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JP2018512127A - Ｃ９ｏｒｆ７２発現を調節するための組成物 - Google Patents

Ｃ９ｏｒｆ７２発現を調節するための組成物 Download PDF

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JP2018512127A JP2017546618A JP2017546618A JP2018512127A JP 2018512127 A JP2018512127 A JP 2018512127A JP 2017546618 A JP2017546618 A JP 2017546618A JP 2017546618 A JP2017546618 A JP 2017546618A JP 2018512127 A JP2018512127 A JP 2018512127A
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Abstract

動物におけるＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及びタンパク質の発現を低減させるための組成物及び方法が開示される。そのような方法は、神経変性疾患の治療、予防、改善またはその進行の遅延を、それを必要とする患者において行うことに有用である。【選択図】なし

Description

配列表
本出願は、配列表とともに電子形式で出願されている。この配列表は、２０１６年４月１５日に作成された１０４ＫｂのサイズのＢＩＯＬ０２６９ＷＯＳＥＱ＿ＳＴ２５．ｔｘｔという名前のファイルとして提供される。この配列表の電子形式の情報は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
細胞及び動物におけるＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及びタンパク質の発現を調節するための組成物及び方法が提供される。そのような組成物及び方法は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型痴呆（ＦＴＤ）、大脳皮質基底核変性症症候群（ＣＢＤ）、非定型パーキンソン症候群、及びオリーブ橋小脳変性症（ＯＰＣＤ）などの神経変性疾患の治療、予防、改善、またはその進行の遅延に有用である。
筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）は、概して発症後２〜３年以内に呼吸不全による死亡を引き起こす進行性麻痺によって臨床的に特徴付けられる致命的な神経変性疾患である（Ｒｏｗｌａｎｄ ａｎｄ Ｓｈｎｅｉｄｅｒ， Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．，２００１，３４４，１６８８−１７００）。ＡＬＳは西欧諸国では３番目に高頻度に認められる神経変性疾患（Ｈｉｒｔｚ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ，２００７，６８，３２６−３３７）であり、現在のところ有効な治療法はない。症例の約１０％は家族性の性質であるが、患者が集団の全体を通じてランダムに存在すると考えられるため、この疾患と診断された患者の大半は散発性と分類される（Ｃｈｉｏ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ、２００８、７０、５３３−５３７）。臨床学的、遺伝学的、及び疫学的データに基づいて、ＡＬＳ及び前頭側頭型痴呆（ＦＴＤ）が、中枢神経系全体のＴＤＰ−４３陽性封入体の存在によって病理学的に特徴付けられる疾患の重なり合う連続体を示すと認識されることが多くなっている（Ｌｉｌｌｏ ａｎｄ Ｈｏｄｇｅｓ，Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ．，２００９，１６，１１３１−１１３５；Ｎｅｕｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２００６，３１４，１３０−１３３）。
現在までに、典型的な家族性ＡＬＳの原因となるいくつかの遺伝子、例えばＳＯＤ１、ＴＡＲＤＢＰ、ＦＵＳ、ＯＰＴＮ、及びＶＣＰが発見されている（Ｊｏｈｎｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｎ，２０１０，６８，８５７−８６４；Ｋｗｉａｔｋｏｗｓｋｉ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２００９，３２３，１２０５−１２０８；Ｍａｒｕｙａｍａ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０１０，４６５，２２３−２２６；Ｒｏｓｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，１９９３，３６２，５９−６２；Ｓｒｅｅｄｈａｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２００８，３１９，１６６８−１６７２；Ｖａｎｃｅ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒａｉｎ，２００９，１２９，８６８−８７６）。近年では、ＡＬＳ、ＦＴＤ、及びＡＬＳ−ＦＴＤの複数の症例を含む家系の連鎖解析によって、疾患に関する重要な遺伝子座が第９染色体の短腕上に存在することが示唆された（Ｂｏｘｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ． Ｎｅｕｒｏｌ． Ｎｅｕｒｏｓｕｒｇ．Ｐｓｙｃｈｉａｔｒｙ，２０１１，８２，１９６−２０３；Ｍｏｒｉｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｌｏｇｙ，２００６，６６，８３９−８４４；Ｐｅａｒｓｏｎ ｅｔ ａｌ． Ｊ． Ｎｅｒｏｌ．，２０１１，２５８，６４７−６５５；Ｖａｎｃｅ ｅｔ ａｌ．，Ｂｒａｉｎ，２００６，１２９，８６８−８７６）。Ｃ９ＯＲＦ７２遺伝子における変異は、ＡＬＳ及びＦＴＤの最も一般的な遺伝学的原因である。ＡＬＳ−ＦＴＤを引き起こす突然変異は、Ｃ９ＯＲＦ７２遺伝子の第１のイントロンにおける大きなヘキサヌクレオチド（ＧＧＧＧＣＣ）反復配列の伸張である（Ｒｅｎｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｎ，２０１１，７２，２５７−２６８；ＤｅＪｅｓｕｓ−Ｈｅｒｎａｎｄｅｚ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｎ，２０１１，７２，２４５−２５６）。Ｃ９ＯＲＦ７２遺伝子をカバーする創設者ハプロタイプが、この領域に関係している大多数の症例で存在している（Ｒｅｎｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｅｕｒｏｎ，２０１１，７２，２５７−２６８）。染色体９ｐ２１上にあるこの遺伝子座は、家族性ＡＬＳのほぼ半分、及び４０５人のフィンランド人患者の同齢集団におけるすべてのＡＬＳ症例のほぼ４分の１を占める（Ｌａａｋｓｏｖｉｒｔａ ｅｔ ａｌ， Ｌａｎｃｅｔ Ｎｅｕｒｏｌ．， ２０１０， ９， ９７８−９８５）。
Ｃ９ＯＲＦ７２遺伝子をカバーする創設者ハプロタイプが、この領域に関係している大多数の症例に存在する。
そのような神経変性疾患を治療する有効な治療法は、現在のところ存在しない。したがって、そのような神経変性疾患を治療するための組成物及び方法を提供することを目的とする。
特定の実施形態は、細胞、組織、及び動物においてＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及びタンパク質の発現を阻害する方法、化合物、及び組成物を提供する。特定の実施形態は、細胞、組織、及び動物においてＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及びタンパク質のレベルを低減する方法、化合物、及び組成物を提供する。特定の実施形態は、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするアンチセンス化合物を提供する。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は修飾オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、該修飾オリゴヌクレオチドは一本鎖である。
特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２関連の反復関連非ＡＴＧ翻訳（ＲＡＮ翻訳）生成物が減少する。特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２関連のＲＡＮ翻訳産物は、ポリ（グリシン−プロリン）、ポリ（グリシン−アラニン）、及びポリ（グリシン−アルギニン）である。特定の実施形態において、特定のＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ変異体は、選択的に低下する。特定の実施形態において、選択的に低下するＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ変異体は、イントロン１を含むｍＲＮＡ前駆体からプロセシングされた変異体である。特定の実施形態において、イントロン１はヘキサヌクレオチド反復伸長を含む。特定の実施形態において、選択的に減少するＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ変異体は、Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体である。特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体は、ＮＭ＿００１２５６０５４．１（配列番号１）である。特定の実施形態において、ヘキサヌクレオチド反復伸長は、Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患に関連する。特定の実施形態において、ヘキサヌクレオチド反復伸長は、Ｃ９ＯＲＦ７２ヘキサヌクレオチド反復伸長関連疾患に関連する。特定の実施形態において、ヘキサヌクレオチド反復伸長は、少なくとも３０のＧＧＧＧＣＣ反復、３０超のＧＧＧＧＣＣ反復、１００超ＧＧＧＧＣＣ反復、５００超のＧＧＧＧＣＣ反復、または１０００超のＧＧＧＧＣＣ反復を含む。特定の実施形態において、ヘキサヌクレオチド反復伸長は核内フォーカスと関連する。特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２関連ＲＡＮ翻訳産物は、核内フォーカスと関連する。特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２関連のＲＡＮ翻訳産物は、ポリ（グリシン−プロリン）、ポリ（グリシン−アラニン）、及びポリ（グリシン−アルギニン）である。特定の実施形態において、本明細書に記載される組成物及び方法は、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベル、Ｃ９ＯＲＦ７２タンパク質レベル、Ｃ９ＯＲＦ７２ＲＡＮ翻訳産物、及び核内フォーカスを減少させることに有用である。特定の実施形態において、本明細書に記載される組成物及び方法は、Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体を選択的に減少させることに有用である。そのような減少は、時間依存的または用量依存的に生じ得る。
Ｃ９ＯＲＦ７２に関連した疾患、障害、及び病態の予防、治療、改善、及びその進行の遅延に有用な方法も提供する。特定の実施形態において、そのようなＣ９ＯＲＦ７２に関連した疾患は、神経変性疾患である。特定の実施形態において、神経変性疾患は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型痴呆（ＦＴＤ）、大脳皮質基底核変性症症候群（ＣＢＤ）、非定型パーキンソン症候群、及びオリーブ橋小脳変性症（ＯＰＣＤ）である。
そのような疾患は、共通して１つ１つまたは複数の危険因子、原因、または結果を有し得る。神経変性疾患、特にＡＬＳ及びＦＴＤの発症の特定の危険因子及び原因には、遺伝素因及び高齢が含まれる。
特定の実施形態において、治療方法は、Ｃ９ＯＲＦ７２アンチセンス化合物を、それを必要とする個体に投与することを含む。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は一本鎖修飾オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、一本鎖の修飾オリゴヌクレオチドは、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸と相補的である。
前述の一般的な説明及び以下の発明を実施するための形態はどちらも例示的かつ説明的なものであるにすぎず、特許請求される発明を限定するものではないと理解すべきである。本明細書において、単数形の使用は、別途明確に記述されない限り、複数形を含む。本明細書で使用されるとき、「ｏｒ（または）」の使用は、別途記述されない限り、「ａｎｄ／ｏｒ（及び／または）」を意味する。さらに、本明細書で使用されるとき、「ａｎｄ（及び）」の使用は、別途記述されない限り、「ａｎｄ／ｏｒ（及び／または）」を意味する。さらに、「ｉｎｃｌｕｄｉｎｇ（〜を含む）」という用語、ならびに「ｉｎｃｌｕｄｅｓ（〜を含む）」及び「ｉｎｃｌｕｄｅｄ（含まれる）」等の他の形態の使用は、限定的なものではない。また、「要素」または「成分」等の用語は、別途明確に記述されない限り、１つのユニットを含む要素及び成分、ならびに１超のサブユニットを含む要素及び成分の両方を包含する。
本発明の化合物は、１つまたは複数の水素、炭素、窒素、酸素または硫黄の原子が同じ元素の安定同位体で置き換えられている、開示された化合物の変異を含む。
本明細書で使用される節の見出しは、単に構成目的のものであり、記載される主題を限定するものと解釈されるべきではない。本明細書中で使用される節の見出しは、構成上の目的のためであり、記載する主題を限定するものとして解釈されるべきではない。この開示に引用されたすべての文献または該文献の一部には、限定されるものではないが、特許、特許出願、公開特許出願、論説、書籍、論文、ならびに、国立バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）及び他のデータ等のデータベースを通じて入手可能なＧＥＮＢＡＮＫアクセッション番号及び関連配列情報、及び、本明細書中の開示全体にわたって言及される他のデータが含まれ、これらは、本明細書で考察する文書の部分を参照することにより、その全体が明示的に本明細書に組み込まれる。
定義
特別な定義が与えられない限り、本明細書に記載する分析化学、合成有機化学、ならびに医化学及び製薬化学に関連して用いられる命名法、ならびにそれらの手順及び技法は、周知であり、当技術分野で一般に使用されるものである。化学合成及び化学分析には、標準的技法を使用することができる。別途示されない限り、以下の用語は、以下の意味を有する。
「２’−Ｏ−メトキシエチル」（２’−ＭＯＥ及び２’−ＯＣＨ２ＣＨ２−ＯＣＨ３及びＭＯＥともいう）は、フラノース環の２’位のＯ−メトキシ−エチル修飾を指す。２’−Ｏ−メトキシエチル修飾糖は、修飾糖である。
「２’−ＭＯＥヌクレオシド」（２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシドともいう）は、ＭＯＥ修飾糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
「２’置換ヌクレオシド」は、ＨまたはＯＨ以外のフラノース環の２’位に置換基を含むヌクレオシドを意味する。特定の実施形態において、２’置換ヌクレオシドは、二環式糖修飾を有するヌクレオシドを含む。
「５−メチルシトシン」とは、５’位に結合したメチル基で修飾されたシトシンを意味する。５−メチルシトシンは、修飾核酸塩基である。
「同時に投与される」とは、患者において２つの医薬品の薬理学的効果が同時に現れる任意の様式でのこれらの２つの薬剤を共投与することを指す。同時投与は、これら両方の医薬品が、単一の医薬組成物で、同一の剤形で、または同一の投与経路によって投与されることを必要としない。これら両方の医薬品の効果が同時に現われなくてもよい。効果は、ある期間の重複しか必要とせず、共に広範囲に及ぶ必要はない。
「投与」は、動物に医薬品を提供することを意味し、医療専門家及び自己投与による投与を含むが、これに限定されない。
「改善」とは、状態または疾患の少なくとも１つの指標の重症度の軽減、遅延、停止、無効化を指す。指標の重症度は、当業者に知られている主観的尺度または客観的尺度によって決定することができる。
「動物」とは、ヒト、またはマウス、ラット、ウサギ、イヌ、ネコ、ブタ、及び非ヒト霊長類（サル及びチンパンジーを含むが、これらに限定されない）を含むが、これらに限定されない非ヒト動物を指す。
「抗体」とは、何らかの方法で抗原と特異的に反応することで特徴付けられる分子を指し、抗体及び抗原が各々他方について定義される。抗体は、完全抗体分子、または重鎖、軽鎖、Ｆａｂ領域、及びＦｃ領域などの、その任意のフラグメントもしくは領域を指す場合がある。
「アンチセンス活性」とは、アンチセンス化合物のその標的核酸へのハイブリダイゼーションに起因する任意の検出可能または測定可能な活性を意味する。特定の実施形態において、アンチセンス活性は、標的核酸またはそのような標的核酸によってコードされるタンパク質の量または発現の減少である。
「アンチセンス化合物」とは、水素結合により標的核酸へのハイブリダイゼーションを経ることのできるオリゴマー化合物を意味する。アンチセンス化合物の例として、一本鎖化合物及び二本鎖化合物、例えばアンチセンスオリゴヌクレオチド、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｓｓＲＮＡ、及び占有に基づく（ｏｃｕｐａｎｃｙ−ｂａｓｅｄ）化合物が挙げられる。
「アンチセンス阻害」とは、アンチセンス化合物の不在下における標的核酸レベルと比較した、標的核酸に相補的なアンチセンス化合物の存在下における標的核酸レベルの低下を意味する。
「アンチセンス機構」とは、化合物と標的核酸とのハイブリダイゼーションを伴う機構すべてであり、そのハイブリダイゼーションの結果または効果が、標的分解または標的占拠のいずれかであり、それに伴い、例えば、転写またはスプライシングを伴う細胞機構が同時に停止する。
「アンチセンスオリゴヌクレオチド」とは、標的核酸の対応するセグメントへのハイブリダイゼーションを可能にする核酸塩基配列を有する一本鎖オリゴヌクレオチドを意味する。
「塩基相補性」とは、標的核酸におけるアンチセンスオリゴヌクレオチドの核酸塩基と対応する核酸塩基との正確な塩基対形成（すなわち、ハイブリダイゼーション）についての能力のことをいい、対応する核酸塩基間のワトソン−クリック型、フーグスティーン型、または逆フーグスティーン型の水素結合により媒介される。
「二環式糖」とは、２個の原子の架橋により修飾されたフラノース環を意味する。二環式糖は、修飾糖である。
「二環式ヌクレオシド」（また、ＢＮＡ）とは、糖環の２つの炭素原子を接続する架橋を含むことで二環式環構造を形成している糖部分を有する、ヌクレオシドを意味する。特定の実施形態において、架橋は糖環の４’炭素と２’炭素とを繋ぐ。
「Ｃ９ＯＲＦ７２アンチセンス転写物」は、Ｃ９ＯＲＦ７２遺伝子の非コード鎖（また、アンチセンス鎖及び鋳型鎖）から産生された転写物を意味する。Ｃ９ＯＲＦ７２アンチセンス転写物は、Ｃ９ＯＲＦ７２遺伝子のコード鎖（センス鎖でもある）から産生される、標準的に転写された「Ｃ９ＯＲＦ７２センス転写物」とは異なる。特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２アンチセンス転写産物は、配列番号１８である。
「Ｃ９ＯＲＦ７２アンチセンス転写物特異的阻害剤」とは、分子レベルでＣ９ＯＲＦ７２アンチセンス転写物及び／またはその発現産物の発現を特異的に阻害することができる任意の薬剤を指す。本明細書で用いられる「特異的」とは、非標的転写物をかなりの程度まで減少させることなくＣ９ＯＲＦ７２アンチセンス転写物の発現を減少または阻害することを意味する（例えば、Ｃ９ＯＲＦ７２アンチセンス転写物特異的阻害剤は、Ｃ９ＯＲＦ７２アンチセンス転写物の発現を減少させるが、Ｃ９ＯＲＦ７２感受性転写物の発現をかなりの程度まで低下させない）。Ｃ９ＯＲＦ７２アンチセンス転写物特異的阻害剤は、アンチセンス化合物、ｓｉＲＮＡ、アプタマー、抗体、ペプチド、小分子、ならびにＣ９ＯＲＦ７２アンチセンス転写物及び／またはその発現産物、例えばＣ９ＯＲＦ７２アンチセンス転写物関連ＲＡＮ翻訳産物の発現を阻害することができる他の薬剤を含む。
「Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患」とは、任意のＣ９ＯＲＦ７２核酸またはその発現産物に関連した任意の疾患を意味する。そのような疾患には、神経変性疾患が含まれ得る。そのような神経変性疾患には、ＡＬＳ及びＦＴＤが含まれ得る。特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患は、ヘキサヌクレオチド反復伸長によって引き起こされる（またはそれに関連する）。特定の実施形態において、ヘキサヌクレオチド反復伸長は、少なくとも３０回、３０回超、１００回超、５００回超、または１０００回超反復されるＧＧＧＧＣＣ、ＧＧＧＧＧＧ、ＧＧＧＧＧＣまたはＧＧＧＧＣＧを含んでもよい。
「Ｃ９ＯＲＦ７２関連ＲＡＮ翻訳産物」とは、ＲＡＮ翻訳（すなわち、反復関連の、かつ非ＡＴＧ依存的な翻訳）を介して翻訳される異常ペプチドまたはジペプチドポリマーを意味する。特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２関連のＲＡＮ翻訳産物は、ポリ（グリシン−プロリン）、ポリ（グリシン−アラニン）、及びポリ（グリシン−アルギニン）のいずれかである。
「Ｃ９ＯＲＦ７２核酸」とは、Ｃ９ＯＲＦ７２をコードしている任意の核酸を意味する。例えば、ある特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸は、Ｃ９ＯＲＦ７２をコードしているＤＮＡの塩基配列、イントロン及びエクソンを含むゲノムＤＮＡを含むＣ９ＯＲＦ７２をコードしているＤＮＡから転写されるＲＮＡ配列（すなわち、ｍＲＮＡ前駆体）、ならびにＣ９ＯＲＦ７２をコードしているｍＲＮＡ配列を含む。「Ｃ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡ」とは、Ｃ９ＯＲＦ７２タンパク質をコードするｍＲＮＡを意味する。
「Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体」とは、ヘキサヌクレオチド反復を含んでいるＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ前駆体変異体からプロセシングされたＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ変異体を意味する。Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ前駆体は、ｍＲＮＡ前駆体の転写がエクソン１Ａの開始部位からエクソン１Ｂの開始部位までの領域、例えば、ゲノム配列のヌクレオチド１１０７〜１５２０で開始されるときに（配列番号２、ヌクレオシド２７５３５０００〜２７５６５０００から切断されたＧＥＮＢＡＮＫ寄託番号ＮＴ＿００８４１３．１８の補体）、ヘキサヌクレオチド反復を含む。特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体のレベルを測定して、試料中のヘキサヌクレオチド反復を含有するＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ前駆体のレベルを決定する。
「Ｃ９ＯＲＦ７２特異的阻害剤」は、Ｃ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡ及び／またはＣ９ＯＲＦ７２タンパク質の発現を分子レベルで特異的に阻害することができる任意の薬剤を指す。例えば、Ｃ９ＯＲＦ７２特異的阻害剤には、核酸（アンチセンス化合物を含む）、ｓｉＲＮＡ、アプタマー、抗体、ペプチド、小分子、ならびにＣ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡ及び／またはＣ９ＯＲＦ７２タンパク質の発現を阻害することができる他の薬剤が含まれる。同様に、特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２特異的阻害剤は、動物における他の分子過程に影響を与え得る。
「キャップ構造」または「末端キャップ部分」とは、アンチセンス化合物のいずれかの末端に組み込まれている化学的修飾を意味する。
「ｃＥｔ」または「拘束エチル（ｃｏｎｓｔｒａｉｎｅｄ ｅｔｈｙｌ）」とは、４’炭素と２’炭素とを接続する架橋を含む糖部分を有する二環式ヌクレオシドを意味し、ここで、架橋は式４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’を有する。
「拘束エチルヌクレオシド」（同様にｃＥｔヌクレオシド）とは、４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’架橋を含む二環式糖部分を含むヌクレオシドを意味する。
「化学的に異なる領域」とは、同一のアンチセンス化合物の別の領域とは何らかの点で化学的に異なるアンチセンス化合物の領域を指す。例えば、２’−Ｏ−メトキシエチルヌクレオシドを有する領域は、２’−Ｏ−メトキシエチル修飾を有しないヌクレオシドを有する領域とは化学的に異なる。
「キメラアンチセンス化合物」とは、各々が複数のサブユニットを持つ少なくとも２つの化学的に異なる領域を有するアンチセンス化合物を意味する。
「共投与」とは、個体への２つ以上の医薬品の投与を意味する。これらの２つ以上の医薬品は、単一の医薬組成物中に存在し得るか、または別個の医薬組成物中に存在し得る。これらの２つ以上の医薬品の各々は、同一または異なる投与経路で投与され得る。共投与は、並行投与または連続投与を包含する。
「相補性」とは、第１の核酸及び第２の核酸の核酸塩基間で対合する能力を意味する。
「ｃｏｍｐｒｉｓｅ（含む）」、「ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ（含む）」、及び「ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ（含んでいる）」は、示された１つの工程もしくは要素または複数の工程もしくは要素の群の包含を意味するが、他の任意の工程もしくは要素または複数の工程もしくは要素の群の除外を意味するものではないと理解される。
「連続した核酸塩基」とは、互いに直接隣接した核酸塩基を意味する。
「設計」または「設計されている」とは、選択された核酸分子と特異的にハイブリダイズするオリゴマー化合物を設計するプロセスのことに言及する。
「希釈剤」とは、薬理学的活性を欠くが、薬学的に必要であるか、または望ましい組成物中の成分を意味する。例えば、注入される薬物において、希釈剤は、液体、例えば、生理食塩水であり得る。
「用量」とは、単回投与で提供されるか、または特定の期間に提供される医薬品の特定の量を意味する。特定の実施形態において、用量は、１、２、またはそれ１つまたは複数のボーラス、錠剤、または注入で投与され得る。例えば、特定の実施形態において、皮下投与が所望される場合、所望の用量は、単回注入では容易に提供されない体積を必要とし、それ故に、２回１つまたは複数注入して所望の用量を達成することができる。特定の実施形態において、医薬品は、輸液によって長期間にわたって、または連続して投与される。用量は、１時間、１日、１週間、または１ヵ月当たりの医薬品の量として記載してもよい。
活性の調整または状態の治療もしくは予防に関連する「有効量」とは、そのような調整、治療、または予防を必要とする対象に対して、そのような効果の調整、またはその状態の治療もしくは予防もしくは改善に有効である単回投与または連続投与の一部としてのいずれかで、その量の医薬品を投与することを意味する。有効な量は、治療される個体の健康及び身体状態、治療される個体の分類群、組成物の製剤、個体の病状の評価、ならびに他の関連因子によって個体間で異なり得る。
「有効性」とは、所望の効果を生じさせる能力を意味する。
「発現」は、遺伝子のコード化情報を細胞内に存在して作用する構造に変換させる全ての機能を含む。そのような構造には、転写及び翻訳の生成物が含まれるが、これらに限定されるものではない。
「Ｆｏｃｕｓ（フォーカス）」または「ｆｏｃｉ（フォーカス）」とは、Ｃ９ＯＲＦ７２転写産物を含む核または細胞質体を意味する。特定の実施形態において、フォーカスは少なくとも１つのＣ９ＯＲＦ７２転写産物を含む。特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２フォーカスは、以下のヘキサヌクレオチド反復：ＧＧＧＧＣＣ、ＧＧＧＧＧＧ、ＧＧＧＧＧＣ、及び／またはＧＧＧＧＣＧ、のいずれかを含む転写産物を含む。
「完全に相補的な」または「１００％相補的な」とは、第１の核酸の各核酸塩基が、第２の核酸の第塩基配列中に相補的な核酸塩基を有することを意味する。特定の実施形態において、第１の核酸は、アンチセンス化合物であり、標的核酸は、第２の核酸である。
「ギャップマー」とは、ＲＮａｓｅ Ｈ切断を支援する複数のヌクレオシドを有する内部領域が１個１つまたは複数のヌクレオシドを有する外部領域間に位置付けられるキメラアンチセンス化合物を意味し、内部領域を含むこれらのヌクレオシドは、外部領域を含むヌクレオシドまたは複数のヌクレオシドとは化学的に異なる。内部領域は、「ギャップ」と称され得、外部領域は、「ウイング」と称され得る。
「ヘキサヌクレオチド反復伸長」とは、少なくとも２回繰り返される、一連の６個の塩基（例えば、ＧＧＧＧＣＣ、ＧＧＧＧＧＧ、ＧＧＧＧＣＧ、またはＧＧＧＧＧＣ）を意味する。特定の実施形態において、ヘキサヌクレオチド反復伸長はＣ９ＯＲＦ７２核酸のイントロン１に位置してもよい。特定の実施形態において、病原性ヘキサヌクレオチド反復伸長は、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸中のＧＧＧＧＣＣ、ＧＧＧＧＧＧ、ＧＧＧＧＧＣまたはＧＧＧＧＣＧの少なくとも３０、３０超、１００超、５００超、または１０００超の反復を含み、疾患と関連する。特定の実施形態において、反復は連続的である。特定の実施形態において、反復は１つまたは複数の核酸塩基によって中断される。特定の実施形態において、野生型ヘキサヌクレオチド反復伸長には、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸中のＧＧＧＧＣＣ、ＧＧＧＧＧＧ、ＧＧＧＧＣＧ、またはＧＧＧＧＧＣの２３以下の反復が含まれる。特定の実施形態において、反復は連続的である。特定の実施形態において、反復は１つまたは複数の核酸塩基によって中断される。
「ハイブリダイゼーション」とは、相補的核酸分子のアニーリングを意味する。特定の実施形態において、相補的核酸分子には、アンチセンス化合物及び標的核酸が含まれるが、これらに限定されない。特定の実施形態において、相補的核酸分子はアンチセンスオリゴヌクレオチド及び標的核酸を含むが、これに限定されるものではない。
「Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患を有する動物を識別する」とは、Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患と診断されている動物、またはＣ９ＯＲＦ７２関連疾患を発症しやすい動物を識別することを意味する。Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患を発症しやすい個体として、Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患を発症する１つまたは複数の危険因子を持つ個体が挙げられ、そのような個体には１つまたは複数のＣ９ＯＲＦ７２関連疾患の個人歴もしくは家族歴または遺伝的素因を持つ個体が含まれる。そのような識別は、個体の病歴を評価すること、及び標準的な臨床試験もしくは評価、例えば遺伝子検査を含む任意の方法によって、達成することができる。
「直接隣接する」は、直接隣接する要素間に、介在要素が存在しないことを意味する。
「個体」とは、治療または療法のために選択されたヒトまたは非ヒト動物を意味する。
「Ｃ９ＯＲＦ７２を阻害する」とは、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及び／またはタンパク質のレベルまたは発現を低減させることを意味する。特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及び／またはタンパク質レベルは、アンチセンスオリゴヌクレオチド等のＣ９ＯＲＦ７２アンチセンス化合物の不在下におけるＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ及び／またはタンパク質の発現のレベルと比較して、Ｃ９ＯＲＦ７２を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む、Ｃ９ＯＲＦ７２を標的にするアンチセンス化合物の存在下、阻害される。
「発現または活性を阻害する」とは、発現または活性の減少または阻止を指し、必ずしも発現または活性の完全な排除を示すわけではない。
「ヌクレオシド間結合」とは、ヌクレオシド間の化学結合を指す。
「連結したヌクレオチド」とは、ヌクレオシド間結合によって一緒に結合した隣接するヌクレオチドを意味する。
「ロックド核酸」もしくは「ＬＮＡ」または「ＬＮＡヌクレオシド」とは、ヌクレオシド糖単位の４’位と２’位との間の２つの炭素原子を連結している架橋を有し、それによって二環式糖を形成する核酸単量体を意味する。そのような二環式糖の例として、限定されるものではないが、以下に示すように、（Ａ）α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＬＮＡ、（Ｂ）β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＬＮＡ，（Ｃ）エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＬＮＡ、（Ｄ）アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＬＮＡ、及び（Ｅ）オキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＬＮＡが挙げられる。
Figure 2018512127
本明細書では、ＬＮＡ化合物として、限定されるものではないが、糖の４’位と２’位との間に少なくとも１つの架橋を有する化合物が挙げられ、各々の架橋は、独立して、−［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ−、−Ｃ（Ｒ１）＝Ｃ（Ｒ２）−、−Ｃ（Ｒ１）＝Ｎ−、−Ｃ（＝ＮＲ１）−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝Ｓ）−、−Ｏ−，−Ｓｉ（Ｒ１）２−、−Ｓ（＝Ｏ）ｘ−及び−Ｎ（Ｒ１）−から独立して選択される１個または２〜４個の結合基を含み、式中、ｘは、０、１、または２であり、ｎは、１、２、３、または４であり、各Ｒ１及びＲ２は、独立して、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、Ｃ５−Ｃ２０アリール、置換Ｃ５−Ｃ２０アリール、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５−Ｃ７脂環式ラジカル、置換Ｃ５−Ｃ７脂環式ラジカル、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２−Ｊ１）、またはスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）−Ｊ１）であり、各Ｊ１及びＪ２は、独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、Ｃ５−Ｃ２０アリール、置換Ｃ５−Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、Ｃ１−Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アミノアルキル、または保護基である。
ＬＮＡの定義内に包含される４’−２’架橋基の例として、限定されるものではないが、式：−［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ−、−［Ｃ（Ｒ１）（Ｒ２）］ｎ−Ｏ−、−Ｃ（Ｒ１Ｒ２）−Ｎ（Ｒ１）−Ｏ−または−Ｃ（Ｒ１Ｒ２）−Ｏ−Ｎ（Ｒ１）−の１つが挙げられる。さらに、ＬＮＡの定義内に包含される他の架橋基は、４’−ＣＨ２−２’、４’−（ＣＨ２）２−２’、４’−（ＣＨ２）３−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ１）−２’、及び４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ１）−Ｏ−２’−架橋であり、式中、Ｒ１及びＲ２の各々は、独立して、Ｈ、保護基、またはＣ１〜Ｃ１２アルキルである。
本発明に係るＬＮＡの定義内に包含されるものには、リボシル糖環の２’−ヒドロキシ基が糖環の４’炭素原子に結合し、それによってメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）架橋を形成して二環式糖部分を形成する、ＬＮＡも含まれる。架橋を、２’酸素原子と４’炭素原子とを結合するメチレン（−ＣＨ２−）基にすることもでき、それに対してメチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＬＮＡという用語が用いられる。さらに、この位置にエチレン架橋基を有する二環式糖部分の場合、エチレンオキシ（４’−ＣＨ２ＣＨ２−Ｏ−２’）ＬＮＡという用語が用いられる。メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＬＮＡの異性体であるα−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）もまた、本明細書では、ＬＮＡの定義内に包含される。
「ミスマッチ」または「非相補的核酸塩基」とは、第１の核酸の核酸塩基が第２の核酸または標的核酸の対応する核酸塩基と対合することができない場合を指す。
「修飾ヌクレオシド間結合」は、天然に存在するヌクレオシド間結合（すなわち、ホスホジエステルヌクレオシド間結合）の置換または任意の変化を指す。
「修飾核酸塩基」とは、アデニン、シトシン、グアニン、チミジン、またはウラシル以外の任意の核酸塩基を意味する。「非修飾核酸塩基」とは、プリンが、アデニン（Ａ）及びグアニン（Ｇ）をベースとし、ピリミジンがチミン（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、及びウラシル（Ｕ）をベースとすることを意味する。
「修飾ヌクレオシド」は、独立して、１つの修飾糖部分及び／または修飾された核酸塩基を有するヌクレオシドを意味する。
「修飾ヌクレオチド」は、独立して、１つの修飾糖部分、修飾ヌクレオシド間結合及び／または修飾された核酸塩基を有するヌクレオチドを意味する。
「修飾オリゴヌクレオチド」とは、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合、修飾糖、及び／または修飾核酸塩基を含むオリゴヌクレオチドを意味する。
「修飾糖」とは、天然糖部分の置換及び／または何らかの変化を意味する。
「モノマー」とは、オリゴマーの１つの単位を意味する。モノマーとして、限定されるものではないが、天然に存在するかまたは修飾されるかに関わらず、ヌクレオシド及びヌクレオチドが挙げられる。
「モチーフ」とは、アンチセンス化合物における非修飾及び修飾されたヌクレオシドのパターンを意味する。
「天然糖部分」とは、ＤＮＡ（２’−Ｈ）またはＲＮＡ（２’−ＯＨ）に見られる糖部分を意味する。
「天然に存在するヌクレオシド間結合」とは、３’→５’ホスホジエステル結合を意味する。
「非相補的核酸塩基」とは、互いで水素結合を形成せず、さもなければハイブリダイゼーションを支持しない一対の核酸塩基のことをいう。
「核酸」とは、モノマーヌクレオチドからなる分子を指す。核酸には、リボ核酸（ＲＮＡ）、デオキシリボ核酸（ＤＮＡ）、一本鎖核酸、二本鎖核酸、低分子干渉リボ核酸（ｓｉＲＮＡ）、及びマイクロＲＮＡｓ（ｍｉＲＮＡ）が含まれるが、これらに限定されない。
「核酸塩基」とは、別の核酸塩基と対合することができる複素環部分を意味する。
「核酸塩基相補性」とは、核酸塩基がもう１つの核酸塩基と塩基対合することを指す。例えば、ＤＮＡにおいて、アデニン（Ａ）は、チミン（Ｔ）に相補的である。例えば、ＲＮＡにおいて、アデニン（Ａ）は、ウラシル（Ｕ）に相補的である。特定の実施形態において、相補的核酸塩基とは、アンチセンス化合物の核酸塩基であって、その標的核酸の核酸塩基と塩基対合することができるものを指す。例えば、アンチセンス化合物のある特定の位置の核酸塩基が、標的核酸のある特定の位置の核酸塩基と水素結合することができる場合、オリゴヌクレオチド及び標的核酸との間の水素結合の位置は、その核酸塩基対において相補的であると見なされる。
「核酸塩基配列」とは、任意の糖、結合、及び／または核酸塩基修飾から独立した連続した核酸塩基の順序を意味する。
「ヌクレオシド」とは、糖に連結された核酸塩基を意味する。
「ヌクレオシド模倣物」は、糖または糖と塩基を置換するために用いられる構造を含み、例えば、モルホリノ、シクロヘキセニル、シクロヘキシル、テトラヒドロピラニル、ビシクロ、またはトリシクロ糖模倣物、例えば、非フラノース糖単位を有するヌクレオシド模倣物等のオリゴマー化合物の１つまたは複数の位置での結合を必ずしも含むわけではない。「ヌクレオチド模倣物」は、ヌクレオシドを置換するために用いられる構造と、例えば、ペプチド核酸またはモルホリノ（−Ｎ（Ｈ）−Ｃ（＝Ｏ）−Ｏ−または他の非ホスホジエステル結合によって連結されたモルホリノ）等のオリゴマー化合物の１つまたは複数の位置での結合とを含む。糖代替物は、わずかに広義であるヌクレオシド模倣体という用語と重複するが、糖単位（フラノース環）のみの置き換えを指すことを意図する。本明細書に提供されるテトラヒドロピラニル環は、糖代替物の例を示すものであり、フラノース糖基が、テトラヒドロピラニル環系で置き換えられている。「模倣体」とは、糖、核酸塩基、及び／またはヌクレオシド間結合と置換される基のことを指す。通常、模倣体は、糖または糖ヌクレオシド間結合の組合せの代わりに使用され、核酸塩基は選択された標的へのハイブリダイゼーションのために維持される。
「ヌクレオチド」とは、ヌクレオシドの糖部分に共有結合したリン酸基を有するヌクレオシドを意味する。
「オフターゲット効果」は、意図された標的核酸以外のＲＮＡまたは遺伝子のタンパク質発現の調節と関連する、不必要または有害な生物学的影響のことを指す。
「オリゴマー化合物」または「オリゴマー」とは、連結されたモノマー型サブユニットのポリマーであって、少なくとも核酸分子の一領域にハイブリダイズすることができるものを意味する。
「オリゴヌクレオチド」とは、各々が互いに独立して、修飾され得るかまたは修飾され得ない連結したヌクレオシドのポリマーを意味する。
「非経口投与」とは、注入（例えば、大量瞬時投与）または輸液を介する投与を意味する。非経口投与には、皮下投与、静脈内投与、筋肉内投与、動脈内投与、腹腔内投与、または頭蓋内投与、例えば、髄腔内もしくは脳室内投与が含まれる。
「ペプチド」とは、アミド結合によって少なくとも２つのアミノ酸を連結することによって形成される分子を意味する。本明細書では、限定されることなく、ペプチドとはポリペプチド及びタンパク質のことを指す。
「医薬品」とは、個体に投与されたときに治療的利益を提供する物質を意味する。例えば、特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２を標的にするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、医薬品である。
「薬学的に許容される誘導体」は、本明細書中で述べられる化合物の薬学的に許容される塩類、複合体、プロドラッグ、または異性体を含む。
「薬学的に許容される塩」とは、アンチセンス化合物の生理学的にかつ薬学的に許容される塩、すなわち、親オリゴヌクレオチドの所望の生物学的活性を保持し、かつそれに望ましくない毒物学的影響を与えない塩を意味する。
「ホスホロチオエート結合」とは、ホスホジエステル結合が非架橋酸素原子のうちの１つを硫黄原子と置き換えることによって修飾されるヌクレオシド間の結合を意味する。ホスホロチオエート結合は、修飾ヌクレオシド間結合である。
「部分」とは、定義された数の核酸の連続した（すなわち、連結した）核酸塩基を意味する。特定の実施形態において、部分は、定義された数の標的核酸の連続した核酸塩基である。特定の実施形態において、部分は、定義された数のアンチセンス化合物の連続した核酸塩基である。
「予防する（“ｐｒｅｖｅｎｔ”または“ｐｒｅｖｅｎｔｉｎｇ”）」とは、数分から数日、数週間から数ヶ月、または不確定の期間の間、疾患、障害、もしくは状態の発生もしくは発症を遅延させるか、または未然に防ぐことを指す。
「プロドラッグ」は、内因性酵素または他の化学物質または条件の作用によって、体内または細胞内で活性形態に変換される不活性な形態で調製される治療薬を意味する。
「予防的有効量」は、予防的なまたは予防上の利点を動物に付与する医薬品の量のことを指す。
「領域」は、少なくとも１つの同定可能な構造、機能、または特徴を有する標的核酸の一部分と定義される。
「リボヌクレオチド」とは、ヌクレオチドの糖部分の２’位にヒドロキシを有するヌクレオチドを意味する。リボヌクレオチドは様々な置換基のいずれかも修飾することができる。
「塩」とは、アンチセンス化合物の生理学的にかつ薬学的に許容される塩、すなわち、親オリゴヌクレオチドの所望の生物学的活性を保持し、かつそれに望ましくない毒物学的影響を与えない塩を意味する。
「セグメント」は、標的核酸内の領域のさらに小さな部分または下位部分と定義される。
本明細書で教示されるアンチセンスオリゴヌクレオチドの「短縮型」または「切断型」バージョンは、１、２またはそれ１つまたは複数のヌクレオシドが欠失している。
「副作用」とは、所望の作用以外の治療に起因する生理学的応答を意味する。特定の実施形態において、副作用には、限定されるものではないが、注入部位反応、肝機能検査異常、腎機能異常、肝臓毒性、腎臓毒性、中枢神経系異常及びミオパシーが含まれる。
「一本鎖オリゴヌクレオチド」とは、相補鎖にハイブリダイズされないオリゴヌクレオチドを意味する。「一本鎖修飾オリゴヌクレオチド」とは、相補鎖にハイブリダイズされない修飾オリゴヌクレオチドを意味する。
本明細書で用いられる「部位」とは、標的核酸の範囲内の固有の核酸塩基位置と定義される。
「進行を遅延させる」とは、疾患の進行を減少させることを意味する。
「特異的にハイブリダイズ可能」とは、所望の効果を誘導するのに十分な程度の相補性をアンチセンスオリゴヌクレオチドと標的核酸との間に有するとともに、特異的結合が所望される条件下、すなわち、生体内アッセイ及び治療処置の場合には生理学的条件下で、非標的核酸に対する効果を最小限に示すかまたは全く示さない、アンチセンス化合物を指す。
「ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件」または「ストリンジェントな条件」は、オリゴマー化合物がその標的配列にハイブリダイズするが、最小数の他の配列にハイブリダイズする条件を指す。
「対象」とは、治療または療法のために選択されたヒトまたは非ヒト動物を意味する。
「標的」とは、調節が所望されるタンパク質を指す。
「標的遺伝子」とは、標的をコードしている遺伝子を指す。
「Ｔａｒｇｅｔｉｎｇ（標的とする）」または「Ｔａｒｇｅｔｅｄ（標的にされる）」とは、標的核酸に特異的にハイブリダイズし、かつ所望の効果を引き起こすアンチセンス化合物の設計及び選択のプロセスを意味する。
「標的核酸」、「標的ＲＮＡ」、ならびに「標的ＲＮＡ転写産物」及び「核酸標的」とは、すべて、アンチセンス化合物によって標的とされ得る核酸を指す。
「標的領域」とは、１つまたは複数のアンチセンス化合物が標的にする標的核酸の一部分を意味する。
「標的セグメント」とは、アンチセンス化合物が標的にする標的核酸のヌクレオチドの配列を意味する。「５’標的部位」は、標的セグメントの５’最末端のヌクレオチドを指す。「３’標的部位」は、標的セグメントの３’最末端のヌクレオチドを指す。
「治療有効量」とは、個体に治療効果をもたらす医薬品の量を意味する。
「ｔｒｅａｔ（治療する）」または「ｔｒｅａｔｉｎｇ（治療する）」または「治療（ｔｒｅａｔｍｅｎｔ）」とは、組成物を投与して、障害または状態の変化または改善をもたらすことを意味する。
「非修飾核酸塩基」とは、プリン塩基であるアデニン（Ａ）及びグアニン（Ｇ）、ならびにピリミジン塩基である（Ｔ）、シトシン（Ｃ）、及びウラシル（Ｕ）を意味する。
「非修飾ヌクレオチド」とは、天然に存在する核酸塩基、糖部分、及びヌクレオシド間結合からなるヌクレオチドを意味する。特定の実施形態において、非修飾ヌクレオチドは、ＲＮＡヌクレオチド（すなわち、β−Ｄ−リボヌクレオシド）またはＤＮＡヌクレオチド（すなわち、β−Ｄ−デオキシリボヌクレオシド）である。
「ウイングセグメント」とは、強化された阻害活性、増大した標的核酸への結合親和性、またはｉｎ ｖｉｖｏのヌクレアーゼによる分解に対する抵抗性等のオリゴヌクレオチドの特性を付加するために修飾された複数のヌクレオシドを意味する。
特定の実施形態
特定の実施形態は、全Ｃ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡ及びタンパク質の発現を低下させるための組成物及び方法を提供する。
特定の実施形態は、Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体を低減するための組成物及び方法を提供する。
特定の実施形態は、Ｃ９ＯＲＦ７２に関連する疾患を治療する、予防する、改善する、またはその進行を遅延させるための方法を、それを必要とする個体において提供する。また、Ｃ９ＯＲＦ７２に関連する疾患の治療、予防、または改善のための医薬の調製方法も企図されている。Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患には、神経変性疾患が含まれる。特定の実施形態において、神経変性疾患は、ＡＬＳまたはＦＴＤであり得る。特定の実施形態において、神経変性疾患は家族性または散発性であり得る。
本開示は、以下の付番された非限定的実施形態を提供した。
実施形態１．１２〜３０の連結したヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２２〜５５の核酸塩基配列のいずれかの、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、少なくとも１８、少なくとも１９、または少なくとも２０の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する化合物。
実施形態２．該修飾オリゴヌクレオチドの核塩基配列は、配列番号１または２に対して、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である、実施形態１の化合物。
実施形態３．該修飾オリゴヌクレオチドは一本鎖修飾オリゴヌクレオチドである、実施形態１または２のいずれかに記載の化合物。
実施形態４．該修飾オリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合を含む、実施形態１〜３のいずれかに記載の化合物。
実施形態５．該少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態４に記載の化合物。
実施形態６．該修飾オリゴヌクレオチドが、少なくとも１つのホスホジエステル結合を含む、実施形態４及び５に記載の化合物。
実施形態７．各修飾ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、実施形態５に記載の化合物。
実施形態８．少なくとも１つのヌクレオシドが修飾核酸塩基を含む、実施形態１〜７のいずれかに記載の化合物。
実施形態９．該修飾核酸塩基が５−メチルシトシンである、実施形態８に記載の化合物。
実施形態１０．少なくとも１つの修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドが修飾糖を含む、実施形態１〜９のいずれかに記載の化合物。
実施形態１１．該修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドが修飾糖を含む、実施形態１０に記載の化合物。
実施形態１２．該少なくとも１つの修飾糖が二環式糖である、実施形態１０または１１に記載の化合物。
実施形態１３．該二環式糖が糖の４’位と２’位との間の化学架橋を含み、該化学架橋は４’−ＣＨ（Ｒ）−Ｏ−２’及び４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’から選択され、式中、Ｒは独立してＨ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、及びＣ１−Ｃ６アルコキシである、実施形態１２に記載の化合物。
実施形態１４．該化学架橋が４’−ＣＨ（Ｒ）−Ｏ−２’であり、Ｒがメチルである、実施形態１３に記載の化合物。
実施形態１５．該化学架橋が４’−ＣＨ（Ｒ）−Ｏ−２’であり、ＲがＨである、実施形態１３に記載の化合物。
実施形態１６．該化学架橋が４’−ＣＨ（Ｒ）−Ｏ−２’であり、Ｒが−ＣＨ２−Ｏ−ＣＨ３である、実施形態１３に記載の化合物。
実施形態１７．該少なくとも１つの修飾糖が２’−Ｏ−メチルエチル基を含む、実施形態１０または１１に記載の化合物。
実施形態１８．該修飾オリゴヌクレオチドがギャップマーである、実施形態１〜１０または１２〜１６のいずれかに記載の化合物。
実施形態１９．該ギャップマーは３−８−７ ＭＯＥギャップマー、３−１０−７ ＭＯＥギャップマー、４−８−６ ＭＯＥギャップマー、４−１０−６ ＭＯＥギャップマー、６−１０−４ ＭＯＥギャップマー、６−８−４ ＭＯＥギャップマー、７−８−３ ＭＯＥギャップマー、または７−１０−３ ＭＯＥギャップマーのいずれかである、実施形態１８に記載の化合物。
実施形態２０．該修飾オリゴヌクレオチドは、次のいずれかのパターン：ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｏｓｓ、ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓ、ｓｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓ、ｓｏｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ、ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓ、ｓｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓ、ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓ、ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓ、ｓｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｏｓｓ、またはｓｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓのヌクレオシド間結合を含み、式中、
ｓ＝ホスホロチオエート結合であり、
ｏ＝ホスホジエステル結合である、請求項５に記載の化合物。
実施形態１９．先行実施形態のいずれかに記載の化合物またはその塩及び薬学的に許容される担体または希釈剤の少なくとも一方を含む組成物。
実施形態２０．Ｃ９ＯＲＦ７２アンチセンス転写産物特異的阻害剤をさらに含む、実施形態１９に記載の組成物。
実施形態２１．該Ｃ９ＯＲＦ７２アンチセンス転写産物特異的阻害剤はアンチセンス化合物である、実施形態２０に記載の組成物。
実施形態２２．該アンチセンス化合物が修飾オリゴヌクレオチドである、実施形態２１に記載の組成物。
実施形態２３．該修飾オリゴヌクレオチドが一本鎖である、実施形態２２に記載の組成物。
実施形態２４．該修飾オリゴヌクレオチドが、Ｃ９ＯＲＦ７２アンチセンス転写産物に少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または少なくとも１００％相補的である核酸塩基配列を有する、実施形態２２または２３に記載の組成物。
実施形態２５．該Ｃ９ＯＲＦ７２アンチセンス転写産物は、配列番号１８の核酸塩基配列を有する、実施形態２４に記載の組成物。
実施形態２６．先行実施形態のいずれかに記載の化合物または組成物を動物に投与することを含む、方法。
実施形態２７．該動物がヒトである、実施形態２６に記載の方法。
実施形態２８．該化合物の投与が、Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患を予防する、治療する、改善する、またはその進行を遅延させる、実施形態２６及び２７に記載の方法。
実施形態２９．該Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患がヘキサヌクレオチド反復伸長によって引き起こされる、実施形態２８に記載の方法。
実施形態３０．該Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型痴呆（ＦＴＤ）、大脳皮質基底核変性症症候群（ＣＢＤ）、非定型パーキンソン症候群、及びオリーブ橋小脳変性症（ＯＰＣＤ）である、実施形態２８に記載の方法。
実施形態３１．該投与が核内フォーカスを減少させる、実施形態２６〜３０に記載の方法。
実施形態３２．該投与が、Ｃ９ＯＲＦ７２関連ＲＡＮ翻訳産物の発現を減少させる、実施形態２６〜３１に記載の方法。
実施形態３３．該Ｃ９ＯＲＦ７２関連のＲＡＮ翻訳産物は、ポリ（グリシン−プロリン）、ポリ（グリシン−アラニン）、及びポリ（グリシン−アルギニン）のいずれかである、実施形態３２に記載の方法。
実施形態３４．神経変性疾患を治療するための医薬品の製造のための、実施形態１〜３３のいずれかに記載の化合物または組成物の使用。
実施形態３５．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドまたはその塩からなる化合物。
Figure 2018512127
実施形態３６．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドのナトリウム塩からなる組成物。
Figure 2018512127
実施形態３７．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドまたはその塩からなる化合物。
Figure 2018512127
実施形態３８．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドのナトリウム塩からなる組成物。
Figure 2018512127
実施形態３９．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドまたはその塩からなる化合物。
Figure 2018512127
実施形態４０．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドのナトリウム塩からなる組成物。
Figure 2018512127
実施形態４１．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドまたはその塩からなる化合物。
Figure 2018512127
実施形態４２．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドのナトリウム塩からなる組成物。
Figure 2018512127
実施形態４３．哺乳類におけるヒトＣ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現を減少させることができる、実施形態１〜２５または３５〜４２のいずれかに記載の化合物または組成物。
実施形態４４．筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型痴呆（ＦＴＤ）、大脳皮質基底核変性症症候群（ＣＢＤ）、非定型パーキンソン症候群、またはオリーブ橋小脳変性症（ＯＰＣＤ）のいずれかの少なくとも１つの症状を改善することができる、実施形態１〜２５または３５〜４２のいずれかに記載の化合物または組成物。
実施形態４５．ＡＬＳの症状が運動障害、不安、及び脱神経のいずれかである、実施形態４４に記載の化合物または組成物。
実施形態４６．疾患の進行を遅延させることができる、実施形態１〜２５または３５〜４２のいずれかに記載の化合物または組成物。
実施形態４７．生存期間を延長することができる、実施形態１〜２５または３５〜４２のいずれかに記載の化合物または組成物。
実施形態４８．Ｃ９ＯＲＦ７２関連ＲＡＮ翻訳産物を減少させることができる、実施形態１〜２５または３５〜４２のいずれかに記載の化合物または組成物。
実施形態４９．Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体を選択的に減少させることができる、実施形態１〜２５または３５〜４２のいずれかに記載の化合物または組成物。
実施形態５０．核内フォーカスを減少させることができる、実施形態１〜２５または３５〜４２のいずれかに記載の化合物または組成物。
実施形態５１．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドまたはその塩からなる化合物。
Figure 2018512127
実施形態５２．実施形態５１に記載の化合物を動物に投与することを含む、方法。
実施形態５３．該動物がヒトである、実施形態５２に記載の方法。
実施形態５４．該投与がＣ９ＯＲＦ７２を阻害する、実施形態５３に記載の方法。
実施形態５５．該投与が、Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患を予防する、治療する、改善する、またはその進行を遅延させる、実施形態５３に記載の方法。
実施形態５６．該Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患がヘキサヌクレオチド反復伸長によって引き起こされる、実施形態５５に記載の方法。
実施形態５７．該Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型痴呆（ＦＴＤ）、大脳皮質基底核変性症症候群（ＣＢＤ）、非定型パーキンソン症候群、またはオリーブ橋小脳変性症（ＯＰＣＤ）のいずれかである、実施形態５５に記載の方法。
実施形態５８．該投与が核内フォーカスを減少させる、実施形態５３に記載の方法。
実施形態５９．該投与が、Ｃ９ＯＲＦ７２関連ＲＡＮ翻訳産物の発現を減少させる、実施形態５３に記載の方法。
実施形態６０．該Ｃ９ＯＲＦ７２関連のＲＡＮ翻訳産物は、ポリ（グリシン−プロリン）、ポリ（グリシン−アラニン）、及びポリ（グリシン−アルギニン）のいずれかである、実施形態５９に記載の方法。
実施形態６１．以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドのナトリウム塩からなる組成物。
Figure 2018512127
実施形態６２．実施形態６０に記載の組成物を動物に投与することを含む、方法。
実施形態６３．該動物がヒトである、実施形態６２に記載の方法。
実施形態６４．該投与がＣ９ＯＲＦ７２を阻害する、実施形態６３に記載の方法。
実施形態６５．該投与が、Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患を予防する、治療する、改善する、またはその進行を遅延させる、実施形態６２に記載の方法。
実施形態６６．該Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患がヘキサヌクレオチド反復伸長によって引き起こされる、実施形態６５に記載の方法。
実施形態６７．該Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型痴呆（ＦＴＤ）、大脳皮質基底核変性症症候群（ＣＢＤ）、非定型パーキンソン症候群、またはオリーブ橋小脳変性症（ＯＰＣＤ）のいずれかである、実施形態６５に記載の方法。
実施形態６８．該投与が核内フォーカスを減少させる、実施形態６３に記載の方法。
実施形態６９．該投与が、Ｃ９ＯＲＦ７２関連ＲＡＮ翻訳産物の発現を減少させる、実施形態６３に記載の方法。
実施形態７０．該Ｃ９ＯＲＦ７２関連のＲＡＮ翻訳産物は、ポリ（グリシン−プロリン）、ポリ（グリシン−アラニン）、及びポリ（グリシン−アルギニン）のいずれかである、実施形態６９に記載の方法。
アンチセンス化合物
オリゴマー化合物として、オリゴヌクレオチド、オリゴヌクレオシド、オリゴヌクレオチドアナログ、オリゴヌクレオチド模倣物、アンチセンス化合物、アンチセンスオリゴヌクレオチド、及びｓｉＲＮＡが挙げられるが、これらに限定されない。オリゴマー化合物は、標的核酸に対して「アンチセンス」であってもよく、これは、水素結合を介して標的核酸へのハイブリダイゼーションを受けることができることを意味する。
特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、５’から３’方向に書かれた場合に標的とする標的核酸の標的セグメントの逆相補体を含む核酸塩基配列を有する。特定のそのような実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、５’から３’方向に書かれた場合、標的とする標的核酸の標的セグメントの逆相補体を含む核酸塩基配列を有する。
特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするアンチセンス化合物は、長さが１２〜３０のサブユニットである。換言すれば、そのようなアンチセンス化合物は、１２〜３０個の連結したサブユニットである。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、８〜８０、１２〜５０、１５〜３０、１８〜２４、１９〜２２または２０個の連結したサブユニットである。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、または８０の長さの連結したサブユニット、または上記の値のいずれか２つで定義される範囲である。いくつかの実施形態において、アンチセンス化合物はアンチセンスオリゴヌクレオチド及び連結したサブユニットはヌクレオシドである。
特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、短縮または切断される。例えば、単一のサブユニットが、５’末端から欠失してもよく（５’切断）、または代替として、３’末端から欠失してもよい（３’切断）。Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とする短縮または切断されたアンチセンス化合物は、２つのサブユニットがアンチセンス化合物の５’末端から欠失していてもよく、代替として、２つのサブユニットが、アンチセンス化合物の３’末端から欠失していてもよい。あるいは、例えば１つのヌクレオチドが５’末端から欠失し、１つのヌクレオシドが３’末端から欠失しているアンチセンス化合物において、欠失したヌクレオシドはアンチセンス化合物全体に分散していてもよい。
延長されたアンチセンス化合物に単一の付加サブユニットが存在する場合、付加サブユニットは、アンチセンス化合物の５’または３’末端に位置してもよい。２つ以上の付加サブユニットが存在する場合、付加されたサブユニットは互いに隣接してもよく、例えば、あるアンチセンス化合物では、２つのサブユニットが、アンチセンス化合物の５’末端に付加され（５’付加）、または代替として、３’末端に付加されている（３’付加）。あるいは、付加されたサブユニットは、例えば、５’末端に付加される１つのサブユニット及び３’末端に付加される１つのサブユニットを有するアンチセンス化合物において、アンチセンス化合物全体に分散されていてもよい。
活性を排除することなく、アンチセンスオリゴヌクレオチド等のアンチセンス化合物の長さを増加しもしくは減少させ、かつ／またはミスマッチ塩基を導入することができる。例えば、Ｗｏｏｌｆ ｅｔ ａｌ．（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８９：７３０５−７３０９，１９９２）において、１３〜２５核酸塩基長の一連のアンチセンスオリゴヌクレオチドが、標的ＲＮＡの切断を誘導するその能力について、卵母細胞注入モデルで試験された。末端近くに８個または１１個のミスマッチ塩基を含む２５核酸塩基長のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ミスマッチを含まないアンチセンスオリゴヌクレオチドほどではなかったものの、標的ｍＲＮＡの特異的切断を導くことができた。同様に、標的特異的切断が、１３核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチド（１つまたは３つのミスマッチを有するものを含む）を使用して達成された。
Ｇａｕｔｓｃｈｉ ｅｔ ａｌ（Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．９３：４６３−４７１，Ｍａｒｃｈ ２００１）は、ｂｃｌ−２ ｍＲＮＡに対して１００％の相補性を有し、かつｂｃｌ−ｘＬ ｍＲＮＡに対して３つのミスマッチを有するオリゴヌクレオチドが、ｉｎ ｖｉｔｒｏ及びｉｎ ｖｉｖｏでｂｃｌ−２とｂｃｌ−ｘＬ両方の発現を低減できることを実証した。さらに、このオリゴヌクレオチドはｉｎ ｖｉｖｏで強力な抗腫瘍活性も示した。
Ｍａｈｅｒ及びＤｏｌｎｉｃｋ（Ｎｕｃ．Ａｃｉｄ．Ｒｅｓ．１６：３３４１−３３５８，１９８８）は、一連のタンデム１４核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチド、ならびにそれぞれ２つまたは３つの該タンデムアンチセンスオリゴヌクレオチドの配列で構成される２８核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチド及び４２核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチドを、ヒトＤＨＦＲの翻訳を停止させるその能力について、ウサギ網状赤血球アッセイで試験した。３つの１４核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチドのそれぞれは単独で、２８核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチドまたは４２核酸塩基アンチセンスオリゴヌクレオチドよりもレベルは低かったものの、翻訳を阻害することができた。
アンチセンス化合物モチーフ
特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするアンチセンス化合物が、強化された阻害活性、標的核酸に対する増加した結合親和性、またはｉｎ ｖｉｖｏヌクレアーゼによる分解に対する耐性等といった性質を該アンチセンス化合物に付与するためにパターンまたはモチーフで配置された化学修飾サブユニットを有する。
キメラアンチセンス化合物は、典型的には、ヌクレアーゼ分解に対する増加した耐性、増加した細胞取り込み、標的核酸に対する増加した結合親和性、及び／または増加した阻害活性が付与されるように修飾された少なくとも１つの領域を含有する。キメラアンチセンス化合物の第２の領域は、例えばＲＮＡ：ＤＮＡ二重鎖のＲＮＡ鎖を切断する細胞エンドヌクレアーゼＲＮａｓｅ Ｈの基質として役立ててもよい。
ギャップマーモチーフを有するアンチセンス化合物は、キメラアンチセンス化合物と考えられる。ギャップマーでは、ＲＮａｓｅＨ切断を支持する複数のヌクレオチドを有する内部領域が、内部領域のヌクレオシドとは化学的に異なる複数のヌクレオチドを有する外部領域の間に配置されている。ギャップマーモチーフを有するアンチセンスオリゴヌクレオチドの場合、ギャップセグメントは一般にエンドヌクレアーゼ切断の基質として機能し、一方、ウイングセグメントは修飾ヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、ギャップマーの領域は、各別個の領域を含む糖部分のタイプによって区別される。ギャップマーの領域を区別するために使用される糖部分のタイプとして、いくつかの実施形態において、β−Ｄ−リボヌクレオシド、β−Ｄ−デオキシリボヌクレオシド、２’−修飾ヌクレオシド（そのような２’−修飾ヌクレオシドとして、例えば２’−ＭＯＥや２’−Ｏ−ＣＨ３等を挙げることができる）、及び二環式糖修飾ヌクレオシド（そのような二環式糖修飾ヌクレオシドとして４’−（ＣＨ２）ｎ−Ｏ−２’架橋（式中、ｎ＝１またはｎ＝２及び４’−ＣＨ２−Ｏ−ＣＨ２−２’である）を有するものを挙げることができる）が挙げられる。好ましくは、各別個の領域は、均一な糖部分を含む。ウイングギャップ−ウイングモチーフは、しばしば「Ｘ−Ｙ−Ｚ」と記載されるが、この場合、「Ｘ」は５’ウイング領域の長さを表し、「Ｙ」はギャップ領域の長さを表し、「Ｚ」は３’ウイング領域の長さを表す。本明細書で「Ｘ−Ｙ−Ｚ」と記述されるギャップマーは、ギャップセグメントが５’ウイングセグメント及び３’ウイングセグメントのそれぞれと直接隣接して配置されるような構成を有する。したがって、５’ウイングセグメントとギャップセグメントの間にも、ギャップセグメントと３’ウイングの間にも、介在ヌクレオチドは存在しない。本明細書に記載のアンチセンス化合物のいずれも、ギャップマーモチーフを有し得る。いくつかの実施形態において、Ｘ及びＺが同じであり、他の実施形態において、それらが異なる。好ましい実施形態において、Ｙは８〜１５個のヌクレオチドである。Ｘ、Ｙ、またはＺは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２５、３０個またはそれ１つまたは複数のヌクレオチドのいずれかで有り得る。したがって、本明細書に記載されるギャップマーは例えば、５−１０−５、５−１０−４、４−１０−４、４−１０−３、３−１０−３、２−１０−２、５−９−５、５−９−４、４−９−５、５−８−５、５−８−４、４−８−５、５−７−５、４−７−５、５−７−４または４−７−４を含むが、これらに限定されない。
特定の実施形態において、アンチセンス化合物は、ウイングギャップまたはギャップ−ウイングの形態、すなわち、ギャップマー配置に関して上述したようなＸ−ＹまたはＹ−Ｚ配置を有する、「ウイングマー」モチーフを有する。したがって、本明細書に記載されるウイングの構成は例えば、５−１０、８−４、４−１２、１２−４、３−１４、１６−２、１８−１、１０−３、２−１０、１−１０、８−２、２−１３、５−１３、５−８、または６−８を含むが、これらに限定されない。
特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするアンチセンス化合物は、５−１０−５ギャップマーモチーフを有する。
特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするアンチセンス化合物は、５−８−５ギャップマーモチーフを有する。
特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的にするアンチセンス化合物は、ｅｅｅｋｋｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅｅ、ｅｅｋｋｄｄｄｄｄｄｄｄｋｋｅｅｅ、ｅｋｄｄｄｄｄｄｄｄｅｋｅｋｅｅｅ、ｋｅｋｅｄｄｄｄｄｄｄｄｅｋｅｋｅ、及びｅｋｅｋｄｄｄｄｄｄｄｄｋｅｋｅｅのいずれかのパターンで、糖の修飾を有し、式中、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチル修飾ヌクレオシド、
ｄ＝２’−デオキシヌクレオシド、かつ
ｋ＝ｃＥｔヌクレオシドである。
特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするアンチセンス化合物は、ギャップ縮小モチーフを有する。特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするギャップ縮小アンチセンスオリゴヌクレオチドは、５、４、３、２、または１個の化学修飾ヌクレオシドのウイングセグメントに直接隣接して、かつそれらの間に位置付けられる、９、８、７、または６個の２’−デオキシヌクレオチドのギャップセグメントを有する。特定の実施形態において、化学修飾は二環式糖を含む。特定の実施形態において、二環式糖は、４’−（ＣＨ２）ｎ−Ｏ−２’架橋（式中、ｎは１または２である）及び４’−ＣＨ２−Ｏ−ＣＨ２−２’から選択される、４’〜２’架橋を含む。特定の実施形態において、二環式糖は、４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’架橋を含む。特定の実施形態において、化学修飾は、非二環式２’−修飾糖部分を含む。特定の実施形態において、非二環式２’−修飾糖部分は、２’−Ｏ−メチルエチル基または２’−Ｏ−メチル基を含む。
標的核酸、標的領域及びヌクレオチド配列
Ｃ９ＯＲＦ７２をコードするヌクレオチド配列として、限定されるものではないが、以下のもの、すなわち、ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＭ＿００１２５６０５４．１の補体（配列番号１として本明細書に組み込まれる）、核酸塩基２７５３５０００〜２７５６５０００が切断されたＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＴ＿００８４１３．１８の補体（配列番号２として本明細書に組み込まれる）、ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＢＱ０６８１０８．１（配列番号３として本明細書に組み込まれる）、ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＭ＿０１８３２５．３（配列番号４として本明細書に組み込まれる）、ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＤＮ９９３５２２．１（配列番号５として本明細書に組み込まれる）、ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＭ＿１４５００５．５（配列番号６として本明細書に組み込まれる）、ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＤＢ０７９３７５．１（配列番号７として本明細書に組み込まれる）、ＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＢＵ１９４５９１．１（配列番号８として本明細書に組み込まれる）、配列識別子４１４１＿０１４＿Ａ（配列番号９として本明細書に組み込まれる）、配列識別子４００８＿７３＿Ａ（配列番号１０として本明細書に組み込まれる）、及びヌクレオシド８５２２０００〜８５５２０００が切断されたＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＷ＿００１１０１６６２．１（配列番号１１として本明細書に組み込まれる）が挙げられる。
本明細書に含まれる実施例の各配列番号に記載される配列は、糖部分に対する任意の修飾、ヌクレオシド間結合、または核酸塩基に対する任意の修飾に依存しないことが理解される。このように、配列番号によって定義されたアンチセンス化合物は、独立して、糖部分に対する１つまたは複数の修飾、ヌクレオシド間結合、または核酸塩基を含むことができる。Ｉｓｉｓ番号（Ｉｓｉｓ番号）によって定義されるアンチセンス化合物は、核酸塩基配列及びモチーフの組み合わせを示す。
特定の実施形態において、標的領域は、標的核酸の構造的に定義された領域である。例えば、標的領域は、３’ＵＴＲ、５’ＵＴＲ、エクソン、イントロン、エクソン／イントロン接合部、コーディング領域、翻訳開始領域、翻訳終結領域、または他の定義された核酸領域を含んでいてもよい。Ｃ９ＯＲＦ７２の構造的に定義された領域は、ＮＣＢＩ等の配列データベースからの寄託番号によって得ることができ、そのような情報は、参照により本明細書に組み込まれる。特定の実施形態において、標的領域は、同一の標的領域内の１つの標的セグメントの５’標的部位から、標的領域内の別の標的セグメントの３’標的部位までの配列を含んでいてもよい。
標的化は、所望の効果が生じるように、アンチセンス化合物がハイブリダイズする少なくとも１つの標的セグメントの決定を含む。特定の実施形態において、所望の効果は、ｍＲＮＡ標的核酸レベルの減少である。特定の実施形態において、所望の効果は、標的核酸または標的核酸に関連する表現型の変化によりコードされるタンパク質のレベルの減少である。
標的領域は、１つまたは複数の標的セグメントを含んでいてもよい。標的領域内の複数の標的セグメントは重複してもよい。あるいは、それらは重複していなくてもよい。特定の実施形態において、標的領域内の標的セグメントは、約３００個以下のヌクレオチドにより分離される。特定の実施形態において、標的領域内の標的セグメントは、いくつかのヌクレオチドによって分離され、すなわち、標的核酸上の約２５０、２００、１５０、１００、９０、８０、７０、６０、５０、４０、３０、２０、もしくは１０個以下のヌクレオチド、または前述の値のいずれか２つによって定義される範囲のヌクレオチドで分離される。特定の実施形態において、標的領域内の標的セグメントは、標的核酸上の５個以下のヌクレオチド、または約５個のヌクレオチドで分離される。特定の実施形態において、標的セグメントは連続する。本明細書に列挙される５’標的部位または３’標的部位のいずれかである開始核酸を有する範囲によって定義される標的領域が意図される。
適切な標的セグメントは、５’ＵＴＲ、コーディング領域、３’ＵＴＲ、イントロン、エクソン、またはエクソン／イントロン接合内に見出すことができる。開始コドンまたは終止コドンを含む標的セグメントも、適切な標的セグメントである。適切な標的セグメントは、特に、開始コドンまたは終始コドン等の特定の構造的に定義された領域を除外してもよい。
適切な標的セグメントの決定は、ゲノム全体にわたる、標的核酸の配列と他の配列との比較を含むことができる。例えば、ＢＬＡＳＴアルゴリズムは、異なる核酸間の類似性の領域を同定するために使用することができる。この比較により、選択された標的核酸（すなわち、非標的またはオフターゲット配列）以外の配列に非特異的にハイブリダイズし得るアンチセンス化合物配列を選択することを防ぐことができる。
標的領域内のアンチセンス化合物の（例えば、標的核酸レベルの減少率によって定義されているように）活性の変化があってもよい。特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡレベルの減少は、Ｃ９ＯＲＦ７２発現の阻害の指標となる。Ｃ９ＯＲＦ７２タンパク質のレベルの減少もまた、標的ｍＲＮＡ発現の阻害の指標となる。伸長Ｃ９ＯＲＦ７２ ＲＮＡフォーカスの存在の低減は、Ｃ９ＯＲＦ７２発現の阻害を示す。さらに、表現型の変化は、Ｃ９ＯＲＦ７２発現の阻害の指標である。例えば、運動機能及び呼吸の改善は、Ｃ９ＯＲＦ７２発現の阻害を示し得る。
ハイブリダイゼーション
いくつかの実施形態において、本明細書に開示するアンチセンス化合物とＣ９ＯＲＦ７２核酸との間でハイブリダイゼーションが起こる。最も一般的なハイブリダイゼーションのメカニズムは、核酸分子の相補的核酸塩基間での水素結合形成（例えばワトソン−クリック型、フーグスティーン型または逆フーグスティーン型水素結合形成）を伴う。
ハイブリダイゼーションは、様々な条件下で起こり得る。ストリンジェントな条件は配列依存的であり、ハイブリダイズさせようとする核酸分子の性質及び組成によって決定する。
配列が標的核酸に特異的にハイブリダイズ可能かどうかを判定する方法は、当該技術分野で周知である。特定の実施形態において、本明細書中に提供するアンチセンス化合物は、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸と特異的にハイブリダイズする。
相補性
アンチセンス化合物の十分な数の核酸塩基が、標的核酸の対応する核酸塩基と水素結合することができ、それにより所望の効果（例えばＣ９ＯＲＦ７２核酸等の標的核酸のアンチセンス阻害）が生じることになる場合、そのアンチセンス化合物と標的核酸とは互いに相補的である。
アンチセンス化合物が依然として標的核酸に特異的にハイブリダイズすることがきることを前提として、アンチセンス化合物とＣ９ＯＲＦ７２核酸の間で非相補的核酸塩基が許容される場合がある。さらに、アンチセンス化合物は、介在セグメントまたは隣接セグメントがハイブリダイゼーション事象に関与しないように、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸の１つまたは複数のセグメントにハイブリダイズしてもよい（例えばループ構造、ミスマッチ、またはヘアピン構造）。
特定の実施形態において、本明細書中に提供するアンチセンス化合物またはその特定特定部分は、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸、その標的領域、標的セグメント、または特定特定部分に対して、７０％、８０％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％相補的である。標的核酸に対するアンチセンス化合物の相補性パーセントは、常法を使って決定することができる。
例えば、アンチセンス化合物の２０核酸塩基中１８核酸塩基が標的領域に相補的であり、それゆえに特異的にハイブリダイズするアンチセンス化合物は、９０パーセントの相補性を示す。この例では、残りの非相補的核酸塩基はクラスタ化してもよいし、残りの非相補的核酸塩基に相補的核酸塩基が散在していてもよく、また、互いに連続している必要も、相補的核酸塩基と連続している必要もない。したがって、標的核酸と完全に相補的な２つの領域と隣接する４つの非相補的核酸塩基を有する１８核酸塩基長のアンチセンス化合物は、標的核酸に対して７７．８％の総相補性を有し、したがって本発明の範囲に包含される。標的核酸の一領域に対するアンチセンス化合物の相補性パーセントは、通常当技術分野において知られているＢＬＡＳＴプログラム（ｂａｓｉｃ ｌｏｃａｌ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｓｅａｒｃｈ ｔｏｏｌ）及びＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（ｂａｓｉｃ ｌｏｃａｌ ａｌｉｇｎｍｅｎｔ ｓｅａｒｃｈ ｔｏｏｌ）及びＰｏｗｅｒＢＬＡＳＴプログラム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９０，２１５，４０３ ４１０；Ｚｈａｎｇ ａｎｄ Ｍａｄｄｅｎ，Ｇｅｎｏｍｅ Ｒｅｓ．，１９９７，７，６４９ ６５６）を使用して決定することができる。相同性パーセント、配列同一性パーセントまたは配列相補性パーセントは、例えばＳｍｉｔｈとＷａｔｅｒｍａｎのアルゴリズム（Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．，１９８１，２，４８２４８９）を使用するＧａｐプログラム（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｖｅｒｓｉｏｎ ８ ｆｏｒ Ｕｎｉｘ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｐａｒｋ，Ｍａｄｉｓｏｎ Ｗｉｓ．）により、デフォルト設定を使用して決定することができる。
特定の実施形態において、本明細書中に提供するアンチセンス化合物またはその特定部分が、標的核酸またはその特定部分に完全に相補的（すなわち１００％相補的）である。例えばアンチセンス化合物は、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸、またはその標的領域、またはその標的セグメントもしくは標的配列に完全に相補的であり得る。本明細書で使用される「完全に相補的」とは、アンチセンス化合物の各核酸塩基が、標的核酸の対応する核酸塩基と正確に塩基対合できることを意味する。例えば、２０核酸塩基アンチセンス化合物は、そのアンチセンス化合物に完全に相補的な標的核酸の対応する２０核酸塩基部分が存在する限り、４００核酸塩基長の標的配列に対して完全に相補的である。完全に相補的なものもまた、第１及び／または第２核酸の特定部分を参照して使用することもできる。例えば、３０核酸塩基アンチセンス化合物の２０核酸塩基部分は、４００核酸塩基長の標的配列に対して「完全に相補的」であることができる。３０核酸塩基オリゴヌクレオチドの２０核酸塩基部分は、標的配列が対応する２０核酸塩基部分（その各核酸塩基がアンチセンス化合物の該２０核酸塩基部分に相補的であるもの）を有する限り、標的配列に対して完全に相補的である。同時に、該３０核酸塩基アンチセンス化合物全体は、該アンチセンス化合物の残りの１０核酸塩基も標的配列に相補的であるかどうかに応じて、標的配列に対して完全に相補的である場合も、そうでない場合もある。
非相補的核酸塩基の場所は、アンチセンス化合物の５’末端または３’末端であることができる。あるいは、非相補的核酸塩基（複数可）が、アンチセンス化合物の内部位置にあってもよい。２つ以上の非相補的核酸塩基が存在する場合、それらは連続して（すなわち連結されて）いてもよいし、不連続であってもよい。一実施形態において、非相補的核酸塩基が、ギャップマーアンチセンスオリゴヌクレオチドのウイングセグメント内に位置する。
特定の実施形態において、最長１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０核酸塩基長のアンチセンス化合物が、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸等の標的核酸またはその特定部分と比較して、４つ以下、３つ以下、２つ以下、または１つ以下の非相補的核酸塩基（複数可）を含む。
特定の実施形態において、最長１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、または３０核酸塩基長のアンチセンス化合物が、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸等の標的核酸またはその特定部分と比較して、６つ以下、５つ以下、４つ以下、３つ以下、２つ以下、または１つ以下の非相補的核酸塩基（複数可）を含む。
本明細書に提供するアンチセンス化合物には、標的核酸の一部分に相補的なものも含まれる。本明細書で使用される「一部分」とは、標的核酸の一領域または一セグメント内の定義された数の連続する（すなわち連結された）核酸塩基を指す。「一部分」は、アンチセンス化合物の、定義された数の連続する核酸塩基も指し得る。特定の実施形態において、アンチセンス化合物が、ある標的セグメントの少なくとも８核酸塩基部分に相補的である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物が、ある標的セグメントの少なくとも９核酸塩基部分に相補的である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物が、ある標的セグメントの少なくとも１０核酸塩基部分に相補的である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物が、ある標的セグメントの少なくとも１１核酸塩基部分に相補的である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物が、ある標的セグメントの少なくとも１２核酸塩基部分に相補的である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物が、ある標的セグメントの少なくとも１３核酸塩基部分に相補的である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物が、ある標的セグメントの少なくとも１４核酸塩基部分に相補的である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物が、ある標的セグメントの少なくとも１５核酸塩基部分に相補的である。ある標的セグメントの少なくとも９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０核酸塩基部分もしくはそれ１つまたは複数の核酸塩基部分、またはこれらの値のうちの任意の２つによって画定される範囲に相補的なアンチセンス化合物も企図される。
同一性
本明細書中に提供するアンチセンス化合物は、ある特定ヌクレオチド配列、配列番号、もしくは具体的なＩｓｉｓ番号によって表される化合物、またはその一部分に対して、定義されたの同一性パーセントも有し得る。本明細書で使用されるアンチセンス化合物は、同じ核酸塩基対合能を有する場合、本明細書に開示する配列と同一である。例えば、ウラシルとチミジンはどちらもアデニンと対合するので、開示したＤＮＡ配列中のチミジンの代わりにウラシルを含有するＲＮＡは、該ＤＮＡ配列と同一であるとみなされるであろう。本明細書に記載するアンチセンス化合物の短縮型及び延長型、ならびに本明細書中に提供するアンチセンス化合物と比較して非同一塩基を有する化合物も企図される。非同一塩基は互いに隣接してもよいし、アンチセンス化合物全体に散在していてもよい。アンチセンス化合物のパーセント同一性は、比較対象である配列と比較して同一塩基対合を有する塩基の数に従って計算される。
特定の実施形態において、アンチセンス化合物またはその一部分が、本明細書に開示するアンチセンス化合物もしくは配列番号、またはその一部分の１つまたは複数と、少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％同一である。
特定の実施形態において、アンチセンス化合物の一部分を、標的核酸の等長部分と比較する。特定の実施形態において、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５核酸塩基部分を、標的核酸の等長部分と比較する。
特定の実施形態において、アンチセンスオリゴヌクレオチドの一部分を、標的核酸の等長部分と比較する。特定の実施形態において、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、または２５核酸塩基部分を、標的核酸の等長部分と比較する。
修飾
ヌクレオシドは塩基−糖の組み合わせである。ヌクレオシドの核酸塩基（塩基としても知られる）部分は、通常、複素環式塩基部分である。ヌクレオチドは、ヌクレオシドの糖部分に共有結合で連結されたリン酸基をさらに含むヌクレオシドである。ペントフラノシル糖を含むヌクレオシドの場合は、リン酸基を、糖の２’、３’または５’ヒドロキシル部分に連結することができる。隣接するヌクレオシドを共有結合で互いに連結してオリゴヌクレオチド形成することにより、線状ポリマー状のオリゴヌクレオチドを形成する。一般に、オリゴヌクレオチド構造内では、リン酸基は、オリゴヌクレオチドのヌクレオシド間結合を形成しているとみなされている。
アンチセンス化合物の修飾には、ヌクレオシド間結合、糖部分、または核酸塩基の置換または改変が包含される。修飾アンチセンス化合物は、例えば、強化された細胞取り込み、核酸標的に対する強化された親和性、ヌクレアーゼの存在下での増加した安定性、増加した阻害活性といった望ましい性質ゆえに、ネイティブ型より好ましいことが多い。
化学修飾ヌクレオシドは、短縮型または切断型アンチセンスオリゴヌクレオチドの、その標的核酸に対する結合親和性を増加させるために使用することもできる。結果として、そのような化学修飾ヌクレオシドを有する短いアンチセンス化合物で、匹敵する結果を得ることができる場合が多い。
修飾ヌクレオシド間結合
ＲＮＡ及びＤＮＡの天然に存在するヌクレオシド間結合は、３’→５’ホスホジエステル結合である。１つまたは複数の修飾（すなわち天然に存在しない）ヌクレオシド間結合を有するアンチセンス化合物は、例えば、強化された細胞取り込み、核酸標的に対する強化された親和性、及びヌクレアーゼの存在下での増加した安定性等といった望ましい性質ゆえに、天然に存在するヌクレオシド間結合を有するアンチセンス化合物よりも選択されることが多い。
修飾ヌクレオシド間結合を有するオリゴヌクレオチドには、リン原子が保持されているヌクレオシド間結合と、リン原子を有さないヌクレオシド間結合とが含まれる。代表的なリン含有ヌクレオシド間結合には、ホスホジエステル、ホスホトリエステル、メチルホスホネート、ホスホラミデート、及びホスホロチオエートが含まれるが、これらに限定されない。リン含有結合及び非リン含有結合を調製する方法は、周知である。
特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするアンチセンス化合物が、１つまたは複数の修飾ヌクレオシド間結合を含む。特定の実施形態において、修飾ヌクレオシド間結合は、アンチセンス化合物全体にわたって分散される。特定の実施形態において、修飾ヌクレオシド間結合がホスホロチオエート結合である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物の各ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするアンチセンス化合物は、少なくとも１つのホスホジエステル結合及び少なくとも１つのホスホロチオエート結合を含む。
特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするアンチセンス化合物は、ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ、ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓとｓｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓのいずれかのパターンで、ヌクレオシド間結合を含み、式中、
ｓ＝ホスホロチオエート結合、及び、
ｏ＝ホスホジエステル結合である。
修飾糖部分
本発明のアンチセンス化合物は、場合によっては、糖基が修飾されているヌクレオシドを１つまたは複数含有し得る。そのような糖修飾ヌクレオシドは、強化されたヌクレアーゼ安定性、増加した結合親和性、または他の何らかの有益な生物学的性質を、アンチセンス化合物に付与し得る。特定の実施形態において、ヌクレオシドが化学修飾リボフラノース環部分を含む。化学修飾リボフラノース環の例には、置換基の付加（５’置換基、２’置換基、非ジェミナル環原子の架橋による二環式核酸（ＢＮＡ）の形成、Ｓ、Ｎ（Ｒ）、またはＣ（Ｒ１）（Ｒ２）（Ｒ、Ｒ１及びＲ２は、それぞれ独立してＨ、Ｃ１−Ｃ１２アルキルまたは保護基である）によるリボシル環酸素原子の置き換え、及びそれらの組み合わせ等があるが、これらに限定されない。化学修飾糖の例としては、２’−Ｆ−５’−メチル置換ヌクレオシド（開示されている他の５’，２’−ビス置換ヌクレオシドについては、ＰＣＴ国際出願ＷＯ２００８／１０１１５７（公開日２００８年８月２１日）を参照されたい）、またはＳによるリボシル環酸素原子の置き換え及び２’位におけるさらなる置換（米国特許出願公開ＵＳ２００５−０１３０９２３（公開日２００５年６月１６日）参照）、あるいはＢＮＡの５’−置換（ＰＣＴ国際出願ＷＯ２００７／１３４１８１（公開日２００７年１１月２２日）参照、この場合はＬＮＡが例えば５’−メチル基または５’−ビニル基で置換されている）等がある。
修飾糖部分を有するヌクレオシドの例として、限定されることなく、５’−ビニル、５’−メチル（ＲまたはＳ）、４’−Ｓ、２’−Ｆ、２’−ＯＣＨ３、２’−ＯＣＨ２ＣＨ３、２’−ＯＣＨ２ＣＨ２Ｆ及び２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３置換基を含むヌクレオシドが挙げられる。２’位での置換基はまた、アリル、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリル、Ｏ−Ｃ１−Ｃ１０アルキル、ＯＣＦ３、ＯＣＨ２Ｆ、Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、Ｏ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、及びＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｌ）−（ＣＨ２）２−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）から選択され得、ここで、各Ｒｌ、Ｒｍ、及びＲｎは、独立して、Ｈであるか、または置換もしくは非置換Ｃ１−Ｃ１０アルキルである。
本明細書で使用される「二環式ヌクレオシド」とは、二環式糖部分を含む修飾ヌクレオシドを指す。二環式ヌクレオシド（ＢＮＡ）の例には、４’リボシル環原子と２’リボシル環原子の間に架橋を含むヌクレオシド等があるが、これらに限定されない。特定の実施形態において、本明細書で提供されるアンチセンス化合物には、１つまたは複数のＢＮＡヌクレオシドが含まれ、該架橋は、以下の式：４’−（ＣＨ２）−Ｏ−２’（ＬＮＡ）、４’−（ＣＨ２）−Ｓ−２’、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’（ＥＮＡ）、４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’及び４’−Ｃ−Ｈ（ＣＨ２ＯＣＨ３）−Ｏ−２’（及びその類似体、２００８年７月１５日に発行された米国特許第７，３９９，８４５号を参照）、４’−Ｃ（ＣＨ３）（ＣＨ３）−Ｏ−２’（及びその類似体、ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６８９２２（２００９年１月８日に公開されたＷＯ／２００９／００６４７８）を参照）、４’−ＣＨ２−Ｎ（ＯＣＨ３）−２’（及びその類似体、ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６４５９１（２００８年１２月１１日に公開されたＷＯ／２００８／１５０７２９）を参照）、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（ＣＨ３）−２’（２００４年９月２日公開された公開米国特許出願ＵＳ２００４−０１７１５７０を参照）、４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’（式中、ＲはＨ、Ｃ１−Ｃ１２アルキルまたは保護基である（２００８年９月２３日に発行された米国特許第７，４２７，６７２号を参照）、４’−ＣＨ２−Ｃ−（Ｈ）（ＣＨ３）−２’（Ｃｈａｔｔｏｐａｄｈｙａｙａ ｅｔ ａｌ．， Ｊ． Ｏｒｇ． Ｃｈｅｍ．， ２００９， ７４， １１８−１３４を参照）、及び４’−ＣＨ２−Ｃ−（＝ＣＨ２）−２’（及びその類似体、ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６６１５４（２００８年１２月８日に公開されたＷＯ２００８／１５４４０１を参照）の１つを含む。
さらなる二環式ヌクレオシドは、公開された文献に報告されている（例えば、Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００７，１２９（２６）８３６２−８３７９、Ｆｒｉｅｄｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００３，２１，６３６５−６３７２、Ｅｌａｙａｄｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｉｎｖｅｎｓ． Ｄｒｕｇｓ，２００１，２，５５８−５６１、Ｂｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．，２００１，８，１−７、Ｏｒｕｍ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎｉｏｎ Ｍｏｌ．Ｔｈｅｒ．，２００１，３，２３９−２４３、Ｗａｈｌｅｓｔｅｄｔ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．，２０００，９７，５６３３−５６３８、Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｅｍ．Ｃｏｍｍｕｎ．，１９９８，４，４５５−４５６、Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７−３６３０、Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９−２２２２、Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５−１００３９、米国特許第７，３９９，８４５号、同第７，０５３，２０７号、同第７，０３４，１３３号、同第６，７９４，４９９号、同第６，７７０，７４８号、同第６，６７０，４６１号、同第６，５２５，１９１号、同第６，２６８，４９０号、米国特許出願公開第ＵＳ２００８−００３９６１８号、同第ＵＳ２００７−０２８７８３１号、同第ＵＳ２００４−０１７１５７０号、米国特許出願第１２／１２９，１５４号、同第６１／０９９，８４４号、同第６１／０９７，７８７号、同第６１／０８６，２３１号、同第６１／０５６，５６４号、同第６１／０２６，９９８号、同第６１／０２６，９９５号、同第６０／９８９，５７４号、国際出願第ＷＯ２００７／１３４１８１号、同第ＷＯ２００５／０２１５７０号、同第ＷＯ２００４／１０６３５６号、同第ＷＯ９４／１４２２６号、ならびにＰＣＴ国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６８９２２号、同第ＰＣＴ／ＵＳ−２００８／−０６−６１５４号、及び同第ＰＣＴ／ＵＳ２００８／０６４５９１号を参照されたい）。例えばα−Ｌ−リボフラノース及びβ−Ｄ−リボフラノース等の１つまたは複数の立体化学的糖配置を有する前述の二環式ヌクレオシドのそれぞれを調製することができる（ＰＣＴ国際出願ＰＣＴ／ＤＫ９８／００３９３（１９９９年３月２５日に公開されたＷＯ９９／１４２２６）を参照されたい）。
本明細書で使用される「単環式ヌクレオシド」とは、二環式糖部分ではない修飾糖部分を含むヌクレオシドを指す。特定の実施形態において、ヌクレオシドの糖部分または糖部分類似体が、任意の位置で修飾または置換されていてもよい。
本明細書で使用される「４’−２’二環式ヌクレオシド」または「４’→２’二環式ヌクレオシド」とは、フラノース環の２つの炭素原子をつなぐ架橋を含むフラノース環を含み、該橋が糖環の２’炭素原子と４’炭素原子をつなぐ、二環式ヌクレオシドを指す。
特定の実施形態において、ＢＮＡヌクレオシドの二環式糖部分は、限定されるものではないが、ペントフラノシル糖部分の４’位と２’位との間に少なくとも１つの架橋を有する化合物を含む。ここで、そのような架橋は、独立して、−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−、−Ｃ（Ｒａ）＝Ｃ（Ｒｂ）−、−Ｃ（Ｒａ）＝Ｎ−、−Ｃ（＝Ｏ）−、−Ｃ（＝ＮＲａ）−、−Ｃ（＝Ｓ）−、−Ｏ−、−Ｓｉ（Ｒａ）２−、−Ｓ（＝Ｏ）ｘ−、及び−Ｎ（Ｒａ）−から独立して選択される１個または１〜４個の結合基を含み、式中、ｘは、０、１、または２であり；ｎは、１、２、３、または４であり、各Ｒａ及びＲｂは、独立して、Ｈ、保護基、ヒドロキシル、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、Ｃ５−Ｃ２０アリール、置換Ｃ５−Ｃ２０アリール、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、ヘテロアリール、置換ヘテロアリール、Ｃ５−Ｃ７脂環式ラジカル、置換Ｃ５−Ｃ７脂環式ラジカル、ハロゲン、ＯＪ１、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＣＯＯＪ１、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、ＣＮ、スルホニル（Ｓ（＝Ｏ）２−Ｊ１）、またはスルホキシル（Ｓ（＝Ｏ）−Ｊ１）であり、
各Ｊ１及びＪ２は、独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、Ｃ５−Ｃ２０アリール、置換Ｃ５−Ｃ２０アリール、アシル（Ｃ（＝Ｏ）−Ｈ）、置換アシル、複素環ラジカル、置換複素環ラジカル、Ｃ１−Ｃ１２アミノアルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アミノアルキル、または保護基である。
特定の実施形態において、二環式糖部分の架橋は、−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−、−［Ｃ（Ｒａ）（Ｒｂ）］ｎ−Ｏ−、−Ｃ（ＲａＲｂ）−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−または−Ｃ（ＲａＲｂ）−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−である。特定の実施形態において、架橋基は、４’−ＣＨ２−２’、４’−（ＣＨ２）２−２’、４’−（ＣＨ２）３−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’、及び４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’−であり、式中、Ｒは、独立して、Ｈ、保護基、またはＣ１−Ｃ１２アルキルである。
特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは、異性体構成によってさらに定義される。例えば、４’−（ＣＨ２）−Ｏ−２’架橋を含むヌクレオシドは、α−Ｌ配置またはβ−Ｄ配置で有り得る。従来、α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡは、以前に、アンチセンスオリゴヌクレオチドに組み込まれており、そのアンチセンスオリゴヌクレオチドはアンチセンス活性を示した（Ｆｒｉｅｄｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００３，２１，６３６５−６３７２）。
特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは、４’から２’架橋を有するものを含み、式中、そのような架橋は、これらに限定されないが、α−Ｌ−４’−（ＣＨ２）−Ｏ−２’、β−Ｄ−４’−ＣＨ２−Ｏ−２’、４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’、４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’、４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’、４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’、４’−ＣＨ２−Ｓ−２’、４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−２’ 、４’−ＣＨ２−ＣＨ（ＣＨ３）−２’及び４’−（ＣＨ２）３−２’を含み、式中、ＲはＨ、保護基、またはＣ１−Ｃ１２アルキルである。
特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは式：
Figure 2018512127
 を有し、式中、
Ｂｘが、複素環式塩基部分であり、
−Ｑａ−Ｑｂ−Ｑｃ−は−ＣＨ２−Ｎ（Ｒｃ）−ＣＨ２−、−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｃ）−ＣＨ２−、−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒｃ）−、−ＣＨ２−Ｎ（Ｒｃ）−Ｏ−または、
Ｎ（Ｒｃ）−Ｏ−ＣＨ２であり；
ＲｃはＣ１−Ｃ１２アルキルまたはアミノ保護基であり、かつ
Ｔａ及びＴｂは、それぞれ独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、共役基、反応性リン基、リン部分または支持媒体への共有結合である。
特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは式：
Figure 2018512127
 を有し、式中、
Ｂｘが、複素環式塩基部分であり、
Ｔａ及びＴｂは、それぞれ独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、共役基、反応性リン基、リン部分または支持媒体への共有結合であり、
ＺａはＣ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニル、アシル、置換アシル、置換アミド、チオールまたは置換チオールである。
一実施形態において、置換基の各々は、独立して、ハロゲン、オキソ、ヒドロキシル、ＯＪｃ、ＮＪｃＪｄ、ＳＪｃ、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊｃ、及びＮＪｅＣ（＝Ｘ）ＮＪｃＪｄであり、式中、Ｊｃ、Ｊｄ及びＪｅは独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、または置換Ｃ１−Ｃ６及びＸはＯまたはＮＪｃから独立して選択される置換基でモノまたはポリ置換される。
特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは式：
Figure 2018512127
 を有し、式中、
Ｂｘが、複素環式塩基部分であり、
Ｔａ及びＴｂは、それぞれ独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、共役基、反応性リン基、リン部分または支持媒体への共有結合であり、
ＺｂはＣ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたは置換アシル（Ｃ（＝Ｏ）−）である。
特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは式：
Figure 2018512127
 を有し、式中、
Ｂｘが、複素環式塩基部分であり、
Ｔａ及びＴｂは、それぞれ独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、共役基、反応性リン基、リン部分または支持媒体への共有結合であり、
ＲｄはＣ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたは置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり；
各ｑａ、ｑｂ、ｑｃ、及びｑｄは独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたは置換Ｃ２−Ｃ６アルキニル、Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ６アルコキシ、アシル、置換アシル、Ｃ１−Ｃ６アミノアルキルまたは置換Ｃ１−Ｃ６アミノアルキルである。
特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは式：
Figure 2018512127
 を有し、式中、
Ｂｘが、複素環式塩基部分であり、
Ｔａ及びＴｂは、それぞれ独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、共役基、反応性リン基、リン部分または支持媒体への共有結合であり、
ｑａ、ｑｂ、ｑｅ及びｑｆはそれぞれ、独立して、水素、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ１−Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ１−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、Ｃ１−Ｃ１２アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ１２アルコキシ、ＯＪｊ、ＳＪｊ、ＳＯＪｊ、ＳＯ２Ｊｊ、ＮＪｊＪｋ、Ｎ３、ＣＮ、Ｃ（＝Ｏ）ＯＪｊ、Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ、Ｃ（＝Ｏ）Ｊｊ、Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ、Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝ＮＨ）ＮＪｊＪｋ、Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋまたはＮ（Ｈ）Ｃ（＝Ｓ）ＮＪｊＪｋであり；
またはｑｅ及びｑｆは一緒に、＝Ｃ（ｑｇ）（ｑｈ）であり；
ｑｇ及びｑｈはそれぞれ、独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ１２アルキルまたは置換Ｃ１−Ｃ１２アルキルである。
オリゴマー化及び核酸認識特性と共に、４’−ＣＨ２−Ｏ−２’架橋を有するアデニン、シトシン、グアニン、５−メチル−シトシン、チミン及びウラシル二環式ヌクレオシドの合成及び調製が記載されている（Ｋｏｓｈｋｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，１９９８，５４，３６０７−３６３０）。二環式ヌクレオシドの合成はまた、ＷＯ９８／３９３５２号及びＷＯ９９／１４２２６号に記載されている。
４’−ＣＨ２−Ｏ−２’及び４’−ＣＨ２−Ｓ−２’のような４’から２’への架橋基を有する種々の二環式ヌクレオシドの類似体も調製されている（Ｋｕｍａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．Ｌｅｔｔ．，１９９８，８，２２１９−２２２２）。核酸ポリメラーゼの基質として使用するための二環式ヌクレオシドを含むオリゴデオキシリボヌクレオチド二本鎖の調製も説明されている（Ｗｅｎｇｅｌ ｅｔ ａｌ．，ＷＯ９９／１４２２６）。さらに、新規の構造的に制限された高親和性オリゴヌクレオチド類似体である２’−アミノ−ＢＮＡの合成は、当該技術分野において説明されている（Ｓｉｎｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，１９９８，６３，１００３５−１００３９）。加えて、２’−アミノ−及び２’−メチルアミノ−ＢＮＡも調製されており、相補的なＲＮＡ鎖及び相補的ＤＮＡ鎖を有するそれらの二重鎖の熱安定性が、以前に報告されている。
特定の実施形態において、二環式ヌクレオシドは式：
Figure 2018512127
 を有し、式中、
Ｂｘが、複素環式塩基部分であり、
Ｔａ及びＴｂは、それぞれ独立して、Ｈ、ヒドロキシル保護基、共役基、反応性リン基、リン部分または支持媒体への共有結合であり、
各ｑｉ、ｑｊ、ｑｋ及びｑｌはそれぞれ、独立して、Ｈ、水素、ハロゲン、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、置換Ｃ１−Ｃ１２アルキル、Ｃ１−Ｃ１２アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルケニル、Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ１２アルキニル、Ｃ１−Ｃ１２アルコキシ、置換Ｃ１−Ｃ１２アルコキシ、ＯＪｊ、ＳＪｊ、ＳＯＪｊ、ＳＯ２Ｊｊ、ＮＪｊＪｋ、Ｎ３、ＣＮ、Ｃ（＝Ｏ）ＯＪｊ、Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ、Ｃ（＝Ｏ）Ｊｊ、Ｏ−Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ、Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝ＮＨ）ＮＪｊＪｋ、Ｎ（Ｈ）Ｃ（＝Ｏ）ＮＪｊＪｋ またはＮ（Ｈ）Ｃ（＝Ｓ）ＮＪｊＪｋであり；及び
ｑｉ及びｑｊまたはｑｌ及びｑｋ一緒に、＝Ｃ（ｑｇ）（ｑｈ）であり、式中、ｑｇ及びｑｈはそれぞれ、独立して、Ｈ、ハロゲン、Ｃ１〜Ｃ１２アルキル、または置換Ｃ１−Ｃ１２アルキルである。
４’−（ＣＨ２）３−２’架橋及びアルケニル類似体架橋４’−ＣＨ＝ＣＨ−ＣＨ２−２’を有する１つの炭素環式二環式ヌクレオシドが説明されている（Ｆｒｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９９７，２５（２２），４４２９−４４４３、及びＡｌｂａｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００６，７１，７７３１−７７４０）。炭素環式二環式ヌクレオシドの合成及び調製も、それらのオリゴマー化及び生化学的試験と共に説明されている（Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．２００７，１２９（２６），８３６２−８３７９）。
特定の実施形態において、以下に示すように、二環式ヌクレオシドとして、（Ａ）α−Ｌ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（Ｂ）β−Ｄ−メチレンオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（Ｃ）エチレンオキシ（４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（Ｄ）アミノオキシ（４’−ＣＨ２−Ｏ−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡ、（Ｅ）オキシアミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（Ｆ）メチル（メチレンオキシ）（４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’）ＢＮＡ、（拘束エチルまたはｃＥｔとも呼ばれる）、（Ｇ）メチレン−チオ（４’−ＣＨ２−Ｓ−２’）ＢＮＡ、（Ｈ）メチレン−アミノ（４’−ＣＨ２−Ｎ（Ｒ）−２’）ＢＮＡ、（Ｉ）メチル炭素環（４’−ＣＨ２−ＣＨ（ＣＨ３）−２’）ＢＮＡ、（Ｊ）プロピレン炭素環（４’−（ＣＨ２）３−２’）ＢＮＡ、及び（Ｋ）ビニルＢＮＡが挙げられるが、これらに限定されない。
Figure 2018512127
 式中、Ｂｘは塩基部分であり、Ｒは独立して、Ｈ、保護基、Ｃ１−Ｃ６アルキルまたはＣ１−Ｃ６アルコキシである。
本明細書で使用される「修飾テトラヒドロピランヌクレオシド」または「修飾ＴＨＰヌクレオシド」という用語は、通常のヌクレオシド中のペントフラノシル残基の代わりに六員テトラヒドロピラン「糖」が使用されているヌクレオシドを意味し、糖代用物と呼ばれる場合もある。修飾ＴＨＰヌクレオシドには、当技術分野においてヘキシトール核酸（ＨＮＡ）、アニトール（ａｎｉｔｏｌ）核酸（ＡＮＡ）、マニトール（ｍａｎｉｔｏｌ）核酸（ＭＮＡ）（Ｌｅｕｍａｎｎ，Ｂｉｏｏｒｇ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．，２００２，１０，８４１−８５４を参照されたい）またはフルオロＨＮＡ（Ｆ−ＨＮＡ）と呼ばれる、以下に示すテトラヒドロピラン環系を有するものが含まれるが、これらに限定されない。
Figure 2018512127
特定の実施形態において、以下の式：
Figure 2018512127
 を有する糖代用物が選択され、式中、
Ｂｘが、複素環式塩基部分であり、
Ｔ３及びＴ４はそれぞれ、独立して、テトラヒドロピランヌクレオシド類似体をオリゴマー化合物に連結するヌクレオシド間連結基であり、またはＴ３及びＴ４のうちの１つはテトラヒドロピランヌクレオシド類似体をオリゴマー化合物またはオリゴヌクレオチドに連結するヌクレオシド間連結基であり、Ｔ３及びＴ４の他方は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、連結共役基または５’もしくは３’末端基であり、
ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７はそれぞれ、独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたは置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルであり；及び
Ｒ１及びＲ２の１方は水素であり、他方はハロゲン、置換または非置換アルコキシ、ＮＪ１Ｊ２、ＳＪ１、Ｎ３、ＯＣ（＝Ｘ）Ｊ１、ＯＣ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２、ＮＪ３Ｃ（＝Ｘ）ＮＪ１Ｊ２及びＣＮから選択され、式中、ＸはＯ、Ｓ、またはＮＪ１であり、各Ｊ１、Ｊ２及びＪ３はそれぞれ、独立して、ＨまたはＣ１−Ｃ６アルキルである。
特定の実施形態において、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７はそれぞれＨである。特定の実施形態において、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７の少なくとも１つはＨ以外である。特定の実施形態において、ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６及びｑ７の少なくとも１つはメチルである。特定の実施形態において、Ｒ１及びＲ２の一方がＦであるＴＨＰヌクレオシドが提供される。特定の実施形態において、Ｒ１はフルオロ、Ｒ２はＨであり；Ｒ１はメトキシ、Ｒ２はＨであり、及びＲ１はメトキシエトキシ、Ｒ２はＨである。
特定の実施形態において、糖代用物が、５超の原子及び１超のヘテロ原子を有する環を含む。例えば、モルホリノ糖部分を含むヌクレオシド、及びオリゴマー化合物におけるそれらの使用が説明されている（例えばＢｒａａｓｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，２００２，４１，４５０３−４５１０、ならびに及び米国特許第５，６９８，６８５号、同第５，１６６，３１５号、同第５，１８５，４４４号、及び同第５，０３４，５０６号を参照されたい）。本明細書で使用される「モルホリノ」という用語は、以下の式：を有する糖代用物を意味する。
Figure 2018512127
 特定の実施形態において、例えば、上記モルホリノ構造の様々な置換基を付加するか改変することによって、モルホリノが修飾されていてもよい。そのような糖代用物を本明細書では「修飾モルホリノ」と称される。
２’−Ｆ−５’−メチル置換ヌクレオシド（他の開示された５’，２’−ビス置換ヌクレオシドについては、２００８年８月２１日に公開されたＰＣＴ国際出願第ＷＯ２００８／１０１１５７号を参照のこと）、ならびにリボシル環酸素原子のＳでの置換及び２’位でのさらなる置換（２００５年６月１６日に公開された米国特許出願第ＵＳ２００５−０１３０９２３号を参照のこと）、または代替として二環式核酸の５’−置換（４’−ＣＨ２−Ｏ−２’二環式ヌクレオシドが５’位で５’−メチルまたは５’−ビニル基でさらに置換される、２００７年１１月２２日に公開されたＰＣＴ国際出願第ＷＯ２００７／１３４１８１号を参照のこと）等であるが、これらに限定されない修飾の組み合わせも提供される。炭素環式二環式ヌクレオシドの合成及び調製も、それらのオリゴマー化及び生化学的試験と共に説明されている（Ｓｒｉｖａｓｔａｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．２００７，１２９（２６），８３６２−８３７９を参照のこと）。
特定の実施形態において、アンチセンス化合物が、天然に存在するヌクレオシド中のペントフラノシル残基の代わりに六員シクロヘキセニルを有するヌクレオシドである修飾シクロヘキセニルヌクレオシドを１つまたは複数含む。修飾シクロヘキセニルヌクレオシドとしては、当該技術分野において説明されているものが挙げられるが、これらに限定されない（例えば、権利者が共通である、２０１０年４月１０日公開の公開ＰＣＴ出願ＷＯ２０１０／０３６６９６号、Ｒｏｂｅｙｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００８，１３０（６），１９７９−１９８４、；Ｈｏｒｖａｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔｅｒｓ，２００７，４８，３６２１−３６２３、Ｎａｕｗｅｌａｅｒｔｓ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，２００７，１２９（３０），９３４０−９３４８、Ｇｕ ｅｔ ａｌ．，，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ，Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ＆Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ，２００５，２４（５−７），９９３−９９８、Ｎａｕｗｅｌａｅｒｔｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００５，３３（８），２４５２−２４６３、Ｒｏｂｅｙｎｓ ｅｔ ａｌ．，Ａｃｔａ Ｃｒｙｓｔａｌｌｏｇｒａｐｈｉｃａ，Ｓｅｃｔｉｏｎ Ｆ：Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｃｒｙｓｔａｌｌｉｚａｔｉｏｎ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ，２００５，Ｆ６１（６），５８５−５８６、Ｇｕ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，２００４，６０（９），２１１１−２１２３、Ｇｕ ｅｔ ａｌ．，Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，２００３，１３（６），４７９−４８９、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００３，６８，４４９９−４５０５、Ｖｅｒｂｅｕｒｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２００１，２９（２４），４９４１−４９４７、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｏｒｇ．Ｃｈｅｍ．，２００１，６６，８４７８−８２、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ，Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ＆ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ，２００１，２０（４−７），７８５−７８８、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．，２０００，１２２，８５９５−８６０２、公開ＰＣＴ出願ＷＯ０６／０４７８４２号及び公開ＰＣＴ出願ＷＯ０１／０４９６８７号、また、各文献の本文は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる）。特定の修飾シクロヘキセニルヌクレオシドは式Ｘを有する。
Figure 2018512127
 式中、該少なくとも１つの式Ｘのシクロヘキセニルヌクレオシド類似体のそれぞれについて、独立して、
Ｂｘが、複素環式塩基部分であり、
Ｔ３及びＴ４はそれぞれ、独立して、シクロヘキセニルヌクレオシド類似体をアンチセンス化合物に連結するヌクレオシド間連結基であり、またはＴ３及びＴ４のうちの１つはテトラヒドロピランヌクレオシド類似体をアンチセンス化合物に連結するヌクレオシド間連結基であり、Ｔ３及びＴ４の他方は、Ｈ、ヒドロキシル保護基、連結共役基または５’もしくは３’末端基であり、
ｑ１、ｑ２、ｑ３、ｑ４、ｑ５、ｑ６、ｑ７、ｑ８及びｑ９はそれぞれ、独立して、Ｈ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、置換Ｃ１−Ｃ６アルキル、Ｃ２−Ｃ６アルケニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルケニル、Ｃ２−Ｃ６アルキニル、置換Ｃ２−Ｃ６アルキニルまたは他の糖置換基である。
多くの他の単環式、二環式及び三環式環系が当該分野で公知であり、本明細書で提供されるようなオリゴマー化合物への取り込みのためにヌクレオシドを修飾するために使用され得る糖代用物として適切である（例えば、総説については、Ｌｅｕｍａｎｎ，Ｃｈｒｉｓｔｉａｎ Ｊ．Ｂｉｏｏｒｇ．＆Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．，２００２，１０，８４１−８５４を参照されたい）。そのような環系は、それらの活性をさらに増強するために様々な追加の置換を受けてもよい。
本明細書で使用される「２’−修飾糖」とは、２’位で修飾されたフラノシル糖を意味する。特定の実施形態において、そのような修飾が、ハライド、例えば、限定するわけではないが、置換及び無置換アルコキシ、置換及び無置換チオアルキル、置換及び無置換アミノアルキル、置換及び無置換アルキル、置換及び無置換アリール、ならびに置換及び無置換アルキニルから選択される置換基を含む。特定の実施形態において、２’修飾は、Ｏ［（ＣＨ２）ｎＯ］ｍＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）ｎＮＨ２、Ｏ（ＣＨ２）ｎＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）ｎＦ、Ｏ（ＣＨ２）ｎＯＮＨ２、ＯＣＨ２Ｃ（＝Ｏ）Ｎ（Ｈ）ＣＨ３、及びＯ（ＣＨ２）ｎＯＮ［（ＣＨ２）ｎＣＨ３］２を含むが、これらに限定されない置換基から選択され、式中、ｎ及びｍは、１〜約１０である。他の２’−置換基は、Ｃ１−Ｃ１２アルキル、置換アルキル、アルケニル、アルキニル、アルカリル、アラルキル、Ｏ−アルカリルまたはＯ−アラルキル、ＳＨ、ＳＣＨ３、ＯＣＮ、Ｃｌ、Ｂｒ、ＣＮ、Ｆ、ＣＦ３、ＯＣＦ３、ＳＯＣＨ３、ＳＯ２ＣＨ３、ＯＮＯ２、ＮＯ２、Ｎ３、ＮＨ２、ヘテロアルキル、ヘテロシクロアルキル、ヘテロシクロアルカリール、アミノアルキルアミノ、ポリアルキルアミノ、置換シリル、ＲＮＡ切断基、レポーター基、インターカレーター、アンチセンス化合物の薬物動態特性を改良するための基または薬力学的性質を改良するための基、及び類似する性質を有する他の置換基から選択することもできる。特定の実施形態において、修飾ヌクレオシドが２’−ＭＯＥ側鎖を含む（Ｂａｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，１９９７，２７２，１１９４４−１２０００）。そのような２’−ＭＯＥ置換は、無修飾ヌクレオシド、ならびに他の修飾ヌクレオシド、例えば２’−Ｏ−メチル、Ｏ−プロピル、及びＯ−アミノプロピルと比較して、改良された結合親和性を有するものであると説明されている。２’−ＭＯＥ置換基を有するオリゴヌクレオチドは、ｉｎ ｖｉｖｏ用途に有望な特徴を持つ遺伝子発現のアンチセンス阻害剤であることも示されている（Ｍａｒｔｉｎ，Ｈｅｌｖ．Ｃｈｉｍ．Ａｃｔａ，１９９５，７８，４８６−５０４、Ａｌｔｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｈｉｍｉａ，１９９６，５０，１６８−１７６、Ａｌｔｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．Ｔｒａｎｓ．，１９９６，２４，６３０−６３７、及びＡｌｔｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，１９９７，１６，９１７−９２６）。
本明細書で使用される「２’−修飾」または「２’−置換」は、２’位にＨまたはＯＨ以外の置換基を含む糖を含むヌクレオシドを指す。２’−修飾ヌクレオシドには、糖環の２つの炭素原子をつなぐ架橋が糖環の２’炭素ともう１つの炭素とをつないでいる二環式ヌクレオシド、及び非架橋２’置換基、例えばアリール、アミノ、アジド、チオ、Ｏ−アリール、Ｏ−Ｃ１−Ｃ１０アルキル、−ＯＣＦ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−ＣＨ３、２’−Ｏ（ＣＨ２）２ＳＣＨ３、Ｏ−（ＣＨ２）２−Ｏ−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）、またはＯ−ＣＨ２−Ｃ（＝Ｏ）−Ｎ（Ｒｍ）（Ｒｎ）（式中、各Ｒｍ及びＲｎは、独立して、Ｈまたは置換または無置換Ｃ１−Ｃ１０アルキルである）を有するヌクレオシド等があるが、これらに限定されない。２’−修飾ヌクレオシドは、例えば糖の他の位置及び／または核酸塩基に、他の修飾をさらに含んでもよい。
本明細書で使用される「２’−Ｆ」とは、糖環の２’位にフルオロ基を含む糖を含むヌクレオシドを指す。
本明細書で使用される「２’−ＯＭｅ」または「２’−ＯＣＨ３」または「２’−Ｏ−メチル」または「２’−メトキシ」とは、それぞれ、糖環の２’位に−ＯＣＨ３基を含む糖を含むヌクレオシドを指す。
本明細書で使用される「ＭＯＥ」または「２’−ＭＯＥ」または「２’−ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３」または「２’−Ｏ−メトキシエチル」はそれぞれ、糖環の２’位に−ＯＣＨ２ＣＨ２ＯＣＨ３基を含む糖を含むヌクレオシドを指す。
修飾糖の調製方法は、当業者に公知である。そのような修飾糖の調製を教示する代表的な米国特許の一部には、例えば、限定するわけではないが、Ｕ．Ｓ．４，９８１，９５７、Ｕ．Ｓ．５，１１８，８００、Ｕ．Ｓ．５，３１９，０８０、Ｕ．Ｓ．５，３５９，０４４、Ｕ．Ｓ．５，３９３，８７８、Ｕ．Ｓ．５，４４６，１３７、Ｕ．Ｓ．５，４６６，７８６、Ｕ．Ｓ．５，５１４，７８５、Ｕ．Ｓ．５，５１９，１３４、Ｕ．Ｓ．５，５６７，８１１、Ｕ．Ｓ．５，５７６，４２７、Ｕ．Ｓ．５，５９１，７２２、Ｕ．Ｓ．５，５９７，９０９、Ｕ．Ｓ．５，６１０，３００、Ｕ．Ｓ．５，６２７，０５３、Ｕ．Ｓ．５，６３９，８７３、Ｕ．Ｓ．５，６４６，２６５、Ｕ．Ｓ．５，６７０，６３３、Ｕ．Ｓ．５，７００，９２０、Ｕ．Ｓ．５，７９２，８４７及びＵ．Ｓ．６，６００，０３２、ならびに国際出願ＰＣＴ／ＵＳ２００５／０１９２１９（出願日２００５年６月２日）（２００５年１２月２２日に公開されたＷＯ２００５／１２１３７１）等があり、これらはそれぞれ参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。
本明細書で使用される「オリゴヌクレオチド」とは、複数の連結されたヌクレオシドを含む化合物を指す。特定の実施形態において、該複数のヌクレオシドのうちの１つまたは複数が修飾されている。特定の実施形態において、オリゴヌクレオチドが、１つまたは複数のリボヌクレオシド（ＲＮＡ）及び／またはデオキシリボヌクレオシド（ＤＮＡ）を含む。
修飾糖部分を有するヌクレオチドにおいて、核酸塩基部分（天然、修飾またはそれらの組み合わせ）は、適切な核酸標的とのハイブリダイゼーションのために維持される。
特定の実施形態において、アンチセンス化合物が、修飾糖部分を有する１つまたは複数のヌクレオシドを含む。特定の実施形態において、修飾糖部分が２’−ＭＯＥである。特定の実施形態において、２’−ＭＯＥ修飾ヌクレオシドがギャップマーモチーフで配置される。特定の実施形態において、修飾糖部分が、（４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’）架橋基を有する二環式ヌクレオシドである。特定の実施形態において、該（４’−ＣＨ（ＣＨ３）−Ｏ−２’）修飾ヌクレオシドが、ギャップマーモチーフのウイング全体にわたって配置される。
医薬組成物を処方するための組成物及び方法
アンチセンスオリゴヌクレオチドは、医薬組成物または製剤の調製のために、薬学的に許容される活性物質または不活性物質と混合することができる。組成物及び医薬組成物を製剤化するための方法は、投与経路、疾患の程度、または投与される用量を含むが、これらに限定されないいくつかの基準に依存する。
Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするアンチセンス化合物は、アンチセンス化合物を適切な薬学的に許容される希釈剤または担体と組み合わせることによって、医薬組成物に利用することができる。薬学的に許容される希釈剤は、リン酸緩衝食塩水（ＰＢＳ）を含む。ＰＢＳは、非経口で送達される組成物における使用に適した希釈剤である。したがって、一実施形態において、本明細書に記載の方法で使用されるのは、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするアンチセンス化合物及び薬学的に許容される希釈剤を含む医薬組成物である。特定の実施形態において、薬学的に許容される希釈剤はＰＢＳである。特定の実施形態において、アンチセンス化合物はアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
アンチセンス化合物を含む医薬組成物は、ヒトを含む動物への投与時に、生物学的に活性な代謝産物またはその残基を（直接的または間接的に）提供することができる、そのようなエステルの任意の薬学的に許容される塩、エステルもしくはそのようなエステルの塩、または任意の他のオリゴヌクレオチドを包含する。したがって、例えば、本開示は、アンチセンス化合物の薬学的に許容される塩、プロドラッグ、そのようなプロドラッグの薬学的に許容される塩、及び他の生物学的等価物を対象とする。好適な薬学的に許容される塩には、ナトリウム塩及びカリウム塩が含まれるが、これらに限定されない。
プロドラッグは、体内で内因性ヌクレアーゼによって切断されて活性アンチセンス化合物を形成するアンチセンス化合物の一方または両方の末端におけるさらなるヌクレオシドの組み込みを含み得る。
共役アンチセンス化合物
アンチセンス化合物は、得られたアンチセンスオリゴヌクレオチドの活性、細胞分布または細胞取り込みを増強する１つまたは複数の部分または共役体に共有結合させることができる。典型的な共役基には、コレステロール部分及び脂質部分が含まれる。追加の共役基には、炭水化物、リン脂質、ビオチン、フェナジン、葉酸塩、フェナントリジン、アントラキノン、アクリジン、フルオレセイン、ローダミン、クマリン及び色素が含まれる。
アンチセンス化合物はまた、アンチセンス化合物の一方または両方の末端に概して結合されて、例えばヌクレアーゼ安定性等の特性を向上させる１つまたは複数の安定化基を有するように修飾することもできる。安定化基には、キャップ構造が含まれる。これらの末端修飾は、エキソヌクレアーゼ分解から得た末端核酸を有するアンチセンス化合物を保護し、細胞内での送達及び／または局在化に役立つことができる。キャップは、５’末端（５’キャップ）または３’末端（３’キャップ）に存在し得るか、または両方の末端に存在し得る。キャップ構造は当該業界において公知であり、例えば逆デオキシ脱塩基キャップが含まれる。アンチセンス化合物の一方または両方の末端をキャップしてヌクレアーゼ安定性を付与するために使用することができるさらなる３’及び５’−安定化基には、２００３年１月１６日公開のＷＯ０３／００４６０２に開示されているものが含まれる。
細胞培養及びアンチセンス化合物処理
アンチセンス化合物がＣ９ＯＲＦ７２核酸のレベル、活性または発現に与える効果は、様々な細胞型でｉｎ ｖｉｔｒｏで試験を行うことができる。このような分析に使用する細胞型は、商業供給業者（例えば、Ａｍｅｒｉｃａｎ Ｔｙｐｅ Ｃｕｌｔｕｒｅ Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ，Ｍａｎａｓｓｕｓ，ＶＡ、Ｚｅｎ−Ｂｉｏ，Ｉｎｃ．，Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｔｒｉａｎｇｌｅ Ｐａｒｋ，ＮＣ、Ｃｌｏｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｗａｌｋｅｒｓｖｉｌｌｅ，ＭＤ）から入手可能であり、市販の試薬（例えば、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を使用して、供給業者の指示書に従って培養する。例示的な細胞種としては、ＨｅｐＧ２細胞、Ｈｅｐ３Ｂ細胞、及び初代肝細胞が挙げられるが、これらに限定されない。
アンチセンスオリゴヌクレオチドのｉｎ ｖｉｔｒｏ試験
アンチセンスオリゴヌクレオチドでの細胞の処理のための方法が本明細書に記載され、これは、他のアンチセンス化合物での処理のために適宜修正することができる。
一般に、細胞が培養物中で約６０〜８０％コンフルエンスに達した時に、アンチセンスオリゴヌクレオチドで細胞を処理する。
培養細胞にアンチセンスオリゴヌクレオチドを導入するためによく使用される試薬の１つに、カチオン性脂質トランスフェクション試薬ＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）がある。アンチセンスオリゴヌクレオチドをＯＰＴＩ−ＭＥＭ１中のＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮと混合し、所望の最終濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチド及び１００ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドにつき典型的には２〜１２ｕｇ／ｍＬのＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮ濃度を達成する。
培養細胞にアンチセンスオリゴヌクレオチドを導入するために使用される別の試薬は、ＬＩＰＯＦＥＣＴＩＮ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を含む。アンチセンスオリゴヌクレオチドをＯＰＴＩ−ＭＥＭ１還元血清培地中のＬＩＰＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥと混合し、所望の濃度のアンチセンスオリゴヌクレオチド及び１００ｎＭのアンチセンスオリゴヌクレオチドにつき典型的には２〜１２ｕｇ／ｍＬのＬＩＰＯＦＥＣＴＡＭＩＮＥ濃度を達成する。
培養細胞にアンチセンスオリゴヌクレオチドを導入するために使用される別の技術として、エレクトロポレーションが挙げられる。
細胞は、常法により、アンチセンスオリゴヌクレオチドで処理される。細胞は典型的にはアンチセンスオリゴヌクレオチド処理の１６〜２４時間後に採取され、その時点で、標的核酸のＲＮＡレベルまたはタンパク質レベルが、当技術分野に知られておりかつ本明細書に記載する方法によって測定される。一般に、複数の複製試料で処理を行う場合は、反復した処理の平均としてデータを表す。
使用されるアンチセンスオリゴヌクレオチドの濃度は、細胞株ごとに異なる。特定の細胞株に最適なアンチセンスオリゴヌクレオチド濃度を決定する方法は、当該技術分野で周知である。エレクトロポレーションによるトランスフェクションの場合は、典型的に、１ｎＭ〜３００ｎＭの範囲の濃度で、アンチセンスオリゴヌクレオチドが使用される。エレクトロポレーションによるトランスフェクションの場合は、それより高い６２５ｎＭ〜２０，０００ｎＭの範囲の濃度で、アンチセンスオリゴヌクレオチドが使用される。
ＲＮＡ単離
ＲＮＡ分析は、全細胞ＲＮＡまたはポリ（Ａ）＋ｍＲＮＡで行うことができる。ＲＮＡ単離の方法は当技術分野では周知である。ＲＮＡは、当技術分野において周知の方法を使って、例えば、製造者が推奨するプロトコルに従って、ＴＲＩＺＯＬ）試薬（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を使用することによって、調製される。
標的レベルまたは発現の阻害の分析
Ｃ９ＯＲＦ７２核酸のレベルまたは発現の阻害は、当技術分野で周知の様々な方法でアッセイすることができる。例えば、標的核酸レベルは、例えばノーザンブロット分析、競合的ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、または定量的リアルタイムＰＣＲによって定量化することができる。ＲＮＡ分析は、全細胞ＲＮＡまたはポリ（Ａ）＋ ｍＲＮＡに対して行うことができる。ＲＮＡ単離の方法は当技術分野では周知である。ノーザンブロット分析は、また当該技術分野では典型的なものである。定量的リアルタイムＰＣＲは、製造者の指示書に従って、ＰＥ−Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡから入手可能な市販のＡＢＩ ＰＲＩＳＭ７６００、７７００、または７９００配列検出システムを使用して好都合に達成することができる。
標的ＲＮＡレベルの定量的リアルタイムＰＣＲ分析
標的ＲＮＡレベルの定量化は、製造業者の説明書に従ってＡＢＩ ＰＲＩＳＭ７６００、７７００、または７９００配列検出システム（ＰＥ−Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）を用いて定量的リアルタイムＰＣＲによって達成することができる。定量的リアルタイムＰＣＲの方法は当技術分野で周知である。
リアルタイムＰＣＲの前に、単離されたＲＮＡは、逆転写酵素（ＲＴ）反応に供され、リアルタイムＰＣＲ増幅のための基質として使用される相補的ＤＮＡ（ｃＤＮＡ）を生成する。ＲＴ及びリアルタイムＰＣＲ反応は、同じサンプルウェル中で連続的に実施する。ＲＴ及びリアルタイムＰＣＲ試薬は、Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ（Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）から入手する。ＲＴリアルタイムＰＣＲ反応は、当業者に周知の方法によって実施される。
リアルタイムＰＣＲによって得られる遺伝子（またはＲＮＡ）標的量は、シクロフィリンＡ等の、発現が一定である遺伝子の発現レベルのいずれかを用いて、またはＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｉｎｃ．Ｃａｒｌｓｂａｄ，ＣＡ）を用いて全ＲＮＡを定量することによって正規化される。シクロフィリンＡの発現は、リアルタイムＰＣＲによって、多重化を標的と同時にまたは別個に実行することによって定量化する。全ＲＮＡは、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮＲＮＡ定量試薬（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｉｎｃ．Ｅｕｇｅｎｅ，ＯＲ）を用いて定量される。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮによるＲＮＡ定量化の方法は、Ｊｏｎｅｓ，Ｌ．Ｊ．，ｅｔ ａｌ，（Ａｎａｌｙｔｉｃａｌ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，１９９８，２６５，３６８−３７４）に教示されている。ＣＹＴＯＦＬＵＯＲ４０００機器（ＰＥ−Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）は、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ蛍光を測定するために使用する。
プローブ及びプライマーは、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸にハイブリダイズするように設計する。リアルタイムＰＣＲプローブ及びプライマーの設計方法は、当該分野で周知であり、ＰＲＩＭＥＲ ＥＸＰＲＥＳＳソフトウェア（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ）等のソフトウェアの使用を含んでもよい。
タンパク質レベルの分析
Ｃ９ＯＲＦ７２核酸のアンチセンス阻害は、Ｃ９ＯＲＦ７２タンパク質レベルを測定することによって評価することができる。Ｃ９ＯＲＦ７２のタンパク質レベルは、免疫沈降、ウエスタンブロット分析（イムノブロッティング）、酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、定量タンパク質アッセイ、タンパク質活性アッセイ（例えば、カスパーゼ活性アッセイ）、免疫組織化学、免疫細胞化学または蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）等の当該技術分野で周知の様々な方法で評価または定量化することができる。標的に対する抗体を同定し、抗体のＭＳＲＳカタログ（Ａｅｒｉｅ Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ，Ｂｉｒｍｉｎｇｈａｍ，ＭＩ）等の種々のソースから得ることができるか、または当該技術で周知の従来のモノクローナルまたはポリクローナル抗体生成法で調製することができる。マウス、ラット、サル、及びヒトＣ９ＯＲＦ７２の検出に有用な抗体は市販されている。
アンチセンス化合物のｉｎ ｖｉｖｏ試験
アンチセンス化合物、例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドを、それらがＣ９ＯＲＦ７２の発現を阻害し、表現型の変化、例えば運動機能及び呼吸の改善をもたらす能力を評価するために、動物において試験する。特定の実施形態において、運動機能は、動物においてロータロッド、握力、棒登り、オープンフィールド行動、バランスビーム、後肢足跡試験によって測定される。特定の実施形態において、呼吸は、動物において全身プレチスモグラフ、侵襲的抵抗（ｉｎｖａｓｉｖｅ ｒｅｓｉｓｔａｎｃｅ）、及びコンプライアンス測定によって測定される。正常な動物、または実験的疾患モデルで、試験を実施してもよい。動物への投与では、アンチセンスオリゴヌクレオチドを、リン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）または人工脳脊髄液（ａＣＳＦ）等の薬学的に許容される希釈剤中で製剤化する。投与には、腹腔内、静脈内、及び皮下といった非経口の投与経路、ならびに脳室内または髄腔内といった中枢投与経路が含まれる。アンチセンスオリゴヌクレオチドの投与量及び投薬頻度の計算は、当業者の能力の範囲内のものであり、投与経路及び動物の体重等の要因に依存する。アンチセンスオリゴヌクレオチドを用いた治療期間の後、ＲＮＡをＣＮＳ組織またはＣＳＦから単離し、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸発現の変化を測定する。
Ｃ９ＯＲＦ７２の標的化
本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＲＮＡプロセシングの任意の段階においてＣ９ＯＲＦ７２核酸とハイブリダイズし得る。例えば、ｍＲＮＡ前駆体または成熟ｍＲＮＡに相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドが、本明細書に記載される。さらに、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸の任意の要素とハイブリダイズし得る。例えば、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸のエクソン、イントロン、５’ＵＴＲ、３’ＵＴＲ、反復領域、ヘキサヌクレオチド反復伸長、スプライスジャンクション、エクソン：エクソンスプライスジャンクション、エクソンスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）、エクソンスプライシングエンハンサー（ＥＳＥ）、エクソン１ａ、エクソン１ｂ、エクソン１ｃ、エクソン１ｄ、エクソン１ｅ、エクソン２、エクソン３、エクソン４、エクソン５、エクソン６、エクソン７、エクソン８、エクソン９、エクソン１０、エクソン１１、イントロン１、イントロン２、イントロン３、イントロン４、イントロン５、イントロン６、イントロン７、イントロン８、イントロン９、またはイントロン１０に相補的なアンチセンスオリゴヌクレオチドが、本明細書に記載される。
特定の実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、Ｃ９ＯＲＦ７２のすべての変異体とハイブリダイズする。特定の実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、Ｃ９ＯＲＦ７２の特定の変異体と選択的にハイブリダイズする。特定の実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ヘキサヌクレオチド反復伸長を含有するＣ９ＯＲＦ７２の変異体と選択的にハイブリダイズする。特定の実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ヘキサヌクレオチド反復を含有するｍＲＮＡ前駆体と選択的にハイブリダイズする。特定の実施形態において、ヘキサヌクレオチド反復伸長を含有するＣ９ＯＲＦ７２のｍＲＮＡ前駆体変異体には、配列番号１〜３及び６〜１０が含まれる。特定の実施形態において、そのようなヘキサヌクレオチド反復伸長は、ＧＧＧＧＣＣ、ＧＧＧＧＧＧ、ＧＧＧＧＧＣ、またはＧＧＧＧＣＧのいずれかの少なくとも２４の反復を含む。
特定の実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、Ｃ９ＯＲＦ７２のすべての変異体の発現を阻害する。特定の実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、Ｃ９ＯＲＦ７２のすべての変異体の発現を同等に阻害する。特定の実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、Ｃ９ＯＲＦ７２の１つまたは複数の変異体の発現を選択的に阻害する。特定の実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ヘキサヌクレオチド反復伸長を含有するＣ９ＯＲＦ７２の変異体の発現を選択的に阻害する。特定の実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ヘキサヌクレオチド反復を含むｍＲＮＡ前駆体変異体の発現を選択的に阻害する。特定の実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体の発現を選択的に阻害する。特定の実施形態において、ヘキサヌクレオチド反復伸長を含有するＣ９ＯＲＦ７２のｍＲＮＡ前駆体変異体には、配列番号１〜３及び６〜１０が含まれる。特定の実施形態において、そのようなヘキサヌクレオチド反復伸長は、ＧＧＧＧＣＣ、ＧＧＧＧＧＧ、ＧＧＧＧＧＣ、またはＧＧＧＧＣＧのいずれかの少なくとも２４の反復を含む。特定の実施形態において、ヘキサヌクレオチド反復伸長は核内フォーカスを形成する。特定の実施形態において、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、核内フォーカスを低減させるのに有用である。核内フォーカスは、フォーカスを有する細胞のパーセント、ならびに細胞１つあたりのフォーカスの数に関して低減され得る。
特定の病原性関連変異体の選択的阻害
本明細書中のいくつかの例において、プライマープローブセットＲＴＳ３９０５は、ヘキサヌクレオチド反復を含むｍＲＮＡ前駆体変異体からプロセシングされたｍＲＮＡ変異体（例えばＮＭ＿００１２５６０５４．１）を検出する。ヘキサヌクレオチド反復を含む、ｍＲＮＡ前駆体からプロセシングされたｍＲＮＡ変異体（すなわち、「Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体」）。ｍＲＮＡ前駆体は、ｍＲＮＡ前駆体の転写がエクソン１Ａの開始部位からエクソン１Ｂの開始部位までの領域、例えば、ゲノム配列のヌクレオチド１１０７〜１５２０（配列番号２、ヌクレオシド２７５３５０００〜２７５６５０００から切断されたＧＥＮＢＡＮＫ寄託番号ＮＴ＿００８４１３．１８の補体）で開始されるときに、ヘキサヌクレオチド反復を含む。ヘキサヌクレオチド反復を含むｍＲＮＡ前駆体変異体を選択的に標的にするために、この領域でオリゴヌクレオチドを設計した。ＲＴＳ３９０５は、ヘキサヌクレオチド反復を含むｍＲＮＡ前駆体変異体のｍＲＮＡ産物（すなわちＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体）を測定し、したがって、ヘキサヌクレオチド反復を含むｍＲＮＡ前駆体変異体の低減を測定する。
Ｃ９ＯＲＦ７２の特徴
本明細書に記載のアンチセンスオリゴヌクレオチドは、Ｃ９ＯＲＦ７２遺伝子の任意の要素内の、任意のプロセシング状態の、任意のＣ９ＯＲＦ７２変異体にハイブリダイズすることが可能である。例えば、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、エクソン、イントロン、５’ＵＴＲ、３’ＵＴＲ、反復領域、ヘキサヌクレオチド反復伸長、スプライス部位、エクソン：エクソンスプライス部位、エクソンのスプライシングサイレンサー（ＥＳＳ）、エクソンのスプライシングサイレンサー（ＥＳＥ）、エクソン１ａ、エクソン１ｂ、エクソン１ｃ、エクソン１ｄ、エクソン１ｅ、エクソン２、エクソン３、エクソン４、エクソン５、エクソン６、エクソン７、エクソン８、エクソン９、エクソン１０、エクソン１１、イントロン１、イントロン２、イントロン３、イントロン４、イントロン５、イントロン６、イントロン７、イントロン８、イントロン９、またはイントロン１０にハイブリダイズすることが可能である。例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチドは、以下で説明される様々なＣ９ＯＲＦ７２変異体について、以下の表１〜５で特徴付けられたエクソンのいずれかを標的にすることが可能である。本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドはまた、以下で特徴付けられていない変異体を標的にすることが可能であり、そのような変異体はＧＥＮＢＡＮＫにおいて特徴付けられる。さらに、本明細書に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドはまた、エクソン以外の要素を標的にすることも可能であり、そのような要素はＧＥＮＢＡＮＫにおいて特徴付けられる。
Figure 2018512127
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特定の適応症
特定の実施形態において、個体を治療する方法であって、本明細書に記載の１つまたは複数の医薬組成物を投与することを含む、方法が本明細書に提供される。特定の実施形態において、個体は神経変性疾患を有する。特定の実施形態において、個体は、神経変性疾患（限定されるものではないがＡＬＳまたはＦＴＤを含む）を発症する危険性がある。特定の実施形態において、個体はＣ９ＯＲＦ７２関連疾患を有すると特定されている。特定の実施形態において、個体でのＣ９ＯＲＦ７２発現を予防的に減少させる方法が本明細書に提供される。特定の実施形態は、個体にＣ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするアンチセンス化合物の治療有効量を個体に投与することによって、治療を必要とする個体を処置することを含む。
一実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的とするアンチセンス化合物の治療有効量の投与は、アンチセンス化合物の投与に対する個人の応答を決定するべく個体におけるＣ９ＯＲＦ７２レベルのモニタリングを伴う。アンチセンス化合物の投与に対する個体の応答は、治療的介入の量及び持続時間を決定するために医師が使用してもよい。
特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的にするアンチセンス化合物の投与により、少なくとも１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、もしくは９９％、またはこれらの値のいずれか２つによって定義される範囲でＣ９ＯＲＦ７２発現が減少する。特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２核酸を標的にするアンチセンス化合物の投与により、動物における運動機能及び呼吸が改善する。特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２アンチセンス化合物の投与により、運動機能及び呼吸が少なくとも１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５または９９％、あるいは、これらの値のいずれか２つによって定義される範囲で改善する。
特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２を標的にするアンチセンス化合物を含む医薬品組成物は、ＡＬＳ及びＦＴＤを含む神経変性疾患に罹患しているかまたは罹患しやすい患者を治療するための医薬品の調製に使用される。
特定の併用療法
特定の実施形態において、本明細書に記載の１つまたは複数の医薬組成物は、１つまたは複数の他の医薬品と同時投与される。特定の実施形態において、そのような１つまたは複数の他の医薬品は、本明細書に記載される１つまたは複数の医薬組成物と同様の疾患、障害、または病態を治療するように、設計されている。特定の実施形態において、そのような１つまたは複数の他の医薬品は、本明細書に記載される１つまたは複数の医薬組成物と異なる疾患、障害、または病態を治療するように、設計されている。特定の実施形態において、そのような１つまたは複数の他の医薬品は、本明細書に記載の１つまたは複数の医薬組成物の望ましくない副作用を治療するように設計されている。特定の実施形態において、本明細書に記載される１つまたは複数の医薬組成物は、その他の医薬品の望ましくない効果を治療するために、別の医薬品と同時投与される。特定の実施形態において、本明細書に記載される１つまたは複数の医薬組成物は、併用効果を得るために、別の医薬品と同時投与される。特定の実施形態において、本明細書に記載される１つまたは複数の複数の医薬組成物は、相乗効果を得るために、別の医薬品と同時投与される。
特定の実施形態において、本明細書に記載される１つまたは複数の医薬組成物及び１つまたは複数の他の医薬品が同時に投与される。特定の実施形態において、本明細書に記載される１つ１つまたは複数の医薬組成物及び１つ１つまたは複数の他の医薬品が異なる時間に投与される。特定の実施形態において、本明細書に記載される１つ１つまたは複数の医薬組成物及び１つ１つまたは複数の他の医薬品は、単一の製剤で一緒に調製される。特定の実施形態において、本明細書に記載される１つ１つまたは複数の医薬組成物及び１つ１つまたは複数の他の医薬品は、別々に調製される。
特定の実施形態において、本明細書に記載される医薬組成物と同時投与可能な医薬品として、リルゾール（Ｒｉｌｕｔｅｋ）、リオレサール（Ｌｉｏｒｅｓａｌ）、及びデクスプラミペキソールが挙げられる。
特定の実施形態において、本明細書に記載されるＣ９ＯＲＦ７２特異的阻害剤と同時投与可能な医薬品として、限定されるものではないが、追加のＣ９ＯＲＦ７２阻害剤が挙げられる。
特定の実施形態において、本明細書に記載されるＣ９ＯＲＦ７２特異的阻害剤と同時投与可能な医薬品として、限定されるものではないが、Ｃ９ＯＲＦ７２アンチセンス転写産物特異的阻害剤が挙げられる。特定の実施形態において、Ｃ９ＯＲＦ７２アンチセンス転写産物特異的阻害剤はアンチセンス化合物である。特定の実施形態において、アンチセンス化合物は修飾オリゴヌクレオチドである。特定の実施形態において、該修飾オリゴヌクレオチドは一本鎖である。
特定の実施形態において、同時投与される医薬品は、本明細書に記載される医薬組成物の投与の前に投与される。特定の実施形態において、同時投与される医薬品は、本明細書に記載される医薬組成物の投与の後に投与される。特定の実施形態において、同時投与される医薬品は、本明細書に記載される医薬組成物と同時に投与される。特定の実施形態において、同時投与される医薬品の用量は、同時投与される医薬品が単独で投与される場合の用量と同じである。特定の実施形態において、同時投与される医薬品の用量は、同時投与される医薬品が単独で投与された場合の用量よりも低い。特定の実施形態において、同時投与される医薬品の用量は、同時投与された薬剤が単独で投与された用量よりも多い。
特定の実施形態において、第２の化合物の同時投与により第１の化合物の効果が向上し、それによって、これらの化合物の同時投与によりで、第１の化合物を単独で投与した場合の効果よりも大きい効果が得られる。他の実施形態において、同時投与により、化合物を単独で投与した場合の効果を相加した効果が得られる。特定の実施形態において、同時投与は、化合物を単独で投与した場合の効果の相乗効果をもたらす。特定の実施形態において、第１の化合物は、アンチセンス化合物である。特定の実施形態において、第２の化合物は、アンチセンス化合物である。
特定の比較組成物
特定の実施形態において、本明細書に記載の化合物は、ＩＳＩＳ ５７６８１６、ＩＳＩＳ ５７６９７４、ＩＳＩＳ ５７７０６１、ＩＳＩＳ ５７７０６５、及び／またはＩＳＩＳ ５７７０８３よりも耐容性がある。ＩＳＩＳ ５７６８１６、ＩＳＩＳ ５７６９７４、ＩＳＩＳ ５７７０６１、ＩＳＩＳ ５７７０６５、及びＩＳＩＳ ５７７０８３は、ＷＯ２０１４／０６２６９１に記載される種々の試験においてＣ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡの高レベルの用量依存性低下を示したため、比較化合物として選択した。したがって、ＩＳＩＳ ５７６８１６、ＩＳＩＳ ５７６９７４、ＩＳＩＳ ５７７０６１、ＩＳＩＳ ５７７０６５、及びＩＳＩＳ ５７７０８３は、非常に有効で強力な化合物であるとみなされた。さらに、ＷＯ２０１４／０６２６９１に記載されているＩＳＩＳ ５７７０６５、ＩＳＩＳ ５７７０５６、及びＩＳＩＳ ５７６８１６は、本明細書に記載の化合物と構造的に類似している。例えば、ＩＳＩＳ ５７７０６５は、ＩＳＩＳ ８０１２８７との１６核酸塩基重複を有し、ＩＳＩＳ ５７７０５６は、ＩＳＩＳ ８０６６７９との１６核酸塩基重複を有し、ＩＳＩＳ ５７６８１６は、ＩＳＩＳ ８０２４７３（１８−ｍｅｒ）との１８核酸塩基重複を有し、ＩＳＩＳ ５７６８１６はＩＳＩＳ ８０２４５９との１８核酸塩基重複を有している。
特定の実施形態において、５−１０−５ ＭＯＥギャップマーであるＩＳＩＳ ５７６８１６であって、（５’〜３’）ＧＣＣＴＴＡＣＴＣＴＡＧＧＡＣＣＡＡＧＡ（配列番号２１として本明細書に組み込まれる）の配列を有し、各ヌクレオシド間結合がホスホロチオエート結合であり、各シトシンが５−メチルシトシンであり、ヌクレオシド１〜５及び１６〜２０の各々が２’−Ｏ−メトキシエチル基を含む（参照により本明細書に組み込まれるＷＯ２０１４／０６２６９１に記載されている）、該ＩＳＩＳ ５７６８１６は、比較化合物である。ＩＳＩＳ ５７６８１６は、マウスにおける急性耐容性の試験において７．００の平均ＦＯＢスコアを達成した（以下の実施例３を参照）。本明細書に記載の特定の化合物は、ＩＳＩＳ ８０１２８７、ＩＳＩＳ ８０６６７９、ＩＳＩＳ ８０２４７３、及びＩＳＩＳ ８０２４５９を含む、マウスにおける急性耐容性の類似の試験（以下の実施例２参照）において、より低いＦＯＢスコアを達成した。したがって、本明細書に記載の特定の化合物は、比較化合物ＩＳＩＳ ５７６８１６よりも耐容性が高い。
特定の実施形態において、５−１０−５ ＭＯＥギャップマーであるＩＳＩＳ ５７６９７４であって、（５’〜３’）ＧＧＧＡＣＡＣＴＡＣＡＡＧＧＴＡＧＴＡＴ（配列番号５６として本明細書に組み込まれる）の配列を有し、各ヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、各シトシンは５−メチルシトシンであり、ヌクレオシド１〜５及び１６〜２０の各々は２’−Ｏ−メトキシエチル基を含む（参照により本明細書に組み込まれるＷＯ２０１４／０６２６９１に記載されている）、該ＩＳＩＳ ５７６９７４は、比較化合物である。ＩＳＩＳ ５７６９７４は、マウスにおける急性耐容性の試験において５．６７の平均ＦＯＢスコアを達成した（以下の実施例３を参照）。本明細書に記載の特定の化合物は、ＩＳＩＳ ８０１２８７、ＩＳＩＳ ８０６６７９、ＩＳＩＳ ８０２４７３、及びＩＳＩＳ ８０２４５９を含む、マウスにおける急性耐容性の類似の試験（以下の実施例２参照）において、より低いＦＯＢスコアを達成した。したがって、本明細書に記載の特定の化合物は、比較化合物ＩＳＩＳ ５７６９７４よりも耐容性が高い。
特定の実施形態において、５−１０−５ ＭＯＥギャップマーであるＩＳＩＳ ５７７０６１であって、（５’〜３’）ＴＡＣＡＧＧＣＴＧＣＧＧＴＴＧＴＴＴＣＣ（配列番号５７として本明細書に組み込まれる）の配列を有し、各ヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、各シトシンは５−メチルシトシンであり、ヌクレオシド１〜５及び１６〜２０の各々は２’−Ｏ−メトキシエチル基を含む（参照により本明細書に組み込まれるＷＯ２０１４／０６２６９１に記載されている）、該ＩＳＩＳ ５７７０６１は、比較化合物である。ＩＳＩＳ ５７７０６１は、マウスにおける急性耐容性の試験において７．００の平均ＦＯＢスコアを達成した（以下の実施例３を参照）。本明細書に記載の特定の化合物は、ＩＳＩＳ ８０１２８７、ＩＳＩＳ ８０６６７９、ＩＳＩＳ ８０２４７３、及びＩＳＩＳ ８０２４５９を含む、マウスにおける急性耐容性の類似の試験（以下の実施例２参照）において、より低いＦＯＢスコアを達成した。したがって、本明細書に記載の特定の化合物は、比較化合物ＩＳＩＳ ５７７０６１よりも耐容性が高い。
特定の実施形態において、５−１０−５ ＭＯＥギャップマーであるＩＳＩＳ ５７７０６５であって、（５’〜３’）ＣＣＣＧＧＣＣＣＣＴＡＧＣＧＣＧＣＧＡＣ（配列番号５８として本明細書に組み込まれる）の配列を有し、各ヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、各シトシンは５−メチルシトシンであり、ヌクレオシド１〜５及び１６〜２０の各々は２’−Ｏ−メトキシエチル基を含む（参照により本明細書に組み込まれるＷＯ２０１４／０６２６９１に記載されている）、該ＩＳＩＳ ５７７０６５は、比較化合物である。ＩＳＩＳ ５７７０６５は、マウスにおける急性耐容性の試験において６．００の平均ＦＯＢスコアを達成した（以下の実施例３を参照）。本明細書に記載の特定の化合物は、ＩＳＩＳ ８０１２８７、ＩＳＩＳ ８０６６７９、ＩＳＩＳ ８０２４７３、及びＩＳＩＳ ８０２４５９を含む、マウスにおける急性耐容性の類似の試験（以下の実施例２参照）において、より低いＦＯＢスコアを達成した。したがって、本明細書に記載の特定の化合物は、比較化合物ＩＳＩＳ ５７７０６５よりも耐容性が高い。
特定の実施形態において、５−１０−５ ＭＯＥギャップマーであるＩＳＩＳ ５７７０８３であって、（５’〜３’）ＧＧＴＡＡＣＴＴＣＡＡＡＣＴＣＴＴＧＧＧ（配列番号５９として本明細書に組み込まれる）の配列を有し、各ヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、各シトシンは５−メチルシトシンであり、ヌクレオシド１〜５及び１６〜２０の各々は２’−Ｏ−メトキシエチル基を含む（参照により本明細書に組み込まれるＷＯ２０１４／０６２６９１に記載されている）、該ＩＳＩＳ ５７７０８３は、比較化合物である。ＩＳＩＳ ５７７０８３は、マウスにおける急性耐容性の試験において７．００の平均ＦＯＢスコアを達成した（以下の実施例３を参照）。本明細書に記載の特定の化合物は、ＩＳＩＳ ８０１２８７、ＩＳＩＳ ８０６６７９、ＩＳＩＳ ８０２４７３、及びＩＳＩＳ ８０２４５９を含む、マウスにおける急性耐容性の類似の試験（以下の実施例２参照）において、より低いＦＯＢスコアを達成した。したがって、本明細書に記載の特定の化合物は、比較化合物ＩＳＩＳ ５７７０８３よりも耐容性が高い。
特定の実施形態において、５−１０−５ ＭＯＥギャップマーであるＩＳＩＳ ５７７０５６であって、（５’〜３’）ＡＡＴＣＴＴＴＡＴＣＡＧＧＴＣＴＴＴＴＣ（配列番号６０として本明細書に組み込まれる）の配列を有し、各ヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、各シトシンは５−メチルシトシンであり、ヌクレオシド１〜５及び１６〜２０の各々は２’−Ｏ−メトキシエチル基を含む（参照により本明細書に組み込まれるＷＯ２０１４／０６２６９１に記載されている）、該ＩＳＩＳ ５７７０５６は、比較化合物である。ＩＳＩＳ ５７７０５６は、マウスにおける急性耐容性の試験において６．５の平均ＦＯＢスコアを達成した（以下の実施例３を参照）。本明細書に記載の特定の化合物は、ＩＳＩＳ ８０１２８７、ＩＳＩＳ ８０６６７９、ＩＳＩＳ ８０２４７３、及びＩＳＩＳ ８０２４５９を含む、マウスにおける急性耐容性の類似の試験（以下の実施例２参照）において、より低いＦＯＢスコアを達成した。したがって、本明細書に記載の特定の化合物は、比較化合物ＩＳＩＳ ５７７０５６よりも耐容性が高い。
特定のヒト療法
本明細書に記載のヒトＣ９ＯＲＦ７２アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ヒト療法である。効力、有効性、及び／または耐容性の様々なパラメータが試験されている。そのようなパラメータとして、全Ｃ９ＯＲＦ７２ＲＮＡ発現のｉｎ ｖｉｔｒｏ阻害、Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ＲＮＡ変異体発現のｉｎ ｖｉｔｒｏ阻害、ｉｎ ｖｉｔｒｏ用量反応（ＩＣ５０）、関連組織（例えば、脳及び／もしくは脊髄）内にヒトＣ９ＯＲＦ７２導入遺伝子を含むトランスジェニック動物の全もしくは病原性ＲＮＡ及び／もしくはタンパク質のｉｎ ｖｉｖｏ阻害、マウスにおける耐容性、ラットにおける耐容性、ならびに／または霊長類における耐容性が挙げられる。測定可能な耐容性マーカーには、血液及び血清の化学パラメータ、ＣＳＦ化学パラメータ、体重及び臓器重量、一般的観察及び／もしくは行動試験、ならびに／またはＧＦＡＰ及び／もしくはＡＩＦ１等の生化学マーカーが挙げられる。急性または長期の耐容性を測定することができる。
特定の組成物
１．ＩＳＩＳ ８０１２８７
特定の実施形態において、ＩＳＩＳ ８０１２８７は、４−８−６ ＭＯＥギャップマーとして特徴付けられるが、（５’〜３’）ＧＣＣＣＣＴＡＧＣＧＣＧＣＧＡＣＴＣ（配列番号３３として本明細書に組み込まれる）の配列を有し、ヌクレオシド１〜４及び１３〜１８の各々は、２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾ヌクレオシドであり、ヌクレオシド５〜１２の各々は２’−デオキシヌクレオシドであり、式中、ヌクレオシド２〜３、３〜４、１３〜１４、１４〜１５、及び１５〜１６の間のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル結合であり、ヌクレオシド１〜２、４〜５、５〜６、６〜７、７〜８、８〜９、９〜１０、１０〜１１、１１〜１２、１２〜１３、１６〜１７、及び１７〜１８の間のヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、各シトシンは５’−メチルシトシンである。
特定の実施形態において、ＩＳＩＳ ８０１２８７は以下の化学表記：Ｇｅｓ ｍＣｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｄｓ Ｇｄｓ ｍＣｅｏ Ｇｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｓ Ｔｅｓ ｍＣｅにより記載され、式中、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチル修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシヌクレオシド、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、かつ
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
特定の実施形態において、ＩＳＩＳ ８０１２８７は、以下の化学構造またはその塩によって記載される。
Figure 2018512127
特定の実施形態において、ＩＳＩＳ ８０１２８７のナトリウム塩は、以下の化学構造によって記載される。
Figure 2018512127
２．ＩＳＩＳ ８０６６７９
特定の実施形態において、ＩＳＩＳ ８０６６７９は、６−１０−４ ＭＯＥギャップマーとして特徴付けられるが、（５’〜３’）ＧＧＴＴＡＡＴＣＴＴＴＡＴＣＡＧＧＴＣＴ（配列番号４９として本明細書に組み込まれる）の配列を有し、ヌクレオシド１〜６及び１７〜２０の各々は、２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾ヌクレオシドであり、ヌクレオシド７〜１６各々は２’−デオキシヌクレオシドであり、式中、ヌクレオシド２〜３、３〜４、４〜５、５〜６、６〜７、及び１７〜１８の間のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル結合であり、ヌクレオシド１〜２、７〜８、８〜９、９〜１０、１０〜１１、１１〜１２、１２〜１３、１３〜１４、１４〜１５、１５〜１６、１６〜１７、１８〜１９、及び１９〜２０の間のヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、各シトシンは５’−メチルシトシンである。
特定の実施形態において、ＩＳＩＳ ８０６６７９は以下の化学表記：Ｇｅｓ Ｇｅｏ Ｔｅｏ Ｔｅｏ Ａｅｏ Ａｅｏ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｇｅｏ Ｔｅｓ ｍＣｅｓ Ｔｅにより記載され、式中、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチル修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシヌクレオシド、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び、
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
特定の実施形態において、ＩＳＩＳ ８０６６７９は、以下の化学構造またはその塩によって記載される。
Figure 2018512127
特定の実施形態において、ＩＳＩＳ ８０６６７９のナトリウム塩は、以下の化学構造によって記載される。
Figure 2018512127
３．ＩＳＩＳ ８０２４７３
特定の実施形態において、ＩＳＩＳ ８０２４７３は、４−８−６ ＭＯＥギャップマーとして特徴付けられるが、（５’〜３’）ＧＣＣＴＴＡＣＴＣＴＡＧＧＡＣＣＡＡ（配列番号４７として本明細書に組み込まれる）の配列を有し、ヌクレオシド１〜４及び１３〜１８の各々は、２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾ヌクレオシドであり、ヌクレオシド５〜１２の各々は２’−デオキシヌクレオシドであり、式中、ヌクレオシド２〜３、３〜４、１３〜１４、１４〜１５、及び１５〜１６の間のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル結合であり、ヌクレオシド１〜２、４〜５、５〜６、６〜７、７〜８、８〜９、９〜１０、１０〜１１、１１〜１２、１２〜１３、１６〜１７、及び１７〜１８の間のヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、各シトシンは５’−メチルシトシンである。
特定の実施形態において、ＩＳＩＳ ８０２４７３は以下の化学表記：Ｇｅｓ ｍＣｅｏ ｍＣｅｏ Ｔｅｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｇｅｏ Ａｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｓ Ａｅｓ Ａｅにより記載され、式中、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチル修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシヌクレオシド、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び、
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
特定の実施形態において、ＩＳＩＳ ８０２４７３は、以下の化学構造またはその塩によって記載される。
Figure 2018512127
特定の実施形態において、ＩＳＩＳ ８０２４７３のナトリウム塩は、以下の化学構造によって記載される。
Figure 2018512127
４．ＩＳＩＳ ８０２４５９
特定の実施形態において、ＩＳＩＳ ８０６６７９は、６−１０−４ ＭＯＥギャップマーとして特徴付けられるが、（５’〜３’）ＧＣＣＴＴＡＣＴＣＴＡＧＧＡＣＣＡＡＧＡ（配列番号２１して本明細書に組み込まれる）の配列を有し、ヌクレオシド１〜３及び１４〜２０の各々は、２’−Ｏ−メトキシエチルリボース修飾ヌクレオシドであり、ヌクレオシド４〜１３の各々は２’−デオキシヌクレオシドであり、式中、ヌクレオシド２〜３、３〜４、１４〜１５、１５〜１６、１６〜１７、及び１７〜１８の間のヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル結合であり、ヌクレオシド１〜２、４〜５、５〜６、６〜７、７〜８、８〜９、９〜１０、１０〜１１、１１〜１２、１２〜１３、１３〜１４、１８〜１９、及び１９〜２０の間のヌクレオシド間結合はホスホロチオエート結合であり、各シトシンは５’−メチルシトシンである。
特定の実施形態において、ＩＳＩＳ ８０２４５９は以下の化学表記：Ｇｅｓ ｍＣｅｏ ｍＣｅｏ Ｔｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ ｍＣｄｓ Ｔｄｓ Ａｄｓ Ｇｄｓ Ｇｄｓ Ａｅｏ ｍＣｅｏ ｍＣｅｏ Ａｅｏ Ａｅｓ Ｇｅｓ Ａｅにより記載され、式中、
Ａ＝アデニン、
ｍＣ＝５’−メチルシトシン
Ｇ＝グアニン、
Ｔ＝チミン、
ｅ＝２’−Ｏ−メトキシエチル修飾糖、
ｄ＝２’−デオキシヌクレオシド、
ｓ＝ホスホロチオエートヌクレオシド間結合、及び、
ｏ＝ホスホジエステルヌクレオシド間結合である。
特定の実施形態において、ＩＳＩＳ ８０２４５９は、以下の化学構造またはその塩によって記載される。
Figure 2018512127
特定の実施形態において、ＩＳＩＳ ８０２４５９のナトリウム塩は、以下の化学構造によって記載される。
Figure 2018512127
実施例
参照による非限定的な開示及び組み込み
本明細書に記載されるある特定の化合物、組成物、及び方法が特定の実施形態に従って具体的に記載されているが、以下の実施例は、本明細書に記載される化合物を例示する役割のみを果たし、それを限定するようには意図されていない。本出願に記載の参考文献の各々は、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。
実施例１：ヒトＣ９ＯＲＦ７２を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチド
以下の表のアンチセンスオリゴヌクレオチドを、ＭＯＥギャップマーとして設計した。各ギャップマーの中央のギャップセグメントは２’−デオキシヌクレオシドを含有し、２’−ＭＯＥ基を各々含むヌクレオシドを含む５’末端及び３’末端の両方のウイングセグメントと隣接する。各ギャップマーの特定のモチーフは、ハイフンで区切られた３つの数字で表される下の表に列挙される。数字はそれぞれ、５’−ウイング、ギャップ、３’ウイングにおけるヌクレオシドの数を表す。各オリゴヌクレオチド全体にわたり、シトシン残基はすべて、５−メチルシトシンである。ギャップマーのヌクレオシド間結合は、ホスホロチオエート結合とホスホジエステル結合との混合である。各ギャップマーのヌクレオシド間結合を、結合の縦列に示す。ここで、「ｏ」はホスホジエステル結合を示し、「ｓ」はホスホロチオエートを示す。
以下の表に列挙される各アンチセンスオリゴヌクレオチドは、本明細書中で配列番号２（ヌクレオシド２７５３５０００〜２７５６５０００から切断されたＧＥＮＢＡＮＫ受託番号ＮＴ＿００８４１３．１８の補体）として示されたヒトＣ９ＯＲＦ７２ゲノム配列を標的とする。「開始部位」は、ヒト遺伝子配列においてギャップマーが標的とする、５’最末端ヌクレオシドを示す。「終止部位」は、ヒト遺伝子配列においてギャップマーが標的とする、３’最末端ヌクレオシドを示す。
Figure 2018512127
Figure 2018512127
Figure 2018512127
実施例２：ヒトＣ９ＯＲＦ７２マウスを標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドの耐容性
上記のアンチセンスオリゴヌクレオチドをマウスで試験し、オリゴヌクレオチドの耐容性を評価した。野生型Ｃ５７／Ｂ１６マウスそれぞれに対して、以下の表に列挙するアンチセンスオリゴヌクレオチド７００μｇのＩＣＶ単回投与を行った。各処置群は４匹のマウスからなった。注射後３時間の時点で、７つの基準に従って各マウスを評価した。７つの基準とは、（１）マウスは、利口で、警戒心があり、反応があること、（２）マウスは、刺激無しで、立位または円背位であったこと、（３）マウスは、刺激無しで、何らかの動作を示すこと、（４）マウスは、持ち上げられた後に前進動作を示すこと、（５）マウスは、持ち上げられた後に何らかの動作を示すこと、（６）マウスは、尾部つねりに応答すること、（７）通常呼吸であること、である。７つの異なる基準の各々について、各マウスに対して、基準に合致した場合には０、基準に合致しない場合には１のサブスコアを与えた。７つの基準すべてについて評価を行った後、各マウスについてサブスコアを合計し、各群の平均値を求めた。例えば、７００μｇのＩＣＶ投与後３時間、マウスが利口で、警戒心があり、反応があり、さらに他のすべての基準を満たした場合、合計されたスコアは０となる。別のマウスが、７００μｇのＩＣＶ投与後３時間、利口でなく、警戒心がなく、反応がないが、他の基準はすべて満たしていた場合、スコア１を与えられる。各々の処置群についての平均スコアとして、結果を示す。
Figure 2018512127
Figure 2018512127
実施例３：ＷＯ２０１４／０６２６９１のオリゴヌクレオチドの耐容性
ＷＯ２０１４／０６２６９１に記載のオリゴヌクレオチドを、マウスにおける急性耐容性試験で試験した。３匹の野生型Ｃ５７／ＢＬ６マウスの群を処理し、実施例２に記載の通りに分析した。試験されたオリゴヌクレオチドは、以下の表に列挙されたものを含み、完全ホスホロチオエート骨格を有する５−１０−５ ＭＯＥギャップマーであり、各シトシンは５−メチルシトシンである。各オリゴヌクレオチドが標的とされる配列番号２の開始及び終止部位を示す。以下の表において、各々の処置群についての平均スコアとして結果を示す。これらの結果は、ＩＳＩＳ ５７６８１６、ＩＳＩＳ ５７６９７４、ＩＳＩＳ ５７７０６１、ＩＳＩＳ ５７７０６５、及びＩＳＩＳ ５７７０８３は耐容性が不十分であることを示している。
Figure 2018512127
Figure 2018512127
実施例４：ＨｅｐＧ２細胞におけるヒトＣ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡ変異体のアンチセンス阻害
上記のアンチセンスオリゴヌクレオチドをｉｎ ｖｉｔｒｏでＣ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡに対するそれらの効果について試験する。１ウェルあたり２０，０００細胞密度の培養したＨｅｐＧ２細胞を、アンチセンスオリゴヌクレオチドでエレクトロポレーションする。約２４時間の処理期間の後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定する。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３９０５（本明細書に配列番号１２として指定される順方向プライマー配列ＧＧＧＴＣＴＡＧＣＡＡＧＡＧＣＡＧＧＴＧ、本明細書に配列番号１３として指定される逆方向プライマー配列ＧＴＣＴＴＧＧＣＡＡＣＡＧＣＴＧＧＡＧＡＴ、本明細書に配列番号１４として指定されるプローブ配列ＴＧＡＴＧＴＣＧＡＣＴＣＴＴＴＧＣＣＣＡＣＣＧＣ、−ＴＡＱ−ｍａｎプライマープローブセット）を使用する。ＲＴＳ３９０５は、ヘキサヌクレオチド反復を含むｍＲＮＡ前駆体変異体からプロセシングされたｍＲＮＡ変異体（例えばＮＭ＿００１２５６０５４．１）を検出する。ヘキサヌクレオチド反復を含むｍＲＮＡ前駆体からプロセシングされたｍＲＮＡ変異体は、本明細書では「Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体」である。ｍＲＮＡ前駆体は、ｍＲＮＡ前駆体の転写がエクソン１Ａの開始部位からエクソン１Ｂの開始部位までの領域で開始されるときに（通常、ゲノム配列のヌクレオチド１１０７〜１５２０：配列番号２、ヌクレオシド２７５３５０００〜２７５６５００から切断されたＧＥＮＢＡＮＫ寄託番号ＮＴ＿００８４１３．１８の補体）、ヘキサヌクレオチド反復を含む。したがって、この領域で設計されたオリゴヌクレオチドは、ヘキサヌクレオチド反復を含むｍＲＮＡ前駆体変異体を選択的に標的とする。ＲＴＳ３９０５は、ヘキサヌクレオチド反復を含むｍＲＮＡ前駆体変異体のｍＲＮＡ産物（すなわちＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体）を測定し、したがって、ヘキサヌクレオチド反復を含むｍＲＮＡ前駆体変異体の低減を測定する。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定される場合、Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体のレベルを、細胞の全ＲＮＡ含量に対して正規化し、次いで正規化ｍＲＮＡ変異体レベルを、アンチセンスオリゴヌクレオチドで処理していない細胞のものと比較する。
実施例５：ヒトＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ変異体の用量依存的アンチセンス阻害
上述のアンチセンスオリゴヌクレオチドをＨｅｐＧ２細胞において種々の用量で試験する。細胞を１ウェルあたり２０，０００細胞密度で播種し、アンチセンスオリゴヌクレオチドでエレクトロポレーションする。約１６時間または２４時間の処理期間の後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定する。ヒトＣ９ＯＲＦ７２プライマープローブセットＲＴＳ３９０５を使用して、Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体を測定する。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）により測定される、Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体のレベルは、全ＲＮＡ含量に従って調節される。各オリゴヌクレオチドの最大半量の阻害濃度（ＩＣ５０）は、アンチセンスオリゴヌクレオチドの個々の用量で観察されるｍＲＮＡ変異体レベルの阻害に基づいて計算される。
実施例６：ＬＬＣ−ＭＫ２細胞におけるヒト−アカゲザル交差反応性アンチセンスオリゴヌクレオチドによるＣ９ＯＲＦ７２のアンチセンス阻害
アカゲザルＣ９ＯＲＦ７２核酸と完全に交差反応性である上記のアンチセンスオリゴヌクレオチドを、ｉｎ ｖｉｔｒｏでのアカゲザルＣ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡに対するそれらの効果について試験する。１ウェルあたり２０，０００細胞密度の培養したアカゲザルＬＬＣ−ＭＫ２細胞を、アンチセンスオリゴヌクレオチドでエレクトロポレーションする。約２４時間の処理期間の後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定する。プライマープローブセットＲＴＳ３７５０（配列番号１５として本明細書に示される順方向配列ＴＧＴＧＡＣＡＧＴＴＧＧＡＡＴＧＣＡＧＴＧＡ、配列番号１６として本明細書に示される順方向配列ＧＣＣＡＣＴＴＡＡＡＧＣＡＡＴＣＴＣＴＧＴＣＴＴＧ、配列番号１７として本明細書に示される逆方向配列ＴＣＧＡＣＴＣＴＴＴＧＣＣＣＡＣＣＧＣＣＡ、−ＴＡＱ ｍａｎプライマープローブセット）を使用して全Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを測定する。ＲＴＳ３７５０は、ｍＲＮＡ転写産物のエクソン２を標的にすることで、全ｍＲＮＡ転写産物を測定する。ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定されるＣ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡレベルを全ＲＮＡ含有量に従って調整し、次いで正規化ｍＲＮＡ変異体レベルを、アンチセンスオリゴヌクレオチドで処理していない細胞のものと比較する。
実施例７：ＬＬＣ−ＭＫ２におけるヒトＣ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡ変異体の用量依存的アンチセンス阻害
上述のアンチセンスオリゴヌクレオチドをＬＬＣ−ＭＫ２細胞において種々の用量で試験する。細胞を１ウェルあたり２０，０００細胞密度で播種し、アンチセンスオリゴヌクレオチドでエレクトロポレーションする。約１６時間または２４時間の処理期間の後、ＲＮＡを細胞から単離し、Ｃ９ＯＲＦ７２ｍＲＮＡレベルを、定量的リアルタイムＰＣＲによって測定する。プライマープローブセットＲＴＳ３７５０を使用して、全Ｃ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡレベルを測定する。全ＲＮＡ含有量に従ってＣ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡレベルを調整し、次いで正規化ｍＲＮＡ変異体レベルを、アンチセンスオリゴヌクレオチドで処理していない細胞のものと比較する。
実施例８：トランスジェニックマウスモデルにおけるヒトＣ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡのアンチセンス阻害
上記のアンチセンスオリゴヌクレオチドを、エクソン１〜５を含む切断型ヒトＣ９ＯＲＦ７２遺伝子を発現する、本明細書においてＣ９Ｂ４１及びＣ９Ｂ１８３と呼ばれる２つのＢＡＣトランスジェニックマウス系統において試験する。Ｃ９Ｂ４１及びＣ９Ｂ１８３マウス系統の切断型ヒトＣ９ＯＲＦ７２遺伝子は、それぞれ１１０及び４５０のヘキサヌクレオチド反復を含む。各治療群の各マウスに３５０μｇのアンチセンスオリゴヌクレオチドを投与し、次いでヒトＣ９ＯＲＦ７２ ＲＮＡの発現レベルをＲＴ−ＰＣＲにより分析する。用量応答も行われる。
実施例９：患者線維芽細胞におけるＣ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡのアンチセンス阻害
上記のアンチセンスオリゴヌクレオチドをｉｎ ｖｉｔｒｏでＣ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡに対するそれらの効果について試験した。以下の表に列挙するアンチセンスオリゴヌクレオチドをプレートに添加してから、患者線維芽細胞Ｆ０９−１５２を１ウェルあたり２０，０００細胞密度で添加した。細胞の添加後のアンチセンスオリゴヌクレオチドの最終濃度を以下の表に列挙する。３０秒の振とう後、細胞をエレクトロポレーションし、次いでＰｒｉｍａｒｉａでコートした培養プレートに移した。１６時間後、ＲＮＡを細胞から単離し、全Ｃ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡ（すなわちエクソン１Ａから開始するｍＲＮＡ及びエクソン１Ｂから開始するｍＲＮＡ）及び病原性関連ｍＲＮＡのレベル（実施例４を参照）をＲＴ−ｑＰＣＲによって測定した。ヒトプライマープローブセットＲＴＳ３７５０（実施例６を参照）及びＲＴＳ３９０５（実施例４を参照）を使用したところ、それぞれ全Ｃ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡ及びＣ９ＯＲＦ７２病原関連ｍＲＮＡが検出された。Ｃ９ＯＲＦ７２全ｍＲＮＡ及びＣ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体のレベルを、ＲＩＢＯＧＲＥＥＮ（登録商標）によって測定される細胞の全ＲＮＡ含量に対して正規化し、次いで正規化ｍＲＮＡレベルを、アンチセンスオリゴヌクレオチドで処理していない細胞のものと比較した。結果を以下の表に示す。「ｎｄ」の項目は決定されなかったことを意味する。標的がＩＣ５０を測定するほど十分に阻害されなかったため、「ｎｄ」として列挙されたＩＣ５０値は測定されなかった。結果は、以下に列挙する全てのオリゴヌクレオチドが病原性関連Ｃ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡ変異体を阻害したことを示している。反復変異体ｍＲＮＡ前駆体を特異的に標的化しないオリゴヌクレオチドは、病原性関連Ｃ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡ及び全Ｃ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡの両方を阻害した。反復変異体ｍＲＮＡ前駆体を特異的に標的とするオリゴヌクレオチドは、病原性関連Ｃ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡを選択的に阻害した。
Figure 2018512127
Figure 2018512127
実施例１０：トランスジェニックマウスモデルにおけるヒトＣ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡのアンチセンス阻害
上記のアンチセンスオリゴヌクレオチドを、エクソン５及び１１０のヘキサヌクレオチド反復によるプロモーター領域を含むヒトＣ９ＯＲＦ７２遺伝子を発現するＢＡＣトランスジェニックマウス系統Ｃ９Ｂ４１（実施例８を参照）において試験した。各処置群は、２〜３匹のマウスからなった。各マウスは、以下の表に列挙された３５０μｇのアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはＰＢＳの単一のＩＣＶＢを受けた。２週間後、マウスを安楽死させ、ヒト病原性関連Ｃ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡ変異体及び／または全ヒトＣ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡの発現レベルを、実施例９に記載のようにＲＴ−ｑＰＣＲによって分析した。病原性関連Ｃ９ＯＲＦ７２変異体ｍＲＮＡレベルの分析は、Ｃ９ＯＲＦ７２反復変異体ｍＲＮＡ前駆体を特異的に標的化しないオリゴヌクレオチドについては完了しなかった。以下の表の結果は、ＰＢＳ処置群についての正規化された平均に対する正規化されたヒトＣ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡの平均パーセントを示す。
Figure 2018512127
Figure 2018512127
実施例１１：トランスジェニックマウスモデルにおけるヒトＣ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡの用量依存的アンチセンス阻害
上記のアンチセンスオリゴヌクレオチドを、エクソン１〜５を含む切断型ヒトＣ９ＯＲＦ７２遺伝子をそれぞれ発現する、２つのＢＡＣトランスジェニックマウス系統であるＣ９Ｂ４１及びＣ９Ｂ１８３において試験した。Ｃ９Ｂ４１及びＣ９Ｂ１８３マウス系統の切断型ヒトＣ９ＯＲＦ７２遺伝子は、それぞれ１１０及び４５０のヘキサヌクレオチド反復を含む（実施例８を参照）。各処置群は、２〜４匹のマウスからなった。各マウスは、以下の表に列挙された３０μｇ、１００μｇ、３００μｇまたは７００μｇのアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはＰＢＳの単一のＩＣＶＢを受けた。２週間後、マウスを安楽死させ、ヒト病原性関連Ｃ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡ変異体、及び／または全ヒトＣ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡの発現レベルを、実施例９に記載のＲＴ−ｑＰＣＲによって分析した。以下の表の結果は、ＰＢＳ処置群についての正規化された平均に対する正規化されたヒトＣ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡの平均パーセントを示す。１００以上の値は、アンチセンスオリゴヌクレオチドがｍＲＮＡを減少させなかったこと、またはｍＲＮＡの量を増加させなかったことを意味する。
Figure 2018512127
Figure 2018512127
実施例１２：マウスにおけるヒトＣ９Ｏｒｆ７２を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドの耐容性
野生型Ｃ５７／Ｂ１６マウスそれぞれに対して、実施例２に記載のように、以下の表に列挙するアンチセンスオリゴヌクレオチド７００μｇのＩＣＶ単回投与を行った。各処置群は４匹のマウスからなった。注射後８時間の時点で、７つの基準に従ってマウスを評価した。基準とは、（１）マウスは、利口で、警戒心があり、反応があったこと、（２）マウスは、刺激無しで、立位または円背位であったこと、（３）マウスは、刺激無しで、何らかの動作を示すこと、（４）マウスは、持ち上げられた後に、前進動作を示すこと、（５）マウスは、持ち上げられた後に何らかの動作を示すこと、（６）マウスは、尾部つねりに応答すること、（７）通常呼吸であること、である。７つの基準の各々について、マウスに対して、基準に合致した場合には０、基準に合致しない場合には１のサブスコアを与えた。７つの基準すべてについて評価を行った後、各マウスについてスコアを合計し、各処置群内で平均した。結果を以下の表に示す。
動物を８週間目で屠殺した。各動物から皮質及び脊髄を採取し、ＲＴ−ＰＣＲを行った。同種移植炎症因子（ＡＩＦ１）の発現レベルを、炎症の尺度として測定した。グリア細胞線維酸性タンパク質（ＧＦＡＰ）の発現レベルも、グリア細胞活性化の尺度として測定した。結果をＧｐａｄｈに対して正規化し、以下の表のＰＢＳ対照（１．０）と比較して示す。「Ｎ．Ｄ．」は、実験が行われなかったため、データがなかったことを示す。アスタリスクは、対応する結果が１〜３匹のマウスの平均であることを示す。
Figure 2018512127
Figure 2018512127
実施例１３：ラットにおけるヒトＣ９ＯＲＦ７２を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドの耐容性
ＳＤラットを４匹または６匹からなる複数の群に分けた。ラットの各群の各ラットに対して、以下の表に示すオリゴヌクレオチド３ｍｇの単回髄腔内（ＩＴ）投与を行った。ＩＴ投与後３時間及び８週間の時点で、各ラットを、７つの異なる身体部位の動作について評価した。体の７つの部位とは、（１）ラットの尾部、（２）ラットの後姿勢、（３）ラットの後肢、（４）ラットの後足、（５）ラットの前肢、（６）ラットの前姿勢、（７）ラットの頭部である。７つの異なる身体部位の各々について、各ラットに対して、身体部位が動作する場合には０、体の部位が麻痺している場合には１のサブスコアを与えた。７つの各身体部位について評価を行った後、各ラットについてサブスコアを合計し、各群の平均値を求めた。例えば、ラットの尾部、頭部、及び他の全ての評価された身体部位は、３ｍｇのＩＴ投与の３時間後に動作していた場合、合計スコア０を得ることになる。別のラットは、３ｍｇのＩＴ投与の３時間後に尾を動かさなかったが、他の全ての評価された身体部分が動作していた場合、スコアは１を得ることになる。塩類処理ラットには、概して、０のスコアを与える。範囲の上端のスコアは、急性毒性を示唆する。結果を各治療群の平均スコアとして以下の表に示す。
動物を８週間目で屠殺した。各動物から皮質及び脊髄を採取し、ＲＴ−ＰＣＲを行った。ＡＩＦ１の発現レベルを、炎症の尺度として測定した。（ＧＦＡＰ）の発現レベルも、グリア細胞活性化の尺度として測定した。アスタリスクは、対応する結果が２〜３匹のマウスの平均であることを示す。結果をＧａｐｄｈに対して正規化し、以下の表のＰＢＳ対照（１．０）と比較して示す。
Figure 2018512127
実施例１４：非ヒト霊長類におけるヒトＣ９ＯＲＦ７２を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドの耐容性
雌性カニクイザル（２〜６ｋｇ）に、髄腔内ボーラス注射（１ｍＬの低速ボーラス、続いて０．２５ｍＬのフラッシュ）により、１、１４及び２８日目に３５ｍｇのアンチセンスオリゴヌクレオチドを３回投与した。各処置群には４匹のサルが含まれていた。最終投与の２週間後、動物を屠殺し、種々のＣＮＳ組織でＲＴ−ＰＣＲを行った。ＡＩＦ１の発現レベルを炎症の尺度として測定し、ＧＦＡＰの発現レベルをグリア細胞活性化の尺度として測定した。結果をＧＡＤＰＨに対して正規化し、ＩＳＩＳ番号８０１２８７、８０２４５９、及び８０６６７９について、以下の表のＰＢＳ対照（１．０）と比較して提示した。
Figure 2018512127

Claims (72)

  1. １２〜３０の連結したヌクレオシドからなる修飾オリゴヌクレオチドを含み、配列番号２２〜５５の核酸塩基配列のいずれかの、少なくとも８、少なくとも９、少なくとも１０、少なくとも１１、少なくとも１２、少なくとも１３、少なくとも１４、少なくとも１５、少なくとも１６、少なくとも１７、または少なくとも１８の連続した核酸塩基を含む核酸塩基配列を有する化合物。
  2. 前記修飾オリゴヌクレオチドの核塩基配列は、配列番号１または２に対して、少なくとも８０％、少なくとも８１％、少なくとも８２％、少なくとも８３％、少なくとも８４％、少なくとも８５％、少なくとも８６％、少なくとも８７％、少なくとも８８％、少なくとも８９％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％相補的である、請求項１に記載の化合物。
  3. 前記修飾オリゴヌクレオチドは一本鎖修飾オリゴヌクレオチドである、請求項１または２のいずれかに記載の化合物。
  4. 前記修飾オリゴヌクレオチドが、少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合を含む、請求項１〜３のいずれかに記載の化合物。
  5. 前記少なくとも１つの修飾ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項４に記載の化合物。
  6. 前記修飾オリゴヌクレオチドが、少なくとも１つのホスホジエステル結合を含む、請求項４及び５に記載の化合物。
  7. 各ヌクレオシド間結合がホスホロチオエートヌクレオシド間結合である、請求項４に記載の化合物。
  8. 少なくとも１つのヌクレオシドが修飾核酸塩基を含む、請求項１〜７のいずれかに記載の化合物。
  9. 前記修飾核酸塩基が５−メチルシトシンである、請求項８に記載の化合物。
  10. 少なくとも１つの修飾オリゴヌクレオチドのヌクレオシドが修飾糖を含む、請求項１〜９のいずれかに記載の化合物。
  11. 修飾オリゴヌクレオチドの各ヌクレオシドが修飾糖を含む、請求項１０に記載の化合物。
  12. 前記少なくとも１つの修飾糖が二環式糖である、請求項１０または１１に記載の化合物。
  13. 前記二環式糖が前記糖の４’位と２’位との間の化学架橋を含み、前記化学架橋は４’−ＣＨ（Ｒ）−Ｏ−２’及び４’−（ＣＨ２）２−Ｏ−２’から選択され、式中、Ｒは独立してＨ、Ｃ１−Ｃ６アルキル、及びＣ１−Ｃ６アルコキシである、請求項１２に記載の化合物。
  14. 前記化学架橋が４’−ＣＨ（Ｒ）−Ｏ−２’であり、Ｒがメチルである、請求項１３に記載の化合物。
  15. 前記化学架橋が４’−ＣＨ（Ｒ）−Ｏ−２’であり、ＲがＨである、請求項１３に記載の化合物。
  16. 前記化学架橋が４’−ＣＨ（Ｒ）−Ｏ−２’であり、Ｒが−ＣＨ２−Ｏ−ＣＨ３である、請求項１３に記載の化合物。
  17. 前記少なくとも１つの修飾糖が２’−Ｏ−メチルエチル基を含む、請求項１０または１１に記載の化合物。
  18. 前記修飾オリゴヌクレオチドがギャップマーである、請求項１〜１０または１２〜１６のいずれかに記載の化合物。
  19. 前記ギャップマーは３−８−７ ＭＯＥギャップマー、３−１０−７ ＭＯＥギャップマー、４−８−６ＭＯＥギャップマー、４−１０−６ ＭＯＥギャップマー、６−１０−４ ＭＯＥギャップマー、６−８−４ＭＯＥギャップマー、７−８−３ＭＯＥギャップマー、または７−１０−３ ＭＯＥギャップマーのいずれかである、請求項１８に記載の化合物。
  20. 前記修飾オリゴヌクレオチドは、次のいずれかのパターン：ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｏｓｓ， ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓ， ｓｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓ， ｓｏｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓ， ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｓｓ， ｓｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓ， ｓｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓ， ｓｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｓｓ， ｓｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｓｓ， ｓｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｏｏｏｏｓｓ， ｏｒ ｓｏｏｏｏｏｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓｓでヌクレオシド間結合を含み、式中、
    ｓ＝ホスホロチオエート結合、及び、
    ｏ＝ホスホジエステル結合である、請求項５に記載の化合物。
  21. 先行請求項のいずれかに記載の化合物またはその塩及び薬学的に許容される担体または希釈剤の少なくとも一方を含む組成物。
  22. Ｃ９ＯＲＦ７２アンチセンス転写産物特異的阻害剤をさらに含む、請求項１９に記載の組成物。
  23. 前記Ｃ９ＯＲＦ７２アンチセンス転写産物特異的阻害剤はアンチセンス化合物である、請求項２０に記載の組成物。
  24. 前記アンチセンス化合物が修飾オリゴヌクレオチドである、請求項２１に記載の組成物。
  25. 前記修飾オリゴヌクレオチドが一本鎖である、請求項２２に記載の組成物。
  26. 前記修飾オリゴヌクレオチドがＣ９ＯＲＦ７２アンチセンス転写産物に対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９１％、少なくとも９２％、少なくとも９３％、少なくとも９４％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または少なくとも１００％相補的である核酸塩基配列を有する、請求項２２または２３に記載の組成物。
  27. 前記Ｃ９ＯＲＦ７２アンチセンス転写産物は、配列番号１８の核酸塩基配列を有する、請求項２４に記載の組成物。
  28. 先行請求項のいずれかに記載の化合物または組成物を動物に投与することを含む、方法。
  29. 前記動物がヒトである、請求項２６に記載の方法。
  30. 前記化合物の投与が、Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患を予防する、治療する、改善する、またはその進行を遅延させる、請求項２６及び２７に記載の方法。
  31. 前記Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患がヘキサヌクレオチド反復伸長によって引き起こされる、請求項２８に記載の方法。
  32. 前記Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型痴呆（ＦＴＤ）、大脳皮質基底核変性症症候群（ＣＢＤ）、非定型パーキンソン症候群、及びオリーブ橋小脳変性症（ＯＰＣＤ）である、請求項２８に記載の方法。
  33. 前記投与が核内フォーカスを減少させる、請求項２６〜３０に記載の方法。
  34. 前記投与が、Ｃ９ＯＲＦ７２関連ＲＡＮ翻訳産物の発現を減少させる、請求項２６〜３１に記載の方法。
  35. 前記Ｃ９ＯＲＦ７２関連のＲＡＮ翻訳産物は、ポリ（グリシン−プロリン）、ポリ（グリシン−アラニン）、及びポリ（グリシン−アルギニン）のいずれかである、請求項３２に記載の方法。
  36. 神経変性疾患を治療するための医薬品の製造のための、請求項１〜３３のいずれかに記載の化合物または組成物の使用。
  37. 以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドまたはその塩からなる化合物。
    Figure 2018512127
  38. 以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドのナトリウム塩からなる組成物。
    Figure 2018512127
  39. 以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドまたはその塩からなる化合物。
    Figure 2018512127
  40. 以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドのナトリウム塩からなる組成物。
    Figure 2018512127
  41. 以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドまたはその塩からなる化合物。
    Figure 2018512127
  42. 以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドのナトリウム塩からなる組成物。
    Figure 2018512127
  43. 以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドまたはその塩からなる化合物。
    Figure 2018512127
  44. 以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドのナトリウム塩からなる組成物。
    Figure 2018512127
  45. 哺乳類におけるヒトＣ９ＯＲＦ７２ ｍＲＮＡまたはタンパク質発現を減少させることができる、請求項１〜２５または３５〜４２のいずれかに記載の化合物または組成物。
  46. 筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型痴呆（ＦＴＤ）、大脳皮質基底核変性症症候群（ＣＢＤ）、非定型パーキンソン症候群、またはオリーブ橋小脳変性症（ＯＰＣＤ）のいずれかの少なくとも１つの症状を改善することができる、請求項１〜２５または３５〜４２のいずれかに記載の化合物または組成物。
  47. ＡＬＳの症状が運動障害、不安、及び脱神経のいずれかである、請求項４４に記載の化合物または組成物。
  48. 疾患の進行を遅延させることができる、請求項１〜２５または３５〜４２のいずれかに記載の化合物または組成物。
  49. 生存期間を延長することができる、請求項１〜２５または３５〜４２のいずれかに記載の化合物または組成物。
  50. Ｃ９ＯＲＦ７２関連ＲＡＮ翻訳産物を減少させることができる、請求項１〜２５または３５〜４２のいずれかに記載の化合物または組成物。
  51. Ｃ９ＯＲＦ７２病原性関連ｍＲＮＡ変異体を選択的に減少させることができる、請求項１〜２５または３５〜４２のいずれかに記載の化合物または組成物。
  52. 核内フォーカスを減少させることができる、請求項１〜２５または３５〜４２のいずれかに記載の化合物または組成物。
  53. 以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドまたはその塩からなる化合物。
    Figure 2018512127
  54. 請求項５１に記載の化合物を動物に投与することを含む方法。
  55. 前記動物がヒトである、請求項５２に記載の方法。
  56. 前記投与がＣ９ＯＲＦ７２を阻害する、請求項５３に記載の方法。
  57. 前記投与が、Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患を予防する、治療する、改善する、またはその進行を遅延させる、請求項５３に記載の方法。
  58. 前記Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患がヘキサヌクレオチド反復伸長によって引き起こされる、請求項５５に記載の方法。
  59. 前記Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型痴呆（ＦＴＤ）、大脳皮質基底核変性症症候群（ＣＢＤ）、非定型パーキンソン症候群、またはオリーブ橋小脳変性症（ＯＰＣＤ）のいずれかである、請求項５５に記載の方法。
  60. 前記投与が核内フォーカスを減少させる、請求項５３に記載の方法。
  61. 前記投与が、Ｃ９ＯＲＦ７２関連ＲＡＮ翻訳産物の発現を減少させる、請求項５３に記載の方法。
  62. 前記Ｃ９ＯＲＦ７２関連のＲＡＮ翻訳産物は、ポリ（グリシン−プロリン）、ポリ（グリシン−アラニン）、及びポリ（グリシン−アルギニン）のいずれかである、請求項５９に記載の方法。
  63. 以下の式に従う修飾オリゴヌクレオチドのナトリウム塩からなる組成物。
    Figure 2018512127
  64. 請求項６０に記載の組成物を動物に投与することを含む、方法。
  65. 前記動物がヒトである、請求項６２に記載の方法。
  66. 前記投与がＣ９ＯＲＦ７２を阻害する、請求項６３に記載の方法。
  67. 前記投与が、Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患を予防する、治療する、改善する、またはその進行を遅延させる、請求項６２に記載の方法。
  68. 前記Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患がヘキサヌクレオチド反復伸長によって引き起こされる、請求項６５に記載の方法。
  69. 前記Ｃ９ＯＲＦ７２関連疾患は、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）、前頭側頭型痴呆（ＦＴＤ）、大脳皮質基底核変性症症候群（ＣＢＤ）、非定型パーキンソン症候群、またはオリーブ橋小脳変性症（ＯＰＣＤ）のいずれかである、請求項６５に記載の方法。
  70. 前記投与が核内フォーカスを減少させる、請求項６３に記載の方法。
  71. 前記投与が、Ｃ９ＯＲＦ７２関連ＲＡＮ翻訳産物の発現を減少させる、請求項６３に記載の方法。
  72. 前記Ｃ９ＯＲＦ７２関連のＲＡＮ翻訳産物は、ポリ（グリシン−プロリン）、ポリ（グリシン−アラニン）、及びポリ（グリシン−アルギニン）のいずれかである、請求項６９に記載の方法。
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