JPWO2019093502A1 - がん促進因子発現抑制剤、その有効成分のスクリーニング方法、該方法に有用な発現カセット、診断薬、及び診断方法 - Google Patents
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Abstract
Description
(i)RBMS遺伝子発現制御領域によって発現制御される遺伝子発現量、
(ii)RBMSとAU-rich elementを含むRNAとの結合量、及び
(iii)RBMS過剰発現細胞における、3’-UTRにおいてAU-rich elementを含むmRNA量又は前記mRNA由来のタンパク質量。
前記指標(ii)及び(iii)における前記RBMSが、RBMS1、RBMS2、及びRBMS3からなる群より選択される少なくとも1種である、
項3に記載のスクリーニング方法。
(a1)RBMS遺伝子発現制御領域及び該領域によって発現が制御されるように配置された遺伝子を含む発現カセットを含有する発現系と、被検物質とを接触させる工程、
(b1)被検物質を接触させた発現系における前記遺伝子の発現量を被検発現量として測定し、該被検発現量と、被検物質を接触させない発現系における前記遺伝子の発現量を対照発現量として比較する工程、並びに
(c1)被検発現量が対照発現量よりも低い場合に、該被検物質をがん促進因子発現抑制剤の有効成分として選択する工程。
(a2)AU-rich elementを含むRNAとRBMSとを、被検物質の存在下で接触させる工程、
(b2)被検物質の存在下で接触させた場合の前記RNAと前記RBMSとの結合量を被検結合量として測定し、該被検結合量と、被検物質の非存在下で接触させた場合の前記RNAと前記RBMSとの結合量を対照結合量として比較する工程、並びに
(c2)被検結合量が対照結合量よりも低い場合に、該被検物質をがん促進因子発現抑制剤の有効成分として選択する工程。
(a3)3’-UTRにおいてAU-rich elementを含むmRNAを含有し、且つRBMSが過剰発現している細胞と、被検物質とを接触させる工程、
(b3)被検物質と接触させた細胞における前記mRNA量又は前記mRNA由来のタンパク質量を被検量として測定し、被検物質と接触させない細胞における前記mRNA量又は前記mRNA由来のタンパク質量を対照量として、該被検量と該対照量を比較する工程、並びに
(c3)被検量が対照量よりも低い場合に、該被検物質をがん促進因子発現抑制剤の有効成分として選択する工程。
前記RBMS機能抑制剤が、RBMS1機能抑制剤、RBMS2機能抑制剤、及びRBMS3機能抑制剤からなる群より選択される少なくとも1種である、
項16に記載のがん促進因子発現抑制剤。
(X)すい臓がん、大腸がん、肺がん、胆管がん、及び乳がんからなる群より選択される少なくとも1種である、
(Y)前記がんがRAS遺伝子変異タイプのがんである、及び
(Z)前記がんが高悪性度のがんである。
(X)すい臓がん、大腸がん、肺がん、胆管がん、及び乳がんからなる群より選択される少なくとも1種である、
(Y)前記がんがRAS遺伝子変異タイプのがんである、及び
(Z)前記がんが高悪性度のがんである。
(b1)上記工程(a1)で測定された被検発現量を、がんに罹患していない対照被検体から採取された試料におけるRBMS遺伝子発現産物の対照発現量と対比する工程、
を有し、
(c1)対照発現量に比べて被検発現量が高いことを、被検体ががんに罹患しているとの判断指標とする、がんの検出方法。
(b2)上記工程(a2)で測定された被検発現量を、がんに罹患している対照被検体から採取された試料におけるRBMS遺伝子発現産物の対照発現量と対比する工程、
を有し、
(c2)対照発現量に比べて被検発現量が高いことを、被検体の方が、対照被検体よりもがんの進行度が高いとの判断指標とする、がんの進行度の判定方法。
本明細書中において、「含有」及び「含む」なる表現については、「含有」、「含む」、「実質的にからなる」及び「のみからなる」という概念を含む。
(X)すい臓がん、大腸がん、肺がん、胆管がん、及び乳がんからなる群より選択される少なくとも1種である、
(Y)前記がんがRAS遺伝子変異タイプのがんである、及び
(Z)前記がんが高悪性度のがんである。
本発明は、RBMS遺伝子発現制御領域及び該領域によって発現が制御されるように配置された遺伝子を含む発現カセット(本明細書において、「本発明の発現カセット」ということがある)、該発現カセットを含むベクター、並びに該ベクターを含む細胞からなる群より選択される少なくとも1種を含有する、がん促進因子発現抑制剤の有効成分のスクリーニング用試薬(本明細書において、「本発明のスクリーニング用試薬」ということがある)に関する。以下、これについて説明する。
具体的には、例えばヒトRBMS2 mRNAとしては、配列番号1で示される塩基配列からなるmRNA(NCBI Reference Sequence:NM_002898.3)が挙げられ、マウスRBMS2 mRNAとしては、配列番号2で示される塩基配列からなるmRNA(NCBI Reference Sequence:NM_019711.2)が挙げられる。ヒトRBMS2 タンパク質としては、配列番号3で示されるアミノ酸配列からなるタンパク質(NCBI Reference Sequence:NP_002889.1)が挙げられ、マウスRBMS2 タンパク質としては、配列番号4で示されるアミノ酸配列からなるタンパク質(NCBI Reference Sequence:NP_062685.2)が挙げられる。また、RBMS2 タンパク質には、N末端が欠損したタイプのものも包含され、このようなタイプのものとしては、例えばマウスの場合であれば、配列番号5で示されるアミノ酸配列からなるタンパク質(NCBI Reference Sequence:NP_001034169.1)(mRNAは、配列番号6で示される塩基配列からなる(NCBI Reference Sequence:NM_001039080.1))が挙げられる。
具体的には、例えばヒトRBMS1 mRNAとしては、配列番号7で示される塩基配列からなるmRNA(NCBI Reference Sequence:NM_016836.3)が挙げられ、マウスRBMS1 mRNAとしては、配列番号8で示される塩基配列からなるmRNA(NCBI Reference Sequence:NM_001141932.1)が挙げられる。ヒトRBMS1 タンパク質としては、配列番号9で示されるアミノ酸配列からなるタンパク質(NCBI Reference Sequence:NP_058520.1)が挙げられ、マウスRBMS1 タンパク質としては、配列番号10で示されるアミノ酸配列からなるタンパク質(NCBI Reference Sequence:NP_001135404.1)が挙げられる。また、RBMS1 タンパク質には、N末端が欠損したタイプのものも包含される。
具体的には、例えばヒトRBMS3 mRNAとしては、配列番号11で示される塩基配列からなるmRNA(NCBI Reference Sequence:NM_001003793.2)が挙げられ、マウスRBMS3 mRNAとしては、配列番号12で示される塩基配列からなるmRNA(NCBI Reference Sequence:NM_001172121.1)が挙げられる。ヒトRBMS3 タンパク質としては、配列番号13で示されるアミノ酸配列からなるタンパク質(NCBI Reference Sequence:NP_001003793.1)が挙げられ、マウスRBMS3 タンパク質としては、配列番号14で示されるアミノ酸配列からなるタンパク質(NCBI Reference Sequence:NP_001165592.1)が挙げられる。また、RBMS3 タンパク質には、N末端が欠損したタイプのものも包含される。
(a)配列番号3〜5、9〜10、及び13〜14に示されるアミノ酸配列からなるタンパク質、及び
(b)配列番号3〜5、9〜10、及び13〜14に示されるアミノ酸配列と85%以上の同一性を有するアミノ酸配列からなり、且つがん促進因子発現促進活性を有するタンパク質
からなる群より選択される少なくとも1種が挙げられる。
(b’)配列番号3〜5、9〜10、及び13〜14に示されるアミノ酸配列に対して1若しくは複数個のアミノ酸が置換、欠失、付加、又は挿入されたアミノ酸配列からなり、且つがん促進因子発現促進活性を有するタンパク質が挙げられる。
(c)配列番号1〜2、6〜8、及び11〜12に示される塩基配列からなるmRNA、及び(d)配列番号1〜2、6〜8、及び11〜12に示される塩基配列と85%以上の同一性を有する塩基配列からなり、且つがん促進因子発現促進活性を有するタンパク質をコードするmRNAからなる群より選択される少なくとも1種が挙げられる。
(d’)配列番号1〜2、6〜8、及び11〜12に示される塩基配列に対して1若しくは複数個の塩基が置換、欠失、付加、又は挿入された塩基配列からなり、且つがん促進因子発現促進活性を有するタンパク質が挙げられる。
本発明は、被検物質の存在下における下記(i)〜(iii)からなる群より選択される少なくとも1種を指標とする、がん促進因子発現抑制剤の有効成分のスクリーニング方法:(i)RBMS遺伝子発現制御領域によって発現制御される遺伝子発現量、
(ii)RBMSとAU-rich elementを含むRNAとの結合量、及び
(iii)RBMS過剰発現細胞における、3’-UTRにおいてAU-rich elementを含むmRNA量又は前記mRNA由来のタンパク質量(本明細書において、「本発明のスクリーニング方法」ということがある。)
に関する。以下、これについて説明する。
指標(i)を利用するスクリーニング方法は、下記工程(a1)〜(c1)を含む:(a1)RBMS遺伝子発現制御領域及び該領域によって発現が制御されるように配置された遺伝子を含む発現カセットを含有する発現系と、被検物質とを接触させる工程、
(b1)被検物質を接触させた発現系における前記遺伝子の発現量を被検発現量として測定し、該被検発現量と、被検物質を接触させない発現系における前記遺伝子の発現量を対照発現量として比較する工程、並びに
(c1)被検発現量が対照発現量よりも低い場合に、該被検物質をがん促進因子発現抑制剤の有効成分として選択する工程。
指標(ii)を利用するスクリーニング方法は、下記工程(a2)〜(c2)を含む:(a2)AU-rich elementを含むRNAとRBMSとを、被検物質の存在下で接触させる工程、(b2)被検物質の存在下で接触させた場合の前記RNAと前記RBMSとの結合量を被検結合量として測定し、該被検結合量と、被検物質の非存在下で接触させた場合の前記RNAと前記RBMSとの結合量を対照結合量として比較する工程、並びに
(c2)被検結合量が対照結合量よりも低い場合に、該被検物質をがん促進因子発現抑制剤の有効成分として選択する工程。
指標(iii)を利用するスクリーニング方法は、下記工程(a3)〜(c3)を含む:(a3)3’-UTRにおいてAU-rich elementを含むmRNAを含有し、且つRBMSが過剰発現している細胞と、被検物質とを接触させる工程、
(b3)被検物質と接触させた細胞における前記mRNA量又は前記mRNA由来のタンパク質量を被検量として測定し、被検物質と接触させない細胞における前記mRNA量又は前記mRNA由来のタンパク質量を対照量として、該被検量と該対照量を比較する工程、並びに
(c3)被検量が対照量よりも低い場合に、該被検物質をがん促進因子発現抑制剤の有効成分として選択する工程。
本発明は、RBMS発現抑制剤及びRBMS機能抑制剤からなる群より選択される少なくとも1種を含有する、がん促進因子発現抑制剤(本明細書において、「本発明の剤」ということがある。)に関する。以下、これについて説明する。
Ambionが提供するsiRNA Target Finder(http://www.ambion.com/jp/techlib/misc/siRNA_finder.html)pSilencer(登録商標)Expression Vector用インサートデザインツール(http://www.ambion.com/jp/techlib/misc/psilencer_converter.html)RNAi Codexが提供するGeneSeer(http://codex.cshl.edu/scripts/newsearchhairpin.cgi)。
本発明は、RBMS遺伝子発現産物検出剤を含有する、がん診断薬(本明細書において、「本発明の診断薬」と示すこともある。)に関する。以下、これについて説明する。
(e)RBMS mRNAの塩基配列において連続する少なくとも15塩基を有するポリヌクレオチド及び/若しくは当該ポリヌクレオチドに相補的なポリヌクレオチド、並びに
(f)RBMS mRNAの塩基配列若しくはそれに相補的な塩基配列にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする、少なくとも15塩基を有するポリヌクレオチド
からなる群より選択される少なくとも1種が挙げられる。
本発明は、RBMS遺伝子発現産物の発現量を指標とした、がんの検出方法(本明細書において、「本発明の疾患検出方法」と示すこともある。)に関する。以下、これについて説明する。
(a1)被検体から採取された試料におけるRBMS遺伝子発現産物の被検発現量を測定する工程、及び
(b1)上記工程(a1)で測定された被検発現量を、がんに罹患していない対照被検体から採取された試料におけるRBMS遺伝子発現産物の対照発現量と対比する工程、
を有し、
(c1)対照発現量に比べて被検発現量が高いことを、被検体ががんに罹患しているとの判断指標とする、がんの検出方法。
本発明は、RBMS遺伝子発現産物の発現量を指標とした、がんの進行度の判定方法(本明細書において、「本発明の進行度判定方法」と示すこともある。)に関する。以下、これについて説明する。
(a2)がんに罹患している被検体から採取された試料におけるRBMS遺伝子発現産物の被検発現量を測定する工程、及び
(b2)上記工程(a2)で測定された被検発現量を、がんに罹患している対照被検体から採取された試料におけるRBMS遺伝子発現産物の対照発現量と対比する工程、
を有し、
(c2)対照発現量に比べて被検発現量が高いことを、被検体の方が、対照被検体よりもがんの進行度が高いとの判断指標とする、がんの進行度の判定方法。
実施例1A
IL-6転写後調節因子を見出すべく、スクリーニングを行った。概要を図1Aに示す。具体的には、次のように行った。まず、SV40プロモーターの下流に、5’側からルシフェラーゼのORF、IL-6の3’UTR(配列番号15)が配置されてなるレポーターベクターを作製した。該レポーターベクター、及び種々の遺伝子の発現ベクターを、384ウェルプレート上で、トランスフェクション試薬(Fugene HD、プロメガ社製)を用いてHEK293T細胞に導入した。導入から48時間経過後、各ウェルにおけるルシフェラーゼ活性を測定した。得られた測定値を、コントロール(発現ベクターとして空ベクターを導入したサンプル)の測定値と比較し、コントロールに対して変化のあった発現ベクターをスクリーニングした(1次スクリーニング)。選択された発現ベクターから、RNAに関連付けられた約100遺伝子の発現ベクターを抽出し、上記と同様にスクリーニングを行った(2次スクリーニング)。
実施例1Aで作製したレポーターベクター、又は該レポーターベクターからヒトIL-6の3’UTRが除かれてなるコントロールレポーターベクターを、RBMS2発現ベクター又は空ベクターと共に、HEK293T細胞に導入した。導入から48時間経過後、ルシフェラーゼ活性を測定した。結果を図1Bに示す。
プロモーターの下流に、5’側からルシフェラーゼのORF、IL-6の変異型3’UTR(97-267(塩基配列:配列番号16)、122-193(塩基配列:配列番号17)、ΔARE1(塩基配列:配列番号18)、ΔARE2(塩基配列:配列番号19)、又はARE mutant(塩基配列:配列番号20))が配置されてなる変異型3’UTRレポーターベクターを作製した。この変異型3’UTRレポーターベクターを、RBMS2発現ベクター又は空ベクターと共に、HEK293T細胞に導入した。導入から48時間経過後、ルシフェラーゼ活性を測定した。結果を図2に示す。
乳がん細胞株であるMDA-MB-231細胞に、RBMS2に対するsiRNA (Thermo Fisher Scientific社、Silencer(R) Select s11867) またはコントロールsiRNA (Thermo Fisher Scientific社、SilencerTM Select Negative Control No. 1) をLipofectamine RNAiMaxを用いて導入した。48時間後、細胞からRNAを調整し、次世代シークエンサー(イルミナ社、Next-seq)によりシークエンスを行った。RBMS2ノックダウンにより遺伝子発現が2倍以上または半分以下に変化する遺伝子として427遺伝子を同定した。これら遺伝子の3’UTR内にARE配列をもつものとして243遺伝子を抽出した。
RBMS2ノックダウンにより遺伝子発現が2倍以上または半分以下に変化しかつAREを3’UTRにもつ遺伝子群について、DAVID(https://david.ncifcrf.gov/tools.jsp)を用いてgene ontology解析した。その結果、p値が5%以下を示し且つFDR値が10%以下を示すbiological process(生物学的プロセス)として、「細胞増殖」および「細胞移動」が抽出された。このことから、「細胞増殖」および「細胞移動」がRBMS2により制御されることが示唆された。さらに、RBMS2の標的遺伝子として、細胞増殖を促進する遺伝子11種類(CSF2、IL6、ADAM10、ADM、CTGF、HBEGF、HILPDA、IL24、THBS1、MYC、及びTGFB2)、細胞移動を促進する遺伝子9種類(ADAM10、ITGA6、F3、PTP4A1、HBEGF、HSPA5、THBS1、PLAU、及びCYR61)を同定した。これらの遺伝子は、全て、RBMS2ノックダウンにより遺伝子発現が半分以下に下降した遺伝子である。
実施例5A:生存細胞の解析
MDA-MB-231細胞にRBMS2に対するsiRNA (Thermo Fisher Scientific社、Silencer(R) Select s11867) またはコントロールsiRNA (Thermo Fisher Scientific社、SilencerTM Select Negative Control No. 1) をLipofectamine RNAiMaxを用いて導入した。48時間後に、RealTime-GloTM MT Cell Viability Assay(プロメガ社)を用いて生存細胞量を測定した。結果を図3Aに示す。
MDA-MB-231細胞を96ウェルプレートに播種して一晩(16時間)培養した後、RBMS2に対するsiRNA (Thermo Fisher Scientific社、Silencer(R) Select s11867) またはコントロールsiRNA (Thermo Fisher Scientific社、SilencerTM Select Negative Control No. 1)をLipofectamine RNAiMaxを用いて細胞に導入した。siRNA導入直後を0時間とし、以後24時間毎に細胞数を計測した。細胞数の計測はCellTiter 96(R) AQueous One Solution Cell Proliferation Assay(プロメガ社)を用いた。結果を図3Bに示す。
MDA-MB-231細胞に、RBMS2に対するsiRNA (Thermo Fisher Scientific社、Silencer(R) Select s11867) またはコントロールsiRNA (Thermo Fisher Scientific社、SilencerTM Select Negative Control No. 1)をLipofectamine RNAiMaxを用いて導入した。48時間後にIL-1β (20ng/ml) により30分または60分刺激した。PBSで洗浄後、細胞を溶解液(20mM Tris-HCl, pH7.5, 150mM NaCl, 1% NP40, 0.5% Sodium deoxycholate)に懸濁した。抽出されたタンパク質10μgをSDS-PAGEにより分離した後、PVDF膜に転写して、ウェスタンブロッティングを行った。一次抗体として、anti-Phospho-Akt (Ser473) (Cell Signaling Technology社、#4060)、anti-Akt (total) (Cell Signaling Technology社、#4691)、anti-Phospho-Stat3 (Tyr705) (Cell Signaling Technology社、#9145)、anti-STAT3 (total) (Santa Cruz社、sc-482)、anti-Tubulin (Cell Signaling Technology社、#2148)を、それぞれ1,000倍希釈で用いた。二次抗体として、Anti-Rabbit IgG, HRP-Linked F(ab’)2 Fragment Donkey (GE Healthcare社, NA9340) を10,000倍希釈で用いた。ECL試薬(Thermo Fisher Scientific社、PierceTM ECL Western Blotting Substrate)により発光させ、ImageQuant LAS4000mini (GE Healthcare社) により撮影した。結果を図3Cに示す。
MDA-MB-231細胞に、RBMS2に対するsiRNA (Thermo Fisher Scientific社、Silencer(R) Select s11867) またはコントロールsiRNA (Thermo Fisher Scientific社、SilencerTM Select Negative Control No. 1) をLipofectamine RNAiMaxを用いて導入した。48時間後、トリプシン処理により細胞懸濁液を調整した。血清を添加しない培地(無血清DMEM培地)で細胞を2回洗浄した。24ウェルプレートに800μlの10%血清を含むDMEMを加え、そこにTranswellインサート (Corning社、#353097)を設置した。Transwellインサートへ無血清DMEM培地に懸濁した細胞を播種した。16時間後、細胞をクリスタルバイオレットにより染色した。染色細胞が多く検出される程、細胞遊走能が高いことを示す。結果を図4に示す。
MDA-MB-231細胞にRBMS2に対するsiRNA (Thermo Fisher Scientific社、Silencer(R) Select s11867) またはコントロールsiRNA (Thermo Fisher Scientific社、SilencerTM Select Negative Control No. 1) をLipofectamine RNAiMaxを用いて導入した。48時間後、トリプシン処理により細胞懸濁液を調整した。血清を添加しない培地(無血清DMEM培地)で2回洗浄した。24ウェルプレートに800μlの10%血清を含むDMEMを加え、そこにマトリゲル インベージョン チャンバー (Corning社、#354480)を設置した。マトリゲル インベージョン チャンバーへ、無血清DMEM培地に懸濁した細胞を播種した。16時間後、細胞をクリスタルバイオレットにより染色した。染色細胞が多く検出される程、細胞浸潤能が高いことを示す。結果を図5に示す。
実施例8A
HEK293T細胞に下記レポーターベクター、レニラルシフェラーゼ発現ベクターおよびRBMS2発現ベクターまたはコントロール空ベクターを導入し、48時間後にDual-Glo Luciferase Assay System (プロメガ社) を用いてルシフェラーゼアッセイを行なった。結果を図6に示す。
HEK293T細胞に、F3遺伝子の3’UTRを有するレポーターベクター(実施例8A)又は該ベクターの3’UTR中の全て(6つの)AU-rich element(AUUUA)をAGGGAに変異させてなるレポーターベクターと、FLAGタグ付きRBMS2発現ベクターとを導入した。48時間後に細胞を回収し、1mlのRIP lysis buffer(20mM Tris-HCl, pH 7.5, 100mM KCl, 5mM MgCl2, 0.5% NP-40, 40U/μl RNase inhibitor (東洋紡社), Complete mini protease inhibitor cocktail (Roche), 1μM PMSF)に溶解した。氷上にて15分間静置した後、20,000xgにて5分間遠心し、上清を回収した。上清50μlをinputとして保存した。残った上清は450μlづつ2本に分け、そこにnormal mouse IgGまたはanti-FLAG抗体(SIGMA社、F1804)を2μg加えた。続いてProtein G Dynabeads(Thermo Fisher Scientific社)を50μl加え、4℃にて2時間反応させた。反応後、RIP lysis bufferにてビーズを3回洗浄した。Input、および免疫沈降したRNAはReliaPrepTM RNA Cell Miniprep System(プロメガ社)にて精製し、ランダムプライマーを用い、逆転写を行った。濃縮効率は定量PCRにより、inputに対する相対値により決定した。結果を図7に示す。
ヒトRBMS1(RefseqID; NP_058520.1)、ヒトRBMS2(RefseqID; NP_002889.1)、ヒトRBMS3(RefseqID; NP_001003793.1)を、CLC sequence viewerを用いて相同性解析した。解析結果を図8に示す。
HEK293T細胞(ヒト胎児性腎細胞)、MCF7細胞(乳がん)、MDA-MB-231細胞(乳がん)、A549細胞(肺がん)、HeLa細胞(子宮頸がん)、HepG2細胞(肝がん)、U87細胞(脳腫瘍)、THP1細胞(単球性白血病)、U937細部(単球性白血病)、Ramos細胞(バーキットリンパ腫、B細胞腫)、Jurkat細胞(急性T細胞性白血病)、RAW264.7細胞(マクロファージ)、HH4-13細胞(T細胞)、A20細胞(B細胞)、B16細胞(メラノーマ)、3T3細胞(線維芽細胞)、3T3L1細胞(線維芽細胞)、及び10T1/2細胞(間葉系幹細胞様)よりRNAを調整し、oligo dTをプライマーとして逆転写を行なった。ヒトまたはマウスRBMS1、2、3の発現量を、THUNDERBIRD(登録商標) SYBR qPCR Mix (東洋紡)を用いた定量PCRにて測定した。結果を図9に示す。図中9、各遺伝子の発現量はHPRT遺伝子に対する相対的な発現量で示した。
ヒトHPRT (5’-CCTGGCGTCGTGATTAGTGA-3’ (配列番号32)および5’-CGAGCAAGACGTTCAGTCCT-3’ (配列番号33))
ヒトRBMS1 (5’-CACCACCAGGAGTTTCTGCC -3’ (配列番号34)および5’-CAGCAAGTCTCACCTCTCCTT -3’ (配列番号35))
ヒトRBMS2 (5’-CATCTCTCCCTCAGCAGCAC-3’ (配列番号36)および5’-GCTGCTCTCCTCGACTGAAA-3’ (配列番号37))
ヒトRBMS3 (5’-TCTCCAAACCAAGCAGTCCT-3’ (配列番号38)および5’-GGAGGCCTCGAATGTACAGG -3’ (配列番号39))
マウスHPRT (5’-CTTCCTCCTCAGACCGCTTT-3’ (配列番号40)および5’-CATCATCGCTAATCACGACGC-3’ (配列番号41))
マウスRBMS1 (5’-GAGATGATCTTCCCCAGCGG-3’ (配列番号42)および5’-GGACCAGAGACTGCTGCTTG-3’ (配列番号43))
マウスRBMS2 (5’-TGGCCTAGGAGGGGTTAGAC-3’ (配列番号44)および5’-GCTGGATGCCACTTCTCAGT-3’ (配列番号45))
マウスRBMS3 (5’-TGGACCACCCCATGTCAATG-3’ (配列番号46)および5’-TGAATCGTTCCTGCTGTCCC-3’ (配列番号47))。
HEK293T細胞に、下記レポーターベクター、レニラルシフェラーゼ発現ベクターおよびRBMS1、RBMS2、RBMS3発現ベクターまたはコントロール空ベクターを導入し、48時間後にDual-Glo Luciferase Assay System (プロメガ社) を用いてルシフェラーゼアッセイを行なった。結果を図10に示す。
MDA-MB-231細胞を96ウェルプレートに播種し、一晩(16時間)培養した後に、RBMS1に対するsiRNA (Thermo Fisher Scientific社、Silencer(R) Select s11864)、RBMS2に対するsiRNA (Thermo Fisher Scientific社、Silencer(R) Select s11867)またはコントロールsiRNA (Thermo Fisher Scientific社、SilencerTM Select Negative Control No. 1)をLipofectamine RNAiMaxを用いて細胞に導入した。siRNA導入直後を0時間とし、以後24時間毎に細胞数を計測した。細胞数の計測はCellTiter 96(R) AQueous One Solution Cell Proliferation Assay(プロメガ社)を用いた。結果を図11に示す。
マウスメラノーマ細胞株B16細胞にレトロウィルスを用いてコントロールまたはRBMS2に対するshort hairpin RNA (shRNA)を発現させノックダウン細胞を樹立した。対数増殖期にある細胞をトリプシン/EDTAにて剥離し、PBSで2回洗浄後、1x106/mlとなるように無血清DMEM培地に懸濁した。C57BL/6Jマウス(8週、メス)の尾静脈より2x105個(200μl)の細胞懸濁液を投与し、3週間後に肺を摘出し、転移を評価した。
コントロールshRNA; 5’-GCTACACAAATCAGCGATTT-3’(配列番号50)RBMS2 shRNA; 5’-GGAAACCACCTTCAACCAACT-3’(配列番号51)。
ヒトT細胞株であるJurkat細胞の培養培地に、IL-10タンパク質又はTGFβタンパク質を添加した(終濃度:IL-10タンパク質→20 ng/mL、TGFβタンパク質→10 ng/mL)。添加前、添加から8時間及び24時間経過後の細胞からcDNAを調製し、定量PCRによりRBMS2 mRNA及びHPRT(コントロール)mRNAの発現量を測定した。結果を図13に示す。
RBMSのRNA上の結合部位をPAR-CLIPで解析した。PAR-CLIPの概要を図14に示す。具体的には以下のようにして行った。
pCLT-EFS-PurベクターへFLAGタグを付加したヒトRBMS2をクローニングし、HEK293T細胞へ、pCAG-HIVgpベクターおよびpCMV-VSV-G-RSV-Revベクターと共に遺伝子導入し、レンチウィルスを作製した。作製したレンチウィルスはMDA-MB-231細胞に24時間感染させ、1μg/mlピューロマイシン存在下で5日間培養した。
2x106の細胞を15cmディッシュ6枚へ播種し、一晩培養後、ドキシサイクリン(最終濃度10ng/ml)および4-チオウリジン(最終濃度100μM)を添加し、16時間培養した後に365nmのUVを150μJ/cm2で照射し、RNAとタンパク質を架橋した。セルスクレーパーで細胞を回収した後に、細胞溶解液で懸濁し、細胞溶解液を得た。抗FLAGタグ抗体(SIGMA社;M2、10μg)およびProtein A磁気ビーズ(サーモフィッシャーサイエンティフィック社)を添加し、4℃にて2時間反応させ免疫沈降を行った。
免疫沈降物(RNA・RBMS2タンパク質複合体)にT4 RNA ligase(NEB)を用いてRNAの3’側にリンカー(配列5’- UGGAAUUCUCGGGUGCCAAGG-3’(配列番号52))を付加し、その後RNAの5’側を[γ-32P] ATPで放射性同位体標識した。SDS-PAGEで電気泳動、ニトロセルロース膜への転写後、RNA/RBMS2タンパク質複合体(55kDaから80kDa付近)を切り出し、そこからRNAを精製した。精製したRNAの5’側にT4 RNA ligase(NEB)を用いてリンカー(配列5’- GUUCAGAGUUCUACAGUCCGACGAUC-3’ (配列番号53))を付加し、このRNAを鋳型として逆転写を特異的プライマー(配列5’-CCTTGGCACCCGAGAATTCCA-3’ (配列番号54))を用いて行い、cDNAを合成した(サーモフィッシャーサイエンティフィック社、SuperScript III)。
cDNAを鋳型として以下のプライマーを用いてPCRを行い、インデックス付加を行った。
RNA PCR Primer 1st
5’- GTTCAGAGTTCTACAGTCCGA-3’ (配列番号55)
RNA PCR Primer, Index1 1st
5’- CCTTGGCACCCGAGAATTCCA-3’ (配列番号56)
第1段階PCR産物を鋳型として、以下のプライマーを用いてインデックス付加を行い、200bp付近のPCR産物を切り出し、精製した。
RNA PCR Primer
5’-AATGATACGGCGACCACCGAGATCTACACGTTCAGAGTTCTACAGTCCGA-3’ (配列番号57)
RNA PCR Primer, Index1
5’-CAAGCAGAAGACGGCATACGAGATCGTGATGTGACTGGAGTTCCTTGGCACCCGAGAATTCCA-3’ (配列番号58)。
上記PCR産物を10pMに調整した後にMiSeq(イルミナ社)によりシーケンスを行った。次世代シーケンサー解析より得られたFastqファイルの配列情報からアダプター配列をFaQCsを用いてトリミングした後に、Bowtieを用いてヒトゲノム配列(hg38)へマッピングした。マッピングした配列情報はIGVを用いて可視化した。
代表的な例としてIL-6、IL-8(CXCL8)、及びCXCL1のゲノム領域における結果を図15に示す。各遺伝子の3’UTR(特にAU-rich element)にRBMS2が結合していることが分かった。
GEO(Gene Expression Omnibus)データベースよりGSE6883-GPL96 またはGSE6883-GPL97 のデータを入手し(オリジナル論文はLiu et al. N Engl J Med 2007;356:217-26.)、RBMS2(プローブID; 205228_at)およびRBMS1(プローブID; 237860_at)の発現データを解析した。
RBMS発現の制御機構を解析した。具体的には以下のようにして行った。
KRASプライマー
hKRAS-Fw:TGGTGAGGGAGATCCGACAA(配列番号59)
hKRAS-Rv:AGGCATCATCAACACCCAGA(配列番号60)
IL-6プライマー
hIL6-Fw:CTCCAGGAGCCCAGCTATGA(配列番号61)
hIL6-Rv:GAGGTGAGTGGCTGTCTGTG(配列番号62)
HPRTプライマー
hHPRT-Fw:GCTGGCGTCGTGATTAGTGA(配列番号63)
hHPRT-Rv:CGAGCAAGACGTTCAGTCCT(配列番号64)
CXCL1プライマー
hCXCL1-Fw:TCACAGTGTGTGGTCAACAT(配列番号65)
hCXCL1-Rv:AGCCCCTTTGTTCTAAGCCA(配列番号66)
RBMS2プライマー
hRBMS2-Fw:GTGATAGGCCAGGGGAGTAG(配列番号67)
hRBMS2-Rv:ACTCTGCTCCTATGCTGGTG(配列番号68)。
KRASノックダウン試験用siRNA(キアゲン社)
siNega:AllStars Negative Control siRNA(SI03650318) 配列非公開
siKRAS:Hs_KRAS_2 FlexiTube siRNA (Cat. No. SI03106824) 配列非公開
RBMS2ノックダウン試験用siRNA(サーモフィッシャーサイエンティフィック社)
Negative control(サーモフィッシャーサイエンティフィック社(アンビオン), Silencer(登録商標) Select Negative Control No. 1 siRNA, 製品番号: 4390843)配列非公開
Human RBMS2-1(サーモフィッシャーサイエンティフィック社(アンビオン), Silencer(登録商標) Select, siRNA ID No. s11867)配列:UUUGCACAAAUUUUCCUUGGT(配列番号69)。
MCF-7またはMDA-MB-231細胞よりRNAを精製し(プロメガ社; ReliaPrep Cell mini prep kit)、オリゴdTプライマーにより逆転写した(東洋紡社; ReverTra Ace)。RBMS2の発現をqPCR(東洋紡社; THUNDERBIRD(登録商標) qPCR Mix)により解析した。HPRTの発現量で補正を行った。結果を図17Aに示す。
MCF-7またはMDA-MB-231細胞をlysis buffer(20mM Tris-HCl, pH7.5, 150mM NaCl, 0.5mMEDTA, 1% Triton X-100, 0.5% デオキシコール酸ナトリウム, Complete mini protease inhibitor cocktail (Roche))に懸濁し、氷上で15分静置後に遠心し(15,000rpm, 4℃, 5分)、上清を回収した。20μgのタンパク質サンプルを10%SDS-PAGEにより電気泳動した後に、PVDF膜に転写した。室温、1時間のブロッキング(ナカライテスク社; Blocking One)した後に、2,000倍希釈したRBMS2抗体(ウサギポリクローナル、自家作製抗体)で一晩反応させた。TBST(20mM Tris-HCl, pH7.5, 150mM NaCl, 0,05% Tween-20)で10分間3回洗浄後にHRP標識した抗ウサギIgG抗体を室温、1時間反応させた。ECL試薬によりバンドを可視化した。結果を図17Bに示す。
pCSII-CMV-MCS-VenusベクターにKRAS(G13D変異体)をクローニングした。pCSII-CMV-MCS-Venus空ベクターまたはpCSII-CMV-MCS-Venus-KRAS(G13D)ベクターをpCAG-HIVgpベクターおよびpCMV-VSV-G-RSV-Revベクターと共にHEK293T細胞にポリエチレンイミンを用いて遺伝子導入し、48時間培養し、レンチウィルスを作製した。回収した上清をMCF-7細胞に感染させ、5日間培養した後にRNAを精製し(プロメガ社; ReliaPrep Cell mini prep kit)、オリゴdTプライマーにより逆転写した(東洋紡社; ReverTra Ace)。RBMS2およびIL-6の発現をqPCR(東洋紡社; THUNDERBIRD(登録商標)qPCR Mix)により解析した。HPRTの発現量で補正を行った。結果を図17Cに示す。
MDA-MB-231細胞に10pmolのsiRNAネガティブコントロール(siNega)またはKRASに対するsiRNA(siKRAS)をLipofectamine RNAiMAX Transfection Reagent(サーモフィッシャーサイエンティフィック社)を用いて導入し、48時間培養した。RNAを精製し(プロメガ社; ReliaPrep Cell mini prep kit)、オリゴdTプライマーにより逆転写した(東洋紡社; ReverTra Ace)。RBMS2、KRASおよびIL-6の発現をqPCR(東洋紡社; THUNDERBIRD(登録商標) qPCR Mix)により解析した。HPRTの発現量で補正を行った。結果を図17Dに示す。
RBMS2はKRAS G13D変異を有する高悪性度のがん(MDA-MB-231)において発現量が高いことが分かった(図17A及び図17B)。また、KRAS G13D変異を有しない細胞(MCF-7)にKRAS G13D変異体を導入すると、RBMS2の発現量、及びRBMS2によって発現制御されるがん促進因子(IL-6)の発現量が増加することが分かった(図17C)。さらに、KRAS G13D変異を有する細胞(MDA-MB-231)のKRASを抑制すると、RBMS2の発現量、及びRBMS2によって発現制御されるがん促進因子(IL-6)の発現量が減少することが分かった(図17D)。これらの結果から、RBMS2の発現は、KRAS G13D変異体によって促進され、これによりIL-6等のがん促進因子のmRNAが安定化されその発現量が亢進するというメカニズムが示唆された(図17E)。
Human protein atlasデータベース(http://www.proteinatlas.org)よりRBMS2またはRBMS1の膵臓がん、大腸がん、肺がん又は乳がんにおける発現を解析した。
MCF-7(乳がん、KRAS; WT)、MDA-MB-231(乳がん、KRAS; G13D)、LoVo(大腸がん、KRAS; G13D)又はPanc1(膵臓がん、KRAS; G12V)よりRNAを精製し(プロメガ社; ReliaPrep Cell mini prep kit)、オリゴdTプライマーにより逆転写した(東洋紡社; ReverTra Ace)。RBMS2の発現をqPCR(東洋紡社; THUNDERBIRD(登録商標) qPCR Mix)により解析した。HPRTの発現量で補正を行った。
ここで初めて使用した定量PCRプライマーは以下の通りである。なお、以降の実施例でも、特に断りの無い限り、ここに記載のプライマーを使用した。
IL-8プライマー
hIL8-Fw:ACCGGAAGGAACCATCTCAC(配列番号70)
hIL8-Rv:GGCAAAACTGCACCTTCACAC(配列番号71)
RBMS1プライマー
hRBMS1-Fw:CCATGGCATAGAGAAGGAGAGG(配列番号72)
hRBMS1-Rv:TAGCAGCTGTAGTTGGGTCG(配列番号73)。
KRAS変異細胞におけるmRNAの安定性を解析した。具体的には以下のようにして行った。
ヒトRBMS2遺伝子の第2エクソンの上流約4kbp(配列番号74)、第1エクソンの上流約3kbp(配列番号75)、第2エクソンの上流約2.5kbp(配列番号76)、第1エクソンの上流約1kbp(配列番号77)をルシフェラーゼベクター(pGL4、プロメガ社)にクローニングした。HEK293T細胞にRBMS1遺伝子の上流領域を含むベクターおよびRenillaルシフェラーゼベクター(phRL-TK、プロメガ社)をポリエチレンイミンを用いて遺伝子導入し、48時間培養した。ルシフェラーゼ活性はDual-Glo(登録商標) Luciferase Assay System(プロメガ社)を用いて計測し、Renillaルシフェラーゼにより補正を行った。
Claims (31)
- RBMS遺伝子発現制御領域及び該領域によって発現が制御されるように配置された遺伝子を含む発現カセット、該発現カセットを含むベクター、並びに該ベクターを含む細胞からなる群より選択される少なくとも1種を含有する、がん促進因子発現抑制剤の有効成分のスクリーニング用試薬。
- 前記発現カセットが、RBMS1遺伝子発現制御領域を含む発現カセット、RBMS2遺伝子発現制御領域を含む発現カセット、及びRBMS3遺伝子発現制御領域を含む発現カセットからなる群より選択される少なくとも1種である、請求項1に記載のスクリーニング用試薬。
- 被検物質の存在下における下記(i)〜(iii)からなる群より選択される少なくとも1種を指標とする、がん促進因子発現抑制剤の有効成分のスクリーニング方法:
(i)RBMS遺伝子発現制御領域によって発現制御される遺伝子発現量、
(ii)RBMSとAU-rich elementを含むRNAとの結合量、及び
(iii)RBMS過剰発現細胞における、3’-UTRにおいてAU-rich elementを含むmRNA量又は前記mRNA由来のタンパク質量。 - 前記指標(i)における前記遺伝子発現量が、RBMS1遺伝子発現制御領域によって発現制御される遺伝子発現量、RBMS2遺伝子発現制御領域によって発現制御される遺伝子発現量、及びRBMS3遺伝子発現制御領域によって発現制御される遺伝子発現量からなる群より選択される少なくとも1種であり、且つ
前記指標(ii)及び(iii)における前記RBMSが、RBMS1、RBMS2、及びRBMS3からなる群より選択される少なくとも1種である、
請求項3に記載のスクリーニング方法。 - 被検物質存在下における前記指標の値が、被検物質非存在下における前記指標の値よりも低い場合に、該被検物質をがん促進因子発現抑制剤の有効成分として選択することを含む、請求項3又は4に記載のスクリーニング方法。
- 前記AU-rich elementが、CSF2、IL-6、ADAM10、ADM、CTGF、HBEGF、HILPDA、IL-24、THBS1、MYC、TGFB2、ADAM10、ITGA6、F3、PTP4A1、HBEGF、HSPA5、THBS1、PLAU、CYR61、ITGA6、EDIL3、CSF1、ITGB1、及びMMP1からなる群より選択される少なくとも1種のmRNA由来のAU-rich elementである、請求項3〜5のいずれかに記載のスクリーニング方法。
- 下記工程(a1)〜(c1)を含む、請求項3〜6のいずれかに記載のスクリーニング方法:
(a1)RBMS遺伝子発現制御領域及び該領域によって発現が制御されるように配置された遺伝子を含む発現カセットを含有する発現系と、被検物質とを接触させる工程、
(b1)被検物質を接触させた発現系における前記遺伝子の発現量を被検発現量として測定し、該被検発現量と、被検物質を接触させない発現系における前記遺伝子の発現量を対照発現量として比較する工程、並びに
(c1)被検発現量が対照発現量よりも低い場合に、該被検物質をがん促進因子発現抑制剤の有効成分として選択する工程。 - 前記発現カセットが、RBMS1遺伝子発現制御領域を含む発現カセット、RBMS2遺伝子発現制御領域を含む発現カセット、及びRBMS3遺伝子発現制御領域を含む発現カセットからなる群より選択される少なくとも1種である、請求項7に記載のスクリーニング方法。
- 前記発現系が細胞である、請求項7又は8に記載のスクリーニング方法。
- 前記遺伝子がレポーター遺伝子である、請求項7〜9のいずれかに記載のスクリーニング方法。
- 下記工程(a2)〜(c2)を含む、請求項3〜6のいずれかに記載のスクリーニング方法:
(a2)AU-rich elementを含むRNAとRBMSとを、被検物質の存在下で接触させる工程、
(b2)被検物質の存在下で接触させた場合の前記RNAと前記RBMSとの結合量を被検結合量として測定し、該被検結合量と、被検物質の非存在下で接触させた場合の前記RNAと前記RBMSとの結合量を対照結合量として比較する工程、並びに
(c2)被検結合量が対照結合量よりも低い場合に、該被検物質をがん促進因子発現抑制剤の有効成分として選択する工程。 - 前記RBMSが、RBMS1、RBMS2、及びRBMS3からなる群より選択される少なくとも1種である、請求項11に記載のスクリーニング方法。
- 下記工程(a3)〜(c3)を含む、請求項3〜6のいずれかに記載のスクリーニング方法:
(a3)3’-UTRにおいてAU-rich elementを含むmRNAを含有し、且つRBMSが過剰発現している細胞と、被検物質とを接触させる工程、
(b3)被検物質と接触させた細胞における前記mRNA量又は前記mRNA由来のタンパク質量を被検量として測定し、被検物質と接触させない細胞における前記mRNA量又は前記mRNA由来のタンパク質量を対照量として、該被検量と該対照量を比較する工程、並びに
(c3)被検量が対照量よりも低い場合に、該被検物質をがん促進因子発現抑制剤の有効成分として選択する工程。 - 前記RBMSが、RBMS1、RBMS2、及びRBMS3からなる群より選択される少なくとも1種である、請求項13に記載のスクリーニング方法。
- 前記mRNAがレポータータンパク質のORFを含む、請求項13又は14に記載のスクリーニング方法。
- RBMS発現抑制剤及びRBMS機能抑制剤からなる群より選択される少なくとも1種を含有する、がん促進因子発現抑制剤。
- 前記RBMS発現抑制剤が、RBMS1発現抑制剤、RBMS2発現抑制剤、及びRBMS3発現抑制剤からなる群より選択される少なくとも1種であり、且つ
前記RBMS機能抑制剤が、RBMS1機能抑制剤、RBMS2機能抑制剤、及びRBMS3機能抑制剤からなる群より選択される少なくとも1種である、
請求項16に記載のがん促進因子発現抑制剤。 - 前記RBMS発現抑制剤が、RBMS特異的siRNA、RBMS特異的miRNA、RBMS特異的アンチセンス核酸、これらの発現ベクター、及びIL-10からなる群より選択される少なくとも1種のRBMS発現抑制剤を含有する、請求項16又は17に記載のがん促進因子発現抑制剤。
- 発現抑制対象である前記がん促進因子が、CSF2、IL-6、ADAM10、ADM、CTGF、HBEGF、HILPDA、IL-24、THBS1、MYC、TGFB2、ADAM10、ITGA6、F3、PTP4A1、HBEGF、HSPA5、THBS1、PLAU、CYR61、ITGA6、EDIL3、CSF1、ITGB1、及びMMP1からなる群より選択される少なくとも1種である、請求項16〜18のいずれかに記載のがん促進因子発現抑制剤。
- がんの予防又は治療剤として用いられる、請求項16〜19のいずれかに記載のがん促進因子発現抑制剤。
- 予防又は治療対象である前記がんが、以下の(X)〜(Z)からなる群より選択される少なくとも1種である、請求項20に記載のがん促進因子発現抑制剤:
(X)すい臓がん、大腸がん、肺がん、胆管がん、及び乳がんからなる群より選択される少なくとも1種である、
(Y)前記がんがRAS遺伝子変異タイプのがんである、及び
(Z)前記がんが高悪性度のがんである。 - RAS遺伝子変異が、KRAS遺伝子変異である請求項21に記載のがん促進因子発現抑制剤。
- RBMS遺伝子発現産物検出剤を含有する、がん診断薬。
- 前記RBMS遺伝子発現産物検出剤が、RBMS1遺伝子発現産物検出剤、RBMS2遺伝子発現産物検出剤、及びRBMS3遺伝子発現産物検出剤からなる群より選択される少なくとも1種である、請求項23に記載のがん診断薬。
- がん促進因子がCSF2、IL-6、ADAM10、ADM、CTGF、HBEGF、HILPDA、IL-24、THBS1、MYC、TGFB2、ADAM10、ITGA6、F3、PTP4A1、HBEGF、HSPA5、THBS1、PLAU、CYR61、ITGA6、EDIL3、CSF1、ITGB1、及びMMP1からなる群より選択される少なくとも1種である請求項23又は24に記載の診断薬。
- 診断対象である前記がんが、以下の(X)〜(Z)からなる群より選択される少なくとも1種である、請求項23〜25のいずれかに記載のがん診断薬:
(X)すい臓がん、大腸がん、肺がん、胆管がん、及び乳がんからなる群より選択される少なくとも1種である、
(Y)前記がんがRAS遺伝子変異タイプのがんである、及び
(Z)前記がんが高悪性度のがんである。 - RAS遺伝子変異が、KRAS遺伝子変異である請求項26に記載の診断薬。
- (a1)被検体から採取された試料におけるRBMS遺伝子発現産物の被検発現量を測定する工程、及び
(b1)上記工程(a1)で測定された被検発現量を、がんに罹患していない対照被検体から採取された試料におけるRBMS遺伝子発現産物の対照発現量と対比する工程、
を有し、
(c1)対照発現量に比べて被検発現量が高いことを、被検体ががんに罹患しているとの判断指標とする、がんの検出方法。 - (a2)がんに罹患している被検体から採取された試料におけるRBMS遺伝子発現産物の被検発現量を測定する工程、及び
(b2)上記工程(a2)で測定された被検発現量を、がんに罹患している対照被検体から採取された試料におけるRBMS遺伝子発現産物の対照発現量と対比する工程、
を有し、
(c2)対照発現量に比べて被検発現量が高いことを、被検体の方が、対照被検体よりもがんの進行度が高いとの判断指標とする、がんの進行度の判定方法。 - 前記RBMS遺伝子発現産物が、RBMS1遺伝子発現産物、RBMS2遺伝子発現産物、及びRBMS3遺伝子発現産物からなる群より選択される少なくとも1種である、請求項28又は29に記載の方法。
- 前記がんがCSF2、IL-6、ADAM10、ADM、CTGF、HBEGF、HILPDA、IL-24、THBS1、MYC、TGFB2、ADAM10、ITGA6、F3、PTP4A1、HBEGF、HSPA5、THBS1、PLAU、CYR61、ITGA6、EDIL3、CSF1、ITGB1、及びMMP1からなる群より選択される少なくとも1種により発症又は増悪するものである、請求項28〜30のいずれかに記載の方法。
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