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KR20190099194A - 분비가능한 변이체 면역조절 단백질 및 조작된 세포 치료 - Google Patents

분비가능한 변이체 면역조절 단백질 및 조작된 세포 치료 Download PDF

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KR20190099194A
KR20190099194A KR1020197013562A KR20197013562A KR20190099194A KR 20190099194 A KR20190099194 A KR 20190099194A KR 1020197013562 A KR1020197013562 A KR 1020197013562A KR 20197013562 A KR20197013562 A KR 20197013562A KR 20190099194 A KR20190099194 A KR 20190099194A
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KR
South Korea
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domain
affinity
cell
igsf
modified
Prior art date
Application number
KR1020197013562A
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English (en)
Inventor
라이언 스완슨
마이클 콜네이커
Original Assignee
알파인 이뮨 사이언시즈, 인코포레이티드
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by 알파인 이뮨 사이언시즈, 인코포레이티드 filed Critical 알파인 이뮨 사이언시즈, 인코포레이티드
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Abstract

면역조절 단백질, 그러한 면역조절 단백질을 암호화하는 핵산, 면역조절 단백질을 발현하도록 조작된 세포 및 면역조절 단백질을 암호화하는 핵산을 포함하는 감염성 제제가 제공된다. 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질은 분비가능하다. 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질은 세포 발현된 막관통 단백질이다. 상기 면역조절 단백질, 조작된 세포 및 감염성 제제는 다양한 면역학 및 종양학 상태에 대한 치료 유용성을 제공한다. 그러한 단백질을 제조하고 사용하기 위한 조성물 및 방법이 제공된다.

Description

분비가능한 변이체 면역조절 단백질 및 조작된 세포 치료
본 출원은 "Secretable Variant Immunomodulatory Proteins and Engineered Cell Therapy"라는 제목의 2016년 10월 20일자로 출원된 미국 가출원 제62/410,827 호, "Secretable Variant Immunododulatory Proteins and Engineered Cell Therapy"라는 제목의 2017년 3월 22일자로 출원된 미국 가출원 제62/475,210호 및 "Secretable Variant Immunomodulatory proteins and Engineered Cell Therapy" 라는 제목의 2017년 7월 27일자로 출원된 미국 가출원 제62/537,921호로부터 우선권을 주장하고, 이들 각각의 내용은 그들의 전체가 참고로서 통합된다.
본 출원은 전자 형식으로 서열목록과 함께 출원된다. 서열목록은 크기가 3,524,332 바이트인 2017년 10월 19일에 작성된 761612001440SeqList.TXT라는 파일로서 제공된다. 서열목록의 전자 형식의 정보는 그의 전체가 참고로서 통합된다.
본 발명은 면역조절 단백질, 그러한 면역조절 단백질을 암호화하는 핵산, 상기 면역조절 단백질을 발현하도록 조작된 세포 및 상기 면역조절 단백질을 암호화하는 핵산을 함유하는 감염성 제제를 제공한다. 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질은 분비가능하다. 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질은 표면 발현된 막 관통 단백질이다. 상기 면역조절 단백질, 조작된 세포 및 감염성 제제는 다양한 면역학 및 종양학 상태를 위해 치료학적인 유용성을 제공한다. 그러한 단백질을 제조 및 사용하기 위한 조성물 및 방법은 제공된다.
항원-제시 세포(APC) 또는 표적 세포 및 림프구에 의해 및 사이에서 형성된 면역학적 시냅스(IS)에서 발생하는 과정에 개입시킴으로써 면역 반응을 조절하는 것은 의학적 관심이 증대되고 있다. 현재, 면역 반응을 향상시키거나 억제하기 위해 사용되는 생물의약품은 일반적으로 면역글로불린(예컨대, 항 -PD-1 mAbs) 또는 가용성 수용체(예컨대, Fc-CTLA4)로 제한되어 왔다. 가용성 수용체는 일부 경우에 많은 결핍증을 겪고 있다. 단백질 사이 상호작용을 길항하기 위해 유용한 반면, 가용성 수용체는 종종 그러한 상호작용을 주동하기 위한 능력이 부족하다. 항체는 이와 관련하여 덜 제한적인 것으로 입증되었고, 모든 주동적 및 길항적 항체의 예시는 당업계에 공지되었다. 그럼에도 불구하고, 모든 가용성 수용체 및 항체는 IS에서 기능하는데 결정적인 중요한 속성이 부족하다. 기계적으로, IS에서 세포 표면 단백질은 공동작용을 수반할 수 있고, 다중 단백질 표적을 그들이 결합하는 단일 단백질과 동시에 상호작용시킬 수 있다. IS 상호작용은 두 세포의 접합부와 밀접하게 연관되어 발생하고, 마치 동시에, 이러한 구조에서 단일 단백질은 연관된 세포(트랜스) 상에서 단백질과 마찬가지로, 동일한 세포(시스) 상에 단백질 모두와 상호작용할 수 있다. 일부 제제가 IS를 조절할 수 있다고 알려져 있지만, 개선된 치료가 필요하다. 그러한 필요를 충족시키는 구현예가 제공된다.
본 발명은 면역조절 단백질, 그러한 면역조절 단백질을 암호화하는 핵산, 상기 면역조절 단백질을 발현하도록 조작된 세포 및 상기 면역조절 단백질을 암호화하는 핵산을 함유하는 감염성 제제를 제공한다. 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질은 분비가능하다. 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질은 표면 발현된 막 관통 단백질이다. 상기 면역조절 단백질, 조작된 세포 및 감염성 제제는 다양한 면역학 및 종양학 상태를 위해 치료학적인 유용성을 제공한다. 그러한 단백질을 제조 및 사용하기 위한 조성물 및 방법은 제공된다.
일 측면에서, 야생형 IgSF 도메인에서 하나 이상의 아미노산 치환을 포함하는 적어도 하나의 비-면역글로불린 친화성-변형된 면역글로불린 수퍼패밀리(IgSF) 도메인을 포함하는 면역조절 단백질이 제공되고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인의 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너를 특이적으로 결합하고; 상기 면역조절 단백질은 막관통 도메인을 포함하지 않으며; 상기 면역조절 단백질은 반감기 연장 잔기에 접합되지 않는다. 일부 구현예에서, 상기 반감기 연장 잔기는 다중화 도메인이다. 일부 구현예에서, 상기 반감기 연장 잔기는 Fc 도메인이다.
일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질은 신호 펩타이드를 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 신호 펩타이드는 상응하는 야생형 IgSF 구성원으로부터 네이티브 신호 펩타이드이다. 일부 구현예에서, 상기 신호 펩타이드는 비 네이티브 신호 펩타이드이다. 일부 구현예에서, 상기 신호 펩타이드는 면역글로불린 항체 분자로부터 신호 펩타이드(예컨대, IgG kappa 신호 펩타이드), IL-2 신호 펩타이드, 또는 CD33 신호 펩타이드 또는 공지된 또는 서술된 다른 신호 펩타이드이다. 예시적인 신호 펩타이드는 서열번호 413-430 중 하나에 제시된다.
상기 면역조절 단백질의 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너는 포유류 세포 상에 발현된다. 일부 구현예에서, 상기 포유류 세포는 항원 제시 세포(APC), 종양 세포, 또는 림프구이다. 일부 구현예에서, 상기 포유류 세포는 T-세포이다. 일부 구현예에서, 상기 포유류 세포는 마우스, 래트, 시노몰 구스 원숭이 또는 인간 세포이다.
상기 면역조절 단백질의 일부 구현예에서, 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 lgSF 도메인과 비교하여, 상기 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 대한 증가된 결합 친화성을 가진다.
상기 면역조절 단백질의 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인을 포함하는 상기 면역조절 단백질의 특이적 결합은 상기 야생형 lgSF 도메인과 비교하여, 상기 포유류 세포의 면역학적 활성을 조절한다. 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도멘인을 포함하는 상기 면역조절 단백질의 특이적 결합은 상기 야생형 lgSF 도메인과 비교하여, 상기 포유류 세포의 면역학적 활성을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질의 특이적 결합은 상기 야생형 lgSF 도메인과 비교하여, 상기 포유류 세포의 면역학적 활성을 약화시킨다.
상기 면역조절 단백질의 일부 구현예에서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 신호 조절 단백질(SIRP) 패밀리, 골수계 세포 발현 트리거 수용체(TREML) 패밀리, 암배 항원 관련 세포 접착 분자(CEACAM) 패밀리, 타액 산성 연화 렉틴(SIGLEC) 패밀리, 부티로필린 패밀리, B7 패밀리, CD28 패밀리, V-세트 및 면역글로불린 도메인 포함(VSIG) 패밀리, V-세트 막관통 도메인(VSTM) 패밀리, 주요 조직 적합 유전자 복합체(MHC) 패밀리, 신호전달 림프구 활성화 분자(SLAM) 패밀리, 백혈구 면역글로불린-유사 수용체(LIR), 넥틴(Nec) 패밀리, 넥틴-유사(NECL) 패밀리, 폴리오바이러스 수용체 관련(PVR) 패밀리, 자연적 세포독성 트리거 수용체(NCR) 패밀리, T 세포 면역글로불린 및 뮤신(TIM) 패밀리 및 살해-세포 면역글로불린-유사 수용체(KIR) 패밀리로 이루어진 군으로부터 선택된 패밀리의 IgSF 패밀리 구성원으로부터이다. 일부 구현예에서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 CD80, CD86, PD-L1, PD-L2, ICOS Ligand, B7-H3, B7-H4, CD28, CTLA4, PD-1, ICOS, BTLA, CD4, CD8-alpha, CD8-beta, LAG3, TIM-3, CEACAM1, TIGIT, PVR, PVRL2, CD226, CD2, CD160, CD200, CD200R, NKp30, VISTA, VSIG3, 및 VSIG8로 이루어진 군으로부터 선택된 IgSF 구성원으로부터이다. 일부 구현예에서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 인간 IgSF 도메인이다. 일부 구현예에서, 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 서열번호 1-27 및 408 중 하나에 제시된 아미노산의 서열에 포함된 야생형 IgSF 도메인 또는 그 특이적 결합 단편과 적어도 90% 서열 동일성을 가진다. 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질은 서열번호 28-54 및 410 중 하나에 제시된 아미노산 서열 또는 IgSF 도메인을 함유하는 그 특이적 결합 단편에 적어도 90% 서열 동일성을 가진다. 일부 구현예에서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 B7 패밀리의 구성원이다. 일부 구현예에서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 CD80, CD86 또는 ICOSL의 도메인이다.
상기 면역조절 단백질의 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너는 T-세포 상에 발현되는 자극 수용체이고, 상기 적어도 하나의 친 화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인의 상기 자극 수용체에 대한 결합 친화성과 비교하여 상기 자극 수용체에 대한 증가된 결합 친화성을 가진다. 일부 구현예에서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인의 상기 자극 수용체에 대한 결합은 세포로부터 분비되는 경우와 같이, 상기 T-세포의 면역학적 활성을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인의 상기 자극 수용체에 대한 결합은 세포로부터 분비되는 경우와 같이, 상기 T-세포의 면역학적 활성을 감소시킨다. 일부 구현예에서, 상기 자극 수용체는 CD28, ICOS, 또는 CD226이다. 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 ICOS 및 CD28 중 적어도 하나에 증가된 결합 친화성을 가지는 친화성-변형된 ICOSL IgSF 도메인이다. 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 ICOSL IgSF 도메인이고, 상기 자극 수용체는 ICOS이다. 일부 구현예에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 ICOSL IgSF 도메인이고, 상기 자극성 수용체는 CD28이다. 일부 구현예에 있어서, 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 CD80 IgSF 도메인이고, 상기 자극성 수용체는 CD28이다. 일부 구현예에서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 CTLA-4에 실질적으로 특이적으로 결합하지 않거나 야생형 IgSF 도메인의 CTLA-4에 대한 결합 친화성과 비교하여 CTLA-4에 대한 감소된 결합 친화성을 나타낸다.
상기 면역조절 단백질의 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너는 T-세포 상에 발현되는 억제 수용체고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 억제 수용체에 대한 상기 야생형 IgSF 도메인의 결합 친화성과 비교하여 상기 억제 수용체에 대한 증가된 결합 친화성을 가진다. 일부 구현예에서, 상기 억제 수용체에 대한 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인의 결합은 세포로부터 분비되는 경우와 같이, 상기 T-세포의 면역학적 활성을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 상기 억제 수용체에 대한 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인의 결합은 세포로부터 분비되는 경우와 같이, 상기 T-세포의 면역학적 활성을 감소시킨다. 상기 면역조절 단백질의 일부 구현예에서, 상기 억제 수용체는 ITIM 신호 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 억제 수용체는 PD-1, CTLA-4, LAG3, TIGIT, TIM-3, BTLA VSIG3 또는 VSIG8이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 각각 PD-1, CTLA-4, LAG3, TIGIT, TIM-3, BTLA, VSIG3 또는 VSIG8의 리간드의 친화성-변형된 IgSF 도메인이다. 일부 구현예에서, 상기 억제 수용체의 리간드는 PD-L1, PD-L2, B7-1, B7-2, MHC class II, PVR, CEACAM-1, GAL9 또는 VISTA이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 각각 PD-L1, PD-L2, B7-1, B7-2, MHC class II, PVR, CEACAM-1, GAL9 또는 VISTA의 리간드의 친화성-변형된 IgSF 도메인이다. 일부 구현예에서, 상기 억제 수용체는 PD-1이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 PD-L1의 친화성-변형된 IgSF 또는 PD-L2의 친화성-변형된 IgSF이다. 일부 구현예에서, 상기 억제 수용체는 TIGIT이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 CD112 또는 CD155의 친화성-변형된 IgSF이다.
상기 면역조절 단백질의 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 오직 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합한다. 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질은 오직 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합한다.
상기 면역조절 단백질의 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 도메인은 적어도 둘의 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합한다. 일부 구현예에서, 제1 세포 표면 동족 결합 파트너는 T 세포 상에 발현되는 자극 수용체이고; 제2 세포 표면 동족 결합 파트너는 억제 수용체의 억제 리간드리고, 상기 억제 수용체는 T-세포 상에 발현된다. 일부 구현예에서, 상기 억제 리간드에 대한 친화성-변형된 도메인의 결합은 상기 억제 수용체에 대한 상기 억제 리간드의 결합을 경쟁적으로 억제한다. 일부 구현예에서, 상기 억제 수용체는 PD-1, CTLA-4, LAG-3, TIGIT, CD96, CD112R, BTLA, CD160, TIM-3 VSIG3, 또는 VSIG8이고; 상기 억제 수용체의 리간드는 PD-L1, PD-L2, B7-1, B7-2, HVEM, MHC class II, PVR, CEACAM-1, GAL9 또는 VISTA이다. 일부 구현예에서, 상기 친화성 변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 CD80 도메인이고, 상기 자극 수용체는 CD28이다. 일부 구현예에서, 상기 억제 리간드는 PD-L1이고, 상기 억제 수용체는 PD-1이다. 일부 구현예에서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 CTLA-4에 대한 감소된 결합 친화성을 나타낸다. 일부 구현예에서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 CTLA-4에 대해 실질적으로 특이적으로 결합하지 않는다.
상기 면역조절 단백질의 일부 구현예에서, 상기 친화성 변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 CD155 IgSF 도메인 또는 친화성 변형된 CD112 IgSF 도메인이고, 상기 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너는 CD226, TIGIT 또는 CD112R이다. 일부 구현예에서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 CD226에 대한 상기 야생형 IgSF 도메인의 결합 친화성과 비교하여 CD226에 대한 감소된 결합 친화성을 나타낸다. 일부 구현예에서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 TIGIT 또는 CD112R에 대한 상기 야생형 IgSF 도메인의 결합 친화성과 비교하여 TIGIT 또는 CD112R에 대한 증가된 결합을 보유하거나 나타낸다.
상기 면역조절 단백질의 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 종양 특이적 항원인 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합한다. 일부 구현예에서, 상기 종양 특이적 항원은 B7-H6이다. 일부 구현예에서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 NKp30 IgSF 도메인이다.
상기 면역조절 단백질의 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 제1 친화성-변형된 IgSF 도메인 및 제2 친화성-변형된 IgSF 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 친화성-변형된 IgSF 도메인 및 제2 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상이하다. 일부 구현예에서, 제1 친화성-변형된 IgSF 도메인 및 제2 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 동일한 야생형 IgSF 도메인에서 하나 이상의 상이한 아미노산 치환을 각각 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 친화성-변형된 IgSF 도메인 및 제2 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상이한 야생형 IgSF 도메인에서 하나 이상의 아미노산 치환을 각각 포함한다.
상기 면역조절 단백질의 일부 구현예에서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 상기 억제 수용체가 ITIM 신호 도메인을 포함하는 데에서 억제 수용체의 리간드인 IgSF 구성원으로부터이다. 일부 구현예에서, 상기 억제 수용체는 PD-1, CTLA-4, LAG3, TIGIT, TIM-3, BTLA VSIG3 또는 VSIG8이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 각각 PD-1, CTLA-4, LAG3, TIGIT, TIM-3, BTLA, VSIG3 또는 VSIG8의 리간드의 친화성-변형된 IgSF 도메인이다. 일부 구현예에서, 상기 억제 수용체의 리간드는 PD-L1, PD-L2, B7-1, B7-2, MHC class II, PVR, CEACAM-1, GAL9 또는 VISTA이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 각각 PD-L1, PD-L2, B7-1, B7-2, MHC class II, PVR, CEACAM-1, GAL9 또는 VISTA의 리간드의 친화성-변형된 IgSF 도메인이다. 일부 구현예에서, 상기 억제 수용체는 PD-1이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 PD-L1 또는 PD-L2의 친화성-변형된 IgSF이다. 일부 구현예에서, 상기 억제 수용체는 TIGIT이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 CD112 또는 CD155의 친화성-변형된 IgSF이다.
상기 면역조절 단백질의 일부 구현예에서, 상기 친화성 변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인으로부터 10개 이하의 아미노산 치환에 의해 상이하다. 일부 구현예에서, 상기 친화성 변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인으로부터 5개 이하의 아미노산 치환에 의해 상이하다.
상기 면역조절 단백질의 일부 구현예에서, 상기 하나 이상의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 IgV 도메인, 친화성 변형된 IgC1 도메인, 또는 친화성 변형된 IgC2 도메인이거나 포함하거나, 또는 하나 이상의 아미노산 치환을 포함하는 그의 특이적 결합 단편이다.
상기 면역조절 단백질의 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질은 하나 이상의 비-친화성 변형된 IgSF 도메인을 추가적으로 포함한다.
상기 면역조절 단백질의 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질은 조작된 세포로부터 분비되었거나 분비될 수 있다. 일부 구현예에서, 상기 조작된 세포는 면역 세포이다. 일부 구현예에서, 상기 조작된 세포는 1차 세포이다.
다른 측면에서, 면역조절 단백질을 암호화하는 재조합 핵산이 제공된다. 일부 구현예에서, 상기 핵산 분자는 상기 면역조절 단백질의 대조군 발현에 작동가능하게 연결된 적어도 하나의 프로모터를 추가적으로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 프로모터는 유도성 프로모터이다. 일부 구현예에서, 상기 프로모터는 T-세포 활성화 신호에 반응하는 요소에 반응한다. 일부 구현예에서, 상기 프로모터는 NFAT에 대한 결합 부위 또는 NF-κB에 대한 결합 부위를 포함한다. 다른 측면에서, 전술된 핵산을 포함하는 재조합 발현 벡터가 제공된다.
추가적인 측면에서, 분비를 위한 신호 서열의 작동가능한 대조군 하에 면역조절 단백질을 암호화하는 핵산을 포함하는 재조합 발현 벡터가 제공되고, 상기 면역조절 단백질은 야생형 IgSF 도메인에서 하나 이상의 아미노산 치환을 포함하는 적어도 하나의 비-면역글로불린 친화성-변형된 면역글로불린 수퍼패밀리(IgSF) 도메인을 포함하고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인의 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너를 특이적으로 결합하며; 상기 암호화된 면역조절 단백질은 세포로부터 발현되는 경우 분비된다. 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질은 막관통 도메인을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질은 반감기 연장 잔기에 결합되지 않는다. 일부 구현예에서, 상기 반감기 연장 잔기는 다중화 도메인이다. 일부 구현예에서, 상기 반감기 연장 도메인은 Fc 도메인이다. 일부 구현예에서, 분비를 위한 신호 단백질은 분비성 신호 펩타이드를 암호화한다. 일부 구현예에서, 상기 신호 펩타이드는 상응하는 야생형 IgSF 구성원으로부터 네이티브 신호 펩타이드이다. 일부 구현예에서, 상기 신호 펩타이드는 비-네이티브 신호 펩타이드이다. 일부 구현예에서, IgG-kappa 신호 펩타이드, IL-2 신호 펩타이드, 또는 CD33 신호 펩타이드 또는 당업계에 공지된 어떤 다른 신호 펩타이드이다. 예시적인 신호 펩타이드는 서열번호 413-430 중 하나에서 제시된다.
상기 발현 벡터의 일부 구현예에서, 상기 핵산 분자는 상기 면역조절 단백질의 대조군 발현에 작동가능하게 연결된 적어도 하나의 프로모터를 추가적으로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 프로모터는 유도성 프로모터이다. 일부 구현예에서, 일부 구현예에서, 상기 프로모터는 T-세포 활성화 신호에 반응하는 요소에 반응한다. 일부 구현예에서, 상기 프로모터는 NFAT에 대한 결합 부위 또는 NF-κB에 대한 결합 부위를 포함한다.
상기 발현 벡터의 일부 구현예에서, 상기 벡터는 바이러스 벡터이다. 일부 구현예에서, 상기 바이러스 벡터는 레트로바이러스 벡터이다. 일부 구현예에서, 상기 바이러스 벡터는 렌티바이러스 벡터 또는 감마레트로바이러스 벡터이다.
상기 발현 벡터의 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 대한 증가된 결합 친화성을 가진다.
상기 발현 벡터의 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너는 포유류 세포 상에 발현된다. 일부 구현예에서, 상기 포유류 세포는 항원 제시 세포(APC), 종양 세포, 또는 림프구이다. 일부 구현예에서, 상기 포유류 세포는 T-세포이다. 일부 구현예에서, 상기 포유류 세포는 마우스, 래트, 시노몰구스 원숭이, 또는 인간 세포이다.
상기 발현 벡터의 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인을 포함하는 상기 면역조절 단백질의 특이적 결합은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 상기 포유류 세포의 면역학적 활성을 조절한다. 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인을 포함하는 상기 면역조절 단백질의 특이적 결합은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 상기 포유류 세포의 면역학적 활성을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질의 특이적 결합은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 상기 포유류 세포의 면역학적 활성을 감소시킨다.
상기 발현 벡터의 일부 구현예에서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 신호 조절 단백질(SIRP) 패밀리, 골수계 세포 발현 트리거 수용체(TREML) 패밀리, 암배 항원 관련 세포 접착 분자(CEACAM) 패밀리, 타액 산성 연화 렉틴(SIGLEC) 패밀리, 부티로필린 패밀리, B7 패밀리, CD28 패밀리, V-세트 및 면역글로불린 도메인 포함(VSIG) 패밀리, V-세트 막관통 도메인(VSTM) 패밀리, 주요 조직 적합 유전자 복합체(MHC) 패밀리, 신호전달 림프구 활성화 분자(SLAM) 패밀리, 백혈구 면역글로불린-유사 수용체(LIR), 넥틴(Nec) 패밀리, 넥틴-유사(NECL) 패밀리, 폴리오바이러스 수용체 관련(PVR) 패밀리, 자연적 세포독성 트리거 수용체(NCR) 패밀리, T 세포 면역글로불린 및 뮤신(TIM) 패밀리 및 살해-세포 면역글로불린-유사 수용체(KIR) 패밀리로 이루어진 군으로부터 선택된 패밀리의 IgSF 패밀리 구성원으로부터이다. 일부 구현예에서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 CD80, CD86, PD-L1, PD-L2, ICOS Ligand, B7-H3, B7-H4, CD28, CTLA4, PD-1, ICOS, BTLA, CD4, CD8-alpha, CD8-beta, LAG3, TIM-3, CEACAM1, TIGIT, PVR, PVRL2, CD226, CD2, CD160, CD200, CD200R, NKp30, VISTA, VSIG3, 및 VSIG8로 이루어진 군으로부터 선택된 IgSF 구성원으로부터이다. 일부 구현예에서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 인간 IgSF 도메인이다. 일부 구현예에서, 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 서열번호 1-27 및 408 중 하나에 제시된 아미노산의 서열에 포함된 야생형 IgSF 도메인 또는 그 특이적 결합 단편과 적어도 90% 서열 동일성을 가진다. 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질은 서열번호 28-54 및 410 중 하나에 제시된 아미노산 서열 또는 IgSF 도메인을 함유하는 그 특이적 결합 단편에 적어도 90% 서열 동일성을 가진다. 일부 구현예에서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 B7 패밀리의 구성원이다. 일부 구현예에서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 CD80, CD86 또는 ICOSL의 도메인이다.
상기 발현 벡터의 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 세포 표면 동족결합 파트너는 T-세포 상에 발현된 자극 수용체이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 자극 수용체에 대한 상기 야생형 IgSF 도메인의 결합 친화성과 비교하여 상기 자극 수용체에 대한 증가된 결합 친화성을 가진다. 일부 구현예에서, 상기 자극 수용체에 대한 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인의 결합은, 상기 세포로부터 분비되는 경우와 같이, 상기 T-세포의 면역학적 활성을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 상기 자극 수용체에 대한 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인의 결합은, 상기 세포로부터 분비되는 경우와 같이, 상기 T-세포의 면역학적 활성을 감소시킨다. 일부 구현예에서, 상기 자극 수용체는 CD28, ICOS 또는 CD226이다, 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 ICOS 및 CD28 중 적어도 하나에 대한 증가된 결합 친화성을 가지는 친화성-변형된 ICOSL IgSF 도메인이다. 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성-변형된 ICOSL IgSF 도메인이고, 상기 자극 수용체는 ICOS이다. 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성-변형된 ICOSL IgSF 도메인이고, 상기 자극 수용체는 CD28이다. 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성-변형된 CD80 IgSF 도메인이고, 상기 자극 수용체는 CD28이다. 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 CTLA-4에 실질적으로 특이적으로 결합하지 않거나 CTLA-4에 대한 야생형 IgSF 도메인의 결합 친화성과 비교하여 CTLA-4에 대한 감소된 결합 친화성을 나타낸다.
상기 발현 벡터의 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 오직 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합한다. 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질은 오직 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합한다.
상기 발현 벡터의 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 도메인은 적어도 2개의 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합한다. 일부 구현예에서, 제1 세포 표면 동족 결합 파트너는 T 세포 상에 발현된 자극 수용체이고; 제2 세포 표면 동족 결합 파트너는 억제 수용체의 억제 리간드이고, 상기 억제 수용체는 T-세포 상에 발현된다. 일부 구현예에서, 상기 억제 리간드에 대한 상기 친화성-변형된 도메인의 결합은 상기 억제 수용체에 대한 상기 억제 리간드의 결합을 경쟁적으로 억제한다. 일부 구현예에서, 상기 억제 수용체는 PD-1, CTLA-4, LAG3, TIGIT, CD96, CD112R, BTLA, CD160, TIM-3, VSIG3 또는 VSIG8이거나; 상기 억제 수용체의 리간드는 PD-L1, PD-L2, B7-1, B7-2, HVEM, MHC Class Ⅱ, PVR, CEACAM-1, GAL9 또는 VISTA이다.
상기 발현 벡터의 일부 구현예에서, 상기 친화성 변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 CD80 도메인이고, 상기 자극 수용체는 CD28이다. 일부 구현예에서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 CTLA-4에 대한 감소된 결합 친화성을 나타낸다. 일부 구현예에서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 CTLA-4에 실질적으로 특이적으로 결합하지 않는다. 일부 구현예에서, 상기 억제 리간드는 PD-L1이고, 상기 억제 수용체는 PD-1이다. 일부 구현예에서, 억제 리간드는 PD-L2이고, 상기 억제 수용체는 PD-1이다.
상기 발현 벡터의 일부 구현예에서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 CD155 IgSF 도메인 또는 친화성 변형된 IgSF 도메인이고, 상기 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너는 CD226, TIGIT 또는 CD112R이다. 일부 구현예에서, 상기 변형된 IgSF 도메인은 CD226에 대한 상기 야생형 IgSF 도메인의 결합 친화성과 비교하여 CD226에 대한 감소된 결합 친화성을 나타낸다. 일부 구현예에서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 TIGIT 또는 CD112R에 대한 상기 야생형 IgSF 도메인의 결합 친화성과 비교하여 TIGIT(Ig 및 ITIM 도메인과 함께 T-세포 면역수용체) 또는 CD112R에 대한 감소된 결합을 보유하거나 나타낸다.
상기 발현 벡터의 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 종양 특이적 항원인 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합한다. 일부 구현예에서, 상기 종양 특이적 항원은 B7-H6이다. 일부 구현예에서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 NKp30 IgSF 도메인이다.
상기 발현 벡터의 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 제1 친화성- 변형된 IgSF 도메인 및 제2 친화성-변형된 IgSF 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 친화성- 변형된 IgSF 도메인 및 제2 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상이하다. 일부 구현예에서, 제1 친화성- 변형된 IgSF 도메인 및 제2 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 동일한 야생형 IgSF 도메인에서 하나 이상의 상이한 아미노산 치환을 각각 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 친화성- 변형된 IgSF 도메인 및 제2 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상이한 야생형 IgSF 도메인에서 하나 이상의 아미노산 치환을 각각 포함한다.
상기 발현 벡터의 일부 구현예에서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 상기 억제 수용체가 ITIM 신호 도메인을 포함하는 데에서 억제 수용체의 라간드인 IgSF 구성원으로부터이다. 일부 구현예에서, 상기 억제 수용체는 PD-1, CTLA-4, LAG3, TIGIT, TIM-3, BTLA, VSIG3 또는 VSIG8이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 각각 PD-1, CTLA-4, LAG3, TIGIT, TIM-3, BTLA, VSIG3 또는 VSIG8의 리간드의 친화성-변형된 IgSF 도메인이다. 일부 구현예에서, 상기 억제 수용체의 리간드는 PD-L1, PD-L2, B7-1, B7-2, MHC Class Ⅱ, PVR, CEACAM-1, GAL9 또는 VISTA이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 각각 PD-L1, PD-L2, B7-1, B7-2, MHC Class Ⅱ, PVR, CEACAM-1, GAL9 또는 VISTA의 리간드의 친화성-변형된 IgSF 도메인이다. 일부 구현예에서, 상기 억제 수용체는 PD-1이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 PD-L1 또는 PD-L2의 친화성-변형된 IgSF이다. 일부 구현예에서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 트랜스 표면 동족 결합 파트너에 대한 증가된 결합 친화성을 가지고, 이로 인해 상기 증가된 결합 친화성은 상기 억제 수용체에 대한 상기 트랜스 표면 동족 결합 파트너의 결합을 경쟁적으로 억제한다.
상기 발현 벡터의 일부 구현예에서, 상기 친화성 변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인으로부터 10개 이하의 아미노산 치환에 의해 상이하다. 일부 구현예에서, 상기 친화성 변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인으로부터 5개 이하의 아미노산 치환에 의해 상이하다.
상기 발현 벡터의 일부 구현예에서, 상기 하나 이상의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 IgV 도메인, 친화성 변형된 IgC1 도메인, 또는 친화성 변형된 IgC2 도메인이거나 포함하거나, 또는 하나 이상의 아미노산 치환을 포함하는 그의 특이적 결합 단편이다.
상기 발현 벡터의 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질은 하나 이상의 비-친화성 변형된 IgSF 도메인을 추가적으로 포함한다.
다른 측면에서, 상기 핵산 또는 상기 발현 벡터의 어떤 하나 이상을 포함하는 조작된 세포가 제공된다. 다른 측면에서, 상기 면역조절 단백질의 어떤 하나 이상을 포함하는 조작된 세포가 제공된다. 다른 측면에서, 상기 면역조절 단백질의 어떤 하나 이상을 분비하는 조작된 세포가 제공된다. 일부 구현예에서, 상기 조작된 세포는 면역 세포이다.
다른 측면에서, 면역조절 단백질을 암호화하는 핵산 분자를 포함하는 조작된 면역 세포가 제공되고, 상기 면역조절 단백질은 야생형 IgSF 도메인에서 하나 이상의 아미노산 치환을 포함하는 적어도 하나의 비-면역글로불린 친화성-변형된 면역글로불린 수퍼패밀리(IgSF) 도메인을 포함하고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인의 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너를 특이적으로 결합하며; 상기 조작된 세포는 상기 면역조절 단백질을 발현 및 분비한다. 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질은 막관통 도메인을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질은 반감기 연장 잔기에 결합되지 않는다. 일부 구현예에서, 상기 반감기 연장 잔기는 다중화 도메인이다. 일부 구현예에서, 상기 반감기 연장 도메인은 Fc 도메인이다.
상기 조작된 세포의 일부 구현예에서, 상기 핵산 분자는 상기 면역조절 단백질을 암호화하는 서열에 작동가능하게 연결된 분비성 신호 펩타이드를 암호화하는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 신호 펩타이드는 상응하는 야생형 IgSF 구성원으로부터 네이티브 신호 펩타이드이다. 일부 구현예에서, 상기 신호 펩타이드는 비-네이티브 신호 서열이다. 일부 구현예에서, 상기 신호 펩타이드는 IgG-kappa 신호 펩타이드, IL-2 신호 펩타이드, 또는 CD33 신호 펩타이드 또는 당업계에 공지된 어떤 다른 신호 펩타이드이다. 예시적인 신호 펩타이드는 서열번호 413-430 중 하나에서 제시된다.
상기 조작된 세포의 일부 구현예에서, 상기 핵산 분자는 상기 면역조절 단백질의 대조군 발현에 작동가능하게 연결된 적어도 하나의 프로모터를 추가적으로 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 프로모터는 항시(constitutively) 활성 프로모터이다. 일부 구현예에서, 상기 프로모터는 유도성 프로모터이다. 일부 구현예에서, 상기 프로모터는 T-세포 활성화 신호에 반응하는 요소에 반응한다. 일부 구현예에서, 상기 프로모터는 NFAT에 대한 결합 부위 또는 NF-κB에 대한 결합 부위를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질은 상기 조작된 세포가 유도성 제제와 접촉한 후 또는 T 세포 활성화의 도입 후 상기 조작된 세포에 의해 발현 및 분비되고, 이는 상기 조작된 세포에 의해 발현된 키메릭 항원 수용체(CAR) 또는 조작된 T-세포 수용체(TCR)에 대한 항원의 결합 상에 선택적으로 유도된다. 일부 구현예에서, 상기 세포는 림프구이다. 일부 구현예에서, 상기 림프구는 T 세포, B 세포 또는 NK 세포이다. 일부 구현예에서, 상기 세포는 T 세포이다. 일부 구현예에서, 상기 T 세포는 CD4+ 또는 CD8+이다. 일부 구현예에서, 상기 세포는 항원 제시 세포이다. 일부 구현예에서, 상기 세포는 개체로부터 획득된 1차 세포이다. 일부 구현예에서, 상기 개체는 인간 개체이다.
상기 조작된 세포의 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 상기 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 대해 증가된 결합 친화성을 가진다. 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너는 포유류 세포 상에 발현된다. 일부 구현예에서, 상기 포유류 세포는 항원 제시 세포(APC), 종양 세포, 또는 림프구이다. 일부 구현예에서, 상기 포유류 세포는 T-세포이다. 일부 구현예에서, 상기 포유류 세포는 마우스, 래트, 시노몰구스 원숭이, 또는 인간 세포이다.
상기 조작된 세포의 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인을 포함하는 상기 면역조절 단백질의 특이적 결합은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 상기 포유류 세포의 면역학적 활성을 조절한다. 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인을 포함하는 상기 면역조절 단백질의 특이적 결합은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 상기 포유류 세포의 면역학적 활성을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질의 특이적 결합은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 상기 포유류 세포의 면역학적 활성을 감소시킨다.
상기 조작된 세포의 일부 구현예에서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 신호 조절 단백질(SIRP) 패밀리, 골수계 세포 발현 트리거 수용체(TREML) 패밀리, 암배 항원 관련 세포 접착 분자(CEACAM) 패밀리, 타액 산성 연화 렉틴(SIGLEC) 패밀리, 부티로필린 패밀리, B7 패밀리, CD28 패밀리, V-세트 및 면역글로불린 도메인 포함(VSIG) 패밀리, V-세트 막관통 도메인(VSTM) 패밀리, 주요 조직 적합 유전자 복합체(MHC) 패밀리, 신호전달 림프구 활성화 분자(SLAM) 패밀리, 백혈구 면역글로불린-유사 수용체(LIR), 넥틴(Nec) 패밀리, 넥틴-유사(NECL) 패밀리, 폴리오바이러스 수용체 관련(PVR) 패밀리, 자연적 세포독성 트리거 수용체(NCR) 패밀리, T 세포 면역글로불린 및 뮤신(TIM) 패밀리 및 살해-세포 면역글로불린-유사 수용체(KIR) 패밀리로 이루어진 군으로부터 선택된 패밀리의 IgSF 패밀리 구성원으로부터이다. 일부 구현예에서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 CD80, CD86, PD-L1, PD-L2, ICOS Ligand, B7-H3, B7-H4, CD28, CTLA4, PD-1, ICOS, BTLA, CD4, CD8-alpha, CD8-beta, LAG3, TIM-3, CEACAM1, TIGIT, PVR, PVRL2, CD226, CD2, CD160, CD200, CD200R, NKp30, VISTA, VSIG3, 및 VSIG8로 이루어진 군으로부터 선택된 IgSF 구성원으로부터이다. 일부 구현예에서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 인간 IgSF 도메인이다. 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 서열번호 1-27 및 408 중 하나에서 제시된 아미노산의 서열에 포함된 야생형 IgSF 도메인 또는 그 특이적 결합 단편에 적어도 90% 동일성을 가진다. 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질은 서열번호 28-54 및 410 중 하나로부터 선택된 상기 아미노산 서열에 적어도 90% 서열 동일성을 가진다.
상기 조작된 세포의 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너는 T-세포 상에 발현된 자극 수용체이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 자극 수용체에 대한 상기 야생형 IgSF 도메인의 결합 친화성과 비교하여 상기 자극 수용체에 대한 증가된 결합 친화성을 가진다. 일부 구현예에서, 상기 자극 수용체에 대한 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인의 결합은, 상기 세포로부터 분비되는 경우와 같이, 상기 T-세포의 면역학적 활성을 증가시킨다. 일부 구현예에서, 상기 자극 수용체에 대한 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인의 결합은, 상기 세포로부터 분비되는 경우와 같이, 상기 T-세포의 면역학적 활성을 감소시킨다. 일부 구현예에서, 상기 자극 수용체는 CD28, ICOS 또는 CD226이다, 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 ICOS 및 CD28 중 적어도 하나에 대한 증가된 결합 친화성을 가지는 친화성-변형된 ICOSL IgSF 도메인이다. 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성-변형된 ICOSL IgSF 도메인이고, 상기 자극 수용체는 ICOS이다. 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성-변형된 ICOSL IgSF 도메인이고, 상기 자극 수용체는 CD28이다. 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 CTLA-4에 실질적으로 특이적으로 결합하지 않거나 CTLA-4에 대한 야생형 IgSF 도메인의 결합 친화성과 비교하여 CTLA-4에 대한 감소된 결합 친화성을 나타낸다.
상기 조작된 세포의 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 오직 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합한다. 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질은 오직 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합한다.
상기 조작된 세포의 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 도메인은 적어도 2개의 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합한다. 일부 구현예에서, 제1 세포 표면 동족 결합 파트너는 T 세포 상에 발현된 자극 수용체이고; 제2 세포 표면 동족 결합 파트너는 억제 수용체의 억제 리간드이고, 상기 억제 수용체는 T-세포 상에 발현된다. 일부 구현예에서, 상기 억제 리간드에 대한 상기 친화성-변형된 도메인의 결합은 상기 억제 수용체에 대한 상기 억제 리간드의 결합을 경쟁적으로 억제한다. 일부 구현예에서, 상기 억제 수용체는 PD-1, CTLA-4, LAG3, TIGIT, CD96, CD112R, BTLA, CD160, TIM-3, VSIG3 또는 VSIG8이거나; 상기 억제 수용체의 리간드는 PD-L1, PD-L2, B7-1, B7-2, HVEM, MHC Class Ⅱ, PVR, CEACAM-1, GAL9 또는 VISTA이다. 일부 구현예에서, 상기 친화성 변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 CD80 도메인이고, 상기 자극 수용체는 CD28이다. 일부 구현예에서, 상기 억제 리간드는 PD-L1이고, 상기 억제 수용체는 PD-1이다. 일부 구현예에서, 상기 억제 리간드는 PD-L2이고, 상기 억제 수용체는 PD-1이다. 일부 구현예에서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 CTLA-4에 대한 감소된 결합 친화성을 나타낸다. 일부 구현예에서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 CTLA-4에 실질적으로 특이적으로 결합하지 않는다.
상기 조작된 세포의 일부 구현예에서, 상기 친화성 변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 CD155 IgSF 도메인 또는 친화성 변형된 CD112 IgSF 도메인이고, 상기 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너는 CD226, TIGIT 또는 CD112R이다. 일부 구현예에서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 CD226에 대한 상기 야생형 IgSF 도메인의 결합 친화성과 비교하여 CD226에 대한 감소된 결합 친화성을 나타낸다. 일부 구현예에서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 TIGIT 또는 CD112R에 대한 상기 야생형 IgSF 도메인의 결합 친화성과 비교하여 TIGIT(Ig 및 ITIM 도메인과 함께 T-세포 면역수용체) 또는 CD112R에 대한 감소된 결합을 보유하거나 나타낸다.
상기 조작된 세포의 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 종양 특이적 항원인 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합한다. 일부 구현예에서, 상기 종양 특이적 항원은 B7-H6이다. 일부 구현예에서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 NKp30 IgSF 도메인이다.
상기 조작된 세포의 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 제1 친화성- 변형된 IgSF 도메인 및 제2 친화성-변형된 IgSF 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 친화성- 변형된 IgSF 도메인 및 제2 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상이하다. 일부 구현예에서, 제1 친화성- 변형된 IgSF 도메인 및 제2 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 동일한 야생형 IgSF 도메인에서 하나 이상의 상이한 아미노산 치환을 각각 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 친화성- 변형된 IgSF 도메인 및 제2 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상이한 야생형 IgSF 도메인에서 하나 이상의 아미노산 치환을 각각 포함한다.
상기 조작된 세포의 일부 구현예에서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 상기 억제 수용체가 ITIM 신호 도메인을 포함하는 데에서 억제 수용체의 라간드인 IgSF 구성원으로부터이다. 일부 구현예에서, 상기 억제 수용체는 PD-1, CTLA-4, LAG3, TIGIT, TIM-3, BTLA, VSIG3 또는 VSIG8이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 각각 PD-1, CTLA-4, LAG3, TIGIT, TIM-3, BTLA, VSIG3 또는 VSIG8의 리간드의 친화성-변형된 IgSF 도메인이다. 일부 구현예에서, 상기 억제 수용체의 리간드는 PD-L1, PD-L2, B7-1, B7-2, MHC Class Ⅱ, PVR, CEACAM-1, GAL9 또는 VISTA이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 각각 PD-L1, PD-L2, B7-1, B7-2, MHC Class Ⅱ, PVR, CEACAM-1, GAL9 또는 VISTA의 리간드의 친화성-변형된 IgSF 도메인이다. 일부 구현예에서, 상기 억제 수용체는 PD-1이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 PD-L1 또는 PD-L2의 친화성-변형된 IgSF이다. 일부 구현예에서, 상기 억제 수용체는 TIGIT이고, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 CD155 또는 CD112의 친화성-변형된 IgSF 도메인이다.
상기 조작된 세포의 일부 구현예에서, 상기 친화성 변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인으로부터 10개 이하의 아미노산 치환에 의해 상이하다. 일부 구현예에서, 상기 친화성 변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인으로부터 5개 이하의 아미노산 치환에 의해 상이하다.
상기 조작된 세포의 일부 구현예에서, 상기 하나 이상의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 IgV 도메인, 친화성 변형된 IgC1 도메인, 또는 친화성 변형된 IgC2 도메인이거나 포함하거나, 또는 하나 이상의 아미노산 치환을 포함하는 그의 특이적 결합 단편이다.
상기 조작된 세포의 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질은 하나 이상의 비-친화성 변형된 IgSF 도메인을 추가적으로 포함한다.
상기 조작된 세포의 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질은 키메릭 항원 수용체(CAR) 또는 조작된 T-세포 수용체(TCR)를 추가적으로 포함한다.
다른 측면에서, 상기 조작된 세포 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 약학적 조성물이 제공된다. 일부 구현예에서, 상기 약학적 조성물은 멸균된다.
다른 측면에서, 개체에게 상기 제공된 조작된 세포 또는 상기 조작된 세포를 함유하는 상기 약학적 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 상기 개체 내로 면역조절 단백질을 도입하는 방법이 제공된다.
다른 측면에서, 개체에게 상기 제공된 조작된 세포 또는 상기 제공된 조작된 세포를 함유하는 약학적 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 상기 개체에게 면역반응을 조절하는 방법이 제공된다. 일부 구현예에서, 상기 면역반응의 조절은 상기 개체에서 질병 또는 장애를 치료한다. 일부 구현예에서, 상기 조절된 면역 반응은 증가된다. 일부 구현예에서, 상기 질병 또는 장애는 종양이다. 일부 구현예에서, 상기 질병 또는 장애는 암이다. 일부 구현예에서, 상기 질병 또는 장애는 흑색종, 폐암, 방광암, 또는 혈액암이다. 일부 구현예에서, 상기 조절된 면역 반응은 감소된다. 일부 구현예에서, 상기 질병 또는 장애는 염증성 질병 또는 상태이다. 일부 구현예에서, 상기 질병 또는 상태는 크론병, 궤양성 대장염, 다발성 경화증, 천식, 류마티스 관절염, 또는 건선이다.
상기 방법의 일부 구현예에서, 상기 개체는 인간이다. 일부 구현예에서, 상기 세포는 상기 개체에 자가유래이다. 일부 구현예에서, 상기 조작된 세포는 상기 면역조절 단백질을 발현 및 분비한다. 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질은 상기 조작된 세포에 의해 항시 발현된다. 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질은 상기 조작된 세포가 유도성 제제와 접촉한 후 상기 조작된 세포에 의해 발현 및 분비된다. 일부 구현예에서, 상기 면역조절 단백질은 T 세포 활성화 신호 상에 상기 조작된 세포에 의해 발현 및 분비된다. 일부 구현예에서, 상기 조작된 세포는 키메릭 항원 수용체(CAR) 또는 조작된 T-세포 수용체(TCR)를 발현하고, T 세포 활성화 신호는 CAR 또는 TCR에 의해 항원의 결합 상에 유도된다.
또한, 분비가능한 면역조절 단백질 또는 막관통 면역조절 단백질을 암호화하는 핵산 분자를 함유하는 서술된 바와 같은 감염성 제제가 제공된다.
야생형 IgSF 도메인에서 하나 이상의 아미노산 치환을 포함하는 적어도 하나의 비-면역글로불린 친화성-변형된 면역글로불린 수퍼패밀리(IgSF) 도메인; 및 막관통 도메인을 포함하는 엑토도메인을 함유하는 막관통 면역조절 단백질(TIP)를 암호화하는 핵산 분자를 함유하는 감염성 제제가 제공되고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인의 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너를 특이적으로 결합한다.
일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 상기 참고 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 대한 증가된 결합 친화성을 가진다.
일부 어떤 그러한 구현예에서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 신호 조절 단백질(SIRP) 패밀리, 골수계 세포 발현 트리거 수용체(TREML) 패밀리, 암배 항원 관련 세포 접착 분자(CEACAM) 패밀리, 타액 산성 연화 렉틴(SIGLEC) 패밀리, 부티로필린 패밀리, B7 패밀리, CD28 패밀리, V-세트 및 면역글로불린 도메인 포함(VSIG) 패밀리, V-세트 막관통 도메인(VSTM) 패밀리, 주요 조직 적합 유전자 복합체(MHC) 패밀리, 신호전달 림프구 활성화 분자(SLAM) 패밀리, 백혈구 면역글로불린-유사 수용체(LIR), 넥틴(Nec) 패밀리, 넥틴-유사(NECL) 패밀리, 폴리오바이러스 수용체 관련(PVR) 패밀리, 자연적 세포독성 트리거 수용체(NCR) 패밀리, T 세포 면역글로불린 및 뮤신(TIM) 패밀리 및 살해-세포 면역글로불린-유사 수용체(KIR) 패밀리로 이루어진 군으로부터 선택된 패밀리의 IgSF 패밀리 구성원으로부터이다. 일부 구현예에서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 CD80, CD86, PD-L1, PD-L2, ICOS Ligand, B7-H3, B7-H4, CD28, CTLA4, PD-1, ICOS, BTLA, CD4, CD8-alpha, CD8-beta, LAG3, TIM-3, CEACAM1, TIGIT, PVR, PVRL2, CD226, CD2, CD160, CD200, CD200R, NKp30, VISTA, VSIG3, 및 VSIG8로 이루어진 군으로부터 선택된 IgSF 구성원으로부터이다.
일부 어떤 그러한 구현예에서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 인간 IgSF 도메인이다. 일부 구현예에서, 상기 막관통 면역조절 단백질은 서열번호 381-407 및 409 중 하나로부터 선택된 아미노산 서열 또는 친화성-변형된 IgSF 도메인 및 막관통 도메인을 함유하는 그의 인접 부분에 적어도 90% 동일성을 가진다.
일부 구현예에서, 상기 막관통 면역조절 단백질은 키메릭 수용체이고, 상기 엔도도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인을 포함하는 야생형 IgSF 구성원으로부터 엔도도메인이 아니다. 일부 경우에, 상기 엔도도메인은 적어도 하나의 ITAM(면역수용체 티로신-기반 활성화 모티프)-함유 신호 도메인을 함유한다. 일부 예시에서, 상기 엔도도메인은 CD3-zeta 신호 도메인을 함유한다. 일부 측면에서, 상기 엔도도메인은 CD28 공동자극 도메인, ICOS 신호 도메인, OX40 신호 도메인, 및 41BB 신호 도메인 중 적어도 하나를 추가적으로 함유한다.
일부 어떤 그러한 구현예에서, 상기 친화성 변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인으로부터 10개 이하의 아미노산 치환 또는 5개 이하의 아미노산 치환에 의해 상이하다. 일부 구현예에서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 IgV 도메인, 친화성 변형된 IgC1 도메인, 또는 친화성 변형된 IgC2 도메인이거나 포함하거나, 또는 하나 이상의 아미노산 치환을 포함하는 그의 특이적 결합 단편이다.
일부 어떤 그러한 구현예에서, 상기 막관통 도메인은 상응하는 야생형 IgSF 구성원으로부터 네이티브 막관통 도메인이다. 일부 경우에, 상기 막관통 도메인은 상응하는 야생형 IgSF 구성원으로부터 네이티브 막관통 도메인이 아니다. 일부 예시에서, 상기 막관통 단백질은 CD8로부터 유래된 막관통 단백질이다.
일부 어떤 그러한 구현예에서, 상기 감염성 제제는 박테리아 또는 바이러스이다. 일부 경우에, 상기 바이러스는 종양용해성 바이러스이다. 일부 측면에서, 상기 종양용해성 바이러스는 아데노바이러스, 아데노-연관된 바이러스, 헤르페스 바이러스, 헤르페스 단순 바이러스, 수포성 구내염 바이러스(Vesticular Stomatic virus), 레오바이러스, 뉴캐슬병 바이러스, 파보바이러스, 홍역 바이러스, 수포성 구내염 바이러스(Vesticular Stomatitis virus; VSV), 콕사키 바이러스 또는 천연두 바이러스이다. 일부 경우에, 상기 바이러스는 수지상 세포(DCs) 및/또는 수지상 세포-트로픽을 특이적으로 표적한다. 일부 구현예에서, 상기 바이러스는 변형된 신드비스 바이러스 외피 제품으로 위형된 렌티바이러스 벡터이다.
그러한 구현예의 일부에서, 상기 감염성 제제는 표적 세포의 죽음을 초래하거나 면역 반응을 증가 또는 증대시키는 추가 유전자 제품을 암호화하는 핵산 분자를 추가적으로 함유한다. 일부 경우에, 상기 추가 유전자 제품은 항암제, 항-전이제, 항신생혈관제, 면역조절 분자, 면역 체크포인트 억제제, 항체, 사이토카인, 성장인자, 항원, 세포독성 유전자 제품, 전구-세포사멸 유전자 제품, 항-세포사멸 유전자 제품, 세포 매트릭스 분해 유전자, 조직 재생을 위한 유전자 또는 다능성에 대한 인간 체세포 재프로그래밍으로부터 선택된다.
도 1a는 비표지된 재조합 인간 PD-L1-His, 인간 CTLA-4-His, 또는 인간-PD-L2-Fc 융합 단백질의 존재 하에 고정화된 CD80 변이체 A91G ECD-Fc 융합 분자에 대한 비오틴화된 재조합 CD28-Fc 융합 단백질(rCD28.Fc)의 결합에 대한 경쟁 결합 어세이의 결과를 도시한다.
도 1b는 비표지된 재조합 인간 rCD28.Fc, 인간 CTLA-4.Fc 또는 인간-PD-L2.Fc의 존재 하에 고정화된 CD80 변이체 A91G ECD-Fc 융합 분자에 대한 비오틴화된 재조합 PD-L1-his 모노머성 단백질의 결합에 대한 경쟁 결합 어세이의 결과를 도시한다.
도 2a 및 2b는 각각 형질도입된 CD19 CAR T 세포 및 HEK-293 세포의 상등액에서 PD-L2 SIP의검출을 도시한다.
도 3a는 예시적으로 시험된 변이체 PD-L2 SIP와 함께 형질도입된 T 세포에 대한 증식 연구를 도시한다.
도 3b는 재자극 후 5일째 ELISA에 의해 측정된 바와 같은 예시적으로 시험된 변이체 PD-L2 SIP와 함께 형질도입된 T 세포에 의해 방출된 상등액에서 IFN-gamma의 수준을 도시한다.
도 3c는 표적 세포로 자극한 다음 CAR 및 예시적인 변이체 PD-L2 SIP 또는 야생형 PD-L2 SIP와 함께 공동-형질도입된 T 세포의 증식을 도시한다.
도 4a는 변이체 IgSF 도메인(vIgD)이 제1 T 세포(예컨대, CAR T 세포)와 같은, 세포로부터 분비된 데에서, 분비된 면역조절 단백질(SIP)를 도시한다. 예시적인 구현예에서, 분비된 vIgD의 동족 결합 파트너는 활성화 수용체이고, 이는 제1 세포(예컨대, T 세포) 및/또는 제2 세포(예컨대, T 세포; CAR T 세포와 같이, 내인성 또는 조작된 것 중 하나) 상에 발현될 수 있다. 그의 동족 결합 파트너와 함께 SIP의 결합 상에, 활성화 수용체를 통한 신호는 차단된다. 모든 경우에, vIgD는 전체 세포밖 도메인(ECD)를 포함하는, 오직 V-도메인(IgV), 상기 V-도메인(IgV) 및 C-도메인(IgC)의 조합, 또는 IgSF 수퍼패밀리 구성원의 Ig 도메인의 어떤 조합일 수 있다.
도 4b는 변이체 IgSF 도메인(vIgD)이 제1 T 세포(예컨대, CAR T 세포)와 같은, 세포로부터 분비된 데에서, 분비된 면역조절 단백질(SIP)를 도시한다. 예시적인 구현예에서, 분비된 vIgD의 동족 결합 파트너는 억제 수용체이고, 이는 제1 세포(예컨대, CAR T 세포) 및/또는 제2 세포(예컨대, T 세포; CAR T 세포와 같이, 내인성 또는 조작된 것 중 하나) 상에 발현될 수 있다. 그의 동족 결합 파트너로 SIP의 결합 상에, SIP는 억제 수용체를 통해 부정적 신호를 반대하거나 차단하고, 그로 인해 활성화된 T 세포 또는 주효 T 세포가 차단되는 결과를 도출한다. 모든 경우에, vIgD는 전체 세포밖 도메인(ECD)를 포함하는, 오직 V-도메인(IgV), 상기 V-도메인(IgV) 및 C-도메인(IgC)의 조합, 또는 IgSF 수퍼패밀리 구성원의 Ig 도메인의 어떤 조합일 수 있다.
도 5는 예시적인 시험된 변이체 PD-L1 SIP와 함께 형질도입된 T 세포에 대한 증식 연구를 도시한다.
도 6은 형질도입된 HEK-293 세포의 상등액에서, 변이체 또는 야생형 PD-L1 및 PD-L2 SIPS를 포함하는, SIPs의 검출을 위한 세포-기반 어세이의 결과를 도시한다.
세포, 핵산 및 동일한 것을 암호화하는 벡터에서 발현되는 경우, 분비될 수 있는 분비가능한 면역조절 단백질과, 그러한 면역조절 단백질을 발현 및 분비하기 위해 조작된, 면역 세포 또는 감염성 제제와 같은, 세포가 본원에 제공된다. 면역조절 단백질은 야생형 IgSF 도메인에서 하나 이상의 아미노산 치환을 포함하는 친화성-변형된 IgSF 도메인을 함유하고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 야생형 IgSF 도메인의 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너를 특이적으로 결합한다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 막관통 도메인 및/또는 반감기 연장 모이어티를 포함하지 않는다.
제공된 구현예 중에 예를 들어, 면역조절 단백질을 암호화하는 발현 벡터를 포함하기 위한 세포를 조작함으로써, 면역조절 단백질을 발현 및 분비하기 위해 조작된, 면역 세포(예컨대, T 세포)와 같은, 세포가 있다. 일부 구현예에서, 발현 벡터에 의해 암호화된 면역조절 단백질은 세포가 면역조절 단백질을 발현하는 경우와 같이, 분비를 위한 신호 서열의 작동가능한 조절 하에 있고, 면역조절 단백질은 조작된 세포에 의해 분비된다.
일부 구현예에서, 면역조절 단백질의 발현은 프로모터의 작동가능한 조절 하에 있다. 예를 들어, 프로모터는 유도성 프로모터일 수 있다. 일부 구현예에서, 유도성 프로모터는 T-세포 활성화 신호에 반응하는 요소에 반응한다. 일부 구현예에서, 또한, 조작된 세포(예컨대, T 세포)는 T 세포 수용체(TCR) 또는 키메릭 항원 수용체(CAR)과 같은, 항원 수용체를 그의 표면 상에 발현하기 위해 조작되고, 항원 결합 상에 T-세포 신호를 유도 또는 매개할 수 있거나 유도 또는 매개하는 세포내 신호 도메인을 함유한다. 일부 측면에서, 세포내 신호 도메인은 면역수용체 티로신-기반 활성화 모티프(ITAM)을 포함한다. 따라서, 일부 구현예에서, 조작된 면역 세포는 일부 측면에서, 조작된 항원 수용체의 의해 항원의 인지에 대한 대응을 포함하는, 면역 세포의 활성화에 오직 반응하는 면역조절 단백질을 발현 및 분비한다.
또한, 개체 내로 면역조절 단백질을 도입하는 방법이 본원에 제공되고, 방법은 개체 내로 조작된 세포 또는 감염성 제제(또는 조작된 세포 또는 감염성 제제를 포함하는 약학적 조성물)를 투여하는 단계를 포함한다. 다른 측면에서, 개체에 면역 반응을 조절하는 방법이 제공되고, 방법은 개체 내로 조작된 세포(또는 조작된 세포 또는 감염성 제제를 포함하는 약학적 조성물)를 투여하는 단계를 포함한다. 다른 측면에서, 치료가 필요한 개체(암과 같은, 질병을 가진 개체와 같은)를 치료하는 방법이 제공되고, 방법은 개체 내로 조작된 세포 또는 감염성 제제(또는 조작된 세포 또는 감염성 제제를 포함하는 약학적 조성물)의 유효한 양을 투여하는 단계를 포함한다. 조작된 세포는 세포 배양액 또는 별개로 조작된 세포의 복수와 같은 세포의 집단일 수 있다.
일부 구현예에서, 조작된 세포는 개체 내로 투여되고, 유도 신호(예를 들어, 면역 세포 활성화 또는 유도성 제제의 투여)에 반응한다. 개체에 투여된 조작된 세포는 면역조절 단백질을 발현 및 분비한다. 일부 구현예에서, 조작된 세포는 면역조절 단백질을 항시 발현 및 분비한다. 일부 구현예에서, 조작된 세포는 일부 측면에서, 조작된 세포에 의해 발현된 조작된 항원 수용체에 의한 항원의 인지에 의해 매개되는, 종양 미세환경(예컨대, 종양 세포)에 존재하는 세포와 같은, 질병된 세포 또는 병소에 국한되고, 이로 인해 예컨대, 종양 미세환경, 질병 또는 병소의 위치에 분비된 면역조절 단백질을 표적한다.
일부 구현예에서, 면역조절 단백질의 동족 결합 파트너는 억제 또는 활성화 신호를 유도하기 위해 하나 이상의 다른 면역 수용체(예컨대, 림프구 상에)와 관련된 면역 세포에 의해 발현되는 세포 표면 단백질이다. 예를 들어, 항원-제시 세포(APCs) 또는 표적 세포 및 림프구 사이의 면역학적 시냅스(IS)를 형성하기 위한 그들의 세포 표면 동족 결합 파트너와 함께 림프구 상에 특정 수용체의 상호작용은 면역 시스템을 규제할 수 있는 공동자극 또는 억제 신호를 제공할 수 있다. 일부 측면에서 본원에 제공된 면역조절 단백질(이는 조작된 세포에 의해 발현 및 분비될 수 있음)은 T 세포와 같은 면역 세포 활성을 조절하기 위한 그들의 수용체와 함께 세포 표면 단백질 리간드의 상호작용을 변경할 수 있다. 일부 구현예에서, 리간드(동족 결합 파트너)에 대한 면역조절 단백질의 결합은 면역조절 단백질이 특이적으로 결합하는 것으로 세포의 면역학적 면역 반응을 조절, 예컨대, 유도, 향상 또는 억제한다. 일부 구현예에서, 조작된 세포에 의해 분비된 것과 같이, 제공된 분비가능한 면역조절 단백질은 그의 동족 결합 파트너를 억제 또는 반대하는 것과 같이, 억제한다.
일부 구현예에서, 정상 생리학적 조건 하에, T-세포-매개된 면역 반응은 T 세포 수용체(TCR)에 의한 항원 인지에 의해 시작되고, 공동자극 및 억제 신호(즉, 면역 체크포인트 단백질)의 균형에 의해 조절된다. 면역 시스템은 자가면역(즉, 자체내성)을 예방하고 예를 들어, 병소 감염에 대한 공격 동안 면역 반응 동안 과도한 손상으로부터 조직을 보호하기 위한 면역 체크포인트에 의존한다. 일부 경우에, 그러나, 이들 면역조절 단백질은 면역 시스템을 회피하기 위한 메커니즘으로서, 종양을 포함하는 질병 또는 상태에서 규제되지 않을 수 있다.
따라서, 일부 측면에서, T 세포 활성과 같은, 면역 세포 활성을 변경하는 면역치료는 면역 반응이 규제되지 않은 데에서 특정 질병 또는 상태를 치료할 수 있다. IS에서 상호작용을 조절하기 위해 노력하는 치료학적 접근은 동시에 다중 IS 타겟을 결합하기 위한 능력으로부터 및 시간적인(temporal) 서열 및 공간적인(spatial) 배열에 민감한 방법으로 이점일 것이다. 최근 치료학적 접근은 이러한 목표에 충분하지 않다. 야생형 수용체 및 리간드는 동족 결합 파트너를 위한 낮은 친화성을 보유하고, 이는 가용성 치료로서 그들의 용도를 불가능하게 할 수 있다. 추가로, 일부 측면에서, 가용성 수용체 및 항체는 한번에 단일 표적 단백질만을 전형적으로 결합하고/결합하거나 그들의 표적에(예컨대, 한번에 하나의 표적 종에만) 경쟁적으로 결합하고, 따라서, 다중 표적에 동시에 결합하기 위한 능력이 부족하다. 그리고, 이중 항원 결합 영역을 포함하는 모달리티 뿐만 아니라 이중특이성 항체가 하나 이상의 표적 분자에 동시에 결합할 수 있지만, 이러한 모달리티의 3차원 구조 전형은 그들의 시간적인 및 공간적인 요구에 일치하는 방법으로 IS에서 발생하는 주요 과정으로 그들을 개입시키는 것을 종종 방해한다.
필요한 것은 항체의 특이성 및 친화성을 가지나, IS에서 요구되는 크기, 부피 및 공간적인 배향 제한을 유지하는 치료용 분자의 완전히 새로운 분류이다. 또한, 그러한 치료제는 경쟁적으로뿐만 아니라 비경쟁적으로 그들의 표적에 결합하는 능력을 가질 것이다. 따라서, 이러한 특성을 지닌 분자는 IS에서 다중 단백질 복합체로 통합되고 원하는 결합 배열을 생성하여 생물 활성을 초래하는 능력에서 새로운 기능을 가질 것이다.
이를 위해, 신생 면역-종양 치료는 종양-유도된 T 세포 내성을 안전하게 파괴할 필요가 있다. 현재의 최첨단 면역 치료는 T 세포 이펙터 기능을 제한하는 것으로 알려진 B7/CD28 패밀리의 중추 억제 분자 인 PD-1 또는 CTLA4를 차단한다. 그러한 단일 표적에 대한 길항적 항체는 면역 시냅스 체크 포인트 신호 복합체를 파괴시키는 기능을 하는 반면, T 세포를 동시에 활성화시키는 것은 부족하다. 반대로, 이중특이적 항체 접근은 T 세포를 활성화시키지만, 유도된 신호를 조절하는 억제 리간드를 동시에 차단하는 것에는 미치지 못한다.
이러한 단점을 다루기 위해, 면역 세포 활성을 조절할 수 있는, 세포 치료와 같은, 면역치료가 제공된다. 일부 구현예에서, 제공된 면역치료는 T-세포 활성화 신호와 같은 면역 세포 신호를 향상 및/또는 일부 경우에, 동시에 발생할 수 있는, 억제 규제를 차단할 수 있다. 일부 구현예에서, 제공된 면역치료는 T-세포 활성화 및 억제 리간드의 차단 모두에서 이중 역할을 가지는 것으로 알려진 면역 시냅스의 면역글로불린 수퍼패밀리(IgSF) 구성과 관련 있다. 일부 측면에서, 그들 스스로 인간 면역 시스템 리간드와 같은 면역 시스템 리간드로부터 조작된 IgSF 기반-세포 치료는 면역 시냅스의 주요 경로 내로 정상적으로 조립하고 항체 또는 차세대 이중특이적 시약이 할 수 없는 방법으로 정상 상호작용 및 조절 기능을 유지하기 위한 그들의 능력을 보유할 수 있는 가능성이 높다. 이는 그들이 면역 시냅스의 천연 구성이 아닌 사실로부터와 마찬가지로 항체의 상대적으로 큰 크기 때문이다. 인간 면역 시스템 리간드와 그러한 리간드의 친화성-변형된 변이체를 발현하기 위해 조작된 세포의 이러한 고유한 특성은 새로운 수준의 면역요법 효능 및 안전성을 제공할 것을 약속한다. 특별한 측면에서, 제공된 조작된 세포는 다양한 종양학 및 면역학적 징후의 치료에서 그들의 동족 면역 수용체 중 하나 이상에 가변 친화성으로 결합하는 면역치료 생물제제를 생성하기 위해 친화성-변형된 네이티브 면역 리간드를 사용하여 분비가능한 면역조절 플랫폼을 제공한다.
본 명세서에 언급된 특허, 특허 출원 과학 논문 및 데이터베이스를 포함하는 모든 간행물은 특허, 특허 출원, 과학 기사 또는 특허를 포함하는 각각의 개별 간행물이 동일한 정도로 모든 목적을 위해 그 전체가 본 명세서에 통합된다. 데이터베이스는 구체적으로 및 개별적으로 참조로 포함되도록 지시되었다. 본원에 기재된 정의가 본원에 참고로 인용된 특허, 출원, 공개된 출원 및 기타 간행물에 기재된 정의와 상반되거나 그렇지 않으면 불일치하는 경우, 본원에 기재된 정의는 본원에 참고로 인용된 정의에 우선한다.
본원에 사용된 섹션 제목은 오직 조직적 목적을 위한 것이지, 서술된 주제를 한정하기 위해 구성되기 위한 것이 아니다.
I. 정의
다르게 정의되지 않는 한, 기술, 표기법 및 다른 기술적 및 과학적 용어 또는 본 명세서에서 사용되는 전문용어의 모든 용어는 통상적으로 청구된 주제가 속하는 기술분야의 통상의 지식을 가진 자에 의해 이해되는 것과 같은 의미로 사용된다. 일부 예시에서, 통상적으로 이해되는 의미의 용어들은 본 명세서에서 명료성 및/또는 참고문헌을 위해 정의되고, 및 본 명세서의 상기 정의의 포함은 해당 기술분야에서 일반적으로 이해되는 것 이상의 실질적인 차이를 나타내는 것으로 이해되는 것은 필수적이지 않다.
본 명세서에서 사용되는 용어들은 특정 사례에 의해 다르게 제한되지 않는 한 다음과 같이 정의된다. 다르게 정의되지 않는 한, 본 명세서에서 사용되는 모든 기술적 및 과학적 용어, 두문자어, 및 축약어는 발명이 속하는 기술분야의 통상의 지식을 가진 자에 의해 이해되는 것과 같은 의미로 사용된다. 다르게 나타내지 않는 한, 축약어 및 화학 기호 및 생화학적 이름은 IUPAC-IUB 명명법을 따른다. 다르게 나타내지 않는 한, 모든 수치 범위는 범위를 정의하는 값에 더하여 그 사이의 모든 정수 값을 포함한다.
명세서 및 첨부된 청구범위에서 사용된 것과 같이, 단수형 "a", "an" 및 "the"는 문맥상 명확히 다르게 나타내지 않는 한 복수형을 포함한다.
용어 "친화성-변형된"은 면역글로불린 수퍼패밀리 도메인의 문맥에서 사용되는데, 변형된 아미노산 서열(관련된 야생형 부모 또는 변형되지 않은 IgSF 도메인과 비교하여)을 포함하는 포유류 면역글로불린 수퍼패밀리(IgSF) 도메인을 의미하며, 이는 부모 야생형 또는 변형되지 않은(예컨대, 비-친화성 변형) IgSF 대조군 도메인과 비교하여 적어도 하나의 관련있는 결합 파트너에 대한 증가되거나 감소된 결합 친화성 또는 결합활성(대안적으로 "반대-구조")을 갖는다. 일부 구현예에서, 친화성-변형된 IgSF 도메인은 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 도메인에서 아미노산 치환과 같이 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30 이상의 아미노산 차이를 가질 수 있다. 결합 친화성 또는 결합 활성의 증가 또는 감소는 유세포 분석법과 같이 잘 알려진 결합 분석방법을 사용하여 결정될 수 있다. Larsen et al., American Journal of Transplantation, Vol 5: 443-453 (2005), 또는 Linsley et al., Immunity, 1: 7930801(1994)을 참고하라. 동족 결합 파트너(들)에 대한 단백질의 결합 친화성 또는 결합 활성의 증가는 야생형 IgSF 도메인 대조군 값 보다 적어도 10% 초과의 값을 가지며, 일부 구현예에서, 야생형 IgSF 도메인 대조군 값 보다 적어도 20%, 30%, 40%, 50%, 100%, 200%, 300%, 500%, 1000%, 5000%, 또는 10000% 초과의 값을 가진다. 동족 결합 파트너(들)에 대한 단백질의 결합 친화성 또는 결합 활성의 감소는 야생형 IgSF 도메인 대조군 값의 10% 이상이나 90% 이하의 값을 가지며, 일부 구현예에서, 야생형 IgSF 도메인 대조군 값의 10% 이상이나 80%, 70% 60%, 50%, 40%, 30%, 또는 20% 이하의 값을 가진다. 친화성-변형된 단백질은 1차 아미노산 서열에서 아미노산 잔기의 치환, 삽입 또는 결실에 의해 변경된다. 용어 "친화성-변형된 IgSF 도메인"은 친화성-변형된 IgSF 도메인이 제작된 임의의 특정한 시작 구성 또는 방법을 위한 임의의 조건을 포함하는 것으로 해석되지 않는다. 따라서, 본 발명의 친화성-변형된 IgSF 도메인들은 친화성 변형에 대한 임의의 특정 과정을 통해 친화성-변형된 IgSF 도메인으로 변형된 야생형 IgSF 도메인에 제한되지 않는다. 친화성-변형된 IgSF 도메인 폴리펩타이드는, 예를 들어, 야생형 포유류 IgSF 도메인 서열 정보로부터 제작될 수 있으며, 동족 결합 파트너에 결합하기 위해 인실리코에서 모델링되고, 결국 친화성-변형된 IgSF 도메인 구성을 형성하기 위해 재조합적 또는 화학적으로 합성될 수 있다. 하나의 대체적인 예시로서, 친화성-변형된 IgSF 도메인은 야생형 IgSF 도메인의 부위-특이적 돌연변이로 생성될 수 있다. 따라서, 친화성 변형된 IgSF 도메인은 제품을 나타내며, 임의의 제공된 과정을 통해 생산된 제품일 필요는 없다. 재조합 방법, 화학적 합성 또는 이의 조합을 포함한 기술의 다양성은 사용될 수 있다.
용어 "동종"은 본 명세서에서 한 유기체에서 제거되어 같은 종의 유전적으로 비슷하지 않은 유기체로 주입 또는 입양된 세포 또는 조직을 의미하는 것으로 사용된다.
용어 "자가유래"는 본 명세서에서 한 유기체에서 제거되어 같은 종의 유전적으로 비슷하지 않은 유기체로 주입 또는 입양된 세포 또는 조직을 의미하는 것으로 사용된다. 자가유래 세포 또는 조직은 재조합 DNA 방법에 의해 변경될 수 있는데, 예를 들어, 더 이상 유기체에서 제거된 네이티브 세포 또는 네이티브 조직과 유전적으로 동일하지 않다. 예를 들어, 네이티브 자가유래 T-세포는 재조합 DNA 기술에 의해 유전적으로 면역조절 단백질(조작된 세포에서 분비되는 것일 수 있다) 및/또는 키메릭 항원 수용체(CAR)를 발현하는 자가유래의 조작된 세포, 일부 예시에서 T-세포 또는 TIL(종양 침윤성 림프구) 조작을 포함하는 세포로 조작될 수 있다. 그 후 분리된 네이티브 T-세포 유래의 조작된 세포는 환자에게 주입될 수 있다. 일부 구현예에서, 유기체는 인간 또는 쥐과일 수 있다.
용어 "결합 친화성" 및 "결합 활성"은 본 명세서에서 동족 결합 파트너(예컨대, 이의 반대-구조)에 대한 단백질의 특정한 결합 조건에서 특정한 결합 친화성 내지 특정한 결합 활성을 각각 의미하는 것으로 사용된다. 생화학적 동역학 활성은 IgSF 도메인 및 이의 동족 결합 파트너(예컨대, 이의 반대-구조)와 같은 개별적인 비-공유결합 인력의 다중 친화성의 밀집된 힘을 나타낸다. 그와 같이, 결합 활성은 단일 상호작용의 힘인 친화성와 구분된다. 친화성-변형된 IgSF 도메인이 동족 결합 파트너에 대한 결합 친화성의 증가 또는 감소는 변형되지 않은 IgSF 도메인(예컨대, 네이티브 또는 야생형 IgSF 도메인)의 결합 친화성에 대응하여 결정된다. 결합 친화성 또는 활성을 결정하는 방법은 해당 기술분야에 알려져 있다. 예를 들어, Larsen et al., American Journal of Transplantation, vol. 5: 443-453 (2005)을 참고하라. 용어 "세포 표면 반대-구조(대안적으로 "관련된 세포 표면 결합 파트너")는 본 명세서에서 포유류 세포에서 발현되는 반대 구조(대안적으로 동족 결합 파트너)를 의미하는 것으로 사용된다. 전형적으로, 세포 표면 관련 결합 파트너는 막관통 단백질이다. 일부 구현예에서, 세포 표면 관련 결합 파트너는 수용체이다.
용어 "키메릭 항원 수용체" 또는 "CAR"은 본 명세서에서 포유류 세포에서 발현되는 적어도 엑토도메인, 막관통 또는 엔도도메인을 포함하는 인공적인(예컨대, 인간이 만든) 막관통 단백질을 나타내는 것을 의미하는 것으로 사용된다. 선택적으로, CAR 단백질은 공유결합적으로 엑토도메인을 막관통 도메인에 연결하는 "스페이서"를 포함한다. 스페이서는 보통 엑토도메인을 펩타이드 결합을 통해 막관통 도메인에 연결하는 폴리펩타이드이다. CAR은 전형적으로 포유류의 림프구에서 발현된다. 일부 구현예에서, CAR은 T 세포 또는 종양 침윤 림프구(TIL)과 같은 포유류 세포에서 발현된다. T 세포에서 발현되는 CAR은 본 명세서에서 CAR T 세포 또는 "CAR-T"로 나타낸다. 일부 구현예에서, CAR-T 는 T 도움 세포, 독성 T 세포, 자연 살해 T 세포, 기억 T 세포, 조절 T 세포 또는 감마 델타 T 세포이다. 입양 세포 전이 등에서 임상적으로 사용될 때에는, 환자의 종양에 대한 항원 결합 특이성을 가진 CAR은 전형적으로 환자로부터 수득한 네이티브 림프구에서 발현되도록 조작된다. CAR을 발현하는 조작된 림프구는 환자에게 다시 주입된다. 따라서 림프구는 동종이계 T 세포들이 발명의 범위에 포함됨에도 불구하고 종종 자가유래의 T 세포일 수 있다. CAR의 엑토도메인은 종양 특이적 항원과 같은 항원에 생리적인 조건에서 특이적으로 결합하는 항체 또는 이의 항원 결합 단편(예컨대, scFv)와 같은 항원 결합 영역을 포함한다. 현상(예컨대, 신호 전달)의 생화학적 사슬의 특이적인 결합은 CAR을 발현하는 세포의 면역학적 활성 조절을 야기한다. 따라서, 예를 들어, CAR-T의 항원 결합 영역의 이의 항원에 대한 특이적인 결합에 따라 세포독성, 증식 또는 사이토카인 생산의 변화로 나타나는 T 세포 활성의 면역학적 활성의 변화를 야기할 수 있다. CAR 활성에 따른 신호 전달은 일부 구현예에서 네이티브 포유류 T 세포의 신호 전달에 관여하는 CD3-제타 사슬(CD3-z)에 의해 얻어진다. CAR는 T 세포의 면역 제어 반응을 더욱 조절하기 위해 CD28, ICOS, 41BB 또는 OX40 과 같은 다중 신호 도메인을 더 포함할 수 있다. CD3-z는 T 세포 수용체 신호 전달에 관여하는 티로신-기반 면역수용체 활성화 모티프(ITAM)으로 알려진 보존된 모티프를 포함한다.
용어 "동족 결합 파트너" 또는 "반대-구조"는 IgSF 도메인 또는 친화성-변형된 IgSF 도메인과 같은 단백질을 의미하는데, 적어도 하나의 분자(전형적으로 네이티브 포유류 단백질)로서 특이적인 결합 환경에서 특이적으로 결합하는 단백질을 의미한다. 일부 측면에서, 친화성-변형된 IgSF 도메인은 대응하는 네이티브 또는 야생형 IgSF 도메인의 동족 결합 파트너에 증가 또는 유도된 친화성을 가지고 특이적으로 결합한다. 인식되고, 특이적인 결합 조건에서 특이적으로 이의 관련된 수용체에 결합하는 리간드의 종류는 반대-구조 또는 상기 수용체의 동족 결합 파트너의 예시이다. 네이티브 리간드를 인식하고 특이적인 결합 조건에서 특이적으로 결합하는 수용체는 상기 리간드의 동족 결합 파트너의 예시이다. 차례로, 네이티브 리간드는 수용체의 동족 결합 파트너이다. 예를 들어, ICOSL은 CD28 및 ICOS에 특이적으로 결합하기 때문에 상기 단백질들은 ICOSL의 동족 결합 파트너들이다. 다른 예시로, 종양 특이적 항원 및 특이적으로 결합하는 친화성-변형된 IgSF 도메인은 서로의 동족 결합 파트너이다. 본 발명에서 "세포 표면 분자 종류"는 면역 세포와 같은 면역학적 시냅스를 형성하는 포유류 세포 등의 세포에서 발현되는 면역학적 시냅스(IS)의 리간드의 동족 결합 파트너이다.
용어 "경쟁적 결합"은 본 명세서에서 적어도 두개의 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합하는 것이 가능한 반면, 하나의 동족 결합 파트너의 특이적인 결합은 제2 동족 결합 파트너의 동시 결합을 억제, 방해 내지 못하게 하는 단백질을 의미하는 것으로 사용된다. 따라서, 일부 예시에서는, 단백질이 두가지 동족 결합 파트너에 동시에 결합하는 것은 가능하지 않다. 일반적으로, 경쟁적 결합자들은 동일하거나 겹치는 결합 부위를 포함할 수 있으나 필수적이지는 않다. 일부 구현예에서, 경쟁적 결합은 단백질의 제2 동족 결합 파트너의 특이적인 결합으로 인한 이의 동족 결합 파트너 중 하나에게의 특이적인 결합의 측정가능한 억제(부분적 또는 전체적)를 일으킨다. ELISA(효소 결합 면역흡착 분석) 또는 포르테-바이오 옥텟 실험 시스템과 같이 경쟁적 결합을 정량화하는 다양한 방법은 알려져 있다.
용어 "보존적 아미노산 치환"은 본 명세서에서 아미노산 잔기가 화학적 특징(예컨대, 전하 또는 소수성)이 유사한 R 곁사슬을 가진 다른 아미노산 잔기로 치환되는 아미노산 치환을 의미하는 것으로 사용된다. 비슷한 화학적 특징을 가지는 곁사실을 가진 아미노산 그룹의 예시로, 1) 지방족 곁사슬: 글라이신, 알라닌, 발린, 류신, 및 아이소류신; 2) 지방족-수산기 곁사슬: 세린 및 트레오닌; 3) 아미드-포함 곁사슬: 아스파르긴 및 글루타민; 4) 방향족 곁사슬: 페닐알라닌, 티로신 및 트립토판; 5) 염기 곁사슬: 리신, 아르기닌 및 히스티딘; 6) 산 곁사슬: 아스파르트산 및 글루탐산; 및 7) 황-포함 곁사슬: 시스테인 및 메티오닌. 보존적 아미노산 그룹: 발린-류신-아이소류신, 페닐알라닌-티로신, 리신-아르기닌, 알라닌-발린, 글루타민산-아스파르트산 및 아스파라긴-글루타민.
개시된 서열 목록의 뉴클레오타이드 또는 아미노산 위치에 "상응하는" 뉴클레오타이드 또는 아미노산 위치에 대한 설명과 같은 단백질 위치와 관련된 "상응하는" 이란 용어는, 정렬 또는 GAP 알고리즘과 같은 표준 정렬 알고리즘을 사용하여 분석된 뉴클레오타이드 또는 아미노산 위치를 위미한다. 서열을 정렬시킴으로써, 당업자는 예를 들어, 보존 및 동일한 아미노산 잔기를 가이드로서 사용하여 상응하는 잔기를 확인할 수 있다.
용어 "사이토카인"은 예를 들어, 인터루킨, 인터페론(IFN), 케모카인, 조혈성장인자, 종양 괴사 인자(TNF) 및 종양 증식 인자를 포함하나 이에 한정되지 않는다. 일반적으로, 이들은 면역 시스템의 세포의 성숙, 활성, 증식 및 분화를 조절하는 저분자량 단백질들이다.
용어 "유도체" 또는 "유도된"은 직접 또는 간접적으로 공유적 결합으로 인한 면역조절 단백질의 변형을 의미하며, 이는 치료적 효능을 유지 또는 증강시키는 동안의 반감기, 생물학적 이용가능성, 면역원성, 용해도, 독성, 역가, 또는 효과와 같은 특징을 의미한다. 유도체들은 당화, 페길화, 지질화 또는 Fc-융합으로 만들어질 수 있다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 유도되지 않는다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 Fc 도메인과 같은 반감기 연장 모이어티에 융합하지 않는다.
본 명세서에서 사용되는 "도메인"(전형적으로 셋 이상의, 일반적으로 10 에서 200과 같은 5 또는 7 또는 그 이상의 아미노산 잔기 서열)은 단백질 또는 암호화 핵산과 같은 분자의 구조적 및/또는 기능적으로 다른 분자의 부위와 구별되고 인식가능한 부위를 의미한다. 예를 들어, 도메인은 하나 또는 그 이상의 구조적 모티프로 구성되거나 및/또는 결합 활성과 같이 기능적 활성으로 인해 인식되는 단백질의 내부에 독립적으로 접힌 구조의 폴리펩타이드 사슬 부위를 포함한다. 단백질은 하나 또는 그 이상의 구별되는 도메인을 가질 수 있다. 예를 들어, 도메인은 모티프의 상동과 같이 관련된 패밀리 구성의 1차 서열 또는 구조의 상동으로 인해 인식, 정의 또는 구별될 수 있다. 다른 예시로, 도메인은 이의 동족 결합 파트너와 같은 생체분자와의 상호작용과 같은 기능으로 구별될 수 있다. 도메인은 독립적으로 생물학적 기능 또는 활성을 나타낼 수 있는데, 도메인이 독립적 또는 다른 분자에 융합하여 결합과 같은 활성을 나타낸다. 도메인은 아미노산의 선형 서열 또는 비-선형 서열일 수 있다. 다수의 폴리펩타이드는 복수의 도메인을 포함한다. 상기 도메인들은 알려져 있으며, 해당 기술분야의 통상의 기술로 인식될 수 있다. 본 명세서의 예시로, 정의는 제공되었지만, 특정 도메인을 명칭으로 인식하는 것은 해당 기술분야의 통상의 기술 범위내에서 이해된다. 필요한 경우 도메인을 인식하기 위하여 적절한 소프트웨어를 사용할 수 있다. IgSF 도메인의 도메인 구조를 설명하기 위해 서열번호로 나타나는 특정 서열을 포함한 아미노산에 대한 언급은 설명하기 위한 목적을 의미하며, 제공된 구현예의 범위에 제한하는 것을 의미하는 것은 아닌 것으로 이해된다. 폴리펩타이드 및 이의 도메인에 대한 설명은 이론적으로 유사한 분자에 대한 동일한 분석 및 정렬에 기초한 것으로 이해된다. 따라서, 정확한 위치는 다양할 수 있으며, 각 단백질에 대하여 동일할 필요는 없다. 이런 이유로, 특이적 IgV 도메인 또는 IgC 도메인과 같은 특이적 IgSF 도메인은 길거나 짧은 다수의 아미노산(1, 2, 3 또는 4)일 수 있다.
용어 "엑토도메인', "세포외 도메인', 또는 "ECD"는 본 명세서에서 소포성 막(예컨대, 세포의 외부공간)의 바깥에 존재하는 막관통 단백질과 같은 막 단백질의 영역을 의미하는 것으로 사용된다. 엑토도메인은 종종 특정 리간드 또는 특정 세포 표면 수용체와 특정 리간드 또는 특정 세포 표면 수용체에 특이적으로 결합하는 결합 도메인을 통하여 상호작용한다.
용어 "유효한 양" 또는 "치료적으로 유효한 양"은 양 및 또는 발명의 치료적 구성의 농도를 의미하는데, 예를 들어, 증상 및/또는 질병의 원인을 개선 또는 제거함으로써 통계적으로 뚜렷한 질병 진행의 억제를 형성하는, 생체 외(환자 유래 세포와의 접촉) 또는 생체 내(환자에게 입양 전달과 같은 투여) 단독으로 또는 추가적인 치료제와 혼합하여 투여되는 경우 구성을 포함하는 조작된 세포일 수 있다. 면역 시스템 질병 또는 장애를 치료하기 위한 유효한 양은 적어도 하나의 증상 또는 생물학적 반응 또는 질병 또는 장애와 관련된 효과의 진정, 감소 또는 완화시키는 양일 수 있는데, 질병 또는 장애의 진행을 억제하거나 환자의 물리적 기능을 증강시킨다. 세포 치료의 경우에, 유효한 양은 환자에 투여되는 세포의 유효한 양 또는 수이다. 일부 구현예에서, 환자는 인간 환자이다.
용어 "엔도도메인"은 본 명세서에서 세포 표면 막으로 구분되는 내부 공간으로 확장된 막관통 단백질과 같은 일부 막 단백질의 영역을 의미하는 것으로 사용된다. 포유류 세포에서, 구현예는 막 단백질의 세포질 영역이다. 세포에서, 엔도도메인은 세포내 성분들과 상호작용하며, 신호 전달에 참여할 수 있으며, 일부 상황에서는, 세포내 신호전달 도메인이 될 수 있다. 세포성 막관통 단백질의 엔도도메인은 대안적으로 일부 예시에서, 세포질 신호전달 도메인이 될 수 있는 세포질 도메인을 의미할 수 있다.
용어 "향상된" 또는 "증가된"은 본 명세서에서 문맥상 포유류 림프구의 면역 활성의 증가에서 하나 또는 그 이상의 림프구 활성이 증가하는 것을 의미하는 것으로 사용된다. 통계적으로 중요한 양으로 증가된 활성은 세포 생존, 세포 증식, 사이토카인 생산 또는 T 세포 독성 중에서 하나 또는 그 이상일 수 있다. 일부 구현예에서, 증가된 면역 활성은 통계적으로 중요한 양으로 인터페론 감마(IFN-감마) 생산의 증가를 의미한다. 림프구의 활성을 측정하는 방법은 본 명세서에서 기재하고 있는 분석을 포함하여 해당 기술분야에 알려져 있다. 일부 구현예에서, 증강은 비처리 대조군 값에 비하여 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 75%, 100%, 200%, 300%, 400%, 또는 500% 증가할 수 있다.
용어 "조작된 세포"는 본 명세서에서 재조합 DNA 방법 또는 바이러스성 형질도입과 같이 인간의 개입으로 유전적으로 변형된 포유류 세포를 의미하는 것으로 사용된다. 일부 구현예에서, 조작된 세포는 림프구(예컨대, T 세포, B 세포, NK 세포) 또는 항원제시세포(예컨대, 수지상 세포)와 같은 면역세포이다. 세포는 환자 또는 세포 라인에서 수득한 1차 세포일 수 있다. 일부 구현예에서, 조작된 세포는 본 명세서에서 기재하고 있는 면역조절 단백질을 발현 및 분비할 수 있다. 일부 구현예에서, 조작된 세포는 조직된 T 세포 수용체(TCR) 또는 키메릭 항원 수용체(CAR)를 더 발현 또는 포함할 수 있다.
용어 "조작된 T-세포"는 본 명세서에서 T 도움 세포, 독성 T 세포(대안적으로, 독성 T 림프구 또는 CTL), 자연 살해 T 세포, 조절 T 세포, 기억 T 세포, 또는 감마 델타 T 세포와 같은 재조합 DNA 방법과 같이 인간의 개입으로 변형된 T 세포를 의미하는 것으로 사용된다. 일부 구현예에서, 조작된 T 세포는 본 명세서에서 기재하고 있는 면역조절 단백질을 발현 및 분비할 수 있다.
용어 "조작된 T-세포 수용체" 또는 "조작된 TCR"은 선택, 복제, 및/또는 추후 T 세포의 집합으로 도입될 주요 조직적합성복합체(MHC)/펩타이드 표적 항원에 대하여 원하는 친화성를 가져 특이적으로 결합하도록 조작된 T 세포 수용체(TCR)을 의미하며, 이는 종종 입양 면역치료법에 사용된다. 조작된 TCR과 반대로, CAR은 MHC와 독립적으로 타켓 항원에 결합한다.
세포에 "발현되는" 단백질은 본 명세서에서 세포에 의해 발현되고, 세포의 표면에 나타나는 단백질의 적어도 한 부위인 단백질을 의미하는 것으로 사용된다. 막관통 단백질 또는 세포 표면 수용체와 같은 단백질은 세포의 표면에 발현된다. 일부 구현예에서, 단백질은 약물 또는 검출가능한 표지와 같은 작은 분자 부분에 융합된다.
용어 "반감기 연장 모이어티"는 모이어티에 결합하지 않은 단백질의 반감기와 비교하여 폴리펩타이드 융합의 부위 또는 포유류 혈청을 순환하는 단백질 반감기의 연장인 화학적 결합을 의미한다. 일부 구현예에서, 반감기는 약 1.2배, 1.5배, 2.0배, 3.0배, 4.0배, 5.0배 또는 6.0배 크거나 이보다 클 수 있다. 일부 구현예에서, 반감기 연장 모이어티가 없는 단백질과 비교하여 반감기는 체내에서 투여된 후에 6시간, 12시간, 24시간, 48시간, 72시간, 96시간 또는 1주일 이상 연장될 수 있다. 반감기는 단백질에게 이의 농도, 양 또는 활성의 반을 잃는데 필요한 시간의 양을 의미한다. 반감기는, 예를 들어, ELISA 분석 또는 활성 분석을 통해 측정될 수 있다. 반감기 연장 모이어티의 예시에는 Fc 도메인, 다량화 도메인, 폴리에틸렌 글라이콜(PEG), 하이드록시에틸 전분(HES), XTEN(연장된 재조합 단백질; WO2013130683 참고), 인간 혈청 알부민(HSA), 소 혈청 알부민(BSA), 지방(아실화), 및 폴리-프롤린-알라닌-세린(PAS), 및 폴리글루탐산(글루타밀화)를 포함한다.
용어 "숙주 세포"는 재조합 발현 벡터로 암호화되는 단백질 발현에 사용될 수 있는 임의의 세포를 의미한다. 숙주세포는 대장균과 같은 원핵세포, 단일 진핵세포(예컨대, 효모 또는 다른 곰팡이)와 같은 진핵세포, 식물 세포(예컨대, 담배 또는 토마토 식물 세포), 동물 세포(예컨대, 인간 세포, 원숭이 세포, 햄스터 세포, 래트 세포, 마우스 세포, 또는 곤충 세포) 또는 융합세포일 수 있다. 숙주 세포의 예시에는 중국 햄스터 난소(CHO) 세포 또는 채식주의 CHO 및 무혈청 배지 또는 CHO 계열 DX-B11에서 자란 관련된 세포 라인과 같은 다른 유도체를 포함하며, 이는 DHFR에서 결핍되어 있다.
용어 "면역학적 시냅스" 또는 "면역 시냅스" (간략하게 "IS")는 본 명세서에서 항원제시세포 또는 종양세포와 같이 MHC I(주요 조직적합성 복합체) 또는 MHC II를 발현하는 포유류 세포 및 작동 T 세포 또는 자연 살해(NK) 세포와 같은 포유류 림프구 사이의 접속을 의미하는 것으로 사용된다.
용어 "면역글로불린"(줄여서 "Ig")은 본 명세서에서 용어 "항체"(줄여서 "Ab")와 동의어로 사용되며, 다음 5개의 인간 분류 중 임의의 포유류 면역글로불린 단백질을 포함하는 의미로 사용될 수 있다: IgA(하위분류로 IgA1 및 IgA2 포함), IgD, IgE, IgG (하위분류로 IgG1, IgG2, IgG3, 및 IgG4 포함) 및 IgM. 용어는 또한 전체적 또는 부분적으로 합성(예컨대, 재조합 또는 화학적 합성)되거나 자연적으로 생산된 항원 결합 단편(Fab), VH 및 VL을 포함하는 가변 단편(Fv), 하나의 사슬로 연결된 VH 및 VL을 포함하는 단일 사슬 가변 단편(scFv), Fab′, F(ab)2, F(ab′)2, dsFv 이중체, Fc, 및 Fd 폴리펩타이드 단편과 같은 다른 항체 V 영역 단편과 같은 전장보다 짧은 면역글로불린을 포함하는 의미이다. 2중특이적 항체, 동종 2중특이적 항체, 이종 2중특이적 항체들은 상기 용어의 의미에 포함된다.
면역글로불린 분자(Fc 폴리펩타이드라고도 불림)의 Fc(구체화할 수 있는 단편) 영역 또는 도메인은 면역글로불린의 중쇄의 불변 영역과 크게 대응하고, 항체의 작동 기능을 포함하는 다양한 기능의 원인이 된다. 면역글로불린 Fc 융합("Fc-융합")은 면역글로불린의 Fc 영역에 하나 또는 그 이상의 폴리펩타이드(또는 작은 분자)가 사용 가능하게 연결된 분자이다. Fc-융합은, 예를 들어, 항체의 Fc 영역(일부 예시에서, 작동 기능 및 약물동력을 촉진시킬 수 있는) 및 야생형 또는 친화성-변형된 면역글로불린 수퍼패밀리 도메인(IgSF) 또는 다른 단백질 또는 이의 단편의 SF 도메인을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, Fc는 작동 기능을 촉진하는 활성이 감소(예컨대, 적어도 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% 또는 그 이상보다 큰 감소)되어 나타나는 변종 Fc이다. IgSF 도메인은 동족 결합 파트너(항원에 대한 항체의 가변 영역과 비슷한 항체)의 인식을 매개한다. 다양한 연결들은 해당 기술분야에서 알려져 있으며, Fc-융합을 제조하기 위해 Fc를 융합 파트너에 연결하는데에 사용될 수 있다. Fc-융합 단백질은 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인에 공유결합적으로 직접적 또는 간접적으로 연결된 면역글로불린 Fc 영역을 포함할 수 있다. 동일한 종류의 Fc-융합은 Fc-융합 동종이량체를 형성하기 위해, 또는 비-동일한 종류의 경우 Fc-융합 이종이량체를 형성하기 위해 이량체화될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 Fc 도메인 또는 이의 임의의 부위에 융합될 수 없다.
용어 "면역글로불린 수퍼패밀리" 또는 "IgSF"는 본 명세서에서 세포의 인식, 결합 또는 부착 단계를 포함하는 세포 표면 및 가용성 단백질 그룹을 의미하는 것으로 사용된다. 분자들은 면역글로불린(예컨대, 항체)들과 공유된 구조적 특징에 기초하여 이의 수퍼패밀리의 구성원으로 분류되는데; 그들은 면역글로불린 도메인 또는 접힘으로 알려진 도메인을 포함한다. IgSF의 구성원들은 림프구에의 항원 제시, 세포 부착 분자, 특정 사이토카인 수용체 및 세포내 근육 단백질에 포함되는 면역 시스템의 세포 표면 항원 수용체, 공동수용체 및 공동자극 분자를 포함한다. 그들은 보통 면역 시스템과 관련되어 있다. 면역학적 시냅스의 단백질들들은 보통 IgSF의 구성원이다. IgSF는 기능과 같은 공유된 특징에 기초하여 "서브패밀리"로 분류될 수 있다. 상기 서브패밀리는 전형적으로 4 에서 30의 IgSF 구성원으로 구성되어 있다.
용어 "IgSF 도메인" 또는 "면역글로불린 도메인" 또는 "Ig 도메인"은 본 명세서에서 IgSF 단백질의 도메인의 구조를 의미하는 것으로 사용된다. Ig 도메인은 면역글로불린 분자에 따라 불린다. 그들은 약 70~100개의 아미노산을 포함하고, 그들의 크기 및 기능에 따라 분류된다. Ig 도메인은 특유의 Ig-접힘을 포함하는데, 이는 역평행한 베타 가닥의 두 시트로 이루어진 샌드위치-유사 구조이다. 샌드위치의 안쪽 면의 소수성 아미노산과 강하게 보존된 B 및 F 가닥의 시스테인 잔기 사이의 이황화 결합 사이의 상호작용은 Ig-접힘을 안정화시킨다. Ig 도메인의 한쪽 끝은 상보결정영역으로 불리는 부위를 가지는데, 이는 그들의 리간드를 위한 항체의 특이성에서 중요하다. Ig 유사 도메인은 다음과 같이 분류(강으로)될 수 있다: IgV, IgC1, IgC2 또는 IgI. 대부분의 Ig 도메인들은 가변(IgV) 또는 불변(IgC) 중 하나이다. 9개의 베타 가닥을 가진 IgV 도메인은 일반적으로 7개의 베타 가닥을 가진 IgC 도메인보다 길다. IgSF의 일부 구성원의 Ig 도메인은 IgV 도메인과 아미노산 서열에서 비슷한 반면, IgC 도메인과는 크기가 비슷하다. 이들은 IgC2 도메인으로 불리는데, 표준 IgC 도메인은 IgC1 도메인으로 불린다. T-세포 수용체(TCR) 사슬은 세포외 부분에 두 Ig 도메인을 포함한다; 한 IgV 도메인은 N-말단에 위치하며, 한 IgC1 도메인은 세포 막에 인접해있다.
용어 "IgSF 종류"는 본 명세서에서 동일하거나 실질적으로 1차 아미노산 서열과 동일한 IgSF 구성원 단백질의 총체를 의미하는 것으로 사용된다. 각 포유류 면역글로불린 수퍼패밀리(IgSF) 구성원은 IgSF 구성원에 포함된 모든 IgSF 종류의 독특한 동일성을 결정한다. 따라서, 각 IgSF 과 구성원은 다른 IgSF 과 구성원에 비하여 독특하고, 결과적으로 각 특정 IgSF 과 구성원의 종류들은 다른 IgSF 과 구성원의 종류에 비하여 독특하다. 그럼에도 불구하고, 같은 IgSF 종류 분자의 다양성은 당화, 인산화, 유비퀴틴화, 니트로실화, 메틸화, 아세틸화 및 지질화와 같은 번역 후 변형의 차이점으로 발생할 수 있다. 추가적으로, 단일 IgSF 종류 내 다른 변형을 구성하는 것으로 여겨지는 단일 IgSF 종류 내의 사소한 서열 차이점은, 예를 들어 단백질 분해성 절단에 기인한 IgSF 종의 야생형 절단 타입과 마찬가지로, 유전자 다형성 때문이다. "세포 표면 IgSF 종류"는 세포, 일반적으로 포유류 세포의 표면에 발현되는 IgSF 종류이다.
포유류 림프구와 관련하여 용어 "면역학적 활성"은 본 명세서에서 하나 또는 그 이상의 세포 생존, 세포 증식, 사이토카인 생산(예를 들어, 인터페론-감마) 또는 T- 세포 세포독성 활성을 의미하는 것으로 사용된다. 면역조절 단백질의 활성을 측정하는 것을 포함하여, 항원 자극에 따라 T 세포를 확장하는 능력, 재자극의 부재시 T 세포 확장을 유지하는 능력 및 적절한 동물 모델에서의 항암 활성 등의 조작된 세포의 면역학적 활성을 분석하는 방법은 해당 기술분야에 공지되어 있으나 이에 한정되지 않는다. 분석은 또한 표준 51Cr-방출 분석(Milone et al., (2009) Molecular Therapy 17:1453-1464 참고) 또는 흐름 기반 세포독성 분석, 또는 임피던스 기반 세포독성 분석 (Peper et al. (2014) Journal of Immunological Methods, 405:192-198)을 포함하여 세포독성을 평가하기 위한 분석도 포함한다. 조작된 세포의 면역학적 활성을 평가하기 위한 분석은 비-조작 세포 또는 공지된 활성을 갖는 하나 또는 그 이상의 다른 조작된 재조합 수용체(예를 들어, 항원 수용체)를 포함하는 세포와 비교될 수 있다.
"면역조절 단백질" 또는 "면역조절 폴리펩타이드"는 면역학적 활성을 조절하는 단백질이다. "조절" 또는 면역 반응을 "조절하는"것은 면역학적 활성의 강화 또는 억제를 의미한다. 면역조절 단백질은, 예를 들어, 사슬 간 이황화 결합과 같이 공유결합적으로 서로 연결된 적어도 2 개 이상의 폴리펩타이드 사슬의 단일 폴리펩타이드 사슬 또는 다량체(이량체 또는 고차 다량체)일 수 있다. 따라서, 단량체, 이량체 및 고차 다량체 단백질은 정의된 용어의 범위 내에 있다. 다량체 단백질은 동종다량체(동일한 폴리펩타이드 사슬) 또는 이종다량체(다른 폴리펩타이드 사슬)이 될 수 있다. 분비가능한 면역조절 단백질은 면역조절 단백질의 한 타입이다.
용어 "증가"는 본 명세서에서 통계적으로 유의한 양만큼 증가하는 것을 의미하는 것으로 사용된다. 증가는 0이 아닌 대조군 값보다 적어도 5%, 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 75%, 100% 이상일 수 있다.
용어 "림프구"는 본 명세서에서 포유류 면역 시스템에서 백혈구의 임의의 세 가지 아형을 의미하는 것으로 사용된다. 여기에는 자연 살해 세포(NK 세포)(세포 매개, 세포독성 선천적 면역에서 기능하는), T 세포(세포 매개, 세포독성 적응 면역), B 세포(체액성, 항체-유도 적응 면역)가 포함된다. T 세포는 T 도움 세포, 세포독성 T 세포, 자연 살해 T 세포, 기억 T 세포, 조절 T 세포 또는 감마 델타 T 세포가 포함다. 선천성 림프구 세포(ILC)는 림프구의 정의에도 포함된다.
"억제 반대 구조" 또는 "억제 동족 결합 파트너"는 별도의 활성화 수용체 근방에 근위 결합할 때 활성화 신호전달 및 활성화 수용체로 매개되는 표현형의 빈도, 지속, 규모 또는 밀도의 감소를 일으키는 종종 수용체인 세포막 단백질이다. 억제 수용체의 예는 PD-1, CTLA-4, LAG-3, TIGIT, CD96, CD112R, BTLA, CD160, TIM-3 및 VSIG8 을 포함한다. 용어 "촉진성 반대 구조" 또는 "촉진성 동족 결합 파트너"라는 용어는 활성화되고 신호 변환이 유도될 때, 상기 수용체로 매개되는 표현형의 빈도, 지속 또는 밀도의 감소를 일으키는 종종 수용체인 세포막 단백질이다. 자극 수용체의 예는 CD28, ICOS 및 CD226을 포함한다.
용어 "림프구"는 본 명세서에서 포유류 면역 시스템에서 백혈구의 임의의 세 가지 아형을 의미하는 것으로 사용된다. 여기에는 자연 살해 세포(NK 세포)(세포 매개, 세포독성 선천적 면역에서 기능하는), T 세포(세포 매개, 세포독성 적응 면역), B 세포(체액성, 항체-유도 적응 면역)가 포함된다. T 세포는 T 도움 세포, 세포독성 T 세포, 자연 살해 T 세포, 기억 T 세포, 조절 T 세포 또는 감마 델타 T 세포가 포함다. 선천성 림프구 세포(ILC)는 림프구의 정의에도 포함된다.
용어 "포유동물", "개체", 또는 "환자"는 특이적으로 적어도 하나를 포함한다: 인간, 침팬지, 붉은털원숭이, 시노몰구스 원숭이, 개, 고양이, 마우스 또는 래트.
용어 "막 단백질"은 본 명세서에서 생리학적 조건이 지질 이중층에 직접 또는 간접적으로 부착된 단백질을 의미하는 것으로 사용된다. 리포솜에서 발견되는 것 같은 지질 이중층은 진핵(예컨대, 포유류) 세포막 또는 인위적(예컨대, 인공) 막과 같은 생물학적 막일 수 있는 막을 형성한다. 막 단백질의 지질 이중층에 대한 결합은 공유결합적 부착 방식 또는 소수성 또는 정전기적 상호작용과 같은 비-공유결합적 상호작용으로 이루어질 수 있다. 막 단백질은 내재적 막 단백질 또는 외인성 막 단백질일 수 있다. 외인성 막 단백질인 막 단백질은 비-공유적으로 지질 이중층 또는 내재적 막 단백질에 결합되어 있다. 포유류에서 생리적인 조건 범위에서 외인성 막 단백질은 지질 이중층에 일시적인 부착을 형성할 수 있어서, 외인성 막 단백질은 지질 이중층과 결합 및/또는 해리될 수 있다. 외인성 막 단백질과는 반대로, 포유류의 생리적인 조건 범위에서, 내재적 막 단백질은 막의 지질 이중층에 실질적으로 영구적인 부착을 형성하고, 내재적 막 단백질은 지질 이중층에 대한 부착에서 해리되지 않는다. 막 단백질은 지질 이중층의 한 층(단일체) 또는 막의 양 층(복합체)에 결합하는 방식으로 막에 부착을 형성할 수 있다. 오직 하나의 지질 이중층과 상호작용하는 내재적 막 단백질은 "내재적 단일체 단백질"이다. 양 지질 이중층과 상호작용 하는 내재적 막 단백질은 "내재적 복합체 단백질"이며, 본 명세서에서는 대안적으로 "막관통 단백질"으로 나타낸다.
포유류의 면역 반응과 같은 면역 반응의 문맥에서 용어 "조절하는" 또는 "조절"은 본 명세서에서 본 발명의 분비가능한 면역조절 단백질 같은 면역조절 단백질 또는 면역조절 단백질을 발현하도록 조작된 세포의 투여로 인해 발생하는 존재하거나 잠재적인 면역 반응의 증가 또는 감소와 같은 임의의 변경을 의미하는 것으로 사용된다. 상기 조절은 면역 세포의 임의의 유도 또는 정도의 변경 또는 면역학적 활성의 억제를 포함한다. 면역 세포는 B 세포, T 세포, NK(자연 살해) 세포, NK T 세포, 전문적 항원-제시 세포(APC), 비-전문적 항원-제시 세포, 및 면역 세포(호중구, 대식세포, 단핵구, 호산구, 호염구)를 포함한다. 조절은 임의의 존재하는 면역 반응, 진행중인 면역 반응, 잠재적인 면역 반응 또는 면역 반응에 대한 유도, 조절, 영향 또는 반응의 능력 변화를 포함한다. 조절은 면역 반응의 부분으로서 면역 세포의 유전자, 단백질 및/또는 다른 분자의 발현 및/또는 기능의 임의의 변화를 포함한다. 면역 반응의 조절 또는 면역학적 활성의 조절은, 예를 들어, 하기를 포함한다: 면역 세포의 제거, 결실, 또는 격리; 자가반응 림프구, 항원 제시 세포, 또는 면역세포와 같은 다른 세포의 기능적 능력을 조절할 수 있는 면역 세포의 증식, 유도, 생존 또는 발생; 면역 세포의 반응이 늦은 상태(예컨대, 아네르기)의 유도; 상기 세포에서 발현되는 단백질 발현 패턴의 변화를 포함하나 이에 한정되지 않는 면역 세포의 활성 또는 기능의 증가 또는 억제. 예시는 사이토카인, 케모카인, 퍼포린, 그랜자임, 성장인자, 전사인자, 카이네이즈, 공동자극 분자, 또는 다른 세포 표면 수용체 또는 상기 조절 작용의 임의의 조합과 같은 특정 분자의 분류의 변동된 생산 및/또는 분비를 포함한다. 조절은, 예를 들어, 조작된 세포의 면역학적 활성의 변동 측정, 조작된 세포의 세포독성 활동의 변동 또는 야생형 IgSF 단백질을 이용하여 조작된 세포와 관련된 조작된 세포의 사이토카인 분비의 변동 측정을 통해 평가될 수 있다.
용어 "분자 종류"는 본 명세서에서 동일하거나 실질적으로 동일한 1차 아미노산 서열을 갖는 단백질의 총체를 의미하는 것으로 사용된다. 각 포유류의 면역글로불린 수퍼패밀리(IgSF) 구성원들은 동일하거나 실질적으로 동일한 분자 종류의 집합으로 정의된다. 따라서, 예를 들어, 인간 CD80은 IgSF 구성원이고 각 인간 CD80 분자는 CD80의 종류이다. 분자의 다양성은 당화, 인산화, 유비퀴틴화, 니트로실화, 메틸화, 아세틸화 및 지질화와 같은 번역 후 변형의 차이점으로 발생할 수 있다. 추가적으로, 단일 IgSF 종류 내 다른 변형을 구성하는 것으로 여겨지는 단일 IgSF 종류 내의 사소한 서열 차이점은, 예를 들어 단백질 분해성 절단에 기인한 IgSF 종의 야생형 절단 타입과 마찬가지로, 유전자 다형성 때문이다. "세포 표면 IgSF 종류"는 세포, 일반적으로 포유류 세포의 표면에 발현되는 IgSF 종류이다. IS를 구성하는 두 포유류 세포의 두가지 또는 그 이상의 다른 단백질 종류는, 하나 또는 다른(양쪽은 아닌) 것에 대하여 배타적으로 존재하는데, 이는 서로에 대해 "시스" 또는 "시스 배열"이라고 불린다. 제1로 IS를 구성하는 두 포유류 세포 중 하나에 대하여 배타적으로 존재하고, 제2로 IS를 구성하는 두 포유류 세포 중 제2에 대하여 배타적으로 존재하는 두가지 다른 종류의 단백질은, 서로 "트랜스" 또는 "트랜스 배열"이라고 불린다. IS를 구성하는 두 포유류 세포 모두에 존재하는 두가지 다른 종류의 단백질은 시스 및 트랜스 배열 모두에 존재한다.
용어 "비-경쟁적 결합"은 본 명세서에서 단백질이 동시에 특이적으로 적어도 두가지 동족 결합 파트너에 결합하는 능력을 의미하는 것으로 사용된다. 일부 구현예에서, 결합은 특이적인 결합 조건에서 일어난다. 따라서, 단백질은 결합 상호작용이 같은 기간동안 존재할 필요는 없음에도 불구하고 적어도 두가지 다른 동족 결합 파트너에 동시에 결합할 수 있고, 일부 예시에서는, 단백질은 동족 결합 파트너 중에서 오직 하나에만 특이적으로 결합한다. 일부 구현예에서는, 동시 결합은 실질적으로 제2 동족 결합 파트너의 결합을 실질적으로 방해하지 않는 한 동족 결합 파트너의 결합이다. 일부 구현예에서는, 비-경쟁적 결합은 단백질의 결합 부위에 대한 제1 동족 결합 파트너의 결합을 대체하지 않는 단백질의 결합 부위에 대한 제2 동족 결합 파트너의 결합을 의미한다. 비-경쟁적 결합을 측정하는 방법은 Perez de La Lastra et al., Immunology, 1999 Apr: 96(4): 663-670에 기재된 바와 같이 해당 기술분야에 알려져 있다. 일부 예시에서, 비-경쟁적 상호작용은, 제1 동족 결합 파트너가 특이적으로 상호작용 부위에 결합하는 것은 제2 동족 결합 파트너가 결합하는 상호작용 부위와 겹치지 않고, 제2 동족 결합 파트너가 제1 동족 결합 파트너의 결합을 직접적으로 방해하지 않는다. 따라서, 제2 동족 결합 파트너의 결합과 동족 결합 파트너의 결합에 대한 임의의 효과는 제1 동족 결합 파트너의 결합으로 인한 직접적인 방해보다는 메커니즘을 통해 이루어진다. 예를 들어, 효소-기질 상호작용의 문맥에서, 비-경쟁적 억제제는 효소의 활성화 부위보다는 다른 부위에 결합한다. 비-경쟁적 결합은 제2 동족 결합 파트너가 제1 동족 결합 파트너의 결합과 겹치지 않는 상호작용 부위에 특이적으로 결합하지만, 오직 제1 상호작용 부위가 제1 동족 결합 파트너로 인해 차지되어 졌을 때 제2 상호작용 부위에 결합 하는 경쟁적이지 않은 결합 상호작용을 포함한다.
용어 “핵산” 및 “폴리뉴클레오타이드”는 단일 또는 이중-가닥 구조 모두에서 핵산 잔기의 중합체(예컨대, 디옥시뉴클레오타이드 또는 리보뉴클레오타이드)를 의미하기 위하여 교체가능하게 사용된다. 특이적으로 제한하지 않는 한, 용어는 자연발생적 뉴클레오타이드와 유사한 결합 특성을 가지고 유사한 방식으로 대사되는 알려진 자연적 뉴클레오타이드의 유사체를 포함하는 핵산을 포함한다. 다르게 명시되어 있지 않는 한, 특정한 핵산 서열은 또한 암시적으로 이의 보수적으로 변형된 변이체(예컨대, 동의코돈) 및 분명하게 명시된 서열에 상응하는 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 구체적으로, 동의코돈은 하나 또는 그 이상의 선택된(또는 전부) 코돈이 혼합된-염기 및/또는 데옥시이노신 잔기로 치환된 세 번째 위치로 생산된 서열에 의해 이루어질 수 있다. 용어 핵산 또는 폴리뉴클레오타이드는 유전자에 의해 암호화된 cDNA 또는 mRNA를 포함한다.
용어 “약학적 조성물”은 보통 인간인 포유류 개체의 약학적 용도에 적합한 조성물을 의미한다. 약학적 조성물은 전형적으로 활성제(예컨대, 면역조절 단백질 또는 본 발명의 면역조절 단백질을 발현 및/또는 분비하도록 조작된 세포) 및 담체, 부형제 또는 희석제의 유효한 양을 포함한다. 담체, 부형제 또는 희석제는 각각 전형적으로 약학적으로 허용 가능한 담체, 부형제 또는 희석제이다.
용어 “폴리펩타이드” 및 “단백질”은 본 명세서에서 두가지 또는 그 이상의 아미노산이 펩타이드 결합을 통해 연결된 분자 사슬을 의미하기 위하여 교체가능하게 사용된다. 용어들은 특정 길이의 제품을 의미하지 않는다. 따라서, “펩타이드” 및 “올리고펩타이드”는 폴리펩타이드의 정의에 포함된다. 용어는, 예를 들어, 당화, 아세틸화, 인산화 및 동류의 폴리펩타이드의 번역 후 변형을 포함한다. 용어는 또한 하나 또는 그 이상의 아미노산 유사체 또는 합성되거나, 또는 알려진 단백질 조작 기술로 재조합적으로 발현되는 비-기본 또는 비자연적 아미노산 분자를 포함한다. 게다가, 단백질은 본 명세서에서 기술하고 있는 대로 알려진 유기화학 기술을 이용하여 유도될 수 있다.
용어 “1차 T 세포 분석”은 본 명세서에서 인터페론-감마(“IFN-감마”) 발현을 측정하는 생체외 분석을 의미하는 것으로 사용된다. 상기 1차 T 세포 분석의 다양성은 실시예 6.에 기재된 바와 같이 해당 기술분야에서 알려져 있다. 상기 구현예에서, 사용된 분석은 항-CD3 부동화 분석이다. 이 분석은, 1차 T 세포가 추가적인 재조합 단백질의 존재 또는 부존재 하에 부동화된 항-CD3로 자극된다. 배양 상층액은 보통 24-72 시간에 수득된다. 다른 구현예에서, 사용된 분석은 혼합 림프구 반응(MLR)이다. 이 분석은, 1차 T 세포가 동종이계 APC로 자극된다. 배양 상층액은 보통 24-72 시간에 수득된다. 인간 IFN-감마 수준은 표준 ELISA 기술에 의해 배양 상층액에서 측정된다. 상업적인 키트는 판매자에서 구입하였으며, 분석은 제조자의 지침에 따라 수행되었다.
분비가능한 면역조절 단백질 암호화 핵산 또는 단백질(예컨대, 면역조절 단백질)에서 적용되는 용어 “정제된”은, 보통 해당 기술분야에서 알려진 분석기술(예컨대, 전기영동 겔, 크로마토그래피 용리, 및/또는 밀도구매 원심분리할 배지를 형성하는 정제된 폴리펩타이드 또는 폴리뉴클레오타이드)에 의하여 결정되는 다른 성분으로부터 실질적으로 자유로운 핵산 또는 폴리펩타이드를 나타낸다. 예를 들어, 기본적으로 전기영동 겔에서 하나의 밴드로 나타나는 핵산 또는 폴리펩타이드는 “정제”되었다. 정제된 핵산 또는 단백질은 적어도 약 50% 순수하며, 보통은 적어도 약 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 99% 이상 순수하다(예컨대, 중량 또는 이의 몰에 대한 백분율).
용어 “재조합”은 인간의 개입으로 인위적(예컨대, 비-자연적)으로 변형된 물질(예컨대, 핵산 또는 폴리펩타이드)을 나타낸다. 변형은 하나의 물질 내부에서 또는 이의 자연적 환경 또는 상태에서 제거되어 수행될 수 있다. 예를 들어, “재조합 핵산”은, 예를 들어, 클로닝, 친화성 변형, DNA 뒤섞음 또는 다른 공지된 분자생물학적 단계 동안에 핵산을 재조합하여 만들어진다. “재조합 DNA 분자”는 상기 분자생물학적 기술의 도움으로 서로 연결된 DNA 조각에 포함된다. 용어 “재조합 단백질” 또는 “재조합 폴리펩타이드”는 본 명세서에서 재조합 DNA 분자를 이용하여 발현되는 단백질 분자(예컨대, 면역조절 단백질)를 의미하는 것으로 사용된다. “재조합 숙주 세포”는 재조합 핵산 또는 세포에 본 명세서의 면역조절 단백질과 같은 재조합 단백질을 암호화 핵산 분자를 도입하는 등의 유전적 조작을 통해 변형된 포함 및/또는 발현하는 세포이다. 진핵생물의 전사 조절 신호는 “프로모터” 및 “인핸서” 요소를 포함한다. 프로모터 및 인핸서는 DNA 서열의 짧은 배열을 구성하고, 전사와 관련된 세포성 단백질과 특이적으로 끌린다. 프로모터 및 인핸서 요소는 호모, 곤충 및 포유류세포 및 바이러스(원핵생물에서도 발견되는 유사한 요소, 예컨대, 프로모터)의 유전자를 포함한 다양한 진핵생물로부터 분리되어 왔다. 특정 프로모터 및 인핸서의 선택은 원하는 단백질 발현에 사용하기 위하여 세포 타입에 따라 결정된다. 용어 “작동 가능한 조합”, “작동 가능한 순서” 및 “작동가능하게 연결된”은 본 명세서에서 상기 방식 또는 방향에서 제시된 유전자의 전사를 지시할 수 있는 핵산 분자 및/또는 원하는 단백질 분자의 합성될 수 있도록 핵산 서열의 결합을 의미하는 것으로 사용된다. 용어는 또한 기능적 단백질이 생산되거나 수송되도록 상기 방식의 아미노산 서열의 결합을 포함한다.
용어 “재조합 발현 벡터”는 본 명세서에서 원하는 암호화 서열(예컨대, 면역조절 단백질을 암호화) 및 특정 세포에서 작동 가능하게 연결된 암호화 서열의 발현에 필요한 적절한 핵산 서열을 포함하는 DNA 분자를 의미하는 것으로 사용된다. 원핵세포에서의 발현에 필요한 핵산 서열은 프로모터, 선택적으로 작동자 서열, 리보솜 결합 부위 및 가능한 다른 서열을 포함한다. 진핵세포들은 프로모터, 인핸서 및 종결자 및 아데닐산중합반응 신호를 활용하는 것으로 알려져 있다. 분비성 신호 펩타이드 서열은 선택적으로 암호화 서열에 작동가능하게 연결된 재조합 발현 벡터로 암호화될 수 있으며, 이는 발현된 단백질이 재조합 숙주 세포에 의해 분비될 수 있도록, 원하는 경우 세포로부터 융합된 단백질의 보다 손쉬운 분리를 위함이다. 용어는 자가복제 핵산 구조에 더하여 지금까지 제시된 숙주 세포의 유전자에 포함된 벡터를 포함한다. 벡터들 중에는 렌티바이러스 벡터 등의 바이러스성 벡터가 있다.
용어 “서열 동일성”은 본 명세서에서 유전자 또는 단백질 사이의 각각 뉴클레오타이드 또는 핵산 수준에서의 서열 동일성을 의미하는 것으로 사용된다. “서열 동일성”은 아미노산 수준에서 단백질 사이의 동일성 및 뉴클레오타이드 수준에서 핵산의 동일성을 측정한다. 단백질 서열의 동일성은 서열들이 정렬되어 있을 때, 각 서열에서 제시된 위치의 아미노산 서열을 비교함으로써 결정될 수 있다. 유사하게, 핵산 서열 동일성은 서열들이 정렬되어 있을 때, 각 서열에서 제시된 위치의 뉴클레오타이드 서열을 비교함으로써 결정될 수 있다. 비교를 위한 서열의 정렬 방법은 해당 기술분야에서 알려져 있으며, 상기 방법은 GAP, BESTFIT, BLAST, FASTA 및 TFASTA을 포함한다. BLAST 알고리즘은 서열 동일성의 백분율을 계산하고 두 서열의 유사도에 대한 통계적 분석을 수행한다. BLAST 분석을 수행하는 소프트웨어는 생물정보센터(NCBI) 웹사이트에서 공개적으로 구할 수 있다.
용어 “가용성”은 본 명세서에서 막 단백질이 아닌 단백질을 의미하는 것으로 사용된다. 일반적으로, 가용성 단백질은 오직 IgSF 패밀리 구성원 수용체의 세포외 도메인 또는 IgSF 도메인 또는 이의 특이적인 결합 단편을 함유하는 이의 부분만을 포함한다.
용어 “종류”는 본 명세서에서 핵산 또는 폴리펩타이드 서열의 문맥에서 상기 서열의 동일한 집합을 의미하는 것으로 사용된다. 1개, 2개 또는 3개 아미노산 잔기만큼 아미노 말단 또는 카르복시 말단에서 전장 종과 상이한(또는 차이를 암호화하는) 약간 절단된 서열은 단일 종류로 간주된다. 이러한 미세불균일은 제조된 단백질의 흔한 특징이다.
용어 “특이적으로 결합”은 본 명세서에서 특이적인 결합 조건에서 다겟 단백질에 결합할 수 있는 단백질의 능력을 의미하는 것으로 사용된다. 이의 친화성 또는 결합 활성은 같은 단백질의 충분한 통계 크기의 임의 펩타이드 또는 폴리펩타이드 집합에 대한 평균적인 친화성 또는 결합 활성에 비하여 적어도 10배 강하거나, 선택적으로 50, 100, 250 또는 500배 강하고, 적어도 100배 까지 강할 수 있다. 특이적으로 결합하는 단백질은 표적과 비-표적(예컨대, 파랄로그 또는 오솔로그) 사이의 구조의 유사성으로 인해 비-표적 분자에 결합할 필요는 없다. 상기와 같은 기술은 다른 종류의 동물(예컨대, 오솔로그)에서 같은 기능을 가지는 분자 또는 실질적으로 표적 분자(파랄로그)와 유사한 에피토프를 가진 비-표적 분자에 대한 특이적인 결합을 인식할 것이고, 고유한 비-표적(예컨대, 임의의 폴리펩타이드)의 통계적으로 유효한 집합과 관련하여 결정된 결합의 특이성을 손상시키지 않는다. 따라서, 발명의 친화성-변형된 폴리펩타이드는 교차-반응성으로 인해 하나 이상의 구별된 표적 분자의 종류에 특이적으로 결합할 수 있다. 일반적으로 상기 비정확한 특이적인 결합은 원하지 않는 표적에 대한 친화성 또는 결합 활성을 감소시킴으로써 완화된다. 고체 ELISA 면역분석 또는 바이아코어 측정은 두 가지 단백질의 특이적인 결합을 결정하는 데에 사용될 수 있다. 일반적으로 두 결합 단백질 사이의 상호작용은 약 1x10- 5M 보다 낮은 해리 상수(Kd)를 가지며, 이는 종종 약 1x10- 12M 보다 낮다. 본 발명의 특정한 측면에서, 두 결합 단백질 사이의 상호작용은 약 1x10-6M, 1x10-7M, 1x10-8M, 1x10-9M, 1x10-10M, 또는 1x10-11M 미만의 해리 상수를 갖는다.
용어 “특이적인 결합 단편” 또는 “단편”은 본 명세서에서 성숙한 IgSF 도메인의 전장보다 짧으면서 야생형 IgSF 도메인의 자연적 결합 파트너에 생체외 및/또는 생체내에서 특이적으로 결합하는 폴리펩타이드를 의미하는 성숙한(예컨대, 단일 펩타이드의 결실) 야생형 IgSF 도메인을 의미하는 것으로 사용된다. 일부 구현예에서, 특이적인 결합 단편은 성숙한 야생형 서열 전장의 적어도 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 길이를 갖는다. 특이적인 결합 단편의 서열은 본 발명의 친화성 변형된 IgSF 도메인을 형성하기 위해 변형될 수 있다. 일부 구현예에서, 특이적인 결합 단편은 림프구의 면역 활성을 조절한다. 본 명세서에서 사용되는 용어 “억제” 또는 “약화” 또는 “감소”는 통계학적으로 의미있는 정도로 감소하는 것을 의미한다. 일부 구현예에서, 억제는 적어도 10%에서 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 또는 90% 까지 감소할 수 있다.
본 명세서에서 사용되는 “합성”은, 예를 들어, 재조합 방법 및/또는 화학적 합성 방법을 통해 합성한 핵산 분자 또는 합성한 유전자 또는 합성한 펩타이드는 핵산 분자 또는 폴리펩타이드 분자를 의미한다.
용어 “막관통 단백질”은 본 명세서에서 실질적 또는 완벽하게 포유류 세포 또는 리포솜 같은 인공적인 구조물 등의 생물학적 막에서 발견되는 지질 이중층같은 지질 이중층에 퍼져있는 막 단백질을 의미하는 것으로 사용된다. 막관통 단백질은 지질 이중층에 통합되고, 생리적 조건에서 열역학적으로 안정한 막관통 도메인(“막관통 도메인”)을 포함한다. 막관통 도메인은 일반적으로 수성 환경(예컨대, 세포질, 세포외액)과 상호 작용하는 단백질의 영역에 비해 증가된 소수성에 기초하여 임의의 수의 상업적으로 이용 가능한 생물 정보학 소프트웨어 응용을 통해 그들의 아미노산 서열로부터 그들의 아미노산 서열로 예측가능하다. 막관통 도메인은 종종 막에 퍼져있는 소수성 알파 헬릭스 구조이다. 막관통 단백질은 양 지질 이중층의 양 층을 한번 또는 수회 통과할 수 있다.
질병 또는 장애의 용어 “치료하는”, “치료” 또는 “테라피”는 본 명세서에서 면역조절 단백질 또는 본 발명의 막관통 면역조절 단백질을 단독으로 또는 본 명세서에서 기재하는 다른 성분과 함께 발현하는 조작된 세포를 투여함으로써 임상 또는 예후 증상의 감소, 중단 또는 제거로 증명되는 질병 또는 장애의 진행을 늦추거나, 멈추거나 또는 역전시키는 것을 의미하는 것으로 사용된다. “치료하는”, “치료” 또는 “테라피”는, 예를 들어, 자가면역 질환의 재발 또는 발생 또는 자가면역 질환의 염증적 양상에서 염증의 감소하는 등의 극심하거나 치명적인 질병 또는 장애의 증상의 심각함이 감소하거나 재발비율이 감소하는 것을 의미하기도 한다. 본 명세서에서 암의 문맥에서 사용되는 암의 “치료” 또는 “억제하다”, “억제하는” 또는 “억제”는 적어도 다음 중 하나를 의미한다: 종양 성장률이 통계적으로 의미있는 정도로 감소, 종양 성장의 중단, 또는 종양의 크기, 질량, 대사 활성 또는 부피의 감소가, 고형 종향의 반응 평가 기준(RECIST), 또는 통계적으로 의미있는 진행 없는 생존의 증가(PFS), 또는 전체 생존률(OS)와 같은, 그러나 이에 제한되지 않는 표준 기준으로 측정하였을 때 나타나는 것을 의미한다. 본 발명에서 질병 또는 장애의 문맥에서 사용되는 “예방하는”, “프로필릭시스” 또는 “예방”은 발생 또는 질병 내지 장애의 시작 또는 질병 내지 장애의 모든 증상 또는 질병 내지 장애 시작의 가능성을 방지하기 위해 면역조절 단백질 또는 본 발명에서 기재되는 면역조절 단백질을 발현하도록 조작된 세포 단독 또는 다른 성분과 혼합하여 투여하는 것을 의미한다.
본 명세서에서 사용되는 용어 “종양 특이적 항원” 또는 “TSA"는 포유류 개체의 종양 세포에 1차적으로 나타나지만 포유류 개체의 보통 세포에서는 일반적으로 발견되지 않는 항원을 의미한다. 일부 예시에서, 종양 특이적 항원은 IgSF 구성원의 반대 구조 또는 동족 결합 파트너이다. 종양 특이적 항원은 종양 세포에 독점적일 필요는 없으나 항-종양 치료법의 표적이 될 수 있고 종양의 영향으로부터 포유류에 대한 예방 또는 치료를 제공할 수 있도록 종양 특이적 항원을 갖는 특정 포유류 세포의 백분율 또는 종양 표면의 종양 특이적 항원의 수준은 충분히 높아야 한다. 일부 구현예에서, 종양을 가진 포유류 세포의 임의의 통계적 예시는, 적어도, 세포의 50%가 TSA를 나타내면 암으로 본다. 다른 구현예에서, 적어도 세포의 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 또는 99% 가 TSA를 나타내면 암으로 본다.
본 명세서에서 사용되는 용어 “야생형” 또는 “자연적” 또는 “네이티브의”는 자연에서 발견되고 인간의 개입으로 변형되지 않은 핵산 분자, 단백질, IgSF 구성원, 숙주 세포 및 이와 유사한 생물학적 물질의 관련성을 의미하는 것으로 사용된다.
Ⅱ. 친화성-변형된 도메인을 함유하는 면역조절 단백질
일부 구현예에서, 분비가능한 면역조절 단백질(SIP) 또는 막관통 면역조절 단백질(TIP)를 포함하여 면역조절 단백질은 적어도 하나의 야생형 포유류 IgSF 구성원의 IgSF 도메인과 비교하여 친화성-변형된 IgSF 도메인을 포함한다. 야생형 포유류 IgSF 구성원은 포유류 또는 포유류 기원의 항체(예컨대, 면역글로불린)를 제외한다. 따라서, 본 발명은 비-면역글로불린(예컨대, 비-항체) IgSF 도메인인 IgSF 도메인과 관련있다. 면역글로불린(예컨대, 항체)가 아닌 야생형 포유류 IgSF 패밀리 구성원은 이의 핵산 및 아미노산 서열이 해당 기술분야에 알려져 있다. 모든 비-면역글로불린 포유류 IgSF 패밀리 구성원의 야생형 IgSF 도메인의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 본 발명의 범위에 포함된다.
일부 구현예에서, 그들의 다양한 구현예로부터 제공된 면역조절 단백질은 적어도 하나의 친화성 변형된 비-면역글로불린 포유류 IgSF 도메인과 같은 적어도 하나의 친화성-변형된 포유류 IgSF 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 비-면역글로불린 IgSF 패밀리 구성원 및 이에 상응하는 IgSF 도메인은 마우스, 래트, 시노몰구스 원숭이 또는 인간 유래이다. 일부 구현예에서, IgSF 패밀리 구성원들은 적어도 또는 1, 2, 3, 4, 5, 또는 그 이상의 다음과 같은 IgSF 서브패밀리의 구성원들이다: 신호 조절 단백질(SIRP) 패밀리, 골수계 세포 발현 트리거 수용체(TREML) 패밀리, 암배 항원 관련 세포 접착 분자(CEACAM) 패밀리, 타액 산성 연화 렉틴(SIGLEC) 패밀리, 부티로필린 패밀리, B7 패밀리, CD28 패밀리, V-세트 및 면역글로불린 도메인 포함(VSIG) 패밀리, V-세트 막관통 도메인(VSTM) 패밀리, 주요 조직 적합 유전자 복합체(MHC) 패밀리, 신호전달 림프구 활성화 분자(SLAM) 패밀리, 백혈구 면역글로불린-유사 수용체(LIR), 넥틴(Nec) 패밀리, 넥틴-유사(NECL) 패밀리, 폴리오바이러스 수용체 관련(PVR) 패밀리, 자연적 세포독성 트리거 수용체(NCR) 패밀리, 또는 살해-세포 면역글로불린-유사 수용체(KIR) 패밀리. 일부 구현예에서, 적어도 하나의 IgSF 도메인은 다음 중 임의의 IgSF 단백질에서 유래된다: CD80(B7-1), CD86(B7-2), CD274(PD-L1, B7-H1), PDCD1LG2(PD-L2, CD273), ICOSLG(B7RP1, CD275, ICOSL, B7-H2), CD276(B7-H3), VTCN1(B7-H4), CD28, CTLA4, PDCD1(PD-1), ICOS, BTLA(CD272), CD4, CD8A(CD8-알파), CD8B(CD8-베타), LAG3, HAVCR2(TIM-3), CEACAM1, TIGIT, PVR(CD155), PVRL2(CD112), CD226, CD2, CD160, CD200, CD200R1(CD200R), NC R3(NKp30), VISTA, VSIG3, 및 VSIG8.
일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상응하는 포유류 IgSF 구성원의 비-면역글로불린 IgSF 패밀리 구성원의 IgSF 도메인과 비교하여 친화성 변형되었다. 일부 구현예에서 포유류 IgSF 구성원은 IgSF 구성원 또는 임의의 이의 포유류 오솔로그를 포함하여 표 1에 개시된 IgSF 구성원 중 하나의 IgSF 도메인을 포함하는 구성원 중 하나이다. 오솔로그는 보통의 조상 유전자로부터 종 분화로 인해 발달한 다른 종류의 유전자이다. 보통, 오솔로그는 진화 과정 동안에 같은 기능을 유지한다. 일부 구현예에서, 친화성 변형된 IgSF 도메인은 IgC1 또는 IgC2 도메인을 포함하는 친화성 변형된 IgV 또는 IgC 도메인이다.
일부 구현예에서, 본 발명의 면역조절 단백질은 어떤 점에서 적어도 하나의 IgSF 도메인은 친화성 변형된 야생형 포유류 비-면역글로불린(예컨대, 비-항체) IgSF 패밀리 구성원의 세포외 도메인의 서열을 포함한다. 오로지 예시로서, 일부 구현예에서, 야생형 포유류 비-면역글로불린 IgSF 패밀리 구성원은 제1 IgSF 도메인 및 제2 IgSF 도메인을 포함하고, 및, 면역조절 단백질은 적어도 제1 IgSF 도메인 또는 제2 IgSF 도메인이 친화성 변형된것을 제외하고, 야생형 IgSF 패밀리 구성원의 제1 IgSF 도메인 및 제2 IgSF 도메인을 포함한다. 면역조절 단백질은 적어도 하나의 IgSF 도메인은 친화성 변형되어 있으며 이는 “유형 I" 면역조절 단백질로 불릴 수 있는 야생형 포유류 면역글로불린(예컨대, 비-항체) IgSF 패밀리 구성원의 세포외 도메인 서열을 포함한다. 추가적인 도메인은 적어도 2, 3, 4, 또는 5개의 IgSF 도메인, 또는 일부 구현예에서, 정확하게 2, 3, 4, 또는 5개 IgSF 도메인이 친화성 변형되었을 수 있는 IgSF 족에 존재한다. 본 발명의 면역조절 단백질의 일부 구현예에서, 포유류 IgSF 구성원은 이의 임의의 포유류 오솔로그를 포함하여 표 1에 나타나 있는 IgSF 구성원 중 하나가 될 것이다.
표 1의 제1 열은 특정한 IgSF 구성원의 이름 및, 선택적으로, 가능한 동의어를 제공한다. 제2 열은 인터넷을 통해 uniprot.org에서 공적으로 접근가능한 데이터베이스인 UniProtKB 데이터베이스의 단백질 식별자를 제공한다. 유니버설 단백질 자원(Uniprot)은 단백질 서열 및 주석 데이터에 대한 포괄적인 자원이다. Uniprot 데이터베이스는 UniProt 지식베이스(UniProtKB)를 포함한다. UniProt은 유럽 생물정보학 자원(PIR) 및 주로 U.S. 국립 보건원(NIH)의 승인으로 지원받는 공동작업이다. 세 번째 열은 제시된 IgSF 도메인이 위치한 영역을 제공한다. 영역은 도메인이 영역을 정의하는 잔기가 포함된 범위로 특정된다. 열 3은 또한 IgSF 영역을 특정하기 위한 IgSF 도메인의 분류를 나타낸다. 열 4는 추가적인 도메인이 위치한 영역(신호 펩타이드, S; 세포외 도메인, E; 막관통 도메인, T; 세포질 도메인, C)을 제공한다. 열 5는 관련된 세포 표면 결합 파트너 중 일부의 나열된 IgSF 구성원의 일부를 나타낸다.
전형적으로, 제공된 구현예의 면역조절 단백질의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 인간 또는 쥐과의 친화성 변형된 IgSF 도메인이다.
[표 1]
Figure pct00001
Figure pct00002
Figure pct00003
일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 적어도 하나 이상의 친화성 변형된 도메인 및 비-친화성 변형된 IgSF 도메인(예컨대, 변형되지 않은 또는 야생형 IgSF 도메인)을 포함한다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 적어도 두 개의 친화성 변형된 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의 비-친화성 변형된 IgSF 및/또는 친화성 변형된 도메인과 같이 다수의 비-친화성 변형된 IgSF 및/또는 친화성 변형된 IgSF 도메인들을 포함한다.
일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 야생형 IgSF 패밀리 구성원("타입 II" 면역조절 단백질)에서는 발견되지 않는 친화성-변형된 및/또는 비-친화성 변형된 IgSF 도메인 서열의 조합(“비-야생형 조합”) 및/또는 배열(“비-야생형 배열” 또는 “비-야생형 순열”)을 포함한다. 비-친화성 변형(예컨대, 야생형)이거나 친화성 변형되고 있는 IgSF 도메인의 서열은 마우스, 래트, 시노몰구스 원숭이, 또는 인간과 같은 포유류이거나 이의 조합으로부터 유래할 수 있다. 일부 구현예에서, 비-친화성 변형된 도메인의 서열은 표 1의 임의의 IgSF 도메인 세트일 수 있다. 상기 비-친화성 변형된 IgSF 도메인 또는 친화성 변형된 IgSF 도메인의 수는 타입 II 면역조절 단백질(비-야생형 조합 또는 비-야생형 배열)의 구현예에서 적어도 2, 3, 4, 또는 5 및 일부 구현예에서는 정확히 2, 3, 4, 또는 5개의 IgSF 도메인으로 나타난다.
일부 구현예에서, 친화성 변형된 IgSF 도메인 중에서 적어도 2개는 동일한 친화성 변형된 IgSF 도메인이다. 일부 구현예에서, 친화성 변형된 IgSF 도메인은 비-동일(예컨대, 다른) IgSF 도메인이다. 비-동일 친화성 변형된 IgSF 도메인은 다른 동족 결합 파트너 특이적인 결합 조건에서 특이적으로 결합하고, 및 그들이 고안된 야생형 IgSF 도메인이 동일한지 여부와 관계없이 “비-동일”이다. 따라서, 예를 들어, 적어도 두가지의 본 발명의 면역조절 단백질의 비-동일 IgSF 도메인의 조합은 한 IgSF 패밀리 구성원에 대하여 독특하고 이에서 유래한 적어도 하나의 IgSF 도메인 서열 및 다른 IgSF 패밀리 구성원에 대하여 면역조절 단백질로부터 유래한 IgSF 도메인은 친화성 변형되었다는 점에서 독특하고 이에서 유래한 적어도 하나의 제2 IgSF 도메인 서열을 포함할 수 있다. 그러나, 대체적인 구현예에서, 두가지 비-동일 IgSF 도메인은 같은 IgSF 도메인 서열에서 유래하였으나, 그들은 다른 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합하는 등 친화성 변형이 다르게 이루어졌다. 일부 구현예에서, 본 발명의 면역조절 단백질에서 나타나는 비-동일 친화성 변형된 IgSF 도메인의 수는 적어도 2, 3, 4, 또는 5 및 일부 구현예에서는 정확히 2, 3, 4, 또는 5개의 비-동일 친화성 변형된 IgSF 도메인으로 나타난다. 일부 구현예에서, 비-동일 IgSF 도메인은 표 1에서 기재된 적어도 두가지 IgSF 구성원의 조합이고, 일부 구현예에서는 적어도 표 1의 3가지 또는 4가지 IgSF 도메인의 조합이다.
다른 구현예에서, 본 명세서에서 제공하는 면역조절 단백질은 단일 IgSF 도메인에서 유래하였지만 비-야생형 배열인 적어도 두가지 IgSF 도메인을 포함한다. 비-야생형 배열 또는 순열의 분명한 하나의 예시는 본 발명의 친화성 변형된 IgSF 도메인의 근원으로 제공되는 야생형 포유류 IgSF 패밀리 구성원과 비교하여 친화성 변형된 IgSF 단백질 서열의 비-야생형 순서를 포함하는 면역조절 단백질이다. 이전 구현예의 포유류 야생형 IgSF 구성원은 특이적으로 표 1의 목록을 포함한다. 따라서, 한 예시로, 만약 야생형 패밀리 구성원들이 단백질의 N-말단 근위로 IgC1 도메인을 포함하고, N-말단에서 멀리 IgV 도메인을 포함한다면, 본 명세서에서 제공되는 면역조절 단백질들은 비록 친화성 변형된 타입이더라도 근위의 IgV를 포함할 수 있고, N-말단에서 먼 IgC1 을 포함할 수 있다. 친화성-변형된 IgSF 도메인의 비-야생형 조합 및 비-야생형 배열의 면역조절 단백질 역시 본 발명의 범위에 포함된다. 면역조절 단백질의 폴리펩타이드 사슬의 다수의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 서로 공유결합적으로 연결되어 있을 필요는 없다. 일부 구현예에서, 하나 또는 그 이상의 아미노산 잔기의 개입 범위는 친화성-변형된 IgSF 도메인을 서로 간접적으로 공유결합적으로 연결시킨다. 상기 "펩티드 연결"은 단일 아미노산 잔기 또는 그 이상의 길이일 수 있다.
일부 구현예에서, 친화성 변형된 IgSF 도메인은 포유류 세포에서 발현되는 단일(예컨대, 1) 또는 다수(예컨대, 2, 3, 4, 또는 그 이상) 반대-구조(또한 "동족 결합 파트너"로도 불림)에 특이적으로 결합하기 위하여 친화성이 변형될 수 있다. 전형적으로, 동족 결합 파트너는 친화성 변형되고 있는 야생형 IgSF 도메인의 천연 동족 결합 파트너이다. 일부 구현예에서, 동족 결합 파트너는 IgSF 구성원이다. 일부 구현예에서, 동족 결합 파트너는 비-IgSF 패밀리 구성원이다. 예를 들어, 일부 구현예에서, BTLA(B- 및 T-림프구 약화)와 같은 친화성-변형된 IgSF 도메인의 동족 결합 파트너는 비-IgSF 도메인 구성원 동족 결합 파트너 HVEM(헤르페스 바이러스 매개자)이다. BTLA-HVEM 복합체는 음성적으로 T 세포 면역 반응을 조절한다. 각 IgSF 도메인은 독립적으로 결합할 각 단일 또는 다수의 동족 결합 파트너에 대한 특이적인 결합 친화성 또는 결합 활성을 증가 또는 약화되기 위해 친화성 변형될 수 있는 면역조절 단백질에 존재한다. 이 방법을 통해, 다수의 동족 결합 파트너 각각의 특이적인 결합은 독립적으로 특정 친화성 또는 결합 활성으로 조절되 수 있다.
일부 구현예에서, IgSF 도메인의 동족 결합 파트너는 표 1에 나열되어 있는 적어도 하나 또는 종종 두 가지 또는 세 가지의 야생형 IgSF 도메인의 반대-구조(동족 결합 파트너)이다.
포유류 IgSF 도메인과 같은 IgSF 도메인 서열은 이의 서열을 적어도 하나의 치환, 삽입 또는 결실로 변화함으로써 친화성 변형되었다. 서열의 변화는 동족 결합 파트너의 결합 부위 또는 알로스테릭 부위에서 일어날 수 있다. 일부 구현예에서, 포유류 IgSF 도메인과 같은 IgSF 도메인을 암호화 핵산은 본 발명의 면역조절 단백질을 암호화 핵산을 제조하기 위해 특이적이고 이미 설정된 뉴클레오타이드 자리의 치환, 삽입, 결실 또는 이들의 조합으로 친화성 변형되었다. 일부 반대되는 구현예에서, 포유류 IgSF 도메인과 같은 IgSF 도메인을 암호화 핵산은 핵산 내 임의의 위치에서 치환, 삽입, 결실 또는 이들의 조합으로 친화성 변형되었다. 일부 구현예에서, 두 가지 접근(이미 설정 및 임의)의 조합은 활용된다. 일부 구현예에서, 친화성 변형된 IgSF 도메인의 고안은 인실리코이다.
일부 구현예에서, 면역조절 단백질의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 면역글로불린 수퍼패밀리(IgSF) 도메인을 포함하는 야생형 또는 변형되지 않은 폴리펩타이드 또는 이의 부위에 비하여 하나 또는 그 이상의 아미노산 치환(대안적으로, "돌연변이" 또는 "대체")을 포함한다. 일부 구현예에서, IgSF 도메인은 IgV 도메인 또는 IgC 도메인 또는 IgV 도메인 또는 IgC 도메인의 특이적인 결합 부위이다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 IgV 도메인 또는 IgC 도메인 또는 이의 특이적인 결합 부위의 적어도 하나의 아미노산 잔기가 치환된 IgV 도메인 또는 IgC 도메인 또는 이의 특이적인 결합 부위을 포함하는 친화성 변형된 IgSF 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 변형된 결합 활성 또는 친화성 때문에, IgV 도메인 또는 IgC 도메인은 친화성-변형된 IgSF 도메인이다.
일부 구현예에서, 포유류 IgSF 도메인과 같은 IgSF 도메인은 전체의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 아미노산 잔기보다 많지 않게 치환, 삽입, 결실 또는 이들의 혼합으로 친화성-변형되었다. 일부 구현예에서, 포유류 IgSF 도메인과 같은 IgSF 도메인은 적어도 전체의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 아미노산 잔기가 치환, 삽입, 결실 또는 이들의 혼합으로 친화성-변형되었다. 일부 구현예에서, 포유류 IgSF 도메인과 같은 IgSF 도메인은 1 (또는 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 또는 9) 와 10 (또는 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 또는 2) 사이의 아미노산 잔기가 치환, 삽입, 결실 또는 이들의 혼합으로 친화성-변형되었다. 일부 구현예에서, 포유류 IgSF 도메인과 같은 IgSF 도메인은 서열이 전체의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 아미노산 잔기보다 많지 않게 치환되어 친화성-변형되었다. 일부 구현예에서, 포유류 IgSF 도메인과 같은 IgSF 도메인은 서열이 적어도 전체의 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10개의 아미노산 잔기가 치환되어 친화성-변형되었다. 일부 구현예에서, 치환은 보존적 치환이다. 일부 구현예에서, 치환은 보존적 및 비-보존적 치환의 조합이다. 일부 구현예에서, 서열의 변화는 IgSF 도메인의 이의 동족 결합 파트너를 위한 결합 부위에서 일어난다.
일부 구현예에서, 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 도메인은 포유류의 IgSF 도메인이다. 일부 구현예에서, 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 도메인은 인간, 마우스, 시노몰구스 원숭이, 또는 래트의 IgSF 도메인일 수 있으나 이에 제한되지 않는다. 일부 구현예에서, 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 도메인은 인간이다.
일부 구현예에서, 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 도메인은 IgSF 도메인(예컨대, IgV 도메인 또는 IgC 도메인)을 포함하는 IgSF 패밀리 구성원 또는 이의 일부의 세포외 도메인이거나 이를 포함한다. 일부 예시에서, 변형되지 않거나 야생형 IgSF 도메인의 세포외 도메인은 하나 이상의 IgSF 도메인을 포함할 수 있는데, 예를 들어, IgV 도메인 및 IgC 도메인이 그것이다. 그러나, 친화성 변형된 IgSF 도메인은 IgV 도메인 및 IgC 도메인 모두를 포함할 필요는 없다. 일부 구현예에서, 친화성 변형된 IgSF 도메인은 기본적으로 변형된 IgV 도메인 또는 이의 특이적인 결합 부위를 포함하거나 이로 구성된다. 일부 구현예에서, 친화성 변형된 IgSF 도메인은 기본적으로 변형된 IgC 도메인 또는 이의 특이적인 결합 부위를 포함하거나 이로 구성된다. 일부 구현예에서, 친화성 변형된 IgSF 도메인은 기본적으로 변형된 IgV 도메인 또는 IgC 도메인 또는 이들의 특이적인 결합 부위를 포함하거나 이로 구성된다.
일부 구현예에서, 친화성 변형된 IgSF 도메인의 하나 또는 그 이상의 아미노산 치환은 임의의 하나 또는 그 이상의 IgSF 폴리펩타이드 도메인에 위치할 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 하나 또는 그 이상의 아미노산 치환은 IgSF 폴리펩타이드의 세포외 도메인에 위치할 수 있다. 일부 구현예에서, 하나 또는 그 이상의 아미노산 치환은 IgV 도메인 또는 이의 특이적인 결합 부위에 위치할 수 있다. 일부 구현예에서, 하나 또는 그 이상의 아미노산 치환은 IgC 도메인 또는 이의 특이적인 결합 부위에 위치할 수 있다.
일부 구현예에서, 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 도메인은 아미노산 서열이 서열번호 1-27 및 408 중 임의의 세트이거나, 서열번호 1-27 및 408 중 임의의 서열과 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상의 서열 동일성을 나타내는 IgSF 도메인 또는 이의 특이적인 결합 부위이다. 일부 구현예에서, IgSF 도메인은 IgV 도메인 또는 IgC 도메인 또는 이들의 특이적인 결합 부위를 포함한다. 표 1은 서열번호 1-27 및 408의 서열을 각각 포함하고 있는 IgSF 도메인을 확인한다.
일부 구현예에서, 변형되지 않거나 또는 야생형 IgSF 도메인은 세포외 도메인(ECD) 또는 포유류 IgSF 구성원 같은 IgSF 구성원의 IgSF 도메인(예컨대, IgV 도메인 또는 IgC 도메인)을 포함하는 부위를 포함한다. 일부 구현예에서, 변형되지 않거나 또는 야생형 IgSF 도메인은 (i) 서열번호 28-54 및 410 중 임의의 아미노산 서열, (ii) 서열번호 28-54 및 410 중 임의의 서열에 대하여 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열, 또는 (iii) IgV 도메인 또는 IgC 도메인을 포함하는 (i) 또는 (ii)의 특이적인 결합 부위를 포함한다.
일부 구현예에서, 본 발명의 면역조절 단백질의 적어도 하나의 포유류 IgSF 도메인과 같은 적어도 하나의 IgSF 도메인은, 표 1에 개시되어 있는 서열번호 1-27 및 408 과 같으나 이에 제한되지 않는, 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 단백질을 포함하는 상응하는 야생형 IgSF 도메인 또는 이의 특이적인 결합 단편에 대하여 적어도 약 99%, 98%, 97%, 96%, 95%, 94%, 93%, 92%, 91%, 90%, 89%, 88%, 87%, 86% 85%, 또는 80% 서열 동일성을 갖도록 독립적으로 친화성 변형되었다.
일부 구현예에서, 본 명세서에서 제공하는 면역조절 단백질의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 표 1에 개시되어 있는 서열번호 1-27 및 408 과 같으나 이에 제한되지 않는, 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 단백질을 포함하는 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 도메인의 특이적인 결합 단편이다. 일부 구현예에서, 특이적인 결합 단편은 적어도 60, 70, 80, 90, 100, 또는 110개 아미노산과 같이 적어도 50개 아미노산의 아미노산 길이를 갖는다. 일부 구현예에서, IgV 도메인의 특이적인 결합 단편은 적어도 야생형 또는 변형되지 않은 IgV 도메인의 아미노산 갈이의 약 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 길이를 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, IgC 도메인의 특이적인 결합 단편은 적어도 야생형 또는 변형되지 않은 IgC 도메인의 아미노산 갈이의 약 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 길이를 갖는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 특이적인 결합 단편은 면역학적 활동을 조절한다. 추가적인 특정 구현예에서, IgSF 도메인의 특이적인 결합 단편은 면역 활성을 증가시킨다. 대체적인 구현예에서, 특이적인 결합 단편은 면역 활성을 감소시킨다.
일부 구현예에서, 두 핵산 서열 또는 두 아미노산의 동일성 백분률을 결정하기 위하여, 서열은 적절한 비교 목적(예컨대, 제2 아미노산 또는 핵산 서열의 적절한 배열로 제1 아미노산 또는 핵산 서열에 차이가 도입될 수 있다.)을 위해 정렬된다. 대응하는 아미노산 위치 또는 뉴클레오타이드 위치의 아미노산 잔기 또는 뉴클레오타이드는 비교된다. 제1 서열의 위치가 제2 서열의 대응하는 위치의 아미노산 잔기 또는 뉴클레오타이드와 동일할 때, 분자는 그 위치에서 동일하다. 두 서열 사이의 동일한 정도는 서열에 의해 공유되는 동일한 위치의 수(예컨대, 동일한 동일성 / 전체 위치 수(예컨대, 중첩 위치) × 100)의 함수이다. 한 구현예에서, 두 서열은 같은 길이이다. 수동으로 서열을 정렬하고 동일한 핵산 또는 아미노산의 수를 센다. 대안적으로, 동일한 정도를 결정하기 위한 두 서열의 정렬은 수학적 알고리즘을 사용하여 이루어질 수 있다. 상기 알고리즘은 NBLAST 및 XBLAST 프로그램에 통합되어 있다. BLAST 뉴클레오타이드 검색은 NBLAST 프로그램과 함께 이루어질 수 있는데, 스코어 = 100, 단어 길이 = 12, 로 수행되어 본 발명의 핵산 분자에 상동인 뉴클레오타이드 서열을 얻기 위함이다. BLAST 단백질 검색은 XBLAST 프로그램램과 함께 이루어질 수 있는데, 스코어 = 50, 단어 길이 = 3으로 수행되어 본 발명의 핵산 분자에 상동인 뉴클레오타이드 서열을 얻기 위함이다. 비교 목적으로 차이있는 배열을 얻기 위해, 차이 BLAST가 이용될 수 있다. 대안적으로, 분자 간의 거리를 감지하는 반복된 검색을 수행하기 위해 PSI-Blast를 사용할 수 있다. NBLAST, XBLAST 및 차이 BLAST 프로그램을 사용할 때 NCBI 웹 사이트에서 사용할 수 있는 것과 같은 각 프로그램의 기본 매개 변수가 사용될 수 있다. 대안적으로, 서열 동일성은 NCBI 데이터베이스에 BLAST 프로그램에 의해 서열이 정렬된 후에 계산될 수 있다. 일반적으로, 예를 들어, "득점 행렬"과 "갭 패널티"가 정렬에 사용될 수 있다. 본 발명과 관련하여, BLASTN 및 PSI BLAST NCBI 기본값이 사용될 수 있다.
면역조절 단백질의 친화성 변형된 IgSF 도메인이 고안 또는 제작되는 방법은 임의의 특정한 방법에 제한되지 않는다. 그러나, 일부 구현예에서, 야생형 IgSF 도메인은 야생형 IgSF 유전적 물질로부터 돌연변이(부위 특이적, 임의 또는 이들의 조합)되었으며, 변형된 결합을 위해 예시에 개시된 방법에 따라 스크린되었다. 방법 또는 핵산의 돌연변이화는 해당 기술분야에 알려져 있다. 일부 구현예에서, 친화성 변형된 IgSF 도메인은 공적으로 접근 가능한 데이터베이스에서 순차적으로 스크린된 임의의 숫자의 새롭게 합성된 단백질 또는 핵산 서열이다. 국립생물공학정보센터는 상기 정보를 제공하고, 이의 웹사이트는 공적으로 인터넷을 통해 접근가능하며, 이는 상술한바와 같이 UniProtKB 데이터베이스도 같다.
일부 구현예에서, 적어도 하나의 비-친화성 변형된 IgSF 도메인 및/또는 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 본 명세서에서 제공되는 면역학적 시냅스(IS)를 형성하는 포유류의 세포에서 발현하는 적어도 하나의 세포 표면 분자 종류에 특이적으로 결합하는 면역조절 단백질에 존재한다. 일부 구현예에서, 본 명세서에서 제공되는 면역조절 단백질은 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개와 같이 복수의 비-친화성 변형된 IgSF 도메인 및/또는 친화성 변형된 IgSF 도메인을 포함할 수 있다. 하나 또는 그 이상의 이런 비-친화성 변형된 IgSF 도메인 및/또는 친화성 변형된 IgSF 도메인은 독립적으로 IS를 형성하는 포유류 세포 하나 또는 양쪽 모두에 특이적으로 결합할 수 있다.
종종, 면역조절 단백질의 친화성-변형된 IgSF 도메인이 특이적으로 결합하는 세포 표면 분자 종류는 야생형 IgSF 패밀리 구성원 또는 친화성 변형되고 있는 야생형 IgSF 도메인의 동족 결합 파트너가 될 수 있다. 일부 구현예에서, 세포 표면 분자 종류는 인간 IgSF 구성원이다. 일부 구현예에서, 세포 표면 분자 종류는 표 1에 나타나는 세포 표면 동족 결합 파트너일 수 있다. 일부 구현예에서, 세포 표면 분자 종류는 인간 세포와 같은 포유류 세포의 표면의 필로바이러스 단백질과 같은 바이러스 단백질이 될 수 있다.
일부 구현예에서, 본 명세서에서 제공하는 면역조절 단백질의 적어도 하나의 비-친화성 변형된 및/또는 친화성 변형된 IgSF 도메인은 IS를 형성하는 포유류 세포의 표면에 나타나는 적어도 두가지 또는 세가지의 세포 표면 분자 종류에 결합한다. 세포 표면 분자 종류는 IS를 형성하거나, 대안적으로 세포 표면 분자 종류가 모두 나타나는 두가지 포유류 세포(즉, 시스 형태) 중 하나 또는 다른 것에 배타적으로 결합할 수 있도록 면역조절 단백질의 비-친화성 변형된 및/또는 친화성 변형된 IgSF 도메인에 특이적으로 결합한다.
일부 구현예에서, 친화성 변형된 IgSF 도메인은 하나의 분자 종류가 IS를 형성하는 두 포유류 세포 중 하나에 발현하고, 및 다른 분자 종류는 IS를 형성하는 두 포유류 세포 중 제2 세포에 발현하는 적어도 두가지 세포 표면 분자 종류에 특이적으로 결합한다. 일부 구현예에도 불구하고 일부 구현예에서, 세포 표면 분자 종류는 필수적으로 IS를 형성하는 두 포유류 세포(즉, 트랜스 형태) 중 하나 또는 다른 하나에 단독으로 존재할 필요는 없다. 따라서, 본 명세서에서 제공하는 구현예는 포함한다. 각 세포 표면 종류는 IS를 형성하는 포유류 세포 중 하나 또는 다른 하나에 배타적으로 나타나며, 세포 포면 분자 종류는 각각의 친화성 변형된 IgSF 결합인 IS를 형성하는 두 포유류 세포(즉, 시스 및 트랜스 형태) 모두에 나타난다.
당업자는 항원 제시 세포(APC) 및 종양 세포가 림프구와 함께 면역 적 시냅스를 형성한다는 것을 인식할 것이다. 따라서, 일부 구현예에서, 면역조절 단백질의 적어도 하나 이상의 비-친화성 변형된 IgSF 도메인 및/또는 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 IS를 형성하는 림프구와 결합하는 암 세포에 존재하는 세포 표면 분자 종류에만 특이적으로 결합한다. 다른 구현예에서, 면역조절 단백질의 적어도 하나 이상의 비-친화성 변형된 IgSF 도메인 및/또는 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 IS를 형성하는 APC 또는 종양 세포와 결합하는림프구에 존재하는 세포 표면 분자 종류에만 특이적으로 결합한다. 일부 구현예에서, 비-친화성 변형된 IgSF 도메인 및/또는 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 표적 세포(또는 APC) 및 IS를 형성하는 림프구 모두에 존재하는 세포 표면 분자 종류에 결합한다.
본 발명의 구현예는 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 도메인(예컨대, 포유류 IgSF 도메인)과 상이한 아미노산 서열을 갖는 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인을 포함하는 면역조절 단백질이 이의 동족 결합 파트너 중 적어도 하나에 특이적인 결합 조건에서 변형되지 않은 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 도메인 대조군에 비하여 친화성-변형된 IgSF 도메인의 결합 친화성(또는 다중체 또는 다른 관련 구조에서의 결합 활성)가 증가 또는 감소된다. 일부 구현예에서, 친화성 변형된 IgSF 도메인은 예를 들어, 고체형 ELISA 면역 분석, 유동 세포 분석법 또는 Biacore 분석에 의해 결정된 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 대조군 서열과 다른 동족 결합 파트너에 대한 결합 친화력을 갖는다. 일부 구현예에서, 친화성 변형된 IgSF 도메인은 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 도메인과 비교하여 하나 이상의 동족 결합 파트너에 대해 증가된 결합 친화성를 갖는다. 일부 구현예에서, 친화성 변형된 IgSF 도메인은 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 도메인과 비교하여 하나 또는 그 이상의 동족 결합 파트너에 대한 감소된 결합 친화성를 갖는다. 일부 실시 양태에서, 동족 결합 파트너는 인간 단백질 또는 설치류 단백질과 같은 포유류 단백질일 수 있다.
동족 결합 파트너 각각에 대한 결합 친화성는 독립적이다; 즉, 일부 구현예에서, 친화성 변형된 IgSF 도메인은 야생형 또는 변형되지 않은 폴리펩타이드에 대하여 1, 2 또는 3 개의 상이한 동족 결합 파트너에 대한 증가된 결합 친화성, 및 야생 동종 접합체에 비해 1,2 또는 3 개의 상이한 동족 결합 파트너에 대한 감소된 결합 친화성를 갖는다.
일부 구현예에서, 본 발명에서 제공하는 면역조절 단백질은 친화성 변형된 IgSF 도메인의 결합 친화성 또는 결합 활성이 야생형 또는 변형되지 않은 폴리펩타이드에 대하여 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 100%, 200%, 300%, 400%, 500%, 1000%, 5000% 또는 10,000% 증가된 적어도 하나의 친화성 변형된 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 도메인에 비해 결합 친화성의 증가는 1.2배, 1.5배, 2배, 3배, 4배, 5배, 6배, 7배, 8배, 9배, 10배, 20배, 30배, 40배 또는 50배 이상이다.
일부 구현예에서, 본 명세서에서 제공하는 면역조절 단백질은 친화성 변형된 IgSF 도메인의 결합 친화성 또는 결합 활성이 야생형 또는 변형되지 않은 대조군 IgSF 도메인에 대하여 적어도 10%, 및 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80% 또는 90% 까지 감소된 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 도메인에 비해 결합 친화성의 감소는 1.2배, 1.5배, 2배, 3배, 4배, 5배, 6배, 7배, 8배, 9배, 10배, 20배, 30배, 40배 또는 50배 이상이다.
일부 구현예에서, 본 명세서에서 제공하는 면역조절 단백질은 특별한 동족 결합 파트너에 대한 친화성 변형된 IgSF 도메인의 선택성이 야생형 또는 변형되지 않은 대조군 IgSF 도메인에 대하여 증가된 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 선택성은 하나 또는 그 이상의 동족 결합 파트너와 비교하여 특정한 결합 파트너의 결합 비율로 대표된다. 일부 구현예에서, 특정한 결합 파트너의 결합의 선택 비율은 약 1.2배, 1.5배, 2배, 3배, 4배, 5배, 6배, 7배, 8배, 9배, 10배, 20배, 30배, 40배 또는 50배 이상 크다. 일부 구현예에서, 친화성 변형된 IgSF 도메인의 선택성은 야생형 또는 변형되지 않은 대조군 IgSF 도메인에 대하여 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 100%, 200%, 300%, 400%, 500%, 1000%, 5000% 또는 10,000% 증가하였다.
일부 구현예에서, 본 명세서에서 제공하는 면역조절 단백질은 동족 결합 파트너에 대한 특이적인 결합 친화성이 약 1x10-5 M, 1x10-6 M, 1x10-7 M, 1x10-8 M, 1x10-9 M, 1x10-10 M or 1x10-11 M, 또는 1x10-12 M 이하인 적어도 하나의 친화성 변형된 도메인을 포함한다.
일부 구현예에서, 본 명세서에서 제공하는 면역조절 단백질은 적어도 하나의 IgSF 도메인은 친화성 변형되고, 일부 구현예에서는 두개 모두 친화성 변형된 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 이의 동족 결합 파트너에 대하여 증가된 친화성(또는 결합 활성)를 가지고, 및 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 이의 동족 결합 파트너에 대하여 감소된 친화성(또는 결합 활성)를 가지는 적어도 두개의 IgSF 도메인을 포함한다. 기능적으로, 이의 동족 결합 파트너에 대한 특이적인 결합이 증가 또는 감소되었는지 여부와 관계없이 면역조절 단백질은, 적절한 분석 대조군에서 부모 분자인 림프구 또는 항원 제시 세포와 같이 야생형을 발현하는 면역 세포에 비하여 조작된 면역세포의 면역 활성을 증가 또는 억제하는 하나 또는 그 이상의 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인을 가진다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 적어도 두개의 친화성 변형된 IgSF 도메인을 포함하는데, 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 수용체를 활성화시키고자 하며, 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 억제 수용체에 반대한다. 일부 구현예에서, 면역 활성의 증가는 세포독성 활성 분석, 세포성 사이토카인 또는 세포 증식 분석 등의 비-제로 대조군 값에 비하여 적어도 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 75%, 100%, 200%, 300%, 400%, 또는 500% 크게 증가할 수 있다. 일부 구현예에서, 면역 활성의 억제는 적어도 10%, 및 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 또는 90%까지 감소할 수 있다.
본 발명의 면역조절 단백질의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 일부 구현예에서 특이적으로 이의 동족 결합 파트너에 경쟁적으로 결합할 수 있다. 다른 구현예에서, 본 발명의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 특이적으로 이의 동족 결합 파트너에 비-경쟁적으로 결합할 수 있다.
일부 구현예에서, 본 발명의 면역조절 단백질은 다양한 세포 표면 분자 종류에 결합하지만, 실질적으로 친화성이 변형되어 더이상 이의 관련된 세포 표면 분자 종류에 특이적으로 결합하지 않는 SF 도메인을 포함할 수 있다. 따라서, 이런 구현예에서, 특이적으로 이의 관련된 세포 표면 분자 종류에 결합하는 것은 야생형 수준의 90% 이하로, 예를 들어 80%, 70%, 60%, 50%, 40%, 30%, 20% 이하로 감소된다. 일부 구현예에서, 이의 관련된 세포 표면 분자 종류에 특이적으로 결합하는 것은 야생형 수준의 10% 이하로 감소되며, 종종 7%, 5%, 3%, 1% 이하로, 또는 검출되지 않거나 통계적으로 의미있는 특이적인 결합이 아니도록 감소된다.
일부 구현예에서, 포유류 IgSF 도메인의 특이적인 결합 부위는 적어도 하나의 세포 표면 분자 중류에 대하여 불활성화 또는 실질적으로 불활성화되어 있다. 따라서, 예를 들어, 야생형 IgSF 도메인이 특이적으로 두 가지 세포 표면 분자 종류에 정확하게 결합한다면, 일부 구현예에서, 하나의 세포 표면 분자 종류에 특이적으로 정확하게 결합하도록 친화성이 변형된다. 그리고, 만일 야생형 IgSF 도메인이 특이적으로 세 가지 세포 표면 분자 종류에 정확하게 결합한다면, 일부 구현예에서, 두 가지의 세포 표면 분자 종류에 특이적으로 정확하게 결합하도록 친화성이 변형된다. 실질적으로 관련된 세포 표면 분자 종류에 더이상 특이적으로 결합하지 않도록 친화성 변형된 IgSF 도메인은 특이적으로 경쟁적 또는 비-경쟁적으로 이의 세포 표면 분자 종류에 결합하는 IgSF 도메인일 수 있다. 한 분명한 예시에서, 특이적으로 동족 결합 파트너에 결합하는 천연 CD80(B7-1)을 고려하는데, 결합 파트너는 CD28, PD-L1 및 CTLA4이다. 일부 구현예에서, CD80은 IgSF일 수 있는데, 이의 CD28 및/또는 PD-L1 에 대한, 그러나 CTLA4 에는 어떤 생리적으로 분명하게 특이적으로 결합하지 않는, 특이적인 결합을 증가 또는 감소시키기 위해 친화성 변형되었다. 동족 결합 파트너에 실질적으로 더이상 특이적으로 결합하지 않는 친화성 변형된 IgSF 도메인은 특이적으로 경쟁적 또는 비-경쟁적으로 이의 세포 표면 분자 종류에 결합하는 IgSF 도메인일 수 있다. 당업자는 그들 중 하나에 대하여 불활성화될 수 있을지라도 두가지 동족 결합 파트너에 경쟁적으로 결합하는 야생형 IgSF 도메인을 알아보게 될 것인데, 예를 들어, 그들의 결합 부위는 정확히 동일한 시간은 아니지만 단지 다른 동족 결합 파트너의 결합을 방해하는 특이적인 결합이고, 아직 두 경쟁적 결합 부위가 구별되어 겹칠 뿐이다.
본 명세서에서 제공하는 면역조절 단백질의 비-친화성 변형된 IgSF 도메인 및/또는 친화성 변형된 IgSF 도메인은, 일부 구현예에서, 특이적으로 이의 관련된 세포 표면 분자 종류에 경쟁적으로 결합할 수 있다. 다른 구현예에서, 본 명세서에서 제공하는 면역조절 단백질의 비-친화성 변형된 IgSF 도메인 및/또는 친화성 변형된 IgSF 도메인은 특이적으로 이의 관련된 세포 표면 분자 종류에 비-경쟁적으로 결합할 수 있다. 임의의 본 명세서에서 제공하는 면역조절 단백질의 비-친화성 변형된 IgSF 도메인 및/또는 친화성 변형된 IgSF 도메인은 특이적으로 경쟁적 또는 비-경쟁적으로 결합할 수 있다.
일부 구현예에서, 본 명세서에서 제공하는 면역조절 단백질의 적어도 두 개의 비-친화성 변형된 IgSF 도메인 또는 적어도 하나의 비-친화성 변형된 IgSF 도메인 및 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인, 또는 적어도 두 개의 친화성 변형된 IgSF 도메인은, 하나의 IgSF 도메인은 특이적으로 경쟁적으로 결합하고, 제2 IgSF 도메인은 비-경쟁적으로 이의 관련된 세포 표면 분자 종류에 결합한다. 보다 일반적으로, 본 명세서에서 제공하는 면역조절 단백질은 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의 경쟁적 또는 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의 비-경쟁적 결합하는 비-친화성 변형된 IgSF 도메인 및/또는 친화성 변형된 IgSF 도메인 또는 이들의 임의의 조합을 포함할 수 있다. 따라서, 본 명세서에서 제공하는 면역조절 단백질은 다수의 비-경쟁적 및 경쟁적 결합하는 IgSF 도메인을 포함할 수 있으며, 각각 0 및 1, 0 및 2, 0 및 3, 0 및 4, 1 및 0, 1 및 1, 1 및 2, 1 및 3, 2 및 0, 2 및 1, 2 및 2, 2 및 3, 3 및 0, 3 및 1, 3 및 2, 3 및 3, 4 및 0, 4 및 1, 및, 4 및 2 이다.
일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 본 발명에서 제공하는 면역조절 단백질의 다수의 IgSF 도메인, 다수의 비-친화성 변형된 IgSF 도메인 및/또는 친화성 변형된 IgSF 도메인을 포함할 수 있으며, 서로 공유결합적으로 직접 연결되어 있을 필요는 없다. 일부 구현예에서, 하나 또는 그 이상의 아미노산 잔기의 간섭 범위는 비-친화성 변형된 및/또는 친화성 변형된 IgSF 도메인이 서로 간접적으로 공유결합적으로 연결되어 있다. 연결은 N-말단에서 C-말단 잔기를 통해 이루어질 수 있다.
일부 구현예에서, 연결은 비-친화성 변형된 또는 친화성 변형된 IgSF 도메인의 N-말단 또는 C-말단에 위치하지 않은 아미노산 잔기의 곁 사슬을 통해 이루어질 수 있다. 따라서, 연결은 말단 또는 내부 아미노산 잔기 또는 이들의 조합을 통해 이루어질 수 있다.
“펩타이드 연결”은 단일 아미노산 잔기 또는 이보다 긴 길이의 비-친화성 변형된 또는 친화성 변형된 IgSF 도메인의 연결이다. 일부 구현예에서, 펩타이드 연결은 적어도 하나의 아미노산 잔기이나, 20, 19, 18, 17, 16, 15, 14, 13, 12, 11, 10, 9, 8, 7, 6, 5, 4, 3, 2, 또는 1 개의 아미노산 잔기 길이보다 길지 않다. 일부 구현예에서, 연결은 세 알라닌(AAA)이다. 일부 구현예에서, 연결은(한 글자 아미노산 코드): GGGGS(“4GS”; 서열번호 1870) 또는 서열번호 229 (2xGGGGS) 또는 서열번호 228 (3xGGGGS)의 서열과 같은 2, 3, 4, 또는 5 개 4GS 연결의 반복등의 4GS 연결의 다합체이다. 일부 구현예에서, 연결은(한 글자 아미노산 코드) GSGGGGS(서열번호 1869)이다.
Ⅲ. 예시적인 친화성-변형된 도메인 및 면역조절 단백질
일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 상기 표 1에서 기재하고 있는 서열과 같은 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 도메인에서 하나 또는 그 이상의 아미노산 치환을 가진 친화성 변형된 IgSF 도메인을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 하나 또는 그 이상의 아미노산 치환은 IgV 도메인 또는 이의 특이적인 결합 단편에서 나타난다. 일부 구현예에서, 하나 또는 그 이상의 아미노산 치환은 IgC 도메인 또는 이의 특이적인 결합 단편에서 나타난다. 일부 구현예에서, 하나 또는 그 이상의 아미노산 치환은 IgV 도메인 또는 이의 특이적인 결합 단편에서 나타나고, 하나 또는 그 이상의 아미노산 치환은 IgC 도메인 또는 이의 특이적인 결합 단편에서 나타난다.
야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 도메인 서열은 본 명세서에서 기재하는 다양한 IgSF 도메인 폴리펩타이드를 생산하기 위한 시작 구성을 가질 필요는 없다. 따라서, “치환”과 같은 용어 “변형”의 사용은 현재 구현예가 IgSF 단백질 변이체를 제조하는 특정한 방법에 제한 되는 것으로 암시하지 않는다. IgSF 폴리펩타이드의 변이체는, 예를 들어, 새로운 펩타이드 합성으로 만들어질 수 있으며, 따라서 치환과 같은 변동을 암호화하기 위해 코돈을 변경하는 “치환”과 같은 변형을 반드시 요구하지는 않는다. 이 원칙은 아미노산 잔기의 용어 “삽입” 및 “결실”까지 확장되며, 특정한 제조 방법을 암시하는 것이 아니다. 이는 다양한 IgSF 폴리펩타이드가 고안 또는 제조되는 것은 임의의 특정한 방법에 제한되지 않음을 의미한다. 일부 구현예에서, 그러나, 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 폴리펩타이드는 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 폴리펩타이드에서 돌연변이된 핵산을 암호화하고, 원하는 특이적인 결합 친화성 및/또는 IFN-감마 발현 또는 다른 기능적 활성을 위해 스크린된다. 일부 구현예에서, 다양한 IgSF 폴리펩타이드는 공적으로 접근 가능한 임의의 수의 데이터베이스 및 스크린된 새롭게 사용되는 단백질 또는 핵산 서열로 합성된다. 국립생물공학정보센터는 상기 정보를 제공하고, 이의 웹사이트는 공적으로 인터넷을 통해 접근 가능하며 이는 UniProtKB 데이터베이스도 상기와 같다.
다르게 기재되어 있지 않는 한, 본 명세서에 기재된 바와 같이, 아미노산 치환은 표 1에 기재된 변형되지 않은 ECD 서열의 위치 번호 매김에 상응하는 아미노산 위치 번호에 의해 표시된다.
친화성-변형된 IgSF 도메인 내지 이의 IgSF 도메인(예컨대, IgV)을 포함하는 부위 내의 아미노산 치환과 같은 변형의 대응하는 위치를 확인하기 위해서, 언급한 서열을 배열하는 것 등은 당업자의 통상의 기술 수준 내에 있다. 본 개시 내용 전반에 걸친 변형 목록에서, 아미노산 위치는 중간에 표시되는데, 번호 앞에 나열된 상응하는 변형되지 않은(예컨대, 야생형) 아미노산 및 번호 뒤에 나열된 확인된 변형 아미노산 치환이 표시된다. 변경이 위치의 결실인 경우 "del"이 표시되고 수정이 해당 위치에 삽입되면 "ins"가 표시된다. 일부 예시에서, 삽입은 번호 앞뒤에 나열된 변형되지 않은(예컨대, 야생형) 상응하는 아미노산 및 변형되지 않은(예컨대, 야생형) 아미노산 뒤에 나열된 확인된 다양한 아미노산 삽입과 함께 중간에 표시된 아미노산 위치가 나열된다.
일부 구현예에서, 친화성-변형된 IgSF 도메인은 최대 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20 개의 아미노산 치환을 가진다. 치환은 IgV 도메인 또는 IgC 에서 일어날 수 있다. 일부 구현예에서, 친화성 변형된 IgSF 도메인은 IgV 도메인 또는 이의 특이적인 결합 단편에서 최대 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20 개의 아미노산 치환을 가진다. 일부 구현예에서, 친화성 변형된 IgSF 도메인은 IgC 도메인 또는 이의 특이적인 결합 단편에서 최대 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 또는 20 개의 아미노산 치환을 가진다. 일부 구현예에서, 친화성 변형된 IgSF 도메인은 서열번호 1-27 및 408 중 임의의 서열의 IgSF 도메인을 포함하는 IgSF 단백질의 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 도메인 또는 이의 특이적인 결합 단편과 적어도 약 85%, 86%, 86%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 의 서열 동일성을 갖는다.
일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 B7 IgSF 패밀리 구성원의 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 도메인에서 하나 또는 그 이상의 아미노산 치환을 포함하는 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인을 갖는다. 일부 구현예에서, B7 IgSF 패밀리 구성원은 CD80, CD86, 또는 ICOS 리간드(ICOSL)이다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 서열번호 1, 2 또는 5 중 임의의 서열의 IgSF 단백질에 포함된 IgSF 도메인(예컨대, IgV 또는 IgC)과 같은 CD80, CD86, 또는 ICOS 리간드(ICOSL)의 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 도메인 또는 이의 특이적인 결합 단편과 적어도 약 85%, 86%, 86%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 의 서열 동일성을 갖는다. CD80의 친화성 변형된 IgSF 도메인의 예시는 표 2 및 표 3의 서열이다. 일부 구현예에서, CD80의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 증가된 결합 친화성 또는 CD28에 대여 증가한 결합 선택성을 나타낸다. 일부 구현예에서, CD80의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 증가된 결합 친화성 또는 CTLA-4에 대여 증가한 결합 선택성을 나타낸다. ICOSL의 친화성 변형된 IgSF 도메인의 예시는 표 4의 서열이다. 일부 구현예에서, ICOSL의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 증가된 결합 친화성 또는 CD28 또는 ICOS에 대여 증가한 결합 선택성을 나타낸다. CD86의 친화성 변형된 IgSF 도메인의 예시는 표 5의 서열이다.
[표 2]
Figure pct00004
Figure pct00005
[표 3]
Figure pct00006
Figure pct00007
[표 4]
Figure pct00008
[표 5]
Figure pct00009
일부 구현예에서, 친화성-변형된 IgSF 도메인은 일부 예시에서, 높은 친화성 또는 선택성을 가지고 억제 수용체에 결합한다. 일부 구현예에서, 친화성-변형된 IgSF 도메인은 억제 수용체에 결합하는 IgSF 패밀리 구성원의 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 도메인(예컨대, IgV)에 하나 또는 그 이상의 아미노산 치환(예컨대, 치환, 결실 또는 삽입)을 포함한다. 상기와 같은 억제 수용체의 예시로는 PD-1, CTLA-4, LAG3, TIGIT, TIM-3, 또는 BTLA 이다.
일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 필로바이러스 수용체 IgSF 패밀리 구성원의 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 도메인에 하나 또는 그 이상의 아미노산 치환을 포함하는 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 필로바이러스 수용체 IgSF 패밀리 구성원은 CD155(PVR) 또는 CD122(PRR-2) 이다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 서열번호20 또는 21 중 임의의 서열을 갖는 IgSF 단백질을 포함하는 IgSF 도메인(예컨대, IgV 또는 IgC)을 CD155 또는 CD112의 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 도메인 또는 이의 특이적인 결합 단편에 대하여 적어도 약 85%, 86%, 86%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99%의 서열 동일성을 갖는다. CD155의 친화성 변형된 IgSF 도메인의 예시는 표 6에 제시되어 있다. CD112의 친화성 변형된 IgSF 도메인의 예시는 표 7에 제시되어 있다. 일부 구현예에서, CD155 또는 CD112의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 TIGIT에 대하여 증가된 결합 친화성 또는 증가된 결합 선택성을 나타낸다.
[표 6]
Figure pct00010
Figure pct00011
Figure pct00012
Figure pct00013
[표 7]
Figure pct00014
Figure pct00015
Figure pct00016
일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 PD-L1 또는 PD-L2의 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 도메인에 하나 또는 그 이상의 아미노산 치환(예컨대, 치환, 결실 또는 삽입)을 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 서열번호3 또는 4 중 임의의 서열을 갖는 IgSF 단백질을 포함하는 IgSF 도메인(예컨대, IgV 또는 IgC)을 포함하는 PD-L1 또는 PD-L2의 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 도메인 또는 이의 특이적인 결합 단편에 대하여 적어도 약 85%, 86%, 86%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 의 서열 동일성을 갖는다. PD-L1의 친화성 변형된 IgSF 도메인의 예시는 표 8에 제시되어 있다. PD-L2의 친화성 변형된 IgSF 도메인의 예시는 표 9에 제시되어 있다. 일부 구현예에서, PD-L1 또는 PD-L2의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 PD-1에 대하여 증가된 결합 친화성 또는 증가된 결합 선택성을 나타낸다.
[표 8]
Figure pct00017
Figure pct00018
Figure pct00019
Figure pct00020
[표 9]
Figure pct00021
Figure pct00022
일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 NKp30 패밀리 구성원의 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 도메인에 하나 또는 그 이상의 아미노산 치환(예컨대, 치환, 결실 또는 삽입)을 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 서열번호27의 서열을 갖는 IgSF 단백질을 포함하는 IgSF 도메인(예컨대, IgC)을 포함하는 NKp30 패밀리 구성원의 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 도메인 또는 이의 특이적인 결합 단편에 대하여 적어도 약 85%, 86%, 86%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 의 서열 동일성을 갖는다. 표 10은 친화성 변형된 NKp30 IgSF 도메인의 예시를 제공한다.
[표 10]
Figure pct00023
IV. 분비가능한 면역조절 단백질 및 조작된 세포
상기에서 기재된 임의의 것과 같이 본 명세서에서 제공하는 면역조절 단백질은 조작된 세포에 의하여 발현되거나 분비될 수 있다. 분비가능한 면역조절 단백질(SIP) 및 상기의 분비가능한 면역조절 단백질을 발현 및 생산하는 조작된 세포는 질병 또는 장애를 가진 포유류에서 면역 시스템 반응이 유익하도록 면역학적 활성을 조절함으로써 치료적 용도를 가질 수 있다.
일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 야생형 IgSF 도메인의 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합하는 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인인, 야생형 IgSF 도메인에 대하여 하나 또는 그 이상의 아미노산 치환을 포함하는 적어도 하나의 비-면역글로불린 친화성-변형된 면역글로불린 수퍼패밀리(IgSF) 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 친화성-변형된 IgSF 도메인은 본 명세서에서 기재하는 것과 같은 임의의 Ig 수퍼패밀리 구성원의 친화성-변형된 IgSF 도메인을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 친화성-변형된 IgSF 도메인은 단백질의 B7 족의 IgSF 패밀리 구성원일 수 있다. 일부 구현예에서, 친화성-변형된 IgSF 도메인은 억제 수용체에 결합하는 IgSF 패밀리 구성원이다. 일부 구현예에서, 친화성-변형된 IgSF 도메인은 IgSF 도메인에서 표 2~10 에 개시된 임의의 하나 또는 그 이상의 아미노산 치환과 같은 임의의 하나 또는 그 이상의 아미노산 치환을 포함한다.
일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 막관통 단백질을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 반감기 연장 모이어티(Fc 도메인 또는 다량화 도메인과 같은)에 복합되어 있지 않다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 세포 밖으로 도메인을 꺼내기 위해 항체 신호 펩타이드 또는 다른 효율적인 신호 서열과 같은 신호 단백질을 포함한다. 면역조절 단백질이 신호 펩타이드를 포함하고, 조작된 세포에 의해 발현되었을 때, 신호 펩타이드는 면역조절 단백질이 조작된 세포에 의해 분비되게 한다. 일반적으로, 신호 펩타이드, 또는 신포 펩타이드의 부분은 분비와 함께 면역조절 단백질로부터 절단된다. 면역조절 단백질은 핵산(발현 백터의 일부분일 수 있다)으로부터 암호화될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 세포(1차 면역세포 등의 면역세포와 같은)에 의해 발현 및 분비될 수 있다.
A. 신호 펩타이드
일부 구현예에서, 본 명세서에서 제공되는 면역조절 단백질은 신호 펩타이드를 더 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 본 명세서에서 제공하는 것은 신호 펩타이드를 암호화하는 분비 서열에 작동가능하게 연결된 면역조절 단백질을 암호화 핵산 분자이다.
신호 펩타이드는 세포로부터 면역조절 단백질 분비를 신호하는 면역조절 단백질의 N-말단에 존재하는 서열이다. 일부 구현예에서, 신호 펩타이드는 약 5개에서 40개 아미노산 길이(와 약 5개에서 7개, 약 7개에서 10개, 약 10개에서 15개, 약 15개에서 20개, 약 20개에서 25개, 약 25개에서 30개, 약 30개에서 35개, 약 35개에서 40개 같은)이다.
일부 구현예에서, 신호 펩타이드는 야생형 IgSF 패밀리 구성원에 대응하는 천연의 신호 펩타이드이다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 적어도 하나의 야생형 IgSF 패밀리 구성원의 야생형 IgSF 도메인 및 야생형 IgSF 패밀리 구성원의 신호 펩타이드에 하나 또는 그 이상의 아미노산 치환을 갖는 비-면역글로불린 친화성 변형된 면역글로불린 수퍼패밀리(IgSF) 도메인을 포함한다. IgSF 패밀리 구성원의 신호 펩타이드의 예시는 표 1에 확인되어 있다.
일부 구현예에서, 신호 펩타이드는 비-자연 신호 펩타이드이다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 비-자연 신호 펩타이드는 대응하는 야생형 IgSF 패밀리 구성원의 돌연변이 자연신호 펩타이드이고, 하나 또는 그 이상(2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 또는 10 또는 그 이상과 같은)의 치환 삽입 또는 결실을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 비-자연 신호 펩타이드는 야생형 IgSF 패밀리 구성원의 다른 IgSF 패밀리 구성원의 신호 펩타이드 또는 이의 돌연변이이다. 일부 구현예에서, 면역글로불린(IgG 중쇄 또는 IgG-카파 경쇄와 같은), 사이토카인(인터루킨-2(IL-2) 또는 CD33과 같은), 혈청 알부민 단백질(예컨대, HSA 또는 알부민), 인간 아주로시딘 단백질원 신호 서열, 루시퍼레이즈, 트립시노겐(예컨대, 키모트립시노겐 또는 트립시노겐) 또는 세포에서 단백질을 효율적으로 분비할 수 있는 다른 신호 펩타이드와 같은 비-IgSF 단백질 족의 신호 펩타이드는 신호 펩타이드 또는 이의 돌연변이이다. 신호 펩타이드의 예시는 표 11에 기재된 임의의 것을 포함한다.
[표 11]
Figure pct00024
일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 발현되었을 때 신호 펩타이드를 포함하고, 신호 펩타이드(또는 이의 부위)는 면역조절 단백질이 분리됨에 따라 절단된다.
B. 핵산 분자 및 발현 벡터
본 명세서에서 제공되는 분리 또는 재조합 핵산은 집합적으로 본 발명의 면역조절 폴리펩타이드에 대한 임의의 다양한 제공된 구현예들을 암호화하는 “핵산”을 의미한다. 한 측면에서, 면역조절 단백질을 암호화하는 제공된 핵산은 야생형 IgSF 도메인의 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합하는, 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인의 야생형 IgSF 도메인에 하나 또는 그 이상의 아미노산 치환을 포함하는 적어도 하나의 비-면역글로불린 친화성 변형된 면역글로불린 수퍼패밀리(IgSF) 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 핵산 분자에 의해 암호화되는 면역조절 단백질은 막관통 단백질을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 핵산 분자에 의해 암호화되는 면역조절 단백질은 반감기 연장 모이어티(Fc 도메인 또는 다량체화된 도메인과 같은)를 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 핵산 분자에 의해 암호화되는 면역조절 단백질은 신호 펩타이드를 포함한다. 일부 구현예에서, 핵산 분자는 면역조절 단백질의 발현을 조절하기 위해 작동가능하게 연결된 적어도 하나의 프로모터를 더 포함할 수 있다.
본 명세서에서 제공하는, 이하 기재되는 모든 것을 포함하여, 핵산은 세포 조작을 포함하여 재조합된 면역조절 단백질의 발현에서 유용하다. 본 명세서에서 제공하는 핵산은 RNA 또는 DNA의 형태일 수 있으며, mRNA, cRNA, 재조합 또는 합성 RNA 및 DNA 및 cDNA를 포함한다. 본 발명의 핵산은 전형적으로 DNA 분자이며, 보통 이중가닥 DNA 분자이다. 그러나, 본 발명에서 제공되는 임의의 뉴클레오타이드 서열을 포함하여 단일가닥 DNA, 단일가닥 RNA, 이중가닥 RNA, 및 융합 DND/RNA 핵산 또는 이의 조합일 수 있다.
또한 본 명세서에서 제공되는 발현 벡터들은 본 발명의 면역조절 단백질을 발현하기 위한 세포 조작에서 유용하다. 일부 측면에서, 제공된 재조합 발현 벡터는 면역조절 단백질은 야생형 IgSF 도메인의 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합하는, 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인을 포함하는 적어도 하나의 비-면역글로불린 친화성-변형된 면역글로불린 수퍼패밀리(IgSF) 도메인을 포함하는, 분비를 위한 신호 서열을 조절하기에 적절한 면역조절 단백질을 암호화 핵산을 포함한다. 일부 구현예에서, 암호화된 면역조절 단백질은 세포에서 발현될 때 분비된다. 일부 구현예에서, 핵산 분자에 의해 암호화된 면역조절 단백질은 막관통 도메인을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 핵산 분자에 의해 암호화되는 면역조절 단백질은 반감기 연장 모이어티(Fc 도메인 또는 다량체화된 도메인과 같은)를 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 핵산 분자에 의해 암호화되는 면역조절 단백질은 신호 펩타이드를 포함한다.
본 명에서에서 제공되는 면역조절 단백질을 암호화 핵산은 재조합 DNA 및 클로닝 기술을 이용하여 세포 내로 도입될 수 있다. 이를 위해, 면역조절 단백질을 암호화하는 재조합 DNA 분자가 준비된다. 상기와 같은 DNA 분자를 준비하는 방법은 해당 기술분야에 공지되어 있다. 예를 들어, 펩타이드를 암호화하기 위한 서열은 적절한 제한 효소를 사용하여 DNA로부터 잘려질 수 있다. 대안적으로, DNA 분자는 포스포라미티드법 등의 화학적 합성 기술을 이용하여 합성될 수 있다. 또한, 이런 기술들의 조합도 이용될 수 있다. 일부 예시에서, 재조합 또는 합성된 핵산은 중합효소 연쇄 반응(PCR)을 통해 제조될 수 있다.
일부 구현예에서, DNA 삽입은 하나 또는 그 이상의 친화성-변형된 IgSF 도메인의 암호화로 제작될 수 있고, 일부 구현예에서, 신호 펩타이드이다. 이 DNA 삽입은 적절한 형질도입/형질전환 벡터로 복제될 수 있다. 또한 제공되는 발현 벡터는 핵산 분자를 포함한다.
일부 구현예에서, 발현 벡터는 단백질 발현에 적합한 조건에서 적절한 세포에서 면역조절 단백질을 발현할 수 있다. 일부 측면에서, 핵산 분자 또는 발현벡터는 적절한 발현 대조군 서열에 작동가능하게 부착되어 면역조절 단백질을 암호화하는 DNA 분자를 포함한다. 이 작동가능한 연결을 발생시키는 방법은, DNA 분자가 벡터에 삽입되기 전 또는 후에, 공지되어 있다. 프로모터, 활성자, 인핸서, 작동자, 리보솜 결합 부위, 개시 신호, 종결신호, 캡 신호, 아데닐산화 신호 및 다른 신호를 포함하는 대조군 서열의 발현은 형질도입 또는 형질전환된 대조군을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 발명의 핵산은 분비가능한을 암호화하는 뉴클레오타이드 서열 또는 면역조절 단백질을 암호화 핵산에 작동가능하게 연결된 신호 펩타이드를 더 포함하고, 그렇게 함으로써 면역조절 단백질이 분비된다.
일부 구현예에서, 면역조절 단백질의 통제 또는 조절하기 위해 프로모터로 조절된다. 프로모터는 면역조절 단백질을 암호화 핵산 분자의 부위에 작동가능하게 연결되어 있다. 일부 구현예에서, 프로모터는 구성적으로 활성화된 프로모터(조직-특이적 구성적으로 활성화된 프로모터 또는 다른 구성적 프로모터)이다. 일부 구현예에서, 프로모터는 유도하는 개체(T 세포 활성화 신호)에 대해 응답하는 유도성 프로모터이다.
일부 구현예에서, 구성적 프로모터는 면역조절 단백질을 암호화 핵산 분자에 작동가능하게 연결되어 있다. 구성적 프로모터의 예시는 시미안 바쿠오레이팅 바이러스 40(SV40) 프로모터, 사이토메갈로바이러스(CMV) 프로모터, 유비퀴틴 C(UbC) 프로모터 및 EF-1 알파(EF1a) 프로모터이다. 일부 구현예에서, 구성적 프로모터는 조직 특이적이다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 프로모터는 면역조절 단백질의 면역세포, 림프구 또는 T 세포와 같은 특이적 조직에서의 구성적 발현을 가능하게 한다. 조직-특이적 프로모터는 U.S. Patent No. 5,998,205에 개시되어 있으며, 예를 들어, 태아단백질, DF3, 티로시나아제, CEA, 계면활성제 단백질 및 ErbB2 프로모터를 포함한다.
일부 구현예에서, 유도성 프로모터는 면역조절 단백질을 암호화 핵산 분자에 작동가능하게 연결되어 있으며, 핵산의 발현은 적절한 전사 유도자의 존재 또는 부존재를 조절함으로써 조절 가능하다. 예를 들어, 프로모터는 암호화된 폴리펩타이드의 발현을 조절하기 위해 프로모터 또는 공개된 테트라사이클린-조절 시스템 또는 다른 조절 시스템(예컨대, 공개된 국제 PCT 출원 No. WO 01/30843 참고)과 같은 전사 인자 발현 시스템을 조절할 수 있다. 조절가능한 프로모터 시스템의 예시는 예를 들어, 클론테크(팔로 알토, CA)의 Tet-On(및 Tet-Off) 시스템이 가능하다. 이 프로모터 시스템은 독시사이클린과 같은 테트라사이클린 또는 테트라사이클린 유도체에 의해 이식 유전자의 발현을 조절할 수 있게 한다. 다른 조절 가능하능한 프로모터는 공지되어 있다(예컨대, 공개된 U.S. 출원 번호 2002-0168714, 발명의 명칭 "단일 사슬, 단량체, 리간드 의존 폴리펩타이드 스위치를 이용한 유전자 발현의 조절", 호르몬 수용체 유래의 리간드 결합 도메인 및 전사성 조절 도메인을 포함하는 유전자 스위치).
일부 구현예에서, 프로모터는 T 세포 활성화 신호에 반응하는 요소에 반응한다. 단지 예시로서, 일부 구현예에서, 조작된 T 세포는 면역조절 단백질을 암호화하는 발현 벡터 및 면역 조절 단백질의 발현을 조절하도록 작동 가능하게 연결된 프로모터를 포함한다. 조작된 T 세포는 예를 들어, 조작된 T 세포 수용체(TCR) 또는 키메릭 항원 수용체(CAR)를 통해 신호함으로써 활성화될 수 있으며, 이에 의해 반응성 프로모터를 통한 면역조절 단백질의 발현 및 분비를 유발할 수 있다.
일부 구현예에서, 유도성 프로모터는 면역조절 단백질을 암호화 핵산 분자에 작동가능하게 연결되어 있고, 활성화된 T 세포(NFAT)의 핵인자 또는 활성화된 B 세포(NF-κB)의 핵인자 카파 경쇄 인핸서에 따른 반응으로 면역조절 단백질이 발현된다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 유도성 프로모터는 NFAT 또는 NF-κB을 위한 결합 부위를 포함한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 프로모터는 NFAT 또는 NF-κB의 프로모터 또는 이의 기능적 변이체이다. 따라서, 일부 구현예에서, 핵산은 면역조절 단백질의 유독성을 감소 또는 제거함으로써 면역조절 단백질 발현의 조절을 가능하게 한다. 특히, 본 발명의 핵산을 포함하는 조작된 면역세포는 오직 세포(예컨대, T 세포 수용체(TCR) 또는 키메릭 항원 수용체(CAR)이 세포에 의해 발현될 때)가 특이적으로 항원 및/또는 세포(예컨대, 세포의 칼슘 신호전달 경로)에 의해 자극받을 때 또는 포볼 미리스테이트 아세테이트(PMA)/이오노마이신에 의해 비-특이적으로 자극받을 때 면역조절 단백질을 발현 및 분비한다. 이에 따라, 면역조절 단백질의 발현 및 조절은 원하지 않는 면역조절 단백질 상호작용을 감소 또는 제거할 수 있도록 필요할 때 및 필요한 곳에서만 조절될 수 있다(예컨대, 전염성 질병-발생 인자, 암 또는 종양 부위의 존재).
일부 구현예에서, 본 명세서에서 기재하는 면역조절 단백질을 암호화 핵산은 NFAT 프로모터, NF-κB 프로모터, 또는 이의 기능적 변이체를 암화화하는 적절한 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 본 명세서에서 사용되는 "NFAT 프로모터"는 최소 프로모터에 연결된 하나 또는 그 이상의 NFAT 반응성 요소를 의미한다. 본 명세서에서 사용되는 "NF-κB 프로모터"는 최소 프로모터에 연결된 하나 또는 그 이상의 NF-κB 반응성 요소를 의미한다. 일부 구현예에서, 유전자의 최소 프로모터는 최소 인간 IL-2 프로모터 또는 CMV 프로모터이다. NFAT 반응성 요소는, 예를 들어, NFAT1, NFAT2, NFAT3 및/또는 NFAT4 반응성 요소를 포함할 수 있다. NFAT 프로모터, NF-κB 프로모터, 또는 이의 기능적 변이체는 어떤 수의 결합 모티프를 포함하는데, 예를 들어, 적어도 2개, 적어도 3개, 적어도 4개, 적어도 5개, 적어도 6개, 적어도 7개, 적어도 8개, 적어도 9개, 적어도 10개, 적어도 11개 또는 12개 까지의 결합 모티프를 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 적절한 세포에서 DNA 분자를 갖는 발현 벡터의 결과는 변형, 변환에 사용된다. 도입은 해당 기술분야에 공지된 방법을 사용하여 수행될 수 있다. 예시적인 방법은 바이러스, 예를 들어, 레트로 바이러스 또는 렌티 바이러스, 형질 전환, 트랜스포존 및 전기천공법을 포함하는 수용체를 암호화 핵산의 전달을 위한 방법을 포함한다. 일부 구현예에서, 발현 벡터는 바이러스 벡터이다. 일부 실시 양태에서, 핵산은 렌티 바이러스 또는 레트로 바이러스 형질 도입 방법에 의해 세포 내로 전달된다.
C. 예시적인 면역조절 단백질 및 암호화 핵산 분자
본 명세서에서 제공하는 면역조절 단백질, 예컨대, 분비가능한 면역조절 단백질은 상기 기재에 따라 IgSF 도메인(예컨대, IgV 도메인 또는 IgC 도메인)을 포함하고, IgSF 도메인에서 아미노산 치환 같은 기재된 하나 또는 그 이상의 아미노산 변형을 포함하고, 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인을 포함하는 서열번호 28-54 및 410 또는 이의 특이적인 결합 단편 중 임의의 것에 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 의 서열동일성을 갖는 아미노산을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 명세서에서 제공하는 면역조절 단백질, 예컨대, 분비가능한 면역조절 단백질은 서열번호 28-54 및 410(예컨대, 표 1 참고) 중 임의의 제시된 아미노산 서열을 포함하는 IgV 도메인 또는 이의 특이적 단편의 아미노산 서열을 포함한다. 하지만 하나 또는 그 이상의 아미노산 변형, 예컨대, 아미노산 치환을 포함하는 IgV 도메인은 서열번호 28-54 및 410 중 임의의 상응하는 IgV 도메인에 대하여 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열동일성을 갖는다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 또는 그 이상의 아미노산 변형, 예컨대, 아미노산 치환을 포함한다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 기재한 신호 펩타이드를 더 포함한다. 일부 구현예에서, 신호 펩타이드는 상응하는 야생형 IgSF 구성원(예컨대, 표 1 참고)의 천연 신호 펩타이드이다. 일부 구현예에서, 신호 펩타이드는 표 11에서 기재한 임의의 것과 같은 비-천연 신호 펩타이드이다.
본 명세서에서 제공하는 면역조절 단백질을 암호화 핵산 분자는 하나 또는 그 이상의 아미노산 치환 같은 아미노산 변형을 포함하는 IgSF 도메인(예컨대, IgV 도메인 또는 IgC 도메인)을 포함하고, 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인을 포함하는 서열번호 28-54 및 410 중 임의 또는 이의 특이적인 결합 단편에 대하여 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열 동일성을 갖는 아미노산 서열을 암호화하는 뉴클레오타이드 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 분비가능한 면역조절 단백질 같은 면역조절 단백질은 서열번호 28-54 및 410 중 임의의 제시된 아미노산 서열(예컨대, 표 1 참고) 내에 하나 또는 그 이상의 아미노산 치환 같은 아미노산 변형을 포함하는 IgV 도메인 또는 이의 특이적 단편을 포함하는 아미노산 서열을 암호화하는 뉴클레오타이드 서열을 포함하는데, IgV 도메인은 상응하는 서열번호 28-54 및 410 중 임의의 것을 포함하는 IgV 도메인에 대하여 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 의 서열 동일성을 갖는다. 일부 구현예에서, 핵산 분자는 신호 펩타이드를 암호화하는 뉴클레오타이드 서열을 더 포함한다. 일부 구현예에서, 신호 펩타이드는 상응하는 야생형 IgSF 구성원(예컨대, 표 1 참고)의 천연 신호 펩타이드이다. 일부 구현예에서, 신호 펩타이드는 표 11 등에서 기재하는 임의의 비-천연 신호 펩타이드이다.
일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 나열된 아미노산 변형(예컨대, 아미노산 치환)을 포함하는 ECD의 서열번호 중 임의의 제시된 것 또는 표 2-10 중에 IgV 제시된 서열 또는 적어도 ECD의 서열번호 중 임의의 제시된 것 또는 표 2-10 중에 IgV 제시된 서열에 대하여 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 아미노산 서열을 나타내는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 기재된 신호 펩타이드를 더 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 신호 펩타이드는 상응하는 야생형 IgSF 구성원(예컨대, 표 1 참고)의 천연 신호 펩타이드이다. 일부 구현예에서, 신호 펩타이드는 표 11 등에서 기재하는 임의의 비-천연 신호 펩타이드이다.
일부 구현예에서, 핵산분자는 나열된 아미노산 변형(예컨대, 아미노산 치환)을 포함하는 ECD의 서열번호 중 임의의 제시된 것 또는 표 2-10 중에 IgV 제시된 서열 또는 ECD의 서열번호 중 임의의 제시된 것 또는 표 2-10 중에 IgV 제시된 서열 중 임의의 서열에 대하여 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 아미노산 서열을 나타내는 것 중 임의의 아미노산 서열을 가지는 면역조절 단백질을 암호화한다. 일부 구현예에서, 핵산 분자는 신호 펩타이드를 암호화하는 뉴클레오타이드 서열을 더 포함한다. 일부 구현예에서, 신호 펩타이드는 상응하는 야생형 IgSF 구성원(예컨대, 표 1 참고)의 천연 신호 펩타이드이다. 일부 구현예에서, 신호 펩타이드는 표 11 등에서 기재하는 임의의 비-천연 신호 펩타이드이다.
V. 막관통 면역조절 단백질
본 명세서에서 제공되는 면역조절 단백질은 막관통 단백질("막관통 면역조절 단백질")이다. 막관통 면역조절 단백질, 및 상기의 막관통 면역조절 단백질을 발현하는 조작된 세포는 일반적으로 질병 또는 질환을 가진 포유류에서 면역 시스템 응답의 조절이 유용하도록 면역학적 활성을 조절함으로써 치료적 용도를 가진다. 본 발명의 막관통 면역조절 단백질은 엑토도메인, 막관통 및 일부 구현예에서는, 세포질 신호전달 도메인을 포함한다.
A. 엑토도메인
일부 구현예에서, 제공된 막관통 면역조절 단백질은 야생형 포유류 IgSF 구성원의 IgSF 도메인과 비교하여 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인을 포함하는 엑토도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 야생형 IgSF 도메인에서 하나 이상의 아미노산 치환을 포함하는 적어도 하나의 비-면역글로불린 친화성 변형된 면역글로불린 수퍼패밀리(IgSF) 도메인을 포함하며, 하나 이상의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 특이적으로 야생형 IgSF 도메인의 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 결합한다. 일부 구현예에서, 친화성-변형된 IgSF 도메인은 본 명세서에 기재된 임의의 것과 같은 Ig 수퍼패밀리 구성원의 친화성-변형된 IgSF 도메인을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 친화성-변형된 IgSF 도메인은 단백질의 B7 족의 IgSF 패밀리 구성원이다. 일부 구현예에서, 친화성-변형된 IgSF 도메인은 억제 수용체에 결합하는 IgSF 패밀리 구성원에 존재한다. 일부 구현예에서, 친화성-변형된 IgSF 도메인은 표 2 내지 10 중 임의의 하나 이상의 아미노산 치환과 같이 본 명세서에 기재된 IgSF 도메인에서의 임의의 하나 이상의 아미노산 치환을 포함한다.
B. 막관통 도메인
본 명세서에서 제공된 막관통 면역조절 단백질은 엑토도메인에 연결된 막관통 도메인을 더 포함한다. 일부 구현예에서, 막관통 도메인은 세포의 세포 표면 발현을 위해 암호화된 단백질을 초래한다. 일부 구현예에서, 막관통 도메인은 직접적으로 엑토도메인에 연결된다. 일부 구현예에서, 막관통 도메인은 하나 이상의 링커 또는 스페이서를 통해 엑토도메인에 간접적으로 연결된다. 일부 구현예에서, 막관통 도메인은 주로 류신 및 발린과 같은 소수성 아미노산 잔기를 포함한다.
일부 구현예에서, TIP가 조작된 T 세포와 같은 조작된 세포의 표면 상에 발현되는 것을 보장하기 위해서 전장의 막관통 앵커 도메인을 사용할 수 있다. 편리하게, 이것은 친화성 변형된 특정 천연 단백질(예컨대, CD80 또는 ICOSL 또는 기타 천연 IgSF 단백질)에서 유래한 IgSF 단백질과 유사한 방식으로 제1 막 근위 영역의 서열에 간단하게 융합될 수 있다(예컨대, CD80 또는 ICOSL). 일부 구현예에서, 막관통 면역조절 단백질은 상응하는 야생형 또는 변형되지 않은 IgSF 구성원의 막관통 도메인, 예를 들어 서열번호 1-27 및 408 중 어느 하나에 기재된 아미노산 서열에 포함된 막관통 도메인을 포함한다(표 1 참고).
일부 구현예에서, 막관통 도메인은 야생형 IgSF 구성원의 막관통 도메인이 아닌 비-천연 막관통 도메인이다. 일부 구현예에서, 막관통 도메인은 막-결합되거나 막관통 단백질인 다른 비-IgSF 족 폴리펩타이드로부터의 막관통 도메인으로부터 유도된다. 일부 구현예에서, T 세포상의 또 다른 단백질로부터의 막관통 앵커 도메인이 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 막관통 도메인은 CD8 로부터 유도된다. 일부 구현예에서, 막관통 도메인은 스페이서 도메인으로 작용하는 CD8의 세포 외 부분을 추가로 포함할 수 있다. CD8 유래 막관통 도메인의 예시는 서열번호 1574에 개시되어 있거나, 또는 이의 CD8 막관통 도메인을 포함하는 부분이다. 일부 구현예에서, 막관통 도메인은 합성 막관통 도메인이다.
C. 엔도도메인
일부 구현예에서, 막관통 면역조절 단백질은 막관통 도메인에 연결된 세포질 신호전달 도메인과 같은 엔도도메인을 더 포함한다. 일부 구현예에서, 세포질 신호전달 도메인은 세포 신호전달을 유도한다. 일부 구현예에서, 막관통 면역조절 단백질의 엔도도메인은 상응하는 야생형 또는 변형되지 않은 폴리펩타이드의 엔도도메인, 예를 들어 서열번호 1-27 및 408 중 어느 하나에 기재된 아미노산 서열에 포함된 엔도도메인을 포함한다(표 1 참고).
일부 구현예에서, 막관통 면역조절 단백질의 엔도도메인이 적어도 하나의 ITAM(티로신기반 면역수용체 활성화 모티프)-포함 신호 도메인을 포함하는 세포질 신호전달 도메인을 포함하는 CAR-관련 막관통 면역조절 단백질이 제공된다. ITAM은 T 세포 수용체 신호전달에 관여하는 CD3-제타 사슬("CD3-z")을 포함하여 면역 세포의 신호전달에 관여하는 많은 단백질 신호전달 영역에서 발견되는 보존 된 모티프이다. 일부 구현예에서, 상기 엔도 도메인은 CD3-제타 신호전달 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, CD3-제타 신호전달 도메인은 서열번호 1575에 제시된 아미노산 서열 또는 서열번호 1575에 제시된 아미노산 서열의 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 를 나타내고, 및 T 세포 신호전달의 활성을 보유한다. 일부 구현예에서, CAR-관련 막관통 면역조절 단백질의 엔도도메인은 T-세포의 면역조절 반응을 추가로 조절하기위한 상호자극 신호전달 도메인을 더 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 상호자극 신호전달 도메인은 CD28, ICOS, 41BB 또는 OX40이다. 일부 구현예에서, 제공된 CAR-관련 막관통 면역조절 단백질은 동족 결합 파트너 또는 반대 구조에 친화성 변형된 IgSF 도메인의 결합시 T 세포 신호전달을 자극하는 CAR의 특징을 갖는다. 일부 구현예에서, 친화성-변형된 IgSF 도메인에 의한 그의 반대 구조에 대한 특이적인 결합시 세포독성, 증식 또는 사이토카인 생산의 변화에 의해 반영되는 T- 세포 활성의 면역학 활성의 변화를 유도할 수 있다.
일부 구현예에서, CAR- 관련 막관통 면역조절 단백질은 원하는 반대 구조에 특이적으로 결합하도록 조작된 항원 결합 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 친화성 변형된 IgSF 도메인은 그의 천연 반대 구조에 특이적으로 결합한다. 일부 구현예에서, 반대-구조는 IgSF 패밀리 구성원이다. 일부 구현예에서, 종양 특이적 IgSF 반대 구조에 특이적으로 결합하는 CAR 관련 막관통 면역조절 단백질이 제공된다. 일부 구현예에서, 항원 결합 영역(엑토도메인)은 친화성 변형된 IgSF 도메인 NKp30이다. 일부 구현예에 있어서, 친화성 변형된 IgSF 도메인은 종양 특이적 항원 NKp30 리간드 B7-H6에 특이적으로 결합한다(Levin 등, The Journal of Immunology, 2009, 182, 134.20 참고). 상기 구현예의 예에서, 상기 엔도도메인은 CD3-제타 신호전달 도메인과 같은 신호전달 도메인을 포함하는 적어도 하나의 ITAM(티로신기반 면역수용체 활성화 모티프)을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 엔도도메인은 CD28 공동자극 도메인, OX40 신호전달 도메인 및 41BB 신호전달 도메인 중 적어도 하나를 더 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 막관통 면역조절 단백질은 세포질 신호전달을 매개 할 수 있는 엔도도메인을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 막관통 면역조절 단백질은 야생형 또는 변형되지 않은 폴리펩타이드의 신호전달 메커니즘을 갖지 않으며, 따라서 자체적으로 세포 신호전달을 유도하지 않는다. 일부 구현예에서, 막관통 면역조절 단백질은 상응하는 야생형 또는 변형되지 않은 폴리펩타이드의 세포 내(세포질) 도메인 또는 세포 내 도메인의 일부분, 예를 들어 아미노산 서열에 포함 된 세포질 신호전달 도메인 서열번호 1-27 및 408 (표 1 참고). 일부 구현예에서, 막관통 면역조절 단백질은 IgSF 군의 억제 수용체(예컨대, PD-1 또는 TIGIT)를 포함하는 특정 억제 수용체에 포함된 것과 같은 ITIM(티로신기반 면역수용체 활성화 모티프)을 포함하지 않는다. 따라서, 일부 구현예에서, 막관통 면역조절 단백질은 기재된 바와 같이 엑토도메인 및 막관통 도메인만을 포함한다.
D. 핵산 분자 및 벡터
본 발명의 막관통 면역조절 폴리펩타이드의 다양한 제공되는 구현예 중 임의의 것을 암호화하는 "핵산"으로 통칭되는 분리된 또는 재조합 핵산이 본 발명에서 제공된다. 이하 기재된 것을 포함하여 본 발명에서 제공된 핵산은 조작된 세포 용을 포함하여 막관통 면역조절 단백질의 재조합 발현에 유용하다. 본 발명에서 제공된 핵산은 RNA 형태 또는 DNA 형태일 수 있으며, mRNA, cRNA, 재조합 또는 합성 RNA 및 DNA, 및 cDNA를 포함한다. 본 발명의 핵산은 전형적으로 DNA 분자 및 통상적으로 이중 가닥 DNA 분자이다. 그러나, 본 발명의 뉴클레오타이드 서열 중 임의의 것을 포함하는 단일 가닥 DNA, 단일 가닥 RNA, 이중 가닥 RNA 및 융합 DNA/RNA 핵산 또는 이들의 조합도 제공된다.
일부 구현예에서, 막관통 면역조절 단백질의 발현은, 대체적인 분비가능한 면역조절 단백질에 대해 본 발명에 기재된 바와 같이, 발현을 통제 또는 조절하기 위한 인핸서에 대한 프로모터에 의해 조절된다. 프로모터는 면역조절 단백질을 암호화 핵산 분자의 부분에 작동 가능하게 연결된다. 일부 구현예에서, 프로모터는 구성적으로 활성화 프로모터(조직-특이적 구성 활성화 프로모터 또는 다른 구성 프로모터와 같은)이다. 일부 구현예에서, 프로모터는 유도제(예를 들어, T 세포 활성화 신호)에 반응할 수 있는 유도성 프로모터이다. 구조적으로 또는 유도적으로 발현을 강화, 통제 또는 조절하기 위한 임의의 프로모터 또는 요소가 사용될 수 있으며, 본 발명에 기재된 모든 것을 포함한다. 특정 측면에서, 프로모터는 예를 들어 조작된 T 세포 수용체(TCR) 또는 키메릭 항원 수용체(CAR)를 통한 신호전달에 의해 T- 세포 활성화 신호전달에 반응하는 요소에 반응하는 프로모터이다. 이러한 프로모터의 예로는 기재된 바와 같이 NFAT 또는 NF-κB에 대한 결합 부위를 포함하는 프로모터가 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 프로모터는 NFAT 또는 NF-κB 프로모터 또는 이의 기능적 변이체이다.
본 발명의 막관통 면역조절 단백질을 발현하도록 세포를 조작하는데 유용한 발현 벡터도 본 발명에서 제공된다. 본 발명에서 제공된 면역조절 폴리펩타이드는 재조합 DNA 기술을 사용하여 세포 내로 도입될 수 있다. 이를 위해, 막관통 면역조절 폴리펩타이드를 암호화하는 재조합 DNA 분자가 제조된다. 이러한 DNA 분자를 제조하는 방법은 해당 기술분야에 공지되어 있다. 예를 들어, 펩타이드를 암호화하는 서열은 적당한 제한효소를 사용하여 DNA로부터 절단될 수 있다. 대안적으로, DNA 분자는 포스포라미디트 방법과 같은 화학적 합성 기술을 사용하여 합성 될 수 있다. 또한, 이들 기술의 조합이 사용될 수 있다. 일부 예시에서, 재조합 또는 합성 핵산은 중합 효소 연쇄 반응(PCR)을 통해 생성될 수 있다.
일부 구현예에서, 임의의 엔도도메인(즉, 세포질 도메인), 막관통 앵커 도메인, 선택적인 스페이서 도메인, 선택적인 에피토프 표지 및 최종적으로 하나 이상의 세포 외 친화성 변형된 IgSF 도메인을 포함하는 전장 DNA 삽입이 생성될 수 있다. 이 DNA 삽입은 당업자에게 공지된 바와 같이 적절한 T 세포 형질 도입/형질 감염 벡터 내로 복제될 수 있다. 또한, 핵산 분자를 포함하는 벡터가 제공된다.
일부 구현예에서, 발현 벡터는 단백질 발현에 적합한 조건에서 적절한 세포에서 막관통 면역조절 단백질을 발현할 수 있다. 일부 측면에서, 발현 벡터는 적절한 발현 조절 서열에 작동 가능하게 연결된 막관통 면역조절 단백질을 암호화하는 DNA 분자를 포함한다. DNA 분자가 벡터에 삽입되기 전이나 후에 이 작동가능한 연결에 영향을 미치는 방법은 공지되어 있다. 발현 조절 서열은 프로모터, 활성자, 인핸서, 작동자, 리보솜 결합 부위, 개시 신호, 정지 신호, 캡 신호, 폴리아 데닐화 신호 및 전사 또는 번역의 조절과 관련된 다른 신호를 포함한다. 일부 구현예에서, 본 발명의 핵산은 막관통 면역조절 단백질을 암호화 핵산에 작동 가능하게 연결된 분비가능한 또는 신호 펩타이드를 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 더 포함한다.
일부 구현예에서, DNA 분자를 갖는 생성된 발현 벡터를 사용하여 형질도입과 같은 적절한 세포를 변형시킨다. 도입은 당업계에 공지된 방법을 사용하여 수행될 수 있다. 예시적인 방법은 바이러스, 예를 들어, 레트로바이러스 또는 렌티바이러스, 형질 전환, 트랜스포존 및 전기천공법을 포함하는 수용체를 암호화 핵산의 전달을 위한 방법을 포함한다. 일부 구현예에서, 발현 벡터는 바이러스 벡터이다. 일부 구현예에서, 핵산은 렌티바이러스 또는 레트로바이러스 형질 도입 방법에 의해 세포 내로 전달된다.
E. 예시적인 막관통 면역조절 단백질 및 암호화 핵산 분자
서열번호 381-407 및 409 중 임의의 또는 이의 부위와 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 포함하는 상기 기재에 부합하는 본 명세서에서 제공하는 막관통 면역조절 단백질은 상기에서 기재된 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인 및 막관통 도메인을 포함하는 엑토도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 막관통 면역조절 단백질은 표 2 내지 10 중 임의의 것으로 기재되는 ECD 또는 IgV의 서열번호 중 임의의 것으로 기재되는 아미노산 서열, 또는 표 2 내지 10 중 임의의 것으로 기재되는 ECD 또는 IgV의 서열번호 및 나열된 아미노산 변형(예컨대, 아미노산 치환)을 포함하는 것에 대하여 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 포함하는 엑토도메인을 포함한다. 일일부 구현예에서, 암호화된 면역조절 단백질은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 또는 그 이상의 아미노산 치환과 같은 아미노산 변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 막관통 면역조절 단백질은 표 1의 서열번호 381-407 및 409 중 임의의 상기 기재된 바와 같은 세포질 도메인을 더 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 막관통 면역조절 단백질은 신호 펩타이드를 더 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 신호 펩타이드는 상응하는 야생형 IgSF 구성원의 천연 신호 펩타이드이다(표 1 참고). 일부 구현예에서, 신호 펩타이드는 표 11 등에 기재되어 있는 비-천연 신호 펩타이드이다.
또한, 본 발명에 제공되는 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인, 막관통 도메인 및 선택적으로 세포질 도메인을 포함하는 엑토도메인을 포함하는 막관통 면역조절 단백질을 암호화 핵산분자는 서열번호 381-407 및 409 중 임의의 것 또는 이들의 부위와 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 이상의 서열 동일성을 나타내는 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 막관통 면역조절 단백질은 표 2 내지 10 중 임의의 것으로 기재되는 ECD 또는 IgV의 서열번호 중 임의의 것으로 기재되는 아미노산 서열, 또는 표 2 내지 10 중 임의의 것으로 기재되는 ECD 또는 IgV의 서열번호 및 나열된 아미노산 변형(예컨대, 아미노산 치환)을 포함하는 것에 대하여 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99%의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 포함하는 엑토도메인을 포함한다. 일일부 구현예에서, 암호화된 면역조절 단백질은 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20 또는 그 이상의 아미노산 치환과 같은 아미노산 변형을 포함한다. 일부 구현예에서, 막관통 면역조절 단백질은 신호 펩타이드를 더 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 신호 펩타이드는 상응하는 야생형 IgSF 구성원의 천연 신호 펩타이드이다(표 1 참고). 일부 구현예에서, 신호 펩타이드는 표 11 등에 기재되어 있는 비-천연 신호 펩타이드이다.
VI. 조작된 세포
본 명세서에서 제공하는 조작된 세포는 본 명세서에서 기재하는 면역조절 단백질 또는 면역조절 단백질을 암호화 핵산(발현 벡터와 같은)을 포함한다.
일부 구현예에서, 조작된 세포는 분비가능한 면역조절 단백질 또는 기재된 것과 같은 임의의 분비가능한 면역조절 단백질을 암호화 핵산 분자를 포함한다. 일부 구현예에서, 조작된 세포는 면역조절 단백질을 발현 및 분비한다. 일부 구현예에서, 조작된 세포는 단백질 분비에 적합한 조건에서 세포로부터 면역조절 단백질을 발현 및 분비할 수 있거나 또는 분비할 수 있게 한다.
한 측면에서, 면역조절 단백질을 암호화 핵산 분자를 포함하는 조작된 면역 세포가 제공되며, 면역조절 단백질은 야생형 IgSF 도메인에 하나 또는 그 이상의 아미노산 변형(예컨대, 치환)을 포함하는 적어도 하나의 비-면역글로불린 친화성-변형된 면역글로불린 수퍼패밀리(IgSF) 도메인이고, 야생형 IgSF 도메인의 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너와 특이적으로 결합하는 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인; 면역조절 단백질을 발현 및 분비하도록 구성된 조작된 세포이다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 막관통 도메인을 포함하지 않는다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 반감기 연장 모이어티(예를 들어, 다량화된 도메인 또는 Fc 도메인)에 접합되지 않는다. 일부 구현예에서, 핵산 분자는 면역조절 단백질을 암호화하는 서열에 작동 가능하게 연결된 분비가능한 신호 펩타이드를 암호화하는 서열을 포함한다.
일부 구현예에서, 조작된 세포는 막관통 면역조절 단백질 또는 막관통 면역조절 단백질을 암호화 핵산 분자를 포함한다. 일부 구현예에서, 조작된 세포는 그의 표면상에 면역조절 단백질을 발현한다.
일부 구현예에서, 조작된 세포는 면역 세포, 예컨대 림프구(예를 들어, 종양 침윤 림프구(TIL), T- 세포 또는 NK 세포) 또는 골수 세포 상에 존재한다. 일부 구현예에서, 조작된 세포는 항원 제시 세포(APC)이다. 일부 구현예에서, 조작된 세포는 조작된 포유류 T 세포 또는 조작된 포유류 항원 제시 세포(APC)이다. 일부 구현예에서, 조작된 면역 세포 또는 APC는 인간 또는 래트 세포이다.
일부 구현예에서, 조작된 T 세포는 T 도움 세포, 세포독성 T 세포 (대안적으로, 세포독성 T 림프구 또는 CTL), 자연 살해 T 세포, 조절 T 세포, 기억 T 세포, 또는 감마 델타 T-세포를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 조작된 T 세포는 CD4+ 또는 CD8+이다. MHC의 신호 이외에, 조작된 T 세포는 또한 일부 구현예에서 본 명세서에서 논의된 바와 같은 면역조절 단백질에 의해 제공되는 공동자극 신호를 필요로 한다.
일부 구현예에서, 조작된 APC는 예를 들어, 대식세포, B 세포 및 수지상 세포와 같은 세포질 및 무세포질(예컨대, 생분해성 중합체 미립자) aAPCs을 포함하는 인공 APC(aAPC)뿐만 아니라 MHC II 발현 APC를 포함한다. 인공 APC(aAPCs)는 APC의 합성된 타입으로 APC와 유사한 방식으로 T 세포에 대한 항원을 제시하고 활성화시키는 역할을 한다. 항원 제시는 MHC(클래스 I 또는 클래스 II)에 의해 수행된다. 일부 측면에서, aAPC와 같은 조작된 APC에서, MHC 상에 실리는 항원은, 일부 구현예에서 종양 특이적 항원 또는 종양 관련 항원이다. MHC 상에 실리된 항원은 T 세포의 T 세포 수용체(TCR)에 의해 인식되는데, T 세포는 본 명세서에서 제공되는 면역조절 단백질의 친화성 변형된 IgSF 도메인에 의해 인식되는 하나 이상의 동족 결합 파트너 또는 다른 분자를 발현 할 수 있다.
일부 구현예에서, 세포 aAPC는 입양 세포 치료법에 사용되는 SIP 또는 TIP 및 TCR 작용제를 포함하도록 조작될 수 있다. 일부 구현예에서, 세포 aAPC는 투여 전, 예를 들어 환자에게 재도입하기 위해, 인간 T 세포의 생체 외 팽창에 사용되는 SIP 또는 TIP 및 TCR 작용제를 포함하도록 조작될 수 있다. 일부 측면에서, aAPC는 OKT3 및/또는 UCHT1와 같은 적어도 하나의 항-CD3 항체 클론의 발현을 포함할 수 있다. 일부 측면에서, aAPC는 불활성화(예컨대, 방사능 조사)될 수 있다. 일부 구현예에서, SIP 또는 TIP는 T 세포상의 동족 결합 파트너에 대한 결합 친화력을 나타내는 임의의 변이체 또는 친화성-변형된 IgSF 도메인을 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 막관통 면역조절 단백질 또는 분비할 수 있는 면역조절 단백질과 같은 본 발명에 제공된 면역조절 단백질은 항원-결합 수용체, 예를 들어, 재조합 수용체, 예컨대 키메릭 항원 수용체(CAR) 또는 T 세포 수용체(TCR)를 포함한다. 일부 구현예에서, 조작된 T 세포와 같은 조작된 세포는 암, 염증 및 자가면역질환 또는 바이러스 감염과 관련된 원하는 항원을 인식한다. 특정 구현예에서, 항원-결합 수용체는 종양 특이적 항원 또는 종양 관련 항원에 특이적으로 결합하는 항원-결합 모이어티를 포함한다. 일부 구현예에서, 조작된 T 세포는 종양 특이적 항원 또는 종양 관련 항원과 같은 항원에 특이적으로 결합하는 항원 결합 도메인(예컨대, scFv)을 포함하는 CAR(키메릭 항원 수용체) T 세포이다. 또 다른 구현예에서, 조작된 T 세포는 재조합 또는 조작된 TCR을 포함하는 TCR을 포함한다. 일부 구현예에서, TCR은 천연 TCR 일 수 있다. 당업자는 일반적으로 천연 포유류 T-세포 수용체가 항원 특이적 인식 및 결합에 관여하는 알파 및 베타 사슬(또는 감마 및 델타 사슬)을 포함함을 인식 할 것이다. 일부 구현예에서, TCR은 변형된 조작된 TCR이다. 일부 구현예에서, 조작된 T 세포의 TCR은 APC에 의해 제시되는 종양 관련 또는 종양 특이적 항원에 특이적으로 결합한다. 따라서, 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 조작된 T 세포 수용체 세포 및 조작된 키메릭 항원 수용체 세포에서 발현 및 분비된다. 이러한 구현예에서, 조작된 세포는 면역조절 단백질 및 CAR 또는 TCR을 공동 발현한다. 일부 구현예에서, SIP 단백질은 조작된 T 세포 수용체 세포 또는 조작된 키메릭 항원 수용체 세포에서 발현된다. 상기 구현예에서, 조작된 세포는 SIP 및 CAR 또는 TCR을 공동 발현한다.
키메릭 항원 수용체(CAR)는 항원-결합 도메인(엑토도메인), 막관통 도메인 및 세포 내 신호전달 영역(엔도도메인)을 포함하는 재조합 수용체로서, 항원이 결합된다. 일부 예시에서, CAR-발현 세포는 활성화 도메인 및 경우에 따라 공동자극 도메인을 포함하는 세포 내 신호전달 부분에 연결된 특정 종양 항원에 대한 특이성을 갖는 세포 외 단일사슬 가변 단편(scFv)을 발현하도록 조작된다. 공동자극 도메인은 예를 들어 CD28, OX-40, 4-1BB/CD137, 유도성 T 세포 동시자극자 (ICOS)로부터 유도될 수 있다. 활성화 도메인은 예를 들어 CD3 제타, 엡실론, 델타, 감마 등과 같은 CD3으로부터 유도될 수 있다. 특정 구현예에서, CAR은 2 개, 3 개, 4 개 또는 그 이상의 공동자극 도메인을 갖도록 설계된다. CAR scFv는 질병 또는 상태와 관련된 세포에서 발현되는 종양 항원, 예를 들어 모든 NHL, CLL 및 비-T 세포를 포함하지만 이에 한정되지 않는 모든 정상 B 세포 및 B 세포 악성을 포함하여, B 세포 계통의 세포에 의해 발현되는 막관통 단백질인 CD19와 같은 항원을 표적으로 하도록 고안될 수 있다. CAR+ T 세포 치료법 및 구조물의 예시는 미국 특허 공보 제2013/0287748호, 제2014/0227237호, 제2014/0099309호 및 제2014/0050708호에 기재되어 있으며, 이들 참고 문헌은 그 전체가 참고 문헌으로 인용된다.
일부 측면에서, 항원 결합 도메인은 단일 사슬 단편(scFv)와 같은 항체 또는 그의 항원 결합 단편이다. 일부 구현예에서, 항원은 종양 또는 암세포에서 발현된다. 항원의 예시는 CD19이다. CAR의 예시는 항-CD19 CAR, 예를 들어 서열번호 1576 또는 서열번호 1577에 기재된 항-CD19 scFv를 포함하는 CAR이다.
일부 구현예에서, CAR은 스페이서, 막관통 도메인, 및 CD3 제타 신호전달 도메인과 같은 ITAM 신호전달 도메인을 포함하는 세포 내 신호전달 도메인 또는 영역을 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, CAR은 공동자극 신호전달 도메인을 추가로 포함한다. 일부 구현예에서, 스페이서 및 막관통 도메인은 서열번호 1574, 1578, 2158에 기재되어있는 예시적인 서열을 갖는 것과 같은 CD8으로부터 유도된 경첩 및 막관통 도메인이거나, 서열번호 1574, 1578, 2158 에 대하여 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99% 또는 그 이상의 서열 동일성을 나타내는 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 엔도도메인은 CD3-제타 신호전달 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, CD3-제타 신호전달 도메인은 서열번호 1575에 제시된 아미노산 서열 또는 서열번호 1575 에 대하여 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 이상의 서열 동일성을 나타내고, 및 T 세포 신호전달의 활성을 보유한다. 일부 구현예에서, CAR의 엔도도메인은 T 세포의 면역조절 반응을 추가로 조절하기 위한 공동자극 신호전달 도메인 또는 영역을 추가로 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 공동자극 신호전달 도메인은 CD28, ICOSL, 41BB 또는 OX40이다. 일부 구현예에서, 공동자극 신호전달 도메인은 CD28 또는 4-1BB로부터 유래된 것이며, 서열번호 1579-1582 중 임의의 것으로 기재되는 아미노산 서열 또는 서열번호 1579-1582에 대하여 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 또는 그이상의 서열 동일성을 나타내는 서열을 포함하고, 및 T 세포 공동자극 신호 활성을 보유한다.
일부 구현예에서, CAR을 암호화하는 구조물은 제2 단백질, 예를 들어 자기-절단 펩타이드 서열에 의해 CAR로부터 분리된, 검출 가능한 단백질 등의 마커와 같은 제2 단백질을 추가로 암호화한다. 일부 구현예에서, 자기단 펩타이드 서열은 F2A, T2A, E2A 또는 P2A 자기-절단 펩타이드이다. T2A 자기-절단 펩타이드의 예시적인 서열은 서열번호 2165, 2169, 2177 중 임의의 하나 또는 서열번호 2165, 2169, 2177 에 대하여 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89% , 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, T2A는 서열번호 2176에 제시된 뉴클레오타이드 서열에 의해 암호화되거나 또는 서열번호 2176에 제시된 서열과 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열을 포함한다. P2A 자기-절단 펩타이드의 예시적인 서열은 서열번호 2178 이거나 또는 서열번호 2178에 대하여 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열이다.
일부 구현예에서, 마커는 검출 가능한 단백질, 예를 들어 녹색 형광 단백질(GFP) 또는 청색 형광 단백질(BFP) 등의 형광 단백질이다. 형광 단백질 마커의 예시적인 서열은 서열번호 2164, 2170, 2179, 2180 또는 서열번호 2164 또는 2170에 대하여 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90% , 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 이상의 서열 동일성을 나타나는 아미노산 서열이다.
일부 구현예에서, CAR은 서열번호 2166, 2171, 2172, 2173, 2159, 2160, 2162 또는 2163 중 임의의 것으로 기재되는 아미노산 서열, 또는 서열번호 2166, 2171, 2172, 2173, 2159, 2160, 2162 또는 2163 중 임의의 서열에 대하여 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 또는 그 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열이다. 일부 구현예에서, CAR은 서열번호 2175 또는 2161에 기재된 뉴클레오타이드 서열 또는 서열번호 2175 또는 2161에 대하여 적어도 85%, 86%, 87%, 88%, 89%, 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98% 또는 99% 또는 그 이상의 서열 동일성을 나타내는 아미노산 서열이다.
또 다른 구현예에서, 조작된 T 세포는 재조합 또는 조작된 TCR을 포함하는 TCR을 보유한다. 일부 구현예에서, TCR은 천연 TCR일 수 있다. 당업자는 일반적으로 천연 포유류 T-세포 수용체가 항원 특이적 인식 및 결합에 관여하는 알파 및 베타 사슬(또는 감마 및 델타 사슬)을 포함함을 인식 할 것이다. 일부 구현예에서, TCR은 변형된 조작된 TCR이다. 일부 구현예에서, 조작된 T 세포의 TCR은 APC에 의해 제시되는 종양 관련 또는 종양 특이적 항원에 특이적으로 결합한다.
일부 구현예에서, 막관통 면역조절 폴리펩타이드 또는 분비가능한 면역조절 폴리펩타이드와 같은 면역조절 단백질을 암호화 핵산은 재조합 T 세포 또는 조작된 APC와 같은 조작된 세포에 재조합 숙주 세포용으로 사용되는 것과 같은 다양한 전략에 의해 혼입된다. 1차 T 세포에 DNA 구조물을 도입하는 다양한 방법이 해당 기술분야에 공지되어있다. 일부 구현예에서, 바이러스 형질 도입 또는 플라스미드 전기천공법이 이용된다. 전형적인 구현예에서, 면역조절 단백질 또는 발현 벡터를 암호화 핵산 분자는 발현된 면역조절 단백질을 세포로부터 분비가능한 신호 펩타이드를 포함한다. 일부 구현예에서, 본 발명의 면역조절 단백질을 암호화 핵산은 숙주 포유류 세포에서 발현을 허용하는 레트로 바이러스 벡터와 같은 바이러스 벡터 내로 서브 클론된다. 발현 벡터는 포유류 숙주 세포에 도입될 수 있고, 숙주 세포 배양 조건 하에서 면역조절 단백질이 발현 및 분비된다.
예시적인 실시예에서, 1차 T 세포는 생체 외(CD4 세포 또는 CD8 세포 또는 둘다)로 정제되고, 항-CD3/항 -CD28 코팅된 비드와 같은 다양한 TCR/CD28 길항제로 이루어진 활성화 프로토콜로 자극될 수 있다. 2 또는 3 일의 활성화 과정 후에, 본 발명의 면역조절 단백질을 암호화하는 DNA 벡터는 해당 기술분야 표준 렌티 바이러스 또는 레트로 바이러스 형질 도입 프로토콜 또는 플라스미드 전기천공법을 통해 1차 T 세포에 안정하게 도입될 수 있다. 세포는 예를 들어, 항-에피토프 표지 또는 천연 모 분자 및 친화성 변형된 변이체와 교차-반응하는 항체를 사용하여 면역조절 단백질 발현 및 분비를 모니터링할 수 있다.
면역조절 단백질 발현 및 분비시, 조작된 T 세포는 다양한 수단에 의해 개선된 기능에 대해 분석될 수 있다. 조작된 CAR 또는 TCR 동시 발현은 조작된 T 세포의 이 부분이 면역조절 구조물의 발현 및 분비에 의해 유의미한 영향을 받지 않았음을 입증하기 위해 검증될 수 있다. 일단 확인되면 표준 세포외 세포독성, 증식 또는 사이토카인 분석을 통해 조작된 세포의 기능을 평가할 수 있다. 예시적인 표준 종점은 종양 계열의 용해율, 조작된 T 세포의 증식 또는 배양 상등액 중의 IFN-감마 단백질 발현이다. 종양 계열의 통계적으로 유의미한 증가된 용해, 조작된 T-세포의 증식 증가 또는 대조군 구조물에 비해 증가된 IFN-감마 발현을 유도하는 공학적 구조물을 선택할 수 있다. 또한, 천연 1차 또는 내인성 T 세포와 같은 비 조작 세포를 동일한 시험 관내 검정에 도입하여 조작된 T 세포와 같은 조작된 세포에 의해 발현 및 분비되는 면역조절 단백질 구조물의 능력을 측정할 수 있는데, 어떤 경우에는, 방관자, 천연 T 세포에서 작동자 기능을 활성화시키고 생성시키는 것을 포함하여, 활성을 조절한다. CD69, CD44 또는 CD62L과 같은 활성화 마커의 증가된 발현은 내인성 T 세포에서 모니터 될 수 있으며, 증가된 증식 및/또는 사이토카인 생산은 조작된 T 세포에 의해 발현 및 분비되는 면역조절 단백질의 바람직한 활성을 나타낼 수 있다.
일부 구현예에서, 유사한 분석법을 사용하여 CAR 또는 TCR만을 포함하는 조작된 T 세포의 기능을 CAR 또는 TCR을 포함하는 기능성 T 세포 및 면역조절 단백질을 발현 및 분비하는 기능과 비교할 수 있다. 전형적으로, 이러한 체외 검정법은 다양한 비율의 관련된 CAR 또는 TCR 항원을 포함하는 조작된 T 세포 및 "종양" 세포주를 함께 배양시 도말함으로써 수행된다. 표준 종점은 종양 세포의 용해%, 조작된 T 세포의 증식 또는 배양 상등액 중의 IFN-감마 생산이다. 통계적으로 유의하게 증가된 종양 계열의 용해, 조작된 T 세포의 증가된 증식, 또는 동일한 TCR 또는 CAR 구조체 단독으로 증가된 IFN-감마 생산을 위해 선택된 조작된 세포를 선택할 수 있다. 조작된 인간 T 세포는 마우스 T, NK 및 B 세포가 결핍된 NSG 균주와 같은 면역 저하 마우스에서 분석할 수 있다. CAR 또는 TCR이 이종 이식에서 표적 동족 결합 파트너와 결합하고 친화성-변형된 IgSF 도메인(또한 분비된)을 포함하는 면역조절 단백질과 함께 발현되는 조작된 인간 T 세포는 다른 세포에서 생체 내에서 입양적으로 전달 될 수 있고, 이종이식에 대해 비율이 비교될 수 있다. 예를 들어, 루시퍼라제/GFP 벡터를 포함하는 CD19+ 백혈병 종양 계열의 생장은 생물 발광 또는 유동세포분석법에 의한 생체 외 모니터링을 통해 모니터링 될 수 있다. 일반적인 구현예에서, 이종 이식편은 래트 모델에 도입되고, 수일 후에 인공 T 세포가 도입된다. 면역조절 단백질을 발현 및 분비하는 조작된 T 세포는 CAR 또는 TCR 만 포함된 조작된 T 세포와 비교하여 생존율, 종양 제거율 또는 조작된 T 세포 수의 증가에 대해 분석할 수 있다. 생체외 분석에서와 같이, 내인성, 천연(즉, 조작되지 않은) 인간 T 세포는 그 개체군에서 성공적으로 에피토프가 퍼지게하여 더 나은 생존 또는 종양 제거를 가져 오기 위해 공동으로 양도될 수 있다.
A. 예시적인 기능적 활성 및 특징
일부 측면에서, 조작된 림프구(예컨대, 종양 침윤 림프구, T 세포 또는 NK 세포) 또는 골수 세포(예컨대, 항원 제시 세포)와 같은 조작된 세포는 하나 이상의 원하는 특징 또는 활성을 나타낸다.
일부 구현예에서, 세포 상에 또는 세포로부터 발현 될 때, 면역조절 단백질의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 포유류 세포 상에 발현된 적어도 하나의 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합한다. 일부 구현예에서, 포유류 세포는 자가 또는 동종 마우스, 래트, 시노몰구스 원숭이 또는 인간 세포이다. 일부 측면에서, 포유류 세포는 항원 제시 세포(APC), 종양 세포 또는 T 세포와 같은 구현예를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 종양 세포는 마우스, 래트, 시노몰구스 원숭이 또는 인간 종양 세포이다.
면역조절 단백질은 하나 또는 다수(예컨대, 2, 3 또는 4)의 친화성 변형된 IgSF 도메인을 포함할 수 있다. 따라서, 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 포유류 세포 상에 하나 이상의 동족 결합 파트너와 결합한다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 포유류 세포 상에 하나 이상의 동족 결합 파트너와 특이적으로 결합한다. 대안적으로, 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 포유류 세포 상에 발현되는 적어도 2 개, 3 개 또는 4 개, 또는 정확히 2 개, 3 개 또는 4 개의 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합한다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 하나 이상의 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합한다. 포유류 세포상의 동족 결합 파트너에 하나 이상의 친화성-변형된 된 IgSF 도메인을 포함하는 면역조절 단백질의 특이적인 결합은 포유류 세포의 면역학적 활성을 조절한다. 친화성-변형된 IgSF 도메인 및 포유류 세포 동족 결합 파트너에 의한 특정 결합은 시스 배치(즉, 동일한 세포에 대한 특이적인 결합) 또는 트랜스 배열(즉, 상이한 세포에 대한 특이적인 결합) 또는 시스 및 트랜스 배열일 수 있다. 세포 생존, 세포 증식, 사이토카인 생산 또는 T-세포 세포독성의 증가에 의해 입증되는 바와 같이, 세포의 면역학적 활성을 증가시킬 수 있다. 대체적인 구현예에서, 세포의 면역 활성은 세포 생존, 세포 증식, 사이토카인 생산 또는 T-세포 세포독성의 감소에 의해 입증되는 바와 같이 약화된다.
일부 구현예에서, 면역조절 단백질에 존재하는 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 포유류 세포 상에 발현되고 면역학적 활성의 조절이 요구되는 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합한다. 일부 구현예에서, 친화성 변형된 IgSF 도메인이 특이적으로 결합하는 동족 결합 파트너는 친화성 변형된 야생형 IgSF 패밀리 또는 야생형 IgSF 도메인의 천연 동족 결합 파트너이다. 일부 구현예에서, 특이적인 결합은 친화성 변형된 IgSF 도메인이 개선 된 결합을 나타내는 동족 결합 파트너를 발현하는 포유류 세포를 증가시키고 및/또는 활성을 약화시킨다. 따라서, 특이적인 결합 친화력을 증가시킴으로써, 제공된 면역조절 단백질은 포유류 세포의 면역 활성을 증가 시키거나 감쇠시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 특이적인 결합은 면역조절 단백질을 사용하여 조작된 세포의 면역 활성을 증가시키는 등의 조절을 한다.
일부 구현예에서, 포유류 세포 상에 발현된 동족 결합 파트너는 포유류 IgSF 구성원이다. 포유류 세포는, 일부 구현예에서 항원 제시 세포 (APC), 림프구 또는 종양 세포이다. 일부 구현예에서, 림프구는 종양 침윤 림프구 (TIL), 조작된 또는 천연 T 세포, 또는 조작된 또는 천연 NK 세포이다. 일부 구현예에서, 친화성 변형된 IgSF 도메인의 동족 결합 파트너는 천연 인간 IgSF 구성원이다. 일부 구현예에서, 동족 결합 파트너는 표 1에 나타낸 바와 같은 "세포 표면 동족 결합 파트너"이다.
일부 구현예에서, 면역 세포(예컨대, T- 세포와 같은 림프구)에 의해 발현 및 분비되면 친화성-변형된 IgSF를 포함하는 면역조절 단백질은 T 세포와 같은 림프구 등의 제2 면역 세포 상에 발현되는 적어도 하나의 동족 결합 파트너를 특이적으로 결합시킬 수 있다. 제2 T 세포와 같은 제2 면역 세포상의 동족 결합 파트너는 억제 동족 결합 파트너 또는 자극 동족 결합 파트너일 수 있다. 동족 결합 파트너의 예시는 세포 표면 수용체 또는 리간드를 포함한다. 억제 수용체/리간드의 예시는 PD-1/PD-L1, PD-L2, CTLA-4/B7-1/B7-2, BTLA/HVEM, LAG3/MHC 클래스 II, TIGIT/PVR, TIM-3/CEACAM-1/GAL9 및 VSIG8/VISTA을 포함한다. 자극성 수용체/리간드의 예시는 CD28/B7-1/B7-2, ICOS/ICOSL 및 CD226/PVR을 포함한다.
특정 구현예에서, 면역조절 단백질은 T 세포에 의해 발현 및 분비되고, T 세포 상에 발현된 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합하는 친화성 변형된 IgSF 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 및 제2 T-세포는 별개의 T- 세포이고, 이 구현예에서 면역조절 단백질 및 동족 결합 파트너는 서로 트랜스 형이다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질 및 동족 결합 파트너는 동일한 T-세포(면역조절 단백질이 분비됨) 상에 발현되고 서로 시스이다. 일부 구현예에서, T- 세포 중 적어도 하나는 천연 T-세포 또는 조작된 T-세포이다. 일부 구현예에서, 조작된 T 세포는 키메릭 항원 수용체(CAR) T 세포 또는 T 세포 수용체(TCR) 조작된 T 세포이다.
일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 수용체 신호전달의 증가를 촉진하기 위해 세포 표면 수용체에 증가된 친화성를 갖는 친화성 변형된 IgSF 도메인을 포함한다. 수용체 신호 증가의 촉진은 일부 구현예에서, 예를 들어, 수용체가 이러한 효과를 매개하는 자극 수용체인 경우 세포의 면역학적 활성을 증가시킬 수 있다. 일부의 경우, 수용체 신호전달이 자극되는 세포의 염증 활성이 증가한다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 자극 수용체의 활성을 증가시킨다. 상기 예시에서, 면역조절 단백질의 IgSF 도메인은 일부 경우에 자극 수용체 인 포유류 세포상의 천연 동족 결합 파트너에 대한 특이적인 결합 친화력을 증가시키기 위해 친화성 변형될 수 있다. 일부 구현예에서, 자극 수용체는 T 세포에서 발현된다. 특정 구현예에서, 조작된 세포(예컨대, 제1 T 세포)에 의해 발현 및 분비되는 것과 같은 면역조절 단백질의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 증가된 친화성로 T 세포(예컨대, 제2 T 세포) 상에 발현되는 자극성 동족 결합 파트너(대조군으로서 비-친화성 변형된 IgSF 도메인에 비교하여)에 결합한다. 특정 구현예에서, 면역조절 단백질의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 T 세포(예컨대, 제2 T 세포) 상에 발현된 자극 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합하고, T- 세포의 면역조절 활성을 증가시킨다. 일부 구현예에 있어서, 면역조절 단백질의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 증가된 친화성를 갖는 T 세포(예컨대, 제2 T- 세포)상의 자극 동족 결합 파트너에 결합하고 T- 세포의 면역조절 활성을 증가시킨다.
일부 구현예에서, 자극 수용체는 CD28, ICOS 또는 CD226이고, 면역조절 단백질은 야생형 IgSF 도메인을 포함하는 단백질과 비교하여 CD28, ICOS 또는 CD226 중 하나에 증가된 결합 친화력을 나타내는 친화성-변형된 IgSF 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 친화성 변형된 IgSF 도메인은 CD80의 친화성 변형된 도메인(B7-1)이다. 일부 구현예에서, 본 발명의 면역조절 단백질의 친화성 변형된 CD80(B7-1) IgSF 도메인은 제1 T- 세포 상에 발현되고, 제2 T- 세포상의 자극 동족 결합 파트너 CD28에 증가된 친 화성으로 결합하도록 친화성 변형된된다 T 세포. 일부 구현예에있어서, 친화성 변형된 IgSF 도메인은 ICOSL의 친화성 변형된 도메인이다. 특정 구현예에서, 친화성 변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 ICOSL(유도성 동시자극자 리간드) 도메인이고, 자극성 동족 결합 파트너는 ICOS (유도성 동시자극자) 또는 CD28 중 적어도 하나이다. 일부 구현예에서, ICOSL 도메인은 ICOS 및 CD28 둘 다에 특이적으로 결합하도록 친화성-변형된다. 일부 구현예에서, ICOSL은 ICOS 또는 CD28 중 하나에 특이적으로 결합하기 위해 친화성 변형되었지만 둘 다에는 결합하지 않는다. 일부 구현예에서, ICOS 또는 CD28 중 하나에 대한 결합 친화성는 증가하지만, 다른 것에 대한 결합 친화성는 약화된다. 일부 구현예에서, 친화성 변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 CD155이고, 활성화 관련된 리간드는 CD226이다. 일부 구현예에있어서, 친화성 변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 CD112이고, 활성화 관련된 리간드는 CD226이다.
본 발명의 일부 방법에서, 면역조절 단백질은 억제 수용체의 활성을 약화시킨다. 일부 경우, 동종 세포 표면 분자에 대한 면역조절 단백질의 증가된 결합 친화성는 포유류 세포상의 천연 동족 결합 파트너 간의 특이적인 결합의 억제를 초래한다. 천연 동족 결합 파트너(천연 IgSF 구성원의 경쟁 친화력에 비해)에 대한 더 큰 친화력은 천연 분자의 동족 결합 파트너에 대한 특이적인 결합 친 화성을 약화시킨다. 당업자는 억제 수용체 신호전달을 길항하게 하는 것이 일부 구현예에서, 예를 들어 상기 수용체가 세포 효과를 유발하는 억제 수용체인 경우 세포의 면역학적 활성을 약화시킬 수 있음을 이해할 것이다. 일부 구현예에서, CD155/TIGIT, CD112/TIGIT, CD80/CTLA-4, ICOSL/CTLA-4 중에서 억제 수용체와 그의 리간드 사이의 하나 이상의 활성이 있다. PD-L1/PD-1 또는 PD-:2/PD-1은 면역조절 단백질에 의해 차단된다.
따라서, 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 면역조절 단백질이 발현 및 분비되지 않는 세포(즉, 트랜스 세포)를 자극하는 동안 면역조절 단백질이 발현 및 분비(시스 세포)되는 세포의 억제를 약하게 하는데 사용될 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 적어도 2 개의 세포 표면 동족 결합 파트너에 증가된 결합 친화성를 초래하는, 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인 및 경우에 따라 적어도 두 개의 친화성 변형된 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 동족 결합 파트너는 자극 수용체이고, 제2 세포 표면 동족 결합 파트너는 억제 수용체의 억제 리간드이다. 일부 구현예에서, 억제 리간드에 대한 친화성-변형된 도메인의 결합은 억제 리간드의 억제 수용체에 대한 결합을 경쟁적으로 억제한다. 일부 구현예에서, 자극 수용체 및 억제 수용체는 독립적으로 T 세포 또는 항원 제시 세포와 같은 면역 세포에서 발현될 수 있다. 일부 구현예에서, 자극성 수용체는 T 세포와 같은 림프구에서 발현된다. 일부 구현예에서, 자극 수용체는 CD28, ICOS 또는 CD226이고 및/또는 자극 수용체의 리간드는 ICOSL이다. 일부 구현예에서, 억제 수용체는 조작된 T 세포와 같은 조작된 세포에서 발현된다. 일부 구현예에서, 억제 수용체는 PD-1, CTLA-4, LAG-3, TIGIT, CD96, CD112R, BTLA, CD160, TIM-3, VSIG3 또는 VSIG8이고 및/또는 L1, PD-L2, B7-1, B7-2, CD112, CD155, HVEM, MHC 클래스 II, PVR, CEACAM-1, GAL9 또는 VISTA (표 1 참고) 이다. 일부 구현예에서, 억제 동족 결합 파트너는 PD-L1 또는 PD-L2이다.
일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 면역조절 단백질을 발현 및 분비하는 T 세포와 같은 면역조절 단백질을 발현 및 분비하는 세포의 억제를 약하게하는데 사용될 수 있다. 예를 들어, T 세포(예컨대, 제1 T 세포)에 의해 발현 및 분비되는 면역조절 단백질은 제2 T 세포상의 동족 결합 파트너 간의 특이적인 결합을 억제하는 친화성-변형된 IgSF 도메인을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 억제 수용체의 리간드는 친화성-변형되고 조작된 세포로부터 분비되면 그의 억제 수용체에 길항하거나 억제한다. 일부 구현예에서, 억제 수용체의 친화성 변형된 리간드는 PD-L1, PD-L2, B7-1, B7-2, HVEM, MHC 클래스 II, PVR(예컨대, CD112 또는 CD155), CEACAM-1, VISTA(표 1 참고) 이다. 일부 구현예에서, 억제 수용체의 리간드인 친화성-변형된 도메인은 자극 수용체와 같은 다른 수용체에 대한 증가된 결합을 보유하거나 나타냈다. 예를 들어, 친화성-변형된 도메인은 CD226에 대한 감소 된 결합을 나타내도록 친화성-변형되지만 TIGIT 및 경우에 따라 CD112R에 대한 증가된 결합을 보유하거나 보일 수 있는 CD155 또는 CD112 일 수 있다. 상기 구현예에서, 친화성-변형된 CD155 또는 CD112는 세포로부터 발현 및 분비될 때 TIGIT에 길항적일 수 있다.
일부 경우, 이 구현예는 독립적으로 또는 본 발명의 친화성-변형된 IgSF 도메인이 제1 T 세포에 의해 발현 및 분비되고, 제2 T 세포에 의해 발현된 적어도 하나의 자극성 동족 결합 파트너와 특이적으로 결합하고, 제2 T 세포에서 면역학적 활성을 증가시키는 구현예와 함께 사용될 수 있다. 이 메카니즘에 의해, 증가된 면역조절 반응이 제1 T 세포 상에 발현된 면역조절 단백질을 제2 세포상의 자극 동족 결합 파트너와 특이적으로 결합함으로써 제2 T 세포에서 생성되고; 및 상기 제2 T 세포는 제2 T 세포상의 동족 결합 파트너 및 제1 T 세포에서 발현되는 억제 동족 결합 파트너의 특이적인 결합을 억제하는 제1 T 세포 상에 발현된 친화성 변형된 IgSF 도메인을 억제함으로써 제1 T 세포의 면역조절 활성을 약화시키는 것이 억제된다. 상기 구현예 및 상기 구현예에서 사용된 T 세포는 일반적으로 래트 또는 인간 T-세포이지만 다른 포유류 T- 세포가 사용될 수 있다. 종종 세포독성 T 세포(CTL)가 사용된다.
전술한 바와 같이, 일부 구현예에서, 본 발명의 면역조절 단백질은 제1 T-세포 상에 발현되고, 자극성 동족 결합 파트너(예컨대, 자극 수용체)에 특이적으로 결합하는 친화성-변형된 IgSF 도메인 T 세포에 대한 제2의 T 세포상의 천연 동족 결합 파트너(예컨대, 억제 리간드)와 제1의 T 세포상의 억제 천연 동족 결합 파트너(예컨대, 억제 수용체) 사이의 특이적인 결합을 억제한다. 제1 T-세포상의 동족 결합 파트너에 대한 제2 T-세포상의 동족 결합 파트너 간의 특이적인 결합의 억제는 친화성-변형된 IgSF 도메인을 2 개의 천연 동족 결합 파트너 중 적어도 하나와 경쟁적으로 결합시킴으로써 그들의 상호 구속력이 방해 받도록하여 달성될 수 있다. 전형적으로, IgSF 도메인은 천연 동족 결합 파트너가 서로에게 갖는 것보다 동족 결합 파트너에 대해 더 높은 결합 친화성를 갖도록 친화성 변형된다. 이러한 고안의 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 억제 성 및 자극성 동족 결합 파트너 모두에 결합하는 친화성-변형된 IgSF 도메인을 포함할 수 있다. 따라서, 이 구현예에서 친화성 변형된 IgSF는 이중 결합 능력을 갖는다. 일부 구현예에 있어서, 면역조절 단백질은 제1의 T-세포상의 동족 결합 파트너와 결합하는 제1 친화성-변형된 IgSF 도메인 및 제1 및 제2 동족 결합 파트너 사이의 특이적인 결합을 억제하는 제2 친화성 변형된 IgSF 도메인을 포함한다.
또 다른 구현예에서, 제1 T- 세포상의 자극 동족 결합 파트너에 결합하는 친화성-변형된 IgSF 도메인은 제1 면역조절 단백질 상에 있고 동종 물에 의한 및 동족 사이의 특이적인 결합을 억제하는 친화성-변형된 IgSF 도메인 제1 및 제2 T 세포상의 결합 파트너는 제2 면역조절 단백질 상에 있다. 이 구현예에서, 제1 및 제2 면역조절 단백질은 상이한 폴리펩타이드 사슬이다. 일부 구현예에 있어서, 제1 친화성-변형된 IgSF 도메인 및 제2 친화성-변형된 IgSF 도메인은 동일한 친화성-변형된 IgSF 도메인이다. 예를 들어, 특정 구현예에서, ICOSL(유도성 공동자극자 리간드) IgSF 도메인(예컨대, 친화성 변형된 IgV 도메인)은 ICOS 및 CD28 모두에 대해 증가된 친화성로 특이적으로 결합하도록 친화성 변형된다. 일부 구현예에 있어서, 친화성 변형된 IgSF 도메인은 ICOS 및 CD28 모두에 대한 증가된 친화성를 갖는 친화성 변형된 ICOSL IgSF 도메인(예컨대, 친화성 변형된 IgV 도메인) 또는 ICOS 및 CD28 중 하나 또는 둘 모두에 대한 감소된 친화성이다.
일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 천연 동족 결합 파트너에 의해 및 그 사이의 특이적인 결합을 억제한다. 일부 구현예에서, 이것은 천연 동족 결합 파트너 중 하나 또는 둘 모두에 대해보다 큰 친화성를 갖는 친화성-변형된 IgSF 도메인에 의해 달성될 수 있으며, 이에 의해 이들 동족 결합 파트너에 의해 그리고 이들 동족 결합 파트너간에 특이적인 결합을 경쟁적으로 억제한다.
일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 CD226에 대한 증가된 친화력 및 TIGIT(Ig 및 ITIM 도메인을 갖는 T- 세포 면역 수용체)에 대한 약화된 친화력을 갖는 친화성-변형된 CD155 IgSF 도메인인 친화성 변형된 IgSF 도메인을 포함한다.
일부 구현예에서, 면역조절 단백질(예컨대, 제1 T 세포에서 발현됨)은 친화성 변형된 CD80(B7-1) IgSF 도메인을 포함하며, 이는 자극성 동족 결합 파트너 CD28(예컨대, 제2 T 세포에서 발현됨)네 대하여 증가된 친화성로 결합한다. 또한, 이 구현예에서, 친화성 변형된 CD80(B7-1) IgSF 도메인은 PD-L1(예컨대, 제2 T 세포에서 발현)에 대한 증가된 친화성로 결합할 수 있고 그의 동족 결합 파트너 PD-1(예컨대, 제1 T 세포에서 발현)에 대한 특이적인 결합을 억제한다. 이전의 구현예 중 어느 하나를 추가로 추가하면, 친화성 변형된 CD80(B7-1) IgSF 도메인은 CTLA-4에 실질적으로 특이적으로 결합하지 않거나 CTLA-4에 의한 자극 동족 결합 파트너 CD28에 대한 특이적인 결합에 있어서, 약화된 친화성로 결합하여 상당히 억제되지 않도록 친화성 변형될 수 있다.
일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 천연 동족 결합 파트너에 의한 및 그 중 하나가 IgSF 패밀리 구성원을 포함하는 동족 결합 파트너 간의 특이적인 결합을 억제하기 위한 유인용 동족 결합 파트너로서 사용된다. 일부 예시에서, 친화성-변형된 IgSF 도메인을 포함하는 면역조절 단백질과 천연 동족 결합 파트너 중 하나의 특이적인 결합은 천연 동족 결합 파트너(예컨대, 천연 수용체 및 리간드 쌍)에 의한 상호 특이적인 결합을 억제한다. 따라서, 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 경쟁적 또는 비-경쟁적 결합에 의해 특이적인 결합을 감쇠시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 천연 동족 결합 파트너는 세포 표면 수용체이며, 이는 자극 수용체 또는 억제 수용체일 수 있다. 동족 결합 파트너의 친화성 변형된 IgSF 도메인의 특이적인 결합이 T- 세포의 면역학적 활성을 증가시키거나 감쇠시키는 구현예는 본 발명의 범위 내에 포함된다.
일부 구현예에서, 천연 동족 결합 파트너는 그의 천연 동족 결합 파트너에 의해 특이적으로 결합될 때 면역학적 활성을 약화시키도록 작용하는 저해성 동족 결합 파트너이다. 예를 들어, 항원 제시 세포(APC) 또는 포유류 종양 세포에서 발현되는 네이티브의 세포 표면 동족 결합 파트너는 NK 세포 또는 T 세포와 같은 림프구상의 천연 저해 동족 결합 파트너와 특이적으로 결합할 수 있다. 억제 동족 결합 파트너에 대한 특이적인 결합은 억제 동족 결합 파트너가 발현되는 NK 세포 또는 림프구의 면역조절 활성을 약하게하는 작용을 한다.
일부 구현예에서, 억제 동족 결합 파트너는 억제 수용체이다. 일부 구현예에서, 억제 동족 결합 파트너는 억제 동족 결합 파트너를 포함하는 ITIM(티로신-기반 면역수용체 활성화 모티프)이다. ITIM 모티프는 면역계의 많은 억제 수용체(Cell Signal, 16 (4) : 435-456, 2004)의 엔도도메인에서 발견된다. 일부 구현예에서, 친화성-변형된 IgSF 도메인은 야생형 억제 수용체 IgSF 도메인의 친화성-변형된 형태이며, 면역조절 단백질의 친화성-변형된 IgSF 도메인이 야생 형 억제 수용체를 포함한다. 따라서, 이들 구현예에서, 면역조절 단백질은 면역조절 단백질 친화성-변형된 IgSF 도메인의 ITIM 포함 억제 수용체에 대한 특이적인 결합과 같은 면역조절 단백질 친화성-변형된 IgSF 도메인의 천연 IgSF 도메인 동족 결합 파트너에 대한 특이적인 결합에 의해 ITIM 모티프 수용체의 억제 반응을 약화시킬 수 있다. 예를 들어, ITIM 포함 동족 결합 파트너는 PD-1이다. 전형적으로, PD-1은 억제 리간드 PD-1에 특이적으로 결합하는 억제 수용체이다. PD-1에 대한 PD-L1의 특이적인 결합시, PD-1은 ITIM 도메인으로부터의 신호전달을 통한 T 세포 활성화 억제에 관여한다.
일부 구현예에서, 억제 수용체 동족 결합 파트너는 PD-1, CTLA-4, LAG3, TIGIT, TIM-3, BTLA, VSIG3 또는 VSIG8이다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 야생형 억제 수용체(표 1에서 예시적인 억제 수용체의 리간드 결합 파트너를 참고)보다 큰 친화성로 천연 억제 리간드에 결합하는 PD-1, CTLA-4, LAG3, TIGIT, TIM-3 또는 BTLA의 친화성-변형된 IgSF 도메인을 포함한다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 야생형 PD-1보다 PD-L1에 더 큰 친화성로 결합하는 친화성-변형된 PD-1 IgSF 도메인을 포함할 수 있다. 특이적인 결합은 경쟁적 또는 비-경쟁적 결합에 의해 달성될 수 있으며, 본 발명의 특정 구현예이다. 친화성-변형된 IgSF 도메인 및 동족 결합 파트너(즉, 억제 수용체, 예컨대, PD-1)에 의한 경쟁적 결합은 이의 천연 리간드 동족 결합 파트너(예컨대, PD-L1)에 대한 결합을 억제한다. 일부 구현예에서,이 구현예의 면역조절 단백질은 실질적으로 야생형 억제 수용체의 신호전달 메카니즘을 결여하고 따라서 그 자체로 억제 반응을 유도하지 않는다.
VⅡ. 감염성 제제
또한, 본 명세서에 기재된 분비가능한 또는 막관통 면역조절 단백질을 포함하는, 친화성-변형된 IgSF 도메인을 포함하는 임의의 면역조절 단백질을 암호화 핵산을 포함하는 감염성 제제가 제공된다. 일부 구현예에서, 이러한 감염성 제제는 대상체의 표적 세포, 예를 들어 면역 세포 및/또는 항원 제시 세포(APC) 또는 대상의 종양 세포에 본 명세서에 기재된 면역조절 폴리펩타이드를 암호화 핵산을 전달할 수 있다. 또한, 벡터 및/또는 플라스미드와 같은 감염성 제제의 생성 또는 변형을 위한 그러한 감염성 제제 및/또는 핵산에 포함된 핵산 및 이러한 감염성 제제를 포함하는 조성물이 제공된다.
일부 구현예에서, 감염성 제제는 미생물 또는 미생물이다. 일부 구현예에서, 감염성 제제는 바이러스 또는 박테리아이다. 일부 구현예에서, 감염성 제제는 바이러스이다. 일부 구현예에서, 감염성 제제는 박테리아이다. 일부 구현예에서, 그러한 감염성 제제는 본 명세서에 기재된 분비가능한 또는 막관통 면역조절 단백질을 포함하는 임의의 면역조절 단백질을 암호화 핵산 서열을 전달할 수 있다. 따라서, 일부 구현예에서, 감염성 제제에 의해 감염되거나 접촉된 대상의 세포는 면역조절 폴리펩타이드를 세포 표면에 발현시키거나 분비하도록 할 수 있다. 일부 구현예에서, 감염성 제제는 세포 및/또는 대상 내 환경에 다른 치료제 또는 다른 치료제를 암호화 핵산을 전달할 수 있다. 일부 구현예에서, 감염성 제제에 의해 전달될 수 있는 다른 치료제는 사이토카인 또는 다른 면역조절 분자를 포함한다.
일부 구현예에서, 감염성 제제, 예를 들어, 바이러스 또는 박테리아는 본 명세서에 기재된 분비가능한 또는 막관통 면역조절 단백질을 비롯한 임의의 면역조절 단백질을 암호화 핵산 서열을 포함하고, 세포는 감염성 제제에 포함된 핵산 서열에 의해 암호화된 분비가능한 또는 막관통 면역조절 단백질을 포함하는 면역조절 단백질을 발현한다. 일부 구현예에서, 감염성 제제는 환자에게 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 감염성 제제는 개체의 생체 외 세포와 접촉될 수 있다.
일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 감염성 제제에 감염된 세포에 의해 발현되고 표면 발현되는 막관통 면역조절 단백질이다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질은 감염성 제제에 의해 감염된 세포에 의해 발현되고 세포로부터 발현 및 분비되는 분비 가능한 면역조절 단백질이다. 막관통 면역조절 단백질 또는 분비된 면역조절 단백질은 본 발명에 기재된 임의의 것일 수 있다.
일부 구현예에서, 감염성 물질에 의해 표적화되는 개체의 세포는 종양 세포, 면역 세포 및/또는 항원 제시 세포(APC)를 포함한다. 일부 구현예에서, 감염성 제제는 종양 미세 환경(TME)에서 세포를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, 감염성 제제는 분비가능한 또는 막관통 면역조절 단백질을 포함하는 면역조절 단백질을 암호화 핵산을 예를 들어, 면역조절 및/또는 특정 세포-매개 면역 반응, 예컨대, CD4 및/또는 CD8 T 세포 반응과 같은 원하는 효과를 유도 및/또는 증가시킬 적절한 세포(예를 들어, 그의 세포 표면 상에 펩타이드/MHC 복합체를 나타내는 수지상세포 등의 세포와 같은 APC) 또는 조직(예컨대, 림프계 조직)에 전달하고, 상기 CD8 T 세포 반응은 세포독성 T 세포(CTL) 반응을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 감염성 제제는 수지상 세포(DC)와 같은 APC를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, 본 명세서에 기재된 감염성 제제에 의해 전달된 핵산 분자는 특정 표적 세포, 예를 들어 프로모터와 같은 조절 요소에서 변이체 면역조절 폴리펩타이드를 암호화하는 작동 가능하게 연결된 코딩 서열의 발현에 필요한 적절한 핵산 서열을 포함한다.
일부 구현예에서, 면역조절 폴리펩타이드를 암호화 핵산 서열을 포함하는 감염성 제제는 또한 하나 이상의 추가 유전자 산물, 예를 들어 사이토카인, 전구 약물 변환 효소, 세포 독소 및/또는 검출 가능한 유전자 산물을 암호화 핵산 서열을 포함할 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 감염성 제제는 종양용해성 바이러스이고, 바이러스는 추가적인 치료적 유전자 산물을 암호화 핵산 서열을 포함할 수 있다(예컨대, Kirn et al., (2009) Nat Rev Cancer 9:64-71; Garcia-Aragoncillo et al., (2010) Curr Opin Mol Ther 12:403-411; U.S. Pat. Nos. 7,588,767, 7,588,771, 7,662,398 및 7,754,221 및 U.S. Pat. Publ. Nos. 2007/0202572, 2007/0212727, 2010/0062016, 2009/0098529, 2009/0053244, 2009/0155287, 2009/0117034, 2010/0233078, 2009/0162288, 2010/0196325, 2009/0136917 및 2011/0064650 참고). 일부 구현예에서, 추가의 유전자 산물은 표적 세포(예컨대, 종양 세포)의 죽음으로 인한 것이거나, 또는 면역반응(예컨대, 사이토카인)의 증식 또는 촉진 또는 조절할 수 있는 치료적 유전자 산물일 수 있다. 예시적인 유전자 산물은 또한 항암제, 항-전이성 항-혈관 형성제, 면역조절 분자, 면역 체크 포인트 억제제, 항체, 사이토카인, 성장인자, 항원, 세포독성 유전자 산물, 전-세포사멸 유전자 산물, 항-세포사멸 유전자 산물, 세포 매트릭스 분해 유전자, 조직 재생 및 인간 체세포를 다능성으로 재프로그램하는 유전자, 및 본 명세서에 기술되거나 공지된 다른 유전자를 포함하지만 이에 한정되는 것은 아니며, 당해 분야의 숙련자에게 제공될 수 있다. 일부 구현예에서, 추가의 유전자 산물은 과립구-대식세포 콜로니-자극 인자(GM-CSF)이다.
A. 바이러스
일부 구현예에서, 감염성 제제는 바이러스이다. 일부 구현예에서, 감염성 제제는 종양용해성 바이러스, 또는 특정 세포, 예를 들어, 면역 세포를 표적으로 하는 바이러스이다. 일부 구현예에서, 감염성 제제는 개체에서 종양 세포 및/또는 암세포를 표적으로 한다. 일부 구현예에서, 감염성 제제는 면역 세포 또는 항원 제시 세포 (APC)를 표적으로 한다.
일부 구현예에서, 감염성 제제는 종양용해성 바이러스이다. 종양 살상 바이러스는 종양 세포에 축적되어 종양 세포에서 복제하는 바이러스이다. 세포에서의 복제 및 본 명세서에 기재된 면역조절 폴리펩타이드를 암호화 핵산의 선택적 전달에 의해 종양 세포가 용해되고 종양이 수축되어 제거될 수 있다. 종양 용해성 바이러스는 또한 광범위한 숙주와 세포 타입 범위를 가질 수 있다. 예를 들어, 종양 용해성 바이러스는 종양 및/또는 전이를 포함하는 면역 특발성 세포 또는 면역 특발성 조직, 또한 상처 조직 및 세포를 포함하여, 본 발명에 기재된 면역조절 폴리펩타이드를 암호화 핵산의 전달 및 발현을 광범위한 세포 타입. 종양 세포 바이러스는 또한 종양 세포 특이적 방식으로 복제할 수 있어 종양 세포 용해 및 효율적인 종양 퇴화를 초래한다.
예시적인 종양용해성 바이러스는 아데노바이러스, 아데노-연관된 바이러스, 헤르페스 바이러스, 헤르페스 단순 바이러스, 수포성 구내염 바이러스(Vesticular Stomatic virus), 레오바이러스, 뉴캐슬병 바이러스, 파보바이러스, 홍역 바이러스, 수포성 구내염 바이러스(Vesticular Stomatitis virus; VSV), 콕사키 바이러스 및 천연두 바이러스를 포함한다. 일부 구현예에서, 종양용해성 바이러스는 다른 장기를 감염시키지 않으면서 고형 종양에 특이적으로 정착할 수 있고, 본 명세서에 기재된 면역조절 폴리펩타이드를 암호화 핵산을 그러한 고형 종양에 전달하는 감염성 제제로서 사용될 수 있다.
본 명세서에 기재된 변이체 ICOSL 폴리펩타이드 또는 면역조절 폴리펩타이드를 암호화 핵산을 전달하는데 사용하기 위한 종양용해성 바이러스는 당업자에게 공지된 임의의 것일 수 있으며, 예를 들어, 수포성 구내염 바이러스, U.S. Pat. Nos. 7,731,974, 7,153,510, 6,653,103 및 U.S. Pat. Pub. Nos. 2010/0178684, 2010/0172877, 2010/0113567, 2007/0098743, 20050260601, 20050220818 및 EP Pat. Nos. 1385466, 1606411 및 1520175; 헤르페스 단순 바이러스, 예컨대, U.S. Pat. Nos. 7,897,146, 7,731,952, 7,550,296, 7,537,924, 6,723,316, 6,428,968 및 U.S. Pat. Pub. Nos., 2014/0154216, 2011/0177032, 2011/0158948, 2010/0092515, 2009/0274728, 2009/0285860, 2009/0215147, 2009/0010889, 2007/0110720, 2006/0039894, 2004/0009604, 2004/0063094, 국제 특허 공보 Nos., WO 2007/052029, WO 1999/038955; 레트로바이러스, 예컨대, U.S. Pat. Nos. 6,689,871, 6,635,472, 5,851,529, 5,716,826, 5,716,613 및 U.S. Pat. Pub. No. 20110212530; 천연두 바이러스, 예컨대, 2016/0339066, 및 아데노-연관된 바이러스, 예컨대, U.S. Pat. Nos. 8,007,780, 7,968,340, 7,943,374, 7,906,111, 7,927,585, 7,811,814, 7,662,627, 7,241,447, 7,238,526, 7,172,893, 7,033,826, 7,001,765, 6,897,045, 및 6,632,670 을 참고하라.
또한, 종양용해성 바이러스는 그들의 독성을 약화시키고, 그의 안전성 프로파일을 향상시키며, 종양 특이성을 향상시키도록 유전적으로 변형된 바이러스를 포함하며, 또한 세포 독소, 사이토카인, 프로드러그 전환 효소 등의 추가 유전자를 갖추고 있다(Kirn et al., (2009) Nat Rev Cancer 9:64-71; Garcia-Aragoncillo et al., (2010) Curr Opin Mol Ther 12:403-411; U.S. Pat. Nos. 7,588,767, 7,588,771, 7,662,398 및 7,754,221 및 U.S. Pat. Publ. Nos. 2007/0202572, 2007/0212727, 2010/0062016, 2009/0098529, 2009/0053244, 2009/0155287, 2009/0117034, 2010/0233078, 2009/0162288, 2010/0196325, 2009/0136917 및 2011/0064650) 참고). 일부 구현예에서, 종양용해성 바이러스는 암세포에서 선택적으로 복제하고, 따라서 종양용해성이 되도록 변형된 것들일 수 있다. 예를 들어, 종양용해성 바이러스는 종양 치료법 및 유전자 치료법으로 변형된 방향성을 갖도록 설계된 아데노바이러스이다. 그 예는 ONYX-015, H101 및 Ad5ΔCR(Hallden and Portella (2012) Expert Opin Ther Targets, 16 : 945-58) 및 TNFerade (McLoughlin et al. (2005) Ann. Surg. Oncol., 12 : 30), 또는 조건부로 복제가능한 아데노바이러스 Oncorine®이다.
일부 구현예에서, 감염성 제제는 변형된 단순 포진 바이러스이다. 일부 구현예에서, 감염성 제제는 본 발명에 기재된 임의의 면역조절 폴리펩타이드를 암호화 핵산을 포함하도록 변형된 탈리모겐 라허파렙벡(T-Vec, Imlygic 또는 OncoVex GM-CSF로도 공지됨)의 변형된 타입이다. 일부 구현예에서, 감염성 제제는 예를 들어 WO 2007/052029, WO 1999/038955, US 2004/0063094, US 2014/0154216 또는 그의 변이체에 기재된 변형된 헤르페스 단순 바이러스이다.
일부 구현예에서, 감염성 제제는 바이러스가 투여되는 대상, 예를 들어 면역 세포 또는 항원 제시 세포(APC)를 표적으로 하는 바이러스의 특정 타입의 세포를 표적으로 하는 바이러스이다. 수지상 세포(DC)는 면역 반응의 개시와 조절에 필수적인 APC이다. DC는 항원을 포획하고 처리할 수 있으며, 말초에서 림프 기관으로 이동하여 항원을 주요 조직 적합성 복합체(MHC) 제한된 방식으로 휴면 T 세포에 제공할 수 있다. 일부 구현예에서, 감염성 제제는 DC에서 발현을 위한 면역조절 폴리펩타이드를 암호화 핵산을 전달하도록 DC를 특이적으로 표적할 수 있는 바이러스이다. 일부 구현예에서, 바이러스는 렌티 바이러스 또는 이의 변이체 또는 유도체, 예를 들어, 인테그레이션-결핍 렌티바이러스 벡터이다. 일부 구현예에서, 바이러스는 DC와 같은 세포 표면 마커 수지상 세포 특이적 세포 내 접착 분자-3-포획 비-인테그린(DC-SIGN)을 발현하는 세포에 효율적으로 결합하고 생산적으로 감염시키기 위한 위형 렌티 바이러스이다. 일부 구현예에서, 바이러스는 WO 2013/149167 에 기술된 것과 같은 신드비스 바이러스 E2 당 단백질 또는 이의 변형 형태로 위형 렌티 바이러스이다. 일부 구현예에서, 바이러스는 DC에 관심 서열(예컨대, 본 명세서에 기재된 임의의 면역조절 폴리펩타이드를 암호화 핵산)의 전달 및 발현을 허용한다. 일부 구현예에서, 바이러스는 WO 2008/011636, US 2011/0064763, Tareen et al. (2014) Mol. Ther., 22 : 575-587 에 기재된 것 또는 그 변이체를 포함한다. 수지상 세포-트로픽 벡터 플랫폼의 예는 ZVex ™이다.
B. 박테리아
일부 구현예에서, 감염성 제제는 박테리아이다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 박테리아는 종양 세포, 면역 세포, 항원 제시 세포 및/또는 식세포와 같은 대상의 표적 세포에 본 발명에 기재된 면역조절 폴리펩타이드를 암호화 핵산을 전달할 수 있다. 일부 구현예에서, 박테리아는 면역조절 폴리펩타이드의 발현 및/또는 분비를 위해 종양 미세 환경(TME)과 같은 개체 내의 특정 환경을 우선적으로 표적될 수 있고, 및/또는 면역조절 폴리펩타이드 변이체의 발현을 위해 환경에서 특이적 세포를 표적할 수 있다.
일부 구현예에서, 박테리아는 플라스미드 DNA를 포유류 세포에 박테리아 매개 전달("박토펙션"이라고도 함)을 통해 핵산을 세포에 전달한다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 유전 물질의 전달은 전체 세균의 표적 세포로의 도입을 통해 달성된다. 일부 구현예에서, 자발적 또는 유도된 박테리아 용해는 후속 진핵 세포 발현을 위한 플라스미드의 방출을 유도할 수 있다. 일부 구현예에서, 세균은 식세포가 아닌 포유류 세포(예컨대, 종양 세포) 및/또는 식균 세포, 예를 들어 특정 면역 세포 및/또는 APC에 핵산을 전달할 수 있다. 일부 구현예에서, 박테리아에 의해 전달된 핵산은 발현을 위해 환자의 세포의 핵으로 전달될 수 있다. 일부 구현예에서, 핵산은 또한 특정 숙주 세포에서 변이체 면역조절 폴리펩타이드를 암호화하는 작동 가능하게 연결된 서열, 예를 들어 프로모터 또는 인핸서와 같은 조절 요소의 발현에 필요한 적절한 핵산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 박테리아인 감염성 제제는 표적 세포의 시스템에 의한 번역을 위해 표적 세포의 세포질에 전달된 미리 만들어진 번역-능력 RNA와 같은 RNA 형태의 면역조절 단백질을 암호화 핵산을 전달할 수 있다.
일부 구현예에서, 박테리아는 종양 세포 등의 표적 세포를 복제하고 용해시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 박테리아는 표적 세포의 세포질에서 핵산 서열 및/또는 유전자 산물을 포함 및/또는 방출하여 표적 세포, 예를 들어 종양 세포를 죽일 수 있다. 일부 구현예에서, 감염성 제제는 환자의 특정 환경, 예를 들어, 종양 미세 환경(TME)에서 특이적으로 복제할 수 있는 박테리아이다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 세균은 혐기성 또는 저산소성 미세 환경에서 특이적으로 복제할 수 있다. 일부 구현예에서, 특정 환경, 예를 들어, TME에서 세포에 의해 생성된 아스파 테이트, 세린, 시트 레이트, 리보스 또는 갈락토스와 같은 특정 환경에 존재하는 조건 또는 인자는 세균을 환경으로 끌어당기는 화학 유인 물질로서 작용할 수 있다. 일부 구현예에서, 세균은 환경, 예를 들어 TME에서 본 발명에 기재된 면역조절 단백질을 발현 및/또는 분비할 수 있다.
일부 구현예에서, 감염성 제제는 리스테리아속, 비피도박테리움속, 에스 케리키아속, 클로스트리디움속, 살모넬라속, 시겔라속, 비브리오속. 또는 예르시니아속 이다. 일부 구현예에서, 세균은 리스테리아 모노사이토제니스, 살모넬라 타이피뮤리움, 살모넬라 콜레라수이스, 에스케리키아 콜라이, 비브리오 콜레라, 클로스트리듐 페르프린젠스, 클로스트리듐 뷰티리쿰, 클로스트리듐 노비, 클로스트리듐 아세토부틸리쿰, 비피도박테리움 인팬티스, 비피도박테리움 론굼 및 비피도박테리움 아돌레스켄티스 중 하나 이상으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 박테리아는 조작된 박테리아이다. 일부 구현예에서, 박테리아는 조작된 박테리아로서, 예를 들어, Seow and Wood (2009) Molecular Therapy 17(5):767-777; Baban et al. (2010) Bioengineered Bugs 1:6, 385-394; Patyar et al. (2010) J Biomed Sci 17:21; Tangney et al. (2010) Bioengineered Bugs 1:4, 284-287; van Pijkeren et al. (2010) Hum Gene Ther. 21(4):405-416; WO 2012/149364; WO 2014/198002; US 9103831; US 9453227; US 2014/0186401; US 2004/0146488; US 2011/0293705; US 2015/0359909 및 EP 3020816 등에 기재되어 있다. 박테리아는 본 명세서에서 제공된 임의의 면역조절 폴리펩타이드, 접합체 및/또는 융합체를 암호화 핵산 서열을 전달하기 위해 및/또는 대상체에서 상기 면역조절 폴리펩타이드를 발현하도록 변형될 수 있다.
VⅢ. 조성물, 방법 및 치료학적 응용
포유류 세포의 면역학적 활성을 조절하는데 사용하기 위해 본 명세서에 기재된 면역조절 단백질, 조작된 세포 및 감염성 제제와 관련된 조성물 및 방법이 본 명세서에서 제공된다. 상기 조성물은 예를 들어, 포유류 암 치료, 또는 다른 구현예에서 자가면역 질환 치료에 대한 면역 요법 접근에서 면역학적 활성을 조절하기 위한 관련 방법에 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 본 방법은 친화성-변형된 IgSF 도메인의 특이적인 결합 및 포유류 세포의 면역학적 활성의 조절을 허용하는 조건하에 본 발명의 면역조절 단백질(조작된 세포에 의해 분비될 수 있는)을 포유류 세포와 접촉시키는 단계를 포함한다. 상기 방법은 생체 외 또는 생체 내에서 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 면역학적 활성을 조절하는 방법은 본 발명의 면역조절 단백질의 발현 및 분비를 면역 세포, 예컨대 면역조절 단백질을 발현 및 분비하도록 조작 또는 감염된 림프구(예컨대, T 세포 또는 TIL) 또는 NK 세포의 발현 및 분비를 조절함으로써 이루어진다. 일부 구현예에서, 면역학적 활성을 조절하는 방법은 본 발명의 면역조절 단백질의 발현 및 표면 발현을 면역 세포, 예컨대 막관통 면역조절 단백질을 표면에 발현하도록 조작 또는 감염된 림프구(예컨대, T 세포 또는 TIL) 또는 NK 세포의 발현 및 분비를 조절함으로써 이루어진다. 표면에 막관통 면역조절 단백질을 발현시킨다. 일부 구현예에서, 종양 세포는 종양 세포 붕괴성 바이러스 등에 감염될 수 있는데, 종양 환경에서 면역세포의 분비가능한 면역조절 단백질 또는 막관통 면역조절 단백질 조절을 발현하기 위함이다. 일부 구현예에서, APC와 같은 면역조절 단백질을 발현 및 분비하는 세포는 친화력 변형된 IgSF 도메인의 동족 결합 파트너에 대한 특이적인 결합을 허용하는 조건하에, 포유류 세포에서 면역학적 활성이 조절될 수 있도록 제2 림프구 또는 종양 세포와 같은 포유류 세포와 접촉시킨다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 면역조절 단백질(예컨대, T- 세포)을 발현 및 분비하는 조작된 세포의 양성 세포 전달을 환자에게 다시 주입시킨다. 일부 구현예에서, 이 방법은 막 표면에 막관통 면역조절 단백질을 발현하는 조작된 세포 (예컨대, T 세포)의 양성 세포 전달에 의해 수행된다.
면역조절 단백질을 필요로 하는 대상(예를 들어, 질환 또는 장애를 갖는 대상)에게 발현시키고 분비 또는 표면 발현하도록 구성된 조작된 세포의 유효한 양을 투여하는 방법이 본 발명에 제공된다. 본 명세서에 기재된 약학적 조성물은 질병의 치료와 같은 다양한 치료적 적용에 사용될 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 약학적 조성물은 포유류에서 염증성 또는 자가면역 장애, 암, 장기 이식, 바이러스 감염 및/또는 박테리아 감염을 치료하는 데 사용된다. 상기 약학적 조성물은 상기 질환을 치료하기 위한 면역 반응을 조절할 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 약학적 조성물은 예를 들어 암, 바이러스 감염 또는 세균 감염의 치료에 유용할 수 있는 면역 반응을 자극한다. 일부 구현예에서, 약학적 조성물은 염증성 또는 자가면역 장애 또는 장기 이식의 치료에 유용한 면역 반응을 억제한다.
제공된 방법은 예를 들어, 포유류에서 다양한 면역계 질환 또는 상태를 치료하기 위한 예방적 또는 치료적 방법을 포함하는 포유류의 면역 시스템과 면역 시스템의 반응이 조절 또는 규제를 포함하는 다양한 용도에서 유용성이 있다고 믿어진다. 예를 들어, 면역 반응을 억제하는 것은 수혜자가 기증자로부터 조직, 세포 또는 기관 이식 거부를 억제하기 위한 예방 및/또는 치료 방법에 유용 할 수 있다. 치료적 문맥에서, 포유류 대상은 전형적으로 면역계 질환 또는 상태를 갖는 대상이고, 투여는 질환 또는 상태의 추가 진행을 방지하기 위해 수행된다.
본 발명의 면역조절 단백질을 발현 및 분비하도록 조작된 세포 조성물 및 관련 방법은 면역 요법 적용에 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 마우스 또는 인간과 같은 포유류로부터 분리된 세포는 면역조절 단백질을 발현 및 분비 또는 표면 발현하도록 조작될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역조절 단백질의 발현 및 분비 또는 표면 발현을 위한 숙주 세포로서 작용하는 포유류 세포는 종양 침윤 림프구(TIL), 자연 살해 세포(NK) 또는 CD8+ 세포독성 T 림프구 또는 CD4+ 도움 T 림프구 등의 T 세포와 같은 림프구이다. 일부 구현예에서, 세포는 자가 세포이다. 제공된 방법의 측면에서, 조작된 세포는 일반적으로 생리학적 조건하에 면역학적 활성의 조절이 요구되는 포유류 세포와 접촉된다. 예를 들어, 포유류 세포는 항원 제시 세포 또는 종양 세포와 같은 래트 또는 인간 세포 일 수 있다. 일부 구현예에서, 조작된 세포는 자가 세포이다. 다른 구현예에서, 세포는 동종이계이다. 세포는 생체 내 또는 생체 내에서 접촉될 수 있다. 일부 구현예에서, 조작된 세포는 주입 등에 의해 환자에게 투여된다. 따라서, 조성물 및 방법은 입양 세포 전달 면역 요법에 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 면역조절 단백질, 분비 가능한 면역조절 단백질 또는 막관통 면역조절 단백질을 암호화 핵산 분자를 포함하는 감염성 제제를 포함하는 약학적 조성물의 투여에 의해 수행된다. 일부 구현예에서, 약학적 조성물은 치료에 적합한 대상에게 투여하기에 적합한 용량의 감염물질을 포함한다. 일부 구현예에서, 약학적 조성물은 약 1 x 105 및 약 1 x 1012 플라크-형성 단위(pfu) 사이, 1×106 및 1×1010 pfu, 또는 1×107 및 1×1010 pfu, 각각은 적어도 1×106, 1×107, 1×108, 1×109, 2×109, 3×109, 4×109, 5×109 pfu 또는 약 1×1010 pfu 사이의 단일 또는 다중 투여량으로 박테리아인 감염물질을 포함한다. 일부 구현예에서, 약학적 조성물은 바이러스 농도를 약 105 에서 약 1010pfu/mL, 예를 들어, 5×106에서 5×109 또는 1×107 에서 1×109 pfu/mL, 적어도 약 106pfu/mL, 107pfu/mL, 108pfu/mL 또는 109pfu/mL로 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 약학적 조성물은 박테리아인 감염물질을 약 1×103 및 약 1×109 콜로니-형성 단위(cfu), 1×104 약 1×109cfu, 또는 1×105 약 1×107 cfu, 각각은 적어도 약 1×104, 1×105, 1×106, 1×107, 1×108 또는 1×109 cfu 의 단일 또는 다중 투여량으로 포함한다. 일부 구현예에서, 약학적 조성물은 박테리아를 약 103 에서 약 108 cfu/mL, 예를 들어, 5×105 에서 5×107 또는 1×106 에서 1×107cfu/mL, 적어도 약 105cfu/mL, 106cfu/mL, 107cfu/mL 또는 108cfu/mL로 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 유효한 양의 약학적 조성물을 투여하여 본 발명의 면역조절 단백질에 의한 면역학적 활성의 조절에 민감한 암의 진행을 억제, 중단 또는 역전시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 본 발명의 방법은 포유류 림프종, 림프성 백혈병, 골수성 백혈병, 자궁경부암, 신경 모세포종 또는 다발성 골수종과 같은 암의 포유류 환자의 치료에 사용된다. 본 발명의 방법에 의해 치료될 수 있는 다른 암은 흑색종, 방광암, 혈액암(백혈병, 림프종, 골수종), 간암, 뇌암, 신장암, 유방암, 췌장암(선암), 대장암, 폐암(소세포 폐암 및 비소세포 폐암), 비장암, 흉선 또는 혈액 세포 (백혈병), 전립선암, 고환암, 난소암, 자궁암, 위암, 유잉육종 등이 있다.
인간 암 세포는 생체 내 또는 생체 외에서 치료될 수 있다. 인간 환자의 생체 외 처리에서, 암세포를 포함하는 조직 또는 체액은 신체 외부에서 처리 된 다음, 조직 또는 체액은 다시 환자에게 재도입된다. 일부 구현예에서, 암은 치료 조성물을 환자에게 투여함으로써 인간 환자에서 생체 내에서 치료된다. 따라서, 본 발명은 종양의 진행을 억제, 중단 또는 역전시키기 위한 생체 내 및 생체 내 방법을 제공하거나, 그렇지 않으면 무-진행 생존의 통계적으로 유의미한 증가를 초래한다(즉, 치료 중 및 치료 후 시간 길이 환자가 악화되지 않는 암으로 생활하고 있는 경우) 또는 전체 생존( "생존율"이라고도 불리며, 즉, 연구나 치료 그룹에 속한 인간 중 그들이 진단 또는 암 치료를 받은 후 일정 기간 동안 살아있는 비율)를 투여하는 것이 바람직하다.
일부 구현예에서, 본 발명의 약학적 조성물은 단일 요법(즉, 단일 제제로서), 적어도 하나 이상의 화학 요법 제제(즉, 조합 치료), 암 백신과 조합, 면역 체크 포인트 억제제와의 조합 및/또는 방사선 요법과의 조합으로 포유류, 특히 인간 암세포의 성장을 억제하는데 또한 사용될 수 있다. 본 명세서의 일부 측면에서, 면역 체크 포인트 억제제는 니볼루맙(nivolumab), 트레메리무맙(tremelimumab), 펨브로롤리주맙 (pembrolizumab), 이필리무맙(ipilimumab) 등이다.
일부 구현예에서, 제공된 조성물은 예를 들어 면역조절 단백질이 억제 리간드의 친화성 변형된 IgSF 도메인을 포함하는 경우와 같은 면역 반응을 약화시킬 수 있다. 일부 구현예에서, 조성물은 자가면역 질환을 치료하는데 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 면역계 질환(예컨대, 자가면역 질환)을 앓고 있는 환자에게 본 발명의 치료적 조성물을 투여하는 것은 그러한 면역계 공격 또는 이와 관련된 생물학적 반응의 방해 또는 억제를 초래할 수 있다. 건강한 신체 조직에 대한 이러한 면역 시스템 공격을 억제함으로써, 건강한 조직에 대한 그러한 공격으로 인해 생기는 신체적 증상(예컨대, 통증, 관절 염증, 관절의 부어오름 또는 누름통증)을 줄이거나 완화시킬 수 있으며, 생물학적 및 물리적 손상 면역 계통 공격에 기인하거나 면역 체계 공격과 연관되어 감소되거나, 지체되거나, 중지될 수 있다. 예방적 맥락에서, 개체는 면역계 질환, 장애 또는 상태에 걸리기 쉽거나, 또는 믿어지며, 투여는 전형적으로 질병, 장애 또는 상태의 진행을 예방하고, 증상을 억제 또는 경감시키고, 증상, 또는 이와 관련된 생물학적 반응은 그로부터 잠재적으로 초래되는 신체 손상을 방지하고 및/또는 피험자의 신체 기능을 유지하거나 향상시킨다.
일부 구현예에서, 염증성 또는 자가면역 장애는 항 호중구 세포질 항체(ANCA)-관련 혈관염, 혈관염, 자가면역 피부병, 이식, 류마티스 질환, 염증성 위장병, 염증성 안질환, 염증성 신경계 질병, 염증성 폐 질환, 염증성 내분비 질환, 또는 자가면역 혈액 질환을 포함한다.
일부 구현예에서, 면역조절 단백질을 발현 및 분비하도록 조작된 세포를 포함하는 약학적 조성물은 대상에서 하나 이상의 다른 면역 질환 또는 장애를 치료하는데 사용될 수 있다. 환자의 면역 시스템 질병 또는 질환은 다음을 포함할 수 있으나 이에 한정되지 않는다; 애디슨병, 알레르기, 원형 탈모증, 알츠하이머병, 항중성구세포질항체(ANCA)-연관 혈관염, 강직성 척추염, 항인지질증후군(휴즈 증후군), 관절염, 천식, 아테롬성 동맥 경화증, 죽상 경화증, 자가면역 질환(예컨대, 루프스, RA, MS, 그레이브스병 등), 자가면역 용혈성 빈혈, 자가면역성 간염, 자가면역 내이질환, 자가면역 림프 증식 증후군, 자가면역 심근염, 자가면역 난소염, 자가면역 고환염, 무정자증, 베체트병, 버거씨병, 수포성 유사천포창, 심근증, 심장혈관계 질병, 복강 스프루우/소화 장애, 만성 피로증후군(CFIDS), 만성 특발성 다발성 경화염, 만성 염증성 탈수초성 다발성 신경병증(CIPD), 만성 재발성 다발성 신경병증(길랑-바레 증후군), 척 슈트라우스 증후군(CSS), 흉터유사천포창, 한랭응집소증(CAD), COPD, CREST 증후군, 크론병, 피부염, 포진성 피부염, 당뇨병, 괴사성 루푸스, 습진, 후천성표피수포증, 필수 혼합 한랭 글로블린 혈증, 에반 증후군, 안구돌출증, 섬유 근육통, 굿파스튜어 증후군(ITP), 이식편-관련 질환 또는 장애, 그레이브스병, GVHD, 하시모토병, 특발성 폐 섬유증, 특발성 혈소판 감소증(ITP), IgA 신증, 면역 증식성 질병 또는 질환(예컨대, 건선), 염증성 장 질환(IBD), 인슐린 의존성 당뇨병(IDDM), 간질성 폐 질환, 소아 당뇨병, 소아 관절염, 소아 특발성 관절염(JIA), 가와사키병, 램버트-이튼 중증 증후군, 편평태선, 루푸스, 루푸스 신염, 림프구 독성 식도염, 메니에르 병, 밀러 물고기 증후군/급성 확산성 뇌척수염, 혼합 결합 조직 질환, 다발성 경화증(MS), 근육 류마티스, 근통성뇌척수염, 중증 근무력증, 안구염증, 천포 염증, 천포창, 천포창, 악성 빈혈, 결절성 다발 동맥염, 다발 염증증, 다낭 증후군(휘테커 증후군), 류마티스성 다발근통, 다발성 근염, 원발성 무감마글로불린 혈증, 원발성 담즙성/자가면역성 경변증, 건선, 건선 관절염, 레이노 증후군, 라이터 증후군/반응성 관절염, 재발성협착증, 류마티스성 열, 류마티스성 관절염, 류마티스 관절염, 유육종증, 슈미트 증후군, 경피증, 쇼르겐 증후군, 고형 장기 이식 거부(신장, 심장, 간, 폐 등), 강직증후군, 전신 홍반성 루프스(SLE), 전신피부경화증, 타카야수동맥염, 측두/거대세포성 동맥염, 갑상선염, 1타입 당뇨병, 2 타입 당뇨병, 궤양성 대장염, 포도막염, 혈관염, 백반증, 베게너 육아 종증, 및 관련 면역 반응의 예방 또는 억제 세포, 이식편 또는 장기 이식 환자의 수혈 거부. 이식 관련 질환 또는 장애는 골수 이식과 관련된 이식편 대 숙주 질환(GVDH) 및 기관, 조직 또는 세포 이식편 거부(예컨대, 조직 또는 세포 동종 이식 또는 이종 이식)로 인한 면역 장애 근육, 뉴런, 섬, 기관, 간 실질 세포 등의 이식편을 포함한다. 수혜자 개체에의 기증자의 조직, 세포, 이식편 또는 고형 장기 이식과 관련하여, 본 발명에 개시된 본 발명의 치료적 조성물은 수혜자에서 그러한 이식편의 급성 거부 반응을 예방하고 및/또는 수혜자에서 그러한 이식편의 거부를 방지하기 위한 장기 유지 요법(예컨대, 인슐린 생성 췌장 세포 이식의 거부 억제 당뇨병을 앓고있는 대상 환자의 기증자로부터)을 위해 효과적이다.
일부 구현예에서, 치료적 양의 약학적 조성물이 투여된다. 전형적으로, 투여될 본 발명의 조성물의 정확한 양은 연령, 체중, 종양 크기, 감염 또는 전이의 정도 및 환자(대상)의 상태의 개인차를 고려하여 의사에 의해 결정될 수 있다. 일반적으로, 조작된 세포, 예를 들어, 조작된 세포를 포함하는 약학적 조성물이 언급될 수 있다. T 세포는 상기 범위 내의 모든 정수 값을 포함하여 104-109 세포/kg 체중, 예컨대 105-106 세포/kg 체중의 용량으로 투여될 수 있다. T 세포 조성물과 같은 조작된 세포 조성물 또한 이러한 투여량으로 여러 번 투여 될 수 있다. 세포는 면역 요법(예를 들어, Rosenberg et al., New Eng. J. of Med. 319 : 1676, 1988 참고)에서 일반적으로 공지된 주입 기술을 사용하여 투여될 수 있다. 특정 환자에 대한 최적의 투여량 및 치료 계획은 질병의 징후들에 대해 환자를 모니터링하고 그에 따라 치료를 조정함으로써 의학 분야의 당업자가 용이하게 결정할 수 있다.
본 조성물의 투여는 에어로졸 흡입, 주사, 섭취, 수혈, 이식 또는 이식을 포함하는 임의의 편리한 방식으로 수행될 수 있다. 본 명세서에 기재된 조성물은 환자에게 피하, 피내, 종양 내, 결절 내, 골수 내, 근육 내, 정맥 내(i.v.) 주사 또는 복강 내 투여될 수 있다. 한 구현예에서, 치료 조성물은 피부 또는 피하 주사에 의해 환자에게 투여된다. 또 다른 구현예에서, 치료 학적 조성물은 정맥 내 주입으로 투여될 수 있다. 어떤 경우에는, 세포 조성물을 종양, 림프절 또는 감염 부위에 직접 주사할 수 있다.
A. 약학적 조성물
면역조절 단백질 또는 감염성 제제를 발현 및 분비 또는 표면화하도록 구성된 조작된 세포를 포함하는 약학적 조성물이 제공된다. 일부 구현예에서, 제약 조성물 및 제제는 하나 이상의 임의의 약학적으로 허용 가능한 담체 또는 부형제를 포함한다.
상기 조성물은 중성 완충 식염수, 인산염 완충 식염수 등의 완충제; 글루코스, 만노오스, 수크로스 또는 덱스트란과 같은 탄수화물, 만니톨; 단백질; 폴리펩타이드 또는 아미노산, 예컨대 글리신; 항산화제; EDTA 또는 글루타티온과 같은 킬레이트제; 보조제(예컨대, 수산화 알루미늄); 방부제을 포함할 수 있다. 본 발명의 조성물은 바람직하게는 정맥 내 투여를 위해 제형화된다.
본 발명의 약학적 조성물은 치료될(또는 예방되는) 질병에 적합한 방식으로 투여될 수 있다. 적절한 투여량은 임상 시험에 의해 결정될 수 있지만, 투여량 및 빈도는 환자의 상태, 환자 질환의 타입 및 중증도와 같은 요인에 의해 결정될 것이다.
이러한 제제는, 예를 들어, 정맥 내 주입에 적합한 형태일 수 있다. 약학 적으로 허용 가능한 담체는 관심있는 세포를 한 조직, 기관 또는 신체의 일부로부터 다른 조직, 기관 또는 신체 일부로 운반 또는 운반하는 것과 관련된 약학적으로 허용 가능한 물질, 조성물 또는 비히클 일 수 있다. 예를 들어, 담체는 액체 또는 고체 충진제, 희석제, 부형제, 용매 또는 캡슐화 물질, 또는 이들의 조합 일 수 있다. 담체의 각 성분은 제형의 다른 성분과 양립할 수 있어야 한다는 점에서 "약학적으로 허용 가능하다". 또한 부딪힐 수 있는 임의의 조직, 기관 또는 신체 부위와의 접촉에 적합해야 하는데, 즉, 독성, 자극, 알레르기 반응, 면역 원성 또는 치료제보다 과도하게 큰 기타 합병증의 위험이 없어야 한다.
일부 구현예에서, 약학적 조성물은 무균이다. 일부 구현예에서, 약학적 조성물은 박테리아 또는 바이러스가 없거나 본질적으로 없다. 일부 구현예에서, 약학적 조성물은 본 명세서에 기재된 조작된 세포 이외의 세포가 없거나 본질적으로 없다.
치료적으로 사용되는 약학적 조성물의 유효한 양은 예를 들어, 치료적 배경 및 목적에 좌우될 것이다. 당업자는 치료를 위한 적절한 투여량 수준이 전달 된 분자, 결합제 분자가 사용되는 적응증, 투여 경로 및 크기(체중, 신체 표면 또는 기관 크기) 및 상태(연령 및 일반적인 건강 상태)에 따라 달라질 수 있다. 따라서, 임상의는 최적의 치료 효과를 얻기 위해 투여량을 적정하고 투여 경로를 변경할 수 있다. 본 발명의 약학적 조성물은 비경구적으로, 피하로 또는 정맥 내로, 또는 본 명세서의 다른 곳에서 기재된 바와 같이 투여될 수 있다. 본 발명의 약학적 조성물은 치료적 유효한 양으로 1 개월에 1, 2, 3 또는 4 회, 1 주에 2 회, 격주(2 주마다) 또는 격월(2 개월마다)로 투여될 수 있다. 투여는 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 10, 11 또는 12 개월 또는 그 이상 지속될 수 있다(예컨대, 개체의 생명을 포함하여 1, 2, 3, 4 년 또는 그 이상).
임의의 조성물에 대해, 치료적 유효한 양은 세포 배양 분석 또는 마우스, 래트, 토끼, 개, 돼지 또는 원숭이와 같은 동물 모델에서 초기에 측정될 수 있다. 적절한 농도 범위와 투여 경로를 결정하기 위해 동물 모델을 사용할 수도 있다. 그런 정보는 인간에게 유용한 투여량과 투여 경로를 결정하는데 사용될 수 있다. 정확한 투여량은 치료가 필요한 환자와 관련된 요인을 고려하여 결정된다. 투약 및 투여는 세포 조성물의 충분한 수준을 제공하거나 원하는 효과를 유지하도록 조정된다. 고려할 수 있는 요소에는 질병 상태의 심각도, 대상의 일반적인 건강 상태, 대상의 나이, 체중 및 성별, 투여 시간 및 빈도, 약물 조합, 반응 민감도 및 반응이 포함된다. 치료법. 적절한 용량은 적절한 용량-반응 데이터의 사용을 통해 확인될 수 있다. 치료적 효과를 위한 다양한 바이오마커 또는 생리적 마커는 T 세포 활성 또는 증식, 사이토카인 합성 또는 생산(예컨대, TNF-α, IFN-γ, IL-2 생산), 다양한 활성화 마커(예컨대, CD25, IL-2 수용체)의 유도, 염증, 관절의 부종 또는 압통, C-반응성 단백질의 혈청 수준, 항-콜라겐 항체 생산 및/또는 T 세포 의존 항체 반응을 모니터링할 수 있다.
본 발명의 치료용 조성물의 투여가 바람직하지 않은 면역 반응을 매개하거나 매개할 수 있는 면역 세포를 제거, 격리 또는 불활성화시킴으로써 면역 활성을 충분히 조절하는지를 결정하기 위한 다양한 수단이 공지되어 있다; 방어 면역 반응을 매개하거나 매개할 수 있는 면역 세포를 유도, 생성 또는 작동하는 것; 면역 세포의 물리적 또는 기능적 특성을 변화시키는 것; 또는 이러한 효과의 조합. 면역학적 활성의 조절의 측정의 예로는 면역 세포 집단의 존재 또는 부재의 검사(유세포 분석, 면역 조직 화학, 조직학, 전자 현미경 검사, 중합 효소 연쇄 반응(PCR)을 사용); 신호에 반응하여 증식 또는 분열하는 능력 또는 저항성을 포함하는 면역 세포의 기능적 능력의 측정(T 세포 증식 분석 및 항-CD3 항체, 항-T 세포 수용체 항체, 항 -CD28 항체, 칼슘 이온 투과 담체, PMA, 펩타이드 또는 단백질 항원이 로딩된 항원 제시 세포로 자극한 후 3H-티미딘 혼입에 기초한 펩스캔 분석법; B 세포 증식 검정 등); 다른 세포를 죽이거나 용해시키는 능력의 측정(예컨대, 세포독성 T 세포 분석); 케모카인, 세포 표면 분자, 세포의 항체 및 기타 생성물(예컨대, 유세포 분석, 효소 결합 면역 흡착 분석, 웨스턴 블랏 분석, 단백질 마이크로 어레이 분석, 면역 침전 분석); 면역 세포 내에서 면역 세포 또는 신호전달 경로의 활성화에 대한 생화학적 마커 측정(예컨대, 티로신, 세린 또는 트레오닌 인산화의 웨스턴 블랏 및 면역 침전 분석, 폴리펩타이드 절단, 단백질 복합체의 형성 또는 해리, 단백질 어레이 분석, DNA 전사 분석, DNA 어레이 또는 감수잡종형성을 이용한 분석); 세포자멸사, 괴사 또는 다른 기작에 의한 세포 사멸의 측정(예컨대, 아넥신 V 염색, TUNEL 분석, DNA 래더링 측정 용 겔 전기영동, 조직학, 형광성 카스파제 검정, 카스파제 기질의 웨스턴 블랏 분석); 면역 세포에 의해 생성된 유전자, 단백질 및 기타 분자의 측정(예를 들어, 노던 블롯 분석, 중합 효소 연쇄 반응, DNA 마이크로 어레이, 단백질 마이크로 어레이, 2 차원 겔 전기영동, 웨스턴 블롯 분석, 효소 연쇄 면역 흡착 분석, 유동 세포 계측법); 임상 증상이나 자가면역, 신경 퇴행성 질환, 자기 단백질이나 자가 폴리펩타이드와 관련된 다른 질병의 증상을 측정(임상 점수, 추가 치료법 사용, 기능 상태, 영상 연구), 예를 들어, 다발성 경화증의 경우 재발률이나 질병의 심각성 측정(해당 기술분야의 당업자에게 알려진 임상적 점수 활용), 타입 Ⅰ 당뇨병의 경우 혈당 측정, 또는 류마티스성 관절염의 경우 관절 염증이 측정될 수 있다.
Ⅸ. 예시적인 구현예
예를 들어, 상기 제공된 구현예 중에서:
1. 야생형 IgSF 도메인에서 하나 이상의 아미노산 치환을 포함하는 적어도 하나의 비-면역글로불린 친화성-변형된 면역글로불린 수퍼패밀리(IgSF)를 포함하는 면역조절 단백질로서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인의 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너를 특이적으로 결합하고; 상기 면역조절 단백질은 막관통 도메인을 포함하지 않으며; 상기 면역조절 단백질은 반감기 연장 모이어티에 결합되지 않는, 면역조절 단백질.
2. 제1 구현예에 있어서, 상기 반감기 연장 모이어티는 다중화 도메인인, 면역조절 단백질
3. 제1 또는 제2 구현예에 있어서, 상기 반감기 연장 모이어티는 Fc 도메인인, 면역조절 단백질.
4. 제1 내지 제3 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 면역조절 단백질은 신호 펩타이드를 추가적으로 포함하는, 면역조절 단백질.
5. 제4 구현예에 있어서, 상기 신호 펩타이드는 상응하는 야생형 IgSF 도메인으로부터 네이티브 신호 펩타이드인, 면역조절 단백질.
6. 제4 구현예에 있어서, 상기 신호 펩타이드는 비-네이티브 신호 펩타이드인, 면역조절 단백질.
7. 제4 또는 제6 구현예에 있어서, 상기 신호 펩타이드는 IgG-kappa 신호 펩타이드, IL-2 신호 펩타이드, 또는 CD33 신호 펩타이드인, 면역조절 단백질.
8. 제1 내지 제7 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너는 포유류 세포 상에 발현되는, 면역조절 단백질.
9. 제8 구현예에 있어서, 상기 포유류 세포는 항원 제시 세포(APC), 종양 세포, 또는 림프구인, 면역조절 단백질.
10. 제8 또는 제9 구현예에 있어서, 상기 포유류 세포는 T-세포인, 면역조절 단백질.
11. 제8 내지 제10 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 포유류 세포는 마우스, 래트, 시노몰구스 원숭이, 또는 인간 세포인, 면역조절 단백질.
12. 제1 내지 제11 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 상기 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합에 대한 증가된 결합 친화성을 가지는, 면역조절 단백질.
13. 제8 내지 제12 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인을 포함하는 상기 면역조절 단백질의 특이적 결합은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 상기 포유류 세포의 면역학적 활성을 조절하는, 면역조절 단백질.
14. 제8 내지 제13 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인을 포함하는 상기 면역조절 단백질의 특이적 결합은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 상기 포유류 세포의 면역학적 활성을 증가시키는, 면역조절 단백질.
15. 제8 내지 제13 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 면역조절 단백질의 특이적 결합은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 상기 포유류 세포의 면역학적 활성을 감소시키는, 면역조절 단백질.
16. 제1 내지 제15 구현예 중 어느하나에 있어서, 신호 조절 단백질(SIRP) 패밀리, 골수계 세포 발현 트리거 수용체(TREML) 패밀리, 암배 항원 관련 세포 접착 분자(CEACAM) 패밀리, 타액 산성 연화 렉틴(SIGLEC) 패밀리, 부티로필린 패밀리, B7 패밀리, CD28 패밀리, V-세트 및 면역글로불린 도메인 포함(VSIG) 패밀리, V-세트 막관통 도메인(VSTM) 패밀리, 주요 조직 적합 유전자 복합체(MHC) 패밀리, 신호전달 림프구 활성화 분자(SLAM) 패밀리, 백혈구 면역글로불린-유사 수용체(LIR), 넥틴(Nec) 패밀리, 넥틴-유사(NECL) 패밀리, 폴리오바이러스 수용체 관련(PVR) 패밀리, 자연적 세포독성 트리거 수용체(NCR) 패밀리, T 세포 면역글로불린 및 뮤신(TIM) 패밀리 및 살해-세포 면역글로불린-유사 수용체(KIR) 패밀리로 이루어진 군으로부터 선택된 패밀리의 IgSF 패밀리 구성원으로부터인, 면역조절 단백질.
17. 제1 내지 제16 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 CD80, CD86, PD-L1, PD-L2, ICOS Ligand, B7-H3, B7-H4, CD28, CTLA4, PD-1, ICOS, BTLA, CD4, CD8-alpha, CD8-beta, LAG3, TIM-3, CEACAM1, TIGIT, PVR, PVRL2, CD226, CD2, CD160, CD200, CD200R, NKp30, VISTA, VSIG3, 및 VSIG8로 이루어진 군으로부터 선택된 IgSF 구성원으로부터인, 면역조절 단백질.
18. 제1 내지 제17 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 인간 IgSF 도메인인, 면역조절 단백질.
19. 제1 내지 제18 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 서열번호 1-27 및 408 중에 제시된 아미노산의 서열에 함유된 야생형 IgSF 도메인 또는 그의 특이적 결합 단편과 적어도 90% 서열 동일성을 가지는, 면역조절 단백질.
20. 제1 내지 제19 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 면역조절 단백질은 서열변호 28-54 및 410 중으로부터 선택된 아미노산 서열 또는 IgSF 도메인을 함유하는 그의 특이적 결합 단편과 적어도 90% 서열 동일성을 가지는, 면역조절 단백질.
21. 제1 내지 제20 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 B7 패밀리의 구성원인, 면역조절 단백질.
22. 제1 내지 제21 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 CD80, CD86 또는 ICOSL의 도메인인, 면역조절 단백질.
23. 제1 내지 제22 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너는 T-세포 상에 발현된 자극 수용체이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 자극 수용체에 대한 상기 야생형 IgSF 도메인의 결합 친화성과 비교하여 상기 자극 수용체에 대한 증가된 결합 친화성을 가지는, 면역조절 단백질.
24. 제23 구현예에 있어서, 상기 자극 수용체에 대한 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인의 결합은 상기 T-세포의 면역학적 활성을 증가시키는, 면역조절 단백질.
25. 제23 또는 제24 구현예에 있어서, 상기 자극 수용체는 CD28, ICOS, 또는 CD226인, 면역조절 단백질.
26. 제23 내지 제25 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 ICOS 및 CD28 중 적어도 하나에 대한 증가된 결합 친화성을 가지는 친화성-변형된 ICOSL IgSF 도메인인, 면역조절 단백질.
27. 제23 내지 제26 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 ICOSL IgSF 도메인이고, 상기 자극 수용체는 ICOS인, 면역조절 단백질.
28. 제23 내지 제26 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 ICOSL IgSF 도메인이고, 상기 자극 수용체는 CD28인, 면역조절 단백질.
29. 제23 내지 제25 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 CD80 IgSF 도메인이고, 상기 자극 수용체는 CD28인, 면역조절 단백질.
30. 제23 내지 제29 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 CTLA-4에 실질적으로 특이적으로 결합하지 않거나, CTLA-4에 대한 야생형 IgSF 도메인의 결합 친화성과 비교하여 CTLA-4에 대한 감소된 결합 친화성을 나타내는, 면역조절 단백질.
31. 제1 내지 제30 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 오직 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합하는, 면역조절 단백질.
32. 제1 내지 제31 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 면역조절 단백질은 오직 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합하는, 면역조절 단백질.
33. 제1 내지 제30 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 적어도 2개 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합하는, 면역조절 단백질.
34. 제33 구현예에 있어서, 상기 제1 세포 표면 동족 결합 파트너는 T 세포 상에 발현된 자극 수용체이고; 상기 제2 세포 표면 동족 결합 파트너는 억제 수용체의 억제 리간드이고, 상기 억제 수용체는 T-세포 상에 발현되는, 면역조절 단백질.
35. 제34 구현예에 있어서, 상기 억제 리간드에 대한 상기 친화성-변형된 도메인의 결합은 상기 억제 수용체에 대한 상기 억제 리간드의 결합을 경쟁적으로 억제하는, 면역조절 단백질.
36. 제34 또는 제35 구현예에 있어서, 상기 억제 수용체는 PD-1, CTLA-4, LAG-3, TIGIT, CD96, CD112R, BTLA, CD160, TIM-3, VSIG3, 또는 VSIG8이거나; 상기 억제 수용체의 리간드는 PD-L1, PD-L2, B7-1, B7-2, HVEM, MHC class Ⅱ, PVR, CEACAM-1, GAL9, 또는 VISTA인, 면역조절 단백질.
37. 제34 내지 제36 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 친화성 변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 CD80 도메인이고, 상기 자극 수용체는 CD28인, 면역조절 단백질.
38. 제37 구현예에 있어서, 상기 억제 리간드는 PD-L1이고, 상기 억제 수용체는 PD-1인, 면역조절 단백질.
39. 제37 또는 제28 구현예에 있어서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 CTLA-4에 대한 감소된 결합 친화성을 나타내는, 면역조절 단백질.
40. 제37 내지 제39 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 CTLA-4에 실질적으로 특이적으로 결합하지 않는, 면역조절 단백질.
41. 제1 내지 제20 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 친화성 변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 CD155 IgSF 도메인 또는 친화성 변형된 CD112 IgSF 도메인이고, 상기 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너는 CD226, TIGIT 또는 CD112R인, 면역조절 단백질.
42. 제41 구현예에 있어서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 CD226에 대한 상기 야생형 IgSF 도메인의 결합 친화성과 비교하여 CD226에 대한 감소된 결합 친화성을 나타내고, 선택적으로, 상기 야생형 IgSF 도메인의 결합 친화성과 비교하여 TIGIT(Ig 및 ITIM 도메인과 함께 T-세포 면역수용체) 또는 CD112R에 대한 증가된 결합을 보유하거나 나타내는, 면역조절 단백질.
43. 제1 내지 제20 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 종양 특이적 항원인 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합하는, 면역조절 단백질.
44. 제43 구현예에 있어서, 상기 종양 특이적 항원은 B7-H6인, 면역조절 단백질.
45. 제43 또는 제44 구현예에 있어서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 NKp30 IgSF 도메인인, 면역조절 단백질.
46. 제1 내지 제45 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 제1 친화성- 변형된 IgSF 도메인 및 제2 친화성-변형된 IgSF 도메인을 포함하는, 면역조절 단백질.
47. 제46 구현예에 있어서, 제1 친화성- 변형된 IgSF 도메인 및 제2 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상이한, 면역조절 단백질.
48. 제46 또는 제47 구현예에 있어서, 제1 친화성- 변형된 IgSF 도메인 및 제2 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 동일한 야생형 IgSF 도메인에서 하나 이상의 상이한 아미노산 치환을 각각 포함하는, 면역조절 단백질.
49. 제46 또는 제47 구현예에 있어서, 제1 친화성- 변형된 IgSF 도메인 및 제2 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상이한 야생형 IgSF 도메인에서 하나 이상의 아미노산 치환을 각각 포함하는, 면역조절 단백질.
50. 제1 내지 제20 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 억제 수용체의 리간드인 IgSF 구성원으로부터이고, 상기 억제 수용체는 ITIM 신호 도메인을 포함하는, 면역조절 단백질.
51. 제50 구현예에 있어서, 상기 억제 수용체는 PD-1, CTLA-4, LAG3, TIGIT, TIM-3, 또는 BTLA이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 각각 PD-1, CTLA-4, LAG3, TIGIT, TIM-3, BTLA, VSIG3 또는 VSIG8의 리간드의 친화성-변형된 IgSF 도메인이거나; 상기 억제 수용체의 리간드는 PD-L1, PD-L2, B7-1, B7-2, MHC Class Ⅱ, PVR, CEACAM-1, GAL9 또는 VISTA이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 각각 PD-L1, PD-L2, B7-1, B7-2, MHC Class Ⅱ, PVR, CEACAM-1, GAL9 또는 VISTA의 리간드의 친화성-변형된 IgSF 도메인인, 면역조절 단백질.
52. 제50 또는 제51 구현예에 있어서, 상기 억제 수용체는 PD-1이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 PD-1의 친화성-변형된 IgSF인, 면역조절 단백질.
53. 제50 내지 제52 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 트랜스 표면 동족 결합 파트너에 대한 증가된 결합 친화성을 가지고, 이로 인해 상기 증가된 결합 친화성은 상기 억제 수용체에 대한 상기 트랜스 표면 동족 결합 파트너의 결합을 경쟁적으로 억제하는, 면역조절 단백질.
54. 제1 내지 제53 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인으로부터 10개 이하의 아미노산 치환에 의해 상이한, 면역조절 단백질.
55. 제1 내지 제54 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 친화성 변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인으로부터 5개 이하의 아미노산 치환에 의해 상이한, 면역조절 단백질.
56. 제1 내지 제55 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 하나 이상의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 IgV 도메인, 친화성 변형된 IgC1 도메인, 또는 친화성 변형된 IgC2 도메인이거나 포함하거나, 또는 하나 이상의 아미노산 치환을 포함하는 그의 특이적 결합 단편인, 면역조절 단백질.
57. 제1 내지 제56 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 면역조절 단백질은 하나 이상의 비-친화성 변형된 IgSF 도메인을 추가적으로 포함하는, 면역조절 단백질.
58. 제1 내지 제56 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 면역조절 단백질은 조작된 세포로부터 분비되었던, 면역조절 단백질.
59. 제58 구현예에 있어서, 상기 조작된 세포는 면역 세포인, 면역조절 단백질.
60. 제58 또는 제59 구현예에 있어서, 상기 조작된 세포는 1차 세포인, 면역조절 단백질.
61. 제1 내지 제60 구현예 중 어느하나의 면역조절 단백질을 암호화하는 재조합 핵산.
62. 제61 구현예에 있어서, 상기 핵산 분자는 상기 면역조절 단백질의 대조군 발현에 작동가능하게 연결된 적어도 하나의 프로모터를 추가적으로 포함하는, 재조합 핵산.
63. 제62 구현예에 있어서, 상기 프로모터는 항시(constitutively) 활성 프로모터인, 재조합 핵산.
64. 제62 구현예에 있어서, 상기 프로모터는 유도성 프로모터인, 재조합 핵산.
65. 제64 구현예에 있어서, 상기 프로모터는 T-세포 활성화 신호에 반응하는 요소에 반응하는, 재조합 핵산.
66. 제64 또는 제65 구현예에 있어서, 상기 프로모터는 NFAT에 대한 결합 부위 또는 NF-κB에 대한 결합 부위를 포함하는, 재조합 핵산.
67. 제61 내지 제66 구현예 중 어느하나의 핵산을 포함하는 재조합 발현 벡터.
68. 분비를 위한 신호 서열의 상기 작동가능한 대조군 하에 면역조절 단백질을 암호화하는 핵산을 포함하는 재조합 발현 벡터로서, 상기 면역조절 단백질은 야생형 IgSF 도메인에서 하나 이상의 아미노산 치환을 포함하는 적어도 하나의 비-면역글로불린 친화성-변형된 면역글로불린 수퍼패밀리(IgSF) 도메인을 포함하고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인의 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너를 특이적으로 결합하며; 상기 암호화된 면역조절 단백질은, 세포로부터 발현되는 경우, 분비되는, 발현 벡터.
69. 제68 구현예에 있어서, 상기 면역조절 단백질은 막관통 도메인을 포함하지 않는, 발현 벡터.
70. 제68 또는 제69 구현예에 있어서, 상기 면역조절 단백질은 반감기 연장 모이어티에 결합되지 않는, 발현 벡터.
71. 제68 내지 제70 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 반감기 연장 모이어티는 다중화 도메인인, 발현 벡터.
72. 제68 내지 제71 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 반감기 연장 모이어티는 Fc 도메인인, 발현 벡터.
73. 제68 내지 제72 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 분비를 위한 신호 서열은 분비성 신호 펩타이드를 암호화하는, 발현 벡터.
74. 제73 구현예에 있어서, 상기 신호 펩타이드는 상응하는 야생형 IgSF 구성원으로부터 네이티브 신호 펩타이드인, 발현 벡터.
75. 제73 구현예에 있어서, 상기 신호 펩타이드는 비-네이티브 신호 펩타이드인, 발현 벡터.
76. 제73 또는 제75 구현예에 있어서, 상기 신호 펩타이드는 IgG-kappa 신호 펩타이드, IL-2 신호 펩타이드, 또는 CD33 신호 펩타이드인, 발현 벡터.
77. 제68 내지 제76 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 핵산 분자는 상기 면역조절 단백질의 대조군 발현에 작동가능하게 연결된 적어도 하나의 프로모터를 추가적으로 포함하는, 발현 벡터.
78. 제77 구현예에 있어서, 상기 프로모터는 항시(constitutively) 활성 프로모터인, 발현 벡터.
79. 제77 구현예에 있어서, 상기 프로모터는 유도성 프로모터인, 발현 벡터.
80. 제79 구현예에 있어서, 상기 프로모터는 T-세포 활성화 신호에 반응하는 요소에 반응하는, 발현 벡터.
81. 제79 또는 제80 구현예에 있어서, 상기 프로모터는 NFAT에 대한 결합 부위 또는 NF-κB에 대한 결합 부위를 포함하는, 발현 벡터.
82. 제68 내지 제81 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 벡터는 바이러스 벡터인, 발현 벡터.
83. 제82 구현예에 있어서, 상기 바이러스 벡터는 레트로바이러스 벡터인, 발현 벡터.
84. 제82 또는 제83 구현예에 있어서, 상기 바이러스 벡터는 렌티바이러스 벡터 또는 감마레트로바이러스 벡터인, 발현 벡터.
85. 제68 내지 제84 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 상기 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 대한 증가된 결합 친화성을 가지는, 발현 벡터.
86. 제68 내지 제85 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너는 포유류 세포 상에 발현되는, 발현 벡터.
87. 제86 구현예에 있어서, 상기 포유류 세포는 항원 제시 세포(APC), 종양 세포, 또는 림프구인, 발현 벡터.
88. 제86 또는 제87 구현예에 있어서, 상기 포유류 세포는 T-세포인, 발현 벡터.
89. 제86 내지 제88 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 포유류 세포는 마우스, 래트, 시노몰구스 원숭이, 또는 인간 세포인, 발현 벡터.
90. 제86 내지 제89 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인을 포함하는 상기 면역조절 단백질의 특이적인 결합은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 상기 포유류 세포의 면역학적 활성을 조절하는, 발현 벡터.
91. 제86 내지 제90 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인을 포함하는 상기 면역조절 단백질의 특이적인 결합은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 상기 포유류 세포의 면역학적 활성을 증가시키는, 발현 벡터.
92. 제86 내지 제91 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 면역조절 단백질의 특이적인 결합은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 상기 포유류 세포의 면역학적 활성을 감소시키는, 발현 벡터.
93. 제68 내지 제92 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 신호 조절 단백질(SIRP) 패밀리, 골수계 세포 발현 트리거 수용체(TREML) 패밀리, 암배 항원 관련 세포 접착 분자(CEACAM) 패밀리, 타액 산성 연화 렉틴(SIGLEC) 패밀리, 부티로필린 패밀리, B7 패밀리, CD28 패밀리, V-세트 및 면역글로불린 도메인 포함(VSIG) 패밀리, V-세트 막관통 도메인(VSTM) 패밀리, 주요 조직 적합 유전자 복합체(MHC) 패밀리, 신호전달 림프구 활성화 분자(SLAM) 패밀리, 백혈구 면역글로불린-유사 수용체(LIR), 넥틴(Nec) 패밀리, 넥틴-유사(NECL) 패밀리, 폴리오바이러스 수용체 관련(PVR) 패밀리, 자연적 세포독성 트리거 수용체(NCR) 패밀리, T 세포 면역글로불린 및 뮤신(TIM) 패밀리 및 살해-세포 면역글로불린-유사 수용체(KIR) 패밀리로 이루어진 군으로부터 선택된 패밀리의 IgSF 패밀리 구성원으로부터인, 발현 벡터.
94. 제68 내지 제93 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 CD80, CD86, PD-L1, PD-L2, ICOS Ligand, B7-H3, B7-H4, CD28, CTLA4, PD-1, ICOS, BTLA, CD4, CD8-alpha, CD8-beta, LAG3, TIM-3, CEACAM1, TIGIT, PVR, PVRL2, CD226, CD2, CD160, CD200, CD200R, NKp30, VISTA, VSIG3, 및 VSIG8로 이루어진 군으로부터 선택된 IgSF 구성원으로부터인, 발현 벡터.
95. 제68 내지 제94 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 인간 IgSF 도메인인, 발현 벡터.
96. 제68 내지 제95 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 서열번호 1-27 및 408 중에 제시된 아미노산의 서열에 함유된 야생형 IgSF 도메인 또는 그의 특이적 결합 단편과 적어도 90% 서열 동일성을 가지는, 발현 벡터.
97. 제68 내지 제96 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 면역조절 단백질은 서열변호 28-54 및 410 중으로부터 선택된 아미노산 서열과 적어도 90% 서열 동일성을 가지는, 발현 벡터.
98. 제68 내지 제97 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 B7 패밀리의 구성원인, 발현 벡터.
99. 제68 내지 제98 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 CD80, CD86 또는 ICOSL의 도메인인, 발현 벡터.
100. 제68 내지 제99 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너는 T-세포 상에 발현된 자극 수용체이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 자극 수용체에 대한 상기 야생형 IgSF 도메인의 결합 친화성과 비교하여 상기 자극 수용체에 대한 증가된 결합 친화성을 가지는, 발현 벡터.
101. 제100 구현예에 있어서, 상기 자극 수용체에 대한 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인의 결합은 상기 T-세포의 면역학적 활성을 증가시키는, 발현 벡터.
102. 제100 또는 제101 구현예에 있어서, 상기 자극 수용체는 CD28, ICOS, 또는 CD226인, 발현 벡터.
103. 제100 내지 제102 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 ICOS 및 CD28 중 적어도 하나에 대한 증가된 결합 친화성을 가지는 친화성-변형된 ICOSL IgSF 도메인인, 발현 벡터.
104. 제100 내지 제103 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 ICOSL IgSF 도메인이고, 상기 자극 수용체는 ICOS인, 발현 벡터.
105. 제100 내지 제103 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 ICOSL IgSF 도메인이고, 상기 자극 수용체는 CD28인, 발현 벡터.
106. 제100 내지 제102 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 CD80 IgSF 도메인이고, 상기 자극 수용체는 CD28인, 발현 벡터.
107. 제100 내지 제106 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 CTLA-4에 실질적으로 특이적으로 결합하지 않거나, CTLA-4에 대한 야생형 IgSF 도메인의 결합 친화성과 비교하여 CTLA-4에 대한 감소된 결합 친화성을 나타내는, 발현 벡터.
108. 제68 내지 제107 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 오직 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합하는, 발현 벡터.
109. 제68 내지 제108 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 면역조절 단백질은 오직 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합하는, 발현 벡터.
110. 제68 내지 제107 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 도메인은 적어도 2개 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합하는, 발현 벡터.
111. 제110 구현예에 있어서, 상기 제1 세포 표면 동족 결합 파트너는 T 세포 상에 발현된 자극 수용체이고; 상기 제2 세포 표면 동족 결합 파트너는 억제 수용체의 억제 리간드이고, 상기 억제 수용체는 T-세포 상에 발현되는, 발현 벡터.
112. 제111 구현예에 있어서, 상기 억제 리간드에 대한 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인의 결합은 상기 억제 수용체에 대한 상기 억제 리간드의 결합을 경쟁적으로 억제하는, 발현 벡터.
113. 제111 또는 제112 구현예에 있어서, 상기 억제 수용체는 PD-1, CTLA-4, LAG-3, TIGIT, CD96, CD112R, BTLA, CD160, TIM-3, VSIG3, 또는 VSIG8이거나; 상기 억제 수용체의 리간드는 PD-L1, PD-L2, B7-1, B7-2, HVEM, MHC class Ⅱ, PVR, CEACAM-1, GAL9, 또는 VISTA인, 발현 벡터.
114. 제111 내지 제113 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 친화성 변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 CD80 도메인이고, 상기 자극 수용체는 CD28인, 발현 벡터.
115. 제114 구현예에 있어서, 상기 억제 리간드는 PD-L1이고, 상기 억제 수용체는 PD-1인, 발현 벡터.
116. 제114 또는 제115 구현예에 있어서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 CTLA-4에 대한 감소된 결합 친화성을 나타내는, 발현 벡터.
117. 제114 내지 제116 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 CTLA-4에 실질적으로 특이적으로 결합하지 않는, 발현 벡터.
118. 제68 내지 제97 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 CD155 IgSF 도메인 또는 친화성 변형된 CD112 IgSF 도메인이고, 상기 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너는 CD226, TIGIT 또는 CD112R인, 발현 벡터.
119. 제118 구현예에 있어서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 CD226에 대한 상기 야생형 IgSF 도메인의 결합 친화성과 비교하여 CD226에 대한 감소된 결합 친화성을 나타내고, 선택적으로, 상기 야생형 IgSF 도메인의 결합 친화성과 비교하여 TIGIT(Ig 및 ITIM 도메인과 함께 T-세포 면역수용체) 또는 CD112R에 대한 증가된 결합을 보유하거나 나타내는, 발현 벡터.
120. 제68 내지 제97 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 종양 특이적 항원인 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합하는, 발현 벡터.
121. 제120 구현예에 있어서, 상기 종양 특이적 항원은 B7-H6인, 발현 벡터.
122. 제120 또는 제121 구현예에 있어서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 NKp30 IgSF 도메인인, 발현 벡터.
123. 제68 내지 제122 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 제1 친화성- 변형된 IgSF 도메인 및 제2 친화성-변형된 IgSF 도메인을 포함하는, 발현 벡터.
124. 제123 구현예에 있어서, 제1 친화성- 변형된 IgSF 도메인 및 제2 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상이한, 발현 벡터.
125. 제123 또는 제124 구현예에 있어서, 제1 친화성- 변형된 IgSF 도메인 및 제2 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 동일한 야생형 IgSF 도메인에서 하나 이상의 상이한 아미노산 치환을 각각 포함하는, 발현 벡터.
126. 제123 또는 제124 구현예에 있어서, 제1 친화성- 변형된 IgSF 도메인 및 제2 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상이한 야생형 IgSF 도메인에서 하나 이상의 아미노산 치환을 각각 포함하는, 발현 벡터.
127. 제68 내지 제97 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 억제 수용체의 리간드인 IgSF 구성원으로부터이고, 상기 억제 수용체는 ITIM 신호 도메인을 포함하는, 발현 벡터.
128. 제127 구현예에 있어서, 상기 억제 수용체는 PD-1, CTLA-4, LAG3, TIGIT, TIM-3, 또는 BTLA이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 각각 PD-1, CTLA-4, LAG3, TIGIT, TIM-3, BTLA, VSIG3 또는 VSIG8의 친화성-변형된 IgSF 도메인이거나; 상기 억제 수용체의 리간드는 PD-L1, PD-L2, B7-1, B7-2, MHC Class Ⅱ, PVR, CEACAM-1, GAL9 또는 VISTA이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 각각 PD-L1, PD-L2, B7-1, B7-2, MHC Class Ⅱ, PVR, CEACAM-1, GAL9 또는 VISTA의 리간드의 친화성-변형된 IgSF 도메인인, 발현 벡터.
129. 제127 또는 제128 구현예에 있어서, 상기 억제 수용체는 PD-1이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 PD-1의 친화성-변형된 IgSF인, 발현 벡터.
130. 제127 내지 제129 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 트랜스 표면 동족 결합 파트너에 대한 증가된 결합 친화성을 가지고, 이로 인해 상기 증가된 결합 친화성은 상기 억제 수용체에 대한 상기 트랜스 표면 동족 결합 파트너의 결합을 경쟁적으로 억제하는, 발현 벡터.
131. 제68 내지 제130 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인으로부터 10개 이하의 아미노산 치환에 의해 상이한, 발현 벡터.
132. 제68 내지 제131 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 친화성 변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인으로부터 5개 이하의 아미노산 치환에 의해 상이한, 발현 벡터.
133. 제68 내지 제132 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 하나 이상의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 IgV 도메인, 친화성 변형된 IgC1 도메인, 또는 친화성 변형된 IgC2 도메인이거나 포함하거나, 또는 하나 이상의 아미노산 치환을 포함하는 그의 특이적 결합 단편인, 발현 벡터.
134. 제68 내지 제133 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 면역조절 단백질은 하나 이상의 비-친화성 변형된 IgSF 도메인을 추가적으로 포함하는, 발현 벡터.
135. 제61 내지 제66 구현예 중 어느하나의 핵산 또는 제67 내지 제134 구현예 중 어느하나의 발현 벡터를 포함하는 조작된 세포.
136. 제1 내지 제60 구현예 중 어느하나의 면역조절 단백질을 포함하는 조작된 세포.
137. 제1 내지 제60 구현예 중 어느하나의 면역조절 단백질을 분비하는 조작된 세포.
138. 제135 내지 제137 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 세포는 면역 세포인, 조작된 세포.
139. 면역조절 단백질을 암호화하는 핵산 분자를 포함하는 조작된 면역 세포로서, 상기 면역조절 단백질은 야생형 IgSF 도메인에서 하나 이상의 아미노산 치환을 포함하는 적어도 하나의 비-면역글로불린 친화성-변형된 면역글로불린 수퍼패밀리(IgSF) 도메인을 포함하고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인의 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너를 특이적으로 결합하며; 상기 조작된 세포는 상기 면역조절 단백질을 발현 및 분비하는, 조작된 면역 세포.
140. 제139 구현예에 있어서, 상기 면역조절 단백질은 막관통 도메인을 포함하지 않는, 조작된 면역 세포.
141. 제139 또는 제140 구현예에 있어서, 상기 면역조절 단백질은 반감기 연장 모이어티에 결합되지 않는, 조작된 면역 세포.
142. 제141 구현예에 있어서, 상기 반감기 연장 모이어티는 다중화 도메인인, 조작된 면역 세포.
143. 제141 내지 제142 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 반감기 연장 모이어티는 Fc 도메인인, 조작된 면역 세포.
144. 제139 내지 제143 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 핵산 분자는 상기 면역조절 단백질을 암호화하는 서열에 작동가능하게 연결된 분비성 신호 펩타이드를 암호화하는 서열을 포함하는, 조작된 면역 세포.
145. 제144 구현예에 있어서, 상기 신호 펩타이드는 상응하는 야생형 IgSF 구성원으로부터 네이티브 신호 펩타이드인, 조작된 면역 세포.
146. 제144 구현예에 있어서, 상기 신호 펩타이드는 비-네이티브 신호 펩타이드인, 조작된 면역 세포.
147. 제144 또는 제146 구현예에 있어서, 상기 신호 펩타이드는 IgG-kappa 신호 펩타이드, IL-2 신호 펩타이드, 또는 CD33 신호 펩타이드인, 조작된 면역 세포.
148. 제139 내지 제148 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 핵산 분자는 상기 면역조절 단백질의 대조군 발현에 작동가능하게 연결된 적어도 하나의 프로모터를 추가적으로 포함하는, 조작된 면역 세포.
149. 제148 구현예에 있어서, 상기 프로모터는 항시(constitutively) 활성 프로모터인, 조작된 면역 세포.
150. 제148 구현예에 있어서, 상기 프로모터는 유도성 프로모터인, 조작된 면역 세포.
151. 제148 또는 제150 구현예에 있어서, 상기 프로모터는 T-세포 활성화 신호에 반응하는 요소에 반응하는, 조작된 면역 세포.
152. 제148, 제150 및 제151 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 프로모터는 NFAT에 대한 결합 부위 또는 NF-κB에 대한 결합 부위를 포함하는, 조작된 면역 세포.
153. 제135 내지 제152 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 면역조절 단백질은 상기 조작된 세포가 유도성 제제와 접촉한 후 또는 T 세포 활성화의 도입 후 상기 조작된 세포에 의해 발현 및 분비되고, 이는 상기 조작된 세포에 의해 발현된 키메릭 항원 수용체(CAR) 또는 조작된 T-세포 수용체(TCR)에 대한 항원의 결합 상에 선택적으로 유도되는, 조작된 세포.
154. 제135 내지 제153 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 세포는 림프구인, 조작된 세포.
155. 제154 구현예에 있어서, 상기 림프구는 T 세포, B 세포 또는 NK 세포인, 조작된 세포.
156. 제135 내지 제155 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 세포는 T 세포인, 조작된 세포.
157. 제156 구현예에 있어서, 상기 T 세포는 CD4+ 또는 CD8+인, 조작된 세포.
158. 제135 내지 제154 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 세포는 항원 제시 세포인, 조작된 세포.
159. 제135 내지 제158 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 세포는 개체로부터 획득된 1차 세포인, 조작된 세포.
160. 제159 구현예에 있어서, 상기 개체는 인간 개체인, 조작된 세포.
161. 제135 내지 제160 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 상기 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 대한 증가된 결합 친화성을 가지는, 조작된 세포.
162. 제135 내지 제161 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너는 포유류 세포 상에 발현되는, 조작된 세포.
163. 제162 구현예에 있어서, 상기 포유류 세포는 항원 제시 세포(APC), 종양 세포, 또는 림프구인, 조작된 세포.
164. 제162 또는 제163 구현예에 있어서, 상기 포유류 세포는 T-세포인, 조작된 세포.
165. 제162 내지 제164 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 포유류 세포는 마우스, 래트, 시노몰구스 원숭이, 또는 인간 세포인, 조작된 세포.
166. 제162 내지 제165 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인을 포함하는 상기 면역조절 단백질의 특이적인 결합은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 상기 포유류 세포의 면역학적 활성을 조절하는, 조작된 세포.
167. 제162 내지 제166 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인을 포함하는 상기 면역조절 단백질의 특이적인 결합은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 상기 포유류 세포의 면역학적 활성을 증가시키는, 조작된 세포.
168. 제162 내지 제166 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 면역조절 단백질의 특이적인 결합은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 상기 포유류 세포의 면역학적 활성을 감소시키는, 조작된 세포.
169. 제135 내지 제168 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 신호 조절 단백질(SIRP) 패밀리, 골수계 세포 발현 트리거 수용체(TREML) 패밀리, 암배 항원 관련 세포 접착 분자(CEACAM) 패밀리, 타액 산성 연화 렉틴(SIGLEC) 패밀리, 부티로필린 패밀리, B7 패밀리, CD28 패밀리, V-세트 및 면역글로불린 도메인 포함(VSIG) 패밀리, V-세트 막관통 도메인(VSTM) 패밀리, 주요 조직 적합 유전자 복합체(MHC) 패밀리, 신호전달 림프구 활성화 분자(SLAM) 패밀리, 백혈구 면역글로불린-유사 수용체(LIR), 넥틴(Nec) 패밀리, 넥틴-유사(NECL) 패밀리, 폴리오바이러스 수용체 관련(PVR) 패밀리, 자연적 세포독성 트리거 수용체(NCR) 패밀리, T 세포 면역글로불린 및 뮤신(TIM) 패밀리 및 살해-세포 면역글로불린-유사 수용체(KIR) 패밀리로 이루어진 군으로부터 선택된 패밀리의 IgSF 패밀리 구성원으로부터인, 조작된 세포.
170. 제135 내지 제169 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 CD80, CD86, PD-L1, PD-L2, ICOS Ligand, B7-H3, B7-H4, CD28, CTLA4, PD-1, ICOS, BTLA, CD4, CD8-alpha, CD8-beta, LAG3, TIM-3, CEACAM1, TIGIT, PVR, PVRL2, CD226, CD2, CD160, CD200, CD200R, NKp30, VISTA, VSIG3, 및 VSIG8로 이루어진 군으로부터 선택된 IgSF 구성원으로부터인, 조작된 세포.
171. 제135 내지 제170 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 인간 IgSF 도메인인, 조작된 세포.
172. 제135 내지 제171 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 서열번호 1-27 및 408 중에 제시된 아미노산의 서열에 함유된 야생형 IgSF 도메인 또는 그의 특이적 결합 단편과 적어도 90% 서열 동일성을 가지는, 조작된 세포.
173. 제135 내지 제172 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 면역조절 단백질은 서열변호 28-54 및 410 중으로부터 선택된 아미노산 서열과 적어도 90% 서열 동일성을 가지는, 조작된 세포.
174. 제135 내지 제173 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너는 T-세포 상에 발현된 자극 수용체이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 자극 수용체에 대한 상기 야생형 IgSF 도메인의 결합 친화성과 비교하여 상기 자극 수용체에 대한 증가된 결합 친화성을 가지는, 조작된 세포.
175. 제174 구현예에 있어서, 상기 자극 수용체에 대한 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인의 결합은 상기 T-세포의 면역학적 활성을 증가시키는, 조작된 세포.
176. 제174 또는 제175 구현예에 있어서, 상기 자극 수용체는 CD28, ICOS, 또는 CD226인, 조작된 세포.
177. 제174 내지 제176 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 ICOS 및 CD28 중 적어도 하나에 대한 증가된 결합 친화성을 가지는 친화성-변형된 ICOSL IgSF 도메인인, 조작된 세포.
178. 제174 내지 제177 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 ICOSL IgSF 도메인이고, 상기 자극 수용체는 ICOS인, 조작된 세포.
179. 제174 내지 제177 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 ICOSL IgSF 도메인이고, 상기 자극 수용체는 CD28인, 조작된 세포.
180. 제174 내지 제176 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 CD80 IgSF 도메인이고, 상기 자극 수용체는 CD28인, 조작된 세포.
181. 제174 내지 제180 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 CTLA-4에 실질적으로 특이적으로 결합하지 않거나, CTLA-4에 대한 야생형 IgSF 도메인의 결합 친화성과 비교하여 CTLA-4에 대한 감소된 결합 친화성을 나타내는, 조작된 세포.
182. 제135 내지 제181 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 오직 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합하는, 조작된 세포.
183. 제135 내지 제182 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 면역조절 단백질은 오직 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합하는, 조작된 세포.
184. 제135 내지 제181 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 도메인은 적어도 2개 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합하는, 조작된 세포.
185. 제184 구현예에 있어서, 상기 제1 세포 표면 동족 결합 파트너는 T 세포 상에 발현된 자극 수용체이고; 상기 제2 세포 표면 동족 결합 파트너는 억제 수용체의 억제 리간드이고, 상기 억제 수용체는 T-세포 상에 발현되는, 조작된 세포.
186. 제185 구현예에 있어서, 상기 억제 리간드에 대한 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인의 결합은 상기 억제 수용체에 대한 상기 억제 리간드의 결합을 경쟁적으로 억제하는, 조작된 세포.
187. 제185 또는 제186 구현예에 있어서, 상기 억제 수용체는 PD-1, CTLA-4, LAG-3, TIGIT, CD96, CD112R, BTLA, CD160, TIM-3, VSIG3, 또는 VSIG8이거나; 상기 억제 수용체의 리간드는 PD-L1, PD-L2, B7-1, B7-2, HVEM, MHC class Ⅱ, PVR, CEACAM-1, GAL9, 또는 VISTA인, 조작된 세포.
188. 제185 내지 제187 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 친화성 변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 CD80 도메인이고, 상기 자극 수용체는 CD28인, 조작된 세포.
189. 제188 구현예에 있어서, 상기 억제 리간드는 PD-L1이고, 상기 억제 수용체는 PD-1인, 조작된 세포.
190. 제188 또는 제189 구현예에 있어서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 CTLA-4에 대한 감소된 결합 친화성을 나타내는, 조작된 세포.
191. 제188 내지 제190 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 CTLA-4에 실질적으로 특이적으로 결합하지 않는, 조작된 세포.
192. 제135 내지 제173 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 CD155 IgSF 도메인 또는 친화성 변형된 CD112 IgSF 도메인이고, 상기 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너는 CD226, TIGIT 또는 CD112R인, 조작된 세포.
193. 제192 구현예에 있어서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 CD226에 대한 상기 야생형 IgSF 도메인의 결합 친화성과 비교하여 CD226에 대한 감소된 결합 친화성을 나타내고, 선택적으로, 상기 야생형 IgSF 도메인의 결합 친화성과 비교하여 TIGIT(Ig 및 ITIM 도메인과 함께 T-세포 면역수용체) 또는 CD112R에 대한 증가된 결합을 보유하거나 나타내는, 조작된 세포.
194. 제135 내지 제173 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 종양 특이적 항원인 세포 표면 동족 결합 파트너에 특이적으로 결합하는, 조작된 세포.
195. 제194 구현예에 있어서, 상기 종양 특이적 항원은 B7-H6인, 조작된 세포.
196. 제194 또는 제195 구현예에 있어서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 NKp30 IgSF 도메인인, 조작된 세포.
197. 제135 내지 제173 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 제1 친화성- 변형된 IgSF 도메인 및 제2 친화성-변형된 IgSF 도메인을 포함하는, 조작된 세포.
198. 제197 구현예에 있어서, 제1 친화성- 변형된 IgSF 도메인 및 제2 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상이한, 조작된 세포.
199. 제197 또는 제198 구현예에 있어서, 제1 친화성- 변형된 IgSF 도메인 및 제2 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 동일한 야생형 IgSF 도메인에서 하나 이상의 상이한 아미노산 치환을 각각 포함하는, 조작된 세포.
200. 제197 또는 제198 구현예에 있어서, 제1 친화성- 변형된 IgSF 도메인 및 제2 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상이한 야생형 IgSF 도메인에서 하나 이상의 아미노산 치환을 각각 포함하는, 조작된 세포.
201. 제135 내지 제173 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 억제 수용체의 리간드인 IgSF 구성원으로부터이고, 상기 억제 수용체는 ITIM 신호 도메인을 포함하는, 조작된 세포.
202. 제201 구현예에 있어서, 상기 억제 수용체는 PD-1, CTLA-4, LAG3, TIGIT, TIM-3, 또는 BTLA이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 각각 PD-1, CTLA-4, LAG3, TIGIT, TIM-3, BTLA, VSIG3 또는 VSIG8의 리간드의 친화성-변형된 IgSF 도메인이거나; 상기 억제 수용체의 리간드는 PD-L1, PD-L2, B7-1, B7-2, MHC Class Ⅱ, PVR, CEACAM-1, GAL9 또는 VISTA이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 각각 PD-L1, PD-L2, B7-1, B7-2, MHC Class Ⅱ, PVR, CEACAM-1, GAL9 또는 VISTA의 리간드의 친화성-변형된 IgSF 도메인인, 조작된 세포.
203. 제201 또는 제202 구현예에 있어서, 상기 억제 수용체는 PD-1이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 PD-1의 친화성-변형된 IgSF인, 조작된 세포.
204. 제201 내지 제203 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 트랜스 표면 동족 결합 파트너에 대한 증가된 결합 친화성을 가지고, 이로 인해 상기 증가된 결합 친화성은 상기 억제 수용체에 대한 상기 트랜스 표면 동족 결합 파트너의 결합을 경쟁적으로 억제하는, 조작된 세포.
205. 제135 내지 제204 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인으로부터 10개 이하의 아미노산 치환에 의해 상이한, 조작된 세포.
206. 제135 내지 제205 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 친화성 변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인으로부터 5개 이하의 아미노산 치환에 의해 상이한, 조작된 세포.
207. 제135 내지 제206 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 하나 이상의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 IgV 도메인, 친화성 변형된 IgC1 도메인, 또는 친화성 변형된 IgC2 도메인이거나 포함하거나, 또는 하나 이상의 아미노산 치환을 포함하는 그의 특이적 결합 단편인, 조작된 세포.
208. 제135 내지 제207 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 면역조절 단백질은 하나 이상의 비-친화성 변형된 IgSF 도메인을 추가적으로 포함하는, 조작된 세포.
209. 제135 내지 제208 구현예 중 어느하나에 있어서, 키메릭 항원 수용체(CAR) 또는 조작된 T-세포 수용체(TCR)를 추가적으로 포함하는, 조작된 세포.
210. 제135 내지 제209 구현예 중 어느하나의 세포 또는 제230 내지 제252 구현에 중 어느하나의 감염성 제제 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 약학적 조성물.
211. 제210 구현예에 있어서, 멸균된, 약학적 조성물.
212. 개체에게 제135 내지 제209 구현예 중 어느하나의 조작된 세포, 제230 내지 제252 구현예 중 어느하나의 감염성 제제 또는 제210 또는 제211 구현예의 약학적 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 상기 개체 내로 면역조절 단백질을 도입하는 방법.
213. 개체에게 제135 내지 제209 구현예 중 어느하나의 세포, 제230 내지 제252 구현예 중 어느하나의 감염성 제제 또는 제210 또는 제211 구현예의 약학적 조성물을 투여하는 단계를 포함하는, 상기 개체에서 면역조절 반응을 조절하는 방법.
214. 제213 구현예에 있어서, 상기 면역 반응의 조절은 상기 개체에서 질병 또는 장애를 치료하는, 방법.
215. 제213 또는 제214 구현예에 있어서, 상기 조절된 면역 반응은 증가되는, 방법.
216. 제214 또는 제215 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 질병 또는 장애는 종양인, 방법.
217. 제214 내지 제216 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 질병 또는 장애는 암인, 방법.
218. 제214 내지 제217 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 질병 또는 장애는 흑색종, 폐암, 방광암, 또는 혈액암인, 방법.
219. 제213 또는 제214 구현예에 있어서, 상기 조절된 면역 반응은 감소되는, 방법.
220. 제214 또는 제219 구현예에 있어서, 상기 질병 또는 장애는 염증성 질병 또는 상태인, 방법.
221. 제214, 제219 및 제220 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 질병 또는 상태는 크론병, 궤양성 대장염, 다발성 경화증, 천식, 류마티스 관절염, 또는 건선인, 방법.
222. 제212 내지 제221 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 개체는 인간인, 방법.
223. 제212 내지 제222 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 세포는 상기 개체에 자가유래인, 방법.
224. 제212 내지 제222 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 세포는 상기 개체에 동종인, 방법.
225. 제212 내지 제224 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 조작된 세포는 상기 면역조절 단백질을 발현 및 분비하는, 방법.
226. 제212 내지 제225 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 면역조절 단백질은 상기 조작된 세포에 의해 항시 발현되는, 방법.
227. 제212 내지 제225 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 면역조절 단백질은 상기 조작된 세포가 유도성 제제와 접촉한 후 상기 조작된 세포에 의해 발현 및 분비되는, 방법.
228. 제212 내지 제227 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 면역조절 단백질은 T 세포 활성화 신호 상에 상기 조작된 세포에 의해 발현 및 분비되는, 방법.
229. 제228 구현예에 있어서, 상기 조작된 세포는 키메릭 항원 수용체(CAR) 또는 조작된 T-세포 수용체(TCR)를 발현하고, T 세포 활성화 신호는 CAR 또는 TCR에 의해 항원의 결합 상에 유도되는, 방법.
230. 제1 내지 제60 구현예 중 어느하나의 면역조절 단백질을 암호화하는 핵산 분자, 제61 내지 제66 구현예 중 어느하나의 핵산 분자 또는 제67 내지 134 구현예 중 어느하나의 발현 벡터를 포함하는 감염성 제제.
231. (ⅰ) 야생형 IgSF 도메인에서 하나 이상의 아미노산 치환을 포함하는 적어도 하나의 비-면역글로불린 친화성-변형된 면역글로불린 수퍼패밀리(IgSF) 도메인을 포함하는 엑토도메인; 및 (ⅱ) 막관통 도메인을 포함하고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인의 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너를 특이적으로 결합하는, 막관통 면역조절 단백질(TIP)를 암호화하는 핵산 분자를 함유하는 감염성 제제.
232. 제231 구현예에 있어서, 상기 적어도 하나의 친화성 변형된 IgSF 도메인은 상기 참고 야생형 IgSF 도메인과 비교하여 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 대한 증가된 결합 친화성을 가지는, 감염성 제제.
233. 제231 또는 제232 구현예에 있어서, 신호 조절 단백질(SIRP) 패밀리, 골수계 세포 발현 트리거 수용체(TREML) 패밀리, 암배 항원 관련 세포 접착 분자(CEACAM) 패밀리, 타액 산성 연화 렉틴(SIGLEC) 패밀리, 부티로필린 패밀리, B7 패밀리, CD28 패밀리, V-세트 및 면역글로불린 도메인 포함(VSIG) 패밀리, V-세트 막관통 도메인(VSTM) 패밀리, 주요 조직 적합 유전자 복합체(MHC) 패밀리, 신호전달 림프구 활성화 분자(SLAM) 패밀리, 백혈구 면역글로불린-유사 수용체(LIR), 넥틴(Nec) 패밀리, 넥틴-유사(NECL) 패밀리, 폴리오바이러스 수용체 관련(PVR) 패밀리, 자연적 세포독성 트리거 수용체(NCR) 패밀리, T 세포 면역글로불린 및 뮤신(TIM) 패밀리 또는 살해-세포 면역글로불린-유사 수용체(KIR) 패밀리로 이루어진 군으로부터 선택된 패밀리의 IgSF 패밀리 구성원으로부터인, 감염성 제제.
234. 제231 내지 제233 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 CD80, CD86, PD-L1, PD-L2, ICOS Ligand, B7-H3, B7-H4, CD28, CTLA4, PD-1, ICOS, BTLA, CD4, CD8-alpha, CD8-beta, LAG3, TIM-3, CEACAM1, TIGIT, PVR, PVRL2, CD226, CD2, CD160, CD200, CD200R 또는 NKp30으로 이루어진 군으로부터 선택된 IgSF 구성원으로부터인, 감염성 제제.
235. 제231 내지 제234 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 야생형 IgSF 도메인은 인간 IgSF 구성원인, 감염성 제제.
236. 제231 내지 제235 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 막관통 면역조절 단백질은 서열번호 381-407 및 409 중 하나로부터 선택된 아미노산 서열 또는 친화성-변형된 IgSF 도메인 및 막관통 도메인을 함유하는 그의 인접 부분에 적어도 90% 동일성을 가지는, 감염성 제제.
237. 제231 내지 제236 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 막관통 면역조절 단백질은 키메릭 수용체이고, 상기 엔도도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인을 포함하는 야생형 IgSF 구성원으로부터 엔도도메인이 아닌, 감염성 제제.
238. 제237 구현예에 있어서, 상기 엔도도메인은 적어도 하나의 ITAM(면역수용체 티로신-기반 활성화 모티프)-함유 신호 도메인을 포함하는, 감염성 제제.
239. 제238 구현예에 있어서, 상기 엔도도메인은 CD3-zeta 신호 도메인을 포함하는, 감염성 제제.
240. 제238 또는 제239 구현예에 있어서, 상기 엔도도메인은 CD28 공동자극 도메인, ICOS 신호 도메인, OX40 신호 도메인, 및 41BB 신호 도메인 중 적어도 하나를 추가적으로 포함하는, 감염성 제제.
241. 제231 내지 제240 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 친화성 변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인으로부터 10개 이하의 아미노산 치환 또는 5개 이하의 아미노산 치환에 의해 상이한, 감염성 제제.
242. 제231 내지 제241 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 IgV 도메인, 친화성 변형된 IgC1 도메인, 또는 친화성 변형된 IgC2 도메인이거나 포함하거나, 또는 하나 이상의 아미노산 치환을 포함하는 그의 특이적 결합 단편인, 감염성 제제.
243. 제231 내지 제242 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 막관통 도메인은 상응하는 야생형 IgSF 구성원으로부터 네이티브 막관통 도메인인, 감염성 제제.
244. 제231 내지 제243 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 막관통 도메인은 상응하는 야생형 IgSF 구성원으로부터 네이티브 막관통 도메인이 아닌, 감염성 제제.
245. 제244 구현예에 있어서, 상기 막관통 단백질은 CD8로부터 유래된 막관통 단백질인, 감염성 제제.
246. 제230 내지 제245 구현예 중 어느하나에 있어서, 상기 감염성 제제는 박테이라 또는 바이러스인, 감염성 제제.
247. 제246 구현예에 있어서, 상기 바이러스는 종양용해성 바이러스인, 감염성 제제.
248. 제247 구현예에 있어서, 상기 종양용해성 바이러스는 아데노바이러스, 아데노-연관된 바이러스, 헤르페스 바이러스, 헤르페스 단순 바이러스, 수포성 구내염 바이러스(Vesticular Stomatic virus), 레오바이러스, 뉴캐슬병 바이러스, 파보바이러스, 홍역 바이러스, 수포성 구내염 바이러스(Vesticular Stomatitis virus; VSV), 콕사키 바이러스 또는 천연두 바이러스인, 감염성 제제.
249. 제246 구현예에 있어서, 상기 바이러스는 수지상 세포(DCs) 및/또는 수지상 세포-트로픽을 특이적으로 표적하는, 감염성 제제.
250. 제249 구현예에 있어서, 상기 바이러스는 변형된 신드비스 바이러스 외피 제품으로 위형된 렌티바이러스 벡터인, 감염성 제제.
251. 제230 내지 제250 구현예 중 어느하나에 있어서, 표적 세포의 죽음을 초래하거나 면역 반응을 증가 또는 증대시키는 추가 유전자 제품을 암호화하는 핵산 분자를 추가적으로 포함하는, 감염성 제제.
252. 제251 구현예에 있어서, 상기 추가 유전자 제품은 항암제, 항-전이제, 항신생혈관제, 면역조절 분자, 면역 체크포인트 억제제, 항체, 사이토카인, 성장인자, 항원, 세포독성 유전자 제품, 전구-세포사멸 유전자 제품, 항-세포사멸 유전자 제품, 세포 매트릭스 분해 유전자, 조직 재생을 위한 유전자 또는 다능성에 대한 인간 체세포 재프로그래밍으로부터 선택된, 감염성 제제.
Ⅹ. 실시예
하기 실시예는 오직 본 발명을 예시하기 위한 것일 뿐, 본 발명의 범위를 한정하기 위한 의도는 아니다.
실시예 1-12는 예시적인 친화성 변형된 CD80(B7-1), CD86(B7-2), ICOSL 및 NKp30 면역조절 단백질의 고안, 생성 및 스크리닝을 서술하고, 이는 면역 활성 및 억제 모두에서 입증된 이중 역할을 가지는 면역 시냅스(IS)의 성분이다. 이들 실시예는 IgSF 도메인의 친화성 변형이 면역학적 활성을 모두 증가 또는 감소시키기 위한 작용을 할 수 있는 단백질을 산출함을 증명한다. 또한, 이러한 연구는 면역조절 활성을 달성하기 위해 타입 II 면역 조절 단백질을 형성하기 위해 쌍으로 융합된(즉, 적층된) 도메인의 다양한 조합을 서술한다. 또한, 실시예는 그러한 친화성-변형된 면역조절 단백질을 함유하는 예시적인 분비가능한 면역조절 단백질의 생성을 서술한다.
실시예 1
IgSF 도메인의 돌연변이 DNA 구조의 생성
실시예 1은 효모 디스플레이 라이브러리로서 효모의 표면 상에 전사 및 발현을 위한 인간 CD80, CD86, ICOSL 및 NKp30 IgSF 도메인의 돌연변이 DNA 구조의 생성을 서술한다. 하기 실시예는 Fc-융합 형태에서 예시적인 IgSF 단백질의 친화성-변형된 도메인의 결합 및 활성을 예시한다; 그러한 친화성-변형된 도메인은 서술된 바와 같은 분비가능한 면역조절 단백질 또는 막관통 면역조절 단백질과 관련하여 고려된다.
A. 라이브러리 축퇴
다양한 아미노산 치환에 대한 암호화를 위한 특정 혼합 염기 세트와 같은, 축퇴 코돈으로 완전 또는 부분 랜덤화를 위한 표적 단백질의 특정 잔기를 표적하는 라이브러리에 있어서, 인간 CD80(서열번호 28), ICOSL(서열번호 32) 및 NKp30(서열번호 54)의 세포외 도메인(ECD)에 대한 DNA의 암호화는 길이로 최대 80 염기쌍(bp)의 중첩 올리고뉴클레오티드의 세트로서, Integrated DNA Technologies(Coralville, IA)로부터 주문되었다. 각 ECD의 다양한 변이체의 라이브러리를 생성하기 위해, 올리고뉴클레오타이드는 원하는 아미노산 위치에서 원하는 축퇴 코돈을 함유하였다. 축퇴 코돈은 URL: rosettadesign.med.unc.edu/SwiftLib/에서 알고리즘을 사용하여 생성되었다.
일반적으로, 관심있는 표적-리간드 쌍의 결정 구조(CD80, NKp30) 또는 상동성 모델(ICOSL)로부터 선택된 돌연변이 및 축퇴 코돈에 대한 위치는 단백질 상호작용 계면에 있는 잔기와 마찬가지로 리간드 접촉 잔기를 식별하기 위해 사용되었다. 이러한 분석은 URL: spdbv.vital-it.c에서 이용가능한 구조 뷰어를 사용하여 수행되었다. 예를 들어, CTLA4에 결합된 CD80에 대한 결정 구조는 URL: www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=1I8L에서 공개적으로 이용가능하고, 표적된 라이브러리는 CTLA4에 대한 향상된 바인더의 선택을 위한 CD80::CTLA4 인터페이스를 기반으로 고안되었다. 그러나, 리간드 CD28 및 PD-L1과 함께 이용가능한 CD80 구조가 없기 때문에, 동일한 라이브러리는 CD28(CTLA4로서 CD80 상에 동일한 영역을 결합함) 및 PD-L1(PD-L1이 CTLA4로서 동일한 위치를 결합한다면, 알려지지 않음)의 바인더를 위한 선택에 역시 사용되었다. 라이브러리 고안에서 다음 단계는 보존된 잔기를 식별하기 위한 인간, 마우스, 래트 및 원숭이 CD80, ICOSL 또는 NKp30 서열의 정렬이었다. 이러한 분석에 기반하여, 보존된 표적 잔기는 보존적 아미노산 변화 및 야생형 잔기를 오직 특정하는 축퇴 코돈으로 돌연변이되었다. 보존되지 않았던 잔기는 보다 적극적으로 돌연변이되었지만, 역시 야생형 잔기를 포함하였다. 야생형 잔기를 역시 암호화하였던 축퇴 코돈은 과도한 표적 단백질의 돌연변이 생성을 피하기 위해 배치되었다. 동일한 이유로, 최대 20 개 위치만 한번에 돌연변이 생성을 위해 표적되었다. 이들 잔기는 접촉 잔기 및 비-접촉 계면 잔기의 조합이었다.
올리고뉴클레오티드는 멸균수에 용해되었고, 등몰 비로 혼합되었고, 5분 동안 95℃로 가열되었으며, 어닐링을 위한 상온으로 서서히 냉각되었다. 그다음, ECD의 시작 및 말단에 각각 어닐링하는 ECD-특이 적 올리고뉴클레오타이드 프라이머는 PCR 제품을 생성하기 위해 사용되었다. 그다음, BamHI 및 KpnI 클로닝 부위 이상 또는 포함하는, pBYDS03 클로닝 벡터(Life Technologies USA)의 변형된 버전으로 40-50bp에 의해 중첩된 ECD-특이적 올리고뉴클레오티드는 모든 전기천공에 대하여DNA의 적어도 총 12 μg을 생성하기 위한 이전 단계로부터 PCR 제품의 100ng을 증폭하기 위해 사용되었다. 두 PCR은 OneTaq 2x PCR 마스터 믹스(New England Biolabs, USA)를 사용하여 중합효소 연쇄 반응(PCR)에 의해 수행되었다. 제2 PCR 제품은 PCR 정제 키트(Qiagen, Germany)를 사용하여 정제되었고, 멸균 탈 이온수에 재현탁되었다. 라이브러리 삽입을 준비하기 위해, 벡터 pBYDS03의 변형된 효모 디스플레이 버전은 BamHI 및 KpnI 제한 효소(New England Biolabs, USA)로 분해되었고, 큰 벡터 단편은 겔- 정제되었고 멸균 탈 이온수에 용해되었다. 다음 단계를 위한 전기천공-준비 DNA는 50 μL 탈이온 및 멸균 수의 총 부피에서 선형화된 벡터의 4 μg으로 모든 전기천공을 위한 라이브러리 DNA의 12 μg을 혼합함으로써 생성되었다. 표적된 라이브러리를 생성하기 위한 대안적인 방법은 축퇴 코돈을 함유하는 올리고뉴클레오타이드를 갖는 표적 ECD의 위치-지시 돌연변이 생성(Multisite kit, Agilent, USA)을 수행하기 위한 것이었다. 이러한 접근은 돌연변이 생성을 위해 DNA의 특정 신축만을 표적하는 하위 라이브러리를 생성하기 위해 사용되었다. 이러한 경우에, 하위 라이브러리는 선택 단계를 진행하기 전에 혼합되었다. 일반적으로, 라이브러리 크기는 하위 라이브러리가 오직 10x104에서 10x105 범위에 있었던 것을 제외하고는, 10x107에서 10x108 클론의 범위에 있었다. 큰 라이브러리 및 하위 라이브러리는 CD80, ICOSL, CD86 및 NKp30을 위해 생성되었다. 하위 라이브러리는 CD80, ICOSL 및 NKp30를 위해 생성되었다.
B. 랜덤 라이브러리
또한, 랜덤 라이브러리는 CD80(서열번호 28), CD86(서열번호 29), ICOSL(서열번호 32) 및 NKp30(서열번호 54)의 ECD의 변이체를 식별하기 위해 구성되었다. 야생형 ECD를 암호화하는 DNA는 변형된 효모 디스플레이 벡터 pBYDS03의 BamHI 및 KpnI 제한 부위 사이에서 클로닝되었고, 일부 경우에, DNA는 동일한 제한 효소를 사용하여 방출되었다. 그다음, 방출된 DNA 또는 분해되지 않은 플라스미드는 Genemorph II 키트(Agilent, USA)로 돌연변이 되어, 라이브러리 변이체 당 평균 3개 내지 5개 아미노산 변화를 생성하였다. 그다음, 돌연변이된 DNA는 2 단계 PCR에 의해 증폭되었고, 표적된 라이브러리를 위해 상기 서술된 바와 같이 추가로 처리되었다.
실시예 2
효모 내로 DNA 라이브러리의 도입
실시예 2는 효모 내로 CD80, CD86, ICOSL 및 NKp30 DNA 라이브러리의 도입을 서술한다.
효모 내로 축퇴 및 랜덤 라이브러리 DNA를 도입하기 위해, 효모 균주 BJ5464(ATCC.org; ATCC number 208288)의 전기천공-가용성 세포는 준비되었고, Colby, D.W. et al. 2004 Methods Enzymology 388, 348-358에 서술된 바에 따라 필수적으로 상기 단계로부터 전기천공-준비된 DNA로 Gene Pulser II (Biorad, USA) 상에 전기천공되었다. 유일한 예외는 변형된 세포가 변형된 플라스미드 pBYDS03에 의해 운반되는 LEU2 선택 마커를 수용하기 위해 비-유도 최소 선택성 SCD-Leu 배지에서 성장하였다는 것이다.
라이브러리 크기는 SCD-Leu 아가 플레이트 상에 신선하게 회수된 세포의 연속 희석액을 플레이팅한 다음, 플레이트 당 적어도 50 콜로니가 생성된 플레이팅으로부터 단일 콜로니의 수로부터 라이브러리 크기를 외삽함으로써 결정되었다. 전기천공된 배양물의 나머지는 포화로 성장되었고, 이러한 배양물로부터 세포는 변형되지 않은 세포의 분획을 최소화하기 위해 다시 한번 동일 배지 내로 계대배양되었다. 라이브러리 다양성을 유지하기 위해, 이러한 계대배양 단계는 계산된 라이브러리 크기에 비해 적어도 10 배 많은 세포가 포함된 접종물을 사용하여 수행되었다. 제2 포화된 배양물로부터 세포는 mL 당 10x1010의 밀도로 멸균 25% (중량/부피) 글리세롤을 포함하는 신선한 배지에 다시 현탁되었고, 동결되었으며, -80℃(냉동 라이브러리 창고)에서 저장되었다.
SCD-Leu 배지 1 리터는 구연산 나트륨 이수화물 14.7 g, 구연산 일수화물 4.29 g, 덱스트로스 20 g, Difco 상표 효모 질소 염기 6.7 g 및 루신 없는 효모 합성 드랍-아웃 배지 보충물 1.6 g으로 구성된다. 배지는 0.2 μM 진공 필터 장치를 사용하는 사용 전에, 멸균 여과되었다.
라이브러리 크기는 SCD-Leu 아가 플레이트 상에 신선하게 회수된 세포의 희석액을 플레이팅한 다음, 플레이트 당 적어도 50 콜로니가 생성된 플레이팅으로부터 단일 콜로니의 수로부터 라이브러리 크기를 외삽함으로써 결정되었다.
2개 이상의 상이한 라이브러리 클론을 함유하는 세포로부터 플라스미드를 분리하기 위해, 라이브러리 크기의 10배에 대응하는 다수의 세포는 밤새 SCD-Leu 배양물로부터 채취되었고, 신선한 SCD-Leu 배지 내로 1/100 계대배양되었으며, 밤새 성장되었다. 이러한 밤새 배양물로부터 세포는 10E10/mL의 밀도로 멸균 25% (중량/부피) 글리세롤에 다시 현탁되었고, 동결되었으며, -80℃(냉동 라이브러리 창고)에서 저장되었다.
실시예 3
효모 선택
실시예 3은 CD80, CD86, ICOSL 및 NKp30의 효모 발현 친화성 변형된 변이체의 선택을 서술한다.
라이브러리 크기의 적어도 10 배와 동등한 다수의 세포는 개별 라이브러리 창고로부터 해동되었고, 비- 유도 SCD-Leu 배지에서 0.1 x 10E6 cells/mL로 현탁되었으며, 밤새 성장되었다. 다음날, 라이브러리 크기의 10 배와 동등한 다수의 세포는 2분 동안 2000 RPM에서 원심분리되었고, 유도 SCDG-Leu 배지에서 0.5 × 10E6 cells/mL로 다시 현탁되었다. SCD-Leu 유도 배지 1 리터는 물에 용해된 Na2HPO4 5.4g, NaH2PO4 * H20 8.56g, 갈락토스 20g, 덱스트로스 2.0g, Difco 효모 질소 염기 6.7g 및 루신 없는 효모 합성 드랍-아웃 배지 보충물1.6g으로 구성되고, 0.22 ㎛ 멤브레인 필터 장치를 통해 멸균되었다. 배양물은 효모 세포 표면 상에 라이브러리 단백질의 발현을 유도하기 위해 20℃에서 2일 동안 배양되었다.
세포는 그들의 외인성 재조합 반대-구조 단백질(동족 결합 파트너)를 결합하기 위한 능력으로 비-바인더를 감소시키고, 모든 CD80, CD86, ICOSL 또는 NKp30 변이체를 강화시키기 위해 자성 비드로 처리되었다. 예를 들어, 효모는 표적된 또는 랜덤 CD80 라이브러리가 CD80, CTLA-4, PD-L1 각각에 대해 선택됨을 나타내었다. ICOSL 라이브러리는 ICOS에 대해 선택되었고, CD28 및 NKp30 라이브러리는 B7-H6에 대해 선택되었다. 이어서, 개선된 바인더를 나타내는 효모 세포의 분획을 강화시키기 위해 외인성 동족 결합 파트너 단백질 염색을 사용함으로써, 형광 활성화 세포 분류(FACS) 2회 내지 3회가 수행되었다. 유세포 분석기에 의한 자성 비드 강화 및 선택은 본질적으로 Keith D. Miller,1 Noah B. Pefaur,2 and Cheryl L. Baird1 Current Protocols in Cytometry 4.7.1-4.7.30, July 2008.에 서술된 바와 같다.
CD80, CD86, ICOSL 및 NKp30 라이브러리로, 표적 리간드 단백질은 하기와 같이 R&D Systems (USA)로부터 유래되었다: 인간 rCD28.Fc(즉, 재조합 CD28-Fc 융합 단백질), rPDL1.Fc, rCTLA4.Fc, rICOS.Fc 및 rB7H6.Fc. 자성 스트렙타비딘 비드는 New England Biolabs, USA로부터 획득하였다. 동족 결합 파트너 단백질의 비오티닐화를 위해, 미국 Biotinylation kit cat# 21955, Life Technologies가 사용되었다. 2색 및 유세포 분석 분류의 경우, Becton Dickinson FACS Aria II sorter가 사용되었다. CD80, CD86, ICOSL 또는 NKp30 디스플레이 수준은 Alexafluor 488 (Life Technologies, USA)로 표지된 항-헤마글루티닌 태그 항체로 모니터링되었다. 리간드 결합 Fc 융합 단백질 rCD28.Fc, rCTLA4.Fc, rPDL1.Fc, rICOS.Fc 또는 rB7-H6.Fc는 PE 접합된 인간 Ig specific goat Fab (Jackson ImmunoResearch, USA)로 검출되었다. 이중 효모는 전방 산란 (FSC)/측방 산란 (SSC) 파라미터를 사용하여 게이트를 열었고, 분류 게이트는 FL1에서 보다 제한된 HA 태그 발현 결합을 보유한 FL2에서 검출된 보다 높은 리간드 결합을 기반으로 하였다.
유세포 분석 분류로부터 효모 생산은 보다 높은 특이적 결합 친화성에 대해 분석되었다. 분류 생산 효모는 그들이 암호화한 특정 IgSF 친화성 변형된 도메인 변이체를 발현하기 위해 확장 및 다시 유도되었다. 그다음, 이러한 집단은 부모, 야생형 효모 균주 또는 유세포 분석에 의한 비드 생산 효모 집단과 같은 어떤 다른 선택된 생산과 비교될 수 있다.
ICOSL에 대해, 제2 분류 생산(F2)는 리간드 바인딩을 탐지하기 위해 항-HA (헤마글루티닌) 태그 발현 및 2차 항-인간 Fc로 각 집단을 이중 염색함으로써, 각 rICOS.Fc, rCD28.Fc 및 rCTLA4.Fc의 결합에 대한 부모 ICOSL 효모와 비교되었다.
ICOS에 결합하기 위해 선택된 ICOSL 효모 변이체의 경우, 5.6 nM rICOS.Fc로 염색했을때, F2 분류 생산은 997의 평균 형광 강도(MFI) 값을 제공한 반면, 동일한 농도의 rICOS로 염색했을 때, 부모 ICOSL 균주 MFI는 397에서 측정되었다. 이는 클론의 이러한 F2 선택된 풀에서의 평균 결합의 대략 3배 개선을 나타내고, 이는 그 풀로부터 개별 클론이 개별적으로 시험될 때 매우 향상된 MFI/친화성을 가질 것으로 예측된다.
CD28 에 결합하기 위해 선택된 ICOSL 효모 변이체의 경우, F2 분류 생산은 100nM rCD28.Fc로 염색했을때, F2 분류 생산은 640의 MFI 값을 제공한 반면, 부모 ICOSL 균주 MFI는 동일한 농도의 rCD28.Fc로 염색했을 때, 29에서 측정되었다(22배 향상). CTLA4 에 결합하기 위해 선택된 ICOSL 효모 변이체의 경우, F2 분류 생산은 100nM rCTLA4.Fc로 염색했을때, F2 분류 생산은 949의 MFI 값을 제공한 반면, 부모 ICOSL 균주 MFI는 동일한 농도의 rCTLA4.Fc로 염색했을 때, 29에서 측정되었다(32배 향상).
B7-H6에 결합하기 위해 선택된 NKp30 효모 변이체의 경우, F2 분류 생산은 16.6nM rB7H6.Fc로 염색했을때, F2 분류 생산은 533의 MFI 값을 제공한 반면, 부모 NKp30 균주 MFI는 동일한 농도의 rB7H6.Fc로 염색했을 때, 90에서 측정되었다(6배 향상).
NKp30 변이체 중에서, 서열번호 54에 제시된 위치에 상응하는 NKp30 세포외 도메인의 위치와 관련하여 돌연변이 L30V/A60V/S64P/S86G가 함유된 변이체가 확인되었다. CD86 변이체 중에서, 서열번호 29에 제시된 위치에 상응하는 CD86 세포외 도메인의 위치와 관련하여 돌연변이 Q35H/H90L/Q102H가 함유된 변이체가 확인되었다.
중요하게, FL1상에 항-HA 태그 항체로 측정되었을 때, 상기 서술된 모든 F2 생산의 MFI는 야생형 균주에 비해 증가하지 않고 때로는 감소하였는데, 이는 증가된 결합이 효모의 표면 상에 선택된 변이체의 증가된 발현의 함수가 아니고, 높은 리간드 결합을 가진 중저 발현자만을 선택하는 게이팅 전략을 입증하였다.
실시예 4
Fc-융합으로서 및 다양한 면역조절 단백질 유형에서 선택 산물 재구성
실시예 4는 Fc 분자에 융합된 CD80 또는 ICOSL의 친화성 변형된 (변이체) 세포외 도메인(ECD)(변이체 ECD-Fc 융합 분자)를 함유하는 면역조절 단백질로서 선택 산물의 재구성을 서술한다.
최종 유세포 분석 CD80 및 ICOSL분류로부터 산물 세포는 SCD-Leu 배지에서 최종 밀도로 성장되었다. 각 산물로부터 플라스미드 DNA는 yeast plasmid DNA isolation kit (Zymo Research, USA)를 사용하여 분리되었다. Fc 융합의 경우, 선택의 Fc 융합 벡터 내로 클론하기 위해 적합한 첨가된 제한 부위를 가진 PCR 프라이머는 플라스미드 DNA가 돌연변이 표적의 ECD를 위한 암호화 DNA를 준비하는 것으로부터 배치-증폭을 위해 사용되었다. 제한효소 분해 이후, PCT 제품은 적절한 Fc 융합 벡터 내로 연결된 다음, 공급자에 의해 지시된 바와 같이 E. coli 균주 XL1 블루 E. coli (Agilent, USA) 또는 NEB5alpha(New England Biolabs, USA) 내로 화학적 변형되었다. Fc 융합 벡터의 예시는 pFUSE-hIgG1-Fc2(InvivoGen, USA)이다.
형질전환 반응의 희석액은 단일 콜로니를 생성하기 위해 100 μg/mL 카베니실린(Teknova, USA)을 함유하는 LB-아가 상에 플레이트되었다. 그다음, 각 형질전환으로부터 최대 96개 콜로니는 LB-브로스(Teknova cat # L8112)에서 37℃에서 밤새 포화로 96 웰 플레이트에서 성장되었고, 각 웰로부터 작은 분액은 모든 클론에서 변이를 식별하기 위해 ECD 삽입의 DNA 서열 분석을 위해 제출되었다. DNA 서열 분석을 위한 샘플 준비는 서비스 제공자(Genewiz; South Plainfield, NJ)에 의해 제공된 프로토콜을 사용하여 수행되었다. DNA 서열 분석을 위한 샘플의 제거 후에, 그 다음, 글레세롤은 25%의 최종 글리세롤 함량을 위한 남은 배양액에 첨가되었고, 플레이트는 마스터 플레이트로서 사용하기 위해 -20 ℃에서 보관되었다(하기 참고). 대안적으로, DNA 서열 분석을 위한 샘플은 일회용 96 웰 복제기(VWR, USA)를 사용하여 성장된 액체 배양액으로부터 고체 아가 플레이트를 복제 플레이팅함으로써 생성되었다. 이들 플레이트는 성장 패치를 생성하기 위해 밤새 배양되었고 플레이트는 Genewiz에 의해 특정된 바와 같은 Genewiz에 제출되었다.
Genewiz-생성된 DNA 서열 분석 데이터의 분석으로부터 관심 있는 클론의 식별 후에, 관심있는 클론은 마스터 플레이트로부터 회복되었고 100 μg/mL 카르베니실린(Teknova, USA)을 함유하는 5 mL 액체 LB-브로스에서 밀도로 개별적으로 성장된 다음, 각 배양액의 2 mL는 Pureyield 키트(Promega)와 같은 표준 키트를 사용하여 각 클론의 미니프렙 플라스미드의 대략 10 μg의 준비를 위해 사용되었다. 관심있는 클론의 식별은 다음 단계를 일반적으로 수반하였다. 먼저, DNA 서열 데이터 파일은 Genewiz 웹사이트로부터 다운로드되었다. 그 다음, 모든 서열은 ECD 코딩 영역의 시작에서 시작되도록 수동으로 큐레이팅되었다. 그 다음, 큐레이티드 서열은 URL: www.ebi.ac.uk/Tools/st/emboss_transeq/에서 이용가능한 적절한 프로그램을 사용하여 일괄 변환되었다. 그 다음, 번역된 서열은 URL: multalin.toulouse.inra.fr/multalin/multalin.html에서 이용가능한 적절한 프로그램을 사용하여 정렬되었다. 대안적으로, Genewiz 서열은 Ugene 소프트웨어(http://ugene.net)를 사용하여 정렬을 생성하기 위해 처리되었다.
그 다음, 관심있는 클론은 다음 기준을 사용하여 식별되었다: 1) 동일한 클론이 정렬에서 적어도 2 번 발생하고, 2) 돌연변이가 정렬에서 적어도 2 번, 바람직하게는 별개 클론에서 발생한다. 이러한 기준 중 적어도 하나를 충족시키는 클론은 향상된 바인딩으로 인해 본 발명자의 분류 과정에 의해 풍부해진 클론이다.
방법은 암호화 DNA가 다음과 같이 고안된 단백질을 암호화하기 위해 생성되었던 데에서 적어도 하나의 친화성-변형된 도메인으로 CD80 또는 ICOSL의 ECD를 함유하는 면역조절 단백질을 생성하였다: 신호 펩타이드 다음에, 변이체 (돌연변이) ECD 다음에, 돌연변이 N297G (서열번호 226으로 제시된 야생형 인간 IgG1 Fc 와 관련됨)를 함유하는 서열번호 2084로 제시된 인간 IgG1 Fc. 또한, 인간 IgG1 Fc는 돌연변이 R292C 및 V302C(서열번호 226에 제시된 야생형 인간 IgG1 Fc와 관련된 R77C 및 V87C에 상응함)를 함유하였다. 구조체가 시스테인과 공유 결합을 형성할 수 있는 어떤 항체 경쇄를 포함하지 않기 때문에, 또한, 인간 IgG1 Fc는 서열번호 226에 제시된 야생형 또는 비변형된 Rc와 비교하여 EU 넘버링에 의해 위치 220(C220S)에서 세린 잔기로 시스테인 잔기의 교체(참고 5(C5S)와 함께 위치 5(C5S)에 상응함)를 포함하였다.
추가적으로, 하기 실시예 8은 서로 연결되고 Fc에 융합된 식별된 변이체 CD80, CD86, ICOSL, 및 NKp30 분자로부터 적어도 2개 상이한 친화성 변형된 도메인을 함유하는 적층 구조로서 생성되었던 면역조절 단백질을 추가적으로 서술한다.
실시예 5
Fc-융합의 발현 및 정제
실시예 5는 상기 실시 예에 서술된 바와 같은 변이체 ECD CD80, CD86, ICOSL 및 NKp30을 함유하는 Fc-융합 단백질의 고처리량 발현 및 정제를 서술한다.
재조합 변이체 Fc 융합 단백질은 Expi293 발현 시스템 (Invitrogen, USA)을 사용하여 서스펜션- 적응된 인간 배아 신장(HEK) 293 세포로부터 제조되었다. 10.8μL ExpiFectamine이 다른 200μL Opti-MEM에 별개로 첨가됨에 따라 동시에 이전 단계로부터 각 플라스미드 DNA의 4μg은 200μL Opti-MEM(Invitrogen, USA)에 첨가되었다. 5분 후, 플라스미드 DNA의 200μL는 ExpiFectamine의 200μL과 혼합되었고, 이러한 혼합물을 세포에 첨가하기 전에 추가 20분 동안 추가적으로 배양되었다. 1,000만 Expi293 세포는 부피 3.4mL Expi293 배지(Invitrogen, USA)에서 먈군 10mL, 원추형 바닥, 깊이 24 웰 성장 플레이트(Thomson Instrument Company, USA)의 개별 웰 내로 분배되었다. 플레이트는 95% 습도 및 8% CO2로 설정된 포유류 세포 배양기에서 120 RPM으로 5 일 동안 진탕되었다. 5 일 배양한 다음, 세포는 펠렛화되고 배양 상등액은 유지되었다.
단백질은 제조원의 프로토콜(카탈로그 번호 45202, Life Technologies, USA)을 사용하여 고처리량 96 웰 Protein A 정제 키트를 사용하여 상등액으로부터 정제되었다. 결과적인 용출 분획은 제조원의 프로토콜을 사용하여 Zeba 96 웰 스핀 탈염 플레이트(카탈로그 번호 89807, Life Technologies, USA)를 사용하여 PBS 내로 교환된 버퍼였다. 정제된 단백질은 나노드랍 기구(Thermo Fisher Scientific, USA)로 측정된 280 nm 흡광도를 사용하여 정량화되었고, 단백질 순도는 변성 및 환원 조건 및 후속 겔 전기영동 하에 NUPAGE 프리-캐스트, 폴리아크릴아마이드 겔(Life Technologies, USA) 상에 단백질의 5 μg을 로딩함으로써 평가되었다. 단백질은 표준 쿠마씨 염색을 사용하여 겔에서 시각화되었다.
실시예 6
친화성-성숙된 IgSF 도메인-함유 분자의 결합 및 활성의 평가
A. 세포 표면-발현된 동족 결합 파트너에 대한 결합
이러한 실시예는 동족 결합 파트너에 대한 CD80 및 ICOSL 도메인 변이체 면역조절 단백질의 특이성 및 친화성을 평가하기 위해 상기 실시예로부터 정제된 단백질의 Fc-융합 결합 연구를 서술한다.
동족 결합 파트너를 발현하는 세포를 생산하기 위해, 인간 CD28, CTLA4, PD-L1, ICOS 및 B7-H6의 각각에 대한 전장 포유류 표면 발현 구조는 pcDNA3.1 발현 벡터(Life Technologies)에서 고안되었고, 미국 Genscript로부터 얻었다. 결합 연구는 상기 서술된 Expi293F 일시적인 형질감염 시스템(Life Technologies, USA)을 사용하여 수행되었다. 실험에 필요한 세포의 수는 결정되었고, 형질감염의 대략 30 mL 규모는 제조원의 제안된 프로토콜을 사용하여 수행되었다. 각 CD28, CTLA-4, PD-L1, ICOS, B7-H6 또는 모의 30 mL 형질감염에 있어서, 7,500만 Expi293F 세포는 포인트 세포가 염색을 위해 수확되는 데에서 48 시간 동안 30 μg 발현 구조 DNA 및 1.5 mL 희석된 ExpiFectamine 293 시약과 함께 배양되었다.
유세포 분석기에 의한 염색을 위해, 대략 일시적인 형질감염 또는 음성 대조군의 200,000 세포는 96 웰 둥근 바락 플레이트에서 플레이트되었다. 세포는 비-특이적 결합을 블록하기 위해 20분 동안 염색 버퍼(PBS(인산 버퍼 식염수), 1% BSA(소 혈청 알부민), 및 0.1% 나트륨 아자이드)에서 재서스펜션되었다. 그 후, 50 μl 에서 각 후보 CD80 변이체 Fc, ICOSL 변이체 Fc 또는 적층된 IgSF 변이체 Fc 융합 단백질의 실험에 따라, 세포는 100nM 내지 1nM 변이체 면역조절 단백질을 함유하는 염색 버퍼에서 다시 원심분리되었고 재서스펜션되었다. 1차 염색은 2회 염색 버퍼에서 세포를 세척하기 전에, 45분 동안 아이스 상에서 수행되었다. PE-결합된 항-인간 Fc(Jackson ImmunoResearch, USA)는 50 μl 염색 버퍼에서 1:150으로 희석되었고, 세포에 첨가되었으며, 아이스 상에 다른 30분 동안 배양되었다. 2차 항체는 2 회 세척되었고, 세포는 4% 포름알데하이드/PBS에 고정되었으며, 샘플은 FACScan 유세포 분석기(Becton Dickinson, USA)상에 분석되었다.
평균 형광 강도 (MFI)는 세포 퀘스트 프로 소프트웨어(Becton Dickinson, USA)를 사용하여 각 형질감염 체 및 음성 부모선에 대해 계산되었다.
B. 생체활성 특성
이러한 실시예는 인간 1차 T 세포 인비트로 어세이에서 Fc-융합 변이체 단백질 생체활성 특성을 추가적으로 서술한다.
1. 혼합된 림프구 반응(MLR)
가용성 rICOSL.Fc 또는 rCD80.Fc 생체활성은 인간 혼합된 림프구 반응(MLR)에서 시험되었다. 인간 1차 수지상 세포(DC)는 500 U/mL rIL-4(R&D Systems, USA) 및 250 U/mL rGM-CSF(R&D Systems, Inc.) 엑스-비보 15 배지(Lonza, Switzerland)로 7일 동안 PBMC(BenTech Bio, USA) 인비보로부터 분리된 단핵구를 배양함으로써 생성되었다. 10,000 성숙된 DC 및 100,000 정제된 동종 CD4+ T 세포(BenTech Bio, USA)는 엑스-비보 15 배지의 200 μl 최종 부피에서 96 웰 둥근 바닥 플레이트에서 ICOSL 변이체 융합 단백질, CD80 변이체 Fc 융합 단백질, 또는 대조군과 함께 공동-배양되었다. 5일째, 배양 상등액 내 IFN-gamma 분비는 인간 IFN-gamma 듀오세트 ELISA 키트(R&D Systems, USA)를 사용하여 분석되었다. 광학 밀도는 VMax ELISA Microplate Reader(Molecular Devices, USA)에 의해 측정되었고, IFN-gamma 듀오세트 키트(R&D Systems, USA)에 포함된 적정된 rIFN-gamma 표준에 대해 정량평가되었다.
2. 항-CD3 공동고정화 어세이
ICOSL 융합 변이체 및 CD80 Fc 융합 변이체의 공동자극 생체활성은 항-CD3 공동고정화 어세이에서 결정되었다. 1nM 또는 4nM 마우스 항-인간 CD3(OKT3, Biolegends, USA)는 1nM 내지 80nM rICOSL.Fc 또는 rCD80.Fc 변이체 단백질로 PBS에서 희석되었다. 이러한 혼합물은 플레이트의 웰에 자극 단백질의 부착을 용이하게 하기 위해 밤새 조직 배양 처리된 평평한 바닥 96 웰 플레이트(Corning, USA)에 첨가되었다. 다음날, 결합되지 않은 단백질은 플레이트에서 세척되었고, 100,000 정제된 인간 팬 T 세포(BenTech Bio, US) 또는 인간 T 세포 클론 BC3(Astarte Biologics, USA)는 엑스-비보 15 배지(Lonza, Switzerland)의 200 μl의 최종 부피에서 각 웰에 첨가되었다. 세포는 배양 상등액을 수확하고 상기 언급된 듀오세트 ELISA 키트(R&D Systems, USA)로 인간 IFN-gamma 수준을 측정하기 전 3일 배양되었다.
C. 결과
예시적인 시험된 변이체에 대한 결합 및 활성 연구에 대한 결과는 표 12-15에 나타내었다. 특히, 표 12는 각각의 동족 구조 CD28에 대한 친화성-성숙을 위한 스크린에서 선택된 CD80의 ECD에서 예시적인 IgSF 도메인 아미노산 치환(교환)을 나타낸다. 표 13은 각각의 동족 구조 PD-L1에 대한 친 화성-성숙을 위한 스크린에서 선택된 CD80의 ECD에서 예시적인 IgSF 도메인 아미노산 치환(교환)을 나타낸다. 표 14는 각각의 동족 구조 ICOS 및 CD28에 대한 친화성-성숙을 위한 스크린에서 선택된 ICOSL의 ECD에서 예시적인 IgSF 도메인 아미노산 치환(교환)을 나타낸다. 각 표에 대해, 예시적인 아미노산 치환은 하기와 같이 각각의 참고 비변형된 ECD 서열에 상응하는 아미노산 위치 번호에 의해 고안된다. 예를 들어, 표 12 및 13에서 참고 비변형된 ECD 서열은 서열번호 28에 제시된 비변형된 CD80 ECD 서열이고, 표 14에서 참고 비변형된 ECD 서열은 비변형된 ICOSL ECD 서열(서열번호 32)이다. 아미노산 위치는 번호 전에 나열된 상응하는 비변형된(예컨대, 야생형) 아미노산 및 번호 후에 나열된 식별된 변이체 아미노산 치환을 가지고, 중간에 표시된다. 열 2는 각 변이체 ECD-Fc 융합 분자에 대한 변이체 ECD의 서열번호 식별자를 제시한다.
또한, 동족 결합 파트너 리간드를 발현하기 위해 조작된 세포에 대한 각 변이체 Fc-융합 분자의 결합을 위한 평균 형광 강도(MFI) 및 동일한 세포-발현된 동족 결합 파트너 리간드에 대한 아미노산 치환을 함유하지 않는 상응하는 비변형된 ECD-Fc 융합 분자의 결합과 비교하여 MFI의 비에 의해 측정된 바와 같은 결합 활성이 나타난다. 또한, T 세포의 활성을 조절하기 위한 변이체 Fc-융합 분자의 기능적인 활성은 i) 항-CD3과 함께 공동고정화된 지시된 변이체 ECD-Fc 융합 분자와 함께, 또는 ii) MLR 어세이에서 지시된 변이체 ECD-Fc 융합 분자와 함께 중에 생성된 배양 상등액(pg/mL)에서 IFN-gamma의 계산된 수준에 기반하여 보여진다. 또한, 표는 양 기능 어세이에서 상응하는 비변형된 ECD-Fc와 비교하여 각 변이체 ECD-Fc에 의해 생성된 IFN-gamma의 비를 나타낸다.
보여진 바와 같이, 선택은 적어도 하나에 대한 및 하나 이상의 경우에서 동족 결합 파트너 리간드에 대한 증가된 결합을 나타내기 위해 친화성 변형된 다수의 CD80 또는 ICOSL IgSF 도메인 변이체의 식별을 도출하였다. 추가로, 결과는 변이체 분자의 친화성 변형이 역시 분자의 포맷에 따라 면역학적 활성을 모두 증가 및 감소시키기 위한 향상된 활성을 나타냈음을 보여주었다. 예를 들어, 리간드의 공동고정화는 아미노산 교환을 함유하지 않는 비변형된(예컨대, 야생형) ECD-Fc 분자와 비교하여 호의 작용제 활성에 대한 결합 활성을 클러스터 또는 증가시키고 T 세포 활성화를 증가시키기 위해 세포와 다가 상호작용을 제공할 가능성이 있다. 그러나, 분자가 용액에서 2가 Fc 분자로서 제공되는 경우, 동일한 IgSF 도메인 변이체는 아미노산 교환을 함유하지 않는 비변형된(예컨대, 야생형) ECD-Fv 분자와 비교하여 T 세포 활성화를 감소시키기 위한 길항제 활성을 나타내었다.
[표 12]
Figure pct00025
Figure pct00026
[표 13]
Figure pct00027
Figure pct00028
[표 14]
Figure pct00029
Figure pct00030
실시예 7
리간드 결합 경쟁 어세이
실시예 6에 도시된 바와 같이, 몇몇 CD80 변이체 분자는 CD28 및 PD-L1의 하나 또는 모두에 증가된 결합을 나타내었다. 리간드 CD28 및 PD-L1에 대한 CD28의 결합 활성을 추가적으로 평가하기 위해, 이러한 실시예는 CD28 및 PD-L1 모두에 결합하기 위한 예시적인 CD80 변이체의 비-경쟁적인 특성을 평가하는 리간드 경쟁 어세이를 서술한다.
ELISA 기반 결합 어세이는 CD28 및 PD-L1를 동시에 결합하기 위한 CD80의 능력을 평가하기 위해 플레이트-결합된 CD80 변이체 A91G ECD-Fc를 통합하는 설정이였다. Maxisorp 96 웰 ELISA 플레이트(Nunc, USA)는 PBS에서 100nM 인간 재조합CD80 변이체 A91G ECD-Fc 융합 단백질로 밤새 코팅되었다. 다음날 결합되지 않은 단백질은 세척되었고, 그 다음, 플레이트는 상온에서 1시간 동안 1% 보빈 세럼 알부민(Millipore, USA)/PBS로 블록되었다. 이러한 블록킹 시약은 PBS/ 0.05% Tween으로 세번 세척되었고, 이는 각 세척에 대해 플랫폼 쉐이커 상에 2분 배양이 포함된다.
경쟁 어세이의 한 부분에서, CD80은 CD28과 함께 배양되었고, 그 다음, CD28-결합된 CD80은 다른 공지된 CD80 동족 결합 파트너 PD-L1 또는 CTLA-4 중 하나 또는 음성 대조군 리간드 PD-L2의 존재 하에 경쟁 결합을 위해 평가되었다. 특히, 비오틴화된 재조합 인간 CD28 Fc 융합 단백질(rCD28.Fc; R & D 시스템)은 10nM 에서 시작하는 웰 내로 적정되어, 25 μL 부피에서 1:2 희석액으로 8 포인트를 위해 희석되었다. 비오틴화된 rCD28.Fc를 첨가한 후 즉시, 비표지된 경쟁 바인더, 재조합 인간 PD-L1 모노머성 his-태그된 단백질, 재조합 인간 CTLA-4 모노머성 his-태그된 단백질, 또는 음성 대조군 인간 재조합 PD-L2 Fc 융합 단백질(R&D Systems)은 50 μL의 최종 부피에 대해 25 μL 부피로 각각 2000/1000/ 500nM에서 웰에 첨가되었다. 이러한 단백질은 전술한 바와 같은 3번 세척 단계를 반복하기 전에 1시간 동안 함께 배양되었다.
세척 후, HRP-결합된 스트렙타비딘(Jackson Immunoresearch, USA)의 웰 당 2.5 ng은 1%BSA/PBS에 희석되었고, 결합된 비오틴화된rCD28.Fc를 검출하기 위해 웰에 첨가되었다. 1시간 배양 후, 웰은 전술한 바와 같이 3번 다시 세척되었다. 신호를 검출하기 위해, 50ul 2M 황산 정지 용액을 첨가하기 전에, TMB 기질(Pierce, USA)의 50 μL는 세척한 다음 웰에 첨가되었고, 7분 동안 배양되었다. 광학 밀도는 Emax Plus microplate reader(Molecular Devices, USA) 상에 결정되었다. 광학 밀도 값은 Prism(Graphpad, USA)에서 그래프되었다.
결과는 도 1a에 제시된다. 결과는 rCD28.Fc의 적정으로 CD80 변이체 A91G ECD-Fc 융합 단백질에 대한 비오틴화된 rCD28.Fc의 감소된 결합을 보여준다. rCD28.Fc 결합이 비-경쟁적인 대조군 단백질, rPDL2의 존재 하에 수행된 경우, CD80에 대한 CD28 결합이 증가되지 않았다(고체 삼각형). 반대로, 경쟁적인 대조군 단백질, rCTLA-4은 CD28.Fc과 함께 배양되는 경우, 예상된 CD80에 대한 감소된 CD28 결합을 도출하였다(x 선). 재조합 PD-L1이 CD28.Fc와 함께 배양되는 경우, CD80에 대한 CD28 결합의 감소가 관찰되지 않았고, 이는 CD80에 대한 CD28 및 PD-L1의 에피토프가 비-경쟁적임을 증명하였다. CD80에 대한 CD28 경쟁 어세이에서 사용된 재조합 PD-L1 단백질의 결합은 비-비오틴화된 rCD28.Fc의 존재 하에 비오틴화된 PD-L1을 배양함으로써 확인되었다(사각형).
또한, 반대 경쟁은 CD80이 PD-L1와 함께 배양되었던 데에서 설정되었고, 그 다음, PD-L1-결합된 CD80은 다른 공지된 CD80 동족 결합 파트너 CD28 또는 CTLA-4 중 또는 음성 대조군 리간드 PD-L2의 존재 하에 경쟁적인 결합을 위해 평가되었다. 특히, 어세이는 재조합 CD80 변이체를 함유하는 웰 내로 비오틴화된 재조합 인간 PD-L1-his 모노모성 단백질을 적정함으로써 수행되었다. 결합이 이러한 리간드 보다 약하기 때문에, 적정은 25 μL에서 8 포인트를 넘어 유사한 1:2 희석액으로 5000nM에서 시작하였다. rPD-L1-his가 결합을 검출하기 위해 사용된 경우, 경쟁적인 리간드 인간rCD28.Fc, 인간 rCTLA-4.Fc, 또는 인간 rPD-L2.Fc 대조군은 50 μL의 총 부피를 위해 25 μL에서 2.5nM 최종 농도로 첨가되었다. 차후 세척, 검출 및 OD 측정은 전술한 바와 동일하였다.
결과는 도 1b에 제시된다. 적정된 PD-L1-his 결합 단독은 PD-L1이 플레이트 상에 고정화된 CD80 변이체 A91G ECD-Fc 융합 분자에 결합되었음을 확인하였다(사각형). PD-L1-his 결합이 비-경쟁적인 대조군 단백질, rPDL2의 존재 하에 수행된 경우, CD80에 대한 PD-L1 결합이 감소되지 않았다(삼각형). CTLA-4이 CD28에 대해 경쟁적임에도 불구하고, CD28-경쟁적인 대조군 단백질, rCTLA-4는 PD-L1-his와 함께 배양되는 경우, CD80에 대한 감소된 PD-L1 결합을 도출하지 않았다(x 선). 이러한 결과는 CD80 결합에 대한 CD28 및 PD-L1 사이 경쟁의 결핍을 추가적으로 증명하였다. 마침내, PD-L1-his가 CD28.Fc와 함께 배양된 경우, CD80에 대한 PD-L1 결합의 감소가 관찰되지 않았고, 이는 CD80에 대한 CD28 및 PD-L1의 에피토프가 비-경쟁적임을 증명하였다.
따라서, 결과는 PD-L1 또는 음성 대조군 PD-L2가 아닌 CTLA-4가 CD80에 대한 CD28의 결합을 위해 경쟁하였고(도 1a), CD28, CTLA-4, 및 PD-L2가 CD80에 대한 PD-L1의 결합을 위해 경쟁하였음(도 1b)을 보여주었다. 따라서, 이러한 결과는 CD28 및 PD-L1이 CD80의 비-경쟁적인 바인더이고, 이러한 비-경쟁적인 결합은 ELISA에서 어느 리간드가 검출되는지 독립적으로 입증될 수 있음을 입증하였다.
실시예 8
상이한 친화성-변형된 도메인을 함유하는 적층된 분자의 생성 및 평가
하나 이상의 동족 결합 파트너에 대해 친화성-변형된 전술한 선택된 변이체 분자는 2개 이상의 친화성-변형된 IgSF를 함유하는 "적층" 분자(즉, 타입 II 면역조절 단백질)를 생성하기 위해 사용되었다. 적층 구조는 깁슨 어셈블리 키트(New England Biolabs)를 사용하여 표준 깁슨 어셈블리에 의해 그의 융합을 Fc에 가능하게 하는 포맷에서 적층을 암호화하는 유전자블록(Integrated DNA Technologies, Coralville, IA)으로서 획득되었다. 상기와 같이, 이러한 실시예는 Fc-융합 포맷에서 친화성-변형된 도메인을 함유하는 분자의 결합 및 활성을 예시하고; 그러한 2개 이상의 친화성-변형된 도메인을 함유하는 적층 분자는 전술한 바와 같은 분비가능한 면역조절 단백질 또는 막관통 면역조절 단백질과 관련하여 고려된다.
모든 적층의 암호화 핵산 분자는 다음과 같이 고안된 단백질을 암호화하기 위해 생성되었다: 신호 펩타이드, 이어서 관심있는 제1 변이체 IgV, 이어서 3개 GGGGS(G4S) 모티프(서열번호 228)로 구성된 15개 아미노산 링커, 이어서 관심있는 제2 변이체 IgV, 이어서 2개 GGGGS 링커(서열번호 229), 이어서 3개 알라닌(AAA). 이어서 전술한 바와 같은 인간 IgG1 Fc. 각 적층에서 IgV 도메인의 정확한 폴드를 위한 기회를 최대화하기 위해, 제1 IgV는 이러한 IgV 및 신호 펩타이드 사이의 야생형 단백질에서 일반적으로 발생하는 모든 잔기에 의해 선행되었다(리딩 서열). 유사하게, 제1 IgV 다음에, 다음 Ig 도메인(전형적으로 IgC 도메인)에 야생형 단백질에서 그것을 일반적으로 연결하는 모든 잔기 또는 그러한 제2 도메인이 결여된 경우, 막관통 도메인에 그것을 연결하는 잔기이다(트레일링 서열). 동일한 부모 단백질(예컨대, 다른 CD80 IgV로 적층된 CD80 IgV)로부터 유래된 경우를 제외하고는, 동일한 고안 원리는 제2 IgV 도메인에 적용되었고, 둘 사이의 링커는 중복되지 않았다.
표 15는 예시적인 적층된 구조를 위한 고안을 제시한다. 표 15에 보여진 예시적인 적층 분자는 지시된 바와 같은 IgV 도메인과 상기 서술된 바와 같은 추가 리딩 또는 트레일링 서열을 함유한다. 표에서, 다음 구성은 순서대로 존재한다: 신호 펩타이드(SP; 서열번호 225), IgV 도메인 1(IgV1), 트레일링 서열 1(TS1), 링커 1(LR1, 서열번호 228), IgV 도메인2(IgV2), 트레일링 서열 2(TS2), 링커 2(LR2; 서열번호 230) 및 Fc 도메인(C5S/N82G 아미노산 치환을 함유하는 서열번호 226). 일부 경우에, 리딩 서열 1(LS1)은 신호 펩타이드 및 IgV1 사이에 존재하고, 일부 경우에, 리딩 서열 2(LS2)는 링커 및 IgV2 사이에 존재한다.
[표 15]
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적어도 하나의 친화성-변형된 IgV 도메인을 함유하는 CD80, CD86, ICOSL 또는 NKp30으로부터 변이체 IgV 도메인의 다양한 조합을 함유하는 변이체 IgV-적층된-Fc 융합 분자의 고처리량 발현 및 정제는 실시예 5에 서술된 바와 같이 생성되었다. 또한, 각각의 동족 결합 파트너에 대한 변이체 IgV-적층된-Fc 융합 분자의 결합 및 항-CD3 공동고정화 어세이에 의한 기능적 활성은 실시예 6에 서술된 바와 같이 평가되었다. 예를 들어, 적층된 IgSF Fc 융합 단백질의 공동자극 생체활성은 상기와 같이 유사한 고정화 된 항-CD3 어세이에서 결정되었다. 이러한 경우에, 항-CD3(OKT3, Biolegend, USA)의 4nM은 조직-배양 처리된 96 웰 플레이트(Corning, USA) 상에 밤새 인간 rB7-H6.Fc(R&D Systems, USA) 또는 인간 rPD-L1.Fc(R&D Systems, USA)의 4nM 내지 120nM로 공동고정화되었다. 다음날, 결합되지 않은 단백질은 PBS로 세척되었고, 100,000 개 정제된 팬 T 세포는 100μl 엑소-비보 15 배지(Lonza, Switzerland)에서 각 웰에 첨가되었다. 적층된 IgSF 도메인은 200ul 총 부피에 대해 100ul의 부피에서 8nM 내지 40nM 범위의 농도로 연속적으로 첨가되었다. 세포는 배양 상등액을 수확하고 상기 언급된 바와 같은 듀오세트 ELISA 키트(R&D Systems, USA)로 인간 IFN-감마 수준을 측정하기 전 3일 배양되었다.
결과는 표 16-20에 제시된다. 특히, 표 16은 NKp30 IgV 도메인 및 ICOSL IgV 도메인을 함유하는 변이체 IgV-적층된-Fc 융합 분자에 대한 결합 및 기능적 활성 결과를 제시한다. 표 17은 NKp30 IgV 도메인 및 CD80 또는 CD86 IgV 도메인을 함유하는 변이체 IgV-적층된-Fc 융합 분자에 대한 결합 및 기능적 활성 결과를 제시한다. 표 18은 변이체 CD80 IgV 도메인 및 CD80, CD86 또는 ICOSL IgV 도메인을 함유하는 변이체 IgV-적층된-Fc 융합 분자에 대한 결합 및 기능적 활성 결과를 제시한다. 표 19는 2개 변이체 CD80 IgV 도메인을 함유하는 변이체 IgV-적층된-Fc 융합 분자에 대한 결합 및 기능적 활성 결과를 제시한다. 표 20은 변이체 CD80 또는 CD86 IgV 도메인 및 변이체 ICOSL IgV 도메인을 함유하는 변이체 IgV-적층된 Fc 융합 분자에 대한 결과를 제시한다.
표 16-20의 각각에 대해, 열 1은 아미노 말단(N 말단) 도메인으로 시작하는 적층된, 친화성 변형된 또는 야생형(WT) 도메인의 구조적 구성 및 배향을 나타내고, 이어서, 중간 WT 또는 친화성 변형된 도메인은 상기 C 말단 인간 IgG1 Fc 도메인 전에 위치된다. 열 2는 각각의 "적층" 분자에 함유된 각 IgV 도메인의 서열에 대한 서열번호 식별자를 제시한다. 열 3은 열 1로부터 지시된 친화성 변형된 적층된 도메인이 선택되었던 결합 파트너를 보여준다.
또한, 다양한 동족 결합 파트너를 발현하기 위해 조작된 세포에 각 적층 분자를 결합시키기 위한 평균 형광 강도(MFI) 값 및 동일한 세포-발현된 동족 결합 파트너 리간드에 대한 아미노산 치환을 함유하지 않는 상응하는 적층 분자의 결합과 비교하여 MFI의 비에 의해 측정된 바와 같은 결합 활성이 나타난다. 또한, T 세포의 활성을 조절하기 위한 변이체 적층 분자의 기능적 활성은 용액에서 지시된 변이체 적층 분자로 생성된 배양 상등액(pg/mL)에서 IFN-gamma의 계산된 수준 및 실시예 6에서 서술된 바와 같은 항-CD3와 함께 공동고정화된 적절한 리간드에 따라 보여진다. 또한, 표는 공동고정화 어세이에서 상응하는 비변형된 적층 분자와 비교하여 각 변이체 적층 분자에 의해 생성되는 IFN-gamma의 비를 도시한다.
보여진 바와 같이, 결과는 각각의 변형되지 않은(예컨대, 야생형) IgV 도메인을 함유하는 상응하는 적층 분자와 비교하여 적어도 하나의 동족 결합 파트너에 대한 증가된 결합의 친화성-변형된 활성을 나타내는 적어도 하나의 변이체 IgSF 도메인을 함유하는 적층 분자를 생성하는 것이 가능하였음을 보여주었다. 일부 경우에, 분자에서 두 변이체 IgSF 도메인의 하나 또는 조합으로부터 적층 분자는 둘 이상의 동족 결합 파트너에 대한 증가된 결합을 나타냈다. 또한, 결과는 적층된 고분자에서 IgV 도메인의 순서가 어떤 경우에 개선된 결합 활성의 정도를 변화시킬 수 있음을 보여주었다. 일부 경우에, 또한, 기능적 T 세포 활성은 표적화된 공동고정화 어세이에서 평가되는 경우 변경되었다.
[표 16]
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[표 17]
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[표 18]
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[표 19]
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[표 20]
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실시예 9
CD155의 친화성-변형된 IgSF 도메인 변이체의 생성, 선택 및 스크리닝
CD155의 친화성-변형된 IgSF 도메인 변이체는 약간의 변형을 통해 실시예 1-6에 서술된 바와 같이 실질적으로 생성되었다. 예를 들어, CD155 변이체의 생성을 위해, ECD의 다른 2개 도메인이 아닌 오직 IgV 도메인이 생성된 단백질에 포함되었다. 실시예는 Fc-융합 포맷에서 예시적인 친화성-변형된 도메인의 결합 및 활성을 예시하고; 그러한 친화성-변형된 도메인은 서술된 바와 같이 분비가능한 면역조절 단백질 또는 막관통 면역조절 단백질과 관련하여 고려된다.
축퇴 코돈으로 완전 또는 부분 랜덤화에 의해 CD155의 특정 잔기를 표적하는 라이브러리를 생성하기 위해, 인간 CD155(서열번호 241)의 면역글로불린-유사 V- 타입(IgV) 도메인에 대한 암호화 DNA는 길이로 최대 80 염기쌍(bp)의 중첩 올리고 뉴클레오타이드의 세트로서 Integrated DNA Technologies(Coralville, IA)로부터 획득되었다. 일반적으로, IgV 도메인의 다양한 변이체의 라이브러리를 생성하기 위해, 올리고뉴클레오타이드는 원하는 아미노산 위치에서 원하는 축퇴 코돈을 함유 하였다. 축퇴 코돈은 URL: rosettadesign.med.unc.edu/SwiftLib/에서 알고리즘을 이용하여 생성되었다. 일반적으로, 돌연변이 및 축퇴 코돈에 대한 위치는 결정 구조 정보(PDB: 3UDW) 또는 단백질 상호작용 계면에 있는 잔기와 마찬가지로, 리간드 접촉 잔기를 확인하기 위해, 관심있는 표적-리간드 쌍을 함유하는 이러한 구조로부터 구축된 상동 모델로부터 선택되었다. 예를 들어, TIGIT에 결합된 CD155의 결정 구조는 URL: www.rcsb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=3UDW for Protein Data Base code 3UDW에서 공개적으로 이용가능하다. 이러한 분석은 URL: spdbv.vital-it.ch)에서 이용하능한 구조 뷰어를 이용하여 수행되었다.
올리고뉴클레오타이드는 실시예 1에 서술된 바와 같이 실질적으로 벡터 pBYDS03의 변형된 효모 디스플레이 버전 내로 삽입을 위한 라이브러리 DNA 삽입물을 생성하기 위해 PCR 증폭을 위해 사용되었다. 대안적으로, 길이로 최대 200 bp의 Ultramers (Integrated DNA Technologies)는 다중 작은 중첩 프라이머를 사용하여 쉽게 통합되는 바와 같이 될 수 없는 축퇴 코돈의 보다 큰 신축을 생성하기 위해 메가프라이머 PCR(URL: http: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC146891/pdf/253371.pdf)과 결합하여 사용되었다. 메가프라이머 PCR을 이용한 전장 제품의 생성 이후, 돌연변이 IgV 도메인 라이브러리는 효모 내로 상동 재조합을 위한 변형된 pBYDS03 클론 변이체로 40 bp 중첩 영역을 함유하는 DNA 프라이머를 이용하여 다시 PCR 중첩되었다. DNA 삽입의 라이브러리는 실시예 1에 서술된 바와 같이 실질적으로 라이브러리 삽입을 위해 준비되었고, 전기천공-준비된 DNA는 준비되었다.
대안적인 접근으로서, CD155의 IgV 도메인의 특정 잔기 또는 CD155의 IgV 도메인의 랜덤 라이브러리를 표적화하기 위해 부위-특이적 돌연변이 유발에 의해 생성된 서브라이브러리 중 하나는 실시예 1에 서술된 바와 같이, 실질적으로 CD155의 IgV 도메인의 변이체를 추가적으로 확인하기 위해 생성되었다.
축퇴 또는 랜덤 라이브러리 DNA는 실시예 2에서 서술된 바와 같이, 실질적으로 효모 내로 삽입되었다. CD155의 효모 발현 친화성 변형된 변이체는 실시예 3에 실질적으로 서술된 방법을 이용하여 선택되었다. 선택을 위해, 다음 표적 리간드 단백질이 채용되었다: 인간 rTIGIT.Fc(즉, 재조합 TIGIT-Fc 융합 단백질) 및 rCD226.Fc. 자성 단백질 A 비드는 New England Biolabs, USA로부터 획득되었다.
2 색 유세포 분석 분류를 위해, Bio-Rad S3e 분류기가 사용되었다. CD155 디스플레이 수준은 Alexafluor 488(Life Technologies, USA)로 표지된 항-헤마글루티닌 항체로 모니터링되었다. Fc 융합 단백질, rTIGIT.Fc 또는 rCD226.Fc의 리간드 결합은 PE 접합된 인간 Ig 특이적 염소 Fab(Jackson ImmunoResearch, USA)로 검출되었다. 이중 효모는 전방 산란(FSC)/측방 산란(SSC) 파라미터를 사용하여 게이트 아웃하였고, 분류 게이트는 FL1에서 보다 한정된 태그 발현 결합을 가진 FL2에서 검출된 높은 리간드 결합을 기반으로 하였다.
제2 분류 산물(F2)는 보다 높은 특이적 결합 친화성을 위해 분석되었던 분류 산물의 발현을 확장 및 다시 유도함으로써 실시예 3에 서술된 바와 같이 실질적으로 획득되었고, 부모, 야생형 효모 균주와 비교하여 결합을 평가하기 위해 사용되었다. CD155를 위해, 제2 FACS 산물(F2)은 리간드 결합을 검출하기 위해 항-HA (헤마글루티닌) 태그 발현 및 항-인간 Fc 이차로 각 집단을 이중 염색함으로써 rTIGIT.Fc 또는 rCD226.Fc를 결합하기 위한 부모 CD155 효모와 비교하였다.
선택된 산물은 실시예 4에 서술된 바와 같이 실질적으로 Fc 분자(변이체 IgV 도메인-Fc 융합 분자)에 융합된 CD155의 친화성 변형된 (변형체) 면역글로불린-유사 V-타입(IgV) 도메인을 함유하는 면역조절 단백질로서 다시 개질되었고, 전체 ECD 도메인이 아닌 IgV 도메인을 포함하는 것을 제외하였다. CD155 산물의 일부 대안적인 방법에서, 산물로부터 DNA는 깁슨 어셈블리 마스터믹스(New England Biolabs)를 사용하여 인비트로 재조합을 수행하기 위해 Fc 융합 벡터로 각 말단에 40bp 중첩 영역을 함유하는 프라이머로 증폭된 PCR이였고, 이는 E. Coli 균주 NEB5alpha 내로 열 충격 변형에 실질적으로 사용되었다. Fc 융합 벡터의 예시는 pFUSE-hIgG1-Fc2(Invivogen, USA)였다.
변형 이후, 샘플은 실시예 4에 서술된 바와 같이 실질적으로 DNA 서열 분석을 위해 준비되었다. 그 다음, 실시예 4에 서술된 바와 같이 수동으로 큐레이팅되었고, 그들이 수동으로 큐레이팅되어 IgV 암호화 영역의 시작에서 시작하는 것을 제외하였다. 큐레이티드 서열은 실시예 4에 서술된 바와 같이 배치-번역 및 정렬되었다. 관심있는 클론은 실시예 4에 서술된 바와 같은 기준을 사용하여 식별되었다. 표 21은 식별된 변이체 CD155 친화성-변형된 분자를 제시하고, 각 변이체에 함유된 아미노산 치환을 함유한다.
방법은 암호화 DNA가 다음 단백질을 암호화하기 위해 생성되었던 데에서 CD155의 친화성-변형된 IgV 도메인을 함유하는 면역조절 단백질을 생성하였다: 신호 펩타이드, 이어서 변이체 (돌연변이) IgV 도메인, 이어서 3개 알라닌(AAA)의 링커, 이어서 돌연변이 N297G (서열번호 226에 제시된 야생형 인간 IgG1 Fc에 관련한 N82G)를 함유하는 인간 IgG1 Fc. 또한, 인간 IgG1 Fc는 EU 넘버링에 의해 돌연변이 R292C 및 V302C(서열번호 226에 제시된 야생형 인간 IgG1 Fc에 관련한 R77C 및 V87C에 상응함)를 함유하였다. 구조가 시스테인으로 공유결합을 형성할 수 있는 어떤 항체 경쇄를 포함하지 않기 때문에, 또한, 인간 IgG1 Fc는 EU 넘버링에 의해 위치 220(C220S)에서 세린 잔기로 시스테인 잔기의 교체(서열번호 226에 제시된 야생형 또는 비변형된 Fc에 관련한 위치 5(C5S)에 상응함)를 함유하였다.
재조합 변이체 CD155 Fc 융합 단백질은 실시예 5에 서술된 바와 같이 실질적으로 발현 및 정제되었다. 친화성-변형된 변이체 CD155 Fc 융합 단백질의 결합 및 활성은 실시예 6에 서술된 바와 같이 실질적으로 평가되었고, 세포 발현 전장 인간 CD226 및 TIGIT 동족 결합 파트너가 생성된 것을 제외하였다. 세포는 CD155 Fc 변이체로 유세포 분석에 의해 염색되었고, 평균 형광 강도(MFI)는 실시예 5에 서술된 바와 같이 결정되었다. 생체활성 특성을 위해, 재조합 CD155 Fc 변이체는 실시예 5에 서술된 바와 같이 실질적으로 항-CD3 공동고정화 어세이에서 평가되었다.
결합 및 활성 연구에 대한 결과는 표 21에 제시되었다. 표는 각각의 동족 구조 TIGIT 및 CD226에 대한 친화성-성숙을 위한 스크린에서 선택된 CD155의 IgV 도메인에서 예시적인 IgSF 도메인 아미노산 치환(교체)를 나타낸다. 예시적인 아미노산 치환은 서열번호 241(IgV)에 제시된 비변형된 서열의 위치에 상응하는 아미노산 위치에 의해 고안된다. 아미노산 위치는 번호 앞에 나열된 상응하는 비변형된(예컨대, 야생형) 아미노산 및 번호 뒤에 나열된 식별된 변이체 아미노산 치환과 함께, 중간에 표시된다. 열 2는 각 변이체 ECD-Fc 융합 분자를 위한 변이체를 위한 서열번호 식별자를 제시한다.
또한, 동일한 세포-발현된 동족 결합 파트너에 대한 아미노산 치환을 함유하지 않는 상응하는 비변형된 ECD-Fc 융합 분자의 결합과 비교하여 MFI의 비로서 동족 결합 파트너를 발현하기 위해 조작된 세포에 각 변이체 Fc-융합 분자의 결합을 위한 평균 형광 강도(MFI) 값에 의해 측정된 바와 같은 결합 활성이 보여진다. 또한, T 세포의 활성을 조절하기 위한 변이체 Fc- 융합 분자의 기능적 활성은 양 기능적 분석에서 상응하는 비변형된 CD155 IgV-Fc와 비교하여, 각 변이체 CD155 IgV-Fc에 의해 생성된 IFN-gamma의 비로서, 항-CD3로 공동고정화된 지시된 변이체 Fc 융합 분자로 생성된 배양 상등액(pg/mL)에서 IFN-gamma의 계산된 수준에 기반하여 보여진다.
[표 21]
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Figure pct00057
실시예 10
CD112의 친화성-변형된 IgSF 도메인 변이체의 생성, 선택 및 스크리닝
CD112의 친화성-변형된 IgSF 도메인 변이체는 약간의 변형을 통해 실시예 1-6에 서술된 바와 같이 실질적으로 생성되었다. 예를 들어, CD112 변이체의 생성을 위해, ECD의 다른 2개 도메인이 아닌 오직 IgV 도메인이 생성된 단백질에 포함되었다. 실시예는 Fc-융합 포맷에서 예시적인 친화성-변형된 도메인의 결합 및 활성을 예시하고; 그러한 친화성-변형된 도메인은 서술된 바와 같이 분비가능한 면역조절 단백질 또는 막관통 면역조절 단백질과 관련하여 고려된다.
축퇴 코돈으로 완전 또는 부분 랜덤화에 의해 CD155의 특정 잔기를 표적하는 라이브러리를 생성하기 위해, 인간 CD112(서열번호 286)의 면역글로불린-유사 V- 타입(IgV) 도메인에 대한 암호화 DNA는 길이로 최대 80 염기쌍(bp)의 중첩 올리고 뉴클레오타이드의 세트로서 Integrated DNA Technologies(Coralville, IA)로부터 획득되었다. 일반적으로, IgV 도메인의 다양한 변이체의 라이브러리를 생성하기 위해, 올리고뉴클레오타이드는 원하는 아미노산 위치에서 원하는 축퇴 코돈을 함유하였다. 축퇴 코돈은 URL: rosettadesign.med.unc.edu/SwiftLib/에서 알고리즘을 이용하여 생성되었다. 일반적으로, 돌연변이 및 축퇴 코돈에 대한 위치는 결정 구조 정보(PDB: 3UDW) 또는 단백질 상호작용 계면에 있는 잔기와 마찬가지로, 리간드 접촉 잔기를 확인하기 위해, 관심있는 표적-리간드 쌍을 함유하는 이러한 구조로부터 구축된 상동 모델로부터 선택되었다.
올리고뉴클레오타이드는 실시예 1에 서술된 바와 같이 실질적으로 벡터 pBYDS03의 변형된 효모 디스플레이 버전 내로 삽입을 위한 라이브러리 DNA 삽입물을 생성하기 위해 PCR 증폭을 위해 사용되었다. 대안적으로, 길이로 최대 200 bp의 Ultramers (Integrated DNA Technologies)는 다중 작은 중첩 프라이머를 사용하여 쉽게 통합되는 바와 같이 될 수 없는 축퇴 코돈의 보다 큰 신축을 생성하기 위해 메가프라이머 PCR(URL: http: //www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC146891/pdf/253371.pdf)과 결합하여 사용되었다. 메가프라이머 PCR을 이용한 전장 제품의 생성 이후, 돌연변이 IgV 도메인 라이브러리는 효모 내로 상동 재조합을 위한 변형된 pBYDS03 클론 변이체로 40 bp 중첩 영역을 함유하는 DNA 프라이머를 이용하여 다시 PCR 중첩되었다. DNA 삽입의 라이브러리는 실시예 1에 서술된 바와 같이 실질적으로 라이브러리 삽입을 위해 준비되었고, 전기천공-준비된 DNA는 준비되었다.
대안적인 접근으로서, CD112의 IgV 도메인의 특정 잔기 또는 CD112의 IgV 도메인의 랜덤 라이브러리를 표적화하기 위해 부위-특이적 돌연변이 유발에 의해 생성된 서브라이브러리 중 하나는 실시예 1에 서술된 바와 같이, 실질적으로 CD155의 IgV 도메인의 변이체를 추가적으로 확인하기 위해 생성되었다.
축퇴 또는 랜덤 라이브러리 DNA는 실시예 2에서 서술된 바와 같이 실질적으로 효모 내로 삽입되었다. CD112의 효모 발현 친화성 변형된 변이체는 실시예 3에 실질적으로 서술된 방법을 이용하여 선택되었다. 선택을 위해, 다음 표적 리간드 단백질이 채용되었다: 인간 rTIGIT.Fc(즉, 재조합 TIGIT-Fc 융합 단백질), rCD226.Fc 및 rCD112R.Fc. 자성 단백질 A 비드는 New England Biolabs, USA로부터 획득되었다. 2 색 유세포 분석 분류를 위해, Bio-Rad S3e 분류기가 사용되었다. CD112 디스플레이 수준은 Alexafluor 488(Life Technologies, USA)로 표지된 항-헤마글루티닌 항체로 모니터링되었다. Fc 융합 단백질, rTIGIT.Fc, rCD226.Fc, 또는 rCD112R.Fc 의 리간드 결합은 PE 접합된 인간 Ig 특이적 염소 Fab(Jackson ImmunoResearch, USA)로 검출되었다. 이중 효모는 전방 산란(FSC)/측방 산란(SSC) 파라미터를 사용하여 게이트 아웃하였고, 분류 게이트는 FL1에서 보다 한정된 태그 발현 결합을 가진 FL2에서 검출된 높은 리간드 결합을 기반으로 하였다.
제2 분류 산물(F2)는 보다 높은 특이적 결합 친화성을 위해 분석되었던 분류 산물의 발현을 확장 및 다시 유도함으로써 실시예 3에 서술된 바와 같이 실질적으로 획득되었고, 부모, 야생형 효모 균주와 비교하여 결합을 평가하기 위해 사용되었다. CD112를 위해, 제2 FACS 산물(F2)은 리간드 결합을 검출하기 위해 항-HA (헤마글루티닌) 태그 발현 및 항-인간 Fc 이차로 각 집단을 이중 염색함으로써 각 rTIGIT.Fc, rCD226.Fc, 및 rCD112R.Fc를 결합하기 위한 부모 CD155 효모와 비교하였다.
선택된 산물은 실시예 4에 서술된 바와 같이 실질적으로 Fc 분자(변이체 IgV 도메인-Fc 융합 분자)에 융합된 CD112의 친화성 변형된 (변형체) 면역글로불린-유사 V-타입(IgV) 도메인을 함유하는 면역조절 단백질로서 다시 개질되었고, 전체 ECD 도메인이 아닌 IgV 도메인을 포함하는 것을 제외하였다. CD112 산물의 일부 대안적인 방법에서, 산물로부터 DNA는 깁슨 어셈블리 마스터믹스(New England Biolabs)를 사용하여 인비트로 재조합을 수행하기 위해 Fc 융합 벡터로 각 말단에 40bp 중첩 영역을 함유하는 프라이머로 증폭된 PCR이였고, 이는 E. Coli 균주 NEB5alpha 내로 열 충격 변형에 실질적으로 사용되었다. Fc 융합 벡터의 예시는 pFUSE-hIgG1-Fc2(Invivogen, USA)였다.
변형 이후, 샘플은 실시예 4에 서술된 바와 같이 실질적으로 DNA 서열 분석을 위해 준비되었다. 그 다음, 실시예 4에 서술된 바와 같이 수동으로 큐레이팅되었고, 그들이 수동으로 큐레이팅되어 IgV 암호화 영역의 시작에서 시작하는 것을 제외하였다. 큐레이티드 서열은 실시예 4에 서술된 바와 같이 배치-번역 및 정렬되었다. 관심있는 클론은 실시예 4에 서술된 바와 같은 기준을 사용하여 식별되었다. 표 22는 식별된 변이체 CD112 친화성-변형된 분자를 제시하고, 각 변이체에 함유된 아미노산 치환을 함유한다.
방법은 암호화 DNA가 다음 단백질을 암호화하기 위해 생성되었던 데에서 CD112의 친화성-변형된 IgV 도메인을 함유하는 면역조절 단백질을 생성하였다: 신호 펩타이드, 이어서 변이체 (돌연변이) IgV 도메인, 이어서 3개 알라닌(AAA)의 링커, 이어서 돌연변이 N297G (서열번호 226에 제시된 야생형 인간 IgG1 Fc에 관련한 N82G)를 함유하는 인간 IgG1 Fc. 또한, 인간 IgG1 Fc는 돌연변이 R292C 및 V302C(서열번호 226에 제시된 야생형 인간 IgG1 Fc에 관련한 R77C 및 V87C에 상응함)를 함유하였다. 구조가 시스테인으로 공유결합을 형성할 수 있는 어떤 항체 경쇄를 포함하지 않기 때문에, 또한, 인간 IgG1 Fc는 서열번호 226에 제시된 야생형 또는 비변형된 Fc와 비교하여 위치 5(C5S)에서 세린 잔기로 시스테인 잔기의 교체를 함유하였다.
재조합 변이체 CD112 Fc 융합 단백질은 실시예 5에 서술된 바와 같이 실질적으로 발현 및 정제되었다. 친화성-변형된 변이체 CD112 Fc 융합 단백질의 결합 및 활성은 실시예 6에 서술된 바와 같이 실질적으로 평가되었고, 세포 발현 전장 인간 CD226, TIGIT 및 CD112R 동족 결합 파트너가 생성된 것을 제외하였다. 세포는 CD112 Fc 변이체로 유세포 분석에 의해 염색되었고, 평균 형광 강도(MFI)는 실시예 5에 서술된 바와 같이 결정되었다. 생체활성 특성을 위해, 재조합 CD112 Fc 변이체는 실시예 5에 서술된 바와 같이 실질적으로 항-CD3 공동고정화 어세이에서 평가되었다.
결합 및 활성 연구에 대한 결과는 표 22에 제시되었다. 표는 각각의 동족 구조 TIGIT, CD226 및 CD112R에 대한 친화성-성숙을 위한 스크린에서 선택된 CD112의 IgV 도메인에서 예시적인 IgSF 도메인 아미노산 치환(교체)를 나타낸다. 예시적인 아미노산 치환은 서열번호 286에 제시된 비변형된 서열의 위치에 상응하는 아미노산 위치에 의해 고안된다. 아미노산 위치는 번호 앞에 나열된 상응하는 비변형된(예컨대, 야생형) 아미노산 및 번호 뒤에 나열된 식별된 변이체 아미노산 치환과 함께, 중간에 표시된다. 열 2는 각 변이체 IgV-Fc 융합 분자를 위한 변이체 ECD를 위한 서열번호 식별자를 제시한다.
또한, 동일한 세포-발현된 동족 결합 파트너에 대한 아미노산 치환을 함유하지 않는 상응하는 비변형된 IgV-Fc 융합 분자의 결합과 비교하여 MFI의 비로서 동족 결합 파트너를 발현하기 위해 조작된 세포에 각 변이체 Fc-융합 분자의 결합을 위한 평균 형광 강도(MFI) 값에 의해 측정된 바와 같은 결합 활성이 보여진다. 또한, T 세포의 활성을 조절하기 위한 변이체 Fc- 융합 분자의 기능적 활성은 양 기능적 분석에서 상응하는 비변형된 CD112 IgV-Fc와 비교하여, 각 변이체 CD112 IgV-Fc에 의해 생성된 IFN-gamma의 비로서, 항-CD3로 공동고정화된 지시된 변이체 Fc 융합 분자로 생성된 배양 상등액(pg/mL)에서 IFN-gamma의 계산된 수준에 기반하여 보여진다.
[표 22]
Figure pct00058
Figure pct00059
Figure pct00060
실시예 11
추가 친화성 변형된 IgSF 도메인
이러한 실시예는 추가 친화성 변형된 CD80, CD155, CD112, PD-L1, PD-L2, CD86(B7-2) 면역조절 단백질의 고안, 생성 및 스크리닝을 서술하고, 이는 두 면역 활성 및 저해에서 입증된 이중 역할을 가지는 면역 시냅스(IS)의 다른 성분이다. 또한, Nkp30 변이체의 생성 및 스크리닝이 서술된다. 이러한 실시예는 IgSF 도메인의 친 화성 변형이 면역 활성을 모두 증가 및 감소시키는 작용을 할 수 있는 단백질을 생성함을 입증한다. 그러한 도메인의 다양한 조합은 면역조절 활성을 달성하기 위해 타입 II 면역조절 단백질을 형성하기 위한 변이체 친화성 변형된 CD80과 쌍으로(즉, 적층된) 융합된다. 실시예는 Fc-융합 포맷에서 예시적인 친화성-변형된 도메인의 결합 및 활성을 예시하고; 그러한 친화성-변형된 도메인은 서술된 바와 같이 분비가능한 면역조절 단백질 또는 막관통 면역조절 단백질과 관련하여 고려된다.
효모 디스플레이 라이브러리로서 번역 및 발현을 위한 인간 CD80, CD155, CD112, PD-L1, PD-L2, CD86(B7-2) 및 NKp30의 IgV 도메인의 변이체를 암호화하는 돌연변이 DNA 구조는 실시예 1에 서술된 바와 같이 실질적으로 생성되었다. 축퇴 코돈으로 완전 또는 부분 랜덤화를 위한 특이적 잔기를 표적하는 표적 라이브러리 및/또는 랜덤 라이브러리는 실시예 1에 실질적으로 서술된CD80(서열번호 578)의 IgV의 변이체, CD112(서열번호 965)의 IgV, CD155(서열번호 652), PD-L1(서열번호 1332), 및 PD-L1(서열번호 1393)의 IgV의 변이체를 식별하기 위해 구성되었다. 또한, 유사한 방법은 NKp30(서열번호 1566)의 IgC-유사 도메인의 라이브러리를 생성하기 위해 사용되었다.
축퇴 또는 랜덤 라이브러리 DNA는 효모 라이브러리를 생성하기 위해 실시예 2에서 서술된 바와 같이 실질적으로 효모 내로 도입시켰다. 라이브러리는 실시예 3에서 서술된 바와 같이 실질적으로 CD80, CD155, CD112, PD-L1, PD-L2, CD86(B7-2) 및 NKp30의 효모 발현 친화성 변형된 변이체를 선택하기 위해 사용되었다. 세포는 비-바인더를 감소시키고 실시예 3에 서술된 바와 같이 실질적으로 그들의 외인성 재조합 반대-구조 단백질을 결합하기 위한 능력으로 CD80, CD155, CD112, PD-L1 또는 PD-L2 변이체를 풍부하게 하기 위해 처리되었다.
CD80, CD86 및 NKp30 라이브러리로, 표적 리간드 단백질은 다음과 같이 R&D 시스템(USA)으로부터 유래되었다: 인간 rCD28.Fc(즉, 재조합 CD28-Fc 융합 단백질), rPDL1.Fc, rCTLA4.Fc 및 rB7H6.Fc. 2색 유세포 분석기는 실시예 3에 서술된 바와 같이 실질적으로 수행되었다. 유세포 분석 분류로부터 효모 산물은 보다 높은 특이적결합 친화성을 위해 분석되었다. 분류 산물 효소는 그들이 암호화하는 특정 IgSF 친화성 변형된 도메인 변이체를 발현하기 위해 확장 및 다시 유도되었다. 그 다음, 이러한 집단은 유세포 분석기에 의해, 부모, 야생형 효모 균주 또는 비드 산출 효모 집단과 같은 다른 선택된 산물과 비교될 수 있다.
B7-H6에 대한 결합을 위해 선택된 NKp30 효모 변이체의 경우, F2 분류 산물은 16.6nM rB7H6.Fc로 염색되는 경우, 533의 MFI 값을 제공하였던 반면, 부모 NKp30 균주 MFI는 rB7H6.Fc의 동일한 농도로 염색되는 경우, 90에서 측정되었다(6배 향상).
식별되었던 NKp30 변이체 중, 서열번호 54에 제시된 위치에 상응하는 NKp30 세포외 도메인의 위치와 관련하여 돌연변이 L30V/A60V/S64P/S86G가 함유된 변이체였다.
표 23a-e에 제공된 CD155 변이체를 위해, 선택은 원하는 반대 구조 TIGIT 및 CD96를 가진 2개 양성 선택에 이어서, CD226으로부터 멀리 선택하고 변이체 CD155의 결합 특이성을 향상시키기 위한 반대 구조 CD226을 가진 1개 음성 선택을 수반하였다. 선택은 반대 구조(TIGIT/CD96)의 농도 및 양성 분류의 선택 엄중함이 리드 식별의 최적화를 위해 변경되었다는 것을 제외하고는, 상기 실시예 3에서 필수적으로 서술된 바와 같이 수행되었다. 음성 선택을 위한 CD226의 농도는 100 nM로 유지되었다.
표 24a-b에 제공된 추가 CD112 변이체를 위해, 선택은 원하는 반대 구조 TIGIT 및 CD112를 가진 2개 양성 선택에 이어서, CD226으로부터 멀리 선택하고 변이체 CD112의 결합 특이성을 향상시키기 위한 반대 구조 CD226을 가진 1개 음성 선택을 수반하였다. 선택은 반대 구조(TIGIT/CD112R)의 농도 및 양성 분류의 선택 엄중함이 리드 식별의 최적화를 위해 변경되었다는 것을 제외하고는, 상기 실시예 3에서 필수적으로 서술된 바와 같이 수행되었다. 음성 선택을 위한 CD226의 농도는 100 nM로 유지되었다.
표 25 및 26a-b에 제공된 PD-L1 및 PD-L2 변이체를 위해, 효모 디스플레이 표적된 또는 랜덤 PD-L1 또는 PD-L2 라이브러리를 PD-1에 대해 선택되었다. 그 다음, 이어서, 향상된 바인더를 나타내는 효모 세포 분획을 풍부하게 하기 위해 외인성 반대-구조 단백질을 사용하여 세포 분석기 분류의 2번 내지 3번이 수행되었다. 대안적으로, PD-L1을 위해, 선택은 인간 rCD80.Fc(즉, R&D Systems로부터 인간 재조합 CD80 Fc 융합 단백질, USA)로 수행되었다. 선택은 상기 PD-1에 대해 대략적으로 서술된 바와 같이 수행되었다. 자기 비드 농축 및 유세포 분석기에 의한 선택은 Miller K. D. et al., Current Protocols in Cytometry 4.7.1-4.7.30, July 2008.에 필수적으로 서술된 바와 같다.
표 27a-b에 제공된 CD80 변이체를 위해, CD80 라이브러리는 원하는 반대 구조 CTLA4를 가진 양성 선택 및 반대 구조 CD28을 가진 음성 선택으로 구성되었다.
예시적인 선택 산물은 CD80의 친화성 변형된 (변이체) IgV, CD155의 변이체 IgV, CD112의 변이체 IgV, PD-L1의 변이체 IgV, PD-L2의 변이체 IgV를 함유하는 면역 조절 단백질로서 재구성되었고, 각각은 실시예 4에 서술된 바와 같이 실질적으로 Fc 분자에 융합되었고(변이체 IgV-Fc 융합 분자), Fc-융합 단백질은 실시예 5에 서술된 바와 같이 실질적으로 발현 및 정제되었다. 일부 경우에, Fc-융합 단백질은 친화성-변형된 IgSF 도메인, 이어서 GSGGGGS 링커, 이어서 EU 넘버링에 의한 돌연변이 L234A, L235E, G237A, E356D 및 M358L을 함유하는 인간 IgG1 Fc(서열번호 2153)를 함유한다.
그 다음, 세포-발현된 반대 구조(동족 결합 파트너)에 대한 예시적인 IgSF 도메인 변이체의 결합은 실시 예 6에 서술된 바와 같이 실질적으로 평가되었다. 동족 결합 파트너를 발현하는 세포는 생성되었고, 결합 연구 및 유세포 분석기는 실시예 6에 서술된 바와 같이 실질적으로 수행되었다. 추가로, Fc 융합 변이체 단백질의 생체 활성은 혼합된 림프구 반응(MLR) 또는 실시예 6에 서술된 바와 같이 실질적으로 항-CD3 공동고정화 어세이 중에 의해 특징 지어졌다.
상기와 같이, 각각의 표를 위해, 예시적인 아미노산 치환은 각각의 참고 비변형된 ECD에 상응하는 아미노산 위치 번호에 의해 고안된다(표 1 참고). 아미노산 위치는 번호 앞에 나열된 상응하는 비변형된(예컨대, 야생형) 아미노산 및 번호 뒤에 나열된(또는 고안되어 삽입된) 식별된 변이체 아미노산 치환과 함께, 중간에 표시된다.
동족 반대 구조 리간드를 발현하기 위해 조작된 세포에 대한 각 변이체 Fc-융합 분자의 결합을 위한 평균 형광 강도(MFI) 및 동일한 세포-발현된 반대 구조 리간드에 대한 아미노산 치환을 함유하지 않는 상응하는 비변형된 ECD-Fc 융합 분자의 결합과 비교하여 MFI의 비에 의해 측정된 바와 같은 결합 활성이 나타난다. 또한, T 세포의 활성을 조절하기 위한 변이체 Fc-융합 분자의 기능적인 활성은 MLR 어세이에서 지시된 변이체 Fc 융합 분자와 함께 생성된 배양 상등액(pg/mL)에서 IFN-gamma의 계산된 수준에 기반하여 보여진다. 또한, 표 26b는 MLR 어세이에서 상응하는 비변형된 IgV-Fc와 비교하여 각 변이체 IgV-Fc에 의해 생성된 IFN-gamma의 비를 나타낸다.
보여진 바와 같이, 선택은 적어도 하나 및 2개 이상의, 동족 결합 구조 리간드의 일부 경우를 위한 증가된 결합을 나타내기 위해 친화성-변형되었던 다수의 CD80, CD155, CD112, PD-L1 및 PD-L2 IgSF 도메인 변이체의 식별을 도출하였다. 또한, 결과는 변이체 분자의 친화성 변형이 면역학적 활성을 모두 증가 및 감소시키는 향상된 활성을 나타냄을 보여주었다.
[표 23a]
Figure pct00061
Figure pct00062
[표 23b]
Figure pct00063
Figure pct00064
[표 23c]
Figure pct00065
[표 24d]
Figure pct00066
Figure pct00067
[표 23e]
Figure pct00068
Figure pct00069
Figure pct00070
[표 24a]
Figure pct00071
Figure pct00072
Figure pct00073
[표 24b]
Figure pct00074
Figure pct00075
[표 25a]
Figure pct00076
Figure pct00077
[표 25b]
Figure pct00078
Figure pct00079
[표 25c]
Figure pct00080
[표 26a]
Figure pct00081
Figure pct00082
[표 26b]
Figure pct00083
Figure pct00084
[표 27a]
Figure pct00085
[표 27b]
Figure pct00086
실시예 12
분비된 면역조절 단백질의 생성
PD-L2 분비된 면역조절 단백질 (SIP)을 생성하기 위해, 예시적인 SIP를 암호화하는 DNA가 통합된 DNA 기술(Coralville, USA)로부터 유전자 블록으로서 수득된 다음, GFP를 제거하기 위한 MND 프로모터의 제한 부위 하류 사이에서 Dull et al., (1998) J Virol, 72 (11) : 8463-8471에 개시된 pRRL 벡터의 변형된 버전 내로 깁슨 어셈블리(New England Biolabs Gibson assembly kit)에 의해 클론되었다. 예시적인 SIP 구조는 신호 펩타이드를 포함하는, 서열번호 1571-1573에 제시된 단백질을 암호화하기 위해 생성되었다. 이러한 예시적인 실시예에서, 구조는 태그 부분을 추가로 포함하기 위해 생성되었다. 유전자 블록은 하기 구조를 순서대로 가졌다: 제1 제한 부위 이전에 39 염기쌍이 pRRL과 중첩 - 제1 제한 부위 - GCCGCCACC (Kozak); 서열번호 1393에 제시된 PD-L2 IgV 야생형 아미노산 서열을 암호화하는 완전한 ORF 또는 서열번호 1535(H15Q, V31M, S67L, Q82R, V89D), 서열번호 1547 (H15Q, T47A, K65R, S67L, Q82R, V89D) 또는 서열번호 1561 (H15Q, T47A, S67L, R76G, Q82R, V89D)에 제시된 변이체 PD-L2 IgV, 또한 서열번호 1567에 제시된 PD-L2 신호 펩타이드 MIFLLLMLSLELQLHQIAA를 포함; 서열번호 1568 (GLNDIFEAQKIEWHE)에 제시된 바와 같은 Avitag를 암호화하는 DNA; 서열번호 1569 (HHHHHH)에 제시된 바와 같은 His 태그를 암호화하는 DNA; TAA 정지 코돈; 제1 제한 부위 - 제2 제한 부위 다음에 41 염기쌍이 pRRL과 중첩.
렌티바이러스 벡터를 제조하기 위해, 3×106 HEK293 세포는 100mm 플레이트 당 플레이트되었다. 다음날, P-Mix (PAX2 3μg 및 pMD2G 1.5μg) 4.5μg은 5mL 폴리프로필렌 튜브에 SIP 구조를 암호화하는 DNA 6μg에 첨가되었다. 희석액 버퍼(10mM HEPES / 150mM NaCl pH7.05 / 1L TC 등급 H20)는 500μL의 총 부피를 가져오기 위해 튜브에 첨가되었다. 희석액 DNA(PEI : 총 DNA 4:1)에 PEI(1μg/μL) 42μL가 첨가되었고 볼텍싱에 의해 혼합되었다. 혼합물을 10분 동안 상온에서 인큐베이팅되었고, 세포는 부착 세포를 교란시키지 않고 부드럽게 디쉬로부터 배지를 흡인시킴으로써 준비된 다음, Opti-MEM (1X) 6mL로 교체되었다. 그다음, DNA/PEI 혼합물은 디쉬에 첨가되었고, 24시간 동안 37℃에서 배양되었다. 24시간 후, 배지는 다쉬로부터 흡입되었고, 신선한 DMEM 배지 10 mL로 교체된 다음, 37℃에서 배양되었다. 바이러스 상등액은 배양물(Thermo Scientific Nalgene Syringe Filter)로부터 세포 및 파편을 제거하기 위해 0.45μm 필터 PES에 부착된 주사기를 사용하여 48시간 후 수집되었다. 또한, 별도 렌티바이러스 벡터 스톡은 서술된 바와 같이 실질적으로, 항-CD19 CAR(항 -CD19 scFv, CD8으로부터 유래된 경첩 및 막관통 도메인 및 CD3 제타 신호 도메인을 함유)의 암호화를 준비하였다. 사용된 예시적인 항-CD19 CAR은 서열번호 1576에 제시된 scFv, 서열번호 1574에 제시된 CD8-유래 경첩 및 막관통 도메인 및 서열번호 1575에 제시된 CD3 제타를 함유하는 서열번호 2160(서열번호 2161에 제시된 서열에 의해 암호화된)에 제시된다.
팬 T-세포는 PD-L2 SIP를 암호화하는 바이러스 벡터로 형질 도입되었다. T-세포는 해동되었고, 1:1 비율로 항-CD3/항-CD28 비드(Dynal)로 활성화되었다. T-세포(1 x 106 세포)는 표시된 PD-L2 SIP를 암호화하는 렌티바이러스 벡터 상등액 및 항-CD19 CAR를 암호화하는 렌티바이러스 벡터 상등액의 동일 부피(각 0.5 mL)를 함유하는 렌티바이러스 벡터 상등액 총 1mL로 혼합되었다. 대조군으로서, 세포는 항-CD19 CAR을 암호화하는 렌티바이러스 벡터로만 형질 도입되거나, 모의 벡터 대조군으로 형질 도입되었다. 형질 도입은 폴리브렌 (polybrene) 10 μg/mL 및 IL-2 50 IU / mL 의 존재하에 수행되었다. 세포는 30℃에서 60분 동안 2500 rpm에서 회전시켰다. 24시간 후, Xvivo15 plus 배지 3mL 및 IL2은 각 웰에 첨가되었다. 세포는 신선한 배지 및 사이토카인으로 2일 마다 공급되었다.
또한, 형질 도입은 HEK-293 세포 상에 수행되었고, 이는 지시된 PD-L2 SIP를 암호화하는 렌티바이러스 상등액 1 mL로 2x105 세포에 다시 현탁되었다. 세포에 DMEM 배지 3 mL가 첨가되었고, 세포는 신선한 배지로 2일 마다 공급되었다.
분비된 SIP의 양을 평가하기 위해, 세포-기반 분석은 PD-1에 대한 분비 가능한 변이체 PD-L2의 결합을 평가하기 위해 수행되었다. 대략적으로, 100,000 PD-1+ Jurkat 세포는 상기 형질 도입된 세포로부터 획득된 PD-L2 SIP를 함유하는 배양 상등액 50μL의 존재 하에 웰 당 플레이트되었고, 30분 동안 4℃에서 인큐베이팅되었다. 표준 곡선을 생성하기 위해, 각각 변이체 PD-L2 단백질 50 μL는 10 μg/mL, 3 μg/mL, 1 μg/mL, 0.3 μg/mL, 0.1 μg/mL 및 0 μg/mL에서 PD-1 + Jurkat 세포에 첨가되었고, 또한, 30분 동안 4℃에서 인큐베이팅되었다. 표면 결합 PD-L2 단백질은 유세포 분석기에 의해 검출되었고, 상등액 샘플에서 SIP의 농도는 표준 곡선에 대한 비교에 의해 결정되었다. 도 2a 및 2b에 보여진 바와 같이, 단백질은 형질 도입된 T 세포 및 형질 도입된 HEK293 세포의 상등액에서 검출되었으나, 모의 형질 도입된 또는 SIP 없이 세포 형질 도입된 상등액 샘플로부터 검출되지 않았다.
실시예 13
PD-L2 SIP로 형질 도입된 팬 T 세포의 증식 및 생체활성의 평가
팬 T-세포는 PD-L2 SIP를 암호화하는 바이러스 벡터로 실시예 12에서 서술된 바와 같이 필수적으로 형질 도입되었다. T-세포는 해동되었고, 1:1 비율로 항-CD3/항-CD28 비드(Dynal)로 활성화되었다. T-세포(1 x 106 세포)는 표시된 PD-L2 SIP를 암호화하는 렌티바이러스 벡터 상등액 및 항-CD19 CAR를 암호화하는 렌티바이러스 벡터 상등액의 동일 부피(각 0.5 mL)를 함유하는 렌티바이러스 벡터 상등액 총 1mL로 혼합되었다. 대조군으로서, 세포는 항-CD19 CAR을 암호화하는 렌티바이러스 벡터로만 형질 도입되거나, 모의 벡터 대조군으로 형질 도입되었다. 형질 도입은 폴리브렌 (polybrene) 10 μg/mL 및 IL-2 50 IU / mL 의 존재하에 수행되었다. 세포는 30℃에서 60분 동안 2500 rpm에서 회전시켰다. 24시간 후, Xvivo15 plus 배지 3mL 및 IL2은 각 웰에 첨가되었다. 세포는 신선한 배지 및 사이토카인으로 2일 마다 공급되었다.
활성화 후 14일째, 세포는 PD-L1 (Nalm6 PDL1 +)의 발현을 제공하기 위해 렌티바이러스 벡터로 형질 도입된 Nalm6 세포로 재자극되었다. 형질도입된 T 세포는 세포 추적 원적외선으로 표지되었고, 증식은 염색의 희석액을 보여주는 세포의 분획을 결정함으로써 5일째 측정되었다. 예시적으로 시험된 변이체 PD-L2 SIP로 형질 도입된 T 세포에 대한 증식 연구에 대한 결과는 도 3a에 도시된다.
상등액 내로 방출된 IFN-γ의 수준은 재자극 후 5일째 ELISA에 의해 측정되었다. 예시적으로 시험된 변이형 PD-L2 SIP로 형질 도입된 T 세포에 대한 생체활성 연구에 대한 결과는 도 3b에 도시된다. PD-L2 변이체 SIP로 형질 도입된 T 세포는 서열번호 31에 제시된 비변형된(야생형) PD-L2 ECD 서열의 위치에 상응하는 위치와 관련하여, PD-L2의 IgV에서 아미노산 치환과 관련하여, 확인된다. 도 3a 및 3b에서 보여진 바와 같이, 면역학적 활성을 증가시키는 증식 및 향상된 활성이 관찰되었다.
T 세포가 항-CD19 CAR 및 변이체 PD-L2 IgV 또는 야생형(WT) PD-L2 IgV 중 하나인 SIP를 암호화하는 렌티바이러스 벡터로 공동-형질 도입되었던 것을 제외하고는, 유사한 연구가 수행되었다. 상기 서술된 바와 같은 Nalm6 PDL1 + 세포로 형질 도입된 T 세포를 자극한 다음, T 세포의 증식은 염색의 희석액을 보여주는 세포의 분획을 결정함으로써, 3일째 측정되었다. 도 3에서 보여진 바와 같이, 변이체 PD-L2 SIP로 조작된 세포는 CAR 만 발현하는 T 세포의 증식과 비교하여 증식을 향상시켰고, 또한, 향상된 증식은 야생형 PD-L2 SIP를 발현하는 T 세포의 증식에 비해 현저하였다.
실시예 14
분비된 면역조절 단백질의 생성 및 PD-L1 SIP로 형질도입된 Pan T 세포의 증식의 평가
PD-L1 분비된 면역조절 단백질(SIP)를 생성하기 위해, DNA 암호화 예시적인 SIPs는 Integrated DNA Technologies (Coralville, USA)로부터 유전자 블록으로서 획득되었고, 그다음, GFP를 제거하기 위해 MND 프로모터의 제한 부위 다운스트림 사이에 pRRL 벡터의 변형된 버전(Dull et al., (1998) J Virol, 72(11): 8463-8471) 내로 Gibson assembly (New England Biolabs Gibson assembly kit)에 의해 클론되었다. 예시적인 PD-L1 SIP 구조는 신호 펩타이드를 포함하는 서열번호 2155-2156에 제시된 단백질을 암호화하기 위해 생성되었다. 이러한 예시적인 실시예에서, 구조는 태그 모이어티를 추가로 포함하기 위해 생성되었다. 유전자 블록은 다음 구조를 순서대로 가진다: 서열번호 2157에 제시된 신호 펩타이드 MGSTAILALLLAVLQGVSA; 서열번호 2154에 제시된 DNA 암호화 플래그-태그(DYKDDDDK); 서열번호 1569에 제시된 DNA 암호화 His 태그(HHHHHH); TAA 정지 코돈; 제 2 제한 부위를 넘어 pRRL과 중첩되는 제2 제한 부위-41 염기쌍을 역시 포함하는, 제2 제한 부위-제1 제한 부위- GCCGCCACC 이전에 pRRL과 중첩되는 39 염기쌍(Kozak); 서열번호 1332로 제시된 완전 ORF 암호화 PD-L1 IgV 야생형 아미노산 서열 또는 서열번호 1326에 제시된 변이체 PD-L1 IgV(D43G/N45D/L56Q/V58A/G101G-ins (G101GG). 비교를 위해, 야생형 PD-L1을 암호화하는 SIP역시 평가되었다.
렌티바이러스 벡터의 준비를 위해, 3x106 HEK293 세포가 100 mm 플레이트 당 플레이트되었다. 다음날, P-Mix (PAX2의 3μg 및 pMD2G 1.5μg)의 4.5 μg은 5mL 폴리프로필렌 튜브 내 SIPs 구조를 암호화하는 DNA의 6μg에 첨가하였다. 희석액 버퍼(10mM HEPES/150mM NaCl pH7.05/1L TC 등급 H20)는 총 부피를 500㎕로 하기 위해 튜브에 첨가되었다. 희석액 DNA(PEI:총 DNA 4:1)에 PEI (1μg/μL)의 42μL는 첨가되었고, 볼텍싱에 의해 혼합되었다. 혼합물을 10분 동안 상온에서 인큐베이션되었고, 부착 세포의 교란 없이 부드럽게 플레이트로부터 배양액을 흡인시킴으로써 교체되었으며, 그다음, Opti-MEM(1X)의 6mL로 대체되었다. 그다음, DNA/PEI 혼합물은 플레이트에 첨가되었고, 24시간 동안 37℃에서 배양되었다. 24 시간 후, 배지는 플레이트로부터 흡입되었고, 신선한 DMEM 배지의 10 mL로 교체된 다음, 37℃에서 배양되었다. 바이러스 상등액은 배양물로부터 세포 및 파편을 제거하기 위한 0.45μm 필터 PES(Thermo Scientific Nalgene Syringe Filter)에 부착된 주사기를 사용하여 48 시간 후 수집되었다. 서술된 바와 같이 실질적으로, 별도 렌티바이러스 벡터 스톡은 항-CD19 CAR(항-CD19 scFv, CD8으로부터 유래 된 경첩 및 막관통 도메인 및 CD3 zeta 신호 도메인을 함유하는)을 암호화하여 준비되었다. 사용된 예시적인 항-CD19 CAR은 서열번호 1576에 제시된 scFv, 서열번호 1574에 제시된 CD-8 유래 힌지 및 트랜스 멤브레인, 및 서열번호 1575에 제시된 CD3 zeta를 함유하는 서열번호 2160(서열번호 2161에 제시된 서열에 의해 암호화된)에 제시된다.
T 세포는 해동되었고, 1:1 비로 항-CD3/항-CD28 비드(Dynal)와 함께 활성화되었다. T-세포(1 x 106 세포)는 지시된 PD-L1 SIP(D43G/N45D/L56Q/V58A/G101GG 또는 야생형)를 암호화하는 렌티바이러스 벡터 상등액 및 항- CD19 CAR를 암호화하는 렌티바이러스 벡터 상등액의 동등한 부피(각 0.5 mL)를 함유하는 1 mL 총 렌티바이러스 벡터 상등액과 혼합되었다. 대조군으로서, 세포는 항-CD19 CAR를 암호화하는 렌티바이러스 벡터로 오직 형질도입되었거나, 모의 벡터 대조군으로 형질도입되었다. 형질도입은 10 μg/mL 폴리브렌 및 50 IU/mL IL-2의 존재 하에 수행되었다. 세포는 30℃에서 60 분 동안 2500 rpm에서 회전되었다. 24시간 후, Xvivo15 plus 배지의 의 3mL 및 IL2는 각 웰에 첨가되었다. 세포는 신선한 배지 및 사이토카인으로 매 2일 마다 공급되었다.
활성화 후 14일째, 세포는 PD-L1의 발현을 제공하기 위해 렌티바이러스 벡터로 형질되입된 Nalm6 세포(Nalm6 PDL1+)로 재자극되었다. 형질도입된 T 세포는 세포 추적 원적외선로 표지되었고, 증식은 염색의 희석액을 보여주었던 세포의 분획을 결정함으로써 3일째 측정되었다. 예시적인 시험된 변이체 PD-L1 SIP로 형질도입된 T 세포에 대한 증식 연구에 대한 결과는 도 5에 도시된다.
실시예 15
형질도입된 세포의 상등액에서 분비된 면역조절 단백질의 검출
세포-기반 어세이는 배양 상등액에서 SIP의 존재를 검출하기 위해 채용되었다. 실시예 12 및 14에 서술된 바와 같이, HEK-293 세포는 예시적인 SIPs, 변이체 PD-L1 IgV(서열번호 1326에 제시된 D43G/N45D/L56Q/V58A/G101G-ins(G101GG)), 야생형 PD-L1 IgV (서열번호 1332에 제시된), 변이체 PD-L2 IgV(서열번호 1547에 제시된 H15Q/T47A/K65R/S67L/Q82R/V89D) 또는 야생형 PD-L2 IgV(서열번호 1393에 제시된)를 암호화하는 렌티바이러스 벡터로 형질도입되었다. 형질도입 후 4일째, 상등액은 수집되었다. 상등액의 대략 50 μL, 희석된 1:2, 1:4, 1:8, 1:16, 1:32, 1:64, 1:128 또는 니트(neat)는 96-웰 둥근 바닥 플레이트에서 PD-1(K562 PD-1+)을 발현하기 위해 형질도입된 1 x 105 K562 세포에 첨가되었고, 30분 동안 4℃에서 배양되었다. 표준 곡선을 생성하기 위해, PD-L2 tag 단백질은 10,000 pg/mL, 1,000 pg/mL, 100 pg/mL, 10 pg/mL, 1 pg/mL 및 0.1 pg/mL로 희석되었고, 또한, 30분 동안 4℃에서 K562 PD-1+세포와 함께 배양되었다. 세포는 세척되었고, 항-his-APC의 50μL가 첨가되었으며(1:50), 이는 30분 동안 4℃에서 배양되었다. 표면 결합된 PD-L2 단백질은 유세포 분석법에 의해 검출되었고, 상등액 샘플에서 SIP 농도는 표준 곡선과 비교에 의해 결정되었다. 도 6에 도시한 바와 같이, 야생형 단백질이 아닌 변이체 PD-L1 및 변이체 PD-L2는 세포의 상등액에서 검출되었다.
전술한 세포-기반 어세이는 항원-발현 표적 세포와 함께 배양한 다음 T 세포의 상등액에서 PD-L2 SIP의 존재를 평가하기 위해 사용되었다. 실시예 9에 서술된 바와 같이, T 세포는 활성화되었고, 변이체 PD-L2 H15Q/T47A/K65R/S67L/Q82R/V89D(서열번호 1547에 제시됨) 또는 야생형 PD-L2 IgV(서열번호 1393에 제시됨) 중 하나를 암호화하는 렌티바이러스 벡터로 형질도입되었다. 활성화 후 14일째, 형질도입된 T 세포는 CD19-발현 Nalm6 PD-L1+세포 또는 Raji 세포로 배양되었다. T 세포의 배양 개시 후 3, 6, 9 및 12일째, 상등액은 수집되었고, 전술한 바와 같이, PD-L2의 존재는 검출되었다. 야생형 PD-L2 SIP가 아닌, 변이체 PD-L2 SIP는 이러한 어세이를 사용하는 표적 항원-발현 세포로 시뮬레이션한 다음 상등액에서 검출되었다. 이러한 결과는 야생형 PD-L2 SIP가 K562/PD-1+ 세포에 결합하기에 충분한 친화성을 가지지 않기 때문일 수 있다. 변이체 PD-L2 SIP는 Nalm6 PD-L1 세포와 비교하여 Raji 세포로 자극된 T 세포의 상등액에서 실질적으로 보다 높은 수준으로 검출되었고, Raji 세포로 자극한 다음 상등액에서 변이체 PD-L2 SIP의 수준은 본 연구의 시간 경과에 걸쳐 지속되었다.
본 발명의 바람직한 구현예가 본원에 도시되고 서술되었지만, 당업자에게는 그러한 구현예가 오직 실시예로서 제공된다는 것이 명백할 것이다. 본 발명을 벗어나지 않고 당업자에게 다양한 변형, 변경 및 대체가 이루어질 것이다. 본원에 서술된 본 발명의 구현예에 대한 다양한 대안이 본 발명을 실시하는데 채용될 수 있음을 이해해야 한다. 다음 청구항은 본 발명의 범위를 정의하고, 이러한 청구항의 범위 내에 방법 및 구조 및 그들의 등가물이 그들에 의해 포함되는 것으로 의도된다.
SEQUENCE LISTING <110> Alpine Immune Sciences, Inc. SWANSON, Ryan KORNACKER, Michael <120> SECRETABLE VARIANT IMMUNOMODULATORY PROTEINS AND ENGINEERED CELL THERAPY <130> 761612001440 <140> Not Yet Assigned <141> Concurrently Herewith <150> 62/410,827 <151> 2016-10-20 <150> 62/475,210 <151> 2017-03-22 <150> 62/537,921 <151> 2017-07-27 <160> 2180 <170> PatentIn version 3.5 <210> 1 <211> 288 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <221> MISC_FEATURE <223> CD80(B7-1) <400> 1 Met Gly His Thr Arg Arg Gln Gly Thr Ser Pro Ser Lys Cys Pro Tyr 1 5 10 15 Leu Asn Phe Phe Gln Leu Leu Val Leu Ala Gly Leu Ser His Phe Cys 20 25 30 Ser Gly Val Ile His Val Thr Lys Glu Val Lys Glu Val Ala Thr Leu 35 40 45 Ser Cys Gly His Asn Val Ser Val Glu Glu Leu Ala Gln Thr Arg Ile 50 55 60 Tyr Trp Gln Lys Glu Lys Lys Met Val Leu Thr Met Met Ser Gly Asp 65 70 75 80 Met Asn Ile Trp Pro Glu Tyr Lys Asn Arg Thr Ile Phe Asp Ile Thr 85 90 95 Asn Asn Leu Ser Ile Val Ile Leu Ala Leu Arg Pro Ser Asp Glu Gly 100 105 110 Thr Tyr Glu Cys Val Val Leu Lys Tyr Glu Lys Asp Ala Phe Lys Arg 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PDCD1LG2(PD-L2, CD273) <400> 4 Met Ile Phe Leu Leu Leu Met Leu Ser Leu Glu Leu Gln Leu His Gln 1 5 10 15 Ile Ala Ala Leu Phe Thr Val Thr Val Pro Lys Glu Leu Tyr Ile Ile 20 25 30 Glu His Gly Ser Asn Val Thr Leu Glu Cys Asn Phe Asp Thr Gly Ser 35 40 45 His Val Asn Leu Gly Ala Ile Thr Ala Ser Leu Gln Lys Val Glu Asn 50 55 60 Asp Thr Ser Pro His Arg Glu Arg Ala Thr Leu Leu Glu Glu Gln Leu 65 70 75 80 Pro Leu Gly Lys Ala Ser Phe His Ile Pro Gln Val Gln Val Arg Asp 85 90 95 Glu Gly Gln Tyr Gln Cys Ile Ile Ile Tyr Gly Val Ala Trp Asp Tyr 100 105 110 Lys Tyr Leu Thr Leu Lys Val Lys Ala Ser Tyr Arg Lys Ile Asn Thr 115 120 125 His Ile Leu Lys Val Pro Glu Thr Asp Glu Val Glu Leu Thr Cys Gln 130 135 140 Ala Thr Gly Tyr Pro Leu Ala Glu Val Ser Trp Pro Asn Val Ser Val 145 150 155 160 Pro Ala Asn Thr Ser His Ser Arg Thr Pro Glu Gly Leu Tyr Gln Val 165 170 175 Thr Ser Val Leu Arg Leu Lys Pro Pro Pro Gly Arg Asn Phe Ser Cys 180 185 190 Val Phe Trp Asn Thr His Val Arg Glu Leu Thr Leu Ala Ser Ile Asp 195 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MISC_FEATURE <223> CD160 <400> 24 Met Leu Leu Glu Pro Gly Arg Gly Cys Cys Ala Leu Ala Ile Leu Leu 1 5 10 15 Ala Ile Val Asp Ile Gln Ser Gly Gly Cys Ile Asn Ile Thr Ser Ser 20 25 30 Ala Ser Gln Glu Gly Thr Arg Leu Asn Leu Ile Cys Thr Val Trp His 35 40 45 Lys Lys Glu Glu Ala Glu Gly Phe Val Val Phe Leu Cys Lys Asp Arg 50 55 60 Ser Gly Asp Cys Ser Pro Glu Thr Ser Leu Lys Gln Leu Arg Leu Lys 65 70 75 80 Arg Asp Pro Gly Ile Asp Gly Val Gly Glu Ile Ser Ser Gln Leu Met 85 90 95 Phe Thr Ile Ser Gln Val Thr Pro Leu His Ser Gly Thr Tyr Gln Cys 100 105 110 Cys Ala Arg Ser Gln Lys Ser Gly Ile Arg Leu Gln Gly His Phe Phe 115 120 125 Ser Ile Leu Phe Thr Glu Thr Gly Asn Tyr Thr Val Thr Gly Leu Lys 130 135 140 Gln Arg Gln His Leu Glu Phe Ser His Asn Glu Gly Thr Leu Ser Ser 145 150 155 160 Gly Phe Leu Gln Glu Lys Val Trp Val Met Leu Val Thr Ser Leu Val 165 170 175 Ala Leu Gln Ala 180 <210> 25 <211> 278 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <221> MISC_FEATURE <223> CD200 <400> 25 Met Glu Arg Leu Val Ile 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MISC_FEATURE <223> NC R3 (NKp30) <400> 27 Met Ala Trp Met Leu Leu Leu Ile Leu Ile Met Val His Pro Gly Ser 1 5 10 15 Cys Ala Leu Trp Val Ser Gln Pro Pro Glu Ile Arg Thr Leu Glu Gly 20 25 30 Ser Ser Ala Phe Leu Pro Cys Ser Phe Asn Ala Ser Gln Gly Arg Leu 35 40 45 Ala Ile Gly Ser Val Thr Trp Phe Arg Asp Glu Val Val Pro Gly Lys 50 55 60 Glu Val Arg Asn Gly Thr Pro Glu Phe Arg Gly Arg Leu Ala Pro Leu 65 70 75 80 Ala Ser Ser Arg Phe Leu His Asp His Gln Ala Glu Leu His Ile Arg 85 90 95 Asp Val Arg Gly His Asp Ala Ser Ile Tyr Val Cys Arg Val Glu Val 100 105 110 Leu Gly Leu Gly Val Gly Thr Gly Asn Gly Thr Arg Leu Val Val Glu 115 120 125 Lys Glu His Pro Gln Leu Gly Ala Gly Thr Val Leu Leu Leu Arg Ala 130 135 140 Gly Phe Tyr Ala Val Ser Phe Leu Ser Val Ala Val Gly Ser Thr Val 145 150 155 160 Tyr Tyr Gln Gly Lys Cys Leu Thr Trp Lys Gly Pro Arg Arg Gln Leu 165 170 175 Pro Ala Val Val Pro Ala Pro Leu Pro Pro Pro Cys Gly Ser Ser Ala 180 185 190 His Leu Leu Pro Pro Val Pro Gly Gly 195 200 <210> 28 <211> 208 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <221> MISC_FEATURE <223> CD80(B7-1) ECD <400> 28 Val Ile His Val Thr Lys Glu Val Lys Glu Val Ala Thr Leu Ser Cys 1 5 10 15 Gly His Asn Val Ser Val Glu Glu Leu Ala Gln Thr Arg Ile Tyr Trp 20 25 30 Gln Lys Glu Lys Lys Met Val Leu Thr Met Met Ser Gly Asp Met Asn 35 40 45 Ile Trp Pro Glu Tyr Lys Asn Arg Thr Ile Phe Asp Ile Thr Asn Asn 50 55 60 Leu Ser Ile Val Ile Leu Ala Leu Arg Pro Ser Asp Glu Gly Thr Tyr 65 70 75 80 Glu Cys Val Val Leu Lys Tyr Glu Lys Asp Ala Phe Lys Arg Glu His 85 90 95 Leu Ala Glu Val Thr Leu Ser Val Lys Ala Asp Phe Pro Thr Pro Ser 100 105 110 Ile Ser Asp Phe Glu Ile Pro Thr Ser Asn Ile Arg Arg Ile Ile Cys 115 120 125 Ser Thr Ser Gly Gly Phe Pro Glu Pro His Leu Ser Trp Leu Glu Asn 130 135 140 Gly Glu Glu Leu Asn Ala Ile Asn Thr Thr Val Ser Gln Asp Pro Glu 145 150 155 160 Thr Glu Leu Tyr Ala Val Ser Ser Lys Leu Asp Phe Asn Met Thr Thr 165 170 175 Asn His Ser Phe Met Cys Leu Ile Lys Tyr Gly His Leu Arg Val Asn 180 185 190 Gln 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sapiens <220> <221> MISC_FEATURE <223> BTLA(CD272) ECD <400> 39 Lys Glu Ser Cys Asp Val Gln Leu Tyr Ile Lys Arg Gln Ser Glu His 1 5 10 15 Ser Ile Leu Ala Gly Asp Pro Phe Glu Leu Glu Cys Pro Val Lys Tyr 20 25 30 Cys Ala Asn Arg Pro His Val Thr Trp Cys Lys Leu Asn Gly Thr Thr 35 40 45 Cys Val Lys Leu Glu Asp Arg Gln Thr Ser Trp Lys Glu Glu Lys Asn 50 55 60 Ile Ser Phe Phe Ile Leu His Phe Glu Pro Val Leu Pro Asn Asp Asn 65 70 75 80 Gly Ser Tyr Arg Cys Ser Ala Asn Phe Gln Ser Asn Leu Ile Glu Ser 85 90 95 His Ser Thr Thr Leu Tyr Val Thr Asp Val Lys Ser Ala Ser Glu Arg 100 105 110 Pro Ser Lys Asp Glu Met Ala Ser Arg Pro Trp Leu Leu Tyr Arg 115 120 125 <210> 40 <211> 371 <212> PRT <213> Homo sapiens <220> <221> MISC_FEATURE <223> CD4 ECD <400> 40 Lys Lys Val Val Leu Gly Lys Lys Gly Asp Thr Val Glu Leu Thr Cys 1 5 10 15 Thr Ala Ser Gln Lys Lys Ser Ile Gln Phe His Trp Lys Asn Ser Asn 20 25 30 Gln Ile Lys Ile Leu Gly Asn Gln Gly Ser Phe Leu Thr Lys Gly Pro 35 40 45 Ser Lys Leu Asn Asp Arg Ala 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ctgtagacaa atactgggac agctacaacc atcccttcag 780 acaggatcag aagaacttag atcattatat aatacagtag caaccctcta ttgtgtgcat 840 caaaggatag agataaaaga caccaaggaa gctttagaca agatagagga agagcaaaac 900 aaaagtaaga ccaccgcaca gcaagcggcc gctgatcttc agacctggag gaggagatat 960 gagggacaat tggagaagtg aattatataa atataaagta gtaaaaattg aaccattagg 1020 agtagcaccc accaaggcaa agagaagagt ggtgcagaga gaaaaaagag cagtgggaat 1080 aggagctttg ttccttgggt tcttgggagc agcaggaagc actatgggcg cagcctcaat 1140 gacgctgacg gtacaggcca gacaattatt gtctggtata gtgcagcagc agaacaattt 1200 gctgagggct attgaggcgc aacagcatct gttgcaactc acagtctggg gcatcaagca 1260 gctccaggca agaatcctgg ctgtggaaag atacctaaag gatcaacagc tcctggggat 1320 ttggggttgc tctggaaaac tcatttgcac cactgctgtg ccttggaatg ctagttggag 1380 taataaatct ctggaacaga tttggaatca cacgacctgg atggagtggg acagagaaat 1440 taacaattac acaagcttaa tacactcctt aattgaagaa tcgcaaaacc agcaagaaaa 1500 gaatgaacaa gaattattgg aattagataa atgggcaagt ttgtggaatt ggtttaacat 1560 aacaaattgg ctgtggtata taaaattatt cataatgata gtaggaggct tggtaggttt 1620 aagaatagtt tttgctgtac tttctatagt gaatagagtt aggcagggat attcaccatt 1680 atcgtttcag acccacctcc caaccccgag gggacccgac aggcccgaag gaatagaaga 1740 agaaggtgga gagagagaca gagacagatc cattcgatta gtgaacggat ctcgacggta 1800 tcggttaact tttaaaagaa aaggggggat tggggggtac agtgcagggg aaagaatagt 1860 agacataata gcaacagaca tacaaactaa agaattacaa aaacaaatta caaaaattca 1920 aaattttatc gatcacgaga ctagcctcga gaagcttgat atcgaattcc cacggggttg 1980 gacgcgtagg aacagagaaa caggagaata tgggccaaac aggatatctg tggtaagcag 2040 ttcctgcccc ggctcagggc caagaacagt tggaacagca gaatatgggc caaacaggat 2100 atctgtggta agcagttcct gccccggctc agggccaaga acagatggtc cccagatgcg 2160 gtcccgccct cagcagtttc tagagaacca tcagatgttt ccagggtgcc ccaaggacct 2220 gaaatgaccc tgtgccttat ttgaactaac caatcagttc gcttctcgct tctgttcgcg 2280 cgcttctgct ccccgagctc tatataagca gagctcgttt agtgaaccgt cagatcgcct 2340 ggagacgcca tccacgctgt tttgacttcc atagaaggat cccctgcagg taatacgact 2400 cactataggg tccactgccg ccaccatggc 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gggcttcaca tgggagagag tcaccacata 4140 cgaagacggg ggcgtgctga ccgctaccca ggacaccagc ctccaggacg gctgcctcat 4200 ctacaacgtc aagatcagag gggtgaactt cacatccaac ggccctgtga tgcagaagaa 4260 aacactcggc tgggaggcct tcaccgagac gctgtacccc gctgacggcg gcctggaagg 4320 cagaaacgac atggccctga agctcgtggg cgggagccat ctgatcgcaa acatcaagac 4380 cacatataga tccaagaaac ccgctaagaa cctcaagatg cctggcgtct actatgtgga 4440 ctacagactg gaaagaatca aggaggccaa caacgagacc tacgtcgagc agcacgaggt 4500 ggcagtggcc agatactgcg acctccctag caaactgggg cacaagctta attgagtcga 4560 caatcaacct ctggattaca aaatttgtga aagattgact ggtattctta actatgttgc 4620 tccttttacg ctatgtggat acgctgcttt aatgcctttg tatcatgcta ttgcttcccg 4680 tatggctttc attttctcct ccttgtataa atcctggttg ctgtctcttt atgaggagtt 4740 gtggcccgtt gtcaggcaac gtggcgtggt gtgcactgtg tttgctgacg caacccccac 4800 tggttggggc attgccacca cctgtcagct cctttccggg actttcgctt tccccctccc 4860 tattgccacg gcggaactca tcgccgcctg ccttgcccgc tgctggacag gggctcggct 4920 gttgggcact gacaattccg tggtgttgtc 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agtagtgagg aggctttttt ggaggcctag 5820 gcttttgcgt cgagacgtac ccaattcgcc ctatagtgag tcgtattacg cgcgctcact 5880 ggccgtcgtt ttacaacgtc gtgactggga aaaccctggc gttacccaac ttaatcgcct 5940 tgcagcacat ccccctttcg ccagctggcg taatagcgaa gaggcccgca ccgatcgccc 6000 ttcccaacag ttgcgcagcc tgaatggcga atggcgcgac gcgccctgta gcggcgcatt 6060 aagcgcggcg ggtgtggtgg ttacgcgcag cgtgaccgct acacttgcca gcgccctagc 6120 gcccgctcct ttcgctttct tcccttcctt tctcgccacg ttcgccggct ttccccgtca 6180 agctctaaat cgggggctcc ctttagggtt ccgatttagt gctttacggc acctcgaccc 6240 caaaaaactt gattagggtg atggttcacg tagtgggcca tcgccctgat agacggtttt 6300 tcgccctttg acgttggagt ccacgttctt taatagtgga ctcttgttcc aaactggaac 6360 aacactcaac cctatctcgg tctattcttt tgatttataa gggattttgc cgatttcggc 6420 ctattggtta aaaaatgagc tgatttaaca aaaatttaac gcgaatttta acaaaatatt 6480 aacgtttaca atttcccagg tggcactttt cggggaaatg tgcgcggaac ccctatttgt 6540 ttatttttct aaatacattc aaatatgtat ccgctcatga gacaataacc ctgataaatg 6600 cttcaataat attgaaaaag gaagagtatg agtattcaac atttccgtgt cgcccttatt 6660 cccttttttg cggcattttg ccttcctgtt tttgctcacc cagaaacgct ggtgaaagta 6720 aaagatgctg aagatcagtt gggtgcacga gtgggttaca tcgaactgga tctcaacagc 6780 ggtaagatcc ttgagagttt tcgccccgaa gaacgttttc caatgatgag cacttttaaa 6840 gttctgctat gtggcgcggt attatcccgt attgacgccg ggcaagagca actcggtcgc 6900 cgcatacact attctcagaa tgacttggtt gagtactcac cagtcacaga aaagcatctt 6960 acggatggca tgacagtaag agaattatgc agtgctgcca taaccatgag tgataacact 7020 gcggccaact tacttctgac aacgatcgga ggaccgaagg agctaaccgc ttttttgcac 7080 aacatggggg atcatgtaac tcgccttgat cgttgggaac cggagctgaa tgaagccata 7140 ccaaacgacg agcgtgacac cacgatgcct gtagcaatgg caacaacgtt gcgcaaacta 7200 ttaactggcg aactacttac tctagcttcc cggcaacaat taatagactg gatggaggcg 7260 gataaagttg caggaccact tctgcgctcg gcccttccgg ctggctggtt tattgctgat 7320 aaatctggag ccggtgagcg tgggtctcgc ggtatcattg cagcactggg gccagatggt 7380 aagccctccc gtatcgtagt tatctacacg acggggagtc aggcaactat ggatgaacga 7440 aatagacaga tcgctgagat aggtgcctca ctgattaagc attggtaact gtcagaccaa 7500 gtttactcat atatacttta gattgattta aaacttcatt tttaatttaa aaggatctag 7560 gtgaagatcc tttttgataa tctcatgacc aaaatccctt aacgtgagtt ttcgttccac 7620 tgagcgtcag accccgtaga aaagatcaaa ggatcttctt gagatccttt ttttctgcgc 7680 gtaatctgct gcttgcaaac aaaaaaacca ccgctaccag cggtggtttg tttgccggat 7740 caagagctac caactctttt tccgaaggta actggcttca gcagagcgca gataccaaat 7800 actgtccttc tagtgtagcc gtagttaggc caccacttca agaactctgt agcaccgcct 7860 acatacctcg ctctgctaat cctgttacca gtggctgctg ccagtggcga taagtcgtgt 7920 cttaccgggt tggactcaag acgatagtta ccggataagg cgcagcggtc gggctgaacg 7980 gggggttcgt gcacacagcc cagcttggag cgaacgacct acaccgaact gagataccta 8040 cagcgtgagc tatgagaaag cgccacgctt cccgaaggga gaaaggcgga caggtatccg 8100 gtaagcggca gggtcggaac aggagagcgc acgagggagc ttccaggggg aaacgcctgg 8160 tatctttata gtcctgtcgg gtttcgccac ctctgacttg agcgtcgatt tttgtgatgc 8220 tcgtcagggg ggcggagcct atggaaaaac gccagcaacg cggccttttt acggttcctg 8280 gccttttgct ggccttttgc tcacatgttc 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Arg Lys His Tyr Gln Pro Tyr Ala Pro Pro Arg 340 345 350 Asp Phe Ala Ala Tyr Arg Ser Arg Val Lys Phe Ser Arg Ser Ala Asp 355 360 365 Ala Pro Ala Tyr Gln Gln Gly Gln Asn Gln Leu Tyr Asn Glu Leu Asn 370 375 380 Leu Gly Arg Arg Glu Glu Tyr Asp Val Leu Asp Lys Arg Arg Gly Arg 385 390 395 400 Asp Pro Glu Met Gly Gly Lys Pro Arg Arg Lys Asn Pro Gln Glu Gly 405 410 415 Leu Tyr Asn Glu Leu Gln Lys Asp Lys Met Ala Glu Ala Tyr Ser Glu 420 425 430 Ile Gly Met Lys Gly Glu Arg Arg Arg Gly Lys Gly His Asp Gly Leu 435 440 445 Tyr Gln Gly Leu Ser Thr Ala Thr Lys Asp Thr Tyr Asp Ala Leu His 450 455 460 Met Gln Ala Leu Pro Pro Arg 465 470 <210> 2174 <211> 248 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> Anti-CD19 scFv <400> 2174 Asp Ile Gln Met Thr Gln Thr Thr Ser Ser Leu Ser Ala Ser Leu Gly 1 5 10 15 Asp Arg Val Thr Ile Ser Cys Arg Ala Ser Gln Asp Ile Ser Lys Tyr 20 25 30 Leu Asn Trp Tyr Gln Gln Lys Pro Asp Gly Thr Val Lys Leu Leu Ile 35 40 45 Tyr His Thr Ser Arg Leu His Ser Gly Val Pro Ser Arg Phe Ser Gly 50 55 60 Ser Gly Ser Gly Thr Asp Tyr Ser Leu Thr Ile Ser Asn Leu Glu Gln 65 70 75 80 Glu Asp Ile Ala Thr Tyr Phe Cys Gln Gln Gly Asn Thr Leu Pro Tyr 85 90 95 Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Glu Ile Thr Gly Ser Thr Ser Gly 100 105 110 Ser Gly Lys Pro Gly Ser Gly Glu Gly Ser Thr Lys Gly Glu Val Lys 115 120 125 Leu Gln Glu Ser Gly Pro Gly Leu Val Ala Pro Ser Gln Ser Leu Ser 130 135 140 Val Thr Cys Thr Val Ser Gly Val Ser Leu Pro Asp Tyr Gly Val Ser 145 150 155 160 Trp Ile Arg Gln Pro Pro Arg Lys Gly Leu Glu Trp Leu Gly Val Ile 165 170 175 Trp Gly Ser Glu Thr Thr Tyr Tyr Asn Ser Ala Leu Lys Ser Arg Leu 180 185 190 Thr Ile Ile Lys Asp Asn Ser Lys Ser Gln Val Phe Leu Lys Met Asn 195 200 205 Ser Leu Gln Thr Asp Asp Thr Ala Ile Tyr Tyr Cys Ala Lys His Tyr 210 215 220 Tyr Tyr Gly Gly Ser Tyr Ala Met Asp Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Ser 225 230 235 240 Val Thr Val Ser Ser Ala Ala Ala 245 <210> 2175 <211> 1356 <212> DNA <213> Artificial Sequence <220> <223> antiCD19 chimeric antigen receptor nucleotide <400> 2175 atggccttac cagtgaccgc cttgctcctg ccgctggcct tgctgctcca cgccgccagg 60 ccggacatcc agatgacaca gactacatcc tccctgtctg cctctctggg agacagagtc 120 accatcagtt gcagggcaag tcaggacatt agtaaatatt taaattggta tcagcagaaa 180 ccagatggaa ctgttaaact cctgatctac catacatcaa gattacactc aggagtccca 240 tcaaggttca gtggcagtgg gtctggaaca gattattctc tcaccattag caacctggag 300 caagaagata ttgccactta cttttgccaa cagggtaata cgcttccgta cacgttcgga 360 ggggggacta agttggaaat aacaggctcc acctctggat ccggcaagcc cggatctggc 420 gagggatcca ccaagggcga ggtgaaactg caggagtcag gacctggcct ggtggcgccc 480 tcacagagcc tgtccgtcac atgcactgtc tcaggggtct cattacccga ctatggtgta 540 agctggattc gccagcctcc acgaaagggt ctggagtggc tgggagtaat atggggtagt 600 gaaaccacat actataattc agctctcaaa tccagactga ccatcatcaa ggacaactcc 660 aagagccaag ttttcttaaa aatgaacagt ctgcaaactg atgacacagc catttactac 720 tgtgccaaac attattacta cggtggtagc tatgctatgg actactgggg tcaaggaacc 780 tcagtcaccg tctcctcagc ggccgcaaag cccaccacga cgccagcgcc gcgaccacca 840 acaccggcgc ccaccatcgc gtcgcagccc ctgtccctgc gcccagaggc gagccggcca 900 gcggcggggg gcgcagtgca cacgaggggg ctggacttcg ccagtgatat ctacatctgg 960 gcgcccctgg ccgggacttg tggggtcctt ctcctgtcac tggttatcac cctttactgc 1020 agagtgaagt tcagcaggag cgcagacgcc cccgcgtacc agcagggcca gaaccagctc 1080 tataacgagc tcaatctagg acgaagagag gagtacgatg ttttggacaa gagacgtggc 1140 cgggaccctg agatgggggg aaagccgaga aggaagaacc ctcaggaagg cctgtacaat 1200 gaactgcaga aagataagat ggcggaggcc tacagtgaga ttgggatgaa aggcgagcgc 1260 cggaggggca aggggcacga tggcctttac cagggtctca gtacagccac caaggacacc 1320 tacgacgccc ttcacatgca ggccctgccc cctcgc 1356 <210> 2176 <211> 63 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> T2A nucleotide <400> 2176 Gly Gly Cys Ala Gly Thr Gly Gly Cys Gly Ala Gly Gly Gly Cys Ala 1 5 10 15 Gly Ala Gly Gly Ala Ala Gly Thr Cys Thr Gly Cys Thr Ala Ala Cys 20 25 30 Ala Thr Gly Cys Gly Gly Thr Gly Ala Cys Gly Thr Cys Gly Ala Gly 35 40 45 Gly Ala Gly Ala Ala Thr Cys Cys Thr Gly Gly Cys Cys Cys Ala 50 55 60 <210> 2177 <211> 21 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> T2A Protein <400> 2177 Gly Ser Gly Glu Gly Arg Gly Ser Leu Leu Thr Cys Gly Asp Val Glu 1 5 10 15 Glu Asn Pro Gly Pro 20 <210> 2178 <211> 22 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> P2A protein <400> 2178 Gly Ser Gly Ala Thr Asn Phe Ser Leu Leu Lys Gln Ala Gly Asp Val 1 5 10 15 Glu Glu Asn Pro Gly Pro 20 <210> 2179 <211> 237 <212> PRT <213> Artificial Sequence <220> <223> eGFP <400> 2179 Ser Lys Gly Glu Glu Leu Phe Thr Gly Val Val Pro Ile Leu Val Glu 1 5 10 15 Leu Asp Gly Asp Val Asn Gly His Lys Phe Ser Val Ser Gly Glu Gly 20 25 30 Glu Gly Asp Ala Thr Tyr Gly Lys Leu Thr Leu Lys Phe Ile Cys Thr 35 40 45 Thr Gly Lys Leu Pro Val Pro Trp Pro Thr Leu Val Thr Thr Leu Thr 50 55 60 Tyr Gly Val Gln Cys Phe Ser Arg Tyr Pro Asp His Met Lys Gln His 65 70 75 80 Asp Phe Phe Lys Ser Ala Met Pro Glu Gly Tyr Val Gln Glu Arg Thr 85 90 95 Ile Phe Phe Lys Asp Asp Gly Asn Tyr Lys Thr Arg Ala Glu Val Lys 100 105 110 Phe Glu Gly Asp Thr Leu 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Ser Arg Tyr Pro Asp His Met Lys Gln His 65 70 75 80 Asp Phe Phe Lys Ser Ala Met Pro Glu Gly Tyr Val Gln Glu Arg Thr 85 90 95 Ile Phe Phe Lys Asp Asp Gly Asn Tyr Lys Thr Arg Ala Glu Val Lys 100 105 110 Phe Glu Gly Asp Thr Leu Val Asn Arg Ile Glu Leu Lys Gly Ile Asp 115 120 125 Phe Lys Glu Asp Gly Asn Ile Leu Gly His Lys Leu Glu Tyr Asn Tyr 130 135 140 Asn Ser His Asn Val Tyr Ile Met Ala Asp Lys Gln Lys Asn Gly Ile 145 150 155 160 Lys Val Asn Phe Lys Ile Arg His Asn Ile Glu Asp Gly Ser Val Gln 165 170 175 Leu Ala Asp His Tyr Gln Gln Asn Thr Pro Ile Gly Asp Gly Pro Val 180 185 190 Leu Leu Pro Asp Asn His Tyr Leu Ser Thr Gln Ser Ala Leu Ser Lys 195 200 205 Asp Pro Asn Glu Lys Arg Asp His Met Val Leu Leu Glu Phe Val Thr 210 215 220 Ala Ala Gly Ile Thr His Gly Met Asp Glu Leu Tyr Lys 225 230 235

Claims (72)

  1. 면역조절 단백질을 암호화하는 핵산 분자를 포함하는 조작된 면역 세포로서,
    상기 면역조절 단백질은 IgSF 패밀리 구성원의 야생형 IgSF 도메인에서 하나 이상의 아미노산 치환을 포함하는 적어도 하나의 비-면역글로불린 친화성-변형된 면역글로불린 수퍼패밀리(IgSF) 도메인을 포함하고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인의 적어도 하나의 세포 표면 동족(cognate) 결합 파트너를 특이적으로 결합하고;
    상기 조작된 면역 세포는 상기 면역조절 단백질을 발현 및 분비하는, 조작된 면역 세포.
  2. 제1항에 있어서,
    상기 면역조절 단백질은 막관통 도메인을 포함하지 않는, 조작된 면역 세포.
  3. 제1항 또는 제2항에 있어서,
    상기 핵산 분자는 상기 면역조절 단백질을 암호화하는 서열에 작동가능하게 연결된 분비성 신호 펩타이드를 암호화하는 서열을 포함하는, 조작된 면역 세포.
  4. 제3항에 있어서,
    상기 신호 펩타이드는 상응하는 야생형 IgSF 구성원으로부터 네이티브 신호 펩타이드인, 조작된 면역 세포.
  5. 제3항에 있어서,
    상기 신호 펩타이드는 비-네이티브 신호 서열인, 조작된 면역 세포.
  6. 제3항 또는 제5항에 있어서,
    상기 신호 펩타이드는 IgG-kappa 신호 펩타이드, IL-2 신호 펩타이드 또는 CD33 신호 펩타이드인, 조작된 면역 세포.
  7. 제1항 내지 제6항 중 어느한 항에 있어서,
    상기 핵산 분자는 상기 면역조절 단백질의 컨트롤 발현에 작동가능하게 연결된 적어도 하나의 프로모터를 추가로 포함하는, 조작된 면역 세포.
  8. 제7항에 있어서,
    상기 프로모터는 항시(constitutively) 활성 프로모터인, 조작된 면역 세포.
  9. 제7항에 있어서,
    상기 프로모터는 유도성 프로모터인, 조작된 면역 세포.
  10. 제7항 또는 제9항에 있어서,
    상기 프로모터는 T-세포 활성화 신호에 반응하는 요소에 반응하는, 조작된 면역 세포.
  11. 제7항, 제9항 및 제10항 중 어느한 항에 있어서,
    상기 프로모터는 NFAT에 대한 결합 부위 또는 NF-κ에 대한 결합 부위를 포함하는, 조작된 면역 세포.
  12. 제1항 내지 제11항 중 어느한 항에 있어서,
    상기 면역 세포는 림프구인, 조작된 면역 세포.
  13. 제12항에 있어서,
    상기 림프구는 T 세포, B 세포 또는 NK 세포인, 조작된 면역 세포.
  14. 제1항 내지 제13항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 면역 세포는 T 세포인, 조작된 면역 세포.
  15. 제14항에 있어서,
    상기 T 세포는 CD4+ 또는 CD8+인, 조작된 면역 세포.
  16. 제1항 내지 제15항 중 어느한 항에 있어서,
    상기 면역 세포는 항원 제시 세포인, 조작된 면역 세포.
  17. 제1항 내지 제16항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 면역 세포는 개체로부터 수득된 1차 세포인, 조작된 면역 세포.
  18. 제17항에 있어서,
    상기 개체는 인간 개체인, 조작된 면역 세포.
  19. 제1항 내지 제18항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 대한 상기 야생형 lgSF 도메인의 결합 친화성과 비교하여, 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 대한 증가된 결합 친화성을 가지는, 조작된 면역 세포.
  20. 제1항 내지 제19항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 야생형 IgSF 도메인은 B7 패밀리, 신호 조절 단백질(SIRP) 패밀리, 골수계 세포 발현 트리거 수용체(TREML) 패밀리, 암배 항원 관련 세포 접착 분자(CEACAM) 패밀리, 타액 산성 연화 렉틴(SIGLEC) 패밀리, 부티로필린 패밀리, CD28 패밀리, V-세트 및 면역글로불린 도메인 포함(VSIG) 패밀리, V-세트 막관통 도메인(VSTM) 패밀리, 주요 조직 적합 유전자 복합체(MHC) 패밀리, 신호전달 림프구 활성화 분자(SLAM) 패밀리, 백혈구 면역글로불린-유사 수용체(LIR), 넥틴(Nec) 패밀리, 넥틴-유사(NECL) 패밀리, 폴리오바이러스 수용체 관련(PVR) 패밀리, 자연적 세포독성 트리거 수용체(NCR) 패밀리, T 세포 면역글로불린 및 뮤신(TIM) 패밀리 또는 살해-세포 면역글로불린-유사 수용체(KIR) 패밀리로부터 선택된 패밀리의 IgSF 패밀리 구성원으로부터인, 조작된 면역 세포.
  21. 제1항 내지 제20항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 야생형 IgSF 도메인은 PD-L1, PD-L2, CD80, CD86, ICOS Ligand, B7-H3, B7-H4, CD28, CTLA4, PD-1, ICOS, BTLA, CD4, CD8-alpha, CD8-beta, LAG3, TIM-3, CEACAM1, TIGIT, PVR, PVRL2, CD226, CD2, CD160, CD200, CD200R, NKp30, VISTA, VSIG3, 및 VSIG8로 이루어진 군으로부터 선택된 IgSF 구성원으로부터인, 조작된 면역 세포.
  22. 제1항 내지 제21항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 야생형 IgSF 도메인은 인간 IgSF 도메인인, 조작된 면역 세포.
  23. 제1항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 야생형 IgSF 도메인은 자극 수용체의 리간드인 IgSF 구성원으로부터이고, 상기 자극 수용체는 보조자극 신호 도메인을 포함하는, 조작된 면역 세포.
  24. 제1항 내지 제23항 중 어느한 항에 있어서,
    상기 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너는 T-세포 상에 발현되고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 자극 수용체에 대한 상기 야생형 IgSF 도메인의 결합 친화성과 비교하여, 상기 자극 수용체에 대한 증가된 결합 친화성을 가지는, 조작된 면역 세포.
  25. 제23항 또는 제24항에 있어서,
    상기 자극 수용체는 CD28, ICOS 또는 CD226인, 조작된 면역 세포.
  26. 제1항 내지 제22항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 야생형 IgSF 도메인은 억제 수용체의 리간드인 IgSF 구성원으로부터이고, 상기 억제 수용체는 ITIM 신호 도메인을 포함하는, 조작된 면역 세포.
  27. 제1항 내지 제22항 및 제26항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너는 T-세포 상에 발현된 억제 수용체이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 억제 수용체에 대한 상기 야생형 lgSF 도메인의 결합 친화성과 비교하여, 상기 억제 수용체에 대한 증가된 결합 친화성을 가지는, 조작된 면역 세포.
  28. 제25항 또는 제26항에 있어서,
    상기 억제 수용체는 PD-1, CTLA-4, LAG3, TIGIT, TIM-3, BTLA, VSIG3 또는 VSIG8이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 각각 PD-1, CTLA-4, LAG3, TIGIT, TIM-3, BTLA, VSIG3 또는 VSIG8의 리간드의 친화성-변형된 IgSF 도메인인; 또는 상기 억제 수용체의 리간드는 PD-L1, PD-L2, B7-1, B7-2, MHC class II, CD155, CD112, CEACAM-1, GAL9 또는 VISTA이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 각각 PD-L1, PD-L2, B7-1, B7-2, MHC class II, CD155, CD112, CEACAM-1, GAL9 또는 VISTA의 친화성-변형된 IgSF 도메인인, 조작된 면역 세포.
  29. 제26항 내지 제28항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 억제 수용체는 PD-1이고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 PD-L1의 친화성-변형된 IgSF 또는 PD-L2의 친화성-변형된 IgSF인, 조작된 면역 세포.
  30. 제1항 내지 제28항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 친화성 변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 CD155 IgSF 도메인 또는 친화성 변형된 CD112 IgSF 도메인이고, 상기 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너는 CD226, TIGIT 또는 CD112R인, 조작된 면역 세포.
  31. 제1항 내지 제30항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 친화성 변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인으로부터 10개 이하의 아미노산 치환에 의해 상이한, 조작된 면역 세포.
  32. 제1항 내지 제30항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인으로부터 5개 이하의 아미노산 치환에 의해 상이한, 조작된 면역 세포.
  33. 제1항 내지 제32항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 하나 이상의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성 변형된 IgV 도메인, 친화성 변형된 IgC1 도메인 또는 친화성 변형된 IgC2 도메인이거나 포함하고, 하나 이상의 아미노산 치환을 포함하는 그 특이적 결합 단편인, 조작된 면역 세포.
  34. 제1항 내지 제33항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 면역조절 단백질은 하나 이상의 비-친화성 변형된 IgSF 도메인을 추가로 포함하는, 조작된 면역 세포.
  35. 제1항 내지 제34항 중 어느 한 항에 있어서,
    상기 조작된 면역 세포는 키메라 항원 수용체(CAR) 또는 조작된 T-세포 수용체(TCR)를 추가로 포함하는, 조작된 세포.
  36. 면역조절 단백질을 암호화하는 핵산 분자를 포함하는 감염성 제제로서,
    상기 면역조절 단백질은 IgSF 패밀리 구성원의 야생형 IgSF 도메인에서 하나 이상의 아미노산 치환을 포함하는 적어도 하나의 비-면역글로불린 친화성-변형된 면역글로불린 수퍼패밀리(IgSF) 도메인을 포함하고, 상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인의 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너를 특이적으로 결합하고;
    상기 감염성 제제는 상기 면역조절 단백질을 발현 및 분비하는, 감염성 제제.
  37. 제36항에 있어서,
    상기 면역조절 단백질은 막관통 도메인을 포함하지 않는, 감염성 제제.
  38. 막관통 면역조절 단백질(TIP)을 암호화하는 핵산 분자를 포함하는 감염성 제제로서,
    상기 TIP는 (i) IgSF 패밀리 구성원의 야생형 IgSF 도메인에서 하나 이상의 아미노산 치환을 포함하는 적어도 하나의 비-면역글로불린 친화성-변형된 면역글로불린 수퍼패밀리(IgSF) 도메인을 포함하는 세포외 도메인(ectodomain); 및 (ii) 막관통 도메인을 포함한고,
    상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인의 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너를 특이적으로 결합하는, 감염성 제제.
  39. 제38항에 있어서,
    상기 막관통 도메인은 상응하는 야생형 구성원으로부터 네이티브 막관통 도메인인, 감염성 제제.
  40. 제38항 또는 제39항에 있어서,
    상기 막관통 도메인은 상응하는 야생형 구성원으로부터 네이티브 막관통 도메인이 아닌, 감염성 제제.
  41. 제40항에 있어서,
    상기 막관통 도메인은 CD8로부터 유래된 막관통 도메인인, 감염성 제제.
  42. 제36항 내지 제41항 중 어느한 항에 있어서,
    상기 적어도 하나의 친화성-변형된 IgSF 도메인은 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 대한 상기 야생형 lgSF 도메인의 결합 친화성과 비교하여, 적어도 하나의 세포 표면 동족 결합 파트너에 대한 증가된 결합 친화성을 가지는, 감염성 제제.
  43. 제36항 내지 제42항 중 어느한 항에 있어서,
    상기 야생형 IgSF 도메인은 B7 패밀리, 신호 조절 단백질(SIRP) 패밀리, 골수계 세포 발현 트리거 수용체(TREML) 패밀리, 암배 항원 관련 세포 접착 분자(CEACAM) 패밀리, 타액 산성 연화 렉틴(SIGLEC) 패밀리, 부티로필린 패밀리, B7 패밀리, CD28 패밀리, V-세트 및 면역글로불린 도메인 포함(VSIG) 패밀리, V-세트 막관통 도메인(VSTM) 패밀리, 주요 조직 적합 유전자 복합체(MHC) 패밀리, 신호전달 림프구 활성화 분자(SLAM) 패밀리, 백혈구 면역글로불린-유사 수용체(LIR), 넥틴(Nec) 패밀리, 넥틴-유사(NECL) 패밀리, 폴리오바이러스 수용체 관련(PVR) 패밀리, 자연적 세포독성 트리거 수용체(NCR) 패밀리, T 세포 면역글로불린 및 뮤신(TIM) 패밀리 또는 살해-세포 면역글로불린-유사 수용체(KIR) 패밀리로부터 선택된 패밀리의 IgSF 패밀리 구성원으로부터인, 감염성 제제.
  44. 제36항 내지 제43항 중 어느한 항에 있어서,
    상기 야생형 IgSF 도메인은 PD-L1, PD-L2, CD80, CD86, ICOS 리간드, B7-H3, B7-H4, CD28, CTLA4, PD-1, ICOS, BTLA, CD4, CD8-알파, CD8-베타, LAG3, TIM-3, CEACAM1, TIGIT, PVR, PVRL2, CD226, CD2, CD160, CD200, CD200R 또는 NKp30로부터 선택된 IgSF 구성원으로부터인, 감염성 제제.
  45. 제36항 내지 제44항 중 어느한 항에 있어서,
    상기 야생형 IgSF 도메인은 인간 IgSF 구성원인, 감염성 제제.
  46. 제36항 내지 제45항 중 어느한 항에 있어서,
    상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 상기 야생형 IgSF 도메인으로부터 10개 이하의 아미노산 치환에 의해, 또는 5개 이하의 아미노산 치환에 의해 상이한, 감염성 제제.
  47. 제36항 내지 제46항 중 어느한 항에 있어서,
    상기 친화성-변형된 IgSF 도메인은 친화성-변형된 IgV 도메인, 친화성-변형된 IgC1 도메인 또는 친화성-변형된 IgC2 도메인이거나 포함하고, 하나 이상의 아미노산 치환을 포함하는 그 특이적 결합 단편인, 감염성 제제.
  48. 제36항 내지 제47항 중 어느한 항에 있어서,
    상기 감염성 제제는 박테리아 또는 바이러스인, 감염성 제제.
  49. 제48항에 있어서,
    상기 감염성 제제는 바이러스이고, 상기 바이러스는 종양용해성 바이러스인, 감염성 제제.
  50. 제49항에 있어서,
    상기 종양용해성 바이러스는 아데노바이러스, 아데노-연관된 바이러스, 헤르페스 바이러스, 헤르페스 단순 바이러스, 수포성 구내염 바이러스(Vesticular Stomatic virus), 레오바이러스, 뉴캐슬병 바이러스, 파보바이러스, 홍역 바이러스, 수포성 구내염 바이러스(Vesticular Stomatitis virus; VSV), 콕사키 바이러스 또는 천연두 바이러스인, 감염성 제제.
  51. 제48항에 있어서,
    상기 감염성 제제는 바이러스이고, 상기 바이러스는 수지상 세포(DCs)를 특이적으로 표적하는 및/또는 수지상 세포-트로픽인, 감염성 제제.
  52. 제48항 또는 제51항에 있어서,
    상기 바이러스는 변형된 신드비스 바이러스 외피 제품으로 위형된 렌티바이러스 벡터인, 감염성 제제.
  53. 제36항 내지 제52항 중 어느한 항에 있어서,
    표적 세포의 죽음을 초래하거나 면역 반응을 증가 또는 증대시키는 추가 유전자 제품을 암호화하는 핵산 분자를 추가로 포함하는, 감염성 제제.
  54. 제53항에 있어서,
    상기 추가 유전자 제품은 항암제, 항-전이제, 항신생혈관제, 면역조절 분자, 면역 체크포인트 억제제, 항체, 사이토카인, 성장인자, 항원, 세포독성 유전자 제품, 전구-세포사멸 유전자 제품, 항-세포사멸 유전자 제품, 세포 매트릭스 분해 유전자, 조직 재생을 위한 유전자 또는 다능성에 대한 인간 체세포 재프로그래밍으로부터 선택된, 감염성 제제.
  55. 제1항 내지 제35항 중 어느한 항의 조작된 면역 세포 또는 제36항 내지 제54항 중 어느한 항의감염성 제제 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 약학적 조성물.
  56. 제55항에 있어서,
    멸균된, 약학적 조성물.
  57. 개체 내로 제1항 내지 제35항 중 어느한 항의 조작된 세포, 제36항 내지 제54항 중 어느한 항의감염성 제제 및 제55항 또는 제56항의 약학적 조성물을 투여하는 단계를 포함하는
    개체 내로 면역조절 단백질을 도입하는 방법.
  58. 개체 내로 제1항 내지 제35항 중 어느한 항의 조작된 면역 세포, 제36항 내지 제54항 중 어느한 항의감염성 제제 또는 제55항 또는 제56항의 약학적 조성물을 투여하는 단계를 포함하는
    개체에 면역 반응을 조절하는 방법.
  59. 제58항에 있어서,
    상기 면역 반응의 조절은 상기 개체에 질병 또는 장애를 치료하는, 방법.
  60. 제58항 또는 제59항에 있어서,
    상기 면역 반응의 조절은 상기 면역 반응의 증가를 포함하는, 방법.
  61. 제59항 또는 제60항에 있어서,
    상기 질병 또는 장애는 암인, 방법.
  62. 제58항 또는 제59항에 있어서,
    상기 면역 반응의 조절은 상기 면역 반응의 감소를 포함하는, 방법.
  63. 제59항 또는 제62항에 있어서,
    상기 질병 또는 장애는 염증성 질병 또는 상태인, 방법.
  64. 제58항 내지 제63항 중 어느한 항에 있어서,
    상기 개체는 인간인, 방법.
  65. 제1항 내지 제35항 중 어느한 항의 조작된 면역 세포 또는 제36항 내지 제54항 중 어느한 항의감염성 제제 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는
    질병 또는 장애의 치료에 사용하기 위한 조성물.
  66. 제1항 내지 제35항 중 어느한 항의 조작된 면역 세포 또는 제36항 내지 제54항 중 어느한 항의감염성 제제 및 약학적으로 허용가능한 담체를 포함하는
    질병 또는 장애의 치료에 사용하기 위한 제제의 제조를 위한 조성물의 용도.
  67. 제65항의 조성물 또는 제66항의 용도로서, 상기 조성물은 면역 반응을 조절하는, 조성물 또는 용도.
  68. 제67항에 있어서,
    상기 면역 반응의 조절은 면역 반응의 증가를 포함하는, 조성물 또는 용도.
  69. 제65항 내지 제68항 중 어느한 항에 있어서,
    상기 질병 또는 장애는 암인, 조성물 또는 용도.
  70. 제67항에 있어서,
    상기 면역 반응의 조절은 상기 면역 반응의 감소를 포함하는, 조성물 또는 용도.
  71. 제65항 내지 제68항 및 제70항 중 어느한 항에 있어서,
    상기 질병 또는 장애는 염증성 질병 또는 상태인, 조성물 또는 용도.
  72. 제65항 내지 제71항 중 어느한 항에 있어서,
    상기 개체는 인간인, 조성물 또는 용도.
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