MX2009001346A - Microbios productores de aceite y metodos de modificacion de los mismos. - Google Patents
Microbios productores de aceite y metodos de modificacion de los mismos.Info
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Abstract
Se describen composiciones y métodos relacionados con microbios productores de aceite que pueden producir ácidos grasos insaturados que pueden purificarse y usarse. También se describen métodos para modificar las concentraciones de dichos ácidos grasos dentro de las composiciones de lípidos totales usando antagonistas de la producción de ácidos grasos que inhiben o estimulan ciertos componentes de la ruta clásica de producción de ácidos grasos que se cree que existe dentro de los microbios productores de aceite.
Description
MICROBIOS PRODUCTORES DE ACEITE Y MÉTODOS DE MODIFICACIÓN DE LOS MISMOS
CAMPO DE LA INVENCIÓN La presente invención se relaciona con composiciones y métodos relacionados con un eucariota del orden Thraustochytriales que produce ácidos grasos insaturados, con composiciones y métodos relacionados con microbios productores de aceite que producen ácidos grasos insaturados, y con métodos para modificar las concentraciones de los ácidos grasos usando antagonistas de su producción en la ruta de producción de ácidos grasos en los microbios productores de aceite.
ANTECEDENTES DE LA INVENCIÓN Hay abrumadora evidencia científica de que los ácidos grasos altamente insaturados (n-3), tal como el ácido docosahexaenoico (DHA), tienen un efecto positivo sobre las enfermedades cardiocirculatorias, inflamaciones crónicas y trastornos cerebrales, mientras se ha observado que el ácido eicosapentaenoico, también un ácido graso n-3, realiza funciones como metabolito intermediario dentro de los esteroides eicosanoides, tales como las prostaglandinas, leucotrienos o similares. Actualmente, la fuente principal de estos ácidos grasos altamente insaturados es el pescado, con EPA y DHA observados dentro de diversos pomatómidos (tales como sardinas y atún) en cantidades de alrededor de 20% y 10%, respectivamente. Se cree que tal perfil de ácidos grasos se presenta por medio de la selección natural de relaciones óptimas para un rendimiento óptimo dentro de cada especie de pescado. Todavía, si se pretende usar aceite de pescado como la única fuente de estos lípidos, existen varias desventajas, tales como los problemas con contaminación de sabores, fluctuaciones incontrolables en disponibilidad y variabilidad en el contenido de aceite de pescado natural. Además, si se pretende obtener un aceite (n-3) o (n-6) altamente purificado a partir de estas fuentes, este es muy difícil de separar y purificar de manera preferencial.
SUMARIO DE LA INVENCIÓN Se describen composiciones y métodos relacionados con un eucariota del orden Thraustochytriales y familia Thraustochytriaceae que, cuando se cultiva, produce cantidades de ácidos grasos insaturados, tales como aceites omega 3 (n-3) y/u omega 6 (n-6), tales como DHA, EPA y DPA, capaces de purificarse y usarse como se usan todas las composiciones semejantes y más, debido a sus medios de producción. Se describen composiciones y métodos relacionados con microbios productores de aceite que, cuando se cultivan, producen cantidades de ácidos grasos insaturados, tales como aceites omega 3 (n-3) y/u omega 6 (n-6), tales como DHA, EPA y DPA, capaces de purificarse y usarse como se usan todas las composiciones semejantes y más, debido a sus medios de producción También se describen métodos para modificar las concentraciones de dichos ácidos grasos dentro de las composiciones de lípidos totales, usando antagonistas de la producción de ácidos grasos que inhiben o estimulan ciertos componentes de la ruta clásica de producción de ácidos grasos que se cree que existe dentro de los microbios productores de aceite.
BREVE DESCRIPCIÓN DE LOS DIBUJOS Los dibujos adjuntos, que se incorporan en y constituyen una parte de esta especificación, ilustran varias modalidades y, junto con la descripción, ilustran las composiciones y métodos descritos. La Figura 1 muestra la ruta metabólica propuesta para la producción de ácidos grasos poliinsaturados (PUFAs) para los microbios productores de aceite descritos. La Figura 2 muestra el perfil de ácidos grasos de ONC-T18 cultivada en medio que contiene 2 g L"1 de extracto de levadura, 8 g L"1 de L-glutamato, 6 g L"1 de sal marina y 60 g L"1 de glucosa en 3 diferentes tipos de fermentación: placa de agar (1.5% de agar, 25°C, 27 días), matraces (50 mi en matraz de 250 mi, 120 RPM, 25°C, 3 días) y biorreactor de 5 L (4 Ipm de aire, p02 90%, 25°C, 3 días). La Figura 3 muestra la biomasa típica, ácido graso total (TFA), producción de DHA
y utilización de glucosa de Thraustochytrium sp. ONC-T18 mantenida en un biorreactor de 5 L durante 168 h con medio compuesto de 60 g L" de glucosa, 2 g L"1 de extracto de levadura, 8 g L"1 de ácido glutámico y 6 g L"1 de sal (4 Ipm de aire, p02 90%, 25°C, pH 7-9). La Figura 4 muestra la relación evolutiva de Thraustochytrium sp. ONC-T18 con base en el gen de rRNA 18S con varios Thraustochytridos de origen japonés {Thraustochytrium CHN-1 , Thraustochytriidae MBIC 11093 y Thraustochytriidae N1-27) y una cepa de T. striatum T91-6. La Figura 5 muestra ONC-T 8 cultivada en diversas fuentes de Nitrógeno, por ejemplo, extracto de levadura con diversas clasificaciones, L-glutamato, licor de maíz fermentado, etc. El L-glutamato solo no promovió la biomasa, el ácido graso total (TFA) o la producción de DHA. Sin embargo, en presencia de L-glutamato, diversas fuentes de N, incluyendo extracto de levadura y licor de maíz fermentado, dieron mejores resultados que sin L-glutamato. (Relacionado con el ejemplo 1 1 Tabla 7). La Figura 6 muestra ONC-T18 cultivada en diversas fuentes de Carbono, y monosacáridos tales como glucosa, etc., la sacarosa y melaza dieron una alta biomasa, TFA y DHA. (Relacionado con la Tabla 6 y 7). La Figura 7 muestra que un antioxidante soluble en agua, las fitohormonas o el acetato de sodio (carbono simple) no mejoraron los resultados de biomasa, TFA o DHA en comparación con medio estándar solo. La Figura 8a y Figura 8b muestra la diferencia entre la fermentación de ONC-T18 a 18°C (8a) y 25°C (8b). La temperatura inferior (es decir, 18°C) resultó en una asimilación de glucosa significativamente más alta, la mitad del TFA y niveles de biomasa y DHA comparables con aquellos del cultivo control. De esta manera, se encontró que la fermentación a 25°C era más eficiente que a 18°C. La Figura 9 muestra ONC-T18 alimentada con ácido oleico puro. El perfil de ácidos grasos de ONC-T18 (alimentada con ácido oleico puro) mostró que la mayor parte del ácido oleico se convirtió en DHA, con un nivel elevado de EPA en comparación con ONC-T18 alimentada con glucosa.
La Figura 10 muestra los efectos del ácido toluico sobre la composición de ácidos grasos de ONC-T18. El perfil de ácidos grasos de ONC-T18 (alimentada con 0.2 g/L de ácido toluico) mostró que el compuesto fue capaz de incrementar la proporción de EPA dentro del perfil mientras disminuía la proporción de DPA (n6). Los valores son la media de cuatro experimentos comparando 0.2 g/L de ácido toluico con un control. La Figura 11 a y Figura 11b muestra los resultados de cromatografía de gas al cultivar ONC-T18 con ejemplos de antagonistas de la producción de ácidos grasos. La Figura 12 muestra el efecto de la adición de Norflurazon al perfil de ácidos grasos de ONC-T18. La Figura 12 muestra que la proporción de PUFA se incrementó a medida que se incrementó la cantidad agregada de Norflurazon. La Figura 13 muestra que, cuando ONC-T18 se expuso a Norflurazon, el contenido de carotenoides disminuyó, paralelo a un incremento en DHA. La Figura 14 muestra que, cuando se agregó ácido oleico en el medio de ONC-T18, se observó más contenido de DHA, especialmente cuando se asocia con el crecimiento (indicado por la presencia de alto N y bajo N). La Figura 15 muestra que, cuando se agregó cerulenina en el medio de ONC-T18, aunque no se observó un cambio en el % de cada ácido graso para el contenido de ácidos grasos totales, cuando se tomaron en cuenta las concentraciones de ácidos grasos totales en relación con biomasa (mg/g), se observaron incrementos en C16:0 y DHA.
DESCRIPCIÓN DETALLADA DE LA INVENCIÓN Antes de que los presentes compuestos, composiciones, artículos, dispositivos, y/o métodos se divulguen y describan, se entenderá que no se limitan a métodos sintéticos específicos o métodos específicos en biotecnología a menos que se especifique de otra manera, o a reactivos particulares, a menos que se especifique de otra manera, y como tales, por supuesto, pueden variar. También se entenderá que la terminología usada en este documento es para el propósito de describir modalidades particulares solamente y no pretende ser limitante. Los expertos en la técnica reconocerán, o serán capaces de discernir, usando no
más que experimentación de rutina, muchos equivalentes a las modalidades específicas del método y composiciones descritas en este documento. Tales equivalentes pretenden abarcarse por las reivindicaciones posteriormente.
A. Definiciones La terminología usada en este documento es para el propósito de describir modalidades particulares solamente y no pretende ser limitante. Como se usa en la especificación y las reivindicaciones adjuntas, las formas singulares "un", "una", y "el/la/los/las" incluyen referentes plurales a menos que el contexto lo dicte claramente de otra forma. De esta manera, por ejemplo, la referencia a "un portador farmacéutico" incluye mezclas de dos o más portadores semejantes, y similares. Los intervalos pueden expresarse en este documento como de "aproximadamente" un valor particular, y/o a "aproximadamente" otro valor particular. Cuando tal intervalo se expresa, otra modalidad incluye desde el valor particular y/o hasta el otro valor particular. De manera similar, cuando se expresan valores como aproximaciones, por el uso del antecedente "aproximadamente", se entenderá que el valor particular forma otra modalidad. Se entenderá además que los puntos finales de cada uno de los intervalos son significativos en relación con el otro punto final, e independientemente del otro punto final. También se entiende que hay una serie de valores descritos en este documento, y que cada valor también se describe en este documento como "aproximadamente" ese valor particular además del valor en sí. Por ejemplo, si se describe el valor "10", luego "aproximadamente 10" también se describe. También se entiende que, cuando se describe un valor que es "menor o igual a" el valor, "mayor o igual al valor" y posibles intervalos entre valores también se describen, como se entiende apropiadamente por el experto. Por ejemplo, si se describe el valor "10", luego "menor o igual a 10" así como "mayor o igual a 10" también se describen. También se entiende que, a lo largo de la solicitud, se proporcionan datos en una serie de diferentes formatos, y que estos datos representan puntos finales y puntos de inicio, e intervalos para cualquier combinación de los puntos de datos. Por ejemplo, si se describe un punto de datos particular "10" y un punto de datos particular "15", se entiende que mayor a, mayor o igual a, menor
a, menor o igual a, e igual a 10 y 15 se consideran descritos así como entre 10 y 15. También se entiende que cada unidad entre dos unidades particulares también se describe. Por ejemplo, si se describen 10 y 15, luego 1 1 , 12, 13, y 14 también se describen. Por "reducen", u otras formas de reducir, significa disminución de un evento o característica. Se entiende que esto típicamente está en relación con algún valor estándar o esperado, en otras palabras es relativo, pero que no siempre es necesario para que el valor estándar o relativo se refiera. Por ejemplo, "reduce concentraciones de ácidos grasos dentro de las composiciones de lípidos totales" significa disminuir la cantidad de concentraciones de ácidos grasos dentro de las composiciones de lípidos totales, dentro de un microbio productor de aceite, respecto a un estándar o un control. Se entiende, a menos que se indique específicamente de otra manera, que un compuesto o composición o condición puede reducirse respecto a otro compuesto o composición o condición. Por "incrementan", u otras formas de incrementar, significa incremento de un evento o característica. Se entiende que esto típicamente está en relación con algún valor estándar o esperado, en otras palabras es relativo, pero que no siempre es necesario para que el valor estándar o relativo se refiera. Por ejemplo, "incrementan concentraciones de ácidos grasos dentro de las composiciones de lípidos totales" significa incrementar la cantidad de concentraciones de ácidos grasos dentro de las composiciones de lípidos totales, dentro de un microbio productor de aceite, respecto a un estándar o un control. Se entiende, a menos que se indique específicamente de otra manera, que un compuesto o composición o condición puede incrementarse respecto a otro compuesto o composición o condición. Por "inhiben", u otras formas de inhibir, significa impedir o restringir una característica particular. Se entiende que esto típicamente está en relación con algún valor estándar o esperado, en otras palabras es relativo, pero que no siempre es necesario para que el valor estándar o relativo se refiera. Por ejemplo, "inhibe una desaturasa" significa impedir, restringir o provocar una cesación de la actividad en la cantidad de la actividad desaturasa de la enzima que tiene lugar respecto a un estándar o un control. Se entiende, a menos que se indique específicamente de otra manera, que un compuesto o composición o condición puede inhibirse
respecto a otro compuesto o composición o condición. Por "previenen", u otras formas de prevenir, significa detener una característica o condición particular. Prevenir no requiere comparación con un control, dado que típicamente es más absoluto, por ejemplo, que reducir o inhibir. Como se usa en este documento, algo puede reducirse pero no inhibirse o prevenirse, pero algo que se reduce también puede inhibirse o prevenirse. Se entiende que donde se usa reducir, inhibir o prevenir, a menos que se indique específicamente de otra manera, el uso de las otras dos palabras también se describe expresamente. De esta manera, si se describe inhibir la actividad desaturasa de una desaturasa, luego también se describe reducir y prevenir la actividad desaturasa de una desaturasa. El término "terapéuticamente efectivo" significa que la cantidad de la composición usada es de cantidad suficiente para aliviar una o más causas o síntomas de una enfermedad o trastorno. Tal alivio solamente requiere una reducción o alteración, no necesariamente eliminación. El término "portador" significa un compuesto, composición, sustancia, o estructura que, cuando está en combinación con un compuesto o composición, ayuda a o facilita la preparación, almacenamiento, administración, suministro, efectividad, selectividad, o cualquier otro atributo del compuesto o composición para su uso o propósito pretendido. Por ejemplo, un portador puede seleccionarse para minimizar cualquier degradación del ingrediente activo y para minimizar cualesquier efectos colaterales adversos en el sujeto. A lo largo de la descripción y reivindicaciones de esta especificación, la palabra "comprenden" y las variaciones de la palabra, tales como "que comprende" y "comprende", significa "incluyendo, pero no limitado a", y no pretende excluir, por ejemplo, otros aditivos, componentes, números enteros o etapas. El término "célula", como se usa en este documento, también se refiere a células microbianas individuales, células individuales de microbios productores de aceite, o cultivos derivados de tales células. Un "cultivo" se refiere a una composición que comprende células aisladas del mismo o diferente tipo. El término "metabolito" se refiere a derivados activos producidos con la introducción de un compuesto en un medio biológico, tal como un paciente.
Cuando se usa con respecto a composiciones farmacéuticas y nutracéuticas, generalmente se entiende en la técnica que el término "estable" significa menor que cierta cantidad, usualmente 10%, del ingrediente activo bajo condiciones especificadas de almacenamiento durante un periodo de tiempo estipulado. El tiempo requerido para que una composición se considere estable es relativo al uso de cada producto y se dicta por las guías prácticas comerciales para producir el producto, conservarlo para control de calidad e inspección, enviarlo a un vendedor o directo a un cliente donde se mantiene nuevamente en almacenamiento antes de su uso eventual. Incluyendo un factor de seguridad de algunos meses de duración, la vida mínima del producto para productos farmacéuticos usualmente es un año, y preferiblemente más de 18 meses. Como se usa en este documento, el término "estable" hace referencia a estas realidades del mercado y a la capacidad de almacenar y transportar el producto en condiciones ambientales fácilmente alcanzables, tales como condiciones refrigeradas, 2°C a 8°C. Las referencias en la especificación y reivindicaciones concluyentes a las partes en peso, de un elemento o componente particular en una composición o artículo, denotan la relación de pesos entre el elemento o componente y cualesquier otros elementos o componentes en la composición o artículo para el que se expresa una parte en peso. De esta manera, en un compuesto que contiene 2 partes en peso del componente X y 5 partes en peso del componente Y, X y Y están presentes en una relación de pesos de 2:5, y están presentes en tal relación independientemente de si se contienen componentes adicionales en el compuesto. Un porcentaje en peso de un componente, a menos que se estipule específicamente lo contrario, se basa en el peso total de la formulación o composición en que el componente se incluye. "Aislar", y cualquier forma tal como "aislan", se refiere a una situación donde algo está en una forma en donde puede manipularse o purificarse, además. Aislado y sus formas indican que algo está en un estado actual que es diferente a un estado previo. Por ejemplo, una molécula de ARN ribosomal puede "aislarse" si, por ejemplo, se remueve de un organismo, sintetizado o producido de manera recombinante. A menudo, el "aislamiento" de una cosa está en relación con algo más. Por ejemplo, un microbio productor de aceite, como se discute en este
documento, puede aislarse, como se discute en este documento, por ejemplo, al cultivar el microbio productor de aceite, de tal modo que el microbio productor de aceite sobreviva en ausencia de cantidades apreciables (detectables) de otros organismos. Se entiende, a menos que se indique específicamente de otra manera, que cualquiera de las composiciones descritas puede aislarse, como se describe en este documento. Además, el lípido producido a partir de los microbios productores de aceite, como se discute en este documento, puede aislarse de todo o parte del microbio productor de aceite. "Purifican", y cualquier forma tal como "purificar", se refiere al estado en que una sustancia o compuesto o composición está en un estado de mayor homogeneidad que en el que estuvo antes. Se entiende que, como se describe en este documento, algo puede ser, a menos que se indique de otra manera, al menos 1 , 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 , 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21 , 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31 , 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41 , 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48, 49, 50, 51 , 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61 , 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71 , 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81 , 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91 , 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, o 100% puro. Por ejemplo, si una composición dada A fue 90% pura, esto puede dar a entender que 90% de la composición fue A, y que 10% de la composición fue una o más cosas, tales como moléculas, compuestos, u otras sustancias. Por ejemplo, si un microorganismo eucariótico descrito, por ejemplo, produce 35% de DHA, este puede "purificarse" además de tal modo que la composición final de lípidos sea mayor a 90% de DHA. A menos que se indique de otra manera, la pureza se determinará por los "pesos" relativos de los componentes dentro de la composición. Se entiende, a menos que se indique específicamente de otra manera, que cualquiera de las composiciones descritas puede purificarse, como se describe en este documento. "Opcional" u "opcionalmente" significa que el evento o circunstancia descrita subsecuentemente puede o puede no ocurrir, y que la descripción incluye casos donde dicho evento o circunstancia se presenta y casos donde no. Los "cebadores" son un subconjunto de sondas que son capaces de soportar algún tipo de manipulación enzimática y que pueden hibridar con un ácido nucleico objetivo, de tal modo que la manipulación enzimática pueda ocurrir. Un cebador puede elaborarse a partir de cualquier
combinación de nucleótidos o derivados o análogos de nucleótidos disponibles en la técnica, que no interfieren con la manipulación enzimática. El término "omega-3", "n-3", "?-3", "omega n-3", y "serie n-3" se refiere a una familia de ácidos grasos poliinsaturados que tienen en común un doble enlace carbono-carbono en la posición ?-3. Por ejemplo, el término "omega-3" significa que el primer doble enlace existe como el tercer enlace carbono-carbono del extremo metilo terminal (?) de la cadena de carbonos. El término "omega-6, "n-6", "?-6", "omega n-6", y "serie n-6" se refiere a una familia de ácidos grasos poliinsaturados que tienen en común un doble enlace carbono-carbono en la posición ?-6. Por ejemplo, omega-6 significa que el primer doble enlace existe como el sexto enlace carbono-carbono del extremo metilo terminal (?) de la cadena de carbonos. El término "omega-9, "n-9", "?-9", "omega n-9", y "serie n-9" se refiere a una familia de ácidos grasos poliinsaturados que tienen en común un doble enlace carbono-carbono en la posición ?-9. Por ejemplo, omega-9 significa que el primer doble enlace existe como el noveno enlace carbono-carbono del extremo metilo terminal (?) de la cadena de carbonos. Todos los dobles enlaces están en la configuración c/'s, es decir, los dos átomos de hidrógeno están en el mismo lado del doble enlace. El término "microbio productor de aceite" se refiere a un microbio capaz de producir aceite como parte de su biomasa. Un "microbio productor de aceite" puede ser un eucariótico o procariótico. Por ejemplo, un microbio productor de aceite puede ser un organismo oleaginoso, es decir, uno que es capaz de acumular aceites y/o grasas por arriba de 20% de su biomasa seca. Un microbio productor de aceite puede ser una diatomea, una microalga, un hongo, una bacteria, un protozoario, una levadura, una planta (terrestre y marina) o un alga. El término "organismo oleaginoso" se refiere a cualquier organismo que puede producir más de 20% de su biomasa como lípidos. Por ejemplo, un "organismo oleaginoso" puede ser una diatomea, una microalga, un hongo, una bacteria, un protozoario, una levadura, una planta (terrestre y marina) o un alga. El término "cetocarotenoide" se refiere a un carotenoide que contiene grupos ceto. El término "isoprenoide" o "terpenoide" se refiere a los compuestos o cualquier
molécula derivada de la ruta de los isoprenoides incluyendo terpenoides de 10 carbonos y sus derivados, tales como carotenoides y xantofilas. El término "carotenoide" se refiere a un compuesto que se compone de una cadena principal de polienos que se condensa a partir de una unidad isopreno de cinco carbonos. Los carotenoides pueden ser acíclicos o terminarse con uno (monocíclico) o dos (bicíclico) grupos cíclicos de extremo. El término "carotenoide" puede incluir carotenos y xantofilas. Un "caroteno" se refiere a un carotenoide hidrocarburo. Los derivados de carotenos que contienen uno o más átomos de oxígeno, en forma de grupos funcionales hidroxi, metoxi, oxo, epoxi, carboxi, o aldehídicos, o dentro de glicósidos, ésteres de glicósidos, o sulfatos, se conocen colectivamente como "xantofilas". Los carotenoides que son particularmente adecuados en la presente invención son carotenoides monocíclicos y bicíclicos. El término "grupo ceto" o "grupo cetona" se usará de manera intercambiable y se refiere a un grupo en que un grupo carbonilo se asocia a dos átomos de carbono: R2CO (ningún R puede ser H). El término "antagonistas de la producción de ácidos grasos", como se usa en este documento, se refiere a subunidades de ácidos grasos y moduladores de la ruta de los ácidos grasos. El término "subunidad de ácido graso" o "subunidades de ácidos grasos", como se usa en este documento, se refiere a los ácidos grasos de 16, 18, 20, 22 o 24 carbonos implicados en la ruta metabólica para la producción de PUFAs, para los microbios productores de aceite descritos. Por ejemplo, "subunidades de ácidos grasos" pueden incluir cualquiera de los ácidos grasos de 16, 18, 20, 22 o 24 carbonos como se muestra en la Figura 1. Una "subunidad de ácido graso" también puede referirse a cualesquier ácidos grasos de 16, 18, 20, 22 o 24 carbonos que tienen 1 , 2, 3, 4, 5 o 6 insaturaciones, implicados en la ruta metabólica para la producción de PUFAs, para los microbios productores de aceite descritos.
Modalidades adicionales pueden incluir ácidos grasos con el número impar de carbonos, con o sin insaturaciones, tales como ácidos grasos de 15, 17, 19 y 21 carbonos encontrados dentro de organismos marinos.
El término "moduladores de la ruta de los ácidos grasos", como se usa en este documento, se refiere a compuestos capaces de inhibir una o más de las enzimas implicadas en la ruta metabólica para la producción de PUFAs, para los microbios productores de aceite descntos. A lo largo de esta solicitud se hace referencia a diversas publicaciones. Las descripciones de estas publicaciones en sus totalidades se incorporan por la presente para referencia en esta solicitud con el fin de describir de manera más completa el estado de la técnica a la que esta pertenece. Las referencias descritas también se incorporan individual y específicamente para referencia en este documento para el material contenido en las mismas que se discute en la oración en que la referencia es dependiente. Se describen los componentes que se usarán para preparar las composiciones descritas así como las composiciones en sí que se usarán dentro de los métodos descritos en este documento. Estos y otros materiales se describen en este documento, y se entiende que, cuando se describen combinaciones, subconjuntos, interacciones, grupos, etc. de estos materiales, que mientras se hace referencia específica de cada uno y diversas combinaciones individuales y colectivas y la permutación de estos compuestos puede no describirse explícitamente, cada uno se contempla y describe específicamente en este documento. Por ejemplo, si una especie particular de la familia Thraustochytriaceae se describe y discute, y se discute una serie de modificaciones que pueden hacerse a una serie de organismos incluyendo especies de la familia Thraustochytriaceae, específicamente se contempla cada una y toda combinación y permutación de estas especies de la familia Thraustochytriaceae y las modificaciones que son posibles a menos que se indique específicamente lo contrario. De esta manera, si se describe una clase de moléculas A, B, y C así como una clase de moléculas D, E, y F y un se describe ejemplo de una molécula de combinación, A-D, luego incluso si cada uno no se declara individualmente, cada uno se contempla individual y colectivamente, lo que significa que las combinaciones, A-E, A-F, B-D, B-E, B-F, C-D, C-E, y C-F se consideran descritas. Asimismo, cualquier subconjunto o combinación de estos también se describe. De esta manera, por ejemplo, el subgrupo de A-E, B-F, y C-E puede considerarse descrito. Este concepto se aplica a todos los aspectos de esta solicitud incluyendo, pero sin limitarse a, etapas en métodos para elaborar y usar las composiciones descritas. De esta
manera, si hay una diversidad de etapas adicionales que pueden realizarse, se entiende que cada una de estas etapas adicionales puede realizarse con cualquier modalidad específica o combinación de modalidades de los métodos descritos.
B. Composiciones Se describen microbios productores de aceite del orden Thraustochytriales, preferiblemente especie Thraustochytrium o Schizochytrium, que tienen la capacidad para producir lípidos, tales como ácidos grasos, tales como ácidos grasos ¡nsaturados, tales como ácidos grasos omega-3, tales como ácidos grasos omega-6, y ácidos grasos omega-9, tal como la serie (n-3) de ácido docosahexaenoico (DHA), ácido docosapentaenoico (DPA) y ácido eicosapentaenoico (EPA), serie (n-6) de DPA y la serie (n-9) de los ácidos palmítico y esteárico. Los microbios productores de aceite descritos también pueden producir antioxidantes tales como, pero sin limitarse al compuesto carotenoide caroteno, (por ejemplo ß-caroteno) y los compuestos de xantofilas, astaxantina, zeaxantina, beta-criptoxantina, cantaxanina, y equinenona. También se describen condiciones para el aislamiento y crecimiento de los microbios productores de aceite. Por ejemplo, con esto están las condiciones de crecimiento heterotrófico para la producción de los lípidos y antioxidantes descritos, por ejemplo, en forma individual y acumulativa. Por consiguiente, es posible por medio del uso de los microbios productores de aceite descritos, producir efectivamente la serie (n-3) de DHA, EPA y DPA y/o la serie (n-6) de DPA y/o la serie carotenoide de compuestos antioxidantes y/o la serie de xantofilas de los compuestos antioxidantes, que son útiles como o dentro de productos nutracéuticos, aditivos alimenticios, productos farmacéuticos o industria. Se describen composiciones que comprenden un microbio productor de aceite que comprende o consiste de una especie de Thraustochytrium, un ejemplo, como se describe en este documento, siendo la cepa ONC-T18 que tiene un número de acceso de depósito de cepas ATCC de PTA-6245. Se entiende que los microbios productores de aceite y cualesquier clones,
organismos modificados o genes aislados de dicho organismo como se establece en ONC-T18 también se describen. Los microbios productores de aceite descritos tienen la capacidad para producir ácidos grasos insaturados, tales como lípidos que contienen la serie omega-3 de DHA, EPA y DPA, y la serie omega-6 de DPA y diversos antioxidantes tales como carotenoides, xantofilas y compuestos fenólicos. También se describen procesos para la producción de biomasa que contiene dichos compuestos. Además, se describen procesos para preparar compuestos omega-3, omega-6 y carotenoides utilizando los microbios productores de aceite. También se describen procesos para la producción de aceites derivados de microbios (o de una sola célula). Además, se describen los ácidos grasos y carotenoides producidos por el microbio productor de aceite descrito y cualquier progenie (modificada genéticamente o de otra manera), diversos comestibles, productos nutracéuticos, productos farmacéuticos y alimentos complementados con los lípidos y antioxidantes, así como un proceso para utilizar estos compuestos como aditivo para diversos comestibles y alimentos. La Patente de E. U. No. 5,130,242 para Barclay describió un proceso de recolección y selección para aislar cepas de microorganismos con las siguientes características para la producción de ácidos grasos omega-3: 1 ) capaces de crecimiento heterotrófico; 2) producen un alto contenido de ácidos grasos omega-3; 3) unicelulares; 4) producen un bajo contenido de ácidos grasos estándar y omega-6; 5) células no pigmentadas, blancas o incoloras; 6) termotolerantes (por ejemplo, capacidad para crecer por arriba de 30°C); y 7) eurihialinas (por ejemplo, capacidad para crecer en una amplia variedad de salinidades, pero preferiblemente en baja salinidad). La descripción '242 también describe un proceso para la producción heterotrófica de productos microbianos en células completas o extraídos, con una alta concentración de ácidos grasos omega-3, que pueden usarse después en productos alimenticios para animales o humanos. Este proceso usa microorganismos identificados por el proceso de recolección y selección descrito de los mismos. Estos microorganismos, que son del orden Thaustochytriales, se cultivan en grano molido. Para aumentar la producción de ácidos grasos omega-3, se usa baja tensión de
temperatura y alto contenido de oxígeno disuelto, así como la adición de antioxidantes, factores de crecimiento, vitaminas, y fósforo. Los productos extraídos contienen altas concentraciones de ácidos grasos omega-3 (por ejemplo, C20:5w3, C22:5w3; y C22:6w3) y bajas concentraciones de ácidos grasos omega-6 (por ejemplo, C20:4w6 y C22:5w6). Específicamente, las relaciones de los ácidos grasos C20:5w3 a C22:6w3 van de 1 : 1 a 1 :30. las relaciones de ácidos grasos C22:5w3 a C22:6w3 van de 1 :12 a solamente cantidades traza de C22:5w3. También, los microorganismos producen de 0.6 a 0.72 % de DHA, 0 a 5 % de DPA, y 0 a 18.9 % de EPA, en peso de ácido graso total. La Patente de E. U. No. 6,451 ,567 para Barclay describió un proceso para cultivar Thraustochytrium y Schizochytrium en un medio sin cloruro (<3g/L) que contiene sales de sodio (por ejemplo, sulfato de sodio). El medio sin cloruro resulta en tamaños de agregados celulares de menos de 150 µ?t El proceso descrito produce microorganismos y extractos que son útiles en productos alimenticios para acuacultura. Componentes adicionales de los productos alimenticios incluyen semilla de lino, semilla de colza, soya, y harina de aguacate. Los microorganismos pueden producir hasta 1.08 g de ácidos grasos omega-3 por litro de medio por día. La descripción '567 describe además diversos medios de cultivo, que incluyen agua de mar, glucosa (1 , 3, 5, o 10 g/L), extracto de levadura (0.01 , 0.2, 0.4 y 5 g/L), fuentes adicionales de nitrógeno tal como hidrolizado de proteína (1 g/L), extracto de hígado (1 g/L), glutamato (5 g/L), glutamato monosódico (MSG) (3 g/L), y sales adicionales, vitaminas y minerales traza (por ejemplo, KH2P04, MgS04, y extracto de gelatina). La Patente de E. U. No. 6,582,941 para Yokochi et al. describe una especie de Schizochytrium, cepa SR21 y otra cepa de Schizochytrium que pertenece a la misma especie que tienen la capacidad para producir fracciones de ácidos grasos que tienen una alta concentración de DHA omega-3 y/o DPA omega-6 y una baja concentración de EPA. También, se describen métodos para cultivar tales microorganismos y aislar tales ácidos grasos. El medio usado contiene sal marina, extracto de levadura (0.2, 1.0, o 10 g/L), licor de maíz fermentado (0.5, 1.0, o 10 g/L), glucosa (10-120 g/L), más sales adicionales (por ejemplo, NH4OAc, fosfatos). Las composiciones de ácidos grasos contienen aproximadamente 15 a 20% de DHA en peso de biomasa
(aproximadamente 28% en peso de ácido graso total). Las composiciones pueden usarse en productos alimenticios (por ejemplo, leche para bebés). La Patente de E. U. No. 6,607,900 para Bailey et al. describió un proceso para cultivar microorganismos eucarióticos (por ejemplo, Schizochytrium sp. ATCC 20888) que son capaces de producir, al menos 20% de su biomasa como lípidos poliinsaturados (particularmente ácidos grasos omega-3 y 6). El proceso implica cultivar los microorganismos en un medio que contiene una fuente de carbono y nitrógeno. También se describe el uso de bajos niveles de oxígeno disuelto (menores a 3%) y bajos niveles de iones cloruro (menores a 3 g/L) para aumentar la producción. Los microorganismos tienen un índice de producción de lípidos de al menos 0.5 g/L/h. La fracción de lípidos es de 15 a 20 % de DHA en peso de biomasa (aproximadamente 35% en peso de metilésteres de ácidos grasos totales). La Publicación de E. U. No. 2004/0161831 para Komazawa et al. describe una cepa de Thraustochytrium (LEF1 ; número de acceso FERM BP-08568 en el Institute of Bioscience and Human-Technology Agency of Industrial Science and Technology, Japón) que tiene la capacidad para producir DHA. Al cultivar en medios convencionales, el microorganismo puede producir aceite con al menos 50% en peso de DHA. El aceite puede tratarse con una lipasa antes del aislamiento de DHA. El aceite puede usarse en alimento o bebidas o el DHA puede hidrolizarse para producir ácido behénico.
1. Ácidos grasos Los ácidos grasos son cadenas de hidrocarburos que terminan en un grupo carboxilo, que se denominan ¡nsaturados si contienen al menos un doble enlace carbono-carbono, y poliinsaturados cuando contienen múltiples enlaces semejantes. Los ácidos grasos poliinsaturados de cadena larga (PUFA) o ácidos grasos altamente insaturados (HUFA), pueden dividirse en las series (n-3) y (n-6) como resultado de la ubicación de estos dobles enlaces. Hay abrumadora evidencia científica de que los ácidos grasos altamente ¡nsaturados (n-3), tal como DHA, tienen un efecto positivo sobre las enfermedades cardiocirculatorias, inflamación crónica y trastornos cerebrales. Los ácidos grasos (n-6), por otro lado, se han observado como metabolitos
intermediarios dentro de los esteroides eicosanoides, tales como las prostaglandinas, leucotrienos o similares. Los ácidos grasos poliinsaturados pueden comprender 1 , 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, o 10 dobles y/o triples enlaces carbono-carbono. Por ejemplo, los ácidos grasos poliinsaturados pueden comprender 3-8, 4-7, o 5-6 dobles y/o triples enlaces carbono-carbono. Actualmente, la fuente principal de estos ácidos grasos altamente insaturados es el pescado, con EPA y DHA observados dentro de diversas especies de pescado (tales como sardinas, anchovas, boquerones y atún) en cantidades de alrededor de 20% y 10%, respectivamente. Todavía, si se pretende usar aceite de pescado como la única fuente de estos lípidos, existen varias desventajas, tales como los problemas con contaminación de sabores, fluctuaciones incontrolables en disponibilidad, variabilidad en el contenido de aceite de pescado natural, así como el potencial para acumular contaminantes ambiental nocivos si no se procesan correctamente. Además, si se pretende obtener un aceite (n-3) o (n-6) altamente purificado a partir de dichas fuentes, es muy difícil separar y purificar de manera preferencial los aceites deseados sin un procesamiento extenso. Específicamente, se encuentra disponible un gran mercado dentro del mercado de complementos neonatales para una forma altamente concentrada de DHA. Si el aceite de pescado tuviera que ser la fuente de dichos productos, luego el DHA podría tener que aislarse de manera preferencial en grandes cantidades a partir del EPA. Claramente se necesita una fuente alternativa de ácidos grasos altamente insaturados altamente purificados y producción/o fuente al gusto del cliente de estos. Una fuente semejante es el uso de antagonistas de la producción de ácidos grasos que afectan directamente la ruta metabólica de los lípidos o aquellos asociados con la producción de ácidos grasos, tal como la ruta carotenoide que se produce en paralelo con los lípidos por sus propiedades antioxidantes en los microbios productores de aceite. Shirasaka et al. (2005) Mycoscience 46:358-363 usó cianocobalamina y ácido p-toluico para modificar la composición de ácidos grasos de Schizochytrium limacinum SR21 , al sobre-regular la metilmanoil-CoA mutasa dependiente de cobalamina responsable de la conversión de ácido propiónico a succínico en el caso de cianocobalamina (un componente activo de vitamina B12) y al reducir la concentración de DPA omega-6 e incrementar la concentración de EPA en una
forma dependiente de la dosis, con respecto a la complementación de ácido p-toluico. Además de aceites de pescado, diversos microorganismos (principalmente marinos) son capaces de producir y/o acumular la serie (n-3) de ácido docosahexaenoico. De particular interés es el hecho de que la producción microbiana no se somete a fluctuaciones causadas por variables externas tales como estacionalidad, clima y suministro de alimentos. Por ejemplo, se sabe que los siguientes microbios productores de aceite tienen la capacidad para producir DHA: la bacteria derivada del fondo del mar Vibrio marinus (ATCC 15381 ), Vibrio sp. T3615, Photobacterium profundum SS9, Mortierella marina MP-1 y Psychromonas kaikoae (ATCC BAA-363T); especies de microalgas tales como Crypthecodinium cohnii, Cyclotella críptica, y Mortieralla alpina (1 S-4); y los protozoarios Thraustochytrium sp. (ATCC 20892), Thraustochytrium aureum (ATCC 34304) y Thraustochytrium roseum. De acuerdo con un proceso que utiliza estos organismos purificados, sin embargo, la cantidad de ácido araquidónico, ácido eicosapentaenoico, ácido docosahexaenoico producidos por gramo de biomasa por litro es baja, estando dentro del intervalo de 10 a 500 mg. Algunos ejemplos y organismos microbianos productores de aceite representativos se muestran en la Figura 5. Se ha mostrado que los omega 3s tienen efectos beneficiosos y los aceites y composiciones descritas en este documento pueden usarse para efectos anti-inflamatorios sobre fibrosis quística (Cochrane Datábase Syst Rev. 3), artritis reumatoide (Drugs 63: 845-53), asma (Ann Allergy Asthma Immunol 90: 371 -7) e infarto trombótico (Prev Cardiol 6: 38-1 ), cardio-protector, así como un efecto directo sobre arterioesclerosis y arritmia (Prostaglandins Leukot Essent Fatty Acids. 63:351-62), inhibición de proliferación de cáncer en mama y líneas celulares de cáncer de próstata, y reducción en experimentos en animales (Am J Clin Nutr 77: 532-43), efecto anti-sicótico sobre la esquizofrenia (J Neural Transm Suppl 64: 105-17) y otras enfermedades psiquiátricas (Can J Psychiatry 48:195-203), complemento inmunonutriente usado para el desarrollo neonatal normal y en el tratamiento de infecciones neonatales (Eur J Pediatr 162: 122-8), y tratamiento del dolor patológico al atenuar directamente los procesos neuronales y ganglionares que subyacen al dolor neuropático e inflamatorio (Prostaglandins Leukot Essent Fatty Acids 68: 219-24).
2. Thraustochytriaceae a) 0NC-T18 Un ejemplo de un microbio productor de aceite es el microorganismo marino ONC-T18. El microorganismo marino ONC-T18, como se describe en este documento, se recolectó como parte de una excursión para aislamiento de microbios productores de PUFA, con más de 60 cultivos puros aislados (véase tabla 7 para detalles). Además, ONC-T18 se aisló de las hojas de pastos de pantanos salinos en el área de Advócate Harbor, Bay of Fundy, Nova Scotia, Canadá. Por medio de exámenes microscópicos, técnicas de purificación de cultivos en serie, y técnicas de secuenciación de ADN, se encontró que la cepa era un solo microorganismo que pertenece al género Thraustochytrium. Todas las cepas y dos cultivos ATCC de comparación (ATCC 20891 y MYA-1381 ) se cultivaron en 0.5% de glucosa, 0.2% de peptona, 0.2% de extracto de levadura en agua de mar (SW) y se sometieron a análisis de cromatografía de gas (metiléster de ácido graso, FAME). La Figura 6 muestra un diagrama filogenético propuesto, de árbol ramificado, de la relación entre ONC-T18 y otros miembros del orden Labyrinthulida, con base en comparación de secuencias, obtenido por medio del uso del gen altamente conservado de ARN ribosomal 18S. La Figura 4 muestra un árbol filogenético desarrollado usando técnicas de análisis del vecino más cercano y bootstrap con el fin de determinar la relación de ONC-T18 con otros miembros de la familia Thraustochytriidae, nuevamente usando el gen de ARN ribosomal 18S directamente secuenciado y comparado con otras secuencias dentro del dominio público usando matrices de similitud. ONC-T18 se aisló originalmente usando técnicas clásicas de carnada con polen de pino, seguidas por cultivo en medio selectivo. Específicamente, se preparó un medio nutritivo que contenía 5 g L"1 de glucosa, 2 g L"1 de peptona, 2 g L"1 de extracto de levadura para 1 L de agua de mar filtrada a 0.2 µ?t?. El perfil de ácidos grasos de ONC-T18 entonces se determinó usando el método de extracción de Bligh y Dyer y técnicas cromatográficas de gas para PUFA. Los resultados cromatográficos demostraron la capacidad de esta cepa para producir cantidades
incrementadas de ácidos grasos totales (TFA), DHA, así como marcadas cantidades de EPA y DPA (ácidos grasos n-3 y n-6). Los microbios productores de aceite descritos, incluyendo ONC-T18, pueden usarse en un proceso para preparar un lípido o grasa que contiene DHA, EPA y DPA, pero no se limita a la cepa ONC-T18 o PTA-6245 anteriormente mencionada, sino cualquier derivación de dicha cepa ya sea mediante modificación genética, mutagénesis química, adaptación fermentativa o cualquier otro medio para producir mutantes de la cepa, por lo cual el producto de estas modificaciones tiene atributos genéticos, morfológicos y/o funcionales, tales como los microbios productores de aceite, como se describe en este documento. Se describen microbios productores de aceite capaces de producir una composición de lípidos que tiene propiedades distintivas de clases de lípidos, y la solución al problema de mantener una fuente estable, confiable y económica para tal lípido que tiene alta funcionalidad y valor adicional de acuerdo con lo mismo. Por lo tanto, cepas tipo silvestre que producen la serie (n-3) de DHA y la serie (n-6) de DPA a un mayor grado así como cepas variantes y recombinantes diseñadas para producir estos ácidos grasos poliinsaturados a un mayor grado, se describen en este documento. Tales microorganismos variantes o recombinantes incluyen aquellos diseñados para tener un contenido más alto de dichos lípidos que aquellos producidos por la cepa tipo silvestre original, cuando se cultivan usando las mismas condiciones y medios. Además, microorganismos diseñados para producir un lípido que contiene cantidades similares de la serie (n-3) de DHA, EPA y la serie (n-6) de DPA pueden seleccionarse, en comparación con las cepas correspondientes tipo silvestre, usando efectivamente sustratos que tienen un rendimiento superior en costo, también se incluyen. También se describen composiciones que comprenden microbios productores de aceite del orden Thraustochytriales en donde el microbio productor de aceite produce ácidos grasos insaturados. Los ácidos grasos poliinsaturados pueden ser, por ejemplo, ácidos grasos omega 3 u omega 6, tales como DHA y DPA. También se describen composiciones que comprenden uno o más microbios productores de aceite del orden Thraustochytriales en donde el o los microbios productores de
aceite producen ácidos grasos específicos cuando su crecimiento se complementa con antagonistas de la producción de ácidos grasos. También se describen composiciones que comprenden uno o más microbios productores de aceite del orden Thraustochytriales en donde el o los microbios productores de aceite producen cantidades elevadas de ácidos grasos insaturados específicos, por ejemplo, ácidos grasos omega-3, tal como EPA al complementar medios fermentativos estándar con uno o más antagonistas de la producción de ácidos grasos. El uso de ácido oleico en tal forma se ilustra en la Figura 9 y ejemplo 1 (c). Se describen composiciones que comprenden un microbio productor de aceite, en donde la composición produce un lípido. También se describen composiciones que comprenden un microbio o microbios productores de aceite, en donde la composición produce un lípido, en donde el lípido comprende un lípido, como se describe en este documento. También se describen composiciones que comprenden uno o más microbios productores de aceite del orden Thraustochytriales en donde el o los microbios productores de aceite producen compuestos cetocarotenoides. Los compuestos cetocarotenoides incluyen, pero no se limitan a carotenos y xantofilas, tales como ß-caroteno y astaxantina. Los carotenoides son compuestos solubles en lípidos, que se presentan en forma natural, sintetizados a partir del precursor ubicuo de isopentenilpirofosfato C5, y su isómero estructural dimetialilpirofosfato. Los carotenoides componen un grupo abundante, altamente diverso de compuestos. Dentro de este grupo de compuestos existen dos clases, los carotenoides hidrocarburos, carotenos, y los derivados oxigenados de los carotenos, las xantofilas. Los carotenoides también son uno de los grupos más abundantes y diversos de compuestos que se presentan en forma natural en la tierra, siendo responsables de la vitalidad del mundo en que vivimos. Tradicionalmente, los carotenoides se han usado en las industrias de la alimentación, alimentos y nutracéutica. Se producen de manera ubicua por organismos fotosintéticos, incluyendo cianobacterias, pero también están ampliamente diseminados entre bacterias y hongos no fotosintéticos (Goodwin, The Biochemistry of Carotenoids. New York:
Chapman and Hall (1980)). Aunque los carotenoides se clasifican como metabolitos secundarios, se sabe que son vitales para el crecimiento vegetal y fotosíntesis. Los carotenoides también son esenciales para muchos organismos más altos, incluyendo humanos, muchos de los cuales no son capaces de sintetizar estos compuestos. De esta manera, la ingesta dietética es la única fuente de carotenoides para muchos organismos. Como resultado, la investigación en fuentes dietéticas, y el consumo actual de carotenoides, ha recibido mucho interés en años recientes. En 2006, el mercado global para carotenoides se estimó de un valor de US$ 954.7 millones, con expectaciones para que este se incremente a US $1069.2 millones para 2010 (Carotenoids: A Global Strategic Business Report, 2006). Un papel de los carotenoides dietéticos es aquel de un precursor para la vitamina A
(retinoides). Significativo, como la deficiencia de vitamina A, es la causa principal de ceguera prevenible en niños, mientras también incrementa los riesgos de enfermedad y muerte de la infección severa (WHO). Como antioxidantes dietéticos, los carotenoides tales como ß-caroteno, licopeno, astaxantina, cantaxantina y luteína, exhiben actividades anti-cáncer significativas, y juegan un papel importante en la prevención de enfermedades crónicas (Edge, B-Biology 4, 41 , 189-200 (1997); Singh, Oncology-New York, 12, 1643 (1998); Smith, Brítish Journal of Biomedical Science, 55, 268-275 (1998)). Además, el consumo de cantidades incrementadas de carotenoides se ha relacionado con ocurrencias reducidas de enfermedad degenerativa tal como degeneración macular relacionada con la edad, la causa principal de ceguera relacionada con la edad, así como algunos cánceres y enfermedad crónica del corazón (Basu, JAOCS, 78 (7), 665-675 (2001 ); Mares-Perlman et al., J Nutr, 132 (3), 518S-524S (2002)). Debido a su cadena principal de dobles enlaces conjugados, los carotenoides son potentes antioxidantes biológicos que pueden absorber la energía excitada del oxígeno singular sobre la cadena de carotenoide, conduciendo a la degradación de la molécula de carotenoide, pero evitando que otras moléculas o tejidos se dañen (Schagerl and Muller, J Plant Physiol 2005). Los carotenoides pueden dividirse en dos clases estructuralmente distintas, los carotenos y las xantofilas. Los carotenos poseen una cadena principal de hidrocarburos, mientras las xantofilas contienen uno o más grupos funcionales que contienen oxígeno (Armstrong and Hearst, Faseb J,
10 (2), 228-3 (1996); Armstrong, Annu Rev Microbiol, 51 , 629-59 (1997)). Los carotenos son comunes para muchos organismos, con un modo altamente conservado de biosíntesis. Las xantofilas, por otro lado, se producen por un pequeño puñado de organismos. Los productos finales y rutas de síntesis son a menudo específicos de especie. De los carotenoides, son las xantofilas las que atraen más interés, específicamente ß-caroteno, cantaxantina y astaxantina. Con el ß-caroteno demandando la porción mayor del mercado global, mientras cantaxantina y astaxantina dominan 14.92% y 21.58% del mercado, respectivamente (Carotenoids: A Global Strategic Business Report, 2006). Las xantofilas abarcan diversos compuestos tales como los cetocarotenoides, equinenona y cantaxantina, sintetizados por la adición de uno o dos grupos carbonilo en las posiciones 4 y 4' del anillo ß-inona del ß-caroteno, respectivamente. Una reacción catalizada por la clase de genes conocidos colectivamente como genes de ß-caroteno cetolasa. La ß-critpoxantina y zeaxantina también se clasifican como xantofilas, estas se sintetizan por el reemplazo directo de un átomo de hidrógeno en las posiciones 3 y 3' del anillo ß-ionona del ß-caroteno con un grupo hidroxilo (Tian and DellaPenna, Arch Biochem Biophys, 430 (1), 22-9 (2004)). Adicionalmente, existe una plétora de carotenoides combinados ceto e hidroxilados, tales como 3-hidroxiequinenona, 3'-hidroxiequinenona, adonixantina, y adonirubina. Todos los compuestos listados aquí son compuestos valiosos por sí mismos con importantes propiedades, pero significativamente constituyen precursores importantes para la biosíntesis de astaxantina. La astaxantina es el producto final de esta ruta, estando hidroxilado y cetolado en los carbonos 3, 3' y 4,4' de los anillos ß-ionona del esqueleto de ß-caroteno. Todavía la ruta actual de ß-caroteno a astaxantina no está bien caracterizada, y puede probarse que es específica de especie (Tao et al., Metab Eng. (2006)). También se describen composiciones que comprenden un microbio productor de aceite, en donde la composición produce un antioxidante. También se describen composiciones, en donde el microbio productor de aceite comprende un miembro del orden Thraustochytriales. También se describen composiciones, en donde el microbio productor de aceite
tiene una secuencia del gen de ARN ribosomal 18S que tiene al menos 80% de identidad con la SEQ ID NO: 1. También se describen composiciones, en donde el microbio productor de aceite tiene una secuencia del gen de ARN ribosomal 18S que tiene al menos 80% de identidad con el número de acceso del GenBank DQ374149. Se entiende que cualquier forma de caracterización descrita en este documento, tal como por genética o por las rúbricas de lípidos o por las clasificaciones, para los microbios productores de aceite, puede usarse para caracterizar los microbios productores de aceite, como se describe en este documento. Los microbios productores de aceite pueden comprender uno o más microorganismos de la familia Thraustochytriaceae, y son ejemplos los números de acceso ATCC 20888, 20889, 20890, 20891 , 20892 y PTA-6245. Hay una diversidad de características que pueden usarse relacionadas con los organismos y los ácidos grasos ¡nsaturados o carotenoides que producen. Se entiende que estos pueden usarse en cualquier combinación o permutación para definir un conjunto o conjuntos de organismos o aceites o antioxidantes, por ejemplo. Una característica es la clasificación de los organismos en sí, la identificación genética de los organismos, los perfiles de lípidos y de antioxidantes de los organismos, y las condiciones de crecimiento de los organismos, por ejemplo.
b) Clasificación Los microbios productores de aceite que pueden usarse en los métodos descritos en este documento pueden ser del filo Labyrinthulomycota. Los microbios productores de aceite pueden ser de la clase Labyrinthulomycetes. Los microbios productores de aceite pueden ser de la subclase Thraustochytridae. Los microbios productores de aceite pueden ser del orden Thraustochytriales. Los microbios productores de aceite pueden ser de la familia Thraustochytriaceae. Los microbios productores de aceite pueden ser del género Thraustochytrium. Los microbios productores de aceite pueden ser un Thraustochytrium sp. Los microbios productores de aceite pueden ser Thraustochytrium aureum. Los microbios productores de aceite pueden ser Thraustochytrium roseum. Los microbios productores de aceite pueden ser
Thraustochytrium striatum. Los microbios productores de aceite pueden ser del género Schizochytrium. Los microbios productores de aceite pueden ser Schizochytrium sp. Los microbios productores de aceite pueden ser una versión modificada de cualquiera de los microbios productores de aceite listados. Los microbios productores de aceite también pueden comprender cualesquier miembros actualmente desconocidos o aislados de dicha clase, subclase, orden, familia o género de procariotas. Una combinación de microbios productores de aceite puede ser cualquier combinación de cualesquier microbios productores de aceite descritos en este documento, incluyendo uno o más del Thraustochytrium sp., Schizochytrium sp., Thraustochytrium aureum, Thraustochytrium striatum y Thraustochytrium roseum. Los microbios productores de aceite de la familia Thraustochytriaceae pueden ser cualquiera de aquellos descritos anteriormente. Los microbios productores de aceite pueden comprender el organismo que tiene el número de acceso ATCC PTA-6245.
c) Genética Los microbios productores de aceite pueden tener la secuencia 18S rRNA SEQ ID NO: 1. Los microbios productores de aceite pueden tener la secuencia 18S rRNA descrita en el número de acceso del GenBank DQ374149. El microbio productor de aceite puede tener una secuencia 18S rRNA que, por ejemplo, tiene aproximadamente 90% de homología, o cualquier otra identidad descrita en este documento, con la SEQ ID NO: 1. El microbio productor de aceite podría tener una secuencia 18S rRNA que híbrida bajo condiciones astringentes, o cualesquier otras condiciones, como se describe en este documento, con la SEQ ID NO: 1 , o una porción de la SEQ ID NO: 1. La similitud/identidad de secuencias e hibridación de ácidos nucleicos de los ácidos nucleicos de los organismos pueden ser, como se describe en este documento. Específicamente, la comparación de la SEQ ID NO: 1 con secuencias de ácidos nucleicos encontradas en la base genómica de datos, GenBank (National Centre for Biotechnology Information, National Institute of Health, Bethesda, MD, USA) usando el algoritmo BLAST (Herramienta local básica de búsqueda de alineaciones) identificó la SEQ ID NO:1 como relacionada (91 % de similitud) con varias
especies eucarióticas de Thraustochytrid, estrechamente relacionadas con Thraustochytrium sp. CHN-1 [AB126669] (94.5% de similitud) y Thraustochytriidae sp. N1-27 [AB073308] (95.5% de similitud), y más estrechamente relacionadas con Thraustochytrium striatum [AF265338] (97.5% de similitud).
3. Plantas Los antagonistas de la producción de ácidos grasos también pueden usarse para influir en las relaciones de producción de aceite en plantas productoras de aceite, incluyendo especies transgénicas y que se presentan en forma natural e incluyen cultivos representativos tales como semilla de colza, semilla de lino, soya y girasol. Los métodos de incorporación de dichos antagonistas incluyen, por ejemplo, irrigación en áreas que rodean las plantas para incorporación en las plantas mediante los sistemas de raíz, adición como ingrediente activo en rocíos para incorporación directa en las células vegetales. Adicionalmente, la inmersión directa, vaporización o inyección de estos compuestos en las células vegetales mediante la estoma o de manera subcutánea también pueden considerarse un método efectivo.
4. (1) Similitudes de secuencias Se entiende que, como se discute en este documento, el uso de los términos homología e identidad significan lo mismo que similitud. De esta manera, por ejemplo, si el uso de la palabra homología se usa entre dos secuencias no naturales se entiende que esto no necesariamente está indicando una relación evolutiva entre estas dos secuencias, sino más bien está buscando en la similitud o relación entre sus secuencias de ácidos nucleicos. Muchos de los métodos para determinar homología entre dos moléculas evolutivamente relacionadas se aplican de manera rutinaria a cualesquier dos o más ácidos nucleicos o proteínas para el propósito de medir similitud de secuencias independientemente de si se relacionan evolutivamente o no. En general, se entiende que una forma para definir cualesquier variantes y derivados conocidos, o aquellos que pueden surgir, de los genes y proteínas descritas en este documento, es por medio de definir las variantes y derivados en cuanto a homología con
secuencias específicas conocidas. Esta identidad de secuencias particulares descritas en este documento también se discute en otra parte en este documento. En general, las variantes de ácidos nucleicos y proteínas descritas en este documento típicamente tienen al menos, aproximadamente 50, 55, 60, 65, 70, 71 , 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81 , 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91 , 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, o 99 por ciento de homología con la secuencia estipulada o la secuencia nativa. Los expertos en la técnica fácilmente entienden cómo determinar la homología de dos proteínas o ácidos nucleicos, tales como genes. Por ejemplo, la homología puede calcularse después de alinear las dos secuencias de modo que la homología esté en su nivel más alto. Otra forma de calcular homología puede realizarse por algoritmos publicados. La alineación óptima de secuencias para comparación puede conducirse por el algoritmo de homología local de Smith and Waterman Adv. Appl. Math. 2:482, 1981 , por el algoritmo de alineación de homologías de Needleman and Wunsch, J. Mol. Biol. 48:443, 1970, por la búsqueda para método de similitud de Pearson and Lipman, Proc. Nati. Acad. Sci. USA 85:2444, 1988, por implementaciones computarizadas de estos algoritmos (GAP, BESTFIT, FASTA, y TFASTA en el Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group, 575 Science Dr., Madison, Wl), o por inspección. Los mismos tipos de homología pueden obtenerse para ácidos nucleicos por ejemplo por los algoritmos descritos en Zuker, M. Science 244:48-52, 1989, Jaeger et al. Proc. Nati. Acad. Sci. USA 86:7706-7710, 1989, Jaeger et al. Methods Enzymol. 183:281-306, 1989 que se incorporan en este documento para referencia para al menos el material relacionado con alineación de ácidos nucleicos. Se entiende que cualquiera de los métodos típicamente puede usarse y que en ciertos casos los resultados de estos diversos métodos pueden diferir, pero el experto entiende que si se encuentra identidad con al menos uno de estos métodos, puede decirse que las secuencias tienen la identidad estipulada, y describirse en este documento. Por ejemplo, como se usa en este documento, una secuencia citada por tener un porcentaje particular de homología con otra secuencia se refiere a secuencias que tienen la homología citada cuando se calcula por cualquiera o más de los métodos de cálculo descritos
anteriormente. Por ejemplo, una primera secuencia tiene 80 por ciento de homología, como se define en este documento, con una segunda secuencia si se calcula que la primera secuencia tiene 80 por ciento de homología con la segunda secuencia usando el método de cálculo de Zuker incluso si la primera secuencia no tiene 80 por ciento de homología con la segunda secuencia cuando se calcula por cualquiera de los otros métodos de cálculo. Como otro ejemplo, una primera secuencia tiene 80 por ciento de homología, como se define en este documento, con una segunda secuencia si se calcula que la primera secuencia tiene 80 por ciento de homología con la segunda secuencia usando el método de cálculo de Zuker y el método de cálculo de Pearson y Lipman incluso si la primera secuencia no tiene 80 por ciento de homología con la segunda secuencia cuando se calcula por el método de cálculo de Smith y Waterman, el método de cálculo de Needleman y Wunsch, los métodos de cálculo de Jaeger, o cualquiera de los otros métodos de cálculo. Todavía como otro ejemplo, una primera secuencia tiene 80 por ciento de homología, como se define en este documento, con una segunda secuencia si se calcula que la primera secuencia tiene 80 por ciento de homología con la segunda secuencia usando cada uno de los métodos de cálculo (aunque, en la práctica, los diferentes métodos de cálculo a menudo resultarán en diferentes porcentajes calculados de homología).
(2) Hibridación/hibridación selectiva El término hibridación típicamente significa una interacción conducida por secuencias entre al menos dos moléculas de ácido nucleico, tal como un cebador o una sonda y un gen. Interacción conducida por secuencias significa una interacción que se presenta entre dos nucleótidos o análogos de nucleótidos o derivados de nucleótidos de una manera específica de nucleótidos. Por ejemplo, G interactuando con C o A interactuando con T son interacciones conducidas por la secuencia. Típicamente, las interacciones conducidas por la secuencia ocurren en el lado de Watson-Crick o lado de Hoogsteen del nucleótido. La hibridación de dos ácidos nucleicos se afecta por una serie de condiciones y parámetros conocidos por los expertos en la técnica. Por ejemplo, las concentraciones de sal, pH, y temperatura de la reacción afectan todos el que si hibridarán dos moléculas de ácido nucleico.
Los parámetros para hibridación selectiva entre dos moléculas de ácido nucleico se conocen bien por los expertos en la técnica. Por ejemplo, en algunas modalidades, las condiciones de hibridación selectiva pueden definirse como condiciones de hibridación astringente. Por ejemplo, la astringencia de la hibridación se controla por temperatura y concentración de sales de cualquiera o ambas etapas de hibridación y lavado. Por ejemplo, las condiciones de hibridación para lograr hibridación selectiva pueden implicar hibridación en solución de alta fuerza iónica (6x SSC o 6x SSPE) en una temperatura que es aproximadamente 12-25°C por debajo de la Tm, (la temperatura de fusión en que la mitad de las moléculas se disocian de sus asociados de hibridación) seguida por lavado en una combinación de temperatura y concentración de sales elegida de modo que la temperatura de lavado esté aproximadamente 5-20°C por debajo de la Tm. Las condiciones de temperatura y sal se determinan fácilmente de manera empírica en experimentos preliminares en que muestras de ADN de referencia inmovilizadas en filtros se hibridan con un ácido nucleico etiquetado de interés y entonces se lavan bajo condiciones de astringencias diferentes. Las temperaturas de hibridación típicamente son más altas para hibridaciones ADN-ARN y ARN-ARN. Las condiciones pueden usarse como se describe anteriormente para lograr astringencia, o como se conoce en la técnica. (Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2a Ed., Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, New York, 989; Kunkel et al. Methods Enzymol. 154:367, 1987 que se incorpora en este documento para referencia para el material relacionado al menos con hibridación de ácidos nucleicos). Una condición de hibridación astringente preferible para una hibridación ADN:ADN puede ser a aproximadamente 68°C (en solución acuosa) en 6x SSC o 6x SSPE seguida por lavado a 68°C. La astringencia de la hibridación y lavado, si se desea, puede reducirse, por consiguiente, a medida que el grado de complementariedad deseado se disminuye y, además, dependiendo de la riqueza de G-C o A-T de cualquier área en donde se busca variabilidad. Asimismo, la astringencia de la hibridación y lavado, si se desea, puede incrementarse, por consiguiente, a medida que la homología deseada se incrementa y, además, dependiendo de la riqueza de G-C o A-T de cualquier área en donde se desea alta homología, todo como se conoce en la técnica.
Otra forma para definir hibridación selectiva es al buscar en la cantidad (porcentaje) de uno de los ácidos nucleicos asociado al otro ácido nucleico. Por ejemplo, en algunas modalidades, las condiciones de hibridación selectiva pueden ser cuando al menos aproximadamente, 60, 65, 70, 71 , 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81 , 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91 , 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100 por ciento del ácido nucleico limitante se asocia al ácido nucleico no limitante. Típicamente, el cebador no limitante está, por ejemplo, en 10 o 100 o 1000 veces en exceso. Este tipo de ensayo puede realizarse bajo condiciones donde el cebador limitante y no limitante están, por ejemplo, 10, 100 o 1000 veces por debajo de su kd, o donde solamente una de las moléculas de ácido nucleico está 10, 100 o 1000 veces o donde una o ambas moléculas de ácido nucleico están por arriba de su kd. Otra forma para definir hibridación selectiva es al buscar en el porcentaje de cebador que se obtiene enzimáticamente, manipulado bajo condiciones donde la hibridación se requiere para promover la manipulación enzimática deseada. Por ejemplo, en algunas modalidades, las condiciones de hibridación selectiva pueden ser cuando al menos aproximadamente, 50, 55, 60, 65, 70, 71 , 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81 , 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91 , 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100 por ciento del cebador se manipula enzimáticamente bajo condiciones que promueven la manipulación enzimática, por ejemplo, si la manipulación enzimática es extensión de ADN, luego las condiciones de hibridación selectiva pueden ser cuando al menos aproximadamente 50, 55, 60, 65, 70, 71 , 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81 , 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91 , 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, 100 por ciento de las moléculas de cebador se extienden. Las condiciones preferidas también incluyen aquellas sugeridas por el fabricante o indicadas en la técnica como apropiadas para que la enzima realice la manipulación. Justo como con la homología, se entiende que hay una diversidad de métodos descritos en este documento para determinar el nivel de hibridación entre dos moléculas de ácido nucleico. Se entiende que estos métodos y condiciones pueden proporcionar diferentes porcentajes de hibridación entre dos moléculas de ácido nucleico pero, a menos que se indique de otra manera, cumplir con los parámetros de cualquiera de los métodos puede ser suficiente. Por
ejemplo, si se requirió 80% de hibridación y mientras la hibridación se presenta dentro de los parámetros requeridos en cualquiera de estos métodos, se considera descrita en este documento. Se entiende que los expertos en la técnica entienden que si una composición o método cumple con cualquiera de estos criterios para determinar hibridación colectiva o individualmente es una composición o método que se describe en este documento.
d) Composición de moléculas producidas Se entiende que los microbios productores de aceite descritos en este documento son capaces de producir una serie de compuestos y composiciones. Los compuestos y composiciones pueden usarse como una rúbrica, una forma de identificar los microbios productores de aceite. Por ejemplo, una forma de caracterizar un microbio productor de aceite es por el perfil de lípidos que el microbio productor de aceite produce. Como se describe en este documento, estos diversos perfiles de lípidos pueden usarse para caracterizar los microbios productores de aceite así como purificarse, manipularse, y recolectarse por una diversidad de razones.
(1 ) Lípidos Se entiende que cada microbio productor de aceite puede producir algún perfil de ácidos grasos insaturados, como se describe en este documento. Estos perfiles son característicos de los microbios productores de aceite. Los siguientes son algunos ejemplos, de perfiles de lípidos insaturados y otros para los microbios productores de aceite. El microbio productor de aceite puede producir, por ejemplo, una fracción de lípidos o ácidos grasos de al menos aproximadamente 4 % en peso a 6 % en peso (por ejemplo, aproximadamente 5 % en peso), que comprende de aproximadamente 0 % en peso a aproximadamente 2 % en peso de ácido mirístico (por ejemplo, aproximadamente 1 % en peso), de aproximadamente 16 % en peso a aproximadamente 20 % en peso (por ejemplo, aproximadamente 18 % en peso) de ácido palmítico, de aproximadamente 0 % en peso a aproximadamente 2 % en peso (por ejemplo, aproximadamente 1 % en peso) de ácido palmitoleico, de aproximadamente 4 % en peso a aproximadamente 8 % en peso (por ejemplo,
aproximadamente 6 % en peso) de ácido esteárico, de aproximadamente 30 % en peso a aproximadamente 34 % en peso (por ejemplo, aproximadamente 32 % en peso) de ácido oleico, de aproximadamente 40 % en peso a aproximadamente 44 % en peso (por ejemplo, aproximadamente 42 % en peso) de ácido linoleico, y de aproximadamente 0 % en peso a aproximadamente 3 % en peso (por ejemplo, aproximadamente 2 % en peso) de EPA n-3 por biomasa celular seca. El microbio productor de aceite también puede producir, por ejemplo, una fracción de lípidos o ácidos grasos de al menos aproximadamente 1 % en peso a 3 % en peso (por ejemplo, aproximadamente 1.25 % en peso), que comprende de aproximadamente 2 % en peso a aproximadamente 4 % en peso (por ejemplo, aproximadamente 3 % en peso) de ácido mirístico, de aproximadamente 50 % en peso a aproximadamente 60 % en peso (por ejemplo, aproximadamente 55 % en peso) de ácido palmítico, de aproximadamente 2 % en peso a aproximadamente 4 % en peso (por ejemplo, aproximadamente 3 % en peso) de ácido palmitoleico, de aproximadamente 16 % en peso a aproximadamente 20 % en peso (por ejemplo, aproximadamente 18 % en peso) de ácido esteárico, de aproximadamente 9 % en peso a aproximadamente 13 % en peso (por ejemplo, aproximadamente 11 % en peso) de ácido oleico, de aproximadamente 1 % en peso a aproximadamente 3 % en peso (por ejemplo, aproximadamente 2 % en peso) de ácido eicosadienoico, y de aproximadamente 6 % en peso a aproximadamente 10 % en peso (por ejemplo, aproximadamente 8 % en peso) de EPA n-3 por biomasa celular seca. El microorganismo eucariótico, por ejemplo, tal como ONC-T18, puede producir al menos aproximadamente 30 % en peso, 40 % en peso, 50 % en peso, 60 % en peso, 70% % en peso o 80 % en peso (por ejemplo, aproximadamente 80 % en peso) de una composición de lípidos por biomasa celular seca. Por ejemplo, el microbio productor de aceite puede producir una composición de lípidos que comprende de aproximadamente 25% a aproximadamente 40% de un ácido graso omega-3, tal como DHA n-3, (por ejemplo, a! menos 15%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 55% o 60% en peso), y de aproximadamente 0% a aproximadamente 3% del ácido graso omega-3, EPA, (por ejemplo, al menos 1 % o 2% en peso) y de aproximadamente 4% a aproximadamente 12% de un ácido graso omega-6, tal como DPA n-6, (por ejemplo, al menos 4%,
5%, 6%, 7%, 8%, 9%, o 10% en peso). Se entiende que la composición del lípido producido por el microbio productor de aceite puede manipularse con base en las condiciones de crecimiento en que el microbio productor de aceite se multiplica. Al cambiar diversos parámetros, como se describe en este documento, las composiciones pueden manipularse para producir, por ejemplo, un mejor rendimiento de DHA, EPA o DPA. Por ejemplo, la manipulación puede no producir más gramos reales, pero la manipulación puede producir una mejor relación de DHA o DPA a EPA y otros PUFAs deseados, que pueden ser deseables desde un punto de vista de purificación. Condiciones variables que pueden usarse para incrementar el rendimiento de DHA, EPA o DPA también se discuten en este documento. Se entiende que la composición del lípido producido por el microbio productor de aceite puede manipularse con base en la composición del medio de crecimiento donde el microbio productor de aceite se multiplica. Al cambiar las relaciones y tipos de carbono a fuentes de nitrógeno, la composición química de la sal usada y por la adición de ciertos compuestos químicos que impactan en la producción de ácidos grasos, perfiles específicos de ácidos grasos similares a aquellos de aceites selectos de pescado pueden producirse. Por ejemplo, la manipulación puede no producir más gramos reales, pero la manipulación puede producir un perfil de TFA similar a aquel, por ejemplo, de aceite de hígado de bacalao, aceite de atún o bonito o aceite clásico de pescado 18: 12. En este documento se describen métodos para alterar las relaciones de ácidos grasos producidos por microbios productores de aceite al complementar la composición del medio de crecimiento en que el microbio productor de aceite se multiplica, con uno o más antagonistas de la producción de ácidos grasos. Las relaciones de ácidos grasos pueden alterarse con o sin alterar el contenido global de ácidos grasos del microbio productor de aceite. Por ejemplo, la relación de aceites omega n-3 y/o n-6 a aceites omega n-9 puede incrementarse al complementar el medio de un microbio productor de aceite con un antagonista de la producción de ácidos grasos. También se describen métodos para alterar las relaciones de ácidos grasos producidos por microbios productores de aceite sin alterar el contenido global de ácidos grasos del microbio productor de aceite, al complementar la composición del medio de crecimiento en que el
microbio productor de aceite se multiplica, con uno o más antagonistas de la producción de ácidos grasos. La Figura 1 muestra un ejemplo de una ruta metabólica para los diversos PUFAs producidos por el microorganismo eucariótico descrito, consistente con el rastreo del metabolito del metiléster de ácido graso. Las proteínas que pueden identificarse dentro de las rutas que, como se describe en este documento, son policétido sintasa, usando por ejemplo un estudio de cebador degenerativo, (Metz et al. (2001 ) Science 293:290-3 y Kaulmann and Hertweck (2002) Angew. Chem. Int. Ed. 41 :1866-9). También elongasas y desaturasas, usando por ejemplo una sonda de hibridación y/o cebadores degenerativos o dirigidos, pueden identificarse. También sintasas de ácidos grasos pueden identificarse usando, por ejemplo, una sonda de hibridación y/o cebadores degenerativos.
5. Crecimiento y cultivo Un estudio fenotípico en microplaca incluyendo carbono; nitrógeno (nitrógeno peptídico); fósforo y azufre; osmolitos, y pH se realizó. Un método de arreglo ortogonal (Taguchi) se usó para determinar configuraciones óptimas de medios y variaciones en nitrógeno, carbono y concentración de sales (Joseph J and Piganatiells JR (1998) HE Trans, 20:247-254). Cuando se fermenta ONC-T18, se encontró que si se incrementa la agitación o d02 se incrementa producción de biomasa y TFA pero disminuye DHA. Si se disminuye la agitación o d02 se disminuye la biomasa celular (g) y disminuye TFA pero se incrementa DHA pero también se reducen C16:0, C16:1 y C18:1. Si se incrementa la temperatura se incrementa producción de biomasa y TFA pero disminuye DHA. Si se disminuye la temperatura se disminuye la biomasa celular (g) y disminuye TFA pero se incrementa DHA, pero reducen C16:0, C16: 1 y C18:1. La biomasa celular derivada del microbio productor de aceite descrito puede obtenerse al inocular un medio adecuado de agua de mar natural o artificial, que contiene de aproximadamente 2 % a aproximadamente 100% de agua de mar. Este microbio productor de
aceite es capaz de utilizar diversos componentes nutritivos dentro de este medio. Ejemplos de una fuente de carbono usada dentro del medio son carbohidratos tales como glucosa, fructosa, dextrosa, lactulosa, galactosa, maltotriosa, maltosa, lactosa, glucógeno, gelatina, almidón (maíz o trigo) así como derivados de azúcares tales como acetato, m-inositol (derivado de licor de maíz fermentado), ácido galacturónico (derivado de pectina), L-fucosa (derivado de galactosa), gentiobiosa, glucosamina, a-D-glucosa-1 -fosfato (derivado de glucosa), celobiosa (derivado de celulosa) dextrina (derivado de maíz) y a-ciclodextrina (derivado de almidón) y polioles tales como maltitol, eritritol, adonitol y ácidos oleicos tales como glicerol y tween 80 y aminoazúcares tales como N-acetil-D-galactosamina, N-acetil-D-glucosamina y N-acetil-P-D-manosamina. Mientras, ejemplos de una fuente de nitrógeno son fuentes naturales de nitrógeno tales como peptona, extracto de levadura, extracto de malta y harina de pescado, o fuentes orgánicas de nitrógeno tal como glutamato de sodio, pero sin limitarse a ello. Adicionalmente, si son necesarios fosfatos, tales como fosfato de potasio, y fosfato de sodio, sales inorgánicas tales como sulfato de amonio, bicarbonato de sodio, ortovanadato de sodio, cromato de potasio, molibdato de sodio, ácido selenoso, sulfato de níquel, sulfato de cobre, sulfato de zinc, cloruro de cobalto, cloruro de hierro, cloruro de manganeso y cloruro de calcio pueden usarse como nutrientes traza, junto con el compuesto quelante, ácido etilenodiaminatetraacético, solo o junto con vitaminas tales como clorhidrato de piridoxina, clorhidrato de tiamina, pantotenato de calcio, ácido p-aminobenzoico, riboflavina, ácido nicotínico, biotina, ácido fólico y vitamina B12. Después de preparar el medio, el pH se ajusta a entre 3.0 y 10.0 usando ácido o base para ajusfar según convenga, por ejemplo, entre pH 4.0 y 6.5, y el medio se esteriliza por autoclave, por ejemplo. El cultivo puede llevarse a cabo durante 1 a 30 días, 1 a 21 días, 1 a 15 días, 1 a 12 días, 1 a 9 días, o preferiblemente 3 a 5 días a temperaturas entre 4 a 30°C, preferiblemente 18 a 28°C, por cultivo de aeración-agitación, cultivo de agitación, cultivo estacionario, cultivo por lotes, cultivo continuo, cultivo giratorio por lotes, o cultivo en ondas, o similares. Las siguientes condiciones son un ejemplo de condiciones que pueden permitir la producción de un conjunto de lípidos en rendimientos que permiten su uso como una conveniencia. La investigación de condiciones de cultivo para ONC-T18 reveló que el microbio productor de
aceite descrito en este documento crece bien en agua de mar natural o artificial o en un medio que contiene hasta 5% de concentración de agua de mar natural o artificial. Fuentes de carbono y nitrógeno agregadas al medio pueden ser aquellas convencionalmente usadas como se describe anteriormente. La fuente de nitrógeno siendo natural u orgánica en su naturaleza es relativamente igual, y la concentración de nitrógeno total dentro del medio se conserva constante. Estas fuentes se agregan al medio en concentraciones estándar. Si estas condiciones se cumplen, se produce poca influencia sobre el contenido de lípido, proporciones o la cantidad de DHA, DPA y EPA acumulado, como se describe en este documento. Para fermentación de alta concentración de ONC-T18, es posible usar varios métodos para incrementar los índices de biomasa celular y producción de lipidos. Estos incluyen, incrementar la concentración de carbono y nitrógeno en el medio (en una relación de entre 6: 1 y 15: 1 , preferiblemente entre 6: 1 y 13: 1 y a temperaturas entre 4 a 30°C, preferiblemente 18 a 28°C) del intervalo 5 g L"1 a 60 g L"1 al intervalo 100 g L"1 y 160 g L'1 y del intervalo 4 g L~1 a 10 g L"1 al intervalo 40 g L1 a 60 g L"1, respectivamente. Usando este método la proporción de biomasa y lípido producido también se incrementa en índices comparables. Adicionalmente, es posible incrementar la producción de lipidos por medio del uso de fuentes incrementadas de carbono del intervalo 5 g L"1 a 60 g L"1 al intervalo 100 g L"1 y 160 g L~1, mientras la fuente de nitrógeno permanece constante. Adicionalmente, es posible incrementar la producción de biomasa mientras se mantiene el contenido de lipidos, por medio del uso de cantidades incrementadas de fuentes de nitrógeno del intervalo 10 g L"1 a 60 g L'1 mientras la fuente de carbono permanece constante. Más aún, la experimentación ha determinado que la biomasa y producción de lipidos se incrementan en gran medida con agitación incrementada del intervalo 100 y 1000 rpm, mejor a entre 350 y 600 rpm y óptima a entre 350 y 450 rpm, con solamente un descenso marginal en contenido de lipidos y sin descenso en perfiles de ácidos grasos, con agitación particularmente relevante en las primeras fases de la fermentación heterotrófica. La experimentación también ha determinado que la producción óptima de lipidos se alcanza cuando el contenido de oxígeno disuelto del medio de cultivo se mantiene entre 1 y 10%, óptimamente en 5% durante la fase de acumulación de lipidos de la fermentación clásica alimentada por lotes de estos microorganismos (Véase Figura 8).
Finalmente, la adición de acetato, elementos traza, metales y vitaminas al medio de producción (como se menciona anteriormente) incrementa la producción de DHA, EPA y DPA con respecto a otros ácidos grasos sin disminuir los valores de lípidos totales. Al realizar fermentación heterotrófica como se describe anteriormente, es posible producir consistentemente biomasa celular que produce un lípido que contiene la serie (n-3) de DHA en un cultivo de alta concentración de no menos de 5 g y más preferiblemente no menos de 20 g/L de medio (véase Figura 8). Adicionalmente, la experimentación ha mostrado que la mayor parte de estos lípidos se acumulan durante las fases posteriores exponencial/de transición del cultivo, después de que se alcanzan niveles máximos de biomasa. Todavía, durante el proceso de fermentación, el contenido de lípidos típicamente no cae por debajo de 25% de la biomasa total, típicamente maximizando a alrededor de 80%. El cultivo bajo las condiciones anteriores puede llevarse a cabo usando un fermentador de agitación convencional. También es posible usar un termentador de columna de burbujas (cultivos por lote o continuos), o un fermentador de ondas. La recolección de biomasa celular antes del procesamiento para separación de lípidos puede realizarse usando diversos métodos convencionales tales como centrifugación (tales como centrifugadoras de expulsión sólida) o filtración (tal como filtración de flujo cruzado) y también puede incluir el uso de un agente de precipitación para la recolección acelerada de biomasa celular (tal como fosfato de sodio, cloruro de calcio o poliacridamida).
a) Antagonistas de la Producción de ácidos Grasos El medio usado para cultivar los microbios productores de aceite descritos también puede comprenderse de antagonistas de la producción de ácidos grasos. El antagonista de la producción de ácidos grasos puede ser subunidades de ácidos grasos o moduladores de la ruta de los ácidos grasos. Por ejemplo, los antagonistas de la producción de ácidos grasos incluyen, pero no se limitan a, ácido oleico, cerulenina, ácido toluico, curcumina, ciclopropeno, galato de alquilo, galato de propilo, aceite de ajonjolí, aceite de cacahuate, aceite de cañóla, piridazinona, norxlurazon, difenilamina, setoxidim, y capsaicina. El término "subunidad de ácido graso" o "subunidades de ácidos grasos", como se
usa en este documento, se refiere a los ácidos grasos de 16, 18, 20, 22 o 24 carbonos implicados en la ruta metabólica para la producción de PUFAs, para los microbios productores de aceite descritos. Por ejemplo, "subunidades de ácidos grasos" pueden incluir cualquiera de los ácidos grasos de 16, 18, 20, 22 o 24 carbonos como se muestra en la Figura 1. Una "subunidad de ácido graso" también pueden usarse en este documento para referirse a cualesquier ácidos grasos de 16, 18, 20, 22 o 24 carbonos que tienen 1 , 2, 3, 4, 5 o 6 insaturaciones, implicados en la ruta metabólica para la producción de PUFAs, para los microbios productores de aceite descritos. Modalidades adicionales pueden incluir ácidos grasos con el número impar de carbonos, con o sin insaturaciones, tales como ácidos grasos de 15, 17, 19 y 21 carbonos encontrados dentro de organismos marinos. Los moduladores de la ruta de los ácidos grasos pueden componerses capaces de inhibir una o más de las enzimas implicadas en la ruta metabólica para la producción de PUFAs, para los microbios productores de aceite descritos. La inhibición de una o más de las enzimas implicadas en la ruta metabólica para la producción de PUFAs, para los microbios productores de aceite descritos puede ser, a menos que se indique de otra manera, al menos 50, 51 , 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61 , 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71 , 72, 73, 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81 , 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91 , 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, o 100% inhibición. Un modulador de la ruta de los ácidos grasos puede ser un compuesto capaz de inhibir una o más de las desaturasas o elongasas implicadas en la ruta metabólica para la producción de PUFAs, para los microbios productores de aceite descritos. Los moduladores de la ruta de los ácidos grasos también pueden componerses capaces de inhibir fitona desaturasas, ß-caroteno C4-oxigenasas, sintasas de ácidos grasos o acetil CoA carboxilasas de los microbios productores de aceite descritos.
6. Aislamiento del Lípido La Figura 2 muestra un perfil general de ácidos grasos para un microbio productor de aceite descrito. Las Figuras 5-7 muestran el contenido de biomasa (g/L), lípido (TFA) y DHA (mg/g de biomasa) como una función de la fermentación en matraces de agitación en una
diversidad de fuentes de nitrógeno individualmente o en presencia de L-glutamato o extracto de levadura (YE), fuentes de carbono (individualmente) o cultivos complementados (es decir, además de fuentes de nitrógeno y carbono mencionadas por completo) con diversos antioxidantes, fitohormona o fuentes de carbono simple. Todos estos datos pueden usarse para extraer características específicas alrededor de los microbios productores de aceite descritos. La grasa que contiene la serie (n-3) de DHA, DPA, EPA y la serie (n-6) de DPA puede obtenerse al romper o triturar la biomasa celular recolectada, por ejemplo, mediante molido, ultrasonicación, y entonces llevar a cabo la extracción con un solvente tal como cloroformo, hexano, metanol, etanol o mediante medios de extracción de fluido supercrítico. El contenido de la grasa resultante que contiene la serie (n-3) de DHA y la serie (n-6) de DPA por gramo de biomasa celular seca preferiblemente es mayor a 0.25 g y más preferiblemente mayor a 0.6 g. Los microbios productores de aceite descritos, incluyendo el microbio productor de aceite, ONC-T18, son capaces de producir lípido obtenido de esta manera, cualquiera de sus variantes y cualesquier asociaciones entre miembros de la misma especie de microorganismos eucarióticos por lo cual el perfil de lípidos es como sigue. El porcentaje de lípidos neutros puede ser al menos 95% en peso de lípidos totales. Por ejemplo, la composición típica de ácidos grasos para ONC-T18, en los lípidos neutros es como sigue: 15% de ácido mirístico, 8% de ácido pentadecanoico, 35% de ácido palmítico, 7% de ácido palmitoleico, 1 % de ácido esteárico, 2% de ácido oleico, 1 % de ácido eicosapentaenoico, 6% de ácido decosapentaenoico y 25% de ácido docosahexaenoico. Con la complementación del medio con uno o más antagonistas de la producción de ácidos grasos, la relación global de aceites omega n-3 y omega n-6 tal como el ácido docosahexaenoico, ácido eicosapentaenoico y ácido decosapentaenoico (n-3 y n-6) a los aceites omega n-9 tal como el esteárico puede incrementarse. Por ejemplo, la Figura 11 muestra posibles cambios en la relación de aceites omega n-3 y omega n-6 en comparación con un control donde un antagonista de la producción de ácidos grasos no se agrega al medio. Otros ejemplos pueden verse en las Figuras 12-15. Los microbios productores de aceite descritos, tal como ONC-T18, son capaces de producir lípido obtenido de esta manera, cualquiera de sus variantes y cualesquier asociaciones
entre miembros de la misma especie de microorganismos eucarióticos por lo cual el perfil de lípidos es como sigue. El porcentaje de mono, di y triglicéridos en la fracción neutra de lípidos de ONC-T18 es 0% a aproximadamente 2%, 0 a aproximadamente 2% y 96 a aproximadamente 100%, respectivamente. Aunque la fracción de lípidos polares comprende entre 5% y aproximadamente 10% de la fracción de lípidos, comprende fosfotidilcolina, fosfotidilserina y ácido fosfotídico unido y no asociado a lípidos neutros. Se entiende que estos lípidos pueden encontrarse en cualquier combinación o permutación dentro del organismo. También se entiende que las concentraciones de estos lípidos pueden manipularse al cambiar las condiciones de crecimiento y condiciones y composiciones de los medios como se discute en este documento.
(1) Lípido como concentración Los microbios productores de aceite descritos pueden producir una fracción de lípidos que comprende DHA n-3, EPA y DPA n-6 en más o igual a aproximadamente 4.0 g L"1 de medio. Los microbios productores de aceite descritos pueden producir una composición de lípidos que comprende DHA n-3, EPA y DPA n-6 en más o igual a aproximadamente 20.0 g L"1 de medio. Los microbios productores de aceite descritos pueden producir una composición de lípidos que comprende DHA n-3, EPA y DPA n-6 en más o igual a aproximadamente 14.0 g L"1 de medio. Los microbios productores de aceite descritos pueden producir de aproximadamente 1.5 g L"1 a aproximadamente 5.0 g L" (por ejemplo, aproximadamente 4.6 g L"1) del DHA n-3, de aproximadamente 0.5 g L"1 a aproximadamente 1.5 g L"1 (por ejemplo, aproximadamente 0.22 g L"1) del EPA n-3, y de aproximadamente 0.5 g L"1 a aproximadamente 1.5 g L"1 del DPA n-6. Adicionalmente, los microbios productores de aceite descritos pueden producir una fracción de lípidos que comprende los ácidos mirístico, miristoleico, pentadecanoico, palmítico, palmitoleico, esteárico oleico, linoleico, eicosadienoico, araquidónico, eicosapentaenoico, docosahexanoico y docosapentaenoico entre 301.2 y 360.3 mg g"1 o incluso hasta 790 mg g" de biomasa celular. Los microbios productores de aceite descritos también pueden producir una fracción que comprende entre 44.3 y 57 mg g"1 de ácido mirístico (igual a 1 134.5 a 1458.1 mg L"1), 0.5 a 0.65 de ácido
miristoleico (igual a 13.3 a 16.63 mg L~ ), 33.5 a 34.6 mg g"1 de ácido pentadecanoico (igual a 856.9 a 885.1 mg L"1), 121.9 y 165.1 mg g"1 de ácido palmítico (igual a 31 18.2 a 4223.3 mg L1), 7.9 a 28.5 mg g"1 de ácido palmitoleico (igual a 202.1 a 729 mg L' ), 4.38 a 5.9 mg g"1 de ácido esteárico (igual a 1 12 a 151 mg L"1), 6.94 a 9.9 mg g'1 de ácido oleico (igual a 177.5 a 253.2 mg L"1), 0.4 a 1.3 mg g'1 de ácido linoleico (igual a 11.26 a 33.3 mg L"1), 0.5 a 1.0 mg g"1 de ácido eicosadienoico (igual a 12.8 a 25.6 mg L"1), 0.4 a 0.5 mg g"1 de ácido araquidónico (igual a 10.2 a 13 mg L"1), 75 a 100 mg g"1 de ácido docosa exanoico (igual a 1918 a 2560 mg L"1), 1.9 a 6 mg g"1 de ácido eicosapenatenoico (igual a 48.6 a 153.5 mg L"1) y 17.1 a 33.7 mg g'1 de ácido docosapentaenoico (igual a 437.4 a 862.1 mg L"1), que tiene un contenido de ácidos grasos totales dentro de la biomasa celular de entre 301 a 790 mg g"1 (igual a 7700 a 20,209 mg L"1). Lípido como porcentaje de ácido graso total: La presencia del antagonista de la producción de ácidos grasos, setoxidim, puede cambiar la composición de ácidos grasos, por ejemplo, de 1 1.27% a 10.97% de ácido mirístico, de 0.23% a 0.03% de ácido miristoleico, de 3.92% a 5.5% de ácido pentadecanoico, de 0.43% a 0.53% de ácido pentadecenoico, de 45.57% a 40.52% de ácido palmítico, de 11.63% a 9.18% de ácido palmitoleico, de 1.16% a 1.49% de ácido margárico, de 1.84% a 1.45% de ácido esteárico, de 0.00% a 0.18% de ácido oleico, de 2.89% a 2.48% de ácido vaccénico, de 0.36% a 0.2% de ácido araquídico, de 0.12% a 0.00% de ácido eicosenoico, de 0.38% a 0.14% de ácido eicosadienoico, de 0.14% a 0.10% de ácido homo-gamma-linolénico, de 0.13% a 0.20% de ácido araquidónico, permanece 0.00% de ácido eícosatrienoico, de 0.26% a 0.37% de ácido eicosatetraenoico, de 0.38% a 0.78% de ácido eicosapentaenoico, permanece 0.00% de ácido behénico, de 1.12% a 1.09% de ácido heneicosapentaenoico, de 0.20% a 0.00% de ácido docosadienoico, de 0.16% a 0.00% de ácido adrénico, de 3.88% a 5.26% de ácido docosapentaenoico n-6, de 0.35% a 0.24% de ácido docosapentaenoico n-3, permanece 0.00% de ácido lignocérico, de 13.54% a 19.31 % de ácido docosahexaenoico, permanece 0.00% de ácido nervónico, y de 0.27% a 0.20% de ácido hexacosanoico. Lípido como porcentaje de ácido graso total: La presencia del antagonista de la producción de ácidos grasos, cerulenina, puede cambiar la composición de ácidos grasos, por
ejemplo, de 11.10% a 11.03% de ácido mirístico, permanece 0.00% de ácido miristoleico, de 3.84% a 3.23% de ácido pentadecanoico, de 0.1 1 % a 0.10% de ácido pentadecenoico, de 50.52% a 48.98% de ácido palmítico, de 1.93% a 2.22% de ácido palmitoleico, de 0.85% a 0.74% de ácido margárico, de 1.55% a 1.86% de ácido esteárico, de 0.13% a 0.29% de ácido oleico, de 0.93% a 1.24% de ácido vaccénico, de 0.38% a 0.41 % de ácido araquídico, de 0.00% a 0.19% de ácido eicosenoico, permanece 0.17% de ácido eicosadienoico, de 0.15% a 0.20% de ácido homo-gamma-linolénico, de 0.16% a 0.30% de ácido araquidónico, permanece 0.00% de ácido eicosatrienoico, de 0.34% a 0.36% de ácido eicosatetraenoico, de 0.72% a 1.17% de ácido eicosapentaenoico, de 0.10% a 0.11 % de ácido behénico, de 1.27% a 1.24% de ácido heneicosapentaenoico, de 0.13% a 0.14% de ácido docosadienoico, permanece 0.00% de ácido adrénico, de 5.47% a 5.83% de ácido docosapentaenoico n-6, de 0.16% a 0.23% de ácido docosapentaenoico n-3, permanece 0.00% de ácido lignocérico, de 19.98% a 19.97% de ácido docosahexaenoico, permanece 0.00% de ácido nervónico, y de 0.16% a 0.23% de ácido hexacosanoico. Lípido como porcentaje de ácido graso total: La presencia del antagonista de la producción de ácidos grasos, ácido oleico, puede cambiar la composición de ácidos grasos, por ejemplo, de 24.46% a 1.38% de ácido mirístico, de 0.03% a 0.00% de ácido miristoleico, de 2.43% a 0.49% de ácido pentadecanoico, permanece 0.00% de ácido pentadecenoico, de 42.82% a 16.67% de ácido palmítico, de 0.46% a 1.06% de ácido palmitoleico, de 0.31 % a 0.28% de ácido margárico, de 1.26% a 1.56% de ácido esteárico, de 0.15% a 25.36% de ácido oleico, de 0.26% a 2.68% de ácido vaccénico, de 0.36% a 0.00% de ácido araquídico, permanece 0.00% de ácido eicosenoico, de 0.06% a 0.51 % de ácido eicosadienoico, de 0.13% a 0.61 % de ácido homo-gamma-linolénico, de 0.22% a 0.72% de ácido araquidónico, permanece 0.00% de ácido eicosatrienoico, de 0.27% a 0.00% de ácido eicosatetraenoico, de 0.62% a 5.47% de ácido eicosapentaenoico, de 0.10% a 0.00% de ácido behénico, de 1.01 % a 0.20% de ácido heneicosapentaenoico, de 0.14% a 0.68% de ácido docosadienoico, de 0.14% a 0.60% de ácido adrénico, de 5.85% a 7.58% de ácido docosapentaenoico n-6, de 0.14% a 0.39% de ácido docosapentaenoico n-3, permanece 0.00% de ácido lignocérico, de 18.77% a 33.16% de ácido
docosahexaenoico, permanece 0.00% de ácido nervónico, y permanece 0.00% de ácido hexacosanoico. Lípido como porcentaje de ácido graso total: La presencia del antagonista de la producción de ácidos grasos, ácido oleico en combinación con glucoasa, puede cambiar la composición de ácidos grasos, por ejemplo, de 24.46% a 8.04% de ácido mirístico, de 0.03% a 0.00% de ácido miristoleico, de 2.43% a 0.73% de ácido pentadecanoico, permanece 0.00% de ácido pentadecenoico, de 42.82% a 33.18% de ácido palmítico, de 0.46% a 4.22% de ácido palmitoleico, de 0.31 % a 0.17% de ácido margárico, de 1.26% a 1.60% de ácido esteárico, de 0.15% a 9.49% de ácido oleico, de 0.26% a 4.45% de ácido vaccénico, de 0.36% a 0.34% de ácido araquídico, de 0.00% a 0.30% de ácido eicosenoico, de 0.06% a 0.36% de ácido eicosadienoico, de 0.13% a 0.30% de ácido homo-gamma-linolénico, de 0.22% a 0.46% de ácido araquidónico, permanece 0.00% de ácido eicosatrienoico, de 0.27% a 0.24% de ácido eicosatetraenoico, de 0.62% a 2.60% de ácido eicosapentaenoico, de 0.10% a 0.00% de ácido behénico, de 1.01 % a 0.79% de ácido heneicosapentaenoico, de 0.14% a 0.43% de ácido docosadienoico, de 0.14% a 0.28% de ácido adrénico, de 5.85% a 6.46% de ácido docosapentaenoico n-6, de 0.14% a 0.39% de ácido docosapentaenoico n-3, permanece 0.00% de ácido lignocérico, de 18.77% a 24.65% de ácido docosahexaenoico, permanece 0.00% de ácido nervónico, y permanece 0.00% de ácido hexacosanoico. Lípido como porcentaje de ácido graso total: La presencia del antagonista de la producción de ácidos grasos, capsaicina, puede cambiar la composición de ácidos grasos, por ejemplo, de 9.7% a 21.86% de ácido mirístico, de 0.00% a 0.28% de ácido miristoleico, de 9.83% a 0.91 % de ácido pentadecanoico, de 0.1 1 % a 0.23% de ácido pentadecenoico, de 43.48% a 24.19% de ácido palmítico, de 1.52% a 17.98% de ácido palmitoleico, de 2.29% a 0.19% de ácido margárico, de 1.59% a 1.60% de ácido esteárico, de 0.10% a 0.00% de ácido oleico, de 1.27% a 6.67% de ácido vaccénico, de 0.26% a 0.20% de ácido araquídico, permanece 0.00% de ácido eicosenoico, de 0.03% a 0.23% de ácido eicosadienoico, de 0.25% a 0.22% de ácido homo-gamma-linolénico, de 0.17% a 0.78% de ácido araquidónico, permanece 0.00% de ácido eicosatrienoico, de 0.30% a 0.27% de ácido eicosatetraenoico, de 0.48% a 1.38% de ácido
eicosapentaenoico, de 0.08% a 0.00% de ácido behénico, de 0.00% a 0.00% de ácido heneicosapentaenoico, de 0.13% a 0.17% de ácido docosadienoico, de 0.07% a 0.46% de ácido adrénico, de 6.53% a 5.19% de ácido docosapentaenoico n-6, de 0.22% a 0.31 % de ácido docosapentaenoico n-3, permanece 0.00% de ácido lignocérico, de 21.48% a 16.86% de ácido docosahexaenoico, permanece 0.00% de ácido nervónico, y permanece 0.00% de ácido hexacosanoico. Lípido como porcentaje de ácido graso total: La presencia del antagonista de la producción de ácidos grasos, ácido toluico, puede cambiar la composición de ácidos grasos, por ejemplo, de 8.95% a 11.19% de ácido mirístico, permanece 0.00% de ácido miristoleico, de 9.79% a 14.93% de ácido pentadecanoico, de 0.13% a 0.27% de ácido pentadecenoico, de 32.80% a 26.90% de ácido palmítico, de 1.94% a 2.36% de ácido palmitoleico, de 1.89% a 2.69% de ácido margárico, de 1.28% a 1.59% de ácido esteárico, de 0.10% a 0.1 1 % de ácido oleico, de 1.64% a 3.68% de ácido vaccénico, de 0.22% a 0.23% de ácido araquídico, de 0.01 % a 0.14% de ácido eicosenoico, de 0.20% a 0.79% de ácido eicosadienoico, de 0.12% a 0.17% de ácido homo-gamma-linolénico, de 0.38% a 0.90% de ácido araquidónico, de 0.08% a 0.03% de ácido eicosatrienoico, de 0.38% a 0.36% de ácido eicosatetraenoico, de 1.16% a 2.95% de ácido eicosapentaenoico, permanece 0.00% de ácido behénico, de 0.43% a 0.39% de ácido heneicosapentaenoico, de 0.09% a 0.06% de ácido docosadienoico, de 0.19% a 0.46% de ácido adrénico, de 9.43% a 5.95% de ácido docosapentaenoico n-6, de 0.27% a 0.54% de ácido docosapentaenoico n-3, de 0.07% a 0.03% de ácido lignocérico, de 28.48% a 23.03% de ácido docosahexaenoico, de 0.03% a 0.18% de ácido nervónico, y permanece 0.00% de ácido hexacosanoico. Lípido como porcentaje de ácido graso total: La presencia del antagonista de la producción de ácidos grasos, norflurazon, puede cambiar la composición de ácidos grasos, por ejemplo, de 12.36% a 11.08% de ácido mirístico, permanece 0.12% de ácido miristoleico, de 2.71% a 3.16% de ácido pentadecanoico, de 0.35% a 0.33% de ácido pentadecenoico, de 43.24% a 40.61 % de ácido palmítico, de 15.54% a 10.65% de ácido palmitoleico, de 0.80% a 1.03% de ácido margárico, de 1.61 % a 1.52% de ácido esteárico, de 0.04% a 0.00% de ácido oleico, de 3.22% a
3.53% de ácido vaccénico, de 0.23% a 0.16% de ácido araquídico, de 0.00% a 0.02% de ácido eicosenoico, de 0.15% a 0.13% de ácido eicosadienoico, de 0.1 1 % a 0.18% de ácido homo-gamma-linolénico, de 0.14% a 0.19% de ácido araquidónico, permanece 0.00% de ácido eicosatrienoico, de 0.13% a 0.24% de ácido eicosatetraenoico, de 0.52% a 0.76% de ácido eicosapentaenoico, de 0.07% a 0.05% de ácido behénico, permanece 0.00% de ácido heneicosapentaenoico, de 0.1 1 % a 0.03% de ácido docosadienoico, de 0.23% a 0.17% de ácido adrénico, de 3.98% a 5.23% de ácido docosapentaenoico n-6, de 0.13% a 0.19% de ácido docosapentaenoico n-3, de 0.09% a 0.00% de ácido lignocérico, de 14.13% a 20.61 % de ácido docosahexaenoico, permanece 0.00% de ácido nervónico, y permanece 0.00% de ácido hexacosanoico.
(2) Otras moléculas Los microbios productores de aceite descritos además pueden producir carotenoides y xantofilas. Ejemplos de tales carotenoides y xantofilas incluyen beta-caroteno, licopeno, astaxantina, cantaxantina, fenicoxañtina, zeaxantina, equinenona, beta-criptoxantina, capsantina, lutina, anato, beta-apo-8-carotenal y beta-apo-8-carotenal-éster. Las xantofilas producidas por los microbios productores de aceite descritos pueden conjugarse con los diversos PUFAs también producidos por los microbios productores de aceite descritos.
(a) Antioxidantes Generalmente, los antioxidantes son compuestos que reaccionan con y, típicamente, se consumen por el oxígeno. Dado que los antioxidantes típicamente reaccionan con oxígeno, los antioxidantes también típicamente reaccionan con los generadores de radicales libres, y los radicales libres. ("The Antioxidants - The Nutrients that Guard Your Body" por Richard A. Passwater, Ph. D., 1985, Keats Publishing Inc., que se incorpora en este documento para referencia al menos para el material relacionado con antioxidantes). Las composiciones pueden contener cualesquier antioxidantes, y una lista no limitante puede incluir pero no limitarse a,
antioxidantes y nutrientes no flavonoides que pueden buscar directamente los radicales libres incluyendo multi-carotenos, beta-carotenos, alfa-carotenos, gamma-carotenos, licopeno, luteína y zeaxantinas, selenio, Vitamina E, incluyendo alfa, beta y gamma (tocoferol, particularmente alfa-tocoferol, etc., succinato de vitamina E, y trolox (un análogo soluble de Vitamina E) Vitamina C (ácido ascórbico) y Niacina (Vitamina B3, ácido nicotínico y nicotinamida), Vitamina A, ácido 13-c/s retinoico, N-acetil-L-cisteína (NAC), ascorbato de sodio, pirrolidin-editio-carbamato, y coenzima Q10; enzimas que catalizan la destrucción de radicales libres incluyendo peroxidasas tales como glutatión peroxidasa (GSHPX) que actúa sobre H202 y tales como peróxidos orgánicos, incluyendo catalasa (CAT) que actúa sobre H202, superóxido dismutasa (SOD) que desproporciona 02H202, glutatión transferasa (GSHTx), glutatión reductasa (GR), glucosa 6-fosfato deshidrogenasa (G6PD), y miméticos, análogos y polímeros de los mismos (análogos y polímeros de enzimas antioxidantes, tal como SOD, se describen, por ejemplo, en la Patente de E. U. Ser. No. 5, 171 ,680 que se incorpora en este documento para referencia para el material relacionado al menos con antioxidantes y enzimas antioxidantes); glutatión; ceruloplasmina; cisteína, y cisteamina (beta-mercaptoetilamina) y flavenoides y moléculas tipo flavenoides como ácido fólico y folato. Una revisión de enzimas antioxidantes y miméticos de las mismas y nutrientes antioxidantes puede encontrarse en Kumar et al, Pharmac. Ther. 39: 301 , 1988 y Machlin L. J. and Bendich, FASEB Journal 1 :441 -445, 1987 que se incorporan en este documento para referencia para el material relacionado con antioxidantes. Los flavonoides, también conocidos como "fenilcromonas", son compuestos solubles en agua que se presentan en forma natural, que tienen características antioxidantes. Los flavonoides se distribuyen ampliamente en plantas vasculares y se encuentran en numerosos vegetales, frutas y bebidas tales como te y vino (particularmente vino rojo). Los flavonoides son compuestos aromáticos conjugados. Los flavonoides que se presentan más ampliamente son flavonas y flavonoles (por ejemplo, miricetina, (3,5,7,3',4',5',-hexahidroxiflavona), quercetina (3,5,7,3',4'-pentah¡droxiflavona), kaempferol (3,5,7,4'-tetrahidroxiflavona), y las flavonas apigenina (5,7,4'-trihidrox¡flavona) y luteolina (5,7,3',4'-tetrahidroxiflavona) y glicósidos de las mismas y quercetina).
Los carotenoides son importantes pigmentos naturales producidos por muchos microorganismos y plantas, usualmente de color rojo, naranja o amarillo. Tradicionalmente, los carotenoides se han usado en las industrias de la alimentación, alimentos y nutracéutica. Se sabe que son esenciales para el crecimiento vegetal y fotosíntesis, y son una fuente dietética principal de vitamina A en humanos. Los antioxidantes dietéticos, tales como los carotenoides (beta-caroteno, licopeno, astaxantina, cantaxantina, zeaxantina, capsantina, luteína, anato, beta-apo-8-carotenal y beta-apo-8-carotenal-éster), exhiben actividades anti-cáncer significativas y juegan un papel importante en la prevención de enfermedades crónicas. Los carotenoides son potentes antioxidantes biológicos que pueden absorber la energía excitada del oxígeno singular sobre la cadena de carotenoide, conduciendo a la degradación de la molécula de carotenoide pero evitando que otras moléculas o tejidos se dañen. Se requiere oxígeno para las funciones metabólicas, pero también presenta desafíos para las células. El organismo humano tiene una amplia variedad de enzimas y antioxidantes metabólicos para librar a sus células de moléculas derivadas de oxígeno. Este estrés oxidativo se supone un factor contribuyente en padecimientos tales como artritis reumatoide, enfermedad isquémica cardiaca e infarto, demencia de Alzheimer, cáncer y envejecimiento. Por lo tanto, los antioxidantes tienen el potencial para proteger contra un amplio espectro de enfermedades. Varios compuestos antioxidantes se han aislado de fuentes microbianas marinas; estos incluyen astaxantina, beta-caroteno y otros carotenoides. Los carotenoides son un grupo ampliamente distribuido de pigmentos que se presentan en forma natural, con más de 700 pigmentos naturales solubles en lípidos principalmente producidos por especies de microalgas, macroalgas, bacterianas y fúngicas, con astaxantina y sus derivados siendo de particular interés comercialmente. La astaxantina es un protector antioxidante extremadamente efectivo. Todavía, a diferencia del beta-caroteno, la astaxantina cruza fácilmente la barrera sangre-cerebro/retina, y por lo tanto también tiene potencial para proteger de enfermedades del cerebro y los ojos. Estudios preclínicos sugieren diversos efectos beneficiosos de consumo de astaxantina tales como: (i) inhibe formación y crecimiento de cáncer en la vejiga, colon, hígado, glándula mamaria y la cavidad oral; (ii) protege la retina del ojo
del daño oxidativo y de esta manera tiene un efecto contra la enfermedad macular relacionada con la edad; (iii) promueve una actividad inmunitaria incrementada, (iv) proporciona protección del daño por luz ultravioleta, así como (v) proporciona firmeza muscular incrementada.
b) Aislamiento de microorganismos Se describen microbios productores de aceite de la familia Thraustochytriaceae obtenidos por un método que comprende cebar una muestra vegetativa en agua salada (natural o artificial) con granos de polen e incubar; separar y transferir los granos a un medio heterotrófico e incubar; identificar un aislamiento que produce ácidos grasos, aislar del aislamiento identificado el microorganismo de la familia Thraustochytriaceae. Formas adicionales de aislamiento incluyen medios complementados con antibióticos apropiados e identificación mediante medios microscópicos como se menciona anteriormente o mediante el uso de cebadores o sondas del gen de rRNA 18S. El medio heterotrófico puede ser como se describe posteriormente.
5. Lípidos y otras moléculas producidas por el microorganismo eucariótico Se describen composiciones de lípidos que comprenden de aproximadamente 25 % en peso a aproximadamente 40 % en peso de DHA n-3, de aproximadamente 6 % en peso a aproximadamente 10 % en peso de DPA n-6, y de aproximadamente 0 % en peso a aproximadamente 10 % en peso de EPA n-3. La composición de lípidos además puede comprender de aproximadamente 11 % en peso a aproximadamente 15 % en peso (por ejemplo, aproximadamente 13 % en peso) de ácido mirístico, de aproximadamente 7 % en peso a aproximadamente 1 1 % en peso (por ejemplo, aproximadamente 9 % en peso) de ácido pentadecanoico, de aproximadamente 37 % en peso a aproximadamente 41 % en peso (por ejemplo, aproximadamente 39 % en peso) de ácido palmítico, de aproximadamente 3 % en peso a aproximadamente 7 % en peso (por ejemplo, aproximadamente 5 % en peso) de ácido palmitoleico, de aproximadamente 0 a aproximadamente 3 % en peso (por ejemplo, aproximadamente 1 % en peso) de ácido esteárico, o de aproximadamente 1 % en peso a aproximadamente 4 % en peso (por ejemplo, aproximadamente 2
% en peso) de ácido oleico. La composición de lípidos puede comprender DHA n-3 en concentraciones en exceso de aproximadamente 400 mg de biomasa, DPA n-6 en concentraciones en exceso de 100 mg de biomasa. La composición de lípidos además puede comprender carotenoides. Ejemplos de tales carotenoides incluyen beta-caroteno, licopeno, astaxantina, zeaxantina, cantaxantina, equinenona, fenicoxantina, capsantina, luteina, anato, beta-apo-8-carotenal, y beta-apo-8-carotenal-éster. En un aspecto, la composición puede comprender al menos aproximadamente 24 % en peso de DHA n-3, aproximadamente 1 % en peso de DPA n-3, aproximadamente 6 % en peso de DPA n-6, y aproximadamente 1 % en peso de EPA n-3.
7. Composiciones que contienen las moléculas producidas por el microorganismo eucariótico Un producto alimenticio, complemento, composición farmacéutica para humanos y animales (incluyendo marinos) puede comprender la composición (lípido, lípido con antioxidante y antioxidante solo). También se describe una fórmula infantil que comprende la composición (lípido, lípido con antioxidante y antioxidante solo).
C. Métodos 1. Métodos para elaborar lípidos Se describen métodos para preparar una composición de lípidos, el método comprendiendo: cultivar un microbio productor de aceite que comprende uno o más microorganismos de la familia Thraustochytriaceae, y aislar la composición de lípidos. También se describen métodos para preparar una composición de lípidos, el método comprendiendo: cultivar un microbio productor de aceite en un medio heterotrófico que comprende un antagonista de la producción de ácidos grasos.
También se describen métodos para preparar una composición de lípidos, el método comprendiendo: cultivar un microbio productor de aceite en un medio heterotrófico que comprende un antagonista de la producción de ácidos grasos, que además comprende aislar la composición de lípidos. También se describen métodos para preparar una composición de lípidos, el método comprendiendo: cultivar un microbio productor de aceite en un medio heterotrófico que comprende un antagonista de la producción de ácidos grasos, en donde la relación de ácidos grasos omega-3 y omega-6 a ácidos grasos omega-9 se incrementa. También se describen métodos para preparar una composición de lípidos, el método comprendiendo: cultivar un microbio productor de aceite en un medio heterotrófico que comprende un antagonista de la producción de ácidos grasos, en donde la relación de ácidos grasos omega-3 y omega-6 a ácidos grasos omega-9 se altera en comparación con un control como se muestra en la Figura 1 1. También se describen métodos para preparar una composición de lípidos, el método comprendiendo: cultivar un microbio productor de aceite en un medio heterotrófico que comprende un antagonista de la producción de ácidos grasos, en donde la relación de ácidos grasos omega-3 y omega-6 a ácidos grasos omega-9 se incrementa, en donde el contenido global de ácidos grasos no se altera También se describen métodos por los que el perfil de ácidos grasos de dicho organismo puede modificarse para incrementar por ejemplo la concentración de EPA mediante la complementación del medio de fermentación o tales composiciones químicas usadas en la fermentación y producción de ácidos grasos omega-3 y omega-6, con complementos nutritivos, estímulos químicos o inhibidores que afectan directamente la ruta metabólica de ONC-T18. Describiéndose específicamente que estas enzimas tienen actividades de elongasa, desaturasa o ácido graso sintasa. Para el conocimiento de los inventores, este es el primer caso en que se han identificado específicamente compuestos químicos que, cuando se combinan (a lo largo de la fermentación o en puntos específicos en el tiempo) con el medio de fermentación, modifican el perfil de ácidos grasos. Ejemplos de tales compuestos incluyen intermediarios de ácidos grasos
presentes dentro de la ruta de biosíntesis de lípidos de estos microorganismos particulares, tal como ácido oleico (Véase Figura 14) que, cuando se agregan al medio de fermentación resultan en una elevación del contenido de EPA dentro de las células. Contrario a los datos experimentales de Metz et al. (2001 ), en que la incorporación de ácido oleico en un Schizochytrium sp. se documentó, no se encontró que ocurriera conversión de este producto en ácido graso poliinsaturado. En este caso, por medio del uso de ácido oleico etiquetado con 13C, el carbono 13C que se origina en el ácido oleico enriquecido se encontró en ácidos grasos poliinsaturados subsecuentes y constituyó el resto de la concentración elevada de EPA. Esto demuestra que la incorporación de ácidos grasos intermediarios en el medio de cultivo no solamente resulta en incorporación exitosa en las células sino también incorporación exitosa en el sistema de síntesis activo de lípidos de desaturasa, elongasa y ácido graso sintasa. Una diversidad de procedimientos puede emplearse en la recuperación de la biomasa celular resultante de la fermentación en diversos medios de cultivo, tal como por filtración o centrifugación. Las células entonces pueden lavarse, congelarse, liofilizarse o secarse por aspersión, y almacenarse bajo una atmósfera no oxidante para eliminar la presencia de oxígeno, antes de la incorporación en un alimento o producto alimenticio procesado. Los lípidos celulares que contienen los PUFAs DHA (n-3), EPA y DPA (n-6) también pueden extraerse a partir de los métodos de biomasa celular tal como extracción de fluido supercrítico, o por extracción con solventes tales como cloroformo, hexano, cloruro de metileno, o metanol, y el extracto resultante evaporase bajo presión negativa para producir una muestra de material lipídico concentrado. Los PUFAs omega-3 y omega-6 pueden concentrarse además al hidrolizar los lípidos y concentrar la fracción altamente insaturada al emplear métodos tradicionales tales como aducción de urea o destilación fraccional, cromatografía de columna, o por fraccionamiento de fluido supercrítico. Las células también pueden romperse o lisarse y los lípidos extraerse en los aceites vegetales o animales (por ejemplo, aceites de pescado). Los aceites extraídos pueden refinarse por procesos bien conocidos empleados de manera rutinaria para refinar aceites vegetales (por ejemplo, por refinación química o física). Estos procesos de refinación remueven impurezas de los aceites extraídos antes de que se usen o vendan como
aceites comestibles. Después de la refinación, los aceites pueden usarse directamente como un alimento o aditivo para alimentos para producir productos enriquecidos en omega-3 y/u omega-6. Alternativamente, el aceite puede además procesarse y purificarse como se detalla posteriormente y entonces usarse en las aplicaciones anteriores y también en aplicaciones farmacéuticas. En otro proceso para la producción de aceites omega-3 u omega-6 enriquecidos
(concentrados), la biomasa celular recolectada (fresca o seca) puede romperse o permeabilizarse por técnicas bien conocidas tales como sonicación, métodos de disrupción por corte en líquido, molido con bolas, prensado bajo alta presión, congelación-descongelación, o digestión enzimática de la pared celular. Los lípidos de las células rotas se extraen por el uso de un solvente o mezcla de solventes tales como hexano, cloroformo, éter, o metanol. El solvente se remueve y los lípidos se hidrolizan al usar cualquiera de los métodos bien conocidos para convertir triglicéridos a ácidos grasos libres o ésteres de ácidos grasos incluyendo hidrólisis por base, ácido, o enzimática. Después de que la hidrólisis se termina, los compuestos no saponificables se extraen en un solvente tal como éter, hexano o cloroformo y se remueven. La solución restante entonces se acidifica por la adición de un ácido, y el ácido graso libre extraído en un solvente tal como hexano, éter o cloroformo. La solución de solventes que contiene los ácidos grasos libres entonces puede enfriarse a una temperatura suficientemente baja para la cristalización de los compuestos no PUFA, que entonces pueden removerse mediante filtración, centrifugación o sedimentación. Lo que resulta en la concentración de los compuestos PUFA restantes y se usan como complementos nutritivos para humanos, como un aditivo para alimentos, o como aplicaciones farmacéuticas. También, se describe una composición de lípidos preparada por los métodos descritos anteriormente. Los microorganismos de la familia Thraustochytriaceae pueden ser cualquiera de los microorganismos descritos anteriormente.
a) Medio El medio heterotrófico puede comprender sal marina (artificial o natural), una o más fuentes de carbono, y una o más fuentes de nitrógeno. La sal marina puede presentarse en una
cantidad de aproximadamente 2.0 a aproximadamente 40.0 g L'1. La concentración de la fuente de carbono y nitrógeno usada bajo condiciones estándar de cultivo (no para alta concentración, sino más bien fermentación rentable) cae dentro del intervalo de 5 g L"1 a 60 g L" y 4 g L" a 10 g L"1, respectivamente. Para fermentación de alta concentración, la concentración de la fuente de carbono y nitrógeno usada bajo condiciones estándar de cultivo cae dentro del intervalo de 100 g L" 1 y 160 g L'1 y 40 g L" a 60 g L"1, respectivamente. La tendencia siendo que para acumulación de aceite, el microbio productor de aceite se cultiva en un medio de cultivo (como aquellos descritos anteriormente) en que el suministro de nitrógeno se limita después de aproximadamente 24 a aproximadamente 48 horas, mientras el suministro de carbono permanece en abundancia. Este microbio productor de aceite continúa asimilando el carbono (en forma de azúcares simples) pero puede no experimentar más la división celular debido a una carencia de nitrógeno para la generación de proteínas y ácidos nucleicos relevantes. El resultado siendo que estos azúcares se convierten en aceites de almacenamiento, mucho en la misma forma que Ratledge C. (Lipid Tech. 16:34-39, 2004) describe y la figura 1 representa este fenómeno para estos organismos. La fuente de nitrógeno puede ser una o más de peptona, extracto de levadura, extracto de malta, y glutamato de sodio. La fuente de nitrógeno también puede ser licor de maíz fermentado o extracto de semilla de algodón. La fuente de nitrógeno puede comprender extracto de levadura y/o peptona o monoglutamato de sodio. Por ejemplo, la fuente de nitrógeno puede incluir, pero no se limita a EMD™ YE-MSG, EMD™ YE, EMD™ Peptone-MSG, Sigma™ YE-MSG, Sigma™ YE, Fermtech™ YE-MSG, Fermtech™ YE, o Harina de pescado (62% de proteína). El extracto de levadura puede presentarse en una cantidad de aproximadamente 2 g L"1. El monoglutamato de sodio puede presentarse en una cantidad de aproximadamente 8 g L'1. La fuente de carbono puede ser una o más de D-trehalosa, glicerol, ácido D-glucónico, ácido L-láctico, ácido D,L-málico, D-ribosa, Tween 20, D-fructosa, acetato, ácido acético, alfa-D-glucosa, maltosa, timidina, L-asparagiria, D-xilosa, Tween 40, ácido a-ceto-glutárico, sacarosa, L-glutamina, Tween 80, beta-metilo-D-glucósido, maltotriosa, adenosinina, ácido fumárico, ácido bromo succínico, L-serina, D-celobiosa, L-alanil-glicina, piruvato de metilo, ácido L-málico, glicil-L-prolina, D-palcosa, L-lixosa, ácido pirúvico, alfa-D-lactosa, dextrina, D-arabinosa, 2-
desoxi-D-ribosa, gelatina, dextrosa, almidón, 3-0-beta-D-galactopiranosil-D-arabinosa, D-tagatosa, ácido 5-ceto-D-glucónico, ácido oxalomálico, ácido sórbico, L-omitina, y dihidroxiacetato. En un aspecto, la fuente de carbono puede ser ácido D,L-málico, D-fructosa, D-xilosa, ácido fumárico, D-celobiosa, ácido 5-ceto-D-glucónico, ácido pirúvico, alfa-D-lactosa, maíz dextrina, gelatina, almidón de maíz o almidón de trigo. La fuente de carbono puede presentarse en una cantidad de aproximadamente 1 g L"1 a aproximadamente 60 g L'1 y hasta aproximadamente 200 g L"1. En un ejemplo, el medio puede comprender aproximadamente 5 g de D-glucosa, aproximadamente 2 g de peptona, y aproximadamente 2 g de extracto de levadura por litro de agua salada (natural o artificial). En otro, el medio puede comprender aproximadamente 60 g de D-glucosa, aproximadamente 10 g de extracto de levadura por litro de agua salada (natural o artificial). En otro, el medio puede comprender aproximadamente 8 g de extracto de levadura, 32 g de MSG, 24 g de sal marina (natural y artificial) y 300 g de D-glucosa por litro. El medio además puede comprender fosfatos (por ejemplo, fosfato de potasio y fosfatos de sodio). El medio además puede comprender sales inorgánicas (por ejemplo, sulfato de amonio, bicarbonato de sodio, ortovanadato de sodio, cromato de potasio, molibdato de sodio, ácido selenoso, sulfato de níquel, sulfato de cobre, sulfato de zinc, cloruro de cobalto, cloruro de hierro, cloruro de manganeso). El medio además puede comprender un compuesto quelante (por ejemplo, EDTA). El medio además puede comprender vitaminas (por ejemplo, clorhidrato de piridoxina, clorhidrato de tiamina, pantotenato de calcio, ácido p-aminobenzoico, riboflavina, ácido nicotínico, biotina, ácido fólico, y vitamina B12). El medio puede estar en un pH de aproximadamente 4.0 a aproximadamente 6.5. La incubación puede ser de aproximadamente 1 a aproximadamente 9 días (por ejemplo, de aproximadamente 3 a aproximadamente 5 días). La incubación puede ser a aproximadamente 18 a aproximadamente 30°C (por ejemplo, de aproximadamente 18-25°C). La Figura 8 muestra la diferencia en producción de biomasa, TFA y contenido de DHA de las células e índice de asimilación de glucosa cuando ONC-T18 se cultiva en un fermentador bajo un régimen de alimentación por lotes durante 88 horas a 18 y 25°C. En este caso la proporción de glucosa (o metabolismo del carbono) a producción de TFA cambia de 8.1 a 3.0. Lo que significa que a 18°C
8.1 g de glucosa se necesitan para generar 1 g de TFA, mientras a 25°C solamente se necesitan 3.0 g de glucosa. La incubación además puede comprender agitación o aeración. Aislar el lípido puede comprender contactar los microorganismos con un solvente de extracción. El solvente puede comprender uno o más solventes elegidos de cloroformo, hexano, metanol, o etanol, o C02 supercrítico. El método puede producir cualquiera de las composiciones como se describe anteriormente. El microbio productor de aceite puede producir una composición de lípidos que comprende DHA n-3 en más o igual a aproximadamente 20 g L"1 de medio. El microbio productor de aceite puede producir una composición de lípidos que comprende DHA n-3 en más o igual a aproximadamente 40 g L"1 de medio. El microbio productor de aceite puede producir una composición de lípidos que comprende DHA n-3 en más o igual a aproximadamente 80 g L"1 de medio.
2. Métodos de selección e identificación El microbio productor de aceite, como se describe en este documento, puede producir un lípido que contiene la serie (n-3) de ácido docosahexaenoico y ácido eicosapenatenoico y la serie (n-6) de DPA. Este microbio productor de aceite puede seleccionarse, por ejemplo, con el siguiente método de selección. Muestras vegetativas pueden ser (y fueron) colocadas en viales de 20 mi que contienen 10 mi de agua de mar natural filtrada a 0.2 pm estéril que contiene penicilina y estreptomicina a 300 y 500 mg L"1, respectivamente. Los viales entonces se cebaron con granos estériles de polen e incubaron durante 48 horas a 18 a 25°C. Los granos de polen entonces se transfirieron sobre placas de agar que contienen antibióticos (como anteriormente) e incubaron bajo las mismas condiciones. Colonias individuales, irregulares, hialinas constituidas de células esféricas o limaciformes y atípicas de colonias de levaduras o bacterianas se recogieron y sub-cultivaron en el mismo medio y bajo las mismas condiciones como anteriormente. Estos aislamientos entonces se seleccionaron para crecimiento y ácidos grasos usando un medio líquido nutritivo, preparado con agua de mar natural filtrada a 0.2 pm que
contiene 5 g L"1 de glucosa, 2 g L"1 de peptona y 2 g L"1 de extracto de levadura, con la biomasa celular resultante recolectada por centrifugación o sedimentación dentro de un medio líquido. Los ácidos grasos se transesterificaron directamente usando métodos convencionales, con la composición de metilésteres de ácidos grasos analizada mediante cromatografía de gas, con cepas que producen cantidades apropiadas de la serie n-3 de DHA y la serie n-6 de DPA seleccionadas para trabajo posterior. Se describen métodos para identificar un microbio productor de aceite, el método comprendiendo: cebar una muestra vegetativa en agua salada (natural de mar o artificial) con granos de polen e incubar; transferir los granos a un medio heterotrófico e incubar; e identificar aislamientos que producen ácidos grasos. También se describen composiciones de lípidos producidos por los microbios productores de aceite identificados anteriormente. También se describen composiciones de lípidos producidos por métodos que usan los microbios productores de aceite descritos y los métodos descritos en este documento. También se describen microbios productores de aceite que tienen el número de acceso de la Colección Norteamericana de Cultivos Tipo PTA-6245. También se describen microbios productores de aceite que pertenecen al orden Thraustochytriales (ONC-T18) que tienen 18S rRNA, tal como la SEQ ID 1 , e identificados como un Thraustochytrium sp. También se describen microbios productores de aceite que pertenecen al orden
Thraustochytriales (ONC-T18) que tienen secuencia 18S rRNA, tal como el número de acceso del GenBank DQ374149, e identificados como un Thraustochytrium sp. También se describe un microbio productor de aceite, Thraustochytrium sp. capaz de producir DHA y DPA en concentraciones en exceso de 400 mg L"1 y 100 mg L"1, respectivamente. También se describe un microbio productor de aceite, Thraustochytrium sp. capaz de producir carotenoides mediante fermentación heterotrófica como se menciona anteriormente en el intervalo 50 a 1250 mg kg"1 y astaxantina, zeaxantina, cantaxantina, equinenina y beta-caroteno
en el intervalo de 1 a 20 mg kg"1, 0.25 a 10 mg kg"1, 1 a 20 mg kg"1 1 a 20 mg kg"1 y 1 a 200 mg kg" 1, respectivamente. También se describen procesos para cultivar un microbio productor de aceite que comprenden, cultivar el microbio productor de aceite bajo ciertas condiciones, en donde las condiciones comprenden un medio que comprende cloruro de sodio en forma de sal marina artificial (marina trófica) entre 2.0 y 15.0 g L"1; una fuente de nitrógeno en forma de extracto de levadura y monoglutamato de sodio a 2.0 y 8.0 g L"1 respectivamente; y carbono en forma de glucosa hasta 130 g L'1. También se describen procesos para cultivar un microbio productor de aceite que comprenden, cultivar el microbio productor de aceite bajo ciertas condiciones, en donde las condiciones comprenden un medio que comprende cloruro de sodio en forma de sal marina artificial (marina trófica) entre 2.0 y 15.0 g L"1; una fuente de nitrógeno en forma de extracto de levadura y monoglutamato de sodio a 2.0 y 8.0 g L"1 respectivamente; y carbono en forma de glucosa hasta 130 g L'1 que además comprende uno o más antagonistas de la producción de ácidos grasos. Los procesos descritos, por ejemplo, pueden hacer crecer ONC-T18, por lo cual al menos 24% peso es DHA, al menos 6% en peso es DPA y al menos 1 % es EPA de ácido graso total. Los procesos descritos para crecimiento también, por ejemplo, pueden hacer crecer ONC-T18 de tal modo que al menos 1 % en peso es carotenoide material, con 1 a 2% y al menos 1.2% de lo cual siendo astaxantina, con de 0.25 y 1 % y al menos 0.45% siendo zeaxantina, con 5 a 16% y al menos 9% siendo cantaxantina, con 1 a 2% y al menos 1.2% de lo cual siendo equinenona y de 12 a 16% y al menos 14% en peso siendo beta-caroteno.
3. Ácidos nucleicos Hay una diversidad de moléculas descritas en este documento que se basan en ácidos nucleicos, incluyendo por ejemplo los ácidos nucleicos que codifican, por ejemplo, rRNA, así como cualesquier otras proteínas descritas en este documento, así como diversos ácidos nucleicos funcionales. Los ácidos nucleicos descritos se constituyen, por ejemplo, de nucleótidos, análogos
de nucleótidos, o sustitutos de nucleótidos. Ejemplos no limitantes de estas y otras moléculas se discuten en este documento. Se entiende que, por ejemplo, cuando un vector se expresa en una célula, que el ARNm expresado típicamente se constituirá de A, C, G, y U/T. Asimismo, se entiende que si, por ejemplo, una molécula antisentido se introduce en una célula o ambiente celular por medio, por ejemplo, de suministro exógeno, es favorable que la molécula antisentido se constituya de análogos de nucleótidos que reducen la degradación de la molécula antisentido en el ambiente celular.
a) Nucleótidos y moléculas relacionadas Un nucleótido es una molécula que contiene una porción de base, una porción de azúcar y una porción fosfato. Los nucleótidos pueden asociarse en conjunto por medio de sus porciones fosfato y porciones de azúcar creando un enlace internucleósido. La porción de base de un nucleótido puede ser adenin-9-ilo (A), citosin-1 -ilo (C), guanin-9-ilo (G), uracil-1 -ilo (U), y timin-1-ilo (T). La porción de azúcar de un nucleótido es una ribosa o una desoxirribosa. La porción fosfato de un nucleótido es fosfato pentavalente. Un ejemplo no limitante de un nucleótido puede ser 3'-AMP (3'-adenosina monofosfato) o 5 -GMP (5'-guanos¡na monofosfato). Un análogo de nucleótido es un nucleótido que contiene algún tipo de modificación a las porciones base, azúcar, o fosfato. Las modificaciones a nucleótidos se conocen bien en la técnica y pueden incluir, por ejemplo, 5-metilcitosina (5-me-C), 5-hidroximetilcitosina, xantina, hipoxantina, y 2-aminoadenina así como modificaciones en las porciones azúcar o fosfato. Los sustitutos de nucleótidos son moléculas que tienen propiedades funcionales similares a los nucleótidos, pero que no contienen una porción fosfato, tal como ácido nucleico péptido (PNA). Los sustitutos de nucleótidos son moléculas que reconocerán ácidos nucleicos de una manera Watson-Crick o Hoogsteen, pero que se enlazan en conjunto por medio de una porción diferente a una porción fosfato. Los sustitutos de nucleótidos son capaces de conformarse a una estructura tipo doble hélice cuando interactúan con el ácido nucleico objetivo apropiado. También es posible enlazar otros tipos de moléculas (conjugados) a nucleótidos o análogos de nucleótidos para aumentar por ejemplo, la asimilación celular. Los conjugados pueden
enlazarse químicamente al nucleótido o análogos de nucleótidos. Tales conjugados incluyen pero no se limitan a porciones de lípidos tal como una porción colesterol. (Letsinger et al., Proa Nati. Acad. Sci. USA, 86:6553-6556, 1989), Una interacción Watson-Crick es al menos una interacción con el lado de Watson-Crick de un nucleótido, análogo de nucleótido, o sustituto de nucleótido. El lado de Watson-Crick de un nucleótido, análogo de nucleótido, o sustituto de nucleótido incluye las posiciones C2, N1 , y C6 de un nucleótido, análogo de nucleótido, o sustituto de nucleótido de base purina y las posiciones C2, N3, C4 de un nucleótido, análogo de nucleótido, o sustituto de nucleótido de base pirimidina. Una interacción de Hoogsteen es la interacción que tiene lugar en el lado de Hoogsteen de un nucleótido o análogo de nucleótido, que se expone en la hendidura principal del ADN doble. El lado de Hoogsteen incluye la posición N7 y grupos reactivos (NH2 o O) en la posición C6 de los nucleótidos de purina.
b) Secuencias Hay una diversidad de secuencias relacionadas, por ejemplo, con la SEQ ID NO:1 , así como cualesquier otros ácidos nucleicos y proteínas descritas en este documento que pueden describirse en el Genbank, y estas secuencias y otras se incorporan en este documento para referencia en sus totalidades así como para subsecuencias individuales contenidas en ello. Una diversidad de secuencias se proporcionan en este documento y estas y otras pueden encontrarse en el Genbank, en www.pubmed.gov. Los expertos en la técnica entienden cómo resolver discrepancias y diferencias de secuencias y ajusfar las composiciones y métodos que se relacionan con una secuencia particular con otras secuencias relacionadas. Cebadores y/o sondas pueden diseñarse para cuaiqúier secuencia dada la información descrita en este documento y conocida en la técnica.
c) Cebadores y sondas Se describen composiciones que incluyen cebadores y sondas, que son capaces
de interactuar con los genes descritos en este documento. En ciertas modalidades los cebadores se usan para soportar reacciones de amplificación de ADN. Típicamente, los cebadores serán capaces de extenderse de una manera específica de secuencia. La extensión de un cebador de una manera específica de secuencia, incluye cualesquier métodos en donde la secuencia y/o composición de la molécula de ácido nucleico a la que el cebador se híbrida o se asocia de otra manera, dirige o influye en la composición o secuencia del producto producido por la extensión del cebador. La extensión del cebador de una manera específica de secuencia por lo tanto incluye, pero no se limita a, PCR, secuenciación de ADN, extensión de ADN, polimerización de ADN, transcripción de ARN, o transcripción inversa. Las técnicas y condiciones que amplifican el cebador de una manera específica de secuencia se prefieren. En ciertos aspectos los cebadores pueden usarse como sondas específicas de especie o género para el Thraustochytrium mencionado aquí. En este caso, los cebadores pueden diseñarse para ser específicos para el microorganismo eucariótico, con reacciones de PCR subsecuentemente realizadas. La presencia de la especie objetivo entonces puede determinarse por formación exitosa del producto de PCR. En ciertos aspectos los cebadores también pueden usarse para reacciones de amplificación de ADN, tal como PCR o secuenciación directa. Se entiende que en ciertos aspectos los cebadores también pueden extenderse usando técnicas no enzimáticas, donde por ejemplo, los nucleótidos u oligonucleótidos usados para extender el cebador se modifican de tal modo que reaccionarán químicamente para extender el cebador de una manera específica de secuencia. Típicamente, los cebadores descritos hibridan con el ácido nucleico o región del ácido nucleico o hibridan con el complemento del ácido nucleico o complemento de una región del ácido nucleico.
d) Suministro de Ácidos Nucleicos En los métodos descritos anteriormente que incluyen la administración y asimilación de ADN exógeno en las células de un sujeto (es decir, transducción o transfección de genes), los ácidos nucleicos descritos pueden estar en forma de ADN desnudo o ARN, o los ácidos nucleicos pueden estar en un vector para suministrar los ácidos nucleicos a las células, por lo cual el fragmento de ADN que codifica anticuerpos está bajo la regulación transcripcional de un
promotor, como puede entenderse bien por un experto en la técnica. El vector puede ser una preparación comercialmente disponible, tal como un vector adenovirus. (Quantum Biotechnologies, Inc. (Laval, Quebec, Canadá). El suministro del ácido nucleico o vector a las células puede ser mediante una diversidad de mecanismos. Como un ejemplo, el suministro puede ser mediante un liposoma, usando preparaciones comercialmente disponibles de liposomas tal como LIPOFECTIN, LIPOFECTAMINE (GIBCO-BRL, Inc., Gaithersburg, MD), SUPERFECT (Qiagen, Inc. Hilden, Alemania) y TRANSFECTAM (Promega Biotec, Inc., Madison, Wl), así como otros liposomas desarrollados de acuerdo con procedimientos estándar en la técnica. Además, el ácido nucleico o vector descrito puede suministrarse in vivo por electroporación, la tecnología para lo cual se encuentra disponible de Genetronics, Inc. (San Diego, CA) así como por medio de una máquina SONOPORATION (ImaRx Pharmaceutical Corp., Tucson, AZ). Como un ejemplo, el suministro del vector puede ser mediante un sistema viral, tal como un sistema de vector retroviral que puede empacar un genoma retroviral recombinante (véase por ejemplo, Pastan et al, Pro Nati. Acad. Sci. U. S. A. 85:4486, 1988; Miller et al, Mol. Cell. Biol. 6:2895, 1986). El retrovirus recombinante entonces puede usarse para infectar y . en consecuencia suministrar a las células infectadas el ácido nucleico que codifica un anticuerpo ampliamente neutralizante (o fragmento activo del mismo). El método exacto para introducir el ácido nucleico alterado en células de mamífero, por supuesto, no se limita al uso de vectores retrovirales. Otras técnicas se encuentran ampliamente disponibles para este procedimiento incluyendo el uso de vectores adenovirales (Mitani et al., Hum. Gene Ther. 5:941 -948, 1994), vectores virales adeno-asociados (AAV) (Goodman et al., Blood 84: 1492-1500, 1994), vectores lentivirales (Naidini et al. , Science 272:263-267, 1996), vectores retrovirales pseudotipados (Agrawal et al., Exper. Hematol. 24:738-747, 1996). Técnicas de transducción física también pueden usarse, tales como suministro de liposomas y mediado por receptor y otros mecanismos de endocitosis (véase, por ejemplo, Schwartzenberger et al., Blood 87:472-478, 1996). Estas composiciones y métodos descritos pueden usarse junto con cualquiera de estos u otros métodos de transferencia génica comúnmente usados.
4. Sistemas de expresión Los ácidos nucleicos que se suministran a las células típicamente contienen sistemas controladores de expresión. Por ejemplo, los genes insertados en sistemas virales y retrovirales usualmente contienen promotores, y/o potenciadores para ayudar a controlar la expresión del producto génico deseado. Un promotor generalmente es una secuencia o secuencias de ADN que funcionan cuando están en una ubicación relativamente fija en cuanto al sitio de inicio de transcripción. Un promotor contiene elementos centrales requeridos para la interacción básica de la ARN polimerasa y factores de transcripción, y pueden contener elementos corriente arriba y elementos de respuesta. Se entiende que hay una diversidad de sistemas de control de transcripción que pueden usarse en los organismos descritos en este documento, además de los sistemas generales discutidos posteriormente. Se entiende que los organismos descritos en este documento pueden transfectarse y transformarse con una diversidad de genes, tales como genes marcadores, como se discute en este docümento, o genes que tienen otros atributos deseables, tales como características de crecimiento aumentadas o únicas.
a) Promotores y Potenciadores Virales Los promotores preferidos que controlan la transcripción de los vectores en células huésped de mamífero pueden obtenerse de diversas fuentes, por ejemplo, los genomas de virus tales como: polioma, Virus de Simio 40 (SV40), adenovirus, retrovirus, virus de hepatitis-B y más preferiblemente citomegalovirus, o de promotores heterologos de mamífero, por ejemplo, promotor de beta actina. Los promotores tempranos y tardíos del virus SV40 se obtienen convenientemente como un fragmento de restricción SV40 que también contiene el origen de replicación viral SV40 (Fiers et al, Nature, 273: 113, 1978). El promotor temprano inmediato del citomegalovirus humano se obtiene convenientemente como un fragmento de restricción H ndlll E (Greenway, P.J. et al., Gene 18:355-360, 1982). Por supuesto, los promotores de la célula huésped o especie relacionada también son útiles en este documento. Potenciador generalmente se refiere a una secuencia de ADN que funciona a una
distancia no fija del sitio de inicio de transcripción y puede estar 5' (Laimins, L. et al., Proc. Nati. Acad. Sci. 78:993, 1981 ) o 3' (Lusqui, .L., et al., Mol. Cell Bio. 3: 1 108, 1983) a la unidad de transcripción. Adicionalmente, los potenciadores pueden estar dentro de un intrón (Banerji, J. L. et al., Cell 33:729, 1983) así como dentro de la secuencia codificante en sí (Osborne, T.F., et al., Mol. Cell Bio. 4: 1293, 1984). Son usualmente de entre 10 y 300 bp de longitud, y funcionan en cis. Los potenciadores funcionan para incrementar la transcripción desde promotores cercanos. Los potenciadores también a menudo contienen elementos de respuesta que median la regulación de la transcripción. Los promotores también pueden contener elementos de respuesta que median la regulación de la transcripción. Los potenciadores a menudo determinan la regulación de expresión de un gen. Mientras muchas secuencias potenciadoras se conocen ahora de genes de mamíferos (globina, elastasa, albúmina, alfa-fetoproteína e insulina), típicamente se usará un potenciador de un virus de célula eucariótica para expresión general. Ejemplos preferidos son el potenciador SV40 en el lado tardío del origen de replicación (100-270 bp), el potenciador temprano del promotor de citomegalovirus, el potenciador del polioma en el lado tardío del origen de replicación, y potenciadores de adenovirus. El promotor y/o potenciador pueden activarse específicamente por luz o eventos químicos específicos que activan su función. Los sistemas pueden regularse por reactivos tales como tetraciclina y dexametasona. Hay también formas para aumentar la expresión génica del vector viral por exposición a radiación, tal como radiación gamma, o fármacos de quimioterapia alquilante. En ciertas modalidades la región promotora y/o potenciadora puede actuar como un promotor y/o potenciador constitutivo para maximizar la expresión de la región de la unidad de transcripción para transcribirse. En ciertas construcciones la región promotora y/o potenciadora es activa en todos los tipos de células eucarióticas, incluso si solamente se expresa en un tipo particular de célula en un momento particular. Un promotor preferido de este tipo es el promotor CMV (650 bp). Otros promotores preferidos son promotores SV40, citomegalovirus (promotor de longitud total), y vector retroviral LTF. Se ha mostrado que todos los elementos reguladores específicos pueden clonarse
y usarse para construir vectores de expresión que se expresan selectivamente en tipos celulares específicos tales como células de melanoma. El promotor de la proteína acética fibrilar de la glfa (GFAP) se ha usado para expresar selectivamente genes en células de origen glial. Los vectores de expresión usados en células huésped eucarióticas (células de levadura, hongo, insecto, planta, animal, humano o nucleadas) también pueden contener secuencias necesarias para la terminación de la transcripción que pueden afectar la expresión del ARNm. Estas regiones se transcriben como segmentos poliadenilados en la porción no traducida del ARNm que codifica la proteína factor tisular. Las regiones 3' no traducidas también incluyen sitios de terminación de transcripción. Se prefiere que la unidad de transcripción también contenga una región de poliadenilación. Un beneficio de esta región es que incrementa la probabilidad de que la unidad transcrita se procese y transporte como el ARNm. La identificación y uso de señales de poliadenilación en construcciones de expresión está bien establecido. Se prefiere que señales homologas de poliadenilación se usen en las construcciones transgénicas. En ciertas unidades de transcripción, la región de poliadenilación se deriva de la señal de poliadenilación temprana de SV40 y consiste de aproximadamente 400 bases. También se prefiere que las unidades transcritas contengan otras secuencias estándar solas o en combinación con las secuencias anteriores para mejorar la expresión desde, o estabilidad de, la construcción.
b) Marcadores Los vectores virales pueden incluir una secuencia de ácidos nucleicos que codifica un producto marcador. Este producto marcador se usa para determinar si el gen se ha suministrado a la célula y una vez suministrado está expresándose. Genes marcadores preferidos son el gen lacZ de E. coli, que codifica ß-galactosidasa, y proteína verde fluorescente. En algunas modalidades, el marcador puede ser un marcador seleccionable. Ejemplos de marcadores seleccionabas adecuados para células de mamífero son dihidrofolato reductasa (DHFR), timidina cinasa, neomicina, análogo de neomicina G418, hidromicina, y puromicina. Cuando tales marcadores seleccionares se transfieren exitosamente en una célula huésped de mamífero, la célula huésped de mamífero transformada puede sobrevivir si se coloca
bajo presión selectiva. Hay dos categorías distintas ampliamente usadas de regímenes selectivos. La primera categoría se basa en el metabolismo de una célula y el uso de una línea celular muíante que carece de la capacidad para crecer independiente de un medio complementado. Dos ejemplos son: células CHO DHFR y células LTK de ratón. Estas células carecen de la capacidad para crecer sin la adición de nutrientes tales como timidina o hipoxantina. Dado que estas células carecen de ciertos genes necesarios para una ruta completa de síntesis de nucleotidos, no pueden sobrevvir a menos que los nucleotidos perdidos se proporcionen en un medio complementado. Una alternativa a complementar los medios es introducir un gen DHFR o TK intacto en las células que carecen de los genes respectivos, alterando de esta manera sus requerimientos de crecimiento. Células individuales que no se transformaron con el gen DHFR o TK no serán capaces de sobrevivir en medios no complementados. La segunda categoría es selección dominante que se refiere a un esquema de selección usado en cualquier tipo celular y no requiere el uso de una línea celular mutante. Estos esquemas típicamente usan un fármaco para arrestar el crecimiento de una célula huésped. Aquellas células que tienen un gen novedoso pueden expresar una proteína que lleva resistencia a fármacos y puede sobrevivir la selección. Ejemplos de tal selección dominante usan los fármacos neomicina, (Southern P. and Berg, P., J. Motee. Appl. Genet. 1 :327, 1982), ácido micofenólico, ( ulligan, R.C. and Berg, P. Science 209: 1422, 1980) o higromicina, (Sugden, B. et al., Mol. Cell. Biol. 5:410-413, 1985). Los tres ejemplos emplean genes bacterianos bajo control eucariótico para llevar resistencia al fármaco apropiado G418 o neomicina (geneticina), xgpt (ácido micofenólico) o higromicina, respectivamente. Otras incluyen el análogo de neomicina G418 y puramicina.
5. Péptidos a) Variantes de proteínas Como se discute en este documento hay numerosas variantes de las proteínas del organismo descrito que se conocen y se contemplan en este documento. Además, para la cepa funcional conocida de Thraustochytriales hay derivados de las proteínas de Thraustochytriales que también funcionan en los métodos y composiciones descritas. Las variantes y derivados de
proteínas se entienden bien por los expertos en la técnica y pueden implicar modificaciones de secuencias de aminoácidos. Por ejemplo, las modificaciones de secuencias de aminoácidos típicamente caen en una o más de tres clases: variantes sustitutivas, de inserción o de escisión. Las inserciones incluyen fusiones amino y/o carboxilo terminales así como inserciones intrasecuencia de residuos únicos o múltiples de aminoácido. Las inserciones ordinariamente serán inserciones más pequeñas que aquellas de las fusiones amino o carboxilo terminales, por ejemplo, en el orden de uno a cuatro residuos. Derivados de proteína fusión immunogénica, tales como aquellos descritos en los ejemplos, se elaboran al fusionar un polipéptido suficientemente grande para conferir inmunogenicidad a la secuencia objetivo por entrecruzamiento in vitro o por cultivo celular recombinante transformado con ADN que codifica la fusión. Las eliminaciones se caracterizan por la remoción de uno o más residuos de aminoácidos de la secuencia proteica. Típicamente, no más de aproximadamente 2 a 6 residuos se eliminan en cualquier sitio dentro de la molécula proteica. Estas variantes ordinariamente se preparan por mutagénesis específica de sitio de nucleótidos en el ADN que codifica la proteína, produciendo en consecuencia ADN que codifica la variante, y en lo sucesivo expresando el ADN en cultivo celular recombinante. Las técnicas para hacer mutaciones por sustitución en sitios predeterminados en ADN que tiene una secuencia conocida se conocen bien, por ejemplo, mutagénesis por cebador M13 y mutagénesis por PCR. Las sustituciones de aminoácidos típicamente son de residuos únicos, pero pueden ocurrir en una serie de diferente ubicaciones a la vez; las inserciones usualmente estarán en el orden de aproximadamente de 1 a 10 residuos de aminoácidos; y las eliminaciones variarán aproximadamente de 1 a 30 residuos. Las eliminaciones o inserciones preferiblemente se elaboran en pares adyacentes, es decir, una eliminación de 2 residuos o inserción de 2 residuos. Las sustituciones, eliminaciones, inserciones o cualquier combinación de las mismas puede combinarse para llegar a una construcción final. Las mutaciones no deben poner la secuencia fuera del marco de lectura y preferiblemente no crearán regiones de complementariedad que pueden producir una estructura secundaria de ARNm. Las variantes sustitutivas son aquellas en que al menos un residuo se ha removido y un residuo diferente se ha insertado en su lugar. Tales sustituciones generalmente se elaboran de acuerdo con las siguientes Tablas 1 y 2 y se refieren
como sustituciones conservativas. Los cambios sustanciales en función o identidad inmunológica se elaboran al seleccionar sustituciones que son menos conservativas que aquellas en la Tabla 2, es decir, seleccionar residuos que difieren más significativamente en su efecto sobre mantener (a) la estructura de la cadena principal del polipéptido en el área de la sustitución, por ejemplo, como una conformación en lámina o helicoidal, (b) la carga o hidrofobicidad de la molécula en el sitio objetivo o (c) la totalidad de la cadena lateral. Las sustituciones que en general se espera que produzcan los mayores cambios en las propiedades de la proteína serán aquellas en que (a) un residuo hidrofílico, por ejemplo, serilo o treonilo, se sustituye para (o por) un residuo hidrofóbico, por ejemplo, leucilo, isoleucilo, fenilalanilo, valilo o alanilo; (b) una cisteína o prolina se sustituye para (o por) cualquier otro residuo; (c) un residuo que tiene una cadena lateral electropositiva, por ejemplo, lisilo, arginilo, o histidilo, se sustituye para (o por) un residuo electronegativo, por ejemplo, glutamilo o aspartilo; o (d) un residuo que tiene una cadena lateral voluminosa, por ejemplo, fenilalanina, se sustituye para (o por) uno que no tiene una cadena lateral, por ejemplo, glicina, en este caso, (e) al incrementar el número de sitios para sulfatación y/o glicosilación.
TABLA 1 : Abreviaturas de Aminoácidos Aminoácido Abreviaturas Alanina Ala A Arginina Arg R
5 Asparagina Asn N Acido aspártico Asp D Cisteína Cys C Glutamina Gln Q Acido glutámico Glu E
10 Glicina Gly G Histidina His H Isoleucina lie I Leucina Leu L Lisina Lys K
15 Metionina Met M Fenilalanina Phe F Prolina Pro P Serina Ser S Treonina Thr T Triptófano Trp w Tirosina Tyr Y Valina Val V
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TABLA 2: Sustituciones de Aminoácidos
* Otras se conocen en la técnica
Por ejemplo, el reemplazo de un residuo de aminoácido con otro que es biológica y/o químicamente similar se conoce por los expertos en la técnica como una sustitución conservativa. Por ejemplo, una sustitución conservativa puede reemplazar un residuo hidrofóbíco por otro, o un residuo polar por otro. Las sustituciones incluyen combinaciones tales como, por ejemplo, Gly, Ala; Val, lie, Leu; Asp, Glu; Asn, Gln; Ser, Thr; Lys, Arg; y Phe, Tyr. Tales variaciones conservativamente sustituidas de cada secuencia explícitamente descrita se incluyen dentro del mosaico de polipéptidos proporcionados en este documento. La mutagénesis sustitutiva o de escisión puede emplearse para insertar sitios para N-glicosilación (Asn-X-Thr/Ser) o O-glicosilación (Ser o Thr). Las eliminaciones de cisteína u otros residuos lábiles también pueden ser deseables. Las eliminaciones o sustituciones de sitios de proteólisis potencial, por ejemplo, Arg, se logran por ejemplo al eliminar uno de los residuos básicos o sustituir uno por residuos glutaminilo o histidilo.
Ciertas derivaciones pos-traduccionales son el resultado de la acción de células huésped recombinantes sobre el polipéptido expresado. Los residuos de glutaminilo y asparaginilo se desamidan frecuentemente en forma pos-traduccional a los residuos glutamilo y asparilo correspondientes. Alternativamente, estos residuos se desamidan bajo condiciones levemente ácidas. Otras modificaciones pos-traduccionales incluyen hidroxilación de prolina y lisina, fosforilación de grupos hidroxilo de residuos de serilo o treonilo, metilación de los grupos o-amino de cadenas laterales de lisina, arginina, e histidina (T.E. Creighton, Proteins: Structure and Molecular Properties, W. H. Freeman & Co., San Francisco pp 79-86, 1983), acetilación de the amino N-terminal y, en algunos casos, amidación del carboxilo C-terminal. Se entiende que una forma para definir las variantes y derivados de las proteínas descritas en este documento es por medio de definir las variantes y derivados en cuanto a homología/identidad con secuencias específicas conocidas. Específicamente se describen variantes de proteínas descritas en este documento que tienen al menos, 60%, 70% o 75% o 80% o 85% o 90% o 95% de homología con la secuencia estipulada. Los expertos en la técnica fácilmente entienden cómo determinar la homología de dos proteínas. Por ejemplo, la homología puede calcularse después de alinear las dos secuencias de modo que la homología esté en su nivel más alto. Otra forma de calcular homología puede realizarse por algoritmos publicados. La alineación óptima de secuencias para comparación puede conducirse por el algoritmo de homología local de Smith and Waterman Adv. Appl. Math. 2: 482, 1981 , por el algoritmo de alineación de homologías de Needleman and Wunsch, J. Mol. Biol. 48: 443, 1970, por la búsqueda para método de similitud de Pearson and Lipman, Proc. Nati. Acad. Sci. USA 85: 2444, 1988, por implementaciones computa rizadas de estos algoritmos (GAP, BESTFIT, FASTA, y TFASTA en el Wisconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group, 575 Science Dr., Madison, Wl), o por inspección. Los mismos tipos de homología pueden obtenerse para ácidos nucleicos por ejemplo por los algoritmos descritos en Zuker, M. Science 244:48-52, 1989, Jaeger et al. Proc. Nati. Acad. Sci. USA 86:7706-7710, 1989, Jaeger et al. Methods Enzymol. 183:281 -306, 1989 que
se incorporan en este documento para referencia para al menos el material relacionado con alineación de ácidos nucleicos. Se entiende que la descripción de mutaciones conservativas y homología puede combinarse en conjunto en cualquier combinación, tales como modalidades que tienen al menos 70% de homología con una secuencia particular en donde las variantes son mutaciones conservativas. Como esta especificación discute diversas proteínas y secuencias proteicas se entiende que los ácidos nucleicos que pueden codificar aquellos secuencias proteicas también se describen. Esto puede incluir todas las secuencias degeneradas relacionadas con una secuencia proteica específica, es decir, todos los ácidos nucleicos que tienen una secuencia que codifica una secuencia proteica particular así como todos los ácidos nucleicos, incluyendo ácidos nucleicos degenerados, que codifican las variantes descritas y derivados de las secuencias proteicas. De esta manera, aunque cada secuencia particular de ácidos nucleicos pueden no transcribirse en este documento, se entiende que cada una y toda secuencia está de hecho divulgada y descrita en este documento por medio de la secuencia proteica descrita. También se entiende que mientras ninguna secuencia de aminoácidos indica qué secuencia de ADN particular codifica esa proteína dentro de un organismo, donde variantes particulares de una proteína descrita se describen en este documento, la secuencia conocida de ácidos nucleicos que codifica esa proteína en la cepa particular de la que esa proteína surge también se conoce y en este documento se divulga y describe. Se entiende que hay numerosos análogos de aminoácidos y péptidos que pueden incorporarse en las composiciones descritas. Por ejemplo, hay numerosos D aminoácidos o aminoácidos que tienen un sustituyente funcional diferente que los aminoácidos mostrados en la Tabla 1 y Tabla 2. Los estereoisómeros opuestos de péptidos que se presentan en forma natural se describen, así como los estereoisómeros de análogos de péptidos. Estos aminoácidos pueden fácilmente incorporarse en cadenas de polipéptidos al cargar moléculas de ARNt con el aminoácido de elección y diseñar construcciones genéticas que utilizan, por ejemplo, codones ámbar, para insertar el aminoácido análogo en una cadena peptídica en una forma específica del sitio (Thorson
et al., Methods in Mol. Biol. 77:43-73, 1991 , Zoller, Curr. Opin. Biotech., 3:348-354, 1992; Ibba, Biotechnol. Genet. Eng. 13: 197-216, 1995, Cahill et al., Trends Biochem. Sci., 14:400-403, 1989; Benner, Trends. Biotechnol., 12: 158-163, 1994) todos los cuales se incorporan en este documento para referencia al menos para el material relacionado con análogos de aminoácidos). Pueden producirse moléculas que asemejan péptidos, pero que no se conectan mediante un enlace peptídico natural. Por ejemplo, los enlaces para aminoácidos o análogos de aminoácidos pueden incluir CH2NH-, -CH2S-, -CH2-CH2-, -CH=CH- (c/'s y trans), -COCH2-, -CH(OH)CH2-, y -CHH2SO - (Estos y otros pueden encontrarse en Spatola, A. F. en Chemistry and Biochemistry of Amino Acids, Peptides, and Proteins, B. Weinstein, eds., Marcel Dekker, New York, p. 267, 1983; Spatola, A. F., Vega Data (Marzo 1983), Vol. 1 , Tomo 3, Peptide Backbone Modifications (revisión general); Morley, Trends Pharm. Sci. 463-468, 1980; Hudson, D. et al., Int. J. Pept. Prot. Res. 14: 177-185, 1979 (-CH2NH-, CH2CH2-); Spatola et al. Life Sci. 38:1243-1249, 1986 (-CH H2-S); Hann J. Chem. Soc. Perkin Trans. I 307-314, 1982 (-CH-CH-, cis y trans); Almquist et al. J. Med. Chem. 23: 1392-1398, 1980 (-COCH2-); Jennings-White et al. Tetrahedron Lett., 23:2533, 1982 (-COCH2-); Szelke et al. European Appln. , EP 45665 CA: 97:39405, 1982 (-CH(OH)CH2-); Holladay et al. Tetrahedron Lett. 24:4401-4404, 1983 (-C(OH)CH2-); y Hruby Life Sci. 31 :189-199, 1982 (-CH2-S-); cada uno de los cuales se incorpora en este documento para referencia. Un enlace no peptídico particularmente preferido es -CH2NH-. Se entiende que los análogos de péptidos pueden tener más de un átomo entre los átomos de enlace, tales como b-alanina, ácido g-aminobutírico, y similares. Los análogos de aminoácidos y análogos y análogos de péptidos a menudo tienen propiedades aumentadas o deseables, tales como, producción más económica, mayor estabilidad química, propiedades farmacológicas aumentadas (vida media, absorción, potencia, eficacia, etc.), especificidad alterada (por ejemplo, un amplio espectro de actividades biológicas), antigenicidad reducida, y otras. Los D-aminoácidos pueden usarse para generar péptidos más estables, dado que los D aminoácidos no se reconocen por las peptidasas y semejantes. La sustitución sistemática de uno o más aminoácidos de una secuencia consenso con un D-aminoácido del mismo tipo (por
ejemplo, D-lisina en lugar de L-lisina) puede usarse para generar péptidos más estables. Residuos de cisteína pueden usarse para ciclar o unir dos o más péptidos en conjunto. Esto puede ser beneficioso para restringir los péptidos a conformaciones particulares. (Rizo and Gierasch Ann. Rev. Biochem. 61 :387, 1992, incorporado en este documento para referencia).
6. Complementos También en este documento se describen complementos nutritivos. Un complemento nutritivo es cualquier compuesto o composición que puede administrarse a o tomarse por un sujeto para proporcionar, suministrar, o incrementar un nutriente o nutrientes (por ejemplo, vitamina, mineral, elemento traza esencial, aminoácido, péptido, ácido nucleico, oligonucleótido, lípido, colesterol, esferoide, carbohidrato, y similares). En un aspecto, en este documento se describen complementos nutritivos que comprenden cualquiera de los compuestos descritos en este documento. Por ejemplo, un complemento nutritivo puede comprender cualquiera de los lipidos descritos en este documento. Los residuos de ácidos grasos de estos lípidos pueden ser cualquier ácido graso, como se describe en este documento, (por ejemplo, residuos de ácidos grasos insaturados o saturados). El complemento nutritivo puede comprender cualquier cantidad de los compuestos descritos en este documento, pero típicamente contendrá una cantidad determinada para suministrar a un sujeto una dosis deseada de un derivado de bencenediol (por ejemplo, CoQ10) y/o ácidos grasos. La cantidad exacta de compuesto requerido en el complemento nutritivo variará de sujeto a sujeto, dependiendo de la especie, edad, peso y condición general del sujeto, la severidad de la deficiencia dietética que se trata, el modo particular de administración, y similares. De esta manera, no es posible especificar una cantidad exacta para todo complemento nutritivo. Sin embargo, una cantidad apropiada puede determinarse por un experto en la técnica usando solamente experimentación de rutina dadas las enseñanzas en este documento. En un ejemplo específico, un complemento nutritivo puede comprender de aproximadamente 0.05 a aproximadamente 20%, de aproximadamente 1 a aproximadamente 7.5%, o de aproximadamente 3 a aproximadamente 5% en peso del compuesto. En otro ejemplo, el complemento nutritivo puede
comprender aproximadamente 0.05, 0.10, 0.15, 0.20, 0.25, 0.30, 0.35, 0.40, 0.45, 0.50, 0.55, 0.60, 0.65, 0.70, 0.75, 0.80, 0.85, 0.90, 0.95, 1.0, 1.5, 2.0, 2.5, 3.0, 3.5, 4.0, 4.5, 5.0, 5.5, 6.0, 6.5, 7.0, 7.5, 8.0, 8.5, 9.0, 9.5, 10, 10.5, 1 1.0, 11.5, 12.0, 12.5, 13.0, 13.5, 14.0, 14.5, 15.0, 15.5, 16.0, 16.5, 17.0, 17.5, 18.0, 18.5, 19.0, 19.5, o 20.0% en peso del compuesto, donde cualquiera de los valores estipulados puede formar un punto final superior o inferior según convenga. En otro aspecto, cuando el complemento nutritivo, el complemento puede componerse de hasta 100% del complemento. El complemento nutritivo también puede comprender otro nutriente o nutrientes tales como vitaminas, elementos traza, minerales, y similares. Además, el complemento nutritivo puede comprender otros componentes tales como conservadores, antimicrobianos, anti-oxidantes, agentes quelantes, espesantes, saborizantes, diluyentes, emulsionantes, ayudantes de dispersión, y/o aglutinantes. Los complementos nutritivos generalmente se toman en forma oral y pueden estar en cualquier forma adecuada para administración oral. Por ejemplo, un complemento nutritivo típicamente puede estar en una forma de tableta, cápsula de gel, cápsula, líquido, sacos, o jarabe.
7. Dispositivos de Suministro Cualquiera de los compuestos descritos en este documento puede incorporarse en un dispositivo de suministro. Ejemplos de dispositivos de suministro incluyen, pero no se limitan a, microcápsulas, microesferas, nanoesferas o nanopartículas, liposomas, noisoma, nanoeritrosoma, nanopartículas sólidas-líquidas, geles, cápsulas de gel, tabletas, lociones, cremas, rocíos, o emulsiones. Otros ejemplos de dispositivos de suministro que son adecuados para administración no oral incluyen pulmoesferas. Ejemplos de dispositivos particulares de suministro útiles en este documento se describen posteriormente. Los compuestos descritos pueden incorporarse en liposomas. Como se conoce en la técnica, los liposomas generalmente se derivan de fosfolípidos u otras sustancias lipídicas. Los liposomas se forman por cristales líquidos hidratados mono o multi-lamelares que se dispersan en un medio acuoso. Cualquier lípido no tóxico, fisiológicamente aceptable y metabolizable capaz de
formar liposomas puede usarse. Las composiciones descritas en forma de liposoma pueden contener, además de un compuesto descrito en este documento, estabilizantes, conservadores, excipientes, y similares. Ejemplos de lípidos adecuados son los fosfolípidos y las fosfatidilcolinas (lecitinas), naturales y sintéticos. Los métodos para formar liposomas se conocen en la técnica. Véase, por ejemplo, Prescott, Ed., Methods in Cell Biology, Volumen XIV, Academic Press, New York, p. 33 et seq., 1976, que se incorpora por la presente para referencia en este documento por sus enseñanzas de liposomas y su preparación. En otros ejemplos, los liposomas pueden ser liposomas catiónicos (por ejemplo, DOTMA, DOPE, DC colesterol) o liposomas aniónicos. Los liposomas además pueden comprender proteínas para facilitar la orientación a una célula particular, si se desea. La administración de una composición que comprende un compuesto y un liposoma catiónico puede administrarse a la sangre aferente a un órgano objetivo o inhalarse en el tracto respiratorio a las células objetivo del tracto respiratorio. En cuanto a liposomas, véase por ejemplo, Brigham, et al., Am J Resp Cell Mol 8/0/ 1 :95-100, 1989; Feigner, et al, Proc Nati Acad Sci USA 84:7413-7, 1987; y Patente de E.U No. 4,897,355, que se incorporan para referencia en este documento por sus enseñanzas de liposomas. Como un ejemplo, el suministro puede ser mediante un liposoma usando preparaciones comercialmente disponibles de liposomas tales como LIPOFECTIN, LIPOFECTAMINE (GIBCO-BRL, Inc., Gaithersburg, MD), SUPERFECT (Qiagen, Inc. Hilden, Alemania) y TRANSFECTAM (Promega Biotec, Inc., Madison, Wl), así como otros liposomas desarrollados de acuerdo con procedimientos estándar en la técnica. Los liposomas donde la difusión del compuesto o suministro del compuesto del liposoma se diseña para un índice o dosificación específica también pueden usarse. Como se describe en este documento, los noisomas son dispositivos de suministro que pueden usarse para suministrar las composiciones descritas en este documento. Los noisomas son vesículas multilamelares o unilamelares que implican tensoactivos no iónicos. Una solución acuosa de soluto se encierra por una bicapa resultante de la organización de macromoléculas de tensoactivo. Similares a los liposomas, los noisomas se usan en suministro orientado, por ejemplo, de fármacos anticáncer, incluyendo metotrexato, doxorubicina, e
inmunoadyuvantes. Generalmente se entiende que son diferentes a los transferosomas, vesículas preparadas a partir de polímeros que contienen carbohidratos anfifílicos y grupos amino, por ejemplo, quitosana. Como se describe en este documento, los nanoeritrosomas son dispositivos de suministro que pueden usarse para suministrar las composiciones descritas en este documento. Los nanoeritrosomas son nano-vesículas elaborados de eritrocitos mediante diálisis por medio de filtros de tamaño definido de poro. Estas vesículas pueden cargarse con un arreglo diverso de moléculas biológicamente activas, incluyendo proteínas y las composiciones descritas en este documento. Generalmente sirven como portadores ideales para agentes antineoplásicos como bleomicina, actinomicina D, pero pueden usarse para esferoides, otros lípidos, etc. Los eritrocitos artificiales, como se describe en este documento, son además dispositivos de suministro que pueden usarse para suministrar las composiciones descritas en este documento. Los eritrocitos artificiales pueden generarse por polimerización interfacial y métodos complejos de emulsión. Generalmente, la pared "celular" se hace de polímero de poliftaloilo L-lisina/poliestireno y el núcleo se hace de una solución de hemoglobina de hemolizado de oveja. Las microesferas cargadas con hemoglobina típicamente tienen tamaños de partícula de aproximadamente 1 a aproximadamente 10 mm. Su tamaño, flexibilidad, y capacidad portadora de oxígeno es similar a la de los eritrocitos. Las nanopartículas sólido-lípido, como se describe en este documento, son otros dispositivos de suministro que pueden usarse para suministrar las composiciones descritas en este documento. Las nanopartículas sólido-lípido son nanopartículas, que se dispersan en una solución tensoactiva acuosa. Se comprenden de un núcleo hidrofóbico sólido que tiene una monocapa de un recubrimiento de fosfolípidos y usualmente se preparan por técnicas de homogenización de alta presión. Los complejos inmunomoduladores (ISCOMS) son ejemplos de las nanopartículas sólido-lípido. Son ensambles supramoleculares tipo jaula de 40 nm que se comprenden de fosfolípido, colesterol, y antígenos hidrofóbicos y se usan principalmente como inmunoadyuvantes. Por ejemplo, los ISCOMs se usan para prolongar los niveles en sangre-plasma de ciclosporina inyectada de manera subcutánea.
Las microesferas y micro-cápsulas, como se describe en este documento, son todavía otros dispositivos de suministro que pueden usarse para suministrar las composiciones descritas en este documento. En contraste con los sistemas de suministro en liposomas, Isa microesferas y micro-cápsulas típicamente no tienen un núcleo acuoso sino una matriz o membrana de polímero sólido. Estos dispositivos de suministro se obtienen por precipitación controlada de polímeros, entrecruzamiento químico de polímeros solubles, y polimerización interfacial de dos monómeros o técnicas de homogenización de alta presión. El compuesto encapsulado se libera gradualmente del depósito por erosión o difusión de las partículas. Las formulaciones exitosas de péptidos de acción corta, tales como agonistas de LHRH como leuprorelina y triptorelina, se han desarrollado. Microesferas de poli(láctido co-glicólido (PLGA) se usan actualmente como formas de dosificación mensual y trimensual en el tratamiento de cáncer avanzado de próstata, endometriosis, y otros padecimientos que responden a hormonas. El leuprólido, un superagonista de LHRH, se incorporó en una diversidad de matrices de PLGA usando un método de extracción/evaporación de solventes. Como se observa, todos estos dispositivos de suministro pueden usarse en los métodos descritos en este documento. Las pulmoesferas son aún otros ejemplos de dispositivos de suministro que pueden usarse en este documento. Las pulmoesferas son partículas porosas huecas con una baja densidad (menor a aproximadamente 0.1 m mi"1). Las pulmoesferas típicamente tienen excelente re-dispersibilidad y usualmente se preparan por tecnología de condensación de fluido supercrítico. La co-aspersión-secado con ciertas matrices, tales como carbohidratos, albúmina sérica humana, etc., puede mejorar la estabilidad de proteínas y péptidos (por ejemplo, insulina) y otras biomoléculas para el suministro pulmonar. Este tipo de suministro también puede conseguirse con micro-emulsiones y emulsiones de lípidos, que son emulsiones aceite-en-agua (o/w) ultra finas, delgadas, transparentes, formadas espontáneamente con un aporte no significativo de energía mecánica. En esta técnica, una emulsión puede prepararse en una temperatura, que debe ser más alta que la temperatura de inversión de fase del sistema. A temperatura elevada la emulsión es de tipo agua-en-aceite (w/o) y a medida que se enfría en la temperatura de inversión de fase, esta emulsión se invierte para volverse o/w. Debido a su fase interna muy pequeña, son
extremadamente estables y se usan para liberación prolongada de esteroides y vacunas. Las emulsiones de lípidos comprenden un núcleo de lípidos neutros (es decir, triglicéridos) estabilizado por una monocapa de lípido anfifílico (es decir, fosfolípido) usando tensoactivos como triglicéridos de lecitina de huevo y migliol. Son adecuados para orientación pasiva y activa. Hay otros sistemas de suministro oral bajo investigación que se basan en modulación de la presión osmótica, modulación del pH, modulación de la dilatación, densidad alterada y sistemas de flotación, mucoadhesividad, etc. Estas formulaciones y formulaciones retardadas para suministrar fármacos de acuerdo con el ritmo circadiano de la enfermedad, que están actualmente en uso o investigación, pueden aplicarse para el suministro de las composiciones descritas en este documento. En un aspecto particular descrito en este documento, los compuestos descritos, incluyendo complementos nutritivos y formulaciones farmacéuticas de los mismos, pueden incorporarse en microcápsulas, como se describe en este documento. En un aspecto descrito en este documento, los compuestos descritos pueden incorporarse en microcápsulas. En un aspecto, la microcápsula comprende una aglomeración de microcápsulas primarias y los compuestos de cromo descritos en este documento, cada microcápsula primaria individual teniendo una cubierta primaria, en donde el compuesto de cromo se encapsula por la cubierta primaria, en donde la aglomeración se encapsula por una cubierta externa. Estas microcápsulas se refieren en este documento como "microcápsulas multinucleares." En otro aspecto, en este documento se describen microcápsulas que comprenden un compuesto de cromo, una cubierta primaria, y una cubierta secundaria, en donde la cubierta primaria encapsula el compuesto de cromo, y la cubierta secundaria encapsula la sustancia de carga y la cubierta primaria. Estas microcápsulas se refieren en este documento como "microcápsulas de un solo núcleo. Opcionalmente, otras sustancias de carga pueden encapsularse con el compuesto de cromo. La sustancia de carga puede ser cualquier sustancia que no es completamente soluble en la mezcla acuosa. En un aspecto, la sustancia de carga es un sólido, un líquido hidrofóbico, o una mezcla de un sólido y un líquido hidrofóbico. En otro aspecto, la sustancia de carga comprende
una grasa, un aceite, un lípido, un fármaco (por ejemplo, molécula pequeña), una sustancia biológicamente activa, un complemento nutritivo (por ejemplo, vitaminas), un compuesto de sabor, o. una mezcla de los mismos. Ejemplos de aceites incluyen, pero no se limitan a, aceites animales (por ejemplo, aceite de pescado, aceite de mamífero marino, etc.), aceites vegetales (por ejemplo, cañóla o semilla de colza), aceites minerales, derivados de los mismos o mezclas de los mismos. La sustancia de carga puede ser una sustancia oleosa purificada o parcialmente purificada tal como un ácido graso, un triglicérido o éster de los mismos, o una mezcla de los mismos. En otro aspecto, la sustancia de carga puede ser un carotenoide (por ejemplo, licopeno), un agente de saciedad, un compuesto de sabor, un fármaco (por ejemplo, un fármaco insoluble en agua), una partícula, un químico agronómico (por ejemplo, herbicidas, insecticidas, fertilizantes), o un ingrediente para acuacultura (por ejemplo, alimento, pigmento). En un aspecto, la sustancia de carga puede ser un ácido graso omega-3. Ejemplos de ácidos grasos omega-3 incluyen, pero no se limitan a, ácido a-linolénico (18:3n3), ácido octadecatetraenoico (18:4n3), ácido eicosapentaenoico (20:5n3) (EPA), ácido docosahexaenoico (22:6n3) (DHA), ácido docosapentaenoico (22:5n3) (DPA), ácido eicosatetraenoico (20:4n3), ácido uncosapentaenoico (21 :5n3), ácido docosapentaenoico (22:5n3) y derivados de los mismos y mezclas de los mismos. Muchos tipos de derivados de ácidos grasos omega-3 se conocen bien en la técnica. Ejemplos de derivados adecuados incluyen, pero no se limitan a, ásteres, tales como ésteres de fitosterol, alquilésteres C C30 ramificados o no ramificados, alquenilésteres C2-C30 ramificados o no ramificados, o cicloalquilésteres C3-C30 ramificados o no ramificados tales como ésteres de fitosterol y alquilésteres C^-Ce- Las fuentes de aceites pueden derivarse de organismos acuáticos (por ejemplo, anchovas, capelán, bacalao del Atlántico, arenque del Atlántico, caballa del Atlántico, menhaden del Atlántico, salmónidos, sardinas, tiburón, atún, etc) y plantas (por ejemplo, lino, vegetales, etc) y microorganismos (por ejemplo, hongos y algas). En un aspecto, la sustancia de carga puede contener un antioxidante. Ejemplos de antioxidantes incluyen, pero no se limitan a, vitamina E, CoQ10, tocoferoles, derivados solubles de lípidos de antioxidantes más polares tales como ésteres de ácidos grasos de ascorbilo (por ejemplo, palmitato de ascorbilo), extractos vegetales (por ejemplo, aceites de romero, salvia y
orégano), extractos de algas, y antioxidantes sintéticos (por ejemplo, BHT, TBHQ, etoxiquina, galatos de alquilo, hidroquinonas, tocotrienoles). Una serie de diferentes polímeros puede usarse para producir las capas de cubierta de las microcapsulas de un solo núcleo y multinucleares. Ejemplos de tales polímeros incluyen, pero no se limitan a, una proteína, un polifosfato, un polisacárido, o una mezcla de los mismos. En otro aspecto, el material de cubierta usado para preparar las microcápsulas de un solo núcleo y multinucleares además comprende En otro aspecto, el material de cubierta usado para preparar las microcápsulas de un solo núcleo y multinucleares además comprende gelatina tipo A, gelatina tipo B, polifosfato, goma arábiga, alginato, quitosana, carragenina, pectina, almidón, almidón modificado, alfa-lactoalbúmina, beta-lactoglobúmina, ovoalbúmina, polisorbiton, maltodextrinas, ciclodextrinas, celulosa, metilcelulosa, etilcelulosa, hidropropilmetilcelulosa, carboximetilcelulosa, proteína de leche, proteína de suero, proteína de soya, proteína de cañóla, albúmina, quitina, poliláctidos, poli-láctido-co-glicólidos, quitina derivada, quitosana, poli-lisina, diversos preparados inorgánicos-orgánicos, o cualquier mezcla de los mismos. También se contempla que derivados de estos polímeros pueden usarse también. En otro aspecto, el polímero puede ser gelatina kosher, gelatina no kosher, gelatina Halal, o gelatina no Halal. En un aspecto, una o más de las capas de cubierta en las microcápsulas de un solo núcleo y multinucleares comprende gelatina que tiene un número de Bloom menor a 50. Esta gelatina se refiere en este documento como "gelatina de bajo número de Bloom." El número de Bloom describe la resistencia del gel formado a 10°C con un 6.67% de solución gelificada durante 18 horas. En un aspecto, la gelatina de bajo número de Bloom tiene un número de Bloom menor a 40, menor a 30, menor a 20, o menor a 10. En otro aspecto, la gelatina tiene un número de Bloom de 45, 40, 35, 30, 25, 20, 15, Í0, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 1 , o 0, donde cualesquier dos valores pueden usarse para producir un intervalo. En otro aspecto, la gelatina de bajo número de Bloom está en la cubierta primaria y la cubierta externa de la microcápsula multinuclear. En un aspecto, la gelatina de bajo número de Bloom es gelatina tipo A. En otro aspecto, la gelatina de bajo número de Bloom es gelatina tipo A producida por Kenney and Ross Ltd., R.R. #3 Shelburne, NS Canadá. En otro aspecto, la gelatina que tiene un número de Bloom de cero está en la cubierta primaria y la cubierta
externa de la microcápsula multinuclear. En un aspecto, el material usado para elaborar las cubiertas de las microcápsulas de núcleo único o multinucleares es un sistema de dos componentes elaborado a partir de una mezcla de dos diferentes tipos de polímeros. En un aspecto, el material es un coacervado complejo entre los componentes del polímero. La coacervación compleja se provoca por la interacción entre dos polímeros cargados de manera opuesta. En un aspecto, el material de cubierta usado para producir las microcápsulas de un solo núcleo y multinucleares se compone de (1 ) gelatina de bajo número de Bloom y (2) gelatina tipo B, polifosfato, goma arábiga, alginato, quitosana, carragenina, pectina, carboximetilcelulosa, proteína de suero, proteína de soya, proteína de cañóla, albúmina, o una mezcla de los mismos. La relación molar de los diferentes polímeros puede variar. Por ejemplo, la relación molar de gelatina de bajo número de Bloom al otro componente del polímero es de 1 :5 a 15: 1. Por ejemplo, cuando se usa gelatina de bajo número de Bloom y polifosfato, la relación molar de gelatina de bajo número de Bloom a polifosfato es aproximadamente 8: 1 a aproximadamente 12: 1 ; cuando se usa gelatina de bajo número de Bloom y gelatina tipo B, la relación molar es 2: 1 a 1 :2; y cuando se usa gelatina de bajo número de Bloom y alginato, la relación molar es 3: 1 a 8: 1. Los ayudantes de procesamiento pueden incluirse en el material de cubierta (por ejemplo, cubiertas primaria o externa). Los ayudantes de procesamiento pueden usarse por una diversidad de razones. Por ejemplo, pueden usarse para promover la aglomeración de las microcápsulas primarias, estabilizar la emulsión sistema, mejorar las propiedades de las cubiertas externas, controlar el tamaño de la microcápsula y/o para actuar como un antioxidante. En un aspecto, el ayudante de procesamiento puede ser un emulsionante, un ácido graso, un lípido, una cera, una célula microbiana (por ejemplo, líneas celulares de levadura), una arcilla, o un compuesto inorgánico (por ejemplo, carbonato de calcio). Sin desear limitarse por la teoría, estos ayudantes de procesamiento pueden mejorar las propiedades de barrera de las microcápsulas. En un aspecto, uno o más antioxidantes pueden agregarse al material de cubierta. Las propiedades antioxidantes son útiles durante el proceso (por ejemplo, durante la coacervación y/o secado por aspersión) y en las microcápsulas después de que se forman (es decir, para extender la vida de anaquel, etc).
Preferiblemente un pequeño número de ayudantes de procesamiento que realizan un gran número de funciones puede usarse. En un aspecto, el antioxidante puede ser un compuesto fenólico, un extracto vegetal, o un aminoácido que contiene azufre. En un aspecto, ácido ascórbico (o una sal del mismo tal como ascorbato de sodio o potasio) puede usarse para promover la aglomeración de las microcápsulas primarias, para controlar el tamaño de la microcápsula y para actuar como un antioxidante. El antioxidante puede usarse en una cantidad de aproximadamente 100 ppm a aproximadamente 12,000 ppm, o de aproximadamente 1 ,000 ppm a aproximadamente 5,000 ppm. Otros ayudantes de procesamiento tales como, por ejemplo, quelantes de metales, pueden usarse también. Por ejemplo, ácido etilendiaminotetraacético puede usarse para asociar iones de metales, que pueden reducir la oxidación catalítica de la sustancia de carga. En un aspecto, las microcápsulas primarias (cubiertas primarias) tienen un diámetro promedio de aproximadamente 40 nm a aproximadamente 10 pm, 0.1 pm a aproximadamente 10 µ?t?, 1 µ?t? a aproximadamente 10 pm, 1 µ?t? a aproximadamente 8 µ??, 1 µp? a aproximadamente 6 µ??, 1 pm a aproximadamente 4 µ??, o 1 pm a aproximadamente 2 µ?t?, o 1 µ?t?. En otro aspecto, las microcápsulas multinucleares pueden tener un diámetro promedio de aproximadamente 1 pm a aproximadamente 2000 pm, 20 pm a aproximadamente 1000 pm, de aproximadamente 20 pm a aproximadamente 100 pm, o de aproximadamente 30 pm a aproximadamente 80 pm. En otro aspecto, las microcápsulas de un solo núcleo tienen un diámetro externo de 1 pm a 2,000 pm. Las microcápsulas descritas en este documento generalmente tienen una combinación de alta carga útil y resistencia estructural. Por ejemplo, las carga útiles de la sustancia de carga pueden ser de 20% a 90%, 50% a 70% en peso, o 60% en peso de las microcápsulas de un solo núcleo o multinucleares. En un aspecto, los métodos descritos en la Publicación de Solicitud de Patente de E. U. No. 2003/0193102, que se incorpora para referencia en su totalidad, pueden usarse para encapsular los lípidos de algas descritos en este documento. También se contempla que una o más capas adicionales de cubierta pueden colocarse en la cubierta externa de las microcápsulas de un solo núcleo o multinucleares. En un aspecto, las técnicas descritas en la Publicación
Internacional No. WO 2004/041251 A1 , que se incorpora para referencia en su totalidad, pueden usarse para agregar capas adicionales de cubierta a las microcápsulas de un solo núcleo y multinucleares.
a) Composiciones farmacéuticas y nutracéuticas Estos lípidos y antioxidantes se orientan para su uso en alimentos animales, productos farmacéuticos, nutracéuticos (especialmente fórmula infantil) así como en la industria. Esto también incluye formas nutracéuticas de suministro tales como cápsulas de gel y similares, microencapsulaciones comunes, etc. Como se describe anteriormente, las composiciones también pueden administrarse in vivo en un portador farmacéuticamente aceptable. Por "farmacéuticamente aceptable" se quiere decir un material que no es biológicamente indeseable o de otra manera, es decir, el material puede administrarse a un sujeto, junto con el ácido nucleico o vector, sin provocar cualesquier efectos biológicos indeseable o interactuar de una manera perjudicial con cualquiera de los otros componentes de la composición farmacéutica en que se contienen. El portador puede seleccionarse en forma natural para minimizar cualquier degradación del ingrediente activo y para minimizar cualesquier efectos colaterales adversos en el sujeto, como puede conocerse bien por un experto en la técnica. Las composiciones pueden administrarse en forma oral, parenteralmente (por ejemplo, de manera intravenosa), por inyección intramuscular, por inyección intraperitoneal, transdérmicamente, en forma extracorporal, de manera tópica o similares, incluyendo administración intranasal tópica o administración por inhalante. Como se usa en este documento, "administración intranasal tópica" significa suministro de las composiciones en la nariz y pasos nasales por medio de una o ambas narinas y pueden comprender el suministro por un mecanismo de aspersión o mecanismo en gotas pequeñas, o por medio de aerosolización del ácido nucleico o vector. La administración de las composiciones por inhalante puede ser por medio de la nariz o boca mediante suministro por un mecanismo de aspersión o en gotas pequeñas. El suministro también puede ser directamente a cualquier área del sistema respiratorio (por ejemplo, pulmones)
mediante intubación. La cantidad exacta de las composiciones requeridas variará de sujeto a sujeto, dependiendo de la especie, edad, peso y condición general del sujeto, la severidad del trastorno alérgico que se trata, el ácido nucleico o vector particular usado, su modo de administración y similares. De esta manera, no es posible especificar una cantidad exacta para toda composición. Sin embargo, una cantidad apropiada puede determinarse por un experto en la técnica usando solamente experimentación de rutina dadas las enseñanzas en este documento. La administración parenteral de la composición, si se usa, generalmente se caracteriza por inyección. Los inyectables pueden prepararse en formas convencionales, como soluciones o suspensiones líquidas, formas sólidas adecuadas para solución de suspensión en líquido antes de inyección, o como emulsiones. Una metodología revisada más recientemente para administración parenteral implica uso de un sistema de liberación lenta o liberación prolongada de tal modo que una dosificación constante se mantenga. Véase, por ejemplo, Patente de E. U. No. 3,610,795, que se incorpora para referencia en este documento. Los materiales pueden estar en solución, suspensión (por ejemplo, incorporados en micropartículas, liposomas, o células). Estos pueden orientarse a un tipo celular particular mediante anticuerpos, receptores, o ligandos de receptores. Las siguientes referencias son ejemplos del uso de esta tecnología para dirigir proteínas específicas al tejido tumoral (Senter, et al., Bioconjugate Chem., 2:447-451 , 1991 ; Bagshawe, K.D., Br. J. Cáncer, 60:275-281 ,1989; Bagshawe, et al., Br. J. Cáncer, 58:700-703,1988; Senter, et al., Bioconjugate Chem., 4:3-9, 1993; Battelli, et al., Cáncer Immunol. Immunother, 35:421-425, 1992; Pietersz and McKenzie, Immunolog. Reviews, 129:57-80, 1992; and Roffler, et al., Biochem. Pharmacol, 42:2062-2065, 1991 ). Vehículos tales como "stealth" y otros liposomas conjugados a anticuerpos (incluyendo orientación de fármacos mediada por lípidos hacia carcinoma colónico), orientación mediada por receptores de ADN por medio de ligandos específicos de células, orientación tumoral dirigida por linfocitos, y orientación retroviral terapéutica altamente específica de células de glicoma murino in vivo. Las siguientes referencias son ejemplos del uso de esta tecnología para dirigir proteínas específicas al tejido tumoral (Hughes et al., Cáncer Research, 49:6214-6220, 1989); y Litzinger and Huang, Biochimica et Biophysica Acta, 1 104: 179- 187, 1992). En general, se implican receptores
en las rutas de endocitosis, constitutivos o inducidos por ligandos. Estos receptores se agrupan en hoyos recubiertos con clatrina, entran a la célula mediante vesículas recubiertas con clatrina, pasan por medio de un endosoma acidificado en que los receptores se ordenan, y entonces se reciclan a la superficie celular, se almacenan de manera intracelular, o se degradan en lisosomas. Las rutas de internación sirven a una diversidad de funciones, tales como asimilación de nutrientes, remoción de proteínas activadas, depuración de macromoléculas, entrada oportunista de virus y toxinas, disociación y degradación de ligando, y regulación a nivel de receptores. Muchos receptores siguen más de une ruta intracelular, dependiendo del tipo celular, concentración de receptores, tipo de ligando, valencia del ligando, y concentración de ligandos. Los mecanismos moleculares y celulares de endocitosis mediada por receptores se han revisado (Brown and Greene, DNA and Cell Biology 10:399-409, 1991 ).
(1 ) Portadores farmacéuticamente aceptables Las composiciones, incluyendo anticuerpos, pueden usarse terapéuticamente en combinación con un portador farmacéuticamente aceptable. Portadores adecuados y sus formulaciones se describen en Remington: The Science and Practice oí Pharmacy (19a ed.) ed. A. R. Gennaro, Mack Publishing Company, Easton, PA 1995. Típicamente, una cantidad apropiada de una sal farmacéuticamente aceptable se usa en la formulación para volver la formulación isotónica. Ejemplos del portador farmacéuticamente aceptable incluyen, pero no se limitan a, solución salina, solución de Ringer y solución de dextrosa. El pH de la solución preferiblemente es de aproximadamente 5 a aproximadamente 8, y más preferiblemente de aproximadamente 7 a aproximadamente 7.5. Portadores adicionales incluyen preparaciones de liberación prolongada tales como matrices semipermeables de polímeros hidrofóbicos sólidos que contienen el anticuerpo, matrices que están en forma de artículos conformados, por ejemplo, películas, liposomas o micropartículas. Será aparente para los expertos en la técnica que ciertos portadores pueden ser más preferibles dependiendo, por ejemplo, de la ruta de administración y concentración de la composición que se administra.
Los portadores farmacéuticos se conocen por los expertos en la técnica. Estos más típicamente pueden ser portadores estándar para administración de fármacos un humanos, incluyendo soluciones tales como agua estéril, solución salina, y soluciones reguladas a pH fisiológico. Las composiciones pueden administrarse de manera intramuscular o de manera subcutánea. Otros compuestos se administrarán de acuerdo con procedimientos estándar usados por los expertos en la técnica. Las composiciones farmacéuticas pueden incluir portadores, espesantes, diluyentes, reguladores, conservadores, agentes tensoactivos y similares además de la molécula de elección. Las composiciones farmacéuticas también pueden incluir uno o más ingredientes activos tales como agentes antimicrobianos, agentes antiinflamatorios, anestésicos, y similares. La composición farmacéutica puede administrarse en una serie de formas dependiendo de si se desea tratamiento local o sistémico, y en el área a tratarse. La administración puede ser de manera tópica (incluyendo en forma oftálmica, vaginal, rectal, intranasal), en forma oral, por inhalación, o parenteralmente, por ejemplo, por goteo intravenoso, subcutánea, intraperitoneal o inyección intramuscular. Los anticuerpos descritos pueden administrarse de manera intravenosa, intraperitoneal, de manera intramuscular, de manera subcutánea, intracavidad, o transdérmicamente. Las preparaciones para administración parenteral incluyen soluciones, suspensiones, y emulsiones estériles acuosas o no acuosas. Ejemplos de solventes no acuosos son propilenglicol, polietilenglicol, aceites vegetales tales como aceite de oliva, y ésteres orgánicos inyectables tal como oleato de etilo. Portadores acuosos incluyen agua, soluciones, emulsiones o suspensiones alcohólicas/acuosas, incluyendo solución salina y medios regulados. Vehículos parenterales incluyen solución de cloruro de sodio, dextrosa de Ringer, dextrosa y cloruro de sodio, lactato de Ringer, o aceites fijos. Los vehículos intravenosos incluyen reabastecedores de fluidos y nutrientes, reabastecedores de electrolitos (tales como aquellos con base en dextrosa de Ringer), y similares. Conservadores y otros aditivos también pueden presentarse tales como, por ejemplo, antimicrobianos, antioxidantes, agentes quelantes, y gases inertes y similares. Las formulaciones para administración tópica pueden incluir ungüentos, lociones,
cremas, geles, gotas, supositorios, rocíos, líquidos y polvos. Portadores farmacéuticos convencionales, bases acuosas, en polvo u oleosas, espesantes y similares pueden ser necesarios o deseables. Las composiciones para administración oral incluyen polvos o gránulos, suspensiones o soluciones en agua o medios no acuosos, cápsulas, sacos, o tabletas. Espesantes, saborizantes, diluyentes, emulsionantes, ayudantes de dispersión o aglutinantes pueden ser deseables. Algunas de las composiciones pueden administrarse potencialmente como una sal de adición de ácido o base farmacéuticamente aceptable, formada por reacción con ácidos inorgánicos tales como ácido clorhídrico, ácido bromhídrico, ácido perclórico, ácido nítrico, ácido tiociánico, ácido sulfúrico, y ácido fosfórico, y ácidos orgánicos tales como ácido fórmico, ácido acético, ácido propiónico, ácido glicólico, ácido láctico, ácido pirúvico, ácido oxálico, ácido malónico, ácido succínico, ácido maleico, y ácido fumárico, o por reacción con una base inorgánica tal como hidróxido de sodio, hidróxido de amonio, hidróxido de potasio, y bases orgánicas tales como mono, di, trialquil y arilaminas y etanolaminas sustituidas.
(2) Usos Terapéuticos Las dosificaciones y calendarios efectivos para administrar las composiciones pueden determinarse de manera empírica, y hacer tales determinaciones está dentro de la experiencia en la técnica. Los intervalos de dosificación para la administración de las composiciones son aquellos suficientemente grandes para producir el efecto deseado en que se efectúan los síntomas del trastorno. La dosificación no debe ser tan grande como para provocar efectos colaterales adversos, tales como reacciones cruzadas ¡ndeseadas, reacciones anafilácticas, y similares. Generalmente, la dosificación variará con la edad, condición, sexo y magnitud de la enfermedad en el paciente, ruta de administración, o si otros fármacos se incluyen en el régimen, y puede determinarse por un experto en la técnica. La dosificación puede ajustarse por el médico individual en el evento de cualesquier contraindicaciones. La dosificación puede variar, y puede administrarse en una o más administraciones de dosis diariamente, durante uno o
varios días. Una guía puede encontrarse en la literatura para dosificaciones apropiadas para clases dadas de productos farmacéuticos. Por ejemplo, una guía para seleccionar dosis apropiadas para anticuerpos puede encontrarse en la literatura sobre usos terapéuticos de anticuerpos, por ejemplo, Handbook of Monoclonal Antibodies, Ferrone et al., eds., Noges Publications, Park Ridge, N.J., (1985) cap. 22 y pp. 303-357; Smith et al., Antibodies in Human Diagnosis and Therapy, Haber et al., eds., Raven Press, New York (1977) pp. 365- 389. Una dosificación diaria típica del anticuerpo usado solo puede variar de aproximadamente 1 g/kg hasta 100 mg/kg de peso corporal o más por día, dependiendo de los factores mencionados anteriormente.
b) Suministro orientado Los liposomas y microcápsulas descritas pueden orientarse a un tipo celular particular, tales como células de isletas, mediante anticuerpos, receptores, o ligandos de receptores. Las siguientes referencias son ejemplos del uso de esta tecnología para dirigir tejido específico (Senter, ef al., Bioconjugate Chem 2:447-51 , 1991 ; Bagshawe, Br J Cáncer 60:275-81 , 1989; Bagshawe, ef al, Br J Cáncer 58:700-3, 1988; Senter, ef al., Bioconjugate Chem 4:3-9, 1993; Battelli, et al, Cáncer Immunol Immunother 35:421-5, 1992; Pietersz and McKenzie, Immunolog Reviews 129:57-80, 1992; and Roffler, ef al., Biochem Pharmacol 42:2062-5, 1991 ). Estas técnicas pueden usarse para una diversidad de otros tipos celulares específicos.
8. Productos alimenticios También en este documento se describen productos alimenticios que comprenden cualquiera de las microcápsulas y emulsiones descritas en este documento. Por "producto alimenticio" se quiere decir cualquier artículo que puede consumirse (por ejemplo, comerse, beberse, o ingerirse) por un sujeto. En un aspecto, las microcápsulas pueden usarse como complementos nutritivos a un producto alimenticio. Por ejemplo, las microcápsulas y emulsiones pueden cargarse con vitaminas, ácidos grasos omega-3, y otros compuestos que proporcionan beneficios saludables. En un aspecto, el producto alimenticio es un artículo cocinado, una pasta, un producto cárnico, un producto congelado de lechería, un producto de leche, un producto de queso,
un producto de huevo, un condimento, una mezcla de sopas, una botana, un producto de frutas secas, un producto de proteína vegetal, un caramelo macizo, un caramelo suave, un producto de aves de corral, un jugo de frutas procesadas, un azúcar granulada (por ejemplo, blanca o café), una salsa, un aderezo, un jarabe, una barra nutritiva, una bebida, un polvo seco para bebida, una jalea o gelatina, un producto de la pesca, o alimento para animales de compañía. En otro aspecto, el producto alimenticio es pan, tortillas, cereal, embutido, pollo, helado, yogurt, leche, aderezo para ensaladas, salvado de arroz, jugo de frutas, un polvo seco para bebida, roles, galletas, triquitraques, botana, pies de frutas, o pasteles.
9. Chips y microarreglos Se describen chips donde al menos una dirección es las secuencias o parte de las secuencias establecidas en cualquiera de las secuencias de ácidos nucleicos descritas en este documento. También se describen chips donde al menos una dirección es las secuencias o porción de secuencias establecidas en cualquiera de las secuencias de péptidos descritas en este documento. También se describen chips donde al menos una dirección es una variante de las secuencias o parte de las secuencias establecidas en cualquiera de las secuencias de ácidos nucleicos descritas en este documento. También se describen chips donde al menos una dirección es una variante de las secuencias o porción de secuencias establecidas en cualquiera de las secuencias de péptidos descritas en este documento.
10. Medios que pueden leerse por computadora Se entiende que los ácidos nucleicos y proteínas descritas pueden representarse como una secuencia que consiste de los nucleótidos de los aminoácidos. Hay una diversidad de formas para mostrar estas secuencias, por ejemplo, el nucleótido guanosina puede representarse por G o g. Asimismo, el aminoácido valina puede representarse por Val o V. Los expertos eh la técnica entienden cómo mostrar y expresar cualquier ácido nucleico o secuencia proteica en cualquiera de la diversidad de formas que existen, cada una de las cuales se considera descrita en
este documento. Específicamente se contempla en este documento la exhibición de estas secuencias en medios que pueden leerse por computadora, tales como, comercialmente disponible disquetes, cintas, chips, discos duros, discos compactos, y discos de video, u otros medios que pueden leerse por computadora. También se describen las representaciones del código binario de las secuencias descritas. Los expertos en la técnica entienden qué medios pueden leerse por computadora. De esta manera, los medios que pueden leerse por computadora en los que los ácidos nucleicos o secuencias proteicas se registran, almacenan, o salvan. Se describen medios que pueden leerse por computadora que comprenden las secuencias e información en cuanto a las secuencias establecidas en este documento.
11. Equipos En este documento se describen equipos que representan a reactivos que pueden usarse para practicar los métodos descritos en este documento o para usar o conservar las composiciones descritas en este documento. Los equipos pueden incluir cualquier reactivo o combinación de reactivo discutidos en este documento o que puede entenderse que se requiere o es beneficioso en la práctica de los métodos descritos. Por ejemplo, los equipos pueden incluir uno o más de los microorganismos eucarióticos descritos en este documento junto con, por ejemplo, medios para su mantenimiento. Los equipos también pueden incluir, por ejemplo, los lipidos o antioxidantes, junto con medios para usar o administrar estos.
12. Composiciones con funciones similares Se entiende que las composiciones descritas en este documento tienen ciertas funciones, tal como producir ciertas relaciones de lipidos. En este documento se describen ciertos requerimientos estructurales, genéticos, y funcionales para realizar las funciones descritas, y se entiende que hay una diversidad de estructuras, fondos genéticos, y fondos funcionales que pueden realizar la misma función, que se relacionan con las estructuras descritas, y que estas estructuras en última instancia alcanzarán el misma resultado, por ejemplo, producción de cierta proporción de lipidos.
D. Métodos para elaborar las composiciones Las composiciones descritas en este documento y las composiciones necesarias para realizar los métodos descritos pueden elaborarse usando cualquier método conocido por los expertos en la técnica para ese reactivo o compuesto particular a menos que se observe específicamente de otra manera.
1. Síntesis de ácidos nucleicos Por ejemplo, los ácidos nucleicos, tales como los oligonucleótidos que se usarán como cebadores pueden elaborarse usando métodos de síntesis química estándar o pueden producirse usando métodos enzimáticos o cualquier otro método conocido. Tales métodos pueden variar de digestión enzimática estándar seguida por aislamiento de fragmentos de nucleotido (véase por ejemplo, Sambrook ef al, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2a Edición (Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y., 1989) Capítulos 5, 6) a métodos puramente sintéticos, por ejemplo, por el método de cianoetil fosforamidita usando un sintetizador Milligen o Beckman System IPIus DNA (por ejemplo, sintetizador automatizado Modelo 8700 de Milligen-Biosearch, Burlington, MA o ABI Modelo 380B). Los métodos sintéticos útiles para hacer oligonucleótidos también se describen por Ikuta et al, Ann. Rev. Biochem. 53:323-356, 1984, (métodos de fosfotriéster y fosfito-triéster), y Narang et al., Methods Enzymol. , 65:610-620, 1980, (método de fosfotriéster). Las moléculas proteicas de ácido nucleico pueden elaborarse usando métodos conocidos tales como aquellos descritos por Nielsen et al, Bioconjug. Chem. 5:3-7, 1994.
2. Síntesis de péptidos Un método para producir las proteínas descritas es enlazar dos o más péptidos o polipéptidos en conjunto por técnicas de química de proteínas. Por ejemplo, los péptidos o polipéptidos pueden sintetizarse químicamente usando equipo de laboratorio actualmente disponible usando química de Fmoc (9-fluorenilmetiloxicarbonilo) o Boc (íer-butiloxicarbonoilo). (Applied Biosystems, Inc., Foster City, CA). Un experto en la técnica puede apreciar fácilmente que
un péptido o polipéptido correspondiente a las proteínas descritas, por ejemplo, puede sintetizarse por reacciones químicas estándar. Por ejemplo, un péptido o polipéptido puede sintetizarse y no escindirse de su resina de síntesis mientras el otro fragmento de un péptido o proteína puede sintetizarse y escindirse subsecuentemente de la resina, exponiendo en consecuencia un grupo terminal que se bloquea funcionalmente en el otro fragmento. Por reacciones de condensación de péptidos, estos dos fragmentos pueden asociarse covalentemente mediante un enlace peptídico en sus extremos terminales carboxilo y amino, respectivamente, para formar un anticuerpo, o fragmento de los mismos. (Grant GA (1992) Synthetic Peptides: A User Guide. W.H. Freeman and Co., N.Y. (1992); Bodansky M and Trost B., Ed. (1993) Principies of Peptide Synthesis. Springer-Verlag Inc., NY (que se incorpora en este documento para referencia al menos para el material relacionado con síntesis de péptidos). Alternativamente, el péptido o polipéptidose sintetiza independientemente in vivo, como se describe en este documento. Una vez aislados, estos péptidos o polipéptidos independientes pueden asociarse para formar un péptido o fragmento del mismo mediante reacciones similares de condensación de péptidos. Por ejemplo, la ligación enzimática de segmentos de péptidos clonados o sintéticos permite que fragmentos de péptidos relativamente cortos se asocien para producir fragmentos más grandes de péptidos, polipéptidos o dominios proteicos completos (Abrahmsen L et al, Biochemistry, 30:4151 , 1991 ). Alternativamente, la ligación química nativa de péptidos sintéticos puede utilizarse para construir sintéticamente grandes péptidos o polipéptidos a partir de fragmentos más cortos de péptidos. Este método consiste de una reacción química de dos etapas (Dawson et al. Science, 266:776-779, 1994). La primera etapa es la reacción quimioselectiva de un péptido — tioéster sintético sin proteger con otro segmento de péptido sin proteger que contiene un residuo Cys amino-terminal para dar un intermediario enlazado a tioéster como el producto covalente inicial. Sin un cambio en las condiciones de reacción, este intermediario experimenta una rápida reacción intramolecular espontánea para formar un enlace peptídico nativo en el sitio de ligación (Baggiolini M et al. FEBS Lett. 307:97-101 , 1992; Clark-Lewis I et al., J. Biol. Chem., 269: 16075, 1994; Clark-Lewis I et al., Biochemistry, 30:3128, 1991 ; Rajarathnam K et al., Biochemistry 33:6623-30, 1994).
Alternativamente, los segmentos de péptidos sin proteger se enlazan químicamente donde el enlace formado entre los segmentos de péptidos como resultado de la ligación química es un enlace no natural (no peptídico) (Schnolzer, M et al. Science, 256:221 , 1992). Esta técnica se ha usado para sintetizar análogos de dominios proteicos así como grandes cantidades de proteínas relativamente puras con total actividad biológica (de Lisie Milton RC et al., Techniques in Protein Chemistry IV. Academic Press, New York, pp. 257-267, 1992).
3. Procesos para hacer las composiciones Se describen procesos para hacer las composiciones así como hacer los intermediarios que conducen a las composiciones. Por ejemplo, se describen microorganismos eucarióticos que pueden producir lípidos y antioxidantes deseados así como métodos para aislar y purificar los lípidos y antioxidantes deseados. Hay una diversidad de métodos que pueden usarse para hacer estas composiciones, tales como métodos químicos sintéticos y métodos estándar en biología molecular. Se entiende que los métodos para elaborar estas y las otras composiciones descritas se describen específicamente. Se describen células producidas por el proceso para transformar la célula con cualquier ácido nucleico. Se describen células producidas por el proceso para transformar la célula con cualquiera de los ácidos nucleicos descritos que no se presentan en forma natural. Se describe cualquiera de los lípidos producidos por los microorganismos eucarióticos descritos. Se describen cualesquier péptidos producidos por el proceso para expresar el péptido en los organismos descritos. Métodos para usar las composiciones.
4. Métodos para usar las composiciones como herramientas de investigación
Las composiciones descritas pueden usarse en una diversidad de formas como herramientas de investigación y de la producción, por ejemplo, de lípidos y antioxidantes. Las composiciones descritas pueden usarse, como se discute en este documento, como reactivos en microarreglos o como reactivos para sondear o analizar microarreglos existentes. Las composiciones descritas pueden usarse en cualquier método conocido para aislar o
identificar polimorfismos de un solo nucleótido. Las composiciones también pueden usarse en cualquier método para determinar análisis alélico, por ejemplo, de las cepas de los organismos descritos en este documento, particularmente análisis alélico como se relaciona con la producción de lípidos y antioxidantes. Las composiciones también pueden usarse en cualquier método conocido de ensayos de selección, relacionados con chip/microarreglos. Las composiciones también pueden usarse en cualquier forma conocida para usar las modalidades que pueden leerse por computadora de las composiciones descritas, por ejemplo, para estudiar la relación o para realizar análisis de modelado molecular relacionado con las composiciones descritas.
5. Métodos de modificación génica y disrupción génica Las composiciones y métodos descritos pueden usarse para orientar disrupción y modificación génica en cualquier animal que pueden experimentar estos eventos. La modificación génica y disrupción génica se refieren a los métodos, técnicas, y composiciones que rodean la remoción o alteración selectiva de un gen o tramo de cromosoma en un organismo, tales como los eucariotas descritos en este documento, en una forma que propaga la modificación por medio de la replicación del organismo. En general, por ejemplo, una célula se transforma con un vector que se diseña para recombinar de manera homologa con una región de un cromosoma o ácido nucleico particular contenido dentro de la célula, como por ejemplo, descrito en este documento. Este evento de recombinación homologa puede producir un cromosoma que tiene ADN exógeno introducido, por ejemplo, en marco, con el ADN circundante. Este tipo de protocolo permite que mutaciones muy específicas, tales como mutaciones puntuales, se introduzcan en el genoma contenido dentro de la célula. Los métodos para realizar este tipo de recombinación homologa se describen en este documento.
V. MODALIDADES ESPECÍFICAS Se describen métodos para preparar una composición de lípidos, el método comprendiendo: cultivar un microbio productor de aceite en un medio heterotrófico que comprende un antagonista de la producción de ácidos grasos.
También se describen métodos para preparar una composición de lípidos, el método comprendiendo: cultivar un microbio productor de aceite en un medio heterotrófico que comprende un antagonista de la producción de ácidos grasos, que además comprende aislar la composición de lípidos. También se describen métodos para preparar una composición de lípidos, el método comprendiendo: cultivar un microbio productor de aceite en un medio heterotrófico que comprende un antagonista de la producción de ácidos grasos, en donde la relación de ácidos grasos omega-3 y omega-6 a ácidos grasos omega-9 se incrementa. También se describen métodos para preparar una composición de lípidos, el método comprendiendo: cultivar un microbio productor de aceite en un medio heterotrófico que comprende un antagonista de la producción de ácidos grasos, en donde la relación de ácidos grasos omega-3 y omega-6 a ácidos grasos omega-9 se incrementa, en donde el contenido global de ácidos grasos no se altera. El microbio productor de aceite para los métodos descritos en este documento puede ser una diatomea, una microalga, un hongo, una bacteria, un protozoario. Por ejemplo, el microbio productor de aceite tiene una secuencia 18S, en donde la secuencia 18S tiene al menos 80, 81 , 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91 , 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 99, o 100 % de identidad con la secuencia establecida en la SEQ ID NO: 1 o el microbio productor de aceite tiene una secuencia 18S, en donde la secuencia 18S tiene al menos 80% de identidad con la secuencia establecida en la SEQ ID NO: 1 El microbio productor de aceite puede ser del filo Labyrinthulomycota, la clase Labyrinthulomycetes, la subclase Thraustochytridae, el orden Thraustochytriales, la familia Thraustochytriaceae, o del género Thraustochytrium. También se describen antagonistas de la producción de ácidos grasos que pueden usarse en los métodos descritos. Los antagonistas de la producción de ácidos grasos pueden seleccionarse del grüpo que consiste de ácido oleico, cerulenina, ácido toluico, curcumina, ciclopropeno, galato de alquilo, galato de propilo, aceite de ajonjolí, aceite de cacahuate, aceite de cañóla, piridazinona, norflurazon, difenilamina, setoxidim, y capsaicina.
También se describen dispositivos de suministro que comprenden las composiciones descritas. Los dispositivos de suministro pueden comprender una microcápsula, una microesfera, una nanoesfera o nanopartícula, un liposoma, un noisoma, un nanoeritrosoma, una nanopartícula sólida-líquida, un leuprólido, un gel, una cápsula de gel, una tableta, una loción, una crema, una aspersión, una emulsión, o un polvo. También se describen métodos para preparar una composición carotenoide, el método comprendiendo: cultivar un microbio productor de aceite en un medio heterotrófico que comprende un antagonista de la producción de ácidos grasos. También se describen métodos para preparar una composición carotenoide, el método comprendiendo: cultivar un microbio productor de aceite en un medio heterotrófico que comprende un antagonista de la producción de ácidos grasos, que además comprende aislar la composición carotenoide. También se describen métodos para preparar una composición antioxidante, el método comprendiendo: cultivar un microbio productor de aceite en un medio heterotrófico que comprende un antagonista de la producción de ácidos grasos. También se describen métodos para preparar una composición antioxidante, el método comprendiendo: cultivar un microbio productor de aceite en un medio heterotrófico que comprende un antagonista de la producción de ácidos grasos, que además comprende aislar la composición antioxidante. También se describen microcápsulas, que comprenden una aglomeración de microcápsulas primarias y una sustancia de carga, cada microcápsula primaria individual teniendo una cubierta primaria, en donde la sustancia de carga comprende cualquiera de las composiciones descritas anteriormente, y se encapsula por la cubierta primaria, y en donde la aglomeración se encapsula por una cubierta externa. La cubierta primaria y/o cubierta externa pueden comprender un tensoactivo, gelatina, polifosfato, polisacárido, o una mezcla de los mismos. La cubierta primaria y/o cubierta externa también pueden comprender gelatina tipo B, polifosfato, goma arábiga, alginato, quitosana, carragenina, pectina, almidón, almidón modificado, alfa-lactoalbúmina, beta-lactoglobúmina, ovoalbúmina, polisorbiton, maltodextrina, ciclodextrina, celulosa, metilcelulosa,
etilcelulosa, hidropropilmetilcelulosa, carboximetilcelulosa, proteína de leche, proteina de suero, proteína de soya, proteína de cañóla, albúmina, gelatina kosher, gelatina no kosher, gelatina Halal, gelatina no Halal, o una mezcla de los mismos. La cubierta primaria y/o cubierta externa también pueden comprender un coacervado complejo, gelatina tipo A, gelatina de pescado, una gelatina con un número de Bloom de aproximadamente 0 a aproximadamente 300, una gelatina con un número de Bloom de aproximadamente 0 a aproximadamente 50, una gelatina con un número de Bloom de aproximadamente 51 a aproximadamente 300, una gelatina con un número de Bloom de aproximadamente 0, aproximadamente 210, aproximadamente 220, o aproximadamente 240, un coacervado de gelatina y polifosfato. La sustancia de carga de las microcápsulas descritas puede comprender aceite de cualquiera de los microbios productores de aceite descritos, o una mezcla de los mismos. La sustancia de carga puede ser de aproximadamente 20% a aproximadamente 90% o 50% a aproximadamente 70% en peso de la microcápsula. La cubierta externa de las microcápsulas descritas puede tener un diámetro promedio de aproximadamente 1 pm a aproximadamente 2,000 pm, aproximadamente 20 pm a aproximadamente 1 ,000 pm, aproximadamente 30 pm a aproximadamente 80 pm, aproximadamente 40 nm a aproximadamente 10 pm, o aproximadamente 0.1 pm a aproximadamente 5 pm. También se describe un complemento nutritivo que comprende cualquiera de las composiciones, dispositivos de suministro, o microcápsulas descritas anteriormente. Los complementos nutritivos descritos pueden estar en forma de una tableta, cápsula de gel, cápsula, líquido, o jarabe. También se describen productos alimenticios que comprenden cualquiera de las composiciones, dispositivos de suministro, o microcápsulas descritas anteriormente. El producto alimenticio puede ser un artículo cocinado, una pasta, un producto cárnico, un producto congelado de lechería, un producto de leche, un producto de queso, un producto de huevo, un condimento, una mezcla de sopas, una botana, un producto de frutas secas, un producto de proteína vegetal, un caramelo macizo, un caramelo suave, un producto de aves de corral, un jugo de frutas
procesadas, un azúcar granulada, una salsa, un aderezo, un jarabe, una barra nutritiva, una bebida, un polvo seco para bebida, una jalea o gelatina, una fórmula infantil, o un alimento para bebés. El producto alimenticio también puede ser un producto de la pesca, un alimento para animales de compañía, un pienso para ganado o para acuacultura. El producto alimenticio también puede ser pan, tortillas, cereal, embutido, pollo, helado, yogurt, leche, aderezo para ensaladas, salvado de arroz, jugo de frutas, un polvo seco para bebida, roles, galletas, triquitraques, pies de frutas, o pasteles. También se describen métodos para suministrar una composición a un sujeto, que comprenden administrar al sujeto cualquiera de las composiciones, dispositivos de suministro, microcápsulas, o productos alimenticios descritos anteriormente. El sujeto puede ser un mamífero. El sujeto también puede ser un humano. También se describe un uso de cualquiera de las microcápsulas descritas anteriormente y para preparar un medicamento para suministrar una sustancia de carga a un sujeto. También se describe un método para disminuir niveles de colesterol, niveles de triglicéridos, o una combinación de los mismos en un sujeto, que comprende la etapa de administrar al sujeto una cantidad efectiva de cualquiera de las composiciones, dispositivos de suministro, microcápsulas, complementos nutritivos, o productos alimenticios descritos anteriormente. También se describe un método para complementar elementos traza esenciales en un sujeto, el método comprendiendo la etapa de administrar al sujeto una cantidad efectiva de cualquiera de las composiciones, dispositivos de suministro, microcápsulas, complementos nutritivos, o productos alimenticios descritos anteriormente, en donde la composición, dispositivo de suministro, microcápsula, complemento, y producto alimenticio comprende un elemento traza esencial. También se describe un método para mejorar la sensibilidad a insulina en un sujeto, que comprende la etapa de administrar al sujeto una cantidad efectiva de cualquiera de las composiciones, dispositivos de suministro, microcápsulas, complementos nutritivos, o productos
alimenticios descritos anteriormente. También se describe un método para reducir hiperglicemia en un sujeto, que comprende la etapa de administrar al sujeto una cantidad efectiva de cualquiera de las composiciones, dispositivos de suministro, microcápsulas, complementos nutritivos, o productos alimenticios descritos anteriormente. También se describe un método para reducir hipercolesterolemia en un sujeto, que comprende la etapa de administrar al sujeto una cantidad efectiva de cualquiera de las composiciones, dispositivos de suministro, microcápsulas, complementos nutritivos, o productos alimenticios descritos anteriormente. También se describe un método para reducir la grasa corporal en un sujeto, que comprende la etapa de administrar al sujeto una cantidad efectiva de cualquiera de las composiciones, dispositivos de suministro, microcápsulas, complementos nutritivos, o productos alimenticios descritos anteriormente. También se describe un método para promover la pérdida de peso en un sujeto, que comprende la etapa de administrar al sujeto una cantidad efectiva de cualquiera de las composiciones, dispositivos de suministro, microcápsulas, complementos nutritivos, o productos alimenticios descritos anteriormente. También se describe un método para tratar o evitar diabetes en un sujeto, que comprende la etapa de administrar al sujeto una cantidad efectiva de cualquiera de las composiciones, dispositivos de suministro, microcápsulas, complementos nutritivos, o productos alimenticios descritos anteriormente. También se describe una formulación farmacéutica que comprende cualquiera de las composiciones, dispositivos de suministro, o microcápsulas descritas anteriormente, y un portador farmacéutico.
VI. Ejemplos Los siguientes ejemplos se establecen para ofrecer a los expertos en la técnica una divulgación y descripción completa de cómo los compuestos, composiciones, artículos,
dispositivos y/o métodos reclamados en este documento se elaboran y evalúan, y pretenden ser puramente ejemplares y no pretenden limitar la descripción. Se han hecho esfuerzos para garantizar precisión con respecto a los números (por ejemplo, cantidades, temperatura, etc.), pero algunos errores y desviaciones deben considerarse. A menos que se indique de otra manera, las partes son partes en peso, la temperatura está en °C o es a temperatura ambiental, y la presión está en o es casi la atmosférica.
1. Ejemplo 1 Aislamiento de la cepa ONC-T18 de Thraustochytríum sp. Técnicas bacteriológicas clásicas de purificación de cepas se emplearon con el fin de aislar ONC-T18 de hojas de mangrove recolectadas en Advócate Harbor, Nova Scotia. ONC-T18 se cultivó en serie a 25°C en un medio de agar nutritivo que contiene 5 g L'1 de glucosa, 2 g L"1 de peptona, 2 g L" de extracto de levadura y 15.0 g L" de agar para 1 L de agua de mar filtrada a 0.2 µ?? hasta que la pureza se garantizó. Subsecuentemente, se preparó un medio líquido que contiene 15% de agua de mar artificial (marina trófica), complementado con una fuente de nitrógeno y carbono, siendo 60 g L'1 de glucosa y 10 g L"1 de extracto de levadura, respectivamente. Este medio (50 mi de medio en matraces de 250 mi) se inoculó con ONC-T18, luego se incubó a 25°C y aireó mediante agitación a 120 rpm. ONC-T18 se separó del medio mediante centrifugación, con la biomasa celular lavada entonces, recentrifugada y congelada en seca hasta terminar. La biomasa celular entonces se pesó con el fin de determinar eficiencias de cultivo con valores registrados de biomasa por litro de medio. La extracción de la fracción de lípidos de la biomasa y subsecuente separación de metiléster de ácido graso se realizó usando el método de Bligh y Dyer. La transesterificación se realizó al transferir celular material seco por congelación a un tubo de ensayo de 10 mi de tapa de rosca y agregar 10% de HCI metanólico y diclorometano al tubo, con la mezcla dejada para reaccionar durante 2 horas a 90°C. Los metilésteres de ácidos grasos entonces se extrajeron mediante adición de hexano:cloroformo, y el componente metiléster se midió mediante cromatografía de gas (FID) con el fin de determinar el perfil de ácidos grasos de cada microorganismo y la comunidad simbiótica (ONC-T18). Las concentraciones de cada metiléster de
ácido graso (C14:0 a C22:6) se determinaron por comparación de las áreas de picos de GC de dos estándares internos (C19:0 y C23:0) agregados en cantidades definidas al inicio (C23:0) y final (C19:0) del proceso de transesterificación. La cantidad total de ácidos grasos por gramo de biomasa celular seca y el contenido en porcentaje de cada ácido graso, calculado usando este método, se muestran en la figura 2. A partir del análisis de estos resultados, junto con aquellos mostrados en la Figura 1 , puede verse que ONC-T18 demostró la capacidad para producir cantidades incrementadas de DHA, así como marcadas cantidades de EPA y DPA. ONC-T18, produce de aproximadamente 25% de DHA, 8.0 % de DPA (n-6) y 1.0 % de EPA dentro de este medio no optimizado de fermentación. Subsecuentemente, ONC-T18 se eligió sobre la base de una combinación de características económicamente deseables: (1 ) capaz de máximo crecimiento heterotrófico (comparado con cepas control); (2) contiene un alto porcentaje de ácidos grasos omega-3 altamente insaturados; (3) capaz de crecimiento en nutrientes baratos; (4) termotolerancia, y son (5) eurihialinos. Además, múltiple cepas diferente de microbios productores de aceite se compararon con ONC-T18. Cada uno de estos microbios se cree que comprenden un Thraustochyrid, y produce aceite en las cantidades mostradas en la Tabla 3.
Tabla 3, [ ] = mg/g
ONC-T37 ONC-T38 ONC-T39 ONC-T40 0NC-T41 ONC-T42 ONC-T43 ONC-T44 ONC-T45 ONC-T46 ONC-T47 ONC-T48 ONC-T49 ONC-T50 ONC-T51 ONC-T52 ONC-T53 ONC-T54 ONC-T55 ONC-T56 ONC-T57 ONC-T58 ONC-T59 ONC-T60 ONC-T61 ONC-T62 ONC-T63 ONC-T64 ONC-T65 ONC-T66 ONC-T67 ONC-T68
Se entiende que justo como para ONC-T18, como se describe en este documento, un conjunto de microbios productores de aceite como se representa por las capacidades productoras de aceite descritas en este documento se describen, tal como por un porcentaje de DHA a producción total de aceite, o por producción total de DHA, por ejemplo.
2. Ejemplo 2 Identificación de especies eucarioticas de Thraustochytrium de ONC-T18 usando técnicas genéticas
Usando técnicas de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y cebadores que se orientan al gen de ARN ribosomal 18S, siendo universal para todas las especies eucarióticas, fue posible generar productos de PCR de los genes estructurales del microbio productor de aceite aislado de ONC-T18 (como por ejemplo 1 ). Los productos de PCR entonces se secuenciaron y designaron SEQ ID NO:1 para la especie eucariótica (véase figura 2). La comparación de la SEQ ID ??.? con secuencias de ácidos nucleicos encontradas en la base genómica de datos, GenBank (National Centre for Biotechnology Information, National Institute of Health, Bethesda, MD, USA) usando el algoritmo BLAST (Herramienta local básica de búsqueda de alineaciones) identificó la SEQ ID NO: 1 como la más relacionada con Thraustochytrium striatum [AF265338] (97.5% de similitud). Los resultados de BLAST para ONC-T18 Thraustochytrium sp. se muestran posteriormente.
Secuencias que producen alineaciones significativas: Calificación Valor (bits) E gi |14279326|gb|AF265338.1 | Thraustochytrium striatum small subun.. 2126 0.0
9¡ |50508012|dbj|AB183657.1 | Thraustochytriidae sp. MBICI 1072 gen. . 2121 0.0 gi |54778780|gb|AY773276.1 | Thraustochytriidae sp. FJN-IO 18S rib... 1857 0.0 gi 150508019|dbj|ABI 83664.1 | Thraustochytriidae sp. MBICI 1093 gen. . 1828 0.0 g¡ 138524571 |dbj|AB126669.1 | Thraustochytrium sp. CHN-I gene for ... 1748 0.0 gi |24817740|dbj|AB073308.2| Thraustochytriidae sp. NI -27 gene fo... 1628 0.0 g¡ 150508018|dbj|AB183663.11 Thraustochytriidae sp. MBICI 1092 gen. . 1257 0.0 gi |50508017|dbj J AB 183662.1 | Thraustochytriidae sp. MBIC 11091 gen... 1257 0.0 gi 150508015|dbj|AB 183660.11 Thraustochytriidae sp. MBICI 1084 gen .. 1255 0.0 gi 15050801 1 |dbj|ABI 83656.1 | Thraustochytriidae sp. MBIC1 1070 gen. . 1255 0.0 gi |50508016|dbj|AB183661.1 | Thraustochytriidae sp. MBICI 1086 gen. . 1249 0.0 gi |15823623|dbj|AB052555.1 | Schizochvtrium sp. KH105 gene for 18... 1245 0.0 g¡ 150508013|dbj|AB183658.11 Thraustochytriidae sp. MBICI 1075 gen. . 1227 0.0
g¡|50508010|dbj|AB183655.1 | Thraustochytriidae sp. BICI 1067 gen... 1213 0.0 gi|54303872|gb|AY758384.1 | Schizochytrium sp. FJU-512 18S riboso... 1 158 0.0 gi|14279326|gb|AF265338.1 |AF265338 Thraustochytrium striatum sma... 1 106 0.0 gi|6492308|gb|AF155209.1 |AF155209 Labyrinthulid quahog parasite ... 765 0.0 gi|16209570|gb|AY052644.1 | Labyrinthulid quahog parasite QPX sma... 757 0.0 gi|9755031 |gb|AF261664.1 |AF261664 Labyrinthulid quahog parasite ... 757 0.0 gi|58176547|gb|AY870336.1 | Thraustochytriidae sp. Fngl 18S ribos... 735 0.0 gi|67624914|dbj|AB191425.1 | Uncultured eukaryote gene for small ... 724 0.0 gi|5509891 |dbj|AB0221 12.1 | Thraustochytrium striatum gene for 18... 724 0.0 gi|561884|gb|L34054.1 |ULKRRE Ulkenia profunda 18S ribosomal RNA ... 702 0.0 gi|50508014|dbj|ABI 83659.1 | Thraustochytriidae sp. MBICI 1077 gen... 686 0.0 gi|50508008|dbj|AB183653.1 | Thraustochytriidae sp. MBICI 1060 gen... 686 0.0 gi|50508009|dbj|AB 183654.1 | Thraustochytriidae sp. MBICI 1063 gen... 658 0.0 g¡|41391986|emb|AJ535188.1 | Pleurosira cf. laevis 18S rRNA gene,... 634 e-178 gi|28316562jgb| AF525670.1 | Pleurosira laevis small subunit ribos... 634 e-178 gi|5509889|dbj|AB0221 10.1 | Thraustochytrium aureum gene for 18S ... 634 e-178 gi|561883|gb|L34668.1 |TUKRRE Thraustochytrium kinnei 18S ribosom... 628 e-176 gi|5509894|dbj|AB022115.1 | Ulkenia radiata gene for 18S rRNA 624 e-175 gi|5509893|dbj|AB0221 14.1 | Ulkenia profunda gene for 18S rRNA 624 e-175 gi|5509895 |dbj I AB0221 6.1 | Ulkenia visurgensis gene for 18S rRNA 603 e-169 gi|9027563|gb|AF257315.2| Thraustochytriidae sp. BS2 18S ribosom... 589 e-164 gi|5509886|dbj| AB022107.11 Schizochytrium limacinum gene for 18S... 581 e-162 gi|48727879|gb|AY620254.1 | Metromonas simplex clone TC-S small s... 571 e-159 gi|33309650|gb|AF411282.11 Unidentified cercozoan 18S ribosomal ... 569 e-158 gi|28076844|gb|AF530543.1 | Uncultured eukaryote clone AT4-68 18S... 531 e-147 gi|30144485|gb|AY256273.1 | Uncultured eukaryote isolate E170 sma... 517 e-143 gi|30144529|gb|AY256317.1 | Uncultured eukaryote isolate DI 07 sma... 507 e-140 gi|14579477|gb|AF363207.1 | Eukaryote marine clone ME1 -24 18S rib... 505 e-139
g¡|39578677|gb|AY426906.1 | Uncultured marine eukaryote clone BLO... 504 e-139 gi|39981869|gb|AY381216.1 | Uncultured eukaryote clone BL010625.3... 504 e-139 gi|73533408|gb|DQ103811.11 Uncultured marine eukaryote clone M4_... 504 e-139 gi|73533402|gb|DQ103805.1 | Uncultured marine eukaryote clone M3_... 504 e-139 gi|73533389|gb|DQ103792.1 | Uncultured marine eukaryote clone M2_... 504 e-139 gi|73533382|gb|DQ103785.1 | Uncultured marine eukaryote clone MI ... 504 e-139 gi|30144534|gb|AY256322.1 | Uncultured eukaryote isolate D179 sma... 504 e-139 gi|24817738|dbj|AB073305.2| Thraustochytriidae sp. HI-14 gene fo... 504 e-139 gi|30268157|emb|AJ519935.1 |AST519935 Aplanochytrium stocchinoi p... 504 e-139 gi|58531881 |gb|AY882527.1 | Uncultured marine eukaryote clone T41... 504 e-139 gi|463127|gb|L27634.1 |LADDLRRNA Labyrinthuloides minuta 16S-like... 504 e-139 gi|39981839|gb|AY381 86.1 Uncultured eukaryote clone OR000415.1 .. 502 e-138 gi|39981824|gb|AY381 171.1 Uncultured eukaryote clone HEOOI 005.1 .. 502 e-138 gi|18026024|gb| AY046848.1 Uncultured eukaryote isolate C3_E019 ... 502 e-138 gi|18026022|gb| AY046846.1 Uncultured eukaryote isolate C3 E017 ... 502 e-138 gi|18026014|gb|AY046838.1 | Uncultured eukaryote isolate C3_E008 502 e-138 gi|18026008|gb|AY046832.1 | Uncultured eukaryote isolate C3 E002 502 e-138 gi|18025980|gb|AY046804.1 | Uncultured eukaryote isolate C2 E014 502 e-138 gi|18025969|gb| AY046793.1 | Uncultured eukaryote isolate C2 E002 502 e-138 gi|18025801 |gb(AY046625.11 Uncultured eukaryote isolate CI_E024 502 e-138 gi|67624915|dbj|AB191426.1 | Uncultured eukaryote gene for small ... 502 e-138 gi|67624913|dbj|AB191424.1 j Uncultured eukaryote gene for small ... 502 e-138 gi|67624912|dbj|AB191423.1 | Uncultured eukaryote gene for small ... 502 e-138 gi|39981861 |gb|AY381208.1 | Uncultured eukaryote clone BL010320.1... 500 e-138 gi|14349249|dbj|AB052556.1 | Thraustochytrium sp. K17-3 gene for... 500 e-138 gi|20218962|dbj|AB073307.1 | Thraustochytriidae sp. M4-103 gene f... 498 e-137 gi|59709960|gb|AY916582.1 | Uncultured eukaryote clone Zeuk76 18S... 496 e-136 gi|18025960|gb|AY046784.1 | Uncultured eukaryote isolate A3 E043 ... 496 e-136
gi|18025789|gb|AY046613.1 | Uncultured eukaryote ¡solate CI_E009 ... 496 e-136 g¡|30144548|gb|AY256336.1 | Uncultured eukaryote isolate D278 sma... 496 e-136 gi|2138106|gb|U59933.1 |U59933 Scybaliumjamaicense 18S bosomal... 496 e-136 gi|53828186|gb|AY744948.1 | Phytophthora palmivora ¡solate 88108 ... 494 e-136 gi|60687349|gb|AY821976.11 Uncultured oomycete clone CV1_B2_5 sm... 494 e-136 gi|60687347|gb|AY821974.11 Uncultured Phytophthora-like oomycete... 494 e-136 gi|60687342|gb|AY821969.1 j Uncultured oomycete clone CV1_B1_49 s... 494 e-136 gi|39981870|gb|AY381217.11 Uncultured eukaryote clone BL010625.3... 494 e-136 gi|39981864|gb|AY38121 1.1 | Uncultured eukaryote clone BL010320.2... 494 e-136 g¡|39981860|gb|AY38 207.11 Uncultured eukaryote clone BL010320.6... 494 e-136 gi|39981844|gb|AY381 191.11 Uncultured eukaryote clone BL000921.1... 494 e-136 gi|18026046|gb|AY046870.1 | Uncultured eukaryote isolate C3 E044 ... 494 e-136 gi|18026039|gb|AY046863.1 | Uncultured eukaryote isolate C3_E035 ... 494 e-136 gi|1802603 l|gb|AY046855.1 | Uncultured eukaryote isolate C3_E026 ... 494 e-136 gi|42412527|gb|AY486144.1 | Pythium insidiosum 18S ribosomal RNA ... 494 e-136 gi|73533425|gb|DQ103828.11 Uncultured marine eukaryote clone 2_... 494 e-136 gi|34576227|gb| AYI 29064.1 Uncultured marine eukaryote UEP AC45p4... 494 e-136 gi|30144522|gb|AY256310.1 Uncultured eukaryote isolate D85 smal... 494 e-136 gi|30144521 |gb|AY256309.1 Uncultured eukaryote isolate D84 smal... 494 e-136 gi|30144518|gb|AY256306.1 Uncultured eukaryote isolate D79 smal... 494 e-136 gi|30144475|gb|AY256263.1 Uncultured eukaryote isolate E 106 sma... 494 e-136 gi|30144473|gb|AY256261.1 | Uncultured eukaryote isolate E94 smal... 494 e-136 gi|21954246|gb|AYI 16220.11 Uncultured eukaryote clone ANT12-26 1... 494 e-136 gi|41393027|emb|AJ535176.1 |LMI535176 Leptocylindrus mínimum 18S ... 494 e-136 gi|536931 1 1 |gb|AY742743.1 | Phytophthora tropicalis isolate 129F-... 494 e-136 gi|53693108|gb|AY742759.1 | Pythium vexans isolate Pyv6-2 18S rib... 494 e-136 gi|53693105 |gb|AY742756.1 | Pythium splendens isolate 1 17 18S rib... 494 e-136 gi|53693104|gb|AY742755.1 | Pythium aphanidermatum 18S ribosomal ... 494 e-136
gi|53693097|gb|AY742748.1 | Phytophthora capsici isolate 98110 18... 494 e-136 gi|53693096|gb|AY742747.1 | Phytophthora tropicalis isolate 23047... 494 e-136 gi|53693094|gb|AY742745.1 | Phytophthora palmivora isolate 8829 1... 494 e-136 g¡|58531862|gb|AY882508.1 | Uncultured marine eukaryote clone T53... 494 e-136
3. Ejemplo 3: Producción optimizada de biomasa usando la cepa ONC-T18 La producción de aceites derivados de microbios (o de una sola célula) es dependiente de una diversidad de variables de proceso, tales como nivel/concentración inicial del inoculo, tipo de sustrato, composición de medios, temperatura y pH. Específicamente, la producción basada en microbios de ácidos grasos altamente insaturados usando cepas de Thraustochytrid, muestra una correlación directa entre biomasa y producción de ácidos grasos. Consecuentemente, un entendimiento de las necesidades básicas u optimización de parámetros es un factor importante para lograr la producción máxima. Por lo tanto, con el fin de determinar el mejor medio para la producción de cantidades incrementadas de ácidos grasos, se emprendieron experimentos de optimización de biomasa inicial. Específicamente, el método de Taguchi recientemente desarrollado (Joseph J and Piganatiells JR, HE Trans 20:247-254, 1998), con base en arreglos ortogonales, se usó con el fin de determinar la configuración óptima del medio para densidad óptica incrementada (directamente relacionada con producción de biomasa). En este caso, el método de Taguchi se usó para entender los efectos acumulativos de las variables que poseen un impacto sobre la producción de biomasa. Los efectos de las variaciones en concentración de nitrógeno (extracto de levadura, peptona, L-glutamato), carbono (glucosa) y sales (sal marina artificial) fueron sobre la producción de biomasa. Por lo tanto, una diversidad de medios líquidos se prepararon con cantidades variables de extracto de levadura, peptona y L-glutamato (0, 4, 10, 20, 50 g L" ) en relación con cantidades variables de glucosa y solución de sal marina (5, 40, 100, 160, 200 g L"1 y 0, 6, 20, 30, 40 g L"1, respectivamente). Las concentraciones se calcularon de acuerdo con un arreglo ortogonal L25 de tal forma que el medio de nitrógeno de elección fuera discernido por medio del uso del análisis de relación señal a ruido (SNL) a 48 y 120 hrs, usando la siguiente fórmula:
donde, n = número de niveles y y = rendimiento (promedio OD60o de experimentos por triplicado). Los resultados de estos experimentos (que específicamente se dirigen a consideraciones de biomasa), como se muestra dentro de la figura 2 posteriormente, demostraron que el índice de utilización de nitrógeno por ONC-T18 en relación con densidad óptica (OD600) fue peptona, luego extracto de levadura seguida por L-glutamato. Sin embargo, con base en crecimiento máximo las mejores fuentes de nitrógeno para producción de biomasa incrementada fue extracto de levadura, luego peptona, seguida por L-glutamato. Adicionalmente, por medio del uso de experimentos similares con variaciones en glucosa y salinidad (concentración de sal marina), la composición óptima y más barata del medio para la producción de biomasa de ONC-T18 fue dentro de un medio que comprende 2 g L'1 de extracto de levadura, 8 g L"1 de MSG, 60 g L" 1 de glucosa y 6 g L"1 de sal marina.
4. Ejemplo 4: Producción optimizada de ácido docosahexaenoico (DHA) por la cepa ONC-T18 Medios que consisten de una fuente de nitrógeno (peptona, extracto de levadura, L-glutamato (MSG) o combinaciones de estos) y una fuente de carbono (glucosa), en una solución salina (agua de mar artificial), se prepararon con el fin de determinar la mejor composición de medios para biomasa y producción de DHA óptimas de manera similar a la que se describe en el Ejemplo 3 (mostrado en la Tabla 4). Después del cultivo a 25°C y 130 rpms durante 3 días, la biomasa, ácido graso total por litro de medio, contenido porcentual de ácidos grasos en peso, contenido porcentual de DHA en ácidos grasos totales y la cantidad de DHA por litro de medio se determinaron mediante cromatografía de gas como por el método descrito en el ejemplo 1 , y en este documento, y mostrado en la Tabla 4 posteriormente. En este caso, DHA se confirmó por comparación con estándares conocidos de DHA usando cromatografía de gas, espectrometría de masas y métodos de bloqueo de picos. Los
hallazgos del paquete experimental O, donde las variaciones en formas naturales y orgánicas de nitrógeno se investigaron, mostraron que la composición óptima de los medios debe contener entre 4.0 y 6.0 g L"1 de extracto de levadura y L-glutamato para biomasa y producción de DHA óptimas. El paquete experimental ©, por otro lado, que investigó cambios en la composición de sodio agregado al medio, mostró producción de DHA y producción de biomasa óptimas cuando se usa sal marina artificial. Más aún, el paquete experimental T, en que la concentración de sodio dentro del medio se varió, representó un máximo para DHA y producción de biomasa entre 5 y 15% de agua de mar artificial L "1 de dH20. Los resultados del paquete experimental O, donde las variaciones en niveles de glucosa se evaluaron, demostró que el intervalo de 40 a menos de 160 g L'1 de glucosa se tradujo en biomasa y producción de DHA óptimas. Finalmente, los resultados del paquete experimental © indican que ONC-T18 produjo valores equivalentes para biomasa celular y concentración de DHA, cuando glucosa o glicerol se usaron como fuentes de carbono.
Tabla 4: Resultados de experimentos de optimización de la producción de DHA con respecto a variaciones en composiciones de medios.
5. Ejemplo 5: Tiempo óptimo para recolección de ONC-T18 para producción máxima de DHA ONC-T18 se cultivó bajo la misma composición de medios y condiciones como aquellas mostradas dentro del ejemplo 1. De interés en este caso particular es el tiempo en que ONC-T18 debe recolectarse con el fin de obtener las máximas cantidades de DHA, DPA y EPA así como tomar en cuenta el tiempo necesario para obtener dichas cantidades (véase figura 3). Los resultados experimentales con el tiempo mostraron que el tiempo óptimo para recolectar ONC-T18 para producción óptima de DHA dentro del matraz y biorreactor varió entre 3 y 5 días, respectivamente.
6. Ejemplo 6: Análisis de Lípidos Derivados de ONC-T18 La fracción de lípidos totales de ONC-T18 se extrajo usando un método modificado de Bligh y Dyer. Específicamente, 2.0 g de biomasa celular seca se rehidrataron durante la noche a 4°C en 8 mi de H20 destilada. 30 mi de metanolxloroformo (2:1 vol/vol) se agregaron a la mezcla y se agitó levemente a 120 rpm durante 20 min, con el sobrenadante resultante decantado. La pastilla entonces se resuspendió en metanol:cloroformo:H20 (2: 1 :0.8 vol/vol/vol) y el proceso se repitió con los sobrenadantes combinándose y moviéndose a un embudo de separación. 5 mi de cloroformo y 5 mi de H20 entonces se agregaron al embudo lo que resulta en la formación de un sistema líquido de dos fases. Después de mezclar vigorosamente dentro del embudo de separación, la capa de cloroformo se removió, se concentró bajo gas N2, se resuspendió en cloroformo y se almacenó a -20°C bajo lo analizado. Aproximadamente 1 µ? de la fracción de lípidos totales se roció en chromarods múltiples, se separó y analizó usando un instrumento latroscan MK6 TLC/FID. El análisis de resultados muestra que el componente de ácido graso que ONC-T18 produce bajo fermentación heterotrófica es casi completamente triglicérido (al menos 95%) en su naturaleza. Además de la fracción neutra de ácidos grasos mencionada anteriormente. ONC-T18 también produce una fracción discernible de carotenoides y fosfolípidos. En el aislamiento subsecuente de la fracción de fosfolípidos, primero mediante un calcinamiento del 50% y entonces
uno de 75% seguido por separación basada en solventes, se determinó que una fracción grande y compleja de fosfolípidos estaba presente. Los resultados mostraron la presencia de componentes de fosfotidilcolina, fosfotidilserina y ácido fosfotídico dentro de la muestra.
7. Ejemplo 7: Producción de antioxidantes usando la cepa ONC-T18 El eucariota ONC-T18 se cultivó usando condiciones y medio como se menciona previamente. La biomasa celular resultante después de la fermentación heterotrófica se recolecta mediante centrifugación, filtración o sedimentación. Las células se recolectaron por centrifugación a 3800 x g y se lavaron con solución salina regulada de fosfatos. La biomasa celular (fresca o seca por congelación) se suspendió en volumen 10 x de acetona, se agitó durante 5 minutos a 200 rpm, se centrifugó a 3800 x g durante 5 minutos y se concentró a sequedad por evaporación de N2. Los pigmentos entonces se resuspendieron inmediatamente en una cantidad mínima de 10% de acetona en hexano y se almacenaron a -20°C hasta el análisis de HPLC. La identificación de extractos carotenoides entonces se llevó a cabo en un Agilent 1100 HPLC (Agilent, Palo Alto, CA, USA) equipado con un detector de longitud de onda variable ajustado a 470nm. Las muestras se inyectaron por medio de una columna Symmetry C18 guard (Waters, Milford, MA, USA) a una columna de fase inversa Bondclone C18 (Phenomenex, Torrance, CA, USA; partículas de 10 µ?t?; 3.9 x 300 mm i.d ). El volumen de inyección fue 10 µ? y se usó un flujo de 1.00 ml/min 10% de acetona en hexano durante un periodo de 25 minutos. Los datos cuantitativos de carotenoides se basaron en comparación del área del pico con estándares conocidos (en este caso astaxantina, cantaxantina, ß-criptoxantina, zeaxantina, equinenona y ß-caroteno; CromaDex, Santa Ana, CA, USA). En ausencia de un estándar conocido tal como en el caso del carotenoide, fenicoxantina, el área del pico de astaxantina se usó para calcular sus concentraciones. La identidad del carotenoide se confirmó además mediante HPLC-MS usando un Waters HPLC equipado con un arreglo de foto-diodo (Waters modelo 996) que conduce a un espectrómetro Micromass ESl-Q-Tof Mass (Waters, Milford, MA, USA). El análisis de HPLC de ONC-T18 subsecuentemente reveló la presencia de varios compuestos antioxidantes (entre 50 a 1250 mg kg"1) dentro de la biomasa celular. Estos compuestos incluyeron los carotenoides antioxidantes astaxantina, zeaxantina,
cantaxantina, equineona y beta-caroteno en el intervalo de 1 a 20 mg kg"1 , 0.25 a 10 mg kg 1 , 1 a 20 mg kg"1 1 a 20 mg kg"1 y 1 a 200 mg kg"1, respectivamente, así como varios compuestos polifenólicos flavenoides no identificados.
8. Ejemplo 8: Comparación con Microorganismos Conocidos La capacidad de ONC-T18 para producir DHA, EPA y DPA se comparó con aquella de microorganismos conocidos. La cantidad de biomasa celular por litro de medio, el contenido porcentual de grasas o ácidos grasos por biomasa celular seca, el contenido porcentual de DHA, EPA y DPA en ácidos grasos totales, y la cantidad de DHA, EPA y DPA obtenida cuando DHA, EPA y DPA se producen por cultivo de Thraustochytrium aureum ATCC 34304, Thraustochytrium sp. ATCC 20891 , Thraustochytrium sp. ATCC 20892, Thraustochytrium roseum ATCC 28210, Thraustochytrium sp. ATCC 26185, Schizochytrium sp. ATCC 20888, Schizochytrium aggregatum ATCC 28209 y Schizochytrium limacinum MYA-1381 , así como cuando DHA, EPA y DPA se producen por cultivo de ONC-T 8 de acuerdo con la presente invención.
Tabla 5: Comparación de la producción de lípidos y biomasa características de varias cepas representativas de Thraustochytrid.
Cantidad Contenido Contenido Contenido Contenido DHA EPA DPA de porcentual porcentual porcentual porcentual total de DHA de EPA total total
Microorganismo biomasa de lípidos de DPA (g 1) (mg I'1) (mg I"1) celular (% g'1) (% g-1) (% g 1) (% g'1) (g i'1)
Thraustochytrium 1.8 sin datos 12 sin datos sin datos sin datos sin datos sin datos sp ATCC 20891 Thraustochytrium 3 7 35 sin datos sin datos 0.07 sin datos sin datos sp ATCC 20892 Th ra us tochytrium 2.3 sin datos 41.9 3.1 10 sin datos sin datos sin datos sp ATCC 26185 T. aureum ATCC 4-5 8-20 24-51 3.6-9.3 sin datos 0.1-0.5 0.0001 sin datos 34304 T. roseum ATCC 8-17 18-25 50 sin datos sin datos 0.6-2.1 sin datos sin datos 28210 Sch izochytrium 10.5 50 25-37 1.2 16.8 1.95 12.3 168.46 sp. ATCC 20888 S. aggregatum 1.4 1.7 6.0 6.1 sin datos 1 1 sin datos ATCC 28209 S. limacinum 23-40 40-53.5 29.7-34 0.2-0.4 sin datos 3.0-7.2 0.08 sin datos SR21 MYA-1381 ONC-T18 25-55 45-80 24-34.2 0.1-2 6-10 4.6-13 0.2-0.8 0.9-3.8
Como se muestra en la Tabla 5, es aparente que, cuando el cultivo se lleva a cabo usando ONC-T18 de acuerdo con la presente invención, los valores de biomasa celular por litro de medio fueron extremadamente altos en comparación con las otras cepas probadas. Más aún, de acuerdo con la presente invención, ONC-T18 tiene un contenido porcentual muy alto de lípidos comparado con las otras cepas mencionadas anteriormente. Adicionalmente, de acuerdo con la presente invención, el contenido porcentual de DHA y DPA dentro de ONC-T18 es extremadamente alto, con niveles de EPA mostrados como comparables con todas las cepas seleccionadas. De esta manera, parece que ONC-T18 tiene la capacidad para producir grandes
cantidades de DHA, EPA y DPA bajo condiciones de fermentación como se menciona dentro del ejemplo 1.
9. Ejemplo 9: Información Alternativa de Fuentes de Carbono ONC-T18 se ha mostrado que crece de manera preferencial en medios donde las fuentes principales de nitrógeno son extracto de levadura, glutamato de sodio y/o peptona y la principal fuente de carbono es D-glucosa. Como resultado del perfilado metabólico detallado de ONC-T18 se observó que el glicerol (fuente de carbono) fue también una alternativa viable. Adicionalmente, las corrientes de desecho del procesamiento de aceite de pescado que contienen glicerol también se probaron para aplicabilidad como alternativas de nutrientes de bajo costo. Se emprendieron experimentos usando 200 mi de medio en matraces de 500 mi, cultivado a 25°C durante 3 días, 120 rpm en el caso del glicerol. El contenido de glicerol de dos productos de desecho del procesamiento de aceite de pescado, GWW (lavado glicerol-agua) y GAW (lavado glicerol ácido), constituyó 40% vol/vol de los 200 mi de medio (ajustado a pH 6.5), mientras 6% de glicerol se agregó a 200 mi de medio (pes/vol) como control. El análisis de estos resultados ha determinado que el uso de componentes de corrientes de desecho de aceite de pescado, tales como subproductos glicerol, como fuentes de carbono en fermentación a gran escala de ONC-T18 mientras resulta en una cantidad total reducida de ácidos grasos, representa un contenido mantenido de DHA dentro de las células microbianas (figura 10).
Tabla 6: Ácido graso, biomasa y contenido de glicerol para alternativa fuente de carbono estudio.
10. Ejemplo 10: Multiplicador de peso celular seco Thraustochytrium sp. ONC-T18 puede cultivarse para la producción de aceites omega-3 en una diversidad de configuraciones de reactor hasta 100,000 L. Todas las fermentaciones comienzan con la preparación de un inoculo en 10-20% de volumen final, que se usa para establecer el cultivo de fermentación. Las configuraciones iniciales del medio comprenden hasta 6 g/L de sal marina, 10 g/L de fuente de nitrógeno y 60 g/L de fuente de carbono, con adición alimentada por lotes de otros 75 g/L de fuente de carbono después de 24 a 36 horas de fermentación inicial durante 72 a 96 horas adicionales y se presenta dentro del intervalo de temperaturas de 18-25°C. Por ejemplo, usando el medio 6 g/L de sal marina, 2 g/L de extracto de levadura, 8 g/L de L-glutamato y 60 g/L de D-glucosa (con adición de 75 g/L agregados después de 36 horas), cultivado a 25°C durante 96 horas, ONC-T18 fue capaz de producir 40 g/L en peso celular seco (dcw), 80% (dcw) de ácido graso total (TFA)/fracción de lípidos (entre C14.0 y C24.0) y 30% de (TFA) DHA. De manera similar, es posible incrementar el peso celular seco al multiplicar los componentes de medios de nitrógeno y carbono a un efecto de multiplicación similar exacto sobre biomasa sin afectar los contenidos de TFA o DHA. Por ejemplo, usando el medio 24 g/L de sal marina, 8 g/L de extracto de levadura, 32 g/L de L-glutamato y 300 g/L de D-glucosa, cultivado
a 25°C durante 312 horas, ONC-T18 fue capaz de producir 80 g/L en peso celular seco (dcw), 60% (dcw) de ácido graso total (TFA)/fracción de lípidos (entre C14:0 y C24:0) y 38% de (TFA) DHA.
11. Ejemplo 11 : Crecimiento de Thraustochytrium sp. ONC-T18 en diversas fuentes alternativas de carbono (C) y nitrógeno (N) y el efecto sobre el peso celular seco y los lípidos El crecimiento de Thraustochytrium sp. ONC-T18 en una diversidad de fuentes de nitrógeno y carbono de bajo costo se investigó. Específicamente, 50 mi de ONC-T18 se cultivó en matraces de 250 mi que contienen 6 g/L de sales marinas artificiales, durante 72 horas a 25°C. Las concentraciones de fuentes de carbono y nitrógeno se muestran posteriormente con 2 g/L de cada fuente de nitrógeno listado, usado junto con 8 g/L de L-glutamato (con la excepción de harina de pescado donde se usaron 4 g). Las fuentes de carbono se cambiaron como se indica. Todos los experimentos se realizaron en triplicado; todas las extracciones para análisis de metiléster de ácido graso se realizaron en triplicado junto con inyecciones por triplicado de GC. Los resultados indican que Thraustochytrium sp. ONC-T18 produce biomasa celular seca óptima (es decir, mayor a los dos medios control) cuando se cultiva en las fuentes de nitrógeno EMD extracto de levadura y harina de pescado. Por el contrario, se encontró que el lípido era menor que el control, mientras el DHA fue óptimo usando licor de maíz fermentado y EMD peptona. Finalmente, la fuente de carbono dextrosa se encontró que incrementa el contenido de lípidos, mientras la fructosa y dextrosa producen un contenido más alto de DHA que los controles.
Tabla 7: Crecimiento de Thraustochytrium sp. ONC-T18.
Abreviaturas: L-glutamato YE = Extracto de levadura
12. Ejemplo 12: Técnicas de Extracción para aislamiento de lípidos totales y fracciones Una diversidad de métodos para el aislamiento de aceites seleccionados omega-3 se probó con el fin de determinar la eficiencia óptima de aislamiento. Estos métodos incluyeron: el método estándar de Bligh y Dyer (Bligh and Dyer, Can J. Biochem. Physiol., 37:912-917, 1959); el método combinado de extracción y transesterificación usado específicamente con especies de Thraustochytrid que permite el procesamiento de muestras para análisis rápido de GC FAME (Lewis et al., J. Microbiol. Methods, 43: 107-1 16, 2000); extracción por saponificación simultánea (Cartens et al., J. Am. 0/7 Chem. Soc. 73: 1025-1031 , 1996); y extracción en fase sólida usando
columnas de gel de sílice que pueden aislar selectivamente triglicéridos, diglicéridos y monoglicéridos (Pinkart et al., J Microbiol. Methods, 34:9-15, 1998; Bateman and Jenkins, J. Agrie. Food Chem., 45: 132-135, 1997). Específicamente, 40 gramos de peso celular seco de biomasa de Thraustochytrium sp. ONC-T18 producido en una sola corrida de fermentación (véase ejemplo 1 ) se dividió en lotes de 0.44 g y se usó para cada técnica. Todas las técnicas se realizaron en triplicado con eficiencias analizadas usando determinación de metiléster de ácido graso mediante FID-GC, nuevamente en triplicado con corridas en triplicado por muestra. Los resultados demuestran que el contenido de ácidos grasos totales puede variar entre métodos individuales con fluctuaciones más probablemente debidas a saturación solvente:compuesto, consideraciones de disrupción de biomasa y otras consideraciones de condición física (por ejemplo, temperatura y tiempo).
Tabla 8: Técnicas de Extracción para aislamiento de lípidos totales y fracciones.
Bligh y Dyer DHA EPA C14:C C14:1 C15:0 C16:0 C16:1 C18:1 C20:0 C20:4 C22:5 TFA mg de omega-3 por gramo de biomasa (mg/g) 1 104.39 4.25 36.28 5.82 113.94 77.27 4.92 44.01 1.13 1.67 28.86 430.99
2 136.75 5.45 46.51 7.40 142.96 98.38 6.07 56.49 1.40 2.19 37.92 552.98
3 134.59 4.78 42.51 6.91 128.54 87.01 5.20 51.10 1.30 2.10 35.98 532.91
Prom. 125.24 4.83 41.77 6.71 128.48 87.55 5.40 50.53 1.28 1.99 34.25 505.63
Transesterificación Directa DHA EPA C14:0 C15:0 C16:0 C16:1 C18:0 C18:1 C20:0 C20:4 C22:5 TFA mg de omega-3 por gramo de biomasa (mg/g) 1 104.39 4.24 36.39 5.42 112.94 75.27 5.42 44.01 1.13 1.67 28.86 420.99
2 89.83 4.54 34.81 5.60 103.04 73.43 5.56 42.85 0.98 1.87 25.35 392.88
3 101.64 4.25 37.16 5.98 106.94 75.98 5.35 43.95 1.11 1.78 26.46 410.65
Prom 98.65 4.34 36.12 5.67 107.64 74.89 5.44 43.60 1.07 1.77 26.89 408.17
Saponificación simultánea DHA EPA C14:0 C15:0 C16:0 C16:1 C18:0 C18:1 C20:0 C20:4 C22:5 TFA mg de omega-3 por gramo de biomasa (mg/g) 1 204.85 6.75 46.55 8.56 182.26 134.81 8.73 105.04 2.16 3.20 66.68 785.25
2 188.51 6.17 47.64 9.32 208.29 121.25 10.35 95.80 2.53 2.89 61.41 770.14
3 198.25 6.12 47.21 9.65 207.71 136.51 9.58 98.50 2.41 3.10 63.58 782.54
Prom 197.20 6.35 47.13 9.18 199.42 130.86 9.55 99.78 2.37 3.06 63.89 779.31
Extracción de fase sólida DHA EPA C14:0 C15:0 C16:0 C16:1 C18:0 C18:1 C20:0 C20:4 C22:5 TFA mg de omega-3 por gramo de biomasa (mg/g) 1 169.17 0.42 68.41 10.83 204.43 140.14 8.09 76.97 1.75 3.00 47.05 748.33
2 172.26 0.44 69.59 11.01 207.01 143.74 8.11 78.72 1.74 3.27 47.86 819.04
3 173.65 0.43 69.21 11.31 208.97 146.64 8.16 77.64 1.73 3.64 46.98 785.64
Prom. 171.69 0.43 69.07 11.05 206.80 143.51 8.12 77.78 1.74 3.30 47.30 784.34
N. B: Cada valor listado anteriormente es el promedio de corridas por triplicado usando FID-GC para análisis de FAME
13. Ejemplo 13: Aislamiento y caracterización de Thraustochytrium sp. ONC-T18 productor de ácidos grasos poliinsaturados: selección con el fin de identificar la cepa y optimización de la producción en la misma. a) Materiales y Métodos (1 ) Aislamiento y Mantenimiento de Thraustochytridos Diecisiete muestras marinas incluyendo: Spartina alterniflora, Zostera marina y sedimento se recolectaron en sitios costeros del este de Canadá en Nova Scotia, Prince Edward Island, New Brunswick, Newfoundland y Labrador entre julio y agosto de 2002. Las muestras se colocaron en viales de 20 mi que contienen 10 mi de agua de mar natural filtrada a 0.2 µp? estéril y 300 mg L' de penicilina y 500 mg L"1 de estreptomicina. Las suspensiones se cebaron. con polen estéril (Acer sp.) e incubaron durante 48 horas a 18°C, de acuerdo con (Bremer, Marine Mycology -A Practical Approach, Fungal Diversity Press, Hong Kong, pp 49-61 (2000)). Los granos de polen entonces se transfirieron por asa y se colocaron sobre placas de agar B1 (1 g L"1 de extracto de levadura, I g L" de peptona, 10 g L"1 de agar para 1 L de agua de mar natural) que contiene antibióticos y se incubaron. Colonias individuales, irregulares, hialinas constituidas de células esféricas o limaciformes y atípicas de colonias de levaduras o bacterianas se recogieron y sub-cultivaron al menos tres veces en placas B1 para pureza.
(2) Producción de biomasa para selección de ácidos grasos Para seleccionar aislamientos para crecimiento y producción de ácidos grasos, se preparó medio líquido usando agua de mar natural filtrada a 0.2 pm que contiene 2 g L"1 de peptona (BD, Franklin Lakes, NJ, USA) y 2 g L"1 de extracto de levadura (BD, Franklin Lañes, NJ, USA), que se esterilizó por autoclave, seguida por la adición de 5 g L"\ de glucosa esterilizada con filtro de 0.2 µ?? (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA) (Bowles et al., J Biotechnol 70: 193-202 (1999)). Un volumen de 30 mi de cultivo se inoculó por asa de una placa de agar y se cultivó
durante 4 días a 18°C en un agitador a 100 RPM. 5 mi de este cultivo entonces se usó para inocular 95 mi de cultivo incubado durante 4 días adicionales (fase estacionaria). Las células se recolectaron por centrifugación a 4,500 RPM, se lavaron con 5 mi de agua destilada y se re-centrifugaron. Las pastillas de células se secaron por congelación, se pesaron y se almacenaron a -80°C antes de derivación para análisis de ácidos grasos.
(3) Preparación de metilésteres de ácidos grasos (FAME) La extracción de metiléster de ácido graso (FAME) fue mediante el método de transesterificación directa, modificado de Lewis et al. (J Microbio! Meth. 43:107-1 16 (2000)). Específicamente, 20 mg de material seco por congelación y 3 mi de mezcla de reacción de transesterificación (metanol.ácido clorhídrico:cloroformo (10: 1 : 1 vol/vol)) se agregaron. Las células se agitaron por vórtice durante 10 segundos para garantizar incluso la dispersión de biomasa y se colocaron a 90°C durante 120 minutos. Una vez que la transesterificación se terminó, las muestras se removieron y se dejaron enfriar a temperatura ambiente. Agua (1 mi) entonces se agregó y se agitó por vórtice durante 10 segundos. Entonces se extrajeron los FAMEs mediante la adición de 3 x 2 mi de alícuotas de hexano: cloroformo (4: 1), se agitaron por vórtice durante 10 segundos y se dejaron asentar hasta que se alcanzaron separaciones de líquido transparente.
(4) Análisis Cromatográfico de Gas (GC) de los FAMEs El análisis de GC de los FAMES se llevó a cabo usando dos estándares internos
(200 µ? cada uno). Un ácido hexacosaenoico (C23:0) se agrega antes de la transesterificación y el otro, ácido nonadecaenoico (C19:0) se agrega directamente antes del análisis. Los análisis se realizaron usando un Agilent 6890 GC (Agilent Technologies, Palo Alto, CA, USA) equipado con una columna capilar de 30 m x 0.32 m de diámetro interno (0.25 µp? de espesor d epelícula) OMEGAWAX 320 fusionada con sílice (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA) y detector de ionización de flama (volumen de inyección 1 µ?, gas portador H2 con un flujo constante de 5.0 mi min"1 y ajustado a 250°C, relación de división 50: 1 para detector FID a 275°C). La confirmación de identidad de FAME se realizó usando un espectrómetro de masas Trace GC-DSQ (Termo Electron,
Boston, MA, USA) y la comparación de tiempos de retención para estándares de laboratorio.
(5) Identificación genética El ADN genómico se extrajo usando el MoBio UltraClean Microbial ADN Isolation Kit (MoBio Laboratories, Carlsbad, CA, USA) de acuerdo con instrucciones del fabricante. Los cebadores de oligonucleótidos usados para amplificar el gen de rRNA 18S, se modificaron de Honda et al. (J Eu aryot Microbiol. 46:637-647 (1999P particularmente T18S1 F 5'-CAACCTGGTTGATCCTGCCAGTA-3' y T18S5R 5'- TCACTACGGAAACCTTGTTACGAC-3'. Una mezcla de reacción de PCR de 20 µ? contenía 2U de ADN polimerasa Biolase™ (Bioline, Boston, MA, USA), 1 x regulador de reacción de NH4, 3 mM de MgCI2, 1 M de Betaine (Sigma-Aldrich, St Louis, MO, USA), 200 µ? de mezcla de nucleótidos de PCR (Promega, Madison, Wl, USA), 1 µ? de cada cebador delantero y posterior (MWG Biotech., High Point, NC, USA) y 00 ng de plantilla de ADN genómico. Después de una etapa de desnaturalización inicial durante 3 minutos a 94°C, la amplificación por PCR se realizó usando un termociclador Eppendorf Master Cycle Gradient (Eppendorf, Westbury, NY, USA), usando un programa de 45 segundos a 94°C, 30 segundos a 64°C y 2 minutos a 72°C durante 30 ciclos, seguida por una extensión final de 10 minutos a 72°C. El producto de PCR se purificó usando el MoBio UltraClean PCR Clean-up Kit (MoBio Laboratories Inc, Carlsbad, CA, USA) para secuenciación directa (MWG Biotech., High Point, NC, USA) usando cebadores FA2, FA3, RA1 , R (Mo et al., Mar Biol 140:883-889 2002), T18S1 F y T18S5R. Las secuencias resultantes se alinearon y compararon con secuencias de nucleótidos de microorganismos similares almacenados en el GenBank (Benson et al., Nucleic Acids Res 33:D34-38 (2005)) usando DS Gene (Accelrys, San Diego, CA, USA). Un árbol filogenético se generó subsecuentemente usando el método del vecino más cercano (Saito y Nei, Mol Biol Evol 4:406-425 (1987)), con la significancia estadística valorada usando 1 ,000 remuestreos de bootstrap (Felsenstein, Evolution 39:783-791 (1985)).
(6) Identificación de carotenoides Las células se recolectaron por centrifugación a 3800 x g y se lavaron con solución
salina regulada de fosfatos. Entonces se resuspendieron en 10 x de volumen de acetona (Sigma-Aldrich, St Louis, MO, USA), se agitaron durante 5 minutos a 200 RPM, se centrifugaron a 3,800 x g durante 5 mins y se concentraron a sequedad por evaporación de N2. Seguida por resuspensión en una cantidad mínima de 10% de acetona en hexano antes de análisis de HPLC. Las identificaciones se llevaron a cabo en un Agilent 1100 HPLC (Agilent, Palo Alto, CA, USA) equipado con un detector de longitud de onda variable ajustado a 470nm. Las muestras se inyectaron por medio de una columna Symmetry C18 guard (Waters, Milford, MA, USA) hacia una columna de fase inversa Bondclone C-i8 (Phenomenex, Torrance, CA, USA; partículas de 10 pm; 3.9 x 300 mm i.d.). El volumen de inyección fue 10 µ? y se usó un flujo de 1 mi min"1 10% de acetona en hexano durante un periodo de 25 minutos. La identidad del carotenoide se confirmó además con análisis de espectrometría de masas (Micromass ESl-QTof MS, Waters, Milford, MA, USA). Los datos cuantitativos para cada carotenoide se basaron en el desarrollo de una curva de calibración usando estándares (astaxantina, zeaxantina, cantaxantina, equinenona y ß-caroteno) y comparando el área del pico con concentraciones definidas.
(7) Optimización de la fermentación El efecto de carbono, nitrógeno y sal marina sobre la producción de ácido graso y DHA se examinaron usando cultivos por lotes en matraces Erlenmeyer de 250 mi agitados a 130 RPM durante 3 días a 25°C. Estudios posteriores de cultivo se llevaron a cabo usando un Biostat® Bplus Twin 5L Bioreactor (Sartorius BBI Systems Inc., Betlehem, PA, USA). Un inoculo de 100 mi se usó para inocular 4.9L de medio en el biorreactor. La concentración de glucosa se midió usando el Glucose (HK) Assay Kit (Sigma-Aldrich, St Louis, MO, USA) de acuerdo con las instrucciones del fabricante. Los constituyentes de los medios y las condiciones empleadas en el biorreactor se detallan con los resultados relevantes.
b) Resultados Un proceso de recolección y selección se desarrolló por el cual los miembros de la familia de protozoarios Labyrinthulida, especialmente el género Schizochytrium y Thraustochytrium,
se aislaron usando cebo de polen y medios bacteriológicos selectivos. Este estudio, que cubre 20 sitios únicos de recolección dispersos a lo largo del Atlántico de Canadá, produjo 68 cepas puras, identificadas microscópicamente. La selección de cepas oleaginosas, que tienen más de 20% de su peso celular seco en ácidos grasos, se basaron en resultados de perfilado de GC PUFA, productividad de biomasa, concentraciones máximas de TFA, DHA y en menor magnitud de EPA (Fig. 1 1 ), de acuerdo con el método de (Lewis et al., J Microbio! Meth 43: 107-116 (2000)). Los valores para biomasa, TFA y productividades subsecuentes de DHA y EPA variaron de 100 a 2300 mg L"1, 27.1 a 321.14, 5.18 a 83.63 y 2.97 a 21.25 mg g"1, respectivamente (Fig. 1 1 ). Todos los aislamientos que crecieron en medio líquido (54 de 68), produjeron cantidades mayores de ácido graso poliinsaturado omega-3, particularmente DHA que comprendió entre 22 y 80% del contenido total de C20 a C22 de estas células (Fig. 1 1 ). Esto confirma hallazgos previos, por los cuales los thraustochytridos aislados de ambientes de temperatura fría, tienen perfiles de ácidos grasos con DHA siendo hasta 53% del ácido graso total presente (Bowles et al., J Biotechnol 70:193-202 (1999) y Huang et al., Mar Biotechnol 5:450-457 (2003)). De particular interés es ONC-T18 que produce hasta 90% de su contenido de C20 a C22 como DHA que es aproximadamente 35% de los ácidos grasos intracelulares totales. Este contenido de DHA se mostró equivalente a aquellos de varias cepas de producción comercial, tales como Schizochytrium sp. ATCC 20888 (32%) y S. limacinum YA-1381/SR21 (34%) (Barclay et al, J Appl Phycol 6:123-129 (1994) y Yokochi et al., Appl Microbio! Biotechnol 49:72-76, (2003)). Adicionalmente, todos los aislamientos sintetizaron ácido eicosapentaenoico (EPA), variando entre 2 y 20% p/p de los PUFAs totales identificados (Fig. 1 ). Además de los aceites omega-3 producidos, aproximadamente 80% de todos los aislamientos sintetizaron los PUFAs omega-6, ácido araquidónico (AA) o ácido docosapentaenoico (DPA), en concentraciones variables entre 1 y 18% y 3 y 7% p/p, respectivamente (Fig. 1 1). Huang et al. (Mar Biotechnol 5:450-457 (2003)) sugirió que para thraustochytridos aislados de las aguas costeras tropicales de Japón y Fiji, cinco perfiles de ácidos grasos poliinsaturados pueden describirse, particularmente DHA/DPA (n-6), DHA DP A EPA, DHA EPA, DHA/DPA EPA/AA y DHA/DPA/EPA/AA/ácido docosatetraenoico (Huang et al., Mar Biotechnol
5:450-457 (2003)). En el caso de esta recolección de thraustochytridos, aislados de las aguas templadas del Atlántico de Canadá, cuatro perfiles de PUFA pueden determinarse, tres de los cuales son idénticos para aquellos mencionados anteriormente, particularmente DHA/DP A EPA a 7.4% de recolección, DHA/EPA a 13% de recolección y DHA DPA EPA/AA, 74%, con un cuarto que comprende una mezcla de DHA/EPA/ AA a 5.6%. Por medio de secuenciación directa del gen de 18S ADNr, ONC-T18 se identificó positivamente como un miembro de la familia Thraustochytrid (GenBank Número de acceso: DQ374149). El análisis filogenético indicó que ONC-T18 formó un único grupo (97.5% de identidad) con Thraustochytrium striatum T91 -6 (Fig. 12) (Leander and Porter, Mycologia 93:459-464 (2001 )). Mientras Thraustochytriidae sp. MBIC 1 1093, N1-27 y Thraustochytrium sp. CHN-1 , recolectadas de las aguas costeras tropicales de Japón, y encontradas como productores significativo de DHA (Carmona et al. , Biosci Biotechnol Biochem 67:884-888 (2003) y Huang et al., Mar Biotechnol 5:450-457 (2003)), se mostró que eran 96, 95.5 y 94.5% similares, respectivamente. La diversidad genética es bastante baja entre todos los miembros de los Thraustochytriidae mostrados en la figura 12, variando de 97.5-91.0% de similitud por completo. Todavía, estas especies se distribuyen globalmente, con dos tercios aislados de las aguas costeras tropicales de Japón, China e Israel y el resto de aguas templadas de América, Europa y Canadá. El perfil de ácidos grasos de ONC-T18 incluyó altos contenidos de C22 PUFA, muy bajos niveles de FA C18 y C20, y la ocurrencia de ácidos grasos saturados de cadena impar (15:0 y 17:0), similar a aquel de Schizochytrium sp. KH105 o S. limacinum SR21. Adicionalmente, los perfiles de análisis de carbono y utilización de nitrógeno para las cepas ONC-T18, SR21 y KH105 mostraron un patrón similar de asimilación. El contenido de DPA n-6 en la cepa ONC-T18 varió de 6-10%, que parece ser extremadamente alto cuando se considera la ocurrencia limitada de DPA n-6 en la biosfera. Niveles similares de DPA n-6 se reportaron sin embargo, por Nakahara et al. (J Am 0/7 Chem Soc 73: 1421 - 1426 (1996)) en Schizochytrium sp. SR21 (6-10%) y Ellenbogen et al. (Comp Biochem Physiol 29:805-81 (1969)) en T. aureum (9.5%) y T. roseum (6.6%). El análisis del perfil de ácidos grasos de ONC-T18 bajo tres diferentes configuraciones de cultivo: (1) placa de agar; (2) matraz cónico y (3) biorreactor y crecimiento en el
mismo medio (Fig. 13), muestra una disminución en la diversidad de PUFAs presentes y un incremento global en TFA de la placa de agar al biorreactor. Específicamente, las placas de agar exhibieron un arreglo de PUFAs, mientras los cultivos cultivados en matraz y biorreactor fueron dominados por uno o dos intermediarios (Fig. 13). Comparado con Thraustochytrium aureum, que creció mejor en cultivo en matraz que en un tanque termentador agitado (llda et al., J Ferment Bioeng 81 :76-78 (1996)), ONC-T18 creció mejor en un biorreactor. Este resultado está de acuerdo con aquel de (Nakahara et al., J Am Oil Chem Soc 73: 1421-1426 (1996)), quien encontró que Schizochytrium sp. SR21 mostró alta resistencia a la agitación mecánica, y por lo tanto prosperó bajo condiciones de biorreactor. Adicionalmente, se encontró que los pigmentos carotenoides se producen en fermentaciones de placa, matraz y biorreactor de Thraustochytrium sp. ONC-T18, lo que resulta en una decoloración naranja pálido. La producción de estos antioxidantes es máxima dentro de fermentaciones en biorreactor concurrentemente con la producción de ácidos grasos. Más aún, por medio del uso de espectrometría de masas de HPLC, se determinó que estos compuestos antioxidantes se identificaron como astaxantina, zeaxantina, cantaxantina, equineona y ß-caroteno (Fig. 14), conjugándose a diversos PUFAs. Resultados similares se reportaron entre miembros del grupo de protozoarios thraustochytid. Específicamente, Schizochytrium aggregatum se mostró que produce equinenona y cantaxantina (Valadon, Trans Br Mycol Soc 67: 1-15 (1976)), mientras Carmona et al. (Biosci Biotechnol Biochem 67:884-888 (2003) y Huang et al. (Mar Biotechnol 5:450-457 (2003)) demostró la producción de astaxantina, equinenona, cantaxantina, fenicoxantina (no de zeaxantina como en ONC-T18) y ß-caroteno por Thraustochytrium sp. CHN-1 , un pariente cercano de ONC-T18 (Fig. 12). En este estudio, concentraciones de estos carotenoides se encontraron en un orden de magnitud menor a aquellos de CHN-1 con el compuesto principal siendo ß-caroteno, en lugar de astaxantina. De esta manera, dentro de Thraustochytrium spp., la producción de PUFA y carotenoide puede asociarse de modo que las grasas de almacenamiento que se producen pueden protegerse de la oxidación. Previamente, se ha determinado que las cantidades relativas del principal componente de ácido grasos (ácidos mirístico, palmítico y oleico) pueden alterarse de alguna
manera al cambiar las condiciones de crecimiento del cultivo (llda et al., J Ferment Bioeng 81 :76-78 (1996)). En esta forma, se puede manipular la composición final de ácidos grasos y por tanto, las propiedades físicas del PUFA deseado de manera controlada durante la fermentación (Sijtsma et al. , Recent Res Devel Microbio! 2:219-232 (1998)). En un intento para limitar los factores que inhiben la producción de biomasa y omega-3 PUFA en ONC-T18, los componentes de carbono, nitrógeno y sal marina en medios nutritivos se manipularon (Tabla 9), junto con la duración del cultivo (Fig. 15).
Tabla 9: Producción de biomasa media (SD < 15%), ácido graso total (TFA) y contenido de DHA de Thraustochytrium sp. ONC-T18.
Glucosa Biomasa TFA DHA DHA (g L-1) (9 L-1) (% de biomasa) (% de TFA) (g L-1) 5 12.13 5.21 29.18 0.18 20 13.73 29.59 24.01 0.98 40 16.69 59.39 23.88 2.37 60 21.08 51.01 26.17 2.81 100 18.40 69.49 31 .55 4.03 160 10.68 9.40 30.01 0.30
YE MSG Biomasa TFA DHA DHA (g L 1) (g L"'| (g L"1) (% de biomasa) (% de TFA) (g L'1) 10 0 22.33 34.53 20.20 1 .56 8 2 22.81 44.00 17.52 1 .72 6 4 22.64 50.69 16.23 1.86 4 6 24.46 69.07 24.19 4.09 2 8 26.09 81.73 20.99 4.47 0 10 7.50 1.97 28.81 0.04
Sal de mar Biomasa TFA DHA DHA (g L-1) (g L-1) (% de biomasa) (% de TFA) <g L-1) 2 24.70 59.23 31.44 4.60 6 21.08 51 .01 26.17 2.81 15 22.90 69.32 25.32 4.02 30 17.76 61.02 25.25 2.74 40 17.27 68.21 24.02 2.83 50 18.77 59.63 22.56 2.53
Dentro de este estudio, a medida que la concentración de nitrógeno disminuyó, el contenido de ácidos grasos totales se incrementó, con el contenido más alto de ácidos grasos totales (aproximadamente 80%) obtenido a 1 % de concentración de extracto de levadura y o monoglutamato de sodio (p/v). Los cultivos con una baja concentración de nitrógeno, sin embargo, también limitaron el crecimiento celular y por tanto la producción total de ácidos grasos. La producción óptima en este experimento se obtuvo usando 8 g L"1 de monoglutamato de sodio y 2 g L"1 de extracto de levadura, que produce 26.1 g L"1 de biomasa y 4.5 g L"1 de DHA (Tabla 9). Adicionalmente, los incrementos en carbono hasta 100 g L"1 incrementaron efectivamente el rendimiento de DHA, esto está de acuerdo con resultados obtenidos para Schizochytrium sp. SR21 (Yokochi et al., Appl Microbiol Biotechnol 49:72-76, (2003)) y contrario a aquellos mostrados en T. aureum donde concentraciones de glucosa por arriba de 10 g L"1 fueron inhibitorias (llda et al., J Ferment Bioeng 81 :76-78 (1996)). Los máximos rendimientos de DHA de más de 4.0 g L'1 se obtuvieron en medio de glucosa, con rendimientos más de 5 veces aquellos de T. aureum (Bajpai et al., J Am 0/7 Chem Soc 68:509-514 (1991 )) y T. roseum (Li y Ward, J Ind Microbiol 13:238-241 (1994)) y comparables con aquellos de Schizochytrium sp. SR21 y KH 105 (Aki et al., J Am OH Chem Soc 80:789-794 (2003)). Finalmente, ONC-T18 exhibió capacidades eurihialinas clásicas, siendo capaz de soportar salinidades que varían de 2.0 a 50.0 g L"1, lo que resulta en productividad de biomasa de 25-30% de variabilidad (Tabla 9). En el mismo experimento los valores de DHA en g L"1 se encontraron variables hasta 45% entre un óptimo a 4.6 g L"1 y un mínimo a 2.5 g L"1 (Tabla 9). La biomasa, TFA y DHA producidos por ONC-T18 durante un periodo de 168 h en un biorreactor de 5 L se presentan en la Figura 15. La curva de crecimiento representada es típica de varias alcanzadas bajo condiciones idénticas. La máxima producción de biomasa se alcanzó después de 120 h, cerca del punto de agotamiento de fuentes de carbono (es decir, glucosa). Este fue también el punto en que el contenido de ácidos grasos totales de la biomasa alcanzó un máximo a alrededor de 70% de biomasa. Interesantemente, después de solamente 24 h de cultivo, el contenido de DHA aumentó a 30% de ácido graso total, en lo sucesivo permaneciendo constante a 20-25%. Estos resultados son consistentes con aquellos de otras cepas de Thraustochytid que
producen ácido graso, todavía hay disparidad con respecto al índice en que estas reacciones ocurren.
c) Discusión Previamente la mayor parte de los estudios de Labyrinturomycota identificaron cepas que son incapaces de almacenar ácido graso total en cantidades mayores a 20% de biomasa. Por ejemplo, antes del aislamiento de Schizochytrium sp. SR 21 que es capaz de acumular hasta 50% de biomasa como grasa, 7. aureum fue el mejor acumulador a 20% (Bajpai et al., J Am OH Chem Soc 68:509-514 (1991 )). ONC-T18, por otro lado, es capaz de acumular hasta 80% de su biomasa como lípido. Para microorganismos oleaginosos tal como ONC-T18, para acumular aceite, típicamente debe cultivarse en un medio de cultivo con una cantidad limitada de nitrógeno (usualmente purgado después de 24 a 36 h) y abundantes cantidades de una fuente de carbono. Una vez que el nitrógeno se agota, los microbios oleaginosos continúan asimilando la fuente de carbono pero ya no son capaces de experimentar división celular debido a una carencia de nitrógeno (evitando de esta manera la síntesis de proteínas y ácidos nucleicos). El resultado siendo la conversión de estas fuentes de carbono (es decir, azúcares tal como glucosa) en aceites de almacenamiento. A este respecto, ONC-T18 se considera que crece más lentamente que otras cepas de Thraustochytrid, tal como G13 (Bowles et al. , J Biotechnol 70: 193-202 (1999) y Huang et al., Mar Biotechnol 5:450-457 (2003), todavía produce DHA en índices más rápidos y demuestra una capacidad única para incorporar cantidades elevadas de ácidos grasos totales. Finalmente, la capacidad de ONC-T18 para crecer en muy bajas concentraciones de sal con alta productividad de biomasa y ácido graso total es remarcable. Prestándose en sí bien a la escala al negar la naturaleza corrosiva del agua salada en equipo de fermentación industrial.
14. Ejemplo 14: Complementaciones de compuestos (antagonista de ácidos grasos) a) Complementación con setoxidim
Medios que contienen 25 g/l de sal marina y 1g/l de extracto de levadura se autoclavearon a 120 °C durante 20 minutos. Glucosa esterilizada se agregó a los medios en una concentración de 9 g/l. Setoxidim (Supleco) se disolvió en sulfóxido de dimetilo en una concentración de 5 mg/ml entonces se agregó a los medios para representar una concentración final de 100 DM. 1 mi de un pre-cultivo de 24 horas de ONC-T18 que se había cultivado en los mismos medios se agregó. El cultivo se llevó a cabo en un agitador (130 rpm) durante cuatro días a temperatura ambiente. Después del periodo de incubación, las células se recolectaron por centrifugación a 4300 rpm durante 10 minutos. Las pastillas de células entonces se secaron por congelación, se pesaron y el aceite se extrajo de las células. Los lípidos se extrajeron y derivaron a metilésteres de ácidos grasos (FAME) por análisis de cromatografía de gas (GC). La transesterificación y extracción se hizo usando 200 mg de células secas por congelación, con C19:0 como estándar interno, se agregó mezcla de reacción de transesterificación (metanokácido clorhídrico:cloroformo, 10: 1 : 1 ) se mezcló y calentó a 90°C durante 2 horas, luego se dejó enfriar a temperatura ambiente. Los FAMEs se extrajeron al agregar 1 mi de agua, y 2 mi de hexano loroformo (4: 1), y se permitió que las fases orgánica y acuosa se separaran. La capa orgánica se extrajo y trató con 0.5 g de sulfato de sodio anhidro para remover partículas y agua residual. Los solventes orgánicos se evaporaron bajo una corriente de argón. Los FAMEs se resuspendieron en 5 mi de iso-octano y se analizaron por GC-FID. La conversión porcentual se calculó al dividir el producto producido por la suma de (el producto producido más el sustrato agregado) y entonces multiplicar por 100. Los resultados se muestran en la Figura 11. Los resultados también mostraron que la exposición a setoxidim resultó en un incremento en el contenido y proporción de DHA acumulado en ONC-T18.
b) Ejemplo 2: Complementación con cerulenina Medios que contienen 6g/l de sal marina, 2g/l de extracto de levadura, y 8g/l de hidrato de sal monosódica de ácido L-glutámico se autoclavearon a 120°C durante 20 minutos. D+-glucosa esterilizada entonces se agregó a estos medios en una concentración de 40g/l. Cerulenina disuelta en etanol en una concentración de 5 mg/ml se agregó a un matraz de 250 mi y el solvente
se evaporó durante 1 hora antes de agregar los medios al matraz. La cantidad de cerulenina en el matraz representó una concentración final de 20 mg/l. ONC-T18 entonces se agregó al medio de un cultivo en placa y el cultivo ocurrió en un agitador (130 rpm) a temperatura ambiente durante cuatro días. Después del periodo de incubación, las células se recolectaron por centrifugación a 4300 rpm durante 10 minutos, se lavaron una vez con agua destilada, y entonces se centrifugaron nuevamente a 4300 rpm durante 10 minutos. Las pastillas de células entonces se secaron por congelación, se pesaron y el aceite se extrajo de las células. Los lípidos se extrajeron y derivaron a metilésteres de ácidos grasos (FAME) por análisis de cromatografía de gas (GC). La transesterificación y extracción se hizo usando 200 mg de células secas por congelación, con C19:0 como estándar interno, se agregó mezcla de reacción de transesterificación (metanohácido clorhídrico:cloroformo, 10: 1 : 1 ) se mezcló y calentó a 90°C durante 2 horas, luego se dejó enfriar a temperatura ambiente. Los FAMEs se extrajeron al agregar 1 mi de agua, y 2 mi de hexano:cloroformo (4: 1 ), y se permitió que las fases orgánica y acuosa se separaran. La capa orgánica se extrajo y trató con 0.5 g de sulfato de sodio anhidro para remover partículas y agua residual. Los solventes orgánicos se evaporaron bajo una corriente de argón. Los FAMEs se resuspendieron en 5 mi de iso-octano y se analizaron por GC-FID. La conversión porcentual se calculó al dividir el producto producido por la suma de (el producto producido + el sustrato agregado) y entonces multiplicar por 100. Los resultados se muestran en la Figura 1 1. Los resultados también muestran que la exposición a cerulenina resultó en un incremento en el contenido y proporción de DHA acumulado en ONC-T18.
c) Ejemplo 3: Complementación con ácido oleico Medios que contienen 6 g/l de sal marina, 2g/l de extracto de levadura, y 8g/l de hidrato de sal monosódica de ácido L-glutámico se autoclavearon a 120 °C durante 20 minutos. D+-glucosa esterilizada se agregó entonces en una concentración de 5g/l o no se agregó a los medios. Ácido oleico se agregó a los medios para representar una concentración final de 2 ml/l. ONC-T18 entonces se agregó a los medios de un inoculo de un día que se había cultivado en medios Windust (5 g/l de extracto de levadura, 5 g/l de peptona, 40 g/l de D(+)-glucosa, 1.25 ml/l
de elementos traza Windust, 1.25 ml/l de vitaminas Windust, 40g/l de sal marina; (elementos traza Windust: 5 g/l de NaH2P04-H20, 3.15 g/l de FeCI3.6H20, 4.36 g/l de Na2EDTA.2H20, 0.6125 mg/l de CuS04.5H20, 0.0597g/l de Na2Mo04.2H20, 0.022 g/l de ZnS04.7H20, 0.01g/l de CoCI2.6H20, 0.18 g/l de MnCI2.4H20, 13 g/l de H2Se03, 2.7 mg/l de NiS04.6H20, 1.84 mg/l de Na3V04, 1.94 mg/l de K2Cr04), (vitaminas Windust: 1 mg/l de vitamina B 12, 1 mg/l de biotina, 0.20 g/l de tiamina HCI)). El cultivo ocurrió en un agitador (130 rpm) durante 3 días a temperatura ambiente. Después del periodo de incubación, las células se recolectaron por centrifugación a 4300 rpm durante 10 minutos, se lavaron una vez con agua destilada, y entonces se centrifugaron nuevamente a 4300 rpm durante 10 minutos. Las pastillas de células entonces se secaron por congelación, se pesaron y el aceite se extrajo de las células. Los lípidos se extrajeron y derivaron a metilésteres de ácidos grasos (FAME) por análisis de cromatografía de gas (GC). La transesterificación y extracción se hizo usando 200 mg de células secas por congelación, con C19:0 como estándar interno, se agregó mezcla de reacción de transesterificación (metanol:ácido clorhídricoicloroformo, 10: 1 : 1) se mezcló y calentó a 90°C durante 2 horas, luego se dejó enfriar a temperatura ambiente. Los FAMEs se extrajeron al agregar 1 mi de agua, y 2 mi de hexano:cloroformo (4: 1 ), y se permitió que las fases orgánica y acuosa se separaran. La capa orgánica se extrajo y trató con 0.5 g de sulfato de sodio anhidro para remover partículas y agua residual. Los solventes orgánicos se evaporaron bajo una corriente de argón. Los FAMEs se resuspendieron en 5 mi de iso-octano y se analizaron por GC-FID. La conversión porcentual se calculó al dividir el producto producido por la suma de (el producto producido + el sustrato agregado) y entonces multiplicar por 100. Los resultados se muestran en la Figura 1 1. Los resultados también muestran que ácido oleico complementación resultó en un incremento en el contenido y proporción de DHA acumulado en ONC-T18.
d) Ejemplo 4: Complementación con capsaicina Medios que contienen 6 g/l de sal marina y 10g/l de extracto de levadura se autoclavearon a 120 °C durante 20 minutos. D(+)-glucosa esterilizada entonces se agregó a los medios en una concentración de 40g/l. 50 mi de estos medios se pusieron entonces en un matraz
Erlenmeyer de 250 mi. Capsaicina (Sigma) se disolvió en etanol en una concentración de 10 g/l y se agregó a los medios para representar una concentración final de 0.1 g/l. ONC-T18 se agregó al medio de un cultivo en placa y se cultivó en un agitador (130 rpm) a temperatura ambiente durante cuatro días. Después del periodo de incubación, las células se recolectaron por centrifugación a 4300 rpm durante 10 minutos, se lavaron una vez con agua destilada, y entonces se centrifugaron nuevamente a 4300 rpm durante 10 minutos. Las pastillas de células entonces se secaron por congelación, se pesaron y el aceite se extrajo de las células. Los lípidos se extrajeron y derivaron a metilésteres de ácidos grasos (FAME) por análisis de cromatografía de gas (GC). La transesterificación y extracción se hizo usando 200 mg de células secas por congelación, con C19.0 como estándar interno, se agregó mezcla de reacción de transesterificación (metanol:ácido clorhídrico:cloroformo, 10: 1 : 1 ) se mezcló y calentó a 90°C durante 2 horas, luego se dejó enfriar a temperatura ambiente. Los FAMEs se extrajeron al agregar 1 mi de agua, y 2 mi de hexano:cloroformo (4: 1 ), y se permitió que las fases orgánica y acuosa se separaran. La capa orgánica se extrajo y trató con 0.5 g de sulfato de sodio anhidro para remover partículas y agua residual. Los solventes orgánicos se evaporaron bajo una corriente de argón. Los FAMEs se resuspendieron en 5 mi de iso-octano y se analizaron por GC-FID. La conversión porcentual se calculó al dividir el producto producido por la suma de (el producto producido + el sustrato agregado) y entonces multiplicar por 100. Los resultados se muestran en la Figura 11. Los resultados también muestran que la exposición a capsaicina resultó en una disminución en el contenido de C16:0 e incremento en el contenido de C16:1 en ONC-T18.
e) Ejemplo 5: Adición de ácido toluico Medios que contienen 20 g/l de sal marina y 0g/I de extracto de levadura se autoclavearon a 120 °C durante 20 minutos. D(+)-glucosa esterilizada entonces se agregó a los medios en una concentración de 20g/l. 50 mi de estos medios se pusieron entonces en un matraz Erlenmeyer de 250 mi y ácido toluico (Sigma) disuelto en etanol en una concentración de 20g/l se agregó a los medios para representar una concentración final de 0.2 g/l. ONC-T18 se agregó en el medio de un cultivo en placa y se cultivó en un agitador (130 rpm) a temperatura ambiente durante
cuatro días. Después del periodo de incubación, las células cultivadas se recuperaron por centrifugación a 4300 rpm durante 10 minutos, se lavaron una vez con agua destilada, y se re-centrifugaron. Las pastillas de células se secaron por congelación, se pesaron y el aceite se extrajo de las células. (Ejemplo 19) Los lípidos se extrajeron y derivaron a metilésteres de ácidos grasos (FAME) por análisis de cromatografía de gas (GC). La transesterificación y extracción se hizo usando 200 mg de células secas por congelación, con C19:0 como estándar interno, se agregó mezcla de reacción de transesterificación (metanol:ácido clorhídrico:cloroformo, 10: 1 : 1 ) se mezcló y calentó a 90°C durante 2 horas, luego se dejó enfriar a temperatura ambiente. Los FAMEs se extrajeron al agregar 1 mi de agua, y 2 mi de hexanoxloroformo (4: 1), y se permitió que las fases orgánica y acuosa se separaran. La capa orgánica se extrajo y trató con 0.5 g de sulfato de sodio anhidro para remover partículas y agua residual. Los solventes orgánicos se evaporaron bajo una corriente de argón. Los FAMEs se resuspendieron en 5 mi de iso-octano y se analizaron por GC-FID. La conversión porcentual se calculó al dividir el producto producido por la suma de (el producto producido + el sustrato agregado) y entonces multiplicar por 100. Los resultados se muestran en la Figura 11. Los resultados también muestran que el ácido toluico resultó en un incremento en la proporción de EPA y DPA n-3 y una disminución en la proporción de DPA (n-6) y DHA- posiblemente un inhibidor de A4-desaturasa en ONC-T18.
f) Ejemplo 6: Adición de Norflurazon 50 mi de medios que contienen 25 g/l de sal marina y 1 g/l de extracto de levadura se autoclavearon a 120 °C durante 20 minutos. D(+)-glucosa esterilizada entonces se agregó a los medios en una concentración de 9g/l. 50 mi de estos medios se pusieron entonces en un matraz Erlenmeyer de 250 mi. Norflurazon (Supleco) disuelto en sulfóxido de dimetilo en una concentración de 20 g/l entonces se agregó a los medios para representar una concentración final de 0.2 g/l. 1 mi de un pre-cultivo de 24 horas (inoculo) de ONC-T18 que se había cultivado en los mismos medios (25 g/l de sal marina, 1 g/l de extracto de levadura, 9g/l de glucosa) se agregó. El cultivo se llevó a cabo en un agitador (130 rpm) durante cuatro días a temperatura ambiente.
Después del periodo de incubación, las células se recolectaron por centrifugación a 4300 rpm durante 10 minutos, se lavaron una vez con agua destilada, y entonces se centrifugaron nuevamente a 4300 rpm durante 10 minutos. Las pastillas de células entonces se secaron por congelación, se pesaron y el aceite se extrajo de las células. Los lípidos se extrajeron y derivaron a metilésteres de ácidos grasos (FAME) por análisis de cromatografía de gas (GC). La transesterificación y extracción se hizo usando 200 mg de células secas por congelación, con C19:0 como estándar interno, se agregó mezcla de reacción de transesterificación (metanol:ácido clorhídrico:cloroformo, 10: 1 : 1 ) se mezcló y calentó a 90°C durante 2 horas, luego se dejó enfriar a temperatura ambiente. Los FAMEs se extrajeron al agregar 1 mi de agua, y 2 mi de hexano:cloroformo (4: 1), y se permitió que las fases orgánica y acuosa se separaran. La capa orgánica se extrajo y trató con 0.5 g de sulfato de sodio anhidro para remover partículas y agua residual. Los solventes orgánicos se evaporaron bajo una corriente de argón. Los FAMEs se resuspendieron en 5 mi de iso-octano y se analizaron por GC-FID. La conversión porcentual se calculó al dividir el producto producido por la suma de (el producto producido + el sustrato agregado) y entonces multiplicar por 100. Los resultados se muestran en la Figura 1 1. Los resultados también muestran que la exposición a norflurazon resulta en un incremento en el contenido y proporción de DHA acumulado en ONC-T18.
Claims (1)
- REIVINDICACIONES 1. Un método para preparar una composición de lípidos, el método comprendiendo: cultivar un microbio productor de aceite en un medio heterotrófico que comprende un antagonista de la producción de ácidos grasos. 2. El método de conformidad con la reivindicación 1 , que además comprende aislar la composición de lípidos. 3. El método de conformidad con la reivindicación 1 , en donde la relación de ácidos grasos omega-3 y omega-6 a ácidos grasos omega-9 se incrementa. 4. El método de conformidad con la reivindicación 3, en donde el contenido global de ácidos grasos no se altera. 5. El método de conformidad con la reivindicación 1 , en donde el microbio productor de aceite es una diatomea, una microalga, un hongo, una bacteria, un protozoario. 6. El método de conformidad con la reivindicación 1 , en donde el microbio productor de aceite tiene una secuencia 18S, en donde la secuencia 18S tiene al menos 94% de identidad con la secuencia establecida en la SEQ ID NO: 1 7. El método de conformidad con la reivindicación 1 , en donde el microbio productor de aceite tiene una secuencia 18S, en donde la secuencia 18S tiene al menos 80% de identidad con la secuencia establecida en la SEQ ID NO: 1 8. El método de conformidad con la reivindicación 1 , en donde el microbio productor de aceite es del filo Labyrinthulomycota. 9. El método de conformidad con la reivindicación 1 , en donde el microbio productor de aceite es de la clase Labyrinthulomycetes. 10. El método de conformidad con la reivindicación 1 , en donde el microbio productor de aceite es de la subclase Thraustochytridae. 1 1. El método de conformidad con la reivindicación 1 , en donde el microbio productor de aceite es del orden Thraustochytriales. 12. El método de conformidad con la reivindicación 1 , en donde el microbio productor de aceite es de la familia Thraustochytriaceae. 13. El método de conformidad con la reivindicación 1 , en donde el microbio productor de aceite es del género Thraustochytrium. 14. El método de conformidad con la reivindicación 1 , en donde el microbio productor de aceite es Thraustochytrium sp. 15. El método de conformidad con la reivindicación 1 , en donde el microbio productor de aceite es Thraustochytrium aureum. 16. El método de conformidad con la reivindicación 1 , en donde el microbio productor de aceite es Thraustochytrium roseum. 17. El método de conformidad con la reivindicación 1 , en donde el microbio productor de aceite es Thraustochytrium striatum. 18. El método de conformidad con la reivindicación 1 , en donde el microbio productor de aceite es del género Schizochytrium. 19. El método de conformidad con la reivindicación 1 , en donde el microbio productor de aceite es Schizochytrium sp. 20. El método de conformidad con la reivindicación 1 , en donde el microbio productor de aceite es de la familia Thraustochytriaceae y tiene el número de acceso ATCC PTA-6245, 20888, 20889, 20890, 20891 , o 20892. 21. El método de conformidad con la reivindicación 1 , en donde el microbio productor de aceite es ONC-T18. 22. El método de conformidad con la reivindicación 1 , en donde el antagonista de la producción de ácidos grasos se selecciona del grupo que consiste de ácido oleico, cerulenina, ácido toluico, curcumina, ciclopropeno, galato de alquilo, galato de propilo, aceite de ajonjolí, aceite de cacahuate, aceite de cañóla, piridazinona, norflurazon, difenilamina, setoxidim, y capsaicina. 23. Un dispositivo de suministro que comprende la composición de lípidos de la reivindicación 1. 24. El dispositivo de suministro de conformidad con la reivindicación 23, en donde el dispositivo de suministro comprende una microcápsula, una microesfera, una nanoesfera o nanopartícula, un liposoma, un noisoma, un nanoeritrosoma, una nanopartícula sólida-líquida, un leuprólido, un gel, una cápsula de gel, una tableta, una loción, una crema, una aspersión, una emulsión, o un polvo. 25. Una microcápsula, que comprende una aglomeración de microcápsulas primarias y una sustancia de carga, cada microcápsula primaria individual teniendo una cubierta primaria, en donde la sustancia de carga comprende la composición de la reivindicación 1 , y se encapsula por la cubierta primaria, y en donde la aglomeración se encapsula por una cubierta externa. 26. La microcápsula de conformidad con la reivindicación 25, en donde la cubierta primaria y/o cubierta externa comprende un tensoactivo, gelatina, polifosfato, polisacárido, o una mezcla de los mismos. 27. La microcápsula de conformidad con la reivindicación 25, en donde la sustancia de carga comprende aceite de Thraustochytrium, Schizochytrium, o una mezcla de los mismos. 28. La microcápsula de conformidad con la reivindicación 25, en donde la cubierta externa tiene un diámetro promedio de aproximadamente 1 pm a aproximadamente 2,000 pm. 29. La microcápsula de conformidad con la reivindicación 25, en donde la cubierta externa tiene un diámetro promedio de aproximadamente 20 pm a aproximadamente 1 ,000 pm. 30. La microcápsula de conformidad con la reivindicación 25, en donde la cubierta externa tiene un diámetro promedio de aproximadamente 30 pm a aproximadamente 80 pm. 31. La microcápsula de conformidad con la reivindicación 25, en donde la cubierta primaria tiene un diámetro promedio de aproximadamente 40 nm a aproximadamente 10 pm. 32. La microcápsula de conformidad con la reivindicación 25, en donde la cubierta primaria tiene un diámetro promedio de aproximadamente 0.1 pm a aproximadamente 5 pm. 33. La microcápsula de conformidad con la reivindicación 25, en donde la sustancia de carga es de aproximadamente 20% a aproximadamente 90% en peso de la microcápsula. 34. La microcápsula de conformidad con la reivindicación 25, en donde la sustancia de carga es de aproximadamente 50% a aproximadamente 70% en peso de la microcápsula. 35. Un complemento nutritivo que comprende la composición de la reivindicación 1 , el dispositivo de suministro de cualquiera de las reivindicaciones 23-24, o la microcápsula de cualquiera de las reivindicaciones 25-34. 36. El complemento nutritivo de conformidad con la reivindicación 35, en donde el complemento está en forma de una tableta, cápsula de gel, cápsula, líquido, o jarabe. 37. Un producto alimenticio que comprende la composición de la reivindicación 1 , el dispositivo de suministro de cualquiera de las reivindicaciones 23-24, la microcápsula de cualquiera de las reivindicaciones 25-34, o el complemento nutritivo de cualquiera de las reivindicaciones 35-36. 38. El producto alimenticio de conformidad con la reivindicación 37, en donde el producto alimenticio es un artículo cocinado, una pasta, un producto cárnico, un producto congelado de lechería, un producto de leche, un producto de queso, un producto de huevo, un condimento, una mezcla de sopas, una botana, un producto de frutas secas, un producto de proteína vegetal, un caramelo macizo, un caramelo suave, un producto de aves de corral, un jugo de frutas procesadas, un azúcar granulada, una salsa, un aderezo, un jarabe, una barra nutritiva, una bebida, un polvo seco para bebida, una jalea o gelatina, una fórmula infantil, o un alimento para bebés. 39. El producto alimenticio de conformidad con la reivindicación 37, en donde el producto alimenticio es un producto de la pesca, un alimento para animales de compañía, un pienso para ganado o para acuacultura. 40. El producto alimenticio de conformidad con la reivindicación 37, en donde el producto alimenticio es pan, tortillas, cereal, embutido, pollo, helado, yogurt, leche, aderezo para ensaladas, salvado de arroz, jugo de frutas, un polvo seco para bebida, roles, galletas, triquitraques, pies de frutas, o pasteles. 41. Un método para suministrar una composición a un sujeto, que comprende administrar al sujeto el dispositivo de suministro de cualquiera de las reivindicaciones 23-24, la microcápsula de cualquiera de las reivindicaciones 25-34, el complemento nutritivo de cualquiera de las reivindicaciones 35-36, o el producto alimenticio de cualquiera de las reivindicaciones 37-40. 42. El método de conformidad con la reivindicación 41 , en donde el sujeto es un mamífero. 43. El método de conformidad con la reivindicación 41 , en donde el sujeto es un humano. 44. Un uso de una microcápsula de cualquiera de las reivindicaciones 25-34 y para preparar un medicamento para suministrar una sustancia de carga a un sujeto. 45. Un método para disminuir niveles de colesterol, niveles de triglicéridos, o una combinación de los mismos en un sujeto, que comprende la etapa de administrar al sujeto una cantidad efectiva de la composición de la reivindicación 1 , el dispositivo de suministro de cualquiera de las reivindicaciones 23-24, la microcápsula de cualquiera de las reivindicaciones 25-34, el complemento nutritivo de cualquiera de las reivindicaciones 35-36, o el producto alimenticio de cualquiera de las reivindicaciones 37-40. 46. Un método para complementar elementos traza esenciales en un sujeto, el método comprendiendo la etapa de administrar al sujeto una cantidad efectiva de la composición de la reivindicación 1 , el dispositivo de suministro de cualquiera de las reivindicaciones 23-24, la microcápsula de cualquiera de las reivindicaciones 25-34, el complemento nutritivo de cualquiera de las reivindicaciones 35-36, o el producto alimenticio de cualquiera de las reivindicaciones 37-40, en donde la composición, dispositivo de suministro, microcápsula, complemento, y producto alimenticio comprende un elemento traza esencial. 47. Un método que mejora la sensibilidad a insulina en un sujeto, que comprende la etapa de administrar al sujeto una cantidad efectiva de la composición de la reivindicación 1 , el dispositivo de suministro de cualquiera de las reivindicaciones 23-24, la microcápsula de cualquiera de las reivindicaciones 25-34, el complemento nutritivo de cualquiera de las reivindicaciones 35-36, o el producto alimenticio de cualquiera de las reivindicaciones 37-40. 48. Un método para reducir hiperglicemia en un sujeto, que comprende la etapa de administrar al sujeto una cantidad efectiva de la composición de la reivindicación 1 , el dispositivo de suministro de cualquiera de las reivindicaciones 23-24, la microcápsula de cualquiera de las reivindicaciones 25-34, el complemento nutritivo de cualquiera de las reivindicaciones 35-36, o el producto alimenticio de cualquiera de las reivindicaciones 37-40. 49. Un método para reducir hipercolesterolemia en un sujeto, que comprende la etapa de administrar al sujeto una cantidad efectiva de la composición de la reivindicación 1 , el dispositivo de suministro de cualquiera de las reivindicaciones 23-24, la microcápsula de cualquiera de las reivindicaciones 25-34, el complemento nutritivo de cualquiera de las reivindicaciones 35-36, o el producto alimenticio de cualquiera de las reivindicaciones 37-40. 50. Un método para reducir la grasa corporal en un sujeto, que comprende la etapa de administrar al sujeto una cantidad efectiva de la composición de la reivindicación 1 , el dispositivo de suministro de cualquiera de las reivindicaciones 23-24, la microcápsula de cualquiera de las reivindicaciones 25-34, el complemento nutritivo de cualquiera de las reivindicaciones 35-36, o el producto alimenticio de cualquiera de las reivindicaciones 37-40. 51. Un método para promover la pérdida de peso en un sujeto, que comprende la etapa de administrar al sujeto una cantidad efectiva de la composición de conformidad con la reivindicación 1 , el dispositivo de suministro de cualquiera de las reivindicaciones 23-24, la microcápsula de cualquiera de las reivindicaciones 25-34, el complemento nutritivo de cualquiera de las reivindicaciones 35-36, ó el producto alimenticio de cualquiera de las reivindicaciones 37-40. 52. Un método para tratar o evitar diabetes en un sujeto, que comprende la etapa de administrar al sujeto una cantidad efectiva de la composición de la reivindicación 1 , el dispositivo de suministro de cualquiera de las reivindicaciones 23-24, la microcápsula de cualquiera de las reivindicaciones 25-34, el complemento nutritivo de cualquiera de las reivindicaciones 35-36, o el producto alimenticio de cualquiera de las reivindicaciones 37-40. 53. Una formulación farmacéutica que comprende la composición de conformidad con la reivindicación 1 , el dispositivo de suministro de cualquiera de las reivindicaciones 23-24, o la microcápsula de cualquiera de las reivindicaciones 25-34, y un portador farmacéutico. 54. Una formulación farmacéutica que comprende la composición de la reivindicación 1. 55. Un método para preparar una composición carotenoide, el método comprendiendo: cultivar un microbio productor de aceite en un medio heterotrófico que comprende un antagonista de la producción de ácidos grasos. 56. El método de conformidad con la reivindicación 55, que además comprende aislar la composición carotenoide. 57. Una formulación farmacéutica que comprende la composición de la reivindicación 55. 58. Un método para preparar una composición antioxidante, el método comprendiendo: cultivar un microbio productor de aceite en un medio heterotrófico que comprende un antagonista de la producción de ácidos grasos. 59. El método de conformidad con la reivindicación 58, que además comprende aislar la composición antioxidante. 60. Una formulación farmacéutica que comprende la composición de la reivindicación 58.
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