Nothing Special   »   [go: up one dir, main page]

RU2019119086A - ОБЪЕДИНЕННАЯ ОЧИСТКА И ИЗМЕРЕНИЕ МЕТИЛИРОВАНИЯ ДНК С СОВМЕСТНЫМ ИЗМЕРЕНИЕМ МУТАЦИЙ И/ИЛИ УРОВНЕЙ ЭКСПРЕССИИ мРНК В АВТОМАТИЧЕСКОМ РЕАКЦИОННОМ КАРТРИДЖЕ - Google Patents

ОБЪЕДИНЕННАЯ ОЧИСТКА И ИЗМЕРЕНИЕ МЕТИЛИРОВАНИЯ ДНК С СОВМЕСТНЫМ ИЗМЕРЕНИЕМ МУТАЦИЙ И/ИЛИ УРОВНЕЙ ЭКСПРЕССИИ мРНК В АВТОМАТИЧЕСКОМ РЕАКЦИОННОМ КАРТРИДЖЕ Download PDF

Info

Publication number
RU2019119086A
RU2019119086A RU2019119086A RU2019119086A RU2019119086A RU 2019119086 A RU2019119086 A RU 2019119086A RU 2019119086 A RU2019119086 A RU 2019119086A RU 2019119086 A RU2019119086 A RU 2019119086A RU 2019119086 A RU2019119086 A RU 2019119086A
Authority
RU
Russia
Prior art keywords
cartridge
bisulfite
methylation
paragraphs
chamber
Prior art date
Application number
RU2019119086A
Other languages
English (en)
Other versions
RU2019119086A3 (ru
RU2780660C2 (ru
Inventor
Эдвин Вэй-Лунг ЛАИ
Эндрю КОЛВЭЙ
Руэль ВАН АТТА
Рассел ХИГУТИ
Александр А. ГОЛЛ
Криштен КОКМОНД
Original Assignee
Сефид
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Сефид filed Critical Сефид
Publication of RU2019119086A publication Critical patent/RU2019119086A/ru
Publication of RU2019119086A3 publication Critical patent/RU2019119086A3/ru
Application granted granted Critical
Publication of RU2780660C2 publication Critical patent/RU2780660C2/ru

Links

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N35/00—Automatic analysis not limited to methods or materials provided for in any single one of groups G01N1/00 - G01N33/00; Handling materials therefor
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L3/00—Containers or dishes for laboratory use, e.g. laboratory glassware; Droppers
    • B01L3/50—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes
    • B01L3/502—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L7/00—Heating or cooling apparatus; Heat insulating devices
    • B01L7/52—Heating or cooling apparatus; Heat insulating devices with provision for submitting samples to a predetermined sequence of different temperatures, e.g. for treating nucleic acid samples
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/10—Processes for the isolation, preparation or purification of DNA or RNA
    • C12N15/1003—Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor
    • C12N15/1006—Extracting or separating nucleic acids from biological samples, e.g. pure separation or isolation methods; Conditions, buffers or apparatuses therefor by means of a solid support carrier, e.g. particles, polymers
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6813—Hybridisation assays
    • C12Q1/6827—Hybridisation assays for detection of mutation or polymorphism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/6853—Nucleic acid amplification reactions using modified primers or templates
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
    • C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2200/00—Solutions for specific problems relating to chemical or physical laboratory apparatus
    • B01L2200/06—Fluid handling related problems
    • B01L2200/0647—Handling flowable solids, e.g. microscopic beads, cells, particles
    • B01L2200/0652—Sorting or classification of particles or molecules
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2200/00—Solutions for specific problems relating to chemical or physical laboratory apparatus
    • B01L2200/06—Fluid handling related problems
    • B01L2200/0647—Handling flowable solids, e.g. microscopic beads, cells, particles
    • B01L2200/0663—Stretching or orienting elongated molecules or particles
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2200/00—Solutions for specific problems relating to chemical or physical laboratory apparatus
    • B01L2200/16—Reagents, handling or storing thereof
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2300/00—Additional constructional details
    • B01L2300/08—Geometry, shape and general structure
    • B01L2300/0809—Geometry, shape and general structure rectangular shaped
    • B01L2300/0816—Cards, e.g. flat sample carriers usually with flow in two horizontal directions
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2300/00—Additional constructional details
    • B01L2300/08—Geometry, shape and general structure
    • B01L2300/0861—Configuration of multiple channels and/or chambers in a single devices
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2300/00—Additional constructional details
    • B01L2300/08—Geometry, shape and general structure
    • B01L2300/0861—Configuration of multiple channels and/or chambers in a single devices
    • B01L2300/0864—Configuration of multiple channels and/or chambers in a single devices comprising only one inlet and multiple receiving wells, e.g. for separation, splitting
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2300/00—Additional constructional details
    • B01L2300/08—Geometry, shape and general structure
    • B01L2300/0861—Configuration of multiple channels and/or chambers in a single devices
    • B01L2300/087—Multiple sequential chambers
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2300/00—Additional constructional details
    • B01L2300/18—Means for temperature control
    • B01L2300/1805—Conductive heating, heat from thermostatted solids is conducted to receptacles, e.g. heating plates, blocks
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2400/00—Moving or stopping fluids
    • B01L2400/04—Moving fluids with specific forces or mechanical means
    • B01L2400/0475—Moving fluids with specific forces or mechanical means specific mechanical means and fluid pressure
    • B01L2400/0478—Moving fluids with specific forces or mechanical means specific mechanical means and fluid pressure pistons
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L2400/00—Moving or stopping fluids
    • B01L2400/06—Valves, specific forms thereof
    • B01L2400/0633—Valves, specific forms thereof with moving parts
    • B01L2400/0644—Valves, specific forms thereof with moving parts rotary valves
    • B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
    • B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
    • B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
    • B01L3/00—Containers or dishes for laboratory use, e.g. laboratory glassware; Droppers
    • B01L3/50—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes
    • B01L3/502—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures
    • B01L3/5027—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures by integrated microfluidic structures, i.e. dimensions of channels and chambers are such that surface tension forces are important, e.g. lab-on-a-chip
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2523/00—Reactions characterised by treatment of reaction samples
    • C12Q2523/10—Characterised by chemical treatment
    • C12Q2523/125—Bisulfite(s)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2531/00—Reactions of nucleic acids characterised by
    • C12Q2531/10—Reactions of nucleic acids characterised by the purpose being amplify/increase the copy number of target nucleic acid
    • C12Q2531/113—PCR
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2535/00—Reactions characterised by the assay type for determining the identity of a nucleotide base or a sequence of oligonucleotides
    • C12Q2535/122—Massive parallel sequencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2537/00—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature
    • C12Q2537/10—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature the purpose or use of
    • C12Q2537/143—Multiplexing, i.e. use of multiple primers or probes in a single reaction, usually for simultaneously analyse of multiple analysis
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2537/00—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature
    • C12Q2537/10—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature the purpose or use of
    • C12Q2537/149—Sequential reactions
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2537/00—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature
    • C12Q2537/10—Reactions characterised by the reaction format or use of a specific feature the purpose or use of
    • C12Q2537/164—Methylation detection other then bisulfite or methylation sensitive restriction endonucleases

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Clinical Laboratory Science (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
  • Automatic Analysis And Handling Materials Therefor (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)

Claims (69)

1. Комплект картриджей для определения статуса метилирования нуклеиновой кислоты, где указанный комплект картриджей содержит:
первый картридж, содержащий:
камеру приема образца;
колонку, содержащую первый матричный материал;
канал или камеру с контролем температуры;
камеру изъятия образца; и
множество камер, содержащих реагенты и/или буферы, при этом в процессе применения по меньшей мере одна из указанных камер содержит бисульфитный реагент; и
второй картридж, содержащий:
камеру приема образца;
колонку, содержащую второй матричный материал;
канал или камеру с контролем температуры; и
множество камер, содержащих реагенты и/или буферы, при этом в процессе применения по меньшей мере одна из указанных камер содержит реагент для десульфирования и/или элюирования.
2. Комплект картриджей по п. 1, в котором указанный канал или камера с контролем температуры в указанном первом картридже представляет собой канал или камеру термоциклирования.
3. Комплект картриджей по любому из пп. 1, 2, в котором указанный канал или камера с контролем температуры в указанном втором картридже представляет собой канал или камеру термоциклирования.
4. Комплект картриджей по любому из пп. 1-3, в котором указанный бисульфитный реагент содержит соединение, выбранное из группы, состоящей из бисульфита аммония, метабисульфита натрия, бисульфита калия, бисульфита цезия и 1,4-диазабицикло[2.2.2]-октана (DABSO).
5. Комплект картриджей по п. 4, в котором указанный бисульфитный реагент содержит бисульфит аммония.
6. Комплект картриджей по любому из пп. 1-5, в котором указанный бисульфит представлен в смеси реагентов, которая содержит поглотители для предотвращения окисления сульфитов и/или катализаторы.
7. Комплект картриджей по п. 6, в котором указанный бисульфит представлен в смеси реагентов, содержащей поглотители, выбранные из группы, состоящей из Тролокса и гидрохинона.
8. Комплект картриджей по любому из пп. 6-7, в котором указанный бисульфит представлен в смеси реагентов, содержащей полиамины в качестве катализаторов.
9. Комплект картриджей по любому из пп. 1-8, в котором указанный первый картридж выполнен с возможностью добавления в этот картридж бисульфитного реагента во время или близко ко времени помещения образца в картридж.
10. Комплект картриджей по любому из пп. 1-9, в котором указанный бисульфитный реагент представлен в качестве компонента в одной из указанного множества камер в указанном первом картридже.
11. Комплект картриджей по любому из пп. 1-10, в котором по меньшей мере одна камера, составляющая множество камер в указанном втором картридже, содержит праймеры для полимеразной цепной реакции (ПЦР), и/или зонд для ПЦР, и/или мастер-микс для ПЦР.
12. Комплект картриджей по любому из пп. 1-11, в котором указанный второй картридж содержит одну или более камер, содержащих один или более реагентов, выбранных из группы, состоящей из специфических для метилирования праймеров для ПЦР, специфических для метилирования зондов для ПЦР, фермента(ов) для ПЦР и реакционного буфера для ПЦР.
13. Комплект картриджей по п. 12, в котором указанный второй картридж содержит по меньшей мере две камеры, содержащие один или более реагентов, выбранных из группы, состоящей из специфических для метилирования праймеров для ПЦР, специфических для метилирования зондов для ПЦР, фермента(ов) для ПЦР и реакционного буфера для ПЦР.
14. Комплект картриджей по любому из пп. 1-13, причем указанный второй картридж содержит по меньшей мере одну камеру, содержащую праймеры и зонды для определения метилирования прямой цепи конвертированной ДНК.
15. Комплект картриджей по любому из пп. 1-14, в котором указанный второй картридж содержит по меньшей мере одну камеру, содержащую праймеры и зонды для определения метилирования обратной цепи конвертированной ДНК.
16. Комплект картриджей по любому из пп. 12-15, в котором указанные праймеры для ПЦР, и/или зонды, и/или ферменты представлены на шариках.
17. Комплект картриджей по любому из пп 1-16, в котором указанный второй картридж содержит один или более праймеров, представленных в таблицах 5,11 или 12, и/или один или более зондов, представленных в таблицах 5, 11 или 12.
18. Комплект картриджей по п. 17, в котором указанный второй картридж содержит следующие зонды и праймеры для определения метилирования MGMT с использованием вложенной ПЦР:
внешний прямой праймер (248b), содержащий последовательность нуклеотидов GTTTT(T*)AGAAYG(T*)TTTGYGTTT (SEQ ID NO: 263);
внешний обратный праймер (249b), содержащий последовательность нуклеотидов: ААААААС(Т*)CCRCACTCTTCC (SEQ ID NO: 265);
внутренний прямой праймер (250), содержащий последовательность нуклеотидов TTTCGACGTTCGTAGGTTTTCGC (SEQ ID NO: 266);
внутренний обратный праймер (251), содержащий последовательность нуклеотидов GCACTCTTCCGAAAACGAAACG (SEQ ID NO: 267); и
зонд (252а), содержащий последовательность нуклеотидов флуорофор-ССАААСАС(Т*)САССАААТС(N*)САААС-блокатор (SEQ ID NO: 268).
19. Комплект картриджей по любому из пп. 17, 18, в котором указанный второй картридж содержит следующие зонды и праймеры для определения метилирования АСТВ (например, в качестве контроля) с использованием вложенной реакции ПЦР: внешний прямой праймер (102), содержащий последовательность нуклеотидов GTGATGGAGGAGGTTTAGTAAGTT (SEQ ID NO: 103);
внешний обратный праймер (103), содержащий последовательность нуклеотидов ССААТААААССТАСТССТСССТТАА (SEQ ID NO: 104);
внутренний прямой праймер (148), содержащий последовательность нуклеотидов GGTTTAGTAAGTTTTTTGGATTGTG (SEQ ID NO: 149);
внутренний обратный праймер (149), содержащий последовательность нуклеотидов CCTTAAAAATTACAAAAACCACAAC (SEQ ID NO: 150); и
зонд (178), содержащий последовательность нуклеотидов флуорофор-CCACCACCCAACACA(N*)CAA(T*)AACAAACAC- блокатор (SEQ ID NO: 179).
20. Система для определения метилирования нуклеиновой кислоты в биологическом образце, включающая:
корпус, выполненный с возможностью размещения одного или более модулей обработки образца, где каждый модуль обработки образца выполнен с возможностью крепления съемного первого картриджа и/или второго картриджа из указанного комплекта картриджей по любому из пп. 1-19;
при этом указанная система выполнена с возможностью:
управления модулями обработки образца с обеспечением выполнения обработки образца для управления первым картриджем из указанного комплекта картриджей с обеспечением выполнения бисульфитной конверсии нуклеиновой кислоты в образце, введенном в указанный первый картридж и/или
выполнения десульфирования и определения метилирования одной или более нуклеиновых кислот-мишеней внутри соответствующего съемного картриджа для образца.
21. Способ определения статуса метилирования нуклеиновой кислоты, включающий:
обеспечение биологического образца в камере для образца первого картриджа в комплекте картриджей по любому из пп. 1-19 и управление указанным первым картриджем с обеспечением:
связывания ДНК в указанном образце с указанным первым матричным материалом; промывания связанной ДНК;
элюирования связанной ДНК из матричного материла;
объединения элюированной ДНК с указанным бисульфитный реагентом;
нагревания смеси ДНК и бисульфитного реагента в указанном канале или камере с контролем температуры с обеспечением выполнения бисульфитной конверсии указанной ДНК; и
доставки конвертированной бисульфитом ДНК в камеру изъятия образца указанного первого картриджа.
22. Способ по п. 21, где указанный способ дополнительно включает:
обеспечение конвертированной бисульфитом ДНК в камере для образца второго картриджа в комплекте картриджей по любому из пп. 1-19; и управление указанным вторым картриджем с обеспечением:
связывания указанной конвертированной бисульфитом ДНК с указанным вторым матричным материалом;
промывания связанной конвертированной бисульфитом ДНК;
элюирования промытой конвертированной бисульфитом ДНК из указанного второй матричного материала; и
десульфирования конвертированной бисульфитом ДНК.
23. Способ по п. 22, в котором указанным вторым картриджем управляют с обеспечением элюирования конвертированной бисульфитом ДНК из указанного второго матричного материала перед десульфированием.
24. Способ по п. 22, в котором указанным вторым картриджем управляют с обеспечением элюирования конвертированной бисульфитом ДНК из указанного второго матричного материала после или в ходе десульфирования.
25. Способ по любому из пп. 22-24, где указанный способ включает управление указанным вторым картриджем с обеспечением выполнения специфической в отношении метилирования ПЦР и/или секвенирования нуклеиновой кислоты, и/или высокоточного анализа кривых плавления (HRM) для указанной конвертированной нуклеиновой кислоты с определением метилирования указанной нуклеиновой кислоты.
26. Способ выявления у субъекта рака или предрасположенности к раку, включающий:
обеспечение биологического образца от указанного субъекта, где указанный биологический образец содержит ДНК;
применение комплекта картриджей по любому из пп. 1-19, при этом указанный первый картридж указанного комплекта картриджей применяют с выполнением конверсии бисульфитом указанной ДНК; и указанный второй картридж указанного комплекта картриджей применяют для десульфирования конвертированной ДНК и определения метилирования одного или более промоторов гена в указанной ДНК, статус метилирования которой является маркером рака, при этом увеличение метилирования указанного одного или более промоторов гена является показателем наличия рака, или предрасположенности к раку, или стадии рака или предракового состояния.
27. Набор для определения метилирования ДНК, включающий:
контейнер, содержащий первый картридж и/или второй картридж из комплекта картриджей по любому из пп. 1-19.
28. Набор по п. 27, где указанный набор содержит реагент для конверсии в указанном картридже или в обособленном от картриджа контейнере.
29. Набор по п. 28, где указанный набор содержит указанный реагент для конверсии в обособленном от картриджа контейнере.
30. Набор по п. 28, где указанный набор содержит указанный реагент для конверсии, который размещен в камере картриджа.
31. Набор по любому из пп. 28-30, в котором указанный реагент для конверсии содержит соединение, выбранное из группы, состоящей из метабисульфита натрия, бисульфита калия, бисульфита цезия, бисульфита аммония и 1,4-диазабицикло[2.2.2]-октана (DABSO).
RU2019119086A 2016-12-12 2017-12-12 ОБЪЕДИНЕННАЯ ОЧИСТКА И ИЗМЕРЕНИЕ МЕТИЛИРОВАНИЯ ДНК С СОВМЕСТНЫМ ИЗМЕРЕНИЕМ МУТАЦИЙ И/ИЛИ УРОВНЕЙ ЭКСПРЕССИИ мРНК В АВТОМАТИЧЕСКОМ РЕАКЦИОННОМ КАРТРИДЖЕ RU2780660C2 (ru)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201662433165P 2016-12-12 2016-12-12
US62/433,165 2016-12-12
PCT/US2017/065905 WO2018111935A1 (en) 2016-12-12 2017-12-12 Integrated purification and measurement of dna methylation and co-measurement of mutations and/or mrna expression levels in an automated reaction cartridge

Publications (3)

Publication Number Publication Date
RU2019119086A true RU2019119086A (ru) 2021-01-12
RU2019119086A3 RU2019119086A3 (ru) 2021-05-07
RU2780660C2 RU2780660C2 (ru) 2022-09-28

Family

ID=

Also Published As

Publication number Publication date
MX2019006628A (es) 2019-11-12
EP3551332A1 (en) 2019-10-16
RU2019119086A3 (ru) 2021-05-07
US20180214864A1 (en) 2018-08-02
AU2017376118A1 (en) 2019-06-20
KR102479432B1 (ko) 2022-12-20
KR20190105224A (ko) 2019-09-16
CN110267744A (zh) 2019-09-20
AU2017376118B2 (en) 2022-09-01
JP2020503858A (ja) 2020-02-06
US11260387B2 (en) 2022-03-01
WO2018111935A1 (en) 2018-06-21
JP7123050B2 (ja) 2022-08-22
CA3046636A1 (en) 2018-06-21
BR112019011670A2 (pt) 2019-10-22
EP3551332B1 (en) 2024-01-10
ZA201903750B (en) 2022-11-30
US20220226809A1 (en) 2022-07-21

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP2020503858A5 (ru)
US11377689B2 (en) Chemical compositions and uses thereof
Tian et al. Two-step cross-linking for analysis of protein–chromatin interactions
EP4461812A2 (en) Method for preparing a next generation sequencing (ngs) library from a ribonucleic acid (rna) sample and compositions for practicing the same
CN102373288B (zh) 一种对目标区域进行测序的方法及试剂盒
WO2010117420A3 (en) Fret-labeled compounds and uses therefor
Tan et al. A microfluidic device for preparing next generation DNA sequencing libraries and for automating other laboratory protocols that require one or more column chromatography steps
EP3485043A1 (en) Single-cell transcript sequencing
WO2016205233A3 (en) Integrated purification and measurement of dna methylation and co-measurement of mutations and/or mrna expression levels in an automated reaction cartridge
JP2018524978A5 (ru)
CN104087683B (zh) 微卫星不稳定性多重检测体系及试剂盒
TWI582105B (zh) 探針、微陣列、探針群組、β地中海型貧血檢測套組、β血球蛋白基因變異檢測用套組、多態性檢測用微陣列探針對的評價方法以及基因型判別顯示程式
Shaffer et al. miRNA profiling from blood—challenges and recommendations
Ayadi et al. Quantification of 2′-O-Me residues in RNA using next-generation sequencing (Illumina RiboMethSeq protocol)
AU2018230777B2 (en) Dimer avoided multiplex polymerase chain reaction for amplification of multiple targets
RU2019119086A (ru) ОБЪЕДИНЕННАЯ ОЧИСТКА И ИЗМЕРЕНИЕ МЕТИЛИРОВАНИЯ ДНК С СОВМЕСТНЫМ ИЗМЕРЕНИЕМ МУТАЦИЙ И/ИЛИ УРОВНЕЙ ЭКСПРЕССИИ мРНК В АВТОМАТИЧЕСКОМ РЕАКЦИОННОМ КАРТРИДЖЕ
KR20220062231A (ko) 인덱스 및 바코드를 사용하여 어레이 상의 리간드를 식별하기 위한 방법 및 조성물
CN113840923A (zh) 用于核酸检测的方法、系统和设备
CN113026111A (zh) 用于构建人单细胞tcr测序文库的试剂盒及其应用
Shang et al. Novel multiplex qualitative detection using universal primer-multiplex-PCR combined with pyrosequencing
CA2813873C (en) Positive control concept
Svec et al. 23 Dye-Based High-Throughput qPCR in Microfluidic Platform BioMarkTM
Jeong et al. An efficient genomic DNA extraction from whole blood using Nextractor
Veeranagouda et al. Next-generation sequencing to investigate urinary microRNAs from Macaca fascicularis (Cynomolgus monkey)
CN114410755B (zh) 一种在同一反应管中通过隔离实现多步骤反应的方法

Legal Events

Date Code Title Description
FA92 Acknowledgement of application withdrawn (lack of supplementary materials submitted)

Effective date: 20211207

FZ9A Application not withdrawn (correction of the notice of withdrawal)

Effective date: 20211207