JP2022529294A

JP2022529294A - 子宮平滑筋腫および平滑筋肉腫の早期診断のための改良方法

Info

Publication number: JP2022529294A
Application number: JP2021562178A
Authority: JP
Inventors: アイマラ、マス、ペルーチョ; ロベルト、アロンソ、バレロ; カルロス、シモン、バレス
Original assignee: Igenomix SL
Current assignee: Igenomix SL
Priority date: 2019-04-17
Filing date: 2020-04-17
Publication date: 2022-06-20
Also published as: EP3956476A1; CN114051537A; WO2020212580A1; BR112021020779A2; US20220220564A1; BR112021020779A8

Abstract

本開示は、子宮筋層腫瘍／子宮新生物、例えば、ＬＭ、ＬＭＳおよびＩＭＴを鑑別するための方法を提供する。さらに、本開示は、対象において子宮平滑筋腫を治療するための方法であって、（ａ）対象由来の生体サンプルに対して遺伝子型決定アッセイを行って前記対象が子宮平滑筋肉腫遺伝子型を有するかどうかを決定すること、および（ｂ）前記対象が平滑筋肉腫遺伝子型を有さない場合は子宮平滑筋腫を外科的に除去することを含む方法を提供する。【選択図】なし

Description

発明の分野
本明細書は、細切除去術のような外科的方法に由来する偶発的な悪性播種を防ぐ助けをするための子宮平滑筋腫および平滑筋肉腫の早期術前診断のための改良方法に関する。

発明の背景
子宮平滑筋腫（ＬＭ）は、推定生涯リスクが生殖年齢の女性の約７０％である良性の平滑筋腫瘍である^１。これらの腫瘍は、骨盤疼痛、重度の月経出血、貧血、不妊症、および再発性流産を含む合併症を生じる^２、３。ＬＭを管理するために選択的プロゲステロン受容体修飾薬が使用されるが^４－５、依然として手術が長期的な治療選択肢である。特に、細切除去術を伴う腹腔鏡下筋腫摘出術^６が、特に生殖能力を温存したい女性にとっての^７標準的介入である。しかしながら、この手術は、診断未確定の不顕性平滑筋肉腫（ＬＭＳ）を有する患者にとっては潜在的に有害な影響を有する^８。

ＬＭＳは、全ての子宮肉腫の７０％に相当するが、なおまれであり、罹患率は女性１００，０００人に０．４～０．９人である^９。ＬＭＳは、子宮筋から生じる侵襲性の悪性腫瘍であり、早期転移、予後不良、および治療効力が限定された高い再発率を特徴とする^{１０－１２}。良性病変を有する女性の不顕性子宮癌のリスクは１／３５０であり、ＬＭとＬＭＳの間の臨床症状ならびに形態学的特徴は鑑別不能である^{１３－１８}。よって、手術の際に隠れた悪性のリスクがある。

従って、研究者らは、良性子宮塊と悪性子宮塊を鑑別するために術前診断検査を開発することを試みてきた^２２。しかしながら、膣超音波およびエラストグラフィー^{２３、２４}または磁気共鳴画像法およびコンピューター断層撮影法^{１１、２５}がＬＭとＬＭＳを鑑別可能であることを示す明らかな証拠はない。さらに、差次的なタンパク質パターンの観察が擬陽性判定に阻まれている^２６。

子宮筋層腫瘍を鑑別するための正確な術前または術中診断が無いことは、それらの外科的処置に影響を及ぼす。ＦＤＡ規則は、開腹術に基づく手順を腹腔鏡下筋腫摘出術に置き換え、罹患率、死亡率、ならびに患者および医療制度にとってのコストを引き上げてきた^３４。本明細書は、ＬＭの治療および管理を改善するための早期の鑑別診断を確立するための、ＬＭＳとＬＭの間のゲノムレベルおよびトランスクリプトームレベルにおける一貫した差次的な遺伝学的変化の存在を開示する。

概要
本明細書は、臨床医が、統合型比較ゲノム解析およびトランスクリプトーム解析によって子宮筋層腫瘍／子宮新生物、例えば、ＬＭ（平滑筋腫）、ＬＭＳ（平滑筋肉腫）およびＩＭＴ（炎症性筋線維芽細胞腫瘍）の鑑別分子診断を実施するための新規ツールにおいてゲノムツール、遺伝子変異体および潜在的トランスクリプトームマーカーおよびゲノムマーカーを利用することを可能とするシステムを提供する。これは、見かけ上の良性腫瘍が実際にはまれではあるがはるかに危険な悪性新生物であるリスクを評価するために臨床医が使用可能なツールを提供することによって、一般的な子宮新生物に対する現行の臨床アプローチにおける主要な問題に解決策を提供する。

よって、一態様において、本開示は、対象において子宮筋層腫瘍を診断するための方法であって、対象がＬＭ、ＬＭＳおよび／またはＩＭＴプロファイルおよび／または遺伝子型を有するかどうかを決定するために、対象由来の生体サンプル（例えば、腫瘍組織）に対するトランスクリプトームデータおよびゲノムデータの独自の統合的分子分析を含む方法を提供する。

別の態様において、本開示は、対象において子宮筋層腫瘍を診断するための方法であって、対象がＬＭ遺伝子型を有するかどうかを決定するために、対象由来の生体サンプルにおいて遺伝子型決定アッセイを行うことを含む方法を提供する。種々の実施形態において、遺伝子型決定アッセイは、ＬＭを示す１以上のバイオマーカーの検出を含んだ。

さらに別の態様において、本開示は、対象において子宮筋層腫瘍を診断するための方法であって、対象がＬＭＳ遺伝子型を有するかどうかを決定するために、対象由来の生体サンプルに対して遺伝子型決定アッセイを行うことを含む方法を提供する。種々の実施形態において、遺伝子型決定アッセイは、ＬＭＳを示す１以上のバイオマーカーの検出を含んだ。

さらに別の態様において、本開示は、対象において子宮筋層腫瘍を診断するための方法であって、対象がＩＭＴ遺伝子型を有するかどうかを決定するために、対象由来の生体サンプルに対して遺伝子型決定アッセイを行うことを含む方法を提供する。種々の実施形態において、遺伝子型決定アッセイは、ＩＭＴを示す１以上のバイオマーカーの検出を含んだ。他の態様において、ＬＭ、ＬＭＴ、またはＩＭＴを診断するための方法は、子宮筋層腫瘍／子宮新生物（例えば、平滑筋腫または平滑筋肉腫）を治療するための治療方法または治療ステップと組み合わせることができる。

よって、一態様において、本開示は、対象において子宮筋層腫瘍を治療するための方法であって、（ａ）対象が子宮平滑筋肉腫遺伝子型を有するかどうかを決定するために、対象由来の生体サンプルに対して遺伝子型決定アッセイを行うこと、および（ｂ）対象が子宮平滑筋肉腫遺伝子型を有さない場合は、子宮筋層腫瘍を外科的に除去することを含む方法を提供する。

種々の実施形態において、本方法は、ステップ（ｂ）の前に対象が子宮平滑筋腫遺伝子型を有するかどうか確認するために、生体サンプルに対して第２の遺伝子型決定アッセイを行うことをさらに含む。

他の実施形態において、本開示は、子宮筋層腫瘍を有する対象を治療する方法であって、対象から得られた生体サンプルに対して遺伝子型決定アッセイを行うこと、および遺伝子型決定アッセイが、対象が子宮平滑筋肉腫を有さないことを示す（すなわち、腫瘍が良性であり、かつ／または悪性でないことを確定する）場合に、対象から子宮筋層腫瘍を除去することを含む方法を提供する。

さらに他の実施形態において、本開示は、子宮筋層腫瘍が平滑筋肉腫を含むことを示すバイオマーカーを提供する。

なおさらに他の実施形態において、本開示は、子宮筋層腫瘍が平滑筋腫であることを示すバイオマーカーを提供する。

種々の実施形態において、子宮平滑筋肉腫遺伝子型（すなわち、子宮筋層腫瘍の悪性遺伝子型）は、以下のバイオマーカー：ＦＧＦ８、ＲＥＴ、ＰＴＥＮ、ＡＴＭ、ＣＡＤＭ１、ＫＭＴ２Ａ、ＮＯＴＣＨ２、ＭＣＬ１、ＤＤＲ２、ＣＣＮＤ１、ＦＧＦ１９、ＦＧＦ３、ＭＤＭ４、ＫＲＡＳ、ＳＤＣＣＡＧ８、ＣＣＮＤ２、ＲＰ１１－６１１Ｏ２．２、ＭＤＭ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＦＧＦ１４、ＬＡＭＰ１、ＮＡ、ＦＧ、Ｆ９、ＦＬＴ１、ＡＬＯＸ５ＡＰ、ＢＲＣＡ２、ＲＢ１、ＭＹＣＬ、ＭＰＬ、ＨＰＤＬ、ＭＵＴＹＨ、ＲＡＤ５４Ｌ、ＲＡＤ５ＩＢ、ＦＡＮＣＩ、ＴＳＣ２、ＰＡＬＢ２、ＮＬＲＣ３、ＳＬＸ４、ＣＲＥＢＢＰ、ＣＤＨ１、ＲＰ１１－５２５Ｋ１０．１、ＲＡＰ１ＧＡＰ２、ＲＡＤ５１Ｌ３－ＲＦＦＬ、ＥＲＢＢ２、ＢＲＣＡ１、ＴＥＸ１４、ＲＰＳ６ＫＢ１、ＴＰ５３、ＲＢＦＯＸ３、ＢＣＬ２、ＳＴＫ１１、ＮＯＴＣＨ３、ＪＡＫ３、ＴＧＦＢＲ３、ＣＣＮＥ１、ＡＫＴ２、ＥＲＣＣ２、ＰＰＰ１Ｒ１３Ｌ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＧＮＡＳ、ＥＲＧ、ＥＲＢＢ４、ＢＡＲＤ１、ＲＮＡ５ＳＰ４９５、ＣＨＥＫ２、ＲＰ１－３０２Ｄ９．３、ＥＰ３００、ＲＮＵ６－６８８Ｐ、ＭＳＨ６、ＶＨＬ、ＭＫＲＮ２、ＡＴＲ、ＭＬＨ１．ＴＥＴ２、ＦＧＦ２、ＦＧＦＲ３、ＰＤＧＦＲＡ、ＫＤＲ、ＦＧＦ５、ＡＰＣ、ＨＭＧＸＢ３、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤＧＦＲＢ、ＦＧＦ１０、ＰＩＫ３Ｒ１、ＤＨＦＲ、ＲＯＳＩ、ＨＩＶＥＰ１、ＥＳＲ１、ＢＹＳＬ、ＭＥＴ、ＳＭＯ、ＢＲＡＦ、ＤＰＰ６、ＣＡＲＤ１１、ＥＧＦＲ、ＣＡＳＣ１１、ＮＲＧ１、ＦＧＦＲ１、ＮＯＴＣＨＩ、ＭＬＬＴ３、ＬＩＮＧＯ２、ＰＴＣＨ１、およびＡＲのうち１以上（例えば、示されたバイオマーカーのうち２、３、４、５、６、７、８、９、もしくは１０の組合せまたはそれを超える組合せ）における突然変異の検出を含む。

種々の実施形態において、平滑筋腫遺伝子型または子宮平滑筋肉腫遺伝子型に関連した１以上の突然変異は、欠失（ＤＥＬ）、挿入（ＩＮＳ）、または一塩基多型（ＳＮＰ）である。

さらに他の実施形態において、子宮平滑筋腫遺伝子型（すなわち、子宮筋層腫瘍の良性遺伝子型）は、以下のバイオマーカー：ＦＧＦＲ２、ＫＬＬＮ、ＰＴＥＮ、ＡＴＭ、ＫＭＴ２Ａ、ＭＴＯＲ、ＮＲＡＳ、ＮＯＴＣＨ２、ＦＧＦ１９、ＡＰ００１８８８．１、ＦＧＦ３、ＭＲＥ１１Ａ、ＭＤＭ４、ＰＴＰＮ１１、ＳＤＣＣＡＧ８、ＦＧＦ６、ＥＲＢＢ３、ＭＤＭ２、ＮＡ、ＬＡＭＰ１、ＦＧＦ９、ＦＬＴ１、ＢＲＣＡ２、ＭＹＣＬ、ＲＰ１１－９８２Ｍ１５．２、ＭＰＬ、ＨＰＤＬ、ＳＬＣ３５Ｆ４、ＲＡＤ５１Ｂ、ＲＡＤ５１、ＩＤＨ２、ＴＳＣ２、ＳＬＸ４、ＣＲＥＢＢＰ、ＲＡＤ５１Ｌ３－ＲＦＦＬ、ＴＰ５３、ＲＢＦＯＸ３、ＳＴＫ１１、ＮＯＴＣＨ３、ＴＧＦＢＲ３、ＡＫＴ２、ＧＮＡＳ－ＡＳ１、ＥＲＧ、ＭＹＣＮＯＳ、ＢＡＲＤ１、ＥＰ３００、ＤＮＭＴ３Ａ、ＭＳＨ２、ＭＳＨ６、ＶＨＬ、ＲＡＦ１、ＰＩＫ３ＣＢ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＴＦＲＣ、ＭＬＨ１、ＢＡＰ１、ＴＥＴ２、ＦＧＦＲ３、ＰＤＧＦＲＡ、ＭＲＰＳ１８Ｃ、ＡＰＣ、ＨＭＧＸＢ３、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤＧＦＲＢ、ＦＧＦＲ４、ＦＧＦ１０、ＥＳＲ１、ＢＹＳＬ、ＣＣＮＤ３、ＳＭＯ、ＤＰＰ６、ＥＧＦＲ、ＣＤＫ６、ＭＹＣ、ＮＲＧ１、ＮＯＴＣＨ１、ＭＬＬＴ３、ＲＰ１１－１４５Ｅ５．５、ＪＡＫ２、ＧＮＡＱ、ＰＴＣＨ１、およびＡＲのうち１以上（例えば、示されたバイオマーカーのうち２、３、４、５、６、７、８、９、または１０のまたはそれを超える組合せ）における突然変異の検出を含む。

種々の他の実施形態において、子宮平滑筋肉腫遺伝子型は、以下のバイオマーカー：ＦＧＦ１、ＪＡＫ２ＫＲＡＳ、ＣＤＫ４、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ５、ＭＹＣ、ＦＧＦ１４、ＦＧＦ７、ＭＤＭ４、ＭＹＣＬ１、およびＮＲＧ１のうち１以上（例えば、示されたバイオマーカーのうち２、３、４、５、６、７、８、９、または１０のまたはそれを超える組合せ）における突然変異の検出を含む。

さらに他の実施形態において、子宮平滑筋腫遺伝子型は、以下のバイオマーカー：ＣＣＮＤ、ＦＧＦＲ３、およびＭＥＴのうち１以上における突然変異の検出を含む。

さらに他の実施形態において、子宮平滑筋肉腫遺伝子型は、以下のバイオマーカー：ＣＤＫ４、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ５、ＭＹＣ、ＭＹＣＬ１、ＮＲＧ１、ＦＧＦ１、ＦＧＦ１４、ＪＡＫ２、ＫＲＡＳ、ＦＧＦ１４ＦＧＦ７、ＭＤＭ４、ＭＹＣＬ１、ＮＲＧ１、ＦＧＦ５、ＲＥＴ、ＡＬＫ、ＢＲＣＡ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＮＴＲＫ１、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、およびＴＭＰＲＳＳ２のうち１以上（例えば、示されたバイオマーカーのうち２、３、４、５、６、７、８、９、または１０のまたはそれを超える組合せ）における突然変異の検出を含む。

他の実施形態において、子宮平滑筋肉腫遺伝子型は、以下のバイオマーカー：ＣＤＫ４、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ５、ＭＹＣ、ＭＹＣＬ１、およびＮＲＧ１のうち１以上におけるＣＮＶ重複突然変異の検出を含む。

子宮平滑筋肉腫遺伝子型はまた、以下のバイオマーカー：ＦＧＦ１、ＦＧＦ１４、ＪＡＫ２、およびＫＲＡＳのうち１以上におけるＣＮＶ欠失突然変異の検出も含み得る。

他の実施形態において、子宮平滑筋肉腫遺伝子型は、以下のバイオマーカー：ＦＧＦ１４、ＦＧＦ７、ＭＤＭ４、ＭＹＣＬ１、およびＮＲＧ１のうち１以上におけるＣＮＶ欠失および重複突然変異の検出を含む。

なおさらに他の実施形態において、子宮平滑筋肉腫遺伝子型は、以下のバイオマーカー：ＦＧＦ５およびＲＥＴのうち１以上におけるＳＮＶ突然変異の検出を含む。

さらに他の実施形態において、子宮平滑筋肉腫遺伝子型は、ＡＬＫ、ＢＲＣＡ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＮＴＲＫ１、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、およびＴＭＰＲＳＳ２（例えば、示されたバイオマーカーのうち２、３、４、５、６、７、８、９、または１０のまたはそれを超える組合せ）におけるｍＲＮＡのアップレギュレーションの検出を含む。

子宮平滑筋腫遺伝子型は、他の実施形態において、以下のバイオマーカー：ＦＧＦ３およびＭＥＴのうち１以上における突然変異の検出も含み得る。

子宮平滑筋腫遺伝子型はまた、ＦＧＦＲ３におけるＣＮＶ重複突然変異の検出も含み得る。

子宮平滑筋腫遺伝子型はまた、ＭＥＴにおけるＣＮＶ欠失突然変異の検出も含み得る。

子宮平滑筋腫が漿膜下筋腫、壁内筋腫、または粘膜下筋腫である、請求項１に記載の方法。

子宮平滑筋腫は、グレード０、グレード１、またはグレード２子宮平滑筋腫を有する粘膜下平滑筋腫であり得る。

種々の実施形態において、前記方法が、子宮筋層腫瘍または子宮筋層腫瘍を有する対象由来の生体サンプルの分析または遺伝子型決定を行うことを含み、子宮筋層腫瘍は平滑筋腫（ＬＭ）、平滑筋肉腫（ＬＭＳ）、および／または炎症性筋線維芽細胞腫瘍（ＩＭＴ）を含む。

子宮平滑筋腫は、漿膜下筋腫、壁内筋腫または粘膜下筋腫であり得る。

粘膜下子宮平滑筋腫は、グレード０、グレード１、またはグレード２子宮平滑筋腫であり得る。

種々の実施形態において、得られる生体サンプルは体液であり、限定されるものではないが、血液、血漿、または尿であり得る。生体サンプルはまた、子宮筋層腫瘍（またはその生検）などの生体組織であってもよい。

ＤＮＡサンプルはまた、子宮筋層組織由来のゲノムＤＮＡ、および／または例えば血液もしくは血漿サンプル由来の無細胞腫瘍ＤＮＡ（ｃｆｔＤＮＡ）サンプルであり得る。

種々の実施形態において、遺伝子型決定アッセイは、ＤＮＡサンプルの制限酵素断片長多型同定（ＲＦＬＰＩ）、ＤＮＡサンプルのランダム増幅多型検出（ＲＡＰＤ）、ＤＮＡサンプルの増幅断片長多型（ＡＦＬＰＤ）、ＤＮＡサンプルのポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ＤＮＡサンプルのＤＮＡシーケンシング、または核酸マイクロアレイへのＤＮＡサンプルのハイブリダイゼーションであり得る。

ＤＮＡシーケンシングは、単一分子リアルタイムシーケンシング（ＳＭＲＴ）、イオン半導体シーケンシング、パイロシーケンシング、合成によるシーケンシング、コンビナトリアルプローブアンカー合成（ｃＰＡＳ）、ライゲーションによるシーケンシング（ＳＯＬｉＤシーケンシング）、ナノポアシーケンシング、またはマッシブリーパラレルシグネチャーシーケンシング（ＭＰＳＳ）などの次世代シーケンシング法であり得る。

種々の実施形態において、子宮平滑筋腫の外科的除去のステップは、腹腔鏡下細切除去術または筋腫摘出術によるものである。

以下の図面は本明細書の一部をなし、本開示の特定の態様をさらに説明するために含まれ、それらは本明細書に示される具体的な実施形態の詳細な説明と組み合わせて、これらの図面の１以上を参照することによってより良く理解できる。

図１Ａ～Ｄは、平滑筋腫（ＬＭ）および平滑筋肉腫（ＬＭＳ）の比較ゲノム解析を示す。図１Ａは、ＬＭおよびＬＭＳ（上から下へ）におけるコピー数多型（ＣＮＶ）のパーセンテージを示す円グラフを表す。図１Ｂは、ＬＭサンプル（上）およびＬＭＳサンプル（下）においてｌｏｇ^２倍率変化（ＦＣ）を用いて検出された増幅および欠失のプロファイルを示す。図１Ｃは、サンプル当たりの欠失および重複の分布を示す棒グラフを表す（左）。棒グラフは、遺伝子に関連する欠失および重複の分布を表す（右）。図１Ｄは、子宮ＬＭ（右）および子宮ＬＭＳ（左）により共有されるＣＮＶの数を表すベン図である。図２Ａ～２Ｂは、ＣＮＶに基づくＬＭ、ＬＭＳおよびＩＭＴサンプルのクラスタリングを示す。図２Ａは、平滑筋腫（ＬＭ）（Ｎ＝１３）、平滑筋肉腫（ＬＭＳ）（Ｎ＝１３）およびＩＭＴ（Ｎ＝ｌ）サンプルの主成分分析（ＰＣＡ）を示す。各サンプルは、色の点として図に表される（緑、ＬＭＳ；紫、ＬＭ；黄、ＩＭＴ）。両群の最大分散は、最初の２つの主成分で取得する。図２Ｂは、遺伝子（縦）に関連し、かつ、ＬＭ（紫）、ＬＭＳ（緑）およびＩＭＴ（黄）の各分析サンプル（横）に関するＣＮＶのヒートマップデンドログラムである。高頻度増幅（赤）および欠失（青）を含むコピー数プロファイル。各アームの横の長さは、クラスターの関係を反映している。図３Ａ～３Ｃは、ＴｒｕＳｅｑＴｕｍｏｒ１７０遺伝子パネルに含まれる５５の遺伝子に関する標的転写プロファイルを示す。図３Ａは、遺伝子発現プロファイルにおける平滑筋腫（ＬＭ）（Ｎ＝１３）、平滑筋肉腫（ＬＭＳ）（Ｎ＝１３）およびＩＭＴ（Ｎ＝ｌ）サンプルの多次元尺度構成法（ＭＤＳ）プロットの距離である。各サンプルは、色の点として図に表される（緑、ＬＭＳ；紫、ＬＭ；黄、ＩＭＴ）。両群の最大分散は、最初の２つの主成分で取得する。図３Ｂは、各サンプル（横）に関する、分析した５５の遺伝子（縦）の発現のヒートマップデンドログラムであり、サンプルの３つのクラスターを示す。図３Ｃは、ＬＭ（紫）に対してＬＭＳ（緑）で有意にアップレギュレーションされていた１１の遺伝子に関する箱ひげ図である。ｐ値は各遺伝子に関して表される。図４Ａ～４Ｃは、ＬＭＳであると初期診断されたＩＭＴ検体における新規なＡＬＫ－ＴＮＳ１融合転写産物の検出を示す。図４Ａは、ＴＮＳ１およびＡＬＫの遺伝子配列およびタンパク質の主要な機能的ドメインの概略図である。遺伝子配列において、赤い矢印は、融合が検出されたエキソンを示す。タンパク質スキームにおいて、黒線は破断点を表し、破線は転写産物融合点の拡大図を示す。融合点のアミノ酸配列を四角で強調する。図４Ｂは、ＩＭＴ０１サンプルにおいてＡＬＫが強い細胞質染色を示す免疫組織化学染色を示す。スケールバーは、２００μＭを表す。図４Ｃは、ＡＬＫの蛍光ｉｎｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）の代表的画像であり、分離されたシグナルおよび融合したシグナルを有するいくつかの核を示す（矢印）。図５は、平滑筋肉腫において繰り返し影響を受けた遺伝子の統合図を示す。縦は、下に示されるようなサンプルを表し、最も代表的な遺伝子をロー（横）に示す。グレーの四角は、影響を受けていない遺伝子を示す。青い四角は、欠失の影響を受けた遺伝子を示し、赤色の四角は重複を表す。突然変異は黒い四角で表し、緑の四角で強調したものはｍＲＮＡのアップレギュレーション（上方調節）を示す。図６Ａ～６Ｆは、腫瘍形成プロセスに関する統合シグネチャーの機能的意味を示す。図６Ａは、ＫＥＧＧ経路データベースに基づいて関連付けられた機能の分布を示し、ここで、ｐ調整値に基づいて分類された経路をｙ軸に表し、各経路に属す複数の遺伝子をｘ軸に詳細に示す。図６Ｂは、ＰＩ３Ｋ－ＡＫＴシグナル伝達経路図を、この経路に属す最大統合遺伝子に関する倍率変化表示を含めて示す。図６Ｃは、ｐ調整値に基づく具体的分子機能に関するＫＥＧＧにおける機能的遺伝子アノテーションを示す。図６Ｄは、遺伝子発現および分子機能に関連するあらゆる具体的プロセス間の機能的関係のネットワークモデリングを示す。大きなノードは、関連プロセスにおける主要カテゴリー機能を表し、小さな丸は、統合分析によって得られた遺伝子を表す。図６Ｅは、ｐ調整値に基づく具体的生体プロセスに関するＫＥＧＧにおける機能的遺伝子アノテーションを示す。図６Ｆは、遺伝子発現およびあらゆる具体的生体プロセス間の機能的関係のネットワークモデリングを示す。図７Ａ～７Ｃ：図７Ａは、ＫＥＧＧ経路データベースに基づいて関連付けられた機能の分布を示し、ここで、経路をｙ軸に表し、各経路に属す複数の遺伝子をｘ軸に詳細に示す。図７Ｂは、分子機能のＧＯエンリッチメント解析を、経路名およびアノテーションシグネチャーからの遺伝子比を含めて示す。図７Ｃは、生体プロセスのＧＯエンリッチメント解析を示す。ｐ調整値の表示は、青から赤へグラデーションカラーとして示した。

発明の具体的説明

詳細な説明
本開示は、臨床医が、子宮筋層腫瘍／子宮新生物、例えば、ＬＭ、ＬＭＳおよびＩＭＴの鑑別分子診断を実施するための新たなツールにおいて、ゲノムツール、遺伝子変異体および潜在的トランスクリプトームマーカーおよびゲノムマーカーを利用することを可能とする革新的ツールを記載する。これは、見かけ上の良性腫瘍が実際にはまれではあるがはるかに危険な悪性新生物であるリスクを評価するために臨床医が使用可能なツールを提供することによって、一般的な子宮新生物に対する現行の臨床アプローチにおける主要な問題に解決策を提供する。本発明者らによって開発されたデータベースに基づき、新生物組織に起源するＤＮＡおよびＲＮＡの「次世代シーケンシング」によって主として導かれる診断ツールは子宮ＬＭＳおよび子宮ＬＭを鑑別することが提案され、これは組織学的技術または他の現行の診断法によって達成できない方法である。

定義
別段の定義がない限り、本明細書で使用される全ての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術分野の熟練者が一般に理解している意味を有する。以下の参照は、本発明が属する技術分野の熟練者に本発明において使用される用語の多くの一般定義を提供する：Singleton et al., Dictionary of Microbiology and Molecular Biology (第2版 1994); The Cambridge Dictionary of Science and Technology (Walke編, 1988); Hale & Marham, The Harper Collins Dictionary of Biology (1991);およびLackie et al, The Dictionary of Cell & Molecular Biology (第3版 1999);およびCellular and Molecular Immunology, Eds. Abbas, Lichtman and Pober, 第2版, W.B. Saunders Company。本発明の目的のために、以下の用語がさらに定義される。

本明細書および特許請求の範囲において使用する場合、単数形「１つの(a)」、「１つの(an)」および「その(the)」は、文脈が明らかにそうではないことを示さない限り、単数および複数の指示対象を含む。よって、例えば、「１つの薬剤」という場合には、単数の薬剤および複数のそのような薬剤を含む。

用語「対象」または「患者」は、本明細書では、本明細書に記載される分析を必要とする人を指す。いくつかの実施形態において、対象は患者である。いくつかの実施形態では、対象はヒトである。いくつかの実施形態において、対象は女性（婦人）である。いくつかの実施形態において、対象は、良性新生物であると考えられる子宮筋腫と一致する病理およびまたは病歴を呈する女性である。いくつかの実施形態において、対象は、平滑筋腫（ＬＭ）であると考えられる子宮筋腫と一致する病理およびまたは病歴を呈する女性である。いくつかの実施形態において、対象は、平滑筋腫であると考えられる子宮筋腫と一致する病理およびまたは病歴を呈し、外科的介入を望んでいる女性である。いくつかの実施形態において、対象は、平滑筋腫であると考えられる子宮筋腫と一致する病理およびまたは病歴を呈し、外科的介入を望み、療法の選択に指針を与える目的でその新生物が悪性であるリスクを評価するために新生物の評価を必要とする女性である。いくつかの実施形態において、対象は、平滑筋腫であると考えられる子宮筋腫と一致する病理およびまたは病歴を呈し、外科的介入を望み、平滑筋腫であると考えられる子宮筋腫と一致する療法の選択に指針を与える目的で、その新生物が肉腫であるリスクを評価するためにその新生物の評価を必要とし、外科的介入を望んでいる女性である。いくつかの実施形態において、対象は、平滑筋腫（ＬＭ）であると考えられる子宮筋腫と一致する病理およびまたは病歴を呈し、外科的介入を望み、療法の選択に指針を与える目的でその新生物が平滑筋肉腫であるリスクを評価するために新生物の評価を必要としている女性である。

本開示において、特に、特許請求の範囲および／または段落において、「を含む」などの用語は、米国特許法においてそれにあてられた意味を持ち得ることに留意されたい；例えば、それらは「を包含する」を意味することができ；「から本質的になる」などの用語は、米国特許法においてそれらにあてられている意味を有し、例えば、それらによれば要素を非明示的に列挙することを可能とするが、従来技術に見られるか、または本発明の基本的もしくは新規な特徴に影響を及ぼす要素を排除する。

用語「遺伝子型」は、本明細書において使用する場合、個々がゲノムの１以上の位置にのっている遺伝情報を指す。遺伝子型は、単一多型、例えば、単一ＳＮＰに存在する情報を指し得る。例えば、ＳＮＰが２対立遺伝子であって、ＡまたはＣのいずれかである場合、個々がその位置でＡに関して同型接合であれば、ＳＮＰの遺伝子型は同型接合Ａまたは同型接合ＡＡである。遺伝子型はまた、複数の多型位置に存在する情報も指し得る。遺伝子型はまた、他の遺伝子シグネチャーまたは突然変異、例えば、遺伝子における挿入もしくは欠失、または遺伝子の１以上の重複もしくは反復部分、または逆位、またはフレームシフト突然変異なども指し得る。遺伝子型はまた、エピジェネティック遺伝子型も含む場合があり、すなわち、バイオマーカーは、遺伝子のメチル化パターンの変化である。

本発明の実施は、特に断りのない限り、従来技術、ならびに有機化学、ポリマー技術、分子生物学（組換え技術を含む）、細胞生物学、生化学、および免疫学の記載を使用可能であり、これらは当技術分野の水準の範囲内である。このような従来技術には、ポリマーアレイ合成、ハイブリダイゼーション、ライゲーション、およびラベルを用いたハイブリダイゼーション検出が含まれる。好適な技術の具体的説明は、本明細書の以下の例を参照して得ることができる。しかしながら、他の同等の従来手順も当然のことながら使用可能である。このような従来技術および説明は、Genome Analysis: A Laboratory Manual Series (第I-IV巻)、Using Antibodies: A Laboratory Manual、Cells: A Laboratory Manual、PCR Primer: A Laboratory Manual、およびMolecular Cloning: A Laboratory Manual (全てCold Spring Harbor Laboratory Press出版)、Stryer, L. (1995) Biochemistry (第4版) Freeman, New York、Gait“Oligonucleotide Synthesis: A Practical Approach” 1984, IRL Press, London、Nelson and Cox (2000), Lehninger, Principles of Biochemistry 第3版, W.H. Freeman Pub., New York, N.Y. およびBerg et al. (2002) Biochemistry, 第5版, W.H. Freeman Pub., New York, N.Y.などの標準的な実験手引き書に見出すことができ、これらは全て、あらゆる目的でそれらの全内容が本明細書の一部とされる。

生体サンプル
本方法ではＬＭまたはＬＭＳを評価および検出するために好適な生体サンプルを使用することができる。

一実施形態において、生体サンプルは血液である。

別の実施形態において、生体サンプルは血漿である。

さらに別の実施形態において、生体サンプルは、身体組織または器官に由来する。身体組織または器官には、子宮、脳、結合組織、骨、筋肉、神経系、リンパ系、肺、心臓、血管、胃、結腸、小腸、膵臓、または胆嚢を含み得る。好ましくは、サンプルは、ＬＭまたはＬＭＳを有するまたは有する対象に由来する。

いくつかの実施形態において、生体サンプルは、対象がＬＭまたはＬＭＳに特徴的な１以上の徴候または症状を発症する際に得られる。

いくつかの実施形態において、生体サンプルは、対象がＬＭまたはＬＭＳの１以上の徴候または症状を示した少なくとも数日（例えば、２～５日、５～１０日、１～２週間、２～４週間の、またはそれを超える期間の）後に得られる。他の実施形態において、対象は、本明細書に記載の方法を用いた診断の前に徴候または症状を有している必要はない。

本明細書に記載されるように、生体サンプルを取得または評価するという場合、１種類以上の生体サンプル（例えば、２種類、３種類、４種類、５種類、６種類、７種類、８種類、９種類、１０種類の、またはそれを超える生体サンプル）が取得または評価される（例えば、各対象に関して）と理解されるべきである。加えて、特定の実施形態において、状態を決定するために経時的に、例えば、数日～数ヶ月～数年などの一定の期間にわたって、サンプルを採取し、評価することができる。

いくつかの実施形態において、生体サンプルは血液サンプルであり得る。いくつかの実施形態において、生体サンプルは非血液サンプルであり得る。

いくつかの実施形態において、サンプルは、無細胞サンプル（例えば、無細胞血漿または血清）を作製するために細胞を除去するために処理を施すことができる。いくつかの実施形態において、細胞は、遠心分離、クロマトグラフィー、電気泳動、または他のいずれかの好適な方法によってサンプルから除去することができる。

生体サンプルは、生物学的供給源から得られたものをそのまま使用しても、またはサンプルの特徴を改変するための前処理の後に使用してもよい。例えば、このような前処理は、血液からの血漿の調製、粘稠な液体の希釈などを含み得る。前処理の方法は、限定されるものではないが、濾過、沈澱、希釈、蒸留、混合、遠心分離、凍結、凍結乾燥、濃度、増幅、核酸の断片化、干渉成分の不活化、試薬の添加、溶解などを含み得る。このような前処理法がサンプルに関して使用される場合、このような前処理法は一般に、対象とする核酸が試験サンプル中に、好ましくは、非処理試験サンプル（例えば、すなわち、このような前処理法を受けていないサンプル）に釣り合う濃度で残存するようなものである。このような処理済みサンプルはやはり、本明細書に記載される方法に関して、生体「試験」サンプルであると考えられる。

いくつかの実施形態において、サンプルは、２種類以上の生体サンプルの混合物であり、例えば、生体サンプルは、体液サンプル、組織サンプル、および細胞培養サンプルの２つ以上を含み得る。本明細書において使用する場合、用語「血液」、「血漿」および「血清」は、その画分または処理済み部分を明らかに包含する。同様に、サンプルが生検、スワブ、スミアなどから採取される場合、「サンプル」は、生検、スワブ、スミアなどに由来する処理済み画分または部分を明らかに包含する。

種々の実施形態において、生体サンプル（例えば、血液または血漿）は、その中に存在する無細胞ＤＮＡを得るために既知の方法によって処理される。

本発明において、遺伝子型、遺伝子シグネチャーまたはバイオマーカーシグネチャー、または加えて、発現シグネチャーまたはトランスクリプトームシグネチャーの分析は、患者の子宮新生物に由来する組織、単離細胞、または核酸を含む体液を含むいずれの生体サンプルで行ってもよい。本開示のためには、核酸は、ＤＮＡおよびＲＮＡ（例えば、それぞれゲノムＤＮＡおよびメッセンジャーＲＮＡ）を含む。本明細書のためには、組織は、確定されたまたは疑いのある子宮新生物の外科的切除または生検によって得られる新生物の多細胞部分を含む。単離細胞は、疑いのあるまたは確定された新生物の生検により、例えば、針生検、経頸部子宮内膜生検、または子宮内膜掻爬術（Ｄ＆Ｃとしても知られる）により得ることができる。単離細胞はまた、子宮筋のサンプル採取により、例えば、新生物から脱落した材料を含む細胞材料を回収するために各組織の生検を得ることによって得てもよい。核酸を含む体液はまた、無細胞核酸の起源組織を決定する方法として当技術分野で公知のさらなるバイオインフォマティクス分析に従って、子宮新生物に起源する核酸をサンプル採取および検出するために使用可能である。このような体液は、全血、血清、血漿、リンパ液、尿、粘液、唾液または子宮筋生検を含む。特定の実施形態において、生体サンプルは、血液または血漿などの体液である。

核酸は、固相樹脂もしくはビーズに対する抽出またはフェノール－クロロホルム抽出またはその他の有機抽出などの当技術分野で公知の方法を、必要に応じてＲＮＡを濃縮するためのＤＮＡ特異的分解酵素処理およびＲＮＡ分解酵素阻害剤とともに用いて生体サンプルから抽出することができる。必要であれば、このような方法には、本発明の方法を患者から従前に得られ、さらなる生体サンプルを得る必要のない組織学的サンプルに対して実施可能とするために、ホルマリン固定パラフィン包埋組織からの核酸の回収に有用であることが当技術分野で公知の技術を含み得る。

バイオマーカー
本明細書において使用する場合、用語「バイオマーカー」または「生物学的マーカー」は、正確にかつ再現性よく測定できる医学的徴候の広範なサブカテゴリー、すなわち、患者外から得られる医学的状態の客観的指標を指す。１以上のこのようなバイオマーカーは、特定の細胞集団（例えば、視覚的に新生物であるまたは変化していると特定される、周囲組織に対して新生物分化を有する組織を表すための染色を伴うまたは伴わない顕微鏡検査によって組織学的に確認された組織の生検において得られた細胞）において呈されることがあり、各バイオマーカーのレベルは、異なる細胞集団および／または異なる対象（例えば、患者）では同じバイオマーカーに逸脱が見られることがある。例えば、平滑筋肉腫を示すバイオマーカーは、対象由来のサンプル（例えば、平滑筋肉腫を有するまたはそのリスクのある対象に由来するサンプル）において、対照サンプル（例えば、平滑筋肉腫を有さないまたはそのリスクのない対象などの正常対象に由来するサンプル）における同じマーカーのレベルよりも高いレベルまたは低いレベルを有し得る。

バイオマーカー群と病態、疾患、またはそうでなければ生物学的状態（例えば、平滑筋腫または平滑筋肉腫）に関連する独特な特徴的パターンの組合せは、「バイオマーカーシグネチャー」または同等に「遺伝子シグネチャー」または「遺伝子発現シグネチャー」または「遺伝子発現プロファイル」と呼ぶことができる。遺伝子シグネチャーまたは遺伝子発現シグネチャーは、生体プロセスまたは病原性の医学的状態（例えば、平滑筋腫または平滑筋肉腫）の結果として生じる遺伝子発現の独特な特徴的パターンを有する細胞中の単一の遺伝子または組み合わせられた遺伝子群である。正規の生理学的プロセスまたは刺激に対する生理反応における活性化経路は、遺伝子発現レベルの変化を惹起するシグナル伝達カスケードおよび相互作用を生じ、これは生理学的プロセスまたは応答の遺伝子シグネチャーとして分類される。

遺伝子シグネチャーの臨床適用は、予後シグネチャー、診断シグネチャー、および予測シグネチャーに分かれる。遺伝子発現シグネチャーによって理論上定義され得る表現型は、疾患を有する個人の生存または予後を予測するものから、疾患（例えば、平滑筋腫および平滑筋肉腫）の種々のサブタイプ間を鑑別するために使用されるもの、特定の経路の活性化を予測するものに及ぶ。理想的には、遺伝子シグネチャーは、特定の処置（例えば、確定されたＬＭに対する医学的処置または最小浸潤性の外科術に対し、ＬＭＳに適当なより浸潤的な、緊急の多因子性の治療モダリティー）が有効である患者群を選択するために使用することができる。

予後は、疾患の可能性のある転帰または経過の予測を指す。特定の遺伝子シグネチャーまたは複数の遺伝子シグネチャーに基づく生物学的表現型または医学的状態の分類は、関連する表現型または病態（例えば、平滑筋腫または平滑筋肉腫）の予後バイオマーカーとして役立ち得る。予後遺伝子シグネチャーと呼ばれるこの概念は、治療介入にかかわらず、病態の全体的な転帰に洞察を与える働きをする。臨床現場に適合した診断方法および治療コースを改良する目的で予後遺伝子シグネチャーを特定することをねらいとしていくつかの研究が行われた。予後遺伝子シグネチャーはそれ自体治療標的ではないが、いつ治療介入を計画するかを考えるための付加的情報を与えることに留意されたい。判定基準としての遺伝子シグネチャーは好ましくは、予後マーカーと見なされることを満たし、病態の転帰とのその関連の証明、ならびに独立した患者群におけるその関連の再現性およびバリデーションを含み、最後に、予後値は多変量解析において他の標準的因子からの独立性を示さなければならない。本発明において、予後シグネチャーは、標準ＬＭおよび同等に良性腫瘍に適用される標準治療である細切除去術に基づく療法の結果としての再発または転移がおそらくない患者と、それらの標準ＬＭＳまたは同等に悪性腫瘍からの悪性細胞の結果としての分散のために同じ介入に対する後遺症としての再発性および／または転移性疾患のリスクが上昇していると思われる対象を区別することを主として考える。

診断遺伝子シグネチャーは、所与の治療介入に許容されるリスクと所与の治療介入に許容されないリスクを含むリスクの閾値を有する表現型的に同等の医学的状態を鑑別するバイオマーカーとして働く。臨床的に無活動の症例および悪性症例を診断する実証された方法を確立することは、医師が、治療無しから、バイオマーカーが中間のリスクレベルを示した場合にはさらなる診断プロセス、許容されるリスクの場合には標準治療としての外科的介入、バイオマーカーにより与えられるリスクプロファイルが標準的な治療介入を許容されないほどのリスクとする場合には、おそらくは免疫療法、放射線療法および／または化学療法などの他の治療モダリティーと合わせたより侵襲性の高い外科的介入までの範囲の、リスクにより調整される治療選択肢を提供することを可能とする。このような診断シグネチャーはまた、研究に使用される試験サンプルのより正確な表現を可能とする。

予測遺伝子シグネチャーは、患者における治療の効果を予測するか、または特定の疾患表現型を示す関係者を検討する。予測遺伝子シグネチャーは、予後遺伝子シグネチャーとは異なり、治療の標的であり得る。予測シグネチャーが提供する情報は、予後とは全く独立に、治療からの潜在的利益に対する治療介入を用いた治療群に基づくことから、予後シグネチャーの場合よりも精密である。予測遺伝子シグネチャーは、疾患における治療介入の個別化およびテーラーメイドの方法の主要な必要に取り組む。これらのシグネチャーは、より新規な治療標的の同定によって個別化医療を促進すること、および腹腔鏡下細切除去術以外の外科的介入、例えば、一括組織除去、例えば、経膣または小開腹切開によるもの、または組織隔離を伴うもしくは伴わない手動細切除去術を含む特定の処置の最適利益に最も適格な対象を特定することに関連があり、これらはいずれもリスクがより高い症例における補助抗悪性腫瘍療法とともに行ってもよい。

平滑筋腫および平滑筋肉腫を示す例示的バイオマーカーは、限定されるものではないが、表３、６、７、８、および９に示される。いくつかの実施形態において、バイオマーカーシグネチャー（すなわち、２つ以上のバイオマーカーの組合せ）は、表３、６、７、８および／または９からのバイオマーカーの組合せを用いて構築され得る。例えば、表３からの１以上のバイオマーカーを表６、７、８、および／または９からの１以上のバイオマーカーと組み合わせてよい。別の実施形態において、表６からの１以上のバイオマーカーを表３、７、または８からの１以上のバイオマーカーと組み合わせてよい。さらに他の実施形態において、表７からの１以上のバイオマーカーを表３、６、８、および／または９からの１以上のバイオマーカーと組み合わせてよい。他の実施形態において、表８からの１以上のバイオマーカーを表３、６、７、および／または９からの１以上のバイオマーカーと組み合わせてよい。さらに他の実施形態において、本明細書の表またはリストまたはセットのいずれに開示されるいずれの第１のバイオマーカーも、開示されるいずれの第２のバイオマーカーと組み合わせてもよい。さらに、この組合せは、本明細書のいずれかの場所に開示されるいずれの第３、または第４、または第５、または第６、または第７、または第８、または第９、または第１０またはさらなるバイオマーカーと組み合わせてもよい。ＬＭおよび／またはＬＭＳの検出のためのこのようなバイオマーカーの組合せは、バイオマーカーシグネチャーと呼ばれる場合がある。

いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、悪性子宮腫瘍を有さない対象、または良性子宮新生物を有する対象に由来するサンプルに比べ、悪性子宮腫瘍を有する対象に由来するサンプルでは差次的に発現される。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、平滑筋肉腫を有さない対象、または平滑筋腫を有する対象に由来するサンプルに比べて、平滑筋肉腫を有する対象に由来するサンプルでは差次的に発現される。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、平滑筋腫を有さない対象、または平滑筋肉腫を有する対象に由来するサンプルに比べて、平滑筋腫を有する対象に由来するサンプルでは差次的に発現される。

いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫（ＬＭＳ）を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＦＧＦ８、ＲＥＴ、ＰＴＥＮ、ＡＴＭ、ＣＡＤＭ１、ＫＭＴ２Ａ、ＮＯＴＣＨ２、ＭＣＬ１、ＤＤＲ２、ＣＣＮＤ１、ＦＧＦ１９、ＦＧＦ３、ＭＤＭ４、ＫＲＡＳ、ＳＤＣＣＡＧ８、ＣＣＮＤ２、ＲＰ１１－６１１Ｏ２．２、ＭＤＭ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＦＧＦ１４、ＬＡＭＰ１、ＮＡ、ＦＧＦ９、ＦＬＴ１、ＡＬＯＸ５ＡＰ、ＢＲＣＡ２、ＲＢ１、ＭＹＣＬ、ＭＰＬ、ＨＰＤＬ、ＭＵＴＹＨ、ＲＡＤ５４Ｌ、ＲＡＤ５１Ｂ、ＦＡＮＣＩ、ＴＳＣ２、ＰＡＬＢ２、ＮＬＲＣ３、ＳＬＸ４、ＣＲＥＢＢＰ、ＣＤＨ１、ＲＰ１１－５２５Ｋ１０．１、ＲＡＰ１ＧＡＰ２、ＲＡＤ５１Ｌ３－ＲＦＦＬ、ＥＲＢＢ２、ＢＲＣＡ１、ＴＥＸ１４、ＲＰＳ６ＫＢ１、ＴＰ５３、ＲＢＦＯＸ３、ＢＣＬ２、ＳＴＫ１１、ＮＯＴＣＨ３、ＪＡＫ３、ＴＧＦＢＲ３、ＣＣＮＥ１、ＡＫＴ２、ＥＲＣＣ２、ＰＰＰ１Ｒ１３Ｌ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＧＮＡＳ、ＥＲＧ、ＥＲＢＢ４、ＢＡＲＤ１、ＲＮＡ５ＳＰ４９５、ＣＨＥＫ２、ＲＰ１－３０２Ｄ９．３、ＥＰ３００、ＲＮＵ６－６８８Ｐ、ＭＳＨ６、ＶＨＬ、ＭＫＲＮ２、ＡＴＲ、ＭＬＨ１、ＴＥＴ２、ＦＧＦ２、ＦＧＦＲ３、ＰＤＧＦＲＡ、ＫＤＲ、ＦＧＦ５、ＡＰＣ、ＨＭＧＸＢ３、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤＧＦＲＢ、ＦＧＦ１０、ＰＩＫ３Ｒ１、ＤＨＦＲ、ＲＯＳＩ、ＨＩＶＥＰ１、ＥＳＲ１、ＢＹＳＬ、ＭＥＴ、ＳＭＯ、ＢＲＡＦ、ＤＰＰ６、ＣＡＲＤ１１、ＥＧＦＲ、ＣＡＳＣ１１、ＮＲＧ１、ＦＧＦＲ１、ＮＯＴＣＨ１、ＭＬＬＴ３、ＬＩＮＧＯ２、ＰＴＣＨ１、およびＡＲからなる群から選択される１以上のバイオマーカー（例えば、いずれか２、３、４、５、６、７、８、９、１０のまたはそれを超えるバイオマーカーの組合せ）を含む。

いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫（ＬＭＳ）を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＣＤＫ４、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ５およびＭＹＣからなる群から選択される１以上のバイオマーカーにおけるコピー数変異体（ＣＮＶ）重複を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫（ＬＭＳ）を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＣＤＫ４、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ５およびＭＹＣにおけるコピー数変異体（ＣＮＶ）重複を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示す遺伝子シグネチャーは、ＦＧＦ１、ＪＡＫ２、およびＫＲＡＳからなる群から選択される１以上のバイオマーカーにおけるＣＮＶ欠失を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示す遺伝子シグネチャーは、ＦＧＦ１、ＪＡＫ２、およびＫＲＡＳにおけるＣＮＶ欠失を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＦＧＦ１４、ＦＧＦ７、ＭＤＭ４、ＭＹＣＬ１、およびＮＲＧ１からなる群から選択される１以上のバイオマーカーにおけるＣＮＶ重複およびＣＮＶ欠失を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＦＧＦ１４、ＦＧＦ７、ＭＤＭ４、ＭＹＣＬ１、およびＮＲＧ１におけるＣＮＶ重複およびＣＮＶ欠失を含む。

いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫（ＬＭＳ）を示すバイオマーカーシグネチャーは、（１）ＣＤＫ４、（２）ＦＧＦ１０、（３）ＦＧＦ５、（４）ＭＹＣ、（５）ＭＹＣＬ１、（６）ＮＲＧ１、（７）ＦＧＦ１、（８）ＦＧＦ１４、（９）ＪＡＫ２、（１０）ＫＲＡＳ、（１１）ＦＧＦ７、（１２）ＭＤＭ４、（１３）ＦＧＦ５、（１４）ＲＥＴ、（１５）ＡＬＫ、（１６）ＢＲＣＡ２、（１７）ＦＧＦＲ３、（１８）ＦＧＦＲ４、（１９）ＦＬＴ３、（２０）ＮＴＲＫ１、（２１）ＰＡＸ３、（２２）ＰＡＸ７、（２３）ＲＥＴ、（２４）ＲＯＳ１、および（２５）ＴＭＰＲＳＳ２からなる群から選択される１以上、または２以上、または３以上、または４以上、または５以上、または６以上、または７以上、または８以上、または９以上、または１０以上、または１１以上、または１２以上、または１３以上、または１４以上、または１５以上、または１６以上、または１７以上、または１８以上、または１９以上、または２０以上、または２１以上、または２２以上、または２３以上、または２４以上、または最大全てのバイオマーカーを含む。種々の実施形態において、平滑筋肉腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、（１）ＣＤＫ４、（２）ＦＧＦ１０、（３）ＦＧＦ５、（４）ＭＹＣ、（５）ＭＹＣＬ１、（６）ＮＲＧ１、（７）ＦＧＦ１、（８）ＦＧＦ１４、（９）ＪＡＫ２、（１０）ＫＲＡＳ、（１１）ＦＧＦ７、（１２）ＭＤＭ４、（１３）ＦＧＦ５、（１４）ＲＥＴ、（１５）ＡＬＫ、（１６）ＢＲＣＡ２、（１７）ＦＧＦＲ３、（１８）ＦＧＦＲ４、（１９）ＦＬＴ３、（２０）ＮＴＲＫ１、（２１）ＰＡＸ３、（２２）ＰＡＸ７、（２３）ＲＥＴ、（２４）ＲＯＳ１、および（２５）ＴＭＰＲＳＳ２からなる群から選択される２、または３、または４、または５、または６、または７、または８、または９、または１０、または１１、または１２、または１３、または１４、または１５、または１６、または１７、または１８、または１９、または２０、または２１、または２２、または２３、または２４、または２５のバイオマーカーのいずれの組合せも含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫（ＬＭＳ）を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＣＤＫ４、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ５、ＭＹＣ、ＭＹＣＬ１、ＮＲＧ１、ＦＧＦ１、ＦＧＦ１４、ＪＡＫ２、ＫＲＡＳ、ＦＧＦ７、ＭＤＭ４、ＦＧＦ５、ＲＥＴ、ＡＬＫ、ＢＲＣＡ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＮＴＲＫ１、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、およびＴＭＰＲＳＳ２を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＡＬＫ、ＢＲＣＡ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＮＴＲＫ１、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、およびＴＭＰＲＳＳ２からなる群から選択される１以上、または少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、もしくは１１のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＡＬＫ、ＢＲＣＡ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＮＴＲＫ１、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、およびＴＭＰＲＳＳ２を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＡＬＫ、ＢＲＣＡ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＮＴＲＫ１、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、およびＴＭＰＲＳＳ２からなる群から選択される１以上、または少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、もしくは１１のバイオマーカーにおけるアップレギュレーションを含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＡＬＫ、ＢＲＣＡ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＮＴＲＫ１、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、およびＴＭＰＲＳＳ２におけるアップレギュレーションを含む。

いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫（ＬＭＳ）を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＡＬＫ、ＢＡＲＤ１、ＢＲＣＡ２、ＣＣＮＥ１、ＣＤＫ４、ＦＧＦ１、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ５、ＦＧＦＲ３、ＦＬＴ３、ＪＡＫ２、ＫＲＡＳ、ＮＴＲＫ１、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＰＴＥＮ、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、およびＴＭＰＲＳＳ２からなる群から選択される１以上のバイオマーカー（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、または１９のバイオマーカーの任意の組合せ）を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫（ＬＭＳ）を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＡＬＫ、ＢＡＲＤ１、ＢＲＣＡ２、ＣＣＮＥ１、ＣＤＫ４、ＦＧＦ１、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ５、ＦＧＦＲ３、ＦＬＴ３、ＪＡＫ２、ＫＲＡＳ、ＮＴＲＫ１、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＰＴＥＮ、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、およびＴＭＰＲＳＳ２を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＡＬＫ、ＢＲＣＡ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＮＴＲＫ１、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、およびＴＭＰＲＳＳ２からなる群から選択される１以上のバイオマーカー（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、または１１のバイオマーカーの任意の組合せ）におけるｍＲＮＡのアップレギュレーションを含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＡＬＫ、ＢＲＣＡ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＮＴＲＫ１、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、およびＴＭＰＲＳＳ２におけるｍＲＮＡのアップレギュレーションを含む。

いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＦＧＦ１、ＪＡＫ２、ＫＲＡＳ、およびＰＴＥＮからなる群から選択される１以上のバイオマーカー（例えば、１、２、３、または４つのバイオマーカーの任意の組合せ）の欠失（部分的または完全）を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＦＧＦ１、ＪＡＫ２、ＫＲＡＳ、およびＰＴＥＮの欠失（部分的または完全）を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＣＤＫ４、ＦＧＦ１０、およびＦＧＦ５からなる群から選択される１以上のバイオマーカー（例えば、１、２、または３つのバイオマーカーの任意の組合せ）の重複を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＣＤＫ４、ＦＧＦ１０、およびＦＧＦ５の重複を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＢＡＲＤ１、ＣＣＮＥ１、ＦＧＦ５、およびＲＥＴからなる群から選択される１以上のバイオマーカー（例えば、１、２、３、または４つのバイオマーカーの任意の組合せ）における突然変異を含む。いくつかの実施形態において、突然変異は一塩基多型（ＳＮＰ）である。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＢＡＲＤ１、ＣＣＮＥ１、ＦＧＦ５、およびＲＥＴにおける突然変異を含む。いくつかの実施形態において、突然変異は一塩基多型（ＳＮＰ）である。

いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫（ＬＭＳ）を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＣＤＫ４、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ５、ＭＹＣ、ＭＹＣＬ１、およびＮＲＧ１からなる群から選択される１以上のバイオマーカー（例えば、いずれか２、３、４、５、または６つのバイオマーカーの組合せ）におけるコピー数変異体（ＣＮＶ）重複を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫（ＬＭＳ）を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＣＤＫ４、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ５、ＭＹＣ、ＭＹＣＬ１、およびＮＲＧ１におけるコピー数変異体（ＣＮＶ）重複を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示す遺伝子シグネチャーは、ＦＧＦ１、ＦＧＦ１４、ＪＡＫ２、およびＫＲＡＳからなる群から選択される１以上のバイオマーカー（例えば、いずれか２、３、または４つのバイオマーカーの組合せ）におけるＣＮＶ欠失を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示す遺伝子シグネチャーは、ＦＧＦ１、ＦＧＦ１４、ＪＡＫ２、およびＫＲＡＳにおけるＣＮＶ欠失を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＦＧＦ１４、ＦＧＦ７、ＭＤＭ４、ＭＹＣＬ１、およびＮＲＧ１からなる群から選択される１以上のバイオマーカー（例えば、いずれか２、３、４、または５つのバイオマーカーの組合せ）におけるＣＮＶ重複およびＣＮＶ欠失を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＦＧＦ１４、ＦＧＦ７、ＭＤＭ４、ＭＹＣＬ１、およびＮＲＧ１におけるＣＮＶ重複およびＣＮＶ欠失を含む。

いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫（ＬＭＳ）を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＦＧＦ５およびＲＥＴからなる群から選択される１以上のバイオマーカーにおける一塩基変異体（ＳＮＶ）を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫（ＬＭＳ）を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＦＧＦ５およびＲＥＴにおける一塩基変異体（ＳＮＶ）を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示す遺伝子シグネチャーは、ＡＬＫ、ＢＲＣＡ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＮＴＲＫ１、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、およびＴＭＰＲＳＳ２からなる群から選択される１以上のバイオマーカー（例えば、いずれか２、３、４、５、６、７、８、９、１０、または１１のバイオマーカーの組合せ）におけるｍＲＮＡのアップレギュレーションを含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示す遺伝子シグネチャーは、ＡＬＫ、ＢＲＣＡ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＮＴＲＫ１、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、およびＴＭＰＲＳＳ２におけるｍＲＮＡのアップレギュレーションを含む。

いくつかの実施形態において、平滑筋腫（ＬＭ）を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＦＧＦＲ２、ＫＬＬＮ、ＰＴＥＮ、ＡＴＭ、ＫＭＴ２Ａ、ＭＴＯＲ、ＮＲＡＳ、ＮＯＴＣＨ２、ＦＧＦ１９、ＡＰ００１８８８．１、ＦＧＦ３、ＭＲＥ１１Ａ、ＭＤＭ４、ＰＴＰＮ１１、ＳＤＣＣＡＧ８、ＦＧＦ６、ＥＲＢＢ３、ＭＤＭ２、ＮＡ、ＬＡＭＰ１、ＦＧＦ９、ＦＬＴ１、ＢＲＣＡ２、ＭＹＣＬ、ＲＰ１１－９８２Ｍ１５．２、ＭＰＬ、ＨＰＤＬ、ＳＬＣ３５Ｆ４、ＲＡＤ５１Ｂ、ＲＡＤ５１、ＩＤＨ２、ＴＳＣ２、ＳＬＸ４、ＣＲＥＢＢＰ、ＲＡＤ５１Ｌ３－ＲＦＦＬ、ＴＰ５３、ＲＢＦＯＸ３、ＳＴＫ１１、ＮＯＴＣＨ３、ＴＧＦＢＲ３、ＡＫＴ２、ＧＮＡＳ－ＡＳ１、ＥＲＧ、ＭＹＣＮＯＳ、ＢＡＲＤ１、ＥＰ３００、ＤＮＭＴ３Ａ、ＭＳＨ２、ＭＳＨ６、ＶＨＬ、ＲＡＦ１、ＰＩＫ３ＣＢ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＴＦＲＣ、ＭＬＨ１、ＢＡＰ１、ＴＥＴ２、ＦＧＦＲ３、ＰＤＧＦＲＡ、ＭＲＰＳ１８Ｃ、ＡＰＣ、ＨＭＧＸＢ３、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤＧＦＲＢ、ＦＧＦＲ４、ＦＧＦ１０、ＥＳＲ１、ＢＹＳＬ、ＣＣＮＤ３、ＳＭＯ、ＤＰＰ６、ＥＧＦＲ、ＣＤＫ６、ＭＹＣ、ＮＲＧ１、ＮＯＴＣＨ１、ＭＬＬＴ３、ＲＰ１１－１４５Ｅ５．５、ＪＡＫ２、ＧＮＡＱ、ＰＴＣＨ１、およびＡＲからなる群から選択される１以上のバイオマーカー（例えば、いずれか２、３、４、５、６、７、８、９、１０のまたはそれを超えるバイオマーカーの組合せ）を含む。

いくつかの実施形態において、平滑筋腫（ＬＭ）を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＣＣＮＤ１、ＦＧＦＲ３、およびＭＥＴからなる群から選択される１以上のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態において、平滑筋腫（ＬＭ）を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＣＣＮＤ１、ＦＧＦＲ３、およびＭＥＴを含む。いくつかの実施形態において、平滑筋腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＦＧＦＲ３におけるＣＮＶ重複を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＭＥＴにおけるＣＮＶ欠失を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＣＣＮＤ１およびＦＧＦＲ３におけるＣＮＶ重複、ならびにＭＥＴにおけるＣＮＶ欠失を含む。

いくつかの実施形態において、平滑筋腫（ＬＭ）を示すバイオマーカーシグネチャーは、ｃｈｒ１２－４５５１２４４におけるＴ－Ｇ突然変異を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋腫を示す遺伝子シグネチャーは、ｃｈｒ１１－９４１９２５９９におけるＧ－Ｔ突然変異を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋腫（ＬＭ）を示すバイオマーカーシグネチャーは、ｃｈｒ１２－４５５１２４４におけるＴ－Ｇ突然変異およびｃｈｒ１１－９４１９２５９９におけるＧ－Ｔ突然変異を含む。

いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫（ＬＭＳ）を示すバイオマーカーシグネチャーは、ｃｈｒ１０－４３５９７８２７におけるＣ－Ａ突然変異を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示す遺伝子シグネチャーは、ｃｈｒ４－８１２０６８９８におけるＴＡＡ－Ｔ突然変異を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫（ＬＭＳ）を示すバイオマーカーシグネチャーは、ｃｈｒ１０－４３５９７８２７におけるＣ－Ａ突然変異およびｃｈｒ４－８１２０６８９８におけるＴＡＡ－Ｔ突然変異を含む。

本出願は、サンプルにおけるバイオマーカーの「ステータス」または「状態」を参照し得る。種々の実施形態において、バイオマーカーの「異常なステータスまたは状態」という場合、特定のサンプルにおけるバイオマーカーのステータスが平均的サンプル（例えば、健常サンプルまたは平均的罹患サンプル）に一般に見られるステータスとは異なることを意味する。例としては、変異、上昇、低下、存在、不在などが挙げられる。「上昇したステータス」を有するバイオマーカーという場合、上記の特徴（例えば、発現またはｍＲＮＡレベル）の１以上が通常レベルより高いことを意味する。一般に、これは指標値に比べてのその特徴（例えば、発現またはｍＲＮＡレベル）の増大を意味する。逆に、バイオマーカーの「低ステータス」という場合、上記の特徴（例えば、遺伝子発現またはｍＲＮＡレベル）の１以上が通常レベルより低いことを意味する。一般に、これは指標値に比べてのその特徴（例えば、発現）の低下を意味する。これに関して、バイオマーカーの「負のステータス」は一般に、その特徴が存在しないまたは検出不能であることを意味する。

遺伝子型決定アッセイ／バイオマーカー分析
いずれの好適な遺伝子型決定アッセイおよび／または本明細書のバイオマーカーを検出、分析、もしくはそうでなければ検討する方法も企図される。例えば、遺伝子型決定アッセイは、ＤＮＡサンプルの制限酵素断片長多型同定（ＲＦＬＰＩ）、ＤＮＡサンプルのランダム増幅多型検出（ＲＡＰＤ）、ＤＮＡサンプルの増幅断片長多型（ＡＦＬＰＤ）、ＤＮＡサンプルのポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ＤＮＡサンプルのＤＮＡシーケンシング、または核酸マイクロアレイへのＤＮＡサンプルのハイブリダイゼーションであり得る。

いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、転写産物の発現レベル（すなわち、ｍＲＮＡレベル）の増加または減少に関する。転写産物レベルを測定または検出する方法は当技術分野で公知である。

細胞において１以上の転写産物のレベルを推定および／または測定および／または検出するために様々な技術が当技術分野で周知である。このような方法としては、ハイブリダイゼーションまたは配列に基づくアプローチが挙げられる。ハイブリダイゼーションに基づくアプローチは一般に、特注のマイクロアレイまたは市販の高密度オリゴマイクロアレイで蛍光標識ｃＤＮＡをインキュベートすることを含む。特殊なマイクロアレイも設計されており、例えば、異なるスプライシングアイソフォームを検出および定量するためにエキソンジャンクションにわたるプローブとともにアレイを使用することができる。高密度のゲノムを表すゲノムタイリングマイクロアレイが構築されており、数塩基対～１００ｂｐの極めて高い解像度に、転写された領域のマッピングを可能とする。ハイブリダイゼーションに基づくアプローチは、ハイスループットであり、大きなゲノムを照合する高分解能タイリングアレイを除けば、比較的低コストである。しかしながら、これらの方法にはいくつかの限界があり、これには、ゲノム配列に関する既存の知識に頼るものであること；交差ハイブリダイゼーションのためにバックグラウンドレベルが高いこと；およびバックグラウンドとシグナルの飽和の両方のために検出の動的範囲が限られることが挙げられる。さらに、異なる実験で発現レベルを比較することは難しい場合が多く、複雑な正規化法を必要とすることがある。

マイクロアレイ法とは対照的に、配列に基づくアプローチは、ｃＤＮＡ配列を直接的に決定する。まず、ｃＤＮＡまたはＥＳＴライブラリーのサンガーシーケンシングが使用されたが、このアプローチは比較的低いスループットであり、コストが高く、一般に定量的でない。これらの限界を克服するために、ＳＡＧＥ法（serial analysis of gene expression）、ＣＡＧＥ法(cap analysis of gene expression)、およびマッシブリーパラレルシグネチャーシーケンシング（ＭＰＳＳ）を含むタグに基づく方法が開発された。これらのタグに基づくシーケンシングアプローチは、ハイスループットであり、および正確なデジタル遺伝子発現レベルを提供することができる。しかしながら、ほとんどのものはサンガーシーケンシング技術に基づくものであり、短いタグの重要な部分は参照ゲノムに独自にマッピングできない。さらに、転写産物の部分のみが分析され、アイソフォームは一般に互いに区別できない。これらの欠点は、ｍＲＮＡレベルを測定または検出する際に従来のシーケンシング技術の使用を制限する。

本方法はまた、ｍＲＮＡレベルの大規模解析、例えば、複数のバイオマーカー（一度に、例えば、２～１０、または５～５０、または１０～１００、または５０～５００のまたはそれを超える）検出も含み得る。加えて、ここに記載される方法はまた、トランスクリプトーム解析（すなわち、特定の発生段階または生理条件に関する、細胞中の転写産物の完全なセット、およびそれらの量の解析）を行うステップも含み得る。トランスクリプトームの理解は、ゲノムの機能的要素を説明するため、細胞および組織の分子成分を解明するため、また、発生および疾患ならびに本明細書に開示されるバイオマーカーが特定の病態（例えば、ＬＭまたはＬＭＳ）をどのように示唆または予測するかを理解するために重要であり得る。トランスクリプトームの重要な目的は、ｍＲＮＡ、非コードＲＮＡおよび小ＲＮＡを含む転写産物の全種を一覧化すること；開始部位、５’および３’末端、スプライシングパターンおよび他の転写後修飾に関して遺伝子の転写構造を決定すること；ならびに発生中および異なる条件下で変化する各転写産物の発現レベルを定量することである。

最近では、新規なハイスループットＤＮＡシーケンシング法の開発が、トランスクリプトームのマッピングおよび定量の両方のための新規な方法を提供している。ＲＮＡ－Ｓｅｑ（ＲＮＡシーケンシング）と呼ばれるこの方法は、トランスクリプトームを決定するための既存のアプローチに優る利点を有する。

ＲＮＡ－Ｓｅｑは、デープシーケンシング技術を使用する。一般に、ＲＮＡ集団（全体または分画物、例えば、ポリ（Ａ）＋）は、一末端または両末端に結合したアダプターを有するｃＤＮＡ断片のライブラリーに変換される。各分子を、増幅させてまたは増幅させずに、次に、ハイスループット様式で配列決定して、一末端（シングルエンドシーケンシング）または両末端（ペアエンドシーケンシング）から短い配列を得る。リードは一般に３０～４００ｂｐであり、用いるＤＮＡシーケンシング技術による。基本的に、いずれのハイスループットシーケンシング技術もＲＮＡ－Ｓｅｑに使用可能であり、例えば、ＩｌｌｕｍｉｎａＩＧ１８、ＡｐｐｌｉｅｄＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓＳＯＬｉＤ２２およびＲｏｃｈｅ４５４ＬｉｆｅＳｃｉｅｎｃｅシステムがこの目的ですでに適用されている。ＨｅｌｉｃｏｓＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓｔＳＭＳシステムもまた適当であり、標的ｃＤＮＡの増幅を避けるという付加的利点を有する。シーケンシングの後、得られたリードを参照ゲノムまたは参照転写産物に対してアラインするか、またはゲノム配列を用いずにｄｅｎｏｖｏ構築して各遺伝子の転写構造および／もしくは発現レベルの両方からなるゲノムスケールの転写マップを作成する。

当技術分野で公知のトランスクリプトーム解析およびＲＮＡ－Ｓｅｑ技術については、以下をさらに参照することができる：(1) Wang et al., Nat Rev Genet. 2009 Jan; 10(1): 57-63; (2) Lee et al., Circ Res. 2011 Dec 9; 109(12): 1332-41 ; (3) Nagalakshimi et al., Curr Protoc Mol Biol. 2010 Jan; Chapter 4:Unit 4.11.1-13;および(4) Mutz et al., Curr Opin Biotechnol. 2013 Feb;24(l):22-30、これらはそれぞれ引用することにより本明細書の一部とされる。

次世代シーケンシングによるトランスクリプトーム解析（ＲＮＡ－ｓｅｑ）は、卓越した分解能でのトランスクリプトームの調査を可能とする。１つの主要な利益は、ＲＮＡ－ｓｅｑは、検討下の配列についての事前の知識に依存しないということである。

トランスクリプトームは、ＳＡＧＥ、マイクロアレイ、およびｃＤＮＡライブラリー由来のクローンのシーケンシングを含むハイスループット技術によってプロファイリングを行うことができる。１０年以上、オリゴヌクレオチドマイクロアレイは、ハイスループットおよび手ごろなコストを提供する選択法であった。しかしながら、マイクロアレイ技術には、存在度の低い転写産物の定量に関しては感度が不十分であること、狭い動的範囲および非特異的ハイブリダイゼーションから生じる偏りを含む周知の限界がある。加えて、マイクロアレイは、既知の／アノテーションのある転写産物の測定に限られ、不正確なアノテーションから生じる問題がしばしばある。ＳＡＧＥなどのシーケンシングに基づく方法はクローニングおよびシーケンシングｃＤＮＡ断片に頼る。このアプローチは、対応する転写産物からのｃＤＮＡ断片が所与のサンプルに提示される回数を数えることによってｍＲＮＡ存在量の定量を可能とし、配列決定されたｃＤＮＡ断片は転写産物を同定するために十分な情報を含むと仮定する。シーケンシングに基づくアプローチには、ハイブリダイゼーションに基づくマイクロアレイ法に優る複数の重要な技術的利点がある。配列に基づくプロトコールからの出力はアナログではなくデジタルであり、データの正規化および要約に複雑なアルゴリズムの必要はなく、しかもより正確な定量を可能とし、異なるサンプルから得られた結果の間の比較も極めて容易である。結果的に、十分な配列タグを蓄積すれば、動的範囲は本質的に無限である。配列に基づくアプローチはトランスクリプトームの事前の知識を必要とせず、従って、新規な転写産物の発見およびアノテーションならびにアノテーションの不十分なゲノムの解析に有用である。しかしながら、最近まで、トランスクリプトームプロファイリングにおけるシーケンシング技術の適用は、高いコスト、細菌クローニングによってＤＮＡを増幅する必要、および連鎖停止によるシーケンシングの従来のサンガーアプローチによって制限されていた。

次世代シーケンシング（ＮＧＳ）技術は、これらの障壁のいくつかを無くし、高くはあるが小規模研究でも妥当なコストでマッシブパラレルシーケンシングを可能とする。この技術は本質的に、トランスクリプトームを無作為に断片化された数百ヌクレオチド長の一連のセグメントに縮小する。これらの分子は、ＰＣＲ産物の空間的クラスタリングを保持するプロセスによって増幅され、個々のクラスターがいくつかの技術の１つによって並行して配列決定される。現行のＮＧＳプラットフォームには、Ｒｏｃｈｅ４５４ゲノムシーケンサー、Ｉｌｌｕｍｉｎａのゲノムアナライザー、およびＡｐｐｌｉｅｄＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓのＳＯＬｉＤが含まれる。これらのプラットフォームは、数千万～数億のＤＮＡ断片を同時に解析でき、一回の実施からギガ単位の配列情報を作成でき、ＳＡＧＥおよびｃＤＮＡシーケンシング技術を変革した。例えば、３’タグデジタル遺伝子発現（ＤＧＥ）は、第１鎖ｃＤＮＡ合成に関してプライミングされたオリゴ－ｄＴを使用し、ポリアデニル化ｍＲＮＡの３’非翻訳領域が富化されたライブラリーを生成し、ベースｃＤＮＡタグを作成する。

種々の実施形態において、このようなシーケンシング技術の使用は、シーケンシングライブラリーの作製を必要としない。しかしながら、特定の実施形態において、本明細書で企図されるシーケンシング法は、シーケンシングライブラリーの作製を必要とする。

ハイスループットシーケンシングライブラリーを作製するためのいずれの方法も使用可能である。シーケンシングライブラリー作製の例は米国特許出願公開第２０１３／０２０３６０６号に記載され、引用することによりその全内容が本明細書の一部とされる。いくつかの実施形態において、この作製法はアッセイ投入としての滴下アクチュエーターからのサンプルの凝固部分を採取し得る。ライブラリーの作成プロセスはライゲーションに基づくプロセスであり、（ａ）平滑末端化、（ｂ）ホスホリル化、（ｃ）Ａ－テーリング、および（ｄ）ライゲーションアダプター、の４つの主要な操作を含む。液滴中のＤＮＡ断片が、シーケンシングライブラリーを処理するために提供される。平滑末端化操作（ａ）において、５’－および／または３’－オーバーハングを有する核酸断片は、３’－５’エキソヌクレアーゼ活性および５’－３’ポリメラーゼ活性の両方を有するＴ４ＤＮＡポリメラーゼを用いてオーバーハングを除去し、ＤＮＡ断片の両末端に相補的塩基が生じて、平滑末端とされる。いくつかの実施形態において、Ｔ４ＤＮＡポリメラーゼは液滴として提供されてよい。リン酸化操作（ｂ）では、平滑末端とされた核酸の５’－ヒドロキシル末端にリン酸基を付着させるためにＴ４ポリヌクレオチドキナーゼが使用可能である。いくつかの実施形態において、Ｔ４ポリヌクレオチドキナーゼは、液滴として提供されてよい。Ａ－テーリング操作（ｃ）では、エキソクレノウポリメラーゼを触媒として、平滑末端化された断片の５’－ヒドロキシル末端のリン酸基にｄＡＴＰの３’ヒドロキシル末端が結合される。ライゲーション工程（ｄ）において、シーケンシングアダプターがＡ－テールに連結される。Ａ－テールとアダプター配列の間のリン酸結合の形成を触媒するためにＴ４ＤＮＡリガーゼが使用される。ｃｆＤＮＡは自然に断片化されるが、末端修復の上流および下流の全プロセスは、そうでなければ、長い方のＤＮＡ鎖に関わるプロセスに匹敵するので、ｃｆＤＮＡを含むいくつかの実施形態においては、末端修復（平滑末端化およびリン酸化を含む）を省略してもよい。

別の例において、シーケンシングライブラリーの作製は、シーケンシングの準備が整ったアダプターにより修飾されたＤＮＡ断片（例えば、ポリヌクレオチド）のランダムコレクションの作製を含み得る。ポリヌクレオチドのシーケンシングライブラリーは、等価物、ＤＮＡまたはｃＤＮＡの類似体、例えば、相補的なＤＮＡまたはｃＤＮＡすなわち逆転写酵素の作用によってＲＮＡ鋳型から作製されたコピーＤＮＡを含む、ＤＮＡまたはＲＮＡから作製することができる。ポリヌクレオチドは二本鎖形態（例えば、ゲノムＤＮＡ断片、ｃＤＮＡ、ＰＣＲ増幅産物などのｄｓＤＮＡ）に起源してもよいし、または特定の実施形態において、ポリヌクレオチドは、一本鎖形態（例えば、ｓｓＤＮＡ、ＲＮＡなど）に起源し、ｄｓＤＮＡ形態に変換されたものでもよい。

例示として、特定の実施形態において、一本鎖ｍＲＮＡ分子は、コピーしてシーケンシングライブラリーの作製に使用するのに好適な二本鎖ｃＤＮＡとしてもよい。一次ポリヌクレオチド分子の正確な配列は一般にライブラリー作製の方法には重要でなく、既知であってもなくてもよい。一実施形態において、ポリヌクレオチド分子はＤＮＡ分子である。より詳しくは、特定の実施形態において、ポリヌクレオチド分子は、生物体の全遺伝子相補物または生物体の実質的に全遺伝子相補物に相当し、一般にイントロン配列とエキソン配列（コード配列）の両方、ならびにプロモーター配列およびエンハンサー配列などの非コード調節配列を含むゲノムＤＮＡ分子（例えば、細胞ＤＮＡ、無細胞ＤＮＡ（ｃｆＤＮＡ）など）である。特定の実施形態において、一次ポリヌクレオチド分子は、ヒトゲノムＤＮＡ分子、例えば、対象の末梢血に存在するｃｆＤＮＡ分子を含む。

いくつかのＮＧＳシーケンシングプラットフォームのためのシーケンシングライブラリーの作製は、特定の範囲の断片サイズを含むポリヌクレオチドの使用によって容易となる。このようなライブラリーの作製は一般に、所望のサイズ範囲のポリヌクレオチドを得るための、大きなポリヌクレオチド（例えば、細胞ゲノムＤＮＡ）の断片化を含む。

ｃｆＤＮＡの精製、処理、配列、および解析に関する方法およびさらなる情報は、以下の参照文献に見出すことができ、これらはそれぞれ引用することにより本明細書の一部とされる。
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核酸はまた、増幅（例えば、従来のポリメラーゼ連鎖反応）によって特徴付けることもできる。ナノポアシーケンシング、ライゲーションによるシーケンシング（ＳＯＬｉｄとしても知られる）、コンビナトリアルプローブアンカー合成、パイロシーケンシング、イオントレントシーケンシング、または合成によるシーケンシング（例えば、Ｉｌｌｕｍｉｎａの次世代シーケンシング技術）などの当技術分野で公知のＤＮＡおよび／またはＲＮＡの配列を決定するその他の方法。このようなシーケンシング方法は、有用には、良性子宮新生物および悪性子宮新生物、例えば、ＬＭおよびＬＭＳを鑑別するために有用である可能性のあるデータを富化するために、既知の癌遺伝子（アップレギュレーションまたは調節不全が悪性に関連することが知られる遺伝子、または悪性組織における診断値、予後値もしくは予測値に関連することが知られる遺伝子）に向けることができる。

いくつかの実施形態において、遺伝子型を検出するための分析方法は、いくつかの好ましい実施形態においては、アレイを含む固相基質を使用することができる。ポリマー（タンパク質を含む）アレイ合成に適用可能な方法および技術は、米国特許出願第０９／５３６，８４１号、ＷＯ００／５８５１６、米国特許第５，１４３，８５４号、同第５，２４２，９７４号、同第５，２５２，７４３号、同第５，３２４，６３３号、同第５，３８４，２６１号、同第５，４０５，７８３号、同第５，４２４，１８６号、同第５，４５１，６８３号、同第５，４８２，８６７号、同第５，４９１，０７４号、同第５，５２７，６８１号、同第５，５５０，２１５号、同第５，５７１，６３９号、同第５，５７８，８３２号、同第５，５９３，８３９号、同第５，５９９，６９５号、同第５，６２４，７１１号、同第５，６３１，７３４号、同第５，７９５，７１６号、同第５，８３１，０７０号、同第５，８３７，８３２号、同第５，８５６，１０１号、同第５，８５８，６５９号、同第５，９３６，３２４号、同第５，９６８，７４０号、同第５，９７４，１６４号、同第５，９８１，１８５号、同第５，９８１，９５６号、同第６，０２５，６０１号、同第６，０３３，８６０号、同第６，０４０，１９３号、同第６，０９０，５５５号、同第６，１３６，２６９号、同第６，２６９，８４６号および同第６，４２８，７５２号、ＰＣＴ出願第ＰＣＴ／ＵＳ９９／００７３０（国際公開第ＷＯ９９／３６７６０号）およびＰＣＴ／ＵＳ０１／０４２８５（国際公開第ＷＯ０１／５８５９３号）に記載されており、これらは全てあらゆる目的で引用することによりその全内容が本明細書の一部とされる。

本発明はまた、特定の好ましい実施形態において、サンプル調製法も企図する。遺伝子型決定の前または同時に、ゲノムサンプルは様々な機序によって増幅でき、それらのいくつかはＰＣＲを使用し得る。例えば、PCR Technology: Principles and Applications for DNA Amplification (H. A. Erlich編, Freeman Press, NY, N.Y., 1992); PCR Protocols: A Guide to Methods and Applications (Innis, et al.編, Academic Press, San Diego, Calif., 1990); Mattila et al., Nucleic Acids Res. 19, 4967 (1991); Eckert et al, PCR Methods and Applications 1, 17 (1991); PCR (McPherson et al.編, IRL Press, Oxford);ならびに米国特許第４，６８３，２０２号、同第４，６８３，１９５号、同第４，８００，１５９号、同第４，９６５，１８８号および同第５，３３３，６７５号を参照されたい、これらはそれぞれあらゆる目的で引用することによりその全内容が本明細書の一部とされる。サンプルはアレイで増殖してもよい。例えば、米国特許第６，３００，０７０号および米国特許出願第０９／５１３，３００号を参照されたい、これらは引用することにより本明細書の一部とされる。

他の好適な増幅法には、リガーゼ連鎖反応(ligase chain reaction)（ＬＣＲ）（例えば、Wu and Wallace, Genomics 4, 560 (1989)、Landegren et al, Science 241, 1077 (1988)およびBarringer et al. Gene 89:117 (1990)）、転写増幅（Kwoh et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 86, 1173 (1989)およびＷＯ８８／１０３１５）、自立型配列複製（Guatelli et al, Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 87, 1874 (1990)およびＷ０９０／０６９９５）、標的ポリヌクレオチド配列の選択的増幅（米国特許第６，４１０，２７６号）、コンセンサス配列プライムポリメラーゼ連鎖反応(consensus sequence primed polymerase chain reaction)（ＣＰ－ＰＣＲ）（米国特許第４，４３７，９７５号）、任意プライムポリメラーゼ連鎖反応(arbitrarily primed polymerase chain reaction)（ＡＰ－ＰＣＲ）（米国特許第５，４１３，９０９号、同第５，８６１，２４５号）および核酸に基づく配列増幅(nucleic acid based sequence amplification)（ＮＡＢＳＡ）が含まれる（米国特許第５，４０９，８１８号、同第５，５５４，５１７号、および同第６，０６３，６０３号を参照されたい、これらはそれぞれ引用することにより本明細書の一部とされる）。使用可能なその他の増幅法は、米国特許第５，２４２，７９４号、同第５，４９４，８１０号、同第４，９８８，６１７号および米国特許出願第０９／８５４，３１７号に記載され、これらはそれぞれ引用することにより本明細書の一部とされる。

サンプル調製のさらなる方法および核酸サンプルの複雑性を軽減するための技術は、Dong et al, Genome Research 11, 1418 (2001)、米国特許第６，３６１，９４７号、同第６，３９１，５９２号および米国特許出願第０９／９１６，１３５号、同第０９／９２０，４９１号（米国特許出願公開第２００３００９６２３５号）、同第０９／９１０，２９２号（米国特許出願公開第２００３００８２５４３号）、および同第１０／０１３，５９８号に記載されている。

本明細書に記載されるように作成された配列データは、新生物遺伝子型シグネチャーに特徴的な突然変異を検出し、生殖細胞系突然変異からこれらを識別するためのソフトウエア、例えば、ＩｌｌｕｍｉｎａＳｏｍａｔｉｃＶａｒｉａｎｔＣａｌｌｅｒ、Ｐｉｓｃｅｓまたは一塩基多型および一塩基挿入および一塩基欠失を含む点突然変異の検出に好適な類似のアルゴリズムを用いることで分析するこができる。短い多塩基変異体（ＭＮＶ）もまた、ＩｌｌｕｍｉｎａのＳｃｙｌｌａおよびｔｈｅＢｒｏａｄＩｎｓｔｉｔｕｔｅｓＧＡＴＫなどの当技術分野で公知のアルゴリズムによって検出することができる。コピー数変異体（ＣＮＶ）または構造変異体などのより大きな遺伝子の変異は、ＧＡＴＫ、ＭＡＮＴＡ、ＧｅｎｏｍｅＳＴＲＩＰ、もしくはＩｌｌｕｍｉｎａの「ＣＮＶＲｏｂｕｓｔＡｎａｌｙｓｉｓＦｏｒＴｕｍｏｒｓ」（ＣＲＡＦＴとして知られる）などのアルゴリズム実装形態、または当技術分野で公知のものなどのコピー数変動検出のためのその他のコンピューターツールを用いて検出することができる。

トランスクリプトームデータの定性分析に関して、ＲＮＡのスプライス変異体は、ＣＬＡＳＳ２アルゴリズム、ＩｌｌｕｍｉｎａのＲＮＡＳｐｌｉｃｅＶａｒｉａｎｔＣａｌｌｅｒ、ＧＡＴＫなどのソフトウエアまたはＨｏｏｐｅｒ（２０１４）に記載されているようなその他の方法を用いて配列データにおいて検出することができる。定量的トランスクリプトームデータはまた、ＥｍｐｉｒｉｃａｌＡｎａｌｙｓｉｓｏｆＤｉｇｉｔａｌＧｅｎｅＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎＤａｔａｉｎＲ（ｅｄｇｅＲ）、ＤＥＳｅｑ２またはＬｉｍｍａなどのソフトウエアを用いて得ることもできる。ＲＮＡ融合物を含むＲＮＡにおける構造変異体もＭＡＮＴＡなどのソフトウエアを用いて検出することができ、一方、生じた「キメラ」タンパク質の実験的発現は、特定のタンパク質エピトープを局在させるための免疫組織化学および特定の核酸シグネチャーを局在させるための発色ｉｎｓｉｔｕハイブリダイゼーションまたは蛍光ｉｎｓｉｔｕハイブリダイゼーションなどの当技術分野で公知の方法によるタンパク質の直接的検出によって確認することができる。

対象とする生体サンプルの遺伝子型および／またはトランスクリプトームプロファイルが上記の方法によって得られたところで、核酸を抽出し、核酸の配列を決定し、配列データに種々の鑑別遺伝子シグネチャー、例えば、一塩基変異体、多塩基変異体（ＣＮＶ）、コピー数変異体（ＣＮＶ）およびＲＮＡスプライス変異体の場合には、ＲＮＡ融合、差次的発現レベル、鑑別エピジェネティック特徴（例えば、鑑別メチル化パターン）を検出するための分析を行うが、これらはそれぞれ潜在的バイオマーカーである。次に、作成されたデータを、確定された健常組織、または確定されたＬＭＳ組織、または確定されたＬＭのみの組織（すなわち、その中にＬＭＳ細胞の潜伏がない）の遺伝子型およびトランスクリプトームプロファイルを表す参照データセットと比較することができる。いくつかの実施形態において、データセットは、遺伝子型およびトランスクリプトームデータを含む多変量データセットに独立した推論値を与えることを当業者が認めると思われる患者の人口統計、祖先、病歴およびリスク因子などの外因的データを含むように増やすことができる。いくつかの実施形態において、この比較は、因子分析または主成分分析などの、バイオマーカーの数より有意に少ない数の直交固有ベクトルにデータを最も効率的に分割する様式で、各基準点の各バイオマーカーのステータスによって定義されるデータマトリックスにおいて分散を分割する手段を提供するツール、デバイスまたはソフトウエアのピースに参照データセットを実装することによって達成され得る。次に、参照データの既知の疾患ステータスを、主要な固有ベクトルまたは主成分によって定義される空間に投影することができ、ここで、異なる病態（例えば、平滑筋腫および平滑筋肉腫）は、その空間の異なる容積を占め、対象のデータプロファイルも同じ空間に投影することができ、その対象が一方もしくは他方の疾患を有するか、またはどちらも有さないプロファイルを有するかどうかについて推断をすることができる。あるいは、教師なし階層的クラスター分析を用いて類似のデータのクラスターを決定することができ、これらのデータクラスターを特定の病態と一致するかどうか事後評価を行うことができ、対象のプロファイルが、ある病態に関連するクラスター内に入る傾向を用いて、その対象の生体サンプルが一方の病態（例えば、ＬＭ）または他方の病態（例えば、ＬＭＳ）である見込みまたは確率を評価することができる。主成分分析またはクラスター分析の両方法とも、参照データセットの構造的特徴のロバスト性ならびに対象のデータを一方または他方の病態に割り当てることができる信頼性を評価するために使用できる。

参照データと対象データの比較に対する別系統のアプローチは、正準変量分析または判別機能分析など、参照データセットの教師有りの多変量削減を可能とすることであり、この場合、まず、各参照点の既知の疾患ステータスを用いて対象とする病態間を最もよく鑑別する多変量記述子を導出し、次に、対象データが、一方または他方の病態に分類される確率を生成するために判別空間に投影される。ブートストラップ分析およびクロスバリデーションなどの方法を用いて多変量解のロバスト性および病態に関する対象の特定の分類を評価することができる。いくつかの実施形態において、このように参照される病態は良性子宮新生物および悪性子宮新生物である。いくつかの実施形態において、このように参照される病態は平滑筋腫および子宮肉腫である。いくつかの実施形態において、このように参照される病態は平滑筋腫および平滑筋肉腫である。いくつかの実施形態において、ツールまたはデバイスは、データエントリーのテンプレート、データ品質管理法の実装形態、参照データセット、推奨される分析手順、臨床医により選択される分析オプション、標準化されたデータ出力テンプレートおよび分析者が得られたリスク評価を理解し、臨床チームの他のメンバーおよび対象者に伝達する助けをするために、自動生成される推奨される推論の散文的陳述書を含む。

本発明の実施はまた、従来の生物学の方法、ソフトウエアおよびシステムを使用することができる。本発明のコンピューターソフトウエア製品は一般に、本発明の方法の論理ステップを実行するためのコンピューターにより実行可能な命令を有するコンピューター読み取り可能な媒体を含む。好適なコンピューター読み取り可能な媒体としては、フロッピーディスク、ＣＤ－ＲＯＭ／ＤＶＤ／ＤＶＤ－ＲＯＭ、ハードディスクドライブ、フラッシュメモリー、ＲＯＭ／ＲＡＭ、磁気テープなどが挙げられる。コンピューターにより実行可能な命令は、好適なコンピューター言語またはいくつかの言語の組合せで書かれてよい。基本的なコンピューター生物学の方法は、例えば、Setubal and Meidanis et al., Introduction to Computational Biology Methods (PWS Publishing Company, Boston, 1997); Salzberg, Searles, Kasif, (編), Computational Methods in Molecular Biology, (Elsevier, Amsterdam, 1998); Rashidi and Buehler, Bioinformatics Basics: Application in Biological Science and Medicine (CRC Press, London, 2000)およびOuelette and Bzevanis Bioinformatics: A Practical Guide for Analysis of Gene and Proteins (Wiley & Sons, Inc., 第2版, 2001)に記載されている。米国特許第６，４２０，１０８号を参照されたい。

本発明はまた、プローブ設計、データ管理、分析、および機器操作などの様々な目的で様々なコンピュータープログラム製品およびソフトウエアを使用し得る。米国特許第５，５９３，８３９号、同第５，７９５，７１６号、同第５，７３３，７２９号、同第５，９７４，１６４号、同第６，０６６，４５４号、同第６，０９０，５５５号、同第６，１８５，５６１号、同第６，１８８，７８３号、同第６，２２３，１２７号、同第６，２２９，９１１号および同第６，３０８，１７０号を参照されたい。

加えて、本発明は、米国特許出願第１０／１９７，６２１号、同第１０／０６３，５５９号（米国特許出願公開第２００２０１８３９３６号）、同第１０／０６５，８５６号、同第１０／０６５，８６８号、同第１０／３２８，８１８号、同第１０／３２８，８７２号、同第１０／４２３，４０３号、および同第６０／４８２，３８９号に示されるように、インターネットなどのネットワークに遺伝情報を提供するための方法を含む好ましい実施形態も含み得る。

使用方法
本明細書には、子宮筋層腫瘍の早期術前診断のための改良された方法が開示される。一態様において、本明細書に記載される方法は、細切除去術のような外科的方法に由来する偶発的な悪性播種を防ぐ助けをするために、子宮筋層腫瘍が平滑筋肉腫を含むかどうかを検出するための手段を提供する。別の態様において、本明細書に記載される方法は、平滑筋腫、もしくは平滑筋肉腫、または平滑筋腫および平滑筋肉腫の両方の存在に関して子宮筋層腫瘍を診断するための手段を提供する。

手術は依然として子宮平滑筋腫の長期的な治療選択肢であることが認識されるであろう。具体的には、細切除去術を伴う腹腔鏡下筋腫摘出術が、生殖能を温存したい女性にとっての標準的介入である。しかしながら、この手術は、診断未確定の不顕性平滑筋肉腫（ＬＭＳ）を有する患者にとっては潜在的に有害な影響を有する。組織および／または液性生検から子宮平滑筋腫または平滑筋肉腫の遺伝子型が確認されれば、細切除去術は、そうでなければ潜伏している悪性腫瘍を拡散する機会を得るのでこれを避けることができる。

よって、一実施形態において、本開示は、対象において子宮筋層腫瘍を診断するための方法であって、対象がＬＭ、ＬＭＳおよび／またはＩＭＴプロファイルを有するかどうかを決定するための、対象由来の生体サンプル（腫瘍組織）に対するトランスクリプトームデータおよびゲノムデータの独自の統合的分子分析を含む方法を提供する。よって、本開示の様々な態様は、平滑筋肉腫組織が検出されないことを保証するための、子宮筋層腫瘍（腫瘍組織または別の生体サンプル、例えば、血液または血漿に基づく検査から）の初期診断スクリーンに関する。

よって、一態様において、本開示は、対象において子宮筋層腫瘍を診断するための方法であって、対象がＬＭ、ＬＭＳおよび／またはＩＭＴプロファイルおよび／または遺伝子型を有するかどうかを決定するための、対象由来の生体サンプル（例えば、腫瘍組織）に対するトランスクリプトームデータおよびゲノムデータの独自の統合的分子分析を含む方法を提供する。

別の態様において、本開示は、対象において子宮筋層腫瘍を診断するための方法であって、対象がＬＭ遺伝子型を有するかどうかを決定するために、対象由来の生体サンプルに対して遺伝子型決定アッセイを行うことを含む方法を提供する。種々の実施形態において、遺伝子型決定アッセイは、ＬＭを示す１以上のバイオマーカーの検出を含んだ。

別の実施形態において、本開示は、子宮筋層腫瘍を治療するための方法であって、まず、遺伝子型決定アッセイを用いて、腫瘍が平滑筋肉腫を含まないことを確認すること、および次に子宮筋層腫瘍を外科的に除去することを含む方法を提供する。

さらに他の実施形態において、本開示は、対象において子宮平滑筋腫を治療するための方法であって、（ａ）対象が子宮平滑筋肉腫遺伝子型を有するかどうかを決定するために、対象由来の生体サンプルに対して遺伝子型決定アッセイを行うこと、および（ｂ）対象が子宮平滑筋肉腫遺伝子型を有さない場合は、子宮平滑筋腫を外科的に除去することを含む方法を提供する。

よって、本開示の種々の態様は、平滑筋肉腫組織が検出されないことを保証するための、平滑筋腫組織（または別の生体サンプル、例えば、血液または血漿に基づく検査）の初期診断スクリーンを含む、非癌性平滑筋腫（すなわち、平滑筋肉腫を含まないと決定されたもの）の細切除去術に基づく処置の新規および改良された方法に関する。

よって、別の実施形態において、本開示は、対象において子宮平滑筋腫中の子宮平滑筋肉腫の存在を検出するための方法であって、対象が子宮平滑筋肉腫遺伝子型を有するかどうかを決定するために、対象由来の生体サンプルに対して遺伝子型決定アッセイを行うことを含む方法を提供する。

種々の実施形態において、これらの方法はまた、サンプル中の子宮平滑筋腫の存在を検出または確認することも含み得る。

種々の好ましい実施形態において、分析される生体サンプルは血液サンプルである。他の実施形態において、分析される生体サンプルは血漿サンプルである。

種々の実施形態において、サンプルにおける平滑筋肉腫遺伝子型の検出は、表３、６、７、および８からの１以上のバイオマーカーの検出を含む。遺伝子型決定アッセイは、１つの表、または表の組合せからのバイオマーカーを含み得る。例えば、表３からの１以上のバイオマーカーを表６、７、または８からの１以上のバイオマーカーと組み合わせてよい。別の実施形態において、表６からの１以上のバイオマーカーを表３、７、または８からの１以上のバイオマーカーと組み合わせてよい。さらに他の実施形態において、表７からの１以上のバイオマーカーを表３、６、または８からの１以上のバイオマーカーと組み合わせてよい。他の実施形態において、表８からの１以上のバイオマーカーを表３、６、または７からの１以上のバイオマーカーと組み合わせてよい。さらに他の実施形態において、本明細書に表またはリストまたはセットで開示されるいずれの第１のバイオマーカーを開示されるいずれの第２のバイオマーカーと組み合わせてもよい。さらに、この組合せを本明細書のどこかに開示されているいずれの第３、または第４、または第５、または第６、または第７、または第８、または第９、または第１０のまたはそれを超えるバイオマーカーと組み合わせてもよい。ＬＭおよび／またはＬＭＳの検出のためのこのようなバイオマーカーの組合せはバイオマーカーシグネチャーと呼ばれることがある。

いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、悪性子宮腫瘍を有さない対象、または良性子宮新生物を有する対象に由来するサンプルに比べて、悪性子宮腫瘍を有する対象に由来するサンプルでは差次的に発現される。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、平滑筋肉腫を有さない対象、または平滑筋腫を有する対象に由来するサンプルに比べて、平滑筋肉腫を有する対象に由来するサンプルでは差次的に発現される。いくつかの実施形態において、バイオマーカーは、平滑筋腫を有さない対象、または平滑筋肉腫を有する対象に由来するサンプルに比べて、平滑筋腫を有する対象に由来するサンプルでは差次的に発現される。

いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫（ＬＭＳ）を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＦＧＦ８、ＲＥＴ、ＰＴＥＮ、ＡＴＭ、ＣＡＤＭ１、ＫＭＴ２Ａ、ＮＯＴＣＨ２、ＭＣＬ１、ＤＤＲ２、ＣＣＮＤ１、ＦＧＦ１９、ＦＧＦ３、ＭＤＭ４、ＫＲＡＳ、ＳＤＣＣＡＧ８、ＣＣＮＤ２、ＲＰ１１－６１１Ｏ２．２、ＭＤＭ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＦＧＦ１４、ＬＡＭＰ１、ＮＡ、ＦＧＦ９、ＦＬＴ１、ＡＬＯＸ５ＡＰ、ＢＲＣＡ２、ＲＢ１、ＭＹＣＬ，ＭＰＬ、ＨＰＤＬ、ＭＵＴＹＨ、ＲＡＤ５４Ｌ、ＲＡＤ５１Ｂ、ＦＡＮＣＩ、ＴＳＣ２、ＰＡＬＢ２、ＮＬＲＣ３、ＳＬＸ４、ＣＲＥＢＢＰ、ＣＤＨ１、ＲＰ１１－５２５Ｋ１０．１、ＲＡＰ１ＧＡＰ２、ＲＡＤ５１Ｌ３－ＲＦＦＬ、ＥＲＢＢ２、ＢＲＣＡ１、ＴＥＸ１４、ＲＰＳ６ＫＢ１、ＴＰ５３、ＲＢＦＯＸ３、ＢＣＬ２、ＳＴＫ１１、ＮＯＴＣＨ３、ＪＡＫ３、ＴＧＦＢＲ３、ＣＣＮＥ１、ＡＫＴ２、ＥＲＣＣ２、ＰＰＰ１Ｒ１３Ｌ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＧＮＡＳ、ＥＲＧ、ＥＲＢＢ４、ＢＡＲＤ１、ＲＮＡ５ＳＰ４９５、ＣＨＥＫ２、ＲＰ１－３０２Ｄ９．３、ＥＰ３００、ＲＮＵ６－６８８Ｐ、ＭＳＨ６、ＶＨＬ、ＭＫＲＮ２、ＡＴＲ、ＭＬＨ１、ＴＥＴ２、ＦＧＦ２、ＦＧＦＲ３、ＰＤＧＦＲＡ、ＫＤＲ、ＦＧＦ５、ＡＰＣ、ＨＭＧＸＢ３、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤＧＦＲＢ、ＦＧＦ１０、ＰＩＫ３Ｒ１、ＤＨＦＲ、ＲＯＳ１、ＨＩＶＥＰ１、ＥＳＲ１、ＢＹＳＬ、ＭＥＴ、ＳＭＯ、ＢＲＡＦ、ＤＰＰ６、ＣＡＲＤ１１、ＥＧＦＲ、ＣＡＳＣ１１、ＮＲＧ１、ＦＧＦＲ１、ＮＯＴＣＨ１、ＭＬＬＴ３、ＬＩＮＧＯ２、ＰＴＣＨ１、およびＡＲからなる群から選択される１以上のバイオマーカー（例えば、または２、３、４、５、６、７、８、９、または１０のまたはそれを超えるバイオマーカー）を含む。

いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫（ＬＭＳ）を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＣＤＫ４、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ５、ＭＹＣ、ＭＹＣＬ１、ＮＲＧ１、ＦＧＦ１、ＦＧＦ１４、ＪＡＫ２、ＫＲＡＳ、ＦＧＦ７、ＭＤＭ４、ＦＧＦ５、ＲＥＴ、ＡＬＫ、ＢＲＣＡ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＮＴＲＫ１、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、およびＴＭＰＲＳＳ２からなる群から選択される１以上のバイオマーカー（例えば、または２、３、４、５、６、７、８、９、または１０のまたはそれを超えるバイオマーカー）を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＡＬＫ、ＢＲＣＡ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＮＴＲＫ１、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、およびＴＭＰＲＳＳ２からなる群から選択される１以上のバイオマーカー（例えば、または２、３、４、５、６、７、８、９、または１０のまたはそれを超えるバイオマーカー）を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＡＬＫ、ＢＲＣＡ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＮＴＲＫ１、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、およびＴＭＰＲＳＳ２からなる群から選択される１以上のバイオマーカー（例えば、または２、３、４、５、６、７、８、９、または１０のまたはそれを超えるバイオマーカー）のアップレギュレーションを含む。

いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫（ＬＭＳ）を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＡＬＫ、ＢＡＲＤ１、ＢＲＣＡ２、ＣＣＮＥ１、ＣＤＫ４、ＦＧＦ１、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ５、ＦＧＦＲ３、ＦＬＴ３、ＪＡＫ２、ＫＲＡＳ、ＮＴＲＫ１、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＰＴＥＮ、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、およびＭＰＲＳＳ２からなる群から選択される１以上のバイオマーカー（例えば、または２、３、４、５、６、７、８、９、または１０のまたはそれを超えるバイオマーカー）を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＡＬＫ、ＢＲＣＡ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＮＴＲＫ１、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、およびＭＰＲＳＳ２からなる群から選択される１以上のバイオマーカー（例えば、または２、３、４、５、６、７、８、９、または１０のまたはそれを超えるバイオマーカー）におけるｍＲＮＡのアップレギュレーションを含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＦＧＦ１、ＪＡＫ２、ＫＲＡＳ、およびＰＴＥＮからなる群から選択される１以上のバイオマーカーの欠失（部分的または完全）を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＣＤＫ４、ＦＧＦ１０、およびＦＧＦ５からなる群から選択される１以上のバイオマーカーの重複を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＢＡＲＤ１、ＣＣＮＥ１、ＦＧＦ５、およびＲＥＴからなる群から選択される１以上のバイオマーカーにおける突然変異を含む。いくつかの実施形態において、突然変異は一塩基多型（ＳＮＰ）である。

いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫（ＬＭＳ）を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＣＤＫ４、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ５、ＭＹＣ、ＭＹＣＬ１、およびＮＲＧ１からなる群から選択される１以上のバイオマーカーにおけるコピー数変異体（ＣＮＶ）重複を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示す遺伝子シグネチャーは、ＦＧＦ１、ＦＧＦ１４、ＪＡＫ２、およびＫＲＡＳからなる群から選択される１以上のバイオマーカーにおけるＣＮＶ欠失を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＦＧＦ１４、ＦＧＦ７、ＭＤＭ４、ＭＹＣＬ１、およびＮＲＧ１からなる群から選択される１以上のバイオマーカーにおけるＣＮＶ重複およびＣＮＶ欠失を含む。

いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫（ＬＭＳ）を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＦＧＦ５およびＲＥＴからなる群から選択される１以上のバイオマーカーにおける一塩基変異体（ＳＮＶ）を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示す遺伝子シグネチャーは、ＡＬＫ、ＢＲＣＡ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＮＴＲＫ１、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、およびＴＭＰＲＳＳ２からなる群から選択される１以上のバイオマーカー（例えばまたは２、３、４、５、６、７、８、９、または１０のまたはそれを超えるバイオマーカー）におけるｍＲＮＡのアップレギュレーションを含む。

いくつかの実施形態において、平滑筋腫（ＬＭ）を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＦＧＦＲ２、ＫＬＬＮ、ＰＴＥＮ、ＡＴＭ、ＫＭＴ２Ａ、ＭＴＯＲ、ＮＲＡＳ、ＮＯＴＣＨ２、ＦＧＦ１９、ＡＰ００１８８８．１、ＦＧＦ３、ＭＲＥ１１Ａ、ＭＤＭ４、ＰＴＰＮ１１、ＳＤＣＣＡＧ８、ＦＧＦ６、ＥＲＢＢ３、ＭＤＭ２、ＮＡ、ＬＡＭＰ１、ＦＧＦ９、ＦＬＴ１、ＢＲＣＡ２、ＭＹＣＬ、ＲＰ１１－９８２Ｍ１５．２、ＭＰＬ、ＨＰＤＬ、ＳＬＣ３５Ｆ４、ＲＡＤ５１Ｂ、ＲＡＤ５１、ＩＤＨ２、ＴＳＣ２、ＳＬＸ４、ＣＲＥＢＢＰ、ＲＡＤ５１Ｌ３－ＲＦＦＬ、ＴＰ５３、ＲＢＦＯＸ３、ＳＴＫ１１、ＮＯＴＣＨ３、ＴＧＦＢＲ３、ＡＫＴ２、ＧＮＡＳ－ＡＳ１、ＥＲＧ、ＭＹＣＮＯＳ、ＢＡＲＤ１、ＥＰ３００、ＤＮＭＴ３Ａ、ＭＳＨ２、ＭＳＨ６、ＶＨＬ、ＲＡＦ１、ＰＩＫ３ＣＢ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＴＦＲＣ、ＭＬＨ１、ＢＡＰ１、ＴＥＴ２、ＦＧＦＲ３、ＰＤＧＦＲＡ、ＭＲＰＳ１８Ｃ、ＡＰＣ、ＨＭＧＸＢ３、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤＧＦＲＢ、ＦＧＦＲ４、ＦＧＦ１０、ＥＳＲ１、ＢＹＳＬ、ＣＣＮＤ３、ＳＭＯ、ＤＰＰ６、ＥＧＦＲ、ＣＤＫ６、ＭＹＣ、ＮＲＧ１、ＮＯＴＣＨ１、ＭＬＬＴ３、ＲＰ１１－１４５Ｅ５．５、ＪＡＫ２、ＧＮＡＱ、ＰＴＣＨ１、およびＡＲからなる群から選択される１以上のバイオマーカー（例えば、または２、３、４、５、６、７、８、９、または１０のまたはそれを超えるバイオマーカー）を含む。

いくつかの実施形態において、平滑筋腫（ＬＭ）を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＣＣＮＤ１、ＦＧＦＲ３、およびＭＥＴからなる群から選択される１以上のバイオマーカーを含む。いくつかの実施形態において、平滑筋腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＦＧＦＲ３におけるＣＮＶ重複を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＭＥＴにおけるＣＮＶ欠失を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＣＣＮＤ１およびＦＧＦＲ３におけるＣＮＶ重複、ならびにＭＥＴにおけるＣＮＶ欠失を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋腫を示すバイオマーカーシグネチャーは、ＣＣＮＤ１におけるＣＮＶ重複を含む。

いくつかの実施形態において、平滑筋腫（ＬＭ）を示すバイオマーカーシグネチャーは、ｃｈｒ１２－４５５１２４４におけるＴ－Ｇ突然変異を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋腫を示す遺伝子シグネチャーは、ｃｈｒ１１－９４１９２５９９におけるＧ－Ｔ突然変異を含む。

いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫（ＬＭＳ）を示すバイオマーカーシグネチャーは、ｃｈｒ１０－４３５９７８２７におけるＣ－Ａ突然変異を含む。いくつかの実施形態において、平滑筋肉腫を示す遺伝子シグネチャーは、ｃｈｒ４－８１２０６８９８におけるＴＡＡ－Ｔ突然変異を含む。

本開示の方法は、平滑筋肉腫を含まないと決定された後に平滑筋腫を除去するための細切除去術または他の外科的方法を含んでよい。筋腫組織塊（平滑筋腫）などの大きな組織塊は、従来、外科手術中に切り取られ、外科的切開によって患者からそのまま除去されることが周知である。これらの組織塊は容易に直径数センチメートルまたはそれを超え得る。最小浸潤性手術では、手術は一般に１センチメートル未満、多くの場合５ミリメートル以下の切開を用いて行う。よって、最小浸潤性手術を使用する傾向は、大きな組織塊を、１センチメートル以下の大きさであり得る開口部に合うような小さいサイズに縮小する必要を生み出した。大きな組織塊のサイズを縮小するための１つの一般的な手法が細切除去術であることが認識されるであろう。

細切除去医療装置は当技術分野で周知である。例えば、米国特許第５，０３７，３７９号；同第５，４０３，２７６号；同第５，５２０，６３４号；同第５，３２７，８９６号および同第５，４４３，４７２号に記載されている器具が本明細書において使用可能である（各特許は引用することにより本明細書の一部とされる）。これらの参照文献が示すように、切り取られた組織は細切（すなわち、減量）され、収集され、患者の身体から、例えば、外科用トロカールを経てまたは直接外科的切開部の１つを経て除去される。

機械的組織細切除去装置は、例えば、回転ブレードなどの鋭利なエンドエフェクターを用いて組織を切断する。電気外科式および超音波式組織細切除去装置は、組織を細切するためにエネルギーを使う。例えば、超音波式外科器具を使用して組織を断片化するためのシステムが"Physics of Ultrasonic Surgery Using Tissue Fragmentation", 1995 IEEE Ultrasonics Symposium Proceedings, 1597-1600頁に記載されている。

いくつかの実施形態において、細切した組織が細切除去術中および術後に身体の他の部分へ拡散しないようにするために組織検体バッグと合わせて細切除去術を行うことが望ましい場合がある。例えば、切り取った組織を細切する前に検体バッグに移すことができる。しかしながら、検体バッグを用いずに使用される組織細切除去装置もある。従って、検体バッグは、切り取られた組織を、細切除去術中に組織、または組織成分を腹腔中にこぼさずに保持するように設計される。組織細切除去装置ともに使用される検体バッグは、検体バッグの内容物がこぼれる可能性のある破れまたは切断がないように十分強くなければならないことは明らかであろう。

超音波式細切除去術器具は、特定の外科手術において使用するため、および特定のタイプの組織を減量するために特に有利であり得る。超音波式細切除去装置の平坦または丸い端部は、超音波エネルギーが組織を細切しつつ、検体バッグの意図しない切断または破れの可能性を低減し得る。引用することにより本明細書の一部とされる米国特許第５，４４９，３７０号は、検体バッグ内に入った組織を細切することができる平坦なチップを備えた超音波式外科用具を記載している。

いくつかの実施形態において、生体サンプルは、それが平滑筋腫遺伝子型または平滑筋肉腫遺伝子型を有するかどうかを定義するために使用することができる。この術前スクリーンは組織および／または液性生検であってよく、これは種々の態様において、血液または血漿などの液体生体サンプルにおいてＬＭＳおよび／またはＬＭに関してスクリーニングするために遺伝子型アッセイを行うことを含む。組織および／または液性生検が少なくともＬＭＳ遺伝子型を検出する場合は、平滑筋腫を治療するために細切除去術は推奨されない。

ここでは、当技術分野において既知であるかまたは記載のあるいずれの細切除去術ツールが企図され、例えば、細切除去術ツールは、例えば、米国特許第９，９５５，９２２号、同第９，８７７，７３９号、同第９，５３９，０１８号、同第９，０４４，２１０号、同第８，３０８，７４６号、および同第６，１６２，２３５号に記載され、それらはそれぞれ引用することにより本明細書の一部とされる。

キット
本開示はまた、本明細書に記載されている組成物ならびに／または診断方法および／もしくは臨床方法を含む説明書を含むキットおよび／またはパッケージに関する。

「キット」は、本発明の方法を行うためのいずれのシステムも指す。

本開示はまた、本明細書に記載されるようなバイオマーカーセットのレベルの測定において使用するためのキットおよびデバイスも提供する。このようなキットまたはデバイスは、表１～１０のいずれかに挙げられるバイオマーカーなどの標的バイオマーカーの遺伝子産物と特異的に結合する１以上の結合剤を含み得る。例えば、このようなキットまたは検出デバイスは、表１～１０から選択される１以上のタンパク質バイオマーカーに特異的な少なくとも１つの結合剤を含み得る。いくつかの場合では、キットまたは検出デバイスは、本明細書に記載されるタンパク質バイオマーカーセットの２つ以上のメンバーに特異的な結合剤を含む。

遺伝子の特定の発現産物（例えば、ＮＵＰＲ１、ＣＡＤＭ１、ＮＰＡＳ３、ＡＴＰ１Ａ１、および／またはＴＲＡＫ１；ＣＲＹＡＢ、ＮＦＡＴＣ２、ＢＭＰ２、ＰＭＡＩＰ１、ＺＦＹＶＥ２１、ＣＩＬＰ、ＳＬＦ２、ＭＡＴＮ２、および／またはＦＧＦ７）のレベルは、いずれの適当な方法によって評価してもよい。いくつかの実施形態において、特定の発現産物のレベルは、任意の固相支持体（例えば、１以上のチップ）を含む１以上のアッセイを用いて分析される。例えば、固相支持体（例えば、チップ）は、対象の、または対象に由来する少なくとも１つの（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０の、またはそれを超える）生体サンプルを分析するために使用され得る。

固相支持体（例えば、チップ）の断面は、１つの結合相手または２つ以上の結合相手で修飾してもよい。固相支持体は、いずれの様式で結合相手に連結させてもよい。限定されない例として、結合相手は、固相支持体の表面に結合（例えば、直接結合）させてもよいし、または、限定されるものではないが、表面のエポキシドを介した結合、表面に存在するアミン基またはカルボン酸基を用いたアミド結合の作出（すなわち、ＮＨＳＥＤＣ化学による）、チオールとチオール反応性基（すなわち、マレイミド基）の間の結合、アルデヒドとアミンの間のシッフ塩基の形成、表面に存在する無水物との反応、および／もしくは光活性化リンカーを介するものを含むいずれかの様式の適当なカップリング化学を介して共有結合させてもよい。

結合相手は、本組成物または方法に有用ないずれの結合相手であってもよい。例えば、結合相手は、タンパク質（天然アミノ酸または人工アミノ酸を有する）、天然塩基または人工塩基（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡを含む）から構成される１以上の核酸、糖、炭水化物、１以上の小分子（限定されるものではないが、ビタミン、ホルモン、補因子、ヘム基、キレート、脂肪酸、またはその他の既知の小分子、および／またはファージのうち１以上を含む）であり得る。

結合相手は、任意の様式で、限定されるものではないが、ピペットの使用、液体ディスペンサー、プロッター、ナノスポッター、ナノプロッター、アレイヤー、噴霧機構またはその他の好適な液体ハンドリングデバイスを含む任意のデバイスを用いて予め定義された場所に液滴を付着させることによって基質の表面に適用することができる。

いくつかの実施形態において、本方法および本組成物における使用のために適した抗体または抗原結合フラグメントが提供される。本組成物および本方法に有用なこのような抗体または抗原結合フラグメントを利用するイムノアッセイは、直接的形式または間接的形式のいずれかの競合的イムノアッセイまたは非競合的イムノアッセイであり得る。このようなイムノアッセイの限定されない例は、酵素結合イムノアッセイ（ＥＬＩＳＡ）、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）、サンドイッチアッセイ（免疫測定アッセイ）、フローサイトメトリーに基づくアッセイ、ウエスタンブロットアッセイ、免疫沈降アッセイ、免疫組織化学アッセイ、免疫顕微鏡アッセイ、ラテラルフロー免疫クロマトグラフィーアッセイ、およびプロテオミクスアレイである。例えば、結合相手は、無線毛上皮バイオマーカーＮＵＰＲ１、ＣＡＤＭ１、ＮＰＡＳ３、ＡＴＰ１Ａ１、および／もしくはＴＲＡＫ１のうち１以上；または間質バイオマーカーＣＲＹＡＢ、ＮＦＡＴＣ２、ＢＭＰ２、ＰＭＡＩＰ１、ＺＦＹＶＥ２１、ＣＩＬＰ、ＳＬＦ２、ＭＡＴＮ２、および／もしくはＦＧＦ７のうち１以上を含む対象タンパク質に対して特異性を有する抗体（またはそれらの抗体結合フラグメント）であり得る。

いくつかの実施形態において、オリゴヌクレオチド結合相手は、遺伝子の特定の発現産物のレベルを評価するために使用される。オリゴヌクレオチド結合相手は、既知のまたは使用されるいずれのタイプのものでもよい。限定されない例のセットとして、特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドプローブは、ＲＮＡオリゴヌクレオチド、ＤＮＡオリゴヌクレオチド、ＲＮＡオリゴヌクレオチドとＤＮＡヌクレオチドの混合物、および／またはＲＮＡとＤＮＡの混合物であり得るオリゴヌクレオチドであり得る。オリゴヌクレオチド結合相手は、天然であっても合成であってもよい。オリゴヌクレオチド結合相手は、いずれの長さのものでもよい。限定されない例のセットとして、オリゴヌクレオチド結合相手の長さは、約５～約５０ヌクレオチド、約１０～約４０ヌクレオチド、または約１５～約４０ヌクレオチドの範囲であり得る。アレイは、各標的遺伝子に特異的ないずれの数のオリゴヌクレオチド結合相手を含んでもよい。例えば、アレイは、各標的遺伝子に特異的な１０未満（例えば、９、８、７、６、５、４、３、２、または１）のオリゴヌクレオチドプローブを含み得る。別の例として、アレイは、各標的遺伝子に特異的な１０を超える、５０を超える、１００を超える、または１０００を超えるオリゴヌクレオチド結合相手を含み得る。

アレイはさらに、例えば、ミスマッチ対照オリゴヌクレオチド結合相手または対照抗体またはそれらの抗原結合フラグメントなどの対照結合相手を含み得る。ミスマッチ対照オリゴヌクレオチド結合相手が存在する場合、定量ステップは、オリゴヌクレオチド結合相手のそれぞれとその対応するミスマッチ対照結合相手の間のハイブリダイゼーションシグナル強度の違いを計算することを含み得る。対照抗体またはそれらの抗原結合フラグメントが存在する場合、定量ステップは、検討下の遺伝子（例えば、ＮＵＰＲ１、ＣＡＤＭ１、ＮＰＡＳ３、ＡＴＰ１Ａ１、および／またはＴＲＡＫ１；ＣＲＹＡＢ、ＮＦＡＴＣ２、ＢＭＰ２、ＰＭＡＩＰ１、ＺＦＹＶＥ２１、ＣＩＬＰ、ＳＬＦ２、ＭＡＴＮ２、および／またはＦＧＦ７）に対する抗体または抗原結合フラグメントと対照または「ハウスキーピング」抗体またはそれらの抗原結合フラグメントの間のハイブリダイゼーションシグナル強度の違いを計算することを含み得る。定量はさらに、各遺伝子に関してオリゴヌクレオチドプローブのそれぞれとその対応するミスマッチ対照プローブの間のハイブリダイゼーションシグナル強度の平均の違いを計算することを含み得る。

アレイ（例えば、チップ）は、いずれの数の分析領域を含んでもよい。限定されない例のセットとして、アレイは、１または２以上の（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、２５、３０、３５、４０の、またはそれを超える）分析領域を含み得る。各分析領域は、その中の基質部分に固定化されたいずれの数の結合相手を含んでもよい。限定されない例のセットとして、各分析領域は、その中の基質部分に固定化された１～１，０００の結合相手、１～５００の結合相手、１～２５０の結合相手、１～１００の結合相手、２～１，０００の結合相手、２～５００の結合相手、２～２５０の結合相手、２～１００の結合相手、３～１，０００の結合相手、３～５００の結合相手、３～２５０の結合相手、または３～１００の結合相手を含み得る。

限定されるものではないが、対象とする特定の抗原に結合する抗体または抗原結合フラグメントを含む結合相手は、例えば、固相支持体（例えば、チップ、担体、膜、カラム、プロテオミクスアレイなど）に結合させることにより固定化され得る。１セットの実施形態において、固相支持体を形成するために使用される材料は、４００～８００ｎｍの波長の光（例えば、可視域の光）で９０％を超える光透過率を有する。光透過率は、例えば、約２ｍｍ（または他の実施形態では、約１ｍｍまたは約０．１ｍｍ）の厚さを有する材料を通して測定され得る。いくつかの場合で、光透過率は、４００～８００ｎｍの波長の光で、８０％以上、８５％以上、８８％以上、９２％以上、９４％以上、または９６％以上である。いくつかの実施形態において、固相支持体を形成するために使用される材料は、４００～８００ｎｍの波長の光で、９９．９％以下、９６％以下、９４％以下、９２％以下、９０％以下、８５％以下、８０％以下、５０％以下、３０％以下、または１０％以下の光透過率を有する。また、上記に参照される範囲の組合せも可能である。

アレイは、実質的にいずれの形状の表面にも（例えば、アレイは平面であり得る）または複数の表面においても構成できる。本明細書に記載される組成物および方法に有用な固相支持体材料の限定されない例は、ガラス、プラスチック、エラストマー材料、膜、またはイムノアッセイを実施するために好適なその他の材料を含み得る。固相支持体は、１種類の材料から形成されてもよいし、または２種類以上の材料から形成されてもよい。

特定の固相支持体材料としては、限定されるものではないが、任意のタイプのガラス（例えば、溶融シリカ、ボロシリケートガラス、Ｐｙｒｅｘ（登録商標）、またはＤｕｒａｎ（登録商標））が挙げられる。一実施形態において、固相支持体は、ガラスチップである。固相支持体はまた、スパッタリング、ケイ素の酸化、などのプロセスによるか、またはシラン試薬の反応を介して産生されるガラスフィルムジオキシドでコーティングされた非ガラス基質（例えば、プラスチック基質）も含み得る。ガラス表面は、例えば、アミン末端シラン（アミノプロピルトリエトキシシラン）およびエポキシド末端シラン（グリシドオキシプロピルトリメトキシシラン）を含む官能基化シラン試薬でさらに修飾してもよい。

さらなる特定の固相支持体材料として、限定されるものではないが、熱可塑性ポリマーが挙げられ、ポリスチレン、ポリカーボネート、ポリメチルメタクリレート、環状オレフィンコポリマー、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリ塩化ビニル、ポリビニリデンジフルオリド、任意のフルオロポリマー（例えば、ポリテトラフルオロエチレン、テフロン（登録商標）としても知られる）、ポリ乳酸、ポリ（メチルメタクリレート）（ＰＭＭＡまたはアクリル系としても知られる；例えば、Ｌｕｃｉｔｅ（登録商標）、Ｐｅｒｓｐｅｘ（登録商標）、およびＰｌｅｘｉｇｌａｓ（登録商標））、およびアクリロニトリルブタジエンスチレンのうち１以上を含み得る。

さらなる特定の固相支持体材料としては、限定されるものではないが、ポリシロキサン（ポリジメチルシロキサンなどのシリコン）およびゴム（ポリイソプレン、ポリブタジエン、クロロプレン、スチレン－ブタジエン、ニトリルゴム、ポリエーテルブロックアミド、エチレン－酢酸ビニル、エピクロロヒドリンゴム、イソブテン－イソプレン、ニトリル、ネオプレン、エチレン－プロピレン、およびハイパロン）を含む１以上のエラストマー材料が挙げられる。

さらなる特定の固相支持体材料としては、限定されるものではないが、デキストラン、アミロース、ナイロン、フッ化ポリビニリデン（ＰＶＤＦ）、ガラスファイバー、および天然セルロースまたは修飾セルロース（例えば、セルロース、ニトロセルロース、ＣＮＢｒ活性化セルロース、ならびにポリアクリルアミド、アガロース、および／または磁鉄鉱で修飾されたセルロース）などの１以上の膜基質が挙げられる。支持体の性質は、固定されていてもまたは溶液中に懸濁していてもよい（例えば、ビーズ）。

いくつかの実施形態において、固相支持体（例えば、チップ）の材料および寸法（例えば、厚さ）は、水蒸気に対して実質的に不浸透性である。いくつかの実施形態において、カバーもまた存在し得る。いくつかの実施形態において、カバーは水蒸気に対して実質的に不浸透性である。例えば、固相支持体（例えば、チップ）は、金属箔、特定のポリマー、特定のセラミックスおよびそれらの組合せなどの高い防湿性を提供することが知られている材料を含むカバーを含み得る。水蒸気透過性が低い材料の例を以下に示す。他の場合では、材料は少なくとも一部にはチップの形状および／または構成に基づいて選択される。例えば、ある材料は平面デバイスを形成するために使用することができ、他の材料は、曲面のまたは不規則な形状のデバイスを形成するためにより好適である。

本明細書に記載されるいずれかの組成物の一区画または成分の全てまたは一部を形成するために使用される材料は、例えば、約５．０ｇ・ｍｍ／ｍ^２・ｄ未満、約４．０ｇ・ｍｍ／ｍ^２・ｄ未満、約３．０ｇ・ｍｍ／ｍ^２・ｄ未満、約２．０ｇ・ｍｍ／ｍ^２・ｄ未満、約１．０ｇ・ｍｍ／ｍ^２・ｄ未満、約０．５ｇ・ｍｍ／ｍ^２・ｄ未満、約０．３ｇ・ｍｍ／ｍ^２・ｄ未満、約０．１ｇ・ｍｍ／ｍ^２・ｄ未満、または約０．０５ｇ・ｍｍ／ｍ^２・ｄ未満の水蒸気透過性を有し得る。いくつかの場合で、水蒸気透過性は、例えば、約０．０１ｇ・ｍｍ／ｍ^２・ｄ～約２．０ｇ・ｍｍ／ｍ^２・ｄ、約０．０１ｇ・ｍｍ／ｍ^２・ｄ～約１．０ｇ・ｍｍ／ｍ^２・ｄ、約０．０１ｇ・ｍｍ／ｍ^２・ｄ～約０．４ｇ・ｍｍ／ｍ^２・ｄ、約０．０１ｇ・ｍｍ／ｍ^２・ｄ～約０．０４ｇ・ｍｍ／ｍ^２・ｄ、または約０．０１ｇ・ｍｍ／ｍ^２・ｄ～約０．１ｇ・ｍｍ／ｍ^２・ｄであり得る。水蒸気透過性は例えば、９０％相対湿度（ＲＨ）で４０℃にて測定され得る。本組成物または本方法においては、上述の水蒸気透過性のいずれかを有する材料の組合せが使用可能である。

いくつかの実施形態において、固相支持体（例えば、チップ）および／またはカバーの材料および寸法は可変である。例えば、チップは、１以上の領域（例えば、液体収容領域）を提供するように構成することができる。特定の実施形態において、チップは、２つ以上の領域（例えば、液体収容領域）を提供するように構成することができる。特定の実施形態において、これらの領域の２つ以上が、他の領域から流動的に分離されている。一実施形態において、これらの領域の全てが他の領域から流動的に分離されている。いくつかの実施形態において、これらの領域の全てが流動的に接続している。チップはいずれの数の液体収容領域を含んでいてもよい。非限定例として、チップは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０の液体収容領域を含んでよく、それらはそれぞれ互いに流動的に分離されていてよい。他の実施形態において、チップは、互いに流動的に接続している１、２、３、４、５、６、７、８、９、または１０の液体収容領域を含んでよい。

本明細書に記載される固相支持体（例えば、チップ）は、化学反応および／または生体反応または他のプロセスなどの分析を行うために好適な体積を持ち得る。固相支持体の全体積は、例えば、任意の試薬貯蔵エリア、分析領域、液体収容領域、廃液エリア、ならびに１以上の識別子を含み得る。いくつかの実施形態において、少量の試薬およびサンプルが使用され、液体収容領域の全体積は、例えば、１０ｍＬ以下、５ｍＬ以下、１ｍＬ以下、５００μＬ以下、２５０μＬ以下、１００μＬ以下、５０μＬ以下、２５μＬ以下、１０μＬ以下、５μＬ以下、または１μＬ以下である。いくつかの実施形態において、少量の試薬およびサンプルが使用され、液体収容領域の全体積は、例えば、少なくとも１０ｍＬ、少なくとも５ｍＬ、少なくとも１ｍＬ、少なくとも５００μＬ、少なくとも２５０μＬ、少なくとも１００μＬ、少なくとも５０μＬ、少なくとも２５μＬ、少なくとも１０μＬ、少なくとも５μＬ、または少なくとも１μＬである。上記に参照される値の組合せもまた可能である。

固相支持体（例えば、チップ）の長さおよび／または幅は、例えば、３００ｍｍ以下、２００ｍｍ以下、１５０ｍｍ以下、１００ｍｍ以下、９５ｍｍ以下、９０ｍｍ以下、８５ｍｍ以下、８０ｍｍ以下、７５ｍｍ以下、７０ｍｍ以下、６５ｍｍ以下、６０ｍｍ以下、５５ｍｍ以下、５０ｍｍ以下、４５ｍｍ以下、４０ｍｍ以下、３５ｍｍ以下、３０ｍｍ以下、２５ｍｍ以下、または２０ｍｍ以下であり得る。いくつかの実施形態において、チップの長さおよび／または幅は、例えば、少なくとも３００ｍｍ、少なくとも２００ｍｍ、少なくとも１５０ｍｍ、少なくとも１００ｍｍ、少なくとも９５ｍｍ、少なくとも９０ｍｍ、少なくとも８５ｍｍ、少なくとも８０ｍｍ、少なくとも７５ｍｍ、少なくとも７０ｍｍ、少なくとも６５ｍｍ、少なくとも６０ｍｍ、少なくとも５５ｍｍ、少なくとも５０ｍｍ、少なくとも４５ｍｍ、少なくとも４０ｍｍ、少なくとも３５ｍｍ、少なくとも３０ｍｍ、少なくとも２５ｍｍ、または少なくとも２０ｍｍであり得る。上記に参照される値の組合せもまた可能である。いくつかの実施形態において、固相支持体（例えば、チップ）の厚さは、例えば、５ｍｍ以下、３ｍｍ以下、２ｍｍ以下、１ｍｍ以下、０．９ｍｍ以下、０．８ｍｍ以下、０．７ｍｍ以下、０．５ｍｍ以下、０．４ｍｍ以下、０．３ｍｍ以下、０．２ｍｍ以下、または０．１ｍｍ以下であり得る。いくつかの実施形態において、固相支持体（例えば、チップ）の厚さは、例えば、少なくとも５ｍｍ、少なくとも３ｍｍ、少なくとも２ｍｍ、少なくとも１ｍｍ、少なくとも０．９ｍｍ、少なくとも０．８ｍｍ、少なくとも０．７ｍｍ、少なくとも０．５ｍｍ、少なくとも０．４ｍｍ、少なくとも０．３ｍｍ、少なくとも０．２ｍｍ、または少なくとも０．１ｍｍであり得る。上記に参照される値の組合せもまた可能である。１以上の固相支持体（例えば、チップ）は、任意の好適なデバイスによって同時に分析され得る。１以上の固相支持体（例えば、チップ）とともに、それらを分析装置に挿入し、しっかり保持するために、アダプターが使用可能である。

いくつかの実施形態において、固相支持体（例えば、チップ）は、１以上の識別子を含む。いずれの方法またはタイプの識別も使用可能である。例えば、識別子は、限定されるものではないが、バーコードまたはＲＦＩＤタグなどのいずれのタイプのラベルであってもよい。識別子は名称、患者番号、社会保障番号、または他のいずれかの対象の識別方法であってもよい。識別子はまた、臨床現場において有用ないずれのタイプの無作為化識別子であってもよい。

本明細書に記載される固相支持体（例えば、チップ）およびそれらの各成分は例示であって、他の構成および／またはタイプの固相支持体（例えば、チップ）および成分も、本明細書に記載されるシステムおよび方法とともに使用できることが理解されるべきである。

（例えば、タンパク質または限定されるものではないが、抗原結合抗体複合体を含む他の対象物質の結合の結合を検出するための）１以上の結合相手の結合は、当技術分野で公知の任意の方法によって定量することができる。定量は、例えば、抗体に結合した活性分子の検出またはインターロゲイションによって行うことができる。２つ以上のアッセイが連続する領域で行われる多重形式において、各アッセイに関連するシグナルは、他のアッセイとは異ならなければならない。限定されるものではないが、（１）実質的にオーバーラップしないスペクトルおよび／または電気化学的特性を有する標識の使用：（２）トレーサー自体に近接して結合したまたは付着したままとなるシグナル増幅化学の使用を含む当技術分野で公知のいずれの好適な戦略も使用可能である。

いくつかの実施形態において、標識された結合相手（例えば、抗体または抗原結合フラグメント）は、結合を検出すためにトレーサーとして使用可能である（例えば、抗原結合抗体複合体を使用する）。本方法および本組成物に有用であり得る標識のタイプの例としては、酵素、放射性同位元素、コロイド金属、蛍光化合物、磁気、化学発光化合物、電気化学発光基、金属ナノ粒子、および生物発光化合物が挙げられる。放射性標識結合相手（例えば、抗体）は、既知のいずれかの方法を用いて調製することができ、^１５３Ｅｕ、^３Ｈ、^３２Ｐ、^３５Ｓ、^５９Ｆｅ、または^１２５Ｉなどの放射性同位体とカップリングすることを含んでよく、その後、それをガンマカウンター、シンチレーションカウンターまたはオートラジオグラフィーによって検出することができる。あるいは、結合相手（例えば、抗体または抗原結合断片）は、酵母アルコールデヒドロゲナーゼ、セイヨウワサビペルオキシダーゼ、アルカリ性ホスファターゼなどの酵素によって標識し、その後、現像し、分光光度的にまたは視覚的に検出することができる。標識は色素原を検出可能な発色団に反応させるために使用することができる（例えば、色素原が沈澱する色素である場合）。

好適な蛍光標識としては、限定されるものではないが、フルオレセイン、フルオレセインイソチオシアネート、フルオレスカミン、ローダミン、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ（登録商標）色素（例えば、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ（登録商標）３５０、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ（登録商標）４０５、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ（登録商標）４３０、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ（登録商標）４８８、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ（登録商標）５１４、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ（登録商標）５３２、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ（登録商標）５４６、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ（登録商標）５５５、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ（登録商標）５６８、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ（登録商標）５９４、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ（登録商標）６１０、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ（登録商標）６３３、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ（登録商標）６３５、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ（登録商標）６４７、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ（登録商標）６６０、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ（登録商標）６８０、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ（登録商標）７００、ＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ（登録商標）７５０、またはＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ（登録商標）７９０）、限定されるものではないが、Ｃｙ２、Ｃｙ３、Ｃｙ３．５、Ｃｙ５、Ｃｙ５．５、Ｃｙ７、およびＣｙ７．５などのシアニン色素が挙げられる。標識は時間分解蛍光（ＴＲＦ）原子（例えば、ＴＲＦ収率を上げるための適当なリガンドを伴うＥｕまたはＳｒ）でもあり得る。蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）を生じ得る２以上の蛍光団も使用可能である。好適な化学発光標識としては、限定されるものではないが、アクリジニウムエステル、ルミノール、イミダゾール、シュウ酸エステル、ルシフェリン、および任意の他の類似の標識が挙げられる。

使用に好適な電気化学発光基は、限定されない例として、ルテニウムおよび類似の基が挙げられる。金属ナノ粒子もまた標識として使用可能である。金属ナノ粒子は金属増強反応を触媒するために使用し得る（例えば、銀増強のための金コロイド）。

本明細書に記載されるまたは本分野で公知の標識はいずれも共有結合的または非共有結合的手段を用いてトレーサーに連結することができる。標識はビーズ（例えば、プレーンビーズ、中空ビーズ、または強磁性コアを有するビーズを含む）のような物体上、または内部に存在してよく、ビーズは次に結合相手（例えば、抗体またはその抗原結合フラグメント）に結合される。標識はまた、限定されるものではないが、アップコンバージョン燐光システム、ナノドット、量子ドット、ナノロッド、および／またはナノワイヤを含むナノ粒子であってよい。抗体に連結される標識はまた核酸であってもよく、これを次に光学的、電気的または電気化学的手段のうち１以上による定量の前に増幅させることができる（例えばＰＣＲを使用）。

いくつかの実施形態において、結合相手は結合複合体の形成前に固相支持体上に固定化される。他の実施形態において、抗体および抗原結合フラグメントの固定化は、結合複合体の形成後に行われる。

一実施形態において、本明細書に開示されるイムノアッセイ法は、結合相手（例えば、抗体または抗原結合フラグメント）を固相支持体（例えば、チップ）に固定化すること；サンプル（例えば、子宮内膜流体サンプル）を固相支持体に、サンプル中に存在する場合は、バイオマーカー（例えば、タンパク質）の発現産物の、１以上の結合相手（例えば、１以上の抗体または抗原結合フラグメント）への結合を可能とする条件下で適用すること；固相支持体から余分なサンプルを除去すること；結合した複合体を、（例えば、発現産物の、抗原に結合した固定化抗体または抗原結合フラグメントへの）結合を可能とする条件下で検出すること（例えば、検出可能なように標識された抗体または抗原結合フラグメントを使用）；固相支持体を洗浄すること、および標識に関してアッセイすることを含む。

試薬は、様々な時間、チップ内またはチップ上に貯蓄することができる。例えば、試薬は、１時間より長く、６時間より長く、１２時間より長く、１日より長く、１週間より長く、１か月より長く、３か月より長く、６か月より長く、１年より長く、または２年より長く貯蓄することができる。所望により、チップは、貯蔵を延長するために好適な様式で処理することができる。例えば、試薬を中に含んで貯蓄しているチップを真空封止、暗黒環境で貯蓄、および／または低温（例えば、４℃または０℃）で貯蓄してもよい。貯蓄の長さは、使用する特定の試薬、貯蓄される試薬の形態（例えば、湿潤または乾燥）、基板層およびカバー層を形成するために使用される寸法および材料、基板層およびカバー層を接着する方法、ならびにチップを全体としてどのように処理するか、または貯蓄するかなどの１以上の因子によって決まる。固相支持体材料上での試薬（例えば、液体または乾燥試薬）の貯蓄は、使用前または包装中におけるチップのカバーおよび／または封止を含み得る。

本明細書に記載されるいずれの固体状のアッセイデバイスもキットに含まれてよい。キットは、このようなデバイスに有用ないずれの包装を含んでもよい。キットは任意の形式または言語での使用に関する説明書を含み得る。キットはまた、使用者に１以上の場所（物理的または電子的）からさらなる説明書を得るように指示してもよい。含まれる説明書は、ヒト患者などの対象から採取した生体サンプル中のバイオマーカーセット（例えば、タンパク質バイオマーカーまたは核酸バイオマーカー）のレベルを測定するためのキット内に含まれる成分をどのように使用するかの説明を含む。キットの使用に関する説明書は一般に、各成分の量および本明細書に記載されるアッセイ方法を実施するために好適な条件についての情報を含む。

キット中の成分は単位用量、バルクパッケージ（例えば、多用量パッケージ）、または部分単位用量であり得る。キットはまた、本明細書に記載されるような１以上のバッファー、限定されるものではないが、コーティングバッファー、ブロッキングバッファー、洗浄バッファー、および／または停止バッファーも含み得る。

本開示のキットは好適な包装中にある。好適な包装としては、限定されるものではないが、バイアル、ボトル、ジャー、フレキシブルパッケージング（例えば、封止マイラーまたはプラスチックバッグ）などが挙げられる。また、ＰＣＲ機、核酸アレイ、またはフローサイトメトリーシステムなどの特定のデバイスと併用するためのパッケージも企図される。

キットは、所望により、対照および／または標準または参照サンプルなどの解釈情報などのさらなる構成要素も提供し得る。通常、キットは、容器と、容器上または容器に伴った標識または添付文書を含む。いくつかの実施形態において、本開示は、上記のキットの内容物を含む製品を提供する。

実施例
材料および方法
ホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）サンプルからの合計１３ＬＭおよび１３ＬＭＳを収集し、処理し、世界保健機関基準^{３５，３６}に従って組織学的確定を行った。初期診断されたＬＭＳの１つは分子解析およびその後の組織学的バリデーション後に炎症性筋線維芽細胞腫瘍（ＩＭＴ、サンプルＩＭＴ０１）と確定されたことに留意されたい。この研究はラフェ大学病院の治験審査委員会によって承認された（２０１６／０１１８）。

ＩｌｌｕｍｉｎａＴｒｕＳｉｇｈｔＴｕｍｏｒ１７０キットを固形腫瘍関連遺伝子のＤＮＡおよびＲＮＡコード領域の標的化シーケンシングに使用した。点突然変異およびインデルを含む小変異体の生物学的解析をＰｉｓｃｅｓにより実施した^３７。ＣＮＶはＣＲＡＦＴにより検出した。加えて、ＲＮＡＳｐｌｉｃｅＶａｒｉａｎｔＣａｌｌｅｒソフトウエアをスプライス変異体のコーリングに用い、差次的発現解析を、Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒソフトウエア^３９からのｅｄｇｅＲパッケージ^３８を用いて実施した。最後に、融合遺伝子を、ＭａｎｔａＲＮＡＦｕｓｉｏｎＣａｌｌｉｎｇソフトウエアを用いて同定し、ＩＨＣおよびＦＩＳＨによってバリデートした。

実施例１－患者の特徴
ＬＭ診断を受けた患者は年齢中央値が４３歳（範囲：３０～４８歳）であり、ＬＭＳ患者は５５歳（範囲：４４～６７歳）であった。全腫瘍を一次切除の際に採取し、ＬＭＳ腫瘍の５０％が高いグレードであった。腫瘍サイズは、ＬＭでは１２～１５０ｍｍ（中央値７１．６±９．４ｍｍ）、およびＬＭＳでは８０～２３０ｍｍ（中央値１６０±３２．９ｍｍ）と様々であった（表１）。組織学的情報は、ＬＭＳサンプルにおける壊死は約６９％であり、高い有糸分裂活性を有するのは約７８％であると推定された（表２）。

実施例２－平滑筋腫および平滑筋肉腫の比較ゲノム解析
ＬＭサンプルとＬＭＳサンプルの間の体細胞突然変異の比較スクリーニングを行った。平均被覆率は３５３５倍の平均深度に達し、最小被覆率は６リードであった。ＬＭでは、８２の遺伝子に平均２０の突然変異が、ＬＭＳサンプルでは、１０５の遺伝子に２２の突然変異が見られた（表３）。ＬＭ群は～３％の欠失、～９％の挿入、および～８８％のＳＮＰを表し、ＬＭＳでは、約５％が欠失であり、～９％が挿入であり、～８６％がＳＮＰである。ＩＭＴ０１に関しては、８つの遺伝子に１０の突然変異が見られ、～１０％の欠失および～９０％のＳＮＰを含んでいた（表３）。

次に、少なくとも２つのＬＭ腫瘍またはＬＭＳ腫瘍における特定の変異体に着目した。ＬＭにおいて最も頻繁に影を受けた変異体はＦＧＦ６およびＭＲＥ１１Ａであり、それぞれ４サンプルおよび２サンプルが影響を受けていた。ＬＭＳにおいて、ＲＥＴおよびＦＧＦ５は、最もよく影響を受けた遺伝子であり、３サンプルが影響を受けていた（表４）。

ＣＮＶの比較分析は、ＬＭ（４６％）症例に比べてＬＭＳではＣＮＶがより多かった（６９％）ことを示した（図１Ａ；表５）。興味深いことに、それらの分布が検体群および遺伝子によって表した場合、ＬＭＳにおいて最高のヘテロ性が見られ、ＬＭよりも欠失および重複が多かった（図ＩＢ、１Ｃ）。ペアワイズ比較は有意差を示した（ｐ≦０．０５）。

ＬＭにおける最も頻繁な重複は、染色体１１および染色体４におけるものであり、ＣＣＮＤ１およびＦＧＦＲ３に影響を及ぼしていたが、最も頻繁な欠失は染色体７で検出され、ＭＥＴに影響を及ぼしていた。ＬＭＳサンプルでは、染色体５、染色体９、および染色体１２が最も影響を受け、欠失はＦＧＦ１、ＪＡＫ２およびＫＲＡＳを包含していた。ＬＭＳにおいて最も頻繁に増幅されていた遺伝子は、それぞれ染色体１２、染色体５、染色体４および染色体８上のＣＤＫ４、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ５およびＭＹＣであった。ＬＭＳ群における重複および欠失は、ＦＧＦ１４、ＦＧＦ７、ＭＤＭ４、ＭＹＣＬ１、およびＮＲＧ１におけるものであった（図１Ｃ；表６）。ＩＭＴサンプルに関して、ＣＣＮＤ３、ＥＲＢＢ３、ＦＧＦ７、ＪＡＫ２、ＮＲＡＳ、ＲＡＦ１に影響を及ぼしている６つの欠失およびＦＧＦ１０およびＦＧＦＲ４を含む２つの重複が見られた。

遺伝子改変は、ＣＣＤＮ１、ＥＲＣＣ１、ＦＧＦＲ１、ＦＧＦＲ３、およびＰＴＥＮにおいてはＬＭとＬＭＳとで共通であった。ＥＲＣＣ１およびＦＧＦＲ１はＬＭにおける欠失によって影響を受けていたが、これらの遺伝子はＬＭＳにおいては重複していた。逆に、ＦＧＦＲ３はＬＭでは重複を示し、ＬＭＳでは欠失を示し、一方、ＣＣＮＤ１およびＰＴＥＮに関してはＬＭとＬＭＳで違いは検出されなかった。最後に、ＬＭでは４つのＣＮＶが見られたが、ＬＭＳでは例外なく２９のＣＮＶが存在していた（図ＩＤ）。

主成分分析（ＰＣＡ）は、ＬＭサンプルおよびＬＭＳサンプルは、アウトライアーと考えられるＬＭＳ１２以外は、起源組織に応じて別個にクラスター化されたことを示した（図２Ａ）。興味深いことに、ＬＭＳと初期診断されたＩＭＴ０１はＬＭサンプルに分類され、さらなる分子サブタイプであることが示唆された。教師無しの階層的クラスター分析は、ＰＣＡクラスタリング構造を再形成した（図２Ｂ）。従前に見られたように、ＬＭ検体は、１３のサンプルを包含するホモクラスターに分類されたが、ＬＭＳサンプルはよりヘテロであった。具体的には、１０のＬＭＳサンプルを含む１つの主要クラスターが見られ、別の２つのサンプル（ＬＭＳ０８およびＬＭＳ１３）は別にクラスターをなし、ＬＭＳ１２はＣＣＤＮ１における明瞭に異なる変異によって特徴付けられるアウトライアーと見なされた（図２Ｂ）。ＩＭＴサンプルは、ＡＫＴ２、ＡＬＫおよびＦＧＦ７における特定の変異がＬＭ群およびＬＭＳ群とは別のクラスターをなすことを示し、異なる分子サブタイプを裏付けることに留意されたい。

平滑筋腫（ＬＭ）および平滑筋肉腫（ＬＭＳ）に関するバイオマーカーの好ましいセットをそれぞれ表７および８に示す。

実施例３－平滑筋腫および平滑筋肉腫において差次的に発現される遺伝子
トランスクリプトームシーケンシング結果は３群を特定した：ＬＭＳサンプルを含むホモ群（クラスター１）、ＬＭからなるホモ群（クラスター２）ならびにＬＭ、ＬＭＳおよびＩＭＴサンプルにより構成されるヘテロ群（クラスター３；図３Ａ）。教師なしの階層的クラスタリングも３つの発現クラスターをカテゴリーとした。クラスター１では、ＬＭＳサンプルが一緒に同じ群に入り、クラスター２は、ＬＭサンプルを含むホモ群と一致し、クラスター３は、ＬＭＳサンプルのいくつか、ＩＭＴ検体および２つのＬＭサンプル（１７ＬＭおよび２５ＬＭ）を含み、従前の結果を裏付けた（図３Ｂ）。

次に、標的化可能な表差次的発現をＬＭＳおよびＬＭにおいて特定した。全体的に見れば、５５の遺伝子のうち１１－ＡＬＫ、ＢＲＣＡ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＮＴＲＫ１、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、およびＴＭＰＲＳＳ２は、ＬＭに比べてＬＭＳでは有意にアップレギュレーションされていた（ｐ≦０．０．５）（図３Ｃ；表９）。これらの差次的に発現される遺伝子を次に、少なくとも２つのアノテーション済みの遺伝子を含む経路のみを考慮して分子機能および生体プロセスに関して評価した。関連付けられた機能のＫＥＧＧデータベース分析は、癌における転写調節不全および中心炭素代謝ならびにＲＡＳ／ＭＡＰＫおよびＰＩ３Ｋ－ＡＫＴシグナル伝達経路および甲状腺癌（ｐ≦０．０５；図７Ａ）に関与する経路の過剰発現を明らかにした。さらに、遺伝子オントロジー（ＧＯ）エンリッチメント解析は、腫瘍形成プロセスに関与する主要な分子機能としてのタンパク質チロシンキナーゼ活性（図７Ｂ）、ならびに主要な生体プロセスとしてのペプチジル－チロシン修飾リン酸化（図７Ｃ）を示した。

実施例４－新規なＡＬＫ受容体チロシンキナーゼ－テンシン１の融合
ＲＮＡ－ｓｅｑを、ペアエンドシーケンシングを用いて実施し、ＴＳＴ１７０パネルによって標的化された５５の遺伝子から最小閾値スコア≧０．９８を満たす融合転写産物を検出することができた。ＬＭＳ０１と初期診断された１つのサンプルＩＭＴ０１は、ＡＬＫ受容体チロシンキナーゼテンシン１（ＴＮＳ１）融合を示した（図４Ａ）。ＩＨＣおよびＦＩＳＨを用いてＡＬＫの再配列を評価した^{４０，４１}。示されるように、ＩＨＣ（図４Ｂ）は、拡散した強いＡＬＫ陽性染色を示し、これはＦＩＳＨによってＡＬＫ転座であると確定された（図４Ｃ）。

実施例５－特定の経路および標的可能な突然変異に関する統合的鑑別プロファイル
ＣＮＶ、小変異体、および遺伝子発現データからの全ての結果の統合は、少なくとも１０の腫瘍において検出された突然変異を伴う５つの遺伝子－ＦＧＦＲ４、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＲＯＳ１およびＴＭＰＲＳＳ２ならびに少なくとも２つの腫瘍において変異した１８の遺伝子（７８％）を明らかにした（図５）。興味深いことに、ＰＡＸ３は、ｍＲＮＡのアップレギュレーション（上方調節）をもたらす、最も高頻度に突然変異を受けた遺伝子であったが、ＮＲＧ１もまたＣＮＶレベルで変化していた。全体的に見れば、ＬＭＳ０２およびＬＭＳ０４にあまり変異はなく、腫瘍の８５％が少なくとも１１の突然変異によって影響を受け、腫瘍形成の複雑性を示す（図５）。

ＫＥＧＧデータベースは主として癌および細胞周期に関連した２０の経路を特定し、最も代表的なものはＰＩ３Ｋ／ＡＫＴ経路である（図６Ａ）。主要なアップレギュレーション遺伝子は、統合的分析ならびにＲＡＳ／ＲＡＰ１シグナル伝達経路、ＭＡＰＫ、およびｐ５３などの他の代表的経路との相互作用から特定された（図６Ｂ）。

ＬＭＳに関して関連付けられた分子機能（図６Ｃ、６Ｄ）および生体プロセス（図６Ｅ、６Ｆ）は、興味深い関連を有する関係ネットワークを確立した。分子機能ネットワークは５つの重要なカテゴリーを強調した：タンパク質－チロシンキナーゼ活性、ｒａｓグアニル－ヌクレオチド交換因子活性、膜貫通型受容体タンパク質チロシンキナーゼ活性、ホスファチジルイノシトールビスリン酸３－キナーゼ活性およびホスファチジルイノシトール－４－５－ビスリン酸３－キナーゼ活性（図６Ｃ）。全ての機能が、２つ以上の機能に属す統合遺伝子によって関連付けられた。具体的には、ＦＧＦファミリーの遺伝子が全ての機能で共有されていた（図６Ｄ）。生体プロセスに関して、ペプチジル－チロシン修飾およびリン酸化ならびにイノシトール脂質／リン酸媒介シグナル伝達は、ＡＬＫ、ＦＬＴ３、ＲＯＳ１、ＲＥＴ、ＮＴＲＫ１、ＪＡＫ２、およびＦＧＦファミリー遺伝子によって調節される最も代表的なプロセスであり（図６Ｅ）、これらは分子機能に関して見られたものより多くの機能を共有していた（図６Ｆ）。

実施例１～５の注目すべき点
主要な所見
本開示は、臨床医が、子宮筋層腫瘍／子宮新生物、例えば、ＬＭ、ＬＭＳおよびＩＭＴの鑑別分子診断を実施するための新規ツールにおいて、ゲノムツール、遺伝子変異体および潜在的トランスクリプトームマーカーおよびゲノムマーカーを利用することを可能とする革新的ツールを提供する。これは、見かけ上の良性腫瘍が実際にはまれではあるがはるかに危険な悪性新生物であるリスクを評価するために臨床医が使用可能なツールを提供することによって、一般的な子宮新生物に対する現行の臨床アプローチにおける主要な問題に解決策を提供する。本発明者らによって開発されたデータベースに基づき、新生物組織に起源するＤＮＡおよびＲＮＡの「次世代シーケンシング」によって主として導かれる診断ツールは子宮ＬＭＳおよび子宮ＬＭを鑑別することが提案され、これは組織学的技術または他の現行の診断法によって達成できない方法である。

関連の結果
多くの遺伝子がいくつかのタイプのバリエーションを介して腫瘍進行に影響を及ぼし得る^{４２－４８}。これらの所見は、ＬＭＳはＬＭよりも不安定であり、より高い罹患率およびヘテロ性を有することを示す。特に、ＣＮＶに関して分析されたほとんどの症例で、線維芽細胞成長遺伝子（ＦＧＦ１）、ＫＲＡＳのような癌原遺伝子およびＪＡＫ２などの非受容体型チロシンキナーゼ遺伝子を含むいくつかの染色体領域には、獲得よりもむしろ喪失が存在することも示された。加えて、２９はもっぱらＬＭＳの遺伝子において影響を及ぼし、４つのみがＬＭに存在した。

ＰＣＡはデータの全体像の獲得を可能とし、同じ腫瘍タイプを有するサンプルは一緒にクラスターをなし、アウトライアーは２つのみであった：ＬＭＳ１２およびＩＭＴ０１（ＬＭＳ０１と初期診断された）とともにクラスター化された。これらの結果は、その後、２つの主要分岐（１つはＬＭの強固なクラスターを含み（クラスター１）、およびもう１つは大多数のＬＭＳを含む（クラスター２））に分かれた関連のデンドログラムで確認された。ＬＭＳ０８およびＬＭＳ１３はＬＭとＬＭＳの中間パターンを有し、さらなる分子サブタイプを示唆することに留意されたい。しかしながら、それらは商業的に得られたことから、結果をバリデートし、ならびにそれらの臨床プロファイルを得るにはいくつかの制限がある。逆に、ＩＭＴ０１はさらなる分子サブタイプに相当することが確認された。

トランスクリプトームレベルで、ＬＭＳサンプルを含むホモ群（クラスター１）、ＬＭによって構成されるホモ群（クラスター２）および最後に、ＬＭ、ＬＭＳおよびＩＭＴ検体により構成されるヘテロな群（クラスター３）の３群が特定され、これらは階層的クラスタリングおよび遺伝子セットエンリッチメントによって確認された。加えて、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＲＯＳ１、およびＴＭＰＲＳＳ２の差次的発現は、アウトライアーを分類することに寄与し得る。中間パターンを有するサンプルの深い分析は重要であり、さらなる臨床分析の推定警告として考えられるべきである。この意味で、癌において転写調節不全および中心炭素代謝に関与する経路は過剰発現されていたことから、ＧＯおよび遺伝子セットエンリッチメント解析は、これらの個々の遺伝子に関する構造化機能および生体プロセス情報を提供する。加えて、細胞増殖、生存、およびアポトーシスなど、癌関連プロセスに重要な役割を果たすＲＡＳ／ＭＡＰＫおよびＰＩ３Ｋ－ＡＫＴの重要な経路もまた特定された。これらの結果は、初期に公開されている研究と一致する^４９。

さらに、ＬＭＳと初期診断されたＩＭＴ０１サンプルにおいて新規なＴＮＳ１－ＡＬＫ融合が特定された。ＴＮＳ１は、アクチンフィラメントを架橋し、染色体的に不安定な結腸直腸癌において発癌ドライバーとして働くテンシン１をコードする^{３３、５０}。ＡＬＫは、非小細胞肺癌を有する患者^{５１－５３}ならびに女性生殖道の炎症性筋線維芽細胞腫瘍（ＩＭＴ）^５４において融合状態で見られる場合が多い。これらは認識不足の平滑筋腫瘍であるので、ＩＭＴ、ＬＭ、およびＬＭＳ間の鑑別は難解であり得る^５５。実際に、従前にＬＭＳと診断されたＩＭＴＯｌサンプルは、ＡＬＫ染色がＩＨＣにより検出され、ＦＩＳＨによって転座が確認されると、代わりにＩＭＴと確定された。

統合分析もまた、少なくとも１０の腫瘍で突然変異が検出されたＦＧＦＲ４、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＲＯＳ１およびＴＭＰＲＳＳ２などのいくつかの潜在的標的遺伝子を明らかにした。そのうちＰＡＸ３は最も頻繁に変異してｍＲＮＡのアップレギュレーションをもたらす遺伝子であり、ＮＲＧ１もまたＣＮＶレベルで変異していた。興味深いことに、ＰＡＸファミリーメンバーの調節不全は、増殖、細胞死、筋原性分化、および遊走に影響を及ぼすシグナル伝達経路を変更することによって軟組織肉腫における腫瘍形成に寄与することが報告されている^５６。ＮＲＧ１に関しては、腫瘍抑制遺伝子として働くという証拠があり、その調節不全は腫瘍形成に関連付けられている^{５７－５８}。

腫瘍形成プロセスをより良く理解するために、機能と遺伝子のネットワークは、それぞれ分子機能および生体プロセスの主要カテゴリーとしてのタンパク質チロシンキナーゼ活性およびペプチジル－チロシンリン酸化を強調した。興味深いことに、特定のタイプの癌を治療するための臨床的に有用な薬物標的分子として受容体型チロシンキナーゼと非受容体型チロシンキナーゼの両方が浮上し、もう１つの潜在的な薬物標的可能な癌であるＬＭＳはチロシンキナーゼの発現が高かった。

臨床関連
ＬＭおよびＬＭＳを診断する上での主要な問題は、臨床実施において使用される分子バイオマーカーが現在無いことから、手術前に良性または悪性として識別するための危険因子および標準化された判定基準が無いことである。この状況は患者において大きなストレスの素となり、必要のない侵襲的手法および国民健康制度にとってさらなるコストにつながり得る。

今般、ＮＧＳの適用は、バイオインフォマティックツールと組み合わせた際に染色体／遺伝子不安定の理解を進める新たな突然変異の検出を可能とする。

報告されているこの鑑別パネルの翻訳アプリケーションが、組織および／または液体生検を用いて循環細胞不含腫瘍ＤＮＡ（ｃｆｔＤＮＡ）中で探索されている。ｃｆｔＤＮＡの検出は、今般、癌診断ならびに腫瘍進行における個別化療法としての、末梢血、尿、または他の流体中の腫瘍ＤＮＡ突然変異の検出のためのバイオマーカーとして現実のものであり^５９、婦人癌も例外ではないはずである。

いくつかの報告がＬＭおよびＬＭＳにおけるＮＧＳの使用を記載しており^{２７－２９、３２}、異なる機構がこれらの腫瘍形成突然変異の基礎にあることを示唆している。この意味で、本研究は、ＬＭとＬＭＳとの間の一貫した遺伝的差違を示す。

ＲＮＡレベルにおいては、多くのＤＮＡ変異から単一のキメラＲＮＡ転写産物が生じ得ることから^{６０、６１}、最近の研究は、固形腫瘍において遺伝子融合およびスプライス変異体の重要性を強調している。新規なＴＮＳ１－ＡＬＫ融合が従前にＬＭＳと診断された１つのＩＭＴサンプルにおいて同定された。幸いにも、ＩＭＴは、本研究において分析された２年後に疾患を持ちながら生存している患者の場合のように、最も転移性の高いＬＭＳに比べて侵襲性の低い臨床経過を有する（表６）。この意味で、分子診断は、従来の分析の限界を克服することができる。

最後に、ＬＭとＬＭＳとで差次的に影響を受けた経路が特定された。実際に、従前に公表されている研究と結果を比較すると、ＲＡＳ／ＲＡＰｌシグナル伝達経路、ＭＡＰＫ、およびｐ５３などのある特定の経路の重要性が強調される^６２・^６３。例えば、乳癌症例の約３０％～４０％でＰＩ３Ｋ／ＡＫＴ／ｍＴＯＲ経路が活性化されている。トリプルネガティブ乳癌では、ＰＩ３Ｋ／ＡＫＴ／ｍＴＯＲ経路の発癌活性化は、ＥＧＦＲなどの上流レギュレーターの過剰発現、ＰＩＫ３ＣＡの活性化突然変異、ＰＴＥＮの機能または発現の欠失、およびＰＩ３Ｋのダウンレギュレーターであるプロリンリッチイノシトールポリホスファターゼの機能として起こり得る。このことは、ＰＩ３Ｋ阻害剤が内分泌療法に対する耐性を克服し得るという仮説と一致する。

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Claims

子宮筋層腫瘍が子宮平滑筋肉腫を含むかどうかを診断する方法であって、子宮平滑筋肉腫遺伝子型を示す１以上のバイオマーカーを検出することを含む、方法、
前記平滑筋肉腫遺伝子型が以下のバイオマーカー：ＦＧＦ８、ＲＥＴ、ＰＴＥＮ、ＡＴＭ、ＣＡＤＭ１、ＫＭＴ２Ａ、ＮＯＴＣＨ２、ＭＣＬ１、ＤＤＲ２、ＣＣＮＤ１、ＦＧＦ１９、ＦＧＦ３、ＭＤＭ４、ＫＲＡＳ、ＳＤＣＣＡＧ８、ＣＣＮＤ２、ＲＰ１１－６１１Ｏ２．２、ＭＤＭ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＦＧＦ１４、ＬＡＭＰ１、ＮＡ、ＦＧ、Ｆ９、ＦＬＴ１、ＡＬＯＸ５ＡＰ、ＢＲＣＡ２、ＲＢ１、ＭＹＣＬ、ＭＰＬ、ＨＰＤＬ、ＭＵＴＹＨ、ＲＡＤ５４Ｌ、ＲＡＤ５ＩＢ、ＦＡＮＣＩ、ＴＳＣ２、ＰＡＬＢ２、ＮＬＲＣ３、ＳＬＸ４、ＣＲＥＢＢＰ、ＣＤＨ１、ＲＰ１１－５２５Ｋ１０．１、ＲＡＰ１ＧＡＰ２、ＲＡＤ５１Ｌ３－ＲＦＦＬ、ＥＲＢＢ２、ＢＲＣＡ１、ＴＥＸ１４、ＲＰＳ６ＫＢ１、ＴＰ５３、ＲＢＦＯＸ３、ＢＣＬ２、ＳＴＫ１１、ＮＯＴＣＨ３、ＪＡＫ３、ＴＧＦＢＲ３、ＣＣＮＥ１、ＡＫＴ２、ＥＲＣＣ２、ＰＰＰ１Ｒ１３Ｌ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＧＮＡＳ、ＥＲＧ、ＥＲＢＢ４、ＢＡＲＤ１、ＲＮＡ５ＳＰ４９５、ＣＨＥＫ２、ＲＰ１－３０２Ｄ９．３、ＥＰ３００、ＲＮＵ６－６８８Ｐ、ＭＳＨ６、ＶＨＬ、ＭＫＲＮ２、ＡＴＲ、ＭＬＨ１．ＴＥＴ２、ＦＧＦ２、ＦＧＦＲ３、ＰＤＧＦＲＡ、ＫＤＲ、ＦＧＦ５、ＡＰＣ、ＨＭＧＸＢ３、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤＧＦＲＢ、ＦＧＦ１０、ＰＩＫ３Ｒ１、ＤＨＦＲ、ＲＯＳ１、ＨＩＶＥＰ１、ＥＳＲ１、ＢＹＳＬ、ＭＥＴ、ＳＭＯ、ＢＲＡＦ、ＤＰＰ６、ＣＡＲＤ１１、ＥＧＦＲ、ＣＡＳＣＩＩ、ＮＲＧ１、ＦＧＦＲ１、ＮＯＴＣＨＩ、ＭＬＬＴ３、ＬＩＮＧＯ２、ＰＴＣＨ１、およびＡＲのうち１以上における突然変異の検出を含む、請求項１に記載の方法。
前記子宮平滑筋肉腫遺伝子型が以下のバイオマーカー：ＦＧＦ１、ＪＡＫ２ＫＲＡＳ、ＣＤＫ４、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ５、ＭＹＣ、ＦＧＦ１４、ＦＧＦ７、ＭＤＭ４、ＭＹＣＬ１、およびＮＲＧＩのうち１以上における突然変異の検出を含む、請求項１に記載の方法。
前記子宮平滑筋肉腫遺伝子型が以下のバイオマーカー：ＣＤＫ４、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ５、ＭＹＣ、ＭＹＣＬ１、ＮＲＧ１、ＦＧＦ１、ＦＧＦ１４、ＪＡＫ２、ＫＲＡＳ、ＦＧＦ１４ＦＧＦ７、ＭＤＭ４、ＭＹＣＬ１、ＮＲＧ１、ＦＧＦ５、ＲＥＴ、ＡＬＫ、ＢＲＣＡ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＮＴＲＫ１、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、およびＴＭＰＲＳＳ２のうち１以上における突然変異の検出を含む、請求項１に記載の方法。
前記子宮平滑筋肉腫遺伝子型が以下のバイオマーカー：ＣＤＫ４、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ５、ＭＹＣ、ＭＹＣＬ１、およびＮＲＧ１のうち１以上におけるＣＮＶ重複突然変異の検出を含む、請求項１に記載の方法。
前記子宮平滑筋肉腫遺伝子型が以下のバイオマーカー：ＦＧＦ１、ＦＧＦ１４、ＪＡＫ２、およびＫＲＡＳのうち１以上におけるＣＮＶ欠失突然変異の検出を含む、請求項１に記載の方法。
前記子宮平滑筋肉腫遺伝子型が以下のバイオマーカー：ＦＧＦ１４、ＦＧＦ７、ＭＤＭ４、ＭＹＣＬ１、およびＮＲＧ１のうち１以上におけるＣＮＶ欠失突然変異およびＣＮＶ重複突然変異の検出を含む、請求項１に記載の方法。
前記子宮平滑筋肉腫遺伝子型が以下のバイオマーカー：ＦＧＦ５およびＲＥＴのうち１以上におけるＳＮＶ突然変異の検出を含む、請求項１に記載の方法。
前記子宮平滑筋肉腫遺伝子型が、ＡＬＫ、ＢＲＣＡ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＮＴＲＫ１、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、およびＴＭＰＲＳＳ２におけるｍＲＮＡのアップレギュレーションの検出を含む、請求項１に記載の方法。
子宮筋層腫瘍が子宮平滑筋腫を含むかどうかを診断する方法であって、子宮平滑筋腫遺伝子型を示す１以上のバイオマーカーを検出することを含む、方法。
前記子宮平滑筋腫遺伝子型が以下のバイオマーカー：ＦＧＦＲ２、ＫＬＬＮ、ＰＴＥＮ、ＡＴＭ、ＫＭＴ２Ａ、ＭＴＯＲ、ＮＲＡＳ、ＮＯＴＣＨ２、ＦＧＦ１９、ＡＰ００１８８８．１、ＦＧＦ３、ＭＲＥ１１Ａ、ＭＤＭ４、ＰＴＰＮ１１、ＳＤＣＣＡＧ８、ＦＧＦ６、ＥＲＢＢ３、ＭＤＭ２、ＮＡ、ＬＡＭＰ１、ＦＧＦ９、ＦＬＴ１、ＢＲＣＡ２、ＭＹＣＬ、ＲＰ１１－９８２Ｍ１５．２、ＭＰＬ、ＨＰＤＬ、ＳＬＣ３５Ｆ４、ＲＡＤ５ＩＢ、ＲＡＤ５１、ＩＤＨ２、ＴＳＣ２、ＳＬＸ４、ＣＲＥＢＢＰ、ＲＡＤ５１Ｌ３－ＲＦＦＬ、ＴＰ５３、ＲＢＦＯＸ３、ＳＴＫ１１、ＮＯＴＣＨ３、ＴＧＦＢＲ３、ＡＫＴ２、ＧＮＡＳ－ＡＳ１、ＥＲＧ、ＭＹＣＮＯＳ、ＢＡＲＤ１、ＥＰ３００、ＤＮＭＴ３Ａ、ＭＳＨ２、ＭＳＨ６、ＶＨＬ、ＲＡＦ１、ＰＩＫ３ＣＢ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＴＦＲＣ、ＭＬＨ１、ＢＡＰ１、ＴＥＴ２、ＦＧＦＲ３、ＰＤＧＦＲＡ、ＭＲＰＳ１８Ｃ、ＡＰＣ、ＨＭＧＸＢ３、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤＧＦＲＢ、ＦＧＦＲ４、ＦＧＦ１０、ＥＳＲ１、ＢＹＳＬ、ＣＣＮＤ３、ＳＭＯ、ＤＰＰ６、ＥＧＦＲ、ＣＤＫ６、ＭＹＣ、ＮＲＧ１、ＮＯＴＣＨ１、ＭＬＬＴ３、ＲＰ１１－１４５Ｅ５．５、ＪＡＫ２、ＧＮＡＱ、ＰＴＣＨ１、およびＡＲのうち１以上における突然変異の検出を含む、請求項１０に記載の方法。
前記子宮平滑筋腫遺伝子型が以下のバイオマーカー：ＣＣＮＤ、ＦＧＦＲ３、およびＭＥＴのうち１以上における突然変異の検出を含む、請求項１０に記載の方法。
前記子宮平滑筋腫遺伝子型が以下のバイオマーカー：ＦＧＦ３およびＭＥＴのうち１以上における突然変異の検出を含む、請求項１０に記載の方法。
前記子宮平滑筋腫遺伝子型がＦＧＦＲ３におけるＣＮＶ重複突然変異の検出を含む、請求項１０に記載の方法。
前記子宮平滑筋腫遺伝子型がＭＥＴにおけるＣＮＶ欠失突然変異の検出を含む、請求項１０に記載の方法。
前記１以上の突然変異が、欠失（ＤＥＬ）、挿入（ＩＮＳ）、または一塩基多型（ＳＮＰ）である、請求項１～１５のいずれか一項に記載の方法。
対象において子宮筋層腫瘍を治療するための方法であって、（ａ）対象由来の生体サンプルに対して遺伝子型決定アッセイを行って前記対象が子宮平滑筋肉腫遺伝子型を有するかどうかを決定すること、および（ｂ）前記対象が子宮平滑筋肉腫遺伝子型を有さない場合は、前記子宮筋層腫瘍を外科的に除去することを含む、方法。
生体サンプルに対して遺伝子型決定アッセイを行って前記対象が子宮平滑筋腫遺伝子型を有するかどうかを確認することをさらに含む、請求項１７に記載の方法。
前記生体サンプルが体液である、請求項１７に記載の方法。
前記体液が、血液、血漿、または尿である、請求項１９に記載の方法。
前記生体サンプルからＤＮＡサンプルを得ることをさらに含む、請求項１７に記載の方法。
前記ＤＮＡサンプルが無細胞腫瘍ＤＮＡ（ｃｆｔＤＮＡ）サンプルである、請求項２１に記載の方法。
前記遺伝子型決定アッセイが、ＤＮＡサンプルの制限酵素断片長多型同定（ＲＦＬＰＩ）、ＤＮＡサンプルのランダム増幅多型検出（ＲＡＰＤ）、ＤＮＡサンプルの増幅断片長多型（ＡＦＬＰＤ）、ＤＮＡサンプルのポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ＤＮＡサンプルのＤＮＡシーケンシング、または核酸マイクロアレイへのＤＮＡサンプルのハイブリダイゼーションである、請求項１７に記載の方法。
前記ＤＮＡシーケンシングが次世代シーケンシング法である、請求項２３に記載の方法。
前記次世代シーケンシング法が、一分子リアルタイムシーケンシング（ＳＭＲＴ）、イオン半導体シーケンシング、パイロシーケンシング、合成によるシーケンシング、コンビナトリアルプローブアンカー合成（ｃＰＡＳ）、ライゲーションによるシーケンシング（ＳＯＬｉＤシーケンシング）、ナノポアシーケンシング、またはマッシブリーパラレルシグネチャーシーケンシング（ＭＰＳＳ）である、請求項２４に記載の方法。
前記子宮平滑筋肉腫遺伝子型が以下のバイオマーカー：ＦＧＦ８、ＲＥＴ、ＰＴＥＮ、ＡＴＭ、ＣＡＤＭ１、ＫＭＴ２Ａ、ＮＯＴＣＨ２、ＭＣＬ１、ＤＤＲ２、ＣＣＮＤ１、ＦＧＦ１９、ＦＧＦ３、ＭＤＭ４、ＫＲＡＳ、ＳＤＣＣＡＧ８、ＣＣＮＤ２、ＲＰ１１－６１１Ｏ２．２、ＭＤＭ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＦＧＦ１４、ＬＡＭＰ１、ＮＡ、ＦＧ、Ｆ９、ＦＬＴ１、ＡＬＯＸ５ＡＰ、ＢＲＣＡ２、ＲＢ１、ＭＹＣＬ、ＭＰＬ、ＨＰＤＬ、ＭＵＴＹＨ、ＲＡＤ５４Ｌ、ＲＡＤ５ＩＢ、ＦＡＮＣＩ、ＴＳＣ２、ＰＡＬＢ２、ＮＬＲＣ３、ＳＬＸ４、ＣＲＥＢＢＰ、ＣＤＨ１、ＲＰ１１－５２５Ｋ１０．１、ＲＡＰ１ＧＡＰ２、ＲＡＤ５１Ｌ３－ＲＦＦＬ、ＥＲＢＢ２、ＢＲＣＡ１、ＴＥＸ１４、ＲＰＳ６ＫＢ１、ＴＰ５３、ＲＢＦＯＸ３、ＢＣＬ２、ＳＴＫ１１、ＮＯＴＣＨ３、ＪＡＫ３、ＴＧＦＢＲ３、ＣＣＮＥ１、ＡＫＴ２、ＥＲＣＣ２、ＰＰＰ１Ｒ１３Ｌ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＧＮＡＳ、ＥＲＧ、ＥＲＢＢ４、ＢＡＲＤ１、ＲＮＡ５ＳＰ４９５、ＣＨＥＫ２、ＲＰ１－３０２Ｄ９．３、ＥＰ３００、ＲＮＵ６－６８８Ｐ、ＭＳＨ６、ＶＨＬ、ＭＫＲＮ２、ＡＴＲ、ＭＬＨ１．ＴＥＴ２、ＦＧＦ２、ＦＧＦＲ３、ＰＤＧＦＲＡ、ＫＤＲ、ＦＧＦ５、ＡＰＣ、ＨＭＧＸＢ３、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤＧＦＲＢ、ＦＧＦ１０、ＰＩＫ３Ｒ１、ＤＨＦＲ、ＲＯＳＩ、ＨＩＶＥＰ１、ＥＳＲ１、ＢＹＳＬ、ＭＥＴ、ＳＭＯ、ＢＲＡＦ、ＤＰＰ６、ＣＡＲＤ１１、ＥＧＦＲ、ＣＡＳＣＩＩ、ＮＲＧ１、ＦＧＦＲ１、ＮＯＴＣＨＩ、ＭＬＬＴ３、ＬＩＮＧＯ２、ＰＴＣＨ１、およびＡＲのうち１以上における突然変異の検出を含む、請求項１７に記載の方法。
前記１以上の突然変異が、欠失（ＤＥＬ）、挿入（ＩＮＳ）、または一塩基多型（ＳＮＰ）である、請求項２６に記載の方法。
前記子宮平滑筋腫遺伝子型が以下のバイオマーカー：ＦＧＦＲ２、ＫＬＬＮ、ＰＴＥＮ、ＡＴＭ、ＫＭＴ２Ａ、ＭＴＯＲ、ＮＲＡＳ、ＮＯＴＣＨ２、ＦＧＦ１９、ＡＰ００１８８８．１、ＦＧＦ３、ＭＲＥ１１Ａ、ＭＤＭ４、ＰＴＰＮ１１、ＳＤＣＣＡＧ８、ＦＧＦ６、ＥＲＢＢ３、ＭＤＭ２、ＮＡ、ＬＡＭＰ１、ＦＧＦ９、ＦＬＴ１、ＢＲＣＡ２、ＭＹＣＬ、ＲＰ１１－９８２Ｍ１５．２、ＭＰＬ、ＨＰＤＬ、ＳＬＣ３５Ｆ４、ＲＡＤ５１Ｂ、ＲＡＤ５１、ＩＤＨ２、ＴＳＣ２、ＳＬＸ４、ＣＲＥＢＢＰ、ＲＡＤ５１Ｌ３－ＲＦＦＬ、ＴＰ５３、ＲＢＦＯＸ３、ＳＴＫ１１、ＮＯＴＣＨ３、ＴＧＦＢＲ３、ＡＫＴ２、ＧＮＡＳ－ＡＳ１、ＥＲＧ、ＭＹＣＮＯＳ、ＢＡＲＤ１、ＥＰ３００、ＤＮＭＴ３Ａ、ＭＳＨ２、ＭＳＨ６、ＶＨＬ、ＲＡＦ１、ＰＩＫ３ＣＢ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＴＦＲＣ、ＭＬＨ１、ＢＡＰ１、ＴＥＴ２、ＦＧＦＲ３、ＰＤＧＦＲＡ、ＭＲＰＳ１８Ｃ、ＡＰＣ、ＨＭＧＸＢ３、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤＧＦＲＢ、ＦＧＦＲ４、ＦＧＦ１０、ＥＳＲ１、ＢＹＳＬ、ＣＣＮＤ３、ＳＭＯ、ＤＰＰ６、ＥＧＦＲ、ＣＤＫ６、ＭＹＣ、ＮＲＧ１、ＮＯＴＣＨ１、ＭＬＬＴ３、ＲＰ１１－１４５Ｅ５．５、ＪＡＫ２、ＧＮＡＱ、ＰＴＣＨ１およびＡＲのうち１以上における突然変異の検出を含む、請求項１８に記載の方法。
前記１以上の突然変異が、欠失（ＤＥＬ）、挿入（ＩＮＳ）、または一塩基多型（ＳＮＰ）である、請求項２８に記載の方法。
前記子宮平滑筋肉腫遺伝子型が以下のバイオマーカー：ＦＧＦ１、ＪＡＫ２ＫＲＡＳ、ＣＤＫ４、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ５、ＭＹＣ、ＦＧＦ１４、ＦＧＦ７、ＭＤＭ４、ＭＹＣＬ１、およびＮＲＧ１のうち１以上における突然変異の検出を含む、請求項１７に記載の方法。
前記子宮平滑筋腫遺伝子型が以下のバイオマーカー：ＣＣＮＤ、ＦＧＦＲ３、およびＭＥＴのうち１以上における突然変異の検出を含む、請求項１８に記載の方法。
前記子宮平滑筋肉腫遺伝子型が以下のバイオマーカー：ＣＤＫ４、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ５、ＭＹＣ、ＭＹＣＬ１、ＮＲＧ１、ＦＧＦ１、ＦＧＦ１４、ＪＡＫ２、ＫＲＡＳ、ＦＧＦ１４ＦＧＦ７、ＭＤＭ４、ＭＹＣＬ１、ＮＲＧ１、ＦＧＦ５、ＲＥＴ、ＡＬＫ、ＢＲＣＡ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＮＴＲＫ１、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、およびＴＭＰＲＳＳ２のうち１以上における突然変異の検出を含む、請求項１７に記載の方法。
前記子宮平滑筋肉腫遺伝子型が以下のバイオマーカー：ＣＤＫ４、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ５、ＭＹＣ、ＭＹＣＬ１、およびＮＲＧ１のうち１以上におけるＣＮＶ重複突然変異の検出を含む、請求項１７に記載の方法。
前記子宮平滑筋肉腫遺伝子型が以下のバイオマーカー：ＦＧＦ１、ＦＧＦ１４、ＪＡＫ２、およびＫＲＡＳのうち１以上におけるＣＮＶ欠失突然変異の検出を含む、請求項１７に記載の方法。
前記子宮平滑筋肉腫遺伝子型が以下のバイオマーカー：ＦＧＦ１４、ＦＧＦ７、ＭＤＭ４、ＭＹＣＬ１、およびＮＲＧ１のうち１以上におけるＣＮＶ欠失突然変異および重複突然変異の検出を含む、請求項１７に記載の方法。
前記子宮平滑筋肉腫遺伝子型が以下のバイオマーカー：ＦＧＦ５およびＲＥＴのうち１以上におけるＳＮＶ突然変異の検出を含む、請求項１７に記載の方法。
前記子宮平滑筋肉腫遺伝子型が、ＡＬＫ、ＢＲＣＡ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＮＴＲＫ１、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、およびＴＭＰＲＳＳ２におけるｍＲＮＡのアップレギュレーションの検出を含む、請求項１７に記載の方法。
前記子宮平滑筋腫遺伝子型が以下のバイオマーカー：ＦＧＦ３およびＭＥＴのうち１以上における突然変異の検出を含む、請求項１８に記載の方法。
前記子宮平滑筋腫遺伝子型がＦＧＦＲ３におけるＣＮＶ重複突然変異の検出を含む、請求項１８に記載の方法。
前記子宮平滑筋腫遺伝子型がＭＥＴにおけるＣＮＶ欠失突然変異の検出を含む、請求項１８に記載の方法。
前記子宮平滑筋腫の外科的除去のステップが腹腔鏡下細切除去術による、請求項１７に記載の方法。
前記子宮平滑筋腫の外科的除去のステップが筋腫摘出術による、請求項１７に記載の方法。
子宮平滑筋腫を有する対象を治療する方法であって、前記対象から得られた生体サンプルに対して遺伝子型決定アッセイを行うこと、および前記対象から子宮平滑筋腫を除去することを含み、前記遺伝子型決定アッセイが、前記対象が子宮平滑筋肉腫を有さないことを示す、方法。
前記遺伝子型アッセイが、前記対象が子宮平滑筋腫遺伝子型を有することを確定する、請求項４３に記載の方法。
前記子宮平滑筋腫が、漿膜下筋腫、壁内筋腫、または粘膜下筋腫である、請求項４３に記載の方法。
前記子宮平滑筋腫が、グレード０、グレード１、またはグレード２子宮平滑筋腫を有する粘膜下平滑筋腫である、請求項４３に記載の方法。
前記生体サンプルが体液である、請求項４３に記載の方法。
前記体液が、血液、血漿、または尿である、請求項４７に記載の方法。
前記生体サンプルからＤＮＡサンプルを得ることをさらに含む、請求項４３に記載の方法。
前記ＤＮＡサンプルが無細胞腫瘍ＤＮＡ（ｃｆｔＤＮＡ）サンプルである、請求項４９に記載の方法。
前記遺伝子型決定アッセイが、ＤＮＡサンプルの制限酵素断片長多型同定（ＲＦＬＰＩ）、ＤＮＡサンプルのランダム増幅多型検出（ＲＡＰＤ）、ＤＮＡサンプルの増幅断片長多型（ＡＦＬＰＤ）、ＤＮＡサンプルのポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ＤＮＡサンプルのＤＮＡシーケンシング、または核酸マイクロアレイへのＤＮＡサンプルのハイブリダイゼーションである、請求項４３に記載の方法。
前記次世代シーケンシング法が、一分子リアルタイムシーケンシング（ＳＭＲＴ）、イオン半導体シーケンシング、パイロシーケンシング、合成によるシーケンシング、コンビナトリアルプローブアンカー合成（ｃＰＡＳ）、ライゲーションによるシーケンシング（ＳＯＬｉＤシーケンシング）、ナノポアシーケンシング、またはマッシブリーパラレルシグネチャーシーケンシング（ＭＰＳＳ）である、請求項５１に記載の方法。
前記遺伝子型アッセイが以下のバイオマーカー：ＦＧＦ８、ＲＥＴ、ＰＴＥＮ、ＡＴＭ、ＣＡＤＭ１、ＫＭＴ２Ａ、ＮＯＴＣＨ２、ＭＣＬ１、ＤＤＲ２、ＣＣＮＤ１、ＦＧＦ１９、ＦＧＦ３、ＭＤＭ４、ＫＲＡＳ、ＳＤＣＣＡＧ８、ＣＣＮＤ２、ＲＰ１１－６１１Ｏ２．２、ＭＤＭ２、ＡＲＩＤ１Ａ、ＦＧＦ１４、ＬＡＭＰ１、ＮＡ、ＦＧ、Ｆ９、ＦＬＴ１、ＡＬＯＸ５ＡＰ、ＢＲＣＡ２、ＲＢ１、ＭＹＣＬ、ＭＰＬ、ＨＰＤＬ、ＭＵＴＹＨ、ＲＡＤ５４Ｌ、ＲＡＤ５１Ｂ、ＦＡＮＣＩ、ＴＳＣ２、ＰＡＬＢ２、ＮＬＲＣ３、ＳＬＸ４、ＣＲＥＢＢＰ、ＣＤＨ１、ＲＰ１１－５２５Ｋ１０．１、ＲＡＰ１ＧＡＰ２、ＲＡＤ５１Ｌ３－ＲＦＦＬ、ＥＲＢＢ２、ＢＲＣＡ１、ＴＥＸ１４、ＲＰＳ６ＫＢ１、ＴＰ５３、ＲＢＦＯＸ３、ＢＣＬ２、ＳＴＫ１１、ＮＯＴＣＨ３、ＪＡＫ３、ＴＧＦＢＲ３、ＣＣＮＥ１、ＡＫＴ２、ＥＲＣＣ２、ＰＰＰ１Ｒ１３Ｌ、ＰＩＫ３ＣＤ、ＧＮＡＳ、ＥＲＧ、ＥＲＢＢ４、ＢＡＲＤ１、ＲＮＡ５ＳＰ４９５、ＣＨＥＫ２、ＲＰ１－３０２Ｄ９．３、ＥＰ３００、ＲＮＵ６－６８８Ｐ、ＭＳＨ６、ＶＨＬ、ＭＫＲＮ２、ＡＴＲ、ＭＬＨ１．ＴＥＴ２、ＦＧＦ２、ＦＧＦＲ３、ＰＤＧＦＲＡ、ＫＤＲ、ＦＧＦ５、ＡＰＣ、ＨＭＧＸＢ３、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤＧＦＲＢ、ＦＧＦ１０、ＰＩＫ３Ｒ１、ＤＨＦＲ、ＲＯＳＩ、ＨＩＶＥＰ１、ＥＳＲ１、ＢＹＳＬ、ＭＥＴ、ＳＭＯ、ＢＲＡＦ、ＤＰＰ６、ＣＡＲＤ１１、ＥＧＦＲ、ＣＡＳＣ１１、ＮＲＧ１、ＦＧＦＲ１、ＮＯＴＣＨＩ、ＭＬＬＴ３、ＬＩＮＧＯ２、ＰＴＣＨ１、およびＡＲにおける１以上の突然変異を同定し、これらの１以上の突然変異は子宮平滑筋肉腫遺伝子型を示す、請求項４３に記載の方法。
前記遺伝子型アッセイが以下のバイオマーカー：ＦＧＦＲ２、ＫＬＬＮ、ＰＴＥＮ、ＡＴＭ、ＫＭＴ２Ａ、ＭＴＯＲ、ＮＲＡＳ、ＮＯＴＣＨ２、ＦＧＦ１９、ＡＰ００１８８８．１、ＦＧＦ３、ＭＲＥ１１Ａ、ＭＤＭ４、ＰＴＰＮ１１、ＳＤＣＣＡＧ８、ＦＧＦ６、ＥＲＢＢ３、ＭＤＭ２、ＮＡ、ＬＡＭＰ１、ＦＧＦ９、ＦＬＴ１、ＢＲＣＡ２、ＭＹＣＬ、ＲＰ１１－９８２Ｍ１５．２、ＭＰＬ、ＨＰＤＬ、ＳＬＣ３５Ｆ４、ＲＡＤ５１Ｂ、ＲＡＤ５１、ＩＤＨ２、ＴＳＣ２、ＳＬＸ４、ＣＲＥＢＢＰ、ＲＡＤ５１Ｌ３－ＲＦＦＬ、ＴＰ５３、ＲＢＦＯＸ３、ＳＴＫ１１、ＮＯＴＣＨ３、ＴＧＦＢＲ３、ＡＫＴ２、ＧＮＡＳ－ＡＳ１、ＥＲＧ、ＭＹＣＮＯＳ、ＢＡＲＤ１、ＥＰ３００、ＤＮＭＴ３Ａ、ＭＳＨ２、ＭＳＨ６、ＶＨＬ、ＲＡＦ１、ＰＩＫ３ＣＢ、ＰＩＫ３ＣＡ、ＴＦＲＣ、ＭＬＨ１、ＢＡＰ１、ＴＥＴ２、ＦＧＦＲ３、ＰＤＧＦＲＡ、ＭＲＰＳ１８Ｃ、ＡＰＣ、ＨＭＧＸＢ３、ＣＳＦ１Ｒ、ＰＤＧＦＲＢ、ＦＧＦＲ４、ＦＧＦ１０、ＥＳＲ１、ＢＹＳＬ、ＣＣＮＤ３、ＳＭＯ、ＤＰＰ６、ＥＧＦＲ、ＣＤＫ６、ＭＹＣ、ＮＲＧ１、ＮＯＴＣＨ１、ＭＬＬＴ３、ＲＰ１１－１４５Ｅ５．５、ＪＡＫ２、ＧＮＡＱ、ＰＴＣＨ１、およびＡＲにおける１以上の突然変異を同定し、これらの１以上の突然変異は子宮平滑筋腫遺伝子型を示す、請求項４３に記載の方法。
前記遺伝子型アッセイが以下のバイオマーカー：ＦＧＦ１、ＪＡＫ２ＫＲＡＳ、ＣＤＫ４、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ５、ＭＹＣ、ＦＧＦ１４、ＦＧＦ７、ＭＤＭ４、ＭＹＣＬ１、およびＮＲＧ１における１以上の突然変異を同定し、これらの１以上の突然変異は子宮平滑筋肉腫遺伝子型を示す、請求項４３に記載の方法。
前記遺伝子型アッセイが以下のバイオマーカー：ＣＤＫ４、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ５、ＭＹＣ、ＭＹＣＬ１、ＮＲＧ１、ＦＧＦ１、ＦＧＦ１４、ＪＡＫ２、ＫＲＡＳ、ＦＧＦ１４ＦＧＦ７、ＭＤＭ４、ＭＹＣＬ１、ＮＲＧ１、ＦＧＦ５、ＲＥＴ、ＡＬＫ、ＢＲＣＡ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＮＴＲＫ１、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、およびＴＭＰＲＳＳ２における１以上の突然変異を同定し、これらの１以上の突然変異は子宮平滑筋肉腫遺伝子型を示す、請求項４３に記載の方法。
前記遺伝子型アッセイが以下のバイオマーカー：ＣＤＫ４、ＦＧＦ１０、ＦＧＦ５、ＭＹＣ、ＭＹＣＬ１、およびＮＲＧ１における１以上の突然変異を同定し、これらの１以上の突然変異は子宮平滑筋肉腫遺伝子型を示す、請求項４３に記載の方法。
前記遺伝子型アッセイが以下のバイオマーカー：ＦＧＦ１、ＦＧＦ１４、ＪＡＫ２、およびＫＲＡＳにおける１以上の突然変異を同定し、これらの１以上の突然変異は子宮平滑筋肉腫遺伝子型を示す、請求項４３に記載の方法。
前記遺伝子型アッセイが以下のバイオマーカー：ＦＧＦ１４、ＦＧＦ７、ＭＤＭ４、ＭＹＣＬ１、およびＮＲＧ１における１以上の突然変異を同定し、これらの１以上の突然変異は子宮平滑筋肉腫遺伝子型を示す、請求項４３に記載の方法。
前記遺伝子型アッセイが以下のバイオマーカー：ＦＧＦ５およびＲＥＴにおける１以上の突然変異を同定し、前記遺伝子型決定アッセイが、前記対象が子宮平滑筋肉腫を有さないことを示す、請求項４３に記載の方法。
前記子宮平滑筋肉腫遺伝子型が、ＡＬＫ、ＢＲＣＡ２、ＦＧＦＲ３、ＦＧＦＲ４、ＦＬＴ３、ＮＴＲＫ１、ＰＡＸ３、ＰＡＸ７、ＲＥＴ、ＲＯＳ１、およびＴＭＰＲＳＳ２におけるｍＲＮＡのアップレギュレーションの検出を含む、請求項４３に記載の方法。
前記子宮平滑筋腫を除去するステップが腹腔鏡下細切除去術による、請求項４３に記載の方法。
前記子宮平滑筋腫を除去するステップが筋腫摘出術による、請求項４３に記載の方法。