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KR20240137107A - Hiv 백신, 및 이의 제조 및 사용 방법 - Google Patents

Hiv 백신, 및 이의 제조 및 사용 방법 Download PDF

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KR20240137107A
KR20240137107A KR1020247029363A KR20247029363A KR20240137107A KR 20240137107 A KR20240137107 A KR 20240137107A KR 1020247029363 A KR1020247029363 A KR 1020247029363A KR 20247029363 A KR20247029363 A KR 20247029363A KR 20240137107 A KR20240137107 A KR 20240137107A
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KR
South Korea
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polypeptide
seq
sequence
nos
population
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KR1020247029363A
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시난 리우
아주르 티. 마카드잔지
스티븐 알. 마틴
헤샴 셰하타
에브구에니아 스바로브스카이아
Original Assignee
길리애드 사이언시즈, 인코포레이티드
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Publication date
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Abstract

HIV-1에 대한 면역반응을 유도하는 데 사용되는 HIV-1 융합 폴리펩타이드, 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드, 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터; 이러한 융합 폴리펩타이드, 폴리뉴클레오타이드 또는 벡터를 포함하는 약학적 조성물, 면역원성 조성물 및 키트, 및 HIV-1을 치료 및/또는 예방하는 데 있어서의 사용 방법이 제공된다. HIV-1에 대한 면역반응을 유도하는 백신을 포함하는 항바이러스 백신의 설계 방법이 추가로 제공된다.

Description

HIV 백신, 및 이의 제조 및 사용 방법{HIV VACCINES AND METHODS OF MAKING AND USING}
관련 출원에 대한 상호 참조
본 출원은 35 U.S.C. § 119(e)에 따라 2019년 7월 16일자 출원된 미국 임시특허출원 제62/874,712호를 우선권 주장하며, 상기 문헌은 모든 목적을 위하여 그 전문이 본원에 참조로서 인용된다.
서열목록
본 출원은 ASCII 포맷으로 전자문서로 제출된 서열목록을 포함하며, 이는 그 전체가 본원에 참조로서 인용된다. 2020년 6월 30일자 생성된 상기 ASCII 사본의 명칭은 1314_PF_SL.txt이고, 크기는 449,156바이트이다.
인간면역결핍바이러스 1형(HIV-1) 감염은 생명을 위협하는 심각한 질환으로, 전세계적으로 이환율 및 사망률의 주요 원인 중 하나로 남아있으며, 전세계적으로 대략 3,690만명이 감염되었고, 미국(US)에서는 110만명이 감염되었다(National Center for HIV/AIDS Viral Hepatitis STD & TB Prevention: Division of HIV/AIDS Prevention, HIV in the United States and Dependent Areas. January. 2019; UNAIDS, 2017 Global HIV Statistics. Fact Sheet - July. 2018). HIV-1 감염에 대한 복합 항레트로바이러스 요법(cART: combination antiretroviral therapy)은 바이러스 복제를 억제하고, 면역기능을 보존하고, AIDS로의 진행을 방지함으로써 이환율과 사망률에 있어서 유의한 개선을 가져왔다. 하지만, cART에도 불구하고, HIV-1 감염은 만성 면역 활성화를 초래하고, 비(非)AIDS 관련 이환율 및 사망률의 위험을 증가시킨다.
감염의 초기 단계에서, HIV-1은 기억 클러스터 결정인자 4(CD4) T세포의 게놈에 통합되며, 이의 서브세트는 항레트로바이러스 요법(ART)을 이용한 치료에도 불구하고 지속되는 HIV-1 감염된 세포의 오래 지속되는 저장소를 형성한다(문헌[Siliciano, et al., Nature Medicine (2003) 9(6):727-728]). 바이러스 저장소의 근절은 모든 HIV 치유 전략의 구성요소이다. 면역 기반 요법은 HIV 치유 또는 ART 미사용 바이러스 경감에 대한 복합 접근법의 추가의 구성요소일 수 있으며, T세포 및 항체 기반 백신, 항체 및 면역조절제의 수동적 투여를 포함할 수 있다.
HIV T세포 특이적 백신의 개발은 전세계 HIV 바이러스 다양성을 해결하는 방식으로 보편적인 적용범위를 제공하는 면역원을 설계하는 데 주로 초점을 맞추었다. HIV-1은 4가지 군(M군, N군, O군 및 P군)으로 정의된다. M군 내 하위유형 또는 분기군(clade)(A 내지 K로 표지됨), 및 몇몇 교차 분기군 재조합 형태가 대다수의 인간 질환을 유발한다.막대한 전세계 바이러스 서열 다양성을 해결하는 백신을 설계하는 전략은, 잠재적인 T세포 에피토프 내 공통 에피토프 변이체를 포획하는 가상 실험으로(in-silico) 설계된 다가 모자이크 면역원을 포함한다(문헌[Fischer, et al., Nat Med, (2007) 13(1):100-6]). 이들은 고도로 서열 보존된 영역에서 전장 인공 단백질 또는 인공 재조합 단백질로 발현될 수 있다(문헌[Ondondo, et al., Mol Ther, (2016) 24(4):832-42]; 문헌[Barouch, et al., Cell, (2013) 155(3):531-9]). 가상 실험 설계 알고리즘에 대한 후속 버전은 에피그래프(epigraph)로 공지된 계산상 더 빠른 그래프 기반 접근법의 개발로 이어졌다(문헌[Theiler, et al., Sci Rep, (2016) 6:33987]). 이러한 설계 접근법은 단일 글로벌 백신을 개발하는 데 사용되거나, 특정 집단 및 지형 내에서 순환하는 분기군에 맞게 조정될 수 있다. 이러한 접근법은 배타적으로 바이러스 다양성에만 초점을 맞추며, 항원 제시 및 T세포 인식을 유도하는 숙주 유전자 다양성, 및 후속되는 면역에 의한 탈출 변이체의 출현을 고려하지 않는다.
항원 특이적 CD4+ T세포와 CD8+ T세포는 급성 감염 동안 바이러스혈증(viremia)의 제어와 관련이 있으며, ART(엘리트 컨트롤러(elite controller))의 부재 하에서 낮은 바이러스 부하를 유지하는 개체에서의 느린 질환 진행 및 바이러스혈증의 제어와 관련이 있다. 항원 특이적 T세포는 MHC 클래스 I 및 II 분자 상에 제시된 바이러스 에피토프를 인식한다. 인간 백혈구 항원(HLA) 클래스 I 대립유전자는 전장 유전체 연관분석(GWAS: genome wide association study)에서 HIV 제어와 관련이 있었다(문헌[Fellay, et al., Science, 2007. 317(5840):944-7]; 문헌[International, H.I.V.C.S., et al., Science, (2010) 330(6010):1551-7]). 이러한 단백질은 이펙터(effector) T세포와 기억 T세포를 유도하기 위해 서열로부터 항원성 펩타이드를 제시한다. HIV-1에 대한 후보 백신을 생성하는 현재의 접근법은 다양한 숙주 HLA 대립유전자에 걸쳐 에피토프 생성 과정을 적절하게 모델링하지 않고 바이러스 서열 다양성에 초점을 맞추었다.항원 제시와 T세포 프라이밍의 이러한 복잡한 과정에는, 프로테아좀 절단, TAP 수송, 교차 제시, MHC 결합 및 펩타이드-MHC 복합체 안정성, 및 궁극적으로 TCR 인식이 포함된다(문헌[Yewdell, et al., Nat Rev Immunol, (2003) 3(12):952-61]). 결과적으로, 기존 T세포 백신 생성 방법은 제한적인 성공을 거두었으며, 예를 들어, 일부 경우에는 환자 당 평균 4가지 반응만을 유도했다(예를 들어, 문헌[Priddy, et al., Clin Infect Dis (2008) 46(11):1769-81]; 문헌[Sekaly, et al., J Exp Med. (2008) 205(1): 7-12]; 및 문헌[Iaccino, et al., Retrovirology. (2008) 5:56] 참조).
또한, HIV-1과 같은 고도의 변이형 바이러스는 높은 수준의 서열 다양성 및 이러한 서열 다양성 중 일부를 유도하는 숙주 면역반응으로 인해 고유한 문제를 제공한다. HIV-1에서 다양성을 유도하는 적응성 면역반응의 역할은 널리 설명되어 있으며, 시간 경과에 따라 바이러스 서열의 변화를 초래한다(문헌[Goulder, et al., Nature, (2001) 412(6844):334-8]; 문헌[Kelleher, et al., J Exp Med, (2001) 193(3):375-86]; 문헌[Schneidewind, et al., J Virol, (2007) 81(22):12382-93]; 문헌[Kawashima, et al., Nature, (2009) 458(7238):641-5]; 문헌[Leslie, et al., Nat Med, (2004) 10(3):282-9]; 문헌[Phillips, et al., Nature, (1991) 354(6353):453-9]). 이러한 다양성의 대부분은 MHC 클래스 I 대립유전자 상에 제시된 펩타이드 에피토프를 인식하는 세포독성 T림프구에 의해 유도된다. 만성 감염 동안 이러한 T세포 반응에 의해 가해지는 선택 압력은 HIV 서열 적응(sequence adaptation)으로 이어진다. 이러한 서열 진화는 개체 내에서 및 집단에 걸쳐 HIV-1의 다양성을 유도한다(Kawashima 등의 문헌(상기 참조); Phillips 등의 문헌(상기 참조)). 또한, 바이러스 서열은 숙주 방어로부터 이들을 숨길 수 있는 돌연변이를 일으킨다. 이러한 서열은 중심 또는 말초 관용을 유도하는 자가 펩타이드 또는 펩타이드 서열과 유사할 수 있다. 표준 백신 설계 접근법은 바이러스 서열 변이체를 해결하지 못할 수 있으며, 자가 항원과 교차 반응할 수 있는 반응을 유도할 수 있는 서열을 포함함으로 인해 백신 용량의 비효율적인 사용으로 이어질 수 있다.
인간 건강에 대한 백신의 영향은 아무리 강조해도 지나치지 않다. 이들 대부분은 예방용 백신이며, 통상적으로 감염성 질환 표적에 대한 중화 항체를 유도하는 데 효과적이었다. 치료용 백신의 개발은, 항원 특이적 T세포를 생성하는 백신 개발에 초점이 맞추어져 있는 암 면역요법제에서 큰 발전을 이루었다. 다수의 종양 관련 또는 종양 특이적 항원은 자가 항원이며, 면역 관용을 극복해야 하는 백신 설계를 필요로 한다. 암 특이적 돌연변이에서 발생하는 신생항원의 식별 및 예측에 있어서의 최근의 혁신은, 중심 또는 말초 관용 메커니즘의 대상이 되지 않을 수 있는 잠재적인 표적을 제공한다. 신생항원의 식별을 지원하고, 강력한 T세포 반응을 유도하는 능력을 예측하기 위해 다양한 정보학적 전략이 확립되었다(예를 들어, 문헌[Bulik-Sullivan, et al., Nature Biotech (2019) 37:55-63] 참조). HIV에 대한 치료용 백신의 개발에서, 항원 표적은 바이러스에 의해 정의된다. 효과적으로 제시되고 면역반응을 자극하는 이러한 바이러스 서열의 능력을 예측하는 도구는 잘 정립되어 있지 않다. 이는, 숙주 면역 매개 선택 압력과 결합된 높은 돌연변이율이 고도로 가변적인 유사종(quasi-species)의 확립을 초래한다는 점에서, HIV의 맥락에서 관련이 있다. 따라서, 본 발명자들은 집단 기반 공통서열에서 또는 단리물의 개별 심층 시퀀싱(sequencing)에 의한 보존된 바이러스 서열의 식별을 가능하게 하고, HIV 백신 면역원을 설계하는 데 유용한 제시, T세포의 프라이밍 및 HLA에 의한 탈출 경로를 예측할 수 있는 정보학적 도구를 개발하였다.
적어도 하기 구현예가 본원에 제공된다. 추가의 구현예는 본원의 상세한 구현예 및 실시예에 기재되어 있다.
융합 폴리펩타이드
구현예 1: Gag, Nef, Env, Pol, Rev, Tat, Rev, Vif, Vpr 및 Vpu에서 선택되는 1종 이상의 HIV 유전자에 의해 인코딩되는 1종 이상의 인간면역결핍바이러스-1(HIV-1) 단백질의 복수의 폴리펩타이드 분절을 포함하는 융합 폴리펩타이드.
구현예 2: 구현예 1에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 HIV-1 유전자 Env, Gag, Nef 및 Pol에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절만 포함하거나 이로 이루어지며, 예를 들어 HIV-1 Tat, Rev, Vif, Vpr 및/또는 Vpu 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절은 포함하지 않는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 3: 구현예 1에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 HIV-1 유전자 Gag, Nef 및 Pol에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절만을 포함하거나 이로 이루어지며, 예를 들어 HIV-1 Env, Tat, Rev, Vif, Vpr 및/또는 Vpu 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절은 포함하지 않는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 4: 구현예 1에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 HIV-1 유전자 Gag 및 Nef에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절만을 포함하거나 이로 이루어지며, 예를 들어 HIV-1 Env, Pol, Tat, Rev, Vif, Vpr 및/또는 Vpu 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절은 포함하지 않는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 5: 구현예 1에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 HIV-1 유전자 Pol 및 Nef에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절만을 포함하거나 이로 이루어지며, 예를 들어 HIV-1 Env, Gag, Tat, Rev, Vif, Vpr 및/또는 Vpu 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절은 포함하지 않는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 6: 구현예 1에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 HIV-1 유전자 Pol 및 Env에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절만을 포함하거나 이로 이루어지며, 예를 들어 HIV-1 Gag, Nef, Tat, Rev, Vif, Vpr 및/또는 Vpu 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절은 포함하지 않는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 7: 구현예 1에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 HIV-1 Pol 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절만을 포함하거나 이로 이루어지며, 예를 들어 HIV-1 Env, Gag, Nef, Tat, Rev, Vif, Vpr 및/또는 Vpu 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절은 포함하지 않는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 8: 구현예 1 내지 구현예 7 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 HIV Tat, Rev, Vif, Vpr 및 Vpu 유전자 중 1종, 2종, 3종 또는 4종에 의해 인코딩되는 분절을 함유하지 않는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 9: 구현예 1 내지 구현예 8 중 어느 하나에 있어서, 상기 폴리펩타이드 분절이 바이러스 프로테옴 서열 집단의 보존된 영역에서 유도된 것인, 융합 폴리펩타이드.
구현예 10: 구현예 9에 있어서, 상기 보존된 영역이 환자 간(interpatient) 집단의 HIV-1 종 사이에서 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 초과로 보존된 것인, 융합 폴리펩타이드.
구현예 11: 구현예 9 또는 구현예 10에 있어서, 상기 보존된 영역이 HIV-1 분기군 A 내지 K 중 하나 이상, 예를 들어 분기군 A, B, C, D 및 G 중 하나 이상, 또는 HIV-1 분기군 A 내지 K 중 하나 이상의 재조합 형태, 및 이들의 조합 중에서 보존된 것인, 융합 폴리펩타이드.
구현예 12: 구현예 1 내지 구현예 11 중 어느 하나에 있어서, 적어도 5개 및 최대 40개의 폴리펩타이드 분절, 예를 들어 5개의 폴리펩타이드 분절 및 최대 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개, 40개의 폴리펩타이드 분절을 포함하는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 13: 구현예 1 내지 구현예 12 중 어느 하나에 있어서, 각각의 폴리펩타이드 분절의 길이가 적어도 8개의 아미노산 및 최대 약 30개, 예를 들어 최대 약 50개, 예를 들어 최대 약 100개, 예를 들어 최대 약 250개의 아미노산, 예를 들어 적어도 8개의 아미노산 내지 최대 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개, 40개, 45개, 50개, 55개, 60개, 65개, 70개, 75개, 80개, 85개, 90개, 95개, 100개, 110개, 120개, 130개, 140개, 150개, 160개, 170개, 180개, 190개, 200개, 210개, 220개, 230개, 240개 또는 250개의 아미노산인, 융합 폴리펩타이드.
구현예 14: 구현예 1 내지 구현예 13 중 어느 하나에 있어서, 상기 융합 폴리펩타이드의 전장이 적어도 약 350개의 아미노산 및 최대 약 1000개의 아미노산, 예를 들어 적어도 약 350개의 아미노산 및 최대 약 360개, 370개, 380개, 390개, 400개, 410개, 420개, 430개, 440개, 450개, 460개, 470개, 480개, 490개, 500개, 510개, 520개, 530개, 540개, 550개, 560개, 570개, 580개, 590개, 600개, 610개, 620개, 630개, 640개, 650개, 670개, 680개, 690개, 700개, 710개, 720개, 730개, 740개, 750개, 760개, 770개, 780개, 790개, 800개, 810개, 820개, 830개, 840개, 850개, 860개, 870개, 880개, 890개, 900개, 910개, 920개, 930개, 940개, 950개, 960개, 970개, 980개, 990개 또는 1000개의 아미노산을 포함하는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 15: 구현예 1 내지 구현예 13 중 어느 하나에 있어서, 상기 융합 폴리펩타이드의 전장이 적어도 약 500개의 아미노산 및 최대 약 1000개의 아미노산, 예를 들어 적어도 약 500개의 아미노산 및 최대 약 550개, 560개, 570개, 580개, 590개, 600개, 610개, 620개, 630개, 640개, 650개, 670개, 680개, 690개, 700개, 710개, 720개, 730개, 740개, 750개, 760개, 770개, 780개, 790개, 800개, 810개, 820개, 830개, 840개, 850개, 860개, 870개, 880개, 890개, 900개, 910개, 920개, 930개, 940개, 950개, 960개, 970개, 980개, 990개 또는 1000개의 아미노산을 포함하는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 16: 구현예 1 내지 구현예 13 중 어느 하나에 있어서, 상기 융합 폴리펩타이드의 전장이 HIV-1 유전자 Gag, Nef 및 Pol에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절만을 포함하거나 이로 이루어지며, 그 길이가 적어도 약 700개의 아미노산 및 최대 약 800개의 아미노산, 예를 들어 적어도 약 700개의 아미노산 및 최대 약 710개, 720개, 730개, 740개, 750개, 760개, 770개, 780개, 790개 또는 800개의 아미노산인, 융합 폴리펩타이드(예를 들어, 서열번호 345 내지 350, 422 내지 423이 예시적인 융합 폴리펩타이드임).
구현예 17: 구현예 1 내지 구현예 13 중 어느 하나에 있어서, 상기 융합 폴리펩타이드의 전장이 HIV-1 유전자 Gag 및 Nef에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절만을 포함하거나 이로 이루어지며, 그 길이가 적어도 약 340개의 아미노산 및 최대 약 500개의 아미노산, 예를 들어 적어도 약 340개의 아미노산 및 최대 약 350개, 360개, 370개, 380개, 390개, 400개, 410개, 420개, 430개, 440개, 450개, 460개, 470개, 480개, 490개 또는 500개의 아미노산이고, 선택적 N-말단 신호 펩타이드를 포함하는, 융합 폴리펩타이드(예를 들어, 서열번호 351 내지 356, 430이 예시적인 융합 폴리펩타이드임).
구현예 18: 구현예 1 내지 구현예 13 중 어느 하나에 있어서, 상기 융합 폴리펩타이드의 전장이 HIV-1 유전자 Pol 및 Env에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절만을 포함하거나 이로 이루어지며, 그 길이가 적어도 약 335개의 아미노산 및 최대 약 970개의 아미노산, 예를 들어 적어도 약 335개의 아미노산 및 최대 약 340개, 350개, 360개, 370개, 380개, 390개, 400개, 410개, 420개, 430개, 440개, 450개, 460개, 470개, 480개, 490개, 500개, 510개, 520개, 530개, 540개, 550개, 560개, 570개, 580개, 590개, 600개, 610개, 620개, 630개, 640개, 650개, 670개, 680개, 690개, 700개, 710개, 720개, 730개, 740개, 750개, 760개, 770개, 780개, 790개, 800개, 810개, 820개, 830개, 840개, 850개, 860개, 870개, 880개, 890개, 900개, 910개, 920개, 930개, 940개, 950개, 960개 또는 970개의 아미노산이고, 선택적 N-말단 신호 펩타이드를 포함하는, 융합 폴리펩타이드(예를 들어, 서열번호 357 내지 366이 예시적인 융합 폴리펩타이드임).
구현예 19: 구현예 1 내지 구현예 13 중 어느 하나에 있어서, 상기 융합 폴리펩타이드의 전장이 HIV-1 유전자 Pol에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절만을 포함하거나 이로 이루어지며, 그 길이가 적어도 약 645개의 아미노산 및 최대 약 675개의 아미노산, 예를 들어 적어도 약 645개의 아미노산 및 최대 약 650개, 655개, 660개, 670개, 675개 또는 680개의 아미노산인, 융합 폴리펩타이드(예를 들어, 서열번호 407 내지 410이 예시적인 융합 폴리펩타이드임).
구현예 20: 구현예 1 내지 구현예 13 중 어느 하나에 있어서, 상기 융합 폴리펩타이드의 전장이 HIV-1 유전자 Env, Gag, Nef 및 Pol에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절만을 포함하거나 이로 이루어지며, 그 길이가 적어도 약 360개의 아미노산 및 최대 약 510개의 아미노산, 예를 들어 적어도 약 360개의 아미노산 및 최대 약 370개, 380개, 390개, 400개, 410개, 420개, 430개, 440개, 450개, 460개, 470개, 480개, 490개, 500개 또는 510개의 아미노산이고, 선택적 N-말단 신호 펩타이드를 포함하는, 융합 폴리펩타이드(예를 들어, 서열번호 367 내지 371, 424, 431 내지 435가 예시적인 융합 폴리펩타이드임).
구현예 21: 구현예 1 내지 구현예 13 중 어느 하나에 있어서, 상기 융합 폴리펩타이드의 전장이 HIV-1 유전자 Env, Gag, Nef 및 Pol에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절만을 포함하거나 이로 이루어지며, 그 길이가 적어도 약 760개의 아미노산 및 최대 약 955개의 아미노산, 예를 들어 적어도 약 760개의 아미노산 및 최대 약 770개, 780개, 790개, 800개, 810개, 820개, 830개, 840개, 850개, 860개, 870개, 880개, 890개, 900개, 910개, 920개, 930개, 940개, 950개, 955개의 아미노산이고, 선택적 N-말단 신호 펩타이드를 포함하는, 융합 폴리펩타이드(예를 들어, 서열번호 373 내지 377, 411이 예시적인 융합 폴리펩타이드임).
구현예 22: 구현예 1 내지 구현예 14 중 어느 하나에 있어서, 상기 융합 폴리펩타이드의 전장이 800개 이하의 아미노산, 예를 들어 795개, 790개, 785개, 780개, 775개, 770개, 765개, 760개, 755개, 750개, 745개, 740개, 735개, 730개, 725개, 720개, 715개, 710개, 705개 또는 700개 이하의 아미노산인, 융합 폴리펩타이드.
구현예 23: 구현예 1 내지 구현예 22 중 어느 하나에 있어서, 각각의 폴리펩타이드 분절이 1종 이상의 예측된 T세포 에피토프를 포함하거나 이로 이루어지는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 24: 구현예 1 내지 구현예 23 중 어느 하나에 있어서, 예를 들어 단일 대상 내에서 또는 다수의 환자 중에서, 1종 이상의 인간 HLA 클래스 I 대립유전자(예를 들어, 1종, 2종, 3종, 4종, 5종 또는 6종의 대립유전자)에 결합하거나 이에 의해 제시되는 폴리펩타이드 분절을 하나 이상 포함하는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 25: 구현예 1 내지 구현예 24 중 어느 하나에 있어서, 적어도 1종의 인간 HLA 클래스 I 분자, 예를 들어 인간 A*0201 HLA 클래스 I 분자에 결합하거나 이에 의해 제시되는 폴리펩타이드 분절을 하나 이상 포함하는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 26: 구현예 1 내지 구현예 25 중 어느 하나에 있어서, 예를 들어 단일 대상 내에서, 1종 이상의 인간 HLA 클래스 I 대립유전자(예를 들어, 1종, 2종, 3종, 4종, 5종 또는 6종의 대립유전자)에 의해 제시되는 8량체, 9량체 및/또는 10량체 폴리펩타이드 분절을 하나 이상 포함하는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 27: 구현예 1 내지 구현예 25 중 어느 하나에 있어서, 하나 이상의 25량체 폴리펩타이드 분절을 포함하며, 각각의 25량체 폴리펩타이드 분절은, 예를 들어 단일 대상 내에서, 1종 이상의 인간 HLA 클래스 I 대립유전자(예를 들어, 1종, 2종, 3종, 4종, 5종 또는 6종의 대립유전자)에 의해 제시되는 8량체, 9량체 및/또는 10량체 폴리펩타이드 분절을 하나 이상 포함하는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 28: 구현예 1 내지 구현예 27 중 어느 하나에 있어서, 예를 들어 단일 대상 내에서, 세포내에서 처리되고 1종 이상의 인간 HLA 클래스 II 대립유전자(예를 들어, 1종, 2종, 3종, 4종, 5종 또는 6종의 대립유전자)에 의해 제시되는 폴리펩타이드 분절을 하나 이상 포함하는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 29: 구현예 1 내지 구현예 28 중 어느 하나에 있어서, 상기 폴리펩타이드 분절 중 하나 이상이 인접한 분절에 인접해 있거나 이에 융합되어 있는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 30: 구현예 1 내지 구현예 28 중 어느 하나에 있어서, 상기 폴리펩타이드 분절 중 하나 이상이 1종 이상의 펩타이드 링커를 통해 인접한 분절에 연결되어 있는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 31: 구현예 30에 있어서, 상기 1종 이상의 펩타이드 링커가 폴리알라닌 링커, 폴리글리신 링커, 절단 가능한 링커, 가요성 링커, 강성 링커, Nef 연결 서열 및 이들의 조합 중 1종 이상에서 선택되는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 32: 구현예 31에 있어서, 상기 폴리알라닌 링커가 2개 또는 3개의 연속 알라닌 잔기, 예를 들어 AA, AAA(서열번호 378), AAY(서열번호 379) 또는 AAX(서열번호 380)를 포함하거나 이로 이루어지며, 여기서 X는 임의의 아미노산(예를 들어, A, C, D, E, F, G, H, I, K, L, M, N, P, Q, R, S, T, V, Y)인, 융합 폴리펩타이드.
구현예 33: 구현예 31에 있어서, 상기 가요성 링커 또는 폴리글리신 링커가 GG, GGS(서열번호 419), GSG(서열번호 420) 또는 GGGS(서열번호 421)를 포함하거나 이로 이루어지는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 34: 구현예 31에 있어서, 상기 절단 가능한 링커가 2A 절단 가능한 펩타이드(예를 들어, 구제역바이러스(F2A), 말 A형비염바이러스(E2A), 돼지 테스코바이러스-1(P2A) 및 토세아 아시그나(Thosea asigna) 바이러스(T2A)), 푸린 인식/절단 서열(예를 들어, REKR(서열번호 382), RRKR(서열번호 383), RAKR(서열번호 381)), Nef 연결 서열, 및 이들의 조합, 유도체 또는 변이체에서 선택되는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 35: 구현예 34에 있어서, 상기 절단 가능한 링커가 RAKR(서열번호 381), REKR(서열번호 382) 및 RRKR(서열번호 383)로 이루어지는 군에서 선택되는 푸린 인식/절단 부위를 포함하거나 이로 이루어지는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 36: 구현예 34 또는 구현예 35에 있어서, 상기 절단 가능한 링커가 ATNFSLLKQAGDVEENPGP(서열번호 384), APVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP(서열번호 385), RAKRAPVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP(서열번호 386), QCTNYALLKLAGDVESNPGP(서열번호 387) 또는 EGRGSLLTCGDVEENPGP(서열번호 388)와 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 적어도 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나, 또는 ATNFSLLKQAGDVEENPGP(서열번호 384), APVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP(서열번호 385), RAKRAPVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP(서열번호 386), QCTNYALLKLAGDVESNPGP(서열번호 387) 또는 EGRGSLLTCGDVEENPGP(서열번호 388)의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 37: 구현예 31에 있어서, 상기 Nef 연결 서열이 VHAGPIA(서열번호 389), VHAGPVA(서열번호 390) 또는 GALDI(서열번호 391)와 적어도 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나, 또는 VHAGPIA(서열번호 389), VHAGPVA(서열번호 390) 및 GALDI(서열번호 391)에서 선택되는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 38: 구현예 1 내지 구현예 37 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 서열번호 1 내지 344에서 선택되는 폴리펩타이드 분절을 적어도 2개, 예를 들어 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개, 40개 또는 그 이상 포함하는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 39: 구현예 1 내지 구현예 38 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 HIV-1 Gag 유전자에 인코딩되는 1종 이상의 바이러스 단백질, 또는 이의 단편 또는 하위서열의 분절을 하나 이상 포함하는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 40: 구현예 39에 있어서, 상기 HIV-1 Gag 유전자에 의해 인코딩되는 1종 이상의 바이러스 단백질이 p7, p17 및 p24에서 선택되고, 여기서 융합 폴리펩타이드는 임의의 p6 단백질을 포함하지 않는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 41: 구현예 39 또는 구현예 40에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 하기에서 선택되는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 적어도 2개, 예를 들어 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개, 40개 또는 그 이상 포함하는, 융합 폴리펩타이드:
Figure pat00001
서열번호 68 내지 146 및 339 내지 342;
서열번호 68, 69, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 92, 93, 101, 102, 103, 104, 109, 110, 115, 116, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145 및 146;
서열번호 76, 77, 86, 87 및 92 내지 124;
서열번호 76, 77, 86, 87, 94 및 95;
서열번호 76, 86 및 94;
서열번호 77, 87 및 95;
서열번호 68 내지 79 및 92 내지 124;
서열번호 70 내지 71, 76 내지 77 및 94 내지 95;
서열번호 78, 79, 96, 99, 100, 107, 108, 113, 114, 121, 122, 123, 124, 137 및 138;
서열번호 78, 99, 107, 113, 121, 123 및 137;
서열번호 78, 79, 90, 91, 97, 98, 99, 100, 105, 106, 107, 108, 111, 112, 113, 114, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 137 및 138;
서열번호 78, 90, 97, 105, 111, 117, 119 및 137; 및
서열번호 78 및 137.
구현예 42: 구현예 39 내지 구현예 41 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 31번 내지 53번, 37번 내지 51번, 142번 내지 166번, 175번 내지 199번, 183번 내지 191번, 257번 내지 282번, 257번 내지 290번, 265번 내지 282번, 288번 내지 313번, 288번 내지 321번, 296번 내지 313번, 333번 내지 357번, 337번 내지 361번, 341번 내지 349번, 345번 내지 353번 및 429번 내지 444번에서 선택되는 아미노산 잔기 위치에 상응하는 HIV-1 Gag 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 적어도 2개, 예를 들어 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개 또는 그 이상 포함하며, 여기서 아미노산 위치는 서열번호 404에 대한 것인, 융합 폴리펩타이드.
구현예 43: 구현예 39 내지 구현예 42 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 1번 내지 30번, 54번 내지 127번, 138번 내지 146번, 370번 내지 428번 및 445번 내지 500번에서 선택되는 아미노산 잔기 위치에 상응하는 HIV-1 Gag 아미노산 서열 또는 이의 하위서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 1개, 2개, 3개, 4개, 5개 또는 그 이상 포함하지 않으며, 여기서 아미노산 위치는 서열번호 404에 대한 것인, 융합 폴리펩타이드.
구현예 44: 구현예 39 내지 구현예 43 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 서열번호 444 내지 448 중 어느 하나의 HIV-1 Gag 아미노산 서열, 또는 서열번호 444 내지 448 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열, 또는 이들의 하위서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 1개, 2개, 3개, 4개, 5개 또는 그 이상 포함하지 않는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 45: 구현예 1 내지 구현예 44 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 HIV-1 Nef 유전자에 의해 인코딩되는 바이러스 단백질의 분절을 하나 이상 포함하는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 46: 구현예 45에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 하기에서 선택되는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 적어도 하나, 예를 들어 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개 또는 그 이상 포함하는, 융합 폴리펩타이드:
서열번호 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171 및 172;
서열번호 147, 148, 149, 150, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 166, 167, 168, 169, 170 및 171;
서열번호 149 내지 152;
서열번호 151 및 152;
서열번호 149, 150, 151, 152, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173 및 174;
서열번호 151, 152, 161 및 162;
서열번호 151 및 152;
서열번호 153, 154, 172 및 173;
서열번호 153 및 172;
서열번호 153, 154, 155, 156, 157, 158, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172 및 173;
서열번호 153 및 165; 및
서열번호 153.
구현예 47: 구현예 45 또는 구현예 46에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 64번 내지 102번, 81번 내지 102번, 88번 내지 97번, 91번 내지 99번, 130번 내지 148번, 130번 내지 154번, 134번 내지 142번, 134번 내지 148번, 136번 내지 148번, 137번 내지 145번, 137번 내지 145번 및 117번 내지 154번에서 선택되는 아미노산 잔기 위치에 상응하는 HIV-1 Nef 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 적어도 2개, 예를 들어 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개 또는 그 이상 포함하며, 여기서 아미노산 위치는 서열번호 405에 대한 것인, 융합 폴리펩타이드.
구현예 48: 구현예 45 내지 구현예 47 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 1번 내지 63번, 103번 내지 116번 및 155번 내지 206번에서 선택되는 아미노산 잔기 위치에 상응하는 HIV-1 Nef 아미노산 서열 또는 이의 하위서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 1개, 2개, 3개 또는 그 이상 포함하지 않으며, 여기서 아미노산 위치는 서열번호 405에 대한 것인, 융합 폴리펩타이드.
구현예 49: 구현예 45 내지 구현예 48 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 서열번호 449 내지 451 중 어느 하나의 HIV-1 Nef 아미노산 서열, 또는 서열번호 449 내지 451 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열, 또는 이들의 하위서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 1개, 2개, 3개 또는 그 이상 포함하지 않는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 50: 구현예 1 내지 구현예 49 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 HIV-1 Gag 및 Nef 유전자에 의해 인코딩되는 바이러스 단백질의 하나 이상의 분절을 포함하거나 이로 이루어지는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 51: 구현예 50에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 하기에서 선택되는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 적어도 2개, 예를 들어 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개, 40개 또는 그 이상 포함하는, 융합 폴리펩타이드:
서열번호 68 내지 79 및 92 내지 124, 149, 150, 151, 152, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173 및 174;
서열번호 70, 71, 76, 77, 94, 95, 151, 152, 161 및 162;
서열번호 70, 76, 94, 151 및 161; 및
서열번호 71, 77, 95, 152 및 162.
구현예 52: 구현예 1 내지 구현예 4 및 구현예 8 내지 구현예 51 중 어느 하나에 있어서, N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함하거나 이로 이루어지는, 융합 폴리펩타이드:
서열번호 70, 76, 94, 151 및 161; 또는
서열번호 71, 77, 95, 152 및 162.
구현예 53: 구현예 1 내지 구현예 52 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 서열번호 351 내지 356 및 430 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 351 내지 356 및 430 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어지는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 54: 구현예 1, 구현예 2, 구현예 6 및 구현예 9 내지 구현예 53 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 HIV-1 Env 유전자에 의해 인코딩되는 1종 이상의 바이러스 단백질의 분절을 하나 이상 포함하는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 55: 구현예 54에 있어서, 상기 HIV-1 Env 유전자에 의해 인코딩되는 1종 이상의 바이러스 단백질이 gp120 및 gp41에서 선택되는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 56: 구현예 54 또는 구현예 55에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 하기에서 선택되는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 적어도 2개, 예를 들어 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개, 40개 또는 그 이상 포함하는, 융합 폴리펩타이드:
서열번호 1 내지 67 및 338;
서열번호 2, 3, 8, 9, 13, 14, 17, 18, 23, 24, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 58, 59, 62, 63, 64, 65, 66 및 67;
서열번호 4, 5, 6, 7, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 28, 29, 30, 37, 38, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61 및 338;
서열번호 4, 5, 6, 7, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 28, 29, 30, 37, 38, 41 및 42;
서열번호 28, 29, 30 및 41 내지 56;
서열번호 28, 29, 41 및 42;
서열번호 4, 5, 6, 7, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 37 및 38;
서열번호 4, 5, 11, 12, 37 및 38;
서열번호 6, 7, 15, 16, 21, 22, 30, 60 및 61;
서열번호 6, 15, 21, 30 및 60;
서열번호 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 19, 20, 27, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61 및 338;
서열번호 1, 10, 19, 27, 55, 56 및 57; 및
서열번호 6, 15 및 60.
구현예 57: 구현예 54 내지 구현예 56 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 28번 내지 52번, 34번 내지 48번, 34번 내지 47번, 36번 내지 44번, 59번 내지 83번, 64번 내지 83번, 66번 내지 83번, 67번 내지 75번, 113번 내지 137번, 235번 내지 259번, 586번 내지 594번, 586번 내지 610번, 589번 내지 606번 및 594번 내지 602번에서 선택되는 아미노산 잔기 위치에 상응하는 HIV-1 Env 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 적어도 2개, 예를 들어 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개 또는 그 이상 포함하며, 여기서 아미노산 위치는 서열번호 403에 대한 것인, 융합 폴리펩타이드.
구현예 58: 구현예 54 내지 구현예 57 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 1번 내지 27번, 53번 내지 58번, 84번 내지 112번, 138번 내지 234번, 269번 내지 474번, 490번 내지 501번, 611번 내지 856번에서 선택되는 아미노산 잔기 위치에 상응하는 HIV-1 Env 아미노산 서열 또는 이의 하위서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개 또는 그 이상 포함하지 않으며, 여기서 아미노산 위치는 서열번호 403에 대한 것인, 융합 폴리펩타이드.
구현예 59: 구현예 54 내지 구현예 57 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 서열번호 437 내지 443 중 어느 하나의 HIV-1 Env 아미노산 서열, 또는 서열번호 437 내지 443 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열, 또는 이들의 하위서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 1개, 2개, 3개, 4개, 5개 또는 그 이상 포함하지 않는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 60: 구현예 1 내지 구현예 58 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 HIV-1 Pol 유전자에 의해 인코딩되는 1종 이상의 바이러스 단백질의 하나 이상의 분절을 포함하거나 이로 이루어지는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 61: 구현예 60에 있어서, 상기 HIV-1 Pol 유전자에 의해 인코딩되는 1종 이상의 바이러스 단백질이 프로테아제(PR), 역전사효소(RT) 및 인테그라아제(INT) 중 1종 이상에서 선택되는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 62: 구현예 60 또는 구현예 61에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 하기에서 선택되는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 적어도 2개, 예를 들어 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개, 40개 또는 그 이상 포함하는, 융합 폴리펩타이드:
서열번호 174 내지 337 및 343 내지 344;
서열번호 174, 175, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 213, 214, 221, 222, 236, 237, 245, 246, 247, 248, 249, 250, 251, 252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 263, 264, 266, 267, 268, 269, 270, 271, 272, 273, 278, 279, 280, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 291, 292, 293, 294, 295, 305, 306, 307, 308, 309, 310, 313, 314, 315, 316, 317, 318, 321 및 322;
서열번호 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 221, 222, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 300, 301, 305, 306, 307, 308, 311, 312, 321, 322, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336 및 337;
서열번호 180, 181, 186, 187, 221, 222, 294, 295, 307, 308, 321 및 322;
서열번호 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266, 267, 282, 283, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 300, 301, 302, 305, 306, 319, 320, 321, 322, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336 및 337;
서열번호 176, 177, 188, 189, 213, 214, 223, 224, 259, 260, 282, 283, 294, 295, 305, 306, 319 및 320;
서열번호 180, 181, 186, 187, 221, 222, 294, 295, 321 및 322;
서열번호 182 내지 202, 292 내지 302, 305 및 306;
서열번호 188, 189, 294, 295, 305 및 306;
서열번호 176, 177, 178, 179, 180, 181, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266, 267, 282, 283, 319, 320, 321, 322, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336 및 337;
서열번호 176, 177, 213, 214, 223, 224, 259, 260, 282, 283, 319 및 320;
서열번호 192, 201, 202, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 229, 230, 231, 240, 241, 242, 243, 244, 265, 276, 277, 298, 299, 302, 311, 312, 327, 328, 331, 332, 333, 336 및 337;
서열번호 192, 201, 215, 217, 219, 229, 230, 240, 241, 243, 265, 276, 298, 302, 311, 327, 331, 333 및 336;
서열번호 190, 191, 192, 197, 198, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 238, 239, 261, 262, 274, 275, 276, 277, 296, 297, 298, 299, 300, 301, 302, 303, 304, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336, 337, 343, 344, 375 및 376;
서열번호 190, 197, 209, 210, 211, 225, 227, 234, 238, 261, 296, 300, 303, 323, 325, 329 및 334; 및
서열번호 192, 215, 217, 219, 229, 230, 276, 298, 302, 327, 331, 333 및 336.
구현예 63: 구현예 54 내지 구현예 62 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 하기에서 선택되는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 적어도 2개, 예를 들어 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개, 40개 또는 그 이상 포함하는, 융합 폴리펩타이드:
서열번호 4, 5, 6, 7, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 28, 29, 30, 37, 38, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266, 267, 282, 283, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 300, 301, 302, 305, 306, 319, 320, 321, 322, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336, 337 및 338;
서열번호 4, 5, 6, 7, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 28, 29, 30, 37, 38, 41, 42, 176, 177, 188, 189, 213, 214, 223, 224, 259, 260, 282, 283, 294, 295, 305, 306, 319 및 320;
서열번호 28, 29, 30, 41 내지 56, 182 내지 202, 292 내지 302, 305 및 306;
서열번호 28, 29, 41, 42, 188, 189, 294, 295, 305 및 306;
서열번호 4, 5, 6, 7, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 37, 38, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266, 267, 282, 283, 319, 320, 321, 322, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336 및 337; 및
서열번호 4, 5, 11, 12, 37, 38, 176, 177, 213, 214, 223, 224, 259, 260, 282, 283, 319 및 320.
구현예 64: 구현예 1, 구현예 6, 구현예 9 내지 구현예 38 및 구현예 54 내지 구현예 63 중 어느 하나에 있어서, N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함하거나 이로 이루어지는, 융합 폴리펩타이드:
서열번호 188, 305, 28, 41, 294, 4, 176, 11, 319, 259, 282, 223, 213 및 37;
서열번호 188, 305, 28, 41 및 294;
서열번호 4, 176, 11, 319, 259, 282, 223, 213 및 37;
서열번호 189, 306, 29, 42, 295, 5, 177, 12, 320, 260, 283, 224, 214 및 38;
서열번호 189, 306, 29, 42 및 295;
서열번호 5, 177, 12, 320, 260, 283, 224, 214 및 38;
서열번호 305, 319, 259, 282, 223, 213, 294, 176 및 188;
서열번호 306, 320, 260, 283, 224, 214, 295, 177 및 189;
서열번호 305, 294, 223, 213, 176, 259, 319, 188 및 282;
서열번호 306, 295, 224, 214, 177, 260, 320, 189 및 283;
서열번호 305, 294, 319, 259, 282, 223, 176 및 188;
서열번호 306, 295, 320, 260, 283, 224, 177 및 189;
서열번호 305, 223, 294, 176, 259, 319, 188 및 282; 또는
서열번호 306, 224, 295, 177, 260, 320, 189 및 283.
구현예 65: 구현예 60 내지 구현예 64 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 144번 내지 168번, 152번 내지 160번, 291번 내지 315번, 326번 내지 350번, 328번 내지 352번, 330번 내지 354번, 333번 내지 354번, 334번 내지 342번, 336번 내지 344번, 338번 내지 346번, 374번 내지 398번, 380번 내지 404번, 382번 내지 390번, 388번 내지 396번, 399번 내지 423번, 400번 내지 424번, 406번 내지 430번, 553번 내지 577번, 642번 내지 666번, 650번 내지 658번, 759번 내지 783번, 767번 내지 775번, 768번 내지 792번, 776번 내지 784번, 834번 내지 858번, 940번 내지 964번, 947번 내지 971번, 948번 내지 956번, 948번 내지 972번, 955번 내지 963번, 956번 내지 964번, 980번 내지 1003번 및 988번 내지 996번에서 선택되는 아미노산 잔기 위치에 상응하는 HIV-1 Pol 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 적어도 2개, 예를 들어 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 39개, 30개 또는 그 이상 포함하며, 여기서 아미노산 위치는 서열번호 406에 대한 것인, 융합 폴리펩타이드.
구현예 66: 구현예 60 내지 구현예 65 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 1번 내지 55번, 118번 내지 128번, 321번 내지 325번, 355번 내지 366번, 432번 내지 541번, 607번 내지 641번, 667번 내지 682번, 709번 내지 746번, 828번 내지 833번, 921번 내지 930번에서 선택되는 아미노산 잔기 위치에 상응하는 HIV-1 Pol 아미노산 서열 또는 이의 하위서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개 또는 그 이상 포함하지 않으며, 여기서 아미노산 위치는 서열번호 406에 대한 것인, 융합 폴리펩타이드.
구현예 67: 구현예 60 내지 구현예 66 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 서열번호 452 내지 461 중 어느 하나의 HIV-1 Pol 아미노산 서열, 또는 서열번호 452 내지 461 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열, 또는 이들의 하위서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 1개, 2개, 3개, 4개, 5개 또는 그 이상 포함하지 않는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 68: 구현예 1, 구현예 6 내지 구현예 38 및 구현예 54 내지 구현예 67 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 서열번호 357 내지 366 및 407 내지 410 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 357 내지 366 및 407 내지 410 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어지는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 69: 구현예 1, 구현예 3 및 구현예 8 내지 구현예 68 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 Gag, Nef 및 Pol 유전자에 의해 인코딩되는 바이러스 단백질의 분절을 포함하거나 이로 이루어지는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 70: 구현예 69에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 하기에서 선택되는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 적어도 2개, 예를 들어 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개, 40개 또는 그 이상 포함하는, 융합 폴리펩타이드:
서열번호 76, 77, 86, 87, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 149, 150, 151, 152, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 221, 222, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 300, 301, 305, 306, 307, 308, 311, 312, 321, 322, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336, 337, 339, 340, 341 및 342; 및
서열번호 76, 77, 86, 87, 94, 95, 151, 152, 181, 182, 186, 187, 221, 222, 294, 195, 307, 308, 321, 322.
구현예 71: 구현예 69 내지 구현예 70 중 어느 하나에 있어서, N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함하거나 이로 이루어지는, 융합 폴리펩타이드:
서열번호 76, 86, 94, 180, 186, 221, 294, 307, 321 및 151; 또는
서열번호 77, 87, 95, 181, 187, 222, 295, 308, 322 및 152.
구현예 72: 구현예 69 내지 구현예 71 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 서열번호 345 내지 350, 표 1의 서열, 및 서열번호 422 내지 424 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 345 내지 350, 표 1의 서열, 및 서열번호 422 내지 424 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어지는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 73: 구현예 1 내지 구현예 72 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 Gag, Pol, Env 및 Nef 유전자에 의해 인코딩되는 바이러스 단백질의 분절을 포함하거나 이로 이루어지며, 여기서 상기 복수의 폴리펩타이드 분절은 각각 인간 HLA 대립유전자 A*0201에 결합하거나 이에 의해 제시될 수 있는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 74: 구현예 73에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절 각각의 길이가 8개 내지 35개의 아미노산, 예를 들어 9개 내지 34개의 아미노산, 예를 들어 9개 내지 25개의 아미노산인, 융합 폴리펩타이드.
구현예 75: 구현예 73 또는 구현예 74에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 하기에서 선택되는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 적어도 2개, 예를 들어 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개, 40개 또는 그 이상 포함하는, 융합 폴리펩타이드:
서열번호 6, 7, 15, 16, 21, 22, 30, 60, 61, 78, 79, 96, 99, 100, 107, 108, 113, 114, 121, 122, 123, 124, 137, 138, 153, 154, 172, 173, 192, 201, 202, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 229, 230, 231, 240, 241, 242, 243, 244, 265, 276, 277, 298, 299, 302, 311, 312, 327, 328, 331, 332, 333, 336 및 337;
서열번호 6, 15, 21, 30, 60, 78, 99, 107, 113, 121, 123, 137, 153, 172, 192, 201, 215, 217, 219, 229, 230, 240, 241, 243, 265, 276, 298, 302, 311, 327, 331, 333 및 336;
서열번호 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 19, 20, 27, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 78, 79, 90, 91, 97, 98, 99, 100, 105, 106, 107, 108, 111, 112, 113, 114, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 137, 138, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 190, 191, 192, 197, 198, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 238, 239, 261, 262, 274, 275, 276, 277, 296, 297, 298, 299, 300, 301, 302, 303, 304, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336, 337, 338, 343 및 344;
서열번호 1, 10, 19, 27, 55, 56, 57, 78, 90, 97, 105, 111, 117, 119, 137, 153, 165, 190, 197, 209, 210, 211, 225, 227, 234, 238, 261, 296, 300, 303, 323, 325, 329 및 334.
구현예 76: 구현예 73 내지 구현예 75 중 어느 하나에 있어서, N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함하거나 이로 이루어지는, 융합 폴리펩타이드:
서열번호 201, 78, 107, 96, 229, 172, 327, 6, 333, 243, 331, 192, 265, 311, 137, 15, 123, 30, 336, 302, 153, 219, 298, 121, 230, 240, 60, 241, 276, 113, 99, 21, 217 및 215;
서열번호 78, 296, 1, 339, 197, 329, 232, 323, 303, 234, 90, 261, 274, 238, 211, 325, 137, 227, 209, 190, 341, 57, 225, 27, 210, 119, 19, 165, 334, 117, 153, 10, 97 및 300; 또는
서열번호 296, 1, 78, 197, 339, 227, 261, 274, 238, 325, 137, 329, 303, 234, 90, 232, 27, 57, 225, 323, 190, 341, 119, 19, 165, 334, 117, 153, 10, 97 및 300.
구현예 77: 구현예 73 내지 구현예 76 중 어느 하나에 있어서, 상기 복수의 폴리펩타이드 분절이 서열번호 367 내지 377, 411, 431 내지 435 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 367 내지 377, 411, 431 내지 435 중 어느 하나와 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어지는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 78: 구현예 1 내지 구현예 77 중 어느 하나에 있어서, 아미노산 서열 YMDD(서열번호 462) 또는 YVDD(서열번호 463)를 포함하지 않는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 79: 구현예 78에 있어서, 서열번호 215, 216, 217, 218, 219 및 220에서 선택되는 아미노산 서열을 하나 이상 포함하지 않는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 80: 구현예 78 또는 구현예 79에 있어서, 서열번호 209, 210, 211, 212, 213, 214, 343 및 344에서 선택되는 아미노산 서열을 하나 이상 포함하지 않는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 81: 서열번호 345 내지 352, 357 내지 362, 367, 373, 407 내지 411 또는 422 내지 424의 아미노산 서열, 또는 서열번호 345 내지 352, 357 내지 362, 367, 373, 407 내지 411, 422 내지 424 및 431 내지 435 중 어느 하나와 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하는 융합 폴리펩타이드.
구현예 82: 구현예 1 내지 구현예 81 중 어느 하나에 있어서, N-말단 신호 펩타이드 또는 리더 서열을 포함하는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 83: 구현예 82에 있어서, 상기 신호 펩타이드 또는 리더 서열이 혈청 단백질, 사이토카인, 케모카인, 샤페론 단백질, 불변 단백질, 및 단백질을 리소좀 구획으로 유도하는 단백질에서 선택되는 공급원 단백질에서 유래한 것인, 융합 폴리펩타이드.
구현예 84: 구현예 82 또는 구현예 83에 있어서, 상기 신호 펩타이드 또는 리더 서열이 집락자극인자 2(CSF2, GM-CSF), 조직형 플라스미노겐 활성화제(PLAT, t-PA), C-C 모티프 케모카인 리간드 7(CCL7, MCP-3), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 10(CXCL10, IP-10), 카테닌 베타 1(CTNNB1), CD74(p33; DHLAG; HLADG; Ia-GAMMA, 불변 사슬), 혈청 알부민(ALB), 폴리유비퀴틴 B/C(UBB/UBC), 칼레티쿨린(CALR), 수포성구내염바이러스 G 단백질(VSV-G), 리소좀 관련 막단백질 1(LAMP-1) 및 리소좀 관련 막단백질 2(LAMP-2)로 이루어지는 군에서 선택되는 공급원 단백질에서 유래한 것인, 융합 폴리펩타이드.
구현예 85: 구현예 82 내지 구현예 84 중 어느 하나에 있어서, 상기 신호 펩타이드 또는 리더 서열이 서열번호 393 내지 402 및 412 내지 413 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 393 내지 402 및 412 내지 413 중 어느 하나와 적어도 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열에서 선택되는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 86: 구현예 1 내지 구현예 85 중 어느 하나에 있어서, 재조합적으로 생산되거나 화학적으로 합성된, 융합 폴리펩타이드.
구현예 87: 구현예 1 내지 구현예 86 중 어느 하나에 있어서, 인간에서 면역반응을 유도, 촉진 또는 자극시킬 수 있는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 88: 구현예 1 내지 구현예 87 중 어느 하나에 있어서, 인간에서 HIV-1에 대한 면역반응을 유도, 촉진 또는 자극시킬 수 있는, 융합 폴리펩타이드.
구현예 89: 구현예 1 내지 구현예 88 중 어느 하나에 있어서, 단핵구 유래 수지상세포(DC), CD8+ T세포 및 CD4+ T세포에서 선택되는 1종 이상의 세포 유형의 증식 및/또는 활성화를 유도, 촉진 또는 자극시킬 수 있는, 융합 폴리펩타이드.
폴리뉴클레오타이드, 리포플렉스(lipoplex), 발현 카세트, 벡터, 숙주세포
구현예 90: 구현예 1 내지 구현예 89 중 어느 하나의 융합 폴리펩타이드 1종 이상을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드.
구현예 91: 구현예 90에 있어서, cDNA, mRNA, 자가 증폭 RNA(SAM), 자가 복제 RNA 또는 자가 증폭 레플리콘 RNA(RepRNA)를 포함하거나 이러한 형태인, 폴리뉴클레오타이드.
구현예 92: 구현예 91에 있어서, 하나 이상의 자가 복제 또는 자가 증폭 알파바이러스 레플리콘을 포함하는, 폴리뉴클레오타이드.
구현예 93: 구현예 90 내지 구현예 92 중 어느 하나에 있어서, 서열번호 414 내지 418 중 어느 하나의 핵산 서열, 또는 서열번호 414 내지 418 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 핵산 서열을 포함하는, 폴리뉴클레오타이드.
구현예 94: 구현예 90 내지 구현예 93 중 어느 하나의 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 리포플렉스, 예를 들어 지질 나노입자(LNP).
구현예 95: 하나 이상의 조절 서열에 작동 가능하게 연결된 구현예 90 내지 구현예 93 중 어느 하나의 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 발현 카세트.
구현예 96: 구현예 95에 있어서, 상기 폴리뉴클레오타이드가 구성적 프로모터에 작동 가능하게 연결되어 있고 이의 제어 하에 있는, 발현 카세트.
구현예 97: 구현예 95 또는 구현예 96에 있어서, 상기 프로모터가 CMV 프로모터, CAG 프로모터 및 EF1a 프로모터에서 선택되는, 발현 카세트.
구현예 98: 구현예 90 내지 구현예 93 중 어느 하나의 폴리뉴클레오타이드 1종 이상, 또는 구현예 95 내지 구현예 97 중 어느 하나의 발현 카세트를 포함하는 벡터.
구현예 99: 구현예 98에 있어서, 플라스미드 벡터, 박테리아 벡터 또는 바이러스 벡터인, 벡터.
구현예 100: 구현예 98 또는 구현예 99에 있어서, 바이러스 벡터 또는 바이러스 발현 벡터인, 벡터.
구현예 101: 구현예 98 내지 구현예 100 중 어느 하나에 있어서, 상기 바이러스 벡터 또는 바이러스 발현 벡터가 DNA 바이러스 또는 RNA 바이러스에서 유래한 것인, 벡터.
구현예 102: 구현예 98 내지 구현예 101 중 어느 하나에 있어서, 상기 바이러스 벡터 또는 바이러스 발현 벡터가 아데노바이러스, 아데노연관바이러스, 아레나바이러스, 알파바이러스, 폭스바이러스, 거대세포바이러스, 랍도바이러스(rhabdovirus), 수포성구내염바이러스, 플라비바이러스(flavivirus), 마라바바이러스(maraba virus) 및 백시니아바이러스로 이루어지는 군에서 선택되는 바이러스에서 유래한 것인, 벡터.
구현예 103: 구현예 98 내지 구현예 102 중 어느 하나에 있어서, 상기 바이러스 벡터 또는 바이러스 발현 벡터가 아데노바이러스과, 아레나바이러스과, 헤르페스바이러스과(예를 들어, 거대세포바이러스), 폭스바이러스과(예를 들어, 백시니아바이러스, 예를 들어 변형된 백시니아 안카라(MVA: modified vaccinia Ankara)), 파라믹소바이러스과(예를 들어, 홍역바이러스), 플라비바이러스과(예를 들어, 황열병바이러스), 랍도바이러스과(예를 들어, 수포성바이러스, 예를 들어 마라바 수포성바이러스), 토가바이러스과(예를 들어, 알파바이러스)에서 선택되는 분류학적 패밀리의 바이러스에서 유래한 것인, 벡터.
구현예 104: 구현예 98 내지 구현예 103 중 어느 하나에 있어서, 상기 바이러스 벡터 또는 바이러스 발현 벡터가 림프구성맥락수막염 맘마레나바이러스(mammarenavirus)(LCMV), 칼리(Cali) 맘마레나바이러스(소위, 피킨데(Pichinde) 맘마레나바이러스 또는 피킨데 아레나바이러스), 구아나리토바이러스(Guanarito virus)(GTOV), 주닌바이러스(Junin virus)(JUNV), 라싸바이러스(Lassa virus)(LASV), 루조바이러스(Lujo virus)(LUJV), 마추포바이러스(Machupo virus)(MACV), 사비아바이러스(Sabia virus)(SABV) 및 화이트워터아로요바이러스(Whitewater Arroyo virus)(WWAV)에서 선택되는 아레나바이러스 벡터인, 벡터.
구현예 105: 구현예 104에 있어서, 상기 바이러스 벡터 또는 바이러스 발현 벡터가 림프구성맥락수막염 맘마레나바이러스(LCMV) 또는 칼리 맘마레나바이러스(소위, 피킨데 맘마레나바이러스 또는 피킨데 아레나바이러스)에서 선택되는 아레나바이러스 벡터인, 벡터.
구현예 106: 구현예 98 내지 구현예 103 중 어느 하나에 있어서, 상기 바이러스 벡터 또는 바이러스 발현 벡터가 인간 아데노바이러스 또는 유인원 아데노바이러스(예를 들어, 침팬지 아데노바이러스, 고릴라 아데노바이러스 또는 레서스 아데노바이러스)인, 벡터.
구현예 107: 구현예 106에 있어서, 상기 바이러스 벡터 또는 바이러스 발현 벡터가 아데노바이러스 혈청형 5(Ad5), 아데노바이러스 혈청형 26(Ad26), 아데노바이러스 혈청형 34(Ad34), 아데노바이러스 혈청형 35(Ad35), 아데노바이러스 혈청형 48(Ad48), 침팬지 아데노바이러스(예를 들어, ChAd3(AdC3), ChAd5(AdC5), ChAd6(AdC6), ChAd7(AdC7), ChAd8(AdC8), ChAd9(AdC9), ChAd10(AdC10), ChAd11(AdC11), ChAd17(AdC17), ChAd16(AdC16), ChAd19(AdC19), ChAd20(AdC20), ChAd22(AdC22), ChAd24(AdC24), ChAdY25, ChAd26(AdC26), ChAd28(AdC28), ChAd30(AdC30), ChAd31(AdC31), ChAd37(AdC37), ChAd38(AdC38), ChAd43(AdC43), ChAd44(AdC44), ChAd55(AdC55), ChAd63(AdC63), ChAdV63, ChAd68(AdC68), ChAd73(AdC73), ChAd82(AdC82), ChAd83(AdC83), ChAd143(AdC143), ChAd144(AdC144), ChAd145(AdC145), ChAd147(AdC147)), 고릴라 아데노바이러스(예를 들어, GC44, GC45, GC46) 및 레서스 아데노바이러스(예를 들어, RhAd51, RhAd52, RhAd53, RhAd54, RhAd55, RhAd56, RhAd57, RhAd58, RhAd59, RhAd60, RhAd61, RhAd62, RhAd63, RhAd64, RhAd65, RhAd66)에서 선택되는 아데노바이러스 벡터인, 벡터.
구현예 108: 구현예 98 내지 구현예 107 중 어느 하나에 있어서, 상기 바이러스 벡터 또는 바이러스 발현 벡터가 복제 결함, 복제 불충분, 복제 약화된 또는 복제 가능 벡터인, 벡터.
구현예 109: 구현예 98 내지 구현예 108 중 어느 하나에 있어서, 상기 바이러스 벡터 또는 바이러스 발현 벡터가 서열번호 345 내지 377, 407 내지 411, 422 내지 424, 430 내지 435 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 345 내지 377, 407 내지 411, 422 내지 424, 430 내지 435 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 1종 이상의 융합 단백질을 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 아데노바이러스 벡터인, 벡터.
구현예 110: 구현예 98 내지 구현예 109 중 어느 하나에 있어서, 하기 아미노산 서열과 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 동일하거나 100% 동일한 2종 이상의 융합 단백질을 인코딩하는 2종 이상의 폴리뉴클레오타이드를 포함하는, 벡터: 서열번호 345 및 346; 서열번호 347 및 348; 서열번호 349 및 350; 서열번호 351 및 352; 서열번호 430 및 352; 서열번호 357 및 358; 서열번호 360 및 362; 서열번호 359 및 361; 서열번호 351 및 357; 서열번호 351 및 358; 서열번호 351 및 359; 서열번호 351 및 360; 서열번호 351 및 361; 서열번호 351 및 362; 서열번호 351 및 407; 서열번호 351 및 408; 서열번호 351 및 409; 서열번호 351 및 410; 서열번호 352 및 357; 서열번호 352 및 358; 서열번호 352 및 359; 서열번호 352 및 360; 서열번호 352 및 361; 서열번호 352 및 362; 서열번호 352 및 407; 서열번호 352 및 408; 서열번호 352 및 409; 서열번호 352 및 410; 서열번호 430 및 357; 서열번호 430 및 358; 서열번호 430 및 359; 서열번호 430 및 360; 서열번호 430 및 361; 서열번호 430 및 362; 서열번호 407 및 409; 서열번호 407 및 408; 서열번호 408 및 410; 또는 서열번호 409 및 410.
구현예 111: 구현예 90 내지 구현예 93 중 어느 하나의 폴리뉴클레오타이드 1종 이상, 또는 구현예 98 내지 구현예 110 중 어느 하나의 벡터 1종 이상을 포함하는 숙주세포.
구현예 112: 구현예 111에 있어서, 상기 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드가 숙주세포 게놈에 통합되어 있지 않고, 예를 들어 에피솜인, 숙주세포.
구현예 113: 구현예 111에 있어서, 상기 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드가 숙주세포 게놈에 통합되어 있는, 숙주세포.
구현예 114: 구현예 111 내지 구현예 113 중 어느 하나에 있어서, 포유류 세포, 예를 들어 인간 세포, 예를 들어 BHK-21, A549, Vero, HEK293(예를 들어, HEK293E, HEK293F, HEK293H, HEK293T, Expi293™) 세포, MDCK, Caco-2 및 Calu-3에서 선택되는 세포주인, 숙주세포.
구현예 115: 구현예 111 내지 구현예 114 중 어느 하나에 있어서, 시험관내에 있는, 숙주세포.
구현예 116: 구현예 111 내지 구현예 114 중 어느 하나에 있어서, 생체내에 있는, 숙주세포.
조성물
구현예 117: 구현예 1 내지 구현예 89 중 어느 하나의 융합 폴리펩타이드 1종 이상, 또는 구현예 90 내지 구현예 93 중 어느 하나의 폴리뉴클레오타이드 1종 이상, 또는 구현예 98 내지 구현예 110 중 어느 하나의 벡터 1종 이상과, 약학적으로 허용 가능한 담체를 포함하는 면역원성 조성물.
구현예 118: 구현예 117에 있어서, 구현예 1 내지 구현예 89 중 어느 하나의 융합 폴리펩타이드 2종 이상, 또는 구현예 90 내지 구현예 93 중 어느 하나의 폴리뉴클레오타이드 2종 이상, 또는 구현예 98 내지 구현예 110 중 어느 하나의 벡터 2종 이상을 포함하는, 면역원성 조성물.
구현예 119: 구현예 117 또는 구현예 118에 있어서, 상기 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드가 DNA, cDNA, mRNA 또는 자가 복제 RNA를 포함하거나 이러한 형태인, 면역원성 조성물.
구현예 120: 구현예 117 또는 구현예 118에 있어서, 하기 1) 및 2)를 포함하는, 면역원성 조성물:
1) N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함하거나 이로 이루어지는 1종 이상의 융합 폴리펩타이드:
서열번호 70, 76, 94, 151 및 161; 또는
서열번호 71, 77, 95, 152 및 162; 및
2) N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함하거나 이로 이루어지는 1종 이상의 융합 폴리펩타이드:
서열번호 188, 305, 28, 41, 294, 4, 176, 11, 319, 259, 282, 223, 213 및 37;
서열번호 188, 305, 28, 41 및 294;
서열번호 4, 176, 11, 319, 259, 282, 223, 213 및 37;
서열번호 189, 306, 29, 42, 295, 5, 177, 12, 320, 260, 283, 224, 214 및 38;
서열번호 189, 306, 29, 42 및 295;
서열번호 5, 177, 12, 320, 260, 283, 224, 214 및 38;
서열번호 305, 319, 259, 282, 223, 213, 294, 176 및 188;
서열번호 306, 320, 260, 283, 224, 214, 295, 177 및 189;
서열번호 305, 294, 223, 213, 176, 259, 319, 188 및 282;
서열번호 306, 295, 224, 214, 177, 260, 320, 189 및 283;
서열번호 305, 294, 319, 259, 282, 223, 176 및 188;
서열번호 306, 295, 320, 260, 283, 224, 177 및 189;
서열번호 305, 223, 294, 176, 259, 319, 188 및 282; 또는
서열번호 306, 224, 295, 177, 260, 320, 189 및 283.
구현예 121: 구현예 117 내지 구현예 120 중 어느 하나에 있어서, 1종 이상의 아데노바이러스 벡터를 포함하며, 각각의 아데노바이러스 벡터는 서열번호 345 내지 377, 407 내지 411, 422 내지 424, 430 내지 435 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 345 내지 377, 407 내지 411, 422 내지 424, 430 내지 435 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 1종 이상의 융합 단백질을 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드를 포함하는, 면역원성 조성물.
구현예 122: 구현예 117 내지 구현예 121 중 어느 하나에 있어서, 1종 이상의 바이러스 벡터를 포함하며, 각각의 바이러스 벡터는 하기 아미노산 서열과 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 동일하거나 100% 동일한 2종 이상의 융합 단백질을 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드를 포함하는, 면역원성 조성물: 서열번호 345 및 346; 서열번호 347 및 348; 서열번호 349 및 350; 서열번호 351 및 352; 서열번호 430 및 352; 서열번호 357 및 358; 서열번호 360 및 362; 서열번호 359 및 361; 서열번호 351 및 357; 서열번호 351 및 358; 서열번호 351 및 359; 서열번호 351 및 360; 서열번호 351 및 361; 서열번호 351 및 362; 서열번호 351 및 407; 서열번호 351 및 408; 서열번호 351 및 409; 서열번호 351 및 410; 서열번호 352 및 357; 서열번호 352 및 358; 서열번호 352 및 359; 서열번호 352 및 360; 서열번호 352 및 361; 서열번호 352 및 362; 서열번호 352 및 407; 서열번호 352 및 408; 서열번호 352 및 409; 서열번호 352 및 410; 서열번호 430 및 357; 서열번호 430 및 358; 서열번호 430 및 359; 서열번호 430 및 360; 서열번호 430 및 361; 서열번호 430 및 362; 서열번호 407 및 409; 서열번호 407 및 408; 서열번호 408 및 410; 또는 서열번호 409 및 410.
구현예 123: 구현예 117 내지 구현예 122 중 어느 하나에 있어서, 하기 1) 및 2)를 포함하는, 면역원성 조성물:
1) 서열번호 351 내지 356 및 430 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 351 내지 356 및 430 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하는 1종 이상의 융합 폴리펩타이드; 및
2) 서열번호 357 내지 366 및 407 내지 410 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 357 내지 366 및 407 내지 410 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하는 1종 이상의 융합 폴리펩타이드.
구현예 124: 구현예 1 내지 구현예 89 중 어느 하나의 융합 폴리펩타이드 1종 이상, 또는 구현예 90 내지 구현예 93 중 어느 하나의 폴리뉴클레오타이드 1종 이상, 또는 구현예 98 내지 구현예 110 중 어느 하나의 벡터 1종 이상과, 약학적으로 허용 가능한 담체를 포함하는 약학적 조성물.
구현예 125: 구현예 124에 있어서, 2종 이상의 융합 폴리펩타이드, 2종 이상의 폴리뉴클레오타이드 또는 2종 이상의 벡터를 포함하는, 약학적 조성물.
구현예 126: 구현예 124 또는 구현예 125에 있어서, 아쥬반트(adjuvant), 면역자극제, 세제, 미셀(micelle) 형성제 및 오일 중 1종 이상을 추가로 포함하는, 약학적 조성물.
구현예 127: 구현예 126에 있어서, 상기 면역조절제가 톨유사 수용체(toll-like receptor)(TLR) 아고니스트, 사이토카인(예를 들어, IL-2, IL-7, IL-12, IL-15, IL-18, IL-21, IFN-α, IFN-γ, GM-CSF, FLT3LG, 및 이들의 조합 및 기능성 변이체), 비(非)코딩 면역자극 폴리뉴클레오타이드(예를 들어, 병원체 활성화 분자 패턴(PAMP: pathogen-activated molecular pattern), 시토신-포스페이트-구아노신(CpG) 올리고데옥시뉴클레오타이드, 및 면역자극 RNA(isRNA, 예를 들어 CV8102)), 저해성 면역 체크포인트 단백질의 저해제 또는 자극성 면역 체크포인트 단백질의 자극제에서 선택되는, 약학적 조성물.
구현예 128: 구현예 124 내지 구현예 127 중 어느 하나에 있어서, 정맥내, 근육내, 피내, 피하 및 점막(예를 들어, 협측, 비강내, 직장내, 질내)으로 이루어지는 군에서 선택되는 경로를 통한 투여를 위해 제형화된, 약학적 조성물.
구현예 129: 구현예 124 내지 구현예 128 중 어느 하나에 있어서, 액체로 제형화된, 약학적 조성물.
구현예 130: 구현예 124 내지 구현예 128 중 어느 하나에 있어서, 동결건조된, 약학적 조성물.
키트
구현예 131: 구현예 1 내지 구현예 89 중 어느 하나의 융합 폴리펩타이드 1종 이상, 또는 구현예 90 내지 구현예 93 중 어느 하나의 폴리뉴클레오타이드 1종 이상, 또는 구현예 98 내지 구현예 110 중 어느 하나의 벡터 1종 이상, 또는 구현예 117 내지 구현예 121 중 어느 하나의 면역원성 조성물 1종 이상, 또는 구현예 124 내지 구현예 130 중 어느 하나의 약학적 조성물 1종 이상의 단위 용량을 하나 이상 포함하는 키트.
구현예 132: 구현예 131에 있어서, 상기 하나 이상의 단위 용량이 단일 용기 내에 있는, 키트.
구현예 133: 구현예 131에 있어서, 상기 하나 이상의 단위 용량이 둘 이상의 별개의 용기 내에 있는, 키트.
구현예 134: 구현예 131 내지 구현예 133 중 어느 하나에 있어서, 바이알, 앰풀 및 사전 로딩된 시린지로 이루어지는 군에서 선택되는 용기를 하나 이상 포함하는, 키트.
구현예 135: 구현예 131 내지 구현예 134 중 어느 하나에 있어서, 수용액 중에 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드 또는 1종 이상의 벡터를 포함하는 용기를 하나 이상 포함하는, 키트.
구현예 136: 구현예 131 내지 구현예 135 중 어느 하나에 있어서, 상기 하나 이상의 단위 용량이 동일한, 키트.
구현예 137: 구현예 131 내지 구현예 135 중 어느 하나에 있어서, 상기 하나 이상의 단위 용량이 상이한, 키트.
구현예 138: 구현예 131 내지 구현예 137 중 어느 하나에 있어서, 구현예 98 내지 구현예 110 중 어느 하나의 바이러스 벡터 1종 이상의 단위 용량을 하나 이상 포함하며, 여기서 상기 단위 용량은 약 103 내지 약 1015의 바이러스포커스형성단위(FFU: viral focus forming unit) 또는 플라크형성단위(PFU: plaque forming unit) 또는 감염유발단위(IU: infectious unit) 또는 바이러스 입자(vp), 예를 들어 약 104 내지 약 107 의 바이러스 FFU 또는 PFU 또는 IU 또는 vp, 예를 들어 약 103 내지 약 104, 105, 106, 107, 108, 109, 1010, 1011, 1012, 1013, 1014 또는 1015의 바이러스 FFU 또는 PFU 또는 IU 또는 vp 범위인, 키트.
구현예 139: 구현예 131 내지 구현예 138 중 어느 하나에 있어서, 구현예 1 내지 구현예 89 중 어느 하나의 융합 폴리펩타이드 2종 이상, 또는 구현예 90 내지 구현예 93 중 어느 하나의 폴리뉴클레오타이드 2종 이상, 또는 구현예 98 내지 구현예 110 중 어느 하나의 벡터 2종 이상을 포함하는, 키트.
구현예 140: 구현예 139에 있어서, 상기 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 2종 이상의 폴리뉴클레오타이드 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 2종 이상의 벡터를 포함하며, 상기 융합 폴리펩타이드는 하기 1) 및 2)를 포함하는, 키트:
1) N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함하거나 이로 이루어지는 1종 이상의 융합 폴리펩타이드:
서열번호 70, 76, 94, 151 및 161; 또는
서열번호 71, 77, 95, 152 및 162; 및
2) N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함하거나 이로 이루어지는 1종 이상의 융합 폴리펩타이드:
서열번호 188, 305, 28, 41, 294, 4, 176, 11, 319, 259, 282, 223, 213 및 37;
서열번호 188, 305, 28, 41 및 294;
서열번호 4, 176, 11, 319, 259, 282, 223, 213 및 37;
서열번호 189, 306, 29, 42, 295, 5, 177, 12, 320, 260, 283, 224, 214 및 38;
서열번호 189, 306, 29, 42 및 295;
서열번호 5, 177, 12, 320, 260, 283, 224, 214 및 38;
서열번호 305, 319, 259, 282, 223, 213, 294, 176 및 188;
서열번호 306, 320, 260, 283, 224, 214, 295, 177 및 189;
서열번호 305, 294, 223, 213, 176, 259, 319, 188 및 282;
서열번호 306, 295, 224, 214, 177, 260, 320, 189 및 283;
서열번호 305, 294, 319, 259, 282, 223, 176 및 188;
서열번호 306, 295, 320, 260, 283, 224, 177 및 189;
서열번호 305, 223, 294, 176, 259, 319, 188 및 282; 또는
서열번호 306, 224, 295, 177, 260, 320, 189 및 283.
구현예 141: 구현예 139에 있어서, 상기 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 2종 이상의 폴리뉴클레오타이드 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 2종 이상의 벡터를 포함하며, 상기 융합 폴리펩타이드는 하기 1) 및 2)를 포함하는, 키트:
1) 서열번호 351 내지 356 및 430 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 351 내지 356 및 430 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하는 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 이를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 이를 발현시킬 수 있는 1종 이상의 벡터; 및
2) 서열번호 357 내지 366 및 407 내지 410 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 357 내지 366 및 407 내지 410 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하는 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 이를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 이를 발현시킬 수 있는 1종 이상의 벡터.
구현예 142: 구현예 131 내지 구현예 141 중 어느 하나에 있어서, 상기 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 벡터를 포함하며, 상기 융합 폴리펩타이드는 N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함하거나 이로 이루어지는, 키트:
서열번호 201, 78, 107, 96, 229, 172, 327, 6, 333, 243, 331, 192, 265, 311, 137, 15, 123, 30, 336, 302, 153, 219, 298, 121, 230, 240, 60, 241, 276, 113, 99, 21, 217 및 215;
서열번호 78, 296, 1, 339, 197, 329, 232, 323, 303, 234, 90, 261, 274, 238, 211, 325, 137, 227, 209, 190, 341, 57, 225, 27, 210, 119, 19, 165, 334, 117, 153, 10, 97 및 300; 또는
서열번호 296, 1, 78, 197, 339, 227, 261, 274, 238, 325, 137, 329, 303, 234, 90, 232, 27, 57, 225, 323, 190, 341, 119, 19, 165, 334, 117, 153, 10, 97 및 300.
구현예 143: 구현예 131 내지 구현예 142 중 어느 하나에 있어서, 상기 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 벡터를 포함하며, 상기 융합 폴리펩타이드는 서열번호 345 내지 377, 411, 422 내지 424 및 430 내지 435 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 345 내지 377, 411, 422 내지 424 및 430 내지 435 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어지는, 키트.
구현예 144: 구현예 131 내지 구현예 143 중 어느 하나에 있어서, 1종 이상의 아데노바이러스 벡터를 포함하며, 각각의 아데노바이러스 벡터는 서열번호 345 내지 377, 407 내지 411, 422 내지 424, 430 내지 435 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 345 내지 377, 407 내지 411, 422 내지 424, 430 내지 435 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 1종 이상의 융합 단백질을 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드를 포함하는, 키트.
구현예 145: 구현예 131 내지 구현예 144 중 어느 하나에 있어서, 1종 이상의 바이러스 벡터를 포함하며, 여기서 각각의 바이러스 벡터는 하기 아미노산 서열과 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 동일하거나 100% 동일한 2종 이상의 융합 단백질을 인코딩하는 2종 이상의 폴리뉴클레오타이드를 포함하는, 키트: 서열번호 345 및 346; 서열번호 347 및 348; 서열번호 349 및 350; 서열번호 351 및 352; 서열번호 430 및 352; 서열번호 357 및 358; 서열번호 360 및 362; 서열번호 359 및 361; 서열번호 351 및 357; 서열번호 351 및 358; 서열번호 351 및 359; 서열번호 351 및 360; 서열번호 351 및 361; 서열번호 351 및 362; 서열번호 351 및 407; 서열번호 351 및 408; 서열번호 351 및 409; 서열번호 351 및 410; 서열번호 352 및 357; 서열번호 352 및 358; 서열번호 352 및 359; 서열번호 352 및 360; 서열번호 352 및 361; 서열번호 352 및 362; 서열번호 352 및 407; 서열번호 352 및 408; 서열번호 352 및 409; 서열번호 352 및 410; 서열번호 430 및 357; 서열번호 430 및 358; 서열번호 430 및 359; 서열번호 430 및 360; 서열번호 430 및 361; 서열번호 430 및 362; 서열번호 407 및 409; 서열번호 407 및 408; 서열번호 408 및 410; 또는 서열번호 409 및 410.
구현예 146: 구현예 131 내지 구현예 145 중 어느 하나에 있어서, 1종 이상의 추가 치료제의 단위 용량을 하나 이상 추가로 포함하는, 키트.
구현예 147: 구현예 146에 있어서, 잠복 HIV를 활성화시키는 1종 이상의 작용제, 예를 들어 1종 이상의 잠복 역전제(LRA: latency reversing agent)를 포함하는, 키트.
구현예 148: 구현예 146 또는 구현예 147에 있어서, 1종 이상의 톨유사 수용체(TLR)의 아고니스트 또는 활성화제, 히스톤 데아세틸라아제(HDAC) 저해제, 프로테아좀 저해제, 단백질 키나아제 C(PKC) 활성화제, Smyd2 저해제, BET-브로모도메인 4(BRD4) 저해제, 이오노마이신, 세포자멸사 단백질 저해제(IAP) 안타고니스트 및 제2 미토콘드리아 유래 카스파아제 활성화제(SMAC) 모방체로 이루어지는 군에서 선택되는 1종 이상의 LRA를 포함하는, 키트.
구현예 149: 구현예 146 내지 구현예 148 중 어느 하나에 있어서, 1종 이상의 톨유사 수용체(TLR)의 1종 이상의 아고니스트 또는 활성화제를 포함하는, 키트.
구현예 150: 구현예 149에 있어서, 상기 TLR 아고니스트 또는 활성화제가 TLR2 아고니스트, TLR3 아고니스트, TLR4 아고니스트, TLR5 아고니스트, TLR7 아고니스트, TLR8 아고니스트 및 TLR9 아고니스트로 이루어지는 군에서 선택되는, 키트.
구현예 151: 구현예 149 또는 구현예 150에 있어서, 상기 TLR7 아고니스트가 GS 9620(베사톨리모드(vesatolimod)), R848(레시퀴모드(resiquimod)), DS-0509, LHC-165 및 TMX-101(이미퀴모드(imiquimod))로 이루어지는 군에서 선택되고/되거나, 상기 TLR8 아고니스트가 GS-9688, R848(레시퀴모드), CV8102(이중 TLR7/TLR8 아고니스트) 및 NKTR-262(이중 TLR7/TLR8 아고니스트)로 이루어지는 군에서 선택되는, 키트.
구현예 152: 구현예 149 내지 구현예 151 중 어느 하나에 있어서, 상기 TLR9 아고니스트가 AST-008, 코비톨리모드(cobitolimod), CMP-001, IMO-2055, IMO-2125, 리테니모드(litenimod), MGN-1601, BB-001, BB-006, IMO-3100, IMO-8400, IR-103, IMO-9200, 아가톨리모드(agatolimod), DIMS-9054, DV-1079, DV-1179, AZD-1419, 레피톨리모드(lefitolimod)(MGN-1703), CYT-003, CYT-003-QbG10, 틸소톨리모드(tilsotolimod) 및 PUL-042로 이루어지는 군에서 선택되는, 키트.
구현예 153: 구현예 146 내지 구현예 152 중 어느 하나에 있어서, IL-2, IL-7, IL-12, IL-15, IL-18, IL-21, IFN-α, IFN-γ, GM-CSF 및 FLT3LG에서 선택되는 인터류킨의 1종 이상의 인터류킨 수용체 아고니스트를 포함하는, 키트.
구현예 154: 구현예 153에 있어서, IL-2, IL-7, IL-12, IL-15, IL-18, IL-21, IFN-α, IFN-γ, GM-CSF, FLT3LG, 및 이들의 조합 및 기능성 변이체로 이루어지는 군에서 선택되는 1종 이상의 사이토카인을 포함하는, 키트.
구현예 155: 구현예 146 내지 구현예 154 중 어느 하나에 있어서, 1종 이상의 선천성 면역 활성화제를 포함하는, 키트.
구현예 156: 구현예 155에 있어서, 상기 1종 이상의 선천성 면역 활성화제가 비코딩 면역자극 폴리뉴클레오타이드(예를 들어, 병원체 활성화 분자 패턴(PAMP), 시토신-포스페이트-구아노신(CpG) 올리고데옥시뉴클레오타이드, 및 면역자극 RNA(isRNA, 예를 들어 CV8102)), fms 관련 티로신 키나아제 3(FLT3), 인터페론 유전자 자극제(STING) 수용체, DExD/H-박스 헬리카아제 58(DDX58; 소위, RIG-I), 뉴클레오타이드 결합 올리고머화 도메인 함유 단백질 2(NOD2)로 이루어지는 군에서 선택되는 수용체의 아고니스트를 포함하는, 키트.
구현예 157: 구현예 146 내지 구현예 156 중 어느 하나에 있어서, 저해성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체의 1종 이상의 차단제, 안타고니스트 또는 저해제, 및/또는 자극성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체의 1종 이상의 활성화제 또는 아고니스트를 포함하는, 키트.
구현예 158: 구현예 157에 있어서, 상기 1종 이상의 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체가 하기로 이루어지는 군에서 선택되는, 키트: CD27, CD70; CD40, CD40LG; CD47, CD48(SLAMF2), 막관통 및 면역글로불린 도메인 함유 단백질 2(TMIGD2, CD28H), CD84(LY9B, SLAMF5), CD96, CD160, MS4A1(CD20), CD244(SLAMF4); CD276(B7H3); V-세트 도메인 함유 T세포 활성화 저해제 1(VTCN1, B7H4); V-세트 면역조절 수용체(VSIR, B7H5, VISTA); 면역글로불린 슈퍼패밀리 멤버 11(IGSF11, VSIG3); 자연살해세포 세포독성 수용체 3 리간드 1(NCR3LG1, B7H6); HERV-H LTR 관련 단백질 2(HHLA2, B7H7); 유도성 T세포 공동자극제(ICOS, CD278); 유도성 T세포 공동자극제 리간드(ICOSLG, B7H2); TNF 수용체 슈퍼패밀리 멤버 4(TNFRSF4, OX40); TNF 슈퍼패밀리 멤버 4(TNFSF4, OX40L); TNFRSF8(CD30), TNFSF8(CD30L); TNFRSF10A(CD261, DR4, TRAILR1), TNFRSF9(CD137), TNFSF9(CD137L); TNFRSF10B(CD262, DR5, TRAILR2), TNFRSF10(TRAIL); TNFRSF14(HVEM, CD270), TNFSF14(HVEML); CD272(B림프구 및 T림프구 관련 단백질(BTLA)); TNFRSF17(BCMA, CD269), TNFSF13B(BAFF); TNFRSF18(GITR), TNFSF18(GITRL); MHC 클래스 I 폴리펩타이드 관련 서열 A(MICA); MHC 클래스 I 폴리펩타이드 관련 서열 B(MICB); CD274(CD274, PDL1, PD-L1); 세포예정사 1(PDCD1, PD1, PD-1); 세포독성 T림프구 관련 단백질 4(CTLA4, CD152); CD80(B7-1), CD28; 넥틴 세포부착분자 2(NECTIN2, CD112); CD226(DNAM-1); 폴리오바이러스 수용체(PVR) 세포부착분자(PVR, CD155); PVR 관련 면역글로불린 도메인 함유 단백질(PVRIG, CD112R); Ig 및 ITIM 도메인을 갖는 T세포 면역수용체(TIGIT); T세포 면역글로불린 및 뮤신 도메인 함유 단백질 4(TIMD4; TIM4); A형간염바이러스 세포 수용체 2(HAVCR2, TIMD3, TIM3); 갈렉틴(galectin) 9(LGALS9); 림프구 활성화 유전자 3 단백질(LAG3, CD223); 신호전달 림프구 활성화 분자 패밀리 멤버 1(SLAMF1, SLAM, CD150); 림프구 항원 9(LY9, CD229, SLAMF3); SLAM 패밀리 멤버 6(SLAMF6, CD352); SLAM 패밀리 멤버 7(SLAMF7, CD319); UL16 결합 단백질 1(ULBP1); UL16 결합 단백질 2(ULBP2); UL16 결합 단백질 3(ULBP3); 레티노산 초기 전사체 1E(RAET1E; ULBP4); 레티노산 초기 전사체 1G(RAET1G; ULBP5); 레티노산 초기 전사체 1L(RAET1L; ULBP6); 림프구 활성화 유전자 3 단백질(CD223); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 3개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR, CD158E1); 살해세포 렉틴 유사 수용체 C1(KLRC1, NKG2A, CD159A); 살해세포 렉틴 유사 수용체 K1(KLRK1, NKG2D, CD314); 살해세포 렉틴 유사 수용체 C2(KLRC2, CD159c, NKG2C); 살해세포 렉틴 유사 수용체 C3(KLRC3, NKG2E); 살해세포 렉틴 유사 수용체 C4(KLRC4, NKG2F); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR2DL1); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 2(KIR2DL2); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 3(KIR2DL3); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 3개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR3DL1); 살해세포 렉틴 유사 수용체 D1(KLRD1); 및 SLAM 패밀리 멤버 7(SLAMF7).
구현예 159: 구현예 157 또는 구현예 158에 있어서, 1종 이상의 T세포 저해성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체의 1종 이상의 차단제, 안타고니스트 또는 저해제를 포함하는, 키트.
구현예 160: 구현예 159에 있어서, 상기 T세포 저해성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체가 하기로 이루어지는 군에서 선택되는, 키트: CD274(CD274, PDL1, PD-L1); 세포예정사 1 리간드 2(PDCD1LG2, PD-L2, CD273); 세포예정사 1(PDCD1, PD1, PD-1); 세포독성 T림프구 관련 단백질 4(CTLA4, CD152); CD276(B7H3); V-세트 도메인 함유 T세포 활성화 저해제 1(VTCN1, B7H4); V-세트 면역조절 수용체(VSIR, B7H5, VISTA); 면역글로불린 슈퍼패밀리 멤버 11(IGSF11, VSIG3); TNFRSF14(HVEM, CD270), TNFSF14(HVEML); CD272(B림프구 및 T림프구 관련 단백질(BTLA)); PVR 관련 면역글로불린 도메인 함유 단백질(PVRIG, CD112R); Ig 및 ITIM 도메인을 갖는 T세포 면역수용체(TIGIT); 림프구 활성화 유전자 3 단백질(LAG3, CD223); A형간염바이러스 세포 수용체 2(HAVCR2, TIMD3, TIM3); 갈렉틴 9(LGALS9); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 3개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR, CD158E1); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR2DL1); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 2(KIR2DL2); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 3(KIR2DL3); 및 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 3개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR3DL1).
구현예 161: 구현예 157 내지 구현예 160 중 어느 하나에 있어서, 1종 이상의 T세포 자극성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체의 1종 이상의 아고니스트 또는 활성화제를 포함하는, 키트.
구현예 162: 구현예 161에 있어서, 상기 T세포 자극성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체가 하기로 이루어지는 군에서 선택되는, 키트: CD27, CD70; CD40, CD40LG; 유도성 T세포 공동자극제(ICOS, CD278); 유도성 T세포 공동자극제 리간드(ICOSLG, B7H2); TNF 수용체 슈퍼패밀리 멤버 4(TNFRSF4, OX40); TNF 슈퍼패밀리 멤버 4(TNFSF4, OX40L); TNFRSF9(CD137), TNFSF9(CD137L); TNFRSF18(GITR), TNFSF18(GITRL); CD80(B7-1), CD28; 넥틴 세포부착분자 2(NECTIN2, CD112); CD226(DNAM-1); 폴리오바이러스 수용체(PVR) 세포부착분자(PVR, CD155).
구현예 163: 구현예 157 내지 구현예 162 중 어느 하나에 있어서, 1종 이상의 NK세포 저해성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체의 1종 이상의 차단제, 안타고니스트 또는 저해제를 포함하는, 키트.
구현예 164: 구현예 163에 있어서, 상기 NK세포 저해성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체가 하기로 이루어지는 군에서 선택되는, 키트: 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 3개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR, CD158E1); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR2DL1); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 2(KIR2DL2); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 3(KIR2DL3); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 3개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR3DL1); 살해세포 렉틴 유사 수용체 C1(KLRC1, NKG2A, CD159A); 및 살해세포 렉틴 유사 수용체 D1(KLRD1, CD94).
구현예 165: 구현예 157 내지 구현예 164 중 어느 하나에 있어서, 1종 이상의 NK세포 자극성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체의 1종 이상의 아고니스트 또는 활성화제를 포함하는, 키트.
구현예 166: 구현예 165에 있어서, 상기 NK세포 자극성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체가 하기에서 선택되는, 키트: CD16, CD226(DNAM-1); 살해세포 렉틴 유사 수용체 K1(KLRK1, NKG2D, CD314); 및 SLAM 패밀리 멤버 7(SLAMF7).
구현예 167: 구현예 157 내지 구현예 166 중 어느 하나에 있어서, 상기 1종 이상의 면역 체크포인트 저해제가 PD-L1(CD274), PD-1(PDCD1) 또는 CTLA4의 단백질성 저해제를 포함하는, 키트.
구현예 168: 구현예 167에 있어서, 상기 CTLA4의 단백질성 저해제가 이필리무맙(ipilimumab), 트레멜리무맙(tremelimumab), BMS-986218, AGEN1181, AGEN1884(잘리프렐리맙(zalifrelimab)), BMS-986249, MK-1308, REGN-4659, ADU-1604, CS-1002, BCD-145, APL-509, JS-007, BA-3071, ONC-392, AGEN-2041, JHL-1155, KN-044, CG-0161, ATOR-1144, PBI-5D3H5, FPT-155(CTLA4/PD-L1/CD28), PF-06936308(PD-1/CTLA4), MGD-019(PD-1/CTLA4), KN-046(PD-1/CTLA4), MEDI-5752(CTLA4/PD-1), XmAb-20717(PD-1/CTLA4) 및 AK-104(CTLA4/PD-1)로 이루어지는 군에서 선택되는, 키트.
구현예 169: 구현예 167에 있어서, 상기 PD-L1(CD274) 또는 PD-1(PDCD1)의 단백질성 저해제가 펨브롤리주맙(pembrolizumab), 니볼루맙(nivolumab), 세미플리맙(cemiplimab), 피딜리주맙(pidilizumab), AB122(짐베렐리맙(zimberelimab)), AMP-224, MEDI0680(AMP-514), 스파르탈리주맙(spartalizumab), 아테졸리주맙(atezolizumab), 아벨루맙(avelumab), 두르발루맙(durvalumab), BMS-936559, CK-301, PF-06801591, BGB-A317(티스렐리주맙(tislelizumab)), GLS-010(WBP-3055), AK-103(HX-008), AK-105, CS-1003, HLX-10, MGA-012, BI-754091, AGEN-2034(발스틸리맙(balstilimab)), JS-001(토리팔리맙(toripalimab)), JNJ-63723283, 제놀림주맙(genolimzumab)(CBT-501), LZM-009, BCD-100, LY-3300054, SHR-1201, SHR-1210(캄렐리주맙(camrelizumab)), Sym-021, ABBV-181, PD1-PIK, BAT-1306, (MSB0010718C), CX-072, CBT-502, TSR-042(도스탈리맙(dostarlimab)), MSB-2311, JTX-4014, BGB-A333, SHR-1316, CS-1001(WBP-3155), KN-035, IBI-308(신틸리맙(sintilimab)), HLX-20, KL-A167, STI-A1014, STI-A1015(IMC-001), BCD-135, FAZ-053, TQB-2450, MDX1105-01, FPT-155(CTLA4/PD-L1/CD28), PF-06936308(PD-1/CTLA4), MGD-013(PD-1/LAG-3), FS-118(LAG-3/PD-L1), MGD-019(PD-1/CTLA4), KN-046(PD-1/CTLA4), MEDI-5752(CTLA4/PD-1), RO-7121661(PD-1/TIM-3), XmAb-20717(PD-1/CTLA4), AK-104(CTLA4/PD-1), M7824(PD-L1/TGFβ-EC 도메인), CA-170(PD-L1/VISTA), CDX-527(CD27/PD-L1), LY-3415244(TIM3/PDL1) 및 INBRX-105(4-1BB/PDL1)로 이루어지는 군에서 선택되는, 키트.
구현예 170: 구현예 157 내지 구현예 169 중 어느 하나에 있어서, 상기 1종 이상의 면역 체크포인트 저해제가 CD274(PDL1, PD-L1), 세포예정사 1(PDCD1, PD1, PD-1) 또는 CTLA4의 소분자 저해제를 포함하는, 키트.
구현예 171: 구현예 170에 있어서, 상기 CD274 또는 PDCD1의 소분자 저해제가 GS-4224, GS-4416, INCB086550 및 MAX10181로 이루어지는 군에서 선택되는, 키트.
구현예 172: 구현예 170에 있어서, 상기 CTLA4의 소분자 저해제가 BPI-002를 포함하는, 키트.
구현예 173: 구현예 146 내지 구현예 172 중 어느 하나에 있어서, 1종 이상의 항바이러스제를 추가로 포함하는, 키트.
구현예 174: 구현예 173에 있어서, 상기 1종 이상의 항바이러스제가 HIV 프로테아제 저해제, HIV 역전사효소 저해제, HIV 인테그라아제 저해제, HIV 비(非)촉매부위(또는 알로스테릭(allosteric)) 인테그라아제 저해제, HIV 유입(융합) 저해제, HIV 성숙 저해제 및 캡시드 저해제로 이루어지는 군에서 선택되는, 키트.
HIV의 치료 또는 예방 방법
구현예 175: 구현예 124 내지 구현예 130 중 어느 하나의 약학적 조성물, 또는 구현예 117 내지 구현예 121 중 어느 하나의 면역원성 조성물을, 인간면역결핍바이러스(HIV)에 대한 면역반응의 유도를 필요로 하는 대상에게 투여하는 단계를 포함하는, 인간면역결핍바이러스(HIV)에 대한 면역반응을 유도하는 방법.
구현예 176: 구현예 124 내지 구현예 130 중 어느 하나의 약학적 조성물, 또는 구현예 117 내지 구현예 121 중 어느 하나의 면역원성 조성물을, 인간면역결핍바이러스(HIV)의 치료 또는 예방을 필요로 하는 대상에게 투여하는 단계를 포함하는, 인간면역결핍바이러스(HIV)를 치료 또는 예방하는 방법.
구현예 177: 구현예 175 또는 구현예 176에 있어서, 단일 융합 폴리펩타이드, 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 바이러스 발현 벡터를 투여하는 단계를 포함하며, 여기서 상기 융합 폴리펩타이드는 둘 이상의 다가 폴리펩타이드 분절, 예를 들어 2가 폴리펩타이드 분절을 포함하는, 방법.
구현예 178: 구현예 175 또는 구현예 176에 있어서, 2종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 2종 이상의 바이러스 발현 벡터가 상기 대상에게 동시에 또는 함께 투여되는, 방법.
구현예 179: 구현예 175 내지 구현예 178 중 어느 하나에 있어서, 2종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 2종 이상의 폴리뉴클레오타이드 또는 2종 이상의 바이러스 발현 벡터가 2가 항원 조성물의 형태인, 방법.
구현예 180: 구현예 175 내지 구현예 179 중 어느 하나에 있어서, 상기 대상에게 하기 1) 및 2)를 투여하는 단계를 포함하는, 방법:
1) N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함하거나 이로 이루어지는 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 바이러스 발현 벡터:
서열번호 70, 76, 94, 151 및 161; 또는
서열번호 71, 77, 95, 152 및 162; 및
2) N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함하거나 이로 이루어지는 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 바이러스 발현 벡터:
서열번호 188, 305, 28, 41, 294, 4, 176, 11, 319, 259, 282, 223, 213 및 37;
서열번호 188, 305, 28, 41 및 294;
서열번호 4, 176, 11, 319, 259, 282, 223, 213 및 37;
서열번호 189, 306, 29, 42, 295, 5, 177, 12, 320, 260, 283, 224, 214 및 38;
서열번호 189, 306, 29, 42 및 295;
서열번호 5, 177, 12, 320, 260, 283, 224, 214 및 38;
서열번호 305, 319, 259, 282, 223, 213, 294, 176 및 188;
서열번호 306, 320, 260, 283, 224, 214, 295, 177 및 189;
서열번호 305, 294, 223, 213, 176, 259, 319, 188 및 282;
서열번호 306, 295, 224, 214, 177, 260, 320, 189 및 283;
서열번호 305, 294, 319, 259, 282, 223, 176 및 188;
서열번호 306, 295, 320, 260, 283, 224, 177 및 189;
서열번호 305, 223, 294, 176, 259, 319, 188 및 282; 또는
서열번호 306, 224, 295, 177, 260, 320, 189 및 283.
구현예 181: 구현예 175 내지 구현예 180 중 어느 하나에 있어서, 상기 대상에게 하기 1) 및 2)를 투여하는 단계를 포함하는, 방법:
1) 서열번호 351 내지 356 및 430 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 351 내지 356 및 430 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 바이러스 발현 벡터; 및
2) 서열번호 357 내지 366 및 407 내지 410 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 357 내지 366 및 407 내지 410 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 바이러스 발현 벡터.
구현예 182: 구현예 175 내지 구현예 178 중 어느 하나에 있어서, 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 바이러스 발현 벡터를 상기 대상에게 투여하는 단계를 포함하며, 상기 융합 폴리펩타이드는 N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함하거나 이로 이루어지는, 방법:
서열번호 201, 78, 107, 96, 229, 172, 327, 6, 333, 243, 331, 192, 265, 311, 137, 15, 123, 30, 336, 302, 153, 219, 298, 121, 230, 240, 60, 241, 276, 113, 99, 21, 217 및 215;
서열번호 78, 296, 1, 339, 197, 329, 232, 323, 303, 234, 90, 261, 274, 238, 211, 325, 137, 227, 209, 190, 341, 57, 225, 27, 210, 119, 19, 165, 334, 117, 153, 10, 97 및 300; 또는
서열번호 296, 1, 78, 197, 339, 227, 261, 274, 238, 325, 137, 329, 303, 234, 90, 232, 27, 57, 225, 323, 190, 341, 119, 19, 165, 334, 117, 153, 10, 97 및 300.
구현예 183: 구현예 175 내지 구현예 182 중 어느 하나에 있어서, 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 바이러스 발현 벡터를 상기 대상에게 투여하는 단계를 포함하며, 상기 융합 폴리펩타이드는 서열번호 345 내지 377, 407 내지 411, 422 내지 424, 430 내지 435 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 345 내지 377, 407 내지 411, 422 내지 424, 430 내지 435 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어지는, 방법.
구현예 184: 구현예 175 내지 구현예 183 중 어느 하나에 있어서, 1종 이상의 아데노바이러스 벡터를 상기 대상에게 투여하는 단계를 포함하며, 각각의 아데노바이러스 벡터는 서열번호 345 내지 377, 407 내지 411, 422 내지 424, 430 내지 435 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 345 내지 377, 407 내지 411, 422 내지 424, 430 내지 435 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 1종 이상의 융합 단백질을 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드를 포함하는, 방법.
구현예 185: 구현예 175 내지 구현예 183 중 어느 하나에 있어서, 1종 이상의 바이러스 벡터를 상기 대상에게 투여하는 단계를 포함하며, 여기서 각각의 바이러스 벡터는 하기 아미노산 서열과 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 동일하거나 100% 동일한 2종 이상의 융합 단백질을 인코딩하는 2종 이상의 폴리뉴클레오타이드를 포함하는, 방법: 서열번호 345 및 346; 서열번호 347 및 348; 서열번호 349 및 350; 서열번호 351 및 352; 서열번호 430 및 352; 서열번호 357 및 358; 서열번호 360 및 362; 서열번호 359 및 361; 서열번호 351 및 357; 서열번호 351 및 358; 서열번호 351 및 359; 서열번호 351 및 360; 서열번호 351 및 361; 서열번호 351 및 362; 서열번호 351 및 407; 서열번호 351 및 408; 서열번호 351 및 409; 서열번호 351 및 410; 서열번호 352 및 357; 서열번호 352 및 358; 서열번호 352 및 359; 서열번호 352 및 360; 서열번호 352 및 361; 서열번호 352 및 362; 서열번호 352 및 407; 서열번호 352 및 408; 서열번호 352 및 409; 서열번호 352 및 410; 서열번호 430 및 357; 서열번호 430 및 358; 서열번호 430 및 359; 서열번호 430 및 360; 서열번호 430 및 361; 서열번호 430 및 362; 서열번호 407 및 409; 서열번호 407 및 408; 서열번호 408 및 410; 또는 서열번호 409 및 410.
구현예 186: 구현예 175 내지 구현예 185 중 어느 하나에 있어서, 상기 대상이 HIV-1에 감염되었거나, HIV-1에 감염된 것으로 의심되거나, 또는 HIV-1에 감염될 위험이 있는 대상인, 방법.
구현예 187: 구현예 175 내지 구현예 186 중 어느 하나에 있어서, 상기 대상이 HIV-1에 만성적으로 감염된 대상인, 방법.
구현예 188: 구현예 175 내지 구현예 187 중 어느 하나에 있어서, 상기 대상이 HIV-1에 급성으로 감염된 대상인, 방법.
구현예 189: 구현예 175 내지 구현예 188 중 어느 하나에 있어서, 상기 대상이 Fiebig 병기 IV 또는 그 이전 단계, 예를 들어 Fiebig 병기 III, Fiebig 병기 II 또는 Fiebig 병기 I의 HIV-1 감염 상태인, 방법.
구현예 190: 구현예 175 내지 구현예 189 중 어느 하나에 있어서, 상기 조성물이 정맥내, 근육내, 피내, 피하 및 점막(예를 들어, 협측, 비강내, 직장내, 질내)에서 선택되는 경로를 통해 투여되는, 방법.
구현예 191: 구현예 175 내지 구현예 190 중 어느 하나에 있어서, 투여 당, 약 103 내지 약 1015의 바이러스포커스형성단위(FFU) 또는 플라크형성단위(PFU) 또는 감염유발단위(IU) 또는 바이러스 입자(vp), 예를 들어 약 104 내지 약 107의 바이러스 FFU 또는 PFU 또는 IU 또는 vp, 예를 들어 약 103 내지 약 104, 105, 106, 107, 108, 109, 1010, 1011, 1012, 1013, 1014 또는 1015의 바이러스 FFU 또는 PFU 또는 IU 또는 vp를 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
구현예 192: 구현예 175 내지 구현예 191 중 어느 하나에 있어서, 하기 (i) 또는 (ii)를 포함하는 프라임-부스트 요법을 포함하는, 방법:
(i) 첫 번째 시점에서 프라이밍 조성물을 투여하고 한 차례 이상의 후속 시점에서 1종 이상의 부스팅 조성물을 투여함(예를 들어, 프라임-부스트-부스트-부스트 등); 또는
(ii) 첫 번째 시점에서 프라이밍 조성물을 투여하고 두 번째 시점에서 부스팅 조성물을 투여하는 것을 한 차례 이상 반복함(예를 들어, 프라임-부스트-프라임-부스트 등).
구현예 193: 구현예 192에 있어서, 상기 프라이밍 조성물과 1종 이상의 부스팅 조성물의 투여가 적어도 1주, 2주, 3주 또는 1개월 간격, 예를 들어 적어도 2개월, 3개월, 4개월, 5개월 또는 6개월 간격으로 분리되어 있는, 방법.
구현예 194: 구현예 192 또는 구현예 193에 있어서, 상기 프라이밍 조성물과 부스팅 조성물이 동일한 면역원성 조성물을 포함하는, 방법.
구현예 195: 구현예 192 또는 구현예 193에 있어서, 상기 프라이밍 조성물과 부스팅 조성물이 상이한 면역원성 조성물을 포함하는, 방법.
구현예 196: 구현예 192 또는 구현예 193에 있어서, 상기 프라이밍 조성물과 부스팅 조성물이 동일한 1종 이상의 융합 폴리펩타이드와 동일한 폴리뉴클레오타이드 또는 바이러스 발현 벡터를 포함하는, 방법.
구현예 197: 구현예 192 또는 구현예 193에 있어서, 상기 프라이밍 조성물과 부스팅 조성물이 상이한 융합 폴리펩타이드 및/또는 상이한 폴리뉴클레오타이드 또는 바이러스 발현 벡터를 포함하는, 방법.
구현예 198: 구현예 197에 있어서, 제1 폴리뉴클레오타이드 또는 바이러스 발현 벡터를 이용하여 프라이밍하고, 제2 폴리뉴클레오타이드 또는 바이러스 발현 벡터를 이용하여 부스팅하는 것을 포함하는, 방법.
구현예 199: 구현예 192 내지 구현예 198 중 어느 하나에 있어서, 상기 프라임-부스트 요법이 하기를 포함하는, 방법:
a) 바이러스 발현 벡터를 이용하여 프라이밍하고, 폴리뉴클레오타이드를 이용하여 부스팅함(여기서, 상기 폴리뉴클레오타이드는 DNA, cDNA, mRNA 또는 자가 복제 RNA임);
b) 폴리뉴클레오타이드를 이용하여 프라이밍하고(여기서, 상기 폴리뉴클레오타이드는 DNA, cDNA, mRNA 또는 자가 복제 RNA임), 바이러스 발현 벡터를 이용하여 부스팅함;
c) 제1 바이러스 발현 벡터를 이용하여 프라이밍하고, 제2 바이러스 발현 벡터를 이용하여 부스팅함(여기서, 제1 및 제2 바이러스 발현 벡터는 동일하거나, 관련이 있거나 또는 관련이 없는 분류학적 패밀리임);
d) 제1 복제 불충분 바이러스 발현 벡터를 이용하여 프라이밍하고, 제2 복제 불충분 바이러스 발현 벡터를 이용하여 부스팅함(여기서, 제1 및 제2 복제 불충분 바이러스 발현 벡터는 동일하거나, 관련이 있거나 또는 관련이 없는 분류학적 패밀리임);
e) 제1 약화된 불충분 바이러스 발현 벡터를 이용하여 프라이밍하고, 제2 복제 약화된 바이러스 발현 벡터를 이용하여 부스팅함(여기서, 제1 및 제2 복제 약화된 바이러스 발현 벡터는 동일하거나, 관련이 있거나 또는 관련이 없는 분류학적 패밀리임);
f) 복제 불충분 바이러스 발현 벡터를 이용하여 프라이밍하고, 복제 약화된 바이러스 발현 벡터를 이용하여 부스팅함;
g) 복제 약화된 바이러스 발현 벡터를 이용하여 프라이밍하고, 복제 불충분 바이러스 발현 벡터를 이용하여 부스팅함;
h) 림프구성맥락수막염 맘마레나바이러스(LCMV) 바이러스 발현 벡터를 이용하여 프라이밍하고, 피킨데 맘마레나바이러스 바이러스 발현 벡터를 이용하여 부스팅함;
i) 피킨데 맘마레나바이러스 바이러스 발현 벡터를 이용하여 프라이밍하고, 림프구성맥락수막염 맘마레나바이러스(LCMV) 바이러스 발현 벡터를 이용하여 부스팅함;
j) 아레나바이러스 바이러스 발현 벡터를 이용하여 프라이밍하고, 아데노바이러스 바이러스 발현 벡터를 이용하여 부스팅함; 또는
k) 아데노바이러스 바이러스 발현 벡터를 이용하여 프라이밍하고, 아레나바이러스 바이러스 발현 벡터를 이용하여 부스팅함.
구현예 200: 구현예 175 내지 구현예 199 중 어느 하나에 있어서, 상기 대상이 항레트로바이러스 요법(ART)을 받고 있지 않거나, ART가 1종 이상의 조성물의 투여 전에 중단되는, 방법.
구현예 201: 구현예 175 내지 구현예 200 중 어느 하나에 있어서, ART가 상기 조성물의 1회 이상의 투여 후에 중단되는, 방법.
구현예 202: 구현예 175 내지 구현예 201 중 어느 하나에 있어서, 1종 이상의 추가 치료제, 예를 들어 2종, 3종, 4종 또는 그 이상의 추가 치료제를 상기 대상에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
구현예 203: 구현예 202에 있어서, 잠복 HIV를 활성화시키는 1종 이상의 작용제, 예를 들어 1종 이상의 잠복 역전제(LRA)를 병용투여하는 단계를 포함하는, 방법.
구현예 204: 구현예 202 또는 구현예 203에 있어서, 상기 1종 이상의 LRA가 1종 이상의 톨유사 수용체(TLR)의 아고니스트 또는 활성화제, 히스톤 데아세틸라아제(HDAC) 저해제, 프로테아좀 저해제, 단백질 키나아제 C(PKC) 활성화제, Smyd2 저해제, BET-브로모도메인 4(BRD4) 저해제, 이오노마이신, 세포자멸사 단백질 저해제(IAP) 안타고니스트 및 제2 미토콘드리아 유래 카스파아제 활성화제(SMAC) 모방체로 이루어지는 군에서 선택되는, 방법.
구현예 205: 구현예 202 내지 구현예 204 중 어느 하나에 있어서, 1종 이상의 톨유사 수용체(TLR)의 1종 이상의 아고니스트 또는 활성화제를 병용투여하는 단계를 포함하는, 방법.
구현예 206: 구현예 205에 있어서, 상기 TLR 아고니스트 또는 활성화제가 TLR2 아고니스트, TLR3 아고니스트, TLR4 아고니스트, TLR5 아고니스트, TLR7 아고니스트, TLR8 아고니스트 및 TLR9 아고니스트로 이루어지는 군에서 선택되는, 방법.
구현예 207: 구현예 205 또는 구현예 206에 있어서, 상기 TLR7 아고니스트가 GS 9620(베사톨리모드), R848(레시퀴모드), DS-0509, LHC-165 및 TMX-101(이미퀴모드)로 이루어지는 군에서 선택되고/되거나, 상기 TLR8 아고니스트가 GS-9688, R848(레시퀴모드), CV8102(이중 TLR7/TLR8 아고니스트) 및 NKTR-262(이중 TLR7/TLR8 아고니스트)로 이루어지는 군에서 선택되는, 방법.
구현예 208: 구현예 202 내지 구현예 207 중 어느 하나에 있어서, IL-2, IL-7, IL-12, IL-15, IL-18, IL-21, IFN-α, IFN-γ, GM-CSF 및 FLT3LG에서 선택되는 인터류킨의 1종 이상의 인터류킨 수용체 아고니스트를 병용투여하는 단계를 포함하는, 방법.
구현예 209: 구현예 208에 있어서, IL-2, IL-7, IL-12, IL-15, IL-18, IL-21, IFN-α, IFN-γ, GM-CSF, FLT3LG, 및 이들의 조합 및 기능성 변이체로 이루어지는 군에서 선택되는 1종 이상의 사이토카인을 병용투여하는 단계를 포함하는, 방법.
구현예 210: 구현예 202 내지 구현예 209 중 어느 하나에 있어서, 1종 이상의 선천성 면역 활성화제를 병용투여하는 단계를 포함하는, 방법.
구현예 211: 구현예 210에 있어서, 상기 1종 이상의 선천성 면역 활성화제가 비코딩 면역자극 폴리뉴클레오타이드(예를 들어, 병원체 활성화 분자 패턴(PAMP), 시토신-포스페이트-구아노신(CpG) 올리고데옥시뉴클레오타이드, 및 면역자극 RNA(isRNA, 예를 들어 CV8102)), fms 관련 티로신 키나아제 3(FLT3), 인터페론 유전자 자극제(STING) 수용체, DExD/H-박스 헬리카아제 58(DDX58; 소위, RIG-I), 뉴클레오타이드 결합 올리고머화 도메인 함유 단백질 2(NOD2)로 이루어지는 군에서 선택되는 수용체의 아고니스트를 포함하는, 방법.
구현예 212: 구현예 202 내지 구현예 211 중 어느 하나에 있어서, 저해성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체의 1종 이상의 안타고니스트 또는 저해제, 및/또는 자극성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체의 1종 이상의 활성화제 또는 아고니스트를 병용투여하는 단계를 포함하는, 방법.
구현예 213: 구현예 212에 있어서, 상기 1종 이상의 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체가 하기로 이루어지는 군에서 선택되는, 방법: CD27, CD70; CD40, CD40LG; CD47, CD48(SLAMF2), 막관통 및 면역글로불린 도메인 함유 단백질 2(TMIGD2, CD28H), CD84(LY9B, SLAMF5), CD96, CD160, MS4A1(CD20), CD244(SLAMF4); CD276(B7H3); V-세트 도메인 함유 T세포 활성화 저해제 1(VTCN1, B7H4); V-세트 면역조절 수용체(VSIR, B7H5, VISTA); 면역글로불린 슈퍼패밀리 멤버 11(IGSF11, VSIG3); 자연살해세포 세포독성 수용체 3 리간드 1(NCR3LG1, B7H6); HERV-H LTR 관련 단백질 2(HHLA2, B7H7); 유도성 T세포 공동자극제(ICOS, CD278); 유도성 T세포 공동자극제 리간드(ICOSLG, B7H2); TNF 수용체 슈퍼패밀리 멤버 4(TNFRSF4, OX40); TNF 슈퍼패밀리 멤버 4(TNFSF4, OX40L); TNFRSF8(CD30), TNFSF8(CD30L); TNFRSF10A(CD261, DR4, TRAILR1), TNFRSF9(CD137), TNFSF9(CD137L); TNFRSF10B(CD262, DR5, TRAILR2), TNFRSF10(TRAIL); TNFRSF14(HVEM, CD270), TNFSF14(HVEML); CD272(B림프구 및 T림프구 관련 단백질(BTLA)); TNFRSF17(BCMA, CD269), TNFSF13B(BAFF); TNFRSF18(GITR), TNFSF18(GITRL); MHC 클래스 I 폴리펩타이드 관련 서열 A(MICA); MHC 클래스 I 폴리펩타이드 관련 서열 B(MICB); CD274(CD274, PDL1, PD-L1); 세포예정사 1(PDCD1, PD1, PD-1); 세포독성 T림프구 관련 단백질 4(CTLA4, CD152); CD80(B7-1), CD28; 넥틴 세포부착분자 2(NECTIN2, CD112); CD226(DNAM-1); 폴리오바이러스 수용체(PVR) 세포부착분자(PVR, CD155); PVR 관련 면역글로불린 도메인 함유 단백질(PVRIG, CD112R); Ig 및 ITIM 도메인을 갖는 T세포 면역수용체(TIGIT); T세포 면역글로불린 및 뮤신 도메인 함유 단백질 4(TIMD4; TIM4); A형간염바이러스 세포 수용체 2(HAVCR2, TIMD3, TIM3); 갈렉틴 9(LGALS9); 림프구 활성화 유전자 3 단백질(LAG3, CD223); 신호전달 림프구 활성화 분자 패밀리 멤버 1(SLAMF1, SLAM, CD150); 림프구 항원 9(LY9, CD229, SLAMF3); SLAM 패밀리 멤버 6(SLAMF6, CD352); SLAM 패밀리 멤버 7(SLAMF7, CD319); UL16 결합 단백질 1(ULBP1); UL16 결합 단백질 2(ULBP2); UL16 결합 단백질 3(ULBP3); 레티노산 초기 전사체 1E(RAET1E; ULBP4); 레티노산 초기 전사체 1G(RAET1G; ULBP5); 레티노산 초기 전사체 1L(RAET1L; ULBP6); 림프구 활성화 유전자 3 단백질(CD223); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 3개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR, CD158E1); 살해세포 렉틴 유사 수용체 C1(KLRC1, NKG2A, CD159A); 살해세포 렉틴 유사 수용체 K1(KLRK1, NKG2D, CD314); 살해세포 렉틴 유사 수용체 C2(KLRC2, CD159c, NKG2C); 살해세포 렉틴 유사 수용체 C3(KLRC3, NKG2E); 살해세포 렉틴 유사 수용체 C4(KLRC4, NKG2F); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR2DL1); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 2(KIR2DL2); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 3(KIR2DL3); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 3개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR3DL1); 살해세포 렉틴 유사 수용체 D1(KLRD1); 및 SLAM 패밀리 멤버 7(SLAMF7).
구현예 214: 구현예 212 또는 구현예 213에 있어서, 1종 이상의 T세포 저해성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체의 1종 이상의 차단제, 안타고니스트 또는 저해제를 병용투여하는 단계를 포함하는, 방법.
구현예 215: 구현예 214에 있어서, 상기 T세포 저해성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체가 하기로 이루어지는 군에서 선택되는, 방법: CD274(CD274, PDL1, PD-L1); 세포예정사 1 리간드 2(PDCD1LG2, PD-L2, CD273); 세포예정사 1(PDCD1, PD1, PD-1); 세포독성 T림프구 관련 단백질 4(CTLA4, CD152); CD276(B7H3); V-세트 도메인 함유 T세포 활성화 저해제 1(VTCN1, B7H4); V-세트 면역조절 수용체(VSIR, B7H5, VISTA); 면역글로불린 슈퍼패밀리 멤버 11(IGSF11, VSIG3); TNFRSF14(HVEM, CD270), TNFSF14(HVEML); CD272(B림프구 및 T림프구 관련 단백질(BTLA)); PVR 관련 면역글로불린 도메인 함유 단백질(PVRIG, CD112R); Ig 및 ITIM 도메인을 갖는 T세포 면역수용체(TIGIT); 림프구 활성화 유전자 3 단백질(LAG3, CD223); A형간염바이러스 세포 수용체 2(HAVCR2, TIMD3, TIM3); 갈렉틴 9(LGALS9); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 3개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR, CD158E1); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR2DL1); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 2(KIR2DL2); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 3(KIR2DL3); 및 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 3개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR3DL1).
구현예 216: 구현예 212 또는 구현예 213에 있어서, 1종 이상의 T세포 자극성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체의 1종 이상의 아고니스트 또는 활성화제를 병용투여하는 단계를 포함하는, 방법.
구현예 217: 구현예 216에 있어서, 상기 T세포 자극성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체가 하기로 이루어지는 군에서 선택되는, 방법: CD27, CD70; CD40, CD40LG; 유도성 T세포 공동자극제(ICOS, CD278); 유도성 T세포 공동자극제 리간드(ICOSLG, B7H2); TNF 수용체 슈퍼패밀리 멤버 4(TNFRSF4, OX40); TNF 슈퍼패밀리 멤버 4(TNFSF4, OX40L); TNFRSF9(CD137), TNFSF9(CD137L); TNFRSF18(GITR), TNFSF18(GITRL); CD80(B7-1), CD28; 넥틴 세포부착분자 2(NECTIN2, CD112); CD226(DNAM-1); 폴리오바이러스 수용체(PVR) 세포부착분자(PVR, CD155).
구현예 218: 구현예 212 또는 구현예 213에 있어서, 1종 이상의 NK세포 저해성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체의 1종 이상의 차단제, 안타고니스트 또는 저해제를 병용투여하는 단계를 포함하는, 방법.
구현예 219: 구현예 218에 있어서, 상기 NK세포 저해성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체가 하기로 이루어지는 군에서 선택되는, 방법: 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 3개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR, CD158E1); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR2DL1); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 2(KIR2DL2); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 3(KIR2DL3); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 3개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR3DL1); 살해세포 렉틴 유사 수용체 C1(KLRC1, NKG2A, CD159A); 및 살해세포 렉틴 유사 수용체 D1(KLRD1, CD94).
구현예 220: 구현예 212 또는 구현예 213에 있어서, 1종 이상의 NK세포 자극성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체의 1종 이상의 아고니스트 또는 활성화제를 병용투여하는 단계를 포함하는, 방법.
구현예 221: 구현예 220에 있어서, 상기 NK세포 자극성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체가 하기에서 선택되는, 방법: CD16, CD226(DNAM-1); 살해세포 렉틴 유사 수용체 K1(KLRK1, NKG2D, CD314); 및 SLAM 패밀리 멤버 7(SLAMF7).
구현예 222: 구현예 212 내지 구현예 215 중 어느 하나에 있어서, 상기 1종 이상의 면역 체크포인트 저해제가 PD-L1(CD274), PD-1(PDCD1) 또는 CTLA4의 단백질성 저해제를 포함하는, 방법.
구현예 223: 구현예 222에 있어서, 상기 CTLA4의 단백질성 저해제가 이필리무맙, 트레멜리무맙, BMS-986218, AGEN1181, AGEN1884(잘리프렐리맙), BMS-986249, MK-1308, REGN-4659, ADU-1604, CS-1002, BCD-145, APL-509, JS-007, BA-3071, ONC-392, AGEN-2041, JHL-1155, KN-044, CG-0161, ATOR-1144, PBI-5D3H5, FPT-155(CTLA4/PD-L1/CD28), PF-06936308(PD-1/CTLA4), MGD-019(PD-1/CTLA4), KN-046(PD-1/CTLA4), MEDI-5752(CTLA4/PD-1), XmAb-20717(PD-1/CTLA4) 및 AK-104(CTLA4/PD-1)로 이루어지는 군에서 선택되는, 방법.
구현예 224: 구현예 222에 있어서, 상기 PD-L1(CD274) 또는 PD-1(PDCD1)의 단백질성 저해제가 펨브롤리주맙, 니볼루맙, 세미플리맙, 피딜리주맙, AB122(짐베렐리맙), AMP-224, MEDI0680(AMP-514), 스파르탈리주맙, 아테졸리주맙, 아벨루맙, 두르발루맙, BMS-936559, CK-301, PF-06801591, BGB-A317(티스렐리주맙), GLS-010(WBP-3055), AK-103(HX-008), AK-105, CS-1003, HLX-10, MGA-012, BI-754091, AGEN-2034(발스틸리맙), JS-001(토리팔리맙), JNJ-63723283, 제놀림주맙(CBT-501), LZM-009, BCD-100, LY-3300054, SHR-1201, SHR-1210(캄렐리주맙), Sym-021, ABBV-181, PD1-PIK, BAT-1306, (MSB0010718C), CX-072, CBT-502, TSR-042(도스탈리맙), MSB-2311, JTX-4014, BGB-A333, SHR-1316, CS-1001(WBP-3155), KN-035, IBI-308(신틸리맙), HLX-20, KL-A167, STI-A1014, STI-A1015(IMC-001), BCD-135, FAZ-053, TQB-2450, MDX1105-01, FPT-155(CTLA4/PD-L1/CD28), PF-06936308(PD-1/CTLA4), MGD-013(PD-1/LAG-3), FS-118(LAG-3/PD-L1), MGD-019(PD-1/CTLA4), KN-046(PD-1/CTLA4), MEDI-5752(CTLA4/PD-1), RO-7121661(PD-1/TIM-3), XmAb-20717(PD-1/CTLA4), AK-104(CTLA4/PD-1), M7824(PD-L1/TGFβ-EC 도메인), CA-170(PD-L1/VISTA), CDX-527(CD27/PD-L1), LY-3415244(TIM3/PDL1) 및 INBRX-105(4-1BB/PDL1)로 이루어지는 군에서 선택되는, 방법.
구현예 225: 구현예 212 내지 구현예 215 중 어느 하나에 있어서, 상기 1종 이상의 면역 체크포인트 저해제가 CD274(PDL1, PD-L1), 세포예정사 1(PDCD1, PD1, PD-1) 또는 CTLA4의 소분자 저해제를 포함하는, 방법.
구현예 226: 구현예 225에 있어서, 상기 CD274 또는 PDCD1의 소분자 저해제가 GS-4224, GS-4416, INCB086550 및 MAX10181로 이루어지는 군에서 선택되는, 방법.
구현예 227: 구현예 225에 있어서, 상기 CTLA4의 소분자 저해제가 BPI-002를 포함하는, 방법.
구현예 228: 구현예 202 내지 구현예 227 중 어느 하나에 있어서, 1종 이상의 항바이러스제를 상기 대상에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
구현예 229: 구현예 228에 있어서, 상기 1종 이상의 항바이러스제가 HIV 프로테아제 저해제, HIV 역전사효소 저해제, HIV 인테그라아제 저해제, HIV 비촉매부위(또는 알로스테릭) 인테그라아제 저해제, HIV 유입(융합) 저해제, HIV 성숙 저해제 및 캡시드 저해제로 이루어지는 군에서 선택되는, 방법.
구현예 230: 구현예 202 내지 구현예 229 중 어느 하나에 있어서, 1종 이상의 항-HIV 항체 또는 이의 항원 결합 단편을 상기 대상에게 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
구현예 231: 구현예 230에 있어서, 상기 1종 이상의 항-HIV 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 HIV gp120에 결합하는, 방법.
구현예 232: 구현예 230 또는 구현예 231에 있어서, 상기 항-HIV 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 광범위 중화 항체를 포함하는, 방법.
구현예 233: 구현예 230 내지 구현예 232 중 어느 하나에 있어서, HIV에 결합하고, 이를 저해하고/하거나 이를 중화시키는 1종 이상의 항-HIV 항체 또는 이의 항원 결합 단편이, HIV에 대한 광범위 중화 항체(bNAb)의 VH 및 VL 가변 도메인과 경쟁하거나 이를 포함하는, 방법.
구현예 234: 구현예 230 내지 구현예 233 중 어느 하나에 있어서, HIV에 결합하고, 이를 저해하고/하거나 이를 중화시키는 1종 이상의 항-HIV 항체 또는 이의 항원 결합 단편이, 하기로 이루어지는 군에서 선택되는 gp120의 에피토프 또는 영역에 결합하는, 방법:
i. 제3 가변 루프(V3) 및/또는 N332 올리고만노오스 글리칸을 포함하는 고함량 만노오스 패치;
ii. CD4 결합 부위(CD4bs);
iii. 제2 가변 루프(V2) 및/또는 Env 삼량체 꼭지점;
iv. gp120/gp41 인터페이스; 또는
v. gp120의 잠복면(silent face).
구현예 235: 구현예 230 내지 구현예 234 중 어느 하나에 있어서, HIV에 결합하고, 이를 저해하고/하거나 이를 중화시키는 항체 또는 이의 항원 결합 단편이, 제3 가변 루프(V3) 및/또는 N332 올리고만노오스 글리칸을 포함하는 고함량 만노오스 패치에서 gp120의 에피토프 또는 영역에 결합하고, GS-9722, PGT-121, PGT-122, PGT-123, PGT-124, PGT-125, PGT-126, PGT-128, PGT-130, PGT-133, PGT-134, PGT-135, PGT-136, PGT-137, PGT-138, PGT-139, 10-1074, VRC24, 2G12, BG18, 354BG8, 354BG18, 354BG42, 354BG33, 354BG129, 354BG188, 354BG411, 354BG426, DH270.1, DH270.6, PGDM12, VRC41.01, PGDM21, PCDN-33A, BF520.1 및 VRC29.03으로 이루어지는 군에서 선택되는 항체의 VH 및 VL 영역과 경쟁하거나 이를 포함하는, 방법.
구현예 236: 구현예 230 내지 구현예 235 중 어느 하나에 있어서, 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 CD4 결합 부위(CD4bs)에서 gp120의 에피토프 또는 영역에 결합하고, b12, F105, VRC01, VRC07, VRC07-523, VRC03, VRC06, VRC06b01 VRC08, VRC0801, NIH45-46, GS-9723, 3BNC117, 3BNC60, VRC-PG04, PGV04; CH103, 44-VRC13.01, 1NC9, 12A12, N6, N49-P7, NC-Cow1, IOMA, CH235 및 CH235.12, N49P6, N49P7, N49P11, N49P9 및 N60P25로 이루어지는 군에서 선택되는 항체의 VH 및 VL 영역과 경쟁하거나 이를 포함하는, 방법.
구현예 237: 구현예 230 내지 구현예 236 중 어느 하나에 있어서, HIV에 결합하고, 이를 저해하고/하거나 이를 중화시키는 항체 또는 이의 항원 결합 단편이, 제2 가변 루프(V2) 및/또는 Env 삼량체 꼭지점에서 gp120의 에피토프 또는 영역에 결합하고, PG9, PG16, PGC14, PGG14, PGT-142, PGT-143, PGT-144, PGT-145, CH01, CH59, PGDM1400, CAP256, CAP256-VRC26.08, CAP256-VRC26.09, CAP256-VRC26.25, PCT64-24E 및 VRC38.01로 이루어지는 군에서 선택되는 항체의 VH 및 VL 영역과 경쟁하거나 이를 포함하는, 방법.
구현예 238: 구현예 230 내지 구현예 237 중 어느 하나에 있어서, 상기 항체 또는 이의 항원 결합 단편이 gp120/gp41 인터페이스에서 gp120의 에피토프 또는 영역에 결합하고, PGT-151, CAP248-2B, 35O22, 8ANC195, ACS202, VRC34 및 VRC34.01로 이루어지는 군에서 선택되는 항체의 VH 및 VL 영역과 경쟁하거나 이를 포함하는, 방법.
구현예 239: 구현예 230 내지 구현예 238 중 어느 하나에 있어서, HIV에 결합하고, 이를 저해하고/하거나 이를 중화시키는 항체 또는 이의 항원 결합 단편이, gp120 잠복면의 에피토프 또는 영역에 결합하고, VRC-PG05 및 SF12로 이루어지는 군에서 선택되는 항체의 VH 및 VL 영역과 경쟁하거나 이를 포함하는, 방법.
구현예 240: 구현예 230 내지 구현예 239 중 어느 하나에 있어서, HIV에 결합하고, 이를 저해하고/하거나 이를 중화시키는 항체 또는 이의 항원 결합 단편이, 막 근위 영역(MPER)에서 gp41의 에피토프 또는 영역에 결합하는, 방법.
구현예 241: 구현예 230 내지 구현예 240 중 어느 하나에 있어서, HIV에 결합하고, 이를 저해하고/하거나 이를 중화시키는 항체 또는 이의 항원 결합 단편이, 막 근위 영역(MPER)에서 gp41의 에피토프 또는 영역에 결합하고, 10E8, 10E8v4, 10E8-5R-100cF, 4E10, DH511.11P, 2F5, 7b2 및 LN01로 이루어지는 군에서 선택되는 항체의 VH 및 VL 영역과 경쟁하거나 이를 포함하는, 방법.
구현예 242: 구현예 230 내지 구현예 241 중 어느 하나에 있어서, HIV에 결합하고, 이를 저해하고/하거나 이를 중화시키는 항체 또는 이의 항원 결합 단편이, gp41 융합 펩타이드의 에피토프 또는 영역에 결합하고, VRC34 및 ACS202로 이루어지는 군에서 선택되는 항체의 VH 및 VL 영역과 경쟁하거나 이를 포함하는, 방법.
구현예 243: 구현예 175 내지 구현예 242 중 어느 하나에 있어서, 선택적으로 1종 이상의 추가 치료제와 조합으로, 1종 이상의 조성물의 1회 이상의 투여 후, 상기 대상이 항레트로바이러스 치료(ART)의 부재 하에서 적어도 6개월, 적어도 1년, 적어도 2년, 적어도 3년 또는 그 이상 동안 HIV 또는 AIDS의 증상을 나타내지 않는, 방법.
구현예 244: 구현예 175 내지 구현예 243 중 어느 하나에 있어서, 선택적으로 1종 이상의 추가 치료제와 조합으로, 1종 이상의 조성물의 1회 이상의 투여 후, 상기 대상의 바이러스 부하(혈액 1 ml 당 카피 수)가 항레트로바이러스 치료(ART)의 부재 하에서 적어도 6개월, 적어도 1년, 적어도 2년, 적어도 3년 또는 그 이상 동안 500 미만, 예를 들어 400 미만, 300 미만, 200 미만, 100 미만, 50 미만인, 방법.
면역원 설계 방법
구현예 245: 하기 단계 a) 및 b)를 포함하는, 1종 이상의 바이러스 표적 항원에 대한 면역반응을 유도할 수 있는 융합 폴리펩타이드를 설계하는 방법:
a) 바이러스 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 서열의 집단에서 하나 이상의 서열 보존 영역을 가상 실험으로 식별하는 단계(여기서, 상기 집단은 환자 간 바이러스 집단임); 및
b) 단계 a)에서 식별된 하나 이상의 보존된 영역에서 가장 우세한 폴리펩타이드 서열 2개를 가상 실험으로 식별하고, 보존된 영역으로부터 다가 폴리펩타이드 분절을 생성하는 단계.
구현예 246: 구현예 245에 있어서, 상기 다가 폴리펩타이드 분절이 2가 폴리펩타이드 분절인, 방법.
구현예 247: 구현예 245 또는 구현예 246에 있어서, 상기 폴리펩타이드 분절을 연결하는 접합부가, 예를 들어 약 1000 nM 미만의 예측 결합 친화성 IC50 값을 갖거나 폴리펩타이드 분절 집단의 상위 5% 이내의 백분위 순위를 갖는 수준으로 인간 MHC 클래스 I 또는 인간 MHC 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 에피토프의 생성을 감소시키거나 회피하도록, 폴리펩타이드 분절을 1종 이상의 연속 융합 폴리펩타이드로 배열하는 단계 c)를 추가로 포함하는, 방법.
구현예 248: 구현예 245 내지 구현예 247 중 어느 하나에 있어서, 인간 MHC 클래스 I 또는 인간 MHC 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 에피토프를 생성할 것으로 예측되는 폴리펩타이드 분절 접합부 사이에 링커를 삽입하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
구현예 249: 구현예 245 내지 구현예 248 중 어느 하나에 있어서, 단계 b) 이후 및 단계 c) 이전에, 하기 단계 d) 및 e)를 포함하는, 방법:
d) 단계 a)에서 식별된 하나 이상의 서열 보존 영역 내에서, 약 1000 nM 미만의 IC50 값을 갖거나 폴리펩타이드 분절 집단의 상위 5% 이내의 백분위 순위를 갖는 수준으로 인간 MHC 클래스 I 분자에 결합할 것으로 예측되는 폴리펩타이드 분절을 가상 실험으로 식별하는 단계; 및
e) 단계 a)에서 식별된 하나 이상의 서열 보존 영역을 포함하고, 약 1000 nM 미만의 IC50 값을 갖거나 폴리펩타이드 분절 집단의 상위 5% 이내의 백분위 순위를 갖는 수준으로 인간 MHC 클래스 I 분자에 결합할 것으로 예측되는 폴리펩타이드 분절을 생성하는 단계.
구현예 250: 구현예 245 내지 구현예 249 중 어느 하나에 있어서, 단계 b) 이후 및 단계 c) 이전에, 인간 단백질과 적어도 55%(9개의 아미노산 잔기 중 5개), 예를 들어 적어도 65%(9개의 아미노산 잔기 중 6개), 예를 들어 적어도 75%(9개의 아미노산 잔기 중 7개), 예를 들어 적어도 85%(9개의 아미노산 잔기 중 8개)의 아미노산 서열 동일성을 갖는 바이러스 폴리펩타이드 9량체를 감소시키거나 제거하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
구현예 251: 구현예 245 내지 구현예 250 중 어느 하나에 있어서, 단계 b) 이후 및 단계 c) 이전에, 예를 들어 약 1000 nM 미만의 예측 결합 친화성 IC50 값을 갖거나 폴리펩타이드 분절 집단의 상위 5% 이내의 백분위 순위를 갖는 수준으로 인간 MHC 클래스 II 분자에 결합하는 것으로 공지되어 있거나 결합할 것으로 예측되는 폴리펩타이드 분절 하나 이상을 제공하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
구현예 252: 구현예 245 내지 구현예 251 중 어느 하나에 있어서, 단계 b) 이후 및 단계 c) 이전에, 단계 a)에서 식별된 하나 이상의 서열 보존 영역 내에서, 바이러스 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 서열의 두 번째 집단에서 서열 변이를 식별하는 단계(여기서, 상기 두 번째 집단은 환자 내(intrapatient) 바이러스 집단임)를 추가로 포함하는, 방법.
구현예 253: 구현예 252에 있어서, 상기 환자 내 바이러스 집단의 서열 변이가 심층 시퀀싱 또는 차세대 시퀀싱에 의해 결정되는, 방법.
구현예 254: 하기 단계 a) 내지 f)를 포함하는, 1종 이상의 바이러스 표적 항원에 대한 면역반응을 유도할 수 있는 융합 폴리펩타이드를 설계하는 방법:
a) 바이러스 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 서열의 첫 번째 집단에서 하나 이상의 서열 보존 영역을 가상 실험으로 식별하는 단계(여기서, 상기 첫 번째 집단은 환자 간 바이러스 집단임);
b) 단계 a)에서 식별된 하나 이상의 보존된 영역에서 가장 우세한 폴리펩타이드 서열 2개를 가상 실험으로 식별하는 단계;
c) 단계 a)에서 식별된 하나 이상의 서열 보존 영역 내에서, 약 1000 nM 미만의 IC50 값을 갖거나 폴리펩타이드 분절 집단의 상위 5% 이내의 백분위 순위를 갖는 수준으로 인간 MHC 클래스 I 분자에 결합할 것으로 예측되는 폴리펩타이드 분절을 가상 실험으로 식별하는 단계;
d) 단계 a)에서 식별된 하나 이상의 서열 보존 영역을 포함하고, 약 1000 nM 미만의 IC50 값을 갖거나 폴리펩타이드 분절 집단의 상위 5% 이내의 백분위 순위를 갖는 수준으로 인간 MHC 클래스 I 분자에 결합할 것으로 예측되는 폴리펩타이드 분절을 생성하는 단계;
e) 인간 단백질과 적어도 55%(9개의 아미노산 잔기 중 5개), 예를 들어 적어도 65%(9개의 아미노산 잔기 중 6개), 예를 들어 적어도 75%(9개의 아미노산 잔기 중 7개), 예를 들어 적어도 85%(9개의 아미노산 잔기 중 8개)의 아미노산 서열 동일성을 갖는 것으로 결정된, 단계 d)에서 생성된 바이러스 폴리펩타이드 9량체 분절을 제거하여, 유지된 바이러스 폴리펩타이드 분절을 얻는 단계; 및
f) 폴리펩타이드 분절을 연결하는 접합부가, 예를 들어 약 1000 nM 미만의 예측 결합 친화성 IC50 값을 갖거나 폴리펩타이드 분절 집단의 상위 5% 이내의 백분위 순위를 갖는 수준으로 인간 MHC 클래스 I 또는 인간 MHC 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 에피토프의 생성을 감소시키거나 회피하도록, 유지된 폴리펩타이드 분절을 1종 이상의 연속 융합 폴리펩타이드로 배열하는 단계.
구현예 255: 하기 단계 a) 내지 g)를 포함하는, 1종 이상의 바이러스 표적 항원에 대한 면역반응을 유도할 수 있는 융합 폴리펩타이드를 설계하는 방법:
a) 바이러스 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 서열의 첫 번째 집단에서 하나 이상의 서열 보존 영역을 가상 실험으로 식별하는 단계(여기서, 상기 첫 번째 집단은 환자 간 바이러스 집단임);
b) 선택적으로, 단계 a)에서 식별된 하나 이상의 보존된 영역에서 가장 우세한 폴리펩타이드 서열 2개를 가상 실험으로 식별하는 단계;
c) 단계 a)에서 식별된 하나 이상의 서열 보존 영역 내에서, 바이러스 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 서열의 두 번째 집단에서 서열 변이를 식별하는 단계(여기서, 상기 두 번째 집단은 환자 내 바이러스 집단임);
d) 단계 a)에서 식별된 하나 이상의 서열 보존 영역 내에서, 약 1000 nM 미만의 IC50 값을 갖거나 폴리펩타이드 분절 집단의 상위 5% 이내의 백분위 순위를 갖는 수준으로 인간 MHC 클래스 I 분자에 결합할 것으로 예측되는 폴리펩타이드 분절을 가상 실험으로 식별하는 단계;
e) 단계 a)에서 식별된 하나 이상의 서열 보존 영역을 포함하고, 약 1000 nM 미만의 IC50 값을 갖거나 폴리펩타이드 분절 집단의 상위 5% 이내의 백분위 순위를 갖는 수준으로 인간 MHC 클래스 I 분자에 결합할 것으로 예측되는 폴리펩타이드 분절을 생성하는 단계;
f) 인간 단백질과 적어도 55%(9개의 아미노산 잔기 중 5개), 예를 들어 적어도 65%(9개의 아미노산 잔기 중 6개), 예를 들어 적어도 75%(9개의 아미노산 잔기 중 7개), 예를 들어 적어도 85%(9개의 아미노산 잔기 중 8개)의 아미노산 서열 동일성을 갖는 것으로 결정된, 단계 e)에서 생성된 바이러스 폴리펩타이드 9량체 분절을 제거하여, 유지된 바이러스 폴리펩타이드 분절을 얻는 단계;
g) 폴리펩타이드 분절을 연결하는 접합부가, 예를 들어 약 1000 nM 미만의 예측 결합 친화성 IC50 값을 갖거나 폴리펩타이드 분절 집단의 상위 5% 이내의 백분위 순위를 갖는 수준으로 인간 MHC 클래스 I 또는 인간 MHC 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 에피토프의 생성을 감소시키거나 회피하도록, 유지된 폴리펩타이드 분절을 1종 이상의 연속 융합 폴리펩타이드로 배열하는 단계.
구현예 256: 구현예 255에 있어서, 상기 환자 내 바이러스 집단의 서열 변이가 심층 시퀀싱 또는 차세대 시퀀싱에 의해 결정되는, 방법.
구현예 257: 구현예 254 내지 구현예 256 중 어느 하나에 있어서, 예를 들어 약 1000 nM 미만의 예측 결합 친화성 IC50 값을 갖거나 폴리펩타이드 분절 집단의 상위 5% 이내의 백분위 순위를 갖는 수준으로 인간 MHC 클래스 II 분자에 결합하는 것으로 공지되어 있거나 결합할 것으로 예측되는 폴리펩타이드 분절 하나 이상을 혼입시키는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
구현예 258: 구현예 254 내지 구현예 257 중 어느 하나에 있어서, 인간 MHC 클래스 I 또는 인간 MHC 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 에피토프를 생성할 것으로 예측되는 접합부에서 폴리펩타이드 분절 사이에 링커를 삽입하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
구현예 259: 하기 단계 (a) 내지 (k)를 포함하는 방법을 통해, 바이러스 프로테옴 서열 집단의 구조적으로 보존된 영역 내에서 다가 아미노산 서열 세트를 가상 실험으로 구축하는 단계를 포함하는, 다가 항원을 생산하는 방법:
(a) 바이러스 프로테옴 서열의 집단을 정렬하는 단계;
(b) 정렬 내 각각의 서열에 대해, N-말단 아미노산으로 시작하는 9-아미노산 하위서열 세트("9량체")를 형성하는 단계(여기서, 각각의 하위서열은 정렬에서 길이가 l인 각 서열이 (l-8)개의 9량체를 함유하도록 8개 아미노산이 선행하는 하위서열과 중첩됨);
(c) 정렬의 각 서열에서 위치 i에서 시작하는 각각의 고유한 9량체에 대한 빈도를 계산하고, 각 위치에서 가장 흔한 고유한 9량체를 2개 이상 식별하는 단계; (c)(1) 여기서 빈도는 고유한 9량체가 정렬의 위치 i에서 발생하는 횟수를 정렬 내 서열의 총 수로 나눈 값으로 계산됨;
(d) 2개 이상의 가장 흔한 고유한 9량체 중 어느 하나를 함유하는 정렬 내 서열의 비율을 합산하여 각 위치에 대한 다가 보존을 계산하는 단계;
(e) 다가 보존이 80% 초과 또는 90% 초과인 정렬 내 서열을 추출하여 보존된 영역의 정렬을 생성하는 단계;
(f) 보존된 영역의 정렬의 각 위치에서 고유한 9량체의 각 쌍에 대한 빈도를 결정하는 단계;
(g) 8개 아미노산 중첩을 공유하는 보존된 영역의 정렬의 인접한 위치에 9량체 쌍을 연결하는 단계;
(h) 각 9량체 쌍이 노드이고, 인접한 노드 사이의 에지(edge)가 인접한 위치에 연결된 9량체 쌍으로부터 형성되는 방향성 비순환 그래프를 생성하는 단계(여기서, 각 에지의 가중치는 다운스트림 9량체 쌍의 빈도와 동일함),
소스 노드(source node)를 부가하고, 이를 첫 번째 위치의 모든 노드와 연결하고,
싱크 노드(sink node)를 부가하고, 이를 마지막 위치의 모든 노드와 연결하고,
모든 가중치를 무효화시킴;
(i) 방향성 비순환 그래프에서 소스 노드에서 싱크 노드까지의 최적 경로를 찾는 단계(여기서, 최적 경로는 방향성 비순환 그래프 내 모든 9량체 쌍의 빈도의 합으로 정의됨);
(j) 8개 아미노산 중첩을 공유하는 경우 최적의 다가 9량체 경로 내 인접한 위치에 있는 2개 이상의 9량체를 연결하는 방식으로 다가 항원을 구축하여, 이와 함께 다가 항원을 형성하는 연결된 9량체의 서열을 2개 이상 생성하는 단계; 및
(k) 선택적으로, 폴리펩타이드 분절 사이의 접합부에서 유해한 에피토프의 생성을 감소시키거나 회피하도록 폴리펩타이드 분절을 재배열하는 단계.
구현예 260: 구현예 259에 있어서, 상기 다가 보존이 2가 보존이고, 상기 다가 항원이 2가 항원인, 방법.
구현예 261: 구현예 259 또는 구현예 260에 있어서, 단계 (a)에서, 상기 보존된 영역이 하기 단계 중 하나 이상을 수행하는 방식으로 추가로 정의되는, 방법:
(i) 35개 미만의 아미노산 길이, 예를 들어 9개 아미노산 내지 10개, 15개, 20개, 25개, 30개 또는 35개 아미노산 길이의 분절을 제거하는 단계;
(ii) 90% 미만의 다가(예를 들어, 2가) 보존을 갖는 것으로 결정된 분절을 제거하는 단계;
(iii) 예를 들어 시험관내 또는 생체내에서 입증된 바, 약한 면역원성 또는 비면역원성인 것으로 결정된 분절을 제거하는 단계; 및/또는
(iv) 예를 들어 시험관내 또는 생체내에서 입증된 바, 면역원성인 것으로 결정된 추가의 분절을 포함시키는 단계.
구현예 262: 구현예 259 내지 구현예 261 중 어느 하나에 있어서, 상기 유해한 에피토프의 생성을 감소시키거나 회피하도록 펩타이드 분절을 재배열하는 단계가, 가상 실험 HLA 결합 분석 및 인간 프로테옴 교차 인식 분석 중 하나 이상을 포함하는 방법에 의해 수행되는, 방법.
구현예 263: 구현예 259 내지 구현예 262 중 어느 하나에 있어서, 하나 이상의 인접한 분절 사이에 링커 서열을 삽입하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
구현예 264: 구현예 259 내지 구현예 263 중 어느 하나에 있어서, 약 1000 nM 미만의 예측 결합 친화성 IC50 값을 갖거나 폴리펩타이드 분절 집단의 상위 5% 이내의 백분위 순위를 갖는 수준으로 특정 HLA 대립유전자에 결합하는 접합 9량체를 제거하는 방식으로 단계 (h)에서 생성된 다가(예를 들어, 2가) 항원을 개선시키는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
구현예 265: 구현예 259 내지 구현예 264 중 어느 하나에 있어서, 인간 펩타이드와 적어도 55%(9개의 아미노산 잔기 중 5개), 예를 들어 적어도 65%(9개의 아미노산 잔기 중 6개), 예를 들어 적어도 75%(9개의 아미노산 잔기 중 7개), 예를 들어 적어도 85%(9개의 아미노산 잔기 중 8개)의 아미노산 서열 동일성을 갖거나, 인간 단백질과 동일한 T세포 수용체(TCR) 대면 잔기를 갖는 9량체를 제거하는 방식으로 단계 (h)에서 생성된 다가(예를 들어, 2가) 항원을 개선시키는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
구현예 266: 구현예 259 내지 구현예 265 중 어느 하나에 있어서, 환자 내 바이러스 다양성을 포괄하기에 충분한 T세포 에피토프를 생성하기 위해 단계 (h)에서 생성된 다가(예를 들어, 2가) 항원을 개선시키는 단계를 추가로 포함하는 방법으로서, 하기 단계를 추가로 포함하는, 방법:
a) 대상에서 얻은 생물학적 샘플 내에서 바이러스 유사종 변이체를 식별하는 단계; 및
b) 하기 단계 (i) 내지 (iii)을 포함하는 방법을 통해 단계 (h)에서 생성된 다가(예를 들어, 2가) 항원의 서열에서 환자 내 아미노산 변이체를 결정하는 단계:
(i) 다가(예를 들어, 2가) 항원의 각 9량체 위치에서, 해당 위치를 완전히 포괄하는 복수의 시퀀싱 판독물로부터 상응하는 9량체 하위서열을 결정하는 단계;
(ii) 9량체 하위서열을 추출하는 단계; 및
(iii) 추출된 9량체 하위서열을 다가(예를 들어, 2가) 항원의 서열에 정렬시키고, 임의의 미스매치의 존재를 결정하는 단계.
구현예 267: 구현예 266에 있어서, 상기 바이러스 유사종이 하기 단계를 포함하는 방법에 의해 식별되는, 방법: 바이러스 DNA를 시퀀싱하고, 복수의 시퀀싱 판독물을 어셈블링하여 대상 공통서열을 생성하는 단계; 복수의 판독물 내 각각의 판독물을 대상 공통서열에 정렬시키는 단계; 정렬된 대상 판독물을 참조 서열에 맵핑하여 서열 좌표를 얻는 단계.
구현예 268: 구현예 266 또는 구현예 267에 있어서, 상기 생물학적 샘플이 혈액, 말초혈액 단핵세포(PBMC), 혈청, 혈장, 정액 또는 림프절에서 선택되는, 방법.
구현예 269: 구현예 266 내지 구현예 268 중 어느 하나에 있어서, 상기 대상이 HIV-1에 급성으로 감염된 대상인, 방법.
구현예 270: 구현예 266 내지 구현예 269 중 어느 하나에 있어서, 상기 대상이 Fiebig 병기 IV 또는 그 이전 단계, 예를 들어 Fiebig 병기 III, Fiebig 병기 II 또는 Fiebig 병기 I의 HIV-1 감염 상태인, 방법.
구현예 271: 구현예 266 내지 구현예 268 중 어느 하나에 있어서, 상기 대상이 HIV-1에 만성적으로 감염된 대상인, 방법.
구현예 272: 구현예 266 내지 구현예 271 중 어느 하나에 있어서, 상기 대상이 항레트로바이러스 요법(ART)을 받은 적이 있는 대상인, 방법.
구현예 273: 구현예 266 내지 구현예 271 중 어느 하나에 있어서, 상기 대상이 항레트로바이러스 요법(ART)을 받은 적이 없는 대상인, 방법.
구현예 274: 구현예 266 내지 구현예 273 중 어느 하나에 있어서, 기존 탈출 변이체가 있는 서열을 배제시키는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
구현예 275: 구현예 259 내지 구현예 274 중 어느 하나에 있어서, 폴리펩타이드 분절 사이의 접합부에서 유해한 에피토프의 생성을 감소시키거나 회피하도록 폴리펩타이드 분절을 재배열하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
구현예 276: 구현예 275에 있어서, 상기 유해한 에피토프의 생성을 감소시키거나 회피하도록 펩타이드 분절을 재배열하는 단계가, 가상 실험 HLA 결합 분석 및 인간 프로테옴 교차 인식 분석 중 하나 이상을 포함하는 방법에 의해 수행되는, 방법.
구현예 277: 구현예 245 내지 구현예 276 중 어느 하나에 있어서, 상기 1종 이상의 바이러스 표적 항원이 포유류 바이러스, 예를 들어 인간 바이러스에서 유래한 것인, 방법.
구현예 278: 구현예 245 내지 구현예 277 중 어느 하나에 있어서, 상기 1종 이상의 바이러스 표적 항원이 인간면역결핍바이러스(HIV), B형간염바이러스(HBV), 인간유두종바이러스(HPV), 단순헤르페스바이러스(HSV), 에볼라바이러스(Ebola virus), 지카바이러스(Zika virus) 및 치쿤구니야바이러스(Chikungunya virus)로 이루어지는 군에서 선택되는 바이러스에서 유래한 것인, 방법.
구현예 279: 구현예 245 내지 구현예 278 중 어느 하나에 있어서, 상기 환자 간 바이러스 집단이 항레트로바이러스 요법(ART)을 받은 적이 없는 환자 집단에서 유래한 것인, 방법.
구현예 280: 구현예 245 내지 구현예 278 중 어느 하나에 있어서, 상기 환자 간 바이러스 집단이 항레트로바이러스 요법(ART)을 받았던 환자 집단에서 유래한 것인, 방법.
구현예 281: 구현예 252 내지 구현예 280 중 어느 하나에 있어서, 상기 환자 내 바이러스 집단이 항레트로바이러스 요법(ART)을 받은 적이 없는 환자에서 유래한 것인, 방법.
구현예 282: 구현예 252 내지 구현예 280 중 어느 하나에 있어서, 상기 환자 내 바이러스 집단이 항레트로바이러스 요법(ART)을 받았던 환자에서 유래한 것인, 방법.
구현예 283: 구현예 245 내지 구현예 282 중 어느 하나의 방법에 따라 제조된 융합 폴리펩타이드로서, 포유류, 예를 들어 인간에서 바이러스에 대한 면역반응을 유도하는 융합 폴리펩타이드.
도 1은, 항바이러스 반응을 유도하는 융합 폴리펩타이드를 설계하기 위한 8단계 작업 흐름을 예시한다.
도 2는, 집단 기반 백신 구조체 접근법의 대표적인 방법론을 예시한다.
도 3은, 본원에 기재된 바와 같은 보존된 워킹 분석(CWA: conserved walking analysis) 알고리즘의 단계를 예시한다.
도 4a 및 도 4b. 도 4a는, 집단 내 모든 고려되는 바이러스 서열 중에서 2개의 가장 흔한 9량체의 빈도에 기반하여 "2가 보존"을 결정할 수 있는 방법을 예시한다. 도 4a는, 상단 패널에, 서열번호 475 내지 476, 476 내지 477, 476, 476, 478 내지 479 및 479 내지 480을, 각각, 출현 순서대로 개시하고 있다. 도 4a는 또한, 하단 패널에, "QNLQGQMVH"를 서열번호 481로, "QNIQGQMVH"를 서열번호 482로, 및 "PNIQGQMVH"를 서열번호 483으로 개시하고 있다. 도 4b는, 9량체 위치에 걸친 "2가 보존" 분포에 기반하여 보존된 영역을 식별하는 방법을 예시한다. HIV-1 Gag p24를 대표적인 단백질로 사용하였다.
도 5a 내지 도 5c. 도 5a는, 정렬된 천연 서열에서 추출된 고유한 9량체를 예시한다. 도 5b는, 9량체 쌍 노드 및 이의 연결에 기반하여 구축된 방향성 비순환 그래프를 예시한다. 도 5c는, 연결된 9량체 쌍에서 9량체가 어떻게 연결되어 있는 지를 예시한다. 연결에 이용 가능한 2가지 옵션이 존재하는 경우, 궁극적인 연결은 자연 발생 서열에서의 각 연결의 빈도에 의해 결정된다. 도 5a 내지 도 5c는, "IIIIIIIIR"을 서열번호 467로, "GIIIIIIIIH"를 서열번호 473으로, "AIIIIIIIIK"를 서열번호 474로, "GIIIIIIIIR"을 서열번호 484로, "GIIIIIIII"를 서열번호 485로, "AIIIIIIII"를 서열번호 486으로, "IIIIIIIIK"를 서열번호 487로, 및 "IIIIIIIIH"를 서열번호 488로 개시하고 있다.
도 6은, 환자 간 및 환자 내 다양성 바이러스 서열 분석을 예시한다. 도 6은, 첫 번째 컬럼에 서열번호 475 내지 476, 476 내지 477, 476, 476, 478 내지 479, 479 내지 480, 및 489, 및 두 번째 컬럼에 서열번호 475, 490, 490, 490, 490, 475, 475, 475, 475, 475, 475, 489 및 491을, 모두 각각, 출현 순서대로 개시하고 있다.
도 7은, HIV-1 단백질의 환자 내 다양성 분석을 예시한다. 2가 백신 서열은 고도로 보존된 영역 내 위치의 21% 내지 48%에서 유사종이 미스매칭된다.
도 8은, 인간 프로테옴 교차 인식 분석의 결과를 예시한다. 도 8은, "HIV 펩타이드" 서열을 서열번호 492로, 및 "인간 단백질 9량체" 서열을 서열번호 493 내지 498 및 493으로, 각각, 출현 순서대로 개시하고 있다.
도 9는, 접합 영역에서 유해하거나 바람직하지 않은 에피토프의 제시 가능성을 감소시키거나 제거할 수 있는 폴리펩타이드 분절 배열 분석 방법을 예시한다.
도 10a 및 도 10b는, HLA 제한된 9량체 세트를 2가 구조체에서 선택하고, 조합하여 HLA 제한된 백신 구조체를 형성하는 접근법을 예시한다. 도 10a는, 실시예 3에 기재된 "짧은 펩타이드" 접근법의 기본 방법론을 예시한다. 도 10b는, 실시예 3에 기재된 "긴 펩타이드" 접근법의 기본 방법론을 예시한다.
도 11은, 범대립유전자(예를 들어, HLA 슈퍼타입: A01, A02, A03, A24, B07, B08, B27, B44, B58, B62) 및 특정 대립유전자(예를 들어, 대표적인 인간 MHC 클래스 I 대립유전자로서 A*0201) 분석을 포함하여, MHC 클래스 I 분자에 대한 식별된 보존된 바이러스 단백질 영역의 결합에 대한 고려를 통합하는 것을 예시한다.
도 12a 및 도 12b. 도 12a는, 보존된 영역 위치를 4가지 카테고리로 분류하는 방법을 예시한다. 심층 시퀀싱 분석과 MHC 클래스 I 결합 데이터를 통합하여 항바이러스 백신 설계 접근법을 개선시킬 수 있다. 도 12a는, 서열번호 499 내지 501, 121, 502 내지 505, 499 내지 501, 121 및 502 내지 510을, 각각, 출현 순서대로 개시하고 있다. 도 12b는, 심층 시퀀싱 분석과 MHC 클래스 I 결합 데이터를 환자 내 서열 분석에 통합시키는 방식으로 현재 항바이러스 백신 설계 접근법을 개선시키는 접근법을 예시한다.
도 13은, 심층 시퀀싱 데이터와 환자 HLA 데이터 분석을 포함시켜 개별화된 백신 구조체를 형성하는 접근법을 예시한다.
도 14는, 심층 시퀀싱 데이터 분석을 포함시켜 실시예 3에 기재된 HLA 제한된 백신 구조체를 추가로 개선시키는 접근법을 예시한다.
도 15는, 환자 간 및 환자 내 바이러스 서열 다양성, 숙주 MHC 클래스 I 및 클래스 II 분자 결합, 및 T세포 인식을 고려하는 합리적인 항바이러스 면역원 설계 접근법을 예시한다. 이러한 접근법 및 생성된 면역원은 HIV-1에 대한 인간 면역반응을 유도하는 면역원으로 본원에 예시되어 있다.
도 16은, 본원에 기재된 융합 폴리펩타이드 구조체에 사용된 HIV-1 Env 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절을 예시한다. Env HIV-1 HXB2 참조 폴리펩타이드(서열번호 403) 서열에는 밑줄이 그어져 있다. 도 16은 또한, 서열번호 1, 10, 4, 15, 6, 19, 21, 27 내지 28, 30, 37, 511, 512 및 60을, 각각, 출현 순서대로 개시하고 있다.
도 17은, 본원에 기재된 융합 폴리펩타이드 구조체에 사용된 HIV-1 Gag 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절을 예시한다. Gag HIV-1 HXB2 참조 폴리펩타이드(서열번호 404) 서열에는 밑줄이 그어져 있다. 도 17은 또한, 서열번호 70, 76, 78, 87, 94, 96 내지 97, 99, 339, 107, 341, 117, 113, 119, 121, 123 및 137을, 각각, 출현 순서대로 개시하고 있다.
도 18은, 본원에 기재된 융합 폴리펩타이드 구조체에 사용된 HIV-1 Nef 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절을 예시한다. 위치 124에 트립토판(W)을 갖는 Nef HIV-1 HXB2 참조 폴리펩타이드(서열번호 405) 서열에는 밑줄이 그어져 있다. 도 18은 또한, 서열번호 151, 513, 153, 514, 165, 515 및 172를, 각각, 출현 순서대로 개시하고 있다.
도 19a 내지 도 19c는, 본원에 기재된 융합 폴리펩타이드 구조체에 사용된 HIV-1 Pol 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절을 예시한다. Pol HIV-1 HXB2 참조 폴리펩타이드(서열번호 406) 서열에는 밑줄이 그어져 있다. 도 19a 내지 도 19c는 또한, 서열번호 176, 188, 181, 190, 192, 516, 209, 517, 197, 210, 201, 211, 213, 518, 217, 219, 223, 222, 225, 227, 229 내지 230, 232, 234, 236, 238, 240 내지 241, 243, 259, 261, 265, 274, 282, 276, 294, 296, 300, 298, 302 내지 303, 305, 519, 311, 319, 322 내지 323, 334, 325, 336, 329, 327, 331 및 333을, 각각, 출현 순서대로 개시하고 있다.
도 20은, 해당 실시예에서, CMV 프로모터의 제어 하에, 아데노바이러스 발현 벡터에서 융합 폴리펩타이드를 발현시키기 위한 변형된 백신 발현 카세트를 예시한다. 보존된 영역을 조합하는 접근법을 결정하기 위해, 계산적으로 정의된 보존된 영역의 폴리펩타이드 분절의 발현을 위해 후보 바이러스 벡터 백신을 구축하고, 영역들을 하기 (A) 내지 (F)로 조합하였다: (A) 융합 폴리펩타이드 구조체(서열번호 345/346); (B) F2A 단백질분해 절단 부위를 함유하는 프로세싱 스페이서(processing spacer)(서열번호 349/350); (C) 가요성 링커(예를 들어, AAA(서열번호 378))(서열번호 347/348); (D) p17 및 p24 보존된 영역만 포함하는 융합 폴리펩타이드; (E) 프로테아제, RT, 인테그라아제 보존된 영역만 포함하는 융합 폴리펩타이드; 및 (F) Nef 단독 구조체(서열번호 151/152).
도 21a 내지 도 21c. (도 21a) 각각 상이한 연결 전략(융합, F2A 절단 부위, AAA 링커(서열번호 378)) 또는 융합 분절(예를 들어, Pol PR-RT)을 나타내는 백신 면역원을 함유하는 플라스미드 DNA를 Expi293™ 세포에 트랜스펙션시켰다. 트랜스펙션 효율은 유세포분석을 통해 트랜스펙션된 Expi293F 세포의 GFP 발현%를 평가하는 방식으로 결정하였다. 제시된 결과는 몇 개의 독립적인 실험을 나타낸다. (도 21b) 모든 플라스미드 DNA는 발현 카세트에 p24를 함유하고 있었다. 발현 효율은 p24 ELISA로 평가하였다. (도 21c) 백신 전이유전자 구조체의 번역 산물. 번역 폴리펩타이드의 정체는 항-Nef 항체(2 ㎍/mL, 0.5초 노출)를 이용한 웨스턴 블롯 면역침강으로 확인하였다. 최상단 밴드는 융합 및 AAA 링커(서열번호 378) 함유 구조체에서 예측된 전장 번역 산물(88kDa)에 해당하였다. F2A 함유 번역 산물은 항-Nef 항체에 의해 검출되지 않았으며, 이는 전장 구조체 부재에 의한 Nef 산물의 절단을 나타낸다. 동일한 로딩을 제어하기 위해, 항-알파 튜불린에 대한 항체로 막을 조사하였다.
도 22는, 미성숙 수지상세포와 성숙 단핵구 유래 수지상세포(mMoDC)의 분화 표현형의 비교를 예시한다. 단핵구 유래 DC(MoDC)를 사이토카인의 존재 하에서 8일 동안 성숙시키고, 유세포분석으로 CD11c, HLA-DR, CD14, CD430, DCSIGN, CD83, CD86 및 OX40L의 발현에 대해 분석하였다.
도 23은, 트랜스펙션 후 3일차에 8명의 인간 공여자에서 1000 PFU의 감염다중도(MOI)로 GFP 발현 Ad5/35 바이러스 벡터를 사용한 대표적인 moDC 형질도입 효율을 예시한다. 유세포분석에 따른 GFP를 발현시키는 세포의 비율은 y축에 제시되어 있다. x축은 3가지 융합 접근법(F2A(서열번호 347), 융합(서열번호 349) 및 AAA 링커(서열번호 345)("AAA"는 서열번호 378로 개시됨))으로 설계된 전장 Gag-Nef 면역원뿐 아니라, p17-p24에서만(서열번호 428)의 보존된 영역으로 이루어진 백신 면역원 구조체를 나타낸다. 아미노산 서열은 표 1에 제시되어 있다.
도 24a 및 도 24b는, 융합, F2A 단백질분해 절단 서열 또는 AAA 링커(서열번호 378)에 의해 연쇄되거나 연결된 HIV-1의 보존된 영역을 발현시키는 백신 구조체에 의한 항원 특이적 T세포의 프라이밍을 예시한다. (도 24a) PBMC와 백신 벡터 형질도입된 자가 moDC의 공동배양 후 10일차에 IFN-γ ELISpot 검정에 의해 평가된 프라이밍된 반응의 크기(magnitude). PBMC는 기준선에서 기존 HIV 특이적 반응을 나타내는 HIV 감염된 공여자에서 유래한 것이었다. (도 24b) 데노보(de novo) 인식된 펩타이드 풀의 수로 정의된 반응의 범위(breadth)(기존 기준선 반응 제외). 이러한 분석에서 상이한 군 사이에서는 통계적 유의성이 관찰되지 않았다.
도 25a 및 도 25b는, HIV 감염된 공여자에서 얻은 항원 특이적 T세포의 시험관내 프라이밍을 예시한다. PBMC와 백신 벡터 형질도입된 자가 moDC의 공동배양 후 10일차에, 세포내 사이토카인 염색(ICS)에 의한 IFN-γ 생산을 보여주는 대표적인 유세포분석 플롯. x축은 시험관내 프라이밍에 사용된 백신 구조체를 나타낸다. 각각의 막대는, 각각, Gag p17, gag p24, 인테그라아제, Pol(프로테아제/RT) 및 Nef의 펩타이드 풀을 이용한 자극을 나타낸다. (도 25a) CD8+ T세포 반응 및 (도 25b) CD4+ T세포 반응에서의 IFN-γ+ T세포의 백분율이 제시되어 있다. (●) Gag p17; (■) Gag p24; (▲) INT; (▼) Pol; (◆) Nef. 이러한 분석에서 상이한 군 사이에서는 통계적 유의성이 관찰되지 않았다. 도 25a 및 도 25b는, "AAA"를 서열번호 378로 개시하고 있다.
도 26a 및 도 26b는, 비(非)바이러스혈증 및 바이러스혈증 HIV-1 감염된 공여자에서 얻은 항원 특이적 T세포의 시험관내 프라이밍을 예시한다. 비바이러스혈증 공여자(도 26a) 및 바이러스혈증 공여자(도 26b)에서, PBMC와, 3가지 융합 접근법(F2A(서열번호 347), 융합(서열번호 349) 및 AAA 링커(서열번호 345; "AAA"는 서열번호 378로 개시됨) 중 하나에 따라 설계된 Gag-Nef 면역원을 포함하는 아데노바이러스 벡터로 형질도입된 자가 moDC의 공동배양 후 7일차(1회차) 및 14일차(2회차)에서의 세포내 사이토카인 염색(ICS)에 의한 IFN-γ 생산을 보여주는 대표적인 도면. x축은 시험관내 프라이밍에 사용된 백신 구조체를 나타낸다. 각각의 막대는, 각각, Gag p17, Gag p24, 인테그라아제, Pol(프로테아제/RT) 및 Nef의 펩타이드 풀을 이용한 자극을 나타낸다. (도 25a) CD8+ T세포 반응 및 (도 25b) CD4+ T세포 반응에서의 IFN-γ+ T세포의 백분율이 제시되어 있다. (●) Gag p17; (■) Gag p24; (▲) INT; (▼) Pol; (◆) Nef.
도 27은, 융합, F2A 단백질분해 절단 서열 또는 AAA 링커(서열번호 378)에 의해 연결된 보존된 영역을 갖는 면역원 발현 카세트를 함유하는 벡터로 형질도입된 moDC를 사용하여 프라이밍된 항원 특이적 CD8+ T세포 및 CD4+ T세포 항원의 기능적 특징의 프로파일링을 예시한다. 파이 차트는 프라이밍된 CD8+ T세포 또는 CD4+ T세포의 조정된 다기능성(배경 반응 제외) 특징(1개 내지 4개의 기능 - CD107a, IFN-γ, TNF-α 및 IL-2)을 도시한다.
도 28a 내지 도 28c는, 면역화 후 규모가 큰 CD8+ T세포 반응을 유도하는 HIV-1 항원을 발현시키는 바이러스 벡터를 예시한다. (도 28a) 면역화 및 샘플링 일정. Balb/c 마우스의 군을 융합, F2A 단백질분해 절단 서열 또는 가요성 AAA 링커(서열번호 378)에 의해 연결된 HIV-1 보존된 영역 서열을 발현시키는 Ad5/35 벡터로 면역화시켰다. 마우스를 1일차 및 29일차에 동종 프라임-부스트 일정으로 면역화시키고, 16일차(프라임) 또는 36일차(프라임-부스트)에 각 군을 분석하였다. 면역화 후 16일차(도 28b) 36일차(도 28c) 면역원성은, IFN-γ 생산 세포를 검출하는 IFN-γ ELISPOT 검정을 사용하여 생체외 펩타이드 특이적 비장세포의 빈도를 평가하는 방식으로 결정하였다. 백신 구조체 및 F2A 펩타이드 내 서열과 매칭되는 11개 아미노산과 중첩되는 15량체 펩타이드 세트를 합성하고, ELISpot 및 ICS 검정에서 비장세포를 자극시키는 데 사용하였다.
도 29a 및 도 29b는, Balb/c 동물(도 29a) 및 C57 BL/6 동물(도 29b)에서의 백신 유도 CD8+ T세포 반응의 기능성 프로파일을 예시한다. 탈과립화(CD107a), IFN-γ, IL-2 및 TNF-α 생산을 매개할 수 있는 CD8+ T세포의 유세포분석 프로파일을 분석하고, 각각의 백신 접종 군에서 동물에 대한 반응의 기능적 구성을 제시하였다. 비장세포를 6시간 동안 관련 펩타이드 풀(본원에 제시된 p24)을 이용하여 자극시키고, 방법에 기재된 바와 같이 염색하였다. 파이 차트에는 데이터가 요약되어 있으며, 여기서 파이의 각 조각은 전체 CD8+ T세포 집단 내에서 주어진 수의 기능을 갖는 CD8+ T세포의 분획에 해당한다. 모든 가능한 반응의 조합은 x축에 제시되어 있으며, 전체 집단 내에서 기능적으로 별개인 CD8+ T세포의 백분율은 y축에 제시되어 있다. 평균 및 SD(표준편차)가 제시되어 있다. 도 29a 및 도 29b는, "AAA"를 서열번호 378로 개시하고 있다.
도 30a 및 도 30b는, IFN-γ 생산 세포의 기억 표현형을 예시한다. (도 30a) 2 ㎍/ml Gag p24 펩타이드 풀을 이용한 재자극 후 IFN-γ+ CD8+ T세포에서의 CCR7, CD45RA, CD27, PD-1 및 CTLA-4 발현에 기반하여 기억 서브세트와 고갈 표현형을 정의하는 게이팅 전략을 예시하는 유세포분석 플롯. (도 30b) 2 ㎍/ml Gag p24 펩타이드 풀을 이용한 재자극 후 IFN-γ+ CD8+ T세포 및 IFN-γ+ CD4+ T세포 내 나이브(naive) 세포(CCR7+ CD45RA+), 이펙터 기억세포(CCR7- CD45RA-) 및 중추 기억세포(CCR7+ CD45RA-)의 비율.
도 31a 및 도 31b. 도 31a는, 신호 서열이 백신 면역원의 면역원성을 차등적으로 증강시킴을 예시한다(서열번호 369, 370, 371, 368, 367). 도 31b는, HIV-1 보존된 영역의 서열이 GM-CSF 신호 서열(서열번호 353, 363)을 갖는 면역원성임을 예시한다.
도 32a 내지 도 32e. 도 32a는, 면역화 및 샘플링 일정을 예시한다. 도 32b는, 신호 서열(서열번호 357, 430)을 갖지 않고, Balb/c 마우스의 군을 면역화시키는 데 사용된 GM-CSF(서열번호 353, 363), t-PA(서열번호 354), MCP-3(서열번호 355), β-카테닌(서열번호 356)의 신호 서열을 갖는 Gag-Nef 융합 단백질 서열에서 HIV-1 보존된 영역 서열을 발현시키는 LCMV 벡터를 예시한다. 도 32c 및 도 32d는, MCP-3, tPA, β-카테닌 및 GM-CSF 신호 서열의 존재 또는 부재 하에서 보존된 Gag-Nef를 발현시키는 LCMV 복제 불능 벡터를 이용한 7일차의 프라임 면역화(도 32c) 및 27일차의 부스트(도 32d) 후, IFN-γ ELISpot으로 측정된 Gag p24에 대해 상이한 신호 서열을 갖는 백신 면역원의 면역원성을 예시한다. 도 32e는, 면역화 후 7일차에 암컷 Balb/c에서 GMCSF 신호 서열의 존재 유무 하에 보존된 Pol을 발현시키는 Ad5/35 벡터의 면역원성을 나타낸다. 각각의 점은 하나의 개별 마우스를 나타낸다. 평균 및 SD(표준편차)가 제시되어 있다. 이러한 분석에서 상이한 군 사이에서는 통계적 유의성이 관찰되지 않았다.
도 33a 내지 도 33d. 도 32a는, 면역화 및 샘플링 일정을 예시한다. Balb/c 마우스의 군을, 신호 서열(서열번호 357, 430)을 갖지 않고, Balb/c 마우스의 군을 면역화시키는 데 사용된 GM-CSF(서열번호 353, 363), t-PA(서열번호 354), MCP-3(서열번호 355), β-카테닌(서열번호 356)의 신호 서열을 갖는 Gag-Nef 및 Pol 융합 단백질 서열에서 HIV-1 보존된 영역 서열을 발현시키는 Ad5/35 벡터를 예시하는 도 33b로 면역화시켰다. 융합 단백질 서열은 표 J에 제시되어 있다. 도 33c 및 도 33d는, 16일차의 프라임 면역화 후, IFN-γ ELISpot으로 측정된 상이한 신호 서열을 갖는 백신 면역원의 면역원성(도 33c) 및 유세포분석으로 측정된 세포내 IFN-γ+ CD8+ T세포(도 33d)를 나타낸다. 각각의 점은 하나의 개별 마우스를 나타낸다. 평균 및 SD(표준편차)가 제시되어 있다. 비모수 맨-휘트니 검정(non-parametric Mann-Whitney test)을 사용하여 군 사이의 통계적 유의성을 결정하였다. *P≤0.05, **P≤0.001.
도 34a 내지 도 34d는, A*0201-C57/BL6 형질전환 마우스에서 리더 서열의 존재 유무 하에 보존된 HIV 서열을 함유하는 LCMV 벡터의 면역원성을 예시한다. 도 34a는, 프라임 및 부스트 백신 접종, 및 IFN-γ ELISpot에 의한 반응의 평가 시점을 보여주는 면역화 및 샘플링 일정을 나타낸다. 도 34b는, GM-CSF 신호 서열의 부재(서열번호 367, 431) 또는 존재(서열번호 368, 432) 하에서 A*0201 서열을 발현시키는 LCMV 벡터를 갖는, 백신 접종에 사용되는 면역원 구조체를 나타낸다. 마우스를 또한 GM-CSF 신호 서열의 부재(서열번호 430 + 서열번호 357) 또는 존재(서열번호 353 + 서열번호 363) 하에서 Gag-Nef 및 Pol 융합 단백질 서열을 발현시키는 LCMV 벡터를 이용하여 면역화시켰다. 융합 단백질 서열은 표 J에 제시되어 있다. A*0201 서열은 A*0201 대립유전자에 대해 보존된 HIV 서열로부터의 특정 에피토프 서열을 포함하며, 스트링 배열에서 비드로서 벡터에 배치된다. 도 34c는, 프라임, 및 프라임/부스트 백신 접종된 동물 모두에서 A*0201 펩타이드 풀에 대한 IFN-γ 반응의 규모를 나타낸다. 도 34d는, 프라임, 및 프라임/부스트 백신 접종된 동물 모두에서 Gag 펩타이드 풀에 대한 IFN-γ 반응의 규모를 나타낸다. 도 34c 및 도 34d에서: Y축은 특정 펩타이드 풀 자극에 대한 IFN-γ 반응의 규모를 106개의 비장세포 당 스폿형성단위(SFU: spot-forming unit)의 수로 나타낸다. 비(非)특이적 반응을 배제하기 위해 펩타이드 자극되지 않은 대조군을 제외시켜 펩타이드 특이적 값을 얻었다. X축은 펩타이드 특이적 반응이 연구된 생체내 프라이밍 및 부스팅에 사용된 개별 백신 구조체를 나타낸다. 이러한 분석에서 상이한 군 사이에서는 통계적 유의성이 관찰되지 않았다.
도 35a 내지 도 35d는, A*0201-C57/BL6 형질전환 마우스에서 리더 서열의 존재 유무 하에 보존된 HIV 서열을 함유하는 Ad5/35 벡터의 면역원성을 예시한다. 도 35a는, 프라임 백신 접종, 및 IFN-γ ELISpot에 의한 반응의 평가 시점을 보여주는 면역화 및 샘플링 일정을 나타낸다. 도 35b는, 백신 접종에 사용된 면역원 구조체를 나타내며, 여기서 신호 서열이 없는 A*0201 서열은 (서열번호 367, 431)이고, GM-CSF 신호 서열을 갖는 A*0201 서열은 (서열번호 368, 432)이고, tPA 신호 서열을 갖는 A*0201 서열은 (서열번호 369, 433)이고, MCP-3 신호 서열을 갖는 A*0201 서열은 (서열번호 370, 434)이고, β-카테닌 신호 서열을 갖는 A*0201 서열은 (서열번호 371, 435)이고, LAMP-1 N-말단 및 C-말단 신호 서열을 갖는 A*0201 서열은 (서열번호 372)이며, 벡터는 각각 GM-CSF Gag-Nef 및 GM-CSF Pol 융합 단백질 서열(서열번호 353 + 서열번호 363)을 각각 발현시킨다. 융합 단백질 서열은 표 J에 제시되어 있다. 벡터에서 A*0201 서열은 A*0201 대립유전자에 대해 보존된 HIV 서열로부터의 특정 에피토프 서열을 포함하며, 스트링 배열에서 비드로서 Ad5/35 벡터에 클로닝된다. 도 35c는, 프라임 백신 접종된 동물에서 A*0201 펩타이드 풀에 대한 IFN-γ 반응의 규모를 나타낸다. Y축은 A*0201 펩타이드 풀 자극에 대한 IFN-γ 반응의 규모를 106개의 비장세포 당 스폿형성세포(SFC: spot-forming cell)의 수로 나타낸다. 비특이적 반응을 배제하기 위해 펩타이드 자극되지 않은 대조군을 제외시켜 펩타이드 특이적 값을 얻었다. X축은 생체내 프라이밍에 사용된 개별 백신 구조체를 나타낸다. 도 35d는, GM-CSF-Gag/Nef + GM-CSF-Pol 백신 접종된 동물에서 Gag, Nef, Pol-1 및 Pol-2 펩타이드 풀에 대한 IFN-γ 반응의 규모를 나타낸다. 벡터 서열은 A*0201 에피토프 특이적 서열뿐 아니라, 보존된 서열 전체를 함유한다. Y축은 GM-CSF-Gag/Nef + GM-CSCF-Pol 백신 프라이밍된 동물에서 IFN-γ 반응의 규모를 나타내며, X축은 자극에 사용된 특정 펩타이드 풀을 나타낸다. 각각의 막대는 Gag p24, Gag p17, Nef, Pol-1(프로테아제/RT) 및 Pol-2(인테그라아제) 반응의 펩타이드 풀을 이용한 자극을 나타낸다. 반응은 106개의 비장세포 당 스폿형성단위(SFU)로 표시된다. 비특이적 반응을 배제하기 위해 펩타이드 자극되지 않은 대조군을 제외시켜 펩타이드 특이적 값을 얻었다. 비모수 맨-휘트니 검정을 사용하여 군 사이의 통계적 유의성을 결정하였다. *P≤0.05, **P≤0.001.
도 36a 내지 도 36e는, 아레나바이러스 LCMV 및 피킨데(PICV) 아레나바이러스 벡터를 사용한 다양한 프라임 및 프라임-부스트 요법을 예시한다. (도 36a) C57Bl/6 마우스를 3분할 복제 약화된 LCMV(TT1), 3분할 복제 약화된 PICV(TT2), 복제 결함 PICV(VV2), 및 SIVsme543 gp140을 발현시키는 아데노바이러스 벡터를 이용한 단일 프라임으로 면역화시켰다. (도 36b) Gag, Pol-1/Pol-2 및 Env(gp140)를 발현시키는 3분할 복제 약화된 LCMV(TT1) 또는 3분할 복제 약화된 PICV(TT2) 벡터를 이용한 동종 및 이종 프라임 부스트 요법. (도 36c) 이종 프라임-부스트의 비교, 먼저 3분할 복제 약화된 PICV(TT2) 또는 복제 결함 PICV(VV2)를 이용한 프라이밍, 이어서 SIV 항원을 발현시키는 복제 결함 LCMV(VV1) 및 3분할 복제 약화된 LCMV(TT1) 벡터를 이용한 부스팅. 마우스는 각 시점에서, 1:1:1:1 비로 혼합된 3종(3분할 복제 약화된) 또는 4종(복제 불충분)의 아레나바이러스 벡터로 이루어진 단일 면역화를 받았다. (도 36d) 동종 LCMV 또는 PICV, 및 이종 PICV 프라임 및 LCMV 부스트로 SIVsme543 Gag를 발현시키는 복제 약화된 아레나바이러스 벡터를 이용한 히말라야원숭이의 면역화. 1일, 29일, 85일 및 113일차에 4회의 정맥내 면역화를 실시하였다. (도 36e) 동종 LCMV 또는 PICV, 및 이종 PICV 프라임 및 LCMV 부스트로 SIVsme543 Gag를 발현시키는 복제 약화된 아레나바이러스 벡터를 이용하여 면역화된 히말라야원숭이에서 IFN-γ ELISpot으로 측정된 장기적인 추적 면역반응의 요약. (도 36e)에서 관찰된 반응은 (도 36d)에서 관찰된 반응의 연장이다.
도 37a 내지 도 37f. (도 37a) 384웰 ELISPOT 검정을 사용하여 개별 에피토프가 뒤따르는 moDC-T세포 프라이밍 검정에 대해 확립된 프로토콜을 예시한다. (도 37b) 이러한 분석에서 완료된 10명의 비바이러스혈증 HIV-1 환자 공여자에 대해 현재 이용 가능한 성별, 바이러스 부하 및 HLA 다양성 특징을 나타낸다. (도 37c) 백신 접종이 (도 37d)에서 평가된 반응의 범위를 증강시키는지 여부를 평가하기 위한, 신호 서열이 없는 바이러스 벡터 서열을 나타낸다. (도 37d) Gag-Nef 및 Pol-Env 내 보존된 영역을 발현시키는 Ad5/35 벡터로 형질도입된 moDC를 이용한 프라이밍 후 유도된 반응의 범위(독립적인 에피토프의 수) 비교. (도 37e) 빈 벡터(백신 전)와 상이한 신호 서열(서열번호 353, 363, 354, 355, 356, 429 및 357)을 갖는 보존된 영역 백신을 이용한, 상이한 HIV-1 항원을 표적으로 하는 면역반응 범위의 특징분석. (도 37f) 상이한 신호 서열을 갖는 보존된 영역 구조체를 발현시키는 백신 벡터 형질도입된 자가 moDC와 PBMC의 공동배양 후 10일차에, 데노보 인식된 펩타이드 풀의 수(기존 기준선 반응 제외)로 정의된 반응의 범위 및 IFN-γ ELISpot 검정으로 평가된 반응의 규모. 각각의 점은 한 명의 공여자를 나타낸다. 평균 및 SD(표준편차)가 제시되어 있다.
1. 도입
본원에는, 복수의 폴리펩타이드 또는 펩타이드 분절을 포함하는 융합 폴리펩타이드, 및 면역원성 조성물 및 약학적 조성물을 포함하는 관련 조성물뿐 아니라, 융합 폴리펩타이드를 제조하는 방법, 및 인간면역결핍바이러스(HIV-1)에 대한 면역원성 반응을 유도하기 위해 이를 필요로 하는 대상에서 이를 사용하는 방법이 제공된다. 본원에 사용된 "면역원"이란, 면역반응을 유도하거나 면역반응을 유도할 수 있는 항원과 같은 물질이다. 본원에는, 본원에 기재된 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드뿐 아니라, 이를 포함하는 벡터가 또한 제공된다.
본원에는, 항바이러스 면역반응을 유도하도록 설계된 융합 폴리펩타이드가 제공된다. 본원에 기재된 백신 구조체는 바이러스 프로테옴 소스 서열 세트 내에서 가장 고도로 보존된 예측된 에피토프를 사용하여 예측된 T세포 에피토프("PTE")의 수학적으로 결정된 개선된 적용범위를 제공하도록 설계되었다. 항바이러스 면역원을 설계하는 방법에 대한 패러다임으로, HIV-1 Gag, Pol, Env 및 Nef 유전자 중 1종, 2종, 3종 또는 4종에 의해 인코딩되는 융합 폴리펩타이드가 사용되었다. 본원에 기재된 방법은 보존된 PTE의 적용범위를 개선시키기 위해 소스 서열 세트 내 PTE의 위치 정보를 유지하고, 2가 서열 세트를 구축한다. 결과는, 모든 유지된 위치 정보로 인해, 환자 집단 중 및 개별 환자 내 바이러스 종에 의해 발현된 단백질의 자연 발생 서열에서 보존된 에피토프와 고도로 유사할 가능성이 가장 높은 고도로 보존된 PTE를 유리하게 개선시키거나 증가시키는 초기 2가 백신 구조체이다. 또한, 환자 간 및 환자 내 집단에서 HIV-1 종 중에서 고도로 보존된 PTE 서열만 사용하면, 고도로 보존된 서열이 바이러스 구조 및 기능에 기여할 가능성이 더 높기 때문에, 탈출 돌연변이체의 가능성이 감소된다.
나아가, HIV-1과 같은 고도로 가변적인 바이러스에 대한 항바이러스 백신 면역원을 설계하기 위한 계산식 접근법이 제공된다. 항바이러스 백신 면역원 설계 방법은 치료용 및 예방용 항바이러스 백신을 개발하기 위해 다양한 서열을 갖는 개별 환자 샘플로부터의 심층 시퀀싱 데이터를 통합하고, 숙주 HLA 다양성의 맥락에서 서열 다양성을 분석한다. 항바이러스 면역원은 정의된 HLA 대립유전자 세트를 갖는 개체의 군 또는 광범위한 집단 적용범위에 대해 개별 수준에서 적용범위를 제공하도록 설계될 수 있다. 본원에 기재된 백신 면역원 설계 방법에서, 본 발명자들은, 예를 들어 공공 데이터베이스 및 내부적으로 개발된 데이터베이스에서 얻은 벌크 집단 서열을 사용하여 백신 서열 내 보존된 영역을 표적으로 하는 계산식 접근법을 정의한다. 나아가, 개별 환자 심층 서열 데이터를 사용하여, 본 발명자들은 보존된 영역 내 각각의 잠재적 T세포 에피토프에 대한 서열 가변성을 정의한다. 또한, 본 발명자들은 개별 숙주의 HLA 대립유전자 세트에 의한 제시 가능성에 기반하여 실제 에피토프로 작용할 수 있는 영역을 식별한다. 대립유전자 당 펩타이드 결합을 모델링하는 심층 학습 모델을 개발하기 위해, 공개적으로 이용 가능한 및 내부적으로 개발된 데이터베이스에 의해 정의된 숙주 HLA에 대한 결합 가능성을 사용하였다. 이는, TCR 인식을 조절하는 항원 변이체의 잠재적인 영향을 정의하거나 펩타이드를 탈출 변이체로 식별할 수 있는 가상 실험, 공개된 및/또는 실험적 시험관내 T세포 프라이밍 데이터와 결합될 수 있다. 이러한 데이터는 에피토프 및 관련 에피토프 변이체를 함유하는 펩타이드 면역원 세트를 설계하는 데 사용된다. 에피토프 서열은 직접 융합되거나 링커 서열을 통해 연결된 단일 융합 폴리펩타이드에 직렬로 연쇄되거나 연결된다. 펩타이드 분절은, 인간 자가 항원을 모방하고 바람직하지 않은 영향(예를 들어, 자가면역 반응 또는 관용원성 반응을 유도함)을 미칠 수 있는 접합 에피토프의 생성을 감소시키거나 제거하는, N-말단에서 C-말단 방향으로 계산적으로 결정된 순차적인 순서로 연결된다.
백신 설계에 대한 유사한 그래프 기반 접근법과 달리, 본원에 기재된 접근법은 천연 서열에서도 인접한 인접 PTE만을 사용하여 연결된 PTE의 분절을 구축한다. 또한, 본 발명은 먼저, 바이러스 프로테옴의 각 PTE 위치에서 적용범위를 개선시키거나 증가시키기 위해 매칭된 2개의 폴리펩타이드로 이루어진 2가 구조체를 구축한다. 2가 구조체는 그 자체가 하기 실시예 1 및 2에 기재된 구조체에서와 같이 백신으로 사용될 수 있거나, 실시예 3에 기재된 HLA 제한된 구조체, 또는 하기 실시예 4 및 5에 기재된 개별화된 구조체와 같은 추가의 구조체에 대한 기반으로 작용할 수 있다. 집단 기반 서열(예를 들어, 환자 간 다양성)의 분석에 의해 설계된 2가 구조체는 바이러스 구조 및 기능에 기여할 수 있고, 환자 내 서열 내에서 보존을 정의하는 주형으로 작용할 수 있는 집단 기반 보존된 서열을 식별하며, 이러한 정보는 개별화된 백신 구조체를 구축하는 데 적용될 수 있다.
본원에 기재된 방법은 본원에서 "보존 분석" 또는 "보존 알고리즘"으로 지칭되는 프로세스를 사용하여 보존된 영역 2가 서열의 식별로 시작할 수 있다. 상기 방법은, 본원에서 "보존된 워킹 알고리즘(Conserved Walking Algorithm)" 또는 "CWA"로 지칭되는 프로세스를 사용하여, 천연 서열의 PTE의 위치 정보를 유지하면서, 최대 에피토프 적용범위를 갖는 2가 백신 구조체를 구축하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.
T세포 반응의 유도를 기반으로 하는 치료용 백신은 암 백신의 맥락에서 용이하게 평가되며, 효능을 나타내고 있다.이러한 백신은 전형적으로 에피토프 기반이며, 개체의 HLA 대립유전자뿐 아니라, 특정 종양 항원에 맞게 맞추어질 수 있다(예를 들어, 문헌[Tran, et al., Science, (2014) 344(6184):641-5] 참조). 본 발명자들은 특정 HLA 대립유전자의 집단 빈도에 기반하여 하위집단을 표적으로 할 수 있거나, 개체의 HLA 대립유전자 범위에 특히 맞추어질 수 있는 백신 서열을 개발하였다.
2. 인간면역결핍바이러스-1(HIV-1)에 대한 면역반응을 촉진시키는 데 유용한 융합 폴리펩타이드
본원에는, 1종 이상의 HIV-1 유전자에 의해 인코딩되는 복수의 폴리펩타이드 또는 펩타이드 분절을 포함하는 융합 폴리펩타이드가 제공된다. 본원에 기재된 융합 폴리펩타이드의 '분절'은, 참조 서열, 예를 들어, 각각, 서열번호 403 내지 406으로 본원에 제공된 Env, Gag, Nef 및 Pol 폴리펩타이드에 대한 HIV-1 HXB2 참조 서열에 관한 적어도 8개 아미노산의 연속적인 서열이다. 본원에 기재된 폴리펩타이드는 이들이 2종 이상의 HIV-1 단백질의 연결 또는 연쇄된 폴리펩타이드 또는 펩타이드 분절로부터 어셈블링된다는 의미에서, '융합' 폴리펩타이드이다. HIV-1 단백질 참조 서열에 관하여, 폴리펩타이드 또는 펩타이드 분절은 동일한 HIV-1 단백질 또는 상이한 HIV-1 단백질의 불연속 서열에 해당할 수 있다. 일반적으로, 융합 폴리펩타이드는 자연 발생이 아니며, 합성되거나 재조합적으로 생산될 수 있다.
a. 폴리펩타이드 분절
본원에 기재된 융합 폴리펩타이드를 어셈블링하는 데 사용되는 폴리펩타이드 분절을 인코딩하는 HIV-1 유전자에 관하여, 다양한 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 Gag, Nef, Env, Pol, Vpu, Vpr 및 Vif에서 선택되는 1종 이상, 예를 들어 2종 이상, 3종 이상, 4종 이상의 HIV-1 유전자, 예를 들어 Gag, Nef, Env, Pol 및 Vif에서 선택되는 2종 이상, 3종 이상, 4종 이상의 HIV-1 유전자에 의해 인코딩되는 1종 이상의 인간면역결핍바이러스-1(HIV-1) 단백질의 복수의 폴리펩타이드 분절을 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 폴리펩타이드 분절은 HIV-1 유전자 Env, Gag, Nef 및 Pol에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절만으로 구성되며, 예를 들어 HIV-1 Tat, Rev, Vif, Vpr 및/또는 Vpu 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절은 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 복수의 폴리펩타이드 분절은 HIV-1 유전자 Gag, Nef 및 Pol에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절만으로 구성되며, 예를 들어 HIV-1 Env, Tat, Rev, Vif, Vpr 및/또는 Vpu 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절은 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 복수의 폴리펩타이드 분절은 HIV-1 유전자 Gag 및 Nef에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절만으로 구성되며, 예를 들어 HIV-1 Env, Pol, Tat, Rev, Vif, Vpr 및/또는 Vpu 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절은 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 복수의 폴리펩타이드 분절은 HIV-1 유전자 Pol 및 Nef에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절만으로 구성되며, 예를 들어 HIV-1 Env, Gag, Tat, Rev, Vif, Vpr 및/또는 Vpu 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절은 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 복수의 폴리펩타이드 분절은 HIV-1 유전자 Pol 및 Env에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절만으로 구성되며, 예를 들어 HIV-1 Gag, Nef, Tat, Rev, Vif, Vpr 및/또는 Vpu 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절은 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 복수의 폴리펩타이드 분절은 HIV-1 Pol 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절만으로 구성되며, 예를 들어 HIV-1 Env, Gag, Nef, Tat, Rev, Vif, Vpr 및/또는 Vpu 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절은 포함하지 않는다. 다양한 구현예에서, 복수의 폴리펩타이드 분절은 HIV Tat, Rev, Vif, Vpr 및/또는 Vpu 유전자 중 1종, 2종, 3종 또는 4종에 의해 인코딩되는 분절을 함유하지 않는다.
단일 융합 폴리펩타이드로 어셈블링, 연결, 결합 또는 연쇄되는 폴리펩타이드 분절의 수에 관하여, 다양한 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 적어도 5개 및 최대 40개 폴리펩타이드 분절, 예를 들어 5개의 폴리펩타이드 분절 및 최대 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개 또는 40개의 폴리펩타이드 분절로 구성된다. 적절한 경우, 폴리펩타이드 분절은 자연 발생 단백질과 동일한 순서로 또는 이와 상이한 순서로 배열될 수 있다.
융합 폴리펩타이드 내에 포함시키기 위한 폴리펩타이드 분절로서 선택된 HIV-1 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드의 영역에 관하여, 다양한 구현예에서, 폴리펩타이드 분절은 바이러스 프로테옴 서열 집단의 보존된 영역에서 유도된다. 일부 구현예에서, 보존된 영역은, 예를 들어 환자 간 및/또는 환자 내 집단에서 결정 시, HIV-1 종 사이에서 80% 초과, 예를 들어 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 초과로 보존되어 있다. 본원에 사용된 HIV-1 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 내 보존된 영역은, 동일한 아미노산 분절 또는 하위서열을 함유하는 서열의 집단에서, 예를 들어 선결된 아미노산 분절 또는 하위서열 위치에서 가장 우세한 것(9개 아미노산 길이의 분절 또는 9량체)의 서열의 백분율을 나타내며, 여기서 아미노산 분절 또는 하위서열 위치는 참조 서열, 예를 들어 HIV-1 HXB2 폴리펩타이드 서열, 예를 들어 서열번호 403 내지 406에 대하여 결정된다. 다양한 구현예에서, 보존된 영역은 M군 내 HIV-1 분기군 중 하나 이상, 예를 들어 HIV-1 분기군 A 내지 K 중 하나 이상, 예를 들어 분기군 A, B, C, D 및 G 중 하나 이상, 예를 들어 HIV-1 M군의 분기군 B, 및 이의 재조합 형태, 예를 들어 CRF01_AE 사이에서 보존되어 있다. 일부 구현예에서, 복수의 폴리펩타이드 분절은 서열번호 1 내지 344에서 선택되는 폴리펩타이드 분절, 예를 들어 표 B에 식별된 폴리펩타이드 분절을 적어도 2개, 예를 들어 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개, 40개 또는 그 이상 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 폴리펩타이드 분절은 서열번호 2, 3, 8, 9, 13, 14, 17, 18, 23, 24, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 58, 59, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 92, 93, 101, 102, 103, 104, 109, 110, 115, 116, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145, 146, 147, 148, 149, 150, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 174, 175, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 213, 214, 221, 222, 236, 237, 245, 246, 247, 248, 249, 250, 251, 252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 263, 264, 266, 267, 268, 269, 270, 271, 272, 273, 278, 279, 280, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 291, 292, 293, 294, 295, 305, 306, 307, 308, 309, 310, 313, 314, 315, 316, 317, 318, 321 및 322에서 선택되는 폴리펩타이드 분절, 예를 들어 표 C에 식별된 폴리펩타이드 분절을 적어도 2개, 예를 들어 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개, 40개 또는 그 이상 포함한다. 개시 및 종결 위치는 서열번호 403 내지 406으로 본원에 제공되어 있고 표 A에 식별되어 있는, HIV-1 HXB2 참조 폴리펩타이드, GenBank 수탁번호 K03455(ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/K03455)에 대한 것이다.
[표 A]
[표 B]
[표 C]
개별 폴리펩타이드 또는 펩타이드 분절의 길이 범위에 관하여, 다양한 구현예에서, 각각의 폴리펩타이드 분절의 길이는 적어도 8개의 아미노산, 및 최대 약 250개의 아미노산, 예를 들어 적어도 8개의 아미노산 내지 최대 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개, 40개, 45개, 50개, 55개, 60개, 65개, 70개, 75개, 80개, 85개, 90개, 95개, 100개, 110개, 120개, 130개, 140개, 150개, 160개, 170개, 180개, 190개, 200개, 210개, 220개, 230개, 240개 또는 250개의 아미노산이다. 다양한 구현예에서, 각각의 폴리펩타이드 분절의 길이는 적어도 8개의 아미노산, 및 최대 약 35개의 아미노산, 예를 들어 적어도 8개의 아미노산 내지 최대 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 34개 또는 35개의 아미노산이다. 다양한 구현예에서, 각각의 폴리펩타이드 분절의 길이는 적어도 15개의 아미노산, 및 최대 약 30개의 아미노산, 예를 들어 적어도 15개의 아미노산 내지 최대 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개 또는 30개의 아미노산이다.
전장 융합 폴리펩타이드의 길이에 관하여, 다양한 구현예에서, 일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드의 전장은 적어도 약 350개의 아미노산 및 최대 약 1000개의 아미노산, 예를 들어 적어도 약 350개의 아미노산 및 최대 약 360개, 370개, 380개, 390개, 400개, 410개, 420개, 430개, 440개, 450개, 460개, 470개, 480개, 490개, 500개, 510개, 520개, 530개, 540개, 550개, 560개, 570개, 580개, 590개, 600개, 610개, 620개, 630개, 640개, 650개, 670개, 680개, 690개, 700개, 710개, 720개, 730개, 740개, 750개, 760개, 770개, 780개, 790개, 800개, 810개, 820개, 830개, 840개, 850개, 860개, 870개, 880개, 890개, 900개, 910개, 920개, 930개, 940개, 950개, 960개, 970개, 980개, 990개 또는 1000개의 아미노산을 포함한다. 전장 융합 폴리펩타이드의 길이에 관하여, 다양한 구현예에서, 일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드의 전장은 적어도 약 350개의 아미노산 및 최대 약 800개의 아미노산, 예를 들어 적어도 약 350개의 아미노산 및 최대 약 360개, 370개, 380개, 390개, 400개, 410개, 420개, 430개, 440개, 450개, 460개, 470개, 480개, 490개, 500개, 510개, 520개, 530개, 540개, 550개, 560개, 570개, 580개, 590개, 600개, 610개, 620개, 630개, 640개, 650개, 670개, 680개, 690개, 700개, 710개, 720개, 730개, 740개, 750개, 760개, 770개, 780개, 790개 또는 800개의 아미노산을 포함한다. 일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드의 전장은 800개 이하의 아미노산, 예를 들어 795개, 790개, 785개, 780개, 775개, 770개, 765개, 760개, 755개, 750개, 745개, 740개, 735개, 730개, 725개, 720개, 715개, 710개, 705개 또는 700개 이하의 아미노산이다.
일반적으로, 융합 폴리펩타이드는, 예를 들어 HIV-1에 대하여 인간에서 면역반응을 유도할 수 있다는 점에서, 면역원성이다. 일부 구현예에서, 선택적으로, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 추가 치료제와 조합된 융합 폴리펩타이드는, HIV-1에 대하여 인간에서 보호적 또는 치료적으로 유효한 면역반응을 유도할 수 있으며, 예를 들어 감염되지 않은 개체에서 HIV-1 감염을 예방할 수 있거나, 또는 치료적 맥락에서, 감염된 개체에서 HIV-1의 면역 매개 제어를 유도하거나 HIV-1을 근절하기에 충분한 면역반응을 유도할 수 있다. 융합 폴리펩타이드의 면역원성은 본원에 기재된 바와 같은 시험관내 및 생체내 검정에서 평가되고 입증될 수 있다. 예를 들어, 융합 폴리펩타이드의 면역원성은 CD4+ T세포 및/또는 CD8+ T세포 활성화(예를 들어, 사이토카인 발현 및 표적 사멸 검정 포함) 또는 증식 검정을 포함하는 시험관내 검정에 의해 입증될 수 있다. T세포는 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드로 트랜스펙션된 항원제시세포(APC)(예컨대, 수지상세포, 예를 들어 단핵구 유래 수지상세포)에의 노출에 의해 활성화될 수 있다. 이러한 검정은 당업계에 공지되어 있고 본원에 기재되어 있다. 융합 폴리펩타이드의 면역원성은 또한, 예를 들어 마우스, 예를 들어 1종 이상의 인간 HLA 분자에 대해 형질전환된 마우스(Jackson Laboratories 또는 Taconic에서 입수 가능함), 또는 비인간 영장류에게 투여하고, CD4+ T세포 및/또는 CD8+ T세포 활성화(예를 들어, 혈청 사이토카인 수준 포함) 또는 증식을 평가하는 방식으로 생체내 동물 모델에서 입증될 수 있다. 다양한 구현예에서, 각각의 폴리펩타이드 분절 중 1개, 2개, 3개 또는 그 이상은, 예를 들어 계산적으로 또는 실험적으로 결정된 1종 이상의 예측된 T세포 에피토프를 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는, 예를 들어 단일 대상 내에서 또는 다수의 대상 중에서, 1종 이상의 인간 HLA 클래스 I 및/또는 클래스 II 대립유전자(예를 들어, 1종, 2종, 3종, 4종, 5종 또는 6종의 대립유전자)에 결합하거나 이에 의해 제시되는 폴리펩타이드 분절을 하나 이상 포함한다. 일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 적어도 인간 A*0201 HLA 클래스 I 분자에 결합하거나 이에 의해 제시되는 폴리펩타이드 분절을 하나 이상 포함한다. 일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는, 예를 들어 단일 대상 내에서, 1종 이상의 인간 HLA 클래스 I 및/또는 클래스 II 대립유전자(예를 들어, 1종, 2종, 3종, 4종, 5종 또는 6종의 대립유전자)에 결합하거나 이에 의해 제시되는 8량체, 9량체 및/또는 10량체 폴리펩타이드 분절을 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개 또는 그 이상 포함한다. 일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는, 예를 들어 단일 대상 내에서, 세포내에서 처리되고 1종 이상의 인간 HLA 클래스 I 및/또는 클래스 II 대립유전자(예를 들어, 1종, 2종, 3종, 4종, 5종 또는 6종의 대립유전자)에 의해 제시되는 폴리펩타이드 분절(각각 15개 내지 30개 아미노산 길이)을 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개 또는 그 이상 포함한다.
폴리펩타이드 분절의 연쇄화
적절한 경우, 폴리펩타이드 분절 중 하나 이상은 인접한 분절에 직접 인접해 있거나 이에 융합될 수 있거나, 1종 이상의 펩타이드 링커를 통해 인접한 분절에 합류, 연결 또는 결합될 수 있다. 다양한 구현예에서, 1종 이상의 펩타이드 링커는 폴리알라닌 링커, 폴리글리신 링커, 절단 가능한 링커, 가요성 링커, 강성 링커, Nef 연결 서열, 및 예를 들어 링커 내 또는 전장 융합 폴리펩타이드 내 이들의 조합 중 1종 이상에서 선택된다. 하나 이상의 폴리펩타이드 분절을 연결시키기 위해 본 발명의 융합 폴리펩타이드에 사용될 수 있는 예시적인 융합 단백질 링커는, 예를 들어 문헌[Chen, et al., Adv Drug Deliv Rev. (2013) 65(10): 1357-1369]에 기재되어 있다. 일부 구현예에서, 폴리알라닌 링커는 2개 또는 3개의 연속 알라닌 잔기, 예를 들어 AA, AAA(서열번호 378), AAY(서열번호 379) 또는 AAX(여기서, X는 임의의 아미노산(예를 들어 A, C, D, E, F, G, H, I, K, L, M, N, P, Q, R, S, T, V, Y)임)(서열번호 380)를 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 구현예에서, 폴리글리신 링커, 예를 들어 GGS(서열번호 419), GSG(서열번호 420) 또는 GGGS(서열번호 421)가 사용된다.
일부 구현예에서, 절단 가능한 링커는 2A 절단 가능한 펩타이드에서 선택된다. 하나 이상의 폴리펩타이드 분절을 연결시키기 위해 본 발명의 융합 폴리펩타이드에 사용될 수 있는 예시적인 2A 절단 가능한 펩타이드는, 예를 들어 문헌[Donnelly, et al., J. Gen. Virol (2001), 82, 1027-1041] 및 문헌[Chng, et al., mAbs (2015) 7:2, 403-412]에 기재되어 있다. 하나 이상의 폴리펩타이드 분절을 연결시키기 위해 사용될 수 있는 예시적인 절단 가능한 펩타이드에는, 비제한적으로, 2A 절단 서열(예를 들어, 구제역바이러스(F2A), 말 A형비염바이러스(E2A), 돼지 테스코바이러스-1(P2A) 및 토세아 아시그나 바이러스(T2A)), 및 푸린 인식/절단 서열(예를 들어, REKR(서열번호 382), RRKR(서열번호 383), RAKR(서열번호 381))이 포함된다. 특정 구현예에서, 푸린 인식/절단 서열(예를 들어, REKR(서열번호 382), RRKR(서열번호 383), RAKR(서열번호 381))은 단일 링커에서 2A 절단 가능한 펩타이드(예를 들어, 구제역바이러스(F2A), 말 A형비염바이러스(E2A), 돼지 테스코바이러스-1(P2A) 및 토세아 아시그나 바이러스(T2A))와 조합되거나 이에 융합된다. 예를 들어, 문헌[Chng, et al., mAbs (2015) 7:2, 403-412] 참조. 다양한 구현예에서, 2A 절단 가능한 링커는 ATNFSLLKQAGDVEENPGP(서열번호 384), APVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP(서열번호 385), RAKRAPVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP(서열번호 386), QCTNYALLKLAGDVESNPGP(서열번호 387) 또는 EGRGSLLTCGDVEENPGP(서열번호 388)와 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 적어도 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나, 또는 ATNFSLLKQAGDVEENPGP(서열번호 384), APVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP(서열번호 385), RAKRAPVKQTLNFDLLKLAGDVESNPGP(서열번호 386), QCTNYALLKLAGDVESNPGP(서열번호 387) 또는 EGRGSLLTCGDVEENPGP(서열번호 388)의 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어진다. 적절한 경우, 특정 구현예에서, 푸린 인식/절단 서열은 2A 링커의 N-말단 또는 C-말단에 위치할 수 있다. 일부 구현예에서, 절단 가능한 링커는 RAKR(서열번호 381), REKR(서열번호 382) 및 RRKR(서열번호 383)로 이루어지는 군에서 선택되는 푸린 인식/절단 부위를 포함하거나 이로 이루어진다. REKR(서열번호 382)은 HIV 및 SIV 외피 당단백질 전구체에서 자연적으로 발생하는 절단 가능한 링커이다(문헌[Bahbouhi, et al., Biochem. J. (2002) 366, 863-872]). 일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 VHAGPIA(서열번호 389), VHAGPVA(서열번호 390) 또는 GALDI(서열번호 391)와 적어도 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지거나, 또는 VHAGPIA(서열번호 389), VHAGPVA(서열번호 390) 및 GALDI(서열번호 391)에서 선택되는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 Nef 연결 서열을 하나 이상 포함한다. 융합 폴리펩타이드에서 하나 이상의 폴리펩타이드 분절을 결합하거나 연결시키는 데 사용될 수 있는 예시적인 링커는 표 D에 제시되어 있다.
[표 D]
HIV-1 Gag 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절
다양한 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 HIV-1 Gag 유전자에 의해 인코딩되는 1종 이상의 바이러스 단백질, 또는 이의 단편 또는 하위서열의 분절을 하나 이상 포함한다. 일부 구현예에서, HIV-1 Gag 유전자에 의해 인코딩되는 1종 이상의 바이러스 단백질은 p17(N-말단 매트릭스), p24(캡시드), p7(뉴클레오캡시드) 및 p6(C-말단)에서 선택된다. 일부 구현예에서, HIV-1 Gag 유전자에 의해 인코딩되는 1종 이상의 바이러스 단백질은 임의의 p6 구성요소를 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 복수의 폴리펩타이드 분절은 하기에서 선택되는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 적어도 2개, 예를 들어 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개, 40개 또는 그 이상 포함한다: 서열번호 68 내지 146 및 339 내지 342; 서열번호 68, 69, 72, 73, 74, 75, 76, 77, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 92, 93, 101, 102, 103, 104, 109, 110, 115, 116, 125, 126, 127, 128, 129, 130, 131, 132, 133, 134, 135, 136, 139, 140, 141, 142, 143, 144, 145 및 146; 서열번호 76, 77, 86, 87 및 92 내지 124; 서열번호 76, 77, 86, 87, 94 및 95; 서열번호 76, 86 및 94; 서열번호 77, 87 및 95; 서열번호 68 내지 79 및 92 내지 124; 서열번호 70 내지 71, 76 내지 77 및 94 내지 95; 서열번호 78, 79, 96, 99, 100, 107, 108, 113, 114, 121, 122, 123, 124, 137 및 138; 서열번호 78, 99, 107, 113, 121, 123 및 137; 서열번호 78, 79, 90, 91, 97, 98, 99, 100, 105, 106, 107, 108, 111, 112, 113, 114, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 137 및 138; 서열번호 78, 90, 97, 105, 111, 117, 119 및 137; 및 서열번호 78 및 137.
일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 31번 내지 53번, 37번 내지 51번, 142번 내지 166번, 175번 내지 199번, 183번 내지 191번, 257번 내지 282번, 257번 내지 290번, 265번 내지 282번, 288번 내지 313번, 288번 내지 321번, 296번 내지 313번, 333번 내지 357번, 337번 내지 361번, 341번 내지 349번, 345번 내지 353번 및 429번 내지 444번에서 선택되는 아미노산 잔기 위치에 상응하는 HIV-1 Gag 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 적어도 2개, 예를 들어 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개 또는 그 이상 포함하며, 여기서 아미노산 위치는 서열번호 404에 대한 것이다. 특정 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 1번 내지 30번, 54번 내지 127번, 138번 내지 146번, 370번 내지 428번 및 445번 내지 500번에서 선택되는 아미노산 잔기 위치에 상응하는 HIV-1 Gag 아미노산 서열 또는 이의 하위서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 1개, 2개, 3개, 4개, 5개 또는 그 이상 포함하지 않으며, 여기서 아미노산 위치는 서열번호 404에 대한 것이다. 일부 구현예에서, 복수의 폴리펩타이드 분절 또는 본원에 기재된 융합 단백질은 서열번호 444 내지 448 중 어느 하나의 HIV-1 Gag 아미노산 서열, 또는 서열번호 444 내지 448 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열, 또는 이들의 하위서열(표 K)을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 1개, 2개, 3개, 4개, 5개 또는 그 이상 포함하지 않는다. HIV-1 Gag 유전자에 의해 인코딩되고 본원에 기재된 융합 폴리펩타이드에 혼입되는(예를 들어, 보존된 영역으로부터 결정되고, 인간 HLA A*0201에 결합할 것으로 예측되고/되거나 면역원성인 것으로 공지된) 예시적인 폴리펩타이드 분절은, 도 18에서 HIV-1 HXB2 Gag 참조 폴리펩타이드에 정렬된 것으로 도시되어 있다. 본원에 사용된 바와 같이, 주어진 아미노산 중합체 또는 핵산 중합체의 넘버링은, 임의의 주어진 중합체 구성요소(예를 들어, 아미노산, 뉴클레오타이드, 또한 총칭하여 "잔기"로 지칭됨)의 위치가 주어진 중합체 내 구성요소의 실제 수치적 위치가 아니라, 선택된 아미노산 또는 핵산 중합체에서 (예를 들어, 최적 정렬 또는 공통서열에 기반하여) 동일하거나 동등한 위치를 참조로 지정되는 경우, 선택된 또는 참조 아미노산 중합체 또는 핵산 중합체의 넘버링에 "해당하거나", "이에 상응하거나" 또는 "이와 관련이 있다".
HIV-1 Nef 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절
일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 HIV-1 Nef 유전자에 의해 인코딩되는 바이러스 단백질의 분절을 하나 이상 포함한다. 일부 구현예에서, 복수의 폴리펩타이드 분절은 하기에서 선택되는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 적어도 하나, 예를 들어 적어도 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개 또는 그 이상 포함한다: 서열번호 147, 148, 149, 150, 151, 152, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171 및 172; 서열번호 147, 148, 149, 150, 155, 156, 157, 158, 159, 160, 166, 167, 168, 169, 170 및 171; 서열번호 149 내지 152; 서열번호 151 내지 152; 서열번호 149, 150, 151, 152, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173 및 174; 서열번호 151, 152, 161 및 162; 서열번호 151 및 152; 서열번호 153, 154, 172 및 173; 서열번호 153 및 172; 서열번호 153, 154, 155, 156, 157, 158, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172 및 173; 서열번호 153 및 165; 및 서열번호 153.
일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 64번 내지 102번, 81번 내지 102번, 88번 내지 97번, 91번 내지 99번, 130번 내지 148번, 130번 내지 154번, 134번 내지 142번, 134번 내지 148번, 136번 내지 148번, 137번 내지 145번, 137번 내지 145번 및 117번 내지 154번에서 선택되는 아미노산 잔기 위치에 상응하는 HIV-1 Nef 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 적어도 2개, 예를 들어 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개 또는 그 이상 포함하며, 여기서 아미노산 위치는 서열번호 405에 대한 것이다. 특정 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 1번 내지 63번, 103번 내지 116번 및 155번 내지 206번에서 선택되는 아미노산 잔기 위치에 상응하는 HIV-1 Nef 아미노산 서열 또는 이의 하위서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 1개, 2개, 3개 또는 그 이상 포함하지 않으며, 여기서 아미노산 위치는 서열번호 405에 대한 것이다. 일부 구현예에서, 복수의 폴리펩타이드 분절 또는 본원에 기재된 융합 단백질은 서열번호 449 내지 451 중 어느 하나의 HIV-1 Nef 아미노산 서열, 또는 서열번호 449 내지 451 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열, 또는 이들의 하위서열(표 K)을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 1개, 2개, 3개 또는 그 이상 포함하지 않는다. HIV-1 Nef 유전자에 의해 인코딩되고 본원에 기재된 융합 폴리펩타이드에 혼입되는(예를 들어, 보존된 영역으로부터 결정되고, 인간 HLA A*0201에 결합할 것으로 예측되고/되거나 면역원성인 것으로 공지된) 예시적인 폴리펩타이드 분절은, 도 19에서 HIV-1 HXB2 Nef 참조 폴리펩타이드에 정렬된 것으로 도시되어 있다.
HIV-1 Gag 및 Nef 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절을 갖는 융합 폴리펩타이드
일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 HIV-1 Gag 및 Nef 유전자에 의해 인코딩되는 바이러스 단백질의 하나 이상의 분절을 포함하거나 이로 이루어지며, 예를 들어 HIV-1 Env, Pol, Tat, Rev, Vif, Vpr 또는 Vpu 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절을 하나 이상 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 하기에서 선택되는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 적어도 2개, 예를 들어 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개, 40개 또는 그 이상 포함한다: 서열번호 68 내지 79 및 92 내지 124, 149, 150, 151, 152, 159, 160, 161, 162, 163, 164, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173 및 174; 서열번호 70, 71, 76, 77, 94, 95, 151, 152, 161 및 162; 서열번호 70, 76, 94, 151 및 161; 및 서열번호 71, 77, 95, 152 및 162. HIV-1 Gag 및 Nef 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절을 갖는 융합 폴리펩타이드에 포함된 폴리펩타이드 분절은 표 E에 열거되어 있다.
[표 E]
일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함하거나 이로 이루어진다: 서열번호 70, 76, 94, 151 및 161; 또는 서열번호 71, 77, 95, 152 및 162.
일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 서열번호 351 내지 356 및 430 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 351 내지 356 및 430 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어진다.
본원에 기재된 융합 폴리펩타이드 및 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드의 구조에서 변형이 이루어질 수 있으며, 여전히 바람직한(예를 들어, 면역원성) 특징을 갖는 변이체 또는 유도체 폴리펩타이드를 인코딩하는 기능성 분자를 얻을 수 있다. 본원에 기재된 융합 폴리펩타이드의 등가물, 또는 심지어 개선된 변이체 또는 부분을 생성하기 위해 폴리펩타이드의 아미노산 서열을 변경하는 것이 바람직한 경우, 당업자는 전형적으로 인코딩 DNA 서열의 코돈 중 하나 이상을 변경할 것이다.
예를 들어, 특정 아미노산은 다른 폴리펩타이드(예를 들어, 항원) 또는 세포에 결합하는 능력의 상당한 손실 없이 단백질 구조에서 다른 아미노산으로 치환될 수 있다. 단백질의 생물학적 기능 활성을 정의하는 것이 단백질의 결합 능력 및 특성이기 때문에, 특정한 아미노산 서열 치환이 단백질 서열, 및 물론 이의 기초가 되는 DNA 코딩 서열에서 이루어질 수 있으며, 그럼에도 불구하고 유사한 특성을 갖는 단백질을 얻을 수 있다. 따라서, 생물학적 유용성 또는 활성의 상당한 손실 없이 상기 개시된 융합 폴리펩타이드의 폴리펩타이드 서열, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 상응하는 DNA 서열에서 다양한 변화가 이루어질 수 있다고 고려된다.
다수의 경우에, 폴리펩타이드 변이체는 하나 이상의 보존적 치환을 포함할 것이다. "보존적 치환"은 하나의 아미노산이 유사한 특성을 갖는 또 다른 아미노산으로 치환된 것으로, 펩타이드 화학 분야의 당업자는 폴리펩타이드의 2차 구조 및 소수성이 실질적으로 변하지 않을 것으로 예상할 것이다.
폴리뉴클레오타이드 및 폴리펩타이드 서열을 비교할 때, 하기 기재되는 바와 같이, 두 서열에서 뉴클레오타이드 또는 아미노산의 서열이, 최대 상응성을 위해 정렬될 때, 동일한 경우, 두 서열은 "동일"한 것이라고 한다. 2개의 서열 사이의 비교는 전형적으로 서열 유사성의 국부적 영역을 식별하고 비교하기 위해 비교 범위에 걸쳐 서열을 비교하는 방식으로 수행된다. 본원에 사용된 "비교 범위"란, 적어도 약 20개의 연속된 위치, 통상적으로 30개 내지 약 75개, 40개 내지 약 50개의 연속된 위치의 분절을 나타내며, 여기서 서열은, 2개의 서열이 최적으로 정렬된 후, 동일한 수의 연속된 위치를 갖는 참조 서열과 비교될 수 있다.
비교를 위한 최적의 서열 정렬은 디폴트(default) 매개변수를 사용하여 생물정보학 소프트웨어의 Lasergene 제품군(DNASTAR, Inc., Madison, WI)에서 Megalign 프로그램을 사용하여 수행될 수 있다. 이러한 프로그램은 하기 참고문헌에 기재된 몇 가지 정렬 방식을 구현한다: 문헌[Dayhoff, M.O. (1978) A model of evolutionary change in proteins - Matrices for detecting distant relationships. In Dayhoff, M.O. (ed.) Atlas of Protein Sequence and Structure, National Biomedical Research Foundation, Washington DC Vol. 5, Suppl. 3, pp. 345-358]; 문헌[Hein J. (1990) Unified Approach to Alignment and Phylogenes pp. 626-645 Methods in Enzymology vol. 183, Academic Press, Inc., San Diego, CA]; 문헌[Higgins, D.G. and Sharp, P.M. (1989) CABIOS 5: 151-153]; 문헌[Myers, E.W. and Muller W. (1988) CABIOS 4:11-17]; 문헌[Robinson, E.D. (1971) Comb. Theor 77: 105]; 문헌[Santou, N. Nes, M. (1987) Mol. Biol. Evol. 4:406-425]; 문헌[Sneath, P.H.A. and Sokal, R.R. (1973) Numerical Taxonomy - the Principles and Practice of Numerical Taxonomy, Freeman Press, San Francisco, CA]; 문헌[Wilbur, W.J. and Lipman, D.J. (1983) Proc. Natl. Acad., Sci. USA 80:726-730].
대안적으로, 비교를 위한 최적의 서열 정렬은 문헌[Smith and Waterman (1981) Add. APL. Math 2:482]의 국소 동일성 알고리즘, 문헌[Needleman and Wunsch (1970) J. Mol. Biol. 48:443]의 동일성 정렬 알고리즘, 문헌[Pearson and Lipman (1988) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85: 2444]의 유사성 검색 방법, 이러한 알고리즘의 전산화된 구현(GAP, BESTFIT, BLAST, FASTA 및 TFASTA in the Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group (GCG), 575 Science Dr., Madison, WI), 또는 검사에 의해 수행될 수 있다.
서열 동일성 및 서열 유사성의 %를 결정하는 데 적합한 알고리즘의 하나의 예는, BLAST 및 BLAST 2.0 알고리즘이며, 이는, 각각, 문헌[Altschul et al. (1977) Nucl. Acids Res. 25:3389-3402] 및 문헌[Altschul et al. (1990) J. Mol. Biol. 215:403-410]에 기재되어 있다. BLAST 및 BLAST 2.0은, 예를 들어 본원에 기재된 매개변수와 함께 사용되어, 본원에 기재된 폴리뉴클레오타이드 및 폴리펩타이드에 대한 서열 동일성%를 결정할 수 있다. BLAST 분석을 수행하기 위한 소프트웨어는 미국 국립생물정보센터(National Center for Biotechnology Information)(blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)를 통해 공개적으로 이용 가능하다.
하나의 예시적인 예에서, 뉴클레오타이드 서열에 대한 누적 점수는 매개변수 M(매칭되는 잔기 쌍에 대한 보상 점수; 항상 >0) 및 N(미스매칭되는 잔기에 대한 패널티 점수; 항상 <0)을 사용하여 계산될 수 있다. 각 방향에서 단어 히트(word hit)의 확장은 다음과 같은 경우에 중단된다: 누적 정렬 점수가 최대 달성 값으로부터 수량 X만큼 감소하는 경우; 누적 점수가 1회 이상의 음수 득점 잔기 정렬의 누적으로 인해 0이하가 되는 경우; 또는 서열의 말단에 도달하는 경우. BLAST 알고리즘 매개변수 W, T 및 X는 정렬의 감도와 속도를 결정한다. BLASTN 프로그램(뉴클레오타이드 서열의 경우)은 단어 길이(W) 11, 기대값(E) 10, 및 BLOSUM62 채점 매트릭스(문헌[Henikoff and Henikoff (1989) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 89: 10915] 참조) 정렬(B) 50, 기대값(E) 10, M=5, N=-4 및 두 가닥의 비교를 디폴트로 사용한다.
아미노산 서열의 경우, 채점 매트릭스를 사용하여 누적 점수를 계산할 수 있다. 각 방향에서 단어 히트의 확장은 다음과 같은 경우에 중단된다: 누적 정렬 점수가 최대 달성 값으로부터 수량 X만큼 감소하는 경우; 누적 점수가 1회 이상의 음수 득점 잔기 정렬의 누적으로 인해 0이하가 되는 경우; 또는 서열의 말단에 도달하는 경우. BLAST 알고리즘 매개변수 W, T 및 X는 정렬의 감도와 속도를 결정한다.
하나의 접근법에서, "서열 동일성 백분율(%)"은 적어도 20개의 위치 비교 범위에 걸쳐 2개의 최적으로 정렬된 서열을 비교하는 방식으로 결정되며, 여기서 비교 범위 내 폴리뉴클레오타이드 또는 폴리펩타이드 서열의 일부는, 2개 서열의 최적 정렬을 위해 참조 서열(이는 부가 또는 결실을 포함하지 않음)과 비교 시, 20% 이하, 통상적으로 5% 내지 15%, 또는 10% 내지 12%의 부가 또는 결실(즉, 갭)을 포함할 수 있다. 상기 백분율은 동일한 핵산 염기 또는 아미노산 잔기가 두 서열 모두에 존재하는 위치의 수를 결정하여 매칭된 위치의 수를 산출하고, 매칭된 위치의 수를 참조 서열(즉, 범위 크기) 내 위치의 총 수로 나누고, 결과에 100을 곱하여 서열 동일성 백분율을 산출하는 방식으로 계산된다.
본원에 사용된 "폴리펩타이드 변이체"라는 용어는, 전형적으로 하나 이상의 치환, 결실, 부가 및/또는 삽입에서 본원에 구체적으로 개시된 폴리펩타이드와 상이한 폴리펩타이드이다. 이러한 변이체는 자연 발생이거나, 예를 들어 본원에 개시된 상기 폴리펩타이드 서열 중 하나 이상을 변경시키고, 본원에 기재된 바와 같이 및/또는 당업계에 널리 공지된 다수의 기술 중 임의의 것을 사용하여 폴리펩타이드의 하나 이상의 생물학적 활성을 평가하는 방식으로 합성적으로 생성될 수 있다. "변이체"라는 용어는 또한 1종 이상의 뉴클레오타이드 또는 아미노산 돌연변이를 포함하는 임의의 자연 발생 또는 조작된 분자를 나타낼 수 있다.
HIV-1 Env 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절
일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 HIV-1 Env 유전자에 의해 인코딩되는 1종 이상의 바이러스 단백질의 분절을 하나 이상 포함한다. 특정 구현예에서, HIV-1 Env 유전자에 의해 인코딩되는 1종 이상의 바이러스 단백질은 gp120 및 gp41에서 선택된다.
다양한 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 하기에서 선택되는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 적어도 2개, 예를 들어 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개, 40개 또는 그 이상 포함한다: 서열번호 1 내지 67 및 338; 서열번호 2, 3, 8, 9, 13, 14, 17, 18, 23, 24, 25, 26, 28, 29, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 58, 59, 62, 63, 64, 65, 66 및 67; 서열번호 4, 5, 6, 7, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 28, 29, 30, 37, 38, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61 및 338; 서열번호 4, 5, 6, 7, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 28, 29, 30, 37, 38, 41 및 42; 서열번호 28, 29, 30 및 41 내지 56; 서열번호 28, 29, 41 및 42; 서열번호 4, 5, 6, 7, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 37 및 38; 서열번호 4, 5, 11, 12, 37 및 38; 서열번호 6, 7, 15, 16, 21, 22, 30, 60 및 61; 서열번호 6, 15, 21, 30 및 60; 서열번호 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 19, 20, 27, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61 및 338; 서열번호 1, 10, 19, 27, 55, 56 및 57; 및 서열번호 6, 15 및 60.
다양한 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 28번 내지 52번, 34번 내지 48번, 34번 내지 47번, 36번 내지 44번, 59번 내지 83번, 64번 내지 83번, 66번 내지 83번, 67번 내지 75번, 113번 내지 137번, 235번 내지 259번, 586번 내지 594번, 586번 내지 610번, 589번 내지 606번 및 594번 내지 602번에서 선택되는 아미노산 잔기 위치에 상응하는 HIV-1 Env 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 적어도 2개, 예를 들어 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개 또는 그 이상 포함하며, 여기서 아미노산 위치는 서열번호 403에 대한 것이다. 특정 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 1번 내지 27번, 53번 내지 58번, 84번 내지 112번, 138번 내지 234번, 269번 내지 474번, 490번 내지 501번, 611번 내지 856번에서 선택되는 아미노산 잔기 위치에 상응하는 HIV-1 Env 아미노산 서열 또는 이의 하위서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개 또는 그 이상 포함하지 않으며, 여기서 아미노산 위치는 서열번호 403에 대한 것이다. 일부 구현예에서, 복수의 폴리펩타이드 분절 또는 본원에 기재된 융합 단백질은 서열번호 437 내지 443 중 어느 하나의 HIV-1 Env 아미노산 서열, 또는 서열번호 437 내지 443 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열, 또는 이들의 하위서열(표 K)을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 1개, 2개, 3개, 4개, 5개 또는 그 이상 포함하지 않는다. HIV-1 Env 유전자에 의해 인코딩되고 본원에 기재된 융합 폴리펩타이드에 혼입되는(예를 들어, 보존된 영역으로부터 결정되고, 인간 HLA A*0201에 결합할 것으로 예측되고/되거나 면역원성인 것으로 공지된) 예시적인 폴리펩타이드 분절은, 도 17에서 HIV-1 HXB2 Env 참조 폴리펩타이드에 정렬된 것으로 도시되어 있다.
HIV-1 Pol 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절
일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 HIV-1 Pol 유전자에 의해 인코딩되는 1종 이상의 바이러스 단백질의 분절을 하나 이상 포함한다. 다양한 구현예에서, HIV-1 Pol 유전자에 의해 인코딩되는 1종 이상의 바이러스 단백질은 프로테아제(PR), 역전사효소(RT) 및 인테그라아제(INT) 중 1종 이상에서 선택된다.
일부 구현예에서, 복수의 폴리펩타이드 분절은 하기에서 선택되는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 적어도 2개, 예를 들어 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개, 40개 또는 그 이상 포함한다: 서열번호 174 내지 337 및 343 내지 344; 서열번호 174, 175, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 203, 204, 205, 206, 207, 208, 213, 214, 221, 222, 236, 237, 245, 246, 247, 248, 249, 250, 251, 252, 253, 254, 255, 256, 257, 258, 263, 264, 266, 267, 268, 269, 270, 271, 272, 273, 278, 279, 280, 281, 282, 283, 284, 285, 286, 287, 288, 289, 290, 291, 292, 293, 294, 295, 305, 306, 307, 308, 309, 310, 313, 314, 315, 316, 317, 318, 321 및 322; 서열번호 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 221, 222, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 300, 301, 305, 306, 307, 308, 311, 312, 321, 322, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336 및 337; 서열번호 180, 181, 186, 187, 221, 222, 294, 295, 307, 308, 321 및 322; 서열번호 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266, 267, 282, 283, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 300, 301, 302, 305, 306, 319, 320, 321, 322, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336 및 337; 서열번호 176, 177, 188, 189, 213, 214, 223, 224, 259, 260, 282, 283, 294, 295, 305, 306, 319 및 320; 서열번호 180, 181, 186, 187, 221, 222, 294, 295, 321 및 322; 서열번호 182 내지 202, 292 내지 302, 305, 306; 서열번호 188, 189, 294, 295, 305, 306; 서열번호 176, 177, 178, 179, 180, 181, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266, 267, 282, 283, 319, 320, 321, 322, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336 및 337; 서열번호 176, 177, 213, 214, 223, 224, 259, 260, 282, 283, 319 및 320; 서열번호 192, 201, 202, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 229, 230, 231, 240, 241, 242, 243, 244, 265, 276, 277, 298, 299, 302, 311, 312, 327, 328, 331, 332, 333, 336 및 337; 서열번호 192, 201, 215, 217, 219, 229, 230, 240, 241, 243, 265, 276, 298, 302, 311, 327, 331, 333 및 336; 서열번호 190, 191, 192, 197, 198, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 238, 239, 261, 262, 274, 275, 276, 277, 296, 297, 298, 299, 300, 301, 302, 303, 304, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336, 337, 343, 344, 375 및 376; 서열번호 190, 197, 209, 210, 211, 225, 227, 234, 238, 261, 296, 300, 303, 323, 325, 329, 334; 및 서열번호 192, 215, 217, 219, 229, 230, 276, 298, 302, 327, 331, 333 및 336.
일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 144번 내지 168번, 152번 내지 160번, 291번 내지 315번, 326번 내지 350번, 328번 내지 352번, 330번 내지 354번, 333번 내지 354번, 334번 내지 342번, 336번 내지 344번, 338번 내지 346번, 374번 내지 398번, 380번 내지 404번, 382번 내지 390번, 388번 내지 396번, 399번 내지 423번, 400번 내지 424번, 406번 내지 430번, 553번 내지 577번, 642번 내지 666번, 650번 내지 658번, 759번 내지 783번, 767번 내지 775번, 768번 내지 792번, 776번 내지 784번, 834번 내지 858번, 940번 내지 964번, 947번 내지 971번, 948번 내지 956번, 948번 내지 972번, 955번 내지 963번, 956번 내지 964번, 980번 내지 1003번 및 988번 내지 996번에서 선택되는 아미노산 잔기 위치에 상응하는 HIV-1 Pol 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 적어도 2개, 예를 들어 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 39개, 30개 또는 그 이상 포함하며, 여기서 아미노산 위치는 서열번호 406에 대한 것이다. 특정 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 1번 내지 55번, 118번 내지 128번, 321번 내지 325번, 355번 내지 366번, 432번 내지 541번, 607번 내지 641번, 667번 내지 682번, 709번 내지 746번, 828번 내지 833번, 921번 내지 930번에서 선택되는 아미노산 잔기 위치에 상응하는 HIV-1 Pol 아미노산 서열 또는 이의 하위서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 1개, 2개, 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개 또는 그 이상 포함하지 않으며, 여기서 아미노산 위치는 서열번호 406에 대한 것이다. 일부 구현예에서, 복수의 폴리펩타이드 분절 또는 본원에 기재된 융합 단백질은 서열번호 452 내지 461 중 어느 하나의 HIV-1 Pol 아미노산 서열, 또는 서열번호 452 내지 461 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열, 또는 이들의 하위서열(표 K)을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 1개, 2개, 3개, 4개, 5개 또는 그 이상 포함하지 않는다. HIV-1 Pol 유전자에 의해 인코딩되고 본원에 기재된 융합 폴리펩타이드에 혼입되는(예를 들어, 보존된 영역으로부터 결정되고, 인간 HLA A*0201에 결합할 것으로 예측되고/되거나 면역원성인 것으로 공지된) 예시적인 폴리펩타이드 분절은, 도 20a 내지 도 20c에서 HIV-1 HXB2 Pol 참조 폴리펩타이드에 정렬된 것으로 도시되어 있다.
일부 구현예에서, HIV-1 Pol 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절을 포함하는 융합 폴리펩타이드는 아미노산 서열 또는 모티프 YMDD(서열번호 462) 또는 YVDD(서열번호 463)를 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 서열번호 215, 216, 217, 218, 219 및 220에서 선택되는 아미노산 서열을 하나 이상 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 서열번호 209, 210, 211, 212, 213, 214, 343 및 344에서 선택되는 아미노산 서열을 하나 이상 포함하지 않는다.
HIV-1 Env 및 Pol 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절을 갖는 융합 폴리펩타이드
일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 HIV-1 Env 및 Pol 유전자에 의해 인코딩되는 바이러스 단백질의 하나 이상의 분절을 포함하거나 이로 이루어지며, 예를 들어 HIV-1 Gag, Nef, Tat, Rev, Vif, Vpr 또는 Vpu 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절을 하나 이상 포함하지 않는다.
일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 하기에서 선택되는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 적어도 2개, 예를 들어 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개, 40개 또는 그 이상 포함한다: 서열번호 4, 5, 6, 7, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 28, 29, 30, 37, 38, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 188, 189, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 197, 198, 199, 200, 201, 202, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266, 267, 282, 283, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 300, 301, 302, 305, 306, 319, 320, 321, 322, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336, 337 및 338; 서열번호 4, 5, 6, 7, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 28, 29, 30, 37, 38, 41, 42, 176, 177, 188, 189, 213, 214, 223, 224, 259, 260, 282, 283, 294, 295, 305, 306, 319 및 320; 서열번호 28, 29, 30, 41 내지 56, 182 내지 202, 292 내지 302, 305 및 306; 서열번호 28, 29, 41, 42, 188, 189, 294, 295, 305 및 306; 서열번호 4, 5, 6, 7, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 37, 38, 176, 177, 178, 179, 180, 181, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 221, 222, 223, 224, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 236, 237, 238, 239, 240, 241, 242, 243, 244, 257, 258, 259, 260, 261, 262, 263, 264, 265, 266, 267, 282, 283, 319, 320, 321, 322, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336 및 337; 및 서열번호 4, 5, 11, 12, 37, 38, 176, 177, 213, 214, 223, 224, 259, 260, 282, 283, 319 및 320. HIV-1 Env 및 Pol 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절을 갖는 융합 폴리펩타이드에 포함된 폴리펩타이드 분절은 표 F에 열거되어 있다.
일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함한다: 서열번호 188, 305, 28, 41, 294, 4, 176, 11, 319, 259, 282, 223, 213 및 37; 서열번호 188, 305, 28, 41 및 294; 서열번호 4, 176, 11, 319, 259, 282, 223, 213 및 37; 서열번호 189, 306, 29, 42, 295, 5, 177, 12, 320, 260, 283, 224, 214 및 38; 서열번호 189, 306, 29, 42 및 295; 서열번호 5, 177, 12, 320, 260, 283, 224, 214 및 38; 서열번호 305, 319, 259, 282, 223, 213, 294, 176 및 188; 서열번호 306, 320, 260, 283, 224, 214, 295, 177 및 189; 서열번호 305, 294, 223, 213, 176, 259, 319, 188 및 282; 서열번호 306, 295, 224, 214, 177, 260, 320, 189 및 283; 서열번호 305, 294, 319, 259, 282, 223, 176 및 188; 서열번호 306, 295, 320, 260, 283, 224, 177 및 189; 서열번호 305, 223, 294, 176, 259, 319, 188 및 282; 또는 서열번호 306, 224, 295, 177, 260, 320, 189 및 283.
일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 서열번호 357 내지 366 및 407 내지 410 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 357 내지 366 및 407 내지 410 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어진다.
HIV-1 Gag, Nef 및 Pol 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절을 갖는 융합 폴리펩타이드
일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 HIV-1 Gag, Nef 및 Pol 유전자에 의해 인코딩되는 바이러스 단백질의 하나 이상의 분절을 포함하거나 이로 이루어지며, 예를 들어 HIV-1 Env, Tat, Rev, Vif, Vpr 또는 Vpu 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절을 하나 이상 포함하지 않는다.
일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 하기에서 선택되는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 적어도 2개, 예를 들어 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개, 40개 또는 그 이상 포함한다: 서열번호 76, 77, 86, 87, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100, 101, 102, 103, 104, 105, 106, 107, 108, 109, 110, 111, 112, 113, 114, 115, 116, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 149, 150, 151, 152, 180, 181, 182, 183, 184, 185, 186, 187, 190, 191, 192, 193, 194, 195, 196, 221, 222, 294, 295, 296, 297, 298, 299, 300, 301, 305, 306, 307, 308, 311, 312, 321, 322, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336, 337, 339, 340, 341 및 342; 및 서열번호 76, 77, 86, 87, 94, 95, 151, 152, 181, 182, 186, 187, 221, 222, 294, 195, 307, 308, 321, 322. HIV-1 Gag, Nef 및 Pol 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절을 갖는 융합 폴리펩타이드에 포함된 폴리펩타이드 분절은 표 G에 열거되어 있다.
일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함한다: 서열번호 76, 86, 94, 180, 186, 221, 294, 307, 321 및 151; 또는 서열번호 77, 87, 95, 181, 187, 222, 295, 308, 322 및 152.
일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 서열번호 345 내지 350, 표 1의 서열, 및 서열번호 422 내지 424 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 345 내지 350, 표 1의 서열, 및 서열번호 422 내지 424 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어진다.
[표 F]
[표 G]
HIV-1 Env, Gag, Nef 및 Pol에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절을 갖고, 인간 HLA A*0201 분자에 결합하거나 이에 의해 제시될 것으로 예측되는 융합 폴리펩타이드
본원에 기재된 바와 같이, 본 발명자들은 인간 HLA A*0201 분자에 결합하거나 이에 의해 제시될 것으로 계산적으로 예측된 복수의 폴리펩타이드 분절을 갖는 융합 폴리펩타이드를 설계하였다. 일반적으로, 이러한 융합 폴리펩타이드에 선택된 또는 포함된 폴리펩타이드 분절은 HIV-1 Env, Gag, Nef 및 Pol 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절을 포함하고(예를 들어, HIV-1 Tat, Rev, Vif, Vpr 또는 Vpu 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절을 하나 이상 포함하지 않음), 약 1,000 nM 미만의 IC50 값으로 인간 HLA A*0201 분자에 결합할 것으로 예측된다. 특정 구현예에서, 이러한 융합 폴리펩타이드에 선택된 또는 포함된 폴리펩타이드 분절은 HIV-1 Env, Gag, Nef 및 Pol 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절을 포함하고(예를 들어, HIV-1 Tat, Rev, Vif, Vpr 또는 Vpu 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절을 하나 이상 포함하지 않음), 폴리펩타이드 분절 집단의 상위 5% 이내의 백분위 순위를 갖는 수준으로 인간 HLA A*0201 분자에 결합할 것으로 예측된다. 일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 Gag, Pol, Env 및 Nef 유전자에 의해 인코딩되는 바이러스 단백질의 분절을 포함하거나 이로 이루어지며, 여기서 복수의 폴리펩타이드 분절은 각각 인간 HLA 대립유전자 A*0201에 결합하거나 이에 의해 제시될 수 있다.
일부 구현예에서, 복수의 폴리펩타이드 분절 각각의 길이는 8개 내지 35개의 아미노산, 예를 들어 9개 내지 34개의 아미노산, 예를 들어 9개 내지 25개의 아미노산이다.
일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 하기에서 선택되는 아미노산 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 적어도 2개, 예를 들어 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개, 8개, 9개, 10개, 11개, 12개, 13개, 14개, 15개, 16개, 17개, 18개, 19개, 20개, 21개, 22개, 23개, 24개, 25개, 26개, 27개, 28개, 29개, 30개, 31개, 32개, 34개, 35개, 36개, 37개, 38개, 39개, 40개 또는 그 이상 포함한다: 서열번호 6, 7, 15, 16, 21, 22, 30, 60, 61, 78, 79, 96, 99, 100, 107, 108, 113, 114, 121, 122, 123, 124, 137, 138, 153, 154, 172, 173, 192, 201, 202, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 229, 230, 231, 240, 241, 242, 243, 244, 265, 276, 277, 298, 299, 302, 311, 312, 327, 328, 331, 332, 333, 336 및 337; 서열번호 6, 15, 21, 30, 60, 78, 99, 107, 113, 121, 123, 137, 153, 172, 192, 201, 215, 217, 219, 229, 230, 240, 241, 243, 265, 276, 298, 302, 311, 327, 331, 333 및 336; 서열번호 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 19, 20, 27, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 78, 79, 90, 91, 97, 98, 99, 100, 105, 106, 107, 108, 111, 112, 113, 114, 117, 118, 119, 120, 121, 122, 123, 124, 137, 138, 153, 154, 155, 156, 157, 158, 163, 164, 165, 166, 167, 168, 169, 170, 171, 172, 173, 190, 191, 192, 197, 198, 209, 210, 211, 212, 213, 214, 215, 216, 217, 218, 219, 220, 225, 226, 227, 228, 229, 230, 231, 232, 233, 234, 235, 238, 239, 261, 262, 274, 275, 276, 277, 296, 297, 298, 299, 300, 301, 302, 303, 304, 323, 324, 325, 326, 327, 328, 329, 330, 331, 332, 333, 334, 335, 336, 337, 338, 343 및 344; 서열번호 1, 10, 19, 27, 55, 56, 57, 78, 90, 97, 105, 111, 117, 119, 137, 153, 165, 190, 197, 209, 210, 211, 225, 227, 234, 238, 261, 296, 300, 303, 323, 325, 329 및 334. HIV-1 Env, Gag, Nef 및 Pol 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절을 갖는 융합 폴리펩타이드에 포함되고, 인간 HLA A*0201 분자에 결합하거나 이에 의해 제시될 것으로 예측되는 폴리펩타이드 분절은 표 H에 열거되어 있다.
[표 H]
일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함한다: 서열번호 201, 78, 107, 96, 229, 172, 327, 6, 333, 243, 331, 192, 265, 311, 137, 15, 123, 30, 336, 302, 153, 219, 298, 121, 230, 240, 60, 241, 276, 113, 99, 21, 217 및 215; 서열번호 78, 296, 1, 339, 197, 329, 232, 323, 303, 234, 90, 261, 274, 238, 211, 325, 137, 227, 209, 190, 341, 57, 225, 27, 210, 119, 19, 165, 334, 117, 153, 10, 97 및 300; 또는 서열번호 296, 1, 78, 197, 339, 227, 261, 274, 238, 325, 137, 329, 303, 234, 90, 232, 27, 57, 225, 323, 190, 341, 119, 19, 165, 334, 117, 153, 10, 97 및 300.
일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 서열번호 367 내지 377 및 411 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 367 내지 377 및 411 중 어느 하나와 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함한다.
신호 또는 리더 서열
다양한 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는, 예를 들어 프로테아좀 또는 리소좀 구획으로의 융합 폴리펩타이드의 세포내 트래피킹(trafficking)을 유도하기 위한 신호 서열 또는 신호 펩타이드를 포함한다. 다양한 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 N-말단 및/또는 C-말단에 신호 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 N-말단 신호 펩타이드 또는 리더 서열을 포함한다. 다양한 구현예에서, 신호 펩타이드 또는 리더 서열은 혈청 단백질, 사이토카인, 케모카인, 샤페론 단백질, 불변 단백질, 및 단백질을 리소좀 구획으로 유도하는 단백질에서 선택되는 공급원 단백질에서 유래한 것이다. 일부 구현예에서, 신호 펩타이드 또는 리더 서열은 집락자극인자 2(CSF2, GM-CSF), 조직형 플라스미노겐 활성화제(PLAT, t-PA), C-C 모티프 케모카인 리간드 7(CCL7, MCP-3), C-X-C 모티프 케모카인 리간드 10(CXCL10, IP-10), 카테닌 베타 1(CTNNB1), CD74(p33; DHLAG; HLADG; Ia-GAMMA, 불변 사슬), 혈청 알부민(ALB), 폴리유비퀴틴 B/C(UBB/UBC), 칼레티쿨린(CALR), 수포성구내염바이러스 G 단백질(VSV-G), 리소좀 관련 막단백질 1(LAMP-1) 및 리소좀 관련 막단백질 2(LAMP-2)로 이루어지는 군에서 선택되는 공급원 단백질에서 유래한 것이다. 특정 구현예에서, 융합 폴리펩타이드는 LAMP-1의 N-말단 및 C-말단 신호 서열, 예를 들어, 각각, 서열번호 399 및 412를 포함한다. 다양한 구현예에서, 신호 펩타이드 또는 리더 서열은 서열번호 393 내지 402 및 412 내지 413 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 393 내지 402 및 412 내지 413 중 어느 하나와 적어도 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열에서 선택된다. 본 발명의 융합 폴리펩타이드에 사용될 수 있는 예시적인 신호 서열은 표 I에 제시되어 있다.
[표 I]
본원에 기재된 방법에 따라 설계되고 어셈블링된, 신호 서열이 있거나 없는, 예시적인 융합 폴리펩타이드는 표 J에 제시되어 있다.
다양한 구현예에서, 본원에 기재된 융합 폴리펩타이드는 서열번호 437 내지 461의 HIV-1 아미노산 서열, 또는 서열번호 437 내지 461의 아미노산 서열과 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열, 또는 이들의 하위서열을 포함하거나 이로 이루어지는 폴리펩타이드 분절을 1개, 2개, 3개, 4개, 5개 또는 그 이상, 또는 이들 중 임의의 것 또는 전부를 포함하지 않는다. 특정 구현예에서 본원에 기재된 융합 폴리펩타이드로부터 배제될 수 있는(즉, 이에 포함되지 않는) 아미노산 서열은 표 K에 제시되어 있다.
융합 폴리펩타이드, 이를 포함하는 약학적 조성물, 면역원성 조성물 또는 백신 조성물의 제조 방법이 추가로 제공된다. 일부 구현에서, 상기 방법은 펩타이드 합성을 사용하여 융합 폴리펩타이드를 구축하는 단계를 포함한다. 일부 구현에서, 상기 방법은 합성 또는 재조합 DNA 기술을 사용하여 2가 항원의 폴리펩타이드를 각각 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드를 구축하는 단계, 및 발현 벡터에서 이러한 폴리펩타이드를 발현시키는 단계를 포함한다. 일부 구현에서, 상기 방법은 폴리뉴클레오타이드를 1종 이상의 벡터에 삽입하는 단계, 및 세포에서 인코딩되는 폴리펩타이드를 발현시키는 단계를 추가로 포함할 수 있다.
[표 J]
[표 K]
3. 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드
본원에 기재된 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드, 이러한 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 벡터, 및 이러한 폴리뉴클레오타이드 또는 발현 벡터를 포함하는 숙주세포(예를 들어, 인간 세포, 포유류 세포, 효모 세포, 식물 세포, 곤충 세포, 박테리아 세포, 예를 들어 대장균)가 제공된다. 본원에는, 본원에 제공된 융합 폴리펩타이드 중 임의의 것을 인코딩하는 뉴클레오타이드 서열(들)을 포함하는 폴리뉴클레오타이드뿐 아니라, 이러한 폴리뉴클레오타이드 서열을 포함하는 발현 카세트 및 벡터(들), 예를 들어 숙주세포, 예를 들어 포유류 세포에서 효율적인 발현을 위한 발현 벡터가 제공된다. 다양한 구현예에서, 폴리뉴클레오타이드는 DNA, cDNA, mRNA, 자가 증폭 RNA(SAM), 자가 복제 RNA 또는 자가 증폭 레플리콘 RNA(RepRNA)이다. 일부 구현예에서, 폴리뉴클레오타이드는 알파바이러스 자가 복제 또는 자가 증폭 레플리콘 RNA(RepRNA)를 포함한다. 백신 전달 방식으로서의 자가 복제 RNA와 자가 증폭 레플리콘 RNA는, 예를 들어 문헌[Tews, et al., Methods Mol Biol. (2017) 1499:15-35]; 문헌[, et al., Methods Mol Biol. (2017) 1499:37-75]; 문헌[Englezou, et al., Mol Ther Nucleic Acids. (2018) 12:118-134]; 문헌[McCollough, et al., Vaccines (Basel). (2014) 2(4):735-54]; 및 문헌[McCollough, et al., Mol Ther Nucleic Acids. (2014) 3:e173]에 기재되어 있다.
"폴리뉴클레오타이드" 및 "핵산 분자"라는 용어는 상호교환적으로 뉴클레오타이드의 중합체 형태를 나타내며, 이에는 RNA, cDNA, 게놈 DNA, 및 전술한 것들의 합성 형태 및 혼합 중합체의 센스 및 안티센스 가닥이 포함된다. 본원에 사용된 핵산 분자라는 용어는 폴리뉴클레오타이드라는 용어와 상호교환 가능할 수 있다. 일부 구현예에서, 뉴클레오타이드는 리보뉴클레오타이드, 데옥시뉴클레오타이드 또는 상기 두 가지 유형의 뉴클레오타이드의 변형된 형태, 및 이들의 조합을 나타낸다. 상기 용어에는 또한, 비제한적으로, 단일가닥 및 이중가닥 형태의 DNA가 포함된다. 또한, 폴리뉴클레오타이드, 예를 들어 cDNA 또는 mRNA는, 자연 발생 뉴클레오타이드와, 자연 발생 및/또는 비자연 발생 뉴클레오타이드 연결에 의해 함께 연결된 변형된 뉴클레오타이드 중 어느 하나 또는 둘 모두를 포함할 수 있다. 핵산 분자는, 당업자가 용이하게 이해할 수 있는 바와 같이, 화학적으로 또는 생화학적으로 변형되거나, 비천연 또는 유도체화된 뉴클레오타이드 염기를 함유할 수 있다. 이러한 변형에는, 예를 들어 표지, 메틸화, 하나 이상의 자연 발생 뉴클레오타이드의 유사체로의 치환, 뉴클레오타이드간 변형, 예컨대 하전되지 않은 연결(예를 들어, 메틸 포스포네이트, 포스포트리에스테르, 포스포르아미데이트, 카르바메이트 등), 하전된 연결(예를 들어, 포스포로티오에이트, 포스포로디티오에이트 등), 펜던트 모이어티(예를 들어, 폴리펩타이드), 인터칼레이터(intercalator)(예를 들어, 아크리딘, 소랄렌 등), 킬레이트제, 알킬화제 및 변형된 연결(예를 들어, 알파 아노머 핵산 등)이 포함된다. 상기 용어는 또한 단일가닥, 이중가닥, 부분 이중체, 삼중체, 헤어핀, 원형 및 자물쇠 형태를 포함하는, 임의의 토폴로지 형태를 포함하는 것으로 의도된다. 핵산 서열에 대한 언급은, 달리 명시되지 않는 한, 이의 상보체를 포함한다. 따라서, 특정 서열을 갖는 핵산 분자에 대한 언급은 이의 상보적 서열과 함께 이의 상보적 가닥을 포함하는 것으로 이해되어야 한다. 상기 용어에는 또한 목적하는 바이러스 발현 벡터 또는 숙주세포에서의 개선된 발현을 위한 코돈 편향된 폴리뉴클레오타이드가 포함된다.
본원에 사용된 "치환"은, 하나 이상 아미노산 또는 뉴클레오타이드가, 각각, 상이한 아미노산 또는 뉴클레오타이드로 대체된 것을 나타낸다.
"단리된" 핵산은 이의 자연 환경의 구성요소에서 분리된 핵산 분자를 나타낸다. 단리된 핵산은 통상적으로 핵산 분자를 함유하는 세포 내에 함유된 핵산 분자를 포함하지만, 핵산 분자는 염색체 외부에 존재하거나, 천연 염색체 위치와 상이한 염색체 위치에 존재한다. "폴리펩타이드 분절을 인코딩하거나 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 단리된 핵산"이란, 이러한 폴리펩타이드 분절 또는 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 하나 이상의 핵산 분자를 나타내며, 이에는 단일 벡터 또는 별개의 벡터 내의 이러한 핵산 분자(들), 및 숙주세포 내 하나 이상의 위치에 존재하는 이러한 핵산 분자(들)가 포함된다.
본원에 사용된 "폴리뉴클레오타이드 변이체"라는 용어는, 전형적으로 하나 이상의 치환, 결실, 부가 및/또는 삽입에서 본원에 구체적으로 개시된 폴리뉴클레오타이드와 상이한 폴리뉴클레오타이드이다. 이러한 변이체는 자연 발생이거나, 예를 들어 본원에 기재된 폴리뉴클레오타이드 서열 중 하나 이상을 변경시키고, 본원에 기재된 바와 같이 및/또는 당업계에 널리 공지된 다수의 기술 중 임의의 것을 사용하여 인코딩되는 폴리펩타이드의 하나 이상의 생물학적 활성을 평가하는 방식으로 합성적으로 생성될 수 있다.
일부 구현예에서, 핵산 분자는 목적하는 숙주세포, 예를 들어 인간 세포, 포유류 세포, 효모 세포, 식물 세포, 곤충 세포 또는 박테리아 세포, 예를 들어 대장균 세포에서 발현을 증강시키기 위해 코돈 편향된다. 따라서, 본원에 기재된 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드로서, 코돈 편향되고, 대체 이종 신호 서열을 포함하고/하거나 mRNA 불안정성 요소가 제거된 폴리뉴클레오타이드가 제공된다. 코돈 편향된 핵산을 생성하는 방법은, 예를 들어 미국 특허 제 5,965,726호; 제6,174,666호; 제6,291,664호; 제6,414,132호; 및 제6,794,498호에 기재된 방법을 채택하여 수행될 수 있다. 목적하는 바이러스 발현 벡터 및/또는 목적하는 숙주세포로부터의 HIV-1 폴리펩타이드 분절을 포함하는 융합 폴리펩타이드의 발현에 사용하기에 바람직한 코돈은, 예를 들어 kazusa.or.jp/codon/; 및 genscript.com/tools/codon-frequency-table에 제시되어 있다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 바와 같은 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드는, 표 L에 제시된 바와 같은 서열번호 414 내지 418로 이루어지는 군에서 선택되는 핵산 서열과 적어도 80%, 적어도 85%, 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 적어도 99% 동일하거나 100% 동일하다.
적절한 경우, 특정 구현예에서, 본원에 기재된 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드의 3'-말단은 하나 또는 다수의 탠덤 정지 코돈, 예를 들어 둘 이상의 탠덤 TAG("앰버(amber)"), TAA("오커(ochre)") 또는 TGA("오팔(opal)" 또는 "엄버(umber)") 정지 코돈을 포함한다. 다수의 탠덤 정지 코돈은 동일하거나 상이할 수 있다.
하나 이상의 조절 서열에 작동 가능하게 연결된, 본원에 기재된 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 발현 카세트가 추가로 제공된다. 일부 구현예에서, 폴리뉴클레오타이드는 구성적 프로모터에 작동 가능하게 연결되어 있고 이의 제어 하에 있다. 일부 구현예에서, 프로모터는 거대세포바이러스 주요 극초기 프로모터(CMV), 닭 베타-액틴 프로모터에 융합된 CMV 인핸서(CAG), 인간 신장인자-1α(HEF-1α), 마우스 거대세포바이러스(마우스 CMV), 중국 햄스터 신장인자-1α(CHEF-1α) 및 포스포글리세레이트 키나아제(PGK)에서 선택된다.
[표 L]
4. 벡터 및 숙주세포
본원에 기재된 융합 폴리펩타이드 중 1종 이상을 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 이러한 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 발현 카세트를 포함하는 벡터가 추가로 제공된다. 벡터는 임의의 유형, 예를 들어 발현 벡터와 같은 재조합 벡터일 수 있다. 벡터에는, 비제한적으로, 플라스미드, 코스미드, 박테리아 인공 염색체(BAC) 및 효모 인공 염색체(YAC), 및 박테리오파지 또는 식물 또는 동물(인간 포함) 바이러스에서 유도된 벡터가 포함된다. 벡터는 제안된 숙주세포에 의해 인식되는 복제 기원, 및 발현 벡터의 경우, 숙주세포에 의해 인식되는 프로모터 및 다른 조절 영역을 포함할 수 있다. 추가 구현예에서, 벡터는 프로모터 및 선택적으로 추가의 조절 요소에 작동 가능하게 연결된 본 개시내용의 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드를 포함한다. 특정 벡터는 이들이 도입되는 숙주에서 자율 복제 가능하다(예를 들어, 박테리아 복제 기원을 갖는 벡터는 박테리아에서 복제 가능함). 다른 벡터는 숙주에의 도입 시 숙주의 게놈에 통합되어, 숙주 게놈과 함께 복제될 수 있다. 벡터에는, 비제한적으로, 본원에 개시된 융합 폴리펩타이드의 재조합 생산에 적합한 것들이 포함된다.
본원에 사용된 "벡터"라는 용어는, 이에 연결된 또 다른 핵산을 증식시킬 수 있는 핵산 분자를 나타낸다. 상기 용어에는, 자가 복제 핵산 구조로서의 벡터뿐 아니라, 이들이 도입된 숙주세포의 게놈에 혼입된 벡터가 포함된다. 일부 벡터는 본 출원의 핵산 분자 또는 폴리뉴클레오타이드의 전달에 적합하다. 특정 벡터는 이들이 작동적으로 연결된 핵산의 발현을 유도할 수 있다. 이러한 벡터는 본원에서 발현 벡터로 지칭된다.
"작동 가능하게 연결된"이라는 용어는, 통상적으로 물리적으로 연결되어 있으며 서로 기능적 관계에 있는 둘 이상의 핵산 서열 요소를 나타낸다. 예를 들어, 프로모터가 코딩 서열의 전사 또는 발현을 개시하거나 조절할 수 있는 경우, 프로모터는 코딩서열에 작동 가능하게 연결되어 있으며, 이러한 경우 코딩 서열은 프로모터의 "제어 하에" 있는 것으로 이해되어야 한다.
벡터의 선택은 후속되는 재조합 절차 및 사용되는 숙주에 따라 달라진다. 숙주세포에의 벡터의 도입은 특히 인산칼슘 트랜스펙션, DEAE-덱스트란 매개 트랜스펙션, 리포펙타민 트랜스펙션, 전기천공, 바이러스 감염에 의해, 또는 본원에 기재된 바와 같이 대상에게의 투여를 통해 이루어질 수 있다. 벡터는 자율 복제 가능하거나, 이들이 통합되는 염색체와 함께 복제 가능하다. 특정 구현예에서, 벡터는 1종 이상의 선별 마커를 함유한다. 마커의 선택은 선택된 숙주세포에 따라 달라질 수 있다. 이에는, 비제한적으로, 카나마이신(kanamycin), 네오마이신(neomycin), 퓨로마이신(puromycin), 히그로마이신(hygromycin), 제오신(zeocin), 단순헤르페스바이러스의 티미딘 키나아제 유전자(HSV-TK) 및 마우스의 디히드로폴레이트 리덕타아제 유전자(dhfr)가 포함된다. 융합 폴리펩타이드를 단리하는 데 사용될 수 있는 단백질 또는 펩타이드("정제 태그")를 인코딩하는 1종 이상의 핵산 분자에 작동 가능하게 연결된, 본원에 기재된 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 핵산 분자를 포함하는 벡터가 또한 본 개시내용에 포함된다. 이러한 단백질 또는 펩타이드에는, 비제한적으로, FLAG-태그(DYKDDDDKL; 서열번호 436), 글루타티온-S-트랜스퍼라아제, 말토오스 결합 단백질, 금속 결합 폴리히스티딘, 녹색 형광 단백질, 루시퍼라아제 및 베타-갈락토시다아제가 포함된다.
다른 구현예에서, 사용되는 벡터는 pcDNA™3.1+(ThermoFisher, MA)이다.
일부 구현예에서, 벡터는 바이러스 벡터이다. 적절한 경우, 바이러스 벡터는 DNA 바이러스, 또는 자가 복제 RNA 바이러스를 포함하는 RNA 바이러스일 수 있다. 자가 복제 RNA 바이러스는 알파바이러스를 포함하며, 이는, 예를 들어 문헌[Lundstrom, Molecules. (2018) 23(12). pii: E3310 (PMID: 30551668)]; 및 문헌[Ljungberg, et al., Expert Rev Vaccines. (2015) 14(2):177-94)]에 기재되어 있다. 다양한 구현예에서, 바이러스 벡터는 아데노바이러스, 아데노연관바이러스, 아레나바이러스, 알파바이러스, 자가 복제 알파바이러스, 폭스바이러스, 거대세포바이러스, 랍도바이러스, 수포성구내염바이러스, 플라비바이러스, 마라바바이러스 및 백시니아바이러스로 이루어지는 군에서 선택되는 바이러스에서 유래한 것이다. 일부 구현예에서, 바이러스 벡터는 아데노바이러스과(예를 들어, 아데노바이러스, 아데노연관바이러스), 아레나바이러스과(예를 들어, 림프구성맥락수막염 맘마레나바이러스, 칼리 맘마레나바이러스(소위, 피킨데 맘마레나바이러스)), 헤르페스바이러스과(예를 들어, 거대세포바이러스, 헤르페스바이러스, 예를 들어 HSV-1), 파르보바이러스과(예를 들어, Parvovirus H1), 폭스바이러스과(예를 들어, 백시니아바이러스, 예를 들어 변형된 백시니아 안카라(MVA)), 파라믹소바이러스과(예를 들어, 홍역바이러스), 플라비바이러스과(예를 들어, 황열병바이러스), 레오바이러스과(예를 들어, 레오바이러스), 피코르나바이러스과(예를 들어, 콕사키바이러스(Coxsackievirus), 세네카밸리바이러스(Seneca Valley Virus), 폴리오바이러스), 파라믹소바이러스과(예를 들어, 홍역바이러스, 뉴캐슬병바이러스(NDV: Newcastle disease virus)), 랍도바이러스과(예를 들어, 마라바 수포성바이러스 및 수포성구내염바이러스(VSV)를 포함하는 수포성바이러스), 토가바이러스과(예를 들어, 알파바이러스, 예를 들어 자가 복제 알파바이러스; 신드비스바이러스(Sindbis virus)), 엔테로바이러스과(예를 들어, 에코바이러스)로 이루어지는 군에서 선택되는 바이러스 패밀리에서 유래한 것이다. 본 발명의 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 데 사용되는 예시적인 변형된 백시니아 바이러스 벡터는, 예를 들어 WO 2019/134049에 기재되어 있다.
일부 구현예에서, 바이러스 발현 벡터는 림프구성맥락수막염 맘마레나바이러스(LCMV)(NCBI:txid11623), 칼리 맘마레나바이러스(소위, 피킨데 맘마레나바이러스 또는 피킨데 아레나바이러스)(NCBI:txid2169993), 구아나리토바이러스(GTOV)(NCBI:txid45219), 아르헨티나 맘마레나바이러스(소위, 주닌바이러스(JUNV))(NCBI:txid2169991), 라싸바이러스(LASV)(NCBI:txid11620), 루조바이러스(LUJV)(NCBI:txid649188), 마추포바이러스(MACV)(NCBI:txid11628), 브라질 맘마레나바이러스(소위, 사비아바이러스(SABV))(NCBI:txid2169992) 및 화이트워터아로요바이러스(WWAV)(NCBI:txid46919)에서 선택되는 아레나바이러스 벡터이다. 일부 구현예에서, 바이러스 발현 벡터는 림프구성맥락수막염 맘마레나바이러스(LCMV) 또는 칼리 맘마레나바이러스(소위, 피킨데 맘마레나바이러스 또는 피킨데 아레나바이러스)에서 선택되는 아레나바이러스 벡터이다. 본원에 기재된 융합 폴리펩타이드에 대한 전달 및 발현 비히클로서 사용될 수 있는 예시적인 아레나바이러스 벡터는, 예를 들어 WO 2009/083210; WO 2015/183895; WO 2016/075250; WO 2017/198726; 및 미국 특허 제9,943,585호에 기재되어 있다.
일부 구현예에서, 바이러스 발현 벡터는, 예를 들어 인간 아데노바이러스 또는 유인원 아데노바이러스(예를 들어, 침팬지 아데노바이러스, 고릴라 아데노바이러스 또는 레서스원숭이 아데노바이러스) 유래의 아데노바이러스 벡터이다. 다양한 구현예에서, 아데노바이러스 벡터는 아데노바이러스 혈청형 5(Ad5), 아데노바이러스 혈청형 26(Ad26), 아데노바이러스 혈청형 34(Ad34), 아데노바이러스 혈청형 35(Ad35), 아데노바이러스 혈청형 48(Ad48), 침팬지 아데노바이러스(예를 들어, ChAd3(AdC3), ChAd5(AdC5), ChAd6(AdC6), ChAd7(AdC7), ChAd8(AdC8), ChAd9(AdC9), ChAd10(AdC10), ChAd11(AdC11), ChAd17(AdC17), ChAd16(AdC16), ChAd19(AdC19), ChAd20(AdC20), ChAd22(AdC22), ChAd24(AdC24), ChAdY25, ChAd26(AdC26), ChAd28(AdC28), ChAd30(AdC30), ChAd31(AdC31), ChAd37(AdC37), ChAd38(AdC38), ChAd43(AdC43), ChAd44(AdC44), ChAd55(AdC55), ChAd63(AdC63), ChAdV63, ChAd68(AdC68), ChAd73(AdC73), ChAd82(AdC82), ChAd83(AdC83), ChAd143(AdC143), ChAd144(AdC144), ChAd145(AdC145), ChAd147(AdC147)), 고릴라 아데노바이러스(예를 들어, GC44, GC45, GC46) 및 레서스 아데노바이러스(예를 들어, RhAd51, RhAd52, RhAd53, RhAd54, RhAd55, RhAd56, RhAd57, RhAd58, RhAd59, RhAd60, RhAd61, RhAd62, RhAd63, RhAd64, RhAd65, RhAd66)에서 선택된다. 본원에 기재된 융합 폴리펩타이드에 대한 전달 및 발현 비히클로서 사용될 수 있는 예시적인 침팬지, 고릴라 및 레서스원숭이 아데노바이러스 벡터는, 예를 들어 WO 2019/076880; WO 2019/076877; 문헌[Andrabi et al., (2019) Cell Reports 27:2426-2441]; 문헌[Guo, et al., Hum Vaccin Immunother. (2018) 14(7):1679-1685]; 문헌[Abbink, et al., J Virol. (2015) 89(3):1512-22]; 및 문헌[Abbink, et al., J Virol. (2018) 92(6). pii: e01924-17]에 기재되어 있다.
다양한 구현예에서, 바이러스 발현 벡터는 복제 불가능하거나(즉, 복제 결함 또는 복제 불충분), 예를 들어 야생형 바이러스 벡터에 비해 복제 능력이 감소 또는 제거되었거나(즉, 복제 약화된), 복제 가능하다.
다양한 구현예에서, 바이러스 벡터 또는 바이러스 발현 벡터는 서열번호 345 내지 377, 407 내지 411, 422 내지 424, 430 내지 435 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 345 내지 377, 407 내지 411, 422 내지 424, 430 내지 435 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 아미노산 서열을 포함하는 1종 이상의 융합 단백질을 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 아데노바이러스 벡터이다.
다양한 구현예에서, 바이러스 벡터 또는 바이러스 발현 벡터는 하기 아미노산 서열과 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 동일하거나 100% 동일한 2종 이상의 융합 단백질을 인코딩하는 2종 이상의 폴리뉴클레오타이드를 포함한다: 서열번호 345 및 346; 서열번호 347 및 348; 서열번호 349 및 350; 서열번호 351 및 352; 서열번호 430 및 352; 서열번호 357 및 358; 서열번호 360 및 362; 서열번호 359 및 361; 서열번호 351 및 357; 서열번호 351 및 358; 서열번호 351 및 359; 서열번호 351 및 360; 서열번호 351 및 361; 서열번호 351 및 362; 서열번호 351 및 407; 서열번호 351 및 408; 서열번호 351 및 409; 서열번호 351 및 410; 서열번호 352 및 357; 서열번호 352 및 358; 서열번호 352 및 359; 서열번호 352 및 360; 서열번호 352 및 361; 서열번호 352 및 362; 서열번호 352 및 407; 서열번호 352 및 408; 서열번호 352 및 409; 서열번호 352 및 410; 서열번호 430 및 357; 서열번호 430 및 358; 서열번호 430 및 359; 서열번호 430 및 360; 서열번호 430 및 361; 서열번호 430 및 362; 서열번호 407 및 409; 서열번호 407 및 408; 서열번호 408 및 410; 또는 서열번호 409 및 410.
일부 구현예에서, 벡터는 사이토카인 또는 이의 기능성 변이체를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드, 또는 비코딩 면역자극 폴리뉴클레오타이드를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 벡터는 IL-2, IL-7, IL-12, IL-15, IL-18, IL-21, IFN-α, IFN-γ, 집락자극인자 2(CSF2; 소위, GM-CSF), fms 관련 수용체 티로신 키나아제 3 리간드(FLT3LG), 및 이들의 조합 및 기능성 변이체로 이루어지는 군에서 선택되는 사이토카인을 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드를 추가로 포함한다. 사이토카인과 백신의 공동발현 및/또는 병용투여는, 예를 들어 문헌[Elizaga, et al. (2018) PLoS One 13(9): e0202753(IL-12)]; 문헌[Buchbinder, et al., (2017) PLoS One 12(7):e0179597(GM-CSF)]; 문헌[Abaitua, et al., Virus Res (2006) 116(1-2):11-20(IL12 + IFN-γ)]; 문헌[Oudard, et al., Cancer Immunol Immunother (2011) Feb;60(2):261-71(IL-2 + IFN-α)]에 기재되어 있다. 일부 구현예에서, 벡터는 병원체 활성화 분자 패턴(PAMP), 시토신-포스페이트-구아노신(CpG) 올리고데옥시뉴클레오타이드, 및 면역자극 RNA(isRNA)에서 선택되는 비코딩 면역자극 폴리뉴클레오타이드를 추가로 포함한다. 예시적인 isRNA에는, CV8102 (CureVac), 및 예를 들어 WO2016170176에 기재된 기타의 것들이 포함된다.
본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 벡터를 포함하는 숙주세포가 추가로 제공된다. 다양한 숙주세포 중 임의의 것이 사용될 수 있다. 하나의 구현예에서, 숙주세포는 원핵세포, 예를 들어 대장균이다. 또 다른 구현예에서, 숙주세포는 진핵세포, 예를 들어 효모 세포, 식물 세포, 곤충 세포, 포유류 세포, 예컨대 중국 햄스터 난소(CHO) 기반 또는 CHO 기원 세포주(예를 들어, CHO-S, CHO DG44, ExpiCHOTM, CHOZN® ZFN 변형된 GS-/- CHO 세포주, CHO-K1, CHO-K1a), COS 세포, BHK세포, NSO 세포 또는 Bowes 흑색종 세포이다. 인간 숙주세포의 예는, 특히, HeLa, 911, AT1080, A549 및 HEK293(예를 들어, HEK293E, HEK293F, HEK293H, HEK293T, Expi293™)이다. 또한, 융합 폴리펩타이드는 피키아(Pichia)(예를 들어, 문헌[Powers et al., J Immunol Methods. 251:123-35 (2001)] 참조), 한셀라(Hanseula) 또는 사카로마이세스(Saccharomyces)와 같은 효모 세포에서 발현될 수 있다.
"숙주세포," "숙주 세포주" 및 "숙주세포 배양물"이라는 용어는 상호교환적으로 사용되며, 외인성 핵산이 도입되는 세포(이러한 세포의 자손 포함)를 나타낸다. 숙주세포는 "형질전환체" 및 "형질전환된 세포"를 포함하며, 이는 1차 형질전환된 세포, 및 계대 수에 관계없이 이로부터 유도된 자손을 포함한다. 자손은 모세포와 핵산 함량이 완전히 동일하지 않을 수 있으며, 돌연변이를 함유할 수 있다. 원래 형질전환된 세포에서 이에 대해 스크리닝되거나 선택된 바와 동일한 기능 또는 생물학적 활성을 갖는 돌연변이 자손이 본원에 포함된다.
적절한 경우, 숙주세포는, 본원에 기재된 바와 같이, 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드로 안정적으로 또는 일시적으로 트랜스펙션될 수 있다. 적절한 경우, 숙주세포는, 본원에 기재된 바와 같이, 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 벡터로 감염될 수 있다. 일부 구현예에서, 숙주세포는, 본원에 기재된 바와 같이, 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 복제 약화된 또는 복제 가능 벡터에 감염되어, 이를 증식시킬 수 있다. 바이러스 벡터에 감염되고/되거나 이를 증식시키는 데 유용한 예시적인 세포에는, 비제한적으로, BHK-21, A549, Vero 및 HEK293(예를 들어, HEK293E, HEK293F, HEK293H, HEK293T, Expi293™) 세포가 포함된다. 특정 구현예에서, 숙주세포는 콕사키바이러스 및 아데노바이러스 수용체(CAR), 예를 들어 MDCK, Caco-2 또는 Calu-3 숙주세포를 발현시킨다. 특정 구현예에서, 폴리뉴클레오타이드는 숙주세포의 게놈에 통합된다.
5. 약학적 조성물/면역원성 조성물
본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드, 또는 이러한 폴리뉴클레오타이드 중 1종 이상을 포함하는 바이러스 발현 벡터와, 약학적으로 허용 가능한 희석제, 담체 또는 부형제를 포함하는 약학적 조성물 또는 면역원성 조성물이 제공된다. 일반적으로, 본원에 기재된 약학적 조성물은 면역원성이다. 특정 구현예에서, 약학적 조성물은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드를 함유하는 1종 이상의 바이러스 발현 벡터의 치료적 유효량을 포함한다.
다양한 약학적으로 허용 가능한 희석제, 담체 및 부형제, 및 약학적 조성물의 제조 및 사용을 위한 기술은 본 개시내용에 비추어 당업자에게 공지될 것이다. 예시적인 약학적 조성물, 및 약학적으로 허용 가능한 희석제, 담체 및 부형제는 또한 하기에 기재되어 있다: 예를 들어 문헌[Loyd V. Allen Jr (Editor), "Remington: The Science and Practice of Pharmacy," 22nd Edition, 2012, Pharmaceutical Press]; 문헌[Brunton, Knollman and Hilal-Dandan, "Goodman and Gilman's The Pharmacological Basis of Therapeutics," 13th Edition, 2017, McGraw-Hill Education / Medical]; 문헌[McNally and Hastedt (Editors), "Protein Formulation and Delivery, 2nd Edition, 2007, CRC Press]; 문헌[Banga, "Therapeutic Peptides and Proteins: Formulation, Processing, and Delivery Systems," 3rd Edition, 2015, CRC Press]; 문헌[Lars Hovgaard, Frokjaer and van de Weert (Editors), "Pharmaceutical Formulation Development of Peptides and Proteins," 2nd Edition, 2012, CRC Press]; 문헌[Carpenter and Manning (Editors), "Rational Design of Stable Protein Formulations: Theory and Practice," 2002, Springer (Pharmaceutical Biotechnology (Book 13))]; 문헌[Meyer (Editor), "Therapeutic Protein Drug Products: Practical Approaches to Formulation in the Laboratory, Manufacturing, and the Clinic, 2012, Woodhead Publishing].
특정 구현예에서, 폴리뉴클레오타이드 또는 벡터는 지질 나노입자로 제형화된다. 예를 들어, 융합 폴리펩타이드가 자가 복제 또는 자가 증폭 RNA 분자로부터 발현되는 일부 구현예에서, 자가 복제 또는 자가 증폭 RNA는 지질 나노입자(LNP)와 같은 리포플렉스로 제형화될 수 있다. 본원에 사용된 "리포플렉스"는, DNA의 비(非)바이러스성(합성) 지질 담체인 양이온성 리포좀을 나타낸다. 본원에 사용된 "지질 나노입자"라는 용어는, 평균 직경이 약 10나노미터 약 1000나노미터이고, 친유성 분자를 가용화시킬 수 있는 고형 지질 코어 매트릭스를 포함하는 1종 이상의 구형 나노입자를 나타낸다. 특정 구현예에서, 지질 코어는 계면활성제(예를 들어, 유화제)에 의해 안정화되며, 이는 트리글리세리드(예를 들어, 트리스테아린(tristearin)), 디글리세리드(예를 들어, 글리세롤 베헤네이트), 모노글리세리드(예를 들어, 글리세롤 모노스테아레이트), 지방산(예를 들어, 스테아르산), 스테로이드(예를 들어, 콜레스테롤) 및 왁스(예를 들어, 세틸 팔미테이트), 및 이들의 조합 중 하나 이상을 포함할 수 있다. 지질 나노입자는, 예를 들어 문헌[Petrilli et al., Curr Pharm Biotechnol. 15:847-55, 2014]; 및 미국 특허 제6,217,912호; 제6,881,421호; 제7,402,573호; 제7,404,969호; 제7,550,441호; 제7,727,969호; 제8,003,621호; 제8,691,750호; 제8,871,509호; 제9,017,726호; 제9,173,853호; 제9,220,779호; 제9,227,917호; 및 제9,278,130호(상기 문헌들은 각각 그 전문이 본원에 참조로서 인용됨)에 기재되어 있다. 하나의 구현예에서, 본원에 기재된 융합 폴리펩타이드 중 1종 이상을 인코딩하는 자가 복제 또는 자가 증폭 RNA 분자는, 나노미립자일 수 있는, 예를 들어 문헌[, et al., Nanomedicine. (2016) Apr;12(3):711-722] 및 문헌[, et al., J Control Release. (2017) Nov 28; 266:256-271]에 기재된 바와 같은 폴리에틸렌이민(PEI)-폴리플렉스 전달 비히클로 제형화되거나 축합된다.
융합 폴리펩타이드가 바이러스 발현 벡터로부터 발현되는 구현예에서, 바이러스 발현 벡터는 목적하는 투여 경로를 위해, 예를 들어 정맥내, 근육내, 피하 또는 피내 투여를 위한 등장성의 약학적으로 허용 가능한 수용액으로 제형화될 수 있다. 일부 구현예에서, 바이러스 발현 벡터는 점막, 예를 들어 협측, 비강내 또는 직장내 전달용으로 제형화될 수 있다. 본원에 기재된 약학적 조성물 및 방법에 사용될 수 있는 바이러스 발현 벡터에 대한 예시적인 제형은, 예를 들어 문헌[Manfredsson and Benskey, editors, "Viral Vectors for Gene Therapy: Methods and Protocols (Methods in Molecular Biology)," 2019, Book 1937 in Methods in Molecular Biology Series, Humana Press]; WO 2017/013169(무정형 당 및 낮은 염 농도 존재 하의 수성 혼합물 또는 동결 건조된 조성물 중의 아데노바이러스 벡터의 제형); 및 문헌[Kumru, et al., J Pharm Sci. (2018) Nov;107(11):2764-2774](Tris 중에 완충되고, 안정화 첨가제로서 프롤린, 락토오스 및 만니톨을 함유하는 수성 제형)에 기재되어 있다. 아레나바이러스 벡터의 제형은, 예를 들어 WO 2009/083210; WO 2016/075250 및 WO 2017/198726에 기재되어 있다. 특정 구현예에서, 바이러스 발현 벡터는, 예를 들어 문헌[Zaric, et al., Expert Opin Drug Deliv. (2017) Oct;14(10):1177-1187]에 기재된 미세바늘 매개 전달을 통해 전달된다. 비공(nares)으로의 바이러스 입자의 투여에 의한 비강내 바이러스 백신 접종은, 예를 들어 문헌[Dorta-Estremera, et al., PLoS One. 2017 Dec 8;12(12):e0188807]에 기재되어 있다. 직장으로의 바이러스 입자의 투여에 의한 직장내 바이러스 백신 접종은, 예를 들어 문헌[Patterson, et al., Clin Vaccine Immunol. (2012) May;19(5):629-37]에 기재되어 있다.
일부 구현예에서, 각각의 담체, 희석제 또는 부형제는 약학적 조성물의 다른 성분과 상용 가능하고 대상에게 유해하지 않다는 점에서 "허용 가능"하다. 종종, 약학적으로 허용 가능한 담체는 pH 완충 수용액이다. 약학적으로 허용 가능한 담체, 희석제 또는 부형제로 작용할 수 있는 물질의 일부 예에는, 하기가 포함된다: 물; 완충제, 예를 들어 pKa가 약 6.0 내지 약 8.0 범위인 완충제, 예를 들어 인산염, 탄산염, 중탄산염, 시트르산염, 말레산염, 글리신-글리신, HEPES, HEPPSO, HEPPS, 이미다졸, BICINE, TRICINE, Tris 및 BIS-Tris에서 선택되는 생리학적으로 허용 가능한 완충제; 당류, 예컨대 락토오스, 트레할로오스, 글루코오스 및 수크로오스; 전분류, 예컨대 옥수수 전분 및 감자 전분; 셀룰로오스 및 이의 유도체, 예컨대 소듐 카르복시메틸 셀룰로오스, 에틸 셀룰로오스 및 셀룰로오스 아세테이트; 분말화된 트래거캔스; 맥아; 젤라틴; 탈크; 부형제, 예컨대 코코아 버터 및 좌제용 왁스; 오일류, 예컨대 땅콩유, 면실유, 홍화유, 참깨유, 올리브유, 옥수수유 및 대두유; 글리콜류, 예컨대 프로필렌 글리콜; 폴리올류, 예컨대 글리세린, 소르비톨, 만니톨 및 폴리에틸렌 글리콜; 에스테르류, 예컨대 에틸 올레에이트 및 에틸 라우레이트; 아가; 완충제, 예컨대 수산화마그네슘 및 수산화알루미늄; 알긴산; 발열원 미함유 물; 등장성 식염수; 행크 용액(Hank's solution), 링거액(Ringer's solution); 에틸 알코올; 인산염 완충액; 아미노산(예를 들어, 비제한적으로, 아스파르테이트, 아스파라긴, 글루타메이트, 글루타민, 히스티딘, 아르기닌, 리신을 포함하는 하전된 아미노산); 및 약학적 제형에 이용되는 기타 비독성의 상용성 물질. 습윤화제, 유화제 및 윤활제(예컨대, 소듐 라우릴 설페이트, 마그네슘 스테아레이트)뿐 아니라, 착색제, 이형제, 코팅제, 감미제, 향미제 및 방향제, 보존제 및 항산화제가 또한 조성물에 존재할 수 있다. 바이러스 발현 벡터, 비로솜(virosome) 또는 바이러스 유사 입자(VLP)의 질내 또는 직장내 전달에 사용될 수 있는 고체 및 반고체 제형(예를 들어, 트로키, 페서리 또는 좌제 형태)은, 예를 들어 문헌[Brown, et al., PLoS One. 2017 Aug 17;12(8):e0183510]; 문헌[Brown, et al., PLoS One. 2016 Mar 10;11(3):e0151184]; 및 문헌[Amacker, et al., npj Vaccines 5, 41 (2020)]에 기재되어 있다.
하나의 특정 제형에서, 본원에 기재된 아레나바이러스 벡터(예를 들어, LCMV 또는 피킨데 맘마레나바이러스 벡터)는, 중성 또는 중성에 가까운 pH에서 pKa가 약 6.0 내지 약 8.0범위인 생물학적으로 상용성인 완충제(예를 들어, HEPES 및 NaCl)와 비이온성 계면활성제(예를 들어, PLURONIC® F68(소위, 폴록사머(poloxamer) 188))를 포함하는 등장성 수용액 중에 제형화된다. 하나의 특정 제형에서, 본원에 기재된 아레나바이러스 벡터(예를 들어, LCMV 또는 피킨데 맘마레나바이러스 벡터)는, HEPES 완충제(pH 7.4), NaCl 및 PLURONIC® F68(소위, 폴록사머 188)을 포함하는 등장성 수용액 중에 제형화된다. 문헌[Schleiss, et al., Clin Vaccine Immunol. 2017 Jan 5;24(1):e00300-16]에는, 본원에 기재된 아레나바이러스 벡터를 제형화하는 데 사용될 수 있는, 25 mM HEPES, 150 mM NaCl, 0.01% PLURONIC® F68의 희석제(pH 7.4) 중에서 LCMV 벡터를 제형화하는 LCMV가 기재되어 있다. -60℃ 미만으로 동결시키기 전, 최종 농도 10%의 소르비톨을 첨가하였다.
약학적 조성물의 제형화 및 전달 방법은 일반적으로 치료하고자 하는 질환 및 부위에 따라 조정될 수 있다. 예시적인 제형에는, 비제한적으로, 비경구 투여, 예를 들어 정맥내, 동맥내, 근육내 또는 피하 투여에 적합한 제형(미셀, 리포좀 또는 약물 방출 캡슐에 캡슐화된 제형 포함)(서방형으로 설계된 생체 적합성 코팅 내 혼입된 활성제); 섭취 가능한 제형; 국소용 제형(예컨대 크림, 연고 및 겔); 및 기타 제형(예컨대, 흡입제, 에어로졸 및 스프레이)이 포함된다. 일부 구현예에서, 약학적 조성물은 비경구, 예를 들어 정맥내, 피하 또는 경구 투여용으로 제형화된다. 일부 구현예에서, 약학적 조성물은 점막, 예를 들어 협측, 비강내, 직장내 및/또는 질내 투여용으로 제형화된다.
특정 구현예에서, 약학적 조성물은 멸균성이다. 특정 구현예에서, 약학적 조성물의 pH는 4.5 내지 8.5, 4.5 내지 6.5, 6.5 내지 8.5 범위이거나, 약 5.0, 약 5.5, 약 6.0, 약 6.5, 약 7.0, 약 7.5, 약 8.0 또는 약 8.5이다. 하나의 구현예에서, 약학적 조성물의 삼투압농도는 240 mOsmol/L 내지 260 mOsmol/L, 또는 250 mOsmol/L 내지 330 mOsmol/L 범위이다. 특정 구현예에서, 약학적 조성물은 등장성이거나 거의 등장성이다.
일부 구현예에서, 약학적 조성물은 액체 또는 고체이다. 일부 구현예에서, 약학적 조성물은 수용액을 포함한다. 일부 구현예에서, 약학적 조성물은 동결건조되거나, 동결된 액체이다.
일부 구현예에서, 약학적 조성물은 본원에 기재된 바와 같은 요법과의 병용을 위한 1종 이상의 추가 치료제, 예를 들어 제2 치료제, 또는 제2 및 제3 치료제를 추가로 포함한다.
특정 구현예에서, 약학적 조성물은 아쥬반트를 추가로 포함한다. 본원에 기재된 융합 폴리펩타이드, 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 및 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터와 공동제형화되거나 병용투여될 수 있는 예시적인 아쥬반트에는, 비제한적으로, 본원 및 문헌[Li, et al., Curr Issues Mol Biol. (2017) 22:17-40]에 기재된 바와 같은, 사이토카인, 케모카인, 면역 공동자극 분자, 톨유사 수용체 아고니스트, 또는 면역 억제 경로의 저해제가 포함된다.본원에 기재된 융합 폴리펩타이드, 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 및 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터와 공동제형화되거나 병용투여될 수 있는 다른 아쥬반트에는, 비제한적으로, 광물 염(예를 들어, 알루미늄 염(예를 들어, 알룸(alum)), 인산칼슘, 불완전 프로인트(Freunds) 아쥬반트), 지질 입자(예를 들어, MF59, 코킬레이트(cochleate), 바이러스 유사 입자), 미세입자(예를 들어, 비로솜, 폴리락트산(PLA), 폴리[락티드-코글리콜리드](PLG)), 면역 강화제(예를 들어, dsRNA:Poly(I:C), 폴리-IC:LC, 모노포스포릴 지질 A(MPL), LPS, 플라젤린(Flagellin), 이미다조퀴놀린: 이미퀴모드(R837), 레시퀴모드(848), CpG 올리고데옥시뉴클레오타이드(ODN), 무라밀 디펩타이드(MDP), 사포린(QS-21)), 및 점막 아쥬반트(예를 들어, 콜레라 독소(CT), 열 불안정성 내독소(LTK3 및 LTR72), 키토산)가 포함된다. 본원에 기재된 융합 폴리펩타이드, 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 및 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터와 공동제형화되거나 병용투여될 수 있는 아쥬반트는, 문헌[, et al., J Immunol Res. (2016) 2016:1459394]에 요약되어 있다.
특정 구현예에서, 약학적 조성물은 면역조절제를 추가로 포함한다. 본원에 기재된 융합 폴리펩타이드, 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 및 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터와 공동제형화되거나 병용투여될 수 있는 예시적인 면역조절제에는, 비제한적으로, 톨유사 수용체 아고니스트 및 소분자 면역 체크포인트 저해제가 포함된다. 공동제형화되거나 병용투여될 수 있는 TLR7 아고니스트의 예에는, 비제한적으로, AL-034, DSP-0509, GS-9620(베사톨리모드), LHC-165, TMX-101(이미퀴모드), GSK-2245035, 레시퀴모드, DSR-6434, DSP-3025, IMO-4200, MCT-465, MEDI-9197, 3M-051, SB-9922, 3M-052, Limtop, TMX-30X, TMX-202, RG-7863, RG-7854 및 RG-7795가 포함된다. 공동제형화되거나 병용투여될 수 있는 예시적인 TLR7/TLR8 아고니스트에는, CV8102, NKTR-262, 텔라톨리모드(telratolimod) 및 BDB-001이 포함된다. 공동제형화되거나 병용투여될 수 있는 TLR8 아고니스트의 예에는, 비제한적으로, E-6887, IMO-4200, IMO-8400, IMO-9200, MCT-465, MEDI-9197, 모톨리모드(motolimod), 레시퀴모드, GS-9688, VTX-1463, VTX-763, 3M-051, 3M-052가 포함된다. 공동제형화되거나 병용투여될 수 있는 TLR9 아고니스트의 예에는, 비제한적으로, AST-008, 코비톨리모드, CMP-001, IMO-2055, IMO-2125, 리테니모드, MGN-1601, BB-001, BB-006, IMO-3100, IMO-8400, IR-103, IMO-9200, 아가톨리모드, DIMS-9054, DV-1079, DV-1179, AZD-1419, 레피톨리모드(MGN-1703), CYT-003, CYT-003-QbG10, 틸소톨리모드 및 PUL-042가 포함된다. 공동제형화되거나 병용투여될 수 있는 CD274 또는 PDCD1의 소분자 저해제의 예에는, 비제한적으로, GS-4224, GS-4416, INCB086550 및 MAX10181이 포함된다. 공동제형화되거나 병용투여될 수 있는 CTLA4의 소분자 저해제의 예에는, BPI-002가 포함된다.
일부 구현예에서, 약학적 조성물 또는 면역원성 조성물은 2종 이상의 융합 폴리펩타이드의 혼합물, 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 2종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 2종 이상의 벡터를 포함한다. 예를 들어, 특정 구현예에서, 상기 혼합물은 본원에 기재된 바와 같은 융합 폴리펩타이드의 2가 쌍을 포함한다. 일부 구현예에서, 약학적 조성물은 2종 이상의 융합 폴리펩타이드, 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 2종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 2종 이상의 벡터를 포함하며, 상기 융합 폴리펩타이드는 N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함하거나 이로 이루어진다: 서열번호 70, 76, 94, 151 및 161; 또는 서열번호 71, 77, 95, 152 및 162. 일부 구현예에서, 약학적 조성물은 2종 이상의 융합 폴리펩타이드, 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 2종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 2종 이상의 벡터를 포함하며, 상기 융합 폴리펩타이드는 N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함하거나 이로 이루어진다: 서열번호 188, 305, 28, 41, 294, 4, 176, 11, 319, 259, 282, 223, 213 및 37; 서열번호 188, 305, 28, 41 및 294; 서열번호 4, 176, 11, 319, 259, 282, 223, 213 및 37; 서열번호 189, 306, 29, 42, 295, 5, 177, 12, 320, 260, 283, 224, 214 및 38; 서열번호 189, 306, 29, 42 및 295; 서열번호 5, 177, 12, 320, 260, 283, 224, 214 및 38; 서열번호 305, 319, 259, 282, 223, 213, 294, 176 및 188; 서열번호 306, 320, 260, 283, 224, 214, 295, 177 및 189; 서열번호 305, 294, 223, 213, 176, 259, 319, 188 및 282; 서열번호 306, 295, 224, 214, 177, 260, 320, 189 및 283; 서열번호 305, 294, 319, 259, 282, 223, 176 및 188; 서열번호 306, 295, 320, 260, 283, 224, 177 및 189; 서열번호 305, 223, 294, 176, 259, 319, 188 및 282; 및 서열번호 306, 224, 295, 177, 260, 320, 189 및 283. 일부 구현예에서, 약학적 조성물은 2종 이상의 융합 폴리펩타이드, 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 2종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 2종 이상의 벡터를 포함하며, 상기 융합 폴리펩타이드는 N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함하거나 이로 이루어진다: 서열번호 76, 86, 94, 180, 186, 221, 294, 307, 321 및 151; 및 서열번호 77, 87, 95, 181, 187, 222, 295, 308, 322 및 152.
일부 구현예에서, 약학적 조성물 또는 면역원성 조성물은 2종 이상의 융합 폴리펩타이드, 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 2종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 2종 이상의 벡터를 포함하며, 상기 융합 폴리펩타이드는 서열번호 351 내지 356 및 430 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 351 내지 356 및 430 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어진다. 일부 구현예에서, 약학적 조성물 또는 면역원성 조성물은 2종 이상의 융합 폴리펩타이드, 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 2종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 2종 이상의 벡터를 포함하며, 상기 융합 폴리펩타이드는 서열번호 357 내지 366 및 407 내지 410 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 357 내지 366 및 407 내지 410 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어진다.
일부 구현예에서, 약학적 조성물 또는 면역원성 조성물은 2종 이상의 융합 폴리펩타이드, 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 2종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 2종 이상의 벡터를 포함하며, 상기 융합 폴리펩타이드는 서열번호 345 내지 350, 표 1의 서열, 및 서열번호 422 내지 424 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 345 내지 350, 표 1의 서열, 및 서열번호 422 내지 424 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어진다.
일부 구현예에서, 약학적 조성물 또는 면역원성 조성물은 HIV-1 Gag 및 Nef 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절을 하나 이상 포함하는 제1 융합 폴리펩타이드, 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터와, HIV-1 Pol, 또는 Pol 및 Env 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절을 하나 이상 포함하는 제2 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 바이러스 발현 벡터를 포함한다. 일부 구현예에서, 약학적 조성물 또는 면역원성 조성물은 하기 (1) 및 (2)를 포함한다: (1) N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함하거나 이로 이루어지는 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 벡터: 서열번호 70, 76, 94, 151 및 161; 또는 서열번호 71, 77, 95, 152 및 162; 및 (2) N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함하거나 이로 이루어지는 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 벡터: 서열번호 188, 305, 28, 41, 294, 4, 176, 11, 319, 259, 282, 223, 213 및 37; 서열번호 188, 305, 28, 41 및 294; 서열번호 4, 176, 11, 319, 259, 282, 223, 213 및 37; 서열번호 189, 306, 29, 42, 295, 5, 177, 12, 320, 260, 283, 224, 214 및 38; 서열번호 189, 306, 29, 42 및 295; 서열번호 5, 177, 12, 320, 260, 283, 224, 214 및 38;서열번호 305, 319, 259, 282, 223, 213, 294, 176 및 188; 서열번호 306, 320, 260, 283, 224, 214, 295, 177 및 189; 서열번호 305, 294, 223, 213, 176, 259, 319, 188 및 282; 서열번호 306, 295, 224, 214, 177, 260, 320, 189 및 283; 서열번호 305, 294, 319, 259, 282, 223, 176 및 188; 서열번호 306, 295, 320, 260, 283, 224, 177 및 189; 서열번호 305, 223, 294, 176, 259, 319, 188 및 282; 또는 서열번호 306, 224, 295, 177, 260, 320, 189 및 283. 일부 구현예에서, 약학적 조성물 또는 면역원성 조성물은 하기 (1) 및 (2)를 포함한다: (1) 서열번호 351 내지 356 및 430 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 351 내지 356 및 430 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하는 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 벡터; 및 (2) 서열번호 357 내지 366 및 407 내지 410 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 357 내지 366 및 407 내지 410 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하는 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 벡터.
일부 구현예에서, 약학적 조성물 또는 면역원성 조성물은 1종 이상의 바이러스 벡터를 포함하며, 각각의 바이러스 벡터는 하기 아미노산 서열과 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 동일하거나 100% 동일한 2종 이상의 융합 단백질을 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드를 포함한다: 서열번호 345 및 346; 서열번호 347 및 348; 서열번호 349 및 350; 서열번호 351 및 352; 서열번호 430 및 352; 서열번호 357 및 358; 서열번호 360 및 362; 서열번호 359 및 361; 서열번호 351 및 357; 서열번호 351 및 358; 서열번호 351 및 359; 서열번호 351 및 360; 서열번호 351 및 361; 서열번호 351 및 362; 서열번호 351 및 407; 서열번호 351 및 408; 서열번호 351 및 409; 서열번호 351 및 410; 서열번호 352 및 357; 서열번호 352 및 358; 서열번호 352 및 359; 서열번호 352 및 360; 서열번호 352 및 361; 서열번호 352 및 362; 서열번호 352 및 407; 서열번호 352 및 408; 서열번호 352 및 409; 서열번호 352 및 410; 서열번호 430 및 357; 서열번호 430 및 358; 서열번호 430 및 359; 서열번호 430 및 360; 서열번호 430 및 361; 서열번호 430 및 362; 서열번호 407 및 409; 서열번호 407 및 408; 서열번호 408 및 410; 또는 서열번호 409 및 410.
일부 구현예에서, 약학적 조성물 또는 면역원성 조성물은 융합 폴리펩타이드, 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터를 포함하며, 상기 융합 폴리펩타이드는 N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함하거나 이로 이루어진다: 서열번호 201, 78, 107, 96, 229, 172, 327, 6, 333, 243, 331, 192, 265, 311, 137, 15, 123, 30, 336, 302, 153, 219, 298, 121, 230, 240, 60, 241, 276, 113, 99, 21, 217 및 215; 서열번호 78, 296, 1, 339, 197, 329, 232, 323, 303, 234, 90, 261, 274, 238, 211, 325, 137, 227, 209, 190, 341, 57, 225, 27, 210, 119, 19, 165, 334, 117, 153, 10, 97 및 300; 또는 서열번호 296, 1, 78, 197, 339, 227, 261, 274, 238, 325, 137, 329, 303, 234, 90, 232, 27, 57, 225, 323, 190, 341, 119, 19, 165, 334, 117, 153, 10, 97 및 300. 일부 구현예에서, 약학적 조성물 또는 면역원성 조성물은 융합 폴리펩타이드, 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터를 포함하며, 상기 융합 폴리펩타이드는 서열번호 367 내지 377, 411, 422 내지 424 및 431 내지 435 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 367 내지 377, 411, 422 내지 424 및 431 내지 435 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어진다.
6. 치료 방법
본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 벡터의 유효량을 이를 필요로 하는 대상(예를 들어, 인간 대상)에게 제공하는 단계를 포함하는, HIV 감염, 또는 관련 질환 또는 장애를 치료 또는 예방하는 방법이 추가로 제공된다. 본원에 사용된 "대상"이라는 용어는, 포유류를 나타낸다. 포유류는 임의의 포유류, 예를 들어 인간, 비인간 영장류(예를 들어, 히말라야원숭이), 설치류(예를 들어, 마우스, 래트, 기니피그), 개, 고양이, 또는 가축(예컨대, 소, 말, 염소, 낙타, 양 또는 돼지)일 수 있다. "환자"라는 용어는, 인간 대상을 나타낸다. 대상에게 요법을 투여하는 맥락에서 본원에 사용된 "유효량"이라는 용어는, 목적하는 예방 또는 치료 효과를 달성하는 요법의 양을 나타낸다. 폴리뉴클레오타이드는 벡터, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같은 바이러스 벡터에 존재할 수 있다. 일부 구현예에서, 관련 질환 또는 장애는 HIV에의 감염에 의해 유발된다. 다른 구현예에서, 이는 후천면역결핍증후군(AIDS)이다. 특정 구현예에서, 대상은 바이러스학적으로 억제된 HIV 감염된 포유류이며, 다른 구현예에서, 대상은 치료 경험이 없는(treatment-) HIV 감염된 포유류, 또는 바이러스학적으로 억제되지 않은 치료 경험이 있는 HIV 감염된 대상이다. 특정 구현예에서, 치료 경험이 없는 대상의 바이러스 부하는 1 mL 당 50개 카피 수 미만 내지 1 mL 당 108개 카피 수 범위이다. 특정 구현예에서, 바이러스학적으로 억제된 대상의 바이러스 부하는 1 mL 당 50개 카피 수 미만이다. 또 다른 구현예에서, 대상은 포유류, 예를 들어 인간이다. 특정 구현예에서, 대상은 HIV, 예를 들어 HIV-1 또는 HIV-2 감염, 또는 관련 질환 또는 장애, 예를 들어 AIDS로 진단되었거나, HIV, 예를 들어 HIV-1 또는 HIV-2 감염, 또는 관련 질환 또는 장애, 예를 들어 AIDS의 발병 위험이 있는 것으로 간주된다. HIV 관련 질환 또는 장애의 위험이 있는 대상에는, 감염된 사람과 접촉한 환자 또는 일부 다른 방식으로 HIV에 노출된 환자가 포함된다. 예방제의 투여는, 질환 또는 장애가 예방되거나, 대안적으로 이의 진행이 지연되도록, HIV 관련 질환 또는 장애의 특징적인 증상이 나타나기 전에 이루어질 수 있다.
일부 구현예에서, 대상은 HIV-1에 만성적으로 감염된 대상이다. 일부 구현예에서, 대상은 HIV-1에 급성으로 감염된 대상이며, 예를 들어 Fiebig 병기 IV 또는 그 이전 단계, 예를 들어 Fiebig 병기 III, Fiebig 병기 II 또는 Fiebig 병기 I의 HIV-1 감염 상태이다. 일부 구현예에서, 대상은 항레트로바이러스 요법(ART)을 받고 있지 않거나, ART가 1종 이상의 조성물의 투여 전에 중단된다. 일부 구현예에서, ART는 조성물의 1회 이상 투여 후에 중단된다. 일부 구현예에서, ART는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 벡터의 투여와 동시에 투여된다.
대상(예를 들어, 인간 대상)에서 HIV 바이러스 역가, 바이러스 복제, 바이러스 증식, 또는 HIV 바이러스 DNA, HIV 프로바이러스 DNA 또는 HIV 바이러스 단백질의 양의 증가를 방지하거나 저해하는 방법이 또한 제공된다. 하나의 구현예에서, 상기 방법은 대상에서 HIV 역가, 바이러스 복제, 또는 하나 이상의 HIV 균주 또는 단리물의 HIV 단백질의 양의 증가를 방지하는 데 효과적인, 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 벡터의 양을, 이를 필요로 하는 대상에게 제공하는 단계를 포함한다. 특정 구현예에서, 상기 방법은 하나 이상의 시점에서, 예를 들어 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 벡터가 대상에게 제공되기 전 및 제공된 후에, HIV 바이러스 또는 프로바이러스 DNA 또는 단백질의 양을 측정하는 단계를 추가로 포함한다. 대상에서 HIV 바이러스 또는 프로바이러스 DNA 또는 단백질의 양을 결정하기 위한 방법 및 바이오마커는, 당업계에 공지되어 있고, 이용 가능하며, 예를 들어 문헌[Siliciano, J.D. et al., Curr Opin. HIV AIDS, 5(6):491-7 (2010)] 및 문헌[Rouzioux, C. et al., Curr Opin HIV AIDS, 8(3):170-5 (2013)]에 기재되어 있다.
일부 구현예에서, 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 벡터는, 예를 들어 본원에 기재된 HIV 단리물과 같은 특정 바이러스를 저해하거나, 본원에 기재된 HIV 단리물과 같은 특정 바이러스의 감염을 예방적으로 저해 또는 방지하거나, 샘플에서 본원에 기재된 HIV 단리물과 같은 특정 바이러스를 검출하거나, 본원에 기재된 HIV 단리물과 같은 특정 바이러스를 저해하거나, 또는 본원에 기재된 HIV 단리물과 같은 특정 바이러스를 진단하는 방법에 사용될 수 있다.
포유류 대상, 예를 들어 인간의 생체내 치료의 경우, 대상은 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 벡터를 포함하는 약학적 조성물을 투여받거나 제공받을 수 있다. 생체내 요법에 사용되는 경우, 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 벡터는, 전형적으로 치료적 유효량(즉, 환자의 바이러스 부담 및/또는 바이러스 저장소를 제거하거나 감소시키는 양)으로 환자에게 투여되거나 제공된다. 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 벡터는, 비제한적으로, 예를 들어 볼루스로서의 정맥내 투여, 또는 일정 기간에 걸친 연속 주입, 근육내, 복강내, 뇌척수내, 피하, 관절내, 활막내, 경막내, 경구, 국소 또는 흡입 경로와 같은 공지된 방법에 따라, 포유류 대상, 예를 들어 인간에게 투여되거나 제공된다. 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 벡터는, 비경구로, 가능한 경우, 표적세포 부위에 또는 정맥내로 투여될 수 있다. 하나의 구현예에서, 대상에게의, 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 벡터의 투여는, 정맥내 경로를 통해 이루어진다. 또 다른 구현예에서, 대상에게의, 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 벡터의 투여는, 피하 경로를 통해 이루어진다. 추가 구현예에서, 본 개시내용의 약학적 조성물은 대상에게 전신으로, 비경구로 또는 국소적으로(예를 들어, 협측, 직장내 및/또는 질내 경로를 포함하는 점막으로) 투여된다.
특정 구현예에서, 본 개시내용은 HIV 감염을 치료하는 방법으로서, 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 벡터의 치료적 유효량을 이를 필요로 하는 인간 대상에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다. 일부 구현예에서, 본 개시내용은 HIV 감염을 예방하는 방법으로서, 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 벡터의 치료적 유효량을 이를 필요로 하는 인간 대상에게 투여하는 단계를 포함하는 방법을 제공한다.
다양한 구현예에서, 상기 방법은 단일 융합 폴리펩타이드, 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 바이러스 발현 벡터를 투여하는 단계를 포함하며, 여기서 상기 융합 폴리펩타이드는 둘 이상의 다가 폴리펩타이드 분절, 예를 들어 2가 폴리펩타이드 분절을 포함한다. 일부 구현예에서, 2종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 2종 이상의 바이러스 발현 벡터는, 대상에게 동시에 또는 함께 투여된다. 일부 구현예에서, 2종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 2종 이상의 폴리뉴클레오타이드 또는 2종 이상의 바이러스 발현 벡터는, 2가 항원 조성물의 형태이다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 대상에게 하기 (1) 및 (2)를 투여하는 단계를 포함한다: (1) N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함하거나 이로 이루어지는 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 바이러스 발현 벡터: 서열번호 70, 76, 94, 151 및 161; 또는 서열번호 71, 77, 95, 152 및 162; 및 (2) N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함하거나 이로 이루어지는 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 바이러스 발현 벡터: 서열번호 188, 305, 28, 41, 294, 4, 176, 11, 319, 259, 282, 223, 213 및 37; 서열번호 188, 305, 28, 41 및 294; 서열번호 4, 176, 11, 319, 259, 282, 223, 213 및 37; 서열번호 189, 306, 29, 42, 295, 5, 177, 12, 320, 260, 283, 224, 214 및 38; 서열번호 189, 306, 29, 42 및 295; 서열번호 5, 177, 12, 320, 260, 283, 224, 214 및 38; 서열번호 305, 319, 259, 282, 223, 213, 294, 176 및 188; 서열번호 306, 320, 260, 283, 224, 214, 295, 177 및 189; 서열번호 305, 294, 223, 213, 176, 259, 319, 188 및 282; 서열번호 306, 295, 224, 214, 177, 260, 320, 189 및 283; 서열번호 305, 294, 319, 259, 282, 223, 176 및 188; 서열번호 306, 295, 320, 260, 283, 224, 177 및 189; 서열번호 305, 223, 294, 176, 259, 319, 188 및 282; 또는 서열번호 306, 224, 295, 177, 260, 320, 189 및 283.
일부 구현예에서, 상기 방법은 대상에게 하기 (1) 및 (2)를 투여하는 단계를 포함한다: (1) 서열번호 351 내지 356 및 430 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 351 내지 356 및 430 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 바이러스 발현 벡터; 및 (2) 서열번호 357 내지 366 및 407 내지 410 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 357 내지 366 및 407 내지 410 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어지는 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 바이러스 발현 벡터.
일부 구현예에서, 상기 방법은 대상에게 1종 이상의 바이러스 벡터를 투여하는 단계를 포함하며, 여기서 각각의 바이러스 벡터는 하기 아미노산 서열과 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 동일하거나 100% 동일한 2종 이상의 융합 단백질을 인코딩하는 2종 이상의 폴리뉴클레오타이드를 포함한다: 서열번호 345 및 346; 서열번호 347 및 348; 서열번호 349 및 350; 서열번호 351 및 352; 서열번호 430 및 352; 서열번호 357 및 358; 서열번호 360 및 362; 서열번호 359 및 361; 서열번호 351 및 357; 서열번호 351 및 358; 서열번호 351 및 359; 서열번호 351 및 360; 서열번호 351 및 361; 서열번호 351 및 362; 서열번호 351 및 407; 서열번호 351 및 408; 서열번호 351 및 409; 서열번호 351 및 410; 서열번호 352 및 357; 서열번호 352 및 358; 서열번호 352 및 359; 서열번호 352 및 360; 서열번호 352 및 361; 서열번호 352 및 362; 서열번호 352 및 407; 서열번호 352 및 408; 서열번호 352 및 409; 서열번호 352 및 410; 서열번호 430 및 357; 서열번호 430 및 358; 서열번호 430 및 359; 서열번호 430 및 360; 서열번호 430 및 361; 서열번호 430 및 362; 서열번호 407 및 409; 서열번호 407 및 408; 서열번호 408 및 410; 또는 서열번호 409 및 410.
일부 구현예에서, 상기 방법은 대상에게 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 바이러스 발현 벡터를 투여하는 단계를 포함하며, 상기 융합 폴리펩타이드는 N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함하거나 이로 이루어진다: 서열번호 201, 78, 107, 96, 229, 172, 327, 6, 333, 243, 331, 192, 265, 311, 137, 15, 123, 30, 336, 302, 153, 219, 298, 121, 230, 240, 60, 241, 276, 113, 99, 21, 217 및 215; 서열번호 78, 296, 1, 339, 197, 329, 232, 323, 303, 234, 90, 261, 274, 238, 211, 325, 137, 227, 209, 190, 341, 57, 225, 27, 210, 119, 19, 165, 334, 117, 153, 10, 97 및 300; 또는 서열번호 296, 1, 78, 197, 339, 227, 261, 274, 238, 325, 137, 329, 303, 234, 90, 232, 27, 57, 225, 323, 190, 341, 119, 19, 165, 334, 117, 153, 10, 97 및 300.
일부 구현예에서, 상기 방법은 대상에게 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 상기 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 바이러스 발현 벡터를 투여하는 단계를 포함하며, 상기 융합 폴리펩타이드는 서열번호 367 내지 377, 411, 422 내지 424 및 431 내지 435 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 367 내지 377, 411, 422 내지 424 및 431 내지 435 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어진다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 바이러스 발현 벡터를 투여하는 단계를 포함한다. 다양한 구현예에서, 상기 방법은 투여 당, 약 103 내지 약 1012의 바이러스포커스형성단위(FFU) 또는 플라크형성단위(PFU) 또는 감염유발단위(IU) 또는 바이러스 입자(vp), 예를 들어 약 104 내지 약 107의 바이러스 FFU 또는 PFU 또는 IU 또는 vp, 예를 들어 약 103 내지 약 104, 105, 106, 107, 108, 109, 1010, 1011, 1012, 1013, 1014 또는 1015의 바이러스 FFU 또는 PFU 또는 IU 또는 vp를 투여하는 단계를 포함한다.
다양한 구현예에서, 상기 방법은 프라임-부스트 요법을 구현한다. 다양한 구현예에서, 프라임-부스트 요법은 첫 번째 시점에서 프라이밍 조성물을 투여하고 한 차례 이상의 후속 시점에서 1종 이상의 부스팅 조성물을 투여하는 것을 포함한다(예를 들어, 프라임-부스트-부스트-부스트 등). 다양한 구현예에서, 프라임-부스트 요법은 첫 번째 시점에서 프라이밍 조성물을 투여하고 두 번째 시점에서 부스팅 조성물을 투여하는 것을 한 차례 이상 반복하는 것을 포함한다(예를 들어, 프라임-부스트-프라임-부스트 등). 첫 번째 시점에서 프라이밍 조성물을 투여하고 두 번째 시점에서 부스팅 조성물을 투여하는 것을 한 차례 이상 반복하는 단계(예를 들어, 프라임-부스트-프라임-부스트 등)를 포함하는 프라임-부스트 요법의 구현은, 주로 융합 폴리펩타이드에 초점이 맞추어지거나 이에 대해 훈련된 면역반응을 촉진시킬 수 있고, 벡터 백본 및/또는 벡터 특이적 단백질에 초점이 맞추어지거나 이에 대해 훈련된 면역반응의 유도를 감소시키거나 회피할 수 있다. 일부 구현예에서, 프라이밍 조성물과 1종 이상의 부스팅 조성물의 투여는 적어도 1주, 2주, 3주 또는 1개월 간격, 예를 들어 적어도 2개월, 3개월, 4개월, 5개월 또는 6개월 간격으로 분리되어 있다. 일부 구현예에서, 프라이밍 조성물과 부스팅 조성물은 동일한 면역원성 조성물을 포함한다. 일부 구현예에서, 프라이밍 조성물과 부스팅 조성물은 상이한 면역원성 조성물을 포함한다. 일부 구현예에서, 프라이밍 조성물과 부스팅 조성물은 동일한 1종 이상의 융합 폴리펩타이드와 동일한 폴리뉴클레오타이드 또는 바이러스 발현 벡터를 포함한다. 일부 구현예에서, 프라이밍 조성물과 부스팅 조성물은 상이한 융합 폴리펩타이드와 동일한 폴리뉴클레오타이드 또는 바이러스 발현 벡터를 포함한다. 일부 구현예에서, 프라이밍 조성물과 부스팅 조성물은 동일한 융합 폴리펩타이드와 상이한 폴리뉴클레오타이드 또는 바이러스 발현 벡터를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 제1 폴리뉴클레오타이드 또는 바이러스 발현 벡터를 이용하여 프라이밍하고, 제2 폴리뉴클레오타이드 또는 바이러스 발현 벡터를 이용하여 부스팅하는 것을 포함한다.
다양한 구현예에서, 프라임-부스트 요법은 하기를 포함한다:
a) 바이러스 발현 벡터를 이용하여 프라이밍하고, 폴리뉴클레오타이드를 이용하여 부스팅함(여기서, 상기 폴리뉴클레오타이드는 DNA, cDNA, mRNA 또는 자가 복제 RNA임);
b) 폴리뉴클레오타이드를 이용하여 프라이밍하고(여기서, 상기 폴리뉴클레오타이드는 DNA, cDNA, mRNA 또는 자가 복제 RNA임), 바이러스 발현 벡터를 이용하여 부스팅함;
c) 제1 바이러스 발현 벡터를 이용하여 프라이밍하고, 제2 바이러스 발현 벡터를 이용하여 부스팅함(여기서, 제1 및 제2 바이러스 발현 벡터는 동일하거나, 관련이 있거나 또는 관련이 없는 분류학적 패밀리임);
d) 제1 복제 불충분 바이러스 발현 벡터를 이용하여 프라이밍하고, 제2 복제 불충분 바이러스 발현 벡터를 이용하여 부스팅함(여기서, 제1 및 제2 복제 불충분 바이러스 발현 벡터는 동일하거나, 관련이 있거나 또는 관련이 없는 분류학적 패밀리임);
e) 제1 약화된 불충분 바이러스 발현 벡터를 이용하여 프라이밍하고, 제2 복제 약화된 바이러스 발현 벡터를 이용하여 부스팅함(여기서, 제1 및 제2 복제 약화된 바이러스 발현 벡터는 동일하거나, 관련이 있거나 또는 관련이 없는 분류학적 패밀리임);
f) 복제 불충분 바이러스 발현 벡터를 이용하여 프라이밍하고, 복제 약화된 바이러스 발현 벡터를 이용하여 부스팅함;
g) 복제 약화된 바이러스 발현 벡터를 이용하여 프라이밍하고, 복제 불충분 바이러스 발현 벡터를 이용하여 부스팅함;
h) 림프구성맥락수막염 맘마레나바이러스(LCMV) 바이러스 발현 벡터를 이용하여 프라이밍하고, 피킨데 맘마레나바이러스 바이러스 발현 벡터를 이용하여 부스팅함;
i) 피킨데 맘마레나바이러스 바이러스 발현 벡터를 이용하여 프라이밍하고, 림프구성맥락수막염 맘마레나바이러스(LCMV) 바이러스 발현 벡터를 이용하여 부스팅함;
j) 아레나바이러스 바이러스 발현 벡터를 이용하여 프라이밍하고, 아데노바이러스 바이러스 발현 벡터를 이용하여 부스팅함; 또는
k) 아데노바이러스 바이러스 발현 벡터를 이용하여 프라이밍하고, 아레나바이러스 바이러스 발현 벡터를 이용하여 부스팅함.
일부 구현예에서, 선택적으로 본원에 기재된 1종 이상의 추가 치료제와 함께, 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 벡터의 1회 이상의 투여 후, 대상은 항레트로바이러스 치료(ART)의 부재 하에서 적어도 6개월, 적어도 1년, 적어도 2년, 적어도 3년 또는 그 이상 동안 HIV 또는 AIDS의 증상을 나타내지 않는다. 일부 구현예에서, 결합 분자의 1회 이상의 투여 후, 대상의 바이러스 부하(혈액 1 ml 당 카피 수)는 항레트로바이러스 치료(ART)의 부재 하에서 적어도 6개월, 적어도 1년, 적어도 2년, 적어도 3년 또는 그 이상 동안 500 미만, 예를 들어 400 미만, 300 미만, 200 미만, 100 미만, 50 미만이다.
7. 병용요법
특정 구현예에서, HIV 감염 상태이거나 HIV에 감염될 위험이 있는 인간에서 HIV 감염을 치료 또는 예방하는 방법으로서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터의 치료적 유효량을, 1종 이상(예를 들어, 1종, 2종, 3종, 1종 또는 2종, 또는 1종 내지 3종)의 추가 치료제의 치료적 유효량과 조합으로, 인간에게 투여하는 단계를 포함하는 방법이 제공된다. 하나의 구현예에서, HIV 감염 상태이거나 HIV에 감염될 위험이 있는 인간에서 HIV 감염을 치료하는 방법으로서, 본원에 개시된 화합물 또는 이의 약학적으로 허용 가능한 염의 치료적 유효량을, 1종 이상(예를 들어, 1종, 2종, 3종, 1종 또는 2종, 또는 1종 내지 3종)의 추가 치료제의 치료적 유효량과 조합으로, 인간에게 투여하는 단계를 포함하는 방법이 제공된다.
다양한 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 1종 이상(예를 들어, 1종, 2종, 3종, 1종 또는 2종, 또는 1종 내지 3종)의 추가 치료제와 병용투여된다.
특정 구현예에서, HIV 감염을 치료하는 방법으로서, 본원에 개시된 화합물 또는 이의 약학적으로 허용 가능한 염의 치료적 유효량을, HIV 감염을 치료하는 데 적합한 1종 이상(예를 들어, 1종, 2종, 3종, 1종 또는 2종, 또는 1종 내지 3종)의 추가 치료제의 치료적 유효량과 조합으로, 이를 필요로 하는 환자에게 투여하는 단계를 포함하는 방법이 제공된다.
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 1종, 2종, 3종, 4종 또는 그 이상의 추가 치료제, 및 약학적으로 허용 가능한 담체와 공동제형화된다. 특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 2종 이상의 추가 치료제와 조합된다. 적절한 경우, 1종, 2종, 3종, 4종 또는 그 이상의 추가 치료제는 동일한 부류의 치료제에서 선택되는 상이한 치료제이고/이거나 상이한 부류의 치료제에서 선택될 수 있다.
HIV 병용요법의 투여
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 1종 이상의 추가 치료제와 병용투여된다. 본원에 개시된 화합물과 1종 이상의 추가 치료제의 병용투여는 일반적으로, 본원에 개시된 화합물과 1종 이상의 추가 치료제의 치료적 유효량이 모두 환자의 신체에 존재하도록, 본원에 개시된 화합물과 1종 이상의 추가 치료제를 동시에 또는 공동으로, 또는 순차적으로 투여하는 것을 나타낸다. 순차적으로 투여되는 경우, 조합은 2회 이상의 투여로 투여될 수 있다.
병용투여는 1종 이상의 추가 치료제의 단위 투여량을 투여하기 전 또는 후에 본원에 개시된 화합물의 단위 투여량을 투여하는 것을 포함한다. 예를 들어, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 1종 이상의 추가 치료제의 투여 몇 초, 몇 분 또는 몇 시간 이내에 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터의 단위 용량이 먼저 투여되고, 이어서 몇 초 또는 몇 분 이내에 1종 이상의 추가 치료제의 단위 용량이 투여된다. 대안적으로, 1종 이상의 추가 치료제의 단위 용량이 먼저 투여되고, 이어서 몇 초 또는 몇 분 이내에 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터의 단위 용량이 투여된다. 다른 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터의 단위 용량이 먼저 투여되고, 몇 시간(예를 들어, 1시간 내지 12시간) 후, 1종 이상의 추가 치료제의 단위 용량이 투여된다. 또 다른 구현예에서, 1종 이상의 추가 치료제의 단위 용량이 먼저 투여되고, 몇 시간(예를 들어, 1시간 내지 12시간) 후, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터의 단위 용량이 투여된다.
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 환자에게의 동시 또는 공동 투여를 위한 단위 투여형으로, 예를 들어 정맥내, 근육내, 피내 또는 피하 투여용 수성 제형으로, 1종 이상의 추가 치료제와 조합된다. 특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 환자에게의 동시 또는 공동 투여를 위한 단위 투여형으로, 예를 들어 직장내 좌제로, 1종 이상의 추가 치료제와 조합된다.
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, HIV를 치료하는 데 유용한 1종 이상의 기타 화합물과 공동제형화되거나 병용투여될 수 있다. 특정 구현예에서, 공동제형화 또는 병용투여는 HIV의 치료를 위한 또 다른 활성제, 예컨대 항-HIV 항체, 톨유사 수용체(TLR) 아고니스트, 면역 체크포인트 저해제, HIV 프로테아제 저해제, 역전사효소의 HIV 비(非)뉴클레오시드 또는 비(非)뉴클레오타이드 저해제, 역전사효소의 HIV 뉴클레오시드 또는 뉴클레오타이드 저해제, HIV 인테그라아제 저해제, HIV 비촉매부위(또는 알로스테릭) 인테그라아제 저해제, 약동학적 인핸서, 및 이들의 조합을 포함할 수 있다.
특정 구현예에서, 1종 이상의 활성제는, 적절한 경우, 매일 투여, 매주 투여, 매월 투여, 3개월 마다 투여, 4개월 마다 투여, 6개월 마다 투여 또는 매년 투여에 적합하다.
일부 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터와, 1종 이상의 추가 치료제는 항-HIV 작용제일 수 있다. 일부 예에서, 추가 치료제는 HIV 프로테아제 저해제, 역전사효소의 HIV 비뉴클레오시드 또는 비뉴클레오타이드 저해제, 역전사효소의 HIV 뉴클레오시드 또는 뉴클레오타이드 저해제, HIV 인테그라아제 저해제, HIV 비촉매부위(또는 알로스테릭) 인테그라아제 저해제, HIV 유입 저해제, HIV 성숙 저해제, HIV 캡시드 저해제, HIV Tat 또는 Rev 저해제, 면역조절제, 면역요법제, 항체-약물 접합체, 유전자 변형제, 유전자 편집제(예컨대, CRISPR/Cas9, 아연 핑거 뉴클레아제, 귀소 뉴클레아제, 합성 뉴클레아제, TALEN), 세포 요법(예컨대, 키메라 항원 수용체 T세포, CAR-T 및 조작된 T세포 수용체, TCR-T, 자가 T세포 요법, 조작된 B세포), 잠복 역전제, 면역 기반 요법, 포스파티딜이노시톨 3-키나아제(PI3K) 저해제, HIV 항체, 이중특이적 항체 및 "항체 유사" 치료용 단백질, HIV p17 매트릭스 단백질 저해제, IL-13 안타고니스트, 펩티딜-프롤릴 시스-트랜스 이소머라아제 A 조절제, 단백질 다이설파이드 이소머라아제 저해제, 보체 C5a 수용체 안타고니스트, DNA 메틸트랜스퍼라아제 저해제, HIV vif 유전자 조절제, Vif 이량체화 안타고니스트, HIV-1 바이러스 감염 인자 저해제, HIV-1 Nef 조절제, Hck 티로신 키나아제 조절제, 혼합 계통 키나아제-3(MLK-3) 저해제, HIV-1 스플라이싱 저해제, 인테그린 안타고니스트, 뉴클레오단백질 저해제, 스플라이싱 인자 조절제, COMM 도메인 함유 단백질 1 조절제, HIV 리보뉴클레아제 H 저해제, 레트로시클린 조절제, CDK-9 저해제, 수지상 ICAM-3 포획 비(非)인테그린 1 저해제, HIV GAG 단백질 저해제, HIV POL 단백질 저해제, 보체 인자 H 조절제, 유비퀴틴 리가아제 저해제, 데옥시시티딘 키나아제 저해제, 시클린 의존성 키나아제 저해제, 전구단백질 전환효소 PC9 자극제, ATP 의존성 RNA 헬리카아제 DDX3X 저해제, 역전사효소 프라이밍 복합체 저해제, G6PD 및 NADH-옥시다아제 저해제, 약동학적 인핸서, HIV 유전자 요법, HIV 백신, 및 이들의 조합일 수 있다.
일부 구현예에서, 추가 치료제는 HIV용 조합 약물, HIV 치료용 기타 약물, HIV 프로테아제 저해제, HIV 역전사효소 저해제, HIV 인테그라아제 저해제, HIV 비촉매부위(또는 알로스테릭) 인테그라아제 저해제, HIV 유입(융합) 저해제, HIV 성숙 저해제, 잠복 역전제, 캡시드 저해제, 면역 기반 요법, PI3K 저해제, HIV 항체 및 이중특이적 항체, 및 "항체 유사" 치료용 단백질, 및 이들의 조합으로 이루어지는 군에서 선택된다.
조합 약물(combination drug)
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, HIV 조합 약물과 조합되거나 병용투여된다. 본 개시내용의 작용제와 함께 이용될 수 있는 조합 약물에는 하기가 포함된다: ATRIPLA®(에파비렌즈(efavirenz), 테노포비르 디소프록실 푸마레이트(tenofovir disoproxil fumarate) 및 엠트리시타빈(emtricitabine)); COMPLERA®(EVIPLERA®; 릴피비린(rilpivirine), 테노포비르 디소프록실 푸마레이트 및 엠트리시타빈); STRIBILD®(엘비테그라비르(elvitegravir), 코비시스타트(cobicistat), 테노포비르 디소프록실 푸마레이트 및 엠트리시타빈); TRUVADA®(테노포비르 디소프록실 푸마레이트 및 엠트리시타빈; TDF+FTC); DESCOVY®(테노포비르 알라페나미드(tenofovir alafenamide) 및 엠트리시타빈); ODEFSEY®(테노포비르 알라페나미드, 엠트리시타빈 및 릴피비린); GENVOYA®(테노포비르 알라페나미드, 엠트리시타빈, 코비시스타트 및 엘비테그라비르); 다루나비르(darunavir), 테노포비르 알라페나미드 헤미푸마레이트, 엠트리시타빈 및 코비시스타트; 에파비렌즈, 라미부딘(lamivudine) 및 테노포비르 디소프록실 푸마레이트; 라미부딘 및 테노포비르 디소프록실 푸마레이트; 테노포비르 및 라미부딘; 테노포비르 알라페나미드 및 엠트리시타빈; 테노포비르 알라페나미드 헤미푸마레이트 및 엠트리시타빈; 테노포비르 알라페나미드 헤미푸마레이트, 엠트리시타빈 및 릴피비린; 테노포비르 알라페나미드 헤미푸마레이트, 엠트리시타빈, 코비시스타트 및 엘비테그라비르; COMBIVIR®(지도부딘(zidovudine) 및 라미부딘; AZT+3TC); EPZICOM®(LIVEXA®; 아바카비르 설페이트 및 라미부딘; ABC+3TC); KALETRA®(ALUVIA®; 로피나비르 및 리토나비르); TRIUMEQ®(돌루테그라비르(dolutegravir), 아바카비르 및 라미부딘); BIKTARVY(빅테그라비르(bictegravir) + 엠트리시타빈 + 테노포비르 알라페나미드), DOVATO, TRIZIVIR®(아바카비르 설페이트, 지도부딘 및 라미부딘; ABC+AZT+3TC); 아타자나비르(atazanavir) 및 코비시스타트; 아타자나비르 설페이트 및 코비시스타트; 아타자나비르 설페이트 및 리토나비르; 다루나비르 및 코비시스타트; 돌루테그라비르 및 릴피비린; 돌루테그라비르 및 릴피비린 히드로클로라이드; 돌루테그라비르, 아바카비르 설페이트 및 라미부딘; 라미부딘, 네비라핀(nevirapine) 및 지도부딘; 랄테그라비르(raltegravir) 및 라미부딘; 도라비린(doravirine), 라미부딘 및 테노포비르 디소프록실 푸마레이트; 도라비린, 라미부딘 및 테노포비르 디소프록실; 돌루테그라비르 + 라미부딘, 라미부딘 + 아바카비르 + 지도부딘, 라미부딘 + 아바카비르, 라미부딘 + 테노포비르 디소프록실 푸마레이트, 라미부딘 + 지도부딘 + 네비라핀, 로피나비르 + 리토나비르, 로피나비르 + 리토나비르 + 아바카비르 + 라미부딘, 로피나비르 + 리토나비르 + 지도부딘 + 라미부딘, 테노포비르 + 라미부딘, 및 테노포비르 디소프록실 푸마레이트 + 엠트리시타빈 + 릴피비린 히드로클로라이드, 로피나비르, 리토나비르, 지도부딘 및 라미부딘; 카보테그라비르(cabotegravir) + 릴피비린; 엘피다(elpida)(엘설파비린(elsulfavirine); VM-1500; VM-1500A).
본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터와 조합될 수 있는 HIV 치료용 기타 약물의 예에는, 아세만난(acemannan), 알리스포리비르(alisporivir), BanLec, 데페리프론(deferiprone), 가미뮨(Gamimune), 메텐케팔린(metenkefalin), 날트렉손(naltrexone), 프로라스틴(Prolastin), REP 9, RPI-MN, VSSP, H1viral, SB-728-T, 1,5-디카페오일퀴닌산, rHIV7-shl-TAR-CCR5RZ, AAV-eCD4-Ig 유전자 요법, MazF 유전자 요법, BlockAide, ABX-464, AG-1105, APH-0812, BIT-225, CYT-107, HGTV-43, HPH-116, HS-10234, IMO-3100, IND-02, MK-1376, MK-2048, MK-4250, MK-8507, MK-8591, NOV-205, PA-1050040 (PA-040), PGN-007, SCY-635, SB-9200, SCB-719, TR-452, TEV-90110, TEV-90112, TEV-90111, TEV-90113, RN-18, Immuglo 및 VIR-576이 포함된다.
HIV 프로테아제 저해제
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, HIV 프로테아제 저해제와 조합되거나 병용투여된다. 본 개시내용의 작용제와 조합될 수 있는 HIV 프로테아제 저해제의 예에는, 암프레나비르(amprenavir), 아타자나비르, 브레카나비르(brecanavir), 다루나비르, 포스암프레나비르, 포스암프레나비르 칼슘, 인디나비르(indinavir), 인디나비르 설페이트, 로피나비르, 넬피나비르, 넬피나비르 메실레이트, 리토나비르, 사퀴나비르, 사퀴나비르 메실레이트, 티프라나비르(tipranavir), DG-17, TMB-657 (PPL-100), T-169, BL-008, MK-8122, TMB-607 및 TMC-310911이 포함된다.
HIV 역전사효소 저해제
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 비뉴클레오시드 또는 비뉴클레오타이드 저해제와 조합되거나 병용투여된다. 본 개시내용의 작용제와 조합될 수 있는 역전사효소의 HIV 비뉴클레오시드 또는 비뉴클레오타이드 저해제의 예에는, 다피비린(dapivirine), 델라비르딘(delavirdine), 델라비르딘 메실레이트, 도라비린, 에파비렌즈, 에트라비린(etravirine), 렌티난(lentinan), 네비라핀, 릴피비린, ACC-007, AIC-292, KM-023, PC-1005 및 엘설파비린(VM-1500)이 포함된다.
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, HIV 뉴클레오시드 또는 뉴클레오타이드 저해제와 조합되거나 병용투여된다. 본 개시내용의 작용제와 조합될 수 있는 역전사효소의 HIV 뉴클레오시드 또는 뉴클레오타이드 저해제의 예에는, 아데포비르(adefovir), 아데포비르 디피복실(adefovir dipivoxil), 아즈부딘(azvudine), 엠트리시타빈, 테노포비르, 테노포비르 알라페나미드, 테노포비르 알라페나미드 푸마레이트, 테노포비르 알라페나미드 헤미푸마레이트, 테노포비르 디소프록실, 테노포비르 디소프록실 푸마레이트, 테노포비르 디소프록실 헤미푸마레이트, VIDEX® 및 VIDEX EC®(디다노신(didanosine), ddl), 아바카비르, 아바카비르 설페이트, 알로부딘(alovudine), 아프리시타빈(apricitabine), 센사부딘(censavudine), 디다노신, 엘부시타빈(elvucitabine), 페스티나비르(festinavir), 포살부딘 티독실(fosalvudine tidoxil), CMX-157, 다피비린, 도라비린, 에트라비린, OCR-5753, 테노포비르 디소프록실 오로테이트, 포지부딘 티독실(fozivudine tidoxil), 라미부딘, 포스파지드(phosphazid), 스타부딘, 잘시타빈(zalcitabine), 지도부딘, 로바포비르 에탈라페나미드(rovafovir etalafenamide)(GS-9131), GS-9148, MK-8504, MK-8591, MK-858, VM-2500 및 KP-1461이 포함된다.
HIV 인테그라아제 저해제
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, HIV 인테그라아제 저해제와 조합되거나 병용투여된다. 본 개시내용의 작용제와 조합될 수 있는 HIV 인테그라아제 저해제의 예에는, 엘비테그라비르, 커큐민, 커큐민 유도체, 키코르산, 키코르산 유도체, 3,5-디카페오일퀴닌산, 3,5-디카페오일퀴닌산 유도체, 아우린트리카르복실산, 아우린트리카르복실산 유도체, 카페인산 페네틸 에스테르, 카페인산 페네틸 에스테르 유도체, 티르포스틴, 티르포스틴 유도체, 퀘르세틴, 퀘르세틴 유도체, 랄테그라비르, 돌루테그라비르, JTK-351, 빅테그라비르, AVX-15567, 카보테그라비르(지속 작용성 주사제), 디케토 퀴놀린-4-1 유도체, 인테그라아제-LEDGF 저해제, ledgin, M-522, M-532, NSC-310217, NSC-371056, NSC-48240, NSC-642710, NSC-699171, NSC-699172, NSC-699173, NSC-699174, 스틸벤다이설폰산, T 169, VM-3500 및 카보테그라비르가 포함된다.
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, HIV 비촉매부위 또는 알로스테릭, 인테그라아제 저해제(NCINI)와 조합되거나 병용투여된다. 본 개시내용의 작용제와 조합될 수 있는 HIV 비촉매부위 또는 알로스테릭, 인테그라아제 저해제(NCINI)의 예에는, CX-05045, CX-05168 및 CX-14442가 포함된다.
HIV 유입 저해제
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, HIV 유입 저해제와 조합되거나 병용투여된다. 본 개시내용의 작용제와 조합될 수 있는 HIV 유입(융합) 저해제의 예에는, 세니크리비록(cenicriviroc), CCR5 저해제, gp41 저해제, CD4 부착 저해제, gp120 저해제 및 CXCR4 저해제가 포함된다.
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, CCR5 저해제와 조합되거나 병용투여된다. 본 개시내용의 작용제와 조합될 수 있는 CCR5 저해제의 예에는, 아플라비록(aplaviroc), 비크리비록(vicriviroc), 마라비록(maraviroc), 세니크리비록, 레론리맙(leronlimab)(PRO-140), 아답타비르(adaptavir)(RAP-101), 니페비록(nifeviroc)(TD-0232), 항-GP120/CD4 또는 CCR5 이중특이적 항체, B-07, MB-66, 폴리펩타이드 C25P, TD-0680 및 vMIP(Haimipu)가 포함된다.
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, gp41 저해제와 조합되거나 병용투여된다. 본 개시내용의 작용제와 조합될 수 있는 gp41 저해제의 예에는, 알부비르티드(albuvirtide), 엔푸비르티드(enfuvirtide), BMS-986197, 엔푸비르티드 바이오베터(biobetter), 엔푸비르티드 바이오시밀러(biosimilar), HIV-1 융합 저해제 (P26-Bapc), ITV-1, ITV-2, ITV-3, ITV-4, PIE-12 삼량체 및 시푸비르티드(sifuvirtide)가 포함된다.
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, CD4 부착 저해제와 조합되거나 병용투여된다. 본 개시내용의 작용제와 조합될 수 있는 CD4 부착 저해제의 예에는, 이발리주맙(ibalizumab) 및 CADA 유사체가 포함된다.
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, gp120 저해제와 조합되거나 병용투여된다. 본 개시내용의 작용제와 조합될 수 있는 gp120 저해제의 예에는, Radha-108(레셉톨(receptol)) 3B3-PE38, BanLec, 벤토나이트 기반 나노약물, 포스템사비르 트로메타민, IQP-0831 및 BMS-663068이 포함된다.
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, CXCR4 저해제와 조합되거나 병용투여된다. 본 개시내용의 작용제와 조합될 수 있는 CXCR4 저해제의 예에는, 플레릭사포르(plerixafor), ALT-1188, N15 펩타이드 및 vMIP(Haimipu)가 포함된다.
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, HIV 성숙 저해제와 조합되거나 병용투여된다. 본 개시내용의 작용제와 조합될 수 있는 HIV 성숙 저해제의 예에는, BMS-955176, GSK-3640254 및 GSK-2838232가 포함된다.
잠복 역전제
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 잠복 역전제(LRA)와 조합되거나 병용투여된다. 본 개시내용의 작용제와 조합될 수 있는 잠복 역전제의 예에는, 톨유사 수용체(TLR) 아고니스트(TLR7 아고니스트, 예를 들어 GS-9620 포함), 히스톤 데아세틸라아제(HDAC) 저해제, 프로테아좀 저해제(예컨대, 벨케이드(velcade)), 단백질 키나아제 C(PKC) 활성화제, Smyd2 저해제, BET-브로모도메인 4(BRD4) 저해제, 이오노마이신, IAP 안타고니스트(세포자멸사 단백질 저해제, 예컨대 APG-1387, LBW-242), 제2 미토콘드리아 유래 카스파아제 활성화제(SMAC; NCBI Gene ID: 56616) 모방체(시아파비르(ciapavir), BI-891065, TL32711, LCL161, GDC-0917, HGS1029, AT-406 포함), PMA, SAHA(수베르아닐로히드록삼산, 또는 수베로일, 아닐리드 및 히드록삼산), NIZ-985, IL-15 조절 항체(IL-15, IL-15 융합 단백질 및 IL-15 수용체 아고니스트 포함), JQ1, 디설피람(disulfiram), 암포테리신 B, 및 유비퀴틴 저해제(예컨대, 라가졸(largazole) 유사체, APH-0812 및 GSK-343)가 포함된다. PKC 활성화제의 예에는, 인돌락탐, 프로스트라틴(prostratin), 인게놀(ingenol) B 및 DAG-락톤이 포함된다.
히스톤 데아세틸라아제(HDAC) 저해제
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 히스톤 데아세틸라아제, 예를 들어 히스톤 데아세틸라아제 9(HDAC9, HD7, HD7b, HD9, HDAC, HDAC7, HDAC7B, HDAC9B, HDAC9FL, HDRP, MITR; Gene ID: 9734)의 저해제와 조합되거나 병용투여된다. HDAC 저해제의 예에는, 비제한적으로, 아벡시노스타트(abexinostat), ACY-241, AR-42, BEBT-908, 벨리노스타트(belinostat), CKD-581, CS-055(HBI-8000), CUDC-907(피메피노스타트(fimepinostat)), 엔티노스타트(entinostat), 기비노스타트(givinostat), 모세티노스타트(mocetinostat), 파노비노스타트(panobinostat), 프라시노스타트(pracinostat), 퀴시노스타트(quisinostat)(JNJ-26481585), 레스미노스타트(resminostat), 리콜리노스타트(ricolinostat), 로미뎁신(romidepsin), SHP-141, 발프로산(VAL-001), 보리노스타트(vorinostat), 티노스타무스틴(tinostamustine), 레메티노스타트(remetinostat), 엔티노스타트가 포함된다.
캡시드 저해제
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 캡시드 저해제와 조합되거나 병용투여된다. 본 개시내용의 작용제와 조합될 수 있는 캡시드 저해제의 예에는, 캡시드 중합 저해제 또는 캡시드 파괴 화합물, HIV 뉴클레오캡시드 p7(NCp7) 저해제(예컨대, 아조디카르본아미드), HIV p24 캡시드 단백질 저해제, GS-6207(레나카파비르(lenacapavir)), GS-CA1, AVI-621, AVI-101, AVI-201, AVI-301 및 AVI-CAN1-15 시리즈, 및 특허(GSK WO2019/087016)에 기재된 화합물이 포함된다.
면역 체크포인트 조절제
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 저해성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체의 1종 이상의 차단제, 안타고니스트 또는 저해제, 및/또는 1종 이상 자극성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체의 1종 이상 자극제, 활성화제 또는 아고니스트와 조합되거나 병용투여된다. 저해성 면역 체크포인트의 차단 또는 저해는 T세포 또는 NK세포 활성화를 긍정적으로 조절하고, 감염된 세포의 면역 탈출을 방지할 수 있다. 자극성 면역 체크포인트의 활성화 또는 자극은 감염 치료체에서 면역 체크포인트 저해제의 효과를 증가시킬 수 있다. 다양한 구현예에서, 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체는 T세포 반응을 조절한다(예를 들어, 문헌[Xu, et al., J Exp Clin Cancer Res. (2018) 37:110] 검토). 다양한 구현예에서, 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체는 NK세포 반응을 조절한다(예를 들어, 문헌[Davis, et al., Semin Immunol. (2017) 31:64-75] 및 문헌[Chiossone, et al., Nat Rev Immunol. (2018) 18(11):671-688] 검토).
면역 체크포인트 단백질 또는 수용체의 예에는, 비제한적으로, 하기가 포함된다: CD27(NCBI Gene ID: 939), CD70(NCBI Gene ID: 970), CD40(NCBI Gene ID: 958), CD40LG(NCBI Gene ID: 959), CD47(NCBI Gene ID: 961), CD48(SLAMF2; NCBI Gene ID: 962), 막관통 및 면역글로불린 도메인 함유 단백질 2(TMIGD2, CD28H; NCBI Gene ID: 126259), CD84(LY9B, SLAMF5; NCBI Gene ID: 8832), CD96(NCBI Gene ID: 10225), CD160(NCBI Gene ID: 11126), MS4A1(CD20; NCBI Gene ID: 931), CD244(SLAMF4; NCBI Gene ID: 51744); CD276(B7H3; NCBI Gene ID: 80381); V-세트 도메인 함유 T세포 활성화 저해제 1(VTCN1, B7H4; NCBI Gene ID: 79679); V-세트 면역조절 수용체(VSIR, B7H5, VISTA; NCBI Gene ID: 64115); 면역글로불린 슈퍼패밀리 멤버 11(IGSF11, VSIG3; NCBI Gene ID: 152404); 자연살해세포 세포독성 수용체 3 리간드 1(NCR3LG1, B7H6; NCBI Gene ID: 374383); HERV-H LTR 관련 단백질 2(HHLA2, B7H7; NCBI Gene ID: 11148); 유도성 T세포 공동자극제(ICOS, CD278; NCBI Gene ID: 29851); 유도성 T세포 공동자극제 리간드(ICOSLG, B7H2; NCBI Gene ID: 23308); TNF 수용체 슈퍼패밀리 멤버 4(TNFRSF4, OX40; NCBI Gene ID: 7293); TNF 슈퍼패밀리 멤버 4(TNFSF4, OX40L; NCBI Gene ID: 7292); TNFRSF8(CD30; NCBI Gene ID: 943), TNFSF8(CD30L; NCBI Gene ID: 944); TNFRSF10A(CD261, DR4, TRAILR1; NCBI Gene ID: 8797), TNFRSF9(CD137; NCBI Gene ID: 3604), TNFSF9(CD137L; NCBI Gene ID: 8744); TNFRSF10B(CD262, DR5, TRAILR2; NCBI Gene ID: 8795), TNFRSF10(TRAIL; NCBI Gene ID: 8743); TNFRSF14(HVEM, CD270; NCBI Gene ID: 8764), TNFSF14(HVEML; NCBI Gene ID: 8740); CD272(B림프구 및 T림프구 관련 단백질(BTLA); NCBI Gene ID: 151888); TNFRSF17(BCMA, CD269; NCBI Gene ID: 608), TNFSF13B(BAFF; NCBI Gene ID: 10673); TNFRSF18(GITR; NCBI Gene ID: 8784), TNFSF18(GITRL; NCBI Gene ID: 8995); MHC 클래스 I 폴리펩타이드 관련 서열 A(MICA; NCBI Gene ID: 100507436); MHC 클래스 I 폴리펩타이드 관련 서열 B(MICB; NCBI Gene ID: 4277); CD274(CD274, PDL1, PD-L1; NCBI Gene ID: 29126); 세포예정사 1(PDCD1, PD1, PD-1; CD279; NCBI Gene ID: 5133); 세포독성 T림프구 관련 단백질 4(CTLA4, CD152; NCBI Gene ID: 1493); CD80(B7-1; NCBI Gene ID: 941), CD28(NCBI Gene ID: 940); 넥틴 세포부착분자 2(NECTIN2, CD112; NCBI Gene ID: 5819); CD226(DNAM-1; NCBI Gene ID: 10666); 폴리오바이러스 수용체(PVR) 세포부착분자(PVR, CD155; NCBI Gene ID: 5817); PVR 관련 면역글로불린 도메인 함유 단백질(PVRIG, CD112R; NCBI Gene ID: 79037); Ig 및 ITIM 도메인을 갖는 T세포 면역수용체(TIGIT; NCBI Gene ID: 201633); T세포 면역글로불린 및 뮤신 도메인 함유 단백질 4(TIMD4; TIM4; NCBI Gene ID: 91937); A형간염바이러스 세포 수용체 2(HAVCR2, TIMD3, TIM3; NCBI Gene ID: 84868); 갈렉틴 9(LGALS9; NCBI Gene ID: 3965); 림프구 활성화 유전자 3 단백질(LAG3, CD223; NCBI Gene ID: 3902); 신호전달 림프구 활성화 분자 패밀리 멤버 1(SLAMF1, SLAM, CD150; NCBI Gene ID: 6504); 림프구 항원 9(LY9, CD229, SLAMF3; NCBI Gene ID: 4063); SLAM 패밀리 멤버 6(SLAMF6, CD352; NCBI Gene ID: 114836); SLAM 패밀리 멤버 7(SLAMF7, CD319; NCBI Gene ID: 57823); UL16 결합 단백질 1(ULBP1; NCBI Gene ID: 80329); UL16 결합 단백질 2(ULBP2; NCBI Gene ID: 80328); UL16 결합 단백질 3(ULBP3; NCBI Gene ID: 79465); 레티노산 초기 전사체 1E(RAET1E; ULBP4; NCBI Gene ID: 135250); 레티노산 초기 전사체 1G(RAET1G; ULBP5; NCBI Gene ID: 353091); 레티노산 초기 전사체 1L(RAET1L; ULBP6; NCBI Gene ID: 154064); 살해세포 렉틴 유사 수용체 C1(KLRC1, NKG2A, CD159A; NCBI Gene ID: 3821); 살해세포 렉틴 유사 수용체 K1(KLRK1, NKG2D, CD314; NCBI Gene ID: 22914); 살해세포 렉틴 유사 수용체 C2(KLRC2, CD159c, NKG2C; NCBI Gene ID: 3822); 살해세포 렉틴 유사 수용체 C3(KLRC3, NKG2E; NCBI Gene ID: 3823); 살해세포 렉틴 유사 수용체 C4(KLRC4, NKG2F; NCBI Gene ID: 8302); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR2DL1; NCBI Gene ID: 3802); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 2(KIR2DL2; NCBI Gene ID: 3803); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 3(KIR2DL3; NCBI Gene ID: 3804); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 3개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR3DL1, KIR, CD158E1; NCBI Gene ID: 3811)(예를 들어, 리릴루맙(lirilumab)(IPH2102/BMS-986015), IPH-4102); 및 살해세포 렉틴 유사 수용체 D1(KLRD1; NCBI Gene ID: 3824).
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 1종 이상의 T세포 저해성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체의 1종 이상의 차단제, 안타고니스트 또는 저해제와 조합되거나 병용투여된다. 예시적인 T세포 저해성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체에는, 비제한적으로, 하기가 포함된다: CD274(CD274, PDL1, PD-L1); 세포예정사 1 리간드 2(PDCD1LG2, PD-L2, CD273); 세포예정사 1(PDCD1, PD1, PD-1); 세포독성 T림프구 관련 단백질 4(CTLA4, CD152); CD276(B7H3); V-세트 도메인 함유 T세포 활성화 저해제 1(VTCN1, B7H4); V-세트 면역조절 수용체(VSIR, B7H5, VISTA); 면역글로불린 슈퍼패밀리 멤버 11(IGSF11, VSIG3); TNFRSF14(HVEM, CD270), TNFSF14(HVEML); CD272(B림프구 및 T림프구 관련 단백질(BTLA)); PVR 관련 면역글로불린 도메인 함유 단백질(PVRIG, CD112R); Ig 및 ITIM 도메인을 갖는 T세포 면역수용체(TIGIT); 림프구 활성화 유전자 3 단백질(LAG3, CD223); A형간염바이러스 세포 수용체 2(HAVCR2, TIMD3, TIM3); 갈렉틴 9(LGALS9); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 3개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR, CD158E1); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR2DL1); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 2(KIR2DL2); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 3(KIR2DL3); 및 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 3개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR3DL1). 리릴루맙은 KIR2DL1/2L3 수용체에 결합하여 이를 차단하는 예시적인 항체이다. 다양한 구현예에서, 본원에 기재된 바와 같은 융합 폴리펩타이드, 폴리뉴클레오타이드, 벡터, LNP, 면역원성 조성물 및/또는 약학적 조성물은, 1종 이상의 T세포 자극성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체의 1종 이상의 아고니스트 또는 활성화제와 조합된다. 예시적인 T세포 자극성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체에는, 비제한적으로, 하기가 포함된다: CD27, CD70; CD40, CD40LG; 유도성 T세포 공동자극제(ICOS, CD278); 유도성 T세포 공동자극제 리간드(ICOSLG, B7H2); TNF 수용체 슈퍼패밀리 멤버 4(TNFRSF4, OX40); TNF 슈퍼패밀리 멤버 4(TNFSF4, OX40L); TNFRSF9(CD137), TNFSF9(CD137L); TNFRSF18(GITR), TNFSF18(GITRL); CD80(B7-1), CD28; 넥틴 세포부착분자 2(NECTIN2, CD112); CD226(DNAM-1); CD244(2B4, SLAMF4), 폴리오바이러스 수용체(PVR) 세포부착분자(PVR, CD155). 예를 들어, 문헌[Xu, et al., J Exp Clin Cancer Res. (2018) 37:110] 참조.
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 1종 이상의 NK세포 저해성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체의 1종 이상의 차단제, 안타고니스트 또는 저해제와 조합되거나 병용투여된다. 예시적인 NK세포 저해성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체에는, 비제한적으로, 하기가 포함된다: 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 3개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR, CD158E1); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR2DL1); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 2(KIR2DL2); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 3(KIR2DL3); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 3개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR3DL1); 살해세포 렉틴 유사 수용체 C1(KLRC1, NKG2A, CD159A), 예를 들어 모날리주맙(monalizumab)(IPH2201); 및 살해세포 렉틴 유사 수용체 D1(KLRD1, CD94). 다양한 구현예에서, 본원에 기재된 바와 같은 작용제는, 1종 이상의 NK세포 자극성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체의 1종 이상의 아고니스트 또는 활성화제와 조합된다. 예시적인 NK세포 자극성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체에는, 비제한적으로, 하기가 포함된다: CD16, CD226(DNAM-1); CD244(2B4, SLAMF4); 살해세포 렉틴 유사 수용체 K1(KLRK1, NKG2D, CD314); SLAM 패밀리 멤버 7(SLAMF7). 예를 들어, 문헌[Davis, et al., Semin Immunol. (2017) 31:64-75]; 문헌[Fang, et al., Semin Immunol. (2017) 31:37-54]; 및 문헌[Chiossone, et al., Nat Rev Immunol. (2018) 18(11):671-688] 참조.
일부 구현예에서, 1종 이상의 면역 체크포인트 저해제는 PD-L1(CD274), PD-1(PDCD1) 또는 CTLA4의 단백질성(예를 들어, 항체 또는 이의 단편, 또는 항체 모방체) 저해제를 포함한다. 일부 구현예에서, 1종 이상의 면역 체크포인트 저해제는 PD-L1(CD274), PD-1(PDCD1) 또는 CTLA4의 유기 소분자 저해제를 포함한다. 일부 구현예에서, CD274 또는 PDCD1의 소분자 저해제는 GS-4224, GS-4416, INCB086550 및 MAX10181로 이루어지는 군에서 선택된다. 일부 구현예에서, CTLA4의 소분자 저해제는 BPI-002를 포함한다.
병용투여될 수 있는 CTLA4 저해제의 예에는, 비제한적으로, 이필리무맙, 트레멜리무맙, BMS-986218, AGEN1181, AGEN1884(잘리프렐리맙), BMS-986249, MK-1308, REGN-4659, ADU-1604, CS-1002, BCD-145, APL-509, JS-007, BA-3071, ONC-392, AGEN-2041, JHL-1155, KN-044, CG-0161, ATOR-1144, PBI-5D3H5, BPI-002뿐 아니라, 다중특이적 저해제 FPT-155(CTLA4/PD-L1/CD28), PF-06936308(PD-1/CTLA4), MGD-019(PD-1/CTLA4), KN-046(PD-1/CTLA4), MEDI-5752(CTLA4/PD-1), XmAb-20717(PD-1/CTLA4) 및 AK-104(CTLA4/PD-1)가 포함된다.
병용투여될 수 있는 PD-L1(CD274) 또는 PD-1(PDCD1) 저해제의 예에는, 비제한적으로, 펨브롤리주맙, 니볼루맙, 세미플리맙, 피딜리주맙, AB122(짐베렐리맙), AMP-224, MEDI0680(AMP-514), 스파르탈리주맙, 아테졸리주맙, 아벨루맙, 두르발루맙, BMS-936559, CK-301, PF-06801591, BGB-A317(티스렐리주맙), GLS-010(WBP-3055), AK-103(HX-008), AK-105, CS-1003, HLX-10, MGA-012, BI-754091, AGEN-2034(발스틸리맙), JS-001(토리팔리맙), JNJ-63723283, 제놀림주맙(CBT-501), LZM-009, BCD-100, LY-3300054, SHR-1201, SHR-1210(캄렐리주맙), Sym-021, ABBV-181, PD1-PIK, BAT-1306, (MSB0010718C), CX-072, CBT-502, TSR-042(도스탈리맙), MSB-2311, JTX-4014, BGB-A333, SHR-1316, CS-1001(WBP-3155), KN-035, IBI-308(신틸리맙), HLX-20, KL-A167, STI-A1014, STI-A1015(IMC-001), BCD-135, FAZ-053, TQB-2450, MDX1105-01, GS-4224, GS-4416, INCB086550, MAX10181뿐 아니라, 다중특이적 저해제 FPT-155(CTLA4/PD-L1/CD28), PF-06936308(PD-1/CTLA4), MGD-013(PD-1/LAG-3), FS-118(LAG-3/PD-L1), MGD-019(PD-1/CTLA4), KN-046(PD-1/CTLA4), MEDI-5752(CTLA4/PD-1), RO-7121661(PD-1/TIM-3), XmAb-20717(PD-1/CTLA4), AK-104(CTLA4/PD-1), M7824(PD-L1/TGFβ-EC 도메인), CA-170(PD-L1/VISTA), CDX-527(CD27/PD-L1), LY-3415244(TIM3/PDL1) 및 INBRX-105(4-1BB/PDL1)가 포함된다.
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 항-TIGIT 항체, 예컨대 에티길리맙(etigilimab), BMS-986207, 티라골루맙(tiragolumab)(소위, MTIG-7192A; RG-6058; RO 7092284), AGEN1307, AGEN1327, AGEN1777, COM-902, IBI-939, AB154, MG1131 및 EOS884448(EOS-448)과 조합되거나 병용투여된다.
TNF 수용체 슈퍼패밀리(TNFRSF) 멤버 아고니스트 또는 활성화제
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 1종 이상의 TNF 수용체 슈퍼패밀리(TNFRSF) 멤버의 1종 이상의 아고니스트, 예를 들어 하기 중 1종 이상의 아고니스트와 조합되거나 병용투여된다: TNFRSF1A(NCBI Gene ID: 7132), TNFRSF1B(NCBI Gene ID: 7133), TNFRSF4(OX40, CD134; NCBI Gene ID: 7293), TNFRSF5(CD40; NCBI Gene ID: 958), TNFRSF6(FAS, NCBI Gene ID: 355), TNFRSF7(CD27, NCBI Gene ID: 939), TNFRSF8(CD30, NCBI Gene ID: 943), TNFRSF9(4-1BB, CD137, NCBI Gene ID: 3604), TNFRSF10A(CD261, DR4, TRAILR1, NCBI Gene ID: 8797), TNFRSF10B(CD262, DR5, TRAILR2, NCBI Gene ID: 8795), TNFRSF10C(CD263, TRAILR3, NCBI Gene ID: 8794), TNFRSF10D(CD264, TRAILR4, NCBI Gene ID: 8793), TNFRSF11A(CD265, RANK, NCBI Gene ID: 8792), TNFRSF11B(NCBI Gene ID: 4982), TNFRSF12A(CD266, NCBI Gene ID: 51330), TNFRSF13B(CD267, NCBI Gene ID: 23495), TNFRSF13C(CD268, NCBI Gene ID: 115650), TNFRSF16(NGFR, CD271, NCBI Gene ID: 4804), TNFRSF17(BCMA, CD269, NCBI Gene ID: 608), TNFRSF18(GITR, CD357, NCBI Gene ID: 8784), TNFRSF19(NCBI Gene ID: 55504), TNFRSF21(CD358, DR6, NCBI Gene ID: 27242) 및 TNFRSF25(DR3, NCBI Gene ID: 8718).
병용투여될 수 있는 항-TNFRSF4(OX40) 항체의 예에는, 비제한적으로, MEDI6469, MEDI6383, MEDI0562(타볼릭시주맙(tavolixizumab)), MOXR0916, PF-04518600, RG-7888, GSK-3174998, INCAGN1949, BMS-986178, GBR-8383, ABBV-368, 및 WO2016179517, WO2017096179, WO2017096182, WO2017096281 및 WO2018089628에 기재된 것들이 포함된다.
병용투여될 수 있는 항-TNFRSF5(CD40) 항체의 예에는, 비제한적으로, RG7876, SEA-CD40, APX-005M 및 ABBV-428이 포함된다.
일부 구현예에서, 항-TNFRSF7(CD27) 항체 발리루맙(varlilumab)(CDX-1127)이 병용투여된다.
병용투여될 수 있는 항-TNFRSF9(4-1BB, CD137) 항체의 예에는, 비제한적으로, 우렐루맙(urelumab), 우토밀루맙(utomilumab)(PF-05082566), AGEN2373 및 ADG-106이 포함된다.
병용투여될 수 있는 항-TNFRSF18(GITR) 항체의 예에는, 비제한적으로, MEDI1873, FPA-154, INCAGN-1876, TRX-518, BMS-986156, MK-1248, GWN-323, 및 WO2017096179, WO2017096276, WO2017096189 및 WO2018089628에 기재된 것들이 포함된다. 일부 구현예에서, TNFRSF4(OX40)와 TNFRSF18(GITR)을 공동으로 표적화하는 항체, 또는 이의 단편이 병용투여된다. 이러한 항체는, 예를 들어 WO2017096179 및 WO2018089628에 기재되어 있다.
이중특이적 및 삼중특이적 자연 살해(NK) 세포 인게이저(engager)
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, NK세포 활성화 수용체, 예를 들어 CD16A, C형 렉틴 수용체(CD94/NKG2C, NKG2D, NKG2E/H 및 NKG2F), 천연 세포독성 수용체(NKp30, NKp44 및 NKp46), 살해세포 C형 렉틴 유사 수용체 (NKp65, NKp80), Fc 수용체 FcγR(이는 항체 의존성 세포 세포독성을 매개함), SLAM 패밀리 수용체(예를 들어, 2B4, SLAM6 및 SLAM7), 살해세포 면역글로불린 유사 수용체(KIR)(KIR-2DS 및 KIR-3DS), DNAM-1 및 CD137(41BB)에 대한 이중특이적 NK세포 인게이저(BiKE) 또는 삼중특이적 NK세포 인게이저(TriKE)(예를 들어, Fc를 갖지 않음) 또는 이중특이적 항체(예를 들어, Fc를 가짐)와 조합되거나 병용투여된다.적절한 경우, 항-CD16 결합 이중특이적 분자는 Fc를 갖거나 갖지 않을 수 있다. 병용투여될 수 있는 예시적인 이중특이적 NK세포 인게이저는 CD16과 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 HIV 관련 항원을 표적으로 한다. BiKE 및 TriKE는, 예를 들어 문헌[Felices, et al., Methods Mol Biol. (2016) 1441:333-346]; 문헌[Fang, et al., Semin Immunol. (2017) 31:37-54]에 기재되어 있다. 삼중특이적 NK세포 인게이저(TRiKE)의 예에는, OXS-3550 및 CD16-IL-15-B7H3 TriKe가 포함된다.
인돌아민-피롤-2,3-디옥시게나아제(IDO1) 저해제
다양한 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 인돌아민 2,3-디옥시게나아제 1(IDO1; NCBI Gene ID: 3620)의 저해제와 조합된다. IDO1 저해제의 예에는, 비제한적으로, BLV-0801, 에파카도스타트(epacadostat), F-001287, GBV-1012, GBV-1028, GDC-0919, 인독시모드(indoximod), NKTR-218, NLG-919 기반 백신, PF-06840003, 피라노나프토퀴논 유도체(SN-35837), 레스미노스타트, SBLK-200802, BMS-986205 및 shIDO-ST, EOS-200271, KHK-2455, LY-3381916이 포함된다.
톨유사 수용체(TLR) 아고니스트
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 톨유사 수용체(TLR)의 아고니스트, 예를 들어 TLR1(NCBI Gene ID: 7096), TLR2(NCBI Gene ID: 7097), TLR3(NCBI Gene ID: 7098), TLR4(NCBI Gene ID: 7099), TLR5(NCBI Gene ID: 7100), TLR6(NCBI Gene ID: 10333), TLR7(NCBI Gene ID: 51284), TLR8(NCBI Gene ID: 51311), TLR9(NCBI Gene ID: 54106) 및/또는 TLR10(NCBI Gene ID: 81793)의 아고니스트와 조합되거나 병용투여된다. 병용투여될 수 있는 TLR7 아고니스트의 예에는, 비제한적으로, AL-034, DSP-0509, GS-9620(베사톨리모드), LHC-165, TMX-101(이미퀴모드), GSK-2245035, 레시퀴모드, DSR-6434, DSP-3025, IMO-4200, MCT-465, MEDI-9197, 3M-051, SB-9922, 3M-052, Limtop, TMX-30X, TMX-202, RG-7863, RG-7854, RG-7795, 및 US20100143301(Gilead Sciences), US20110098248(Gilead Sciences), US20090047249(Gilead Sciences), US20140045849(Janssen), US20140073642(Janssen), WO2014/056953(Janssen), WO2014/076221(Janssen), WO2014/128189(Janssen), US20140350031(Janssen), WO2014/023813(Janssen), US20080234251(Array Biopharma), US20080306050(Array Biopharma), US20100029585(Ventirx Pharma), US20110092485(Ventirx Pharma), US20110118235(Ventirx Pharma), US20120082658(Ventirx Pharma), US20120219615(Ventirx Pharma), US20140066432(Ventirx Pharma), US20140088085(Ventirx Pharma), US20140275167(Novira Therapeutics) 및 US20130251673(Novira Therapeutics)에 개시된 화합물이 포함된다. 병용투여될 수 있는 예시적인 이중 TLR7/TLR8 아고니스트에는, CV8102, NKTR-262, 텔라톨리모드 및 BDB-001이 포함된다. 병용투여될 수 있는 TLR8 아고니스트의 예에는, 비제한적으로, E-6887, IMO-4200, IMO-8400, IMO-9200, MCT-465, MEDI-9197, 모톨리모드, 레시퀴모드, GS-9688, VTX-1463, VTX-763, 3M-051, 3M-052, 및 US20140045849(Janssen), US20140073642(Janssen), WO2014/056953(Janssen), WO2014/076221(Janssen), WO2014/128189(Janssen), US20140350031(Janssen), WO2014/023813(Janssen), US20080234251(Array Biopharma), US20080306050(Array Biopharma), US20100029585(Ventirx Pharma), US20110092485(Ventirx Pharma), US20110118235(Ventirx Pharma), US20120082658(Ventirx Pharma), US20120219615(Ventirx Pharma), US20140066432(Ventirx Pharma), US20140088085(Ventirx Pharma), US20140275167(Novira Therapeutics) 및 US20130251673(Novira Therapeutics)에 개시된 화합물이 포함된다. 병용투여될 수 있는 TLR9 아고니스트의 예에는, 비제한적으로, AST-008, 코비톨리모드, CMP-001, IMO-2055, IMO-2125, 리테니모드, MGN-1601, BB-001, BB-006, IMO-3100, IMO-8400, IR-103, IMO-9200, 아가톨리모드, DIMS-9054, DV-1079, DV-1179, AZD-1419, 레피톨리모드(MGN-1703), CYT-003, CYT-003-QbG10, 틸소톨리모드 및 PUL-042가 포함된다. TLR3 아고니스트의 예에는, 린타톨리모드(rintatolimod), 폴리-ICLC, RIBOXXON®, Apoxxim, RIBOXXIM®, IPH-33, MCT-465, MCT-475 및 ND-1.1이 포함된다. TLR4 아고니스트의 예에는, G-100 및 GSK-1795091이 포함된다. 일부 구현예에서, TLR 아고니스트는 병원체 활성화 분자 패턴(PAMP), 시토신-포스페이트-구아노신(CpG) 올리고데옥시뉴클레오타이드 및 면역자극 RNA(isRNA, 예를 들어 CV8102)에서 선택되는 비코딩 면역자극 폴리뉴클레오타이드이다.
STING 아고니스트, RIG-I 및 NOD2 조절제
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 인터페론 유전자 자극제(STING) 수용체(소위, 인터페론 반응 cGAMP 상호작용제 자극제 1(STING1); 막관통 단백질 173(TMEM173); NCBI Gene ID: 340061) 아고니스트와 조합되거나 병용투여된다. 일부 구현예에서, STING 수용체 아고니스트 또는 활성화제는 ADU-S100(MIW-815), SB-11285, MK-1454, SR-8291, AdVCA0848, GSK-532, SYN-STING, MSA-1, SR-8291, 5,6-디메틸잔테논-4-아세트산(DMXAA), 고리형 GAMP(cGAMP) 및 고리형 디-AMP로 이루어지는 군에서 선택된다.
일부 구현예에서, 추가 치료제는 DExD/H-박스 헬리카아제 58(DDX58; 소위, RIG-I, RIG1, RIGI, RLR-1, SGMRT2; NCBI Gene ID: 23586)의 아고니스트이다. 예시적인 RIG-I 아고니스트에는, 문헌[Hemann, et al., J Immunol May 1, 2016, 196(1 Supplement) 76.1]에 기재된, 이나리기비르 소프록실(inarigivir soproxil)(SB-9200; GS-9992); SB-40, SB-44, CV8102, ORI-7246, ORI-9350, ORI-7537, ORI-9020, ORI-9198, ORI-7170, RGT-100 및 KIN1148이 포함된다. 추가의 RIG-I 아고니스트는, 예를 들어 문헌[Elion, et al., Cancer Res. (2018) 78(21):6183-6195]; 및 문헌[Liu, et al., J Virol. (2016) 90(20):9406-19]에 기재되어 있다. RIG-I 아고니스트는, 예를 들어 Invivogen(invivogen.com)에서 상업적으로 입수 가능하다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 작용제는 뉴클레오타이드 결합 올리고머화 도메인 함유 단백질 2(NOD2; NCBI Gene ID: 64127) 아고니스트, 예컨대 이나리기비르 소프록실(SB-9200; GS-9992) 및 IR-103과 조합된다.
LAG-3 및 TIM-3 저해제
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 항-TIM-3(A형간염바이러스 세포 수용체 2; HAVCR2; CD366, HAVcr-2, KIM-3, SPTCL, TIM3, TIMD-3, TIMD3, Tim-3; NCBI Gene ID: 84868) 항체, 예컨대 TSR-022, LY-3321367, MBG-453, INCAGN-2390과 조합되거나 병용투여된다.
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 항-LAG-3(림프구 활성화 유전자 3 단백질; LAG3; CD223; NCBI Gene ID: 3902) 항체, 예컨대 렐라틀리맙(relatlimab)(ONO-4482), LAG-525, MK-4280, REGN-3767, INCAGN2385와 조합되거나 병용투여된다.
인터류킨 또는 사이토카인 수용체 아고니스트
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 사이토카인(예를 들어, 인터류킨) 수용체 아고니스트, 예컨대 IL-2, IL-7, IL-15, IL-10, IL-12, IL-18, IL-21, IFN-α, IFN-γ, GM-CSF, fms 관련 수용체 티로신 키나아제 3(FLT3) 수용체 아고니스트, 및 이들의 조합과 조합되거나 병용투여된다. 병용투여될 수 있는 IL-2 수용체 아고니스트의 예에는, 프로류킨(알데스류킨, IL-2); peg화된 IL-2(예를 들어, NKTR-214); IL-2의 변형된 변이체(예를 들어, THOR-707), 벰페그알데스류킨(bempegaldesleukin), AIC-284, ALKS-4230, CUI-101, Neo-2/15가 포함된다. 병용투여될 수 있는 IL-15 수용체 아고니스트의 예에는, ALT-803(노가펜데킨 알파(nogapendekin alfa)), NKTR-255 및 hetIL-15, 인터류킨-15/Fc 융합 단백질, AM-0015, NIZ-985, SO-C101, IL-15 Synthorin(peg화된 Il-15), P-22339, 및 IL-15 -PD-1 융합 단백질 N-809가 포함된다. 병용투여될 수 있는 IL-7 수용체 아고니스트의 예에는, CYT-107이 포함된다.
본 개시내용의 작용제와 조합될 수 있는 추가의 면역 기반 치료제의 예에는, 하기가 포함된다: 인터페론 알파; 인터페론 알파-2b; 인터페론 알파-n3; peg화된 인터페론 알파; 인터페론 감마; fms 관련 티로신 키나아제 3(FLT3) 아고니스트(예를 들어, GS-3583, CDX-301); 게폰(gepon); 노름페론(normferon), peg인터페론 알파-2a, peg인터페론 알파-2b, RPI-MN.
포스파티딜이노시톨 3-키나아제 (PI3K) 저해제
일부 구현예에서, 본원에 기재된 바와 같은 면역원성 폴리펩타이드, 이러한 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드, 이러한 폴리펩타이드 또는 폴리뉴클레오타이드를 포함하는 벡터, LNP 및 면역원성 조성물은, 하기의 저해제와 조합되거나 병용투여된다: 포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나아제 촉매 서브유닛, 예를 들어 포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나아제 촉매 서브유닛 알파(PIK3CA, CLAPO, CLOVE, CWS5, MCAP, MCM, MCMTC, PI3K, PI3K-알파, p110-알파; NCBI Gene ID: 5290); 포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나아제 촉매 서브유닛 베타(PIK3CB, P110BETA, PI3K, PI3KBETA, PIK3C1; NCBI Gene ID: 5291); 포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나아제 촉매 서브유닛 감마(PIK3CG, PI3CG, PI3K, PI3K감마, PIK3, p110감마, p120-PI3K; Gene ID: 5494); 및/또는 포스파티딜이노시톨-4,5-비스포스페이트 3-키나아제 촉매 서브유닛 델타(PIK3CD, APDS, IMD14, P110DELTA, PI3K, p110D, NCBI Gene ID: 5293). 일부 구현예에서, PI3K 저해제는 범용 PI3K 저해제이다. PI3K 저해제의 예에는, 비제한적으로, ACP-319, AEZA-129, AMG-319, AS252424, AZD8186, BAY 1082439, BEZ235, 비미랄리십(bimiralisib)(PQR309), 부팔리십(buparlisib)(BKM120), BYL719(알펠리십(alpelisib)), 카르복시아미도트리아졸 오로테이트(CTO), CH5132799, CLR-457, CLR-1401, 코판리십(copanlisib)(BAY 80-6946), DS-7423, 두벨리십(duvelisib)(IPI-145), 피메피노스타트(CUDC-907), 게다톨리십(gedatolisib)(PF-05212384), GDC-0032, GDC-0084(RG7666), GDC-0077, 픽틸리십(pictilisib)(GDC-0941), GDC-0980, GSK2636771, GSK2269577, 이델라리십(idelalisib)(Zydelig®), INCB040093, INCB50465, IPI-443, IPI-549, KAR4141, LY294002, LY3023414, NERLYNX®(네라티닙(neratinib)), 네미랄리십(nemiralisib)(GSK2269557), 오미팔리십(omipalisib)(GSK2126458, GSK458), OXY111A, 파눌리십(panulisib)(P7170, AK151761), PA799, 페리포신(perifosine)(KRX-0401), 필라랄리십(pilaralisib)(SAR245408; XL147), 푸퀴티닙 메실레이트(puquitinib mesylate)(XC-302), SAR260301, 셀레탈리십(seletalisib)(UCB-5857), 세라벨리십(serabelisib)(INK-1117, MLN-1117, TAK-117), SF1126, 소놀리십(sonolisib)(PX-866), RG7604, 리고세르팁 소듐(rigosertib sodium)(ON-01910 소듐), RP5090, 테날리십(tenalisib)(RP6530), RV-1729, SRX3177, 타셀리십(taselisib), TG100115, 움브랄리십(umbralisib)(TGR-1202), TGX221, 복스탈리십(voxtalisib)(SAR245409), VS-5584, WX-037, X-339, X-414, XL499, XL756, 보르트만닌(wortmannin), ZSTK474, 및 WO 2005/113556(ICOS), WO 2013/052699(Gilead Calistoga), WO 2013/116562(Gilead Calistoga), WO 2014/100765(Gilead Calistoga), WO 2014/100767(Gilead Calistoga) 및 WO 2014/201409(Gilead Sciences)에 기재된 화합물이 포함된다.
알파-4/베타-7 안타고니스트
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 알파-4/베타-7 안타고니스트와 조합되거나 병용투여된다. 본 개시내용의 작용제와 조합될 수 있는 인테그린 알파-4/베타-7 안타고니스트의 예에는, PTG-100, TRK-170, 아브릴루맙(abrilumab), 에트롤리주맙(etrolizumab), 카로테그라스트 메틸(carotegrast methyl) 및 베돌리주맙(vedolizumab)이 포함된다.
CD47의 저해제
다양한 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, CD47(IAP, MER6, OA3; NCBI Gene ID: 961; UniProt Q08722)의 저해제, 또는 CD47의 SIRPα에의 결합을 방해하는 작용제와 조합되거나 병용투여된다. CD47 저해제의 예에는, 비제한적으로, 항-CD47 mAb(Vx-1004), 항인간 CD47 mAb(CNTO-7108), CC-90002, CC-90002-ST-001, 인간화 항-CD47 항체(Hu5F9-G4; 마그롤리맙(magrolimab)), NI-1701, NI-1801, RCT-1938, ALX-148, TTI-621, RRx-001, DSP-107, VT-1021, TTI-621, TTI-622, IMM-02 및 SGN-CD47M뿐 아니라, 국제 특허출원공개 번호 WO199727873, WO199940940, WO2002092784, WO2005044857, WO2009046541, WO2010070047, WO2011143624, WO2012170250, WO2013109752, WO2013119714, WO2014087248, WO2015191861, WO2016022971, WO2016023040, WO2016024021, WO2016081423, WO2016109415, WO2016141328, WO2016188449, WO2017027422, WO2017049251, WO2017053423, WO2017121771, WO2017194634, WO2017196793, WO2017215585, WO2018075857, WO2018075960, WO2018089508, WO2018095428, WO2018137705, WO2018233575, WO2019027903, WO2019034895, WO2019042119, WO2019042285, WO2019042470, WO2019086573, WO2019108733, WO2019138367, WO2019144895, WO2019157843, WO2019179366, WO2019184912, WO2019185717, WO2019201236, WO2019238012, WO2019241732, WO2020019135, WO2020036977, WO2020043188 및 WO2020009725에 기재된 CD47 표적화제가 포함된다.
조합되거나 병용투여될 수 있는 CD47을 표적으로 하는 이중특이적 항체의 예에는, 비제한적으로, IBI-322(CD47/PD-L1), IMM-0306(CD47/CD20), TJ-L1C4(CD47/PD-L1), HX-009(CD47/PD-1), PMC-122(CD47/PD-L1), PT-217(CD47/DLL3), IMM-26011(CD47/FLT3), IMM-0207(CD47/VEGF), IMM-2902(CD47/HER2), BH29xx(CD47/PD-L1), IMM-03(CD47/CD20), IMM-2502(CD47/PD-L1), HMBD-004B(CD47/BCMA), HMBD-004A(CD47/CD33)가 포함된다. 항-CD47항체의 예, 예컨대 IBI-188, TJC-4, SHR-1603, HLX-24, LQ-001, IMC-002, ZL-1201, IMM-01, B6H12, GenSci-059, TAY-018, PT-240, 1F8-GMCSF, SY-102, KD-015.
HIV 표적화 항체
본 개시내용의 작용제와 조합될 수 있는 HIV 항체, 이중특이적 항체 및 "항체 유사" 치료용 단백질의 예에는, DARTs®, DUOBODIES®, BITES®, XmAbs®, TandAbs®, Fab 유도체, bNAb(광범위 중화 HIV-1 항체), TMB-360, 및 HIV gp120 또는 gp41을 표적으로 하는 것들, 항체 동원 분자 표적화 HIV, 항-CD63 단클론 항체, 항-GB 바이러스 C 항체, 항-GP120/CD4, CCR5 이중특이적 항체, 항-Nef 단일 도메인 항체, 항-Rev 항체, 낙타 유래 항-CD18 항체, 낙타 유래 항-ICAM-1 항체, DCVax-001, gp140 표적화된 항체, gp41 기반 HIV 치료용 항체, 인간 재조합 mAb(PGT-121), 이발리주맙, Immuglo, MB-66이 포함된다.
특정 구현예에서, 병용되는 항체 또는 이의 항원 결합 단편, 또는 항원 결합 분자는, HIV-1을 표적으로 하는 인간 중화 항체(예를 들어, 단클론)이거나 이에서 유도된다. "중화 항체"는 숙주 및/또는 시험관내 표적 세포에서 감염을 개시 및/또는 영속시키는 HIV의 능력을 중화시킬 수 있는 항체이다. 본 개시내용은 중화 단클론 인간 항체로서, HIV로부터의 항원, 예를 들어 gp120 폴리펩타이드를 인식하는 항체를 제공한다. 특정 구현예에서, "중화 항체"는 HIV-1 바이러스, 예를 들어 SF162 및/또는 JR-CSF의 유입을, 중화 지수 >1.5 또는 >2.0로 저해할 수 있다(문헌[Kostrikis LG et al., J. Virol.,70(1): 445-458 (1996)]).
일부 구현예에서, 병용되는 항체 또는 이의 항원 결합 단편, 또는 항원 결합 분자는, HIV-1을 표적으로 하는 인간 광범위 중화 항체(예를 들어, 단클론)이거나 이에서 유도된다. "광범위 중화 항체"는, 중화 검정에서 (다양한 분기군 및 분기군 내 상이한 균주 유래의) 하나 초과의 HIV-1 바이러스 종을 중화시키는 항체를 의미한다. 광범위 중화 항체는 적어도 2종, 3종, 4종, 5종, 6종, 7종, 8종, 9종 또는 그 이상의 상이한 HIV-1 균주(동일하거나 상이한 분기군에 속하는 균주)를 중화시킬 수 있다. 병용요법에서 추가 치료제로서 병용투여될 수 있는 예시적인 광범위 중화 항체(bNAb)는, 예를 들어 8,673,307; 9,493,549; 9,783,594; 및 WO 2012/154312; WO2012/158948; WO 2013/086533; WO 2013/142324; WO2014/063059; WO 2014/089152, WO 2015/048462; WO 2015/103549; WO 2015/117008; WO2016/014484; WO 2016/154003; WO 2016/196975; WO 2016/149710; WO2017/096221; WO 2017/133639; WO 2017/133640에 기재되어 있으며, 상기 문헌들은 모든 목적을 위하여 그 전문이 본원에 참조로서 인용된다. 병용투여될 수 있는 예시적인 bNAb에는, 비제한적으로, 12A12, 12A21, NIH45-46, bANC131, 8ANC134, IB2530, INC9, 8ANC195. 8ANC196, 10-259, 10-303, 10-410, 10- 847, 10-996, 10-1074, 10-1121, 10-1130, 10-1146, 10-1341, 10-1369 및 10-1074GM이 포함된다. 추가의 예에는, 문헌[Sajadi, et al., Cell. (2018) 173(7):1783-1795]; 문헌[Sajadi, et al., J Infect Dis. (2016) 213(1):156-64]; 문헌[Klein et al., Nature, 492(7427): 118-22 (2012)]; 문헌[Horwitz et al., Proc Natl Acad Sci U S A, 110(41): 16538-43 (2013)]; 문헌[Scheid, et al., Science, 333: 1633-1637 (2011)]; 문헌[Scheid, et al., Nature, 458:636-640 (2009)]; 문헌[Eroshkin et al, Nucleic Acids Res., 42 (Database issue):Dl 133-9 (2014)]; 문헌[Mascola et al., Immunol Rev., 254(l):225-44 (2013)]에 기재된 것들, 예컨대 2F5, 4E10, M66.6, CAP206-CH12, 10E81(이들은 모두 gp41의 MPER에 결합함); PG9, PG16, CH01-04(이들은 모두 V1V2-글리칸에 결합함), 2G12(이는 외부 도메인 글리칸에 결합함); b12, HJ16, CH103-106, VRC01-03, VRC-PG04, 04b, VRC-CH30-34, 3BNC62, 3BNC89, 3BNC91, 3BNC95, 3BNC104, 3BNC176 및 8ANC131(이들은 모두 CD4 결합 부위에 결합함)이 포함되며, 상기 문헌들은 모든 목적을 위하여 그 전문이 본원에 참조로서 인용된다.
일부 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 하기로 이루어지는 군에서 선택되는 gp120의 에피토프 또는 영역에 결합하는 광범위 중화 항체(bNAb)와 조합되거나 병용투여된다: (i) 제3 가변 루프(V3) 및/또는 N332 올리고만노오스 글리칸을 포함하는 고함량 만노오스 패치; (ii) 제2 가변 루프(V2) 및/또는 Env 삼량체 꼭지점; (iii) CD4 결합 부위(CD4bs); (iv) gp120/gp41 인터페이스; 또는 (v) gp120의 잠복면. 광범위 중화 항체에 의해 결합되는 전술한 gp120의 에피토프 또는 영역은, 문헌[McCoy, Retrovirology (2018) 15:70]; 문헌[Sok and Burton, Nat Immunol. 2018 19(11):1179-1188]; 문헌[Possas, et al., Expert Opin Ther Pat. 2018 Jul;28(7):551-560]; 및 문헌[Stephenson and Barouch, Curr HIV/AIDS Rep (2016) 13:31-37]에 기재되어 있으며, 상기 문헌들은 모든 목적을 위하여 그 전문이 본원에 참조로서 인용된다.
일부 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 제3 가변 루프(V3) 및/또는 N332 올리고만노오스 글리칸을 포함하는 고함량 만노오스 패치에서 gp120의 에피토프 또는 영역에 결합하고, GS-9722, PGT-121.60, PGT-121.66, PGT-121, PGT-122, PGT-123, PGT-124, PGT-125, PGT-126, PGT-128, PGT-130, PGT-133, PGT-134, PGT-135, PGT-136, PGT-137, PGT-138, PGT-139, 10-1074, VRC24, 2G12, BG18, 354BG8, 354BG18, 354BG42, 354BG33, 354BG129, 354BG188, 354BG411, 354BG426, DH270.1, DH270.6, PGDM12, VRC41.01, PGDM21, PCDN-33A, BF520.1 및 VRC29.03으로 이루어지는 군에서 선택되는 항체의 VH 및 VL 영역과 경쟁하거나 이를 포함하는 광범위 중화 항체(bNAb)와 조합되거나 병용투여된다. 제3 가변 루프(V3) 및/또는 N332 올리고만노오스 글리칸을 포함하는 고함량 만노오스 패치에서 gp120에 결합하고, 제2 항체 또는 이의 항원 결합 단편으로 사용될 수 있는 추가의 광범위 중화 항체는, 예를 들어 WO 2012/030904; WO 2014/063059; WO 2016/149698; WO 2017/106346; WO 2018/075564, WO 2018/125813 및 WO 2018/237148에 기재되어 있으며, 상기 문헌들은 모든 목적을 위하여 그 전문이 본원에 참조로서 인용된다.
일부 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, CD4 결합 부위(CD4bs)에서 gp120의 에피토프 또는 영역에 결합하고, b12, F105, VRC01, VRC07, VRC07-523, VRC03, VRC06, VRC06b01 VRC08, VRC0801, NIH45-46, GS-9723, 3BNC117, 3BNC60, VRC-PG04, PGV04; CH103, 44-VRC13.01, 1NC9, 12A12, N6, N49-P7, NC-Cow1, IOMA, CH235 및 CH235.12, N49P6, N49P7, N49P11, N49P9 및 N60P25로 이루어지는 군에서 선택되는 항체의 CDR 및/또는 VH 및 VL 영역과 경쟁하거나 이를 포함하는 광범위 중화 항체(bNAb)와 조합되거나 병용투여된다.
일부 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 제2 가변 루프(V2) 및/또는 Env 삼량체 꼭지점에서 gp120의 에피토프 또는 영역에 결합하고, PG9, PG16, PGC14, PGG14, PGT-142, PGT-143, PGT-144, PGT-145, CH01, CH59, PGDM1400, CAP256, CAP256-VRC26.08, CAP256-VRC26.09, CAP256-VRC26.25, PCT64-24E 및 VRC38.01로 이루어지는 군에서 선택되는 항체의 VH 및 VL 영역과 경쟁하거나 이를 포함하는 광범위 중화 항체(bNAb)와 조합되거나 병용투여된다. 제2 가변 루프(V2) 및/또는 Env 삼량체 꼭지점에서 gp120에 결합하고, 제2 항체 또는 이의 항원 결합 단편으로 사용될 수 있는 추가의 광범위 중화 항체는, 예를 들어 WO 2010/107939; WO 2012/030904; WO 2018/075564 및 WO 2018/125813에 기재되어 있으며, 상기 문헌들은 모든 목적을 위하여 그 전문이 본원에 참조로서 인용된다.
일부 구현예에서 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, gp120/gp41 인터페이스에서 gp120의 에피토프 또는 영역에 결합하고, PGT-151, CAP248-2B, 35O22, 8ANC195, ACS202, VRC34 및 VRC34.01로 이루어지는 군에서 선택되는 항체의 VH 및 VL 영역과 경쟁하거나 이를 포함하는 광범위 중화 항체(bNAb)와 조합되거나 병용투여된다. gp120/gp41 인터페이스에서 gp120에 결합하고, 제2 항체 또는 이의 항원 결합 단편으로 사용될 수 있는 추가의 광범위 중화 항체는, 예를 들어 WO 2011/038290; WO 2012/030904 및 WO2017/079479에 기재되어 있으며, 상기 문헌들은 모든 목적을 위하여 그 전문이 본원에 참조로서 인용된다.
일부 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, gp120 잠복면의 에피토프 또는 영역에 결합하고, VRC-PG05 및 SF12로 이루어지는 군에서 선택되는 항체의 VH 및 VL 영역과 경쟁하거나 이를 포함하는 광범위 중화 항체(bNAb)와 조합되거나 병용투여된다. 예를 들어, 문헌[Schoofs, et al., "Broad and Potent Neutralizing Antibodies Recognize the Silent Face of the HIV Envelope," Immunity (2019) May 14. pii: S1074-7613(19)30194-3 (PMID 31126879)] 참조.
일부 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 막 근위 영역(MPER)에서 gp41의 에피토프 또는 영역에 결합하는 광범위 중화 항체(bNAb)와 조합되거나 병용투여된다. MPER에서 gp41에 결합하고, 제2 항체 또는 이의 항원 결합 단편으로 사용될 수 있는 추가의 광범위 중화 항체는, 예를 들어 WO 2011/034582; WO 2011/038290; WO 2011/046623 및 WO 2013/070776에 기재되어 있으며, 상기 문헌들은 모든 목적을 위하여 그 전문이 본원에 참조로서 인용된다.
일부 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 막 근위 영역(MPER)에서 gp41의 에피토프 또는 영역에 결합하고, 10E8, 10E8v4, 10E8-5R-100cF, 4E10, DH511.11P, 2F5, 7b2 및 LN01로 이루어지는 군에서 선택되는 항체의 VH 및 VL 영역과 경쟁하거나 이를 포함하는 광범위 중화 항체(bNAb)와 조합되거나 병용투여된다.
일부 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, gp41 융합 펩타이드의 에피토프 또는 영역에 결합하고, VRC34 및 ACS202로 이루어지는 군에서 선택되는 항체의 VH 및 VL 영역과 경쟁하거나 이를 포함하는 광범위 중화 항체(bNAb)와 조합되거나 병용투여된다.
병용투여될 수 있는 추가 항체의 예에는, 바비툭시맙(bavituximab), UB-421, BF520.1, CH01, CH59, C2F5, C4E10, C2F5+C2G12+C4E10, 3BNC117, 3BNC117-LS, 3BNC60, DH270.1, DH270.6, D1D2, 10-1074-LS, GS-9722, DH411-2, BG18, PGT145, PGT121, PGT-121.60, PGT-121.66, PGT122, PGT-123, PGT-124, PGT-125, PGT-126, PGT-151, PGT-130, PGT-133, PGT-134, PGT-135, PGT-128, PGT-136, PGT-137, PGT-138, PGT-139, MDX010(이필리무맙), DH511, DH511-2, N6, N6LS, N49P6, N49P7, N49P7.1, N49P9, N49P11, N60P1.1, N60P25.1, N60P2.1, N60P31.1, N60P22, NIH 45-46, PGC14, PGG14, PGT-142, PGT-143, PGT-144, PGDM1400, PGDM12, PGDM21, PCDN-33A, 2Dm2m, 4Dm2m, 6Dm2m, PGDM1400, MDX010(이필리무맙), VRC01, VRC-01-LS, A32, 7B2, 10E8, VRC-07-523, VRC07-523LS, VRC24, VRC41.01, 10E8VLS, 3810109, 10E8v4, IMC-HIV, iMabm36, eCD4-Ig, IOMA, CAP256-VRC26.25, DRVIA7, VRC-HIVMAB080-00-AB, VRC-HIVMAB060-00-AB, P2G12, VRC07, 354BG8, 354BG18, 354BG42, 354BG33, 354BG129, 354BG188, 354BG411, 354BG426, VRC29.03, CAP256, CAP256-VRC26.08, CAP256-VRC26.09, CAP256-VRC26.25, PCT64-24E 및 VRC38.01, PGT-151, CAP248-2B, 35O22, ACS202, VRC34 및 VRC34.01, 10E8, 10E8v4, 10E8-5R-100cF, 4E10, DH511.11P, 2F5, 7b2 및 LN01이 포함된다.
HIV 이중특이적 및 삼중특이적 항체의 예에는, MGD014, B12BiTe, TMB-이중특이적, SAR-441236, VRC-01/PGDM-1400/10E8v4, 10E8.4/iMab, 10E8v4/PGT121-VRC01이 포함된다.
일부 구현예에서, bNAb는 환자의 생체내에서 발현될 수 있다. 생체내에서 전달되는 bNAb의 예에는, AAV8-VRC07; mRNA 인코딩 항-HIV 항체 VRC01; 및 조작된 B세포 인코딩 3BNC117이 포함된다(문헌[Hartweger et al, J. Exp. Med. 2019, 1301]).
약동학적 인핸서
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 약동학적 인핸서와 조합된다. 본 개시내용의 작용제와 조합될 수 있는 약동학적 인핸서의 예에는, 코비시스타트 및 리토나비르가 포함된다.
추가 치료제
본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터와 조합될 수 있는 추가 치료제의 예에는, WO 2004/096286(Gilead Sciences), WO 2006/015261(Gilead Sciences), WO 2006/110157(Gilead Sciences), WO 2012/003497(Gilead Sciences), WO 2012/003498(Gilead Sciences), WO 2012/145728(Gilead Sciences), WO 2013/006738(Gilead Sciences), WO 2013/159064(Gilead Sciences), WO 2014/100323(Gilead Sciences), US 2013/0165489(University of Pennsylvania), US 2014/0221378(Japan Tobacco), US 2014/0221380(Japan Tobacco), WO 2009/062285 (Boehringer Ingelheim), WO 2010/130034 (Boehringer Ingelheim), WO 2013/006792(Pharma Resources), US 20140221356(Gilead Sciences), US 20100143301(Gilead Sciences) 및 WO 2013/091096(Boehringer Ingelheim)에 개시된 화합물이 포함된다.
HIV 백신
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, HIV 백신과 조합된다. 본 개시내용의 작용제와 조합될 수 있는 HIV 백신의 예에는, 하기가 포함된다: 펩타이드 백신, 재조합 서브유닛 단백질 백신, 생 벡터 백신, DNA 백신, CD4 유래 펩타이드 백신, 백신 조합물, 아데노바이러스 벡터 백신(아데노바이러스 벡터, 예컨대 Ad5, Ad26 또는 Ad35), 유인원 아데노바이러스(침팬지, 고릴라, 레서스, 즉, rhAd), 아데노연관바이러스 벡터 백신, 침팬지 아데노바이러스 백신(예를 들어, ChAdOX1, ChAd68, ChAd3, ChAd63, ChAd83, ChAd155, ChAd157, Pan5, Pan6, Pan7, Pan9), 콕사키바이러스 기반 백신, 장바이러스 기반 백신, 고릴라 아데노바이러스 백신, 렌티바이러스 벡터 기반 백신, 아레나바이러스 백신(예컨대, LCMV, 피킨데), 2분할 또는 3분할 아레나바이러스 기반 백신, 홍역바이러스 기반 백신, 플라비바이러스 벡터 기반 백신, 담배모자이크바이러스 벡터 기반 백신, 대상포진바이러스 기반 백신, 인간 파라인플루엔자바이러스 3(PIV3) 기반 백신, 폭스바이러스 기반 백신(변형된 백시니아바이러스 안카라(MVA), 오르토폭스바이러스 유래 NYVAC 및 조류폭스바이러스 유래 ALVAC(카나리폭스바이러스(canarypox virus)) 균주); 계두바이러스 기반 백신, 랍도바이러스 기반 백신, 예컨대 VSV 및 마라바바이러스; 재조합 인간 CMV(rhCMV) 기반 백신, 알파바이러스 기반 백신, 예컨대 셈리키 삼림 바이러스, 베네수엘라 말 뇌염바이러스 및 신드비스바이러스; (문헌[Lauer, Clinical and Vaccine Immunology, 2017, DOI: 10.1128/CVI.00298-16] 참조); LNP 제형화된 mRNA 기반 치료용 백신; LNP 제형화된 자가 복제 RNA/자가 증폭 RNA 백신.
병용투여될 수 있는 HIV 백신의 예에는, 하기가 포함된다: rgp120(AIDSVAX), ALVAC HIV(vCP1521)/AIDSVAX B/E(gp120)(RV144), 단량체성 gp120 HIV-1 서브타입 C 백신, Remune, ITV-1, Contre Vir, Ad5-ENVA-48, DCVax-001(CDX-2401), Vacc-4x, Vacc-C5, VAC-3S, 다중분기군 DNA 재조합 아데노바이러스-5(rAd5), rAd5 gag-pol env A/B/C 백신, Pennvax-G, Pennvax-GP, Pennvax-G/MVA-CMDR, HIV-TriMix-mRNA 백신, HIV-LAMP-vax, Ad35, Ad35-GRIN, NAcGM3/VSSP ISA-51, 폴리-ICLC 보조 백신, TatImmune, GTU-multiHIV(FIT-06), gp140[델타]V2.TV1+MF-59, rVSVIN HIV-1 gag 백신, SeV-Gag 백신, AT-20, DNK-4, ad35-Grin/ENV, TBC-M4, HIVAX, HIVAX-2, NYVAC-HIV-PT1, NYVAC-HIV-PT4, DNA-HIV-PT123, rAAV1-PG9DP, GOVX-B11, GOVX-B21, TVI-HIV-1, Ad-4(Ad4-env 분기군C+Ad4-mGag), Paxvax, EN41-UGR7C, EN41-FPA2, PreVaxTat, AE-H, MYM-V101, CombiHIVvac, ADVAX, MYM-V201, MVA-CMDR, DNA-Ad5 gag/pol/nef/nev(HVTN505), MVATG-17401, ETV-01, CDX-1401, rcAD26.MOS1.HIV-Env, Ad26.Mod.HIV 백신, Ad26.Mod.HIV + MVA 모자이크 백신 + gp140, AGS-004, AVX-101, AVX-201, PEP-6409, SAV-001, ThV-01, TL-01, TUTI-16, VGX-3300, IHV-001, 및 바이러스 유사 입자 백신(예컨대, 유사비리온 백신), CombiVICHvac, LFn-p24 B/C 융합 백신, GTU 기반 DNA 백신, HIV gag/pol/nef/env DNA 백신, 항-TAT HIV 백신, 접합체 폴리펩타이드 백신, 수지상세포 백신(예컨대, DermaVir), gag 기반 DNA 백신, GI-2010, gp41 HIV-1 백신, HIV 백신(PIKA 아쥬반트), i-key/MHC 클래스 II 에피토프 하이브리드 펩타이드 백신, ITV-2, ITV-3, ITV-4, LIPO-5, 다중분기군 Env 백신, MVA 백신, Pennvax-GP, pp71 결핍 HCMV 벡터 HIV gag 백신, rgp160 HIV 백신, RNActive HIV 백신, SCB-703, Tat Oyi 백신, TBC-M4, UBI HIV gp120, Vacc-4x + 로미뎁신, 변이형 gp120 폴리펩타이드 백신, rAd5 gag-pol env A/B/C 백신, DNA.HTI 및 MVA.HTI, VRC-HIVDNA016-00-VP + VRC-HIVADV014-00-VP, INO-6145, JNJ-9220, gp145 C.6980; eOD-GT8 60mer 기반 백신, PD-201401, env(A, B, C, A/E)/gag(C) DNA 백신, gp120(A,B,C,A/E) 단백질 백신, PDPHV-201401, Ad4-EnvCN54, EnvSeq-1 Envs HIV-1 백신(GLA-SE 보조 백신), HIV p24gag 프라임-부스트 플라스미드 DNA 백신, 아레나바이러스 벡터 기반 백신(예를 들어, WO 2009/083210; WO 2015/183895; WO 2016/075250; WO 2017/198726; 및 미국 특허 제9,943,585호에 기재된 것들), MVA-BN HIV-1 백신 요법, UBI HIV gp120, mRNA 기반 예방용 백신, 및 TBL-1203HI.
산아제한(피임제) 병용요법
특정 구현예에서, 본원에 기재된 작용제는 산아제한 또는 피임제 요법과 조합된다. 본 개시내용의 작용제와 조합될 수 있는 산아제한(피임제) 치료제에는, 시프로테론 아세테이트(cyproterone acetate), 데소게스트렐(desogestrel), 디에노게스트(dienogest), 드로스피레논(drospirenone), 에스트라디올 발레레이트(estradiol valerate), 에티닐 에스트라디올, 에티노디올(ethynodiol), 에토노게스트렐(etonogestrel), 레보메폴레이트(levomefolate), 레보노르게스트렐(levonorgestrel), 리네스트레놀(lynestrenol), 메드록시프로게스테론 아세테이트(medroxyprogesterone acetate), 메스트라놀(mestranol), 미페프리스톤(mifepristone), 미소프로스톨(misoprostol), 노메게스트롤 아세테이트(nomegestrol acetate), 노렐게스트로민(norelgestromin), 노레틴드론(norethindrone), 노레티노드렐(noretynodrel), 노르게스티메이트(norgestimate), 오르멜록시펜(ormeloxifene), 세게스테르손 아세테이트(segestersone acetate), 울리프리스탈 아세테이트(ulipristal acetate), 및 이들의 임의의 조합이 포함된다.
하나의 구현예에서, 본원에 개시된 작용제 또는 이의 약학적으로 허용 가능한 염은, 하기에서 선택되는 1종, 2종, 3종, 4종 또는 그 이상의 추가 치료제와 조합된다: ATRIPLA®(에파비렌즈, 테노포비르 디소프록실 푸마레이트 및 엠트리시타빈); COMPLERA®(EVIPLERA®; 릴피비린, 테노포비르 디소프록실 푸마레이트 및 엠트리시타빈); STRIBILD®(엘비테그라비르, 코비시스타트, 테노포비르 디소프록실 푸마레이트 및 엠트리시타빈); TRUVADA®(테노포비르 디소프록실 푸마레이트 및 엠트리시타빈; TDF +FTC); DESCOVY®(테노포비르 알라페나미드 및 엠트리시타빈); ODEFSEY®(테노포비르 알라페나미드, 엠트리시타빈 및 릴피비린); GENVOYA®(테노포비르 알라페나미드, 엠트리시타빈, 코비시스타트 및 엘비테그라비르); BIKTARVY(빅테그라비르 + 엠트리시타빈 + 테노포비르 알라페나미드), 아데포비르; 아데포비르 디피복실; 코비시스타트; 엠트리시타빈; 테노포비르; 테노포비르 디소프록실; 테노포비르 디소프록실 푸마레이트; 테노포비르 알라페나미드; 테노포비르 알라페나미드 헤미푸마레이트; TRIUMEQ®(돌루테그라비르, 아바카비르 및 라미부딘); 돌루테그라비르, 아바카비르 설페이트 및 라미부딘; 랄테그라비르; 랄테그라비르 및 라미부딘; 마라비록; 엔푸비르티드; ALUVIA®(KALETRA®; 로피나비르 및 리토나비르); COMBIVIR®(지도부딘 및 라미부딘; AZT+3TC); EPZICOM®(LIVEXA®; 아바카비르 설페이트 및 라미부딘; ABC+3TC); TRIZIVIR®(아바카비르 설페이트, 지도부딘 및 라미부딘; ABC+AZT+3TC); 릴피비린; 릴피비린 히드로클로라이드; 아타자나비르 설페이트 및 코비시스타트; 아타자나비르 및 코비시스타트; 다루나비르 및 코비시스타트; 아타자나비르; 아타자나비르 설페이트; 돌루테그라비르; 엘비테그라비르; 리토나비르; 아타자나비르 설페이트 및 리토나비르; 다루나비르; 라미부딘; 프로라스틴; 포스암프레나비르; 포스암프레나비르 칼슘 에파비렌즈; 에트라비린; 넬피나비르; 넬피나비르 메실레이트; 인터페론; 디다노신; 스타부딘; 인디나비르; 인디나비르 설페이트; 테노포비르 및 라미부딘; 지도부딘; 네비라핀; 사퀴나비르; 사퀴나비르 메실레이트; 알데스류킨; 잘시타빈; 티프라나비르; 암프레나비르; 델라비르딘; 델라비르딘 메실레이트; Radha-108(레셉톨); 라미부딘 및 테노포비르 디소프록실 푸마레이트; 에파비렌즈, 라미부딘 및 테노포비르 디소프록실 푸마레이트; 포스파지드; 라미부딘, 네비라핀 및 지도부딘; 아바카비르; 및 아바카비르 설페이트.
일부 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 역전사효소의 HIV 뉴클레오시드 또는 뉴클레오타이드 저해제, 및 역전사효소의 HIV 비뉴클레오시드 저해제와 조합된다. 또 다른 특정 구현예에서, 본원에 개시된 작용제 또는 이의 약학적 조성물은, 역전사효소의 HIV 뉴클레오시드 또는 뉴클레오타이드 저해제, 및 HIV 프로테아제 저해 화합물과 조합된다. 추가의 구현예에서, 본원에 개시된 작용제 또는 이의 약학적 조성물은, 역전사효소의 HIV 뉴클레오시드 또는 뉴클레오타이드 저해제, 역전사효소의 HIV 비뉴클레오시드 저해제 및 약동학적 인핸서와 조합된다. 특정 구현예에서, 본원에 개시된 작용제 또는 이의 약학적 조성물은, 적어도 1종의 역전사효소의 HIV 뉴클레오시드 저해제, 인테그라아제 저해제 및 약동학적 인핸서와 조합된다. 또 다른 구현예에서, 본원에 개시된 작용제 또는 이의 약학적 조성물은, 2종의 역전사효소의 HIV 뉴클레오시드 또는 뉴클레오타이드 저해제와 조합된다.
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 아바카비르 설페이트, 테노포비르, 테노포비르 디소프록실, 테노포비르 디소프록실 푸마레이트, 테노포비르 디소프록실 헤미푸마레이트, 테노포비르 알라페나미드 또는 테노포비르 알라페나미드 헤미푸마레이트와 조합된다.
또 다른 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 테노포비르, 테노포비르 디소프록실, 테노포비르 디소프록실 푸마레이트, 테노포비르 알라페나미드 또는 테노포비르 알라페나미드 헤미푸마레이트와 조합된다.
또 다른 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 아바카비르 설페이트, 테노포비르, 테노포비르 디소프록실, 테노포비르 디소프록실 푸마레이트, 테노포비르 알라페나미드 및 테노포비르 알라페나미드 헤미푸마레이트로 이루어지는 군에서 선택되는 제1 추가 치료제, 및 엠트리시타빈 및 라미부딘으로 이루어지는 군에서 선택되는 제2 추가 치료제와 조합된다.
또 다른 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 테노포비르, 테노포비르 디소프록실, 테노포비르 디소프록실 푸마레이트, 테노포비르 알라페나미드 및 테노포비르 알라페나미드 헤미푸마레이트로 이루어지는 군에서 선택되는 제1 추가 치료제, 및 제2 추가 치료제와 조합되며, 여기서 제2 추가 치료제는 엠트리시타빈이다.
본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 시프로테론 아세테이트, 데소게스트렐, 디에노게스트, 드로스피레논, 에스트라디올 발레레이트, 에티닐 에스트라디올, 에티노디올, 에토노게스트렐, 레보메폴레이트, 레보노르게스트렐, 리네스트레놀, 메드록시프로게스테론 아세테이트, 메스트라놀, 미페프리스톤, 미소프로스톨, 노메게스트롤 아세테이트, 노렐게스트로민, 노레틴드론, 노레티노드렐, 노르게스티메이트, 오르멜록시펜, 세게스테르손 아세테이트, 울리프리스탈 아세테이트 및 이들의 임의의 조합으로 이루어지는 군에서 선택되는 제1 추가 치료제(피임제)와 조합된다.
유전자 요법 및 세포 요법
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 유전자 또는 세포 치료 요법과 조합된다. 유전자 요법 및 세포 요법에는, 비제한적으로, 하기가 포함된다: 유전자를 침묵시키는 유전자 변형; 감염된 세포를 직접 사멸시키는 유전자 접근법; 감염된 세포에 대한 면역반응을 증강시키기 위해 환자의 자체 면역계의 대부분을 대체하거나, 감염된 세포를 사멸시키기 위해 환자의 자체 면역계를 활성화시키거나, 또는 감염된 세포를 발견하여 사멸시키도록 설계된 면역세포의 주입; 감염에 대한 내인성 면역 반응성을 추가로 변경하기 위해 세포 활성을 변경시키는 유전자 접근법. 수지상세포 요법의 예에는, AGS-004가 포함된다. CCR5 유전자 편집제에는, SB-728T가 포함된다. CCR5 유전자 저해제에는, Cal-1이 포함된다. 일부 구현예에서, C34-CCR5/C34-CXCR4 발현 CD4 양성 T세포가 1종 이상의 융합 폴리펩타이드와 병용투여된다. 일부 구현예에서, 본원에 기재된 작용제는 AGT-103-형질도입된 자가 T-세포 요법 또는 AAV-eCD4-Ig 유전자 요법과 병용투여된다.
유전자 편집제
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 유전자 편집제, 예를 들어 HIV 표적화된 유전자 편집제와 조합된다. 다양한 구현예에서, 게놈 편집 시스템은 CRISPR/Cas9 복합체, 아연 핑거 뉴클레아제 복합체, TALEN 복합체, 귀소 엔도뉴클레아제 복합체 및 메가뉴클레아제 복합체로 이루어지는 군에서 선택될 수 있다. 예시적인 HIV 표적화 CRISPR/Cas9 시스템에는, 비제한적으로, EBT-101이 포함된다.
CAR-T세포 요법
일부 구현예에서, 본원에 기재된 작용제는 키메라 항원 수용체(CAR)를 발현시키도록 조작된 면역 이펙터 세포의 집단과 병용투여될 수 있으며, 여기서 CAR은 HIV 항원 결합 도메인을 포함한다. HIV 항원에는, HIV 외피 단백질 또는 이의 일부, gp120 또는 이의 일부, gp120 상의 CD4 결합 부위, gp120 상의 CD4 유도 결합 부위, gp120 상의 N 글리칸, gp120의 V2, gp41 상의 막 근위 영역이 포함된다. 면역 이펙터 세포는 T세포 또는 NK세포이다. 일부 구현예에서, T세포는 CD4+ T세포, CD8+ T세포 또는 이들의 조합이다. 세포는 자가 또는 동종이계일 수 있다. HIV CAR-T의 예에는, VC-CAR-T, CMV-N6-CART, 항-CD4 CART-세포 요법, CD4 CAR+C34-CXCR4+CCR5 ZFN T세포, CD4 CAR을 발현시키도록 유전자 조작된 자가 조혈줄기세포 및 C46 펩타이드가 포함된다.
TCR-T세포 요법
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, TCR-T세포의 집단과 조합된다. TCR-T세포는 바이러스 감염된 세포의 표면 상에 존재하는 HIV 유래 펩타이드를 표적화하도록 조작된 것이다(예를 들어, ImmTAV).
B세포 요법
특정 구현예에서, 본원에 개시된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 폴리뉴클레오타이드 또는 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 벡터는, 3BNC117과 같은 광범위 중화 항체를 발현시키도록 유전자 변형된 B세포의 집단과 조합된다(문헌[Hartweger et al, J. Exp. Med. 2019, 1301], 문헌[Moffett et al., Sci. Immunol. 4, eaax0644 (2019) 17 May 2019]).
8. 키트
본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 벡터의 단위 용량을 하나 이상 포함하는 키트가 추가로 제공된다. 일부 구현예에서, 키트는 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 2종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 2종 이상의 벡터의 단위 용량을 둘 이상 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 단위 용량은 단일 용기 내에 있다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 단위 용량은 둘 이상의 별개의 용기 내에 있다. 특정 구현예에서, 단위 용량은 동일하거나 상이할 수 있으며, 예를 들어 동일하거나 상이한 단위 용량을 포함할 수 있고, 예를 들어 폴리펩타이드, 폴리뉴클레오타이드, 벡터 또는 이들의 조합을 포함할 수 있다.
다양한 구현예에서, 키트는 본원에 기재된 약학적 조성물의 성분 중 하나 이상, 예컨대 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 벡터를 함유하는 하나 이상의 약학적 팩 또는 하나 이상의 용기(예를 들어, 바이알, 앰풀, 사전 로딩된 시린지)를 포함한다. 다양한 구현예에서, 키트는 수용액 중에, 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 벡터를 포함하는 하나 이상의 용기를 포함한다. 다양한 구현예에서, 키트는 동결건조된 형태로, 본원에 기재된 바와 같은 1종 이상의 융합 폴리펩타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 이러한 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드, 또는 본원에 기재된 바와 같은 이러한 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 벡터를 포함하는 하나 이상의 용기를 포함한다.
일부 구현예에서, 키트는 융합 폴리펩타이드를 발현시킬 수 있는 1종 이상의 바이러스 벡터의 단위 용량을 하나 이상 포함한다. 일부 구현예에서, 1종 이상의 바이러스 벡터의 단위 용량은 투여 당, 약 103 내지 약 1012의 바이러스포커스형성단위(FFU) 또는 플라크형성단위(PFU) 또는 감염유발단위(IU) 또는 바이러스 입자(vp) 범위, 예를 들어 약 104 내지 약 107의 바이러스 FFU 또는 PFU 또는 IU 또는 vp, 예를 들어 약 103 내지 약 104, 105, 106, 107, 108, 109, 1010, 1011, 1012, 1013, 1014 또는 1015의 바이러스 FFU 또는 PFU 또는 IU 또는 vp이다.
일부 구현예에서, 키트는 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 2종 이상의 폴리뉴클레오타이드 또는 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 2종 이상의 바이러스 벡터를 포함하며, 상기 융합 폴리펩타이드는 하기 (1) 및 (2)를 포함한다: (1) N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함하거나 이로 이루어지는 1종 이상의 융합 폴리펩타이드: 서열번호 70, 76, 94, 151 및 161; 또는 서열번호 71, 77, 95, 152 및 162; 및 (2) N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함하거나 이로 이루어지는 1종 이상의 융합 폴리펩타이드: 서열번호 188, 305, 28, 41, 294, 4, 176, 11, 319, 259, 282, 223, 213 및 37; 서열번호 188, 305, 28, 41 및 294; 서열번호 4, 176, 11, 319, 259, 282, 223, 213 및 37; 서열번호 189, 306, 29, 42, 295, 5, 177, 12, 320, 260, 283, 224, 214 및 38; 서열번호 189, 306, 29, 42 및 295; 서열번호 5, 177, 12, 320, 260, 283, 224, 214 및 38;서열번호 305, 319, 259, 282, 223, 213, 294, 176 및 188; 서열번호 306, 320, 260, 283, 224, 214, 295, 177 및 189; 서열번호 305, 294, 223, 213, 176, 259, 319, 188 및 282; 서열번호 306, 295, 224, 214, 177, 260, 320, 189 및 283; 서열번호 305, 294, 319, 259, 282, 223, 176 및 188; 서열번호 306, 295, 320, 260, 283, 224, 177 및 189; 서열번호 305, 223, 294, 176, 259, 319, 188 및 282; 또는 서열번호 306, 224, 295, 177, 260, 320, 189 및 283.
일부 구현예에서, 키트는 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 2종 이상의 폴리뉴클레오타이드 또는 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 2종 이상의 바이러스 벡터를 포함하며, 상기 융합 폴리펩타이드는 하기 (1) 및 (2)를 포함한다: (1) 서열번호 351 내지 356 및 430 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 351 내지 356 및 430 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하는 1종 이상의 융합 폴리펩타이드; 및 (2) 서열번호 357 내지 366 및 407 내지 410 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 357 내지 366 및 407 내지 410 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하는 1종 이상의 융합 폴리펩타이드.
일부 구현예에서, 키트는 1종 이상의 바이러스 벡터를 포함하며, 여기서 각각의 바이러스 벡터는 하기 아미노산 서열과 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 동일하거나 100% 동일한 2종 이상의 융합 단백질을 인코딩하는 2종 이상의 폴리뉴클레오타이드를 포함한다: 서열번호 345 및 346; 서열번호 347 및 348; 서열번호 349 및 350; 서열번호 351 및 352; 서열번호 430 및 352; 서열번호 357 및 358; 서열번호 360 및 362; 서열번호 359 및 361; 서열번호 351 및 357; 서열번호 351 및 358; 서열번호 351 및 359; 서열번호 351 및 360; 서열번호 351 및 361; 서열번호 351 및 362; 서열번호 351 및 407; 서열번호 351 및 408; 서열번호 351 및 409; 서열번호 351 및 410; 서열번호 352 및 357; 서열번호 352 및 358; 서열번호 352 및 359; 서열번호 352 및 360; 서열번호 352 및 361; 서열번호 352 및 362; 서열번호 352 및 407; 서열번호 352 및 408; 서열번호 352 및 409; 서열번호 352 및 410; 서열번호 430 및 357; 서열번호 430 및 358; 서열번호 430 및 359; 서열번호 430 및 360; 서열번호 430 및 361; 서열번호 430 및 362; 서열번호 407 및 409; 서열번호 407 및 408; 서열번호 408 및 410; 또는 서열번호 409 및 410.
일부 구현예에서, 키트는 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드 또는 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 바이러스 벡터를 포함하며, 상기 융합 폴리펩타이드는 N-말단에서 C-말단 방향으로, 순차적인 순서로, 선택적으로 1종 이상의 링커를 통해 결합 또는 연결된, 하기 폴리펩타이드 분절을 포함하거나 이로 이루어진다: 서열번호 201, 78, 107, 96, 229, 172, 327, 6, 333, 243, 331, 192, 265, 311, 137, 15, 123, 30, 336, 302, 153, 219, 298, 121, 230, 240, 60, 241, 276, 113, 99, 21, 217 및 215; 서열번호 78, 296, 1, 339, 197, 329, 232, 323, 303, 234, 90, 261, 274, 238, 211, 325, 137, 227, 209, 190, 341, 57, 225, 27, 210, 119, 19, 165, 334, 117, 153, 10, 97 및 300; 또는 서열번호 296, 1, 78, 197, 339, 227, 261, 274, 238, 325, 137, 329, 303, 234, 90, 232, 27, 57, 225, 323, 190, 341, 119, 19, 165, 334, 117, 153, 10, 97 및 300.
일부 구현예에서, 키트는 융합 폴리펩타이드를 인코딩하는 1종 이상의 폴리뉴클레오타이드 또는 융합 폴리펩타이드를 발현시키는 1종 이상의 바이러스 벡터를 포함하며, 상기 융합 폴리펩타이드는 서열번호 367 내지 377, 411, 422 내지 424 및 431 내지 435 중 어느 하나의 아미노산 서열, 또는 서열번호 367 내지 377, 411, 422 내지 424 및 431 내지 435 중 어느 하나와 적어도 80%, 81%, 82%, 83%, 84%, 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 동일한 서열을 포함하거나 이로 이루어진다.
일부 구현예에서, 키트는 1종 이상의 추가 치료제의 단위 용량을 하나 이상 추가로 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 키트는 1종 이상의 톨유사 수용체(TLR)의 1종 이상의 아고니스트 또는 활성화제를 포함한다. 일부 구현예에서, TLR 아고니스트 또는 활성화제는 TLR2 아고니스트, TLR3 아고니스트, TLR4 아고니스트, TLR5 아고니스트, TLR7 아고니스트, TLR8 아고니스트 및 TLR9 아고니스트로 이루어지는 군에서 선택된다. 일부 구현예에서, TLR7 아고니스트는 GS 9620(베사톨리모드), R848(레시퀴모드), DS-0509, LHC-165 및 TMX-101(이미퀴모드)로 이루어지는 군에서 선택되고/되거나 TLR8 아고니스트는 GS-9688, R848(레시퀴모드), CV8102(이중 TLR7/TLR8 아고니스트) 및 NKTR-262(이중 TLR7/TLR8 아고니스트)로 이루어지는 군에서 선택된다. 일부 구현예에서, TLR9 아고니스트는 AST-008, 코비톨리모드, CMP-001, IMO-2055, IMO-2125, 리테니모드, MGN-1601, BB-001, BB-006, IMO-3100, IMO-8400, IR-103, IMO-9200, 아가톨리모드, DIMS-9054, DV-1079, DV-1179, AZD-1419, 레피톨리모드 (MGN-1703), CYT-003, CYT-003-QbG10, 틸소톨리모드 및 PUL-042로 이루어지는 군에서 선택된다. 일부 구현예에서, TLR 아고니스트는 병원체 활성화 분자 패턴(PAMP), 시토신-포스페이트-구아노신(CpG) 올리고데옥시뉴클레오타이드 및 면역자극 RNA(isRNA, 예를 들어 CV8102)에서 선택되는 비코딩 면역자극 폴리뉴클레오타이드이다.
일부 구현예에서, 키트는 IL-2, IL-7, IL-12, IL-15, IL-18, IL-21, IFN-α, IFN γ, 집락자극인자 2(CSF2; 소위, GM-CSF) 및 FLT3LG에서 선택되는 인터류킨, 예를 들어 IL-2, IL-7, IL-12, IL-15, IL-18, IL-21, IFN-α, IFN-γ, GM-CSF, FLT3LG, 및 이들의 조합 및 기능성 변이체로 이루어지는 군에서 선택되는 1종 이상의 사이토카인의 1종 이상의 인터류킨 수용체 아고니스트를 포함한다.
일부 구현예에서, 키트는 저해성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체의 1종 이상의 안타고니스트 또는 저해제, 및/또는 자극성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체의 1종 이상의 활성화제 또는 아고니스트를 포함한다. 일부 구현예에서, 1종 이상의 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체는 하기로 이루어지는 군에서 선택된다: CD27, CD70; CD40, CD40LG; CD47, CD48(SLAMF2), 막관통 및 면역글로불린 도메인 함유 단백질 2(TMIGD2, CD28H), CD84(LY9B, SLAMF5), CD96, CD160, MS4A1(CD20), CD244(SLAMF4); CD276(B7H3); V-세트 도메인 함유 T세포 활성화 저해제 1(VTCN1, B7H4); V-세트 면역조절 수용체(VSIR, B7H5, VISTA); 면역글로불린 슈퍼패밀리 멤버 11(IGSF11, VSIG3); 자연살해세포 세포독성 수용체 3 리간드 1(NCR3LG1, B7H6); HERV-H LTR 관련 단백질 2(HHLA2, B7H7); 유도성 T세포 공동자극제(ICOS, CD278); 유도성 T세포 공동자극제 리간드(ICOSLG, B7H2); TNF 수용체 슈퍼패밀리 멤버 4(TNFRSF4, OX40); TNF 슈퍼패밀리 멤버 4(TNFSF4, OX40L); TNFRSF8(CD30), TNFSF8(CD30L); TNFRSF10A(CD261, DR4, TRAILR1), TNFRSF9(CD137), TNFSF9(CD137L); TNFRSF10B(CD262, DR5, TRAILR2), TNFRSF10(TRAIL); TNFRSF14(HVEM, CD270), TNFSF14(HVEML); CD272(B림프구 및 T림프구 관련 단백질(BTLA)); TNFRSF17(BCMA, CD269), TNFSF13B(BAFF); TNFRSF18(GITR), TNFSF18(GITRL); MHC 클래스 I 폴리펩타이드 관련 서열 A(MICA); MHC 클래스 I 폴리펩타이드 관련 서열 B(MICB); CD274(CD274, PDL1, PD-L1); 세포예정사 1(PDCD1, PD1, PD-1); 세포독성 T림프구 관련 단백질 4(CTLA4, CD152); CD80(B7-1), CD28; 넥틴 세포부착분자 2(NECTIN2, CD112); CD226(DNAM-1); 폴리오바이러스 수용체(PVR) 세포부착분자(PVR, CD155); PVR 관련 면역글로불린 도메인 함유 단백질(PVRIG, CD112R); Ig 및 ITIM 도메인을 갖는 T세포 면역수용체(TIGIT); T세포 면역글로불린 및 뮤신 도메인 함유 단백질 4(TIMD4; TIM4); A형간염바이러스 세포 수용체 2(HAVCR2, TIMD3, TIM3); 갈렉틴 9(LGALS9); 림프구 활성화 유전자 3 단백질(LAG3, CD223); 신호전달 림프구 활성화 분자 패밀리 멤버 1(SLAMF1, SLAM, CD150); 림프구 항원 9(LY9, CD229, SLAMF3); SLAM 패밀리 멤버 6(SLAMF6, CD352); SLAM 패밀리 멤버 7(SLAMF7, CD319); UL16 결합 단백질 1(ULBP1); UL16 결합 단백질 2(ULBP2); UL16 결합 단백질 3(ULBP3); 레티노산 초기 전사체 1E(RAET1E; ULBP4); 레티노산 초기 전사체 1G(RAET1G; ULBP5); 레티노산 초기 전사체 1L(RAET1L; ULBP6); 림프구 활성화 유전자 3 단백질(CD223); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 3개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR, CD158E1); 살해세포 렉틴 유사 수용체 C1(KLRC1, NKG2A, CD159A); 살해세포 렉틴 유사 수용체 K1(KLRK1, NKG2D, CD314); 살해세포 렉틴 유사 수용체 C2(KLRC2, CD159c, NKG2C); 살해세포 렉틴 유사 수용체 C3(KLRC3, NKG2E); 살해세포 렉틴 유사 수용체 C4(KLRC4, NKG2F); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR2DL1); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 2(KIR2DL2); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 3(KIR2DL3); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 3개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR3DL1); 살해세포 렉틴 유사 수용체 D1(KLRD1); 및 SLAM 패밀리 멤버 7(SLAMF7). 일부 구현예에서, 키트는 1종 이상의 T세포 저해성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체의 1종 이상의 차단제, 안타고니스트 또는 저해제를 포함한다. 일부 구현예에서, T세포 저해성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체는 하기로 이루어지는 군에서 선택된다: CD274(CD274, PDL1, PD-L1); 세포예정사 1 리간드 2(PDCD1LG2, PD-L2, CD273); 세포예정사 1(PDCD1, PD1, PD-1); 세포독성 T림프구 관련 단백질 4(CTLA4, CD152); CD276(B7H3); V-세트 도메인 함유 T세포 활성화 저해제 1(VTCN1, B7H4); V-세트 면역조절 수용체(VSIR, B7H5, VISTA); 면역글로불린 슈퍼패밀리 멤버 11(IGSF11, VSIG3); TNFRSF14(HVEM, CD270), TNFSF14(HVEML); CD272(B림프구 및 T림프구 관련 단백질(BTLA)); PVR 관련 면역글로불린 도메인 함유 단백질(PVRIG, CD112R); Ig 및 ITIM 도메인을 갖는 T세포 면역수용체(TIGIT); 림프구 활성화 유전자 3 단백질(LAG3, CD223); A형간염바이러스 세포 수용체 2(HAVCR2, TIMD3, TIM3); 갈렉틴 9(LGALS9); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 3개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR, CD158E1); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR2DL1); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 2(KIR2DL2); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 3(KIR2DL3); 및 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 3개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR3DL1). 리릴루맙은 KIR2DL1/2L3 수용체에 결합하여 이를 차단하는 예시적인 항체이다. 일부 구현예에서, 키트는 1종 이상의 T세포 자극성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체의 1종 이상의 아고니스트 또는 활성화제를 포함한다. 일부 구현예에서, T세포 자극성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체는 하기로 이루어지는 군에서 선택된다: CD27, CD70; CD40, CD40LG; 유도성 T세포 공동자극제(ICOS, CD278); 유도성 T세포 공동자극제 리간드(ICOSLG, B7H2); TNF 수용체 슈퍼패밀리 멤버 4(TNFRSF4, OX40); TNF 슈퍼패밀리 멤버 4(TNFSF4, OX40L); TNFRSF9(CD137), TNFSF9(CD137L); TNFRSF18(GITR), TNFSF18(GITRL); CD80(B7-1), CD28; 넥틴 세포부착분자 2(NECTIN2, CD112); CD226(DNAM-1); 폴리오바이러스 수용체(PVR) 세포부착분자(PVR, CD155). 일부 구현예에서, 키트는 1종 이상의 NK세포 저해성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체의 1종 이상의 차단제, 안타고니스트 또는 저해제를 포함한다. 일부 구현예에서, NK세포 저해성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체는 하기로 이루어지는 군에서 선택된다: 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 3개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR, CD158E1); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR2DL1); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 2(KIR2DL2); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 2개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 3(KIR2DL3); 살해세포 면역글로불린 유사 수용체, 3개의 Ig 도메인 및 긴 세포질 테일 1(KIR3DL1); 살해세포 렉틴 유사 수용체 C1(KLRC1, NKG2A, CD159A), 예를 들어 모날리주맙(IPH2201); 및 살해세포 렉틴 유사 수용체 D1(KLRD1, CD94). 일부 구현예에서, 키트는 1종 이상의 NK세포 자극성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체의 1종 이상의 아고니스트 또는 활성화제를 포함한다. 일부 구현예에서, NK세포 자극성 면역 체크포인트 단백질 또는 수용체는 CD16, CD226(DNAM-1); 살해세포 렉틴 유사 수용체 K1(KLRK1, NKG2D, CD314); 및 SLAM 패밀리 멤버 7(SLAMF7)에서 선택된다. 일부 구현예에서, 1종 이상의 면역 체크포인트 저해제는 PD-L1(CD274), PD-1(PDCD1) 또는 CTLA4의 단백질성 저해제를 포함한다. 일부 구현예에서, CTLA4의 단백질성 저해제는 이필리무맙, 트레멜리무맙, BMS-986218, AGEN1181, AGEN1884(잘리프렐리맙), BMS-986249, MK-1308, REGN-4659, ADU-1604, CS-1002, BCD-145, APL-509, JS-007, BA-3071, ONC-392, AGEN-2041, JHL-1155, KN-044, CG-0161, ATOR-1144, PBI-5D3H5, FPT-155(CTLA4/PD-L1/CD28), PF-06936308(PD-1/CTLA4), MGD-019(PD-1/CTLA4), KN-046(PD-1/CTLA4), MEDI-5752(CTLA4/PD-1), XmAb-20717(PD-1/CTLA4) 및 AK-104(CTLA4/PD-1)로 이루어지는 군에서 선택된다. 일부 구현예에서, PD-L1(CD274) 또는 PD-1(PDCD1)의 단백질성 저해제는 펨브롤리주맙, 니볼루맙, 세미플리맙, 피딜리주맙, AB122(짐베렐리맙), AMP-224, MEDI0680(AMP-514), 스파르탈리주맙, 아테졸리주맙, 아벨루맙, 두르발루맙, BMS-936559, CK-301, PF-06801591, BGB-A317(티스렐리주맙), GLS-010(WBP-3055), AK-103(HX-008), AK-105, CS-1003, HLX-10, MGA-012, BI-754091, AGEN-2034(발스틸리맙), JS-001(토리팔리맙), JNJ-63723283, 제놀림주맙(CBT-501), LZM-009, BCD-100, LY-3300054, SHR-1201, SHR-1210(캄렐리주맙), Sym-021, ABBV-181, PD1-PIK, BAT-1306, (MSB0010718C), CX-072, CBT-502, TSR-042(도스탈리맙), MSB-2311, JTX-4014, BGB-A333, SHR-1316, CS-1001(WBP-3155), KN-035, IBI-308(신틸리맙), HLX-20, KL-A167, STI-A1014, STI-A1015(IMC-001), BCD-135, FAZ-053, TQB-2450, MDX1105-01, FPT-155(CTLA4/PD-L1/CD28), PF-06936308(PD-1/CTLA4), MGD-013(PD-1/LAG-3), FS-118(LAG-3/PD-L1), MGD-019(PD-1/CTLA4), KN-046(PD-1/CTLA4), MEDI-5752(CTLA4/PD-1), RO-7121661(PD-1/TIM-3), XmAb-20717(PD-1/CTLA4), AK-104(CTLA4/PD-1), M7824(PD-L1/TGFβ-EC 도메인), CA-170(PD-L1/VISTA), CDX-527(CD27/PD-L1), LY-3415244(TIM3/PDL1) 및 INBRX-105(4-1BB/PDL1)로 이루어지는 군에서 선택된다. 일부 구현예에서, 1종 이상의 면역 체크포인트 저해제는 CD274(PDL1, PD-L1), 세포예정사 1(PDCD1, PD1, PD-1) 또는 CTLA4의 소분자 저해제를 포함한다. 일부 구현예에서, CD274 또는 PDCD1의 소분자 저해제는 GS-4224, GS-4416, INCB086550 및 MAX10181로 이루어지는 군에서 선택된다. 일부 구현예에서, CTLA4의 소분자 저해제는 BPI-002를 포함한다.
일부 구현예에서, 키트는 1종 이상의 항바이러스제를 포함한다. 일부 구현예에서, 1종 이상의 항바이러스제는 HIV 프로테아제 저해제, HIV 역전사효소 저해제, HIV 인테그라아제 저해제, HIV 비촉매부위(또는 알로스테릭) 인테그라아제 저해제, HIV 유입(융합) 저해제, HIV 성숙 저해제, 잠복 역전제 및 캡시드 저해제로 이루어지는 군에서 선택된다.
선택적으로 이러한 용기(들)에는 의약품 또는 생물학적 제품의 제조, 사용 또는 판매를 규제하는 정부 기관에서 규정한 형식의 안내문이 부착되어 있을 수 있으며, 이러한 안내문은 인간 투여를 위한 제조, 사용 또는 판매에 대한 기관의 승인을 반영한다.
9. 항바이러스 면역반응을 촉진시키는 데 유용한 융합 폴리펩타이드의 설계 방법
인간에서 1종 이상의 바이러스 항원에 대한 면역반응을 유도할 수 있는 백신 구조체 또는 면역원을 설계하는 방법이 제공된다. 면역원성 융합 폴리펩타이드는 계산적, 실험적 및 수동적 단계의 조합을 이용하여 설계되며, 고도로 가변적인 바이러스에 대한 면역반응을 유도하는 데 사용될 수 있다. 설계 방법은 인간에서, 비제한적으로, 인간면역결핍바이러스(HIV), B형간염바이러스(HBV), 인간유두종바이러스(HPV), 단순헤르페스바이러스(HSV), 에볼라바이러스, 지카바이러스 및 치쿤구니야바이러스를 포함하는 목적하는 표적 바이러스의 1종 이상의 바이러스 항원에 대한 면역반응을 유도할 수 있는 면역원을 생성하는 데 적용될 수 있다. 상이한 구현에서, 상기 방법은 하기 (1) 내지 (3)에 대해 설계된 백신 구조체를 제공한다: (1) 본원에서 "집단" 구조체 또는 항원으로 지칭되는, 광범위 기반 집단의 최대 에피토프 적용범위; (2) 본원에서 "HLA-제한된" 구조체 또는 항원으로 지칭되는, 정의된 HLA 대립유전자 세트를 공유하는 개체의 군에 대한 최대 에피토프 적용범위; 또는 (3) 본원에서 "개인화된" 구조체 또는 항원으로 지칭되는, 개체의 고유한 바이러스 '유사종' 보체를 포함하여 바이러스의 환자 내 가변성을 고려한 감염된 개체의 바이러스에 대한 최대 에피토프 적용범위. 바람직하게는, 각각의 구조체를 포함하는 분절은 1종 이상의 MHC 클래스 I 및/또는 MHC 클래스 II T세포 에피토프를 나타낸다. 따라서, 분절은 본원에서 면역원성 융합 폴리펩타이드로 조합 및 어셈블링될 수 있는 집단, HLA 제한된 또는 개인화된 에피토프로 지칭될 수 있다.
대부분의 단계는 가상 실험으로 수행될 수 있지만, 일부 단계는 수동으로(예를 들어, 특정 폴리펩타이드 서열의 포함 및/또는 배제 선택; 링커 또는 링커들의 선택) 수행되고, 실험 데이터에 기반한 정보(예를 들어, 실험적으로 결정된 MHC 클래스 II 에피토프)와 통합할 수 있다. 입력 정보는 바이러스 서열 데이터 세트(예를 들어, HIV의 경우, 내부 및 공개적으로 이용 가능한 HIV 집단 데이터 세트)이다. 하기 도 1의 순서도 및 표 M에 요약된 바와 같이, 백신 설계 방법은 하기 단계 중 적어도 2개, 예를 들어 적어도 3개, 4개, 5개, 6개, 7개 또는 8개를 포함한다: 1. 보존된 영역을 식별하는 단계. 모든 9개 아미노산 분절(9량체)은 자연 발생 바이러스 서열에서 잠재적인 T세포 에피토프로 간주한다. 환자 간 바이러스 집단에 걸쳐 적어도 80%의 보존을 갖는 9량체 위치는 보존된 영역으로 식별하여, 추가 분석에 포함시킨다. 2. 보존된 영역으로부터 2가 서열을 구축하는 단계. 이는 그래프 기반 알고리즘을 이용하여 수행할 수 있다. 자연 발생 9량체의 최대 수를 포함하도록 보존된 영역에서 9량체를 어셈블링한다. 3. 보존된 영역 내에서 환자 내 다양성을 식별하는 단계. 이는 심층 시퀀싱 데이터를 사용하여 수행할 수 있다. 4. 인간 MHC 대립유전자에 대한 식별된 폴리펩타이드 분절의 결합을 예측하는 단계. 5. 인간 MHC 클래스 I 분자에 결합할 것으로 예측되는 폴리펩타이드 분절을 포함하는 더 긴 펩타이드 분절(예를 들어, 15개 내지 26개 아미노산 길이)을 생성하는 단계. 6. MHC 클래스 II에 결합할 것으로 예측되거나 결합하는 것으로 나타난 폴리펩타이드 분절을 포함시키는 단계. 7. 숙주(예를 들어, 인간, 개, 고양이, 말) 단백질과 높은 서열 동일성(예를 들어, 교차 인식)을 갖는 폴리펩타이드 분절을 평가하고 제거하는 단계. 8. 접합부에서 인간이 인식할 수 있는 네오에피토프의 생성을 감소시키거나 회피하도록 폴리펩타이드 분절을 배열하는 단계. 이는 숙주(예를 들어, 인간, 개, 고양이, 말) 단백질과의 교차 인식 및 MHC 클래스 I 결합에 대한 접합부 주변의 9량체를 평가하여 수행할 수 있다.
[표 M]
에피토프 적용범위를 개선시키는 것에 더하여, 본원에 기재된 방법은 최종 백신 구조체에 통합시키기 위해 식별된 집단, HLA 제한된 또는 개인화된 에피토프 중에서 면역원성이 가장 높은 에피토프를 선별하는 것을 추가로 제공한다. 하나의 양태에서, 상기 방법은 MHC 펩타이드 결합 친화성에 대한 집단, HLA 제한된 또는 개인화된 구조체의 후보 폴리펩타이드 분절 세트를 스크리닝하는 단계를 포함한다. MHC 결합 친화성은 하나 이상의 알고리즘을 사용하여 예측될 수 있다.예시적인 예측 알고리즘에는, NetMHC(문헌[Vita et al. Nucleic Acids Res 2015 43:D405-D412]), NetMHCpan(문헌[Andreatta and Nielsen Bioinformatics 2016 32:511-517]) 및 MHCflurry(문헌[O'Donnell et al. Cell Syst 2018 7:12-132])가 포함된다. 다른 T세포 에피토프 예측 도구는 공개적으로 이용 가능하며, 이는, 예를 들어 문헌[Sanchez-Trincado et al. J. Immunology Res. 2017 Article ID 2680160]에 기재되어 있다. MHC 결합 펩타이드를 식별하는 추가의 방법은, 예를 들어 US 10,055,540, WO 2019/104203에 기재된 바와 같은 기계 학습 도구, 및 문헌[Bulik-Sullivan et al. Nature Biotechnology 2019 37:55]에 기재된 "EDGE" 도구를 이용하는 것을 포함한다.
일부 구현에서, 본 개시내용은 수학적으로 결정되고 모든 잠재적 T세포 에피토프의 개선된 적용범위를 제공하는 방식으로 바이러스 프로테옴(예를 들어, HIV 프로테옴)의 고유한 다양성을 포획하고, 예를 들어 자연 발생 바이러스 프로테옴에서 발견되는 바와 동일한 폴리펩타이드 분절의 순서를 유지하는 방식으로 구조체화된 폴리펩타이드 쌍의 각각의 폴리펩타이드 내 에피토프가 원래 입력 바이러스 서열의 위치 정보를 유지하도록 설계된 2가 집단 또는 HLA 제한된 구조체를 생성하는 방법을 제공한다. 따라서, 생성된 폴리펩타이드 쌍의 에피토프는 자연 발생 바이러스 서열과 더 유사하게 되어, 관련 T세포 반응을 유발할 가능성이 증가한다.
일부 구현에서, 본 개시내용은 숙주 HLA 대립유전자의 범위에 걸쳐 에피토프 생성을 모델링하는 방식으로 항원 처리 및 T세포 인식을 유도하는 숙주 유전자 다양성을 포획하도록 설계된 2가 HLA 제한된 구조체를 생성하는 방법을 제공한다.
일반적으로, 본원에 기재된 방법은 초기에 그래프 기반 접근법을 사용하여, 바이러스 프로테옴 서열 집단 내 모든 PTE의 적용범위의 측면에서 수학적으로 결정되고 개선된 잠재적 T세포 에피토프("PTE")의 세트를 제공하는 단계를 포함한다. 백신 설계에 대한 유사한 그래프 기반 접근법과 달리, 본원에 기재된 접근법은 천연 서열에서도 인접한 PTE만을 사용하여 연결된 PTE의 분절을 구축한다. 이는 소스 서열 세트 내 PTE의 위치 정보를 유지하는 구조체를 제공한다. 또한, 다른 그래프 기반 접근법과 달리, 본원에 기재된 방법은 집단에서 가장 고도로 보존된 PTE의 최대 적용범위를 제공하는 2가 구조체를 동시에 구축한다. 결과는, 천연 서열 내 보존된 에피토프와 고도로 유사할 가능성이 가장 높은 고도로 보존된 PTE를 유리하게 최대화하는 초기 2가 백신 구조체이다. 나아가 유리하게는, 가장 고도로 보존된 PTE만을 사용하면, 고도로 보존된 서열이 바이러스 기능에 필수적일 가능성이 더 높기 때문에 탈출 돌연변이체의 가능성이 감소된다.
이러한 방법에 의해 생성된 초기 2가 구조체는 그 자체가 백신으로 사용되거나, 하기에 보다 상세하게 기재되는 바와 같은 HLA 제한된 구조체 또는 개인화된 구조체와 같은 추가의 구조체에 대한 기반으로 작용할 수 있다.
본원에 기재된 방법은 일반적으로 "보존 분석" 또는 "보존 알고리즘"으로 본원에서 지칭되는 프로세스를 사용하여 보존된 영역 2가 서열의 식별로 시작한다. 상기 방법은 일반적으로 본원에서 "보존된 워킹 알고리즘" 또는 "CWA"로 지칭되는 프로세스를 사용하여, 천연 서열의 PTE의 위치 정보를 유지하면서, 최대 에피토프 적용범위를 갖는 2가 백신 구조체를 구축하는 단계를 추가로 포함한다. 따라서, 일부 구현에서, 상기 방법의 초기 단계는 선택된 바이러스 유전자 세트에 대한 바이러스 프로테옴에서 모든 보존된 영역의 세트를 식별하는 것이다. HIV-1에 대한 면역반응을 유도하는 융합 폴리펩타이드를 설계하는 구현에서, HIV-1 바이러스 유전자 세트는 Gag, Pol, Env 및 Nef 중 2종 이상에서 선택된다. 일부 구현에서, 바이러스 유전자 세트는 Gag, Pol, Env 및 Nef로 이루어진다. 일부 구현에서, 바이러스 유전자 세트는 Gag, Pol 및 Nef로 이루어진다. 일부 구현에서, 바이러스 유전자 세트는 Gag 및 Nef, 또는 Pol 및 Env, 또는 Pol 단독으로 이루어진다.
본원에 기재된 방법에 따라, 바이러스 프로테옴 서열의 집단을 먼저 참조 서열, 예를 들어 GenBank No. Accession K03455로 식별된 HIV 참조 서열 HXB2에 정렬한다. Env, Gag, Nef 및 Pol 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드에 대한 참조 서열은, 각각, 본원에서 서열번호 403 내지 406으로 제공된다. 바이러스 프로테옴 서열의 초기 입력 또는 '소스' 집단은 자연 발생 바이러스에서 얻은 서열로 이루어진다. 이러한 서열은, 예를 들어 로스 알라모스 국립 연구소(Los Alamos National Laboratory), 미국 보건후생부(U.S. Dept. of Health and Human Services) 및 미국 국립보건원(National Institutes of Health)에서 유지 관리하는 HIV 데이터베이스에서 공개적으로 이용 가능하다. 본원에 기재된 방법의 일부 구현에서, 소스 바이러스 서열은 특정 바이러스 군 및/또는 분기군에 상응하는 서열로 이루어질 수 있다. 일부 구현에서, 보존된 영역과 서열의 식별을 개선시키기 위해, 입력 바이러스 서열은 단일 바이러스 분기군 및/또는 군에 제한될 수 있다. 일부 구현에서, 입력 바이러스 서열은 M군의 분기군 B 서열에 제한된다.
소스 바이러스 서열의 참조 서열에의 정렬은 다수의 정렬 알고리즘, 예를 들어 고속 푸리에 변환 알고리즘(fast Fourier transform algorithm), MAFFT를 사용하여 달성할 수 있다(문헌[Katoh et al. 2002 Nucleic Acids Res. 30 (14):3059-66]). 베이스 MAFFT 소프트웨어는, 예를 들어 Berkeley Software Distribution(BSD) 라이선스에 따라 공개적으로 이용 가능하고 배포된다.
다음으로, 보존 알고리즘을 정렬된 서열에 적용한다. 정렬에서 각각의 서열에 대해, 상기 방법은, 첫 번째 아미노산 위치에서 시작하며, 한 번에 하나의 아미노산 위치를 이동시키고, 본원에서 "9량체"로 지칭되는 9개 아미노산 길이의 모든 가능한 아미노산 분절을 생성한다. 따라서, 알고리즘은 정렬 내 각각의 서열에 대해, N-말단 아미노산으로 시작하는 9-아미노산 하위서열 세트("9량체")를 형성하며, 여기서 각각의 하위서열은 정렬에서 길이가 I인 각 서열이 (l-8)개의 9량체를 함유하도록 8개 아미노산이 선행하는 하위서열과 중첩되어 있다.
다음으로, 각각의 9량체 위치에 대하여, 상기 방법은 소스 바이러스 프로테옴 서열의 정렬된 세트에서 2개의 가장 흔한 고유한 9량체와 이의 빈도를 식별한다. 달리 말하면, 위치 i에서 시작하여, 각 위치에서 2개의 가장 흔한 고유한 9량체는, 고유한 9량체가 정렬의 위치 i에서 발생하는 횟수를 정렬 내 서열의 총 수로 나눈 값으로 계산된, 이의 빈도에 기반하여 식별된다.
계산적으로, 길이가 l인 각 서열은 l-8개의 9량체를 함유한다. 본 발명자들은 위치 i에서 시작하는 모든 9량체를 s ij 로 정의하고, 빈도를 f ij (여기서 j = 1,2,3, … m임)로 정의한다. 전체적으로, 위치 i에는 m개의 고유한 9량체가 존재한다. 2개의 고유한 9량체(s iu , s iv )는 각각 9량체 쌍을 구성할 수 있으며, 이의 빈도는 f iu + f iv 이다. 9량체 자체는 각각 (s iu , s iu )로 9량체 쌍을 구성하고, 이의 빈도는 f iu 이다. 따라서, 전체적으로, 각 위치에는 m + (m - 1) + (m - 2) + … + 2 + 1 = m*(m+1)/2개의 9량체 쌍이 존재한다.
따라서, 상기 방법은 2개의 가장 흔한 9량체 중 어느 하나를 함유하는 소스 바이러스 프로테옴 서열의 정렬된 세트의 비율을 합산하여 각 9량체 위치에 대한 2가 보존을 계산한다. 이를 위해, 2개의 가장 흔한 고유한 9량체 중 어느 하나를 함유하는 정렬 내 서열의 비율을 합산하여 각 위치에 대한 "2가 보존"을 계산한다. 본원에 기재된 "2가 보존"이란, 9량체 위치에서 가장 우세한 것 2개 중 어느 하나와 정확하게 동일한 9개 아미노산 분절(9량체)을 함유하는 서열의 백분율을 나타낸다.
다음으로, 목적하는 2가 보존, 예를 들어 80% 초과 또는 90% 초과의 2가 보존을 갖는 정렬 내 서열을 추출하는 방식으로 보존된 영역의 새로운 정렬을 생성하며, 이는 위치 i에 있는 2개의 가장 흔한 9량체가 보존된 영역의 새로운 정렬에서 해당 위치에 있는 9량체의 80% 초과 또는 90% 초과를 차지함을 의미한다. 달리 말하면, 상기 방법은 각 위치에 있는 2개의 가장 흔한 9량체 빈도의 합이 특정 컷오프 초과, 예를 들어 80% 초과 또는 90% 초과인 것으로 새로운 정렬에서 보존된 영역을 식별한다. 따라서, 상기 방법은 또한 보존된 영역의 새로운 정렬에서 각 위치에 있는 각각의 고유한 9량체 쌍의 빈도를 계산한다.
일부 구현에서, 90% 초과의 보존을 갖는 영역으로 제한하고, 35개 미만 아미노산의 짧은 분절을 제거하는 것과 같은 추가의 선별 기준이 보존된 영역에 적용될 수 있다.
이러한 변형된 보존된 영역 세트를 사용하여, 상기 방법의 특정 구현은 CWA를 적용하여 2가 서열 구조체를 구축한다. CWA는 8개 아미노산 중첩을 공유하는 보존된 영역의 정렬의 인접한 위치에서 9량체 쌍을 연결한다.
계산적으로, 각각의 9량체 s는 9개의 아미노산을 함유하며, 본 발명자들은 위치 x에서 y까지의 아미노산 하위서열을 나타내기 위해 s[x:y]로 표시한다(총 y-x+1개의 아미노산):
s iu [2:9] == s i+1p [1:8] 및 s iv [2:9] == s i+1q [1:8]
또는
s iu [2:9] == s i+1q [1:8] 및 s iv [2:9] == s i+1p [1:8].
다음으로, 알고리즘은, 각각의 9량체 쌍이 노드이고, 인접한 노드 사이의 에지는 인접한 위치에서 연결된 9량체 쌍으로부터 형성되며, 여기서 각 에지의 가중치는 다운스트림 9량체 쌍의 빈도와 동일한, 방향성 비순환 그래프를 구축한다. 이러한 방향성 비순환 그래프는 위치 관련 De Brujin 그래프이다. 이러한 그래프는, 예를 들어 문헌[Ronen et al., Bioinformatics 2012 28:188-196]에 기재된 바와 같이 차세대 시퀀싱 데이터의 어셈블리와 관련하여 설명되어 있다. 상기 방법은 나아가 소스 노드를 부가하여 첫 번째 위치의 모든 노드를 연결하고; 싱크 노드를 부가하여 마지막 위치의 모든 노드를 연결한다. 이어서, 가중치를 무효화하고, 소스 노드에서 싱크 노드까지의 최적 경로를 찾는데, 여기서 최적 경로는 소스 노드에서 싱크 노드까지의 모든 경로 중에서 모든 9량체 쌍의 빈도의 최대 합을 갖는 경로로 정의된다. 최적 경로를 찾는 작업은, 예를 들어 Bellman-Ford 알고리즘을 사용하여 수행한다. 일반적으로, Bellman-Ford 알고리즘은 에지로 연결된 정점의 세트로 이루어진 가중치 방향 그래프에서 단일 소스 정점에서 다른 모든 정점까지의 최단 경로를 계산하며, 여기서 에지에는 이와 관련된 방향이 있다. 계산 단계는 하기와 같이 요약될 수 있다:
Figure pat00214
(4-1) 각각의 9량체 쌍을 노드로 처리하고, 단계 3에서 인접한 노드 사이에 에지를 구축함;
(4-2) 소스 노드를 부가하고, 이를 첫 번째 위치에 있는 모든 노드와 연결함;
(4-3) 싱크 노드를 부가하고, 이를 마지막 위치에 있는 모든 노드와 연결함;
(4-4) 다운스트림 9량체 쌍의 빈도와 동일한 각 에지에 가중치를 둠;
(4-5) 모든 가중치를 무효화하고, Bellman-Ford 알고리즘을 사용하여 최적 경로를 찾음.
상기 방법의 추가의 단계는 최적의 2가 9량체 쌍 경로에 기반하여 2가 백신 서열을 구축하고, 8개 아미노산 중첩을 공유하는 경우 최적의 2가 9량체 쌍 경로 내 인접한 위치에 있는 2개의 9량체를 연결하는 것이다. 8개 아미노산 중첩을 공유하는 경우 최적의 2가 9량체 경로 내 인접한 위치에 있는 2개의 9량체를 연결하는 방식으로 2가 구조체를 구축하여, 이와 함께 2가 구조체를 형성하는 연결된 9량체의 2개의 서열을 생성한다. 연결된 인접한 9량체 쌍은 모두 8개 아미노산 중첩을 갖기 때문에, 2개의 서열로 어셈블링될 것이다. 예를 들어, 하나의 9량체 쌍(AIIIIIIIS(서열번호 464), MIIIIIIII(서열번호 465))은 또 다른 9량체 쌍(IIIIIIISK(서열번호 466), IIIIIIIIR(서열번호 467))과 연결되어, 2개의 서열(2가 서열): AIIIIIIISK(서열번호 468) 및 MIIIIIIIIR(서열번호 469)을 생성할 수 있다.
계산적으로, 상기 방법론은 하기 5가지 기본 단계를 포함하는 위치 관련 De Brujin 그래프 기반 2가 백신 서열 설계 알고리즘으로 설명될 수 있다:
단계 1: 모든 집단 서열을 정렬하는 단계.
단계 2: 각각의 9량체 위치에 대하여, 모든 고유한 9량체 및 이의 빈도를 추출하고, 해당 빈도로 9량체 쌍 세트를 구축하는 단계. 길이가 l인 각 서열은 l-8개의 9량체를 함유한다. 본 발명자들은 위치 i에서 시작하는 모든 9량체를 s ij 로 정의하고, 빈도를 f ij (여기서 j = 1,2,3, … m임)로 정의한다. 전체적으로, 위치 i에는 m개의 고유한 9량체가 존재한다. 2개의 고유한 9량체(s iu , s iv )는 각각 9량체 쌍을 구성할 수 있으며, 이의 빈도는 f iu + f iv 이다. 9량체 자체는 각각 (s iu , s iu )로 9량체 쌍을 구성할 수 있으며, 이의 빈도는 f iu 이다. 따라서, 전체적으로, 각 위치에는 m + (m - 1) + (m - 2) + … + 2 + 1 = m*(m+1)/2개의 9량체 쌍이 존재한다.
단계 3: 임의의 충돌하는 아미노산을 갖지 않는 경우 인접한 위치에 있는 9량체 쌍을 연결하는 단계. 본원에 개시된 "충돌하는 아미노산 잔기"는, 2개의 9량체 사이의 중첩된 위치에 있는 상이한 아미노산 잔기를 나타낸다. 각각의 9량체 s는 9개의 아미노산을 함유하며, 본 발명자들은 위치 x에서 y까지의 아미노산 하위서열을 나타내기 위해 s[x:y]로 표시한다(총 y-x+1개의 아미노산):
s iu [2:9] == s i+1p [1:8] 및 s iv [2:9] == s i+1q [1:8]
또는
s iu [2:9] == s i+1q [1:8] 및 s iv [2:9] == s i+1p [1:8]
단계 4: 경로 내 모든 9량체 빈도의 합으로 첫 번째 9량체 위치에서 마지막 위치까지의 최적 경로를 찾는 단계. 기본 아이디어는, 최대 적용범위 2가 백신 구축 문제를, 방향성 비순환 그래프에서 최소 경로를 찾는 것인 해결책인 전형적인 그래프 이론 문제로 모델링하는 것이다.
단계 5: 최적의 2가 9량체 쌍 경로에 기반하여 2가 백신 서열을 구축하고, 8개 아미노산 중첩을 공유하는 경우 최적의 2가 9량체 쌍 경로 내 인접한 위치에 있는 2개의 9량체를 연결하는 단계. 하기와 같은 경우를 예로 들 수 있다:
경우 1: s iu [2:9] = s i+1p [1:8] 및 s iv [2:9] = s i+1q [1:8]인 경우, s iu 와 s i+1p 를, s iv 와 s i+1q 를 연결함;
경우 2: s iu [2:9] = s i+1q [1:8] 및 s iv [2:9] = s i+1p [1:8]인 경우, s iu 와 s i+1q 를, s iv 와 s i+1p 를 연결함;
경우 3: s iu [2:9] = s i+1p [1:8] 및 s iv [2:9] = s i+1q [1:8] 및 s iu [2:9] = s i+1q [1:8] 및 s iv [2:9] = s i+1p [1:8]인 경우, 연결의 선택은 천연 서열에서 2개의 연결의 빈도를 기반으로 함:
입력 서열에서 s ix 와 s i+1y 의 공존 빈도는 Cixy로 표시한다;
Ciup + Civq > Ciuq + Civp인 경우, s iu 와 s i+1p 를, s iv 와 s i+1q 를 연결함;
Ciuq + Civp > Ciup + Civq인 경우, s iu 와 s i+1q 를, s iv 와 s i+1p 를 연결함;
Ciup + Civq = Ciuq + Civp인 경우, 위치 i-1 및 i에서 9량체 쌍의 공존 빈도를 첫 번째 위치까지 역추적하고 조합함. 2개의 상이한 연결 사이에 차이가 없는 경우, 무작위로 하나를 선택함.
HLA 제한된 구조체
일부 구현에서, 백신 구조체(예를 들어, 1가, 2가 또는 다가)는 특정 HLA 대립유전자 또는 HLA 대립유전자 세트에의 결합 또는 이에 의한 제시 가능성을 증가시키도록 설계될 수 있다. 이러한 구현에 따라, 다가(예를 들어, 2가) 폴리펩타이드에서 각각의 9량체에 대한 MHC 결합 친화성을 NetMHC 또는 MHCflurry와 같은 도구를 사용하여 예측하고, 관심 있는 특정 HLA 대립유전자에 대해 높은 친화성으로 결합하지 않는 9량체를 배제시킬 수 있다. 이러한 도구는 공개적으로 이용 가능하며, 예를 들어 문헌[Lundegarrd et al. Nucleic Acids Res. 2008 Jul 1;36(웹 서버에 공개됨):W509-12] 및 문헌[O'Donnell et al. Cell Systems 2018 7:129-132]에 기재되어 있다. 추가의 공개적으로 이용 가능한 T세포 에피토프 예측 도구가 본원에 기재된 바이러스 백신 설계 방법에 사용될 수 있으며, 이는, 예를 들어 문헌[Sanchez-Trincado, et al., J Immunol Res (2017) 2017:2680160 (PMID: 29445754)]에 기재되어 있다. MHC 클래스 I 결합 에피토프를 식별하기 위한 예측 도구에는, 예를 들어 MAPPP, PEPVAC, EPISOPT, BIMAS, Propred-1, EpiJen, IEDB-MHCI, Net MHC, NetMHCpan, nHLApred, NetCTL 및 WAPP가 포함된다. MHC 클래스 II 결합 에피토프를 식별하기 위한 예측 도구에는, 예를 들어 EpiDOCK, PREDIVAC, EpiTOP, TEPITOPE, Propred, IEDB-MHCII, IL4pred, MHC2PRED, NetMHCII 및 NetMHCIIpan이 포함된다. MHC 클래스 I 및/또는 MHC 클래스 II 결합 에피토프를 식별하기 위한 예측 도구에는, 예를 들어 MotifScan, Rankpep, SYFPEITHI, Vaxign, MHCPred, MULTIPRED2, SVMHC 및 SVRMHC가 포함된다.
일부 구현에서, 인간 프로테옴 교차 인식 분석을 수행하여, 예를 들어 UniProt와 같은 인간 프로테옴 데이터베이스에 대해 구조체 내 모든 9량체를 검색하여, 인간 펩타이드, 예를 들어 적어도 5개의 잔기와 특정 아미노산 서열 동일성을 갖거나, 인간 단백질과 T세포 수용체(TCR) 대면 잔기를 공유하는 임의의 9량체를 식별하는 것을 포함하는 방법을 통해 상기 구조체를 추가로 개선시킨다. 이어서, 임의의 이러한 9량체를 구조체에서 배제시킬 수 있다. 이어서, 모든 남아있는 9량체를, 예를 들어 단일 연속 융합 폴리펩타이드에서 다수의 에피토프를 연결하는 "스트링 상 비드(beads on a string)" 접근법을 사용하여 조합한다. 예를 들어, 문헌[Negahdaripour, et al., Infect Genet Evol. (2018) 58:96-109]; 문헌[Schubert, et al., Genome Med. 2016 Jan 26;8(1):9]; 문헌[Bounds, et al., Hum Vaccin Immunother. 2017 Dec 2;13(12):2824-2836]; 문헌[Toes, et al., Proc Natl Acad Sci U S A. (1997) 94(26):14660-5]; 및 문헌[Whitton, et al., J Virol. 1993 Jan;67(1):348-52] 참조. 대안적인 구현에서, 남아있는 9량체 각각의 업스트림 및 다운스트림 측면에 가장 잘 보존된 8개 아미노산 분절을 배치하여 25개 아미노산 길이의 펩타이드를 생성하고, 예를 들어 "스트링 상 비드" 접근법을 사용하여 모든 25량체를 조합한다.
일부 구현에서, 예를 들어 접합 분절에 대해 HLA 결합 분석, 인간 프로테옴 교차 인식 분석, 또는 둘 모두를 수행하여, 유해한 접합 반응을 감소시키거나 회피하도록 폴리펩타이드 분절을 선택적으로 재배열할 수 있다. 항암 백신 설계의 맥락에서, 신생항원에 대한 접합 에피토프 제시를 감소시키는 예시적인 방법은, WO 2019/104203에 기재되어 있다.
일부 구현에서, 보존된 영역은 가상 실험으로 하기 단계 중 하나 이상을 수행하는 방식으로 추가로 정의된다: (i) 짧은 폴리펩타이드 분절, 예를 들어 35개 이하 아미노산 길이, 예를 들어 9개 내지 35개 아미노산 길이의 폴리펩타이드 분절을 제거하는 단계; (ii) 인간에서 약한 면역원성 또는 비면역원성인 분절을 제거하는 단계; (iii) 선결된 서열 집단 중에서 90% 미만으로 보존된, 특정 예에서, 80% 미만으로 보존된 분절을 제거하는 단계; (iv) 인간에서 면역원성인 것으로 공지된 HIV-1 단백질, 예를 들어 Env, Gag, Nef 및 Pol로부터 추가의 분절을 포함시키는 단계(예를 들어, hiv.lanl.gov/content/immunology/maps/maps.html; 문헌[Fischer, et al., Nat Med. (2007) 13(1):100-6]; 및 문헌[Addo, et al., J Virol, (2003) 77(3):2081-92]의 에피토프 맵 참조).
일부 구현에서, 인접한 폴리펩타이드 분절을 선택적으로 상기 기재된 바와 같은 링커 서열을 이용하여 분리시킬 수 있다. 일부 구현에서, 링커 서열 또는 서열들은 절단 가능한 링커를 포함하며, 선택적으로 절단 가능한 링커에 인접하게 위치한 추가의 링커 서열을 추가로 포함한다. 추가의 링커는 상기 및 본원에 기재된 바와 같은 또 다른 절단 가능한 링커, 폴리알라닌 링커, 폴리글리신 링커, 가요성 링커 또는 강성 링커일 수 있다. 일부 구현예에서, 푸린 인식 부위는 2A 절단 가능한 링커보다 앞에 있거나 이의 N-말단에 위치한다. 특정 구현에서, 링커 서열이 구제역바이러스(FMDV) 절단 가능한 펩타이드, FMDV 2A 또는 이의 유도체를 포함하는 경우, 추가의 링커 서열은 REKR 서열(서열번호 382) 또는 이의 유도체일 수 있다. 일부 구현에서, 링커는 짧은 폴리알라닌 펩타이드, 예를 들어 2개 내지 4개의 알라닌 잔기(서열번호 470)로 이루어지거나, 서열 AAY(서열번호 379) 또는 AAX(서열번호 380)(여기서, X는 임의의 아미노산 잔기임)를 갖는 펩타이드에서 선택된다.
일부 구현에서, 링커는 2가 폴리펩타이드의 각각의 인접한 보존된 영역 사이에 삽입된다. 일부 구현에서, 예를 들어 유해한 접합 에피토프가 생성되지 않는 경우, 폴리펩타이드에서 동일한 단백질의 인접한 분절 사이에 링커가 삽입되지 않는다. 링커는 상이한 단백질의 인접한 분절 사이에 삽입될 수 있다.
개인화된 구조체
일부 구현에서, 본 개시내용은 개인화된 구조체를 생산하는 방법을 추가로 제공한다. 일반적으로, 개인화된 구조체는 환자 내 바이러스 다양성을 포괄하기에 충분한 T세포 에피토프를 생성하도록 참조 집단의 분절을 변형시키기 위해, 보존된 영역을 정의하고, 대상 자체 바이러스 단리물(DNA 또는 RNA)의 서열 다양성을 고려하는 집단 기반 백신 구조체로 시작한다. 따라서, 상기 방법은 폴리펩타이드 서열이 특정 환자를 감염시키는 바이러스의 바이러스 다양성을 설명하는 최종 백신 구조체를 제공한다. 이를 위해, 상기 방법은 상기 기재된 방법을 사용하여 수득된 2가 백신 구조체로 커버된 보존된 영역의 각 위치 내에서 환자 내 바이러스 서열 가변성을 정의하기 위해 개별 환자 심층 시퀀싱 데이터를 분석하는 단계를 포함한다. 본질적으로, 상기 방법은 개체의 HLA 대립유전자에 의한 제시를 개선시키면서, 이러한 다양성을 반영하고 탈출 돌연변이체의 위험을 추가로 감소시키기 위해, 대상 내 존재하는 바이러스 유사종 변이체를 식별하고, 초기 2가 백신 구조체를 변경시키는 단계를 포함한다.
초기 단계에서, 심층 시퀀싱 판독물을 어셈블링하여, HXB2와 같은 참조 서열에 맵핑되는 대상 특이적 공통서열을 생성한다. 참조 구조체, 즉, 상기 기재된 방법에 따라 제조된 집단 구조체에서 상응하는 서열로 커버된 보존된 영역 내 각 9량체 위치에서, 해당 위치를 완전히 커버하는 복수의 시퀀싱 판독물로부터 상응하는 하위서열을 추출하고, 9개 아미노산 서열(9량체)로 변환시킨다. 다음으로, 충분히 많은 수의 시퀀싱 판독물, 예를 들어 적어도 약 1000개의 판독물로 커버된 이러한 위치에 있는 9량체가, 커버된 시퀀싱 판독물의 적어도 임계 비율, 예를 들어 적어도 약 1%로 존재하는 경우, 이를 추출한다. 추출된 9량체 하위서열을 참조 2가 구조체의 서열에 정렬하고, 미스매치를 결정한다.
일부 구현에서, 상기 방법은 개별 숙주의 HLA 대립유전자 세트에 의한 제시 가능성에 기반하여 실제 에피토프로 작용할 수 있는 영역을 식별하는 단계를 추가로 포함한다. 숙주 HLA에의 결합 가능성은 예측 알고리즘을 사용하여 확인할 수 있다. 이러한 알고리즘은, 예를 들어 공개적으로 이용 가능한 데이터베이스를 사용하여, 대립유전자에 따른 펩타이드 결합을 모델링하는 심층 학습 모델을 개발하도록 설계되었다. 이를, T세포 수용체(TCR) 인식을 조절하는 항원 변이체의 잠재적인 영향을 정의하거나 펩타이드를 탈출 변이체로 식별할 수 있는 가상 실험적, 공개된 및/또는 실험적 시험관내 T세포 프라이밍 데이터와 결합할 수 있다.
일부 구현에서, 상기 방법은 기존 탈출 변이체를 갖는 서열을 배제시키는 단계를 추가로 포함한다. 예를 들어, NetMHC, NetMHCpan, MHCflurry와 같은 도구, 또는 상기 논의된 바와 같은 다른 유사한 도구를 사용하여 결정 시, 탈출 변이체로 공지되어 있거나 실험적으로 정의된 환자 내 9량체 변이체가 또한 MHC에 결합할 것으로 예측되는 경우, 이를 배제시킬 수 있다. 또한, 2가 백신 구조체에 포함되지 않지만, 해당 구조체로 커버된 위치에 맵핑되는 임의의 9량체 변이체를 식별하고, 9량체 변이체가 대상의 HLA 대립유전자에 대한 결합 친화성이 낮은 것으로 예측되는 경우, 탈출을 회피하기 위해 9량체 위치를 2가 백신 구조체로부터 제거할 필요가 있을 수 있다. 배제 가능성이 있는 탈출 변이체는 또한, 예를 들어 탈출 변이체, 펩타이드 예측 모델, 면역펩티돔(immunopeptidome) 분석 및 시험관내 T세포 인식 데이터에 대한 기존 지식을 사용하여 결정될 수 있다.
상기 논의된 바와 같이, 상기 방법은 감염된 대상에서 얻은 바이러스 프로테옴 서열을 분석하는 단계를 포함한다. 일부 구현에서, 상기 방법은 선택적으로 대상으로부터 바이러스 RNA 또는 DNA 샘플을 수득하는 단계를 추가로 포함할 수 있다. 샘플은 혈장 샘플 또는 혈액 샘플, 예를 들어 말초혈액 단핵세포(PBMC) 또는 림프 조직을 함유하거나 이것이 풍부한 샘플일 수 있다. 샘플은 항레트로바이러스 요법("preART") 전 또는 ART 후에 대상으로부터 수득될 수 있다. 샘플은 혈장 바이러스 RNA, 프로바이러스 DNA, 온전한 프로바이러스 바이러스 DNA 및 저장소 파생 바이러스 중 1종 이상을 포함할 수 있다. 일부 구현에서, 샘플은 HIV 감염된 치료 경험이 없는 대상으로부터 수득된다. 일부 구현에서, 샘플은 ART 후 대상으로부터 수득된다.
일부 구현에서, 상기 방법은 대상으로부터 얻은 생물학적 샘플, 예를 들어 혈청 샘플에서 바이러스 RNA 또는 DNA를 단리하는 단계, 및 바이러스 DNA를 시퀀싱하는 단계를 추가로 포함할 수 있다.
시퀀싱 단계는 대상 공통서열을 생성하기 위해 복수의 시퀀싱 판독물을 어셈블링하고; 복수의 판독물 내 각각의 판독물을 대상 공통서열에 정렬하고; 대상의 정렬된 판독물을 참조 서열에 맵핑하여 서열 좌표를 얻는 것을 추가로 포함할 수 있다. 참조 서열은, 예를 들어 GenBank No. Accession K03455로 식별된 HIV 참조 서열 HXB2일 수 있다. HXB2 참조 단백질 Env, Gag, Nef 및 Pol에 대한 폴리펩타이드 서열은 본원에서 서열번호 403 내지 406으로 제공된다.
실시예
하기 실시예는 청구된 발명을 예시하기 위해 제공되는 것으로, 이를 제한하고자 하는 것이 아니다.
실시예 1
2가 백신 구조체를 생성하기 위한 보존 분석 및 보존된 워킹 분석(CWA)의 구현 예시
본 실시예는 HIV-1 Env, Gag, Nef 및/또는 Pol 유전자에 의해 인코딩되는 보존된 단백질 영역에 기반하여 2가 백신 구조체를 생성하기 위한 보존 분석 및 CWA의 특정 구현에 의한 집단 기반 2가 폴리펩타이드 구조체의 설계를 설명한다.
먼저, 상기 방법은 선택된 바이러스 유전자 세트에 대한 바이러스 프로테옴에서 모든 보존된 영역의 세트를 식별한다. 본 실시예에서, 바이러스 유전자 세트는 HIV-1 Gag, Pol 및 Nef로 이루어져 있다.
계산적으로, 보존 알고리즘과 CWA의 조합은, 도 3에 예시된, 하기 5가지 기본 단계를 포함하는 위치 관련 De Brujin 그래프 기반 2가 백신 서열 설계 알고리즘으로 설명할 수 있다:
단계 1: 소스 바이러스 프로테옴 서열 세트를 참조 서열에 정렬하는 단계.
단계 1에서, 바이러스 프로테옴 서열의 소스 집단을 참조 서열에 정렬한다. 본 실시예에서, 사용된 참조 서열은 GenBank No. Accession K03455로 식별된 HIV-1 HXB2였다. HXB2 참조 폴리펩타이드 Env, Gag, Nef 및 Pol의 아미노산 서열은 본원에서, 각각, 서열번호 403, 404, 405 및 406으로 제공된다. 바이러스 프로테옴 서열의 소스 집단은 자연 발생 바이러스에서 얻은 서열로 이루어져 있다. 이러한 서열은, 예를 들어 로스 알라모스 국립 연구소, 미국 보건후생부 및 미국 국립보건원(hiv.lanl.gov)에서 유지 관리하는 HIV 데이터베이스에서 공개적으로 이용 가능하며, 이는 본 실시예에서 서열의 소스 집단에 대해 사용된 데이터베이스였다. 예시의 목적으로, 본 발명자들은 바이러스 서열의 서브세트, 여기서 M군의 분기군 B 서열에 분석의 초점을 맞추었다. 다수의 정렬 알고리즘, 구체적으로 고속 푸리에 변환 알고리즘, MAFFT를 사용하여 정렬을 수행하였다(문헌[Katoh et al. 2002 Nucleic Acids Res. 30 (14):3059-66]). 베이스 MAFFT 소프트웨어는, 예를 들어 Berkeley Software Distribution(BSD) 라이선스에 따라 공개적으로 이용 가능하고 배포된다.
단계 2: 각각의 9량체 위치에 대하여, 모든 고유한 9량체 및 이의 빈도를 추출하고, 해당 빈도로 9량체 쌍 세트를 구축하는 단계.
단계 2에서, 본 발명자들은 정렬된 서열 세트에 보존 알고리즘을 적용하였다. 정렬에서 각각의 서열에 대해, 상기 알고리즘은, N-말단의 첫 번째 아미노산에서 시작하며, 한 번에 하나의 아미노산 위치를 이동시켜, "9량체"로 지칭되는 9개 아미노산 길이의 모든 가능한 아미노산 분절의 세트를 생성한다. 따라서, 알고리즘은 정렬 내 각각의 서열에 대해, N-말단 아미노산으로 시작하는 9-아미노산 하위서열 세트("9량체")를 형성하며, 여기서 각각의 하위서열은 정렬에서 길이가 l인 각 서열이 (l-8)개의 9량체를 함유하도록 8개 아미노산이 선행하는 하위서열과 중첩되어 있다.
다음으로, 각각의 9량체 위치에 대하여, 상기 방법은 소스 바이러스 프로테옴 서열의 정렬된 세트에서 2개의 가장 흔한 고유한 9량체와 이의 빈도를 식별한다. 달리 말하면, 위치 i에서 시작하여, 각 위치에서 2개의 가장 흔한 고유한 9량체는, 고유한 9량체가 정렬의 위치 i에서 발생하는 횟수를 정렬 내 서열의 총 수로 나눈 값으로 계산된, 이의 빈도에 기반하여 식별된다.
계산적으로, 길이가 l인 각 서열은 l-8개의 9량체를 함유한다. 본 발명자들은 위치 i에서 시작하는 모든 9량체를 s ij 로 정의하고, 빈도를 f ij (여기서 j = 1,2,3, … m임)로 정의한다. 전체적으로, 위치 i에는 m개의 고유한 9량체가 존재한다. 2개의 고유한 9량체(s iu , s iv )는 각각 9량체 쌍을 구성할 수 있으며, 이의 빈도는 f iu + f iv 이다. 9량체 자체는 각각 (s iu , s iu )로 9량체 쌍을 구성할 수 있으며, 이의 빈도는 f iu 이다. 따라서, 전체적으로, 각 위치에는 m*(m+1)/2개의 9량체 쌍이 존재한다.
따라서, 상기 방법은 2개의 가장 흔한 9량체 중 어느 하나를 함유하는 소스 바이러스 프로테옴 서열의 정렬된 세트의 비율을 합산하여 각 9량체 위치에 대한 2가 보존을 계산한다. 이를 위해, 2개의 가장 흔한 고유한 9량체 중 어느 하나를 함유하는 정렬 내 서열의 비율을 합산하여 각 위치에 대한 "2가 보존"을 계산한다.
다음으로, 목적하는 2가 보존을 갖는 정렬 내 서열을 추출하여 보존된 영역의 새로운 정렬을 생성한다. 본 실시예에서, 본 발명자들은 80% 초과 또는 90% 초과의 2가 보존을 사용하였으며, 이는 위치 i에 있는 2개의 가장 흔한 9량체가 보존된 영역의 새로운 정렬에서 해당 위치에 있는 9량체의 80% 초과 또는 90% 초과를 차지함을 의미한다. 달리 말하면, 상기 방법은 각 위치에 있는 2개의 가장 흔한 9량체 빈도의 합이 특정 컷오프 초과, 예를 들어 80% 초과 또는 90% 초과인 것으로 새로운 정렬에서 보존된 영역을 식별한다. 따라서, 상기 방법은 또한 보존된 영역의 새로운 정렬에서 각 위치에 있는 각각의 고유한 9량체 쌍의 빈도를 계산한다.
이는 도 4a에 그래프로 도시되어 있다. 도 4a는 10개의 입력 천연 서열의 가상 세트를 나타내며, 각각은 첫 번째 9량체 내에 단일 아미노산 변이를 갖는다. 10개 서열 세트에 걸쳐, 세 번째 아미노산 위치에 "L"을 갖는 9량체는 6회 발견되고, 해당 위치에 "I"를 갖는 9량체는 3회 발견되며, 해당 위치에 "I"를 갖지만 첫 번째 위치에 상이한 아미노산을 갖는 9량체는 1회 발견된다. 따라서, 보존 알고리즘은 정렬된 서열의 집단 내 해당 위치에서 함께 가능한 9량체의 90%를 차지하는 가장 우세한 2개의 9량체를 선택한다.
이러한 분석을 사용하여, 집단 내 모든 단백질 서열에 걸쳐 각 위치에서 고도로 보존된 9량체의 분포를 결정할 수 있다. 이는 도 4b에 그래프로 도시되어 있다. 상기 플롯은 로스 알라모스 HIV 서열 데이터베이스에서 얻은 9,846개의 M군의 분기군 B 입력 서열에서 Gag 유전자 p24 단백질에 의해 인코딩되는 단백질에 대한 보존 분포를 보여준다. y축은 2가 보존을 나타내고, x축은 참조 서열, HXB2의 Gag p24에 대한 9량체의 위치를 나타낸다. 그래프의 상단을 가로질러, 가로 막대는 각각의 위치에서 가장 우세한 2개의 9량체를 사용하여 적어도 80% 2가 보존을 갖는 것을 보존된 영역으로 도시한다. 정사각형이 있는 진회색 선은 가장 우세한 2개의 9량체를 사용하여 각 위치에서 2가 보존을 플롯팅하며, 다이아몬드가 있는 연회색 선은 각 위치에서 가장 우세한 9량체만을 사용하여 보존을 나타낸다. 이러한 분석은, 가장 우세한 2개의 9량체를 사용하는 것이, 입력 집단을 이용한 구조적으로 보존된 서열의 식별을 개선시킨다는 것을 입증한다.
본 발명자들은 다음으로, 90% 초과의 2가 보존을 갖는 영역으로 제한하고, 35개 미만 아미노산의 짧은 분절, 예를 들어 9개 내지 35개 아미노산 길이의 분절을 제거하는 것을 포함하는, 보존된 영역을 정의하는 추가의 선별 기준을 적용하였다.
본 발명자들은 또한 적어도 80%의 2가 보존을 갖고 고도로 면역원성인 것으로 공지된 특정 영역으로부터의 일부 추가의 분절, 특히, 참조 서열 HXB2_K03455의 64번 내지 99번 아미노산에 상응하는 Nef의 영역을 포함시켰다(예를 들어, hiv.lanl.gov/content/immunology/maps/maps.html; 문헌[Fischer, et al., Nat Med. (2007) 13(1):100-6]; 및 문헌[Addo, et al., J Virol, (2003) 77(3):2081-92]의 에피토프 맵 참조).
단계 3: 임의의 충돌하는 아미노산을 갖지 않는 경우 인접한 위치에 있는 9량체 쌍을 연결하는 단계.
이러한 변형된 보존된 영역 세트를 사용하여, 본 발명자들은 CWA를 적용하여 2가 서열 구조체를 구축하였다. CWA는 8개 아미노산 중첩을 공유하는 보존된 영역의 정렬의 인접한 위치에서 9량체 쌍을 연결한다.
계산적으로, 각각의 9량체 s는 9개의 아미노산을 함유하며, 본 발명자들은 위치 x에서 y까지의 아미노산 하위서열을 나타내기 위해 s[x:y]로 표시한다(총 y-x+1개의 아미노산):
s iu [2:9] == s i+1p [1:8] 및 s iv [2:9] == s i+1q [1:8]
또는
s iu [2:9] == s i+1q [1:8] 및 s iv [2:9] == s i+1p [1:8].
단계 4: 경로 내 모든 9량체 빈도의 합으로 첫 번째 9량체 위치에서 마지막 위치까지의 최적 경로를 찾는 단계.
단계 4에서, 알고리즘은, 각각의 9량체 쌍이 노드이고, 인접한 노드 사이의 에지는 인접한 위치의 연결된 9량체 쌍으로부터 형성되며, 여기서 각 에지의 가중치는 다운스트림 9량체 쌍의 빈도와 동일한, 방향성 비순환 그래프를 구축한다. 이러한 방향성 비순환 그래프는 위치 관련 De Brujin 그래프이다. 이러한 그래프는, 예를 들어 문헌[Ronen et al., Bioinformatics (2012) 28:188-196]에 기재된 바와 같이 차세대 시퀀싱 데이터의 어셈블리와 관련하여 설명되어 있다.
본 실시예에서, 본 발명자들은 소스 노드를 부가하여 첫 번째 위치의 모든 노드를 연결하고, 싱크 노드를 부가하여 마지막 위치의 모든 노드를 연결하였다. 방향 그래프에서, 소스 노드는 외부 흐름만 있는 노드이고, 싱크 노드는 내부 흐름만 있는 노드이다. 여기서, 소스 노드는 첫 번째 위치에 있는 모든 9량체 쌍 노드에 연결되는 더미(dummy) 노드이고, 싱크 노드는 마지막 위치에 있는 모든 9량체 쌍 노드에 연결되는 더미 노드이다.
이어서, 본 발명자들은 모든 가중치를 무효화하고, 소스 노드에서 싱크 노드까지의 최적 경로를 찾았다(여기서, 최적 경로는 모든 9량체 쌍의 빈도의 합으로 정의됨). 최적 경로를 찾는 작업은, 예를 들어 Bellman-Ford 알고리즘을 사용하여 수행한다. 일반적으로, Bellman-Ford 알고리즘은 가중치 방향 그래프의 단일 소스 정점에서 모든 다른 정점까지의 최단 거리를 계산한다. 방향 그래프는 에지로 연결된 정점의 세트로 구성된 그래프이며, 여기서 에지에는 이와 관련된 방향이 있다.
계산적으로, 기본 아이디어는, 최대 적용범위 2가 백신 구성 문제를, 방향성 비순환 그래프에서 최소 경로를 찾는 것이 해결책인 전형적인 그래프 이론 문제로 모델링하는 것이다. 계산 단계는 하기와 같이 요약될 수 있다:
(4-1) 각각의 9량체 쌍을 노드로 처리하고, 단계 3에서 인접한 노드 사이에 에지를 구축함;
(4-2) 소스 노드를 부가하고, 이를 첫 번째 위치에 있는 모든 노드와 연결함;
(4-3) 싱크 노드를 부가하고, 이를 마지막 위치에 있는 모든 노드와 연결함;
(4-4) 다운스트림 9량체 쌍의 빈도와 동일한 각 에지에 가중치를 둠; 및
(4-5) 모든 가중치를 무효화하고, Bellman-Ford 알고리즘을 사용하여 최적 경로를 찾음.
단계 5: 최적의 2가 9량체 쌍 경로에 기반하여 2가 백신 서열을 구축하고, 8개 아미노산 중첩을 공유하는 경우 최적의 2가 9량체 쌍 경로 내 인접한 위치에 있는 2개의 9량체를 연결하는 단계.
단계 5에서, 8개 아미노산 중첩을 공유하는 경우 최적의 2가 9량체 경로 내 인접한 위치에 있는 2개의 9량체를 연결하는 방식으로 2가 구조체를 구축하여, 이와 함께 2가 구조체를 형성하는 연결된 9량체의 2개의 서열을 생성한다. 연결된 인접한 9량체 쌍은 모두 8개 아미노산 중첩을 갖기 때문에, 2개의 서열로 어셈블링될 것이다. 예를 들어, 하나의 9량체 쌍(AIIIIIIIS(서열번호 464), MIIIIIIII(서열번호 465))은 또 다른 9량체 쌍(IIIIIIISK(서열번호 466), IIIIIIIIR(서열번호 467))과 연결되어, 2개의 서열(2가 서열): AIIIIIIISK(서열번호 468) 및 MIIIIIIIIR(서열번호 469)을 생성할 수 있다.
이러한 방법은 도 5a 내지 도 5c에 그래프로 도시되어 있다. 도 5a는, 첫 번째 위치에 2개의 고유한 9량체와 두 번째 인접한 위치에 3개의 고유한 9량체를 갖는 9개 소스 바이러스 서열의 가상 세트를 보여준다. 각 서열의 빈도는 서열의 우측에 '회'로 표시되어 있으며, 예를 들어 "x5"는, 해당 서열이 소스 세트에 5회 발견되었음을 의미한다. 도 5b는, 각각의 노드가 하나의 2가 9량체 쌍인 위치 관련 De Brujin 그래프의 구축을 도시한다. 인접한 위치에 있는 2개의 2가 9량체 쌍이 8개 아미노산 중첩을 공유하는 경우, 이들은 연결되어 에지를 구축한다. 이러한 방식으로, 방향성 비순환 그래프를 생성한다. 도 5c는, 최적 경로를 찾는 것을 예시한다. 상기 언급된 바와 같이, 최적 경로는 모든 9량체 쌍의 빈도의 합으로 정의된다. 이는, 입력 서열을 참조하여 가장 높은 보존을 제공하는 인접한 9량체 사이의 연결을 찾는 방식으로 달성된다. 따라서, 도 5c에서, 상부의 4개 쌍 세트에 도시된 바와 같이 2개의 9량체 쌍을 연결하여, 하기 2가 서열을 제공한다:
GIIIIIIIIK(서열번호 471) x0
AIIIIIIIIH(서열번호 472) x0.
이러한 서열 중 어느 것도 도 5a에 도시된 소스 서열에 존재하지 않는다.
대조적으로, 도 5c에서 하부의 4개 쌍 세트에 도시된 바와 같이 2개의 9량체 쌍을 연결하여, 하기 2가 서열을 제공한다:
GIIIIIIIIH(서열번호 473) x3
AIIIIIIIIK(서열번호 474) x4.
이들은 각각, 도 5a에 도시된 소스 서열에, 각각, 3회 또는 4회 존재한다. 따라서, 이는 소스 서열에 대한 보존을 최대화하기 때문에, 알고리즘에 의해 선택되는 것은 이러한 두 번째 2가 서열 쌍이다.
계산적으로, 이는 하기 예시적인 경우로 예시될 수 있다:
경우 1: s iu [2:9] = s i+1p [1:8] 및 s iv [2:9] = s i+1q [1:8]인 경우, s iu 와 s i+1p 를, s iv 와 s i+1q 를 연결함;
경우 2: s iu [2:9] = s i+1q [1:8] 및 s iv [2:9] = s i+1p [1:8]인 경우, s iu 와 s i+1q 를, s iv 와 s i+1p 를 연결함;
경우 3: s iu [2:9] = s i+1p [1:8] 및 s iv [2:9] = s i+1q [1:8] 및 s iu [2:9] = s i+1q [1:8] 및 s iv [2:9] = s i+1p [1:8]인 경우, 연결의 선택은 천연 서열에서 2개의 연결의 빈도를 기반으로 함:
입력 서열에서 s ix 와 s i+1y 의 공존 빈도는 Cixy로 표시한다;
Ciup + Civq > Ciuq + Civp인 경우, s iu 와 s i+1p 를, s iv 와 s i+1q 를 연결함;
Ciuq + Civp > Ciup + Civq인 경우, s iu 와 s i+1q 를, s iv 와 s i+1p 를 연결함;
Ciup + Civq = Ciuq + Civp인 경우, 위치 i-1 및 i에서 9량체 쌍의 공존 빈도를 첫 번째 위치까지 역추적하고 조합함. 2개의 상이한 연결 사이에 차이가 없는 경우, 무작위로 하나를 선택함.
이러한 역추적 및 공존 빈도 접근법은 9개 아미노산보다 긴 펩타이드의 빈도를 고려하며, 본 발명의 알고리즘을 다른 그래프 기반 방법과 추가로 차별화시킨다.
다음으로, 천연 서열에서 서로 인접하지 않은 영역, 즉, 8개 아미노산 중첩의 결여로 인해 상기 기재된 바와 같은 CWA에 따라 연결될 수 없는 영역으로부터 구성된 서열을, 하기 3가지 상이한 링커 전략 중 하나를 사용하여 조합하였다: 1. 어떠한 링커 없이 직접 융합함; 2. 각각의 2개의 보존된 영역 사이에 'AAA' 링커(서열번호 378)를 삽입함; 3. 동일한 단백질 내 분절의 경우 어떠한 링커도 없이 직접 융합하고, 상이한 단백질의 분절 사이에는 F2A 링커를 삽입함.
보존된 워킹 분석(CWA) 방법의 개요는 도 1 및 도 2에 도시되어 있다. HIV-1 Gag, Nef 및 Pol 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절을 갖는, 서열번호 345 내지 350 및 표 1의 서열의 융합 폴리펩타이드는, 이러한 방법에 따라 설계된 예시적인 면역원성 융합 폴리펩타이드 서열이다.
실시예 2
HIV-1 유전자에 의해 인코딩되는 단백질에 적용된 보존 분석 및 보존된 워킹 분석(CWA)의 구현 예시
본 실시예는 (i) Gag 및 Nef("GagNef"), (ii) Pol, 또는 (iii) Pol 및 Env("PolEnv")의 보존된 HIV-1 영역에 기반하여 유사한 구현을 설명한다.
상기 실시예 1에서는, 표적 유전자 Gag, Nef, Env 및 Pol의 단백질 코딩 영역에서 모든 후보 보존된 영역 세트를 식별하기 위해 보존 알고리즘을 적용하였다. 본 실시예에서, 본 발명자들은 (1) Gag 및 Nef, (2) Pol, 또는 (3) Pol 및 Env의 단백질 코딩 영역을 이용하여, 3개의 상이한 2가 구조체, "GagNef," "Pol" 및 "PolEnv"를 각각 생성하였다. 상기 실시예 1의 단계 1 및 단계 2에서와 같이, 본 발명자들은 먼저 소스 서열을 정렬하고, 이어서 보존 알고리즘을 적용하여 Gag 및 Nef, Pol, 또는 Pol 및 Env 중 어느 것인 표적 유전자의 단백질 코딩 영역에서 모든 후보 보존된 영역 세트를 식별하였다. 이어서, 상기와 같이, 본 발명자들은 보존 및 공지된 면역원성에 기반한 추가 선별 기준을 적용하였다(예를 들어, hiv.lanl.gov/content/immunology/maps/maps.html, 및 문헌[Fischer, et al., Nat Med. (2007) 13(1):100-6]의 에피토프 맵 참조). Pol 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 분절을 포함하는 특정 서열에서, 본 발명자들은 역전사효소의 "YMDD" 모티프(서열번호 462)와 프로테아제의 "DTG" 모티프 중 하나 또는 둘 모두를 포함하는 서열 분절이, 효소 활성의 유지 발현에 영향을 미칠 수 있기 때문에, 이를 배제시켰다.
이러한 변형된 보존된 영역 세트를 사용하여, 본 발명자들은 실시예 1의 단계 3 내지 단계 5에서와 같이, CWA를 적용하여 2가 서열 구조체를 구축하였다.
일부 폴리펩타이드 분절을, 단백질 구조에 유의한 영향을 미칠 가능성이 없는 작은 가요성 링커이기 때문에 입증 목적으로 선택된, 폴리알라닌 링커(예를 들어, AA, AAA(서열번호 378) 또는 AAY(서열번호 379))로 연결하였다. 본 발명자들이 유해하거나 바람직하지 않은 접합 에피토프, 예를 들어 자가 항원과 교차 반응할 수 있는 T세포를 자극할 수 있는 것을 생성하지 않으면서 폴리펩타이드 분절을 융합시킬 수 있다고 결정한 경우, 융합 접근법을 사용하였다. 본 발명자들이 유해하거나 바람직하지 않은 접합 에피토프가 생성될 수 있다고 결정한 경우, 가요성 링커를 폴리펩타이드 분절 사이에 삽입하였다.
본 실시예의 경우, 본 발명자들은 유해한 에피토프의 가능한 제시에 대한 접합 영역의 추가 분석을 적용하고, 이러한 접합 에피토프의 생성을 감소시키거나 회피하도록 분절을 배열하였다.
펩타이드 분절의 상이한 배열은 상이한 접합 반응을 유도할 수 있는 상이한 접합 9량체를 생성한다. 본 발명자들은 각각의 배열에서 모든 접합 9량체에 대한 MHC 결합 친화성 및 인간 펩타이드와의 교차 인식을 검사하기 위해 폴리펩타이드 분절 배열 도구를 개발하였다. 내부적으로 개발된 폴리펩타이드 분절 배열 도구는, 9량체 접합부 상에서, 하기 기재되는 2가지 분석을 적용한 가상 실험 예측 결과에 기반하여, 펩타이드의 상이한 배열을 검색하고 최소 접합 반응으로 최상의 배열을 결정한다((1) 가상 실험 HLA 결합 분석, 및 (2) 자가 항원을 인식할 수 있는 T세포를 프라이밍할 수 있는 에피토프를 식별하기 위한 인간 프로테옴 분석). 각각의 2개의 인접한 분절 사이의 접합 반응 점수는, 표적 HLA 대립유전자에 대한 결합 친화성이 높은 것으로 예측되는 접합 9량체의 수와 임의의 접합 9량체와 함께 펩타이드 또는 T세포 인식 모티프를 갖는 것으로 예측되는 인간 단백질의 수의 합으로 결정한다. 각각의 분절 배열 점수는 각각의 분절 배열에서 모든 접합 영역에 대한 접합 반응 점수의 합으로 결정한다.
1) 15개 미만의 펩타이드 분절이 존재하는 경우, 내부적으로 개발된 폴리펩타이드 분절 배열 도구는 모든 가능한 배열을 검색하여, 최소 접합 반응(최저 분절 배열 점수)으로 최상의 것을 결정한다.
2) 적어도 15개의 펩타이드 분절이 존재하는 경우, 내부적으로 개발된 폴리펩타이드 분절 배열 도구는 '탐욕(greedy)' 전략을 사용한다. 먼저, 모든 접합부를 생성한 후, 예측된 접합 반응의 측면에서 최상의 접합에서 시작한다. 다음으로, 이는 다음 호환 가능한 최상의 접합을 반복적으로 검색하여, 모든 펩타이드 분절을 어셈블링한다.
가상 실험 MHC 클래스 I (인간 HLA) 결합 분석: 항원 처리, 제시 및 T세포 수용체 인식은 완전히 이해되지 않은 채로 남아있는 복잡한 과정이다. 세포내 및 세포외 항원은 엔도좀 구획 내에서 처리되고, 세포질은 프로테아좀에 의해 처리되며, 펩타이드 단편이 MHC 분자와 상호작용하는 ER과 같은 엔도좀 구획에 트래피킹된다. 안정한 펩타이드-MHC 복합체는 세포 표면에 트래피킹되며, 여기서 이는 적절한 특이성을 갖는 TCR을 발현시키는 T세포에 의해 인식될 수 있다. 항원 처리 및 제시에서 가장 선택적인 단계 중 하나는 HLA 결합이다. HLA 결합 친화성은 NetMHC 또는 MHCflurry와 같은 다양한 도구, 또는 면역펩티돔 분석에서 유도되고, 실험적 결합 데이터뿐 아니라 환자 샘플에서 정의된 에피토프에 의해 확인된 거대 내부 데이터세트를 사용하여 예측할 수 있다. 이러한 도구는 공개적으로 이용 가능하며, 예를 들어 문헌[Lundegarrd et al., Nucleic Acids Res. 2008 Jul 1;36(웹 서버에 공개됨):W509-12] 및 문헌[O'Donnell, et al., Cell Systems 2018 7:129-132]에 기재되어 있다. 본 실시예에서, 본 발명자들은 NetMHC를 사용하였다. 펩타이드 서열 및 HLA 대립유전자에 대한 정보 입력과 함께, NetMHC에서 모든 매개변수에 대해 디폴트 설정을 사용하였다. IC50 값이 1,000 nM 미만으로 예측된 결합 친화성은 낮은 결합 친화성으로 간주하였다.
인간 프로테옴 교차 인식 분석: 인간 펩타이드와 유사한 에피토프는 자가 항원과 교차 반응할 수 있는 관용원성 반응 또는 반응들을 유도할 수 있다. 본 발명자들은 공개적인 인간 단백질 데이터베이스(예를 들어, Uniprot, NCBI)에 대해 본 발명의 백신 내 모든 9량체를 검색하였다. HIV 펩타이드 9량체가 인간 펩타이드 9량체와 적어도 5개 잔기 아미노산 서열 동일성을 갖고, 둘 모두 동일한 대립유전자에 대한 결합 친화성이 높은 것으로 예측되는 경우, 이를 교차 보존된 9량체로 간주하였다. 본 발명자들은 UniProt 데이터베이스에서 모든 인간 단백질 서열을 다운로드하고, 최대 4개의 미스매치(적어도 5개의 매치)를 갖는 모든 인간 단백질 9량체에 대해 주어진 9량체의 효율적인 검색을 지원하는 도구를 구축하였다.
도 8은, 인간 프로테옴 교차 인식 분석의 결과를 예시한다. 본 실시예에서, 본 발명자들은 인간 단백질 데이터베이스에 걸쳐 HIV-1 펩타이드 9량체를 검색하고, 특정 수(잠정적으로 적어도 5개)의 아미노산을 공유하고, 본원에 기재된 가상 실험 MHC 클래스 I 분석에 기반하여 동일한 대립유전자에 대해 높은 결합 친화성(예를 들어, IC50이 약 1000 nM 미만이거나 폴리펩타이드 분절 집단의 상위 5% 이내의 백분위 순위를 가짐)을 갖는 것으로 예측된 모든 인간 단백질 9량체를 식별하였다. 인간 단백질의 펩타이드 분절과 높은 서열 동일성(예를 들어, 적어도 55%(9개의 아미노산 잔기 중 5개), 예를 들어 적어도 65%(9개의 아미노산 잔기 중 6개), 예를 들어 적어도 75%(9개의 아미노산 잔기 중 7개), 예를 들어 적어도 85%(9개의 아미노산 잔기 중 8개))을 갖고, 예측된 MHC 클래스 I 결합 친화성이 높은 이러한 HIV 9량체는, 인간 자가 항원과 교차 반응할 수 있는 관용원성 반응 또는 반응들을 유도할 수 있기 때문에(본원에서 "유해한 에피토프"로 정의됨), 이를 배제시켰다.
도 9는, 접합 영역에서 유해하거나 바람직하지 않은 에피토프의 제시 가능성을 감소시키거나 제거할 수 있는 폴리펩타이드 분절 배열 분석 방법을 예시한다. 예시된 디폴트 배열에서, Seg 2와 Seg3 사이, 및 Seg 3과 Seg 4 사이의 접합 9량체는 인간에서 관용원성 또는 자가 반응성 반응을 유도할 수 있는(예를 들어, 가상 실험 HLA 결합 분석에 기반하여 MHC 결합 친화성이 높거나 인간 프로테옴 교차 인식 분석에 기반하여 인간 단백질과의 교차 인식을 갖는) 접합 서열을 생성하는 것으로 예측된다. 본 발명자들은, 상이한 배열을 검색하고, 인간에서 관용원성 또는 자가 반응성 반응을 유도할 수 있는 예측된 접합 서열이 감소 또는 제거된 배열을 결정하는 알고리즘을 적용하였다.
서열번호 351 내지 366 및 407 내지 410의 융합 폴리펩타이드가 이러한 방법에 따라 설계된 예시적인 면역원성 융합 폴리펩타이드 서열이다.
실시예 3
MHC 클래스 I 제한된 융합 폴리펩타이드
T세포 백신에 대한 항원 설계를 개선시키는 구성요소는, 숙주의 T세포에 의해 용이하게 제시될 수 있는 목적하는 항원 세트를 정의하고, T세포 반응을 프라이밍하는 것이다. 바이러스 항원에서 유도된 짧은 아미노산 분절(8aa 내지 30aa 길이)은 주조직적합복합체(MHC) 내에서 정의된 숙주 인간 백혈구 항원(HLA) 대립유전자에서 처리되고 이에 제시된다. 이러한 대립유전자는, CD8+ T세포 상의 T세포 수용체(TCR)에 의해 인식되는 펩타이드를 제시하는 경우 MHC 클래스 I로 정의되고, 펩타이드와 MHC 복합체가 CD4+ T세포 상의 TCR에 의해 인식되는 경우 MHC 클래스 II로 정의된다.
본 실시예는, MHC 클래스 I 제한된 9량체 세트를 2가 구조체에서 선택하고, 이를 조합하여 MHC 클래스 I 제한된 백신 구조체를 형성하는 접근법을 설명한다. 이러한 방법은 인간 HLA-A*0201 대립유전자에 결합할 것으로 예측되는 다수의 에피토프를 갖는 면역원성 융합 폴리펩타이드를 설계하는 것으로 예시된다. 본 발명자들은 상기 방법을 입증하기 위해 인간 HLA-A*0201 대립유전자를 선택하였는데, 이것이 미국에서 가장 흔한 대립유전자이기 때문이다.
"짧은 펩타이드" 접근법과 "긴 펩타이드" 접근법의 2가지 접근법을 사용하여 HLA-A*0201 제한된 서열을 생성하였다. 짧은 펩타이드 접근법의 경우, 본 발명자들은 실시예 2에 기재된 가상 실험 MHC 클래스 I 결합 분석을 적용하여, HLA-A*0201에 대한 결합 친화성이 낮은 것으로 예측되는 2가 서열에서 임의의 9량체를 식별하였다. 저친화성 9량체(예를 들어, 예측된 MHC 클래스 I 결합 IC50 값이 1,000 nM 미만인 9량체)를 구조체에서 제거하였다.
다음으로, 실시예 2에 기재된 바와 같이, 본 발명자들은 2가 구조체 내 모든 9량체에 대해 인간 프로테옴 교차 인식 분석을 수행하였다. 본 발명자들은 인간 펩타이드 서열과 적어도 5개의 잔기를 공유하는 임의의 9량체를 식별하고, 이를 구조체에서 제거하였다.
이어서, 본 발명자들은 실시예 2에 기재된 내부적으로 개발된 폴리펩타이드 분절 배열 도구를 적용하고, 바람직하지 않은 접합부를 감소시키거나 회피하기 위해 배열된 2개의 2가 서열에서 남아있는 모든 9량체를 단일 서열로 조합하였다. 본 발명자들은 이를 "스트링 상 비드" 접근법으로 지칭한다. 단일 또는 다중 MHC 클래스 I 대립유전자 결합 특이성에 기반한 백신 구조체에서, 헬퍼 CD4+ T세포 반응의 유도는 MHC 클래스 II 에피토프를 포함시키는 방식으로 달성될 수 있다. 이는 문헌에 정의되어 있고, 집단의 많은 비율에 의해 표적화되는 것으로 공지된 클래스 II 에피토프일 수 있거나, 개체의 자체 MHC 클래스 II 대립유전자에 맞게 조정될 수 있다(문헌[Ranasinghe, J Virol, (2012) 86(1):277-83]; 및 문헌[Kaufmann, et al., J Virol. (2004) 78(9):4463-77]).
"긴 펩타이드" 접근법의 경우, 본 발명자들은 저친화성 MHC 클래스 I(여기서, 인간 HLA-A*0201) 결합 9량체를 제거한 후, 남아있는 9량체 각각의 업스트림 및 다운스트림 측면에 가장 잘 보존된 8개 아미노산 분절을 배치하여 25개 아미노산 길이의 펩타이드를 생성하는 것을 제외하고는, "짧은 펩타이드" 서열에 도달하기 위해 상기 기재된 바와 동일한 단계를 수행하였다. 이어서, 짧은 펩타이드 접근법과 마찬가지로, 바람직하지 않은 접합부를 감소시키거나 회피하기 위해 배열된 "스트링 상 비드" 접근법을 사용하여 모든 25량체를 단일 서열로 조합하였다.
도 10a 및 도 10b는, 각각, "짧은 펩타이드" 접근법 및 "긴 펩타이드" 접근법의 기본 방법론을 예시하는 흐름도를 제공한다. 서열번호 367 내지 377 및 411의 융합 폴리펩타이드가 이러한 방법에 따라 설계된 예시적인 면역원성 융합 폴리펩타이드 서열이다.
실시예 4
심층 시퀀싱 데이터 분석의 통합을 이용한 개별화된 구조체
본 실시예는 개별화된 백신 구조체를 형성하기 위해 심층 시퀀싱 데이터 분석을 포함시키는 접근법을 설명한다. 본 실시예에서, 상기 실시예 1의 단계 1 및 단계 2에서와 같이, 본 발명자들은 먼저 소스 서열을 정렬하고, 이어서 보존 알고리즘을 적용하여 표적 유전자의 단백질 코딩 영역에서 모든 후보 보존된 영역 세트를 식별하였다. 본 실시예에서, 표적 유전자는 Gag, Nef 및 Pol이었다. 본 발명자들은 실시예 1의 단계 3 내지 단계 5에서와 같이, CWA를 적용하여 이러한 영역에서 2가 서열을 구축하였다.
다운로드된 집단 서열에서 유도된 9량체에 더하여, 본 발명자들은 또한 해당 보존된 영역 내에서 환자 내 다양성을 식별하기 위해 표적 개체의 심층 시퀀싱 데이터를 분석하였다. 심층 시퀀싱 데이터를 사용하여 환자 내 9량체 변이체를 식별하기 위해, 심층 시퀀싱 판독물을 어셈블링하여 대상 특이적 공통서열을 생성하였다. 심층 시퀀싱 판독물을 대상 특이적 공통서열에 정렬한 후, HXB2 참조 서열에 대한 대상 특이적 공통 서열의 정렬에 기반하여 정렬을 HXB2 위치 좌표에 맵핑하였다. 보존된 영역 내 각각의 9량체 위치에서, 해당 위치를 완전히 커버하는 모든 시퀀싱 판독물의 상응하는 하위서열을 추출하여, 9개의 아미노산 서열로 변환시켰다. 검정 배경을 초과하는 빈도로 나타난 9량체 변이체만 포함시켰다.
보존된 영역 내 모든 9량체 위치에 대하여, 본 발명자들은 가상 실험 HLA 예측 분석을 수행한 후, 모든 위치를 4가지 카테고리로 분류하였다(도 6). 환자 내 9량체가 모두 2가 서열과 매칭되고, 이들 중 적어도 하나가 예측된 결합 친화성이 높은 경우, 위치를 카테고리 I(도 12a에서 로 표시됨)로 분류한다. 환자 내 9량체가 모두 2가 서열과 매칭되고, 이들 모두 예측된 결합 친화성이 낮은 경우, 위치를 카테고리 II(도 12a에서 로 표시됨)로 분류한다. 환자 내 9량체 중 적어도 하나가 2가 서열과 매칭되고, 이들 모두 예측된 결합 친화성이 높은 경우, 위치를 카테고리 III(도 12a에서 로 표시됨)으로 분류한다. 환자 내 9량체 중 적어도 하나가 2가 서열과 매칭되고, 이들 중 적어도 하나가 예측된 결합 친화성이 낮은 경우, 위치를 카테고리 IV(도 12a에서 로 표시됨)로 분류한다.
다음으로, 보존된 영역 위치 분류 결과에 기반하여, 카테고리 IV 위치에 있는 모든 9량체 변이체를 제거하고, 다른 위치에서 환자 HLA 대립유전자에 대한 결합 친화성이 높은 9량체(예를 들어, 예측된 MHC 클래스 I 결합 IC50 값이 1,000 nM 초과인 9량체)만 유지하였다. 외부 공개 HIV 데이터베이스(hiv.lanl.gov) 또는 내부 실험 데이터에 기반하여 탈출 변이체(즉, T세포 인식을 벗어나는 서열 변이체)인 것으로 공지된 임의의 에피토프를 제거하였다. 실시예 2에 기재된 바와 같이, 본 발명자들은 남아있는 모든 9량체에 대해 인간 프로테옴 교차 인식 분석을 수행하고, 인간 펩타이드 서열과 적어도 5개 잔기를 공유하는 임의의 9량체를 제거하였다. 이어서, 실시예 3에서의 "긴 펩타이드" 접근법에 기재된 바와 같이, 남아있는 9량체 각각의 업스트림 및 다운스트림 측면에 가장 잘 보존된 8개 아미노산 분절을 배치하여 25개 아미노산 길이의 펩타이드(25량체)를 생성하였다. 최종 단계에서, 본 발명자들은 실시예 2에 기재된 내부적으로 개발된 폴리펩타이드 분절 배열 도구를 적용하고, 모든 25량체를 단일 서열로 조합하였다("스트링 상 비드" 접근법).
도 13은, 개별화된 구조체 접근법의 기본 방법론을 예시하는 흐름도를 제공한다. 서열번호 422는 이러한 방법에 따라 설계된 예시적인 면역원성 융합 폴리펩타이드 서열을 제공한다. 이는, 심층 시퀀싱 데이터 분석이 통합되어 설계되고; HLA 대립유전자(A*02:01, A*23:01, B*07:02, B*44:03, C*04:01 및 C*07:02)가 있는 환자의 심층 시퀀싱 데이터를 사용하여 생성된 예시적인 개별화된 구조체이다.
실시예 5
심층 시퀀싱 데이터 분석으로 개선된 HLA 제한된 구조체
본 실시예는, 실시예 3에 기재된 HLA 제한된 백신 구조체를 추가로 개선시키기 위해 심층 시퀀싱 데이터와 환자 HLA 데이터 분석을 포함시킨 접근법을 설명한다. 본 실시예에서, 상기 실시예 1의 단계 1 및 단계 2에서와 같이, 본 발명자들은 먼저 소스 서열을 정렬하고, 이어서 보존 알고리즘을 적용하여 표적 유전자의 단백질 코딩 영역에서 모든 후보 보존된 영역 세트를 식별하였다. 본 실시예에서, 표적 유전자는 Gag, Pol 및 Nef였다. 본 발명자들은 실시예 1의 단계 3 내지 단계 5에서와 같이, CWA를 적용하여 이러한 영역에서 2가 서열을 구축하였다.
다운로드된 집단 서열에서 유도된 9량체에 더하여, 본 발명자들은 또한 해당 보존된 영역 내에서 환자 내 다양성을 식별하기 위해 동일한 HLA 대립유전자(HLA-A*0201)를 갖는 4명의 개체의 심층 시퀀싱 데이터를 분석하였다.
상기 실시예 4에 기재된 바와 같이, 본 발명자들은 심층 시퀀싱 데이터를 분석하고, 각각의 개체에 대하여 모든 보존된 영역 위치를 4가지 카테고리로 분류하였다.
보존된 영역 내 각각의 위치에 대하여, 적어도 한 명의 환자에 대한 것이 카테고리 IV에 속하는 경우, 이는 해당 대립유전자에 대한 탈출 경로가 정의되었음을 나타내기 때문에, 모든 9량체 변이체를 제거하였다. 모든 다른 위치에서, 표적 HLA 대립유전자(본 실시예에서 HLA-A*0201)에 대한 결합 친화성이 높은 9량체만 유지하였다. 실시예 2에 기재된 바와 같이, 본 발명자들은 남아있는 모든 9량체에 대해 인간 프로테옴 교차 인식 분석을 수행하고, 인간 펩타이드 서열과 적어도 5개 잔기를 공유하는 임의의 9량체를 제거하였다. 이어서, 실시예 3에서의 "긴 펩타이드" 접근법에 기재된 바와 같이, 남아있는 9량체 각각의 업스트림 및 다운스트림 측면에 가장 잘 보존된 8개 아미노산 분절을 배치하여 25개 아미노산 길이의 펩타이드(25량체)를 생성하였다(문헌[Assadipour, et al., Clin Cancer Res. (2017) 23(15):4347-4353]; 문헌[Zhang, et al., J Biol Chem, (2009) 284(14):9184-91] 참조). 최종 단계에서, 본 발명자들은 실시예 2에 기재된 내부적으로 개발된 폴리펩타이드 분절 배열 도구를 적용하고, 모든 25량체를 단일 서열로 조합하였다("스트링 상 비드" 접근법).
도 14는, 심층 시퀀싱 데이터 분석이 통합된 HLA 제한된 구조체(예를 들어, HLA-A*0201 서열) 접근법의 기본 방법론을 예시하는 흐름도를 제공한다. 서열번호 423은 이러한 방법에 따라 설계된 예시적인 면역원성 융합 폴리펩타이드 서열을 제공한다. 이는, 심층 시퀀싱 데이터 분석으로 개선되고; 4명의 HLA-A*02:01 환자의 심층 시퀀싱 데이터를 사용하여 생성된 예시적인 HLA 제한된 구조체이다.
실시예 6
면역원성 융합 폴리펩타이드를 함유하는 바이러스 발현 벡터
본 실시예에서, 본 발명자들은 전이유전자로서 Gag, Nef 및 Pol 유전자에 의해 인코딩되는 HIV-1의 보존된 영역을 함유하는 계산적으로 정의된 폴리펩타이드 분절을 인코딩하는 바이러스 발현 벡터를 생성하고, 포유류 세포에서 전이유전자의 발현을 확인하였다. 직접 융합, 단백질분해 절단 부위 서열의 부가에 의한 영역의 연결, 또는 영역 사이에 가요성 링커의 부가를 포함하는 다양한 접근법으로 보존된 영역을 함유하는 폴리펩타이드 분절을 연쇄 또는 연결하였다.입증의 목적으로, 본 발명자들은 폴리알라닌(AAA) 가요성 링커(서열번호 378)와, 구제역바이러스(FMDV) 다단백질(F2A)의 2A 영역에서 유도된 단백질분해 절단 부위를 사용하였다(문헌[Ryan, et al., J Gen Virol, (1991) 72(11):2727-32]).
방법
융합 폴리펩타이드 변이체를 인코딩하는 전이유전자를 함유하는 바이러스 발현 벡터의 구축. 보존된 HIV-1 서열의 연결에 대한 다양한 접근법을 사용하여 계산적으로 정의된 HIV-1 백신 면역원을 발현시키는 Ad5/35 벡터를, 표준 방법(Vector Biolabs)을 사용하여 시험관내 재조합을 통해 생성하였다. 개선된 인간 발현을 위해 코돈 편향된 합성 올리고뉴클레오타이드(GeneArt, ThermoFisher Scientific)를 사용하여 PCR을 통해 발현 카세트를 생성하고, 이를 표준 유전자 클로닝 기술을 사용하여 CMV 프로모터의 제어 하에 위치시켰다. 이러한 평가를 위해 개발된 구조체는 표 1에 열거되어 있고, 도 20에 도식적으로 도시되어 있다.
[표 1]
시험관내 표적 유전자 발현 및 F2A 절단의 평가. 백신 발현 카세트를 인코딩하는 바이러스 벡터의 어셈블리를 개선시키기 위해, 표적 유전자 및 GFP 마커의 클로닝을 위한 제한 부위를 함유하는 벡터 플라스미드(ThermoFisher Scientific)에 유전자를 클로닝하였다. DNA를 제조업체의 프로토콜에 따라 One Shot™ TOP10 가능 세포(Invitrogen, Carlsbad, CA)로 형질전환시키고, 100 ㎍/ml 암피실린(ampicillin)이 보충된 LB 한천 플레이트에 위치시켰다. 플레이트를 37℃에서 밤새 인큐베이션하였다. 플레이트에서 단일 콜로니를 선택하고, 10 ml 액체 LB + 암피실린 배양액에 접종하고, 37℃에서 Eppendorf 벤치탑 진탕기에서 250 rpm으로 밤새 진탕시켰다. 제조업체의 프로토콜에 따라 QIAprep Spin miniprep 키트(Qiagen, Germantown, MD)를 사용하여 박테리아 펠릿을 처리하여 플라스미드 DNA를 수득하였다. 핵산 농도는 NanoDrop™2000(Thermo Scientific)을 사용하여 280 nm에서 흡광도를 판독하는 방식으로 결정하였다. 시험관내 발현을 평가하기 위해, ExpiFectamine™(Invitrogen, Carlsbad, CA)을 사용하여 제조업체의 프로토콜에 따라 발현 벡터를 Expi293™ 세포에 트랜스펙션시켰다. 트랜스펙션 후 2일차에, 세포 생존능이 여전히 >80%인 경우, 이를 유세포분석을 통해 GFP 발현에 대해 평가하거나 펠릿화하였다. 세포 용해물을 ELISA를 통해 HIV-1 gag p24 발현에 대해 평가하거나, 단백질 발현을 항-Nef 항체로 면역침전된 웨스턴 블롯을 통해 결정하여, C 말단에 Nef 서열을 함유하는 전장 번역 산물을 검출할 수 있었다.
결과
도 21a 내지 도 21c에 도시된 데이터는, 보존된 영역 폴리펩타이드 분절의 융합 폴리펩타이드에의 연쇄 또는 연결에 대한 모든 3가지 접근법이, 전이유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드의 효율적인 트랜스펙션 및 발현을 유도하였음을 입증하였다. 번역 산물의 평가는, F2A 단백질분해 절단 서열을 포함시키는 것이 폴리펩타이드의 적절한 절단을 유도하였음을 나타내었다(도 21c). 이어서, 본 발명자들은 시험관내 및 생체내에서 T세포 반응을 프라이밍하기 위해 다양한 바이러스 벡터 시스템에서 이러한 구조체의 효율을 시험하였다.
실시예 7
융합 폴리펩타이드에 의해 유도된 인간 T세포 활성화를 입증하는 시험관내 검정
본 실시예에서, 본 발명자들은 발현 벡터에서 백신 구조체에 의한 인간 T세포의 프라이밍 효능을 시험하는 시험관내 방법을 확립하였다. 유사한 접근법은, 예를 들어 WO 2015/110397에 기재되어 있다. 백신학에서 이러한 방법의 적용은, 항원 처리, 제시 및 전이유전자 카세트의 인간 T세포 프라이밍의 평가뿐아니라, 프라이밍의 효능을 변경시킬 수 있는 아쥬반트 및 면역조절제를 포함하는 면역 매개변수의 연구를 가능하게 한다.
방법
단핵구 유래 수지상세포(moDC)의 단핵구 정제 및 성숙. moDC 기반 T세포 자극 검정에 새로 단리된 또는 동결보존된 PBMC를 사용하였다. EasySep 인간 항-CD14 양성 선별 항체 키트(StemCell Technologies)를 사용하여, HIV가 있거나 없으며, ART 미경험() 또는 ART 중인 개체의 PBMCS에서 CD14+ 단핵구를 정제하였다. 배양액의 확립 전, 유세포분석을 사용하여 단리된 CD14+ 단핵구의 정제가 >90%인 것을 확인하였다. 미성숙 moDC를 생성하기 위해, 2x106개의 정제된 CD14+ 단핵구를 6웰 배양 플레이트에서, moDC 분화 배지, 즉, 10% 열 불활성화된 소태아 혈청, 1 mL 당 1% 페니실린 스트렙토마이신, 0.5 mM HEPES, 1 mL 당 800 U의 GM-CSF(Miltenyi Biotec) 및 1000 U의 IL-4(Miltenyi Biotec)가 함유된 완전 RPMI 1640 3 mL 중에서 배양하였다. 플레이트를 37℃ 및 5% CO2에서 6일 동안 인큐베이션하고, 단핵구의 부착을 보장하기 위해 매일 모니터링하였다. 성숙 moDC를 생성하기 위해, 부착성 미성숙 moDC 배양물에 재조합 가용성 CD40L(0.5 ㎍/ml), IFN-γ(1,000 U/ml), PGE2(5 μM), TNF-α(10 ng/ml), IL-6(100 ng/ml) 및 IL-1β(10 ng/ml)를 보충하고, 6일차에 moDC 분화 배지 추가 3 ml를 보충하고, 37℃ 및 5% CO2에서 추가 48시간 동안 인큐베이션하였다.
8일차에, 부착성 성숙 moDC를 얼음 냉각된 PBS 및 세포 스크래퍼를 사용하여 분리하여, 수동으로 moDC를 분리하였다. 이러한 절차 후, 부착되지 않은 세포를 moDC 분화 배지를 사용하여 세척하고, 50 ml Falcon 튜브로 옮겼다. 수득된 세포 혼합물을 실온에서 5분 동안 1500 rpm으로 원심분리하였다. 다음으로, 상청액을 제거하고, 세포 펠릿을 moDC 분화 배지 5 ml에 재현탁시켰다. 성숙 moDC의 분획을 단리하고, 염색하여 항CD11c+, 항-HLA-DR+, 항-CD14-, 항-CD40+, 항-DCSIGN+, 항-CD83, 항-CD86 및 항-OX40L 항체로 moDC의 분화 표현형을 특징분석하였다. 결과는 도 22에 제시되어 있다.
바이러스 벡터, 예를 들어 아데노바이러스(Ad) 5/35 벡터를 이용한 moDC의 형질도입. 정제된 moDC를 수확하고, 무혈청 배지에서 2회 세척하고, X-Vivo 15(BioWhittaker, Walkersville, MD) 중에 1 ml 당 107개로 재현탁시켰다. 세포를 형질도입 전 20분 내지 30분 동안 수조에서 37℃에서 평형화시켰다. Ad5/35 스톡을 얼음 위에서 해동시키고, 표시된 감염다중도(MOI)에서 moDC 현탁액에 첨가하였다. 세포를 온건하게 혼합하고, 즉시 37℃ 인큐베이터에 위치시켰다. 2시간 후, GM-CSF 및 IL-4가 함유된 따뜻한 moDC 분화 배지를 첨가하여, moDC를 최종 농도 1 ml 당 105개로 희석하였다. 형질도입된 moDC 0.5 ml를 48웰 플레이트에 옮기고, PBMC 또는 정제된 CD8+ T세포의 첨가 전, 37℃ 및 5% CO2에서 추가 24시간 동안 유지시켰다. 결과는 도 23에 제시되어 있다.
자가 CD8 T세포 또는 CD4 T세포의 정제, 및 moDC와의 공동배양. CD8+ T세포의 자극을 필요로 하는 실험에서, 인간 CD8+ T세포 풍부 키트(EasySep, StemCell Technologies)를 사용하여 자가 PBMC로부터 CD8+ 분획을 농축시켰다. 정제된 CD8+ T세포를 백신 벡터 형질도입된 자가 moDC와 7일 동안 공동배양한 후(첫 번째 회차), 비(非)부착성 세포를 새로 형질도입된 자가 moDC의 두 번째 배양물로 추가 7일 동안 옮겼다(14일차, 두 번째 회차). CD4+ T세포의 자극을 필요로 하는 실험에서, 인간 CD4+ T세포 풍부 키트(EasySep, StemCell Technologies)를 사용하여 자가 PBMC로부터 CD4+ 분획을 농축시켰다. 세포를 유세포분석을 통해 >90%의 순도를 갖는 것으로 확인하였다. 단리된 세포를 15 ml Falcon 튜브에서 0.1% FBS가 함유된 PBS 1.0 ml(최대 부피) 중에 1 ml 당 1x106개 내지 5 x106개의 세포로 재현탁시키고, 제조업체(Biolegend)의 프로토콜에 따라 cell trace violet(Tag-it violet)으로 표지하였다. 이어서, cell trace violet(CTV) 표지된 CD8+ T세포, CD4+ T세포 또는 PBMC를 열거하고, 1 ml 당 2x106개의 세포로 재현탁시켰다. 이어서, 1x106개의 정제된 CD8+ T세포, CD4+ T세포 또는 PBMC를 48웰 배양 플레이트에서 5x104개의 moDC가 함유된 각각의 웰에 moDC:T세포/PBMC 비 1:20으로 씨딩하였다.
ELISpot 검정. 모든 ELISpot 분석에 사전 코팅된 스트립 ELISpot 플레이트(Cellular Technologies Limited)를 사용하였다. 간략하게, 10일차 moDC-CD8+ T세포/PBMC 배양물로부터 5x104개의 세포를 각각의 웰에 씨딩하였다. 전체 HIV 보존된 영역에 걸쳐 11개 아미노산이 중첩된 15량체 펩타이드로 이루어진 펩타이드 풀을, 각각의 풀에서 8개 내지 12개의 aa를 갖는 매트릭스로 어셈블링하고, 백신 면역원성을 평가하기 위해 IFN-γ ELISpot 검정에 사용하였다. 양성 대조군의 경우, 50 ng/ml PMA(Sigma)를 첨가하였다. 플레이트를 37℃ 및 5% CO2에서 24시간 동안 인큐베이션하였다. 24시간 자극 후, 플레이트에서 세포를 제거하고, 웰을 PBS로 3회 세척한 후, 0.05% tween이 함유된 PBS로 3회 세척하였다. 이어서, 비오틴화된 항-IFN-γ 검출 항체를 실온에서 2시간 동안 플레이트에 첨가하였다. 이어서, 플레이트를 0.05% tween이 함유된 PBS로 3회 세척한 후, 스트렙타비딘 접합된 알칼리성 포스파타아제(AP)를 첨가하였다. 이어서, 웰을 0.05% tween-PBS로 2회 세척하고, 증류수로 2회 세척한 후, 청색 현상액을 첨가하였다. 이어서, 플레이트를 실온에서 15분 동안 인큐베이션하고, 수돗물을 사용하여 반응을 중단시켰다. 이어서, 웰을 밤새 건조시키고, Immunospot ELISpot 판독기에서 스폿형성단위(SFU)를 계수하였다. 모든 플레이트 대한 설정은 동일하였고, 카운트는 106개의 PBMC 당 SFU로 표시하였다. 결과는 도 24a 및 도 24b에 제시되어 있다.
시험관내 펩타이드 자극 및 세포내 사이토카인 염색. 림프구를 상응하는 HIV 펩타이드 풀 2 ㎍/ml 및 항-CD107a와 함께 37℃에서 5시간 동안 인큐베이션하고, 마지막 4시간의 재자극 동안 GolgiPlug(BD)(1 μl/ml) 및 모넨신(monensin)(1X)을 첨가하였다. 이어서, 사이토카인 생산을 위한 표면 및 세포내 염색이 이어졌다. 세포내 사이토카인 염색을 위해 Foxp3 Fixation/Permeabilization Concentrate and Diluent Kit(Thermo Fisher Scientific)를 사용하였다. 간략하게, 0.5 mg/ml 인간 IgG(BD)로 Fc 수용체를 차단한 후, 1×106개의 세포를 형광 접합된 항인간 항체의 혼합물과 함께 4℃에서 30분 동안 인큐베이션하였다. 염색된 세포를 FACS 완충액(PBS, 2% FCS, 0.1% NaN3)을 사용하여 2회 세척하고, FACSDiva 소프트웨어(BD)를 사용하여 LSR II 유세포 분석기로 획득하고, FlowJo 소프트웨어 버전 10.2(TreeStar)를 사용하여 분석하였다. BioLegend 또는 BD biosciences에서, 항-PD-1 BV421 또는 BV605 클론 EH12.2H7, 항-CD27 BV711 클론 O323, 항-CD4 BV605 클론 OKT4, 항-CCR7 BV785 클론 G043H7, 항-CD45RA PE-Cy7 클론 H100, 항-CD3 BV650 클론 SK7, 항-CD8α BV650 클론 RPA-T8의 항인간 항체를 입수하였다. 표면 염색 후, 염색된 세포를 Fix/Perm b 667 완충액 100 μl 중에서 1시간 동안 인큐베이션하였다. 이어서, 세포를 매회 Perm 77jhy gt 완충액 100 μl로 2회 세척한 후, Perm 완충액 100 μl 중에 1x106개의 세포로 희석된 항체 칵테일과 함께 인큐베이션하였다. 항-IL-2 PE 클론 MQ1-17H12, 항-TNF-α PercPcy5.5 클론 MAB11 및 항-IFN-γ PE-CF594 클론 B27을 함유하는 형광단 접합된 항인간 항체의 칵테일을 세포에 첨가하고, 1시간 동안 염색하였다. 마우스 실험의 경우, 항-IFN-γ PE 클론 XMG1.2, 항-IL-2 APC-cy7 클론 JES6-5H4 및 항-TNF-α BV650 클론 MP6-XT22. 이어서, 투과화된 세포를 Perm 완충액 100 μl로 2회 세척하고, 즉시 Fortessa 유세포 분석기에서 분석하였다. 결과는 도 25a 및 도 25b에 제시되어 있다.
결과
사이토카인(GM-CSF, IL-4, CD40L, IFN-γ, PGE2, TNF-α, IL-6 및 IL-1β)의 존재 하에서 성숙되고, 백신 전이유전자를 함유하는 바이러스 벡터로 형질도입된 단핵구 유래 DC는, 시험관내에서 자가 백신 항원 특이적 T세포를 프라이밍할 수 있었다. 이러한 반응은 규모와 범위가 컸다. moDC의 형질도입 효율에서 환자 대 환자 가변성이 관찰되었고, 이는 이종 인간 집단에서 예상될 수 있는 바와 같이 바이러스 벡터의 흡수를 촉진시키는 수용체 발현의 가변성을 반영할 수 있다. 이러한 검정은 대규모 백신 시험 개시 전, 다수의 인간 공여자에 걸친 백신 구조체의 전임상 평가를 용이하게 할 수 있다.
데노보 반응의 생성으로 프라이밍에 반응하는 인간 공여자는 보존된 영역을 조합하는 데 사용되는 융합 접근법에 관계없이 유사한 규모의 반응을 나타냈다. 높은 규모의 반응을 나타낸 공여자는 T세포 반응을 프라이밍하는 데 사용되는 바이러스 벡터 구조체에 관계없이 다수의 풀을 일관되게 인식하였다.
상기 방법은 CD4+ T세포 및 CD8+ T세포 반응을 모두 프라이밍하였다. 면역우세 CD8+ 반응은 p24 Gag 및 Nef를 표적으로 했지만, 면역우세 CD4+ 반응은 주로 p24 Gag에 초점이 맞추어져 있었다. 백신 구조체의 설계에서 보존된 영역을 조합하는 데 사용되는 접근법에 따른 표적화된 영역 또는 반응의 규모에는 유의한 차이가 없었다. 프라이밍된 T세포는 대부분 IFN-γ가 1차 사이토카인인 단기능성이었으며, 여러 공여자에 걸쳐 비슷한 비율의 다기능성 T세포 반응을 나타냈다. 이는 사용된 바이러스 벡터(예를 들어, 아데노바이러스)뿐 아니라, 시험관내 배양 기술을 반영할 가능성이 있다.
결과는, 1차 인간 PBMC에서 백신 면역원에 의한 CD8+ T세포 및 CD4+ T세포 반응의 강력한 유도를 입증한다. 보존된 영역의 융합은 F2A 단백질분해 절단 서열 또는 AAA 링커(서열번호 378)를 갖는 면역원에 의해 유도된 반응과 유사한 규모의 반응을 유도한다. 이러한 데이터는 보존된 영역의 융합에 대한 이러한 접근법 중 임의의 것의 사용을 뒷받침한다. 백신 벡터의 패키징 한계, 또는 접합 반응의 생성을 감소시키거나 회피하는 것과 같은 요인은, 어떠한 접근법이 주어진 서열 세트 또는 바이러스 벡터에 사용되는 지를 결정하는 데 기여하는 고려사항이다.
데이터는, 2차례 moDC 자극에 노출된 비바이러스혈증 및 바이러스혈증 환자의 CD8+ T세포가 사용된 연쇄 접근법에 관계없이 IFN-γ의 규모를 증강시켰다는 결론과 일치하였다(도 26a 및 도 26b).
결과는, 시험관내 moDC- T세포 프라이밍 검정이 데노보 나이브(de-novo ) 반응 및 프라임 기존 기억 반응 둘 모두를 유도하고, IFN-γ 생산 세포가 PD-1 및 CTLA-4를 높은 수준으로 발현시킨다는 것을 추가로 입증하며, 이는 도 30a 및 도 30b에 도시된 바와 같이 반응 세포가 소진되었음을 시사한다.
실시예 8
생체내 T세포 활성화 검정
본 실시예에서, 본 발명자들은 마우스 모델에서 백신 구조체에 의한 생체내 T세포 프라이밍의 효능을 평가하고, 백신 구조체 내 보존된 영역을 융합시키는 최적의 접근법을 결정하였다. 이를 위해, 본 발명자들은 상이한 연결 전략을 이용하여 계산적으로 정의된 보존된 영역 백신 면역원 서열을 발현시키는 Ad5/35 벡터로 마우스의 군을 면역화시켰다. 본 발명자들은 이러한 반응의 규모 및 기능성 표현형을 평가하여 보존된 영역의 융합에 대한 최적의 접근법을 결정하였다.
방법
면역원성의 생체내 평가
면역화. 6주 내지 7주령의 C57BL/6 및 Balb/c 마우스를 양쪽 뒷다리 근육에의 근육내(i.m.) 주사를 통해 HIV 면역원을 발현시키는 Ad5/35 벡터 1x108 PFU 또는 1x109 PFU로 면역화시켰다. 백신 벡터를 포스페이트 완충 염수(PBS) 주사 100 μl(사두근 당 50 μl)로 투여하였다. 백신 면역화 전, 마우스를 이소플루란으로 마취시켰다. 동물을 Charles River Laboratories 동물 시설(North Carolina)에 수용하고, 승인된 IACUC 프로토콜에 따라 실험을 수행하였다.
동종 프라임-부스트 요법. 마우스를 양쪽 뒷다리 근육에의 근육내(i.m.) 주사를 통해 HIV 면역원을 발현시키는 Ad5/35 벡터 1x108 PFU 또는 1x109 PFU로 프라이밍시키고, 동일한 항원을 발현시키는 벡터를 이용한 동종 부스트 전 28일 동안 휴식하게 하였다.다양한 시점에서 상기 기재된 바와 같은 ELISpot 검정(문헌[Miyahira, et al., J Immunol Methods, (1995) 181(1):45-54]), ICS 또는 사량체 염색을 통해 비장세포를 분석하는 방식으로 면역원성과 세포 표현형을 평가하였다. 요법과 결과의 개략도는 도 28a 내지 도 28c에 도시되어 있다.
유세포분석. 혈구계산기를 사용하여 제조된 단일 세포 현탁액에 대한 세포 수를 결정하였다. 1:100 항-CD16+CD32(Biolegend)(마우스 세포의 경우) 또는 0.5 mg/ml 인간 IgG(BD)(인간 세포의 경우)를 이용하여 Fc 수용체를 차단한 후, 단일 세포 현탁액으로부터의 1x106개의 세포를 형광 접합된 항마우스 또는 항인간 항체의 혼합물과 함께 4℃에서 30분 동안 인큐베이션하였다. 염색된 세포를 FACS 완충액(PBS, 2% FCS, 0.1% NaN3)을 사용하여 2회 세척하고, FACSDiva 소프트웨어(BD)를 사용하여 LSR II 유세포 분석기로 획득하고, FlowJo 소프트웨어 버전 10.2(TreeStar)를 사용하여 분석하였다. 항마우스 항체를 Biolegend 또는 BD Biosciences에서 입수하고, CD8 AF700 클론 53-6.7, CD4 BV605 클론 RM4-5, TCR-β PECF594 클론 H57-597, CD27 BV711 클론 LG.3A10, CD43 PE-cy7 클론 1B11, KLRG1 PercpCy5.5 클론 2F1 및 CD127 BV421 클론 SB/199를 표면 염색에 사용하였다. 표면 염색 후, 세포를 세포내 사이토카인 염색을 위한 준비로 고정시키고 투과화시켰다. 세포내 사이토카인 염색을 위해 Foxp3 Fixation/Permeabilization Concentrate and Diluent Kit(Thermo Fisher Scientific)를 사용하였다. 간략하게, 표면 항체로 이미 염색시킨 1×106개의 세포를 Fix/Perm 완충액 100 μl와 함께 1시간 동안 인큐베이션하였다. 이어서, 세포를 매회 Perm 완충액 100 μl로 2회 세척한 후, Perm 완충액 100 μl 중에 1x106개의 세포로 희석된 항체 칵테일과 함께 인큐베이션하였다. 형광단 접합된 항마우스 항-IFN-γ PE 클론 XMG1.2, 항-IL-2 APC-cy7 클론 JES6-5H4 및 항-TNF-α BV650 클론 MP6-XT22의 칵테일을 세포내 사이토카인 염색에 사용하였다. 이어서, 투과화된 세포를 Perm 완충액 100 μl로 2회 세척하고, 즉시 Fortessa 유세포 분석기에서 분석하였다.
항마우스 항체를 Biolegend 또는 BD Biosciences에서 입수하고, CD8 AF700 클론 53-6.7, CD4 BV605 클론 RM4-5, TCR-β PECF594 클론 H57-597, CD27 BV711 클론 LG.3A10, CD43 PE-cy7 클론 1B11, KLRG1 PercpCy5.5 클론 2F1 및 CD127 BV421 클론 SB/199를 표면 염색에 사용하였다. 표면 염색 후, 세포를 세포내 사이토카인 염색을 위한 준비로 고정시키고 투과화시켰다. 세포내 사이토카인 염색을 위해 Foxp3 Fixation/Permeabilization Concentrate and Diluent Kit(Thermo Fisher Scientific)를 사용하였다. 간략하게, 표면 항체로 이미 염색시킨 1×106개의 세포를 Fix/Perm 완충액 100 μl와 함께 1시간 동안 인큐베이션하였다. 이어서, 세포를 매회 Perm 완충액 100 μl로 2회 세척한 후, Perm 완충액 100 μl 중에 1x106개의 세포로 희석된 항체 칵테일과 함께 인큐베이션하였다. 형광단 접합된 항마우스 항-IFN-γ PE 클론 XMG1.2, 항-IL-2 APC-cy7 클론 JES6-5H4 및 항-TNF-α BV650 클론 MP6-XT22의 칵테일을 세포내 사이토카인 염색에 사용하였다. 이어서, 투과화된 세포를 Perm 완충액 100 μl로 2회 세척하고, 즉시 Fortessa 유세포 분석기에서 분석하였다.
결과
융합 폴리펩타이드에서 HIV-1 단백질의 보존된 영역을 발현시키는 바이러스 벡터는 Ad5/35 벡터에서 발현될 때, 프라임 및 부스트 후 높은 규모의 반응을 유도할 수 있었다. F2A 서열에 대한 반응은 생성되지 않았다. 반응의 규모는 펩타이드 풀 특이적이었다. Gag p24 반응이 가장 큰 규모였고, Pol(PR/RT) 및 Int에 대해서는 더 약한 반응이 관찰되었고, Nef 특이적 반응은 거의 관찰되지 않았다(도 27b).이는, Gag p24 내 마우스 HLA에 의해 제시된 면역우세 에피토프의 존재를 반영한다(문헌[Im, et al., PLoS Pathog, (2011) 7(5):e1002041]). p24 반응의 규모는 융합 및 F2A 구조체로 면역화된 마우스에서 가장 컸다. 동종 부스트 후, p24에 대한 반응이 우세 반응으로 나타나면서, 반응 수준이 변경되었다(도 28c). 모든 구조체로 백신 접종된 동물에서 반응은 유사한 규모였다. 벡터로 백신 접종된 마우스에서는 반응의 규모가 유의하게 상이하지 않았으며, 여기서 보존된 영역의 연결은 융합, F2A 또는 AAA 링커(서열번호 378)를 통해 이루어졌다. C57/Bl6 마우스를 이용하여 유사한 연구를 수행하였다. IFN-γ 반응의 전반적인 규모는 더 약했지만, 프라임 및 부스트 후, 상이한 백신 구조체에 의해 유도된 반응의 규모에는 유의한 차이가 없었다.
사이토카인을 생성하는 능력은 이펙터 및 기억 CD8+ T세포의 기능성 척도이다. 본 발명자들은 면역화 후 생성된 CD8+ T세포 반응의 표현형 및 기능성 특징을 평가하였다. 본 발명자들은 Ad5/35 면역화 후, 단기능성 특징을 갖는 T세포가 생성되었음을 관찰하였다. 식별된 우세한 단기능성 반응은, 단일 사이토카인 IFN-γ 중에서 가장 일반적으로 생성되었던 CD107a 발현의 존재였다. 벡터 전이유전자를 설계하는 데 사용된 융합 접근법에 따른 군에 걸쳐 관찰된 기능성에는 차이가 없었다.
데이터는 보존된 영역 서열이 면역원성이라는 결론과 일치하였다. 보존된 영역을 융합시키는 전이유전자 서열 삽입 접근법에 따른 생체내 마우스 면역원성에는 유의한 차이가 없었다.
실시예 9
융합 폴리펩타이드의 면역원성을 증강시키는 리더 서열의 능력 평가
본 실시예에서, 본 발명자들의 주요 목적은 리더 또는 신호 서열이 HIV-1 백신 면역원의 면역원성을 증강시킬 수 있는 지 여부를 결정하는 것이었다. 이를 위해, 본 발명자들은 다양한 신호 서열을 갖는 백신 구조체를 설계하고, 이를 바이러스 벡터, 예를 들어 아데노바이러스 또는 아레나바이러스 벡터에서 발현시켰다.
바이러스 벡터는 MHC 클래스 I 및 클래스 II 경로 둘 모두에서 항원 처리 또는 제시를 증강시킬 수 있는 단백질 서열을 발현시키도록 조작될 수 있다. 이러한 리더 서열은 널리 공지되어 있다. 이러한 서열은 전형적으로 신호 인식 입자에 결합하고, 신장 단백질을 막결합 구조, 예를 들어 소포체 또는 리소좀으로 유도하는 소수성 도메인을 갖는 짧은 폴리펩타이드이다. 이러한 분비 신호 서열은 조직 플라스미노겐 활성화제(tPA), GM-CSF 신호 펩타이드(SPCore), 또는 단핵구 화학주성 단백질 3(MCP3) 또는 C-X-C 모티프 케모카인 리간드 10(CXCL10; 소위, IP-10)과 같은 케모카인 유래의 분비 폴리펩타이드를 포함할 수 있다. 이는 종종 백신 면역원 발현 카세트의 N-말단에 위치한다. 다른 신호전달 서열은 단백질을 리소좀 구획으로 유도하는 리소좀 관련 막단백질 1 또는 2(LAMP-1 또는 LAMP-2) 유래의 N-말단 및 C-말단 서열을 포함할 수 있다. MCP-3 및 IP-10과 같은 분비된 케모카인 유래의 분비 폴리펩타이드는 백신 면역원의 N-말단 상에서 융합 및 조작될 수 있다. 유비퀸화를 촉진시키고 결과적으로 분해를 위한 서열을 표적화할 수 있는 탈안정화 서열의 부가는, HIV 또는 SIV 면역원에 의한 면역화의 맥락에서 이전에 설명되고 사용되었다(문헌[Tobery, et al., J Exp Med, (1997) 185(5):909-20]; 문헌[Townsend, et al., J Exp Med, (1988) 168(4):1211-24]).N-말단 β-카테닌 신호 서열은 26S 프로테아좀에 의한 분해를 촉진시키는 N-말단 유비퀴틴화를 촉진시킬 수 있다(문헌[Rosati, et al., Proc Natl Acad Sci USA, (2009) 106(37):15831-6]).
인간 HLA 분자를 발현시키는 형질전환 마우스는 인간 면역계 기능을 평가하는 고유한 생체내 실험 모델을 나타낸다. 이러한 모델은 자가면역 질환, 감염성 질환 및 백신 개발에서 인간 클래스 I 또는 클래스 II 제한된 T세포 레파토리의 역할을 연구하는 데 사용되었다. 이러한 마우스는 에피토프 식별을 통한 백신 설계 전략을 평가하고, 특정한 민족/지역 집단뿐 아니라, 광범위 집단을 표적으로 하는 백신 개발을 용이하게 할 수 있는 HLA 분자에 의해 제한된 T세포 반응을 연구하기 위한 도구의 역할을 한다. HLA 형질전환 마우스 모델은 일반적으로 적절한 '인간' 8량체 내지 10량체 CTL 에피토프, 면역 항원 제시 세포에서 인간 클래스 1 분자에 의한 생리학적 펩타이드의 선별, 및 '인간' 에피토프-HLA 클래스 I 복합체에 대한 양성 선별을 가능하게 하는 T세포 수용체(TCR)를 함유하는 적절한 CD8+ T세포 레파토리를 생성하기 위해 보존된 항원 처리 및 항원 제시를 가정한다.
본 발명자들은, 상응하는 리더/신호 서열을 갖는 HIV 면역원을 발현시키는 아데노바이러스 또는 아레나바이러스 벡터를 이용한 C57/BL6, Balb/c 또는 A*0201 형질전환 마우스의 면역화 후, 신호 서열이 CD8+ T세포 및 CD4+ T세포 반응을 증가시킬 수 있는 지 여부를 결정하였다. 본 발명자들은 이러한 반응의 표현형, 규모 및 기능성 특징을 평가하였다.
다양한 리더 서열을 갖는 백신 전이유전자를 발현시키는 바이러스 벡터의 구축. 다양한 리더 서열을 갖는 계산적으로 정의된 HIV 보존된 영역 서열(예를 들어, 서열번호 353 내지 356, 363 내지 366 및 358 내지 372)을 발현시키는 아데노바이러스(Ad5/35 또는 Ad5) 또는 아레나바이러스 벡터를 생성하였다. 발현 플라스미드와 바이러스 벡터는 이전에 기재된 바와 같이 합성하였다. 시험 구조체에 사용된 예시적인 리더 서열은 하기 표에 요약되어 있다.
[표 2]
방법
면역원성의 생체내 평가
면역화. 6주 내지 7주령의 Balb/c 마우스를 양쪽 뒷다리 근육에의 근육내(i.m.) 주사를 통해 Ad5/35 벡터 1x109 PFU로 면역화시키거나, 정맥내(i.v.) 주사를 통해 HIV 면역원을 발현시키는 복제 결함 LCMV 벡터 1x106 RCV FFU로 면역화시켰다. Ad5/35 백신 벡터는 포스페이트 완충 염수(PBS) 주사 100 μl(사두근 당 50 μl)로 투여하였다. LCMV 백신 벡터는 완충액(10 mM Hepes, 150 mM NaCl, 20 mM 글리신, pH 7.4(±0.2)) 중에 제형화된 부피 200 μl로 투여하였다. 안정화를 위해, 10% 소르비톨을 첨가하였다. 백신 면역화 전, 마우스를 이소플루란으로 마취시켰다. 동물을 Charles River Laboratories 동물 시설(North Carolina)에 수용하고, 승인된 IACUC 프로토콜에 따라 실험을 수행하였다.
ELISpot 검정. 모든 ELISpot 분석에 사전 코팅된 스트립 ELISpot 플레이트(Cellular Technologies Limited)를 사용하였다. 간략하게, 면역화된 동물로부터의 2x105개의 비장세포를 각각의 웰에 씨딩하였다. 전체 HIV 또는 A*0201 보존된 영역 서열에 걸쳐 11개 아미노산이 중첩된 15량체 펩타이드로 이루어진 펩타이드 풀을 백신 면역원성을 평가하기 위해 IFN-γ ELISpot 검정에 사용하였다. 양성 대조군의 경우, 50 ng/ml PMA(Sigma)를 첨가하였다. 플레이트를 37℃ 및 5% CO2에서 24시간 동안 인큐베이션하였다. 24시간 자극 후, 플레이트에서 세포를 제거하고, 웰을 PBS로 3회 세척한 후, 0.05% tween이 함유된 PBS로 3회 세척하였다. 이어서, 비오틴화된 항-IFN-γ 검출 항체를 실온에서 2시간 동안 플레이트에 첨가하였다. 이어서, 플레이트를 0.05% tween이 함유된 PBS로 3회 세척한 후, 스트렙타비딘 접합된 알칼리성 포스파타아제(AP)를 첨가하였다. 이어서, 웰을 0.05% tween-PBS로 2회 세척하고, 증류수로 2회 세척한 후, 청색 현상액을 첨가하였다. 이어서, 플레이트를 실온에서 15분 동안 인큐베이션하고, 수돗물을 사용하여 반응을 중단시켰다. 이어서, 웰을 밤새 건조시키고, Immunospot ELISpot 판독기에서 스폿형성세포(SFC)를 계수하였다. 모든 플레이트 대한 설정은 동일하였고, 카운트는 106개의 비장세포 당 SFU로 표시하였다.
결과
리더 서열은 본 발명의 알고리즘에 의해 설계되고 HLA-A*0201에 결합할 것으로 예측되는 HIV-1 서열로 이루어진 백신 구조체로 면역화된 A*0201 형질전환 마우스에서 Ad5/35 벡터 내 백신 면역원의 면역원성을 증강시켰다. 신호 서열 GM-CSF, tPA, MCP-3, β-카테닌 및 LAMP의 부가는, 리더 서열이 없는 구조체에 비해 구조체의 면역원성을 유의하게 증강시켰다. A*0201 형질전환 마우스를 이용한 모델에서, MCP-3은 GM-CSF를 발현시키는 벡터보다 유의하게 면역원성이 우수했다(p<0.01). 도 31a 참조.
전장 보존된 영역에 더하여, GM-CSF 리더 서열을 갖는 구조체(도 31b)는 A*0201 마우스에서 면역원성이었고, HIV-1 Gag p24 내에서 면역우세 반응이 관찰되었다.
데이터는, 프라임 및 부스트 면역화 후, 신호 서열이 LCMV 복제 불능 벡터를 갖는 Gag p24 에피토프의 면역원성을 증강시킬 수 있다는 결론과 일치하였다. 데이터는 나아가, GM-CSF 신호 서열이 Pol과 같은 하위우세 항원의 면역원성을 증강시킨다는 결론과 일치하였다(도 32c 내지 도 32e).
인간 백혈구 항원(HLA) A*0201 항원 결합 도메인에 대해 형질전환된 C57/Bl6 마우스를 사용하여, GM-CSF 리더 서열이 있거나 없는 LCMV 복제 불능 벡터 형식의 HIV 보존된 영역 서열로부터 정의된 HLA A*0201-제한된 세포독성 T림프구(CTL) 에피토프로 구성된 백신의 면역원성을 평가하였다. 프라임 후 7일차 및 부스트 백신 접종 후 5일차에 IFN-γ 반응의 규모를 평가하였다. 데이터는, "스트링 상 비드" 형식의 HIV 보존된 서열로부터의 A*0201 에피토프의 면역원성이 약하다는 결론과 일치하였다. 동종 부스트 시, GM-CSF 리더 서열과의 반응이 유의하지는 않지만 약간 증강되었다. HIV 보존된 서열로 백신 접종된 마우스에서 Gag 특이적 반응은, A*0201 펩타이드 특이적 반응과 비교하여 증강된 반응을 나타냈다. 부스트 및 GM-CSF 리더 서열은 프라임 및 리더 서열 미함유 반응으로부터 추가로 증강되었지만, 유의하게 상이하지는 않았다. 데이터는, A*0201 형질전환 마우스에서의 반응이 C57/BL6 배경에 의해 유도될 가능성이 있으며, HLA A*0201 대립유전자에 대한 A*0201 특이적 에피토프의 내인성 처리 및 제시가 최적이 아니라는 것을 나타냈다. 데이터는 나아가, 프라임 및 부스트 면역화 후, 신호 서열이 LCMV 복제 불능 벡터를 갖는 A*0201 및 Gag p24 에피토프의 면역원성을 증강시킬 수 있다는 결론과 일치하였다(도 34a 내지 도 34d).
인간 백혈구 항원(HLA) A*0201 항원 결합 도메인에 대해 형질전환된 C57/Bl6 마우스를 사용하여, 다양한 리더 서열이 있거나 없는 Ad5/35 벡터 형식의 HIV 보존된 영역 서열로부터 정의된 HLA A*0201-제한된 세포독성 T림프구(CTL) 에피토프로 구성된 백신의 면역원성을 평가하였다. 프라임 백신 접종 후 16일차에 IFN-γ 반응의 규모를 평가하였다. 데이터는, "스트링 상 비드" 형식의 HIV 보존된 서열로부터의 A*0201 에피토프의 면역원성이 약하다는 결론과 일치하였다. GM-CSF, TPA, MCP-3, β-카테닌 및 LAMP-1을 포함하는 리더 서열의 존재 하에서, 비록 반응의 규모는 더 작았지만, 반응이 유의하게 증강되었다. 데이터는, 프라임 면역화 후, 신호 서열이 Ad5/35 벡터를 갖는 A*0201 에피토프의 면역원성을 증강시킬 수 있다는 결론과 일치하였다. HIV 보존된 서열로 백신 접종된 마우스에서 Gag P24, 및 Pol-1 및 Pol-2와 같은 하위우세 항원에 대한 반응은, 전반적으로, A*0201 펩타이드 특이적 반응과 비교하여 증강된 반응을 나타냈다. Ad5/35 백본 벡터 프라이밍된 마우스에서 특정 펩타이드 자극에 대해서는 반응이 매우 작거나 반응이 나타나지 않았으며, 이는 항원 백신 접종된 마우스에서 반응의 특이성을 나타낸다. 데이터는, A*0201 형질전환 마우스에서의 반응이 C57/BL6 배경에 의해 유도될 가능성이 있으며, HLA A*0201 대립유전자에 대한 A*0201 특이적 에피토프의 내인성 처리 및 제시가 최적이 아니라는 것을 나타냈다(도 35a 내지 도 35d).
실시예 10
아레나바이러스 벡터를 이용한 T세포 반응의 유도
본 실시예에서, 본 발명자들은 아레나바이러스 벡터로의 면역화 후 T세포 반응을 유도하는 접근법을 평가하였다. 이를 위해, 본 발명자들은 마우스 및 비인간 영장류에서 바이러스 벡터의 면역원성을 평가하고, 면역화에 의해 유도된 항원 특이적 반응의 규모 및 표현형 특징을 설명하였다.
SIV 항원을 발현시키는 아레나바이러스 바이러스 벡터의 구축. 최적으로 정의된 SIV 전장 단백질을 발현시키는 아데노바이러스(Ad5/35 또는 Ad5) 또는 아레나바이러스 벡터를 설계하였다. SIV sme543 Gag 균주로부터의 서열(SIV SME543; Genbank 서열번호: U72748)을 사용하여 코돈 편향된 포유류 코돈을 갖는 구조체를 개발하였다. 하기와 같은 불활성화 돌연변이를 도입하여 SIV sme543 Pol 구조체를 개발하였다: 프로테아제에서 DTG 모티프의 결실, 역전사효소에서 YMDD 서열(서열번호 462), RNaseH에서 473E, 및 인테그라아제에서 D64, D113 및 E150(예를 들어, 문헌[Hansen, et al., Nature, 2011. 473(7348):523-7]; 문헌[Kulkarni, et al., Vaccine, 2011. 29(39):6742-54]; 문헌[Loeb, et al., Nature, 1989. 340(6232):397-400]; 문헌[Larder, et al., Nature, 1987. 327(6124):716-7]; 문헌[Schatz, et al., FEBS Lett, 1989. 257(2):311-4]; 및 문헌[Leavitt, et al., J Biol Chem, 1993. 268(3):2113-9] 참조). 아레나바이러스에서의 패키지 삽입 제한으로 인해, Pol 벡터를 Pol-1(프로테아제 및 역전사효소) 및 Pol-2(RNAse H 및 인테그라아제)의 2개의 분절로 나누었다. SIV env 서열은 절단된 gp41을 포함한다. 발현 플라스미드와 바이러스 벡터는 이전에 기재된 바와 같이 합성하였다; 림프구성맥락수막염 맘마레나바이러스(LCMV) 또는 칼리 맘마레나바이러스(소위, 피킨데 맘마레나바이러스 또는 피킨데 아레나바이러스)(PICV) 벡터 백본을 갖는 3분할 복제 약화된 또는 2분할 복제 결함 아레나바이러스 플랫폼에서 14개의 벡터를 생성하였다. 사용된 복제 결함 아레나바이러스 벡터는 WO 2009/083210에 기재되어 있다. 사용된 복제 약화된 아레나바이러스 벡터는 WO 2016075250(LCMV) 및 WO 2017/198726(피킨데)에 기재되어 있다.
면역화. 10주령의 C57BL/6 마우스를 정맥내(i.v.) 주사를 통해 SIV 면역원을 발현시키는 LCMV 또는 PICV 벡터의 항원 당 1x105 RCV FFU(복제 약화된 경우) 또는 1x106 RCV FFU(복제 결함인 경우)로 면역화시켰다. 백신 벡터는 완충액(10 mM Hepes, 150 mM NaCl, 20 mM 글리신, pH 7.4(±0.2)) 중에 제형화된 부피 200 μl로 투여하였다. 안정화를 위해, 10% 소르비톨을 첨가하였다. 백신 면역화 전, 마우스를 이소플루란으로 마취시켰다. 동물을 WuXi AppTec(Shanghai, China)에 수용하고, 국제실험동물관리평가인증협회(Association for Assessment and Accreditation of Laboratory Animal Care: AAALAC)의 규정에 따라 실험을 수행하였다.
동종 프라임 부스트. 마우스를 꼬리 정맥에의 정맥내(i.v.) 주사를 통해 SIV 면역원을 발현시키는 LCMV 또는 PICV 중 하나인 아레나바이러스 벡터 1x105 RCV FFU(복제 약화된 경우) 및 1x106 FFU(복제 결함인 경우)로 프라이밍시키고, 동일한 항원을 발현시키는 벡터를 이용한 동종 부스트 전 21일 동안 휴식하게 하였다. 다양한 시점에서, 전형적으로 프라임 후 7일차 또는 부스트 후 26일차에, 상기 기재된 바와 같은 ELISpot 검정(문헌[Miyahira, et al., J Immunol Methods, 1995. 181(1):45-54]), 세포내 사이토카인 염색(ICS) 또는 사량체 염색을 통해 비장세포를 분석하는 방식으로 면역원성과 세포 표현형을 평가하였다.
이종 프라임 부스트. 마우스를 꼬리 정맥에의 정맥내(i.v.) 주사를 통해 SIV 면역원을 발현시키는 LCMV 또는 PICV 중 하나인 아레나바이러스 벡터 1x105 RCV FFU(복제 약화된 경우) 및 1x106 FFU(복제 결함인 경우)로 프라이밍시키고, 동일한 항원을 발현시키는 벡터를 이용한 이종 부스트 전 21일 동안 휴식하게 하였다. 초기 프라임이 LCMV였던 경우, 이종 부스트는 PICV였으며, 그 반대로도 가능하였다. 다양한 시점에서, 전형적으로 프라임 후 7일차 또는 부스트 후 26일차에, 상기 기재된 바와 같은 ELISpot 검정(Miyahira 등의 문헌(상기 참조)), ICS 또는 사량체 염색을 통해 비장세포를 분석하는 방식으로 면역원성과 세포 표현형을 평가하였다.
결과
고도로 면역원성인 항원(SIV gp-140)을 이용한 단일 벡터 프라임에서, 본 발명자들은 동일한 3분할 복제 약화된 플랫폼에서의 PICV와 비교하여 LCMV를 이용한 프라이밍이 증강되었음을 관찰하였다(예를 들어, WO 2016075250(LCMV) 및 WO 2017/198726(피킨데)에 기재된 바와 같음). 프라임-부스트 면역화 일정에서, 본 발명자들은 이종 프라임-부스트가 면역원성을 유의하게 증강시켰음을 관찰하였다. 이는 Pol-1 및 Pol-2와 같은 덜 면역원성인 항원을 이용한 경우에 가장 명백하였다. gp-140을 발현시키는 벡터를 이용한 경우 유의한 차이가 관찰되지 않았으며, 이는 IFN-γ ELISpot 검정의 포화를 반영할 수 있다. 복제 약화된 아레나바이러스 벡터를 이용한 면역화를 복제 결함 아레나바이러스 벡터를 이용한 면역화와 비교하는 이종 프라임-부스트에서, 본 발명자들은 복제 결함 아레나바이러스 벡터와 비교하여 복제 약화된 아레나바이러스 벡터를 이용한 다중 벡터 면역화 후 면역원성의 유의한 증강을 관찰하였다.
비인간 영장류의 면역화 후에, 이종 프라임-부스트 후 증강된 면역원성이 또한 확인되었다. 이러한 데이터는, SIV/HIV 항원 이종 프라임-부스트를 발현시키는 아레나바이러스 벡터가 면역원성을 증강시킨다는 결론과 일치하였다. 결과는 도 36a 내지 도 36e에 제시되어 있다.
실시예 11
백신 특이적 에피토프 반응의 맵핑
본 실시예에서, 본 발명자들은 백신 면역원에 대한 CD8+ T세포 반응을 디코딩하기 위해 시험관내 T세포 프라이밍 검정을 사용하였다. 본 발명자들은 항원 특이적 T세포 반응을 유도하는 보존된 영역 백신 내 에피토프를 결정하는 데 초점을 맞추고, 데노보 반응(원래 항원 원죄(original antigenic sin))의 유도에 대한 기존 반응의 영향을 평가하였다. 또한, 본 발명자들은 면역원에 대한 변형, 예를 들어 신호 서열의 부가가 생성된 T세포 반응의 범위를 변경시킬 수 있는 지 여부를 결정하였다. 이러한 검정에 서열번호 353, 354, 355, 356, 357, 363, 364, 365, 366 및 429의 융합 단백질을 사용하였다(도 37a).
방법
ELISpot 검정. 384 ELISpot 플레이트(Cellular Technologies Limited)를 포획 항체로 코팅하고, 모든 에피토프 맵핑 실험에 사용하였다. 간략하게, 10일차 moDC-CD8+ T세포/PBMC 배양물로부터 3x104개의 세포를 각각의 웰에 씨딩하였다. 전체 HIV 보존된 영역에 걸쳐 있는 11개 아미노산이 중첩된 개별 15량체 펩타이드 풀을 각각의 웰에 첨가하고, 백신 면역원성을 평가하기 위해 IFN-γ ELISpot 검정에 사용하였다. 양성 대조군의 경우, 50 ng/ml PMA(Sigma)를 첨가하였다. 플레이트를 37℃ 및 5% CO2에서 24시간 동안 인큐베이션하였다. 24시간 자극 후, 플레이트에서 세포를 제거하고, 웰을 PBS로 3회 세척한 후, 0.05% tween이 함유된 PBS로 3회 세척하였다. 이어서, 비오틴화된 항-IFN-γ 검출 항체를 실온에서 2시간 동안 플레이트에 첨가하였다. 이어서, 플레이트를 0.05% tween이 함유된 PBS로 3회 세척한 후, 스트렙타비딘 접합된 알칼리성 포스파타아제(AP)를 첨가하였다. 이어서, 웰을 0.05% tween-PBS로 2회 세척하고, 증류수로 2회 세척한 후, 청색 현상액을 첨가하였다. 이어서, 플레이트를 실온에서 15분 동안 인큐베이션하고, 수돗물을 사용하여 반응을 중단시켰다. 이어서, 웰을 밤새 건조시키고, Immunospot ELISpot 판독기에서 스폿형성단위(SFU)를 계수하였다. 모든 플레이트 대한 설정은 동일하였고, 카운트는 106개의 PBMC 당 SFU로 표시하였다. 결과는 도 37a 내지 도 37f에 제시되어 있다.
항원 특이적 T세포 반응을 유도하는 보존된 영역 백신 내 에피토프를 결정하기 위해, 본 발명자들은 펩타이드 풀이 아닌 웰 당 개별 15량체를 이용하는 384웰 ELISpot 검정을 채택하였고(도 37b), 상이한 HLA 프로파일을 갖는 10명의 환자 샘플에서 이러한 분석을 완료하였다(표 3).
[표 3]
데이터는, Gag-Nef 및 Pol-Env를 발현시키는 보존된 영역 백신 구조체가 Pol 에피토프를 다시 우세하게 데노보 반응을 프라이밍할 수 있다는 결론과 일치하였다(도 37c 및 도 37d). 데이터는 나아가, 신호 서열의 존재가 반응의 규모 또는 범위를 유의하게 증강시키지 않는다는 것을 나타냈다. 하지만, MCP-3의 존재는 응답자의 수를 증가시킬 수 있다(STEP 시험의 데이터를 고려할 때 ≥3의 인식된 에피토프 정의됨; 문헌[Janes, et al., J Infect Dis (2013) 208(8):1231-1239; ClinicalTrials.gov identifier: NCT00095576]). 결과는 도 37e 및 도 37f에 제시되어 있다.
본원에 기재된 실시예 및 구현예는 단지 예시의 목적인 것으로, 이에 비추어 다양한 변형 또는 변경이 당업자에게 시사될 것이며, 이러한 변형 또는 변경은 본 출원의 사상 및 영역, 및 첨부된 청구범위의 범주 내에 포함되어야 한다고 이해된다. 본원에 인용된 모든 간행물, 특허 및 특허출원은 모든 목적을 위하여 그 전문이 본원에 참조로서 인용된다.
SEQUENCE LISTING <110> GILEAD SCIENCES, INC. <120> HIV VACCINES AND METHODS OF MAKING AND USING <130> 1314.PF <140> <141> <150> 62/874,712 <151> 2019-07-16 <160> 519 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 25 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 1 Cys Ser Ala Thr Glu Lys Leu Trp Val Thr Val Tyr Tyr Gly Val Pro 1 5 10 15 Val Trp Lys Glu Ala Thr Thr Thr Leu 20 25 <210> 2 <211> 15 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 2 Leu Trp Val Thr Val Tyr Tyr Gly Val Pro Val Trp Lys Glu Ala 1 5 10 15 <210> 3 <211> 15 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 3 Leu Trp Val Thr Ile Tyr Tyr Gly Val Pro Val Trp Lys Asp Ala 1 5 10 15 <210> 4 <211> 14 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 4 Leu Trp Val Thr Val Tyr Tyr Gly Val Pro Val Trp Lys Glu 1 5 10 <210> 5 <211> 14 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 5 Leu Trp Val Thr Ile Tyr Tyr Gly Val Pro Val Trp Lys Asp 1 5 10 <210> 6 <211> 9 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 6 Val 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Val Arg Lys Gly Tyr Ser Pro Leu Ser Phe Gln Ile 1 5 10 15 <210> 68 <211> 11 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 68 Met Gly Ala Arg Ala Ser Val Leu Ser Gly Gly 1 5 10 <210> 69 <211> 11 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 69 Met Gly Ala Arg Ala Ser Ile Leu Ser Gly Gly 1 5 10 <210> 70 <211> 53 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 70 Met Gly Ala Arg Ala Ser Val Leu Ser Gly Gly Glu Leu Asp Arg Trp 1 5 10 15 Glu Lys Ile Arg Leu Arg Pro Gly Gly Lys Lys Lys Tyr Arg Leu Lys 20 25 30 His Ile Val Trp Ala Ser Arg Glu Leu Glu Arg Phe Ala Val Asn Pro 35 40 45 Gly Leu Leu Glu Thr 50 <210> 71 <211> 53 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 71 Met Gly Ala Arg Ala Ser Ile Leu Ser Gly Gly Lys Leu Asp Lys Trp 1 5 10 15 Glu Lys Ile Arg Leu Arg Pro Gly Gly Arg Lys Lys Tyr Lys Leu Lys 20 25 30 His Ile Val Trp Ala Ser Arg Glu Leu Glu Arg Phe Ala Val Asn Pro 35 40 45 Gly Leu Leu Glu Thr 50 <210> 72 <211> 13 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 72 Leu Asp Arg Trp Glu Lys Ile Arg Leu Arg Pro Gly Gly 1 5 10 <210> 73 <211> 13 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 73 Leu Asp Lys Trp Glu Lys Ile Arg Leu Arg Pro Met Gly 1 5 10 <210> 74 <211> 9 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 74 Ile Arg Leu Arg Pro Gly Gly Lys Lys 1 5 <210> 75 <211> 9 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 75 Ile Arg Leu Arg Pro Gly Gly Arg Lys 1 5 <210> 76 <211> 23 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 76 Leu Lys His Ile Val Trp Ala Ser Arg Glu Leu Glu Arg Phe Ala Val 1 5 10 15 Asn Pro Gly Leu Leu Glu Thr 20 <210> 77 <211> 23 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 77 Leu Lys His Leu Val Trp Ala Ser Arg Glu Leu Glu Arg Phe Ala Leu 1 5 10 15 Asn Pro Gly Leu Leu Glu Thr 20 <210> 78 <211> 15 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 78 Ala Ser Arg Glu Leu Glu Arg Phe Ala Val Asn Pro Gly Leu Leu 1 5 10 15 <210> 79 <211> 15 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 79 Ala Ser Arg 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Human immunodeficiency virus <400> 88 Pro Ile Val Gln Asn Leu Gln Gly Gln Met Val His Gln Ala Ile Ser 1 5 10 15 Pro Arg Thr Leu Asn Ala Trp Val Lys Val Val Glu Glu Lys Ala Phe 20 25 30 Ser Pro Glu Val Ile Pro Met Phe Ser Ala Leu Ser Glu Gly Ala Thr 35 40 45 Pro Gln Asp Leu Asn Thr Met Leu Asn Thr Val Gly Gly His Gln Ala 50 55 60 Ala Met Gln Met Leu Lys Glu Thr Ile Asn Glu Glu Ala Ala Glu Trp 65 70 75 80 Asp Arg Leu His Pro Val His Ala Gly Pro Ile Ala Pro Gly Gln Met 85 90 95 Arg Glu Pro Arg Gly Ser Asp Ile Ala Gly Thr Thr Ser Thr Leu Gln 100 105 110 Glu Gln Ile Gly Trp Met Thr Asn Asn Pro Pro Ile Pro Val Gly Glu 115 120 125 Ile Tyr Lys Arg Trp Ile Ile Leu Gly Leu Asn Lys Ile Val Arg Met 130 135 140 Tyr Ser Pro Thr Ser Ile Leu Asp Ile Arg Gln Gly Pro Lys Glu Pro 145 150 155 160 Phe Arg Asp Tyr Val Asp Arg Phe Tyr Lys Thr Leu Arg Ala Glu Gln 165 170 175 Ala Ser Gln Glu Val Lys Asn Trp Met Thr Glu Thr Leu Leu Val Gln 180 185 190 Asn Ala Asn Pro Asp Cys Lys Thr Ile Leu Lys Ala Leu Gly Pro 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Human immunodeficiency virus <400> 113 Tyr Val Asp Arg Phe Tyr Lys Thr Leu Arg Ala Glu Gln Ala Ser Gln 1 5 10 15 Glu Val <210> 114 <211> 18 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 114 Tyr Val Asp Arg Phe Tyr Arg Thr Leu Arg Ala Glu Gln Ala Ser Gln 1 5 10 15 Asp Val <210> 115 <211> 59 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 115 Gln Glu Val Lys Asn Trp Met Thr Glu Thr Leu Leu Val Gln Asn Ala 1 5 10 15 Asn Pro Asp Cys Lys Thr Ile Leu Lys Ala Leu Gly Pro Ala Ala Thr 20 25 30 Leu Glu Glu Met Met Thr Ala Cys Gln Gly Val Gly Gly Pro Gly His 35 40 45 Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Ser Gln 50 55 <210> 116 <211> 59 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 116 Gln Asp Val Lys Asn Trp Met Thr Glu Thr Leu Leu Val Gln Asn Ser 1 5 10 15 Asn Pro Asp Cys Lys Thr Ile Leu Lys Ala Leu Gly Pro Gly Ala Thr 20 25 30 Leu Glu Glu Met Met Ser Ala Cys Gln Gly Val Gly Gly Pro Ser His 35 40 45 Lys Ala Arg Val Leu Ala Glu Ala Met Cys Gln 50 55 <210> 117 <211> 25 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 117 Ile Leu Lys Ala Leu Gly Pro Ala Ala Thr Leu Glu Glu Met Met Thr 1 5 10 15 Ala Cys Gln Gly Val Gly Gly Pro Gly 20 25 <210> 118 <211> 25 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 118 Ile Leu Lys Ala Leu Gly Pro Gly Ala Thr Leu Glu Glu Met Met Ser 1 5 10 15 Ala Cys Gln Gly Val Gly Gly Pro Ser 20 25 <210> 119 <211> 25 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 119 Leu Gly Pro Ala Ala Thr Leu Glu Glu Met Met Thr Ala Cys Gln Gly 1 5 10 15 Val Gly Gly Pro Gly His Lys Ala Arg 20 25 <210> 120 <211> 25 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 120 Leu Gly Pro Gly Ala Thr Leu Glu Glu Met Met Ser Ala Cys Gln Gly 1 5 10 15 Val Gly Gly Pro Ser His Lys Ala Arg 20 25 <210> 121 <211> 9 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 121 Ala Thr Leu Glu Glu Met Met Thr Ala 1 5 <210> 122 <211> 9 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 122 Ala Thr Leu Glu Glu Met Met Ser Ala 1 5 <210> 123 <211> 9 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 123 Glu Met Met Thr Ala Cys Gln Gly Val 1 5 <210> 124 <211> 9 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 124 Glu Met Met Ser Ala Cys Gln Gly Val 1 5 <210> 125 <211> 10 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 125 Lys Cys Phe Asn Cys Gly Lys Glu Gly His 1 5 10 <210> 126 <211> 10 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 126 Lys Cys Phe Asn Cys Gly Arg Glu Gly His 1 5 10 <210> 127 <211> 9 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 127 Ala Arg Asn Cys Arg Ala Pro Arg Lys 1 5 <210> 128 <211> 9 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 128 Ala Lys Asn Cys Arg Ala Pro Arg Lys 1 5 <210> 129 <211> 39 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 129 Ala Arg Asn Cys Arg Ala Pro Arg Lys Lys Gly Cys Trp Lys Cys Gly 1 5 10 15 Lys Glu Gly His Gln Met Lys Asp Cys Thr Glu Arg Gln Ala Asn Phe 20 25 30 Leu Gly Lys Ile Trp Pro Ser 35 <210> 130 <211> 39 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 130 Ala Lys Asn Cys Arg 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Human immunodeficiency virus <400> 144 Ser Leu Phe Gly Asn Asp Pro Leu Ser 1 5 <210> 145 <211> 33 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 145 Leu Lys His Ile Val Trp Ala Ser Arg Glu Leu Glu Arg Phe Ala Val 1 5 10 15 Asn Pro Gly Leu Leu Glu Thr Val Ser Gln Asn Tyr Pro Ile Val Gln 20 25 30 Asn <210> 146 <211> 33 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 146 Leu Lys His Leu Val Trp Ala Ser Arg Glu Leu Glu Arg Phe Ala Leu 1 5 10 15 Asn Pro Gly Leu Leu Glu Thr Val Ser Gln Asn Phe Pro Ile Val Gln 20 25 30 Asn <210> 147 <211> 9 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 147 Gly Val Gly Ala Val Ser Arg Asp Leu 1 5 <210> 148 <211> 9 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 148 Gly Val Gly Ala Ala Ser Arg Asp Leu 1 5 <210> 149 <211> 19 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 149 Glu Glu Val Gly Phe Pro Val Arg Pro Gln Val Pro Leu Arg Pro Met 1 5 10 15 Thr Tyr Lys <210> 150 <211> 19 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 150 Glu Glu Val 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Leu Val Thr Ile Lys Ile 1 5 10 15 Gly Gly Gln Leu Lys Glu Ala Leu Leu Asp Thr Gly Ala Asp Asp Thr 20 25 30 Val Leu Glu Glu Met Asn Leu Pro Gly Arg Trp Lys Pro Lys Met Ile 35 40 45 Gly Gly Ile Gly Gly Phe Ile Lys Val Arg Gln Tyr Asp Gln 50 55 60 <210> 177 <211> 62 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 177 Leu Pro Gln Ile Thr Leu Trp Gln Arg Pro Ile Val Thr Ile Lys Ile 1 5 10 15 Gly Gly Gln Ile Lys Glu Ala Leu Leu Asp Thr Gly Ala Asp Asp Thr 20 25 30 Val Leu Glu Asp Met Asn Leu Pro Gly Lys Trp Lys Pro Lys Met Ile 35 40 45 Gly Gly Ile Gly Gly Phe Ile Lys Val Lys Gln Tyr Asp Gln 50 55 60 <210> 178 <211> 20 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 178 Gly Gly Gln Leu Lys Glu Ala Leu Leu Asp Thr Gly Ala Asp Asp Thr 1 5 10 15 Val Leu Glu Glu 20 <210> 179 <211> 20 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 179 Gly Gly Gln Ile Lys Glu Ala Leu Leu Asp Thr Gly Ala Asp Asp Thr 1 5 10 15 Val Leu Glu Asp 20 <210> 180 <211> 24 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 180 Leu Pro Gly Arg Trp Lys Pro Lys Met Ile Gly Gly Ile Gly Gly Phe 1 5 10 15 Ile Lys Val Arg Gln Tyr Asp Gln 20 <210> 181 <211> 24 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 181 Leu Pro Gly Lys Trp Lys Pro Lys Met Ile Gly Gly Ile Gly Gly Phe 1 5 10 15 Ile Lys Val Lys Gln Tyr Asp Gln 20 <210> 182 <211> 132 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 182 Gly Thr Val Leu Val Gly Pro Thr Pro Val Asn Ile Ile Gly Arg Asn 1 5 10 15 Leu Leu Thr Gln Ile Gly Cys Thr Leu Asn Phe Pro Ile Ser Pro Ile 20 25 30 Glu Thr Val Pro Val Lys Leu Lys Pro Gly Met Asp Gly Pro Lys Val 35 40 45 Lys Gln Trp Pro Leu Thr Glu Glu Lys Ile Lys Ala Leu Val Glu Ile 50 55 60 Cys Thr Glu Met Glu Lys Glu Gly Lys Ile Ser Lys Ile Gly Pro Glu 65 70 75 80 Asn Pro Tyr Asn Thr Pro Val Phe Ala Ile Lys Lys Lys Asp Ser Thr 85 90 95 Lys Trp Arg Lys Leu Val Asp Phe Arg Glu Leu Asn Lys Arg Thr Gln 100 105 110 Asp Phe Trp Glu Val Gln Leu Gly Ile Pro His Pro Ala Gly Leu Lys 115 120 125 Lys Lys Lys Ser 130 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immunodeficiency virus <400> 197 Asn Asn Glu Thr Pro Gly Ile Arg Tyr Gln Tyr Asn Val Leu Pro Gln 1 5 10 15 Gly Trp Lys Gly Ser Pro Ala Ile Phe 20 25 <210> 198 <211> 25 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 198 Asn Asn Glu Thr Pro Gly Val Arg Tyr Gln Tyr Asn Val Leu Pro Met 1 5 10 15 Gly Trp Lys Gly Ser Pro Ala Ile Phe 20 25 <210> 199 <211> 30 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 199 Asn Asn Glu Thr Pro Gly Ile Arg Tyr Gln Tyr Asn Val Leu Pro Gln 1 5 10 15 Gly Trp Lys Gly Ser Pro Ala Ile Phe Gln Ser Ser Met Thr 20 25 30 <210> 200 <211> 30 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 200 Asn Asn Glu Thr Pro Gly Val Arg Tyr Gln Tyr Asn Val Leu Pro Met 1 5 10 15 Gly Trp Lys Gly Ser Pro Ala Ile Phe Gln Cys Ser Met Thr 20 25 30 <210> 201 <211> 9 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 201 Tyr Gln Tyr Asn Val Leu Pro Gln Gly 1 5 <210> 202 <211> 9 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 202 Tyr Gln Tyr Asn Val Leu Pro Met Gly 1 5 <210> 203 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Asp Leu Tyr 1 5 10 15 Val Gly Ser Asp Leu Glu Ile Gly Gln 20 25 <210> 211 <211> 25 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 211 Asn Pro Asp Ile Val Ile Tyr Gln Tyr Met Asp Asp Leu Tyr Val Gly 1 5 10 15 Ser Asp Leu Glu Ile Gly Gln His Arg 20 25 <210> 212 <211> 25 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 212 Asn Pro Asp Ile Val Ile Tyr Gln Tyr Val Asp Asp Leu Tyr Val Gly 1 5 10 15 Ser Asp Leu Glu Ile Glu Gln His Arg 20 25 <210> 213 <211> 22 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 213 Ile Val Ile Tyr Gln Tyr Met Asp Asp Leu Tyr Val Gly Ser Asp Leu 1 5 10 15 Glu Ile Gly Gln His Arg 20 <210> 214 <211> 22 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 214 Ile Val Ile Tyr Gln Tyr Val Asp Asp Leu Tyr Val Gly Ser Asp Leu 1 5 10 15 Glu Ile Glu Gln His Arg 20 <210> 215 <211> 9 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 215 Val Ile Tyr Gln Tyr Met Asp Asp Leu 1 5 <210> 216 <211> 9 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 216 Val Ile Tyr Gln Tyr 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immunodeficiency virus <400> 233 Ile Glu Leu Pro Glu Lys Glu Ser Trp Thr Val Asn Asp Ile Gln Lys 1 5 10 15 Leu Ile Gly Lys Leu Asn Trp Ala Ser 20 25 <210> 234 <211> 25 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 234 Val Leu Pro Glu Lys Asp Ser Trp Thr Val Asn Asp Ile Gln Lys Leu 1 5 10 15 Val Gly Lys Leu Asn Trp Ala Ser Gln 20 25 <210> 235 <211> 25 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 235 Glu Leu Pro Glu Lys Glu Ser Trp Thr Val Asn Asp Ile Gln Lys Leu 1 5 10 15 Ile Gly Lys Leu Asn Trp Ala Ser Gln 20 25 <210> 236 <211> 31 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 236 Leu Pro Glu Lys Asp Ser Trp Thr Val Asn Asp Ile Gln Lys Leu Val 1 5 10 15 Gly Lys Leu Asn Trp Ala Ser Gln Ile Tyr Pro Gly Ile Lys Val 20 25 30 <210> 237 <211> 31 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 237 Leu Pro Glu Lys Glu Ser Trp Thr Val Asn Asp Ile Gln Lys Leu Ile 1 5 10 15 Gly Lys Leu Asn Trp Ala Ser Gln Ile Tyr Ala Gly Ile Lys Val 20 25 30 <210> 238 <211> 25 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 238 Ser Trp Thr Val Asn Asp Ile Gln Lys Leu Val Gly Lys Leu Asn Trp 1 5 10 15 Ala Ser Gln Ile Tyr Pro Gly Ile Lys 20 25 <210> 239 <211> 25 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 239 Ser Trp Thr Val Asn Asp Ile Gln Lys Leu Ile Gly Lys Leu Asn Trp 1 5 10 15 Ala Ser Gln Ile Tyr Ala Gly Ile Lys 20 25 <210> 240 <211> 9 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 240 Trp Thr Val Asn Asp Ile Gln Lys Leu 1 5 <210> 241 <211> 9 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 241 Thr Val Asn Asp Ile Gln Lys Leu Val 1 5 <210> 242 <211> 9 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 242 Thr Val Asn Asp Ile Gln Lys Leu Ile 1 5 <210> 243 <211> 9 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 243 Lys Leu Val Gly Lys Leu Asn Trp Ala 1 5 <210> 244 <211> 9 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 244 Lys Leu Ile Gly Lys Leu Asn Trp Ala 1 5 <210> 245 <211> 9 <212> PRT <213> Human immunodeficiency virus <400> 245 Leu Cys Lys Leu 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Claims (39)

  1. 하기 단계 a) 내지 d)를 포함하는, 1종 이상의 바이러스 표적 항원에 대한 면역반응을 유도할 수 있는 융합 폴리펩타이드를 설계하는 방법:
    a) 바이러스 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 서열의 집단에서 하나 이상의 서열 보존 영역을 가상 실험으로 식별하는 단계(여기서, 상기 집단은 환자 간 바이러스 집단임);
    b) 단계 a)에서 식별된 하나 이상의 보존된 영역에서 가장 우세한 폴리펩타이드 서열 2개를 가상 실험으로 식별하고, 보존된 영역으로부터 다가 폴리펩타이드 분절을 생성하는 단계;
    c) 인간 단백질과 적어도 55%(9개의 아미노산 잔기 중 5개)의 아미노산 서열 동일성을 갖는 바이러스 폴리펩타이드 9량체를 감소시키거나 제거하는 단계; 및
    d) 상기 폴리펩타이드 분절을 연결하는 접합부가, 1000 nM 미만의 예측 결합 친화성 IC50 값을 갖거나 폴리펩타이드 분절 집단의 상위 5% 이내의 백분위 순위를 갖는 수준으로 인간 MHC 클래스 I 또는 인간 MHC 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 에피토프의 생성을 감소시키거나 회피하도록, 폴리펩타이드 분절을 1종 이상의 연속 융합 폴리펩타이드로 배열하는 단계.
  2. 제1항에 있어서, 상기 다가 폴리펩타이드 분절이 2가 폴리펩타이드 분절인, 방법.
  3. 제1항에 있어서, 인간 MHC 클래스 I 또는 인간 MHC 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 에피토프를 생성할 것으로 예측되는 폴리펩타이드 분절 접합부 사이에 링커를 삽입하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  4. 제1항에 있어서, 단계 b) 이후 및 단계 d) 이전에, 하기 단계 e) 및 f)를 포함하는, 방법:
    e) 단계 a)에서 식별된 하나 이상의 서열 보존 영역 내에서, 1000 nM 미만의 IC50 값을 갖거나 폴리펩타이드 분절 집단의 상위 5% 이내의 백분위 순위를 갖는 수준으로 인간 MHC 클래스 I 분자에 결합할 것으로 예측되는 폴리펩타이드 분절을 가상 실험으로 식별하는 단계; 및
    f) 단계 a)에서 식별된 하나 이상의 서열 보존 영역을 포함하고, 1000 nM 미만의 IC50 값을 갖거나 폴리펩타이드 분절 집단의 상위 5% 이내의 백분위 순위를 갖는 수준으로 인간 MHC 클래스 I 분자에 결합할 것으로 예측되는 폴리펩타이드 분절을 생성하는 단계.
  5. 제4항에 있어서, 상기 폴리펩타이드 분절이 A01, A02, A03, A24, B07, B08, B27, B44, B58 및 B62로부터 선택되는 하나 이상의 MHC 클래스 I HLA 슈퍼타입(supertype)에 결합하는 것인, 방법.
  6. 제1항에 있어서, 단계 b) 이후 및 단계 d) 이전에, 1000 nM 미만의 예측 결합 친화성 IC50 값을 갖거나 폴리펩타이드 분절 집단의 상위 5% 이내의 백분위 순위를 갖는 수준으로 인간 MHC 클래스 II 분자에 결합하는 것으로 공지되어 있거나 결합할 것으로 예측되는 폴리펩타이드 분절 하나 이상을 제공하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  7. 제1항에 있어서, 단계 b) 이후 및 단계 d) 이전에, 단계 a)에서 식별된 하나 이상의 서열 보존 영역 내에서, 바이러스 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 서열의 두 번째 집단에서 서열 변이를 식별하는 단계(여기서, 상기 두 번째 집단은 환자 내(intrapatient) 바이러스 집단임)를 추가로 포함하는, 방법.
  8. 제7항에 있어서, 상기 환자 내 바이러스 집단의 서열 변이가 심층 시퀀싱 또는 차세대 시퀀싱에 의해 결정되는, 방법.
  9. 하기 단계 a) 내지 f)를 포함하는, 1종 이상의 바이러스 표적 항원에 대한 면역반응을 유도할 수 있는 융합 폴리펩타이드를 설계하는 방법:
    a) 바이러스 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 서열의 첫 번째 집단에서 하나 이상의 서열 보존 영역을 가상 실험으로 식별하는 단계(여기서, 상기 첫 번째 집단은 환자 간 바이러스 집단임);
    b) 단계 a)에서 식별된 하나 이상의 보존된 영역에서 가장 우세한 폴리펩타이드 서열 2개를 가상 실험으로 식별하는 단계;
    c) 단계 a)에서 식별된 하나 이상의 서열 보존 영역 내에서, 1000 nM 미만의 IC50 값을 갖거나 폴리펩타이드 분절 집단의 상위 5% 이내의 백분위 순위를 갖는 수준으로 인간 MHC 클래스 I 분자에 결합할 것으로 예측되는 폴리펩타이드 분절을 가상 실험으로 식별하는 단계;
    d) 단계 a)에서 식별된 하나 이상의 서열 보존 영역을 포함하고, 1000 nM 미만의 IC50 값을 갖거나 폴리펩타이드 분절 집단의 상위 5% 이내의 백분위 순위를 갖는 수준으로 인간 MHC 클래스 I 분자에 결합할 것으로 예측되는 폴리펩타이드 분절을 생성하는 단계;
    e) 인간 단백질과 적어도 55%(9개의 아미노산 잔기 중 5개)의 아미노산 서열 동일성을 갖는 것으로 결정된, 단계 d)에서 생성된 바이러스 폴리펩타이드 9량체 분절을 제거하여, 유지된 바이러스 폴리펩타이드 분절을 얻는 단계; 및
    f) 폴리펩타이드 분절을 연결하는 접합부가, 1000 nM 미만의 예측 결합 친화성 IC50 값을 갖거나 폴리펩타이드 분절 집단의 상위 5% 이내의 백분위 순위를 갖는 수준으로 인간 MHC 클래스 I 또는 인간 MHC 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 에피토프의 생성을 회피하거나 감소시키도록, 유지된 폴리펩타이드 분절을 1종 이상의 연속 융합 폴리펩타이드로 배열하는 단계.
  10. 하기 단계 a) 내지 f)를 포함하는, 1종 이상의 바이러스 표적 항원에 대한 면역반응을 유도할 수 있는 융합 폴리펩타이드를 설계하는 방법이며:
    a) 바이러스 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 서열의 첫 번째 집단에서 하나 이상의 서열 보존 영역을 가상 실험으로 식별하는 단계(여기서, 상기 첫 번째 집단은 환자 간 바이러스 집단임);
    b) 단계 a)에서 식별된 하나 이상의 서열 보존 영역 내에서, 바이러스 유전자에 의해 인코딩되는 폴리펩타이드 서열의 두 번째 집단에서 서열 변이를 식별하는 단계(여기서, 상기 두 번째 집단은 환자 내 바이러스 집단임);
    c) 단계 a)에서 식별된 하나 이상의 서열 보존 영역 내에서, 1000 nM 미만의 IC50 값을 갖거나 폴리펩타이드 분절 집단의 상위 5% 이내의 백분위 순위를 갖는 수준으로 인간 MHC 클래스 I 분자에 결합할 것으로 예측되는 폴리펩타이드 분절을 가상 실험으로 식별하는 단계;
    d) 단계 a)에서 식별된 하나 이상의 서열 보존 영역을 포함하고, 1000 nM 미만의 IC50 값을 갖거나 폴리펩타이드 분절 집단의 상위 5% 이내의 백분위 순위를 갖는 수준으로 인간 MHC 클래스 I 분자에 결합할 것으로 예측되는 폴리펩타이드 분절을 생성하는 단계;
    e) 인간 단백질과 적어도 55%(9개의 아미노산 잔기 중 5개)의 아미노산 서열 동일성을 갖는 것으로 결정된, 단계 d)에서 생성된 바이러스 폴리펩타이드 9량체 분절을 제거하여, 유지된 바이러스 폴리펩타이드 분절을 얻는 단계; 및
    f) 폴리펩타이드 분절을 연결하는 접합부가, 1000 nM 미만의 예측 결합 친화성 IC50 값을 갖거나 폴리펩타이드 분절 집단의 상위 5% 이내의 백분위 순위를 갖는 수준으로 인간 MHC 클래스 I 또는 인간 MHC 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 에피토프의 생성을 회피하거나 감소시키도록, 유지된 폴리펩타이드 분절을 1종 이상의 연속 융합 폴리펩타이드로 배열하는 단계,
    여기서 단계 a) 이후 및 단계 b) 이전에, 단계 a)에서 식별된 하나 이상의 보존된 영역에서 가장 우세한 폴리펩타이드 서열 2개를 가상 실험으로 식별하는 단계를 추가로 포함할 수 있는 것인, 방법.
  11. 제9항 또는 제10항에 있어서, 상기 폴리펩타이드 분절이 A01, A02, A03, A24, B07, B08, B27, B44, B58 및 B62로부터 선택되는 하나 이상의 MHC 클래스 I HLA 슈퍼타입에 결합하는 것인, 방법
  12. 제10항에 있어서, 상기 환자 내 바이러스 집단의 서열 변이가 심층 시퀀싱 또는 차세대 시퀀싱에 의해 결정되는, 방법.
  13. 제9항 또는 제10항에 있어서, 1000 nM 미만의 예측 결합 친화성 IC50 값을 갖거나 폴리펩타이드 분절 집단의 상위 5% 이내의 백분위 순위를 갖는 수준으로 인간 MHC 클래스 II 분자에 결합하는 것으로 공지되어 있거나 결합할 것으로 예측되는 폴리펩타이드 분절 하나 이상을 혼입시키는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  14. 제9항 또는 제10항에 있어서, 인간 MHC 클래스 I 또는 인간 MHC 클래스 II 분자에 결합할 수 있는 에피토프를 생성할 것으로 예측되는 접합부에서 폴리펩타이드 분절 사이에 링커를 삽입하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  15. 하기 단계 (a) 내지 (j)를 포함하는 방법을 통해, 바이러스 프로테옴 서열 집단의 구조적으로 보존된 영역 내에서 다가 아미노산 서열 세트를 가상 실험으로 구축하는 단계를 포함하는, 다가 항원을 생산하는 방법이며:
    (a) 바이러스 프로테옴 서열의 집단을 정렬하는 단계;
    (b) 정렬 내 각각의 서열에 대해, N-말단 아미노산으로 시작하는 9-아미노산 하위서열 세트("9량체")를 형성하는 단계(여기서, 각각의 하위서열은 정렬에서 길이가 l인 각 서열이 (l-8)개의 9량체를 함유하도록 8개 아미노산이 선행하는 하위서열과 중첩됨);
    (c) 정렬의 각 서열에서 위치 i에서 시작하는 각각의 고유한 9량체에 대한 빈도를 계산하고, 각 위치에서 가장 흔한 고유한 9량체를 2개 이상 식별하는 단계; (c)(1) 여기서 빈도는 고유한 9량체가 정렬의 위치 i에서 발생하는 횟수를 정렬 내 서열의 총 수로 나눈 값으로 계산됨;
    (d) 2개 이상의 가장 흔한 고유한 9량체 중 어느 하나를 함유하는 정렬 내 서열의 비율을 합산하여 각 위치에 대한 다가 보존을 계산하는 단계;
    (e) 다가 보존이 80% 초과 또는 90% 초과인 정렬 내 서열을 추출하여 보존된 영역의 정렬을 생성하는 단계;
    (f) 보존된 영역의 정렬의 각 위치에서 고유한 9량체의 각 쌍에 대한 빈도를 결정하는 단계;
    (g) 8개 아미노산 중첩을 공유하는 보존된 영역의 정렬의 인접한 위치에 9량체 쌍을 연결하는 단계;
    (h) 각 9량체 쌍이 노드이고, 인접한 노드 사이의 에지(edge)가 인접한 위치에 연결된 9량체 쌍으로부터 형성되는 방향성 비순환 그래프를 생성하는 단계(여기서, 각 에지의 가중치는 다운스트림 9량체 쌍의 빈도와 동일함),
    소스 노드(source node)를 부가하고, 이를 첫 번째 위치의 모든 노드와 연결하고,
    싱크 노드(sink node)를 부가하고, 이를 마지막 위치의 모든 노드와 연결하고,
    모든 가중치를 무효화시킴;
    (i) 방향성 비순환 그래프에서 소스 노드에서 싱크 노드까지의 최적 경로를 찾는 단계(여기서, 최적 경로는 방향성 비순환 그래프 내 모든 9량체 쌍의 빈도의 합으로 정의됨); 및
    (j) 8개 아미노산 중첩을 공유하는 경우 최적의 다가 9량체 경로 내 인접한 위치에 있는 2개 이상의 9량체를 연결하는 방식으로 다가 항원을 구축하여, 이와 함께 다가 항원을 형성하는 연결된 9량체의 서열을 2개 이상 생성하는 단계,
    여기서 단계 (j) 이후에, 폴리펩타이드 분절 사이의 접합부에서 유해한 에피토프의 생성을 감소시키거나 회피하도록 폴리펩타이드 분절을 재배열하는 단계를 추가로 포함할 수 있는 것인, 방법.
  16. 제15항에 있어서, 상기 다가 보존이 2가 보존이고, 상기 다가 항원이 2가 항원인, 방법
  17. 제15항 또는 제16항에 있어서, 단계 (a)에서, 상기 보존된 영역이 하기 단계 중 하나 이상을 수행하는 방식으로 추가로 정의되는, 방법:
    (i) 35개 미만의 아미노산 길이의 분절을 제거하는 단계;
    (ii) 90% 미만의 2가 보존을 갖는 것으로 결정된 분절을 제거하는 단계;
    (iii) 시험관내 또는 생체내에서 입증된 바, 약한 면역원성 또는 비면역원성인 것으로 결정된 분절을 제거하는 단계; 및
    (iv) 시험관내 또는 생체내에서 입증된 바, 면역원성인 것으로 결정된 추가의 분절을 포함시키는 단계.
  18. 제15항 또는 제16항에 있어서, 상기 유해한 에피토프의 생성을 감소시키거나 회피하도록 펩타이드 분절을 재배열하는 단계가, 가상 실험 HLA 결합 분석 및 인간 프로테옴 교차 인식 분석 중 하나 이상을 포함하는 방법에 의해 수행되는, 방법.
  19. 제15항 또는 제16항에 있어서, 하나 이상의 인접한 분절 사이에 링커 서열을 삽입하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  20. 제15항 또는 제16항에 있어서, 1000 nM 미만의 예측 결합 친화성 IC50 값을 갖거나 폴리펩타이드 분절 집단의 상위 5% 이내의 백분위 순위를 갖는 수준으로 특정 HLA 대립유전자에 결합하는 접합 9량체를 제거하는 방식으로 단계 (h)에서 생성된 2가 항원을 개선시키는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  21. 제15항 또는 제16항에 있어서, 인간 펩타이드와 적어도 55%(9개의 아미노산 잔기 중 5개)의 아미노산 서열 동일성을 갖거나, 인간 단백질과 동일한 T세포 수용체(TCR) 대면 잔기를 갖는 9량체를 제거하는 방식으로 단계 (h)에서 생성된 2가 항원을 개선시키는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  22. 제15항 또는 제16항에 있어서, 환자 내 바이러스 다양성을 포괄하기에 충분한 T세포 에피토프를 생성하기 위해 단계 (h)에서 생성된 2가 항원을 개선시키는 단계를 추가로 포함하는 방법으로서, 하기 단계 a) 및 b)를 추가로 포함하는, 방법:
    a) 대상에서 얻은 생물학적 샘플 내에서 바이러스 유사종 변이체를 식별하는 단계; 및
    b) 하기 단계 (i) 내지 (iii)을 포함하는 방법을 통해 단계 (h)에서 생성된 2가 항원의 서열에서 환자 내 아미노산 변이체를 결정하는 단계:
    (i) 2가 항원의 각 9량체 위치에서, 해당 위치를 완전히 포괄하는 복수의 시퀀싱 판독물로부터 상응하는 9량체 하위서열을 결정하는 단계;
    (ii) 9량체 하위서열을 추출하는 단계; 및
    (iii) 추출된 9량체 하위서열을 2가 항원의 서열에 정렬시키고, 임의의 미스매치의 존재를 결정하는 단계.
  23. 제22항에 있어서, 상기 바이러스 유사종이 하기 단계를 포함하는 방법에 의해 식별되는, 방법: 바이러스 DNA를 시퀀싱하고, 복수의 시퀀싱 판독물을 어셈블링하여 대상 공통서열을 생성하는 단계; 복수의 판독물 내 각각의 판독물을 대상 공통서열에 정렬시키는 단계; 및 정렬된 대상 판독물을 참조 서열에 맵핑하여 서열 좌표를 얻는 단계.
  24. 제22항에 있어서, 상기 생물학적 샘플이 혈액, 말초혈액 단핵세포(PBMC), 혈청, 혈장, 정액 또는 림프절에서 선택되는, 방법.
  25. 제22항에 있어서, 상기 대상이 HIV-1에 급성으로 감염된 대상인, 방법.
  26. 제22항에 있어서, 상기 대상이 Fiebig 병기 IV 또는 그 이전 단계의 HIV-1 감염 상태인, 방법.
  27. 제22항에 있어서, 상기 대상이 HIV-1에 만성적으로 감염된 대상인, 방법.
  28. 제22항에 있어서, 상기 대상이 항레트로바이러스 요법(ART)을 받은 적이 있는 대상인, 방법.
  29. 제22항에 있어서, 상기 대상이 항레트로바이러스 요법(ART)을 받은 적이 없는 대상인, 방법.
  30. 제22항에 있어서, 기존 탈출 변이체가 있는 서열을 배제시키는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  31. 제1항 또는 제2항에 있어서, 폴리펩타이드 분절 사이의 접합부에서 유해한 에피토프의 생성을 감소시키거나 회피하도록 폴리펩타이드 분절을 재배열하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  32. 제31항에 있어서, 상기 유해한 에피토프의 생성을 감소시키거나 회피하도록 펩타이드 분절을 재배열하는 단계가, 가상 실험 HLA 결합 분석 및 인간 프로테옴 교차 인식 분석 중 하나 이상을 포함하는 방법에 의해 수행되는, 방법.
  33. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 1종 이상의 바이러스 표적 항원이 포유류 바이러스에서 유래한 것인, 방법.
  34. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 1종 이상의 바이러스 표적 항원이 인간면역결핍바이러스(HIV), B형간염바이러스(HBV), 인간유두종바이러스(HPV), 단순헤르페스바이러스(HSV), 에볼라바이러스(Ebola virus), 지카바이러스(Zika virus) 및 치쿤구니야바이러스(Chikungunya virus)로 이루어지는 군에서 선택되는 바이러스에서 유래한 것인, 방법.
  35. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 환자 간 바이러스 집단이 항레트로바이러스 요법(ART)을 받은 적이 없는 환자 집단에서 유래한 것인, 방법.
  36. 제1항 또는 제2항에 있어서, 상기 환자 간 바이러스 집단이 항레트로바이러스 요법(ART)을 받았던 환자 집단에서 유래한 것인, 방법.
  37. 제8항에 있어서, 상기 환자 내 바이러스 집단이 항레트로바이러스 요법(ART)을 받은 적이 없는 환자에서 유래한 것인, 방법.
  38. 제8항에 있어서, 상기 환자 내 바이러스 집단이 항레트로바이러스 요법(ART)을 받았던 환자에서 유래한 것인, 방법.
  39. 제1항 내지 제10항, 제12항, 제15항, 제16항, 제37항 및 제38항 중 어느 한 항의 방법에 따라 제조된 융합 폴리펩타이드로서, 포유류에서 바이러스에 대한 면역반응을 유도하는 융합 폴리펩타이드.
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