WO2003025177A2 - Sequences impliquees dans les phenomenes de suppression tumorale, reversion tumorale, apoptose et/ou resistance aux virus et leur utilisation comme medicaments - Google Patents
Sequences impliquees dans les phenomenes de suppression tumorale, reversion tumorale, apoptose et/ou resistance aux virus et leur utilisation comme medicaments Download PDFInfo
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Definitions
- the inventors made the following hypotheses: if it was possible to select, from a tumor which is sensitive to the cytopathic effect of the parvovirus Hl, cells which were resistant, then this resistance could be due to a change in their malignant phenotype.
- variant nucleotide sequence is meant any RNA or cDNA resulting from a mutation and / or variation of a splicing site of the genomic DNA corresponding to the nucleotide sequences of the invention.
- the present invention also relates to a polypeptide encoded by a nucleotide sequence in accordance with the invention
- the present invention also relates to a cell cloning and / or expression vector characterized in that it comprises a nucleotide sequence according to the invention or that it codes for a polypeptide according to the invention.
- a vector can also contain the elements necessary for the expression and optionally for the secretion of the polypeptide in a host cell.
- a host cell is also an object of the present invention.
- the probes and primers according to the invention can be labeled directly or indirectly with a radioactive or non-radioactive compound by methods well known to those skilled in the art, in order to obtain a detectable and / or quantifiable signal.
- sequences are generally marked to obtain sequences which can be used for numerous applications.
- the labeling of the primers or probes according to the invention is carried out with radioactive elements or with non-radioactive molecules.
- the specificity of the amplification can be controlled using as primers the nucleotide sequences of the invention and as templates, plasmids containing these sequences or the products amplification derivatives.
- the amplified nucleotide fragments can be used as reagents in hybridization reactions in order to demonstrate the presence, in a biological sample, of a target nucleic acid of sequence complementary to that of said amplified nucleotide fragments.
- the invention also relates to the nucleic acids capable of being obtained by amplification using primers according to the invention.
- said method comprises the following steps: - isolation of messenger RNA from a biological sample from a patient to be tested,
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Abstract
La présente invention concerne notamment de nouvelles séquences impliquées dans les voies moléculaires de la suppression tumorale, la réversion tumorale, l'apoptose et/ou la résistance aux virus. Elle concerne également l'utilisation de ces séquences ou le traitement contre le cancer, maladies virales, maladies neurodégénératives ainsi qu'en matière de diagnostique ainsi que pour la mise en oeuvre de procédés de criblage de composés à tester. Cette invention a également pour objet des procédés de détection et/ou de dosage des séquences de l'invention ou de leurs produits d'expression dans un prélèvement biologique.
Description
SEQUENCES IMPLIQUEES DANS LES PHENOMENES
DE SUPPRESSION TUMORALE, REVERSION TUMORALE,
APOPTOSE ET/OU RESISTANCE AUX VIRUS ET
LEUR UTILISATION COMME MEDICAMENTS
La présente invention concerne la mise en évidence de gènes impliqués dans les voies moléculaires de la suppression tumorale, la réversion tumorale, l'apoptose et/ou de la résistance aux virus. La présente invention a été rendue possible par l'isolement d'ADNc correspondant à des ARN messagers exprimés ou réprimés lors de la suppression tumorale, de la réversion tumorale et/ou lors du processus d'apoptose.
Afin d'isoler les gènes activés ou inhibés lors de la réversion tumorale, on a effectué un ratissage global de l'expression des gènes dans une lignée cellulaire maligne (K562, lignée tumorale dérivée d'une leucémie chronique de type érythromyéloïde) et une lignée cellulaire dérivée (KS) avec une suppression du phénotype malin. Ces lignées sont décrites dans Telerman et al. : A model for tumor suppression using H-l parvovirus, PNAS, USA, vol. 90, pp 8702-8706, September 1993. La comparaison des gènes exprimés (ARN messagers exprimés dans les deux types de cellule) a permis de mettre en évidence des gènes exprimés différentiellement, c'est-à-dire exprimés dans l'une des cellules alors qu'ils ne le sont pas dans l'autre (les gènes peuvent être activés ou inhibés).
On en déduit aisément que ces gènes sont au moins impliqués dans le processus de cancérisation, dans un cas par leur absence, et, dans l'autre cas, par leur présence.
Pour cette étude différentielle, la méthode utilisée est la méthode MPSS (Massively Parallel Signature Sequencing) décrite en 2000 par Brenner et al. (Nature Biotechnology, vol. 18, n° 6, juin 2000, p630-634), analyse faite avec
p<0,01.
De façon à élaborer un modèle, les Inventeurs ont fait les hypothèses suivantes : s'il était possible de sélectionner, à partir d'une tumeur qui soit sensible à l'effet cytopathique du parvovirus H-l, des cellules qui étaient résistantes, alors cette résistance pourrait être due à un changement de leur phénotype malin.
Au niveau moléculaire, on a pu remarquer que cette suppression du phénotype malin allait de paire avec une activation de l'expression du gène p21 afl et ce, indépendamment de l'expression du gène p53. L'approche du problème selon la présente invention a permis d'isoler des séquences directement reliées à plusieurs fonctions précises. Dès lors, au contraire du séquençage aléatoire des EST, les séquences sont des séquences dont la fonction est connue du fait qu'elles sont impliquées dans le processus de suppression du phénotype malin, de réversion tumorale, d'apoptose et/ou dans la résistance aux virus.
La réversion tumorale se distingue de la suppression tumorale par le fait qu'elle englobe un domaine plus large que celui des gènes suppresseurs de tumeurs. En d'autres termes, la réversion tumorale est réalisée par la mise en œuvre de voies métaboliques et/ou moléculaires non limitées aux voies métaboliques et moléculaires dans lesquelles sont impliqués les gènes suppresseurs de tumeurs.
Ainsi, la présente invention concerne notamment de nouvelles séquences ainsi que l'utilisation de ces séquences en matière de diagnostic et pour la mise en œuvre de procédés de criblage de composés à tester. L'invention concerne également des procédés de détection et/ou de dosage des séquences de l'invention ou de leur(s) produit(s) d'expression dans un prélèvement biologique.
La présente invention concerne tout d'abord une séquence nucléotidique isolée comprenant une séquence nucléotidique choisie dans le groupe comprenant:
a) SEQ ID N° 1 à SEQ ID N° 5442, de préférence SEQ ID N° 5313 (protéine 1 liant la X-box d'Homo sapiens), b) une séquence nucléotidique d'au moins 15 nucléotides consécutifs d'une séquence telle que définie en a), c) une séquence nucléotidique présentant un pourcentage d'identité d'au moins 80 %, après alignement optimal, avec une séquence définie en a) ou b), d) une séquence nucléotidique s'hybridant dans des conditions de forte stringence avec une séquence définie en a) ou b), et e) une séquence nucléotidique complémentaire où la séquence d'ARN correspondant à une séquence telle que définie en a), b), c) ou d). La séquence nucléotidique selon l'invention définie en c) présente un pourcentage d'identité d'au moins 80 % après alignement optimal avec une séquence telle que définie en a) ou b) ci-dessus, de préférence d'au moins 90 %, de façon la plus préférée d'au moins 98 %.
Par séquence nucléotidique, acide nucléique, séquence nucléique ou d'acide nucléique, polynucléotide, oligonucléotide, séquence de polynucléotide, termes qui seront employés indifféremment dans la présente description, on entend désigner un enchaînement précis de nucléotides, modifiés ou non, permettant de définir un fragment ou une région d'un acide nucléique, comportant ou non des nucléotides non naturels, et pouvant correspondre aussi bien à un ADN double brin, un ADN simple brin que des produits de transcription desdits ADNs. Ainsi, les séquences nucléiques selon l'invention englobent également les PNA (Peptid Nucleic Acid), ou analogues.
Les fragments des séquences nucléotidiques de l'invention comprennent au moins 15 nucléotides consécutifs. Préférentiellement, ils comprennent au moins 20 nucléotides consécutifs et encore plus préférentiellement, ils comprennent au moins 30 nucléotides consécutifs.
Il doit être compris que la présente invention ne concerne pas les séquences nucléotidiques dans leur environnement chromosomique naturel, c'est- à-dire à l'état naturel. Il s'agit de séquences qui ont été isolées et/ou purifiées, c'est-à-dire qu'elles ont été prélevées directement ou indirectement, par exemple par copie, leur environnement ayant été au moins partiellement modifié. On entend ainsi également désigner les acides nucléiques obtenus par synthèse chimique.
Par « pourcentage d'identité » entre deux séquences d'acides nucléiques ou d'acides aminés au sens de la présente invention, on entend désigner un pourcentage de nucléotides ou de résidus d'acides aminés identiques entre les deux séquences à comparer, obtenu après le meilleur alignement, ce pourcentage étant purement statistique et les différences entre les deux séquences étant réparties au hasard et sur toute leur longueur. On entend désigner par "meilleur alignement" ou "alignement optimal", l'alignement pour lequel le pourcentage d'identité déterminé comme ci-après est le plus élevé. Les comparaisons de séquences entre deux séquences d'acides nucléiques ou d'acides aminés sont traditionnellement réalisées en comparant ces séquences après les avoir alignées de manière optimale, ladite comparaison étant réalisée par segment ou par « fenêtre de comparaison » pour identifier et comparer les régions locales de similarité de séquence. L'alignement optimal des séquences pour la comparaison peut être réalisé, outre manuellement, au moyen de l'algorithme d'homologie locale de Smith et Waterman (1981), au moyen de l'algorithme d'homologie locale de Neddleman et Wunsch (1970), au moyen de la méthode de recherche de similarité de Pearson et Lipman (1988), au moyen de logiciels informatiques utilisant ces algorithmes (GAP, BESTFIT, BLAST P, BLAST N, FASTA et TFASTA dans le isconsin Genetics Software Package, Genetics Computer Group, 575 Science Dr., Madison, WI). Afin d'obtenir l'alignement optimal, on utilise de préférence le programme BLAST, avec la matrice BLOSUM 62. On peut également utiliser les matrices PAM ou PAM250.
Le pourcentage d'identité entre deux séquences d'acides nucléiques ou d'acides aminés est déterminé en comparant ces deux séquences alignées de manière optimale, la séquence d'acides nucléiques ou d'acides aminés à comparer pouvant comprendre des additions ou des délétions par rapport à la séquence de référence pour un alignement optimal entre ces deux séquences. Le pourcentage d'identité est calculé en déterminant le nombre de positions identiques pour lesquelles le nucléotide ou le résidu d'acide aminé est identique entre les deux séquences, en divisant ce nombre de positions identiques par le nombre total de positions comparées et en multipliant le résultat obtenu par 100 pour obtenir le pourcentage d'identité entre ces deux séquences.
Par séquences nucléiques présentant un pourcentage d'identité d'au moins 80 %, de préférence d'au moins 90 %, de façon plus préférée d'au moins 98 %, après alignement optimal avec une séquence de référence, on entend désigner les séquences nucléiques présentant, par rapport à la séquence nucléique de référence, certaines modifications comme en particulier une délétion, une troncation, un allongement, une fusion chimérique, et/ou une substitution, notamment ponctuelle, et dont la séquence nucléique présente au moins 80 %, de préférence au moins 90 %, de façon plus préférée au moins 98 %, d'identité après alignement optimal avec la séquence nucléique de référence. De préférence, les conditions d'hybridation spécifiques ou de forte stringence seront telles qu'elles assurent au moins 80 %, de préférence au moins 90 %, de façon plus préférée au moins 98 % d'identité après alignement optimal entre l'une des deux séquences et la séquence complémentaire de l'autre.
Une hybridation dans des conditions de forte stringence signifie que les conditions de température et de force ionique sont choisies de telle manière qu'elles permettent le maintien de l'hybridation entre deux fragments d'acides nucléiques complémentaires. A titre illustratif, des conditions de forte stringence de l'étape d'hybridation aux fins de définir les séquences nucléotidiques décrits ci-dessus, sont avantageusement les suivantes.
L'hybridation ADN-ADN ou ADN-ARN est réalisée en deux étapes : (1) préhybridation à 42°C pendant 3 heures en tampon phosphate (20 mM, pH 7,5) contenant 5 x SSC (1 x SSC correspond à une solution 0,15 M NaCl + 0,015 M citrate de sodium), 50 % de formamide, 7 % de sodium dodécyl sulfate (SDS), 10 x Denhardt's, 5 % de dextran sulfate et 1 % d'ADN de sperme de saumon ; (2) hybridation proprement dite pendant 20 heures à une température dépendant de la taille de la sonde (i.e. : 42°C, pour une sonde de taille > 100 nucléotides) suivie de 2 lavages de 20 minutes à 20°C en 2 x SSC + 2 % SDS, 1 lavage de 20 minutes à 20°C en 0,1 x SSC + 0,1 % SDS. Le dernier lavage est pratiqué en 0,1 x SSC + 0,1 % SDS pendant 30 minutes à 60°C pour une sonde de taille > 100 nucléotides. Les conditions d'hybridation de forte stringence décrites ci-dessus pour un polynucléotide de taille définie, peuvent être adaptées par l'homme du métier pour des oligonucléotides de taille plus grande ou plus petite, selon l'enseignement de Sambrook et al., 1989. Parmi les séquences nucléotidiques présentant un pourcentage d'identité d'au moins 80 %, de préférence d'au moins 90 %, de façon plus préférée d'au moins 98 %, après alignement optimal avec les séquences selon l'invention, on préfère également les séquences nucléiques variantes des séquences de l'invention, ou de leurs fragments, c'est-à-dire l'ensemble des séquences nucléiques correspondant à des variants alléliques, c'est-à-dire des variations individuelles des séquences de l'invention.
Par « séquence nucléotidique variante », on entend désigner tout ARN ou ADNc résultant d'une mutation et/ou variation d'un site d'épissage de l'ADN génomique correspondant aux séquences nucléotidiques de l'invention. La présente invention a également pour objet un polypeptide codé par une séquence nucléotidique conforme à l'invention
Par « polypeptide » on entend, au sens de la présente invention, désigné indifféremment des protéines ou des peptides.
Selon un mode de réalisation particulier, les polypeptides conformes à l'invention comprennent un polypeptide choisi parmi : a) un polypeptide codé par une séquence nucléotidique conforme à l'invention, b) un polypeptide présentant au moins 80 % d'identité avec un polypeptide tel que définit dans a), c) un fragment d'au moins 5 acides aminés d'un polypeptide tel que défini dans a) ou b), d) un fragment biologiquement actif d'un polypeptide tel que défini dans a), b) ou c), et e) un polypeptide modifié d'un polypeptide tel que défini dans a), b), c) ou d).
L'évaluation du pourcentage d'identité s'entend après alignement optimal des séquences concernées. Par polypeptide dont la séquence d'acides aminés présente un pourcentage d'identité d'au moins 80 %, de préférence d'au moins 90 %, de façon plus préférée d'au moins98 % après alignement optimal avec une séquence de référence, on entend désigner les polypeptides présentant certaines modifications par rapport au polypeptide de référence, comme en particulier, une ou plusieurs délétion(s), troncation(s), un allongement, un fusion chimérique et/ou une ou plusieurs substitution(s).
Parmi les polypeptides dont la séquence d'acides aminés présente un pourcentage d'identité d'au moins 80 %, de préférence d'au moins 90 % et de façon plus préférée d'au moins 98 %, après alignement optimal avec une séquence de référence tel qu'un polypeptide conforme à la présente invention ou avec l'un de ses fragments, on préfère les polypeptides variants codés par les séquences nucléotidiques variantes telles que précédemment définies, en particulier les polypeptides dont la séquence d'acides aminés présente au moins une mutation correspondant notamment à une troncation, délétion, substitution
et/ou addition d'au moins un résidu par rapport aux séquences polypeptidiques de l'invention ou avec un de leurs fragments.
La présente invention concerne également un vecteur de clonage et/ou d'expression cellulaire caractérisé en ce qu'il comprend une séquence nucléotidique selon l'invention ou qu'il code pour un polypeptide selon l'invention. Un tel vecteur peut également contenir les éléments nécessaires à l'expression et éventuellement à la sécrétion du polypeptide dans une cellule hôte. Une telle cellule hôte est également objet de la présente invention.
Les vecteurs comprenant des séquences promotrices et/ou de régulation font également partie de la présente invention. Lesdits vecteurs comportent de préférence un promoteur, des signaux d'initiation et de terminaison de la traduction, ainsi que les régions appropriées de régulation de la transcription. Ils doivent pouvoir être maintenus de façon stable dans la cellule et peuvent également posséder des signaux particuliers de nature à permettre la sécrétion de la protéine traduite.
Ces différents signaux de contrôle sont choisis en fonction de l'hôte cellulaire utilisé. A cet effet, les séquences d'acides nucléiques selon l'invention peuvent être insérées dans des vecteurs à réplication autonome au sein de l'hôte choisi ou des vecteurs intégratifs de l'hôte choisi. Parmi les systèmes à réplication autonome, on utilise de préférence en fonction de la cellule hôte, des systèmes de type plasmidique ou viral, les vecteurs viraux pouvant notamment être des adénovirus (5), des rétrovirus, des lentivirus, des poxvirus ou des virus herpétiques (5bis). L'homme du métier connaît les technologies utilisables pour chacun de ces systèmes. Avantageusement, les vecteurs conformes à l'invention comportent une séquence assurant le ciblage et/ou l'expression tissu spécifique.
Lorsque l'on souhaite l'intégration de la séquence dans les chromosomes de la cellule hôte, on peut utiliser par exemple des systèmes de type
plasmidique ou viral ; de tels virus sont, par exemple, les rétrovirus (6), ou les AAV (7).
Parmi les vecteurs non viraux, on préfère les polynucléotides nus tels que l'ADN nu ou l'ARN nu selon la technique développée par la société VICAL, les chromosomes artificiels de bactérie (BAC, bacterial artificial chromosome), les chromosomes artificiels de levure (YAC, yeast artificial chromosome) pour l'expression dans la levure, les chromosomes artificiels de souris (MAC, mouse artificial chromosome) pour l'expression dans les cellules murines et de manière préférée les chromosomes artificiels d'homme (HAC, hu an artificial chromosome) pour l'expression dans les cellules humaines.
De tels vecteurs sont préparés selon les méthodes couramment utilisées par l'homme du métier, et les clones en résultant peuvent être introduits dans un hôte approprié par des méthodes standard, telles que par exemple la lipofection, l'électroporation, le choc thermique, la transformation après perméabilisation chimique de la membrane, la fusion cellulaire.
L'invention comprend en outre les cellules hôtes, notamment les cellules eucaryotes et procaryotes, transformées par les vecteurs selon l'invention ainsi que les animaux transgéniques, de préférence les mammifères, excepté l'Homme, comprenant une desdites cellules transformées selon l'invention. Ces animaux peuvent être utilisés en temps que modèles, pour l'étude de l'étiologie de maladies inflammatoires et/ou immunes, et en particulier des maladies inflammatoires du tube digestif, ou pour l'étude de cancers.
Parmi les cellules utilisables aux sens de la présente invention, on peut citer les cellules bactériennes (8), mais aussi les cellules de levure (9), de même que les cellules animales, en particulier les cultures de cellules de mammifères (10), et notamment les cellules d'ovaire de hamster chinois (CHO). On peut citer également les cellules d'insectes dans lesquelles on peut utiliser des procédés mettant par exemple en œuvre des baculovirus (11). Un hôte cellulaire
préféré pour l'expression des protéines de l'invention est constitué par les cellules COS.
Parmi les mammifères selon l'invention, on préfère des animaux tels que les rongeurs, en particulier les souris, les rats ou les lapins, exprimant un polypeptide selon l'invention.
Ces animaux transgéniques sont obtenus par exemple par recombinaison homologue sur cellules souches embryonnaires, transfert de ces cellules souches à des embryons, sélection des chimères affectées au niveau des lignées reproductrices, et croissance desdites chimères. Les animaux transgéniques selon l'invention peuvent ainsi surexprimer le gène codant pour la protéine selon l'invention, ou leur gène homologue, ou exprimer ledit gène dans lequel est introduite une mutation. Ces animaux transgéniques, en particulier des souris, sont obtenus par exemple par transfection de copie de ce gène sous contrôle d'un promoteur fort de nature ubiquitaire, ou sélectif d'un type de tissu, ou après transcription virale.
Les cellules et mammifères selon l'invention sont utilisables dans une méthode de production d'un polypeptide selon l'invention, comme décrit ci- dessous, et peuvent également servir à titre de modèle d'analyse.
Les cellules ou mammifères transformés tels que décrits précédemment peuvent aussi être utilisés à titre de modèles afin d'étudier les interactions entre les polypeptides selon l'invention, et les composés chimiques ou protéiques, impliqués directement ou indirectement dans les activités des polypeptides selon l'invention, ceci afin d'étudier les différents mécanismes et interactions mis en jeu. Ils peuvent en particulier être utilisés pour la sélection de produits interagissant avec les polypeptides selon l'invention, ou leurs, à titre de cofacteur, ou d'inhibiteur, notamment compétitif, ou encore ayant une activité agoniste ou antagoniste de l'activité des polypeptides selon l'invention. De préférence, on utilise lesdites cellules transformées ou animaux transgéniques à titre de modèle
notamment pour la sélection de produits permettant de lutter contre les pathologies liées à une expression anormale de ce gène.
La présente invention a également pour objet un anticorps monoclonal ou polyclonal, un fragment de cet anticorps ou un anticorps chimérique capable de reconnaître spécifiquement un polypeptide conforme à la présente invention.
Les anticorps monoclonaux spécifiques peuvent être obtenus selon la méthode classique de culture d'hybridomes bien connue de l'homme du métier.
Les anticorps selon l'invention sont par exemple des anticorps humanisés, des fragments Fab ou F(ab')2. Us peuvent également se présenter sous d'immunoconjugués ou d'anticorps marqués afin d'obtenir un signal détectable et/ou quanti fiable.
Les anticorps conformes à l'invention mais également les immunoconjugués sont donc capables de reconnaître spécifiquement un polypeptide selon la présente invention.
Les anticorps polyclonaux spécifiques peuvent être obtenus à partir du sérum d'un animal immunisé contre les polypeptides de l'invention, notamment produits par recombinaison génétique ou par synthèse peptidique, selon les modes opératoires usuels. On note notamment l'intérêt d'anticorps reconnaissant de façon spécifique les polypeptides, leurs variants ou leurs fragments immunogènes, selon l'invention.
L'invention a également pour objet l'utilisation d'une séquence nucléotidique conforme à la présente invention en tant que sonde ou amorce pour la détection, l'identification, le dosage et/ou l'amplification de séquences d'acides nucléiques.
Selon l'invention, les séquences nucléotidiques pouvant être utilisées comme sonde ou comme amorce dans des procédés de détection, d'identification, de dosage et/ou d'amplification de séquence d'acides nucléiques, présentent une
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taille minimale de 15 bases, de préférence de 20 bases, ou mieux de 25 à 30 bases.
Les sondes et amorces selon l'invention peuvent être marquées directement ou indirectement par un composé radioactif ou non radioactif par des méthodes bien connues de l'homme du métier, afin d'obtenir un signal détectable et/ou quantifiable.
Les séquences nucléiques selon l'invention non marquées peuvent être utilisées directement comme sonde ou amorce.
Les séquences sont généralement marquées pour obtenir des séquences utilisables pour de nombreuses applications. Le marquage des amorces ou des sondes selon l'invention est réalisé par des éléments radioactifs ou par des molécules non radioactives.
Parmi les isotopes radioactifs utilisés, on peut citer le 32P, le 33P, le
35S, le 3H ou le 125I. Les entités non radioactives sont sélectionnées parmi les ligands tels la biotine, l'avidine, la streptavidine, la dioxygénine, les haptènes, les colorants, les agents luminescents tels que les agents radioluminescents, chémoluminescents, bioluminescents, fluorescents, phosphorescents.
Les séquences nucléotidiques selon l'invention peuvent ainsi être utilisées comme amorce et/ou sonde dans des procédés mettant en oeuvre notamment la technique de PCR (amplification en chaîne par polymérase) (l lbis). Cette technique nécessite le choix de paires d'amorces oligonucléotidiques encadrant le fragment qui doit être amplifié. On peut, par exemple, se référer à la technique décrite dans le brevet américain U.S. N° 4,683,202. Les fragments amplifiés peuvent être identifiés, par exemple après une électrophorese en gel d'agarose ou de polyacrylamide, ou après une technique chromatographique comme la filtration sur gel ou la chromatographie échangeuse d'ions, puis séquences. La spécificité de l'amplification peut être contrôlée en utilisant comme amorces les séquences nucléotidiques de l'invention et comme matrices, des plasmides contenant ces séquences ou encore les produits
d'amplification dérivés. Les fragments nucléotidiques amplifiés peuvent être utilisés comme réactifs dans des réactions d'hybridation afin de mettre en évidence la présence, dans un échantillon biologique, d'un acide nucléique cible de séquence complémentaire à celle desdits fragments nucléotidiques amplifiés. L'invention vise également les acides nucléiques susceptibles d'être obtenus par amplification à l'aide d'amorces selon l'invention.
D'autres techniques d'amplification de l'acide nucléique cible peuvent être avantageusement employées comme alternative à la PCR (PCR-like) à l'aide de couple d'amorces de séquences nucléotidiques selon l'invention. Par PCR-like on entend désigner toutes les méthodes mettant en œuvre des reproductions directes ou indirectes des séquences d'acides nucléiques, ou bien dans lesquelles les systèmes de marquage ont été amplifiés, ces techniques sont bien entendu connues. En général il s'agit de l'amplification de l'ADN par une polymérase ; lorsque l'échantillon d'origine est un ARN il convient préalablement d'effectuer une transcription reverse. Il existe actuellement de très nombreux procédés permettant cette amplification, comme par exemple la technique SDA (Strand Displacement Amplification) ou technique d'amplification à déplacement de brin (12), la technique TAS (Transcription- based Amplification System) décrite par (13), la technique 3SR (Self-Sustained Séquence Réplication) décrite par (14), la technique NASBA (Nucleic Acid Séquence Based Amplification) décrite par (15) la technique TMA (Transcription Mediated Amplification), la technique LCR (Ligase Chain Reaction) décrite par (16), la technique de RCR (Repair Chain Reaction) décrite par (17), la technique CPR (Cycling Probe Reaction) décrite par (18), la technique d'amplification à la Q-béta-réplicase décrite par (19). Certaines de ces techniques ont depuis été perfectionnées.
Dans le cas où le polynucléotide cible à détecter est un ARNm, on utilise avantageusement, préalablement à la mise en oeuvre d'une réaction d'amplification à l'aide des amorces selon l'invention ou à la mise en œuvre d'un
procédé de détection à l'aide des sondes de l'invention, une enzyme de type transcriptase inverse afin d'obtenir un ADNc à partir de l'ARNm contenu dans l'échantillon biologique. L'ADNc obtenu servira alors de cible pour les amorces ou les sondes mises en oeuvre dans le procédé d'amplification ou de détection selon l'invention.
La technique d'hybridation de sondes peut être réalisée de manières diverses (20). La méthode la plus générale consiste à immobiliser l'acide nucléique extrait des cellules de différents tissus ou de cellules en culture sur un support (tels que la nitrocellulose, le nylon, le polystyrène) et à incuber, dans des conditions bien définies, l'acide nucléique cible immobilisé avec la sonde. Après l'hybridation, l'excès de sonde est éliminé et les molécules hybrides formées sont détectées par la méthode appropriée (mesure de la radioactivité, de la fluorescence ou de l'activité enzymatique liée à la sonde).
Selon un autre mode de mise en œuvre des sondes nucléiques selon l'invention, ces dernières peuvent être utilisées comme sondes de capture. Dans ce cas, une sonde, dite « sonde de capture », est immobilisée sur un support et sert à capturer par hybridation spécifique l'acide nucléique cible obtenu à partir de l'échantillon biologique à tester et l'acide nucléique cible est ensuite détecté grâce à une seconde sonde, dite « sonde de détection », marquée par un élément facilement détectable.
Les séquences nucléotidiques selon l'invention peuvent par ailleurs présenter un intérêt quand elles sont utilisées au titre de nucléotides anti-sens, c'est-à-dire dont la structure assure, par hybridation avec la séquence cible, une inhibition de l'expression du produit correspondant. Elles peuvent également être utilisées au titre de nucléotides sens lesquels, par interaction avec des protéines impliquées dans la régulation de l'expression du produit correspondant, induiront soit une inhibition, soit une activation de cette expression.
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L'invention a également pour objet l'utilisation d'une séquence nucléotidique selon la présente invention pour la production ou la synthèse d'un polypeptide recombinant.
La méthode de production d'un polypeptide de l'invention sous forme recombinante, elle-même comprise dans la présente invention, se caractérise en ce que l'on cultive les cellules transformées, notamment les cellules ou mammifères de la présente invention, dans des conditions permettant l'expression d'un polypeptide recombinant codé par une séquence nucléotidique selon l'invention, et que l'on récupère ledit polypeptide recombinant. Les polypeptides recombinants, caractérisés en ce qu'ils sont susceptibles d'être obtenus par ladite méthode de production, font également partie de l'invention.
Les polypeptides recombinants obtenus comme indiqué ci-dessus, peuvent aussi bien se présenter sous forme glycosylée que non glycosylée et peuvent présenter ou non la structure tertiaire naturelle.
Les séquences des polypeptides recombinants peuvent être également modifiées afin d'améliorer leur solubilité, en particulier dans les solvants aqueux.
De telles modifications sont connues de l'homme du métier comme par exemple la délétion de domaines hydrophobes ou la substitution d'acides aminés hydrophobes par des acides aminés hydrophiles.
Ces polypeptides peuvent être produits à partir des séquences d'acide nucléique définies ci-dessus, selon les techniques de production de polypeptides recombinants connues de l'homme du métier. Dans ce cas, la séquence d'acide nucléique utilisée est placée sous le contrôle de signaux permettant son expression dans un hôte cellulaire.
Un système efficace de production d'un polypeptide recombinant nécessite de disposer d'un vecteur et d'une cellule hôte selon l'invention.
Ces cellules peuvent être obtenues par l'introduction dans des cellules hôtes d'une séquence nucléotidique insérée dans un vecteur tel que défini ci-
dessus, puis la mise en culture desdites cellules dans des conditions permettant la réplication et/ou l'expression de la séquence nucléotidique transfectée.
Les procédés utilisés pour la purification d'un polypeptide recombinant sont connus de l'homme du métier. Le polypeptide recombinant peut être purifié à partir de lysats et extraits cellulaires, du surnageant du milieu de culture, par des méthodes utilisées individuellement ou en combinaison, telles que le fractionnement, les méthodes de chromatographie, les techniques d'immunoaffinité à l'aide d'anticorps onoclonaux ou polyclonaux spécifiques, etc.. Les polypeptides selon la présente invention peuvent aussi être obtenus par synthèse chimique en utilisant l'une des nombreuses synthèses peptidiques connues, par exemple les techniques mettant en œuvre des phases solides (21) ou des techniques utilisant des phases solides partielles, par condensation de fragments ou par une synthèse en solution classique. Les polypeptides obtenus par synthèse chimique et pouvant comporter des acides aminés non naturels correspondants sont également compris dans l'invention.
La présente invention a également pour objet une puce à ADN caractérisée en ce qu'elle contient au moins une séquence nucléotidique conforme à la présente invention.
En fait, les séquences nucléotidiques selon l'invention que l'on entend utiliser à titre de sonde ou d'amorce pour la détection, l'identification, le dosage et/ou l'amplification de séquences d'acides nucléiques peuvent être immobilisées sur un support, de manière covalente ou non covalente, ce support étant une puce à ADN ou un filtre à haute densité.
Par « puce à ADN » ou « filtre à haute densité », on entend désigner un support sur lequel sont fixées des séquences d'ADN, chacune d'entre elles pouvant être repérée par sa localisation géographique. Ces puces ou filtres
diffèrent principalement par leur taille, le matériau du support, et éventuellement le nombre de séquences qui y sont fixées.
En particulier, on peut effectuer une synthèse in situ par adressage photochimique ou par jet d'encre. D'autres techniques consistent à effectuer une synthèse ex situ et à fixer les sondes sur le support de la puce à ADN par un dressage mécanique, électronique ou par jet d'encre. Ces différents procédés sont bien connus de l'homme du métier.
L'invention a également pour objet une puce à protéines comprenant un polypeptide ou un anticorps selon l'invention. Une telle puce à protéines permet l'étude des interactions entre les polypeptides selon l'invention et d'autres protéines ou des composés chimiques et peut ainsi être utile pour le criblage de composés interagissant avec les polypeptides selon l'invention.
On peut également utiliser les puces à protéines selon l'invention pour détecter la présence d'anticorps dirigés contre les polypeptides selon l'invention dans le sérum de patients à tester. On peut également mettre en œuvre une puce à protéines comprenant un anticorps selon l'invention pour cette fois détecter la présence de polypeptides dans le sérum de patients susceptibles d'être reconnus par ledit anticorps. La présente invention a également pour objet l'utilisation d'un composé choisi parmi une séquence nucléotidique, un polypeptide, un vecteur, une cellule ou un anticorps selon l'invention pour la préparation d'un médicament.
Les pathologies plus spécifiquement visées sont les maladies virales et les maladies se caractérisant par le développement de cellules tumorales ou une dégénérescence cellulaire comme la maladie d'Alzheimer ou la schizophrénie.
Ainsi, le susdit médicament est destiné à la prévention et/ou au traitement de ces maladies. En particulier, la maladie visée est le cancer.
L'un des intérêts de la présente invention est qu'elle a mis en évidence l'implication un grand nombre de séquences nucléotidiques dans les phénomènes de suppression tumorale, réversion tumorale, apoptose et/ou résistance virale. Ces séquences s'expriment donc différentiellement lorsque l'un de ces susdits processus est enclenché. Par conséquent, en présence d'un patient dont on soupçonne le déclenchement de l'un de ces processus ou pour lequel on souhaite vérifier l'absence d'un tel déclenchement, il est utile de pouvoir déterminer, voire de quantifier, l'expression d'une ou plusieurs séquence(s) conforme(s) à l'invention à partir d'un prélèvement biologique dudit patient. Eventuellement, l'analyse de l'expression d'une ou plusieurs desdites séquences peut s'accompagner d'une comparaison avec un niveau d'expression de référence correspondant à celui d'un individu sain.
Par conséquent, l'invention comprend donc également une méthode de diagnostic et/ou d'évaluation pronostique d'une maladie virale ou se caractérisant par un développement tumoral ou une dégénérescence cellulaire comprenant l'analyse de l'expression d'au moins une séquence de l'invention à partir d'un prélèvement biologique d'un patient à tester.
Selon un mode de réalisation préféré, ladite méthode comprend les étapes suivantes : - isolement de l'ARN messager à partir d'un prélèvement biologique issu d'un patient à tester,
- préparation de l'ADNc complémentaire à partir dudit ARN messager, éventuellement, amplification d'une portion d'ADN complémentaire correspondant à au moins une séquence de l'invention, et
- détection de l'ADN complémentaire éventuellement amplifié.
En particulier, l'analyse de l'expression de la séquence peut être réalisée au moyen d'une puce à ADN telle que ci-dessus décrite.
Parmi les séquences de la présente invention, certaines présentent la caractéristique d'être des récepteurs exprimés à la surface des cellules et afin d'en comprendre le mécanisme dans le cadre des processus ci-dessus mentionnés, il est intéressant de rechercher des composés susceptibles d'interagir avec ce récepteur, c'est-à-dire d'interagir avec un polypeptide conforme à l'invention, il faut aussi prévoir la protéine sécrétée. Ceci s'applique également aux polypeptides conformes à l'invention correspondant à des protéines sécrétées (à la surface ou à l'extérieur des cellules), hormones-like... Par conséquent, la présente invention a également pour objet un procédé de criblage de composés susceptibles de se fixer sur un peptide conforme à l'invention et comprenant les étapes suivantes : mise en contact d'un polypeptide ou d'une cellule selon l'invention avec un composé candidat, et détection de la formation d'un complexe entre ledit composé candidat et ledit polypeptide ou ladite cellule.
Un procédé de criblage de composés peut également être intéressant relativement à des composés susceptibles d'interagir avec une séquence nucléotidique selon l'invention, voire avec les séquences nécessaires à l'expression ou la régulation de ces séquences. En effet, les composés sont susceptibles d'interagir avec lesdites séquences avec pour effet de réduire, d'inhiber ou au contraire de potentialiser l'expression des séquences en question. Un tel procédé comprend les étapes suivantes : mise en contact d'une séquence nucléotidique ou d'une cellule selon l'invention avec un composé candidat, et - détection de la formation d'un complexe entre ledit composé candidat et ladite séquence nucléotidique ou ladite cellule.
Pour des raisons invoquées plus haut, il peut donc être intéressant de rechercher et/ou de doser, dans un échantillon ou prélèvement biologique d'un
patient à tester, la présence d'une séquence nucléotidique selon l'invention. Un tel procédé de détection et/ou de dosage comprend les étapes suivantes : mise en contact d'une séquence nucléotidique selon l'invention marquée avec l'échantillon biologique à tester, dans les conditions nécessaires à la formation d'un hybride, et détection et/ou dosage de l'hybride éventuellement formé entre ladite séquence nucléotidique et l'acide nucléique présents dans ledit prélèvement biologique.
Ce procédé peut en outre comprendre une étape amplification de l'acide nucléique dudit prélèvement biologique à l'aide d'amorces choisies parmi les séquences nucléotidiques selon l'invention.
En particulier, ce procédé peut être réalisé au moyen de la puce à ADN ci-dessus décrite.
L'homme du métier sait mettre en œuvre un tel procédé et peut en particulier utiliser une trousse de réactifs comprenant : a) une séquence nucléotidique selon l'invention utilisée en tant que sonde, b) les réactifs nécessaires à la mise en œuvre d'une réaction d'hybridation entre ladite sonde et l'acide nucléique du prélèvement biologique, c) les réactifs nécessaires à la détection et/ou le dosage de l'hybride formé entre ladite sonde et l'acide nucléique du prélèvement biologique.
Une telle trousse peut également contenir des contrôles positifs ou négatifs afin d'assurer la qualité des résultats obtenus.
De la même manière, la détection et/ou le dosage d'un polypeptide selon l'invention est également envisageable dans le cadre de la présente invention et ce procédé comprend donc les étapes suivantes :
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mise en contact du prélèvement biologique avec un anticorps marqué selon l'invention, et détection et/ou dosage du complexe formé par ledit anticorps de polypeptide présent dans ledit prélèvement. Avantageusement, ce procédé peut être réalisé au moyen de la puce à protéines telle que ci-dessus décrite. Là encore, l'homme du métier sait mettre en œuvre un tel procédé et peut en particulier, utiliser une trousse de réactifs comprenant : a) un anticorps monoclonal ou polyclonal selon l'invention ; b) éventuellement des réactifs pour la constitution d'un milieu propice à la réaction antigène / anticorps ; c) les réactifs permettant la détection du complexe antigène / anticorps. Enfin, la présente invention a également pour objet un support lisible par ordinateur ou un support informatique sur lequel sont enregistrées au moins une séquence nucléotidique selon la revendication 1 et/ou au moins une séquence de polypeptide tel que défini dans la revendication 3 ou 4. En particulier, ce support est choisi dans le groupe comprenant : a) une disquette, b) un disque dur, c) une mémoire vive (RAM), d) une mémoire morte (ROM), e) un cédérom.
L'invention n'est pas limitée à la présente description mais qu'elle en embrasse au contraire toutes les variantes.
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Claims
1. Séquence nucléotidique isolée comprenant une séquence nucléotidique choisie dans le groupe comprenant : a) SEQ ID N° 5313, b) une séquence nucléotidique d'au moins 15 nucléotides consécutifs de la séquence telle que définie en a), c) une séquence nucléotidique présentant un pourcentage d'identité d'au moins 80 %, après alignement optimal, avec une séquence définie en a) ou b), d) une séquence nucléotidique s'hybridant dans des conditions de forte stringence avec une séquence définie en a) ou b), et e) une séquence nucléotidique complémentaire ou la séquence d'ARN correspondant à une séquence telle que définie en a), b), c) ou d).
2. Séquence nucléotidique selon la revendication 1, caractérisée par le fait que son expression est impliquée lors de la suppression tumorale, la réversion tumorale, l'apoptose et/ou la résistance virale.
3. Polypeptide codé par une séquence nucléotidique selon la revendication 1.
4. Polypeptide selon la revendication 3, caractérisé en ce qu'il comprend un polypeptide choisi parmi : a) un polypeptide selon la revendication 3, b) un polypeptide présentant au moins 80 % d'identité avec un polypeptide tel que défini dans a), c) un fragment d'au moins 5 acides aminés consécutifs d'un polypeptide tel que défini dans a) ou b), d) un fragment biologiquement actif d'un polypeptide tel que défini dans a), b) ou c), et e) un polypeptide modifié d'un polypeptide tel que défini dans a), b), c) ou d).
5. Vecteur de clonage et/ou d'expression cellulaire caractérisé en ce qu'il comprend une séquence nucléotidique selon la revendication 1 ou codant pour un polypeptide selon la revendication 3 ou 4.
6. Vecteur selon la revendication 5, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un vecteur viral choisi parmi un adénovirus, un rétrovirus, un virus herpès ou un poxvirus.
7. Vecteur selon la revendication 5, caractérisé en ce qu'il s'agit d'un vecteur à acide nucléique nu.
8. Vecteur selon l'une des revendications 5 à 7, caractérisé en ce qu'il comporte une séquence assurant le ciblage et/ou l'expression tissu spécifique.
9. Cellule hôte transformée par un vecteur d'expression selon l'une des revendications 5 à 8.
10. Animal, de préférence un mammifère excepté l'homme, caractérisé en ce qu'il comprend une cellule selon la revendication 9.
11. Anticorps monoclonal ou polyclonal, fragment de cet anticorps ou anticorps chimérique, caractérisé en ce qu'il est capable de reconnaître spécifiquement un polypeptide selon l'une des revendications 3 et 4.
12. Utilisation d'une séquence nucléotidique selon la revendication 1 en tant que sonde ou amorce pour la détection, l'identification, le dosage et ou l'amplification de séquences d'acides nucléiques.
13. Utilisation in vitro d'une séquence nucléotidique selon la revendication 1, comme nucléotide sens ou antisens.
14. Utilisation d'une séquence nucléotidique selon la revendication 1 pour la production d'un polypeptide recombinant.
15. Procédé d'obtention d'un polypeptide recombinant caractérisé en ce qu'on utilise une cellule selon la revendication 9 dans des conditions permettant l'expression dudit polypeptide et que l'on récupère ledit polypeptide recombinant.
16. Puce à ADN caractérisée en ce qu'elle contient au moins une séquence nucléotidique selon la revendication 1.
17. Puce à protéines caractérisée en ce qu'elle contient un polypeptide selon la revendication 3 ou 4 ou un anticorps selon la revendication 11.
18. Utilisation d'un composé choisi parmi : a) une séquence nucléotidique selon la revendication 1, b) un polypeptide selon la revendication 3 ou 4, c) un vecteur selon l'une des revendications 5 à 8, d) une cellule selon la revendication 9, e) un anticorps selon la revendication 11, pour la préparation d'un médicament
19. Utilisation selon la revendication 18, caractérisée par le fait que le médicament est destiné à la prévention et/ou au traitement de maladies virales ou se caractérisant par le développement de cellules tumorales ou une dégénérescence cellulaire.
20. Utilisation selon la revendication 19, caractérisée par le fait que la maladie est le cancer.
21. Méthode de diagnostic et/ou d'évaluation pronostique d'une maladie virale ou se caractérisant par un développement tumoral ou un dégénérescence cellulaire comprenant l'analyse de l'expression de SEQ ID N° 5313, à partir d'un prélèvement biologique d'un patient à tester.
22. Méthode de diagnostic et/ou d'évaluation pronostique selon la revendication 21, comprenant les étapes suivantes :
- isolement de l'ARN messager à partir d'un prélèvement biologique issu d'un patient à tester,
- préparation de l'ADN complémentaire à partir dudit ARN messager,
- éventuellement, amplification de portions d'ADN complémentaire correspondant à SEQ ID N° 5313,
- détection de l'ADN complémentaire éventuellement amplifié.
23. Méthode de diagnostic et/ou d'évaluation pronostique selon la revendication 22, dans laquelle l'analyse de l'expression de la séquence est réalisée au moyen d'une puce à ADN selon la revendication 16.
24. Procédé de criblage de composés susceptibles d'interagir avec une séquence nucléotidique selon la revendication 1, caractérisé en ce qu'il comprend les étapes suivantes : - mise en contact d'une séquence nucléotidique selon la revendication 1, ou d'une cellule selon la revendication 9 avec un composé candidat, et
- détection de la formation d'un complexe entre ledit composé candidat et ladite séquence nucléotidique ou ladite cellule.
25. Procédé de criblage de composés susceptibles de se fixer sur un polypeptide selon la revendication 3 ou 4, caractérisé en ce qu'il comprend les étapes suivantes :
- mise en contact d'un polypeptide selon la revendication 3 ou 4 ou d'une cellule selon la revendication 9 avec un composé candidat, et
- détection de la formation d'un complexe entre ledit composé candidat et ledit polypeptide ou ladite cellule.
26. Procédé de détection et/ou de dosage d'une séquence nucléotidique selon la revendication 1 dans un prélèvement biologique, caractérisé en ce qu'il comprend les étapes suivantes :
- mise en contact d'une séquence nucléotidique selon la revendication 1 marquée avec le prélèvement biologique à tester, dans les conditions nécessaires à la formation d'un hybride, - détection et/ou dosage de l'hybride éventuellement formé entre ladite séquence nucléotidique et l'acide nucléique présent dans ledit prélèvement biologique.
27. Procédé de détection et/ou de dosage selon la revendication 26, caractérisé en ce qu'il comprend une étape d'amplification de l'acide nucléique dudit prélèvement biologique à l'aide d'amorces choisies parmi les séquences nucléotidiques telles que définies dans la revendication 1.
28. Procédé de détection et/ou de dosage selon la revendication 26 ou 27, caractérisé par le fait qu'il est réalisé au moyen de la puce à ADN telle que définie dans la revendication 16.
29. Procédé de détection et/ou de dosage d'un polypeptide tel que défini dans la revendication 3 ou 4 dans un prélèvement biologique, caractérisé en ce qu'il comprend les étapes suivantes :
- mise en contact du prélèvement biologique avec un anticorps marqué tel que défini dans la revendication 11, - détection et/ou dosage du complexe formé entre ledit anticorps et le polypeptide présent dans ledit prélèvement.
30. Procédé de détection et/ou de dosage d'un polypeptide selon la revendication 29, caractérisé par le fait qu'il est réalisé au moyen de la puce à protéines telle que définie dans la revendication 17.
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2002
- 2002-09-17 WO PCT/IB2002/004523 patent/WO2003025177A2/fr not_active Application Discontinuation
Patent Citations (4)
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Also Published As
| Publication number | Publication date |
|---|---|
| WO2003025177A3 (fr) | 2004-05-27 |
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