El artículo 19 de los Estatutos de la Universidad de Jaén establece que los departamentos son las unidades de docencia e investigación, encargadas de organizar, de desarrollar, y de coordinar la investigación y las enseñanzas propias de uno o varios ámbitos del conocimiento en uno o varios centros. Todo esto, de acuerdo con la programación docente de la Universidad. Asimismo, apoyan las actividades e iniciativas del profesorado y las articula, conforme con la programación docente e investigadora de la Universidad de Jaén. En la misma existen 35 departamentos.