Santoña é unha vila que se encontra na zona oriental de Cantabria, en España, situada na baía do seu nome, ao pé do monte Buciero. Dista uns 45 km da capital, Santander. A cidade de Santoña está limitada ao norte pola praia de Berria, ao sur pola praia de San Martín, ao leste polo monte Buciero e ao oeste polo porto pesqueiro e a nova sección de porto deportivo que á súa vez ten ao oeste as marismas.
A acción do curso baixo do río Asón formou a chamada ría de Treto que desemboca no estuario e cuxos sedimentos de abundantes limos formaron o ecosistema da marisma santoñesa. O monte Buciero elévase a uns 400 m; ocupa unha superficie maior que a metade do total do Municipio. En tempos pasados as súas ladeiras estaban roturadas con socalcos que se aproveitaban para o cultivo. Na actualidade a súa vexetación é de sotobosque e matogueira, con loureiros, abruñeiros, abeleiras, teixos e érbedos. A base do monte polo lado que dá ao mar está configurada por unha costa irregular e sinuosa que ofrece un grande acantilado. Rodeando o monte polo seu lado sur encóntrase a praia de San Martín, que é a entrada á baía. Fronteiro a esta praia aparece un areal chamado O Puntal, pertencente á localidade de Laredo. Coa praia de San Martín comeza a cidade pola parte sur.
Panorámica da Reserva Natural das Marismas de Santoña e Noja vista desde o monte Buciero. En primeiro plano aparece a poboación de Santoña e á dereita Berria.Praia de Berria desde o leste. Ao fondo aprézase O Brusco, límite entre esta poboación e Noja
A praia de Berria encóntrase no norte de Santoña. Formouse polos arrastres que depositaron dúas correntes de mar de dirección contraria, N-S e S-N. Santoña era na antigüidade case unha illa e as súas augas vertían por esta parte da praia, mais foise enchendo a saída da auga pola acción dos ventos, formando un banco de area e unha liña de dunas con vexetación que foron impedindo o escoamento para o mar norte e formaron así un istmo, que son as actuais marismas. Parece ser que o canal que atravesa as marismas, chamado Canal de Boó, era o que efectuaba o dito escoamento. As marismas son dun gran valor ecolóxico, reserva natural e zona protexida. Abarcan 3.500 hectáreas nas que están comprendidas unha parte de Noja, Colindres e Limpias, ademais da grande extensión da propia Santoña.
No límite oeste do Municipio encóntrase outro monte chamado o Brusco, dunha altitude de 250 m. e para o sur oeste o monte Montehano, xa no municipio de Escalante, onde está en convento do mesmo nome. Neste convento están sepultados os restos de Bárbara Blomberg, mai de Xoán de Austria.
