012 germes/1g selles

    / Bactéries résidentes
    - anaérobies > 90%
    - aérobies : EB (E. coli) , Enterococcus …
    / Bactéries de « passage »
    - Staphylococcus, Bacillus
    - Pseudomonas …
    / Portage : Salmonella, Shigella, Vibrio
    2. Indications
    / Épisode aigu ou chronique de diarrhée
    / Épidémie de diarrhée
    / Détection de porteurs sains
    / Étude qualité microbiologique
    - eau potable : colimétrie
    - aliments
    / Études épidémiologiques
     Rappel mécanismes des diarrhées :
    / Implantation de bactéries étrangères
    - multiplication locale + toxine
    - ulcération muqueuse + toxine
    - envahissement de l’organisme
    / Déséquilibre de la flore commensale
    - changement de régime alimentaire
    - antibiothérapie
    / Intoxication alimentaire
    3. Prélèvement
    * Recueil de selles :
    - Selles fraîches: glaire, sang, mucus
    - Récipients stériles (ou propres)
    - Avant antibiothérapie,
    - à tout moment
    * Ecouvillonage rectal :
    - Patient inconscient
    - Diarrhées profuses
    * Conservation : + 4°C, quelques heures

    * Transport : rapide, milieu de transport :


    Carry Blair, EPHA

    * Autre : Papier buvard


    4. Etude au laboratoire
    3.1. Examen macroscopique :
    - Consistance : pâteuse, solide, liquide
    - Présence de : sang, glaire, mucus …

    3.2. Examen microscopique :


    - Recherche de Bactéries : abondance et
    prédominance de la flore, mobilité, Gram
    Équilibre de la Flore :
    - 70% de germes à Gram (-)
    - 30% de germes à Gram (+)
    - Cytologie : leucocytes, hématies
    - Parasites : œufs, larves, kystes, adultes
    3.3. Culture et identification : on procède
    par élimination
    * Salmonella et Shigella :
    - Enrichissement des salmonelles (Bouillon)
    - Isolement sur milieu sélectif (gélose) :
    Gélose SS, gélose Hektoen,
    - Identification biochimique : Galerie
    d’identification classique (tube), API
    - Confirmation sérogroupe et sérotype
    - Antibiogramme
    Gélose Hektoen, Gélose SS,
    Gélose Kligler Hajna
    Galerie API 20E
    Enrichissement Selles

    Isolement

    4H 24 H Colonies lactose (-),


    SH2 (+) ou SH2 (-)

    Uréase (-)

    Sérogroupage Galerie d’identification


    * Vibrio cholerae :
    - Enrichissement (Eau peptonée hypersalée
    alcaline : EPHA)
    - Isolement sur milieu sélectif (TCBS)

    - Identification biochimique des colonies


    suspectes : saccharose (+), oxydase (+)
    - Confirmation sérogroupe et sérotype :
    par agglutination
    - Antibiogramme
    * Escherichia coli :
    - Isolement sur milieu sélectif (EMB : Eosin
    Methylen Blue)
    - Identification biochimique des colonies
    suspectes : reflet métallique
    - Confirmation du sérogroupe et du
    sérotype pour certains sérovars (ECEP
    - Antibiogramme
    Gélose EMB
    Selles
    Macroscopie
    Culture Microscopie
    Salmonella V. cholerae
    Shigella E. coli
    EPHA
    Bouillon sélénite Gélose TCBS Gélose EMB
    Gélose SS
    Colonies Sacch (+) Colonies à reflet
    Colonies Lactose (-) métallique
    Galerie
    Uréase (-) Sérogroupage Galerie
    ABG Sérogroupage
    Galerie Autres
    Sérogroupage, ABG ABG
    5. Autres recherches
     Campylobacter jejuni :
    - Ensemencer une gélose sélective: incuber à
    43°C, pendant 48H, en microaérophile
    - Choisir 5 colonies grisâtres, plates :
    . rechercher une mobilité polaire
    . recherche l’oxydase et la catalase
    - repiquer chaque colonie sur galerie
    - Rendu Résultats au 5e jour
     Clostridium difficile
    - milieux sélectifs + anaérobiose
    - lecture galerie + identification
    - confirmer par test toxinogénèse

     Recherche de Toxines bactériennes


    - germes : S. aureus, C. botulinum,
    B. cereus
    - tests : ELISA, inoculation à l’animal
    Rotavirus,
     Recherche de Virus :
    Adénovirus 40 et 41, Poliovirus
    Techniques: agglutination au latex, ELISA,
    Culture cellulaire
    MERCI

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