Leganés har under större delen av klubbens historia spelat i Spaniens lägre divisioner. 1977 uppflyttades man återigen till Tercera División, där man tidigare hade spelat i sju år. Efter en stadig tillväxt lyckades man 1987 gå upp till nya Segunda División B för att sex år senare nå Segunda División. Man lyckades under de nästkommande elva åren ligga kvar i andra divisionen.
Säsongen 2015/16 gick man för första gången någonsin upp till La Liga.