JP7454883B2 - 分子送達用粒子を特徴づけるための方法 - Google Patents
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Description
[項1]
分子送達用粒子を特徴づける方法であって、
第1粒子及び第2粒子を含む分子送達用粒子を、光測定を伴う粒子分離に供して、前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれの屈折率増分を決定し、及び
前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれの前記屈折率増分と、分子量と、比屈折率変化値とに基づいて、前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれのモル濃度を決定することを含む、方法。
[項2]
前記分子送達用粒子を、複数の測定波長での光測定を伴う粒子分離に供して、前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれの吸光度を、前記複数の測定波長の各測定波長について決定し、及び
前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれの前記吸光度と、前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれの前記モル濃度とに基づいて、前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれのモル吸光係数を、前記各測定波長について決定することを含む、項1に記載の方法。
[項3]
前記第1粒子が第1外被及び第1送達分子を有し、及び前記第2粒子が第2外被を有し、
前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれの前記吸光度と、前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれの前記モル濃度とに基づいて、前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれのモル吸光係数を各測定波長について決定し、及び
前記第1粒子の前記モル吸光係数から、前記第2粒子の前記モル吸光係数を差し引いて、前記第1送達分子のモル吸光係数を、各測定波長について決定することを含む、項2に記載の方法。
[項4]
前記第2粒子の前記モル吸光係数と、前記第1送達分子の前記モル吸光係数とが一致する等吸収点を特定し、及び
前記等吸収点での第1粒子及び第2粒子それぞれの吸光度を用いて、前記第1粒子と前記第2粒子との量比を決定することを含む、項3に記載の方法。
[項5]
分子送達用粒子を特徴づける方法であって、
第1粒子及び第2粒子を含む分子送達用粒子を、第1粒子及び第2粒子それぞれのモル吸光係数を決定した測定波長での光測定を伴う粒子分離に供して、前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれの吸光度を決定し、及び
前記第1粒子と前記第2粒子それぞれの前記吸光度と、決定された前記第1粒子及び第2粒子それぞれのモル吸光係数を用いて、前記第1粒子と前記第2粒子との量比を決定することを含む、方法。
[項6]
分子送達用粒子を特徴づける方法であって、
第1粒子及び第2粒子を含む分子送達用粒子を、等吸収点での光測定を伴う粒子分離に供して、前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれの吸光度を決定し、及び
前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれの前記吸光度を用いて、前記第1粒子と前記第2粒子との量比を決定することを含む、方法。
[項7]
前記分子送達用粒子が第3粒子をさらに含み、前記第3粒子が第3外被を有し且つ第3送達分子を有していてよく、
前記分子送達用粒子の光測定を伴う粒子分離により、前記第3粒子の吸光度を、前記各測定波長について決定し、及び
前記第2粒子の前記モル吸光係数と前記第1送達分子の前記モル吸光係数との、前記第3粒子の前記吸光度に対する寄与度を決定することを含む、項3~5のいずれか一項に記載の方法。
[項8]
前記寄与度に基づいて、第3粒子の構成割合を決定すること、及び/又は前記第3外被及び前記第3送達分子それぞれの濃度を決定することをさらに含む、項7に記載の方法。
[項9]
前記量比が、第1閾値を超える場合に、前記分子送達用粒子が所定の品質があると判定することを含む、項4~6のいずれか一項に記載の方法、或いは
前記第1粒子の前記モル濃度、前記第2粒子の前記モル濃度、前記第3外被の前記濃度、及び前記第3送達分子の前記濃度に基づいて、前記分子送達用粒子に対する、前記第1粒子又は前記第2粒子の量比を決定し、及び前記量比が、第1閾値を超える場合に、前記分子送達用粒子が所定の品質があると判定することを含む、項8に記載の方法。
[項10]
分子送達用粒子を特徴づける方法であって、
分子送達用粒子を、第1測定波長及び第2測定波長での光測定を伴う粒子分離に供して、前記分子送達用粒子の吸光度を、前記第1測定波長及び第2測定波長それぞれについて決定し、及び
前記第1測定波長での前記分子送達用粒子の前記吸光度と、前記第2測定波長での前記分子送達用粒子の前記吸光度とから吸光度比を決定することを含む、方法。
[項11]
前記粒子分離が、遠心分離、クロマトグラフィー、又はフィールド・フロー・フラクショネーションである、項1~10のいずれか一項に記載の方法。
[項12]
分子送達用粒子を特徴づける方法であって、
前記分子送達用粒子と溶媒を含む第1溶液を、光測定を伴う遠心分離に供して、第1溶液中の前記分子送達用粒子の沈降係数を決定し、
前記分子送達用粒子と同位体標識溶媒を含む第2溶液を、光測定を伴う遠心分離に供して、第2溶液中の前記分子送達用粒子の沈降係数を決定し、
第1溶液中の前記分子送達用粒子の前記沈降係数と、第2溶液中の前記分子送達用粒子の前記沈降係数とに基づいて、前記分子送達用粒子の偏比容を決定し、及び
第1溶液中での前記分子送達用粒子の前記沈降係数と、第2溶液中での前記分子送達用粒子の前記沈降係数と、前記分子送達用粒子の前記偏比容とに基づいて、前記分子送達用粒子の分子量を決定することを含む、方法。
[項13]
前記分子送達用粒子が、ウイルス粒子、リポソーム、アルブミン粒子、ミセル又はポリ乳酸・グリコール酸共重合体粒子である、項1~12のいずれか一項に記載の方法。
[項14]
前記ウイルス粒子が、アデノ随伴ウイルス、アデノウイルス、ヘルペスウイルス、センダイウイルス、ステルスウイルス、レンチウイルス、又はレトロウイルスである、項13に記載の方法。
[項15]
コンピュータの制御部にロードされることにより、前記コンピュータに、項1~14のいずれか一項に記載の方法を実行させる、プログラム。
[項16]
第1粒子のモル吸光係数を決定する方法であって、
前記第1粒子が、第1外被及び第1鎖長の第1ポリヌクレオチドを含み、
所定鎖長の第2ポリヌクレオチドのモル吸光係数を、前記所定鎖長の値で除して、一ヌクレオチドあたりの平均モル吸光係数を算出し、
前記一ヌクレオチドあたりの平均モル吸光係数に、前記第1鎖長の値を乗じて、前記第1ポリヌクレオチドのモル吸光係数を算出し、
前記第1外被のモル吸光係数と、前記第1ポリヌクレオチドの前記モル吸光係数とをあわせて、前記第1粒子のモル吸光係数を決定することを含む、方法。
[項17]
所定鎖長のポリヌクレオチドのモル吸光係数を決定する方法であって、
前記ポリヌクレオチドを含む分子送達用粒子を所定の測定波長で測定する場合に、前記所定の測定波長と同一又は相当する以下の表に記載のいずれか一つの波長における一ヌクレオチドあたりの平均モル吸光係数に、前記所定鎖長の値を乗じて、前記いずれか一つの波長における前記ポリヌクレオチドのモル吸光係数を決定することを含む、方法。
本明細書において「分子送達用粒子」は、分子を送達できる外被を有する小さな物体を意味する。分子送達用粒子の粒子サイズは、例えば、5nm~10,000nm、10nm~5,000μm、20nm~1,000nm、又は30nm~500nmであってよい。分子送達用粒子は、例えばウイルス粒子、リポソーム、アルブミン粒子、ミセル又はポリ乳酸・グリコール酸共重合体(「PLGA」とも称される)粒子であってよい。分子送達用粒子は、ドラッグデリバリーシステムに利用することができる。分子送達用粒子がウイルス粒子である場合、例えば遺伝子治療又はウイルスベクターワクチンとして利用することができる。ウイルスは、アデノ随伴ウイルス(AAV)、アデノウイルス、ヘルペスウイルス、センダイウイルス、ステルスウイルス、レンチウイルス、又はレトロウイルスであってよい。分子送達用粒子は、公知の方法に従って調製することができる。1つの例において、分子送達用粒子は組換えウイルス粒子であってよい。組換えウイルス粒子は、遺伝子工学を用いて人工的に調製することができる。分子送達用粒子は、遺伝子工学を用いて製造されたウイルス粒子であってよく、培養細胞または卵で製造されたウイルス粒子であってもよい。
本発明の1つの態様は、分子量を決定することを含む分子送達用粒子を特徴づける方法を提供する。1つの実施形態において、前記方法は、分子送達用粒子と溶媒とを含む第1溶液を、光測定を伴う遠心分離に供して、第1溶液中の前記分子送達用粒子の沈降係数を決定すること;及び分子送達用粒子と同位体標識溶媒とを含む第2溶液を、光測定を伴う遠心分離に供して、第2溶液中の前記分子送達用粒子の沈降係数を決定することを含む。
本発明の1つの態様は、モル濃度を決定することを含む分子送達用粒子を特徴づける方法を提供する。1つの実施形態において、前記方法は、第1粒子及び第2粒子を含む分子送達用粒子を、光測定を伴う粒子分離に供して、前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれの屈折率増分を決定すること;及び、前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれの前記屈折率増分と、分子量と、比屈折率変化値とに基づいて、前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれのモル濃度を決定することを含む。
本発明の1つの態様は、モル吸光係数を決定することを含む分子送達用粒子を特徴づける方法を提供する。1つの実施形態において、前記方法は、第1粒子及び第2粒子を含む分子送達用粒子を、複数の測定波長での光測定を伴う粒子分離に供して、前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれの吸光度を、前記複数の測定波長の各測定波長について決定すること;及び前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれの前記吸光度と、前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれの前記モル濃度とに基づいて、前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれのモル吸光係数を、前記各測定波長について決定することを含む。
本発明の1つの態様は、第1送達分子のモル吸光係数を決定することを含む分子送達用粒子を特徴づける方法を提供する。前記方法では、第1粒子及び第2粒子を含み、前記第1粒子が第1外被及び第1送達分子を有し、及び前記第2粒子が第2外被を有する、分子送達用粒子を用いることができる。1つの例において、前記第1粒子は第1外被及び第1送達分子を含み、前記第2粒子は、前記第1外被と実質的に同一組成の第2外被を含むが、送達分子を含まない。前記方法は、前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれの前記吸光度と、前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれのモル濃度とに基づいて、前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれのモル吸光係数を各測定波長について決定すること;及び前記第1粒子の前記モル吸光係数から、前記第2粒子の前記モル吸光係数を差し引いて、前記第1送達分子のモル吸光係数を、各測定波長について決定することを含む。第1粒子及び第2粒子それぞれのモル濃度は、前記した“モル濃度を決定することを含む分子送達用粒子を特徴づける方法”に従って決定することができる。第1粒子及び第2粒子それぞれのモル吸光係数は、前記した“モル吸光係数を決定することを含む分子送達用粒子を特徴づける方法”に従って決定することができる。
本発明の1つの態様は、量比を決定することを含む分子送達用粒子を特徴づける方法を提供する。前記方法では、第1粒子及び第2粒子を含み、前記第1粒子が第1外被及び第1送達分子を有し、及び前記第2粒子が第2外被を有する、分子送達用粒子を用いることができる。1つの例において、前記第2粒子は、送達分子を含まない。
(1)等吸収点を決定して、量比を決定することを含む分子送達用粒子を特徴づける方法
1つの実施形態に係る前記方法は、第2粒子のモル吸光係数と、第1送達分子のモル吸光係数とが一致する等吸収点を特定すること;及び前記等吸収点での第1粒子及び第2粒子それぞれの吸光度を用いて、前記第1粒子と前記第2粒子との量比を決定することを含む。第2粒子及び第1送達分子それぞれのモル吸光係数は、前記した“第1送達分子のモル吸光係数を決定することを含む分子送達用粒子を特徴づける方法”に従って決定することができる。等吸収点での第1粒子及び第2粒子それぞれの吸光度は、実施例に記載した方法又は前記した“モル吸光係数を決定することを含む分子送達用粒子を特徴づける方法”のうちの“吸光度を決定する工程”に従って決定することができる。本実施形態において、等吸収点を特定するために用いた分子送達用粒子と、量比の決定に用いられる分子送達用粒子とは、同一であってもよく、異なっていてもよい。異なる分子送達用粒子である場合、量比の決定に用いられる分子送達用粒子は、例えば、等吸収点を特定するために用いた分子送達用粒子と実質的に同一組成の外被及び送達分子を含むが、未知の比率で第1粒子及び第2粒子を含む。
ここで、Nempty及びNfullはそれぞれ中空ウイルス粒子及び完全ウイルス粒子の粒子数を示し、Areaempty及びAreafull(=Areaempty+AreaDNA)はそれぞれ、沈降係数分布における完全ウイルス粒子に対応するピークの面積及び中空ウイルス粒子に対応するピーク面積を示す。
特定の分子送達用粒子について、等吸収点が決定されると、その特定の分子送達用粒子と実質的に同一組成の外被及び送達分子を含む分子送達用粒子については、モル吸光係数を用いることなく、前記等吸収点での光測定を伴う粒子分離によって、その分子送達用粒子中の第1粒子と第2粒子との量比を決定することができる。特定の分子送達用粒子は、等吸収点を決定するために用いられた分子送達用粒子と同一であってもよく、異なっていてもよい。異なる分子送達用粒子である場合、量比が決定される第1粒子及び第2粒子を含む分子送達用粒子は、例えば、等吸収点を特定するために用いられた分子送達用粒子と実質的に同一組成の外被及び送達分子を含むが、未知の比率で第1粒子及び第2粒子を含む。
特定の測定波長にて特定の分子送達用粒子について、モル吸光係数が決定されると、その特定の分子送達用粒子と実質的に同一組成の外被及び送達分子を含む分子送達用粒子については、その特定の測定波長での光測定を伴う粒子分離により、その分子送達用粒子中の第1粒子及び第2粒子それぞれの吸光度を決定することで、第1粒子と第2粒子との量比を決定することができる。特定の分子送達用粒子は、特定の測定波長でのモル吸光係数を決定するために用いられた分子送達用粒子と同一であってもよく、異なっていてもよい。異なる分子送達用粒子である場合、特定の分子送達用粒子は、特定の測定波長でのモル吸光係数を決定するために用いられた分子送達用粒子と実質的に同一組成の外被及び送達分子を含むが、未知の比率で第1粒子及び第2粒子を含む。
本発明の1つの態様は、第3粒子の吸光度に対する寄与度を決定することを含む分子送達用粒子を特徴づける方法を提供する。前記方法では、第1粒子、第2粒子及び第3粒子を含む、分子送達用粒子を用いることができる。前記第3送達分子は、第3外被を有し、且つ第3送達分子を有していてもよく有していなくてもよい。前記方法は、前記分子送達用粒子の複数の測定波長での光測定を伴う粒子分離により、前記第3粒子の吸光度を、前記各測定波長について決定すること;及び前記第2粒子の前記モル吸光係数と前記第1送達分子の前記モル吸光係数との、前記第3粒子の前記吸光度に対する寄与度を決定することを含む。第3粒子の吸光度を決定するための光測定を伴う粒子分離と、屈折率増分を決定するための光測定を伴う粒子分離と、吸光度を決定するための光測定を伴う粒子分離とは、同時に実施されてもよく、順次に実施されてもよい。1つの実施形態において、前記3つの光測定を伴う粒子分離は同時に実施される。
本発明の1つの態様は、品質を判定することを含む分子送達用粒子を特徴づける方法を提供する。1つの実施形態において、前記方法は、第1粒子と第2粒子との量比に基づいて、分子送達用粒子が所定の品質があると判定することを含む。前記方法では、第1粒子及び第2粒子を含み、前記第1粒子が第1外被及び第1送達分子を有し、及び前記第2粒子が第2外被を有する、分子送達用粒子を用いることができる。第1粒子と第2粒子との量比は、前記した“量比を決定することを含む分子送達用粒子を特徴づける方法”に従って、決定することができる。
本発明の1つの態様は、吸光度比を決定することを含む分子送達用粒子を特徴づける方法を提供する。前記方法は、分子送達用粒子を、第1測定波長及び第2測定波長での光測定を伴う粒子分離に供して、前記分子送達用粒子の吸光度を、前記第1測定波長及び第2測定波長それぞれについて決定すること;及び前記第1測定波長での前記分子送達用粒子の前記吸光度と、前記第2測定波長での前記分子送達用粒子の前記吸光度とから吸光度比を決定することを含む。
本発明の1つの態様は、第1粒子のモル吸光係数を決定する方法を提供する。前記方法では、第1粒子は、第1外被及び第1鎖長の第1ポリヌクレオチドを含む。前記方法は、第2ポリヌクレオチドのモル吸光係数を、その鎖長に対応する値で除して、一ヌクレオチドあたりの平均モル吸光係数を算出すること;及び前記第1外被のモル吸光係数と、前記第1ポリヌクレオチドの前記モル吸光係数とを足しあわせて、前記第1粒子のモル吸光係数を決定することを含む。第2ポリヌクレオチドが500ヌクレオチド長である場合、その鎖長に対応する値は「500」である。前記方法は、所定鎖長の第2ポリヌクレオチドのモル吸光係数を、前記所定鎖長の値で除して、一ヌクレオチドあたりの平均モル吸光係数を算出すること;及び前記第1外被のモル吸光係数と、前記第1ポリヌクレオチドの前記モル吸光係数とを足しあわせて、前記第1粒子のモル吸光係数を決定することを含む。
本発明の1つの態様は、所定鎖長のポリヌクレオチドのモル吸光係数を決定する方法を提供する。前記方法は、前記ポリヌクレオチドを含む分子送達用粒子を所定の測定波長で測定する場合に、前記所定の測定波長と同一又は相当する以下の表に記載のいずれか一つの波長における一ヌクレオチドあたりの平均モル吸光係数に、前記所定鎖長の値を乗じて、前記いずれか一つの波長における前記ポリヌクレオチドのモル吸光係数を決定することを含む。
[材料および方法]
試料
完全なベクターゲノムを含むアデノ随伴ウイルス血清5型(AAV5)ベクター(完全粒子、AAV5-FP)及び前記ベクターゲノムを含まないAAV5ベクター(中空粒子、AAV5-EP)は、次世代バイオ医薬品製造技術研究組合(東京)により提供された。18O水(H2 18O)は、大陽日酸株式会社(東京)より、98%に濃縮されたものを購入した。PBSのストック溶液(×10)はThermo Scientific社(米国)から購入した。ポロキサマー188(欧州薬局方標準物質)はSigma-Aldrich社(米国)から購入した。その他の試薬は富士フイルム和光純薬株式会社(大阪)から購入した。
密度コントラスト超遠心分析沈降速度法(SV-AUC)の実験については、最終的にAAV5-EPは280nmで0.95、AAV5-FPは260nmで0.75の光路長1cmでの吸光度にまで30kDaのフィルターメンブレン(Merck Millipore,US)を備えたAmicon Ultra0.5を用いて濃縮した。濃縮したサンプルを溶媒又はH2 18Oを含む溶媒で希釈して1.2cm光路長で約0.3の吸光度を有する0、32.5及び65%H2 18Oを含むサンプル溶液を調製した。他のSV-AUC実験については、各AAVストック溶液を濃縮又は希釈して、1.2cmの光路長で約0.3の吸光度を有する試験溶液を調製した。
UV測定は、UV-1900 UV-VIS分光光度計(島津製作所製)を用いて行った。
分子量の計算
プログラムSEDNTERP(Laue,M.T.Computer-aided interpretation of analytical sedimentation data for proteins.Anal Ultracentrifugation Biochem Polym Sci 1992;90-125.)を用いて、AAV-EPの分子量を算出した。具体的には、AAVのカプシドを構成する3種類の構造タンパク質であるVP1、VP2、VP3のアミノ酸組成から各構造タンパク質の分子量を算出した。AAV-EPが、構造タンパク質VP1:VP2:VP3を5:5:50の割合で含むと仮定して、AAV-EPの分子量を算出した。ssDNAの分子量は、設計されたDNA配列に基づいて801507.6Daと計算された。
AAV-EPの偏比容は、プログラムSEDNTERP(Laue,M.T.Computer-aided interpretation of analytical sedimentation data for proteins.Anal Ultracentrifugation Biochem Polym Sci 1992;90-125.)を用いてそれらのアミノ酸組成から得た。AAV-FPの偏比容は、以下の式を用いて算出した。
ここで、vbarAAV-FP、vbarAAV-EP及びvbarssDNAはそれぞれAAV-FP、AAV-EP及びssDNAの偏比容(cm3 g-1)である。MwAAV-FP、MwAAV-EP、及びMwssDNAは、それぞれAAV-FP、AAV-EP、及びssDNAの偏比容(cm3 g-1)である。vbarssDNAは、先行研究(Durchschlag H.Determination of the partial specific volume of conjugated proteins.Colloid Polym Sci 1989;267:1139-1150.)で報告されている0.54cm3 g-1を用いた。
AAV-EPの比屈折率変化値は、SEDFIT(Schuck P.Sedimentation analysis of noninteracting and self-associating solutes using numerical solutions to the Lamm equation.Biophys J 1998;75:1503-1512)プログラムを用いてアミノ酸組成から計算した。AAV-FPのdn/dcは、以下の式を用いて算出した。
ここで、dn/dcAAV-FP、dn/dcAAV-EP及びdn/dcssDNAはそれぞれAAV-FP、AAV-EP及びssDNAの比屈折率変化値(mL g-1)である。ssDNAのdn/dcは先行研究(Davis TM,Wilson WD.Determination of the refractive index increments of small molecules for correction of surface plasmon resonance data.Anal Biochem 2000;284:348-353.)で報告されているように0.21mL g-1とした。
AAV-FP及びAAV-EPの拡散係数は、Svedberg式を用いて計算した。
ここで、sは沈降係数(S)、Dは拡散係数(cm2 sec-1)、Mは分子量(g mol-1)、vbarは(cm3/g)、ρ0は溶媒密度(g mL-1)、Rは気体定数(8.314J K-1)、Tは絶対温度(K)である。AAV-FP及びAAV-EPのストークス半径は、ストークス-アインシュタイン方程式を用いて計算した。
ここで、Dは拡散係数(cm2/sec)、kBはボルツマン定数(1.38×10-23J/K)、Tは絶対温度(K)、η0は溶媒粘度、Rsはストークス半径(m)である。AAV-FP及びAAV-EPの摩擦係数は、以下の式を用いて算出した
ここで、Dは拡散係数(cm2/sec)、Rは気体定数(8.314J/K)、Tは絶対温度(K)、NAはアボガドロ数(6.02×1023mol-1)、fは摩擦係数(g sec-1)である。
AAV5の原子座標(PDBコード:3ntt)から、HYDROPRO(Ortega A,Amoros D,Garcia De La Torre J.Prediction of hydrodynamic and other solution properties of rigid proteins from atomic- and residue-level models.Biophys J 2011;101:892-898.)プログラムを用いてAAV5-EPの沈降係数と半径を求めた。
SV-AUC実験は、AAV5-FP及びAAV5-EPを溶媒(0.001w/v%ポロキサマー188のPBS(pH7.4))又は種々の濃度のH2 18Oを含む溶媒に溶解したものを用いて行った。サファイアウインドウと12mmのダブルセクターセンターピースを備えた測定セルのサンプルセクターに390μLのサンプルをそれぞれ充填し、各測定セルのリファレンスセクターに400μLの溶媒を充填した。サンプルセクター及びリファレンスセクターの光路長はそれぞれ1.2cmである。前記測定セルを超遠心分析装置OPTIMA(ベックマン・コールター、米国)にセットし、温度20℃、10,000rpmにてSV-AUCに供した。
SV-AUCで取得したデータは、プログラムSEDFIT(バージョン16.2b)(Schuck P.Sedimentation analysis of noninteracting and self-associating solutes using numerical solutions to the Lamm equation.Biophys J 1998;75:1503-1512)のc(s)分布モデルを用いて、摩擦比、メニスカス、時間非依存ノイズ、半径非依存ノイズをフィッティングし、0.68の正則化レベルを用いて解析した。沈降係数範囲は0~250Sで、500の分解能で評価した。リン酸緩衝生理食塩水(PBS)の密度及び粘度は、それぞれ1.00500g mL-1及び1.0171cPであった。
ここで、FH2 18OはH2 18Oの分率、ρ0はPBSの密度(g mL-1)、η0はPBSの粘度(cP)である。サンプルの偏比容は初期値として0.68cm3/gとした。偏比容を見積もるため、Brownら(Brown PH,Balbo A,Zhao H,et al.Density Contrast Sedimentation Velocity for the Determination of Protein Partial-Specific Volumes.6.Epub ahead of print 2011.DOI:10.1371/journal.pone.0026221.)によって述べられているように、SEDPHATの“Hybrid Global Discrete Species Global Continuous Distribution”モデルを用いて様々な密度の溶液中のAAV5-EP又はAAV5-FPの沈降プロファイルは、グローバルにフィットさせた。得られた偏比容を用いて、沈降係数分布を定義した。そして、各成分の沈降係数と摩擦係数比(f/f0)から分子量を計算した。c(s)分布の図は、プログラムGUSSI(Brautigam CA.Calculations and Publication-Quality Illustrations for Analytical Ultracentrifugation Data.1st ed.Elsevier Inc..Epub ahead of print 2015.DOI:10.1016/bs.mie.2015.05.001.)を用いて作成した。本研究で得られた沈降係数は、標準条件(s20,w)に規格化した値として報告した。
AAV-FP及びAAV-EPの各測定波長におけるピーク面積As(λ)は、それぞれAAV-FP及びAAV-EP試料のC(s)分布におけるメインピークを積分して求めた。
各波長におけるAAV5-FP、AAV5-EP及びその他のAAV5-FPのモル吸光係数は、以下の式を用いて決定した。
ここで、εはモル吸光係数(L mol-1cm-1)を示し、dn/dcは比屈折率変化値(mL g-1)を示し、Mwは分子量(kg mol-1)を示し、ΔJはフリンジ変位を示し、及びλIFは干渉シグナルの波長(cm)を示す。各波長におけるssDNAのモル吸光係数は、AAV5-FPの値からAAV5-EPの値を差し引いて推定した。本実施例ではカプシドに内包されたDNA配列は他のAAV血清型に共通して設計されているため、各波長における他の血清型のAAV-EPのモル吸光係数はAAV-FPの値からssDNAの値を差し引いて算出した。
沈降係数分布において完全粒子と中空粒子のピーク間の領域で観察される中間粒子、又は完全粒子より沈降係数が大きい領域で観察される凝集体の同定では、11種の測定波長に対する各AAV-FP及びssDNAのモル吸光係数のプロットを用いて重回帰分析を行い、後述する係数(α及びβ)を求めた。
ここで、Aobsは観測された中間粒子又は凝集体に対応するピークの面積を示し、Areacapsid及びAreassDNAはそれぞれ式10及び式11に基づいて計算されたウイルス粒子のカプシド(=AAV-EP)及びssDNAのピーク面積を示し、εcapsid及びεssDNAはそれぞれウイルス完全粒子のカプシド(=AAV-EP)及びssDNAのモル吸光係数(L mol-1cm-1)を示す。ここでカプシドの濃度をCcapsid、未知粒子におけるカプシドとssDNAの数をそれぞれncapsidとnssDNAとすると、αとβは下記のようになる。
完全粒子の場合、ncapsidとnssDNAは両方とも1となり、カプシド1つに全長の半分の鎖長のssDNAが入っている中間粒子の場合にはncapsidは1、nssDNAは0.5となる。また、完全粒子が2つ会合した凝集体の場合にはncapsidは2、nssDNAは2、完全粒子と中空粒子が1つずつ会合した凝集体の場合にはncapsidは2、nssDNAは1となる。
ここで、Nnucleotideは中間粒子又は凝集体に内包されたヌクレオチドの鎖長を示し、NAAV-FPは完全粒子に内包されたヌクレオチドの鎖長を示す。
式9で表される係数(α及びβ)を決定するための測定波長数の最小化及び最適化の可能性を評価するために、2波長での検出から得られたデータを用いて両係数を算出し、11波長での検出から得られたデータを用いた場合と比較した。さらに、選択された3つの波長(230nm、260nm及び280nm)での検出に由来するデータを用いた重回帰分析を行った。
AAVサンプル中の成分の特性評価
AAV-5-EP及びAAV5-FPの偏比容を決定するために、H2O及びH2 18Oの濃度を変化させて異なる密度の緩衝液を用いたSV-AUC実験を行った(図12の1.1及び1.2)。AAV5-EPでは、SEDPHATを用いた主成分へのグローバルフィットの結果として得られた偏比容は0.722cm3 g-1であった。予想通り、この値は計算値(0.718cm3 g-1)とよく一致している。沈降係数の分布を図1(A)に示した。f/f0、溶媒密度、溶媒粘度を用いて計算した主成分(67.3S)の分子量は3695.9kDaであり、計算値(3705.5kDa)とよく一致している。AAV5-FPについては、主成分へのSEDPHATを用いたグローバルフィットの結果として得られた偏比容は0.686cm3g-1であり、計算値(0.687cm3 g-1)とよく一致していた。主成分(93.7S)の分子量は、f/f0、溶媒密度、溶媒粘度、偏比容を用いて計算した結果、4914.2kDaであり、これは、SV-AUCからの分子量の典型的な誤差の範囲内でFPの分子量(4507.0kDa)の計算値に対応する。得られたパラメータを図1(B)にまとめた。以上の結果から、67.3S及び93.7Sの成分は、それぞれAAV5の中空粒子及び完全粒子であると結論づけた。
SV-AUCから実験的に決定されたs値、分子量、偏比容から、Svedbergの式(式3)を用いて、AAV5-EPのD値を1.54×10-7cm2 sec-1、AAV5-FPのD値を1.46×10-7cm2 sec-1と推定した。その結果、f値はAAV-EPで2.62×10-7g sec-1、AAV5-FPで2.78×10-7g sec-1と計算され、ストークス半径はAAV5-EPで13.7nm、AAV5-FPで14.5nmとなった。SV-AUCとの偏差を考慮すると、その差は重要ではないと結論づけられる。AAV5-EPとAAV5-FPの流体力学的挙動が類似していることは、動的光散乱法の観測結果と一致しており、AAV5-EPとAAV5-FPのストークス半径が類似していることがわかった。また、AAV5-EPとAAV5-FPのf値が一致していることから、AAV5-EPもAAV5-FPと同様に、溶液中での並進拡散の際に水分子との摩擦を発生させていることが示唆された。
AAV5-EP及びAAV5-FPの各測定波長におけるc(s)分布の総ピーク面積の波長依存性は、紫外分光光度計を用いて測定したAAV5-EP及びAAV5-FPの紫外スペクトルと完全に重なった。このように、SV-AUC c(s)分析による各成分の吸収スペクトルの取得に成功したことが示された。
AAV5-FPベクター及びAAV5-EPベクターがそれぞれトランスフェクトされた宿主細胞から、AAV5-FP(完全粒子)及びAAV5-EP(中空粒子)をそれぞれ産生させて精製した。精製したAAV5-EPを光路長1cmで280nmの吸光度にて0.95まで30kDaのフィルターメンブレン(Merck Millipore、US)を備えたAmicon Ultra0.5を用いて濃縮した。同様に、回収したAAV5-FPを260nmの吸光度にて0.75まで濃縮した。AAV5-EPに対するAAV5-FPの粒子数の比(=[AAV5-EPの粒子数]/[AAV5-FPの粒子数])が1.2となるように混合し、PBS中のAAV5サンプルを調製した。
“SV-AUCのデータ解析”の項目に記載した解析方法に従い、前記UV検出システムでの測定によって得られた吸光度データから沈降係数C(s)の分布をそれぞれ得た(図12の2.2)。図3A~Cは、測定波長230nm、260nm及び280nmでの沈降係数分布を示す。同様にして、前記干渉検出システムでの測定によって得られた屈折率データから沈降係数分布を得た(図4)。
AAV5-FP及びAAV5-EPそれぞれについての屈折率増分(δn)を、それぞれの濃度あたりの比屈折率変化値(dn/dc)で割りつけて、AAV5-FP及びAAV5-EPそれぞれのグラム濃度を得て、さらにそれぞれの分子量で割り付けることにより、各ウイルス粒子のモル濃度を決定した(図12の2.4)。
特定の測定波長での沈降係数分布におけるAAV5-FPに対応するピークの面積を算出することで、その測定波長でのAAV5-FPの吸光度を得た(図12の2.3)。同様にして、各測定波長でのAAV5-FPの吸光度を得た。得られた吸光度(ピーク面積)を測定波長に対してプロットすることで、吸光度スペクトルを得た(図5A、左縦軸)。同様にして、AAV5-EPの吸光度スペクトルを得た(図5B、左縦軸)。
A260/A280は、ウイルス純度の評価に一般的に使用されている。同様に、AAVサンプルについて、Sommerらは、このパラメータを用いて全粒子中の完全粒子の割合を推定する方法を提案している(Sommer JM,Smith PH,Parthasarathy S,et al.Quantification of adeno-associated virus particles and empty capsids by optical density measurement.Mol Ther 2003;7:122-128.)。これはUV測定に基づいて純度を決定するという単純な方法であるが、他の先行研究(Dobnik D,Kogovsek P,Jakomin T,et al.Accurate quantification and characterization of adeno-associated viral vectors.Front Microbiol;10.Epub ahead of print2019.DOI:10.3389/fmicb.2019.01570.、Lock M,Alvira MR,Wilson JM.Analysis of particle content of recombinant adeno-associated virus serotype 8 vectors by ion-exchange chromatography.Hum Gene Ther Methods 2012;23:56-64.、及びLock M,Alvira MR,Chen S,et al.Absolute Determination of Single-Stranded.2014;125:115-125.)で指摘されているように、この方法は高純度のサンプルを必要とし、完全粒子及び中空粒子以外の分子(例えば、DNA不純物やタンパク質汚染物質)が含まれている場合、A260/A280から純度を推定することは困難である。
“モル吸光係数の決定”の項目に記載した方法に従って、各測定波長におけるAAV5-FP及びAAV5-EPそれぞれのモル吸光係数を算出した(図12の2.5)。算出したAAV5-EPのモル吸光係数を各測定波長に対してプロットして、AAV5-EPのモル吸光係数スペクトルを得た(図7、〇)。
ウイルス粒子のカプシド(AAV5-EP)とゲノムであるssDNAとの等吸収点は、AAV5-EPのモル吸光係数スペクトルとssDNAのモル吸光係数スペクトルとの交点から得ることができ、その値は239nmであった(図7及び図12の2.6)。
ここで、NAAVempty及びNAAVfullはそれぞれAAV-EP及びAAV-FPの粒子数を示し、AreaAAVempty(=Areacapsid)及びAreaAAVfull(=Areacapsid+AreassDNA)はそれぞれ、沈降係数分布におけるAAV5-EPに対応するピークの面積及びAAV-FPに対応するピーク面積を示す。
上記のステップ(6)で得られた等吸収点(=波長239nm)を用いて、モル吸光係数を用いることなく、AAV5-EPとAAV5-FPとのウイルス粒子の数の比を決定する(図12の3.1及び3.2)。具体的には、等吸収点でAAV5サンプルを測定して吸光度データを取得し(部分的にステップ(1)に対応する)、前記吸光度データから沈降係数C(s)の分布を得て、AAV5-FPに対応するピーク及びAAV5-EPに対応するピークをそれぞれ特定し(部分的にステップ(2)に対応する)、各ピークの面積からAAV5-FPの吸光度及びAAV5-EPの吸光度を得ることで(部分的にステップ(4)に対応する)、AAV5サンプル中のAAV5-FPとAAV5-EPとのウイルス粒子の数の絶対的な量比を得ることができる(図8)。図8は、AAV5-FPに対するAAV5-EPの粒子数の比が1.2となるように混合したAAV5サンプル中のAAV5-FPとAAV5-EPとの比が実際に1.2となったことを示す。このように、本実施例は、等吸収点を利用することで、等吸収点以外の波長で吸光度データを取得することも、干渉データを取得することも、モル吸光係数を算出することもなく、AAV5-EPとAAV5-FPとのウイルス粒子数の比を決定することができることを示す。
上記したステップ(4)と同様にして、各測定波長での沈降係数分布における中間粒子に対応する沈降係数のピークの面積を算出することで、各測定波長での中間粒子の吸光度を得た(図12の4.2)。得られた吸光度を測定波長に対してプロットすることで、中間粒子の吸光度スペクトルを得た。同様にして、各測定波長での凝集体の吸光度を得て、それらを測定波長に対してプロットすることで、凝集体の吸光度スペクトルを得た。
上記のステップ(8)で得られた中間粒子の吸光度スペクトルに対して、上記のステップ(5)で得られたssDNAのモル吸光係数スペクトル及びAAV5-EP(ウイルス粒子のカプシド)のモル吸光係数スペクトルを用いて式9に基づいた重回帰分析を行った(図12の4.3)。重回帰分析の結果、式9中のα及びβが決定された。決定されたα及びβをそれぞれ式10及び式11に用いることで、ウイルス粒子のカプシドのピーク面積及びssDNAのピーク面積が得られた。得られたウイルス粒子のカプシド(=AAV-EP)のピーク面積を、そのモル吸光係数及び光路長の値(1.2)で割ることによって、中間粒子に対応するピーク中のウイルス粒子のカプシドの濃度を算出した。同様にして、得られたssDNAのピーク面積から、中間粒子に対応するピーク中のssDNAの濃度を算出した。このようにして、中間粒子に対応するピーク中のssDNA塩基数を得ることができる(図12の4.4)。ssDNAの塩基数が得られれば、塩基の平均分子量(300M.W.)を乗じることで、ssDNAの重量(mg)を算出することができる。また、算出されたssDNA濃度を算出されたウイルス粒子のカプシドの濃度で割ることによって、中間粒子に対応するピークにおけるウイルス粒子のカプシド塩基数に対するssDNA塩基数の比(=[ssDNA塩基数]/[カプシド塩基数])を得ることもできる(図12の4.4)。中間粒子に対応するピークに含まれるウイルス粒子の各カプシドがそれぞれ1本のssDNAを含む場合、ウイルス粒子のカプシド塩基数に対するssDNA塩基数の比は、中間粒子に対応するピーク中の中間粒子が含むssDNA断片の平均のヌクレオチド長の完全なゲノムssDNAのヌクレオチド長に対する比(=[ssDNA断片のヌクレオチド長]/[完全なゲノムssDNAのヌクレオチド長])に対応する。
2 制御部(プロセッサ)
3 入力部
4 表示部
5 記憶部
Claims (16)
- 分子送達用粒子を特徴づける方法であって、
第1粒子及び第2粒子を含む分子送達用粒子を含有する溶液を、光測定を伴う遠心分離に供して、前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれの前記溶液の屈折率nの変化である屈折率増分(δn)を決定し、
前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれの前記屈折率増分(δn)を、濃度あたりの屈折率変化値である比屈折率変化値(dn/dc)で割りつけることによりグラム濃度をそれぞれ得て、さらにそれぞれの分子量で割りつけることにより、前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれのモル濃度を決定することを含み、
前記分子送達用粒子が第3粒子をさらに含んでいてよく、
前記第1粒子が第1外被及び第1送達分子を有し、前記第2粒子が第2外被を有し、及び前記第3粒子が第3外被及び第3送達分子を有する、方法。 - 前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれの吸光度と、前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれの前記モル濃度とに基づいて、前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれのモル吸光係数を決定することを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれの前記吸光度が、前記分子送達用粒子を複数の測定波長での光測定を伴う遠心分離に供することで、前記複数の測定波長の各測定波長について決定される、請求項2に記載の方法。
- 前記第1粒子の前記モル吸光係数から、前記第2粒子の前記モル吸光係数を差し引いて、前記第1送達分子のモル吸光係数を、前記複数の測定波長の各測定波長について決定することを含む、請求項3に記載の方法。
- 前記第2粒子の前記モル吸光係数と、前記第1送達分子の前記モル吸光係数とが一致する等吸収点を特定し、及び
前記等吸収点での第1粒子及び第2粒子それぞれの吸光度を用いて、前記第1粒子と前記第2粒子との量比を決定することを含む、請求項4に記載の方法。 - 前記複数の測定波長が、少なくとも3種の測定波長を含む、請求項3~5のいずれか一項に記載の方法。
- 前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれの前記分子量が、前記光測定を伴う遠心分離にて決定される、請求項1~6のいずれか一項に記載の方法。
- 前記分子送達用粒子が前記第3粒子を含み、
前記第3粒子の分子量が、前記光測定を伴う遠心分離にて決定される、請求項1~7のいずれか一項に記載の方法。 - 前記分子送達用粒子が前記第3粒子を含み、
前記分子送達用粒子の光測定を伴う遠心分離により、前記第3粒子の吸光度を、前記複数の測定波長の各測定波長について決定し、及び
前記第2粒子の前記モル吸光係数と前記第1送達分子の前記モル吸光係数との、前記第3粒子の前記吸光度に対する寄与度を決定することを含む、請求項3~6のいずれか一項に記載の方法。 - 前記寄与度に基づいて、前記第3粒子の構成割合を決定すること、及び/又は前記第3外被及び前記第3送達分子それぞれの濃度を決定することをさらに含む、請求項9に記載の方法。
- 前記量比が、第1閾値を超える場合に、前記分子送達用粒子が所定の品質があると判定することを含む、請求項5に記載の方法、或いは
前記第1粒子の前記モル濃度、前記第2粒子の前記モル濃度、前記第3外被の前記濃度、及び前記第3送達分子の前記濃度に基づいて、前記分子送達用粒子に対する、前記第1粒子又は前記第2粒子の量比を決定し、及び前記量比が、第1閾値を超える場合に、前記分子送達用粒子が所定の品質があると判定することを含む、請求項10に記載の方法。 - 前記分子送達用粒子が、ウイルス粒子、リポソーム、アルブミン粒子、ミセル又はポリ乳酸・グリコール酸共重合体粒子である、請求項1~11のいずれか一項に記載の方法。
- 前記ウイルス粒子が、アデノ随伴ウイルス、アデノウイルス、ヘルペスウイルス、センダイウイルス、ステルスウイルス、レンチウイルス、又はレトロウイルスである、請求項12に記載の方法。
- 前記分子送達用粒子がウイルス粒子であり、
前記第1外被、前記第2外被及び前記第3外被がそれぞれカプシドを含み、
前記第1送達分子が第1ポリヌクレオチドを含み、
前記第3送達分子が第3ポリヌクレオチドを含み、及び
前記第1粒子及び前記第2粒子それぞれの前記分子量が、前記光測定を伴う遠心分離にて決定される、請求項1~13のいずれか一項に記載の方法。 - 前記分子送達用粒子が前記第3粒子を含み、
前記第3粒子の分子量が、前記光測定を伴う遠心分離にて決定される、請求項14に記載の方法。 - コンピュータの制御部にロードされることにより、前記コンピュータに、請求項1~15のいずれか一項に記載の方法を実行させる、プログラム。
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