JP7404279B2 - 様々な構築物最適化を備えたt細胞抗原カプラ - Google Patents
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Description
本出願は、2018年7月17日に出願された米国仮特許出願第62/699,173号、2018年7月25日に出願された米国仮特許出願第62/703,037号、2018年11月29日に出願された米国仮特許出願第62/773,120号、2019年3月29日に出願された米国仮特許出願第62/826,853号、2019年4月3日に出願された米国仮特許出願第62/828,879号、2019年4月26日に出願された米国仮特許出願第62/839,235号、2019年6月14日に出願された米国仮特許出願第16/442,274号、および2019年7月15日に出願された米国仮特許出願第62/874,426号の利益を主張するものであり、これらはそれぞれ全体として参照することにより本明細書に組み込まれる。
本出願は配列表を包含しており、これは、ASCIIフォーマットで電子的に提出され、その全体を引用することで本明細書に組み込まれる。2019年7月17日に作成された上記のASCIIコピーは、55247704601_SL.txtと命名され、131,072バイトの大きさである。
本明細書で使用される「T細胞」という用語は、細胞媒介免疫において中心的な役割を果たすタイプのリンパ球を指す。Tリンパ球とも呼ばれるT細胞は、細胞表面上のT細胞受容体(TCR)の存在によって、B細胞やナチュラルキラー細胞などの他のリンパ球とは区別される。T細胞には、限定されないが、ヘルパーT細胞、細胞傷害性T細胞、記憶T細胞、制御性T細胞、およびナチュラルキラーT細胞を含む異なる機能を持ついくつかのサブセットがある。
特定の実施形態において、三官能性T細胞抗原カプラ(TriーTAC)をコードする核酸が本明細書で開示される。いくつかの実施形態では、Tri-TACをコードする核酸は:(a)標的特異的リガンドをコードする第1のポリヌクレオチド;(b)TCR複合体に結合するリガンドをコードする第2のポリヌクレオチド;および、(c)膜貫通ドメインと細胞質ドメインをコードする第3のポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、TriーTACをコードする核酸は共刺激ドメインをコードしない。いくつかの実施形態では、TriーTACをコードする核酸は共活性化ドメインをコードしない。
抗原結合ドメインとも呼ばれる標的特異的リガンドは、標的細胞に直接または間接的に結合する任意の物質または分子を指す。いくつかの実施形態では、標的特異的リガンドは、標的細胞上の抗原に結合する。いくつかの実施形態では、標的細胞は、限定されないが、癌、血液悪性腫瘍、大細胞型B細胞リンパ腫、びまん性大細胞型B細胞リンパ腫、原発性縦隔B細胞リンパ腫、高悪性度B細胞リンパ腫、または濾胞性リンパ腫から生じる大細胞型B細胞リンパ腫を含む疾患状態に関連する細胞である。いくつかの実施形態では、標的細胞は腫瘍細胞である。いくつかの実施形態では、標的特異的リガンドは、腫瘍細胞上の腫瘍抗原または腫瘍関連抗原に結合する。いくつかの実施形態では、標的抗原は腫瘍抗原である。いくつかの実施形態では、タンパク質性の場合の腫瘍抗原は、完全なタンパク質までの8以上のアミノ酸の配列である。いくつかの実施形態では、腫瘍抗原は、主要組織適合性複合体(MHC)で提示される完全長タンパク質の少なくとも1つの抗原断片を含む8つ~完全長タンパク質のアミノ酸の任意の数である。腫瘍抗原の例としては、限定されないが、CD19、HER-2(erbB-2)、B細胞成熟抗原(BCMA)、アルファフェトプロテイン(AFP)、癌胎児性抗原(CEA)、CA-125、MUC-1、上皮腫瘍抗原(ETA)、チロシナーゼ、メラノーマ関連抗原(MAGE)、前立腺特異的抗原(PSA)、神経膠腫関連抗原、β-ヒト絨毛性ゴナドトロピン、チログロブリン、RAGE-1、MN-CA IX、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素、RU1、RU2(AS)、腸管カルボキシルエステラーゼ、mut hsp70-2、M-CSF、プロスターゼ(prostase)、PAP、NY-ESO-1、LAGE-1a、p53、プロステイン(prostein)、PSMA、サバイビン(survivin)およびテロメラーゼ、前立腺癌腫瘍抗原-1(PCTA-1)、ELF2M、好中球エラスターゼ、CD22、インスリン成長因子(IGF)-I、IGF-II、IGF-I受容体、ならびにメソセリンが挙げられる。
いくつかの実施形態では、TACは、TCR複合体と会合するタンパク質に結合するリガンドを含む。いくつかの実施形態では、TCR複合体と会合するタンパク質に結合するリガンドは、TCRのタンパク質に直接または間接的に結合する物質を含む。いくつかの実施形態では、TCR複合体と会合するタンパク質に結合するリガンドは、TCRのタンパク質に選択的に結合する物質を含む。いくつかの実施形態では、TCR複合体と会合するタンパク質に結合するリガンドは、TCRのタンパク質に特異的に結合する物質を含む。TCRと会合するタンパク質としては、限定されないが、TCRアルファ(α)鎖、TCRベータ(β)鎖、TCRガンマ(γ)鎖、TCRデルタ(δ)鎖、CD3γ鎖、CD3δ鎖、およびCD3ε鎖が挙げられる。いくつかの実施形態では、TCR複合体と会合するタンパク質に結合するリガンドは、TCRアルファ(α)鎖、TCRベータ(β)鎖、TCRガンマ(γ)鎖、TCRデルタ(δ)鎖、CD3γ鎖、CD3δ鎖、および/またはCD3ε鎖に対する抗体である。いくつかの実施形態では、TCR複合体と会合するタンパク質はCD3である。いくつかの実施形態では、TCR複合体と会合するタンパク質はCD3εである。CD3抗体の例としては、限定されないが、を含む。いくつかの実施形態では、CD3に結合する抗体は、単鎖抗体、例えば、単鎖可変断片(scFv)である。いくつかの実施形態では、TCRに結合するリガンドは、抗CD3抗体またはその断片、例えば、ムロモナブ、オテリキシズマブ、テプリズマブ、ビジリズマブ、CD3-12、MEM-57、4D10A6、CD3D、またはTR66などである。
いくつかの実施形態では、T細胞抗原カプラはT細胞受容体シグナル伝達ドメインポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、TCRシグナル伝達ドメインポリペプチドは膜貫通ドメインを含む。いくつかの実施形態では、TCRシグナル伝達ドメインポリペプチドは細胞質ドメインを含む。いくつかの実施形態では、TCRシグナル伝達ドメインポリペプチドは膜貫通ドメインと細胞質ドメインを含む。いくつかの実施形態では、細胞質ドメインと膜貫通ドメインはリンカーによって随意に連結される。いくつかの実施形態では、T細胞受容体シグナル伝達ドメインポリペプチドはTCR共受容体ドメインを含む。いくつかの実施形態では、T細胞受容体シグナル伝達ドメインポリペプチドはTCR共刺激ドメインを含まない。いくつかの実施形態では、TCRシグナル伝達ドメインポリペプチドはTCR共受容体の膜貫通ドメインおよび/または細胞質ドメインを含む。いくつかの実施形態では、TCR共受容体はCD4、CD8、LAG3、またはそのキメラ変異である。
いくつかの実施形態では、本明細書で開示される核酸は:(1)標的特異的リガンドをコードする第1のポリヌクレオチド;(2)TCR複合体に結合するリガンドをコードする第2のポリヌクレオチド;および、(3)膜貫通ドメインと細胞質ドメインをコードする第3のポリヌクレオチドの順序である。いくつかの実施形態では、本明細書で開示される核酸は:(1)標的特異的リガンドをコードする第1のポリヌクレオチド;(2)TCR複合体に結合するリガンドをコードする第2のポリヌクレオチド;および、(3)膜貫通ドメインと細胞質ドメインをコードする第3のポリヌクレオチドの順序であり、ここで、順序は5’末端から3’末端までである。いくつかの実施形態では、本明細書で開示される核酸は:(1)標的特異的リガンドをコードする第1のポリヌクレオチド;(2)TCR複合体に結合するリガンドをコードする第2のポリヌクレオチド;および、(3)膜貫通ドメインと細胞質ドメインをコードする第3のポリヌクレオチドの順序であり、ここで、順序は3’末端から5’末端までである。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される核酸は:(1)TCR複合体に結合するリガンドをコードする第1のポリヌクレオチド;(2)標的特異的リガンドをコードする第2のポリヌクレオチド;および、(3)膜貫通ドメインと細胞質ドメインをコードする第3のポリヌクレオチドの順序である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される核酸は:(1)TCR複合体に結合するリガンドをコードする第1のポリヌクレオチド;(2)標的特異的リガンドをコードする第2のポリヌクレオチド;および、(3)膜貫通ドメインと細胞質ドメインをコードする第3のポリヌクレオチドの順序であり、ここで、順序は5’末端から3’末端までである。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される核酸は:(1)TCR複合体に結合するリガンドをコードする第1のポリヌクレオチド;(2)標的特異的リガンドをコードする第2のポリヌクレオチド;および、(3)膜貫通ドメインと細胞質ドメインをコードする第3のポリヌクレオチドの順序であり、ここで、順序は3’末端から5’末端までである。
i)抗HER2 Tri-TACリーダー配列(分泌シグナル)(SEQ ID NO:5および6)
ii)HER2抗原に特異的なDARPin(SEQ ID NO:7および8)
iii)Mycタグ(SEQ ID NO:9および10)
iv)コネクタ(SEQ ID NO:11および12)
v)UCHT1(SEQ ID NO:13および14)
vi)リンカー(SEQ ID NO:15および16)
vii)CD4(SEQ ID NO:17および18)を順に含む。
ある実施形態では、本明細書で開示される核酸配列によってコードされるポリペプチドが本明細書で開示される。本明細書で開示される核酸配列を含むベクターが本明細書でさらに開示される。いくつかの実施形態では、ベクターは、プロモーターをさらに含む。いくつかの実施形態では、プロモーターは哺乳動物細胞において機能的である。プロモーター(特定の核酸配列の転写を開始するDNAの領域)は、当技術分野において公知である。「哺乳動物細胞において機能的なプロモーター」とは、哺乳動物細胞において関連する核酸配列の発現を駆動するプロモーターを指す。核酸配列の発現を駆動するプロモーターは、核酸配列に「動作可能に接続される」ものとして言及される。
a.標的特異的リガンドをコードする第1のポリヌクレオチド;
b.TCR複合体と会合するタンパク質に結合するリガンドをコードする第2のポリヌクレオチド;
c.T細胞受容体シグナル伝達ドメインポリペプチドをコードする第3のポリヌクレオチド;および、
d.哺乳動物細胞において機能的であるプロモーター、を含むベクターを提供する。
ある実施形態では、本明細書で開示される核酸配列、または本明細書で開示されるベクターを含む、操作されたT細胞が本明細書で開示される。ある実施形態では、本明細書で開示されるTri-TACを発現するように操作されたヒトT細胞が、本明細書に開示される。いくつかの実施形態では、T細胞は、本明細書で開示されるTri-TACを発現する。T細胞抗原カプラで、またはTri-TACを含むベクターで形質導入されるか、あるいはトランスフェクトされたT細胞が、本明細書でさらに開示される。いくつかの実施形態では、T細胞は単離されたT細胞である。
ある実施形態では、本明細書に開示される操作されたT細胞(TACで形質導入されたおよび/またはTACを発現する)と、薬学的に許容可能な担体とを含む、医薬組成物が本明細書に開示される。薬学的に許容可能な担体としては、限定されないが、緩衝液、例えば、中性の緩衝生理食塩水、リン酸緩衝生理食塩水など;炭水化物、例えば、グルコース、マンノース、スクロース、またはデキストラン、マンニトール;タンパク質;ポリペプチドあるいはアミノ酸、例えば、グリシン;抗酸化剤;キレート剤、例えば、EDTAあるいはグルタチオン;アジュバント(例えば、水酸化アルミニウム);または、防腐剤が挙げられる。いくつかの実施形態では、操作されたT細胞は、静脈内投与のために製剤化される。
ある実施形態では、個体の癌の処置において本明細書に開示されるTri-TACを使用する方法が本明細書に開示される。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるTACの標的特異的リガンドは、腫瘍細胞上の腫瘍抗原または腫瘍関連抗原に結合する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるTACの標的特異的リガンドは、腫瘍細胞上の腫瘍抗原または腫瘍関連抗原に選択的に結合する。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるTACの標的特異的リガンドは、腫瘍細胞上の腫瘍抗原または腫瘍関連抗原に特異的に結合する。いくつかの実施形態では、標的抗原は腫瘍抗原である。腫瘍抗原の例としては、限定されないが、CD19、HER2(erbB-2)、B細胞成熟抗原(BCMA)、アルファフェトプロテイン(AFP)、癌胎児抗原(CEA)、CA-125、MUC-1、上皮腫瘍抗原(ETA)、チロシナーゼ、黒色腫関連抗原(MAGE)、前立腺特異抗原(PSA)、神経膠腫関連抗原、β-ヒト絨毛性ゴナドトロピン、チログロブリン、RAGE-1、MN-CA IX、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素、RU1、RU2(AS)、腸のカルボキシルエステラーゼ、mut hsp70-2、M-CSF、プロスターゼ、PAP、NY-ESO-1、LAGE-1a、p53、プロステイン、PSMA、サバイビンとテロメラーゼ、前立腺癌腫瘍抗原-1(PCTA-1)、ELF2M、好中球エラスターゼ、CD22、インスリン成長因子(IGF)-I、IGF-II、IGF-I受容体、およびメソテリンが挙げられる。
Tri-TAC技術の概要が図1A-図1Cで提供される。
図8A-図8Hは、代替CD3結合ドメインを有するTri-TACの機能を示す。上記ドメインは、図8Aおよび図8Eで列挙される。UCHT1を含有するTri-TAC(図8B)、OKT3を含有するTri-TAC(図8B)、およびhuUCHT1を含有するTri-TAC(図8F)は高い表面発現を示したが、F6Aを含有するTri-TAC(図8F)およびL2Kを含有するTri-TAC(図8F)は低い表面発現を示した。OKT3を含有するTri-TACを発現する細胞は、Tri-TACライゲーション時に、低いサイトカイン産生(図8C、図8C1)および中間の細胞毒性(図8D)を示した。F6Aを含有するTri-TACを発現する細胞は、Tri-TACライゲーション後に、強力なサイトカイン産生(図8G、図8G1)および細胞毒性(図8H)を示した。L2Kを含有するTri-TACを発現する細胞は、低いサイトカイン産生(図8G、図8G1)および中間の細胞毒性(図8H)を示した。
図10A-図10Bは、TCR複合体および標的結合リガンドドメインを結合するリガンドを接続する様々なリンカーを有するいくつかのTAC変異体を示す。フレキシブルコネクタは、2つのドメイン間の動作を可能にする。大きなドメインコネクタは、2つの折り畳まれたドメインを含有しており、非常に大きく、強固である。小さく長いヘリックスコネクタも強剛性を導入するが、大きなドメインリンカーと比較すると拘束性が小さい。
図13Aは、抗HER2 scFvと対になったCD8αTri-TACの表面発現を示し、または図13Cは、抗HER2 DARPinと対になったCD8αTri-TACの表面発現を示す。図13Bは、抗HER2 scFvまたは抗HER2 DARPinと対になったCD8αTri-TACを発現するT細胞による、サイトカイン産生を示す。
図16は、CD19-TAC構築物の段階的な開発を示す。レンチウイルスベクターのいくつかの世代を、CD19特異性、適切なTAC発現、およびGMPグレードのレンチウイルス産生を確実にするために、設計要素を様々に変更して作製する。それぞれのボックスはレンチウイルスベクターを表し、3つの主要な設計要素:(A)抗原結合ドメイン、(B)TCR/CD3結合ドメイン、および(C)共受容体ドメインを指定する。網掛け部分は、ベクター開発プロセス中の修飾の対照であったドメインを示す。
図18は、複数のドナーから製造されたCD19 TAC発現T細胞の有効性を示す。CD19 TAC発現T細胞を、3つの異なるドナーからのT細胞を使用して産生し、NALM-6腫瘍モデルにおいて試験した。確立されたNALM-6腫瘍を保有するマウスを、4×106のCD19 TAC発現T細胞の単回投与で処置した。対照マウスは急速な腫瘍の増殖を示し、すべてのマウスは試験の終了までにエンドポイントに到達した。ドナー1および2のT細胞産物は、すべてのマウスにおいて完全な制御をもたらした。ドナー3のT細胞産物は、すべてのマウスにおいて頑強な腫瘍制御を結果としてもたらし、処置されたマウスの2/4において長期的な制御を結果としてもたらした。この試験により、複数の健康なドナーに由来するCD19 TAC発現T細胞によって腫瘍拒絶が達成されることが確認された。図18におけるNALM-6腫瘍モデルの結果は、有効なCD19 TACが複数のドナーソース材料から産生されることを示唆している。
様々なCD19陽性細胞に有効に結合するCD19-TACの能力を評価するために、Tri-TACで操作されたT細胞を、NALM-6(急性リンパ芽球性白血病)、Raji(バーキットリンパ腫)、またはJeko-1(マントル細胞リンパ腫)のいずれかと共培養した。NALM-6細胞、Jeko-1細胞、およびRaji細胞を、増強されたホタルルシフェラーゼで操作することで、生物発光イメージングによる、インビトロおよび生きている動物の腫瘍量のトラッキングを可能にした。
図20A-図20Bは、CD19-TAC発現T細胞を受けるマウスにおける、腫瘍免疫性の持続性および再負荷に対する耐性を示す。確立されたNALM-6腫瘍を保有するマウスを、CD19-TAC発現T細胞で処置した。
図21および図22は、NALM-6癌モデルにおける用量依存性、投与計画(分割または単回)、およびCD19-TAC発現T細胞の増殖を示す。図21Aは実験計画を示す。マウスは、腫瘍接種後4日目のCD19-TAC発現T細胞の単回投与、または7日間あけた分割投与のいずれかを受けた。複数のCD19-TAC発現T細胞の投与用量を試験した:0.5x106、1x106、および4x106細胞。図21Bのマウスの対照群は4×106の形質導入されていない細胞を受けるか、あるいは凍結培地(ビヒクル対照)を受ける。
図23-図25は、長期的な安全性と有効性(図23)、および任意の急性処置に関連する毒性がない状態(図24-図25)を示す。
図26は、様々なBCMATri-TAC構築物に関するインビボの有効性研究を示す。図26Aは全体的な実験計画を示す。100万のルシフェラーゼで操作されたKMS11(BCMA陽性)腫瘍細胞を、12日間生着させた。その後、マウスを400万のBCMA構築物および対照(図26B)の単回有効量で処置した。腫瘍量を発光測定によって定期的に評価した。その後、腫瘍退縮および腫瘍制御を示したすべてのマウスを、ACT後25日目に100万のKMS11細胞で再負荷した。
マウスの後側腹部にOVCAR3固形腫瘍を接種する。腫瘍を100mm3のサイズに確立および成長させる。その後、マウスを、TAC-Her2で操作されたT細胞の静脈内尾静脈注射で処置した。腫瘍体積を定期的に測定する。
臨床研究を実施し、その臨床試験では、ASCTを含む少なくとも2つの前治療に失敗したことがあるか、またはASCTに不適格である、CD19陽性びまん性大細胞型B細胞リンパ腫を有する少なくとも18歳の被験体をCD19-TAC発現T細胞で処置する。試験は、非盲検、単一群、1/2相の2段階試験であり、最大耐量(MTD)あるいは第II相臨床試験の推奨用量(RPh2D)を決定するための用量漸増段階、その後の選択された投与による拡大コホートを特徴とする。
CD19-TAC発現T細胞の薬物製品の製造工程は、白血球除去産物からCD4/CD8 T細胞を選択すること、CD4/CD8陽性細胞を活性化すること、CD19-TAC構築物(実施例5に記載される)を含むレンチウイルスベクターで細胞を形質導入すること、形質導入された細胞を提案された投与スケジュールに適切なレベルに増殖させること、および最終生産物を収集し、凍結保存することを含む。
図27は、TACが細胞上の抗原に遭遇する場合に増殖するが、抗原が人工ビーズ上で提示される場合は増殖せず;しかし、CARは、抗原がビーズ上で提示されるか細胞上で提示されるかに関係なく増殖することを示す。
CD4およびCD8のT細胞を、様々なTAC発現ウイルスで操作した。1セットの細胞を、マウスIgGシグナルペプチド[muIgG TAC](MSCV)を利用したHER2に特異的なTACを発現させるために、MSCVプロモーターを利用したレンチウイルスで操作した。第2のセットの細胞を、ヒトIgGシグナルペプチド[huIgG TAC](MSCV)を利用したHER2に特異的なTACを発現させるために、MSCVプロモーターを利用したレンチウイルスで操作した。第3のセットの細胞を、マウスIgGシグナルペプチド[muIgG TAC(EF1α)]を利用したHER2に特異的なTACを発現させるために、EF1αプロモーターを利用したレンチウイルスで操作した。陰性対照として、HER2結合ドメイン(Δ結合ドメインTAC)を欠くTAC構築物を使用した。その後、操作された細胞を、再表面発現(resurface expression)および比活性についてインビトロで、および、OVCAR3 HER2陽性固形腫瘍モデルにおける活性についてインビボで特徴づけた。
Claims (9)
- ヒト上皮成長因子受容体2(HER2)T細胞抗原カプラ(HER2-TAC)ポリペプチドであって、
HER2-TACポリペプチドは、SEQ ID NO:66、SEQ ID NO:68、またはSEQ ID NO:76と100%の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む、HER2-TACポリペプチド。 - 請求項1に記載のHER2-TACポリペプチドをコードする核酸。
- 前記核酸がSEQ ID NO:65、SEQ ID NO:67、またはSEQ ID NO:75と100%の配列同一性を有する、請求項2に記載の核酸。
- (a)請求項2に記載の核酸、および、
(b)哺乳動物細胞で機能的なプロモーター、
を含む、ベクター構築物。 - (a)請求項1に記載のHER2-TACポリペプチド、(b)請求項2に記載の核酸、または(c)請求項4のベクター構築物、
を含む、T細胞。 - 請求項5に記載のT細胞、および、薬学的に許容可能な賦形剤を含む、医薬組成物。
- 治療に使用するための、請求項5に記載のT細胞を含む、組成物。
- 個体においてHER2を発現する癌を処置する際に使用するための、請求項5に記載のT細胞を含む、組成物。
- 前記癌は乳癌、膀胱癌、膵臓癌、卵巣癌、または胃癌である、請求項8に記載の組成物。
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