C9orf135
| CFAP95 | |||||||||||||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Identifikatori | |||||||||||||||||||||||||
| Aliasi | CFAP95 | ||||||||||||||||||||||||
| Vanjski ID-jevi | MGI: 1914733 HomoloGene: 49850 GeneCards: CFAP95 | ||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
| Ortolozi | |||||||||||||||||||||||||
| Vrste | Čovjek | Miš | |||||||||||||||||||||||
| Entrez | |||||||||||||||||||||||||
| Ensembl | |||||||||||||||||||||||||
| UniProt | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (mRNK) | |||||||||||||||||||||||||
| RefSeq (bjelančevina) | |||||||||||||||||||||||||
| Lokacija (UCSC) | Chr 9: 69.82 – 69.91 Mb | Chr 19: 23.54 – 23.63 Mb | |||||||||||||||||||||||
| PubMed pretraga | [3] | [4] | |||||||||||||||||||||||
| Wikipodaci | |||||||||||||||||||||||||
| |||||||||||||||||||||||||
C9orf135 je gen koji kodira protein sa 229 aminokiselina. Nalazi se na hromosomu 9 genoma Homo sapiens, na poziciji 9q12.21.[5] Protein ima transmembranski domen iz aminokiselina 124-140 i glikozolacijsko mjesto na aminokiselini 75. C9orf135 je dio gena GRCh37 na hromosomu 9 i nalazi se u domenu nepoznate funkcije superporodice 4572.[6] Gen c9orf135 također je poznat pod imenom LOC138255 što je opis lokacije gena na hromosomu 9.1.[7]
Postoje neki dokazi koji povezuju gen c9orf135 s preranom insuficijencijom jajnika.[8] Kod oboljelih žena dolazi do autosomno recesivne mikroduplikacije koja može biti povezana s preranom insuficijencijom jajnika. Jedan jednonukleotidni polimorfizam (SNP) gena c9orf135 povezan je sa Parkinsonovom bolešću; statistički značajna mutacija je viđena na Manhattanskom prikazu.[9] Da bi se utvrdilo je li c9orf135 povezan s Parkinsonovom bolešću, potrebna su daljnja istraživanja.[9]
iRNK
[uredi | uredi izvor]
IRNK c9orf135 je duga 906 nukleotida.[10] Neprevedene regije (UTR) 5' i 3' sadrže ukosnice.[11] UTR 3' sadrži 123, a 5' UTR 18 nukleotida. Ova iRNK kodira protein sa sekundarnom strukturom sastavljenom i od beta-listova i alfa-heliksa.[12]
-
Sekundarna struktura c9orf135
-
5' UTR struktura iRNK petlje c9orf135
-
3' UTR struktura iRNK petlje c9orf135
Protein
[uredi | uredi izvor]Svojstva c9orf135
[uredi | uredi izvor]Vjerouje ae da je c9orf135 jedarni protein, jer ima svojstva koja odgovaraju atributima jedarnih proteina, a ne onih sa sekretornim putevima.[13][14] Nadalje, postoji signal jedarne lokalizacije (PEKVKKL) između aminokiselina 67 i 73 na c9orf135.[15] C9orf135 je rastvorljiv sa prosječnom hidrofobnošću od –0,772. Negativna vrijednost hidrofobnosti posljedica je blago kiselih svojstava.[16]
Mjesta fosforilacija serina nalaze se na pozicijama aminokiselina 7, 50, 86, 98 i 194. Fosforilacija treonina javlja se na 34, 129, 155 i 201. Fosforilacija tirozina pojavljuje se na 78, 160, 177 i 209. Također, mjesto N-terminalne acetilacije prisutno je na aminokiselini 3. Mjesto cijepanja signala prisutno je između aminokiselina 11 i 12.[17]
Interakcija proteina
[uredi | uredi izvor]PB2 stupa u interakciju s c9orf135, koji je pronađen u dvohibridnom testu kvasca. Podaci o PB2 (polimerazni osnovni protein 2) su da je to virusni protein koji je uključen u virus influence A. Prvenstveno je uključen u zadržavanje kapiranja, u kojem veže pre-iRNK kapu i na kraju odcijepi 10-13 nukleotida. PB2 je također važan za početak replikacije virusnih genoma. Također je poznato da PB2 inhibira interferon tipa 1, inhibiranjem mitohondrijskog antivirusnog signalnog proteina mitohondrijskog antivirusno-signalnog proteina (MAVS).[18]
Mutacije
[uredi | uredi izvor]Identificirano je jedanaest različitih uobičajenih varijanti genomske DNK ljudskog gena c9orf135. Sve mutacije unutar ovih varijanti genoma predstavljene su u sljedećoj tabeli.[19] Mutacije koje su bile prisutne na nivoima od 0,01 ili više učestale su uključene u tabelu; sinonimne mutacije su isključene.
| Lokacija | Položaj aminokiseline | Mutacija | Frekvencija |
|---|---|---|---|
| 5' UTR | 57 | N/A | 0,386 |
| 5' UTR | 93 | N/A | 0,047 |
| 5' UTR | 138 | N/A | 0,018 |
| Egzon | 169 | Misens K30T | 0,018 |
| Egzon | 237 | Misens R53K | 0,047 |
| Egzon | 456 | Misens E126K | 0,01 |
Gen c9orf135 je eksprimiran u vezivnom tkivu i tkivu sjemenika na visokim nivoima.[20] Vjerovatno je da je ekspresija c9orf135 izražena na niskim razinama u ljudskim ćelijama. Također je otkriveno da se c9orf135 nalazi u znatno višim nivoima u pupčanoj vrpci odraslog čovjeka u odnosu na fetusnu ljudsku pupčanu vrpcu.[21] Nadalje, kod žena s adenokarcinomom jajnika ekspresija c9orf135 mnogo je veća u epitelnim ćelijama unutar jajnika.[22] Žene sa sindromom policistastih jajnika imaju nižu ekspresiju c9orf135 od onih koji nemaju to stanje.[23]
-
Ekspresija pupčane vrpce fetusa i odraslih
-
Epitel normalne površine jajnika i epitelne ćelije raka jajnika
-
Sindrom policistnih jajnika u odnosu na c9orf135 gojazne žene.
Količina aminokiselina
[uredi | uredi izvor]Ovdje je opisano poređenje između c9orf135 iz Mus musculus (kućni miš) i Pteropus alecto (šišmiša crna leteća lisica). Nije bilo značajnih aminokiselina koje su se razlikovale u c9orf135 od ostatka mišjeg tijela. Međutim, kod crne leteće lisice bio je siromašan valinom i bogat triptofanom. Kao što se vidi iz rezultata kod ljudi, crna leteća lisica dijelila je samo višak triptofana. Kućni miš i crna leteća lisica korišteni su zato što dijele 64% odnosno 79% sličnosti u genomu c9orf135. Analiza pokazuje da bi alanin i tirozin mogli biti predviđene interesne tačke, jer su oba imala rezultate koji se razlikuju od ostatka prosjeka ljudskih gena.[16]
| Aminokiselina od interesa | Sastavni postotak |
Poređeno sa normalnom količinom proteina kod H. sapiens |
|---|---|---|
| Alanin | 3,1% | Potprosječan |
| Tirozin | 5,2% | Natprosječan |
| Triptofan | 3,1% | Natprosječan |
Homologija
[uredi | uredi izvor]Gen c9orf135 je konzerviran u eukariota, u rasponu od sisara, gmizavaca i Annelida.
Ortolozi
[uredi | uredi izvor]Ortolozi c9orf135 su sekvencirani u BLAST-u i odabrano je 20 ortologa. Svi su bili kod višećelijskih organizama i bili su ograničeni na vodene životinje, gmizavce, vodozemce i toplokrvne životinje. Također, protisti, bakterije, arheje i gljive nisu imali ortologe. Međutim, sekvenciranjem c9orf135 u BLAST-u, nisu pronađeni paralozi. Za potpunu listu ortologa na c9orf135 pogledati tabelu. Vremenako stablo (datiranja) je bio program koji je korišten za pronalaženje evolucijskog grananja prikazanog u milionima godina.[24] There were no paralogs found for c9orf135.
| Rod/vrsta | Uobičajeno ime | Divergencijs od ljudi (milioni godina) | Pristupni broj | Dužina (aminokiselina) | Identitet sekvence | Sličnost sekvence |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Homo sapiens | Čovjek | -- | Q5VTT2 | 229 | -- | -- |
| Pongo abelii | Sumatranski orangutan | 15,8 | XP_002819904 | 206 | 86% | 87% |
| Rhinopithecus roxellana | Zlatni nosogrbi majmun | 29.1 | XP_010361250 | 229 | 93% | 95% |
| Mus musculus | Kućni miš | 90.9 | EDL41604 | 228 | 64% | 73% |
| Pteropus alecto | Crna leteća lisica | 97,5 | XP_785964 | 230 | 79% | 86% |
| Equus przewalskii | Konj Przewalskog | 97,5 | XP_008504806 | 183 | 77% | 86% |
| Panthera tigris altaica | Sibirski tigar | 97,5 | XP_007077537 | 187 | 73% | 83% |
| Ovis aries | Ovca | 97.5 | XP_014948670 | 207 | 69% | 77% |
| Elephantulus edwardii | Kapasta slonovska verirovka | 105 | XP_006894485 | 254 | 72% | 82% |
| Pelodiscus sinensis | Kineska mehkooklopna kornjača | 320,5 | XP_006137902 | 217 | 55% | 68% |
| Gekko japonicus | Gekon | 320,5 | XP_015275999 | 221 | 52% | 64% |
| Alligator mississippiensis | Američki aligator | 320,5 | XP_014464144 | 212 | 51% | 64% |
| Ophiophagus hannah | Carska kobra | 320.5 | ETE61720 | 215 | 43% | 59% |
| Salmo Salar | Atlantski losos | 429,6 | XP_013998840 | 99 | 34% | 55% |
| Esox lucius | Sjeverna štuka | 429.6 | XP_010901691 | 154 | 30% | 47% |
| Branchiostoma floridae | Kopljača | 733 | XP_002591786 | 221 | 45% | 59% |
| Strongylocentrotus purpuratus | Morski jež | 747,8 | XP_785964 | 241 | 47% | 62% |
| Saccoglossus kowalevskii | Žirnjsčka glista | 747,8 | XP_002733410 | 153 | 38% | 58% |
| Lingula anatina | Okeanska školjka | 847 | XP_013398605 | 220 | 43% | 59% |
| Crassostrea gigas | Pacifička ostriga | 847 | XP_011426944 | 215 | 40% | 57% |
| Helobdella robusta | Pijavica | 847 | XP_009019861 | 256 | 29% | 44% |
Divergenija c9orf135
[uredi | uredi izvor]Na grafikonu je prikazano poređenje divergencije c9orf135 sa brzodivergirajućim citohromom C i sporodivergirajućim fibrinogenom. Sve u svemu, c9orf135 je značajno brže divergirao od fibrinogena i nešto sporije od citohroma C.
Također pogladajte
[uredi | uredi izvor]Reference
[uredi | uredi izvor]- ^ a b c GRCh38: Ensembl release 89: ENSG00000204711 - Ensembl, maj 2017
- ^ a b c GRCm38: Ensembl release 89: ENSMUSG00000033053 - Ensembl, maj 2017
- ^ "Human PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Mouse PubMed Reference:". National Center for Biotechnology Information, U.S. National Library of Medicine.
- ^ "Q5VTT2.1". NCBI, Protein.
- ^ "BLAST protein sequence, c9orf135".
- ^ Result Filters. (n.d.). Retrieved February 07, 2016, from https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/Q5VTT2.1 Arhivirano 23. 6. 2018. na Wayback Machine
- ^ McGuire MM, Bowden W, Engel NJ, Ahn HW, Kovanci E, Rajkovic A (april 2011). "Genomic analysis using high-resolution single-nucleotide polymorphism arrays reveals novel microdeletions associated with premature ovarian failure". Fertility and Sterility. 95 (5): 1595–600. doi:10.1016/j.fertnstert.2010.12.052. PMC 3062633. PMID 21256485.
- ^ a b Chung SJ, Armasu SM, Biernacka JM, Anderson KJ, Lesnick TG, Rider DN, Cunningham JM, Eric Ahlskog J, Frigerio R, Maraganore DM (august 2012). "Genomic determinants of motor and cognitive outcomes in Parkinson's disease". Parkinsonism & Related Disorders. 18 (7): 881–6. doi:10.1016/j.parkreldis.2012.04.025. PMC 3606821. PMID 22658654.
- ^ NCBI, Nucleotide, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/809279636?report=fasta Arhivirano 15. 9. 2016. na Wayback Machine
- ^ Sfold, Srna, http://sfold.wadsworth.org/cgi-bin/showcentroid.pl Arhivirano 6. 5. 2016. na Wayback Machine
- ^ Iheliks]]a-Tasser, http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/ Arhivirano 24. 2. 2020. na Wayback Machine
- ^ YLoc http://abi.inf.uni-tuebingen.de/Services/YLoc/webloc.cgi?id=86ac5008fd25bd20a065f49a970fd19c Arhivirano 3. 6. 2016. na Wayback Machine
- ^ SOSUI Classification and Secondary Structure Prediction of Membrane Proteins, http://harrier.nagahama-i-bio.ac.jp/sosui/ Arhivirano 5. 5. 2016. na Wayback Machine
- ^ PSORT II, PSORT II Prediction, http://psort.hgc.jp/cgi-bin/runpsort.pl[trajno mrtav link]
- ^ a b SDSC Biology Workbench, SAPS, http://seqtool.sdsc.edu/CGI/BW.cgi# Arhivirano 11. 8. 2003. na Wayback Machine!
- ^ ExPasy, Sibs bioinformatics analysis, http://www.expasy.org/ Arhivirano 30. 1. 2018. na Wayback Machine
- ^ "1 binary interaction found for search term C9orf135". IntAct Molecular Interaction Database. EMBL-EBI. Arhivirano s originala, 25. 8. 2018. Pristupljeno 25. 8. 2018.
- ^ NCBI SNP Geneview https://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_ref.cgi?geneId=138255&ctg=NT_008470.20&mrna=XM_011518232.1&prot=XP_011516534.1&orien=forward Arhivirano 23. 6. 2018. na Wayback Machine
- ^ EST profile, NCBI, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NM_001308086.1 Arhivirano 16. 9. 2016. na Wayback Machine
- ^ Geo Profile, NCBI https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geoprofiles/78193260 Arhivirano 15. 9. 2016. na Wayback Machine
- ^ Geo profil, epiteli normalne površine jajnika i epitelne ćelije raka jajnika, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/tools/profileGraph.cgi?ID=GDS3592:236519_at Arhivirano 19. 8. 2018. na Wayback Machine
- ^ Geo Profile, Obese women with polycystic ovary syndrome and obese, healthy women: skeletal muscle, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/tools/profileGraph.cgi?ID=GDS4133:243610_at Arhivirano 19. 8. 2018. na Wayback Machine
- ^ Hedges SB, Marin J, Suleski M, Paymer M, Kumar S (april 2015). "Tree of life reveals clock-like speciation and diversification". Molecular Biology and Evolution. 32 (4): 835–45. doi:10.1093/molbev/msv037. PMC 4379413. PMID 25739733.