JPH10324696A - ３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ） - Google Patents

Abstract

(57)【要約】 【課題】 ３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏ
Ｂ）ポリペプチドおよび該ポリペプチドをコードしてい
るポリヌクレオチドを提供する。 【解決手段】 本発明は、配列番号２またはのアミノ酸
配列からなるポリペプチドをコードするポリヌクレオチ
ドに対して少なくとも７０％の同一性を有するポリヌク
レオチドからなる単離ポリヌクレオチド；３−デヒドロ
キネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポリペプチドおよび
３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポリペ
プチドをコードするポリヌクレオチドおよび組換え技法
により該ポリペプチドの製法を提供するものである。さ
らには、抗菌化合物についてスクリーニングするのに３
−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポリペプ
チドを利用する方法を提供する。

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】

【発明の属する技術分野】本発明は、新規に同定された
ポリヌクレオチドおよびポリペプチド、その製造および
使用、ならびにその変種、アゴニストおよびアンタゴニ
スト、ならびにその使用に関する。特に、本発明は、ａ
ｒｏファミリー（以下、「３−デヒドロキネート・シン
ターゼ（ａｒｏＢ）」、「３−デヒドロキネート・シン
ターゼ（ａｒｏＢ）ポリヌクレオチド」、および「３−
デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポリペプチ
ド」と称する）の新規なポリヌクレオチドおよびポリペ
プチドに関する。

【０００２】

【従来の技術】ストレプトコッカス属（Streptococci）
は医学的に重要な微生物属を形成しており、ヒトに，例
えば中耳炎、結膜炎、肺炎、菌血症、髄膜炎、静脈洞
炎、膿胸および心内膜炎、特に例えば脳脊髄液の感染の
ごとき髄膜炎を包含する、いくつかの型の疾患を引き起
こすことが知られている。ストレプトコッカス属の単離
から１００年以上も経過しているため、ストレプトコッ
カス・ニューモニアエ（Streptococcus pneumoniae）
は、より詳細な研究が為された微生物の一つである。例
えば、事実、ＤＮＡが遺伝物質であるという初期の見解
の大部分は、この微生物を用いたGriffithならびに、Av
ery、MacleodおよびMcCartyの研究にて予言された。ス
トレプトコッカス・ニューモニアエに関する研究は膨大
であるにも関わらず、この微生物の毒性に関しては多く
の疑問が残されている。抗生物質の開発のための標的と
してストレプトコッカス属の遺伝子および遺伝子産物を
用いるのはとりわけ好ましいことである。

【０００３】ストレプトコッカス・ニューモニアエ感染
の頻度は過去２、３０年間に劇的に上昇している。これ
は多重抗生物質耐性株の出現、および免疫系が低下した
人の母集団の増加に起因している。いくつかのまたは全
ての標準的な抗生物質に対して耐性を有するストレプト
コッカス・ニューモニアエ株を単離することはもはやめ
ずらしいことではない。この現象がこの生物に対する新
しい抗菌剤、ワクチンおよび診断試験についての必要性
を形成した。

【０００４】そのうえ、薬剤の発見方法は、現在のとこ
ろ、「機能的遺伝学」、すなわち、高処理量のゲノムま
たは遺伝子に基づく生物学を包含するので抜本的な改革
を受けている。このアプローチは、「位置的クローニン
グ」に基づく初期のアプローチおよび他の方法に取って
代わりつつある。機能的遺伝学は、現在利用可能な多く
の分子生物学的データベースならびに他のソースから潜
在的に興味ある遺伝子配列を同定するための種々の道具
に大きく依存している。薬剤の発見の標的としての、さ
らなる遺伝子および他のポリヌクレオチド配列ならびに
それらの関連ポリペプチドの同定および特徴づけをする
必要性があり続けている。

【０００５】抗生物質活性に関して化合物をスクリーニ
ングするために有用であるという利点を有した、本発明
のａｒｏＢ具体例のごとき因子に対する要望があること
は明白である。かかる因子はまた、感染、機能不全およ
び疾患の発生病理における役割を決定するのに有用であ
る。感染、機能不全および疾患を予防、改善または治癒
するための方法を見出すために、かかる因子ならびにそ
のアンタゴニストおよびアゴニストを同定および特徴づ
けする必要も明らかにある。

【０００６】本発明のある種のポリペプチドは、既知の
バチルス・ズブチリス（Bacillus subtilis）の３−デ
ヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）タンパク質に
対して有意なアミノ酸配列相同性を有する。

【０００７】

【発明が解決しようとする課題】本発明は、３−デヒド
ロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）、詳細には３−デ
ヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポリペプチド
および３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）
ポリヌクレオチド、組み換え物質ならびにそれらの製造
方法に関する。もう１つの態様において、本発明は、か
かるポリペプチドおよびポリヌクレオチドの使用方法に
関し、とりわけ、微生物による疾病の治療を包含する。
さらなる態様において、本発明は、本発明により提供さ
れる材料を用いるアゴニストおよびアンタゴニストの同
定方法、ならびに同定された化合物を用いる微生物によ
る感染およびかかる感染に関連した症状の治療方法に関
する。さらなる態様において、本発明は、微生物による
感染およびかかる感染に関連した症状の検出のための診
断アッセイ、例えば、３−デヒドロキネート・シンター
ゼ（ａｒｏＢ）発現または活性の検出のためのアッセイ
に関する。開示された本発明の精神および範囲内での種
々の変更および修飾は、以下の説明を読み、本開示の他
の部分読めば、当業者に容易に明らかになるであろう。

【０００８】

【課題を解決するための手段】以下により詳細に説明す
るように、本発明は、３−デヒドロキネート・シンター
ゼ（ａｒｏＢ）ポリペプチドおよびポリヌクレオチドに
関する。詳細には、本発明は、バチルス・ズブチリスの
３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポリペ
プチドに対するてアミノ酸配列相同性により関連づけら
れるストレプトコッカス・ニューモニアエ（Streptococ
cus pneumoniae）の３−デヒドロキネート・シンターゼ
（ａｒｏＢ）のポリペプチドおよびポリヌクレオチドに
関する。特に、本発明は、それぞれ配列番号：１または
３および配列番号：２または４として表１に示されるヌ
クレオチドおよびアミノ酸配列を有する３−デヒドロキ
ネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）に関する。

【０００９】表１ ３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポリヌ
クレオチドおよびポリペプチド配列

【００１０】 （Ａ）ストレプトコッカス・ニューモニアエの３−デヒドロキネート・シンター ゼ（ａｒｏＢ）ポリヌクレオチド配列［配列番号１］ 5'- 1 ATGAAAATCA GAATCGATAT TCCTCACCAT CCTTATGATA TTCAGATTGA 51 AAAAGGTTGT ATGGCCCAGG CTGGTCAGTG GTTGCGAGAA CTCTGGCAAC 101 CGCAAAAGGT AGTCATTGTG ACAGATAACC ATGTAGCCTC TCTCTATGCA 151 GAGAAGGTCA AGCTCAGCCT AGAAGATGCT GGTTTTCAGG TAGCTGTTTT 201 TGATTTCTTA GAAGGTGAAG AAAGAAAGAA TTTAACTACT GTTCAGAAAG 251 TCTATGAATT TCTAGTCAAG CAAGGTCTGA CTCGTAGCGA TGGAATCGTT 301 GCTCTTGGTG GTGGCGTTGT TGGGGACCTG GCTGGATTTG TAGCCTCTAC 351 CTATATGCGG GGTATTCACT TTGTTCAGAT TCCGACTAGT TTGACAGCTC 401 AGGTTGATTC TCCTATCGGT GGAAAGACAG GTGTTAACAC ACCATTTGCT 451 AAAAATATGG TGGGGACCTT TGCCCAACCA GATGGGGTTT TGATTGATCC 501 ACTTGTTCTT GAAACCCTCG GAAAAAGAGA GTTGATTGAA GGGATGGGTG 551 AAGTTATCAA GTATGGCTTG ATTGAGGATC CAGAACTGTG GGCTCTCTTG 601 ACGGGACTGA ATGGTTCTGT TGAGAGTATT TTGGAACATG CAGAGACCTT 651 GATTGAACAT TCTTGTCAGG TGAAGCGCAA GATGGTGGTT GAAGATGAGT 701 TGGACAATGG TATTCGTCTT TACCTCAATT TTGGCCACAC TATTGGCCAT 751 GCCATCGAAG CGACTGCCGG TTATGGCAAG GTCATGCATG GAGAGGCTGT 801 TGCCATGGGA ATGGTACAGA TTTCCAAGAT TGCTGAGGAA AAAGGCCTCA 851 TGCCAGCTGG CATTACCCAA TCTATCACAG AGATGTGTCA GAAATTCGGC 901 TTGCCTGTTG ACTATGAAAA TTGGGAAGTT GACAAGCTTT ATCAGGCTCT 951 TACTCATGAC AAGAAAGCGC GTGGCAACAC CTTGAAATTG GTCTTGGTGC 1001 CAGAGCTTGG TTCAGCGACC ATTCATCCAG TTTCTCTGGA AGAGATGAAA 1051 GACTACTTGG TAAAATAA -3'

【００１１】 （Ｂ）この表のポリヌクレオチド配列より推定されるストレプトコッカス・ニュ ーモニアエの３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポリペプチド配列 ［配列番号２］ NH₂- 1 MKIRIDIPHH PYDIQIEKGC MAQAGQWLRE LWQPQKVVIV TDNHVASLYA 51 EKVKLSLEDA GFQVAVFDFL EGEERKNLTT VQKVYEFLVK QGLTRSDGIV 101 ALGGGVVGDL AGFVASTYMR GIHFVQIPTS LTAQVDSPIG GKTGVNTPFA 151 KNMVGTFAQP DGVLIDPLVL ETLGKRELIE GMGEVIKYGL IEDPELWALL 201 TGLNGSVESI LEHAETLIEH SCQVKRKMVV EDELDNGIRL YLNFGHTIGH 251 AIEATAGYGK VMHGEAVAMG MVQISKIAEE KGLMPAGITQ SITEMCQKFG 301 LPVDYENWEV DKLYQALTHD KKARGNTLKL VLVPELGSAT IHPVSLEEMK 351 DYLVK -COOH

【００１２】 （Ｃ）ストレプトコッカス・ニューモニアエの３−デヒドロキネート（ａｒｏＢ ）のＯＲＦ配列を有してなるポリヌクレオチド配列［配列番号３］ 5'- 1 AAGGTGAAGA AAGACAAGAA TTTAACTACT GTTCAGAAAG TCTATGAATT 51 TCTAGTCAAG CAAGGTCTGA CTCGTAGCGA TGGAATCGTT GCTCTTGGTG 101 GTGGCGTTGT TGGGGACCTG GCTGGATTTG TAGCCTCTAC CTATATGCGG 151 GGTATTCACT TTGTTCAGAT TCCGACTAGT TTGACAGCTC AGGTTGATTC 201 TCCTATCGGT GGAAAGACAG GTGTTAACAC ACCATTTGCT AAAAATATGG 251 TGGGGACCTT TGCCCAACCA GATGGGGTTT TGATTGATCC ACTTGTTCTT 301 GAAACCCTCG GAAAAAGAGA GTTGATTGAA GGGATGGGTG AAGTTATCAA 351 GTATGGCTTG ATTGAGGATC CAGAACTGTG GGCTCTCTTG ACGGGACTGA 401 ATGGTTCTGT TGAGAGTATT TTGGAACATG CAGAGACCTT GATTGAACAT 451 TCTTGTCAGG TGAAGCGCAA GATGGTGGTT GAAGATGAGT TGGACAATGG 501 TATTCGTCTT TACCTCAATT TTGGCCACAC TATTGGCCAT GCCATCGAAG 551 CGACTGCCGG TTATGGCAAG GTCATGCATG GAGAGGCTGT TGCCATGGGA 601 ATGGTACAGA TTTCCAAGAT TGCTGAGGAA AAAGGCCTCA TGCCAGCTGG 651 CATTACCCAA TCTATCACAG AGATGTGTCA GAAATTCGGC TTGCCTGTTG 701 ACTATGAAAA TTGGGAAGTT GACAAGCTTT ATCAGGCTCT TACTCATGAC 751 AAGAAAGCGC GTGGCAACAC CTTGAAATTG GTCTTGGTGC CAGAGCTTGG 801 TTCAGCGACC ATTCATCCAG TTTCTCTGGA AGAGATGAAA GACTACTTGG 851 TAAAATAA -3'

【００１３】 （Ｄ）この表のポリヌクレオチドＯＲＦ配列より推定されるストレプトコッカス ・ニューモニアエの３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポリペプチ ド配列［配列番号４］ NH₂- 1 KVKKDKNLTT VQKVYEFLVK QGLTRSDGIV ALGGGVVGDL AGFVASTYMR 51 GIHFVQIPTS LTAQVDSPIG GKTGVNTPFA KNMVGTFAQP DGVLIDPLVL 101 ETLGKRELIE GMGEVIKYGL IEDPELWALL TGLNGSVESI LEHAETLIEH 151 SCQVKRKMVV EDELDNGIRL YLNFGHTIGH AIEATAGYGK VMHGEAVAMG 201 MVQISKIAEE KGLMPAGITQ SITEMCQKFG LPVDYENWEV DKLYQALTHD 251 KKARGNTLKL VLVPELGSAT IHPVSLEEMK DYLVK -COOH

【００１４】寄託材料 ストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００９９３株
を含む寄託株を、１９９６年４月１１日に、スコットラ
ンド、ＡＢ２ １ＲＹ、アバディーン、マチャードライ
ブ２３Ｓt.のナショナル・コレクション・オブ・インダ
ストリアル・アンド・マリーン・バクテリア・リミテッ
ド（本明細書にて「ＮＣＩＭＢ」という）に、ＮＣＩＭ
Ｂ受託番号４０７９４の下で寄託した。その寄託株は寄
託の際にストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００
９９３と命名された。１９９６年４月１７日に、同様
に、エシェリシア・コリ中のストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエ０１００９９３ＤＮＡライブラリーがＮＣＩ
ＭＢに寄託され、受託番号４０８００が与えられた。こ
のストレプトコッカス・ニューモニアエ寄託株を、本明
細書では「寄託株」または「寄託株のＤＮＡ」と称す
る。

【００１５】寄託株は全長の３−デヒドロキネート・シ
ンターゼ（ａｒｏＢ）遺伝子を含んでいる。寄託株に含
まれるポリヌクレオチドの配列ならびにそれによりコー
ドされるポリペプチドのアミノ酸配列は、本明細書にお
ける配列の記載とのいずれの不一致においても支配的で
ある。寄託株の寄託は、特許手続き上の微生物寄託の国
際承認に関するブタペスト条約の条件下で行われてい
る。特許が発行されると何ら制限または条件もなく、最
終的に株は分譲される。寄託株は当業者の便宜のために
のみ提供され、３５Ｕ.Ｓ.Ｃ.１１２条の下に要求され
るような、寄託が実施可能要件であることを承認するも
のではない。

【００１６】寄託株、それに由来の化合物を製造、使用
または販売するには、ライセンスが必要であるが、その
ようなライセンスはここで付与されるものではない。本
発明の一の態様は、寄託株に含まれるストレプトコッカ
ス・ニューモニアエ０１００９９３株により発現可能な
成熟ポリペプチドをコードする単離核酸分子を提供する
ことである。さらには、本発明は寄託株中のＤＮＡの３
−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ヌクレオ
チド配列およびそれによりコードされるアミノ酸配列を
提供する。また、本発明は寄託株より単離された３−デ
ヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポリペプチド
配列およびそれに由来のアミノ酸配列を提供する。

【００１７】ポリペプチド 本発明３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）
ポリペプチドは他のａｒｏファミリーのタンパク質に構
造的に関連している。本発明の１の態様において、スト
レプトコッカス・ニューモニアエのポリペプチド（本明
細書では３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏ
Ｂ）および３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏ
Ｂ）ポリペプチドという）、ならびに生物学的、診断
上、予防上、臨床的または治療上有用なその変種、なら
びにそれを含む組成物が提供される。本発明のとりわけ
好ましい具体例は、３−デヒドロキネート・シンターゼ
（ａｒｏＢ）遺伝子の自然発生対立遺伝子によりコード
される３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）
の変種である。

【００１８】さらに本発明は下記のものである単離ポリ
ペプチド： （ａ）配列番号：２の全長にわたって配列番号：２のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好まし
くは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なく
とも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも
９５％の同一性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９
％の同一性を有するかまたは全く同一であるアミノ酸配
列を含むかまたはそれよりなるポリペプチド； （ｂ）配列番号：１の全長にわたって配列番号：１に対
して少なくとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも
８０％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同
一性、さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一
性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９％の同一性を
有するかまたは全く同一であるポリヌクレオチド配列を
含むかまたはそれよりなる単離ポリヌクレオチドにより
コードされるポリペプチド； （ｃ）配列番号：２の全長にわたって配列番号：２のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好まし
くは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なく
とも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも
９５％の同一性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９
％の同一性を有するかまたは全く同一であるポリペプチ
ドをコードしているポリヌクレオチド配列を含むかまた
はそれよりなる単離ポリヌクレオチドによりコードされ
るポリペプチド； （ｄ）配列番号：３の全長にわたって配列番号：１に対
して少なくとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも
８０％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同
一性、さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一
性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９％の同一性を
有するかまたは全く同一であるポリヌクレオチド配列を
含むかまたはそれよりなる単離ポリヌクレオチドにより
コードされるポリペプチド； （ｅ）配列番号：３の全長にわたって配列番号：３に対
して少なくとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも
８０％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同
一性、さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一
性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９％の同一性を
有するかまたは全く同一であるポリヌクレオチド配列を
含むかまたはそれよりなる単離ポリヌクレオチドにより
コードされるポリペプチド；または （ｆ）配列番号：４の全長にわたって配列番号：４のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好まし
くは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なく
とも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも
９５％の同一性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９
％の同一性を有するかまたは全く同一であるポリペプチ
ドをコードしているポリヌクレオチド配列を含むかまた
はそれよりなる単離ポリヌクレオチドによりコードされ
るポリペプチド； （ｇ）配列番号：４の全長にわたって配列番号：２のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好まし
くは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なく
とも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも
９５％の同一性、最も好ましくは少なくとも９７〜９９
％の同一性を有するかまたは全く同一であるアミノ酸配
列を含むかまたはそれよりなるポリペプチドを提供す
る。

【００１９】本発明のポリペプチドは、表１［配列番号
２または４］のポリペプチド（とりわけ成熟ポリペプチ
ド）ならびに、特に、３−デヒドロキネート・シンター
ゼ（ａｒｏＢ）の生物活性を有し、表１［配列番号１ま
たは３］のポリペプチドまたはその該当部分と少なくと
も７０％の同一性、好ましくは表１［配列番号２または
４］のポリペプチドと少なくとも８０％の同一性、より
好ましくは表１［配列番号２または４］のポリペプチド
と少なくとも９０％の類似性（より好ましくは、少なく
とも９０％の同一性）、さらにより好ましくは表１［配
列番号２または４］のポリペプチドと少なくとも９５％
の類似性（より好ましくは少なくとも９５％の同一性）
を有するポリペプチドおよびフラグメントを包含し、さ
らに、一般に、少なくとも３０個のアミノ酸、より好ま
しくは、少なくとも５０個のアミノ酸を含むポリペプチ
ドの部分を有するかかるポリペプチドの部分も包含す
る。

【００２０】本発明はまた、 Ｘ−（R₁）_m−（R₂）−（R₃）_n−Ｙ

【００２１】［式中、アミノ末端のＸは水素または金属
であり、カルボキシル末端のＹは水素または金属であ
り、R₁およびR₃はいずれかのアミノ酸残基であり、ｍは
１〜１０００の整数または０であり、ｎは１〜１０００
の整数または０であり、R₂は本発明のアミノ酸配列、特
に表１のアミノ酸配列を意味する］で示されるポリペプ
チドを包含する。上記の式中、R₂はアミノ末端残基がそ
の左側でR₁に結合し、そのカルボキシ末端残基がその右
側でR₃に結合するように方向づけられる。ｍおよび／ま
たはｎが１より大きい場合、いずれかのＲ基で表される
アミノ酸残基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモポリマ
ーのいずれであってもよく、ヘテロポリマーが好まし
い。本発明の他の好ましい具体例は、ｍが１ないし５
０、１００または５００の間の整数であり、ｎが１ない
し５０、１００または５００の間の整数のものである。
本発明がストレプトコッカス・ニューモニアエ由来のも
のであるのが最も好ましいが、同じ分類学上の属の他の
生物由来のものであっても好ましい。また本発明ポリペ
プチドは、例えば、同じ科または目から得られるもので
あってもよい。

【００２２】フラグメントは、その全体が、上記したポ
リペプチドのアミノ酸配列の全部ではないが、一部と同
じであるアミノ酸配列を有する変種ポリペプチドであ
る。ａｒｏＢポリペプチドと同様、フラグメントは「自
立している」であるか、またはそれらが一の部分または
領域、最も好ましくは単一の連続した領域、単一のより
大きなポリペプチドを形成するより大きなポリペプチド
の中に含まれていてもよい。

【００２３】好ましいフラグメントは、例えば、表１
［配列番号２または４］のアミノ酸配列または、アミノ
末端を含む連続した一連の残基またはカルボキシル末端
を含む連続した一連の残基のような、その変種の一部を
有する末端切断ポリペプチドを包含する。宿主細胞、特
に、ストレプトコッカス・ニューモニアエ中の本発明の
ポリペプチドの分解型も好ましい。さらに、アルファヘ
リックスおよびアルファヘリックス形成領域、ベータシ
ートおよびベータシート形成領域、ターンおよびターン
形成領域、コイルおよびコイル形成領域、親水領域、疎
水領域、アルファ両親媒性領域、ベータ両親媒性領域、
可変領域、界面形成領域、基質結合領域、および高抗原
指数領域を含んでなるフラグメントのような、構造的ま
たは機能的属性によって特徴づけられるフラグメントも
また好ましいフラグメントである。

【００２４】生物学的に活性なフラグメントも好ましい
フラグメントである。生物学的に活性なフラグメント
は、類似活性または改良活性を有するもの、または望ま
しくない活性が減少したフラグメントを含め、３−デヒ
ドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）の活性を媒介す
るフラグメントである。さらに、動物、特にヒトにおい
て抗原性または免疫原性であるフラグメントも含まれ
る。特に好ましいものは、ストレプトコッカス・ニュー
モニアエの生存に必須の機能または個体、特に、ヒトに
おける疾患の開始または原因維持能力を与える酵素群の
受容体またはドメインからなるフラグメントである。

【００２５】本発明のポリペプチドのフラグメントであ
る変種は、ペプチド合成法により対応する全長のポリペ
プチドの製造に使用することができる。したがって、こ
れらの変種は、本発明の全長ポリペプチドを製造するた
めの中間体として使用できる。

【００２６】アミノ酸に関する標準的１文字および３文
字表記に加えて、「Ｘ」または「Ｘａａ」なる語もま
た、本発明のあるポリペプチドを記載するのに用いられ
る。「Ｘ」および「Ｘａａ」は、２０種の天然に存在す
るいずれかのアミノ酸がポリペプチド配列のそのような
指定する位置にあってもよいことを意味する。

【００２７】ポリヌクレオチド ３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポリペ
プチドをコードしているポリヌクレオチド、詳細には、
本明細書で３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏ
Ｂ）と命名されるポリペプチドをコードしているポリヌ
クレオチドを提供することが本発明の１の目的である。
本発明の特に好ましい具体例において、ポリヌクレオチ
ドは、全長の遺伝子を含む、表１（配列番号：１または
３）に示す配列を含む３−デヒドロキネート・シンター
ゼ（ａｒｏＢ）ポリペプチド、またはその変種をコード
している領域を含む。本発明のさらなる態様として、３
−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポリペプ
チドおよびポリヌクレオチド、詳細には、ストレプトコ
ッカス・ニューモニアエの３−デヒドロキネート・シン
ターゼ（ａｒｏＢ）ポリペプチドおよびポリヌクレオチ
ドをコードおよび／または発現する単離核酸分子が提供
され、核酸分子としては、例えば、未プロセッシングＲ
ＮＡ、リボザイムＲＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、ゲノム
ＤＮＡ、Ｂ−およびＺ−ＤＮＡが挙げられる。本発明の
さらなる具体例は、生物学的、診断上、予防上、臨床的
または治療上有用なポリヌクレオチドおよびポリペプチ
ド、ならびにその変種、ならびにそれらを含む組成物を
包含する。本発明のもう一つの態様は、表１［配列番号
２または４］の推定アミノ酸配列を有する３−デヒドロ
キネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポリペプチドをコー
ドする単離ポリヌクレオチド、それに密接に関連するポ
リヌクレオチドおよびそれらの変種に関する。

【００２８】もう１つの特に好ましい本発明具体例にお
いて、表１（配列番号：２または４）のアミノ酸配列を
含むかまたはそれよりなる、ストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエ由来の３−デヒドロキネート・シンターゼ
（ａｒｏＢ）が提供される。表１［配列番号１または
３］に示すポリヌクレオチド配列のような本明細書の情
報を使用し、出発材料としてストレプトコッカス・ニュ
ーモニアエ０１００９９３を使用し、細菌からの染色体
ＤＮＡフラグメントをクローニングし、配列決定し、つ
づいて全長クローンを得る標準的クローニングおよびス
クリーニング法を使用して、ａｒｏＢポリペプチドをコ
ードする本発明のポリヌクレオチドを得ることができ
る。例えば、表１［配列番号１または３］に示す配列の
ような本発明のポリヌクレオチド配列を得るには、典型
的には、エシェリシア・コリまたは他の適当な宿主中の
ストレプトコッカス・ニューモニアエ０１００９９３の
染色体ＤＮＡのクローンのライブラリーを、部分配列か
ら由来する放射標識したオリゴヌクレオチド、好ましく
は１７量体またはそれより長いオリゴヌクレオチドでプ
ローブする。ついで、該プローブと同じＤＮＡを有する
クローンをストリンジェントな条件を使用して区別でき
る。該オリジナル配列から設計された配列決定プライマ
ーで同定された個々のクローンを配列決定することによ
り、該配列を両方の方向に伸長し、全長を決定すること
が可能である。都合よくは、プラスミド・クローンから
調製された変性二本鎖ＤＮＡを用いてかかる配列決定を
行う。適当な技法は、Maniatis,T.，Fritsch,E.F.およ
びSambrookら、MOLECULAR CLONING：A LABORATORY MANU
AL，2nd Ed.；Cold Spring Harbor Laboratory Press,
Cold Spring Harbor, New York（1989）（特に、ハイブ
リダイゼーションによるスクリーニング１.９０および
変性二本鎖ＤＮＡ鋳型の配列決定１３.７０を参照のこ
と）により記載されている。例えば、表１［配列番号１
または３］に示すポリヌクレオチドは、ストレプトコッ
カス・ニューモニアエ０１００９９３から由来するＤＮ
Ａライブラリー中で見いだしたものである。

【００２９】表１［配列番号１または３］のＤＮＡ配列
は、表１［配列番号２または４］に示す概数のアミノ酸
残基を有し、公知のアミノ酸残基の分子量から計算でき
る推定分子量を有するタンパク質をコードするオープン
リーディングフレームを有する。ヌクレオチド番号１
と、配列番号１のヌクレオチド番号１０６６で始まる停
止コドンの間の配列番号１のポリヌクレオチドが、配列
番号２のポリペプチドをコードする。

【００３０】さらなる態様において、本発明は、下記の
ポリヌクレオチドを含むかまたはそれらよりなる単離ポ
リヌクレオチドを提供する： （ａ）配列番号：１の全長にわたって配列番号：１に対
して少なくとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも
８０％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同
一性、さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一
性、さらにより好ましくは少なくとも９７〜９９％の同
一性を有するかまたは全く同一であるポリヌクレオチド
配列； （ｂ）配列番号：２の全長にわたって配列番号：２のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好まし
くは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なく
とも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも
９５％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも９７
〜９９％またはちょうど１００％の同一性を有するポリ
ペプチドをコードしているポリヌクレオチド配列；また
は （ｃ）配列番号：３の全長にわたって配列番号：１に対
して少なくとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも
８０％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同
一性、さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一
性、さらにより好ましくは少なくとも９７〜９９％また
は１００％の同一性を有するヌクレオチド配列； （ｄ）配列番号：３の全長にわたって配列番号：３に対
して少なくとも７０％の同一性、好ましくは少なくとも
８０％の同一性、より好ましくは少なくとも９０％の同
一性、さらにより好ましくは少なくとも９５％の同一
性、さらにより好ましくは少なくとも９７〜９９％の同
一性を有するかまたは全く同一であるヌクレオチド配
列； （ｅ）配列番号：４の全長にわたって配列番号：４のア
ミノ酸配列に対して少なくとも７０％の同一性、好まし
くは少なくとも８０％の同一性、より好ましくは少なく
とも９０％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも
９５％の同一性、さらにより好ましくは少なくとも９７
〜９９％の同一性を有するかまたは全く同一であるポリ
ペプチドをコードしているポリヌクレオチド配列。 本発明ポリペプチドをコードしているポリヌクレオチド
（ストレプトコッカス・ニューモニアエ以外の種由来の
ホモログおよびオーソログを包含）を、ストリンジェン
トなハイブリダイゼーション条件において、配列番号：
１もしくは３の配列またはそれらのフラグメントを含む
かまたはそれらよりなる標識または検出可能プローブを
用いて適当なライブラリーをスクリーニングし、次い
で、該ポリヌクレオチド配列を含む全長遺伝子および／
またはゲノムクローンを単離する工程を含む。

【００３１】本発明は、表１［配列番号１または３］の
コード配列と、その全長にわたって同一であるポリヌク
レオチド配列を提供する。また、本発明は、成熟ポリペ
プチドまたはそのフラグメント用のコード配列自体なら
びにリーダーまたは分泌配列、プレ、プロまたはプレプ
ロタンパク質配列をコードするコード配列のような他の
コード配列を有するリーディング・フレーム中の成熟ポ
リペプチドまたはフラグメントのコード配列を提供す
る。ポリヌクレオチドはまた、例えば、転写配列、非翻
訳配列、終止シグナル、リボソーム結合部位、ｍＲＮＡ
を安定化する配列、イントロン、ポリアデニル化シグナ
ルおよび別のアミノ酸をコードする付加コード配列のよ
うな非コード５’および３’配列を含む、非コード配列
を含むが、これに限定するものではない。例えば、融合
ポリペプチドの精製を促進するマーカー配列をコードす
ることができる。本発明のある種の具体例において、マ
ーカー配列は、ｐＱＥベクター（Qiagen,Inc.）におい
て提供され、Gentzら、Proc.Natl.Acad.Sci.USA（198
9）86：821-824に記載されるような、ヘキサ−ヒスチジ
ンペプチドであるか、またはＨＡタグである（Wilson
ら、Cell，37:767(1984)）。本発明のポリヌクレオチド
は、限定するものではないが、構造遺伝子および遺伝子
の発現を調節する天然に伴う配列からなるポリヌクレオ
チドを包含する。

【００３２】本発明の好ましい具体例は、表１の配列番
号１に示されるヌクレオチド１からヌクレオチド１０６
６のすぐ上流にあるヌクレオチドまたはそのヌクレオチ
ドを含むヌクレオチドまでを有するポリヌクレオチドで
あり、それは共に３−デヒドロキネート・シンターゼ
（ａｒｏＢ）ポリペプチドをコードする。

【００３３】本発明はまた、式： Ｘ−（R₁）_m−（R₂）−（R₃）_n−Ｙ

【００３４】［式中、分子の５’末端のＸは水素または
金属あるいはＹと一緒になって共有結合を形成し、分子
の３’末端のＹは水素または金属あるいはＸと一緒にな
って共有結合を形成し、R₁およびR₃は、各々、独立して
いずれかの核酸残基であり、ｍは１〜３０００の整数ま
たは０であり、ｎは１〜３０００の整数または０であ
り、R₂は本発明の核酸配列、特に表１より選択される核
酸配列を意味する］で示されるポリヌクレオチドを包含
する。上記した式のポリヌクレオチド中、R₂は５’末端
残基がその左側でR₁に結合し、その３’末端残基がその
右側でR₃に結合するように方向付けられる。ｍおよび／
またはｎが１より大きい場合、いずれかのＲ基で表され
る核酸残基の鎖は、ヘテロポリマーまたはホモポリマー
のいずれであってもよく、ヘテロポリマーが好ましい。
好ましい具体例において、ＸおよびＹが一緒になって共
有結合を形成する場合、前記した式のポリヌクレオチド
は閉鎖した環状ポリヌクレオチドであり、それはその式
が第２の鎖が相補性を有する第１の鎖を示す二本鎖ポリ
ヌクレオチドであり得る。もう一つ別の具体例におい
て、ｍおよび／またはｎは１と１０００の間の整数であ
る。他の好ましい本発明の具体例は、ｍが１ないし５
０、１００または５００の間の整数であり、ｎが１ない
し５０、１００または５００の間の整数である。

【００３５】本発明のポリヌクレオチドはストレプトコ
ッカス・ニューモニアエ由来であるのが最も好ましい
が、分類学上同じ属の生物より得ることも好ましい。ま
た、例えば、分類学上同じ科または目から得てもよい。
本明細書で使用する「ポリペプチドをコードするポリヌ
クレオチド」なる用語は、本発明のポリペプチド、特
に、細菌性ポリペプチド、より詳しくは、表１［配列番
号２または４］に示すアミノ酸配列を有するストレプト
コッカス・ニューモニアエ・ａｒｏＢのポリペプチドを
コードする配列を含むポリヌクレオチドを包含する。こ
の用語はコードおよび／非コード配列を含んでもよいさ
らなる領域と共に、該ポリペプチドをコードする単一の
連続または非連続領域（例えば、組み込まれたファー
ジ、挿入された配列、組み込まれたベクター配列、組み
込まれたトランスポゾン配列、またはＲＮＡエデティン
グ（editing）もしくはゲノムＤＮＡ再組織化により中
断されている）を含むポリヌクレオチドを包含する。本
発明はさらに、表１［配列番号２または４］の推定アミ
ノ酸配列を有するポリペプチドの変種をコードする、本
明細書に記載したポリヌクレオチドの変種に関する。本
発明のポリヌクレオチドのフラグメントである変種は本
発明の全長ポリヌクレオチドの合成に使用できる。

【００３６】さらに好ましい具体例は、数個、わずか
な、５〜１０、１〜５、１〜３、２または１個あるいは
０個のアミノ酸残基が、いずれかの組み合わせで置換、
欠失または付加された表１［配列番号２または４］の３
−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポリペプ
チドのアミノ酸配列を有する、３−デヒドロキネート・
シンターゼ（ａｒｏＢ）変種をコードするポリヌクレオ
チドである。特に好ましくは、３−デヒドロキネート・
シンターゼ（ａｒｏＢ）の特性、活性を変化させないサ
イレント置換、付加および欠失である。

【００３７】本発明のさらに好ましい具体例は、表１
［配列番号２または４］に示すアミノ酸配列をを有する
３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポリペ
プチドをコードするポリヌクレオチドの全長にわたって
少なくとも７０％の同一性を有するポリヌクレオチドお
よびそのようなポリヌクレオチドに相補性のポリヌクレ
オチドである。また、最も好ましいものは、３−デヒド
ロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポリペプチドをコ
ードするポリヌクレオチドと全長にわたって少なくとも
８０％の同一性を有する領域からなるポリヌクレオチド
およびそれと相補性のポリヌクレオチドである。この点
で、その同じものと全長にわたって少なくとも９０％の
同一性を有するポリヌクレオチドが特に好ましく、中で
も少なくとも９５％の同一性を有するものが特に好まし
い。さらには、少なくとも９５％の同一性を有するもの
の中で少なくとも９７％の同一性を有するものがより好
ましく、中でも少なくとも９８％および少なくとも９９
％の同一性を有するものが特に好ましい。少なくとも９
９％の同一性を有するものがより好ましい。好ましい具
体例は、表１［配列番号１または３］のＤＮＡによって
コードされている成熟ポリペプチドと実質的に同じ生物
学的機能または活性を保持するポリペプチドをコードす
るポリヌクレオチドである。本発明のある好ましい具体
例によれば、特にストリンジェントな条件下で、例えば
表１のポリヌクレオチドのごとき３−デヒドロキネート
・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポリヌクレオチド配列にハイ
ブリダイゼーションするポリヌクレオチドが提供され
る。

【００３８】さらに本発明は、本明細書にて上記した配
列にハイブリダイズするポリヌクレオチドに関する。こ
の点において、本発明は特に、本明細書にて上記したポ
リヌクレオチドにストリンジェントな条件下でハイブリ
ダイズするポリヌクレオチドに関する。本明細書で用い
る場合、「ストリンジェントな条件」および「ストリン
ジェントなハイブリダイゼーション条件」という語は、
ハイブリダイゼーションが、配列間に少なくとも９５
％、好ましくは少なくとも９７％の同一性がある場合に
のみ起こることを意味する。ストリンジェントなハイブ
リダイゼーション条件の一例として、５０％ホルムアル
デヒド、５ｘＳＳＣ（１５０ｍＭ ＮaＣl、１５ｍＭ ク
エン酸三ナトリウム）、５０ｍＭリン酸ナトリウム（p
Ｈ７.６）、５ｘデンハート（Denhardt’s）溶液、１０
％硫酸デキストランおよび２０μｇ／ｍｌ変性切断サケ
精子ＤＮＡを含んでなる溶液中、４２℃で一夜インキュ
ベーションし、ついでハイブリダイゼーション支持体を
０.１ｘＳＳＣ（約６５℃）で洗浄することが挙げられ
る。ハイブリダイゼーションおよび洗浄条件は公知であ
り、Sambrookら、MOLECULAR CLONING：A LABORATORY MA
NUAL，Second Edition，Cold Spring Harbor, N.Y.（19
89）、特に、第11章に例示されている。本発明により提
供されるポリヌクレオチド配列に関して溶液ハイブリダ
イゼーションを用いてもよい。

【００３９】本発明は、配列番号１または３に示したポ
リヌクレオチド配列の完全遺伝子を含む適当なライブラ
リーを、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条
件下、配列番号１または３に示す該ポリヌクレオチド配
列の配列を有するプローブまたはそのフラグメントでス
クリーニングし、該ＤＮＡ配列を単離することにより得
ることができるポリヌクレオチド配列を含むかまたはそ
れよりなるポリヌクレオチドを提供する。そのようなポ
リヌクレオチドを得るのに有用なフラグメントには、例
えば、本明細書に記載するプローブおよびプライマーが
包含される。

【００４０】本明細書において本発明のポリヌクレオチ
ドの分析についてさらに説明するように、例えば、上記
したような本発明のポリヌクレオチドを、ＲＮＡ、ｃＤ
ＮＡおよびゲノムＤＮＡに対するハイブリダイゼーショ
ン・プローブとして使用し、３−デヒドロキネート・シ
ンターゼ（ａｒｏＢ）をコードする全長ｃＤＮＡおよび
ゲノムクローンを単離し、３−デヒドロキネート・シン
ターゼ（ａｒｏＢ）遺伝子に対して高い配列類似性を有
する他の遺伝子のｃＤＮＡおよびゲノムクローンを単離
することができる。そのようなプローブは、一般に、少
なくとも１５塩基を有してなるであろう。好ましくは、
そのようなプローブは少なくとも３０塩基からなり、少
なくとも５０塩基を有してもよい。特に好ましいプロー
ブは、少なくとも２０塩基を有し、３０以下の塩基を有
する。例えば、３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａ
ｒｏＢ）遺伝子のコード領域は、表１（配列番号１また
は３）のＤＮＡ配列を使用してスクリーニングしてオリ
ゴヌクレオチド・プローブを合成することにより単離で
きる。ついで、本発明の遺伝子の配列と相補性の配列を
有する標識したオリゴヌクレオチドを用いてｃＤＮＡ、
ゲノムＤＮＡまたはｍＲＮＡのライブラリーをスクリー
ニングし、ライブラリーのどのメンバーがプローブとハ
イブリダイズするか決定する。

【００４１】全長のＤＮＡを得る、あるいは短いＤＮＡ
を伸長させるための利用可能で当業者によく知られたい
くつかの方法があり、例えば、ｃＤＮＡ末端の迅速増幅
（ＲＡＣＥ）（例えば、Frohman, et al., PNAS USA 8
5,8998-9002, 1988参照）に基づく方法がある。maratho
n^TM法（Clontech Laboratories Inc.）に例示される当
該方法の最近の変法は、例えば、より長いｃＤＮＡの検
索が有意に簡単にしている。Marathon^TM法において、ｃ
ＤＮＡは選択組織から抽出されたｍＲＮＡから調製さ
れ、各末端に「アダプター」配列が連結される。次い
で、遺伝子特異的かつアダプター特異的オリゴヌクレオ
チドプライマーを用いて核酸増幅（ＰＣＲ）を行ってＤ
ＮＡの「失われた」５’末端を増幅する。次いで、「ネ
ステッド」プライマー、すなわち、増幅生成物の範囲に
にアニールするように設計されたプライマー（典型的に
は、アダプター配列中のさらなる３’にアニールするア
ダプター特異的プライマーならびに既知遺伝子配列中の
さらなる５’にアニールする遺伝子特異的プライマー）
を用いてＰＣＲ反応を繰り返す。次いで、この反応の生
成物をＤＮＡ配列決定により分析し、次いで、存在して
いるＤＮＡに生成物を直接結合して完全配列を得るこ
と、あるいは５’プライ−の設計に関する新たな配列の
情報を用いて別個の全長ＰＣＲを行うことにより、全長
のＤＮＡを構築する。

【００４２】本発明のポリヌクレオチドおよびポリペプ
チドは、本明細書においてポリヌクレオチド分析に関し
てさらに説明するように、例えば、疾患、特にヒトの疾
患に対する治療および診断の発見のための研究試薬およ
び研究材料として用いることができる。表１（配列番号
１または２または３または４）の配列から由来するオリ
ゴヌクレオチドである本発明のポリヌクレオチドは、本
明細書に記載の方法に使用できるが、好ましくはＰＣＲ
に使用し、本明細書で同定したポリヌクレオチドが全体
として、または部分的に感染組織において細菌中で転写
されるか否か測定する。そのような配列はまた、病因が
達した感染の段階およびタイプの診断においても有用性
がある。

【００４３】また、本発明は、成熟タンパク質に、さら
なるアミノまたはカルボキシ末端アミノ酸が加わるか、
成熟ポリペプチドの内部にアミノ酸が加わった（例え
ば、成熟形態が一つ以上のポリペプチド鎖を有する場
合）ポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを提供
する。このような配列は、とりわけ、前駆体から成熟形
態へのタンパク質のプロセッシングにおいて役割を果た
し、タンパク質を運び、タンパク質の半減期を長くした
り、短くしたり、あるいは分析または生産のためのタン
パク質の操作を容易にすることができる。インビボで一
般的なように、該付加アミノ酸は細胞酵素により成熟タ
ンパク質からプロセッシングにより除かれる。本発明の
各ポリヌクレオチドおよび全ポリヌクレオチドについ
て、それに相捕的なポリヌクレオチドが提供される。こ
れらの相捕的ポリヌクレオチドが、相捕的である各ポリ
ヌクレオチドに対して十分に相捕的であることが好まし
い。一またはそれ以上のプロ配列に融合したポリペプチ
ドの成熟形態を有する前駆体タンパク質は該ポリペプチ
ドの不活性形でもよい。プロ配列がそのような不活性前
駆体から除かれると、一般に活性化される。プロ配列の
幾らかまたは全体を、活性化の前に除去できる。一般
に、そのような前駆体はプロタンパク質と称される。

【００４４】核酸塩基に関する標準記号Ａ、Ｇ、Ｃ、Ｔ
／Ｕに加えて、また「Ｎ」なる語を、本発明の特定のポ
リヌクレオチドを記載するのに用いることができる。
「Ｎ」は、隣接するヌクレオチド位置と一緒になって作
用する場合、正確な読み枠を読み取る場合で、Ｎがその
ような読み枠において未成熟終止コドンを形成する効果
を有する塩基でないことが好ましい場合を除き、４種の
ＤＮＡまたはＲＮＡ塩基のいずれかがＤＮＡまたはＲＮ
Ａ配列のその指定位置にあることを意味する。

【００４５】総じて、本発明のポリヌクレオチドは成熟
タンパク質、リーダー配列の加わった成熟タンパク質
（プレタンパク質とも称される）、プレタンパク質のリ
ーダー配列ではない１またはそれ以上のプロ配列を有す
る成熟タンパク質の前駆体、またはリーダー配列と、一
般に、ポリペプチドの活性な成熟形態を生成するプロセ
ッシング工程の間に除去される１またはそれ以上のプロ
配列を有するプロタンパク質の前駆体であるプレプロタ
ンパク質をコードする。

【００４６】ベクター、宿主細胞、発現系 本発明はまた、本発明のポリヌクレオチドまたはポリヌ
クレオチドを含んでなるベクター、本発明のベクターで
遺伝子操作される宿主細胞および組換え技術による本発
明のポリペプチドの産生に関する。さらに無細胞翻訳系
を用い、本発明のＤＮＡ構築物由来のＲＮＡを使用して
かかるタンパク質を製造することができる。本発明の組
み換えポリペプチドを、発現系を含む、遺伝子操作され
た宿主細胞から、当業者によく知られた方法により製造
してもよい。したがって、さらなる態様において、本発
明は、本発明ポリヌクレオチドまたはポリペプチドを含
む発現系、かかる発現系で遺伝子操作された宿主細胞、
ならびに組み換え法による本発明ポリペプチドの製造に
関する。組換え体産生のために、宿主細胞を遺伝子操作
し、発現系もしくはそれらの一部、または本発明のポリ
ヌクレオチドを取り込むことができる。ポリヌクレオチ
ドの宿主細胞への導入は、リン酸カルシウムトランスフ
ェクション、ＤＥＡＥ−デキストラン媒介トランスフェ
クション、トランスベクション、マイクロインジェクシ
ョン、陽イオン脂質媒介トランスフェクション、エレク
トロポレーション、トランスダクション、スクレープ・
ローディング、弾道導入および感染のような、Davis
ら、BASIC METHODS IN MOLECULAR BIOLOGY（1986）およ
びSambrookら、MOLECULAR CLONING：A LABORATORY MANU
AL，2nd Ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press,Co
ld Spring Harbor, N.Y.（1989）のごとき複数の標準的
研究室マニュアルに記載されている方法によって行うこ
とができる。

【００４７】適当な宿主の代表例は、レンサ球菌（stre
ptococcus）、ブドウ球菌（staphylococcus）、腸球菌
（enterococcus）、大腸菌（E.coli）、ストレプトマイ
セス（streptomyces）および枯草菌（Bacillus subtili
s）細胞およびストレプトコッカス・ニューモニアエ（S
treptococcus pneumoniae）のごとき細菌細胞；酵母細
胞およびアスペルギルス（Aspergillus）細胞のごとき
真菌細胞；ドロソフィラ（Drosophila）Ｓ２およびスポ
ドプテラ（Spodoptera）Ｓｆ９細胞のごとき昆虫細胞；
CHO、COS、HeLa、C127、３T3、BHK、HEK293およびボー
ウェス（Bowes）メラノーマ細胞のごとき動物細胞；お
よび裸子植物または被子植物のごとき植物細胞を包含す
る。

【００４８】本発明のポリペプチド産生のために非常に
多様な発現系を使用することができる。かかる系は、と
りわけ、染色体、エピソームおよびウイルス由来の系、
例えば、細菌プラスミド由来、バクテリオファージ由
来、トランスポゾン由来、酵母エピソーム由来、挿入因
子由来、酵母染色体因子由来、バキュロウイルス、ＳＶ
４０のごときパポーバウイルス、ワクシニアウイルス、
アデノウイルス、ニワトリポックスウイルス、偽狂犬病
ウイルスおよびレトロウイルスのようなウイルス由来の
ベクター、およびコスミドおよびファージミドなどのプ
ラスミドおよびバクテリオファージの遺伝因子由来のベ
クターのごとき、それらの組み合わせに由来するベクタ
ーを包含する。発現系構築物は、発現を制御ならびに引
き起こす調節領域を有していてもよい。一般に、宿主に
おいてポリヌクレオチドを維持、増幅または発現し、お
よび／またはポリペプチドを発現するのに適した系また
はベクターを、この点にて発現に使用してもよい。適当
なＤＮＡ配列を、例えば、Sambrookら、MOLECULAR CLON
ING，A LABORATORY MANUAL（前掲）に示されている技術
のごとき、種々のよく知られた慣用的技術のいずれかに
よって、発現系に挿入してもよい。

【００４９】翻訳されたタンパク質を、小胞体内腔、周
辺腔または細胞外環境に分泌するために、適当な分泌シ
グナルを発現されるポリペプチドに挿入してもよい。こ
れらのシグナルは、ポリペプチドに固有のものであって
もよく、または異種のシグナルであってもよい。本発明
のポリペプチドは、硫酸アンモニウムまたはエタノール
沈澱、酸抽出、アニオンまたはカチオン交換クロマトグ
ラフィー、ホスホセルロースクロマトグラフィー、疎水
相互作用クロマトグラフィー、アフィニティークロマト
グラフィー、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィ
ーおよびレクチンクロマトグラフィーを包含する、よく
知られた方法によって組換え細胞培養物から回収および
精製できる。最も好ましくは、高速液体クロマトグラフ
ィーが精製に使用される。ポリペプチドが単離および／
または精製の間に変性する場合、タンパク質を再生する
ための周知方法を用いて、再び活性な立体配座とするこ
とができる。

【００５０】診断、予後、セロタイピングおよび変異ア
ッセイ 本発明はまた診断試薬として使用するための本発明の３
−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポリヌク
レオチドの使用にも関連付けられる。真核生物、とりわ
け哺乳動物、特にヒトにおける３−デヒドロキネート・
シンターゼ（ａｒｏＢ）の検出は、疾患の診断のための
診断方法を提供する。真核生物（本明細書において「個
体」とも称する）、とりわけ哺乳動物、特にヒトが３−
デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）遺伝子を含
む生物に感染するか、または感染している恐れがある
と、種々のよく知られた方法ならびに本明細書記載の方
法により核酸レベルまたはアミノ酸レベルで検出でき
る。

【００５１】予後、診断または他の分析に供する核酸
は、感染したと思われる個体および／または感染個体の
身体材料から得られる。これらの源由来のポリヌクレオ
チド、特にＤＮＡまたはＲＮＡを検出に直接用いてもよ
く、あるいは分析に付す前にＰＣＲもしくはその他の増
幅法を用いることにより酵素的に増幅できる。ＲＮＡ
（詳細にはｍＲＮＡ）、ｃＤＮＡおよびゲノムＤＮＡも
同じ方法にて使用できる。増幅すると、個体に存在する
原核生物の種および株を、原核生物遺伝子の遺伝子型の
分析により特徴づけすることができる。対照配列の遺伝
子型と比較した増幅生成物の大きさの変化により、欠失
および挿入を検出できる。点突然変異は、増幅ＤＮＡを
標識した３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏ
Ｂ）ポリヌクレオチド配列にハイブリダイズすることに
より同定できる。完全に対合した配列は、ＲＮase消化
により、または融解温度の差により、誤対合二重らせん
と区別できる。ＤＮＡ配列の差はまた、変性剤と共にま
たは無しでゲル中のＤＮＡフラグメントの電気泳動の移
動度の変化により、または直接的なＤＮＡの配列決定に
より検出できる。例えば、Myersら、Science，230:1242
（1985）を参照のこと。特異的な位置での配列の変化は
また、ヌクレアーゼ保護アッセイ、例えば、ＲＮaseお
よびＳ１保護または化学的切断法によっても明らかにす
ることができる。例えば、Cottonら、Proc.Natl.Acad.S
ci.,USA，85:4397-4401（1985）を参照のこと。ヌクレ
アーゼ保護アッセイ、例えば、ＲＮａｓｅ、Ｖ１および
Ｓ２保護アッセイまたは化学的開裂法により、特定位置
における配列の変化を明らかにすることができる。例え
ば、Cotton et al., Proc. Natl. Acad. Sci., USA, 8
5:4397-4401 (1985)参照。

【００５２】もう１つの具体例において、３−デヒドロ
キネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ヌクレオチド配列ま
たはそのフラグメントを含むオリゴヌクレオチドプロー
ブの一群を構築して、例えば遺伝学的変異、セロタイ
プ、分類学的分類または同定のための効果的なスクリー
ニングを行うことができる。アレイ法は適応範囲が広
く、遺伝子発現、遺伝学的連関、および遺伝学的変化を
包含する分子遺伝学における種々の問題を解決するため
に用いられる（例えば、Chee et al., Science,274:610
(1996)参照）。

【００５３】よって、もう１つの態様において、本発明
は、 （ａ）本発明ポリヌクレオチド、好ましくは配列番号：
１または３のヌクレオチド配列、またはそのフラグメン
ト； （ｂ）（ａ）のヌクレオチド配列に対して相捕的なヌク
レオチド配列； （ｃ）本発明ポリペプチド、好ましくは配列番号：２ま
たは４のポリペプチド、またはそのフラグメント；ある
いは （ｄ）本発明ポリペプチドに対する抗体、好ましくは配
列番号：２または４のポリペプチドに対する抗体を含む
診断キットに関する。かかるキットにおいて、（ａ）、
（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）が重要な成分を含んでいて
もよいことが理解されよう。かかるキットは、とりわけ
疾病または疾病に対する感受性についての診断において
有用である。

【００５４】また本発明は、診断試薬としての本発明ポ
リヌクレオチドの使用にも関する。疾病または発病に関
連した本発明ポリヌクレオチド、好ましくは配列番号：
１または３のポリヌクレオチドの変異形態の検出は、ポ
リヌクレオチドの発現低下、発現過剰または発現の変化
により生じる疾病の診断、疾病経過の予後、疾病段階の
決定、または疾病に対する感受性の決定に加えて用いる
診断用道具、またはかかる診断等の決定のための道具を
提供するであろう。かかるポリヌクレオチドにおける変
異を有する生物、特に感染生物を、本明細書記載のごと
き種々の方法によりポリヌクレオチドレベルで検出して
もよい。本発明ヌクレオチド配列は生物の染色体の同定
にも価値がある。配列は特別に標的化され、生物（詳細
にはストレプトコッカス・ニューモニアエ）の染色体上
の特定の位置とハイブリダイゼーションしうる。本発明
染色体に関連した配列のマッピングは、それらの配列を
病原性および／または生物の環境学的位置および／また
は生物の薬剤耐性とを関連づけ、さらには生物に遺伝子
を対応させることにおける重要な工程でありうる。配列
を正確な染色体位置にマッピングしたならば、染色体上
の配列の物理的位置を遺伝学的地図のデータと関連づけ
ることができる。かかるデータは、配列データベースに
おいてオンラインで見いだされる。次いで、連関（物理
的に近接した遺伝子の同時遺伝）の分析により、同じ染
色体領域にマッピングされた遺伝子と疾病との関係を同
定する。罹病個体と未罹病個体との間のｃＤＮＡまたは
ゲノム配列の相違も調べることができる。罹病個体のい
くつかまたは全部において変異が観察されるが正常個体
においては観察されない場合、その変異は疾病の原因で
ある可能性がある。

【００５５】本発明の遺伝子中に変異または多型性（対
立遺伝子変異）を担持する細胞はまた、種々の技術によ
り、ＤＮＡレベルで、例えばセロタイピングすることに
より検出できる。例えば、ＲＴ−ＰＣＲを用いて変異を
検出することができる。ＲＴ−ＰＣＲを自動検出系、例
えばＧeneＳcan等と組み合わせて用いるのが特に好まし
い。ＲＮＡ、ｃＤＮＡまたはゲノムＤＮＡもまた同じ目
的でＰＣＲまたはＲＴ−ＰＣＲに用いることができる。
一例として、３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒ
ｏＢ）をコードする核酸に相補的なＰＣＲプライマーを
用いて変異を同定および分析することができる。特に、
これらのプライマーを、個体由来の試料、例えば身体材
料から単離された３−デヒドロキネート・シンターゼ
（ａｒｏＢ）ＤＮＡおよび／またはＲＮＡの増幅に用い
ることができる。プライマーを用いて感染個体から単離
されたポリヌクレオチドを増幅して、ポリヌクレオチド
配列研究のための種々の方法に供してもよい。このよう
にして、ポリヌクレオチド配列中の変異を検出し、変異
を用いて感染または感染段階もしくは経路を損断および
／または予後を行い、あるいは感染物のセロタイプおよ
び／または分類を行ってもよい。

【００５６】本発明はさらに、疾患、好ましくは細菌感
染、さらに好ましくはストレプトコッカス・ニューモニ
アエによる感染の診断方法であって、表１［配列番号１
または３］の配列を有するポリヌクレオチドの発現レベ
ルの上昇を、個体由来のサンプルから決定することを特
徴とする方法を提供する。３−デヒドロキネート・シン
ターゼ（ａｒｏＢ）ポリヌクレオチドの発現の増加また
は低下は、ポリヌクレオチドの定量法として当該分野で
周知の方法である任意の方法、例えば増幅、ＰＣＲ、Ｒ
Ｔ−ＰＣＲ、ＲＮase保護、ノーザンブロッティングお
よびその他のハイブリダイゼーション法を用いて測定で
きる。

【００５７】加えて、正常対照組織サンプルと比較して
３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）タンパ
ク質の過剰発現を検出するための本発明による診断アッ
セイを用いて、例えば感染の存在を検出することができ
る。宿主由来のサンプル中の３−デヒドロキネート・シ
ンターゼ（ａｒｏＢ）ポリペプチドのレベルを決定する
ために用いることができるアッセイ技法は、当業者に周
知である。このようなアッセイ法は、ラジオイムノアッ
セイ、競合的結合アッセイ、ウェスタンブロット分析お
よびＥＬＩＳＡアッセイを包含する。

【００５８】引き算発現 本発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドを、引き算
スクリーニング法の試薬として用いてもよい。多くの引
き算スクリーニングおよび引き算ディスプレイ法が当該
分野に存在し、本発明ポリヌクレオチドおよびポリペプ
チドを用いることができる。例えば、引き算ディスプレ
イ法はChuang et al., J. Bacteriol. 175:2026-2036
(1993)に記載されている。この方法は、ランダムプラム
されたＲＴ−ＰＣＲを用いて存在するｍＲＮＡを同定す
ることにより生物中で発現される遺伝子を同定するもの
である。感染前および感染後の特徴を比較することによ
り、感染の間にアップレギュレーションおよびダウンレ
ギュレーションされる遺伝子を同定し、ＲＴ−ＰＣＲ生
成物を配列決定し、「未知」ＯＲＦにマッチさせること
ができる。インビボ発現法（ＩＶＥＴ）はCamilli et a
l., Proc. Natl. Acad Sci. USA91:2634-2638 (1994)
に記載されている。ＩＶＥＴは、研究室での培養物との
比較を行って、感染における重要な役割に関与してい
る、感染中にアップレギュレーションされる遺伝子を同
定するものである。この方法により同定されるＯＲＦは
感染の確立および／または維持において重要な役割を有
すると考えられる。この方法において、標的生物のラン
ダムな染色体フラグメントを、プラスミドベクター中の
プロモーター不含組み換え遺伝子の上流にクローン化す
る。レソルバーゼ（resolvase）部位に隣接した抗生物
質耐性遺伝子を担持する標的細胞中にこの構築物を導入
する。抗生物質存在下での増殖は、レコンビナーゼ（re
combinase）遺伝子の転写を支持しうるプラスミドベク
ター中にクローン化されたフラグメントの集団から消失
し、それゆえ、抗生物質耐性の消失を引き起こす。各抗
生物質感受性細菌により担持される染色体フラグメント
は感染の間に通常アップレギュレーションされる遺伝子
のプロモーターまたは当該遺伝子の一部を担持している
はずである。レコンビナーゼ遺伝子上流の配列決定によ
りアップレギュレーションされる遺伝子の同定が可能と
なる。ＲＴ−ＰＣＲを用いて遺伝子発現パターンを分析
してもよい。本発明ポリヌクレオチドを用いるＲＴ−Ｐ
ＣＲ用に、メッセンジャーＲＮＡを細菌感染組織、例え
ばネズミの感染後４８時間たった肺から単離し、次い
で、ランダムヘキサヌクレオチドでプラムされたＲＮＡ
試料の逆転写を行い、その後遺伝子特異的プライマーペ
アーを用いてＰＣＲを行うことによって各ｍＲＮＡ量を
評価する。得られたＰＣＲ生成物の定量による特定のｍ
ＲＮＡ種の存在および量の決定は、感染組織中で転写さ
れた細菌遺伝子についての情報を提供する。遺伝子転写
の分析を感染の異なる時点において行って細菌による発
病における遺伝子調節についての詳細な知識を得て、い
ずれの遺伝子産物が抗細菌剤のスクリーニングのための
標的であるのかを明確に理解することができる。使用Ｐ
ＣＲプライマーの遺伝子特異的な性質により、細菌ｍＲ
ＮＡ調製物が常に哺乳動物ＲＮＡを含む必要があるとは
いえないことが理解されよう。このことは、感染組織か
らの簡単かつ迅速なＲＮＡの調製を可能にし、細菌中で
非常に短命（半減期２分のオーダー）な細菌ｍＲＮＡ種
を得ることを可能にする。最適には、非常に短時間のう
ちに、ＴＲＩｚｏｌｅ（GIBCO-BRL）存在下で機械的に
破砕し、次いで、ＴＲＩｚｏｌｅ試薬およびＤＮＡａｓ
ｅ処理を製造者の指示に従って行って夾雑ＤＮＡを除去
することにより、感染ネズミ肺組織から細菌ｍＲＮＡを
調製する。好ましくは、適当に標識された配列特異的オ
リゴヌクレオチドプローブを用いてノーザンをプローブ
することにより検出されるストレプトコッカス・ニュー
モニアエの１６ＳリボソームＲＮＡが最大量となるよう
な条件を見いだすことによってプロセスを最適化する。
典型的には、５’色素標識プライマーをＰＣＲ反応にお
いて各ＰＣＲプライマーペアーに用い、最適にはＰＣＲ
反応を８ないし２５サイクルで終了する。ＰＣＲ生成物
を６％ポリアクリルアミドで分離し、GeneScanner（Ａ
ＢＩにより製造されている）を用いて検出し定量する。

【００５９】抗体 本発明ポリペプチドおよびポリヌクレオチドまたはそれ
らの変種、あるいはそれらを発現する細胞を、かかるポ
リペプチドまたはポリヌクレオチドに対して免疫特異的
な抗体を得るための免疫原として用いることができる。

【００６０】本発明のポリペプチドに対して得られる抗
体は、ポリペプチドあるいはエピトープが付いたフラグ
メント、アナログまたは細胞を、好ましくはヒト以外の
動物に、慣用的プロトコールを用いて投与することによ
り得ることができる。モノクローナル抗体を調製する場
合、連続的細胞系培養により産生される抗体を提供する
当該分野にて周知の技術を用いることができる。例え
ば、Kohler, G.およびMilstein, C., Nature，256：495
−497（1975）；Kozborら、Immunology Today, 4：72
（1983）；Coleら、MONOCLONAL ANTIBODIES AND CANCER
THERAPY, Alan R Liss,Inc.、77−96頁（1985）に記載
されるような種々の技法が挙げられる。

【００６１】一本鎖抗体を製造するための技術（米国特
許第４９４６７７８号）を用いて、本発明のポリペプチ
ドに対する一本鎖抗体を産生することができる。また、
トランスジェニックマウスまたは他の生物、例えば他の
哺乳動物を用いて、ヒト化抗体を発現させることができ
る。

【００６２】別法として、ファージディスプレイ（phag
e display）技法を利用して、抗‐ａｒｏＢの保持に関
してスクリーニングしたヒトのリンパ球のＰＣＲ増幅し
たｖ遺伝子のレパートリー由来の、または無処理のライ
ブラリー由来の、ポリペプチドに対する結合活性を有す
る抗体遺伝子を選択してもよい（McCafferty,Ｊ.ら、Na
ture 348:552-554（1990）；Marks,J.ら、Biotechnolog
y 10:779-783(1992)）。これらの抗体の親和性はチェイ
ンシャフリング（chain shuffling）により改善するこ
ともできる（Clackson,T.ら、Nature 352:624-628（199
1））。

【００６３】前記の抗体を用いてポリペプチドを発現す
るクローンを単離または同定することができ、アフィニ
ティークロマトグラフィーにより該ポリペプチドを精製
することができる。従って、とりわけ、３−デヒドロキ
ネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポリペプチドまたは３
−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポリヌク
レオチドに対する抗体を用いて、感染、とりわけ細菌感
染を治療することができる。

【００６４】ポリペプチド変種は、本発明の特定の態様
を形成する、抗原的、エピトープ的または免疫学的に等
価な変種を包含する。

【００６５】ポリペプチド、例えば抗原的、免疫学的に
等価な誘導体、またはその融合タンパク質は、マウスま
たは他の動物、例えばラットもしくはニワトリを免疫す
るための抗原として使用される。融合タンパク質はポリ
ペプチドに安定性を付与できる。抗原は、例えば抱合す
ることにより、免疫原性キャリヤタンパク質、例えばウ
シ血清アルブミン（ＢＳＡ）またはキーホール・リムペ
ット・ヘモシアニン（keyhole limpet haemocyanin：Ｋ
ＬＨ）に結合させることができる。別法として、タンパ
ク質もしくはポリペプチド、またはその抗原的もしくは
免疫学的に等価なポリペプチドの多重コピーを含む多重
抗原性ペプチドは、免疫原性を改良するのに十分な抗原
性を有しており、キャリヤを使用しなくてすむ。

【００６６】好ましくは、抗体またはその変種を修飾し
て個体における免疫原性を減少させる。例えば、個体が
ヒトである場合、抗体は最も好ましくは「ヒト化」され
ており；例えばJones,P.ら、Nature 321：522−525（19
86）またはTempestら、Biotechnology 9:266-273（199
1）に記載されているように、ハイブリドーマ由来の抗
体の相補性決定領域がヒトモノクローナル抗体に移植さ
れている。本発明の１の態様によれば、治療または予防
目的、詳細には遺伝学的免疫化のための本発明ポリヌク
レオチドの使用が提供される。本発明の特に好ましい具
体例は、３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏ
Ｂ）ポリヌクレオチドの自然発生対立遺伝子変種および
それによりコードされるポリペプチドである。

【００６７】本発明のポリヌクレオチドの遺伝学的免疫
における使用には、好ましくは、プラスミドＤＮＡの筋
肉への直接注射（Wolffら、Hum.Mol.Genet 1：363（199
2）；Manthorpeら、Hum.Gene Ther. 4：419（196
3））、特異的タンパク質キャリヤを複合させたＤＮＡ
の送達（Wuら、J.Biol Chem. 264：16985（1989））、
リン酸カルシウムを用いるＤＮＡ共沈（Benvenisty & R
eshef、PNAS USA 83：9551（1986））、種々の形態のリ
ポソーム中へのＤＮＡ封入（Kanedaら、Science 243：3
75（1989））、微粒子爆撃（Tangら、Nature 356：152
（1992）；Eisenbraunら、ＤＮＡ Cell Biol 12：791
（1993））およびクローン化レトロウイルスベクターを
用いたインビボ感染（Seegerら、PNAS USA 81：5849（1
984））などの適当な送達方法を用いる。

【００６８】アンタゴニストおよびアゴニスト−アッセ
イおよび分子 さらに、本発明のポリペプチドを用いて、例えば、細
胞、無細胞調製物、化学的ライブラリー、および天然産
物の混合物中の、小分子基質とリガンドとの結合を評価
することもできる。これらの基質およびリガンドは天然
の基質およびリガンドでよく、または構造上もしくは機
能上の模倣物でもよい。例えば、Coliganら、Current P
rotocols in Immunology 1（2）：第5章（1991）を参照
のこと。

【００６９】本発明ポリペプチドおよびポリヌクレオチ
ドは多くの生物学的機能の原因であり、該機能には多く
の疾病状態、詳細には上記疾病が包含される。それゆ
え、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの機能を刺激
または阻害する化合物を同定するためのスクリーニング
法を工夫することが望ましい。したがって、さらなる態
様において、本発明は、本発明ポリペプチドまたはポリ
ヌクレオチドならびに関連ポリペプチドおよびポリヌク
レオチドの機能を刺激または阻害する化合物を同定する
ためのスクリーニング方法を提供する。一般的には、ア
ゴニストまたはアンタゴニストを上記疾病の治療および
予防のために用いてもよい。種々の源、例えば、細胞、
無細胞調製物、化学ライブラリーおよび天然産物の混合
物から化合物を同定できる。そのようにして同定された
かかるアゴニスト、アンタゴニストまたは阻害剤は、天
然または修飾基質、リガンド、受容体、酵素等であって
もよく、場合によっては３−デヒドロキネート・シンタ
ーゼ（ａｒｏＢ）ポリペプチドおよびポリヌクレオチ
ド、あるいはそれらの構造上または機能上の模倣物であ
ってもよい（Coligan et al., Current Protocols in I
mmunology 1(2): Chapter 5 (1991)参照）。

【００７０】スクリーニング法は、単に化合物のポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドへの、あるいはポリペプ
チドまたはポリヌクレオチドを有する細胞または膜へ
の、あるいはポリペプチド含む融合タンパク質への結合
を、直接的または間接的に候補化合物に結合した標識に
より測定するものであってもよい。別法として、スクリ
ーニング法は標識競争物質との競争を用いるものであっ
てもよい。さらに、これらのスクリーニング法は、ポリ
ペプチドまたはポリヌクレオチドを含む細胞に適した検
出系を用いて、ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの
活性化または阻害により生じるシグナルを化合物が発生
させるかどうかを試験するものであってもよい。一般的
には、既知アゴニスト存在下で活性化の阻害剤をアッセ
イし、次いで、候補化合物存在下でのアゴニストによる
活性化の効果を観察する。構成的に活性のあるポリペプ
チドおよび／または構成的に発現されるポリペプチドお
よびポリヌクレオチドをアゴニストまたは阻害剤の効果
を逆転させる物質を探すスクリーニング法に用いてもよ
く、アゴニストまたは阻害剤の不存在下で候補化合物が
ポリペプチドまたはポリヌクレオチドの活性化を阻害す
るかどうかを試験することによる。さらに、スクリーニ
ング法は、単に、候補化合物を本発明ポリペプチドまた
はポリヌクレオチドを含有する溶液と混合して混合物を
作成し、混合物中の３−デヒドロキネート・シンターゼ
（ａｒｏＢ）ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チド活性を測定し、次いで、標準に対して混合物中の３
−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポリペプ
チドおよび／またはポリヌクレオチド活性を比較するこ
とを特徴とする。Ｆｃ部分および上記３−デヒドロキネ
ート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポリペプチドから作成さ
れるような融合タンパク質を用いて高処理量アッセイを
行って本発明ポリペプチドのアンタゴニストならびに系
統分類的および機能的に関連したポリペプチドを同定す
ることもできる（D.Bennett et al., J. Mol. Recognit
ion, 8:52-58 (1955);およびK.Johanson etal., J. Bio
l. Chem., 270(16):9549-9471 (1955)参照）。本発明ポ
リペプチドと結合および／または相互作用するポリヌク
レオチド、ポリペプチドおよび抗体を用いて、細胞中の
ｍＲＮＡおよび／またはポリペプチドの精製に対する添
加化合物の影響を検出するためのスクリーニング方法を
組み立ててもよい。例えば、ＥＬＩＳＡアッセイを構築
して、モノクローナルおよびポリクローナル抗体を用い
てポリペプチドの分泌または細胞結合レベルを、当該分
野において標準的な方法により測定してもよい。これに
より、適当に操作された細胞または組織からのポリペプ
チドの生成を阻害または促進しうる作用剤を見いだすこ
とができる。

【００７１】本発明はまた、３−デヒドロキネート・シ
ンターゼ（ａｒｏＢ）ポリペプチドまたはポリヌクレオ
チドの作用、特に静菌および／または殺菌性である化合
物の作用を亢進（アゴニスト）または遮断（アンタゴニ
スト）する化合物を同定するための化合物のスクリーニ
ング方法を提供する。スクリーニング方法には高処理量
（high−throughput）技術が包含される。例えば、アゴ
ニストまたはアンタゴニストをスクリーニングするため
に、３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポ
リペプチドおよびかかるポリペプチドの標識基質または
リガンドを含んでなる合成反応混合物、膜、細胞エンベ
ロープもしくは細胞壁のごとき細胞コンパートメント、
またはそれらのいずれかの調製物を、３−デヒドロキネ
ート・シンターゼ（ａｒｏＢ）アゴニストまたはアンタ
ゴニストであるかもしれない候補分子の存在下または不
在下でインキュベートする。候補分子が３−デヒドロキ
ネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポリペプチドに作動ま
たは拮抗する能力は、標識リガンドの結合の低下または
かかる基質からの生成物の生成低下に反映される。結合
しても影響を及ぼさない分子、すなわち３−デヒドロキ
ネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポリペプチドの効果を
誘起しない分子は、ほとんどの場合、良好なアンタゴニ
ストであろう。よく結合し、基質からの生成物の生成速
度を高める分子はアゴニストである。基質からの生成物
の生成速度またはレベルの検出はリポーターシステムを
用いることにより増強できる。この点に関して有用なリ
ポーターシステムは、生成物に転換される比色標識基
質、３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポ
リヌクレオチドまたはポリペプチド活性の変化に応答す
るリポーター遺伝子、および当該分野で公知の結合アッ
セイを包含するが、これらに限定するものではない。

【００７２】本発明ポリペプチドを用いて膜結合または
可溶性受容体を同定してもよく、かかるポリペプチドは
当該分野において標準的な受容体結合法により同定され
る。これらの方法、リガンド結合およびクロスリンキン
グアッセイを包含するが、これらに限らない。これらの
方法において、ポリペプチドは放射性標識（例えば¹²⁵
Ｉ）、化学修飾（例えばビオチン化）または検出および
精製に適したペプチド配列に融合され、推定上の受容体
（例えば細胞、細胞膜、細胞上清、組織抽出物、身体材
料）の源とともにインキュベーションされる。他の方法
は表面プラスモン共鳴および分光学的法法を包含する。
これらのスクリーニング方法を用いて、ポリペプチドの
その受容体への結合と競争するポリペプチドのアゴニス
トおよびアンタゴニストを同定してもよい。かかるアッ
セイを行うための標準的方法は当該分野においてよく知
られている。

【００７３】本発明の他の具体例において、本発明ポリ
ペプチドおよびまたはポリヌクレオチドと結合あるいは
相互作用して、その活性または発現を阻害または活性化
する化合物を同定する方法であって、ポリペプチドおよ
び／またはポリヌクレオチドへの結合、あるいはポリペ
プチドおよび／またはポリヌクレオチドと化合物との他
の相互作用を可能にする条件下で本発明ポリペプチドお
よび／またはポリヌクレオチドをスクリーニングすべき
化合物と接触させて、アゴニストとの結合あるいは他の
相互作用を評価し（該方法において、好ましくは、かか
る結合または相互作用はポリペプチドおよび／またはポ
リヌクレオチドと化合物との結合あるいは相互作用に応
答した検出可能シグナルを提供しうる第２の化合物に関
連したものである）、次いで、ポリペプチドおよび／ま
たはポリヌクレオチドと化合物との結合あるいは相互作
用から生じるシグナルの存在または不存在を検出するこ
とにより、化合物がポリペプチドおよび／またはポリヌ
クレオチドと結合あるいは相互作用し、その活性または
発現を活性化または阻害するかどうかを決定する方法が
提供される。

【００７４】３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒ
ｏＢ）アンタゴニストのアッセイの別の例は、競争阻害
アッセイに適した条件下で、３−デヒドロキネート・シ
ンターゼ（ａｒｏＢ）および潜在的なアンタゴニスト
を、３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）結
合分子、組換え３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａ
ｒｏＢ）結合分子、天然基質もしくはリガンド、または
基質もしくはリガンド模倣物と混合する、競合アッセイ
である。３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏ
Ｂ）を例えば放射活性または比色化合物により標識し、
結合分子に結合した、あるいは生成物に変換した３−デ
ヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）分子の数を正
確に決定して、潜在的なアンタゴニストの効果を評価で
きる。

【００７５】潜在的なアンタゴニストは、本発明のポリ
ヌクレオチドまたはポリペプチドと結合し、それにより
その活性を阻害し、消滅させる小型有機分子、ペプチ
ド、ポリペプチドおよび抗体を包含する。潜在的アンタ
ゴニストはまた、３−デヒドロキネート・シンターゼ
（ａｒｏＢ）誘発活性を誘導しない結合分子のような、
結合分子の同一部位に結合し、３−デヒドロキネート・
シンターゼ（ａｒｏＢ）を結合より排除することにより
３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）の作用
を妨げる、密接に関連したタンパク質または抗体のよう
な小型有機分子、ペプチド、ポリペプチドであってもよ
い。

【００７６】潜在的なアンタゴニストは、ポリペプチド
の結合部位に結合してその部位を占領し、それにより細
胞性結合分子との結合を防御して、正常な生物学的活性
を防御する小型分子を包含する。小型分子の例は、小型
有機分子、ペプチド、ペプチド様分子を包含するが、こ
れらに限定するものではない。その他の潜在的なアンタ
ゴニストはアンチセンス分子を包含する（これらの分子
についての記載に関しては、Okano,J.，Neurochem. 56:
560（1991）；OLIGODEOXYNUCLEOTIDES AS ANTISENSE IN
HIBTORS OF GENE EXPRESSION、ＣＲＣプレス、ボッカラ
ートン、フロリダ州（1988）を参照のこと）。好ましい
潜在的アンタゴニストは、３−デヒドロキネート・シン
ターゼ（ａｒｏＢ）に関連する化合物およびその変種を
包含する。潜在的なポリペプチドアンタゴニストの他の
例は抗体を包含し、あるいはいくつかの場合には、ポリ
ペプチドのリガンド、基質、受容体、酵素等の密接に関
連したオリゴヌクレオチドまたはタンパク質、あるいは
リガンド、基質、受容体、酵素等のフラグメント、ある
いは本発明ポリペプチドに結合するが応答を誘発せず、
その結果ポリペプチドの活性が阻害することとなる小型
分子を包含する。

【００７７】本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌ
クレオチドに関するアゴニスト、アンタゴニスト、リガ
ンド、受容体、基質、酵素等；あるいはかかるポリペプ
チドおよび／またはポリヌクレオチドの生成を減少また
は促進する化合物を同定するためのスクリーニングキッ
トに関する。該キットは： （ａ）本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チド； （ｂ）本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チドを発現する組み換え細胞； （ｃ）本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チドを発現する細胞膜；または （ｄ）本発明ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チドに対する抗体を含むものであり、好ましくは該ポリ
ペプチドは配列番号：２のものであり、好ましくは該ポ
リヌクレオチドは配列番号：１のものである。かかるキ
ットにおいて、（ａ）、（ｂ）、（ｃ）または（ｄ）は
重要成分を含有していてもよいことが理解されよう。本
発明ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドを、
ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドのアゴニ
スト、アンタゴニストまたは阻害剤の構造に基づく設計
方法に用いてもよいことが、当業者に理解されよう。該
方法は： （ａ）最初にポリペプチドおよび／またはポリヌクレオ
チド、またはそれらの複合体の３次元構造を決定し、
（ｂ）アゴニスト、アンタゴニストまたは阻害剤の反応
部位、結合部位またはモチーフである可能性のある部位
の３次元構造を推定し、（ｃ）推定された反応部位、結
合部位および／またはモチーフと結合または反応すると
予想される候補化合物を合成し、次いで（ｄ）候補化合
物が実際にアゴニスト、アンタゴニストまたは阻害剤で
あるかどうかを試験することを含む。これが繰り返しプ
ロセスであり、自動およびコンピューター制御工程を用
いてこの繰り返しプロセスを行ってもよいことが、さら
に理解されよう。

【００７８】さらなる態様において、本発明は、例えば
３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポリペ
プチドおよび／またはポリヌクレオチドの過剰発現、発
現不足、上昇した活性、または低下した活性に関連した
疾病のごとき異常な状態の治療方法を提供する。ポリペ
プチドおよび／またはポリヌクレオチドの発現および／
または活性が過剰な場合、いくつかの方法を用いること
ができる。１の方法は、ポリペプチドおよび／またはポ
リヌクレオチドの機能および／または発現を阻害（例え
ば、リガンド、基質、酵素、受容体等の結合をブロック
することにより、あるいは２次的シグナルを阻害するこ
とにより）するに有効な量の上記阻害化合物（アンタゴ
ニスト）を医薬上許容される担体とともに対象に投与
し、そのことにより異常なな症状を改善することを含
む。もう１つの方法において、やはり内在性ポリペプチ
ドおよび／またはポリヌクレオチドと競争してリガン
ド、基質、酵素、受容体等に結合することができる可溶
性形態のポリペプチドを投与してもよい。かかる競争物
質の典型例は３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒ
ｏＢ）ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドの
フラグメントを含む。

【００７９】さらなる態様において、本発明は、本発明
ポリペプチドまたはそのフラグメントおよび種々のサブ
クラス（ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＥ）の免疫グロ
ブリンの重鎖または軽鎖の不変領域の種々の部分を含ん
でなる、遺伝子工学により得られる可溶性融合タンパク
質に関する。好ましい免疫グロブリンはヒトＩｇＧ（詳
細にはＩｇＧ１）の重鎖の不変部分であり、融合はヒン
ジ領域で起こる。特定の具体例において、血液凝固因子
Ｘａを用いて開裂できる開裂配列を導入することにより
Ｆｃ部分を簡単に除去することができる。さらにそのう
え、本発明は、遺伝子工学によるこれらの融合タンパク
質の製造方法、ならびに薬剤スクリーニング、診断およ
び治療におけるそれらの使用に関する。本発明のさらな
る態様はかかる融合タンパク質をコードしているポリヌ
クレオチドにも関する。融合タンパク質法の例は国際特
許出願ＷＯ９４／２９４５８およびＷＯ９４／２２９１
４に見いだされる。

【００８０】さらにもう１つのアプローチにおいて、発
現ブロッキング法を用いて内在性３−デヒドロキネート
・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポリペプチドをコードしてい
る遺伝子の発現を阻害することができる。このブロッキ
ングは遺伝子発現のいずれの工程を標的としてもよい
が、好ましくは、転写および／または翻訳を標的とす
る。この種の既知方法の例は、体内で生じるかまたは別
個に投与されるアンチセンス配列の使用を包含する（例
えば、Oligodeoxynucleotides as Antisense Inhibitor
s of Gene Expression, CRC Press, Bocca Raton, FL
(1988)中O'Connor, J. Neurochem (1991) 56:560参
照）。別法として、遺伝子とともに三重らせんを形成す
るオリゴヌクレオチドを提供してもよい。例えば、Lee
et al.,Nucleic Acids Res(1979)6:3073;Cooney et a
l.,Science(1988)241:456;Dervan et al.,Science(199
1)251:1360参照。これらのオリゴヌクレオチドはそれ自
体投与することができ、あるいは重要部分のオリゴマー
をインビボで発現させることもできる。

【００８１】本明細書で得られるＤＮＡ配列は、各々、
抗菌化合物の発見および開発に用いることができる。発
現でコードされたタンパク質は、抗菌薬物をスクリーニ
ングするための標的として用いることができる。加え
て、コードされたタンパク質のアミノ末端領域をコード
するＤＮＡ配列あるいはシャイン・ガルガーノまたは他
の個々のｍＲＮＡの翻訳容易化配列を用いて、目的とす
るコーディング配列の発現を調節するアンチセンス配列
を構築することができる。

【００８２】本発明はまた、感染の続発症に関与する、
病原体および哺乳動物宿主間の最初の物理的相互作用を
妨害するための、本発明のポリペプチド、ポリヌクレオ
チドまたは阻害物質の使用を提供する。特に本発明の分
子は；細菌、特にグラム陽性菌が内在装置上の哺乳動物
細胞外マトリックスタンパク質、または創傷部の細胞外
マトリックスタンパク質に付着することを防御するの
に；例えば、哺乳動物チロシンキナーゼのリン酸化を開
始することによる、３−デヒドロキネート・シンターゼ
（ａｒｏＢ）タンパク質介在の哺乳動物細胞侵入を遮断
するために(Rosenshineら、Infect.Immun. 60：2211(19
92))；哺乳動物細胞外マトリックスタンパク質と組織損
傷を媒介する細菌性３−デヒドロキネート・シンターゼ
（ａｒｏＢ）タンパク質との間の細菌付着を遮断するた
めに；内在装置の埋め込みまたは他の外科的手技以外に
より開始した感染における病因の通常の進行を遮断する
ために使用することができる。

【００８３】本発明のさらに別の態様によれば、３−デ
ヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）のアゴニスト
およびアンタゴニスト、好ましくは静菌性または殺菌性
アゴニストおよびアンタゴニストが提供される。本発明
のアンタゴニストおよびアゴニストを用いて、例えば、
疾患を阻害し、治療することができる。ヘリコバクター
・ピロリ（Ｈelicobacter pylori）（本明細書中、エッ
チ・ピロリともいう）菌は、胃癌、潰瘍、胃炎を発病し
ている世界中の人々の３分の１以上の胃に感染している
（国際癌研究機関（International Agency for Researc
h on Cancer）（1994）Schistomoses，Liver Flukes an
d Helicobacter Pylori（International Agency for Re
search on Cancer，Lyon，France；http：／／www．uic
c．ch／ecp／ecp2904．htm））。さらに、この国際癌研
究機関は、最近になって、ヘリコバクター・ピロリと胃
腺癌の間の因果関係を認識し、その細菌をグループＩ
（限定的）発癌物質と分類した。本発明により提供され
るスクリーン法を用いて見出された本発明の好ましい抗
菌化合物（ａｒｏＢのアゴニストおよびアンタゴニス
ト）、特に広域スペクトルの抗生物質は、ヘリコバクタ
ー・ピロリ感染の治療にて有用である。このような治療
はヘリコバクター・ピロリ誘発性癌、例えば胃腸癌の出
現を減少させる。かかる治療はまた胃潰瘍および胃炎も
治癒する。

【００８４】ワクチン 生成物、組成物、ならびに３−デヒドロキネート・シン
ターゼ（ａｒｏＢ）発現の評価、疾病の治療、遺伝学的
変異のアッセイ、および細菌、特にストレプトコッカス
・ニューモニアエ細菌に対する免疫学的応答を生起させ
るための３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏ
Ｂ）ポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチドの生
物への投与方法が本発明により提供される。本発明の別
の態様は、個体、特に哺乳動物における免疫学的応答を
誘発する方法であって、抗体および／またはＴ細胞免疫
応答を生成するのに適当な３−デヒドロキネート・シン
ターゼ（ａｒｏＢ）、またはそのフラグメントもしくは
変種を個体に接種し、該個体を感染、特に細菌感染、最
も好ましくはストレプトコッカス・ニューモニアエ感染
から防御することを含む方法に関する。さらに、そのよ
うな免疫学的応答による細菌複製を遅らせる方法も提供
する。本発明のさらにもう一つ別の態様は、個体におけ
る免疫学的応答を誘発する方法であって、インビボで３
−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）またはそ
のフラグメントまたは変種を発現するために、該３−デ
ヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）またはそのフ
ラグメントまたは変種の発現を指向する核酸ベクターを
該個体に送達し、例えば、サイトカイン産生Ｔ細胞また
は細胞毒性Ｔ細胞を含め、抗体および／またはＴ細胞免
疫応答を生じさせるように免疫学的応答を誘発し、該個
体にて疾患が既に確立されているか、否かにかかわらず
該個体を疾患から保護することを含む方法に関する。遺
伝子を投与する一の方法は、粒子等のコーティングとし
て遺伝子を所望の細胞に投与することによるものであ
る。このような核酸ベクターはＤＮＡ、ＲＮＡ、修飾核
酸またはＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッドからなっていても
よい。

【００８５】本発明のさらなる態様は、その中に免疫学
的応答を誘発する能力を有するか、または誘発している
個体に導入されると、その個体において３−デヒドロキ
ネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）またはそれからコード
されるタンパク質に対する免疫学的応答を誘発する免疫
学的組成物であって、該３−デヒドロキネート・シンタ
ーゼ（ａｒｏＢ）またはそれからコードされるタンパク
質の抗原をコードし、発現するＤＮＡを含む組換え３−
デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）またはそれ
からコードされるタンパク質を含む組成物に関する。免
疫学的応答は、治療的および予防的に使用でき、抗体免
疫またはＣＴＬまたはＣＤ４＋Ｔ細胞から生ずるような
細胞免疫から得ることができる。

【００８６】３−デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒ
ｏＢ）ポリペプチドまたはそのフラグメントは、それ自
体抗体を産生しないが、第一タンパク質の安定化ならび
に免疫原性および保護特性を有するであろう融合タンパ
ク質の産生能を有する補タンパク質（co−Protein）と
融合させることができる。このような融合組換えタンパ
ク質は、好ましくは、さらに、ヘモフィラス・インフル
エンザ（Hemophilus influenzae）からのリポプロテイ
ンＤ、グルタチオン−Ｓ−トランスフェラーゼ（ＧＳ
Ｔ）またはベータガラクトシダーゼのような抗原性補タ
ンパク質、タンパク質を可溶化し、その産生および精製
を容易にするような比較的大きい補タンパク質からな
る。さらに、補タンパク質は、免疫系の汎化した刺激を
与える上で、アジュバントとして作用してもよい。補タ
ンパク質は第一タンパク質のアミノまたはカルボキシ末
端のいずれかに結合してもよい。本発明は、本発明のポ
リペプチドまたはポリヌクレオチドおよび、Sato，Y.
ら，Science，273：352(1996)に記載されるような免疫
刺激ＤＮＡ配列からなる組成物、特にワクチン組成物お
よび方法を提供する。

【００８７】また、本発明は、ストレプトコッカス・ニ
ューモニアエ感染の動物モデルにおけるそのような遺伝
的免疫実験において使用したＤＮＡ構築物中で細菌細胞
表面タンパク質の非可変領域をコードすることが明らか
にされた記載のポリヌクレオチドまたはその特定のフラ
グメントを使用する方法も提供する。そのような実験
は、予防的または治療的免疫応答を起こさせることので
きるタンパク質エピトープの同定に特に有用である。こ
の方法により、動物、とりわけヒトにおける細菌感染、
特にストレプトコッカス・ニューモニアエ感染の予防剤
または治療剤の開発のために、動物の必要な器官から感
染の抵抗または除去に特に有用なモノクローナル抗体を
産生させることができる。

【００８８】該ポリペプチドを宿主を免疫化するための
抗原として用い、例えば、損傷組織への細菌の付着を遮
断することにより、細菌の侵入を妨げる特異抗体を生じ
させることができる。組織損傷の例としては、例えば、
機械的、化学的または熱的損傷による、または内在装置
の埋め込みによる皮膚や結合組織の傷、あるいは口、乳
腺、子宮または膣のような粘膜における傷が挙げられ
る。

【００８９】本発明はまた、本発明の免疫原性組換えタ
ンパク質と、適当な担体とからなるワクチン処方も包含
する。タンパク質は胃で破壊されうるので、非経口的投
与（例えば、皮下、筋肉内、静脈内、皮内等の投与を包
含する）が望ましい。非経口投与に適した処方は、抗酸
化剤、緩衝剤、抗菌剤、およびその処方を個体の体液、
好ましくは血液と等張にする溶質を含有してもよい、水
性および非水性滅菌注射溶液；懸濁化剤または増粘剤を
含有してもよい、水性および非水性滅菌懸濁液を包含す
る。処方は、単位投与または複数投与用コンテナ、例え
ば、密封されたアンプルおよびバイアルにて提供され、
使用直前に滅菌液体担体を添加するだけでよい凍結乾燥
状態で貯蔵することができる。ワクチン処方はまた、水
中油系のごとき処方の免疫原性を高めるアジュバント系
および当該分野において知られている他の系を有しても
よい。投与量はワクチンの比活性に依存し、慣用的実験
操作によって容易に決定できる。本発明をある種の３−
デヒドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）タンパク質
について記載したが、この記載は天然のタンパク質のフ
ラグメントおよび組換えタンパク質の免疫原性を実質的
に変化させない付加、欠失または置換を有する同様なタ
ンパク質も包含することが理解されるであろう。

【００９０】組成物、キットおよび投与 本発明のさらなる態様において、単細胞または多細胞生
物に投与される、「３−デヒドロキネート・シンターゼ
（ａｒｏＢ）ポリヌクレオチドおよび／または３−デヒ
ドロキネート・シンターゼ（ａｒｏＢ）ポリペプチドを
含む組成物が提供される。本発明はまた、上記したポリ
ヌクレオチドまたはポリペプチドあるいはそれらのアゴ
ニストまたはアンタゴニストからなる組成物に関する。
本発明のポリペプチドは、対象への投与に適した医薬担
体のような細胞、組織または器官用の未滅菌または滅菌
担体と組み合わせて使用できる。かかる組成物は、例え
ば、媒体添加または治療上有効量の本発明のポリペプチ
ドと、医薬上許容される担体または賦形剤を含む。かか
る担体は、限定するものではないが、食塩水、緩衝食塩
水、デキストロース、水、グリセロール、エタノールお
よびその組み合わせを包含する。処方は投与方法に適し
ていなければならない。本発明は、さらには、上記した
本発明の組成物の一またはそれ以上の成分を充填した、
一またはそれ以上のコンテナを含む診断および医薬用パ
ックおよびキットに関する。

【００９１】本発明のポリペプチドおよび他の化合物
を、単独で、または、治療用化合物などの他の化合物と
組み合わせて用いてもよい。該医薬組成物は、例えば、
とりわけ、局所、経口、経肛門、経膣、静脈内、腹腔
内、筋肉内、皮下、経鼻、経皮経路による投与を含む、
いずれかの有効な、都合のよい方法で投与される。治療
および予防において、活性成分は個体に注射用組成物、
例えば、好ましくは等張の滅菌水性分散液として投与さ
れる。

【００９２】また、組成物は、例えば、軟膏、クリー
ム、ローション、眼軟膏、点眼剤、点耳剤、マウスウォ
ッシュ、含浸包帯および縫合糸ならびにエアゾルの形態
の局所用処方とすることができ、適当な通常の添加剤、
例えば、保存料、薬剤浸透を助ける溶媒、軟膏やクリー
ムにおけるエモリエント等を含むことができる。そのよ
うな局所用処方はまた、適合する通常の担体、例えば、
クリームまたは軟膏基剤、ローション用のエタノールま
たはオレイルアルコールも含有することができる。この
ような担体は、処方の約１〜９８重量％を構成してもよ
く、より一般的には、処方の約８０重量％までを構成す
る。

【００９３】さらなる態様において、本発明は、医薬上
許容される担体または賦形剤を混合された治療上有効量
のポリペプチドおよび／またはポリヌクレオチド、例え
ば可溶性形態の本発明ポリペプチドおよび／またはポリ
ヌクレオチド、アゴニストまたはアンタゴニストペプチ
ドまたは小型分子化合物を含む組成物が提供される。か
かる担体は、セイライン、緩衝化セイライン、デキスト
ロース、水、グリセロール、エタノール、およびそれら
の混合物を包含するが、これらに限らない。さらに本発
明は、上記本発明組成物の１種またはそれ以上の成分を
入れた１個またはそれ以上の容器を含む医薬パックおよ
びキットに関する。本発明のポリペプチド、ポリヌクレ
オチドおよび他の化合物を単独で、あるいは治療化合物
のごとき他の化合物と組み合わせて使用してもよい。組
成物を投与経路（例えば、全身投与または経口投与）に
適合させる。医薬組成物の全身投与の好ましい形態は、
注射、典型的には静脈注射を包含する。皮下、筋肉内ま
たは腹腔内のごとき他の注射経路を用いることもでき
る。全身投与のための別の手段は、胆汁酸塩またはフシ
ジン酸または他の界面活性剤のごとき浸透剤を用いる経
粘膜または経皮投与を包含する。さらに、腸溶処方また
はカプセル処方がうまく処方されるならば、経口投与も
可能である。これらの化合物の投与は局所的なものであ
ってもよく、膏薬、パスタ、ゲル等の形態であってもよ
い。

【００９４】哺乳動物、特にヒトに投与するには、一日
の活性薬剤の用量は、０.０１ｍｇ／ｋｇ〜１０ｍｇ／
ｋｇ、典型的には約１ｍｇ／ｋｇである。いずれにして
も、個体に最も適した実際の用量は医者により決定さ
れ、個体の年齢、体重および応答により変化する。上記
の用量は、平均的な場合の例示である。もちろん、より
高いまたは低い用量範囲が適当な個体もあり、それらも
本発明の範囲内である。内在装置には外科移植、補綴お
よびカテーテル、すなわち、個体の体内に導入され、そ
の位置に長時間止まる装置が包含される。例えば、その
ような装置としては、人工関節、心臓弁、ペースメーカ
ー、血管グラフト、血管カテーテル、脊髄液シャント、
尿カテーテル、連続歩行腹膜透析（continuous ambulat
ory peritoneal dialysis：ＣＡＰＤ）カテーテルが挙
げられる。

【００９５】本発明の組成物は、内在装置の挿入の直前
に関連する細菌に対する全身的効果を達成するために注
射で投与できる。治療は、手術の後、装置が体内にある
間継続できる。加えて、組成物は、細菌の傷汚染、特
に、ストレプトコッカス・ニューモニアエの傷汚染を防
止するために、いずれの手術用の手術周辺カバーの拡張
にも使用できる。多くの整形外科医は、補綴関節を有す
るヒトは、菌血症を生じ得る歯の治療前に抗生物質によ
る予防を考慮すべきと考えている。後の重い感染は、重
篤な合併症となり、時に、補綴関節の損失および著しい
罹病率、致死率を伴う。したがって、該活性物質を、こ
の状況の予防的抗生物質の代替品として使用することに
まで拡張することができる。

【００９６】上記した治療に加えて、本発明の組成物
は、一般に、傷組織に露出したマトリックス・タンパク
質への細菌付着を予防するための傷治療剤、抗生物質予
防に代え、あるいは共に、歯の治療における予防的用途
に使用できる。別法として、本発明の組成物は挿入直前
に内在装置を浸すのに使用できる。該活性物質は、好ま
しくは、傷または内在装置を浸す場合、１μｇ／ｍｌ〜
１０mg／ｍｌの濃度で使用できる。

【００９７】ワクチン組成物は、都合よくは、注射剤の
形態である。通常のアジュバントを使用して免疫応答を
高めることができる。ワクチン用の適当な単位投与量は
抗体０.５〜５μｇ／ｋｇであり、この用量を、好まし
くは１〜３週間の間隔で１〜３回投与する。指示した用
量範囲で、本発明の化合物では、その化合物の適当な個
体への投与を妨げる、有害な毒作用は何も観察されな
い。

【００９８】配列データベース、触知可能媒体中の配
列、およびアルゴリズム ポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列は、その２次
元および３次元構造を決定し、類似の相同性を有するさ
らなる配列を同定するための貴重な情報源を形成する。
配列をコンピューター読み込み可能媒体に保存し、次い
で、既知の高分子構造プログラムにおいて保存したデー
タを用いて、ＧＣＣのごときよく知られた既知検索ツー
ルを用いてデータベースを検索することにより、これら
のアプローチを最も容易に簡略化することができる。本
発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドは検索分析に
有用なデータベースならびに配列分析アルゴリズム中の
成分として有用である。見出しのこのセクションならび
にこのセクションに関連した請求項の用語「配列データ
ベース、触知可能媒体中の配列、およびアルゴリズム」
「本発明ポリヌクレオチド」および「本発明ポリヌクレ
オチド配列」は、本発明ポリヌクレオチドの検出可能な
化学的または物理的特性を意味し、触知可能媒体に還元
または保存されていてもよいものである。例えば、クロ
マトグラフィーのスキャンデータまたはピークのデー
タ、写真のデータまたはそこから得られたスキャンデー
タ、コールドベース、および質量スペクトル分析データ
が挙げられる。データベースおよびアルゴリズムという
見出しのこのセクションならびにそれに関連した請求項
で用いる用語「本発明ポリペプチド」および「本発明ポ
リペプチド配列」は、本発明ポリヌペプチドの検出可能
な化学的または物理的特性を意味し、触知可能媒体に還
元または保存されていてもよいものである。例えば、ク
ロマトグラフィーのスキャンデータまたはピークのデー
タ、写真のデータまたはそこから得られたスキャンデー
タ、コールドベース、および質量スペクトル分析データ
が挙げられる。

【００９９】本発明は、本発明ポリペプチド配列および
／または本発明ポリヌクレオチド配列を保存したコンピ
ューター読み込み可能媒体を提供する。例えば、下記の
メンバーを含み、保存したコンピューター読み込み可能
媒体が提供される：メンバーは、本発明ポリヌクレオチ
ドの配列を含むポリヌクレオチド；本発明ポリペプチド
配列の配列を含むポリペプチド；少なくとも１つの配列
が本発明ポリヌクレオチド配列の配列を含むものである
ポリヌクレオチド配列のセット；少なくとも１つの配列
が本発明ポリペプチド配列の配列を含むものであるポリ
ヌペプチド配列のセット；本発明ポリヌクレオチド配列
の配列を含むポリヌクレオチド配列を表すデータセッ
ト；本発明ポリペプチド配列の配列を含むポリペプチド
をコードしているポリヌクレオチド配列を表すデータセ
ット；本発明ポリヌクレオチド配列の配列を含むポリヌ
クレオチド；本発明ポリペプチド配列の配列を含むポリ
ペプチド；少なくとも１つの配列が本発明ポリヌクレオ
チド配列の配列を含むものであるポリヌクレオチド配列
のセット；少なくとも１つの配列が本発明ポリペプチド
配列の配列を含むものであるポリペプチド配列のセッ
ト；本発明ポリヌクレオチド配列の配列を含むポリヌク
レオチド配列を表すデータセット；本発明ポリペプチド
配列の配列を含むポリペプチド配列をコードしているポ
リヌクレオチド配列を示すデータセットである。コンピ
ューター読み込み可能媒体は情報またはデータを保存す
るのに用いる物体のいずれの組成物であってもよく、例
えば、市販フロッピーディスク、テープ、チップ、ハー
ドドライブ、コンパクトディスク、およびビデオディス
クを包含する。特徴配列または鎖、詳細には遺伝学的配
列またはコードされた遺伝学的配列の分析方法が本発明
により提供される。配列分析のための好ましい方法は、
例えば、同一性および類似性の分析のごとき配列相同性
分析、ＲＮＡ構造分析、配列アッセンブリー、クラディ
スティック（cladistic）分析、配列モチーフ分析、読
み枠決定、核酸塩基コーリング（calling）、核酸塩基
トリミング、および配列決定クロマトグラムピーク分析
の方法を包含する。

【０１００】コンピューターによる方法は相同性の同定
を行うために提供される。この方法は、本発明ポリヌク
レオチド配列を含むポリヌクレオチド配列をコンピュー
ター読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該ポリヌク
レオチド配列を少なくとも１つのポリヌクレオチドまた
はポリペプチド配列と比較して相同性を同定する工程を
含む。

【０１０１】コンピューターによる方法は相同性の同定
を行うためにも提供され、該方法は、本発明ポリペプチ
ド配列を含むポリペプチド配列をコンピューター読み込
み可能媒体中に提供し、次いで、該ポリペプチド配列を
少なくとも１つのポリヌクレオチドまたはポリペプチド
配列と比較して相同性を同定する工程を含む。

【０１０２】さらにコンピューターによる方法はポリヌ
クレオチドアッセンブリー用にも提供され、該方法は、
本発明ポリヌクレオチド配列を含む第１のポリヌクレオ
チド配列をコンピューター読み込み可能媒体中に提供
し、次いで、該第１のポリヌクレオチド配列と第２のポ
リヌクレオチド配列との間の少なくとも１つの重複領域
をスクリーニングする工程を含む。

【０１０３】本発明のさらなる具体例は、相同性の同定
を行うためのコンピューターによる方法を提供し、該方
法は、本発明ポリヌクレオチド配列を含むポリヌクレオ
チド配列をコンピューター読み込み可能媒体中に提供
し、次いで、該ポリヌクレオチド配列を少なくとも１つ
のポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列を比較して
相同性を同定する工程を含む。

【０１０４】本発明のさらなる具体例は、相同性の同定
を行うためのコンピューターによる方法を提供し、該方
法は、本発明ポリペプチド配列を含むポリペプチド配列
をコンピューター読み込み可能媒体中に提供し、次い
で、該ポリペプチド配列を少なくとも１つのポリヌクレ
オチドまたはポリペプチド配列と比較して相同性を同定
する工程を含む。

【０１０５】本発明のさらなる具体例はポリヌクレオチ
ドアッセンブリーのためのコンピューターによる方法を
提供し、該方法は、本発明ポリヌクレオチド配列を含む
第１のポリヌクレオチド配列をコンピューター読み込み
可能媒体中に提供し、次いで、該第１のポリヌクレオチ
ド配列と第２のポリヌクレオチド配列との間の少なくと
も１つの重複領域をスクリーニングする工程を含む。

【０１０６】本発明のもう１つの好ましい具体例におい
て、下記のものからなる群より選択されるメンバーを保
存したコンピューター読み込み可能媒体が提供される：
メンバーは、配列番号：１または３の配列を含むポリヌ
クレオチド；配列番号：２または４の配列を含むポリペ
プチド；少なくとも１つの配列が配列番号：１または３
の配列を含むものであるポリヌクレオチド配列のセッ
ト；少なくとも１つの配列が配列番号：２または４の配
列を含むものであるポリペプチド配列のセット；配列番
号：１または３の配列を含むポリヌクレオチド配列を表
すデータセット；配列番号：２または４の配列を含むポ
リペプチド配列をコードしているポリヌクレオチド配列
を表すデータセット；配列番号：１または３の配列を含
むポリヌクレオチド；配列番号：２または４の配列を含
むポリペプチド；少なくとも１つの配列が配列番号：１
または３の配列を含むものであるポリヌクレオチド配列
のセット；少なくとも１つの配列が配列番号：２または
４の配列を含むものであるポリペプチド配列のセット；
配列番号：１または３の配列を含むポリヌクレオチド配
列を表すデータセット；配列番号：２または４の配列を
含むポリペプチド配列をコードしているポリヌクレオチ
ド配列を表すデータセットである。さらなる好ましい本
発明の具体例は、相同性の同定を行うためのコンピュー
ターによる方法を提供し、該方法は、配列番号：１また
は３の配列を含むポリヌクレオチド配列をコンピュータ
ー読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該ポリヌクレ
オチド配列を少なくとも１つのポリヌクレオチドまたは
ポリペプチド配列を比較して相同性を同定する工程を含
む。さらなる好ましい本発明の具体例は、相同性の同定
を行うためのコンピューターによる方法を提供し、配列
番号：２または４の配列を含むポリペプチド配列をコン
ピューター読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該ポ
リペプチド配列を少なくとも１つのポリヌクレオチドま
たはポリペプチド配列を比較して相同性を同定する工程
を含む。さらなる好ましい本発明の具体例は、ポリヌク
レオチドアッセンブリーのためのコンピューターによる
方法を提供し、該方法は、配列番号：１または３の配列
を含む第１のポリヌクレオチド配列をコンピューター読
み込み可能媒体中に提供し、次いで、該第１のポリヌク
レオチド配列と第２のポリヌクレオチド配列との間の少
なくとも１つの重複領域をスクリーニングする工程を含
む。

【０１０７】本発明のさらなる具体例は、相同性の同定
を行うためのコンピューターによる方法を提供し、該方
法は、配列番号：１または３の配列を含むポリヌクレオ
チド配列をコンピューター読み込み可能媒体中に提供
し、次いで、該ポリヌクレオチド配列を少なくとも１つ
のポリヌクレオチドまたはポリペプチド配列を比較して
相同性を同定する工程を含む。

【０１０８】本発明のさらなる具体例は、相同性の同定
を行うためのコンピューターによる方法を提供し、該方
法は、配列番号：２または４の配列を含むポリペプチド
配列をコンピューター読み込み可能媒体中に提供し、次
いで、該ポリペプチド配列を少なくとも１つのポリヌク
レオチドまたはポリペプチド配列と比較して相同性を同
定する工程を含む。

【０１０９】本発明のさらなる具体例はポリヌクレオチ
ドアッセンブリーのためのコニューターによる方法を提
供し、該方法は、配列番号：１または３の配列を含む第
１のポリヌクレオチド配列をコンピューター読み込み可
能媒体中に提供し、次いで、該第１のポリヌクレオチド
配列と第２のポリヌクレオチド配列との間の少なくとも
１つの重複領域をスクリーニングする工程を含む。

【０１１０】本明細書に開示の引例は出典明示によりそ
の内容を本明細書の一部とする。本願が優先権を主張す
るいずれの特許出願もまた出典明示により本明細書の一
部とする。

【０１１１】用語 本明細書中で頻繁に使用されるある種の用語をその理解
を容易にするために以下に定義する。「抗体（複数でも
可）」は、ポリクローナル抗体およびモノクローナル抗
体、キメラ、１本鎖、およびヒト化抗体、ならびにＦａ
ｂフラグメントを包含し、さらにＦａｂまたは他の免疫
グロブリン発現ライブラリーの産物を包含する。「抗原
的に等価な誘導体（複数でも可）」は、特定の抗体によ
り特異的に認識されるポリペプチド、ポリヌクレオチ
ド、またはいずれかの等価物を包含し、該特定の抗体
は、本発明タンパク質、ポリペプチドまたはポリヌクレ
オチドに対して生成した場合に、病原体と哺乳動物宿主
との間の身体的相互作用を妨害するものである。「二特
異的（複数でも可）」とは、少なくとも２つの抗原結合
ドメインを含む抗体を意味し、各ドメインは異なるエピ
トープに指向されている。「身体材料（複数でも可）」
とは、個体または生物由来の材料を意味し、骨、血液、
血清、脳脊髄液、精液、唾液、筋肉、軟骨、器官組織、
皮膚、尿、糞便または生検材料のごとき細胞、組織およ
び排泄物等を包含する。該生物は、個体に感染、侵入、
または棲息するものである。「疾病（複数でも可）」
は、細菌感染により引き起こされる、あるいは細菌感染
に関連した疾病を意味し、例えば、中耳炎、結膜炎、肺
炎、菌血症、脳髄膜炎、副鼻腔炎、膿胸、および心内膜
炎、そして最も詳細には脳髄膜炎、例えば脳脊髄液の感
染を包含する。「融合タンパク質（複数でも可）」は、
２種の、しばしば関係のない融合遺伝子またはそのフラ
グメントによりコードされたタンパク質をいう。一例に
おいて、ＥＰ−Ａ−０４６４には、別のヒトタンパク質
またはその一部と一緒になった免疫グロブリン分子の不
変領域の種々の部分を含む融合タンパク質が開示されて
いる。多くの場合、免疫グロブリンのＦｃ領域を融合タ
ンパク質の一部分として用いることは治療および診断に
おける使用に有利であり、例えば、改善された薬物動態
学的特性が得られる（例えば、ＥＰ−Ａ ０２３２２６
２参照）。一方、いくつかの用途には、融合タンパク質
が発現、検出および精製された後、Ｆｃ部分を欠失でき
ることが望ましいであろう。「宿主細胞（複数でも
可）」は外来性ポリヌクレオチド配列によって形質転換
またはトランスフェクトされた、あるいは形質転換また
はトランスフェクトされることのできる細胞である。

【０１１２】「同一性」は、当該分野で公知であり、配
列の比較で測定されるような、２またはそれ以上のポリ
ペプチド配列あるいは２またはそれ以上のポリヌクレオ
チド配列の間の関係である。また、当該分野では、「同
一性」は、場合によっては、配列の鎖間の対合によって
測定されるような、ポリペプチドまたはポリヌクレオチ
ド配列間の配列の関連性の度合を意味する。「同一性」
および「類似性」は、限定するものではないが、Comput
ational Molecular Biology，Lesk，A.M.編，Oxford Un
iversity Press，New York，1988；Biocomputing：Info
rmatics and Genome Projects, Smith, D.W.編，Academ
ic Press，New York，1993；Computer Analysis of Seq
uence Data，Part I，Griffin, A.M.およびGriffin, H.
G.編，Humana Press，New Jersey，1994；Sequence Ana
lysis in Molecular Biology，Von Heinje,G．Academic
Press，1987；およびSequence Analysis Primer，Grib
skov,M.およびDevereux, J.編，M Stockton Press，New
York，1991；およびCarllio,HおよびLipman,D.，SIAM
J.Applied Math., 48：1073(1988)に記載されている方
法を含め、公知方法により容易に決定することができ
る。同一性を測定する好ましい方法は、テストする配列
間に最大の対合を与えるように設計されている。同一性
および類似性を測定する方法は公に入手できるコンピュ
ータ・プログラムに組み込まれている。２つの配列の間
の同一性および類似性を測定する好ましいコンピュータ
・プログラム方法には、限定するものではないが、例え
ば、ＧＣＳプログラムパッケージ（Devereux,J.ら，Nuc
leic Acids Research（1984）12（1）：387）、BLAST
P、BLASTNおよびFASTA（Atschul,S. F.ら, J.Molec.Bio
l.（1990）215：403−410）が包含される。BLAST Xプロ
グラムはNCBIおよび他の源（BLAST Manual，Altshul,
S．ら，NCBI NLM NIH Bethesda，MD20894；Altschul,
S．ら，J．Mol．Biol.，215：403−410(1990)）から公
に入手できる。また、周知のスミス・ウォーターマン
（Smith Waterman)アルゴリズムを用いて同一性を測定
することもできる。

【０１１３】ポリペプチド配列の比較のためのパラメー
ターは以下のものを包含する： １）アルゴリズム：Needleman and Wunsch, J.Mol.Bio
l. 48:443-453 (1970)比較マトリックス：Hentikoff an
d Hentikoff, Proc.Natl.Acad.Sci.USA.89:10915-10919
(1992)からのBLOSSUM62 ギャップペナルティー：１２ ギャップ長ペナルティー：４ これらのパラメーターに関して有用なプログラムは、Ge
netics Computer Group, Madison WI.から「ギャップ」
プログラムとして公に利用できる。上記パラメーターは
ポリペプチド比較のための省略時パラメーターである
（エンドギャップについてペナルティーを伴わない）。
ポリヌクレオチド比較のための好ましいパラメーターは
下記のものを包含する： １）アルゴリズム：Needleman and Wunsch, J.Mol.Bio
l. 48:443-453 (1970) 比較マトリックス：マッチ＝＋１０、ミスマッチ＝０ ギャップペナルティー：５０ ギャップ長ペナルティー：３ これらのパラメーターに関して有用なプログラムは、Ge
netics Computer Group, Madison WI.から「ギャップ」
プログラムとして公に利用できる。上記パラメーターは
ポリヌクレオチド比較のための省略時パラメーターであ
る。

【０１１４】ポリヌクレオチドおよびポリペプチドにつ
いての「同一性」に関する好ましい意味は、下記（１）
および（２）に示される。 （１）さらにポリヌクレオチドの具体例は、配列番号：
１の対照配列に対して少なくとも５０、６０、７０、８
０、８５、９０、９５、９７または１００％の同一性を
有する単離ポリヌクレオチド配列を包含し、本発明ポリ
ヌクレオチド配列は配列番号：１の対照配列と同一であ
ってもよく、あるいは対照配列と比較してある程度の数
までのヌクレオチドの変化を有していてもよい。かかる
変化は、少なくとも１個のヌクレオチドの欠失、置換
（トランジションおよびトランスバージョンを包含）ま
たは挿入からなる群より選択され、該変化は対照ヌクレ
オチド配列の５’または３’末端の位置あるいはそれら
の末端位置の間の位置において、対照配列中のヌクレオ
チドにおいて個々にまたは散在して、あるいは対照配列
中の１またはそれ以上の連続した群として生じてもよ
い。配列番号：１中の全ヌクレオチド数と個々の同一性
パーセント値（１００で割ったもの）とをかけて、その
積を配列番号：１中の全ヌクレオチド数から差し引くこ
とによりヌクレオチド変化の数を決定する。これを下式
により説明する： ｎ_n≦ｘ_n−（ｘ_n・ｙ） 式中、ｎ_nはヌクレオチド変化の数であり、ｘ_nは配列番
号：１または配列番号：７中の全ヌクレオチド数であ
り、ｙは、例えば７０％なら０．７０、８０％なら０．
８０、８５％なら０．８５、９０％なら０．９０、９５
％なら０．９５、９７％なら０．９７、１００％なら
１．００であり、・は積の演算子であり、ｘ_nとｙとの
整数でない積は切り捨てにより最も近い整数とした後、
ｘ_nから差し引く。配列番号：２のポリペプチドをコー
ドしているポリヌクレオチド配列の変化は、好ましくは
コーディング配列中のナンセンス、ミスセンスまたはフ
レームシフト変異を引き起こす可能性があり、それゆ
え、かかる変化に随伴してポリヌクレオチドによりコー
ドされているポリペプチドが変化する。例えば、本発明
ポリヌクレオチド配列は配列番号：２の対照配列と同一
であってもよく、すなわち、１００％同一であってもよ
く、あるいは対照配列と比較してある程度の数までのア
ミノ酸の変化を有していてもよい（その場合、同一性％
は１００％未満である）。かかる変化は、少なくとも１
個の核酸の欠失、置換（トランジションおよびトランス
バージョンを包含）または挿入からなる群より選択さ
れ、該変化は対照ポリヌクレオチド配列の５’または
３’末端の位置あるいはそれらの末端位置の間の位置に
おいて、対照配列中の核酸において個々にまたは散在し
て、あるいは対照配列中の１またはそれ以上の連続した
群として生じてもよい。配列番号：２中の全アミノ酸数
と個々の同一性パーセント値（１００で割ったもの）と
をかけて、その積を配列番号：２中の全アミノ酸数から
差し引くことにより同一性％値についての核酸変化数を
決定する。これを下式により説明する： ｎ_n≦ｘ_n−（ｘ_n・ｙ） 式中、ｎ_nはアミノ酸変化の数であり、ｘ_nは配列番号：
２中の全アミノ酸数であり、ｙは、例えば７０％なら
０．７０、８５％なら０．８５等であり、ｘ_nとｙとの
整数でない積は切り捨てにより最も近い整数とした後、
ｘ_nから差し引く。

【０１１５】（２）さらにポリペプチドの具体例は、配
列番号：２のポリペプチド対照配列に対して少なくとも
５０、６０、７０、８０、８５、９０、９５、９７また
は１００％の同一性を有するポリペプチドを含む単離ポ
リペプチドを包含し、該ポリペプチド配列は配列番号：
２の対照配列と同一であってもよく、あるいは対照配列
と比較してある程度の数までのアミノ酸の変化を有して
いてもよい。かかる変化は、少なくとも１個のアミノ酸
の欠失、置換（保存的および非保存的置換を包含）また
は挿入からなる群より選択され、該変化は対照ポリペプ
チド配列のアミノまたはカルボキシ末端の位置あるいは
それらの末端位置の間の位置において、対照配列中のア
ミノ酸において個々にまたは散在して、あるいは対照配
列中の１またはそれ以上の連続した群として生じてもよ
い。配列番号：２中の全アミノ酸数と同一性パーセント
値（１００で割ったもの）とをかけて、その積を配列番
号：２中の全アミノ酸数から差し引くことによりアミノ
酸変化の数を決定する。これを下式により説明する： ｎ_a≦ｘ_a−（ｘ_a・ｙ） 式中、ｎ_aはアミノ酸変化数であり、ｘ_aは配列番号：２
中の全アミノ酸数であり、ｙは、例えば７０％なら０．
７０、８０％なら０．８０、８５％なら０．８５、９０
％なら０．９０、９５％なら０．９５、９７％なら０．
９７、１００％なら１．００であり、・は積の演算子で
あり、ｘ_aとｙとの整数でない積は切り捨てにより最も
近い整数とした後、ｘ_aから差し引く。例えば、本発明
ポリペプチド配列は配列番号：２の対照配列と同一であ
ってもよく、すなわち、１００％同一であってもよく、
あるいは対照配列と比較してある程度の数までのアミノ
酸の変化を有していてもよい（その場合、同一性％は１
００％未満である）。かかる変化は、少なくとも１個の
アミノ酸の欠失、置換（保存的または非保存的置換を包
含）または挿入からなる群より選択され、該変化は対照
ポリペプチド配列のアミノまたはカルボキシ末端の位置
あるいはそれらの末端位置の間の位置において、対照配
列中のアミノ酸において個々にまたは散在して、あるい
は対照配列中の１またはそれ以上の連続した群として生
じてもよい。配列番号：２中の全アミノ酸数と個々の同
一性パーセント値（１００で割ったもの）とをかけて、
その積を配列番号：２中の全アミノ酸数から差し引くこ
とにより同一性％値についてのアミノ酸変化数を決定す
る。これを下式により説明する： ｎ_a≦ｘ_a−（ｘ_a・ｙ） 式中、ｎ_aはアミノ酸変化の数であり、ｘ_aは配列番号：
２中の全アミノ酸数であり、ｙは、例えば７０％なら
０．７０、８５％なら０．８５等であり、ｘ_aとｙとの
整数でない積は切り捨てにより最も近い整数とした後、
ｘ_aから差し引く。

【０１１６】「免疫学的に等価な誘導体」は、ポリペプ
チド、ポリヌクレオチド、またはいずれかの等価物を包
含し、それらが脊椎動物において抗体を生成させるため
に適当な処方中に用いられた場合に、抗体は病原体と哺
乳動物宿主との間の即時的な身体的相互作用を妨害する
ように作用する。「免疫特異的」とは、他の関連ポリペ
プチドまたはポリヌクレオチド、特に先行技術のポリペ
プチドまたはポリヌクレオチドに対してよりも本発明ポ
リペプチドまたは本発明ポリヌクレオチドに対して実質
的に大きなアフィニティーを有する抗体の特性を意味す
る。「個体（複数でも可）」とは多細胞真核生物を意味
し、後生動物類、哺乳動物、ヤギ類、ウシ類、類人猿、
霊長類もよびヒトを包含するが、これらに限らない。

【０１１７】「単離された」とは、「ヒトの手によ
り」、その天然の状態から変えられること、すなわち、
天然物の場合、その本来的な環境から変化または除去あ
るいは両方されたことを意味する。例えば、生体に天然
に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは「単
離された」ものではないが、その天然状態で共存する物
質から分離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプ
チドは、本明細書で用いる用語としての「単離された」
ものである。さらには、形質転換、遺伝的操作により、
またはいずれか他の方法により生物に導入されているポ
リヌクレオチドまたはポリペプチドは、まだ生物内にあ
り、その生物が生きているまたは死んでいるとしても、
「単離された」ものである。

【０１１８】「生物（複数でも可）」は、（ｉ）Strept
ococcus、Staphylococcus、Bordetella、Corynebacteri
um、Mycobacterium、Neisseia、Haemophilus、Actinomy
ces、Streptomyces、Nocardia、Enterobacter、Yersini
a、Fancisella、Pasturella、Moraxella、Acinetobacte
r、Erysipelothrix、Branhamella、Actinobacillus、St
reptobacillus、Listeria、Calymmatobacterium、Bruce
lla、Bacillus、Closterdium、Treponema、Escherichi
a、Salmonella、Kleibsiella、Vibrio、Proteus、Erwin
ia、Borrelia、Leptospira、Spirillum、Campylobacte
r、Shigella、Legionella、Pseudomonas、Aeromonas、R
ickettsia、Chlamydia、BorreliaおよびMycoplasmaであ
る属（これらに限らない）のメンバー、ならびにグルー
プＡのStreptococcus、グループＢのStreptococcus、グ
ループＣのStreptococcus、グループＤのStreptococcu
s、グループＧのStreptococcus、Streptococcus pneumo
niae、Streptococcus pyrogenes、Streptoxoxxus agala
ctiae、Streptococcus faecalis、Streptococcus faeci
um、Streptococcus durans、Neisseria gonorrheae、Ne
isseria meningitidis、Staphylococcus aureus、Staph
ylococcus epidermidis、Corynebacterium diptheria
e、Garnella vaginalis、Mycobacterium tuberculosi
s、Mycobacterium bovis、Mycobacterium ulcerans、My
cobacterium leprae、Actinomyces israelli、Listeria
monocytogenes、Bordetella pretusis、Bordetella pa
rapretusis、Bordetella bronchiseptica、Esherichia
coli、Shigella dysenteriae、Haemophilus influenza
e、Haemophilus aegyptius、Haemophilus parainfluenz
ae、Haemophilus ducreyi、Bordetella、Salmonella ty
phi、Citrobacter freundii、Proteus mirabilis、Prot
eus vulgaris、Yersinia pestis、Klebsiella pneumoni
ae、Serratia marcessens、Vibrio cholera、Shigellad
ysenterii、Shigella flexneri、Pseudomonas aerugino
sa、Franscisella tularensis、Brucella abortis、Bac
illus anthracis、Bacillus cereus、Clostridium perf
ringens、Clostridium tetani、Clostridium butulinu
m、Treponema pallidum、Rickettsia rickettsiiおよび
Chlamydia trachomitisである種またはグループ（これ
らに限らない）のメンバーを包含する原核生物、（ｉ
ｉ）Archaebacter（これに限らない）を包含する古細
菌、および（ｉｉｉ）原生動物、真菌類、Saccharomyce
s、KluveromycesまたはCandida属（これらに限らない）
のメンバー、およびSaccharomyces cerevisiae、Kluver
omyces lactisまたはCandida albicans種のメンバー
（これらに限らない）を包含する単細胞または糸状真核
生物を意味する。

【０１１９】「ポリヌクレオチド（複数でも可）」は、
一般に、ポリリボヌクレオチドまたはポリデオキシリボ
ヌクレオチドのいずれをもいい、それらは非修飾ＲＮＡ
またはＤＮＡ、あるいは修飾ＲＮＡまたはＤＮＡであっ
てもよい。「ポリヌクレオチド」は、単鎖および二本鎖
ＤＮＡ、単鎖および二本鎖領域または単鎖、二本鎖およ
び三本鎖領域の混合物であるＤＮＡ、単鎖および二本鎖
ＲＮＡ、単鎖および二本鎖領域の混合物であるＲＮＡ、
および単鎖またはより典型的には二本鎖または三本鎖領
域または一本鎖および二本鎖領域の混合物であってもよ
いＤＮＡおよびＲＮＡを含有してなるハイブリッド分子
を包含するが、これに限定されない。加えて、本明細書
にて用いる「ポリヌクレオチド」は、ＲＮＡまたはＤＮ
Ａ、あるいはＲＮＡおよびＤＮＡの両方からなる三本鎖
領域をいう。これらの領域の鎖は同じ分子からのもので
も、異なる分子からのものでもよい。該領域は、これら
分子の一またはそれ以上の全てを含んでもよいが、より
典型的には、分子の幾つかの領域のみを含む。三本螺旋
領域の分子の一つは、しばしば、オリゴヌクレオチドで
ある。本明細書にて用いる場合、ポリヌクレオチド（複
数でも可）なる用語はまた、一つまたはそれ以上の修飾
された塩基を含有する上記ＤＮＡまたはＲＮＡを包含す
る。すなわち、安定性または他の理由で修飾された骨格
を有するＤＮＡまたはＲＮＡも該用語が本明細書で意図
するところのポリヌクレオチド（複数でも可）である。
さらに、イノシンなどの通常でない塩基、またはトリチ
ル化された塩基などの修飾塩基を有してなるＤＮＡまた
はＲＮＡ（２つの例だけを示す）も、その用語を本明細
書で用いる場合のポリヌクレオチドである。多種の修飾
がＤＮＡおよびＲＮＡになされており、当業者に公知の
ように多くの有用な目的に使用されている。本明細書で
用いる「ポリヌクレオチド」なる語は、ポリヌクレオチ
ドのこのような化学的、酵素的または代謝的に修飾され
た形態、ならびにウイルスおよび、例えば、単純型細胞
および複雑型細胞などの細胞に特徴的なＤＮＡおよびＲ
ＮＡの化学的形態を包含する。「ポリヌクレオチド（複
数でも可）」はまた、しばしばオリゴヌクレオチド（複
数でも可）と称される比較的短いポリヌクレオチドも包
含する。

【０１２０】「ポリペプチド（複数でも可）」は、ペプ
チド結合または修飾ペプチド結合で互いに結合した２つ
またはそれ以上のアミノ酸を含有してなるいずれのペプ
チドまたはタンパク質をもいう。「ポリペプチド（複数
でも可）」は、通常、ペプチド、オリゴペプチドまたは
オリゴマーと称される短い鎖、および一般にタンパク質
と称される長い鎖の両方をいう。ポリペプチドは、遺伝
子コードされている２０個のアミノ酸以外のアミノ酸を
含有してもよい。「ポリペプチド（複数でも可）」は、
プロセッシングおよび他の翻訳後の修飾のごとき自然の
工程、または化学修飾技法のいずれかによって修飾され
たものを有する。かかる修飾は、基本テキストにて、お
よびより詳細な研究論文にて、ならびに膨大な研究文献
にて詳しく記載されており、それらは当業者に周知であ
る。同じ型の修飾が、所定のポリペプチド中、いくつか
の部位で、同じまたは異なる程度にて存在してもよいこ
とは明らかであろう。また、所定のペプチドは多くの型
の修飾を有していてもよい。修飾は、ペプチド骨格、ア
ミノ酸側鎖、アミノまたはカルボキシル末端を含め、ポ
リペプチドのどこででも起こりうる。修飾は、例えば、
アセチル化、アシル化、ＡＤＰ−リボシル化、アミド
化、フラビンの共有結合、ヘム部分の共有結合、ヌクレ
オチドまたはヌクレオチド誘導体の共有結合、脂質また
は脂質誘導体の共有結合、ホスホチジルイノシトールの
共有結合、交差結合、環化、ジスルフィド結合形成、脱
メチル化、共有交差結合の形成、シスチンの形成、ピロ
グルタメートの形成、ホルミル化、ガンマーカルボキシ
ル化、糖鎖形成、ＧＰＩアンカー形成、ヒドロキシル
化、ヨード化、メチル化、ミリストイル化、酸化、タン
パク質分解的プロセッシング、リン酸化、プレニル化、
ラセミ化、糖鎖形成、脂質付加、硫酸化、グルタミン酸
残基のガンマーカルボキシル化、ヒドロキシル化および
ＡＤＰ−リボシル化、セレノイル化、硫酸化、アルギニ
ル化などの転移ＲＮＡ媒介のタンパク質質へのアミノ酸
付加、およびユビキチン化を包含する。例えば、PROTEI
NS−STRUCTURE AND MOLECULAR PROPERTIES, 第２版，
Ｔ.Ｅ.Ｃreighton，Ｗ.Ｈ.Ｆreeman and Ｃompany，New
York（1993）およびＷold,Ｆ.，POSTTRANSLATIONAL CO
VALENT MODIFICATION OF PROTEINS，Posttranslational
Protein Modifications：Perspectives and Prospect
s,pgs. 1−12，B.C.Johnson編，Academic Press，New Y
ork（1983）；Seifterら,Meth Enzymol.（1990）182：6
26−646、およびRattanら, Protein Synthesis：Posttr
anslational Modifications and Aging，Ann N.Y. Acad
Sci（1992）663：48-62を参照のこと。ポリペプチド
は、分枝してもよく、分枝を伴ったまたは伴わない環状
であってもよい。環状、分枝および分枝環状ポリペプチ
ドは、翻訳後の天然の工程の結果であり、同様に全く合
成的な方法で合成できる。

【０１２１】「組み換え発現系（複数でも可）」は、本
発明ポリヌクレオチドおよびポリペプチドの製造のため
に宿主細胞または宿主細胞溶解物中に導入またはトラン
スフォームされた発現系またはその部分または本発明ポ
リヌクレオチドをいう。

【０１２２】本明細書中で使用される「変種（複数でも
可）」なる語は、各々、対照標準のポリヌクレオチドま
たはポリペプチドと異なるが、本質的な特性を保持して
いるポリヌクレオチドまたはポリペプチドである。ポリ
ヌクレオチドの典型的な変種は、別の対照標準のポリヌ
クレオチドとヌクレオチド配列において異なっている。
変種のヌクレオチド配列における変化は、対照標準のポ
リヌクレオチドによってコードされたポリペプチドのア
ミノ酸配列と変わっていてもよいし、または変わってい
なくてもよい。ヌクレオチドの変化は、後記するよう
に、対照標準の配列によってコードされたポリペプチド
において、アミノ酸置換、付加、欠失、融合および切断
をもたらしうる。ポリペプチドの典型的な変種は、別の
対照標準のポリペプチドとはアミノ酸配列において異な
っている。一般に、差異は、対照標準のポリペプチドと
その変種の配列が全体的に非常に類似しており、多くの
領域においては同一であるように限定される。変種およ
び対照標準のポリペプチドは、一またはそれ以上の置
換、付加、欠失のいずれかの組み合わせによって、アミ
ノ酸配列において異なってもよい。置換または挿入され
たアミノ酸残基は、遺伝コードによってコードされたも
のであってもなくてもよい。また本発明は、本発明の各
ポリペプチドの変種、すなわち保存的アミノ酸置換によ
り対象標準とは異なっており、そのことにより残基が同
様の特性を有する別の残基に置換されているものを包含
する。典型的なかかる置換は、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ
およびＩｌｅ間；ＳｅｒおよびＴｈｒ間；酸性残基Ａｓ
ｐおよびＧｌｕ間；ＡｓｎおよびＧｌｎ間；塩基性残基
ＬｙｓおよびＡｒｇ間；あるいは芳香族残基Ｐｈｅおよ
びＴｙｒ間のものである。数個、５〜１０個、１〜５
個、１〜３個、１〜２個または１個のアミノ酸がいずれ
かの組み合わせで置換、欠失、または付加されている変
種が特に好ましい。ポリヌクレオチドまたはポリペプチ
ドの変種は、対立遺伝子変種のような天然に存在するも
のであってもよく、または天然に存在することが知られ
ていない変種であってもよい。ポリヌクレオチドおよび
ポリペプチドの天然に存在しない変種は、変異誘発法ま
たは直接合成あるいは当業者に公知の他の組換え法によ
って作られてもよい。

【０１２３】

【実施例】以下の実施例は、別に詳細に記載したこと以
外は、当業者に周知で慣用的な標準的な技法を用いて実
施する。実施例は例示であって、本発明を限定するもの
ではない。

【０１２４】実施例１ 株の選択、ライブラリーの製
造および配列決定 表１（配列番号１または３）に示すＤＮＡ配列を有する
ポリヌクレオチドは、エシェリシア・コリ中のストレプ
トコッカス・ニューモニアエの染色体ＤＮＡのクローン
ライブラリーより得た。重複するストレプトコッカス・
ニューモニアエＤＮＡを含有する２個またはそれ以上の
クローンからの配列データを用いて、配列番号１の連続
したＤＮＡ配列を構築した。ライブラリーは常套手段、
例えば以下の方法１および２により製造してもよい。全
細胞ＤＮＡをストレプトコッカス・ニューモニアエ０１
００９９３より、標準法に従って単離し、以下に示す二
つの方法のいずれかによりサイズ分画する。

【０１２５】方法１ 標準的方法に従ってサイズ分画するために、全細胞ＤＮ
Ａをニードル（needle）に通して機械的に剪断する。１
１ｋｂｐまでの大きさのＤＮＡフラグメントをエキソヌ
クレアーゼおよびＤＮＡポリメラーゼで処理することに
よって末端切断し、ＥｃｏＲＩリンカーを付加する。フ
ラグメントを、ＥｃｏＲＩで切断したベクター、ラムダ
ＺａｐＩＩに連結し、標準的方法によりライブラリーを
パッケージングし、次いでパッケージングしたライブラ
リーでエシェリシア・コリを感染させる。ライブラリー
を標準方法により増幅させる。

【０１２６】方法２ 全細胞ＤＮＡをライブラリーベクターにクローニングす
るための一連のフラグメントを得るのに適当な１つの制
限酵素（例えば、ＲｓａＩ、ＰａｌＩ、ＡｌｕＩ、Ｂｓ
ｈｌ２３５Ｉ）またはその組み合わせで部分的に加水分
解し、かかるフラグメントを標準的方法に従ってサイズ
分画する。ＥｃｏＲＩリンカーをＤＮＡに連結し、次い
でそのフラグメントをＥｃｏＲＩで切断したベクター、
ラムダＺａｐＩＩに連結し、標準的方法によりライブラ
リーをパッケージングし、パッケージングしたライブラ
リーでエシェリシア・コリを感染させる。ライブラリー
を標準方法により増幅させる。

【０１２７】実施例２ ３−デヒドロキネート・シン
ターゼ（ａｒｏＢ）の特徴付け ３−デヒドロキネート・シンターゼはコリスミン酸生合
成経路における重要な酵素である。この遺伝子はBacill
us subtilisおよびE.coliにおいてａｒｏＢと命名され
ている。３−デヒドロキネート・シンターゼは３−デオ
キシＤ−アラビノ−ヘプチュロソネート７−ホスフェー
トを３−デヒドロキネートに変換する（Bacillus subti
lis & other Gram positive bacteria, Eds. Sonenshei
n, Hoch& Losick, ASM Washington, DC, 1993中Biosynt
hesis of Aromatic Amino Acids, D. Henner and C. Ya
nofsky (p.269)、ならびにその中で引用された文献）。
この反応を阻害すると芳香族アミノ酸、ｐ−アミノ安息
香酸（葉酸の前駆体）およびユビキノンの合成が妨害さ
れる。これらの必須代謝物は哺乳動物組織では制限され
た濃度であり、よって、この酵素の阻害は有効な抗細菌
戦略である。

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁶ 識別記号 ＦＩ Ｃ０７Ｋ 16/12 Ｃ１２Ｎ 9/88 Ｃ１２Ｎ 9/88 Ｃ１２Ｑ 1/527 15/09 ＺＮＡ 1/68 Ａ Ｃ１２Ｑ 1/527 Ａ６１Ｋ 37/02 1/68 Ｃ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡ (71)出願人 595047190 スミスクライン・ビーチャム・パブリッ ク・リミテッド・カンパニー ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ ｐ．ｌ．ｃ. イギリス国ミドルセックス・ティーダブリ ュ８・９イーピー、ブレンフォード、ニュ ー・ホライズンズ・コート（番地の表示な し) (72)発明者 デイビッド・ジェイ・ペイン アメリカ合衆国19460ペンシルベニア州フ ェニックスビル、ウォーターフォール・ウ ェイ618番 (72)発明者 アリソン・エフ・チョーカー アメリカ合衆国19426ペンシルベニア州ト ラップ、ハーバード・ドライブ137番 (72)発明者 ジェイムズ・アール・ブラウン アメリカ合衆国19312ペンシルベニア州バ ーウィン、ロビンズ・レイン９番

Claims (17)

【特許請求の範囲】
1. 【請求項１】 （ｉ）配列番号：２または４の全長にわ
   たって配列番号：２または４のアミノ酸配列に対して少
   なくとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有する群から選択されるアミノ酸配列を含む単離ポリ
   ペプチド； （ｉｉ）配列番号：２または４のアミノ酸配列を含む単
   離ポリペプチド、または （ｉｉｉ）配列番号：２または４のアミノ酸配列である
   単離ポリペプチドからなる群より選択される単離ポリペ
   プチド。
2. 【請求項２】 （ｉ）配列番号：２または４の全長にわ
   たって配列番号：２または４のアミノ酸配列に対して少
   なくとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有するポリペプチドをコードしているヌクレオチド配
   列を含む単離ポリヌクレオチド； （ｉｉ）配列番号：２または４のポリペプチドをコード
   しているヌクレオチド配列に対してその全長にわたって
   少なくとも （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有するヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチ
   ド； （ｉｉｉ）配列番号：１または３の全長にわたって配列
   番号：１または３のヌクレオチド配列に対して少なくと
   も （ａ）７０％の同一性； （ｂ）８０％の同一性； （ｃ）９０％の同一性；または （ｄ）９５％の同一性 を有するヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチ
   ド； （ｉｖ）配列番号：２または４のポリペプチドをコード
   しているヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオチ
   ド； （ｖ）配列番号：１または３のポリヌクレオチドである
   単離ポリヌクレオチド。 （ｖｉ）ストリンジェントなハイブリダイゼーション条
   件下で配列番号：１または３の配列またはそのフラグメ
   ントの配列を有する標識プローブを用いて適当なライブ
   ラリーをスクリーニングすることにより得ることのでき
   る単離ポリヌクレオチド； （ｖｉｉ）ストレプトコッカス・ニューモニアエ中に含
   まれる３−デヒドロキネートシンターゼ（ａｒｏＢ）遺
   伝子により発現されるのと同じ成熟ポリペプチドをコー
   ドしている単離ポリヌクレオチドからなる群より選択さ
   れる単離ポリヌクレオチド、または該単離ポリヌクレオ
   チドに対して相捕的なヌクレオチド配列。
3. 【請求項３】 請求項１のポリペプチドに対して免疫特
   異的な抗体。
4. 【請求項４】 （ｉ）（ａ）請求項１のポリペプチドに
   対する治療上有効量のアゴニストを個体に投与するこ
   と；および／または（ｂ）インビボで請求項１のポリペ
   プチド活性を生じるような形態の請求項１のポリペプチ
   ドをコードしているヌクレオチド配列を含む単離ポリヌ
   クレオチドを個体に提供することを含む、請求項１のポ
   リペプチドの活性または発現の促進を必要とする個体； （ｉｉ）（ａ）請求項１のポリペプチドに対する治療上
   有効量のアンタゴニストを個体に投与すること；および
   ／または（ｂ）請求項１のポリペプチドをコードしてい
   るヌクレオチド配列の発現を阻害する核酸分子を個体に
   投与すること；および／または（ｃ）リガンド、基質、
   受容体を求めて請求項１のポリペプチドと競争する治療
   上有効量のポリペプチドを個体に投与することを含む、
   請求項１のポリペプチドの活性または発現の阻害を必要
   とする個体の治療方法。
5. 【請求項５】 個体における請求項１のポリペプチドの
   発現または活性に関連した個体における疾病またはかか
   る疾病に対する感受性の診断方法であって、 （ａ）該個体のゲノム中の該ポリペプチドをコードして
   いるヌクレオチド配列における変異の存在または不存在
   を決定すること；および／または（ｂ）該個体由来の試
   料中の該ポリペプチドの発現の存在または量を分析する
   ことを含む方法。
6. 【請求項６】 請求項１のポリペプチドの機能を活性化
   および／または阻害する化合物を同定するためのスクリ
   ーニング方法であって、下記の群： （ａ）候補化合物に直接または間接的に結合した標識を
   用いて候補化合物のポリペプチド（またはポリペプチド
   を有する細胞または膜）またはその融合タンパク質への
   結合を測定すること； （ｂ）標識競争物質の存在下で候補化合物のポリペプチ
   ド（またはポリペプチドを有する細胞または膜）または
   その融合タンパク質への結合を測定すること； （ｃ）ポリペプチドを有する細胞または細胞膜に敵する
   検出系を用いて、候補化合物がポリペプチドの活性化ま
   たは阻害により発生するシグナルを生じさせるかどうか
   を試験すること； （ｄ）候補化合物と請求項１のポリペプチドを含有する
   溶液とを混合して混合物を作成し、混合物中のポリペプ
   チドの活性を測定し、次いで、混合物の活性を標準と比
   較すること； （ｅ）例えばＥＬＩＳＡアッセイを用いて細胞中で該ポ
   リペプチドをコードしているｍＲＮＡおよび該ポリペプ
   チドの生成に対する候補化合物の影響を検出すること、
   または （ｆ）（１）化合物の相互作用を評価するために、化合
   物とポリペプチドとの間の相互作用を可能にする条件下
   でポリペプチドを含む組成物をスクリーニングすべき化
   合物と接触させ（かかる相互作用は、化合物とポリペプ
   チドとの相互作用に応答した検出可能シグナルを生じる
   ことのできる第２の成分に関連したものである）；次い
   で（２）化合物とポリペプチドとの相互作用から生じる
   シグナルの存在または不存在を検出することにより、化
   合物がポリペプチドと相互作用し、その活性を活性化ま
   たは阻害するかどうかを決定することから選択される方
   法を含む方法。
7. 【請求項７】 請求項１のポリペプチドの活性または発
   現についてのアゴニストまたはアンタゴニスト。
8. 【請求項８】 適合する宿主中に存在する場合に、請求
   項１のポリペプチドを生成する能力のあるポリヌクレオ
   チドを含む発現系。
9. 【請求項９】 請求項８の発現系を含む宿主細胞、また
   は請求項１のポリペプチドを発現するその膜。
10. 【請求項１０】 請求項１のポリペプチドの生成に十分
    な条件下で請求項９の宿主細胞を培養することを含む、
    請求項１のポリペプチドの製造方法。
11. 【請求項１１】 請求項８の発現系を用いて細胞をトラ
    ンスフォームまたはトランスフェクトすることを含む、
    適当な培養条件で培養した場合に請求項１のポリペプチ
    ドを生成する請求項９にて定義した宿主細胞の製造方
    法。
12. 【請求項１２】 請求項１１の方法により製造される、
    請求項１のポリペプチドを生成する宿主細胞、またはそ
    の膜。
13. 【請求項１３】 配列番号：１または３の配列を含むポ
    リヌクレオチド；配列番号：２または４の配列を含むポ
    リペプチド；少なくとも１つの配列が配列番号：１また
    は３の配列を含むものであるポリヌクレオチド配列のセ
    ット；少なくとも１つの配列が配列番号：２または４の
    配列を含むものであるポリペプチド配列のセット；配列
    番号：１または３の配列を含むポリヌクレオチド配列を
    表すデータセット；配列番号：２または４の配列を含む
    ポリペプチド配列をコードしているポリヌクレオチド配
    列を表すデータセット；配列番号：１または３の配列を
    含むポリヌクレオチド；配列番号：２または４の配列を
    含むポリペプチド；少なくとも１つの配列が配列番号：
    １または３の配列を含むものであるポリヌクレオチド配
    列のセット；少なくとも１つの配列が配列番号：２また
    は４の配列を含むものであるポリペプチド配列のセッ
    ト；配列番号：１または３の配列を含むポリヌクレオチ
    ド配列を表すデータセット；配列番号：２または４の配
    列を含むポリペプチド配列をコードしているポリヌクレ
    オチド配列を表すデータセットからなる群より選択され
    るメンバーを保存したコンピューター読み込み可能媒
    体。
14. 【請求項１４】 相同性の同定を行うためのコンピュー
    ターによる方法であって、配列番号：１または３の配列
    を含むポリヌクレオチド配列をコンピューター読み込み
    可能媒体中に提供し、次いで、該ポリヌクレオチド配列
    を少なくとも１つのポリヌクレオチドまたはポリペプチ
    ド配列を比較して相同性を同定する工程を含む方法。
15. 【請求項１５】 ポリクレオチドアッセンブリーのため
    のコンピューターによる方法であって、配列番号：１ま
    たは３の配列を含む第１のポリヌクレオチド配列をコン
    ピューター読み込み可能媒体中に提供し、次いで、該第
    １のポリヌクレオチド配列と第２のポリヌクレオチド配
    列との間の少なくとも１つの重複領域をスクリーニング
    する工程を含む方法。
16. 【請求項１６】 （ａ）配列番号：３の全長にわたって
    配列番号：３に対して少なくとも７０％、８０％、９０
    ％、９５％、９７％の同一性を有するヌクレオチド配列
    を含む単離ポリヌクレオチド； （ｂ）配列番号：３のポリヌクレオチドを含む単離ポリ
    ヌクレオチド； （ｃ）配列番号：３のポリヌクレオチド；または （ｄ）配列番号：４の全長にわたって配列番号：４のア
    ミノ酸配列に対して少なくとも７０％、８０％、９０
    ％、９５％、９７％の同一性を有するポリペプチドをコ
    ードしているヌクレオチド配列を含む単離ポリヌクレオ
    チドからなる群より選択される単離ポリヌクレオチド。
17. 【請求項１７】 （ａ）配列番号：４の全長にわたって
    配列番号：４のアミノ酸配列に対して少なくとも７０
    ％、８０％、９０％、９５％、９７〜９９％の同一性を
    有するアミノ酸配列を含むポリペプチド； （ｂ）配列番号：４の全長にわたって配列番号：４のア
    ミノ酸配列に対して少なくとも７０％、８０％、９０
    ％、９５％、９７〜９９％同一であるアミノ酸配列を有
    するポリペプチド； （ｃ）配列番号：４のアミノ酸を含むポリペプチド； （ｄ）配列番号：４のポリペプチドであるポリペプチド （ｅ）配列番号：３に含まれる配列を含むポリヌクレオ
    チドによりコードされるポリペプチドからなる群より選
    択されるポリペプチド。