いくつかの実施形態では、本開示は、免疫エフェクター細胞の1つ以上のエフェクター機能の増強方法であって、本明細書に記載されている遺伝子調節システムをその免疫エフェクター細胞に導入することを含む方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、免疫エフェクター細胞の1つ以上のエフェクター機能の増強方法であって、本明細書に記載されている遺伝子調節システムをその免疫エフェクター細胞に導入することを含み、その改変免疫エフェクター細胞において、1つ以上のエフェクター機能が、改変していないその免疫エフェクター細胞と比べて増強される方法を提供する。いくつかの実施形態では、その1つ以上のエフェクター機能は、細胞増殖性、細胞生存能、細胞傷害性、腫瘍への浸潤性、サイトカイン産生の増加、抗腫瘍免疫応答性及び/または疲弊耐性から選択される。
本発明は、例えば、以下の項目を提供する。
(項目1)
(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、または(b)SOCS1及びANKRD11からなる群から選択した1つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる遺伝子調節システムを含む改変免疫エフェクター細胞であって、
前記1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、前記免疫エフェクター細胞のエフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目2)
前記遺伝子調節システムが、(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)SOCS1及びANKRD11からなる群から選択した内在性標的遺伝子のうちの2つ以上の発現及び/または機能を低下させることができる、項目1に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目3)
IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した1つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる遺伝子調節システムを含む改変免疫エフェクター細胞であって、
前記1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、前記免疫エフェクター細胞のエフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目4)
前記遺伝子調節システムが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した内在性標的遺伝子のうちの2つ以上の発現及び/または機能を低下させることができる、項目3に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目5)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目4に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目6)
前記遺伝子調節システムがさらに、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択した1つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目1または項目2に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目7)
前記遺伝子調節システムが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択した少なくとも1つの内在性標的遺伝子、ならびにIKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した少なくとも1つの内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目6に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目8)
前記遺伝子調節システムが、SOCS1及びANKRD11からなる群から選択した少なくとも1つの内在性標的遺伝子、ならびにIKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した少なくとも1つの内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目6に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目9)
前記遺伝子調節システムが、SOCS1及びCBLBの発現及び/または機能を低下させることができる、項目8に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目10)
前記遺伝子調節システムが、SOCS1及びBCORの発現及び/または機能を低下させることができる、項目8に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目11)
前記遺伝子調節システムが、SOCS1及びTNFAIP3の発現及び/または機能を低下させることができる、項目8に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目12)
前記遺伝子調節システムが、ANKRD11及びCBLBの発現及び/または機能を低下させることができる、項目8に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目13)
前記遺伝子調節システムが、ANKRD11及びBCORの発現及び/または機能を低下させることができる、項目8に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目14)
前記遺伝子調節システムが、ANKRD11及びTNFAIP3の発現及び/または機能を低下させることができる、項目8に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目15)
前記遺伝子調節システムが、ANKRD11及びSOCS1の発現及び/または機能を低下させることができる、項目1または項目2に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目16)
前記遺伝子調節システムが、(i)1つ以上の核酸分子、(ii)1つ以上の酵素タンパク質または(iii)1つ以上のガイド核酸分子及び酵素タンパク質を含む、項目1~15のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目17)
前記1つ以上の核酸分子が、siRNA、shRNA、マイクロRNA(miR)、アンタゴmiRまたはアンチセンスRNAから選択されている、項目16に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目18)
前記遺伝子調節システムが、siRNA核酸分子またはshRNA核酸分子を含む、項目16に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目19)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目18に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目20)
前記siRNAまたはshRNAが、配列番号154~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目19に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目21)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目18に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目22)
前記siRNAまたはshRNAが、配列番号814~1064からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目21に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目23)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、SOCS1であり、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目18に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目24)
前記siRNAまたはshRNAが、配列番号1088~1232からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目23に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目25)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、ANKRD11であり、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目18に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目26)
前記siRNAまたはshRNAが、配列番号1065~1087からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目25に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目27)
前記遺伝子調節システムが、複数のsiRNA分子またはshRNA分子を含むとともに、2つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目16に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目28)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目27に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目29)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目28に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目30)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目28または29に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目31)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、CBLBである、項目27に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目32)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目31に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目33)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、CBLB、TNFAIP3またはBCORである、項目27に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目34)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、SOCS1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目27に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目35)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目34に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目36)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1088~1232からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目35または項目35に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目37)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、SOCS1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、CBLBである、項目27に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目38)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1088~1232からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目37に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目39)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、SOCS1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、CBLB、TNFAIP3またはBCORである、項目27に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目40)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ANKRD11であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目27に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目41)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目40に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目42)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1087からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目40または項目41に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目43)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ANKRD11であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、CBLBである、項目27に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目44)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1087からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目42に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目45)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ANKRD11であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、CBLB、TNFAIP3またはBCORである、項目27に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目46)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、SOCS1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ANKRD11である、項目27に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目47)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目46に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目48)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1087からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1088~1232からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目46に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目49)
前記遺伝子調節システムが、酵素タンパク質を含み、前記酵素タンパク質が、前記内在性遺伝子のうちの1つ以上における標的配列に特異的に結合するように操作されている、項目16に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目50)
前記タンパク質が、転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)、ジンクフィンガーヌクレアーゼまたはメガヌクレアーゼである、項目49に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目51)
前記遺伝子調節システムが、ガイド核酸分子及び酵素タンパク質を含み、前記核酸分子が、ガイドRNA(gRNA)分子であり、前記酵素タンパク質が、Casタンパク質またはCasオルソログである、項目16に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目52)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記gRNA分子が、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目51に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目53)
前記gRNA分子が、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目52に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目54)
前記gRNA分子が、配列番号154~813からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目52に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目55)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記gRNA分子が、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目51に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目56)
前記gRNA分子が、配列番号814~1064からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目55に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目57)
前記gRNA分子が、配列番号814~1064からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目55に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目58)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、SOCS1であり、前記gRNA分子が、表6C及び6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目51に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目59)
前記gRNA分子が、配列番号1088~1232からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目58に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目60)
前記gRNA分子が、配列番号1088~1232からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目58に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目61)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、ANKRD11であり、前記gRNA分子が、表6E及び6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目51に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目62)
前記gRNA分子が、配列番号1065~1087からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目61に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目63)
前記gRNA分子が、配列番号1065~1087からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目61に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目64)
前記遺伝子調節システムが、複数のgRNA分子を含むとともに、2つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる、項目51に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目65)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目64に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目66)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目65に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目67)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目66に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目68)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目66に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目69)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、CBLBである、項目64に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目70)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目69に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目71)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目69に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目72)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、CBLB、TNFAIP3またはBCORである、項目64に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目73)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、SOCS1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目64に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目74)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目73に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目75)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1088~1232からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目74に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目76)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1088~1232からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目74に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目77)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、SOCS1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、CBLBである、項目64に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目78)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1088~1232からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目77に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目79)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1088~1232からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目77に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目80)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、SOCS1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、CBLB、TNFAIP3またはBCORである、項目64に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目81)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ANKRD11であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目64に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目82)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目81に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目83)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1087からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目82に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目84)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1087からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目82に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目85)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ANKRD11であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、CBLBである、項目64に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目86)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1087からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、85の改変免疫エフェクター細胞。
(項目87)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1087からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、85の改変免疫エフェクター細胞。
(項目88)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ANKRD11であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、CBLB、TNFAIP3またはBCORである、項目64に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目89)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、SOCS1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ANKRD11である、項目64に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目90)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義される核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目46に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目91)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1087からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1088~1232からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目46に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目92)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1087からなる群から選択したDNA配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1088~1232からなる群から選択したDNA配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目46に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目93)
a.前記Casタンパク質が、酵素活性ドメインを2つ含むとともに、二本鎖DNA切断を誘導することができる野生型Casタンパク質であるか、
b.前記Casタンパク質が、酵素活性ドメインを1つ含むとともに、一本鎖DNA切断を誘導することができるCasニッカーゼ変異体であるか、または
c.前記Casタンパク質が、不活性型Casタンパク質(dCas)であり、前記1つ以上の内在性標的遺伝子の発現を調節することができる異種タンパク質と結合している、
項目51~92のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目94)
前記Casタンパク質が、Cas9タンパク質である、項目51~93のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目95)
前記異種タンパク質が、MAX相互作用タンパク質1(MXI1)、Kruppel関連ボックス(KRAB)ドメイン、メチル-CpG結合タンパク質2(MECP2)及びmSin3 4連結ドメイン(SID4X)からなる群から選択されている、項目93に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目96)
前記遺伝子調節システムが、前記1つ以上の内在性標的遺伝子に不活性化変異を導入する、項目49~95のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目97)
前記不活性化変異が、前記2つ以上の内在性遺伝子のゲノム配列内の1つ以上のヌクレオチドの欠失、置換または挿入を含む、項目96に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目98)
前記欠失が、前記2つ以上の内在性標的遺伝子の部分欠失または完全欠失である、項目97に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目99)
前記不活性化変異が、フレームシフト変異である、項目97に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目100)
前記不活性化変異によって、前記2つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能が低下する、項目96~99のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目101)
前記遺伝子調節システムが、前記免疫エフェクター細胞に、トランスフェクション、トランスダクション、エレクトロポレーションまたはマイクロフルイディクスデバイスによる細胞膜の物理的破壊によって導入されている、項目1~100のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目102)
前記遺伝子調節システムが、前記システムの1つ以上の構成成分をコードするポリヌクレオチド、タンパク質またはリボ核タンパク質(RNP)複合体として導入されている、項目101に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目103)
IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、
前記1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、前記免疫エフェクター細胞のエフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目104)
(a)IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群、または(b)CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、
前記1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、前記免疫エフェクター細胞のエフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目105)
(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)SOCS1または(c)ANKRD11から選択した1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、
前記1つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、前記改変免疫エフェクター細胞のエフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目106)
SOCS及びANKRD11の発現及び/または機能が低下された、項目105に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目107)
IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択した2つ以上の標的遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、
前記2つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、前記改変免疫エフェクター細胞のエフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目108)
CBLB及びBCORの発現及び/または機能が低下された、項目107に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目109)
2つ以上の標的遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、
少なくとも1つの標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、
少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、
前記2つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、前記改変免疫エフェクター細胞のエフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目110)
2つ以上の標的遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、
少なくとも1つの標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、少なくとも1つの標的遺伝子がCBLBである、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目111)
2つ以上の標的遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、
少なくとも1つの標的遺伝子が、SOCS1であり、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記2つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、前記改変免疫エフェクター細胞のエフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目112)
SOCS1及びCBLBの発現及び/または機能が低下された、項目111に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目113)
SOCS1及びTNFAIP3の発現及び/または機能が低下された、項目111に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目114)
SOCS1及びBCORの発現及び/または機能が低下された、項目111に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目115)
2つ以上の標的遺伝子の発現及び/または機能が低下された改変免疫エフェクター細胞であって、
少なくとも1つの標的遺伝子が、ANKRD11であり、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記2つ以上の内在性遺伝子の発現及び/または機能の低下によって、前記改変免疫エフェクター細胞のエフェクター機能が増強される、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目116)
ANKRD11及びCBLBの発現及び/または機能が低下された、項目115に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目117)
ANKRD11及びTNFAIP3の発現及び/または機能が低下された、項目115に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目118)
ANKRD11及びBCORの発現及び/または機能が低下された、項目115に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目119)
IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した1つ以上の内在性遺伝子に不活性化変異を含む、改変免疫エフェクター細胞。
(項目120)
(a)IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群、または(b)CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した1つ以上の内在性遺伝子に不活性化変異を含む、改変免疫エフェクター細胞。
(項目121)
(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、または(b)SOCS1または(c)ANKRD11から選択した1つ以上の内在性遺伝子に不活性化変異を含む、改変免疫エフェクター細胞。
(項目122)
SOCS1及びANKRD11遺伝子に不活性化変異を含む、項目121に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目123)
IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択した2つ以上の標的遺伝子に不活性化変異を含む、改変免疫エフェクター細胞。
(項目124)
前記CBLB遺伝子及びBCOR遺伝子に不活性化変異を含む、項目123に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目125)
2つ以上の標的遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞であって、
少なくとも1つの標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目126)
2つ以上の標的遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞であって、
少なくとも1つの標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、少なくとも1つの標的遺伝子が、CBLBである、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目127)
2つ以上の標的遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞であって、
少なくとも1つの標的遺伝子が、SOCS1であり、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目128)
前記SOCS1遺伝子及びTNFAIP3遺伝子に不活性化変異を含む、項目127に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目129)
前記SOCS1遺伝子及びBCOR遺伝子に不活性化変異を含む、項目127に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目130)
前記SOCS1遺伝子及びCBLB遺伝子に不活性化変異を含む、項目127に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目131)
2つ以上の標的遺伝子に不活性化変異を含む改変免疫エフェクター細胞であって、
少なくとも1つの標的遺伝子が、ANKRD11であり、少なくとも1つの標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、前記改変免疫エフェクター細胞。
(項目132)
前記ANKRD11遺伝子及びTNFAIP3遺伝子に不活性化変異を含む、項目131に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目133)
前記ANKRD11遺伝子及びBCOR遺伝子に不活性化変異を含む、項目131に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目134)
前記ANKRD11遺伝子及びCBLB遺伝子に不活性化変異を含む、項目131に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目135)
前記不活性化変異が、前記2つ以上の内在性遺伝子のゲノム配列内の1つ以上のヌクレオチドの欠失、置換または挿入を含む、項目119~132のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目136)
前記欠失が、前記2つ以上の内在性標的遺伝子の部分欠失または完全欠失である、項目135に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目137)
前記不活性化変異が、フレームシフト変異である、項目135に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目138)
前記不活性化変異によって、前記2つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能が低下する、項目119~137のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目139)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子の発現が、非改変免疫エフェクター細胞またはコントロールの免疫エフェクター細胞と比べて、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%または少なくとも90%低下する、項目1~138のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目140)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子の機能が、非改変免疫エフェクター細胞またはコントロールの免疫エフェクター細胞と比べて、少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%または少なくとも90%低下する、項目1~138のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目141)
細胞表面に提示された操作免疫受容体をさらに含む、項目1~140のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目142)
前記操作免疫受容体が、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン及び細胞内シグナル伝達ドメインを含むCARである、項目141に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目143)
前記操作免疫受容体が、操作TCRである、項目141に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目144)
前記操作免疫受容体が、標的細胞上に発現する抗原に特異的に結合し、前記抗原が、腫瘍関連抗原である、項目141~143のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目145)
免疫活性化分子を発現する外来性導入遺伝子をさらに含む、項目1~144のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目146)
前記免疫活性化分子が、サイトカイン、ケモカイン、共刺激分子、活性化ペプチド、抗体またはその抗原結合断片からなる群から選択されている、項目145に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目147)
前記抗体またはその結合断片が、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4またはPDCD1によってコードされるタンパク質に特異的に結合し、前記タンパク質の機能を阻害する、項目146に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目148)
前記免疫エフェクター細胞が、T細胞、ナチュラルキラー(NK)細胞、NKT細胞から選択したリンパ球である、項目1~147のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目149)
前記リンパ球が、腫瘍浸潤リンパ球(TIL)である、項目148に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目150)
前記エフェクター機能が、細胞増殖性、細胞生存能、腫瘍への浸潤性、細胞傷害性、抗腫瘍免疫応答性及び/または疲弊耐性から選択されている、項目1~149のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞。
(項目151)
項目1~150のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞を含む組成物。
(項目152)
薬学的に許容可能な担体または希釈剤をさらに含む、項目151に記載の組成物。
(項目153)
改変免疫エフェクター細胞を少なくとも1×10
4
個、1×10
5
個または1×10
6
個含む、項目151または152に記載の組成物。
(項目154)
前記組成物が必要な対象に投与するのに適する、項目151~153のいずれか1項に記載の組成物。
(項目155)
前記組成物が必要な前記対象に由来する自己免疫エフェクター細胞を含む、項目151~154のいずれか1項に記載の組成物。
(項目156)
ドナー対象に由来する同種異系免疫エフェクター細胞を含む、項目151~154のいずれか1項に記載の組成物。
(項目157)
(a)IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群、または(b)CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した細胞内の1つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる遺伝子調節システムであって、
(i)核酸分子、(ii)酵素分子、または(iii)ガイド核酸分子及び酵素タンパク質を含む、前記システム。
(項目158)
(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)SOCS1または(b)ANKRD11から選択した細胞内の1つ以上の内在性標的遺伝子の発現を低下させることができる遺伝子調節システムであって、
(i)核酸分子、(ii)酵素分子、または(iii)ガイド核酸分子及び酵素タンパク質を含む、前記システム。
(項目159)
ガイドRNA(gRNA)核酸分子及びCasエンドヌクレアーゼを含む、項目157または項目158に記載の遺伝子調節システム。
(項目160)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2から選択されているか、またはCBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択されており、前記gRNA分子が、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列と相補的であるターゲティングドメイン配列を含む、項目159に記載の遺伝子調節システム。
(項目161)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2から選択されており、前記gRNA分子が、配列番号154~498からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目160に記載の遺伝子調節システム。
(項目162)
前記gRNA分子が、配列番号154~498からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目160または項目161に記載の遺伝子調節システム。
(項目163)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択されており、前記gRNA分子が、配列番号499~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目160に記載の遺伝子調節システム。
(項目164)
前記gRNA分子が、配列番号499~813からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目160または項目163に記載の遺伝子調節システム。
(項目165)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASから選択されており、前記gRNA分子が、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目159に記載の遺伝子調節システム。
(項目166)
前記gRNA分子が、配列番号814~1064からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目165に記載の遺伝子調節システム。
(項目167)
前記gRNA分子が、配列番号814~1064からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目165または項目166に記載の遺伝子調節システム。
(項目168)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、SOCS1を含み、前記gRNA分子が、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目159に記載の遺伝子調節システム。
(項目169)
前記gRNA分子が、配列番号1088~1232からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目168に記載の遺伝子調節システム。
(項目170)
前記gRNA分子が、配列番号1088~1232からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目168または項目169に記載の遺伝子調節システム。
(項目171)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、ANKRD11を含み、前記gRNA分子が、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目159に記載の遺伝子調節システム。
(項目172)
前記gRNA分子が、配列番号1065~1087からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目171に記載の遺伝子調節システム。
(項目173)
前記gRNA分子が、配列番号1065~1087からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目171または項目172に記載の遺伝子調節システム。
(項目174)
siRNA核酸分子またはshRNA核酸分子を含む、項目157または項目158に記載の遺伝子調節システム。
(項目175)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2から選択されているか、またはCBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目174に記載の遺伝子調節システム。
(項目176)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2から選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号154~498から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目175に記載の遺伝子調節システム。
(項目177)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORから選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号499~813から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目175に記載の遺伝子調節システム。
(項目178)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASから選択されており、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目174に記載の遺伝子調節システム。
(項目179)
前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号814~1064から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目178に記載の遺伝子調節システム。
(項目180)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、SOCS1を含み、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目174に記載の遺伝子調節システム。
(項目181)
前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号1088~1232から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目180に記載の遺伝子調節システム。
(項目182)
前記1つ以上の内在性標的遺伝子が、ANKRD11を含み、前記siRNA分子またはshRNA分子が、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目174に記載の遺伝子調節システム。
(項目183)
前記siRNA分子またはshRNA分子が、配列番号1065~1087から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目182に記載の遺伝子調節システム。
(項目184)
細胞内の2つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能を低下させることができる遺伝子調節システムであって、
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)SOCS1または(b)ANKRD11から選択されており、
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、(a)IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群、または(b)CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、
(i)核酸分子、(ii)酵素分子、または(iii)ガイド核酸分子及び酵素タンパク質を含む、前記システム。
(項目185)
複数のガイドRNA(gRNA)核酸分子及びCasエンドヌクレアーゼを含む、項目184に記載の遺伝子調節システム。
(項目186)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目185に記載の遺伝子調節システム。
(項目187)
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合し、前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合する、項目186に記載の遺伝子調節システム。
(項目188)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目186または項目187に記載の遺伝子調節システム。
(項目189)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目186または項目187に記載の遺伝子調節システム。
(項目190)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、CBLBである、項目185に記載の遺伝子調節システム。
(項目191)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目190に記載の遺伝子調節システム。
(項目192)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目190に記載の遺伝子調節システム。
(項目193)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、SOCS1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目185に記載の遺伝子調節システム。
(項目194)
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合し、前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合する、項目193に記載の遺伝子調節システム。
(項目195)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1088~1232からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目193または項目194に記載の遺伝子調節システム。
(項目196)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1088~1232からなる群から選択したDNA配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目193または項目194に記載の遺伝子調節システム。
(項目197)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、SOCS1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、CBLBである、項目185に記載の遺伝子調節システム。
(項目198)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、SOCS1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3である、項目185に記載の遺伝子調節システム。
(項目199)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、SOCS1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCORである、項目185に記載の遺伝子調節システム。
(項目200)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1088~1232からなる群から選択した標的核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524から選択した標的核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目197に記載の遺伝子調節システム。
(項目201)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1088~1232からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目197に記載の遺伝子調節システム。
(項目202)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ANKRD11であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目185に記載の遺伝子調節システム。
(項目203)
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合し、前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合する、項目202に記載の遺伝子調節システム。
(項目204)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1087からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目202または項目203に記載の遺伝子調節システム。
(項目205)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1087からなる群から選択したDNA配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目202または項目203に記載の遺伝子調節システム。
(項目206)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ANKRD11であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、CBLBである、項目185に記載の遺伝子調節システム。
(項目207)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ANKRD11であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、TNFAIP3である、項目185に記載の遺伝子調節システム。
(項目208)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ANKRD11であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCORである、項目185に記載の遺伝子調節システム。
(項目209)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1087からなる群から選択した標的核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524から選択した標的核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目206に記載の遺伝子調節システム。
(項目210)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1087からなる群から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目206に記載の遺伝子調節システム。
(項目211)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ANKRD11であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、SOCS1である、項目185に記載の遺伝子調節システム。
(項目212)
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合し、前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義される標的DNA配列に結合する、項目211に記載の遺伝子調節システム。
(項目213)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1087からなる群から選択した標的核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1088~1232から選択した標的核酸配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目211に記載の遺伝子調節システム。
(項目214)
前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1087からなる群から選択したDNA配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1088~1232から選択したDNA配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目211に記載の遺伝子調節システム。
(項目215)
前記Casタンパク質が、
a.酵素活性ドメインを2つ含み、二本鎖DNA切断を誘導することができる野生型Casタンパク質、
b.酵素活性ドメインを1つ含み、一本鎖DNA切断を誘導することができるCasニッカーゼ変異体、
c.前記1つ以上の内在性標的遺伝子の発現を調節することができる異種タンパク質と結合している不活性型Casタンパク質(dCas)である、
項目157~214のいずれか1項に記載の遺伝子調節システム。
(項目216)
前記異種タンパク質が、MAX相互作用タンパク質1(MXI1)、Kruppel関連ボックス(KRAB)ドメイン及びmSin3 4連結ドメイン(SID4X)からなる群から選択されている、項目215に記載の遺伝子調節システム。
(項目217)
前記Casタンパク質が、Cas9タンパク質である、項目215または項目216に記載の遺伝子調節システム。
(項目218)
前記システムが、核酸分子を含み、前記核酸分子が、siRNA、shRNA、マイクロRNA(miR)、アンタゴmiRまたはアンチセンスRNAである、項目184に記載の遺伝子調節システム。
(項目219)
複数のshRNA分子またはsiRNA分子を含む、項目218に記載の遺伝子調節システム。
(項目220)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目219に記載の遺伝子調節システム。
(項目221)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6A及び表6Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目220に記載の遺伝子調節システム。
(項目222)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目220または項目221に記載の遺伝子調節システム。
(項目223)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、CBLBである、項目219に記載の遺伝子調節システム。
(項目224)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目223に記載の遺伝子調節システム。
(項目225)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、SOCS1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目219に記載の遺伝子調節システム。
(項目226)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目225に記載の遺伝子調節システム。
(項目227)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1088~1232からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目225または項目226に記載の遺伝子調節システム。
(項目228)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、SOCS1であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、CBLBである、項目219に記載の遺伝子調節システム。
(項目229)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1088~1232からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目228に記載の遺伝子調節システム。
(項目230)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ANKRD11であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6、IKZF2、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されている、項目219に記載の遺伝子調節システム。
(項目231)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表5A及び表5Bに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目230に記載の遺伝子調節システム。
(項目232)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1087からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目230または項目231に記載の遺伝子調節システム。
(項目233)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ANKRD11であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、CBLBである、項目219に記載の遺伝子調節システム。
(項目234)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1087からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号499~524からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目219に記載の遺伝子調節システム。
(項目235)
前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、ANKRD11であり、前記内在性標的遺伝子のうちの少なくとも1つが、SOCS1である、項目219に記載の遺伝子調節システム。
(項目236)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6C及び表6Dに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、表6E及び表6Fに示されている一連のゲノム座標によって定義されるDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目235に記載の遺伝子調節システム。
(項目237)
前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1088~1232からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含み、前記複数のsiRNA分子またはshRNA分子のうちの少なくとも1つが、配列番号1065~1087からなる群から選択したDNA配列によってコードされるRNA配列に結合する約19~30個のヌクレオチドを含む、項目235に記載の遺伝子調節システム。
(項目238)
前記システムが、DNA結合ドメイン及び酵素ドメインを含むタンパク質を含み、ジンクフィンガーヌクレアーゼ及び転写アクチベーター様エフェクターヌクレアーゼ(TALEN)から選択されている、項目157、158または184に記載の遺伝子調節システム。
(項目239)
1つ以上のgRNAをコードするベクター、及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質をコードするベクターを含む遺伝子調節システムであって、
前記1つ以上のgRNAが、配列番号814~1064、配列番号1065~1087、配列番号1088~1232、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、前記遺伝子調節システム。
(項目240)
複数のgRNAをコードするベクター、及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質をコードするベクターを含む遺伝子調節システムであって、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064、配列番号1065~1087または配列番号1088~1232から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、前記遺伝子調節システム。
(項目241)
1つ以上のgRNAをコードするベクター、及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質をコードするmRNA分子を含む遺伝子調節システムであって、
前記1つ以上のgRNAが、配列番号814~1064、配列番号1065~1087、配列番号1088~1232、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、前記遺伝子調節システム。
(項目242)
複数のgRNAをコードするベクター、及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質をコードするmRNA分子を含む遺伝子調節システムであって、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064、配列番号1065~1087または配列番号1088~1232から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、前記遺伝子調節システム。
(項目243)
1つ以上のgRNA及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質を含む遺伝子調節システムであって、
前記1つ以上のgRNAが、配列番号814~1064、配列番号1065~1087、配列番号1088~1232、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、前記1つ以上のgRNAと、前記Casエンドヌクレアーゼタンパク質が複合化して、リボ核タンパク質(RNP)複合体を形成する、前記遺伝子調節システム。
(項目244)
複数のgRNA及びCasエンドヌクレアーゼタンパク質を含む遺伝子調節システムであって、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号814~1064、配列番号1065~1087または配列番号1088~1232から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、
前記複数のgRNAのうちの少なくとも1つが、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した核酸配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含み、
前記1つ以上のgRNAと、前記Casエンドヌクレアーゼタンパク質が複合化して、リボ核タンパク質(RNP)複合体を形成する、前記遺伝子調節システム。
(項目245)
項目157~244のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを含むキット。
(項目246)
(a)BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群、(b)SOCS1、(c)ANKRD11、(d)IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群、または(e)CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択した内在性標的遺伝子内の標的配列と相補的であるターゲティングドメイン核酸配列を含むgRNA核酸分子。
(項目247)
a.前記内在性遺伝子が、BCL2L11、FLI1、CALM2、DHODH、UMPS、RBM39、SEMA7A、CHIC2、PCBP1、PBRM1、WDR6、E2F8、SERPINA3及びGNASからなる群から選択されており、前記gRNAが、表6A及び6Bに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列と相補的であるターゲティングドメイン配列を含むか、
b.前記内在性遺伝子が、SOCS1であり、前記gRNAが、表6C及び表6Dに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列と相補的であるターゲティングドメイン配列を含むか、
c.前記内在性遺伝子が、ANKRD11であり、前記gRNAが、表6E及び表6Fに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列と相補的であるターゲティングドメイン配列を含むか、
d.前記内在性遺伝子が、IKZF1、IKZF3、GATA3、BCL3、TNIP1、TNFAIP3、NFKBIA、SMAD2、TGFBR1、TGFBR2、TANK、FOXP3、RC3H1、TRAF6及びIKZF2からなる群から選択されており、前記gRNAが、表5A及び表5Bに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列と相補的であるターゲティングドメイン配列を含むか、または
e.前記内在性遺伝子が、CBLB、PPP2R2D、NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4、PTPN6、PDCD1及びBCORからなる群から選択されており、前記gRNAが、表5A及び表5Bに示されているゲノム座標から選択したゲノム座標に位置する標的DNA配列と相補的であるターゲティングドメイン配列を含む、
項目246に記載のgRNA分子。
(項目248)
前記gRNAが、配列番号814~1064、配列番号1088~1232、配列番号1065~1087、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した標的DNA配列に結合するターゲティングドメイン配列を含む、項目246~252のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目249)
前記gRNAが、配列番号814~1064、配列番号1088~1232、配列番号1065~1087、配列番号154~498または配列番号499~813から選択した配列によってコードされるターゲティングドメイン配列を含む、項目246~252のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目250)
前記標的配列が、PAM配列を含む、項目246~249のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目251)
前記gRNAが、モジュラーgRNA分子である、項目246~250のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目252)
前記gRNAが、デュアルgRNA分子である、項目246~250のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目253)
前記ターゲティングドメインが、16ヌクレオチド長、17ヌクレオチド長、18ヌクレオチド長、19ヌクレオチド長、20ヌクレオチド長、21ヌクレオチド長、22ヌクレオチド長、23ヌクレオチド長、24ヌクレオチド長、25ヌクレオチド長、26ヌクレオチド長またはそれを上回るヌクレオチド長である、項目246~252のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目254)
その5’末端もしくはその5’末端近傍(例えば、その5’末端から1~10ヌクレオチド、1~5ヌクレオチドもしくは1~2ヌクレオチド以内)の改変、及び/またはその3’末端もしくはその3’末端近傍(例えば、その3’末端から1~10ヌクレオチド、1~5ヌクレオチドもしくは1~2ヌクレオチド以内)の改変を含む、項目246~253のいずれか1項に記載のgRNA分子。
(項目255)
前記改変gRNAをT細胞に導入すると、ヌクレアーゼに対する安定性が向上する、項目254に記載のgRNA分子。
(項目256)
前記改変gRNAをT細胞に導入すると、自然免疫応答が軽減される、項目254または項目255に記載のgRNA分子。
(項目257)
項目246~256のいずれか1項に記載のgRNA分子をコードするポリヌクレオチド分子。
(項目258)
項目246~256のいずれか1項に記載の1つ以上のgRNA分子、または項目257に記載のポリヌクレオチドを含む組成物。
(項目259)
項目246~256のいずれか1項に記載のgRNA分子、または項目257に記載のポリヌクレオチドを含むキット。
(項目260)
改変免疫エフェクター細胞の作製方法であって、
a.免疫エフェクター細胞を対象から採取すること、
b.項目157~244のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞に導入すること、ならびに
c.前記免疫エフェクター細胞を培養して、1つ以上の内在性標的遺伝子の発現及び/または機能が、改変していない免疫エフェクター細胞と比べて低下するようにすること、
を含む、前記方法。
(項目261)
改変免疫エフェクター細胞の作製方法であって、
項目157~244のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞に導入することを含む、前記方法。
(項目262)
CAR及びTCRから選択した操作免疫受容体をコードするポリヌクレオチド配列を導入することをさらに含む、項目260または261に記載の方法。
(項目263)
前記遺伝子調節システム及び/または前記操作免疫受容体をコードする前記ポリヌクレオチドを、前記免疫エフェクター細胞に、トランスフェクション、トランスダクション、エレクトロポレーションまたはマイクロフルイディクスデバイスによる細胞膜の物理的破壊によって導入する、項目262に記載の方法。
(項目264)
前記遺伝子調節システムの1つ以上の構成成分をコードするポリヌクレオチド配列として、タンパク質として、またはリボ核タンパク質(RNP)複合体として、前記システムを導入する、項目260~263のいずれか1項に記載の方法。
(項目265)
改変免疫エフェクター細胞の作製方法であって、
a.免疫エフェクター細胞集団を培養液で増殖させること、
b.項目157~244のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞集団に導入すること、
を含む、前記方法。
(項目266)
前記免疫エフェクター細胞集団を対象から採取することをさらに含む、項目265に記載の方法。
(項目267)
増殖前、増殖中または増殖後に、前記遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目265または項目266に記載の方法。
(項目268)
前記免疫エフェクター細胞集団の前記増殖が、第1ラウンドの増殖及び第2ラウンドの増殖を含む、項目265または項目266に記載の方法。
(項目269)
前記遺伝子調節システムを、前記第1ラウンドの増殖前、前記第1ラウンドの増殖中、または前記第1ラウンドの増殖後に、前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目268に記載の方法。
(項目270)
前記遺伝子調節システムを、前記第2ラウンドの増殖前、前記第2ラウンドの増殖中、または前記第2ラウンドの増殖後に、前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目268に記載の方法。
(項目271)
前記遺伝子調節システムを、前記第1ラウンド及び前記第2ラウンドの増殖の前に、前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目268に記載の方法。
(項目272)
前記遺伝子調節システムを、前記第1ラウンド及び前記第2ラウンドの増殖の後に、前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目268に記載の方法。
(項目273)
前記遺伝子調節システムを、前記第1ラウンドの増殖後、かつ前記第2ラウンドの増殖前に、前記免疫エフェクター細胞集団に導入する、項目268に記載の方法。
(項目274)
治療の必要な対象の疾患または障害の治療方法であって、
項目1~150のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞、または項目151~156のいずれか1項に記載の組成物を有効量投与することを含む、前記方法。
(項目275)
前記疾患または障害が、細胞増殖性障害、炎症性障害または感染症である、項目274に記載の方法。
(項目276)
前記疾患または障害が、がんまたはウイルス感染症である、項目274に記載の方法。
(項目277)
前記がんが、白血病、リンパ腫または固形腫瘍から選択される、項目276に記載の方法。
(項目278)
前記固形腫瘍が、メラノーマ、膵臓腫瘍、膀胱腫瘍、肺腫瘍もしくは肺転移、大腸癌または頭頸部癌である、項目277に記載の方法。
(項目279)
前記がんが、PD1耐性またはPD1非感受性のがんである、項目276~278のいずれか1項に記載の方法。
(項目280)
前記対象が以前に、PD1阻害剤またはPDL1阻害剤による治療を受けたことがある、項目276~279のいずれか1項に記載の方法。
(項目281)
NRP1、HAVCR2、LAG3、TIGIT、CTLA4またはPDCD1によってコードされるタンパク質に特異的に結合して、前記タンパク質の機能を阻害する抗体またはその結合断片を前記対象に投与することをさらに含む、項目276~280のいずれか1項に記載の方法。
(項目282)
前記改変免疫エフェクター細胞が、前記対象に対して自家である、項目274~281のいずれか1項に記載の方法。
(項目283)
前記改変免疫エフェクター細胞が、前記対象に対して同種異系である、項目274~281のいずれか1項に記載の方法。
(項目284)
がん細胞の殺傷方法であって、
項目1~150のいずれか1項に記載の改変免疫エフェクター細胞、または項目151~156のいずれか1項に記載の組成物に、前記がん細胞を暴露することを含む、前記方法。
(項目285)
前記暴露が、in vitro、in vivoまたはex vivoでの暴露である、項目284に記載の方法。
(項目286)
免疫エフェクター細胞の1つ以上のエフェクター機能の増強方法であって、
項目157~244のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞に導入することを含む、前記方法。
(項目287)
免疫エフェクター細胞の1つ以上のエフェクター機能の増強方法であって、
項目157~244のいずれか1項に記載の遺伝子調節システムを前記免疫エフェクター細胞に導入することを含み、前記改変された免疫エフェクター細胞において、1つ以上のエフェクター機能が、改変しなかった前記免疫エフェクター細胞と比べて増強される、前記方法。
(項目288)
前記1つ以上のエフェクター機能が、細胞増殖性、細胞生存能、細胞傷害性、腫瘍への浸潤性、サイトカイン産生の増加、抗腫瘍免疫応答性及び/または疲弊耐性から選択される、項目287に記載の方法。
In some embodiments, the disclosure comprises a method of enhancing one or more effector functions of an immune effector cell, comprising introducing the gene regulatory system described herein into the immune effector cell. Provide a method. In some embodiments, the disclosure comprises a method of enhancing one or more effector functions of an immune effector cell, comprising introducing the gene regulatory system described herein into the immune effector cell. Provided is a method in which one or more effector functions are enhanced in the modified immune effector cell as compared to the unmodified immune effector cell. In some embodiments, one or more effector functions are from cell proliferation, cell viability, cytotoxicity, tumor infiltration, increased cytokine production, antitumor immune responsiveness and / or fatigue resistance. Be selected.
The present invention provides, for example, the following items.
(Item 1)
(A) One or more selected from the group consisting of BCL2L11, FLI1, CALM2, DHODH, UMPS, RBM39, SEMA7A, CHIC2, PCBP1, PBRM1, WDR6, E2F8, SERPINA3 and GNAS, or (b) SOCS1 and ANKRD11. A modified immune effector cell comprising a gene regulation system capable of reducing the expression and / or function of an endogenous target gene of.
The modified immune effector cell, wherein the effector function of the immune effector cell is enhanced by a decrease in the expression and / or function of the one or more endogenous genes.
(Item 2)
The gene regulation system consists of (a) BCL2L11, FLI1, CALM2, DHODH, UMPS, RBM39, SEMA7A, CHIC2, PCBP1, PBRM1, WDR6, E2F8, SERPINA3 and GNAS, and (b) SOCS1 and ANKRD11. The modified immune effector cell according to item 1, which is capable of reducing the expression and / or function of two or more of the selected endogenous target genes.
(Item 3)
IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6, IKZF2, CBLB, PPP2R2D, NRPBL2 A modified immune effector cell comprising a gene regulatory system capable of reducing the expression and / or function of one or more endogenous target genes selected from the group.
The modified immune effector cell, wherein the effector function of the immune effector cell is enhanced by a decrease in the expression and / or function of the one or more endogenous genes.
(Item 4)
The gene regulation system is IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6, IKZF2, CBLB, PPP2R2D The modified immune effector cell according to item 3, which can reduce the expression and / or function of two or more of the endogenous target genes selected from the group consisting of PTPN6, PDCD1 and BCOR.
(Item 5)
At least one of the endogenous target genes is selected from the group consisting of IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6 and IKZF2. Item 4. The modified immune effector cell according to item 4, wherein at least one of the endogenous target genes is selected from the group consisting of CBLB, PPP2R2D, NRP1, HAVCR2, LAG3, TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR.
(Item 6)
The gene regulation system further includes IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6, IKZF2, CBLB, PPP2LCT2 , PTPN6, PDCD1 and BCOR. The modified immune effector cell of item 1 or item 2, which is capable of reducing the expression and / or function of one or more endogenous target genes.
(Item 7)
At least one endogenous target gene selected from the group consisting of BCL2L11, FLI1, CALM2, DHODH, UMPS, RBM39, SEMA7A, CHIC2, PCBP1, PBRM1, WDR6, E2F8, SERPINA3 and GNAS, as well as IKZF1. IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6, IKZF2, CBLB, PPP2R2D, NRP1, HAVCR2 6. The modified immune effector cell according to item 6, which is capable of reducing the expression and / or function of at least one endogenous target gene selected from.
(Item 8)
The gene regulation system includes at least one endogenous target gene selected from the group consisting of SOCS1 and ANKRD11, as well as IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC. An item capable of reducing expression and / or function of at least one endogenous target gene selected from the group consisting of TRAF6, IKZF2, CBLB, PPP2R2D, NRP1, HAVCR2, LAG3, TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR. 6. The modified immune effector cell according to 6.
(Item 9)
Item 8. The modified immune effector cell according to item 8, wherein the gene regulation system can reduce the expression and / or function of SOCS1 and CBLB.
(Item 10)
Item 8. The modified immune effector cell according to item 8, wherein the gene regulation system can reduce the expression and / or function of SOCS1 and BCOR.
(Item 11)
Item 8. The modified immune effector cell according to item 8, wherein the gene regulation system can reduce the expression and / or function of SOCS1 and TNFAIP3.
(Item 12)
Item 8. The modified immune effector cell according to item 8, wherein the gene regulation system can reduce the expression and / or function of ANKRD11 and CBLB.
(Item 13)
Item 8. The modified immune effector cell according to item 8, wherein the gene regulation system is capable of reducing the expression and / or function of ANKRD11 and BCOR.
(Item 14)
Item 8. The modified immune effector cell according to item 8, wherein the gene regulation system can reduce the expression and / or function of ANKRD11 and TNFAIP3.
(Item 15)
The modified immune effector cell according to item 1 or item 2, wherein the gene regulation system is capable of reducing the expression and / or function of ANKRD11 and SOCS1.
(Item 16)
Any one of items 1-15, wherein the gene regulatory system comprises (i) one or more nucleic acid molecules, (ii) one or more enzyme proteins or (iii) one or more guide nucleic acid molecules and enzyme proteins. The modified immune effector cells described in the section.
(Item 17)
The modified immune effector cell of item 16, wherein the one or more nucleic acid molecules are selected from siRNA, shRNA, microRNA (miR), antago miR or antisense RNA.
(Item 18)
16. The modified immune effector cell according to item 16, wherein the gene regulation system comprises a siRNA nucleic acid molecule or a shRNA nucleic acid molecule.
(Item 19)
The one or more endogenous target genes are IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6, IKZF2, CBLB2 , TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR, wherein the siRNA or shRNA molecule is encoded by a DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 5A and 5B. 18. The modified immune effector cell of item 18, which comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence.
(Item 20)
The modified immune effector cell according to item 19, wherein the siRNA or shRNA contains about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 154 to 813.
(Item 21)
The one or more endogenous target genes are selected from the group consisting of BCL2L11, FLI1, CALM2, DHODH, UMPS, RBM39, MeOH7A, CHIC2, PCBP1, PBRM1, WDR6, E2F8, SERPINA3 and GNAS. Alternatively, the modification according to item 18, wherein the shRNA molecule comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6A and 6B. Immuno-effector cells.
(Item 22)
21. The modified immune effector cell of item 21, wherein the siRNA or shRNA comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 814 to 1064.
(Item 23)
The one or more endogenous target genes is SOCS1, and the siRNA or shRNA molecule is in the RNA sequence encoded by the DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6C and 6D. The modified immune effector cell of item 18, which comprises about 19-30 nucleotides to which it binds.
(Item 24)
23. The modified immune effector cell of item 23, wherein the siRNA or shRNA comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1088-1232.
(Item 25)
The one or more endogenous target genes is ANKRD11, and the siRNA or shRNA molecule is in the RNA sequence encoded by the DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6E and 6F. The modified immune effector cell of item 18, which comprises about 19-30 nucleotides to which it binds.
(Item 26)
25. The modified immune effector cell of item 25, wherein the siRNA or shRNA comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1065-1087.
(Item 27)
16. The modified immune effector cell according to item 16, wherein the gene regulation system comprises a plurality of siRNA molecules or shRNA molecules and is capable of reducing the expression and / or function of two or more endogenous target genes.
(Item 28)
At least one of the endogenous target genes is selected from the group consisting of BCL2L11, FLI1, CALM2, DHODH, UMPS, RBM39, SEMA7A, CHIC2, PCBP1, PBRM1, WDR6, E2F8, SERPINA3 and GNAS. At least one of the sex target genes is IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6, IKZF2, CBLB3 27. The modified immune effector cell of item 27, selected from the group consisting of TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR.
(Item 29)
Approximately 19-30 conjugations of at least one of the plurality of siRNA molecules or shRNA molecules to an RNA sequence encoded by a DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6A and 6B. Approximately 19 such that contains nucleotides and at least one of the plurality of siRNA molecules or shRNA molecules binds to an RNA sequence encoded by a DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 5A and 5B. 28. The modified immunoeffector cell according to item 28, which comprises ~ 30 nucleotides.
(Item 30)
The plurality of siRNA molecules or at least one of the shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 814 to 1064. 28. Item 28 or 29, wherein at least one of the siRNA or shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 154-813. Modified immune effector cells.
(Item 31)
At least one of the endogenous target genes is selected from the group consisting of BCL2L11, FLI1, CALM2, DHODH, UMPS, RBM39, SEMA7A, CHIC2, PCBP1, PBRM1, WDR6, E2F8, SERPINA3 and GNAS. 27. The modified immune effector cell according to item 27, wherein at least one of the sex target genes is CBLB.
(Item 32)
The plurality of siRNA molecules or at least one of the shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 814 to 1064. 31. The modification of item 31, wherein at least one of the siRNA or shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 499-524. Immuno-effector cells.
(Item 33)
At least one of the endogenous target genes is selected from the group consisting of BCL2L11, FLI1, CALM2, DHODH, UMPS, RBM39, SEMA7A, CHIC2, PCBP1, PBRM1, WDR6, E2F8, SERPINA3 and GNAS. 27. The modified immune effector cell according to item 27, wherein at least one of the sex target genes is CBLB, TNFAIP3 or BCOR.
(Item 34)
At least one of the endogenous target genes is SOCS1, and at least one of the endogenous target genes is IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, Item 27. The modified immune effector cell according to item 27, selected from the group consisting of FOXP3, RC3H1, TRAF6, IKZF2, CBLB, PPP2R2D, NRP1, HAVCR2, LAG3, TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR.
(Item 35)
Approximately 19-30 conjugations of at least one of the plurality of siRNA molecules or shRNA molecules to an RNA sequence encoded by a DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6C and 6D. Approximately 19 such that contains nucleotides and at least one of the plurality of siRNA molecules or shRNA molecules binds to an RNA sequence encoded by a DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 5A and 5B. 34. The modified immunoeffector cell according to item 34, which comprises ~ 30 nucleotides.
(Item 36)
At least one of the plurality of siRNA molecules or shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1088-1232. In item 35 or item 35, wherein at least one of the siRNA or shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to the RNA sequence encoded by the DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 154-813. Described modified immunoeffector cells.
(Item 37)
27. The modified immune effector cell of item 27, wherein at least one of the endogenous target genes is SOCS1 and at least one of the endogenous target genes is CBLB.
(Item 38)
At least one of the plurality of siRNA molecules or shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1088-1232. 37. The modification of item 37, wherein at least one of the siRNA or shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 499-524. Immuno-effector cells.
(Item 39)
27. The modified immune effector cell of item 27, wherein at least one of the endogenous target genes is SOCS1 and at least one of the endogenous target genes is CBLB, TNFAIP3 or BCOR.
(Item 40)
At least one of the endogenous target genes is ANKRD11, and at least one of the endogenous target genes is IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, Item 27. The modified immune effector cell according to item 27, selected from the group consisting of FOXP3, RC3H1, TRAF6, IKZF2, CBLB, PPP2R2D, NRP1, HAVCR2, LAG3, TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR.
(Item 41)
Approximately 19-30 conjugations of at least one of the plurality of siRNA molecules or shRNA molecules to an RNA sequence encoded by a DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6E and 6F. Approximately 19 such that contains nucleotides and at least one of the plurality of siRNA molecules or shRNA molecules binds to an RNA sequence encoded by a DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 5A and 5B. 40. The modified immunoeffector cell according to item 40, which comprises ~ 30 nucleotides.
(Item 42)
The plurality of siRNA molecules or at least one of the shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1065 to 1087. In item 40 or item 41, wherein at least one of the siRNA or shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 154-813. Described modified immunoeffector cells.
(Item 43)
27. The modified immune effector cell of item 27, wherein at least one of the endogenous target genes is ANKRD11 and at least one of the endogenous target genes is CBLB.
(Item 44)
The plurality of siRNA molecules or at least one of the shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1065 to 1087. 42. The modification of item 42, wherein at least one of the siRNA or shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 499-524. Immuno-effector cells.
(Item 45)
27. The modified immune effector cell of item 27, wherein at least one of the endogenous target genes is ANKRD11 and at least one of the endogenous target genes is CBLB, TNFAIP3 or BCOR.
(Item 46)
27. The modified immune effector cell of item 27, wherein at least one of the endogenous target genes is SOCS1 and at least one of the endogenous target genes is ANKRD11.
(Item 47)
Approximately 19-30 conjugations of at least one of the plurality of siRNA molecules or shRNA molecules to an RNA sequence encoded by a DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6C and 6D. Approximately 19 such that contains nucleotides and at least one of the plurality of siRNA molecules or shRNA molecules binds to an RNA sequence encoded by a DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6E and 6F. 46. The modified immunoeffector cell according to item 46, which comprises ~ 30 nucleotides.
(Item 48)
The plurality of siRNA molecules or at least one of the shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1065 to 1087. 46. The modification of item 46, wherein at least one of the siRNA or shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1088-1232. Immuno-effector cells.
(Item 49)
16. The modified immune effector according to item 16, wherein the gene regulation system comprises an enzyme protein, wherein the enzyme protein is engineered to specifically bind to a target sequence in one or more of the endogenous genes. cell.
(Item 50)
49. The modified immune effector cell of item 49, wherein the protein is a transcriptional activator-like effector nuclease (TALEN), zinc finger nuclease or meganuclease.
(Item 51)
16. The modified immune effector according to item 16, wherein the gene regulatory system comprises a guide nucleic acid molecule and an enzyme protein, wherein the nucleic acid molecule is a guide RNA (gRNA) molecule and the enzyme protein is a Cas protein or Cas ortholog. cell.
(Item 52)
The one or more endogenous target genes are IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6, IKZF2, CBLB2 , TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR, the targeting domain sequence to which the gRNA molecule binds to the nucleic acid sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 5A and 5B. 51. The modified immunoeffector cell according to item 51.
(Item 53)
52. The modified immune effector cell of item 52, wherein the gRNA molecule comprises a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 154-813.
(Item 54)
52. The modified immune effector cell of item 52, wherein the gRNA molecule comprises a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 154-813.
(Item 55)
The one or more endogenous target genes are selected from the group consisting of BCL2L11, FLI1, CALM2, DHODH, UMPS, RBM39, SEMA7A, CHIC2, PCBP1, PBRM1, WDR6, E2F8, SERPINA3 and GNAS, and the gRNA molecule. 51. The modified immunoeffector cell according to item 51, comprising a targeting domain sequence that binds to a nucleic acid sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6A and 6B.
(Item 56)
55. The modified immune effector cell of item 55, wherein the gRNA molecule comprises a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 814 to 1064.
(Item 57)
55. The modified immune effector cell of item 55, wherein the gRNA molecule comprises a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 814 to 1064.
(Item 58)
Item 51, wherein the one or more endogenous target genes is SOCS1 and the gRNA molecule comprises a targeting domain sequence that binds to a nucleic acid sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6C and 6D. The modified immunoeffector cells described in.
(Item 59)
58. The modified immune effector cell of item 58, wherein the gRNA molecule comprises a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1088-1232.
(Item 60)
58. The modified immune effector cell of item 58, wherein the gRNA molecule comprises a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1088-1232.
(Item 61)
Item 51, wherein the one or more endogenous target genes is ANKRD11, wherein the gRNA molecule comprises a targeting domain sequence that binds to a nucleic acid sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6E and 6F. The modified immunoeffector cells described in.
(Item 62)
61. The modified immune effector cell of item 61, wherein the gRNA molecule comprises a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1065 to 1087.
(Item 63)
61. The modified immune effector cell of item 61, wherein the gRNA molecule comprises a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1065-1087.
(Item 64)
51. The modified immune effector cell of item 51, wherein the gene regulation system comprises a plurality of gRNA molecules and is capable of reducing the expression and / or function of two or more endogenous target genes.
(Item 65)
At least one of the endogenous target genes is selected from the group consisting of BCL2L11, FLI1, CALM2, DHODH, UMPS, RBM39, SEMA7A, CHIC2, PCBP1, PBRM1, WDR6, E2F8, SERPINA3 and GNAS. At least one of the sex target genes is IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6, IKZF2, CBLB3 The modified immune effector cell according to item 64, which is selected from the group consisting of TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR.
(Item 66)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence that binds to a nucleic acid sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6A and 6B, and at least one of the plurality of gRNA molecules. The modified immune effector cell of item 65, wherein one comprises a targeting domain sequence that binds to a nucleic acid sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 5A and 5B.
(Item 67)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 814 to 1064, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 154. 66. The modified immune effector cell of item 66, comprising a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of ~ 813.
(Item 68)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 814 to 1064, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 154. 66. The modified immunoeffector cell of item 66, comprising a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from the group consisting of ~ 813.
(Item 69)
At least one of the endogenous target genes is selected from the group consisting of BCL2L11, FLI1, CALM2, DHODH, UMPS, RBM39, SEMA7A, CHIC2, PCBP1, PBRM1, WDR6, E2F8, SERPINA3 and GNAS, said endogenous. The modified immune effector cell according to item 64, wherein at least one of the sex target genes is CBLB.
(Item 70)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 814 to 1064, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 499. 69. The modified immune effector cell of item 69, comprising a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of ~ 524.
(Item 71)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 814 to 1064, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 499. 69. The modified immunoeffector cell of item 69, comprising a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from the group consisting of ~ 524.
(Item 72)
At least one of the endogenous target genes is selected from the group consisting of BCL2L11, FLI1, CALM2, DHODH, UMPS, RBM39, SEMA7A, CHIC2, PCBP1, PBRM1, WDR6, E2F8, SERPINA3 and GNAS. 64. The modified immune effector cell according to item 64, wherein at least one of the sex target genes is CBLB, TNFAIP3 or BCOR.
(Item 73)
At least one of the endogenous target genes is SOCS1, and at least one of the endogenous target genes is IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, Item 64. The modified immune effector cell according to item 64, which is selected from the group consisting of FOXP3, RC3H1, TRAF6, IKZF2, CBLB, PPP2R2D, NRP1, HAVCR2, LAG3, TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR.
(Item 74)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence that binds to a nucleic acid sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6C and 6D, and at least one of the plurality of gRNA molecules. 23. The modified immune effector cell of item 73, wherein one comprises a targeting domain sequence that binds to a nucleic acid sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 5A and 5B.
(Item 75)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1088 to 1232, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 154. 74. The modified immune effector cell of item 74, comprising a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of ~ 813.
(Item 76)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1088-1232, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 154. 74. The modified immune effector cell of item 74, comprising a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from the group consisting of ~ 813.
(Item 77)
64. The modified immune effector cell of item 64, wherein at least one of the endogenous target genes is SOCS1 and at least one of the endogenous target genes is CBLB.
(Item 78)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1088 to 1232, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 499. 77. The modified immunoeffector cell of item 77, comprising a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of ~ 524.
(Item 79)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1088-1232, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 499. 77. The modified immune effector cell of item 77, comprising a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from the group consisting of ~ 524.
(Item 80)
64. The modified immune effector cell of item 64, wherein at least one of the endogenous target genes is SOCS1 and at least one of the endogenous target genes is CBLB, TNFAIP3 or BCOR.
(Item 81)
At least one of the endogenous target genes is ANKRD11, and at least one of the endogenous target genes is IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, Item 64. The modified immune effector cell according to item 64, which is selected from the group consisting of FOXP3, RC3H1, TRAF6, IKZF2, CBLB, PPP2R2D, NRP1, HAVCR2, LAG3, TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR.
(Item 82)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence that binds to a nucleic acid sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6E and 6F, and at least one of the plurality of gRNA molecules. Item 8. The modified immune effector cell of item 81, wherein one comprises a targeting domain sequence that binds to a nucleic acid sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 5A and 5B.
(Item 83)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1065 to 1087, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 154. 82. The modified immune effector cell of item 82, comprising a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of ~ 813.
(Item 84)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1065 to 1087, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 154. 82. The modified immune effector cell of item 82, comprising a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of ~ 813.
(Item 85)
64. The modified immune effector cell of item 64, wherein at least one of the endogenous target genes is ANKRD11 and at least one of the endogenous target genes is CBLB.
(Item 86)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1065 to 1087, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 499. 85 modified immune effector cells comprising a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of ~ 524.
(Item 87)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1065 to 1087, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 499. 85 modified immunoeffector cells comprising a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from the group consisting of ~ 524.
(Item 88)
64. The modified immune effector cell of item 64, wherein at least one of the endogenous target genes is ANKRD11 and at least one of the endogenous target genes is CBLB, TNFAIP3 or BCOR.
(Item 89)
64. The modified immune effector cell of item 64, wherein at least one of the endogenous target genes is SOCS1 and at least one of the endogenous target genes is ANKRD11.
(Item 90)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence that binds to a nucleic acid sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6E and 6F, and at least one of the plurality of gRNA molecules. 46. The modified immune effector cell of item 46, wherein one comprises a targeting domain sequence that binds to a nucleic acid sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6C and 6D.
(Item 91)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1065 to 1087, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 1088. 46. The modified immune effector cell of item 46, comprising a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of ~ 1232.
(Item 92)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1065 to 1087, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 1088. 46. The modified immune effector cell of item 46, comprising a targeting domain sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of ~ 1232.
(Item 93)
a. Whether the Cas protein is a wild-type Cas protein that contains two enzyme-active domains and is capable of inducing double-stranded DNA cleavage.
b. The Cas protein is a Cas nickase variant that contains one enzyme-active domain and is capable of inducing single-stranded DNA cleavage.
c. The Cas protein is an inactive Cas protein (dCas) and is bound to a heterologous protein capable of regulating the expression of one or more endogenous target genes.
The modified immune effector cell according to any one of items 51 to 92.
(Item 94)
The modified immune effector cell according to any one of items 51 to 93, wherein the Cas protein is a Cas9 protein.
(Item 95)
Item 93, wherein the heterologous protein is selected from the group consisting of MAX interaction protein 1 (MXI1), Kruppel-related box (KRAB) domain, methyl-CpG binding protein 2 (MECP2) and mSin3 4 linking domain (SID4X). The modified immune effector cells described in.
(Item 96)
The modified immune effector cell according to any one of items 49 to 95, wherein the gene regulation system introduces an inactivating mutation into the one or more endogenous target genes.
(Item 97)
28. The modified immune effector cell of item 96, wherein the inactivating mutation comprises a deletion, substitution or insertion of one or more nucleotides in the genomic sequence of the two or more endogenous genes.
(Item 98)
The modified immune effector cell of item 97, wherein the deletion is a partial or complete deletion of the two or more endogenous target genes.
(Item 99)
The modified immune effector cell according to item 97, wherein the inactivating mutation is a frameshift mutation.
(Item 100)
The modified immune effector cell according to any one of items 96 to 99, wherein the inactivating mutation reduces the expression and / or function of the two or more endogenous target genes.
(Item 101)
The item 1 to 100, wherein the gene regulatory system is introduced into the immune effector cell by transfection, transduction, electroporation or physical destruction of the cell membrane by a microfluidic device. Modified immune effector cells.
(Item 102)
10. The modified immune effector cell of item 101, wherein the gene regulatory system has been introduced as a polynucleotide, protein or ribonucleoprotein (RNP) complex encoding one or more components of the system.
(Item 103)
IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6, IKZF2, CBLB, PPP2R2D, NRPBL2 Modified immune effector cells with reduced expression and / or function of one or more endogenous genes selected from the group of
The modified immune effector cell, wherein the effector function of the immune effector cell is enhanced by a decrease in the expression and / or function of the one or more endogenous genes.
(Item 104)
(A) Group consisting of IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6 and IKZF2, or (b) CBLB, VRP2, Modified immune effector cells with reduced expression and / or function of one or more endogenous genes selected from the group consisting of TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR.
The modified immune effector cell, wherein the effector function of the immune effector cell is enhanced by a decrease in the expression and / or function of the one or more endogenous genes.
(Item 105)
(A) One or more selected from the group consisting of BCL2L11, FLI1, CALM2, DHODH, UMPS, RBM39, SEMA7A, CHIC2, PCBP1, PBRM1, WDR6, E2F8, SERPINA3 and GNAS, (b) SOCS1 or (c) ANKRD11. Modified immune effector cells with reduced expression and / or function of endogenous genes.
The modified immune effector cell, wherein the effector function of the modified immune effector cell is enhanced by a decrease in the expression and / or function of the one or more endogenous genes.
(Item 106)
The modified immune effector cell of item 105, wherein the expression and / or function of SOCS and ANKRD11 is reduced.
(Item 107)
IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6, IKZF2, CBLB, PPP2R2D, NRPBL2 Modified immune effector cells with reduced expression and / or function of two or more selected target genes.
The modified immune effector cell in which the effector function of the modified immune effector cell is enhanced by a decrease in the expression and / or function of the two or more endogenous genes.
(Item 108)
Item 10. The modified immune effector cell according to item 107, wherein the expression and / or function of CBLB and BCOR is reduced.
(Item 109)
Modified immune effector cells with reduced expression and / or function of two or more target genes.
At least one target gene has been selected from the group consisting of BCL2L11, FLI1, CALM2, DHODH, UMPS, RBM39, SEMA7A, CHIC2, PCBP1, PBRM1, WDR6, E2F8, SERPINA3 and GNAS.
At least one target gene is IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6, IKZF2, CBLB, PPP2LR2 , PTPN6, PDCD1 and BCOR.
The modified immune effector cell in which the effector function of the modified immune effector cell is enhanced by a decrease in the expression and / or function of the two or more endogenous genes.
(Item 110)
Modified immune effector cells with reduced expression and / or function of two or more target genes.
At least one target gene is selected from the group consisting of BCL2L11, FLI1, CALM2, DHODH, UMPS, RBM39, SEMA7A, CHIC2, PCBP1, PBRM1, WDR6, E2F8, SERPINA3 and GNAS, and at least one target gene is CBLB. The modified immune effector cell.
(Item 111)
Modified immune effector cells with reduced expression and / or function of two or more target genes.
At least one target gene is SOCS1, and at least one target gene is IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6, IK. It is selected from the group consisting of PPP2R2D, NRP1, HAVCR2, LAG3, TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR, and by reducing the expression and / or function of the two or more endogenous genes, the modified immune effector cells The modified immune effector cell whose effector function is enhanced.
(Item 112)
The modified immune effector cell of item 111, wherein the expression and / or function of SOCS1 and CBLB was reduced.
(Item 113)
The modified immune effector cell of item 111, wherein the expression and / or function of SOCS1 and TNFAIP3 is reduced.
(Item 114)
The modified immune effector cell of item 111, wherein the expression and / or function of SOCS1 and BCOR is reduced.
(Item 115)
Modified immune effector cells with reduced expression and / or function of two or more target genes.
At least one target gene is ANKRD11, and at least one target gene is IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6. It is selected from the group consisting of PPP2R2D, NRP1, HAVCR2, LAG3, TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR, and by reducing the expression and / or function of the two or more endogenous genes, the modified immune effector cells The modified immune effector cell whose effector function is enhanced.
(Item 116)
The modified immune effector cell of item 115, wherein the expression and / or function of ANKRD11 and CBLB was reduced.
(Item 117)
The modified immune effector cell of item 115, wherein the expression and / or function of ANKRD11 and TNFAIP3 is reduced.
(Item 118)
The modified immune effector cell of item 115, wherein the expression and / or function of ANKRD11 and BCOR is reduced.
(Item 119)
IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6, IKZF2, CBLB, PPP2R2D, NRPB1 A modified immune effector cell containing an inactivating mutation in one or more endogenous genes selected from the group.
(Item 120)
(A) Group consisting of IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6 and IKZF2, or (b) CBLB, VRP2, A modified immune effector cell comprising an inactivating mutation in one or more endogenous genes selected from the group consisting of TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR.
(Item 121)
(A) A group consisting of BCL2L11, FLI1, CALM2, DHODH, UMPS, RBM39, SEMA7A, CHIC2, PCBP1, PBRM1, WDR6, E2F8, SERPINA3 and GNAS, or one or more selected from (b) SOCS1 or (c) ANKRD11. Modified immune effector cells containing an inactivating mutation in the endogenous gene of.
(Item 122)
Item 12. The modified immune effector cell according to item 121, which comprises an inactivating mutation in the SOCS1 and ANKRD11 genes.
(Item 123)
IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6, IKZF2, CBLB, PPP2R2D, NRPB1 Modified immune effector cells containing inactivating mutations in two or more selected target genes.
(Item 124)
The modified immune effector cell according to item 123, which comprises an inactivating mutation in the CBLB gene and the BCOR gene.
(Item 125)
Modified immune effector cells containing inactivating mutations in two or more target genes.
At least one target gene is selected from the group consisting of BCL2L11, FLI1, CALM2, DHODH, UMPS, RBM39, SEMA7A, CHIC2, PCBP1, PBRM1, WDR6, E2F8, SERPINA3 and GNAS. IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6, IKZF2, CBLB, PPP2R2D, NRPBL2 The modified immune effector cells selected from the group.
(Item 126)
Modified immune effector cells containing inactivating mutations in two or more target genes.
At least one target gene is selected from the group consisting of BCL2L11, FLI1, CALM2, DHODH, UMPS, RBM39, SEMA7A, CHIC2, PCBP1, PBRM1, WDR6, E2F8, SERPINA3 and GNAS. The modified immune effector cell, which is CBLB.
(Item 127)
Modified immune effector cells containing inactivating mutations in two or more target genes.
At least one target gene is SOCS1, and at least one target gene is IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6, IK. The modified immune effector cell selected from the group consisting of PPP2R2D, NRP1, HAVCR2, LAG3, TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR.
(Item 128)
The modified immune effector cell according to item 127, which comprises an inactivating mutation in the SOCS1 gene and the TNFAIP3 gene.
(Item 129)
The modified immune effector cell according to item 127, which comprises an inactivating mutation in the SOCS1 gene and the BCOR gene.
(Item 130)
The modified immune effector cell according to item 127, which comprises an inactivating mutation in the SOCS1 gene and the CBLB gene.
(Item 131)
Modified immune effector cells containing inactivating mutations in two or more target genes.
At least one target gene is ANKRD11 and at least one target gene is IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6. The modified immune effector cell selected from the group consisting of PPP2R2D, NRP1, HAVCR2, LAG3, TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR.
(Item 132)
The modified immune effector cell according to item 131, which comprises an inactivating mutation in the ANKRD11 gene and the TNFAIP3 gene.
(Item 133)
Item 3. The modified immune effector cell according to item 131, which comprises an inactivating mutation in the ANKRD11 gene and the BCOR gene.
(Item 134)
The modified immune effector cell according to item 131, which comprises an inactivating mutation in the ANKRD11 gene and the CBLB gene.
(Item 135)
The modified immune effector according to any one of items 119 to 132, wherein the inactivating mutation comprises a deletion, substitution or insertion of one or more nucleotides in the genomic sequence of the two or more endogenous genes. cell.
(Item 136)
The modified immune effector cell of item 135, wherein the deletion is a partial or complete deletion of the two or more endogenous target genes.
(Item 137)
The modified immune effector cell according to item 135, wherein the inactivating mutation is a frameshift mutation.
(Item 138)
The modified immune effector cell according to any one of items 119 to 137, wherein the inactivating mutation reduces the expression and / or function of the two or more endogenous target genes.
(Item 139)
Expression of one or more endogenous target genes is reduced by at least 50%, at least 60%, at least 70%, at least 80% or at least 90% as compared to unmodified immune effector cells or control immune effector cells. The modified immune effector cell according to any one of items 1 to 138.
(Item 140)
The function of one or more endogenous target genes is reduced by at least 50%, at least 60%, at least 70%, at least 80% or at least 90% as compared to unmodified immune effector cells or control immune effector cells. The modified immune effector cell according to any one of items 1 to 138.
(Item 141)
The modified immune effector cell according to any one of items 1 to 140, further comprising an engineered immune receptor presented on the cell surface.
(Item 142)
14. The modified immune effector cell of item 141, wherein the engineered immune receptor is a CAR comprising an antigen binding domain, a transmembrane domain and an intracellular signaling domain.
(Item 143)
The modified immune effector cell according to item 141, wherein the engineered immune receptor is an engineered TCR.
(Item 144)
The modified immune effector cell according to any one of items 141 to 143, wherein the engineered immune receptor specifically binds to an antigen expressed on a target cell, and the antigen is a tumor-related antigen.
(Item 145)
The modified immunoeffector cell according to any one of items 1 to 144, further comprising an exogenous transgene expressing an immunostimulatory molecule.
(Item 146)
145. The modified immunoeffector cell according to item 145, wherein the immunostimulatory molecule is selected from the group consisting of cytokines, chemokines, costimulatory molecules, activated peptides, antibodies or antigen-binding fragments thereof.
(Item 147)
146. The modified immune effector cell according to item 146, wherein the antibody or a binding fragment thereof specifically binds to a protein encoded by NRP1, HAVCR2, LAG3, TIGIT, CTLA4 or PDCD1 and inhibits the function of the protein.
(Item 148)
The modified immune effector cell according to any one of items 1 to 147, wherein the immune effector cell is a lymphocyte selected from T cells, natural killer (NK) cells, and NKT cells.
(Item 149)
148. The modified immune effector cell according to item 148, wherein the lymphocyte is a tumor infiltrating lymphocyte (TIL).
(Item 150)
Item 2. The item 1 to 149, wherein the effector function is selected from cell proliferation, cell viability, tumor infiltration, cytotoxicity, antitumor immune responsiveness and / or fatigue resistance. Modified immune effector cells.
(Item 151)
A composition comprising the modified immune effector cell according to any one of items 1 to 150.
(Item 152)
151. The composition of item 151, further comprising a pharmaceutically acceptable carrier or diluent.
(Item 153)
At least 1x10 modified immune effector cells
4
Piece, 1x10
5
Pieces or 1x10
6
The composition according to item 151 or 152, comprising:
(Item 154)
The composition according to any one of items 151 to 153, wherein the composition is suitable for administration to a subject in need.
(Item 155)
The composition according to any one of items 151 to 154, comprising autoimmune effector cells derived from the subject in which the composition is required.
(Item 156)
Item 6. The composition according to any one of items 151 to 154, comprising allogeneic immune effector cells derived from a donor subject.
(Item 157)
(A) Group consisting of IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6 and IKZF2, or (b) CBLB, VRP2, A gene regulation system capable of reducing the expression and / or function of one or more intracellular target genes selected from the group consisting of TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR.
The system comprising (i) a nucleic acid molecule, (ii) an enzyme molecule, or (iii) a guide nucleic acid molecule and an enzyme protein.
(Item 158)
(A) Group consisting of BCL2L11, FLI1, CALM2, DHODH, UMPS, RBM39, SEMA7A, CHIC2, PCBP1, PBRM1, WDR6, E2F8, SERPINA3 and GNAS, (b) SOCS1 or (b) ANKRD11 in the cell. A gene regulation system that can reduce the expression of one or more endogenous target genes.
The system comprising (i) a nucleic acid molecule, (ii) an enzyme molecule, or (iii) a guide nucleic acid molecule and an enzyme protein.
(Item 159)
157. The gene regulation system according to item 157, which comprises a guide RNA (gRNA) nucleic acid molecule and Cas endonuclease.
(Item 160)
Whether the one or more endogenous target genes are selected from IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6 and IKZF2, , NRP1, HAVCR2, LAG3, TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR, the gRNA molecule complementing the target DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 5A and 5B. 159. The gene regulation system according to item 159, comprising a targeting domain sequence that is targeted.
(Item 161)
The one or more endogenous target genes are selected from IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6 and IKZF2. 160. The gene regulation system of item 160, comprising a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 154-498.
(Item 162)
The gene regulation system according to item 160 or item 161 wherein the gRNA molecule comprises a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 154 to 498.
(Item 163)
The one or more endogenous target genes are selected from CBLB, PPP2R2D, NRP1, HAVCR2, LAG3, TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR, and the gRNA molecule is from the group consisting of SEQ ID NOs: 499-813. The gene regulation system according to item 160, comprising a targeting domain sequence that binds to a selected target DNA sequence.
(Item 164)
The gene regulation system according to item 160 or item 163, wherein the gRNA molecule comprises a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 499-813.
(Item 165)
The one or more endogenous target genes are selected from BCL2L11, FLI1, CALM2, DHODH, UMPS, RBM39, SEMA7A, CHIC2, PCBP1, PBRM1, WDR6, E2F8, SERPINA3 and GNAS, and the gRNA molecule is shown in the table. 159. The gene regulation system of item 159, comprising a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence as defined by the set of genomic coordinates shown in 6A and Table 6B.
(Item 166)
165. The gene regulation system of item 165, wherein the gRNA molecule comprises a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 814 to 1064.
(Item 167)
165. The gene regulation system of item 165, wherein the gRNA molecule comprises a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 814 to 1064.
(Item 168)
The one or more endogenous target genes comprises SOCS1, and the gRNA molecule comprises a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6C and 6D. 159. The gene regulation system according to item 159.
(Item 169)
168. The gene regulation system of item 168, wherein the gRNA molecule comprises a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1088-1232.
(Item 170)
168. The gene regulatory system of item 168 or item 169, wherein the gRNA molecule comprises a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1088-1232.
(Item 171)
The one or more endogenous target genes comprises ANKRD11 and the gRNA molecule comprises a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6E and 6F. 159. The gene regulation system according to item 159.
(Item 172)
171. The gene regulation system according to item 171. The gRNA molecule comprises a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1065 to 1087.
(Item 173)
171 or 172, wherein the gRNA molecule comprises a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1065 to 1087.
(Item 174)
157 or 158. The gene regulation system according to item 157 or item 158, which comprises a siRNA nucleic acid molecule or a shRNA nucleic acid molecule.
(Item 175)
Whether the one or more endogenous target genes are selected from IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6 and IKZF2, , NRP1, HAVCR2, LAG3, TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR, wherein the siRNA or shRNA molecule is a DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 5A and 5B. 174. The gene regulation system of item 174, comprising about 19-30 nucleotides that bind to the RNA sequence encoded by.
(Item 176)
The one or more endogenous target genes are selected from IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6 and IKZF2. 175. The gene regulation system of item 175, wherein the shRNA molecule comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from SEQ ID NOs: 154-498.
(Item 177)
The one or more endogenous target genes are selected from CBLB, PPP2R2D, NRP1, HAVCR2, LAG3, TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR, and the siRNA molecule or shRNA molecule is from SEQ ID NO: 499-813. 175. The gene regulation system of item 175, comprising about 19-30 nucleotides that bind to the RNA sequence encoded by the selected DNA sequence.
(Item 178)
The one or more endogenous target genes are selected from BCL2L11, FLI1, CALM2, DHODH, UMPS, RBM39, SEMA7A, CHIC2, PCBP1, PBRM1, WDR6, E2F8, SERPINA3 and GNU molecules. 174. The gene regulation system of item 174, comprising about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6A and 6B.
(Item 179)
178. The gene regulation system according to item 178, wherein the siRNA molecule or shRNA molecule comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from SEQ ID NOs: 814 to 1064.
(Item 180)
The one or more endogenous target genes contain SOCS1 and the siRNA or shRNA molecule is in the RNA sequence encoded by the DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6C and 6D. 174. The gene regulation system according to item 174, which comprises about 19-30 nucleotides to which it binds.
(Item 181)
The gene regulation system according to item 180, wherein the siRNA molecule or shRNA molecule comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from SEQ ID NOs: 1088-1232.
(Item 182)
The one or more endogenous target genes contain ANKRD11 and the siRNA or shRNA molecule is in an RNA sequence encoded by the DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6E and 6F. 174. The gene regulation system according to item 174, which comprises about 19-30 nucleotides to which it binds.
(Item 183)
182. The gene regulation system according to item 182, wherein the siRNA molecule or shRNA molecule comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from SEQ ID NOs: 1065 to 1087.
(Item 184)
A gene regulation system capable of reducing the expression and / or function of two or more endogenous target genes in a cell.
At least one of the endogenous target genes is (a) a group consisting of BCL2L11, FLI1, CALM2, DHODH, UMPS, RBM39, SEMA7A, CHIC2, PCBP1, PBRM1, WDR6, E2F8, SERPINA3 and GNAS, (b) SOCS1. Or (b) selected from ANKRD11,
At least one of the endogenous target genes consists of (a) IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6 and IKZF2. b) Selected from the group consisting of CBLB, PPP2R2D, NRP1, HAVCR2, LAG3, TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR.
The system comprising (i) a nucleic acid molecule, (ii) an enzyme molecule, or (iii) a guide nucleic acid molecule and an enzyme protein.
(Item 185)
184. The gene regulation system according to item 184, which comprises a plurality of guide RNA (gRNA) nucleic acid molecules and Cas endonuclease.
(Item 186)
At least one of the endogenous target genes is selected from the group consisting of BCL2L11, FLI1, CALM2, DHODH, UMPS, RBM39, SEMA7A, CHIC2, PCBP1, PBRM1, WDR6, E2F8, SERPINA3 and GNAS. At least one of the sex target genes is IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6, IKZF2, CBLB3 185. The gene regulatory system of item 185, selected from the group consisting of TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR.
(Item 187)
At least one of the plurality of gRNAs binds to a target DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6A and 6B, and at least one of the plurality of gRNAs is in Tables 5A and 186. The gene regulatory system according to item 186, which binds to a target DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Table 5B.
(Item 188)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 814 to 1064, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 154. 186 or 187. The gene regulatory system of item 186 or item 187, comprising a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of ~ 498 or SEQ ID NOs: 499-813.
(Item 189)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 814 to 1064, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 154. 186 or 187. The gene regulatory system of item 186 or item 187, comprising a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from ~ 498 or SEQ ID NOs: 499-813.
(Item 190)
At least one of the endogenous target genes is selected from the group consisting of BCL2L11, FLI1, CALM2, DHODH, UMPS, RBM39, SEMA7A, CHIC2, PCBP1, PBRM1, WDR6, E2F8, SERPINA3 and GNAS, said endogenous. 185. The gene regulation system according to item 185, wherein at least one of the sex target genes is CBLB.
(Item 191)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 814 to 1064, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 499. The gene regulatory system of item 190, comprising a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of ~ 524.
(Item 192)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 814 to 1064, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 499. 524. The gene regulatory system of item 190, comprising a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from 524.
(Item 193)
At least one of the endogenous target genes is SOCS1, and at least one of the endogenous target genes is IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, 185. The gene regulation system according to item 185, which is selected from the group consisting of FOXP3, RC3H1, TRAF6, IKZF2, CBLB, PPP2R2D, NRP1, HAVCR2, LAG3, TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR.
(Item 194)
At least one of the plurality of gRNAs binds to a target DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6C and 6D, and at least one of the plurality of gRNAs is in Tables 5A and 193. The gene regulatory system according to item 193, which binds to a target DNA sequence as defined by the set of genomic coordinates shown in Table 5B.
(Item 195)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1088-1232, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 154. 193 or 194. The gene regulatory system according to item 193 or 194, comprising a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of ~ 498 or SEQ ID NOs: 499-813.
(Item 196)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1088-1232, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 154. 193 or 194. The genetic regulatory system of item 193 or 194, comprising a targeting domain sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of ~ 498 or SEQ ID NOs: 499-813.
(Item 197)
185. The gene regulation system according to item 185, wherein at least one of the endogenous target genes is SOCS1 and at least one of the endogenous target genes is CBLB.
(Item 198)
185. The gene regulation system according to item 185, wherein at least one of the endogenous target genes is SOCS1 and at least one of the endogenous target genes is TNFAIP3.
(Item 199)
185. The gene regulation system according to item 185, wherein at least one of the endogenous target genes is SOCS1 and at least one of the endogenous target genes is BCOR.
(Item 200)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence that binds to a target nucleic acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1088-1232, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 499. 197. The gene regulatory system of item 197, comprising a targeting domain sequence that binds to a target nucleic acid sequence selected from 524.
(Item 201)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1088-1232, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 499. 197. The gene regulatory system of item 197, comprising a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from 524.
(Item 202)
At least one of the endogenous target genes is ANKRD11, and at least one of the endogenous target genes is IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, 185. The gene regulation system according to item 185, which is selected from the group consisting of FOXP3, RC3H1, TRAF6, IKZF2, CBLB, PPP2R2D, NRP1, HAVCR2, LAG3, TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR.
(Item 203)
At least one of the plurality of gRNAs binds to a target DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6E and 6F, and at least one of the plurality of gRNAs is in Table 5A and The gene regulatory system of item 202, which binds to a target DNA sequence as defined by the set of genomic coordinates shown in Table 5B.
(Item 204)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1065 to 1087, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 154. The gene regulatory system of item 202 or item 203, comprising a targeting domain sequence that binds to a target DNA sequence selected from the group consisting of ~ 498 or SEQ ID NOs: 499-813.
(Item 205)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1065 to 1087, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 154. The gene regulatory system of item 202 or item 203, comprising a targeting domain sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of ~ 498 or SEQ ID NOs: 499-813.
(Item 206)
185. The gene regulation system according to item 185, wherein at least one of the endogenous target genes is ANKRD11 and at least one of the endogenous target genes is CBLB.
(Item 207)
185. The gene regulation system according to item 185, wherein at least one of the endogenous target genes is ANKRD11 and at least one of the endogenous target genes is TNFAIP3.
(Item 208)
185. The gene regulation system according to item 185, wherein at least one of the endogenous target genes is ANKRD11 and at least one of the endogenous target genes is BCOR.
(Item 209)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence that binds to a target nucleic acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1065 to 1087, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 499. 524. The gene regulatory system of item 206, comprising a targeting domain sequence that binds to a target nucleic acid sequence selected from 524.
(Item 210)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1065 to 1087, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 499. 524. The gene regulatory system of item 206, comprising a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from 524.
(Item 211)
185. The gene regulation system according to item 185, wherein at least one of the endogenous target genes is ANKRD11 and at least one of the endogenous target genes is SOCS1.
(Item 212)
At least one of the plurality of gRNAs binds to a target DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6E and 6F, and at least one of the plurality of gRNAs is in Table 6C and The gene regulatory system of item 211, which binds to a target DNA sequence as defined by the set of genomic coordinates shown in Table 6D.
(Item 213)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence that binds to a target nucleic acid sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1065 to 1087, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 1088. The gene regulatory system of item 211, comprising a targeting domain sequence that binds to a target nucleic acid sequence selected from -1232.
(Item 214)
At least one of the plurality of gRNA molecules comprises a targeting domain sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1065 to 1087, and at least one of the plurality of gRNA molecules contains SEQ ID NO: 1088. The gene regulatory system of item 211, comprising a targeting domain sequence encoded by a DNA sequence selected from -1232.
(Item 215)
The Cas protein
a. A wild-type Cas protein that contains two enzyme-active domains and is capable of inducing double-stranded DNA cleavage.
b. Cas nickase mutant, which contains one enzyme-active domain and is capable of inducing single-stranded DNA cleavage,
c. An inactive Cas protein (dCas) that is bound to a heterologous protein capable of regulating the expression of one or more endogenous target genes.
The gene regulation system according to any one of items 157 to 214.
(Item 216)
215. The gene regulation system according to item 215, wherein the heterologous protein is selected from the group consisting of MAX interaction protein 1 (MXI1), Kruppel-related box (KRAB) domain and mSin3 4 linking domain (SID4X).
(Item 217)
215. The gene regulation system according to item 216, wherein the Cas protein is a Cas9 protein.
(Item 218)
184. The gene regulatory system of item 184, wherein the system comprises a nucleic acid molecule, wherein the nucleic acid molecule is siRNA, shRNA, microRNA (miR), antago miR or antisense RNA.
(Item 219)
218. The gene regulation system according to item 218, which comprises a plurality of shRNA molecules or siRNA molecules.
(Item 220)
At least one of the endogenous target genes is selected from the group consisting of BCL2L11, FLI1, CALM2, DHODH, UMPS, RBM39, SEMA7A, CHIC2, PCBP1, PBRM1, WDR6, E2F8, SERPINA3 and GNAS. At least one of the sex target genes is IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6, IKZF2, CBLB3 219. The gene regulatory system of item 219, selected from the group consisting of TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR.
(Item 221)
Approximately 19-30 conjugations of at least one of the plurality of siRNA molecules or shRNA molecules to an RNA sequence encoded by a DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6A and 6B. Approximately 19 such that contains nucleotides and at least one of the plurality of siRNA molecules or shRNA molecules binds to an RNA sequence encoded by a DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 5A and 5B. 220. The gene regulatory system of item 220, comprising up to 30 nucleotides.
(Item 222)
The plurality of siRNA molecules or at least one of the shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 814 to 1064. At least one of the siRNA or shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 154-498 or SEQ ID NOs: 499-813. The gene regulation system according to item 220 or item 221.
(Item 223)
At least one of the endogenous target genes is selected from the group consisting of BCL2L11, FLI1, CALM2, DHODH, UMPS, RBM39, SEMA7A, CHIC2, PCBP1, PBRM1, WDR6, E2F8, SERPINA3 and GNAS, said endogenous. 219. The gene regulation system according to item 219, wherein at least one of the sex target genes is CBLB.
(Item 224)
The plurality of siRNA molecules or at least one of the shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 814 to 1064. 223. The gene of item 223, wherein at least one of the siRNA or shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 499-524. Adjustment system.
(Item 225)
At least one of the endogenous target genes is SOCS1, and at least one of the endogenous target genes is IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, 219. The gene regulation system according to item 219, which is selected from the group consisting of FOXP3, RC3H1, TRAF6, IKZF2, CBLB, PPP2R2D, NRP1, HAVCR2, LAG3, TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR.
(Item 226)
Approximately 19-30 conjugations of at least one of the plurality of siRNA molecules or shRNA molecules to an RNA sequence encoded by a DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6C and 6D. Approximately 19 such that contains nucleotides and at least one of the plurality of siRNA molecules or shRNA molecules binds to an RNA sequence encoded by a DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 5A and 5B. 225. The genetic regulatory system according to item 225, which comprises ~ 30 nucleotides.
(Item 227)
At least one of the plurality of siRNA molecules or shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1088-1232. At least one of the siRNA or shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 154-498 or SEQ ID NOs: 499-813. 225 or 226. The gene regulatory system according to item 226.
(Item 228)
219. The gene regulation system according to item 219, wherein at least one of the endogenous target genes is SOCS1 and at least one of the endogenous target genes is CBLB.
(Item 229)
At least one of the plurality of siRNA molecules or shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1088-1232. 228. The gene of item 228, wherein at least one of the siRNA or shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 499-524. Adjustment system.
(Item 230)
At least one of the endogenous target genes is ANKRD11, and at least one of the endogenous target genes is IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, 219. The gene regulation system according to item 219, which is selected from the group consisting of FOXP3, RC3H1, TRAF6, IKZF2, CBLB, PPP2R2D, NRP1, HAVCR2, LAG3, TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR.
(Item 231)
Approximately 19-30 conjugations of at least one of the plurality of siRNA molecules or shRNA molecules to an RNA sequence encoded by a DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6E and 6F. Approximately 19 such that contains nucleotides and at least one of the plurality of siRNA molecules or shRNA molecules binds to an RNA sequence encoded by a DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 5A and 5B. 230. The gene regulatory system of item 230, comprising up to 30 nucleotides.
(Item 232)
The plurality of siRNA molecules or at least one of the shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1065 to 1087. At least one of the siRNA or shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 154-498 or SEQ ID NOs: 499-813. The gene regulatory system according to item 230 or item 231.
(Item 233)
219. The gene regulation system according to item 219, wherein at least one of the endogenous target genes is ANKRD11 and at least one of the endogenous target genes is CBLB.
(Item 234)
The plurality of siRNA molecules or at least one of the shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1065 to 1087. 219. The gene of item 219, wherein at least one of the siRNA or shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 499-524. Adjustment system.
(Item 235)
219. The gene regulation system according to item 219, wherein at least one of the endogenous target genes is ANKRD11 and at least one of the endogenous target genes is SOCS1.
(Item 236)
Approximately 19-30 conjugations of at least one of the plurality of siRNA molecules or shRNA molecules to an RNA sequence encoded by a DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6C and 6D. Approximately 19 such that contains nucleotides and at least one of the plurality of siRNA molecules or shRNA molecules binds to an RNA sequence encoded by a DNA sequence defined by the set of genomic coordinates shown in Tables 6E and 6F. 235. The genetic regulatory system according to item 235, which comprises ~ 30 nucleotides.
(Item 237)
At least one of the plurality of siRNA molecules or shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1088-1232. 235. The gene of item 235, wherein at least one of the siRNA or shRNA molecules comprises about 19-30 nucleotides that bind to an RNA sequence encoded by a DNA sequence selected from the group consisting of SEQ ID NOs: 1065-1087. Adjustment system.
(Item 238)
157. The gene regulation system according to item 157 or 184, wherein the system comprises a protein comprising a DNA binding domain and an enzyme domain and is selected from zinc finger nucleases and transcriptional activator-like effector nucleases (TALENs).
(Item 239)
A gene regulation system comprising a vector encoding one or more gRNAs and a vector encoding a Cas endonuclease protein.
The targeting domain sequence in which the one or more gRNAs are encoded by a nucleic acid sequence selected from SEQ ID NOs: 814 to 1064, SEQ ID NOs: 1065 to 1087, SEQ ID NOs: 1088 to 1232, SEQ ID NOs: 154 to 498 or SEQ ID NOs: 499 to 813. The gene regulatory system comprising.
(Item 240)
A gene regulation system containing a vector encoding multiple gRNAs and a vector encoding a Cas endonuclease protein.
At least one of the plurality of gRNAs comprises a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from SEQ ID NOs: 814 to 1064, SEQ ID NOs: 1065 to 1087 or SEQ ID NOs: 1088 to 1232. The gene regulation system comprising at least one targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from SEQ ID NOs: 154-498 or SEQ ID NOs: 499-813.
(Item 241)
A gene regulation system containing a vector encoding one or more gRNAs and an mRNA molecule encoding a Cas endonuclease protein.
The targeting domain sequence in which one or more gRNAs are encoded by a nucleic acid sequence selected from SEQ ID NOs: 814 to 1064, SEQ ID NOs: 1065 to 1087, SEQ ID NOs: 1088 to 1232, SEQ ID NOs: 154 to 498 or SEQ ID NOs: 499 to 813. The gene regulatory system comprising.
(Item 242)
A gene regulation system containing a vector encoding multiple gRNAs and an mRNA molecule encoding a Cas endonuclease protein.
At least one of the plurality of gRNAs comprises a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from SEQ ID NOs: 814 to 1064, SEQ ID NOs: 1065 to 1087 or SEQ ID NOs: 1088 to 1232. The gene regulation system comprising at least one targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from SEQ ID NOs: 154-498 or SEQ ID NOs: 499-813.
(Item 243)
A gene regulation system containing one or more gRNAs and Cas endonuclease proteins.
The targeting domain sequence in which the one or more gRNAs are encoded by a nucleic acid sequence selected from SEQ ID NOs: 814 to 1064, SEQ ID NOs: 1065 to 1087, SEQ ID NOs: 1088 to 1232, SEQ ID NOs: 154 to 498 or SEQ ID NOs: 499 to 813. The gene regulatory system comprising the one or more gRNAs and the Cas endonuclease protein complexing to form a ribonuclear protein (RNP) complex.
(Item 244)
A gene regulation system containing multiple gRNAs and Cas endonuclease proteins.
At least one of the plurality of gRNAs comprises a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from SEQ ID NOs: 814 to 1064, SEQ ID NOs: 1065 to 1087 or SEQ ID NOs: 1088 to 1232.
At least one of the plurality of gRNAs comprises a targeting domain sequence encoded by a nucleic acid sequence selected from SEQ ID NOs: 154-498 or SEQ ID NOs: 499-813.
The gene regulatory system in which the one or more gRNAs and the Cas endonuclease protein are complexed to form a ribonucleoprotein (RNP) complex.
(Item 245)
A kit comprising the gene regulation system according to any one of items 157 to 244.
(Item 246)
(A) Group consisting of BCL2L11, FLI1, CALM2, DHODH, UMPS, RBM39, SEMA7A, CHIC2, PCBP1, PBRM1, WDR6, E2F8, SERPINA3 and GNAS, (b) SOCS1, (c) ANKRD11, (d) IK , GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6 and IKZF2, or (e) CBLB, PPP2R2D, NRP1 A gRNA nucleic acid molecule comprising a targeting domain nucleic acid sequence that is complementary to a target sequence within an endogenous target gene selected from the group consisting of PDCD1 and BCOR.
(Item 247)
a. The endogenous gene is selected from the group consisting of BCL2L11, FLI1, CALM2, DHODH, UMPS, RBM39, SEMA7A, CHIC2, PCBP1, PBRM1, WDR6, E2F8, SERPINA3 and GNAS, and the gRNA is shown in Tables 6A and 6B. Contains or contains a targeting domain sequence that is complementary to the target DNA sequence located at the genomic coordinates selected from the genomic coordinates shown in
b. Whether the endogenous gene is SOCS1 and the gRNA contains a targeting domain sequence that is complementary to a target DNA sequence located at the genomic coordinates selected from the genomic coordinates shown in Tables 6C and 6D.
c. Whether the endogenous gene is ANKRD11 and the gRNA contains a targeting domain sequence that is complementary to a target DNA sequence located at the genomic coordinates selected from the genomic coordinates shown in Tables 6E and 6F.
d. The endogenous gene is selected from the group consisting of IKZF1, IKZF3, GATA3, BCL3, TNIP1, TNFAIP3, NFKBIA, SMAD2, TGFBR1, TGFBR2, TANK, FOXP3, RC3H1, TRAF6 and IKZF2. And contains or contains a targeting domain sequence that is complementary to the target DNA sequence located at the genomic coordinates selected from the genomic coordinates shown in Table 5B.
e. The endogenous gene is selected from the group consisting of CBLB, PPP2R2D, NRP1, HAVCR2, LAG3, TIGIT, CTLA4, PTPN6, PDCD1 and BCOR, and the gRNA is the genomic coordinates shown in Tables 5A and 5B. Contains a targeting domain sequence that is complementary to the target DNA sequence located at the genomic coordinates selected from
246. The gRNA molecule according to item 246.
(Item 248)
Item 246 comprising the targeting domain sequence in which the gRNA binds to a target DNA sequence selected from SEQ ID NOs: 814 to 1064, SEQ ID NOs: 1088 to 1232, SEQ ID NOs: 1065 to 1087, SEQ ID NOs: 154 to 498 or SEQ ID NOs: 499 to 813. The gRNA molecule according to any one of 252.
(Item 249)
Item 246-, wherein the gRNA comprises a targeting domain sequence encoded by a sequence selected from SEQ ID NOs: 814-1064, SEQ ID NOs: 1088-1232, SEQ ID NOs: 1065-1087, SEQ ID NOs: 154-498 or SEQ ID NOs: 499-813. 252. The gRNA molecule according to any one of Items.
(Item 250)
Item 6. The gRNA molecule according to any one of items 246 to 249, wherein the target sequence comprises a PAM sequence.
(Item 251)
The gRNA molecule according to any one of items 246 to 250, wherein the gRNA is a modular gRNA molecule.
(Item 252)
The gRNA molecule according to any one of items 246 to 250, wherein the gRNA is a dual gRNA molecule.
(Item 253)
The targeting domain is 16 nucleotides long, 17 nucleotides long, 18 nucleotides long, 19 nucleotides long, 20 nucleotides long, 21 nucleotides long, 22 nucleotides long, 23 nucleotides long, 24 nucleotides long, 25 nucleotides long, 26 nucleotides long or it. 246-252. The gRNA molecule according to any one of Items 246 to 252, which has a nucleotide length greater than that of.
(Item 254)
Modifications of its 5'end or near its 5'end (eg, within 1-10 nucleotides, 1-5 nucleotides or 1-2 nucleotides of its 5'end) and / or its 3'end or near its 3'end. The gRNA molecule according to any one of items 246 to 253, comprising a modification (eg, within 1 to 10 nucleotides or 1 to 5 nucleotides or 1 to 2 nucleotides from the 3'end).
(Item 255)
254. The gRNA molecule according to item 254, wherein introduction of the modified gRNA into T cells improves stability to nucleases.
(Item 256)
254 or 255, the gRNA molecule according to item 254 or item 255, wherein introduction of the modified gRNA into T cells reduces the innate immune response.
(Item 257)
The polynucleotide molecule encoding the gRNA molecule according to any one of items 246 to 256.
(Item 258)
A composition comprising one or more gRNA molecules according to any one of items 246 to 256, or a polynucleotide according to item 257.
(Item 259)
A kit containing the gRNA molecule according to any one of items 246 to 256, or the polynucleotide according to item 257.
(Item 260)
A method for producing modified immune effector cells.
a. Collecting immune effector cells from a subject,
b. Introducing the gene regulation system according to any one of items 157 to 244 into the immune effector cell, and
c. Culturing the immune effector cells so that the expression and / or function of one or more endogenous target genes is reduced compared to the unmodified immune effector cells.
The method described above.
(Item 261)
A method for producing modified immune effector cells.
The method comprising introducing the gene regulation system according to any one of items 157 to 244 into the immune effector cell.
(Item 262)
261. The method of item 260 or 261 further comprising introducing a polynucleotide sequence encoding an engineered immune receptor selected from CAR and TCR.
(Item 263)
The polynucleotide encoding the gene regulatory system and / or the engineered immune receptor is introduced into the immune effector cell by transfection, transfection, electroporation or physical destruction of the cell membrane by a microfluidic device. 262. The method according to item 262.
(Item 264)
26-263, wherein the system is introduced as a polynucleotide sequence encoding one or more components of the gene regulatory system, as a protein, or as a ribonucleoprotein (RNP) complex. the method of.
(Item 265)
A method for producing modified immune effector cells.
a. Proliferating immune effector cell populations in culture,
b. Introducing the gene regulation system according to any one of items 157 to 244 into the immune effector cell population.
The method described above.
(Item 266)
265. The method of item 265, further comprising harvesting the immune effector cell population from a subject.
(Item 267)
265. The method of item 265 or item 266, wherein the gene regulation system is introduced into the immune effector cell population before, during or after proliferation.
(Item 268)
265. The method of item 265 or item 266, wherein the proliferation of the immune effector cell population comprises a first round of proliferation and a second round of proliferation.
(Item 269)
268. The method of item 268, wherein the gene regulation system is introduced into the immune effector cell population before, during, or after the first round of proliferation.
(Item 270)
268. The method of item 268, wherein the gene regulation system is introduced into the immune effector cell population before, during, or after the second round of proliferation.
(Item 271)
268. The method of item 268, wherein the gene regulation system is introduced into the immune effector cell population prior to the first and second rounds of proliferation.
(Item 272)
268. The method of item 268, wherein the gene regulation system is introduced into the immune effector cell population after the first and second rounds of proliferation.
(Item 273)
268. The method of item 268, wherein the gene regulation system is introduced into the immune effector cell population after the first round of proliferation and before the second round of proliferation.
(Item 274)
A method of treating a disease or disorder that needs treatment.
The method comprising administering an effective amount of the modified immune effector cell according to any one of items 1 to 150 or the composition according to any one of items 151 to 156.
(Item 275)
274. The method of item 274, wherein the disease or disorder is a cell proliferation disorder, an inflammatory disorder or an infectious disease.
(Item 276)
274. The method of item 274, wherein the disease or disorder is a cancer or viral infection.
(Item 277)
276. The method of item 276, wherein the cancer is selected from leukemia, lymphoma or solid tumor.
(Item 278)
277. The method of item 277, wherein the solid tumor is melanoma, pancreatic tumor, bladder tumor, lung tumor or lung metastasis, colorectal cancer or head and neck cancer.
(Item 279)
The method according to any one of items 276 to 278, wherein the cancer is PD1-resistant or PD1-insensitive cancer.
(Item 280)
The method according to any one of items 276 to 279, wherein the subject has previously been treated with a PD1 inhibitor or a PDL1 inhibitor.
(Item 281)
Item 276-, further comprising administering to the subject an antibody or binding fragment thereof that specifically binds to a protein encoded by NRP1, HAVCR2, LAG3, TIGIT, CTLA4 or PDCD1 and inhibits the function of the protein. The method according to any one of 280.
(Item 282)
The method according to any one of items 274 to 281, wherein the modified immune effector cells are autologous to the subject.
(Item 283)
The method according to any one of items 274 to 281, wherein the modified immune effector cells are allogeneic to the subject.
(Item 284)
It ’s a method of killing cancer cells.
The method comprising exposing the cancer cells to the modified immune effector cells according to any one of items 1-150 or the composition according to any one of items 151-156.
(Item 285)
284. The method of item 284, wherein the exposure is in vitro, in vivo or ex vivo exposure.
(Item 286)
A method of enhancing one or more effector functions of immune effector cells.
The method comprising introducing the gene regulation system according to any one of items 157 to 244 into the immune effector cell.
(Item 287)
A method of enhancing one or more effector functions of immune effector cells.
The immune effector cell comprising introducing the gene regulatory system according to any one of items 157 to 244 into the immune effector cell, wherein one or more effector functions have not been altered in the modified immune effector cell. The method described above, which is enhanced compared to effector cells.
(Item 288)
Item 287, wherein the one or more effector functions are selected from cell proliferation, cell viability, cytotoxicity, tumor infiltration, increased cytokine production, antitumor immune responsiveness and / or fatigue resistance. The method described.