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TW201925235A - 具有化學結合位點之抗原呈現多肽及其使用方法 - Google Patents

具有化學結合位點之抗原呈現多肽及其使用方法 Download PDF

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TW201925235A
TW201925235A TW107131318A TW107131318A TW201925235A TW 201925235 A TW201925235 A TW 201925235A TW 107131318 A TW107131318 A TW 107131318A TW 107131318 A TW107131318 A TW 107131318A TW 201925235 A TW201925235 A TW 201925235A
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羅納德 Ｄ 三世 塞德爾
鲁道夫 Ｊ 查帕羅
約翰 Ｆ 羅斯
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美商信號生物製藥公司
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Abstract

本發明提供抗原呈現多肽，包括單鏈抗原呈現多肽及多聚體抗原呈現多肽，該等抗原呈現多肽包含一或多個化學結合位點以用於併入例如含抗原決定基之多肽。本發明提供包含編碼包含一或多個化學結合位點之抗原呈現多肽之核苷酸序列的核酸以及經該等核酸基因修飾之細胞。該等單鏈及多聚體抗原呈現多肽及其抗原決定基結合物可用於調節T細胞之活性，且因此，本發明提供活體外及活體內調節T細胞活性之方法作為治療方法。

Description

具有化學結合位點之抗原呈現多肽及其使用方法
本發明提供抗原呈現多肽，包括單鏈抗原呈現多肽及多聚體抗原呈現多肽，該等抗原呈現多肽包含一或多個化學結合位點以用於併入例如含抗原決定基之多肽。本發明提供包含編碼包含一或多個化學結合位點之抗原呈現多肽之核苷酸序列的核酸以及經該等核酸基因修飾之細胞。該等單鏈及多聚體抗原呈現多肽及其抗原決定基結合物可用於調節T細胞之活性，且因此，本發明提供活體外及活體內調節T細胞活性之方法作為治療方法。
哺乳動物免疫系統適當發揮功能之關鍵在於兩種特化之細胞類型，亦即抗原呈現細胞(「APC」)與T細胞之間的協調的活動及通信。APC用於俘獲來自外來生物體之蛋白質或異常蛋白質(例如來自於癌細胞中之基因突變)並使其破裂成適合作為由較大免疫系統，包括T細胞檢視之信號的較小片段。特定言之，APC將蛋白質分解成小肽片段，隨後與主要組織相容性複合體(「MHC」)之蛋白質配對並呈現於細胞表面上。MHC與亦稱作T細胞抗原決定基之肽片段一起進行細胞表面呈現提供由T細胞檢視之基本支架，從而允許特異性識別。該等肽片段可來源於病原體、來源於腫瘤或來源於天然宿主蛋白質(自體蛋白質)。此外，APC可識別其他外來組分，諸如細菌毒素、病毒蛋白質、病毒DNA、病毒RNA等，其存在表示威脅程度升高。APC經由共刺激信號將此資訊中繼至T細胞，以便產生更有效之反應。
T細胞經由特化之細胞表面受體T細胞受體(「TCR」)來識別肽-主要組織相容性複合體(「pMHC」)。TCR對於各T細胞為獨特的；因此，各T細胞對特定pMHC標靶具有高度特異性。為了充分解決全體潛在威脅，人體中存在極大數目(~10,000,000個)之具有不同TCR的不同T細胞。此外，對特定T細胞肽具特異性之任何指定T細胞起初為總T細胞群體之極小部分。儘管在正常情況下休眠且數目有限，但攜帶特異性TCR之T細胞可容易地被APC活化並擴增，從而產生涉及數百萬個T細胞之高度有效T細胞反應。此種活化之T細胞反應能夠攻擊並清除病毒感染、細菌感染及其他細胞威脅，包括腫瘤，如以下所說明。相反，針對自體抗原或共有抗原之過度活性T細胞反應之廣泛非特異性活化可引起T細胞不當地攻擊並破壞健康組織或細胞。
MHC蛋白在人類中稱為人類白血球抗原(HLA)。II類HLA基因座包括HLA-DM (分別編碼HLA-DM α鏈及HLA-DM β鏈之HLA-DMA及HLA-DMB)、HLA-DO (分別編碼HLA-DO α鏈及HLA-DO β鏈之HLA-DOA及HLA-DOB)、HLA-DP (分別編碼HLA-DP α鏈及HLA-DP β鏈之HLA-DPA及HLA-DPB)、HLA-DQ (分別編碼HLA-DQ α鏈及HLA-DQ β鏈之HLA-DQA及HLA-DQB)及HLA-DR (分別編碼HLA-DR α鏈及HLA-DR β鏈之HLA-DRA及HLA-DRB)。
本發明提供稱為「TMAPP」(單數)或「TMAPPs」(複數)之T細胞調節抗原呈現多肽。TMAPP包括表示為「sc-TMAPP」(單數)或「sc-TMAPPs」(複數)之單鏈T細胞調節抗原呈現多肽及表示為「m-TMAPP」(單數)或「m-TMAPPs」(複數)之多聚體T細胞調節抗原呈現多肽。本發明包括並提供具有至少一個化學結合位點之TMAPP，其中抗原決定基呈現分子(本文中亦稱為「肽抗原決定基」、「肽抗原」或「抗原決定基呈現肽」或簡稱為「抗原決定基」)及/或有效負載(例如治療劑)可共價附接。本發明進一步提供具有共價結合之抗原決定基的TMAPPs (包括sc-TMAPPs與m-TMAPPs兩者)，其表示為抗原決定基結合物(例如TMAPP-抗原決定基結合物或更特定言之，sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)。在其他實施例中，該等TMAPPs具有與TMAPP之肽共價締合(例如共轉譯)之一或多個免疫調節多肽序列，稱為「MOD」(例如IL-2及/或CD80多肽序列)。該一或多個MOD可為與TMAPP之肽共價締合(例如，共轉譯)之野生型及/或變異MOD。在一些實施例中，該等TMAPP不具有任何與TMAPP共價締合(例如共轉譯)之MOD。視化學結合位點之數目及結合反應之順序而定，TMAPP及其抗原決定基結合物可具有針對有效負載及/或抗原決定基之化學結合位點。在一個實施例中，置放至少一個用於共價締合抗原決定基之化學結合位點及/或用於共價締合有效負載之第二化學結合位點。在一個實施例中，TMAPP具有用於共價附接抗原決定基(例如由T細胞受體結合及識別之多肽抗原)之化學結合位點且缺乏針對有效負載之化學結合位點。在另一實施例中，該TMAPP為抗原決定基結合物(例如，sc-TMAPP或m-TMAPP-抗原決定基結合物)，其在化學結合位點處具有共價附接之抗原決定基，使得該抗原決定基可由T細胞受體結合及識別，但缺乏有效負載及/或針對有效負載之化學結合位點。本發明包括並且提供包含編碼本發明之未與抗原決定基或有效負載進行結合反應之未結合TMAPP之核苷酸序列的核酸，以及經彼等核酸基因修飾之細胞。
藉由提供化學結合位點以便在TMAPP中併入抗原決定基，此種未結合至抗原決定基之TMAPP可用作多種抗原決定基(例如肽抗原)可共價結合至其中之T細胞受體(「TCR」)呈現平台，且所得抗原決定基結合物用於調節攜帶對該抗原決定基具特異性之TCR的T細胞的活性。TMAPP-抗原決定基結合物對具有對該抗原決定基結合物具特異性之TCR的T細胞的影響視TMAPP中存在何種MOD (若存在)而定。在TMAPP-抗原決定基結合物中不存在任何刺激性MOD時，長期暴露於TMAPP-抗原決定基結合物可導致T細胞無反應性或抑制T細胞刺激。具有MOD (例如，IL-2、CD80、4-1BBL等多肽)之TMAPP-抗原決定基結合物之作用視MOD之刺激性或抑制性作用而定。含MOD之TMAPP-抗原決定基結合物充當選擇性地遞送MOD至對結合(共價結合)之抗原決定基具特異性之T細胞，從而產生MOD驅動之T細胞反應(例如抗原決定基特異性T細胞之增殖)的手段。MOD對其Co-MOD之降低之親和力與抗原決定基對TCR之親和力組合在保留MOD之活性的同時增強TMAPP-抗原決定基結合物之選擇性。因此，本發明提供活體外及活體內調節T細胞活性之方法及TMAPP作為治療劑用於治療方法中之用途。
對相關申請案之交叉引用：
本申請案主張2017年9月7日申請之美國臨時申請案第62/555,575號之權益。
序列表之併入：
本申請案含有經由EFS-web以電子方式提交之序列表，該序列表呈紙質複本及電腦可讀形式(CRF)且由名為「123640-8002.WO00 Sequence Listing_ST25.txt」之檔案組成，其係於2018年9月4日創建，大小為403,136位元組，且以引用之方式整體併入本文中。
定義
本文中可互換使用之術語「聚核苷酸」及「核酸」係指任何長度之多聚體形式之核苷酸(核糖核苷酸或去氧核糖核苷酸)。因而，此術語包括但不限於單鏈、雙鏈或多鏈DNA或RNA、基因組DNA、cDNA、DNA-RNA雜合體或者包含嘌呤及嘧啶鹼基或其他天然、經化學或生物化學修飾、非天然或經衍生化之核苷酸鹼基的聚合物。
術語「肽」、「多肽」及「蛋白質」在本文中可互換使用，且係指任何長度之多聚體形式之胺基酸，其可包括編碼及非編碼胺基酸、經化學或生物化學修飾或衍生化之胺基酸，及具有經修飾之肽骨架的多肽。
聚核苷酸或多肽與另一聚核苷酸或多肽具有某一百分比「序列一致性」意謂當比對時該百分比之鹼基或胺基酸相同並且當比較兩個聚核苷酸或多肽時處於相同的相對位置。可用眾多不同的方式測定序列一致性。舉例而言，可使用經全球資訊網在諸多網站，包括ncbi.nlm.nili.gov/BLAST、ebi.ac.uk/Tools/msa/tcoffee/、ebi.ac.uk/Tools/msa/muscle/、mafft.cbrc.jp/alignment/software/獲得之各種便利方法及電腦程式(例如BLAST、T-COFFEE、MUSCLE、MAFFT等)對序列進行比對。參見例如Altschul等人(1990), J. Mol. Biol. 215:403-10。
除非另外陳述，否則天然存在之胺基酸意謂：L (Leu，白胺酸)、A (Ala，丙胺酸)、G (Gly，甘胺酸)、S (Ser，絲胺酸)、V (Val，纈胺酸)、F (Phe，苯丙胺酸)、Y (Tyr，酪胺酸)、H (His，組胺酸)、R (Arg，精胺酸)、N (Asn，天冬醯胺酸)、E (Glu，麩胺酸)、D (Asp，天冬胺酸)、C (Cys，半胱胺酸)、Q (Gln，麩醯胺酸)、I (Ile，異白胺酸)、M (Met，甲硫胺酸)、P (Pro，脯胺酸)、T (Thr，蘇胺酸)、K (Lys，離胺酸)及W (Trp，色胺酸)。儘管硒代半胱胺酸與羥基脯胺酸兩者皆為天然存在之胺基酸，但其在意欲涵蓋其之任何情況下均特定提及，且否則不包括在如本文中所使用之天然存在之胺基酸中。術語「胺基酸」可縮寫為「aa」且用於單數及複數情況，如根據上下文顯而易見；其中「aas」用於指複數情況。
非天然胺基酸為除以上所敍述之天然存在之胺基酸、硒代半胱胺酸及羥基脯胺酸以外的任何胺基酸。
如本文中所使用之「化學結合」意謂形成共價鍵。如本文中所使用之「化學結合位點」意謂多肽中可形成共價鍵之位置，包括與該多肽形成共價鍵時所需要或有幫助之任何環境要素(例如，周圍胺基酸序列)。因此，包含一組胺基酸(該組胺基酸指導酶修飾且最終指導該組內之胺基酸處的共價鍵形成)的位點亦可稱為化學結合位點。在一些情況下，如自上下文顯而易見，術語化學結合位點可用於指已發生共價鍵形成或化學修飾之位置。
術語「保守胺基酸取代」係指蛋白質中具有類似側鏈之胺基酸殘基的可互換性。舉例而言，具有脂族側鏈之胺基酸群組由甘胺酸、丙胺酸、纈胺酸、白胺酸及異白胺酸組成；具有脂族-羥基側鏈之胺基酸群組由絲胺酸及蘇胺酸組成；具有含醯胺側鏈之胺基酸群組由天冬醯胺酸及麩醯胺酸組成；具有芳族側鏈之胺基酸群組由苯丙胺酸、酪胺酸及色胺酸組成；具有鹼性側鏈之胺基酸群組由離胺酸、精胺酸及組胺酸組成；具有酸性側鏈之胺基酸群組由麩胺酸及天冬胺酸組成；且具有含硫側鏈之胺基酸群組由半胱胺酸及甲硫胺酸組成。例示性保守胺基酸取代群組為：纈胺酸-白胺酸-異白胺酸、苯丙胺酸-酪胺酸、離胺酸-精胺酸、丙胺酸-纈胺酸-甘胺酸及天冬醯胺酸-麩醯胺酸。
如本文中所使用之「結合」(例如，參考諸如包含一或多個MOD之TMAPP之分子與一或多個多肽(例如，T細胞上之T細胞受體及同源共免疫調節多肽(Co-MOD)之結合)係指分子之間的非共價相互作用。非共價結合係指兩個分子之間由於例如靜電相互作用、疏水性相互作用、離子相互作用及/或氫鍵相互作用，包括諸如鹽橋及水橋之相互作用而直接締合。非共價結合相互作用一般以小於10-6 M、小於10-7 M、小於10-8 M、小於10-9 M、小於10-10 M、小於10-11 M或小於10-12 M之解離常數(KD )為特徵。「親和力」係指非共價結合之強度，增加之結合親和力與較低之KD 相關。「特異性結合」一般係指例如配位體分子與其結合位點或「受體」之間以至少約10-7 M或更大(例如低於5×10-7 M、低於10-8 M、低於5×10-8 M、低於10-9 M、低於10-10 M、低於10-11 M或低於10-12 M及更大之親和力，或者處於10-7 至10-9 或10-9 至10-12 之範圍內)之親和力結合。「非特異性結合」一般係指配位體與除其指定結合位點或「受體」以外之某物典型地以低於約10-7 M之親和力結合(例如，以低於約10-6 M、低於約10-5 M、低於約10-4 M之親和力結合)。然而，在一些情況下，例如，TCR與肽/MHC複合體之間的結合，「特異性結合」可處於1 μM至100 μM或100 μM至1 mM之範圍內。如本文中所使用之「共價結合」意謂兩個不同的分子之間形成一或多個共價化學鍵。
如本文中所使用之術語「免疫學突觸」或「免疫突觸」一般係指適應性免疫反應之兩個相互作用之免疫細胞之間的天然界面，包括例如抗原呈現細胞(APC)或靶細胞與效應細胞(例如，淋巴細胞、效應T細胞、天然殺手細胞及其類似細胞)之間的界面。APC與T細胞之間的免疫學突觸一般由T細胞抗原受體與MHC分子之相互作用引發，例如，如Bromley等人, Annu Rev Immunol. 2001, 19:375-96中所描述，該文獻之揭示內容係以引用之方式整體併入本文中。
「T細胞」包括表現CD3之免疫細胞之所有類型，包括T輔助細胞(CD4+ 細胞)、細胞毒性T細胞(CD8+ 細胞)、T調控細胞(Treg)及NK-T細胞。
如本文中所使用之術語「免疫調節多肽」(亦稱為「MOD」或「共刺激多肽」)包括APC (例如樹突狀細胞、B細胞及其類似細胞)上之多肽或APC上之多肽之一部分，該多肽特異性地結合T細胞上之Co-MOD，從而提供連同由例如TCR/CD3複合體與肽所負載之MHC多肽結合所提供之第一信號一起介導T細胞反應之信號，包括但不限於增殖、活化、分化及其類似物。MOD包括但不限於CD7、B7-1 (CD80)、B7-2 (CD86)、PD-L1、PD-L2、4-1BBL、OX40L、Fas配位體(FasL)、誘導性共刺激配位體(ICOS-L)、細胞間黏附分子(ICAM)、CD30L、CD40、CD70、CD83、HLA-G、MICA、MICB、HVEM、淋巴細胞毒素β受體、3/TR6、ILT3、ILT4、HVEM、結合至Toll配位體受體之促效劑或抗體及特異性地結合至B7-H3之配位體。共刺激多肽亦尤其涵蓋特異性地與T細胞上存在之同源共刺激分子(諸如但不限於IL-2、CD27、CD28、4-1BB、OX40、CD30、CD40、PD-1、ICOS、淋巴細胞功能相關抗原-1 (LFA-1)、CD2、LIGHT、NKG2C、B7-H3及特異性地結合至CD83之配位體)結合之抗體。
除非另外陳述，否則術語TMAPP與具有單一多肽鏈之TMAPP (sc-TMAPP)或具有多於一個(例如兩個)多肽鏈之TMAPP (m-TMAPP)通用且包括兩者。術語sc-TMAPP及m-TMAPP包括具有化學結合位點之分子及呈抗原決定基結合物形式之分子。因此，如本文中所使用之TMAPP與具有一或多個化學結合位點之sc-TMAPP、sc-TMAPP-抗原決定基結合物、具有一或多個化學結合位點之m-TMAPP及m-TMAPP-抗原決定基結合物通用。如自上下文將顯而易見，TMAPP一般應理解為包括一或多個MOD。提及「任何TMAPP」或「所有TMAPP」指示意謂存在或不存在MOD之TMAPP。在意欲僅提及含有MOD之TMAPP的彼等情況下，採用諸如「含MOD之TMAPP」、「包含MOD之TMAPP」及其類似術語之術語。在本發明特定提及不含MOD之TMAPP的彼等情況下，採用諸如「不含MOD之TMAPP」、「不存在MOD之TMAPP」及其類似術語之術語。術語「未結合之TMAPP」係指未結合(共價連接)至抗原決定基及/或有效負載(例如非抗原決定基分子，諸如標記)且因此包含至少一個化學結合位點之TMAPP。
含MOD之TMAPP之「免疫調節結構域」為TMAPP之結合可呈現於靶T細胞上之Co-MOD的部分(MOD肽序列)。
如本文中所使用之「異源」分別意謂並非在天然核酸或蛋白質中發現之核苷酸或多肽。
如本文中所使用之「重組」意謂特定核酸(DNA或RNA)為對獲得與天然系統中發現之內源核酸不同的具有結構性編碼或非編碼序列之構築體的選殖、限制、聚合酶鏈反應(PCR)及/或連接步驟進行各種組合的產物。可由cDNA片段或由一系列合成寡核苷酸來組裝編碼多肽之DNA序列，以提供能夠由細胞或無細胞轉錄及轉譯系統中所含有之重組轉錄單元加以表現之合成核酸。
術語「重組表現載體」及「DNA構築體」在本文中可互換用於指包含載體及一個插入物之DNA分子。通常出於表現及/或增殖插入物之目的或為了構築其他重組核苷酸序列而產生重組表現載體。插入物可能或可能未可操作地連接至啟動子序列，且可能或可能未可操作地連接至DNA調控序列。
如本文中所使用，術語「親和力」係指兩種試劑(例如，抗體及抗原)之可逆結合的平衡常數且表示為解離常數(KD )。親和力可比抗體對無關胺基酸序列之親和力高出至少1倍、至少2倍、至少3倍、至少4倍、至少5倍、至少6倍、至少7倍、至少8倍、至少9倍、至少10倍、至少20倍、至少30倍、至少40倍、至少50倍、至少60倍、至少70倍、至少80倍、至少90倍、至少100倍、至少1,000倍或更多倍。抗體對靶蛋白質之親和力可為例如約100奈莫耳(nM)至約0.1 nM、約100 nM至約1皮莫耳(pM)或約100 nM至約1飛莫耳(fM)或更高。如本文中所使用，術語「親合力」係指兩種或更多種劑之複合體在稀釋之後對解離之抗性。
術語「處理」及其類似術語在本文中一般用於意謂獲得所要藥理學及/或生理學效應。該效應就完全或部分預防疾病或其症狀而言可為預防性的，及/或就部分或完全治癒疾病及/或可歸因於該疾病之不利效應而言可為治療性的。如本文中所使用之「處理」涵蓋對哺乳動物之疾病或症狀之任何處理，且包括：(a)預防可能易患該疾病或症狀但尚未診斷為患有該疾病或症狀之個體出現該疾病或症狀；(b)抑制該疾病或症狀，亦即，阻遏其發展；或(c)減輕該疾病，亦即，使該疾病消退。治療劑可在疾病或損傷發作之前、期間或之後投與。尤其關注持續性疾病之處理，其中該處理穩定或減輕患者之不良臨床症狀。理想地，在受影響之組織的功能完全喪失之前進行此種處理。理想地，將在疾病之有症狀階段期間且在一些情況下在疾病之有症狀階段之後投與標的療法。
術語「個人」、「個體」、「宿主」及「患者」在本文中可互換使用，並且係指需要診斷、處理或治療的任何哺乳動物個體。哺乳動物包括例如人類、非人類靈長類動物、囓齒動物(例如大鼠；小鼠)、兔類動物(例如兔)、有蹄類動物(例如牛、綿羊、豬、馬、山羊及其類似動物)等。
在進一步描述本發明之前，應理解本發明不限於所描述之特定實施例，因而固然可變化。亦應理解，本文中所使用之術語僅出於描述特定實施例之目的，而不意欲具有限制性，此係因為本發明之範疇將僅受所附申請專利範圍限制。
在提供值之範圍時，應理解，除非上下文另外清楚指出，否則該範圍包括介於該範圍之上限與下限之間的各居中值(達至該範圍之下限之十分之一)，且該所陳述範圍中之任何其他所陳述值或居中值均涵蓋在本發明內。此等較小範圍之上限及下限可獨立地包括於該等較小範圍內，且亦涵蓋在本發明內，受所陳述之範圍內的任何明確排除之界限限制。在範圍包括上限及/或下限時，排除彼等界限中之任一者或兩者的範圍亦包括在本發明中。
除非另外定義，否則本文中所使用之所有技術及科學術語均具有與本發明所屬領域之熟習此項技術者通常所理解之含義相同的含義。儘管與本文中所描述者類似或等效之任何方法及材料亦可用於實踐或檢驗本發明，但現描述較佳方法及材料。本文中所提及之所有出版物均以引用之方式併入本文中，以便結合所引用之出版物來揭示並描述該等方法及/或材料。
必須指出，除非上下文另外清楚地指出，否則如本文中及所附申請專利範圍中所使用，單數形式「一」及「該」包括複數參考物。因而，舉例而言，提及「Treg」包括複數個此種Treg，且提及「II類MHC α鏈」包括提及熟習此項技術者已知的一或多個II類MHC α鏈及其等效物，以此類推。此外應指出，可撰寫申請專利範圍以排除任何可選要素。因而，此陳述意欲充當結合申請專利範圍要素之敍述來使用諸如「僅僅」、「僅」及其類似術語之排他性術語或使用「負」限制的前提基礎。
應瞭解，獨立的實施例之內容中出於清楚性之目的而描述的某些本發明特徵亦可組合提供於單一實施例中。相反，單個實施例之內容中出於簡便性之目的而描述的各種本發明特徵亦可單獨或以任何適合之子組合形式提供。關於本發明之實施例之所有組合均明確由本發明涵蓋且揭示於本文中，就如同逐一地且明確地揭示各個及每個組合。另外，其各種實施例及要素之所有子組合亦明確由本發明涵蓋且揭示於本文中，就如同在本文中逐一地且明確地揭示各個及每個此種子組合。
本文中所論述之出版物僅由於其在本申請案之申請日期之前揭示而得以提供。在本文中不應被視為承認本發明由於先前發明而無權先於此種出版物。此外，所提供之公開日期可能與實際公開日期不同，由此可能需要獨立地加以證實。
本發明包括並提供TMAPP，包括包含至少一個化學結合位點之sc-TMAPP及m-TMAPP。本發明進一步提供具有含抗原決定基之分子，從而直接或經由鍵間接地與化學結合位點共價結合為抗原決定基結合物(例如，sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)的TMAPP。在共價附接抗原決定基(例如，能夠由T細胞受體結合及識別之肽)以形成TMAPP-抗原決定基結合物時，該結合物可由T細胞受體以抗原特異性方式特異性地結合。本發明另外提供包含編碼本發明之具有化學結合位點之未結合TMAPP之核苷酸序列的核酸以及經該等核酸基因修飾之細胞。本發明之包含至少一個化學結合位點之TMAPP可用作多種抗原決定基(例如，包含充當抗原決定基之序列的肽)可共價結合至其中之分子支架，且所得抗原決定基結合物用於調節T細胞之活性。因此，本發明提供在活體外及活體內(在人類及/或非人類宿主中)調節T細胞(或T細胞群體)之活性的方法及調節T細胞之活性的治療方法。
不含 MOD 之 TMAPP
本發明提供包含至少一個化學結合位點之TMAPP，包括包含至少一個化學結合位點之sc-TMAPP及不包含MOD多肽序列之包含至少一個化學結合位點之m-TMAPP (不含MOD之TMAPP)。此處及以下部分中所論述之不含MOD之TMAPP針對不含MOD之m-TMAPP (包括不含MOD之m-TMAPP實施例A至實施例L)及不含MOD之sc-TMAPP (包括不含MOD之sc-TMAPP實施例A'至實施例H')。在MOD及變異MOD (例如，對其Co-MOD具有降低之親和力的變異MOD)之描述之後描述含有MOD作為包括一或多個II類MHC多肽序列之多肽序列之一部分的TMAPP。
天然存在之II類MHC多肽包含α鏈及β鏈。「II類MHC多肽」包括人類白血球抗原(HLA) α鏈及β鏈。II類MHC多肽包括II類MHC DP α及β多肽、DM α及β多肽、DOA α及β多肽、DOB α及β多肽、DQ α及β多肽及DR α及β多肽。如本文中所使用，II類MHC多肽可包含II類MHC α鏈多肽、II類MHC β鏈多肽或者II類MHC α或β鏈多肽之僅一部分。舉例而言，II類MHC多肽可為包括以下之多肽：i)僅II類MHC α鏈多肽之α1結構域；ii)僅II類MHC α鏈之α2結構域；iii)僅II類MHC α鏈之α1結構域及α2結構域；iv)僅II類MHC β鏈之β1結構域；v)僅II類MHC β鏈之β2結構域；vi)僅II類MHC β鏈之β1結構域及β2結構域；vii) II類MHC α鏈之α1結構域、II類MHC β鏈之β1結構域及II類MHC之β2結構域；及其類似物。
II類MHC多肽包括等位基因形式。HLA基因座本質上具有高度多態性。如HLA系統因子之命名法2000版(Hum. Immunol., 62(4):419-68, 2001)中所揭示，存在221個HLA-DRB 1等位基因、19個DRB3等位基因、89個DRB4等位基因、14個DRB5等位基因、19個DQA1等位基因及39個DQB1等位基因，而且正持續發現新的等位基因。WHO HLA系統因子命名委員會之2007版更新(www.anthonynolan.com/HIG/)顯示存在3個DRA等位基因、494個DRB1等位基因、1個DRB2等位基因、44個DRB3等位基因、13個DRB4等位基因、18個DRB5等位基因、3個DRB6等位基因、2個DRB7等位基因、10個DRB8等位基因、1個DRB9等位基因、34個DQA1等位基因、83個DQB1等位基因、23個DPA1等位基因、126個DPB1等位基因、4個DMA等位基因、7個DMB等位基因、12個DOA等位基因及9個DOB等位基因。如本文中所使用，術語II類MHC多肽包括任何已知II類MHC多肽之等位基因形式。
不含 MOD 之多聚體 -TMAPP ( 不含 MOD 之 m-TMAPP)
包含兩個(或更多個)多肽鏈之TMAPP (包括具有化學結合位點之TMAPP或其抗原決定基結合物)表示為m-TMAPP。在一實施例中，m-TMAPP包含II類MHC α1、α2及β1多肽序列，但不包含任何MOD。在另一實施例中，m-TMAPP包含II類MHC α1、α2、β1及β2多肽序列，但不包含任何MOD。不包含MOD之mTMAPP表示為不含MOD之m-TMAPP。在一實施例中，在m-TMAPP (例如，不含MOD之m-TMAPP)包含兩個多肽(第一多肽及第二多肽)時，彼等多肽中之每一者包含至少一個II類MHC多肽。在一些情況下，該兩個多肽鏈共價連接至彼此，例如經由二硫鍵。在其他情況下，兩個多肽鏈不共價連接至彼此；且在一些此等情況下，該兩個多肽鏈中之每一者包含二聚配對之成員。抗原決定基肽藉由連接子共價附接至II類MHC β1多肽之不含MOD之mTMAPP抗原決定基結合物的實例示意性地描繪於圖2A 及圖2B 中。
實施例A至實施例L之不含MOD之m-TMAPP包含至少一個化學結合位點。在實施例A至實施例L中之任一者中，化學結合位點可置於不含MOD之m-TMAPP之所敍述多肽(例如II類MHC α1、α2及β1多肽序列、支架及二聚結構域等)內或末端(N末端及/或C末端)。化學結合位點亦可包括於附接至或插入m-TMAPP之所敍述多肽(例如，II類MHC多肽序列、支架及二聚結構域等)之間的連接子(例如，視情況存在之連接子)內或末端，包括處於位於m-TMAPP多肽N末端或C末端處之連接子之N末端或C末端。在一實施例中，至少一個化學結合位點位於不含MOD之m-TMAPP多肽或位於m-TMAPP之第一多肽或第二多肽N末端或C末端處之連接子內或N末端或C末端。在一實施例中，至少一個化學結合位點位於不含MOD之m-TMAPP多肽或位於不含MOD之m-TMAPP之第一多肽或第二多肽N末端處之連接子(例如視情況存在之連接子)內或N末端。
在一些實施例中，不含MOD之mTMAPP之至少一個化學結合位點(例如，對於含抗原決定基之肽)位於：(a) II類MHC α1、α2、β1或β2多肽序列所處之不含MOD之mTMAPP分子之第一多肽或第二多肽之N末端；或(b)位於該第一多肽或該第二多肽之N末端處之連接子(例如，視情況存在之連接子) (例如，實施例A至實施例L中所敍述之「視情況存在之連接子」)內或N末端。在一個此種實施例中，II類MHC β1多肽或視情況存在之連接子位於該第一多肽或該第二多肽之N末端，且該II類MHC β1多肽抑或該連接子包含化學結合位點。
當m-TMAPP (例如，實施例A至實施例L中任一者之不含MOD之m-TMAPP)轉化成抗原決定基結合物時，不含MOD之m-TMAPP-抗原決定基結合物包含共價附接於該等化學結合位點中之一或多個處的抗原決定基。結合之後，該m-TMAPP可含有其他結合位點(例如，用於結合有效負載)。
一些包含至少一個化學結合位點之不含MOD之m-TMAPP提供於實施例A至實施例L中：
(A) 在一實施例中，具有化學結合位點之不含MOD之m-TMAPP包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i) II類MHC α1多肽；及ii) II類MHC α2多肽；及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；及iii) II類MHC β2多肽；其中當抗原呈現多肽未結合至抗原決定基時，該視情況存在之連接子及/或該II類MHC β1多肽可包含一或多個化學結合位點(例如，用於抗原決定基附接)。在一些情況下，該第一多肽及/或該第二多肽可包含處於所敍述之元件中之任一或多個之間的連接子(例如，肽連接子)。
(B) 在一實施例中，具有化學結合位點之不含MOD之m-TMAPP包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i) II類MHC α1多肽；及ii) II類MHC α2多肽；及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；及iv)免疫球蛋白或非免疫球蛋白支架多肽；其中當抗原呈現多肽未結合至抗原決定基時，該視情況存在之連接子及/或該II類MHC β1多肽可包含一或多個化學結合位點。在一些情況下，該第一多肽及/或該第二多肽可包含處於所敍述之元件中之任一或多個之間的連接子(例如，肽連接子)。
(C) 在一實施例中，具有化學結合位點之不含MOD之m-TMAPP包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i) II類MHC α1多肽；及ii) II類MHC α2多肽；及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；及iv)免疫球蛋白(例如，(Ig) Fc)多肽；其中當抗原呈現多肽未結合至抗原決定基時，該視情況存在之連接子及/或該II類MHC β1多肽可包含一或多個化學結合位點(例如，用於抗原決定基附接)。在一些情況下，該第一多肽及/或該第二多肽可包含處於所敍述之元件中之任一或多個之間的連接子(例如，肽連接子)。在一些情況下，該第二多肽視情況包含處於該II類MHC β1多肽與該II類β2多肽及/或該II類β2多肽與該免疫球蛋白多肽之間的連接子。
(D) 在一實施例中，具有化學結合位點之不含MOD之m-TMAPP包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i) II類MHC α1多肽；ii) II類MHC α2多肽；及iii)二聚配對之第一成員；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；及iv)該二聚配對之第二成員；其中當抗原呈現多肽未結合至抗原決定基時，該視情況存在之連接子及/或該II類MHC β1多肽可包含一或多個化學結合位點(例如，用於抗原決定基附接)；其中該二聚配對之第一成員及第二成員非共價結合至彼此。在一些情況下，該二聚配對之第一成員及第二成員在無需二聚劑之情況下非共價結合至彼此。在一些情況下，該二聚配對之第一成員及第二成員在二聚劑存在下非共價結合至彼此。在一些情況下，該第一多肽及/或該第二多肽可包含處於所敍述之元件中之任一或多個之間的連接子(例如，肽連接子)。
(E) 在一實施例中，具有化學結合位點之不含MOD之m-TMAPP包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i) II類MHC α1多肽；ii) II類MHC α2多肽；及iii)二聚配對之第一成員；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；iv)該二聚配對之第二成員；及v)免疫球蛋白或非免疫球蛋白支架多肽；其中當抗原呈現多肽未結合至抗原決定基時，該視情況存在之連接子及/或該II類MHC β1多肽可包含一或多個化學結合位點(例如，用於抗原決定基附接)；且其中該二聚配對之第一成員及第二成員非共價結合至彼此)。在一些情況下，該第一多肽及/或該第二多肽可包含處於所敍述之元件中之任一或多個之間的連接子(例如，肽連接子)。在一些情況下，該第二多肽視情況包含處於該II類MHC β1多肽與該II類β2多肽、該II類β2多肽與該二聚配對之第二成員及/或該二聚配對之第二成員與該免疫球蛋白或非免疫球蛋白支架多肽之間的連接子。
(F) 在一實施例中，具有化學結合位點之不含MOD之m-TMAPP包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i) II類MHC α1多肽；ii) II類MHC α2多肽；及iii)二聚配對之第一成員；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；iv)該二聚配對之第二成員；及v) Ig Fc多肽；其中當抗原呈現多肽未結合至抗原決定基時，該視情況存在之連接子及/或該II類MHC β1多肽可包含一或多個化學結合位點(例如，用於抗原決定基附接)；且其中該二聚配對之第一成員及第二成員非共價結合至彼此。在一些情況下，該第一多肽及/或該第二多肽可包含處於所敍述之元件中之任一或多個之間的連接子(例如，肽連接子)。在一些情況下，該第二多肽視情況包含處於該II類MHC β1多肽與該II類β2多肽、該II類β2多肽與該二聚配對之第二成員及/或該二聚配對之第二成員與該Ig Fc多肽之間的連接子。
(G) 在一實施例中，具有化學結合位點之不含MOD之m-TMAPP包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i) II類MHC α1多肽；ii) II類MHC α2多肽；及iii)第一白胺酸拉鏈多肽；及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；iv)第二白胺酸拉鏈多肽；及v) Ig Fc多肽；其中當抗原呈現多肽未結合至抗原決定基時，該視情況存在之連接子及/或該II類MHC β1多肽可包含一或多個化學結合位點(例如，用於抗原決定基附接)；且其中該白胺酸拉鏈配對之第一成員及第二成員非共價結合至彼此。在一些情況下，該第一多肽及/或該第二多肽可包含處於所敍述之元件中之任一或多個之間的連接子(例如，肽連接子)。在一些情況下，該第二多肽視情況包含處於該肽抗原與該II類MHC β1多肽之間的連接子。在一些情況下，該第二多肽包含處於該II類MHC β1多肽與該II類β2多肽、該II類β2多肽與該第二白胺酸拉鏈多肽及/或該第二白胺酸拉鏈多肽與該Ig Fc多肽之間的連接子；及/或該第一多肽視情況包含處於該II類 MHC α2多肽與該第一白胺酸拉鏈多肽(該二聚配對之第一成員)之間的連接子。
(H) 在一實施例中，具有化學結合位點之不含MOD之m-TMAPP包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；及v)二聚配對之第一成員；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i) II類MHC β2多肽；及ii)該二聚配對之第二成員；其中當抗原呈現多肽未結合至抗原決定基時，該視情況存在之連接子及/或該II類MHC β1多肽可包含一或多個化學結合位點(例如，用於抗原決定基附接)；且其中該白胺酸拉鏈配對之第一成員及第二成員非共價結合至彼此。在一些情況下，該第一多肽及/或該第二多肽可包含處於所敍述之元件中之任一或多個之間的連接子(例如，肽連接子)。在一些情況下，該第一多肽視情況包含處於該II類MHC β1多肽與該II類MHC α1多肽、該II類MHC α1多肽與該II類MHC α2多肽及/或該II類MHC α2多肽與該二聚配對之第一成員之間的連接子；及/或該第二多肽視情況包含處於該II類MHC β2多肽與該二聚配對之第二成員之間的連接子。
(I) 在一實施例中，具有化學結合位點之不含MOD之m-TMAPP包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；v)二聚配對之第一成員；及vi)免疫球蛋白或非免疫球蛋白支架多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i) II類MHC β2多肽；及ii)該二聚配對之第二成員；其中當抗原呈現多肽未結合至抗原決定基時，該視情況存在之連接子及/或該II類MHC β1多肽可包含一或多個化學結合位點(例如，用於抗原決定基附接)；且其中該二聚配對之第一成員及第二成員非共價結合至彼此。在一些情況下，該第一多肽及/或該第二多肽可包含處於所敍述之元件中之任一或多個之間的連接子(例如，肽連接子)。在一些情況下，該第一多肽視情況包含處於該II類MHC β1多肽與該II類MHC α1多肽、該II類MHC α1多肽與該II類MHC α2多肽、該II類MHC α2多肽與該二聚配對之第一成員及/或該二聚配對之第一成員與該免疫球蛋白或非免疫球蛋白支架多肽之間的連接子；及/或該第二多肽視情況包含處於該II類MHC β2多肽與該二聚配對之第二成員之間的連接子。
(J) 在一些情況下，具有化學結合位點之不含MOD之m-TMAPP包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；v)二聚配對之第一成員；及vi) Ig Fc多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i) II類MHC β2多肽；及ii)該二聚配對之第二成員；其中當抗原呈現多肽未結合至抗原決定基時，該視情況存在之連接子及/或該II類MHC β1多肽可包含一或多個化學結合位點(例如，用於抗原決定基附接)；且其中該二聚配對之第一成員及第二成員非共價結合至彼此。在一些情況下，該第一多肽及/或該第二多肽可包含處於所敍述之元件中之任一或多個之間的連接子(例如，肽連接子)。
(K) 在一些情況下，具有化學結合位點之不含MOD之m-TMAPP包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；v)第一白胺酸拉鏈多肽；及vi) Ig Fc多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i) II類MHC β2多肽；及ii)第二白胺酸拉鏈多肽；其中當抗原呈現多肽未結合至抗原決定基時，該視情況存在之連接子及/或該II類MHC β1多肽可包含一或多個化學結合位點(例如，用於抗原決定基附接)。在一些情況下，該第一多肽及/或該第二多肽可包含處於所敍述之元件中之任一或多個之間的連接子(例如，肽連接子)。在一些情況下，該第一多肽包含處於該肽抗原與該II類MHC β1多肽之間的視情況存在之連接子。在一些情況下，該第一多肽包含處於II類MHC β1多肽與該II類MHC α1多肽之間的連接子。在一些情況下，該第一多肽包含處於該II類MHC α2多肽與該二聚配對之第一成員之間的連接子。在一些情況下，該第二多肽包含處於該II類MHC β2多肽與該二聚配對之第二成員之間的連接子。
(L) 在一些情況下，具有化學結合位點之不含MOD之m-TMAPP包含至少兩個線性多肽，其共包含四個多肽組分：i) II類MHC β1多肽，其可在其N末端上具有視情況存在之連接子；ii) II類MHC β2多肽；iii) II類MHC α1多肽；及iv) II類MHC α2多肽；其中該兩個多肽之一在其N末端具有II類MHC β1多肽，其N末端上存在或不存在視情況存在之連接子；其中當該抗原呈現多肽未結合至抗原決定基時，該視情況存在之連接子及/或該II類MHC β1多肽可包含一或多個化學結合位點(例如，用於附接抗原決定基)，諸如在II類MHC β1多肽或與其附接之連接子之N末端。
實施例A至實施例L中所描述之不含MOD之TMAPP構築體中之任一者均可進一步包含以下一或多者作為其第一多肽鏈及第二多肽鏈中任一者或兩者之組分：獨立選擇之免疫球蛋白(例如，免疫球蛋白(Ig) Fc多肽)或非免疫球蛋白支架多肽；及/或二聚體(例如，白胺酸拉鏈)多肽；全部論述於以下揭示內容中。該第一多肽及/或該第二多肽亦可包含處於所敍述之元件中之任一者之間的連接子(例如，肽連接子，其適合實例描述如下)。
具有至少一個化學結合位點(例如，處於第一多肽或第二多肽N末端，或處於視情況存在之連接子內)之不含MOD之m-TMAPP (例如，以上提及之不含MOD之m-TMAPP中之任一者)可與抗原決定基反應以產生不含MOD之m-TMAPP-抗原決定基結合物，從而使該抗原決定基共價結合於一或多個化學結合位點處(例如，一個化學結合位點，從而允許該抗原決定基由TCR結合及識別)。結合之後，不含MOD之m-TMAPP-抗原決定基結合物可含有其他化學結合位點(例如，用於結合有效負載)。因此，本說明書亦提供並包括此種不含MOD之m-TMAPP抗原決定基結合物。
不含 MOD 之單鏈 TMAPP 或「 sc-TMAPP 」 ( 不含 MOD 之 sc-TMAPP)
包含單一多肽鏈之TMAPP (包括具有化學結合位點之TMAPP或其抗原決定基結合物)表示為sc-TMAPP。在一實施例中，sc-TMAPP包含II類MHC α1、α2及β1多肽序列，但不包含任何MOD。在另一實施例中，sc-TMAPP包含II類MHC α1、α2、β1及β2多肽序列，但不包含任何MOD。不包含MOD之sc-TMAPP表示為不含MOD之sc-TMAPP。抗原決定基肽共價附接至II類MHC β1多肽之不含MOD之sc-TMAPP抗原決定基結合物之實例示意性地描繪於圖 2C 及圖 5A 右側所示之構築體中。
實施例A'至實施例H'之不含MOD之sc-TMAPP包含至少一個化學結合位點。在以下實施例A至實施例H中之任一者中，化學結合位點可置於不含MOD之sc-TMAPP之所敍述多肽(例如II類MHC α1、α2及β1多肽序列、支架及二聚結構域等)內或末端(N末端及/或C末端)。化學結合位點亦可包括於附接至或插入不含MOD之sc-TMAPP之所敍述多肽(例如，II類MHC多肽序列、支架及二聚結構域等)之間的連接子(例如，視情況存在之連接子)內或末端，包括處於位於不含MOD之sc-TMAPP多肽N末端或C末端處之連接子之N末端或C末端。在一實施例中，至少一個化學結合位點位於不含MOD之sc-TMAPP多肽或位於不含MOD之sc-TMAPP多肽之N末端或C末端處之連接子內或N末端或C末端。在一實施例中，至少一個化學結合位點位於處於不含MOD之sc-TMAPP多肽之N末端處之連接子(例如，視情況存在之連接子)內或N末端。
在一些實施例中，不含MOD之mTMAPP之至少一個化學結合位點(例如，對於含抗原決定基之肽)位於：(a) II類MHC α1、α2、β1或β2多肽序列所處之不含MOD之sc-TMAPP分子之第一多肽或第二多肽之N末端；或(b)位於該不含MOD之sc-TMAPP多肽之N末端處之連接子(例如，視情況存在之連接子) (例如，實施例A'至實施例H'中所敍述之「視情況存在之連接子」)內或N末端。在一個此種實施例中，II類MHC β1多肽或視情況存在之連接子位於不含MOD之sc-TMAPP多肽之N末端，且該II類MHC β1多肽抑或該連接子包含化學結合位點。
當sc-TMAPP (例如，實施例A'至實施例H'中任一者之不含MOD之sc-TMAPP)轉化成抗原決定基結合物時，不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物包含共價附接於該等化學結合位點中之一或多個處的抗原決定基。結合之後，該不含MOD之sc-TMAPP可含有其他結合位點(例如，用於結合有效負載)。
在不含MOD之sc-TMAPP實施例A'至實施例H'中之任一者中，化學結合位點可置於不含MOD之sc-TMAPP之多肽內，或處於不含MOD之sc-TMAPP之末端(N末端及/或C末端)處，包括處於附接或插入不含MOD之sc-TMAPP之所敍述元件(例如，II類MHC多肽序列、支架及二聚結構域)中之任一者之間的連接子中(包括處於位於sc-TMAPP多肽之N末端或C末端處的連接子的N末端或C末端處)。
一些包含至少一個化學結合位點之不含MOD之sc-TMAPP提供於實施例A'至實施例H'中：
(A') 在一實施例中，具有化學結合位點之sc-TMAPP或其抗原決定基結合物自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；iv) II類MHC α1多肽；及v) II類MHC α2多肽；其中當抗原呈現多肽未結合至抗原決定基時，該視情況存在之連接子及/或該II類MHC β1多肽可包含一或多個化學結合位點(例如，用於抗原決定基附接)。
(B') 在一實施例中，具有化學結合位點之sc-TMAPP或其抗原決定基結合物自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；iv) II類MHC α1多肽；v) II類MHC α2多肽；及vi)免疫球蛋白或非免疫球蛋白支架多肽；其中當抗原呈現多肽未結合至抗原決定基時，該視情況存在之連接子及/或該II類MHC β1多肽可包含一或多個化學結合位點(例如，用於抗原決定基附接)。
(C') 在一實施例中，具有化學結合位點之sc-TMAPP或其抗原決定基結合物自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；iv) II類MHC α1多肽；v) II類MHC α2多肽；及vi) Ig Fc多肽；其中當抗原呈現多肽未結合至抗原決定基時，該視情況存在之連接子及/或該II類MHC β1多肽可包含一或多個化學結合位點(例如，用於抗原決定基附接)。在一些情況下，該抗原呈現多肽包含處於該肽抗原與該II類MHC β1多肽之間的連接子。在一些情況下，該抗原呈現多肽包含處於該II類MHC β2多肽與該II類MHC α1多肽之間的連接子。在一些情況下，該抗原呈現多肽包含處於該II類MHC α2多肽與該免疫球蛋白或非免疫球蛋白支架之間的連接子。
(D') 在一實施例中，具有化學結合位點之sc-TMAPP或其抗原決定基結合物自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；及v) II類MHC β2多肽；其中當抗原呈現多肽未結合至抗原決定基時，該視情況存在之連接子及/或該II類MHC β1多肽可包含一或多個化學結合位點(例如，用於抗原決定基附接)。
(E') 在一實施例中，具有化學結合位點之sc-TMAPP或其抗原決定基結合物自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；v) II類MHC β2多肽；及vi)免疫球蛋白或非免疫球蛋白支架多肽；其中當抗原呈現多肽未結合至抗原決定基時，該視情況存在之連接子及/或該II類MHC β1多肽可包含一或多個化學結合位點(例如，用於抗原決定基附接)。
(F') 在一實施例中，具有化學結合位點之sc-TMAPP或其抗原決定基結合物自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；v) II類MHC β2多肽；及vi) Ig Fc多肽；其中當該抗原呈現多肽未結合至抗原決定基時，該視情況存在之連接子及/或該II類MHC β1多肽包含一或多個化學結合位點。在一些情況下，該抗原呈現多肽包含處於該肽抗原與該II類MHC β1多肽之間的連接子。在一些情況下，該抗原呈現多肽包含處於該II類MHC β1多肽與該II類MHC α1多肽之間的連接子。在一些情況下，該抗原呈現多肽包含處於該II類MHC α2多肽與該II類MHC β2多肽之間的連接子。在一些情況下，該抗原呈現多肽包含處於該II類MHC β2多肽與該Ig或非Ig支架之間的連接子。
(G') 在一實施例中，具有化學結合位點之sc-TMAPP或其抗原決定基結合物自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) HLA β1多肽；iii) HLA α1多肽；iv) HLA α2多肽；v) HLA β2多肽；及vi) Ig Fc多肽；其中當抗原呈現多肽未結合至抗原決定基時，該視情況存在之連接子及/或該II類MHC β1多肽可包含一或多個化學結合位點(例如，用於抗原決定基附接)。
作為一個非限制性實例，具有化學結合位點之sc-TMAPP或其抗原決定基結合物可自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) HLA DRB1 β1多肽；iii) HLA DRA α1多肽；iv) HLA DRA α2多肽；v) HLA DRB β2多肽；及vi) IgG1 Fc多肽；其中當該抗原呈現多肽未結合至抗原決定基時，該視情況存在之連接子及/或該II類MHC β1多肽包含一或多個化學結合位點。當該sc-TMAPP轉化成抗原決定基結合物時，其包含共價附接於該等化學結合位點中之一或多個處的抗原決定基。在一些情況下，結合至該sc-TMAPP多肽之抗原決定基為血球凝集素抗原決定基(PKYVKQNTLKLAT；SEQ ID NO:85)。在其他情況下，該抗原決定基不為PKYVKQNTLKLAT (SEQ ID NO:85)；作為替代，該sc-TMAPP經不同的抗原決定基取代。
(H') 在一些情況下，該等sc-TMAPP為線性多肽，其包含四個多肽組分：i) II類MHC β1多肽，其可在其N末端上具有視情況存在之連接子；ii) II類MHC β2多肽；iii) II類MHC α1多肽；及iv) II類MHC α2多肽；其中該II類MHC β1多肽或其N末端上之該視情況存在之連接子位於該sc-TMAPP多肽之N末端。
實施例A'至實施例H'中所描述之不含MOD之sc-TMAPP多肽可進一步包含一或多個：獨立選擇之免疫球蛋白(例如免疫球蛋白(Ig) Fc多肽)或非免疫球蛋白支架多肽；及/或二聚體(例如白胺酸拉鏈)多肽；全部論述於下文中。不含MOD之sc-TMAPP多肽亦可包含處於所敍述之元件中之任一者之間的連接子(例如肽連接子，其適合實例描述如下)。
以上提及之具有至少一個化學結合位點(例如處於N末端，或處於該視情況存在之連接子內)之不含MOD之sc-TMAPP中之任一者均可與適合之抗原決定基肽反應以產生不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物，從而使該抗原決定基共價結合於一或多個化學結合位點(例如，一個化學結合位點)處，從而允許該抗原決定基由TCR結合及識別)。因此，本說明書提供並包括此種不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物。
II 類 MHC α 鏈
II類MHC α鏈包含α1結構域及α2結構域。在一些情況下，APC中所存在之α1結構域及α2結構域來自於相同的II類MHC α鏈多肽。在一些情況下，APC中所存在之α1結構域及α2結構域來自於兩個不同的II類MHC α鏈多肽。
適合包括在本發明之任何TMAPP中之II類MHC α鏈均缺乏信號肽。適合包括在本發明之任何TMAPP (例如，具有化學結合位點之含MOD或不含MOD之sc-TMAPP或m-TMAPP或其抗原決定基結合物)中之II類MHC α鏈可具有約60個胺基酸(aa)至約200 aa之長度；舉例而言，適合包括在本發明之任何TMAPP中之II類MHC α鏈可具有約60 aa至約80 aa、約80 aa至約100 aa、約100 aa至約120 aa、約120 aa至約140 aa、約140 aa至約160 aa、約160 aa至約180 aa或約180 aa至約200 aa之長度。適合包括在本發明之任何TMAPP中之II類MHC α1結構域可具有約30 aa至約95 aa之長度；舉例而言，適合包括在本發明之任何TMAPP中之II類MHC α1結構域可具有約30 aa至約40 aa、約40 aa至約50 aa、約50 aa至約60 aa、約60 aa至約70 aa、約70 aa至約80 aa、約80 aa至約90 aa或約90 aa至約95 aa之長度。適合包括在本發明之任何TMAPP中之II類MHC α2結構域可具有約30 aa至約95 aa之長度；舉例而言，適合包括在本發明之任何TMAPP中之II類MHC α2結構域可具有約30 aa至約40 aa、約40 aa至約50 aa、約50 aa至約60 aa、約60 aa至約70 aa、約70 aa至約80 aa、約80 aa至約90 aa或約90 aa至約95 aa之長度。
DRA
在一些情況下，適合包括在本發明之任何TMAPP中之II類MHC α鏈多肽為DRA多肽。DRA多肽可與圖6中所描繪之DRA胺基酸序列之胺基酸26-203具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，該DRA多肽具有約178個胺基酸(例如，175、176、177、178、179或180個胺基酸)之長度。
DRA多肽包括等位基因變異體，例如天然存在之等位基因變異體。因而，在一些情況下，適合之DRA多肽包含以下胺基酸序列：IKEEH VIIQAEFYLN PDQSGEFMFD FDGDEIFHVD MAKKETVWRL EEFGRFASFE AQGALANIAV DKANLEIMTK RSNYTPITNV PPEVTVLTNSPVELREPNVL ICFIDKFTPP VVNVTWLRNG KPVTTGVSET VFLPREDHLF RKFHYLPFLPSTEDVYDCRV EHWGLDEPLL KHW (SEQ ID NO:105，其為(SEQ ID NO:104)之胺基酸26-203，或其等位基因變異體。
適合之DRA α1結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：VIIQAEFYLN PDQSGEFMFD FDGDEIFHVD MAKKETVWRL EEFGRFASFE AQGALANIAV DKANLEIMTK RSNYTPITN (SEQ ID NO:106)；且可具有約84個胺基酸(例如，80、81、82、83、84、85或86個胺基酸)之長度。適合之DRA α1結構域可包含以下胺基酸序列：VIIQAEFYLN PDQSGEFMFD FDGDEIFHVD MAKKETVWRL EEFGRFASFE AQGALANIAV DKANLEIMTK RSNYTPITN (SEQ ID NO:106)或天然存在之等位基因變異體。
適合之DRA α2結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：VPPEVTVLTNSPVELREPNVL ICFIDKFTPP VVNVTWLRNG KPVTTGVSET VFLPREDHLF RKFHYLPFLPSTEDVYDCRV EHWGLDEPLL KHW (SEQ ID NO:176/)；且可具有約94個胺基酸(例如，90、91、92、93、94、95、96、97或98個胺基酸)之長度。
DMA
在一些情況下，適合包括在本發明之任何TMAPP中之II類MHC α鏈多肽為DMA多肽。DMA多肽可與圖11中所描繪之DMA胺基酸序列之胺基酸27-217具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，該DMA多肽具有約191個胺基酸(例如，188、189、190、191、192或193個胺基酸)之長度。
「DMA多肽」包括等位基因變異體，例如天然存在之等位基因變異體。因而，在一些情況下，適合之DMA多肽包含以下胺基酸序列：VPEA PTPMWPDDLQ NHTFLHTVYC QDGSPSVGLS EAYDEDQLFF FDFSQNTRVP RLPEFADWAQ EQGDAPAILF DKEFCEWMIQ QIGPKLDGKI PVSRGFPIAE VFTLKPLEFG KPNTLVCFVS NLFPPMLTVN WQHHSVPVEG FGPTFVSAVD GLSFQAFSYL NFTPEPSDIF SCIVTHEIDR YTAIAYW (SEQ ID NO:134)，或其等位基因變異體。
適合之DMA α1結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：VPEA PTPMWPDDLQ NHTFLHTVYC QDGSPSVGLS EAYDEDQLFF FDFSQNTRVP RLPEFADWAQ EQGDAPAILF DKEFCEWMIQ QIGPKLDGKI PVSR (SEQ ID NO:135)；且可具有約98個胺基酸(例如，94、95、96、97、98、99、100或101個胺基酸)之長度。適合之DMA α1結構域可包含以下胺基酸序列：VPEA PTPMWPDDLQ NHTFLHTVYC QDGSPSVGLS EAYDEDQLFF FDFSQNTRVP RLPEFADWAQ EQGDAPAILF DKEFCEWMIQ QIGPKLDGKI PVSR (SEQ ID NO:135)，或其天然存在之等位基因變異體。
適合之DMA α2結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：GFPIAE VFTLKPLEFG KPNTLVCFVS NLFPPMLTVN WQHHSVPVEG FGPTFVSAVD GLSFQAFSYL NFTPEPSDIF SCIVTHEIDR YTAIAYW (SEQ ID NO:136)；且可具有約93個胺基酸(例如，90、91、92、93、94、95、96或97個胺基酸)之長度。適合之DMAα2結構域可包含以下胺基酸序列：GFPIAE VFTLKPLEFG KPNTLVCFVS NLFPPMLTVN WQHHSVPVEG FGPTFVSAVD GLSFQAFSYL NFTPEPSDIF SCIVTHEIDR YTAIAYW (SEQ ID NO:136)，或其天然存在之等位基因變異體。
DOA
在一些情況下，適合包括在本發明之任何TMAPP中之II類MHC α鏈多肽為DOA多肽。DOA多肽可與圖13中所描繪之DOA胺基酸序列之胺基酸26-204具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，該DOA多肽具有約179個胺基酸(例如，175、176、177、178、179、180、181或182個胺基酸)之長度。
「DOA多肽」包括等位基因變異體，例如天然存在之等位基因變異體。因而，在一些情況下，適合之DOA多肽包含以下胺基酸序列：TKADH MGSYGPAFYQ SYGASGQFTH EFDEEQLFSV DLKKSEAVWR LPEFGDFARF DPQGGLAGIA AIKAHLDILV ERSNRSRAIN VPPRVTVLPK SRVELGQPNI LICIVDNIFP PVINITWLRN GQTVTEGVAQ TSFYSQPDHL FRKFHYLPFV PSAEDVYDCQ VEHWGLDAPL LRHW (SEQ ID NO:137)，或其等位基因變異體。
適合之DOA α1結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：TKADH MGSYGPAFYQ SYGASGQFTH EFDEEQLFSV DLKKSEAVWR LPEFGDFARF DPQGGLAGIA AIKAHLDILV ERSNRSRAIN (SEQ ID NO:138)；且可具有約85個胺基酸(例如，83、84、85、86、87或88個胺基酸)之長度。適合之DOA α1結構域可包含以下胺基酸序列：TKADH MGSYGPAFYQ SYGASGQFTH EFDEEQLFSV DLKKSEAVWR LPEFGDFARF DPQGGLAGIA AIKAHLDILV ERSNRSRAIN (SEQ ID NO:138)，或天然存在之等位基因變異體。
適合之DOA α2結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：VPPRVTVLPK SRVELGQPNI LICIVDNIFP PVINITWLRN GQTVTEGVAQ TSFYSQPDHL FRKFHYLPFV PSAEDVYDCQ VEHWGLDAPL LRHW (SEQ ID NO:139)；且可具有約94個胺基酸(例如，91、92、93、94、95、96或97個胺基酸)之長度。適合之DOA α2結構域可包含以下胺基酸序列：VPPRVTVLPK SRVELGQPNI LICIVDNIFP PVINITWLRN GQTVTEGVAQ TSFYSQPDHL FRKFHYLPFV PSAEDVYDCQ VEHWGLDAPL LRHW (SEQ ID NO:139)，或其天然存在之等位基因變異體。
DPA1
在一些情況下，適合包括在本發明之任何TMAPP中之II類MHC α鏈多肽為DPA1多肽。DPA1多肽可與圖15中所描繪之DPA1胺基酸序列之胺基酸29-209具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，該DPA1多肽具有約181個胺基酸(例如，178、179、180、181、182、183或184個胺基酸)之長度。
「DPA1多肽」包括等位基因變異體，例如天然存在之等位基因變異體。因而，在一些情況下，適合之DPA1多肽包含以下胺基酸序列：AG AIKADHVSTY AAFVQTHRPT GEFMFEFDED EMFYVDLDKK ETVWHLEEFG QAFSFEAQGG LANIAILNNN LNTLIQRSNH TQATNDPPEV TVFPKEPVEL GQPNTLICHI DKFFPPVLNV TWLCNGELVT EGVAESLFLP RTDYSFHKFH YLTFVPSAED FYDCRVEHWG LDQPLLKHW (SEQ ID NO:140)，或其等位基因變異體。
適合之DPA1 α1結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：AIKADHVSTY AAFVQTHRPT GEFMFEFDED EMFYVDLDKK ETVWHLEEFG QAFSFEAQGG LANIAILNNN LNTLIQRSNH TQATN (SEQ ID NO:141)；且可具有約87個胺基酸(例如，84、85、86、87、88或89個胺基酸)之長度。適合之DPA1 α1結構域可包含以下胺基酸序列：AIKADHVSTY AAFVQTHRPT GEFMFEFDED EMFYVDLDKK ETVWHLEEFG QAFSFEAQGG LANIAILNNN LNTLIQRSNH TQATN (SEQ ID NO:141)，或天然存在之等位基因變異體。
適合之DPA1 α2結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：DPPEV TVFPKEPVEL GQPNTLICHI DKFFPPVLNV TWLCNGELVT EGVAESLFLP RTDYSFHKFH YLTFVPSAED FYDCRVEHWG LDQPLLKHW (SEQ ID NO:142)；且可具有約91至97個胺基酸(例如，91、92、93、94、95、96或97個胺基酸)之長度。適合之DPA1 α2結構域可包含以下胺基酸序列：DPPEV TVFPKEPVEL GQPNTLICHI DKFFPPVLNV TWLCNGELVT EGVAESLFLP RTDYSFHKFH YLTFVPSAED FYDCRVEHWG LDQPLLKHW (SEQ ID NO:142)，或其天然存在之等位基因變異體。
DQA1
在一些情況下，適合包括在本發明之任何TMAPP中之II類MHC α鏈多肽為DQA1多肽。DQA1多肽可與圖17中所描繪之DQA1胺基酸序列之胺基酸24-204具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，該DQA1多肽具有約181個胺基酸(例如，177、178、179、180、181、182或183個胺基酸)之長度。
「DQA1多肽」包括等位基因變異體，例如天然存在之等位基因變異體。因而，在一些情況下，適合之DQA1多肽包含以下胺基酸序列：EDIVADH VASCGVNLYQ FYGPSGQYTH EFDGDEQFYV DLERKETAWR WPEFSKFGGF DPQGALRNMA VAKHNLNIMI KRYNSTAATN EVPEVTVFSK SPVTLGQPNT LICLVDNIFP PVVNITWLSN GQSVTEGVSE TSFLSKSDHS FFKISYLTFL PSADEIYDCK VEHWGLDQPL LKHW (SEQ ID NO:143)，或其等位基因變異體。
適合之DQA1 α1結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：EDIVADH VASCGVNLYQ FYGPSGQYTH EFDGDEQFYV DLERKETAWR WPEFSKFGGF DPQGALRNMA VAKHNLNIMI KRYNSTAATN (SEQ ID NO:144)；且可具有約87個胺基酸(例如，84、85、86、87、88或89個胺基酸)之長度。適合之DQA1 α1結構域可包含以下胺基酸序列：EDIVADH VASCGVNLYQ FYGPSGQYTH EFDGDEQFYV DLERKETAWR WPEFSKFGGF DPQGALRNMA VAKHNLNIMI KRYNSTAATN (SEQ ID NO:144)，或天然存在之等位基因變異體。
適合之DQA1 α2結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：EVPEVTVFSK SPVTLGQPNT LICLVDNIFP PVVNITWLSN GQSVTEGVSE TSFLSKSDHS FFKISYLTFL PSADEIYDCK VEHWGLDQPL LKHW (SEQ ID NO:145)；且可具有約94個胺基酸(例如，91、92、93、94、95、96或97個胺基酸)之長度。適合之DQA1 α2結構域可包含以下胺基酸序列：EVPEVTVFSK SPVTLGQPNT LICLVDNIFP PVVNITWLSN GQSVTEGVSE TSFLSKSDHS FFKISYLTFL PSADEIYDCK VEHWGLDQPL LKHW (SEQ ID NO:145)，或其天然存在之等位基因變異體。
DQA2
在一些情況下，適合包括在本發明之任何TMAPP中之II類MHC α鏈多肽為DQA2多肽。DQA2多肽可與圖18中所描繪之DQA2胺基酸序列之胺基酸24-204具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，該DQA2多肽具有約181個胺基酸(例如，177、178、179、180、181、182或183個胺基酸)之長度。
「DQA2多肽」包括等位基因變異體，例如天然存在之等位基因變異體。因而，在一些情況下，適合之DQA2多肽包含以下胺基酸序列：EDIVADH VASYGVNFYQ SHGPSGQYTH EFDGDEEFYV DLETKETVWQ LPMFSKFISF DPQSALRNMA VGKHTLEFMM RQSNSTAATN EVPEVTVFSK FPVTLGQPNT LICLVDNIFP PVVNITWLSN GHSVTEGVSE TSFLSKSDHS FFKISYLTFL PSADEIYDCK VEHWGLDEPL LKHW (SEQ ID NO:146)，或其等位基因變異體。
適合之DQA2 α1結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：EDIVADH VASYGVNFYQ SHGPSGQYTH EFDGDEEFYV DLETKETVWQ LPMFSKFISF DPQSALRNMA VGKHTLEFMM RQSNSTAATN (SEQ ID NO:147)；且可具有約87個胺基酸(例如，84、85、86、87、88或89個胺基酸)之長度。適合之DQA2 α1結構域可包含以下胺基酸序列：EDIVADH VASYGVNFYQ SHGPSGQYTH EFDGDEEFYV DLETKETVWQ LPMFSKFISF DPQSALRNMA VGKHTLEFMM RQSNSTAATN (SEQ ID NO:147)，或天然存在之等位基因變異體。
適合之DQA2 α2結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：EVPEVTVFSK FPVTLGQPNT LICLVDNIFP PVVNITWLSN GHSVTEGVSE TSFLSKSDHS FFKISYLTFL PSADEIYDCK VEHWGLDEPL LKHW (SEQ ID NO:148)；且可具有約94個胺基酸(例如，91、92、93、94、95、96或97個胺基酸)之長度。適合之DQA2 α2結構域可包含以下胺基酸序列：EVPEVTVFSK FPVTLGQPNT LICLVDNIFP PVVNITWLSN GHSVTEGVSE TSFLSKSDHS FFKISYLTFL PSADEIYDCK VEHWGLDEPL LKHW (SEQ ID NO:148)，或其天然存在之等位基因變異體。
II 類 MHC β 鏈
II類MHC β鏈包含β1結構域及β2結構域。在一些情況下，APC中存在之β1結構域及β2結構域來自於相同的II類 MHC β鏈多肽。在一些情況下，APC中存在之β1結構域及β2結構域來自於兩個不同的II類 MHC β鏈多肽。
適合包括在本發明之任何TMAPP中之II類MHC β鏈缺乏信號肽。適合包括在本發明之任何TMAPP (例如，具有化學結合位點之含MOD或不含MOD之sc-TMAPP或m-TMAPP或其抗原決定基結合物)中之II類MHC β鏈可具有約60 aa至約210 aa之長度；例如，適合包括在本發明之任何TMAPP中之II類MHC β鏈可具有約60 aa至約80 aa、約80 aa至約100 aa、約100 aa至約120 aa、約120 aa至約140 aa、約140 aa至約160 aa、約160 aa至約180 aa、約180 aa至約200 aa或約200 aa至約210 aa之長度。適合包括在本發明之任何TMAPP中之II類MHC β1結構域可具有約30 aa至約105 aa之長度；舉例而言，適合包括在本發明之任何TMAPP中之II類MHC β1結構域可具有約30 aa至約40 aa、約40 aa至約50 aa、約50 aa至約60 aa、約60 aa至約70 aa、約70 aa至約80 aa、約80 aa至約90 aa、約90 aa至約95 aa、約95 aa至約100 aa或約100 aa至約105 aa之長度。適合包括在本發明之任何TMAPP中之II類MHC β2結構域可具有約30 aa至約105 aa之長度；舉例而言，適合包括在本發明之任何TMAPP中之II類MHC β2結構域可具有約30 aa至約40 aa、約40 aa至約50 aa、約50 aa至約60 aa、約60 aa至約70 aa、約70 aa至約80 aa、約80 aa至約90 aa、約90 aa至約95 aa、約95 aa至約100 aa或約100 aa至約105 aa之長度。
DRB1
在一些情況下，適合包括在本發明之任何TMAPP中之II類MHC β鏈多肽為DRB1多肽。DRB1多肽可與圖7A至圖7J中之任一者中所描繪之DRB1胺基酸序列之胺基酸30-227具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，DRB1多肽可與圖7A中所描繪之DRB1胺基酸序列之胺基酸30-227具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，DRB1多肽可與圖7B中所描繪之DRB1胺基酸序列之胺基酸30-227具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，DRB1多肽可與圖7C中所描繪之DRB1胺基酸序列之胺基酸30-227具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，DRB1多肽可與圖7D中所描繪之DRB1胺基酸序列之胺基酸30-227具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，DRB1多肽可與圖7E中所描繪之DRB1胺基酸序列之胺基酸30-227具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，DRB1多肽可與圖7F中所描繪之DRB1胺基酸序列之胺基酸30-227具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，DRB1多肽可與圖7G中所描繪之DRB1胺基酸序列之胺基酸30-227具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，DRB1多肽可與圖7H中所描繪之DRB1胺基酸序列之胺基酸30-227具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，DRB1多肽可與圖7I中所描繪之DRB1胺基酸序列之胺基酸30-227具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，DRB1多肽可與圖7J中所描繪之DRB1胺基酸序列之胺基酸30-227具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，該DRB1多肽具有約198個胺基酸(例如，195、196、197、198、199、200、201或202個胺基酸)之長度。
「DRB1多肽」包括等位基因變異體，例如天然存在之等位基因變異體。因而，在一些情況下，適合之DRB1多肽包含以下胺基酸序列：DTRPRFLEQV KHECHFFNGT ERVRFLDRYF YHQEEYVRFD SDVGEYRAVT ELGRPDAEYW NSQKDLLEQK RAAVDTYCRH NYGVGESFTV QRRVYPEVTV YPAKTQPLQH HNLLVCSVNG FYPGSIEVRW FRNGQEEKTG VVSTGLIQNG DWTFQTLVML ETVPRSGEVY TCQVEHPSLT SPLTVEWRAR SESAQSK (SEQ ID NO:149)，或其等位基因變異體。
適合之DRB1 β1結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：DTRPRFLEQV KHECHFFNGT ERVRFLDRYF YHQEEYVRFD SDVGEYRAVT ELGRPDAEYW NSQKDLLEQK RAAVDTYCRH NYGVGESFTV QRRV (SEQ ID NO:150)；且可具有約95個胺基酸(例如，92、93、94、95、96、97或98個胺基酸)之長度。適合之DRB1 β1結構域可包含以下胺基酸序列：DTRPRFLEQV KHECHFFNGT ERVRFLDRYF YHQEEYVRFD SDVGEYRAVT ELGRPDAEYW NSQKDLLEQK RAAVDTYCRH NYGVGESFTV QRRV (SEQ ID NO:150)，或天然存在之等位基因變異體。
適合之DRB1 β2結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：YPEVTVYPAK TQPLQHHNLL VCSVNGFYPG SIEVRWFRNG QEEKTGVVST GLIQNGDWTF QTLVMLETVP RSGEVYTCQV EHPSLTSPLT VEWRARSESA QSK (SEQ ID NO:151)；且可具有約103個胺基酸(例如，100、101、102、103、104、105或106個胺基酸)之長度。適合之DRB1 β2結構域可包含以下胺基酸序列：YPEVTVYPAK TQPLQHHNLL VCSVNGFYPG SIEVRWFRNG QEEKTGVVST GLIQNGDWTF QTLVMLETVP RSGEVYTCQV EHPSLTSPLT VEWRARSESA QSK (SEQ ID NO:151)，或其天然存在之等位基因變異體。
DRB3
在一些情況下，適合包括在本發明之任何TMAPP中之II類MHC β鏈多肽為DRB3多肽。DRB3多肽可與圖8A至圖8C中之任一者中所描繪之DRB3胺基酸序列之胺基酸30-227具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，DRB3多肽可與圖8A中所描繪之DRB3胺基酸序列之胺基酸30-227具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，DRB3多肽可與圖8B中所描繪之DRB3胺基酸序列之胺基酸30-227具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，DRB3多肽可與圖8C中所描繪之DRB3胺基酸序列之胺基酸30-227具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，該DRB3多肽具有約198個胺基酸(例如，195、196、197、198、199、200、201或202個胺基酸)之長度。
「DRB3多肽」包括等位基因變異體，例如天然存在之等位基因變異體。因而，在一些情況下，適合之DRB3多肽包含以下胺基酸序列：DTRPRFLELR KSECHFFNGT ERVRYLDRYF HNQEEFLRFD SDVGEYRAVT ELGRPVAESW NSQKDLLEQK RGRVDNYCRH NYGVGESFTV QRRVHPQVTV YPAKTQPLQH HNLLVCSVSG FYPGSIEVRW FRNGQEEKAG VVSTGLIQNG DWTFQTLVML ETVPRSGEVY TCQVEHPSVT SALTVEWRAR SESAQSK (SEQ ID NO:152)，或其等位基因變異體。
適合之DRB3 β1結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：DTRPRFLELR KSECHFFNGT ERVRYLDRYF HNQEEFLRFD SDVGEYRAVT ELGRPVAESW NSQKDLLEQK RGRVDNYCRH NYGVGESFTV QRRV (SEQ ID NO:153)；且可具有約95個胺基酸(例如，93、94、95、96、97或98個胺基酸)之長度。適合之DRB3 β1結構域可包含以下胺基酸序列：DTRPRFLELR KSECHFFNGT ERVRYLDRYF HNQEEFLRFD SDVGEYRAVT ELGRPVAESW NSQKDLLEQK RGRVDNYCRH NYGVGESFTV QRRV (SEQ ID NO:153)，或天然存在之等位基因變異體。
適合之DRB3 β2結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：HPQVTV YPAKTQPLQH HNLLVCSVSG FYPGSIEVRW FRNGQEEKAG VVSTGLIQNG DWTFQTLVML ETVPRSGEVY TCQVEHPSVT SALTVEWRAR SESAQSK (SEQ ID NO:154)；且可具有約103個胺基酸(例如，100、101、102、103、104或105個胺基酸)之長度。適合之DRB3 β2結構域可包含以下胺基酸序列：HPQVTV YPAKTQPLQH HNLLVCSVSG FYPGSIEVRW FRNGQEEKAG VVSTGLIQNG DWTFQTLVML ETVPRSGEVY TCQVEHPSVT SALTVEWRAR SESAQSK (SEQ ID NO:154)，或其天然存在之等位基因變異體。
DRB4
在一些情況下，適合包括在任何TMAPP中之II類MHC β鏈多肽為DRB4多肽。DRB4多肽可與圖9中所描繪之DRB4胺基酸序列之胺基酸30-227具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，該DRB4多肽具有約198個胺基酸(例如，195、196、197、198、199、200、201或202個胺基酸)之長度。
「DRB4多肽」包括等位基因變異體，例如天然存在之等位基因變異體。因而，在一些情況下，適合之DRB4多肽包含以下胺基酸序列：T VLSSPLALAG DTQPRFLEQA KCECHFLNGT ERVWNLIRYI YNQEEYARYN SDLGEYQAVT ELGRPDAEYW NSQKDLLERR RAEVDTYCRY NYGVVESFTV QRRVQPKVTV YPSKTQPLQH HNLLVCSVNG FYPGSIEVRW FRNGQEEKAG VVSTGLIQNG DWTFQTLVML ETVPRSGEVY TCQVEHPSMM SPLTVQWSAR SESAQSK (SEQ ID NO:155)，或其等位基因變異體。
適合之DRB4 β1結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：T VLSSPLALAG DTQPRFLEQA KCECHFLNGT ERVWNLIRYI YNQEEYARYN SDLGEYQAVT ELGRPDAEYW NSQKDLLERR RAEVDTYCRY NYGVVESFTV QRRV (SEQ ID NO:156)；且可具有約95個胺基酸(例如，93、94、95、96、97或98個胺基酸)之長度。適合之DRB4 β1結構域可包含以下胺基酸序列：T VLSSPLALAG DTQPRFLEQA KCECHFLNGT ERVWNLIRYI YNQEEYARYN SDLGEYQAVT ELGRPDAEYW NSQKDLLERR RAEVDTYCRY NYGVVESFTV QRRV (SEQ ID NO:156)，或天然存在之等位基因變異體。
適合之DRB4 β2結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：QPKVTV YPSKTQPLQH HNLLVCSVNG FYPGSIEVRW FRNGQEEKAG VVSTGLIQNG DWTFQTLVML ETVPRSGEVY TCQVEHPSMM SPLTVQWSAR SESAQSK (SEQ ID NO:157)；且可具有約103個胺基酸(例如，100、101、102、103、104或105個胺基酸)之長度。適合之DRB4 β2結構域可包含以下胺基酸序列：QPKVTV YPSKTQPLQH HNLLVCSVNG FYPGSIEVRW FRNGQEEKAG VVSTGLIQNG DWTFQTLVML ETVPRSGEVY TCQVEHPSMM SPLTVQWSAR SESAQSK (SEQ ID NO:157)，或其天然存在之等位基因變異體。
DRB5
在一些情況下，適合包括在本發明之任何TMAPP中之II類MHC β鏈多肽為DRB5多肽。DRB5多肽可與圖10中所描繪之DRB5胺基酸序列之胺基酸30-227具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，該DRB5多肽具有約198個胺基酸(例如，195、196、197、198、199、200、201或202個胺基酸)之長度。
「DRB5多肽」包括等位基因變異體，例如天然存在之等位基因變異體。因而，在一些情況下，適合之DRB5多肽包含以下胺基酸序列：M VLSSPLALAG DTRPRFLQQD KYECHFFNGT ERVRFLHRDI YNQEEDLRFD SDVGEYRAVT ELGRPDAEYW NSQKDFLEDR RAAVDTYCRH NYGVGESFTV QRRVEPKVTV YPARTQTLQH HNLLVCSVNG FYPGSIEVRW FRNSQEEKAG VVSTGLIQNG DWTFQTLVML ETVPRSGEVY TCQVEHPSVT SPLTVEWRAQ SESAQS (SEQ ID NO:158)，或其等位基因變異體。
適合之DRB5 β1結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：M VLSSPLALAG DTRPRFLQQD KYECHFFNGT ERVRFLHRDI YNQEEDLRFD SDVGEYRAVT ELGRPDAEYW NSQKDFLEDR RAAVDTYCRH NYGVGESFTV QRRV (SEQ ID NO:159)；且可具有約95個胺基酸(例如，93、94、95、96、97或98個胺基酸)之長度。適合之DRB5 β1結構域可包含以下胺基酸序列：M VLSSPLALAG DTRPRFLQQD KYECHFFNGT ERVRFLHRDI YNQEEDLRFD SDVGEYRAVT ELGRPDAEYW NSQKDFLEDR RAAVDTYCRH NYGVGESFTV QRRV (SEQ ID NO:159)，或天然存在之等位基因變異體。
適合之DRB5 β2結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：EPKVTV YPARTQTLQH HNLLVCSVNG FYPGSIEVRW FRNSQEEKAG VVSTGLIQNG DWTFQTLVML ETVPRSGEVY TCQVEHPSVT SPLTVEWRAQ SESAQS (SEQ ID NO:160)；且可具有約103個胺基酸(例如，100、101、102、103、104或105個胺基酸)之長度。適合之DRB5 β2結構域可包含以下胺基酸序列：EPKVTV YPARTQTLQH HNLLVCSVNG FYPGSIEVRW FRNSQEEKAG VVSTGLIQNG DWTFQTLVML ETVPRSGEVY TCQVEHPSVT SPLTVEWRAQ SESAQS (SEQ ID NO:160)，或其天然存在之等位基因變異體。
DMB
在一些情況下，適合包括在本發明之任何TMAPP中之II類MHC β鏈多肽為DMB多肽。DMB多肽可與圖12中所描繪之DMB胺基酸序列之胺基酸19-207具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，該DMB多肽具有約189個胺基酸(例如，187、188、189、190或191個胺基酸)之長度。
「DMB多肽」包括等位基因變異體，例如天然存在之等位基因變異體。因而，在一些情況下，適合之DMB多肽包含以下胺基酸序列：GG FVAHVESTCL LDDAGTPKDF TYCISFNKDL LTCWDPEENK MAPCEFGVLN SLANVLSQHL NQKDTLMQRL RNGLQNCATH TQPFWGSLTN RTRPPSVQVA KTTPFNTREP VMLACYVWGF YPAEVTITWR KNGKLVMPHS SAHKTAQPNG DWTYQTLSHL ALTPSYGDTY TCVVEHTGAP EPILRDW (SEQ ID NO:161)，或其等位基因變異體。
適合之DMB β1結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：GG FVAHVESTCL LDDAGTPKDF TYCISFNKDL LTCWDPEENK MAPCEFGVLN SLANVLSQHL NQKDTLMQRL RNGLQNCATH TQPFWGSLTN RT (SEQ ID NO:162)；且可具有約94個胺基酸(例如，92、93、94、95、96或97個胺基酸)之長度。適合之DMB β1結構域可包含以下胺基酸序列：GG FVAHVESTCL LDDAGTPKDF TYCISFNKDL LTCWDPEENK MAPCEFGVLN SLANVLSQHL NQKDTLMQRL RNGLQNCATH TQPFWGSLTN RT (SEQ ID NO:162)，或天然存在之等位基因變異體。
適合之DMB β2結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：RPPSVQVA KTTPFNTREP VMLACYVWGF YPAEVTITWR KNGKLVMPHS SAHKTAQPNG DWTYQTLSHL ALTPSYGDTY TCVVEHTGAP EPILRDW (SEQ ID NO:163)；且可具有約95個胺基酸(例如，93、94、95、96、97或98個胺基酸)之長度。適合之DMB β2結構域可包含以下胺基酸序列：RPPSVQVA KTTPFNTREP VMLACYVWGF YPAEVTITWR KNGKLVMPHS SAHKTAQPNG DWTYQTLSHL ALTPSYGDTY TCVVEHTGAP EPILRDW (SEQ ID NO:163)，或其天然存在之等位基因變異體。
DOB
在一些情況下，適合包括在本發明之任何TMAPP中之II類MHC β鏈多肽為DOB多肽。DOB多肽可與圖14中所描繪之DOB胺基酸序列之胺基酸27-214具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，該DOB多肽具有約188個胺基酸(例如，186、187、188、189或190個胺基酸)之長度。
「DOB多肽」包括等位基因變異體，例如天然存在之等位基因變異體。因而，在一些情況下，適合之DOB多肽包含以下胺基酸序列：TDSP EDFVIQAKAD CYFTNGTEKV QFVVRFIFNL EEYVRFDSDV GMFVALTKLG QPDAEQWNSR LDLLERSRQA VDGVCRHNYR LGAPFTVGRK VQPEVTVYPE RTPLLHQHNL LHCSVTGFYP GDIKIKWFLN GQEERAGVMS TGPIRNGDWT FQTVVMLEMT PELGHVYTCL VDHSSLLSPV SVEW (SEQ ID NO:164)，或其等位基因變異體。
適合之DOB β1結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：TDSP EDFVIQAKAD CYFTNGTEKV QFVVRFIFNL EEYVRFDSDV GMFVALTKLG QPDAEQWNSR LDLLERSRQA VDGVCRHNYR LGAPFTVGRK (SEQ ID NO:165)；且可具有約94個胺基酸(例如，92、93、94、95、96或97個胺基酸)之長度。適合之DOB β1結構域可包含以下胺基酸序列：TDSP EDFVIQAKAD CYFTNGTEKV QFVVRFIFNL EEYVRFDSDV GMFVALTKLG QPDAEQWNSR LDLLERSRQA VDGVCRHNYR LGAPFTVGRK (SEQ ID NO:165)，或天然存在之等位基因變異體。
適合之DOB β2結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：VQPEVTVYPE RTPLLHQHNL LHCSVTGFYP GDIKIKWFLN GQEERAGVMS TGPIRNGDWT FQTVVMLEMT PELGHVYTCL VDHSSLLSPV SVEW (SEQ ID NO:166)；且可具有約94個胺基酸(例如，92、93、94、95、96或97個胺基酸)之長度。適合之DOB β2結構域可包含以下胺基酸序列：VQPEVTVYPE RTPLLHQHNL LHCSVTGFYP GDIKIKWFLN GQEERAGVMS TGPIRNGDWT FQTVVMLEMT PELGHVYTCL VDHSSLLSPV SVEW (SEQ ID NO:166)，或其天然存在之等位基因變異體。
DPB1
在一些情況下，適合包括在本發明之任何TMAPP中之II類MHC β鏈多肽為DPB1多肽。DPB1多肽可與圖16中所描繪之DPB1胺基酸序列之胺基酸30-215具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，該DPB1多肽具有約186個胺基酸(例如，184、185、186、187或188個胺基酸)之長度。
「DPB1多肽」包括等位基因變異體，例如天然存在之等位基因變異體。因而，在一些情況下，適合之DPB1多肽包含以下胺基酸序列：R ATPENYLFQG RQECYAFNGT QRFLERYIYN REEFARFDSD VGEFRAVTEL GRPAAEYWNS QKDILEEKRA VPDRMCRHNY ELGGPMTLQR RVQPRVNVSP SKKGPLQHHN LLVCHVTDFY PGSIQVRWFL NGQEETAGVV STNLIRNGDW TFQILVMLEM TPQQGDVYTC QVEHTSLDSP VTVEW (SEQ ID NO:167)，或其等位基因變異體。
適合之DPB1 β1結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：R ATPENYLFQG RQECYAFNGT QRFLERYIYN REEFARFDSD VGEFRAVTEL GRPAAEYWNS QKDILEEKRA VPDRMCRHNY ELGGPMTLQR R (SEQ ID NO:168)；且可具有約92個胺基酸(例如，90、91、92、93或94個胺基酸)之長度。適合之DPB1 β1結構域可包含以下胺基酸序列：R ATPENYLFQG RQECYAFNGT QRFLERYIYN REEFARFDSD VGEFRAVTEL GRPAAEYWNS QKDILEEKRA VPDRMCRHNY ELGGPMTLQR R (SEQ ID NO:168)，或天然存在之等位基因變異體。
適合之DPB1 β2結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：VQPRVNVSP SKKGPLQHHN LLVCHVTDFY PGSIQVRWFL NGQEETAGVV STNLIRNGDW TFQILVMLEM TPQQGDVYTC QVEHTSLDSP VTVEW (SEQ ID NO:169)；且可具有約94個胺基酸(例如，92、93、94、95、96或97個胺基酸)之長度。適合之DPB1 β2結構域可包含以下胺基酸序列：VQPRVNVSP SKKGPLQHHN LLVCHVTDFY PGSIQVRWFL NGQEETAGVV STNLIRNGDW TFQILVMLEM TPQQGDVYTC QVEHTSLDSP VTVEW (SEQ ID NO:169)，或其天然存在之等位基因變異體。
DQB1
在一些情況下，適合包括在本發明之任何TMAPP中之II類MHC β鏈多肽為DQB1多肽。DQB1多肽可與圖19A或圖19B中所描繪之DQB1胺基酸序列之胺基酸33-220具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，該DQB1多肽具有約188個胺基酸(例如，186、187、188、189、190、191或192個胺基酸)之長度。
「DQB1多肽」包括等位基因變異體，例如天然存在之等位基因變異體。因而，在一些情況下，適合之DQB1多肽包含以下胺基酸序列：RDSPEDFV FQFKGMCYFT NGTERVRLVT RYIYNREEYA RFDSDVGVYR AVTPQGRPDA EYWNSQKEVL EGTRAELDTV CRHNYEVAFR GILQRRVEPT VTISPSRTEA LNHHNLLVCS VTDFYPGQIK VRWFRNDQEE TAGVVSTPLI RNGDWTFQIL VMLEMTPQRG DVYTCHVEHP SLQSPITVEW (SEQ ID NO:170)，或其等位基因變異體。
適合之DQB1 β1結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：RDSPEDFV FQFKGMCYFT NGTERVRLVT RYIYNREEYA RFDSDVGVYR AVTPQGRPDA EYWNSQKEVL EGTRAELDTV CRHNYEVAFR GILQRR (SEQ ID NO:171)；且可具有約94個胺基酸(例如，92、93、94、95或96個胺基酸)之長度。適合之DQB1 β1結構域可包含以下胺基酸序列：RDSPEDFV FQFKGMCYFT NGTERVRLVT RYIYNREEYA RFDSDVGVYR AVTPQGRPDA EYWNSQKEVL EGTRAELDTV CRHNYEVAFR GILQRR (SEQ ID NO:171)，或天然存在之等位基因變異體。
適合之DQB1 β2結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：VEPT VTISPSRTEA LNHHNLLVCS VTDFYPGQIK VRWFRNDQEE TAGVVSTPLI RNGDWTFQIL VMLEMTPQRG DVYTCHVEHP SLQSPITVEW (SEQ ID NO:172)；且可具有約94個胺基酸(例如，92、93、94、95或96個胺基酸)之長度。適合之DQB1 β2結構域可包含以下胺基酸序列：VEPT VTISPSRTEA LNHHNLLVCS VTDFYPGQIK VRWFRNDQEE TAGVVSTPLI RNGDWTFQIL VMLEMTPQRG DVYTCHVEHP SLQSPITVEW (SEQ ID NO:172)，或其天然存在之等位基因變異體。
DQB2
在一些情況下，適合包括在本發明之任何TMAPP中之II類MHC β鏈多肽為DQB2多肽。DQB2多肽可與圖20A或圖20B中所描繪之DQB2胺基酸序列之胺基酸33-215具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性。在一些情況下，該DQB2多肽具有約178個胺基酸(例如，175、176、177、178、179、180、181或182個胺基酸)之長度。
「DQB2多肽」包括等位基因變異體，例如天然存在之等位基因變異體。因而，在一些情況下，適合之DQB2多肽包含以下胺基酸序列：DFLVQFK GMCYFTNGTE RVRGVARYIY NREEYGRFDS DVGEFQAVTE LGRSIEDWNN YKDFLEQERA AVDKVCRHNY EAELRTTLQR QVEPTVTISP SRTEALNHHN LLVCSVTDFY PAQIKVRWFR NDQEETAGVV STSLIRNGDW TFQILVMLEI TPQRGDIYTC QVEHPSLQSP ITVEW (SEQ ID NO:173)，或其等位基因變異體。
適合之DQB2 β1結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：DFLVQFK GMCYFTNGTE RVRGVARYIY NREEYGRFDS DVGEFQAVTE LGRSIEDWNN YKDFLEQERA AVDKVCRHNY EAELRTTLQR QVEPTV (SEQ ID NO:174)；且可具有約94個胺基酸(例如，92、93、94、95、96或97個胺基酸)之長度。適合之DQB2 β1結構域可包含以下胺基酸序列：DFLVQFK GMCYFTNGTE RVRGVARYIY NREEYGRFDS DVGEFQAVTE LGRSIEDWNN YKDFLEQERA AVDKVCRHNY EAELRTTLQR QVEPTV (SEQ ID NO:174)，或天然存在之等位基因變異體。
適合之DQB2 β2結構域包含與以下胺基酸序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：TISP SRTEALNHHN LLVCSVTDFY PAQIKVRWFR NDQEETAGVV STSLIRNGDW TFQILVMLEI TPQRGDIYTC QVEHPSLQSP ITVEW (SEQ ID NO:175)；且可具有約94個胺基酸(例如，92、93、94、95、96或97個胺基酸)之長度。適合之DQB2 β2結構域可包含以下胺基酸序列：TISP SRTEALNHHN LLVCSVTDFY PAQIKVRWFR NDQEETAGVV STSLIRNGDW TFQILVMLEI TPQRGDIYTC QVEHPSLQSP ITVEW (SEQ ID NO:175//)，或其天然存在之等位基因變異體。
支架多肽
免疫球蛋白或非免疫球蛋白支架(例如，Fc多肽，或另一適合之支架多肽)可併入本發明之任何TMAPP (例如，具有化學結合位點之含MOD或不含MOD之sc-TMAPP或m-TMAPP或其抗原決定基結合物)之多肽中。
適合之支架多肽包括基於抗體之支架多肽及非基於抗體之支架。非基於抗體之支架包括例如白蛋白、XTEN (延伸重組)多肽、轉鐵蛋白、Fc受體多肽、彈性蛋白樣多肽(參見例如Hassouneh等人(2012)Methods Enzymol. 502:215；例如，包含五肽重複單元(Val-Pro-Gly-X-Gly；SEQ ID NO:103)之多肽，其中X為除脯胺酸以外之任何胺基酸)、白蛋白結合多肽、蠶絲樣多肽(參見例如Valluzzi等人(2002)Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 357:165)、蠶絲-彈性蛋白樣多肽(SELP；參見例如Megeed等人(2002)Adv Drug Deliv Rev . 54:1075)及其類似物。適合之XTEN多肽包括例如以下文獻中所揭示之彼等XTEN多肽：WO 2009/023270、WO 2010/091122、WO 2007/103515、US 2010/0189682及US 2009/0092582；亦參見Schellenberger等人(2009)Nat Biotechnol . 27:1186)。適合之白蛋白多肽包括例如人血清白蛋白。
在一些情況下，適合之支架多肽將為半衰期延長多肽。因而，在一些情況下，適合之支架多肽使TMAPP之活體內半衰期(例如，血清半衰期)與缺乏該支架多肽之對照TMAPP相比有所增加。舉例而言，在一些情況下，支架多肽使TMAPP之活體內半衰期(例如，血清半衰期)與缺乏該支架多肽之對照TMAPP相比增加至少約10%、至少約15%、至少約20%、至少約25%、至少約50%、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約5倍、至少約10倍、至少約25倍、至少約50倍、至少約100倍或超過100倍。舉例而言，在一些情況下，將Fc多肽併入TMAPP中使該TMAPP之活體內半衰期(例如，血清半衰期)與缺乏該Fc多肽之對照TMAPP相比增加至少約10%、至少約15%、至少約20%、至少約25%、至少約50%、至少約2倍、至少約2.5倍、至少約5倍、至少約10倍、至少約25倍、至少約50倍、至少約100倍或超過100倍。
Fc 多肽
Ig Fc多肽可併入本發明之任何TMAPP (例如，具有化學結合位點之含MOD或不含MOD之sc-TMAPP或m-TMAPP或其抗原決定基結合物)之多肽中。舉例而言，在TMAPP為m-TMAPP時，該m-TMAPP之第一多肽鏈及/或第二多肽鏈可包含Fc多肽序列；且在其為sc-TMAPP時，其多肽可包含Ig Fc多肽序列。該Fc多肽序列可為人類IgG1 Fc、人類IgG2 Fc、人類IgG3 Fc、人類IgG4 Fc等。在一些情況下，該Fc多肽包含與圖 21A 至圖 21G 中所描繪之Fc區之胺基酸序列具有至少約70%、至少約75%、至少約80%、至少約85%、至少約90%、至少約95%、至少約98%、至少約99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列。
在一些情況下，任何TMAPP中所存在之Fc多肽包含與以下各項具有至少約70%、至少約75%、至少約80%、至少約85%、至少約90%、至少約95%、至少約98%、至少約99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：(i)圖 21A 中所描繪之人類IgG1 Fc多肽或包含N77A取代之圖 21A 中所描繪之人類IgG1 Fc多肽；(ii)圖 21A 中所描繪之人類IgG2 Fc多肽或圖 21A 中所描繪之人類IgG2 Fc多肽之胺基酸99-325；(iii)圖 21A 中所描繪之人類IgG3 Fc多肽或圖 21A 中所描繪之人類IgG3 Fc多肽之胺基酸19-246；(iv)圖 21B 中所描繪之人類IgM Fc多肽或圖 21B 中所描繪之人類IgM Fc多肽之胺基酸1-276；(v)圖 21C 中所描繪之人類IgA Fc多肽或圖 21C 中所描繪之人類IgA Fc多肽之胺基酸1-234；或(vi)圖 21C 中所描繪之人類IgG4 Fc多肽或圖 21C 中所描繪之人類IgG4 Fc多肽之胺基酸100-327。
在一些情況下，任何TMAPP中所存在之Fc多肽包含：(i)圖 21A 中所描繪之胺基酸序列(人類IgG1 Fc)；(ii)圖 21A 中所描繪之胺基酸序列(人類IgG1 Fc)，但用除天冬醯胺酸以外之胺基酸取代N297。(iii)圖 21C 中所描繪之胺基酸序列(包含N297A取代之人類IgG1 Fc)；(iv)圖 21A 中所描繪之胺基酸序列(人類IgG1 Fc)，但用除白胺酸以外之胺基酸取代L234及L235中之任一者或兩者；(v)圖 21E 中所描繪之胺基酸序列；(vi)圖 21F 中所描繪之胺基酸序列；(vii)圖 21G 中所描繪之胺基酸序列(包含L234A取代及L235A取代之人類IgG1 Fc)；(viii)圖 21A 中所描繪之胺基酸序列(人類IgG1 Fc)，但用除脯胺酸以外之胺基酸取代P331；在一些情況下，該取代為P331S取代；(ix)圖 21A 中所描繪之胺基酸序列(人類IgG1 Fc)，但用除白胺酸以外之胺基酸在L234及L235處進行取代，且用除脯胺酸以外之胺基酸取代P331；(x)圖 21B 中所描繪之胺基酸序列(包含L234F、L235E及P331S取代之人類IgG1 Fc)；或(xi)包含L234A及L235A取代之IgG1 Fc多肽。
連接子
如以上所指出，任何TMAPP (例如，具有化學結合位點之含MOD或不含MOD之sc-TMAPP或m-TMAPP或其抗原決定基結合物)可包括插入在TMAPP之多肽鏈之所敍述組分中之任兩個或更多個之間，例如，在抗原決定基與MHC多肽之間、在MHC多肽與Ig Fc多肽之間、在第一MHC多肽與第二MHC多肽之間等的連接子肽。
適合之肽連接子(亦稱為「間隔子」)可容易地選擇，且可具有眾多適合之長度中之任一種，諸如1個胺基酸(aa)至35 aa、1 aa至25 aa、2 aa至15 aa、3 aa至12 aa、3 aa至20 aa、4 aa至10 aa、5 aa至9 aa、6 aa至8 aa、7 aa至8 aa、8 aa至15 aa、15 aa至20 aa、25 aa至35 aa、35 aa至45 aa或45 aa至50 aa。適合之連接子可為1 aa，或者2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49或50 aa長度之肽。
例示性連接子包括甘胺酸聚合物(G)n 、甘胺酸-絲胺酸聚合物(包括例如(GS)n 、(GSGGS)n (SEQ ID NO:66)及(GGGS)n (SEQ ID NO:67)，其中n為至少一之整數(例如，1、2、3、4、5、6、7、8、9或10)、甘胺酸-丙胺酸聚合物、丙胺酸-絲胺酸聚合物及此項技術中已知的其他可撓性連接子。因為Gly及Ser兩者相對未經結構化，故其聚合物可充當介於諸多組分之間的中性繫鏈；甘胺酸可觸及甚至顯著多於丙胺酸之φ-ψ空間，且所受約束比具有較長側鏈之殘基少得多(參見Scheraga,Rev. Computational Chem. 11173-142 (1992))。例示性連接子亦可包含諸多胺基酸序列，包括但不限於GGSG (SEQ ID NO:68)、GGSGG (SEQ ID NO:69)、GSGSG (SEQ ID NO:70)、GSGGG (SEQ ID NO:71)、GGGSG (SEQ ID NO:72)、GSSSG (SEQ ID NO:73)及其類似物。例示性連接子可包括例如Gly(Ser4 )n ，其中n為1、2、3、4、5、6、7、8、9或10。在一些情況下，連接子包含胺基酸序列(GSSSS)n (SEQ ID NO:74)，其中n為3或4，或者其中n為5或6。例示性連接子可包括例如(G4 Ser)n ，其中n為1、2、3、4、5、6、7、8、9或10。在一些情況下，連接子包含胺基酸序列AAAGG (SEQ ID NO:75)。
在一些情況下，連接子包含胺基酸序列(GGGGS)n (SEQ ID NO:76)，其中n為1、2、3、4、5、6、7、8、9或10。在一些情況下，m-TMAPP中所存在之連接子多肽包括可與抗原決定基或該m-TMAPP之第二多肽中所存在之半胱胺酸殘基形成二硫鍵的半胱胺酸殘基。在一些情況下，舉例而言，該連接子包含胺基酸序列G C GASGGGGSGGGGS (SEQ ID NO:77)、序列GC GGSGGGGSGGGGSGGGGS (SEQ ID NO:78)或序列GC GGSGGGGSGGGGS (SEQ ID NO:79)。
在一些情況下，半胱胺酸及/或硒代半胱氨酸配對存在於連接子中。在半胱胺酸及/或硒代半胱氨酸配對(包括半胱胺酸-硒代半胱氨酸配對)存在於連接子中時，其可用作如以下所論述之雙硫醇試劑之化學結合位點，從而允許形成抗原決定基結合物或另一種形式之藥物結合物。
抗原決定基呈現肽
TMAPP-抗原決定基結合物中所存在之肽抗原決定基(本文中亦稱為「肽抗原」或「抗原決定基呈現肽」或簡稱為「抗原決定基」將抗原決定基呈現至T細胞表面上之TCR。抗原決定基呈現肽可具有約4個胺基酸(aa)至約25 aa之長度，例如，該抗原決定基可具有4 aa至約10 aa、10 aa至約15 aa、15 aa至約20 aa或20 aa至約25 aa之長度。舉例而言，任何TMAPP-抗原決定基結合物中所存在之抗原決定基可具有4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24或25 aa之長度。在一些情況下，多聚體多肽中所存在之抗原決定基呈現肽具有5 aa至10 aa (例如5 aa、6 aa、7 aa、8 aa、9 aa或10 aa)之長度。
TMAPP-抗原決定基結合物(例如，含MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)中所存在之抗原決定基呈現肽由T細胞特異性地結合，亦即，該抗原決定基由抗原決定基特異性T細胞特異性地結合。抗原決定基特異性T細胞結合具有參考胺基酸序列之抗原決定基呈現肽，但實質上不結合與參考胺基酸序列不同的抗原決定基。舉例而言，抗原決定基特異性T細胞結合具有參考胺基酸序列之抗原決定基呈現肽，且結合與參考胺基酸序列不同的抗原決定基，若果真如此，則親和力低於10-6 M、低於10-5 M或低於10-4 M。抗原決定基特異性T細胞可以至少10-7 M、至少10-8 M、至少10-9 M或至少10-10 M之親和力結合其具特異性之抗原決定基呈現肽。
適合之抗原決定基呈現肽包括但不限於癌症相關抗原中所存在之抗原決定基呈現肽。癌症相關抗原包括但不限於α葉酸受體；碳酸酐酶IX (CAIX)；CD19；CD20；CD22；CD30；CD33；CD44v7/8；癌胚抗原(CEA)；上皮醣蛋白-2 (EGP-2)；上皮醣蛋白-40 (EGP-40)；葉酸結合蛋白(FBP)；胎兒乙醯膽鹼受體；神經節苷脂抗原GD2；Her2/neu；IL-13R-a2；κ輕鏈；LeY；L1細胞黏附分子；黑素瘤相關抗原(MAGE)；MAGE-A1；間皮素；MUC1；NKG2D配位體；癌胚抗原(h5T4)；前列腺幹細胞抗原(PSCA)；前列腺特異性膜抗原(PSMA)；腫瘤相關醣蛋白-72 (TAG-72)；及血管內皮生長因子受體-2 (VEGF-R2)。參見例如Vigneron等人(2013)Cancer Immunity 13:15；及Vigneron (2015)BioMed Res. Int’l Article ID 948501。在一些情況下，該抗原決定基為人類乳頭狀瘤病毒E7抗原抗原決定基；參見例如Ramos等人(2013)J. Immunother . 36:66。
在一些情況下，適合之肽抗原決定基為以下各物之約4 aa至約20 aa (例如，4 aa、5 aa、6 aa、7 aa、8 aa、9 aa、10 aa、11 aa、12 aa、13 aa、14 aa、15 aa、16 aa、17 aa、18 aa、19 aa或20 aa)之長度的肽片段：MUC1多肽、人類乳頭狀瘤病毒(HPV) E6多肽、LMP2多肽、HPV E7多肽、表皮生長因子受體(EGFR) vIII多肽、HER-2/neu多肽、黑素瘤抗原家族A3 (MAGE A3)多肽、p53多肽、突變p53多肽、NY-ESO-1多肽、葉酸水解酶(前列腺特異性膜抗原；PSMA)多肽、癌胚抗原(CEA)多肽、T細胞識別之黑素瘤抗原(melanA/MART1)多肽、Ras多肽、gp100多肽、蛋白酶3 (PR1)多肽、bcr-abl多肽、酪胺酸酶多肽、存活素多肽、前列腺特異性抗原(PSA)多肽、hTERT多肽、肉瘤易位斷裂點多肽、滑膜肉瘤X (SSX)斷裂點多肽、EphA2多肽、酸性磷酸酶、前列腺(PAP)多肽、黑素瘤細胞凋亡抑制劑(ML-IAP)多肽、α-胎蛋白(AFP)多肽、上皮細胞黏附分子(EpCAM)多肽、ERG (TMPRSS2 ETS融合物)多肽、NA17多肽、配對框-3 (PAX3)多肽、退行性淋巴瘤激酶(ALK)多肽、雄激素受體多肽、週期素B1多肽、N-myc原癌基因(MYCN)多肽、Ras同系物基因家族成員C (RhoC)多肽、酪胺酸酶相關蛋白-2 (TRP-2)多肽、間皮素多肽、前列腺幹細胞抗原(PSCA)多肽、黑素瘤相關抗原-1 (MAGE A1)多肽、細胞色素P450 1B1 (CYP1B1)多肽、胎盤特異性蛋白1 (PLAC1)多肽、BORIS多肽(亦稱為CCCTC結合因子或CTCF)、ETV6-AML多肽、乳癌抗原NY-BR-1多肽(亦稱為含錨蛋白重複結構域之蛋白30A)、G蛋白信號傳導調節劑(RGS5)多肽、T細胞識別之鱗狀細胞癌抗原(SART3)多肽、碳酸酐酶IX多肽、配對框-5 (PAX5)多肽、OY-TES1 (睾丸抗原；亦稱為精子頂體蛋白結合蛋白)多肽、精液蛋白17多肽、淋巴細胞特異性蛋白-酪胺酸激酶(LCK)多肽、高分子量黑素瘤相關抗原(HMW-MAA)多肽、A-激酶錨定蛋白-4 (AKAP-4)多肽、滑膜肉瘤X斷裂點2 (SSX2)多肽、X抗原家族成員1 (XAGE1)多肽、B7同系物3 (B7H3；亦稱為CD276)多肽、豆莢蛋白多肽(LGMN1；亦稱為天冬醯胺醯內肽酶)、含Ig及EGF同源性結構域之酪胺酸激酶-2 (Tie-2；亦稱為血管生成素-1受體)多肽、P抗原家族成員4 (PAGE4)多肽、血管內皮生長因子受體2 (VEGF2)多肽、MAD-CT-1多肽、纖維母細胞活化蛋白(FAP)多肽、血小板衍生生長因子受體β (PDGFβ)多肽、MAD-CT-2多肽、Fos相關抗原-1 (FOSL)多肽或威爾姆斯瘤-1 (WT1)多肽。
癌症相關抗原之胺基酸序列在此項技術中為已知的；參見例如MUC1 (GenBank CAA56734)；LMP2 (GenBank CAA47024)；HPV E6 (GenBank AAD33252)；HPV E7 (GenBank AHG99480)；EGFRvIII (GenBank NP_001333870)；HER-2/neu (GenBank AAI67147)；MAGE-A3 (GenBank AAH11744)；p53 (GenBank BAC16799)；NY-ESO-1 (GenBank CAA05908)；PSMA (GenBank AAH25672)；CEA (GenBank AAA51967)；melan/MART1 (GenBank NP_005502)；Ras (GenBank NP_001123914)；gp100 (GenBank AAC60634)；bcr-abl (GenBank AAB60388)；酪胺酸酶(GenBank AAB60319)；存活蛋白(GenBank AAC51660)；PSA (GenBank CAD54617)；hTERT (GenBank BAC11010)；SSX (GenBank NP_001265620)；Eph2A (GenBank NP_004422)；PAP (GenBank AAH16344)；ML-IAP (GenBank AAH14475)；AFP (GenBank NP_001125)；EpCAM (GenBank NP_002345)；ERG (TMPRSS2 ETS融合物) (GenBank ACA81385)；PAX3 (GenBank AAI01301)；ALK (GenBank NP_004295)；雄性素受體(GenBank NP_000035)；週期素B1 (GenBank CAO99273)；MYCN (GenBank NP_001280157)；RhoC (GenBank AAH52808)；TRP-2 (GenBank AAC60627)；間皮素(GenBank AAH09272)；PSCA (GenBank AAH65183)；MAGE A1 (GenBank NP_004979)；CYP1B1 (GenBank AAM50512)；PLAC1 (GenBank AAG22596)；BORIS (GenBank NP_001255969)；ETV6 (GenBank NP_001978)；NY-BR1 (GenBank NP_443723)；SART3 (GenBank NP_055521)；碳酸酐酶IX (GenBank EAW58359)；PAX5 (GenBank NP_057953)；OY-TES1 (GenBank NP_115878)；精液蛋白17 (GenBank AAK20878)；LCK (GenBank NP_001036236)；HMW-MAA (GenBank NP_001888)；AKAP-4 (GenBank NP_003877)；SSX2 (GenBank CAA60111)；XAGE1 (GenBank NP_001091073；XP_001125834；XP_001125856；及XP_001125872)；B7H3 (GenBank NP_001019907；XP_947368；XP_950958；XP_950960；XP_950962；XP_950963；XP_950965；及XP_950967)；LGMN1 (GenBank NP_001008530)；TIE-2 (GenBank NP_000450)；PAGE4 (GenBank NP_001305806)；VEGFR2 (GenBank NP_002244)；MAD-CT-1 (GenBank NP_005893 NP_056215)；FAP (GenBank NP_004451)；PDGFβ (GenBank NP_002600)；MAD-CT-2 (GenBank NP_001138574)；FOSL (GenBank NP_005429)；及WT-1 (GenBank NP_000369)。此等多肽亦論述於例如以下文獻中：Cheever等人(2009)Clin. Cancer Res. 15:5323，及其中引用之參考文獻；Wagner等人(2003)J. Cell. Sci. 116:1653；Matsui等人(1990)Oncogene 5:249；Zhang等人(1996)Nature 383:168。
在一些情況下，該抗原決定基為HPV16E7/82-90 (LLMGTLGIV；SEQ ID NO:80)。在一些情況下，該抗原決定基為HPV16E7/86-93 (TLGIVCPI；SEQ ID NO:81)。在一些情況下，該抗原決定基為HPV16E7/11-20 (YMLDLQPETT；SEQ ID NO:82)。在一些情況下，該抗原決定基為HPV16E7/11-19 (YMLDLQPET；SEQ ID NO:83)。關於其他適合之HPV抗原決定基，參見例如Ressing等人((1995)J. Immunol. 154:5934)。
在一些情況下，該肽抗原決定基為與「自身」抗原(自體抗原)相關或存在於其中之抗原決定基。自體抗原包括例如聚集蛋白聚糖、丙胺醯-tRNA合成酶(PL-12)、αβ晶體蛋白、α胞襯蛋白(Sptan 1)、α-肌動蛋白原、α1抗凝乳蛋白酶、α1抗胰蛋白酶、α1微球蛋白、醛醇縮酶、胺醯-tRNA合成酶、類澱粉、膜聯蛋白、載脂蛋白、水孔蛋白、殺細菌/滲透性增強蛋白(BPI)、β-球蛋白前驅物BP1、β-肌動蛋白、β-乳球蛋白A、β-2-糖蛋白I、β2-微球蛋白、血型抗原、C反應蛋白(CRP)、鈣調蛋白、鈣網伴護蛋白、心磷脂、催化酶、細胞自溶酶B、著絲點蛋白、硫酸軟骨素、染色質、膠原蛋白、補體組分、細胞色素C、細胞色素P450 2D6、細胞角蛋白、核心蛋白聚糖、硫酸皮膚素、DNA、DNA拓撲異構酶I、彈性蛋白、埃巴二氏核抗原1 (EBNA1)、彈性蛋白、巢蛋白、可提取核抗原、因子I、因子P、因子B、因子D、因子H、因子X、纖維蛋白原、纖連蛋白、亞甲胺基轉移酶環化去胺酶(LC-1)、麥膠蛋白及醯胺化麥膠蛋白肽(DGP)、gp210核膜蛋白、GP2 (主要酶原粒膜糖蛋白)、糖蛋白gpIIb/IIIa、膠質原纖維酸性蛋白(GFAP)、糖化白蛋白、甘油醛3-磷酸去氫酶(GAPDH)、肝球蛋白A2、熱休克蛋白、血藍蛋白、肝素、組蛋白、組胺醯-tRNA合成酶(Jo-1)、大麥蛋白(例如，C-大麥蛋白、γ-大麥蛋白、B-大麥蛋白及/或D-大麥蛋白)、透明質酸酶、免疫球蛋白、胰島素、胰島素受體、整合素、間質視黃醇結合蛋白3、內生性因子、Ku (p70/p80)、乳酸去氫酶、層黏蛋白、1型肝胞質液抗原(LC1)、肝/腎微粒體抗原1 (LKM1)、溶菌酶、黑素瘤分化相關蛋白5 (MDAS)、Mi-2 (染色質域解旋酶DNA結合蛋白4)、粒線體蛋白、蕈毒受體、髓鞘質相關糖蛋白、肌球蛋白、髓鞘質鹼性蛋白、髓鞘質寡樹突神經膠細胞糖蛋白、髓過氧化物酶(MPO)、類風濕因子(IgM抗IgG)、神經元特異性烯醇酶、菸鹼酸乙醯膽鹼受體A鏈、核仁素、核孔蛋白、核小體抗原、PM/Scl100、PM/Scl 75、胰臟β-細胞抗原、胃蛋白酶原、過氧化物氧化還原酶1、磷酸葡萄糖異構酶、磷脂、磷脂醯肌醇、血小板衍生生長因子、聚合酶β(POLB)、鉀通道KIR4.1、增殖細胞核抗原(PCNA)、蛋白酶-3、蛋白脂質蛋白、蛋白聚糖、凝血酶原、恢復蛋白、視紫質、核糖核酸酶、核糖核蛋白、核糖體、核糖體磷蛋白、 RNA、Sm蛋白、Sp100核蛋白、SRP54 (信號識別粒子54 kDa)、選擇蛋白、平滑肌蛋白、鞘磷脂、鏈球菌抗原、超氧化物歧化酶、滑膜關節蛋白、T1F1 γ膠原蛋白、酥胺醯基-tRNA合成酶(PL-7)、組織轉麩醯胺酸酶、甲狀腺過氧化物酶、甲狀腺球蛋白、促甲狀腺激素受體、轉鐵蛋白、磷酸丙糖異構酶、微管蛋白、腫瘤壞死α、拓撲異構酶、U1-dnRNP 68/70 kDa、U1-snRNP A、U1-snRNP C、U-snRNP B/B'、泛蛋白、血管內皮生長因子、波形蛋白及玻璃體結合蛋白。
與1型糖尿病(T1D)相關之抗原包括例如前胰島素原、胰島素原、胰島素、胰島素B鏈、胰島素A鏈、麩胺酸脫羧基酶之65 kDa同功型(GAD65)、麩胺酸脫羧基酶之67 kDa同功型(GAD67)、酪胺酸磷酸酶(IA-2)、熱休克蛋白HSP65、胰島特異性葡萄糖-磷酸酶催化次單元相關蛋白(IGRP)、胰島抗原2 (IA2)及鋅轉運蛋白(ZnT8)。參見例如Mallone等人(2011)Clin. Dev. Immunol. 2011:513210；及美國專利公開案第2017/0045529號。與特定自體免疫病症「相關」之抗原為作為患有該自體免疫病症之個體所存在之自體抗體及/或自體反應性T細胞之標靶的抗原，其中此種自體抗體及/或自體反應性T細胞介導與該自體免疫病症相關之病理學狀態。適合包括在TMAPP-抗原決定基結合物(例如，含MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)中之抗原決定基呈現肽可為前述T1D相關抗原中任一者之4個胺基酸至約25個胺基酸長度之抗原決定基呈現肽。作為一個非限制性實例，抗原決定基呈現肽為胰島素原73-90 (GAGSLQPLALEGSLQKR；SEQ ID NO:84)。
與葛瑞夫茲氏病相關之抗原包括例如甲狀腺球蛋白、甲狀腺過氧化物酶及促甲狀腺激素受體(TSH-R)。適合包括在TMAPP-抗原決定基結合物(例如，含MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)中之抗原決定基呈現肽可為前述葛瑞夫茲氏病相關抗原中任一者之4個胺基酸至約25個胺基酸長度之抗原決定基呈現肽。
與自體免疫多內分泌症候群相關之抗原包括17-α羥化酶、組胺酸脫羧酶、色胺酸羥化酶及酪胺酸羥化酶。適合包括在TMAPP-抗原決定基結合物(例如，含MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)中之抗原決定基呈現肽可為前述自體免疫多內分泌症候群相關抗原中任一者之4個胺基酸至約25個胺基酸長度之抗原決定基呈現肽。
與類風濕性關節炎相關之抗原包括例如膠原蛋白、波形蛋白、聚集蛋白聚糖及纖維蛋白原。適合包括在TMAPP-抗原決定基結合物(例如，含MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)中之抗原決定基呈現肽可為前述類風濕性關節炎相關抗原中任一者之4個胺基酸至約25個胺基酸長度之抗原決定基呈現肽。
與帕金森氏病相關之抗原包括例如α-突觸核蛋白。適合包括在TMAPP-抗原決定基結合物(例如，含MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)中之抗原決定基呈現肽可為前述帕金森氏病相關抗原中任一者之4個胺基酸至約25個胺基酸長度之抗原決定基呈現肽。
與多發性硬化相關之抗原包括例如髓鞘質鹼性蛋白、髓鞘質寡樹突神經膠細胞糖蛋白及蛋白脂質蛋白。適合包括在TMAPP-抗原決定基結合物(例如，含MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)中之抗原決定基呈現肽可為前述多發性硬化相關抗原中任一者之4個胺基酸至約25個胺基酸長度之抗原決定基呈現肽。
與乳糜瀉相關之抗原包括例如組織轉麩醯胺酸酶及麥膠蛋白。適合包括在TMAPP-抗原決定基結合物(例如，含MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)中之抗原決定基呈現肽可為前述乳糜瀉相關抗原中任一者之4個胺基酸至約25個胺基酸長度之抗原決定基呈現肽。其他與乳糜瀉病相關之抗原包括例如黑麥蛋白、大麥蛋白、燕麥蛋白及麥榖蛋白。黑麥蛋白之實例包括黑麥之黑麥蛋白。大麥蛋白之實例包括大麥之大麥蛋白。麥榖蛋白之實例包括小麥之麥榖蛋白。參見例如U.S. 2016/0279233。
包含免疫調節結構域之 TMAPP
本發明之一些單鏈TMAPP及多聚體TMAPP (sc-TMAPP及m-TMAPP)含有II類MHC多肽以及一或多個MOD，即含MOD之sc-TMAPP及含MOD之m-TMAPP，兩者中之任一者可包含針對抗原決定基之化學結合位點或呈抗原決定基結合物形式。因而，本發明提供T細胞調節抗原呈現多肽。在一些情況下，含MOD之sc-TMAPP及含MOD之m-TMAPP包含兩個或更多個多肽鏈，該等多肽鏈各自具有II類MHC α1、α2、β1或β2多肽序列中之至少一者。在一些情況下，含MOD之sc-TMAPP及含MOD之m-TMAPP包含含有II類MHC α1、α2、β1及β2多肽序列之單一多肽鏈且如以上所指出，稱為sc-TMAPP。
含MOD之sc-TMAPP及含MOD之m-TMAPP可經由其與T細胞上之相應Co-MOD之相互作用來調節T細胞之活性。在包含化學結合位點之m-TMAPP或sc-TMAPP轉化成其抗原決定基結合物時，其可經由TCR及Co-MOD兩者來調節T細胞之活性，限制條件為該TCR識別並結合TMAPP呈現之抗原決定基。在一些情況下，TMAPP-抗原決定基結合物活化CD8+ T細胞反應，例如，對癌細胞之CD8+ T細胞反應。在一些情況下，TMAPP-抗原決定基結合物降低自體反應性T細胞及/或自體反應性B細胞之活性。在一些情況下，TMAPP-抗原決定基結合物使調控T細胞(Treg)之數目及/或活性增加，從而降低自體反應性T細胞及/或自體反應性B細胞之活性。
適合包括在具有化學結合位點之TMAPP (例如，sc-TMAPPP或m-TMAPPP)或其抗原決定基結合物中之MOD包括但不限於IL-2、轉型生長因子β (TGFβ)、JAG1、CD7、B7-1 (CD80)、B7-2 (CD86)、PD-L1、PD-L2、4-1BBL、OX40L、Fas配位體(FasL)、誘導性共刺激配位體(ICOS-L)、細胞間黏附分子(ICAM)、CD30L、CD40、CD70、CD83、HLA-G、MICA、MICB、HVEM、淋巴毒素β受體、3/TR6、ILT3、ILT4及HVEM。在一些情況下，適合包括在具有化學結合位點之TMAPP或其抗原決定基結合物中之MOD為相對於其野生型或天然存在之MOD包含1至10個胺基酸取代且對其Co-MOD展現與該野生型或天然存在之MOD對該Co-MOD之親和力相比有所降低之親和力的變異體。
包含一或多個 MOD 之 m-TMAPP—— 含 MOD 之 m-TMAPP
在一實施例中，本發明之具有化學結合之含MOD之m-TMAPP包含：i)該含MOD之m-TMAPP可於此處結合至抗原決定基(例如，由TCR識別並結合之肽)之至少一個化學結合位點；ii) II類MHC α鏈多肽(例如α1及/或α2)；iii) II類MHC β鏈多肽(例如β1及/或β2)；及iv) MOD (本文中亦稱為「MOD多肽」或「MOD結構域」)。具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP可進一步包括以下之一或兩者：二聚體多肽；及免疫球蛋白支架(例如，Ig Fc多肽)或非免疫球蛋白支架。具有共價附接於位於置放在m-TMAPP多肽N末端處之連接子上的化學結合位點處的抗原決定基的含MOD之m-TMAPP的非限制性實例示意性地描繪於圖 22A 至圖 22L 中及圖 24 中(參見顯示具有附接至置放在II類MHC β1多肽N末端處之連接子的血球凝集素(HA)抗原決定基的m-TMAPP樣構築體的構築體4及構築體5)。由附接抗原決定基而產生之含MOD之m-TMAPP-抗原決定基結合物具有共價附接(直接或間接)於化學結合位點處之抗原決定基。
在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含單一野生型或變異MOD。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP包含一或多個MOD (例如，2或3個獨立選擇之野生型或變異MOD)。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP包含兩個獨立選擇之野生型及/或變異MOD。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP包含三個獨立選擇之野生型及/或變異MOD。在含MOD之m-TMAPP包含2、3或更多個MOD (其可能相同或獨立地選擇)時，在一些情況下，其呈串聯形式置放而未藉由連接子隔開，在其他情況下，該等MOD中之至少兩個(該等MOD中之每一個)藉由連接子彼此隔開。
具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)可在任兩個相鄰多肽之間，例如在抗原決定基與MOD之間、在MOD與II類MHC多肽之間、在兩個II類MHC多肽之間、在MOD與Ig Fc多肽之間等包括一或多個獨立選擇之連接子。在一些實施例中，該一或多個連接子位於以下一或多者之間：i) II類MHC多肽與Ig Fc多肽，其中此種連接子在本文中稱為「L1」；ii) MOD與II類MHC多肽，其中此種連接子在本文中稱為「L2」；iii)第一MOD與第二獨立選擇之MOD，其中此種連接子在本文中稱為「L3」；iv)含MOD之m-TMAPP-抗原決定基結合物中之結合之抗原決定基與II類MHC多肽(在一些情況下，作為置放在具有作為「視情況存在之連接子」之一部分的化學結合之未結合m-TMAPP之N末端或C末端處之「視情況存在之連接子」而出現；v) II類MHC多肽與二聚多肽(例如，二聚配對之第一成員或第二成員)；及/或vi)二聚多肽(例如，二聚配對之第一成員或第二成員)與IgFc多肽。在一些情況下，L1連接子包含(GGGGS)n，其中n為1、2、3、4、5、6、7或8。在一些情況下，L2連接子包含(GGGGS)n，其中n為1、2、3、4、5、6、7或8。在一些情況下，L3連接子包含(GGGGS)n，其中n為1、2、3、4、5、6、7或8。
作為含MOD之m-TMAPP—第1組實施例至第5組實施例列出之五組含MOD之m-TMAPP如下。如以上所論述，彼等實施例中之含MOD之m-TMAPP可包括處於任兩個相鄰多肽之間的一或多個獨立選擇之連接子。另外，如以上所論述，在未明確敍述之情況下，彼等實施例中之含MOD之m-TMAPP可進一步包括二聚多肽及/或支架多肽。
含 MOD 之 m-TMAPP— 第 1 組實施例： 在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；及iv) II類MHC α2多肽；及b)第二多肽，該第二多肽包含(例如自N末端至C末端)：i) MOD；及ii) II類MHC β2多肽。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；及v)免疫球蛋白或非免疫球蛋白支架多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽包含(例如自N末端至C末端)：i) MOD；及ii) II類MHC β2多肽。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；及v) Ig Fc多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽包含(例如自N末端至C末端)：i) MOD；及ii) II類MHC β2多肽。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；及v)二聚配對之第一成員；以及b)第二多肽，該第二多肽包含(例如自N末端至C末端)：i) MOD；ii) II類MHC β2多肽；及iii)該二聚配對之第二成員。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；及v)第一白胺酸拉鏈多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽包含(例如自N末端至C末端)：i) MOD；ii) II類MHC β2多肽；及iii)第二白胺酸拉鏈多肽。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；v)第一白胺酸拉鏈多肽；及vi) Ig Fc多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽包含(例如自N末端至C末端)：i) MOD；ii) II類MHC β2多肽；及iii)第二白胺酸拉鏈多肽。在以上實施例中之任一者中，該TMAPP可包括單一MOD。在以上實施例中之任一者中，該TMAPP可包括2個獨立選擇之野生型或變異MOD (其可能相同或不同)，該兩者可能串聯置放，藉由連接子隔開或處於該分子之獨立的部分中。在以上實施例中之任一者中，該TMAPP可包括3個獨立選擇之野生型及/或變異MOD (其可能相同及/或不同)，該三者可能串聯置放，藉由連接子隔開，及/或處於該分子之獨立的部分中。
舉例而言，在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；v)第一白胺酸拉鏈多肽；及vi) Ig Fc多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽包含(例如自N末端至C末端)：i)第一MOD；ii)第二獨立選擇之MOD (例如野生型或變異MOD)；iii) II類MHC β2多肽；及iv)第二白胺酸拉鏈多肽。在一些情況下，該第一MOD及該第二MOD包含相同的胺基酸序列。作為另一實例， 在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；及v) Ig Fc多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽包含(例如自N末端至C末端)：i)第一MOD；ii)第二獨立選擇之MOD (例如野生型或變異MOD)；及iii) II類MHC β2多肽。在一些情況下，該第一MOD及該第二MOD包含相同的胺基酸序列。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；及iv) II類MHC α2多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽包含(例如自N末端至C末端)：i) MOD；ii) II類MHC β2多肽；及iii) Ig Fc多肽。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；及iv) II類MHC α2多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽包含(例如自N末端至C末端)：i)第一MOD；ii)第二獨立選擇之MOD (例如野生型或變異MOD)；iii) II類MHC β2多肽；及iv) Ig Fc多肽。在一些情況下，該第一MOD及該第二MOD包含相同的胺基酸序列。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i) MOD；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；及iv) II類MHC α2多肽；及b)第二多肽，該第二多肽包含(例如自N末端至C末端)：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β2多肽；及iii) Ig Fc多肽。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)第一MOD；ii)第二獨立選擇之MOD (例如野生型或變異MOD)；iii) II類MHC β1多肽；iv) II類MHC α1多肽；及v) II類MHC α2多肽；及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β2多肽；及iii) Ig Fc多肽。在一些情況下，該第一MOD及該第二MOD包含相同的胺基酸序列。在本發明之TMAPP包含兩個MOD時，在一些情況下，該第一MOD藉由連接子(L3連接子)，例如約2個胺基酸至50個胺基酸長度之連接子而連接至該第二獨立選擇之MOD (例如，野生型或變異MOD)。適合之L3連接子包括(GGGGS)n，其中n為1、2、3、4、5、6、7或8。在一些情況下，該TMAPP包含處於該MHC多肽與該Ig Fc多肽之間的連接子(L1)，其中例示性適合連接子包括(GGGGS)n，其中n為1、2、3、4、5、6、7或8。在一些情況下，該TMAPP包含處於該MOD與該MHC多肽之間的連接子(L2)，其中例示性適合連接子包括(GGGGS)n，其中n為1、2、3、4、5、6、7或8。在該TMAPP包含兩個MOD時，在一些情況下，該兩個MOD藉由連接子(L3)隔開；其中例示性適合連接子包括(GGGGS)n，其中n為1、2、3、4、5、6、7或8。
含 MOD 之 m-TMAPP— 第 2 組實施例： 在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC α1多肽；iii) II類MHC α2多肽；及iv)免疫球蛋白或非免疫球蛋白支架多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i) MOD；ii) II類MHC β1多肽；及iii) II類MHC β2多肽。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i) MOD；ii) II類MHC α1多肽；及iii) II類MHC α2多肽；及iv)免疫球蛋白或非免疫球蛋白支架多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；及iii) II類MHC β2多肽。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC α1多肽；及iii) II類MHC α2多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i) MOD；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；及iv)免疫球蛋白或非免疫球蛋白支架多肽。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i) MOD；ii) II類MHC α1多肽；及iii) II類MHC α2多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；及iv)免疫球蛋白或非免疫球蛋白支架多肽。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC α1多肽；iii) II類MHC α2多肽；iv)免疫球蛋白或非免疫球蛋白支架多肽；及v)二聚配對之第一成員(例如，第一白胺酸拉鏈多肽)；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i) MOD；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；及iv)二聚配對之第二成員(例如，第二白胺酸拉鏈多肽)。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i) MOD；ii) II類MHC α1多肽；iii) II類MHC α2多肽；iv)免疫球蛋白或非免疫球蛋白支架多肽；及v)二聚配對之第一成員(例如，第一白胺酸拉鏈多肽)；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；及iv)二聚配對之第二成員(例如，第二白胺酸拉鏈多肽)。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC α1多肽；iii) II類MHC α2多肽；及iv)二聚配對之第一成員(例如，第一白胺酸拉鏈多肽)；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i) MOD；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；iv)免疫球蛋白或非免疫球蛋白支架多肽；及v)二聚配對之第二成員(例如，第二白胺酸拉鏈多肽)。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i) MOD；ii) II類MHC α1多肽；iii) II類MHC α2多肽；及iv)二聚配對之第一成員(例如，第一白胺酸拉鏈多肽)；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；iv)免疫球蛋白或非免疫球蛋白支架多肽；及v)二聚配對之第二成員(例如，第二白胺酸拉鏈多肽)。在以上實施例中之任一者中，該TMAPP可包括2個獨立選擇之野生型或變異MOD (其可能相同或不同)，該兩者可能串聯置放，藉由連接子隔開或處於該分子之獨立的部分中。在以上實施例中之任一者中，該TMAPP可包括3個獨立選擇之野生型及/或變異MOD (其可能相同及/或不同)，該三者可能串聯置放，藉由連接子隔開，及/或處於該分子之獨立的部分中。在一些情況下，該TMAPP包含處於該MHC多肽與該Ig Fc多肽之間的連接子(L1)，其中例示性適合連接子包括(GGGGS)n，其中n為1、2、3、4、5、6、7或8。在一些情況下，該TMAPP包含處於該MOD與該MHC多肽之間的連接子(L2)，其中例示性適合連接子包括(GGGGS)n，其中n為1、2、3、4、5、6、7或8。在該TMAPP包含兩個MOD時，在一些情況下，該兩個MOD藉由連接子(L3)隔開，其中例示性適合連接子包括(GGGGS)n，其中n為1、2、3、4、5、6、7或8。
含 MOD 之 m-TMAPP— 第 3 組實施例： 在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；及iv) MOD；及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i) II類MHC α1多肽；及ii) II類MHC α2多肽。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；及iv) MOD；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i) II類MHC α1多肽；ii) II類MHC α2多肽；及iii)免疫球蛋白或非免疫球蛋白支架多肽。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；及iv) MOD；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i) II類MHC α1多肽；ii) II類MHC α2多肽；及iii) Ig Fc多肽。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；iv) MOD；及v)二聚配對之第一成員；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i) II類MHC α1多肽；ii) II類MHC α2多肽；及iii)該二聚配對之第二成員。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；iv) MOD；及v)第一白胺酸拉鏈多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i) II類MHC α1多肽；ii) II類MHC α2多肽；及iii)第二白胺酸拉鏈多肽。在以上實施例中之任一者中，該TMAPP可包括單一MOD。在以上實施例中之任一者中，該TMAPP可包括2個獨立選擇之野生型或變異MOD (其可能相同或不同)，該兩者可能串聯置放，藉由連接子隔開或處於該分子之獨立的部分中。在以上實施例中之任一者中，該TMAPP可包括3個獨立選擇之野生型及/或變異MOD (其可能相同及/或不同)，該三者可能串聯置放，藉由連接子隔開，及/或處於該分子之獨立的部分中。在一些情況下，該TMAPP包含處於該MHC多肽與該Ig Fc多肽之間的連接子(L1)，其中例示性適合連接子包括(GGGGS)n，其中n為1、2、3、4、5、6、7或8。在一些情況下，該TMAPP包含處於該MOD與該MHC多肽之間的連接子(L2)，其中例示性適合連接子包括(GGGGS)n，其中n為1、2、3、4、5、6、7或8。在該TMAPP包含兩個MOD時，在一些情況下，該兩個MOD藉由連接子(L3)隔開，其中例示性適合連接子包括(GGGGS)n，其中n為1、2、3、4、5、6、7或8。
含 MOD 之 m-TMAPP— 第 4 組實施例： 在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；及iii) II類MHC β2多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i) MOD；ii) II類MHC α1多肽；及iii) II類MHC α2多肽。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；及iii) II類MHC β2多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i) MOD；ii) II類MHC α1多肽；iii) II類MHC α2多肽；及iv)免疫球蛋白或非免疫球蛋白支架多肽。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；及iii) II類MHC β2多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i) MOD；ii) II類MHC α1多肽；iii) II類MHC α2多肽；及iv) Ig Fc多肽。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；及iv)二聚配對之第一成員；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i) MOD；ii) II類MHC α1多肽；iii) II類MHC α2多肽；及iv)該二聚配對之第二成員。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；及iv)第一白胺酸拉鏈多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i) MOD；ii) II類MHC α1多肽；iii) II類MHC α2多肽；及iv)第二白胺酸拉鏈多肽。在以上實施例中之任一者中，該TMAPP可包括單一MOD。在以上實施例中之任一者中，該TMAPP可包括2個獨立選擇之野生型或變異MOD (其可能相同或不同)，該兩者可能串聯置放，藉由連接子隔開或處於該分子之獨立的部分中。在以上實施例中之任一者中，該TMAPP可包括3個獨立選擇之野生型及/或變異MOD (其可能相同及/或不同)，該三者可能串聯置放，藉由連接子隔開，及/或處於該分子之獨立的部分中。在一些情況下，該TMAPP包含處於該MHC多肽與該Ig Fc多肽之間的連接子(L1)，其中例示性適合連接子包括(GGGGS)n，其中n為1、2、3、4、5、6、7或8。在一些情況下，該TMAPP包含處於該MOD與該MHC多肽之間的連接子(L2)，其中例示性適合連接子包括(GGGGS)n，其中n為1、2、3、4、5、6、7或8。在該TMAPP包含兩個MOD時，在一些情況下，該兩個MOD藉由連接子(L3)隔開，其中例示性適合連接子包括(GGGGS)n，其中n為1、2、3、4、5、6、7或8。
含 MOD 之 m-TMAPP— 第 5 組實施例： 在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；及iv) II類MHC α2多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i) MOD；及ii) II類MHC β2多肽。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；及v)免疫球蛋白或非免疫球蛋白支架多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i) MOD；及ii) II類MHC β2多肽。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；及v) Ig Fc多肽；及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i) MOD；及ii) II類MHC β2多肽。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；及v)二聚配對之第一成員；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i) MOD；ii) II類MHC β2多肽；及iii)該二聚配對之第二成員。在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之m-TMAPP (或其抗原決定基結合物)包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；及v)第一白胺酸拉鏈多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i) MOD；ii) II類MHC β2多肽；及iii)第二白胺酸拉鏈多肽。在以上實施例中之任一者中，該TMAPP可包括單一MOD。在以上實施例中之任一者中，該TMAPP可包括2個獨立選擇之野生型或變異MOD (其可能相同或不同)，該兩者可能串聯置放，藉由連接子隔開或處於該分子之獨立的部分中。在以上實施例中之任一者中，該TMAPP可包括3個獨立選擇之野生型及/或變異MOD (其可能相同及/或不同)，該三者可能串聯置放，藉由連接子隔開，及/或處於該分子之獨立的部分中。在一些情況下，該TMAPP包含處於該MHC多肽與該Ig Fc多肽之間的連接子(L1)，其中例示性適合連接子包括(GGGGS)n，其中n為1、2、3、4、5、6、7或8。在一些情況下，該TMAPP包含處於該MOD與該MHC多肽之間的連接子(L2)，其中例示性適合連接子包括(GGGGS)n，其中n為1、2、3、4、5、6、7或8。在該TMAPP包含兩個MOD時，在一些情況下，該兩個MOD藉由連接子(L3)隔開，其中例示性適合連接子包括(GGGGS)n，其中n為1、2、3、4、5、6、7或8。
具有至少一個化學結合位點(例如，處於第一多肽或第二多肽N末端，或處於該視情況存在之連接子內)之含MOD之m-TMAPP (例如，以上提及之含MOD之m-TMAPP中之任一者)可與抗原決定基反應，以產生含MOD之m-TMAPP-抗原決定基結合物，從而使該抗原決定基共價結合於一或多個化學結合位點處(例如，一個化學結合位點，從而允許該抗原決定基由TCR結合及識別)。結合之後，該含MOD之m-TMAPP-抗原決定基結合物可含有其他化學結合位點(例如，用於結合有效負載)。因此，本說明書亦提供並包括此種含MOD之m-TMAPP抗原決定基結合物。
包含一或多個 MOD 之例示性 m-TMAPP
以下為本發明之具有與第一多肽及/或第二多肽連接之抗原決定基的m-TMAPP的非限制性實施例。應注意，投與有需要之個體的任何TMAPP一般將不包括前導序列或組胺酸標籤。
實例 1) 在一些情況下，m-TMAPP-抗原決定基結合物包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)抗原決定基，該抗原決定基(直接或經由連接子間接地)共價結合至ii)連接子；iii) HLA β1多肽；iv) HLA α1多肽；v) HLA α2多肽；vi)二聚體多肽；及vii) Ig Fc多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i)第一MOD (例如野生型或變異MOD)；ii)第二獨立選擇之MOD (例如野生型或變異MOD)；iii) HLA β2多肽；及iv)二聚體多肽。作為一個非限制性實例，m-TMAPP-抗原決定基結合物可包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)抗原決定基，該抗原決定基(直接或經由連接子間接地)共價結合至ii)連接子；iii) HLA DRB1 β1多肽；iv) HLA DRA α1多肽；v) HLA DRA α2多肽；vi)白胺酸拉鏈二聚體多肽；及vii) IgG1 Fc多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i)第一MOD (例如，包含H16A及F42A取代之變異IL-2多肽)；ii)第二獨立選擇之MOD (例如，包含H16A及F42A取代之變異IL-2多肽)；iii) HLA DRB β2多肽；及iv)白胺酸拉鏈二聚體多肽。在一些情況下，該抗原決定基為血球凝集素抗原決定基，例如，PKYVKQNTLKLAT (SEQ ID NO:85)。在一些情況下，該第一多肽之抗原決定基不為PKYVKQNTLKLAT (SEQ ID NO:85)，而是替代地經不同的抗原決定基取代。
在一些情況下，該變異IL-2多肽包含以下胺基酸序列：APTSSSTKKTQLQLE A LLLDLQMILNGINNYKNPKLTRMLT A KFYMPKKATELKHLQCLEEELKPLEEVLNLAQSKNFHLRPRDLISNINVIVLELKGSETTFMCEYADETATIVEFLNRWITFCQSIISTLT (具有H16A及F42A取代之SEQ ID NO:27)，其中該H16A及F42A取代加下劃線。在一些情況下，該HLA-DRB1 β1多肽包含以下胺基酸序列：DTRPRFLWQHKFECHFFNGTERVRLLERCIYNQEESVRFDSDVGEYRAVTELGRPDAEYWNSQKDLLEQRRAAVDTYCRHNYGVGESFTVQR (SEQ ID NO:177)。在一些情況下，該HLA DRA α1多肽包含以下胺基酸序列IKEEHVIIQAEFYLNPDQSGEFMFDFDGDEIFHVDMAKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLEIMTKRSNYTPITN (SEQ ID NO:178)。在一些情況下，該HLA DRA α2多肽包含以下胺基酸序列VPPEVTVLTNSPVELREPNVLICFIDKFTPPVVNVTWLRNGKPVTTGVSETVFLPREDHLFRKFHYLPFLPSTEDVYDCRVEHWGLDEPLLKHWEFDAPSPLPET (SEQ ID NO:179)。在一些情況下，該白胺酸拉鏈二聚體多肽包含以下胺基酸序列：LEIRAAFLRQRNTALRTEVAELEQEVQRLENEVSQYETRYGPLGGGK (SEQ ID NO:180)。在一些情況下，該IgG1 Fc多肽包含以下胺基酸序列：DKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYASTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (SEQ ID NO:181)。該第一多肽之胺基酸序列可用與圖26A中所描繪之蛋白質/多肽構築體1452之胺基酸21至628相似的方式加以組織(注意：在未與抗原決定基結合之TMAPP中，在抗原決定基所處之位置上存在化學結合位點，成熟TMAPP不存在前導序列且可能缺乏C末端連接子及組胺酸標籤)。該第二多肽之胺基酸序列可用與圖34A中所描繪之蛋白質/多肽構築體1661之胺基酸21至491相似的方式加以組織(不存在前導序列)。
實例 2) 在一些情況下，m-TMAPP-抗原決定基結合物包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)抗原決定基，該抗原決定基(直接或經由連接子間接地)共價結合至ii) HLA β1多肽；iii) HLA α1多肽；iv) HLA α2多肽；及v) Ig Fc多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i)第一MOD (例如，對其Co-MOD具有降低之親和力的變異MOD)；ii)第二獨立選擇之MOD (例如，對其Co-MOD具有降低之親和力的變異MOD)；及iii) HLA β2多肽。作為一個非限制性實例，m-TMAPP-抗原決定基結合物可包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)抗原決定基，該抗原決定基(直接或經由連接子間接地)共價結合至ii) HLA DRB1 β1多肽；iii) HLA DRA α1多肽；iv) HLA DRA α2多肽；及v) IgG1 Fc多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i)第一MOD (例如，包含H16A及F42A取代之變異IL-2多肽)；ii)第二獨立選擇之MOD (例如，包含H16A及F42A取代之變異IL-2多肽)；及iii) HLA DRB1 β2多肽。在一些情況下，該抗原決定基為血球凝集素抗原決定基，例如，PKYVKQNTLKLAT (SEQ ID NO:85)。在一些情況下，該抗原決定基不為PKYVKQNTLKLAT (SEQ ID NO:85)，而是替代地經不同的抗原決定基取代。在一些情況下，該HLA DRB1 β1多肽包含以下胺基酸序列：DTRPRFLWQHKFECHFFNGTERVRLLERCIYNQEESVRFDSDVGEYRAVTELGRPDAEYWNSQKDLLEQRRAAVDTYCRHNYGVGESFTVQR (SEQ ID NO:177)。在一些情況下，該DRA α1多肽包含以下胺基酸序列：IKEEHVIIQAEFYLNPDQSGEFMFDFDGDEIFHVDMAKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLEIMTKRSNYTPITN (SEQ ID NO:178)。在一些情況下，該DRA α2多肽包含以下胺基酸序列：VPPEVTVLTNSPVELREPNVLICFIDKFTPPVVNVTWLRNGKPVTTGVSETVFLPREDHLFRKFHYLPFLPSTEDVYDCRVEHWGLDEPLLKHWEFDA (SEQ ID NO:179之aa 1-98)。在一些情況下，該IgG1 Fc多肽包含以下胺基酸序列：DKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYASTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (SEQ ID NO:181)。在一些情況下，該變異IL-2多肽包含以下胺基酸序列：APTSSSTKKTQLQLEA LLLDLQMILNGINNYKNPKLTRMLTA KFYMPKKATELKHLQCLEEELKPLEEVLNLAQSKNFHLRPRDLISNINVIVLELKGSETTFMCEYADETATIVEFLNRWITFCQSIISTLT (具有H16A及F42A取代之SEQ ID NO:27)，其中該H16A及F42A取代加下劃線。在一些情況下，該HLA DRB1 β2多肽包含以下胺基酸序列：PKVTVYPSKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFRNGQEEKAGVVSTGLIQNGDWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKM (SEQ ID NO:182)。該第一多肽之胺基酸序列可用與圖33A中所描繪之蛋白質/多肽構築體1659之胺基酸21至591相似的方式加以組織(注意：在未與抗原決定基結合之TMAPP中，在該抗原決定基處存在化學結合位點，且成熟TMAPP不存在前導序列並且可能缺乏C末端連接子及組胺酸標籤)。該第二多肽之胺基酸序列可用與圖35A中所描繪之蛋白質/多肽構築體1664之胺基酸21至429相似的方式加以組織(不存在前導序列)。
實例 3) 在一些情況下，m-TMAPP-抗原決定基結合物包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)抗原決定基，該抗原決定基(直接或經由連接子間接地)共價結合至ii) HLA β1多肽；iii) HLA α1多肽；iv) HLA α2多肽；v)二聚體多肽；及vi) Ig Fc多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i)第一MOD (例如，對其Co-MOD具有降低之親和力的變異MOD)；ii)第二獨立選擇之MOD (例如，對其Co-MOD具有降低之親和力的變異MOD)；iii) HLA β2多肽；及iv)二聚體多肽。作為一個非限制性實例，m-TMAPP-抗原決定基結合物可包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)抗原決定基，該抗原決定基(直接或經由連接子間接地)共價結合至ii) HLA DRB1 β1多肽；iii) HLA DRA α1多肽；iv) HLA DRA α2多肽；v)白胺酸拉鏈二聚體多肽；及vi) IgG1 Fc多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i)第一MOD (例如，包含H16A及F42A取代之變異IL-2多肽)；ii)第二獨立選擇之MOD (例如，包含H16A及F42A取代之變異IL-2多肽)；iii) HLA DRB1 β2多肽；及iv)白胺酸拉鏈二聚體多肽。在一些情況下，該抗原決定基為巨細胞病毒(CMV) pp65抗原決定基(LPLKMLNIPSINVH；SEQ ID NO:184)。在一些情況下，該第一多肽不包括抗原決定基LPLKMLNIPSINVH (SEQ ID NO:184)；替代地，該抗原決定基經不同的抗原決定基取代。在一些情況下，該HLA DRB β1多肽包含以下胺基酸序列：DTRPRFLWQHKFECHFFNGTERVRLLERCIYNQEESVRFDSDVGEYRAVTELGRPAAEYWNSQKDLLEQRRAAVDTYCRHNYGVGESFTVQR (SEQ ID NO:185)。在一些情況下，該HLA DRA α1多肽包含以下胺基酸序列：IKEEHVIIQAEFYLNPDQSGEFMFDFDGDEIFHVDMAKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLEIMTKRSNYTPITN (SEQ ID NO:178)。在一些情況下，該HLA DRA α2多肽包含以下胺基酸序列：VPPEVTVLTNSPVELREPNVLICFIDKFTPPVVNVTWLRNGKPVTTGVSETVFLPREDHLFRKFHYLPFLPSTEDVYDCRVEHWGLDEPLLKHWEFDAPSPLPETSEQ ID NO:179)。在一些情況下，該白胺酸拉鏈多肽包含以下胺基酸序列：LEIRAAFLRQRNTALRTEVAELEQEVQRLENEVSQYETRYGPLGGGK (SEQ ID NO:180)。在一些情況下，該IgG1 Fc多肽包含以下胺基酸序列：DKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYASTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (SEQ ID NO:181)。在一些情況下，該變異IL-2多肽包含以下胺基酸序列：APTSSSTKKTQLQLEA LLLDLQMILNGINNYKNPKLTRMLTA KFYMPKKATELKHLQCLEEELKPLEEVLNLAQSKNFHLRPRDLISNINVIVLELKGSETTFMCEYADETATIVEFLNRWITFCQSIISTLT (具有H16A及F42A取代之SEQ ID NO:27)，其中該H16A及F42A取代加下劃線。在一些情況下，該HLA DRB1 β2多肽包含以下胺基酸序列：VEPKVTVYPSKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFRNGQEEKAGVVSTGLIQNGDWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKM (SEQ ID NO:183)。在一些情況下，該白胺酸拉鏈多肽包含以下胺基酸序列：LEIEAAFLERENTALETRVAELRQRVQRLRNRVSQYRTRYGPLGGGK (SEQ ID NO:93)。該第一多肽之胺基酸序列可用與圖30A中所描繪之蛋白質/多肽構築體1637之胺基酸21至629相似的方式加以組織(注意：在未與抗原決定基結合之TMAPP中，在抗原決定基所處之位置上存在化學結合位點，成熟TMAPP不存在前導序列且可能缺乏C末端連接子及組胺酸標籤)。該第二多肽之胺基酸序列可用與圖25A中所描繪之蛋白質/多肽構築體1408之胺基酸21-493相似的方式加以組織，不存在前導序列。
實例 4) 在一些情況下，m-TMAPP-抗原決定基結合物包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)抗原決定基，該抗原決定基(直接或經由連接子間接地)共價結合至ii) HLA β1多肽；iii) HLA α1多肽；iv) HLA α2多肽；v)二聚體多肽；及vi) Ig Fc多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i)第一MOD (例如，對其Co-MOD具有降低之親和力的變異MOD)；ii)第二獨立選擇之MOD (例如，對其Co-MOD具有降低之親和力的變異MOD)；iii) HLA β2多肽；及iv)二聚體多肽。作為一個非限制性實例，m-TMAPP-抗原決定基結合物可包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)抗原決定基，該抗原決定基(直接或經由連接子間接地)共價結合至ii) HLA DRB1-4 β1多肽；iii) HLA DRA α1多肽；iv) HLA DRA α2多肽；v)白胺酸拉鏈二聚體多肽；及vi) IgG1 Fc多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i)第一MOD (例如，包含H16A及F42A取代之變異IL-2多肽)；ii)第二獨立選擇之MOD (例如，包含H16A及F42A取代之變異IL-2多肽)；iii) HLA DRB1-4 β2多肽；及iv)白胺酸拉鏈二聚體多肽。在一些情況下，該抗原決定基為胰島素原73-90 (GAGSLQPLALEGSLQKR；SEQ ID NO:84)。在一些情況下，該抗原決定基不為胰島素原73-90 (GAGSLQPLALEGSLQKR；SEQ ID NO:84)；替代地，該抗原決定基經不同的抗原決定基取代。在一些情況下，該HLA DRB1-4 β1多肽包含以下胺基酸序列：DTRPRFLEQVKHECHFFNGTERVRFLDRYFYHQEEYVRFDSDVGEYRAVTELGRPDAEYWNSQKDLLEQKRAAVDTYCRHNYGVGESFTVQR (SEQ ID NO:150之胺基酸1-92)。在一些情況下，該HLA DRA α1多肽包含以下胺基酸序列：IKEEHVIIQAEFYLNPDQSGEFMFDFDGDEIFHVDMAKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLEIMTKRSNYTPITN (SEQ ID NO:178)。在一些情況下，該HLA DRA α2多肽包含以下胺基酸序列：VPPEVTVLTNSPVELREPNVLICFIDKFTPPVVNVTWLRNGKPVTTGVSETVFLPREDHLFRKFHYLPFLPSTEDVYDCRVEHWGLDEPLLKHWEFDAPSPLPET (SEQ ID NO:179)。在一些情況下，該白胺酸拉鏈多肽包含以下胺基酸序列：LEIRAAFLRQRNTALRTEVAELEQEVQRLENEVSQYETRYGPLGGGK (SEQ ID NO:180)。在一些情況下，該IgG1 Fc多肽包含以下胺基酸序列：DKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYASTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (SEQ ID NO:181)。在一些情況下，該變異IL-2多肽包含以下胺基酸序列：APTSSSTKKTQLQLEA LLLDLQMILNGINNYKNPKLTRMLTA KFYMPKKATELKHLQCLEEELKPLEEVLNLAQSKNFHLRPRDLISNINVIVLELKGSETTFMCEYADETATIVEFLNRWITFCQSIISTLT (具有H16A及F42A之SEQ ID NO:27)，其中該H16A及F42A取代加下劃線。在一些情況下，該HLA DRB1-4 β2多肽包含以下胺基酸序列：VYPEVTVYPAKTQPLQHHNLLVCSVNGFYPASIEVRWFRNGQEEKTGVVSTGLIQNGDWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSLTSPLTVEWRARSESAQSKM (SEQ ID NO:186，其相對於SEQ ID NO:151添加有N末端Val及C末端Met)。在一些情況下，該白胺酸拉鏈多肽包含以下胺基酸序列：LEIEAAFLERENTALETRVAELRQRVQRLRNRVSQYRTRYGPLGGGK (SEQ ID NO:83)。該第一多肽之胺基酸序列可用與圖31A中所描繪之蛋白質/多肽構築體1639之胺基酸21至633相似的方式加以組織(注意：在未與抗原決定基結合之TMAPP中，在抗原決定基所處之位置上存在化學結合位點，成熟TMAPP不存在前導序列且可能缺乏C末端連接子及組胺酸標籤)。該第二多肽之胺基酸序列可用與圖32A中所描繪之蛋白質/多肽構築體1639之胺基酸21-493相似的方式加以組織(不存在前導序列)。
實例 5) 在一些情況下，本發明之m-TMAPP-抗原決定基結合物包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)抗原決定基，該抗原決定基(直接或經由連接子間接地)共價結合至ii) HLA β1多肽；iii) HLA α1多肽；及iv) HLA α2多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i)第一MOD (例如，對其同源Co-MOD具有降低之親和力的變異MOD)；ii)第二獨立選擇之MOD (例如，對其同源Co-MOD具有降低之親和力的變異MOD)；iii) HLA β2多肽；及iv) Ig Fc多肽。作為一個非限制性實例，本發明之m-TMAPP可包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)抗原決定基；ii) HLA DRB1 β1多肽；iii) HLA DRA α1多肽；及iv) HLA DRA α2多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i)第一MOD (例如，包含H16A及F42A取代之變異IL-2多肽)；ii)第二獨立選擇之MOD (例如，包含H16A及F42A取代之變異IL-2多肽)；iii) HLA DRB1 β2多肽；及iv) IgG Fc多肽。m-TMAPP可包括變異IgG Fc多肽。舉例而言，本發明之m-TMAPP可包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)抗原決定基，該抗原決定基共價結合至ii) HLA DRB1 β1多肽；iii) HLA DRA α1多肽；及iv) HLA DRA α2多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i)第一MOD (例如，包含H16A及F42A取代之變異IL-2多肽)；ii)第二獨立選擇之MOD (例如，包含H16A及F42A取代之變異IL-2多肽)；iii) HLA DRB1 β2多肽；及iv) 包含L234A及L235A取代之IgG1 Fc多肽。該m-TMAPP可包括一或多個連接子。舉例而言，本發明之m-TMAPP可包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)抗原決定基，該抗原決定基(直接或經由連接子間接地)共價結合至ii)肽連接子；iii) HLA DRB1 β1多肽；iv)肽連接子；v) HLA DRA α1多肽；及vi) HLA DRA α2多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i)第一MOD (例如，包含H16A及F42A取代之變異IL-2多肽)；ii)第二獨立選擇之MOD (例如，包含H16A及F42A取代之變異IL-2多肽)；iii)肽連接子；iv) HLA DRB1 β2多肽；v)肽連接子；及vi) Ig Fc多肽(例如，包含L234A及L235A取代之IgG1 Fc多肽)。舉例而言，本發明之m-TMAPP可包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)抗原決定基，該抗原決定基(直接或經由連接子間接地)共價結合至ii)肽連接子(GGGGS)3 ；iii) HLA DRB1 β1多肽；iv)肽連接子GGGGS；v) HLA DRA α1多肽；及vi) HLA DRA α2多肽；以及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i)第一MOD (例如，包含H16A及F42A取代之變異IL-2多肽)；ii)第二獨立選擇之MOD (例如，包含H16A及F42A取代之變異IL-2多肽)；iii)肽連接子(GGGGS)4 ；iv) HLA DRB1 β2多肽；v)肽連接子(GGGGS)6 ；及vi) Ig Fc多肽(例如，包含L234A及L235A取代之IgG1 Fc多肽)。舉例而言，本發明之m-TMAPP可包含：a)第一多肽，該第一多肽自N末端至C末端依序包含：i)抗原決定基，該抗原決定基(直接或經由連接子間接地)共價結合至ii)肽連接子(GGGGS)3 ；iii) HLA DRB1 β1多肽；iv)肽連接子GGGGS；v) HLA DRA α1多肽；及vi) HLA DRA α2多肽；及b)第二多肽，該第二多肽自N末端至C末端依序包含：i)包含H16A及F42A取代之第一變異IL-2多肽；ii)包含H16A及F42A取代之第二變異IL-2多肽(例如，其中該第一變異IL-2多肽及該第二變異IL-2多肽包含相同的胺基酸序列)；iii)肽連接子(GGGGS)4 ；iv) HLA DRB1 β2多肽；v)肽連接子(GGGGS)6 ；及vi)包含L234A及L235A取代之IgG1 Fc多肽。在一些情況下，該HLA DRB1 β1多肽包含以下胺基酸序列：DTRPRFLWQHKFECHFFNGTERVRLLERCIYNQEESVRFDSDVGEYRAVTELGRPDAEYWNSQKDLLEQRRAAVDTYCRHNYGVGESFTVQR (SEQ ID NO:177)。在一些情況下，該HLA DRA α1多肽包含以下胺基酸序列：IKEEHVIIQAEFYLNPDQSGEFMFDFDGDEIFHVDMAKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLEIMTKRSNY (SEQ ID NO:178之胺基酸1-79)。在一些情況下，該HLA DRA α2多肽包含以下胺基酸序列：EVTVLTNSPVELREPNVLICFIDKFTPPVVNVTWLRNGKPVTTGVSETVFLPREDHLFRKFHYLPFLPSTEDVYDCRVEHWGLDEPLLKHWEFDA (amino acids 4-94 of SEQ ID NO:176)。在一些情況下，該HLA DRB1 β2多肽包含以下胺基酸序列：VEPKVTVYPSKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFRNGQEEKAGVVSTGLIQNGDWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARSESAQSKM (SEQ ID NO:183)。在一些情況下，該第一獨立選擇之MOD及該第二獨立選擇之MOD為變異IL-2多肽，兩者皆包含以下胺基酸序列：APTSSSTKKTQLQLE A LLLDLQMILNGINNYKNPKLTRMLT A KFYMPKKATELKHLQCLEEELKPLEEVLNLAQSKNFHLRPRDLISNINVIVLELKGSETTFMCEYADETATIVEFLNRWITFCQSIISTLT (具有H16A及F42A之SEQ ID NO:27)，其中該H16A及該F42A取代加下劃線。在一些情況下，該Fc多肽為包含L234A及L235A取代之IgG1 Fc多肽，且包含以下胺基酸序列：DKTHTCPPCPAPEAAGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYNSTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (SEQ ID NO:187，相對於SEQ ID NO:181包含L234A及L235A)。
該第一多肽之胺基酸序列可用與圖37A中所描繪之蛋白質/多肽構築體1705之胺基酸21至328相似的方式加以組織(注意：在未與抗原決定基結合之TMAPP中，在該抗原決定基處存在化學結合位點且成熟TMAPP不存在前導序列)。該第二多肽之胺基酸序列可用與圖38A中所描繪之蛋白質/多肽構築體1711之胺基酸21-688相似的方式加以組織(不存在前導序列)。
含 MOD 之 sc-TMAPP
如以上所指示，在一些情況下，TMAPP-抗原決定基結合物包含單一多肽鏈且表示為sc-TMAPP。此部分中所闡述之sc-TMAPP多肽包含一或多個MOD。非限制性實例示意性地描繪於圖 23A 至圖 23F 中。此部分或以下針對包含一或多個MOD之例示性sc-TMAPP之部分中所描述之sc-TMAPP-抗原決定基結合物中之任一者均可包括一或多個處於任兩個相鄰多肽之間，包括但不限於處於以下各項之間的連接子：抗原決定基(諸如肽抗原)與MOD、處於MOD與II類MHC多肽(例如，II類MHC α1、α2、β1或β2多肽)之間、處於兩個II類MHC多肽之間、處於MOD與IgFc多肽之間及處於第一MOD與第二獨立選擇之MOD之間。
貫穿此關於包含一或多個MOD之sc-TMAPP之部分及以下針對包含一或多個MOD之例示性sc-TMAPP之部分，除非另外陳述，否則當sc-TMAPP未結合至抗原決定基(例如，能夠由TCR識別並結合之肽抗原)時，其包含一或多個化學結合位點(例如，在該視情況存在之連接子及/或該II類MHC β1多肽序列中)；並且當轉化成其sc-TMAPP-抗原決定基結合物時，其包含(直接或經由連接子間接地)共價附接至彼等一或多個化學結合位點中之至少一個(例如，處於該視情況存在之連接子或該β1多肽之N末端處或附近)的抗原決定基。
在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之sc-TMAPP或其抗原決定基結合物包含單一多肽鏈，該單一多肽鏈包含(例如，自N末端至C末端)：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC α1多肽；iii) II類MHC α2多肽；iv) II類MHC β1多肽；及v)一或多個MOD。在一些情況下，具有化學結合位點之sc-TMAPP或其抗原決定基結合物包含單一多肽鏈，該單一多肽鏈包含(例如，自N末端至C末端)：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC α1多肽；iii) II類MHC α2多肽；iv) II類MHC β1多肽；及v)一或多個免疫調節多肽。在一些情況下，具有化學結合位點之sc-TMAPP或其抗原決定基結合物包含單一多肽鏈，該單一多肽鏈包含(例如，自N末端至C末端)：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC α1多肽；iii) II類MHC α2多肽；iv) II類MHC β1多肽；v) II類MHC β2多肽；及vi)一或多個MOD；其中當該sc-TMAPP未結合至抗原決定基時，該視情況存在之連接子及/或該II類MHC β1多肽包含一或多個化學結合位點。在一些情況下，具有化學結合位點之sc-TMAPP或其抗原決定基結合物包含單一多肽鏈，該單一多肽鏈包含(例如，自N末端至C末端)：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC α1多肽；iii) II類MHC α2多肽；iv) II類MHC β1多肽；v) II類MHC β2多肽；vi)一或多個MOD；及vii) Ig或非Ig支架多肽。在一些情況下，具有化學結合位點之sc-TMAPP或其抗原決定基結合物包含單一多肽鏈，該單一多肽鏈包含(例如，自N末端至C末端)：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC α1多肽；iii) II類MHC α2多肽；iv) II類MHC β1多肽；v) II類MHC β2多肽；vi)一或多個MOD；及vii)二聚多肽。在一些情況下，該sc-TMAPP包含介於MHC多肽與Ig Fc多肽之間的連接子(L1)；例示性適合連接子包括(GGGGS)n，其中n=1、2、3、4、5、6、7、8、9或10。在一些情況下，該sc-TMAPP包含介於MOD與MHC多肽之間的連接子(L2)；例示性適合連接子包括(GGGGS)n，其中n=1、2、3、4、5、6、7或8。在一些情況下，在該sc-TMAPP包含兩個MOD時，該兩個MOD由連接子(L3)隔開；例示性適合連接子包括(GGGGS)n，其中n=1、2、3、4、5、6、7或8。
在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之sc-TMAPP或其抗原決定基結合物包含單一多肽鏈，該單一多肽鏈包含(例如，自N末端至C末端)：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；v) II類MHC β2多肽；及vi)一或多個MOD。在一些情況下，具有化學結合位點之sc-TMAPP或其抗原決定基結合物自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；及v)一或多個MOD。在一些情況下，具有化學結合位點之sc-TMAPP或其抗原決定基結合物自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；v) II類MHC β2多肽；vi)一或多個MOD；及vii) Ig Fc多肽。在一些情況下，具有化學結合位點之sc-TMAPP或其抗原決定基結合物自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；v) II類MHC β2多肽；vi)第一MOD；vii)第二獨立選擇之MOD；及viii) Ig Fc多肽。在一些情況下，具有化學結合位點之sc-TMAPP或其抗原決定基結合物自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；v)第一MOD；vi)第二獨立選擇之MOD；及vii) Ig Fc多肽。在一些情況下，具有化學結合位點之sc-TMAPP或其抗原決定基結合物自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；v) II類MHC β2多肽；vi)一或多個MOD；及vii)二聚多肽。在一些情況下，具有化學結合位點之sc-TMAPP或其抗原決定基結合物自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；v) II類MHC β2多肽；vi)一或多個MOD；vii)二聚體多肽；及viii)第二二聚多肽。在一些情況下，該sc-TMAPP包含處於MHC多肽與Ig Fc多肽之間的連接子(L1)；例示性適合連接子包括(GGGGS)n，其中n為1、2、3、4、5、6、7或8。在一些情況下，該sc-TMAPP包含處於MOD與MHC多肽之間的連接子(L2)，其中例示性適合連接子包括(GGGGS)n，其中n=1、2、3、4、5、6、7或8。在一些情況下，在該sc-TMAPP包含兩個MOD時，該兩個MOD由連接子(L3)隔開，其中例示性適合連接子包括(GGGGS)n，其中n=1、2、3、4、5、6、7或8。
在一些情況下，具有化學結合位點之sc-TMAPP或其抗原決定基結合物自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；v) II類MHC β2多肽；及vi) MOD。在一些情況下，具有化學結合位點之sc-TMAPP或其抗原決定基結合物自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；v) II類MHC β2多肽；及vi) Ig Fc多肽。在一些情況下，具有化學結合位點之sc-TMAPP或其抗原決定基結合物自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；v) II類MHC β2多肽；及vi) 2個MOD (其可能相同，或獨立地選擇)。在一些情況下，具有化學結合位點之sc-TMAPP或其抗原決定基結合物自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；v) II類MHC β2多肽；vi) 2個MOD (其可能相同，或獨立地選擇)；及v) Ig Fc多肽。
在一些情況下，具有化學結合位點之含MOD之sc-TMAPP或其抗原決定基結合物包含單一多肽鏈，該單一多肽鏈包含(例如，自N末端至C末端)：i)視情況存在之連接子；ii) MOD；iii) II類MHC β1多肽；iv) II類MHC α1多肽；v) II類MHC α2多肽；vi) II類MHC β2多肽；及v)第二獨立選擇之MOD。在一些情況下，具有化學結合位點之sc-TMAPP或其抗原決定基結合物自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) MOD；iii) II類MHC β1多肽；iv) II類MHC α1多肽；v) II類MHC α2多肽；vi) II類MHC β2多肽；vii)第二獨立選擇之MOD；及viii)免疫球蛋白或非免疫球蛋白支架多肽。在一些情況下，具有化學結合位點之sc-TMAPP或其抗原決定基結合物自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子；ii) MOD；iii) II類MHC β1多肽；iv) II類MHC α1多肽；v) II類MHC α2多肽；vi) II類MHC β2多肽；vii)第二獨立選擇之MOD；及viii) Ig Fc多肽。
在一些情況下，使自N末端至C末端包含i) MOD (第一MOD)及ii)抗原決定基之多肽(MOD-抗原決定基肽)與具有一或多個化學結合位點之含MOD之sc-TMAPP結合，其中一個化學結合位點處於其N末端處或附近(例如，30、20、10或5 aa內)，諸如在N末端連接子中。在一個實施例中，用於與該MOD-抗原決定基肽結合之sc-TMAPP包含處於其N末端處或附近(例如，作為N末端連接子之一部分)的化學結合，並且自N末端至C末端依序包含：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；及v) II類MHC β2多肽。結合之後，該sc-TMAPP-抗原決定基結合物自N末端至C末端依序包含：i) MOD；ii)抗原決定基(例如，由TCR識別(例如，能夠識別並結合)之肽抗原)；iii) II類MHC β1多肽；iv) II類MHC α1多肽；v) II類MHC α2多肽；及vi) II類MHC β2多肽。
其他可與MOD-抗原決定基肽(其包括該第一MOD作為該MOD-抗原決定基肽之一部分)結合之包含化學結合位點之含MOD之sc-TMAPP包括：
A) 自N末端至C末端包含i) MOD及ii)抗原決定基之sc-TMAPP包括：1)自N末端至C末端依序為：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；v) II類MHC β2多肽；及vi)免疫球蛋白或非免疫球蛋白支架多肽；
B) 自N末端至C末端依序為：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；v) II類MHC β2多肽；及vi) Ig Fc多肽；
C) 自N末端至C末端依序為：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；v) II類MHC β2多肽；及vi) MOD；
D) 自N末端至C末端依序為：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；v) II類MHC β2多肽；vi) MOD；及vii)免疫球蛋白或非免疫球蛋白支架多肽；
E) 自N末端至C末端依序為：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α1多肽；iv) II類MHC α2多肽；v) II類MHC β2多肽；vi) MOD；及vii) Ig Fc多肽；
F) 自N末端至C末端依序為：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；iv) II類MHC α1多肽；v) II類MHC α2多肽；及vi) MOD；
G) 自N末端至C末端依序為：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；iv) II類MHC α1多肽；v) II類MHC α2多肽；vi) MOD；及vii)免疫球蛋白或非免疫球蛋白支架多肽；
H) 自N末端至C末端依序為：i)視情況存在之連接子；ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；iv) II類MHC α1多肽；v) II類MHC α2多肽；vi) MOD；及vii) Ig Fc多肽；
I) 自N末端至C末端依序為：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；iv) II類MHC α1多肽；及v) II類MHC α2多肽；
J) 自N末端至C末端依序為：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；iv) II類MHC α1多肽；v) II類MHC α2多肽；及vi)免疫球蛋白或非免疫球蛋白支架多肽；
K) 自N末端至C末端依序為： i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；iv) II類MHC α1多肽；v) II類MHC α2多肽；及vi) Ig Fc多肽；
L) 自N末端至C末端依序為： i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；iv) II類MHC α1多肽；v) II類MHC α2多肽；及vi)第二獨立選擇之MOD；
M) 自N末端至C末端依序為： i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；iv) II類MHC α1多肽；v) II類MHC α2多肽；vi)第二獨立選擇之MOD；及vii)免疫球蛋白或非免疫球蛋白支架多肽；
N) 自N末端至C末端依序為： i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC β2多肽；iv) II類MHC α1多肽；v) II類MHC α2多肽；vi)第二獨立選擇之MOD；及vii) Ig Fc多肽；以及
O) 自N末端至C末端依序為：i)視情況存在之連接子，該連接子在存在時結合至ii) II類MHC β1多肽；iii) II類MHC α2多肽；iv) Ig Fc多肽；及v) II類MHC α2多肽；及vi)第二獨立選擇之MOD。
具有至少一個化學結合位點(例如，處於N末端，或處於該視情況存在之連接子內)之含MOD之sc-TMAPP (例如，以上提及之不含MOD之m-TMAPP中之任一者)可與抗原決定基反應，以產生含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物，從而使該抗原決定基共價結合於一或多個化學結合位點處(例如，一個化學結合位點，從而允許該抗原決定基由TCR結合及識別)。結合之後，該含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物可含有其他化學結合位點(例如，用於結合有效負載)。因此，本說明書亦提供並包括此種含MOD之sc-TMAPP抗原決定基結合物。
包含一或多個 MOD 之例示性 sc-TMAPP
以下為本發明之包含一或多個獨立選擇之MOD的sc-TMAPP的非限制性實例。應注意，投與有需要之個體的任何TMAPP一般將不包括前導序列或組胺酸標籤。
1) 在一些情況下，sc-TMAPP-抗原決定基結合物自N末端至C末端依序包含：i)抗原決定基，該抗原決定基(直接或經由連接子間接地)共價結合至ii) HLA β1多肽；iii) HLA α1多肽；iv) HLA α2多肽；v) HLA β2多肽；vi) MOD (例如，對其Co-MOD具有降低之親和力的變異MOD)；及vii) Ig Fc多肽。作為一個非限制性實例，sc-TMAPP-抗原決定基結合物可自N末端至C末端依序包含：i)抗原決定基，該抗原決定基(直接或經由連接子間接地)共價結合至ii) HLA DRB1 β1多肽；iii) HLA DRA α1多肽；iv) HLA DRA α2多肽；v) HLA DRB β2多肽；vi) MOD (例如，包含H16A及F42A取代之變異IL-2多肽)；及vii) IgG1 Fc多肽。在一些情況下，該抗原決定基為血球凝集素抗原決定基(例如，PKYVKQNTLKLAT；SEQ ID NO:85)。在一些情況下，該HLA DRB1 β1多肽包含以下胺基酸序列：DTRPRFLWQHKFECHFFNGTERVRLLERCIYNQEESVRFDSDVGEYRAVTELGRPDAEYWNSQKDLLEQRRAAVDTYCRHNYGVGESFTVQRRVEP (SEQ ID NO:188)。在一些情況下，該HLA DRA α1多肽包含以下胺基酸序列：IKEEHVIIQAEFYLNPDQSGEFMFDFDGDEIFHVDMAKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLEIMTKRSNYTPITN (SEQ ID NO:178)。在一些情況下，該HLA DRB β2多肽包含以下胺基酸序列：KVTVYPSKTQPLQHHNLLVCSVSGFYPGSIEVRWFRNGQEEKAGVVSTGLIQNGDWTFQTLVMLETVPRSGEVYTCQVEHPSVTSPLTVEWRARS (SEQ ID NO:183之胺基酸4-98)。在一些情況下，該變異IL-2多肽包含以下胺基酸序列：APTSSSTKKTQLQLE A LLLDLQMILNGINNYKNPKLTRMLT A KFYMPKKATELKHLQCLEEELKPLEEVLNLAQSKNFHLRPRDLISNINVIVLELKGSETTFMCEYADETATIVEFLNRWITFCQSIISTLT(具有H16A及F42A取代之SEQ ID NO:27)，其中該H16A及F42A取代加下劃線。在一些情況下，該IgG1 Fc多肽包含以下胺基酸序列：DKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYASTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (SEQ ID NO:181)。
在一種此種情況下，該sc-TMAPP可用與圖 28A 中所描繪之蛋白質/多肽構築體1599之胺基酸21至981相似的方式加以組織(在該sc-TMAPP未與抗原決定基結合時，在該抗原決定基處存在化學結合位點，不存在前導序列且不存在C末端連接子及組胺酸標籤)。在一些情況下，該sc-TMAPP-抗原決定基結合物不包括血球凝集素抗原決定基(例如PKYVKQNTLKLAT；SEQ ID NO:85)；替代地，該抗原決定基經不同的抗原決定基取代。圖 27A 為圖 28A 中之蛋白質的不含MOD之對應物，其係藉由表現圖 27B 中之核酸序列而製備。
2) 在一些情況下，sc-TMAPP-抗原決定基結合物自N末端至C末端依序包含：i)抗原決定基，該抗原決定基(直接或經由連接子間接地)共價結合至ii) HLA β1多肽；iii) HLA α1多肽；iv) HLA α2多肽；v)第一MOD (例如，對其Co-MOD具有降低之親和力的變異MOD)；vi)第二獨立選擇之MOD (例如，對其Co-MOD具有降低之親和力的變異MOD)；及vii) Ig Fc多肽。作為一個非限制性實例，sc-TMAPP-抗原決定基結合物可自N末端至C末端依序包含：i)抗原決定基，該抗原決定基(直接或經由連接子間接地)共價結合至ii) HLA DRB1 β1多肽；iii) HLA DRA α1多肽；iv) HLA DRA α2多肽；v)第一MOD (例如，包含H16A及F42A取代之變異IL-2多肽)；vi)第二獨立選擇之MOD (例如，包含H16A及F42A取代之變異IL-2多肽)；及vii) IgG1 Fc多肽。在一些情況下，該抗原決定基為血球凝集素抗原決定基(例如，PKYVKQNTLKLAT；SEQ ID NO:85)。在一些情況下，該HLA DRB1 β1多肽包含以下胺基酸序列：DTRPRFLWQHKFECHFFNGTERVRLLERCIYNQEESVRFDSDVGEYRAVTELGRPDAEYWNSQKDLLEQRRAAVDTYCRHNYGVGESFTVQRRVEP (SEQ ID NO:188)。在一些情況下，該HLA DRA α1多肽包含以下胺基酸序列：IKEEHVIIQAEFYLNPDQSGEFMFDFDGDEIFHVDMAKKETVWRLEEFGRFASFEAQGALANIAVDKANLEIMTKRSNYTPITN (SEQ ID NO:178)。在一些情況下，該HLA DRA α2多肽包含以下胺基酸序列：VPPEVTVLTNSPVELREPNVLICFIDKFTPPVVNVTWLRNGKPVTTGVSETVFLPREDHLFRKFHYLPFLPSTEDVYDCRVEHWGLDEPLLKHWEFDA (SEQ ID NO:179)。在一些情況下，該變異IL-2多肽包含以下胺基酸序列：APTSSSTKKTQLQLE A LLLDLQMILNGINNYKNPKLTRMLT A KFYMPKKATELKHLQCLEEELKPLEEVLNLAQSKNFHLRPRDLISNINVIVLELKGSETTFMCEYADETATIVEFLNRWITFCQSIISTLT (具有H16A及F42A之SEQ ID NO:27)，其中該H16A及F42A取代加下劃線。在一些情況下，該IgG1 Fc多肽包含以下胺基酸序列：DKTHTCPPCPAPELLGGPSVFLFPPKPKDTLMISRTPEVTCVVVDVSHEDPEVKFNWYVDGVEVHNAKTKPREEQYASTYRVVSVLTVLHQDWLNGKEYKCKVSNKALPAPIEKTISKAKGQPREPQVYTLPPSREEMTKNQVSLTCLVKGFYPSDIAVEWESNGQPENNYKTTPPVLDSDGSFFLYSKLTVDKSRWQQGNVFSCSVMHEALHNHYTQKSLSLSPGK (SEQ ID NO:181)。
在一種此種情況下，該sc-TMAPP可用與圖 29A 中所描繪之蛋白質/多肽構築體1601之胺基酸21至876相似的方式加以組織(在該sc-TMAPP未與抗原決定基結合時，在該抗原決定基處存在化學結合位點，不存在前導序列且不存在C末端連接子及組胺酸標籤)。在一些情況下，該sc-TMAPP-抗原決定基結合物不包括血球凝集素抗原決定基(例如PKYVKQNTLKLAT；SEQ ID NO:85)；替代地，該抗原決定基經不同的抗原決定基取代。
作為 TMAPP 結構域 MOD 之免疫調節多肽
適合包括在如本文中所描述之具有化學結合位點之TMAPP或其抗原決定基結合物中之MOD包括但不限於IL-2、CD7、B7-1 (CD80)、B7-2 (CD86)、PD-L1、PD-L2、4-1BBL、OX40L、Fas配位體(FasL)、誘導性共刺激配位體(ICOS-L)、細胞間黏附分子(ICAM)、CD30L、CD40、CD70、CD83、HLA-G、MICA、MICB、HVEM、淋巴毒素β受體、3/TR6、ILT3、ILT4及HVEM。
在一些情況下，該MOD係選自4-1BBL多肽、B7-1多肽、B7-2多肽、ICOS-L多肽、OX-40L多肽、CD80多肽、CD86多肽、PD-L1多肽、FasL多肽及PD-L2多肽。MOD可僅包含全長MOD之細胞外部分。因而，舉例而言，在一些情況下，該MOD可能不包括正常情況下見於天然存在之MOD中的信號肽、跨膜結構域及細胞內結構域中之一或多者。
在一些情況下，適合包括在具有化學結合位點之TMAPP或其抗原決定基結合物中之MOD包含天然存在之MOD之胺基酸序列之全部或一部分(例如，細胞外部分)。在其他情況下，適合包括在具有化學結合位點之TMAPP或其抗原決定基結合物中之MOD為包含與天然存在之MOD之胺基酸序列相比包含至少一個胺基酸取代之變異MOD。在一些情況下，變異MOD對Co-MOD展現比相應天然存在之MOD (例如，不包含該變異體中所存在之胺基酸取代的MOD)對該Co-MOD之親和力低的結合親和力。
具有降低之親和力的變異 MOD
對Co-MOD展現降低之親和力的適合MOD相對於野生型免疫調節結構域可具有1個胺基酸(aa)至20 aa差異。舉例而言，在一些情況下，具有化學結合位點之TMAPP或其抗原決定基結合物中所存在之變異MOD相對於相應野生型MOD可在胺基酸序列方面相差例如1 aa、2 aa、3 aa、4 aa、5 aa、6 aa、7 aa、8 aa、9 aa、10 aa、11 aa、12 aa、13 aa、14 aa、15 aa、16 aa、17 aa、18 aa、19 aa或20 aa (例如，1 aa至5 aa、5 aa至10 aa或10 aa至20 aa)。舉例而言，在一些情況下，具有化學結合位點之TMAPP或其抗原決定基結合物中所存在之變異MOD與相應參考(例如，野生型) MOD相比具有及/或包括：1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20 aa (例如，1至5、2至5、3至5、5至10或10至20)取代。在一些情況下，具有化學結合位點之TMAPP或其抗原決定基結合物中所存在之變異MOD與相應參考物(例如，野生型MOD)相比包括單一胺基酸取代。在一些情況下，TMAPP中所存在之變異MOD相對於相應野生型參考物(例如，野生型MOD)具有及/或包括：1至2 aa取代、1至3 aa取代、1至4 aa取代、1至5 aa取代、1至6 aa取代、1至7 aa取代、1至8 aa取代、1至9 aa取代、1至10 aa取代、1至11 aa取代、1至12 aa取代、1至13 aa取代、1至14 aa取代、1至15 aa取代、1至16 aa取代、1至17 aa取代、1至18 aa取代、1至19 aa取代或1至20 aa取代。
如以上所論述，適合包括在具有化學結合位點之TMAPP或其抗原決定基結合物中之變異MOD對Co-MOD展現與相應野生型MOD對該Co-MOD之親和力相比有所降低之親和力。例示性MOD與Co-MOD配對包括但不限於下表中所列出之項目(a)至(r)：
例示性 MOD 與 Co-MOD 配對
在一些情況下，具有化學結合位點之TMAPP或其抗原決定基結合物中所存在之變異MOD對Co-MOD具有1 nM至100 μM之結合親和力。舉例而言，在一些情況下，具有化學結合位點之TMAPP或其抗原決定基結合物中所存在之變異MOD對Co-MOD具有約1 nM至約5 nM、約5 nM至約10 nM、約10 nM至約50 nM、約50 nM至約100 nM、約100 nM至約150 nM、約150 nM至約200 nM、約200 nM至約250 nM、約250 nM至約300 nM、約300 nM至約350 nM、約350 nM至約400 nM、約400 nM至約500 nM、約500 nM至約600 nM、約600 nM至約700 nM、約700 nM至約800 nM、約800 nM至約900 nM、約900 nM至約1 μM、約1 μM至約5 μM、約5 μM至約10 μM、約10 μM至約15 μM、約15 μM至約20 μM、約20 μM至約25 μM、約25 μM至約50 μM、約50 μM至約75 μM或約75 μM至約100 μM之結合親和力。
可藉由生物層干涉術(BLI)使用經純化之MOD及經純化之Co-MOD來測定MOD與其Co-MOD之間的結合親和力。可藉由BLI使用經純化之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物及Co-MOD來測定包含MOD之TMAPP (例如，sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)與Co-MOD之間的結合親和力。BLI方法對熟習此項技術者為熟知的。參見例如Lad等人 (2015)J. Biomol. Screen . 20(4):498-507；以及Shah及Duncan (2014)J. Vis. Exp. 18:e51383。可使用以下程序測定本發明中所描述之MOD與其Co-MOD之間或包含MOD之TMAPP與其同源Co-MOD之間的特異性結合親和力及相對結合親和力。
為了測定含MOD之sc-TMAPP或m-TMAPP與其同源Co-MOD之間的結合親和力，可使用Octet RED 96 (Pal FortéBio)儀器或類似儀器如下進行BLI分析。將包含MOD之TMAPP (例如，本發明之包含變異MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物；或者包含野生型MOD之對照sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)固定至不溶性載體(「生物感測器」)上。經固定之包含MOD之TMAPP為「標靶」。可藉由將捕獲抗體固定至不溶性載體上來實現固定，其中該捕獲抗體固定該包含MOD之TMAPP。舉例而言，可藉由將抗Fc (例如，抗人類IgG Fc)抗體固定至不溶性載體上來實現固定，其中經固定之抗Fc抗體結合至並且固定包含MOD及IgFc多肽之TMAPP。將Co-MOD以若干不同的濃度施加至經固定之TMAPP，並且記錄載體之反應。在包含25 mM HEPES pH 6.8、5%聚(乙二醇) 6000、50 mM KCl、0.1%牛血清白蛋白及0.02% Tween 20非離子清潔劑之液體介質中進行分析。在30℃下進行共免疫調節多肽與經固定之多肽之結合。作為結合親和力之陽性對照，可使用抗I類MHC單株抗體。舉例而言，可使用抗HLD-DR3單株抗體，諸如16-23抗體(Sigma；亦稱為「16.23」；參見例如Pious等人, (1985)J. Exp. Med. 162:1193；Mellins等人, (1991)J. Exp. Med. 174:1607；ECACC雜交瘤保藏16-23，ECACC 99043001)作為結合親和力之陽性對照。作為另一實例，可使用全部II類HLA抗體，諸如HKB1抗體(Immunotools；Holte等人(1989)Eur. J. Immunol. 19:1221)作為結合親和力之陽性對照。可使用抗II類MHC單株抗體之連續稀釋來產生標準曲線。共免疫調節多肽或抗II類MHC mAb為「分析物」。BLI分析自兩個表面反射之白光的干涉圖案：i)經固定之多肽(「標靶」)；及ii)內部參考層。與生物感測器尖端結合之分子(「分析物」；例如，共免疫調節多肽；抗HLA抗體)的數目的變化引起干涉圖案變化；可即時量測此干涉圖案變化。描述標靶/分析物相互作用之親和力的兩個動力學術語為締合常數(k a )及解離常數(k d )。此兩個術語之比率(k d /k a )得到親和力常數KD 。
如以上所指出，亦可藉由BLI來測定MOD (例如，IL-2或IL-2變異體)與其Co-MOD (例如，IL-2R)之間的結合親和力。該分析法與以上針對包含MOD之TMAPP所描述之分析法相似。可使用Octet RED 96 (Pal FortéBio)儀器或類似儀器如下進行BLI分析。將包含MOD之TMAPP之組分MOD(例如，本發明之變異IL-2多肽)及對照野生型MOD (例如野生型IL-2)各自固定至不溶性載體(「生物感測器」)上。MOD為「標靶」。可藉由將捕獲抗體固定至不溶性載體上來實現固定，其中該捕獲抗體固定該MOD。舉例而言，若該標靶與免疫親和力標籤(例如FLAG、人類IgG Fc)融合，則可藉由以針對該免疫親和力標籤之適當抗體(例如抗人類IgG Fc)固定至不溶性載體上來實現固定，其中經固定之抗體結合至並且固定該MOD (其中該MOD包含IgFc多肽)。將Co-MOD (或多肽)以若干不同的濃度施加至經固定之MOD，並且記錄生物感測器之反應。替代地，將Co-MOD (或多肽)固定至生物感測器(例如，對於IL-2受體異源三聚體，呈單體次單元、異源二聚次複合體或完全異源三聚體形式)；將MOD以若干不同的濃度施加至經固定之coMOD，並且記錄生物感測器之反應。在包含25 mM HEPES pH 6.8、5%聚(乙二醇) 6000、50 mM KCl、0.1%牛血清白蛋白及0.02% Tween 20非離子清潔劑之液體介質中進行分析。在30℃下進行Co-MOD與經固定之MOD之結合。BLI分析自兩個表面反射之白光的干涉圖案：i)經固定之多肽(「標靶」)；及ii)內部參考層。與生物感測器尖端結合之分子(「分析物」；例如，Co-MOD)的數目的變化引起干涉圖案變化；可即時量測此干涉圖案變化。描述標靶/分析物相互作用之親和力的兩個動力學術語為締合常數(k a )及解離常數(k d )。此兩個術語之比率(k d /k a )得到親和力常數KD 。測定野生型MOD (例如IL-2)對其受體(例如IL-2R)及變異MOD (例如，如本文中所揭示之IL-2變異體)對其Co-MOD (例如，其受體) (例如，IL-2R)之結合親和力因而允許確定該變異MOD相較於該野生型MOD對其Co-MOD之相對結合親和力。亦即，可確定變異MOD對其受體(其同源Co-MOD)之結合親和力與野生型MOD對該Co-MOD之結合親和力相比是否有所降低，並且若如此，則可確定相對於野生型Co-MOD之結合親和力的降低量(例如，百分比)。
在多孔平板中進行BLI分析。為了進行該分析，定義平板佈局，定義分析步驟，且在Octet Data Acquisition軟體中給生物感測器賦值。使生物感測器組合件水合。使經水合之生物感測器組合件及分析板在Octet儀器上平衡10分鐘。一旦獲取資料，便將所獲取之資料加載至Octet Data Analysis軟體中。在處理窗口中藉由規定參考扣除、y軸比對、步驟間修正及Savitzky-Golay過濾之方法來對資料進行處理。在分析窗口中藉由規定欲分析之步驟(締合及解離)、選擇曲線擬合模型(1:1)、擬合方法(全域)及相關窗口(以秒計)來對資料進行分析。評估擬合品質。各資料跡線(分析物濃度)之KD 值若在3倍範圍內則可取平均值。KD 誤差值應在親和力常數值之一個數量級內；R2 值應在0.95以上。參見例如Abdiche等人(2008)J. Anal. Biochem. 377:209。
在一些情況下，當藉由BLI (如以上所描述)加以量測時，i)包含野生型MOD之對照TMAPP對Co-MOD之結合親和力與ii)包含野生型MOD之變異體的TMAPP對該Co-MOD之結合親和力的比率為至少1.5:1、至少2:1、至少5:1、至少10:1、至少15:1、至少20:1、至少25:1、至少50:1、至少100:1、至少500:1、至少102 :1、至少5×102 :1、至少103 :1、至少5×103 :1、至少104 :1、至少105 :1或至少106 :1。在一些情況下，當藉由BLI加以量測時，i)包含野生型MOD之對照TMAPP對Co-MOD之結合親和力與ii)包含野生型MOD之變異體的TMAPP對該Co-MOD之結合親和力的比率處於1.5:1至106 :1，例如1.5:1至10:1、10:1至50:1、50:1至102 :1、102 :1至103 :1、103 :1至104 :1、104 :1至105 :1或105 :1至106 :1之範圍內。
在一些實施例中，將成為TMAPP-抗原決定基結合物之一部分的抗原決定基(例如，肽抗原)以至少100 μM (例如，至少10 μM、至少1 μM、至少100 nM、至少10 nM或至少1 nM)之親和力結合至T細胞上之T細胞受體(TCR)。在一些實施例中，該抗原決定基以約10-4 M至約5×10-4 M、約5×10-4 M至約10-5 M、約10-5 M至約5×10-5 M、約5×10-5 M至約10-6 M、約10-6 M至約5×10-6 M、約5×10-6 M至約10-7 M、約10-7 M至約5×10-7 M、約5×10-7 M至約10-8 M或約10-8 M至約10-9 M之親和力結合至T細胞上之TCR。以另一種方式表述，在一些實施例中，結合之後將存在於TMAPP-抗原決定基結合物中之抗原決定基以約1 nM至約5 nM、約5 nM至約10 nM、約10 nM至約50 nM、約50 nM至約100 nM、約0.1 μM至約0.5 μM、約0.5 μM至約1 μM、約1 μM至約5 μM、約5 μM至約10 μM、約10 μM至約25 μM、約25 μM至約50 μM、約50 μM至約75 μM或約75 μM至約100 μM之親和力結合T細胞上之TCR。
在一些情況下，可能存在於包含MOD之TMAPP中之變異MOD對Co-MOD具有約1 nM至約100 nM或約100 nM至約100 μM之結合親和力。舉例而言，在一些實施例中，TMAPP中所存在之變異MOD對Co-MOD具有約100 nM至約150 nM、約150 nM至約200 nM、約200 nM至約250 nM、約250 nM至約300 nM、約300 nM至約350 nM、約350 nM至約400 nM、約400 nM至約500 nM、約500 nM至約600 nM、約600 nM至約700 nM、約700 nM至約800 nM、約800 nM至約900 nM、約900 nM至約1 μM、約1 μM至約5 μM、約5 μM至約10 μM、約10 μM至約15 μM、約15 μM至約20 μM、約20 μM至約25 μM、約25 μM至約50 μM、約50 μM至約75 μM或約75 μM至約100 μM之結合親和力。在一些實施例中，TMAPP中所存在之變異MOD對Co-MOD具有約1 nM至約5 nM、約5 nM至約10 nM、約10 nM至約50 nM或約50 nM至約100 nM之結合親和力。
PD-L1 變異體
作為一個非限制性實例，在一些情況下，具有化學結合位點之TMAPP或其抗原決定基結合物中所存在之變異MOD為變異PD-L1多肽。野生型PD-L1結合PD1。
野生型人類PD-L1多肽可包含以下胺基酸序列：MRIFAVFIFM TYWHLLNAFT VTVPKDLYVV EYGSNMTIEC KFPVEKQLDL AALIVYWEME DKNIIQFVHG EEDLKVQHSS YRQRARLLKD QLSLGNAALQ ITDVKLQDAG VYRCMISYGG ADYKRITVKV NAPYNKINQR ILVVDPVTSE HELTCQAEGY PKAEVIWTSS DHQVLSGKTT TTNSKREEKL FNVTSTLRIN TTTNEIFYCT FRRLDPEENH TAELVIPGNI LNVSIKICLT LSPST (SEQ ID NO:13)。
野生型人類PD-L1胞外域可包含以下胺基酸序列：FT VTVPKDLYVV EYGSNMTIEC KFPVEKQLDL AALIVYWEME DKNIIQFVHG EEDLKVQHSS YRQRARLLKD QLSLGNAALQ ITDVKLQDAG VYRCMISYGG ADYKRITVKV NAPYNKINQR ILVVDPVTSE HELTCQAEGY PKAEVIWTSS DHQVLSGKTT TTNSKREEKL FNVTSTLRIN TTTNEIFYCT FRRLDPEENH TAELVIPGNI LNVSIKI (SEQ ID NO:14)。
野生型PD-1多肽(NCBI登錄號NP 005009.2，胺基酸2-288)可包含以下胺基酸序列：PGWFLDSPDR PWNPPTFSPA LLVVTEGDNA TFTCSFSNTS ESFVLNWYRM SPSNQTDKLA AFPEDRSQPG QDCRFRVTQL PNGRDFHMSV VRARRNDSGT YLCGAISLAP KAQIKESLRA ELRVTERRAE VPTAHPSPSP RPAGQFQTLV VGVVGGLLGS LVLLVWVLAV ICSRAARGTI GARRTGQPLK EDPSAVPVFS VDYGELDFQW REKTPEPPVP CVPEQTEYAT IVFPSGMGTS SPARRGSADG PRSAQPLRPE DGHCSWPL (SEQ ID NO:15)。
在一些情況下，變異PD-L1多肽對PD-1 (例如，包含SEQ ID NO:15中所示之胺基酸序列的PD-1多肽)展現與包含SEQ ID NO:13或SEQ ID NO:14中所示之胺基酸序列的PD-L1多肽之結合親和力相比有所降低之結合親和力。舉例而言，在一些情況下，本發明之變異PD-L1多肽以比包含SEQ ID NO:13或SEQ ID NO:14中所示之胺基酸序列的PD-L1多肽的結合親和力低至少10%、低至少15%、低至少20%、低至少25%、低至少30%、低至少35%、低至少40%、低至少45%、低至少50%、低至少55%、低至少60%、低至少65%、低至少70%、低至少75%、低至少80%、低至少85%、低至少90%、低至少95%或低95%以上之結合親和力結合PD-1 (例如，包含SEQ ID NO:15中所示之胺基酸序列的PD-1多肽)。
在一些情況下，變異PD-L1多肽對PD-1具有1 nM至1 mM之結合親和力。在一些情況下，本發明之變異PD-L1多肽對PD-1具有約100 nM至約100 μM之結合親和力。作為另一實例，在一些情況下，變異PD-L1多肽對PD1 (例如，包含SEQ ID NO:15中所示之胺基酸序列的PD1多肽)具有約100 nM至約150 nM、約150 nM至約200 nM、約200 nM至約250 nM、約250 nM至約300 nM、約300 nM至約350 nM、約350 nM至約400 nM、約400 nM至約500 nM、約500 nM至約600 nM、約600 nM至約700 nM、約700 nM至約800 nM、約800 nM至約900 nM、約900 nM至約1 μM、約1 μM至約5 μM、約5 μM至約10 μM、約10 μM至約15 μM、約15 μM至約20 μM、約20 μM至約25 μM、約25 μM至約50 μM、約50 μM至約75 μM或約75 μM至約100 μM之結合親和力。
在一些情況下，變異PD-L1多肽與SEQ ID NO:13或SEQ ID NO:14中所示之PD-L1胺基酸序列相比具有單一胺基酸取代。在一些情況下，變異PD-L1多肽與SEQ ID NO:13或SEQ ID NO:14中所示之PD-L1胺基酸序列相比具有2至10個胺基酸取代。在一些情況下，變異PD-L1多肽與SEQ ID NO:13或SEQ ID NO:14中所示之PD-L1胺基酸序列相比具有2、3、4、5、6、7、8、9或10個胺基酸取代。
適合之PD-L1變異體包括包含與以下胺基酸序列具有至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列的多肽：
FT VTVPK XLYVV EYGSNMTIECKFPVEKQLDL AALIVYWEME DKNIIQFVHG EEDLKVQHSS YRQRARLLKD QLSLGNAALQ ITDVKLQDAG VYRCMISYGG ADYKRITVKV NAPYNKINQR ILVVDPVTSE HELTCQAEGY PKAEVIWTSS DHQVLSGKTT TTNSKREEKL FNVTSTLRIN TTTNEIFYCT FRRLDPEENH TAELVIPGNI LNVSIKI (SEQ ID NO:14)，其中X為除Asp以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala。在一些情況下，X為Arg。
適合之PD-L1變異體包括包含與以下胺基酸序列具有至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列的多肽：
FT VTVPKDLYVV EYGSNMTIEC KFPVEKQLDL AALX VYWEME DKNIIQFVHG EEDLKVQHSS YRQRARLLKD QLSLGNAALQ ITDVKLQDAG VYRCMISYGG ADYKRITVKV NAPYNKINQR ILVVDPVTSE HELTCQAEGY PKAEVIWTSS DHQVLSGKTT TTNSKREEKL FNVTSTLRIN TTTNEIFYCT FRRLDPEENH TAELVIPGNI LNVSIKI (SEQ ID NO:14)，其中X為除Ile以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Asp。
適合之PD-L1變異體包括包含與以下胺基酸序列具有至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列的多肽：
FT VTVPKDLYVV EYGSNMTIEC KFPVEKQLDL AALIVYWEME DKNIIQFVHG EX DLKVQHSS YRQRARLLKD QLSLGNAALQ ITDVKLQDAG VYRCMISYGG ADYKRITVKV NAPYNKINQR ILVVDPVTSE HELTCQAEGY PKAEVIWTSS DHQVLSGKTT TTNSKREEKL FNVTSTLRIN TTTNEIFYCT FRRLDPEENH TAELVIPGNI LNVSIKI (SEQ ID NO:14)，其中X為除Glu以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Arg。
CD80 變異體
在一些情況下，本發明之TMAPP中所存在之變異MOD為變異CD80多肽。野生型CD80結合CD28。
人類CD80之胞外域之野生型胺基酸序列可如下：
VIHVTK EVKEVATLSC GHNVSVEELA QTRIYWQKEK KMVLTMMSGD MNIWPEYKNR TIFDITNNLS IVILALRPSD EGTYECVVLK YEKDAFKREH LAEVTLSVKA DFPTPSISDF EIPTSNIRRI ICSTSGGFPE PHLSWLENGE ELNAINTTVS QDPETELYAV SSKLDFNMTT NHSFMCLIKY GHLRVNQTFN WNTTKQEHFP DN (SEQ ID NO:16)。
野生型CD28胺基酸序列可如下：MLRLLLALNL FPSIQVTGNK ILVKQSPMLV AYDNAVNLSC KYSYNLFSRE FRASLHKGLD SAVEVCVVYG NYSQQLQVYS KTGFNCDGKL GNESVTFYLQ NLYVNQTDIY FCKIEVMYPP PYLDNEKSNG TIIHVKGKHL CPSPLFPGPS KPFWVLVVVG GVLACYSLLV TVAFIIFWVR SKRSRLLHSD YMNMTPRRPG PTRKHYQPYA PPRDFAAYRS (SEQ ID NO:17)。
野生型CD28胺基酸序列可如下：MLRLLLALNL FPSIQVTGNK ILVKQSPMLV AYDNAVNLSW KHLCPSPLFP GPSKPFWVLV VVGGVLACYS LLVTVAFIIF WVRSKRSRLL HSDYMNMTPR RPGPTRKHYQ PYAPPRDFAA YRS (SEQ ID NO:18)
野生型CD28胺基酸序列可如下：MLRLLLALNL FPSIQVTGKH LCPSPLFPGP SKPFWVLVVV GGVLACYSLL VTVAFIIFWV RSKRSRLLHS DYMNMTPRRP GPTRKHYQPY APPRDFAAYR S (SEQ ID NO:19)。
在一些情況下，變異CD80多肽對CD28展現與包含SEQ ID NO:16中所示之胺基酸序列的CD80多肽對CD28之結合親和力相比有所降低之結合親和力。舉例而言，在一些情況下，變異CD80多肽以比包含SEQ ID NO:16中所示之胺基酸序列的CD80多肽對CD28 (例如，包含SEQ ID NO:17、18或19之一中所示之胺基酸序列的CD28多肽)之結合親和力低至少10%、低至少15%、低至少20%、低至少25%、低至少30%、低至少35%、低至少40%、低至少45%、低至少50%、低至少55%、低至少60%、低至少65%、低至少70%、低至少75%、低至少80%、低至少85%、低至少90%、低至少95%或低95%以上之結合親和力結合CD28。
在一些情況下，變異CD80多肽對CD28具有約100 nM至約100 μM之結合親和力。作為另一實例，在一些情況下，本發明之變異CD80多肽對CD28 (例如，包含SEQ ID NO:17、SEQ ID NO:18或SEQ ID NO:19中所示之胺基酸序列的CD28多肽)具有約100 nM至約150 nM、約150 nM至約200 nM、約200 nM至約250 nM、約250 nM至約300 nM、約300 nM至約350 nM、約350 nM至約400 nM、約400 nM至約500 nM、約500 nM至約600 nM、約600 nM至約700 nM、約700 nM至約800 nM、約800 nM至約900 nM、約900 nM至約1 μM、約1 μM至約5 μM、約5 μM至約10 μM、約10 μM至約15 μM、約15 μM至約20 μM、約20 μM至約25 μM、約25 μM至約50 μM、約50 μM至約75 μM或約75 μM至約100 μM之結合親和力。
在一些情況下，變異CD80多肽與SEQ ID NO:16中所示之CD80胺基酸序列相比具有單一胺基酸取代。在一些情況下，變異CD80多肽與SEQ ID NO:4中所示之CD80胺基酸序列相比具有2至10個胺基酸取代。在一些情況下，變異CD80多肽與SEQ ID NO:16中所示之CD80胺基酸序列相比具有2、3、4、5、6、7、8、9或10個胺基酸取代。
適合之CD80變異體包括包含與以下胺基酸序列中之任一者具有至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列的多肽：
VIHVTK EVKEVATLSC GHX VSVEELA QTRIYWQKEK KMVLTMMSGD MNIWPEYKNR TIFDITNNLS IVILALRPSD EGTYECVVLK YEKDAFKREH LAEVTLSVKA DFPTPSISDF EIPTSNIRRI ICSTSGGFPE PHLSWLENGE ELNAINTTVS QDPETELYAV SSKLDFNMTT NHSFMCLIKY GHLRVNQTFN WNTTKQEHFP DN (SEQ ID NO:16)，其中X為除Asn以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
VIHVTK EVKEVATLSC GHNVSVEELA QTRIYWQKEK KMVLTMMSGD MNIWPEYKNR TIFDITX NLS IVILALRPSD EGTYECVVLK YEKDAFKREH LAEVTLSVKA DFPTPSISDF EIPTSNIRRI ICSTSGGFPE PHLSWLENGE ELNAINTTVS QDPETELYAV SSKLDFNMTT NHSFMCLIKY GHLRVNQTFN WNTTKQEHFP DN (SEQ ID NO:16)，其中X為除Asn以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
VIHVTK EVKEVATLSC GHNVSVEELA QTRIYWQKEK KMVLTMMSGD MNIWPEYKNR TIFDITNNLSX VILALRPSD EGTYECVVLK YEKDAFKREH LAEVTLSVKA DFPTPSISDF EIPTSNIRRI ICSTSGGFPE PHLSWLENGE ELNAINTTVS QDPETELYAV SSKLDFNMTT NHSFMCLIKY GHLRVNQTFN WNTTKQEHFP DN (SEQ ID NO:16)，其中X為除Ile以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
VIHVTK EVKEVATLSC GHNVSVEELA QTRIYWQKEK KMVLTMMSGD MNIWPEYKNR TIFDITNNLS IVILALRPSD EGTYECVVLX YEKDAFKREH LAEVTLSVKA DFPTPSISDF EIPTSNIRRI ICSTSGGFPE PHLSWLENGE ELNAINTTVS QDPETELYAV SSKLDFNMTT NHSFMCLIKY GHLRVNQTFN WNTTKQEHFP DN (SEQ ID NO:16)，其中X為除Lys以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
VIHVTK EVKEVATLSC GHNVSVEELA QTRIYWQKEK KMVLTMMSGD MNIWPEYKNR TIFDITNNLS IVILALRPSD EGTYECVVLK YEKDAFKREH LAEVTLSVKA DFPTPSISDF EIPTSNIRRI ICSTSGGFPE PHLSWLENGE ELNAINTTVSX DPETELYAV SSKLDFNMTT NHSFMCLIKY GHLRVNQTFN WNTTKQEHFP DN (SEQ ID NO:16)，其中X為除Gln以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
VIHVTK EVKEVATLSC GHNVSVEELA QTRIYWQKEK KMVLTMMSGD MNIWPEYKNR TIFDITNNLS IVILALRPSD EGTYECVVLK YEKDAFKREH LAEVTLSVKA DFPTPSISDF EIPTSNIRRI ICSTSGGFPE PHLSWLENGE ELNAINTTVS QX PETELYAV SSKLDFNMTT NHSFMCLIKY GHLRVNQTFN WNTTKQEHFP DN (SEQ ID NO:16)，其中X為除Asp以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
VIHVTK EVKEVATLSC GHNVSVEEX A QTRIYWQKEK KMVLTMMSGD MNIWPEYKNR TIFDITNNLS IVILALRPSD EGTYECVVLK YEKDAFKREH LAEVTLSVKA DFPTPSISDF EIPTSNIRRI ICSTSGGFPE PHLSWLENGE ELNAINTTVS QDPETELYAV SSKLDFNMTT NHSFMCLIKY GHLRVNQTFN WNTTKQEHFP DN (SEQ ID NO:16)，其中X為除Leu以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
VIHVTK EVKEVATLSC GHNVSVEELA QTRIX WQKEK KMVLTMMSGD MNIWPEYKNR TIFDITNNLS IVILALRPSD EGTYECVVLK YEKDAFKREH LAEVTLSVKA DFPTPSISDF EIPTSNIRRI ICSTSGGFPE PHLSWLENGE ELNAINTTVS QDPETELYAV SSKLDFNMTT NHSFMCLIKY GHLRVNQTFN WNTTKQEHFP DN (SEQ ID NO:16)，其中X為除Tyr以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
VIHVTK EVKEVATLSC GHNVSVEELA QTRIYWX KEK KMVLTMMSGD MNIWPEYKNR TIFDITNNLS IVILALRPSD EGTYECVVLK YEKDAFKREH LAEVTLSVKA DFPTPSISDF EIPTSNIRRI ICSTSGGFPE PHLSWLENGE ELNAINTTVS QDPETELYAV SSKLDFNMTT NHSFMCLIKY GHLRVNQTFN WNTTKQEHFP DN (SEQ ID NO:16)，其中X為除Gln以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
VIHVTK EVKEVATLSC GHNVSVEELA QTRIYWQKEK KX VLTMMSGD MNIWPEYKNR TIFDITNNLS IVILALRPSD EGTYECVVLK YEKDAFKREH LAEVTLSVKA DFPTPSISDF EIPTSNIRRI ICSTSGGFPE PHLSWLENGE ELNAINTTVS QDPETELYAV SSKLDFNMTT NHSFMCLIKY GHLRVNQTFN WNTTKQEHFP DN (SEQ ID NO:16)，其中X為除Met以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
VIHVTK EVKEVATLSC GHNVSVEELA QTRIYWQKEK KMX LTMMSGD MNIWPEYKNR TIFDITNNLS IVILALRPSD EGTYECVVLK YEKDAFKREH LAEVTLSVKA DFPTPSISDF EIPTSNIRRI ICSTSGGFPE PHLSWLENGE ELNAINTTVS QDPETELYAV SSKLDFNMTT NHSFMCLIKY GHLRVNQTFN WNTTKQEHFP DN (SEQ ID NO:16)，其中X為除Val以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
VIHVTK EVKEVATLSC GHNVSVEELA QTRIYWQKEK KMVLTMMSGD MNX WPEYKNR TIFDITNNLS IVILALRPSD EGTYECVVLK YEKDAFKREH LAEVTLSVKA DFPTPSISDF EIPTSNIRRI ICSTSGGFPE PHLSWLENGE ELNAINTTVS QDPETELYAV SSKLDFNMTT NHSFMCLIKY GHLRVNQTFN WNTTKQEHFP DN (SEQ ID NO:16)，其中X為除Ile以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
VIHVTK EVKEVATLSC GHNVSVEELA QTRIYWQKEK KMVLTMMSGD MNIWPEX KNR TIFDITNNLS IVILALRPSD EGTYECVVLK YEKDAFKREH LAEVTLSVKA DFPTPSISDF EIPTSNIRRI ICSTSGGFPE PHLSWLENGE ELNAINTTVS QDPETELYAV SSKLDFNMTT NHSFMCLIKY GHLRVNQTFN WNTTKQEHFP DN (SEQ ID NO:16)，其中X為除Tyr以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
VIHVTK EVKEVATLSC GHNVSVEELA QTRIYWQKEK KMVLTMMSGD MNIWPEYKNR TIFX ITNNLS IVILALRPSD EGTYECVVLK YEKDAFKREH LAEVTLSVKA DFPTPSISDF EIPTSNIRRI ICSTSGGFPE PHLSWLENGE ELNAINTTVS QDPETELYAV SSKLDFNMTT NHSFMCLIKY GHLRVNQTFN WNTTKQEHFP DN (SEQ ID NO:16)，其中X為除Asp以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
VIHVTK EVKEVATLSC GHNVSVEELA QTRIYWQKEK KMVLTMMSGD MNIWPEYKNR TIFDITNNLS IVILALRPSD EGTYECVVLK YEKDAFKREH LAEVTLSVKA DX PTPSISDF EIPTSNIRRI ICSTSGGFPE PHLSWLENGE ELNAINTTVS QDPETELYAV SSKLDFNMTT NHSFMCLIKY GHLRVNQTFN WNTTKQEHFP DN (SEQ ID NO:16)，其中X為除Phe以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
VIHVTK EVKEVATLSC GHNVSVEELA QTRIYWQKEK KMVLTMMSGD MNIWPEYKNR TIFDITNNLS IVILALRPSD EGTYECVVLK YEKDAFKREH LAEVTLSVKA DFPTPSISDF EIPTSNIRRI ICSTSGGFPE PHLSWLENGE ELNAINTTVX QDPETELYAV SSKLDFNMTT NHSFMCLIKY GHLRVNQTFN WNTTKQEHFP DN (SEQ ID NO:16)，其中X為除Ser以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；及
VIHVTK EVKEVATLSC GHNVSVEELA QTRIYWQKEK KMVLTMMSGD MNIWPEYKNR TIFDITNNLS IVILALRPSD EGTYECVVLK YEKDAFKREH LAEVTLSVKA DFPTX SISDF EIPTSNIRRI ICSTSGGFPE PHLSWLENGE ELNAINTTVS QDPETELYAV SSKLDFNMTT NHSFMCLIKY GHLRVNQTFN WNTTKQEHFP DN (SEQ ID NO:16)，其中X為除Pro以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala。
CD86 變異體
在一些情況下，具有化學結合位點之TMAPP或其抗原決定基結合物中所存在之變異MOD為變異CD86多肽。野生型CD86結合CD28。
野生型人類CD86之完全胞外域之胺基酸序列可如下：
APLKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVVFWQDQENLVLNEVYLGKEKFDSVHSKYM N RTSF D SDS W TLRLHNLQIKDKGLYQCIIH H KKPTGMIRIHQMNSELSVL ANFSQPEIVPISNITENVYINLTCSSIHGYPEPKKMSVLLRTKNSTIEYDGIMQKSQDNVTELYDVSISLSVSFPDVTSNMTIFCILETDKTRLLSSPFSIELEDPQPPPDHIP (SEQ ID NO:20)。
野生型人類CD86之IgV結構域之胺基酸序列可如下：
APLKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVVFWQDQENLVLNEVYLGKEKFDSVHSKYM N RTSF D SDS W TLRLHNLQIKDKGLYQCIIH H KKPTGMIRIHQMNSELSVL (SEQ ID NO:21)。
在一些情況下，變異CD86多肽對CD28展現與包含SEQ ID NO:20或SEQ ID NO:21中所示之胺基酸序列的CD86多肽對CD28之結合親和力相比有所降低之結合親和力。舉例而言，在一些情況下，變異CD86多肽以比包含SEQ ID NO:20或SEQ ID NO:21中所示之胺基酸序列的CD86多肽對CD28 (例如，包含SEQ ID NO:17、18或19之一中所示之胺基酸序列的CD28多肽)之結合親和力低至少10%、低至少15%、低至少20%、低至少25%、低至少30%、低至少35%、低至少40%、低至少45%、低至少50%、低至少55%、低至少60%、低至少65%、低至少70%、低至少75%、低至少80%、低至少85%、低至少90%、低至少95%或低95%以上之結合親和力結合CD28。
在一些情況下，變異CD86多肽對CD28具有約100 nM至約100 μM之結合親和力。作為另一實例，在一些情況下，本發明之變異CD86多肽對CD28 (例如，包含SEQ ID NO:17、18或19之一中所示之胺基酸序列的CD28多肽)具有約100 nM至約150 nM、約150 nM至約200 nM、約200 nM至約250 nM、約250 nM至約300 nM、約300 nM至約350 nM、約350 nM至約400 nM、約400 nM至約500 nM、約500 nM至約600 nM、約600 nM至約700 nM、約700 nM至約800 nM、約800 nM至約900 nM、約900 nM至約1 μM、約1 μM至約5 μM、約5 μM至約10 μM、約10 μM至約15 μM、約15 μM至約20 μM、約20 μM至約25 μM、約25 μM至約50 μM、約50 μM至約75 μM或約75 μM至約100 μM之結合親和力。
在一些情況下，變異CD86多肽與SEQ ID NO:20中所示之CD86胺基酸序列相比具有單一胺基酸取代。在一些情況下，變異CD86多肽與SEQ ID NO:20中所示之CD86胺基酸序列相比具有2至10個胺基酸取代。在一些情況下，變異CD86多肽與SEQ ID NO:20中所示之CD86胺基酸序列相比具有2、3、4、5、6、7、8、9或10個胺基酸取代。
在一些情況下，變異CD86多肽與SEQ ID NO:21中所示之CD86胺基酸序列相比具有單一胺基酸取代。在一些情況下，變異CD86多肽與SEQ ID NO:21中所示之CD86胺基酸序列相比具有2至10 (2、3、4、5、6、7、8、9或10)個胺基酸取代。在一些情況下，變異CD86多肽與SEQ ID NO21中所示之CD86胺基酸序列相比具有2、3、4、5、6、7、8、9或10個胺基酸取代。
適合之CD86變異體包括包含與以下胺基酸序列中之任一者具有至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列的多肽：
APLKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVVFWQDQENLVLNEVYLGKEKFDSVHSKYM X RTSFDSDSWTLRLHNLQIKDKGLYQCIIHHKKPTGMIRIHQMNSELSVLANFSQPEIVPISNITENVYINLTCSSIHGYPEPKKMSVLLRTKNSTIEYDGIMQKSQDNVTELYDVSISLSVSFPDVTSNMTIFCILETDKTRLLSSPFSIELEDPQPPPDHIP (SEQ ID NO:20)，其中X為除Asn以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
APLKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVVFWQDQENLVLNEVYLGKEKFDSVHSKYMNRTSF X SDSWTLRLHNLQIKDKGLYQCIIHHKKPTGMIRIHQMNSELSVLANFSQPEIVPISNITENVYINLTCSSIHGYPEPKKMSVLLRTKNSTIEYDGIMQKSQDNVTELYDVSISLSVSFPDVTSNMTIFCILETDKTRLLSSPFSIELEDPQPPPDHIP (SEQ ID NO:20)，其中X為除Asp以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
APLKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVVFWQDQENLVLNEVYLGKEKFDSVHSKYMNRTSFDSDS X TLRLHNLQIKDKGLYQCIIHHKKPTGMIRIHQMNSELSVLANFSQPEIVPISNITENVYINLTCSSIHGYPEPKKMSVLLRTKNSTIEYDGIMQKSQDNVTELYDVSISLSVSFPDVTSNMTIFCILETDKTRLLSSPFSIELEDPQPPPDHIP (SEQ ID NO:20)，其中X為除Trp以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
APLKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVVFWQDQENLVLNEVYLGKEKFDSVHSKYMNRTSFDSDSWTLRLHNLQIKDKGLYQCIIH X KKPTGMIRIHQMNSELSVLANFSQPEIVPISNITENVYINLTCSSIHGYPEPKKMSVLLRTKNSTIEYDGIMQKSQDNVTELYDVSISLSVSFPDVTSNMTIFCILETDKTRLLSSPFSIELEDPQPPPDHIP (SEQ ID NO:20)，其中X為除His以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
APLKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVVFWQDQENLVLNEVYLGKEKFDSVHSKYM X RTSFDSDSWTLRLHNLQIKDKGLYQCIIHHKKPTGMIRIHQMNSELSVL (SEQ ID NO:20)，其中X為除Asn以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
APLKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVVFWQDQENLVLNEVYLGKEKFDSVHSKYMNRTSF X SDSWTLRLHNLQIKDKGLYQCIIHHKKPTGMIRIHQMNSELSVL (SEQ ID NO:20)，其中X為除Asp以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
APLKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVVFWQDQENLVLNEVYLGKEKFDSVHSKYMNRTSFDSDS X TLRLHNLQIKDKGLYQCIIHHKKPTGMIRIHQMNSELSVL (SEQ ID NO:20)，其中X為除Trp以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
APLKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVVFWQDQENLVLNEVYLGKEKFDSVHSKYMNRTSFDSDSWTLRLHNLQIKDKGLYQCIIH X KKPTGMIRIHQMNSELSVL (SEQ ID NO:20)，其中X為除His以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
APLKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVVFWQDQENL X LNEVYLGKEKFDSVHSKYMNRTSFDSDSWTLRLHNLQIKDKGLYQCIIHHKKPTGMIRIHQMNSELSVLANFSQPEIVPISNITENVYINLTCSSIHGYPEPKKMSVLLRTKNSTIEYDGIMQKSQDNVTELYDVSISLSVSFPDVTSNMTIFCILETDKTRLLSSPFSIELEDPQPPPDHIP (SEQ ID NO:20)，其中X為除Val以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
APLKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVVFWQDQENL X LNEVYLGKEKFDSVHSKYMNRTSFDSDSWTLRLHNLQIKDKGLYQCIIHHKKPTGMIRIHQMNSELSVL (SEQ ID NO:20)，其中X為除Val以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
APLKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVVFW X DQENLVLNEVYLGKEKFDSVHSKYMNRTSFDSDSWTLRLHNLQIKDKGLYQCIIHHKKPTGMIRIHQMNSELSVLANFSQPEIVPISNITENVYINLTCSSIHGYPEPKKMSVLLRTKNSTIEYDGIMQKSQDNVTELYDVSISLSVSFPDVTSNMTIFCILETDKTRLLSSPFSIELEDPQPPPDHIP (SEQ ID NO:20)，其中X為除Gln以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
APLKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVVFW X DQENLVLNEVYLGKEKFDSVHSKYMNRTSFDSDSWTLRLHNLQIKDKGLYQCIIHHKKPTGMIRIHQMNSELSVL (SEQ ID NO:20)，其中X為除Gln以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
APLKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVV X WQDQENLVLNEVYLGKEKFDSVHSKYMNRTSFDSDSWTLRLHNLQIKDKGLYQCIIHHKKPTGMIRIHQMNSELSVLANFSQPEIVPISNITENVYINLTCSSIHGYPEPKKMSVLLRTKNSTIEYDGIMQKSQDNVTELYDVSISLSVSFPDVTSNMTIFCILETDKTRLLSSPFSIELEDPQPPPDHIP (SEQ ID NO:20)，其中X為除Phe以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
APLKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVV X WQDQENLVLNEVYLGKEKFDSVHSKYMNRTSFDSDSWTLRLHNLQIKDKGLYQCIIHHKKPTGMIRIHQMNSELSVL (SEQ ID NO:20)，其中X為除Phe以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
APLKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVVFWQDQENLVLNEVYLGKEKFDSVHSKYMNRTSFDSDSWT X RLHNLQIKDKGLYQCIIHHKKPTGMIRIHQMNSELSVLANFSQPEIVPISNITENVYINLTCSSIHGYPEPKKMSVLLRTKNSTIEYDGIMQKSQDNVTELYDVSISLSVSFPDVTSNMTIFCILETDKTRLLSSPFSIELEDPQPPPDHIP (SEQ ID NO:20)，其中X為除Leu以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
APLKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVVFWQDQENLVLNEVYLGKEKFDSVHSKYMNRTSFDSDSWT X RLHNLQIKDKGLYQCIIHHKKPTGMIRIHQMNSELSVL (SEQ ID NO:20)，其中X為除Leu以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
APLKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVVFWQDQENLVLNEVYLGKEKFDSVHSK X MNRTSFDSDSWTLRLHNLQIKDKGLYQCIIHHKKPTGMIRIHQMNSELSVLANFSQPEIVPISNITENVYINLTCSSIHGYPEPKKMSVLLRTKNSTIEYDGIMQKSQDNVTELYDVSISLSVSFPDVTSNMTIFCILETDKTRLLSSPFSIELEDPQPPPDHIP (SEQ ID NO:20)，其中X為除Tyr以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
APLKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVVFWQDQENLVLNEVYLGKEKFDSVHSK X MNRTSFDSDSWTLRLHNLQIKDKGLYQCIIHHKKPTGMIRIHQMNSELSVL (SEQ ID NO:20)，其中X為除Tyr以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
APLKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVVFWQDQENLVLNEVYLGKEKFDSVHSKYM X RTSFDSDSWTLRLHNLQIKDKGLYQCIIH X KKPTGMIRIHQMNSELSVLANFSQPEIVPISNITENVYINLTCSSIHGYPEPKKMSVLLRTKNSTIEYDGIMQKSQDNVTELYDVSISLSVSFPDVTSNMTIFCILETDKTRLLSSPFSIELEDPQPPPDHIP (SEQ ID NO:20)，其中第一個X為除Asn以外之任何胺基酸，且第二個X為除His以外之任何胺基酸。在一些情況下，第一個X及第二個X皆為Ala；
APLKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVVFWQDQENLVLNEVYLGKEKFDSVHSKYM X RTSFDSDSWTLRLHNLQIKDKGLYQCIIH X KKPTGMIRIHQMNSELSVL (SEQ ID NO:20)，其中第一個X為除Asn以外之任何胺基酸，且第二個X為除His以外之任何胺基酸。在一些情況下，第一個X及第二個X皆為Ala；
APLKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVVFWQDQENLVLNEVYLGKEKFDSVHSKYMNRTSF X1 SDSWTLRLHNLQIKDKGLYQCIIH X2 KKPTGMIRIHQMNSELSVLANFSQPEIVPISNITENVYINLTCSSIHGYPEPKKMSVLLRTKNSTIEYDGIMQKSQDNVTELYDVSISLSVSFPDVTSNMTIFCILETDKTRLLSSPFSIELEDPQPPPDHIP (SEQ ID NO:20)，其中X1 為除Asp以外之任何胺基酸，且X2 為除His以外之任何胺基酸。在一些情況下，X1 為Ala且X2 為Ala；
APLKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVVFWQDQENLVLNEVYLGKEKFDSVHSKYMNRTSF X1 SDSWTLRLHNLQIKDKGLYQCIIH X2 KKPTGMIRIHQMNSELSVL (SEQ ID NO:20)，其中第一個X為除Asn以外之任何胺基酸，且第二個X為除His以外之任何胺基酸。在一些情況下，第一個X及第二個X皆為Ala；
APLKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVVFWQDQENLVLNEVYLGKEKFDSVHSKYM X1 RTSF X2 SDSWTLRLHNLQIKDKGLYQCIIH X3 KKPTGMIRIHQMNSELSVLANFSQPEIVPISNITENVYINLTCSSIHGYPEPKKMSVLLRTKNSTIEYDGIMQKSQDNVTELYDVSISLSVSFPDVTSNMTIFCILETDKTRLLSSPFSIELEDPQPPPDHIP (SEQ ID NO:20)，其中X1 為除Asn以外之任何胺基酸，X2 為除Asp以外之任何胺基酸，且X3 為除His以外之任何胺基酸。在一些情況下，X1 為Ala，X2 為Ala，且X3 為Ala；及
APLKIQAYFNETADLPCQFANSQNQSLSELVVFWQDQENLVLNEVYLGKEKFDSVHSKYM X1 RTSF X2 SDSWTLRLHNLQIKDKGLYQCIIH X3 KKPTGMIRIHQMNSELSVL (SEQ ID NO:20)，其中X1 為除Asn以外之任何胺基酸，X2 為除Asp以外之任何胺基酸，且X3 為除His以外之任何胺基酸。在一些情況下，X1 為Ala，X2 為Ala，且X3 為Ala。
4-1BBL 變異體
在一些情況下，具有化學結合位點之TMAPP或其抗原決定基結合物中所存在之變異MOD為變異4-1BBL多肽。野生型4-1BBL結合至4-1BB (CD137)。
野生型4-1BBL胺基酸序列可如下：MEYASDASLD PEAPWPPAPR ARACRVLPWA LVAGLLLLLL LAAACAVFLA CPWAVSGARA SPGSAASPRL REGPELSPDD PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIDGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:22)。
在一些情況下，變異4-1BBL多肽為人類4-1BBL之腫瘤壞死因子(TNF)同源性結構域(THD)之變異體。
人類4-1BBL之THD之野生型胺基酸序列可例如為如下之SEQ ID NO:23-25之一：
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIDGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)；
D PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIDGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:24)；或
D PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIDGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPA (SEQ ID NO:25)。
野生型4-1BB胺基酸序列可如下：MGNSCYNIVA TLLLVLNFER TRSLQDPCSN CPAGTFCDNN RNQICSPCPP NSFSSAGGQR TCDICRQCKG VFRTRKECSS TSNAECDCTP GFHCLGAGCS MCEQDCKQGQ ELTKKGCKDC CFGTFNDQKR GICRPWTNCS LDGKSVLVNG TKERDVVCGP SPADLSPGAS SVTPPAPARE PGHSPQIISF FLALTSTALL FLLFFLTLRF SVVKRGRKKL LYIFKQPFMR PVQTTQEEDG CSCRFPEEEE GGCEL (SEQ ID NO:26)。
在一些情況下，變異4-1BBL多肽對4-1BB展現與包含SEQ ID NO:22-25之一中所示之胺基酸序列的4-1BBL多肽的結合親和力相比有所降低之結合親和力。舉例而言，在一些情況下，本發明之變異4-1BBL多肽以當在相同條件下分析時比包含SEQ ID NO:22-25之一中所示之胺基酸序列的4-1BBL多肽對4-1BB多肽(例如，包含SEQ ID NO:26中所示之胺基酸序列的4-1BB多肽)之結合親和力低至少10%、低至少15%、低至少20%、低至少25%、低至少30%、低至少35%、低至少40%、低至少45%、低至少50%、低至少55%、低至少60%、低至少65%、低至少70%、低至少75%、低至少80%、低至少85%、低至少90%、低至少95%或低95%以上之結合親和力結合4-1BB。
在一些情況下，變異4-1BBL多肽對4-1BB具有約100 nM至約100 μM之結合親和力。作為另一實例，在一些情況下，變異4-1BBL多肽對4-1BB (例如，包含SEQ ID NO:26中所示之胺基酸序列的4-1BB多肽)具有約100 nM至約150 nM、約150 nM至約200 nM、約200 nM至約250 nM、約250 nM至約300 nM、約300 nM至約350 nM、約350 nM至約400 nM、約400 nM至約500 nM、約500 nM至約600 nM、約600 nM至約700 nM、約700 nM至約800 nM、約800 nM至約900 nM、約900 nM至約1 μM、約1 μM至約5 μM、約5 μM至約10 μM、約10 μM至約15 μM、約15 μM至約20 μM、約20 μM至約25 μM、約25 μM至約50 μM、約50 μM至約75 μM或約75 μM至約100 μM之結合親和力。
在一些情況下，變異4-1BBL多肽與SEQ ID NO:22-25之一中所示之4-1BBL胺基酸序列相比具有單一胺基酸取代。在一些情況下，變異4-1BBL多肽與SEQ ID NO:22-25之一中所示之4-1BBL胺基酸序列相比具有2至10 (2、3、4、5、6、7、8、9或10)個胺基酸取代。在一些情況下，變異4-1BBL多肽與SEQ ID NO:22-25之一中所示之4-1BBL胺基酸序列相比具有2、3、4、5、6、7、8、9或10個胺基酸取代。
適合之4-1BBL變異體包括包含與以下胺基酸序列中之任一者具有至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列的多肽：
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIDGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYX EDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Lys以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIDGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWX LTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Gln以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQGX FAQLVAQNV LLIDGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Met以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MX AQLVAQNV LLIDGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Phe以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAX LVAQNV LLIDGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Gln以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQX VAQNV LLIDGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Leu以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLX AQNV LLIDGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Val以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAX NV LLIDGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Gln以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQX V LLIDGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Asn以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNX LLIDGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Val以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNVX LIDGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Leu以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LX IDGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Leu以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLX DGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Ile以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIX GPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Asp以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIDX PLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Gly以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGX LSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Pro以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPX SWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Leu以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLX WY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Ser以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSX Y SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Trp以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWX SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Tyr以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWYX DPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Ser以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SX PGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23/)，其中X為除Asp以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDX GLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Pro以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPX LAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Gly以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGX AGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Leu以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAX VSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Gly以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGX SL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Val以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVX L TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Ser以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSX TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Leu以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSLX GGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Thr以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TX GLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Gly以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGX LSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Gly以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGX SYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Leu以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLX YKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Ser以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSX KEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Tyr以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKX DT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Glu以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEX T KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Asp以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDX KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Thr以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDTX ELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Lys以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KX LVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Glu以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVX FQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Phe以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFX QLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Phe以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFX LELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Gln以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQX ELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Leu以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLX LR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Glu以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLEX R RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Leu以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELX RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Arg以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELRX VVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Arg以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RX VAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Val以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVX AGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Val以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAX EGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Gly以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGX GSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Glu以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEX SGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Gly以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGX GS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Ser以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVX LPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Asp以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDX PPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Leu以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLX PASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Pro以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPAX S EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Ser以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASX EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Ser以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASSX ARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Glu以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EAX NSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Arg以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARX SAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Asn以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNX AFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Ser以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAX GFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Phe以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGX RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Gln以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQX LGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Arg以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RX GVHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Leu以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLX VHLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Gly以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGX HLHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Val以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVX LHTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除His以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHX HTEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Leu以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLX TEA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除His以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHX EA RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Thr以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTX A RARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Glu以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEAX ARHAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Arg以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RAX HAWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Arg以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARX AWQLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除His以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAX QLTQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Trp以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQX TQ GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Leu以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLX Q GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Thr以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTX GATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Gln以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQX ATVLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Gly以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GAX VLGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Thr以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；且
PAGLLDLRQG MFAQLVAQNV LLIGGPLSWY SDPGLAGVSL TGGLSYKEDT KELVVAKAGV YYVFFQLELR RVVAGEGSGS VSLALHLQPL RSAAGAAALA LTVDLPPASS EARNSAFGFQ GRLLHLSAGQ RLGVHLHTEA RARHAWQLTQ GATX LGLFRV TPEIPAGLPS PRSE (SEQ ID NO:23)，其中X為除Val以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala。
IL-2 變異體
在一些情況下，具有化學結合位點之TMAPP或其抗原決定基結合物中所存在之變異MOD為變異IL-2多肽。野生型IL-2結合至IL-2受體(IL-2R)。
野生型IL-2胺基酸序列可如下：APTSSSTKKT QLQL EH LLL D LQMILNGINN YKNPKLTRML T F KF Y MPKKA TELKHLQCLEEELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNRWITFC Q SIIS TLT (SEQ ID NO:27)。
野生型IL2結合至細胞表面上之IL2受體(IL2R)。在一些情況下，IL2受體為包含α鏈(IL-2Rα；亦稱為CD25)、β鏈(IL-2Rβ；亦稱為CD122)及γ鏈(IL-2Rγ；亦稱為CD132)之異源三聚多肽。人類IL-2Rα、IL2Rβ及IL-2Rγ之胺基酸序列可如下。
人類IL-2Rα：ELCDDDPPE IPHATFKAMA YKEGTMLNCE CKRGFRRIKS GSLYMLCTGN SSHSSWDNQC QCTSSATRNT TKQVTPQPEE QKERKTTEMQ SPMQPVDQAS LPGHCREPPP WENEATERIY HFVVGQMVYY QCVQGYRALH RGPAESVCKM THGKTRWTQP QLICTGEMET SQFPGEEKPQ ASPEGRPESE TSCLVTTTDF QIQTEMAATM ETSIFTTEYQ VAVAGCVFLL ISVLLLSGLT WQRRQRKSRR TI (SEQ ID NO:28)。
人類IL-2Rβ：VNG TSQFTCFYNS RANISCVWSQ DGALQDTSCQ VHAWPDRRRW NQTCELLPVS QASWACNLIL GAPDSQKLTT VDIVTLRVLC REGVRWRVMA IQDFKPFENL RLMAPISLQV VHVETHRCNI SWEISQASHY FERHLEFEAR TLSPGHTWEE APLLTLKQKQ EWICLETLTP DTQYEFQVRV KPLQGEFTTW SPWSQPLAFR TKPAALGKDT IPWLGHLLVG LSGAFGFIIL VYLLINCRNT GPWLKKVLKC NTPDPSKFFS QLSSEHGGDV QKWLSSPFPS SSFSPGGLAP EISPLEVLER DKVTQLLLQQ DKVPEPASLS SNHSLTSCFT NQGYFFFHLP DALEIEACQV YFTYDPYSEE DPDEGVAGAP TGSSPQPLQP LSGEDDAYCT FPSRDDLLLF SPSLLGGPSP PSTAPGGSGA GEERMPPSLQ ERVPRDWDPQ PLGPPTPGVP DLVDFQPPPE LVLREAGEEV PDAGPREGVS FPWSRPPGQG EFRALNARLP LNTDAYLSLQ ELQGQDPTHL V (SEQ ID NO:29)。
人類IL-2Rγ：LNTTILTP NGNEDTTADF FLTTMPTDSL SVSTLPLPEV QCFVFNVEYM NCTWNSSSEP QPTNLTLHYW YKNSDNDKVQ KCSHYLFSEE ITSGCQLQKK EIHLYQTFVV QLQDPREPRR QATQMLKLQN LVIPWAPENL TLHKLSESQL ELNWNNRFLN HCLEHLVQYR TDWDHSWTEQ SVDYRHKFSL PSVDGQKRYT FRVRSRFNPL CGSAQHWSEW SHPIHWGSNT SKENPFLFAL EAVVISVGSM GLIISLLCVY FWLERTMPRI PTLKNLEDLV TEYHGNFSAW SGVSKGLAES LQPDYSERLC LVSEIPPKGG ALGEGPGASP CNQHSPYWAP PCYTLKPET (SEQ ID NO:30)。
在本發明之sc-TMAPP或m-TMAPP包含變異IL-2多肽之一些情況下，Co-MOD為包含含有SEQ ID NO:28、29及30之胺基酸序列的多肽的IL-2R。
在一些情況下，變異IL-2多肽對IL-2R展現與包含SEQ ID NO:27中所示之胺基酸序列的IL-2多肽的結合親和力相比有所降低之結合親和力。舉例而言，在一些情況下，本發明之變異IL-2多肽以當在相同條件下分析時比包含SEQ ID NO:27中所示之胺基酸序列的IL-2多肽對IL-2R (例如，包含含有SEQ ID NO:28-30中所示之胺基酸序列的多肽的IL-2R)之結合親和力低至少10%、低至少15%、低至少20%、低至少25%、低至少30%、低至少35%、低至少40%、低至少45%、低至少50%、低至少55%、低至少60%、低至少65%、低至少70%、低至少75%、低至少80%、低至少85%、低至少90%、低至少95%或低95%以上之結合親和力結合IL-2R。
在一些情況下，變異IL-2多肽對IL-2R具有約100 nM至約100 μM之結合親和力。作為另一實例，在一些情況下，變異IL-2多肽對IL-2R (例如，包含含有SEQ ID NO:28-30中所示之胺基酸序列的多肽的IL-2R)具有約100 nM至約150 nM、約150 nM至約200 nM、約200 nM至約250 nM、約250 nM至約300 nM、約300 nM至約350 nM、約350 nM至約400 nM、約400 nM至約500 nM、約500 nM至約600 nM、約600 nM至約700 nM、約700 nM至約800 nM、約800 nM至約900 nM、約900 nM至約1 μM、約1 μM至約5 μM、約5 μM至約10 μM、約10 μM至約15 μM、約15 μM至約20 μM、約20 μM至約25 μM、約25 μM至約50 μM、約50 μM至約75 μM或約75 μM至約100 μM之結合親和力。
在一些情況下，變異IL-2多肽與SEQ ID NO:27中所示之IL-2胺基酸序列相比具有單一胺基酸取代。在一些情況下，變異IL-2多肽與SEQ ID NO:27中所示之IL-2胺基酸序列相比具有2至10個胺基酸取代。在一些情況下，變異IL-2多肽與SEQ ID NO:27中所示之IL-2胺基酸序列相比具有2、3、4、5、6、7、8、9或10個胺基酸取代。
適合之IL-2變異體包括包含與以下胺基酸序列中之任一者具有至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列的多肽：
APTSSSTKKT QLQLEHLLLD LQMILNGINN YKNPKLTRML T X KFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (SEQ ID NO:27)，其中X為除Phe以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
APTSSSTKKT QLQLEHLLL X LQMILNGINN YKNPKLTRML TFKFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (SEQ ID NO:27)，其中X為除Asp以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
APTSSSTKKT QLQL X HLLLD LQMILNGINN YKNPKLTRML TFKFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (SEQ ID NO:27)，其中X為除Glu以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
APTSSSTKKT QLQLE X LLLD LQMILNGINN YKNPKLTRML TFKFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (SEQ ID NO:27)，其中X為除His以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala。在一些情況下，X為Arg。在一些情況下，X為Asn。在一些情況下，X為Asp。在一些情況下，X為Cys。在一些情況下，X為Glu。在一些情況下，X為Gln。在一些情況下，X為Gly。在一些情況下，X為Ile。在一些情況下，X為Lys。在一些情況下，X為Leu。在一些情況下，X為Met。在一些情況下，X為Phe。在一些情況下，X為Pro。在一些情況下，X為Ser。在一些情況下，X為Thr。在一些情況下，X為Tyr。在一些情況下，X為Trp。在一些情況下，X為Val；
APTSSSTKKT QLQLEHLLLD LQMILNGINN YKNPKLTRML TFKF X MPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (SEQ ID NO:27)，其中X為除Tyr以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
APTSSSTKKT QLQLEHLLLD LQMILNGINN YKNPKLTRML TFKFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFC X SIIS TLT (SEQ ID NO:27)，其中X為除Gln以外之任何胺基酸。在一些情況下，X為Ala；
APTSSSTKKT QLQLE X1 LLLD LQMILNGINN YKNPKLTRML T X2 KFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (SEQ ID NO:27)，其中X1 為除His以外之任何胺基酸，且其中X2 為除Phe以外之任何胺基酸。在一些情況下，X1 為Ala。在一些情況下，X2 為Ala。在一些情況下，X1 為Ala且X2 為Ala；
APTSSSTKKT QLQLEHLLL X1 LQMILNGINN YKNPKLTRML T X2 KFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (SEQ ID NO:27)，其中X1 為除Asp以外之任何胺基酸，且其中X2 為除Phe以外之任何胺基酸。在一些情況下，X1 為Ala。在一些情況下，X2 為Ala。在一些情況下，X1 為Ala且X2 為Ala；
APTSSSTKKT QLQL X1 HLLL X2 LQMILNGINN YKNPKLTRML T X3 KFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (SEQ ID NO:27)，其中X1 為除Glu以外之任何胺基酸；其中X2 為除Asp以外之任何胺基酸；且其中X3 為除Phe以外之任何胺基酸。在一些情況下，X1 為Ala。在一些情況下，X2 為Ala。在一些情況下，X3 為Ala。在一些情況下，X1 為Ala；X2 為Ala；且X3 為Ala；
APTSSSTKKT QLQLE X1 LLL X2 LQMILNGINN YKNPKLTRML T X3 KFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (SEQ ID NO:27)，其中X1 為除His以外之任何胺基酸；其中X2 為除Asp以外之任何胺基酸；且其中X3 為除Phe以外之任何胺基酸。在一些情況下，X1 為Ala。在一些情況下，X2 為Ala。在一些情況下，X3 為Ala。在一些情況下，X1 為Ala；X2 為Ala；且X3 為Ala；
APTSSSTKKT QLQLEHLLL X1 LQMILNGINN YKNPKLTRML T X2 KFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFC X3 SIIS TLT (SEQ ID NO:27)，其中X1 為除Asp以外之任何胺基酸；其中X2 為除Phe以外之任何胺基酸；且其中X3 為除Gln以外之任何胺基酸。在一些情況下，X1 為Ala。在一些情況下，X2 為Ala。在一些情況下，X3 為Ala。在一些情況下，X1 為Ala；X2 為Ala；且X3 為Ala；
APTSSSTKKT QLQLEHLLL X1 LQMILNGINN YKNPKLTRML T X2 KF X3 MPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (SEQ ID NO:27)，其中X1 為除Asp以外之任何胺基酸；其中X2 為除Phe以外之任何胺基酸；且其中X3 為除Tyr以外之任何胺基酸。在一些情況下，X1 為Ala。在一些情況下，X2 為Ala。在一些情況下，X3 為Ala。在一些情況下，X1 為Ala；X2 為Ala；且X3 為Ala；
APTSSSTKKT QLQLE X1 LLL X2 LQMILNGINN YKNPKLTRML T X3 KF X4 MPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFCQSIIS TLT (SEQ ID NO:27)，其中X1 為除His以外之任何胺基酸；其中X2 為除Asp以外之任何胺基酸；其中X3 為除Phe以外之任何胺基酸；且其中X4 為除Tyr以外之任何胺基酸。在一些情況下，X1 為Ala。在一些情況下，X2 為Ala。在一些情況下，X3 為Ala。在一些情況下，X4 為Ala。在一些情況下，X1 為Ala；X2 為Ala；X3 為Ala；且X4 為Ala；
APTSSSTKKT QLQLEHLLL X1 LQMILNGINN YKNPKLTRML T X2 KF X3 MPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFC X4 SIIS TLT (SEQ ID NO:27)，其中X1 為除Asp以外之任何胺基酸；其中X2 為除Phe以外之任何胺基酸；其中X3 為除Tyr以外之任何胺基酸；且其中X4 為除Gln以外之任何胺基酸。在一些情況下，X1 為Ala。在一些情況下，X2 為Ala。在一些情況下，X3 為Ala。在一些情況下，X4 為Ala。在一些情況下，X1 為Ala；X2 為Ala；X3 為Ala；且X4 為Ala；
APTSSSTKKT QLQLE X1 LLL X2 LQMILNGINN YKNPKLTRML T X3 KF X4 MPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFC X5 SIIS TLT (SEQ ID NO:27)，其中X1 為除His以外之任何胺基酸；其中X2 為除Asp以外之任何胺基酸；其中X3 為除Phe以外之任何胺基酸；其中X4 為除Tyr以外之任何胺基酸；且其中X5 為除Gln以外之任何胺基酸。在一些情況下，X1 為Ala。在一些情況下，X2 為Ala。在一些情況下，X3 為Ala。在一些情況下，X4 為Ala。在一些情況下，X5 為Ala。在一些情況下，X1 為Ala；X2 為Ala；X3 為Ala；X4 為Ala；且X5 為Ala；及
APTSSSTKKT QLQLE X1 LLLD LQMILNGINN YKNPKLTRML T X2 KFYMPKKA TELKHLQCLE EELKPLEEVL NLAQSKNFHL RPRDLISNIN VIVLELKGSE TTFMCEYADE TATIVEFLNR WITFC X3 SIIS TLT (SEQ ID NO:27)，其中X1 為除His以外之任何胺基酸；其中X2 為除Phe以外之任何胺基酸；且其中X3 為除Gln以外之任何胺基酸。在一些情況下，X1 為Ala。在一些情況下，X2 為Ala。在一些情況下，X3 為Ala。在一些情況下，X1 為Ala；X2 為Ala；且X3 為Ala。
在本文中所提供之野生型或變異IL-2序列中之任一者中，位置125處之半胱胺酸可經丙胺酸取代(C125A取代)。除了由該取代所提供之任何穩定性以外，亦可採用例如含抗原決定基之肽或有效負載結合至任何TMAPP中其他處之半胱胺酸殘基，從而避免與IL-2 MOD序列中之C125競爭。
二聚體配對
如以上所指出，在一些情況下，TMAPP可包含多肽之二聚體配對(或二聚配對)。舉例而言，在作為至少包含第一多肽及第二多肽之多聚體多肽的任何TMAPP中，該第一多肽可包含二聚配對之第一成員，且該第二多肽可包含該二聚配對之第二成員。
二聚肽在此項技術中為已知的；且任何已知二聚肽均適用。二聚肽包括含有由膠原蛋白重複序列Gly-Xaa-Xaa組成之膠原蛋白結構域的膠原凝集素家族多肽(例如，ACRP30或ACRP30樣蛋白)。其他二聚肽包括雙螺旋結構域及白胺酸拉鏈結構域。膠原蛋白結構域可包含(Gly-Xaa-Xaa)n ，其中Xaa為任何胺基酸，且其中n為10至40之整數。在一些情況下，膠原蛋白結構域包含(Gly-Xaa-Pro)n ，其中Xaa為任何胺基酸且n為10至40之整數。二聚肽在此項技術中為眾所周知的；參見例如美國專利公開案第2003/0138440號。
在一些情況下，二聚配對包括兩個彼此結合之白胺酸拉鏈多肽。白胺酸拉鏈多肽之非限制性實例包括例如以下胺基酸序列中之任一者的肽：RMKQIEDKIEEILSKIYHIENEIARIKKLIGER (SEQ ID NO:86)；LSSIEKKQEEQTSWLIWISNELTLIRNELAQS (SEQ ID NO:87)；LSSIEKKLEEITSQLIQISNELTLIRNELAQ (SEQ ID NO:88)；LSSIEKKLEEITSQLIQIRNELTLIRNELAQ (SEQ ID NO:89)；LSSIEKKLEEITSQLQQIRNELTLIRNELAQ (SEQ ID NO:90)；LSSLEKKLEELTSQLIQLRNELTLLRNELAQ (SEQ ID NO:91)；及ISSLEKKIEELTSQIQQLRNEITLLRNEIAQ (SEQ ID NO:92)。
在一些情況下，白胺酸拉鏈多肽包含以下胺基酸序列：LEIEAAFLERENTALETRVAELRQRVQRLRNRVSQYRTRYGPLGGGK (SEQ ID NO:93)。
其他白胺酸拉鏈多肽在此項技術中為已知的，其中任一者均適用於本發明之任何TMAPP。
膠原蛋白寡聚肽可包含以下胺基酸序列：VTAFSNMDDMLQKAHLVIEGTFIYLRDSTEFFIRVRDGWKKLQLGELIPIPADSPPPPALSSNP ( SEQ ID NO:94)。
雙螺旋二聚肽在此項技術中為已知的。舉例而言，雙螺旋二聚肽可為以下胺基酸序列中之任一者的肽：LKSVENRLAVV ENQLKTVIEELKTVKDLLSN (SEQ ID NO:95)；LARIEEKLKTIKAQLSEIASTLNMIREQLAQ (SEQ ID NO:96)；VSRLEEKVKTLKSQVTELASTVSLLREQVAQ (SEQ ID NO:97)；IQSEKKIEDISSLIGQIQSEITLIRNEIAQ (SEQ ID NO:98)；及LMSLEKKLEELTQTLMQLQNELSMLKNELAQ (SEQ ID NO:99)。
在一些情況下，二聚肽包含至少一個半胱胺酸殘基。實例包括例如：VDLEGSTSNGRQCAGIRL (SEQ ID NO:100)；EDDVTTTEELAPALVPPPKGTCAGWMA (SEQ ID NO:101)；及GHDQETTTQGPGVLLPLPKGACTGQMA (SEQ ID NO:102)。
額外多肽
本發明之任何TMAPP之多肽鏈可包括除以上所描述之彼等多肽以外的一或多個多肽。適合之額外多肽包括抗原決定基標籤及親和力結構域。一或多個額外多肽可包括在例如i)本發明之任何TMAPP之多肽鏈的N末端；ii)本發明之任何TMAPP之多肽鏈的C末端；或iii)本發明之任何TMAPP之多肽鏈內部。
抗原決定基標籤
適合之抗原決定基標籤包括但不限於血球凝集素(HA；例如，YPYDVPDYA (SEQ ID NO:31)；FLAG (例如，DYKDDDDK (SEQ ID NO32)；c-myc (例如，EQKLISEEDL；SEQ ID NO:33)及其類似物。
親和力結構域
親和力結構域包括可與結合搭配物，例如，諸如固定於固體載體上之可用於鑑定或純化之結合搭配物相互作用的肽序列。編碼多個連續單一胺基酸，諸如組胺酸之DNA序列當與所表現之蛋白質融合時可用於藉由與樹脂管柱，諸如鎳SEPHAROSE® 之高親和力結合對重組蛋白質進行一步式純化。例示性親和力結構域包括His5 (HHHHH) (SEQ ID NO:34)、HisX6 (HHHHHH) (SEQ ID NO:35)、C-myc (EQKLISEEDL) (SEQ ID NO:33)、Flag (DYKDDDDK) (SEQ ID NO:32)、StrepTag (WSHPQFEK) (SEQ ID NO:36)、血球凝集素例如HA標籤(YPYDVPDYA) (SEQ ID NO:31)、谷胱甘肽-S-轉移酶(GST)、硫氧還原蛋白、纖維素結合結構域、RYIRS (SEQ ID NO:37)、Phe-His-His-Thr (SEQ ID NO:38)、幾丁質結合結構域、S肽、T7肽、SH2結構域、C端RNA標籤、WEAAAREACCRECCARA (SEQ ID NO:39)、金屬結合結構域(例如，鋅結合結構域或鈣結合結構域，諸如來自鈣結合蛋白，例如鈣調蛋白、肌鈣蛋白C、鈣調磷酸酶B、肌蛋白輕鏈、恢復蛋白、S-調控蛋白、視錐蛋白、VILIP、神經鈣蛋白、海馬鈣蛋白、頻率蛋白(frequenin)、鈣牽蛋白、鈣蛋白酶大次單元、S100蛋白、小白蛋白、鈣結合蛋白D9K、鈣結合蛋白D28K及鈣網膜蛋白之彼等鈣結合結構域)、內含肽、生物素、鏈黴親和素、MyoD、Id、白胺酸拉鏈序列及麥芽糖結合蛋白。
化學結合位點及化學結合
本文中所描述之TMAPP中之化學結合位點可選自此項技術中已知的可在用諸如酶之試劑及/或催化劑處理後加以修飾，從而允許與TMAPP形成共價鍵的任何適合之位點。
化學結合位點可添加至sc-TMMP或m-TMAPP之任何部分，包括但不限於II類MHC α1、α2、β1或β2多肽，或者Fc或其他非Ig支架肽(若存在)，或者直接或間接地附接至以上任一者之肽連接子。
在一實施例中，在使用化學結合來製備sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物時，至少一個化學結合位點可處於II類MHC β1多肽內或處於其N末端，或者處於附接至該II類MHC β1多肽N末端之連接子(視情況存在之連接子)內或處於其N末端。另外，化學結合位點可位於sc-TMAPP或m-TMAPP分子中之任一處，諸如附接至本發明之II類MHC α1、α2或β2多肽序列、本發明之Fc或其他非Ig支架肽或者直接或間接地附接至上述任一者之連接子(例如，處於N末端或C末端)或處於其內部。化學結合位點可用於製備除抗原決定基結合物以外之結合物，包括藥物及/或診斷(例如，可偵測之標記)結合物。
在一實施例中，sc-TMAPP或m-TMAPP可具有僅一個化學結合位點。
在一實施例中，sc-TMAPP或m-TMAPP包含處於天然存在之人類II類HLA β1結構域之序列或在添加任何化學結合位點之前與其具有至少85%、90%、95%、98%或99%胺基酸序列一致性之序列內或處於其胺基末端之至少一個化學結合位點。在一實施例中，sc-TMAPP或m-TMAPP包含至少一個化學結合位點，該至少一個化學結合位點處於選自圖7A至圖7J、圖8A至圖8C、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B中所示之序列或者在添加化學結合位點之前與彼等圖中所提供之序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之序列的II類HLA β1結構域序列內或處於其胺基末端。在一實施例中，sc-TMAPP或m-TMAPP包含至少一個化學結合位點，該至少一個化學結合位點處於具有選自圖7A至圖7J、圖8A至圖8C、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B或圖20A至圖20B中之任一者中所示之序列的II類HLA β1結構域序列的至少50、60、70或80個連續胺基酸之多肽內或處於其胺基末端。在一實施例中，sc-TMAPP或m-TMAPP包含至少一個化學結合位點，該至少一個化學結合位點處於包含與具有圖7A至圖7J、圖8A至圖8C、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B中之任一者中所示之序列之至少50、60、70或80個連續胺基酸之序列具有至少85%、至少90%、至少95%、至少98%、至少99%或100%胺基酸序列一致性之序列的多肽內或處於其胺基末端。作為化學結合位點位於該II類MHC β1結構域或以上所敍述之序列(例如，圖7A至圖7J、圖8A至圖8C、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B，或與其具有至少85%胺基酸一致性之序列)內或處於其胺基末端的替代方案，該化學結合位點可處於附接至該II類MHC β1結構域之連接子中或處於其N末端(該連接子本身可附接至該II類MHC β1多肽之N末端)。
在一實施例中，一或多個化學結合位點可獨立地選自由以下組成之群：a)充當酶修飾序列之肽序列(例如，硫酸酯酶、分選酶及/或轉麩醯胺酸酶序列)；b)非天然胺基酸及/或硒代半胱胺酸；c)經工程改造之胺基酸化學結合位點；d)醣或寡糖部分；及e) IgG核苷酸結合位點。
硫酸酯酶基元
在選擇酶修飾作為提供一或多個化學結合位點之手段的彼等實施例中，硫酸酯酶基元可在以上所描述之位置中之任一者處併入TMAPP中。硫酸酯酶基元之長度通常為5或6個胺基酸，且描述於例如美國專利第9,540,438號及美國專利公開案第2017/0166639 Al號中，諸案之揭示內容及硫酸酯酶基元之用途係以引用之方式併入。該基元之插入引起形成有時稱為「醛標籤化」或具有「醛標籤」之蛋白質或多肽。該基元可受甲醯基甘胺酸產生酶(「FGE」或「FGEs」)作用而將該基元中之半胱胺酸或絲胺酸轉化成甲醯基甘胺酸殘基(「fGly」，但有時表示為「FGly」)，此為可用於選擇性(例如位點特異性)化學結合反應之含醛胺基酸殘基。因此，如本文中所使用，「醛標籤」或「醛標籤化」多肽係指包含未轉化之硫酸酯酶基元的胺基酸序列，以及包含硫酸酯酶基元之胺基酸序列，其中該基元之半胱胺酸或絲胺酸殘基已藉由FGE之作用而轉化成fGly。另外，在胺基酸序列之情況下提供硫酸酯酶基元時，應理解為揭示含有未轉化之基元的胺基酸序列(例如多肽)以及由FGE轉化產生之其含fGly之對應物兩者。一旦併入多肽中，fGly殘基便可與包含多種反應基團(包括但不限於硫半卡肼、胺氧基、醯肼及肼基)之分子反應，以便形成具有介於該多肽(經由其fGly殘基)與該分子之間的共價鍵的結合物(例如，sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)。
在諸多實施例中，硫酸酯酶基元之長度為至少5或6個胺基酸殘基，但可為例如5至16 (例如6-16、5-14、6-14、5-12、6-12、5-10、6-10、5-8或6-8)個胺基酸。硫酸酯酶基元可限制於少於16、14、12、10或8個胺基酸殘基之長度。
在一實施例中，硫酸酯酶基元含有式(I)中所示之序列：
X1Z1X2Z2X3Z3 (I) (SEQ ID NO:45)，其中
Z1為半胱胺酸或絲胺酸；
Z2為脯胺酸或丙胺酸殘基(其亦可由「P/A」表示)；
Z3為鹼性胺基酸(精胺酸、離胺酸或組胺酸，通常為離胺酸)或脂族胺基酸(丙胺酸、甘胺酸、白胺酸、纈胺酸、異白胺酸或脯胺酸，通常為A、G、L、V或I)；
X1存在或不存在，且當存在時可為任何胺基酸，但通常為脂族胺基酸、含硫胺基酸或極性不帶電胺基酸(例如，不為芳族胺基酸或帶電胺基酸)，通常為L、M、V、S或T，更通常為L、M、S或V，限制條件為當該硫酸酯酶基元處於靶多肽之N末端時，X1存在；且
X2及X3可獨立地為任何胺基酸，但通常為脂族胺基酸、極性不帶電胺基酸或含硫胺基酸(例如，不為芳族胺基酸或帶電胺基酸)，通常為S、T、A、V、G或C，更通常為S、T、A、V或G。
因此，在一個實施例中，可使用具有式I之硫酸酯酶基元來製備含FGly之多肽，其中：
Z1為半胱胺酸或絲胺酸；
Z2為脯胺酸或丙胺酸殘基；
Z3為脂族胺基酸或鹼性胺基酸；
X1存在或不存在，並且當存在時為任何胺基酸，限制條件為當硫酸酯酶基元處於多肽之N末端時，X1存在；且
X2及X3各自獨立地為任何胺基酸，其中該序列處於Ig恆定區之溶劑可及環區域內或附近，且其中該序列並非處於Ig重鏈之C末端。
在醛標籤存在於除靶多肽N末端以外之位置時，可藉由併入有靶多肽之序列之胺基酸來提供硫酸酯酶基元之X1。因此，在一些實施例中，在該基元存在於除靶多肽N末端以外之位置時，該硫酸酯酶基元可具有下式：
(C/S)X2(P/A)X3Z3，式(II) (SEQ ID NO:46)，其中：X1不存在；並且X2、X3及Z3如以上所定義。
在製備含硫酸酯酶基元之肽以便藉由真核生物FGE，例如藉由在真核生物細胞或使用真核生物FGE之無細胞系統中對該肽進行表現及轉化而轉化成含fGly之肽時，可能適宜採用順應於由真核生物FGE轉化之硫酸酯酶基元。一般而言，順應於由真核生物FGE轉化之硫酸酯酶基元含有分別處於以上式(I) (例如X1CX2PX3Z3，SEQ ID NO:47)中及CX2PX3Z3 SEQ ID NO:48 (由以上式(II)涵蓋)中之Z1及Z2處的半胱胺酸及脯胺酸。可藉由「SUMF1型」FGE對攜帶彼等基元之肽進行修飾。
在FGE為真核生物FGE之實施例中，硫酸酯酶基元可包含選自由以下組成之群的胺基酸序列：
X1CX2PX3R或CX2PX3R (SEQ ID NO:47及48，其中Z3為R，且X1存在或不存在)；
X1CX2PX3K或CX2PX3K (SEQ ID NO:47及48，其中Z3為K，且X1存在或不存在)；
X1CX2PX3H或CX2PX3H (SEQ ID NO:47及48，其中Z3為H，且X1存在或不存在)；
X1CX2PX3L或CX2PX3L (SEQ ID NO:47及48，其中Z3為L，且X1存在或不存在)；其中X1、X2及X3如以上所定義。
在一實施例中，硫酸酯酶基元包含以下序列：X1C(X2)P(X3)Z3 (參見SEQ ID NO:47)，其中：
X1存在或不存在，且當存在時為任何胺基酸，限制條件為當硫酸酯酶基元處於多肽N末端時，X1存在；且
X2及X3為獨立選擇之絲胺酸、蘇胺酸、丙胺酸或甘胺酸殘基。
順應於由原核生物FGE轉化之具有式(I)及式II之硫酸酯酶基元通常含有處於Z1處之半胱胺酸或絲胺酸及處於Z2處之脯胺酸，其分別可藉由「SUMP I型」FGE或「AtsB型」FGE加以修飾。易由原核生物FGE轉化之具有式(I)或式(II)之其他硫酸酯酶基元含有處於Z1處之半胱胺酸或絲胺酸及處於Z2處之脯胺酸或丙胺酸(其中每一者經獨立地選擇)，該序列之其餘胺基酸如針對式(I)及式(II)所描述；且易藉由例如來自產氣夾膜梭菌(Clostridium perfringens ) (半胱胺酸型酶)、克留氏肺炎桿菌(Klebisella pneumoniae ) (絲胺酸型酶)之FGE或結核分枝桿菌(Mycobacterium tuberculosis )之FGE進行修飾。
硫酸酯酶基元可併入sc-TMMP或m-TMAPP中之任何所要位置，且不僅用於併入抗原決定基，而且用於與如以下所論述之藥物及診斷分子形成結合物。抗原決定基及其他分子可直接結合至TMAPP，或經由與醛基反應之連接子間接地附接。
在一實施例中，硫酸酯酶基元可添加至如圖7A至圖7J、圖8A至圖8C、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B中所示之TMAPP之II類MHC β1多肽之N末端處或附近，或者添加至附接於如以上所論述之彼等序列之N末端的多肽連接子。在一實施例中，硫酸酯酶基元係併入在添加該硫酸酯酶基元序列之前與圖7A至圖7J、圖8A至圖8C、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B中之任一者中所示之序列具有至少85% (例如，至少90%、95%、98%或99%或甚至100%)胺基酸序列一致性之序列中。
在另一實施例中，式(I)或式(II)之硫酸酯酶基元之一或多個複本可併入IgFc區中。在一個此種實施例中，其可用作例如直接或者經由肽連接子或化學連接子間接地結合例如抗原決定基及/或諸如藥物之其他分子的位點。
如以上所指示，醛標籤之硫酸酯酶基元之長度為至少5或6個胺基酸殘基，但可為例如5至16個胺基酸。該基元可在N末端及C末端之一或兩者處含有額外殘基，使得醛標籤包括硫酸酯酶基元及「輔助基元」兩者。在一實施例中，硫酸酯酶基元包括C末端輔助基元(亦即，在該基元之Z3位置後)，且可包括選自由以下組成之群的胺基酸序列的1、2、3、4、5、6或所有7個連續殘基：AALLTGR (SEQ ID NO:49)、SQLLTGR (SEQ ID NO:50)、AAFMTGR (SEQ ID NO:51)、AAFLTGR (SEQ ID NO:52)及GSLFTGR (SEQ ID NO:53)；舉例而言，本文中所引用之參考文獻中已描述許多其他輔助基元。FGE介導之硫酸酯酶基元之轉化並不需要輔助基元胺基酸殘基，且因而可將其自本文中所描述之醛標籤中明確排除。
美國專利第9,540,438號論述硫酸酯酶基元併入各種免疫球蛋白序列，包括Fc區多肽中，且其關於硫酸酯酶基元以及Fc多肽及其他多肽之修飾的教示內容係以引用之方式併入本文中。該專利因其關於FGE酶之指導及其在形成FGly殘基中之用途以及與將諸如抗原決定基及其他分子(例如，藥物及診斷劑)偶聯至FGly殘基相關之化學反應而亦以引用之方式併入。
硫酸酯酶基元之併入可藉由在編碼本文中所描述之TMAPP之整體或一部分之核酸中的預定位置處併入編碼該基元之核酸序列來實現。如以下所論述，核酸序列可受轉錄調控序列(啟動子)控制且設有指導其表現之調控元件。所表現之蛋白質可在表現及部分或完全純化之後用一或多種FGE加以處理。替代地，在表現識別硫酸酯酶基元之FGE的細胞中表現核酸引起該基元之半胱胺酸或絲胺酸轉化成fGly，有時稱為側氧基丙胺酸。在存在兩個或更多個不同的硫酸酯酶基元(例如，第一硫酸酯酶基元及第二硫酸酯酶基元)時，亦有可能在細胞表現期間對各基元或在細胞表現及部分或完全純化之後對各基元進行轉化。使用具有不同的基元選擇性的兩種或更多種FGE酶及由該等FGE中之每一種優先轉化之基元，亦有可能在細胞表現期間相繼轉化至少一個硫酸酯酶基元及在部分或完全純化之後轉化至少一個硫酸酯酶基元，或者在表現之後將硫酸酯酶基元單獨轉化成fGly殘基。如以下所論述，單獨轉化不同的硫酸酯酶基元並且以順序方式將其化學偶聯至抗原決定基及/或有效負載之能力允許使用硫酸酯酶偶聯在不同基元之位置上併入不同的抗原決定基或有效負載。
用於產生含有未轉化或(在宿主細胞表現適合之FGE時)經轉化之fGly的多肽的宿主細胞包括原核生物及真核生物之宿主細胞。非限制性實例包括大腸桿菌(Escherichia coli )菌株、芽胞桿菌屬(Bacillus spp .) (例如枯草芽胞桿菌(B .subtilis )及其類似物)、酵母或真菌(例如釀酒酵母(S .cerevisiae )、畢赤酵母菌屬(Pichia spp .)及其類似物)。其他宿主細胞，包括來源於諸如昆蟲及脊椎動物、尤其是哺乳動物之高級生物體之宿主細胞的實例包括但不限於CHO細胞、HEK細胞及其類似物(例如，美國典型菌種保藏中心(ATCC)第CCL-2號)、CHO細胞(例如ATCC第CRL9618號及第CRL9096號)、CHO DG44細胞、CHO Kl細胞(ATCC CCL-61)、人胎腎(HEK) 293細胞(例如，ATCC第CRL-1573號)、Vero細胞、NIH 3T3細胞(例如，ATCC第CRL-1658號)、Hnh-7細胞、BHK細胞(例如，ATCC第CCL10號)、PC12細胞(ATCC第CRL1721號)、COS細胞、COS-7細胞(ATCC第CRL1651號)、RAT1細胞、小鼠L細胞(ATCC第CCLI.3號)、人胎腎(HEK)細胞(ATCC第CRL1573號)、HLHepG2細胞及其類似物。
可採用多種FGE將硫酸酯酶基元中之半胱胺酸或絲胺酸轉化(氧化)成FGly。如本文中所使用，術語甲醯基甘胺酸產生酶或FGE係指促進硫酸酯酶基元之半胱胺酸或絲胺酸轉化成FGly之FGly產生酶。如美國專利第9,540,438號中所論述，該文獻通常將術語甲醯基甘胺酸產生酶用於將該基元之半胱胺酸轉化成FGly之彼等酶，而將硫酸酯酶基元中之絲胺酸轉化成FGly之酶則稱為Ats-B樣蛋白。
FGE可分為兩個類別，好氧性及厭氧性。好氧性酶，包括真核生物酶(例如人類酶)，將半胱胺酸殘基轉化成fGly，其中半胱胺酸一般在式X1CX2PX3Z3 (SEQ ID NO:47)之硫酸酯酶基元之範圍內。真核生物FGE屬於「SUMF1型」且在人類中係由SUMF1 基因編碼。厭氧性酶屬於最通常來自原核生物來源(例如，產氣莢膜梭菌、克留氏肺炎桿菌或結核分枝桿菌)之AtsB型，且看似能夠使用與好氧形式不同之機制將其硫酸酯酶基元中之半胱胺酸或絲胺酸轉化成fGly。
促進絲胺酸或半胱胺酸轉化成FGly之能力視酶及硫酸酯酶基元而定。由於FGE轉化絲胺酸及半胱胺酸之能力存在差異，故有可能不同的硫酸酯酶基元可用作不同的化學結合位點。舉例而言，有可能向sc-TMAPP或m-TMAPP中併入編碼順應於由真核生物好氧性SUMF1型FGE轉化之含半胱胺酸之位點及順應於由AtsB型FGE轉化之含絲胺酸之位點兩者的序列中。在表現SumF1型FGE之真核生物細胞中，半胱胺酸基元將攜帶可與抗原決定基或有效負載進行第一化學結合之fGly殘基。在第一化學結合後，將在無細胞系統中用AtsB型絲胺酸型酶處理sc-TMAPP或m-TMAPP結合物，且由含絲胺酸之基元產生之FGly隨後可與同第一化學結合中所使用之分子相同或不同的分子進行化學結合。
鑒於上述內容，本發明提供包含併入如以上所論述之第一多肽鏈或第二多肽鏈之序列中的一或多個fGly殘基的sc-TMAPP或m-TMAPP。舉例而言，fGly殘基可處於序列X1(fGly)X2Z2X3Z3之範圍內，其中：fGly為甲醯基甘胺酸殘基；且Z2、Z3、X1、X2及X3如以上式(I)中所定義。
在化學結合之後，含硫酸酯酶基元之TMAPP包含併入其序列中之一或多個FGly'殘基，例如，在序列X1 FGly'X2Z2X3Z3之情況下，其中該FGly'殘基為已進行化學反應且現具有共價附接之部分(例如抗原決定基或治療劑)之甲醯基甘胺酸。
眾多化學反應及市售試劑可用於將分子(例如抗原決定基或其他分子，諸如藥物)結合至FGly殘基，包括但不限於使用硫半卡肼、胺氧基、醯肼、肼基或欲偶聯於含FGly之化學結合位點處之分子的衍生物。舉例而言，抗原決定基(例如，抗原決定基肽)及/或攜帶硫半卡肼、胺氧基、醯肼、肼基或肼基官能基(例如，直接或經由諸如PEG之連接子附接至肽之胺基酸)之其他分子可與含FGly之sc-TMAPP或m-TMAPP反應以形成共價連接之抗原決定基。類似地，可使用例如生物素醯肼作為連接劑來併入有效負載，諸如藥物及治療劑。
在一實施例中，對肽進行修飾以併入與併入sc-TMAPP或m-TMAPP之多肽中之含FGly之胺基酸殘基反應的含親核試劑之部分(例如，胺氧基或醯肼部分)。該反應形成sc-TMAPP或m-TMAPP之肽與抗原決定基(或另一分子)共價連接(例如，藉由腙或肟鍵聯)之結合物。(參見例如美國專利第9,238,878號及第7,351,797號；Interchem,Aminooxy & Aldehyde PEO/PEG reagents for Biorthogonal Conjugation and Labeling featuring Oxime Formation (更新), 可在http://www.interchim.fr/ft/J/JV2290.pdf獲得，2017年9月2日可存取。
在一實施例中，使抗原決定基(例如，肽抗原決定基)及/或另一分子(例如，藥物或診斷劑)，諸如攜帶硫半卡肼、胺氧基、醯肼或肼基之藥物與 sc-TMAPP或m-TMAPP之含FGly之多肽反應。該反應引起TMAPP與抗原決定基及/或另一分子(例如藥物或診斷劑)之間形成共價鍵。如美國專利第9,540,438號及美國專利公開案第2017/0166639 Al號中所論述，所得結合物可含有下式之結構(經修飾之胺基酸殘基)：

其中：
J1 為共價結合之部分；
各L1 為獨立地選自以下之二價部分：伸烷基、經取代之伸烷基、伸烯基、經取代之伸烯基、伸炔基、經取代之伸炔基、伸芳基、經取代之伸芳基、伸環烷基、經取代之伸環烷基、伸雜芳基、經取代之伸雜芳基、伸雜環基、經取代之伸雜環基、醯基、醯胺基、醯氧基、伸脲烷基、硫代酯、磺醯基、磺醯胺、磺醯基酯、-O-、-S-、-NH-及經取代之胺；且
n 為選自零至40之數字(例如1-5、5-10、10-20、20-30或30-40)。
在一實施例中，可對抗原決定基及/或其他分子(例如藥物或診斷劑)進行修飾以包括共價結合之肼基，包括攜帶環狀取代基(例如吲哚)之肼基，從而允許其共價附接至攜帶FGly胺基酸殘基之sc-TMAPP或m-TMAPP。在一個實施例中，該肼基化合物為式(III)化合物：
(III)，
其中
R'''可為將與含FGly之多肽結合之相關有效負載或抗原決定基；
R'及R''可各自獨立地為任何所要取代基，包括但不限於氫、烷基、經取代之烷基、烯基、經取代之烯基、炔基、經取代之炔基、烷氧基、經取代之烷氧基、胺基、經取代之胺基、羧基、羧基酯、醯基、醯氧基、醯基胺基、胺基醯基、烷基醯胺、經取代之烷基醯胺、磺醯基、硫代烷氧基、經取代之硫代烷氧基、芳基、經取代之芳基、雜芳基、經取代之雜芳基、環烷基、經取代之環烷基、雜環基及經取代之雜環基；且
Q10 、Q20 、Q30 及Q40 可為CR11 、NR12 、N、O或S；且
其中Q10 、Q20 、Q30 及Q40 之一視情況存在，且R11 及R12 可為任何所要取代基。參見美國專利公開案第2015/0352225號。
在其他實施例中，經修飾之抗原決定基及有效負載(例如，藥物及/或診斷劑)之肼基具有由式(IV)、式(V)、式(Va)、式(VI)或式(VIa)提供之結構。參見美國專利第9,310,374號，該專利因其關於肼基化合物之製備及在生物結合物(包括涉及肽及多肽之結合物)形成中之用途的教示內容而以引用之方式併入。

其中，出於此部分中所敍述之式(IV)、式(V)、式(Va)、式(VI)或式(VIa)之目的：
Q2 及Q3 中之一者為-(CH2 )n NR3 NHR2 ，且另一者為Y4 ；
n為0或1；
R2 及R3 係各自獨立地選自氫、烷基、經取代之烷基、烯基、經取代之烯基、炔基、經取代之炔基、烷氧基、經取代之烷氧基、胺基、經取代之胺基、羧基、羧基酯、醯基、醯氧基、醯基胺基、胺基醯基、烷基醯胺、經取代之烷基醯胺、磺醯基、硫代烷氧基、經取代之硫代烷氧基、芳基、經取代之芳基、雜芳基、經取代之雜芳基、環烷基、經取代之環烷基、雜環基及經取代之雜環基；
X1 、X2 、X3 及X4 係各自獨立地選自C、N、O及S；
Y1 、Y2 、Y3 及Y4 係各自獨立地選自氫、鹵素、烷基、經取代之烷基、烯基、經取代之烯基、炔基、經取代之炔基、烷氧基、經取代之烷氧基、胺基、經取代之胺基、羧基、羧基酯、醯基、醯氧基、醯基胺基、胺基醯基、烷基醯胺、經取代之烷基醯胺、磺醯基、硫代烷氧基、經取代之硫代烷氧基、芳基、經取代之芳基、雜芳基、經取代之雜芳基、環烷基、經取代之環烷基、雜環基及經取代之雜環基；
L為視情況存在之連接子；且
W1 係選自抗原決定基(例如，抗原決定基多肽)、藥物、診斷劑或其他有效負載。
屬於彼等結構內之肼基吲哚與醛官能化肽之反應示意性地示於圖40中。
在一實施例中，Q2 為-(CH2 )n NR3 NHR2 且Q3 為Y4 。在一實施例中，Q3 為-(CH2 )n NR3 NHR2 且Q2 為Y4 。在一實施例中，n為1。在一實施例中，R2 及R3 係各自獨立地選自烷基及經取代之烷基。在一些實施例中，R2 及R3 各自為甲基。在一實施例中，X1 、X2 、X3 及X4 各自為C。在一實施例中，Y1 、Y2 、Y3 及Y4 各自為H。
在一實施例中，L存在且包括選自以下之基團：烷基、經取代之烷基、烯基、經取代之烯基、炔基、經取代之炔基、烷氧基、經取代之烷氧基、胺基、經取代之胺基、羧基、羧基酯、醯基胺基、烷基醯胺、經取代之烷基醯胺、芳基、經取代之芳基、雜芳基、經取代之雜芳基、環烷基、經取代之環烷基、雜環基及經取代之雜環基。在一實施例中，L存在且包括聚合物。在一實施例中，該聚合物為聚乙二醇。
出於式(IV)、式(V)、式(Va)、式(VI)或式(VIa)之目的：
1. 「烷基」係指具有1至10個碳原子且較佳1至6個碳原子之單價飽和脂族烴基。此術語包括例如直鏈及分支鏈烴基，諸如甲基(CH3 -)、乙基(CH3 CH2 -)、正丙基(CH3 CH2 CH2 -)、異丙基((CH3 )2 CH-)、正丁基(CH3 CH2 CH2 CH2 -)、異丁基((CH3 )2 CHCH2 -)、第二丁基((CH3 )(CH3 CH2 )CH-)、第三丁基((CH3 )3 C-)、正戊基(CH3 CH2 CH2 CH2 CH2 -)及新戊基((CH3 )3 CCH2 -)。
2. 術語「經取代之烷基」係指如本文中所定義之烷基，其中烷基鏈中之一或多個碳原子已視情況經諸如-O-、-N-、-S-、-S(O)n - (其中n為0至2)或-NR- (其中R為氫或烷基)之雜原子置換且具有1至5個選自由以下組成之群的取代基：烷氧基、經取代之烷氧基、環烷基、經取代之環烷基、環烯基、經取代之環烯基、醯基、醯基胺基、醯氧基、胺基、胺基醯基、胺基醯氧基、氧基胺基醯基、疊氮基、氰基、鹵素、羥基、側氧基、硫代酮基、羧基、羧基烷基、硫代芳基氧基、硫代雜芳氧基、硫代雜環氧基、硫醇、硫代烷氧基、經取代之硫代烷氧基、芳基、芳氧基、雜芳基、雜芳氧基、雜環基、雜環氧基、羥基胺基、烷氧基胺基、硝基、-SO-烷基、-SO-芳基、-SO-雜芳基、-SO2 -烷基、-SO2 -芳基、-SO2 -雜芳基及-NRa Rb ，其中Ra 及Rb 可相同或不同且選自氫、視情況經取代之烷基、環烷基、烯基、環烯基、炔基、芳基、雜芳基及雜環。
3. 「伸烷基」係指較佳具有1至6個且更佳1至3個碳原子之二價脂族烴基，其為直鏈或分支鏈且其視情況間雜一或多個選自-O-、-NR10 -、-NR10 C(O)-、-C(O)NR10 -及其類似基團之基團。此術語包括例如亞甲基(-CH2 -)、伸乙基(-CH2 CH2 -)、伸正丙基(-CH2 CH2 CH2 -)、伸異丙基(-CH2 CH(CH3 )-)、(-C(CH3 )2 CH2 CH2 -)、(-C(CH3 )2 CH2 C(O)-)、(-C(CH3 )2 CH2 C(O)NH-)、(-CH(CH3 )CH2 -)及其類似基團。
4. R10 為H或烷基(例如，H、-CH3 、-CH2 CH3 或-CH2 CH2 CH3 )。
5. 「經取代之伸烷基」係指有1至3個氫經如以下「經取代」之定義中針對碳所描述之取代基置換的伸烷基。
6. 術語「烷烴」係指如本文中所定義之烷基及伸烷基。
7. 術語「烷基胺基烷基」、「烷基胺基烯基」及「烷基胺基炔基」係指基團R'NHR''-，其中R'為如本文中所定義之烷基且R''為如本文中所定義之伸烷基、伸烯基或伸炔基。
8. 術語「烷芳基」或「芳烷基」係指基團-伸烷基-芳基及-經取代之伸烷基-芳基，其中伸烷基、經取代之伸烷基及芳基如本文中所定義。
9. 「烷氧基」係指基團-O-烷基，其中烷基如本文中所定義。烷氧基包括例如甲氧基、乙氧基、正丙氧基、異丙氧基、正丁氧基、第三丁氧基、第二丁氧基、正戊氧基及其類似基團。術語「烷氧基」亦係指基團烯基-O-、環烷基-O-、環烯基-O-及炔基-O-，其中烯基、環烷基、環烯基及炔基如本文中所定義。
10. 術語「經取代之烷氧基」係指基團經取代之烷基O-、經取代之烯基-O-、經取代之環烷基-O-、經取代之環烯基-O-及經取代之炔基-O-，其中經取代之烷基、經取代之烯基、經取代之環烷基、經取代之環烯基及經取代之炔基如本文中所定義。
11. 術語「烷氧基胺基」係指基團-NH-烷氧基，其中烷氧基如本文中所定義。
12. 術語「鹵基烷氧基」係指基團烷基-O-，其中該烷基上之一或多個氫原子已經鹵基取代，且舉例而言，包括諸如三氟甲氧基及其類似基團之基團。
13. 術語「鹵烷基」係指如以上所描述之經取代之烷基，其中該烷基上之一或多個氫原子已經鹵基取代。此種基團之實例包括但不限於氟烷基，諸如三氟甲基、二氟甲基、三氟乙基及其類似基團。
14. 術語「烷基烷氧基」係指基團-伸烷基-O-烷基、伸烷基-O-經取代之烷基、經取代之伸烷基-O-烷基及經取代之伸烷基-O-經取代之烷基，其中烷基、經取代之烷基、伸烷基及經取代之伸烷基如本文中所定義。
15. 術語「烷基硫代烷氧基」係指基團-伸烷基-S-烷基、伸烷基-S-經取代之烷基、經取代之伸烷基-S-烷基及經取代之伸烷基-S-經取代之烷基，其中烷基、經取代之烷基、伸烷基及經取代之伸烷基如本文中所定義。
16. 「烯基」係指具有2至6個碳原子且較佳2至4個碳原子並且具有至少1個且較佳1至2個雙鍵不飽和位點之直鏈或分支鏈烴基。此術語包括例如聯乙烯基、烯丙基及丁-3-烯-1-基。此術語內包括順式及反式異構體以及此等異構體之混合物。
17. 術語「經取代之烯基」係指具有1至5個取代基或1至3個取代基之如本文中所定義之烯基，該等取代基係選自烷氧基、經取代之烷氧基、環烷基、經取代之環烷基、環烯基、經取代之環烯基、醯基、醯基胺基、醯氧基、胺基、經取代之胺基、胺基醯基、胺基醯氧基、氧基胺基醯基、疊氮基、氰基、鹵素、羥基、側氧基、硫代酮基、羧基、羧基烷基、硫代芳氧基、硫代雜芳氧基、硫代雜環氧基、硫醇、硫代烷氧基、經取代之硫代烷氧基、芳基、芳氧基、雜芳基、雜芳氧基、雜環基、雜環氧基、羥基胺基、烷氧基胺基、硝基、-SO-烷基、-SO-經取代之烷基、-SO-芳基、-SO-雜芳基、-SO2 -烷基、-SO2 -經取代之烷基、-SO2 -芳基及-SO2 -雜芳基。
18. 「炔基」係指具有2至6個碳原子且較佳2至3個碳原子並且具有至少1個且較佳1至2個三鍵不飽和位點之直鏈或分支鏈單價烴基。此種炔基之實例包括乙炔基(-C≡CH)及炔丙基(-CH2 C≡CH)。
19. 術語「經取代之炔基」係指具有1至5個取代基或1至3個取代基之如本文中所定義之炔基，該等取代基係選自烷氧基、經取代之烷氧基、環烷基、經取代之環烷基、環烯基、經取代之環烯基、醯基、醯基胺基、醯氧基、胺基、經取代之胺基、胺基醯基、胺基醯氧基、氧基胺基醯基、疊氮基、氰基、鹵素、羥基、側氧基、硫代酮基、羧基、羧基烷基、硫代芳氧基、硫代雜芳氧基、硫代雜環氧基、硫醇、硫代烷氧基、經取代之硫代烷氧基、芳基、芳氧基、雜芳基、雜芳氧基、雜環基、雜環氧基、羥基胺基、烷氧基胺基、硝基、-SO-烷基、-SO-經取代之烷基、-SO-芳基、-SO-雜芳基、-SO2 -烷基、-SO2 -經取代之烷基、-SO2 -芳基及-SO2 -雜芳基。
20. 「炔氧基」係指基團-O-炔基，其中炔基如本文中所定義。炔氧基包括例如乙炔氧基、丙炔氧基及其類似基團。
21. 「醯基」係指基團H-C(O)-、烷基-C(O)-、經取代之烷基-C(O)-、烯基-C(O)-、經取代之烯基-C(O)-、炔基-C(O)-、經取代之炔基-C(O)-、環烷基-C(O)-、經取代之環烷基-C(O)-、環烯基-C(O)-、經取代之環烯基-C(O)-、芳基-C(O)-、經取代之芳基-C(O)-、雜芳基-C(O)-、經取代之雜芳基-C(O)-、雜環基-C(O)-及經取代之雜環基-C(O)-，其中烷基、經取代之烷基、烯基、經取代之烯基、炔基、經取代之炔基、環烷基、經取代之環烷基、環烯基、經取代之環烯基、芳基、經取代之芳基、雜芳基、經取代之雜芳基、雜環及經取代之雜環如本文中所定義。舉例而言，醯基包括「乙醯基」基團CH3 C(O)-。
22. 「醯基胺基」係指基團-NR20 C(O)烷基、-NR20 C(O)經取代之烷基、NR20 C(O)環烷基、-NR20 C(O)經取代之環烷基、-NR20 C(O)環烯基、-NR20 C(O)經取代之環烯基、-NR20 C(O)烯基、-NR20 C(O)經取代之烯基、-NR20 C(O)炔基、-NR20 C(O)經取代之炔基、-NR20 C(O)芳基、-NR20 C(O)經取代之芳基、-NR20 C(O)雜芳基、-NR20 C(O)經取代之雜芳基、-NR20 C(O)雜環及-NR20 C(O)經取代之雜環，其中R20 為氫或烷基且其中烷基、經取代之烷基、烯基、經取代之烯基、炔基、經取代之炔基、環烷基、經取代之環烷基、環烯基、經取代之環烯基、芳基、經取代之芳基、雜芳基、經取代之雜芳基、雜環及經取代之雜環如本文中所定義。
23. 「胺基羰基」或術語「胺基醯基」係指基團-C(O)NR21 R22 ，其中R21 及R22 係獨立地選自由以下組成之群：氫、烷基、經取代之烷基、烯基、經取代之烯基、炔基、經取代之炔基、芳基、經取代之芳基、環烷基、經取代之環烷基、環烯基、經取代之環烯基、雜芳基、經取代之雜芳基、雜環及經取代之雜環，且其中R21 及R22 視情況用與其結合之氮接合在一起而形成雜環基或經取代之雜環基，且其中烷基、經取代之烷基、烯基、經取代之烯基、炔基、經取代之炔基、環烷基、經取代之環烷基、環烯基、經取代之環烯基、芳基、經取代之芳基、雜芳基、經取代之雜芳基、雜環及經取代之雜環如本文中所定義。
24. 「胺基羰基胺基」係指基團-NR21 C(O)NR22 R23 ，其中R21 、R22 及R23 係獨立地選自氫、烷基、芳基或環烷基，或其中兩個R基團接合以形成雜環基。
25. 術語「烷氧基羰基胺基」係指基團-NRC(O)OR，其中各R獨立地為氫、烷基、經取代之烷基、芳基、雜芳基或雜環基，其中烷基、經取代之烷基、芳基、雜芳基及雜環基如本文中所定義。
26. 術語「醯氧基」係指基團烷基-C(O)O-、經取代之烷基-C(O)O-、環烷基-C(O)O-、經取代之環烷基-C(O)O-、芳基-C(O)O-、雜芳基-C(O)O-及雜環基-C(O)O-，其中烷基、經取代之烷基、環烷基、經取代之環烷基、芳基、雜芳基及雜環基如本文中所定義。
27. 「胺基磺醯基」係指基團-SO2 NR21 R22 ，其中R21 及R22 係獨立地選自由以下組成之群：氫、烷基、經取代之烷基、烯基、經取代之烯基、炔基、經取代之炔基、芳基、經取代之芳基、環烷基、經取代之環烷基、環烯基、經取代之環烯基、雜芳基、經取代之雜芳基、雜環及經取代之雜環，且其中R21 及R22 視情況用與其結合之氮接合在一起而形成雜環基或經取代之雜環基，且烷基、經取代之烷基、烯基、經取代之烯基、炔基、經取代之炔基、環烷基、經取代之環烷基、環烯基、經取代之環烯基、芳基、經取代之芳基、雜芳基、經取代之雜芳基、雜環及經取代之雜環如本文中所定義。
28. 「磺醯基胺基」係指基團-NR21 SO2 R22 ，其中R21 及R22 係獨立地選自由以下組成之群：氫、烷基、經取代之烷基、烯基、經取代之烯基、炔基、經取代之炔基、芳基、經取代之芳基、環烷基、經取代之環烷基、環烯基、經取代之環烯基、雜芳基、經取代之雜芳基、雜環及經取代之雜環，且其中R21 及R22 視情況用與其結合之原子接合在一起而形成雜環基或經取代之雜環基，且其中烷基、經取代之烷基、烯基、經取代之烯基、炔基、經取代之炔基、環烷基、經取代之環烷基、環烯基、經取代之環烯基、芳基、經取代之芳基、雜芳基、經取代之雜芳基、雜環及經取代之雜環如本文中所定義。
29. 「芳基」或「Ar」係指具有單一環之6至18個碳原子之單價芳族碳環基團(諸如存在於苯基中時)或具有多個縮合環之環系統(此種芳族環系統之實例包括萘基、蒽基及茚烷基)，該等縮合環可能為或可能不為芳族的，限制條件為附接點係經由芳族環之原子。此術語包括例如苯基及萘基。除非另外受芳基取代基之定義約束，否則此種芳基可視情況經取代以形成具有1至5個取代基或1至3個取代基之「經取代之芳基」，該等取代基係選自醯氧基、羥基、硫醇、醯基、烷基、烷氧基、烯基、炔基、環烷基、環烯基、經取代之烷基、經取代之烷氧基、經取代之烯基、經取代之炔基、經取代之環烷基、經取代之環烯基、胺基、經取代之胺基、胺基醯基、醯基胺基、烷芳基、芳基、芳氧基、疊氮基、羧基、羧基烷基、氰基、鹵素、硝基、雜芳基、雜芳氧基、雜環基、雜環氧基、胺基醯氧基、氧基醯基胺基、硫代烷氧基、經取代之硫代烷氧基、硫代芳氧基、硫代雜芳氧基、-SO-烷基、-SO-經取代之烷基、-SO-芳基、-SO-雜芳基、-SO2 -烷基、-SO2 -經取代之烷基、-SO2 -芳基、-SO2 -雜芳基及三鹵基甲基。
30. 「芳氧基」係指基團-O-芳基，其中芳基如本文中所定義，包括例如苯氧基、萘氧基及其類似基團，包括亦如本文中所定義之視情況經取代之芳基。
31. 「胺基」係指基團-NH2 。
32. 術語「經取代之胺基」係指基團-NRR，其中各R係獨立地選自由以下組成之群：氫、烷基、經取代之烷基、環烷基、經取代之環烷基、烯基、經取代之烯基、環烯基、經取代之環烯基、炔基、經取代之炔基、芳基、雜芳基及雜環基，限制條件為至少一個R不為氫。
33. 術語「疊氮基」係指基團-N3 。
34. 「羧酸基」、「羧基」或「羧酸酯」係指-CO2 H或其鹽。
35. 「羧酸基酯」或「羧基酯」或者術語「羧基烷基」或「羧酸基烷基」係指基團-C(O)O-烷基、-C(O)O-經取代之烷基、-C(O)O-烯基、-C(O)O-經取代之烯基、-C(O)O-炔基、-C(O)O-經取代之炔基、-C(O)O-芳基、-C(O)O-經取代之芳基、-C(O)O-環烷基、-C(O)O-經取代之環烷基、-C(O)O-環烯基、-C(O)O-經取代之環烯基、-C(O)O-雜芳基、-C(O)O-經取代之雜芳基、-C(O)O-雜環及-C(O)O-經取代之雜環，其中烷基、經取代之烷基、烯基、經取代之烯基、炔基、經取代之炔基、環烷基、經取代之環烷基、環烯基、經取代之環烯基、芳基、經取代之芳基、雜芳基、經取代之雜芳基、雜環及經取代之雜環如本文中所定義。
36. 「(羧酸基酯)氧基」或「碳酸酯」係指基團-O-C(O)O-烷基、-O-C(O)O-經取代之烷基、-O-C(O)O-烯基、-O-C(O)O-經取代之烯基、-O-C(O)O-炔基、-O-C(O)O-經取代之炔基、-O-C(O)O-芳基、-O-C(O)O-經取代之芳基、-O-C(O)O-環烷基、-O-C(O)O-經取代之環烷基、-O-C(O)O-環烯基、-O-C(O)O-經取代之環烯基、-O-C(O)O-雜芳基、-O-C(O)O-經取代之雜芳基、-O-C(O)O-雜環及-O-C(O)O-經取代之雜環，其中烷基、經取代之烷基、烯基、經取代之烯基、炔基、經取代之炔基、環烷基、經取代之環烷基、環烯基、經取代之環烯基、芳基、經取代之芳基、雜芳基、經取代之雜芳基、雜環及經取代之雜環如本文中所定義。
37. 「氰基」或「腈」係指基團-CN。
38. 「環烷基」係指具有單一環或多個環之3至10個碳原子之環狀烷基，包括稠合系統、橋連系統及螺旋系統。適合之環烷基之實例包括例如金剛烷基、環丙基、環丁基、環戊基、環辛基及其類似基團。此種環烷基包括例如單環結構(諸如環丙基、環丁基、環戊基、環辛基及其類似基團)或多環結構(諸如金剛烷基及其類似基團)。
39. 術語「經取代之環烷基」係指具有1至5個取代基或1至3個取代基之環烷基，該等取代基係選自烷基、經取代之烷基、烷氧基、經取代之烷氧基、環烷基、經取代之環烷基、環烯基、經取代之環烯基、醯基、醯基胺基、醯氧基、胺基、經取代之胺基、胺基醯基、胺基醯氧基、氧基胺基醯基、疊氮基、氰基、鹵素、羥基、側氧基、硫代酮基、羧基、羧基烷基、硫代芳氧基、硫代雜芳氧基、硫代雜環氧基、硫醇、硫代烷氧基、經取代之硫代烷氧基、芳基、芳氧基、雜芳基、雜芳氧基、雜環基、雜環氧基、羥基胺基、烷氧基胺基、硝基、-SO-烷基、-SO-經取代之烷基、-SO-芳基、-SO-雜芳基、-SO2 -烷基、-SO2 -經取代之烷基、-SO2 -芳基及-SO2 -雜芳基。
40. 「環烯基」係指具有單一環或多個環並且具有至少一個雙鍵且較佳1至2個雙鍵之3至10個碳原子之非芳族環狀烷基。
41. 術語「經取代之環烯基」係指具有1至5個取代基或1至3個取代基之環烯基，該等取代基係選自烷氧基、經取代之烷氧基、環烷基、經取代之環烷基、環烯基、經取代之環烯基、醯基、醯基胺基、醯氧基、胺基、經取代之胺基、胺基醯基、胺基醯氧基、氧基胺基醯基、疊氮基、氰基、鹵素、羥基、酮基、硫代酮基、羧基、羧基烷基、硫代芳氧基、硫代雜芳氧基、硫代雜環氧基、硫醇、硫代烷氧基、經取代之硫代烷氧基、芳基、芳氧基、雜芳基、雜芳氧基、雜環基、雜環氧基、羥基胺基、烷氧基胺基、硝基、-SO-烷基、-SO-經取代之烷基、-SO-芳基、-SO-雜芳基、-SO2 -烷基、-SO2 -經取代之烷基、-SO2 -芳基及-SO2 -雜芳基。
42. 「環炔基」係指具有單一環或多個環且具有至少一個三鍵之5至10個碳原子之非芳族環烷基。
43. 「環烷氧基」係指-O-環烷基。
44. 「環烯氧基」係指-O-環烯基。
45. 「鹵基」或「鹵素」係指氟基、氯基、溴基及碘基。
46. 「羥基」或「氫氧基」係指-OH基團。
47. 「雜芳基」係指環內具有1至15個碳原子，諸如1至10個碳原子及1至10個選自由氧、氮及硫組成之群的雜原子的芳族基團。此種雜芳基可在環系統中具有單一環(諸如吡啶基、咪唑基或呋喃基)或多個縮合環(舉例而言，如在諸如吲哚嗪基、喹啉基、苯并呋喃、苯并咪唑基或苯并噻吩基之基團中)，其中該環系統內之至少一個環為芳族的，限制條件為附接點係經由芳族環之原子。在某些實施例中，雜芳基之氮及/或硫環原子視情況經氧化以提供N-氧化物(N-＞O)、亞磺醯基或磺醯基部分。此術語包括例如吡啶基、吡咯基、吲哚基、噻吩基及呋喃基。除非另外受雜芳基取代基之定義約束，否則此種雜芳基可視情況經取代而形成具有1至5個取代基或1至3個取代基之「經取代之雜芳基」，該等取代基係選自醯氧基、羥基、硫醇、醯基、烷基、烷氧基、烯基、炔基、環烷基、環烯基、經取代之烷基、經取代之烷氧基、經取代之烯基、經取代之炔基、經取代之環烷基、經取代之環烯基、胺基、經取代之胺基、胺基醯基、醯基胺基、烷芳基、芳基、芳氧基、疊氮基、羧基、羧基烷基、氰基、鹵素、硝基、雜芳基、雜芳基氧基、雜環基、雜環氧基、胺基醯氧基、氧基醯基胺基、硫代烷氧基、經取代之硫代烷氧基、硫代芳氧基、硫代雜芳氧基、-SO-烷基、-SO-經取代之烷基、-SO-芳基、-SO-雜芳基、-SO2 -烷基、-SO2 -經取代之烷基、-SO2 -芳基及-SO2 -雜芳基，以及三鹵基甲基。
48. 術語「雜芳烷基」係指基團-伸烷基-雜芳基，其中伸烷基及雜芳基如本文中所定義。此術語包括例如吡啶基甲基、吡啶基乙基、吲哚基甲基及其類似基團。
49. 「雜芳氧基」係指-O-雜芳基。
50. 「雜環」、「雜環狀」、「雜環烷基」及「雜環基」係指具有單個環或多個縮合環，包括稠合環系統、橋連環系統及螺旋環系統且具有3至20個環原子，包括1至10個雜原子之飽和或不飽和基團。此等環原子係選自由氮、硫或氧組成之群，其中在稠合環系統中，該等環中之一或多個可為環烷基、芳基或雜芳基，限制條件為附接點係經由非芳族環。在某些實施例中，雜環狀基團之氮及/或硫原子視情況經氧化以提供N-氧化物、-S(O)-或-SO2 -部分。
51. 雜環及雜芳基之實例包括但不限於氮雜環丁烷、吡咯、咪唑、吡唑、吡啶、吡嗪、嘧啶、噠嗪、吲哚嗪、異吲哚、吲哚、二氫吲哚、吲唑、嘌呤、喹嗪、異喹啉、喹啉、酞嗪、萘基吡啶、喹噁啉、喹唑啉、噌啉、喋啶、咔唑、咔啉、菲啶、吖啶、菲咯啉、異噻唑、吩嗪、異噁唑、吩噁嗪、吩噻嗪、咪唑啶、咪唑啉、哌啶、哌嗪、吲哚啉、酞醯亞胺、1,2,3,4-四氫異喹啉、4,5,6,7-四氫苯并[b]噻吩、噻唑、噻唑啶、噻吩、苯并[b]噻吩、嗎啉基、硫代嗎啉基(亦稱為噻嗎啉基)、1,1-二側氧基硫代嗎啉基、哌啶基、吡咯啶、四氫呋喃基及其類似基團。
52. 除非另外受雜環狀基團取代基之定義約束，否則此種雜環狀基團可視情況經1至5個取代基或1至3個取代基取代，該等取代基係選自烷氧基、經取代之烷氧基、環烷基、經取代之環烷基、環烯基、經取代之環烯基、醯基、醯基胺基、醯氧基、胺基、經取代之胺基、胺基醯基、胺基醯氧基、氧基胺基醯基、疊氮基、氰基、鹵素、羥基、側氧基、硫代酮基、羧基、羧基烷基、硫代芳氧基、硫代雜芳氧基、硫代雜環氧基、硫醇、硫代烷氧基、經取代之硫代烷氧基、芳基、芳氧基、雜芳基、雜芳氧基、雜環基、雜環氧基、羥基胺基、烷氧基胺基、硝基、-SO-烷基、-SO-經取代之烷基、-SO-芳基、-SO-雜芳基、-SO2 -烷基、-SO2 -經取代之烷基、-SO2 -芳基、-SO2 -雜芳基及稠合之雜環。
53. 「雜環氧基」係指基團-O-雜環基。
54. 術語「雜環硫基」係指基團雜環-S-。
55. 術語「伸雜環基」係指由如本文中所定義之雜環形成之二價基團。
56. 術語「羥基胺基」係指基團-NHOH。
57. 「硝基」係指基團-NO2 。
58. 「側氧基」係指原子(=O)。
59. 「磺醯基」係指基團SO2 -烷基、SO2 -經取代之烷基、SO2 -烯基、SO2 -經取代之烯基、SO2 -環烷基、SO2 -經取代之環烷基、SO2 -環烯基、SO2 -經取代之環烯基、SO2 -芳基、SO2 -經取代之芳基、SO2 -雜芳基、SO2 -經取代之雜芳基、SO2 -雜環及SO2 -經取代之雜環，其中烷基、經取代之烷基、烯基、經取代之烯基、炔基、經取代之炔基、環烷基、經取代之環烷基、環烯基、經取代之環烯基、芳基、經取代之芳基、雜芳基、經取代之雜芳基、雜環及經取代之雜環如本文中所定義。磺醯基包括例如甲基-SO2 -、苯基-SO2 -及4-甲基苯基-SO2 -。
60. 「磺醯氧基」係指基團-OSO2 -烷基、OSO2 -經取代之烷基、OSO2 -烯基、OSO2 -經取代之烯基、OSO2 -環烷基、OSO2 -經取代之環烷基、OSO2 -環烯基、OSO2 -經取代之環烯基、OSO2 -芳基、OSO2 -經取代之芳基、OSO2 -雜芳基、OSO2 -經取代之雜芳基、OSO2 -雜環及OSO2 -經取代之雜環，其中烷基、經取代之烷基、烯基、經取代之烯基、炔基、經取代之炔基、環烷基、經取代之環烷基、環烯基、經取代之環烯基、芳基、經取代之芳基、雜芳基、經取代之雜芳基、雜環及經取代之雜環如本文中所定義。
61. 術語「胺基羰氧基」係指基團-OC(O)NRR，其中各R獨立地為氫、烷基、經取代之烷基、芳基、雜芳基或雜環，其中烷基、經取代之烷基、芳基、雜芳基及雜環如本文中所定義。
62. 「硫醇」係指基團-SH。
63. 「硫代側氧基」或術語「硫酮基」係指原子(=S)。
64. 「烷硫基」或術語「硫代烷氧基」係指基團-S-烷基，其中烷基如本文中所定義。在某些實施例中，硫可氧化成-S(O)-。亞碸可呈一或多種立體異構體之形式存在。
65. 術語「經取代之硫代烷氧基」係指基團-S-經取代之烷基。
66. 術語「硫代芳氧基」係指基團芳基-S-，其中芳基如本文中所定義，包括亦如本文中所定義之視情況經取代之芳基。
67. 術語「硫代雜芳氧基」係指基團雜芳基-S-，其中雜芳基如本文中所定義，包括亦如本文中所定義之視情況經取代之芳基。
68. 術語「硫代雜環氧基」係指基團雜環基-S-，其中雜環基如本文中所定義，包括亦如本文中所定義之視情況經取代之雜環基。
69. 除本文中之揭示內容以外，術語「經取代」當用於修飾指定基團時亦可意謂指定基團之一或多個氫原子各自彼此獨立地經相同或不同的如以下所定義之取代基置換。
70. 除非另外規定，否則除本文中關於個別術語所揭示之基團以外，用於取代指定基團中飽和碳原子上之一或多個氫(可用=O、=NR70 、=N-OR70 、=N2 或=S置換單一碳上之任兩個氫)的取代基為-R60 、鹵基、=O、-OR70 、-SR70 、-NR80 R80 、三鹵基甲基、-CN、-OCN、-SCN、-NO、-NO2 、=N2 、-N3 、-SO2 R70 、-SO2 O- M+ 、-OSO2 R70 、-OSO2 O- M+ 、-OSO2 OR70 、-P(O)(O- )2 (M+ )2 、-P(O)(OR70 )O- M+ 、-P(O)(OR70 )2 、-C(O)R70 、-C(S)R70 、-C(NR70 )R70 、-C(O)O- M+ 、-C(O)OR70 、-C(S)OR70 、-C(O)NR80 R80 、-C(NR70 )NR80 R80 、-OC(O)R70 、-OC(S)R70 、-OC(O)O- M+ 、-OC(O)OR70 、-OC(S)OR70 、-NR70 C(O)R70 、-NR70 C(S)R70 、-NR70 CO2 - M+ 、-NR70 CO2 R70 、-NR70 C(S)OR70 、-NR70 C(O)NR80 R80 、-NR70 C(NR70 )R70 及-NR70 C(NR70 )NR80 R80 ，其中R60 係選自由以下組成之群：視情況經取代之烷基、環烷基、雜烷基、雜環烷基烷基、環烷基烷基、芳基、芳基烷基、雜芳基及雜芳基烷基；各R70 獨立地為氫或R60 ；各R80 獨立地為R70 ，或替代地，兩個R80 與其所鍵結之氮原子一起形成5員、6員或7員雜環烷基，該雜環烷基可視情況包括選自由O、N及S組成之群的1至4個相同或不同的額外雜原子，其中N可具有-H或C1 -C3 烷基取代；且各M+ 為具有淨單一正電荷之相對離子。各M+ 可獨立地為例如鹼金屬離子，諸如K+ 、Na+ 、Li+ ；銨離子，諸如+ N(R60 )4 ；或鹼土金屬離子，諸如[Ca2+ ]0.5 、[Mg2+ ]0.5 或[Ba2+ ]0.5 (「0.5 」意謂此種二價鹼土金屬離子之相對離子中一個可為本發明化合物之離子化形式且另一個為典型相對離子，諸如氯離子，或兩個經離子化之本文中所揭示之化合物可充當此種二價鹼土金屬離子之相對離子，或經雙離子化之本發明化合物可充當此種二價鹼土金屬離子之相對離子)。作為特定實例，-NR80 R80 意欲包括-NH2 、-NH-烷基、N-吡咯啶基、N-哌嗪基、4N-甲基-哌嗪-1-基及N-嗎啉基。
71. 除非另外規定，否則除本文中之揭示內容以外，「經取代之」烯烴、炔烴、芳基及雜芳基中之不飽和碳原子上之氫的取代基為-R60 、鹵基、-O- M+ 、-OR70 、-SR70 、-S- M+ 、-NR80 R80 、三鹵基甲基、-CF3 、-CN、-OCN、-SCN、-NO、-NO2 、-N3 、-SO2 R70 、-SO3 - M+ 、-SO3 R70 、-OSO2 R70 、-OSO3 - M+ 、-OSO3 R70 、-PO3 - 2(M+ )2 、-P(O)(OR70 )O- M+ 、-P(O)(OR70 )2 、-C(O)R70 、-C(S)R70 、-C(NR70 )R70 、-CO2 - M+ 、-CO2 R70 、-C(S)OR70 、-C(O)NR80 R80 、-C(NR70 )NR80 R80 、-OC(O)R70 、-OC(S)R70 、-OCO2 - M+ 、-OCO2 R70 、-OC(S)OR70 、-NR70 C(O)R70 、-NR70 C(S)R70 、-NR70 CO2 - M+ 、-NR70 CO2 R70 、-NR70 C(S)OR70 、-NR70 C(O)NR80 R80 、-NR70 C(NR70 )R70 及-NR70 C(NR70 )NR80 R80 ，其中R60 、R70 、R80 及M+ 如先前所定義，限制條件為在經取代之烯烴或炔烴之情況下，取代基不為-O- M+ 、-OR70 、-SR70 或-S- M+ 。
72. 除非另外規定，否則除本文中關於個別術語所揭示之基團以外，「經取代之」雜烷基及環雜烷基中之氮原子上之氫的取代基為-R60 、-O- M+ 、-OR70 、-SR70 、-S- M+ 、-NR80 R80 、三鹵基甲基、-CF3 、-CN、-NO、-NO2 、-S(O)2 R70 、-S(O)2 O- M+ 、-OS(O)2 R70 、-OS(O)2 O- M+ 、-P(O)(O- )2 (M+ )2 、-P(O)(OR70 )O- M+ 、-P(O)(OR70 )(OR70 )、-C(O)R70 、-C(S)R70 、-C(NR70 )R70 、-C(O)OR70 、-C(S)OR70 、-C(O)NR80 R80 、-C(NR70 )NR80 R80 、-OC(O)R70 、-OC(S)R70 、-OC(O)OR70 、-OC(S)OR70 、-NR70 C(O)R70 、-NR70 C(S)R70 、-NR70 C(O)OR70 、-NR70 C(S)OR70 、-NR70 C(O)NR80 R80 、-NR70 C(NR70 )R70 及-NR70 C(NR70 )NR80 R80 ，其中R60 、R70 、R80 及M+ 如先前所定義。
在一實施例中，抗原決定基(例如肽抗原決定基)及/或將與含fGly之多肽結合之有效負載具有式(III)、式(IV)、式(V)、式(Va)、式(VI)或式(VIa)之形式。在一些實施例中，抗原決定基共價結合於式(III)、式(IV)、式(V)、式(Va)、式(VI)或式(VIa)之化合物中。在一個此種實施例中，抗原決定基為包含抗原決定基(例如病毒或癌症抗原決定基)之胺基酸序列的肽。在一實施例中，肽抗原決定基具有約4個胺基酸(aa)至約20 aa (例如，4 aa、5 aa、6 aa、7 aa、8 aa、9 aa、10 aa、11 aa、12 aa、13 aa、14 aa、15 aa、16 aa、17 aa、18 aa、19 aa或20 aa)之長度。
本發明提供製備sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物及其他TMAPP結合物(例如，具有藥物或診斷劑)之方法，該方法包括：
a) 將編碼包括絲胺酸或半胱胺酸之硫酸酯酶基元(例如，式(I)或式(II)之硫酸酯酶基元，諸如以上所論述之X1CX2PX3Z3 (SEQ ID NO:47)、CX1PX2Z3 (SEQ ID NO:48))的序列併入編碼sc-TMAPP或m-TMAPP之整體或一部分的核酸中；
b) 在細胞中表現含有該硫酸酯酶基元之多肽，該細胞
i) 表現FGE並且將該硫酸酯酶基元之絲胺酸或半胱胺酸轉化成FGly；及部分或完全純化單獨或含FGly之多肽；或
ii) 不表現將該硫酸酯酶基元之絲胺酸或半胱胺酸轉化成FGly之FGE；經純化或部分純化含FGly殘基之T細胞-MMP；以及使經純化或部分純化之多肽與將該硫酸酯酶基元之絲胺酸或半胱胺酸轉化成FGly之FGE接觸；及
c) 使含FGly之多肽與已用可在FGly之醛與抗原決定基及/或有效負載之間形成共價鍵之基團進行官能化的抗原決定基及/或有效負載接觸；
從而形成sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物及/或sc-TMAPP-分子或m-TMAPP-分子(例如，藥物或診斷劑)結合物。
在此種方法中，抗原決定基及/或有效負載可藉由選擇性地與醛基反應之任何適合之官能基進行官能化。此種基團可例如選自由以下組成之群：硫半卡肼、胺氧基、醯肼及肼基。在諸多實施例中，抗原決定基及或有效負載為式(III)、式(IV)、式(V)、式(Va)、式(VI)或式(VIa)之肼基化合物之一部分。在一個此種實施例中，將硫酸酯酶基元併入sc-TMAPP或m-TMAPP之II類MHC β1多肽或與其附接之連接子中(例如，在N末端之10、20、30、40、50、60、70、80、90或100 aa內。在一實施例中，硫酸酯酶基元係併入在添加該硫酸酯酶基元序列之前與圖7A至圖7J、圖8A至圖8C、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B中之任一者中所示之序列具有至少85% (例如，至少90%、95%、98%或99%或甚至100%)胺基酸序列一致性之序列中。
在另一實施例中，製備sc-TMAPP或m-TMAPP結合物之方法包括將硫酸酯酶基元(例如，SEQ ID NO:45 (式(I))或SEQ ID NO:46 (式(II))併入IgFc區中。在一實施例中，可將硫酸酯酶基元併入在添加硫酸酯酶基元序列之前與圖21A至圖21G中所示之序列具有至少85% (例如，至少90%、95%、98%或99%，或甚至100%)胺基酸序列一致性的序列中。
分選酶 A 酶位點
抗原決定基及其他分子(例如藥物及/或診斷劑)可藉由在sc-TMAPP或m-TMAPP之多肽之N末端及/或C末端併入供分選酶A結合之位點而附接於彼等位置。
分選酶A識別C末端五肽序列LP(X5)TG/A (SEQ ID NO:54，其中X5為任何單一胺基酸，且G/A為甘胺酸或丙胺酸)，並且在該序列內之蘇胺酸與結合搭配物之N末端中的甘胺酸或丙胺酸之間產生醯胺鍵。有利的是，可將識別序列併入任一結合搭配物中，從而允許 sc-TMAPP或m-TMAPP多肽之胺基末端抑或羧基末端充當化學結合位點。此外，LP(X5)TG/A序列不需要任何非天然胺基酸，從而允許表現得以在不同的細胞類型中在多種條件下進行。分選酶A酶連接之潛在不利之處在於其採用亦可催化麩醯胺酸側鏈偶聯至烷基一級胺，諸如離胺酸之細菌轉麩醯胺酸酶(mTG)。細菌mTG看似不能夠修飾天然IgG1中之麩醯胺酸殘基，但在採用時可能引起多肽序列之二次修飾。
為了將抗原決定基或其他分子(例如，藥物及/或診斷劑)附接至sc-TMAPP或m-TMAPP之羧基末端，將LP(X5)TG/A工程改造至所要肽之羧基末端部分中。將甘胺酸或丙胺酸曝露段(例如，當使用來自金黃色葡萄球菌之分選酶A時，(G)3-5 (SEQ ID NO:55及56)；或當使用來自釀膿鏈球菌之分選酶A時，(A)3-5 (SEQ ID NO:57及58))工程改造至包含抗原決定基之肽(或與其附接之連接子)、肽有效負載(或與其附接之連接子)或者共價附接至非肽抗原決定基或有效負載之肽(例如，藥物或診斷劑)的N末端。
為了將抗原決定基或其他分子(例如，藥物及診斷劑)附接至sc-TMAPP或m-TMAPP之胺基末端，對甘胺酸曝露段(例如，(G)2 、 3 、 4 或 5 ) 或丙胺酸曝露段(例如，(A)2 、 3 、 4 或 5 )進行工程改造以出現在所要多肽之N末端，並且將LP(X5)TG/A工程改造至包含抗原決定基之肽(或與其附接之連接子)、肽有效負載(或與其附接之連接子)或者共價附接至非肽抗原決定基或有效負載之肽的羧基末端部分中。
組合分選酶A與經胺基及羧基工程改造之肽引起LP(X5)TG/A序列中之Thr與Gly/Ala殘基之間裂解，從而形成具有經羧基標記之肽的硫酯中間物。藉由N末端經修飾之多肽進行親核性侵襲引起形成以下形式之共價偶聯複合體：羧基經修飾之多肽-LP(X5)T*G/A-胺基經修飾之多肽，其中「*」表示LP(X5)TG/A基元之蘇胺酸與N末端經修飾之肽之甘胺酸或丙胺酸之間形成的鍵。鑒於上述內容，本發明設想含有及使用sc-TMAPP或m-TMAPP之組合物，該sc-TMAPP或m-TMAPP具有：
處於本文中揭示之TMAPP或抗原決定基多肽之羧基末端的至少一個LPXTG/A胺基酸序列；
處於本文中揭示之TMAPP或抗原決定基多肽之胺基末端的至少一個寡甘胺酸(例如，(G)2 、 3 、 4 或 5 )；
處於本文中揭示之TMAPP或抗原決定基多肽之胺基末端的至少一個寡丙胺酸(例如，(A)2 、 3 、 4 或 5 )；
本文中揭示之TMAPP或抗原決定基多肽之至少一個LP(X5)TA (例如，LPETA，SEQ ID NO:54，其中X5為E且最後一個位置為A)胺基酸序列；及/或
本文中揭示之TMAPP或抗原決定基多肽之至少一個LP(X5)TG (例如，LPETG，SEQ ID NO:54，其中X5為E且最後一個位置為G)胺基酸序列。
作為LP(X5)TG/A之替代，LPETGG (SEQ ID NO:59)肽可用於金黃色葡萄球菌分選酶A偶聯，或LPETAA (SEQ ID NO:60)肽可用於釀膿鏈球菌分選酶A偶聯。結合反應仍在蘇胺酸與胺基末端寡甘胺酸或寡丙胺酸肽之間進行，從而產生羧基經修飾之多肽-LP(X5)T*G/A-胺基經修飾之多肽，其中「*」表示蘇胺酸與N末端經修飾之肽的甘胺酸或丙胺酸之間形成的鍵。
在一個實施例中，II類MHC β1多肽含有處於該多肽之N末端或處於與其附接之多肽連接子之N末端的寡甘胺酸(例如，(G)2 、 3 、 4 或 5 )或寡丙胺酸(例如，(A)2 、 3 、 4 或 5 )。寡甘胺酸或寡丙胺酸可用作分選酶A化學結合位點以便藉由使其與羧基末端區域中包含攜帶LP(X5)TG/A之多肽的抗原決定基結合而形成sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物。
在藉由於基於細胞之系統中表現來製備於其N末端處攜帶寡甘胺酸之多肽且未移除或未完全移除初始甲硫胺酸時，可將凝血酶裂解位點(Leu-Val-Pro-Arg-Gly，SEQ ID NO:61)插入在甘胺酸之前。在凝血酶於Arg與Gly殘基之間裂解時，確保在裂解後將甘胺酸暴露於蛋白質分子上以便加以標記，限制條件為多肽中不存在其他凝血酶位點。
轉麩醯胺酸酶酶位點
轉麩醯胺酸酶(mTG)催化麩醯胺酸殘基側鏈上之醯胺基與一級胺供體(例如，一級烷基胺，諸如多肽中之離胺酸殘基側鏈上所發現者)之間形成共價鍵。可採用轉麩醯胺酸酶使抗原決定基及其他分子(例如，藥物及/或診斷劑)直接或經由包含游離一級胺之連接子間接地結合至sc-TMAPP或m-TMAPP之肽。因而，sc-TMMP或m-TMAPP之多肽中所存在之麩醯胺酸殘基在藉由諸如茂原鏈輪絲菌(Streptoverticillium mobaraense)轉麩醯胺酸酶之酶對其加以評定時可視為化學結合位點。該酶(EC 2.3.2.13)為催化麩醯胺酸之γ-醯基轉移至離胺酸之ε-胺基的穩定非鈣依賴性酶。然而，序列中出現之麩醯胺酸殘基對於酶修飾而言未必始終可及。受限之可及性可能為有利的，因為其限制可發生修飾之位置數。舉例而言，細菌mTG一般不能夠修飾天然IgG1中之麩醯胺酸殘基；然而，Schibli及同事(Jeger, S.等人, Angew Chem (Int Engl). 2010;49:99957以及Dennler P等人, Bioconjug Chem. 2014;25(3):569-78)發現N297處之去糖基化IgG1致使麩醯胺酸殘基N295可及且允許酶連接，從而產生抗體藥物結合物。此外，藉由產生N297至Q297 IgG1突變體，其引入兩個位點供藉由轉麩醯胺酸酶進行酶促標記。
因此，在sc-TMMP或m-TMAPP之多肽不含可用作化學結合位點之麩醯胺酸(例如，其對於轉麩醯胺酸酶不可及或未處於所要位置上)時，可將可充當轉麩醯胺酸酶受質之麩醯胺酸殘基或包含可及麩醯胺酸之序列(有時稱為「麩醯胺酸標籤」或「Q標籤」)併入該多肽中。所添加之麩醯胺酸或Q標籤可充當化學結合位點以用於共價附接抗原決定基，從而形成sc-TMMP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物。替代地，所添加之麩醯胺酸或Q標籤可用於與其他分子(例如，藥物及/或診斷劑)形成sc-TMAPP或m-TMAPP結合物。美國專利公開案第2017/0043033 A1號描述麩醯胺酸殘基及Q標籤之併入以及轉麩醯胺酸酶用於修飾多肽之用途，並且因彼等教示內容而併入本文中。
麩醯胺酸殘基及Q標籤之併入可用合成肽之化學手段或藉由對編碼多肽之核酸進行修飾且在細胞或無細胞系統中表現經修飾之核酸來實現。
在化學結合位點為麩醯胺酸或Q標籤之實施例中，麩醯胺酸或Q標籤可處於針對位於以上所描述之sc-TMMP或m-TMAPP中之化學結合位點所指示之任何位置。
在一實施例中，所添加之麩醯胺酸殘基或Q標籤附接至sc-TMMP或m-TMAPP之II類MHC β1多肽序列或與其附接之連接子(若存在)處(例如，處於N末端或C末端)或處於其內部。另外，化學結合位點可存在於(附接於或處於內部) sc-TMAPP或m-TMAPP之多肽上之任何位置。在一實施例中，所添加之麩醯胺酸或Q標籤併入如以上所論述之sc-TMAPP或m-TMAPP之II類MHC β1多肽，包括圖7A至圖7J、圖8A至圖8C、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B或圖20A至圖20B中所示之序列的N末端的20、15或10個胺基酸內，包括序列變化。在一實施例中，所添加之麩醯胺酸或Q標籤附接至本發明之sc-TMMP或m-TMAPP之序列(諸如II類MHC α1、α2、β1或β2多肽)或者(若存在) Fc或其他非Ig支架肽或者直接或間接地附接至上述任一者之連接子(例如，處於N末端或C末端)或處於其內部。在一實施例中，麩醯胺酸或Q標籤存在於多肽連接子內或Fc多肽中。
在諸多實施例中，含麩醯胺酸之標籤包含選自由以下組成之群的胺基酸序列：LQG、LLQGG (SEQ ID NO:62)、LLQG (SEQ ID NO:63)、LSLSQG (SEQ ID NO:64)及LLQLQG (SEQ ID NO:65) (可利用眾多其他胺基酸序列)。
含有或已經修飾而含有一級胺基團之其他分子(例如藥物及/或診斷劑)及抗原決定基可作為胺供體用於在麩醯胺酸殘基(例如，Q標籤中之麩醯胺酸殘基)與抗原決定基或有效負載之間形成共價鍵之轉麩醯胺酸酶催化反應中。
在抗原決定基或有效負載不包含允許其充當胺供體之適合一級胺時，該抗原決定基或有效負載可經化學修飾以併入胺基(例如，經修飾以藉由鍵聯至離胺酸、胺基己酸、屍胺等而併入一級胺)。在抗原決定基或有效負載包含肽且需要一級胺來充當胺供體時，可將一級胺與轉麩醯胺酸酶可作用於其之含離胺酸或其他胺之化合物併入該肽中。可提供一級胺基團且可併入α胺基酸鏈中或其末端之其他含胺化合物包括但不限於升離胺酸、2,7-二胺基庚酸、胺基庚酸。替代地，抗原決定基或有效負載可附接於包含適合胺基之肽或非肽連接子。適合非肽連接子之實例包括烷基連接子及PEG (聚乙二醇)連接子。
轉麩醯胺酸酶可獲自多種來源，且包括來自以下之酶：哺乳動物肝臟(例如，天竺鼠肝臟)；真菌(例如，卵菌類(Oomycetes )、放線菌類(Actinomycetes )、酵母菌屬(Saccharomyces )、念珠菌屬(Candida )、隱球菌屬(Cryptococcus )、紅麴菌屬(Monascus )或黑黴菌屬(Rhizopus )轉麩醯胺酸酶)；變形黏液菌屬(myxomycetes ) (例如，多頭絨泡菌(Physarum polycephalum )轉麩醯胺酸酶)；及/或細菌(例如，茂原鏈輪絲菌(Streptoverticillium mobarensis )、灰肉色鏈輪絲菌(Streptoverticillium griseocarneum )、拉達卡鏈輪絲菌(Streptoverticillium ladakanum )、茂原鏈黴菌(Streptomyces mobarensis )、綠色鏈黴菌(Streptomyces viridis )、拉達卡鏈黴菌(Streptomyces ladakanum )、生暗灰鏈黴菌(Streptomyces caniferus )、扁平鏈黴菌(Streptomyces platensis )、吸水鏈黴菌(Streptomyces hygroscopius )、紡錘鏈黴菌(Streptomyces netropsis )、弗氏鏈黴菌(Streptomyces fradiae )、玫瑰輪絲鏈黴菌(Streptomyces roseovertivillatus )、肉桂鏈黴菌(Streptomyces cinnamaoneous )、灰肉色鏈黴菌(Streptomyces griseocarneum )、淡紫灰鏈黴菌(Streptomyces lavendulae )、淺青紫鏈黴菌(Streptomyces lividans )、利迪鏈黴菌(Streptomyces lydicus )、茂原鏈黴菌(S .mobarensis )、鹽屋鏈黴菌(Streptomyces sioyansis )、馬杜拉放線菌屬(Actinomadura sp .)、環狀芽孢桿菌(Bacillus circulans )、枯草芽孢桿菌(Bacillus subtilis )、產胺棒狀桿菌(Coryneba cterium ammoniagenes )、麩胺酸棒狀桿菌(Corynebacterium glutamicum )、梭菌屬(Clostridium )、腸桿菌屬(Enterobacter sp .)、微球菌屬(Micrococcus ))。在一些實施例中，轉麩醯胺酸酶為不需要鈣來誘導酶構形變化且允許酶活性之非鈣依賴性轉麩醯胺酸酶。
如以上所論述，麩醯胺酸或Q標籤可併入sc-TMAPP或m-TMAPP之多肽中的任何所要位置。在一實施例中，麩醯胺酸或Q標籤可添加於II類MHC β1多肽N末端處或附近，或添加至附接於本文中所描述之sc-TMMP或m-TMAPP之II類MHC多肽之N末端的多肽連接子。
作為化學結合位點之硒代半胱胺酸及非天然胺基酸
一種在sc-TMAPP及m-TMAPP中提供位點特異性化學結合位點之策略採用插入具有與該多肽中所存在之其他胺基酸不同的反應性的胺基酸。此種胺基酸包括但不限於非天然胺基酸乙醯基苯丙胺酸(對乙醯基-L-苯丙胺酸，pAcPhe)、對疊氮基苯丙胺酸及丙炔基酪胺酸，以及天然存在之胺基酸硒代半胱胺酸(Sec)。
Thanos等人在美國專利公開案第20140051836 A1號中論述一些其他非天然胺基酸，包括O-甲基-L-酪胺酸、L-3-(2-萘基)丙胺酸、3-甲基-苯丙胺酸、O-4-烯丙基-L-酪胺酸、4-丙基-L-酪胺酸、三-O-乙醯基-GlcNAcβ-絲胺酸、L-多巴胺、氟化苯丙胺酸、異丙基-L-苯丙胺酸、對醯基-L-苯丙胺酸、對苯甲醯基-L-苯丙胺酸、L-磷酸絲胺酸、膦醯基絲胺酸、膦醯基酪胺酸、對碘苯丙胺酸、對溴苯丙胺酸、對胺基-L-苯丙胺酸、異丙基-L-苯丙胺酸及對炔丙氧基苯丙胺酸。其他非天然胺基酸包括反應性基團，包括胺基、羧基、乙醯基、肼基、醯肼基、半卡肼基、氫硫基、疊氮基及炔基。參見例如美國專利公開案第20140046030 A1號。
除了在實驗室中直接合成多肽以外，亦已開發兩種利用終止密碼子之方法以利用轉錄-轉譯系統將非天然胺基酸併入蛋白質及多肽中。第一種藉由使乳白密碼子UGA與Sec插入序列配對來併入硒代半胱胺酸(Sec)。第二種一般藉由使用琥珀終止密碼子、赭石終止密碼子或乳白終止密碼子將非天然胺基酸併入多肽中。亦已報導使用其他類型密碼子諸如獨特密碼子、罕見密碼子、非天然密碼子、五鹼基密碼子及四鹼基密碼子以及使用無意義及框移阻遏。參見例如美國專利公開案第20140046030 A1號及Rodriguez等人, PNAS 103(23)8650-8655(2006)。舉例而言，可在活體內或無細胞轉錄-轉譯系統中使用tRNA/胺醯基tRNA合成酶配對將非天然胺基酸乙醯基苯丙胺酸併入琥珀密碼子處。
硒代半胱胺酸及非天然胺基酸二者之併入需要將必需終止密碼子工程改造至sc-TMAPP及m-TMAPP之核酸編碼序列中的所要位置，此後使用該編碼序列在活體內或無細胞轉錄-轉譯系統中表現該多肽。
活體內系統一般依賴於經工程改造之細胞株將充當生物正交化學結合位點之非天然胺基酸併入多肽及蛋白質中。參見例如標題為「In vivo incorporation of unnatural amino acids」之國際公開申請案第2002/085923號。活體內非天然胺基酸併入依賴於與宿主細胞中之所有內源tRNA及合成酶正交之tRNA及胺醯基tRNA合成酶(aaRS)配對。在醱酵期間將所選非天然胺基酸補充至培養基，使得細胞滲透性及穩定性成為重要考慮因素。
具有帶電tRNA之各種無細胞合成系統亦可用於併入非天然胺基酸。此種系統包括以下文獻中所描述之彼等系統：美國公開專利申請案第20160115487A1號；Gubens等人,RNA . 2010 Aug; 16(8): 1660-1672；Kim, D. M.及Swartz, J. R.Biotechnol. Bioeng . 66:180-8 (1999)；Kim, D. M.及Swartz, J. R.Biotechnol. Prog . 16:385-90 (2000)；Kim, D. M.及Swartz, J. R. Biotechnol. Bioeng . 74:309-16 (2001)；Swartz等人, Methods Mol. Biol. 267:169-82 (2004)；Kim, D. M.及Swartz, J. R.Biotechnol. Bioeng . 85:122-29 (2004)；Jewett, M. C.及Swartz, J. R.,Biotechnol. Bioeng . 86:19-26 (2004)；Yin, G.及Swartz, J. R.,Biotechnol. Bioeng . 86:188-95 (2004)；Jewett, M. C.及Swartz, J. R.,Biotechnol. Bioeng . 87:465-72 (2004)；Voloshin, A. M.及Swartz, J. R.,Biotechnol. Bioeng . 91:516-21 (2005)。
一旦硒代半胱胺酸及非天然胺基酸併入sc-TMAPP或m-TMAPP中作為化學結合位點，便使與該硒代半胱胺酸或非天然胺基酸具有反應性之攜帶抗原決定基及/或其他分子(例如藥物及診斷劑)之基團與TMAPP之硒代半胱胺酸及非天然胺基在適合之條件下接觸以形成共價鍵。舉例而言，pAcPhe之酮基對烷氧基胺具有反應性且經由肟偶聯，可直接結合至含烷氧基胺之抗原決定基及/或其他分子(例如，藥物及診斷劑)，或者經由含烷氧基胺之連接子間接地結合至抗原決定基及其他分子(例如，藥物及診斷劑)。硒代半胱胺酸與例如一級烷基碘化物(例如，可用作連接子之碘乙醯胺)、馬來醯亞胺及甲碸苯基噁二唑基團反應。因此，攜帶彼等基團或與攜帶彼等基團之連接子結合的抗原決定基及/或其他分子(例如藥物及/或診斷劑)可共價結合至攜帶硒代半胱胺酸之多肽鏈。
如以上關於其他化學結合位點所論述，硒代半胱胺酸及/或非天然胺基酸可併入sc-TMAPP及m-TMAPP中之任何所要位置。在一實施例中，硒代半胱胺酸及/或非天然胺基酸可添加在sc-TMAPP及m-TMAPP中之任何元件，諸如II類MHC α1、α2、β1或β2多肽或者(若存在) Fc或其他非Ig支架肽，或者直接或間接地附接至上述任一者之連接子的末端處或附近。在諸多實施例中，硒代半胱胺酸及/或非天然胺基酸可併入於II類MHC β1多肽或附接於該多肽之N末端以供結合抗原決定基多肽及/或其他分子之連接子中或胺基末端處。
除了當藉由蛋白質表現進行添加時將為多肽連接子之與sc-TMAPP及m-TMAPP締合之連接子以外，連接子可附接至抗原決定基或其他分子(例如，藥物及/或診斷劑)。附接至其他分子之抗原決定基之連接子可包括胺基酸序列以及化學連接子，包括但不限於聚氧化乙烯、聚乙二醇及其類似物。
在一實施例中，sc-及m-TMAPP含有至少一個硒代半胱胺酸及/或非天然胺基酸以用作工程改造至sc-TMAPP或m-TMAPP中之化學結合位點。在一實施例中，sc-TMAPP或m-TMAPP含有至少一個硒代半胱胺酸及/或非天然胺基酸以用作工程改造至如以上所描述之圖7A至圖7J、圖8A至圖8C、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B中之任一者中之II類MHC β1多肽序列(包括具有其變化之序列)中之化學結合位點。在另一實施例中，硒代半胱胺酸及/或非天然胺基酸可併入所存在之任何IgFc區中作為化學結合位點。在一個此種實施例中，FC區中之位點可用作用於結合抗原決定基及/或其他分子(例如，藥物及/或診斷劑)之位點，該等抗原決定基及/或其他分子可直接或經由肽或化學連接子間接地結合至該等位點。
經工程改造之胺基酸化學結合位點
天然存在之胺基酸之側鏈中或多肽末端處所存在之多種官能基(例如，-SH、-NH3 、-OH、-COOH及其類似基團)中之任一者均可用作化學結合位點。此包括分別容易藉由包括N-羥基琥珀醯亞胺及馬來醯亞胺官能基之試劑加以修飾之離胺酸及半胱胺酸側鏈。利用此種胺基酸殘基之主要不利之處在於產物之潛在變異性及異質性。舉例而言，IgG具有超過80個離胺酸，其中超過20個處於溶劑可及位點。參見例如McComb及Owen AAPS J. 117(2): 339-351。半胱胺酸傾向於不太廣泛分佈；其傾向於嚙合於二硫鍵中並且可能不可及且不位於對置放化學結合位點而言合乎需要處。因此，有可能對sc-TMAPP及m-TMAPP進行工程改造以在所要位置併入非天然存在之胺基酸，以便對sc-TMAPP或m-TMAPP進行選擇性修飾。工程改造可呈直接化學合成多肽或者欲結合之抗原決定基或其他分子的形式。化學合成可採用偶聯經適當阻斷之胺基酸。替代地，工程改造可呈對編碼該多肽之核酸之序列進行修飾且在細胞或無細胞系統中對其進行表現之形式。因此，本說明書包括並提供藉由轉錄/轉譯來製備sc-TMAPP或m-TMAPP多肽並且將攜帶欲用作化學結合位點(例如，針對抗原決定基或肽)之非天然或天然(包括硒代半胱胺酸)胺基酸之經工程改造之多肽接合至C末端或N末端經轉譯之多肽。經工程改造之肽可藉由任何適合之方法，包括使用如以上針對抗原決定基肽所描述之分選酶來接合，且可包括連接子肽序列。在一實施例中，經工程改造之肽可包含2、3、4或5個丙胺酸或甘胺酸之序列，該序列可充當分選酶結合及/或作為連接子序列之一部分。
在一個實施例中，sc-TMAPP及m-TMAPP含有至少一個天然存在之胺基酸，該至少一個天然存在之胺基酸欲用作化學結合位點而工程改造至如以上所描述之圖7A至圖7J、圖8A至圖8C、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B或圖20A至圖20B中之任一者中之II類MHC β1多肽序列(包括具有其變化之序列)中。
此項技術中已知的任何方法均可用於將有效負載或抗原決定基偶聯至經工程改造以便將胺基酸併入sc-TMAPP及m-TMAPP中之胺基酸。舉例而言，可利用馬來醯亞胺偶聯至巰基，可利用N-羥基琥珀醯亞胺偶聯至胺基，可使用酸酐或醯氯偶聯至醇或胺，且可使用脫水劑將醇或胺偶聯至羧酸基。因此，藉由使用此種化學反應，抗原決定基或其他分子可直接或經由連接子(例如，同雙官能交聯劑或異雙官能交聯劑)間接地偶聯至sc-TMAPP或m-TMAPP上之位置。舉例而言，抗原決定基肽(或含肽之有效負載)，包括馬來醯亞胺胺基酸，可結合至天然存在或工程改造至TMAPP中之化學結合位點(例如，半胱胺酸殘基)之巰基。使用狄耳士-阿德爾/逆狄耳士-阿德爾保護流程，有可能使用固相肽合成技術直接將馬來醯亞胺胺基酸併入肽(例如，抗原決定基肽)中。參見例如Koehler, Kenneth Christopher, 「Development and Implementation of Clickable Amino Acids」 (2012).Chemical & Biological Engineering Graduate Theses & Dissertations. 31. https://scholar.colorado.edu/ chbe_gradetds/31。因此，在一個實施例中，抗原決定基肽包含偶聯至sc-TMAPP或m-TMAPP之結合袋中所存在之半胱胺酸的馬來醯亞胺胺基酸。
可同時採用成對硫氫基來產生sc-TMAPP及m-TMAPP之化學結合物。在此種實施例中，具有二硫鍵或具有工程改造至彼此鄰近之位置上之兩個半胱胺酸(或硒代半胱胺酸)的TMAPP可藉由使用雙硫醇連接子而用作化學結合位點。Godwin及同事所描述之雙硫醇連接子避免與藉由在其位置上形成橋連基團且同時允許併入另一分子(該分子可為抗原決定基或有效負載)來還原二硫鍵相關的不穩定性。參見例如Badescu G等人, Bioconjug Chem. 2014;25(6):1124-36，標題為「Bridging disulfides for stable and defined antibody drug conjugates」之論文，其描述併入親水性連接子(例如，PEG (聚乙二醇)連接子)以用於附接抗原決定基及其他分子(例如藥物及/或診斷劑)之雙碸試劑的用途。
在sc-TMAPP或m-TMAPP包含二硫鍵時，可使用雙硫醇連接子藉由一般用化學計算量或接近化學計算量之二硫醇還原劑(例如二硫蘇糖醇)將該鍵還原且允許連接子與兩個半胱胺酸殘基反應來併入抗原決定基或有效負載。在存在多個二硫鍵時，使用化學計算量或接近化學計算量之還原劑可允許在一個位點進行選擇性修飾。參見例如Brocchini等人, Adv. Drug. Delivery Rev. (2008) 60: 3-12。在sc-TMAPP或m-TMAPP之多肽不包含成對半胱胺酸及/或硒代半胱胺酸(例如，半胱胺酸及硒代半胱胺酸配對)時，可將其工程改造至多肽中(藉由引入半胱胺酸或硒代半胱胺酸之一或兩者)以提供可與雙硫醇連接子相互作用之成對殘基。半胱胺酸及/或硒代半胱胺酸應位於使得雙硫醇連接子可將其橋連處(例如，處於兩個半胱胺酸可形成二硫鍵之位置)。可採用半胱胺酸與硒代半胱胺酸之任何組合(亦即，兩個半胱胺酸、兩個硒代半胱胺酸，或硒代半胱胺酸與半胱胺酸)。半胱胺酸及/或硒代半胱胺酸可皆處於單一多肽上。替代地，用於與雙硫醇連接子反應之半胱胺酸及/或硒代半胱胺酸可存在於m-TMAPP之不同的多肽上。
在一實施例中，將成對半胱胺酸及/或硒代半胱胺酸併入與圖7A至圖7J、圖8A至圖8C、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B中之任一者中所示II類MHC β1多肽序列具有至少85% (例如，至少90%、95%、98%或99%或甚至100%)胺基酸序列一致性的II類MHC β1多肽序列中。在一個此種實施例中，可利用成對半胱胺酸及/或硒代半胱胺酸作為雙硫醇連接子偶聯位點以用於直接或者經由肽連接子或化學連接子間接地結合例如抗原決定基及/或其他分子(例如藥物及/或診斷劑) (雙硫醇連接子可併入諸如PEG之連接子，由此改良其在水中之溶解度)。在一個實施例中，成對半胱胺酸及/或硒代半胱胺酸位於sc-TMAPP或m-TMAPP之胺基末端之10、20、30、40或50個胺基酸內。
在另一實施例中，將成對半胱胺酸及/或硒代半胱胺酸併入sc-TMAPP或m-TMAPP之IgFC或非免疫球蛋白支架多肽中。在一個此種實施例中，可利用成對半胱胺酸及/或硒代半胱胺酸作為雙硫醇連接子偶聯位點以用於直接或經由肽連接子或化學連接子間接地結合例如抗原決定基及/或其他分子(例如藥物及/或診斷劑)。
其他化學結合位點
醣化學結合位點
許多藉由細胞表現製備之蛋白質含有添加之醣(例如，添加至哺乳動物細胞中所表現之抗體的類型的寡醣)。因此，在藉由細胞表現其多肽來製備sc-TMAPP或m-TMAPP時，醣可存在且可用作二醇結合反應中之位點選擇性化學結合位點。McCombs及Owen, AAPS Journal, (2015) 17(2): 339-351及其中所引用之參考文獻描述醣殘基用於分子與抗體之二醇結合的用途。
亦可藉由使用改變醣之化學物質(例如，過碘酸，其引入醛基)或藉由可併入化學反應性醣或醣類似物以供用作化學結合位點之酶(例如，海藻糖基轉移酶)的作用而在擬體內進行醣殘基之添加及修飾。
在一實施例中，併入具有已知糖基化位點之IgFc支架可用於向sc-TMAPP或m-TMAPP中引入位點特異性化學結合位點。
本發明包括並提供具有醣作為化學結合(二醇結合)位點之sc-TMAPP或m-TMAPP。本發明亦包括並提供此種分子在與抗原決定基及與其他分子(諸如藥物及診斷劑)形成結合物中之用途及彼等分子在醫學處理及診斷方法中之用途。
核苷酸結合位點
核苷酸結合位點藉由使用可共價連接至該結合位點之UV反應性部分而提供位點特異性官能化。Bilgicer等人, Bioconjug Chem. 2014;25(7):1198-202報導可在核苷酸結合位點處共價連接至IgG之吲哚-3-丁酸(IBA)部分的用途。藉由併入形成核苷酸結合位點所需之序列，任何TMAPP與經適當修飾之抗原決定基及/或攜帶反應性核苷酸之其他分子(例如，藥物或診斷劑)的化學結合物可用於製備TMAPP-抗原決定基結合物。
本發明包括並提供具有核苷酸結合位點作為化學結合位點之sc-TMAPP或m-TMAPP。本發明亦包括並提供此種分子在與抗原決定基及與其他分子(諸如藥物及診斷劑)形成結合物中之用途及彼等分子在醫學處理及診斷方法中之用途。
非抗原決定基結合物
除抗原決定基以外之多種分子可結合至包含化學結合位點(除用於形成抗原決定基結合物之任何化學結合位點以外)之任何TMAPP。此外，在TMAPP多聚而形成高級物質時，有可能在多聚體中併入與多於一種類型之分子結合之單體。因此，除抗原決定基以外，有可能引入一或多種類型之選自由以下組成之群的非抗原決定基分子：治療劑、化學治療劑、診斷劑、標記物及其類似物。顯而易知，一些分子可屬於多於一個類別(例如，放射性標記物可用作診斷劑及用作治療劑以便選擇性地照射特定組織或細胞類型)。
如以上所指出，任何TMAPP之各種多肽(例如支架多肽或Fc多肽)可在化學結合位點處經修飾以便併入除抗原決定基肽以外之分子。除以上針對化學結合位點之修飾所論述之特定化學反應以外，亦可採用交聯試劑將抗原決定基及非抗原決定基「其他分子」附接至任何TMAPP中之位點。此種交聯劑(雙官能劑)包括但不限於4-(N-馬來醯亞胺基甲基)-環己烷-1-甲酸琥珀醯亞胺酯(SMCC)、磺基-SMCC、馬來醯亞胺基苯甲醯基-N-羥基琥珀醯亞胺酯(MBS)、磺基-MBS或碘基乙酸琥珀醯亞胺酯。
一些用於將分子引入具有化學結合位點之任何TMAPP或其抗原決定基結合物中之雙官能連接子包括可裂解連接子及非可裂解連接子。在一些情況下，該連接子為蛋白水解可裂解連接子。一些適合之蛋白水解可裂解連接子包含選自由以下組成之群的胺基酸序列：a) LEVLFQGP (SEQ ID NO:40)；b) ENLYTQS (SEQ ID NO:41)；c) DDDDK (SEQ ID NO:42)；d) LVPR (SEQ ID NO:43)；及e) GSGATNFSLLKQAGDVEENPGP (SEQ ID NO:44)。對於有效負載尤其適合之連接子(有時稱為「有效負載連接子」)包括例如肽(例如，2至10個胺基酸之長度；例如，2、3、4、5、6、7、8、9或10個胺基酸之長度)、烷基鏈、聚(乙二醇)、二硫基、硫醚基、酸不穩定基團、光不穩定基團、肽酶不穩定基團及酯酶不穩定基團。適合連接子之非限制性實例為：N-琥珀醯亞胺基-[(N-馬來醯亞胺基丙醯胺基)-四乙二醇]酯(NHS-PEG4-馬來醯亞胺)；4-(2-吡啶基二硫)丁酸N-琥珀醯亞胺基酯(SPDB)；辛二酸二琥珀醯亞胺酯(DSS)；戊二酸二琥珀醯亞胺酯(DGS)；二醯亞胺己二酸二甲酯(DMA)；4-(2-吡啶基二硫)2-磺基丁酸N-琥珀醯亞胺酯(磺基-SPDB)；4-(2-吡啶基二硫)戊酸N-琥珀醯亞胺酯(SPP)；4-(N-馬來醯亞胺基甲基)-環己烷-1-羧基-(6-醯胺基己酸N-琥珀醯亞胺酯) (LC-SMCC)；κ-馬來醯亞胺基十一酸N-琥珀醯亞胺酯(KMUA)；γ-馬來醯亞胺丁酸N-琥珀醯亞胺酯(GMBS)；ε-馬來醯亞胺基己酸N-羥基琥珀醯亞胺酯(EMCS)；間馬來醯亞胺苯甲醯基-N-羥基琥珀醯亞胺酯(MBS)；N-(α-馬來醯亞胺基乙醯氧基)-琥珀醯亞胺酯(AMAS)；6-(β-馬來醯亞胺基丙醯胺)己酸琥珀醯亞胺酯(SMPH)；4-(對馬來醯亞胺基苯基)丁酸N-琥珀醯亞胺酯(SMPB)；異氰酸N-(對馬來醯亞胺基苯基)酯(PMPI)；4-(2-吡啶基硫)戊酸N-琥珀醯亞胺酯(SPP)；(4-碘基-乙醯基)胺基苯甲酸N-琥珀醯亞胺酯(SIAB)；6-馬來醯亞胺基己醯基(MC)；馬來醯亞胺基丙醯基(MP)；對胺基苯甲氧基羰基(PAB)；4-(馬來醯亞胺基甲基)環己烷甲酸N-琥珀醯亞胺酯(SMCC)；3-(2-吡啶基二硫)丙酸琥珀醯亞胺酯(SPDP)；PEG4-SPDP (聚乙二醇化長鏈SPDP交聯劑)；BS(PEG)5 (聚乙二醇化辛二酸雙(磺基琥珀醯亞胺基)酯)；BS(PEG)9 (聚乙二醇化辛二酸雙(磺基琥珀醯亞胺基)酯)；馬來醯亞胺-PEG6 -琥珀醯亞胺酯；馬來醯亞胺-PEG8 -琥珀醯亞胺酯；馬來醯亞胺-PEG12 -琥珀醯亞胺酯；PEG4 -SPDP (聚乙二醇化長鏈SPDP交聯劑)；PEG12 -SPDP (聚乙二醇化長鏈SPDP交聯劑)；4-(N-馬來醯亞胺基甲基)-環己烷-1-羧基-(6-醯胺基已酸N-琥珀醯亞胺酯)、SMCC之「長鏈」類似物(LC-SMCC)；3-馬來醯亞胺基丙酸N-琥珀醯亞胺酯(BMPS)；碘乙酸N-琥珀醯亞胺酯(SIA)；溴乙酸N-琥珀醯亞胺酯(SBA)；及3-(溴乙醯胺基)丙酸N-琥珀醯亞胺酯(SBAP)。
控制反應之化學計算量可獲得某種選擇性修飾，其中不利用具有與分子中之其他基團正交之化學性質的經工程改造之位點。同與單一離胺酸或半胱胺酸殘基反應之試劑相比，呈現更大選擇性之試劑，諸如以上所論述之雙硫連接子，傾向於允許對位置及化學計算量進行更精確之控制。
在本發明之任何TMAPP均包含Fc多肽之實施例中，該Fc多肽可包含直接或經由連接子間接地附接之一或多個共價附接之有效負載分子。舉例而言，在sc-TMAPP或m-TMAPP (包含MOD或不含MOD)包含Fc多肽時，包含該Fc多肽之多肽鏈可具有式(A)-(L)-(C)，其中(A)為包含該Fc多肽之多肽鏈；其中(L)若存在則為連接子；且其中(C)為有效負載(例如，細胞毒性劑)。(L)若存在則連接(A)與(C)。在一些情況下，包含該Fc多肽之多肽鏈可包含多於一個有效負載分子(例如，細胞毒性劑)，例如2、3、4、5或多於5個有效負載分子)。
在一實施例中，結合至任何TMAPP之非抗原決定基分子(例如有效負載)係選自由以下組成之群：生物活性劑或藥物、診斷劑或標記物、核苷酸或核苷類似物、核酸或合成核酸(例如，反義核酸、小干擾RNA、雙鏈(ds)DNA、單鏈(ss)DNA、ssRNA、dsRNA)、毒素、脂質體(例如，併入化學治療劑，諸如5-氟去氧尿苷)、奈米粒子(例如，攜帶核酸或其他分子之金或其他金屬、脂質、攜帶核酸或其他分子之粒子)及其組合。
在一實施例中，結合至任何TMAPP之非抗原決定基分子係選自由以下組成之群：生物活性劑或藥物，該等生物活性劑或藥物係獨立地選自由以下組成之群：治療劑(例如，藥物或前藥)、化學治療劑、細胞毒性劑、抗生素、抗病毒劑、細胞週期同步劑、細胞表面受體之配位體、免疫調節劑(例如，免疫抑制劑，諸如環孢黴素)、促細胞凋亡劑、抗血管生成劑、細胞因子、趨化因子、生長因子、蛋白質或多肽、抗體或其抗原結合片段、酶、酶原、激素及其組合。
在一實施例中，結合至任何TMAPP之非抗原決定基分子係選自由以下組成之群：生物活性劑或藥物，該等生物活性劑或藥物係獨立地選自由以下組成之群：治療診斷劑或標記物，該等治療診斷劑或標記物係獨立地選自由以下組成之群：光可偵測標記物(例如染料、螢光標記物、磷光標記物、發光標記物)、造影劑(例如含碘或鋇之材料)、放射性標記物、成像劑、順磁性標記物/成像劑(含釓之磁共振成像標記物)、超音標記物及其組合。
藥物結合物 — 治療劑及化學治療劑
本發明之任何TMAPP之多肽鏈可包含作為有效負載結合至該多肽鏈之小分子藥物或任何其他治療劑或化學治療劑。舉例而言，在本發明之任何TMAPP均包含Fc多肽時，該Fc多肽可包含共價連接之小分子藥物。在一些情況下，該小分子藥物為癌症化學治療劑，例如，細胞毒性劑。任何TMAPP之多肽鏈可包含連接(例如，共價附接)至多肽鏈之細胞毒性劑。舉例而言，在任何TMAPP均包含Fc多肽時，該Fc多肽可包含共價連接之細胞毒性劑。細胞毒性劑包括前藥。直接連接可包括直接連接至胺基酸側鏈。間接連接可為經由連接子連接。
適合之治療劑包括例如雷帕黴素(rapamycin)；類視黃醇，諸如全反式視黃酸(ATRA)；維生素D3；維生素D3類似物；及其類似物。如以上所指出，在一些情況下，藥物為細胞毒性劑。細胞毒性劑為此項技術中已知的。適合之細胞毒性劑可為引起細胞死亡或誘導細胞死亡或以某種方式降低細胞活力之任何化合物，且包括例如類美登素(maytansinoid)及類美登素類似物、苯并二氮呯、類紫杉醇、CC-1065及CC-1065類似物、倍癌黴素(duocarmycin)及倍癌黴素類似物、烯二炔(諸如卡奇黴素(calicheamicin))、尾海兔素(dolastatin)及尾海兔素類似物(包括奧瑞斯他汀(auristatins))、茅屋黴素(tomaymycin)衍生物、來普黴素(leptomycin)衍生物、胺甲蝶呤(methotrexate)、順鉑(cisplatin)、卡鉑(carboplatin)、道諾黴素(daunorubicin)、阿黴素(doxorubicin)、長春新鹼(vincristine)、長春花鹼(vinblastine)、美法侖(melphalan)、絲裂黴素C、氮芥苯丁酸及嗎啉基阿黴素。
舉例而言，在一些情況下，細胞毒性劑為抑制真核生物細胞中之微管形成的化合物。此種劑包括例如類美登素、苯并二氮呯、類紫杉醇、CC-1065、倍癌黴素、倍癌黴素類似物、卡奇黴素、尾海兔素、尾海兔素類似物、奧瑞斯他汀、茅屋黴素及來普黴素或上述任一者之前藥。類美登素化合物包括例如N(2')-脫乙醯基-N(2')-(3-巰基-1-側氧基丙基)-美登素(DM1)；N(2')-脫乙醯基-N(2')-(4-巰基-1-側氧基戊基)-美登素(DM3)；及N(2')-脫乙醯基-N2-(4-巰基-4-甲基-1-側氧基戊基)-美登素(DM4)。苯并二氮呯包括例如吲哚啉并苯并二氮呯及噁唑啉并苯并二氮呯。
細胞毒性劑包括紫杉醇；細胞分裂抑素B；短桿菌肽D；溴化乙錠；吐根鹼(emetine)；絲裂黴素(mitomycin)；伊妥普賽(etoposide)；替尼泊苷(tenoposide)；長春新鹼；長春花鹼；秋水仙鹼(colchicin)；阿黴素；道諾黴素；二羥基炭疽菌素二酮；美登素或其類似物或衍生物；奧瑞斯他汀或其功能肽類似物或衍生物；尾海兔素10或15或其類似物；伊立替康(irinotecan)或其類似物；米托蒽醌(mitoxantrone)；光神黴素(mithramycin)；放線菌素D；1-去氫睾酮；糖皮質素；普魯卡因(procaine)；丁卡因(tetracaine)；利多卡因(lidocaine)；普萘洛爾(propranolol)；嘌呤黴素(puromycin)；卡奇黴素或其類似物或衍生物；抗代謝物；6-巰基嘌呤；6-硫鳥嘌呤；阿糖胞苷；氟達拉濱(fludarabin)；5-氟尿嘧啶；達卡巴嗪(decarbazine)；羥基脲；天冬醯胺酶；吉西他濱(gemcitabine)；克拉屈濱(cladribine)；烷基化劑；鉑衍生物；倍癌黴素A；倍癌黴素SA；拉奇黴素(rachelmycin) (CC-1065)或其類似物或衍生物；抗生素；吡咯并[2,1-c][1,4]-苯并二氮呯(PDB)；白喉毒素；篦麻毒素；霍亂毒素；類志賀(Shiga)毒素；LT毒素；C3毒素；志賀毒素；百日咳毒素；破傷風毒素；大豆鮑曼-比爾克蛋白酶抑制劑(Bowman-Birk protease inhibitor)；假單胞菌外毒素；蘆苔素(alorin)；肥皂草素；蒴蓮根毒素；甘丙胺肽；相思子毒素A鏈；蒴蓮根毒素A鏈；α-帚麴菌素；油桐(Aleurites fordii)蛋白；石竹素蛋白；美國商陸(Phytolacca americana)蛋白；苦瓜抑制劑；麻瘋樹毒素；巴豆毒素；肥皂草(sapaonaria officinalis)抑制劑；白樹毒素；米托黴素；侷限麴菌素；酚黴素；伊諾黴素毒素；核糖核酸酶(RNase)；去氧核糖核酸酶I (DNase I)；葡萄球菌腸毒素A；美洲商陸抗病毒蛋白；白喉毒素；及假單胞菌內毒素。
診斷劑及標記物
任何TMAPP均可結合至獨立選擇之一或多分子之光可偵測標記物(例如，染料、螢光標記物、磷光標記物、發光標記物)、造影劑(例如，含碘或鋇之材料)、放射性標記物、成像劑、自旋標記物、福斯特共振能量轉移(FRET)型標記物、順磁標記物/成像劑(例如，含釓之磁共振成像標記物)、超聲標記物及其組合之一或多個有效負載分子。
在一些實施例中，結合物部分包含標記物，該標記物為放射性同位素或包括放射性同位素。放射性同位素或其他標記物之實例包括但不限於3 H、11 C、14 C、15 N、35 S、18 F、32 P、33 P、64 Cu、68 Ga、89 Zr、90 Y、99 Tc、123 I、124 I、125 I、131 I、111 ln、131 In、153 Sm、186 Re、188 Re、211 At、212 Bi及153 Pb。
核酸
本發明提供包含編碼包含一或多個化學結合位點之任何未結合之TMAPP (例如，包含一或多個化學結合位點之含MOD或不含MOD之sc-TMAPP或m-TMAPP)之核苷酸序列的核酸。
編碼本發明之 sc-TMAPP 之核酸
如以上所描述，在一些情況下，本發明之sc-TMAPP包含單一多肽鏈且可具有可用於例如併入有效負載、抗原決定基或MOD及抗原決定基之化學結合位點。本發明提供包含編碼包含一或多個化學結合位點之未結合之sc-TMAPP (包括包含MOD或不含MOD之未結合之sc-TMAPP)之核苷酸序列的核酸。
編碼本發明之 m-TMAPP 之核酸
如以上所描述，在一些情況下，本發明之m-TMAPP包含至少2個獨立的多肽鏈，其中一或多個可具有可用於例如併入有效負載、抗原決定基或MOD及抗原決定基之化學結合位點。本發明提供包含編碼包含一或多個化學結合位點之未結合m-TMAPP (包括包含MOD或不含MOD之未結合m-TMAPP)之核苷酸序列的核酸。在一些情況下，m-TMAPP之個別多肽鏈係於單獨的核酸中編碼。在一些情況下，本發明之m-TMAPP之所有多肽鏈均於單一核酸中編碼。在一些情況下，第一核酸包含編碼本發明之m-TMAPP之第一多肽的核苷酸序列；且第二核酸包含編碼本發明之m-TMAPP之第二多肽的核苷酸序列。在一些情況下，單一核酸包含編碼m-TMAPP之第一多肽及m-TMAPP之第二多肽的核苷酸序列。不考慮編碼多聚體多肽之核酸的數目，至少一個或甚至兩個或更多個包含編碼至少一個化學結合位點之序列。
編碼 m-TMAPP 之個別多肽鏈的獨立的核酸
本發明提供包含編碼包含本發明之一或多個化學結合位點之任何TMAPP之核苷酸序列的核酸。如以上所指出，在一些情況下，m-TMAPP (其可包含MOD或不含MOD)之個別多肽鏈係於單獨的核酸中編碼。在一些情況下，編碼未結合之m-TMAPP之獨立的多肽鏈之核苷酸序列可操作地連接至轉錄控制元件，例如，啟動子，諸如在真核生物細胞中具有功能性之啟動子，其中該啟動子可為組成性啟動子或誘導性啟動子。
舉例而言，本發明提供第一核酸及第二核酸，其中該第一核酸包含編碼 m-TMAPP之第一多肽的核苷酸序列，且其中該第二核酸包含編碼該m-TMAPP之第二多肽的核苷酸序列；其中編碼該第一多肽及該第二多肽之序列中之至少一者包含編碼化學結合位點之序列。在一些情況下，編碼第一多肽及第二多肽之核苷酸序列可操作地連接至轉錄控制元件。在一些情況下，轉錄控制元件為在真核生物細胞中具有功能性之啟動子。在一些情況下，核酸存在於獨立的表現載體中。
作為一個非限制性實例，本發明提供第一核酸及第二核酸，其中該第一核酸包含編碼 m-TMAPP之第一多肽的核苷酸序列，其中該第一多肽自N末端至C末端依序包含：a)視情況存在之連接子；b)第一II類MHC多肽；及c) MOD (例如，如以上所描述之降低親和力變異體)；且其中該第二核酸包含編碼該m-TMAPP之第二多肽之核苷酸序列，其中該第二多肽自N末端至C末端依序包含：a)第二II類MHC多肽；及b) Ig Fc多肽；其中編碼該第一多肽及該第二多肽之該等序列中之至少一者包含編碼化學結合位點之序列。適合之連接子、MHC多肽、免疫調節多肽及Ig Fc多肽如以上所描述。在一些情況下，編碼第一多肽及第二多肽之核苷酸序列可操作地連接至轉錄控制元件。在一些情況下，轉錄控制元件為在真核生物細胞中具有功能性之啟動子。在一些情況下，核酸存在於獨立的表現載體中。
編碼 m-TMAPP 中所存在之兩個或更多個多肽之核酸
本發明提供一種包含編碼 m-TMAPP (其可包含MOD或不含MOD)之至少第一多肽及第二多肽之核苷酸序列的核酸；其中編碼該第一多肽及該第二多肽之序列中之至少一者包含編碼化學結合位點之序列。在一些情況下，在m-TMAPP包括第一多肽、第二多肽及第三多肽時，該核酸包括編碼該第一多肽、第二多肽及視情況第三多肽之核苷酸序列；其中編碼該第一多肽、該第二多肽及該第三多肽之序列中之至少一者包含編碼化學結合位點之序列。在一些情況下，編碼該第一多肽及該第二多肽之核苷酸序列包括插入在編碼該第一多肽之核苷酸序列與編碼該第二多肽之核苷酸序列之間的蛋白水解可裂解連接子。在一些情況下，編碼該第一多肽及該第二多肽之核苷酸序列包括插入在編碼該第一多肽之核苷酸序列與編碼該第二多肽之核苷酸序列之間的內部核糖體進入位點(IRES)。在一些情況下，編碼該第一多肽及該第二多肽之核苷酸序列包括插入在編碼該第一多肽之核苷酸序列與編碼該第二多肽之核苷酸序列之間的核糖體跳躍信號(或順式作用水解酶元件，CHYSEL)。在蛋白水解可裂解連接子提供於編碼該第一多肽及該第二多肽之核苷酸序列之間的實施例中，可使用IRES或核糖體跳躍信號來替代編碼蛋白水解可裂解連接子之核苷酸序列。
在一些情況下，該第一核酸(例如，重組表現載體、mRNA、病毒RNA等)包含編碼含MOD或不含MOD之m-TMAPP之第一多肽鏈的核苷酸序列；且第二核酸(例如，重組表現載體、mRNA、病毒RNA等)包含編碼m-TMAPP之第二多肽鏈的核苷酸序列。在一些情況下，編碼該第一多肽之核苷酸序列及編碼該第二多肽之第二核苷酸序列各自可操作地連接至轉錄控制元件，例如，啟動子，諸如在真核生物細胞中具有功能性之啟動子，其中該啟動子可為組成性啟動子或誘導性啟動子。
重組表現載體
本發明提供包含本發明之核酸的重組表現載體。在一些情況下，重組表現載體為非病毒載體。在一些實施例中，重組表現載體為病毒構築體，例如重組腺相關病毒構築體(參見例如美國專利第7,078,387號)、重組腺病毒構築體、重組慢病毒構築體、重組反轉錄病毒構築體、非整合病毒載體等。
適合之表現載體包括但不限於病毒載體(例如基於牛痘病毒之病毒載體；基於脊髓灰質炎病毒之病毒載體；基於腺病毒之病毒載體) (參見例如Li等人, Invest Opthalmol Vis Sci 35:2543 2549, 1994；Borras等人, Gene Ther 6:515 524, 1999；Li及Davidson, PNAS 92:7700 7704, 1995；Sakamoto等人, H Gene Ther 5:1088 1097, 1999；WO 94/12649、WO 93/03769；WO 93/19191；WO 94/28938；WO 95/11984及WO 95/00655)；基於腺相關病毒之病毒載體(參見例如Ali等人, Hum Gene Ther 9:81 86, 1998；Flannery等人, PNAS 94:6916 6921, 1997；Bennett等人, Invest Opthalmol Vis Sci 38:2857 2863, 1997；Jomary等人, Gene Ther 4:683 690, 1997；Rolling等人, Hum Gene Ther 10:641 648, 1999；Ali等人, Hum Mol Genet 5:591 594, 1996；Srivastava, WO 93/09239；Samulski等人, J. Vir. (1989) 63:3822-3828；Mendelson等人, Virol. (1988) 166:154-165；及Flotte等人, PNAS (1993) 90:10613-10617)；基於SV40之病毒載體；基於單純疱疹病毒之病毒載體；基於人類免疫缺乏病毒之病毒載體(參見例如Miyoshi等人, PNAS 94:10319 23, 1997；Takahashi等人, J Virol 73:7812 7816, 1999)；反轉錄病毒載體(例如鼠類白血病病毒、脾臟壞死病毒及來源於諸如勞氏肉瘤病毒、哈維氏肉瘤病毒、禽白血病病毒、慢病毒、人類免疫缺乏病毒、骨髓增殖性肉瘤病毒及乳腺瘤病毒之反轉錄病毒的載體)；及其類似物。眾多適合之表現載體對熟習此項技術者為已知的，且許多可得自市面。
視所利用之宿主/載體系統而定，眾多適合之轉錄及轉譯控制元件，包括組成性啟動子及誘導性啟動子、轉錄增強子元件、轉錄終止子等中之任一者均可用於表現載體(參見例如Bitter等人(1987) Methods in Enzymology, 153:516-544)。
在一些情況下，編碼未結合之TMAPP (其可包含MOD或不含MOD)的核苷酸序列可操作地連接至控制元件，例如轉錄控制元件，諸如啟動子。轉錄控制元件可在真核生物細胞(例如哺乳動物細胞)或原核生物細胞(例如細菌細胞或古細菌細胞)中具有功能性。在一些情況下，編碼DNA靶向性RNA及/或定點修飾多肽之核苷酸序列可操作地連接至多個控制元件，從而允許在原核生物細胞及真核生物細胞中表現編碼DNA靶向性RNA及/或定點修飾多肽之核苷酸序列。
適合之真核生物啟動子(在真核生物細胞中具有功能性之啟動子)的非限制性實例包括來自巨細胞病毒(CMV)立即早期基因、單純疱疹病毒(HSV)、胸苷激酶、早期及晚期SV40、反轉錄病毒之長末端重複單元(LTR)及小鼠金屬硫蛋白-I之彼等啟動子。適當載體及啟動子之選擇完全在一般熟習此項技術者之能力範圍內。表現載體亦可含有用於轉譯起始之核糖體結合位點，及轉錄終止子。表現載體亦可包括適用於增強表現之序列。
經基因修飾之宿主細胞
本發明提供一種經基因修飾之宿主細胞，其中該宿主細胞經本發明之核酸加以基因修飾。
適合之宿主細胞包括真核生物細胞，諸如酵母細胞、昆蟲細胞及哺乳動物細胞。在一些情況下，宿主細胞為哺乳動物細胞株之細胞。適合之哺乳動物細胞株包括人類細胞株、非人類靈長類動物細胞株、囓齒動物(例如小鼠、大鼠)細胞株及其類似物。適合之哺乳動物細胞株包括但不限於HeLa細胞(例如，美國典型菌種保藏中心(ATCC)編號CCL-2)、CHO細胞(例如ATCC編號CRL9618、CCL61、CRL9096)、293細胞(例如，ATCC編號CRL-1573)、Vero細胞、NIH 3T3細胞(例如，ATCC編號CRL-1658)、Huh-7細胞、BHK細胞(例如，ATCC編號CCL10)、PC12細胞(ATCC編號CRL1721)、COS細胞、COS-7細胞(ATCC編號CRL1651)、RAT1細胞、小鼠L細胞(ATCC編號CCLI.3)、人類胚胎腎(HEK)細胞(ATCC編號CRL1573)、HLHepG2細胞及其類似物。
經基因修飾之宿主細胞可用於產生本發明之未結合之TMAPP。舉例而言，經基因修飾之宿主細胞可用於產生本發明之未結合之sc-TMAPP或m-TMAPP。在一實施例中，未結合之sc-TMAPP及m-TMAPP之產生係藉由將一或多個包含編碼該未結合之sc-TMAPP或m-TMAPP之多肽的核苷酸序列的表現載體引入宿主細胞中，產生經基因修飾之宿主細胞，該經基因修飾之宿主細胞產生該未結合之sc-TMAPP或m-TMAPP來實現。
組合物
本發明提供包含本發明之任何TMAPP，諸如sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物之組合物，包括醫藥組合物。本發明提供包含本發明之核酸或重組表現載體之組合物，包括醫藥組合物。
包含 TMAPP 之組合物
本發明之組合物可包含本發明之任何TMAPP (例如，具有MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)以及以下一或多者：鹽，例如NaCl、MgCl2 、KCl、MgSO4 等；緩衝液，例如Tris緩衝液、N-(2-羥乙基)哌嗪-N'-(2-乙磺酸) (HEPES)、2-(N-嗎啉基)乙磺酸(MES)、2-(N-嗎啉基)乙磺酸鈉鹽(MES)、3-(N-嗎啉基)丙磺酸(MOPS)、N-參[羥甲基]甲基-3-胺基丙磺酸(TAPS)等；增溶劑；清潔劑，例如非離子洗滌劑，諸如Tween-20等；蛋白酶抑制劑；甘油；及其類似物。
該組合物可包含醫藥學上可接受之賦形劑，其中多種為此項技術中已知的且已知無需在本文中詳細論述。醫藥學上可接受之賦形劑已詳盡描述於多種出版物中，包括例如「Remington: The Science and Practice of Pharmacy」, 第19版(1995)或最新版本, Mack Publishing Co；A. Gennaro (2000) 「Remington: The Science and Practice of Pharmacy」, 第20版, Lippincott, Williams, & Wilkins；Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems (1999) H.C. Ansel等人編, 第7版, Lippincott, Williams, & Wilkins；及Handbook of Pharmaceutical Excipients (2000) A.H. Kibbe等人編, 第3版, Amer. Pharmaceutical Assoc。
醫藥組合物可包含i)本發明之任何TMAPP (例如，具有MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)；及ii)醫藥學上可接受之賦形劑。在一些情況下，標的醫藥組合物將適合於投與個體，例如，將為無菌的。舉例而言，在一些實施例中，標的醫藥組合物將適合於投與人類個體，例如，其中該組合物為無菌的且不含可偵測之熱原質及/或其他毒素。
蛋白質組合物可包含其他組分，諸如醫藥級甘露糖醇、乳糖、澱粉、硬脂酸鎂、糖精鈉、滑石、纖維素、葡萄糖、蔗糖、鎂、碳酸鹽及其類似物。該等組合物在需要接近生理條件時可含有醫藥學上可接受之輔助物質，諸如pH值調節及緩衝劑、毒性調節劑及其類似物，例如乙酸鈉、氯化鈉、氯化鉀、氯化鈣、乳酸鈉、鹽酸鹽、硫酸鹽、溶劑合物(例如，混合離子鹽、水、有機物)、水合物(例如，水)及其類似物。
本發明之調配物及組合物亦可包括表面活性劑。表面活性劑在藥物產品、調配物及乳液中之用途為此項技術中熟知的。表面活性劑及其用途進一步描述於美國專利第6,287,860號中。
舉例而言，組合物可包括水溶液、粉劑、顆粒、錠劑、丸劑、栓劑、膠囊、懸浮液、噴霧劑及其類似物。可根據以下所描述之各種投與途徑來調配組合物。
在本發明之任何TMAPP (例如，含MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)作為可注射劑直接投與組織中(例如，經皮下、腹膜內、肌肉內、淋巴內及/或靜脈內)時，可將調配物提供為即用劑型或非水性形式(例如可復原型儲存穩定粉劑)或水性形式，諸如由醫藥學上可接受之載劑及賦形劑構成之液體。亦可提供含蛋白質之調配物以便在投與後增強標的蛋白質之血清半衰期。舉例而言，可將蛋白質提供於脂質體調配物中，或製備為膠體，或藉由使用其他習知技術來延長血清半衰期。多種方法可用於製備脂質體，如例如Szoka等人, 1980Ann. Rev. Biophys. Bioeng. 9:467、美國專利第4,235,871號、第4,501,728號及第4,837,028號中所描述。該等製劑亦可呈控制釋放或緩慢釋放形式提供。
在一些情況下，本發明之組合物包含：a)任何TMAPP (例如，含MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)；及b)生理鹽水(例如，0.9% NaCl)。在一些情況下，該組合物為無菌的。在一些情況下，該組合物適合於投與人類個體，例如在組合物為無菌的且不含可偵測之熱原質及/或其他毒素時。因而，本發明提供一種組合物，該組合物包含：a)任何TMAPP (例如，含MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)；及b)生理鹽水(例如0.9% NaCl)，其中該組合物為無菌的且不含可偵測之熱原質及/或其他毒素。
適用於非經腸投與之調配物的其他實例包括等滲無菌注射溶液、抗氧化劑、抑細菌劑及致使調配物與預定受體之血液等滲的溶質、懸浮劑、增溶劑、增稠劑、穩定劑及防腐劑。舉例而言，標的醫藥組合物可提供於容器，例如無菌容器，諸如注射器中。調配物可存在於單位劑量或多劑量密封容器中，諸如安瓿及小瓶，且可儲存在冷凍乾燥(凍乾)條件下，從而僅需要在臨使用前添加無菌液體賦形劑，例如注射用水。可由無菌粉劑、顆粒劑及錠劑來製備臨時注射溶液及懸浮液。
調配物中之任何TMAPP (例如，含MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)之濃度可廣泛變化(例如，以重量計低於約0.1%，通常為或至少為約2%至高達20%至50%或更高)，且通常將主要基於流體體積、黏度及基於患者之因素，根據所選特定投與模式及患者之需要加以選擇。
本發明提供一種包含本發明組合物，例如液體組合物之容器。容器可為例如注射器、安瓿及其類似物。在一些情況下，容器為無菌的。在一些情況下，容器及組合物兩者皆為無菌的。
用於經口投與之組合物及調配物包括粉劑或顆粒劑、微粒、奈米粒子、水或非水性介質中之懸浮液或溶液、膠囊、凝膠膠囊、扁囊、錠劑或微型錠劑。可能需要增稠劑、調味劑、稀釋劑、乳化劑、分散助劑或黏合劑。適合之經口調配物包括投與標的反義核酸連同一或多種滲透增強劑、表面活性劑及螯合劑之彼等經口調配物。適合之表面活性劑包括但不限於脂肪酸及/或其酯或鹽、膽汁酸及/或其鹽。美國專利第6,287,860號中進一步描述適合之膽汁酸/鹽及脂肪酸及其用途。滲透增強劑之組合，例如脂肪酸/鹽與膽汁酸/鹽之組合亦為適合的。例示性適合組合為月桂酸、羊脂酸及UDCA之鈉鹽。其他滲透增強劑包括但不限於聚氧化乙烯-9-月桂醚及聚氧化乙烯-20-鯨蠟醚。適合之滲透增強劑亦包括丙二醇、二甲亞碸、三乙醇胺、N,N-二甲基乙醯胺、N,N-二甲基甲醯胺、2-吡咯啶酮及其衍生物、四氫呋喃醇及AZONE™。
包含核酸或重組表現載體之組合物
本發明提供包含本發明之核酸或重組表現載體之組合物，例如醫藥組合物。多種醫藥學上可接受之賦形劑為此項技術中已知的且無需在本文中詳細論述。醫藥學上可接受之賦形劑已詳盡描述於多種出版物中，包括例如A. Gennaro (2000) 「Remington: The Science and Practice of Pharmacy」, 第20版, Lippincott, Williams, & Wilkins；Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems (1999) H. C. Ansel等人編, 第7版, Lippincott, Williams, & Wilkins；及Handbook of Pharmaceutical Excipients (2000) A. H. Kibbe等人編, 第3版, Amer. Pharmaceutical Assoc。
本發明之組合物可包括：a)一或多種核酸或者一或多種重組表現載體，其包含編碼本發明之未結合之sc-TMAPP或m-TMAPP (其可含有MOD或不含MOD)之核苷酸序列；及b)以下各物中之一或多種：緩衝劑、表面活性劑、抗氧化劑、親水性聚合物、糊精、螯合劑、懸浮劑、增溶劑、增稠劑、穩定劑、抑菌劑、潤濕劑及防腐劑。適合之緩衝劑包括但不限於N,N-雙(2-羥乙基)-2-胺基乙磺酸(BES)、雙(2-羥乙基)胺基-參(羥甲基)甲烷(BIS-Tris)、N-(2-羥乙基)哌嗪-N'3-丙磺酸(EPPS或HEPPS)、甘胺醯甘胺酸、N-2-羥乙基哌嗪-N'-2-乙磺酸(HEPES)、3-(N-嗎啉基)丙磺酸(MOPS)、哌嗪-N,N'-雙(2-乙烷-磺酸) (PIPES)、碳酸氫鈉、3-(N-參(羥甲基)-甲基-胺基)-2-羥基-丙磺酸) TAPSO、(N-參(羥甲基)甲基-2-胺基乙磺酸(TES)、N-參(羥甲基)甲基-甘胺酸(Tricine)、參(羥甲基)-胺基甲烷(Tris)。適合之鹽包括例如NaCl、MgCl2 、KCl、MgSO4 等。
本發明之醫藥調配物可包括約0.001%至約90% (w/w)之量的本發明之核酸或重組表現載體。以下在描述調配物時，「標的核酸或重組表現載體」應理解為包括本發明之核酸或重組表現載體。舉例而言，在一些實施例中，標的調配物包含本發明之核酸或重組表現載體。
標的核酸或重組表現載體可與其他化合物或化合物混合物混合、囊封、結合或以其他方式締合；此類化合物可包括例如脂質體或受體靶向性分子。標的核酸或重組表現載體可與一或多種有助於攝取、分佈及/或吸收之組分組合於調配物中。
標的核酸或重組表現載體組合物可調配成許多可能劑型中之任一種，諸如但不限於錠劑、膠囊劑、凝膠膠囊劑、液體糖漿、軟凝膠劑、栓劑及灌腸劑。標的核酸或重組表現載體組合物亦可調配為處於水性、非水性或混合性介質中之懸浮液。水性懸浮液可更含有增加懸浮液之黏度的物質，包括例如羧甲基纖維素鈉鹽、山梨糖醇及/或聚葡萄糖。懸浮液亦可含有穩定劑。
包含標的核酸或重組表現載體之調配物可為脂質體調配物。如本文中所使用，術語「脂質體」意謂由排列在一或多個球形雙層中之兩親脂質構成的囊泡。脂質體為具有由親脂性材料形成之膜及含有欲遞送之組合物之水性內部的單層或多層囊泡。陽離子脂質體為可與帶負電DNA分子相互作用以形式穩定複合體之帶正電脂質體。據信pH值敏感性脂質體或帶負電脂質體俘獲DNA而非與其複合。陽離子脂質體及非陽離子脂質體皆可用於遞送標的核酸或重組表現載體。
脂質體亦包括「空間穩定型」脂質體，如本文中所使用，該術語係指包含一或多種當併入脂質體中時引起循環壽命相對於缺乏此類特化脂質之脂質體有所增加之特化脂質的脂質體。空間穩定型脂質體之實例為脂質體之囊泡形成脂質部分之一部分包含一或多種醣脂或用一或多種親水性聚合物，諸如聚乙二醇(PEG)部分加以衍生化的彼等脂質體。美國專利第6,287,860號中進一步描述脂質體及其用途，該專利係以引用之方式整體併入本文中。
本發明之調配物及組合物亦可包括表面活性劑。表面活性劑在藥物產品、調配物及乳液中之用途為此項技術中熟知的。美國專利第6,287,860號中進一步描述表面活性劑及其用途。
在一個實施例中，包括各種滲透增強劑，以實現核酸之有效遞送。除輔助非親脂性藥物擴散越過細胞膜以外，滲透增強劑亦增強親脂性藥物之滲透性。滲透增強劑可分類為屬於五個大類之一，亦即，表面活性劑、脂肪酸、膽汁鹽、螯合劑及非螯合性非表面活性劑。美國專利第6,287,860號中進一步描述滲透增強劑及其用途，該專利係以引用之方式整體併入本文中。
用於經口投與之組合物及調配物包括粉劑或顆粒劑、微粒、奈米粒子、水或非水性介質中之懸浮液或溶液、膠囊、凝膠膠囊、扁囊、錠劑或微型錠劑。可能需要增稠劑、調味劑、稀釋劑、乳化劑、分散助劑或黏合劑。適合之經口調配物包括投與標的反義核酸連同一或多種滲透增強劑、表面活性劑及螯合劑之彼等經口調配物。適合之表面活性劑包括但不限於脂肪酸及/或其酯或鹽、膽汁酸及/或其鹽。美國專利第6,287,860號中進一步描述適合之膽汁酸/鹽及脂肪酸及其用途。滲透增強劑之組合，例如脂肪酸/鹽與膽汁酸/鹽之組合亦為適合的。例示性適合組合為月桂酸、羊脂酸及UDCA之鈉鹽。其他滲透增強劑包括但不限於聚氧乙烯-9-月桂醚及聚氧乙烯-20-鯨蠟醚。適合之滲透增強劑亦包括丙二醇、二甲亞碸、三乙醇胺、N,N-二甲基乙醯胺、N,N-二甲基甲醯胺、2-吡咯啶酮及其衍生物、四氫呋喃醇及AZONE™。
方法
本發明提供本發明之任何TMAPP用於各種研究及診斷目的之用途。舉例而言，本發明之任何TMAPP (例如，含MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)可用於直接或間接地標記抗原特異性T細胞。
本發明之任何TMAPP (例如，含MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)可用於調節T細胞之活性。因而，本發明提供調節T細胞之活性的方法，該等方法一般包括使靶T細胞與本發明之TMAPP-抗原決定基結合物接觸。
偵測抗原特異性 T 細胞之方法
本發明提供偵測抗原特異性T細胞之方法。該等方法包括使T細胞與sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物(其具有MOD或不含MOD)接觸；及偵測該抗原決定基結合物與該T細胞之結合。
本發明提供一種偵測抗原特異性T細胞之方法，該方法包括接觸sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物(其具有MOD或不含MOD)；及偵測特異性結合；其中該TMAPP-抗原決定基結合物與該T細胞結合指示該T細胞對該TMAPP-抗原決定基結合物中所存在之該抗原決定基具特異性。
任何TMAPP (例如，具有MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)均可包含可用於偵測TMAPP之結合的可偵測標記。適合之可偵測標記包括但不限於放射性同位素、螢光多肽、產生螢光產物之酶及產生有色產物之酶。在sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物(其具有MOD或不含MOD)包含可偵測標記，藉由偵測該可偵測標記來偵測彼等TMAPP與例如T細胞之結合。
適合之螢光蛋白質包括但不限於綠色螢光蛋白(GFP)或其變異體、GFP之藍色螢光變異體(BFP)、GFP之青色螢光變異體(CFP)、GFP之黃色螢光變異體(YFP)、增強型GFP (EGFP)、增強型CFP (ECFP)、增強型YFP (EYFP)、GFPS65T、Emerald、Topaz (TYFP)、Venus、Citrine、mCitrine、GFPuv、不穩定EGFP (dEGFP)、不穩定ECFP (dECFP)、不穩定EYFP (dEYFP)、mCFPm、Cerulean、T-Sapphire、CyPet、YPet、mKO、HcRed、t-HcRed、DsRed、DsRed2、DsRed單體、J-Red、dimer2、t-dimer2(12)、mRFP1、珊瑚蛋白、海腎GFP、Monster GFP、paGFP、Kaede蛋白及點燃蛋白、藻膽蛋白及藻膽蛋白結合物，包括B藻紅素、R藻紅素及別藻藍素。螢光蛋白之其他實例包括mHoneydew、mBanana、mOrange、dTomato、tdTomato、mTangerine、mStrawberry、mCherry、mGrape1、mRaspberry、mGrape2、mPlum (Shaner等人 (2005)Nat. Methods 2:905-909)及其類似物。如例如Matz等人 (1999)Nature Biotechnol. 17:969-973中所描述之來自珊瑚蟲物種之多種螢光蛋白及有色蛋白中之任一種均適用。
適合之酶包括但不限於辣根過氧化物酶(HRP)、鹼性磷酸酶(AP)、β-半乳糖苷酶(GAL)、葡萄糖-6-磷酸脫氫酶、β-N-乙醯胺基葡萄糖苷酶、β-葡糖醛酸酶、轉化酶、黃嘌呤氧化酶、螢火蟲螢光素酶、葡萄糖氧化酶(GO)及其類似物。
在一些情況下，sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物(其具有MOD或不含MOD)與T細胞之結合使用對該抗原決定基結合物具特異性之經可偵測標記之抗體來偵測。對該抗原決定基結合物具特異性之抗體可包含可偵測標記，諸如放射性同位素、螢光多肽、產生螢光產物之酶或產生有色產物之酶。
在一些情況下，所偵測之T細胞存在於包含複數個T細胞之樣品中。舉例而言，所偵測之T細胞可存在於包含10至109 個T細胞，例如10至102 、102 至104 、104 至106 、106 至107 、107 至108 、108 至109 或多於109 個T細胞之樣品中。
調節 T 細胞活性之方法
本發明提供一種選擇性地調節抗原決定基特異性T細胞之活性的方法，該方法包括使該T細胞與TMAPP-抗原決定基結合物(例如，具有MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)接觸，其中該T細胞與該抗原決定基結合物接觸選擇性地調節抗原決定基特異性T細胞之活性。在一些情況下，該接觸發生在活體外。在一些情況下，該接觸發生在活體內。在一些情況下，該接觸發生在擬體內。
在一些情況下，與TMAPP-抗原決定基結合物(例如，具有MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)接觸之T細胞為調控T細胞(Treg)。適合之Treg包括CD4+ 、FOXP3+ 及CD25+ 。Treg可抑制自體反應性T細胞。在一些情況下，本發明之方法活化Treg，從而降低自體反應性T細胞活性。
本發明提供一種增加Treg之增殖的方法，該方法包括使Treg與TMAPP-抗原決定基結合物(例如，具有MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)接觸，其中該接觸增加Treg之增殖。本發明提供一種增加個體之Treg之數目的方法，該方法包括向該個體投與TMAPP-抗原決定基結合物(例如，具有MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)，其中該投與引起該個體之Treg之數目增加。舉例而言，Treg數目可增加至少5%、至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%、至少2倍、至少2.5倍、至少5倍、至少10倍或超過10倍。
在一些情況下，所接觸之細胞為輔助T細胞，其中使該輔助T細胞與TMAPP-抗原決定基結合物(例如，具有MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)接觸引起該輔助T細胞之活化。在一些情況下，該輔助T細胞之活化引起CD8+ 細胞毒性T細胞，例如靶向並殺死癌細胞之CD8+ 細胞毒性T細胞之活性及/或數目增加。
治療方法
本發明提供一種選擇性地調節個體之抗原決定基特異性T細胞之活性的治療方法，該方法包括向該個體投與對選擇性地調節個體之抗原決定基特異性T細胞之活性以及對治療該個體有效之量的本發明之任何TMAPP，諸如本發明之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物(例如，包含MOD或不含MOD)。在一些情況下，本發明之治療方法包括向有需要之個體投與一或多種包含編碼本發明之含MOD之sc-TMAPP或m-TMAPP (例如包含MOD)的核苷酸序列的重組表現載體。在一些情況下，本發明之治療方法包括向有需要之個體投與一或多種包含編碼本發明之含MOD之sc-TMAPP或m-TMAPP之核苷酸序列的mRNA分子。在一些情況下，本發明之治療方法包括向有需要之個體投與本發明之任何TMAPP (例如，具有MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)。可治療之病狀包括癌症及自體免疫病症。
本發明提供一種選擇性地調節個體之抗原決定基特異性T細胞之活性的方法，該方法包括向該個體投與有效量之本文中描述之TMAPP-抗原決定基結合物，諸如sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物(其具有MOD或不含MOD)，其中該抗原決定基結合物選擇性地調節該個體之抗原決定基特異性T細胞之活性。選擇性地調節抗原決定基特異性T細胞之活性可治療個體之疾病或病症。因而，本發明提供一種治療方法，其包括向有需要之個體投與有效量之TMAPP-抗原決定基結合物(例如，具有MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)。在一些情況下，該疾病或病症為自體免疫疾病或病症。在一些情況下，該疾病或病症為癌症。
在一些情況下，該MOD為活化多肽，且該TMAPP-抗原決定基結合物活化抗原決定基特異性T細胞。在一些情況下，該抗原決定基為癌症相關之抗原決定基，且該TMAPP (例如，包含呈活化多肽形式之MOD之TMAPP-抗原決定基結合物)增加對癌症相關之抗原決定基具特異性之T細胞的活性，包括例如抗原決定基特異性T細胞增殖及/或任一或多種細胞因子、趨化因子、淋巴因子及其類似物之釋放。
本發明提供一種治療個體之癌症的方法，該方法包括向該個體投與有效量之本發明之任何TMAPP或任何TMAPP-抗原決定基結合物(例如，具有MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)；其中用於此種治療之TMAPP-抗原決定基結合物包含呈癌症抗原決定基形式之T細胞抗原決定基，且包含刺激性MOD。在一些情況下，本發明之任何TMAPP或任何TMAPP-抗原決定基結合物之「有效量」為當以一或多個劑量投與有需要之個體時使該個體之癌細胞數目減少之量。舉例而言，在一些情況下，本發明之任何TMAPP或任何TMAPP-抗原決定基結合物之「有效量」為當以一或多個劑量投與有需要之個體時使該個體之癌細胞數目與該個體在投與任何TMAPP或任何TMAPP-抗原決定基結合物之前及/或在不投與任何TMAPP或任何TMAPP-抗原決定基結合物之情況下的癌細胞數目相比減少至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%或至少95%的量。在一些情況下，本發明之任何TMAPP或任何TMAPP-抗原決定基結合物之「有效量」為當以一或多個劑量投與有需要之個體時使該個體之癌細胞數目減至不可偵測之水準的量。在一些情況下，本發明之任何TMAPP或任何TMAPP-抗原決定基結合物之「有效量」為當以一或多個劑量投與有需要之個體時使該個體之腫瘤質量減少之量。舉例而言，在一些情況下，本發明之任何TMAPP或任何TMAPP-抗原決定基結合物之「有效量」為當以一或多個劑量投與有需要之個體時使該個體之腫瘤質量與該個體在投與任何TMAPP或任何TMAPP-抗原決定基結合物之前及/或在不投與任何TMAPP或任何TMAPP-抗原決定基結合物之情況下的腫瘤質量相比減少至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%或至少95%的量。在一些情況下，本發明之任何TMAPP或任何TMAPP-抗原決定基結合物之「有效量」為當以一或多個劑量投與有需要之個體(存在腫瘤之個體)時使該個體之腫瘤體積減小之量。舉例而言，在一些情況下，本發明之任何TMAPP或任何TMAPP-抗原決定基結合物之「有效量」為當以一或多個劑量投與有需要之個體(存在腫瘤之個體)時使該個體之腫瘤體積與該個體在投與任何TMAPP或任何TMAPP-抗原決定基結合物之前及/或在不投與任何TMAPP或任何TMAPP-抗原決定基結合物之情況下的腫瘤體積相比減小至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%或至少95%的量。在一些情況下，本發明之任何TMAPP或任何TMAPP-抗原決定基結合物之「有效量」為當以一或多個劑量投與有需要之個體時使該個體之存活時間增加之量。舉例而言，在一些情況下，本發明之任何TMAPP或任何TMAPP-抗原決定基結合物之「有效量」為當以一或多個劑量投與有需要之個體時使該個體之存活時間與該個體在不投藥之情況下的預期存活時間相比增加至少1個月、至少2個月、至少3個月、3個月至6個月、6個月至1年、1年至2年、2年至5年、5年至10年或超過10年之量。
在一些情況下，該MOD為抑制性多肽，且任何含MOD之TMAPP抗原決定基結合物均抑制抗原決定基特異性T細胞之活性。在一些情況下，該抗原決定基為自體抗原決定基，且該含MOD之TMAPP-抗原決定基結合物選擇性地抑制對自體抗原決定基具特異性之T細胞的活性。
本發明提供一種治療個體之自體免疫病症的方法，該方法包括向該個體投與有效量之TMAPP-抗原決定基結合物(例如，具有MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)，其中該TMAPP-抗原決定基結合物包含呈自體抗原決定基形式之T細胞抗原決定基，且其中該TMAPP-抗原決定基結合物包含抑制性MOD。在一些情況下，此種具有抑制性MOD之TMAPP-自體抗原決定基結合物之「有效量」為當以一或多個劑量投與有需要之個體時使自體反應性T細胞數目與該個體在投與該具有抑制性MOD之TMAPP-自體抗原決定基結合物之前及/或在不投與該具有抑制性MOD之TMAPP-自體抗原決定基結合物之情況下的自體反應性T細胞數目相比減少至少10%、至少15%、至少20%、至少25%、至少30%、至少40%、至少50%、至少60%、至少70%、至少80%、至少90%或至少95%的量。在一些情況下，具有抑制性MOD之TMAPP-自體抗原決定基結合物之「有效量」為當以一或多個劑量投與有需要之個體時使該個體之Th2細胞因子產生減少之量。在一些情況下，具有抑制性MOD之TMAPP-自體抗原決定基結合物之「有效量」為當以一或多個劑量投與有需要之個體時改善該個體之一或多種與自體免疫疾病相關之症狀的量。
如以上所指出，在一些情況下，在用本發明之任何TMAPP (例如，具有MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)進行標的治療方法時，將該TMAPP以多肽本身之形式投與有需要之個體。在其他情況下，在進行標的治療方法時，向有需要之個體投與包含編碼本發明之未結合TMAPP (例如，具有MOD或不含MOD之sc-TMAPP或m-TMAPP)之核苷酸序列的一或多種核酸。因而，在其他情況下，向有需要之個體投與一或多種本發明之核酸，例如，一或多種本發明之重組表現載體。
調配物
適合之調配物如以上所描述，其中適合之調配物包括醫藥學上可接受之賦形劑。在一些情況下，適合之調配物包含：a)本發明之任何TMAPP (例如，具有MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)；及b)醫藥學上可接受之賦形劑。適合之醫藥學上可接受之賦形劑如以上所描述。在一些情況下，適合之調配物包含：a)核酸，該核酸包含編碼未結合之sc-TMAPP或m-TMAPP (具有MOD或不含MOD)之核苷酸序列；及b)醫藥學上可接受之賦形劑；在一些情況下，該核酸為mRNA。在一些情況下，適合之調配物包含：a)第一核酸，該第一核酸包含編碼未結合之sc-TMAPP或m-TMAPP (具有MOD或不含MOD)之第一多肽的核苷酸序列；b)第二核酸，該第二核酸包含編碼本發明之TMAPP之第二多肽的核苷酸序列；及c)醫藥學上可接受之賦形劑。在一些情況下，適合之調配物包含：a)重組表現載體，該重組表現載體包含編碼未結合之sc-TMAPP或m-TMAPP (具有MOD或不含MOD)之核苷酸序列；及b)醫藥學上可接受之賦形劑。在一些情況下，適合之調配物包含：a)第一重組表現載體，該第一重組表現載體包含編碼本發明之TMAPP之第一多肽的核苷酸序列；b)第二重組表現載體，該第二重組表現載體包含編碼本發明之TMAPP之第二多肽的核苷酸序列；及c)醫藥學上可接受之賦形劑。
劑量
適合之劑量可由主治醫師或其他合格醫務人員基於各種臨床因素來確定。如醫學領域中所熟知，任一患者之劑量均視許多因素而定，包括患者之體型、體表面積、年齡、欲投與之特定多肽或核酸、患者之性別、投與時間及途徑、總體健康狀況及並行投與之其他藥物。本發明之任何TMAPP (例如具有MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)可以介於每劑量1 ng/kg體重與20 mg/kg體重之間，例如介於0.1 mg/kg體重至10 mg/kg體重之間(例如介於0.5 mg/kg體重至5 mg/kg體重之間)的量投與；然而，預想在此例示性範圍以下或以上之劑量，尤其在考慮上述因素之情況下。若方案為連續輸注，則其亦可處於每公斤體重每分鐘1 μg至10 mg之範圍內。本發明之TMAPP-抗原決定基結合物可以約1 mg/kg體重至約50 mg/kg體重，例如約1 mg/kg體重至約5 mg/kg體重、約5 mg/kg體重至約10 mg/kg體重、約10 mg/kg體重至約15 mg/kg體重、約15 mg/kg體重至約20 mg/kg體重、約20 mg/kg體重至約25 mg/kg體重、約25 mg/kg體重至約30 mg/kg體重、約30 mg/kg體重至約35 mg/kg體重、約35 mg/kg體重至約40 mg/kg體重或約40 mg/kg體重至約50 mg/kg體重之量投與。
在一些情況下，本發明之任何TMAPP (例如具有MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)之適合劑量為每公斤體重0.01 μg至100 g、每公斤體重0.1 μg至10 g、每公斤體重1 μg至1 g、每公斤體重10 μg至100 mg、每公斤體重100 μg至10 mg或每公斤體重100 μg至1 mg。熟習此項技術者可基於所投與之劑在體液或組織中之所量測滯留時間及濃度而容易地估計重複給藥速率。在成功治療後，可能需要患者進行維持療法以防止疾病狀態復發，其中以介於每公斤體重0.01 μg至100 g、每公斤體重0.1 μg至10 g、每公斤體重1 μg至1 g、每公斤體重10 μg至100 mg、每公斤體重100 μg至10 mg或每公斤體重100 μg至1 mg之範圍內的維持劑量投與維持所需之TMAPP (例如具有MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)。
熟習此項技術者將容易瞭解，劑量水準可隨特定TMAPP、症狀之嚴重程度及個體對副作用之易感性而變化。熟習此項技術者可藉由多種手段容易地確定指定化合物之較佳劑量。
在一些情況下，投與多劑量之本發明之任何TMAPP、本發明之核酸或本發明之重組表現載體。本發明之任何TMAPP、本發明之核酸或本發明之重組表現載體之投與頻率可視多種因素中之任一種，例如症狀嚴重程度等而變化。舉例而言，在一些實施例中，每月一次、每月兩次、每月三次、每隔一週(qow)、每週一次(qw)、每週兩次(biw)、每週三次(tiw)、每週四次、每週五次、每週六次、每隔一天(qod)、每天(qd)、每天兩次(qid)或每天三次(tid)投與本發明之任何TMAPP、本發明之核酸或本發明之重組表現載體。
本發明之任何TMAPP、本發明之核酸或本發明之重組表現載體之投與持續時間，例如，投與本發明之任何TMAPP、本發明之核酸或本發明之重組表現載體之時段可視多種因素中之任一種，例如患者反應等而變化。舉例而言，本發明之任何TMAPP、本發明之核酸或本發明之重組表現載體可在介於約一天至約一週、約兩週至約四週、約一個月至約兩個月、約兩個月至約四個月、約四個月至約六個月、約六個月至約八個月、約八個月至約1年、約1年至約2年或約2年至約4年或更久範圍內之時段內投與。
投與途徑
使用適於藥物遞送之任何可利用方法及途徑，包括活體內及擬體內方法以及全身性及局部化投與途徑向個體投與活性劑，包括本發明之任何TMAPP (例如具有MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)、本發明之核酸或本發明之重組表現載體。
習知且在醫藥學上可接受之投與途徑包括腫瘤內、腫瘤周圍、肌肉內、氣管內、淋巴內、顱內、皮下、皮內、局部施用、靜脈內、動脈內、直腸、經鼻、經口以及其他經腸及非經腸投與途徑。投與途徑可在需要時加以組合或視活性劑及所要效應加以調節。本發明之任何TMAPP (例如具有MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)或本發明之核酸或重組表現載體可呈單次劑量形式或呈多次劑量形式投與。
可經靜脈內、經肌肉內、經局部、經腫瘤內、經腫瘤周圍、經顱內、經皮下及/或經淋巴內投與本發明之任何TMAPP (例如具有MOD或不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物或m-TMAPP-抗原決定基結合物)、本發明之核酸或本發明之重組表現載體。
可使用適於遞送習知藥物之任何可利用習知方法及途徑，包括全身性或局部化途徑向宿主投與本發明之任何TMAPP。一般而言，設想用於本發明方法中之投與途徑包括但未必限於經腸、非經腸及吸入途徑。
除吸入投與以外之非經腸投與途徑包括但未必限於局部、經皮、皮下、肌肉內、眶內、囊內、脊柱內、胸骨內、腫瘤內、淋巴內、腫瘤周圍及靜脈內途徑，亦即，除經由消化道以外之任何投與途徑。可進行非經腸投與以實現本發明之任何TMAPP之全身或局部遞送。在需要全身遞送時，投與典型地涉及醫藥製劑之侵襲性投與或全身吸收局部或經黏膜投與。
適於治療之個體
適於用本發明方法進行治療之個體包括患有癌症之個體，包括已診斷為患有癌症之個體、已進行癌症治療但未能響應治療之個體及已進行癌症治療且起初對治療有反應但隨後對治療無反應之個體。
適於用本發明方法治療之個體包括患有自體免疫疾病之個體，包括已診斷為患有自體免疫疾病之個體及已進行自體免疫疾病治療但未能響應於治療之個體。可用本發明方法治療之自體免疫性疾病包括但不限於乳糜瀉、多發性硬化、類風濕性關節炎、I型自體免疫性糖尿病(IDDM)、克羅恩氏病(Crohn's disease)、全身性紅斑狼瘡(SLE)、自體免疫性腦脊髓炎、重症肌無力(MG)、橋本氏甲狀腺炎(Hashimoto's thyroiditis)、古巴士德氏症候群(Goodpasture's syndrome)、天疱瘡(例如，尋常天疱瘡)、葛瑞夫茲氏病(Grave's disease)、自體免疫性溶血性貧血、自體免疫性血小板減少性紫癜、存在抗膠原蛋白抗體之硬皮病、混合型結締組織病、多發性肌炎、惡性貧血、特發性愛迪生氏病(Addison's disease)、自體免疫相關性不育症、腎絲球腎炎(例如新月形腎絲球腎炎、增生性腎絲球腎炎)、大皰性類天疱瘡及休格倫氏症候群(Sjogren's syndrome)。
某些實施例
1. 一種不含MOD之m-TMAPP，其包含：
a) 第一多肽，該第一多肽包含：
i) 第一II類主要組織相容性複合體(MHC)多肽；及
b) 第二多肽，該第二多肽包含：
i) 第二II類MHC多肽；及
ii) 視情況存在之免疫球蛋白(Ig) Fc多肽或非Ig支架；
其中該第一多肽或該第二多肽中之至少一者包含一或多個化學結合位點，該一或多個化學結合位點係
A) 處於該第一多肽之N末端；
B) 處於該第二多肽之N末端；或
C) 處於該第一多肽或該第二多肽內；
或者
其中該第一多肽或該第二多肽中之至少一者進一步包含連接子(例如多肽連接子)，該連接子包含一或多個化學結合位點，該一或多個化學結合位點係處於該連接子內、處於該連接子之N末端或處於該連接子之C末端。
2. 如實施例1之不含MOD之m-TMAPP，其中：
a) 該第一多肽自N末端至C末端依序包含：
i) 該視情況存在之連接子；
ii) II類MHC α1多肽；及
iii) II類MHC α2多肽；且
b) 該第二多肽自N末端至C末端依序包含：
i) II類MHC β1多肽；及
ii) II類MHC β2多肽。
3. 如實施例1之不含MOD之m-TMAPP，其中：
a) 該第一多肽自N末端至C末端依序包含：
i) 該視情況存在之連接子；
ii) II類MHC β1多肽；及
iii) II類MHC β2多肽；且
b) 該第二多肽自N末端至C末端依序包含：
i) II類MHC α1多肽；及
ii) II類MHC α2多肽。
4. 如實施例1之不含MOD之m-TMAPP，其中：
a) 該第一多肽自N末端至C末端依序包含：
i) 該視情況存在之連接子；
ii) II類MHC β1多肽；
iii) II類MHC α1多肽；及
iv) II類MHC α2多肽；且
b) 該第二多肽包含II類MHC β2多肽。
5. 如實施例1至4中任一者之不含MOD之m-TMAPP，其中該第一多肽在該C末端包含Ig Fc多肽。
6. 如實施例1至5中任一者之不含MOD之m-TMAPP，其中：
a) 該第一多肽包含第一二聚多肽；且
b) 該第二多肽包含第二二聚多肽。
7. 如實施例6之不含MOD之m-TMAPP，其中該第一二聚多肽及該第二二聚多肽為白胺酸拉鏈多肽、膠原蛋白二聚多肽或雙螺旋多肽。
8. 如實施例2至7中任一者之不含MOD之m-TMAPP，其中該II類MHC α1多肽包含與以下任一者具有至少90%、95%、98%、99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：圖6、圖11、圖13、圖15、圖17及圖18中之任一者中所描繪之II類MHC α1多肽；或具有圖6、圖11、圖13、圖15、圖17及圖18中之任一者中所描繪之II類MHC α1多肽中之任一者的至少30、40、50、60或70個連續胺基酸之多肽。
9. 如實施例2至8中任一者之不含MOD之m-TMAPP，其中該II類MHC α2多肽包含與以下任一者具有至少90%、95%、98%、99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：圖6、圖11、圖13、圖15、圖17及圖18中之任一者中所描繪之II類MHC α2多肽；或具有圖6、圖11、圖13、圖15、圖17及圖18中之任一者中所描繪之II類MHC α2多肽中之任一者的至少30、40、50、60或70個連續胺基酸之多肽。
10. 如實施例2至9中任一者之不含MOD之m-TMAPP，其中該II類MHC β1多肽包含與以下任一者具有至少90%、95%、98%、99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：圖7A至圖7J、圖8A至圖8B、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B中之任一者中所描繪之II類MHC β1多肽；或具有圖7A至圖7J、圖8A至圖8B、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B中之任一者中所描繪之II類MHC β1多肽中之任一者的至少30、40、50、60或70個連續胺基酸之多肽。
11. 如實施例2至10中任一者之不含MOD之m-TMAPP，其中該II類MHC β2多肽包含與以下任一者具有至少90%、95%、98%、99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：圖7A至圖7J、圖8A至圖8B、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B中之任一者中所描繪之II類MHC β2多肽；或具有圖7A至圖7J、圖8A至圖8B、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B中之任一者中所描繪之II類MHC β2多肽中之任一者的至少30、40、50、60或70個連續胺基酸之多肽。
12. 如實施例1至11中任一者之不含MOD之m-TMAPP，其中該至少一個化學結合位點係：
a) 處於該第一多肽或該第二多肽之N末端；
b) 處於該第一多肽或該第二多肽之N末端之5、10、15、20、30、40或50個胺基酸內；
c) 處於該第一多肽或該第二多肽之N末端或處於附接至該第一多肽或該第二多肽之N末端之連接子多肽內；
d) 處於該第一多肽或該第二多肽之C末端；
e) 處於該第一多肽或該第二多肽之該C末端之5、10、15、20、30、40或50個胺基酸內；或者
f) 處於該第一多肽或該第二多肽之該C末端或處於附接至該第一多肽或該第二多肽之該C末端之連接子多肽內。
13. 如實施例1至12中任一者之不含MOD之m-TMAPP，其在該C末端處包含免疫球蛋白Fc多肽。
14. 如實施例1至13中任一者之不含MOD之m-TMAPP，其進一步包含肽抗原決定基，該肽抗原決定基直接或經由連接子結合至該一或多個化學結合位點之一以形成不含MOD之m-TMAPP-抗原決定基結合物。
15. 如實施例14之不含MOD之m-TMAPP，其中該抗原決定基係結合至該連接子且該連接子係介於該抗原決定基與該II類MHC β1多肽之間。
16. 一種不含MOD之sc-TMAPP，其包含：
i) II類主要組織相容性複合體(MHC) α1多肽；
ii) II類MHC α2多肽；
iii) II類MHC β1多肽；
iv) II類MHC β2多肽；
v) 視情況存在之連接子；及
vi) 視情況存在之免疫球蛋白(Ig) Fc多肽或非Ig支架。
17. 如實施例16之不含MOD之sc-TMAPP，其中該多肽自N末端至C末端依序包含：
i) 該視情況存在之連接子；
ii) 該II類MHC β1多肽；
iii) 該II類MHC α1多肽；
iv) 該II類MHC α2多肽；及
v) 該II類MHC β2多肽。
18. 如實施例16之不含MOD之sc-TMAPP，其中該多肽自N末端至C末端依序包含：
i) 該視情況存在之連接子；
ii) 該II類MHC β1多肽；
iii) 該II類MHC β2多肽；
iv) 該II類MHC α1多肽；及
v) 該II類MHC α2多肽。
19. 如實施例16至18中任一者之不含MOD之sc-TMAPP，其中該II類MHC α1多肽包含與以下任一者具有至少90%、95%、98%、99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：圖6、圖11、圖13、圖15、圖17及圖18中之任一者中所描繪之II類MHC α1多肽；或具有圖6、圖11、圖13、圖15、圖17及圖18中之任一者中所描繪之II類MHC α1多肽中之任一者的至少30、40、50、60或70個連續胺基酸之多肽。
20. 如實施例16至19中任一者之不含MOD之sc-TMAPP，其中該II類MHC α2多肽包含與以下任一者具有至少90%、95%、98%、99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：圖6、圖11、圖13、圖15、圖17及圖18中之任一者中所描繪之II類MHC α2多肽；或具有圖6、圖11、圖13、圖15、圖17及圖18中之任一者中所描繪之II類MHC α2多肽中之任一者的至少30、40、50、60或70個連續胺基酸之多肽。
21. 如實施例16至17中任一者之不含MOD之sc-TMAPP，其中該II類MHC β1多肽包含與以下任一者具有至少90%、95%、98%、99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：圖7A至圖7J、圖8A至圖8B、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B中之任一者中所描繪之II類MHC β1多肽；或具有圖7A至圖7J、圖8A至圖8B、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B中之任一者中所描繪之II類MHC β1多肽中之任一者的至少30、40、50、60或70個連續胺基酸之多肽。
22. 如實施例16至21中任一者之不含MOD之sc-TMAPP，其中該II類MHC β2多肽包含與以下任一者具有至少90%、95%、98%、99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：圖7A至圖7J、圖8A至圖8B、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B中之任一者中所描繪之II類MHC β2多肽；或具有圖7A至圖7J、圖8A至圖8B、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B中之任一者中所描繪之II類MHC β2多肽中之任一者的至少30、40、50、60或70個連續胺基酸之多肽。
23. 如實施例16至22中任一者之不含MOD之sc-TMAPP，其中該至少一個化學結合位點係：
a) 處於該不含MOD之sc-TMAPP之N末端；
b) 處於該不含MOD之sc-TMAPP之N末端之5、10、15、20、30、40或50個胺基酸內；
c) 處於該不含MOD之sc-TMAPP之N末端或處於附接至該不含MOD之sc-TMAPP之N末端之連接子多肽內；
d) 處於該不含MOD之sc-TMAPP之該C末端；
e) 處於該不含MOD之sc-TMAPP之該C末端之5、10、15、20、30、40或50個胺基酸內；或
f) 處於該不含MOD之sc-TMAPP之該C末端或處於附接至該不含MOD之sc-TMAPP之該C末端之連接子多肽內。
24. 如實施例16至23中任一者之不含MOD之sc-TMAPP，其在該C末端處包含免疫球蛋白Fc多肽。
25. 如實施例16至24中任一者之不含MOD之sc-TMAPP，其進一步包含肽抗原決定基，該肽抗原決定基直接或經由連接子結合至該一或多個化學結合位點之一以形成不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物。
26. 如實施例25之不含MOD之sc-TMAPP，其中該抗原決定基係結合至該連接子且該連接子係介於該抗原決定基與該II類MHC β1多肽之間。
27. 一種含MOD之m-TMAPP，其包含：
a) 第一多肽，該第一多肽包含：
i) 視情況存在之連接子；及
ii) 第一II類主要組織相容性複合體(MHC)多肽；及
b) 第二多肽，該第二多肽包含：
i) 第二II類MHC多肽；及
c) 一或多個化學結合位點；
其中該多聚體多肽之一或兩個多肽包含一或多個MOD多肽，
其中該多聚體多肽之一或兩個多肽視情況包含免疫球蛋白(Ig) Fc多肽或非Ig支架，
其中該一或多個化學結合位點中之至少一個係
A) 處於該第一多肽之N末端；
B) 處於該第二多肽之N末端；
C) 處於該第一多肽或該第二多肽內；或
D) 當該視情況存在之連接子存在時處於該視情況存在之連接子內、處於該連接子之N末端或處於該連接子之C末端。
28. 如實施例27之含MOD之m-TMAPP，其中：
a) 該第一多肽自N末端至C末端依序包含：
i) 該視情況存在之連接子；
ii) II類MHC β1多肽；
iii) II類MHC β2多肽；及
iv) MOD；及
b) 該第二多肽自N末端至C末端依序包含：
i) II類MHC α1多肽；
ii) II類MHC α2多肽。
29. 如實施例27之含MOD之m-TMAPP，其中：
a) 該第一多肽自N末端至C末端依序包含：
i) 該視情況存在之連接子；
ii) II類MHC β1多肽；
iii) II類MHC β2多肽；及
iv) MOD；且
b) 該第二多肽自N末端至C末端依序包含：
i) II類MHC α1多肽；
ii) II類MHC α2多肽；及
iii) Ig Fc多肽。
30. 如實施例27之含MOD之m-TMAPP，其中：
a) 該第一多肽自N末端至C末端依序包含：
i) 該視情況存在之連接子；
ii) II類MHC β1多肽；
iii) II類MHC β2多肽；
iv) MOD；及
v) 第一二聚多肽；及
b) 該第二多肽自N末端至C末端依序包含：
i) II類MHC α1多肽；
ii) II類MHC α2多肽；及
iii) 第二二聚多肽。
31. 如實施例27之含MOD之m-TMAPP，其中：
a) 該第一多肽自N末端至C末端依序包含：
i) 該視情況存在之連接子；
ii) II類MHC β1多肽；
iii) II類MHC β2多肽；且
b) 該第二多肽自N末端至C末端依序包含：
i) MOD；
ii) II類MHC α1多肽；及
iii) II類MHC α2多肽。
32. 如實施例27之含MOD之m-TMAPP，其中：
a) 該第一多肽自N末端至C末端依序包含：
i) 該視情況存在之連接子；
ii) II類MHC β1多肽；
iii) II類MHC β2多肽；且
b) 該第二多肽自N末端至C末端依序包含：
i) MOD；
ii) II類MHC α1多肽；
iii) II類MHC α2多肽；及
iv) Ig Fc多肽。
33. 如實施例27之含MOD之m-TMAPP，其中：
a) 該第一多肽自N末端至C末端依序包含：
i) 該視情況存在之連接子；
ii) II類MHC β1多肽；
iii) II類MHC β2多肽；及
iv) 第一二聚多肽；且
b) 該第二多肽自N末端至C末端依序包含：
i) MOD；
ii) II類MHC α1多肽；
iii) II類MHC α2多肽；及
iv) 第二二聚多肽。
34. 如實施例27之含MOD之m-TMAPP，其中：
a) 該第一多肽自N末端至C末端依序包含：
i) 該視情況存在之連接子；
ii) II類MHC β1多肽；
iii) II類MHC α1多肽；
iv) II類MHC α2多肽；且
b) 該第二多肽自N末端至C末端依序包含：
i) MOD；及
ii) II類MHC β2多肽。
35. 如實施例27之含MOD之m-TMAPP，其中：
a) 該第一多肽自N末端至C末端依序包含：
i) 該視情況存在之連接子；
ii) II類MHC β1多肽；
iii) II類MHC α1多肽；
iv) II類MHC α2多肽；且
b) 該第二多肽自N末端至C末端依序包含：
i) MOD；
ii) II類MHC β2多肽；及
iii) Ig Fc多肽。
36. 如實施例27之含MOD之m-TMAPP，其中：
a) 該第一多肽自N末端至C末端依序包含：
i) 該視情況存在之連接子；
ii) II類MHC β1多肽；
iii) II類MHC α1多肽；
iv) II類MHC α2多肽；及
v) 第一二聚多肽；且
b) 該第二多肽自N末端至C末端依序包含：
i) MOD；
ii) II類MHC β2多肽；及
iii) 第二二聚多肽。
37. 如實施例27至36中任一者之含MOD之m-TMAPP，其包含連接子。
38. 如實施例27至37中任一者之含MOD之m-TMAPP，其中該II類MHC α1多肽包含與以下任一者具有至少90%、95%、98%、99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：圖6、圖11、圖13、圖15、圖17及圖18中之任一者中所描繪之II類MHC α1多肽；或具有圖6、圖11、圖13、圖15、圖17及圖18中之任一者中所描繪之II類MHC α1多肽中之任一者的至少30、40、50、60或70個連續胺基酸之多肽。
39. 如實施例27至38中任一者之含MOD之m-TMAPP，其中該II類MHC α2多肽包含與以下任一者具有至少90%、95%、98%、99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：圖6、圖11、圖13、圖15、圖17及圖18中之任一者中所描繪之II類MHC α2多肽；或具有圖6、圖11、圖13、圖15、圖17及圖18中之任一者中所描繪之II類MHC α2多肽中之任一者的至少30、40、50、60或70個連續胺基酸之多肽。
40. 如實施例27至39中任一者之含MOD之m-TMAPP，其中該II類MHC β1多肽包含與以下任一者具有至少90%、95%、98%、99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：圖7A至圖7J、圖8A至圖8B、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B中之任一者中所描繪之II類MHC β1多肽；或具有圖7A至圖7J、圖8A至圖8B、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B中之任一者中所描繪之II類MHC β1多肽中之任一者的至少30、40、50、60或70個連續胺基酸之多肽。
41. 如實施例27至30中任一者之含MOD之m-TMAPP，其中該II類MHC β2多肽包含與以下任一者具有至少90%、95%、98%、99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：圖7A至圖7J、圖8A至圖8B、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B中之任一者中所描繪之II類MHC β2多肽；或具有圖7A至圖7J、圖8A至圖8B、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B中之任一者中所描繪之II類MHC β2多肽中之任一者的至少30、40、50、60或70個連續胺基酸之多肽。
42. 如實施例27至41中任一者之含MOD之m-TMAPP，其中該MOD包含天然存在之MOD之胺基酸序列。
43. 如實施例42之含MOD之m-TMAPP，其中該MOD係選自由以下組成之群：IL-2、4-1BBL、PD-L1、CD80、CD86、B7-1、ICOS-L、OX-40L、FasL、TGFβ、JAG1及PD-L2。
44. 如實施例27至41中任一者之含MOD之m-TMAPP，其中：
該MOD多肽為包含與天然存在(野生型) MOD之胺基酸序列相比具有1至10個胺基酸取代、缺失或插入之胺基酸序列的變異MOD，其中該變異MOD對Co-MOD具有與該天然存在之MOD對該Co-MOD之親和力相比有所降低之親和力；
該MOD多肽為包含相對於包含天然存在(野生型)之MOD之至少30、40、50、60或70個連續胺基酸之多肽具有1至10個胺基酸取代、缺失或插入之胺基酸序列的變異MOD；或
該MOD包含與包含野生型MOD之至少30、40、50、60或70個連續胺基酸之多肽具有至少90%、95%、98%、99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列；且
其中該變異MOD對Co-MOD具有與該天然存在之MOD對該Co-MOD之親和力相比有所降低之親和力(例如，以下任一種情況：
當藉由BLI (如以上所描述)加以量測時，i)包含野生型MOD之對照含MOD之m-TMAPP對Co-MOD之結合親和力與ii)包含該野生型MOD之變異體的含MOD之m-TMAPP對該Co-MOD之結合親和力的比率為至少1.5:1、至少2:1、至少5:1、至少10:1、至少15:1、至少20:1、至少25:1、至少50:1、至少100:1、至少500:1、至少102 :1、至少5×102 :1、至少103 :1、至少5×103 :1、至少104 :1、至少105 :1或至少106 :1；
或者
當藉由BLI加以量測時，i)包含野生型MOD之對照含MOD之m-TMAPP對Co-MOD之結合親和力與ii)包含該野生型MOD之變異體的含MOD之m-TMAPP對該Co-MOD之結合親和力的比率處於1.5:1至106 :1，例如1.5:1至10:1、10:1至50:1、50:1至102 :1、102 :1至103 :1、103 :1至104 :1、104 :1至105 :1或105 :1至106 :1之範圍內)。
45. 如實施例44之含MOD之m-TMAPP，其中該變異MOD為4-1BBL多肽之變異體(例如，SEQ ID NO:22、23、24、25或26)。
46. 如實施例44之含MOD之m-TMAPP，其中該變異MOD為CD80多肽之變異體(例如，SEQ ID NO:16)。
47. 如實施例44之含MOD之m-TMAPP，其中該變異MOD為IL-2多肽之變異體(例如，SEQ ID NO:29)。
48. 如實施例44之含MOD之m-TMAPP，其中該變異MOD為CD86多肽之變異體(例如，SEQ ID NO:20)。
49. 如實施例44之含MOD之m-TMAPP，其中該變異MOD為PD-L1多肽之變異體(例如，SEQ ID NO:14或SEQ ID NO:15)。
50. 如實施例27至49中任一者之含MOD之m-TMAPP，其中該多聚體多肽包含兩個獨立選擇之野生型及/或變異MOD。
51. 如實施例50之含MOD之m-TMAPP，其中該兩個MOD係處於同一多肽鏈上。
52. 如實施例50之含MOD之m-TMAPP，其中該兩個MOD係處於單獨的多肽鏈上。
53. 如實施例50至52中任一者之含MOD之m-TMAPP，其中該兩個MOD包含相同的胺基酸序列。
54. 如實施例27至53中任一者之含MOD之m-TMAPP，其中當存在一或多個連接子時，其可位於該第一或第二含MOD之m-TMAPP多肽上之N末端或C末端位置，或處於以下一或多者之間：
a) 任兩個相鄰MHC多肽；
b )MHC多肽與Fc多肽；及/或
c) 兩個相鄰MOD。
55. 如實施例57之含MOD之m-TMAPP，其中該連接子具有20個胺基酸至40個胺基酸之長度。
56. 如實施例57或55之含MOD之m-TMAPP，其中該連接子為式(GGGGS)n之肽，其中n為1、2、3、4、5、6、7或8。
57. 如實施例27至56中任一者之含MOD之m-TMAPP，其中該至少一個化學結合位點係：
a) 處於該第一多肽或該第二多肽之N末端；
b) 處於該第一多肽或該第二多肽之N末端之5、10、15、20、30、40或50個胺基酸內；
c) 處於該第一多肽或該第二多肽之N末端或處於附接至該第一多肽或該第二多肽之N末端之該視情況存在之連接子多肽內；
d) 處於該第一多肽或該第二多肽之C末端；
e) 處於該第一多肽或該第二多肽之C末端之5、10、15、20、30、40或50個胺基酸內；
f) 處於該第一多肽或該第二多肽之C末端或處於附接至該第一多肽或該第二多肽之C末端之該視情況存在之連接子多肽內；
g) 處於該連接子內。
58. 一種含MOD之sc-TMAPP，其包含：
i) 視情況存在之連接子；
ii) II類主要組織相容性複合體(MHC) α1多肽；
iii) II類MHC α2多肽；
iv) II類MHC β1多肽；
v) II類MHC β2多肽；
vi) MOD；
vii) 視情況存在之免疫球蛋白(Ig) Fc多肽或非Ig支架；及
viii) 一或多個化學結合位點；
其中該一或多個化學結合位點中之至少一個係
A) 處於該含MOD之sc-TMAPP之N末端；
B) 處於該含MOD之sc-TMAPP內；或
C) 當該視情況存在之連接子存在時處於該視情況存在之連接子內、處於該連接子之N末端或處於該連接子之C末端。
59. 如實施例58之含MOD之sc-TMAPP，其自N末端至C末端依序包含：
i) 該視情況存在之連接子；
ii) 該II類MHC β1多肽；
iii) 該II類MHC α1多肽；
iv) 該II類MHC α2多肽；
v) 該II類MHC β2多肽；及
vi) 該MOD。
60. 如實施例58之含MOD之sc-TMAPP，其自N末端至C末端依序包含：
i) 該視情況存在之連接子；
ii) 第一MOD；
iii) 該II類MHC β1多肽；
iv) 該II類MHC α1多肽；
v) 該II類MHC α2多肽；
vi) 該II類MHC β2多肽；及
vii) 第二MOD，其中該第一MOD及該第二MOD包含相同的胺基酸序列。
61. 如實施例58之含MOD之sc-TMAPP，其自N末端至C末端依序包含：
i) 該MOD；
ii) 該視情況存在之連接子；
iii) 該II類MHC β1多肽；
iv) 該II類MHC α1多肽；
v) 該II類MHC α2多肽；及
vi) 該II類MHC β2多肽。
62. 如實施例58之含MOD之sc-TMAPP，其自N末端至C末端依序包含：
i) 該視情況存在之連接子；
ii) 該II類MHC β1多肽；
iii) 該II類MHC β2多肽；
iv) 該II類MHC α1多肽；
v) 該II類MHC α2多肽；及
vi) 該MOD。
63. 如實施例58之含MOD之sc-TMAPP，其自N末端至C末端依序包含：
i) 該視情況存在之連接子；
ii) 該MOD；
iii) 該II類MHC β1多肽；
iv) 該II類MHC β2多肽；
v) 該II類MHC α1多肽；及
vi) 該II類MHC α2多肽。
64. 如實施例58之含MOD之sc-TMAPP，其自N末端至C末端依序包含：
i) 該MOD；
ii) 該視情況存在之連接子；
iii) 該II類MHC β1多肽；
iv) 該II類MHC β2多肽；
v)該II類MHC α1多肽；及
vi) 該II類MHC α2多肽。
65. 如實施例58至64中任一者之含MOD之sc-TMAPP，其中該II類MHC α1多肽包含與以下任一者具有至少90%、95%、98%、99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：圖6、圖11、圖13、圖15、圖17及圖18中之任一者中所描繪之II類MHC α1多肽；或具有圖6、圖11、圖13、圖15、圖17及圖18中之任一者中所描繪之II類MHC α1多肽中之任一者的至少30、40、50、60或70個連續胺基酸之多肽。
66. 如實施例58至65中任一者之含MOD之sc-TMAPP，其中該II類MHC α2多肽包含與以下任一者具有至少90%、95%、98%、99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：圖6、圖11、圖13、圖15、圖17及圖18中之任一者中所描繪之II類MHC α2多肽；或具有圖6、圖11、圖13、圖15、圖17及圖18中之任一者中所描繪之II類MHC α2多肽中之任一者的至少30、40、50、60或70個連續胺基酸之多肽。
67. 如實施例58至66中任一者之含MOD之sc-TMAPP，其中該II類MHC β1多肽包含與以下任一者具有至少90%、95%、98%、99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：圖7A至圖7J、圖8A至圖8B、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B中之任一者中所描繪之II類MHC β1多肽；或具有圖7A至圖7J、圖8A至圖8B、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B中之任一者中所描繪之II類MHC β1多肽中之任一者的至少30、40、50、60或70個連續胺基酸之多肽。
68. 如實施例58至67中任一者之含MOD之sc-TMAPP，其中該II類MHC β2多肽包含與以下任一者具有至少90%、95%、98%、99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列：圖7A至圖7J、圖8A至圖8B、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B中之任一者中所描繪之II類MHC β2多肽；或具有圖7A至圖7J、圖8A至圖8B、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B中之任一者中所描繪之II類MHC β2多肽中之任一者的至少30、40、50、60或70個連續胺基酸之多肽。
69. 如實施例58至68中任一者之含MOD之sc-TMAPP，其中該MOD包含天然存在之MOD之胺基酸序列。
70. 如實施例69之含MOD之sc-TMAPP，其中該MOD係選自由以下組成之群：IL-2、4-1BBL、PD-L1、CD80、CD86、B7-1、ICOS-L、OX-40L、FasL、JAG1、TGFβ及PD-L2。
71. 如實施例58至68中任一者之含MOD之sc-TMAPP，其中：
該MOD多肽為包含與天然存在(野生型)之MOD之胺基酸序列相比具有1至10個胺基酸取代、缺失或插入之胺基酸序列的變異MOD；
該MOD多肽為包含相對於包含天然存在(野生型)之MOD之至少30、40、50、60或70個連續胺基酸之多肽具有1至10個胺基酸取代、缺失或插入之胺基酸序列的變異MOD；或
該MOD包含與包含野生型MOD之至少30、40、50、60或70個連續胺基酸之多肽具有至少90%、95%、98%、99%或100%胺基酸序列一致性之胺基酸序列；且
其中該變異MOD對Co-MOD具有與該天然存在之MOD對該Co-MOD之親和力相比有所降低之親和力(例如，以下任一種情況：
當藉由BLI (如以上所描述)加以量測時，i)包含野生型MOD之對照含MOD之sc-TMAPP對Co-MOD之結合親和力與ii)包含該野生型MOD之變異體的含MOD之sc-TMAPP對該Co-MOD之結合親和力的比率為至少1.5:1、至少2:1、至少5:1、至少10:1、至少15:1、至少20:1、至少25:1、至少50:1、至少100:1、至少500:1、至少102 :1、至少5×102 :1、至少103 :1、至少5×103 :1、至少104 :1、至少105 :1或至少106 :1；
或者
當藉由BLI加以量測時，i)包含野生型MOD之對照含MOD之sc-TMAPP對Co-MOD之結合親和力與ii)包含該野生型MOD之變異體的含MOD之sc-TMAPP對該Co-MOD之結合親和力的比率處於1.5:1至106 :1，例如1.5:1至10:1、10:1至50:1、50:1至102 :1、102 :1至103 :1、103 :1至104 :1、104 :1至105 :1或105 :1至106 :1之範圍內)。
72. 如實施例71之含MOD之sc-TMAPP，其中該變異MOD為4-1BBL多肽之變異體(例如，SEQ ID NO:22、23、24、25或26)。
73. 如實施例71之含MOD之sc-TMAPP，其中該變異MOD為CD80多肽之變異體(例如，SEQ ID NO:16)。
74. 如實施例71之含MOD之sc-TMAPP，其中該變異MOD為IL-2多肽之變異體(例如，SEQ ID NO:29)。
75. 如實施例71之含MOD之sc-TMAPP，其中該變異MOD為CD86多肽之變異體(例如，SEQ ID NO:20)。
76. 如實施例71之含MOD之sc-TMAPP，其中該變異MOD為PD-L1多肽之變異體(例如，SEQ ID NO:14或SEQ ID NO:15)。
77. 如實施例58至76中任一者之含MOD之sc-TMAPP，其中該多肽包含兩個獨立選擇之野生型及/或變異MOD。
78. 如實施例77之含MOD之sc-TMAPP，其中該兩個MOD包含相同的胺基酸序列。
79. 如實施例58至78中任一者之含MOD之sc-TMAPP，其中當存在一或多個連接子時，其可位於該含MOD之sc-TMAPP多肽上之N末端或C末端位置，或處於以下一或多者之間：
a) 任兩個相鄰MHC多肽；
b) 該MHC多肽與該Fc多肽；及/或
c) 兩個相鄰MOD。
80. 如實施例79之含MOD之sc-TMAPP，其中該連接子具有20個胺基酸至40個胺基酸之長度。
81. 如實施例79或80之含MOD之sc-TMAPP，其中該連接子為式(GGGGS)n之肽，其中n為1、2、3、4、5、6、7或8。
82. 如實施例58至81中任一者之含MOD之sc-TMAPP，其中該至少一個化學結合位點係：
a) 處於該含MOD之sc-TMAPP之N末端；
b) 處於該含MOD之sc-TMAPP之N末端之5、10、15、20、30、40或50個胺基酸內；
c) 處於該含MOD之sc-TMAPP之N末端或處於附接至該含MOD之sc-TMAPP之N末端之視情況存在之連接子多肽內；
d) 處於該含MOD之sc-TMAPP之C末端；
e) 處於該含MOD之sc-TMAPP之C末端之5、10、15、20、30、40或50個胺基酸內；
f) 處於該含MOD之sc-TMAPP之C末端或處於附接至該含MOD之sc-TMAPP之C末端之視情況存在之連接子多肽內；
或者
g) 處於該連接子內。
83. 如實施例27至57中任一者之含MOD之m-TMAPP或如實施例58至82中任一者之含MOD之sc-TMAPP，其包含Ig Fc多肽，且其中該Ig Fc多肽為IgG1 Fc多肽、IgG2 Fc多肽、IgG3 Fc多肽、IgG4 Fc多肽、IgA Fc多肽或IgM Fc多肽。
84. 如實施例27至83中任一者之含MOD之m-TMAPP或含MOD之sc-TMAPP，其中該一或多個化學結合位點中之至少一個係選自由以下組成之群：
a) 充當酶修飾序列之肽序列；
b) 非天然胺基酸及/或硒代半胱胺酸；
c) 經工程改造之胺基酸化學結合位點；
d) 共價結合至該含MOD之m-TMAPP或該含MOD之sc-TMAPP的醣或寡糖；及
e) IgG核苷酸結合位點。
85. 如實施例84之含MOD之m-TMAPP或含MOD之sc-TMAPP，其中該等化學結合位點中之至少一個為選自由以下組成之群的酶修飾序列：硫酸酯酶基元；分選酶A酶位點；及轉麩醯胺酸酶位點。
86. 如實施例84之含MOD之m-TMAPP或含MOD之sc-TMAPP，其中該等化學結合位點中之至少一個為非天然胺基酸或硒代半胱胺酸。
87. 如實施例84之含MOD之m-TMAPP或含MOD之sc-TMAPP，其中該等化學結合位點中之至少一個為經工程改造之胺基酸化學結合位點。
88. 如實施例84之含MOD之m-TMAPP或含MOD之sc-TMAPP，其中該等化學結合位點中之至少一個為共價結合至醣或寡糖之醣或寡糖。
89. 如實施例84之含MOD之m-TMAPP或含MOD之sc-TMAPP，其中該等化學結合位點中之至少一個為IgG核苷酸結合位點。
90. 如實施例27至89中任一者之含MOD之m-TMAPP或含MOD之sc-TMAPP，其進一步包含抗原決定基，該抗原決定基直接或經由該視情況存在之連接子(例如，多肽連接子)間接共價結合至該一或多個化學結合位點中之至少一個化學結合位點，以形成
含MOD之m-TMAPP-抗原決定基結合物，或
含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物。
91. 如實施例90之含MOD之m-TMAPP，其中該抗原決定基共價結合之該化學結合位點不位於與以下具有100%胺基酸一致性之胺基酸序列中：
圖6、圖11、圖13、圖15、圖17及圖18之該II類MHC α1或該II類MHC α2多肽；或
該II類MHC β1或該II類MHC β2多肽包含圖7A至圖7J、圖8A至圖8B、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B。
92. 如實施例90之含MOD之m-TMAPP，其中該抗原決定基共價結合之該化學結合位點不位於與以下任一者之一部分具有100%胺基酸一致性之10、20、30、40或50個胺基酸長之序列中：
圖6、圖11、圖13、圖15、圖17及圖18之該II類MHC α1或該II類MHC α2多肽；或
該II類MHC β1或該II類MHC β2多肽包含圖7A至圖7J、圖8A至圖8B、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B。
93. 如實施例90之含MOD之m-TMAPP，其中該抗原決定基共價結合之該化學結合位點不為與以下任一者之一部分具有100%胺基酸一致性之5、6、7、8、9、10、20、30、40、50、60或70個胺基酸長之序列中出現的胺基酸：
圖6、圖11、圖13、圖15、圖17及圖18之該II類MHC α1或該II類MHC α2多肽；或
該II類MHC β1或該II類MHC β2多肽包含圖7A至圖7J、圖8A至圖8B、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B。
94. 如實施例90之含MOD之m-TMAPP，其中該抗原決定基共價結合之該化學結合位點不為位於與以下任一者之一部分具有100%胺基酸一致性的10、20、30、40、50、60或70個胺基酸長之序列中的離胺酸、半胱胺酸、絲胺酸、蘇胺酸、精胺酸、天冬胺酸、麩胺酸、天冬醯胺酸或麩醯胺酸：
圖6、圖11、圖13、圖15、圖17及圖18之該II類MHC α1或該II類MHC α2多肽；或
該II類MHC β1或該II類MHC β2多肽包含圖7A至圖7J、圖8A至圖8B、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B。
95. 如實施例90至94中任一者之含MOD之m-TMAPP-抗原決定基結合物或含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物，其進一步包含除抗原決定基(例如，多肽抗原決定基)以外的化學結合至該TMAPP-抗原決定基結合物或該含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物之多肽的分子。
96. 如實施例95之含MOD之m-TMAPP-抗原決定基結合物或含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物，其中結合至該多肽之該分子為治療劑、化學治療劑、細胞毒性劑、診斷劑或標記。
97. 如實施例96之含MOD之m-TMAPP-抗原決定基結合物或含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物，其包含Ig (Fc)多肽，其中結合至該多肽之該分子係共價結合至該Ig Fc多肽。
98. 如實施例90至97中任一者之含MOD之m-TMAPP-抗原決定基結合物或含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物，其中該抗原決定基為癌症抗原決定基或病毒抗原決定基。
99. 如實施例90至97中任一者之含MOD之m-TMAPP-抗原決定基結合物或含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物，其中該抗原決定基為自體抗原決定基。
100. 一種組合物，其包含：
a) 如實施例1至99中任一者之TMAPP (任何TMAPP)；及
b) 緩衝劑或醫藥學上可接受之賦形劑。
101. 一種組合物，其包含：
a) 如實施例90至99中任一者之含MOD之m-TMAPP-抗原決定基結合物或含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物；及
b) 緩衝劑或醫藥學上可接受之賦形劑。
102. 一種組合物，其包含：
a)如實施例90至99中任一者之含MOD之m-TMAPP或含MOD之sc-TMAPP；及b)生理鹽水。
103. 如實施例102之組合物，其中該生理鹽水為約0.9% NaCl。
104. 如實施例100至103中任一者之組合物，其中該組合物為無菌的。
105. 一或多種核酸，其包含編碼未結合之sc-TMAPP多肽或者如實施例1至99中任一者之m-TMAPP之該第一多肽或該第二多肽中之至少一者的核苷酸序列。
106. 一或多種重組表現載體，其包含如實施例105之一或多種核酸。
107. 一種宿主細胞，其係經如實施例105之一或多種核酸或如實施例106之一或多種重組表現載體基因修飾。
108. 如實施例107之宿主細胞，其中該宿主細胞為真核生物細胞。
109. 一或多種核酸，其包含編碼如實施例27至89中任一者之TMAPP之核苷酸序列。
110. 一或多種重組表現載體，其包含如實施例109之一或多種核酸。
111. 一種宿主細胞，其係經如實施例109之一或多種核酸或如實施例110之一或多種重組表現載體基因修飾。
112. 如實施例111之宿主細胞，其中該宿主細胞為真核生物細胞。
113. 一種偵測抗原特異性T細胞之方法，該方法包括使T細胞與如實施例14、實施例15、實施例25或實施例26中任一者之TMAPP接觸，其中該TMAPP與該T細胞結合指示該T細胞對該TMAPP中存在之該抗原決定基具特異性。
114. 如實施例113之方法，其中該TMAPP包含可偵測標記(例如，共價附接於一或多個化學結合位點之可偵測標記)。
115. 如實施例114之方法，其中該可偵測標記為放射性同位素、螢光多肽或產生螢光產物之酶、產生有色產物之酶。
116. 如實施例115之方法，其中使用對該TMAPP具特異性之經可偵測標記之抗體來偵測該TMAPP與該T細胞之結合。
117. 如實施例113至實施例116中任一者之方法，其中該T細胞存在於包含複數個T細胞之樣品中。
118. 一種選擇性地調節抗原決定基特異性T細胞之活性的方法，該方法包括使T細胞與如實施例90至實施例99中任一者之含MOD之sc-TMAPP或含MOD之m-TMAPP接觸，其中該接觸選擇性地調節抗原決定基特異性T細胞之活性。
119. 如實施例118之方法，其中該接觸在活體外。
120. 如實施例118之方法，其中該接觸在活體內。
121. 如實施例118至實施例120中任一者之方法，其中該T細胞為調控T細胞(Treg)。
122. 如實施例121之方法，其中該接觸使該Treg活化並且使自體反應性T細胞之活性降低。
123. 如實施例118至實施例122中任一者之方法，其中該T細胞為CD4+ T輔助細胞，且其中該接觸使該CD4+ T細胞活化。
124. 如實施例123之方法，其中該活化之CD4+ T細胞使CD8+ T細胞活化。
125. 如實施例124之方法，其中該CD8+ T細胞對由該TMAPP呈現之癌症抗原決定基具特異性。
126. 如實施例118及實施例120至實施例125中任一者之方法，其包括向有需要之個體投與該TMAPP。
127. 如實施例126之方法，其中該投與為全身投與。
128. 如實施例126之方法，其中該投與為局部投與。
129. 如實施例126之方法，其中該投與為腫瘤周圍投與。
130. 如實施例126之方法，其中該投與為經由靜脈內投與。
131. 如實施例118至實施例130中任一者之方法，其中該個體為人類。
132. 如實施例131之方法，其中該個體患有自體免疫疾病。
133. 如實施例131之方法，其中該個體患有癌症。
134. 一種治療方法，該方法包括向有需要之個體投與有效量之如實施例90至實施例99中任一者之含MOD之m-TMAPP-抗原決定基結合物或含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物，其中該投與治療該個體。
135 如實施例134之方法，其中該個體患有癌症，且其中該投與治療該癌症。
136. 如實施例134之方法，其中該個體患有自體免疫病症，且其中該投與治療該自體免疫病症。
137. 如實施例134至實施例136中任一者之方法，其中該投與為經由靜脈內投與。
138. 如實施例134至實施例136中任一者之方法，其中該投與為經由局部投與。
139. 如實施例134至實施例136中任一者之方法，其中該投與為經由全身投與。
在以上敍述之實施例中之任一者中，連接子(例如，肽連接子)可置於任何TMAPP之任兩個所敍述之組分之間。在附圖中，連接其中所描繪之任何TMAPP之元件的線表示視情況存在之連接子(參見例如圖22及圖23)。
本發明之非限制性態樣之實例
以上所描述之本發明主題內容之態樣(包括實施例)在單獨或與一或多個其他態樣或實施例組合時可能為有益的。在不限制以上描述之情況下，以下提供本發明之編號為1至[xxx] 之某些非限制性態樣。如熟習此項技術者在閱讀本發明後將顯而易知，可使用逐一編號之態樣中的每一個，或與先前或隨後逐一編號之態樣中的任一個組合。此意欲支持態樣之所有此種組合而不限於以下明確提供之態樣的組合。
圖1提供II類MHC α鏈及β鏈與肽(包含抗原決定基之肽)之示意性描繪。
圖2A至圖2C提供TMAPP-抗原決定基結合物之實例之示意性描繪，其中該抗原決定基係經由介於彼等元件之間的連接子(顯示為線)共價結合至該II類MHC β1多肽。圖2A及圖2B中之抗原決定基結合物為m-TMAPP，且圖2C中之抗原決定基結合物為sc-TMAPP。
圖3A至圖3B提供含MOD之m-TMAPP-抗原決定基結合物之示意性描繪(圖3A)；及與流感病毒肽複合之人類II類MHC蛋白HLA-DR1之晶體結構(圖3B)。在圖3A中，抗原決定基係經由介於抗原決定基與β1多肽之間的連接子(顯示為線)共價結合至II類MHC β1多肽。
圖4A至圖4C描繪具有與TMAPP-抗原決定基結合物相似之結構及組織的例示性分子的凝膠分析(圖4A)、表現水準(圖4B)及描述(圖4C)，然而，此圖中之分子係藉由表現包括抗原決定基之核酸序列而非藉由利用化學結合來附接抗原決定基而製備。
圖5A至圖5B提供不含MOD多肽之m-TMAPP (圖5A左)及sc-TMAPP (圖5A右)以及具有一或兩個變異MOD多肽之sc-TMAPP (圖5B)之示意性描繪。圖5A中之無標示矩形表示二聚結構域(例如bZIP多肽)。在圖5B中，指向虛線之箭頭指示MOD多肽之可能位置。
圖6提供II類HLA DRA α鏈之胺基酸序列。
圖7A至圖7J提供II類HLA DRB1 β鏈之胺基酸序列。
圖8A至圖8C提供II類HLA DRB3 β鏈之胺基酸序列。
圖9提供II類HLA DRB4 β鏈之胺基酸序列。
圖10提供II類HLA DRB5 β鏈之胺基酸序列。
圖11提供II類HLA DMA α鏈之胺基酸序列。
圖12提供II類HLA DMB β鏈之胺基酸序列。
圖13提供II類HLA DOA α鏈之胺基酸序列。
圖14提供II類HLA DOB β鏈之胺基酸序列。
圖15提供II類HLA DPA1 α鏈之胺基酸序列。
圖16提供II類HLA DPB1 β鏈之胺基酸序列。
圖17提供II類HLA DQA1 α鏈之胺基酸序列。
圖18提供II類HLA DQA2 α鏈之胺基酸序列。
圖19A至圖19B提供II類HLA DQB1 β鏈之胺基酸序列。
圖20A至圖20B提供II類HLA DQB2 β鏈之胺基酸序列。
圖21A至圖21G提供免疫球蛋白Fc多肽之胺基酸序列(SEQ ID NO:1-12)。
圖22A至圖22L提供本發明之例示性m-TMAPP-抗原決定基結合物之示意性描繪，其中抗原決定基係經由以「cc」表示之化學結合位點結合，該化學結合位點係處於MOD或II類MHC多肽之N末端，或者處於附接至其之視情況存在之連接子(顯示為線)內或N末端，如箭頭所指示。
圖23A至圖23I提供本發明之例示性sc-TMAPP之示意性描繪，其中抗原決定基係經由以「cc」表示之化學結合位點結合，該化學結合位點係處於β1多肽、MOD多肽之N末端，或者處於附接至其之連接子內或N末端，如箭頭所指示。圖23C及圖23F兩者皆顯示接合至II類MHC β1多肽之MOD-抗原決定基多肽。
圖24描繪具有與sc-TMAPP-抗原決定基結合物相關之結構及組織的分子1-3及與雙肽鏈m-TMAPP-抗原決定基結合物相關之分子4-7的產生。此圖中所示之分子係使用含有相應核苷酸序列之核酸表現構築體且在活體外表現該等蛋白質(包括該抗原決定基)，而非使該抗原決定基(血球凝集素(HA)、CMV及胰島素原肽)與相應未結合之TMAPP結合來製備。左側之凝膠分析顯示產生可偵測之量的完整蛋白質。
圖25A至圖25B提供具有與m-TMAPP-抗原決定基結合物之多肽相似之結構及組織的分子的一個多肽鏈的胺基酸序列(圖25A)；然而，此圖中顯示之分子係藉由轉譯圖25B之核苷酸序列而製備。
圖26A至圖26B提供具有與m-TMAPP-抗原決定基結合物之含抗原決定基之多肽相似之結構及組織的分子的例示性多肽鏈的胺基酸序列(圖26A)；然而，此圖中所示之分子係藉由轉譯包括前導序列及該抗原決定基之核苷酸序列(圖26B)，而非藉由以化學結合來附接該抗原決定基而製備。
圖27A至圖27B提供具有與不含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物相似之結構及組織的分子的例示性多肽鏈的胺基酸序列(圖27A)；然而，此圖中所示之分子係藉由轉譯包括前導序列及該抗原決定基之核苷酸序列(圖27B)，而非藉由以化學結合來附接該抗原決定基而製備。
圖28A至圖28B提供具有與sc-TMAPP-抗原決定基結合物之含抗原決定基之多肽相似之結構及組織的分子的例示性多肽鏈的胺基酸序列(圖28A)；然而，此圖中所示之分子係藉由轉譯包括前導序列及該抗原決定基之核苷酸序列(圖28B)，而非藉由以化學結合來附接該抗原決定基而製備。
圖29A至圖29B提供具有與sc-TMAPP-抗原決定基結合物之含抗原決定基之多肽相似之結構及組織的分子的例示性多肽鏈的胺基酸序列(圖29A)；然而，此圖中所示之分子係藉由轉譯包括前導序列及該抗原決定基之核苷酸序列(圖29B)，而非藉由以化學結合來附接該抗原決定基而製備。
圖30A至圖30B提供具有與m-TMAPP-抗原決定基結合物之含抗原決定基之多肽相似之結構及組織的分子的例示性多肽鏈的胺基酸序列(圖30A)；然而，此圖中所示之分子係藉由轉譯包括前導序列及該抗原決定基之核苷酸序列(圖30B)，而非藉由以化學結合來附接該抗原決定基而製備。
圖31A至圖31B提供具有與m-TMAPP-抗原決定基結合物之含抗原決定基之多肽相似之結構及組織的分子的例示性多肽鏈的胺基酸序列(圖31A)；然而，此圖中所示之分子係藉由轉譯包括前導序列及該抗原決定基之核苷酸序列(圖31B)，而非藉由以化學結合來附接該抗原決定基而製備。
圖32A至圖32B提供具有與m-TMAPP-抗原決定基結合物之多肽相似之結構及組織的分子的例示性多肽鏈的胺基酸序列(圖32A)；然而，此圖中顯示之分子係藉由轉譯圖32B之核苷酸序列而製備。
圖33A至圖33B提供具有與m-TMAPP-抗原決定基結合物之含抗原決定基之多肽相似之結構及組織的分子的例示性多肽鏈的胺基酸序列(圖33A)；然而，此圖中所示之分子係藉由轉譯包括前導序列及該抗原決定基之核苷酸序列(圖33B)，而非藉由以化學結合來附接該抗原決定基而製備。
圖34A至圖34B提供具有與m-TMAPP-抗原決定基結合物之多肽相似之結構及組織的分子的例示性多肽鏈的胺基酸序列(圖34A)；然而，此圖中顯示之分子係藉由轉譯圖34B之核苷酸序列而製備。
圖35A至圖35B提供具有與m-TMAPP-抗原決定基結合物之多肽相似之結構及組織的分子的例示性多肽鏈的胺基酸序列(圖35A)；然而，此圖中顯示之分子係藉由轉譯圖35B之核苷酸序列而製備。
圖36描繪具有與存在串聯IL-2 MOD序列之含MOD之TMAPP-抗原決定基結合物及其不含MOD之對應物相似之結構及組織的例示性分子的凝膠分析、表現水準及描述。此圖中之分子係藉由表現包括該抗原決定基之核酸序列而非藉由以化學結合來附接該抗原決定基而製備。凝膠分析顯示產生可偵測之量的完整肽。抗原決定基(HA)來自於血球凝集素。
圖37A至圖37B提供具有與m-TMAPP-抗原決定基結合物之含抗原決定基之多肽相似之結構及組織的分子的例示性多肽鏈的胺基酸序列(圖37A)；然而，此圖中所示之分子係藉由轉譯包括前導序列及該抗原決定基之核苷酸序列(圖37B)，而非藉由以化學結合來附接該抗原決定基而製備。
圖38A至圖38B提供具有與m-TMAPP-抗原決定基結合物之多肽相似之結構及組織的分子的例示性多肽鏈的胺基酸序列(圖38A)；然而，此圖中顯示之分子係藉由轉譯圖34B之核苷酸序列而製備。
圖39描繪具有與含MOD之TMAPP-抗原決定基結合物相似之結構及組織的例示性分子的凝膠分析及示意性描述。該分子包括串聯IL-2 MOD序列及bZIP二聚結構域。此圖中之分子係藉由表現包括胰島素原抗原決定基肽編碼序列之核酸序列而非藉由以化學結合來附接該抗原決定基而製備。凝膠分析顯示產生可偵測之量的完整肽，其中非還原泳道中之較高分子量譜帶指示較高級結構之形成。
圖40顯示根據美國專利第9,310,374號改適之肼基吲哚與含醛多肽反應之示意圖。

Claims (19)

  1. 一種含免疫調節多肽序列(MOD)之多聚體T細胞調節抗原呈現多肽(m-TMAPP)，其包含： a) 第一多肽，該第一多肽包含： i) 視情況存在之連接子；及 ii) 第一II類主要組織相容性複合體(MHC)多肽； b) 第二多肽，該第二多肽包含： i) 第二II類MHC多肽；及 c) 一或多個化學結合位點； 其中該m-TMAPP之一或兩個多肽包含一或多個MOD多肽， 其中該第一多肽或該第二多肽之一或兩個多肽視情況包含免疫球蛋白(Ig) Fc多肽或非Ig支架， 其中該一或多個化學結合位點中之至少一個係 A) 處於該第一多肽之N末端； B) 處於該第二多肽之N末端； C) 處於該第一多肽或該第二多肽內；或 D) 當該視情況存在之連接子存在時處於該視情況存在之連接子內、處於該連接子之N末端或處於該連接子之C末端；且 其中該第一多肽與該第二多肽共同包含II類MHC α1多肽、II類MHC α2多肽、II類MHC β1多肽及II類MHC β2多肽。
  2. 一種含MOD之單鏈T細胞調節抗原呈現多肽(sc-TMAPP)，其包含： i) 視情況存在之連接子； ii) II類MHC α1多肽； iii) II類MHC α2多肽； iv) II類MHC β1多肽； v) II類MHC β2多肽； vi) MOD； vii) 視情況存在之免疫球蛋白(Ig) Fc多肽或非Ig支架；及 viii) 一或多個化學結合位點； 其中該一或多個化學結合位點中之至少一個係 A) 處於該含MOD之sc-TMAPP之N末端； B) 處於該含MOD之sc-TMAPP內；或 C) 當該視情況存在之連接子存在時處於該視情況存在之連接子內、處於該連接子之N末端或處於該連接子之C末端。
  3. 如請求項1之含MOD之m-TMAPP或如請求項2之含MOD之sc-TMAPP，其中該一或多個化學結合位點中之至少一個係選自由以下組成之群： a) 充當酶修飾序列之肽序列； b) 非天然胺基酸及/或硒代半胱胺酸； c) 經工程改造之胺基酸化學結合位點； d) 共價結合至該含MOD之m-TMAPP或該含MOD之sc-TMAPP的醣或寡糖；及 e) IgG核苷酸結合位點。
  4. 如請求項3之含MOD之m-TMAPP或含MOD之sc-TMAPP，其中該II類MHC α1多肽包含與以下任一者具有至少90%、95%、98%、99%或100%胺基酸序列一致性的胺基酸序列：圖6、圖11、圖13、圖15、圖17及圖18中之任一者中所描繪之II類MHC α1多肽；或具有圖6、圖11、圖13、圖15、圖17及圖18中之任一者中所描繪之II類MHC α1多肽中之任一者之至少30、40、50、60或70個連續胺基酸的多肽。
  5. 如請求項4之含MOD之m-TMAPP或含MOD之sc-TMAPP，其中該II類MHC α2多肽包含與以下任一者具有至少90%、95%、98%、99%或100%胺基酸序列一致性的胺基酸序列：圖6、圖11、圖13、圖15、圖17及圖18中之任一者中所描繪之II類MHC α2多肽；或具有圖6、圖11、圖13、圖15、圖17及圖18中之任一者中所描繪之II類MHC α2多肽中之任一者之至少30、40、50、60或70個連續胺基酸的多肽。
  6. 如請求項5之含MOD之m-TMAPP或含MOD之sc-TMAPP，其中該II類MHC β1多肽包含與以下任一者具有至少90%、95%、98%、99%或100%胺基酸序列一致性的胺基酸序列：圖7A至圖7J、圖8A至圖8B、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B中之任一者中所描繪之II類MHC β1多肽；或具有圖7A至圖7J、圖8A至圖8B、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B中之任一者中所描繪之II類MHC β1多肽中之任一者之至少30、40、50、60或70個連續胺基酸的多肽。
  7. 如請求項6之含MOD之m-TMAPP或含MOD之sc-TMAPP，其中該II類MHC β2多肽包含與以下任一者具有至少90%、95%、98%、99%或100%胺基酸序列一致性的胺基酸序列：圖7A至圖7J、圖8A至圖8B、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B中之任一者中所描繪之II類MHC β2多肽；或具有圖7A至圖7J、圖8A至圖8B、圖9、圖10、圖12、圖14、圖16、圖19A至圖19B及圖20A至圖20B中之任一者中所描繪之II類MHC β2多肽中之任一者之至少30、40、50、60或70個連續胺基酸的多肽。
  8. 如請求項7之含MOD之m-TMAPP或含MOD之sc-TMAPP，其包含一或多個獨立選擇之野生型或變異MOD。
  9. 如請求項8之含MOD之m-TMAPP或含MOD之sc-TMAPP，其中該等野生型MOD係選自由以下組成之群：IL-2、CD7、CD80、CD86、PD-L1、PD-L2、4-1BBL、OX40L、FasL、ICOS-L、ICAM、CD30L、CD40、CD70、CD83、HLA-G、MICA、MICB、HVEM、淋巴毒素β受體、3/TR6、ILT3、ILT4及HVEM，且該一或多個MOD中之至少一個為其變異MOD，該變異MOD包含： 相對於包含野生型MOD之至少30、40、50、60或70個連續胺基酸之多肽具有1至10個胺基酸取代、缺失或插入之胺基酸序列；或 與包含該野生型MOD之至少30、40、50、60或70個連續胺基酸之多肽具有至少90%、95%、98%、99%或100%胺基酸序列一致性的胺基酸序列；且 其中該變異MOD對Co-MOD具有與天然存在之MOD對該Co-MOD之親和力相比有所降低之親和力，其中 當藉由生物層干涉術(BLI)量測時，i)包含野生型MOD之對照含MOD之m-TMAPP或含MOD之sc-TMAPP對Co-MOD之結合親和力與ii)包含該野生型MOD之變異體的含MOD之m-TMAPP或含MOD之sc-TMAPP對該Co-MOD之結合親和力的比率為至少1.5:1、至少2:1、至少5:1、至少10:1、至少15:1、至少20:1、至少25:1、至少50:1、至少100:1、至少500:1、至少102 :1、至少5×102 :1、至少103 :1、至少5×103 :1、至少104 :1、至少105 :1或至少106 :1； 或者 當藉由BLI量測時，i)包含野生型MOD之對照含MOD之m-TMAPP或含MOD之sc-TMAPP對Co-MOD之結合親和力與ii)包含該野生型MOD之變異體的含MOD之m-TMAPP或含MOD之sc-TMAPP對該Co-MOD之結合親和力的比率處於1.5:1至106 :1之範圍內，例如1.5:1至10:1、10:1至50:1、50:1至102 :1、102 :1至103 :1、103 :1至104 :1、104 :1至105 :1或105 :1至106 :1。
  10. 如請求項7之含MOD之m-TMAPP或含MOD之sc-TMAPP，其中該變異MOD為以下各物之變異體： SEQ ID NO:22、23、24、25或26之4-1BBL多肽； SEQ ID NO:16之CD80多肽； SEQ ID NO:29之IL-2多肽； SEQ ID NO:20之CD86多肽；或者 SEQ ID NO:14或SEQ ID NO:15之PD-L1多肽。
  11. 如請求項9之含MOD之m-TMAPP或含MOD之sc-TMAPP，其中該等化學結合位點中之至少一個為： 硫酸酯酶基元、分選酶A酶位點或轉麩醯胺酸酶位點； 非天然胺基酸或硒代半胱胺酸； 經工程改造之胺基酸化學結合位點； 共價結合至醣或寡糖之醣或寡糖；或 IgG核苷酸結合位點。
  12. 如請求項3之含MOD之m-TMAPP或含MOD之sc-TMAPP，其進一步包含直接地或經由該視情況存在之連接子(例如，多肽連接子)間接地共價結合至該至少一個化學結合位點而形成含MOD之m-TMAPP-抗原決定基結合物或含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物的抗原決定基。
  13. 如請求項9之含MOD之m-TMAPP或含MOD之sc-TMAPP，其進一步包含直接地或經由該視情況存在之連接子(例如，多肽連接子)間接地共價結合至該一或多個化學結合位點中之至少一個而形成含MOD之m-TMAPP-抗原決定基結合物或含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物的抗原決定基。
  14. 如請求項12之含MOD之m-TMAPP-抗原決定基結合物或含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物，其中該抗原決定基為癌症抗原決定基、病毒抗原決定基或自體抗原決定基。
  15. 一種組合物，其包含： a) 如請求項14之TMAPP (任何TMAPP)；及 b) 緩衝劑或醫藥學上可接受之賦形劑。
  16. 一種如請求項14之含MOD之m-TMAPP-抗原決定基結合物或含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物用於製備供治療有需要之個體用之藥物的用途，該方法包括：向有需要之個體投與有效量之包含如請求項14之含MOD之m-TMAPP-抗原決定基結合物或含MOD之sc-TMAPP-抗原決定基結合物之藥物，其中該投與治療該個體。
  17. 如請求項16之用途，其中該個體患有： 癌症，且其中該投與治療該癌症； 病毒感染，且該投與治療該病毒感染；或 自體免疫病症，且該投與治療該自體免疫病症。
  18. 一種不含MOD之m-TMAPP，其包含： a) 第一多肽，該第一多肽包含： i) 第一II類MHC多肽；及 b) 第二多肽，該第二多肽包含： i) 第二II類MHC多肽；及 ii) 視情況存在之免疫球蛋白(Ig) Fc多肽或非Ig支架； 其中該第一多肽或該第二多肽中之至少一者包含一或多個化學結合位點，該一或多個化學結合位點係 A) 處於該第一多肽之N末端； B) 處於該第二多肽之N末端；或 C) 處於該第一多肽或該第二多肽內； 或者 其中該第一多肽或該第二多肽中之至少一者進一步包含連接子(例如，多肽連接子)，該連接子包含一或多個化學結合位點，該一或多個化學結合位點係處於該連接子內、處於該連接子之N末端或處於該連接子之C末端。
  19. 一種不含MOD之sc-TMAPP，其包含： i) II類MHC α1多肽； ii) II類MHC α2多肽； iii) II類MHC β1多肽； iv) II類MHC β2多肽； v) 視情況存在之連接子； vi) 視情況存在之免疫球蛋白(Ig) Fc多肽或非Ig支架；及 (vii) 一或多個化學結合位點。
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