JP7416745B2 - 改変細胞、調製方法、及び構築物 - Google Patents
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Description
外因性の核酸分子を挿入するための標的部位は、発現増強配列内、又はその近く(例えば500ヌクレオチド上流又は下流以内)のどこに配置されても良い。
ある実施形態では、標的部位は配列番号1、3、5、7、9、11、13又は15内の1から500位、200から500位、50から1000位、100から1000位、200から1000位、300から1000位、400から1000位、500から1000位、100から2000位、500から2000位、700から2000位、1000から2000位、500から3000位、1000から3000位、1500から3000位、2000から3000位、2500から3000位、500から4000位、1000から4000位、2000から4000位、1500から5000位、2500から5000位、3500から5000位、4500から5000位、2000から6000位、3000から6000位、4500から6000位、5000から6000位又は5500から6000位内である。
CHO共同体(The CHO Consortium、以下同じ)はまた様々な潜在的ゲノム部位を特定した。対照細胞は核酸分子をこれらの部位の1つに特異的に挿入することにより生成され得る。発現レベルはmRNAレベル又はタンパク質レベルで計測され得る。改変細胞又は対照細胞は、挿入された核酸分子の1つ以上のコピーを含み得るため、比較はコピー当たりの発現レベルを決定することにより正常化され得る。
各ホモロジーアームは、例えば200から1500のヌクレオチド(例として200から250、200から400、250から500、300から500、400から600、450から650、500から800、550から750、650から900、800から1000、950から1200又は1000から1500ヌクレオチド)を含み得る。
HR構築物は更に、ゲノムに挿入される遺伝子が構築物内に結合されるように、2つのホモロジーアームの間に多数のクローニング部位を含み得る。或いは、2つの相同的配列が配列の両側に隣接する遺伝子を含むHR構築物は、PCR等の業界に知られた技術を使用して構築され得る。
標的部位は、使用されるゲノム編集方法に応じて選択されても良い。TALEN法及びCRISPR/Cas9法は両方とも、標的部位においてゲノム内に二本鎖DNAの切断を導入することにより機能する。選択された部位に基づき、標的部位において挿入される核酸分子を含むHR構築物が設計且つ構築され得る。
外因性核酸分子の発現は業界に知られた技術を使用して更に最適化され得る。例えば、発現は、核酸分子を強いプロモータ及び/又は1つ又は複数の転写エンハンサーエレメントに結合させることにより更に高められ得る。
本発明の発明者らは、ハーセプチン遺伝子を含むpCHO1.0ベクターのCHO-S宿主細胞のゲノムへのランダムインテグレーションにより、2つのCHO細胞株、3C8及び3G7を事前に作製した。3C8及び3G7はそれぞれ12個及び5個の遺伝子のコピーを含み、3g/L及び2.5g/Lの遺伝子産物を生成する。
これらの2つの細胞株の組み込み部位を分析した。以下の表1を参照されたい。Srxn1、Adh5、Asphd/Josd2、Tenm3、Siva1、Syne1、Smarcc1及びRsg19の部位が、それぞれ配列番号2、4、6、8、10、12,14及び16内に配置された。
3G7細胞株におけるSiva1内の組み込み部位を図2に示す。
図1を参照すると、使用された2つのCRISPR標的配列がグレーで強調され、PAMが四角で囲まれている。ハーセプチン遺伝子を組み込むために使用された上流及び下流の相同配列を図1において太字のフォントで示されている。
以下の表2及び3を参照されたい。FACS又は制限された希釈物が単一の細胞を選択して単一の細胞培養を確立するために使用された。ハーセプチン遺伝子の予め選択された部位への組み込みはT7E1アッセイ及びジャンクションPCRアッセイを使用して検証された。
少ないコピー数に拘わらず、これらの改変細胞も、ランダムインテグレーション(力価=約80mg/L)により生成された細胞と比較して、遺伝子の発現の増加を示した。表4を参照のこと。特に、Siva1部位を標的にすることにより生成された選択された細胞プールは、235mg/L/コピーの力価を有していた。
図2は遺伝子をSiva1部位に挿入するのに使用されるPAM配列と2つのホモロジーアームを示す。
本明細書に記載された特徴の全ては、任意の組み合わせで組み合わされても良い。本明細書に記載された各特徴は、同一、同等、又は同様の目的を果たす他の特徴と置換されても良い。従って、明示的に別段の定めをした場合を除き、本明細書に記載された各特徴は、包括的な一連の同一又は同様の特徴の例示に過ぎない。
Claims (11)
- 改変細胞であって、前記改変細胞のゲノムに挿入された外因性核酸分子を備え、前記改変細胞は前記外因性核酸分子を宿主細胞のゲノム内の発現増強配列内の標的部位に挿入するための構築物を前記宿主細胞に導入することを含むプロセスにより得られ、前記発現増強配列は配列番号7又は8から選択される配列であり、
前記構築物は第1のホモロジーアーム及び第2のホモロジーアームが配列の両側に隣接する前記外因性核酸分子を含む相同的組み換え構築物であり、前記第1のホモロジーアームは前記標的部位の上流の配列と相同であり、前記第2のホモロジーアームは前記標的部位の下流の配列と相同であり、
前記宿主細胞はCHO細胞である、改変細胞。 - 前記発現増強配列は配列番号8である、請求項1に記載の改変細胞。
- 前記改変細胞は前記標的部位に前記外因性核酸分子を含む、請求項1に記載の改変細胞。
- 外因性核酸分子を含む改変細胞の調整方法であって、前記外因性核酸分子を宿主細胞のゲノム内の発現増強配列内の標的部位に挿入するための構築物を前記宿主細胞に導入するステップを備え、前記発現増強配列は配列番号7又は8から選択される配列であり、それにより前記外因性核酸分子が前記宿主細胞内のゲノム部位に挿入されて前記改変細胞となり、
前記構築物は第1のホモロジーアーム及び第2のホモロジーアームが配列の両側に隣接する前記外因性核酸分子を含む相同的組み換え構築物であり、前記第1のホモロジーアームは前記標的部位の上流の配列と相同であり、前記第2のホモロジーアームは前記標的部位の下流の配列と相同であり、
前記宿主細胞はCHO細胞である、調整方法。 - 前記発現増強配列は配列番号8である、請求項4に記載の調製方法。
- 前記導入するステップの後、対照細胞と比較してより高レベルに前記外因性核酸分子を発現する前記改変細胞を選択するステップを更に備える、請求項4又は5に記載の調製方法。
- 前記外因性核酸分子はポリペプチドをコード化する、請求項6に記載の調製方法。
- 外因性核酸分子を宿主細胞のゲノムにおける発現増強配列内の標的部位に挿入するための構築物であって、前記発現増強配列は配列番号7又は8から選択される配列であり、
前記構築物は前記標的部位の上流の配列と相同である第1のホモロジーアームと、前記外因性核酸分子と、前記標的部位の下流の配列と相同である第2のホモロジーアームとを含む相同的組み換え構築物であり、
前記宿主細胞はCHO細胞である、構築物。 - 前記発現増強配列は配列番号8である、請求項8に記載の構築物。
- 前記第1のホモロジーアーム及び前記第2のホモロジーアームが配列の両側に隣接する外因性核酸分子を更に備える、請求項8又は9に記載の構築物。
- 前記外因性核酸分子に操作可能に結合されたプロモータを更に備える、請求項10に記載の構築物。
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