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KR20180066236A - Icos 발현을 계측하기 위한 유전자 특질 - Google Patents

Icos 발현을 계측하기 위한 유전자 특질 Download PDF

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KR20180066236A
KR20180066236A KR1020187014170A KR20187014170A KR20180066236A KR 20180066236 A KR20180066236 A KR 20180066236A KR 1020187014170 A KR1020187014170 A KR 1020187014170A KR 20187014170 A KR20187014170 A KR 20187014170A KR 20180066236 A KR20180066236 A KR 20180066236A
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KR
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seq
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acid sequence
antibody
icos
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KR1020187014170A
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Inventor
제이슨 윈덤 리브스
이고르 펠드만
크리스토퍼 하비
스리람 사티야나라야난
헤더 히르슈
로렌 페퍼 맥켄지
아밋 데시판드
스티븐 사진스키
제니퍼 에스. 미켈슨
쿠틀루 고스쿠 엘펙
Original Assignee
조운스 테라퓨틱스, 인크.
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Publication date
Application filed by 조운스 테라퓨틱스, 인크. filed Critical 조운스 테라퓨틱스, 인크.
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Abstract

ICOS 발현 수준과 상관관계가 있는 유전자 발현 특질이 제공된다. 환자에서의 유전자 특질을 사용하여 ICOS 발현 수준을 계측하고, 항-ICOS 항체를 투여하는 것을 포함하는 치료 방법이 또한 제공된다.

Description

ICOS 발현을 계측하기 위한 유전자 특질
관련 출원들에 대한 교차참조
본 출원은, 미국 가출원 번호 62/245,180 (2015년 10월 22일 출원됨); 62/311,486 (2016년 3월 22일 출원됨); 62/359,069 (2016년 7월 6일 출원됨); 및 62/395,970 (2016년 9월 16일 금요일 출원됨)에 대한 우선권의 이점을 주장하며, 이의 각각은 임의의 목적을 위하여 그 전체 내용이 참고로 편입되었다.
본 발명의 기술분야
ICOS 발현 수준에 관련된 유전자 발현 특질들이 제시된다. 환자들에 있는 유전자 특질들을 이용하여 ICOS 발현 수준을 계측하고, 항-ICOS 항체를 투여하는 것을 포함하는 치료 방법들이 또한 제공된다.
ICOS는 B7/CD28/CTLA-4 면역글로불린 상과의 구성원이고 구체적으로 T 세포 상에 발현된다. T 세포 상에 구성적으로 발현되고 휴식 T 세포의 전체 활성화에 필요한 공통자극 신호를 제공하는 CD28과는 달리, ICOS는 초기 T 세포 활성화 후에만 발현된다.
ICOS는 세포 반응의 다양한 양태에 연루되어 있다 (하기에 검토됨: Simpson et al., 2010, Curr . Opin . Immunol ., 22: 326-332). 이것은 종자 중심의 형성, T/B 세포 협력 및 면역글로불린 부류 스위칭에서 역할을 한다. ICOS-결핍 마우스는 손상된 종자 중심 형성을 나타내고 그리고 인터류킨 IL-10의 감소된 생산을 가진다. 이들 결함은 T 여포성 도움 세포에서의 결핍에 구체적으로 연결된다.
ICOS는 또한 Th1, Th2, 및 Th17을 포함하는 다른 T 세포 서브세트의 전개 및 기능에서 역할을 한다. 현저히, ICOS는 Th1 및 Th2 세포 양자와 관련된 사이토카인 분비와 T 세포 증식을 공동 자극한다. 따라서, ICOS KO 마우스는 당뇨병 (Th1),기도 염증 (Th2) 및 EAE 신경-염증성 모델 (Th17)을 포함한 다양한 질환 모델에서 자가면역 표현형의 손상된 전개를 입증한다.
T 효과기 (Teff) 세포 기능을 조절하는 그것의 역할에 더하여, ICOS는 또한 T 조절 세포 (Treg)를 조절한다. ICOS는 Treg에서 높은 수준으로 발현되며, Treg 항상성과 기능에 연루되어 졌다.
활성화에 의해, ICOS인 디설파이드-연결된 동형이량체는 PI3K 및 AKT 경로를 통해 신호 유도한다. 후속의 신호전달 사건은 계통 특이적 전사 인자 (예를 들면, T-bet, GATA-3)의 발현을 초래하고, 이어서, T 세포 증식 및 생존에 영향을 미친다.
ICOS 리간드 (ICOSL; B7-H2; B7RP1; CD275; GL50) (또한 B7 슈퍼패밀리의 구성원임) 는, ICOS에 대한 단독 리간드이며, 그리고 B 세포, 대식세포 및 수지상 세포의 세포 표면 상에서 발현된다. ICOSL은 ICOS와 그것의 상호작용에서 세포 표면 상에 비-공유 결합된 동형이량체로서 기능한다. 인간 ICOSL은 마우스 ICOSL이 아니지만 인간 CD28 및 CTLA-4에 결합하는 것으로 보고되어 있다(Yao et al., 2011, Immunity, 34: 729-740).
일부 구현예에서, 샘플 내 ICOS 발현의 수준을 계측하는 방법이 제공되며, 이는 표 6 중 mRNA로부터 선택된 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 mRNA의 수준을 검출하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, mRNA로부터 선택된 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 mRNA의 수준을 검출하는 것은, ICOS 단독을 검출하는 것보다 ICOS 발현을 계측하는 것에 대해 더욱 활발한 검정을 제공한다.
일부 구현예에서, 샘플 안에 ICOS 발현 수준을 계측하는 방법이 제시되는데, 이 방법은 암이 미소부수체 불안정성 (MSI) 양성인지 여부를 계측하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 암이 MSI 양성이라면, ICOS 발현은 상승된 것으로 계측된다. 일부 구현예에서, 암의 MSI가 높다면, ICOS 발현은 상승된 것으로 계측된다.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체 요법에 반응할 것인지 여부를 예측하는 방법이 제공되며, 이는, 암을 갖는 대상체 유래의 샘플 내 표 6 중 mRNA로부터 선택된 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 mRNA의 수준을 검출하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, mRNA의 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 수준이 역치 수준을 초과할 경우, 상기 암은 항-ICOS 항체 요법에 반응할 것으로 예측된다.
일부 구현예에서, 암이 항-ICOS 항체 요법에 반응할 것인지 여부를 예측하는 방법이 제공되며, 이는 미소부수체 불안정성 (MSI) 양성인지 여부를 계측하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 암이 MSI 양성이라면, 대상체는 항-ICOS 항체 요법에 반응할 것으로 예측된다. 일부 구현예에서, 암의 MSI가 높다면, 대상체는 항-ICOS 항체 요법에 반응할 것으로 예측된다. 도 36에 나타낸 바와 같이, MSI 하이 (MSI-H) 암은 더 높은 수준으로 ICOS를 발현시킨다. 따라서, 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체 요법을 투여하는 것을 포함하는, MSI-H 암을 치료하는 방법들이 제시된다. 일부 구현예에서, MSI-H 암은, 결장 선암종 (COAD), 위 선암종 (STAD) (또한 위암으로 공지됨), 그리고 자궁 체부 내막 암종 (UCEC)으로부터 선택된다.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체로의 치료로부터 이점을 얻을 공산이 있는, 암을 갖는 대상체를 식별하는 방법이 제공되며, 이는 상기 대상체 유래의 샘플 내 표 6 중 mRNA로부터 선택된 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 mRNA의 수준을 검출하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, mRNA의 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 수준이 역치 수준을 초과할 경우, 상기 대상체는 항-ICOS 항체로의 치료로부터 이점을 얻을 공산이 있는 것으로 식별된다.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체로의 치료로부터 이점을 얻을 공산이 있는, 암을 갖는 대상체를 식별하는 방법이 제공되며, 이는 미소부수체 불안정성 (MSI) 양성인지 여부를 계측하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 암이 MSI 양성이라면, 암은 항-ICOS 항체 요법으로의 치료로부터 이점을 얻을 공산이 있다. 일부 구현예에서, 암의 MSI가 높다면, 암은 항-ICOS 항체 요법으로의 치료로부터 이점을 얻을 공산이 있다.
일부 구현예에서, 암을 갖는 대상체에 대해 암 요법을 선택하는 방법이 제공되며, 이는 대상체 유래의 샘플 내 표 6 중 mRNA로부터 선택된 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 mRNA의 수준을 검출하는 단계, 및 상기 mRNA의 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 mRNA의 수준이 역치 수준을 초과할 경우, 상기 요법에 대해 항-ICOS 항체를 선택하는 단계를 포함한다.
일부 구현예에서, 암을 갖는 대상체에 대해 암 요법을 선택하는 방법이 제공되며, 이는 미소부수체 불안정성 (MSI) 양성인지 여부를 계측하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 암이 MSI 양성이라면, 항-ICOS 항체 요법이 선택된다. 일부 구현예에서, 암의 MSI가 높다면, 항-ICOS 항체 요법이 선택된다.
일부 구현예에서, 본 개시 내용에 따른 방법은 대상체에 유효량의 항-ICOS 항체를 투여하는 단계를 추가로 포함한다.
일부 구현예에서, 대상체에서 암을 치료하는 방법이 제공되며, 이는 대상체 유래의 샘플 내 표 6 중 mRNA로부터 선택된 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 mRNA의 수준을 검출하는 단계, 및 상기 mRNA의 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 mRNA의 수준이 역치 수준을 초과할 경우, 유효량의 항-ICOS 항체로 상기 대상체를 치료하는 단계를 포함한다.
본 개시내용에 따른 방법의 일부 구현예에서, 역치 수준은 참조 mRNA와 비교하여 계측된다. 일부 구현예에서, 참조 mRNA는 "하우스키핑(housekeeping) mRNA"이다.
본 개시내용에 따른 방법의 일부 구현예에서, 상기 방법은 CCR5, CD2, CD96, CTLA4, CXCR6, FOXP3, ICOS, ITK, P2RY10, SIRPG, 및 TIGIT로부터 선택된 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 mRNA의 수준을 검출하는 단계를 포함한다.
본 개시내용에 따른 방법의 일부 구현예들에서, 상기 검출은 증폭(amplification)과 하이브리드화(hybridization)중에서 선택된 적어도 한 가지 방법을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 정량적 PCR을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 어레이(array) 상에서의 하이브리드화를 포함한다.
본 개시내용에 따른 방법의 일부 구현예에서, 암이 MSI 양성인지 여부를 계측하는 것은 PCR에 의하여 미소부수체 불안정성의 마커를 검출하는 것을 포함한다. 상기 일부 구현예에서, 상기 방법은, PCR에 의하여 마커 (좌위) BAT25, BAT26, D5S346, D2S123, 및 D17S250에서 유전적 불안정성을 검출하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 마커 중 2개 이상에서 유전적 불안정성이 검출될 경우, 암은 MSI-높은 것이다. 일부 구현예에서, 1개 마커에서 유전적 불안정성이 검출될 경우, 암은 MSI-낮은 것이다. 일부 구현예에서, 0개 마커에서 유전적 불안정성이 검출될 경우, 암은 MSS이다. 일부 구현예에서, PCR에 의해 시험된 마커 (좌위)의 적어도 30%에서 유전적 불안정성이 검출된다면, 상기 암은 MSI-높은 것이다. 일부 구현예에서, PCR에 의해 시험된 마커 (좌위)의 0% 초과의, 그러나 30% 미만의 유전적 불안정성이 검출된다면, 상기 암은 MSI-낮은 것이다. 일부 구현예에서, PCR에 의해 시험된 마커 (좌위)의 0%에서 유전적 불안정성이 검출된다면, 상기 암은 MSS이다. 본 개시내용에 따른 방법의 일부 구현예에서, 암이 MSI 양성인지 여부를 계측하는 것은 IHC에 의하여 하나 이상 미스매치 치유 단백질을 검출하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 MLH1, MSH2, PMS2, 및 MSH6으로부터 선택된 1, 2, 3, 또는 4개의 미스매치(mismatch) 치유 단백질을 검출하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, IHC에 의해 하나 또는 그 이상의 미스매치 치유(repair) 단백질들이 검출되지 않는다면, 상기 암은 MSI-양성이다.
본 개시내용에 따른 방법의 일부 구현예들에서, 상기 샘플은 암 샘플이다.
본 개시내용에 따른 방법의 일부 구현예에서, 대상체는, 흑색종, 비-소세포 폐암 (NSCLC), 신장 세포 암종 (RCC), 위암, 방광암, 자궁내막암 (자궁 체부 내막 암종 (UCEC) 포함), 미만성 큰 B-세포 림프종 (DLBCL), 호지킨 림프종, 난소암, 두경부 편평상피 세포 암 (HNSCC), 및 삼중 음성 유방암 (TNBC)으로부터 선택된 암을 갖는다. 일부 구현예에서, 상기 대상체는 흑색종, 위암, 자궁내막암 (자궁 체부 내막 암종 (UCEC) 포함), 두경부 편평상피 세포암 (HNSCC), 비-소세포 폐암 (NSCLC), 및 삼중 음성 유방암 (TNBC)으로부터 선택된 암을 갖는다. 일부 구현예에서, 상기 대상체는 말단 호흡 단위(TRU) 및 근접(prox)-염증으로부터 선택된 폐 선암종 하위유형을 보유한다. 일부 구현예에서, 상기 대상체는 폐 편평세포 암종의 분비성 하위유형을 보유한다. 일부 구현예에서, 상기 대상체는 HPV+, HPV-, 기저형, 비정형 및 간엽에서 선택된 두경부 편평세포 암종 하위유형을 갖는다. 일부 구현예에서, 상기 대상체는 HER2+ 및 삼중 음성으로부터 선택된 유방 침습성 암종 하위유형을 갖는다. 일부 구현예에서, 대상체는 자궁 체부 내막 암종의 POLE 돌연변이 하위유형을 갖는다. 일부 구현예에서, 상기 대상체는 MSI-H 자궁 체부 내막 암종 (UCEC)을 보유한다. 일부 구현예에서, 상기 대상체는 HPV+ 자궁경부 편평세포암종 및 자궁경내 선암종을 보유한다. 일부 구현예에서, 상기 대상체는 MSI-H, CN 무변성, 및 EV+로부터 선택된 위 선암종 하위유형을 보유한다. 일부 구현예에서, 상기 대상체는 방광 요로상피 암종의 기저 III (편평) 또는 기저 IV (간엽) 하위유형을 보유한다. 일부 구현예에서, 상기 대상체는 췌장 선암종의 면역원성 하위유형을 보유한다. 일부 구현예에서, 상기 대상체는 간의 간세포 암종의 S1 하위유형을 보유한다.
일부 구현예에서, 치료 효능제 항-ICOS 항체로의 치료에 대해 환자를 선택하는 방법이 제공되며, 이는 시험 효능제 항-ICOS 항체와 환자 유래의 T 세포를 접촉시키는 단계, 및 NKp46 리간드 (NKp46-L)가 T 세포 상에서 유도되는지 여부를 계측하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 환자가 치료 효능제 항-ICOS 항체로의 치료에 대해 반응할 것인지 여부를 계측하는 방법이 제공되며, 이는 시험 효능제 항-ICOS 항체와 환자 유래의 T 세포를 접촉시키는 단계, 및 NKp46 리간드 (NKp46-L)가 T 세포 상에서 유도되는지 여부를 계측하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, T 세포 상에서 NKp46-L이 유도되는 경우, 치료적 항-ICOS 효능제 항체로의 치료에 대해 상기 환자가 선택된다. 일부 구현예에서, 상기 T 세포는 Treg 세포이다. 일부 구현예에서, NKp46-L이, Teff 세포 상에서의 정도의 초과로 Treg 세포 상에서 유도될 경우, 치료적 항-ICOS 효능제 항체로의 치료에 대해 상기 환자가 선택된다. 일부 구현예에서, T 세포 상에 NKp46-L의 유도는 유동 세포측정 검정에서 가용성 NKp46 세포외 도메인을 사용하여 계측된다. 일부 구현예에서, T 세포는 환자 유래의 혈액 샘플 내 포함된다. 일부 구현예에서, 상기 T 세포는 환자들의 말초 혈액 단핵구 (PBMC) 샘플 안에 포함된다. 일부 구현예에서, 치료 효능제 항-ICOS 항체 및 시험 효능제 항-ICOS 항체는 상동하다. 일부 구현예에서, 치료 효능제 항-ICOS 항체 및 시험 효능제 항-ICOS 항체는 상이하다.
본 개시내용에 따른 방법의 일부 구현예에서, 상기 항-ICOS 항체는 인간 ICOS에 결합하고, 그리고 상기 항체는 마우스 ICOS 및/또는 랫트 ICOS에 또한 결합한다. 일부 구현예에서, 항체는 5 nM 미만의 친화도 (KD)로 인간 ICOS에 결합한다. 일부 구현예에서, 항체는 10 nM 미만의 친화도 (KD)로 랫트 ICOS에 결합한다. 일부 구현예에서, 친화도는 생체층 간섭법(biolayer interferometry)을 이용하여 측정된다. 일부 구현예에서, 항체는 인간 ICOS, 마우스 ICOS, 및 랫트 ICOS에 결합한다. 일부 구현예에서, 상기 항체는 시노몰구스 원숭이 ICOS에 결합한다.
본 개시내용에 따른 방법의 일부 구현예들에서, 상기 항-ICOS 항체는 다음을 포함한다:
i) (a) 서열 번호: 12의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 13의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 14의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 15의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 16의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 17의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
ii) (a) 서열 번호: 42의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 43의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 44의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 45의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 46의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 47의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
iii) (a) 서열 번호: 62의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 63의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 64의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 65의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 66의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 67의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
iv) (a) 서열 번호: 22, 62, 72, 82, 92, 102, 및 112로부터 선택되는 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 23, 63, 73, 83, 93, 103, 및 113로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 24, 64, 74, 84, 94, 104, 및 114로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 25, 65, 75, 85, 95, 105, 및 115로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 26, 66, 76, 86, 96, 106, 및 116로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 27, 67, 77, 87, 97, 107, 및 117로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
v) (a) 서열 번호: 32, 162, 172, 및 182로부터 선택되는 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 33, 163, 173, 및 183으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 34, 164, 174, 및 184로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 35, 165, 175, 및 185로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 36, 166, 176, 및 186으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 37, 167, 177, 및 187로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
vi) (a) 서열 번호: 52, 122, 132, 142, 및 152로부터 선택되는 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 53, 123, 133, 143, 및 153으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 54, 124, 134, 144, 및 154로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 55, 125, 135, 145, 및 155로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 56, 126, 136, 146, 및 156으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 57, 127, 137, 147, 및 157로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
vii) (a) 서열 번호: 22의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 23의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 24의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 25의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 26의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 27의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
viii) (a) 서열 번호: 32의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 33의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 34의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 35의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 36의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 37의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
ix) (a) 서열 번호: 52의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 53의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 54의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 55의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 56의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 57의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
x) (a) 서열 번호: 72의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 73의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 74의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 75의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 76의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 77의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
xi) (a) 서열 번호: 82의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 83의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 84의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 86의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 87의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
xii) (a) 서열 번호: 92의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 93의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 94의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 95의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 96의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 97의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
xiii) (a) 서열 번호: 102의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 103의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 104의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 105의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 106의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 107의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
xiv) (a) 서열 번호: 112의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 113의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 114의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 115의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 116의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 117의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
xv) (a) 서열 번호: 122의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 123의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 124의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 125의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 126의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 127의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
xvi) (a) 서열 번호: 132의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 133의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 134의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 135의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 136의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 137의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는 (a) 서열 번호: 142의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 143의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 144의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 145의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 146의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 147의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
xvii) (a) 서열 번호: 152의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 153의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 154의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 155의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 156의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 157의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
xviii) (a) 서열 번호: 162의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 163의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 164의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 165의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 166의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 167의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
xix) (a) 서열 번호: 172의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 173의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 174의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 175의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 176의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 177의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
xx) (a) 서열 번호: 182의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 183의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 184의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 185의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 186의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 187의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
본 개시내용에 따른 방법의 일부 구현예들에서, 상기 항-ICOS 항체는 다음을 포함한다:
i) (a) 서열 번호: 194의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 195의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 196의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 197의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 198의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 199의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
ii) (a) 서열 번호: 202의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 203의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 204의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 205의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 206의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 207의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
iii) (a) 서열 번호: 210의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 211의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 212의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 213의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 214의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 215의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
본 개시내용에 따른 방법의 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 중쇄 가변 영역 (VH) 및 경쇄 가변 영역 (VL)을 포함하고, 여기서:
i) VH 는 서열 번호: 192의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 193의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
ii) VH 는 서열 번호: 200의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 201의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
iii) VH 는 서열 번호: 208의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 209의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하다.
본 개시내용에 따른 방법의 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 중쇄 가변 영역 (VH) 및 경쇄 가변 영역 (VL)을 포함하고, 여기서:
iv) VH 는 서열 번호: 192의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 193의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
v) VH 는 서열 번호: 200의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 201의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
vi) VH 는 서열 번호: 208의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 209의 아미노산 서열을 포함한다.
본 개시내용에 따른 방법의 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 중쇄 가변 영역 (VH) 및 경쇄 가변 영역 (VL)을 포함하고, 여기서:
i) VH 는 서열 번호: 10의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 11의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
ii) VH 는 서열 번호: 20의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 21의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
iii) VH 는 서열 번호: 30의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 31의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
iv) VH 는 서열 번호: 40의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 41의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
v) VH 는 서열 번호: 50의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 51의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
vi) VH 는 서열 번호: 60의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 61의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
vii) VH 는 서열 번호: 70의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 71의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
viii) VH 는 서열 번호: 80의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 81의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
ix) VH 는 서열 번호: 90의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 91의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
x) VH 는 서열 번호: 100의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 101의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
xi) VH 는 서열 번호: 110의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 111의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
xii) VH 는 서열 번호: 120의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 121의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
xiii) VH 는 서열 번호: 130의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 131의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
xiv) VH 는 서열 번호: 140의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 141의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
xv) VH 는 서열 번호: 150의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 151의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
xvi) VH 는 서열 번호: 160의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 161의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
xvii) VH 는 서열 번호: 170의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 171의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
xviii) VH 는 서열 번호: 180의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 181의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하다.
본 개시내용에 따른 방법의 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 중쇄 가변 영역 (VH) 및 경쇄 가변 영역 (VL)을 포함하고, 여기서:
i) VH 는 서열 번호: 10의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 11의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
ii) VH 는 서열 번호: 20의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 21의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
iii) VH 는 서열 번호: 30의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 31의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
iv) VH 는 서열 번호: 40의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 41의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
v) VH 는 서열 번호: 50의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 51의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
vi) VH 는 서열 번호: 60의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 61의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
vii) VH 는 서열 번호: 70의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 71의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
viii) VH 는 서열 번호: 80의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 81의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
ix) VH 는 서열 번호: 90의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 91의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
x) VH 는 서열 번호: 100의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 101의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
xi) VH 는 서열 번호: 110의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 111의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
xii) VH 는 서열 번호: 120의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 121의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
xiii) VH 는 서열 번호: 130의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 131의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
xiv) VH 는 서열 번호: 140의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 141의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
xv) VH 는 서열 번호: 150의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 151의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
xvi) VH 는 서열 번호: 160의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 161의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
xvii) VH 는 서열 번호: 170의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 171의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
xviii) VH 는 서열 번호: 180의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 181의 아미노산 서열을 포함한다.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 단클론성 항체이다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 키메라 항체 또는 인간화 항체이다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 Fab, Fab’, Fv, scFv 또는 (Fab’)2 단편으로부터 선택된 항체 단편이다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 전장 항체이다.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 188의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄, 및 서열 번호: 189의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄.
본 개시내용에 따른 방법의 일부 구현예에서, 포유동물에 대한 항-ICOS 항체의 투여는 상기 포유동물에서의 T 효과기 (Teff) 세포의 증가를 유발한다. 일부 구현예에서, 포유동물에 대한 항체의 투여는 상기 포유동물에서의 T 효과기 (Teff) 세포의 활성화를 유발한다. 일부 구현예에서, 포유동물에 항체의 투여는 Teff 세포 대 Treg 세포의 비를 증가시킨다. 일부 구현예에서, Teff 세포는 CD4+ FoxP3- T 세포이다. 일부 구현예에서, Teff 세포는 CD4+ FoxP3- T 세포 및 CD8+ T 세포이다. 일부 구현예에서, Teff 세포는 CD8+ T 세포이다.
본 개시내용에 따른 방법의 일부 구현예에서, 포유동물에 대한 항체의 투여는 상기 포유동물에서의 T 조절성 (Treg) 세포의 감소를 유발한다. 일부 구현예에서, Treg 세포는 CD4+ FoxP3+ T 세포이다.
본 개시내용에 따른 방법의 일부 구현예에서, 포유동물로의 상기 항체의 투여는 T 세포 상에서의 NKp46 (NKp46-L)에 대한 리간드의 수준의 증가를 유발한다. 일부 구현예에서, T 세포 상에 NKp46-L의 증가된 수준은 유동 세포측정 검정에서 가용성 NKp46 세포외 도메인을 사용하여 계측된다. 일부 구현예에서, 항체는 항체가 Teff 세포 상에 NKp46-L의 수준을 증가시키는 것보다 Treg 세포 상에 NKp46-L의 수준을 더 증가시킨다. 일부 구현예에서, 항체는 NK 세포 상에서의 CD16 쉐딩(shedding)을 증가시킨다.
본 개시내용에 따른 방법의 일부 구현예들에서, 상기 대상체는 인간이다.
본 개시내용에 따른 방법의 일부 구현예에서, 상기 방법은 항-ICOS 항체 및 적어도 하나의 추가 치료제를 투여하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 추가의 치료제는 항-ICOS 항체와 동시에 또는 순차적으로 투여된다. 일부 구현예에서, 상기 추가의 치료제는 PD-1 치료제이다. 일부 구현예에서, 추가의 치료제는 하기로부터 선택된다: 항-PD-1 항체 및 항-PD-L1 항체. 일부 구현예에서, 본 명세서에서 제공된 항-ICOS 항체는 니볼루맙과 함께 투여된다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 항-ICOS 항체는 펨브로리주맙과 함께 투여된다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 항-ICOS 항체는 아테조리주맙과 함께 투여된다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 항-ICOS 항체는 아벨루맙과 함께 투여된다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 항-ICOS 항체는 두르발루맙과 함께 투여된다.
일부 구현예에서, 추가의 치료제는 암 백신이다. 일부 구현예에서, 암 백신은 DNA 백신, 가공된 바이러스 백신, 가공된 종양 세포 백신, 및 신생항원을 사용하여 개발된 암 백신으로부터 선택된다.
일부 구현예에서, 본원에 제공된 항-ICOS 항체는 효능제 항-OX40 항체와 함께 투여된다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 항-ICOS 항체는 항-CTLA4 항체와 함께 투여된다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 항-ICOS 항체는 이필리무맙과 함께 투여된다.
일부 구현예에서, 추가의 치료제는 화학치료제이다. 비제한적인 예시적인 화학치료제는 카펙티아빈, 사이클로포스파마이드, 다카바진, 테모졸로마이드, 사이클로포스파마이드, 도세탁셀, 독소루비신, 다우노루비신, 시스플라틴, 카보플라틴, 에피루비신, 에리불린, 5-FU, 젬시타빈, 이리노테칸, 익사베필론, 메토트렉세이트, 미톡산트론, 옥살리플라틴, 파클리탁셀, nab-파클리탁셀, ABRAXANE® (단백질-결합된 파클리탁셀), 페메트렉세드, 비노렐빈, 및 빈크리스틴을 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 항-ICOS 항체는 ABRAXANE® (Celgene)과 함께 투여된다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 항-ICOS 항체는 적어도 하나의 키나제 억제제와 함께 투여된다. 비제한적인 예시적인 키나제 억제제는 에를로티닙, 아파티닙, 게피티닙, 크리조티닙, 다브라페닙, 트라메티닙, 베무라페닙, 및 코비메타닙을 포함한다.
일부 구현예에서, 추가의 치료제는 IDO 억제제이다. 비제한적인 예시적인 IDO 억제제는 인독시모드 (뉴 링크 제네틱스), INCB024360 (인사이트 코포레이션), 1-메틸-D-트립토판 (뉴 링크 제네틱스), 및 GDC-0919 (제넨텍)를 포함한다. 일부 구현예에서, 추가의 치료제는 면역-변형 약물 (IMiD)이다. 비제한적인 예시적인 IMiDs는 탈리도마이드, 레날리도마이드, 및 포말리도마이드를 포함한다.
일부 구현예에서, 포유동물은 본원에 기술된 항-ICOS 항체의 투여에 부가하여, CAR-T 요법을 수용한다.
일부 구현예에서, 포유동물은 추가 치료제의 존재 또는 부재 하에서 본원에 기술된 항-ICOS 항체의 투여에 부가하여, 수술 및/또는 방사선 요법을 겪는다. 일부 구현예에서, 포유동물은 추가 치료제의 존재 또는 부재 하에서 본원에 기술된 항-ICOS 항체의 투여에 부가하여, 방사선 요법을 겪는다.
일부 구현예에서, 샘플 내 ICOS 발현의 수준을 계측하기 위한, 표 6 중 mRNA로부터 선택된, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 mRNA의 용도가 제공된다. 일부 구현예에서, 샘플은 암 샘플이다.
일부 구현예에서, 암이 항-ICOS 항체 요법에 반응할 것인지 여부를 예측하기 위한, 표 6 중 mRNA로부터 선택된 적어도 2개, 적어도 3개, 적어도 4개, 적어도 5개, 적어도 6개, 적어도 7개, 적어도 8개, 적어도 9개, 또는 적어도 10개 mRNA의 용도가 제공된다.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체로의 치료로부터 이점을 얻을 공산이 있는, 암을 갖는 대상체를 식별하기 위한, 표 6 중 mRNA로부터 선택된 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 mRNA의 용도가 제공된다.
일부 구현예에서, 암을 갖는 대상체에 대하여 암 요법을 선택하기 위한, 표 6 중 mRNA로부터 선택된 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 mRNA의 용도가 제공되며, 여기서 상기 암 요법은 항-ICOS 항체를 포함한다.
본 개시내용에 따른 용도의 일부 구현예에서, 암은 흑색종, 비-소세포 폐암 (NSCLC), 신장 세포 암종 (RCC), 위 암, 방광암, 미만성 대 B-세포 림프종 (DLBCL), 호지킨 림프종, 난소암, 두경부 편평상피 세포 암 (HNSCC), 및 삼중 음성 유방암 (TNBC)으로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 상기 암은 흑색종, 위암, 두경부 편평상피 세포 암 (HNSCC), 비-소세포 폐암 (NSCLC), 및 삼중 음성 유방암 (TNBC)으로부터 선택된다.
일부 구현예에서, 본 개시내용은 다음을 포함하는 단리된 항체를 제공한다:
(a) 서열 번호: 194의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 195의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 196의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 197의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 198의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 199의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
(a) 서열 번호: 202의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 203의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 204의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 205의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 206의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 207의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
(a) 서열 번호: 210의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 211의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 212의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 213의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 214의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 215의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항체는 중쇄 가변 영역 (VH) 및 경쇄 가변 영역 (VL)을 포함하고, 여기서:
VH 는 서열 번호: 192의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 193의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
VH 는 서열 번호: 200의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 201의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
VH 는 서열 번호: 208의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 209의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하다.
일부 구현예에서, 항체는 중쇄 가변 영역 (VH) 및 경쇄 가변 영역 (VL)을 포함하고, 여기서:
VH 는 서열 번호: 192의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 193의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
VH 는 서열 번호: 200의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 201의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
VH 는 서열 번호: 208의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 209의 아미노산 서열을 포함한다.
일부 구현예에서, 항체는 단클론성 항체이다. 일부 구현예에서, 항체는 키메라 항체 또는 인간화 항체이다. 일부 구현예에서, 항체는 Fab, Fab’, Fv, scFv 또는 (Fab’)2 단편으로부터 선택된 항체 단편이다. 일부 구현예에서, 항체는 전장 항체이다.
일부 구현예에서, 본 개시내용은 본원에 개시된 항체와 약제학적으로 허용가능한 담체를 포함하는 조성물을 제공한다.
일부 구현예에서, 본 개시내용은, ICOS를 검출하거나, ICOS를 억제하거나, ICOS의 발현 수준을 계측하거나, 암이 항-ICOS 요법에 반응할 것인지 여부를 예측하거나, 항-ICOS 항체로의 치료로부터 이점을 얻을 공산이 있는, 암을 갖는 대상체를 식별하거나, 암을 갖는 대상체에 대해 암 요법을 선택하거나, 또는 암을 치료하기 위한, 본원에 개시된 항체의 용도를 제공한다.
일부 구현예에서, 본 개시내용은 ICOS를 억제하거나 또는 암을 치료하는 약물 제조에 있어서 본원에 개시된 항체의 용도를 제공한다.
일부 구현예에서, 본 개시내용은 ICOS를 검출하거나, ICOS를 억제하거나, ICOS의 발현 수준을 계측하거나, 암이 항-ICOS 요법에 반응할 것인지 여부를 예측하거나, 항-ICOS 항체로의 치료로부터 이점을 얻을 공산이 있는, 암을 갖는 대상체를 식별하거나, 또는 암을 갖는 대상체에 대해 암 요법을 선택하기 위한, 조성물의 제조에 있어서의 본원에 개시된 항체의 용도를 제공한다.
일부 구현예에서, 본 개시내용은 본원에 개시된 항체를 암호화하는 핵산을 제공한다.
일부 구현예에서, 본 개시내용은 본원에 개시된 항체를 암호화하는 핵산이 포함된 숙주 세포를 제공한다.
일부 구현예에서, 본 개시내용은 본원에 개시된 항체를 생산하는 방법을 제공하며, 이는 본원에 개시된 항체를 암호화하는 핵산을 포함하는 숙주 세포를 배양하는 단계를 포함하며, 상기 숙주 세포는 상기 항체가 발현되는 조건 하에서 배양된다. 일부 구현예에서, 상기 방법은 상기 항체를 정제하는 것을 추가로 포함한다.
도 1a-b. 다중 인간 종양에 걸친 ICOS mRNA의 수준. A) 다양한 지표를 통해 정규화된 ICOS mRNA 수준의 평균 강도 및 75% 신뢰 구간이 도시된다. 75% 신뢰도 범위를 벗어난 강도를 갖는 샘플이 표시된다(점). B) 각각의 백분율은 면역조직화학법(IHC)에 의한 0, 1 +, 2+ 또는 3+ ICOS 염색을 나타내는 종양 유형을 표시했다.
도 2. T-세포 침윤과 ICOS 발현의 상관관계. ~450 HNSCC 종양으로부터 ICOS mRNA 수준이 12 유전자 T-세포 관련된 케모카인 특질 스코어 또는 FoxP3 mRNA 수준과 비교되었다. 각 종양에 대한 정규화된 케모카인 특질 또는 FoxP3 mRNA의 수준을 Y 축 상에 도식화되고, ICOS의 mRNA 수준은 X-축으로 도시된다. 회합의 스피어맨 상관관계 (R)는 그래프 상에 도시된다 [Corr(들)]. >0.75 (스피어맨 R)의 상관관계는 강한 상관관계에 대한 차단으로 검토된다.
도 3. ICOS mRNA 발현은 TCGA RNA 서열분석 데이터 (NCI)를 사용하여 ~450 HNSCC 종양에 대해 비교되었다. 각 종양에 대한 정규화 CTLA-4 또는 PD-1 또는 PD-L1 mRNA의 수준을 Y 축 상에 도식화되고, ICOS의 mRNA 수준은 X-축으로 도식화된다. 회합의 스피어맨 상관관계 (R)는 그래프 상에 도시된다 [Corr(들)]. ICOS 발현 수준은 관문 분자 CTLA-4, PD-1의 발현과 상당히 상관되었다. ICOS와 PD-L1 사이의 약한 상관관계가 관측되었다. >0.75 (스피어맨 R)의 상관관계는 강한 상관관계에 대한 차단으로 검토된다.
도 4. 인간 NSCLC 종양에서 ICOS 염색의 가변 강도의 대표적인 이미지.
도 5. 인간 종양으로부터 ICOS 세포 밀도의 분포. ICOS 세포 밀도는 인간 종양 각각에서 계측되며, 그리고 각 종양 유형으로부터의 평균 ICOS 밀도는 하기로 도식화된다: Y 축 [NSCLC (N=100); HNSCC (N=102); 유방암, 모든 주요 하위유형 (N=94); 삼중 음성 하위유형의 유방암, TNBC (N=95); 난소암 (N=94)]. 통계적인 분석은 ANOVA를 사용하여 수행되었다.
도 6a-b. NSCLC 샘플 내 ICOS 세포 밀도의 다양성. A) ICOS 발현의 밀도는 폐 종양 샘플 (N=98)의 패널에서 평가되었고 그리고 종양은 양성 세포/mm2의 ICOS+ 밀도에 기초하여 등급화되었다. B) NSCLC 임상적 샘플 내 제2 독립적 코호트 내 ICOS 발현의 다양성(N=204).
도 7a-b. 인간 암 유래의 상이한 T 세포 서브세트 내 ICOS 세포 밀도의 분포. A) 상이한 T 세포 구획 내 ICOS 염색을 도시하는 대표적인 이미지. 화살표는 ICOS + FOXP3 + Treg 세포 또는 ICOS + CD8 - CD4 효과기를 가리킨다. B) 개별적인 종양으로부터 ICOS 세포 밀도는 FoxP3 양성 CD4 Treg 또는 CD8 양성 T 세포 또는 CD8 음성 및 FoxP3 음성 CD4 eff에서 분석되었다. 각각의 이들 종양 유형의 평균 ICOS 밀도 및 표준편차가 도시된다. [폐암 (N=100); HNSCC (N=102); 유방암의 삼중 음성 하위유형인, TNBC (N=95); 난소암 (N=94)].
도 8a-b. 높은 ICOS 발현은 PD-L1 높은 NSCLC 종양에서 관측된다. PD-L1/ICOS/PD-1 다중 IHC를 이용함으로써, NSCLC의 선암종 세트 내 ICOS 및 PD-L1 수준을 평가하였다 (n=150). A) ICOS, PD-1 및 PD-L1로 염색된 PD-L1 높은 (좌측 패널) 또는 PD-L1 낮은 (우측 패널) 종양의 대표적인 이미지. B) PD-L1 높은 (세포의 >5%가 PD-L1 양성임) 또는 PD-L1 낮은 (세포의 <5%가 PD-L1 양성임) 편평상피 세포 암종 (좌측 패널) 및 선암종 (우측 패널)에서 ICOS 세포 밀도의 정량화.
도 9a-c. 인간 종양 TIL 분석은 Treg 세포 및 CD4 효과기에서 ICOS 발현을 나타낸다. A) HNSCC 환자 (N=4)로부터 상이한 T-세포 서브세트에서 PD-1 및 ICOS 발현의 대표적인 등고선 도표. B) T-세포 구획 내 ICOS 단독 양성 세포 또는 ICOS PD-1 이중 양성 세포의 빈도가 도시된다 (HNSCC N=4; NSCLC N=3; 난소 N=4). C) CD4 Treg 세포 및 CD4 Teff에서 ICOS 수준의 비교. 환자 종양 샘플로부터 CD4 T-세포 서브세트 내 평균 형광 강도 (MFI; 또는 ICOS 기하 평균)에 의해 측정된 ICOS의 염색 강도가 도시된다.
도 10a-c. A) 차선의 항-CD3의 존재에서 플레이트-결합된 포맷에서 원발성 인간 CD4+ T 세포의 증식에 대한 항-ICOS 항체의 효과가 도시된다. 분할된 세포의 퍼센트가 그래프화된다. B) 차선의 PMA의 존재에서 가용성 포맷에서 인간 CD4+ T 세포의 증식에 대한 항-ICOS 항체의 효과가 도시된다. 분할된 세포의 퍼센트가 그래프화된다. C) 차선의 항-CD3의 존재에서 플레이트-결합된 포맷에서 원발성 인간 CD4+ T 세포의 증식에 대한 항-ICOS 항체 37A10S713-hIgG1의 효과.
도 11a-b. NF-kB 리포터 검정에서 항-ICOS 항체의 평가가 도시된다. 그래프는 퍼센트 GFP+ 세포를 나타낸다.
도 12. 초-항원 (SEB) 자극으로의 PBMC 검정 내 가용성 항-ICOS 항체의 평가가 도시된다. 판독은 IFNg 생산이다.
도 13. 항-ICOS 항체는 부재 항-CD3에서 인간 T 세포 증식 검정에서 잠재적인 초과 작용에 대해 평가되었다. 이 검정에서의 판독은 퍼센트 증식이다.
도 14a-b. 2차 가교결합제의 존재 또는 부재하에서의 포스포-AKT (pAKT) 검정에서의 항-ICOS 항체의 평가. 판독은 pAKT-양성인 CD4 T 세포의 퍼센트이다. A) 2차 가교결합제의 부재를 초래한다. B) 2차 가교결합제의 존재를 초래한다.
도 15a-b. 항-ICOS 항체는 Sa1/N 섬유육종 동계의 종양 모델에서 평가되었다. 종양 성장은 y-축 상에 도시된다. A) 단속선은 개별적인 마우스의 종양 성장을 나타낸다; 실선은 그룹에 대한 평균 성장 곡선을 나타낸다. 그룹 당 무-종양 마우스의 수가 표지된다. B) 각 처리 그룹에서 평균 종양 용적.
도 16. 항-ICOS 7F12로 이전에 처리된 무-종양 마우스는 Sa1/N 종양으로 재-유발하였다 종양 성장은 y-축 상에 도식화된다.
도 17. Sa1/N 종양 성장에 대해 mG1 및 mG2a Fc를 갖는 햄스터 항-ICOS 항체 37A10의 효과. 단속선은 개별적인 마우스의 개별 종양 성장을 나타낸다; 실선은 그룹에 대한 평균 종양 성장 곡선을 나타낸다. 그룹 당 무-종양 마우스의 수가 표지된다.
도 18. CT26 동계의 종양 모델에서 단일 제제로서 또는 항-PD1과 조합한 항-ICOS 항체의 평가. 단속선은 개별적인 마우스를 나타낸다; 실선은 그룹에 대한 평균 성장 곡선을 나타낸다. 그룹 당 무-종양 마우스의 수가 표지된다.
도 19. 항-ICOS 항체 처리에 의한 Sa1/N 종양 내 FoxP3+ Treg의 고갈. 비장 및 종양 내 CD8, CD4 Teff 및 Treg 세포의 빈도, 및 종양의 mg 당 Treg의 수가 도시된다. 각 형상은 개별적인 마우스를 나타낸다.
도 20. 항-ICOS 항체 처리에 의한 Sa1/N 종양 내 Treg의 고갈 및 Teff 세포의 활성화. 상부 행: 종양 내 CD8, CD4 Teff 및 Treg 세포의 빈도, CD8 대 Treg 비율 및 PD-1+ CD8 T 세포의 빈도. 하부 행: 종양 내 CD3+ 세포 중에서 Ki-67+ CD8와 CD4 Teff 세포, 및 Tbet+ CD4 Teff 세포를 분할하는 빈도. 각 형상은 개별적인 마우스를 나타낸다.
도 21. T 세포의 고갈에 따른 Sa1/N 종양 모델 내 항-ICOS 항체의 평가. 경시적으로 종양 성장이 도시된다. 종양이 없는 마우스의 수가 표시된다.
도 22a-b. A) 인간화된 항-ICOS 항체로 처리에 의한 PBMC 검정에서 Teg 세포의 감소. B) Treg 및 Teff 세포는 IL-2 처리의 5일 후 유사한 수준의 ICOS를 발현한다.
도 23. 항-ICOS 항체로 처리 후 종양 재-유발. 좌측 패널은 항-ICOS 항체의 1 또는 2회 투여에 따른 마우스에서의 종양 용적를 나타낸다. 우측 패널은 종양 재-유발 후, 항-ICOS 항체의 투여 후 무-종양이었던 대조군 마우스 또는 마우스 내 종양 용적을 도시한다.
도 24a-b. 항-ICOS 항체 투여된 Sa1/N 종양-담지 마우스 (A) 및 시노몰구스 원숭이 (B) 에서의 ICOSL 발현 증가
도 25. TCGA 인간 종양 표지들에 대하여 ICOS 발현 분석의 박스 플롯. 박스는 발현의 상위 및 하위 사분위수를 나타내고, 중앙선이 표시된다. 상위 또는 하위 사분위수의 사분위 범위를 초과하는 수준으로 ICOS 발현이 나타난 임의의 종양에 대하여 이상점들(outliers)이 도시된다. ICOS 발현과 연관된 유전자들을 식별하기 위한 추적 분석을 위하여 굵게 표시된 표지들이 선택되었다. 발현은 log2(FPKM)로 나타낸다.
도 26. 주어진 유전자와 ICOS 발현과 관련된 유전자들의 ICOS 발현 사이에 상관관계 (ρ) 값의 히스토그램.
도 27. 6시간 (최상부 패널) 또는 24시간 (바닥면 패널)에서 항-ICOS 항체 (우측 패널) 또는 항-PD-1 항체 (좌측 패널)로 폐 종양 조직의 처리 후 Th-1 케모카인 및 사이토카인 발현에서의 변화.
도 28a-f. 효능제 및 길항제 항-ICOS 항체로의 치료 후, 상이한 3개 공여자 유래의 Teff 세포 (A, C, E) 및 Treg 세포 (B, D, F) 상에서의 NKp46 리간드 수준.
도 29. 효능제 항-ICOS 항체로 처리된 NK 세포로부터 CD16 (CD16 쉐딩)의 손실.
도 30. 세포-기반 ELISA에서 항체의 결합을 보여주는 대표적인 데이터. ICOS를 발현하는 CHO-K1 세포에 대한 단클론성 항체 2M13 및 2M19의 결합 검출에서의 상대적 광 단위 (RLU)로 반영되는 결합 증가. 이 결합은 IgG 이소형(isotype) 대조군에서 관찰된 것보다 상당히 더 높았다. 대조 항-ICOS 항체, SP98 및 2M24 (데이터는 나타내지 않음)에서도 유사한 데이터를 볼 수 있었다.
도 31. 항-ICOS mAbs로 염색된 편도선 절편의 대표적인 이미지. 인간 편도 샘플의 절편들은 항 ICOS 항체 2M13, 2M19, 2M24 및 SP98로 염색되었다. 2M13, 2M19, 및 2M24 항체가 0.5 μg/mL에서 사용되었고, 한편 SP98이 0.66 μg/mL에서 사용되었다. 세포의 특이하고 강렬한 염색이 T 세포에 군집으로 알려진 림프계 영역에서 관찰되었다. 조직의 비-T 세포 영역에서는 염색이 관찰되지 않았다. 대조 항체는 조직 절편에서 어떠한 염색도 보이지 않았다 (데이터는 나타내지 않음).
도 32. 경쟁 연구에 따르면, 2M13은 ICOS 발현을 특이적으로 검출한다. 편도 조직 샘플의 염색은 항체 생성에 사용된 항원 에피토프를 포함하는 (C-말단) 펩티드에 의해 차단된다 (상부 패널). 인접한 N-말단 펩티드는 2M13에 의해 ICOS 양성 세포의 염색을 차단하지 못했다 (하부 패널). 두 개의 왼쪽 패널은 2M13 단독에 의한 편도 조직의 염색을 보여준다.
도 33. 2M13은 ICOS를 발현하는 CHO 세포를 특이적으로 염색시키지만, 엠프티 벡터로 형질감염된 세포는 염색하지 않는다. 항-ICOS 항체, 2M19 및 2M24 (데이터는 나타내지 않음)에 대하여 유사한 염색이 관찰되었다.
도 34. 인터-런(inter-run) 분석 일관성을 보여주는 대표 이미지. 개발된 IHC 프로토콜을 사용하여 상이한 2 일 동안 염색된 복제 슬라이드의 대표 현미경 사진. 0.5 ㎍/mL의 항체가 이용되었다. 병리학 스코어는 괄호 안에 표시되어 있다.
도 35. ICOS 발현 수준의 범위를 나타내는 샘플의 대표적인 현미경 사진. ICOS 발현의 검출용 IHC 검정은 광역의 검출 범주를 갖는다. 패널 D는 다수의(3+) ICOS 발현 세포를 갖는 종양 샘플를 나타낸다. 패널 B 및 C는 차례로 적은 수의 (1+) 또는 중간 수의(2+) ICOS 양성 세포 또는 ICOS 발현을 나타내는 대표적인 샘플을 보여준다. 패널 A는 ICOS 발현 세포가 없는 (스코어 0) 종양 샘플을 나타낸다.
도 36. MSI-저 또는 미소부수체 무변성 (MSS) 종양보다 미소부체 불안정성이 높은 (MSI-고) 종양에서 ICOS 수준이 더 높은 것으로 관찰된다. ICOS의 발현은 대장 선암종 (COAD), 위 선암종 (STAD; 위암으로도 알려짐) 및 자궁 체부 내막 암종 (UCEC)에 걸쳐 MSI/MSS 상태별로 세분화되어 표시된다.
예를 들어, 종양 환경에서 ICOS 발현을 예측하거나 계측하기 위한 유전자 발현 특질이 제공된다. 일부 구현예에서, 상기 유전자 발현 특질은 항-ICOS 항체 요법에 반응을 할 것 같은 환자들을 식별해내는데 이용될 수 있다. 일부 구현예에서, ICOS를 대신하여, 또는 이에 추가하여, 2개 또는 그 이상의 유전자를 포함하는 유전자 발현 특질은 ICOS 단독으로 검출하는 것보다, ICOS 발현에 대해 보다 강력한 분석법을 제공할 수 있다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 유전자 발현 특질을 사용하여, 항-ICOS 항체 요법에 반응할 가능성이 있는 환자를 식별해내는 단계와 항-ICOS 항체를 투여하는 단계를 포함하는 치료 방법이 제공된다.
본 명세서에 사용된 섹션 머리말은 단지 체계적인 목적을 위한 것이고, 기재된 주제를 제한하는 것으로 해석되지 않는다.
특허 출원, 특허 공개, 및 유전자은행(Genbank) 수탁 번호를 포함하는, 본 명세서에서 인용된 모든 참조문헌은, 각 개별 참조가 참고로 편입될 수 있도록 구체적으로 그리고 개별적으로 지적된 바와 같이 그 전체가 참고로 본 명세서에 편입되어 있다.
본원에 기술 또는 참조된 기술 및 절차는, 본 분야의 숙련가에 의하여 기존의 방법, 예컨대 예를 들어, 하기 기술된 널리 이용되는 방법들을 사용하여 잘 이해되고, 통상적으로 채용될 것이다: Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual 3rd. edition (2001) Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, N.Y. CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY (F. M. Ausubel, et al. eds., (2003)); the series METHODS IN ENZYMOLOGY (Academic Press, Inc.): PCR 2: A PRACTICAL APPROACH (M. J. MacPherson, B. D. Hames and G. R. Taylor eds. (1995)), Harlow and Lane, eds. (1988) ANTIBODIES, A LABORATORY MANUAL, and ANIMAL CELL CULTURE (R. I. Freshney, ed. (1987)); Oligonucleotide Synthesis (M. J. Gait, ed., 1984); Methods in Molecular Biology, Humana Press; Cell Biology: A Laboratory Notebook (J. E. Cellis, ed., 1998) Academic Press; Animal Cell Culture (R. I. Freshney), ed., 1987); Introduction to Cell and Tissue Culture (J. P. Mather and P. E. Roberts, 1998) Plenum Press; Cell and Tissue Culture Laboratory Procedures (A. Doyle, J. B. Griffiths, and D. G. Newell, eds., 1993-8) J. Wiley and Sons; Handbook of Experimental Immunology (D. M. Weir and C. C. Blackwell, eds.); Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells (J. M. Miller and M. P. Calos, eds., 1987); PCR: The Polymerase Chain Reaction, (Mullis et al., eds., 1994); Current Protocols in Immunology (J. E. Coligan et al., eds., 1991); Short Protocols in Molecular Biology (Wiley and Sons, 1999); Immunobiology (C. A. Janeway and P. Travers, 1997); Antibodies (P. Finch, 1997); Antibodies: A Practical Approach (D. Catty., ed., IRL Press, 1988-1989); Monoclonal Antibodies: A Practical Approach (P. Shepherd and C. Dean, eds., Oxford University Press, 2000); Using Antibodies: A Laboratory Manual (E. Harlow and D. Lane (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1999); The Antibodies (M. Zanetti and J. D. Capra, eds., Harwood Academic Publishers, 1995); 및 Cancer: Principles and Practice of Oncology (V. T. DeVita et al., eds., J.B. Lippincott Company, 1993); 및 이의 업데이트된 버젼.
I. 정의
달리 정의되지 않는 한, 본 개시내용과 결합하여 사용되는 과학 및 기술 용어는 본 기술분야에 당업자에 의해 일반적으로 이해되는 의미를 가질 것이다. 더 나아가, 문맥상 달리 요구되거나 명시적으로 표지되지 않는다면, 단수형은 복수를 포함하고, 복수형은 단수를 포함한다. 다양한 출처 또는 참고문헌 간의 정의에서의 임의의 충돌에 대해서는 본 명세서에서 제공된 정의가 우선할 것이다.
본원에 기재된 발명의 구현예는 "구성되는(consisting) 및/또는 "~로 본질적으로 구성되는"의 구현예를 포함하는 것으로 이해된다. 본원에 사용된 것으로서, 단수 용어("a," "an" 및 "the")는, 내용이 달리 명확하게 표지되지 않는 한 다수의 지시대상을 포함한다. 본 명세서에서 용어 "또는"의 사용은 대안이 상호 배타적이다는 것을 의미하지 않는다.
본 출원에서, "또는"의 사용은 명시적으로 진술되지 않거나 본 분야의 숙련가에 의하여 이해되지 않은 한 "및/또는"을 의미한다. 다중 종속 청구항의 문맥에서, "또는"의 사용은 하나 이상의 선행하는 독립 또는 종속 청구항을 다시 가리킨다.
본 분야의 숙련가에 의하여 이해되는 바와 같이, 본원에서 "약" 값 또는 파라미터에 대한 언급은 상기 값 또는 파라미터 그 자체에 관한 구현예를 포함한다 (그리고 기재한다). 예를 들면, "약 X"를 언급하는 기술은 "X"의 언급을 포함한다.
용어들 "핵산 분자", "핵산" 및 "폴리뉴클레오티드"는 상호교환적으로 사용될 수 있으며, 뉴클레오티드의 폴리머를 지칭한다. 이러한 뉴클레오티드의 폴리머는 천연 및/또는 비-천연 뉴클레오티드를 포함할 수 있고, 그리고, 비제한적으로, DNA, RNA, 및 PNA를 포함한다. "핵산 서열"은 핵산 분자 또는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 뉴클레오티드의 선형 서열을 지칭한다.
용어 "폴리펩티드" 및 "단백질"은 아미노산 잔기의 중합체를 지칭하기 위해 상호교환적으로 사용되며, 최소 길이에 제한되지 않는다. 아미노산 잔기의 그러한 폴리머는 천연 또는 비-천연 아미노산 잔기를 함유할 수 있고, 그리고 비제한적으로 아미노산 잔기의 펩티드, 올리고펩티드, 이합체, 삼량체, 및 다량체를 포함한다. 전장 단백질 및 이의 단편 둘 모두는 정의에 의해 포괄된다. 본 용어들은 또한 폴리펩티드의 후-발현 변형, 예를 들면, 글리코실화, 시알화, 아세틸화, 인산화, 및 기타 동종의 것을 포함한다. 더욱이, 본 개시내용의 목적을 위해, "폴리펩티드"는 단백질이 목적 활성을 유지하는 한, 천연 서열에 대한 변형, 예컨대 결실, 첨가, 및 치환 (일반적으로 특성에서 보존적)을 포함하는 단백질을 지칭한다. 이들 변형은 부위 지향적 돌연변이생성을 통하는 것과 같이 의도적일 수 있거나, 또는 PCR 증폭으로 인해 에러나 단백질을 생성하는 숙주의 돌연변이를 통해서와 같이 우연히 발생할 수 있다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이 "ICOS" 및 "유도성 T-세포 공동자극"은 세포에서 ICOS의 발현 및 처리로부터 기인한 임의의 천연 ICOS를 지칭한다. 상기 용어는, 달리 표지되지 않는다면, 포유동물, 예컨대 영장류 (예를 들어, 인간 및 시노몰구스 원숭이) 및 설치류 (예를 들어, 마우스 및 랫트)를 포함한 척추동물 공급원 유래의 ICOS를 포함한다. 상기 용어는 또한 ICOS의 천연 발생 변이체, 예를 들면, 스플라이스 변이체 또는 대립유전자 변이체를 포함한다. 신호 서열을 갖는 예시적인 인간 ICOS 전구체 단백질의 아미노산 서열 (신호 서열, 아미노산 1-20를 가짐)은 서열 번호: 1에 나타난다. 예시적인 성숙 인간 ICOS의 아미노산 서열은 서열 번호: 2에 나타난다. 신호 서열을 갖는 예시적인 마우스 ICOS 전구체 단백질의 아미노산 서열 (신호 서열, 아미노산 1-20를 가짐)은 서열 번호: 3에 나타난다. 예시적인 성숙 마우스 ICOS의 아미노산 서열은 서열 번호: 4에 나타난다. 신호 서열을 갖는 예시적인 랫트 ICOS 전구체 단백질의 아미노산 서열 (신호 서열, 아미노산 1-20를 가짐)은 서열 번호: 190에 나타난다. 예시적인 성숙 랫트 ICOS의 아미노산 서열은 서열 번호: 191에 나타난다. 신호 서열을 갖는 예시적인 시노몰구스 원숭이 ICOS 전구체 단백질의 아미노산 서열 (신호 서열, 아미노산 1-20를 가짐)은 서열 번호: 5에 나타난다. 예시적인 성숙 시노몰구스 원숭이 ICOS의 아미노산 서열은 서열 번호: 6에 나타난다.
용어 항원 또는 에피토프에 대해 "특이적으로 결합하는"은 당업계에서 잘 이해되는 용어이고, 이러한 구체적 결합을 계측하는 방법은 당업계에 잘 공지되어 있다. 만일 대안적인 세포 또는 물질을 갖는 것보다 더 큰 지속시간 및/또는 특정한 세포 또는 물질과 더 큰 친화도로 더 자주, 더 빠르게 반응 또는 회합하면 분자는 "특이적 결합" 또는 "우선적 결합"을 나타내기 위해 언급된다. 만일 다른 물질에 결합하는 것보다 더 큰 친화도, 결합능으로, 더욱 쉽게, 및/또는 더 큰 지속시간으로 결합하면 항체는 표적에 "특이적으로 결합한다" 또는 "우선적으로 결합한다". 예를 들면, ICOS 에피토프에 특이적으로 또는 우선적으로 결합하는 항체는 다른 ICOS 에피토프 또는 비-ICOS 에피토프에 결합하는 것보다 더 큰 친화도, 결합능으로, 더욱 쉽게, 및/또는 더 큰 지속시간으로 상기 에피토프에 결합하는 항체이다. 예를 들면, 제1 표적에 특이적으로 또는 우선적으로 결합하는 항체 (또는 모이어티 또는 에피토프)가 제2 표적에 특이적으로 또는 우선적으로 결합할 수 있거나 그렇지 않을 수 있다는 상기 정의의 판독으로 또한 이해된다. 이러한 "특이적 결합" 또는 "우선적 결합"은 배타적 결합을(포함할 수 있다고 해도) 반드시 필요로 하지는 않는다. 일반적으로, 그러나 비필연적으로, 결합에 대한 참조는 우선적 결합을 의미한다. "특이성"은 항원에 선택적으로 결합하는 결합 단백질의 능력을 지칭한다.
본원에서 사용된 바와 같이, "실질적으로 순수한"은 적어도 50% 순수한 (즉, 오염물질이 없는), 더 바람직하게는 적어도 90% 순수한, 더 바람직하게는 적어도 95% 순수한, 더 더욱 바람직하게는 적어도 98% 순수한, 가장 바람직하게는 적어도 99% 순수한 물질을 언급한다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "에피토프"는 항원-결합 분자 (예를 들면, 항체 결합 영역을 함유하는 항체, 항체 단편, 또는 스캐폴드 단백질)가 결합하는 표적 분자 (예를 들면, 항원, 예컨대 단백질, 핵산, 탄수화물 또는 지질) 상의 부위를 지칭한다. 에피토프는 종종 화학적 활성 표면의 분자들 그룹, 가령, 아미노산, 폴리펩티드 또는 당 측쇄를 포함하며 비전하(specific charge) 특성들 뿐만 아니라 특이적인 3-차원 구조 특성들을 가진다. 에피토프는 표적 분자의 인접 및/또는 병치된 비인접 잔기 (예를 들면, 아미노산, 뉴클레오티드, 당, 지질 모이어티) 양자로부터 형성될 수 있다. 인접 잔기 (예를 들어, 아미노산, 뉴클레오티드, 당, 지질 모이어티)로부터 형성된 에피토프는 변성 용매에 대한 노출에서 전형적으로 유지되며, 반면 3차 접힘에 의하여 형성된 에피토프는 전형적으로 변성 용매로의 처리에서 유실된다. 에피토프는 비제한적으로 적어도 3, 적어도 5 또는 8-10 잔기 (예를 들면, 아미노산 또는 뉴클레오티드)를 포함할 수 있다. 일부 예에서 에피토프는 길이에서 20 미만 잔기 (예를 들면, 아미노산 또는 뉴클레오티드), 15 미만 잔기 또는 12 미만 잔기이다. 두 항체는 만일 이들이 항원에 대해 경쟁적 결합을 나타내면 항원 내의 동일한 에피토프에 결합할 수 있다. 일부 구현예에서, 에피토프는 항원-결합 분자 상의 CDR 잔기까지의 특정 최소 거리로 식별될 수 있다. 일부 구현예에서, 에피토프는 상기 거리에 의하여 식별되고, 그리고 추가로 항체 잔기 및 항원 잔기 사이의 결합 (예를 들어, 수소 결합)이 수반된 그러한 잔기들로 제한될 수 있다. 에피토프는 다양한 스캔에 의해 식별될 수 있고 또한, 예를 들면 알라닌 또는 아르기닌 스캔은 항원-결합 분자가 상호 작용할 수 있는 하나 이상의 잔기를 나타낼 수 있다. 명백하게 표시되지 않는 한, 에피토프의 잔기 세트는 다른 잔기가 특정한 항체에 대한 에피토프의 일부가 되는 것을 배제하지 않는다. 오히려, 그와 같은 세트의 존재는 에피토프의 최소 시리즈 (또는 종의 세트)를 지정한다. 따라서, 일부 구현예에서, 에피토프로서 식별된 잔기 세트는 항원 상 에피토프에 대한 잔기의 배타적인 목록보다는 항원에 대한 관련성의 최소 에피토프를 지정하다.
"비선형 에피토프" 또는 "형태적 에피토프"는 에피토프에 특이적인 항체가 결합하는 항원성 단백질 내에 비인접 폴리펩티드, 아미노산 및/또는 당류를 포함한다. 일부 구현예에서, 잔기 중 적어도 1종은 에피토프의 다른 지적된 잔기와 비인접할 것이다; 그러나, 잔기 중 하나 이상은 또한 다른 잔기와 인접할 수 있다.
"선형 에피토프"는 에피토프에 특이적인 항체가 결합하는 항원성 단백질 내에 인접 폴리펩티드, 아미노산 및/또는 당류를 포함한다. 일부 구현예에서, 선형 에피토프 내의 모든 잔기가 항체와 직접적으로 결합 (또는 결합에 관여)될 필요는 없다는 것이 유의된다. 일부 구현예에서, 선형 에피토프는 선형 에피토프의 서열로 효과적으로 구성된 펩티드, 또는 그 서열 부문과 마찬가지로 (항체가 적어도 주로 상호작용할 수 있도록) 단백질의 나머지로부터 상대적으로 단리된 단백질의 구조적 부문으로 면역화될 수 있다.
본원에서 용어 "항체"는 가장 넓은 의미로 사용되고 이들이 원하는 항원-결합 활성을 나타내는 동안, 비제한적으로 단클론성 항체, 다중특이적 항체 (예를 들어, 이중특이적(예컨대 이중특이적 T-세포 연관체) 및 삼중특이적 항체)를 포함하여, 다양한 항체 구조, 및 항체 단편을 포함한다.
용어 항체는, 비제한적으로, Fv, 단일-쇄 Fv (scFv), Fab, Fab', di-scFv, sdAb (단일 도메인 항체) 및 (Fab')2 (화학적으로 연결된 F(ab')2 를 포함함)와 같이 항원에 결합할 수 있는 단편을 포함한다. 항체의 파파인 분해는, 각각이 단일 항원-결합 부위, 및 잔류 "Fc" 단편을 가지고, 그의 명칭이 쉽게 결정화하는 이들의 능력을 반영한 것으로, "Fab" 단편이라 불리는 2개의 동일한 항원-결합 단편을 생산한다. 펩신 처리는 F(ab')2 단편을 산출하는데, 이것은 2개의 항원 결합 부위를 갖고 항원을 여전히 가교결합할 수 있다. 용어 항체는 또한, 비제한적으로, 키메라성 항체, 인간화된 항체, 및 다양한 종 예컨대 마우스, 인간, 시노몰구스 원숭이, 등의 항체를 포함한다. 더욱이, 본 명세서에서 제공된 모든 항체 작제물에 대해, 다른 유기체로부터의 서열을 갖는 변이체가 또한 고려된다. 따라서, 만일 항체의 인간 버전이 개시된다면, 당해 분야의 숙련가는 어떻게 인간 서열 기반 항체를 마우스, 랫트, 고양이, 개, 말, 등 서열로 변형시키는가에 대해 이해할 것이다. 항체 단편은 또한, 하기 중 하나의 배향을 포함한다: 단일 쇄 scFvs, 병렬 디-scFv, 디아바디, 병렬 트리-sdcFv, 미니바디, 등. 항체 단편은 또한 하기를 포함한다: 나노바디 (sdAb, 경쇄 없이 중쇄의 가변 도메인 쌍과 같은 단일, 모노머 도메인을 갖는 항체). 항체 단편은 일부 구현예에서 특이 종인 것으로 언급될 수 있다 (예를 들면, 인간 scFv 또는 마우스 scFv). 이것은 작제물의 공급원보다는 비-CDR 영역의 적어도 일부의 서열을 나타낸다.
용어 "단클론성 항체"는 실질적으로 상동성 집단의 항체, 즉 소량으로 존재할 수 있는 가능한한 천연적으로 존재하는 돌연변이를 제외하고는 동일한 집단을 포함하는 개별 항체의 집단의 항체를 지칭한다. 단클론성 항체는 매우 특이적이며, 단일 항원 부위에 대해 지향된다. 더욱이, 전형적으로 상이한 결정인자 (에피토프)에 대해 지향된 상이한 항체를 포함하는 다클론성 항체 제조와 대조로, 각각의 단클론성 항체는 항원에서 단일 결정인자에 대해 지향된다. 따라서, 단클론성 항체의 샘플은 항원 상의 동일한 에피토프에 결합할 수 있다. 수식어 "단클론성"은 항체의 실질적으로 균질한 집단으로부터 수득된 것으로서 항체의 특성을 나타내고, 임의의 특정한 방법에 의해 항체의 생산을 요구하는 것으로서 해석되지 않는다. 예를 들면, 단클론성 항체는 Kohler 및 Milstein, 1975, Nature, 256:495에 의해 먼저 기재된 하이브리도마 방법에 의해 제조될 수 있거나, 또는 재조합 DNA 방법에 의해 예컨대 하기에 기재된 바와 같이 제조될 수 있다: 미국 특허 번호 4,816,567. 단클론성 항체는 예를 들면 McCafferty et al., 1990, Nature, 348:552-554에 기재된 기술을 이용하여 발생된 파아지 라이브러리로부터 또한 단리될 수 있다.
용어 "CDR"은 당해 분야의 숙련가에게 적어도 하나의 방식의 식별에 의해 정의된 바와 같은 상보성 결정 영역을 나타낸다. 일부 구현예에서, CDR은 임의의 초티아 넘버링 반응식, 카밧 넘버링 반응식, 카밧 및 초티아의 조합, AbM 정의, 접촉 정의, 및/또는 카밧, 초티아, AbM, 및/또는 접촉 정의의 조합에 따라 정의될 수 있다. 예시적인 CDR (CDR-L1, CDR-L2, CDR-L3, CDR-H1, CDR-H2, 및 CDR-H3)은 하기 아미노산 잔기에서 발생한다: L1의 24-34 , L2의 50-56, L3의 89-97, H1의 31-35B, H2의 50-65, 및 H3의 95-102. (Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD (1991)). AbM 정의는, 예를 들어, 하기를 포함할 수 있다: 아미노산 잔기 L1의 24-34 , L2의 50-56, L3의 89-97, H1의 H26-H35B, H2의 50-58, 및 H3의 95-102에서의 예시적인 CDR (CDR-L1, CDR-L2, CDR-L3, CDR-H1, CDR-H2, 및 CDR-H3). 콘택트(Contact) 정의는, 예를 들어, 하기를 포함할 수 있다: 아미노산 잔기 L1의 30-36 , L2의 46-55, L3의 89-96, H1의 30-35, H2의 47-58, 및 H3의 93-101에서의 예시적인 CDR (CDR-L1, CDR-L2, CDR-L3, CDR-H1, CDR-H2, 및 CDR-H3). 초티아 정의는, 예를 들어, 하기를 포함할 수 있다: 아미노산 잔기 L1의 24-34 , L2의 50-56, L3의 89-97, H1의 26-32…34, H2의 52-56, 및 H3의 95-102에서의 예시적인 CDR (CDR-L1, CDR-L2, CDR-L3, CDR-H1, CDR-H2, 및 CDR-H3). CDR은 또한 첨부하는 도면 중 임의의 하나 이상에 나타낸 바와 같이 제공될 수 있다. VH 내의 CDR1을 예외로 하여, CDR은 일반적으로 초가변 루프를 형성하는 아미노산 잔기를 포함한다. 항체 내의 다양한 CDR은 그것의 적절한 수 및 쇄 유형에 의해 지정될 수 있고, 비제한적으로: a) CDR-L1, CDR-L2, CDR-L3, CDR-H1, CDR-H2, 및 CDR-H3; b) CDRL1, CDRL2, CDRL3, CDRH1, CDRH2, 및 CDRH3; c) LCDR-1, LCDR-2, LCDR-3, HCDR-1, HCDR-2, 및 HCDR-3; 또는 d) LCDR1, LCDR2, LCDR3, HCDR1, HCDR2, 및 HCDR3; 등으로 포함한다. 용어 "CDR"은 초가변성 루프를 포함하는 HVR 또는 "초 가변 영역"을 포괄하기 위해 본 명세서에서 사용된다. 예시적인 초가변성 루프는 하기에서 발생한다: 아미노산 잔기 26-32 (L1), 50-52 (L2), 91-96 (L3), 26-32 (H1), 53-55 (H2), 및 96-101 (H3). (Chothia and Lesk, J. Mol . Biol . 196:901-917 (1987).)
본원에 사용된 용어 "중쇄 가변 영역”은, 적어도 3개의 중쇄 불변 도메인 CDR을 포함하는 영역을 지칭한다. 일부 구현예에서, 중쇄 가변 영역은 3개의 CDR 및 적어도 FR2 및 FR3을 포함한다. 일부 구현예에서, 중쇄 가변 영역은 중쇄 HCDR1, 프레임워크 (FR) 2, HCDR2, FR3, 및 HCDR3을 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 중쇄 가변 영역은 또한 적어도 일부의 FR1 및/또는 적어도 일부의 FR4를 포함한다.
본원에 사용된 용어 "중쇄 불변 영역”은, 적어도 3개의 중쇄 불변 도메인, CH1, CH2, 및 CH3을 포함하는 영역을 지칭한다. 물론, 도메인 내 비-기능-변경 결실 및 변경은 달리 지정되지 않는 한, 용어 "중쇄 불변 영역"의 범위 내에 포괄되어 진다. 비제한적인 예시적인 중쇄 불변 영역은 γ, δ, 및 α를 포함한다. 비제한적인 예시적인 중쇄 불변 영역은 또한 ε 및 μ를 포함한다. 각 무거운 불변 영역은 항체 이소형에 상응한다. 예를 들면, γ 불변 영역을 포함하는 항체는 IgG 항체이고, δ 불변 영역을 포함하는 항체는 IgD 항체이고, 그리고 α 불변 영역을 포함하는 항체는 IgA 항체이다. 추가로, μ 불변 영역을 포함하는 항체는 IgM 항체이며, 그리고 ε 불변 영역을 포함하는 항체는 IgE 항체이다. 특정 이소형은 하위부류로 추가로 세분될 수 있다. 예를 들면, IgG 항체는, 비제한적으로, IgG1 (γ1 불변 영역을 포함함), IgG2 (γ2 불변 영역을 포함함), IgG3 (γ3 불변 영역을 포함함), 및 IgG4 (γ4 불변 영역을 포함함) 항체를 포함하고; IgA 항체는, 비제한적으로, IgA1 (α1 불변 영역을 포함함) 및 IgA2 (α2 불변 영역을 포함함) 항체를 포함하고; 그리고 IgM 항체는, 비제한적으로, IgM1 및 IgM2를 포함한다.
본원에 사용된 용어 "중쇄"는, 리더 서열의 존재 또는 부재 하에서, 적어도 하나의 중쇄 가변 영역을 포함하는 폴리펩티드를 지칭한다. 일부 구현예에서, 중쇄는 중쇄 불변 영역의 적어도 일부분을 포함한다. 본원에 사용된 용어 "전장 중쇄"는, 리더 서열의 존재 또는 부재 하에서, 중쇄 가변 영역 및 중쇄 불변 영역을 포함하는 폴리펩티드를 지칭한다.
본원에 사용된 용어 "경쇄 가변 영역”은, 적어도 3개의 경쇄 불변 도메인 CDR을 포함하는 영역을 지칭한다. 일부 구현예에서, 경쇄 가변 영역은 3개의 CDR 및 적어도 FR2 및 FR3을 포함한다. 일부 구현예에서, 경쇄 가변 영역은 경쇄 LCR1, 프레임워크 (FR) 2, LCD2, FR3, 및 LCD3을 포함할 수 있다. 예를 들면, 경쇄 가변 영역은 경쇄 CDR1, 프레임워크 (FR) 2, CDR2, FR3, 및 CDR3를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 경쇄 가변 영역은 또한 적어도 일부의 FR1 및/또는 적어도 일부의 FR4를 포함한다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이 용어 "경쇄 불변 영역"은 경쇄 불변 도메인, CL 을 포함하는 영역을 지칭한다. 비제한적인 예시적인 경쇄 불변 영역은 λ 및 κ를 포함한다. 물론, 도메인 내 비-기능-변경 결실 및 변경은 달리 지정되지 않는 한, 용어 "경쇄 불변 영역"의 범위 내에 포괄되어 진다.
본원에 사용된 용어 "경쇄"는, 리더 서열의 존재 또는 부재 하에서, 적어도 하나의 경쇄 가변 영역을 포함하는 폴리펩티드를 지칭한다. 일부 구현예에서, 경쇄는 경쇄 불변 영역의 적어도 일부분을 포함한다. 본원에 사용된 용어 "전장 경쇄"는, 리더 서열의 존재 또는 부재 하에서, 경쇄 가변 영역 및 경쇄 불변 영역을 포함하는 폴리펩티드를 지칭한다.
본원의 목적을 위해 "수용체 인간 프레임워크"는 아래에 정의된 바와 같은 인간 면역글로불린 프레임워크 또는 인간 공통 프레임워크로부터 유도된 경쇄 가변 도메인(VL) 프레임워크 또는 중쇄 가변 도메인(VH) 프레임워크의 아미노산 서열을 포함하는 프레임워크이다. 인간 면역글로불린 프레임워크 또는 인간 공통 프레임워크"로부터 유도된" 수용체 인간 프레임워크는 이의 상동한 아미노산 서열을 포함할 수 있거나, 또는 이것은 아미노산 서열 변화를 함유할 수 있다. 일부 구현예에서, 아미노산 변화의 수는 10개 이하, 9개 이하, 8개 이하, 7개 이하, 6개 이하, 5개 이하, 4개 이하, 3개 이하, 또는 2개 이하이다. 일부 구현예에서, VL 수용체 인간 프레임워크는 서열에 있어서 VL 인간 면역글로불린 프레임워크 서열 또는 인간 공통 프레임워크 서열과 상동하다.
"친화도"는 분자 (예컨대, 항체)의 단일 결합 부위와 그 결합 파트너 (예컨대, 항원) 사이의 비공유 상호작용의 총계의 강도를 지칭한다. 그 파트너 Y에 대한 분자 X의 친화도는 일반적으로 해리 상수 (KD)로 나타낼 수 있다. 친화도는 당해 분야에서 공지된 일반적인 방법 (예컨대, 예를 들면, ELISA KD, KinExA, 바이오-층 간섭법 (BLI), 및/또는 표면 플라스몬 공명 디바이스 (예컨대 BIAcore® 디바이스), 본 명세서에서 기재된 것들을 포함함)에 의해 측정될 수 있다.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "KD"는 항체-항원 상호작용의 평형 해리 상수를 지칭한다.
일부 구현예에서, 항체의 "KD” "Kd” "Kd” 또는 "Kd 값”은 BIACORE®-2000 또는 BIACORE®-3000 (BIAcore, Inc., Piscataway, N.J.)을 사용한, ~10 반응 유니트 (RU)에서 고정된 항원 CM5 칩으로 25 ℃에서, 표면 플라스몬 공명 검정을 사용함에 의하여 측정된다. 간략하게, 카복시메틸화된 덱스트란 바이오센서 칩(CM5, BIACORE, Inc.)은 이의 공급업체의 지침에 따라 N-에틸-N’-(3-디메틸아미노프로필)-카보디이미드 하이드로클로라이드 (EDC) 및 N-하이드록시숙신이미드 (NHS)로 활성화시킨다. 항원은 pH 4.8, 10 mM 아세트산나트륨으로 5 μg/ml (~0.2 μM)까지 희석되고, 그 다음 5 μL/분의 유속으로 주입되어 커플링된 단백질의 대략 10 반응 단위 (RU)를 달성한다. 항원 주사 후, 1 M 에탄올아민을 주사하여 미반응된 그룹을 차단시킨다. 역학적 측정을 위해, 예를 들어, 연속 희석된 전장 항체의 폴리펩티드를 대략 25 μL/min의 유속으로 25°C 에서 PBS 중에서 0.05% TWEEN-20TM 계면활성제 (PBST)와 함께 사용한다. 결합율 (kon) 및 해리율 (koff)은 결합 및 해리 센서그램을 동시에 피팅함에 의해 단순한 1 대 1 랑무이르 결합 모델 (BIACORE® 평가 소프트웨어 버젼 3.2)을 사용하여 계산한다. 평형 해리 상수(Kd)는 koff/kon 비율로서 산출된다. 예를 들어, 하기를 참고한다: Chen et al., J. Mol . Biol . 293:865-881 (1999). 만일 가역속도(on-rate)가 상기 표면 플라스몬 공명 검정에 의해 106 M- 1 s-1 를 초과하면, 분광기, 예컨대 정지-유동 구비된 분광광도계 (Aviv Instruments) 또는 교반된 큐벳을 갖춘 8000-시리즈 SLM-AMINCOTM 분광광도계 (ThermoSpectronic)에서 측정된 바와 같이 항원의 증가 농도의 존재하에 25 ℃에서 pH 7.2, PBS내 20 nM 항-항원 항체의 형광 방출 세기 (여기 = 295 nm; 방출 = 340 nm, 16 nm 대역통과)에서의 증가 또는 감소를 측정하는 형광성 켄칭 기술을 이용함으로써 가역 속도는 측정될 수 있다.
일부 구현예에서, 상기 2개의 값 (예를 들어, Ct 값)간의 차이는, 실질적으로 동일하며, 예를 들어, 참조/비교 값의 함수로서 약 50% 미만, 약 40% 미만, 약 30% 미만, 약 20% 미만, 및/또는 약 10% 미만이다.
일부 구현예에서, 상기 2개의 값 (예를 들어, Ct 값)간의 차이는, 예를 들어, 실질적으로 상이하며, 참조/비교 분자에 대한 값의 함수로서 약 10% 초과, 약 20% 초과, 약 30% 초과, 약 40% 초과, 및/또는 약 50% 초과이다.
"표면 플라스몬 공명"은, 예를 들면 BIAcoreTM 시스템 (BIAcore International AB, a GE Healthcare company, Uppsala, Sweden and Piscataway, N.J.)을 사용하여, 바이오센서 매트릭스 내의 단백질 농도에서의 변경의 검출에 의해 실시간 생물특이적 상호작용의 분석을 허용하는 광학 현상을 나타낸다. 추가 기술에 대해서는, 하기를 참고한다: Jonsson et al. (1993) Ann. Biol . Clin. 51:19-26.
"생체층 간섭법"은 바이오센서 팁 및 내부 참조 층 상에 고정된 단백질의 층으로부터 반사된 광의 간섭 패턴을 분석하는 광학 분석적 기술을 지칭한다. 바이오센서 팁에 결합된 분자의 수의 변화는 실시간으로 측정될 수 있는 간섭 패턴에서의 전이를 야기한다. 생체층 간섭법을 위한 비제한적인 예시적인 디바이스는 ForteBio Octet® RED96 시스템 (Pall Corporation)이다. 참고: 예를 들면, Abdiche et al., 2008, Anal. Biochem . 377: 209-277.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "kon"는 항원에 대한 항체의 회합에 대한 속도 상수를 지칭한다. 구체적으로, 속도 상수 (kon 및 koff) 및 평형 해리 상수는 1가 ICOS 항원을 갖는 IgG (2가)를 사용하여 측정된다. "Kon", "kon", "결합 속도 상수", 또는 "ka"는 본 명세서에서 상호교환적으로 사용된다. 값은 결합 단백질 대 그것의 표적 항원의 결합 비 또는 항체와 항원 사이의 착물 형성의 비를 나타내고, 방정식에 의해 나타내어 진다:
항체("Ab”)+항원("Ag”)→Ab-Ag.
본원에서 사용된 바와 같이, 용어 "koff"는 항체/항원 복합체로부터 항체의 해리에 대한 속도 상수를 지칭한다. koff는 또한 "Koff" 또는 "해리 속도 상수"로 나타내어 진다. 이러한 값은, 하기 방정식에서 나타난 바와 같이, Ab-Ag 복합체의 경시적 유리 항체 및 항원으로의 분리 또는 이의 표적 항원으로부터의 항체의 해리 비율을 표지한다:
Ab+Ag←Ab-Ag.
용어 "생물학적 활성"은 (천연적으로 생체내에서 발견되는 것으로 존재하든 재조합 수단에 의해 제공되거나 또는 있을 수 있는) 분자의 임의의 하나 또는 그 이상의 생물학적 특성을 지칭한다. 생물학적 특성은, 비제한적으로 수용체를 결합하는 것, 세포 증식을 유도하는 것, 세포 성장을 억제하는 것, 다른 사이토카인을 유도하는 것, 세포사멸 및 효소 활성을 유도하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, ICOS 단백질의 생물학적 활성은, 예를 들면, Th1 및 Th2 세포와 관련된 세포 증식 및 사이토카인 분비의 공자극; Treg 세포의 조절; 전사 인자 유전자 발현의 조절을 포함하는 T 세포 분화에 대한 영향; PI3K 및 AKT 경로를 통한 신호전달의 유도; 및 ADCC를 매개하는 것을 포함한다
"친화성 성숙된” 항체는 항원에 대한 항체의 친화성을 개선시키는 변화를 갖지 않는 친계 항체와 비교하여, 하나 이상의 CDR에서 하나 이상의 변화를 갖는 항체를 지칭한다.
본원에 사용된 "키메라" 항체는 중쇄 및/또는 경쇄의 일부는 특정 공급원 또는 종으로부터 유도되는 반면 나머지 중쇄 및/또는 경쇄의 적어도 일부는 상이한 공급원 또는 종으로부터 유도되는 항체를 나타낸다. 일부 구현예에서, 키메라 항체는, 제1 종 (예컨대 마우스, 랫트, 시노몰구스 원숭이, 등) 유래의 적어도 하나의 가변 영역 및 제2 종 (예컨대 인간, 시노몰구스 원숭이, 등) 유래의 적어도 하나의 불변 영역을 포함하는 항체를 지칭한다. 일부 구현예에서, 키메라 항체는 적어도 하나의 마우스 가변 영역 및 적어도 하나의 인간 불변 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 키메라 항체는 적어도 하나의 시노몰구스 가변 영역 및 적어도 하나의 인간 불변 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 키메라성 항체의 모든 가변 영역은 제1 종으로부터 유래하고 그리고 키메라성 항체의 모든 불변 영역은 제2 종으로부터 유래한다. 키메라성 작제물은 또한 전술한 바와 같이 기능적 단편일 수 있다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이 "인간화된 항체"는 비-인간 가변 영역의 프레임워크 영역 내의 적어도 1종의 아미노산이 인간 가변 영역으로부터의 대응하는 아미노산으로 대체되어 진 항체를 지칭한다. 일부 구현예에서, 인간화 항체는 적어도 하나의 인간 불변 영역 또는 이의 단편을 포함한다. 일부 구현예에서, 인간화된 항체는 항체 단편, 예컨대 Fab, scFv, (Fab')2, 등이다. 용어 인간화는 또한 하기인 비-인간 (예를 들면, 뮤린) 항체의 형태를 나타낸다: 키메라 면역글로불린, 면역글로불린 쇄, 또는 이의 단편 (예컨대 Fv, Fab, Fab', F(ab')2 또는 기타 항체의 항원-결합 하위서열 (비-인간 면역글로불린의 최소 서열을 함유함). 인간화된 항체는 수령체의 상보성 결정 영역 (CDR)으로부터 잔기가 원하는 특이성, 친화도, 및, 생물학적 활성을 갖는 비-인간 종 (공여체 항체) 예컨대 마우스, 랫트, 또는 토끼의 CDR로부터 잔기로 치환되는 인간 면역글로불린 (수령체 항체)를 포함할 수 있다. 일부 예에서, 인간 면역글로불린의 Fv 프레임워크 영역 (FR) 잔기는 상응하는 비-인간 잔기로 대체된다. 더욱이, 인간화된 항체는, 수령체 항체에서도 수입된 CDR 또는 프레임워크 서열에서도 발견되지 않는 잔기를 포함할 수 있지만, 항체 성능을 추가로 제한 및 최적화하기 위해 포함된다. 일반적으로, 인간화된 항체는 적어도 1종의, 및 전형적으로 2개의 가변 도메인의 실질적으로 모두를 포함할 수 있고, 여기에서 CDR 영역의 모두 또는 실질적으로 모두는 비-인간 면역글로불린의 것에 상응하고 그리고 FR 영역의 모두 또는 실질적으로 모두는 인간 면역글로불린 공통 서열의 것이다. 일부 구현예에서, 인간화 항체는 또한 면역글로불린 불변 구역 또는 도메인(Fc), 통상적으로 인간 면역글로불린의 구역의 적어도 일부를 포함할 수 있다. 인간화된 항체의 다른 형태는, 최초 항체로부터 하나 이상의 CDR "로부터 유도된" 하나 이상의 CDR로 또한 언급되는, 최초 항체에 대하여 변경되는 하나 이상의 CDR (CDR L1, CDR L2, CDR L3, CDR H1, CDR H2, 및/또는 CDR H3)을 갖는다. 인정되는 바와 같이, 인간화된 서열은 그것의 1차 서열에 의해 식별될 수 있고 그리고 항체가 만들어 진 과정을 필연적으로 나타내지는 않는다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이 "CDR-이식된 항체"는 제1 (비-인간) 종의 하나 이상의 상보성 결정 영역 (CDR)이 제2 (인간) 종의 프레임워크 영역 (FR) 상에 그라프팅되어 진 인간화된 항체를 지칭한다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이 "인간 항체"는 인간에서 생산된 항체, 인간 면역글로불린 유전자를 포함하는 비-인간 동물에서 생산된 항체, 예컨대 XenoMouse® 마우스, 및 시험관내 방법, 예컨대 파아지 디스플레이 (문헌 [Vaughan et al., 1996, Nature Biotechnology, 14:309-314; Sheets et al., 1998, Proc. Natl. Acad. Sci. (USA) 95:6157-6162; Hoogenboom and Winter, 1991, J. Mol. Biol., 227:381; Marks et al., 1991, J. Mol. Biol., 222:581])를 사용하여 선택된 항체를 포괄하고, 여기서 상기 항체 레퍼토리는 인간 면역글로불린 서열에 기반된다. 용어 "인간 항체"는 인간 서열인 서열의 속을 나타낸다. 따라서, 본 용어는 항체가 만들어지는 과정을 지정하지 않고 관련된 서열의 속을 지정한다.
"기능적 Fc 영역"은 천연 서열 Fc 영역의 "효과기 기능"을 갖는다. 예시적 "효과기 작용”은 하기를 포함한다: Fc 수용체 결합; C1q 결합; CDC; ADCC; 식세포작용; 세포 표면 수용체 (예를 들어 B 세포 수용체; BCR)의 하향 조절, 등. 그와 같은 효과기 기능은 일반적으로 Fc 영역이 결합 도메인(예를 들면 항체 가변 도메인)과 조합되는 것을 필요로 하며, 다양한 검정을 이용해서 평가될 수 있다.
"천연 서열 Fc 영역"은 자연에서 발견되는 Fc 영역의 아미노산 서열과 동일한 아미노산 서열을 포함한다. 천연 서열 인간 Fc 영역에는 천연 서열 인간 IgG1 Fc 영역(비-A 및 A 동종이인자형); 천연 서열 인간 IgG2 Fc 영역; 천연 서열 인간 IgG3 Fc 영역; 및 천연 서열 인간 IgG4 Fc 영역 뿐만 아니라 이들의 천연 발생 변이체가 포함된다.
"변이체 Fc 영역"은 적어도 하나의 아미노산 변형으로 인하여 천연 서열 Fc 영역의 그것과 상이한 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, "변이체 Fc 영역"은 적어도 하나의 아미노산 변형 때문에 천연 서열 Fc 영역의 것으로부터 상이하지만, 여전히 천연 서열 Fc 영역의 적어도 하나의 효과기 기능을 보유하는 아미노산 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 변이체 Fc 영역은 천연 서열 Fc 영역에 또는 친계 폴리펩티드의 Fc 영역에 비교된 적어도 하나의 아미노산 치환, 예를 들면 천연 서열 Fc 영역에서 또는 친계 폴리펩티드의 Fc 영역에서 약 1 내지 약 10 아미노산 치환, 및 바람직하게는 약 1 내지 약 5 아미노산 치환을 갖는다. 일부 구현예에서, 본원에서 변이체 Fc 영역은 천연 서열 Fc 영역 및/또는 모 폴리펩티드의 Fc 영역과 적어도 약 80% 서열 동일성, 그와 적어도 약 90% 서열 동일성, 그와 적어도 약 95%, 적어도 약 96%, 적어도 약 97%, 적어도 약 98%, 또는 적어도 약 99% 서열 동일성을 소유할 것이다.
"Fc 수용체" 또는 "FcR"은 항체의 Fc 영역에 결합하는 수용체를 기술한다. 일부 구현예에서, FcγR은 천연 인간 FcR이다. 일부 구현예에서, FcR은 IgG 항체 (감마 수용체)에 결합하고 대립유전자 변이체를 포함한 FcγRI, FcγRII, 및 FcγRIII 하위부류의 수용체 및 대안적으로 상기 수용체의 스플라이싱된 형태를 포함하는 것이다. FcγRII 수용체는 FcγRIIA ("활성화 수용체”) 및 FcγRIIB ("억제 수용체”)를 포함하고, 이는 이의 세포질 도메인 내에서 주로 상이한 유사한 아미노산 서열을 갖는다. 활성화 수용체 FcγRIIA는 그것의 세포질 도메인에 면역수용체 티로신-기재 활성화 모티프 (ITAM)를 함유하고 억제 수용체 FcγRIIB는 그것의 세포질 도메인에 면역수용체 티로신-기재 저해 모티프 (ITIM)를 함유한다. (참고: 예를 들면, Daeron, Annu . Rev. Immunol. 15:203-234 (1997)). FcR은 하기에 검토된다: 예를 들어, Ravetch and Kinet, Annu . Rev. Immunol 9:457-92 (1991); Capel et al., Immunomethods 4:25-34 (1994); 및 de Haas et al., J. Lab. Clin . Med. 126:330-41 (1995). 향후 식별될 것들을 포함하는 다른 FcR이 본원에서 용어 "FcR"에 포괄된다.
용어 " Fc 수용체” 또는 "FcR"에는 또한 신생아 수용체, FcRn이 포함되며, 이는 하기에 관여한다: 모계 IgG의 태아로의 전달 (Guyer et al., J. Immunol. 117:587 (1976) 및 Kim et al., J. Immunol. 24:249 (1994)) 및 면역글로불린의 항상성 조절. FcRn로의 결합을 측정하는 방법이 공지된다 (예를 들어, 참고: Ghetie and Ward., Immunol . Today 18(12):592-598 (1997); Ghetie et al., Nature Biotechnology, 15(7):637-640 (1997); Hinton et al., J. Biol . Chem . 279(8):6213-6216 (2004); WO 2004/92219 (Hinton et al.).
"효과기 기능"은 항체의 Fc 영역에 기인할 수 있는 생물학적 활성을 지칭하며, 이것은 항체 이소형에 따라 가변한다. 항체 효과기 기능의 예는 하기를 포함한다: C1q 결합 및 보체 의존적 세포독성 (CDC); Fc 수용체 결합; 항체-의존적 세포-매개된 세포독성 (ADCC); 식세포작용; 세포 표면 수용체의 하향 조절 (예를 들면, B 세포 수용체); 및 B 세포 활성화.
"인간 효과기 세포"는 하나 이상의 FcRs을 발현하고 효과기 기능을 수행하는 백혈구이다. 일부 구현예에서, 세포는 적어도 FcγRIII을 발현시키고 ADCC 효과기 기능(들)을 수행한다. ADCC를 매개하는 인간 백혈구의 예는 말초 혈액 단핵 세포 (PBMC), 자연 살해 (NK) 세포, 단핵구, 세포독성 T 세포, 및 호중구를 포함한다. 효과기 세포는 천연 공급원으로부터, 예를 들면, 혈액으로부터 단리될 수 있다.
"항체-의존적 세포-매개된 세포독성" 또는 "ADCC"는 특정 세포독성 세포 (예를 들면 NK 세포, 중성구, 및 마크로파지)에 존재한 Fc 수용체 (FcR) 상에서 결합된 분비된 Ig가 이들 세포독성 효과기 세포를 항원-보유 표적 세포에 특이적으로 결합시킬 수 있고 그 뒤에 표적 세포를 세포독소로 사멸시킬 수 있는 세포독성의 형태를 지칭한다. ADCC, NK 세포 매개용 1차 세포는 FcγRIII 만을 발현하고, 반면에 단핵구는 FcγRI, FcγRII 및 FcγRIII을 발현한다. 조혈 세포상의 FcR 발현은 다음 문헌의 464 페이지 상의 표 3에 요약되어 있다: Ravetch and Kinet, Annu. Rev. Immunol 9:457-92 (1991). 해당 분자의 ADCC 활성을 평가하기 위해, 예컨대 하기에 기재된, 시험관내 ADCC 검정이 수행될 수 있다: 미국 특허 번호 5,500,362 또는 5,821,337 또는 미국 특허 번호 6,737,056 (Presta). 상기 검정을 위한 유용한 효과기 세포는 PBMC 및 NK 세포를 포함한다. 대안적으로, 또는 부가적으로, 관심 분자의 ADCC 활성은 하기와 같이 생체내 평가된다: 예를 들면, 하기에 기술된 바와 같은 동물 모델: Clynes et al. Proc . Natl . Acad . Sci . (USA) 95:652-656 (1998). 변경된 Fc 영역 아미노산 서열을 갖는 추가의 폴리펩티드 변이체 (변이체 Fc 영역을 갖는 폴리펩티드) 및 증가된 또는 감소된 ADCC 활성은, 예를 들면, 하기에 기재된다: 번호 7,923,538, 및 미국 특허 번호 7,994,290.
"보체의존적 세포독성" 또는 "CDC"는 보체의 존재하에 표적 세포의 용해를 지칭한다. 고전적 보체 경로의 활성화는, 그의 동족 항원에 결합되는, (적절한 하위부류의) 항체에 보체 시스템 (C1q)의 제1 구성요소의 결합에 의해 개시된다. 보체 활성화를 평가하기 위해, 예를 들면 하기에 기술된 CDC 분석이 수행될 수 있다: Gazzano-Santoro et al., J. Immunol . Methods 202:163 (1996). 변경된 Fc 영역 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드 변이체 (변이체 Fc 영역을 갖는 폴리펩티드) 및 증가된 또는 감소된 C1q 결합 능력은, 예를 들면, 하기에 기재된다: 번호 6,194,551 B1, 미국 특허 번호 7,923,538, 미국 특허 번호 7,994,290 및 WO 1999/51642. 또한 예를 들어, 하기를 참고한다: Idusogie et al., J. Immunol . 164: 4178-4184 (2000).
"변경된" FcR 결합 친화도 또는 ADCC 활성을 이용한 변이체 IgG Fc를 갖는 폴리펩티드는 천연 서열 Fc 영역을 포함한 폴리펩티드 또는 친계 폴리펩티드에 비교된 증진된 또는 감쇠된 FcR 결합 활성 및/또는 ADCC 활성을 갖는 것이다. FcR에 대해 "증가된 결합을 나타내는" 폴리펩티드 변이체는 친계 폴리펩티드보다 더 나은 친화도로 적어도 1종의 FcR를 결합한다. FcR에 대해 "감소된 결합을 나타내는" 폴리펩티드 변이체는 친계 폴리펩티드보다 보다 낮은 친화도로 적어도 1종의 FcR를 결합한다. FcR에 대해 감소된 결합을 나타내는 이러한 변이체는 FcR에 적은 또는 주목할 만하지 않은 결합, 예를 들면, 천연 서열 IgG Fc 영역에 비교하여 FcR에 0-20% 결합을 가질 수 있다.
친계 항체에 비해 "인간 효과기 세포의 존재 하에 항체-의존적 세포-매개 세포독성(ADCC)을 더 효과적으로 매개하는" 폴리펩티드 변이체는 검정에서 사용된 폴리펩티드 변이체 및 친계 항체의 양이 동일한 경우, 시험관내 또는 생체내에서 ADCC의 매개에 있어서 실질적으로 더 효과적인 것이다. 일반적으로, 그와 같은 변이체는 본원에 개시된 시험관내 ADCC 분석을 이용하여 식별될 것이지만, ADCC 활성을 계측하기 위한, 예를 들면 동물 모델 등에서의 다른 검정 또는 방법이 고려된다.
본원에 사용되는 용어 "실질적으로 유사한” 또는 "실질적으로 동일한"은 2 이상의 수치 값 사이에 충분히 높은 정도의 유사성이 있어서, 당해기술의 숙련가가 2 이상의 값 사이의 차이가 상기 값들에 의해 측정되는 생물학적 특징의 상황 내에서 생물학적 및/또는 통계학적 유의도가 거의 또는 전혀 없는 것으로 간주하는 것을 의미한다. 일부 구현예에서, 2 이상의 실질적으로 유사한 값은 약 5%, 10%, 15%, 20%, 25%, 또는 50% 중 임의의 하나 이하 만큼 상이하다.
본원에 사용된 어구 "실질적으로 상이한"은 두 개의 수치 값 사이에 충분히 높은 정도의 상이성이 있어서, 당해기술의 숙련가가 두 값 사이의 차이를 상기 값들에 의해 측정되는 생물학적 특징들이 상황 내에서 통계학적 유의도가 있다고 간주하는 것을 의미힌다. 일부 구현예에서, 2 이상의 상이한 수치 값은 약 10%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 또는 100% 중 임의의 하나 초과 만큼 실질적으로 상이하다.
본원에 사용된 어구 "실질적으로 감소된"은 수치 값과 참조 수치 값 사이에 충분히 높은 정도의 감소가 있어서, 당해기술의 숙련가가 두 값 사이의 차이를 상기 값들에 의해 측정되는 생물학적 특징들이 상황 내에서 통계학적 유의도가 있다고 간주하는 것을 의미힌다. 일부 구현예에서, 실질적으로 감소된 수치값은, 참조 값과 비교하여, 약 10%, 20%, 25%, 30%, 35%, 40%, 45%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 또는 100% 중 임의의 하나 초과 만큼 감소된 것이다.
용어 "리더 서열"은 포유동물 세포로부터 폴리펩티드의 분비를 용이하게 하는 폴리펩티드의 N-말단에 위치한 아미노산 잔기의 서열을 지칭한다. 리더 서열은 포유동물 세포로부터 폴리펩티드의 누출시 절단될 수 있어 성숙한 단백질을 형성할 수 있다. 리더 서열은 천연 또는 합성일 수 있고, 그리고 이들은 이들이 부착되는 단백질에 이종성 또는 상동성일 수 있다.
"천연 서열 폴리펩티드"는, 천연에서 발견되는 폴리펩티드와 상동한 아미노산 서열을 갖는 폴리펩티드를 포함한다. 따라서, 천연 서열 폴리펩티드는 임의의 포유동물로부터 천연 발생 폴리펩티드의 아미노산 서열을 가질 수 있다. 상기 천연 서열 폴리펩티드는 천연으로부터 단리될 수 있으며, 재조합 또는 합성 수단에 의하여 생산될 수 있다. 용어 "천연 서열” 폴리펩티드는 구체적으로 하기를 포괄한다: 폴리펩티드 (예컨대, 세포외 도메인 서열)의 천연-발생 절단된 또는 분비 형태, 폴리펩티드의 천연 발생 변이체 형태 (예컨대, 대안적으로 스플라이싱된 형태) 및 천연 발생 대립유전자 변이체.
폴리펩티드 "변이체"는 최대 퍼센트의 서열 동일성을 달성하기 위해 서열을 정렬하고, 필요하면 갭을 도입한 후 그리고 서열 동일성의 일부로 임의의 보존적 치환을 고려함이 없이 천연 서열 폴리펩티드와 적어도 약 80% 아미노산 서열 동일성을 가지는 생물학적 활성 폴리펩티드를 의미한다. 이러한 변이체는, 예를 들면, 하나 이상의 아미노산 잔기가 폴리펩티드의 N 또는 C-말단에서 첨가되거나, 또는 결실된 폴리펩티드를 포함한다. 일부 구현예에서, 변이체는 적어도 약 80% 아미노산 서열 동일성을 가질 것이다. 일부 구현예에서, 변이체는 적어도 약 90% 아미노산 서열 동일성을 가질 것이다. 일부 구현예에서, 변이체는 천연 서열 폴리펩티드와 적어도 약 95% 아미노산 서열 동일성을 가질 것이다.
본원에 사용된 바와 같이, 펩티드, 폴리펩티드 또는 항체 서열과 관련하여 "퍼센트 (%) 아미노산 서열 동일성” 및 "상동성”은 서열을 정렬하고 갭을 도입한 후, 필요하다면 최대 퍼센트 서열 동일성을 성취하기 위해 정렬한 후 특정 펩티드 또는 폴리펩티드 서열에서 아미노산 잔기와 동일한 후보 서열에서 아미노산 잔기의 백분율로서 정의되고 서열 동일성의 일부로서 임의의 보존성 치환을 고려하지 않는다. 아미노산 서열 동일성 퍼센트를 계측하기 위한 목적으로의 정렬은, 예를 들면, BLAST, BLAST-2, ALIGN 또는 MEGALIGNTM (DNASTAR) 소프트웨어와 같은 공개적으로 이용 가능한 컴퓨터 소프트웨어를 사용하여 당업계의 재량 내에 있는 다양한 방식으로 달성될 수 있다. 당업자는 정렬을 계측하기 위하여, 비교되는 서열의 전장에 걸쳐서 최대 정렬을 달성하는 데 필요한 임의의 알고리즘을 포함하여, 적절한 파라미터를 결정할 수 있다.
아미노산 치환은, 비제한적으로, 폴리펩티드 내 하나의 아미노산을 다른 아미노산으로의 대체를 포함할 수 있다. 예시적 치환은 표 1에 나타나 있다. 아미노산 치환이 관심 항체 내로 도입될 수 있고, 원하는 활성, 예를 들어, 유지된/개선된 항원 결합, 감소된 면역원성, 또는 개선된 ADCC 또는 CDC에 대하여 스크리닝될 수 있다.
원래 잔기 예시적인 치환
Ala (A) Val; Leu; Ile
Arg (R) Lys; Gln; Asn
Asn (N) Gln; His; Asp, Lys; Arg
Asp (D) Glu; Asn
Cys (C) Ser; Ala
Gln (Q) Asn; Glu
Glu (E) Asp; Gln
Gly (G) Ala
His (H) Asn; Gln; Lys; Arg
Ile (I) Leu; Val; Met; Ala; Phe; 노르류신
Leu (L) 노르류신; Ile; Val; Met; Ala; Phe
Lys (K) Arg; Gln; Asn
Met (M) Leu; Phe; Ile
Phe (F) Trp; Leu; Val; Ile; Ala; Tyr
Pro (P) Ala
Ser (S) Thr
Thr (T) Val; Ser
Trp (W) Tyr; Phe
Tyr (Y) Trp; Phe; Thr; Ser
Val (V) Ile; Leu; Met; Phe; Ala; 노르류신
아미노산은 통상의 측쇄 성질에 따라 그룹화될 수 있다:
(1) 소수성: 노르류신, Met, Ala, Val, Leu, Ile;
(2) 중성 친수성: Cys, Ser, Thr, Asn, Gln;
(3) 산성: Asp, Glu;
(4) 염기성: His, Lys, Arg;
(5) 쇄 배향에 영향을 주는 잔기: Gly, Pro;
(6) 방향족: Trp, Tyr, Phe.
비보존적 치환은 다른 부류에 대한 이들 부류 중 하나의 구성원을 교환하는 것을 수반할 것이다.
용어 "벡터"는 숙주 세포에서 번식될 수 있는 폴리뉴클레오티드 또는 클로닝된 폴리뉴클레오티드를 함유하도록 가공될 수 있는 폴리뉴클레오티드를 기술하기 위해 사용된다. 벡터는 하기 요소 중 하나 이상을 포함할 수 있다: 복제 기점, 대상의 폴리펩티드의 발현을 조절하는 하나 이상의 조절 서열 (예컨대, 예를 들면, 프로모터 및/또는 인핸서), 및/또는 하나 이상의 선택가능한 마커 유전자 (예컨대, 예를 들면, 항생제 내성 유전자 및 비색계 검정에서 사용될 수 있는 유전자, 예를 들면, β-갈락토시다아제). 용어 "발현 벡터"는 숙주 세포에서 대상의 폴리펩티드를 발현하기 위해 사용된 벡터를 지칭한다.
"숙주 세포"는 벡터 또는 단리된 폴리뉴클레오티드의 수령체일 수 있거나 또는 수령체인 세포를 지칭한다. 숙주 세포는 원핵 세포 또는 진핵 세포일 수 있다. 예시적인 진핵 세포는 포유동물 세포, 예컨대 영장류 또는 비-영장류 동물 세포; 진균 세포, 예컨대 효모; 식물 세포; 및 곤충 세포를 포함한다. 비제한으로 예시적인 포유동물 세포는, 비제한적으로 NSO 세포, PER.C6® 세포 (Crucell), 및 293 및 CHO 세포, 및 이들의 유도체들, 예컨대 293-6E 및 DG44 세포 각각을 포함한다. 숙주 세포는 단일 숙주 세포의 자손을 포함하고, 그리고 상기 자손은 필연적으로 천연, 우연, 또는 고의 돌연변이로 인해 최초 친계 세포와 (형태학으로 또는 게놈 DNA 보체로) 완전히 동일하지 않을 수 있다. 숙주 세포는 본원에 제공된 폴리뉴클레오티드(들)로 생체내 형질감염된 세포를 포함한다.
본원에 사용된 용어 "단리된"은, 전형적으로 천연에서 발견되거나 생산되는 성분 중 적어도 일부로부터 분리된 분자를 지칭한다. 예를 들면, 폴리펩티드는 이것이 생산되어 진 세포의 성분의 적어도 일부로부터 이것이 분리될 때 "단리된"으로 지칭된다. 폴리펩티드가 발현 후 세포에 의해 분비되는 경우, 이것을 생산한 세포로부터 폴리펩티드를 함유하는 상청액을 물리적으로 분리하는 것은 폴리펩티드를 "단리하는 것"으로 간주된다. 유사하게, 전형적으로 천연에서 발견되거나, 또는 생산된 세포의 성분 중 적어도 일부로부터 분리된 보다 큰 폴리뉴클레오티드 (예컨대, 예를 들어, 게놈 DNA 또는 미토콘드리아 DNA (DNA 폴리뉴클레오티드의 경우)), 예를 들어, RNA 폴리뉴클레오티드의 경우 폴리뉴클레오티드가 "단리된" 것으로서 지칭된다. 따라서, 숙주 세포 내의 벡터에 함유된 DNA 폴리뉴클레오티드는 "단리된"으로 지칭될 수 있다.
용어들 "개체" 또는 "대상체"는 동물; 예를 들면 포유동물을 지칭하기 위해 본 명세서에서 상호교환적으로 사용된다. 일부 구현예에서, 비제한적으로, 인간, 설치류, 유인원, 고양이, 갯과, 말, 소, 돼지, 양, 염소, 포유동물 실험실 동물, 포유동물 농장 동물, 포유동물 스포츠 동물, 및 포유동물 애완동물을 포함하는, 포유동물을 치료하는 방법이 제공된다. 일부 예에서, "개체" 또는 "대상체"는 질환 또는 장애에 대해 치료의 필요성이 있는 개체 또는 대상체를 지칭한다. 일부 구현예에서, 치료를 받는 대상체는 상기 대상체가 치료에 관련성 있는 장애를 가지거나 또는 장애에 걸릴 적절한 위험이 있는 것으로 식별된 사실을 나타내는 환자일 수 있다.
본원에 사용된 바와 같은 용어 "샘플,” 또는 "환자 샘플”은 예를 들어, 물리적, 생화학적, 화학적 및/또는 생리학적 특성을 기준으로 특성 분석되고/되거나 식별되어야 만하는 세포 및/또는 다른 분자 실체를 함유하는 목적하는 대상체로부터 수득되거나 유래된 조성물을 언급한다. 예를 들어, 어구 "질환 샘플" 및 이의 변화는 특성화되는 세포성 및/또는 분자 독립체를 함유하기 위해 공지된 또는 예상될 해당 대상체로부터 수득된 임의의 샘플을 지칭한다. "조직 또는 세포 샘플"은 대상체 또는 환자의 조직으로부터 수득된 유사한 세포의 집합을 의미한다. 조직 또는 세포 샘플의 공급원은 신선, 냉동 및/또는 보존 장기 또는 조직 샘플 또는 생검 또는 흡입액에서 유래된 것과 같은 고체 조직; 혈액 또는 모든 혈액 구성성분; 체액, 예컨대 뇌척수액, 양수, 복막액 또는 세포간질액; 개체의 임신 또는 발달 중 어느 시점에서 유래된 세포일 수 있다. 조직 샘플은 또한 원발성 또는 배양된 세포 또는 세포주일 수 있다. 임의로, 조직 또는 세포 샘플은 질환 조직/장기로부터 수득된다. 상기 조직 샘플은 자연적으로 상기 조직과 혼합되지 않는 화합물, 예컨대 보존제, 항응고제, 완충용액, 고정액, 영양분, 항생제 등을 함유할 수 있다.
본원에서 사용되는 "기준 샘플", "기준 세포" 또는 "기준 조직"은 질병 또는 상태를 겪지 않는 것으로 알고 있거나, 또는 믿고 있는 출처로부터 얻은 샘플, 세포 또는 조직을 말하며, 본 방법 또는 조성물은 이러한 질병 또는 상태를 식별하는데 사용된다. 일부 구현예에서, 기준 샘플, 기준 세포 또는 기준 조직은 본 발명의 조성물 또는 방법을 사용하여 식별되는 질환 또는 상태를 갖는 동일한 대상 또는 환자의 신체중 건강한 부분으로부터 얻어진다. 일부 구현예에서, 기준 샘플, 기준 세포 또는 기준 조직은 본 발명의 조성물 또는 방법을 사용하여 식별되는 질환 또는 상태를 갖는 대상체 또는 환자가 아닌 하나 이상의 개체의 신체중 건강한 부분으로부터 얻어진다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이 "질환" 또는 "장애"는 치료가 필요한 및/또는 요망되는 상태를 지칭한다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "암" 및 "종양"은 동물에 있어 임의의 비정상 세포 또는 조직 성장 또는 증식을 지칭하는 교환가능한 용어들이다. 본 명세서에서 사용된 바와 같이, 용어들 "암" 및 "종양"은 고형 및 혈액/림프 암을 포괄하고 그리고 또한 악성, 예비-악성, 및 양성 성장, 예컨대 이형성증을 표괄한다. 암의 예에는 비제한적으로, 암종, 림프종, 아세포종, 육종, 및 백혈병이 포함된다. 상기 암의 더욱 특정한 비제한적 예시는 하기를 포함한다: 편평상피 세포암, 소세포 폐암, 뇌하수체암, 식도암, 성상세포종, 연조직 육종, 비-소세포 폐암, 폐의 선암종, 폐의 편평상피암종, 복막의 암, 간세포암, 위장관암, 췌장암, 교모세포종, 자궁경부암, 난소암, 간암, 방광암, 간세포암, 유방암, 결장암, 결장직장암, 자궁내막 또는 자궁 암종 (자궁 체부 내막 암종 포함), 타액 선 암종, 신장암, 신장암, 간암, 전립선암, 외음주암, 갑상선암, 간암종, 뇌암, 고환암, 담관 암종, 담낭 암종, 위암, 흑색종, 및 다양한 유형의 두경부암.
본원에서 사용된 바와 같이, "치료"는 유익한 또는 원하는 임상 결과를 수득하기 위한 접근법이다. 본 명세서에서 사용된 바와 같이, "치료"는 인간을 포함하는 포유동물에서 질환에 대한 치료적인 임의의 투여 또는 적용을 포함한다. 본 개시내용의 목적상, 유익한 또는 목적 임상 결과는, 비제한적으로: 하나 이상의 증상의 완화, 질환 정도의 약화, 질환의 퍼짐 (예를 들면, 전이, 예를 들면 폐 또는 림프절로 전이)을 예방하거나 지연하는 것, 질환의 재발을 예방하거나 지연하는 것, 질환 진행의 지연 또는 늦추는 것, 질환 상태의 완화, 질환 또는 질환의 진행을 억제하는 것, 질환 또는 그것의 진행을 억제하거나 늦추는 것, 그것의 전개를 억지하는 것 및 (부분적이든 또는 전체적이든 간에) 차도 중 임의의 1종 이상을 포함한다. 또한 "치료"에 의해 포괄되는 것은 증식성 질환의 병리적 결과의 감소이다. 본 명세서에서 제공된 방법은 치료의 이들 측면 중 임의의 1종 이상을 고려한다. 상기와 병행하여, 용어 치료는 장애의 모든 측면을 100 퍼센트 제거를 요하지 않는다.
"완화"는 항-ICOS 항체 비투여와 비교시 하나 이상의 증상의 감소 또는 개선을 의미한다. "완화"는 또한 증상의 지속시간 단축 또는 감소를 포함한다.
암의 맥락에서, 용어 "치료하는"은: 암세포의 성장을 억제하는 것, 암세포의 복제를 억제하는 것, 전체 종양 부하의 감소 및 질환과 관련된 하나 이상의 증상을 완화하는 것 중 임의의 하나 또는 모두를 포함한다.
용어 "생물학적 샘플"은 생물 또는 이전의 생물 유래의 일정량의 물질을 의미한다. 이러한 물질은, 비제한적으로 혈액, (예를 들면, 전혈), 혈장, 혈청, 소변, 양수, 활막 유체, 내피 세포, 백혈구, 단핵구, 다른 세포, 기관, 조직, 골수, 림프절 및 비장을 포함한다.
"ICOS의 상승된 수준"을 가지거나 또는 "상승된 수준으로 ICOS를 발현하거나" 또는 "ICOS고"인 샘플은, 일부 구현예에서, 당해 분야의 숙련가가 암이 본 명세서에서 제공된 항체와 같은 항-ICOS 요법으로 치료가능할 수 있는 것으로 결론지을 수 있도록 되는 ICOS의 수준인 것을 의미한다.　 일부 구현예에서, "상승된 수준의 ICOS"는 종양 샘플 내 1%의 세포가 ICOS에 대한 염색을 나타내는 것이다.　 일부 구현예에서, ICOS에 관한 "높은 수준"은 종양 샘플 내 세포의 1% 이상의 염색, 예를 들어, 1, 5, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 또는 100%의 염색을 나타내는 것이다.　일부 구현예에서, ICOS 수준은 발색 IHC 또는 면역형광 IHC (아쿠아 평점)에 의해 측정될 수 있다.
"ICOS를 발현하거나" 또는 "ICOS에 대해 양성 염색"을 가지거나 또는 "ICOS 양성"인 샘플은, 일부 구현예에서, 샘플 내 1% 이상의 세포가 ICOS에 대한 염색을 나타내는 것을 의미한다.　 일부 구현예에서, ICOS 양성인 샘플은 (ICOS의 막 발현에 기반하여) 적어도 약한, 중간 정도의, 및/또는 강한 세포 염색을 나타낸다.　 ICOS에 대한 중간 또는 강한 정도의 세포 염색을 갖는 샘플은 또한 ""ICOS고”인 것으로 고려된다.
"낮은 수준의 PD-L1"을 가지거나 또는 "낮은 수준으로 PD-L1을 발현하거나" 또는 "PD-L1저"인 샘플은 PD-L1의 수준이 PD-1 요법으로의 치료에 대해 정상적으로 표시된 암에 대한 역치 발현 수준 아래인 것을 의미한다.　 일부 구현예에서, "낮은 수준의 PD-L1"은 종양 내 세포 중 5% 미만이 PD-L1에 대한 막 염색을 가지는 것이다.　 일부 구현예에서 PD-L1에 관해 "낮은 수준"은 5% 미만 염색으로, 예를 들면, 종양의 4%, 3%, 2%, 1%, 또는 0%의 세포가 염색을 나타낸다.　 일부 구현예에서, PD-L1 수준은 발색 IHC 또는 면역형광 IHC (아쿠아(Aqua) 평점)에 의해 측정될 수 있다. 검출가능한 PD-L1를 발현하지 않는 샘플은 또한 "낮은 수준의 PD-L1을 발현하는 것"으로 언급될 수 있다.　 따라서, 검출가능하지 않은 PD-L1는 용어 "낮은" 내에 포함되어 진다.
"PD-L1의 상승된 수준"을 가지거나 또는 "상승된 수준으로 PD-L1를 발현하거나" 또는 "PD-L1고"인 샘플은 당해 분야의 숙련가가 암이 PD-1 요법으로 치료가능할 수 있는 것으로 결론지을 수 있도록 되는 PD-L1의 수준인 것을 의미한다.　 일부 구현예에서, "상승된 수준의 PD-L1"은 종양 내 5%의 세포 또는 그 이상이 PD-L1의 막 염색을 가지는 것이다.　 일부 구현예에서, PD-L1에 관한 "높은 수준"은 종양 세포의 5% 이상의 염색, 예를 들어, 5, 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 또는 100%의 염색을 나타내는 것이다.　 일부 구현예에서, PD-L1 수준은 발색 IHC 또는 면역형광 IHC (아쿠아(Aqua) 평점)에 의해 측정될 수 있다.
"PD-L1를 발현하거나" 또는 "PD-L1에 대해 양성 염색"을 가지거나 또는 "PD-L1 양성"인 샘플은 1% 이상의 세포가 PD-L1에 대한 막 염색을 갖는 것을 의미한다.　 일부 구현예에서, PD-L1 양성인 샘플은 (PD-L1의 막 발현에 기반하여) 적어도 약한, 중간 정도의, 및/또는 강한 세포 염색을 나타낸다.　 PD-L1에 대한 중간 또는 강한 정도의 세포 염색을 갖는 샘플은 또한 ""PD-L1고”인 것으로 고려된다.
"PD-L1 발현을 결하는" 또는 "PD-L1에 대한 음성 염색"을 가지는 또는 "PD-L1 음성"인 샘플은 샘플 세포의 표면 상에 PD-L1 발현이 IHC, 예컨대 발색 IHC 또는 면역형광 IHC (아쿠아 평점)에 의해 검출불가능하다는 것을 의미한다. PD-L1 음성 샘플은 또한 "PD-L1저"인 것으로 고려된다.
일부 구현예에서, PD-L1의 수준을 측정하기 위한 임의의 방법이 이용될 수 있다. 일부 구현예에서, 이것은 NSCLC에서 PD-L1 발현의 평가에 대해 임상적으로 입증되고 FDA 승인된 시험인 PD-L1 IHC 22C3 pharmDx 시험 (캘리포니아 주 카핀테리아 소재의 닥코 인코포레이션)을 사용하는 것을 포함할 수 있다. PD-L1 IHC 22C3 pharmDx는 포르말린-고정 파라핀-포매된 (FFPE) 비-소세포 폐암 (NSCLC) 조직에서 PD-L1 단백질의 검출에 사용될 수 있는 단클론성 마우스 항-PD-L1 항체, (클론 22C3)을 사용하는 정성적 면역조직화학 검정이다. 본 검정은 오토염색기 링크 48 시스템 상에서 수행될 수 있고 EnVision FLEX 시스템을 사용하여 시각화될 수 있다. PD-L1 단백질 발현은 부분적인 또는 완전한 막 염색을 나타내는 생능 종양 세포의 백분율인 종양 비율 스코어 (TPS)를 사용하여 검정된다. 일부 구현예에서, 생능 종양 세포의 TPS≥50%가 임의의 강도에서 막 염색을 나타내는 경우, 샘플은 PD-L1 양성으로 간주된다. PD-L1 IHC 22C3 pharmDx는 KEYTRUDA® (펨브롤리주맙)로 치료하기 위한 NSCLC 환자를 식별하는데 보조로 표시된다. 펨브롤리주맙에 대한 평점 체계 및 반응에 대한 추가의 세부사항은 Garon 등에 의한 논문에 기재된다. (N Engl J Med 2015;372:2018-28). 일부 구현예에서, NSCLC 환자 샘플은, 종양 비율 스코어가 임의의 강도 (즉 ≥ 1+)에서 생능 세포 도시 막 염색 (부분 또는 완전)의 ≥ 50% 일 경우, PD-L1 발현에 대해 양성인 것으로 고려될 수 있다. 일부 구현예에서, 이것은 항체 클론 22C3에 특이적으로 관련될 수 있다. 일부 구현예에서, TPS가 임의의 세기에서 생능 종양 세포 도시 막 염색의 5% 내지 50%일 경우, 샘플 및/또는 환자는 PD-L1 양성인 것으로 고려된다. 일부 구현예에서, TPS가 임의의 세기에서 생능 종양 세포 도시 막 염색의 ≥ 50%일 경우, 샘플 및/또는 환자는 PD-L1고 인 것으로 고려된다.
용어 "미소부수체 불안정성 높은" 과 "MSI-고"은 하기 5개 마커 (좌위) 중 2개 이상에서 유전적 불안정성 (가령, 미소부수 길이의 증식 또는 감소)을 포함하는 암을 지칭한다: BAT25, BAT26, D5S346, D2S123, 및 D17S250 (PCR 분석에 의하여 계측 시). 참고: 예컨대, Boland et al., 1998, Cancer Res. 58: 5248-5257.
용어 "미소부수체 불안정성 낮은" 과 "MSI-낮음"은 하기 5개 마커 (좌위) 중 1개에서 유전적 불안정성 (가령, 미소부수 길이의 증식 또는 감소)을 포함하는 암을 지칭한다: BAT25, BAT26, D5S346, D2S123, 및 D17S250 (PCR 분석에 의하여 계측 시). 참고: 예컨대, Boland et al., 1998, Cancer Res. 58: 5248-5257.
용어 "미소부수체 불안정성 양성"과 "MSI-양성"이란 MSI-고 또는 MSI-저의 종양을 지칭한다. 면역조직화학염색 (IHC)에서 MLH1, MSH2, PMS2 및 MSH6에서 선택되는 하나 또는 그 이상의 미스매치 치유 단백질이 없다면, 이 암은 MSI 양성으로 간주된다.
용어 "미소부수체 무변성" 과 "MSS"는 하기 5개 마커 (좌위) 중 0개에서 유전적 불안정성 (가령, 미소부수 길이의 증식 또는 감소)을 포함하는 암을 지칭한다: BAT25, BAT26, D5S346, D2S123, 및 D17S250 (PCR 분석에 의하여 계측 시). 참고: 예컨대, Boland et al., 1998, Cancer Res. 58: 5248-5257.
용어 "대조군"은 분석물을 함유하지 않거나 ("음성 대조군") 또는 분석물을 함유하는 것 ("양성 대조군")으로 공지된 조성물 지칭한다. 양성 대조군은 공지된 농도의 분석물을 포함할 수 있다. "대조군", "양성 대조군" 및 "캘리브레이터"는 공지된 농도의 분석물을 포함하는 조성물을 지칭하기 위해 본 명세서에서 상호교환적으로 사용될 수 있다. "양성 대조군"은 검정 성능 특징을 확립하기 위해 사용될 수 있고 그리고 시약 (예를 들면, 분석물)의 완전성의 유용한 지표이다.
"예정된 컷오프" 및 "예정된 수준"은 예정된 컷오프/수준에 대해 검정 결과를 비교함에 의해 진단/예후/치료 효능 결과를 평가하기 위해 사용된 검정 컷오프 값에 대해 일반적으로 언급하고, 여기서 예정된 컷오프/수준은 미리 다양한 임상 파라미터 (예를 들면, 질환의 중증도, 진행/비진행/개선, 등)와 연결되거나 또는 관련되어 진다. 비록 본 개시내용이 예시적인 예정된 수준을 제공할 수 있지만, 컷오프 값은 면역검정의 특성 (예를 들면, 이용된 항체, 등)에 의존하여 다변할 수 있다는 것이 공지된다. 더욱이 당해 분야의 숙련가의 기술 내에서 본 명세서에서 개시사항을 본 개시내용에 기반된 이들 다른 면역검정에 대한 면역검정-특이적 컷오프 값을 얻기 위해 다른 면역검정에 대해 적응시키는 것이 널리 공지되어 있다. 예정된 컷오프/수준의 정확한 값은 검정들 사이에서 다변할 수 있는 반면에, (만일 있다면) 본원에서 기재된 바와 같은 상관관계는 일반적으로 적용될 수 있다.
용어들 "억제" 또는 "억제하다"는 임의의 표현형 특성의 감소 또는 중단 또는 그 특성의 발생률, 정도 또는 가능성의 감소 또는 중단을 지칭한다. "감소" 또는 "억제"하는 것은 참조에 비교하여 활성, 기능, 및/또는 양을 감소하거나, 줄이거나 또는 억제하는 것이다. 일부 구현예에서, "감소하는" 또는 "억제하는"은 20% 이상의 전반적인 감소를 일으키는 능력을 의미한다. 일부 구현예에서, "감소하는" 또는 "억제하는"은 50% 이상의 전반적인 감소를 일으키는 능력을 의미한다. 일부 구현예에서, "감소하는" 또는 "억제하는"은 75%, 85%, 90%, 95% 이상의 전반적인 감소를 일으키는 능력을 의미한다. 일부 구현예에서, 상기에 적시된 양이 일정 기간에 걸쳐 대조군 용량 (예컨대 위약)에 비해 동일한 기간에 걸쳐 억제되거나 또는 감소된다. 본원에 사용된 "참조”는 비교 목적을 위해 사용되는 임의의 샘플, 표준물 또는 수준을 언급한다. 참조는 건강한 및/또는 비-이환 샘플로부터 수득될 수 있다. 일부 예에서, 참조는 비치료된 샘플로부터 수득될 수 있다. 일부 예에서, 참조는 개별적인 대상체의 비-이환된 비-치료된 샘플로부터 수득될 수 있다. 일부 예시에서, 참조는 대상체 또는 환자가 아닌 하나 이상의 건강한 개체로부터 수득된다.
본원에서 사용된 바와 같이, "질환의 발병 지연"은 질환 (예컨대 암)의 진행을 보류, 방해, 지체, 저지, 안정화, 억제, 및/또는 연기하는 것을 의미한다. 상기 지연은 질환의 이력 및/또는 치료받는 개체에 따라 다양한 시간의 길이일 수 있다. 당해분야의 숙련가에게 명백한 바와 같이, 충분한 또는 유의미한 지연은, 사실상, 개체에서 질환이 발병하지 않는다는 점에서, 예방을 포함할 수 있다. 예를 들어, 말기 암, 예컨대 전이의 발병이 지연될 수 있다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, "예방하는"은 질환에 취약할 수 있지만 여전히 질환으로 진단되지 않은 대상체에서의 질환의 발생 또는 재발에 관해 예방을 제공하는 것을 포함한다. 달리 구체화되지 않는 한, 용어들 "감소", "억제" 또는 "예방"은 전 시간에 걸쳐 완전한 예방을 나타내거나 또는 요하지 않는다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 기능 또는 활성을 "억제하는" 것은 대상의 증상 또는 파라미터를 제외하고 그렇지 않은 동일한 증상에 비교될 때, 또는 대안적으로, 또 다른 증상에 비교될 때 기능 또는 활성을 감소하는 것이다. 예를 들면, 종양 성장을 억제하는 항체는 항체의 부재에서 종양의 성장률에 비교하여 종양의 성장률을 감소한다.
물질/분자, 효능제 또는 길항제의 "치료적 유효량"은 인자 예컨대 개체의 질환 상태, 연령, 성별, 및 체중, 및 개체에서 원하는 반응을 유도하기 위한 물질/분자, 효능제 또는 길항제의 능력에 따라 다양할 수 있다. 치료적 유효량은 또한 물질/분자, 효능제 또는 길항제의 임의의 독성 또는 해로운 효과가 치료적으로 유익한 효과보다 덜 우세한 것이다. 치료요법적 유효량은 일회 또는 그 이상의 투여로 전달될 수 있다. "치료적 유효량”은, 원하는 치료적 또는 예방적 결과를 달성하기 위해, 필요한 기간 동안 및 투여량에서, 유효한 양을 지칭한다.
"예방적 유효량"은 원하는 예방 결과를 달성하기 위해 필요한 기간 동안 그러한 투여량에서, 유효한 양을 나타낸다. 초기 질환 병기 전에 또는 이 병기에서 피험체에서 예방학적 용량을 사용할 수 있으므로, 반드시 그런 것은 아니지만 통상적으로 예방학적 유효량은 치료학적 유효량보다 적다.
용어 "약제학적 제제” 및 "약제학적 조성물”은 활성 성분(들)의 생물학적 활성이 유효하도록 허용하는 형태이고, 제형이 투여될 대상체에 허용 불가능하게 독성이 있는 추가 성분을 함유하지 않는 제조물을 나타낸다. 상기 제제는 무균성일 수 있다.
"약제학적으로 허용가능한 담체"는 대상체에의 투여를 위해 "약제학적 조성물"을 함께 포함하는 치료제와 같이 사용을 위한 당해 기술에서 종래의 무독성 고형, 반고형, 또는 액체 충전제, 희석제, 캡슐화 물질, 제형 보조제, 또는 담체를 지칭한다. 약제학적으로 허용가능한 담체는 채용된 투여량 및 농도에서 수용자에게 비-독성이고, 그리고 상기 제제의 다른 성분과 혼화성이다. 약제학적으로 허용가능한 담체는 제형에 대해 적절히 이용된다.
"멸균된" 제형은 무균성이거나 또는 모든 살아있는 미생물 및 그의 포자가 본질적으로 없다.
"PD-1 요법"은 PD-L1 및/또는 PD-L2에 결합하는 PD-1을 조절하는 임의의 요법을 포함한다.　 PD-1 요법은, 예를 들면, PD-1 및/또는 PD-L1과 직접적으로 상호작용할 수 있다.　 일부 구현예에서, PD-1 요법은 PD-1의 활성에 직접적으로 결합하고 및/또는 영향을 미치는 분자를 포함한다.　 일부 구현예에서, PD-1 요법은 PD-L1의 활성에 직접적으로 결합하고 및/또는 영향을 미치는 분자를 포함한다.　 따라서, PD-1 또는 PD-L1에 결합하고 PD-L1에 대한 PD-1의 상호작용을 차단하는 항체는 PD-1 치료제이다.　 PD-1 요법의 목적 하위유형이 의도될 때, 이것은 PD-1과 직접적으로 상호작용하는 분자를 포함하는 요법에 "특이적인 PD-1" 또는, 적절하게는 PD-L1과 직접적으로 상호작용하는 분자에 "특이적인 PD-L1"이라는 어구에 의해 지정될 것이다.　 달리 지정되지 않는 한, PD-1 요법에 관해 본 명세서에서 함유된 모든 개시사항은 일반적으로, PD-1 요법뿐만 아니라 PD-1 특이적 및/또는 PD-L1 특이적 요법에 적용한다.　 비제한적인 예시적인 PD-1 요법은 니볼루맙 (항-PD-1 항체; BMS-936558, MDX-1106, ONO-4538; OPDIVO®; 브리스톨-마이어스 스큅 사); 피딜리주맙 (항-PD-1 항체, 큐어텍 사), 펨브롤리주맙 (항-PD-1 항체; KEYTRUDA®, MK-3475, 람브롤리주맙); 더발루맙 (항-PD-L1 항체, MEDI-4736; 아스트라제네카/메드이뮨 사); RG-7446; MSB-0010718C; AMP-224; BMS-936559 (항-PD-L1 항체; 브리스톨-마이어스 스큅 사); AMP-514; MDX-1105; ANB-011; 항-LAG-3/PD-1; 항-PD-1 Ab (코스팀 사); 항-PD-1 Ab (카드몬 팜 사); 항-PD-1 Ab (이뮤노보 사); 항-TIM-3/PD-1 Ab (아납티스바이오 사); 항-PD-L1 Ab (코스팀/노바티스 사); 아테졸리주맙 (항-PD-L1 항체, 제넨텍/로슈 사); 아벨루맙 (항-PD-L1 항체, MSB0010718C, 화이자 사); KD-033, PD-1 길항제 (아제너스 사); STI-A1010; STI-A1110; TSR-042; 및 프로그래밍된 사망-1 (PD-1) 또는 프로그래밍된 사망 리간드 1 (PD-L1)에 대해 지향된 다른 항체를 포함한다.
용어 "IDO 억제제"는 인돌아민 2,3-디옥시게나제 (IDO)의 활성을 억제하고 이로써 IDO-매개된 면역억제를 역전시킬 수 있는 제제를 지칭한다. IDO 억제제는 IDO1 및/또는 IDO2 (INDOL1)를 억제할 수 있다. IDO 억제제는 가역적 또는 비가역적 IDO 억제제일 수 있다. "가역적 IDO 억제제"는 촉매 부위 또는 비-촉매 부위에서 IDO 효소 활성을 가역적으로 억제하는 화합물이고 "비가역적 IDO 억제제"는 효소와 공유 결합을 형성함에 의해 IDO 효소 활성을 비가역적으로 억제하는 화합물이다. 비제한적인 예시적인 IDO 억제제는 인독시모드 (뉴 링크 제네틱스), INCB024360 (인사이트 코포레이션), 1-메틸-D-트립토판 (뉴 링크 제네틱스), 및 GDC-0919 (제넨텍)를 포함한다.
"키메라성 항원 수용체 T 세포 요법" 또는 "CAR-T 요법"은 종양 세포에 의해 발현된 항원을 인식하는 수용체를 발현하도록 유전적으로 변형된 T 세포를 포함하는 치료제를 지칭한다. 항원은 종양에 의해 구체적으로 발현된 항원 또는 암성 세포와 건강한 조직 모두에 의해 발현된 항원일 수 있다. 일부 구현예에서 CAR-T 요법은 입양 CAR-T 요법으로, 여기서 환자 T 세포는 제거되고 변형되어 키메라성 항원 수용체를 발현하고 그리고 그 다음 환자에게 복귀된다. 참고: 예를 들어, Dai et al., 2016, J Natl Cancer Inst, 108 (7): djv439, doi: 10.1093/jnci/djv439; Gill et al., 2015, Blood Rev, pii: S0268-960X(15)00080-6, doi: 10.1016/j.blre.2015.10.003; Gill et al., 2015, Immunol Rev, 263(1):68-89. doi: 10.1111/imr.12243.
하나 이상의 추가의 치료제와 "병용하는" 투여는 동시(공존) 투여 및 임의의 순서의 연속 또는 순차 투여를 포함한다.
용어 "동시에"는 둘 이상의 치료 제제의 투여를 가리키기 위해 사용되는데, 적어도 투여의 일부가 시간적으로 겹치거나, 또는 일 치료제의 투여가 다른 치료제의 투여에 대해 짧은 기간 내에 속하는 것을 지칭한다. 예를 들면, 2종 이상의 치료제가 약 지정된 수의 분 미만의 시간 간격으로 투여된다.
용어 "순차적으로"는 하나 이상의 제제(들)의 투여가 하나 이상의 다른 제제(들)의 투여를 중단한 후에 계속되는 둘 이상의 치료제의 투여를 지칭하기 위해 본 명세서에서 사용되거나, 또는 여기서 하나 이상의 제제(들)의 투여는 하나 이상의 다른 제제(들)의 투여 전에 시작된다. 예를 들면, 2종 이상의 치료제의 투여는 약 지정된 수의 분 미만의 초과의 시간 간격으로 투여된다.
본원에 사용된 바와 같이, "~와 결합하여"는 기타 치료 양식에 더하여 일 치료 양식을 투여하는 것을 지칭한다. 따라서, "~와 결합하여"는 개체에게 기타 치료 양식을 투여하기 전, 동안, 또는 후의 일 치료 양식을 투여하는 것을 지칭한다.
용어 "패키지 삽입물"은 치료학적 제품의 상업 패키지에 통상적으로 포함되는 설명서를 지칭하기 위해 사용되고 이는 상기 치료학적 제품의 사용에 관한 지적사항, 용도, 투여량, 투여, 조합 치료요법, 사용금지 사항 및/또는 경고에 관한 정보를 함유한다.
"제조 물품”은 적어도 하나의 시약, 예를 들면 본 발명의 바이오마커 유전자 또는 단백질을 특이적으로 검출하기 위한 프로브 또는 질환 또는 장애 (예를 들면, 암)의 치료를 위한 약제를 포함하는 임의의 제조물 또는 키트 (예를 들면, 패키지 또는 용기)이다. 일부 구현예에서, 상기 제조물 또는 키트는 바람직하게는 본 발명의 방법들을 수행하기 위한 단위로서 선전, 유통 또는 판매된다.
용어 "표지"와 "검출가능한 표지"이란 폴리뉴클레오티드 또는 폴리펩티드에 부착된, 검출가능한 반응 (예로써, 폴리뉴클레오티드 증폭 또는 항체 결합)을 부여하는 모이어티를 의미한다. 상기 표지를 포함하는 폴리뉴클레오티드 또는 폴리펩티드는 "검출가능하도록 표지된"것으로 지칭될 수 있다. 따라서, 용어 "표지된 결합 단백질"은 결합 단백질의 식별을 제공하는 편입된 표지를 갖는 단백질을 지칭한다. 용어 "표지된 올리고뉴클레오티드", "표지된 프라이머", "표지된 프로브", 등은 상기 표지된 올리고뉴클레오티드, 프라이머, 또는 프로브를 포함하거나, 또는 이에 하이브리드화되는 핵산을 검출하기 위하여 통합된 표지를 갖춘 폴리뉴클레오티드를 지칭한다. 일부 구현예에서, 표지는 시각적 또는 기기의 수단에 의해 검출가능한 신호를 생산할 수 있는 검출가능한 마커, 예를 들면, 방사선표지된 아미노산 또는 마킹된 아비딘 (예를 들면, 광학 또는 비색 방법에 의해 검출될 수 있는 형광 마커 또는 효소 활성을 함유하는 스트렙타비딘)에 의해 검출될 수 있는 바이오티닐 모이어티의 폴리펩티드에 부착의 합체이다. 표지의 예는, 비제한적으로 하기를 포함한다: 방사선동위원소 또는 방사성핵종 (예를 들면, 3H, 14C, 35S, 90Y, 99Tc, 111In, 125I, 131I, 177Lu, 166Ho, 또는 153Sm); 색원체, 형광 표지 (예를 들면, FITC, 로다민, 란탄족 포스포르), 효소 표지 (예를 들면, 호스래디쉬 페록시다아제, 루시퍼라아제, 알칼리성 포스파타제); 화학발광 마커; 바이오티닐 그룹; 2차 리포터에 의해 기술적으로 인식된 소정된 폴리펩티드 에피토프 (예를 들면, 류신 지퍼 쌍 서열, 2차 항체에 대한 결합 부위, 금속 결합 도메인, 에피토프 태그); 및 자기 제제, 예컨대 가돌리늄 킬레이트. 면역검정을 위해 통상적으로 이용된 표지의 대표적인 예는 광을 생성하는 모이어티, 예를 들면, 아크리디늄 화합물, 및 형광을 생성하는 모이어티, 예를 들면, 플루오레신을 포함한다. 일부 구현예에서, 모이어티 자체는 검출가능하게 표지되지 않을 수 있지만 여전히 또 다른 모이어티와 반응에 의해 검출가능하게 될 수 있다.
용어 "콘주게이트"는 치료 또는 세포독성제과 같은 제2 화학 모이어티에 화학적으로 연결된 항체를 지칭한다. 용어 "제제"는 화합물, 화합물의 혼합물, 생물학적 거대분자, 또는 생물학적 물질로부터 만들어진 추출물을 포함한다. 일부 구현예에서, 치료제 또는 세포독성제는 비제한적으로 하기를 포함한다: 백일해(pertussis) 독소, 탁솔, 시토칼라신 B, 그라미시딘 D, 에티듐 브롬화물, 에메틴, 미토마이신, 에토포시드, 테노포시드, 빈크리스틴, 빈블라스틴, 콜히친, 독소루비신, 다우노루비신, 디히드록시 안트라센디온, 미톡산트론, 미트라마이신, 악티노마이신 D, 1-데히드로테스토스테론, 글루코코르티코이드, 프로카인, 테트라카인, 리도카인, 프로프라놀롤, 퓨로마이신, 그리고 이들의 유사체 또는 동족체. 면역검정의 문맥에서 이용될 때, 콘주게이트 항체는 검출 항체로서 사용된 검출가능하게 표지된 항체일 수 있다.
용어 "증폭"은 핵산 서열 또는 이것의 보완체의 하나 이상의 복사본을 생성하는 과정을 가리킨다. 증폭은 선형 또는 기하급수적(예컨대, PCR)일 수 있다.
본원에 사용되는 "중합효소 연쇄반응" 즉 "PCR" 기법은 일반적으로 핵산, 예컨대 RNA 및/또는 DNA의 특정 영역이 하기에 기술된 바와 같이 증폭되는 절차를 지칭한다: 예를 들어, 미국 특허 번호 4,683,195. 일반적으로, 올리고뉴클레오티드 프라이머는 원하는 일정거리로 떨어져 있는 증폭될 주형의 반대 가닥에 하이브리드화되도록 기획된다. PCR이 특정 RNA 서열, 총 게놈 DNA 유래 특정 DNA 서열, 및 총 세포 RNA에서 전사된 cDNA, 박테리오파아지 또는 플라스미드 서열 등을 증폭하기 위해 사용될 수 있다.
"정량적 실시간 PCR" 또는 "qRT-PCR"이란 증폭된 산물의 양, 또는 상대적인 양이 정량화될 수 있도록 PCR이 실행되는 형태를 지칭한다. 이 기술은 하기를 포함하는 다양한 공보에 기술되었다: Cronin et al., Am. J. Pathol. 164(1):35-42 (2004); 및 Ma et al., Cancer Cell 5:607-616 (2004).
용어 "표적 서열", "표적 핵산", 또는 "표적 핵산 서열"이란 관심대상의 폴리뉴클레오티드 서열, 가령, 예로써, qRT-PCR을 이용한 증폭의 표적이 되는 관심대상의 폴리뉴클레오티드 서열을 일반적으로 지칭한다.
용어 "검출”은 직접 및 간접 검출을 포함하는, 검출의 임의의 수단을 포함한다.
용어 "예측"이란 대상체가 치료제 또는 치료제의 조합에 유리하게 또는 바람직하지 않게 반응할 가능성을 지칭하기 위해 본원에서 사용된다. 일부 구현예에서, 예측은 이러한 반응의 정도와 관련된다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 예측 방법은 특정 대상체에 대해 가장 적절한 치료 양식을 선택함으로써 치료 결정을 내리는 데 사용될 수 있다.
II. 항- ICOS 항체
ICOS에 대해 지향된 항체가 제공된다. 항-ICOS 항체는, 비제한적으로 인간화된 항체, 키메라성 항체, 마우스 항체, 인간 항체, 및 본 명세서에서 논의된 중쇄 및/또는 경쇄 CDR을 포함하는 항체를 포함한다. 일부 구현예에서, ICOS에 결합하는 단리된 항체가 제공된다. 일부 구현예에서, ICOS에 결합하는 단클론성 항체가 제공된다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 효능제 항-ICOS 항체이다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 항-ICOS 항체의 투여는 Teff 세포의 수를 증가; Teff 세포를 활성화; 대상체 내 Treg 세포를 고갈; 및/또는 Teff 세포 대 Treg 세포의 비를 증가시킨다. 일부 구현예에서, Treg 세포는 CD4+ FoxP3+ T 세포이다. 일부 구현예에서, Teff 세포는 CD8+ T 세포이다. 일부 구현예에서, Teff 세포는 CD4+ FoxP3- T 세포 및 CD8+ T 세포이다.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택된 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의 CDR을 포함한다: (a) 서열 번호: 12의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 13의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 14의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 15의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 16의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 17의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택된 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의 CDR을 포함한다: (a) 서열 번호: 42의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 43의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 44의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 45의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 46의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 47의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함하는 6개의 CDR을 포함한다: (a) 서열 번호: 62의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 63의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 64의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 65의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 66의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 67의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택된 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의 CDR을 포함한다: (a) 서열 번호: 22, 62, 72, 82, 92, 102, 및 112로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 23, 63, 73, 83, 93, 103, 및 113로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 24, 64, 74, 84, 94, 104, 및 114로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 25, 65, 75, 85, 95, 105, 및 115로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 26, 66, 76, 86, 96, 106, 및 116으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 27, 67, 77, 87, 97, 107, 및 117로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택된 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의 CDR을 포함한다: (a) 서열 번호: 32, 162, 172, 및 182로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 33, 163, 173, 및 183으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 34, 164, 174, 및 184로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 35, 165, 175, 및 185로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 36, 166, 176, 및 186으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 37, 167, 177, 및 187로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택된 적어도 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6개의 CDR을 포함한다: (a) 서열 번호: 52, 122, 132, 142, 및 152로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 53, 123, 133, 143, 및 153으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 54, 124, 134, 144, 및 154로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 55, 125, 135, 145, 및 155로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 56, 126, 136, 146, 및 156으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 57, 127, 137, 147, 및 157로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 중쇄 가변 영역 및 경쇄 가변 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 중쇄 가변 영역 및 적어도 일부의 중쇄 불변 영역을 포함하는 적어도 하나의 중쇄, 및 경쇄 가변 영역 및 적어도 일부의 경쇄 불변 영역을 포함하는 적어도 하나의 경쇄를 포함한다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: 2개 중쇄 (여기서 각 중쇄는 중쇄 가변 영역 및 적어도 일부의 중쇄 불변 영역을 포함), 및 2개 경쇄 (여기서 각 경쇄는 경쇄 가변 영역 및 적어도 일부의 경쇄 불변 영역을 포함). 본원에 사용된 바와 같이, 단일-쇄 Fv(scFv), 또는 6개의 모든 CDR (3개의 중쇄 CDR 및 3개의 경쇄 CDR)을 포함하는 단일 폴리펩티드 쇄을 포함하는 임의의 다른 항체는 중쇄 및 경쇄를 갖는 것으로 간주된다. 일부 구현예에서, 중쇄는 3개 중쇄 CDR을 포함하는 항-ICOS 항체의 영역이다. 일부 구현예에서, 경쇄는 3개 경쇄 CDR을 포함하는 항-ICOS 항체의 영역이다.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함하는 6개의 CDR을 포함한다: (a) 서열 번호: 12의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 13의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 14의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 15의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 16의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 17의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함하는 6개의 CDR을 포함한다: (a) 서열 번호: 22의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 23의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 24의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 25의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 26의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 27의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함하는 6개의 CDR을 포함한다: (a) 서열 번호: 32의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 33의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 34의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 35의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 36의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 37의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함하는 6개의 CDR을 포함한다: (a) 서열 번호: 42의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 43의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 44의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 45의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 46의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 47의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함하는 6개의 CDR을 포함한다: (a) 서열 번호: 52의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 53의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 54의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 55의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 56의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 57의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함하는 6개의 CDR을 포함한다: (a) 서열 번호: 72의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 73의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 74의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 75의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 76의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 77의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함하는 6개의 CDR을 포함한다: (a) 서열 번호: 82의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 83의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 84의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 86의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 87의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함하는 6개의 CDR을 포함한다: (a) 서열 번호: 92의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 93의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 94의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 95의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 96의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 97의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함하는 6개의 CDR을 포함한다: (a) 서열 번호: 102의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 103의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 104의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 105의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 106의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 107의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함하는 6개의 CDR을 포함한다: (a) 서열 번호: 112의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 113의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 114의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 115의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 116의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 117의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함하는 6개의 CDR을 포함한다: (a) 서열 번호: 122의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 123의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 124의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 125의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 126의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 127의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함하는 6개의 CDR을 포함한다: (a) 서열 번호: 132의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 133의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 134의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 135의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 136의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 137의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함하는 6개의 CDR을 포함한다: (a) 서열 번호: 142의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 143의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 144의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 145의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 146의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 147의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함하는 6개의 CDR을 포함한다: (a) 서열 번호: 152의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 153의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 154의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 155의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 156의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 157의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함하는 6개의 CDR을 포함한다: (a) 서열 번호: 162의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 163의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 164의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 165의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 166의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 167의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함하는 6개의 CDR을 포함한다: (a) 서열 번호: 172의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 173의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 174의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 175의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 176의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 177의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함하는 6개의 CDR을 포함한다: (a) 서열 번호: 182의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 183의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 184의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 185의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 186의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 187의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 상기 기술된 6개 CDR을 포함하고, 그리고 ICOS에 결합한다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는, 포유동물, 예컨대 인간에서 상기 기술된 6개 CDR을 포함하고, ICOS에 결합하고, 그리고 Teff 세포의 수를 증가시키고/시키거나 Teff 세포를 활성화하고/하거나 Treg 세포의 수를 감소시키고/시키거나 Teff 세포 대 Treg 세포의 비율을 증가시킨다. 일부 구현예에서, Treg 세포는 CD4+ FoxP3+ T 세포이다. 일부 구현예에서, Teff 세포는 CD8+ T 세포이다. 일부 구현예에서, Teff 세포는 CD4+ FoxP3- T 세포 및/또는 CD8+ T 세포이다.
일부 구현예에서, 본원에 기술된 항-ICOS 항체와 ICOS에 대한 결합에 대해 경쟁하는 항-ICOS 항체가 제공된다. 일부 구현예에서, 본 명세서에서 제공된 임의의 항체와 결합에 대해 경쟁하는 항체가 제작 및/또는 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 12의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 13의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 14의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 22의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 23의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 24의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 32의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 33의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 34의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 42의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 43의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 44의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 52의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 53의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 54의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 62의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 63의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 64의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 72의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 73의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 74의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 82의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 83의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 84의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 92의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 93의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 94의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 102의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 103의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 104의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 112의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 113의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 114의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 122의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 123의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 124의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 132의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 133의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 134의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 142의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 143의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 144의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 152의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 153의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 154의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 162의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 163의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 164의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 172의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 173의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 174의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 182의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 183의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 184의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 15의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 16의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 17의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 25의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 26의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 27의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 35의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 36의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 37의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 45의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 46의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 47의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 55의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 56의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 57의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 65의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 66의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 67의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 75의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 76의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 77의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 86의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 87의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 95의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 96의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 97의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 105의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 106의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 107의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 115의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 116의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 117의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 125의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 126의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 127의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 135의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 136의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 137의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 145의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 146의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 147의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 155의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 156의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 157의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 165의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 166의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 167의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 175의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 176의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 177의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열을 포함한다: (a) 서열 번호: 185의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 186의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 187의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 본 명세서에서 제공된 임의의 여섯 개 CDR은 작제물에서 총 여섯 개 CDR을 위해, 본 명세서에서 제공된 임의의 다른 CDR과 서브파트로서 조합될 수 있다. 따라서, 일부 구현예에서, 제1 항체로부터 두 개의 CDR (예를 들면, HCDR1 및 HCDR2)은 제2 항체로부터 4개의 CDR (HCDR3, LCDR1, LCDR2, 및 LCDR3)과 조합되어 질 수 있다. 일부 구현예에서, CDR의 하나 이상의 것에서 2 또는 그 미만의 잔기는 이의 변이체를 수득하기 위하여 대체될 수 있다. 일부 구현예에서, 둘 또는 그 미만의 잔기가 CDR의 1, 2, 3, 4, 5, 또는 6에 대체될 수 있다.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 12의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 13의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 14의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: 하기로부터 선택된 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열: (d) 서열 번호: 15의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 16의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 17의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 22의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 23의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 24의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: 하기로부터 선택된 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열: (d) 서열 번호: 25의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 26의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 27의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 32의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 33의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 34의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: 하기로부터 선택된 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열: (d) 서열 번호: 35의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 36의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 37의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 42의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 43의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 44의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: 하기로부터 선택된 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열: (d) 서열 번호: 45의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 46의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 47의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 52의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 53의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 54의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: 하기로부터 선택된 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열: (d) 서열 번호: 55의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 56의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 57의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 62의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 63의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 64의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: 하기로부터 선택된 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열: (d) 서열 번호: 65의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 66의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 67의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 72의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 73의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 74의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: 하기로부터 선택된 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열: (d) 서열 번호: 75의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 76의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 77의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 82의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 83의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 84의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: 하기로부터 선택된 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열: (d) 서열 번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 86의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 87의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 92의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 93의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 94의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: 하기로부터 선택된 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열: (d) 서열 번호: 95의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 96의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 97의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 102의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 103의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 104의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: 하기로부터 선택된 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열: (d) 서열 번호: 105의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 106의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 107의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 112의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 113의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 114의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: 하기로부터 선택된 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열: (d) 서열 번호: 115의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 116의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 117의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 122의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 123의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 124의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: 하기로부터 선택된 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열: (d) 서열 번호: 125의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 126의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 127의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 132의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 133의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 134의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: 하기로부터 선택된 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열: (d) 서열 번호: 135의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 136의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 137의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 142의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 143의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 144의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: 하기로부터 선택된 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열: (d) 서열 번호: 145의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 146의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 147의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 152의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 153의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 154의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: 하기로부터 선택된 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열: (d) 서열 번호: 155의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 156의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 157의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 162의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 163의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 164의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: 하기로부터 선택된 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열: (d) 서열 번호: 165의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 166의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 167의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 172의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 173의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 174의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: 하기로부터 선택된 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열: (d) 서열 번호: 175의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 176의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 177의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 182의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 183의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 184의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: 하기로부터 선택된 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열: (d) 서열 번호: 185의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 186의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 187의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 194의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 195의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 196의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: 하기로부터 선택된 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열: (d) 서열 번호: 197의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 198의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 199의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 202의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 203의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 204의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: 하기로부터 선택된 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열: (d) 서열 번호: 205의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 206의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 207의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기로부터 선택되는 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VH CDR 서열을 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 210의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 211의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 212의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: 하기로부터 선택된 적어도 1개, 적어도 2개, 또는 3개 모두의 VL CDR 서열: (d) 서열 번호: 213의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 214의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 215의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 또는 180의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 중쇄 가변 도메인(VH) 서열. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 192, 200, 또는 208의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 중쇄 가변 도메인(VH) 서열. 일부 구현예에서, 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 동일성을 갖는 VH 서열은 참조 서열에 대하여 치환 (예를 들면, 보존적 치환), 삽입, 또는 결실을 함유하지만, 그 서열을 포함하는 항-ICOS 항체는 ICOS에 결합하는 능력을 보유한다. 일부 구현예에서, 하기 서열 번호에서 총 1 내지 10개의 아미노산이 치환되고/되거나, 삽입되고/거나 결실된다: 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 또는 180. 일부 구현예에서, 하기 서열 번호에서 총 1 내지 10개의 아미노산이 치환되고/되거나, 삽입되고/거나 결실된다: 192, 200, 또는 208. 일부 구현예에서, 치환, 삽입 또는 결실은 CDR 이외의 영역(즉, FR 에서)에서 발생한다. 임의로, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 또는 180에서의 VH 서열 (이는 상기 서열의 번역 후 변형을 포함함). 임의로, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 192, 200, 또는 208에서의 VH 서열 (이는 상기 서열의 번역 후 변형을 포함함).
일부 구현예에서, VH는 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 12의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 13의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 14의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, VH는 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 22의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 23의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 24의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, VH는 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 32의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 33의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 34의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, VH는 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 42의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 43의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 44의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, VH는 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 52의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 53의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 54의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, VH는 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 62의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 63의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 64의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, VH는 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 72의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 73의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 74의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, VH는 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 82의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 83의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 84의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, VH는 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 92의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 93의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 94의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, VH는 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 102의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 103의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 104의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, VH는 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 112의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 113의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 114의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, VH는 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 122의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 123의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 124의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, VH는 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 132의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 133의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 134의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, VH는 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 142의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 143의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 144의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, VH는 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 152의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 153의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 154의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, VH는 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 162의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 163의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 164의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, VH는 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 172의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 173의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 174의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, VH는 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 182의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 183의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 184의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, VH는 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 194의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 195의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 196의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, VH는 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 202의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 203의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 204의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, VH는 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 210의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 211의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 212의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체가 제공되고, 여기서, 상기 항체는 하기 서열 번호의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 경쇄 가변 도메인(VL)을 포함한다: 11, 21, 31, 41, 51, 61, 71, 81, 91, 101, 111, 121, 131, 141, 151, 161, 171, 또는 181. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체가 제공되고, 여기서, 상기 항체는 하기 서열 번호의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 경쇄 가변 도메인(VL)을 포함한다: 193, 201, 또는 209. 일부 구현예에서, 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 동일성을 갖는 VL 서열은 참조 서열에 대하여 치환 (예를 들면, 보존적 치환), 삽입, 또는 결실을 함유하지만, 그 서열을 포함하는 항-ICOS 항체는 ICOS에 결합하는 능력을 보유한다. 일부 구현예에서, 하기 서열 번호에서 총 1 내지 10개의 아미노산이 치환되고/되거나, 삽입되고/거나 결실된다: 11, 21, 31, 41, 51, 61, 71, 81, 91, 101, 111, 121, 131, 141, 151, 161, 171, 또는 181. 일부 구현예에서, 하기 서열 번호에서 총 1 내지 10개의 아미노산이 치환되고/되거나, 삽입되고/거나 결실된다: 193, 201, 또는 209. 일부 구현예에서, 치환, 삽입 또는 결실은 CDR 이외의 영역(즉, FR 에서)에서 발생한다. 임의로, 항-ICOS 항체는 서열 번호: 11, 21, 31, 41, 51, 61, 71, 81, 91, 101, 111, 121, 131, 141, 151, 161, 171, 또는 181에서의 VL 서열을 포함하고, 이는 상기 서열의 번역 후 변형을 포함한다. 임의로, 항-ICOS 항체는 서열 번호: 193, 201, 또는 209에서의 VL 서열을 포함하고, 이는 상기 서열의 번역 후 변형을 포함한다.
일부 구현예에서, VL은 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 15의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 16의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 17의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, VL은 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 25의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 26의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 27의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, VL은 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 35의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 36의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 37의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, VL은 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 45의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 46의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 47의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, VL은 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 55의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 56의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 57의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, VL은 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 65의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 66의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 67의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, VL은 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 75의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 76의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 77의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, VL은 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 86의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 87의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, VL은 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 95의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 96의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 97의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, VL은 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 105의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 106의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 107의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, VL은 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 115의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 116의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 117의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, VL은 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 125의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 126의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 127의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, VL은 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 135의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 136의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 137의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, VL은 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 145의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 146의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 147의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, VL은 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 155의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 156의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 157의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, VL은 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 165의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 166의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 167의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, VL은 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 175의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 176의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 177의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, VL은 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 185의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 186의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 187의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, VL은 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 197의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 198의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 199의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, VL은 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 205의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 206의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 207의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, VL은 하기를 포함한다: (a) 서열 번호: 213의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (b) 서열 번호: 214의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (c) 서열 번호: 215의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 또는 180의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 중쇄 가변 도메인(VH) 서열, 및 서열 번호: 11, 21, 31, 41, 51, 61, 71, 81, 91, 101, 111, 121, 131, 141, 151, 161, 171, 또는 181의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 경쇄 가변 도메인(VL). 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 192, 200, 또는 208의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 중쇄 가변 도메인(VH) 서열 및 서열 번호: 193, 201, 또는 209의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 경쇄 가변 도메인 (VL). 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 192, 200, 또는 208의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 중쇄 가변 도메인(VH) 서열, 및 서열 번호: 11, 21, 31, 41, 51, 61, 71, 81, 91, 101, 111, 121, 131, 141, 151, 161, 171, 181, 193, 201, 또는 209의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 서열 동일성을 갖는 경쇄 가변 도메인(VL). 일부 구현예에서, 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 동일성을 갖는 VH 서열은 참조 서열에 대하여 치환 (예를 들어, 보존적 치환), 삽입, 또는 결실을 함유하고, 그리고 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 또는 99% 동일성을 갖는 VL 서열은 참조 서열에 대하여 치환 (예를 들어, 보존적 치환), 삽입, 또는 결실을 함유하지만, 상기 서열을 포함하는 항-ICOS 항체는 ICOS에 대해 결합하는 능력을 유지한다. 일부 구현예에서, 하기 서열 번호에서 총 1 내지 10개의 아미노산이 치환되고/되거나, 삽입되고/거나 결실된다: 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 또는 180. 일부 구현예에서, 하기 서열 번호에서 총 1 내지 10개의 아미노산이 치환되고/되거나, 삽입되고/거나 결실된다: 11, 21, 31, 41, 51, 61, 71, 81, 91, 101, 111, 121, 131, 141, 151, 161, 171, 또는 181. 일부 구현예에서, 하기 서열 번호에서 총 1 내지 10개의 아미노산이 치환되고/되거나, 삽입되고/거나 결실된다: 192, 200, 또는 208. 일부 구현예에서, 하기 서열 번호에서 총 1 내지 10개의 아미노산이 치환되고/되거나, 삽입되고/거나 결실된다: 193, 201, 또는 209. 일부 구현예에서, 하기 서열 번호에서 총 1 내지 10개의 아미노산이 치환되고/되거나, 삽입되고/거나 결실된다: 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 192, 200, 또는 208. 일부 구현예에서, 하기 서열 번호에서 총 1 내지 10개의 아미노산이 치환되고/되거나, 삽입되고/거나 결실된다: 11, 21, 31, 41, 51, 61, 71, 81, 91, 101, 111, 121, 131, 141, 151, 161, 171, 181, 193, 201, 또는 209. 일부 구현예에서, 치환, 삽입 또는 결실은 CDR 이외의 영역(즉, FR 에서)에서 발생한다. 임의로, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 또는 180의 VH 서열, 및 서열 번호: 11, 21, 31, 41, 51, 61, 71, 81, 91, 101, 111, 121, 131, 141, 151, 161, 171, 또는 181에서의 VL 서열 (하나 또는 둘 모두의 번역 후 변형을 포함함). 임의로, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 192, 200 또는 208에서의 VH 서열, 및 서열 번호: 193, 201, 또는 209의 VL 서열 (하나의 서열 또는 둘 모두의 서열의 번역-후 변형 포함). 임의로, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 192, 200, 또는 208에서의 VH 서열 및 서열 번호: 11, 21, 31, 41, 51, 61, 71, 81, 91, 101, 111, 121, 131, 141, 151, 161, 171, 181, 193, 201, 또는 209의 VL 서열 (하나의 서열 또는 둘 모두의 서열의 번역 후 변형을 포함함).
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 12의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 13의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 14의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: (d) 서열 번호: 15의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 16의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 17의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 22의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 23의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 24의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: (d) 서열 번호: 25의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 26의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 27의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 32의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 33의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 34의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: (d) 서열 번호: 35의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 36의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 37의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 42의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 43의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 44의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: (d) 서열 번호: 45의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 46의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 47의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 52의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 53의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 54의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: (d) 서열 번호: 55의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 56의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 57의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 62의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 63의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 64의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: (d) 서열 번호: 65의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 66의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 67의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 72의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 73의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 74의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: (d) 서열 번호: 75의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 76의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 77의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 82의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 83의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 84의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: (d) 서열 번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 86의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 87의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 92의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 93의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 94의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: (d) 서열 번호: 95의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 96의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 97의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 102의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 103의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 104의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: (d) 서열 번호: 105의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 106의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 107의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 112의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 113의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 114의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: (d) 서열 번호: 115의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 116의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 117의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 122의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 123의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 124의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: (d) 서열 번호: 125의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 126의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 127의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 132의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 133의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 134의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: (d) 서열 번호: 135의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 136의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 137의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 142의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 143의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 144의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: (d) 서열 번호: 145의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 146의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 147의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 152의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 153의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 154의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: (d) 서열 번호: 155의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 156의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 157의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 162의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 163의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 164의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: (d) 서열 번호: 165의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 166의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 167의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 172의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 173의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 174의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: (d) 서열 번호: 175의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 176의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 177의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 182의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 183의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 184의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: (d) 서열 번호: 185의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 186의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 187의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 194의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 195의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 196의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: (d) 서열 번호: 197의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 198의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 199의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 202의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 203의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 204의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: (d) 서열 번호: 205의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 206의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 207의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: (I) 하기를 포함하는 VH 도메인: (a) 서열 번호: 210의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 211의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; 및 (c) 서열 번호: 212의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; 및 (II) 하기를 포함하는 VL 도메인: (d) 서열 번호: 213의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 214의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 215의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 본원에 제공된 구현예 중 임의의 것의 VH, 및 본원에 제공된 구현예 중 임의의 것의 VL을 포함한다. 일부 구현예에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 10 및 서열 번호: 11 각각에서의 VH 및 VL 서열 (상기 서열의 번역 후 변형을 포함함). 일부 구현예에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 20 및 서열 번호: 21 각각에서의 VH 및 VL 서열 (상기 서열의 번역 후 변형을 포함함). 일부 구현예에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 30 및 서열 번호: 31 각각에서의 VH 및 VL 서열 (상기 서열의 번역 후 변형을 포함함). 일부 구현예에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 40 및 서열 번호: 41 각각에서의 VH 및 VL 서열 (상기 서열의 번역 후 변형을 포함함). 일부 구현예에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 50 및 서열 번호: 51 각각에서의 VH 및 VL 서열 (상기 서열의 번역 후 변형을 포함함). 일부 구현예에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 60 및 서열 번호: 61 각각에서의 VH 및 VL 서열 (상기 서열의 번역 후 변형을 포함함). 일부 구현예에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 70 및 서열 번호: 71 각각에서의 VH 및 VL 서열 (상기 서열의 번역 후 변형을 포함함). 일부 구현예에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 80 및 서열 번호: 81 각각에서의 VH 및 VL 서열 (상기 서열의 번역 후 변형을 포함함). 일부 구현예에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 90 및 서열 번호: 91 각각에서의 VH 및 VL 서열 (상기 서열의 번역 후 변형을 포함함). 일부 구현예에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 100 및 서열 번호: 101 각각에서의 VH 및 VL 서열 (상기 서열의 번역 후 변형을 포함함). 일부 구현예에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 110 및 서열 번호: 111 각각에서의 VH 및 VL 서열 (상기 서열의 번역 후 변형을 포함함). 일부 구현예에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 120 및 서열 번호: 121 각각에서의 VH 및 VL 서열 (상기 서열의 번역 후 변형을 포함함). 일부 구현예에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 130 및 서열 번호: 131 각각에서의 VH 및 VL 서열 (상기 서열의 번역 후 변형을 포함함). 일부 구현예에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 140 및 서열 번호: 141 각각에서의 VH 및 VL 서열 (상기 서열의 번역 후 변형을 포함함). 일부 구현예에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 150 및 서열 번호: 151 각각에서의 VH 및 VL 서열 (상기 서열의 번역 후 변형을 포함함). 일부 구현예에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 160 및 서열 번호: 161 각각에서의 VH 및 VL 서열 (상기 서열의 번역 후 변형을 포함함). 일부 구현예에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 170 및 서열 번호: 171 각각에서의 VH 및 VL 서열 (상기 서열의 번역 후 변형을 포함함). 일부 구현예에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 180 및 서열 번호: 181 각각에서의 VH 및 VL 서열 (상기 서열의 번역 후 변형을 포함함). 일부 구현예에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 192 및 서열 번호: 193 각각에서의 VH 및 VL 서열 (상기 서열의 번역 후 변형을 포함함). 일부 구현예에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 200 및 서열 번호: 201 각각에서의 VH 및 VL 서열 (상기 서열의 번역 후 변형을 포함함). 일부 구현예에서, 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 208 및 서열 번호: 209 각각에서의 VH 및 VL 서열 (상기 서열의 번역 후 변형을 포함함).
일부 구현예에서, ICOS에 대한 결합에 대해 본 명세서에서 제공된 항-ICOS 항체와 경쟁하는 항체가 제공된다. 일부 구현예에서, 항체는 ICOS 상의 에피토프에 대한 결합에 대해 본 명세서에서 제공된 항-ICOS 항체와 경쟁한다.
일부 구현예에서, 경쟁 검정은 ICOS에 대한 결합에 대해 본 명세서에서 기재된 항-ICOS 항체와 경쟁하는 단클론성 항체 (예컨대 7F12, 37A10, 35A9, 36E10, 16G10, 37A10S713, 37A10S714, 37A10S715, 37A10S716, 37A10S717, 37A10S718, 16G10S71, 16G10S72, 16G10S73, 16G10S83, 35A9S79, 35A9S710, 또는 35A9S89; 및/또는 2M13, 2M19, 또는 2M24)를 식별하기 위해 사용될 수 있다. 경쟁 검정은 두 항체가 동일한 또는 입체적으로 중첩 에피토프를 인식함에 의해 동일한 에피토프를 결합하는지 또는 하나의 항체가 항원에 대해 또 다른 항체의 결합을 경쟁적으로 억제하는지 여부를 계측하기 위해 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 이러한 경쟁 항체는 본원에 기재된 항체에 의해 결합된 동일한 에피토프에 결합한다. 예시적인 경쟁 검정은, 비제한적으로 문헌 [Harlow and Lane (1988) Antibodies]에 제공된 것들과 같은 일상적인 검정을 포함한다: A Laboratory Manual ch.14 (Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, N.Y.). 항체가 결합하는 에피토프를 맵핑하기 위한 세부적인 예시적 방법은 다음 문헌에 제공되어 있다: Morris (1996) "Epitope Mapping Protocols,” in Methods in Molecular Biology vol. 66 (Humana Press, Totowa, N.J.). 일부 구현예에서, 두 항체는 만일 이들 각각이 50% 이상으로 다른 것의 결합을 차단하면 동일한 에피토프에 결합하는 것으로 언급된다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 항-ICOS 항체와 경쟁하는 항체는 키메라, 인간화 또는 인간 항체이다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 키메라, 인간화, 또는 인간 항-ICOS 항체와 경쟁하는 항체가 제공된다.
일부 구현예에서, 본 명세서에서 제공된 항체 에피토프 중 임의의 하나 이상에 결합하는 항체가 제공된다. 일부 구현예에서, 본 항체가 결합하는 에피토프에 결합하고 중첩하는 항체가 제공된다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 항체 중 적어도 1개와 경쟁하는 항체가 제공된다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 항체 중 적어도 2개와 경쟁하는 항체가 제공된다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 항체 중 적어도 3개와 경쟁하는 항체가 제공된다. 일부 구현예에서, 항체는 본 명세서에 실시예에서 기재된 항체와 같이 중첩 에피토프에 결합한다. 일부 구현예에서, 전체 에피토프는 결합되고 및/또는 경쟁 항체에 의해 방해된다. 일부 구현예에서, 에피토프의 일부는 결합되고 및/또는 경쟁 항체에 의해 방해된다. 일부 구현예에서, 경쟁 항체의 파라토프는 본원에 제공된 항체의 에피토프 중 적어도 일부에 결합한다. 일부 구현예에서, 경쟁 항체의 파라토프는 표적을 결합하고 그리고 경쟁 항체의 구조의 상이한 부문은 본 명세서에서 제공된 항체의 에피토프 중 적어도 일부를 방해한다.
예시적인 키메라성 항체
일부 구현예에서, 본원에 제공되는 항체는 키메라 항체이다. 특정 키메라성 항체는, 예를 들면, 하기에 기재되어 있다: 미국 특허 번호 4,816,567 및 Morrison et al., (1984) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 81 :6851-6855 (1984)). 일 예시에서, 키메라 항체는 비-인간 가변 영역 (예를 들어, 마우스, 랫트, 햄스터, 토끼, 또는 비-인간 영장류, 예를 들어, 몽키로부터 유래된 가변 영역) 및 인간 불변 영역을 포함한다. 추가의 예에서, 키메라 항체는 부류 또는 하위부류가 친계 항체의 부류로부터 변화된 "부류 스위칭된” 항체이다. 키메라 항체는 이의 항원 결합 단편을 포함한다.
추가의 비제한적 예시적 키메라 항체는 하기를 포함하는 키메라 항체를 포함한다: 7F12, 37A10, 35A9, 36E10, 16G10, 37A10S713, 37A10S714, 37A10S715, 37A10S716, 37A10S717, 37A10S718, 16G10S71, 16G10S72, 16G10S73, 16G10S83, 35A9S79, 35A9S710, 35A9S89, 2M13, 2M19, 또는 2M24로부터 선택된 항체의 중쇄 및/또는 경쇄 가변 영역. 추가의 비제한적 예시적 키메라 항체는 하기를 포함하는 키메라 항체를 포함한다: 7F12, 37A10, 35A9, 36E10, 16G10, 37A10S713, 37A10S714, 37A10S715, 37A10S716, 37A10S717, 37A10S718, 16G10S71, 16G10S72, 16G10S73, 16G10S83, 35A9S79, 35A9S710, 35A9S89, 2M13, 2M19, 또는 2M24로부터 선택된 항체의 중쇄 CDR1, CDR2, 및 CDR3, 및/또는 경쇄 CDR1, CDR2, 및 CDR3. 추가의 비제한적 예시적 키메라 항체는 하기를 포함하는 키메라 항체를 포함한다: 7F12, 37A10, 35A9, 36E10, 16G10, 37A10S713, 37A10S714, 37A10S715, 37A10S716, 37A10S717, 37A10S718, 16G10S71, 16G10S72, 16G10S73, 16G10S83, 35A9S79, 35A9S710, 35A9S89, 2M13, 2M19, 또는 2M24로부터 선택된 항체의 중쇄 CDR1, CDR2, 및 CDR3, 및/또는 경쇄 CDR1, CDR2, 및 CDR3. 일부 구현예에서, 키메라 항-ICOS 항체는 상기 기술된 가변 영역을 포함하고, ICOS에 결합한다. 일부 구현예에서, 키메라 항-ICOS 항체는, 상기 기술된 가변 영역을 포함하고, ICOS에 결합하고, 그리고 Teff 세포의 수를 증가시키고/시키거나 Teff 세포를 활성화하고/하거나 Treg 세포의 수를 감소시키고/시키거나 Teff 세포 대 Treg 세포의 비율을 증가시킨다. 일부 구현예에서, Treg 세포는 CD4+ FoxP3+ T 세포이다. 일부 구현예에서, Teff 세포는 CD4+ FoxP3- T 세포이다. 일부 구현예에서, Teff 세포는 CD8+ T 세포이다. 일부 구현예에서, Teff 세포는 CD4+ FoxP3- T 세포 및 CD8+ T 세포이다.
일부 구현예에서, 키메라 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: 하기를 포함하는 중쇄: 서열 번호: 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 192, 200, 또는 208로부터 선택되는 서열과 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 동일한 가변 영역 서열 (여기서 상기 항체는 ICOS에 결합함). 일부 구현예에서, 키메라 항-ICOS 항체는 하기 서열 번호로부터 선택되는 서열과 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 동일한 가변 영역 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다: 11, 21, 31, 41, 51, 61, 71, 81, 91, 101, 111, 121, 131, 141, 151, 161, 171, 181, 193, 201, 또는 209 (여기서 상기 항체는 ICOS에 결합함). 일부 구현예에서, 키메라 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: 하기를 포함하는 중쇄: 서열 번호: 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 및 180으로부터 선택되는 서열과 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 동일한 가변 영역 서열; 및 하기를 포함하는 경쇄: 서열 번호: : 11, 21, 31, 41, 51, 61, 71, 81, 91, 101, 111, 121, 131, 141, 151, 161, 171, 및 181로부터 선택된 서열에 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 동일한 가변 영역 서열 (여기서 상기 항체는 ICOS에 결합함). 일부 구현예에서, 키메라 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: 하기를 포함하는 중쇄: 서열 번호: 192, 200, 또는 208로부터 선택되는 서열과 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 동일한 가변 영역 서열; 및 하기를 포함하는 경쇄: 서열 번호: 193, 201, 또는 209로부터 선택된 서열에 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 동일한 가변 영역 서열 (여기서 상기 항체는 ICOS에 결합함). 일부 구현예에서, 키메라 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: 하기를 포함하는 중쇄: 서열 번호: 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 192, 200, 또는 208로부터 선택되는 서열과 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 동일한 가변 영역 서열; 및 하기를 포함하는 경쇄: 서열 번호: 11, 21, 31, 41, 51, 61, 71, 81, 91, 101, 111, 121, 131, 141, 151, 161, 171, 181, 193, 201, 및 209로부터 선택된 서열에 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 동일한 가변 영역 서열 (여기서 상기 항체는 ICOS에 결합함).
예시적인 키메라성 항-ICOS 항체는 또한 본 명세서에서 기재된 항체 또는 그것의 단편과 ICOS에 대한 결합에 대해 경쟁하는 키메라성 항체를 포함한다. 따라서, 일부 구현예에서, 7F12, 37A10, 35A9, 36E10, 16G10, 37A10S713, 37A10S714, 37A10S715, 37A10S716, 37A10S717, 37A10S718, 16G10S71, 16G10S72, 16G10S73, 16G10S83, 35A9S79, 35A9S710, 35A9S89, 2M13, 2M19, 및 2M24, 또는 이의 단편으로부터 선택된 항체와 ICOS에 대한 결합에 대해 경쟁하는 키메라 항-ICOS 항체가 제공된다. 일부 구현예에서, 상기 항체는 ICOS에 대한 결합에 대해 경쟁하고, 그리고 Teff 세포의 수를 증가시키고/시키거나 Teff 세포를 활성화하고/하거나 Treg 세포의 수를 감소시키고/시키거나 Teff 세포 대 Treg 세포의 비율을 증가시킨다. 일부 구현예에서, Treg 세포는 CD4+ FoxP3+ T 세포이다. 일부 구현예에서, Teff 세포는 CD8+ T 세포이다. 일부 구현예에서, Teff 세포는 CD4+ FoxP3- T 세포 및 CD8+ T 세포이다.
일부 구현예에서, 본원에 기술된 키메라 항체는 하나 이상의 인간 불변 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 인간 중쇄 불변 영역은 IgA, IgG, 및 IgD로부터 선택된 이소형의 것이다. 일부 구현예에서, 인간 경쇄 불변 영역은 κ 및 λ로부터 선택된 이소형의 것이다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 키메라 항체는 인간 IgG 불변 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 키메라 항체는 인간 IgG4 중쇄 불변 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 키메라 항체는 인간 IgG4 불변 영역 및 인간 κ 경쇄를 포함한다.
전술한 바와 같이, 효과기 기능이 바람직한지 여부는 항체에 대해 의도된 특정한 치료 방법에 의존할 수 있다. 따라서, 일부 구현예에서, 효과기 기능이 바람직할 때, 인간 IgG1 중쇄 불변 영역 또는 인간 IgG3 중쇄 불변 영역을 포함하는 키메라성 항-ICOS 항체가 선택된다. 일부 구현예에서, 효과기 기능이 바람직하지 않을 경우, 인간 IgG4 또는 IgG2 중쇄 불변 영역을 포함하는 키메라 항-ICOS 항체가 선택된다.
예시적인 인간화된 항체
일부 구현예에서, ICOS에 결합하는 인간화 항체가 제공된다. 인간화된 항체는 인간화된 항체가 비-인간 항체에 비교하여 인간 면역 반응을 감소하거나 제거하기 때문에 치료 분자로서 유용하여, 항체 치료에 대한 면역 반응 (예컨대 인간 항-마우스 항체 (HAMA) 반응), 및 치료의 감소된 유효성을 초래할 수 있다.
일부 구현예에서, 키메라 항체는 인간화된 항체이다. 전형적으로, 비-인간 항체는 인간화되어 인간에 대한 면역원성이 감소되어 있고 친계 비-인간 항체의 특이성 및 친화도를 보유한다. 일반적으로, 인간화 항체는, CDR, (또는 그 일부)가 비인간 항체로부터 유도되고, FR (또는 그 일부)가 인간 항체 서열로부터 유도되는 하나 이상의 가변 도메인을 포함한다. 인간화된 항체는 임의로 또한 인간 불변 영역의 적어도일부를 포함한다. 일부 구현예에서, 인간화된 항체에서 일부 FR 잔기들은 예를 들어, 항체 특이성 또는 친화성을 치유하거나 개선시키기 위해 비-인간 항체 (예를 들어, CDR 잔기가 유래된 항체) 기원의 상응하는 잔기들로 치환된다.
인간화 항체 및 이들의 제조방법은, 예를 들면, 문헌[참조: Almagro and Fransson, (2008) Front. Biosci. 13: 1619-1633]에서 검토되었고, 추가로 예컨대, 하기에 기재된다: Riechmann et al., (1988) Nature 332:323-329; Queen et al., (1989) Proc . Natl Acad . Sci . USA 86: 10029-10033; 미국 특허 번호 5, 821,337, 7,527,791, 6,982,321, 및 7,087,409; Kashmiri et al., (2005) Methods 36:25-34; Padlan, (1991) Mol . Immunol . 28:489-498 ("재표면화" 기재); Dall'Acqua et al., (2005) Methods 36:43-60 ("FR 셔플링" 기재); 및 Osbourn et al., (2005) Methods 36:61-68 및 Klimka et al., (2000) Br. J. Cancer, 83:252-260 (FR 셔플링에 대한 "유도된 선택" 접근법을 기재함).
인간화를 위해 사용될 수 있는 인간 프레임워크 영역은 다음을 포함하지만 이에 제한되지 않는다: "베스트-피트” 방법을 사용하여 선택된 프레임워크 영역 (참고: 예를 들어, Sims et al. (1993) J. Immunol . 151 :2296); 특정 서브그룹의 경쇄 또는 중쇄 가변 영역의 인간 항체의 컨센서스 서열로부터 유래된 프레임워크 영역 (참고: 예를 들어, Carter et al. (1992) Proc . Natl . Acad . Sci . USA, 89:4285; 및 Presta et al. (1993) J. Immunol, 151:2623); 인간 성숙(체세포적으로 돌연변이된) 프레임워크 영역 또는 인간 생식계열 프레임워크 영역(예를 들면, Almagro and Fransson, (2008) Front. Biosci. 13:1619-1633); 및 스크리닝 FR 라이브러리로부터 유래된 프레임워크 영역 (참고: 예를 들어, Baca et al., (1997) J. Biol . Chem. 272: 10678-10684 및 Rosok et al., (1996) J. Biol . Chem . 271 :22611-22618).
비제한적인 예시적 인간화된 항체는, 본 명세서에서 기재된, 37A10S713, 37A10S714, 37A10S715, 37A10S716, 37A10S717, 37A10S718, 16G10S71, 16G10S72, 16G10S73, 16G10S83, 35A9S79, 35A9S710, 및 35A9S89를 포함한다. 비제한적 예시적 인간화 항체는 또한 하기를 포함한다: 37A10S713, 37A10S714, 37A10S715, 37A10S716, 37A10S717, 37A10S718, 16G10S71, 16G10S72, 16G10S73, 16G10S83, 35A9S79, 35A9S710, 및 35A9S89로부터 선택된 항체의 중쇄 가변 영역 및/또는 37A10S713, 37A10S714, 37A10S715, 37A10S716, 37A10S717, 37A10S718, 16G10S71, 16G10S72, 16G10S73, 16G10S83, 35A9S79, 35A9S710, 및 35A9S89로부터 선택된 항체의 경쇄 가변 영역. 비제한적인 예시적인 인간화된 항체는 하기를 포함하는 항체를 포함한다: 하기 서열 번호로부터 선택된 중쇄 가변 영역: 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 및 180 및/또는 하기 서열 번호로부터 선택된 경쇄 가변 영역: 61, 71, 81, 91, 101, 111, 121, 131, 141, 151, 161, 171, 및 181. 예시적 인간화 항체는 또한 비제한적으로 하기를 포함하는 인간화 항체를 포함한다: 7F12, 37A10, 35A9, 36E10, 16G10, 37A10S713, 37A10S714, 37A10S715, 37A10S716, 37A10S717, 37A10S718, 16G10S71, 16G10S72, 16G10S73, 16G10S83, 35A9S79, 35A9S710, 35A9S89, 2M13, 2M19, 및 2M24로부터 선택된 항체의 중쇄 CDR1, CDR2, 및 CDR3, 및/또는 경쇄 CDR1, CDR2, 및 CDR3. 일부 구현예에서, 인간화 항-ICOS 항체는 상기 기술된 CDR을 포함하고, 그리고 ICOS에 결합한다. 일부 구현예에서, 인간화 항-ICOS 항체는, 상기 기술된 CDR을 포함하고, ICOS에 결합하고, 그리고 Teff 세포의 수를 증가시키고/시키거나 Teff 세포를 활성화하고/하거나 Treg 세포의 수를 감소시키고/시키거나 Teff 세포 대 Treg 세포의 비율을 증가시킨다. 일부 구현예에서, Treg 세포는 CD4+ FoxP3+ T 세포이다. 일부 구현예에서, Teff 세포는 CD8+ T 세포이다. 일부 구현예에서, Teff 세포는 CD4+ FoxP3- T 세포 및 CD8+ T 세포이다.
일부 구현예에서, 인간화 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: 7F12, 37A10, 35A9, 36E10, 16G10, 37A10S713, 37A10S714, 37A10S715, 37A10S716, 37A10S717, 37A10S718, 16G10S71, 16G10S72, 16G10S73, 16G10S83, 35A9S79, 35A9S710, 35A9S89, 2M13, 2M19, 및 2M24로부터 선택된 항체의 중쇄 CDR1, CDR2, 및 CDR3, 및/또는 경쇄 CDR1, CDR2, 및 CDR3.
일부 구현예에서, 인간화 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: 하기 서열 번호로부터 선택되는 서열과 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 동일한 가변 영역 서열을 포함하는 중쇄: 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 및 180 (여기서 상기 항체는 ICOS에 결합함). 일부 구현예에서, 인간화 항-ICOS 항체는 하기 서열 번호로부터 선택되는 서열과 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 동일한 가변 영역 서열을 포함하는 경쇄를 포함한다: 61, 71, 81, 91, 101, 111, 121, 131, 141, 151, 161, 171, 및 181 (여기서 상기 항체는 ICOS에 결합함). 일부 구현예에서, 인간화 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: 하기 서열 번호로부터 선택되는 서열과 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 동일한 가변 영역 서열을 포함하는 중쇄: 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 및 180; 및 하기 서열 번호로부터 선택된 서열에 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 동일한 가변 영역 서열을 포함하는 경쇄: 61, 71, 81, 91, 101, 111, 121, 131, 141, 151, 161, 171, 및 181 (여기서 상기 항체는 ICOS에 결합함).
일부 구현예에서, 본원에 제공된 CDR 서열 중 임의의 하나 이상의 것이 유지되며, 한편 잔여 중쇄, 경쇄, 또는 중쇄 및 경쇄 영역 (즉, FR1, FR2, FR3, 및 FR4)은 하기 서열 번호로부터 선택된 서열과 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 동일하다: 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 11, 21, 31, 41, 51, 61, 71, 81, 91, 101, 111, 121, 131, 141, 151, 161, 171, 및 181. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 CDR 서열 중 임의의 하나 이상의 것이 유지되며, 한편 잔여 중쇄, 경쇄, 또는 중쇄 및 경쇄 영역 (즉, FR1, FR2, FR3, 및 FR4)은 하기 서열 번호로부터 선택된 서열과 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 동일하다: 192, 193, 200, 201, 208, 및 209. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 CDR 서열 중 임의의 하나 이상의 것이 유지되며, 한편 잔여 중쇄, 경쇄, 또는 중쇄 및 경쇄 영역 (즉, FR1, FR2, FR3, 및 FR4)은 하기 서열 번호로부터 선택된 서열과 적어도 90%, 적어도 91%, 적어도 92%, 적어도 93%, 적어도 94%, 적어도 95%, 적어도 96%, 적어도 97%, 적어도 98%, 또는 적어도 99% 동일하다: 10, 20, 30, 40, 50, 60, 70, 80, 90, 100, 110, 120, 130, 140, 150, 160, 170, 180, 11, 21, 31, 41, 51, 61, 71, 81, 91, 101, 111, 121, 131, 141, 151, 161, 171, 181, 192, 193, 200, 201, 208, 및 209.
일부 구현예에서, 인간화된 항-ICOS 항체는 본 명세서에서 논의된 CDR 중 적어도 1종을 포함한다. 즉, 일부 구현예에서, 인간화된 항-ICOS 항체는 본 명세서에서 논의된 중쇄 CDR1, 본 명세서에서 논의된 중쇄 CDR2, 본 명세서에서 논의된 중쇄 CDR3, 본 명세서에서 논의된 경쇄 CDR1, 본 명세서에서 논의된 경쇄 CDR2, 및 본 명세서에서 논의된 경쇄 CDR3로부터 선택된 적어도 1종의 CDR을 포함한다. 추가로, 일부 구현예에서, 인간화 항-ICOS 항체는 본원에 검토된 CDR을 기준으로 하여 적어도 하나의 돌연변이화 CDR을 포함하며, 여기서 상기 돌연변이화 CDR은 본원에 검토된 CDR에 대하여 1, 2, 3, 또는 4개 아미노산 치환을 포함한다. 일부 구현예에서, 하나 이상의 아미노산 치환은 보존적 아미노산 치환이다. 본 분야의 숙련가는 특정 CDR 서열에 대해 하나 이상의 적합한 보존적 아미노산 치환을 선택할 수 있으며, 여기서 돌연변이화 CDR을 포함하는 항체의 결합 특성을 유의미하게 변경하는, 상기 적합한 보존적 아미노산 치환은 예측되지 않는다.
예시적인 인간화 항-ICOS 항체는 또한 본 명세서에서 기재된 항체 또는 그것의 단편과 ICOS에 대한 결합에 대해 경쟁하는 항체를 포함한다. 따라서, 일부 구현예에서, 7F12, 37A10, 35A9, 36E10, 16G10, 37A10S713, 37A10S714, 37A10S715, 37A10S716, 37A10S717, 37A10S718, 16G10S71, 16G10S72, 16G10S73, 16G10S83, 35A9S79, 35A9S710, 35A9S89, 2M13, 2M19, 및 2M24로부터 선택된 항체 또는 이의 단편과 ICOS에 대한 결합에 대해 경쟁하는 인간화 항-ICOS 항체가 제공된다. 일부 구현예에서, 7F12, 37A10, 35A9, 36E10, 16G10, 37A10S713, 37A10S714, 37A10S715, 37A10S716, 37A10S717, 37A10S718, 16G10S71, 16G10S72, 16G10S73, 16G10S83, 35A9S79, 35A9S710, 35A9S89, 2M13, 2M19, 및 2M24로부터 선택된 항체 또는 이의 단편과 ICOS에 대한 결합에 대해 경쟁하고, Teff 세포의 수를 증가시키고/시키거나 Teff 세포를 활성화하고/하거나 Treg 세포의 수를 감소시키고/시키거나 Teff 세포 대 Treg 세포의 비율을 증가시키는 인간화 항-ICOS 항체가 제공된다. 일부 구현예에서, Treg 세포는 CD4+ FoxP3+ T 세포이다. 일부 구현예에서, Teff 세포는 CD8+ T 세포이다. 일부 구현예에서, Teff 세포는 CD4+ FoxP3- T 세포 및 CD8+ T 세포이다.
일부 구현예에서, 인간화 항-ICOS 항체는 하기를 포함한다: 서열 번호: 188의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄, 및 서열 번호: 189의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄.
예시적인 인간 항체
일부 구현예에서, 본원에 제공된 항-ICOS 항체는 인간 항체이다. 인간 항체는 당업계에 공지된 다양한 기술을 사용하여 제조될 수 있다. 인간 항체는 일반적으로 다음 문헌에 기재되어 있다: van Dijk and van de Winkel, (2001) Curr . Opin. Pharmacol. 5:368-374 및 Lonberg, (2008) Curr . Opin . Immunol. 20:450-459. 일부 구현예에서, 인간 항체는 천연 발생 항체가 아니다. 일부 구현예에서, 인간 항체는 단클론성 항체이며; 따라서, 일부 구현예에서, 세트 내 인간 항체 각각은 항원 상의 상동한 에피토프에 결합할 수 있다.
인간 항체는 항원 유발반응검사에 응답하여 무손상 인간 항체, 또는 인간 가변 영역을 갖는 항체를 제조하도록 변형된 형질전환 동물에 면역원을 투여함에 의해 제조될 수 있다. 상기 동물은 전형적으로 내생성 면역글로불린 유전자좌를 대체하거나 염색체외적으로 존재하거나 동물의 염색체에 무작위로 통합된 인간 면역글로불린 유전자좌 모두 또는 일부를 함유한다. 상기 형질전환 마우스에서, 내인성 면역글로불린 유전자좌는 일반적으로 불활성화되어 있다. 형질전환 동물로부터 인간 항체를 수득하는 방법의 검토를 위해, 하기를 참조한다: Lonberg, (2005) Nat. Biotech. 23: 1117-1125. 또한, 예를 들어, 미국 특허 제6,075,181호 및 제6,150,584호(XENOMOUSETM 기술을 설명함); 미국 특허 제 5,770,429호(HUMAB® 기술을 설명함); 미국 특허 제7,041,870호(K-M MOUSE® 기술을 설명함), 및 미국 특허 출원 공보 번호 US 2007/0061900(VELOCIMOUSE® 기술을 설명함)를 참고한다. 이와 같은 동물에 의해 생성된 무손상 항체의 인간 가변 영역은, 예컨대 상이한 인간 불변영역과 조합함으로써, 추가로 변형될 수 있다. 인간 항체는 또한 혼성세포 기반 방법에 의해 제조될 수 있다.
인간 단클론성 항체의 제조를 위한 인간 골수종 및 마우스-인간 이종골수종 세포주가 기재되었다. (참고: 예를 들어, Kozbor (1984) J. Immunol, 133: 3001; Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp. 51-63 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987); 및 Boerner et al, (1991) J. Immunol ., 147:86). 인간 B 세포 하이브리도마 기술을 통해 제조된 인간 항체가 또한 다음 문헌에 기재되어 있다: Li et al., (2006) Proc . Natl. Acad . Sci . USA, 103:3557-3562. 추가의 방법은, 예를 들면, 미국 특허 번호 7,189,826 (하이브리도마 세포주로부터 단클론성 인간 IgM 항체의 생산 기재) 및 Ni, (2006) Xiandai Mianyixue, 26(4):265-268 (인간-인간 하이브리도마 기재)에 기재된 것을 포함한다. 인간 하이브리도마 기술 (Trioma technology)은 또한 하기 문헌에 기재되어 있다: Vollmers and Brandlein, (2005) Histology and Histopathology, 20(3):927-937 (2005) 및 Vollmers and Brandlein, (2005) Methods and Findings in Experimental and Clinical Pharmacology, 27(3): 185-191.
인간 항체는 또한 인간-유래 파아지 디스플레이 라이브러리로부터 선택된 Fv 클론 가변 도메인 서열을 단리함으로써 생성될 수 있다. 그후, 이러한 가변 도메인 서열을 목적하는 인간 불변 도메인과 조합할 수 있다. 항체 라이브러리로부터 인간 항체를 선택하기 위한 기술은 하기에 기재되어 있다.
항체는 원하는 활성 또는 활성들을 갖는 항체를 위한 조합 라이브러리를 가려냄으로써 단리될 수 있다. 예를 들어, 파지 표현 라이브러리를 생성하고 원하는 결합 특성을 갖는 항체용 라이브러리를 가려내기 위한 다양한 방법이 당해기술에 알려져 있다. 그러한 방법은 예를 들어, 하기에 검토되며: Hoogenboom et al. in Methods in Molecular Biology 178: 1-37 (O'Brien et al., ed., Human Press, Totowa, NJ, 2001), 그리고 예를 들어, 추가로 하기에 검토된다: the McCafferty et al, (1990) Nature 348:552-554; Clackson et al, (1991) Nature 352: 624-628; Marks et al, (1992) J. Mol . Biol 222: 581-597; Marks and Bradbury, in Methods in Molecular Biology 248: 161-175 (Lo, ed., Human Press, Totowa, NJ, 2003); Sidhu et al, (2004) J. Mol . Biol . 338(2): 299-310; Lee et al., (2004) J. Mol . Biol. 340(5): 1073-1093; Fellouse, (2004) Proc . Natl . Acad . Sci . USA 101(34): 12467-12472; 및 Lee et al, (2004) J. Immunol . Methods 284(1-2): 119-132 및 PCT 공보 WO 99/10494.
일부 파아지 디스플레이 방법에서, VH 및 VL 유전자 레퍼토리는 폴리머라제 연쇄 반응(PCR)에 의해 별도로 클로닝되고 파아지 라이브러리에서 무작위로 재조합되며, 이후 하기에 기술된 바와 같이 항원-결합 파아지에 대해 스크리닝될 수 있다: Winter et al., (1994) Ann. Rev. Immunol ., 12:433-455. 파아지는 전형적으로 항체 단편을, 단일-쇄 Fv (scFv) 단편으로서 또는 Fab 단편으로서 디스플레이한다. 면역화된 공급원으로부터의 라이브러리는 하이브리도마를 작제할 필요 없이 면역원에 대한 고친화성 항체를 제공한다. 대안적으로, 단순 레퍼토리는 (예를 들면, 인간 유래) 클로닝되어 하기에 기재된 바와 같이 임의의 면역화 없이 광범위한 비자가 및 또한 자가 항원에 항체의 단일 공급원을 제공할 수 있다: Griffiths et al., (1993) EMBO J 12:725-734. 최종적으로, 순수 라이브러리는 또한 줄기 세포로부터 비재배열된 V-유전자 분절을 클로닝하고 고도의 가변성 CDR3 영역을 암호하고 시험관내 재배열을 성취하기 위해 무작위 서열을 함유하는 PCR 프라이머를 사용함에 의해 합성적으로 제조될 수 있고, 이는 다음 문헌에 기재된 바와 같다: Hoogenboom and Winter (1992), J. Mol . Biol , 227:381-388. 인간 항체 파아지 라이브러리를 기재하는 특허 공보는 예를 들어, 하기를 포함한다: 미국 특허 번호 5,750,373, 및 미국 특허 공개 번호 2005/0079574, 2005/0119455, 2005/0266000, 2007/0117126, 2007/0160598, 2007/0237764, 2007/0292936, 및 2009/0002360.
일부 구현예에서, 인간 항-ICOS 항체는 서열 번호: 1 또는 2의 서열을 갖는 폴리펩티드에 결합한다. 일부 구현예에서, 인간 항-ICOS 항체는 ICOS에 결합하고, 그리고 Teff 세포의 수를 증가시키고/시키거나 Teff 세포를 활성화하고/하거나 Treg 세포의 수를 감소시키고/시키거나 Teff 세포 대 Treg 세포의 비율을 증가시킨다. 일부 구현예에서, Treg 세포는 CD4+ FoxP3+ T 세포이다. 일부 구현예에서, Teff 세포는 CD8+ T 세포이다. 일부 구현예에서, Teff 세포는 CD4+ FoxP3- T 세포 및 CD8+ T 세포이다.
예시적인 인간 항-ICOS 항체는 또한 본 명세서에서 기재된 항체 또는 그것의 단편과 ICOS에 대한 결합에 대해 경쟁하는 인간 항체를 포함한다. 따라서, 일부 구현예에서, 7F12, 37A10, 35A9, 36E10, 16G10, 37A10S713, 37A10S714, 37A10S715, 37A10S716, 37A10S717, 37A10S718, 16G10S71, 16G10S72, 16G10S73, 16G10S83, 35A9S79, 35A9S710, 35A9S89, 2M13, 2M19, 및 2M24로부터 선택된 항체 또는 이의 단편과 ICOS에 대한 결합에 대해 경쟁하는 인간 항-ICOS 항체가 제공된다. 일부 구현예에서, 7F12, 37A10, 35A9, 36E10, 16G10, 37A10S713, 37A10S714, 37A10S715, 37A10S716, 37A10S717, 37A10S718, 16G10S71, 16G10S72, 16G10S73, 16G10S83, 35A9S79, 35A9S710, 35A9S89, 2M13, 2M19, 및 2M24로부터 선택된 항체 또는 이의 단편과 ICOS에 대한 결합에 대해 경쟁하고, Teff 세포의 수를 증가시키고/시키거나 Teff 세포를 활성화하고/하거나 Treg 세포의 수를 감소시키고/시키거나 Teff 세포 대 Treg 세포의 비율을 증가시키는 인간 항-ICOS 항체가 제공된다. 일부 구현예에서, Treg 세포는 CD4+ FoxP3+ T 세포이다. 일부 구현예에서, Teff 세포는 CD8+ T 세포이다. 일부 구현예에서, Teff 세포는 CD4+ FoxP3- T 세포 및 CD8+ T 세포이다.
일부 구현예에서, 키메라 인간 항-ICOS 항체가 제공되며, 여기서 상기 항체는 ICOS에 결합하는 인간 항체 유래의 가변 영역 및 상이한 인간 항체 유래의 불변 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 키메라 인간 항-ICOS 항체가 제공되며, 여기서 상기 항체는 ICOS에 결합하는 인간 항체 유래의 CDR 및 상이한 인간 항체 유래의 프레임워크를 포함한다. 일부 구현예에서, 항체는 천연 발생 인간 항체가 아니다.
일부 구현예에서, 인간 항-ICOS 항체는 하나 이상의 인간 불변 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 인간 중쇄 불변 영역은 IgA, IgG, 및 IgD로부터 선택된 이소형의 것이다. 일부 구현예에서, 인간 경쇄 불변 영역은 κ 및 λ로부터 선택된 이소형의 것이다. 일부 구현예에서, 본 명세서에서 기재된 인간 항체는 인간 IgG 불변 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 인간 항체는 인간 IgG4 중쇄 불변 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 인간 항체는 인간 IgG4 불변 영역 및 인간 κ 경쇄를 포함한다.
일부 구현예에서, 효과기 기능이 바람직할 때, 인간 IgG1 중쇄 불변 영역 또는 인간 IgG3 중쇄 불변 영역을 포함하는 인간 항-ICOS 항체가 선택된다. 일부 구현예에서, 효과기 기능이 바람직하지 않을 경우, 인간 IgG4 또는 IgG2 중쇄 불변 영역을 포함하는 인간 항-ICOS 항체가 선택된다.
본 명세서에서 언급된 바와 같이, 용어 "인간 항체"는 항체의 공급원보다는 항체 작제물에 대한 가능한 서열의 속을 나타낸다.
예시적인 항체 불변 영역
일부 구현예에서, 본원에 기술된 항체는 하나 이상의 인간 불변 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 인간 중쇄 불변 영역은 IgA, IgG, 및 IgD로부터 선택된 이소형의 것이다. 일부 구현예에서, 인간 경쇄 불변 영역은 κ 및 λ로부터 선택된 이소형의 것이다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 항체는 인간 IgG 불변 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 항체는 인간 IgG4 중쇄 불변 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 기술된 항체는 인간 IgG4 불변 영역 및 인간 κ 경쇄를 포함한다.
본 명세서 및 청구범위에 걸쳐, 달리 명백하게 기술되거나 본 분야의 숙련가에게 공지되지 않는 한, 면역글로불린 중쇄에서 잔기의 넘버링은 명시적으로 본원에 참고로 편입된 하기 문헌에서의 EU 인덱스에 따른 것이다: Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991). "카밧(Kabat)에서의 EU 인덱스"는 인간 IgG1 EU 항체의 잔기 넘버링을 지칭한다.
전술한 바와 같이, 효과기 기능이 바람직한지 여부는 항체에 대해 의도된 특정한 치료 방법에 의존할 수 있다. 따라서, 일부 구현예에서, 효과기 기능이 바람직할 때, 인간 IgG1 중쇄 불변 영역 또는 인간 IgG3 중쇄 불변 영역을 포함하는 항-ICOS 항체가 선택된다. 일부 구현예에서, 효과기 기능이 바람직하지 않을 경우, 인간 IgG4 또는 IgG2 중쇄 불변 영역을 포함하는 항-ICOS 항체가 선택된다.
일부 구현예에서, 항체는, 야생형 IgG 또는 야생형 항체의 Fc 영역과 비교하여, 적어도 하나의 아미노산 치환을 갖는 변이체 Fc 영역을 포함한다. 일부 구현예에서, 변이체 Fc 영역은 야생형 항체의 Fc 영역 내에 2종 이상의 아미노산 치환을 가진다. 일부 구현예에서, 변이체 Fc 영역은 야생형 항체의 Fc 영역 내에 3종 이상의 아미노산 치환을 가진다. 일부 구현예에서, 변이체 Fc 영역은 본원에 기술된 적어도 1개, 2개, 또는 3개 이상의 Fc 영역 아미노산 치환을 갖는다. 일부 구현예에서, 본 명세서에서 변이체 Fc 영역은 천연 서열 Fc 영역 및/또는 친계 폴리펩티드의 Fc 영역과 적어도 약 80% 상동성을 가질 것이다. 일부 구현예에서, 본 명세서에서 변이체 Fc 영역은 천연 서열 Fc 영역 및/또는 친계 폴리펩티드의 Fc 영역과 적어도 약 90% 상동성을 가질 것이다. 일부 구현예에서, 본 명세서에서 변이체 Fc 영역은 천연 서열 Fc 영역 및/또는 친계 폴리펩티드의 Fc 영역과 적어도 약 95% 상동성을 가질 것이다.
일부 구현예에서, 본원에 제공된 항체는 항체가 글리코실화되는 정도를 증가시키거나 감소시키도록 변형된다. 항체에 대한 글리코실화 부위의 부가 또는 결실은 아미노산 서열을 변경시킴으로써 편리하게 달성될 수 있어서 하나 또는 그 초과 글리코실화 부위는 제조 또는 제거된다.
항체가 Fc 영역을 포함하는 경우, 여기에 부착된 탄수화물은 변경될 수 있다. 포유동물 세포에 의해 생산된 천연 항체는 전형적으로 Fc 영역의 CH2 도메인의 Asn297에 대한 N-연결부에 의해 일반적으로 부착되는 분지형, 2분지형 올리고당을 포함한다. 예를 들어, 하기를 참고한다: Wright et al. TIBTECH 15:26-32 (1997). 올리고당은 다양한 탄수화물, 예를 들면, 만노스, N-아세틸 글루코사민 (GlcNAc), 갈락토오스, 및 시알산, 뿐만 아니라 2분지형 올리고당 구조의 "줄기"에서 GlcNAc에 부착된 푸코오스를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 특정한 개선된 특성을 갖는 항체 변이체를 생성하기 위해 항체에서 올리고당의 변형이 이루어질 수 있다.
일부 구현예에서, Fc 영역에 (직접적으로 또는 간접적으로) 부착된 푸코오스가 부족한 탄수화물 구조를 갖는 항체 변이체가 제공된다. 예를 들면, 이러한 항체 중의 푸코오스의 양은 1% 내지 80%, 1% 내지 65%, 5% 내지 65% 또는 20% 내지 40%일 수 있다. 푸코오스의 양은, 예를 들어, WO 2008/077546에 기술된 바와 같이, MALDI-TOF 질량 분광계에 의하여 측정 시, Asn 297에 부착된 모든 당구조(glycostructure) (예를 들어, 착물, 혼성체 및 고 만노스 구조)의 총합과 비교하여, Asn297에서의 당 쇄 내의 푸코오스의 평균 양을 산출함으로써 측정될 수 있다. Asn297은 Fc 영역에서의 약 위치 297 (Fc 영역 잔기의 EU 넘버링)에 배치된 아스파라긴 잔기를 지칭하지만; 그러나, Asn297은, 항체내 작은 서열 변이로 인해, 위치 297의 약 ± 3 아미노산 업스트림 또는 다운스트림, 즉, 위치 294 와 300 사이에 또한 배치될 수 있다. 이와 같은 푸코실화 변이체는 ADCC 작용을 증진시킬 가능성이 있다. 예를 들면, 미국 특허 공보 제US 2003/0157108호(Presta, L.); US 제2004/0093621호(Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd)를 참조한다. "탈푸코실화된" 또는 "푸코스-결핍" 항체 변이체와 관련된 공보의 예는 다음을 포함한다: US 2003/0157108; WO 2000/61739; WO 2001/29246; US 2003/0115614; US 2002/0164328; US 2004/0093621; US 2004/0132140; US 2004/0110704; US 2004/0110282; US 2004/0109865; WO 2003/085119; WO 2003/084570; WO 2005/035586; WO 2005/035778; WO2005/053742; WO2002/031140; Okazaki et al. J. Mol . Biol. 336:1239-1249 (2004); Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004). 탈푸코실화 항체를 생산할 수 있는 세포주의 예는 하기를 포함한다: 단백질 푸코실화가 결핍된 Lec13 CHO 세포 (Ripka et al. Arch. Biochem . Biophys . 249:533-545 (1986); 미국 특허 출원 번호 US 2003/0157108 A1, Presta, L; 및 WO 2004/056312 A1, Adams et al., 특히 실시예 11), 및 녹아웃 세포주, 예컨대 알파-1,6-푸코실전달효소 유전자, FUT8, 녹아웃 CHO 세포 (참고, 예를 들면, Yamane-Ohnuki et al. Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004); Kanda, Y. et al., Biotechnol . Bioeng., 94(4):680-688 (2006); 및 WO2003/085107).
항체 변이체는, 예를 들어 항체의 Fc 영역에 부착된 2분지 올리고당이 GlcNAc에 의해 이등분된, 이등분된 올리고당으로 추가적으로 제공된다. 이러한 항체 변이체는 감소된 푸코실화 및/또는 개선된 ADCC 작용을 가질 수 있다. 상기 항체 변이체의 예는, 예를 들어, WO 2003/011878 (Jean-Mairet et al.); 미국 특허 번호 6,602,684 (Umana et al.); 및 US 2005/0123546 (Umana et al.)에 기재된다. Fc 영역에 부착된 올리고당에 적어도 하나의 갈락토스 잔기를 갖는 항체 변이체가 또한 제공된다. 상기 항체 변이체는 CDC 기능을 개선시킬 수 있다. 상기 항체 변이체는, 예를 들면, WO 1997/30087 (Patel et al.); WO 1998/58964 (Raju, S..); 및 WO 1999/22764 (Raju, S.)에 기재된다.
항체 변이체는 또한 아미노-말단 리더 증식이 제공된다. 예를 들면, 아미노-말단 리더 서열의 하나 이상의 아미노산 잔기는 항체의 임의의 하나 이상의 중쇄 또는 경쇄의 아미노-말단에 존재한다. 예시적인 아미노-말단 리더 증식은 항체 변이체의 하나 또는 양 경쇄 상에 존재하는 세 아미노산 잔기, VHS를 포함하거나 이로 구성된다.
인간 FcRn 고-친화도 결합 폴리펩티드의 생체내 또는 혈청 반감기가 예를 들어 하기에서 검정될 수 있다: 변이체 Fc 영역을 갖는 폴리펩티드가 투여되는, 비-인간 영장류에서, 인간에서, 또는 형질전환 마우스에서. 또한 예를 들어, 하기를 참고한다: Petkova et al. International Immunology 18(12):1759-1769 (2006).
일부 구현예에서, 항체 변이체는 친계 항체보다 더 효과적으로 인간 효과기 세포의 존재에서 ADCC를 매개한다. 일부 구현예에서, 항체 변이체는 검정에서 사용된 폴리펩티드 변이체 및 친계 항체의 양이 본질적으로 동일할 때 시험관내에서 ADCC를 매개하는데 실질적으로 더 효과적이다. 일부 구현예에서, 항체 변이체는 검정에서 사용된 폴리펩티드 변이체 및 친계 항체의 양이 본질적으로 동일할 때 생체내에서 ADCC를 매개하는데 실질적으로 더 효과적이다. 일반적으로, 그와 같은 변이체는 본원에 개시된 시험관내 ADCC 분석을 이용하여 식별될 것이지만, ADCC 활성을 계측하기 위한, 예를 들면 동물 모델 등에서의 다른 분석 또는 방법이 고려된다.
예시적 항체 콘주게이트
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 기타 분자에 콘주게이트된다. 일부 구현예에서, 추가의 분자는 검출가능한 마커, 예컨대 표지일 수 있다. 일부 구현예에서, 추가의 분자는 치료제, 예컨대 세포독성제일 수 있다. 일부 구현예에서, 표지 및/또는 세포독성제은 항체에 접합될 수 있다. 본 명세서에서 사용된 바와 같이, 표지는 항체의 검출을 용이하게 하거나 및/또는 항체가 결합하는 분자의 검출을 용이하게 하는 모이어티이다. 비제한적인 예시적인 표지는, 비제한적으로 방사선동위원소, 형광 그룹, 효소 그룹, 화학발광 그룹, 바이오틴, 에피토프 태그, 금속 결합 태그, 등을 포함한다. 당해 분야의 숙련가는 특정한 적용에 따라 적합한 표지를 선택할 수 있다.
본 명세서에서 사용된 바와 같이, 세포독성제는 하나 이상의 세포의 증식성 능력을 감소하는 모이어티이다. 세포는, 예를 들면, 세포가 세포사멸을 겪거나 그렇지 않으면 죽기 때문에, 세포는 증식하는 것이 어려워질 때 증식성 능력이 감소되고, 세포가 세포주기를 통해 진행하지 못하고 및/또는 세포 분화 등으로 분열하지 못한다. 비제한적인 예시적 세포독성제은, 비제한적으로 방사선동위원소, 독소, 및 화학치료제를 포함한다. 당해 분야의 숙련가는 의도된 적용에 따라 적합한 세포독성제를 선택할 수 있다. 일부 구현예에서, 세포독성제는 하기 중 적어도 하나이다: 항-대사물질, 알킬화제, 항생제, 성장 인자, 사이토카인, 항-혈관형성 제제, 항-유사분열 제제, 안트라사이클린, 독소, 또는 세포사멸 제제.
일부 구현예에서, 표지 및/또는 세포독성제는 시험관내 화학적 방법을 사용하여 항체에 콘주게이트된다. 콘주게이션의 비제한적 예시적 화학적 방법은 본 분야에 공지되고, 그리고 하기를 포함한다: 예를 들어, Thermo Scientific Life Science Research Produces (formerly Pierce; Rockford, Ill.), Prozyme (Hayward, Calif.), SACRI Antibody Services (Calgary, Canada), AbD Serotec (Raleigh, N.C.), 등으로부터 상업적으로 이용가능한 서비스, 방법, 및/또는 시약. 일부 구현예에서, 표지 및/또는 세포독성제가 폴리펩티드일 경우, 상기 표지 및/또는 세포독성제는 항체 쇄에 융합된 표지 및/또는 세포독성제를 포함하는 폴리펩티드를 생산하기 위하여 적어도 하나의 항체 쇄를 갖는 상동한 발현 벡터로부터 발현될 수 있다. 본 분야의 숙련가는 의도된 적용에 따라서 항체로의 표지 및/또는 세포독성제의 콘주게이션을 위한 적합한 방법을 선택할 수 있다.
일부 구현예에서, 콘주게이션은 공유결합일 수 있다. 일부 구현예에서, 콘주게이션은 비-공유결합일 수 있다. 일부 구현예에서, 콘주게이션은 특이적 결합 상호작용을 통해, 예를 들면, 2차 항체의 결합을 통할 수 있다.
예시적인 리더 서열
일부 분비된 단백질이 큰 양으로 발현되고 분비되도록 하기 위해, 이종성 단백질로부터의 리더 서열이 바람직할 수 있다. 일부 구현예에서, 이종성 리더 서열을 사용하는 것은 리더 서열이 분비 과정 동안 ER에서 제거되므로 얻어진 성숙한 폴리펩티드가 변경되지 않고 남아있을 수 있다는 점에서 유리할 수 있다. 이종성 리더 서열의 첨가는 일부 단백질을 발현 및 분비하는데 유용할 수 있다.
특정 예시적 리더 서열 서열은 예를 들어, 하기에 기술된다: 싱가포르 대학, 생화학과(the Department of Biochemistry, National University of Singapore)에서 유지되는 리더 서열 데이터베이스. 참고: Choo et al., BMC Bioinformatics, 6: 249 (2005); 및 PCT 공보 번호 WO 2006/081430.
III. 항체 빌현 및 생산
항-ICOS 항체를 암호화하는 핵산 분자
항-ICOS 항체의 하나 이상의 쇄를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 핵산 분자가 본원에 제공된다. 일부 구현예에서, 핵산 분자는, 항-ICOS 항체의, 중쇄 및 경쇄를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구현예에서, 핵산 분자는, 항-ICOS 항체의, 중쇄를 암호화하는 폴리뉴클레오티드 및 경쇄를 암호화하는 폴리뉴클레오티드 둘 모두를 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 핵산 분자는 중쇄를 암호화하는 제1 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 그리고 제2 핵산 분자는 경쇄를 암호화하는 제2 폴리뉴클레오티드를 포함한다.
일부 구현예에서, 중쇄 및 경쇄는 하나의 핵산 분자로부터, 또는 2개의 별개의 폴리펩티드로서 2개의 별개의 핵산 분자로부터 발현된다. 일부 구현예에서, 항체가 scFv인 경우, 단일 폴리뉴클레오티드는 함께 연결된 중쇄 및 경쇄 둘 모두를 포함하는 단일 폴리펩티드를 암호화한다.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체의 중쇄 또는 경쇄를 암호화하는 폴리뉴클레오티드는 본원에 제공된 적어도 1개의 CDR을 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체의 중쇄 또는 경쇄를 암호화하는 폴리뉴클레오티드는 본원에 제공된 적어도 3개의 CDR을 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체의 중쇄 또는 경쇄를 암호화하는 폴리뉴클레오티드는 본원에 제공된 적어도 6개의 CDR을 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체의 중쇄 또는 경쇄를 암호화하는 폴리뉴클레오티드는, 번역될 경우, 상기 중쇄 또는 경쇄의 N 말단에 위치하는 리더 서열을 암호화하는 뉴클레오티드 서열을 포함한다. 상기에 논의된 바와 같이, 리더 서열은 천연 중쇄 또는 경쇄 리더 서열일 수 있거나, 또는 또 다른 이종성 리더 서열일 수 있다.
일부 구현예에서, 핵산은 본 명세서의 서열 표에서 항체에 대한 임의의 아미노산 서열을 암호화하는 것이다. 일부 구현예에서, 상기 핵산은 본원의 서열 표 내 항체에 대한 아미노산 서열 중 임의의 것을 암호화하는 핵산과 적어도 80% 동일한, 예를 들어, 적어도 80, 85, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98, 또는 99% 동일한 것이다. 일부 구현예에서, 상기 핵산은 본원에 제공된 핵산 서열 중 임의의 하나 이상의 것과 하이브리드화하는 것이다. 일부 구현예에서, 하이브리드화는 중간 정도의 조건하에 있다. 일부 구현예에서, 하이브리드화는 다음과 같이 고도로 엄격한 조건하에 있다: 0.1X SSC 내 약 20% (v/v) 포름아미드로 42℃에서 10분 동안 제1 세정 및 65℃에서 0.2 X SSC 및 0.1% SDS로 후속의 세정을 갖는, 65℃에서 적어도 약 6X SSC 및 1% SDS.
핵산 분자는 당해 기술에 통상적인 재조합 DNA 기법을 사용하여 작제될 수 있다. 일부 구현예에서, 핵산 분자는 선택된 숙주 세포에서 발현이 적합한 발현 벡터이다. 벡터
항-ICOS 중쇄 및/또는 항-ICOS 경쇄를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 벡터가 제공된다. 항-ICOS 중쇄 및/또는 항-ICOS 경쇄를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 벡터가 또한 제공된다. 상기 벡터는 비제한적으로, DNA 벡터, 파아지 벡터, 바이러스 벡터, 레트로바이러스 벡터, 등을 포함한다. 일부 구현예에서, 벡터는 중쇄를 암호화하는 제1 폴리뉴클레오티드 서열 및 경쇄를 암호화하는 제2 폴리뉴클레오티드 서열을 포함한다. 일부 구현예에서, 중쇄 및 경쇄는 2개의 개별 폴리펩티드로서 벡터로부터 발현된다. 일부 구현예에서, 중쇄 및 경쇄는, 예컨대, 예를 들어, 항체가 scFv일 경우, 단일 폴리펩티드의 부분으로서 발현된다.
일부 구현예에서, 제1 벡터는 중쇄를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함하고, 그리고 제2 벡터는 경쇄를 암호화하는 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구현예에서, 제1 벡터 및 제2 벡터는 유사한 양 (예컨대 유사한 몰량 또는 유사한 질량 양)으로 숙주 세포 안으로 형질감염된다. 일부 구현예에서, 제1 벡터 및 제2 벡터의 5:1 내지 1:5 사이의 몰- 또는 질량-비가 숙주 세포 안으로 형질감염된다. 일부 구현예에서, 중쇄를 암호화하는 벡터 및 경쇄를 암호화하는 벡터에 대해 1:1 내지 1:5 사이의 질량비가 사용된다. 일부 구현예에서, 중쇄를 암호화하는 벡터 및 경쇄를 암호화하는 벡터에 대해 1:2의 질량비가 사용된다.
일부 구현예에서, CHO 또는 CHO-유도된 세포, 또는 NSO 세포에서 폴리펩티드의 발현에 대해 최적화된 벡터가 선택된다. 예시적인 이러한 벡터는 예를 들면, 하기에 기재된다: Running Deer et al., Biotechnol. Prog. 20:880-889 (2004).
숙주 세포
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체 중쇄 및/또는 항-ICOS 항체 경쇄는 원핵 세포, 예컨대 박테리아 세포 내에서; 또는 진핵 세포, 예컨대 균류 세포 (예컨대 효모), 식물 세포, 곤충 세포, 및 포유동물 세포 내에서 발현될 수 있다. 이러한 발현은, 예를 들면, 당해 기술에서 공지된 절차에 따라 수행될 수 있다. 폴리펩티드를 발현하기 위해 사용될 수 있는 예시적인 진핵 세포는, 비제한적으로 하기를 포함한다: COS 세포 (하기를 포함: COS 7 세포); 293 세포 (하기를 포함: 293-6E 세포); CHO 세포 (하기를 포함: CHO-S, DG44. Lec13 CHO 세포, 및 FUT8 CHO 세포; PER.C6® 세포 (Crucell); 및 NSO 세포. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체 중쇄 및/또는 항-ICOS 항체 경쇄는 효모에서 발현될 수 있다. 예를 들어, 공보 제2006/0270045호를 참조한다. 일부 구현예에서, 특정 진핵 숙주 세포는 항-ICOS 항체 중쇄 및/또는 항-ICOS 항체 경쇄에 대한 목적하는 번역 후 변형을 제조하기 위한 이의 능력에 기반하여 선택된다. 예를 들면, 일부 구현예에서, CHO 세포는 293 세포에서 생산된 동일한 폴리펩티드보다 높은 수준의 시알화를 가지는 폴리펩티드를 생산한다.
요망된 숙주세포 안으로 1종 이상의 핵산의 도입은 비제한적으로, 인산칼슘 형질감염, DEAE-덱스트란 매개된 형질감염, 양이온성 지질-매개된 형질감염, 전기천공, 형질도입, 감염, 등을 포함하는 임의의 방법에 의해 달성될 수 있다. 비제한적인 예시적 방법은, 예를 들면, 문헌[Sambrook et al., Molecular Cloning, A Laboratory Manual, 3rd ed. Cold Spring Harbor Laboratory Press (2001)]에 기술되어 있다. 핵산은 임의의 적합한 방법에 따라 목적 숙주 세포에 일시적으로 또는 무변성으로 형질감염될 수 있다.
본 명세서에서 기재된 임의의 폴리뉴클레오티드 또는 벡터를 포함하는 숙주 세포가 또한 제공된다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체를 포함하는 숙주 세포가 제공된다. 이종성 DNAs를 과발현할 수 있는 임의의 숙주 세포는 해당 항체, 폴리펩티드 또는 단백질을 암호화하는 유전자를 단리시킬 목적으로 사용될 수 있다. 포유동물 숙주 세포의 비-제한적인 예는 비제한적으로 COS, HeLa, 및 CHO 세포를 포함한다. 또한 하기를 참고한다: PCT 공보 번호 WO 87/04462. 적합한 비-포유동물 숙주 세포는 하기를 포함한다: 원핵생물 (예컨대 이. 콜라이 또는 B. 서브틸리스) 및 효모 (예컨대 S. 세레비사에, S. 폼베; 또는 K. 락티스).
항체의 정제
항-ICOS 항체는 임의의 적합한 방법에 의해 정제될 수 있다. 이러한 방법은, 비제한적으로 친화도 매트릭스 또는 소수성 상호작용 크로마토그래피의 사용을 포함한다. 적합한 친화도 리간드는 항체 불변 영역을 결합하는 리간드 및 ROR1 ECD를 포함한다. 예를 들면, 단백질 A, 단백질 G, 단백질 A/G, 또는 항체 친화도 칼럼은 불변 영역을 결합하고 항-ICOS 항체를 정제하기 위해 사용될 수 있다. 소수성 상호작용 크로마토그래피, 예를 들면, 부틸 또는 페닐 칼럼이, 또한 일부 폴리펩티드 예컨대 항체를 정제하기에 적합할 수 있다. 이온 교환 크로마토그래피 (예를 들면 음이온 교환 크로마토그래피 및/또는 양이온 교환 크로마토그래피)가 또한 일부 폴리펩티드 예컨대 항체를 정제하기에 적합할 수 있다. 혼합-방식 크로마토그래피 (예를 들어 역상/음이온 교환, 역상/양이온 교환, 친수성 상호작용/음이온 교환, 친수성 상호작용/양이온 교환, 등)는 일부 폴리펩티드 예컨대 항체를 정제하기에 또한 적합할 수 있다. 폴리펩티드를 정제하는 다수의 방법은 본 분야에 공지되어 있다.
항체의 무세포 생산
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 무세포 시스템에서 생산된다. 비제한적인 예시적 무세포 시스템은 예를 들면, 하기에 기술되어 있다: Sitaraman et al., Methods Mol . Biol . 498: 229-44 (2009); Spirin, Trends Biotechnol . 22: 538-45 (2004); Endo et al., Biotechnol. Adv. 21: 695-713 (2003).
항체 조성물
일부 구현예에서, 상기에 기재된 방법에 의해 제조된 항체가 제공된다. 일부 구현예에서, 항체는 숙주 세포에서 제조된다. 일부 구현예에서, 항체는 무세포 시스템에서 제조된다. 일부 구현예에서, 항체는 정제된 것이다. 일부 구현예에서, 숙주 세포 또는 무세포 시스템 내 제조된 항체는 키메라 항체이다. 일부 구현예에서, 숙주 세포 또는 무세포 시스템 내 제조된 항체는 인간화 항체이다. 일부 구현예에서, 숙주 세포 또는 무세포 시스템 내 제조된 항체는 인간 항체이다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체를 포함하는 세포 배양 배지가 제공된다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체를 포함하는 숙주 세포 배양 유체가 제공된다.
일부 구현예에서, 상기에 기재된 방법에 의해 제조된 항체를 포함하는 조성물이 제공된다. 일부 구현예에서, 조성물은 숙주 세포에서 제조된 항체를 포함한다. 일부 구현예에서, 조성물은 무세포 시스템에서 제조된 항체를 포함한다. 일부 구현예에서, 조성물은 정제된 항체를 포함한다. 일부 구현예에서, 조성물은 숙주 세포 또는 무-세포 시스템 내 제조된 키메라 항체를 포함한다. 일부 구현예에서, 조성물은 숙주 세포 또는 무-세포 시스템 내 제조된 인간화 항체를 포함한다. 일부 구현예에서, 조성물은 숙주 세포 또는 무-세포 시스템 내 제조된 인간 항체를 포함한다.
일부 구현예에서, 10 mg/mL, 20 mg/mL, 30 mg/mL, 40 mg/mL, 50 mg/mL, 60 mg/mL, 70 mg/mL, 80 mg/mL, 90 mg/mL, 100 mg/mL, 125 mg/mL, 150 mg/mL, 175 mg/mL, 200 mg/mL, 225 mg/mL, 또는 250 mg/mL 중 약 임의의 하나보다 많은 농도로 항-ICOS 항체를 포함하는 조성물이 제공된다. 일부 구현예에서, 조성물은 숙주 세포 또는 무-세포 시스템 내 제조된 키메라 항체를 포함한다. 일부 구현예에서, 조성물은 숙주 세포 또는 무-세포 시스템 내 제조된 인간화 항체를 포함한다. 일부 구현예에서, 조성물은 숙주 세포 또는 무-세포 시스템 내 제조된 인간 항체를 포함한다.
IV. 조성물 및 방법
유전자 발현, RNA 특질, 대상의 식별, 및/또는 예상 반응과 관련된 방법, 폴리뉴클레오티드, 조성물, 및 키트
(에피토프 발현을 정상적으로 결하는 조직(들) 및/또는 세포(들)에서 발현의 존재와 같이, 정상 샘플 에 비하여 증가되거나 또는 감소된 및/또는 부적절한 발현인) 항-ICOS 항체 에피토프 발현과 관련된 질환, 장애 또는 병태의 검출, 진단 및 모니터링을 위해 항-ICOS 항체, 폴리펩티드 및 폴리뉴클레오티드를 사용하는 방법이 본 명세서에서 제공된다. 환자가 항-ICOS 항체 요법에 반응할 것인지 여부를 계측하는 방법이 본 명세서에서 제공된다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체로의 치료로부터 이점을 얻을 수 있는 대상을 식별하는 방법이 제시된다. 일부 구현예에서, 암을 갖는 대상체의, 항-ICOS 항체에 대한 반응성을 예측하는 방법이 제시된다.
일부 구현예에서, 상기 방법은 환자가 항-ICOS 항체를 사용하여 ICOS를 발현하는 세포를 가지는지 여부를 검출하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 검출의 방법은 샘플을 항체, 폴리펩티드, 또는 폴리뉴클레오티드와 접촉하는 것과 결합하는 수준이 참조 또는 비교 샘플 (예컨대 대조군)의 것과 다른지 여부를 계측하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 본 방법은 본 명세서에서 기재된 항체 또는 폴리펩티드가 대상체에 대한 적절한 치료인지 여부를 계측하는데 유용할 수 있다.
일부 구현예에서, 세포 또는 세포/조직 용해물은 항-ICOS 항체와 접촉되고 그리고 항체와 세포 사이의 결합이 계측된다. 시험 세포가 동일한 조직 유형의 참조 세포에 비교하여 결합 활성이 나타날 때, 이것은 대상체가 항-ICOS 항체로의 치료로부터 이점을 얻을 수 있다는 것을 나타낼 수 있다. 일부 구현예에서, 시험 세포는 인간 조직 유래의 것이다.
특이적 항체-항원 결합을 검출하는 당해 분야에서 공지된 다양한 방법이 사용될 수 있다. 수행될 수 있는 예시적인 면역검정은 형광 국소 분극화 면역검정 (FPIA), 형광 면역검정 (FIA), 효소 면역검정 (EIA), 비탁법 면역검정 (NIA), 효소 연결된 면역흡착 검정 (ELISA), 및 방사면역검정 (RIA)을 포함한다. 지표 모이어티, 또는 표지 그룹은 대상체 항체에 부착될 수 있고 그리고 검정 설비 및 혼화성 면역검정 절차의 이용가능성에 의해 종종 지시된 방법의 다양한 용도의 요구를 충족하기 위해 선택된다. 적절한 표지는, 비제한적으로 방사성핵종 (예를 들면 125I, 131I, 35S, 3H, 또는 32P), 효소 (예를 들면, 알칼리성 포스파타제, 호스래디쉬 페록시다아제, 루시퍼라아제, 또는 β-갈락토시다제), 형광 모이어티 또는 단백질 (예를 들면, 플루오레신, 로다민, 파이코에리트린, GFP, 또는 BFP), 또는 발광성 모이어티 (예를 들면, 캘리포니아 주 팰로앨토 소재의 퀀텀 도트 코포레이션에 의해 공급된 QdotTM 나노입자)를 포함한다. 상기에 나타난 다양한 면역검정을 수행하는데 사용되는 일반적인 기술은 당해 분야의 숙련가에게 공지된다.
일부 구현예에서, 면역조직화학 측정, 이를 테면, 자동화된 면역조직화학 측정은 가령, 조직 샘플, 이를 테면, 인간 정상 조직 샘플 또는 인간 종양 조직 샘플일 수 있는 인간 조직 샘플 (가령, 편도 조직)에서 ICOS를 발현하는 세포를 검출하는데 이용된다. 일부 구현예에서, 상기 조직 샘플은 FFPE 샘플, 이를 테면, 임상적인 FFPE 샘플이다.
진단의 목적상, 항체를 포함하는 폴리펩티드는, 비제한적으로 당해 기술에 공지된 방사선동위원소, 형광 표지, 및 다양한 효소-기질 표지를 포함하는 검출가능한 모이어티로 표지될 수 있다. 항체에 표지를 콘주게이트하는 방법은 본 분야에 잘 알려져 있다.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 표지될 필요가 없으며, 이들의 존재는 제1 항-ICOS 항체에 결합하는 제2 표지된 항체를 사용하여 검출될 수 있다.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 임의의 공지된 검정 방법, 예컨대 경쟁적 결합 검정, 직접적인 및 간접적인 샌드위치 검정, 및 면역침강 검정에 이용될 수 있다. Zola, Monoclonal Antibodies: A Manual of Techniques, pp. 147-158 (CRC Press, Inc. 1987).
항-ICOS 항체 및 폴리펩티드는 또한 생체내 진단 검정, 예컨대 생체내 이미지화에 대해 사용될 수 있다. 일반적으로, 항체 또는 폴리펩티드는 방사성핵종 (예컨대 111In, 99Tc, 14C, 131I, 125I, 3H, 또는 본 명세서에서 개괄된 것들을 포함하는 임의의 다른 방사성핵종 표지)으로 표지되어 대상의 세포 또는 조직은 면역 주사를 사용하여 국재화될 수 있다.
항체는 또한 당해 기술에서 잘 알려진 기술을 사용하여 병리학에서 염색 시약으로 사용될 수 있다.
일부 구현예에서, 제1 항체는 진단을 위해 사용되고 그리고 제2 항체는 치료로서 사용된다. 일부 구현예에서, 제1 및 제2 항체는 상이하다. 일부 구현예에서, 제1 항체는 비-인간 유래인 반면 치료제는 인간 유래이다. 일부 구현예에서, 제1 및 제2 항체 둘 모두는 별개의 에피토프에 결합함에 의해 동시에 항원에 결합할 수 있다.
일부 구현예에서, 본 명세서에서 제시된 상기 방법은 PCR에 의해 미소부수체 불안정성 (MSI)을 측정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 미소부수체 불안정성의 측정은 하나 또는 그 이상의 표지자 (좌)에서 유전적 불안정성을 검출하는 것을 포함한다: BAT25, BAT26, D5S346, D2S123, 및 D17S250. 참고: 예컨대, Boland et al., 1998, Cancer Res. 58: 5248-5257. 일부 구현예에서, 5개 좌위 중 2개 이상에서 유전적 불안정성이 검출될 경우, 암은 MSI-높은 것이다. 일부 구현예에서, 5개 좌위 중 1개에서 유전적 불안정성이 검출될 경우, 암은 MSI-낮은 것이다. 일부 구현예에서, 5개 좌위 중 0개에서 유전적 불안정성이 검출될 경우, 암은 MSS이다.
일부 구현예에서, 본 명세서에서 제시된 상기 방법은 IHC에 의해 미소부수체 불안정성 (MSI)을 측정하는 것을 포함한다. 참고: 예컨대, AMA and NCHPEG Colorectal Cancer Fact Sheets: 11-0456:2/12:jt:Updated Feb 2012. 일부 구현예에서, 미소부수체 불안정성을 계측하는 것은 IHC에 의해 MLH1, MSH2, PMS2, 및 MSH6으로부터 선택된 하나 또는 그 이상의 미스매치 치유 단백질들을 검출하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, IHC에 의해 하나 또는 그 이상의 미스매치 치유(repair) 단백질들이 검출되지 않는다면, 상기 암은 MSI-양성이다.
일부 구현예에서, 본 명세서에서 제시된 방법은 mRNA 수준을 측정하는 것을 포함한다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 방법은, ICOS 발현에 예측성이거나 이와 상관관계가 있는, ICOS RNA 특질, 예컨대, 복수의 mRNA 수준을 측정하는 단계를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 ICOS RNA 특질은 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10가지 mRNA 수준을 포함하며, 상기 mRNA 수준은 표 6에서 선택된 mRNA의 수준이다.
mRNA 수준을 계측하는 임의의 적합한 방법이 이용될 수 있다. 세포에서 mRNA의 평가를 위한 방법은, 예를 들면, 상보적 DNA 프로브를 사용한 하이브리드화 검정 (예컨대 표적 서열에 특이적인 표지된 리보프로브를 사용한 동일계내 하이브리드화, 노던 블롯 및 관련된 기술) 및 다양한 핵산 증폭 검정 (예컨대 표적 서열에 특이적인 상보적 프라이머를 사용한 RT-PCR, 및 다른 증폭 유형 검출 방법, 예컨대, 예를 들면, 분지형 DNA, SISBA, TMA 등)을 포함한다.
일부 구현예에서, 상기 mRNA 수준은 정량적 RT-PCR에 의해 계측된다. 일부 구현예에서, 상기 mRNA 수준은 디지털 PCR에 의해 계측된다. 일부 구현예에서, 상기 mRNA 수준은 RNA-Seq에 의해 계측된다. 일부 구현예에서, 상기 mRNA 수준은 RNase 보호 검정 (RPA)에 의해 계측된다. 일부 구현예에서, 상기 mRNA 수준은 노던 블롯에 의해 계측된다. 일부 구현예에서, 상기 mRNA 수준은 동일계내 하이브리드화(ISH)에 의해 계측된다. 일부 구현예에서, mRNA 수준은, 정량적 RT-PCR, 마이크로어레이, 디지털 PCR, RNA-Seq, RNase 보호 검정 (RPA), 노던 블롯, 및 동일계내 하이브리드화 (ISH)로부터 선택된 방법에 의하여 계측된다.
RNA-seq은 차세대 서열분석 방법론을 사용하여 RNA 전사체의 열거(enumeration)에 기반된 기술이다. mRNA의 수준은 그 서열의 단편의 관찰 빈도를 사용하여 계측된다. RNA-Seq의 검토를 위하여, 하기를 참고한다: Wang et al., Nat. Rev. Genet. (2009) 10:57-63.
노던 블롯(Northern blot)은 크기 별로 RNA 샘플을 분리하고, 표적 서열의 일부 또는 전체에 상보적인 하이브리드화된 프로브로 검출하는 전기영동의 사용과 관련된다. 노던 블롯에 대해서 하기를 참고한다: 예컨대, Trayhurn, P. (1996) Northern Blotting. Pro. Nutrition Soc. 55:583-589.
정량적 RT-PCR은 mRNA를 역-전사하고, 그 다음 중합효소 쇄 반응 (PCR)으로 cDNA를 증폭시키고, 이것은 가령, 형광을 측정함으로써 실시간으로 모니터되며, 여기에서 염료 신호는 산물의 양으로 판독된다. 상기 염료는 가령, 삽입(intercalating) 염료, 또는 소거제(quencher)가 포함된 프로브에 부착된 염료일 수 있고, 여기에서 상기 프로브가 분해되면 염료가 방출되고, 그 결과 형광이 생성되며, 상기 분해는 TaqMan® 측정과 같이, 산물 생성에 의해 구동되는 엑소뉴클레아제 활성에 의해 촉매된다. 본 발명의 일부 구현예에서, 생물학적 샘플 안에서 표적 mRNA를 검출하는 방법은 적어도 하나의 프라이머를 이용하여 역전사에 의해 샘플로부터 cDNA를 만들고; 그 안에서 표적 cDNAs를 증폭시키기 위하여, 센서 및 안티센서 프라이머로써 표적 폴리뉴클레오티드를 이용하여 생성된 cDNA를 증폭시키고; 그리고 증폭된 표적 cDNA의 존재를 검출하는 것을 포함한다. 게다가, 이와 같은 방법에는 생물학적 샘플 내 표적 mRNA의 수준을 식별할 수 있게 해주는 하나 이상의 단계들(예컨대, 하기 검토된, 참조 mRNA 서열, 예컨대, "하우스키핑" 유전자 예컨대 액틴 패밀리 구성원 또는 참조 RNA 수준을 동시에 측정함으로써)이 포함될 수 있다. 임의로, 상기 증폭된 표적 cDNA의 서열이 계측될 수 있다.
디지털 PCR에서, 샘플은 다수의 반응 영역으로 분할되고, 이들 영역에서 PCR이 수행된다. 양성, 즉, 검출가능한 산물 형성이 발생되는 영역의 수를 이용하여 원래 샘플에서 표적 서열의 수준을 계측할 수 있다.
RPA에서, 샘플은 하이브리드화 조건 하에서 프로브와 접촉되며, 그 다음 단일-가닥의 RNA 뉴클레아제와 접촉된다. 프로브와 표적의 이중-가닥 복합체 형성으로 상기 프로브는 분해로부터 보호되며, 남아있는 프로브의 양을 이용하여 상기 표적의 수준을 계측할 수 있다.
ISH에서, 세포 또는 조직 샘플은 표적 RNA에 하이브리드화되는 프로브와 접촉되며, 그리고 하이브리드화가 검출되어, 상기 표적 수준이 결정된다.
일부 구현예에서, 방법은 마이크로어레이 기술에 의해 조직 또는 세포 샘플 내에서 mRNA, 예컨대 mRNA를 조사하거나 또는 검출하는 프로토콜을 포함한다. 핵산 마이크로어레이를 사용하여, 시험 및 대조군 조직 샘플로부터 시험 및 대조군 mRNA 샘플이 역전사되고 그리고 표지되어 cDNA 프로브를 생성한다. 상기 프로브는 그런 다음 고형 지지체 상에 고정된 핵산의 배열에 하이브리드화된다. 상기 배열은 배열의 각 구성원의 서열 및 위치를 알 수 있도록 구성된다. 특정 배열 구성원으로 표지된 프로브의 하이브리드화는 프로브가 유도된 샘플이 그 유전자를 발현한다는 것을 나타낸다. 질병 조직의 차등적인 유전자 발현 분석은 유용한 정보를 제공할 수 있다. 마이크로어레이(Microarray) 기술은 핵산 하이브리드화 기술과 컴퓨팅 기술을 사용하여, 단일 실험 내에서 수천 개의 유전자의 mRNA 발현 프로필을 평가한다(참고: 예컨대, WO 01/75166 (2011년 10월 11일 공개됨); 미국 특허 번호 5,700,637; 미국 특허 번호 5,445,934, 및 미국 특허 번호 5,807,522; Lockart, Nature Biotechnology, 14:1675-1680 (1996); Cheung, V. G. et al., Nature Genetics 21(Suppl):15-19 (1999) (어레이 제조의 논의에 대하여). DNA 마이크로어레이는 유리 또는 다른 기질 위에 직접 합성되거나, 또는 점으로 찍은 유전자 단편들을 포함하는 소형 어레이다. 수천 개의 유전자가 대개 하나의 어레이에 제시된다. 전형적인 마이크로어레이 실험은 다음의 단계들을 포함한다: 1) 상기 샘플로부터 단리된 RNA로부터 형광 표지된 표적 준비, 2) 상기 표지된 표적을 마이크로어레이에 하이브리드화, 3) 상기 어레이의 세척, 염색 및 스캐닝, 4) 스캔된 영상의 분석, 그리고 5) 유전자 발현 프로파일의 생성. 2가지 유형의 DNA 마이크로어레이는 올리고뉴클레오티드 (통상적으로 25 내지 70 mers) 어레이 및 cDNAs로부터 준비된 PCR 산물이 함유된 유전자 발현 어레이다. 어레이 형성에서, 올리고뉴클레오티드는 사전구성된 그리고 상기 표면에 점으로 찍힐 수 있거나, 또는 상기 표면(제자리) 상에서 직접적으로 합성될 수 있다. 일부 구현예에서, DNA 마이크로어레이는 단일-뉴클레오티드 다형성 (SNP) 마이크로어레이, 가령, Affymetrix® SNP 어레이 6.0이다.
Affymetrix GeneChip® 시스템은 상업적으로 이용가능한 마이크로어레이 시스템으로, 유리 표면 상에 올리고뉴클레오티드의 직접적인 합성에 의해 구성되는 어레이를 포함한다. 프로브/유전자 어레이: 올리고뉴클레오티드, 통상적으로 25 mers는 반도체-기반의 광식각(photolithography) 및 고형성 화학 합성 기술의 조합에 의해 유리 웨이퍼 상에서 직접 합성된다. 각 어레이는 최대 400,000개의 상이한 올리고를 함유하고, 각 올리고는 수백만개의 복사체로 존재한다. 올리고뉴클레오티드 프로브는 상기 어레이 상에 공지의 위치에서 합성되기 때문에, 상기 하이브리드화 패턴 및 신호 강도는 유전자 정체 및 상대적 수준으로 해석될 수 있다. 각 유전자는 일련의 상이한 올리고뉴클레오티드 프로브에 의해 상기 어레이 상에 제시된다. 각 프로브 쌍은 완벽한 매치 올리고뉴클레오티드와 미스매치 올리고뉴클레오티드로 구성된다. 상기 완벽한 매치 프로브는 특정 유전자에 정확하게 상보적인 서열을 보유하며, 따라서 이 유전자의 발현을 측정한다. 상기 미스매치 프로브는 중앙 염기 위치에서 단일 염기 치환에 의해 상기 완벽한 매치 프로브로는 상이하게 되며, 이러한 치환에 의해 표적 유전자 전사체의 결합을 교란시킨다. 이것은 완벽한 매치 올리고(oligo)에 대하여 측정된 신호에 기여하는 배경 및 비특이적 하이브리드화를 측정하는데 도움이 된다. Microarray Suite 소프트웨어는 완벽한 매치 프로브의 하이브리드화 강도로부터 미스매치 프로브의 하이브리드화 강도를 차감하여, 각 프로브 세트의 절대적 또는 특정 강도 값을 계측한다. 프로브는 Genbank 및 기타 뉴클레오티드 저장소의 현재 정보에 근거하여 선택된다. 상기 서열은 상기 유전자의 3' 단부의 독특한 영역을 인지하는 것으로 간주된다. GeneChip Hybridization Oven ("rotisserie" 오븐)은 한 번에 최대 64개 어레이의 하이브리드화를 실행하는데 이용된다. 유동체 스테이션(fluidics station)은 프로브 어레이의 세척 및 염색을 수행한다. 이것은 완전히 자동화된 4개 모듈을 포함하며, 각 모듈에 하나의 프로브 어레이가 있다. 각 모듈은 사전 프로그래밍된 유동체 프로토콜을 사용하여 Microarray Suite 소프트웨어를 통해 독립적으로 제어된다. 스캐너는 프로브 어레이에 결합된 표지된 cRNA에 의해 방출되는 형광 강도를 측정하는 공 초점(confocal) 레이저 형광 스캐너이다. Microarray Suite 소프트웨어를 갖춘 컴퓨터 워크스테이션은 유동체 스테이션과 스캐너를 제어한다. Microarray Suite 소프트웨어는 프로브 어레이에 대한 사전 프로그래밍된 하이브리드화, 세척 및 염색 프로토콜을 사용하여 최대 8 개의 유동체 스테이션을 제어할 수 있다. 상기 소프트웨어는 또한 적절한 알고리즘을 사용하여, 하이브리드화 강도 데이터를 획득하고, 이를 각 유전자에 대한 존재/부재 콜(call)로 변환시킨다. 마지막으로, 상기 소프트웨어는 비교 분석을 통해 실험간의 유전자 발현 변화를 감지하고, .txt 파일로 포멧으로 출력하고, 이는 추가 파일 분석을 위해 다른 소프트웨어 프로그램과 함께 사용할 수 있다.
일부 구현예에서, 예를 들어 RT-PCR이 사용되는 경우, 역치 주기 수는 2개의 mRNA 사이에서 비교되며, 그리고 보다 낮은 역치는 각 mRNA의 보다 높은 수준을 표지한다. 비제한적인 예로써, 일부 구현예에서, ICOS mRNA 및 적어도 하나의 참조 mRNA의 수준을 분석하고, ICOS의 경우 역치 주기 수(Ct)는 28이며, 참조 mRNA의 Ct는 30이면, ICOS는 기준과 비교하여 더 높은 수준에 있다. 다양한 구현예들에서, 임의의 유형의 정량적 또는 반-정량적 분석 방법에 대하여 유사한 비교가 실행될 수 있다.
일부 구현예에서, 적어도 하나의 mRNA 수준은 정상화된다. 일부 구현예에서, 적어도 2개 mRNA의 수준이 정상화되고, 서로 비교된다. 일부 구현예에서, 이러한 정상화는 상기 수준들이 동시에 결정되지 않을 때, 및/또는 동일한 분석 반응에서 결정되지 않을 때, mRNA 수준 비교를 허용할 수 있다. 당업자는 상기 분석에 따라 적어도 하나의 참조 mRNA 또는 다른 인자와 같은 표준화를 위한 적절한 기본을 선택할 수 있다.
일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 참조 mRNA는 하우스키핑(housekeeping) 유전자를 포함한다. 일부 구현예에서, 상기 적어도 하나의 참조 mRNA는 RPLP0, PPIA, TUBB, ACTB, YMHAZ, B2M, UBC, TBP, GUSB, HPRT1, 또는 GAPDH중 하나 또는 그 이상을 포함한다.
또한 본 명세서에서 기재된 임의의 방법에 사용하기에 적합한 폴리뉴클레오티드, 키트, 의약, 조성물, 및 단위 투여 형태가 본 명세서에서 제공된다.
일부 구현예에서, 본 명세서에서 제시된 폴리뉴클레오티드는 단리된다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 폴리뉴클레오티드는, 예를 들어, 방사성 동위원소, 형광 제제, 또는 발색성 제제로 검출가능하게 표지된다. 또 다른 구현예에서, 폴리뉴클레오티드는 프라이머다. 또 다른 구현예에서, 폴리뉴클레오티드는, 올리고뉴클레오티드, 예컨대, mRNA-특이적 올리고뉴클레오티드이다. 또 다른 구현예에서, 올리고뉴클레오티드의 길이는 예로써, 7-60개의 뉴클레오티드, 9-45개의 뉴클레오티드, 15-30개의 뉴클레오티드, 또는 18-25개의 뉴클레오티드이다. 또 다른 구현예에서, 올리고뉴클레오티드는 가령, PNA, 몰포리노-포스포라미데이트, LNA, 또는 2'-알콕시알콕시이다. 본 명세서에서 제시된 폴리뉴클레오티드는 가령, 표적 서열, 이를 테면, 표 6에 있는 mRNA 안에 함유된 서열 또는 참조 mRNA, 이를 테면, 상기에서 논의된 참조 mRNA 검출용으로 유용하다. 검출은 상기에서 논의된 바와 같이, 하이브리드화, 증폭, 및/또는 서열화가 관련될 수 있다.
일부 구현예에서, 복수의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 조성물이 제공되며, 상기 복수의 것은 적어도 하나의, 제1 mRNA에 대해 특이적인 제1 폴리뉴클레오티드 및 제2 mRNA에 대해 특이적인 제2 폴리뉴클레오티드를 포함하며, 상기 제1 및 제2 mRNA는 표 6 중 mRNA로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 상기 다수는 제 3 mRNA에 특이적인 제 3 폴리뉴클레오티드를 추가로 포함하며, 상기 제 3 mRNA는 표 6 중 mRNA로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 상기 다수는 제 4 mRNA에 특이적인 제 4 폴리뉴클레오티드를 추가로 포함하며, 상기 제 4 mRNA는 표 6 중 mRNA로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 상기 다수는 제 5 mRNA에 특이적인 제 5 폴리뉴클레오티드를 추가로 포함하며, 상기 제 5 mRNA는 표 6 중 mRNA로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 상기 다수는 제 6 mRNA에 특이적인 제 6 폴리뉴클레오티드를 추가로 포함하며, 상기 제 6 mRNA는 표 6 중 mRNA로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 상기 다수는 제 7 mRNA에 특이적인 제 7 폴리뉴클레오티드를 추가로 포함하며, 상기 제 7 mRNA는 표 6 중 mRNA로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 상기 다수는 제 8 mRNA에 특이적인 제 8 폴리뉴클레오티드를 추가로 포함하며, 상기 제 8 mRNA는 표 6 중 mRNA로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 상기 다수는 제 9 mRNA에 특이적인 제 9 폴리뉴클레오티드를 추가로 포함하며, 상기 제 9 mRNA는 표 6 중 mRNA로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 상기 다수는 제 10 mRNA에 특이적인 제 10 폴리뉴클레오티드를 추가로 포함하며, 상기 제 10 mRNA는 표 6 중 mRNA로부터 선택된다. 폴리뉴클레오티드 또는 mRNA를 지칭하기 위한 서수("제1", "제2" 등)의 사용은 해당 폴리뉴클레오티드 또는 mRNA가 경우에 따라 서로 동일하지 않다는 것을 나타내는 것으로 이해된다.
일부 구현예에서, 조성물은 대상체로부터 수득된 세포 또는 조직을 포함한다. 일부 구현예에서, 조성물은 대상으로부터 단리된 mRNA를 포함한다. 일부 구현예에서, 조성물은 대상체로부터 단리된 mRNA로부터 합성된 cDNA를 포함한다.
일부 구현예에서, 조성물은 적어도 하나의 참조 mRNA의 검출에 사용하기에 적합한 적어도 하나의 폴리뉴클레오티드 또는 다수의 폴리뉴클레오티드를 포함한다. 일부 구현예에서, 조성물은 하이브리드화 및/또는 증폭, 이를 테면, 정량적 RT-PCR, 마이크로어레이, 디지털 PCR, RNA-Seq, RPA, 노던 블랏, 또는 제자리(in situ) 하이브리드화 ISH를 실행하기 위한 시약들을 포함한다. 이러한 시약들은 하나 또는 그 이상의 역 전사효소 활성을 가진 효소, DNA 중합효소 (호열성일 수 있다), 삽입 염료, dNTPs, 완충액, 단일-가닥 RNA 뉴클레아제, 세제, 정착제 (가령, 포름알데히드), 공용매 (가령, 포름아미드), 등을 포함할 수 있다.
일부 구현예에서, 표 6 중 mRNA로부터 선택된 mRNA에 특이적인 적어도 하나의 폴리뉴클레오티드 또는 복수의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 이상의 용기를 포함하는 키트가 제공되며, 상기 복수는 적어도 하나의, 제1 mRNA에 대해 특이적인 제1 폴리뉴클레오티드 및 제2 mRNA에 대해 특이적인 제2 폴리뉴클레오티드를 포함하며, 상기 제1 및 제2 mRNA는 표 6 중 mRNA로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 상기 다수는 제 3 mRNA에 특이적인 제 3 폴리뉴클레오티드를 추가로 포함하며, 상기 제 3 mRNA는 표 6 중 mRNA로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 상기 다수는 제 4 mRNA에 특이적인 제 4 폴리뉴클레오티드를 추가로 포함하며, 상기 제 4 mRNA는 표 6 중 mRNA로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 상기 다수는 제 5 mRNA에 특이적인 제 5 폴리뉴클레오티드를 추가로 포함하며, 상기 제 5 mRNA는 표 6 중 mRNA로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 상기 다수는 제 6 mRNA에 특이적인 제 6 폴리뉴클레오티드를 추가로 포함하며, 상기 제 6 mRNA는 표 6 중 mRNA로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 상기 다수는 제 7 mRNA에 특이적인 제 7 폴리뉴클레오티드를 추가로 포함하며, 상기 제 7 mRNA는 표 6 중 mRNA로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 상기 다수는 제 8 mRNA에 특이적인 제 8 폴리뉴클레오티드를 추가로 포함하며, 상기 제 8 mRNA는 표 6 중 mRNA로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 상기 다수는 제 9 mRNA에 특이적인 제 9 폴리뉴클레오티드를 추가로 포함하며, 상기 제 9 mRNA는 표 6 중 mRNA로부터 선택된다. 일부 구현예에서, 상기 다수는 제 10 mRNA에 특이적인 제 10 폴리뉴클레오티드를 추가로 포함하며, 상기 제 10 mRNA는 표 6 중 mRNA로부터 선택된다. 폴리뉴클레오티드 또는 mRNA를 지칭하기 위한 서수("제1", "제2" 등)의 사용은 해당 폴리뉴클레오티드 또는 mRNA가 경우에 따라 서로 동일하지 않다는 것을 나타내는 것으로 이해된다. 일부 구현예에서, 키트는 적어도 하나의 참조 mRNA의 검출에 사용하기에 적합한 적어도 하나의 폴리뉴클레오티드 또는 다수의 폴리뉴클레오티드를 포함하는 하나 또는 그 이상의 용기를 포함한다. 일부 구현예에서, 키트는 하이브리드화 및/또는 증폭, 예컨대 정량적 RT-PCR, 마이크로어레이, 디지털 PCR, RNA-Seq, RNase 보호 검정 (RPA), 노던 블롯, 및 동일계내 하이브리드화 (ISH)를 수행하기 위한 시약을 포함하는 하나 이상의 용기를 포함한다. 이러한 시약들은 하나 또는 그 이상의 역 전사효소 활성을 가진 효소, DNA 중합효소 (호열성일 수 있다), 삽입 염료, dNTPs, 완충액, 단일-가닥 RNA 뉴클레아제, 세제, 정착제 (가령, 포름알데히드), 공용매 (가령, 포름아미드), 등을 포함할 수 있다.
키트는 항-ICOS 항체 (또는 단위 투여 형태 및/또는 제조 물품)를 포함하는 하나 이상의 용기를 포함할 수 있다. 일부 구현예에서, 단위 투여가 제공되며, 여기서 상기 단위 투여는 하나 이상의 추가 제제의 존재 또는 부재 하에서 항-ICOS 항체를 포함하는 소정의 양의 조성물을 함유한다. 일부 구현예에서, 그와 같은 단위 투여량은 주사용으로 단일-용도의 미리충전된 주사기에 공급된다. 일부 구현예에서, 단위 투여량에 함유된 조성물은 염수, 수크로오스, 등; 완충액, 예컨대 포스페이트, 등을 포함할 수 있고; 및/또는 무변성인 및 유효한 pH 범위 내로 제형화될 수 있다. 일부 구현예에서, 본 조성물은 적절한 액체, 예를 들면, 멸균수의 첨가로 재구성될 수 있는 동결건조된 분말로 제공될 수 있다. 일부 구현예에서, 본 조성물은, 비제한적으로, 수크로오스 및 아르기닌을 포함하는, 단백질 응집을 억제하는 하나 이상의 물질을 포함한다. 일부 구현예에서, 조성물은 헤파린 및/또는 프로테오글리칸을 포함한다.
일부 구현예에서, 단위 용량에 사용된 항-ICOS 항체의 양은 기재된 다양한 방법 및/또는 조성물에 대해 본 명세서에서 제공된 임의의 양일 수 있다.
일부 구현예에서, 키트는 본원에 기술된 방법 중 임의의 것에 따른, 적어도 하나의 mRNA 수준 또는 RNA 특질을 검출하기 위한, 또는 암의 치료에 사용하기 위한, 설명서를 추가로 포함한다. 본 키트는 적합한 개체 선택 또는 치료의 설명을 추가로 포함할 수 있다. 키트에 공급된 설명서는 전형적으로 표지 또는 패키지 삽입물로 서면 설명서 (예를 들면, 키트에 포함된 종이 시트)일 수 있지만, 기계-판독가능한 설명서 (예를 들면, 자성 또는 광 저장 디스크로 전달된 설명서)가 또한 허용가능하다. 일부 구현예에서, 키트는 2 이상의 치료제를 추가로 포함한다.
키트는 적합한 패키징 내에 있다. 적합한 패키징은, 비제한적으로, 바이알, 병, 단지, 가요성 패키징 (예를 들면, 밀봉된 마일러 또는 플라스틱 백) 등을 포함한다. 키트는 임의로 추가의 성분 예컨대 완충제 및 해석 정보를 제공할 수 있다. 본원은 따라서 또한 바이알 (예컨대 밀봉된 바이알), 병, 단지, 가요성 패키징, 및 기타 동종의 것을 포함하는 제조 물품을 제공한다.
항-ICOS 항체를 사용하여 질환을 치료하는 방법
항체 및 항체를 포함하는 조성물이 인간 또는 동물에 대한 치료 방법에 사용하기 위해 제공된다. 항-ICOS 항체를 투여하는 것을 포함하는 질환 치료 방법이 또한 제공된다. 항-ICOS 항체로 치료될 수 있는 비제한적인 예시적인 질환은, 비제한적으로 암을 포함한다.
일부 구현예에서, 종양을 치료하는 방법이 제공되고, 여기서 종양의 샘플 내의 세포는 ICOS를 발현한다. 상기 일부 구현예에서, 종양은 ICOS-양성이거나, 또는 ICOS를 발현하는 것으로 고려될 수 있다. ICOS의 발현은 예를 들면, 본 명세서에서 논의된 바와 같이 IHC에 의해 계측될 수 있다. 일부 구현예에서, 종양 유래의 샘플이 IHC에 의해 ICOS의 1+, 2+, 또는 3+ 염색을 나타낼 경우, 종양이 ICOS를 발현한 것으로 고려된다. 일부 구현예에서, 종양으로부터의 샘플은 IHC에 의해 ICOS의 2+ 또는 3+ 염색을 나타낸다. 일부 구현예에서, 대상체 유래의 종양 샘플이 ICOS 발현에 대해 분석되며, 대상체는 상기 종양 샘플이 ICOS 발현을 나타낼 경우 본원에 기술된 항체로의 치료에 대해 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체는 종양 샘플이 ICOS의 상승된 발현을 나타내는 경우 선택된다.
일부 구현예에서, 대상체는, 상기 대상체의 종양이 PD-L1저 일 경우, 본원에 제공된 항-ICOS 항체로의 치료에 대해 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체는, 상기 대상체의 종양이 ICOS고/PD-L1저 일 경우, 본원에 제공된 항-ICOS 항체로의 치료에 대해 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체는, 상기 대상체의 종양이 ICOS고/PD-L1고 일 경우, 본원에 제공된 항-ICOS 항체로의 치료에 대해 선택된다.
항-ICOS 항체가 필요에 따라 대상체에 투여될 수 있다. 투여 빈도의 결정은 당해 분야의 숙련가, 예컨대 치료되는 증상의 고려사항들, 치료될 대상체의 나이, 치료될 대상체의 일반적인 건강 상태 및 기타 동종의 것에 기초하여 주치의에 의해 이루어질 수 있다. 일부 구현예에서, 유효 용량의 항-ICOS 항체는 1회 이상의 횟수로 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 유효 용량의 항-ICOS 항체는 1개월에 1회, 1개월에 1회 미만, 예컨대, 예를 들어, 2개월 마다 또는 3개월 마다 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 유효 용량의 항-ICOS 항체는 1개월에 1회, 예컨대, 예를 들어, 매 3주 마다 1회, 매 2주 마다 1회, 또는 매 1주마다 1회 미만으로 투여된다. 항-ICOS 항체의 유효한 용량은 적어도 1회 대상체에 투여된다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체의 유효한 용량은 적어도 1개월, 적어도 6개월, 또는 적어도 년의 기간 동안을 포함하여, 여러 번 투여될 수 있다.
일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 암 (그의 예방을 포함함)의 치료에 유효한 양으로 투여된다. 치료적으로 유효한 양은 전형적으로 치료될 대상체의 체중, 그의 신체 또는 건강 상태, 치료될 병태의 광범위함, 또는 치료될 대상체의 나이에 의존적이다. 일반적으로, 항-ICOS 항체는 용량 당 약 10μg/체중 kg 내지 약 100mg/체중 kg의 범위로 되는 양으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 용량 당 약 50μg/체중 kg 내지 약 5mg/체중 kg의 범위로 되는 양으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 용량 당 약 100μg/체중 kg 내지 약 10mg/체중 kg의 범위로 되는 양으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 용량 당 약 100μg/체중 kg 내지 약 20mg/체중 kg의 범위로 되는 양으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 용량 당 약 0.5mg/체중 kg 내지 약 20mg/체중 kg의 범위로 되는 양으로 투여될 수 있다.
약제학적 조성물은 Teff 세포의 수를 증가; Teff 세포를 활성화; Treg 세포를 고갈; 및/또는 Teff 세포 대 Treg 세포의 비를 증가하는데 유효한 양으로 투여된다. 일부 구현예에서, Treg 세포는 CD4+ FoxP3+ T 세포이다. 일부 구현예에서, Teff 세포는 CD8+ T 세포이다. 일부 구현예에서, Teff 세포는 CD4+ FoxP3- T 세포 및 CD8+ T 세포이다.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체로의 치료는 ICOS 리간드 (ICOSL)의 상향조절과 같은 약력학 판독을 초래한다.　 일부 구현예에서, ICOSL의 상향조절은 B 세포의 표면에서 관측된다.　 일부 구현예에서, ICOSL의 상향조절은 과립구의 표면에서 관측된다.　 일부 구현예에서, ICOSL의 상향조절은 호중구의 표면에서 관측된다.　 ICOSL의 상향조절은 종양 내 세포; 비장 내 세포; 말초 혈액 내 세포 상에서 관측될 수 있다.　 세포 표면 상에서 ICOSL의 상향조절은 예를 들면, 유동 세포측정에 의해 검출될 수 있다.　 일부 구현예에서, 가용성 ICOSL은 항-ICOS 항체로의 치료 후 혈청 내에서 증가된다.　 가용성 ICOSL은, 비제한적으로, ELISA, MSD, 및 질량 분광분석법을 포함하는 방법에 의해 검출될 수 있다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체에 의해, 무-수용체의 이용가능성에 대해 측정된 것으로 ICOS 표적 계합이 또한 약력학 판독으로 사용될 수 있다. 일부 그와 같은 구현예에서, 항-ICOS 항체로의 치료에 의해, 추가의 항체에 결합이 없는 T 림프구의 표면 상의 ICOS 수용체의 수가 정량화될 수 있다. 관측된 이용가능한 수용체에서의 감소는 항-ICOS 항체가 그것의 표적 분자를 결합하는 징후로 작용할 수 있다.
치료적으로 유효한 양은 전형적으로 치료될 대상체의 체중, 그의 신체 또는 건강 상태, 치료될 병태의 광범위함, 또는 치료될 대상체의 나이에 의존적이다. 일반적으로, 항-ICOS 항체는 용량 당 약 10μg/체중 kg 내지 약 100mg/체중 kg의 범위로 되는 양으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 용량 당 약 50μg/체중 kg 내지 약 5mg/체중 kg의 범위로 되는 양으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 용량 당 약 100μg/체중 kg 내지 약 10mg/체중 kg의 범위로 되는 양으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 용량 당 약 100μg/체중 kg 내지 약 20mg/체중 kg의 범위로 되는 양으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 용량 당 약 0.5mg/체중 kg 내지 약 20mg/체중 kg의 범위로 되는 양으로 투여될 수 있다.
약제학적 조성물
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체를 포함하는 조성물이 다양한 약제학적으로 허용가능한 담체를 갖는 제형으로 제공된다 (예를 들면, 참고: Gennaro, Remington: The Science and Practice of Pharmacy with Facts and Comparisons: Drugfacts Plus, 20th ed. (2003); Ansel et al., Pharmaceutical Dosage Forms and Drug Delivery Systems, 7th ed., Lippencott Williams and Wilkins (2004); Kibbe et al., Handbook of Pharmaceutical Excipients, 3rd ed., Pharmaceutical Press (2000)). 비히클, 아쥬반트, 및 희석제를 포함하는 다양한 약제학적으로 허용가능한 담체가 이용가능하다. 또한, 다양한 약제학적으로 허용가능한 보조 물질, 예컨대 pH 조정 및 완충제, 긴장성 조정제, 안정제, 습윤제 및 기타 동종의 것이 또한 이용가능하다. 비제한적인 예시적인 담체는 염수, 완충된 염수, 덱스트로오스, 물, 글리세롤, 에탄올, 및 이들의 조합을 포함한다.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체를 포함하는 약제학적 조성물이 제공된다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 키메라 항체를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 인간화 항체를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 본원에 기술된 숙주 세포 또는 무세포 시스템에서 제조된 항체를 포함한다. 일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 약제학적으로 허용가능한 담체를 포함한다.
일부 구현예에서, 약제학적 조성물은 암 (그의 예방을 포함함)의 치료에 유효한 양으로 투여된다. 치료적으로 유효한 양은 전형적으로 치료될 대상체의 체중, 그의 신체 또는 건강 상태, 치료될 병태의 광범위함, 또는 치료될 대상체의 나이에 의존적이다. 일반적으로, 항-ICOS 항체는 용량 당 약 0.05 mg/체중 kg 내지 약 100 mg/체중 kg의 범위로 되는 양으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 용량 당 약 10 μg/체중 kg 내지 약 100 mg/체중 kg의 범위로 되는 양으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 용량 당 약 50μg/체중 kg 내지 약 5mg/체중 kg의 범위로 되는 양으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 용량 당 약 100μg/체중 kg 내지 약 10mg/체중 kg의 범위로 되는 양으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 용량 당 약 100μg/체중 kg 내지 약 20mg/체중 kg의 범위로 되는 양으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 용량 당 약 0.5mg/체중 kg 내지 약 20mg/체중 kg의 범위로 되는 양으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 용량 당 약 0.5 mg/체중 kg 내지 약 10 mg/체중 kg의 범위로 되는 양으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 용량 당 약 0.05 mg/체중 kg 내지 약 20 mg/체중 kg의 범위로 되는 양으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 용량 당 약 0.05 mg/체중 kg 내지 약 10 mg/체중 kg의 범위로 되는 양으로 투여될 수 있다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 상기 항체의 약 5 mg/kg체중 이하, 예를 들어 4 미만, 3 미만, 2 미만, 또는 1 미만의 mg/kg의 범위의 양으로 투여될 수 있다.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 용량 당 약 50 μg/체중 kg 내지 약 5 mg/체중 kg의 범위로 되는 양으로 존재할 수 있다. 예를 들어, 일부 구현예에서, 20 kg 사람에 대한 투여는 약 1 mg 내지 약 100 mg 범위 내에 있을 수 있다. 일부 구현예에서, 용량은 2mg 내지 200mg의 항-ICOS 항체의 범위 내에 있을 수 있다. 일부 구현예에서, 용량은 10 mg 내지 400 mg의 항-ICOS 항체의 범위 내로 될 수 있다.
투여 경로
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 비제한적으로, 정맥내, 동맥내, 비경구, 종양내, 복강내 또는 피하를 포함하는 다양한 경로에 의해 생체내에 투여될 수 있다. 적절한 제형 및 투여 경로는 의도된 적용에 따라 선택될 수 있다.
병용 요법
항-ICOS 항체는 단독 또는 다른 치료 방식과 함께 투여될 수 있다. 이들은 다른 치료 방식, 예를 들면, 수술, 화학요법, 방사선 요법, 또는 생물학적, 예컨대 또 다른 치료 항체의 투여 전에, 실질적으로 동시에, 및/또는 후에 제공될 수 있다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 또 다른 항암제와 결합하여 투여된다.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 제2 치료제와 동시에 주어진다. 예를 들어, 2 이상의 치료제가 약 60분 이하, 예컨대 약 30, 15, 10, 5, 또는 1분 중 임의의 것 이하의 시간 간격으로 투여된다. 일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 제2 치료제와 순차적으로 투여된다. 예를 들어, 2 이상의 치료제의 투여는 약 15 분 초과, 예컨대 약 20, 30, 40, 50, 또는 60분, 1일, 2일, 3일, 1주, 2주, 또는 1개월, 또는 그 이상의 기간 중 임의의 시간 간격으로 투여된다.
일부 구현예에서, 항-ICOS 항체는 치료를 위한 제2 치료 방법으로 투여된다. 따라서, 본 명세서에서 제공된 항체의 투여는 또 다른 치료 시스템과 조합으로 될 수 있다.
일부 구현예에서, 본원에 제공된 항-ICOS 항체는 PD-1 치료제와 함께 투여된다. 예시적 PD-1 치료제는 비제한적으로 하기를 포함한다: 니볼루맙 (OPDIVO®, BMS-936558, MDX-1106, ONO-4538); 피딜리주맙, 람브롤리주맙/펨브로리주맙 (KEYTRUDA, MK-3475); 두르발루맙 (항-PD-L1 항체, MEDI-4736; AstraZeneca/MedImmune); RG-7446; 아벨루맙 (항-PD-L1 항체; MSB-0010718C; Pfizer); AMP-224; BMS-936559 (항-PD-L1 항체); AMP-514; MDX-1105; ANB-011; 항-LAG-3/PD-1; 항-PD-1 항체 (CoStim); 항-PD-1 항체 (Kadmon Pharm.); 항-PD-1 항체 (Immunovo); 항-TIM-3/PD-1 항체 (AnaptysBio); 항-PD-L1 항체 (CoStim/Novartis); RG7446/MPDL3280A (항-PD-L1 항체, Genentech/Roche); KD-033, PD-1 길항제 (Agenus); STI-A1010; STI-A1110; TSR-042; 및 프로그램된 사멸-1 (PD-1) 또는 프로그램된 사멸 리간드 1 (PD-L1)에 대해 지향된 기타 항체.
일부 구현예에서, 대상체의 종양이 PD-L1을 발현할 경우, 대상체가 본원에 제공된 항-ICOS 항체로의 치료 및 PD-1 요법에 대해 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체의 종양이 PD-L1고 일 경우, 대상체가 본원에 제공된 항-ICOS 항체로의 치료 및 PD-1 요법에 대해 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체의 종양이 ICOS 및 PD-L1을 발현할 경우, 대상체가 본원에 제공된 항-ICOS 항체로의 치료 및 PD-1 요법에 대해 선택된다. 일부 구현예에서, 대상체의 종양이 ICOS고/PD-L1고 일 경우, 대상체가 본원에 제공된 항-ICOS 항체로의 치료 및 PD-1 요법에 대해 선택된다. PD-L1 및/또는 ICOS의 수준을 계측하는 것은 예를 들면, IHC를 사용하여 계측될 수 있다. 환자의 종양은 PD-L1을 발현하는 것으로 고려되며, 일부 구현예에서, 샘플 내 종양 세포의 1% 이상 또는 5% 이상이 IHC에 의해 PD-L1 막 염색을 나타낸다. 일부 구현예에서, 샘플 내 종양 세포의 50% 초과가 IHC에 의해 PD-L1 막 염색을 나타낸다. 상기 일부 구현예에서, 대상체의 종양은 PD-L1고 인 것으로 고려된다. 환자의 종양은 ICOS를 발현하는 것으로 고려되며, 일부 구현예에서, 종양 샘플 내 세포의 1% 이상이 IHC에 의해 ICOS 막 염색을 나타낸다. 일부 구현예에서, 대상체는 먼저 PD-1 요법으로 치료되고, 그리고 이후 연속 PD-1 요법의 존재 또는 부재 하에서, 본원에 제공된 항-ICOS 항체로 치료된다. 따라서, 본 명세서에서 제공된 방법은 항-ICOS 항체로 대상체의 치료를 포함하고, 여기서 상기 대상체는 미리 PD-1 요법으로 처리되었다.
일부 구현예에서, 본원에 제공된 항-ICOS 항체는 효능제 항-OX40 항체 (예컨대 Medi6469, MedImmune; MOXR0916/RG7888, Roche)와 함께 투여된다. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 항-ICOS 항체는 항-CTLA4 항체 (예컨대 이필리무맙, YERVOY®, BMS)와 함께 투여된다.
일부 구현예에서, 추가의 치료제는 화학치료제이다. 본원에 제공된 항-ICOS 항체와 조합될 수 있는 예시적 화학치료제는 비제한적으로 하기를 포함한다: 카펙티아빈, 사이클로포스파미드, 다카바진, 테모졸로마이드, 사이클로포스파미드, 도세탁셀, 독소루비신, 다우노루비신, 시스플라틴, 카르보플라틴, 에피루비신, 에리불린, 5-FU, 젬시타빈, 이리노테칸, 익사베필론, 메토트렉세이트, 미토산트론, 옥살리플라틴, 파클리탁셀, nab-파클리탁셀, ABRAXANE® (단백질-결합 파클리탁셀), 페메트렉세드, 비노렐빈, 및 빈크리스틴. 일부 구현예에서, 본원에 제공된 항-ICOS 항체는 적어도 하나의 키나제 억제제와 함께 투여된다. 비제한적인 예시적인 키나제 억제제는 에를로티닙, 아파티닙, 게피티닙, 크리조티닙, 다브라페닙, 트라메티닙, 베무라페닙, 및 코비메타닙을 포함한다.
일부 구현예에서, 추가의 치료제는 IDO 억제제이다. 비제한적인 예시적인 IDO 억제제는 예를 들면, US 2016/0060237; 및 US 2015/0352206에 기재된다. 비제한적인 예시적인 IDO 억제제는 인독시모드 (뉴 링크 제네틱스), INCB024360 (인사이트 코포레이션), 1-메틸-D-트립토판 (뉴 링크 제네틱스), 및 GDC-0919 (제넨텍)를 포함한다.
일부 구현예에서, 본원에 제공된 항-ICOS 항체는 면역-변형 약물 (IMiD)과 병용하여 투여된다. 비제한적인 예시적인 IMiDs는 탈리도마이드, 레날리도마이드, 및 포말리도마이드를 포함한다.
일부 구현예에서, 추가의 치료제는 암 백신이다. 암 백신은 수지상 세포의 활성화와 항원 전이에 대한 잠재적인 접근법으로 조사되었다. 특히, 공통자극 경로에 대한 효능제 또는 면역적 관문와 조합한 예방접종은 내성을 극복하고 증가된 항종양 반응을 발생하는 증거를 보였다. 종양에 대한 면역 반응을 촉진시키는 것에 대한 상이한 접근을 이용하는 다양한 암 백신이 시험되었다 (참고: 예를 들어, Emens LA, Expert Opin Emerg Drugs 13(2): 295-308 (2008)). 접근법은 종양에 대한 B 세포, T 세포, 또는 전문 항원-제시 세포의 반응을 증진하도록 설계되었다. 암 백신의 예시적인 유형은, 비제한적으로 상이한 종양 항원을 표적하는 것을 사용하는 펩티드-기재 백신을 포함하여, 이것은 펩티드/단백질로 또는 유전자 상으로-가공된 DNA 벡터, 바이러스, 박테리아, 등으로 전달될 수 있고; 그리고, 예를 들면, 비제한적으로, 환자-유도된 수지상 세포, 자가조직 종양 세포 또는 종양 세포 용해물, 동종이계 종양 세포, 및 기타 동종의 것으로부터 개발된 백신을 포함하여, 덜 명확한 표적에 대해 암 백신 전개를 위한 세포 생물학 접근법일 수 있다.
따라서, 특정 구현예에서, 본원에 제공된 항-ICOS 항체는 암 백신과 병용하여 사용될 수 있다. 예시적인 암 백신은, 비제한적으로 수지상 세포 백신, 종양용해 바이러스, 종양 세포 백신, 등을 포함한다. 일부 구현예에서, 이러한 백신은 항종양 반응을 증대시킨다. 본 명세서에서 제공된 항-ICOS 항체와 조합하여 사용될 수 있는 암 백신의 예는, 비제한적으로 MAGE3 백신 (예를 들면, 흑색종 및 방광암용), MUC1 백신 (예를 들면, 유방암용), EGFRv3 (예컨대 린도페피무트, 예를 들면, 교모세포종 다형성을 포함하는 뇌암용), 또는 ALVAC-CEA (예를 들면, CEA+ 암용)를 포함한다.
비제한적인 예시적인 암 백신은 또한 항원-제시 세포를 포함하는 자가조직 주변-혈액 단핵 세포 (PBMC)로부터 유도된 시푸류셀-T를 포함한다 (예를 들면, 문헌 [Kantoff PW et al., N Engl J Med 363:411-22 (2010)] 참고). 시푸류셀-T 생성에서, 환자의 PBMC는 PA2024, 전립선 산 포스파타제의 재조합 융합 단백질 (전립선 항원) 및 과립구-대식세포 콜로니-자극 인자 (면역-세포 활성제)로 생체외에서 활성화된다. 후보자 암 백신에 대한 또 다른 접근법은 종양 조직, 예컨대 흑색종에서 돌연변이된 특정한 펩티드에 대해 면역 반응을 발생하는 것이다 (예를 들면, 문헌 [Carreno BM et al., Science 348:6236 (2015)] 참고). 이러한 돌연변이된 펩티드는, 일부 구현예에서는 신생항원으로 지칭된다. 종양 백신에 신생항원의 사용의 비제한적인 예로서, 주조직 적합성 복합 단백질 HLA-A*02:01에 결합하는 것이 예상된 종양에서 신생항원은 암, 예컨대 흑색종이 있는 개별 환자에 대해 식별된다. 환자로부터의 수지상 세포는 생체외에서 성숙되고, 그런 다음 신생항원으로 배양된다. 활성화된 수지상 세포는 이후 환자에게 투여된다. 일부 구현예에서, 암 백신의 투여에 따라, 신생항원에 대한 강력한 T-세포 면역력이 검출가능하다.
일부 그와 같은 구현예에서, 암 백신은 신생항원을 사용하여 개발된다. 일부 구현예에서, 암 백신은 DNA 백신이다. 일부 구현예에서, 암 백신은 암 항원, 예컨대 PROSTVAC (릴리모진 갈바시렙벡(rilimogene galvacirepvec)/릴리모진 글라폴리벡(rilimogene glafolivec))을 포함하는 가공된 바이러스이다. 일부 구현예에서, 암 백신은 하기를 포함한다: 과립구-대식세포 콜로니-자극 인자 (GM-CSF) 유전자-형질감염 종양 세포 백신인, 가공된 종양 세포, 예컨대 GVAX (참고: 예컨대, Nemunaitis, 2005, Expert Rev Vaccines, 4: 259-74).
일부 구현예에서, 본원에 기술된 항-ICOS 항체는 암 백신 이전에, 이와 동시에, 그리고/또는 이후에 투여된다. 일부 구현예에서, 신생항원을 사용하여 개발된 암 백신은 본 명세서에서 기재된 항-ICOS 항체와 조합하여 사용된다. 일부 그와 같은 구현예에서, 본 조합은 높은 돌연변이 부하가 있는 암, 예컨대 흑색종, 폐, 방광, 또는 결장직장암을 치료하기 위해 사용된다.
일부 구현예에서, 본원에 제공된 항-ICOS 항체는 키메라 항원 수용체 T 세포 요법 (CAR-T 요법)과 병용하여 투여된다.
실시예
하기 검토된 실시예는 본 발명의 순전히 예시적인 것으로 의도되며, 본 발명을 어떤 식으로든 제한하는 것으로 간주되어서는 안된다. 실시예는 아래 실험이 수행된 전부 또는 유일한 실험이다는 것을 나타내기 위해 의도되지 않는다. 사용되는 수 (예를 들어, 양, 온도 등)와 관련하여 정확도를 확신하기 위해 노력해 왔지만 일부 실험오차 및 편차가 고려되어야 한다. 달리 명시되지 않는 한, 부는 중량부이고, 분자량은 중량 평균 분자량이며, 온도는 섭씨온도이고, 및 압력은 대기압 또는 그 근처이다.
실시예 1: 인간 종양 내 ICOS mRNA 발현의 생물정보학.
TCGA의 일부로 수집된 RNA 서열분석 데이터를 이용하여, ~ 7500 종양에서의 ICOS 발현이 24가지 상이한 징후에 걸쳐 비교되었다. 두경부 편평상피 세포 암 (HNSCC), 비-소세포 폐암 (NSCLC) 및 삼중 음성 유방암 (TNBC)의 서브세트에서 높은 ICOS mRNA 수준이 발견되었다. 도 1a 참고.
T 세포 침윤과 ICOS 발현의 수준 사이에 연관성이 조사되었다. 12 케모카인 유전자 세트의 발현은 T 세포 침윤의 높은 수준과 림프절-유사 구조의 형성과 관련되어 졌다 (Messina et al., 2012, Sci Reports. 2:765-771). 케모카인 특질 스코어는 이들 12 케모카인 유전자의 평균 발현에 기초하여 각 샘플에 대해 계산되었다. 이 특질 스코어는 모든 두경부 편평상피 세포 암 샘플 (HNSCC)에 대해 계산되었다. HNSCC 종양에서 ICOS 수준과 케모카인 특질 또는 Treg 세포 마커 (FoxP3)의 수준이 상관되었다. 도 2 참고. 케모카인 특질와 ICOS 수준 (R=0.83; 스피어맨 상관관계) 또는 ICOS와 FoxP3, Treg 세포 마커 (R=0.88; 스피어맨 상관관계) 사이에 강한 상관관계가 있었다. 이러한 데이터는 ICOS 발현이 T 세포 침윤 및 Treg 세포와 밀접하게 관련되어 있음을 입증한다. 유사한 데이터가 NSCLC 및 TNBC에서 관찰되었다.
HNSCC 종양 내에서, ICOS 발현은, 기타 관문 분자 예컨대 CTLA-4 및 PD-1의 발현 수준과 유의미하게 상관된다 (각각 R=0.93 및 0.78). 도 3 참고. PD-L1과 ICOS의 상관 관계는 약했다 (R=0.62). 유사한 데이터가 기타 지표 예컨대 NSCLC에서 관찰되었다. 이들 데이터는 ICOS가 CTLA-4 및 PD-1과 같은 다른 관문 분자를 발현하는 동일한 T 세포에서 발현될 수 있음을 시사한다. PD-L1과 ICOS와의 보다 약한 상관관계는 PD-L1이 낮거나 음성일 수 있는 ICOS 높은 환자의 서브세트일 수 있다는 것을 시사한다. 이들 데이터는 PD-L1 음성 환자에서 단일 제제로서의 ICOS 및 또한 항-PD-1 또는 항-CTLA-4 요법과의 조합 전략을 지지한다.
실시예 2: 인간 종양의 IHC 분석
ICOS 단백질 발현 수준은 면역조직화학 (IHC) 분석을 사용하여 계측되었다. 토끼 항-ICOS 단클론성 항체 (SP98, 캘리포니아 주 플레전턴 소재의 스프링 바이오사이언스)를 사용한, 이 검정은 검정 특이성, 검정 정확성 (사이-실행 및 내부-실행, 로트-대-로트 재현성), 및 감수성에 대해 입증되었다. 검증 연구는 포르말린-고정된, 파라핀 포매된 (FFPE) 조직 절편 및 대조군 세포주 (인간 ICOS (양성 대조군) 또는 비-ICOS 발현 CHO 벡터 대조군 세포주 (음성 대조군)를 발현하도록 가공된 CHO)를 사용하여 수행되었다. 검정은 Leica-Bond Rx 자동화 염색 플랫폼에서 수행되었고, 그리고 ICOS의 특이성 염색이 정상 인간 편도의 T 세포 서브세트 및 양성 대조군 CHO 세포에서 검출되었다.
슬라이드는 발색 염색에 대해 하기 기준을 사용하여 숙련된 병리학자에 의해 채점되었다:
Figure pct00001
11개 상이한 종양 유형으로부터 조직 마이크로어레이가 염색되고 이 평점 체계를 사용하여 분류되었다. 도 1b 참고. IHC 데이터는 HNSCC, NSCLC 및 TNBC가 높은 ICOS+ 면역 세포 침윤 (즉, 3+)의 가장 높은 백분율을 함유한다는 점에서 mRNA 기반 데이터를 식별하였다. 도 1b 참고. 이들 종양 외에도, 흑색종, 결장직장암 및 위 선암종에서 유래된 환자의 서브세트은 중도 수준의 ICOS-양성 세포 침윤을 가졌다. 도 1b 참고.
ICOS를 발현하는 T 세포의 유병률과 특성을 평가하기 위해, ICOS, FOXP3 및 CD8을 검출하기 위한 다중 면역-형광 IHC 검정이 개발되었다. 인간 종양 절편에서 핵의 총 수를 계수하기 위해 DNA 마커 (DAPI)가 이용되었다.
ICOS 발현은 인간 ICOS를 인식하는 토끼 단클론성 항체 클론으로 면역조직화학 분석을 사용하여 측정되었다 (Spring Biosciences Inc. Pleasanton, CA). ICOS IHC 검정의 특이성 및 감수성은 인간 편도 및 ICOS를 구성적으로 과발현하는 세포주를 사용하여 식별되었다. 염색 강도는 하기 기준을 사용하여 숙련되 병리학자에 의해 채점되었다. 모든 양성 염색은 적어도 3분의 2의 세포에서 막 발현에 기반된 스코어였다.
스코어링 도식에 대한 대표적 이미지는 도 4에 나타낸다. 평점은 면역형광에 대한 하기 기준에 기초하여 수행되었다:
0 (음성) = 세포의 0.1% 미만이 막 염색되거나 아예 막 염색되지 않음
1+ (경도) = 세포의 0.1 내지 5%가 양성임
2+ (중간 정도) = 세포의 5 내지 10%가 양성임
3+ (강한) = 세포의 10 내지 50% 초과(>)가 양성임
NSCLC 또는 인접한 정상 폐 샘플의 다양한 서브세트에서 ICOS 발현의 유병률이 표 2에 요약되어 있다. 강한 ICOS 발현은 암 환자에서 인접한 정상 폐 조직에서 관찰되지 않았다. 강한 ICOS 발현은 폐암의 모든 주요 하위유형에서 관측되었다. 가장 흔한 NSCLC 하위유형 (선암종 또는 편평상피 세포 암종) 중 약 29-31%는 강한 ICOS 염색을 가졌다.
표 2. 병리학에 기초한 NSCLC 샘플의 다양한 서브세트에서의 ICOS 염색의 분포
Figure pct00002
ICOS 양성 세포를 측정하는 자동화된 방법론이 이미지 분석 소프트웨어 (Strataquest from Tissuegnostics Inc., Tarzana, CA)를 사용하여 또한 이용되었다. 종양 조직의 고정된 영역에서의 ICOS 양성 세포의 밀도는 DAPI 염색 영역에 의해 정의된 바와 같이 인간 종양 조직의 생능 영역에서 ICOS 양성 세포의 수를 측정함에 의해 계측되었다. ICOS 세포 밀도는 하기 4개 주요 종양 유형에 걸친 대략 500명의 개별 환자의 개별 세트로부터 계측된다: NSCLC (N=100); HNSCC (N=102); 유방암, 모든 주요 하위유형 (N=94); 유방암의 삼중 음성 하위유형, TNBC (N=95); 난소암 (N=94). 분석 결과의 요약은 도 5에 나타낸다. ICOS mRNA 분석과 일치하여, HNSCC 및 NSCLC 종양은 난소 또는 유방암과 비교하여 ICOS 양성 종양의 상당히 높은 밀도를 가졌다. ICOS 발현은 유방암에서 낮지만, 높은 수준의 ICOS 발현이 유방암의 약 10%를 차지하는 TNBC 하위유형에서 관찰되었다. 도 5 참고. 유방암의 이 TNBC 하위유형은 제한된 치료 선택과 최고 미충족된 의료적 필요가 있는 가장 공격성 하위유형이다.
높은 ICOS 발현 종양 유형 (NSCLC)의 2개의 상이한 집단에서 ICOS 발현에서 환자 가변성에 대한 환자가 도 6a 및 6b에 도시되어 있다. 다양한 ICOS 세포 밀도가 상업적 공급처로부터 이용가능한 98개 폐암 샘플 (도 6a) 유래의 NSCLC에서 관찰되었다. ICOS 발현에서 유사한 다양성이 NSCLC의 독립적인 임상 집단 (N=204) (도 6b)을 사용하여 관찰되었다.
상기 기재된 인간 종양 샘플로부터의 ICOS, FoxP3 (Treg 세포 마커) 및 CD8을 갖는 멀티플렉스 IHC가 이미지 분석 소프트웨어 (캘리포니아 주 타자나 소재의 티슈에그노스틱스 인코포레이션으로부터의 Strataquest)를 사용하여 분석되고 정량화되었다. 이들 T 세포 마커를 갖는 멀티플렉스 ICOS 염색의 대표적인 이미지는 도 7a에 도시되어 있다. 또한 FOXP3 양성인 ICOS 양성 세포는 ICOS+ CD4 Treg 세포로 지칭된다. ICOS 양성 및 CD8 양성 세포는 ICOS+ CD8 세포로 지칭된다. ICOS 양성이나 CD8 및 FoxP3에 대해 음성인 것은 ICOS+ CD4 Teffs로 지칭된다. ICOS 양성 T 세포의 상이한 하위-세트의 밀도는 상기에 기재된 바와 같은 이미지 분석 소프트웨어를 사용하여 정량화되었다. 폐 (N=100) 및 TNBC (n=95) 샘플에서 ICOS 양성인 CD4 효과기 및 CD4 Treg 세포 양자의 수가 높았다 (도 7b). 그에 반해서, 많은 ICOS 양성 세포는 난소암에서 관측되지 않았다 (n=94). HNSCC 종양 (N=102)은 ICOS 양성 CD4 Treg 세포의 큰 집단을 가졌다. 조사된 모든 종양 유형에서 관측된 ICOS 양성 CD8 T 세포의 단지 작은 집단만이 있었다. 이러한 데이터는, CD8 T 세포와 비교하여, CD4 구획 내 ICOS가 우선적으로 발현되고, 그리고 Treg 대 Teff의 상대적 비율의 변이가 표지들 중 나타날 수 있다는 것을 시사한다.
ICOS 발현이 PD-L1 상태와 직접적으로 관련이 되는지를 이해하기 위해, PD-L1 수준과 ICOS 발현 사이의 상관관계가 평가되었다. 생체-정보 분석은 PD-L1 발현과 ICOS 수준은 약하게 상관되었다는 것을 시사했다 (R=0.62). PD-L1, ICOS 및 PD-1 수준은 멀티플렉스 IHC에 의해 평가되었다. PD-L1 높은 및 낮은 폐 종양으로부터의 멀티플렉스 IHC의 대표적인 이미지가 도시된다. 도 8 참조. NSCLC 종양의 154 선암종 하위유형에서의 PD-L1 및 ICOS가 평가되었다. 종양은 PD-L1 양성인 세포의 5%에 기반되어 PD-L1 높은 또는 낮은 종양으로 세분되었다. 결과는 PD-L1 양성 종양이 ICOS 발현의 보다 높은 밀도를 가졌다는 것을 나타낸다.
실시예 3: 유동 세포측정 분석
IHC에 의해 수득된 ICOS 발현 데이터를 식별하고 상이한 T 세포 군집에서 발현된 ICOS의 상대적인 강도를 비교하기 위해, 종양 침투하는 림프구 내의 ICOS 발현이 다중-색상 유동 세포측정을 사용하여 평가되었다. 4명의 HNSCC 환자, 3명의 폐암, 및 4명의 난소암 환자로부터의 샘플이 분석되었다. IHC 데이터와 일치하여, ICOS 발현은 CD4 T 세포에서 우세하게 관측되었다. 도 9 (HNSCC) 참고. CD8 집단의 ICOS 양성 세포의 빈도는 대다수의 이들 종양에서 아주 낮다. 또한 대다수의 CD4 효과기 세포가 ICOS와 PD-1을 동시에 발현한다는 것이 관찰되었다. 이들 데이터는 단독으로 또는 항-PD-1 요법과 병용하여 병상에서 ICOS 치료제를 개발하는 것을 지지한다. ICOS 염색의 평균 형광 강도 (MFI)는 상이한 T-세포 집단에서 ICOS 발현의 측정을 제공한다. Treg 세포에서 ICOS 양성 세포의 MFI는 CD4 효과기보다 2-3 배 더 높았다. 도 9c 참고. 높은 ICOS MFI를 갖는 CD4 효과기의 작은 집단이 있음을 유의해야 한다. 고갈을 위한 차별적인 Teff 및 Treg 감수성을 평가하기 위해 진행중인 ADCC 검정으로부터의 데이터와 커플링된, Teff 대 Treg에서의 ICOS 수용체 밀도에서의 차이의 식별은 잠재적으로 Treg 세포를 고갈시킬 수 있는 활성 Fc를 갖는 작용적 항체의 개발을 지원할 것이다.
전사 연구는 인간 종양 (예컨대 HNSCC, NSCLC 등)의 서브세트에서 종양이 침투하는 ICOS 양성 T 세포의 높은 수준을 나타낸다. ICOS 발현은 다른 체크-포인트 조절물질 예컨대 CTLA-4 및 PD-1의 발현과 상관된다. T 세포 서브세트의 분석은 ICOS 발현이 우세하게 CD4 T 세포 구획으로 제한됨을 보여 주었다. ICOS는 FoxP3 양성 Treg 세포뿐만 아니라 CD4 Teff 세포 모두에서 발현된다. 연구는, 문헌과 일치하여, ICOS 발현 수준이 CD4 Teff 세포에 비해 Treg 세포에서 더 높다는 것을 나타낸다.
실시예 4: 항체 생성
시약
인간, 마우스, 랫트, 및 시노몰구스 종을 나타내는 ICOS 단백질은 동형이량체인, Fc 융합 (IgG1 골격)로 생성되었으며, 인간 및 마우스 ICOS-hFc는 설치류 면역화를 위한 항원으로 사용되었다. 인간 ICOS-hFc는 인간 ICOS 아미노산 1 내지 141 (성숙한 작제물 내 21 내지 141)을 포함했다; 마우스 ICOS-hFc는 마우스 ICOS 아미노산 1 내지 142 (성숙한 작제물 내 21 내지 142)를 포함했다.
ICOS-Fc는 2가 및 1가 Fc 융합 분자 양자로서 생성되어 각각 ICOS에 대한 항체의 열성 및 1가 결합을 평가한다.
선별 목적으로, 전장 인간 또는 마우스 ICOS (ICOS + CHO 세포, 또는 "CHO-ICOS 세포")를 과발현하는 CHO 무변성인 세포주가 생성되어 일시적 형질 감염에 따른 선별을 가능하게 하기 위해 전장 시노몰구스 원숭이 또는 랫트 ICOS를 암호화하는 작제물 생성되었다.
설치류 항체 캠페인
설치류 캠페인은 정확성 항체에서 수행되었다. 마우스 (10), 랫트 (6), 시리아 햄스터 (6), 및 아르메니아 햄스터 (6)가 hICOS-hFc 또는 mICOS-hFc로 면역화되었다. 하이브리도마가 생성되고, 그리고 상청액은 hICOS 및 mICOS에 대한 결합에 대해 ELISA에 의해 선별되고, 뿐만 아니라 멀티플렉스는 CHO-hICOS 및 CHO-mICOS 세포에 대한 결합에 대해 FACS에 의해 선별된다. 하이브리도마는 추가로 CHO-ICOS 세포에 대해 결합하는 ICOSL를 차단하는 능력에 대해 평가되었다. 마우스 및 인간 ICOS에 대한 결합에 대해 양성으로 채점된 클론은 단백질 정제를 위해 선택되었다. 정제된 항체는 그 뒤에 결합 및 차단 검정에서 재-선별되고, 양성으로 채점된 항체는 아래에 요약한 바와 같이 시험관내 평가로 진행했다. 모든 항체는 아르메니아 햄스터 융합으로부터 유래된 면역화 접근법으로부터 추가 조사를 위해 선택했다.
항체의 생화학적 특성규명
친화도 측정은 바이오-층 간섭법 (BLI) 기술 (ForteBio Octet® RED96)을 사용하여 수행되었다. 1가 친화도는 ICOS 수용체의 1가, 이종이량체 형태를 갖는 항체의 IgG 버전으로 생성되었다. 열성 친화도는 ICOS 수용체의 동형이량체 형태에 대해 전장 IgG를 사용하여 생성되었다. 선택된 햄스터 항체의 모노머성 및 2가 hICOS 친화도는 표 3에 도시되어 있다.
표 3. 햄스터-유도된 항체 친화도.
Figure pct00003
시노몰구스 원숭이, 마우스, 및 랫트 ICOS에 대한 항체의 결합 친화도가 또한 결정되었고, 그리고 비교할만한 친화도로 모든 중에 결합하는 항체가 발견되었다. 교차-반응성 측정은 인간, 마우스, 및 시노몰구스 ICOS-Fc 융합 (동형이량체, 2가 형태)에 결합에 대해 선별되어 진 항체 패널로 BLI 기술을 사용하여 수행되었다. 표 4는 인간 및 시노몰구스 원숭이 ICOS에 대한 몇 개의 햄스터 항체에 대한 대표적인 결합 데이터를 나타낸다.
표 4. 인간 및 사이노 ICOS - Fc에 대한 몇 개의 햄스터 항체의 2가 결합 친화도.
Figure pct00004
특이성을 평가하기 위해, 인간 ICOS+ CHO 세포 및 마우스 ICOS+ CHO 세포에 대한 결합이 유동 세포측정에 의해 개별적으로 분석되었다. 범-반응성 항체를 스크리닝하기 위한 대조군으로서, ICOS 수용체 발현을 결한 CHO 세포에 대한 염색이 또한 조사되었다. 선택된 모든 항체는 인간 및 마우스 ICOS + CHO 세포에 결합했고, ICOS 발현을 결한 CHO 세포에는 결합하지 않았다.
항-ICOS 항체의 특이성을 추가로 평가하기 위해, 항체는 CD28 단백질 게열 (CD28, BTLA, PD-1 및 CTLA-4)의 추가의 구성원에 대한 결합에 대해 선별되었다.　 인간 또는 마우스 CD28, BTLA, PD-1 또는 CTLA4에 대해 선택된 항체에 대해서 교차-반응성은 관찰되지 않았다. 구체적으로, 이량체성 형태로 (CD28, BTLA, PD-1 및 CTLA-4의) Fc 융합에 대한 결합이 평가되었고, 그리고 결합은 관측되지 않았다.　 CD28 계열 구성원의 서브세트에 대해, 마우스 또는 인간 단백질은 HEK293 및 CHOK1 세포의 표면에 과-발현되었다.　 형질도입되지 않은 친계 세포에 대한 백그라운드 위에서 항체의 결합은 관측되지 않았다.
항체는 또한 풍부한 혈청 단백질이나 혈소판 또는 적혈구에 결합하지 않는 것으로 밝혀졌다.
에피토프 비닝은 BLI를 사용하여 수행되었다. 항체는 또한 ICOSL-Fc 융합 (동형이량체, 2가 형태)에 대해 비닝되었다. 선택된 항체 모두는 동일한 에피토프 빈에 있는 것으로 밝혀졌으며 그리고 ICOS 리간드에 대한 ICOS의 결합을 모두 차단했다.
인간화
선택된 항체는 인간과 햄스터 기원의 항체 가변 프레임워크 영역 사이의 상 동성 연구를 수행함에 의해 인간화되었다. 분석을 위한 1차 디자인의 패널이 제공되었고 그리고 항체는 그런 다음 야생형 항체 (햄스터 또는 키메라 형태)와 비교하기 위해 생성되었다. 일단 인간화된 패널이 생산되면, 친화도 및 시험관내 활성에 기초하여 리드는 특성규명되고 등급이 매겨졌다. 추가의 인간화 디자인은 사소한 서열 변화를 일으키는 서열 부전 및 저-평점 면역원성 부위를 감소하기 위해 실행되었다. 고려된 서열 부전은 유리 시스테인의 존재 및 화학 분해 (아스파라긴 탈아미드화, 아스파르테이트 이성질체화, 메티오닌/트립토판, 및 비-효소 라이신 당화반응)의 잠재적인 부위를 포함했다.
인간, 시노몰구스 원숭이 및 랫트로부터의 ICOS의 모노머성 형태에 대한 37A10S713의 가변 영역을 갖는 인간화된 항체의 친화도는 바이오-층 간섭법 (BLI) 기술 (ForteBio Octet® RED96)에 의해 측정되었고 KD 의 것은 표 5에 나타내어진다. KD 의 것은 이들이 2 내지 5배 내로 되는 종에 대해 비교될만한 것으로 간주되었다. 결합의 기능성은 각 종으로부터 단리된 1차 CD4+ T 세포의 증식을 유도하는 효능을 평가함에 의해 식별되었다.
표 5. 인간, 시노몰구스 원숭이, 및 랫트 ICOS에 대한 37A10S713의 1가 결합 친화도.
Figure pct00005
A 친화도는 6회 실험으로부터 평균 ± 표준오차(SEM)로 나타났다; B 4 공여체의 B 범위가 나타내어 진다.
실시예 5: 항-ICOS 항체의 시험관내 작용성 특성화
수많은 세포 기반 시험관내 검정이 항-ICOS mAb의 활성을 평가하기 위해 사용되었다. 주요 목적은 작용적/공통자극 특성을 가진 항체를 선별하는 것이었다. 세포 시스템 (1차 세포 대 형질감염된 세포주) 및 (가용성 대 플레이트-결합된 또는 가교결합된) 항체 제시의 방법이 작용적 활성에 영향을 줄 수 있으므로, 수많은 상이한 검정 포맷이 이용되었다. 또한, 비목적 초-길항제성 활성을 검출하기 위한 검정이 또한 사용될 수 있다 (참고: Suntharalingam et al., 2006, N. Eng . J. Med., 355: 1018-28).
항-ICOS mAb의 작용적/공통자극 활성을 조사하기 위해 설계된 검정은, 항-CD3 또는 PMA의 하위-최적의 농도를 사용하거나 또는 초-항원 (SEB)으로 자극을 갖는 PBMC 검정에서 제공된 T 세포에 대한 제1 신호 (신호 1)로, 아래에 개괄된 세포 유형 상에서 수행되었다:
1. 1차 인간 CD4+ T 세포 검정
a. 항-CD3로 공통-자극된 플레이트-결합된/가교결합된 항체 포맷
b. PMA로 공통-자극된 가용성 항체 포맷
2. 주카트 검정 (형질감염된 인간 또는 마우스 ICOS 작제물을 갖는 리포터 세포주)
a. 항-CD3 또는 PMA 중 어느 하나를 갖는 플레이트-결합된/가교결합된 포맷
b. PMA로 공통-자극된 가용성 항체 포맷
3. 인간 PBMC 검정
a. 초-항원 (SEB)을 갖는 가용성 항체 포맷
햄스터 항-ICOS mAb의 패널은 상기 검정에서 작용적 특성을 갖는 항체를 식별하기 위해 선별되었다. 플레이트-결합된 항-ICOS 항체의 첨가와 함께 차선의 항-CD3와 공자극된 1차 인간 CD4+ T 세포를 사용한 검정 내 관찰된 길항제성 활성의 예시가 햄스터 항-ICOS 항체의 선택에 대해 도 10a에 나타난다. 이 검정에서, PBMC로부터 단리된 인간 CD4+ T 세포는 네 가지 농도 (μg/ml)에서 플레이트-결합된 햄스터 항-ICOS 항체 (7F12, 37A10 및 16G10)의 존재에서 차선 플레이트-결합된 항-CD3로 활성화된다. 항-CD3의 존재 하에서의 플레이트-결합된 hICOSL 및 가용성 항-CD28이 양성 대조군으로서 사용된다. 분할된 세포 %가 그래프화된다. 다중 항-ICOS 항체는 이 검정에서 활성을 보인다. 도 10b는 하위-최적의 PMA로 공자극과 가용성 항체를 사용한 검정의 결과를 도시한다. 인간 CD4+ T 세포는 음성 선택에 의해 PBMC로부터 단리되었고 그리고 CFSE로 표지되었다. 세포는 차선 PMA (0.25 ng/ml) 단독으로 또는 표시된 농도 (μg/ml)에서 항-ICOS 항체 37A10의 상이한 Fc 버전 (햄스터, mG1, mG2a, mG1Agly 또는 hG1)의 존재에서 96-웰 플레이트에서 활성화되었다. 가용성 항-CD28 항체를 대조군으로서 사용하였다. 증식은 유동 세포측정에 의해 3일에 분석되었다. 마우스 IgG1 및 마우스 IgG1-agly 버전은 친계의 전체적으로 햄스터 항체와 함께 본 검정에서 활성을 나타냈다. 적어도 항체 37A10은 가용성 및 플레이트-결합된 포맷 양자에서 효능제 활성을 나타냈다. 도 10a 및 10b 참고.
도 10c는 원발성 인간 CD4+ T 세포 검정에서 인간 IgG1을 갖는 37A10S713 항체의 효능제 활성 결과를 도시한다. CD4+ T 세포는 4명의 건강한 공여자 유래의 PBMC로부터 단리되고, CFSE 염료로 표지되고, 그리고 이후 차선의 농도의 항-CD3 및 다양한 농도의 37A10S713-hIgG1 또는 음성 대조군 인간 IgG1 항체 (항-호흡 세포융합 바이러스 (RSV))로 코팅된 플레이트 내 항온처리된다. 3일 후, 분할된 세포의 백분율은 유동 세포측정을 사용하여 계측되었다. EC50 값은 시험된 4 공여체에 대해 4.27- 49.75nM 범위였다. 증식은 (유동 세포측정을 사용하여 CFSE 희석에 의해 측정된) 분할된 세포의 백분율로 도식화되고 그리고 중복수행의 평균이다. 도 10c는 대표적인 공여체로부터의 데이터를 도시한다.
햄스터 항체가 작용적 활성을 실증한 검정의 또 다른 예는 주카트 리포터 검정이다. 주카트 리포터 검정은 주카트 NFkB 리포터 세포주 안으로 hICOS-hCD28 키메라성 발현 작제물을 형질도입함에 의해 인하우스 개발되었다. 주카트-hICOS-hCD28 리포터 세포는 11개 농도 (μg/ml)에서 상이한 Fc 말단을 갖는 가용성 햄스터 항-ICOS 37A10 항체 및 PMA로 5시간 동안 활성화되었다. 가용성 항-CD28 및 hICOSL-Fc는 대조군으로 사용된다. GFP+ %가 그래프화된다. 햄스터 항-ICOS 항체를 사용한 주카트 리포터 검정으로부터의 대표적인 데이터는 도 11에 도시되어 진다. 도 11a는 표시된 농도 (μg/ml)에서 항-ICOS 항체 37A10 (hG1, mG1, mG2a, mG1Agly)의 상이한 Fc 버전에 대한 결과를 도시한다. mG1-agly 버전 (즉 최소 Fc 효과기 기능)을 포함하는 항-ICOS 항체의 모든 Fc 버전은 이 검정에서 활성을 보인다. 도 11b는 표시된 농도 (μg/ml)에서 인간화된 항체 37A10S713, 37A10S715, 37A10S716, 및 37A10S718에 대한 결과를 도시한다. 시험된 모든 4개의 인간화된 항체는 본 검정에서 효능제 활성을 보였다.
작용적 활성을 나타내는 또 다른 검정 포맷은 판독으로 사이토카인 생산 (예를 들면, IFNg)을 사용한 초항원 포도상구균 장독소 B (SEB)로의 PBMC 검정이다. 이 검정은 전형적으로 사이토카인 방출에 대해 1.5 - 3 배 효과의 작은 윈도우를 갖는다. 공개된 항-PD-1 데이터와 일치되게, 항-ICOS 항체로 사이토카인 유도는 ~2 배이지만 이 검정에서는 다중 공여체에 대해 재생가능하게 관측된다. 참고: 예를 들면, Korman et al., 2014, Cancer Res., 2: 846-856. 대표적 검정은 도 12에 나타난다. 건강한 공여체로부터의 냉동된 PBMC는 3일 동안 표시된 농도 (μg/ml)에서 SEB 및 가용성 항-ICOS 37A10 항체로 (mG1, mG1-agly 또는 hG1 Fc로) 자극되었다. 상청액이 수집되었고 그리고 IFNg 수준은 유동 세포측정을 사용한 사이토카인 비드 어레이에 의해 측정되었다. 항-CD28 및 마우스 IgG1 이소형 항체는 대조군으로 사용되었다. IFNg는 가용성 항-ICOS 항체의 존재에서 SEB로 자극에 이어 PBMC에 의해 유도된다. 이 검정 포맷에서, 37A10의 mG1-agly 버전은 감소된 활성을 보였다.
임의의 잠재적인 초-효능제를 선별하기 위해, 원발성 인간 CD4+ T 세포가 신호 1의 부재에서 가용성 또는 플레이트-결합된 항-ICOS 항체로 배양된 검정이 양성 대조군으로 공지된 항-CD28 초-효능제 항체를 사용하여 이용되었다. 항-CD3의 부재에서 활성화된 인간 CD4 T 세포는 단지 가용성 형태로 항-CD28 초효능제 항체 (클론 CD28.2/5D10)로 처리될 때만 증식할 것이지만, ICOSL-Fc 또는 항-ICOS 항체 37A10 (햄스터 및 hG1 Fc 버전), 또는 비-초효능제 항-CD28 (CD28.2) 항체로 처리될 때는 그렇지 않다. 시험된 항-ICOS mAb의 어느 것도 이 검정에서 초-작용적 활성을 나타내지 않았다. 대표적인 데이터는 도 13에 도시된다.
ICOS가 AKT 신호전달 경로를 통해 신호할 수 있다는 것은 잘 확립되었다 (하기에 검토됨: Simpson et al., 2010, Curr . Opin . Immunol ., 22: 326-332). 항-ICOS 항체가 AKT를 통한 신호전달을 유도하는 능력은 항체의 작용적 활성을 입증하는 추가의 수단으로 평가되었다.
인간 PBMC로부터 단리된 CD4 T 세포는 항-CD3/항-CD28로 24시간 동안 자극되었고 그 다음 배양 배지에서 24시간 동안 휴식되었다. 세포는 그런 다음 항-마우스 IgG 가교결합 항체의 유무에 관계없이 2, 5, 15 또는 30분 동안 항-ICOS 37A10-mG2a, hICOSL-mG2a Fc 또는 PBS로 배양되었다. 항온처리 후, 세포는 고정되고, 투과되고 그 다음 항-포스포-AKT 항체로 염색되었다. pAKT-양성 세포의 백분율은 유동 세포측정에 의해 분석되었다.
도 14a-b에 나타낸 바와 같이, pAKT는 hICOSL-mG2a로의 치료에 비교하여 유사한 동력학을 갖는 37A10-mG2a로 처리한 후 CD4 T 세포에서 유도되었다. pAKT 신호전달의 유도는 2차 가교결합제의 존재에서만 관측되었다.
실시예 6: 항-ICOS 항체의 생체내 작용성 특성화
상기 기재된 선별 검정으로부터 선택된 항체는 동계의 종양 모델을 사용하여 생체내에서 평가되었다.
Sa1N 섬유육종 모델 (Ostrand-Rosenberg, 2001, Curr . Protoc . Immunol ., Chapter 20)이 생체내 항-ICOS 항체의 평가를 위하여 사용될 수 있다. Sa1/N 마우스 모델의 면역 프로파일링은 이것이 CD4 T 세포로 고도로 침투되고 그리고 CD4 T 세포가 높은 수준의 ICOS를 발현하는 것을 나타낸다. 이러한 면역 프로파일은, 높은 수준의 CD4 침윤이 관찰되었고, ICOS 발현이 CD4 구획에 크게 제한되었던, NSCLC 환자 샘플의 면역 프로파일과 유사하다.
항-ICOS 항체의 효능을 평가하기 위해 사용된 제2 모델은 CT26 결장 암종 모델이다 (Wang et al., 1995, J. Immunol ., 9: 4685-4692). CT26 마우스 모델의 면역 프로파일링은 높은 수준의 CD8 침윤을 보였다. ICOS 발현이 이 모델에서 CD8 T 세포 서브세트에서 관측되었다. 인간 NSCLC 샘플의 작은 비율은 유사하게 CD8 T 세포에서 ICOS 발현을 나타낸다
생체내 평가를 위한 항체 포맷
인간 IgG1 (hIgG1)은 ADCC 및 CDC를 수용체 가교결합 및 매개할 수 있는 활성화 Fc 수용체에 대한 강한 결합을 포함하여, 다중 Fc 수용체에 걸쳐 결합할 수 있다. 활성화 Fc 수용체를 결합하는 능력이 주어지면, hIgG1은 전형적으로 고수준의 표적을 발현하는 세포를 고갈시킬 수 있다. hIgG1에 가장 가까운 마우스 동등물은 마우스 IgG2a (mIgG2a)이다. 따라서, 예로서, 수능력을 고갈시키는 ICOS 효능제 항체를 평가하는 생체내 실험은 hIgG1의 특성을 모방하기 위해 mIgG2a를 이용할 것이다.
인간 IgG4 (hIgG4)는 고갈이 요망되지 않은 치료 상황에서 이용되지만, hIgG4는 어느 수준의 고갈이 가능하다. 거의 배타적으로 억제 FcγRII 수용체를 결합하는 마우스 IgG1 (mIgG1)에, 완벽하게는 아니지만, 거의 정렬되어 있고, 그리고 따라서 고갈에 특히 능숙하지는 않지만 가교결합할 수 있다.
항-ICOS 항체에 관하여, 햄스터 항체는 완전 햄스터 Ab로서 생체내에서 초기에 평가되었다. 햄스터 Ab는 mIgG1에 유사한 FcR 결합 특성을 갖는 햄스터 IgG1을 갖는다. 대상의 햄스터 항체는 mIgG2a 또는 mIgG1과 같이, 마우스 Fc 영역을 갖는 키메라로서 클로닝되었다.
Sa1N 섬유육종 모델
효능을 위한 항-ICOS 항체 후보물질을 선별하기 위해 사용된 1차 생체내 모델은 Sa1N 섬유육종 모델이다. 따라서, 상기 기재된 선별 검정으로부터 선택된 항체는 Sa1N 모델에서 평가되었다. 초기 연구에서, 몇 개의 햄스터 항체 (클론 7F12, 36E10, 37A10, 16G10 및 35A9)는 Sa1N 모델에서 8mg/kg 용량으로 단일 제제로서 투여될 때 강력한 항종양 활성을 입증하였다. 도 15 참고. Sa1N 섬유육종 세포 (1x106)는 미접촉 A/J 마우스 (6-8 주령, 암컷)의 오른쪽 옆구리로 s.c. 주사되었다. 종양 용적이 제7일에 50-100 mm3 에 도달된 때, 마우스는 무작위 추출되었다. 마우스는 7, 10, 14 및 17일에 i.p.로 햄스터 항-ICOS (7F12, 36E10, 37A10, 16G10 및 35A9) 또는 햄스터 IgG 이소형 항체의 투여량을 섭취했다. 종양 성장은 주당 2회 모니터링되었다. N=10.
암 면역치료법의 잠재적으로 유익한 특징은 종양에 대해 지속적이고 내구성 있는 면역반응을 증가하는 능력이다. 후속적으로 종양을 거부하도록 이전에 항-ICOS 항체로 처리된 마우스의 능력이 결정되었다. 마우스는 7, 10, 14 및 17일에 8mg/kg 항체로 처리되었다. 그 뒤에, 종양이 없는 마우스는 그런 다음 60일에 종양이 재-이식되었다. 항-ICOS 항체 7F12 (n=7)로 전처리된 모든 마우스는 모든 마우스에서 종양이 성장한 미접촉 마우스 (n=10)와는 달리 새로 이식된 종양을 거부했다. 도 16 참고.
햄스터 항체는 생체내 활성에 대한 Fc 효과기 기능의 기여를 평가할 수 있도록 마우스 Fc 영역 (mG1 또는 mG2a)을 갖는 키메라성 항체로 클로닝되었다. 마우스는 11일에 시작하여 4mg/kg 항체의 총 4회 용량을 격주로 섭취했다. 항-CTLA-4가 양성 대조군으로서 포함되었다. 초기 선별 실험은 4mg/kg 용량의 투여량으로 수행되었고, 그리고 효능은 mG1 및 mG2a 포맷 모두로 관측되었다. 햄스터 항체 중 하나인, 37A10에 대한 대표적인 데이터는 도 17에 도시되어 있다.
결장 CT26 동계의 종양 모델
결장 CT26 동계 종양 모델이, 단일 제제 활성, 뿐만 아니라 항-PD-1 항체로의 병용 요법 둘 모두를 평가하기 위하여 사용되었다.
CT26 모델에서, 몇 개의 항-ICOS 햄스터 항체 (예를 들면, 7F12, 35A9, 36E10, 37A10)가 단일 제제 활성을 나타냈다. 도 18 참고. CT26 모델이 또한 항-PD-1과 잠재적인 조합 활성을 평가하기 위해 사용되었다. 항-ICOS 항체가 항-PD-1 항체와 조합될 때, 항종양 효능이 현저하게 증진되었다. CT26 종양-담지 마우스는 햄스터 항-ICOS 항체 (8 mg/kg) 단독으로 또는 항-PD-1 항체 (8 mg/kg)와 병용으로 (3일에 시작하는 4회 용량) 격주로 치료되었다. 현저히, 항-ICOS 항체 37A10과 항-PD-1의 조합은 종양 없는 9/10 마우스를 초래했다. 도 18 참고.
실시예 7: 선택적 Treg 고갈은 항-ICOS 항체 효능에 기여한다
생체외 연구는 항-ICOS 항체로 투여에 따른 면역 세포 침투물의 상태를 특성화하기 위해 수행되었다. Sa1N 모델에서의 연구는 7F12로 치료에 따라 Treg 집단에서의 감소를 나타냈다. 제7일 및 제10일에 마우스에 2회 용량의 항-ICOS 햄스터 7F12, 7F12-mG1 또는 7F12-mG2a를 투여하였다. 종양 및 비장이 수확되고 12일에 분석되었다. Treg에서는 현저한 감소는 있었으나 Teff 세포에서는 그렇지 않았고, 비장이나 림프절과 같은 림프양 기관의 T 세포 군집에 대한 영향은 거의 없었다. 도 19 참고.
유사한 결과가 또한 다른 항-ICOS 항체, 예컨대 37A10에서 관찰되었다. 도 20 참고. 마우스는 7일과 10일에 8 mg/kg으로 항-ICOS 항체의 2회 용량을 섭취했다. 종양을 수거하고 제12일에 분석하였다. Treg 집단에서의 유사한 감소가 또한 항-ICOS 항체 투여 후 CT26 모델에서 관측되었다.
종합하면, TIL (종양-침투하는 림프구) 연구는 Treg 세포가, Teff 세포 군집의 대응하는 고갈 없이, 그리고 구체적으로 다른 기관이나 주변에서가 아닌 종양에서, 본 명세서에서 기재된 항-ICOS 항체에 의해 선택적으로 감손된다는 가설을 뒷받침한다.
항-ICOS 항체의 효능에 대한 면역계의 기여를 공식적으로 입증하기 위해, 세포 고갈 실험이 종양 모델인, Sa1N과 관련하여 수행되었다. 구체적으로, 마우스는 CD8 T 세포, CD4 T 세포, 또는 CD4 + CD8 T 세포의 조합이 감손되었다. 종양 이식 후 6일과 13일에, 마우스는 항-CD8, 항-CD4, 항-CD4 + 항-CD8 또는 대조군 Ig 항체 (그룹 당 n=10)로 처리되었다. 항-ICOS 항체 7F12가 7, 10, 14 및 17일에 8 mg/kg 항체로 투여되었다. 종양 성장은 주당 2회 모니터링되었다.
마우스에 CD4, CD8, 또는 CD4 + CD8 T 세포가 고갈된 경우, 7F12의 항-종양 효능에서의 괄목할만한 감소가 관찰되었다. 도 21 참고.
실시예 8: 인간화된 항-ICOS 항체에 의한 선택적 Treg 감소
인간 PBMC는 5% CO2 로 가습된 인큐베이터에서 48시간 동안 100ng/ml 재조합 인간 IL-2로 37℃에서 배양되었다. 48 시간 후, 항체 37A10S713이 표시된 농도로 첨가되었다. 항체는 IL-2를 함유하는 배양 배지에서 10-배 연속 희석액으로 준비되었다. 항체/세포 혼합물을 추가의 72시간 동안 항온처리하도록 두었다. 배양 후 세포는 표준 방법에 따라 CD3, CD4, CD8, CD25 및 FoxP3에 대해 염색되고 유동 세포측정에 의해 분석되었다. Treg (CD4+ CD25+ FoxP3+) 및 Teff (CD4+ CD25- FoxP3-) 세포의 정량화가 각 농도 및 치료에 대해 수행되었다. 데이터는 각 농도에 대해 트라스투주맙-처리된 그룹에서 각 서브세트의 백분율로 정규화되었다.
이들 실험 결과는 도 22a에 도시된다. 항체 37A10S713은 Treg 세포의 용량- 의존적 감소를 야기했다. 도 22b에 나타난 바와 같이, Teff 및 Treg 세포는 IL-2 처리의 5일 후 유사한 수준의 ICOS를 발현하였다.
실시예 9: 항 -ICOS 항체로의 처리 후 종양 재-유발.
6 내지 8 주령 암컷 A/J 마우스가 27-게이지 주사 바늘이 달린 투베르쿨린 주사기를 사용하여 100μl PBS 중의 1x106 Sa1/N 세포로 오른쪽 옆구리에 피하로 접종되었다. 종양 성장이 모니터링되고 7일째에, 동물은 각 처리 그룹에 대해 평균 종양 체적 100-150mm3 으로 정상화한 후에 새로운 케이지에 재분배되었다. 10마리의 마우스가 각 치료 그룹에 포함되었다. 동물은 0.25 mg/kg 항-ICOS 항체 (마우스 IgG2a를 갖는 37A10S713 VH 및 VL (서열 번호: 60 및 61)) 또는 이소형 대조군의 복강 내 주사를 통해 항체로 처리되었다. 투여는 7일에 단회 투여 또는 7일 및 14일에 2회 투여으로 실시되었다. 종양 성장 및 동물 체중은 매주 2회 모니터링되었다. 마우스는 종양 체적이 ~2000 mm3 에 도달될 때 또는 IACUC 프로토콜에 따라 중증 궤양화와 같은 임상적 고통의 징후가 있는 경우 희생되었다.
도 23, 좌측 패널은 항-ICOS 항체의 단일 용량 (n=10) 또는 항-ICOS 항체의 2회 용량 (n=10)이 투여된 마우스 내 종양 용적을 나타낸다.
종양 재-도전 실험이 반응의 내구성을 평가하기 위해 수행되었다. 0.25mg/kg 37A10S713-mIgG2a 항체의 단일 용량 또는 2회 용량으로 종양이 박멸된 Sa1/N 세포로 이전에 도전된 7마리 마우스가 초기 종양 도전 10주 후 Sa1/N 세포로 반대측 옆구리에 재-도전되었다. 대조군으로서, 미접촉 마우스가 또한 Sa1/N 세포 (N=10)로 도전되었다. 동물은 격주 기준으로 종양 성장에 대해 평가되었다.
도 23, 우측 패널에 나타낸 바와 같이, 항-ICOS 항체 치료로 박멸된 그것의 종양을 이전에 가졌던 마우스의 어느 것도 재-도전 실험에서 종양 성장을 보이지 않았다.
실시예 10: 항 - ICOS 항체 투여된 Sa1 /N 종양-담지 마우스 및 시노몰구스 원숭이에서 ICOS 리간드 (ICOSL) 발현
8 주령 암컷 A/J 마우스가 제로 일에 Sa1/N 종양 세포로 접종되었다. 제7일에, 종양이 ~100mm3 에 도달된 때, 마우스에 단일 5 또는 100 μg를 i.p. 투여하였다. 용량의 마우스 IgG1 또는 IgG2a를 갖는 항체 37A10, 또는 이소형 대조군 항체 투여되었다. 제10일에 마우스에 후속 용량의 항체를 투여하였고, 제12일에 조직 (혈액, 비장, 및 종양)을 수거하였다. 조직 처리 후, 세포는 유동 염색 완충액 15분 동안 5% Fc 차단 (5% 재구성된 정상 랫트, 마우스 및 인간 혈청, 5% 소태아 혈청, 0.1mg/mL Fc 차단 Ab 2.4G2, 0.01% 소디움 아자이드)으로 배양되었다 ((FSB: 5% FBS, 1xPBS 내 0.01% 아지드화나트륨) 내 얼음 상에서). Fc 차단 후, 세포는 얼음 상에서 1시간 동안 FSB에서 세포외 염색 칵테일 (항-CD45-BV510, 항-CD19-BV605, 항-ICOSL-PE, 고정가능 생존력 염료 eFluor 780)로 염색되었다. 세포는 FSB로 2회 세척되었다. 세포는 얼음 상에서 30분 동안 고착/투과화 용액으로 고정되었다. 세포는 1x투과화 완충액으로 2회 세정되었고, 그런 다음 세포내 염색 칵테일로 (항-CD3-BUV496, 얼음 상에서 1시간 동안 투과화 완충액에서 염색되었다. 세포를 투과화 완충제(Permeabilization Buffer)로 2회 세정하고, 이후 1.5% PFA FSB 용액으로 재현탁하였다. 세포는 BD Fortessa 상에서 실행되고 데이터는 FlowJo 소프트웨어를 사용하여 분석되었다.
샘플을 BD Fortessa 유동 세포측정기 상에서 분석하였다. ICOSL 발현의 분석을 위해, ICOSL의 염색이 생능 CD45+ CD3- CD19+ B 세포에서 분석되었다. ICOSL 평균 형광 강도 (MFI)가 보고되었다.
인간 IgG1을 갖는 항체 37A10S713이 투여 그룹 (0.5 mg/kg, 5 mg/kg, 75 mg/kg, 및 비히클 단독) 당 3마리의 사이놀몰구스 원숭이에 1시간 정맥내 주입을 통해 투여되었다. 혈액은 첫 번째 투여 전(1일), 첫 번째 투여 48 시간 후(3일), 첫 번째 투여 7일 후(두 번째 투여 전; 8일), 및 두 번째 투여 48 시간 후(10일)에 수득되었다.　　 95μL의 전혈 샘플이 얼음 상에서 15분 동안 5μL 인간 TruStain으로 먼저 Fc 차단되었다 Fc 차단 후, 항-CD3 FITC, 항-CD20 PE, 항-CD14 PE/Cy7, 생존력 염료 e780, 및 cynoICOS-Fc DyLight 650을 함유하는 100μL의 항체 혼합물이 첨가되었다. 혈액 및 항체 혼합물은 60분 동안 얼음 상에서 배양되었다. 배양 후, 샘플은 5분 동안 500xg에서 원심분리되었다. 상청액이 경사분리되었고, 그리고 샘플은 200μL의 FACS 염색 완충액에서 재현탁되었다. 세정단계는 200μL 염색 완충액 + 0.1% 파라포름알데하이드 내의 최종 재현탁으로 3회 반복되었다.
샘플을 BD Fortessa 유동 세포측정기 상에서 분석하였다. ICOSL 발현의 분석을 위하여, DyLight 650 표지된 cynoICOS-Fc에 의한 ICOSL의 염색을 생능 CD3- CD20+ B 세포 상에서 분석하였다. ICOSL MFI는 각 시점에서 비히클에 대해 정규화되었다.
이러한 실험의 결과는 도 24a 및 도 24b에 도시되어 있다. ICOS-L 발현에서의 용량-의존적 증가가 이소형 대조군 처리된 마우스에 비해 모든 조직에서 그리고 모든 항체 치료 및 용량에 걸쳐 관측되었다. 도 24a 참고. 유사하게, ICOS-L 발현에서의 용량-의존적 증가가 비히클 및 연구-전 샘플에 비해 시노몰구스 원숭이에서 0.5 및 5mg/kg 용량 그룹에 대해 모든 시점에 걸쳐 관측되었다. 도 24b 참고.　 ICOSL의 유도가 또한 75mg/kg 그룹에서 관측되었지만, 그러나 관측된 발현은 항-ICOS 항체가 염색 시약 (cynoICOS-Fc)에 결합할 수 있기 때문에 잠재적인 약물 간섭으로 인해 과소묘사될 수 있다.
ICOS 표적 결합은 또한, 예를 들면, 아래와 같이, 수용체 이용가용성 검정에 의해 측정될 수 있다. 미접촉 마우스는 2.5mg/kg으로 이소형 대조군 mIgG2a 또는 2.5mg/kg으로 마우스 IgG2a를 갖는 37A10S713로 i.p. 주사되었다. 주사 후 다양한 시점에서, 혈액은 EDTA 코팅된 마이크로튜브에서 턱밑 수염을 통해 수집되었다.
전혈은 얼음 상에서 5분 동안 마우스 TruStain (바이오레전드 사)을 사용하여 Fc 차단되었다.　 배양 후, 100μl의 2x 농축된 세포외 염색 항체 혼합물이 4℃에서 30분 동안 각 샘플에 첨가되었다. 샘플은 스핀 다운되고 고정되고 그리고 4℃에서 30분 동안 Foxp3 염색 완충액 (이바이오사이언스 사)에 투과되었다. 샘플을 이후 스핀 다운하고 그리고 4℃에서 30분 동안 세포내 항체 염색으로 재현탁하였다. 샘플은 스핀 다운되고 그리고 0.1% PFA에서 재현탁되었다. 샘플은 BD LSRII Fortessa 상에서 분석되었다. Treg는 생 CD45+ CD3+ CD4+ Foxp3+로 식별되었다. Teff 세포는 생 CD45+ CD3+ CD4+ Foxp3-로 식별되었다. CD8+ 세포는 생 CD45+ CD3+ CD8+로 식별되었다. 형광으로 표지된 37A10S713-mG2a (DyLight 650 접합됨)가 ICOS에 대한 염색 시약으로 사용되었다.　 각 시점에서 수용체 이용가능성은 하기 식을 사용하여 계측되었다:
시점 t에서 이용가능한 수용체 % =((시점 t에서 37A10S713-mG2aDy650의 MFI - 시점 t에서 이소형Dy650의 MFI))/((연구 전 37A10S713-mG2aDy650의 MFI - 연구 전 이소형Dy650의 MFI)) x 100
결과는 항-ICOS 항체의 투여 후, 유리 수용체의 수준이 검출 불가능하다는 것을 나타내어, 항체가 모든 이용가능한 표적 ICOS 분자를 포화시킨다는 것을 시사한다.
실시예 11: ICOS 발현과 관련된 유전자의 식별
다양한 종양 유형에 있어서 ICOS 수준을 mRNA와 단백질 수준 모두에서 평가했었다. 환자 종양 샘플들에 있어서 ICOS 수준을 구체적으로 정량화하기 위하여, 새로운 RNA 특질에 기반된 접근법이 사용되었다. 24가지 상이한 표지를 나타내는 ~7,500개의 인간 종양으로부터 DNA 돌연변이 데이터, 유전자-발현 데이터 및 유전자-증폭 데이터를 포함하는 The Cancer Genome Atlas (TCGA)의 고-차원 데이터 세트를 이용한 고-차원 유전자 발현 분석을 수행하여 편견없는 방식으로 종양의 면역 성분을 특정하였다. 미가공 서열 데이터를 준비하고, 매핑된 백만 분획당 엑손 (FPKM)의 킬로베이스당 단편을 활용하는 유전자 발현 값은 독점 데이터 정상화 및 발현 분석 파이프 라인을 이용하여 OmicSoft Corporation에서 산출하였다. 모든 FPKM 값은 밑이 2 인 로그 함수를 사용하여 변환되었고, 분석되었다. 면역 관련 특질의 발견을 위해 데이터를 사용하기 전에, 공지된 생물학적 패턴을 사용하여 데이터의 질을 평가했다. 예로써, 에스트로겐 수용체 발현은 유방 데이터의 첫 번째 주성분과 관련이 있었으며, 한편 미소부수체 불안정성 관련된 특징은 결장 데이터의 세 번째 주요 구성 요소와 연관되었다.
종양에서의 ICOS 발현 정도를 정량화하기 위한 다수 유전자 특질을 식별하기 위하여, ICOS가 높은 변이 계수로 과발현된 표지를 우선 식별하였다. 도 25는 TCGA 인간 종양 표지들에 대한 ICOS 발현 분석의 결과를 도시한다. 박스는 발현의 상위 및 하위 사분위수를 나타내고, 중앙선이 표시된다. 상위 또는 하위 사분위수의 사분위 범위를 초과하는 수준으로 ICOS 발현이 나타난 임의의 종양에 대하여 이상점들(outliers)이 도시된다. ICOS 발현과 연관된 유전자들을 식별하기 위한 추적 분석을 위하여 굵게 표시된 표지들이 선택되었다. 발현은 log2(FPKM)로 나타낸다.
ICOS 발현의 새로운 유전자 특질을 식별하기 위해, ICOS 발현이 높고 가변적인 암의 13 개 주요 하위유형(subtypes)에 대해 ICOS와 밀접하게 연관된 다른 유전자를 조사하였다. 주어진 유전자와 ICOS 발현 간의 스피어만(spearman) 등급 상관 관계 (ρ)는 각 표지 내에서 산출되었다. ICOS 발현과 가장 관련이 깊은 300 개의 유전자는 각 표지에 대해 유지되었으며, 상관 관계 ρ 와 명목상의 p 값은 2 차 분석을 위해 유지되었다. ICOS와의 모든 연관성은 p <0.005에서 유의적인 것으로 나타났다. 도 26 참고. 평균 상관관계 등급은 첫 번째 분석 단계에서 감소한 값을 제외하고, 각 유전자의 모든 표지에 걸쳐서 산출되었다.
특징 안에 유지되는 것으로 선택된 유전자는 a) 시험된 13 가지 표지 중 적어도 10 가지에서 ICOS와 관련된 상위 300 개 유전자의 일부였고, 그리고 b) 상위 300 개 상관 유전자의 일부이면서, 평균적으로 ICOS와 관련된 상위 75개 유전자 내에 있다. 스피어만 상관 관계 및 ICOS와의 상관 관계의 평균 등급을 비롯한 선택 기준과 함께, 이들 측정을 이용하여 식별된 유전자들은 표 6에 나타낸다. 이 분석으로 39 개의 유전자를 식별되었으며, 이들은 RNA 발현 프로파일링에 의해 이들 13 가지 표지에 걸쳐 ICOS의 발현을 예측하기 위하여 개별적으로 또는 조합하여 사용될 수 있다. 표 6은 ICOS 발현과 상관 관계에 있는 39 개의 유전자에 대한 스피어만(Spearman) 상관 계수 (ρ)를 나타낸다. 유전자가 ICOS 발현과 상관 관계가 있는 상위 300 개 유전자의 일부가 아닌 경우, 이의 상관 계수에 대한 값은 표시되지 않는다. 모든 표지에 있어서 가장 왼쪽 열에는 ICOS와의 상관 관계의 평균 등급이 표시되며, 이때 이 유전자는 ICOS와 상관 관계가 있는 상위 300 개 유전자의 일부이었다. 상기 표시된 표지 중 적어도 10 개 표지에서 ICOS 발현과 관련된 300 개 유전자 내에서 발견된 유전자들이 선택되었다. ICOS 특질 유전자는 또한 상위 300 개 유전자에 있는 모든 표지의 상위 75 개 유전자 내에서 평균 등급를 가져야 한다. 표지의 약칭은 다음과 같다: 방광암 (BLCA), 트리플 음성 유방암 (BRCA TN), 경부 암 (CESC), 미소부수체 무변성 결장직장암 (CO MSS), 두경부암 (HNSC), 투명 세포 신장암 (KIRC) 폐 선암종 (LUAD, 폐암 (NSCLC)의 하위유형), 폐 편평세포암종 (LUSC, 비-소 세포 폐 암 (NSCLC)의 하위유형), 난소암 (OV), 췌장암 (PAAD), 흑색종 (SKCM), 위암 (STAD).
표 6. ICOS 발현과 관련된 mRNA
Figure pct00006
Figure pct00007
표 6 중 mRNA의 목록은 ICOS의 발현 수준을 계측하기 위한 mRNA 패널을 형성하는데 이용될 수 있는데, 예를 들어 ICOS 만 검출하는 분석법보다 더 강력한 분석법을 만들기 위해 사용될 수 있다. 일부 구현예에서, 다음의 mRNA 세트로부터 패널이 형성된다: CCR5, CD2, CD96, CTLA4, CXCR6, FOXP3, ICOS, ITK, P2RY10, SIRPG, 및 TIGIT.
실시예 12: 항 - ICOS 항체 치료 후 Th -1 케모카인 및 사이토카인의 유도
새로운 환자 폐 종양이 수술 후 24시간에 수득되었다. 연조직이 수작업으로 종양에서 제거되고 그리고 나머지 고형 종양은 주조 용기에서 4% 낮은 용융 한천에 포매되고 그리고 얼음 상에서 고형화되어 졌다. 겔-포매 종양은 하기로 절단되었다: 비브라톰(vibratome) (Leica) (속도: 2, 빈도: 9) (300μm 두께의 절편을 생성하기 위함). 종양이 너무 부드러워서 생체미세절단기로 썰어낼 수 없는 경우, 조직은 날로 수작업으로 절단되었다.
종양 슬라이스는 40μm 트랜스웰 필터 (밀리포어 사) (~1 슬라이스/웰)에 위치되고 그리고 장치는 1.5mL의 조직배양 배지 (완전한 RPMI 1640/AIM-V)를 함유하는 6-웰 플레이트의 웰들로 이동되었다. 적절한 처리가 그런 다음 대응하는 웰의 배지 안으로 첨가되었다. 처리는 이소형 대조군으로서 10μg/mL 항-RSV hIgG1 (레이크 파마 사, lot # 3086-849598), 인간 IgG1을 갖는 10μg/mL 항체 37A10S713 (서열 번호: 188 및 189), 또는 10μg/ml의 항-PD-1 (IgG4) 항체를 포함했다. 복제 플레이트는 6 - 72시간에 이르는 다양한 시점에 대해 준비되었다. 플레이트는 37℃, 5% CO2 에서 인큐베이터 내에 위치되었다.
목적 시점에서, 종양 슬라이스가 수집되고 RNALater (암비온 사)에 액침되었다. RNA를 제조자의 설명서에 따라 RNeasy Mini 키트 (Qiagen, cat#74106 )를 사용하여 추출하였다. RNA 추출 후, 1μg의 RNA가 바이오-래드 iScript cDNA 합성 키트 (cat#170-8891)를 사용하여 역전사를 위해 사용되었다. RT 생성물은 1 내지 7배 희석되고, 그리고 3μl이 각 qPCR 반응에 사용되었다. qPCR은 바이오-래드 실시간 시스템을 사용하여 써친계 피셔 사이언티픽 사로부터 TaqMan 유전자 발현 마스터 믹스 (cat#4369016 )를 사용함에 의해 수행되었다. 사용된 TaqMan 검정은 표 7에 열거된다.
발현은 다음과 같이 계산된 배수 변화로, CD45에 정규화되었다:
Figure pct00008
표 7. TaqMan 케모카인 및 사이토카인 검정
Figure pct00009
이들 실험 결과는 도 27에 도시된다. 폐 종양 1을 갖는 6시간 시점에서, 항-ICOS 항체는 GZMa, GZMb, CSF2, IL2, CXCL9, CXCL10, CXCL11 및 CXCL13의 증가된 발현을 초래했다. 항-PD-1 항체는 또한, 보다 낮은 정도이지만, GZMa, GZMb, CSF2, CXCL9 및 CXCL10의 발현을 증가시켰고, CXCL11에서도 유사한 증가를 보였다. 24시간 시점에서의 폐 종양 2에 대해, 항-ICOS 항체 치료는 CXCL11의 지속적 증가 및 IL2, CXCL9 및 CXCL10의 일부 계속된 상승을 나타냈다. 항-PD-1 항체는 24시간에서 CXCL11에서 약간의 상승만을 보였다.
실시예 13: 효능제 항- ICOS 항체 치료 후 Treg 세포 상에 NKp46 리간드의 유도
말초 혈액 단핵 세포는 피콜 (GE 라이프 사이언스 사) 원심분리를 사용하여 건강한 인간 공여체 (연구 혈액 구성요소)로부터 단리되고, 뱀뱅커 (와코-켐 사)에서 냉동되고 그리고 사용하기 전까지 -150℃에서 보관되었다. PBMC는 10% 우태 혈청 (시그마-알드리치 사) 및 1% 페니실린/스트렙토마이신 (집코 사)로 보강된 RPMI (집코 사) 내에서 37℃에서 가용성 항-ICOS 항체 및 플레이트 결합된 항-인간 CD3 (1μg/ml 코팅, 바이오레전드 사, OKT3)로 배양되었다. 세 가지 항체가 검정에서 시험되었다: 강한 효능제 항체 37A10S713, 약한 효능제 항체, 및 약한 길항제 항체. 4일 후, PBMC는 플레이트로부터 부드럽게 긁어내어 지고 1% 우태 혈청, 0.05% 소디움 아자이드 (릭꼬 사) 및 2mM EDTA (암비온 사)를 함유하는 DPBS (집코 사)로 세정되었다. 세포는 그런 다음 인간 TruStain FcX (바이오레전드 사)로 차단되었다. NKp46 리간드를 검출하기 위해, 세포는 2μg/mL NKp46-hIgG1 Fc (R&D 시스템 사, 1850-NK)로 배양되었다. 세포에 결합된 NKp46-hIgG1 Fc는 PE 콘주게이트된 항-인간 IgG (바이오레전드 사, 다클론성)를 사용하여 검출되었다. 세포는 인간 TruStain FcX로 다시 차단되고 그리고 그 다음 항-인간 CD56 (바이오레전드 사, 브릴리언트 바이올렛 711, HCD56), 항-인간 CD16 (바이오레전드 사, 브릴리언트 바이올렛 785, 3G8), 항-인간 CD4 (바이오레전드 사, 브릴리언트 바이올렛 510, OKT4), 항-인간 CD8 (BD 바이오사이언스 사, BUV395, RPA-T8), 항-인간 CD25 (바이오레전드 사, 브릴리언트 바이올렛 605, BC96), 및 고정가능한 생존력 염료 (이바이오사이언스 사, eFluor 780)로 염색되었다. 염색 후, 세포는 고정되고 그리고 Foxp3 / 전사 인자 염색 완충액 세트 (이바이오사이언스 사)로 투과되었다. 투과화 후, 세포는 항-인간 CD3 (BD 바이오사이언스 사, PE-CF594, UCHT1) 및 항-인간 Foxp3 (이바이오사이언스 사, APC, PCH101)로 세포내로 염색되었다. 세포는 그런 다음 파라포름알데하이드 (알파 에이사 사)에 고정되었다. 데이터를 BD LSRII Fortessa로부터 수득하고, FlowJo v10.1 소프트웨어 상에서 분석하였다.
그 실험의 결과는 도 28 및 도 29에서 보여진다. 효능제 항-ICOS 항체 37A10S713로의 처리는 3명의 상이한 공여자 유래의 Treg 세포 상의 NKp46 리간드의 강한 유도를 유발하였다. 도 28a-f 참고 (도 28a-b는 공여체 1로부터 데이터를 도시하고, 도 28c-d는 공여체 2로부터 데이터를 도시하고, 그리고 도 28e-f는 공여체 3으로부터 데이터를 도시한다). Teff 세포 상에 NKp46 리간드의 유도는 Treg 세포에서만큼 강하지 못했다. (도 28a-f 참고). 추가로, 효능제 항-ICOS 항체 37A10S713로의 처리는 NK 세포 상의 CD16의 손실 (CD16 쉐딩)을 유도하고, 이는 NK 세포의 활성화를 시사한다. 도 29 참고.
임의의 특정한 이론에 의한 구속됨 없이, 효능제 항-ICOS 항체 37A10S713은 Treg 세포 상에 NKp46 리간드 수준을 상당히 증가시키며 또한 NK 세포를 활성화시켜 선택적 Treg 고갈을 유도한다고 상정된다.
실시예 14: ICOS의 종양내 발현은 항- ICOS 항체에 대한 반응을 예측할 수 있다.
단일 요법으로서 항-ICOS 항체에 높은 ICOS+ 종양 침윤 T 세포가 보다 더 잘 반응 하는지를 시험하기 위해, 마우스 동족(syngeneic) 종양 모델을 사용하여 면역조직화학적 (IHC) 염색을 이용하여, mICOS의 발현과 항-ICOS 항체의 생체내 효능의 연관성을 보여주었다.
종양 보유 동물에게 주당 1회, 0.25 mg/kg의 mG2a Fc와 함께, 37A10S713의 2 회 투여함으로써, 몇 마리의 마우스 동종 종양 모델에서 생체내 효능 연구를 수행하였다. 마우스는 종양 체적이 ~2000 mm3 에 도달될 때 또는 IACUC 프로토콜에 따라 중증 궤양화와 같은 임상적 고통의 징후가 있는 경우 희생되었다.
IHC 분석을 위한 종양 샘플. 동종 동물에 세포계를 접종하여 종양 조직을 만들었다 (n ≥ 4). 150 (± 50) mm3 의 평균 부피로 종양을 수거하고, 4 % 파라포름 알데히드에서 고정시킨 후, 최적 절단 온도 (Optimal Cutting Temperature, OCT) 배지에 매립시켰다.
mICOS용 면역조직화학. IHC 분석은 8 ㎛ 절편 상에서 실행되었다. 항-mICOS 항체를 이용하여 종양 침윤 T 세포 상에서 mICOS 발현을 검출하였다. 염색체 검출은 제조업체의 권장 프로토콜에 따라, ImmPRESSTM HRP (퍼옥시다제(Peroxidase)) 시스템 (Vector Labs, Burlingame, CA)을 사용하여 수행했다. ICOS 염색은 0 - 3+ 척도를 이용하여 숙련된 병리학자에 의해 등급화되는데, 여기에서 3+ = >4%, 2+ = >2% 그러나 <4%이며, 1+ = >0.5% 그러나 <2%이며, 그리고 0 = <0.5% mICOS 양성 세포이다.
그 결과는 하기 표에 도시되어 있다.
표 8. 생체내 효능 결과
Figure pct00010
++++: ≥ 70% 동물은 mG2a Fc와 함께, 37A10S713을 이용한 치료에 반응하였다.
표 8에 나타낸 바와 같이, 종양 내 mICOS+ T 세포의 빈도가 높은 마우스 모델에서 단일 물질 효능이 관찰되었다. 4T1 모델에서의 반응 부족은 mICOS+ 세포가 종양 주위로 국한되는 것 때문이었다.
실시예 15: 면역조직화학을 이용한 정상 및 종양 조직 샘플에서 항- ICOS 항체의 생성 및 유도성 T-세포 동시-자극 ( ICOS )의 검출
면역접종 및 초기 선별. 6마리의 마우스 (3 마리의 BALB/c와 3 마리의 SJL)에게 CRO 항체 용액에서 ICOS의 세포질 도메인의 펩티드로 면역접종시켰다. 각 동물로부터의 혈청을 펩티드 ELISA를 사용하여 스크리닝하고, 마우스의 서브 세트 (BALB/c)를 융합시켜 하이브리도마 라이브러리를 만들었다. 하이브리도마 라이브러리 및 후속 단일 클론으로부터의 상층액을 펩티드 ELISA 분석을 사용하여 스크리닝 하였다. 세포 기반의 ELISA 측정을 이용하여 양성 항체 클론(mAbs)이 추가 스크리닝되었다.
IHC 항체 식별을 위한 세포-기반 ELISA. ICOS 과다발현 플라스미드 (CHO-ICOS) 또는 대조 플라스미드 (CHO-벡터)가 무변성으로 형질감염된 중국 헴스터 난소 (CHO) 세포를 이용하여 이미 확립된 프로토콜을 이용한 펩티드 ELISA 측정으로부터 양성 클론을 스크리닝하였다. 간략하게 설명하자면, 96개 웰 플레이트에서 성장한 세포를 0.1 % Triton X-100과 함께, 10% 포르말린을 사용하여 고정시키고, 투과시켰다. 차단 후, 세포는 1 차 항체, 이어서 HRP-콘쥬게이트된 항-마우스 항체와 함께 항온처리되었다. 검출은 화학적발광 기질을 사용하여 실행되었다. 측정을 위하여 시판되는 항-ICOS 항체인 SP98 (Spring Biosciences)을 양성 대조군으로 사용하고, 마우스 IgG1은 음성 대조군으로 사용하였다.
항체 서열의 서열화. 3 개의 하이브리도마 클론으로부터 총 RNA를 추출하였다. 항체는 가변 경쇄 (VKL)에 대한 비-축퇴(non-degenerate) 프라이머와 가변 중쇄(VH)에 대한 축퇴 프라이머를 이용하여 cDNA 서열의 RT-PCR 증폭 후에 클로닝되고 서열분석되었다.
시험 및 대조 물품. 클론 하이브리도마 세포로부터 정제된 마우스 단클론성 항체 (mAbs), 2M13, 2M19, 및 2M24가 생성되고, 인간 조직에서 ICOS-양성 세포의 검출에 사용하기 위하여 시험되었다. ICOS 과다발현 플라스미드 (CHO-ICOS) 또는 대조 플라스미드 (CHO-벡터)로 무변성으로 형질감염된 CHO 세포 펠렛의 FFPE 블록은 표준 프로토콜을 이용하여 생성되었다. 간략하게 설명하자면, 세포를 긁어서 수거하고, 10 % 완충된 포르말린에 고정시키고, 히스토겔 (Histogel)에 매립시켰다. 히스토겔 펠릿을 고형화시킨 후, 일상적인 조직학 매립(embedding) 기술을 사용하여 FFPE 블록으로 가공되었다. 항체 염색을 위하여 5 ㎛ 절편이 이용되었다.
IHC 분석을 위한 조직 샘플. 정상 인간 편도 (양성 대조), 비-소 세포 폐 암 (NSCLC) 및 두경부 편평세포암종 (HNSCC) 조직의 포르말린 고정된 파라핀 매립(FFPE) 블록은 시판되는 것을 구입하였다. FFPE 조직의 5 μm 절편이 항체 염색의 검증을 위하여 사용되었다.
ICOS를 위한 면역조직화학. IHC 분석은 5 ㎛ FFPE 절편 상에서 수행되었다. 완충액 ER2 (pH 10)를 이용한 절편의 열 처리에 의해 항원 발현이 강화되었다. IHC는 Leica Bond Rx 자동화 시스템 (Leica Microsystems Inc., Chicago, IL)에서 표준 프로토콜을 사용하여, DAB 색소원(chromogen)을 사용하는 간접 방법을 사용하여 수행되었다.
ICOS 염색은 표 9에서와 같이, 0 - 3+ 척도를 사용하여 숙련된 병리학자에 의해 등급화되었다.
표 9: ICOS 스코어링 가이드라인
Figure pct00011
ICOS -특이적 IHC 항체의 식별. 항체 2M13, 2M19 및 2M24는 인간 ICOS 단백질의 세포 내 도메인에 매핑되는 펩티드의 면역접종에 의해 생성된 하이브리도마 라이브러리를 스크리닝함으로써 식별되었다. 펩티드 ELISA, 세포-기반 ELISA 및 FFPE 조직 절편 상의 IHC를 사용하여 하이브리도마 클론을 점진적으로 스크리닝함으로써, 양성 항체들이 식별되었다. 세포-기반 ELISA의 대표적인 데이터는 도 30에 나타낸다.
FFPE 조직의 IHC 분석에서 mAbs의 식별. 2M13, 2M19, 및 2M24는 인간 편도 조직 절편 상에서 추가 시험되었다. 도 31에서 나타낸 바와 같이, 3개 항체 모두 정상 인간 편도 조직에서 특이적 막 또는 시토졸 염색을 나타내었다. 이 염색 패턴은 T 세포의 알려진 위치와 일치하며, 이는 정상 편도의 배아 중심을 둘러싸고 있는 림프 결절이 주로 있으며, 편도의 배아 중심 안에 그리고 난포 영역에 더 낮은 빈도로 분포한다. 상기 조직의 다른 세포 유형에서 백그라운드가 거의 나타나지 않거나 또는 전혀 나타나지 않았다. 이 데이터는 2M13 항체의 특이성을 함께 식별한다. 더욱이, 항체 2M13은 2M19 및 2M24와 비교하였을 때, 가장 강한 염색을 보여주었다. 이 데이터에 기초하여, 2M13은 추후 연구에 사용되었다.
특이성. 도 31 및 32에서 볼 수 있는 것과 같이, 항-ICOS 항체 (2M13)는 최소의 비-특이적 백그라운드 염색과 함께, 편도 조직에서 T 세포 상에 ICOS의 발현을 특이적으로 검출하였다. 특이성을 추가로 식별하기 위해, 항체를 생성시키는데 사용된 항원에 상응하는 펩티드를 사용하여 ICOS 발현의 염색을 차단하였다. 도 32에서 볼 수 있는 것과 같이, 2M13 항체로 편도 샘플의 ICOS 염색은 과량의 몰의 ICOS (C-말단) 펩티드 (상부 패널)를 이용하여 완전하게 제거되었다. 2M13을 인접 (N-말단) 펩티드를 이용하여 경쟁시켰을 때, ICOS 특이적 염색은 유지되었고, 이것은 ICOS 검출에 대한 상기 항체의 특이성을 추가로 뒷받침한다. 중요한 것은, 모든 실험에서 백그라운드 염색은 낮았다. 2M19 항체의 경우 유사한 특이성이 관찰되었다 (데이터는 나타내지 않음).
항체 특이성은 ICOS를 무변성으로 발현시키는 또는 엠프티 벡터를 가진 FFPE 가공된 CHO 세포를 이용하여 추가로 시험되었다. 도 33에 나타낸 것과 같이, 2M13은 ICOS를 발현시키는 CHO 세포만을 오직 염색시켰다. 엠프티 벡터를 발현시키는 CHO 세포에서는 염색이 관찰되지 않았다.
검정 정밀도. 항-ICOS (2M13) 항체 반응성의 병리학적 검토는 계측 간 및 계측내 분석에서 일관된 염색 강도를 나타냈다. 이러한 결과는 편도의 현미경 사진에서 쉽게 관찰할 수 있다 (도 34). 음성 대조군으로의 염색은 이들 분석에서 최소였다 (데이터는 나타내지 않음).
범위. 개발된 프로토콜을 이용하여, 다중 NSCLS 및 HNSCC 종양 샘플을 항-ICOS 항체로 염색하였다. 이들 샘플은 광범위의 ICOS 발현 수준 및 막 강도를 보여주었다. 도 35에 나타낸 바와 같이, 이 측정은 광역의 생리학적으로 관련된 발현 수준을 검출할 수 있다.
실시예 16: 종양에서 미소부수체 불안정성 ( MSI ) 및 ICOS 수준과의 상관관계
미스매치 치유 결핍은 인간 종양의 특정 분획에서 DNA 치유 경로의 결핍과 관련되어 있다. 이와 같은 미스매치 치유 결핍성, 미소부수체 불안정성 (MSI) 종양은 미소부수체 무변성인 반대 대응부와 비교하였을 때, 종양에서 10-100 배 더 많은 돌연변이를 축적한다 (Nature 513: 202-209 (2014)). MSI가 높은 종양은 주변의 종양 미세환경에 면역학적으로 이물질로 인지될 수 있는, 더 많은 비-자가 또는 신생 항원을 나타낼 수 있다. 이러한 비-자가 항원은 면역계의 세포를 끌어 들여, 종양으로 침투할 수 있다. 따라서, 돌연변이의 수가 더 많아짐에 따라, MSI 높은 종양은 MSS보다 더 높은 침윤 수준을 나타내는 경향이 있다 (Jass et al., 1998, Gut 42: 673-679). ICOS는 침윤성 면역 세포에서 발현되기 때문에, MSI 종양에서 ICOS RNA 농도는 MSS 종양의 ICOS RNA 농도와 비교되었다.
분석에는 30가지 상이한 암을 나타내는 ~10,000개의 인간 종양으로부터 DNA 돌연변이 데이터, 유전자 발현 데이터, 및 유전자 증폭 데이터를 포함하는 고-차원 Cancer Genome Atlas (TCGA) 데이터세트가 이용되었다. 미가공 서열 데이터를 준비하고, 매핑된 백만 분획당 엑손 (FPKM)의 킬로베이스당 단편을 활용하는 유전자 발현 값은 독점 데이터 정상화 및 발현 분석 파이프 라인을 이용하여 OmicSoft Corporation에서 산출하였다. 모든 FPKM 값은 밑이 2 인 로그 함수를 사용하여 변환되었고, 분석되었다.
이 분석을 위하여, 표 10에 제시된 것과 유사한 MSI 상태를 지정하기 위한 NCI 지침을 사용하여 제조 사양에 따라 PCR로 측정된 공지의 MSI 상태를 갖는 표지 및 종양으로 데이터 세트는 제한되었다 (참고: Nature 287: 330-337 (2012); Nature 497: 67-73 (2013); Nature 513: 202-209 (2014)).
표 10: PCR 분석을 통하여 직장결장암에서 MSI 평가를 위한 지침
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ICOS 수준 (log2 FPKM)은 결장 선암종 (COAD), 위 선암종 (STAD) (또한 위암으로도 알려짐), 그리고 자궁 체부 내막 암종 (UCEC)의 731개 종양 샘플로부터 구하였다. 도 36의 박스 플롯으로 ICOS 수준을 플롯팅하였는데, 이들은 우선 표지에 따라 집단화되고, 그 다음 MSI 상태 (MSI-고, MSI-저, 그리고 MSS)에 따라 집단화되었다. 박스는 발현의 상위 및 하위 사분위수를 나타내고, 중앙선이 단속선에 의하여 표시된다. 상위 또는 하위 사분위수의 사분위 범위를 초과하는 수준으로 ICOS 발현이 나타난 임의의 종양에 대하여 이상점들(outliers)이 도시된다. 개별 종양의 분포는 각 개발 박스에 걸쳐 수직의 더 짙은 회색의 히스토그램으로 표시된다. 발현은 log2(FPKM)로 나타낸다. MSI/MSS 그룹에서 ICOS의 차등적 발현의 중요성에 대한 p-값을 얻기 위해, Kruskal-Wallis 시험가 각 표지 내에서 MSI/MSS 상태 그룹에 적용되었다.
도 36에 나타난 바와 같이, 각 그룹의 정중(점선)을 비교하였을 때, 모든 표지에서 MSI-저 또는 MSS 그룹보다 MSI-고 그룹에서 일반적으로 더 높았다. Kruskal-Wallis 분석은 <0.001의 p-값을 제공하였고, 이는 차등 발현의 유의성을 암시한다.
이 결과들은 MSI 양성 환자들은 작용제 항-ICOS 항체 요법로부터 혜택을 볼 수 있음을 나타낸다.
MSI는 상기에서 논의된 바와 같이, NCI 지침에 따라, 예로써, PCR에 의해 측정될 수 있다 (Boland et al., 1998, Cancer Res. 58: 5248-5257; 또한 참고: 표 10). MLH1, MSH2, MSH6, 및/또는 PMS2의 유전자의 발현 상실은 MSI 표현형에 기여할 수 있기 때문에, 이들 유전자를 검출하기 위하여 IHC 분석이 또한 실행될 수 있다 (참고: 예컨대, Umar et al., 2004, J. Natl . Cancer Inst . 96: 261-268; AMA and NCHPEG Colorectal Cancer Fact Sheets: 11-0456:2/12:jt:Updated Feb 2012; Mayo clinic guidelines: mayomedicallaboratories.com/test-catalog/Clinical+and+Interpretive/35458).
실시예 17: ICOS 발현에 따른 암 하위유형의 계층화(stratification)
다양한 종양 하위유형에서 ICOS 발현 수준은 Cancer Genome Atlas (TCGA)로부터 고-차원 데이터를 이용하여 평가될 수 있다. 미가공 서열 데이터를 준비하고, 매핑된 백만 분획당 엑손 (FPKM)의 킬로베이스당 단편을 활용하는 유전자 발현 값은 독점 데이터 정상화 및 발현 분석 파이프 라인을 이용하여 OmicSoft Corporation에서 산출한다. FPKM 값은 밑이 2 인 로그 함수를 사용하여 변환되었고, 분석되었다.
표 11에는 다양한 인간 종양 하위유형에서 ICOS 발현을 나타낸다. 상기 표에서 나타낸 바와 같이, 종양의 특정 하위유형은 동일한 종양의 다른 하위유형들보다 ICOS의 더 높은 발현 수준을 갖는다. 예로써, 폐 선암종의 말단 호흡 단위(TRU) 및 근접-증식(prox-proliferation) 하위유형은 폐 선암종의 근접-증식 하위유형보다 더 높은 ICOS 발현을 갖는다. 유사하게, 분비성 폐 편평세포암종 (폐 SCC)은 폐 SCC의 원시적, 고전적, 또는 기저형 하위유형보다 더 높은 ICOS 발현을 갖는다. 두경부 하위유형의 경우, 오직 고전적 하위유형만이 낮은 ICOS 발현 수준을 갖는다. 시험된 유방 침습성 암종 하위유형중에서, HER2+ 및 삼중 음성이 가장 높은 ICOS 발현을 갖는다. 시험된 자궁 체부 내막 암종 하위유형중에서, POLE 돌연변이 하위유형이 가장 높은 ICOS 발현을 갖는다. HPV+ 경부 편평세포암종 및 자궁경내 선암종은 HPV- 보다 더 높은 ICOS 발현을 갖는다. 시험된 위 선암종 하위유형은 모두 높은 ICOS 발현을 보유하였다. 시험된 방광 요로상피 암종 하위유형 중에서, 기저 IV (간엽) 하위유형은 높은 ICOS 발현을 보유하였다. 시험된 췌장 선암종 하위유형중에서, 오직 면역원성만 높은 ICOS 발현 수준을 보여주었다. 시험된 간 간세포 암종 하위유형중에서, S1 하위유형이 가장 높은 ICOS 발현을 보유하였다.
표 11: 암 하위유형 ICOS 발현
Figure pct00013
Figure pct00014
본 개시내용은 그 정수 또는 본질적 특징에서 벗어나지 않고 다른 구체적 형태로 구현될 수 있다. 따라서 상기 구현예는 본 개시내용을 제한하기보다는 모든 측면에서 예시적인 것으로 간주되어야 한다. 따라서 본 개시내용의 범위는 상기 기재에 의해서가 아니라 첨부된 청구범위에 의해 시사되며, 청구범위의 의미 및 균등부 범위 내의 모든 변화가 여기에 포괄되는 것으로 의도된다.
서열 표
Figure pct00015
Figure pct00016
Figure pct00017
Figure pct00018
Figure pct00019
Figure pct00020
Figure pct00021
<110> JOUNCE THERAPEUTICS, INC. <120> GENE SIGNATURES FOR DETERMINING ICOS EXPRESSION <130> 01140-0005-00PCT <150> US 62/245,180 <151> 2015-10-22 <150> US 62/311,486 <151> 2016-03-22 <150> US 62/359,069 <151> 2016-07-06 <150> US 62/395,970 <151> 2016-09-16 <160> 215 <170> KoPatentIn 3.0 <210> 1 <211> 199 <212> PRT <213> Homo sapiens <400> 1 Met Lys Ser Gly Leu Trp Tyr Phe Phe Leu Phe Cys Leu Arg Ile Lys 1 5 10 15 Val Leu Thr Gly Glu Ile Asn Gly Ser Ala Asn Tyr Glu Met Phe Ile 20 25 30 Phe His Asn Gly Gly Val Gln Ile Leu Cys Lys Tyr Pro Asp Ile Val 35 40 45 Gln Gln Phe Lys Met Gln Leu Leu Lys Gly Gly Gln Ile Leu Cys Asp 50 55 60 Leu Thr Lys Thr Lys Gly Ser Gly Asn Thr Val Ser Ile Lys Ser Leu 65 70 75 80 Lys Phe Cys His Ser Gln Leu Ser Asn Asn Ser Val Ser Phe Phe Leu 85 90 95 Tyr Asn Leu Asp His Ser His Ala Asn Tyr Tyr Phe Cys Asn Leu Ser 100 105 110 Ile Phe Asp Pro Pro Pro Phe Lys Val Thr Leu Thr Gly Gly Tyr Leu 115 120 125 His Ile Tyr Glu Ser Gln Leu Cys Cys Gln Leu Lys Phe Trp Leu Pro 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Ile Phe Pro Pro Ser Asp Glu Gln 115 120 125 Leu Lys Ser Gly Thr Ala Ser Val Val Cys Leu Leu Asn Asn Phe Tyr 130 135 140 Pro Arg Glu Ala Lys Val Gln Trp Lys Val Asp Asn Ala Leu Gln Ser 145 150 155 160 Gly Asn Ser Gln Glu Ser Val Thr Glu Gln Asp Ser Lys Asp Ser Thr 165 170 175 Tyr Ser Leu Ser Ser Thr Leu Thr Leu Ser Lys Ala Asp Tyr Glu Lys 180 185 190 His Lys Val Tyr Ala Cys Glu Val Thr His Gln Gly Leu Ser Ser Pro 195 200 205 Val Thr Lys Ser Phe Asn Arg Gly Glu Cys 210 215 <210> 190 <211> 200 <212> PRT <213> Rattus norvegicus <400> 190 Met Lys Pro Tyr Phe Ser Cys Val Phe Val Phe Cys Phe Leu Ile Lys 1 5 10 15 Leu Leu Thr Gly Glu Leu Asn Asp Leu Ala Asn His Arg Met Phe Ser 20 25 30 Phe His Asp Gly Gly Val Gln Ile Ser Cys Asn Tyr Pro Glu Thr Val 35 40 45 Gln Gln Leu Lys Met Gln Leu Phe Lys Asp Arg Glu Val Leu Cys Asp 50 55 60 Leu Thr Lys Thr Lys Gly Ser Gly Asn Thr Val Ser Ile Lys Asn Pro 65 70 75 80 Met Ser Cys Pro Tyr Gln Leu Ser Asn Asn Ser Val Ser Phe Phe Leu 85 90 95 Asp Asn Ala Asp Ser Ser Gln Gly Ser Tyr Phe Leu Cys Ser Leu Ser 100 105 110 Ile Phe Asp Pro Pro Pro Phe Gln Glu Lys Asn Leu Ser Gly Gly Tyr 115 120 125 Leu Leu Ile Tyr Glu Ser Gln Leu Cys Cys Gln Leu Lys Leu Trp Leu 130 135 140 Pro Val Gly Cys Ala Ala Phe Val Ala Ala Leu Leu Phe Gly Cys Ile 145 150 155 160 Phe Ile Val Trp Phe Ala Lys Lys Lys Tyr Arg Ser Ser Val His Asp 165 170 175 Pro Asn Ser Glu Tyr Met Phe Met Ala Ala Val Asn Thr Asn Lys Lys 180 185 190 Ser Arg Leu Ala Gly Met Thr Ser 195 200 <210> 191 <211> 180 <212> PRT <213> Rattus norvegicus <400> 191 Glu Leu Asn Asp Leu Ala Asn His Arg Met Phe Ser Phe His Asp Gly 1 5 10 15 Gly Val Gln Ile Ser Cys Asn Tyr Pro Glu Thr Val Gln Gln Leu Lys 20 25 30 Met Gln Leu Phe Lys Asp Arg Glu Val Leu Cys Asp Leu Thr Lys Thr 35 40 45 Lys Gly Ser Gly Asn Thr Val Ser Ile Lys Asn Pro Met Ser Cys Pro 50 55 60 Tyr Gln Leu Ser Asn Asn Ser Val Ser Phe Phe Leu Asp Asn Ala Asp 65 70 75 80 Ser Ser Gln Gly Ser Tyr Phe Leu Cys Ser Leu Ser Ile Phe Asp Pro 85 90 95 Pro Pro Phe Gln Glu Lys Asn Leu Ser Gly Gly Tyr Leu Leu Ile Tyr 100 105 110 Glu Ser Gln Leu Cys Cys Gln Leu Lys Leu Trp Leu Pro Val Gly Cys 115 120 125 Ala Ala Phe Val Ala Ala Leu Leu Phe Gly Cys Ile Phe Ile Val Trp 130 135 140 Phe Ala Lys Lys Lys Tyr Arg Ser Ser Val His Asp Pro Asn Ser Glu 145 150 155 160 Tyr Met Phe Met Ala Ala Val Asn Thr Asn Lys Lys Ser Arg Leu Ala 165 170 175 Gly Met Thr Ser 180 <210> 192 <211> 120 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 192 Glu Val Gln Leu Gln Gln Ser Gly Ala Glu Leu Val Arg Pro Gly Ala 1 5 10 15 Val Val Lys Leu Ser Cys Lys Ala Ser Gly Phe Asp Ile Lys Asp Tyr 20 25 30 Tyr Met His Trp Val Gln Gln Arg Pro Glu Gln Gly Leu Glu Trp Ile 35 40 45 Gly Trp Ile Asp Pro Glu Asn Gly Asn Ala Val Tyr Asp Pro Gln Phe 50 55 60 Gln Gly Lys Ala Ser Ile Thr Ala Asp Thr Ser Ser Asn Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Leu Gln Leu Ser Ser Leu Thr Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Ala Ser Asp Tyr Tyr Gly Ser Lys Gly Tyr Leu Asp Val Trp Gly Ala 100 105 110 Gly Thr Thr Val Thr Val Ser Ser 115 120 <210> 193 <211> 106 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 193 Gln Ile Val Leu Thr Gln Ser Pro Thr Ile Met Ser Ala Ser Pro Gly 1 5 10 15 Glu Lys Val Thr Ile Thr Cys Ser Ala Ser Ser Ser Val Ser Tyr Met 20 25 30 His Trp Phe Gln Gln Lys Pro Gly Thr Ser Pro Lys Leu Trp Ile Tyr 35 40 45 Ser Thr Ser Asn Leu Ala Ser Gly Val Pro Ala Arg Phe Gly Gly Ser 50 55 60 Arg Ser Gly Thr Ser Tyr Ser Leu Thr Ile Ser Arg Met Glu Ala Glu 65 70 75 80 Asp Ala Ala Thr Tyr Tyr Cys Gln Gln Arg Ser Ser Tyr Pro Phe Thr 85 90 95 Phe Gly Ser Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys 100 105 <210> 194 <211> 5 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 194 Asp Tyr Tyr Met His 1 5 <210> 195 <211> 17 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 195 Trp Ile Asp Pro Glu Asn Gly Asn Ala Val Tyr Asp Pro Gln Phe Gln 1 5 10 15 Gly <210> 196 <211> 11 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 196 Asp Tyr Tyr Gly Ser Lys Gly Tyr Leu Asp Val 1 5 10 <210> 197 <211> 10 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 197 Ser Ala Ser Ser Ser Val Ser Tyr Met His 1 5 10 <210> 198 <211> 7 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 198 Ser Thr Ser Asn Leu Ala Ser 1 5 <210> 199 <211> 9 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 199 Gln Gln Arg Ser Ser Tyr Pro Phe Thr 1 5 <210> 200 <211> 115 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 200 Glu Val Gln Leu Gln Gln Ser Gly Ala Glu Leu Val Arg Ser Gly Ala 1 5 10 15 Ser Val Lys Leu Ser Cys Thr Thr Ser Ala Phe Asn Ile Ile Asp Tyr 20 25 30 Tyr Met His Trp Val Ile Gln Arg Pro Glu Gln Gly Leu Glu Trp Ile 35 40 45 Ala Trp Ile Asp Pro Glu Asn Gly Asp Pro Glu Tyr Ala Pro Lys Phe 50 55 60 Gln Asp Lys Ala Thr Met Thr Thr Asp Thr Ser Ser Asn Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Leu Gln Leu Ser Ser Leu Thr Ser Glu Asp Thr Ala Val Tyr Tyr Cys 85 90 95 Thr Ala Trp Arg Gly Phe Ala Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr 100 105 110 Val Ser Ala 115 <210> 201 <211> 112 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 201 Asp Val Val Met Thr Gln Thr Pro Leu Ser Leu Pro Val Ser Leu Gly 1 5 10 15 Asp Gln Ala Ser Ile Ser Cys Arg Ser Ser Gln Ser Leu Val His Ser 20 25 30 Asn Gly Asn Thr Tyr Leu His Trp Tyr Leu Gln Lys Pro Gly Gln Ser 35 40 45 Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Lys Val Ser Asn Arg Phe Ser Gly Val Pro 50 55 60 Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Lys Ile 65 70 75 80 Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Leu Gly Val Tyr Phe Cys Ser Gln Ser 85 90 95 Ile His Val Pro Pro Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys 100 105 110 <210> 202 <211> 5 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 202 Asp Tyr Tyr Met His 1 5 <210> 203 <211> 17 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 203 Trp Ile Asp Pro Glu Asn Gly Asp Pro Glu Tyr Ala Pro Lys Phe Gln 1 5 10 15 Asp <210> 204 <211> 6 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 204 Trp Arg Gly Phe Ala Tyr 1 5 <210> 205 <211> 16 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 205 Arg Ser Ser Gln Ser Leu Val His Ser Asn Gly Asn Thr Tyr Leu His 1 5 10 15 <210> 206 <211> 7 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 206 Lys Val Ser Asn Arg Phe Ser 1 5 <210> 207 <211> 9 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 207 Ser Gln Ser Ile His Val Pro Pro Thr 1 5 <210> 208 <211> 115 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 208 Glu Val Gln Leu Gln Gln Ser Gly Ala Glu Leu Val Arg Ser Gly Ala 1 5 10 15 Ser Val Lys Leu Ser Cys Thr Ala Ser Gly Phe Asn Ile Arg Asp Tyr 20 25 30 Tyr Met His Trp Val Arg Gln Arg Pro Glu Gln Gly Leu Glu Trp Ile 35 40 45 Gly Trp Ile Asp Pro Glu Asn Gly Asp Ile Asp Tyr Ala Pro Lys Phe 50 55 60 Gln Asp Lys Ala Thr Met Thr Ala Asp Thr Ser Ser Asn Thr Ala Tyr 65 70 75 80 Leu Gln Leu Ser Ser Leu Thr Ser Glu Asp Ser Ala Val Tyr Tyr Phe 85 90 95 Thr Ala Trp Lys Gly Leu Ala Tyr Trp Gly Gln Gly Thr Leu Val Thr 100 105 110 Val Ser Ala 115 <210> 209 <211> 112 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 209 Asp Val Val Met Thr Gln Thr Pro Leu Ser Leu Pro Val Ser Leu Gly 1 5 10 15 Asp Gln Ala Ser Met Ser Cys Arg Ser Ser Gln Ser Leu Val His Ser 20 25 30 Asn Gly Asn Thr Tyr Leu Gln Trp Tyr Leu Gln Lys Pro Gly Gln Ser 35 40 45 Pro Lys Leu Leu Ile Tyr Lys Val Phe Asn Arg Phe Ser Gly Val Pro 50 55 60 Asp Arg Phe Ser Gly Ser Gly Ser Gly Thr Asp Phe Thr Leu Lys Ile 65 70 75 80 Ser Arg Val Glu Ala Glu Asp Leu Gly Val Tyr Phe Cys Ser Gln Ser 85 90 95 Thr His Val Pro Pro Thr Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Glu Ile Lys 100 105 110 <210> 210 <211> 5 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 210 Asp Tyr Tyr Met His 1 5 <210> 211 <211> 17 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 211 Trp Ile Asp Pro Glu Asn Gly Asp Ile Asp Tyr Ala Pro Lys Phe Gln 1 5 10 15 Asp <210> 212 <211> 6 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 212 Trp Lys Gly Leu Ala Tyr 1 5 <210> 213 <211> 16 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 213 Arg Ser Ser Gln Ser Leu Val His Ser Asn Gly Asn Thr Tyr Leu Gln 1 5 10 15 <210> 214 <211> 7 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 214 Lys Val Phe Asn Arg Phe Ser 1 5 <210> 215 <211> 9 <212> PRT <213> Mus musculus <400> 215 Ser Gln Ser Thr His Val Pro Pro Thr 1 5

Claims (84)

  1. 샘플 내 ICOS 발현의 수준을 계측하는 방법으로서,
    표 6 중 mRNA로부터 선택된 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 mRNA의 수준을 검출하는 단계를 포함하는, 방법.
  2. 암이 항-ICOS 항체 요법에 반응할 것인지 여부를 예측하는 방법으로서,
    암을 갖는 대상체 유래의 샘플 내 표 6 중 mRNA로부터 선택된 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 mRNA의 수준을 검출하는 단계를 포함하는, 방법.
  3. 청구항 2에 있어서, 상기 mRNA의 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 수준이 역치 수준을 초과할 경우, 상기 암은 항-ICOS 항체 요법에 반응할 것으로 예측되는, 방법.
  4. 항-ICOS 항체로의 치료로부터 이점을 얻을 공산이 있는, 암을 갖는 대상체를 식별하는 방법으로서,
    상기 대상체 유래의 샘플 내 표 6 중 mRNA로부터 선택된 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 mRNA의 수준을 검출하는 단계를 포함하는, 방법.
  5. 청구항 4에 있어서, 상기 mRNA의 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 수준이 역치 수준을 초과할 경우, 상기 대상체는 항-ICOS 항체로의 치료로부터 이점을 얻을 공산이 있는 것으로 식별되는, 방법.
  6. 암을 갖는 대상체에 대해 암 요법을 선택하는 방법으로서,
    상기 대상체 유래의 샘플 내 표 6 중 mRNA로부터 선택된 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 mRNA의 수준을 검출하는 단계, 및
    상기 mRNA의 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 mRNA의 수준이 역치 수준을 초과할 경우, 상기 요법에 대해 항-ICOS 항체를 선택하는 단계를 포함하는, 방법.
  7. 청구항 2 내지 6 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체에 유효량의 항-ICOS 항체를 투여하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
  8. 대상체에서 암을 치료하는 방법으로서,
    a) 대상체 유래의 샘플 내 표 6 중 mRNA로부터 선택된, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 mRNA의 수준을 검출하는 단계; 및
    b) 상기 mRNA의 적어도 1, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 수준이 역치 수준을 초과할 경우, 상기 대상체를 유효량의 항-ICOS 항체로 치료하는 단계
    를 포함하는, 방법.
  9. 청구항 3, 5, 6, 및 8 중 어느 한 항에 있어서, 상기 역치 수준은 참조 mRNA와 비교하여 계측되는, 방법.
  10. 청구항 9에 있어서, 상기 참조 mRNA가 하우스키핑 mRNA인, 방법.
  11. 청구항 1 내지 10 중 어느 한 항에 있어서,
    CCR5, CD2, CD96, CTLA4, CXCR6, FOXP3, ICOS, ITK, P2RY10, SIRPG, 및 TIGIT로부터 선택된 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 mRNA의 수준을 검출하는 단계를 포함하는, 방법.
  12. 청구항 1 내지 11 중 어느 한 항에 있어서, 상기 검출은 증폭 및 하이브리드화로부터 선택된 적어도 하나의 방법을 포함하는, 방법.
  13. 청구항 12에 있어서, 정량적 PCR을 포함하는, 방법.
  14. 청구항 12에 있어서, 어레이 상에서의 하이브리드화를 포함하는, 방법.
  15. 청구항 1 내지 14 중 어느 한 항에 있어서, 상기 샘플은 암 샘플인, 방법.
  16. 청구항 2 내지 15 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체는 흑색종, 비-소세포 폐암 (NSCLC), 신장 세포 암종 (RCC), 위암, 방광암, 자궁내막암, 미만성 대 B-세포 림프종 (DLBCL), 호지킨 림프종, 난소암, 두경부 편평상피 세포 암 (HNSCC), 및 삼중 음성 유방암 (TNBC)으로부터 선택되는 암을 갖는, 방법.
  17. 청구항 16에 있어서, 상기 대상체는 흑색종, 위암, 자궁내막암, 두경부 편평상피 세포 암 (HNSCC), 비-소세포 폐암 (NSCLC), 및 삼중 음성 유방암 (TNBC)으로부터 선택되는 암을 갖는, 방법.
  18. 청구항 2 내지 17 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-ICOS 항체는 인간 ICOS에 결합하고, 그리고 상기 항체는 또한 마우스 ICOS 및/또는 랫트 ICOS에 결합하는, 방법.
  19. 청구항 18에 있어서, 상기 항체는 5 nM 미만의 친화도 (KD)로 인간 ICOS에 결합하는, 방법.
  20. 청구항 18 또는 19에 있어서, 상기 항체는 10 nM 미만의 친화도 (KD)로 랫트 ICOS에 결합하는, 방법.
  21. 청구항 19 또는 20에 있어서, 친화도는 생체층 간섭법(biolayer interferometry)을 사용하여 계측되는, 방법.
  22. 청구항 18 내지 21 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체는 인간 ICOS, 마우스 ICOS, 및 랫트 ICOS에 결합하는, 방법.
  23. 청구항 18 내지 22 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체는 시노몰구스 원숭이 ICOS에 결합하는, 방법.
  24. 청구항 2 내지 17 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-ICOS 항체는 하기를 포함하는, 방법:
    i) (a) 서열 번호: 12의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 13의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 14의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 15의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 16의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 17의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    ii) (a) 서열 번호: 42의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 43의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 44의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 45의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 46의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 47의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    iii) (a) 서열 번호: 62의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 63의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 64의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 65의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 66의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 67의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    iv) (a) 서열 번호: 22, 62, 72, 82, 92, 102, 및 112로부터 선택되는 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 23, 63, 73, 83, 93, 103, 및 113로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 24, 64, 74, 84, 94, 104, 및 114로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 25, 65, 75, 85, 95, 105, 및 115로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 26, 66, 76, 86, 96, 106, 및 116으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 27, 67, 77, 87, 97, 107, 및 117로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    v) (a) 서열 번호: 32, 162, 172, 및 182로부터 선택되는 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 33, 163, 173, 및 183으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 34, 164, 174, 및 184로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 35, 165, 175, 및 185로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 36, 166, 176, 및 186으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 37, 167, 177, 및 187로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    vi) (a) 서열 번호: 52, 122, 132, 142, 및 152로부터 선택되는 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 53, 123, 133, 143, 및 153으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 54, 124, 134, 144, 및 154로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 55, 125, 135, 145, 및 155로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 56, 126, 136, 146, 및 156으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 57, 127, 137, 147, 및 157로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    vii) (a) 서열 번호: 22의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 23의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 24의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 25의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 26의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 27의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    viii) (a) 서열 번호: 32의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 33의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 34의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 35의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 36의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 37의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    ix) (a) 서열 번호: 52의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 53의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 54의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 55의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 56의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 57의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    x) (a) 서열 번호: 72의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 73의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 74의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 75의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 76의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 77의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    xi) (a) 서열 번호: 82의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 83의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 84의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 86의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 87의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    xii) (a) 서열 번호: 92의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 93의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 94의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 95의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 96의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 97의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    xiii) (a) 서열 번호: 102의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 103의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 104의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 105의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 106의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 107의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    xiv) (a) 서열 번호: 112의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 113의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 114의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 115의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 116의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 117의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    xv) (a) 서열 번호: 122의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 123의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 124의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 125의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 126의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 127의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    xvi) (a) 서열 번호: 132의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 133의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 134의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 135의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 136의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 137의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는 (a) 서열 번호: 142의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 143의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 144의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 145의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 146의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 147의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    xvii) (a) 서열 번호: 152의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 153의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 154의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 155의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 156의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 157의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    xviii) (a) 서열 번호: 162의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 163의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 164의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 165의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 166의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 167의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    xix) (a) 서열 번호: 172의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 173의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 174의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 175의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 176의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 177의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    xx) (a) 서열 번호: 182의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 183의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 184의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 185의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 186의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 187의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
  25. 청구항 24에 있어서, 상기 항-ICOS 항체는 중쇄 가변 영역 (VH) 및 경쇄 가변 영역 (VL)을 포함하고, 여기서 하기인, 방법:
    i) VH 는 서열 번호: 10의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 11의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
    ii) VH 는 서열 번호: 20의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 21의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
    iii) VH 는 서열 번호: 30의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 31의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
    iv) VH 는 서열 번호: 40의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 41의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
    v) VH 는 서열 번호: 50의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 51의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
    vi) VH 는 서열 번호: 60의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 61의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
    vii) VH 는 서열 번호: 70의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 71의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
    viii) VH 는 서열 번호: 80의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 81의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
    ix) VH 는 서열 번호: 90의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 91의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
    x) VH 는 서열 번호: 100의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 101의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
    xi) VH 는 서열 번호: 110의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 111의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
    xii) VH 는 서열 번호: 120의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 121의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
    xiii) VH 는 서열 번호: 130의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 131의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
    xiv) VH 는 서열 번호: 140의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 141의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
    xv) VH 는 서열 번호: 150의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 151의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
    xvi) VH 는 서열 번호: 160의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 161의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
    xvii) VH 는 서열 번호: 170의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 171의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
    xviii) VH 는 서열 번호: 180의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 181의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하다.
  26. 청구항 24 또는 25에 있어서, 상기 항-ICOS 항체는 중쇄 가변 영역 (VH) 및 경쇄 가변 영역 (VL)을 포함하고, 여기서 하기인, 방법:
    i) VH 는 서열 번호: 10의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 11의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
    ii) VH 는 서열 번호: 20의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 21의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
    iii) VH 는 서열 번호: 30의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 31의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
    iv) VH 는 서열 번호: 40의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 41의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
    v) VH 는 서열 번호: 50의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 51의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
    vi) VH 는 서열 번호: 60의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 61의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
    vii) VH 는 서열 번호: 70의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 71의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
    viii) VH 는 서열 번호: 80의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 81의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
    ix) VH 는 서열 번호: 90의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 91의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
    x) VH 는 서열 번호: 100의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 101의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
    xi) VH 는 서열 번호: 110의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 111의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
    xii) VH 는 서열 번호: 120의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 121의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
    xiii) VH 는 서열 번호: 130의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 131의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
    xiv) VH 는 서열 번호: 140의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 141의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
    xv) VH 는 서열 번호: 150의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 151의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
    xvi) VH 는 서열 번호: 160의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 161의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
    xvii) VH 는 서열 번호: 170의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 171의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
    xviii) VH 는 서열 번호: 180의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 181의 아미노산 서열을 포함한다.
  27. 청구항 2 내지 17 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-ICOS 항체는 하기를 포함하는, 방법:
    i) (a) 서열 번호: 194의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 195의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 196의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 197의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 198의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 199의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    ii) (a) 서열 번호: 202의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 203의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 204의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 205의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 206의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 207의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    iii) (a) 서열 번호: 210의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 211의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 212의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 213의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 214의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 215의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
  28. 청구항 27에 있어서, 상기 항-ICOS 항체는 중쇄 가변 영역 (VH) 및 경쇄 가변 영역 (VL)을 포함하고, 여기서 하기인, 방법:
    i) VH 는 서열 번호: 192의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 193의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
    ii) VH 는 서열 번호: 200의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 201의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
    iii) VH 는 서열 번호: 208의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 209의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하다.
  29. 청구항 27 또는 28에 있어서, 상기 항-ICOS 항체는 중쇄 가변 영역 (VH) 및 경쇄 가변 영역 (VL)을 포함하고, 여기서 하기인, 방법:
    i) VH 는 서열 번호: 192의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 193의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
    ii) VH 는 서열 번호: 200의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 201의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
    iii) VH 는 서열 번호: 208의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 209의 아미노산 서열을 포함한다.
  30. 청구항 2 내지 29 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-ICOS 항체가 단클론성 항체인, 방법.
  31. 청구항 2 내지 30 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-ICOS 항체는 키메라 항체 또는 인간화 항체인, 방법.
  32. 청구항 2 내지 31 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-ICOS 항체는 Fab, Fab', Fv, scFv 또는 (Fab')2 단편으로부터 선택된 항체 단편인, 방법.
  33. 청구항 2 내지 31 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-ICOS 항체가 전장 항체인, 방법.
  34. 청구항 2 내지 31 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-ICOS 항체는 하기를 포함하는, 방법: 서열 번호: 188의 아미노산 서열을 포함하는 중쇄, 및 서열 번호: 189의 아미노산 서열을 포함하는 경쇄.
  35. 청구항 2 내지 34 중 어느 한 항에 있어서, 포유동물에 대한 상기 항-ICOS 항체의 투여는 상기 포유동물에서 T 효과기 (Teff) 세포에서의 증가를 유발하는, 방법.
  36. 청구항 2 내지 35 중 어느 한 항에 있어서, 포유동물에 대한 상기 항체의 투여는 상기 포유동물에서 T 효과기 (Teff) 세포의 활성화를 유발하는, 방법.
  37. 청구항 35 또는 36에 있어서, 상기 Teff 세포는 CD4+ FoxP3- T 세포인, 방법.
  38. 청구항 35 또는 36에 있어서, 상기 Teff 세포는 CD4+ FoxP3- T 세포 및 CD8+ T 세포인, 방법.
  39. 청구항 35 또는 36에 있어서, 상기 Teff 세포는 CD8+ T 세포인, 방법.
  40. 청구항 2 내지 39 중 어느 한 항에 있어서, 포유동물에 대한 상기 항체의 투여는 상기 포유동물에서 T 조절 (Treg) 세포에서의 감소를 유발하는, 방법.
  41. 청구항 40에 있어서, 상기 Treg 세포는 CD4+ FoxP3+ T 세포인, 방법.
  42. 청구항 1 내지 41 중 어느 한 항에 있어서, 상기 대상체가 인간인, 방법.
  43. 청구항 2 내지 42 중 어느 한 항에 있어서, 항-ICOS 항체 및 적어도 하나의 추가 치료제를 투여하는 단계를 포함하는, 방법.
  44. 청구항 43에 있어서, 상기 추가의 치료제는 상기 항-ICOS 항체와 동시에 또는 순차적으로 투여되는, 방법.
  45. 청구항 43 또는 44에 있어서, 상기 추가의 치료제는 항-PD-1 항체 및 항-PD-L1 항체로부터 선택되는, 방법.
  46. 청구항 43 또는 44에 있어서, 상기 추가 치료제는 암 백신인, 방법.
  47. 청구항 46에 있어서, 상기 암 백신은 DNA 백신, 가공된 바이러스 백신, 가공된 종양 세포 백신, 및 신생항원을 사용하여 개발된 암 백신으로부터 선택되는, 방법.
  48. 샘플 내 ICOS 발현의 수준을 계측하기 위한, 표 6 중 mRNA로부터 선택된, 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 mRNA의 용도.
  49. 청구항 48에 있어서, 상기 샘플이 암 샘플인, 용도.
  50. 암이 항-ICOS 항체 요법에 반응할 것인지 여부를 예측하기 위한, 표 6 중 mRNA로부터 선택된 적어도 2개, 적어도 3개, 적어도 4개, 적어도 5개, 적어도 6개, 적어도 7개, 적어도 8개, 적어도 9개, 또는 적어도 10개의 mRNA의 용도.
  51. 항-ICOS 항체로의 치료로부터 이점을 얻을 공산이 있는, 암을 갖는 대상체를 식별하기 위한, 표 6 중 mRNA로부터 선택된 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 mRNA의 용도.
  52. 암을 갖는 대상체에 대하여 암 요법을 선택하기 위한, 표 6 중 mRNA로부터 선택된 적어도 2, 적어도 3, 적어도 4, 적어도 5, 적어도 6, 적어도 7, 적어도 8, 적어도 9, 또는 적어도 10개의 mRNA의 용도로서, 상기 암 요법은 항-ICOS 항체를 포함하는, 용도.
  53. 청구항 49 내지 52 중 어느 한 항에 있어서, 상기 암은 흑색종, 비-소세포 폐암 (NSCLC), 신장 세포 암종 (RCC), 위암, 방광암, 자궁내막암, 미만성 대 B-세포 림프종 (DLBCL), 호지킨 림프종, 난소암, 두경부 편평상피 세포 암 (HNSCC), 및 삼중 음성 유방암 (TNBC)으로부터 선택되는, 용도.
  54. 청구항 50에 있어서, 상기 암은 흑색종, 위암, 자궁내막암, 두경부 편평상피 세포 암 (HNSCC), 비-소세포 폐암 (NSCLC), 및 삼중 음성 유방암 (TNBC)으로부터 선택되는, 용도.
  55. 청구항 2 내지 47 중 어느 한 항에 있어서, 또는 청구항 50 내지 54 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항-ICOS 항체는 T 세포 상의 NKp46 (NKp46-L)에 대한 리간드의 수준을 증가시키는, 방법 또는 용도.
  56. 청구항 55에 있어서, T 세포 상의 상기 NKp46-L의 증가된 수준은 유동 세포측정 검정에서 가용성 NKp46 세포외 도메인을 사용하여 계측되는, 방법 또는 용도.
  57. 청구항 55 또는 56에 있어서, 상기 항체는, 상기 항체가 Teff 세포 상에 NKp46-L의 수준을 증가시키는 것보다 Treg 세포 상에 NKp46-L의 수준을 더욱 증가시키는, 방법 또는 용도.
  58. 청구항 55 내지 57 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체는 NK 세포 상에서 CD16 쉐딩(shedding)을 증가시키는, 방법 또는 용도.
  59. 치료 효능제 항-ICOS 항체로의 치료에 대해 환자를 선택하는 방법으로서,
    시험 효능제 항-ICOS 항체와 상기 환자 유래의 T 세포를 접촉시키는 단계, 및
    NKp46 리간드 (NKp46-L)가 상기 T 세포 상에서 유도되는지 여부를 계측하는 단계를 포함하는, 방법.
  60. 환자가 치료 효능제 항-ICOS 항체로의 치료에 대해 반응할 것인지 여부를 계측하는 방법으로서,
    시험 효능제 항-ICOS 항체와 상기 환자 유래의 T 세포를 접촉시키는 단계, 및
    NKp46 리간드 (NKp46-L)가 상기 T 세포 상에서 유도되는지 여부를 계측하는 단계를 포함하는, 방법.
  61. 청구항 59 또는 60에 있어서, NKp46-L이 상기 T 세포 상에서 유도되는 경우, 상기 환자는 상기 치료적 항-ICOS 효능제 항체로의 치료에 대해 선택되는, 방법.
  62. 청구항 59 내지 61 중 어느 한 항에 있어서, 상기 T 세포는 Treg 세포인, 방법.
  63. 청구항 59 내지 62 중 어느 한 항에 있어서, T 세포 상에서의 상기 NKp46-L의 유도는, 유동 세포측정 검정에서 가용성 NKp46 세포외 도메인을 사용하여 계측되는, 방법.
  64. 청구항 59 내지 63 중 어느 한 항에 있어서, 상기 T 세포는 상기 환자 유래의 혈액 샘플 내에 포함되는, 방법.
  65. 청구항 64에 있어서, 상기 T 세포는 상기 환자 유래의 말초 혈액 단핵구 내에 포함되는, 방법.
  66. 청구항 59 내지 65 중 어느 한 항에 있어서, 상기 치료 효능제 항-ICOS 항체 및 상기 시험 효능제 항-ICOS 항체는 상동한 것인, 방법.
  67. 청구항 59 내지 65 중 어느 한 항에 있어서, 상기 치료 효능제 항-ICOS 항체 및 상기 시험 효능제 항-ICOS 항체는 상이한 것인, 방법.
  68. 청구항 59 내지 67 중 어느 한 항에 있어서, 상기 치료 효능제 항-ICOS 항체 및/또는 상기 시험 효능제 항-ICOS 항체는 하기를 포함하는 항-ICOS 항체로부터 독립적으로 선택되는, 방법:
    i) (a) 서열 번호: 12의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 13의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 14의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 15의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 16의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 17의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    ii) (a) 서열 번호: 42의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 43의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 44의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 45의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 46의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 47의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    iii) (a) 서열 번호: 62의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 63의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 64의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 65의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 66의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 67의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    iv) (a) 서열 번호: 22, 62, 72, 82, 92, 102, 및 112로부터 선택되는 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 23, 63, 73, 83, 93, 103, 및 113로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 24, 64, 74, 84, 94, 104, 및 114로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 25, 65, 75, 85, 95, 105, 및 115로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 26, 66, 76, 86, 96, 106, 및 116로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 27, 67, 77, 87, 97, 107, 및 117로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    v) (a) 서열 번호: 32, 162, 172, 및 182로부터 선택되는 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 33, 163, 173, 및 183으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 34, 164, 174, 및 184로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 35, 165, 175, 및 185로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 36, 166, 176, 및 186으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 37, 167, 177, 및 187로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    vi) (a) 서열 번호: 52, 122, 132, 142, 및 152로부터 선택되는 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 53, 123, 133, 143, 및 153으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 54, 124, 134, 144, 및 154로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 55, 125, 135, 145, 및 155로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 56, 126, 136, 146, 및 156으로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 57, 127, 137, 147, 및 157로부터 선택된 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    vii) (a) 서열 번호: 22의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 23의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 24의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 25의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 26의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 27의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    viii) (a) 서열 번호: 32의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 33의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 34의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 35의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 36의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 37의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    ix) (a) 서열 번호: 52의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 53의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 54의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 55의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 56의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 57의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    x) (a) 서열 번호: 72의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 73의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 74의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 75의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 76의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 77의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    xi) (a) 서열 번호: 82의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 83의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 84의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 85의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 86의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 87의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    xii) (a) 서열 번호: 92의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 93의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 94의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 95의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 96의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 97의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    xiii) (a) 서열 번호: 102의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 103의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 104의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 105의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 106의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 107의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    xiv) (a) 서열 번호: 112의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 113의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 114의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 115의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 116의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 117의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    xv) (a) 서열 번호: 122의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 123의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 124의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 125의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 126의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 127의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    xvi) (a) 서열 번호: 132의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 133의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 134의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 135의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 136의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 137의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는 (a) 서열 번호: 142의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 143의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 144의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 145의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 146의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 147의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    xvii) (a) 서열 번호: 152의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 153의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 154의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 155의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 156의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 157의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    xviii) (a) 서열 번호: 162의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 163의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 164의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 165의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 166의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 167의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    xix) (a) 서열 번호: 172의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 173의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 174의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 175의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 176의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 177의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    xx) (a) 서열 번호: 182의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 183의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 184의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 185의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 186의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 187의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
  69. 청구항 59 내지 68 중 어느 한 항에 있어서, 상기 치료 효능제 항-ICOS 항체 및/또는 상기 시험 효능제 항-ICOS 항체는 하기를 포함하는 항-ICOS 항체로부터 독립적으로 선택되는, 방법:
    i) (a) 서열 번호: 194의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 195의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 196의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 197의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 198의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 199의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    ii) (a) 서열 번호: 202의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 203의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 204의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 205의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 206의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 207의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    iii) (a) 서열 번호: 210의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 211의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 212의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 213의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 214의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 215의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
  70. 하기를 포함하는, 단리된 항체:
    i) (a) 서열 번호: 194의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 195의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 196의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 197의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 198의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 199의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    ii) (a) 서열 번호: 202의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 203의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 204의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 205의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 206의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 207의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3; 또는
    iii) (a) 서열 번호: 210의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR1; (b) 서열 번호: 211의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR2; (c) 서열 번호: 212의 아미노산 서열을 포함하는 HCDR3; (d) 서열 번호: 213의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR1; (e) 서열 번호: 214의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR2; 및 (f) 서열 번호: 215의 아미노산 서열을 포함하는 LCDR3.
  71. 청구항 70에 있어서, 상기 항체는 중쇄 가변 영역 (VH) 및 경쇄 가변 영역 (VL)을 포함하고, 여기서 하기인, 단리된 항체:
    i) VH 는 서열 번호: 192의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 193의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
    ii) VH 는 서열 번호: 200의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 201의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며; 또는
    iii) VH 는 서열 번호: 208의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 209의 아미노산 서열과 적어도 90%, 91%, 92%, 93%, 94%, 95%, 96%, 97%, 98%, 99%, 또는 100% 동일하다.
  72. 청구항 70 또는 71에 있어서, 상기 항체는 중쇄 가변 영역 (VH) 및 경쇄 가변 영역 (VL)을 포함하고, 여기서 하기인, 단리된 항체:
    i) VH 는 서열 번호: 192의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 193의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
    ii) VH 는 서열 번호: 200의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 201의 아미노산 서열을 포함하며; 또는
    iii) VH 는 서열 번호: 208의 아미노산 서열을 포함하며, 그리고 VL 은 서열 번호: 209의 아미노산 서열을 포함한다.
  73. 청구항 70 내지 72 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체가 단클론성 항체인, 방법.
  74. 청구항 70 내지 73 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체는 키메라 항체 또는 인간화 항체인, 방법.
  75. 청구항 70 내지 74 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체는 Fab, Fab', Fv, scFv 또는 (Fab')2 단편으로부터 선택된 항체 단편인, 방법.
  76. 청구항 70 내지 75 중 어느 한 항에 있어서, 상기 항체가 전장 항체인, 방법.
  77. 청구항 70 내지 76 중 어느 한 항의 항체 및 약제학적으로 허용가능한 담체를 포함하는, 조성물.
  78. ICOS를 검출하거나, ICOS를 억제하거나, ICOS의 발현 수준을 계측하거나, 암이 항-ICOS 요법에 반응할 것인지 여부를 예측하거나, 항-ICOS 항체로의 치료로부터 이점을 얻을 공산이 있는, 암을 갖는 대상체를 식별하거나, 암을 갖는 대상체에 대해 암 요법을 선택하거나, 또는 암을 치료하기 위한, 청구항 70 내지 76 중 어느 한 항의 항체의 용도.
  79. ICOS를 억제하거나 암을 치료하기 위한 약제의 제조에서의, 청구항 70 내지 76 중 어느 한 항의 항체의 용도.
  80. ICOS를 검출하거나, ICOS의 발현 수준을 계측하거나, 암이 항-ICOS 요법에 반응할 것인지 여부를 예측하거나, 항-ICOS 항체로의 치료로부터 이점을 얻을 공산이 있는, 암을 갖는 대상체를 식별하거나, 또는 암을 갖는 대상체에 대하여 암 요법을 선택하기 위한 조성물의 제조에 있어서의, 청구항 70 내지 76 중 어느 한 항의 항체의 용도.
  81. 청구항 70 내지 76 중 어느 한 항의 항체를 암호화하는, 핵산.
  82. 청구항 81의 핵산을 포함하는, 숙주 세포.
  83. 청구항 70 내지 76 중 어느 한 항의 항체를 생산하는 방법으로서,
    상기 항체가 발현되는 조건 하에서 청구항 82의 숙주 세포를 배양하는 단계를 포함하는, 방법.
  84. 청구항 83에 있어서, 상기 항체를 정제하는 단계를 추가로 포함하는, 방법.
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