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JPWO2020172332A5 - - Google Patents

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JPWO2020172332A5
JPWO2020172332A5 JP2021548696A JP2021548696A JPWO2020172332A5 JP WO2020172332 A5 JPWO2020172332 A5 JP WO2020172332A5 JP 2021548696 A JP2021548696 A JP 2021548696A JP 2021548696 A JP2021548696 A JP 2021548696A JP WO2020172332 A5 JPWO2020172332 A5 JP WO2020172332A5
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上記の詳細な説明に照らして、こうしたおよび他の変化を実施形態になすことができる。一般に、以下の特許請求の範囲では、使用される用語は、特許請求の範囲を、明細書および特許請求の範囲に開示されている特定の実施形態に限定するものとは解釈されるべきではなく、そのような特許請求の範囲の権利内にある均等物の完全な範囲と共にすべての考え得る実施形態を含むと解釈されるべきである。したがって、特許請求の範囲は本開示により限定されない。
特定の実施形態では、例えば、以下が提供される:
(項目1)
T細胞受容体(TCR)α鎖可変(Vα)ドメインおよびTCRβ鎖可変(Vβ)ドメインを含む結合タンパク質であって、前記結合タンパク質が、ペプチド:HLA複合体に結合することが可能であり、前記ペプチドが、アミノ酸配列KLVVVGAVGV(配列番号198)を含むかまたはそれからなり、前記HLAが、HLA-A 02、必要に応じてHLA-A 02:01を含む、結合タンパク質。
(項目2)
ヒトT細胞によって異種性発現され得る、項目1に記載の結合タンパク質。
(項目3)
前記Vαドメインおよび/または前記Vβドメインが、各々独立して、ヒトであるか、ヒト化されているか、またはキメラであり、好ましくは各々ヒトである、項目1または2に記載の結合タンパク質。
(項目4)
前記結合タンパク質がヒトT細胞によって発現される場合、前記ヒトT細胞が、配列番号198に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるペプチドを発現するHLA-A 02 腫瘍細胞を特異的に殺滅することが可能である、項目1~3のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目5)
前記結合タンパク質がヒトT細胞によって発現される場合、前記ヒトT細胞が、配列番号198に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるペプチドを発現するHLA-A 02 腫瘍細胞の存在下にある場合、必要に応じて、外因性IFN-γのさらなる存在下にある場合、CD137の上昇した発現を有し、前記CD137発現が、
(i)前記結合タンパク質を発現しない参照ヒトT細胞によるCD137発現であって、前記参照ヒトT細胞が、前記腫瘍細胞の存在下にある、CD137発現;ならびに/または
(ii)前記腫瘍細胞の存在下にない場合および/もしくはペプチド:HLA複合体を発現する抗原提示細胞の存在下にない場合の、前記結合タンパク質を発現する前記ヒトT細胞によるCD137発現であって、前記ペプチドが、配列番号198に示されているアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなり、前記HLAが、必要に応じてHLA-A 02:01である、CD137発現
と比較して上昇する、項目1~4のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目6)
前記結合タンパク質がヒトT細胞によって発現される場合、前記ヒトT細胞が、配列番号198に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるペプチドの存在下にある場合にIFN-γを産生し、ここで、前記ペプチドは、少なくとも約10 -10 M、少なくとも約10 -9 M、および/または少なくとも約10 -8 Mの濃度で存在する、項目1~5のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目7)
前記結合タンパク質を発現する複数のヒトT細胞のうち、前記複数のヒトT細胞の少なくとも約10%、少なくとも約15%、少なくとも約20%、または少なくとも約25%が、10 -9 Mのペプチドの存在下にある場合にIFN-γを産生する、項目1~6のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目8)
前記結合タンパク質を発現する複数のヒトT細胞のうち、前記複数のヒトT細胞の少なくとも約25%、少なくとも約30%、または少なくとも約35%が、10 -8 Mのペプチドの存在下にある場合にIFN-γを産生する、項目6または7に記載の結合タンパク質。
(項目9)
前記ヒトT細胞または前記複数のヒトT細胞が、0.1ng/mLまたはそれよりも多くのアミノ酸配列KLVVVGAVGV(配列番号198)を含むかまたはそれからなる前記ペプチドの存在下にある場合にIFN-γを産生し、必要に応じて、前記ヒトT細胞または前記複数のヒトT細胞が、10,000ng/mLの配列番号1のアミノ酸5~14を含むかまたはそれからなるペプチドの存在下にある場合よりも、1ng/mLのアミノ酸配列KLVVVGAVGV(配列番号198)を含むかまたはそれからなる前記ペプチドの存在下にある場合により多くのIFN-γを産生する、項目4~8のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目10)
-8.0未満、必要に応じて約-8.5またはそれ未満、さらに必要に応じて約-8.5、約-8.6、約-8.7、約-8.8、約-8.9、約-9、約-9.1、または約-9.2の、配列番号198に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる前記ペプチドについてのlog 10 EC50を有する、項目1~9のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目11)
(i)前記結合タンパク質が、前記ヒトT細胞にとって異種性のポリヌクレオチドによってコードされ;
(ii)前記ヒトT細胞が、CD8 T細胞、CD4 T細胞、もしくはその両方を含み;
(iii)配列番号198に示されているアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるペプチドを発現する前記腫瘍細胞が、HLA-A 02:01 であり;および/または
(iv)前記腫瘍細胞が、CFPAC-1細胞を含む
項目4~10のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目12)
CD8とは独立して、またはCD8の非存在下で、前記ペプチド:HLA複合体に結合することが可能である、項目1~11のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目13)
(i)前記Vαドメインが、配列番号351、343、359、367、375、383、391、399、407、415、423、431、439、447、455、463、471、もしくは479のいずれか1つに示されているVαアミノ酸配列に従うCDR1α、CDR2α、および/もしくはCDR3αアミノ酸配列を含み;ならびに/または
(ii)前記Vβドメインが、配列番号354、346、362、370、378、386、394、402、410、418、426、434、442、450、458、466、474、482、もしくは490のいずれか1つに示されているVβアミノ酸配列に従うCDR1β、CDR2β、および/もしくはCDR3βアミノ酸配列を含む
項目1~12のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目14)
(i)それぞれ配列番号351および354;
(ii)それぞれ配列番号343および346;
(iii)それぞれ配列番号359および362;
(iv)それぞれ配列番号367および370;
(v)それぞれ配列番号375および378;
(vi)それぞれ配列番号383および386;
(vii)それぞれ配列番号391および394;
(viii)それぞれ配列番号399および402;
(ix)それぞれ配列番号407および410;
(x)それぞれ配列番号415および418;
(xi)それぞれ配列番号423および426;
(xii)それぞれ配列番号431および434;
(xiii)それぞれ配列番号439および442;
(xiv)それぞれ配列番号447および450;
(xv)それぞれ配列番号455および458;
(xvi)それぞれ配列番号463および466;
(xvii)それぞれ配列番号471および474;
(xviii)それぞれ配列番号479および482;または
(xix)それぞれ配列番号487および490
に示されているVαおよびVβアミノ酸配列に従うCDR1α、CDR2α、CDR3αならびにCDR1β、CDR2β、およびCDR3βアミノ酸配列を含む、項目1~13のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目15)
(i)配列番号228、222、234、240、246、252、258、264、270、276、282、288、294、300、306、312、318、324、もしくは340のいずれか1つに示されているCDR3αアミノ酸配列、または1つ、2つもしくは3つのアミノ酸置換を含むそれらのバリアント;および/あるいは
(ii)配列番号225、219、231、237、243、249、255、261、267、273、279、285、291、297、303、309、315、321、もしくは327のいずれか1つに示されているCDR3βアミノ酸配列、または1つ、2つもしくは3つのアミノ酸置換を含むそれらのバリアント;および/あるいは
(iii)配列番号226、220、232、238、244、250、256、262、268、274、280、286、292、298、304、310、316、322、もしくは328のいずれか1つに示されているCDR1αアミノ酸配列、または1つ、2つもしくは3つのアミノ酸置換を含むそれらのバリアント;および/あるいは
(iv)配列番号223、217、229、235、241、247、253、259、265、271、277、283、289、295、301、307、313、319、もしくは325のいずれか1つに示されているCDR1βアミノ酸配列、または1つ、2つもしくは3つのアミノ酸置換を含むそれらのバリアント;および/あるいは
(v)配列番号227、221、233、239、245、251、257、263、269、275、281、287、293、299、305、311、317、323、もしくは329のいずれか1つに示されているCDR2αアミノ酸配列、または1つ、2つもしくは3つのアミノ酸置換を含むそれらのバリアント;および/あるいは
(vi)配列番号224、218、230、236、242、248、254、260、266、272、278、284、290、296、302、308、314、320、もしくは326のいずれか1つに示されているCDR2βアミノ酸配列、または1つ、2つもしくは3つのアミノ酸置換を含むそれらのバリアント
を含む、項目1~14のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目16)
(i)それぞれ配列番号226、227、228、223、224、および225;
(ii)それぞれ配列番号220、221、222、217、218、および219;
(iii)それぞれ配列番号232、233、234、229、230、および231;
(iv)それぞれ配列番号238、239、240、235、236、および237;
(v)それぞれ配列番号244、245、246、241、242、および243;
(vi)それぞれ配列番号250、251、252、247、248、および249;
(vii)それぞれ配列番号256、257、258、253、254、および255;
(viii)それぞれ配列番号262、263、264、259、260、および261;
(ix)それぞれ配列番号268、269、270、265、266、および267;
(x)それぞれ配列番号274、275、276、271、272、および273;
(xi)それぞれ配列番号280、281、282、277、278、および279;
(xii)それぞれ配列番号286、287、288、283、284、および285;
(xiii)それぞれ配列番号292、293、294、289、290、および291;
(xiv)それぞれ配列番号298、299、300、295、296、および297;
(xv)それぞれ配列番号304、305、306、301、302、および303;
(xvi)それぞれ配列番号310、311、312、307、308、および309;
(xvii)それぞれ配列番号316、317、318、313、314、および315;
(xviii)それぞれ配列番号322、323、324、319、320、および321;または
(xix)それぞれ配列番号328、329、330、325、326、および327に示されているCDR1α、CDR2α、CDR3α、CDR1β、CDR2β、およびCDR3βアミノ酸配列を含む、項目1~15のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目17)
(i)前記Vαドメインが、配列番号351、343、359、367、375、383、391、399、407、415、423、431、439、447、455、463、471、もしくは479のいずれか1つに示されているアミノ酸配列と少なくとも90%同一性を有するアミノ酸配列を含むかもしくはそれらからなり;および/または
(ii)前記Vβドメインが、配列番号354、346、362、370、378、386、394、402、410、418、426、434、442、450、458、466、474、482、もしくは490のいずれか1つに示されているアミノ酸配列と少なくとも90%同一性を有するアミノ酸配列を含むかもしくはそれらからなる
項目1~16のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目18)
前記Vαドメインおよび前記Vβドメインが、
(i)それぞれ配列番号351および354;
(ii)それぞれ配列番号343および346;
(iii)それぞれ配列番号359および362;
(iv)それぞれ配列番号367および370;
(v)それぞれ配列番号375および378;
(vi)それぞれ配列番号383および386;
(vii)それぞれ配列番号391および394;
(viii)それぞれ配列番号399および402;
(ix)それぞれ配列番号407および410;
(x)それぞれ配列番号415および418;
(xi)それぞれ配列番号423および426;
(xii)それぞれ配列番号431および434;
(xiii)それぞれ配列番号439および442;
(xiv)それぞれ配列番号447および450;
(xv)それぞれ配列番号455および458;
(xvi)それぞれ配列番号463および466;
(xvii)それぞれ配列番号471および474;
(xviii)それぞれ配列番号479および482;または
(xix)それぞれ配列番号487および490
に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、項目1~17のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目19)
TCRα鎖定常ドメイン(Cα)および/またはTCRβ鎖定常ドメイン(Cβ)をさらに含む、項目1~18のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目20)
前記Cαが、配列番号85または86に示されているアミノ酸配列と少なくとも90%同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれらからなる、項目19に記載の結合タンパク質。
(項目21)
前記Cβが、配列番号87~99のいずれか1つに示されているアミノ酸配列と少なくとも90%同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、項目19または20に記載の結合タンパク質。
(項目22)
TCRα鎖およびTCRβ鎖を含み、前記TCRα鎖およびTCRβ鎖が、
(i)それぞれ配列番号350および353;
(ii)それぞれ配列番号342および345;
(iii)それぞれ配列番号358および361;
(iv)それぞれ配列番号366および369;
(v)それぞれ配列番号374および377;
(vi)それぞれ配列番号382および385;
(vii)それぞれ配列番号390および393;
(viii)それぞれ配列番号398および401;
(ix)それぞれ配列番号406および409;
(x)それぞれ配列番号414および417;
(xi)それぞれ配列番号422および425;
(xii)それぞれ配列番号430および433;
(xiii)それぞれ配列番号438および441;
(xiv)それぞれ配列番号446および449;
(xv)それぞれ配列番号454および457;
(xvi)それぞれ配列番号462および465;
(xvii)それぞれ配列番号470および473;
(xviii)それぞれ配列番号478および481;または
(xix)それぞれ配列番号486および489
に示されているアミノ酸配列と少なくとも90%同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、項目1~21のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目23)
TCR、単鎖TCR(scTCR)、またはキメラ抗原受容体(CAR)を含む、項目1~22のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目24)
TCRを含む、項目23に記載の結合タンパク質。
(項目25)
scTCRを含む、項目23に記載の結合タンパク質。
(項目26)
CARを含む、項目23に記載の結合タンパク質。
(項目27)
T細胞受容体(TCR)α鎖可変(Vα)ドメインおよびTCRβ鎖可変(Vβ)ドメインを含む結合タンパク質であって、前記結合タンパク質が、
(i)ペプチドがアミノ酸配列VVVGAVGVGK(配列番号2)を含むかもしくはそれからなる、ペプチド:HLA複合体;
(ii)ペプチドがアミノ酸配列VVGAVGVGK(配列番号3)を含むかもしくはそれからなる、ペプチド:HLA複合体;
(iii)ペプチドがアミノ酸配列VVGADGVGK(配列番号4)を含むかもしくはそれからなる、ペプチド:HLA複合体;または
(iv)ペプチドがアミノ酸配列VVVGADGVGK(配列番号5)を含むかもしくはそれからなる、ペプチド:HLA複合体
のいずれか1つまたは複数に結合することが可能であり、前記Vαドメインおよび/または前記Vβドメインが、各々独立して、ヒトであるか、ヒト化されているか、またはキメラであり、好ましくは各々ヒトであり、前記結合タンパク質が、ヒトT細胞によって異種性発現され得る、結合タンパク質。
(項目28)
前記HLAが、HLA-A 11、必要に応じてHLA-A 11:01を含む、項目27に記載の結合タンパク質。
(項目29)
前記結合タンパク質がヒトT細胞によって発現される場合、前記ヒトT細胞が、配列番号2~5のいずれか1つまたは複数に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなるペプチドをその細胞表面に発現または呈示するHLA-A 11 腫瘍細胞を特異的に殺滅することが可能であり、必要に応じて、発現された前記結合タンパク質が、前記ヒトT細胞にとって異種性のポリヌクレオチドによってコードされる、項目27または28に記載の結合タンパク質。
(項目30)
前記腫瘍細胞が、Panc-1細胞、AsPc-1細胞、CFPAC-1細胞、Capan-2細胞、THP-1細胞、GA-10.4細胞、またはそれらの任意の組合せを含む、項目29に記載の結合タンパク質。
(項目31)
前記結合タンパク質がヒトT細胞によって発現される場合、前記ヒトT細胞が、
(i)配列番号2に示されているアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるペプチド;
(ii)配列番号3に示されているアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるペプチド;
(iii)配列番号4に示されているアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるペプチド;
(iv)配列番号5に示されているアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるペプチド;
(v)配列番号2に示されているアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるペプチドおよび配列番号3に示されているアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるペプチド;ならびに/または
(vi)配列番号4に示されているアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるペプチドおよび配列番号5に示されているアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるペプチドの存在下にある場合、CD137の上昇した発現を有し、前記CD137発現が、前記結合タンパク質を発現しない参照ヒトT細胞が前記ペプチドの存在下にある場合の、前記参照ヒトT細胞によるCD137発現と比較して、および/または配列番号2もしくは配列番号3に示されているアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるペプチドの存在下にある場合の、前記結合タンパク質を発現する前記ヒトT細胞によるCD137発現と比較して上昇し、(i)~(vi)のいずれか1つのペプチドが、前記ヒトT細胞の存在下で腫瘍細胞によって必要に応じて発現される、項目27~30のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目32)
(i)-6.5未満、必要に応じて、約-7.0、約-7.5もしくは約-8.0、または-8.0未満、必要に応じて約-8.0、約-8.1、約-8.2、約-8.3、約-8.4、約-8.5の、配列番号2または3に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる前記ペプチドについてのlog 10 EC50;および/あるいは
(ii)-7.0未満または-8.0未満、必要に応じて、約-7.5、約-7.6、約-7.7、約-7.8、約-8.0、約-8.1、約-8.2、約-8.3、約-8.4、約-8.5、約-8.6、約-8.7、約-8.8、または約-8.9の、配列番号4または5に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる前記ペプチドについてのlog 10 EC50
を有する、項目27~31のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目33)
前記結合タンパク質がヒトT細胞によって発現される場合、前記ヒトT細胞が、
(i)配列番号2に示されているアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるペプチド;および/または
(ii)配列番号3に示されているアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるペプチド;および/または
(iii)配列番号4に示されているアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるペプチド;および/または
(v)配列番号5に示されているアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるペプチドの存在下にある場合にIFN-γを産生し、ここで、前記ペプチドは、少なくとも約10 -11 M、少なくとも約10 -10 M、少なくとも約10 -9 M、および/または少なくとも約10 -8 Mの濃度で存在する、項目27~32のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目34)
前記結合タンパク質を発現する複数のヒトT細胞のうち、前記複数のヒトT細胞の少なくとも約50%、少なくとも約55%、少なくとも約60%、またはそれよりも多くが、10 -8 Mのペプチド、10 -7 Mのペプチド、または10 -6 Mのペプチドの存在下にある場合にIFN-γを産生する、項目33に記載の結合タンパク質。
(項目35)
前記結合タンパク質を発現する複数のヒトT細胞のうち、
(i)前記複数のヒトT細胞の少なくとも約10%、15%、20%、もしくは25%が、10ng/mLの配列番号4に示されているアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるペプチドの存在下にある場合にIFN-γを産生し;
(ii)前記複数のヒトT細胞の少なくとも約25%が、100ng/mLの配列番号4に示されているアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるペプチドの存在下にある場合にIFN-γを産生し;
(iii)前記複数のヒトT細胞の少なくとも約10%、15%、20%、もしくは25%が、10ng/mLの配列番号3に示されているアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるペプチドの存在下にある場合にIFN-γを産生し;および/または
(iii)前記複数のヒトT細胞の少なくとも約50%もしくは少なくとも約75%が、100ng/mLの配列番号3に示されているアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなるペプチドの存在下にある場合にIFN-γを産生する、
項目33または34のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目36)
前記結合タンパク質がヒトT細胞によって発現される場合、前記ヒトT細胞が、配列番号1のアミノ酸7~16または8~16を含むかまたはそれからなるペプチドの存在下にある場合にIFN-γを実質的に産生しない、項目1~35のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目37)
(i)前記Vαドメインが、配列番号76、62、64、68、70、72、74、78、80、82、84、502、512、522、532、542、552、562、572、582、592、602、もしくは612のいずれか1つに示されているVαアミノ酸配列に従うCDR1α、CDR2α、および/もしくはCDR3αアミノ酸配列を含み;ならびに/または
(ii)前記Vβドメインが、配列番号75、61、63、65、67、69、71、73、77、79、81、83、501、511、521、531、541、551、561、571、581、591、601、もしくは611のいずれか1つに示されているVβアミノ酸配列に従うCDR1β、CDR2β、および/もしくはCDR3βアミノ酸配列を含む、
項目27~36のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目38)
(i)それぞれ配列番号76および75;
(ii)それぞれ配列番号62および61;
(iii)それぞれ配列番号64および63;
(iv)それぞれ配列番号66および65;
(v)それぞれ配列番号68および67;
(vi)それぞれ配列番号70および69;
(vii)それぞれ配列番号72および71;
(viii)それぞれ配列番号74および73;
(ix)それぞれ配列番号78および77;
(x)それぞれ配列番号80および79;
(xi)それぞれ配列番号82および81;
(xii)それぞれ配列番号84および83;
(xiii)それぞれ配列番号522および521;
(xiv)それぞれ配列番号532および531;
(xv)それぞれ配列番号542および541;
(xvi)それぞれ配列番号552および551;
(xvii)それぞれ配列番号562および561;
(xviii)それぞれ配列番号572および571;
(xix)それぞれ配列番号582および581;
(xx)それぞれ配列番号592および591;
(xxi)それぞれ配列番号602および601;
(xxii)それぞれ配列番号612および611;
(xxiii)それぞれ配列番号502および501;または
(xxiv)それぞれ配列番号512および511
に示されているVαおよびVβアミノ酸配列に従うCDR1α、CDR2α、CDR3αならびにCDR1β、CDR2β、およびCDR3βアミノ酸配列を含む、項目27~37のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目39)
(i)配列番号660、27、10、618、12、624、14、15、630、19、17、636、21、642、23、648、25、654、29、666、31、672、33、678、35、684、495、505、515、525、535、545、555、565、575、585、595、もしくは605のいずれか1つに示されているCDR3αアミノ酸配列、または1つ、2つもしくは3つのアミノ酸置換を含むそれらのバリアント;および/あるいは
(ii)配列番号659、26、9、617、11、623、13、629、18、16、635、20、641、22、647、24、653、26、659、28、665、30、671、32、677、498、508、518、528、538、548、558、568、578、588、598、もしくは608のいずれか1つに示されているCDR3βアミノ酸配列、または1つ、2つもしくは3つのアミノ酸置換を含むそれらのバリアント;および/あるいは
(iii)配列番号656、614、620、626、632、638、644、650、656、662、668、674、680、493、503、513、523、533、543、553、563、573、583、593、603のいずれか1つに示されているCDR1αアミノ酸配列、または1つ、2つもしくは3つのアミノ酸置換を含むそれらのバリアント;および/あるいは
(iv)配列番号655、613、619、625、631、637、643、649、661、667、673、679、496、506、516、526、536、546、556、566、576、586、596、もしくは606のいずれか1つに示されているCDR1βアミノ酸配列、または1つ、2つもしくは3つのアミノ酸置換を含むそれらのバリアント;および/あるいは
(v)配列番号658、616、622、628、634、640、646、652、664、670、676、682、494、504、514、524、534、544、554、564、574、584、594、もしくは604のいずれか1つに示されているCDR2αアミノ酸配列、または1つ、2つもしくは3つのアミノ酸置換を含むそれらのバリアント;および/あるいは
(vi)配列番号657、615、621、627、633、639、645、651、657、663、669、675、681、497、507、517、527、537、547、557、567、587、597、もしくは607のいずれか1つに示されているCDR2βアミノ酸配列、または1つ、2つもしくは3つのアミノ酸置換を含むそれらのバリアント
を含む、項目27~38のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目40)
(i)それぞれ配列番号656、658、660または27、655、657、および659または26;
(ii)それぞれ配列番号614、616、618または10、613、615、および617または9;
(iii)それぞれ配列番号620、622、624または12、619、621、および629または13;
(iv)それぞれ配列番号626、628、630または14もしくは15、625、627、および629または13;
(v)それぞれ配列番号632、634、636または17もしくは19、631、633、および635または18もしくは16;
(vi)それぞれ配列番号638、640、642または21もしくは17、637、639、および641または20もしくは16;
(vii)それぞれ配列番号644、646、648または23、643、645、および647または22;
(viii)それぞれ配列番号650、652、654または25、649、651、および653または24;
(ix)それぞれ配列番号662、664、666または29、661、663、および665または28;
(x)それぞれ配列番号668、670、672または31、667、669、および671または30;
(xi)それぞれ配列番号674、676、678または33、673、675、および677または32;
(xii)それぞれ配列番号680、682、684または35、679、681、および683または34;
(xii)それぞれ配列番号493~498;
(xiv)それぞれ配列番号503~508;
(xv)それぞれ配列番号513~518;
(xvi)それぞれ配列番号523~528;
(xvii)それぞれ配列番号533~538;
(xviii)それぞれ配列番号543~548;
(xix)それぞれ配列番号553~558;
(xx)それぞれ配列番号563~568;
(xxi)それぞれ配列番号573~578;
(xxii)それぞれ配列番号583~588;
(xxiii)それぞれ配列番号593~598;あるいは
(xxiv)それぞれ配列番号603~608
に示されているCDR1α、CDR2α、CDR3α、CDR1β、CDR2β、およびCDR3βアミノ酸配列を含む、項目27~39のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目41)
(i)前記Vαドメインが、配列番号76、62、64、68、70、72、74、78、80、82、84、502、512、522、532、542、552、562、572、582、592、602、もしくは612のいずれか1つに示されているアミノ酸配列と少なくとも90%同一性を有するアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなり;および/または
(ii)前記Vβドメインが、配列番号75、61、63、65、67、69、71、73、77、79、81、83、501、511、521、531、541、551、561、571、581、591、601、もしくは611のいずれか1つに示されているアミノ酸配列と少なくとも90%同一性を有するアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなる、
項目27~40のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目42)
前記Vαドメインおよび前記Vβドメインが、
(i)それぞれ配列番号76および75;
(ii)それぞれ配列番号62および61;
(iii)それぞれ配列番号64および63;
(iv)それぞれ配列番号66および65;
(v)それぞれ配列番号68および67;
(vi)それぞれ配列番号70および69;
(vii)それぞれ配列番号72および71;
(viii)それぞれ配列番号74および73;
(ix)それぞれ配列番号78および77;
(x)それぞれ配列番号80および79;
(xi)それぞれ配列番号82および81;
(xii)それぞれ配列番号84および83;
(xiii)それぞれ配列番号522および521;
(xiv)それぞれ配列番号532および531;
(xv)それぞれ配列番号542および541;
(xvi)それぞれ配列番号552および551;
(xvii)それぞれ配列番号562および561;
(xviii)それぞれ配列番号572および571;
(xix)それぞれ配列番号582および581;
(xx)それぞれ配列番号592および591;
(xxi)それぞれ配列番号602および601;
(xxii)それぞれ配列番号612および611;
(xxiii)それぞれ配列番号502および501;
(xxiv)それぞれ配列番号512および511
に示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、項目27~41のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目43)
TCRα鎖定常ドメイン(Cα)および/またはTCRβ鎖定常ドメイン(Cβ)をさらに含む、項目27~42のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目44)
前記Cαが、配列番号85または86に示されているアミノ酸配列と少なくとも90%同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、項目43に記載の結合タンパク質。
(項目45)
前記Cβが、配列番号87~99のいずれか1つに示されているアミノ酸配列と少なくとも90%同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれらからなる、項目43または44に記載の結合タンパク質。
(項目46)
TCRα鎖およびTCRβ鎖を含み、前記TCRα鎖およびTCRβ鎖が、
(i)それぞれ配列番号115および114;
(ii)それぞれ配列番号101および100;
(iii)それぞれ配列番号103および102;
(iv)それぞれ配列番号105および104;
(v)それぞれ配列番号107および106;
(vi)それぞれ配列番号109および108;
(vii)それぞれ配列番号111および110;
(viii)それぞれ配列番号113および112;
(ix)それぞれ配列番号117および116;
(x)それぞれ配列番号119および118;
(xi)それぞれ配列番号121および120;または
(xii)それぞれ配列番号123および122
に示されているアミノ酸配列と少なくとも90%同一性を有するアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる、項目27~45のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目47)
TCR、単鎖TCR(scTCR)、またはキメラ抗原受容体(CAR)を含む、項目27~46のいずれか一項に記載の結合タンパク質。
(項目48)
TCRを含む、項目47に記載の結合タンパク質。
(項目49)
scTCRを含む、項目47に記載の結合タンパク質。
(項目50)
CARを含む、項目47に記載の結合タンパク質。
(項目51)
項目1~50のいずれか一項に記載の結合タンパク質をコードする単離されたポリヌクレオチド。
(項目52)
配列番号349、352、355、341、344、347、357、360、363、364、368、371、373、376、379、381、384、387、389、392、396、397、400、403、405、408、411、413、416、419、421、424、427、429、432、435、437、440、443、445、448、451、453、456、459、461、464、467、469、472、475、477、480、483、485、488、491、139、163、138、162、193、125、149、124、148、186、127、151、126、150、187、129、153、128、152、188、131、155、130、154、189、133、157、132、156、190、135、159、134、158、191、137、161、136、160、192、141、162、140、164、194、143、167、142、166、195、145、169、144、168、196、147、171、146、170、197、499、509、519、529、539、549、559、569、579、589、599、もしくは609のいずれか1つに示されているポリヌクレオチド配列、またはそれらの任意の組合せと少なくとも75%同一性を有するポリヌクレオチドを含む、項目51に記載のポリヌクレオチド。
(項目53)
配列番号356、348、364、372、380、388、396、404、412、420、428、436、444、452、460、468、476、484、492、500、510、520、530、540、550、560、570、580、590、600、または610のいずれか1つに示されているアミノ酸配列をコードする単離されたポリヌクレオチド。
(項目54)
配列番号355、347、363、371、379、387、395、403、411、419、427、435、443、451、459、467、475、483、491、186~197、499、509、519、529、539、549、559、569、579、589、599、または609のいずれか1つに示されているポリヌクレオチド配列と少なくとも75%同一性を有するポリヌクレオチド配列を含む、項目53に記載のポリヌクレオチド。
(項目55)
(i)CD8共受容体α鎖の細胞外部分を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであって、必要に応じて、コードされる前記ポリペプチドが、CD8共受容体α鎖であるかもしくはそれを含む、ポリヌクレオチド;
(ii)CD8共受容体β鎖の細胞外部分を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであって、必要に応じて、コードされる前記ポリペプチドが、CD8共受容体β鎖であるかもしくはそれを含む、ポリヌクレオチド;または
(iii)(i)のポリヌクレオチドおよび(ii)のポリヌクレオチド
をさらに含む、項目51~54のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
(項目56)
(a)CD8共受容体α鎖の細胞外部分を含むポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチド;
(b)CD8共受容体β鎖の細胞外部分を含むポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチド;および
(c)(a)のポリヌクレオチドと(b)のポリヌクレオチドとの間に配置された、自己切断性ペプチドをコードするポリヌクレオチド
を含む、項目55に記載のポリヌクレオチド。
(項目57)
自己切断性ペプチドをコードする、
(1)結合タンパク質をコードする前記ポリヌクレオチドとCD8共受容体α鎖の細胞外部分を含むポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドとの間;および/または
(2)結合タンパク質をコードする前記ポリヌクレオチドとCD8共受容体β鎖の細胞外部分を含むポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドとの間
に配置されたポリヌクレオチドをさらに含む、項目55または56に記載のポリヌクレオチド。
(項目58)
インフレームで作動可能に連結した、
(i)(pnCD8α)-(pnSCP )-(pnCD8β)-(pnSCP )-(pnBP);
(ii)(pnCD8β)-(pnSCP )-(pnCD8α)-(pnSCP )-(pnBP);
(iii)(pnBP)-(pnSCP )-(pnCD8α)-(pnSCP )-(pnCD8β);
(iv)(pnBP)-(pnSCP )-(pnCD8β)-(pnSCP )-(pnCD8α);
(v)(pnCD8α)-(pnSCP )-(pnBP)-(pnSCP )-(pnCD8β);または
(vi)(pnCD8β)-(pnSCP )-(pnBP)-(pnSCP )-(pnCD8α)
を含み、
pnCD8αが、CD8共受容体α鎖の細胞外部分を含むポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドであり、
pnCD8βが、CD8共受容体α鎖の細胞外部分を含むポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドであり、
pnBPが、結合タンパク質をコードする前記ポリヌクレオチドであり、
pnSCP およびpnSCP が各々独立して、自己切断性ペプチドをコードするポリヌクレオチドであり、前記ポリヌクレオチドおよび/またはコードされる前記自己切断性ペプチドが、必要に応じて、同じまたは異なる、項目55~57のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
(項目59)
コードされる前記結合タンパク質が、TCRα鎖およびTCRβ鎖を含み、前記ポリヌクレオチドが、TCRα鎖をコードするポリヌクレオチドとTCRβ鎖をコードするポリヌクレオチドとの間に配置された、自己切断性ペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む、項目51~58のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
(項目60)
インフレームで作動可能に連結した
(i)(pnCD8α)-(pnSCP )-(pnCD8β)-(pnSCP )-(pnTCRβ)-(pnSCP )-(pnTCRα);
(ii)(pnCD8β)-(pnSCP )-(pnCD8α)-(pnSCP )-(pnTCRβ)-(pnSCP )-(pnTCRα);
(iii)(pnCD8α)-(pnSCP )-(pnCD8β)-(pnSCP )-(pnTCRα)-(pnSCP )-(pnTCRβ);
(iv)(pnCD8β)-(pnSCP )-(pnCD8α)-(pnSCP )-(pnTCRα)-(pnSCP )-(pnTCRβ);
(v)(pnTCRβ)-(pnSCP )-(pnTCRα)-(pnSCP )-(pnCD8α)-(pnSCP )-(pnCD8β);
(vi)(pnTCRβ)-(pnSCP )-(pnTCRα)-(pnSCP )-(pnCD8β)-(pnSCP )-(pnCD8α);
(vii)(pnTCRα)-(pnSCP )-(pnTCRβ)-(pnSCP )-(pnCD8α)-(pnSCP )-(pnCD8β);
(viii)(pnTCRα)-(pnSCP )-(pnTCRβ)-(pnSCP )-(pnCD8β)-(pnSCP )-(pnCD8α)
を含み、
pnCD8αが、CD8共受容体α鎖の細胞外部分を含むポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドであり、
pnCD8βが、CD8共受容体α鎖の細胞外部分を含むポリペプチドをコードする前記ポリヌクレオチドであり、
pnTCRαが、TCRα鎖をコードする前記ポリヌクレオチドであり、
pnTCRβが、TCRβ鎖をコードする前記ポリヌクレオチドであり、
pnSCP 、pnSCP 、およびpnSCP が各々独立して、自己切断性ペプチドをコードするポリヌクレオチドであり、前記ポリヌクレオチドおよび/またはコードされる前記自己切断性ペプチドが、必要に応じて、同じまたは異なる、項目59に記載のポリヌクレオチド。
(項目61)
宿主細胞における発現のためにコドン最適化されているポリヌクレオチド配列であるかまたはそれを含み、必要に応じて、前記宿主細胞がヒト免疫系細胞であり、さらに必要に応じて、T細胞である、項目51~60のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
(項目62)
発現制御配列に作動可能に連結した項目51~61のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含む発現ベクター。
(項目63)
前記ポリヌクレオチドを宿主細胞に送達することが可能である、項目62に記載の発現ベクター。
(項目64)
前記宿主細胞が、造血前駆細胞またはヒト免疫系細胞である、項目63に記載の発現ベクター。
(項目65)
前記ヒト免疫系細胞が、CD4 T細胞、CD8 T細胞、CD4 CD8 二重陰性T細胞、γδT細胞、ナチュラルキラー細胞、ナチュラルキラーT細胞、マクロファージ、単球、樹状細胞、またはそれらの任意の組合せである、項目64に記載の発現ベクター。
(項目66)
前記T細胞が、ナイーブT細胞、セントラルメモリーT細胞、エフェクターメモリーT細胞、またはそれらの任意の組合せである、項目65に記載の発現ベクター。
(項目67)
ウイルスベクターである、項目62~66のいずれか一項に記載の発現ベクター。
(項目68)
前記ウイルスベクターが、レンチウイルスベクターまたはγ-レトロウイルスベクターである、項目67に記載の発現ベクター。
(項目69)
項目51~61のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドおよび/もしくは項目62~68のいずれか一項に記載の発現ベクターを含むように、ならびに/または項目1~50のいずれか一項に記載の結合タンパク質を発現するように修飾された宿主細胞。
(項目70)
造血前駆細胞および/またはヒト免疫細胞を含む、項目69に記載の修飾された宿主細胞。
(項目71)
前記免疫細胞が、T細胞、NK細胞、NK-T細胞、樹状細胞、マクロファージ、単球、またはそれらの任意の組合せを含む、項目70に記載の修飾された宿主細胞。
(項目72)
前記免疫細胞が、CD4 T細胞、CD8 T細胞、CD4 CD8 二重陰性T細胞、γδT細胞、またはそれらの任意の組合せを含み、
必要に応じて、前記免疫細胞が、CD4 T細胞およびCD8 T細胞を含み、さらに必要に応じて、前記CD4 T細胞、前記CD8 T細胞、またはその両方が、(i)CD8共受容体α鎖の細胞外部分を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであって、必要に応じて、コードされる前記ポリペプチドが、CD8共受容体α鎖であるかもしくはそれを含む、ポリヌクレオチド;(ii)CD8共受容体β鎖の細胞外部分を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドであって、必要に応じて、コードされる前記ポリペプチドが、CD8共受容体β鎖であるかもしくはそれを含む、ポリヌクレオチド;または(iii)(i)のポリヌクレオチドおよび(ii)のポリヌクレオチドを含む、項目71に記載の修飾された宿主細胞。
(項目73)
PD-1遺伝子;LAG3遺伝子;TIM3遺伝子;CTLA4遺伝子;HLA成分遺伝子;TIGIT遺伝子;TCR成分遺伝子、FasL遺伝子、またはそれらの任意の組合せの染色体遺伝子ノックアウトを含む、項目69~72のいずれか一項に記載の修飾された宿主細胞。
(項目74)
前記染色体遺伝子ノックアウトが、α1マクログロブリン遺伝子、α2マクログロブリン遺伝子、α3マクログロブリン遺伝子、β1ミクログロブリン遺伝子、またはβ2ミクログロブリン遺伝子から選択されるHLA成分遺伝子のノックアウトを含む、項目73に記載の修飾された宿主細胞。
(項目75)
前記染色体遺伝子ノックアウトが、TCRα可変領域遺伝子、TCRβ可変領域遺伝子、TCR定常領域遺伝子、またはそれらの組合せから選択されるTCR成分遺伝子のノックアウトを含む、項目73または74に記載の修飾された宿主細胞。
(項目76)
項目69~75のいずれか一項に記載の修飾された宿主細胞、および薬学的に許容される担体、希釈剤、または賦形剤を含む組成物。
(項目77)
少なくとも約30%の修飾CD4 T細胞と、(ii)少なくとも約30%の修飾CD8 T細胞を含む組成物とを、約1:1比の組合せで含む、項目76に記載の組成物用量。
(項目78)
ナイーブT細胞を実質的に含有しない、項目76または77に記載の組成物。
(項目79)
配列番号198~201のいずれか1つに示されているアミノ酸配列を含むかまたはそれからなる免疫原性ポリペプチド。
(項目80)
(i)項目1~50のいずれか一項に記載の結合タンパク質;
(ii)項目51~61のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド;
(iii)項目62~68のいずれか一項に記載の発現ベクター;
(iv)項目69~75のいずれか一項に記載の修飾された宿主細胞;および/または
(v)項目79に記載の免疫原性ポリペプチド
ならびに薬学的に許容される担体、賦形剤、または希釈剤を含む組成物。
(項目81)
対象におけるKRAS G12D変異もしくはKRAS G12VまたはNRAS G12D変異もしくはNRAS G12V変異またはHRAS G12V変異もしくはHRAS G12D変異に関連する疾患または障害を処置するための方法であって、有効量の
(i)項目1~50のいずれか一項に記載の結合タンパク質;
(ii)項目51~61のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド;
(iii)項目62~68のいずれか一項に記載の発現ベクター;
(iv)項目69~75のいずれか一項に記載の修飾された宿主細胞であって、必要に応じて、CD8+T細胞、CD4+T細胞、もしくはその両方を含み、必要に応じて、前記対象に対して自己性、同種異系、もしくは同系である、修飾された宿主細胞;
(v)項目76~78のいずれか一項に記載の組成物;および/または
(vi)項目79に記載の免疫原性ポリペプチド
を前記対象に投与することを含む、方法。
(項目82)
前記疾患または障害ががんを含み、前記がんが、必要に応じて、固形がんまたは血液学的悪性腫瘍である、項目81に記載の方法。
(項目83)
前記疾患または障害が、膵がんもしくは癌、必要に応じて、膵管腺癌(PDAC);結腸直腸がんもしくは癌;肺がん、必要に応じて、非小細胞肺癌;胆道がん;子宮内膜がんもしくは癌;子宮頸がん;卵巣がん;膀胱がん;肝臓がん;骨髄性白血病、必要に応じて、急性骨髄性白血病などの骨髄性白血病;骨髄異形成症候群;非ホジキンリンパ腫などのリンパ腫;慢性骨髄単球性白血病;急性リンパ性白血病(ALL);尿路のがん;小腸のがん;乳がんもしくは癌;黒色腫(必要に応じて、皮膚黒色腫、肛門黒色腫、もしくは粘膜黒色腫);神経膠腫;低分化甲状腺癌;神経芽細胞腫;組織球性および樹状細胞新生物;神経線維腫症1型;横紋筋肉腫;軟部組織肉腫;膀胱癌;肉腫;膠芽腫;肺扁平上皮癌;退形成性星細胞腫;慢性骨髄性白血病;びまん性大細胞型B細胞リンパ腫;ダブルヒットリンパ腫;頭頸部癌;頭頸部扁平上皮癌;肝細胞癌;悪性末梢神経鞘腫瘍;マントル細胞リンパ腫;骨髄異形成/骨髄増殖性新生物、分類不能;末梢性T細胞リンパ腫;前立腺癌;芽球増加を伴う不応性貧血-2;腎細胞癌;ラブドイド腫瘍;シュワン細胞腫;二次性AML;小細胞肺癌;療法関連AML;胸腺癌;甲状腺濾胞癌;悪性甲状腺新生物;甲状腺癌;甲状腺腺癌;尿路上皮癌;または甲状腺乳頭癌から選択される、項目81または82に記載の方法。
(項目84)
前記組成物が、前記対象に、非経口的に、または静脈内に投与される、項目81~83のいずれか一項に記載の方法。
(項目85)
(i)~(vi)のいずれか1つまたは複数の複数の用量を前記対象に投与することを含む、項目81~84のいずれか一項に記載の方法。
(項目86)
前記複数の用量が、約2~約4週間の投与間隔で投与される、項目85に記載の方法。
(項目87)
前記組成物が、前記修飾された宿主細胞を含み、前記方法が、前記修飾された宿主細胞を、約10 細胞/kg~約10 11 細胞/kgの用量で前記対象に投与することを含む、項目81~86のいずれか一項に記載の方法。
(項目88)
(i)前記対象がHLA-A 02:01を発現する場合には、項目1~26のいずれか一項に記載の結合タンパク質をコードする異種性ポリヌクレオチドを含む修飾CD8+および/もしくは修飾CD4+T細胞を含む組成物;ならびに/または
(ii)前記対象がHLA-A 11:01を発現する場合には、項目27~50のいずれか一項に記載の結合タンパク質をコードする異種性ポリヌクレオチドを含む修飾CD8+および/もしくは修飾CD4+T細胞を含む組成物
を投与することを含み、(i)の組成物および(ii)の組成物の両方が投与される場合、(i)の組成物および(ii)の組成物は、同じ組成物中に含まれる、または別々の組成物として投与される、項目81~87のいずれか一項に記載の方法。
(項目89)
サイトカインを前記対象に投与することをさらに含む、項目81~88のいずれか一項に記載の方法。
(項目90)
前記サイトカインが、IL-2、IL-15、またはIL-21を含む、項目89に記載の方法。
(項目91)
前記対象が、免疫チェックポイント阻害剤および/または刺激性免疫チェックポイント作用物質のアゴニストを受けたことがあるかまたは受けている、項目81~90のいずれか一項に記載の方法。
(項目92)
対象におけるKRAS G12D変異もしくはKRAS G12VまたはNRAS G12D変異もしくはNRAS G12V変異またはHRAS G12V変異もしくはHRAS G12D変異に関連する疾患または障害であって、必要に応じて、前記疾患または障害が、がんを含み、さらに必要に応じて、前記がんが、固形がんまたは血液学的悪性腫瘍であり、必要に応じて、前記疾患または障害が、膵がんもしくは癌、必要に応じて、膵管腺癌(PDAC);結腸直腸がんもしくは癌;肺がん、必要に応じて、非小細胞肺癌;胆道がん;子宮内膜がんもしくは癌;子宮頸がん;卵巣がん;膀胱がん;肝臓がん;骨髄性白血病、必要に応じて、急性骨髄性白血病などの骨髄性白血病;骨髄異形成症候群;非ホジキンリンパ腫などのリンパ腫;慢性骨髄単球性白血病;急性リンパ性白血病(ALL);尿路のがん;小腸のがん;乳がんもしくは癌;黒色腫(必要に応じて、皮膚黒色腫、肛門黒色腫、もしくは粘膜黒色腫);神経膠腫;低分化甲状腺癌;神経芽細胞腫;組織球性および樹状細胞新生物;神経線維腫症1型;横紋筋肉腫;軟部組織肉腫;膀胱癌;肉腫;膠芽腫;肺扁平上皮癌;退形成性星細胞腫;慢性骨髄性白血病;びまん性大細胞型B細胞リンパ腫;ダブルヒットリンパ腫;頭頸部癌;頭頸部扁平上皮癌;肝細胞癌;悪性末梢神経鞘腫瘍;マントル細胞リンパ腫;骨髄異形成/骨髄増殖性新生物、分類不能;末梢性T細胞リンパ腫;前立腺癌;芽球増加を伴う不応性貧血-2;腎細胞癌;ラブドイド腫瘍;シュワン細胞腫;二次性AML;小細胞肺癌;療法関連AML;胸腺癌;甲状腺濾胞癌;悪性甲状腺新生物;甲状腺癌;甲状腺腺癌;尿路上皮癌;または甲状腺乳頭癌から選択される、疾患または障害を処置するための方法における使用のための、項目1~50のいずれか一項に記載の結合タンパク質、項目51~61のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、項目62~68のいずれか一項に記載の発現ベクター、項目69~75のいずれか一項に記載の修飾された宿主細胞であって、必要に応じて、CD8+T細胞、CD4+T細胞、もしくはその両方を含む、修飾された宿主細胞、項目76~78のいずれか一項に記載の組成物;および/または項目79に記載の免疫原性ポリペプチド。
(項目93)
対象におけるKRAS G12D変異もしくはKRAS G12VまたはNRAS G12D変異もしくはNRAS G12V変異またはHRAS G12V変異もしくはHRAS G12D変異に関連する疾患または障害であって、必要に応じて、前記疾患または障害が、がんを含み、さらに必要に応じて、前記がんが、固形がんまたは血液学的悪性腫瘍であり、必要に応じて、前記疾患または障害が、膵がんもしくは癌、必要に応じて、膵管腺癌(PDAC);結腸直腸がんもしくは癌;肺がん、必要に応じて、非小細胞肺癌;胆道がん;子宮内膜がんもしくは癌;子宮頸がん;卵巣がん;膀胱がん;肝臓がん;骨髄性白血病、必要に応じて、急性骨髄性白血病などの骨髄性白血病;骨髄異形成症候群;非ホジキンリンパ腫などのリンパ腫;慢性骨髄単球性白血病;急性リンパ性白血病(ALL);尿路のがん;小腸のがん;乳がんもしくは癌;黒色腫(必要に応じて、皮膚黒色腫、肛門黒色腫、もしくは粘膜黒色腫);神経膠腫;低分化甲状腺癌;神経芽細胞腫;組織球性および樹状細胞新生物;神経線維腫症1型;横紋筋肉腫;軟部組織肉腫;膀胱癌;肉腫;膠芽腫;肺扁平上皮癌;退形成性星細胞腫;慢性骨髄性白血病;びまん性大細胞型B細胞リンパ腫;ダブルヒットリンパ腫;頭頸部癌;頭頸部扁平上皮癌;肝細胞癌;悪性末梢神経鞘腫瘍;マントル細胞リンパ腫;骨髄異形成/骨髄増殖性新生物、分類不能;末梢性T細胞リンパ腫;前立腺癌;芽球増加を伴う不応性貧血-2;腎細胞癌;ラブドイド腫瘍;シュワン細胞腫;二次性AML;小細胞肺癌;療法関連AML;胸腺癌;甲状腺濾胞癌;悪性甲状腺新生物;甲状腺癌;甲状腺腺癌;尿路上皮癌;または甲状腺乳頭癌から選択される、疾患または障害を処置するための医薬品の製造における使用のための、項目1~50のいずれか一項に記載の結合タンパク質、項目51~61のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、項目62~68のいずれか一項に記載の発現ベクター、項目69~75のいずれか一項に記載の修飾された宿主細胞であって、必要に応じて、CD8+T細胞、CD4+T細胞、もしくはその両方を含む、修飾された宿主細胞、項目76~78のいずれか一項に記載の組成物;および/または項目79に記載の免疫原性ポリペプチド。
These and other changes can be made to the embodiments in light of the above detailed description. In general, in the following claims, the terms used should not be construed as limiting the claims to the specific embodiments disclosed in the specification and claims. , is to be construed to include all possible embodiments along with the full scope of equivalents that are within the rights of such claims. Accordingly, the claims are not limited by the disclosure.
In certain embodiments, for example, the following are provided:
(Item 1)
A binding protein comprising a T-cell receptor (TCR) α chain variable (Vα) domain and a TCR β chain variable (Vβ) domain, said binding protein capable of binding a peptide:HLA complex, said the peptide comprises or consists of the amino acid sequence KLVVVGAVGV (SEQ ID NO: 198) and said HLA is HLA-A * 02, HLA-A as needed * Binding proteins, including 02:01.
(Item 2)
A binding protein according to item 1, which can be heterologously expressed by human T-cells.
(Item 3)
Binding protein according to items 1 or 2, wherein said Vα domain and/or said Vβ domain are each independently human, humanized or chimeric, preferably each human.
(Item 4)
HLA-A wherein said human T cells express a peptide comprising or consisting of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 198 when said binding protein is expressed by human T cells * 02 + A binding protein according to any one of items 1 to 3, which is capable of specifically killing tumor cells.
(Item 5)
HLA-A wherein said human T cells express a peptide comprising or consisting of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 198 when said binding protein is expressed by human T cells * 02 + having elevated expression of CD137 when in the presence of tumor cells, optionally in the further presence of exogenous IFN-γ, said CD137 expression comprising
(i) CD137 expression by a reference human T cell that does not express said binding protein, said reference human T cell being in the presence of said tumor cell; and/or
(ii) CD137 expression by said human T cells expressing said binding protein in the absence of said tumor cells and/or in the absence of antigen presenting cells expressing peptide:HLA complexes, , said peptide comprises or consists of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 198, and said HLA optionally comprises HLA-A * 02:01 CD137 expression
5. The binding protein of any one of items 1-4, which is elevated compared to the.
(Item 6)
when said binding protein is expressed by a human T cell, said human T cell produces IFN-γ when in the presence of a peptide comprising or consisting of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 198; wherein said peptide is at least about 10 -10 M, at least about 10 -9 M, and/or at least about 10 -8 6. The binding protein of any one of items 1-5, present at a concentration of M.
(Item 7)
Of the plurality of human T cells expressing said binding protein, at least about 10%, at least about 15%, at least about 20%, or at least about 25% of said plurality of human T cells are 10 -9 7. A binding protein according to any one of items 1 to 6, which produces IFN-γ when in the presence of the M peptide.
(Item 8)
Of the plurality of human T cells expressing said binding protein, at least about 25%, at least about 30%, or at least about 35% of said plurality of human T cells are 10 -8 8. A binding protein according to items 6 or 7, which produces IFN-γ when in the presence of the M peptide.
(Item 9)
IFN-γ when said human T cell or said plurality of human T cells are in the presence of said peptide comprising or consisting of 0.1 ng/mL or more of the amino acid sequence KLVVVGAVGV (SEQ ID NO: 198) and optionally wherein said human T cell or said plurality of human T cells are in the presence of 10,000 ng/mL of a peptide comprising or consisting of amino acids 5-14 of SEQ ID NO:1 also produces more IFN-γ when in the presence of said peptide comprising or consisting of the amino acid sequence KLVVVGAVGV (SEQ ID NO: 198) at 1 ng/mL. binding protein.
(Item 10)
less than -8.0, optionally about -8.5 or less, further optionally about -8.5, about -8.6, about -8.7, about -8.8, about - log for said peptide comprising or consisting of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 198 of 8.9, about -9, about -9.1, or about -9.2 10 10. Binding protein according to any one of items 1-9, having an EC50.
(Item 11)
(i) said binding protein is encoded by a polynucleotide heterologous to said human T cell;
(ii) said human T cells are CD8 + T cells, CD4 + comprising T cells, or both;
(iii) said tumor cell expressing a peptide comprising or consisting of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 198 is HLA-A * 02:01 + and/or
(iv) said tumor cells comprise CFPAC-1 cells
A binding protein according to any one of items 4-10.
(Item 12)
12. A binding protein according to any one of items 1 to 11, capable of binding said peptide:HLA complex independently of CD8 or in the absence of CD8.
(Item 13)
(i) the Va domain is any one of SEQ ID NOs: 351, 343, 359, 367, 375, 383, 391, 399, 407, 415, 423, 431, 439, 447, 455, 463, 471, or 479 comprising a CDR1α, CDR2α, and/or CDR3α amino acid sequence according to the Vα amino acid sequence shown in 1; and/or
(ii) the Vβ domain is any of SEQ ID NOs: 354, 346, 362, 370, 378, 386, 394, 402, 410, 418, 426, 434, 442, 450, 458, 466, 474, 482, or 490 or a CDR1β, CDR2β, and/or CDR3β amino acid sequence according to the Vβ amino acid sequence shown in one
13. A binding protein according to any one of items 1-12.
(Item 14)
(i) SEQ ID NOS: 351 and 354, respectively;
(ii) SEQ ID NOS: 343 and 346, respectively;
(iii) SEQ ID NOs: 359 and 362, respectively;
(iv) SEQ ID NOs: 367 and 370, respectively;
(v) SEQ ID NOs: 375 and 378, respectively;
(vi) SEQ ID NOS: 383 and 386, respectively;
(vii) SEQ ID NOs: 391 and 394, respectively;
(viii) SEQ ID NOs: 399 and 402, respectively;
(ix) SEQ ID NOs: 407 and 410, respectively;
(x) SEQ ID NOS: 415 and 418, respectively;
(xi) SEQ ID NOS: 423 and 426, respectively;
(xii) SEQ ID NOS: 431 and 434, respectively;
(xiii) SEQ ID NOS: 439 and 442, respectively;
(xiv) SEQ ID NOS: 447 and 450, respectively;
(xv) SEQ ID NOS: 455 and 458, respectively;
(xvi) SEQ ID NOS: 463 and 466, respectively;
(xvii) SEQ ID NOS: 471 and 474, respectively;
(xviii) SEQ ID NOS: 479 and 482, respectively; or
(xix) SEQ ID NOs: 487 and 490, respectively
14. The binding protein of any one of items 1-13, comprising the CDR1α, CDR2α, CDR3α and CDR1β, CDR2β and CDR3β amino acid sequences according to the Vα and Vβ amino acid sequences shown in .
(Item 15)
(i) set forth in any one of SEQ ID NOS: 228, 222, 234, 240, 246, 252, 258, 264, 270, 276, 282, 288, 294, 300, 306, 312, 318, 324, or 340 or variants thereof containing one, two or three amino acid substitutions; and/or
(ii) set forth in any one of SEQ ID NOs: 225, 219, 231, 237, 243, 249, 255, 261, 267, 273, 279, 285, 291, 297, 303, 309, 315, 321, or 327 or variants thereof containing one, two or three amino acid substitutions; and/or
(iii) set forth in any one of SEQ ID NOs: 226, 220, 232, 238, 244, 250, 256, 262, 268, 274, 280, 286, 292, 298, 304, 310, 316, 322, or 328 or variants thereof containing one, two or three amino acid substitutions; and/or
(iv) set forth in any one of SEQ ID NOS: 223, 217, 229, 235, 241, 247, 253, 259, 265, 271, 277, 283, 289, 295, 301, 307, 313, 319, or 325 or a variant thereof containing one, two or three amino acid substitutions; and/or
(v) any one of SEQ ID NOs: 227, 221, 233, 239, 245, 251, 257, 263, 269, 275, 281, 287, 293, 299, 305, 311, 317, 323, or 329 or variants thereof containing one, two or three amino acid substitutions; and/or
(vi) set forth in any one of SEQ ID NOs: 224, 218, 230, 236, 242, 248, 254, 260, 266, 272, 278, 284, 290, 296, 302, 308, 314, 320, or 326 or a variant thereof containing one, two or three amino acid substitutions
15. The binding protein of any one of items 1-14, comprising a
(Item 16)
(i) SEQ ID NOs: 226, 227, 228, 223, 224, and 225, respectively;
(ii) SEQ ID NOs: 220, 221, 222, 217, 218, and 219, respectively;
(iii) SEQ ID NOs: 232, 233, 234, 229, 230, and 231, respectively;
(iv) SEQ ID NOs: 238, 239, 240, 235, 236, and 237, respectively;
(v) SEQ ID NOs: 244, 245, 246, 241, 242, and 243, respectively;
(vi) SEQ ID NOs: 250, 251, 252, 247, 248, and 249, respectively;
(vii) SEQ ID NOs: 256, 257, 258, 253, 254, and 255, respectively;
(viii) SEQ ID NOs: 262, 263, 264, 259, 260, and 261, respectively;
(ix) SEQ ID NOs: 268, 269, 270, 265, 266, and 267, respectively;
(x) SEQ ID NOs: 274, 275, 276, 271, 272, and 273, respectively;
(xi) SEQ ID NOs: 280, 281, 282, 277, 278, and 279, respectively;
(xii) SEQ ID NOs: 286, 287, 288, 283, 284, and 285, respectively;
(xiii) SEQ ID NOs: 292, 293, 294, 289, 290, and 291, respectively;
(xiv) SEQ ID NOs: 298, 299, 300, 295, 296, and 297, respectively;
(xv) SEQ ID NOs: 304, 305, 306, 301, 302, and 303, respectively;
(xvi) SEQ ID NOs: 310, 311, 312, 307, 308, and 309, respectively;
(xvii) SEQ ID NOs: 316, 317, 318, 313, 314, and 315, respectively;
(xviii) SEQ ID NOs: 322, 323, 324, 319, 320, and 321, respectively; or
(xix) any one of items 1-15, comprising the CDR1α, CDR2α, CDR3α, CDR1β, CDR2β, and CDR3β amino acid sequences set forth in SEQ ID NOs: 328, 329, 330, 325, 326, and 327, respectively; Binding protein as described.
(Item 17)
(i) the Va domain is any one of SEQ ID NOs: 351, 343, 359, 367, 375, 383, 391, 399, 407, 415, 423, 431, 439, 447, 455, 463, 471, or 479 comprises or consists of an amino acid sequence having at least 90% identity with the amino acid sequence shown in the first; and/or
(ii) said Vβ domain is any of SEQ ID NOs: 354, 346, 362, 370, 378, 386, 394, 402, 410, 418, 426, 434, 442, 450, 458, 466, 474, 482, or 490 or comprises or consists of an amino acid sequence having at least 90% identity with the amino acid sequence set forth in one
17. Binding protein according to any one of items 1-16.
(Item 18)
wherein the Vα domain and the Vβ domain are
(i) SEQ ID NOS: 351 and 354, respectively;
(ii) SEQ ID NOS: 343 and 346, respectively;
(iii) SEQ ID NOs: 359 and 362, respectively;
(iv) SEQ ID NOs: 367 and 370, respectively;
(v) SEQ ID NOs: 375 and 378, respectively;
(vi) SEQ ID NOS: 383 and 386, respectively;
(vii) SEQ ID NOs: 391 and 394, respectively;
(viii) SEQ ID NOs: 399 and 402, respectively;
(ix) SEQ ID NOs: 407 and 410, respectively;
(x) SEQ ID NOS: 415 and 418, respectively;
(xi) SEQ ID NOS: 423 and 426, respectively;
(xii) SEQ ID NOS: 431 and 434, respectively;
(xiii) SEQ ID NOS: 439 and 442, respectively;
(xiv) SEQ ID NOs: 447 and 450, respectively;
(xv) SEQ ID NOS: 455 and 458, respectively;
(xvi) SEQ ID NOS: 463 and 466, respectively;
(xvii) SEQ ID NOS: 471 and 474, respectively;
(xviii) SEQ ID NOS: 479 and 482, respectively; or
(xix) SEQ ID NOs: 487 and 490, respectively
18. A binding protein according to any one of items 1 to 17, comprising or consisting of the amino acid sequence shown in .
(Item 19)
19. Binding protein according to any one of items 1 to 18, further comprising a TCR α chain constant domain (Cα) and/or a TCR β chain constant domain (Cβ).
(Item 20)
20. The binding protein of item 19, wherein said Cα comprises or consists of an amino acid sequence having at least 90% identity with the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:85 or 86.
(Item 21)
21. The binding protein of items 19 or 20, wherein said Cβ comprises or consists of an amino acid sequence having at least 90% identity with the amino acid sequence set forth in any one of SEQ ID NOs:87-99.
(Item 22)
comprising a TCRα chain and a TCRβ chain, wherein said TCRα chain and TCRβ chain are
(i) SEQ ID NOs: 350 and 353, respectively;
(ii) SEQ ID NOs: 342 and 345, respectively;
(iii) SEQ ID NOs: 358 and 361, respectively;
(iv) SEQ ID NOs: 366 and 369, respectively;
(v) SEQ ID NOs: 374 and 377, respectively;
(vi) SEQ ID NOs: 382 and 385, respectively;
(vii) SEQ ID NOs: 390 and 393, respectively;
(viii) SEQ ID NOs: 398 and 401, respectively;
(ix) SEQ ID NOS: 406 and 409, respectively;
(x) SEQ ID NOS: 414 and 417, respectively;
(xi) SEQ ID NOS: 422 and 425, respectively;
(xii) SEQ ID NOS: 430 and 433, respectively;
(xiii) SEQ ID NOS: 438 and 441, respectively;
(xiv) SEQ ID NOS: 446 and 449, respectively;
(xv) SEQ ID NOS: 454 and 457, respectively;
(xvi) SEQ ID NOS: 462 and 465, respectively;
(xvii) SEQ ID NOS: 470 and 473, respectively;
(xviii) SEQ ID NOS: 478 and 481, respectively; or
(xix) SEQ ID NOs: 486 and 489, respectively
22. A binding protein according to any one of items 1 to 21, comprising or consisting of an amino acid sequence having at least 90% identity with the amino acid sequence shown in .
(Item 23)
23. The binding protein of any one of items 1-22, comprising a TCR, a single chain TCR (scTCR) or a chimeric antigen receptor (CAR).
(Item 24)
24. The binding protein of item 23, comprising a TCR.
(Item 25)
24. A binding protein according to item 23, comprising an scTCR.
(Item 26)
24. The binding protein of item 23, comprising a CAR.
(Item 27)
A binding protein comprising a T-cell receptor (TCR) α chain variable (Vα) domain and a TCR β chain variable (Vβ) domain, said binding protein comprising
(i) a peptide:HLA complex, wherein the peptide comprises or consists of the amino acid sequence VVVGAVGVGK (SEQ ID NO:2);
(ii) a peptide:HLA complex, wherein the peptide comprises or consists of the amino acid sequence VVGAVGVGK (SEQ ID NO:3);
(iii) a peptide:HLA complex, wherein the peptide comprises or consists of the amino acid sequence VVGADGVGK (SEQ ID NO: 4); or
(iv) a peptide:HLA complex, wherein the peptide comprises or consists of the amino acid sequence VVVGADGVGK (SEQ ID NO:5)
wherein said Vα domain and/or said Vβ domain are each independently human, humanized or chimeric, preferably Binding proteins, each human, wherein said binding proteins can be heterologously expressed by human T-cells.
(Item 28)
The HLA is HLA-A * 11, HLA-A as needed * 28. The binding protein of item 27, comprising 11:01.
(Item 29)
When said binding protein is expressed by human T cells, said human T cells express a peptide comprising or consisting of an amino acid sequence set forth in any one or more of SEQ ID NOs: 2-5 on its cell surface. HLA-A expressed or presented * 11 + 29. Item 27 or 28, wherein said binding protein is capable of specifically killing tumor cells and optionally said expressed binding protein is encoded by a polynucleotide heterologous to said human T cell. binding protein.
(Item 30)
30. The method of item 29, wherein said tumor cells comprise Panc-1 cells, AsPc-1 cells, CFPAC-1 cells, Capan-2 cells, THP-1 cells, GA-10.4 cells, or any combination thereof. binding protein.
(Item 31)
When said binding protein is expressed by human T cells, said human T cells are
(i) a peptide comprising or consisting of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:2;
(ii) a peptide comprising or consisting of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:3;
(iii) a peptide comprising or consisting of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:4;
(iv) a peptide comprising or consisting of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:5;
(v) a peptide comprising or consisting of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:2 and a peptide comprising or consisting of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:3; and/or
(vi) elevated expression of CD137 when in the presence of a peptide comprising or consisting of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:4 and a peptide comprising or consisting of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:5; wherein said CD137 expression is compared to CD137 expression by said reference human T cells when said reference human T cells not expressing said binding protein are in the presence of said peptide; increased relative to CD137 expression by said human T cells expressing said binding protein when in the presence of a peptide comprising or consisting of the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO: 3, (i)-( 31. Binding protein according to any one of items 27-30, wherein the peptide of any one of vi) is optionally expressed by tumor cells in the presence of said human T cells.
(Item 32)
(i) less than -6.5, optionally about -7.0, about -7.5 or about -8.0, or less than -8.0, optionally about -8.0, about -8.1, about -8.2, about -8.3, about -8.4, about -8.5, said peptide comprising or consisting of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 2 or 3 log about 10 EC50; and/or
(ii) less than -7.0 or less than -8.0, optionally about -7.5, about -7.6, about -7.7, about -7.8, about -8.0; about -8.1, about -8.2, about -8.3, about -8.4, about -8.5, about -8.6, about -8.7, about -8.8, or about -8.9, log for said peptide comprising or consisting of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 4 or 5 10 EC50
32. The binding protein of any one of items 27-31, having a
(Item 33)
When said binding protein is expressed by human T cells, said human T cells are
(i) a peptide comprising or consisting of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:2; and/or
(ii) a peptide comprising or consisting of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:3; and/or
(iii) a peptide comprising or consisting of the amino acid sequence shown in SEQ ID NO: 4; and/or
(v) producing IFN-γ when in the presence of a peptide comprising or consisting of the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:5, wherein said peptide comprises at least about 10 -11 M, at least about 10 -10 M, at least about 10 -9 M, and/or at least about 10 -8 33. The binding protein of any one of items 27-32, present at a concentration of M.
(Item 34)
of the plurality of human T cells expressing the binding protein, at least about 50%, at least about 55%, at least about 60% or more of the plurality of human T cells are -8 peptide of M, 10 -7 M peptides, or 10 -6 34. The binding protein of item 33, which produces IFN-γ when in the presence of the M peptide.
(Item 35)
Among a plurality of human T cells expressing the binding protein,
(i) at least about 10%, 15%, 20%, or 25% of said plurality of human T cells in the presence of 10 ng/mL of a peptide comprising or consisting of the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:4; producing IFN-γ when in;
(ii) at least about 25% of said plurality of human T cells produce IFN-γ when in the presence of 100 ng/mL of a peptide comprising or consisting of the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:4; ;
(iii) at least about 10%, 15%, 20%, or 25% of said plurality of human T cells in the presence of 10 ng/mL of a peptide comprising or consisting of the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:3 produce IFN-γ when in; and/or
(iii) IFN when at least about 50% or at least about 75% of said plurality of human T cells are in the presence of 100 ng/mL of a peptide comprising or consisting of the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:3 - producing γ,
35. The binding protein of any one of items 33 or 34.
(Item 36)
When said binding protein is expressed by human T cells, said human T cells substantially produce IFN-γ when in the presence of a peptide comprising or consisting of amino acids 7-16 or 8-16 of SEQ ID NO:1. 36. The binding protein according to any one of items 1 to 35, which is not produced spontaneously.
(Item 37)
(i) the Va domain is SEQ ID NOs: 76, 62, 64, 68, 70, 72, 74, 78, 80, 82, 84, 502, 512, 522, 532, 542, 552, 562, 572, 582; comprising a CDR1α, CDR2α, and/or CDR3α amino acid sequence according to the Vα amino acid sequence set forth in any one of 592, 602, or 612; and/or
(ii) the Vβ domain is SEQ ID NOs: 75, 61, 63, 65, 67, 69, 71, 73, 77, 79, 81, 83, 501, 511, 521, 531, 541, 551, 561, 571, a CDR1β, CDR2β, and/or CDR3β amino acid sequence according to the Vβ amino acid sequence set forth in any one of 581, 591, 601, or 611;
A binding protein according to any one of items 27-36.
(Item 38)
(i) SEQ ID NOs: 76 and 75, respectively;
(ii) SEQ ID NOs: 62 and 61, respectively;
(iii) SEQ ID NOs: 64 and 63, respectively;
(iv) SEQ ID NOs: 66 and 65, respectively;
(v) SEQ ID NOs: 68 and 67, respectively;
(vi) SEQ ID NOs: 70 and 69, respectively;
(vii) SEQ ID NOs: 72 and 71, respectively;
(viii) SEQ ID NOs: 74 and 73, respectively;
(ix) SEQ ID NOs: 78 and 77, respectively;
(x) SEQ ID NOs: 80 and 79, respectively;
(xi) SEQ ID NOs: 82 and 81, respectively;
(xii) SEQ ID NOs: 84 and 83, respectively;
(xiii) SEQ ID NOs: 522 and 521, respectively;
(xiv) SEQ ID NOS: 532 and 531, respectively;
(xv) SEQ ID NOS: 542 and 541, respectively;
(xvi) SEQ ID NOs: 552 and 551, respectively;
(xvii) SEQ ID NOS: 562 and 561, respectively;
(xviii) SEQ ID NOS: 572 and 571, respectively;
(xix) SEQ ID NOs: 582 and 581, respectively;
(xx) SEQ ID NOS: 592 and 591, respectively;
(xxi) SEQ ID NOs: 602 and 601, respectively;
(xxii) SEQ ID NOs: 612 and 611, respectively;
(xxiii) SEQ ID NOs: 502 and 501, respectively; or
(xxiv) SEQ ID NOS: 512 and 511, respectively
38. The binding protein of any one of items 27-37, comprising the CDR1α, CDR2α, CDR3α and CDR1β, CDR2β and CDR3β amino acid sequences according to the Vα and Vβ amino acid sequences shown in .
(Item 39)
(i) SEQ. , 678, 35, 684, 495, 505, 515, 525, 535, 545, 555, 565, 575, 585, 595, or 605, or one, two variants thereof containing one or three amino acid substitutions; and/or
(ii) SEQ. , 32, 677, 498, 508, 518, 528, 538, 548, 558, 568, 578, 588, 598, or 608, or one, two or variants thereof containing three amino acid substitutions; and/or
(iii) SEQ. , 593, 603, or variants thereof containing one, two or three amino acid substitutions; and/or
(iv) SEQ. , or the CDR1β amino acid sequence shown in any one of 606, or variants thereof containing one, two or three amino acid substitutions; and/or
(v) SEQ. , or the CDR2α amino acid sequence shown in any one of 604, or variants thereof containing one, two or three amino acid substitutions; and/or
(vi) SEQ. , or the CDR2β amino acid sequence shown in any one of 607, or variants thereof containing one, two or three amino acid substitutions
39. The binding protein of any one of items 27-38, comprising a
(Item 40)
(i) SEQ ID NOs: 656, 658, 660 or 27, 655, 657, and 659 or 26, respectively;
(ii) SEQ ID NOs: 614, 616, 618 or 10, 613, 615, and 617 or 9, respectively;
(iii) SEQ ID NOs: 620, 622, 624 or 12, 619, 621, and 629 or 13, respectively;
(iv) SEQ ID NOs: 626, 628, 630 or 14 or 15, 625, 627, and 629 or 13, respectively;
(v) SEQ ID NOs: 632, 634, 636 or 17 or 19, 631, 633, and 635 or 18 or 16, respectively;
(vi) SEQ ID NOs: 638, 640, 642 or 21 or 17, 637, 639, and 641 or 20 or 16, respectively;
(vii) SEQ ID NOs: 644, 646, 648 or 23, 643, 645, and 647 or 22, respectively;
(viii) SEQ ID NOs: 650, 652, 654 or 25, 649, 651, and 653 or 24, respectively;
(ix) SEQ ID NOs: 662, 664, 666 or 29, 661, 663, and 665 or 28, respectively;
(x) SEQ ID NOs: 668, 670, 672 or 31, 667, 669, and 671 or 30, respectively;
(xi) SEQ ID NOs: 674, 676, 678 or 33, 673, 675, and 677 or 32, respectively;
(xii) SEQ ID NOs: 680, 682, 684 or 35, 679, 681, and 683 or 34, respectively;
(xii) SEQ ID NOS: 493-498, respectively;
(xiv) SEQ ID NOS: 503-508, respectively;
(xv) SEQ ID NOS: 513-518, respectively;
(xvi) SEQ ID NOS: 523-528, respectively;
(xvii) SEQ ID NOS: 533-538, respectively;
(xviii) SEQ ID NOS: 543-548, respectively;
(xix) SEQ ID NOS: 553-558, respectively;
(xx) SEQ ID NOS: 563-568, respectively;
(xxi) SEQ ID NOS: 573-578, respectively;
(xxii) SEQ ID NOS: 583-588, respectively;
(xxiii) SEQ ID NOS: 593-598, respectively; or
(xxiv) SEQ ID NOs: 603-608, respectively
40. The binding protein of any one of items 27-39, comprising the CDR1α, CDR2α, CDR3α, CDR1β, CDR2β, and CDR3β amino acid sequences shown in .
(Item 41)
(i) the Va domain is SEQ ID NOs: 76, 62, 64, 68, 70, 72, 74, 78, 80, 82, 84, 502, 512, 522, 532, 542, 552, 562, 572, 582; comprises or consists of an amino acid sequence having at least 90% identity to the amino acid sequence set forth in any one of 592, 602, or 612; and/or
(ii) the Vβ domain is SEQ ID NOs: 75, 61, 63, 65, 67, 69, 71, 73, 77, 79, 81, 83, 501, 511, 521, 531, 541, 551, 561, 571, comprising or consisting of an amino acid sequence having at least 90% identity to the amino acid sequence set forth in any one of 581, 591, 601, or 611;
A binding protein according to any one of items 27-40.
(Item 42)
wherein the Vα domain and the Vβ domain are
(i) SEQ ID NOs: 76 and 75, respectively;
(ii) SEQ ID NOs: 62 and 61, respectively;
(iii) SEQ ID NOs: 64 and 63, respectively;
(iv) SEQ ID NOs: 66 and 65, respectively;
(v) SEQ ID NOs: 68 and 67, respectively;
(vi) SEQ ID NOs: 70 and 69, respectively;
(vii) SEQ ID NOs: 72 and 71, respectively;
(viii) SEQ ID NOS: 74 and 73, respectively;
(ix) SEQ ID NOs: 78 and 77, respectively;
(x) SEQ ID NOs: 80 and 79, respectively;
(xi) SEQ ID NOs: 82 and 81, respectively;
(xii) SEQ ID NOs: 84 and 83, respectively;
(xiii) SEQ ID NOs: 522 and 521, respectively;
(xiv) SEQ ID NOS: 532 and 531, respectively;
(xv) SEQ ID NOS: 542 and 541, respectively;
(xvi) SEQ ID NOs: 552 and 551, respectively;
(xvii) SEQ ID NOS: 562 and 561, respectively;
(xviii) SEQ ID NOS: 572 and 571, respectively;
(xix) SEQ ID NOs: 582 and 581, respectively;
(xx) SEQ ID NOS: 592 and 591, respectively;
(xxi) SEQ ID NOs: 602 and 601, respectively;
(xxii) SEQ ID NOs: 612 and 611, respectively;
(xxiii) SEQ ID NOS: 502 and 501, respectively;
(xxiv) SEQ ID NOS: 512 and 511, respectively
42. The binding protein of any one of items 27-41, comprising or consisting of the amino acid sequence shown in .
(Item 43)
43. The binding protein of any one of items 27-42, further comprising a TCRα chain constant domain (Cα) and/or a TCRβ chain constant domain (Cβ).
(Item 44)
44. The binding protein of item 43, wherein said C[alpha] comprises or consists of an amino acid sequence having at least 90% identity to the amino acid sequence shown in SEQ ID NO:85 or 86.
(Item 45)
45. The binding protein of items 43 or 44, wherein said Cβ comprises or consists of an amino acid sequence having at least 90% identity to the amino acid sequence set forth in any one of SEQ ID NOs:87-99.
(Item 46)
comprising a TCRα chain and a TCRβ chain, wherein said TCRα chain and TCRβ chain are
(i) SEQ ID NOs: 115 and 114, respectively;
(ii) SEQ ID NOs: 101 and 100, respectively;
(iii) SEQ ID NOS: 103 and 102, respectively;
(iv) SEQ ID NOs: 105 and 104, respectively;
(v) SEQ ID NOs: 107 and 106, respectively;
(vi) SEQ ID NOs: 109 and 108, respectively;
(vii) SEQ ID NOs: 111 and 110, respectively;
(viii) SEQ ID NOs: 113 and 112, respectively;
(ix) SEQ ID NOs: 117 and 116, respectively;
(x) SEQ ID NOS: 119 and 118, respectively;
(xi) SEQ ID NOS: 121 and 120, respectively; or
(xii) SEQ ID NOs: 123 and 122, respectively
46. A binding protein according to any one of items 27 to 45, comprising or consisting of an amino acid sequence having at least 90% identity with the amino acid sequence shown in .
(Item 47)
47. The binding protein of any one of items 27-46, comprising a TCR, a single chain TCR (scTCR) or a chimeric antigen receptor (CAR).
(Item 48)
48. The binding protein of item 47, comprising a TCR.
(Item 49)
48. The binding protein of item 47, comprising an scTCR.
(Item 50)
48. The binding protein of item 47, comprising a CAR.
(Item 51)
An isolated polynucleotide encoding the binding protein of any one of items 1-50.
(Item 52)
SEQ. 405, 408, 411, 413, 416, 419, 421, 424, 427, 429, 432, 435, 437, 440, 443, 445, 448, 451, 453, 456, 459, 461, 464, 467, 469, 472, 475, 477, 480, 483, 485, 488, 491, 139, 163, 138, 162, 193, 125, 149, 124, 148, 186, 127, 151, 126, 150, 187, 129, 153, 128, 152, 188, 131, 155, 130, 154, 189, 133, 157, 132, 156, 190, 135, 159, 134, 158, 191, 137, 161, 136, 160, 192, 141, 162, 140, 164, 194, 143, 167, 142, 166, 195, 145, 169, 144, 168, 196, 147, 171, 146, 170, 197, 499, 509, 519, 529, 539, 549, 559, 52. The polynucleotide of item 51, comprising a polynucleotide having at least 75% identity to the polynucleotide sequence set forth in any one of 569, 579, 589, 599, or 609, or any combination thereof. .
(Item 53)
SEQ. An isolated polynucleotide encoding the amino acid sequence shown in any one of 550, 560, 570, 580, 590, 600, or 610.
(Item 54)
SEQ. 54. The method of item 53, comprising a polynucleotide sequence having at least 75% identity to the polynucleotide sequence set forth in any one of 529, 539, 549, 559, 569, 579, 589, 599, or 609 Polynucleotide.
(Item 55)
(i) a polynucleotide encoding a polypeptide comprising an extracellular portion of a CD8 co-receptor alpha chain, optionally wherein said encoded polypeptide is or is the CD8 co-receptor alpha chain; a polynucleotide comprising;
(ii) a polynucleotide encoding a polypeptide comprising an extracellular portion of a CD8 co-receptor beta chain, optionally wherein said encoded polypeptide is the CD8 co-receptor beta chain or a polynucleotide comprising; or
(iii) the polynucleotide of (i) and the polynucleotide of (ii)
55. The polynucleotide of any one of items 51-54, further comprising:
(Item 56)
(a) said polynucleotide encoding a polypeptide comprising the extracellular portion of the CD8 co-receptor alpha chain;
(b) said polynucleotide encoding a polypeptide comprising the extracellular portion of the CD8 co-receptor beta chain; and
(c) a polynucleotide encoding a self-cleaving peptide, located between the polynucleotide of (a) and the polynucleotide of (b);
56. The polynucleotide of item 55, comprising:
(Item 57)
encoding a self-cleaving peptide;
(1) between said polynucleotide encoding a binding protein and said polynucleotide encoding a polypeptide comprising the extracellular portion of the CD8 co-receptor alpha chain; and/or
(2) between said polynucleotide encoding the binding protein and said polynucleotide encoding a polypeptide comprising the extracellular portion of the CD8 co-receptor β chain;
57. The polynucleotide of item 55 or 56, further comprising the polynucleotide arranged in a .
(Item 58)
operatively connected to the inframe,
(i) (pnCD8α)-(pnSCP 1 )-(pnCD8β)-(pnSCP 2 )-(pnBP);
(ii) (pnCD8β)-(pnSCP 1 )-(pnCD8α)-(pnSCP 2 )-(pnBP);
(iii) (pnBP)-(pnSCP 1 )-(pnCD8α)-(pnSCP 2 )-(pnCD8β);
(iv) (pnBP)-(pnSCP 1 )-(pnCD8β)-(pnSCP 2 )-(pnCD8α);
(v) (pnCD8α)-(pnSCP 1 )-(pnBP)-(pnSCP 2 )-(pnCD8β); or
(vi) (pnCD8β)-(pnSCP 1 )-(pnBP)-(pnSCP 2 )-(pnCD8α)
including
pnCD8α is said polynucleotide encoding a polypeptide comprising the extracellular portion of the CD8 co-receptor α chain;
pnCD8β is said polynucleotide encoding a polypeptide comprising the extracellular portion of the CD8 co-receptor α chain;
pnBP is said polynucleotide encoding a binding protein;
pnSCP 1 and pnSCP 2 are each independently a polynucleotide encoding a self-cleavable peptide, and wherein said polynucleotides and/or said self-cleavable peptides encoded are optionally the same or different. 1. Polynucleotide according to item 1.
(Item 59)
wherein the encoded binding protein comprises a TCRα chain and a TCRβ chain, and wherein the polynucleotide encodes a self-cleaving peptide positioned between the polynucleotide encoding the TCRα chain and the polynucleotide encoding the TCRβ chain. 59. The polynucleotide of any one of items 51-58, comprising a polynucleotide that
(Item 60)
operably linked in-frame
(i) (pnCD8α)-(pnSCP 1 )-(pnCD8β)-(pnSCP 2 )-(pnTCRβ)-(pnSCP 3 )-(pnTCRα);
(ii) (pnCD8β)-(pnSCP 1 )-(pnCD8α)-(pnSCP 2 )-(pnTCRβ)-(pnSCP 3 )-(pnTCRα);
(iii) (pnCD8α)-(pnSCP 1 )-(pnCD8β)-(pnSCP 2 )-(pnTCRα)-(pnSCP 3 )-(pnTCRβ);
(iv) (pnCD8β)-(pnSCP 1 )-(pnCD8α)-(pnSCP 2 )-(pnTCRα)-(pnSCP 3 )-(pnTCRβ);
(v) (pnTCRβ)-(pnSCP 1 )-(pnTCRα)-(pnSCP 2 )-(pnCD8α)-(pnSCP 3 )-(pnCD8β);
(vi) (pnTCRβ)-(pnSCP 1 )-(pnTCRα)-(pnSCP 2 )-(pnCD8β)-(pnSCP 3 )-(pnCD8α);
(vii) (pnTCRα)-(pnSCP 1 )-(pnTCRβ)-(pnSCP 2 )-(pnCD8α)-(pnSCP 3 )-(pnCD8β);
(viii) (pnTCRα)-(pnSCP 1 )-(pnTCRβ)-(pnSCP 2 )-(pnCD8β)-(pnSCP 3 )-(pnCD8α)
including
pnCD8α is said polynucleotide encoding a polypeptide comprising the extracellular portion of the CD8 co-receptor α chain;
pnCD8β is said polynucleotide encoding a polypeptide comprising the extracellular portion of the CD8 co-receptor α chain;
pnTCRa is said polynucleotide encoding a TCRα chain;
pnTCRβ is said polynucleotide encoding a TCRβ chain;
pnSCP 1 , pnSCP 2 , and pnSCP 3 are each independently a polynucleotide encoding a self-cleavable peptide, and wherein said polynucleotides and/or said self-cleavable peptides encoded are optionally the same or different .
(Item 61)
is or comprises a polynucleotide sequence that is codon-optimized for expression in a host cell, optionally wherein said host cell is a human immune system cell, and optionally a T cell , items 51-60.
(Item 62)
An expression vector comprising the polynucleotide of any one of items 51-61 operably linked to an expression control sequence.
(Item 63)
63. The expression vector of item 62, capable of delivering said polynucleotide to a host cell.
(Item 64)
64. The expression vector of item 63, wherein said host cell is a hematopoietic progenitor cell or a human immune system cell.
(Item 65)
said human immune system cells are CD4 + T cells, CD8 + T cells, CD4 - CD8 - 65. The expression vector of item 64, which is a double negative T cell, a γδ T cell, a natural killer cell, a natural killer T cell, a macrophage, a monocyte, a dendritic cell, or any combination thereof.
(Item 66)
66. The expression vector of item 65, wherein said T cells are naive T cells, central memory T cells, effector memory T cells, or any combination thereof.
(Item 67)
The expression vector according to any one of items 62-66, which is a viral vector.
(Item 68)
The expression vector of item 67, wherein said viral vector is a lentiviral vector or a γ-retroviral vector.
(Item 69)
comprising a polynucleotide according to any one of items 51-61 and/or an expression vector according to any one of items 62-68 and/or according to any one of items 1-50 A host cell modified to express the binding protein of
(Item 70)
Modified host cells according to item 69, comprising hematopoietic progenitor cells and/or human immune cells.
(Item 71)
71. The modified host cell of item 70, wherein said immune cells comprise T cells, NK cells, NK-T cells, dendritic cells, macrophages, monocytes, or any combination thereof.
(Item 72)
said immune cells are CD4 + T cells, CD8 + T cells, CD4 - CD8 - double negative T cells, γδ T cells, or any combination thereof;
Optionally, said immune cells are CD4 + T cells and CD8 + T cells, and optionally said CD4 + T cells, said CD8 + The T cell, or both, is (i) a polynucleotide encoding a polypeptide comprising an extracellular portion of a CD8 co-receptor alpha chain, optionally wherein said encoded polypeptide is a CD8 co-receptor (ii) a polynucleotide encoding a polypeptide comprising an extracellular portion of a CD8 co-receptor β chain, optionally encoding said polynucleotide; or (iii) the polynucleotide of (i) and the polynucleotide of (ii), wherein the peptide is or comprises a CD8 co-receptor beta chain; .
(Item 73)
CTLA4 gene; HLA component gene; TIGIT gene; TCR component gene, FasL gene, or chromosomal gene knockout of any combination thereof. A modified host cell as described in .
(Item 74)
74. The modified embodiment of item 73, wherein said chromosomal gene knockout comprises a knockout of an HLA component gene selected from alpha1 macroglobulin gene, alpha2 macroglobulin gene, alpha3 macroglobulin gene, beta1 microglobulin gene, or beta2 microglobulin gene. host cells.
(Item 75)
75. The modified host cell of item 73 or 74, wherein said chromosomal gene knockout comprises a knockout of a TCR component gene selected from a TCRα variable region gene, a TCRβ variable region gene, a TCR constant region gene, or a combination thereof.
(Item 76)
A composition comprising the modified host cell of any one of items 69-75 and a pharmaceutically acceptable carrier, diluent or excipient.
(Item 77)
at least about 30% modified CD4 + T cells and (ii) at least about 30% modified CD8 + 77. The composition dose of item 76, comprising the composition comprising T cells in combination in about a 1:1 ratio.
(Item 78)
78. The composition of items 76 or 77, which is substantially free of naive T cells.
(Item 79)
An immunogenic polypeptide comprising or consisting of an amino acid sequence set forth in any one of SEQ ID NOS: 198-201.
(Item 80)
(i) the binding protein of any one of items 1-50;
(ii) the polynucleotide of any one of items 51-61;
(iii) an expression vector according to any one of items 62-68;
(iv) a modified host cell according to any one of items 69-75; and/or
(v) an immunogenic polypeptide of item 79;
and a composition comprising a pharmaceutically acceptable carrier, excipient, or diluent.
(Item 81)
A method for treating a disease or disorder associated with a KRAS G12D or KRAS G12V or NRAS G12D or NRAS G12V or HRAS G12V or HRAS G12D mutation in a subject, comprising an effective amount of
(i) the binding protein of any one of items 1-50;
(ii) the polynucleotide of any one of items 51-61;
(iii) an expression vector according to any one of items 62-68;
(iv) the modified host cell of any one of items 69-75, optionally comprising CD8+ T cells, CD4+ T cells, or both; modified host cells that are autologous, allogeneic, or syngeneic;
(v) a composition according to any one of items 76-78; and/or
(vi) the immunogenic polypeptide of item 79;
to said subject.
(Item 82)
82. The method of item 81, wherein said disease or disorder comprises cancer, said cancer optionally being a solid tumor or a hematological malignancy.
(Item 83)
said disease or disorder is pancreatic cancer or cancer, optionally pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC); colorectal cancer or cancer; lung cancer, optionally non-small cell lung cancer; biliary tract cancer; cancer or cancer; cervical cancer; ovarian cancer; bladder cancer; liver cancer; chronic myelomonocytic leukemia; acute lymphocytic leukemia (ALL); cancer of the urinary tract; cancer of the small intestine; mucosal melanoma); glioma; poorly differentiated thyroid carcinoma; neuroblastoma; histiocytic and dendritic cell neoplasms; anaplastic astrocytoma; chronic myelogenous leukemia; diffuse large B-cell lymphoma; double-hit lymphoma; head and neck cancer; head and neck squamous cell carcinoma; hepatocellular carcinoma; Nerve sheath tumor; mantle cell lymphoma; myelodysplastic/myeloproliferative neoplasm, unclassifiable; peripheral T-cell lymphoma; prostate cancer; small cell lung cancer; therapy-related AML; thymic carcinoma; follicular thyroid carcinoma; malignant thyroid neoplasm; thyroid carcinoma; Or the method according to 82.
(Item 84)
84. The method of any one of items 81-83, wherein said composition is administered to said subject parenterally or intravenously.
(Item 85)
85. The method of any one of items 81-84, comprising administering to said subject multiple doses of any one or more of (i)-(vi).
(Item 86)
86. The method of item 85, wherein said multiple doses are administered at dosing intervals of about 2 to about 4 weeks.
(Item 87)
The composition comprises the modified host cell, and the method comprises adding the modified host cell to about 10 4 cells/kg to about 10 11 87. The method of any one of items 81-86, comprising administering to said subject at a dose of cells/kg.
(Item 88)
(i) the subject is HLA-A * a composition comprising modified CD8+ and/or modified CD4+ T cells comprising a heterologous polynucleotide encoding a binding protein according to any one of items 1 to 26 when expressing 02:01; and/or
(ii) the subject is HLA-A * 11:01, a composition comprising modified CD8+ and/or modified CD4+ T cells comprising a heterologous polynucleotide encoding a binding protein according to any one of items 27-50
and when both the composition of (i) and the composition of (ii) are administered, the composition of (i) and the composition of (ii) are contained in the same composition , or as a separate composition.
(Item 89)
89. The method of any one of items 81-88, further comprising administering a cytokine to said subject.
(Item 90)
90. The method of item 89, wherein said cytokine comprises IL-2, IL-15, or IL-21.
(Item 91)
91. The method of any one of items 81-90, wherein said subject has received or is receiving an immune checkpoint inhibitor and/or an agonist of a stimulatory immune checkpoint agent.
(Item 92)
A disease or disorder associated with a KRAS G12D or KRAS G12V or NRAS G12D or NRAS G12V or HRAS G12V or HRAS G12D mutation in a subject, optionally wherein said disease or disorder comprises cancer; Further optionally, the cancer is solid cancer or hematological malignancy, and optionally the disease or disorder is pancreatic cancer or cancer, optionally pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC). ); colorectal cancer or cancer; lung cancer, optionally non-small cell lung cancer; biliary tract cancer; endometrial cancer or cancer; Myelogenous leukemia, optionally myelogenous leukemia such as acute myelogenous leukemia; myelodysplastic syndrome; lymphomas such as non-Hodgkin's lymphoma; chronic myelomonocytic leukemia; acute lymphocytic leukemia (ALL); cancer of the small intestine; breast cancer or carcinoma; melanoma (cutaneous melanoma, anal melanoma, or mucosal melanoma, as appropriate); glioma; poorly differentiated thyroid carcinoma; and dendritic cell neoplasm; neurofibromatosis type 1; rhabdomyosarcoma; soft tissue sarcoma; bladder cancer; head and neck cancer; head and neck squamous cell carcinoma; hepatocellular carcinoma; malignant peripheral nerve sheath tumor; mantle cell lymphoma; refractory anemia-2 with increased blasts; renal cell carcinoma; rhabdoid tumor; Schwann cell tumor; secondary AML; any one of items 1-50 for use in a method for treating a disease or disorder selected from malignant thyroid neoplasm; thyroid cancer; thyroid adenocarcinoma; urothelial carcinoma; or papillary thyroid carcinoma a binding protein according to any one of items 51-61, a polynucleotide according to any one of items 51-61, an expression vector according to any one of items 62-68, a modified according to any one of items 69-75 modified host cells, optionally comprising CD8+ T cells, CD4+ T cells, or both, the composition of any one of items 76-78; and/or item 79. 3. An immunogenic polypeptide as described in .
(Item 93)
A disease or disorder associated with a KRAS G12D or KRAS G12V or NRAS G12D or NRAS G12V or HRAS G12V or HRAS G12D mutation in a subject, optionally wherein said disease or disorder comprises cancer; Further optionally, the cancer is solid cancer or hematological malignancy, and optionally the disease or disorder is pancreatic cancer or cancer, optionally pancreatic ductal adenocarcinoma (PDAC). ); colorectal cancer or cancer; lung cancer, optionally non-small cell lung cancer; biliary tract cancer; endometrial cancer or cancer; Myelogenous leukemia, optionally myelogenous leukemia such as acute myelogenous leukemia; myelodysplastic syndrome; lymphomas such as non-Hodgkin's lymphoma; chronic myelomonocytic leukemia; acute lymphocytic leukemia (ALL); cancer of the small intestine; breast cancer or carcinoma; melanoma (cutaneous melanoma, anal melanoma, or mucosal melanoma, as appropriate); glioma; poorly differentiated thyroid carcinoma; and dendritic cell neoplasm; neurofibromatosis type 1; rhabdomyosarcoma; soft tissue sarcoma; bladder cancer; head and neck cancer; head and neck squamous cell carcinoma; hepatocellular carcinoma; malignant peripheral nerve sheath tumor; mantle cell lymphoma; refractory anemia-2 with increased blasts; renal cell carcinoma; rhabdoid tumor; Schwann cell tumor; secondary AML; any of items 1 to 50 for use in the manufacture of a medicament for treating a disease or disorder selected from malignant thyroid neoplasm; thyroid cancer; thyroid adenocarcinoma; urothelial carcinoma; A binding protein according to any one of items 51-61, a polynucleotide according to any one of items 51-61, an expression vector according to any one of items 62-68, any one of items 69-75. a modified host cell, optionally comprising CD8+ T cells, CD4+ T cells, or both, a composition according to any one of items 76-78; and/or An immunogenic polypeptide according to item 79.

Claims (27)

T細胞受容体(TCR)α鎖可変(Vα)ドメインおよびTCRβ鎖可変(Vβ)ドメインを含む結合タンパク質をコードするコード配列を含む組換えポリヌクレオチドであって、前記コードされる結合タンパク質が、変異型KRASペプチド/HLA複合体に結合することが可能であり、前記変異型KRASペプチドが、配列番号2~5のいずれか1つのアミノ酸配列を含み、前記HLAはHLA-A A recombinant polynucleotide comprising a coding sequence encoding a binding protein comprising a T-cell receptor (TCR) α chain variable (Vα) domain and a TCR β chain variable (Vβ) domain, wherein said encoded binding protein is mutated capable of binding to a type KRAS peptide/HLA complex, wherein said mutant KRAS peptide comprises the amino acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 2-5, and said HLA is HLA-A * 11を含み、そして前記Vαまたは前記Vβドメインは、配列番号72、75、521、および561のいずれか1つに示されているアミノ酸配列と少なくとも90%同一性を有するアミノ酸配列を含む、組換えポリヌクレオチド。11, and said Vα or said Vβ domain comprises an amino acid sequence having at least 90% identity to the amino acid sequence set forth in any one of SEQ ID NOs: 72, 75, 521, and 561. Polynucleotide. (i)前記Vαドメインが、配列番号72に示されているアミノ酸配列に対して少なくとも90%同一性を有するアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなる;そして (i) said Vα domain comprises or consists of an amino acid sequence having at least 90% identity to the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:72; and
(ii)前記Vβドメインが、配列番号75、521、および561のいずれか1つに示されているアミノ酸配列と少なくとも92%同一性を有するアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなる、請求項1に記載の組換えポリヌクレオチド。 (ii) said Vβ domain comprises or consists of an amino acid sequence having at least 92% identity to the amino acid sequence set forth in any one of SEQ ID NOS: 75, 521, and 561; of recombinant polynucleotides.
前記コード配列に動作可能なように連結された異種性発現制御エレメントをさらに含む、請求項1または2に記載の組換えポリヌクレオチド。 3. The recombinant polynucleotide of claim 1 or 2, further comprising a heterologous expression control element operably linked to said coding sequence. 前記発現制御エレメントが、ヒト発現制御エレメントでない、請求項3に記載の組換えポリヌクレオチド。 4. The recombinant polynucleotide of claim 3, wherein said expression control element is not a human expression control element. 前記発現制御エレメントが、プロモーターを含み、前記プロモーターが、結合タンパク質をコードする配列にとって異種性である、請求項3または4に記載の組換えポリヌクレオチド。 5. The recombinant polynucleotide of claim 3 or 4, wherein said expression control element comprises a promoter, said promoter being heterologous to the binding protein-encoding sequence. 前記Vβドメインのアミノ酸配列が、配列番号521、75、および561のいずれか1つに従うアミノ酸配列と少なくとも90%同一性を有する、請求項1~5のいずれか一項に記載の組換えポリヌクレオチド。 6. The recombinant polynucleotide of any one of claims 1-5, wherein the amino acid sequence of said Vβ domain has at least 90% identity with the amino acid sequence according to any one of SEQ ID NOs:521, 75 and 561. . 前記コードされる結合タンパク質が、 wherein the encoded binding protein is
(a)配列番号513に従うCDR1αアミノ酸配列および配列番号514に従うCDR2αアミノ酸配列;または (a) a CDR1α amino acid sequence according to SEQ ID NO:513 and a CDR2α amino acid sequence according to SEQ ID NO:514; or
(b)配列番号516に従うCDR1βアミノ酸配列および配列番号517に従うCDR2βアミノ酸配列 (b) a CDR1β amino acid sequence according to SEQ ID NO:516 and a CDR2β amino acid sequence according to SEQ ID NO:517
を含む、請求項1~6のいずれか一項に記載の組換えポリヌクレオチド。The recombinant polynucleotide according to any one of claims 1 to 6, comprising
前記Vβドメインが、配列番号521、75、および561のいずれか1つに従うアミノ酸配列と少なくとも92%同一性を有する、請求項1~7のいずれか一項に記載の組換えポリヌクレオチド。 8. The recombinant polynucleotide of any one of claims 1-7, wherein said Vβ domain has at least 92% identity with an amino acid sequence according to any one of SEQ ID NOs:521, 75 and 561. 前記コードされる結合タンパク質が、TCRα鎖定常(Cα)ドメインおよび/またはTCRβ鎖定常(Cβ)ドメインをさらに含む、請求項1~8のいずれか一項に記載の組換えポリヌクレオチド。 The recombinant polynucleotide of any one of claims 1-8, wherein said encoded binding protein further comprises a TCR α chain constant (Cα) domain and/or a TCR β chain constant (Cβ) domain. (a)前記Cαドメインが、配列番号85もしくは86に従うアミノ酸配列と少なくとも90%同一性を有するアミノ酸配列を含む;および/または (a) said Cα domain comprises an amino acid sequence having at least 90% identity with an amino acid sequence according to SEQ ID NO: 85 or 86; and/or
(b)前記Cβドメインが、配列番号87もしくは99に従うアミノ酸配列と少なくとも90%同一性を有するアミノ酸配列を含む、 (b) said Cβ domain comprises an amino acid sequence having at least 90% identity to an amino acid sequence according to SEQ ID NO:87 or 99;
請求項9に記載の組換えポリヌクレオチド。A recombinant polynucleotide according to claim 9 .
前記コードされる結合タンパク質が、TCRを含む、請求項1~10のいずれか一項に記載の組換えポリヌクレオチド。 The recombinant polynucleotide of any one of claims 1-10, wherein said encoded binding protein comprises a TCR. 前記コードされる結合タンパク質が、キメラ抗原受容体(CAR)を含む、請求項1~10のいずれか一項に記載の組換えポリヌクレオチド。 The recombinant polynucleotide of any one of claims 1-10, wherein said encoded binding protein comprises a chimeric antigen receptor (CAR). 前記コードされる結合タンパク質が、TCRα鎖およびTCRβ鎖を含み、前記ポリヌクレオチドが、TCRα鎖をコードするポリヌクレオチドとTCRβ鎖をコードするポリヌクレオチドとの間に配置された、自己切断性ペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む、請求項1~11のいずれか一項に記載の組換えポリヌクレオチド。 wherein said encoded binding protein comprises a TCRα chain and a TCRβ chain, said polynucleotide encoding a self-cleaving peptide positioned between the polynucleotide encoding the TCRα chain and the polynucleotide encoding the TCRβ chain A recombinant polynucleotide according to any one of claims 1 to 11, comprising a polynucleotide that 宿主細胞における発現のためにコドン最適化されたポリヌクレオチド配列であり、前記宿主細胞が、ヒトT細胞である、請求項1~13のいずれか一項に記載の組換えポリヌクレオチド。 14. The recombinant polynucleotide of any one of claims 1-13, which is a polynucleotide sequence codon-optimized for expression in a host cell, said host cell being a human T-cell. T細胞受容体(TCR)α鎖可変(Vα)ドメインおよびTCRβ鎖可変(Vβ)ドメインを含む結合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む組換え発現ベクターであって、前記コードされる結合タンパク質が、変異型KRASペプチド/HLA複合体に結合することが可能であり、前記変異型KRASペプチドが、配列番号2~5のいずれか1つのアミノ酸配列を含み、前記HLAが、HLA-A A recombinant expression vector comprising a polynucleotide encoding a binding protein comprising a T-cell receptor (TCR) α chain variable (Vα) domain and a TCR β chain variable (Vβ) domain, wherein said encoded binding protein is mutated is capable of binding to a type KRAS peptide/HLA complex, wherein said mutant KRAS peptide comprises the amino acid sequence of any one of SEQ ID NOs: 2-5, and said HLA is HLA-A * 11を含み、かつ:11 and:
前記Vαまたは前記Vβドメインが、配列番号72、75、521、および561のいずれか1つに示されているアミノ酸配列と少なくとも90%同一性を有するアミノ酸配列を含む、組換え発現ベクター。 A recombinant expression vector, wherein said Vα or said Vβ domain comprises an amino acid sequence having at least 90% identity to the amino acid sequence set forth in any one of SEQ ID NOs:72, 75, 521, and 561.
(i)前記Vαドメインが、配列番号72に示されているアミノ酸配列に対して少なくとも90%同一性を有するアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなる;そして (i) said Vα domain comprises or consists of an amino acid sequence having at least 90% identity to the amino acid sequence set forth in SEQ ID NO:72; and
(ii)前記Vβドメインが、配列番号75、521、および561のいずれか1つに示されているアミノ酸配列と少なくとも92%同一性を有するアミノ酸配列を含むかもしくはそれからなる、請求項15に記載の組換え発現ベクター。 16. The claim 15, wherein (ii) said Vβ domain comprises or consists of an amino acid sequence having at least 92% identity to the amino acid sequence set forth in any one of SEQ ID NOS: 75, 521 and 561. recombinant expression vector.
前記Vβドメインのアミノ酸配列が、配列番号521、75、および561のいずれか1つと少なくとも90%同一性を有する、請求項15または16に記載の組換え発現ベクター。 17. The recombinant expression vector of claim 15 or 16, wherein the amino acid sequence of said V[beta] domain has at least 90% identity with any one of SEQ ID NOs:521, 75 and 561. 前記Vβドメインが、配列番号521、75、および561のいずれか1つに従うアミノ酸配列と少なくとも92%同一性を有する、請求項15~17のいずれか一項に記載の組換え発現ベクター。 18. The recombinant expression vector of any one of claims 15-17, wherein said Vβ domain has at least 92% identity with an amino acid sequence according to any one of SEQ ID NOs:521, 75 and 561. 前記コードされる結合タンパク質が、 wherein the encoded binding protein is
(a)配列番号513に従うCDR1αアミノ酸配列および配列番号514に従うCDR2αアミノ酸配列;または (a) a CDR1α amino acid sequence according to SEQ ID NO:513 and a CDR2α amino acid sequence according to SEQ ID NO:514; or
(b)配列番号516に従うCDR1βアミノ酸配列および配列番号517に従うCDR2βアミノ酸配列 (b) a CDR1β amino acid sequence according to SEQ ID NO:516 and a CDR2β amino acid sequence according to SEQ ID NO:517
を含む、請求項15~18のいずれか一項に記載の組換え発現ベクター。The recombinant expression vector according to any one of claims 15 to 18, comprising
前記コードされる結合タンパク質が、TCRα鎖定常(Cα)ドメインおよび/またはTCRβ鎖定常(Cβ)ドメインをさらに含む、請求項15~19のいずれか一項に記載の組換え発現ベクター。 The recombinant expression vector of any one of claims 15-19, wherein said encoded binding protein further comprises a TCR α chain constant (Cα) domain and/or a TCR β chain constant (Cβ) domain. (a)前記Cαドメインが、配列番号85もしくは86に従うアミノ酸配列と少なくとも90%同一性を有するアミノ酸配列を含む;または (a) said Cα domain comprises an amino acid sequence having at least 90% identity to an amino acid sequence according to SEQ ID NO: 85 or 86; or
(b)前記Cβドメインが、配列番号87もしくは99に従うアミノ酸配列と少なくとも90%同一性を有するアミノ酸配列を含む、 (b) said Cβ domain comprises an amino acid sequence having at least 90% identity to an amino acid sequence according to SEQ ID NO:87 or 99;
請求項20に記載の組換え発現ベクター。21. The recombinant expression vector of claim 20.
前記コードされる結合タンパク質が、TCRまたはキメラ抗原受容体(CAR)を含む、請求項15~21のいずれか一項に記載の組換え発現ベクター。 The recombinant expression vector of any one of claims 15-21, wherein said encoded binding protein comprises a TCR or chimeric antigen receptor (CAR). 前記ベクターが、ウイルスベクターを含む、請求項15~22のいずれか一項に記載の組換え発現ベクター。 23. The recombinant expression vector of any one of claims 15-22, wherein said vector comprises a viral vector. 前記ウイルスベクターが、γ-レトロウイルスベクターまたはレンチウイルスベクターを含む、請求項23に記載の組換え発現ベクター。 24. The recombinant expression vector of claim 23, wherein said viral vector comprises a γ-retroviral vector or a lentiviral vector. 前記ベクターは、前記ポリヌクレオチドを宿主細胞に送達することが可能である、請求項15~24のいずれか一項に記載の組換え発現ベクター。 25. The recombinant expression vector of any one of claims 15-24, wherein said vector is capable of delivering said polynucleotide to a host cell. 前記宿主細胞が、造血前駆細胞またはヒト免疫系細胞である、請求項25に記載の組換え発現ベクター。 26. The recombinant expression vector of claim 25, wherein said host cells are hematopoietic progenitor cells or human immune system cells. 前記ヒト免疫系細胞が、CD4 said human immune system cells are CD4 + T細胞、CD8T cells, CD8 + T細胞、CD4T cells, CD4 - CD8CD8 - 二重陰性T細胞、γδT細胞、ナチュラルキラー細胞、ナチュラルキラーT細胞、マクロファージ、単球、樹状細胞、またはそれらの任意の組合せである、請求項26に記載の組換え発現ベクター。27. The recombinant expression vector of claim 26, which is a double negative T cell, γδ T cell, natural killer cell, natural killer T cell, macrophage, monocyte, dendritic cell, or any combination thereof.
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