CN115747368A - 芒果细菌性角斑病抗性基因的kasp标记及应用 - Google Patents
芒果细菌性角斑病抗性基因的kasp标记及应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN115747368A CN115747368A CN202211286279.5A CN202211286279A CN115747368A CN 115747368 A CN115747368 A CN 115747368A CN 202211286279 A CN202211286279 A CN 202211286279A CN 115747368 A CN115747368 A CN 115747368A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- forward primer
- primer
- mango
- leaf spot
- seq
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 235000014826 Mangifera indica Nutrition 0.000 title claims abstract description 60
- 235000004936 Bromus mango Nutrition 0.000 title claims abstract description 59
- 235000009184 Spondias indica Nutrition 0.000 title claims abstract description 59
- 239000003550 marker Substances 0.000 title claims abstract description 44
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 title claims abstract description 41
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 title claims abstract description 15
- 240000007228 Mangifera indica Species 0.000 title description 2
- 241001093152 Mangifera Species 0.000 claims abstract description 58
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 claims abstract description 6
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 claims description 18
- 150000007523 nucleic acids Chemical group 0.000 claims description 18
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 claims description 16
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 15
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 claims description 12
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 claims description 8
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 8
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 4
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims description 4
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 4
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 claims description 2
- 238000001816 cooling Methods 0.000 claims description 2
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 2
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 2
- 238000003149 assay kit Methods 0.000 claims 1
- 238000009395 breeding Methods 0.000 abstract description 10
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 abstract description 10
- 238000012216 screening Methods 0.000 abstract description 2
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 13
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 13
- 238000000605 extraction Methods 0.000 description 6
- 239000000463 material Substances 0.000 description 6
- LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M Cetrimonium bromide Chemical compound [Br-].CCCCCCCCCCCCCCCC[N+](C)(C)C LZZYPRNAOMGNLH-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 5
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 5
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 4
- 102000002812 Heat-Shock Proteins Human genes 0.000 description 4
- 108010004889 Heat-Shock Proteins Proteins 0.000 description 4
- 101100232072 Ipomoea nil HSP83A gene Proteins 0.000 description 4
- KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N L-valine Chemical compound CC(C)[C@H](N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-BYPYZUCNSA-N 0.000 description 4
- KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N Valine Natural products CC(C)C(N)C(O)=O KZSNJWFQEVHDMF-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 4
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 4
- 239000003147 molecular marker Substances 0.000 description 4
- 239000004474 valine Substances 0.000 description 4
- 208000035240 Disease Resistance Diseases 0.000 description 3
- ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N L-leucine Chemical compound CC(C)C[C@H](N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-YFKPBYRVSA-N 0.000 description 3
- ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N Leucine Natural products CC(C)CC(N)C(O)=O ROHFNLRQFUQHCH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 3
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 2
- 229910000831 Steel Inorganic materials 0.000 description 2
- 241000589655 Xanthomonas citri Species 0.000 description 2
- 238000000246 agarose gel electrophoresis Methods 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 235000013399 edible fruits Nutrition 0.000 description 2
- 239000011536 extraction buffer Substances 0.000 description 2
- 238000001917 fluorescence detection Methods 0.000 description 2
- 238000000227 grinding Methods 0.000 description 2
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 2
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 2
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 2
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 description 2
- 239000010959 steel Substances 0.000 description 2
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 1
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000035143 Bacterial infection Diseases 0.000 description 1
- 208000032544 Cicatrix Diseases 0.000 description 1
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 1
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 1
- 230000000844 anti-bacterial effect Effects 0.000 description 1
- 208000022362 bacterial infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 244000052616 bacterial pathogen Species 0.000 description 1
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 1
- 238000013461 design Methods 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 208000022602 disease susceptibility Diseases 0.000 description 1
- 238000010201 enrichment analysis Methods 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 description 1
- 238000011160 research Methods 0.000 description 1
- 231100000241 scar Toxicity 0.000 description 1
- 230000037387 scars Effects 0.000 description 1
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
- Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
- Y02A—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE
- Y02A50/00—TECHNOLOGIES FOR ADAPTATION TO CLIMATE CHANGE in human health protection, e.g. against extreme weather
- Y02A50/30—Against vector-borne diseases, e.g. mosquito-borne, fly-borne, tick-borne or waterborne diseases whose impact is exacerbated by climate change
Landscapes
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明提供了芒果细菌性角斑病抗性基因的KASP标记及其应用，涉及分子育种技术领域，该KASP标记位于芒果15号染色体第1,299,510位碱基，碱基多态性为G/A。本发明提供的KASP标记与芒果的细菌性角斑病抗性表现显著相关，与表型吻合度高、鉴定准确率高，可用于抗细菌性角斑病的芒果品种快速筛选和育种中。
Description
技术领域
本发明涉及分子育种技术领域，尤其涉及一种芒果细菌性角斑病抗性基因的KASP标记及其应用、抗细菌性角斑病芒果品种的鉴定方法及鉴定试剂盒。
背景技术
芒果(Mangifera indica Linn.)是一种多年生果树，原产于印度和东南亚，生长在热带和亚热带地区。细菌性角斑病(Xanthomonas citri pv.mangiferaeindicae)是由柑橘黄单胞菌芒果致病变种所引起的一种严重的细菌性病害，分布广泛，发病时危害树梢、树叶以及芒果果实，造成芒果落叶、果面疤痕密布，树枝呈斑点状溃烂。严重危害着芒果的生产和发展，每年导致芒果产量损失40％至80％。目前针对植物病害，进行抗病育种仍是最为经济有效的方式。开发和筛选出与芒果细菌性角斑病抗性基因连锁的分子标记，用于不同芒果品种(系)抗病性检测，能够为芒果细菌性角斑病抗性鉴定和芒果抗病育种提供准确快速的研究方法，确保我国芒果产业可持续发展的重大需求，也可为分子标记辅助选择及分子育种改良芒果抗病性提供重要的参考依据。
发明内容
为了解决上述问题，本发明提供了一种可快速有效鉴定芒果细菌性角斑病抗性基因的KASP标记及其应用和鉴定试剂盒，该KASP标记与芒果的细菌性角斑病抗性表现显著相关，与表型吻合度高、鉴定准确率高，可用于抗细菌性角斑病的芒果品种快速筛选和育种中。
为了实现上述目的，本发明的第一方面提供了一种芒果细菌性角斑病抗性基因的KASP标记，该KASP标记位于芒果15号染色体第1,299,510位碱基，碱基多态性为G/A，由亮氨酸变为缬氨酸，位于HSP83A(热休克蛋白)基因的编码区。抗细菌性角斑病芒果品种的KASP标记为“A”，非抗细菌性角斑病芒果品种的KASP标记位点为“G”。
在本发明的一些具体实施方式中，携带所述的KASP标记的核苷酸序列如SEQ IDNO.1或SEQ ID NO.2所示：
抗病材料‘热农1号’携带所述KASP标记的序列如SEQ ID NO.1(339bp)所示：
CAGACACCACAACTTTCTCTACTTTGTCCCCCAGAATTTCCTTGATTGTCTTACACAGGTTCTCAAAGGACTTCTTCTTTTCCTCCTTTTTCTGCTTATCTTCCTCATCTTCATCAAGCTTTAGCCCTTCTTTGGTGGCCGAAACCAGCTTCTTACCATCATACTCCTTCAATTGACCAACAACATACTCATCAATGGCATCCACCATGTACAGCACTTCATATCCCTTCTTCTTGAGCTTCTCGAGGAAAGGAGAATTCTCAACAGCTTTCTTACTTTCACCAGTGATGTAGTAGATATCCTTTTGGCCCTCCTTCATCCTTGTAACATAGTCTTTC；
其中的第184位为所述KASP标记，多态性为“A”；
感病材料‘凯特’携带所述KASP标记的序列如SEQ ID NO.2(352bp)所示：
CAACAATCCTATCAGACACCACAACTTTCTCTATTTTGTCCCCCAGAATTTCCTTGATTGTCTTGCACAGGTTCTCAAAGGACTTCTTCTTTTCCTCCTTTTTCTGCTTATCTTCCTCATCTTCATCAAGCTTTAGCCCTTCTTTGGTGGCCGAAACCAGCTTCTTACCATCATACTCCTTCAATTGACCAACAGCATACTCATCAATGGCATCCACCATGTACAGCACTTCATATCCCTTCTTCTTGAGCTTCTCGAGGAAAGGAGAATTCTCAACAGCTTTCTTACTTTCACCAGTGATGTAGTAGATATCCTTTTGGCCCTCCTTCATCCTTGTAACATAGTCTTTCA；
其中的第196位为所述KASP标记，多态性为“G”。
本发明的第二方面提供了上述技术方案所述KASP标记在鉴定抗细菌性角斑病的芒果品种中的应用。具体的，所述鉴定可以在芒果品种选育中使用。
本发明的第三方提供了一种抗细菌性角斑病的芒果品种鉴定方法，包括以下步骤：
(1)提取待测样本DNA；
(2)利用可包含前述技术方案所述KASP标记的引物组，对待测样本DNA进行PCR扩增，得到扩增产物；
所述引物组中包括第一正向引物、第二正向引物和通用反向引物，第一正向引物可扩增包括KASP标记为A时的序列、第二正向引物可扩张包括KASP标记为G时的序列；第一正向引物、第二正向引物均设置有可与荧光标记结合的特异性序列，第一正向引物、第二正向引物且可结合的荧光标记不同；
(3)使扩增产物与荧光标记结合，检测荧光标记；
若检测到可与第一正向引物结合的荧光，则待测样本的KASP标记多态性为A，鉴定为抗细菌性角斑病的芒果品种；
若若检测到可与第二正向引物结合的荧光，则待测样本的KASP标记多态性为G，鉴定为抗细菌性角斑病的芒果品种。
优选地，步骤(2)所述的引物组包括：
第一正向引物F1：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTAGCTGCTACACACTCGGCCT，核酸序列如SEQ ID NO.3所示；携带有可与HEX荧光标记结合的特异性序列；
第二正向引物F2：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTAGCTGCTACACACTCGGCCC，核酸序列如SEQ ID NO.4所示；携带有可与FAM荧光标记结合的特异性序列；
通用反向引物R：GCTGGGGAAAGTTGTTCAATATG，核酸序列如SEQ ID NO.5所示。
上述引物组中的特异性序列部分仅为示例，本领域技术人员可以根据需要选择或设计可与荧光标记结合的特异性序列。
优选地，步骤(2)所述PCR扩增反应体系包括：待测样本DNA1μL，PARMSMix3μL，引物组0.45μL和ddH2O1.5μL；
其中，引物组中的第一正向引物、第二正向引物和通用反向引物体积比为1:1:2。
优选地，步骤(2)所述PCR扩增反应程序依次为：94℃15min；94℃20s，65℃1min，10个循环，降温速度为-0.7℃/循环；94℃20s，57℃1min，30-35个循环；35℃1min。
优选地，所述待测样本为纯合子。
本发明的第四方面提供了一种抗细菌性角斑病的芒果品种的鉴定试剂盒，包括用于鉴定的引物组，所述引物组包括：
第一正向引物：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTAGCTGCTACACACTCGGCCT，核酸序列如SEQID NO.3所示；
第二正向引物：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTAGCTGCTACACACTCGGCCC，核酸序列如SEQID NO.4所示；
通用反向引物：GCTGGGGAAAGTTGTTCAATATG，核酸序列如SEQ ID NO.5所示。
优选地，还包括DNA提取试剂、PCR扩增试剂、HEX荧光标记和FAM荧光标记中的一种或多种。
与现有技术相比，本发明的有益效果：
本发明通过细菌性角斑病高抗品种‘热农1号’和高感品种‘凯特’的转录组和重测序分析进行基因功能富集分析筛选获得86个抗病相关KASP标记，根据已发表的25个芒果抗性表型鉴定结果，发现其中一个在15号染色体1,299,510bp处鉴定到了一个芒果细菌性角斑病抗性显著关联的多态性位点，该位点存在于HSP83A(热休克蛋白)基因的编码区，在高感材料‘凯特’为鸟嘌呤(G)，而在高抗材料‘热农1号’中突变为了腺嘌呤(A),由亮氨酸变为缬氨酸。经群体验证，根据表型五种类型高抗(1个)、中抗(1个)、中感(10个)，感病(9个)和高感(4个)五种类型间对细菌性角斑病菌的抗性反应(病情指数)差异达到极显著水平，开发出的KASP标记能将25个单株划分成2类，抗病品种(2个)和感病品种(23个)，能从基因型水平有效区分抗感材料。将上述开发的KASP标记应用在采集的320个自然群体的芒果品种中，发现36个抗病品种，284个感病品种。本发明所提供的分子标记可以作为芒果抗细菌性角斑病育种标记辅助选择，为培育遗传稳定的抗细菌性角斑病芒果新品种提供新的分子标记。
附图说明
图1是开发的KASP标记对25份芒果分型图；
图2是基于KASP标记320个自然群群体分型图。
具体实施方式
下面结合实施例对本发明提供的技术方案进行详细的说明，显然，所描述的实施例仅是本申请一部分实施方式，而不是全部的实施方式。需要说明的是，基于本发明中的这些实施例，本领域普通技术人员所获得的所有其他实施例，都属于本申请保护的范围。
实施例1
本实施例用来说明KASP标记在鉴定芒果细菌性角斑病抗性中的应用。
一、待测样本
25个待测的芒果样品信息如表1所示：
表1
二、鉴定过程
1.KASP标记信息：
芒果细菌性角斑病抗性基因的KASP标记，该KASP标记位于芒果15号染色体第1,299,510位碱基，碱基多态性为G/A，位于HSP83A(热休克蛋白)基因的编码区，由亮氨酸变为缬氨酸。抗细菌性角斑病芒果品种的KASP标记为“A”，非抗细菌性角斑病芒果品种的KASP标记位点为“G”。
2.KASP标记引物组：
第一正向引物：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTAGCTGCTACACACTCGGCCT，核酸序列如SEQID NO.3所示；
第二正向引物：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTAGCTGCTACACACTCGGCCC，核酸序列如SEQID NO.4所示；
通用反向引物：GCTGGGGAAAGTTGTTCAATATG，核酸序列如SEQ ID NO.5所示。
3.提取叶片DNA
采用CTAB法提取320个自然群体的叶片总DNA。方法为：取单株幼叶放于2mL离心管中，加入两粒钢珠，750uLCTAB提取缓冲溶液(60℃预热)，研磨机60HZ/90s研磨，65℃放置30分钟，中间每5分钟缓慢摇匀1次，采用CTAB快速提取DNA试剂盒完成DNA的提取。用0.8％琼脂糖凝胶电泳检测其纯度，分光光度计检测其浓度。最终稀释成50ng/uL的浓度，-20℃储存备用。
4.PCR及实时定量荧光检测
：PCR反应体系为6μL，包含1μL提取的样品DNA，3μL PARMS Mix，0.45μL PrimerMix(引物组中的第一正向引物、第二正向引物和通用反向引物体积比为1:1:2)和1.5μL ddH2O，。
Touch down反应体系为94℃15min；94℃20s，65℃1min(-0.7℃/循环)，10个循环；94℃20s，57℃1min，30～35个循环；35℃1min。
扩增产物利用Applied BiosystemsTM QuantStudioTM 6进行终点信号读取，并且利用其自带软件进行SNP分型，黑色为阴性对照，红色荧光表示感病基因型，绿色荧光表示中间型，蓝色表示抗病型(具体的荧光信号颜色可根据实验需要选择)。
三、实验结果
结果如图1所示，利用本发明提供的KASP标记对25份芒果样品进行细菌性角斑病抗性的鉴定，能将25个单株划分成2类，抗病品种(2个)和感病品种(23个)，能从基因型水平有效区分抗感材料。
实施例2
本实施例用来说明KASP标记在鉴定芒果细菌性角斑病抗性中的应用。
一、待测样本
待测的320个芒果样品均采集自云南华坪，繁殖方式均为嫁接，品种信息如表2所示：
表2
二、鉴定过程
1.KASP标记信息：
芒果细菌性角斑病抗性基因的KASP标记，该KASP标记位于芒果15号染色体第1,299,510位碱基，碱基多态性为G/A，位于HSP83A(热休克蛋白)基因的编码区，由亮氨酸变为缬氨酸。抗细菌性角斑病芒果品种的KASP标记为“A”，非抗细菌性角斑病芒果品种的KASP标记位点为“G”。
2.KASP标记引物组：
第一正向引物：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTAGCTGCTACACACTCGGCCT，核酸序列如SEQID NO.3所示；
第二正向引物：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTAGCTGCTACACACTCGGCCC，核酸序列如SEQID NO.4所示；
通用反向引物：GCTGGGGAAAGTTGTTCAATATG，核酸序列如SEQ ID NO.5所示。
3.提取叶片DNA
采用CTAB法提取320个自然群体的叶片总DNA。方法为：取单株幼叶放于2mL离心管中，加入两粒钢珠，750uL CTAB提取缓冲溶液(60℃预热)，研磨机60HZ/90s研磨，65℃放置30分钟，中间每5分钟缓慢摇匀1次，采用CTAB快速提取DNA试剂盒完成DNA的提取。用0.8％琼脂糖凝胶电泳检测其纯度，分光光度计检测其浓度。最终稀释成50ng/uL的浓度，-20℃储存备用。
4.PCR及实时定量荧光检测
：PCR反应体系为6μL，包含1μL提取的样品DNA，3μL PARMS Mix，0.45μL PrimerMix(引物组中的第一正向引物、第二正向引物和通用反向引物体积比为1:1:2)和1.5μL ddH2O，。
Touch down反应体系为94℃15min；94℃20s，65℃1min(-0.7℃/循环)，10个循环；94℃20s，57℃1min，30～35个循环；35℃1min。
扩增产物利用Applied BiosystemsTM QuantStudioTM 6进行终点信号读取，并且利用其自带软件进行SNP分型，黑色为阴性对照，红色荧光表示感病基因型，绿色荧光表示中间型，蓝色表示抗病型(具体的荧光信号颜色可根据实验需要选择)。
三、实验结果
结果如图2所示，利用本发明提供的KASP标记对320份自然群体的芒果样品进行细菌性角斑病抗性的鉴定，发现36个抗病品种，284个感病品种。
以上所述仅是本发明的优选实施方式，应当指出，对于本技术领域的普通技术人员来说，在不脱离本发明原理的前提下，还可以作出若干改进和润饰，这些改进和润饰也应视为本发明的保护范围。
Claims (10)
1.一种芒果细菌性角斑病抗性基因的KASP标记，其特征在于，该KASP标记位于芒果15号染色体第1,299,510位碱基，碱基多态性为G/A。
2.根据权利要求1所述的KASP标记，其特征在于，包括权利要求1所述的KASP标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1或SEQ ID NO.2所示：
SEQ ID NO.1：
CAGACACCACAACTTTCTCTACTTTGTCCCCCAGAATTTCCTTGATTGTCTTACACAGGTTCTCAAAGGACTTCTTCTTTTCCTCCTTTTTCTGCTTATCTTCCTCATCTTCATCAAGCTTTAGCCCTTCTTTGGTGGCCGAAACCAGCTTCTTACCATCATACTCCTTCAATTGACCAACAACATACTCATCAATGGCATCCACCATGTACAGCACTTCATATCCCTTCTTCTTGAGCTTCTCGAGGAAAGGAGAATTCTCAACAGCTTTCTTACTTTCACCAGTGATGTAGTAGATATCCTTTTGGCCCTCCTTCATCCTTGTAACATAGTCTTTC；
其中的第184位为权利要求1所述的KASP标记；
SEQ ID NO.2：
CAACAATCCTATCAGACACCACAACTTTCTCTATTTTGTCCCCCAGAATTTCCTTGATTGTCTTGCACAGGTTCTCAAAGGACTTCTTCTTTTCCTCCTTTTTCTGCTTATCTTCCTCATCTTCATCAAGCTTTAGCCCTTCTTTGGTGGCCGAAACCAGCTTCTTACCATCATACTCCTTCAATTGACCAACAGCATACTCATCAATGGCATCCACCATGTACAGCACTTCATATCCCTTCTTCTTGAGCTTCTCGAGGAAAGGAGAATTCTCAACAGCTTTCTTACTTTCACCAGTGATGTAGTAGATATCCTTTTGGCCCTCCTTCATCCTTGTAACATAGTCTTTCA；
其中的第196位为权利要求1所述的KASP标记。
3.权利要求1或2所述KASP标记在鉴定抗细菌性角斑病的芒果品种中的应用。
4.一种抗细菌性角斑病的芒果品种鉴定方法，包括以下步骤：
(1)提取待测样本DNA；
(2)利用可包含权利要求1或2所述KASP标记的引物组，对待测样本DNA进行PCR扩增，得到扩增产物；
所述引物组中包括第一正向引物、第二正向引物和通用反向引物，第一正向引物可扩增包括KASP标记为A时的序列、第二正向引物可扩张包括KASP标记为G时的序列；第一正向引物、第二正向引物均设置有可与荧光标记结合的特异性序列，第一正向引物、第二正向引物且可结合的荧光标记不同；
(3)使扩增产物与荧光标记结合，检测荧光标记；
若检测到可与第一正向引物结合的荧光，则待测样本的KASP标记多态性为A，鉴定为抗细菌性角斑病的芒果品种；
若若检测到可与第二正向引物结合的荧光，则待测样本的KASP标记多态性为G，鉴定为感细菌性角斑病的芒果品种。
5.根据权利要求4所述的鉴定方法，其特征在于，步骤(2)所述的引物组包括：
第一正向引物：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTAGCTGCTACACACTCGGCCT，核酸序列如SEQ IDNO.3所示；
第二正向引物：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTAGCTGCTACACACTCGGCCC，核酸序列如SEQ IDNO.4所示；
通用反向引物：GCTGGGGAAAGTTGTTCAATATG，核酸序列如SEQ ID NO.5所示。
6.根据权利要求4所述的鉴定方法，其特征在于，步骤(2)所述PCR扩增反应体系包括：待测样本DNA 1μL，PARMS Mix 3μL，引物组0.45μL和dd H2O 1.5μL；
其中，引物组中的第一正向引物、第二正向引物和通用反向引物体积比为1:1:2。
7.根据权利要求4或6所述的鉴定方法，其特征在于，步骤(2)所述PCR扩增反应程序依次为：94℃15min；94℃20s，65℃1min，10个循环，降温速度为-0.7℃/循环；94℃20s，57℃1min，30-35个循环；35℃1min。
8.根据权利要求4所述的鉴定方法，其特征在于，所述待测样本为纯合子。
9.一种抗细菌性角斑病的芒果品种的鉴定试剂盒，其特征在于，包括用于鉴定的引物组，所述引物组包括：
第一正向引物：GAAGGTCGGAGTCAACGGATTAGCTGCTACACACTCGGCCT，核酸序列如SEQ IDNO.3所示；
第二正向引物：GAAGGTGACCAAGTTCATGCTAGCTGCTACACACTCGGCCC，核酸序列如SEQ IDNO.4所示；
通用反向引物：GCTGGGGAAAGTTGTTCAATATG，核酸序列如SEQ ID NO.5所示。
10.根据权利要求8所述的鉴定试剂盒，其特征在于，还包括DNA提取试剂、PCR扩增试剂、HEX荧光标记和FAM荧光标记中的一种或多种。
Priority Applications (2)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202211286279.5A CN115747368A (zh) | 2022-10-20 | 2022-10-20 | 芒果细菌性角斑病抗性基因的kasp标记及应用 |
| CN202311341109.7A CN117210606B (zh) | 2022-10-20 | 2023-10-17 | 芒果细菌性角斑病抗性基因的kasp标记及应用 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202211286279.5A CN115747368A (zh) | 2022-10-20 | 2022-10-20 | 芒果细菌性角斑病抗性基因的kasp标记及应用 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN115747368A true CN115747368A (zh) | 2023-03-07 |
Family
ID=85352388
Family Applications (2)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202211286279.5A Pending CN115747368A (zh) | 2022-10-20 | 2022-10-20 | 芒果细菌性角斑病抗性基因的kasp标记及应用 |
| CN202311341109.7A Active CN117210606B (zh) | 2022-10-20 | 2023-10-17 | 芒果细菌性角斑病抗性基因的kasp标记及应用 |
Family Applications After (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202311341109.7A Active CN117210606B (zh) | 2022-10-20 | 2023-10-17 | 芒果细菌性角斑病抗性基因的kasp标记及应用 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (2) | CN115747368A (zh) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN118308510A (zh) * | 2024-02-02 | 2024-07-09 | 中国热带农业科学院南亚热带作物研究所 | 与芒果炭疽病抗性相关的snp位点、kasp标记引物及其应用 |
Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN110241245A (zh) * | 2019-06-25 | 2019-09-17 | 河北省农林科学院经济作物研究所 | 检测黄瓜细菌性角斑病基因的kasp引物及其应用 |
| CN111455077A (zh) * | 2020-04-23 | 2020-07-28 | 中国热带农业科学院南亚热带作物研究所 | 芒果细菌性角斑病菌内参基因、引物、筛选方法及应用 |
Family Cites Families (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN114480699B (zh) * | 2021-12-20 | 2023-07-07 | 江汉大学 | 用于芒果品种鉴定的mnp标记位点、引物组合物和试剂盒及其应用 |
| CN114891809B (zh) * | 2022-04-25 | 2023-05-05 | 中国热带农业科学院南亚热带作物研究所 | 谷胱甘肽s转移酶基因在提高芒果维生素c含量中的应用 |
-
2022
- 2022-10-20 CN CN202211286279.5A patent/CN115747368A/zh active Pending
-
2023
- 2023-10-17 CN CN202311341109.7A patent/CN117210606B/zh active Active
Patent Citations (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN110241245A (zh) * | 2019-06-25 | 2019-09-17 | 河北省农林科学院经济作物研究所 | 检测黄瓜细菌性角斑病基因的kasp引物及其应用 |
| CN111455077A (zh) * | 2020-04-23 | 2020-07-28 | 中国热带农业科学院南亚热带作物研究所 | 芒果细菌性角斑病菌内参基因、引物、筛选方法及应用 |
Non-Patent Citations (2)
| Title |
|---|
| CRIS Q. CORTAGA等: "Genome-wide SNP and InDel analysis of three Philippine mango species inferred from whole-genome sequencing", JOURNAL OF GENETIC ENGINEERING AND BIOTECHNOLOGY * |
| 徐志豪等: "基于全基因重测序的芒果细菌性角斑病抗性相关SNP 分析", 《分子植物育种》网络首发论文 * |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN118308510A (zh) * | 2024-02-02 | 2024-07-09 | 中国热带农业科学院南亚热带作物研究所 | 与芒果炭疽病抗性相关的snp位点、kasp标记引物及其应用 |
Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| CN117210606A (zh) | 2023-12-12 |
| CN117210606B (zh) | 2024-08-06 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN109706263B (zh) | 与小麦抗条锈病基因QYr.sicau-1B-1连锁的SNP分子标记与应用 | |
| Lacis et al. | Assessment of genetic diversity of Latvian and Swedish sweet cherry (Prunus avium L.) genetic resources collections by using SSR (microsatellite) markers | |
| Sivaranjani et al. | Assessment of genetic diversity among basmati and non-basmati aromatic rices of India using SSR markers | |
| Wang et al. | Analysis of genetic relationships and identification of flowering-mei cultivars using EST-SSR markers developed from apricot and fruiting-mei | |
| CN117210606B (zh) | 芒果细菌性角斑病抗性基因的kasp标记及应用 | |
| KR101269311B1 (ko) | 심비디움 속 식물에서 유래한 ｓｓｒ 프라이머 및 이의 용도 | |
| CN107190089B (zh) | 利用分子标记对3种草莓品种进行快速鉴别的方法 | |
| KR102287539B1 (ko) | 물들메나무의 유전다양성 분석용 초위성체 마커 조성물 및 이를 이용하는 방법 | |
| CN101880725B (zh) | 转cry2A基因水稻品系T2A-1的PCR检测方法及其应用 | |
| CN112725518A (zh) | 基于水稻稻瘟病抗性基因Pid2编码区SNP突变的PARMS标记与应用 | |
| KR20160095212A (ko) | 쥬빌리계 수박 호피 무늬 형질 선발용 dna 마커 | |
| CN116200528B (zh) | 与小麦抗条锈病基因QYr.sicau.-2BL连锁的SNP分子标记及应用 | |
| CN113637790B (zh) | 抗条锈病基因YrAS2388R的KASP分子标记及引物、试剂盒和应用 | |
| KR101699518B1 (ko) | 인삼 품종 금풍과 황숙 재래종을 판별하기 위한 프라이머 세트 및 이의 용도 | |
| KR101006079B1 (ko) | 마늘에서 유래된 ｓｓｒ 프라이머 및 이의 용도 | |
| KR100490483B1 (ko) | 무사마귀병 내성 식물의 효과적 선발을 위한 유전자 마커,프라이머 키트 및 무사마귀병 내성 식물의 선발 방법 | |
| KR102273447B1 (ko) | 무 자원을 판별하기 위한 kasp 분석용 snp 마커 세트 및 이의 용도 | |
| CN118308510A (zh) | 与芒果炭疽病抗性相关的snp位点、kasp标记引物及其应用 | |
| CN115772579B (zh) | 一种茄子抗青枯病性状紧密连锁的snp分子标记及其应用 | |
| CN114908183B (zh) | 一种鉴定黄瓜黑星病抗性的方法及snp专用引物组和应用 | |
| KR102429948B1 (ko) | 초위성체 마커를 이용한 산겨릅나무의 개체 식별 방법 | |
| CN112980985B (zh) | 鉴定或筛选甘蓝杂种致死亲本类型1的pcr引物组及应用 | |
| KR102477985B1 (ko) | 주요 국산 밀 보급종 7종 (새금강, 백강, 고소, 수안, 백중, 조경, 및 금강)의 품종 판별을 위한 다중 snp 프라이머 세트 및 이의 용도 | |
| KR102291826B1 (ko) | 잔디품종 및 제초제 저항성 유전자 변형 판별용 조성물 및 이의 용도 | |
| CN113234846B (zh) | 一种萝卜抗根肿病的分子标记及其应用 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| WD01 | Invention patent application deemed withdrawn after publication |
Application publication date: 20230307 |
|
| WD01 | Invention patent application deemed withdrawn after publication |