消毒（しょうどく、英語: disinfection）とは、広義では人体に有害な物質を除去または無害化することであり、広義の消毒には化学物質の中和を含む。狭義では病原微生物を殺すこと（殺菌など）、または病原微生物の能力を減退させ病原性を無くすことである。無菌にすることではない。 類似する概念として滅菌や殺菌があるが意味が異なる。 * 滅菌 (sterilization)：病原性の有無を問わずすべての菌（細菌だけでなく、ウイルスやプリオンを含めたすべての生命体）を死滅させるか、除去することである（したがって滅菌は器具に対して行うものであり、人体あるいは患畜に対して行うことはできない）。病原性を無くすレベルの達成を目的とした消毒とは異なる。 * 殺菌 (bacteriocision)：菌を殺すことである。消毒の手段として殺菌が行われることがあるが、殺菌はせずに病原性を無くすことによって消毒が達成される場合もあるので意味合いが異なる。