JPWO2002103017A1

JPWO2002103017A1 - 神経芽細胞腫において単離された核酸

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Publication number: JPWO2002103017A1
Application number: JP2003505339A
Authority: JP
Inventors: 中川原　章; 章中川原
Original assignee: Chiba Prefectural Government; Hisamitsu Pharmaceutical Co Inc
Current assignee: Chiba Prefectural Government; Hisamitsu Pharmaceutical Co Inc
Priority date: 2001-05-31
Filing date: 2002-05-30
Publication date: 2004-09-30
Anticipated expiration: 2022-05-30
Also published as: EP1398378A1; EP1795597B1; EP1795597A3; DE60237406D1; EP1398378A4; EP1795597A2; US20050059001A1; JP4129229B2; WO2002103017A1; ATE478147T1

Abstract

予後良好および不良なヒト神経芽細胞腫との比較において、予後良好なヒト神経芽細胞腫で発現が増強していることを特徴とする配列表の配列番号１から３６６のうちのいずれか一つに記載の塩基配列からなる核酸、それらのいずれかの塩基配列の一部からなることを特徴とする核酸、またはそれらの相補的な塩基配列とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることを特徴とする単離された核酸が開示された。それにより神経芽細胞腫の予後良不良に関係する遺伝子配列が明らかとなり、その遺伝子情報の提供および予後良不良に関する診断が可能となった。

Description

技術分野
本発明は、予後良好な、および不良なヒト神経芽細胞腫との比較において、予後良好なヒト神経芽細胞腫で発現が増強していることを特徴とする核酸に関する。
背景技術
（腫瘍形成と遺伝子）
個々の腫瘍にはそれぞれの個性があり、発がんの基本的な原理は同じであっても、その生物学的特性は必ずしも同じではない。近年、がんの分子生物学や分子遺伝学が急速に進歩し、発がんやいわゆる腫瘍細胞のバイオロジーが遺伝子レベルで説明できるようになってきた。
（神経芽細胞腫）
神経芽細胞腫は末梢交感神経系細胞に由来する交感神経節細胞と副腎髄質細胞から発生する小児癌である。この交感神経系細胞は発生初期の神経堤細胞が腹側へ遊走し、いわゆる交感神経節が形成される場所で分化成熟したものである。その一部の細胞はさらに副腎部へ遊走し、先に形成されつつある副腎皮質を貫通して髄質部に達し、そこで髄質を形成する。神経堤細胞はほかの末梢神経細胞の起源ともなっており、後根神経節（知覚神経）、皮膚の色素細胞、甲状腺Ｃ細胞、肺細胞の一部、腸管神経節細胞などへ分化する。
（神経芽細胞腫の予後）
神経芽細胞腫は多彩な臨床像を示すことが特徴である（中川原：神経芽腫の発生とその分子機構小児内科３０，１４３１９９８）。例えば、１歳未満で発症する神経芽細胞腫は非常に予後が良く、大部分が分化や細胞死を起こして自然退縮する。現在、広く実施されている生後６か月時の尿のマススクリーニングで陽性となる神経芽細胞腫の多くは、この自然退縮を起こしやすいものに属する。一方、１歳以上で発症する神経芽細胞腫は悪性度が高く、多くの場合、治療に抵抗して患児を死に至らしめる。１歳以上の悪性度の高い神経芽細胞腫は体細胞突然変異（Ｓｏｍａｔｉｃｍｕｔａｔｉｏｎ）が起こり、モノクローナルであるのに対し、自然退縮する神経芽細胞腫では生殖細胞突然変異（ｇｅｒｍｌｉｎｅｍｕｔａｔｉｏｎ）のみの遺伝子変異でとどまっているとの仮説もある（ＫｎｕｄｓｏｎＡＧ等：ＲｅｇｒｅｓｓｉｏｎｏｆｎｅｕｒｏｂｌａｓｔｏｍａＩＶ−Ｓ：Ａｇｅｎｅｔｉｃｈｙｐｏｔｈｅｓｉｓ．ＮＥｎｇｌＪＭｅｄ３０２，１２５４（１９８０））。
（神経芽細胞腫の予後を推定する遺伝子）
最近の分子生物学的研究の進展により、神経成長因子（ｎｅｒｖｅｇｒｏｗｔｈｆａｃｔｏｒ：ＮＧＦ）の高親和性レセプターであるＴｒｋＡの発現が分化と細胞死の制御に深くかかわっていることが明らかとなってきた（ＮａｋａｇａｗａｒａＡ．ＴｈｅＮＧＦｓｔｏｒｙａｎｄｎｅｕｒｏｂｌａｓｔｏｍａ．ＭｅｄＰｅｄｉａｔｒＯｎｃｏｌ３１，１１３（１９９８））。Ｔｒｋは神経栄養因子の高親和性受容体で、膜貫通型受容体であり、Ｔｒｋ−Ａ、Ｂ、Ｃの３つが主なものである。
Ｔｒｋファミリー受容体は、中枢神経および末梢神経系において、特異的な神経細胞の分化と生存維持に重要な役割を果たしている（中川原等：神経芽細胞腫におけるニューロトロフィン受容体の発現と予後小児外科２９：４２５−４３２、１９９７）。腫瘍細胞の生存や分化はＴｒｋチロシンキナーゼやＲｅｔチロシンキナーゼからのシグナルで制御されている。なかでも、ＴｒｋＡ受容体の役割は最も重要で、予後良好な神経芽細胞腫ではＴｒｋＡの発現が著しく高く、これからのシグナルが腫瘍細胞の生存・分化、または細胞死（アポトーシス）を強く制御している。一方、予後不良神経芽細胞腫では、ＴｒｋＡの発現が著しく抑えられており、これに代わってＴｒｋＢあるいはＲｅｔからのシグナルが生存の促進という形で腫瘍の進展を助長している。
また、神経の癌遺伝子であるＮ−ｍｙｃの増幅が神経芽細胞腫の予後に関連していることが明らかになってきた（中川原：脳・神経腫瘍の多段階発癌ＭｏｌｅｃｕｌａｒＭｅｄｉｃｉｎｅ３６４，３６６（１９９９））。この遺伝子は神経芽細胞腫で初めてクローニングされたが、正常細胞や予後良好な神経芽細胞腫では通常１倍体当たり１つしか存在しないのに対し、予後不良の神経芽細胞腫においては数十倍に増幅されるのが見つかった。
しかしながら、現在までに神経芽細胞腫に発現されている癌遺伝子はＮ−ｍｙｃ以外に知られておらず、その予後の良不良に関する遺伝子情報に関してもＮ−ｍｙｃとＴｒｋＡ以外についてはほとんど知られていなかった。
発明の開示
本発明は、上記従来技術の有する課題に鑑みてなされたものであり、神経芽細胞腫の予後良不良に関係する遺伝子配列を明らかにし、その遺伝子情報の提供および予後良不良に関する診断を可能とすることを目的とする。
本発明者らは鋭意研究した結果、ヒト神経芽細胞腫の予後を検定し、予後良好および予後不良の臨床組織の各々からｃＤＮＡライブラリーを作製することに成功した。この２種類のｃＤＮＡライブラリーから各々約２４００クローンをクローニングし、神経芽細胞腫の予後の良悪によって分類した。
さらに本発明者は、分類された遺伝子のうち、いくつかで神経芽細胞腫の予後良好な臨床組織でのみ発現が増強している遺伝子を見いだした。
かかる知見に基づき、本発明者は少なくとも予後良好な臨床組織でのみ発現が増強している遺伝子を検出およびクローニングするための塩基配列情報を提供することを可能とした。
さらに、当該領域の塩基配列情報に基づき、予後同定の方法およびそのために使用可能な腫瘍マーカーを設計することを可能とする塩基配列情報を提供することを可能とし、本発明を完成した。
すなわち、本発明は、予後良好な、および不良なヒト神経芽細胞腫との比較において、予後良好なヒト神経芽細胞腫で発現が増強していることを特徴とする配列表の配列番号１から３６６のうちのいずれか一つに記載の塩基配列からなる核酸を提供することを目的とし、さらに、配列表の配列番号１から３６６に記載の塩基配列のうち、いずれかの塩基配列の一部からなる核酸を提供することを目的とする。また、上記核酸と、もしくはその相補的な核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることを特徴とする単離された核酸を提供する。
本発明の核酸は、予後良好および不良な神経芽細胞腫の比較により、予後良好な神経芽細胞腫においてのみ発現の増強が認められたものであり、これらの核酸はヒト神経芽細胞腫の予後の診断に用いるができることを特徴とする。その目的で好適な核酸は、配列表の配列番号１２１、１２５、１３２、１３３、１６５、１７１、１８７、１８８、２１０、２２９、２３２、２７３および２８１のいずれかに記載の塩基配列からなる核酸、或いはその関連の核酸（塩基配列の一部からなる等）である。それらのうち特に好適な核酸は、配列表の配列番号１２１、１２５、１３２、１６５、１７１、１８７、１８８、２２９、２３２、２７３および２８１のいずれかに記載の塩基配列からなる核酸、或いはその関連の核酸（塩基配列の一部からなる等）である。
また、本発明は、配列表の配列番号１から３６６に記載の塩基配列の一部または全部からなる核酸のうち少なくとも一つの核酸を含有することを特徴とする神経疾患検出用診断薬を提供する。このような腫瘍検出用診断薬としては、具体的には、例えば、前記核酸を用いて製造したＤＮＡチップやマイクロアレイが挙げられる。そこで、本発明は、配列表の配列番号１から３６６に記載の塩基配列の一部または全部からなる核酸を複数個含むことを特徴とするマイクロアレイ用組成物をも提供する。このような組成物は、好ましくは全ての核酸（すなわち、各々が配列表の配列番号１から３６６に記載の塩基配列の一部または全部からなる計３６６個の核酸）を含む。より好ましくは、配列表の配列番号１２１、１２５、１３２、１３３、１６５、１７１、１８７、１８８、２１０、２２９、２３２、２７３および２８１に記載の塩基配列の一部または全部からなる計１３個の核酸を含む組成物である。
さらに、本発明に従えば、上記核酸と、もしくはその相補的な核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることを特徴とする単離された核酸であって、ＤＮＡであるものも提供される。このような核酸（ＤＮＡ）の一対からなるプライマーセットを有効成分とするヒト神経芽細胞腫の予後の診断キットもさらに提供される。
加えて、本発明は、神経芽細胞腫の臨床組織サンプルから配列表の配列番号１から３６６のうちいずれか一つに記載の塩基配列からなる核酸の有無を検出することを特徴とする、ヒト神経芽細胞腫の予後の診断方法を提供する。
発明を実施するための最良の形態
本発明における「核酸」という用語は、例えばＤＮＡ、ＲＮＡ、または誘導された活性なＤＮＡもしくはＲＮＡでありうるポリヌクレオチドを指し、好ましくは、ＤＮＡおよび／またはＲＮＡをいう。
「ストリンジェントな条件下でハイブリダイズする」という用語は、２つの核酸断片が、サムブルックら（Ｓａｍｂｒｏｏｋ，Ｊ．）の「大腸菌におけるクローン遺伝子の発現（ＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎｏｆｃｌｏｎｅｄｇｅｎｅｓｉｎＥ．ｃｏｌｉ）」（ＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ：Ａｌａｂｏｒａｔｏｒｙｍａｎｕａｌ（１９８９））ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙＰｒｅｓｓ，ＮｅｗＹｏｒｋ，ＵＳＡ，９．４７−９．６２および１１．４５−１１．６１に記載されたハイブリダイゼーション条件下で、相互にハイブリダイズすることを意味する。
より具体的には、「ストリンジェントな条件」とは約４５℃にて６．０×ＳＳＣでハイブリダイゼーションを行った後に、５０℃にて２．０×ＳＳＣで洗浄することを指す。ストリンジェンシーの選択のため、洗浄工程における塩濃度を、例えば低ストリンジェンシーとしての約２．０×ＳＳＣ、５０℃から、高ストリンジェンシーとしての約０．２×ＳＳＣ、５０℃まで選択することができる。さらに、洗浄工程の温度を低ストリンジェエンシー条件の室温、約２２℃から、高ストリンジェンシー条件の約６５℃まで増大させることができる。
本明細書でいう「単離された」とは、組換えＤＮＡ技術により作成された場合は細胞物質、培養培地を実質的に含有せず、化学合成された場合には前駆体化学物質またはその他の化学物質を実質的に含まない、核酸またはポリペプチドを指す。
本明細書でいう「予後良好」とは、ヒト神経芽細胞腫のうち、腫瘍が限局して存在するか、または退縮や良性の交感神経節細胞腫になった状態を指し、Ｎ−ｍｙｃその他腫瘍マーカーから判断して、悪性度が低いと判断される。本発明の好適な実施の形態では、病期１または２、発症年齢が１歳未満、手術後５年以上再発なく生存し、臨床組織中にＮ−ｍｙｃの増幅が認められないものを予後良好としたが、このような特定の例には限定されない。また、本明細書で使用する「予後不良」とは、ヒト神経芽細胞腫のうち、腫瘍の進行が認められる状態を指し、Ｎ−ｍｙｃその他腫瘍マーカーから判断して、悪性度が高いと判断されるものである。本発明の好適な実施の形態では、病期４、発症年齢が１歳以上、手術後３年以内に死亡、臨床組織中にＮ−ｍｙｃの増幅が認められたものを予後不良としたが、このような特定の例には限定されない。
本発明の核酸は、ヒト神経芽細胞腫の臨床組織より見出されたものであり、かかる核酸は以下のような特徴を有する。
神経芽細胞腫はヒトでは２種類しか知られていない神経細胞そのものの腫瘍の１つであり、そこで発現している遺伝子を解析することは、神経細胞のバイオロジーを理解する上で非常に大きな知見をもたらすものと考えられる。すなわち、脳や末梢神経から、部位特異的な均質な組織を得ることは極めて困難で、事実上不可能である。それに反し、神経芽細胞腫は末梢交感神経細胞に由来するほぼ均一な神経細胞集団（腫瘍化してはいるが）から成り、均質に発現している神経関連遺伝子が得られる可能性が高く、また神経芽細胞腫は癌であるため、神経発生の未熟な段階で発現している重要な遺伝子が多いことが特徴として挙げられる。
さらに、神経芽細胞腫は、予後のよいものと予後の不良なものとが臨床的、生物学的にはっきり分けられる。予後良好な神経芽細胞腫である癌細胞は増殖速度が極めて遅く、ある時点から自然退縮を始めることが特徴である。これまでの知見から、この自然退縮は、神経細胞の分化およびアポトーシス（神経細胞死）が起こっており、正常神経細胞の成熟段階で起こる分化とプログラム細胞死と非常によく似た現象が起こっているものであることが分かってきた。したがって、この腫瘍に発現している遺伝子を解析することは、神経の分化やアポトーシスに関連した重要な情報を入手できる可能性が極めて高い。
さらに、予後不良な神経芽細胞腫は明らかに悪性増殖を続ける癌細胞からなる腫瘍である。したがって、神経細胞の増殖に関連した重要な遺伝子や、未分化な神経細胞で発現している遺伝子が多数存在する可能性が高い。つまり、予後良好な神経芽細胞腫で発現している遺伝子のプロファイルとは全く異なる遺伝子情報を入手する可能性が極めて高い。
一般的に神経細胞は、他の臓器由来の細胞と比較して、発現している遺伝子の種類が多いと言われている。神経芽細胞腫の細胞株（セルライン）は、予後不良の臨床組織由来であり、腫瘍化に伴い遺伝子発現のプロファイルが正常神経細胞と大きく変化しているものと考えられる。
また、神経芽細胞腫は小児由来の腫瘍であることも一つの特徴であり、後天的な因子の影響が非常に少ない可能性が高く、癌発生のメカニズムの解析とともに発生学的な情報を入手できる可能性が高いことが予想される。また、さらに驚くベきことに本発明に係る遺伝子または遺伝子断片の中に、ある特定の細胞周期にのみ発現を増強する遺伝子が含まれており、このことからも癌発生のメカニズムの解析および発生、分化に関する非常に有用な情報を入手できる可能性が高いことが予想される。
上記特徴を有し、上記情報を入手できる核酸は、ヒト神経芽細胞腫の臨床組織より得られ、配列表の配列番号１から３６６の塩基配列、またはその塩基配列の一部の塩基配列を有する。
さらに、ヒト神経芽細胞腫の予後良好なものと不良なものの臨床組織における遺伝子発現量を比較した結果、配列番号１から３６６の塩基配列を有する核酸の全てにおいて非常に顕著な差が認められた。すなわち、これらの核酸は予後良好なヒト神経芽細胞腫で発現が増強されていた。従って、配列番号１から３６６の塩基配列は、上記の有用な遺伝子情報以外に、それらの塩基配列を有するＤＮＡおよび／またはＲＮＡを検出することによって神経芽細胞腫の良不良を診断する腫瘍マーカーの情報としても利用可能である。
すなわち、本発明は、ヒト神経芽細胞腫およびそれに関連する様々な予後診断を以下の手段により実施可能とする。
（１）ハイブリダイゼーションに用いるプローブ
本発明において開示された塩基配列の一部、または全部からなる核酸（以下、本発明の核酸ともいう）をハイブリダイゼーションのプローブとして使用することによって少なくともヒト神経芽細胞腫において発現している遺伝子を検出することが可能である。また、本発明の核酸をハイブリダイゼーションのプローブとして使用し様々な腫瘍、正常組織における遺伝子発現を調べることで、遺伝子発現の分布を同定することも可能である。
本発明において開示された塩基配列の一部、または全部からなる核酸をハイブリダイゼーションのプローブとして使用する場合、ハイブリダイゼーション法自身については特に限定されない。好適な方法としては、例えばノザンハイブリダイゼーション、サザンハイブリダイゼーション、コロニーハイブリダイゼーション、ドットハイブリダイゼーション、Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅｉｎｓｉｔｕｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ（ＦＩＳＨ）、ｉｎｓｉｔｕｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ（ＩＳＨ）、ＤＮＡチップ法、マイクロアレイ法、などが挙げられる。
前記ハイブリダイゼーションの１つの応用例として、本発明の核酸をノザンハイブリダイゼーションのプローブとして用い、検定したサンプル中においてｍＲＮＡの長さを測定することや、遺伝子発現を定量的に検出することが可能である。
また、本発明の核酸をサザンハイブリダイゼーションのプローブとして用いる場合は、検定したサンプルのゲノムＤＮＡ中の、当該塩基配列の有無を検出することが可能である。
また、本発明において開示された塩基配列の一部、または全部からなる核酸をＦｌｕｏｒｅｓｃｅｎｃｅｉｎｓｉｔｕｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ（ＦＩＳＨ）のプローブとして用いることで、遺伝子の染色体上の位置を同定することも可能である。
また、本発明の核酸をｉｎｓｉｔｕｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ（ＩＳＨ）のプローブとして用いることでその遺伝子の発現の組織分布を同定することも可能である。
本発明の核酸をハイブリダイゼーション用プローブとして使用する場合は、少なくとも４０個の核酸残基の長さが必要であり、本発明に係る遺伝子配列のうち、４０個以上の連続した残基を有する核酸が好ましく用いられる。さらに好ましくは、６０個以上の核酸残基をもつものが用いられる。
当業者には、核酸プローブ技法は周知であり、個々の長さの本発明に係るプローブと目的とするポリヌクレオチドとの適当なハイブリダイズ条件は容易に決定される。種々の長さを含むプローブに対し至適であるハイブリダイズ条件を得るためのこのような操作は当業者では周知であり、例えばサンブルックら、「分子クローニング：実験手法（ＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ）、第２版、コールドスプリングハーバー（１９８９）」が参照される。
好ましくは、本発明のプローブは、容易に検出されるように標識される。検出可能な標識は、目視によって、または機器を用いるかのいずれかによって検出され得るいかなる種類、部分であってもよい。通常使用される検出可能な標識は、例えば、^３２Ｐ、^１４Ｃ、^１２５Ｉ、^３Ｈ、^３５Ｓ等の放射性標識である。ビオチン標識ヌクレオチドは、ニックトランスレーション、化学的および酵素的手段等によって、ＤＮＡまたはＲＮＡに組み込むことができる。ビオチン標識されたプローブは、アビジン／ストレプトアビジン、蛍光標識剤、酵素、金コロイド複合体等などの標識手段を使用したハイブリダイゼーションの後検出される。核酸はタンパク質と結合させることによって標識されてもよい。また、放射性または蛍光ヒストン一本鎖結合タンパク質に架橋された核酸を使用してもよい。
（２）ＰＣＲ法に用いるプライマー
遺伝子を検出する方法には他にも、本発明において開示された塩基配列の一部、または全部からなる核酸であるＤＮＡをプライマーとしてＰｏｌｙｍｅｒａｓｅＣｈａｉｎＲｅａｃｔｉｏｎ（ＰＣＲ）法を用いることにより可能である。例えば、検定したいサンプルからＲＮＡを抽出しＲＴ−ＰＣＲ法により遺伝子発現を半定量的に測定することが可能である。このような方法は当事者にとって周知の方法によって行われるが、例えばＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇＡＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹＭＡＮＵＡＬ（Ｔ．Ｍａｎｉａｔｉｓ著：ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙＰｒｅｓｓ社）、遺伝子病入門（高久史麿著：南江堂）を参照して行うことができる。
本発明の核酸であるＤＮＡをＰＣＲ用プライマーとして使用する場合は、１０個から６０個の塩基の長さが必要であり、本発明に係る遺伝子配列のうち、１０個から６０個の連続した塩基を有する核酸が好ましく用いられる。さらに好ましくは、１５個から３０個の塩基をもつものが用いられる。また一般的には、プライマー配列中のＧＣ含量が４０％から６０％が好ましい。さらに、増幅に用いる２つのプライマー間のＴｍ値に差がないことが望まれる。またプライマーの３’末端でアニールせず、プライマー内で２次構造をとらないことが望ましい。
（３）核酸のスクリーニング
本発明において開示された塩基配列の一部、または全部からなる核酸を使用することによって様々な組織や細胞で発現している遺伝子発現の分布を検出することが可能である。例えば、本発明の核酸をハイブリダイゼーションのプローブ、またはＰＣＲのプライマーとして使用することによって、遺伝子発現の分布を検出することが可能である。
またＤＮＡチップ、マイクロアレイ等を用いても遺伝子発現の分布を検出することが可能である。すなわち本発明の核酸を直接チップ、アレイ上に張り付けことが出来る。そこに細胞から抽出したＲＮＡを蛍光物質などでラベルし、ハイブリダイズさせ、その遺伝子がどの様な細胞で高発現しているかを解析することが可能である。またチップ、アレイ上に張り付けるＤＮＡは本発明の核酸を用いたＰＣＲの反応産物であっても良い。チップ、アレイ上に核酸を張り付ける方法の一例は、例えば、Ｈｅｌｌｅｒら米国特許第５６０５６６２号に記載されている。
上記技術を用い、本発明において開示された塩基配列の一部または全部からなる核酸のうち少なくとも一つを用いて診断薬として使用することが可能である。近年、ある疾患に罹患しやすいまたはしにくい、特定の薬剤が効くまたは効かないということが、個々人が持つ遺伝子情報によって支配されているということが明らかになりつつあるが、前記核酸を用いて製造したＤＮＡチップやマイクロアレイ等を使用することにより、被験者における疾患と前記核酸との因果関係が明らかとなり、当該疾患の診断が可能となるばかりか、投与すべき薬剤の選択が可能となる。特に、ＤＮＡチップやマイクロアレイによる検出結果を投与すべき薬剤の選択の指標とするには、本発明の核酸のうち一つの核酸の発現量を検討するばかりでなく、二個以上の核酸の発現量を相対的に比較・検討し投与すべき薬剤の選択を行うことができ、より正確な判断が可能となる。ここで、前記疾患としては本発明にかかる核酸で診断可能な疾患であれば特に制限はないが、神経疾患であることが好ましく、神経芽細胞腫であることがより好ましい。
（４）ＤＮＡのクローニング
本発明において開示された塩基配列の一部、または全部からなる核酸を使用することによって少なくともヒト神経芽細胞腫において発現している遺伝子をクローニングすることが可能である。例えば、本発明の核酸をノザンハイブリダイゼーションのプローブ、コロニーハイブリダイゼーションのプローブまたはＰＣＲのプライマーとして使用し、本発明において開示された塩基配列の一部、または全部を含む遺伝子をクローニングすることが可能である。クローニング可能な遺伝子としては特に、予後不良な神経芽細胞腫と予後良好な神経芽細胞腫で発現量に差がある遺伝子、他の組織や癌細胞での発現様式とは異なって発現している遺伝子、細胞周期依存的に発現している遺伝子、神経分化に伴って誘導される遺伝子、癌遺伝子または癌抑制遺伝子によって発現が制御される遺伝子等が挙げられる。
（５）腫瘍の予後同定の方法およびそのために使用可能な腫瘍マーカー
本発明において開示された塩基配列の一部、または全部からなる核酸をハイブリダイゼーションのプローブ、またはＰＣＲのプライマーとして使用し、試料細胞中の遺伝子発現の増強の有無を調べることにより、予後同定が可能である。遺伝子発現の増強の有無を調べるには、例えば本発明により開示された塩基配列の任意の配列からなる核酸とハイブリダイズし得る核酸（プローブ）を使用する全ての方法が提供される。すなわち試料細胞中にプローブとハイブリダイズする核酸の量が増強する場合、予後が良好であると診断することが可能である。またＰＣＲのプライマーとして使用する場合は、例えば、検定したいサンプルからＲＮＡを抽出しＲＴ−ＰＣＲ法により遺伝子発現を半定量的に測定することが可能である。
（６）アンチセンスオリゴヌクレオチド
本発明の別の実施態様では、本発明に係る塩基配列を有するアンチセンスオリゴヌクレオチドおよびアンチセンスオリゴヌクレオチドが提供される。本発明を実施する際に考慮されるように、本発明に係る塩基配列に対応するＲＮＡに結合して、それによりＲＮＡの合成を阻止することができるそのようなアンチセンスオリゴヌクレオチド、およびアンチセンスオリゴヌクレオチドは容易に調製できる。
（７）遺伝子治療
本発明の別の態様では、遺伝子治療に用いられる治療用遺伝子が提供される。本発明を実施する際に考慮されるように、本発明に係る遺伝子を遺伝子運搬に使用されるベクターに導入して、任意の発現プロモーターにより導入遺伝子を発現させ、例えば癌の遺伝子治療に用いることができる。
１．ベクター
導入されうるウイルスベクターは、ＤＮＡまたはＲＮＡウイルスをもとに作製できる。ＭｏＭＬＶベクター、ヘルペスウイルスベクター、アデノウイルスベクター、ＡＡＶベクター、ＨＩＶベクター、ＳＩＶベクター、センダイウイルスベクター等のいかなるウイルスベクターであっても良い。また、ウイルスベクターの構成タンパク質群のうち１つ以上を、異種ウイルスの構成タンパク質に置換する、もしくは、遺伝子情報を構成する塩基配列のうち一部を異種ウイルスの塩基配列に置換する、シュードタイプ型のウイルスベクターも本発明に使用できる。例えば、ＨＩＶの外皮タンパク質であるＥｎｖタンパク質を、小水痘性口内炎ウイルス（ＶｅｓｉｃｕｌａｒｓｔｏｍａｔｉｔｉｓＶｉｒｕｓ：ＶＳＶ）の外皮タンパク質であるＶＳＶ−Ｇタンパク質に置換したシュードタイプウイルスベクターが挙げられる（ＮａｌｄｉｎｉＬ等：Ｓｃｉｅｎｃｅ２７２２６３−（１９９６））。さらに、治療効果を持つウイルスであれば、ヒト以外の宿主域を持つウイルスもウイルスベクターとして使用可能である。ウイルス以外のベクターとしてはリン酸カルシウムと核酸の複合体、リポソーム、カチオン脂質複合体、センダイウイルスリポソーム、ポリカチオンを主鎖とする高分子キャリアー等が使用可能である。さらに遺伝子導入系としてはエレクトロポレーション、遺伝子銃等も使用可能である。
２．発現プロモーター
さらに、薬物遺伝子に用いられる発現カセットは、標的細胞内で遺伝子を発現させることができるものであれば、特に制限されることなく何でも用いることができる。当業者はそのような発現カセットを容易に選択することができる。好ましくは、動物由来の細胞内で遺伝子発現が可能な発現カセットであり、より好ましくは、哺乳類由来の細胞内で遺伝子発現が可能な発現カセットであり、特に好ましくは、ヒト由来の細胞内で遺伝子発現が可能な発現カセットである。発現カセットに用いられる遺伝子プロモーターは、例えばアデノウイルス、サイトメガロウイルス、ヒト免疫不全ウイルス、シミアンウイルス４０、ラウス肉腫ウイルス、単純ヘルペスウイルス、マウス白血病ウイルス、シンビスウイルス、Ａ型肝炎ウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、パピローマウイルス、ヒトＴ細胞白血病ウイルス、インフルエンザウイルス、日本脳炎ウイルス、ＪＣウイルス、パルボウイルスＢ１９、ポリオウイルス等のウイルス由来のプロモーター、アルブミン、ＳＲα、熱ショック蛋白、エロンゲーション因子等の哺乳類由来のプロモーター、ＣＡＧプロモーター等のキメラ型プロモーター、テトラサイクリン、ステロイド等によって発現が誘導されるプロモーターを含む。
（実施例）
以下、実施例および製造例に基づいて本発明をより具体的に説明するが、本発明は以下の実施例に限定されるものではない。
（製造例１）ヒト神経芽細胞腫からのｃＤＮＡの構築
１．サンプル入手
ヒト神経芽細胞腫のサンプルを手術摘出直後に準無菌的に凍結し、その後−８０℃に保存した。
２．予後良好サンプルの選別
上記１で得られたサンプルについて予後の検定を以下の指標をもとに行った。
予後良好：
・病期１または２
・発症年齢が１歳未満
・手術後５年以上再発なく生存
・Ｎ−ｍｙｃの増幅なし
予後不良：
・病期４
・発症年齢が１歳以上
・手術後３年以内に死亡
・Ｎ−ｍｙｃ増幅あり
このうちＮ−ｍｙｃ増幅は以下のように確かめた。すなわち、実施例１にて得られた臨床組織を剃刀で細かく切断し、５ｍｌのＴＥＮバッファー（５０ｍＭＴｒｉｓ−ＨＣＬ（ｐＨ＝８．０）／１ｍＭＥＤＴＡ／１００ｍＭＮａＣｌ）を加え良くホモジナイズした。この混合液に７５０μｌのＳＤＳ（１０％）、１２５μｌのｐｒｏｔｅｉｎａｓｅＫ（２０ｍｇ／ｍｌ）を加え、軽く混和し５０℃で８時間放置した。その後、フェノール・クロロホルム処理を行い、最後にエタノール沈殿により、ゲノムＤＮＡを精製した。５μｇの得られたゲノムＤＮＡを制限酵素ＥｃｏＲＩ（ＮＥＢ社製）で完全に消化し、Ｎ−ｍｙｃのプローブを用いてサザンハイブリダイゼーションによりＮ−ｍｙｃ増幅を調べた。
３．予後良好なヒト神経芽細胞腫の臨床組織からｍＲＮＡの調製
上記２において予後良好であると判断されたヒト神経芽細胞腫の臨床組織２−３ｇをＴｏｔａｌＲＮＡＥｘｔｒａｃｔｉｏｎＫｉｔ（ＱＩＧＥＮ社製）用いてトータルＲＮＡを抽出した。抽出したトータルＲＮＡをオリゴｄＴセルロースカラム（Ｃｏｌｌａｂｏｒａｔｉｖｅ社製）を用いてｐｏｌｙＡ構造を有するｍＲＮＡのプールを精製した。
４．ｍＲＮＡの脱リン酸化
上記３において調製した１００−２００μｇのｍＲＮＡのプールを６７．３μｌの０．１％ジエチルピロカーボネート（ＤＥＰＣ）を含む蒸留滅菌水に溶解させ、２０μｌの５×ＢＡＰバッファー（Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（５００ｍＭ、ｐＨ＝７．０）／メルカプトエタノール（５０ｍＭ））、２．７μｌのＲＮａｓｉｎ（４０ｕｎｉｔ／μｌ：Ｐｒｏｍａｇａ社製）、１０μｌのＢＡＰ（０．２５ｕｎｉｔ／μｌ、バクテリア由来アルカリフォスファターゼ：宝酒造社製）を加えた。この混合液を３７℃で１時間反応させ、ｍＲＮＡの５’末端の脱リン酸化処理を行った。その後、フェノール・クロロホルム処理を２回行い、最後にエタノール沈殿により、脱リン酸化ｍＲＮＡのプールを精製した。
５．脱リン酸化ｍＲＮＡの脱キャップ処理
上記４において調製した脱リン酸化ｍＲＮＡのプールの全量を７５．３μｌの０．１％ＤＥＰＣを含む蒸留滅菌水に溶解させ２０μｌの５×ＴＡＰバッファー（酢酸ナトリウム（２５０ｍＭ、ｐＨ＝５．５）／メルカプトエタノール（５０ｍＭ）、ＥＤＴＡ（５ｍＭ、ｐＨ＝８．０）、２．７μｌのＲＮａｓｉｎ（４０ｕｎｉｔｓ／μｌ）、２μｌのＴＡＰ（Ｔｏｂａｃｃｏａｃｉｄｐｙｒｏｐｈｏｓｐｈａｔａｓｅ：２０ｕｎｉｔｓ／μｌ））を加えた。この混合液を３７℃で１時間反応させ、脱リン酸化ｍＲＮＡの５’末端の脱キャップ処理を行った。この際キャップ構造を持たない不完全長の脱リン酸化ｍＲＮＡは脱キャップ処理されず５’末端は脱リン酸化された状態に留まる。その後、フェノール・クロロホルム処理、エタノール沈殿により、脱キャップｍＲＮＡのプールを精製した。
６．オリゴキャップｍＲＮＡの調製
上記５において調製した脱キャップｍＲＮＡのプールの全量を１１μｌの０．１％ＤＥＰＣを含む蒸留滅菌水に溶解させ、４μｌの５’−オリゴＲＮＡ（５’−ＡＧＣＡＵＣＧＡＧＵＣＧＧＣＣＵＵＧＧＣＣＵＡＣＵＧＧ−３’：１００ｎｇ／μｌ）、１０μｌの１０×ｌｉｇａｔｉｏｎバッファー（Ｔｒｉｓ−ＨＣｌ（５００ｍＭ、ｐＨ＝７．０）／メルカプトエタノール（１００ｍＭ））、１０μｌの塩化マグネシウム（５０ｍＭ）、２．５μｌのＡＴＰ（２４ｍＭ）、２．５μｌのＲＮａｓｉｎ（４０ｕｎｉｔｓ／μｌ）、１０μｌのＴ４ＲＮＡｌｉｇａｓｅ（２５ｕｎｉｔｓ／μｌ：宝酒造社製）、５０μｌのポリエチレングリコール（５０％ｗ／ｖ、ＰＥＧ８０００：シグマ社製）を加えた。この混合液を２０℃で３時間反応させ、脱キャップｍＲＮＡの５’末端に５’−オリゴＲＮＡを連結した。この際キャップ構造を持たない不完全長の脱リン酸化ｍＲＮＡは、５’−オリゴＲＮＡが連結されない。その後、フェノール・クロロホルム処理、エタノール沈殿により、オリゴキャップｍＲＮＡのプールを精製した。
７．オリゴキャップｍＲＮＡからのＤＮＡ除去
上記６において調製したオリゴキャップｍＲＮＡのプールを７０．３μｌの０．１％ＤＥＰＣを含む蒸留滅菌水に溶解させ４μｌのＴｒｉｓ−ＨＣｌ（１Ｍ、ｐＨ＝７．０）、５．０μｌのＤＴＴ（０．１Ｍ）、１６μｌの塩化マグネシウム（５０ｍＭ）、２．７μｌのＲＮａｓｉｎ（４０ｕｎｉｔｓ／μｌ）、２μｌのＤＮａｓｅＩ（５ｕｎｉｔｓ／μｌ：宝酒造社製）を加えた。この混合液を３７℃で１０分間反応させ、余分なＤＮＡを分解した。その後、フェノール・クロロホルム処理、エタノール沈殿、カラム精製（Ｓ−４００ＨＲ：ファルマシアバイオテック社製）により、ＤＮＡ（−）オリゴキャップｍＲＮＡのプールを精製した。
８．１ｓｔｓｔｒａｎｄｃＤＮＡの調製
上記７において調製したＤＮＡ（−）オリゴキャップｍＲＮＡのプールをＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔＩＩ（ライフテックオリエンタル社製キット）を用いて逆転写し、１ｓｔｓｔｒａｎｄｃＤＮＡのプールを得た。ＤＮＡ（−）オリゴキャップｍＲＮＡのプールを２１μｌの滅菌蒸留水に溶解させ、１０μｌの１０×ＦｉｒｓｔＳｔｒａｎｄバッファー（キット付属品）、８μｌのｄＮＴＰｍｉｘ（５ｍＭ、キット付属品）、６μｌのＤＴＴ（０．１Ｍ、キット付属品）、２．５μｌのオリゴーｄＴアダプタープライマー（５ｐｍｏｌ／μｌ、５’−ＧＣＧＧＣＴＧＡＡＧＡＣＧＧＣＣＴＡＴＧＴＧＧＣＣＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴＴ−３’）、２．０μｌのＲＮａｓｉｎ（４０ｕｎｉｔｓ／μｌ）、２μｌのＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔＩＩＲＴａｓｅ（キット付属品）を加えた。この混合液を４２℃で３時間反応させ、逆転写反応を行った。その後、フェノール・クロロホルム処理、アルカリ処理、中和処理にて全てのＲＮＡを分解し、エタノール沈殿で精製した。
９．２ｎｄｓｔｒａｎｄｃＤＮＡの調製
上記８で調製した１ｓｔｓｔｒａｎｄｃＤＮＡのプールをＧｅｎｅＡｍｐ（パーキンエルマー社製キット）を用いてＰＣＲにて増幅を行った。１ｓｔｓｔｒａｎｄｃＤＮＡのプールを５２．４μｌの滅菌蒸留水に溶解させ、３０μｌの３．３×Ｒｅａｃｔｉｏｎバッファー（キット付属品）、８μｌのｄＮＴＰｍｉｘ（２．５ｍＭ、キット付属品）、４．４μｌの酢酸マグネシウム（２５ｍＭ、キット付属品）、１．６μｌのプライマーＦ（１０ｐｍｏｌ／μｌ、５’−ＡＧＣＡＴＣＧＡＧＴＣＧＧＣＣＴＴＧＴＴＧ−３’）、１．６μｌのプライマーＲ（１０ｐｍｏｌ／μｌ、５’−ＧＣＧＣＴＧＡＡＧＡＣＧＧＣＣＴＡＴＧＴ−３’）、２μｌのｒＴｔｈ（キット付属品）を加えた。この混合液に、１００μｌのミネラルオイルを静かに加え重層した。この反応液を９４℃で５分間変性させた後、９４℃、１分間・５２℃、１分間・７２℃、１０分間を１サイクルとして１２サイクル繰り返し、さらに７２℃で１０分間放置しＰＣＲ反応を行った。その後、フェノール・クロロホルム処理、エタノール沈殿で精製し２ｎｄｓｔｒａｎｄｃＤＮＡのプールを得た。
１０．２ｎｄｓｔｒａｎｄｃＤＮＡのＳｆｉＩ処理
上記９で調製した２ｎｄｓｔｒａｎｄｃＤＮＡのプールを８７μｌの滅菌蒸留水に溶解させ、１０×ＮＥＢバッファー（ＮＥＢ社製）、１００×ＢＳＡ（ウシ血清アルブミン、ＮＥＢ社製）、２μｌのＳｆｉＩ（制限酵素、２０ｕｎｉｔｓ／μｌ、ＮＥＢ社製）を加えた。この混合液を５０℃で一晩反応させ、ＳｆｉＩによる制限酵素処理を行った。その後、フェノール・クロロホルム処理、エタノール沈殿で精製し両末端がＳｆｉＩ処理されたｃＤＮＡのプールを得た。
１１．ＳｆｉＩ処理されたｃＤＮＡのサイズ分画
上記１０で調製したＳｆｉＩ処理されたｃＤＮＡのプールを１％のアガロースゲルで電気泳動し、２ｋｂ以上の分画をＧｅｎｅｃｌｅａｎＩＩ（Ｂｉｏ１０１社製）を用いて精製した。精製したｃＤＮＡのプールは１００μｌの滅菌蒸留水に溶解させ、３７℃で６時間放置した。その後、フェノール・クロロホルム処理、エタノール沈殿で精製し長鎖ｃＤＮＡのプールを得た。
１２．ｃＤＮＡライブラリーの調製
上記１１で調製した長鎖ｃＤＮＡのプールをＤＮＡＬｉｇａｔｉｏｎｋｉｔｖｅｒ．１（宝酒造社製キット）を用いてクローニングベクターであるｐＭＥ１８Ｓ−ＦＬ３（東京大学医科学研究所菅野純夫先生より供与）にライゲーションを行った。長鎖ｃＤＮＡのプールを８μｌの滅菌蒸留水に溶解させ、あらかじめ制限酵素ＤｒａＩＩＩで処理された１μｌのｐＭＥ１８Ｓ−ＦＬ３、８０μｌのＳｏｌｕｔｉｏｎＡ（キット付属品）、１０μｌのＳｏｌｕｔｉｏｎＢ（キット付属品）を加え、１６℃で３時間反応させた。その後、フェノール・クロロホルム処理、エタノール沈殿で精製しｃＤＮＡライブラリーを得た。
（実施例１）大腸菌へのトランスフォーメーション
製造例１で調製したｃＤＮＡライブラリーを大腸菌（ＴＯＰ−１０：Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ社製）にトランスフォーメーションした。ｃＤＮＡライブラリーを１０μｌの滅菌蒸留水に溶解し、ＴＯＰ−１０に混合した。その後、氷上にて３０分間、４０℃で１分間、氷上で５分間インキュベートした。５００μｌのＳＯＢ培地を加え、３７℃で６０分間振盪培養した。アンピシリンを含む寒天培地上に適量づつ播種し、３７℃で一昼夜培養して、大腸菌クローンを得た。
得られた寒天培地上の大腸菌クローンを、爪楊枝にて拾い上げ、９６穴プレートに準備した１２０μｌのＬＢ培地中に懸濁させた。この９６穴プレートを３７℃で一晩静置し、大腸菌の培養を行った。その後６０％グリセロール溶液を７２μｌ加え、−２０℃で保存した（グリセロールストック）。
（実施例２）塩基配列の決定
１．プラスミドの調製
実施例１で調製した１０μｌのグリセロールストックを１５ｍｌの遠心チューブに移し、３ｍｌのＬＢ培地、５０μｇ／ｍｌのアンピシリン加え、３７℃で一晩振盪し大腸菌の培養を行った。その後、ＱＩＡＧＥＮ社のＱＩＡｐｒｅｐＳｐｉｎＭｉｎｉｐｒｅｐＫｉｔを用いて大腸菌からプラスミドＤＮＡを抽出、精製した。
２．両末端シークエンスの解析
上記１で調製したプラスミドＤＮＡをＤＮＡＳｅｑｕｅｎｃｉｎｇＫｉｔ（ＡＢＩ社製キット）を用いて両末端のシークエンスを決定した。６００ｎｇのプラスミドＤＮＡ、８μｌのプレミックス（キット付属品）、３．２ｐｍｏｌのプライマーを混合し滅菌蒸留水で合計２０μｌになるように調製した。この混合液を９６℃で２分間変性させた後、９６℃、１０秒間・５０℃、５秒間・６０℃、４分間を１サイクルとして２５サイクル繰り返し反応を行った。その後エタノール沈殿で精製した。変性条件下でポリアクリルアミドゲルにて電気泳動を行い、配列解析を行った。解析にはＡＢＩ３７７（ＡＢＩ社製）を用いた。
（実施例３）データベースを用いたホモロジー検索
実施例２で両末端シークエンスを解析したサンプルについてインターネットを介したＤＮＡ配列のホモロジー検索を行った。ホモロジー検索にはＮＣＢＩ（ＮａｔｉｏｎａｌＣｅｎｔｅｒｏｆＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙＩｍｆｏｒｍａｔｉｏｎＵＳＡ）のＢＬＡＳＴを用いた。
（実施例４）半定量的ＰＣＲによる予後良好・不良ヒト神経芽細胞腫での遺伝子発現量の測定
実施例３で得られた、遺伝子の一部から、ＰＣＲプライマーを合成し、ヒト神経芽細胞腫の予後良好・不良の臨床組織で発現量を比較定量した。実施例３で示した方法でヒト神経芽細胞腫の臨床組織よりｍＲＮＡを抽出し、ｒＴａｑ（宝酒造社製）を用いてＰＣＲ反応を行った。５μｌの滅菌蒸留水、２μｌのｍＲＮＡ、１μｌの１０×ｒＴａｑバッファー、１μｌの２ｍＭｄＮＴＰｓ、各々０．５μｌの合成プライマー・セット、０．５μｌのｒＴａｑを混合した。この混合液を９５℃で２分間変性させた後、９５℃、１５秒間・５５℃、１５秒間・７２℃、２０秒間を１サイクルとして３５サイクル繰り返し、さらに７２℃で６分間放置しＰＣＲ反応を行った。この反応液を１％のアガロースゲルで電気泳動した。半定量的ＰＣＲによる予後良好・不良ヒト神経芽細胞腫での遺伝子発現量の測定結果の一例を図１に示す。なお、図１中の各レーンの説明は以下のとおりである。レーン１〜８：予後良好神経芽細胞腫臨床サンプルにおけるｎｂｌａ−４１８３（配列表の配列番号１５４、１５５）の発現
レーン９〜１６：予後不良神経芽細胞腫臨床サンプルにおけるｎｂｌａ−４１８３（配列表の配列番号１５４、１５５）の発現
レーン１７〜２４：予後良好神経芽細胞腫臨床サンプルにおけるＧＡＰＤＨの発現
レーン２５〜３２：予後不良神経芽細胞腫臨床サンプルにおけるＧＡＰＤＨの発現。
この結果、配列番号１から３６６の塩基配列において予後良好ヒト神経芽細胞腫でのみ発現量が増強する核酸が確認された。
（実施例５）マウス上頚神経節細胞におけるＮＧＦ調節アポトーシスにより発現量が変化する遺伝子群
ヒト神経芽細胞で抗分裂剤（例えば、ネオカルジノスタチン）により誘導されるアポトーシスに対して、ＮＧＦ（神経成長因子）が保護作用を呈することが知られている（ＣｏｒｔａｚｚｏＭＨ，Ｊ．Ｎｅｕｒｏｓｃｉ，１６，３８９５−３８９９（１９９６））。この作用は、ｐ７５にＮＧＦが結合して、アポトーシスを抑制するためであると考えられている。また、臨床段階での神経芽腫の退縮（予後良性化）は、腫瘍細胞でのアポトーシスと関連があるとの指摘もある。
そこで、神経芽腫細胞中でのアポトーシス関連遺伝子を同定する目的で、マウス上頚神経節細胞におけるＮＧＦ調節アポトーシスにより発現量が変化する遺伝子群を調べた。
まず、０〜１日齢Ｃ５７ＢＬ／６Ｊマウス７〜１０匹から上頚神経節細胞（ＳＣＧニューロン）を分離した。２４ウェル細胞培養用プレートに１ウェル当たり約１〜２ｘ１０^４個の細胞を７ウェル培養することにした。さらに、約１〜２ｘ１０^４個の細胞からＲＮＡを回収した（０日対照）。
前記７ウェルの細胞にＮＧＦ（５ｍｇ／ｍｌ）を添加した培養液を５日間、培養した後、１ウェルの細胞からＲＮＡを回収した（＋ＮＧＦ、５日後）。６ウェルの各３ウェルの培養液をＮＧＦ（５ｍｇ／ｍｌ）または抗ＮＧＦ抗体（１％）を添加した培養液で、交換して、それぞれ１２、２４、４８時間培養した。一部のサンプルについては、ＮＧＦを添加した場合と抗ＮＧＦ抗体を添加した場合の形態学的な相違を確認するために、細胞を電子顕微鏡で観察した。この結果を図２に示す。ＮＧＦを添加した細胞では、ＮＧＦ誘導分化が見られたが、抗ＮＧＦ抗体を添加した細胞ではアポトーシスが見られた。抗ＮＧＦ抗体によるＮＧＦ除去（ＮＧＦｄｅｐｌｅｔｉｏｎ）の結果、アポトーシスが誘導されたことが明らかである。上記の１２、２４、４８時間培養後の各ウェルの細胞からＲＮＡを回収した。これらのサンプルを＋ＮＧＦ１２ｈｒｓ、＋ＮＧＦ２４ｈｒｓ、＋ＮＧＦ４８ｈｒｓ、−ＮＧＦ１２ｈｒｓ、−ＮＧＦ２４ｈｒｓ、および−ＮＧＦ４８ｈｒｓと表示することにする。
上記のようにして、約１６０匹のマウスから得た各処理細胞のＲＮＡをエタノール沈殿法で濃縮して、１μｇのＲＮＡから逆転写酵素を用いて、ｃＤＮＡを合成した。これらｃＤＮＡをテンプレートとして、ＰＣＲにより遺伝子の発現量の比較を行った。ここで使用したプライマーは、ヒト神経芽細胞で見出される遺伝子を基に検索したマウスの相同遺伝子から作成した。発現比較に使用したプライマーの塩基配列を比較のターゲットとなる遺伝子の識別番号（ＩＤ）と共に表にまとめたものが、表１である。

遺伝子発現量の変化が観察された遺伝子について、以下のような結果が得られた。ＮＧＦｄｅｐｌｅｔｉｏｎ（−ＮＧＦ）によって、発現量の減少が見られた遺伝子は、ｎｂｌａ−０３６４６（配列番号１２１）（−ＮＧＦ１２ｈｒｓ）、ｎｂｌａ−０３７７１（配列番号１２５）（−ＮＧＦ１２ｈｒｓ）、ｎｂｌａ−０３８３１（配列番号１３２）（−ＮＧＦ２４ｈｒｓ）、ｎｂｌａ−０４３００（配列番号１６５）（−ＮＧＦ２４ｈｒｓ）、ｎｂｌａ−１０１２０（配列番号１７１）（−ＮＧＦ４８ｈｒｓ）、ｎｂｌａ−１０３２９（配列番号１８７）（−ＮＧＦ２４ｈｒｓ）、ｎｂｌａ−１０３６３（配列番号１８８）（−ＮＧＦ１２ｈｒｓ）、ｎｂｌａ−１０６７７（配列番号２２９）（−ＮＧＦ１２ｈｒｓ）、ｎｂｌａ−１０６９６（配列番号２３２）（−ＮＧＦ１２ｈｒｓ）、ｎｂｌａ−１１０５１（配列番号２７３）（−ＮＧＦ２４ｈｒｓ）、ｎｂｌａ−１１１８９（配列番号２８１）（−ＮＧＦ２４ｈｒｓ）であった。また、ＮＧＦｄｅｐｌｅｔｉｏｎ（−ＮＧＦ）によって、発現量の増加が見られた遺伝子は、ｎｂｌａ−０３８６２（配列番号１３３）（−ＮＧＦ２４ｈｒｓ）とｎｂｌａ−１０４８５（配列番号２１０）（−ＮＧＦ２４ｈｒｓ）であった。さらに、ＮＧＦの添加により、発現量の増加が見られた遺伝子は、ｎｂｌａ−１０１４３（配列番号１７４）（＋ＮＧＦ）であった。
これら特定の遺伝子を増幅するのに使用したプライマー・セットを表２に示す。

上記のように、ＮＧＦｄｅｐｌｅｔｉｏｎによって、上頚神経節細胞は死滅（アポトーシス）することが知られているので、その際発現量の変化を示す遺伝子は、アポトーシスの機構に密接に関連している。
産業上の利用可能性
以上説明したように、本発明によれば、神経芽細胞腫の予後良不良に関係する遺伝子配列を明らかにし、その遺伝子情報の提供および予後良不良に関する診断が可能となる。
【配列表】

【図面の簡単な説明】
図１は、半定量的ＰＣＲによる予後良好・不良ヒト神経芽細胞腫における遺伝子発現量の測定結果の一例を示す電気泳動写真に対応する図である。
図２は、新生マウスＳＣＧニューロン含む一次培養物の電子顕微鏡写真に対応する図である。

Claims

予後良好な、および不良なヒト神経芽細胞腫との比較において、予後良好なヒト神経芽細胞腫で発現が増強していることを特徴とする配列表の配列番号１から３６６のうちのいずれか一つに記載の塩基配列からなる核酸。
前記配列が配列表の配列番号１２１、配列番号１２５、配列番号１３２、配列番号１３３、配列番号１６５、配列番号１７１、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号２１０、配列番号２２９、配列番号２３２、配列番号２７３および配列番号２８１のいずれか一つに記載の塩基配列であることを特徴とする請求項１に記載の核酸。
前記配列が配列表の配列番号１２１、配列番号１２５、配列番号１３２、配列番号１６５、配列番号１７１、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号２２９、配列番号２３２、配列番号２７３および配列番号２８１のいずれか一つに記載の塩基配列であることを特徴とする請求項１に記載の核酸。
配列表の配列番号１から３６６に記載の塩基配列のうち、いずれかの塩基配列の一部からなる核酸。
前記配列の一部が配列表の配列番号１２１、配列番号１２５、配列番号１３２、配列番号１３３、配列番号１６５、配列番号１７１、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号２１０、配列番号２２９、配列番号２３２、配列番号２７３および配列番号２８１のいずれか一つに記載の塩基配列から得られることを特徴とする請求項４に記載の核酸。
前記配列の一部が配列表の配列番号１２１、配列番号１２５、配列番号１３２、配列番号１６５、配列番号１７１、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号２２９、配列番号２３２、配列番号２７３および配列番号２８１のいずれか一つに記載の塩基配列から得られることを特徴とする請求項４に記載の核酸。
請求項１または４に記載の核酸と、もしくはその相補的な核酸とストリンジェントな条件下でハイブリダイズすることを特徴とする単離された核酸。
配列表の配列番号１から３６６に記載の塩基配列の一部または全部からなる核酸のうち少なくとも一つの核酸を含有することを特徴とする神経疾患検出用診断薬。
前記配列が配列表の配列番号１２１、配列番号１２５、配列番号１３２、配列番号１３３、配列番号１６５、配列番号１７１、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号２１０、配列番号２２９、配列番号２３２、配列番号２７３および配列番号２８１のいずれか一つに記載の塩基配列であることを特徴とする請求項８に記載の神経疾患検出用診断薬。
前記配列が配列表の配列番号１２１、配列番号１２５、配列番号１３２、配列番号１６５、配列番号１７１、配列番号１８７、配列番号１８８、配列番号２２９、配列番号２３２、配列番号２７３および配列番号２８１のいずれか一つに記載の塩基配列であることを特徴とする請求項８に記載の神経疾患検出用診断薬。
核酸がＤＮＡであること特徴とする請求項７に記載の単離された核酸。
請求項１１に記載の単離された核酸の一対からなるプライマーセットを有効成分とするヒト神経芽細胞腫の予後の診断キット。
神経芽細胞腫の臨床組織サンプルから配列表の配列番号１から３６６のうちいずれか一つに記載の塩基配列からなる核酸の有無を検出することを特徴とする、ヒト神経芽細胞腫の予後の診断方法。