È la terza isola del mondo per superficie (tra quelle non continentali) dopo la Groenlandia e la Nuova Guinea.

Il Borneo è bagnato a nord ed a ovest dal Mar Cinese meridionale, a nord-est dal Mare di Sulu, ad est dal Mar di Celebes e dallo stretto di Makasar, a sud dal mar di Giava e dallo stretto di Karimata. L'isola del Borneo è circondata, da ovest a est, da Sumatra, Giava, Sulawesi e le Filippine. Il punto più alto dell'isola è il Monte Kinabalu nel Sabah, in Malesia, con un'altezza di 4.095 m sul livello del mare. Il maggior sistema fluviale è il fiume Kapuas, che con i suoi 1.143 km è il più lungo fiume dell'Indonesia.

Il Borneo presenta una grande biodiversità se paragonato a molte altre aree. Si trovano circa 15.000 specie di piante da fiore, con 3.000 specie di alberi, oltre a 221 specie di mammiferi terrestri e 420 di uccelli. La foresta pluviale del Borneo è l'unico habitat esistente per l'orangutan, oltre ad essere un importante rifugio per molte specie endemiche.

La sua posizione geografica a cavallo dell'equatore fa in modo che l'isola del Borneo abbia un clima caldo-umido tutto l'anno (dai 24 ai 32 °C con un'elevata umidità): di conseguenza tutti i giorni ci sono dei temporali tra il tardo pomeriggio e la sera, che nei mesi estivi (da giugno a settembre nella parte a nord dell'equatore; e da dicembre a marzo nella parte a sud della linea equatoriale) sono spesso accompagnati dalla grandine; tuttavia la quasi totalità del ghiaccio atmosferico si scioglie durante la precipitazione anche con i temporali più violenti.

I primi europei sbarcati nel Borneo furono i superstiti della spedizione di Magellano nel luglio 1521, quando l'isola era governata dal sultano del Brunei. Gli spagnoli vi stabilirono una base commerciale a carattere permanente solo nel 1580, gli olandesi nel 1604, gli inglesi nel 1609 e per tutto il XVII e XVIII secolo si contesero il monopolio commerciale dell'isola, che nel 1733 il sultano di Brunei riconobbe formalmente alla Compagnia olandese delle Indie orientali.

Nel 1787 anche il sultano di Bandjarmasin, sovrano delle coste sud-orientali del Borneo, divenne vassallo degli olandesi, seguito da quello di Sambas nel 1802; ma nel corso dell'Ottocento la British North Borneo Company s'impadronì progressivamente del Borneo settentrionale ai danni del sultanato di Brunei, che nel 1888 passò sotto il controllo inglese. Anche il reame di Sarawak, che aveva sottratto molti territori al sultanato con i Raja Brooke, finì per essere inglobato dalla Gran Bretagna sempre nel 1888. Nel 1890 Labuan (ottenuta da Lord Brooke nel 1846) fu unita alla colonia di Malaysia. I confini tra i domini inglesi e quelli olandesi furono stabiliti definitivamente con il trattato del 20 giugno 1891.

Durante la seconda guerra mondiale, tra il 1941 e il 1945, l'isola fu occupata dai giapponesi. Nel 1950 i possedimenti olandesi nel Borneo entrarono a far parte dell'Indonesia, mentre nel 1963 quelli inglesi di Sabah e Sarawak furono uniti alla Malesia, infine nel 1984 anche il sultanato del Brunei ottenne l'indipendenza.

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I principali aeroporti dell'isola per traffico passeggeri sono Pontianak (IATA: PNK), Banjarbaru (IATA: BDJ) e Balikpapan (IATA: BPN) in Indonesia e Kota Kinabalu (IATA: BKI) e Kuching (IATA: KCH) in Malesia.