Jest ona obszerna, obejmując ponad 50 pozycji oraz liczne wznowienia i wielokrotne wydania. Dlatego została przedstawiona na dwa sposoby - chronologiczny oraz z nieco arbitralnym podziałem tematycznym dla łatwiejszego wyszukiwania. Kursywą zaznaczono nowe wydania oraz wznowienia - z konieczności technicznych oraz dla pełnej informacji także one są uwzględniane w głównym liczniku dzieł. Na szczęście mniejszą, niezawyżoną w podobny sposób listą jest dalszy przegląd tematyczny. Jeżeli nie zaznaczono inaczej, to nowe wydania są nakładem tego samego wydawnictwa, co edycje wcześniejsze. Gwiazdka przy starszych dziełach oznacza, że zostało ono później wznowione, a większa liczba gwiazdek odpowiada liczbie wznowień.

Heller na przestrzeni ponad 40 lat współpracował z wieloma wydawnictwami: przede wszystkim z wydawnictwem "Znak" w Krakowie, które kontynuuje jego dzieła do dziś. Pozycje naukowe doczekały się opublikowania przez PWN oraz Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego. Kilka jego dzieł popularnonaukowych ukazało się nakładem wydawnictwa "Prószyński i S-ka", w prestiżowej serii "Na ścieżkach nauki" wśród autorów światowej sławy. Duża część jego dzieł filozoficznych, teologicznych oraz użytkowych, np. podręczniki filozofii, były wydawane początkowo przez Polskie Towarzystwo Teologiczne w Krakowie, Akademię Teologii Katolickiej w Warszawie (później UKSW) i Papieską Akademię Teologiczną w Krakowie (potem UPJPII), by od lat 90. ukazywać się systematycznie nakładem wydawnictwa diecezjalnego "Biblos" w Tarnowie przy współpracy z OBI. W 2010 uruchomiono Copernicus Center Press przy Centrum Kopernika Badań Interdyscyplinarnych, co kontynuuje tradycje OBI przy obecnym UPJPII (dawniej PAT) oraz przejęło wiele tytułów od wydawnictwa "Biblos". Sporadycznie Heller współpracował również z innymi wydawnictwami - "Petrus", "Universitas" oraz Wydawnictwem Naukowym KUL.

W twórczości książkowej Hellera widać trend wzrostowy. W latach 70. wydano zaledwie kilka jego dzieł, w latach 80. o kilka więcej, za to w latach 90. jest już kilkanaście oryginalnych pozycji oraz pojawia się znacząca liczba nowych wydań. Lata 2000. oraz późniejsze, zwłaszcza po otrzymaniu Nagrody Templetona w 2008 i założeniu Copernicus Center Press, obfitują w bardzo wiele wznowień, ale pojawiło się kilka pozycji zupełnie nowych.

Powodów początkowo małej liczby publikacji i jej gwałtownego wzrostu w późniejszych latach może być kilka. W czasach komunistycznych rynek wydawniczy był ograniczony, a liczba potencjalnych odbiorców - mniejsza. Za to po transformacji został on uwolniony - przykładowo uruchomiono wydawnictwo diecezjalne "Biblos" w Tarnowie. Rozpowszechniły się też media, szkolnictwo średnie i wyższe, a razem z nimi zainteresowanie filozofią oraz kosmosem, czego świadectwem jest obszerna seria "Na ścieżkach nauki" wydawnictwa "Prószyński i S-ka". Oprócz tego przejście na emeryturę mogło zwolnić Hellera z obowiązków naukowych i dydaktycznych, dając więcej czasu na popularyzację.

Uwaga: starsze pozycje często nie mają numeru ISBN lub jest on trudno dostępny.

1. 1970: Wobec Wszechświata, Znak, Kraków
2. 1974: Spotkania z nauką, Znak
3. 1976: Początek świata, Znak
4. 1980: Zagadnienia filozoficzne współczesnej nauki - wstęp do filozofii przyrody***, ATK, Warszawa
5. 1980: drugie wydanie powyższego
6. 1980: Wszechświat i filozofia: szkice z historii i filozofii nauki*, Polskie Towarzystwo Teologiczne, Kraków
7. 1981: Wszechświat i słowo, Znak
8. 1983: Drogi myślących, PTT, ISBN 83-0000-593-5
9. 1983: Ewolucja kosmosu i kosmologii*, PWN, Warszawa, ISBN 83-01-04618-X
10. 1984: Usprawiedliwienie Wszechświata, Znak, ISBN 83-7006-398-4
11. 1985: Drogi myślących - drugie wydanie
12. 1985: Ewolucja kosmosu i kosmologii - drugie wydanie
13. 1986: Wszechświat i filozofia - drugie wydanie
14. 1988: Wszechświat: maszyna czy myśl? Filozofia mechanicyzmu: powstanie, rozwój, upadek*, PTT,
15. 1988: Teoretyczne podstawy kosmologii. Wprowadzenie do globalnej struktury czasoprzestrzeni, PWN, ISBN 83-01-07243-1, 9788301072438 (wg Google Books)
16. 1990: Dylematy ewolucji, PTT
17. 1991: Rozmowy w nocy*, Biblos, Tarnów
18. 1991: Osobliwy Wszechświat, PWN, ISBN 83-0110-079-6, 9788301100797 (wg Google Books)
19. 1992: Nowa fizyka i nowa teologia*, Biblos
20. 1992: Filozofia świata. Wybrane zagadnienia i kierunki filozofii przyrody, Znak, ISBN 83-7006-039-0
21. 1992: Filozofia nauki - wprowadzenie*, PAT, Kraków
22. 1992: Zagadnienia filozoficzne współczesnej nauki - wydanie trzecie
23. 1993: Fizyka ruchu i czasoprzestrzeni, PWN, ISBN 83-0111-249-2
24. 1993: Moralność myślenia*, Biblos
25. 1994: Kosmiczna przygoda człowieka mądrego, Znak, ISBN 83-7006-323-3
26. 1994: Wszechświat u schyłku stulecia, Znak, ISBN 83-7006-348-9
27. 1994: Wszechświat i słowo - drugie wydanie, ISBN 83-7006-394-2
28. 1994: Usprawiedliwienie Wszechświata - drugie wydanie, ISBN 83-7006-398-4
29. 1995: Nauka i wyobraźnia, Znak, ISBN 83-7006-375-6
30. 1995: Szczęście w przestrzeniach Banacha, Znak
31. 1995: Wieczność - czas - kosmos, Znak, ISBN 83-7006-319-5
32. 1996: Elementy mechaniki kwantowej dla filozofów*, Biblos
33. 1996: Dylematy ewolucji - drugie wydanie, Biblos
34. 1996: Wszechświat - maszyna czy myśl? - drugie wydanie, Biblos
35. 1997: Uchwycić przemijanie*, Znak
36. 1997: Szczęście w przestrzeniach Banacha - wznowienie, ISBN 83-7006-367-6
37. 1997: Zagadnienia filozoficzne współczesnej nauki - czwarte wydanie, ISBN 83-7072-086-2, 9788370720865 (wg Google Books)
38. 1998: Czy fizyka jest nauką humanistyczną?*, Biblos, ISBN 83-86889-63-2
39. 1999: Rozmowy na koniec wieku (?)
40. 2000: Rekolekcje, Znak, ISBN 83-7006-963-0
41. 2001: Kosmologia kwantowa, Prószyński i S-ka, Warszawa, ISBN 83-7255-054-9
42. 2002: Czas i przyczynowość, Towarzystwo Naukowe KUL, Lublin, ISBN 83-7306-053-7
43. 2002: Sens życia i sens Wszechświata. Studia z teologii współczesnej**, Biblos
44. 2002: Początek jest wszędzie. Nowa hipoteza pochodzenia Wszechświata, Prószyński i S-ka, ISBN 83-7255-127-8
45. 2002: Rozmowy w nocy - drugie wydanie, ISBN 83-7332-095-4
46. 2004: Filozofia przyrody: wstęp historyczny
47. 2004: Drogami myślących - wykłady o nauce, Wszechświecie i nieskończoności*, Znak - 4 płyty CD, po latach dodane do wydania "Podglądania Wszechświata"
48. 2005: Granice kosmosu i kosmologii, Scholar, Warszawa - nowe wydanie "Ewolucji Kosmosu i kosmologii" z 1983 i 1985
49. 2006: Filozofia i Wszechświat - wybór pism*, Universitas, Kraków
50. 2006: Podróże z filozofią w tle*, Znak, ISBN 83-240-0653-2
51. 2007: Elementy filozofii przyrody*, Biblos, ISBN 978-83-733247-0-1
52. 2007: Pojmowalny Wszechświat, Prószyński i S-ka, ISBN 978-83-7469-557-2
53. 2008: Kosmologia Lemaître'a*, Wydawnictwa Uniwersytetu Warszawskiego
54. 2008: Podglądanie Wszechświata*, Znak
55. 2008: Ostateczne wyjaśnienie Wszechświata, Universitas
56. 2008: Filozofia nauki - wprowadzenie, Petrus, Kraków - wznowienie, ISBN 978-83-7720-128-2
57. 2008: Filozofia i Wszechświat - wznowienie
58. 2008: Sens życia i sens Wszechświata - drugie wydanie, ISBN 978-83-733259-2-0
59. 2009: Jak być uczonym, Znak, ISBN 978-83-240-1187-2
60. 2009: Kosmologia Lemaître'a - nowe wydanie (jakie wydawnictwo?)
61. 2009: Teologia i Wszechświat, Biblos, ISBN 978-83-733265-9-0
62. 2010: Pasja wiedzy, Petrus, ISBN 978-83-7720-172-5
63. 2010: Matematyczność przyrody, Petrus, ISBN 978-83-7720-192-3
64. 2010: Uchwycić przemijanie - drugie wydanie, ISBN 978-83-240-1338-8
65. 2011: Filozofia przypadku - kosmiczna fuga z preludium i codą, Copernicus Center Press, Kraków, ISBN 978-83-7886-005-1, 978-83-7886-016-7 (2013, oprawa twarda), 978-83-7886-158-4 (2015, wydanie kieszonkowe)
66. 2011: Podglądanie Wszechświata - drugie wydanie, razem z nagraniami "Drogami myślących", ISBN 978-83-240-1854-3
67. 2011: Elementy mechaniki kwantowej dla filozofów - drugie wydanie, ISBN 978-83-733255-1-7
68. 2012: Wszechświat jest tylko drogą - kosmiczne rekolekcje, Znak, ISBN 978-83-240-1885-7
69. 2012: Ostateczne wyjaśnienia Wszechświata - kolejne wydanie, ISBN 97883-242-2200-1
70. 2013: Bóg i nauka - moje dwie drogi do jednego celu, CC Press, ISBN 978-83-7886-160-7
71. 2013: Stworzenie i początek Wszechświata, CC Press, ISBN 978-83-7886-130-0, 978-83-7886-043-3 (2013, oprawa twarda), 978-83-7886-159-1 (2015, wydanie kieszonkowe)
72. 2013: Filozofia kosmologii, CC Press, ISBN 978-83-7886-020-4
73. 2013: Sens życia i sens Wszechświata - drugie wydanie, CC Press, ISBN 978-83-7886-048-8, 978-83-7886-098-3 (2014, oprawa twarda), 978-83-7886-157-7 (2015, wydanie kieszonkowe)
74. 2013: Logos Wszechświata. Zarys filozofii przyrody, Znak - drugie wydanie książki "Filozofia przyrody - wstęp historyczny" z 2004, ISBN 978-83-240-2074-4
75. 2013: Filozofia i Wszechświat. Wybór pism - kolejne wydanie, ISBN 97883-242-2319-0
76. 2014: Granice nauki, CC Press, ISBN 978-83-7886-049-5
77. 2014: 10:30 U Maksymiliana, CC Press, ISBN 978-83-7886-126-3
78. 2014: Elementy mechaniki kwantowej dla filozofów - drugie wydanie, CC Press, ISBN 978-83-7886-066-2
79. 2014: Elementy filozofii przyrody - drugie wydanie, CC Press, ISBN 978-83-7886-065-5
80. 2014: Czy fizyka i matematyka to nauki humanistyczne?, CC Press - wznowienie, połączone z wcześniejszą książką współautora; ISBN 978-83-7886-078-5
81. 2014: Nowa fizyka i nowa teologia, CC Press - drugie wydanie, ISBN 978-83-7886-108-9
82. 2014: Wszechświat: maszyna czy myśl?, CC Press - wznowienie, ISBN 978-83-7886-105-8
83. 2014: Podróże z filozofią w tle - drugie wydanie, ISBN 978-83-240-3112-2
84. 2015: Bóg i geometria. Kiedy przestrzeń była Bogiem, CC Press, ISBN 978-83-7886-165-2
85. 2015: Moralność myślenia, CC Press - drugie wydanie, ISBN 978-83-7886-138-6
86. 2015: Wszechświat i filozofia, CC Press - wznowienie, ISBN 978-83-7886-163-8

Jest on w dużej mierze umowny, ponieważ publikacje na temat fizyki i kosmologii, zarówno naukowe jak i popularne, są często opracowaniami historycznymi oraz przeplatają się z refleksją metodologiczną, filozoficzną i teologiczną. Mimo to może on ułatwić wyszukiwanie dzieł o konkretnej tematyce.

1. 1970: Wobec Wszechświata
2. 1974: Spotkania z nauką
3. 1976: Początek świata
4. 1983: Ewolucja kosmosu i kosmologii (Drugie wydanie: 1985, wznowienie: Granice Kosmosu i Kosmologii, Scholar, Warszawa 2005)
5. 1988: Teoretyczne podstawy kosmologii. Wprowadzenie do globalnej struktury czasoprzestrzeni
6. 1991: Osobliwy Wszechświat
7. 1993: Fizyka ruchu i czasoprzestrzeni
8. 1994: Kosmiczna przygoda człowieka mądrego
9. 1994: Wszechświat u schyłku stulecia
10. 1995: Nauka i wyobraźnia
11. 1995: Szczęście w przestrzeniach Banacha (wznowienie: 1997)
12. 1995: Wieczność - czas - kosmos
13. 1996: Elementy mechaniki kwantowej dla filozofów (Drugie wydanie: CC Press, 2014)
14. 2001: Kosmologia kwantowa
15. 2002: Początek jest wszędzie. Nowa hipoteza pochodzenia Wszechświata
16. 2008: Kosmologia Lemaître'a (Drugie wydanie: 2009)
17. 2008: Podglądanie Wszechświata (Drugie wydanie: 2011, razem z nagraniami "Drogami myślących" z 2004)

1. 1980: Zagadnienia filozoficzne współczesnej nauki - wstęp do filozofii przyrody (Drugie wydanie: 1980, trzecie: 1992, czwarte: 1997)
2. 1980: Wszechświat i filozofia: szkice z historii i filozofii nauki (Drugie wydanie: 1986, wznowienie: CC Press, 2015)
3. 1984: Usprawiedliwienie Wszechświata (Drugie wydanie: 1994)
4. 1988: Wszechświat: maszyna czy myśl? Filozofia mechanicyzmu: powstanie, rozwój, upadek (Drugie wydanie: Biblos, 1996, wznowienie: CC Press, 2014)
5. 1992: Filozofia świata. Wybrane zagadnienia i kierunki filozofii przyrody
6. 1992: Filozofia nauki - wprowadzenie (Drugie wydanie: Petrus, 2008)
7. 1997: Uchwycić przemijanie (Drugie wydanie: 2010)
8. 1998: Czy fizyka jest nauką humanistyczną? (Wznowienie: Czy fizyka i matematyka to nauki humanistyczne?, CC Press, 2014)
9. 2002: Czas i przyczynowość
10. 2004: Filozofia przyrody: wstęp historyczny (Drugie wydanie: Logos Wszechświata. Zarys filozofii przyrody, 2013)
11. 2004: Drogami myślących - wykłady o nauce, Wszechświecie i nieskończoności (Drugie wydanie - dołączone do II wydania "Podglądania Wszechświata" w 2011)
12. 2006: Filozofia i Wszechświat - wybór pism (Wznowienie: 2008)
13. 2007: Elementy filozofii przyrody (Drugie wydanie: CC Press, 2014)
14. 2007: Pojmowalny Wszechświat
15. 2008: Ostateczne wyjaśnienie Wszechświata
16. 2010: Matematyczność przyrody
17. 2011: Filozofia przypadku - kosmiczna fuga z preludium i codą
18. 2013: Filozofia kosmologii
19. 2014: Granice nauki

1. 1981: Wszechświat i słowo (Drugie wydanie: 1994)
2. 1983: Drogi myślących (Drugie wydanie: 1985)
3. 1990: Dylematy ewolucji (Drugie wydanie: Biblos, 1996)
4. 1992: Nowa fizyka i nowa teologia (Drugie wydanie: CC Press, 2014)
5. 2002: Sens życia i sens Wszechświata. Studia z teologii współczesnej (Drugie wydanie: CC Press, 2013)
6. 2012: Wszechświat jest tylko drogą - kosmiczne rekolekcje
7. 2013: Stworzenie i początek Wszechświata
8. 2015: Bóg i geometria. Kiedy przestrzeń była Bogiem

1. 1991: Rozmowy w nocy (Drugie wydanie: 2002)
2. 1993: Moralność myślenia (Drugie wydanie: CC Press, 2015)
3. 1999: Rozmowy na koniec wieku
4. 2000: Rekolekcje
5. 2006: Podróże z filozofią w tle (Drugie wydanie: 2014)
6. 2009: Jak być uczonym
7. 2010: Pasja wiedzy
8. 2013: Bóg i nauka - moje dwie drogi do jednego celu
9. 2014: 10:30 U Maksymiliana

• Bibliografia Michała Hellera na jego stronie w ramach Ośrodka Badań Interdyscyplinarnych [dostęp 2015-06-16]
• Strona wydawnictw "Znak", "Prószyński i S-ka", PWN, "Biblos", Copernicus Center Press, Wydawnictw Uniwersytetu Warszawskiego, Wydawnictwa Naukowego KUL, wydawnictwa "Scholar", "Petrus" i "Universitas"
• Serwisy czytelnicze madreksiazki.pl oraz lubimyczytac.pl

Oprócz tego Michał Heller pracował nad klasyczną kosmologią relatywistyczną. Jego doktorat na KUL traktował o zasadzie Macha w kosmologii, a konkretniej o niemożności jej spełnienia przez ogólną teorię względności Einsteina. Jest autorem specjalistycznych monografii - Osobliwy Wszechświat i Teoretyczne podstawy kosmologii. Popularyzował odkrycia kosmologiczne w licznych dziełach - szczegóły w osobnym artykule: Bibliografia Michała Hellera

Zdaniem Hellera filozofia i nauka od zawsze się przeplatały, współpracowały i ich silne rozgraniczanie lub ignorowanie jednej dyscypliny przez drugą ma złe skutki dla obydwu. Filozofia grecka odrzuciła mitologię, zostawiając miejsce dla wyjaśnień naukowych, oraz wytworzyła metody racjonalnej argumentacji. Zadała też podstawowe pytania - jak to o arche, o naturę ruchu czy budowę Układu Słonecznego - i mimo chybionych odpowiedzi jej zasługą jest zadanie odpowiednich pytań. Wytworzyła też specjalistyczne pojęcia, jak pierwiastek, przyczyna, materia i masa oraz konieczność (ananke) jako zalążek pojęcia prawa fizyki czy logicznej konieczności. Arystoteles miał też wkład do matematyki, budując logikę oraz rozróżniając dwa rodzaje nieskończoności (potencjalną i aktualną). Co prawda racjonalizm Platona i empiryzm Arystotelesa w pewnym stopniu opóźniły rozwój nauki - będąc mniej skuteczną formą zdobywania wiedzy niż matematyczno-doświadczalna metoda znana już Archimedesowi^[1][2] - jednak to na ich gruncie potem powstała nauka nowożytna.

W pełni uformowana w XVII w. nauka była też otwarta na różne filozoficzne interpretacje, a jej rozwój był nawet od tych interpretacji zależny. Przykładem jest spór Newtona z Leibnizem o naturę przestrzeni i czasu.^[3] Nauka wpłynęła też na filozofię i cały klimat intelektualny epoki, tworząc mechanicyzm, tzn. materializm połączony z determinizmem.^[4] Czysto filozoficzna krytyka oraz kolejne odkrycia naukowe, zwł. w wieku XIX i XX, doprowadziły też do upadku tej koncepcji i do powstania nowej - pozytywizmu logicznego. W II połowie XX w. także ona upadła zarówno z filozoficznych, jak i naukowych powodów. Obecnie obserwuje się wzrost zainteresowania filozofią wśród naukowców i odwrotnie, z korzyścią dla obu stron - por. niżej (sekcja "Propozycja współczesnego dialogu"). Oprócz tego Heller podkreśla tak jak wielu historyków nauki, że już wiek temu filozofia Ernsta Macha zainspirowała Einsteina do stworzenia ogólnej teorii względności, mimo że intelektualne drogi tych uczonych szybko się rozeszły.^[5]

Michał Heller popiera styl uprawiania filozofii, który nazywa filozofią w nauce.^[6][7] Różni się ona od filozofii nauki - która jest dobrze ugruntowaną, metodologiczną dziedziną i jaką uprawiało m.in. koło wiedeńskie czy Karl Popper. Filozofię w nauce można nazwać współczesnym odpowiednikiem filozofii przyrody - istniejącej od zarania dziejów nauki i filozofii. Polski kosmolog wdraża ten program aktywnie w życie - jego praca magisterska z filozofii dotyczyła interpretacji szczególnej teorii względności; od lat publikuje prace o problemach interpretacyjnych kosmologii^[8]; wypromował też wiele doktoratów, zajmujących się nowoczesnymi dziedzinami jak filozofia ogólnej teorii względności^[9] czy mechaniki kwantowej^[10]. Heller, założony m.in. przez niego Ośrodek Badań Interdyscyplinarnych, jego pismo "Zagadnienia Filozoficzne w Nauce"^[11], późniejsze Centrum Kopernika i jego portal "Filozofia w Nauce" nie są w tym stylu filozofii i nauki odosobnione. Podobne trendy widać w innych miejscach świata, m.in. w Oksfordzie - przy współpracy tamtejszych wydziałów fizyki i filozofii.^[12][13] Znamienne jest to, że w wielkich encyklopediach filozoficznych, takich jak ta Stanforda, tematyka fizyczna, matematyczna i inna pojawia się w wielu miejscach.^[14]

Próby oddzielania nauki i filozofii Heller ocenia negatywnie. Częściowo takim programem były postulaty koła wiedeńskiego, które odrzucały metafizykę czy aksjologię, jednak twórczo rozwijały epistemologię i filozofię nauki. Tylko wulgarne i nieuświadomione echa pozytywizmu odrzucają filozofię w całości - co widać w dość radykalnych wypowiedziach Richarda Feynmana (Shut up and calculate), Stevena Weinberga, Stephena Hawkinga (Śmierć filozofii) czy Richarda Dawkinsa, które są jednak obecnie krytykowane. Nauki ścisłe bez solidnej interpretacji bywają jałowe i nie rozumieją dobrze własnych źródeł ani metod. Również uprawianie filozofii w izolacji od nauk ścisłych może prowadzić do nonsensów. Przykładem jest tu tzw. romantyczna filozofia przyrody - jeden z nurtów idealizmu niemieckiego w XIX w.^[15] Bardziej współczesnym przykładem filozofii nienaukowej jest postmodernizm, kwestionujący racjonalność, wiarygodność nauki i siejący zamęt w mediach. Na podobny problem zwracał m.in. fizyk Alan Sokal, kompromitujący część tego środowiska akademickiego (sprawa Sokala). Jeszcze innym przykładem filozofii nienaukowej jest wg Hellera ta uprawiana przez część środowisk religijnych - np. pewne nurty scholastyki, chrześcijańskiego egzystencjalizmu (w ramach tzw. filozofii kontynentalnej) czy filozofie innych wyznań. Często nie potrafią one odpowiedzieć na pytania ani zarzuty ze strony współczesnej nauki, w skrajnych wypadkach nawet kwestionując jej odkrycia.^[16][17]

Michał Heller przychyla się do umiarkowanej formy platonizmu matematycznego.^[18] Nie twierdzi on - tak jak to robili Kurt Gödel, Roger Penrose i inni - że pojęcia, którymi posługują się matematycy (twierdzenia, dowody, równania, itd.) istnieją obiektywnie, ponieważ widać w nich silny wpływ czynników społecznych i historycznych oraz filozoficznych.^[19] Nie twierdzi tym bardziej jak Max Tegmark, że istnieje wyłącznie rzeczywistość matematyczna. Zamiast tego podkreśla, że uprawiając matematykę, człowiek nie jest w stanie podporządkować jej w pełni swojej woli. Użył raz obrazowego porównania, że do zniszczenia miasta wystarczy odpowiednio silna bomba, jednak na rozwiązanie trudnego problemu matematycznego nie wystarczy żadna siła.^[20] Oprócz tego postęp fizyki teoretycznej nierzadko wyprzedza doświadczenie - jest to wręcz regułą, bo współczesna metoda fizyki jest hipotetyczno-dedukcyjna, jak zauważyli Popper i przed nim Einstein, a nie indukcyjna.^[21] Czasami twórcze, poprawne konsekwencje modeli matematycznych pojawiają się wręcz wbrew intencji badaczy. Heller powraca do przykładu Einsteina, który z równań OTW otrzymał najpierw poprawny, rozszerzający się model Wszechświata. Potem Einstein z własnych pobudek dopisał do równań stałą kosmologiczną, aby otrzymać rozwiązanie cylindryczne, jednak to model rozszerzający się został potwierdzony (przez prawo Hubble'a).^[22][23] Oprócz tego kryteria estetyczne w ocenie modeli matematycznych okazują się dość skuteczną heurystyką w ocenie ich prawdziwości - podobne zdanie wyrażał m.in. Paul Dirac. Ta skuteczność matematyki do opisu świata oraz pewna niezależność, dyktująca wręcz kierunek rozwoju nauki, świadczy o istnieniu głębszej Matematyki.^[24] Pewien stopień realizmu pojęć to wręcz warunek uprawiania nauki, niezależnie od opinii samych uczonych. W jednym z wywiadów pojawia się nawet żartobliwa parafraza: "w okopach wszyscy są platonikami".^[25]

Heller przychyla się do opinii wyrażanej m.in. przez Johna Baeza, że najbardziej uniwersalną i podstawową teorią matematyki jest teoria kategorii.^[26] Odpowiada ona najlepiej pojęciu pola racjonalności wprowadzonemu przez Józefa Życińskiego.^[27] Konkretne teorie matematyczne - jak algebra, analiza, topologia czy logika - to ludzkie realizacje fragmentów tego pola oraz jedne z wielu kategorii. Zdaniem Hellera twierdzenia Gödla o niezupełności mogą oznaczać, że ogół matematycznych faktów czy pole racjonalności jest nieskończone i niewyczerpywalne, a próby ujęcia go przez skończoną aksjomatykę zawsze będą niezupełne. Heller żywi nadzieję, że dalszy rozwój metamatematyki pozwoli przekroczyć pewne ograniczenia twierdzeń Gödla - np. rozważając systemy z nieskończoną liczbą aksjomatów lub przesłanek, wnioskowania cykliczne albo aksjomaty zmienne, obejmując przez to szersze obszary pola racjonalności.^[28]

Michał Heller podkreśla, że religia nie może wkraczać w kompetencje nauki - przykładowo nie może uznawać wyników badań za potwierdzenie swoich tez. Krytykuje interpretowanie Wielkiego Wybuchu jako momentu stworzenia świata i dowodu na Stwórcę, ^{[29] [30]} tak jak to robili m.in. Edmund Taylor Whittaker, przez pewien czas papież Pius XII (przekonany ostatecznie przez Georges'a Lemaître'a) oraz obecnie William Lane Craig. Heller podkreśla możliwość, że znany wszechświat mógł istnieć wcześniej (jak w modelu cyklicznym Friedmana lub cykli czasu Rogera Penrose'a) oraz jest to zgodne z tomistyczną koncepcją stworzenia świata creatio continua.^{[31][32][33][34]} Podobnie nie uznaje tzw. silnej zasady antropicznej - przekonania, że dostrojenie praw fizyki i ich warunków początkowych do powstawania węglowego życia (tzw. antropiczne koincydencje) świadczy o wielkim planie (Charles Townes, John Leslie).^[35][36][37] Dopuszcza wyjaśnienie tego zjawiska przez koncepcję wieloświata (ang. multiverse) i uważa ją za zgodną z doktryną chrześcijańską.^[38] Jeszcze wyraźniej odrzuca koncepcję inteligentnego projektu w biologii (William Dembski, Samuel Behe) - nie tylko z powodów naukowych, ale też teologicznych, uznając ją za nową formę herezji manicheizmu.^[39] Odrzuca też koncepcję punktu Omega Franka Tiplera i jego próby dowodzenia w bardzo spekulatywny sposób chrześcijańskiego credo.^[40] Podobne dążenia do naiwnego łączenia nauki z religią nazywa Bogiem od zapychania dziur (ang. God of the gaps)^[41], konkordyzmem oraz fizykoteologią. Zwraca uwagę, że ta ostatnia ma swoje korzenie w XVII w. u początków nauki nowożytnej, dlatego jej powrót uważa za uwstecznienie. Świadczy ono o niskim poziomie wiedzy historycznej, filozoficznej i teologicznej wśród zwolenników.^[42]

Mimo tego rozdzielenia metod Heller nie popiera w pełni koncepcji NOMA Stephena Goulda. Uważa, że nauka, filozofia i teologia od wieków się przeplatały i dostarczały sobie koncepcji oraz składają się na jeden obraz świata obecny w ludzkiej kulturze. W tej historii wzajemnych oddziaływań Heller zgadza się z historykami nauki Olafem Pedersenem i Jeanem Ladriere'em, uznając trzy etapy za kluczowe:^[43]

1) patrystyka, zwłaszcza św. Augustyna - synteza chrześcijaństwa z platonizmem, który był protoplastą nauki opartej na rozumie. Tutaj Heller zbliża się m.in. do Benedykta XVI, który także podkreśla wielką rolę filozofii greckiej w formowaniu się dojrzałego chrześcijaństwa. Papież nazywa chrześcijaństwo religią Logosu - o którym Heller wspomina wielokrotnie.^{[44][45][46][47][48]} Ojciec Święty zaznacza, że tzw. dehellenizacja, czyli odejście od filozofii i rozumu, prowadzi do fanatyzmu. Jeden przykład to współczesny skrajny islamu - inny od tego średniowiecznego, z czasów złotego wieku - a drugi to fundamentalizm protestancki i mormoński w USA.^[49]

2) scholastyka, zwłaszcza tomizm - zastąpienie dominującego w teologii platonizmu przez bardziej rozbudowany arystotelizm. Początkowo prowadziło to do konfliktów (por. potępienia paryskie), które jednak zostały zażegnane przez Tomasza z Akwinu. Ta wielka synteza z XIII w. jest kontynuowana do dziś i jest zasługą kontaktu ze światem muzułmańskim, m.in. myślą Awicenny i Awerroesa. Geneza scholastyki jest powszechnie znana od dawna, jednak Heller zwraca też uwagę na fakt mniej znany i odkryty dość niedawno, tj. w XIX w. przez Pierre'a Duhema - tomizm przyczynił się do rozpowszechnienia empiryzmu. Współcześni historycy i filozofowie nauki dopatrują się w scholastycznej koncepcji impetusu zalążka nowożytnej koncepcji pędu w fizyce, a w stopniowym modyfikowaniu fizyki Arystotelesa - początków rewolucji naukowej, która nastąpiła w XVI i XVII w.^[50][51]

3) nowożytna rewolucja naukowa - ostateczne zastąpienie arystotelizmu przez naukową metodę matematyczno-doświadczalną, znaną już Archimedesowi. Dokonali tego Galileusz i Newton; ten ostatni próbował godzić swoje odkrycia ze swoją wiarą. Przykładowo twierdził, że Układ Słoneczny oraz cały Kosmos pełen gwiazd są grawitacyjnie stabilne, mimo że według mechaniki klasycznej jest to wielce nieprawdopodobne - miało to dowodzić nieustannych poprawek wprowadzanych przez Stwórcę. Newton twierdził też, inaczej niż wielu poprzedników, że stworzenie świata nie jest ciągłym podtrzymywaniem go w istnieniu, być może odwiecznie (jak dopuszczał Tomasz z Akwinu i co podkreśla Heller), lecz było odległym w przeszłości momentem zadania warunków początkowych, po którym machina świata poszła w ruch. Takie rozumienie stworzenia przez Newtona doprowadziło zdaniem Hellera do współczesnych nieporozumień i sporów w okół Wielkiego Wybuchu.^[52] Według tarnowskiego uczonego Newton popadł w błąd fizykoteologii, wytykany mu m.in. przez Leibniza.^[53] Dlatego dążenia do zgody przez wielkiego fizyka nie przetrwały próby czasu - już we francuskim oświeceniu fizyka Newtona stała się narzędziem agresywnego sekularyzmu i ateizmu (Voltaire, Laplace i inni).

Heller ubolewa, że wśród wielkich uczonych tamtych czasów nie znalazł się katolicki duchowny, który tak jak Tomasz z Akwinu dokonałby syntezy teologii z nauką swojej epoki.^[54][55] Teologia katolicka wręcz zignorowała tę rewolucję intelektualną, pozostając przy arystotelizmie - co Heller uważa za archaizm. Podkreśla zasługi tomizmu w formowaniu się nowożytnej nauki, jednak jego zdaniem jest to filozofia przestarzała, nieaktualna, co jest jedną z przyczyn napięć między wiarą a nauką w czasach nowożytnych.^[56] Przez tę krytykę współczesnego tomizmu bywał określany (także przez siebie) jako chrześcijański pozytywista, deprecjonując rolę scholastycznej metafizyki i kurczowego trzymania się pojęć jak materia i forma, które jego zdaniem są dla fizyka nazwaniem tego samego w inny sposób.^[57] Heller chwali zasługi Gottfrieda Leibniza, który mógł dokonać w XVII w. podobnej unifikacji co w XIII w. Tomasz. Niemiecki uczony dysponował filozofią i teologią bardziej nowoczesną niż tomizm, a jednocześnie znał rodzącą się fizykę i interpretował ją w bardziej wyrafinowany sposób niż Newton, co widać zwł. w korespondencji z Samuelem Clarkiem.^[58] Ten spójny światopogląd nie został jednak rozwinięty, gdyż Leibniz nie był katolickim duchownym ani nawet świeckim katolikiem. Jego ekumeniczne czy wręcz synkretyczne próby uchwalenia wspólnego credo nie wywarły wpływu na katolicką scholastykę, za to protestantyzm od początku sprzeciwiał się filozofii w służbie wiary.^[59] Tak powstał rozłam pojęciowy trwający do dziś - nowo narodzona nauka poszła za duchem Newtona i jego późniejszych interpretatorów, katolicyzm okopał się w tomizmie, za to protestantyzm poszedł własną drogą. W zbliżeniu nie pomogła wcale odnowa tomizmu dokonana na koniec XIX w.^[60]

Heller podkreśla, że mimo rozłamu nauki i religii przy narodzinach tej pierwszej, ich zbliżenie jest jednak współcześnie możliwe - i to w sposób inny niż skrytykowana wyżej fizykoteologia. W wieku XX te relacje były trudne, gdyż klimat intelektualny nauki był pod silnym wpływem filozofii pozytywizmu, odrzucającego jakąkolwiek religię, filozofię metafizyczną, a w nieuświadomionej wulgarnej postaci (Richard Feynman) nawet filozofię nauki i filozofię jakąkolwiek.^[61][62]

Mimo to upadek pozytywizmu (na rzecz m.in. popperyzmu), problemy fundamentalne w kosmologii czy mechanice kwantowej od ok. lat 70. doprowadziły do zwiększonego zainteresowania filozofią oraz historią nauki. Czasami przyjmuje to postaci niedojrzałe, jak wspominany konkordyzm, jednak pewne propozycje są całkiem poważne. Niektórzy uczeni wyraźnie zabrali odważne stanowiska filozoficzne, np. Roger Penrose - platonizm, a Paul Davies czy Krzysztof Meissner - nawet deizm.^[63] W toku debat pojawiają się (lub powracają z przeszłości) trzy pytania, na które zdaniem Hellera nauka odpowiedzieć nie może i prawdopodobnie nigdy nie będzie mogła - dlatego to one, a nie konkretne odkrycia naukowe, są punktem wyjścia do osobistej refleksji i wiary w Boga. Te trzy wielkie pytania mają odpowiadać trzem klasycznym dziedzinom filozofii - ontologii (metafizyce), epistemologii i aksjologii.^[64][65]

1) Dlaczego istnieje raczej coś niż nic? (tzw. pytanie Leibniza). Odpowiedź, że powodem jest Stwórca, to forma argumentu kosmologicznego w wersji Leibniza.^[66] Ma ona tę przewagę np. nad wersją tomistyczną, że jest zupełnie niezależna od aparatu pojęciowego nauki i jej odkryć. Przykładowo dowody tomistyczne odwołują się do pojęcia substancji i przyczynowości między nimi, a przez to - do linearnego czasu, który na poziomie fundamentalnym (skala Plancka) może nie istnieć.^[67]

Oprócz tego Heller przychyla się do stanowiska Johna Leslie na temat pierwszej przyczyny. Ten kanadyjski filozof w książce The Puzzle of Existence: Why is there something rather than nothing? wydanej z Robertem Kuhnem uznał, że ostatecznym powodem istnienia świata, niewymagającym własnego źródła, jest dobro.^[68]

Heller odpiera zarzuty niektórych fizyków - np. Stephena Hawkinga czy Lawrence'a Kraussa - że fizyka może odpowiedzieć na powyższe pytanie bez żadnej filozofii czy wiary. Proponowany model kosmologiczny Hartle'a-Hawkinga co prawda opisuje powstanie Wszechświata z nicości, jednak zakłada on istnienie praw fizyki, których źródła nie wyjaśnia. Ponadto jest to model "zabawkowowy", niepotwierdzony obserwacyjnie i nieugruntowany w żadnej zaakceptowanej teorii fizycznej. Nawet jeśli ta hipoteza jest prawdziwa, to Heller uważa takie stanowiska za nadinterpretację pojęć tego modelu.^[69][70]

2) Jak racjonalnie uzasadnić racjonalność? Heller nawiązuje tutaj do Karla Poppera, który uważał rozumowy dyskurs i używanie argumentów za wybór etyczny, ponieważ konieczności korzystania z intelektu nie da się obronić intelektualnie. Wybór ten miał być - nie do końca świadomie - dokonany w starożytnej Grecji, kiedy jońscy filozofowie przyrody (jak Tales) zaczęli budować pierwsze spekulacje na argumentach, a nie na mitologii. Zadziwiająca skuteczność tej metody (zwł. w nowożytnej nauce) to dowód istnienia obiektywnych wartości (jak właśnie racjonalność) oraz proces rozszyfrowywania Logosu - boskiego planu. Odwoływanie się do racjonalności świata jako śladu Stwórcy można uznać za formę argumentu z projektu, jednak jest to postać zupełnie inna niż znany od XVII w. do dziś "dowód fizykoteologiczny".^[71]

3) Jak możliwe są wartości? Prawda, piękno i dobro istnieją - i mają się ujawniać we Wszechświecie - i mają świadczyć o istnieniu transcendencji, ponieważ nie dają się wyjaśnić w żaden naukowy sposób. Po raz pierwszy podobne zdanie wyraził Immanuel Kant.

Poza trzema klasycznymi "drogami do Boga" czyli argumentami za Jego istnieniem - kosmologicznym, z projektu i moralnym - Heller przychyla się do propozycji Blaise'a Pascala. Jego zakład nie jest argumentem za istnieniem Boga, lecz za tym że racjonalnie jest w Niego wierzyć nawet przy braku pewności. Heller nazywa tak przeżywaną wiarę "ryzykiem intelektualnym" i nie zgadza się z krytyką zakładu.^[72][73]

Poza wspominanymi wyżej argumentami znany jest tzw. dowód ontologiczny, po raz pierwszy podany przez Anzelma z Canterbury. Heller nie zabrał jednak stanowiska w tej sprawie. Jedną szeroko komentowaną wersję tego dowodu podał współcześnie amerykański filozof Alvin Plantinga. Polski kosmolog w wywiadzie radiowym uznał podziw dla jego dorobku, zastrzegając, że się nie zawsze z nim zgadza.^[74] Zapewne chodzi tu o koncepcję inteligentnego projektu, którą Plantinga popiera, a Heller krytykuje. Nie jest jednak jasne, czy Heller poparł czy odrzucił jego dowód ontologiczny - ani jakie ma zdanie o dowodach ontologicznych w ogóle.

Heller wyjaśnia, że Stwórca jest zarówno transcendentny jak i immanentny. Koncepcja creatio continua oraz wiara w akt Boży w całości praw przyrody, bez poprawek czy "łatania dziur", nie jest panteizmem jak u Spinozy i Einsteina. Ponadto za jedną z możliwych interpretacji nauki Heller uznaje panenteizm i uznaje go za zgodny z doktryną chrześcijańską.^[75] Współpracował z panenteistą Józefem Życińskim, choć podkreślał, że sam panenteistą nie jest i jego przekonania nie pokrywały się w pełni z tymi Życińskiego.^[76]

Jako kosmolog i filozof fizyki Heller starannie wykłada, że współczesna wiedza o Wszechświecie jest do pogodzenia z wiarą w Stwórcę - także jeśli się uwzględni odkrycia biologii ewolucyjnej lub jakiekolwiek inne, gdyż nauka nie rozwiązuje problemu stworzenia świata. Mimo to problem i zarzewie przyszłych konfliktów pojawia się na innym gruncie - wiary w istnienie ludzkiej duszy.^[77] Nauki o mózgu (ang. neuroscience) czynią zawrotne postępy, odkrywają zdolności umysłowe zwierząt oraz zacierają granicę między umysłem ludzkim (zwłaszcza u zarania dziejów człowieka) a tym u innych istot.^[78] Nauka wyjaśnia też coraz skuteczniej przeżycia wewnętrzne oraz ludzkie decyzje jako przejawy aktywności mózgu.^[79] Jest to wyzwanie dla chrześcijańskiej koncepcji duszy, która to [koncepcja] nie wywodzi się z Pisma Świętego, lecz z filozofii greckiej.^[80] Sam Heller przy jednym z pytań od publiczności nieco żartobliwie ominął ten problem oraz dał znak, że być może przychyla się do koncepcji panpsychizmu, nie używając jednak tej nazwy wprost.^[81] Podkreśla, że jest kosmologiem i problem umysłu wykracza poza jego kompetencje. W ramach Centrum Kopernika powołał specjalny zespół badawczy, którzy zajmuje się podobną tematyką - na jego czele stoi prof. Jerzy Vetulani.^[82] Polski kosmolog uważa, że pewną przeszkodą w poszukiwaniu porozumienia może być niski poziom zainteresowania filozofią ze strony biologów i neuronaukowców.^[83][84]

Heller w dużej mierze oddaje tu głos innym specjalistom, ale uznaje istnienie wolnej woli oraz kompatybilizm.^[85] Być może ludzkie zachowania są w pełni określone przez poprzednie stany - czy to deterministycznie, zgodnie z mechaniką klasyczną, czy to losowo, jak w mechanice statystycznej i kwantowej. Mimo to o wolnej woli i pewnym stopniu indeterminizmu mówić można - gdyż wynika to z samej natury rozumującego umysłu. Heller powołuje się tutaj na Karla Poppera, wg którego demon Laplace'a, ilustracja mechanicyzmu, nie może przewidywać własnych stanów.^[86][87] Rozwój nauki czy wiedzy jest z natury nie do przewidzenia - ponieważ aby znać stan wiedzy w przyszłości, trzeba by ją mieć już teraz.^[88] W podobnym duchu miał się wypowiadać nawet Stephen Hawking, który twierdził przez pewien czas, że bez wolnej woli niemożliwa byłaby racjonalna matematyka. Wtedy ludzkie przekonania mogłyby być dowolnie, arbitralnie i w pełni określone przez poprzednie stany mózgu, a nie przez fakty i poprawne wnioskowania, które mają jeden możliwy kształt.^[89]

Heller bywał pytany przez widownię i media o stanowisko w kontrowersyjnych sprawach bioetycznych, ale jego zdanie na ten temat jest niejasne.

Zdaniem niektórych komentatorów konflikt między nauką a wiarą jednak istnieje i nawet jeśli nie ma go w warstwie faktograficznej, to istnieje on w sferze moralnej. Nauka dostarcza nowych metod antykoncepcji, aborcji, eutanazji czy zapłodnienia metodą in vitro i sugeruje arbitralność uznawania ludzkiego zarodka za osobę. Jednocześnie biologia odkrywa coraz bardziej imponujące możliwości intelektualne zwierząt - zwł. naczelnych, do których człowiek należy, z którymi dzieli wspólnego przodka i z których się wyłonił w sposób ciągły. To może być zdaniem niektórych naukową podstawą do podmiotowego traktowania zwierząt (Peter Singer, Richard Dawkins).^[90]

Kościół katolicki zakazuje jednak stosowania wyżej wymienionych wynalazków i zabiegów, nawołując do ochrony ludzkiego życia od naturalnego poczęcia do naturalnej śmierci.^[91] Widzi w tym pierwszym moment stworzenia duszy, po raz pierwszy stworzonej w poczęciu dość arbitralnie pojmowanego pierwszego człowieka.^[92] W tej koncepcji inne organizmy nie posiadają duszy (przynajmniej nie w sensie ludzkim), nie są osobami i nie mogą być zbawione. Wydaje się więc, że katolickie doktryny bioetyczne ignorują dorobek nauki.

Na podobne zarzuty Heller odpowiadał wymijająco, podkreślając że jest kosmologiem, a nie bioetykiem.^[93][94]

Poza wspomnianą wyżej krytyką katolickiej bioetyki, w sprawie której Heller nie zabrał publicznie stanowiska, pojawiają się też zarzuty bardziej bezpośrednie. W latach 90. Heller gościł w programie BBC na temat relacji nauki i wiary, gdzie jednym z uczestników dyskusji był Richard Dawkins.^[95] Uważał on współistnienie nauki i religii za zjawisko przestarzałe oraz że nauka zgromadziła już wystarczająco dużo wiedzy, żeby odrzucić chrześcijańskie credo oraz uznać teologiczne wyjaśnienia za zbędne. Później, na początku XXI w., Dawkins rozpoczął aktywną kampanię na rzecz promocji ateizmu i ośmieszenia religii - tzw. nowy ateizm. Krytykował działalność Fundacji Templetona, której Michał Heller oraz Centrum Kopernika są beneficjentami. Dawkins i jego sojusznicy uważają Nagrodę Templetona za akt korupcji i faworyzowania tych uczonych, którzy wierzą w Boga lub przynajmniej nie wykluczają publicznie jego istnienia, utrzymując pewne tabu i status quo, jak Martin Rees. W jednym z wywiadów Dawkins skrytykował naukowców stanu duchownego, uznając ich za dziwaków - z jednej strony docenia ich wiedzę i poziom, a z drugiej nie może pojąć ich wierzeń, które angielski biolog ma za prymitywne.^[96] Oprócz tego Dawkins i nowi ateiści deprecjonują znaczenie filozofii - żywo uprawianej przez wielu apologetów - dla rozwoju współczesnej nauki.^[97]

Heller nie pozostaje takim zarzutom dłużny, mimo że szanuje dorobek biologiczny Dawkinsa i sam propaguje biologię ewolucyjną wśród laików. Przede wszystkim polski uczony podważa interpretacje nauki, jakich Dawkins dokonuje - kwestionując wręcz jego kompetencje w filozofii i zdolność odróżniania faktów, które są obiektywne, od interpretacji, które są subiektywne. Przykładowo bardzo negatywnie ocenił książkę Ślepy zegarmistrsz (ang. The Blind Watchmaker), tytułując swoją recenzję Ślepy zoolog, co jest jawną aluzją.^[98][99] Zaznacza też, że na spotkaniu w programie BBC Dawkins był agresywny i nikt z uczestników się z nim nie zgadzał.^[100] W wywiadach i publicznych wystąpieniach nazywa przekonania ewolucjonisty prymitywnymi^[101] i deklaruje, że rozterki jakie Dawkins ma, sam zrozumiał i odrzucił już w wieku piętnastu lat.^[102] Heller zniechęca swoich słuchaczy do pójścia za nowym ateizmem, porównując twórczość tego ruchu do marksistowskich książeczek.

Za łagodną formę krytyki można też uznać pewien brak entuzjazmu, jaki naukom Michała Hellera okazuje polski logik Jan Woleński. Obydwaj współpracują w ramach w Centrum Kopernika, m.in. organizując wspólne seminaria i dyskusje. W czasie jednego z nich doktorant Hellera, ks. Tadeusz Pabjan, zreferował część poglądów swojego promotora o śladzie Boga w świecie, jakim ma być właśnie całościowa matematyczność i racjonalność, a nie konkretne wydarzenia czy obiekty jak w fizykoteologii. Woleński uznał to za koncepcję ciekawą, ale nieprzekonującą i konsekwentnie uważa się za ateistę. Podkreśla, że inaczej niż twierdzą Heller czy Życiński, Wszechświat nie musi być wcale matematyczny i harmonia może być wytworem ludzkiego umysłu.^[103]