JP6820830B2

JP6820830B2 - がんワクチン組成物およびその使用方法

Info

Publication number: JP6820830B2
Application number: JP2017502704A
Authority: JP
Inventors: マリーエル．ディシス，; エリザベスブロッサード，
Original assignee: ユニヴァーシティオブワシントン
Priority date: 2014-07-18
Filing date: 2015-07-17
Publication date: 2021-01-27
Anticipated expiration: 2035-07-17
Also published as: EP3169699A1; US20170283475A1; EP3169699A4; CN106715458A; WO2016011386A1; JP2021038261A; JP2017522326A; US10759836B2

Description

相互参照
本願は、２０１４年７月１８日に出願された米国仮特許出願第６２／０２６，２４６号に関連する。その出願は、その全体が本明細書中に参考として援用される。

ＥＦＳ−ＷＥＢを介して提出された配列表への言及
名称「４１２９９−７８１−６０１−ｓｅｑｌｉｓｔ＿ＳＴ２５．ｔｘｔ」、サイズ１５．４ｋｂである配列表のＡＳＣＩＩテキストファイルは、２０１５年６月１８日に作成され、本出願と共にＥＦＳ−Ｗｅｂを介して電子的に提出され、その内容は参照によりその全体が本明細書に組み込まれる。

政府の権利に関する記載
本発明は、国立衛生研究所（ＮＩＨ）により認定されたＨＨＳＮ２６１−２００５３３０００ＣＮ０１−ＣＮ−５３３００および国立衛生研究所（ＮＩＨ）により認定されたＫＬ２ＴＲ０００４２１に基づく政府支援によりなされた。政府は、本発明において一定の権利を有する。

背景
がん療法は、慣習的に、腫瘍の質量の外科的縮小ならびにその後の化学療法および／または放射線療法によって実現されてきた。この戦略により、腫瘍を縮小することができ、それほど進行してない段階では完全寛解がもたらされることも多い。残念ながら、より進行した腫瘍に関する予後は、過去５０年にわたってほとんど変化しておらず、がん関連死の相当な割合が、その後の転移によって引き起こされている。がんの出現の増加と闘うために、新しい予防的および治療的処置が必要とされている。

世界的に毎年１００万人超が結腸直腸がんと診断されており、毎年７００，０００人超が結腸直腸がんで死亡している。結腸直腸がんの発生を予防することには、全ての個人にとって意味のある健康上および経済上の利益があり得る。人が費用のかかるがん関連サーベイランスおよび治療介入を受ける必要がなくなれば、何十億ドルもが節約される。結腸直腸がんを予防および処置するための新しい手法が必要とされている。

概要
本明細書に記載の組成物は、一部の態様では、結腸直腸がんに関連する細胞によって発現される第１の抗原の第１のエピトープをコードする第１のヌクレオチド配列を含む第１のプラスミド、および結腸直腸がんに関連する細胞によって発現される第２の抗原の第２のエピトープをコードする第２のヌクレオチド配列を含む組成物であって、第１のヌクレオチド配列および第２のヌクレオチド配列が１つまたは複数のプラスミド内に位置する組成物を包含する。

本明細書に記載の組成物は、一部の態様では、第１のヌクレオチド配列を含む第１のプラスミドを含み、第１のヌクレオチド配列は、第１の抗原の第１のエピトープをコードし、第１のエピトープは、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから選択されるペプチドの一部分であり、第１のヌクレオチド配列がプラスミド内に位置する、組成物を包含する。他の態様では、本開示は、組成物を包含し、この組成物は、第１のヌクレオチド配列を含む第１のプラスミド、および第２のヌクレオチド配列を含み、第１のヌクレオチド配列が、第１の抗原の第１のエピトープをコードし、第２のヌクレオチド配列が、第２の抗原の第２のエピトープをコードし、第１および第２のエピトープが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択され、第１のヌクレオチド配列および第２のヌクレオチド配列が、１つまたは複数のプラスミド内に位置する。

本明細書に記載の組成物は、一部の態様では、結腸直腸がんに関連する細胞によって発現される第１の抗原の第１のエピトープおよび結腸直腸がんに関連する細胞によって発現される第２の抗原の第２のエピトープを含む組成物を包含する。

他の態様では、本開示は、少なくとも第１の抗原の第１のエピトープを含む組成物であって、第１のエピトープがＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから選択されるペプチドの一部分である組成物を包含する。さらに他の態様では、本開示は、少なくとも第１の抗原の第１のエピトープ、少なくとも第２の抗原の第２のエピトープを含む組成物であって、第１および第２のエピトープが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択される組成物を包含する。

本明細書に記載の組成物は、一部の態様では、ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む単離され精製されたプラスミド、ならびに賦形剤を含む組成物を包含し、このポリペプチドは、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから選択される複数のエピトープを含む。

複数のエピトープは、配列番号１〜４５から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の配列同一性を含む１つまたは複数のエピトープを含んでよい。複数のエピトープは、配列番号１〜４５のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の配列同一性を含む１つまたは複数のエピトープを含んでよい。複数のエピトープは、複数の隣接した（contiguous）エピトープであってよい。隣接したエピトープは、エピトープ配列のうちの１つまたは複数の間にリンカーをさらに含んでよい。

組成物は、追加のポリペプチドをコードする追加のヌクレオチド配列を含む追加の単離され精製されたプラスミドをさらに含んでもよく、追加のポリペプチドは、配列番号１〜４５から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の配列同一性を含む１つまたは複数のエピトープを含む複数のエピトープを含む。ポリペプチドおよび追加のポリペプチドの配列は異なってよい。

組成物は、第１のヌクレオチド配列を含む第１のプラスミドをさらに含んでよく、第１のヌクレオチド配列は、第１の抗原の第１のエピトープをコードし、第１のエピトープは、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから選択されるペプチドの一部分であり、第１のヌクレオチド配列はプラスミド内に位置する。

組成物は、第１の抗原の第１のエピトープをコードする第１のヌクレオチド配列を含む第１のプラスミド、および第２の抗原の第２のエピトープをコードする第２のヌクレオチド配列をさらに含んでよく、第１および第２のエピトープは、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択され、第１のヌクレオチド配列および第２のヌクレオチド配列は、１つまたは複数のプラスミド内に位置する。

組成物は、配列番号１〜２から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択される、ペプチドＣＤＣ２５Ｂのエピトープをコードする核酸配列を含んでよい。

組成物は、配列番号３〜１０のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択される、ペプチドＣＯＸ２のエピトープをコードする核酸配列を含んでよい。

組成物は、配列番号１１〜１３のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択される、ペプチドＥＧＦＲのエピトープをコードする核酸配列を含んでよい。

組成物は、配列番号１４〜２２のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択される、ペプチドＦＡＳＣＩＮ１のエピトープをコードする核酸配列を含んでよい。

組成物は、配列番号２３〜２６のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択される、ペプチドＩＧＦ１Ｒのエピトープをコードする核酸配列を含んでよい。

組成物は、配列番号２７〜３１のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択される、ペプチドＰＲＬ３のエピトープをコードする核酸配列を含んでよい。

組成物は、配列番号３２〜３６のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択される、ペプチドＲＣＡＳ１のエピトープをコードする核酸配列を含んでよい。

組成物は、配列番号３７〜４５のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択される、ペプチドＶＣＰのエピトープをコードする核酸配列を含んでよい。

組成物は、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択される第１および第２のエピトープを含んでよい。

組成物は、少なくとも追加の（at least an additional）エピトープをさらに含んでよく、第１および第２のエピトープならびに少なくとも追加のエピトープは、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択される。

組成物は、第１のヌクレオチド配列を含む第１のプラスミドをさらに含んでよく、第１のヌクレオチド配列は、第１の抗原の第１のエピトープをコードし、第１のエピトープは、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３から選択されるペプチドの一部分であり、第１のヌクレオチド配列はプラスミド内に位置する。

組成物は、第１の抗原の第１のエピトープをコードする第１のヌクレオチド配列を含む第１のプラスミド、および第２の抗原の第２のエピトープをコードする第２のヌクレオチド配列をさらに含んでよく、第１および第２のエピトープは、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３から独立に選択され、第１のヌクレオチド配列および第２のヌクレオチド配列は、１つまたは複数のプラスミド内に位置する。

組成物は、配列番号１〜２のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択されるペプチドＣＤＣ２５Ｂのエピトープをコードする核酸配列を含んでよい。

組成物は、配列番号３〜１０のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択されるペプチドＣＯＸ２のエピトープをコードする核酸配列を含んでよい。

組成物は、配列番号２７〜３１のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択されるペプチドＰＲＬ３のエピトープをコードする核酸配列を含んでよい。

組成物は、少なくとも追加のエピトープをさらに含んでよく、第１および第２のエピトープならびに少なくとも追加のエピトープは、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択される。

第１および第２の核酸配列は、第１のプラスミド上に位置していてよい。第２の核酸配列は、第２のプラスミド上に位置していてよい。第１および第２の核酸配列は、少なくとも７０％の純度に精製されてもよい。少なくとも第１のプラスミドは医薬組成物中に含有されてよい。

第１および第２の核酸配列は、第１のプラスミド上に位置していてよく、リンカー核酸の配列によって隔てられている。

第１の核酸配列は第１のプラスミド上で第２の核酸配列に隣接していてよい。

組成物は、少なくとも第１の抗原の第１のエピトープをさらに含んでよく、第１のエピトープは、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから選択されるペプチドの一部分である。

組成物は、少なくとも第１の抗原の第１のエピトープ、および少なくとも第２の抗原の第２のエピトープをさらに含んでよく、第１および第２のエピトープは、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択される。

ペプチドＣＤＣ２５Ｂの少なくとも第１のエピトープは、配列番号１〜２のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列から選択することができる。

ペプチドＣＯＸ２の少なくとも第１のエピトープは、配列番号３〜１０のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列から選択することができる。

ペプチドＥＧＦＲの少なくとも第１のエピトープは、配列番号１１〜１３のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列から選択することができる。

ペプチドＦＡＳＣＩＮ１の少なくとも第１のエピトープは、配列番号１４〜２２のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列から選択することができる。

ペプチドＩＧＦ１Ｒの少なくとも第１のエピトープは、配列番号２３〜２６のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列から選択することができる。

ペプチドＰＲＬ３の少なくとも第１のエピトープは、配列番号２７〜３１のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列から選択することができる。

ペプチドＲＣＡＳ１の少なくとも第１のエピトープは、配列番号３２〜３６のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列から選択することができる。

ペプチドＶＣＰの少なくとも第１のエピトープは、配列番号３７〜４５のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列から選択することができる。

組成物は、少なくとも第１の抗原の第１のエピトープを含んでよく、第１のエピトープは、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３から選択されるペプチドの一部分である。

組成物は、少なくとも第１の抗原の第１のエピトープ、および少なくとも第２の抗原の第２のエピトープを含んでよく、第１および第２のエピトープは、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３から独立に選択される。

組成物は、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３から独立に選択される第１および第２のエピトープを含んでよい。

組成物は、少なくとも追加のエピトープをさらに含んでよく、第１および第２のエピトープならびに少なくとも追加のエピトープは、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３から独立に選択される。

組成物は、対象に投与することができる。

結腸直腸がんに関連する細胞は、異型特徴を発現する結腸細胞、異型特徴を発現する直腸細胞、前新生物結腸細胞、前新生物直腸細胞、結腸がん細胞、直腸がん細胞、前浸潤結腸がん細胞、前浸潤直腸がん細胞、結腸がん幹細胞、直腸がん幹細胞、上皮細胞、間葉細胞、間質細胞、およびこれらの組合せからなる群から選択することができる。

非小細胞肺がんに関連する細胞は、異型特徴を発現する肺細胞、前新生物肺細胞、肺がん細胞、前浸潤肺がん細胞、肺がん幹細胞、上皮細胞、間葉細胞、間質細胞、およびこれらの組合せからなる群から選択することができる。

組成物は、対象において免疫応答を引き出すのに有効であり得る。組成物は、対象において結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がんに関連するいくつかの細胞を排除するのに有効であり得る。組成物は、対象において結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がんに関連する細胞の増殖を予防するために使用することができる。免疫応答は１型免疫応答であってよい。

少なくとも第１のエピトープは医薬組成物中に含有されてよい。組成物は、医薬担体および／またはアジュバントをさらに含んでよい。

第１および第２のエピトープのアミノ酸配列は、リンカーアミノ酸の配列によって隔てられていてよい。第１のエピトープのアミノ酸配列は第２のエピトープのアミノ酸配列に隣接していてよい。

免疫応答は、Ｉ型サイトカイン産生のＩＩ型サイトカイン産生に対する比率が１超であることを特徴とし得る。免疫応答は、Ｉ型サイトカイン産生のＩＩ型サイトカイン産生に対する比率が１未満であることを特徴とし得る。免疫応答は、ＩＦＮ−γ産生のＩＬ−１０産生に対する比率が１超であることを特徴とし得る。免疫応答は、ＩＦＮ−γ産生のＩＬ−１０産生に対する比率が１未満であることを特徴とし得る。

アジュバントはＧＭ−ＣＳＦであってよい。

それを必要とする対象において結腸直腸がんまたは非小細胞肺がんを処置する方法であって、対象に、本明細書に記載の組成物を投与するステップを含む方法が本明細書の記載に含まれ得る。それを必要とする対象において結腸直腸がんまたは非小細胞肺がんの寛解持続時間を延長させる方法であって、対象に、本明細書に記載の組成物を投与するステップを含む方法も本明細書の記載に含まれ得る。少なくとも１回用量の組成物を投与することができる。組成物は、皮下注射、皮内注射、筋肉内注射、血管内注射、局所適用または吸入によって投与することができる。方法は、対象に追加の治療剤を投与するステップをさらに含んでよい。

配列番号１〜４５から選択されるエピトープ配列に対して少なくとも７０％の配列同一性を含むポリペプチドをコードする少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む単離され精製されたプラスミドも本明細書の記載に含まれる。少なくとも１つのヌクレオチド配列は、配列番号１〜４５から選択されるエピトープ配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含むポリペプチドをコードしてもよい。少なくとも１つのヌクレオチド配列は、配列番号１〜４５のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸に対して少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含むポリペプチドをコードしてもよい。プラスミドは、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、または約１００％純粋であってよい。

本明細書に開示されている組成物を含む結腸直腸がんワクチンも本明細書の記載に含まれる。ワクチンは、皮下注射、皮内注射、筋肉内注射、血管内注射、局所適用または吸入によって投与することができる。ワクチンは、対象に、追加の治療剤よりも前、それよりも後、またはそれと組み合わせて投与することができる。

本明細書に開示されている組成物を含む非小細胞肺がんワクチンがさらに本明細書の記載に含まれる。ワクチンは、皮下注射、皮内注射、筋肉内注射、血管内注射、局所適用または吸入によって投与することができる。ワクチンは、対象に、追加の治療剤よりも前、それよりも後、またはそれと組み合わせて投与することができる。
特定の実施形態では、例えば以下が提供される：
（項目１）
ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む単離され精製されたプラスミド、ならびに賦形剤を含む組成物であって、前記ポリペプチドが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから選択される複数のエピトープを含む、組成物。
（項目２）
前記複数のエピトープが、配列番号１〜４５から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の配列同一性を含む１つまたは複数のエピトープを含む、項目１に記載の組成物。
（項目３）
前記複数のエピトープが、配列番号１〜４５のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の配列同一性を含む１つまたは複数のエピトープを含む、項目１に記載の組成物。
（項目４）
前記複数のエピトープが複数の隣接したエピトープである、項目１から３のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５）
前記隣接したエピトープが、前記エピトープ配列のうちの１つまたは複数の間にリンカーをさらに含む、項目４に記載の組成物。
（項目６）
追加のポリペプチドをコードする追加のヌクレオチド配列を含む追加の単離され精製されたプラスミドをさらに含み、前記追加のポリペプチドが、配列番号１〜４５から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の配列同一性を含む１つまたは複数のエピトープを含む複数のエピトープを含む、項目１から５のいずれか一項に記載の組成物。
（項目７）
前記ポリペプチドと前記追加のポリペプチドとの配列が異なる、項目６に記載の組成物。
（項目８）
前記組成物が、第１のヌクレオチド配列を含む第１のプラスミドをさらに含み、前記第１のヌクレオチド配列が、第１の抗原の第１のエピトープをコードし、前記第１のエピトープが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから選択されるペプチドの一部分であり、前記第１のヌクレオチド配列がプラスミド内に位置する、項目１から７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目９）
前記組成物が、
第１のヌクレオチド配列を含む第１のプラスミド、および
第２のヌクレオチド配列
をさらに含み、
前記第１のヌクレオチド配列が、第１の抗原の第１のエピトープをコードし、
前記第２のヌクレオチド配列が、第２の抗原の第２のエピトープをコードし、
前記第１および前記第２のエピトープが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択され、前記第１のヌクレオチド配列および前記第２のヌクレオチド配列が、１つまたは複数のプラスミド内に位置する、項目１から７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１０）
前記ペプチドＣＤＣ２５Ｂのエピトープをコードする核酸配列が、アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号１〜２から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目８または９に
記載の組成物。
（項目１１）
前記ペプチドＣＯＸ２のエピトープをコードする核酸配列が、アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号３〜１０のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目８または９に記載の組成物。
（項目１２）
前記ペプチドＥＧＦＲのエピトープをコードする核酸配列が、アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号１１〜１３のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目８または９に記載の組成物。
（項目１３）
前記ペプチドＦＡＳＣＩＮ１のエピトープをコードする核酸配列が、アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号１４〜２２のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目８または９に記載の組成物。
（項目１４）
前記ペプチドＩＧＦ１Ｒのエピトープをコードする核酸配列が、アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号２３〜２６のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目８または９に記載の組成物。
（項目１５）
前記ペプチドＰＲＬ３のエピトープをコードする核酸配列が、アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号２７〜３１のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目８または９に記載の組成物。
（項目１６）
前記ペプチドＲＣＡＳ１のエピトープをコードする核酸配列が、アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号３２〜３６のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目８または９に記載の組成物。
（項目１７）
前記ペプチドＶＣＰのエピトープをコードする核酸配列が、アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号３７〜４５のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目８または９に記載の組成物。
（項目１８）
前記組成物が、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択される第１および第２のエピトープを含む、項目８から１７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目１９）
前記組成物が、少なくとも追加のエピトープをさらに含み、前記第１および第２のエピトープならびに前記少なくとも追加のエピトープが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択される、項目８から１８のいずれか一項に記載の組成物。
（項目２０）
前記組成物が、第１のヌクレオチド配列を含む第１のプラスミドをさらに含み、前記第１のヌクレオチド配列が、第１の抗原の第１のエピトープをコードし、前記第１のエピトープが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３から選択されるペプチドの一部分であり、前記第１のヌクレオチド配列がプラスミド内に位置する、項目１から７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目２１）
前記組成物が、
第１のヌクレオチド配列を含む第１のプラスミド、および
第２のヌクレオチド配列
をさらに含み、
前記第１のヌクレオチド配列が、第１の抗原の第１のエピトープをコードし、
前記第２のヌクレオチド配列が、第２の抗原の第２のエピトープをコードし、
前記第１および前記第２のエピトープが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３から独立に選択され、前記第１のヌクレオチド配列および前記第２のヌクレオチド配列が、１つまたは複数のプラスミド内に位置する、項目１から７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目２２）
前記ペプチドＣＤＣ２５Ｂのエピトープをコードする核酸配列が、アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号１〜２のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目２０または２１に記載の組成物。
（項目２３）
前記ペプチドＣＯＸ２のエピトープをコードする核酸配列が、アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号３〜１０のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目２０または２１に記載の組成物。
（項目２４）
前記ペプチドＰＲＬ３のエピトープをコードする核酸配列が、アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号２７〜３１のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目２０または２１に記載の組成物。
（項目２５）
前記組成物が、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択される第１および第２のエピトープを含む、項目２０から２４のいずれか一項に記載の組成物。
（項目２６）
前記組成物が、少なくとも追加のエピトープをさらに含み、前記第１および第２のエピトープならびに前記少なくとも追加のエピトープが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択される、項目２０から２５のいずれか一項に記載の組成物。
（項目２７）
前記第１および前記第２の核酸配列が、前記第１のプラスミド上に位置する、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目２８）
前記第２の核酸配列が、第２のプラスミド上に位置する、前記項目のいずれかに記載の組成物。
（項目２９）
前記第１および前記第２の核酸配列が、少なくとも７０％の純度に精製される、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３０）
少なくとも前記第１のプラスミドが医薬組成物中に含有される、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３１）
前記第１および前記第２の核酸配列が、前記第１のプラスミド上に位置し、リンカー核酸の配列によって隔てられている、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３２）
前記第１の核酸配列が、前記第１のプラスミド上で前記第２の核酸配列に隣接している、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３３）
前記組成物が、第１の抗原の少なくとも第１のエピトープをさらに含み、前記第１のエピトープがＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから選択されるペプチドの一部分である、項目１から７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３４）
前記組成物が、第１の抗原の少なくとも第１のエピトープ、および
第２の抗原の少なくとも第２のエピトープ
をさらに含み、前記第１および前記第２のエピトープが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択される、項目１から７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目３５）
前記ペプチドＣＤＣ２５Ｂの少なくとも第１のエピトープが、アミノ酸配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号１〜２のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目３３または３４に記載の組成物。
（項目３６）
前記ペプチドＣＯＸ２の少なくとも第１のエピトープが、アミノ酸配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号３〜１０のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目３３または３４に記載の組成物。
（項目３７）
前記ペプチドＥＧＦＲの少なくとも第１のエピトープが、アミノ酸配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号１１〜１３のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目３３または３４に記載の組成物。
（項目３８）
前記ペプチドＦＡＳＣＩＮ１の少なくとも第１のエピトープが、アミノ酸配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号１４〜２２のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目３３または３４に記載の組成物。
（項目３９）
前記ペプチドＩＧＦ１Ｒの少なくとも第１のエピトープが、アミノ酸配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号２３〜２６のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目３３または３４に記載の組成物。
（項目４０）
前記ペプチドＰＲＬ３の少なくとも第１のエピトープが、アミノ酸配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号２７〜３１のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目３３または３４に記載の組成物。
（項目４１）
前記ペプチドＲＣＡＳ１の少なくとも第１のエピトープが、アミノ酸配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号３２〜３６のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目３３または３４に記載の組成物。
（項目４２）
前記ペプチドＶＣＰの少なくとも第１のエピトープが、アミノ酸配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号３７〜４５のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目３３または３４に記載の組成物。
（項目４３）
前記組成物が、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択される第１および第２のエピトープを含む、項目３３から４２のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４４）
前記組成物が、少なくとも追加のエピトープをさらに含み、前記第１および第２のエピトープならびに前記少なくとも追加のエピトープが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択される、項目３３から４３のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４５）
前記組成物が、第１の抗原の少なくとも第１のエピトープを含み、前記第１のエピトープが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３から選択されるペプチドの一部分である、項目１から７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４６）
前記組成物が第１の抗原の、少なくとも第１のエピトープ、および
第２の抗原の少なくとも第２のエピトープ
を含み、前記第１および前記第２のエピトープが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３から独立に選択される、項目１から７のいずれか一項に記載の組成物。
（項目４７）
前記ペプチドＣＤＣ２５Ｂの少なくとも第１のエピトープが、アミノ酸配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号１〜２のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目４５または４６に記載の組成物。
（項目４８）
前記ペプチドＣＯＸ２の少なくとも第１のエピトープが、アミノ酸配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号３〜１０のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目４５または４６に記載の組成物。
（項目４９）
前記ペプチドＰＲＬ３の少なくとも第１のエピトープが、アミノ酸配列から選択され、前記アミノ酸配列が、配列番号２７〜３１のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する、項目４５または４６に記載の組成物。
（項目５０）
前記組成物が、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３から独立に選択される第１および第２のエピトープを含む、項目４５から４９のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５１）
前記組成物が、少なくとも追加のエピトープをさらに含み、前記第１および第２のエピトープならびに前記少なくとも追加のエピトープが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３から独立に選択される、項目４５から５０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５２）
前記組成物が、対象に投与される、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５３）
結腸直腸がんに関連する細胞が、異型特徴を発現する結腸細胞、異型特徴を発現する直腸細胞、前新生物結腸細胞、前新生物直腸細胞、結腸がん細胞、直腸がん細胞、前浸潤結腸がん細胞、前浸潤直腸がん細胞、結腸がん幹細胞、直腸がん幹細胞、上皮細胞、間葉細胞、間質細胞、およびこれらの組合せからなる群から選択される、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５４）
非小細胞肺がんに関連する細胞が、異型特徴を発現する肺細胞、前新生物肺細胞、肺がん細胞、前浸潤肺がん細胞、肺がん幹細胞、上皮細胞、間葉細胞、間質細胞、およびこれらの組合せからなる群から選択される、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５５）
前記組成物が、対象において免疫応答を引き出すのに有効である、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５６）
前記組成物が、対象において結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がんに関連するいくつかの細胞を排除するのに有効である、前記項目のいずれか一項に記載の組成物
。
（項目５７）
前記組成物が、対象において結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がんに関連する細胞の増殖を予防するために使用することができる、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５８）
前記免疫応答が１型免疫応答である、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目５９）
少なくとも前記第１のエピトープが医薬組成物中に含有される、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６０）
医薬担体および／またはアジュバントをさらに含む、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６１）
前記第１および前記第２のエピトープのアミノ酸配列がリンカーアミノ酸の配列によって隔てられている、項目３３から６０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６２）
前記第１のエピトープのアミノ酸配列が、前記第２のエピトープのアミノ酸配列に隣接している、項目３３から６０のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６３）
前記免疫応答が、Ｉ型サイトカイン産生のＩＩ型サイトカイン産生に対する比率が１超であることを特徴とする、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６４）
前記免疫応答が、Ｉ型サイトカイン産生のＩＩ型サイトカイン産生に対する比率が１未満であることを特徴とする、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６５）
前記免疫応答が、ＩＦＮ−γ産生のＩＬ−１０産生に対する比率が１超であることを特徴とする、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６６）
前記免疫応答が、ＩＦＮ−γ産生のＩＬ−１０産生に対する比率が１未満であることを特徴とする、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６７）
前記アジュバントがＧＭ−ＣＳＦである、前記項目のいずれか一項に記載の組成物。
（項目６８）
結腸直腸がんまたは非小細胞肺がんを処置する必要がある対象において結腸直腸がんまたは非小細胞肺がんを処置する方法であって、前記対象に、前記項目のいずれか一項に記載の組成物を投与するステップを含む方法。
（項目６９）
結腸直腸がんまたは非小細胞肺がんの寛解持続時間を延長させる必要がある対象において結腸直腸がんまたは非小細胞肺がんの寛解持続時間を延長させる方法であって、前記対象に、項目１から６７のいずれか一項に記載の組成物を投与するステップを含む方法。
（項目７０）
少なくとも１回用量の前記組成物が投与される、項目６８または６９に記載の方法。
（項目７１）
前記組成物が、皮下注射、皮内注射、筋肉内注射、血管内注射、局所適用または吸入によって投与される、項目６８から７０のいずれか一項に記載の方法。
（項目７２）
前記対象に追加の治療剤を投与するステップをさらに含む、項目６８から７１のいずれか一項に記載の方法。
（項目７３）
配列番号１〜４５から選択されるエピトープ配列に対して少なくとも７０％の配列同一性を含むポリペプチドをコードする少なくとも１つのヌクレオチド配列を含む、単離され精製されたプラスミド。
（項目７４）
前記少なくとも１つのヌクレオチド配列が、配列番号１〜４５から選択されるエピトープ配列に対して少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含むポリペプチドをコードする、項目７３に記載のプラスミド。
（項目７５）
前記少なくとも１つのヌクレオチド配列が、配列番号１〜４５のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸に対して少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％の配列同一性を含むポリペプチドをコードする、項目７２に記載のプラスミド。
（項目７６）
前記プラスミドが、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、または約１００％純粋である、項目７２から７５のいずれか一項に記載のプラスミド。
（項目７７）
項目１から６７に記載の組成物を含む結腸直腸がんワクチン。
（項目７８）
前記ワクチンが、皮下注射、皮内注射、筋肉内注射、血管内注射、局所適用または吸入によって投与される、項目７７に記載の結腸直腸がんワクチン。
（項目７９）
前記ワクチンが、対象に、追加の治療剤よりも前、それよりも後、またはそれと組み合わせて投与される、項目７７または７８に記載の結腸直腸がんワクチン。
（項目８０）
項目１から６７に記載の組成物を含む非小細胞肺がんワクチン。
（項目８１）
前記ワクチンが、皮下注射、皮内注射、筋肉内注射、血管内注射、局所適用または吸入によって投与される、項目８０に記載の非小細胞肺がんワクチン。
（項目８２）
前記ワクチンが、対象に、追加の治療剤よりも前、それよりも後、またはそれと組み合わせて投与される、項目８０または８１に記載の非小細胞肺がんワクチン。

参照による組み込み
本明細書において言及されている全ての刊行物、特許および特許出願は、個々の刊行物、特許、または特許出願が、具体的にかつ個別に参照により組み込まれることが示されたのと同じ程度に参照により本明細書に組み込まれる。

本開示の新規の特徴は、添付の特許請求の範囲において詳細に記載されている。本開示の特徴および利点のよりよい理解は、本開示の原理を利用する例示的な実施形態が記載されている以下の詳細な説明および付属図を参照することによって得られる。

図１は、結腸直腸がん患者の年齢および性別の統計値を示す。

図２は、結腸直腸がん患者の病期分布を示す。

図３は、正常なドナーの年齢および性別の統計値を示す。

図４は、ＣＤＣ２５Ｂについての間接ヒトＥＬＩＳＡの結果を示す。

図５は、ＣＯＸ２についての間接ヒトＥＬＩＳＡの結果を示す。

図６は、ＥＧＦＲについての間接ヒトＥＬＩＳＡの結果を示す。

図７は、ＦＡＳＣＩＮ１についての間接ヒトＥＬＩＳＡの結果を示す。

図８は、ＩＧＦ１Ｒについての間接ヒトＥＬＩＳＡの結果を示す。

図９は、ＰＲＬ３についての間接ヒトＥＬＩＳＡの結果を示す。

図１０は、ＲＣＡＳ１についての間接ヒトＥＬＩＳＡの結果を示す。

図１１は、ＶＣＰについての間接ヒトＥＬＩＳＡの結果を示す。

図１２は、ＣＤＣ２５Ｂについての、ウェル当たりの補正ＩＦＮ−γスポット数を示す。

図１３は、ＣＯＸ２についての、ウェル当たりの補正ＩＦＮ−γスポット数を示す。

図１４は、ＦＡＳＣＩＮ１についての、ウェル当たりの補正ＩＦＮ−γスポット数を示す。

図１５は、ＲＣＡＳ１についての、ウェル当たりの補正ＩＦＮ−γスポット数を示す。

図１６は、ＨＩＶｐ１７、ＰＨＡ、ｔｔ、およびＣＥＦについての、ウェル当たりの補正ＩＦＮ−γスポット数を示す。

図１７は、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける小腸腫瘍計数に対するＣＤＣ２５Ｂワクチンの有効性を実証する。

図１８は、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける結腸腫瘍計数に対するＣＤＣ２５Ｂワクチンの有効性の欠如を実証する。

図１９は、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける小腸腫瘍計数に対するＣＯＸ２ワクチンの有効性を実証する。

図２０は、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける結腸腫瘍計数に対するＣＯＸ２ワクチンの有効性の欠如を実証する。

図２１は、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける小腸腫瘍計数に対するＣＤＣ２５ＢおよびＣＯＸ２ワクチンの有効性を実証する。

図２２は、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける小腸腫瘍計数に対するＥＧＦＲワクチンの有効性を実証する。

図２３は、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける結腸腫瘍計数に対するＥＧＦＲワクチンの有効性の欠如を実証する。

図２４は、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける小腸腫瘍計数に対するＦＡＳＣＩＮ１ワクチンの有効性を実証する。

図２５は、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける結腸腫瘍計数に対するＦＡＳＣＩＮ１ワクチンの有効性の欠如を実証する。

図２６は、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける小腸腫瘍計数に対するＩＧＦ１Ｒワクチンの有効性を実証するグラフである。

図２７は、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける結腸腫瘍計数に対するＩＧＦ１Ｒワクチンの有効性の欠如を実証する。

図２８は、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける小腸腫瘍計数に対するＰＲＬ３ワクチンの有効性を実証する。

図２９は、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける結腸腫瘍計数に対するＰＲＬ３ワクチンの有効性の欠如を実証する。

図３０は、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける小腸腫瘍計数に対するＲＣＡＳ１ワクチンの有効性を実証する。

図３１は、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける結腸腫瘍計数に対するＲＣＡＳ１ワクチンの有効性の欠如を実証する。

図３２は、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける小腸腫瘍計数に対するＶＣＰワクチンの有効性を実証する。

図３３は、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける結腸腫瘍計数に対するＶＣＰワクチンの有効性を実証する。

図３４は、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける小腸腫瘍計数に対するＭＩＸワクチンの有効性を実証する。

図３５は、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける結腸腫瘍計数に対するＭＩＸワクチンの有効性を実証するグラフである。

図３６は、ＡＰＣｍｉｎマウスの生存に対するＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３ワクチンの効果を示す。

図３７は、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３ワクチンの毒性学的影響を示す。図３７は、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３ワクチンの毒性学的影響を示す。

図３８は、ＰＲＬ３を用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウスについてのＥＬＩＳｐｏｔの結果を示す。図３８は、ＰＲＬ３を用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウスについてのＥＬＩＳｐｏｔの結果を示す。

図３９は、ＰＲＬ３を用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウスについてのＥＬＩＳｐｏｔの結果を示す。図３９は、ＰＲＬ３を用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウスについてのＥＬＩＳｐｏｔの結果を示す。

図４０は、ＡＯＭマウスにおける結腸腫瘍計数に対するＣＤＣ２５Ｂワクチンの有効性を示す。

図４１は、ＡＯＭマウスにおける結腸腫瘍計数に対するＣＯＸ２ワクチンの有効性を示す。

図４２は、ＡＯＭマウスにおける結腸腫瘍計数に対するＥＧＦＲワクチンの有効性を示す。

図４３は、ＡＯＭマウスにおける結腸腫瘍計数に対するＦＡＳＣＩＮ１ワクチンの有効性の欠如を示す。

図４４は、ＡＯＭマウスにおける結腸腫瘍計数に対するＩＧＦ１Ｒワクチンの有効性の欠如を示す。

図４５は、ＡＯＭマウスにおける結腸腫瘍計数に対するＰＲＬ３ワクチンの有効性の欠如を示す。

図４６は、ＡＯＭマウスにおける結腸腫瘍計数に対するＲＣＡＳ１ワクチンの有効性の欠如を示す。

図４７は、ＡＯＭマウスにおける結腸腫瘍計数に対するＶＣＰワクチンの有効性の欠如を示す。

図４８は、ＡＯＭマウスにおける結腸腫瘍計数に対するＭＩＸワクチンの有効性を示す。

図４９は、ＣＤＣ２５Ｂを用いて免疫したＡＯＭマウスについてのＥＬＩＳｐｏｔの結果を実証する。

図５０は、ＰＲＬ３を用いて免疫したＡＯＭマウスについてのＥＬＩＳｐｏｔの結果を実証する。

図５１は、ＲＣＡＳ１を用いて免疫したＡＯＭマウスについてのＥＬＩＳｐｏｔの結果を実証する。

図５２は、ＩＧＦ１Ｒを用いて免疫したＡＯＭマウスについてのＥＬＩＳｐｏｔの結果を実証する。図５２は、ＩＧＦ１Ｒを用いて免疫したＡＯＭマウスについてのＥＬＩＳｐｏｔの結果を実証する。図５２は、ＩＧＦ１Ｒを用いて免疫したＡＯＭマウスについてのＥＬＩＳｐｏｔの結果を実証する。

図５３は、ＰＲＬ３を用いて免疫したＡＯＭマウスについてのＥＬＩＳｐｏｔの結果を実証する。図５３は、ＰＲＬ３を用いて免疫したＡＯＭマウスについてのＥＬＩＳｐｏｔの結果を実証する。図５３は、ＰＲＬ３を用いて免疫したＡＯＭマウスについてのＥＬＩＳｐｏｔの結果を実証する。

図５４は、ＲＣＡＳ１を用いて免疫したＡＯＭマウスについてのＥＬＩＳｐｏｔの結果を実証する。図５４は、ＲＣＡＳ１を用いて免疫したＡＯＭマウスについてのＥＬＩＳｐｏｔの結果を実証する。

図５５は、ＣＤＣ２５Ｂを用いて免疫したＡＯＭマウス、ＣＯＸ２を用いて免疫したＡＯＭマウス、ＦＡＳＣＩＮ１を用いて免疫したＡＯＭマウス、およびＲＣＡＳ１を用いて免疫したＡＯＭマウスにおけるｍＲＮＡ発現を示す。

図５６は、ＣＤＣ２５Ｂを用いて免疫したＡＯＭマウス、ＣＯＸ２を用いて免疫したＡＯＭマウス、ＦＡＳＣＩＮ１を用いて免疫したＡＯＭマウス、およびＲＣＡＳ１を用いて免疫したＡＯＭマウスにおけるタンパク質発現を示す。

図５７は、ＣＤＣ２５Ｂを用いて免疫したＭＣ−３８マウスについての腫瘍の体積を示す。

図５８は、ＣＯＸ２を用いて免疫したＭＣ−３８マウスについての腫瘍の体積を示す。

図５９は、ＥＧＦＲを用いて免疫したＭＣ−３８マウスについての腫瘍の体積を示す。

図６０は、ＦＡＳＣＩＮ１を用いて免疫したＭＣ−３８マウスについての腫瘍の体積を示す。

図６１は、ＩＧＦ１Ｒを用いて免疫したＭＣ−３８マウスについての腫瘍の体積を示す。

図６２は、ＰＲＬ３を用いて免疫したＭＣ−３８マウスについての腫瘍の体積を示す。

図６３は、ＰＲＬ３を用いて免疫したＭＣ−３８マウスについての腫瘍の体積を示す。

図６４は、ＰＲＬ３を用いて免疫したＭＣ−３８マウスについての腫瘍の体積を示す。

図６５は、ＲＣＡＳ１を用いて免疫したＭＣ−３８マウスについての腫瘍の体積を示す。

図６６は、ＲＣＡＳ１を用いて免疫したＭＣ−３８マウスについての腫瘍の体積を示す。

図６７は、ＲＣＡＳ１を用いて免疫したＭＣ−３８マウスについての腫瘍の体積を示す。

図６８は、ＶＣＰを用いて免疫したＭＣ−３８マウスについての腫瘍の体積を示す。

図６９は、ＭＩＸを用いて免疫したＭＣ−３８マウスについての腫瘍の体積を示す。

図７０は、ＩＧＦ１Ｒを用いて免疫したＭＣ−３８マウスについてのＥＬＩＳｐｏｔの結果を実証する。図７０は、ＩＧＦ１Ｒを用いて免疫したＭＣ−３８マウスについてのＥＬＩＳｐｏｔの結果を実証する。

図７１は、ＰＲＬ３を用いて免疫したＭＣ−３８マウスについてのＥＬＩＳｐｏｔの結果を実証する。図７１は、ＰＲＬ３を用いて免疫したＭＣ−３８マウスについてのＥＬＩＳｐｏｔの結果を実証する。

図７２は、ＣＤＣ２５Ｂで免疫した、ＩｇＧ、ＣＤ８、およびＣＤ４枯渇ＭＣ−３８マウスについての腫瘍の体積を示す。

図７３は、ＣＯＸ２で免疫した、ＩｇＧ、ＣＤ８、およびＣＤ４枯渇ＭＣ−３８マウスについての腫瘍の体積を示す。

図７４は、ＦＡＳＣＩＮ１で免疫した、ＩｇＧ、ＣＤ８、およびＣＤ４枯渇ＭＣ−３８マウスについての腫瘍の体積を示す。

図７５は、本明細書に開示されているペプチドについての免疫スコアの結果を図示する。

詳細な説明
本開示は、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がんを予防または処置するためのがんワクチン（例えば、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がんワクチン）の組成物を提供する。本開示は、がんワクチンを対象に投与する方法をさらに提供する。一部の態様では、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がんを予防または処置するために、本発明で提供される組成物を本発明で提供される方法と組み合わせて使用する。

いくつかの場合には、組成物は、対象において免疫原性応答を引き出す、がん抗原（例えば、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がん抗原）のエピトープをコードする核酸の配列、本明細書に記載の配列を含有するプラスミド、アジュバント、医薬担体、および医薬組成物に使用するのに適した不活性化学物質を含む。がん抗原（例えば、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がん抗原）は、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がんを有するまたはそれが発生する可能性がある対象において発現するあらゆる抗原のうちの少なくとも１つである。多くの場合、がん抗原は、がん幹細胞などのがん細胞および／または組織によって発現される。例えば、結腸直腸がん抗原は、結腸直腸がん幹細胞（ＣＳＣ）などの結腸直腸がん細胞および／または組織によって発現される。結腸直腸ＣＳＣは、自己再生、調節されていない増殖、および薬物耐性を示す可能性がある。いくつかの場合には、結腸直腸ＣＳＣはタンパク質（例えば、抗原）を発現し、ある態様では、ＣＳＣによるタンパク質（例えば、抗原）の発現レベルは上方制御されている（例えば、所与の量に対して発現が増加している）または下方制御されている（例えば、所与の量に対して発現が減少している）。いくつかの場合には、正常な組織または細胞と比較して結腸直腸ＣＳＣにより上方制御されるタンパク質は、結腸直腸がんの発生および／または進行に関与する。ある態様では、本明細書に記載の組成物および方法を使用して、タンパク質を同定し、抗原のエピトープを標的化する。

いくつかの場合には、がん抗原（例えば、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がん抗原）の１つのエピトープを組成物に使用する。他の場合では、がん抗原（例えば、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がん抗原）の１つ超のエピトープを組成物に使用する。他の場合では、２超の抗原、３超、４超、５超、６超、７超、８超、９超、１０超、１５超、２０超、２５超または３０超のがん抗原（例えば、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がん抗原）を組成物に使用する。いくつかの場合には、抗原は同じものである。他の場合では、抗原は異なるものである。一部の態様では、本明細書に記載のがんワクチン（例えば、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がんワクチン）の組成物を、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がんを予防するために製剤化する。ある態様では、予防用組成物は、異常な（例えば、上方制御された）タンパク質の発現を伴う細胞（例えば、結腸直腸ＣＳＣ）を排除して結腸直腸がんを予防する。

いくつかの場合には、１つおよび／もしくは複数のエピトープは、同じがん抗原（例えば、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、もしくは卵巣がん抗原）上にあるか、または、１つおよび／もしくは複数エピトープは、異なるがん抗原（例えば、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、もしくは卵巣がん抗原）上にある。いくつかの場合には、がん抗原（例えば、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がん抗原）上の１つのエピトープを組成物に使用する。他の場合では、がん抗原（例えば、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がん抗原）上の１つ超のエピトープ、がん抗原（例えば、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がん抗原）上の２超の抗原、３超、４超、５超、６超、７超、８超、９超、１０超、１５超、２０超、２５超または３０超のエピトープを組成物に使用する。

一部の態様では、本明細書に記載の組成物および方法により、対象において免疫応答が引き出される。一部の態様では、免疫応答は、組成物（例えば、ワクチン）中の抗原のエピトープに対する免疫応答である。ワクチンにより対象の免疫系を武装させ、したがって、免疫系は、対象においてワクチンの抗原を含有するものを検出し、破壊する。一部の態様では、本明細書に記載の組成物および方法により、対象において１型（Ｔｈ１）免疫応答が引き出される。いくつかの場合には、ＴｈＩ免疫応答は、免疫細胞（例えば、抗原特異的Ｔ細胞）のサブセットによる炎症性サイトカイン（例えば、ＩＦＮ−γ、ＴＮＦ−α）の分泌を含む。他の場合では、炎症性サイトカインは、対象において抗原を含有するものを破壊する別の亜型の免疫細胞（例えば、細胞傷害性Ｔ細胞）を活性化する。

一部の態様では、本明細書に記載のスクリーニング方法を使用して、腫瘍抗原由来のエピトープおよび結合性ペプチドを同定し、複数の抗原のエピトープをＴｈ１免疫応答の誘導についてスクリーニングする。ある態様では、スクリーニング方法により、がん抗原（例えば、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がん抗原）に対するＴｈ１応答を引き出し（例えば、Ｔｈ１サイトカインの分泌を引き起こし）、例えば結腸直腸ＣＳＣ抗原などをさらに含んでよい少なくとも１つの腫瘍抗原由来のエピトープを同定する。

いくつかの場合には、本明細書に記載の組成物および方法に使用するエピトープおよび／または抗原は、対象の免疫系によって認識されて、ＴｈＩ免疫応答を引き出し、Ｉ型サイトカインを放出させる。一部の態様では、Ｔｈ１応答は、エピトープとＴ細胞、より詳細にはＴ細胞によって発現される主要組織適合性遺伝子複合体（ＭＨＣ）との相互作用によって開始される。ある態様では、エピトープとＭＨＣ受容体の高親和性の結合によりＴｈ１応答が刺激される。ＭＨＣ受容体は、複数の型のＭＨＣ受容体のうちの少なくとも１つである。一部の態様では、Ｔ細胞と関与するＭＨＣ受容体は集団内の個体によって変動する。

本明細書に記載の組成物および方法に使用するエピトープおよび／または抗原を使用して、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）Ｔ細胞を生成することができる。操作された（engineered）Ｔ細胞は、単鎖可変断片（ｓｃＦｖ）などの抗体を発現することができ、また、結腸直腸腫瘍細胞、非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）細胞、または卵巣がん細胞上に存在する本明細書に記載のエピトープのうちの１つまたは複数を認識することができる。発現された抗体は、さらに、腫瘍細胞による、操作された免疫応答を誘導することが可能である。時には、エピトープのうちの１つまたは複数は、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、またはＶＣＰから選択される。エピトープのうちの１つまたは複数は、配列番号１〜４５のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の配列同一性を含んでよい。いくつかの場合には、操作されたＴ細胞は、抗体を発現することができ、また、結腸直腸腫瘍細胞またはＮＳＣＬＣ細胞上に存在する、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、またはＶＣＰから選択されるエピトープのうちの１つまたは複数を認識することができる。追加の例では、操作されたＴ細胞は、抗体を発現することができ、また、結腸直腸腫瘍細胞またはＮＳＣＬＣ細胞上に存在する、配列番号１〜４５のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の配列同一性を含むエピトープのうちの１つまたは複数を認識することができる。

本明細書に記載の組成物および方法に使用するエピトープおよび／または抗原は、操作されたＴ細胞受容体（ＴＣＲ）に対する適切な標的として使用することができる。いくつかの場合には、操作されたＴ細胞受容体をコードする遺伝子は、例えばウイルスによる送達方法によってＴ細胞に導入され、その後、操作されたＴＣＲを発現する。本明細書に記載のエピトープのうちの１つまたは複数を認識することができる操作されたＴＣＲは、自己由来細胞療法および異種細胞療法を含めた、操作されたＴ細胞受容体に基づく療法のために使用することができる。上に開示されている通り、エピトープのうちの１つまたは複数は、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、またはＶＣＰから選択される。エピトープのうちの１つまたは複数は、配列番号１〜４５のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の配列同一性を含んでよい。いくつかの場合には、操作されたＴＣＲは、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、またはＶＣＰから選択されるエピトープのうちの１つまたは複数を認識することができる。追加の例では、操作されたＴＣＲは、配列番号１〜４５のうちの少なくとも８個連続したアミノ酸に対して少なくとも９０％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の配列同一性を含むエピトープのうちの１つまたは複数を認識することができる。

一部の態様では、本明細書に記載の組成物は、抗原のエピトープをコードする核酸に加えて構成成分を含む。いくつかの場合には、組成物は、少なくとも１種のアジュバントを含む。いくつかの場合には、組成物は、少なくとも１種の医薬担体を含む。いくつかの場合には、組成物は、医薬組成物に使用するのに適した少なくとも１種の不活性化学物質を含む。いくつかの場合には、組成物は、少なくとも１種のアジュバントおよび少なくとも１種の医薬担体を含む。いくつかの場合には、組成物は、少なくとも１種のアジュバントおよび医薬組成物に使用するのに適した少なくとも１種の不活性化学物質を含む。いくつかの場合には、組成物は、医薬組成物に使用するのに適した少なくとも１種の不活性化学物質および医薬担体を含む。いくつかの場合には、組成物は、複数のアジュバント、複数の医薬担体および医薬組成物に使用するのに適した複数の不活性化学物質を含有する。

いくつかの場合には、１種のアジュバントを組成物に使用する。他の場合では、１種超のアジュバント、２種超のアジュバント、３種超のアジュバント、４種超のアジュバント、５種超のアジュバント、６種超のアジュバント、７種超のアジュバント、８種超のアジュバント、９種超のアジュバントまたは１０種超のアジュバントを組成物に使用する。いくつかの場合には、１種の医薬担体を組成物に使用する。他の場合では、１種超の医薬担体、２種超の医薬担体、３種超の医薬担体、４種超の医薬担体、５種超の医薬担体、６種超の医薬担体、７種超の医薬担体、８種超の医薬担体、９種超の医薬担体または１０種超の医薬担体を組成物に使用する。いくつかの場合には、１種の化学物質を組成物に使用する。他の場合では、１種超の化学物質、２種超の化学物質、３種超の化学物質、４種超の化学物質、５種超の化学物質、６種超の化学物質、７種超の化学物質、８種超の化学物質、９種超の化学物質または１０種超の化学物質を組成物に使用する。

本開示には、がんワクチン（例えば、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がんワクチン）を対象に投与する方法がさらに記載されている。いくつかの場合には、方法は、それらの抗原を標的とする、プラスミドに基づくワクチンを構築するステップと、ワクチンの投与が安全であり、免疫原性であり、かつ結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんの発生を予防するのに有効であるかどうかを決定するステップとを含む。ある態様では、組成物は、多抗原（ｍｕｌｔｉ−ａｎｔｉｇｅｎ）Ｔｈ１ポリエピトーププラスミドに基づくワクチンである。いくつかの場合には、方法は、少なくとも１つの臨床試験を行って、結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんを有する対象におけるプラスミドに基づくワクチンの安全性および免疫原性を決定するステップを含む。ある態様では、抗原は、結腸直腸ＣＳＣおよび／または上皮細胞から間葉細胞への細胞の転換（ＥＭＴ）によって発現されるまたはそれに関連する。いくつかの場合には、組成物のエピトープは抗原に由来し、エピトープは、対象においてＴｈ１免疫応答を引き出すことができる。ある態様では、Ｔｈ１免疫応答は、免疫細胞、多くの場合、ＣＤ４^＋Ｔ細胞を含む。いくつかの場合には、組成物は、１つ超の抗原または１つ超の抗原のエピトープをコードする核酸を含む核酸（例えば、プラスミドに基づくワクチン）である。いくつかの場合には、方法を使用して、本明細書に記載の組成物が、複数の生物体において、およびある態様では、遺伝的に類似した齧歯類（例えば、マウス）を使用した、がん（例えば、結腸直腸がん、小細胞肺がん、または卵巣がん）のモデルにおいて、遺伝的に多様な齧歯類（例えば、マウス）を使用した、がん（例えば、結腸直腸がん、小細胞肺がん、または卵巣がん）のモデルにおいて、およびがん（例えば、結腸直腸がん、小細胞肺がん、または卵巣がん）を有するまたは有さない対象において、がん（例えば、結腸直腸がん、小細胞肺がん、または卵巣がん）の発生を予防するかどうかを決定する。

抗原の同定
本明細書に記載の組成物および方法は、医薬組成物（例えば、ワクチン）中のがん抗原（例えば、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がん抗原）を同定し、操作するステップを含む。結腸直腸がんを有する対象によって発現される抗原を同定するために当業者に公知の任意の技法を使用することができるが、ある態様では、本明細書に記載の方法を使用して適切な抗原を同定する。いくつかの場合には、方法は、対象由来の血清をスクリーニングするステップを含む。いくつかの場合には、スクリーニングは抗体スクリーニングである。ある態様では、スクリーニングされる抗体はＩｇＧ抗体である。いくつかの場合には、血清は、がん（例えば、結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がん）を有する対象に由来する。他の場合では、血清は、がんを有さない対象に由来する。

一部の態様では、がん抗原（例えば、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がん抗原）は、タンパク質の一部分、ペプチドの一部分またはポリアミノ酸の一部分である。いくつかの場合には、一部分は、タンパク質の百分率、ペプチドの百分率またはポリアミノ酸の百分率である。いくつかの場合には、百分率は、タンパク質、ペプチドまたはポリアミノ酸の１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％または１００％未満である。いくつかの場合には、一部分は、タンパク質、ペプチドまたはポリアミノ酸のＣ末端に位置する。他の場合では、一部分は、タンパク質、ペプチドまたはポリアミノ酸のＣ末端付近に位置する。一部の態様では、Ｃ末端付近に位置する一部分は、中心から、総タンパク質、ペプチドまたはポリアミノ酸の長さの１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％以内である。いくつかの場合には、一部分は、タンパク質、ペプチドまたはポリアミノ酸のＮ末端に位置する。他の場合では、一部分は、タンパク質、ペプチドまたはポリアミノ酸のＮ末端付近に位置する。一部の態様では、Ｎ末端付近に位置する一部分は、中心から、総タンパク質、ペプチドまたはポリアミノ酸の長さの１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％以内であってよい。いくつかの場合には、一部分は、タンパク質、ペプチドまたはポリアミノ酸の中央付近に位置する。他の場合では、一部分は、タンパク質、ペプチドまたはポリアミノ酸の中央付近に位置する。一部の態様では、中央付近に位置する一部分は、末端から総タンパク質、ペプチドまたはポリアミノ酸の長さの１％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％以内であってよい。

一部の態様では、本明細書に記載の組成物（例えば、ワクチン）中の抗原としての適合性について、少なくとも１種の抗原が同定されスクリーニングされる。いくつかの場合には、１種の抗原が同定されスクリーニングされる。他の場合では、ワクチンへの適合性について、１種超の抗原が同定されスクリーニングされ、２種超の抗原が同定されスクリーニングされ、３種超の抗原が同定されスクリーニングされ、４種超の抗原が同定されスクリーニングされ、５種超の抗原が同定されスクリーニングされ、６種超の抗原が同定されスクリーニングされ、７種超の抗原が同定されスクリーニングされ、８種超の抗原が同定されスクリーニングされ、９種超の抗原が同定されスクリーニングされ、１０種超の抗原が同定されスクリーニングされ、１１種超の抗原が同定されスクリーニングされ、１２種超の抗原が同定されスクリーニングされ、１３種超の抗原が同定されスクリーニングされ、１４種超の抗原が同定されスクリーニングされ、１５種超の抗原が同定されスクリーニングされ、２０種超の抗原が同定されスクリーニングされ、２５種超の抗原が同定されスクリーニングされ、３０種超の抗原が同定されスクリーニングされ、３５種超の抗原が同定されスクリーニングされ、４０種超の抗原が同定されスクリーニングされ、４５種超の抗原が同定されスクリーニングされ、または５０種超の抗原が同定されスクリーニングされる。

一部の態様では、ワクチンへの適合性についてスクリーニングされる抗原は、当業者に公知のスクリーニング技法を使用して、結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんを有する対象由来の血清において免疫応答が検出される任意のタンパク質に由来する。いくつかの場合には、スクリーニングは抗体スクリーニングである。タンパク質は、結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんを有する対象由来の血清において検出される任意のタンパク質であるが、ある態様では、抗原が由来するタンパク質は、幹細胞タンパク質および／またはＥＭＴタンパク質に分類される。ある態様では、幹細胞／ＥＭＴタンパク質として、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰが挙げられる。一部の態様では、抗原は、結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がん対象および結腸直腸がんも、ＮＳＣＬＣも、卵巣がんも有さない対象のどちらにおいても免疫原性である。

抗原のエピトープマッピング
本発明において提供される組成物および方法は、抗原内の少なくとも１つのエピトープを、対象に投与した際にエピトープによってＴｈ１免疫応答がもたらされるようにマッピングするステップを含む。いくつかの場合には、エピトープをがんワクチン（例えば、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がんワクチン）として投与する。対象によるＴｈ１免疫応答を引き出すエピトープを同定するために当業者に公知の任意の技法を使用することができるが、本明細書に記載の方法を使用することが好ましい。いくつかの場合には、エピトープは、抗原の一部分（例えば、上で同定されたもの）である。ある態様では、エピトープは、抗原性タンパク質および／または抗原性タンパク質の一部分のペプチドである。

いくつかの場合には、エピトープは、がん抗原（例えば、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がん抗原）に由来するヒト白血球抗原（ＨＬＡ）クラスＩエピトープである。ある態様では、ＨＬＡクラスＩエピトープは、ＨＬＡ−Ａ、ＨＬＡ−Ｂ、およびＨＬＡ−Ｃ分子に結合するエピトープを含む。いくつかの場合には、エピトープは、がんワクチン（例えば、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がんワクチン）開発のためのがん抗原由来クラスＩＩエピトープである。ある態様では、ＨＬＡクラスＩＩエピトープは、ＨＬＡ−ＤＰ、ＨＬＡ−ＤＭ、ＨＬＡ−ＤＯＡ、ＨＬＡ−ＤＯＢ、ＨＬＡ−ＤＱおよびＨＬＡ−ＤＲ分子に結合するエピトープを含む。いくつかの場合には、本明細書に記載の方法に加えて、（１）少なくとも１つのＨＬＡ対立遺伝子（例えば、ＨＬＡ−ＤＲ、すなわち、普遍的なエピトープである）によってエピトープがＭＨＣと（例えば、高親和性で）結合するかどうかを決定するステップ、（２）エピトープがＩＦＮ−ｇおよび／またはＩＬ−１０分泌（例えば、抗原特異的Ｔ細胞からの）を刺激するかどうかを決定するステップ、ならびに（３）抗原提示細胞（ＡＰＣ）によってプロセシングされたペプチド（例えば、エピトープ）をＴ細胞が認識することができる、すなわち、ネイティブなエピトープであるかどうかを決定するステップを使用してエピトープをマッピングする。いくつかの場合には、Ｔ細胞株を使用する。ある態様では、Ｔ細胞株はエピトープ由来Ｔ細胞株である。いくつかの場合には、エピトープはタンパク質（例えば、組換えタンパク質）に由来する。他の場合では、タンパク質はネイティブなタンパク質である。いくつかの場合には、タンパク質は、内因的にプロセシングされる。他の場合では、タンパク質は、外因的にプロセシングされる。いくつかの場合には、タンパク質は、自己由来ＡＰＣによって内因的にプロセシングされる。他の場合では、タンパク質は、自己由来ＡＰＣによって外因的にプロセシングされる。

いくつかの場合には、ペプチドは、抗原からマッピングされたエピトープであり、ペプチドエピトープを選択するための本明細書に記載の方法を使用して同定される。いくつかの場合には、エピトープは、ペプチドに基づくワクチンに直接使用されるヒトタンパク質に由来する。他の場合では、エピトープは、ヒトタンパク質に由来し、コードする核酸配列は、投与後に対象においてエピトープの発現が誘導されるように設計された核酸構築物に組み入れられる。ある態様では、核酸構築物により、少なくとも１つのエピトープに対する免疫応答を、自己タンパク質の特定のセットに対して、同伴、増幅、弱毒化、抑制、または排除することが可能になる。いくつかの場合には、ペプチドまたは核酸構築物を、Ｔｈ１免疫応答を誘導、増幅または同伴するためのタンパク質またはプラスミドに基づくワクチン接種に最適化する。いくつかの場合には、エピトープは伸長Ｔｈ１エピトープである。他の場合では、ペプチドまたは核酸構築物を、それを必要とする対象（例えば、ヒトまたは動物）における病的反応を抑制、弱毒化または排除するためのタンパク質またはプラスミドに基づくワクチン接種に最適化する。

いくつかの場合には、ペプチドはタンパク質、ペプチドまたはポリアミノ酸の一部分内に位置し、したがって、タンパク質、ペプチドまたはポリアミノ酸はＩＦＮ−ｇの分泌を刺激する。いくつかの場合には、ペプチドはタンパク質、ペプチドまたはポリアミノ酸の一部分内に位置し、したがって、タンパク質、ペプチドまたはポリアミノ酸はＩＬ−１０の分泌を刺激する。いくつかの場合には、ペプチドはＩＦＮ−ｇの分泌を刺激し、ＩＬ−１０の分泌を刺激する。

いくつかの場合には、ペプチドを構成するアミノ酸を、ＩＦＮ−ｇ分泌に対するペプチドの所望の効果および／またはＩＬ−１０分泌に対するペプチドの所望の効果が実現されるように調整する。ある態様では、ＩＦＮ−ｇおよびＩＬ−１０の両方の分泌を刺激するペプチドを、ペプチドの長さが短縮されて、ＩＬ−１０分泌を刺激するアミノ酸が排除され、したがって、ペプチドがＩＦＮ−ｇの分泌のみを刺激するように調整する。

いくつかの場合には、同定されるエピトープは、伸長エピトープワクチンのワクチン組成物中に含まれる。いくつかの場合には、伸長エピトープは、４０〜８０ｍｅｒのペプチドである。ある態様では、核酸配列またはペプチド配列のいずれかを、伸長エピトープ配列を構築するために並置する。一部の態様では、親タンパク質内の選択されたペプチドが近位（例えば、互いと１０アミノ酸以内）であることにより、寛容化および／または抑制性エピトープを含有するタンデムな伸長エピトープの構築が可能になる。ある態様では、タンデムな伸長エピトープは、短い、間に入った１０アミノ酸未満の配列を含有する。一部の態様では、これらのペプチドおよび／または伸長エピトープ（ペプチド自体として、または対応する核酸構築物として具体化される）のいずれも、単独で、または任意の組合せで、それを必要とする対象（ヒトまたは動物）において、防御免疫応答を特異的に誘導、増幅または同伴する、あるいは、病的な免疫応答を抑制、弱毒化または排除する、タンパク質またはプラスミドに基づくワクチン接種に最適化される。

いくつかの場合には、エピトープはあるアミノ酸長のものである。いくつかの場合には、エピトープは５アミノ酸未満、１０アミノ酸未満、１５アミノ酸未満、２０アミノ酸未満、２５アミノ酸未満、３０アミノ酸未満、３５アミノ酸未満、４０アミノ酸未満、４５アミノ酸未満、５０アミノ酸未満、５５アミノ酸未満、６０アミノ酸未満、７０アミノ酸未満、７５アミノ酸未満、８０アミノ酸未満、８５アミノ酸未満、９０アミノ酸未満、９５アミノ酸未満、１００アミノ酸未満、１１０アミノ酸未満、１２０アミノ酸未満、１３０アミノ酸未満、１４０アミノ酸未満、１５０アミノ酸未満、１６０アミノ酸未満、１７０アミノ酸未満、１８０アミノ酸未満、１９０アミノ酸未満、２００アミノ酸未満、２１０アミノ酸未満、２２０アミノ酸未満、２３０アミノ酸未満、２４０アミノ酸未満、２５０アミノ酸未満、２６０アミノ酸未満、２７０アミノ酸未満、２８０アミノ酸未満、２９０アミノ酸未満、３００アミノ酸未満、３５０アミノ酸未満、４００アミノ酸未満、４５０アミノ酸未満または５００アミノ酸未満である。

本明細書に記載の組成物は、結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんに関連する細胞によって発現される第１の抗原の第１のエピトープをコードする第１のヌクレオチド配列を含む第１のプラスミド、および、結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんに関連する細胞によって発現される第２の抗原の第２のエピトープをコードする第２のヌクレオチド配列を含む組成物であって、第１のヌクレオチド配列および第２のヌクレオチド配列が、１つまたは複数のプラスミド内に位置する組成物を包含し得る。いくつかの場合には、組成物は、以下のタンパク質、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰに由来するエピトープをコードする核酸を含む。

いくつかの場合には、組成物は、第１の抗原の第１のエピトープをコードする第１のヌクレオチド配列を含む第１のプラスミドを含む組成物であって、第１のエピトープがＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから選択されるペプチドの一部分であり、第１のヌクレオチド配列がプラスミド内に位置する組成物を包含する。他の場合では、組成物は、第１の抗原の第１のエピトープをコードする第１のヌクレオチド配列を含む第１のプラスミド、および第２の抗原の第２のエピトープをコードする第２のヌクレオチド配列を含む組成物であって、第１および第２のエピトープが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択され、第１のヌクレオチド配列および第２のヌクレオチド配列が、１つまたは複数のプラスミド内に位置する組成物を包含し得る。

いくつかの場合には、組成物は、以下のタンパク質：ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰに由来するエピトープをコードする核酸を含む。いくつかの場合には、組成物は、ＱＡＩＱＡＡＳＲＩＩＲＮＥＱＦＡＩＲＲＦＱ（配列番号１）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；およびＶＤＧＫＨＱＤＬＫＹＩＳＰＥＴＭＶＡＬＬＴＧＫ（配列番号２）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列からなる群から選択される、ペプチドＣＤＣ２５Ｂのエピトープをコードする核酸配列を含む。いくつかの場合には、組成物は、ＦＫＧＦＷＮＶＶＮＮＩＰＦＬＲＮ（配列番号３）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＧＬＶＰＧＬＭＭＹＡＴＩＷＬＲＥＨ（配列番号４）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＧＥＶＧＦＱＩＩＮＴＡＳＩＱＳＬＩＣ（配列番号５）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＮＡＩＭＳＹＶＬＴＳＲＳＨＬＩＤ（配列番号６）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＨＩＹＧＥＴＬＡＲＱＲＫＬＲＬＦＫＤ（配列番号７）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＬＦＱＴＳＲＬＩＬＩＧＥＴＩＫＩＶＩ（配列番号８）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＱＦＱＹＱＮＲＩＡＡＥＦＮＴＬＹ（配列番号９）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；およびＱＱＦＩＹＮＮＳＩＬＬＥＨＧＩＴＱＦＶ（配列番号１０）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列からなる群から選択される、ペプチドＣＯＸ２のエピトープをコードする核酸配列を含む。いくつかの場合には、組成物は、ＳＣＶＲＡＣＧＡＤＳＹＥＭＥＥＤＧＶＲＫ（配列番号１１）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＮＮＴＬＶＷＫＹＡＤＡＧＨＶＣＨＬ（配列番号１２）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；およびＶＷＳＹＧＶＴＶＷＥＬＭＴＦＧＳＫＰＹ（配列番号１３）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列からなる群から選択される、ペプチドＥＧＦＲのエピトープをコードする核酸配列を含む。いくつかの場合には、組成物は、ＩＡＭＨＰＱＶＮＩＹＳＶＴＲＫＲＹＡＨ（配列番号１４）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＴＡＤＨＲＦＬＲＨＤＧＲＬＶＡＲＰＥＰＡ（配列番号１５）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＮＫＹＬＴＡＥＡＦＧＦＫＶＮＡＳＡＳＳＬ（配列番号１６）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＥＬＦＬＭＫＬＩＮＲＰＩＩＶＦＲＧＥＨＧＦＩＧＣＲ（配列番号１７）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＶＱＩＱＦＧＬＩＮＣＧＮＫＹＬＴ（配列番号１８）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＡＶＣＬＲＳＨＬＧＲＹＬＡＡＤＫＤ（配列番号１９）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＴＧＫＹＷＴＬＴＡＴＧＧＶＱＳＴ（配列番号２０）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＬＦＡＬＥＱＳＣＡＱＶＶＬＱＡＡＮＥＲＮ（配列番号２１）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；およびＫＤＳＴＧＫＹＷＴＶＧＳＤＳＡＶＴＳ（配列番号２２）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列からなる群から選択される、ペプチドＦＡＳＣＩＮ１のエピトープをコードする核酸配列を含む。いくつかの場合には、組成物は、ＶＶＴＧＹＶＫＩＲＨＳＨＡＬＶ（配列番号２３）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＴＱＹＡＶＹＶＫＡＶＴＬＴＭＶ（配列番号２４）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＬＶＩＭＬＹＶＦＨＲＫＲＮＮＳ（配列番号２５）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；およびＧＭＡＹＬＮＡＮＫＦＶＨＲＤＬ（配列番号２６）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列からなる群から選択される、ペプチドＩＧＦ１Ｒのエピトープをコードする核酸配列を含む。いくつかの場合には、組成物は、ＶＳＹＫＨＭＲＦＬＩＴＨＮＰＴＮＡＴＬ（配列番号２７）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＦＩＥＤＬＫＫＹＧＡＴＴＶＶＲＶＣＥＶＴＹ（配列番号２８）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＰＣＶＡＧＬＧＲＡＰＶＬＶＡＬＡＬＩＥＳ（配列番号２９）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＭＫＹＥＤＡＩＱＦＩＲＱＫＲＲＧＡＩＮ（配列番号３０）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；およびＶＥＤＷＬＳＬＶＫＡＫＦＣＥＡ（配列番号３１）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列からなる群から選択される、ペプチドＰＲＬ３のエピトープをコードする核酸配列を含む。いくつかの場合には、組成物は、ＥＰＤＹＦＫＤＭＴＰＴＩＲＫＴＱＫＩＶＩ（配列番号３２）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＤＹＦＫＤＭＴＰＴＩＲＫＴＱＫＩＶＩＫＫＲ（配列番号３３）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＬＦＫＦＣＴＣＬＡＴＶＦＳＦＬＫＲＬＩＣ（配列番号３４）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＧＦＳＳＲＬＡＡＴＱＤＬＰＦＩＨＱＳＳＥＬＧＤ（配列番号３５）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；およびＥＥＥＤＡＡＷＱＡＥＥＶＬＲＱＱＫＬＡＤＲ（配列番号３６）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列からなる群から選択される、ペプチドＲＣＡＳ１のエピトープをコードする核酸配列を含む。いくつかの場合には、組成物は、ＩＲＭＮＲＶＶＲＮＮＬＲＶＲＬＧＤＶＩＳＩ（配列番号３７）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＬＱＬＦＲＧＤＴＶＬＬＫＧＫＫＲＲ（配列番号３８）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＹＦＬＥＡＹＲＰＩＲＫＧＤＩＦＬＶＲＧ（配列番号３９）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＶＥＦＫＶＶＥＴＤＰＳＰＹＣＩＶＡＰＤＴ（配列番号４０）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＬＲＨＰＡＬＦＫＡＩＧＶＫＰＰＲＧＩＬ（配列番号４１）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＥＴＧＡＦＦＦＬＩＮＧＰＥＩＭＳＫ（配列番号４２）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＡＶＴＭＤＤＦＲＷＡＬＳＱＳＮＰＳ（配列番号４３）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＱＲＡＨＶＩＶＭＡＡＴＮＲＰＮＳ（配列番号４４）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；およびＫＮＶＦＩＩＧＡＴＮＲＰＤＩＩ（配列番号４５）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列からなる群から選択される、ペプチドＶＣＰのエピトープをコードする核酸配列を含む。

いくつかの場合には、組成物は、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択される第１および第２のエピトープを含む。いくつかの場合には、組成物は、第１、第２および第３のエピトープを含み、第１、第２および第３のエピトープは、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択される。いくつかの場合には、組成物は、第１、第２、第３および第４のエピトープを含み、第１、第２、第３および第４のエピトープは、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択される。いくつかの場合には、組成物は、第１、第２、第３、第４および第５のエピトープを含み、第１、第２、第３、第４および第５のエピトープは、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択される。いくつかの場合には、組成物は、第１、第２、第３、第４、第５および第６のエピトープを含み、第１、第２、第３、第４、第５および第６のエピトープは、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択される。いくつかの場合には、組成物は、第１、第２、第３、第４、第５、第６および第７のエピトープを含み、第１、第２、第３、第４、第５、第６および第７のエピトープは、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択される。いくつかの場合には、組成物は、第１、第２、第３、第４、第５、第６、第７および第８のエピトープを含み、第１、第２、第３、第４、第５、第６、第７および第８のエピトープは、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択される。

本明細書に記載の組成物は、がん（例えば、結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がん）に関連する細胞によって発現される第１の抗原の第１のエピトープをコードする第１のヌクレオチド配列を含む第１のプラスミド；およびがん（例えば、結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がん）に関連する細胞によって発現される第２の抗原の第２のエピトープをコードする第２のヌクレオチド配列を含む組成物であって、第１のヌクレオチド配列および第２のヌクレオチド配列が、１つまたは複数のプラスミド内に位置する組成物を包含し得る。いくつかの場合には、組成物は、以下のタンパク質、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３に由来するエピトープをコードする核酸を含む。

いくつかの場合には、組成物は、第１の抗原の第１のエピトープをコードする第１のヌクレオチド配列を含む第１のプラスミドを含む組成物であって、第１のエピトープが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３から選択されるペプチドの一部分であり、第１のヌクレオチド配列がプラスミド内に位置する組成物を包含する。他の場合では、組成物は、第１の抗原の第１のエピトープをコードする第１のヌクレオチド配列を含む第１のプラスミド、および第２の抗原の第２のエピトープをコードする第２のヌクレオチド配列を含む組成物であって、第１および第２のエピトープが、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３から独立に選択され、第１のヌクレオチド配列および第２のヌクレオチド配列が１つまたは複数のプラスミド内に位置する組成物を包含する。

いくつかの場合には、組成物は、以下のタンパク質：ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３に由来するエピトープをコードする核酸を含む。いくつかの場合には、組成物は、ＱＡＩＱＡＡＳＲＩＩＲＮＥＱＦＡＩＲＲＦＱ（配列番号１）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；およびＶＤＧＫＨＱＤＬＫＹＩＳＰＥＴＭＶＡＬＬＴＧＫ（配列番号２）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列からなる群から選択される、ペプチドＣＤＣ２５Ｂのエピトープをコードする核酸配列を含む。いくつかの場合には、組成物は、ＦＫＧＦＷＮＶＶＮＮＩＰＦＬＲＮ（配列番号３）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＧＬＶＰＧＬＭＭＹＡＴＩＷＬＲＥＨ（配列番号４）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＧＥＶＧＦＱＩＩＮＴＡＳＩＱＳＬＩＣ（配列番号５）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＮＡＩＭＳＹＶＬＴＳＲＳＨＬＩＤ（配列番号６）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＨＩＹＧＥＴＬＡＲＱＲＫＬＲＬＦＫＤ（配列番号７）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＬＦＱＴＳＲＬＩＬＩＧＥＴＩＫＩＶＩ（配列番号８）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＱＦＱＹＱＮＲＩＡＡＥＦＮＴＬＹ（配列番号９）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；およびＱＱＦＩＹＮＮＳＩＬＬＥＨＧＩＴＱＦＶ（配列番号１０）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列からなる群から選択される、ペプチドＣＯＸ２のエピトープをコードする核酸配列を含む。いくつかの場合には、組成物は、ＶＳＹＫＨＭＲＦＬＩＴＨＮＰＴＮＡＴＬ（配列番号２７）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＦＩＥＤＬＫＫＹＧＡＴＴＶＶＲＶＣＥＶＴＹ（配列番号２８）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＰＣＶＡＧＬＧＲＡＰＶＬＶＡＬＡＬＩＥＳ（配列番号２９）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；ＭＫＹＥＤＡＩＱＦＩＲＱＫＲＲＧＡＩＮ（配列番号３０）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列；およびＶＥＤＷＬＳＬＶＫＡＫＦＣＥＡ（配列番号３１）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列からなる群から選択される、ペプチドＰＲＬ３のエピトープをコードする核酸配列を含む。

いくつかの場合には、組成物は、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３から独立に選択される第１および第２のエピトープを含む。いくつかの場合には、組成物は、第１、第２および第３のエピトープを含み、第１、第２および第３のエピトープは、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３から独立に選択される。

いくつかの場合には、組成物は、対象に投与することが可能なものであってよい。いくつかの場合には、対象は、組成物の投与を必要としている。いくつかの場合には、組成物は、対象において免疫応答を引き出すのに有効である。いくつかの場合には、組成物は、対象において結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんに関連するいくつかの細胞を排除するのに有効である。いくつかの場合には、対象において結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんに関連する細胞の増殖を予防するために組成物を使用する。

いくつかの場合には、第１および第２の核酸配列は第１のプラスミド上に位置する。いくつかの場合には、第２の核酸配列は第２のプラスミド上に位置する。

結腸直腸がんとは、結腸がんおよび直腸がんを含めたがんを言い表すものである。いくつかの場合には、結腸直腸がんに関連する細胞は、異型特徴を発現する結腸細胞、異型特徴を発現する直腸細胞、前新生物結腸細胞、前新生物直腸細胞、結腸がん細胞、直腸がん細胞、前浸潤結腸がん細胞、前浸潤直腸がん細胞、結腸がん幹細胞、直腸がん幹細胞、上皮細胞、間葉細胞、間質細胞、またはこれらの組合せから選択される。

本明細書に記載の非小細胞肺がんは、異型特徴を発現する肺細胞、前新生物肺細胞、肺がん細胞、前浸潤肺がん細胞、肺がん幹細胞、上皮細胞、間葉細胞、間質細胞、およびこれらの組合せからなる群から選択される細胞を包含する。

いくつかの場合には、第１および第２の核酸配列は、少なくとも７０％の純度に精製される。第１および第２の核酸配列は、少なくとも８０％、９０％、９５％、９９％、９９．５％、またはそれ超の純度に精製されてもよい。いくつかの場合には、第１および第２の核酸配列は第１のプラスミド上に位置し、リンカー核酸の配列によって隔てられている。いくつかの場合には、第１の核酸配列は第１のプラスミド上で第２の核酸配列に隣接している。

いくつかの場合には、少なくとも第１のプラスミドは医薬組成物中に含有される。いくつかの場合には、少なくとも第１のプラスミドは、医薬担体をさらに含む医薬組成物中に含有される。いくつかの場合には、少なくとも第１のプラスミドは、医薬担体およびアジュバントをさらに含む医薬組成物中に含有される。いくつかの場合には、少なくとも第１のプラスミドは、アジュバントをさらに含む医薬組成物中に含有される。いくつかの場合には、組成物は、アジュバントおよび薬学的に許容される担体をさらに含む。いくつかの場合には、アジュバントはＧＭ−ＣＳＦである。

いくつかの場合には、対象は、結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、もしくは卵巣がんを有するヒト；結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、もしくは卵巣がんを有するマウス；または結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、もしくは卵巣がんを有するラットから選択される。いくつかの場合には、対象は、結腸直腸がんも、ＮＳＣＬＣも、卵巣がんも有さないヒト；結腸直腸がんも、ＮＳＣＬＣも、卵巣がんも有さないマウス；または結腸直腸がんも、ＮＳＣＬＣも、卵巣がんも有さないラットから選択される。

いくつかの場合には、免疫応答は、１型免疫応答である。いくつかの場合には、第１の核酸配列は、ヒト、マウスまたはラットから選択される種である。いくつかの場合には、第２の核酸配列は、ヒト、マウスまたはラットから選択される種である。いくつかの場合には、免疫応答は、Ｉ型サイトカイン産生のＩＩ型サイトカイン産生に対する比率が１超であることを特徴とする。いくつかの場合には、免疫応答は、Ｉ型サイトカイン産生のＩＩ型サイトカイン産生に対する比率が１未満であることを特徴とする。いくつかの場合には、免疫応答は、ＩＦＮ−γ産生のＩＬ−１０産生に対する比率が１超であることを特徴とする。いくつかの場合には、免疫応答は、ＩＦＮ−γ産生のＩＬ−１０産生に対する比率が１未満であることを特徴とする。

一部の態様では、以下のタンパク質、ＣＤ１０５、ＨＩＦ−１ａ、ＭＤＭ２、Ｙｂ１、ＳＯＸ−２、ＨＥＲ−２、ＩＧＦＢＰ２、ＩＧＦ−Ｒ１およびＣＤＨ３に由来するエピトープをコードする核酸配列は、本明細書において列挙されているものとは異なる。いくつかの場合には、本明細書に開示されている核酸配列と９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％超または５０％超相同である核酸配列を本明細書に記載の組成物に使用する。

いくつかの場合には、本明細書に記載の組成物は、結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんに関連する細胞によって発現される第１の抗原の第１のエピトープ；および結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんに関連する細胞によって発現される第２の抗原の第２のエピトープを含む組成物を包含する。

いくつかの場合には、組成物は、少なくとも第１の抗原の第１のエピトープを含み、第１のエピトープは、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから選択されるペプチドの一部分である。いくつかの場合には、組成物は、少なくとも第１の抗原の第１のエピトープ、少なくとも第２の抗原の第２のエピトープを含み、第１および第２のエピトープは、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰから独立に選択される。いくつかの場合には、ペプチドＣＤＣ２５Ｂのエピトープは、ＱＡＩＱＡＡＳＲＩＩＲＮＥＱＦＡＩＲＲＦＱ（配列番号１）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；およびＶＤＧＫＨＱＤＬＫＹＩＳＰＥＴＭＶＡＬＬＴＧＫ（配列番号２）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる群から選択される。いくつかの場合には、ペプチドＣＯＸ２のエピトープは、ＦＫＧＦＷＮＶＶＮＮＩＰＦＬＲＮ（配列番号３）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＧＬＶＰＧＬＭＭＹＡＴＩＷＬＲＥＨ（配列番号４）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＧＥＶＧＦＱＩＩＮＴＡＳＩＱＳＬＩＣ（配列番号５）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＮＡＩＭＳＹＶＬＴＳＲＳＨＬＩＤ（配列番号６）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＨＩＹＧＥＴＬＡＲＱＲＫＬＲＬＦＫＤ（配列番号７）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＬＦＱＴＳＲＬＩＬＩＧＥＴＩＫＩＶＩ（配列番号８）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＱＦＱＹＱＮＲＩＡＡＥＦＮＴＬＹ（配列番号９）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；およびＱＱＦＩＹＮＮＳＩＬＬＥＨＧＩＴＱＦＶ（配列番号１０）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる群から選択される。いくつかの場合には、ペプチドＥＧＦＲのエピトープは、ＳＣＶＲＡＣＧＡＤＳＹＥＭＥＥＤＧＶＲＫ（配列番号１１）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＮＮＴＬＶＷＫＹＡＤＡＧＨＶＣＨＬ（配列番号１２）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；およびＶＷＳＹＧＶＴＶＷＥＬＭＴＦＧＳＫＰＹ（配列番号１３）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる群から選択される。いくつかの場合には、ペプチドＦＡＳＣＩＮ１のエピトープは、ＩＡＭＨＰＱＶＮＩＹＳＶＴＲＫＲＹＡＨ（配列番号１４）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＴＡＤＨＲＦＬＲＨＤＧＲＬＶＡＲＰＥＰＡ（配列番号１５）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＮＫＹＬＴＡＥＡＦＧＦＫＶＮＡＳＡＳＳＬ（配列番号１６）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＥＬＦＬＭＫＬＩＮＲＰＩＩＶＦＲＧＥＨＧＦＩＧＣＲ（配列番号１７）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＶＱＩＱＦＧＬＩＮＣＧＮＫＹＬＴ（配列番号１８）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＡＶＣＬＲＳＨＬＧＲＹＬＡＡＤＫＤ（配列番号１９）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＴＧＫＹＷＴＬＴＡＴＧＧＶＱＳＴ（配列番号２０）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＬＦＡＬＥＱＳＣＡＱＶＶＬＱＡＡＮＥＲＮ（配列番号２１）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；およびＫＤＳＴＧＫＹＷＴＶＧＳＤＳＡＶＴＳ（配列番号２２）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる群から選択される。いくつかの場合には、ペプチドＩＧＦ１Ｒのエピトープは、ＶＶＴＧＹＶＫＩＲＨＳＨＡＬＶ（配列番号２３）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＴＱＹＡＶＹＶＫＡＶＴＬＴＭＶ（配列番号２４）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＬＶＩＭＬＹＶＦＨＲＫＲＮＮＳ（配列番号２５）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；およびＧＭＡＹＬＮＡＮＫＦＶＨＲＤＬ（配列番号２６）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる群から選択される。いくつかの場合には、ペプチドＰＲＬ３のエピトープは、ＶＳＹＫＨＭＲＦＬＩＴＨＮＰＴＮＡＴＬ（配列番号２７）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＦＩＥＤＬＫＫＹＧＡＴＴＶＶＲＶＣＥＶＴＹ（配列番号２８）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＰＣＶＡＧＬＧＲＡＰＶＬＶＡＬＡＬＩＥＳ（配列番号２９）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＭＫＹＥＤＡＩＱＦＩＲＱＫＲＲＧＡＩＮ（配列番号３０）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；およびＶＥＤＷＬＳＬＶＫＡＫＦＣＥＡ（配列番号３１）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる群から選択される。いくつかの場合には、ペプチドＲＣＡＳ１のエピトープは、ＥＰＤＹＦＫＤＭＴＰＴＩＲＫＴＱＫＩＶＩ（配列番号３２）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＤＹＦＫＤＭＴＰＴＩＲＫＴＱＫＩＶＩＫＫＲ（配列番号３３）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＬＦＫＦＣＴＣＬＡＴＶＦＳＦＬＫＲＬＩＣ（配列番号３４）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＧＦＳＳＲＬＡＡＴＱＤＬＰＦＩＨＱＳＳＥＬＧＤ（配列番号３５）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；およびＥＥＥＤＡＡＷＱＡＥＥＶＬＲＱＱＫＬＡＤＲ（配列番号３６）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる群から選択される。いくつかの場合には、ペプチドＶＣＰのエピトープは、ＥＩＲＭＮＲＶＶＲＮＮＬＲＶＲＬＧＤＶＩＳＩ（配列番号３７）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＬＱＬＦＲＧＤＴＶＬＬＫＧＫＫＲＲ（配列番号３８）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＹＦＬＥＡＹＲＰＩＲＫＧＤＩＦＬＶＲＧ（配列番号３９）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＶＥＦＫＶＶＥＴＤＰＳＰＹＣＩＶＡＰＤＴ（配列番号４０）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＬＲＨＰＡＬＦＫＡＩＧＶＫＰＰＲＧＩＬ（配列番号４１）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＥＴＧＡＦＦＦＬＩＮＧＰＥＩＭＳＫ（配列番号４２）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＡＶＴＭＤＤＦＲＷＡＬＳＱＳＮＰＳ（配列番号４３）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＱＲＡＨＶＩＶＭＡＡＴＮＲＰＮＳ（配列番号４４）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；およびＫＮＶＦＩＩＧＡＴＮＲＰＤＩＩ（配列番号４５）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる群から選択される。

いくつかの場合には、組成物は、少なくとも第１の抗原の第１のエピトープを含み、第１のエピトープは、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３から選択されるペプチドの一部分である。いくつかの場合には、組成物は、少なくとも第１の抗原の第１のエピトープ、少なくとも第２の抗原の第２のエピトープを含み、第１および第２のエピトープは、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３から独立に選択される。いくつかの場合には、ペプチドＣＤＣ２５Ｂのエピトープは、ＱＡＩＱＡＡＳＲＩＩＲＮＥＱＦＡＩＲＲＦＱ（配列番号１）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；およびＶＤＧＫＨＱＤＬＫＹＩＳＰＥＴＭＶＡＬＬＴＧＫ（配列番号２）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる群から選択される。いくつかの場合には、ペプチドＣＯＸ２のエピトープは、ＦＫＧＦＷＮＶＶＮＮＩＰＦＬＲＮ（配列番号３）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＧＬＶＰＧＬＭＭＹＡＴＩＷＬＲＥＨ（配列番号４）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＧＥＶＧＦＱＩＩＮＴＡＳＩＱＳＬＩＣ（配列番号５）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＮＡＩＭＳＹＶＬＴＳＲＳＨＬＩＤ（配列番号６）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＨＩＹＧＥＴＬＡＲＱＲＫＬＲＬＦＫＤ（配列番号７）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＬＦＱＴＳＲＬＩＬＩＧＥＴＩＫＩＶＩ（配列番号８）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＱＦＱＹＱＮＲＩＡＡＥＦＮＴＬＹ（配列番号９）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；およびＱＱＦＩＹＮＮＳＩＬＬＥＨＧＩＴＱＦＶ（配列番号１０）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる群から選択される。いくつかの場合には、ペプチドＰＲＬ３のエピトープは、ＶＳＹＫＨＭＲＦＬＩＴＨＮＰＴＮＡＴＬ（配列番号２７）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＦＩＥＤＬＫＫＹＧＡＴＴＶＶＲＶＣＥＶＴＹ（配列番号２８）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＰＣＶＡＧＬＧＲＡＰＶＬＶＡＬＡＬＩＥＳ（配列番号２９）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；ＭＫＹＥＤＡＩＱＦＩＲＱＫＲＲＧＡＩＮ（配列番号３０）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列；およびＶＥＤＷＬＳＬＶＫＡＫＦＣＥＡ（配列番号３１）のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有するアミノ酸配列からなる群から選択される。

以下のタンパク質、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰに由来するエピトープのアミノ酸配列は、本明細書において列挙されているものと異なってよい。いくつかの場合には、本明細書に開示されているアミノ酸配列と９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％超または５０％超相同であるアミノ酸配列を本明細書に記載の組成物に使用することができる。

いくつかの場合には、第１のアミノ酸配列は、ヒト、マウスおよびラットからなる種の群から選択される。いくつかの場合には、第２のアミノ酸配列は、ヒト、マウスおよびラットからなる種の群から選択される。

いくつかの場合には、第１および第２の核酸配列は第１のプラスミド上に位置する。いくつかの場合には、第２の核酸配列は第２のプラスミド上に位置する。いくつかの場合には、第１および第２のエピトープのアミノ酸配列は、リンカーアミノ酸の配列によって隔てられている。いくつかの場合には、第１のエピトープのアミノ酸配列は第２のエピトープのアミノ酸配列に隣接している。

いくつかの場合には、免疫応答は、１型免疫応答である。いくつかの場合には、免疫応答は、Ｉ型サイトカイン産生のＩＩ型サイトカイン産生に対する比率が１超であることを特徴とする。いくつかの場合には、免疫応答は、Ｉ型サイトカイン産生のＩＩ型サイトカイン産生に対する比率が１未満であることを特徴とする。いくつかの場合には、免疫応答は、ＩＦＮ−γ産生のＩＬ−１０産生に対する比率が１超であることを特徴とする。いくつかの場合には、免疫応答は、ＩＦＮ−γ産生のＩＬ−１０産生に対する比率が１未満であることを特徴とする。

いくつかの場合には、組成物を対象に投与する。いくつかの場合には、対象は、組成物の投与を必要としている。いくつかの場合には、組成物は、対象において免疫応答を引き出すのに有効である。いくつかの場合には、組成物は、対象において結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんに関連するいくつかの細胞を排除するのに有効である。いくつかの場合には、対象において結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんに関連する細胞の増殖を予防するために組成物を使用する。

いくつかの場合には、対象は、結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんを有するヒト；結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんを有するマウス；および結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんを有するラットからなる群から選択される。いくつかの場合には、対象は、結腸直腸がんも、ＮＳＣＬＣも、卵巣がんも有さないヒト；結腸直腸がんも、ＮＳＣＬＣも、卵巣がんも有さないマウス；および結腸直腸がんも、ＮＳＣＬＣも、卵巣がんも有さないラットからなる群から選択される。

非小細胞肺がんに関連する細胞は、異型特徴を発現する肺細胞、前新生物肺細胞、肺がん細胞、前浸潤肺がん細胞、肺がん幹細胞、上皮細胞、間葉細胞、間質細胞、およびこれらの組合せからなる群から選択される。

いくつかの場合には、少なくとも第１のエピトープは医薬組成物中に含有される。いくつかの場合には、少なくとも第１のエピトープは、医薬担体をさらに含む医薬組成物中に含有される。いくつかの場合には、少なくとも第１のエピトープは、医薬担体およびアジュバントをさらに含む医薬組成物中に含有される。いくつかの場合には、少なくとも第１のエピトープは、アジュバントをさらに含む医薬組成物中に含有される。いくつかの場合には、組成物は、アジュバントおよび医薬担体をさらに含む。いくつかの場合には、アジュバントはＧＭ−ＣＳＦである。

いくつかの場合には、組成物を対象に投与する。いくつかの場合には、対象は、それを必要としている。いくつかの場合には、対象においてがん（例えば、結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がん）を予防するための方法が本発明において提供され、したがって、方法は、対象に、本明細書に記載の組成物を投与するステップを含む。いくつかの場合には、対象においてがん（例えば、結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がん）を処置するための方法が本発明において提供され、したがって、方法は、対象に、本明細書に記載の組成物を投与するステップを含む。いくつかの場合には、投与するステップは、対象に、少なくとも１回用量の本明細書に記載の組成物を送達することをさらに含む。いくつかの場合には、投与するステップは、対象に、本明細書に記載の組成物を皮下注射、皮内注射、筋肉内注射、血管内注射、局所適用または吸入によって送達することをさらに含む。いくつかの場合には、対象は、がん（例えば、結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がん）を有するヒト、がん（例えば、結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がん）を有するマウスおよびがん（例えば、結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がん）を有するラットからなる群から選択される。いくつかの場合には、対象は、がん（例えば、結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がん）を有さないヒト、がん（例えば、結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がん）を有さないマウス、およびがん（例えば、結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がん）を有さないラットからなる群から選択される。

本開示は、本明細書に記載の組成物を調製するためのキットであって、組成物を調製するための説明書を含むキットも提供する。本開示は、本明細書に記載の組成物を投与するためのキットであって、組成物を投与するための説明書を含むキットも提供する。

医薬組成物用のプラスミド
いくつかの場合には、エピトープは、ペプチドに基づくワクチンに直接使用されるヒトタンパク質に由来する。他の場合では、エピトープは、ヒトタンパク質に由来し、エピトープをコードする核酸配列は、投与後に対象においてエピトープの発現が誘導されるように設計された核酸構築物に組み入れられる。ある態様では、核酸構築物にコードされるエピトープにより、少なくとも１つのエピトープに対する免疫応答を、タンパク質の特定のセット（例えば、自己タンパク質）に対して、同伴、増幅、弱毒化、抑制、または排除することが可能になる。いくつかの場合には、ペプチドまたは核酸構築物を、Ｔｈ１免疫応答を誘導、増幅または同伴するためのタンパク質またはプラスミドに基づくワクチン接種に最適化する。いくつかの場合には、エピトープは伸長Ｔｈ１エピトープである。他の場合では、ペプチドまたは核酸構築物を、それを必要とする対象（例えば、ヒトまたは動物）における病的反応を抑制、弱毒化または排除するためのタンパク質またはプラスミドに基づくワクチン接種に最適化する。

一部の態様では、本明細書に記載の組成物は、組成物（例えば、ワクチン）の投与後に対象において少なくとも１つのエピトープを発現させるための核酸配列を含有するプラスミドを含む。核酸配列を発現させるための医薬用途に適することが当業者に公知の任意のプラスミド骨格（例えば、ベクター）を本明細書に記載の組成物に使用することができる。いくつかの場合には、市販のプラスミド骨格を使用する。ある態様では、プラスミドｐＵＭＶＣ３を使用する。いくつかの場合には、市販のプラスミド骨格を、使用する前に改変するか、突然変異させるか、操作するか、またはクローニングする。他の場合では、市販されていないプラスミド骨格を使用する。

一部の態様では、少なくとも１つのエピトープの核酸配列を挿入する前には、プラスミド骨格は、約５００ｂｐ、約１．０ｋＢ、約１．２ｋＢ、約１．４ｋＢ、約１．６ｋＢ、約１．８ｋＢ、約２．０ｋＢ、約２．２ｋＢ、約２．４ｋＢ、約２．６ｋＢ、約２．８ｋＢ、約３．０ｋＢ、約３．２ｋＢ、約３．４ｋＢ、約３．６ｋＢ、約３．８ｋＢ、約４．０ｋＢ、約４．２ｋＢ、約４．４ｋＢ、約４．６ｋＢ、約４．８ｋＢ、約５．０ｋＢ、約５．２ｋＢ、約５．４ｋＢ、約５．６ｋＢ、約５．８ｋＢ、約６．０ｋＢ、約６．２ｋＢ、約６．４ｋＢ、約６．６ｋＢ、約６．８ｋＢ、約７．０ｋＢ、約７．２ｋＢ、約７．４ｋＢ、約７．６ｋＢ、約７．８ｋＢ、約８．０ｋＢ、約８．２ｋＢ、約８．４ｋＢ、約８．６ｋＢ、約８．８ｋＢ、約９．０ｋＢ、約９．２ｋＢ、約９．４ｋＢ、約９．６ｋＢ、約９．８ｋＢ、約１０．０ｋＢ、約１０．２ｋＢ、約１０．４ｋＢ、約１０．６ｋＢ、約１０．８ｋＢ、約１１．０ｋＢ、約１１．２ｋＢ、約１１．４ｋＢ、約１１．６ｋＢ、約１１．８ｋＢ、約１２．０ｋＢ、約１２．２ｋＢ、約１２．４ｋＢ、約１２．６ｋＢ、約１２．８ｋＢ、約１３．０ｋＢ、約１３．２ｋＢ、約１３．４ｋＢ、約１３．６ｋＢ、約１３．８ｋＢ、約１４ｋＢ、約１４．５ｋＢ、約１５ｋＢ、約１５．５ｋＢ、約１６ｋＢ、約１６．５ｋＢ、約１７ｋＢ、約１７．５ｋＢ、約１８ｋＢ、約１８．５ｋＢ、約１９ｋＢ、約１９．５ｋＢ、約２０ｋＢ、約３０ｋＢ、約４０ｋＢ、約５０ｋＢ、約６０ｋＢ、約７０ｋＢ、約８０ｋＢ、約９０ｋＢ、約１００ｋＢ、約１１０ｋＢ、約１２０ｋＢ、約１３０ｋＢ、約１４０ｋＢ、約１５０ｋＢ、約１６０ｋＢ、約１７０ｋＢ、約１８０ｋＢ、約１９０ｋＢまたは約２００ｋＢ未満の長さである。ある態様では、プラスミドは、少なくとも１つのエピトープをコードする核酸配列を付加する前には、約４ｋＢの長さである。

いくつかの場合には、本明細書に記載の組成物は、１個のプラスミドを含む。他の場合では、本明細書に記載の組成物は、１個超のプラスミドを含む。ある態様では、本明細書に記載の組成物は、２個のプラスミド、３個のプラスミド、４個のプラスミド、５個のプラスミド、６個のプラスミド、７個のプラスミド、８個のプラスミド、９個のプラスミド、１０個のプラスミド、１１個のプラスミド、１２個のプラスミド、１３個のプラスミド、１４個のプラスミド、１５個のプラスミド、１６個のプラスミド、１７個のプラスミド、１８個のプラスミド、１９個のプラスミド、２０個のプラスミドまたは２０個超のプラスミドを含む。

いくつかの場合には、プラスミドの少なくとも１つのエピトープをコードする核酸は、デオキシリボ核酸である。ある態様では、デオキシリボ核酸は、一本鎖、二本鎖または相補的なものである。いくつかの場合には、デオキシリボ核酸は、ゲノム、ミトコンドリアまたはプラスミドデオキシリボ核酸に由来する。他の場合では、プラスミドの核酸はリボ核酸である。ある態様では、リボ核酸は一本鎖または二本鎖である。いくつかの場合には、リボ核酸は、マイクロリボ核酸、アンチセンスリボ核酸、小分子ヘアピン型リボ核酸、低分子干渉リボ核酸、メッセンジャーリボ核酸、トランスファーリボ核酸、リボソームリボ核酸などである。いくつかの場合には、プラスミドの核酸は、デオキシリボ核酸の一部分およびリボ核酸の一部分である。

プラスミドの少なくとも１つのエピトープをコードする核酸は、核酸から発現されるエピトープによって対象において免疫応答がもたらされるような、任意の種に由来する。いくつかの場合には、対象は、齧歯類、非ヒト霊長類またはヒトである。プラスミドのエピトープをコードする核酸は、核酸の任意の供給源から当業者に公知の方法および技法を使用して単離される。プラスミドのエピトープをコードする核酸は、当業者に公知の方法および技法を使用してプラスミド骨格にクローニングすることができる。

いくつかの場合には、エピトープをコードする核酸配列は、対象に対して内因性の核酸配列である。ある態様では、ヒト由来のＣＤＣ２５Ｂに対する核酸配列を使用して、ヒトにおいてＣＤＣ２５Ｂを発現させる。他の場合では、抗原エピトープに対する核酸配列は、対象に対して外因性の核酸配列である。ある態様では、非ヒト由来のＣＤＣ２５Ｂに対する核酸配列を使用して、ヒトにおいてＣＤＣ２５Ｂを発現させる。

いくつかの場合には、抗原性エピトープを発現させるために使用する核酸配列は、野生型核酸配列である。ある態様では、ある種のゲノム内に天然に存在するＣＤＣ２５Ｂに対する核酸配列を使用して対象においてＣＤＣ２５Ｂを発現させる。他の場合では、エピトープをコードする核酸配列は、合成核酸配列である。ある態様では、ある種のゲノム内に天然に存在するＣＤＣ２５Ｂに対する核酸配列を、当業者に公知の分子技法を使用して改変し、それを使用して対象においてＣＤＣ２５Ｂを発現させる。

時には、ＣＤＣ２５Ｂエピトープを発現させるために使用する核酸配列は、ポリペプチドの配列が配列番号１〜２から選択される配列と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％、または１００％同一であるポリペプチドをコードしてもよい。ＣＤＣ２５Ｂエピトープを発現させるために使用する核酸配列は、ポリペプチドの配列が配列番号１〜２の少なくとも８アミノ酸と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％、または１００％同一であるポリペプチドをさらにコードしてもよい。

いくつかの場合には、エピトープをコードする核酸配列は、対象に対して内因性の核酸配列である。ある態様では、ヒト由来のＣＯＸ２に対する核酸配列を使用して、ヒトにおいてＣＯＸ２を発現させる。他の場合では、抗原エピトープに対する核酸配列は、対象に対して外因性の核酸配列である。ある態様では、非ヒト由来のＣＯＸ２に対する核酸配列を使用して、ヒトにおいてＣＯＸ２を発現させる。

いくつかの場合には、抗原性エピトープを発現させるために使用する核酸配列は、野生型核酸配列である。ある態様では、ある種のゲノム内に天然に存在するＣＯＸ２に対する核酸配列を使用して対象においてＣＯＸ２を発現させる。他の場合では、エピトープをコードする核酸配列は、合成核酸配列である。ある態様では、ある種のゲノム内に天然に存在するＣＯＸ２に対する核酸配列を、当業者に公知の分子技法を使用して改変し、それを使用して対象においてＣＯＸ２を発現させる。

ＣＯＸ２エピトープを発現させるために使用する核酸配列は、ポリペプチドの配列が配列番号３〜１０から選択される配列と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％、または１００％同一であるポリペプチドをコードしてもよい。ＣＯＸ２エピトープを発現させるために使用する核酸配列は、ポリペプチドの配列が配列番号３〜１０の少なくとも８アミノ酸と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％、または１００％同一であるポリペプチドをさらにコードしてもよい。

いくつかの場合には、エピトープをコードする核酸配列は、対象に対して内因性の核酸配列である。ある態様では、ヒト由来のＥＧＦＲに対する核酸配列を使用して、ヒトにおいてＥＧＦＲを発現させる。他の場合では、抗原エピトープに対する核酸配列は、対象に対して外因性の核酸配列である。ある態様では、非ヒト由来のＥＧＦＲに対する核酸配列を使用して、ヒトにおいてＥＧＦＲを発現させる。

いくつかの場合には、抗原性エピトープを発現させるために使用する核酸配列は、野生型核酸配列である。ある態様では、ある種のゲノム内に天然に存在するＥＧＦＲに対する核酸配列を使用して対象においてＥＧＦＲを発現させる。他の場合では、エピトープをコードする核酸配列は、合成核酸配列である。ある態様では、ある種のゲノム内に天然に存在するＥＧＦＲに対する核酸配列を、当業者に公知の分子技法を使用して改変し、それを使用して対象においてＥＧＦＲを発現させる。

ＥＧＦＲエピトープを発現させるために使用する核酸配列は、ポリペプチドの配列が配列番号１１〜１３から選択される配列と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％、または１００％同一であるポリペプチドをコードしてもよい。ＥＧＦＲエピトープを発現させるために使用する核酸配列は、ポリペプチドの配列が配列番号１１〜１３の少なくとも８アミノ酸と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％、または１００％同一であるポリペプチドをさらにコードしてもよい。

いくつかの場合には、エピトープをコードする核酸配列は、対象に対して内因性の核酸配列である。ある実施形態では、ヒト由来のＦＡＳＣＩＮ１に対する核酸配列を使用して、ヒトにおいてＦＡＳＣＩＮ１を発現させる。他の場合では、抗原エピトープに対する核酸配列は、対象に対して外因性の核酸配列である。ある態様では、非ヒト由来のＦＡＳＣＩＮ１に対する核酸配列を使用して、ヒトにおいてＦＡＳＣＩＮ１を発現させる。

いくつかの場合には、抗原性エピトープを発現させるために使用する核酸配列は、野生型核酸配列である。ある態様では、ある種のゲノム内に天然に存在するＦＡＳＣＩＮ１に対する核酸配列を使用して対象においてＦＡＳＣＩＮ１を発現させる。他の場合では、エピトープをコードする核酸配列は、合成核酸配列である。ある態様では、ある種のゲノム内に天然に存在するＦＡＳＣＩＮ１に対する核酸配列を、当業者に公知の分子技法を使用して改変し、それを使用して対象においてＦＡＳＣＩＮ１を発現させる。

ＦＡＳＣＩＮ１エピトープを発現させるために使用する核酸配列は、ポリペプチドの配列が配列番号１４〜２２から選択される配列と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％、または１００％同一であるポリペプチドをコードしてもよい。ＦＡＳＣＩＮ１エピトープを発現させるために使用する核酸配列は、ポリペプチドの配列が配列番号１４〜２２の少なくとも８アミノ酸と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％、または１００％同一であるポリペプチドをさらにコードしてもよい。

いくつかの場合には、エピトープをコードする核酸配列は、対象に対して内因性の核酸配列である。ある態様では、ヒト由来のＩＧＦ１Ｒに対する核酸配列を使用して、ヒトにおいてＩＧＦ１Ｒを発現させる。他の場合では、抗原エピトープに対する核酸配列は、対象に対して外因性の核酸配列である。ある態様では、非ヒト由来のＩＧＦ１Ｒに対する核酸配列を使用して、ヒトにおいてＩＧＦ１Ｒを発現させる。

いくつかの場合には、抗原性エピトープを発現させるために使用する核酸配列は、野生型核酸配列である。ある態様では、ある種のゲノム内に天然に存在するＩＧＦ１Ｒに対する核酸配列を使用して対象においてＩＧＦ１Ｒを発現させる。他の場合では、エピトープをコードする核酸配列は、合成核酸配列である。ある態様では、ある種のゲノム内に天然に存在するＩＧＦ１Ｒに対する核酸配列を、当業者に公知の分子技法を使用して改変し、それを使用して対象においてＩＧＦ１Ｒを発現させる。

ＩＧＦ１Ｒエピトープを発現させるために使用する核酸配列は、ポリペプチドの配列が配列番号２３〜２６から選択される配列と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％、または１００％同一であるポリペプチドをコードしてもよい。ＩＧＦ１Ｒエピトープを発現させるために使用する核酸配列は、ポリペプチドの配列が配列番号２３〜２６の少なくとも８アミノ酸と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％、または１００％同一であるポリペプチドをさらにコードしてもよい。

いくつかの場合には、エピトープをコードする核酸配列は、対象に対して内因性の核酸配列である。ある態様では、ヒト由来のＰＲＬ３に対する核酸配列を使用して、ヒトにおいてＰＲＬ３を発現させる。他の場合では、抗原エピトープに対する核酸配列は、対象に対して外因性の核酸配列である。ある態様では、非ヒト由来のＰＲＬ３に対する核酸配列を使用して、ヒトにおいてＰＲＬ３を発現させる。

いくつかの場合には、抗原性エピトープを発現させるために使用する核酸配列は、野生型核酸配列である。ある態様では、ある種のゲノム内に天然に存在するＰＲＬ３に対する核酸配列を使用して対象においてＰＲＬ３を発現させる。他の場合では、エピトープをコードする核酸配列は、合成核酸配列である。ある態様では、ある種のゲノム内に天然に存在するＰＲＬ３に対する核酸配列を、当業者に公知の分子技法を使用して改変し、それを使用して対象においてＰＲＬ３を発現させる。

ＰＲＬ３エピトープを発現させるために使用する核酸配列は、ポリペプチドの配列が配列番号２７〜３１から選択される配列と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％、または１００％同一であるポリペプチドをコードしてもよい。ＰＲＬ３エピトープを発現させるために使用する核酸配列は、ポリペプチドの配列が配列番号２７〜３１の少なくとも８アミノ酸と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％、または１００％同一であるポリペプチドをさらにコードしてもよい。

いくつかの場合には、エピトープをコードする核酸配列は、対象に対して内因性の核酸配列である。ある態様では、ヒト由来のＲＣＡＳ１に対する核酸配列を使用して、ヒトにおいてＲＣＡＳ１２を発現させる。他の場合では、抗原エピトープに対する核酸配列は、対象に対して外因性の核酸配列である。ある態様では、非ヒト由来のＲＣＡＳ１に対する核酸配列を使用して、ヒトにおいてＲＣＡＳ１を発現させる。

いくつかの場合には、抗原性エピトープを発現させるために使用する核酸配列は、野生型核酸配列である。ある態様では、ある種のゲノム内に天然に存在するＲＣＡＳ１に対する核酸配列を使用して対象においてＲＣＡＳ１を発現させる。他の場合では、エピトープをコードする核酸配列は、合成核酸配列である。ある態様では、ある種のゲノム内に天然に存在するＲＣＡＳ１に対する核酸配列を、当業者に公知の分子技法を使用して改変し、それを使用して対象においてＲＣＡＳ１を発現させる。

ＲＣＡＳ１エピトープを発現させるために使用する核酸配列は、ポリペプチドの配列が配列番号３２〜３６から選択される配列と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％、または１００％同一であるポリペプチドをコードしてもよい。ＲＣＡＳ１エピトープを発現させるために使用する核酸配列は、ポリペプチドの配列が配列番号３２〜３６の少なくとも８アミノ酸と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％、または１００％同一であるポリペプチドをさらにコードしてもよい。

いくつかの場合には、エピトープをコードする核酸配列は、対象に対して内因性の核酸配列である。ある態様では、ヒト由来のＶＣＰに対する核酸配列を使用して、ヒトにおいてＶＣＰを発現させる。他の場合では、抗原エピトープに対する核酸配列は、対象に対して外因性の核酸配列である。ある態様では、非ヒト由来のＶＣＰに対する核酸配列を使用して、ヒトにおいてＶＣＰを発現させる。

いくつかの場合には、抗原性エピトープを発現させるために使用する核酸配列は、野生型核酸配列である。ある態様では、ある種のゲノム内に天然に存在するＶＣＰに対する核酸配列を使用して対象においてＶＣＰを発現させる。他の場合では、エピトープをコードする核酸配列は、合成核酸配列である。ある態様では、ある種のゲノム内に天然に存在するＶＣＰに対する核酸配列を、当業者に公知の分子技法を使用して改変し、それを使用して対象においてＶＣＰを発現させる。

ＶＣＰエピトープを発現させるために使用する核酸配列は、ポリペプチドの配列が配列番号３７〜４５から選択される配列と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％、または１００％同一であるポリペプチドをコードしてもよい。ＶＣＰエピトープを発現させるために使用する核酸配列は、ポリペプチドの配列が配列番号３７〜４５のうちの少なくとも８アミノ酸と少なくとも７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９９％、または１００％同一であるポリペプチドをさらにコードしてもよい。

本明細書に記載の組成物は、単一のプラスミド骨格上にコードされる短いエピトープを含有してよい。一部の態様では、短いエピトープは、４０個未満のアミノ酸を含んでよい。いくつかの場合には、プラスミド骨格は、１つの短いエピトープをコードする。他の場合では、本明細書に記載のプラスミドは、１つ超の短いエピトープをコードする。ある態様では、本明細書に記載の組成物は、２つの短いエピトープ、３つの短いエピトープ、４つの短いエピトープ、５つの短いエピトープ、６つの短いエピトープ、７つの短いエピトープ、８つの短いエピトープ、９つの短いエピトープ、１０個の短いエピトープ、１１個の短いエピトープ、１２個の短いエピトープ、１３個の短いエピトープ、１４個の短いエピトープ、１５個の短いエピトープ、１６個の短いエピトープ、１７個の短いエピトープ、１８個の短いエピトープ、１９個の短いエピトープ、２０個の短いエピトープまたは２０個超の短いエピトープをコードする。ある態様では、プラスミドは、６つ以下の短いエピトープをコードする。

一部の態様では、本明細書に記載の組成物は、単一のプラスミド骨格上にコードされる伸長エピトープを含有する。一部の態様では、伸長エピトープは、４０〜８０アミノ酸を含んでよい。いくつかの場合には、プラスミドは、１つの伸長エピトープをコードする。他の場合では、組成物は、１種超の伸長エピトープをコードする。ある態様では、プラスミドは、２つの伸長エピトープ、３つの伸長エピトープ、４つの伸長エピトープ、５つの伸長エピトープ、６つの伸長エピトープ、７つの伸長エピトープ、８つの伸長エピトープ、９つの伸長エピトープ、１０個の伸長エピトープ、１１個の伸長エピトープ、１２個の伸長エピトープ、１３個の伸長エピトープ、１４個の伸長エピトープ、１５個の伸長エピトープ、１６個の伸長エピトープ、１７個の伸長エピトープ、１８個の伸長エピトープ、１９個の伸長エピトープ、２０個の伸長エピトープまたは２０個超の伸長エピトープをコードする。ある態様では、プラスミドは、４つ以下の伸長エピトープをコードする。

本明細書に記載の結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんワクチンの組成物は、単一のプラスミド骨格上に短いエピトープおよび伸長エピトープを含有してよい。いくつかの場合には、プラスミドは、１つの短いエピトープを含む。他の場合では、本明細書に記載のプラスミドの組成物は、１つ超の短いエピトープを含む。ある態様では、本明細書に記載のプラスミドの組成物は、２つの短いエピトープ、３つの短いエピトープ、４つの短いエピトープ、５つの短いエピトープ、６つの短いエピトープ、７つの短いエピトープ、８つの短いエピトープ、９つの短いエピトープ、１０個の短いエピトープ、１１個の短いエピトープ、１２個の短いエピトープ、１３個の短いエピトープ、１４個の短いエピトープ、１５個の短いエピトープ、１６個の短いエピトープ、１７個の短いエピトープ、１８個の短いエピトープ、１９個の短いエピトープ、２０個の短いエピトープまたは２０個超の短いエピトープを含む。

プラスミドは、１つの伸長エピトープをコードしてよい。本明細書に記載の組成物は、１つ超の伸長エピトープをコードしてよい。ある態様では、本明細書に記載の組成物は、２つの伸長エピトープ、３つの伸長エピトープ、４つの伸長エピトープ、５つの伸長エピトープ、６つの伸長エピトープ、７つの伸長エピトープ、８つの伸長エピトープ、９つの伸長エピトープ、１０個の伸長エピトープ、１１個の伸長エピトープ、１２個の伸長エピトープ、１３個の伸長エピトープ、１４個の伸長エピトープ、１５個の伸長エピトープ、１６個の伸長エピトープ、１７個の伸長エピトープ、１８個の伸長エピトープ、１９個の伸長エピトープ、２０個の伸長エピトープまたは２０個超の伸長エピトープをコードする。

一部の態様では、エピトープをコードする１つ超の配列を含有する組成物に対するプラスミドは、各エピトープ配列の間にスペーサーを含有する。一部の態様では、スペーサーは、１０アミノ酸未満で構成される、間に入るアミノ酸配列を含む。いくつかの場合には、短いエピトープの配列は、スペーサーを使用せずにタンデムにコードされる。いくつかの場合には、伸長エピトープの配列は、スペーサーを使用せずにタンデムにコードされる。いくつかの場合には、短いエピトープの配列は、スペーサーを使用してタンデムにコードされる。いくつかの場合には、伸長エピトープの配列は、スペーサーを使用してタンデムにコードされる。

核酸配列を発現させるための医薬用途に適することが当業者に公知の任意のプラスミド骨格（例えば、ベクター）を本明細書に記載の組成物に使用することができる。

ベクターは環状プラスミドであっても直鎖状核酸であってもよい。環状プラスミドまたは直鎖状核酸は、適切な対象の細胞において特定のヌクレオチド配列の発現を導くことが可能であり得る。ベクターは、終結シグナルと作動可能に連結していてよい、ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列と作動可能に連結したプロモーターを有してよい。ベクターは、ヌクレオチド配列の適切な翻訳のために必要な配列も含有してよい。目的のヌクレオチド配列を含むベクターは、キメラであってもよく、つまり、当該ベクターの構成成分の少なくとも１つが当該ベクターの他の構成成分の少なくとも１つに対して異種性のものであることを意味する。発現カセットにおけるヌクレオチド配列の発現は、構成的プロモーターの制御下にあってもよく、宿主細胞がいくつかの特定の外部刺激に曝露した時にのみ転写を開始することができる誘導性プロモーターの制御下にあってもよい。

ベクターはプラスミドであってよい。プラスミドは細胞にポリペプチドをコードする核酸をトランスフェクトするために有用なものであってよく、形質転換された宿主細胞は、ポリペプチドの発現が起こる条件下で培養し、維持することができる。

プラスミドは、本明細書に開示されている種々のポリペプチドのうちの１つまたは複数をコードする核酸配列を含んでよい。単一のプラスミドは、単一のポリペプチドのコード配列、または１つ超のポリペプチドのコード配列を含有してよい。時には、プラスミドは、サイトカインなどの免疫賦活分子などのアジュバントをコードするコード配列をさらに含んでよい。

プラスミドは、コード配列の上流にあってよい開始コドン、およびコード配列の下流にあってよい終止コドンをさらに含んでよい。開始および終結コドンは、コード配列とインフレームであってよい。プラスミドは、コード配列と作動可能に連結したプロモーター、およびコード配列の上流のエンハンサーも含んでよい。エンハンサーは、ヒトアクチン、ヒトミオシン、ヒトヘモグロビン、ヒト筋肉クレアチン、またはＣＭＶ、ＦＭＤＶ、ＲＳＶもしくはＥＢＶに由来するものなどのウイルスエンハンサーであってもよい。ポリヌクレオチド機能増強は、米国特許第５，５９３，９７２号、同第５，９６２，４２８号、およびＷ０９４／０１６７３７に記載されている。

プラスミドは、真核生物または原核生物での発現のいずれかに適するものであってよい。プラスミドは、細菌（例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ）、昆虫、酵母、または哺乳動物供給源に由来してもよい。プラスミドは、無細胞発現系のためのものであってもよい。

適切な細菌プラスミドとしては、ｐＳＥ４２０、ｐｃＤＮＡＩ、ｐｃＤＮＡ３、ｐＡＣＹＣ１７７、ｐＡＳＫ７５、ｐＢＡＤベクターシリーズ、ｐＢＡＤＭベクターシリーズ、ｐＥＴベクターシリーズ、ｐＥＴＭベクターシリーズ、ｐＧＥＸベクターシリーズ、ｐＨＡＴ、ｐＨＡＴ２、ｐＭａｌ−ｃ２、ｐＭａｌ−ｐ２、ｐＱＥベクターシリーズ、ｐＲＳＥＴＡ、ｐＲＳＥＴＢ、ｐＲＳＥＴＣ、ｐＴｒｃＨｉｓ２シリーズ、ｐＺＡ３１−Ｌｕｃ、ｐＺＥ２１−ＭＣＳ−１、ｐＦＬＡＧＡＴＳ、ｐＦＬＡＧＣＴＳ、ｐＦＬＡＧＭＡＣ、ｐＦＬＡＧシフト−１２ｃ、ｐＴＡＣ−ＭＡＴ−１、ｐＦＬＡＧＣＴＣ、またはｐＴＡＣ−ＭＡＴ−２を挙げることができる。

例示的な昆虫プラスミドとしては、ＭＡＸＢＡＣ（商標）、ｐＦａｓｔＢａｃ１、ｐＦａｓｔＢａｃＤＵＡＬ、ｐＦａｓｔＢａｃＥＴ、ｐＦａｓｔＢａｃＨＴａ、ｐＦａｓｔＢａｃＨＴｂ、ｐＦａｓｔＢａｃＨＴｃ、ｐＦａｓｔＢａｃＭ３０ａ、ｐＦａｓｔＢａｃｔＭ３０ｂ、ｐＦａｓｔＢａｃ、Ｍ３０ｃ、ｐＶＬ１３９２、ｐＶＬ１３９３、ｐＶＬ１３９３Ｍ１０、ｐＶＬ１３９３Ｍ１１、ｐＶＬ１３９３Ｍ１２、ｐＰｏｌｈ−ＦＬＡＧ１もしくはｐＰｏｌｈ−ＭＡＴ２などのＦＬＡＧベクター、またはｐＰｏｌｈ−ＭＡＴ１もしくはｐＰｏｌｈ−ＭＡＴ２などのＭＡＴベクターを挙げることができる。

酵母プラスミドとしては、ｐＹＥＳ２、Ｇａｔｅｗａｙ（登録商標）ｐＤＥＳＴ（商標）１４ベクター、Ｇａｔｅｗａｙ（登録商標）ｐＤＥＳＴ（商標）１５ベクター、Ｇａｔｅｗａｙ（登録商標）ｐＤＥＳＴ（商標）１７ベクター、Ｇａｔｅｗａｙ（登録商標）ｐＤＥＳＴ（商標）２４ベクター、Ｇａｔｅｗａｙ（登録商標）ｐＹＥＳ−ＤＥＳＴ５２ベクター、ｐＢＡＤ−ＤＥＳＴ４９Ｇａｔｅｗａｙ（登録商標）デスティネーションベクター（ｄｅｓｔｉｎａｔｉｏｎｖｅｃｔｏｒ）、ｐＡＯ８１５Ｐｉｃｈｉａベクター、ｐＴＥＦ１／Ｚｅｏ、ｐＹＥＳ２酵母ベクター、ｐＹＥＳ２／ＣＴ酵母ベクター、ｐＹＥＳ２／ＮＴＡ、ＢおよびＣ酵母ベクター、またはｐＹＥＳ３／ＣＴ酵母ベクターを挙げることができる。

例示的な哺乳動物プラスミドとしては、ｐＵＭＶＣ３、ｐＶＡＸＩ、ｐＣＥＰ４、ｐＲＥＰ４、ｐＭＣＰ−ｔａｇ（ｍ）、ｐＴＡＲＧＥＴ（商標）、ＦｒｅｅＳｔｙｌｅ（商標）２９３ｓｙｓｔｅｍ、ｐＦＬＡＧ−ＣＭＶ３、ｐＦＬＡＧ−Ｍｙｃ−ＣＭＶ２１、ｐ３ｘＦＬＡＧ−Ｍｙｃ−ＣＭＶ２５、ｐＢＩＣＥＰ−ＣＭＶ１、ｐＢＩＣＥＰ−ＣＭＶ２、またはＥｘｐｉ２９３（商標）ｓｙｓｔｅｍを挙げることができる。

無細胞系のための例示的なプラスミドとしては、ｐＦ２５ＫＩＣＥＴ７Ｆｌｅｘｉ（登録商標）ベクター、ｐＦ３ＡＷＧ（ＢＹＤＶ）Ｆｌｅｘｉ（登録商標）ベクター、ｐＴＮＴ（商標）、またはｐＣＭＶＴＮＴ（商標）ベクターを挙げることができる。

プラスミドは、プラスミドを投与する細胞における遺伝子発現に十分に適合させることができる調節配列も含んでよい。コード配列は、宿主細胞におけるコード配列のより効率的な転写を可能にし得るコドンを含んでよい。

いくつかの場合には、ベクターは、細胞のゲノムへの統合により標的細胞を形質転換したりまたは染色体外に存在したりすることが可能な環状プラスミド（例えば、複製開始点を有する自律複製プラスミド）である。例示的なベクターとしては、ｐＶＡＸ、ｐｃＤＮＡ３．０、またはｐｒｏｖａｘ、または、抗原をコードするＤＮＡを発現させることができ、細胞が、免疫系によって認識される抗原に対する配列を翻訳することを可能にする任意の他の発現ベクターが挙げられる。

核酸に基づくワクチンは、電気穿孔によって対象に効率的に送達し、本明細書に開示されている１つまたは複数のポリペプチドを発現させることが可能な直鎖状核酸ワクチンまたは直鎖状発現カセット（「ＬＥＣ」）であってもよい。ＬＥＣは、いかなるリン酸骨格も欠く任意の直鎖状ＤＮＡであってよい。ＤＮＡは、本明細書に開示されている１つまたは複数のポリペプチドをコードしてもよい。ＬＥＣは、プロモーター、イントロン、終止コドン、および／またはポリアデニル化シグナルを含有してよい。ポリペプチドの発現は、プロモーターによって制御することができる。ＬＥＣは、いかなる抗生物質耐性遺伝子および／またはリン酸骨格も含有しないものであってよい。ＬＥＣは、ポリペプチド発現には無関係の他の核酸配列を含有しないものであってよい。

ＬＥＣは、直線化することが可能な任意のプラスミドに由来してもよい。プラスミドは、ポリペプチドを発現させることができる。例示的なプラスミドとしては、ｐＮＰ（プエルトリコ／３４）、ｐＭ２（ニューカレドニア／９９）、ＷＬＶ００９、ｐＶＡＸ、ｐｃＤＮＡ３．０、ｐｒｏｖａｘ、または、抗原をコードするＤＮＡを発現させることができ、細胞が、免疫系によって認識される抗原に対する配列を翻訳することを可能にする任意の他の発現ベクターが挙げられる。

組成物は、短い抗原エピトープおよび伸長抗原エピトープを含有するプラスミドに基づくワクチンであってよい。ある態様では、ワクチンのプラスミド（単数または複数）は、４ｋＢのプラスミド骨格（例えば、ｐＵＭＶＣ３またはｐＮＧＶＬ３）を使用して構築される。一部の態様では、プラスミドは、１つまたは複数の抗生物質耐性遺伝子を含有する。他の態様では、プラスミドは、カナマイシン耐性遺伝子、カルベニシリン耐性遺伝子、アンピシリン耐性遺伝子、アクチノマイシンＤ耐性遺伝子、ストレプトマイシン耐性遺伝子、ネオマイシン耐性遺伝子、ポリミキシン耐性遺伝子、もしくはゼオシン耐性遺伝子、またはこれらの組合せを含有する。ある態様では、ｐＵＭＶＣ３は、細菌における選択および繁殖のために複製開始点に加えてカナマイシン耐性遺伝子を含有する。いくつかの場合には、真核細胞における挿入配列（例えば、遺伝子カセット）の発現を促進するために、ｐＵＭＶＣ３内の多重クローニング部位に真核生物転写制御エレメントを隣接させる。ある態様では、挿入配列はエピトープである。

ある態様では、抗原エピトープペプチドの核酸コード配列を、プラスミド骨格内にＫｏｚａｋコンセンサス翻訳開始配列、終結コドン、およびクローニング部位と集合させる。合成オリゴヌクレオチド、ポリメラーゼ連鎖反応増幅、制限エンドヌクレアーゼ、および核酸リガーゼ（例えば、ＤＮＡリガーゼ）を含む当業者に公知の標準の分子技法を使用して、核酸（例えば、ＤＮＡ断片）を生成し、核酸断片をプラスミドベクター骨格に挿入することができる。

いくつかの場合には、プラスミドは、少なくとも１つのタグをコードする核酸配列を含有する。いくつかの場合には、タグはペプチドに翻訳される。当業者に公知のタグの任意の核酸配列を本明細書に記載のプラスミドと一緒に使用することができる。ある態様では、タグは、３つのヒスチジン残基を有するヒスチジンタグ、４つのヒスチジン残基を有するヒスチジンタグ、５つのヒスチジン残基を有するヒスチジンタグ、または６つのヒスチジン残基を有するヒスチジンタグなどである。一部の態様では、当業者に公知の任意の適切な技法を使用して、対象におけるタグの発現を決定する。

いくつかの場合には、当業者に公知の任意の配列決定技法を使用してプラスミドの配列決定を行い、したがって、配列決定技法の結果により、プラスミド全体のヌクレオチドレベルの分解能がもたらされる。

一部の態様では、組成物は、多抗原がんワクチン（例えば、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がんワクチン）である。ある態様では、多抗原がんワクチン（例えば、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がんワクチン）は、複数の抗原を含有する。いくつかの場合には、１つの抗原の発現が、異なる抗原の発現に影響を及ぼす。いくつかの場合には、１つ超の抗原の発現が、異なる抗原の発現に影響を及ぼす。いくつかの場合には、１つの抗原の発現が、１つ超の異なる抗原の発現に影響を及ぼす。いくつかの場合には、１つの抗原の発現は、異なる抗原の発現に影響を及ぼさない。いくつかの場合には、１つ超の抗原の発現は、異なる抗原の発現に影響を及ぼさない。いくつかの場合には、１つの抗原の発現は、１つ超の異なる抗原の発現に影響を及ぼさない。ある態様では、抗原競合により多抗原ワクチンの免疫原性が限定される。一部の態様では、当業者に公知の任意の技法を使用して、多抗原ワクチンの投与後に引き出される免疫応答が単一の抗原ワクチンとしての各抗原と同等の規模のものであるかどうかを決定する。ある態様では、ＥＬＩＳＰＯＴ（例えば、ＩＦＮ−γの分泌に関して）により、免疫応答の規模を決定する。いくつかの場合には、ＥＬＩＳＰＯＴにより、齧歯類、非ヒト霊長類またはヒトペプチドを検出する。

核酸
単離された核酸分子とは、その天然の環境から取り出された（すなわち、ヒトによる操作に供された）核酸分子であり、その天然の環境とは、核酸分子が天然に見いだされるゲノムまたは染色体である。そのように、「単離された」とは、核酸分子が精製された程度を必ずしも反映しないが、その分子が、核酸分子が天然に見いだされるゲノム全体または染色体全体を含まないことを示す。単離された核酸分子は遺伝子を含んでよい。遺伝子を含む単離された核酸分子は、そのような遺伝子を含む染色体の断片ではなく、遺伝子に付随するコード領域および調節領域を含むが、同じ染色体上に天然に見いだされる追加の遺伝子は含まない。単離された核酸分子は、指定の核酸配列に通常は天然では隣接しない追加の核酸が隣接する（すなわち、配列の５’末端および／または３’末端において）指定の核酸配列（すなわち、異種配列）も含んでよい。単離された核酸分子は、ＤＮＡ、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ）、またはＤＮＡもしくはＲＮＡのいずれかの誘導体（例えば、ｃＤＮＡ）を含んでよい。「核酸分子」という句は物理的な核酸分子を主に指し、「核酸配列」という句は核酸分子上のヌクレオチドの配列を主に指すが、この２つの句は、特にタンパク質またはタンパク質のドメインをコードすることが可能な核酸分子または核酸配列に関して、互換的に使用することができる。

単離された核酸分子は、ゲノムＤＮＡとｃＤＮＡの両方のＤＮＡ、ＲＮＡ、またはハイブリッドを含んでよく、核酸は、デオキシリボヌクレオチドとリボヌクレオチドの組合せ、ならびにウラシル、アデニン、チミン、シトシン、グアニン、イノシン、キサンチン、ヒポキサンチン、イソシトシンおよびイソグアニンを含めた塩基の組合せを含有してよい。核酸は、化学合成方法によってまたは組換え方法によって得ることができる。「核酸分子」という句は物理的な核酸分子を主に指し、「核酸配列」という句は核酸分子上のヌクレオチドの配列を主に指すが、この２つの句は、特にタンパク質またはタンパク質のドメインをコードすることが可能な核酸分子または核酸配列に関して、互換的に使用することができる。

核酸分子とは、共有結合によって連結した少なくとも２つのヌクレオチドを指し得る。本明細書に記載の核酸は、リン酸ジエステル結合を含有してよいが、いくつかの場合には、下に概説されている通り（例えばプライマーおよび標識プローブなどのプローブの構築において）、例えば、ホスホルアミド（Beaucageら、Tetrahedron ４９巻（１０号）：１９２５頁（１９９３年）およびその中の参考文献；Letsinger, J. Org. Chem. ３５巻：３８００頁（１９７０年）；Sprinzlら、Eur. J. Biochem. ８１巻：５７９頁（１９７７年）；Letsingerら、Nucl. Acids Res. １４巻：３４８７頁（１９８６年）；Sawaiら、Chem. Lett. ８０５頁（１９８４年）、Letsingerら、J. Am. Chem. Soc. １１０巻：４４７０頁（１９８８年）；およびPauwelsら、Chemica Scripta ２６巻：１４１頁（１９８６年））、ホスホロチオエート（Magら、Nucleic Acids Res. １９巻：１４３７頁（１９９１年）；および米国特許第５，６４４，０４８号）、ホスホロジチオエート（Briuら、J. Am. Chem. Soc. １１１巻：２３２１頁（１９８９年））、Ｏ−メチルホスホロアミダイト連結（Eckstein, Oligonucleotides and Analogues: A Practical Approach、Oxford University Pressを参照されたい）、ならびにペプチド核酸（本明細書では「ＰＮＡ」とも称される）骨格および連結（その全てが参照により組み込まれる、Egholm、J. Am. Chem. Soc. １１４巻：１８９５頁（１９９２年）；Meierら、Chem. Int. Ed. Engl. ３１巻：１００８頁（１９９２年）；Nielsen、Nature、３６５巻：５６６頁（１９９３年）；Carlssonら、Nature ３８０巻：２０７頁（１９９６年）を参照されたい）を含む代替の骨格を有し得る核酸類似体が含まれる。他の類似体核酸としては、ロックド核酸（本明細書では「ＬＮＡ」とも称される）、Koshkinら、J. Am. Chem. Soc. １２０巻、１３２５２〜３頁（１９９８年）；陽性骨格（Denpcyら、Proc. Natl. Acad. Sci. USA ９２巻：６０９７頁（１９９５年））；非イオン性骨格（米国特許第５，３８６，０２３号、同第５，６３７，６８４号、同第５，６０２，２４０号、同第５，２１６，１４１号および同第４，４６９，８６３号；Kiedrowshiら、Angew. Chem. Intl. Ed. English ３０巻：４２３頁（１９９１年）；Letsingerら、J. Am. Chem. Soc. １１０巻：４４７０頁（１９８８年）；Letsingerら、Nucleoside & amp；Nucleotide １３巻：１５９７頁（１９９４年）；第２章および第３章、ASCSymposium Series ５８０巻、「Carbohydrate Modifications inAntisense Research」、Y. S. SanghuiおよびP. Dan Cook編；Mesmaekerら、Bioorganic & Medicinal Chem. Lett. ４巻：３９５頁（１９９４年）；Jeffsら、J. Biomolecular NMR ３４巻：１７頁（１９９４年）；Tetrahedron Lett. ３７巻：７４３頁（１９９６年））、ならびに、米国特許第５，２３５，０３３号および同第５，０３４，５０６号、および第６章および第７章、ASC Symposium Series ５８０巻、「CarbohydrateModifications in Antisense Research」、Y. S. SanghuiおよびP. Dan Cook編に記載されているものを含めた非リボース骨格を含めた、二環構造を有するものが挙げられる。１つまたは複数の炭素環式糖を含有する核酸も核酸の定義に包含される（Jenkinsら、Chem. Soc. Rev.（１９９５年）、１６９〜１７６頁を参照されたい）。いくつかの核酸類似体は、Rawls、C & E News、１９９７年６月２日、３５頁に記載されている。「ロックド核酸」も核酸類似体の定義に包含される。ＬＮＡは、リボース環が、２’−Ｏ原子と４’−Ｃ原子を接続するメチレン橋によって「ロック」された核酸類似体のクラスである。これらの参考文献は全て、これにより明白に参照により組み込まれる。これらのリボース−リン酸骨格の修飾は、そのような分子の生理的環境における安定性および半減期を増大するために行うことができる。例えば、ＰＮＡ：ＤＮＡおよびＬＮＡ−ＤＮＡハイブリッドはより高い安定性を示す可能性があり、したがって、一部の実施形態において使用することができる。標的核酸は、規定の通り一本鎖であっても二本鎖であってもよく、または、二本鎖もしくは一本鎖配列の両方の部分を含有する。適用に応じて、核酸は、ＤＮＡ（例えば、ゲノムＤＮＡ、ミトコンドリアＤＮＡ、およびｃＤＮＡを含む）、ＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡおよびｒＲＮＡを含む）またはハイブリッドであってよく、核酸は、デオキシリボヌクレオチドとリボヌクレオチドの任意の組合せ、および、ウラシル、アデニン、チミン、シトシン、グアニン、イノシン、キサンチン（xathanine）、ヒポキサンチン（hypoxathanine）、イソシトシン、イソグアニンなどを含めた塩基の任意の組合せを含有する。

組換え核酸分子は、トランスフェクトされる細胞における核酸分子（複数可）の発現を有効に調節することができる任意の転写制御配列の少なくとも１つと作動可能に連結した、本明細書に記載の１つまたは複数のタンパク質のいずれかをコードする任意の核酸配列の少なくとも１つを含み得る分子である。「核酸分子」という句は物理的な核酸分子を主に指し、「核酸配列」という句は核酸分子上のヌクレオチドの配列を主に指すが、この２つの句は、特にタンパク質をコードすることが可能な核酸分子または核酸配列に関して、互換的に使用することができる。さらに、「組換え分子」という句は転写制御配列と作動可能に連結した核酸分子を主に指すが、動物に投与される「核酸分子」という句と互換的に使用することができる。

組換え核酸分子は、任意の核酸配列、一般には異種配列であり、本発明の融合タンパク質をコードする単離された核酸分子と作動可能に連結しており、融合タンパク質の組換えによる産生を可能にすることができ、本発明に従って核酸分子を宿主細胞に送達することができる、組換えベクターを含む。そのようなベクターは、ベクター内に挿入される単離された核酸分子と天然には隣接して見いだされない核酸配列を含有してよい。ベクターは、ＲＮＡまたはＤＮＡのいずれであってもよく、原核生物または真核生物のいずれであってもよく、本発明では、ウイルスまたはプラスミドであることが好ましい。組換えベクターは、クローニング、配列決定、および／または核酸分子の他の操作において使用することができ、そのような分子の送達において使用することができる（例えば、ＤＮＡ組成物またはウイルスベクターに基づく組成物などの場合）。組換えベクターは、核酸分子を発現させるために使用することが好ましく、発現ベクターとも称することができる。好ましい組換えベクターは、トランスフェクトされた宿主細胞において発現させることが可能である。

一部の態様では、組換え分子は、転写制御配列、翻訳制御配列、複製開始点、および宿主細胞に適合し、本発明の核酸分子の発現を制御する他の調節配列などの調節配列を含有する発現ベクターと作動可能に連結した核酸分子を包含する。ある態様では、組換え分子は、１つまたは複数の発現制御配列と作動可能に連結した核酸分子を包含する。「作動可能に連結した」という句は、宿主細胞がトランスフェクト（すなわち、形質転換、形質導入またはトランスフェクト）された際に核酸分子が発現されるように、核酸分子を発現制御配列に連結することを指す。

医薬組成物
一部の態様では、本開示の免疫原性組成物は、対象にｉｎｖｉｖｏ投与するためのワクチンとして製剤化することが好ましく、したがって、それらにより、許容される対象の百分率についての各抗原性構成成分についての抗体保有率に関する基準よりも優れた抗体価が付与される。付随する抗体価が、対象が抗原に対してセロコンバージョンすると考えられるものを超える抗原が周知であり、そのような力価は、ＷＨＯなどの組織により公開されている。一部の態様では、好ましくは統計的に有意な対象の試料の８０％超、より好ましくは９０％超、さらに好ましくは９３％超、最も好ましくは９６〜１００％がセロコンバージョンする。

一部の態様では、本開示の免疫原性組成物は、アジュバント添加することが好ましい。適切なアジュバントとしては、水酸化アルミニウムゲル（アラム）もしくはリン酸アルミニウムなどのアルミニウム塩、カルシウム、鉄もしくは亜鉛の塩、またはアシル化チロシンもしくはアシル化糖の不溶性懸濁剤、陽イオン性もしくは陰イオン性に誘導体化された多糖、またはポリホスファゼンが挙げられる。

時には、アジュバントは、ＴＨ１型応答を引き出すことができる。他の時には、アジュバントは、ＴＨ２型応答を引き出すことができる。ＴＨ１型応答は、ＩＦＮ−γなどのサイトカインの産生を特徴とし得、対照的に、ＴＨ２型応答は、ＩＬ−４、ＩＬ−５およびＩＬ−１０などのサイトカインの産生を特徴とし得る。

一部の態様では、アジュバントは、免疫応答の細胞媒介性枝を補助するために、ＴＨ１型の応答の優先的な誘導因子になるように選択する。

適切なアジュバントとしては、サイトカインなどの刺激性分子を挙げることができる。サイトカインの非限定的な例としては、ＣＣＬ２０、ａ−インターフェロン（ＩＦＮ−ａ）、β−インターフェロン（ＩＦＮ−β）、γ−インターフェロン、血小板由来増殖因子（ＰＤＧＦ）、ＴＮＦａ、ＴＮＦｐ、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）、上皮増殖因子（ＥＧＦ）、皮膚Ｔ細胞誘引ケモカイン（ＣＴＡＣＫ）、上皮胸腺発現ケモカイン（ＴＥＣＫ）、粘膜関連上皮ケモカイン（ＭＥＣ）、ＩＬ−１２、ＩＬ−１５、ＩＬ−２８、ＭＨＣ、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−１０、ＩＬ−１８、ＭＣＰ−１、ＭＩＰ−１ａ、ＭＩＰ−１−、ＩＬ−８、Ｌ−セレクチン、Ｐ−セレクチン、Ｅ−セレクチン、ＣＤ３４、ＧｌｙＣＡＭ−１、ＭａｄＣＡＭ−１、ＬＦＡ−１、ＶＬＡ−１、Ｍａｃ−１、ｐｌ５０．９５、ＰＥＣＡＭ、ＩＣＡＭ−１、ＩＣＡＭ−２、ＩＣＡＭ−３、ＣＤ２、ＬＦＡ−３、Ｍ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、ＩＬ−１８の突然変異形態、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、血管増殖因子、線維芽細胞増殖因子、ＩＬ−７、神経増殖因子、血管内皮増殖因子、Ｆａｓ、ＴＮＦ受容体、Ｆｉｔ、Ａｐｏ−１、ｐ５５、ＷＳＬ−１、ＤＲ３、ＴＲＡＭＰ、Ａｐｏ−３、ＡＩＲ、ＬＡＲＤ、ＮＧＲＦ、ＤＲ４、ＤＲＳ、ＫＩＬＬＥＲ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ２、ＴＲＩＣＫ２、ＤＲ６、カスパーゼＩＣＥ、Ｆｏｓ、ｃ−ｊｕｎ、Ｓｐ−１、Ａｐ−１、Ａｐ−２、ｐ３８、ｐ６５Ｒｅｌ、ＭｙＤ８８、ＩＲＡＫ、ＴＲＡＦ６、ＩｋＢ、不活性ＮＩＫ、ＳＡＰＫ、ＳＡＰ−Ｉ、ＪＮＫ、インターフェロン応答遺伝子、ＮＦｋＢ、Ｂａｘ、ＴＲＡＩＬ、ＴＲＡＩＬｒｅｃ、ＴＲＡＩＬｒｅｃＤＲＣ５、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＴＲＡＩＬ−Ｒ４、ＲＡＮＫ、ＲＡＮＫＬＩＧＡＮＤ、Ｏｘ４０、Ｏｘ４０ＬＩＧＡＮＤ、ＮＫＧ２Ｄ、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＮＫＧ２Ａ、ＮＫＧ２Ｂ、ＮＫＧ２Ｃ、ＮＫＧ２Ｅ、ＮＫＧ２Ｆ、ＴＡＰＩ、およびＴＡＰ２が挙げられる。いくつかの場合には、アジュバントは、顆粒球マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）である。

追加のアジュバントとしては、ＭＣＰ−１、ＭＩＰ−１ａ、ＭＩＰ−１ｐ、ＩＬ−８、ＲＡＮＴＥＳ、Ｌ−セレクチン、Ｐ−セレクチン、Ｅ−セレクチン、ＣＤ３４、ＧｌｙＣＡＭ−１、ＭａｄＣＡＭ−１、ＬＦＡ−１、ＶＬＡ−１、Ｍａｃ−１、ｐｌ５０．９５、ＰＥＣＡＭ、ＩＣＡＭ−１、ＩＣＡＭ−２、ＩＣＡＭ−３、ＣＤ２、ＬＦＡ−３、Ｍ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ、ＩＬ−４、ＩＬ−１８の突然変異形態、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ、血管増殖因子、線維芽細胞増殖因子、ＩＬ−７、ＩＬ−２２、神経増殖因子、血管内皮増殖因子、Ｆａｓ、ＴＮＦ受容体、Ｆｉｔ、Ａｐｏ−１、ｐ５５、ＷＳＬ−１、ＤＲ３、ＴＲＡＭＰ、Ａｐｏ−３、ＡＩＲ、ＬＡＲＤ、ＮＧＲＦ、ＤＲ４、ＤＲ５、ＫＩＬＬＥＲ、ＴＲＡＩＬ−Ｒ２、ＴＲＩＣＫ２、ＤＲ６、カスパーゼＩＣＥ、Ｆｏｓ、ｃ−ｊｕｎ、Ｓｐ−１、Ａｐ−１、Ａｐ−２、ｐ３８、ｐ６５Ｒｅｌ、ＭｙＤ８８、ＩＲＡＫ、ＴＲＡＦ６、ＩｋＢ、不活性ＮＩＫ、ＳＡＰＫ、ＳＡＰ−１、ＪＮＫ、インターフェロン応答遺伝子、ＮＦｋＢ、Ｂａｘ、ＴＲＡＩＬ、ＴＲＡＩＬｒｅｃ、ＴＲＡＩＬｒｅｃＤＲＣ５、ＴＲＡＩＬ−Ｒ３、ＴＲＡＩＬ−Ｒ４、ＲＡＮＫ、ＲＡＮＫＬＩＧＡＮＤ、Ｏｘ４０、Ｏｘ４０ＬＩＧＡＮＤ、ＮＫＧ２Ｄ、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＮＫＧ２Ａ、ＮＫＧ２Ｂ、ＮＫＧ２Ｃ、ＮＫＧ２Ｅ、ＮＫＧ２Ｆ、ＴＡＰ１、ＴＡＰ２、およびそれらの機能性断片が挙げられる。

一部の態様では、アジュバントは、ｔｏｌｌ様受容体のモジュレーターであってよい。ｔｏｌｌ様受容体のモジュレーターの例としては、ＴＬＲ−９アゴニストが挙げられ、また、イミキモドなどのｔｏｌｌ様受容体の小分子モジュレーターに限定されない。本明細書の記載のワクチンと組み合わせて使用されるアジュバントの他の例として、サポニン、ＣｐＧＯＤＮなどを挙げるこができ、これらに限定されない。

時には、アジュバントは、水酸化アルミニウムゲル（アラム）、リン酸アルミニウムなどのアルミニウム塩、カルシウム、鉄または亜鉛の塩を含んでよく、またはアシル化チロシンもしくはアシル化糖の不溶性懸濁剤、陽イオン性もしくは陰イオン性に誘導体化された多糖、またはポリホスファゼンであってよい。

時には、アジュバントは、完全フロイントアジュバント（ＣＦＡ）であってよい。完全フロイントアジュバントは、抗体産生の刺激に関与し得る、熱により死滅させたマイコバクテリアを含有してよい。

アジュバントは、不完全フロイントアジュバント（ＩＦＡ）も含んでよい。油中水（ｗ／ｏ）エマルションである不完全フロイントアジュバントは、注射部位における貯留の形成および抗体を産生する形質細胞の刺激を通じてＴｈ２に偏った応答を引き出すことができる。

一部の態様では、主にＴｈ１応答を促進する適切なアジュバント系として、モノホスホリルリピドＡまたはその誘導体、特に３−ｄｅ−Ｏ−アシル化モノホスホリルリピドＡ、およびモノホスホリルリピドＡ、好ましくは３−ｄｅ−Ｏ−アシル化モノホスホリルリピドＡ（３Ｄ−ＭＰＬ）とアルミニウム塩の組合せが挙げられる。一部の態様では、増強された系は、モノホスホリルリピドＡとサポニン誘導体の組合せ、特に、ＷＯ９４／００１５３に開示されているＱＳ２１と３Ｄ−ＭＰＬの組合せ、または、ＷＯ９６／３３７３９に開示されている通り、ＱＳ２１がコレステロールでクエンチされる、反応源性がより低い組成物を伴う。一部の態様では、特に強力なアジュバント製剤は、ＷＯ９５／１７２１０に記載の通り、ＱＳ２１、３Ｄ−ＭＰＬおよびトコフェロールを水中油エマルションとして伴う。一部の態様では、ワクチンは、サポニン、より好ましくはＱＳ２１をさらに含む。一部の態様では、製剤はまた、水中油エマルションおよびトコフェロールも含む（ＷＯ９５／１７２１０）。一部の態様では、オリゴヌクレオチドを含有する非メチル化ＣｐＧ（ＷＯ９６／０２５５５）もＴＨ１応答の優先的な誘導因子であり、本開示における使用に適する。

一部の態様では、アルミニウム塩は、上記の免疫原性組成物において好ましいアジュバントである。一部の態様では、本開示の組成物中のアジュバント（特にアルミニウム塩）のレベルを最小限にするために、多糖コンジュゲートにはアジュバント添加しない。

一部の態様では、本開示によるワクチンは、アジュバントまたは免疫賦活薬、例えば、これらに限定されないが、任意の供給源に由来する無毒化リピドＡおよびリピドＡの無毒性誘導体、サポニンならびにＴＨ１型応答を刺激することが可能な他の試薬などをさらに含む。腸内細菌リポ多糖（ＬＰＳ）は、免疫系の強力な刺激物質であるが、アジュバントとしてのその使用は、その毒作用により縮小されることが長年にわたり公知である。還元末端グルコサミンからコア炭水化物基およびリン酸を除去することによって作製されるＬＰＳの無毒性誘導体であるモノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬ）はRibiら（１９８６年、Immunology andImmunopharmacology of bacterial endotoxins、Plenum Publ.Corp.、NY、４０７〜４１９頁）により記載されている。

ＭＰＬのさらなる無毒化バージョンは二糖骨格の３位からアシル鎖を除去することにより生じ、３−Ｏ−脱アシル化モノホスホリルリピドＡ（３Ｄ−ＭＰＬ）と称される。一部の態様では、３Ｄ−ＭＰＬは、ジホスホリルリピドＡおよびその３−Ｏ−脱アシル化バリアントの調製も開示されている参考文献であるＧＢ２１２２２０４Ｂにおいて教示されている方法によって精製および調製される。

３Ｄ−ＭＰＬの好ましい形態は、直径０．２μｍ未満の小さな粒子サイズを有するエマルションの形態であり、その製造方法は、ＷＯ９４／２１２９２に開示されている。モノホスホリルリピドＡおよび界面活性物質を含む水性製剤はＷＯ９８４３６７０Ａ２に記載されている。一部の態様では、本開示の組成物中に製剤化される細菌リポ多糖由来のアジュバントは、細菌供給源から精製および処理され、あるいは合成品である。ある態様では、精製されたモノホスホリルリピドＡは、Ribiら、１９８６年（上記）に記載されており、Ｓａｌｍｏｎｅｌｌａｓｐ．に由来する３−Ｏ−脱アシル化モノホスホリルまたはジホスホリルリピドＡは、ＧＢ２２２０２１１およびＵＳ４９１２０９４に記載されている。他の精製および合成リポ多糖が記載されている（Hilgersら、１９８６年、Int. ArchAllergy. Immunol、７９巻（４号）：３９２〜６頁；Hilgersら、１９８７年、Immunology、６０巻（１号）：１４１〜６頁；およびＥＰ０５４９０７４Ｂ１）。一部の態様では、特に好ましい細菌リポ多糖アジュバントは３Ｄ−ＭＰＬである。

したがって、一部の態様では、本開示に使用されるＬＰＳ誘導体は、構造がＬＰＳまたはＭＰＬまたは３Ｄ−ＭＰＬのものと類似した免疫賦活薬である。本開示の別の態様では、ＬＰＳ誘導体は、上記のＭＰＬの構造に対する下位部分であるアシル化単糖である。

サポニンは、Lacaille-Dubois, MおよびWagner H.（１９９６年、A review of the biological and pharmacological activities of saponins.Phytomedicine ２巻、３６３〜３８６頁）において教示されている。サポニンは、植物および海洋動物界に広範に分布しているステロイドまたはトリテルペン配糖体である。サポニンは、振とうすると発泡するコロイド水溶液を形成すること、およびコレステロールを沈殿させることが知られている。サポニンが細胞膜の近くにあると、サポニンにより膜にポア様構造が創出され、それにより膜の破裂が引き起こされる。赤血球の溶血がこの現象の例であり、これは、全てではないが、ある特定のサポニンの性質である。

サポニンは、全身投与用のワクチンにおけるアジュバントとして公知である。個々のサポニンのアジュバントおよび溶血活性は当技術分野において広範囲にわたって研究されている（Lacaille-DuboisおよびWagner、上記）。例えば、ＱｕｉｌＡ（南アメリカの木、ＱｕｉｌｌａｊａＳａｐｏｎａｒｉａＭｏｌｉｎａの樹皮に由来する）およびその画分が、ＵＳ５，０５７，５４０および「Saponins as vaccine adjuvants」、Kensil, C. R.、CritRev TherDrug Carrier Syst、１９９６年、１２巻（１〜２号）：１〜５５頁；およびＥＰ０３６２２７９Ｂ１に記載されている。

ＱｕｉｌＡの画分を含む、免疫刺激複合体（ＩＳＣＯＭＳ）と称される粒子構造は溶血性であり、ワクチンの製造に使用されている（Morein, B.、ＥＰ０１０９９４２Ｂ１；ＷＯ９６／１１７１１；ＷＯ９６／３３７３９）。溶血性サポニンＱＳ２１およびＱＳ１７（ＱｕｉｌＡのＨＰＬＣにより精製された画分）が強力な全身性アジュバントとして記載されており、それらの作製方法は米国特許第５，０５７，５４０号およびＥＰ０３６２２７９Ｂ１に開示されている。全身ワクチン接種研究に使用されている他のサポニンとしては、ＧｙｐｓｏｐｈｉｌａおよびＳａｐｏｎａｒｉａなどの他の植物種に由来するものが挙げられる（Bomfordら、Vaccine、１０巻（９号）：５７２〜５７７頁、１９９２年）。

一部の態様では、増強された系は、無毒性リピドＡ誘導体とサポニン誘導体の組合せ、特に、ＷＯ９４／００１５３に開示されているＱＳ２１と３Ｄ−ＭＰＬの組合せ、または、ＷＯ９６／３３７３９に開示されている通り、ＱＳ２１がコレステロールでクエンチされる、反応源性がより低い組成物を伴う。

一部の態様では、特に強力なアジュバント製剤は、ＷＯ９５／１７２１０に記載の通り、ＱＳ２１および３Ｄ−ＭＰＬを水中油エマルションとして伴い、これは好ましい製剤である。

したがって、本開示のある態様では、無毒化リピドＡまたはリピドＡの無毒性誘導体を用いてアジュバント添加した、より好ましくはモノホスホリルリピドＡまたはその誘導体を用いてアジュバント添加した、本開示の抗原調製物を含むワクチンが提供される。

一部の態様では、ワクチンは、サポニン、より好ましくはＱＳ２１をさらに含むことが好ましい。一部の態様では、製剤は、水中油エマルションをさらに含むことが好ましい。本開示は、本開示の抗原調製物を３Ｄ−ＭＰＬなどの薬学的に許容される賦形剤と混合するステップを含むワクチン製剤を作製するための方法も提供する。

一部の態様では、本開示によるアジュバント添加したワクチン製剤中に存在することが好ましい追加の構成成分としては、本明細書に記載のオクトキシノールおよびポリオキシエチレンエステル、特にｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール（ＴｒｉｔｏｎＸ−１００）およびポリオキシエチレンソルビタンモノオレエート（Ｔｗｅｅｎ８０）などの非イオン性界面活性剤；ならびに本明細書に記載の胆汁酸塩またはコール酸誘導体、特にデオキシコール酸ナトリウムまたはタウロデオキシコール酸が挙げられる。したがって、一部の態様では、特に好ましい製剤は、皮内適用に適したワクチンをもたらすために抗原調製物と組み合わせることができる３Ｄ−ＭＰＬ、ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、Ｔｗｅｅｎ８０およびデオキシコール酸ナトリウムを含む。

一部の態様では、本開示の１つの好ましい場合、皮内ワクチンは、小胞アジュバント製剤を含む。この点について、一部の態様では、好ましいアジュバント製剤は、脂質二重層を有するコレステロールを含む、好ましくはジオレオイルホスファチジルコリンを含む単層小胞を含み、サポニンおよびＬＰＳ誘導体は脂質二重層と結びついているまたはその中に包埋されている。一部の態様では、これらのアジュバント製剤は、サポニンとしてＱＳ２１、およびＬＰＳ誘導体として３Ｄ−ＭＰＬを含むことがより好ましく、ＱＳ２１：コレステロールの比率は、１：１から１：１００質量／質量まで、最も好ましくは１：５質量／質量である。そのようなアジュバント製剤は、その開示が参照により本明細書に組み込まれるＥＰ０８２２８３１Ｂに記載されている。

時には、本明細書に記載のワクチンは、細菌トキソイド、非毒素タンパク質、プロテオソーム、ポリオキシプロピレン−ポリオキシエチレンブロックポリマー、リポソーム、ＣｐＧポリマー、水中油エマルション、またはこれらの組合せから選択されるアジュバントをさらに含んでよい。例示的な細菌トキソイドとしては、Ｖｉｂｒｉｏｃｈｏｌｅｒａｅの毒素（ＣＴ）、Ｅ．ｃｏｌｉの毒素（ＨＬＴ）、Ｐｅｒｔｕｓｓｉｇｅｎｐｅｒｔｕｓｓｉｓ由来の毒素（ＰＴ）、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍｄｉｆｆｉｃｉｌｅの毒素Ａおよび毒素Ｂ、Ｓｈｉｇａｄｙｓｅｎｔｅｒｉａｅ由来の志賀毒素（ＳＴｘ）、またはＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃａｌａｕｒｅｕｓ由来のエンテロトキシンを挙げることができる。

非毒素タンパク質としては、ムラミルジペプチド（ＭＤＰ）（Ｎ−アセチル（aceylyl）ムラミル−Ｌ−アラニル−Ｄ−イソグルタミン）を挙げることができる。いくつかの場合には、ＭＤＰは、マイコバクテリアの細胞壁に由来し、マクロファージおよびＴ細胞を活性化することが可能なＩＬ−１の誘導因子である。

プロテオソームとしては、抗毒素ＩｇＡ応答を引き出すことが可能な髄膜炎菌外膜タンパク質を挙げることができる。追加のプロテオソームに基づくアジュバントとして、プロトリンを挙げることができる。

リポソームとしては、リピドＡ（ＬＡ）、モノホスホリルリピドＡ（ＭＰＬ）、カチオン性リポソーム、例えば、ジメチルジオクタデシル−アンモニウムブロミド（ＤＤＡ）、１，２−ジアシル−ｓｎ−グリセロ−３−エチルホスホコリン（ｅＤＰＰＣ）、または３β−［Ｎ−（Ｎ’，Ｎ’−ジメチルアミノエタン）−カルバモイル］コレステロール（ＤＣ−Ｃｈｏｌ）など、または１，２−ジパルミトイル−ｓｎ−グリセロ−３−ホスホコリン（ＤＰＰＣ）などの中性リン脂質を挙げることができる。

ＣｐＧポリマーとしては、免疫系に対して強力な刺激性の影響を発揮することが可能な非メチル化ＣｐＧジヌクレオチドを含むオリゴデオキシヌクレオチドポリマーを挙げることができる。

時には、アジュバントは水中油エマルションである。水中油エマルションは、少なくとも１つの油および少なくとも１つの界面活性物質を含んでよく、油（複数可）および界面活性物質（複数可）は生分解性（代謝可能）かつ生体適合性である。エマルション中の油滴は、一般に、直径５μｍ未満であり、さらには、サブミクロンの直径を有し得、これらの小さなサイズは、安定なエマルションをもたらすためにマイクロフルダイザーを用いて実現される。フィルター滅菌に供すことができるので、２２０ｎｍ未満のサイズの液滴が好ましい。

使用される油としては、動物（魚など）または植物供給源からの油などを挙げることができる。植物油の供給源としては、堅果、種子および穀粒を挙げることができる。最も一般的に入手可能なピーナッツ油、ダイズ油、ヤシ油、およびオリーブ油は堅果油の例である。例えばホホバマメから得たホホバ油を使用することができる。種子油としては、ベニバナ油、綿実油、ヒマワリ種子油、ゴマ種子油などが挙げられる。穀物群としては、トウモロコシ油および例えばコムギ、エンバク、ライムギ、イネ、テフ、ライコムギなどの他の穀物粒の油を挙げることができる。グリセロールおよび１，２−プロパンジオールの６〜１０炭素の脂肪酸エステルは、種子油中に天然には存在しないが、堅果油および種子油から出発して適切な材料の加水分解、分離およびエステル化によって調製することができる。哺乳動物の乳に由来する油脂は代謝可能であり得、したがって、本明細書に記載のワクチンに使用することができる。動物供給源から純粋な油を得るために必要な分離、精製、鹸化および他の手段の手順は当技術分野で周知である。魚は、容易に回収することができる代謝可能な油を含有し得る。例えば、タラ肝油、サメ肝油、および鯨ろうなどの鯨油が、本発明において使用することができる魚油のいくつかの例であり得る。いくつかの分枝鎖油を５炭素イソプレン単位で生化学的に合成することができ、それらは、一般にテルペノイドと称することができる。サメ肝油は、スクアレン、２，６，１０，１５，１９，２３−ヘキサメチル−２，６，１０，１４，１８，２２−テトラコサヘキサエンとして公知の分枝状、不飽和テルペノイドを含有する。スクアレンの飽和型類似体であるスクアランも使用することができる。スクアレンおよびスクアランを含めた魚油は、商業的な供給源から容易に入手することもでき、当技術分野で公知の方法によって得ることもできる。

他の有用な油としてトコフェロールが挙げられ、これは、ビタミンＥには高齢の患者（例えば６０歳またはそれ超）における免疫応答に対する正の効果があることが報告されているので、この患者群に使用するためのワクチンに含めることができる。さらに、トコフェロールには、エマルションの安定化を補助することができる抗酸化性がある。種々のトコフェロールが存在するが（α、β、γ、δ、εまたはξ）、通常はαが使用される。α−トコフェロールの例は、ＤＬ−α−トコフェロールである。α−トコフェロールコハク酸エステルは、がんワクチンに適合し得、水銀化合物の代わりの有用な防腐剤になり得る。

油の混合物、例えばスクアレンおよびα−トコフェロールを使用することができる。２〜２０％（体積で）の範囲の油の含有量を使用することができる。

界面活性物質は、それらの「ＨＬＢ」（親水性／親油性バランス）によって分類することができる。いくつかの場合には、界面活性物質は、少なくとも１０、少なくとも１５、および／または少なくとも１６のＨＬＢを有する。界面活性物質としては、これらに限定されないが、ポリオキシエチレンソルビタンエステル界面活性物質（一般にＴｗｅｅｎと称される）、特にポリソルベート２０およびポリソルベート８０；直鎖状ＥＯ／ＰＯブロック共重合体などの、商品名ＤＯＷＦＡＸ（商標）の下で販売されているエチレンオキシド（ＥＯ）、プロピレンオキシド（ＰＯ）、および／またはブチレンオキシド（ＢＯ）の共重合体；オクトキシノール−９（ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、またはｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール）が特に興味深い、反復エトキシ（オキシ−１，２−エタンジイル）基の数が変動し得るオクトキシノール；（オクチルフェノキシ）ポリエトキシエタノール（ＩＧＥＰＡＬＣＡ−６３０／ＮＰ−４０）；ホスファチジルコリン（レシチン）などのリン脂質；Ｔｅｒｇｉｔｏｌ（商標）ＮＰシリーズなどのノニルフェノールエトキシレート；トリエチレングリコールモノラウリルエーテル（Ｂｒｉｊ３０）などの、ラウリル、セチル、ステアリルおよびオレイルアルコール（Ｂｒｉｊ界面活性物質として公知）に由来するポリオキシエチレン脂肪エーテル；ならびに、ソルビタントリオレエート（Ｓｐａｎ８５）およびソルビタンモノラウレートなどのソルビタンエステル（一般にＳＰＡＮとして公知）を挙げることができる。非イオン性界面活性物質を本発明において使用することができる。

界面活性物質の混合物、例えば、Ｔｗｅｅｎ８０／Ｓｐａｎ８５混合物を使用することができる。ポリオキシエチレンソルビタンエステルとオクトキシノールの組合せも適切であり得る。別の組合せは、ラウレス９と、それに加えてポリオキシエチレンソルビタンエステルおよび／またはオクトキシノールを含んでよい。

界面活性物質の量（重量％）は、ポリオキシエチレンソルビタンエステル（例えば、Ｔｗｅｅｎ８０など）０．０１〜１％、特に約０．１％；オクチルフェノキシポリオキシエタノールまたはノニルフェノキシポリオキシエタノール（例えば、ＴｒｉｔｏｎＸ−１００、またはＴｒｉｔｏｎシリーズの他の界面活性剤など）０．００１〜０．１％、特に０．００５〜０．０２％；ポリオキシエチレンエーテル（例えば、ラウレス９など）０．１〜２０％、好ましくは０．１〜１０％、特に０．１〜１％または約０．５％であってよい。

例示的な水中油エマルションアジュバントとしては、これらに限定されないが、以下を挙げることができる：

スクアレン、ポリソルベート８０、およびソルビタントリオレエートのサブミクロンのエマルション。当該エマルションの組成は、体積で、約５％のスクアレン、約０．５％のポリソルベート８０および約０．５％のＳｐａｎ８５であってよい。重量では、これらの比率は、４．３％のスクアレン、０．５％のポリソルベート８０および０．４８％のＳｐａｎ８５になる。このアジュバントは「ＭＦ５９」として公知である。ＭＦ５９エマルションは、クエン酸イオン、例えば、１０ｍＭのクエン酸ナトリウム緩衝液を含むことが有利である。

スクアレン、トコフェロール、およびポリソルベート８０のサブミクロンのエマルション。これらのエマルションは、２から１０％までのスクアレン、２から１０％までのトコフェロールおよび０．３から３％までのポリソルベート８０を有してよく、スクアレン：トコフェロールの重量比は、より安定なエマルションをもたらすことができるので、≦１（例えば０．９０）であることが好ましい。スクアレンおよびポリソルベート８０は、約５：２の体積比または約１１：５の重量比で存在してよい。１つのそのようなエマルションは、Ｔｗｅｅｎ８０をＰＢＳ中に溶解させて２％溶液を得、次いで、この溶液９０ｍｌを混合物（ＤＬ−α−トコフェロール５ｇおよびスクアレン５ｍｌ）と混合し、次いで、混合物をマイクロフルイダイズすることによって作出することができる。得られたエマルションは、例えば平均直径が１００から２５０ｎｍまでの間、好ましくは約１８０ｎｍであるサブミクロンの油滴を有する。エマルションは、３−ｄｅ−Ｏ−アシル化モノホスホリルリピドＡ（３ｄ−ＭＰＬ）も含んでよい。この型の別の有用なエマルションは、ヒト用量当たり、０．５〜１０ｍｇのスクアレン、０．５〜１１ｍｇのトコフェロール、および０．１〜４ｍｇのポリソルベート８０を含んでよい。

スクアレン、トコフェロール、およびＴｒｉｔｏｎ界面活性剤（例えば、ＴｒｉｔｏｎＸ−１００）のエマルション。当該エマルションは、３ｄ−ＭＰＬも含んでよい（以下を参照されたい）。当該エマルションは、リン酸緩衝液を含有してよい。

ポリソルベート（例えば、ポリソルベート８０）、Ｔｒｉｔｏｎ界面活性剤（例えば、ＴｒｉｔｏｎＸ−１００）およびトコフェロール（例えば、α−トコフェロールコハク酸エステル）を含むエマルション。当該エマルションは、これらの３つの構成成分を約７５：１１：１０の質量比（例えば、７５０μｍｌのポリソルベート８０、１１０μｍｌのＴｒｉｔｏｎＸ−１００および１００μ／ｍｌのα−トコフェロールコハク酸エステル）を含んでよく、これらの濃度には抗原からのこれらの構成成分のあらゆる寄与が含まれるはずである。エマルションは、スクアレンも含んでよい。エマルションは、３ｄ−ＭＰＬも含んでよい。水相は、リン酸緩衝液を含有してよい。

スクアラン、ポリソルベート８０およびポロキサマー４０１（「Ｐｌｕｒｏｎｉｃ（商標）Ｌ１２１」）のエマルション。当該エマルションは、リン酸緩衝生理食塩水、ｐＨ７．４中に製剤化することができる。このエマルションは、ムラミルジペプチドに対する有用な送達ビヒクルであり得、トレオニル−ＭＤＰを伴って「ＳＡＦ−１」アジュバント（０．０５〜１％のＴｈｒ−ＭＤＰ、５％のスクアラン、２．５％のＰｌｕｒｏｎｉｃＬ１２１および０．２％のポリソルベート８０）として使用することができる。これは、Ｔｈｒ−ＭＤＰを伴わずに、「ＡＦ」アジュバント（５％のスクアラン、１．２５％のＰｌｕｒｏｎｉｃＬ１２１および０．２％のポリソルベート８０）として使用することもできる。

スクアレン、水性溶媒、ポリオキシエチレンアルキルエーテル親水性非イオン性界面活性物質（例えば、ポリオキシエチレン（１２）セトステアリルエーテル）および疎水性非イオン性界面活性物質（例えば、ソルビタンモノオレエート（monoleate）または「Ｓｐａｎ８０」などのソルビタンエステルまたはマンニドエステル）を含むエマルション。当該エマルションは、熱可逆性であってよく、かつ／または、サイズが２００ｎｍ未満の油滴を少なくとも９０％（体積で）有してよい。当該エマルションは、アルジトール；凍結保護剤（例えば、ドデシルマルトシドおよび／またはスクロースなどの糖）；および／またはアルキルポリグリコシドのうちの１つまたは複数も含んでよい。当該エマルションは、ＴＬＲ４アゴニストを含んでよい。そのようなエマルションは凍結乾燥することができる。

スクアレン、ポロキサマー１０５およびＡｂｉｌ−Ｃａｒｅのエマルション。アジュバント添加ワクチン中のこれらの構成成分の最終濃度（重量）は５％のスクアレン、４％のポロキサマー１０５（プルロニックポリオール）および２％のＡｂｉｌ−Ｃａｒｅ８５（ビス−ＰＥＧ／ＰＰＧ−１６／１６ＰＥＧ／ＰＰＧ−１６／１６ジメチコン；カプリル／カプリン酸トリグリセリド）であってよい。

０．５〜５０％の油、０．１〜１０％のリン脂質、および０．０５〜５％の非イオン性界面活性物質を有するエマルション。リン脂質構成成分としては、ホスファチジルコリン、ホスファチジルエタノールアミン、ホスファチジルセリン、ホスファチジルイノシトール、ホスファチジルグリセロール、ホスファチジン酸、スフィンゴミエリンおよびカルジオリピンを挙げることができる。サブミクロンの液滴サイズが有利である。

代謝不可能油（例えば、軽油など）および少なくとも１つの界面活性物質（例えば、レシチン、Ｔｗｅｅｎ８０またはＳｐａｎ８０など）のサブミクロンの水中油エマルション。添加剤として、ＱｕｉｌＡサポニン、コレステロール、サポニン親油性コンジュゲート（例えば、グルクロン酸のカルボキシル基を介したデスアシルサポニンへの脂肪族アミンの付加によって作製されるＧＰＩ−０１００など）、ジメチルジオクタデシルアンモニウムブロミドおよび／またはＮ，Ｎ−ジオクタデシル−Ｎ，Ｎ−ビス（２−ヒドロキシエチル）プロパンジアミンが挙げられる。

担体および賦形剤
本開示は、ワクチン製剤を作製するための方法であって、ワクチンの構成成分を薬学的に許容される賦形剤と混合するステップを含む方法も提供する。

一部の態様では、好ましい界面活性物質としては、「Surfactant systems」：AttwoodおよびFlorence編（１９８３年、ChapmanおよびHall）に記載されているオクチルフェノキシポリオキシエタノールおよびポリオキシエチレンソルビタンエステルが挙げられる。ｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール（ＴｒｉｔｏｎＸ−１００（商標））を含めたオクチルフェノキシポリオキシエタノール（オクトキシノール）は、Merck Index、項目６８５８（１１６２頁、第１２版、Merck &Co. Inc.、Whitehouse Station、N.J.、USA；ISBN 0911910-12-3）にも記載されている。ポリオキシエチレンソルビタンモノオレエート（Ｔｗｅｅｎ８０（商標））を含めたポリオキシエチレンソルビタンエステルは、Merck Index、項目７７４２（１３０８頁、第１２版、Merck &Co. Inc.、Whitehouse Station、N.J.、USA；ISBN 0911910-12-3）に記載されている。どちらも、そこに記載されている方法を使用して製造することもでき、ＳｉｇｍａＩｎｃ．などの商業的な供給源から購入することもできる。

一部の態様では、特に好ましい非イオン性界面活性物質として、ＴｒｉｔｏｎＸ−４５、ｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール（ＴｒｉｔｏｎＸ−１００）、ＴｒｉｔｏｎＸ−１０２、ＴｒｉｔｏｎＸ−１１４、ＴｒｉｔｏｎＸ−１６５、ＴｒｉｔｏｎＸ−２０５、ＴｒｉｔｏｎＸ−３０５、Ｔｒｉｔｏｎ−５７、Ｔｒｉｔｏｎ−１０１、Ｔｒｉｔｏｎ−１２８、Ｂｒｅｉｊ３５、ポリオキシエチレン−９−ラウリルエーテル（ラウレス９）およびポリオキシエチレン−９−ステアリルエーテル（ｓｔｅａｒｅｔｈ９）が挙げられる。一部の態様では、ＴｒｉｔｏｎＸ−１００およびラウレス９が特に好ましい。一部の態様では、ポリオキシエチレンソルビタンエステル、ポリオキシエチレンソルビタンモノオレエート（Ｔｗｅｅｎ８０（商標））も特に好ましい。一部の態様では、一般式のさらなる適切なポリオキシエチレンエーテルは、以下の群から選択される：ポリオキシエチレン−８−ステアリルエーテル、ポリオキシエチレン−４−ラウリルエーテル、ポリオキシエチレン−３５−ラウリルエーテル、およびポリオキシエチレン−２３−ラウリルエーテル。

ポリオキシエチレンラウリルエーテルに対する代替の用語または名称は、ＣＡＳｒｅｇｉｓｔｒｙに開示されている。ポリオキシエチレン−９ラウリルエーテルのＣＡＳ登録番号は、９００２−９２−０である。ポリオキシエチレンラウリルエーテルなどのポリオキシエチレンエーテルは、Merck index（第１２版：項目７７１７、Merck & Co. Inc.、Whitehouse Station、N.J.、USA；ISBN 0911910-12-3）に記載されている。ラウレス９は、エチレンオキシドとドデシルアルコールを反応させることによって形成され、平均で９つのエチレンオキシド単位を有する。

ポリオキシエチレン切片の長さと界面活性物質中のアルキル鎖の長さの比（すなわち、ｎ：アルキル鎖の長さの比）は、このクラスの界面活性物質の水性媒体中での溶解性に影響を及ぼす。したがって、一部の態様では、本開示の界面活性物質は溶液であるまたはミセルもしくは小胞などの粒子構造を形成する。溶液として、本開示の界面活性物質は安全であり、容易に滅菌可能であり、投与が単純であり、かつ、均一な粒子構造の形成を伴い、ＧＭＰおよびＱＣの問題を伴わずに単純な様式で製造することができる。ラウレス９などのいくつかのポリオキシエチレンエーテルは、非小胞溶液を形成することができる。しかし、ポリオキシエチレン−８パルミトイルエーテル（Ｃ１８Ｅ８）は、小胞を形成することが可能である。したがって、一部の態様では、ポリオキシエチレン−８パルミトイルエーテルの小胞を少なくとも１つの追加の非イオン性界面活性物質と組み合わせて本開示の製剤に使用する。

そのような生物検定の固有の実験的変動性の範囲内で、本開示の一般式（Ｉ）のポリオキシエチレンエーテルまたは界面活性物質は、一部の態様では、およそ０．５〜０．０００１％、より好ましくは０．０５〜０．０００１％、なおより好ましくは０．００５〜０．０００１％、最も好ましくは０．００３〜０．０００４％の溶血活性を有することが好ましい。一部の態様では、理想的には、前記ポリオキシエチレンエーテルまたはエステルは、ポリオキシエチレン−９ラウリルエーテルまたはポリオキシエチレン−８ステアリルエーテルのいずれかの溶血活性と同様（すなわち、差異が１０倍以内）の溶血活性を有するはずである。

一部の態様では、記載されている異なる界面活性物質の群からの２種またはそれ超の非イオン性界面活性物質が本明細書に記載のワクチン製剤中に存在する。特に、一部の態様では、ポリオキシエチレンソルビタンモノオレエート（Ｔｗｅｅｎ８０（商標））などのポリオキシエチレンソルビタンエステルとｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノール（Ｔｒｉｔｏｎ）Ｘ−１００（商標）などのオクトキシノールの組合せが好ましい。他の態様では、別の特に好ましい非イオン性界面活性物質の組合せは、ラウレス９と、それに加えてポリオキシエチレンソルビタンエステルまたはオクトキシノールまたはその両方を含む。

一部の態様では、各非イオン性界面活性物質は、最終的なワクチン製剤中に、０．００１〜２０％、より好ましくは０．０１〜１０％、最も好ましくは最大約２％（ｗ／ｖ）の濃度で存在することが好ましい。一部の態様では、１種または２種の界面活性物質が存在する場合、これらは、一般に、最終的な製剤中に、それぞれ最大約２％の濃度、典型的にはそれぞれ最大約０．６％の濃度で存在する。一部の態様では、１種または複数種の追加の界面活性物質が、一般に、それぞれ最大で約１％の濃度で、典型的には、それぞれ最大約０．２％または０．１％の微量で存在する。一部の態様では、界面活性物質の任意の混合物が本開示によるワクチン製剤中に存在する。一部の態様では、上記のものなどの非イオン性界面活性物質は、最終的なワクチン組成物中で以下の通り好ましい濃度を有する：Ｔｗｅｅｎ８０（商標）などのポリオキシエチレンソルビタンエステル：０．０１〜１％、最も好ましくは約０．１％（ｗ／ｖ）；ＴｒｉｔｏｎＸ−１００（商標）またはＴｒｉｔｏｎシリーズの他の界面活性剤などのオクチルフェノキシポリオキシエタノールまたはノニルフェノキシポリオキシエタノール：０．００１〜０．１％、最も好ましくは０．００５〜０．０２％（ｗ／ｖ）；ラウレス９などの一般式（Ｉ）のポリオキシエチレンエーテル：０．１〜２０％、好ましくは０．１〜１０％、最も好ましくは０．１〜１％または約０．５％（ｗ／ｖ）。

一部の態様では、他の試薬も製剤中に存在する。そのように、一部の態様では、本開示の製剤は、胆汁酸またはその誘導体も、特に塩の形態で含む。これらとしては、コール酸の誘導体およびその塩、特にコール酸またはコール酸誘導体のナトリウム塩が挙げられる。胆汁酸およびそれらの誘導体の例としては、コール酸、デオキシコール酸、ケノデオキシコール酸、リトコール酸、ウルソデオキシコール酸、ヒオデオキシコール酸、および上述の胆汁酸のグリコ−誘導体、タウロ−誘導体、アミドプロピル−１−プロパンスルホン−誘導体、アミドプロピル−２−ヒドロキシ−１−プロパンスルホン−誘導体などの誘導体、またはＮ，Ｎ−ビス（３Ｄグルコノアミドプロピル）デオキシコラミドが挙げられる。一部の態様では、特に好ましい例は、デオキシコール酸ナトリウム（ＮａＤＯＣ）であり、これは最終的なワクチン用量で存在する。

組成物は、周知の技術を使用してリポソーム中に封入することができる。生分解性マイクロスフェアも本発明の医薬組成物のための担体として使用することができる。適切な生分解性マイクロスフェアは、例えば、米国特許第４，８９７，２６８号；同第５，０７５，１０９号；同第５，９２８，６４７号；同第５，８１１，１２８号；同第５，８２０，８８３号；同第５，８５３，７６３号；同第５，８１４，３４４号および同第５，９４２，２５２号において開示されている。

組成物は、リポソームまたはマイクロスフェア（または微小粒子）として投与することができる。患者に投与するためのリポソームおよびマイクロスフェアを調製するための方法は、当業者に周知である。その内容がこれによって参照により組み込まれる米国特許第４，７８９，７３４号には、生物材料をリポソーム中に封入するための方法が記載されている。基本的に、材料を水溶液中に溶解させ、適切なリン脂質および脂質を、必要であれば界面活性物質と一緒に添加し、必要に応じて材料を透析または超音波処理する。公知の方法についての総説は、G. Gregoriadis、第１４章、「Liposomes」、Drug Carriers in Biology and Medicine、２頁、補遺８７〜３４１頁（Academic Press、１９７９年）により提供される。

ポリマーまたはタンパク質で形成されたマイクロスフェアは当業者に周知であり、胃腸管を直接通過させて血流に入れるために調整することができる。あるいは、数日から数カ月までの期間にわたる緩慢な放出のために、化合物を組み入れ、マイクロスフェアまたはマイクロスフェアの複合物を埋め込むことができる。例えば、その内容がこれによって参照により組み込まれる、米国特許第４，９０６，４７４号、同第４，９２５，６７３号および同第３，６２５，２１４号、ならびにJein、TIPS １９巻：１５５〜１５７頁（１９９８年）を参照されたい。

組成物は、チオメルサールまたは２−フェノキシエタノールなどの防腐剤を含んでよい。いくつかの場合には、ワクチンは、水銀材料を実質的に含まない（例えば、＜１０μｇ／ｍｌ）、例えば、チオメルサールを含まない。α−トコフェロールコハク酸エステルを水銀化合物の代わりに使用することができる。

張度を制御するために、ナトリウム塩などの生理的塩をワクチン中に含めることができる。他の塩としては、塩化カリウム、リン酸二水素カリウム、リン酸二ナトリウム、および／または塩化マグネシウムなどを挙げることができる。

組成物は、２００ｍＯｓｍ／ｋｇから４００ｍＯｓｍ／ｋｇの間、２４０〜３６０ｍＯｓｍ／ｋｇの間、または２９０〜３１０ｍＯｓｍ／ｋｇの範囲内の重量オスモル濃度を有してよい。

組成物は、トリス緩衝液；ホウ酸緩衝液；コハク酸塩緩衝液；ヒスチジン緩衝液（特に水酸化アルミニウムアジュバントと共に）；またはクエン酸緩衝液などの１種または複数種の緩衝液を含んでよい。緩衝液は、いくつかの場合には、５〜２０ｍＭの範囲で含まれる。

組成物のｐＨは、約５．０から約８．５の間、約６．０から約８．０の間、約６．５から約７．５の間、または約７．０から約７．８の間であってよい。

組成物は、滅菌することができる。ワクチンは、非発熱性、例えば、用量当たり＜１ＥＵ（内毒素単位、標準の尺度）を含有するものであってよく、用量当たり＜０．１ＥＵであってよい。組成物はグルテンを含まないものであってよい。

組成物は、特にスプリットまたは表面抗原ワクチンに関して、界面活性剤、例えば、ポリオキシエチレンソルビタンエステル界面活性物質（「Ｔｗｅｅｎ」として公知）、オクトキシノール（例えば、オクトキシノール−９（ＴｒｉｔｏｎＸ−１００）またはｔ−オクチルフェノキシポリエトキシエタノールなど）、臭化セチルトリメチルアンモニウム（「ＣＴＡＢ」）、またはデオキシコール酸ナトリウムを含んでよい。界面活性剤は微量でのみ存在してよい。したがって、ワクチンは、オクトキシノール−１０およびポリソルベート８０のそれぞれを１ｍｇ／ｍｌ未満含んでよい。他の微量で残留する構成成分は、抗生物質（例えば、ネオマイシン、カナマイシン、ポリミキシンＢ）であってよい。

組成物は、当技術分野で周知の適切なビヒクル中の滅菌溶液または懸濁剤として製剤化することができる。医薬組成物は、従来の周知の滅菌技法によって滅菌することもでき、滅菌濾過することもできる。得られた水溶液は、そのまま使用するために包装することもでき、凍結乾燥し、凍結乾燥させた調製物を投与する前に滅菌溶液と組み合わせることもできる。適切な製剤および追加の担体は、それらの教示の全体が参照により本明細書に組み込まれる、Remington「The Science and Practice ofPharmacy」（第２０版、Lippincott Williams & Wilkins、Baltimore Md.）に記載されている。

組成物は、１種または複数種の薬学的に許容される塩と一緒に製剤化することができる。薬学的に許容される塩としては、例えば、ナトリウム、カリウム、カルシウム、マグネシウムイオンなどの無機イオンの塩を挙げることができる。そのような塩としては、塩酸、臭化水素酸、リン酸、硝酸、硫酸、メタンスルホン酸、ｐ−トルエンスルホン酸、酢酸、フマル酸、コハク酸、乳酸、マンデル酸、リンゴ酸、クエン酸、酒石酸またはマレイン酸などの無機酸または有機酸との塩を挙げることができる。さらに、薬剤（複数可）がカルボキシ基または他の酸性基を含有する場合、これを無機塩基または有機塩基を用いて薬学的に許容される付加塩に変換することができる。適切な塩基の例としては、水酸化ナトリウム、水酸化カリウム、アンモニア、シクロヘキシルアミン、ジシクロヘキシル−アミン、エタノールアミン、ジエタノールアミン、トリエタノールアミンなどが挙げられる。

追加の塩は、胆汁酸またはそれらの誘導体を含んでよい。これらとしては、コール酸の誘導体およびその塩、特にコール酸またはコール酸誘導体のナトリウム塩が挙げられる。胆汁酸およびそれらの誘導体の例としては、コール酸、デオキシコール酸、ケノデオキシコール酸、リトコール酸、ウルソデオキシコール酸、ヒオデオキシコール酸、および、上述の胆汁酸のグリコ−誘導体、タウロ−誘導体、アミドプロピル−１−プロパンスルホン−誘導体、アミドプロピル−２−ヒドロキシ−１−プロパンスルホン誘導体などの誘導体、またはＮ，Ｎ−ビス（３Ｄグルコノアミドプロピル）デオキシコラミドが挙げられる。特に好ましい例は、デオキシコール酸ナトリウム（ＮａＤＯＣ）であり、これは、最終的なワクチン用量で存在してよい。

本明細書に記載のペプチドまたは核酸などの活性薬剤を１種または複数種のアジュバントと組み合わせて含む組成物は、例えば、活性薬剤の、投与することが可能な調製物への加工を容易にする賦形剤、希釈剤、および／または助剤を含む１種または複数種の生理的に許容される担体を使用して、従来の様式で製剤化することができる。適切な製剤は、少なくとも一部において、選択される投与経路に依存する。本明細書に記載の薬剤（複数可）は、経口、頬側、局所、直腸、経皮、経粘膜、皮下、静脈内、および筋肉内適用を含めたいくつかの投与経路または投与形式を使用して、ならびに吸入によって、患者に送達することができる。

活性薬剤は、非経口投与（例えば、注射、例えば、ボーラス注射または持続注入による）用に製剤化することができ、防腐剤が添加された、アンプル、充填済みシリンジ、小体積注入または複数回用量容器中に単位用量の形態で提示してよい。組成物は、油性または水性ビヒクル中の懸濁剤、溶液、または乳剤、例えば、水性ポリエチレングリコール中溶液などの形態をとってよい。

注射製剤に関しては、ビヒクルは、水溶液、または、ゴマ油、トウモロコシ油、綿実油、もしくはピーナッツ油を用いた油懸濁剤、またはエマルション、ならびにエリキシル剤、マンニトール、デキストロース、または滅菌水溶液、および同様の医薬ビヒクルを含めた、適切であることが当技術分野で公知のものから選択することができる。製剤は、乳酸グリコール酸共重合体などの、生体適合性、生分解性であるポリマー組成物も含んでよい。これらの材料は、優れた持続放出性能をもたらすために、マイクロスフェアまたはナノスフェアにし、薬物をローディングし、さらにコーティングまたは誘導体化することができる。眼周囲または眼内注射に適したビヒクルとしては、例えば、注射グレードの水、リポソームおよび親油性物質に適したビヒクル中の治療剤の懸濁剤が挙げられる。眼周囲または眼内注射用の他のビヒクルは当技術分野で周知である。

いくつかの場合には、組成物を、ヒトへの静脈内投与に適応させた医薬組成物として常套的な手順に従って製剤化する。典型的には、静脈内投与用の組成物は、滅菌等張水性緩衝液中の溶液である。必要であれば、組成物は、可溶化剤および注射部位の痛みを和らげるためのリドカインなどの局部麻酔薬も含んでよい。一般に、成分は、別々にまたは混合して単位剤形で、例えば、乾燥した凍結乾燥粉末または水を含まない濃縮物として、活性薬剤の数量が示されたアンプルまたはサシェなどの密封容器に入れて供給する。組成物を注入によって投与する場合、組成物は、滅菌医薬品グレードの水または生理食塩水を含有する注入ビンを用いて分配することができる。組成物を注射によって投与する場合、注射用滅菌水または生理食塩水のアンプルを提供することができ、したがって、成分を、投与前に混合することができる。

投与が注射によるものである場合、活性薬剤は、水溶液、具体的には、ハンクス液、リンゲル液、または生理的食塩水緩衝液などの生理的に適合する緩衝液中に製剤化することができる。溶液は、懸濁化剤、安定化剤および／または分散剤などの製剤化用薬剤（ｆｏｒｍｕｌａｔｏｒｙａｇｅｎｔ）を含有してよい。あるいは、活性化合物は、使用する前に適切なビヒクル、例えば滅菌パイロジェンフリー水を用いて構成するための粉末の形態であってよい。別の実施形態では、医薬組成物は、アジュバントも、ペプチドによって刺激される免疫応答を増強するために添加される任意の他の物質も含まない。別の実施形態では、医薬組成物は、ペプチドに対する免疫応答を阻害する物質を含む。製剤化の方法は、例えば、Remington's Pharmaceutical Sciences、最新版、MackPublishing Co.、Easton Pに開示されている通り、当技術分野で公知である。

上記の製剤に加えて、活性薬剤は、デポ調製物として製剤化することもできる。そのような長時間作用型製剤は、埋め込みもしくは経皮送達（例えば、皮下もしくは筋肉内）、筋肉内注射または経皮パッチ剤の使用によって投与することができる。したがって、例えば、薬剤は、適切なポリマー材料もしくは疎水性材料（例えば、許容される油中エマルションとして）またはイオン交換樹脂を用いて、あるいは、やや難溶性の誘導体として、例えば、やや難溶性の塩として製剤化することができる。

いくつかの場合には、１つまたは複数の薬剤を含む組成物は、特定の感染部位またはその付近に局所的に投与または注射されると局部的および限局的効果を発揮する。例えば、粘性の液体、溶液、懸濁剤、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）に基づく溶液、リポソーム製剤、ゲル剤、ゼリー剤、クリーム剤、ローション剤、軟膏剤、坐薬、フォーム剤、またはエアロゾル噴霧剤の直接の局所適用を局部投与のために使用して、例えば、局部的および／または限局的効果を生じさせることができる。そのような製剤のための薬学的に適切なビヒクルとしては、例えば、低級脂肪族アルコール、ポリグリコール（例えば、グリセロールまたはポリエチレングリコール）、脂肪酸のエステル、油、脂肪、シリコーンなどが挙げられる。そのような調製物は、防腐剤（例えば、ｐ−ヒドロキシ安息香酸エステル）および／または抗酸化剤（例えば、アスコルビン酸およびトコフェロール）も含んでよい。Dermatological Formulations: Percutaneous absorption、Barry（編）、Marcel Dekker Incl、１９８３年も参照されたい。別の実施形態では、輸送体、担体、またはイオンチャネル阻害剤を含む局部／局所用製剤を使用して表皮または粘膜のウイルス感染を処置する。

組成物は、化粧用としてまたは皮膚用として許容される担体を含有してよい。そのような担体は、皮膚、爪、粘膜、組織および／または毛髪に適合するものであり、これらの要件に合う任意の従来使用されている化粧用または皮膚用の担体を挙げることができる。そのような担体は当業者が容易に選択することができる。皮膚用軟膏剤の製剤化において、薬剤または薬剤の組合せを、油性炭化水素塩基、無水吸収基剤、油中水吸収基剤、水中油の水を除去することが可能な基剤および／または水溶性基剤中に製剤化することができる。そのような担体および賦形剤の例としては、これらに限定されないが、保湿剤（例えば、尿素）、グリコール（例えば、プロピレングリコール）、アルコール（例えば、エタノール）、脂肪酸（例えば、オレイン酸）、界面活性物質（例えば、ミリスチン酸イソプロピルおよびラウリル硫酸ナトリウム）、ピロリドン、グリセロールモノラウレート、スルホキシド、テルペン（例えば、メントール）、アミン、アミド、アルカン、アルカノール、水、炭酸カルシウム、リン酸カルシウム、種々の糖、デンプン、セルロース誘導体、ゼラチン、およびポリエチレングリコールなどのポリマーが挙げられる。

軟膏剤およびクリーム剤は、例えば、水性基剤または油性基剤を用い、適切な増粘剤および／またはゲル化剤を添加して製剤化することができる。ローション剤は、水性または油性基剤を用いて製剤化することができ、一般に、１種または複数種の乳化剤、安定化剤、分散剤、懸濁化剤、増粘剤、または着色料も含有する。医薬品を送達するための経皮パッチ剤の構築および使用は当技術分野において周知である。例えば、米国特許第５，０２３，２５２号、同第４，９９２，４４５号および同第５，００１，１３９号を参照されたい。そのようなパッチ剤は、医薬品を継続的に、パルス状に、または要望に応じて送達するために構築することができる。

医薬組成物および剤形を形成するために使用することができる滑沢剤としては、これらに限定されないが、ステアリン酸カルシウム、ステアリン酸マグネシウム、鉱油、軽油、グリセリン、ソルビトール、マンニトール、ポリエチレングリコール、他のグリコール、ステアリン酸、ラウリル硫酸ナトリウム、タルク、水素化植物油（例えば、ピーナッツ油、綿実油、ヒマワリ油、ゴマ油、オリーブ油、トウモロコシ油、およびダイズ油）、ステアリン酸亜鉛、オレイン酸エチル、ラウリン酸エチル、寒天、またはそれらの混合物を挙げることができる。追加の滑沢剤としては、例えば、ｓｙｌｏｉｄシリカゲル、合成シリカの凝固エアロゾル、またはそれらの混合物が挙げられる。滑沢剤は、任意選択で、医薬組成物の約１重量パーセント未満の量で添加することができる。

組成物は、水性、水性−アルコール性もしくは油性の溶液、ローション剤もしくは血清分散液、水性、無水もしくは油性のゲル、水相への脂肪相の分散（Ｏ／Ｗもしくは水中油）もしくはその逆（Ｗ／Ｏもしくは油中水）によって得られるエマルション、マイクロエマルションあるいはマイクロカプセル、微小粒子またはイオン型および／もしくは非イオン型の脂質小胞分散液を含めた、局所適用に適した任意の形態であってよい。これらの組成物は、従来の方法に従って調製することができる。本発明の薬剤以外は、本発明による組成物の種々の構成物の量は、当技術分野において慣習的に使用されるものである。これらの組成物は、特に、顔用、手用、体用および／もしくは粘膜用、または皮膚のクレンジング用の保護、処置またはケアクリーム剤、ミルク剤、ローション剤、ゲル剤または発泡剤を構成する。組成物は、石鹸またはクレンジングバーを構成する固体調製物からなってもよい。

組成物は、親水性または親油性のゲル化剤、親水性または親油性の活性薬剤、保存剤、抗酸化剤、溶媒、芳香剤、充填剤、日焼け止め、匂い吸収材および染料などのアジュバントを含有してよい。これらの種々のアジュバントの量は、検討分野において慣習的に使用されているものであり、例えば、組成物の総重量の約０．０１％〜約２０％である。それらの性質に応じて、これらのアジュバントは、脂肪相に、水相に、かつ／または脂質小胞に導入することができる。

経口投与のために、活性薬剤（複数可）は、活性薬剤（複数可）を当技術分野で周知の薬学的に許容される担体と組み合わせることによって容易に製剤化することができる。そのような担体により、本発明の薬剤を、処置される患者が経口摂取するために、咀嚼錠、ピル、糖剤、カプセル剤、ロゼンジ、ハードキャンディ、液体、ゲル剤、シロップ剤、スラリー剤、散剤、懸濁剤、エリキシル剤、ウェーハなどを含めた錠剤として製剤化することが可能になる。そのような製剤は、固体の希釈剤または充填剤、滅菌水性媒体および種々の無毒性有機溶媒を含めた薬学的に許容される担体を含んでよい。固体担体は、希釈剤、香味剤、可溶化剤、滑沢剤、懸濁化剤、結合剤、防腐剤、錠剤崩壊剤、またはカプセル封入材料としての機能も果たし得る１つまたは複数の物質であってよい。散剤では、担体は、一般には、細かく分割した活性な構成成分との混合物である細かく分割した固体である。錠剤では、一般には、活性な構成成分を、必要な結合能を有する担体と適切な割合で混合し、所望の形状およびサイズに成形する。散剤および錠剤は、約１から約７０パーセントまでの活性化合物を含有する。適切な担体としては、これらに限定されないが、炭酸マグネシウム、ステアリン酸マグネシウム、タルク、糖、ラクトース、ペクチン、デキストリン、デンプン、ゼラチン、トラガント、メチルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、低融点ワックス、カカオバターなどが挙げられる。一般に、活性薬剤は、所望の投薬単位をもたらすのに十分な量で、経口用剤形の全組成の約０．５％、約５％、約１０％、約２０％、または約３０％〜約５０％、約６０％、約７０％、約８０％または約９０重量％にわたる濃度レベルで含めることができる。

経口使用のための水性懸濁剤は、活性薬剤（複数可）を、例えば、懸濁化剤（例えば、メチルセルロース）、湿潤剤（例えば、レシチン、リゾレシチンおよび／または長鎖脂肪アルコール）、ならびに着色料、防腐剤、香味剤などの薬学的に許容される賦形剤と共に含有してよい。

例えば、大きな親油性部分が存在することに起因して、活性薬剤を溶液にするために油または非水性溶媒が必要になり得る。あるいは、乳剤、懸濁剤、または他の調製物、例えば、リポソーム調製物を使用することができる。リポソーム調製物に関して、状態を処置するためのリポソームを調製するための任意の公知の方法を使用することができる。例えば、参照により本明細書に組み込まれる、Banghamら、J. Mol. Biol. ２３巻：２３８〜２５２頁（１９６５年）およびSzokaら、Proc. Natl. Acad. Sci. USA ７５巻：４１９４〜４１９８頁（１９７８年）を参照されたい。これらの組成物を特定の作用部位に導くために、リポソームにリガンドを付着させることもできる。

経口使用のための医薬調製物は、固体賦形剤として得、任意選択で、得られた混合物を粉砕し、所望であれば適切な助剤を添加した後、顆粒の混合物を加工して錠剤または糖剤コアを得ることができる。適切な賦形剤は、具体的には、充填剤、例えば、ラクトース、スクロース、マンニトール、またはソルビトールを含めた糖など；香味要素、セルロース調製物、例えば、トウモロコシデンプン、コムギデンプン、イネデンプン、ジャガイモデンプン、ゼラチン、トラガカントゴム、メチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、および／またはポリビニルピロリドン（ＰＶＰ）などである。所望であれば、崩壊剤、例えば、架橋ポリビニルピロリドン、寒天、またはアルギン酸またはアルギン酸ナトリウムなどのその塩などを添加することができる。薬剤は、持続放出調製物として製剤化することもできる。

糖剤コアには、適切なコーティングを施すことができる。この目的のために、濃縮した糖溶液を使用することができ、これは、任意選択で、アラビアゴム、タルク、ポリビニルピロリドン、カーボポールゲル、ポリエチレングリコール、および／または二酸化チタン、ラッカー溶液、および適切な有機溶媒または溶媒混合物を含有してよい。活性薬剤の異なる組合せを同定するまたは特徴付けるために、錠剤または糖剤コーティングに染料または色素を添加することができる。

経口的に使用することができる医薬調製物としては、ゼラチンでできた押し込み型カプセル剤、ならびに、ゼラチンおよびグリセロールまたはソルビトールなどの可塑剤でできた密閉型軟カプセル剤が挙げられる。押し込み型カプセル剤は、活性成分を、ラクトースなどの充填剤、デンプンなどの結合剤、および／またはタルクもしくはステアリン酸マグネシウムなどの滑沢剤、および、任意選択で安定剤との混和物として含有してよい。軟カプセル剤では、活性薬剤は、脂肪油、流動パラフィン、または液体ポリエチレングリコールなどの適切な液体に溶解または懸濁させることができる。さらに、安定剤を添加することができる。経口投与用の製剤は全て投与に適した投与量であってよい。

経口投与に適した他の形態としては、乳剤、シロップ剤、エリキシル剤、水溶液、水性懸濁剤を含めた液体形態の調製物、または、使用する直前に液体形態の調製物に変換することを意図した固体形態の調製物が挙げられる。乳剤は、溶液、例えば、水性プロピレングリコール溶液中に調製することもでき、例えば、レシチン、ソルビタンモノオレエート、またはアラビアゴムなどの乳化剤を含有してもよい。水溶液は、活性な構成成分を水に溶解させ、適切な着色剤、フレーバー、安定剤、および増粘剤を添加することによって調製することができる。水性懸濁剤は、細かく分割した活性な構成成分を天然または合成ゴム、樹脂、メチルセルロース、カルボキシメチルセルロースナトリウム、および他の周知の懸濁化剤などの粘性材料と一緒に水中に分散させることによって調製することができる。組成物と一緒に投与することができる適切な充填剤または担体としては、適量で使用する、寒天、アルコール、脂肪、ラクトース、デンプン、セルロース誘導体、多糖、ポリビニルピロリドン、シリカ、滅菌生理食塩水など、またはそれらの混合物が挙げられる。固体形態の調製物は、溶液、懸濁剤、および乳剤を含み、活性な構成成分に加えて、着色剤、フレーバー、安定剤、緩衝液、人工および天然甘味剤、分散剤、増粘剤、可溶化剤などを含有してよい。

シロップ剤または懸濁剤は、活性化合物を、糖、例えばスクロースの濃縮水溶液に添加することによって作出することができ、それに任意の副成分を添加することもできる。そのような副成分としては、香味剤、糖の結晶化を阻止するための薬剤または任意の他の成分の溶解性を増大させるための薬剤、例えば、多価アルコール、例えば、グリセロールまたはソルビトールを挙げることができる。

化合物を経口投与用に製剤化する場合、胃腸（ＧＩ）管からの吸収を増強するために胃内滞留性製剤を利用することが望ましいことがある。数時間にわたって胃内に保持される製剤は、本発明の化合物をゆっくりと放出し、本発明において使用することができる持続放出をもたらすことができる。そのような胃内滞留性製剤に関する開示は、Klausner, E. A.；Lavy, E.；Barta, M.；Cserepes, E.；Friedman, M.；Hoffman, A. ２００３年「Novel gastroretentive dosage forms: evaluation of gastroretentivityand its effect on levodopa in humans」、Pharm. Res. ２０巻、１４６６〜７３頁、Hoffman, A.；Stepensky, D.；Lavy, E.；Eyal, S. Klausner, E.；Friedman, M. ２００４年、「Pharmacokinetic andpharmacodynamic aspects of gastroretentive dosage forms」、Int. J. Pharm. １１巻、１４１〜５３頁、Streubel, A.；Siepmann, J；Bodmeier, R.；２００６年、「Gastroretentive drug delivery systems」、ExpertOpin. Drug Deliver. ３巻、２１７〜３頁、およびChavanpatil, M. D.；Jain, P.；Chaudhari, S.；Shear, R.；Vavia, P. R.、「Novel sustained release, swellable and bioadhesive gastroretentivedrug delivery system for olfoxacin」、Int. J. Pharm. ２００６年３月２４日電子出版に見いだされる。本発明の化合物の吸収を最大にするために、拡張可能な、遊走および生体接着技法を利用することができる。

組成物の構成成分の溶解性は、組成物中の界面活性物質または他の適切な共溶媒によって増強することができる。そのような共溶媒としては、ポリソルベート２０、６０、および８０、ＰｌｕｒｏｎｉｃＦ６８、Ｆ−８４およびＰ−１０３、シクロデキストリン、または当業者に公知の他の薬剤が挙げられる。そのような共溶媒は、約０．０１重量％から２重量％までのレベルで使用することができる。

組成物は、複数回投薬形態に包装することができる。使用中の微生物によるコンタミネーションを予防するために、防腐剤が好ましい場合がある。適切な防腐剤としては、塩化ベンザルコニウム、チメロサール、クロロブタノール、メチルパラベン、プロピルパラベン、フェニルエチルアルコール、エデト酸二ナトリウム、ソルビン酸、ＯｎａｍｅｒＭ、または当業者に公知の他の薬剤が挙げられる。先行技術の点眼用製品では、そのような防腐剤は、０．００４％から０．０２％のレベルで使用することができる。本出願の組成物では、防腐剤、好ましくは塩化ベンザルコニウムを、０．００１％から０．０１％未満まで、例えば、０．００１％から０．００８％まで、好ましくは約０．００５重量％のレベルで使用することができる。本発明の組成物を微生物の攻撃から保護するためには、０．００５％の塩化ベンザルコニウムの濃度が十分であり得ることが見いだされている。

局所／局部適用に関する例では、組成物は、１種または複数種の透過増強剤を含んでよい。例えば、製剤は、本発明の薬剤または薬剤の組合せの、透過性障壁、例えば皮膚を渡る透過を増大させるまたは送達を補助する適切な固体もしくはゲル相担体または賦形剤を含んでよい。これらの透過増強化合物の多くは、局所的製剤の当技術分野で公知であり、それらとしては、例えば、水、アルコール（例えば、メタノール、エタノール、２−プロパノールのようなテルペン）、スルホキシド（例えば、ジメチルスルホキシド、デシルメチルスルホキシド、テトラデシルメチルスルホキシド）、ピロリドン（例えば、２−ピロリドン、Ｎ−メチル−２−ピロリドン、Ｎ−（２−ヒドロキシエチル）ピロリドン）、ラウロカプラム、アセトン、ジメチルアセトアミド、ジメチルホルムアミド、テトラヒドロフルフリルアルコール、Ｌ−α−アミノ酸、陰イオン性、陽イオン性、両性または非イオン性界面活性物質（例えば、ミリスチン酸イソプロピルおよびラウリル硫酸ナトリウム）、脂肪酸、脂肪アルコール（例えば、オレイン酸）、アミン、アミド、クロフィブリン酸アミド、ヘキサメチレンラウラミド、タンパク質分解酵素、α−ビサボロール、ｄ−リモネン、尿素およびＮ，Ｎ−ジエチル−ｍ−トルアミドなどが挙げられる。さらなる例としては、保湿剤（例えば、尿素）、グリコール（例えば、プロピレングリコールおよびポリエチレングリコール）、グリセロールモノラウレート、アルカン、アルカノール、ＯＲＧＥＬＡＳＥ、炭酸カルシウム、リン酸カルシウム、種々の糖、デンプン、セルロース誘導体、ゼラチン、および／または他のポリマーが挙げられる。別の実施形態では、組成物は、１種または複数種のそのような透過増強剤を含んでよい。

局部／局所適用のための組成物は、例えば、四級アンモニウム化合物、有機水銀、ｐ−ヒドロキシ安息香酸、芳香族アルコール、クロロブタノールなどの１種または複数種の抗菌性防腐剤を含んでよい。

組成物は、エアロゾル溶液、懸濁剤または乾燥粉末に製剤化することができる。エアロゾルは、呼吸器系または鼻腔を通じて投与することができる。例えば、本発明の組成物を、適切な担体、例えば、薬学的に許容される噴射剤に懸濁または溶解させ、経鼻スプレーまたは吸入剤を使用して肺内に直接投与することができることが当業者には認識されよう。例えば、輸送体、担体、またはイオンチャネル阻害剤を含むエアロゾル製剤を、例えば、経鼻スプレーまたは吸入剤として投与するために、噴射剤または溶媒と噴射剤の混合物に溶解、懸濁または乳化させることができる。エアロゾル製剤は、当技術分野において慣習的に使用される化粧用としてまたは皮膚用としてまたは薬学的に許容される噴射剤などの、加圧下の任意の許容される噴射剤を含有してよい。

経鼻投与用のエアロゾル製剤は、一般に、鼻腔に滴剤または噴霧剤として投与されるよう設計された水溶液である。鼻用溶液は、一般に、等張性であり、約５．５〜約６．５のｐＨを維持するようにわずかに緩衝させたという点で鼻分泌液と同様であってよいが、この範囲外のｐＨ値をさらに使用することができる。抗菌剤または防腐剤も製剤に含めることができる。

吸入用のエアロゾル製剤および吸入剤は、薬剤または薬剤の組合せが、鼻または口呼吸器経路によって投与されると対象の呼吸樹に運ばれるように設計することができる。吸入溶液は、例えば、ネブライザーによって投与することができる。例えば、支出を補助するために、細かく粉末化したまたは液体の薬物を含む吸入または吹送を、噴射剤中の薬剤または薬剤の組合せの溶液または懸濁剤の医薬エアロゾルとして呼吸器系に送達することができる。噴射剤は、ハロカーボン、例えば、フッ素化塩素化炭化水素、ヒドロクロロフルオロカーボン、およびヒドロクロロカーボンなどのフルオロカーボンを含めた液化ガス、ならびに炭化水素および炭化水素エーテルであってよい。

ハロカーボン噴射剤としては、全ての水素がフッ素で置き換えられたフルオロカーボン噴射剤、全ての水素が塩素で置き換えられたクロロフルオロカーボン噴射剤、および少なくとも１つのフッ素、水素を含有するフルオロカーボン噴射剤、および水素を含有するクロロフルオロカーボン噴射剤を挙げることができる。ハロカーボン噴射剤は、Johnson、米国特許第５，３７６，３５９号、１９９４年１２月２７日発行；Byronら、米国特許第５，１９０，０２９号、１９９３年３月２日発行；およびPurewalら、米国特許第５，７７６，４３４号、１９９８年７月７日発行に記載されている。本発明において有用な炭化水素噴射剤としては、例えば、プロパン、イソブタン、ｎ−ブタン、ペンタン、イソペンタンおよびネオペンタンが挙げられる。炭化水素のブレンドも噴射剤として使用することができる。エーテル噴射剤としては、例えば、ジメチルエーテルならびにエーテルが挙げられる。本発明のエアロゾル製剤は、１種超の噴射剤も含んでよい。例えば、エアロゾル製剤は、２種もしくはそれ超のフルオロカーボンなどの、同じクラスからの１種超の噴射剤；または、フルオロ炭化水素および炭化水素などの、異なるクラスからの１種超、２種超、３種超の噴射剤を含んでよい。本発明の医薬組成物は、圧縮ガス、例えば、二酸化炭素、亜酸化窒素または窒素などの不活性ガスを用いて分配することもできる。

エアロゾル製剤は、他の構成成分、例えば、エタノール、イソプロパノール、プロピレングリコール、ならびに界面活性物質または油および界面活性剤などの他の構成成分も含んでよい。これらの構成成分は、製剤を安定化し、かつ／または弁構成成分を潤滑するために役立ち得る。

エアロゾル製剤は、加圧下で包装することができ、溶液、懸濁剤、乳剤、散剤および半固体調製物を使用してエアロゾルとして製剤化することができる。例えば、溶液エアロゾル製剤は、輸送体、担体、またはイオンチャネル阻害剤などの本発明の薬剤の溶液を（実質的に）純粋な噴射剤中にまたは噴射剤と溶媒の混合物として含んでよい。溶媒は、薬剤を溶解するためおよび／または噴射剤の蒸発を阻止するために使用することができる。溶媒としては、例えば、水、エタノールおよびグリコールを挙げることができる。適切な溶媒の任意の組合せを、任意選択で、防腐剤、抗酸化剤、および／または他のエアロゾル構成成分と組み合わせて使用することができる。

エアロゾル製剤は、分散剤または懸濁剤であってよい。懸濁剤エアロゾル製剤は、本発明の薬剤または薬剤の組合せ、例えば、輸送体、担体、またはイオンチャネル阻害剤の懸濁剤、および分散剤を含んでよい。分散剤としては、例えば、ソルビタントリオレエート、オレイルアルコール、オレイン酸、レシチンおよびトウモロコシ油を挙げることができる。懸濁剤エアロゾル製剤は、滑沢剤、防腐剤、抗酸化剤、および／または他のエアロゾル構成成分も含んでよい。

エアロゾル製剤は、乳剤として同様に製剤化することができる。乳剤エアロゾル製剤としては、例えば、エタノールなどのアルコール、界面活性物質、水および噴射剤、ならびに本発明の薬剤または薬剤の組合せ、例えば、輸送体、担体、またはイオンチャネルを挙げることができる。使用される界面活性物質は、非イオン性、陰イオン性または陽イオン性であってよい。乳剤エアロゾル製剤の１つの例は、例えば、エタノール、界面活性物質、水および噴射剤を含む。乳剤エアロゾル製剤の別の例は、例えば、植物油、モノステアリン酸グリセリンおよびプロパンを含む。

化合物は、坐剤として投与するために製剤化することができる。トリグリセリドの混合物、脂肪酸グリセリド、ＷｉｔｅｐｓｏｌＳ５５（ＤｙｎａｍｉｔｅＮｏｂｅｌＣｈｅｍｉｃａｌ、Ｇｅｒｍａｎｙの商標）、またはカカオバターなどの低融点ワックスをまず融解させ、活性な構成成分を、例えば撹拌することによって均一に分散させる。次いで、融解した均一な混合物を都合のよいサイズの型に流し込み、冷まし、凝固させる。

化合物は、膣内投与のために製剤化することができる。活性成分に加えて、適切であることが当技術分野で公知の担体を含有する膣坐薬、タンポン、クリーム剤、ゲル剤、ペースト剤、フォーム剤または噴霧剤。

局所、眼内、眼周囲、または全身投与するための挿入物上の、その中の、またはそれに付着させた持続放出製剤に使用するために、化合物を生体適合性ポリマーに放出可能に付着させることができる。同様に、生体適合性ポリマーからの制御放出を水溶性ポリマーと共に利用して滴下注入可能な製剤を形成することができる。同様に、例えば、ＰＬＧＡマイクロスフェアまたはナノスフェアなどの生体適合性ポリマーからの制御放出を、眼内埋め込みまたは持続放出投与のための注射に適した製剤に利用することができる。任意の適切な生分解性かつ生体適合性ポリマーを使用することができる。

医薬組成物の投与
一部の態様では、本明細書に記載の組成物および方法により、対象において抗原性ペプチドのエピトープに対する免疫応答が引き出される。いくつかの場合には、組成物は、結腸直腸がんワクチン、ＮＳＣＬＣがんワクチン、または卵巣がんワクチンである。いくつかの場合には、結腸直腸がんワクチンは、多抗原結腸直腸がんワクチン、多抗原ＮＳＣＬＣがんワクチン、または多抗原卵巣がんワクチンである。

いくつかの場合には、対象は、ワクチンの投与前に腫瘍を有している。他の場合では、対象は、ワクチンの投与前に腫瘍を有していない。他の場合では、対象は、ワクチンの投与前に腫瘍を有していないが、ワクチンの投与後に腫瘍を有するようになる。他の場合では、対象は、ワクチンの投与前に腫瘍を有しておらず、ワクチンの投与後に腫瘍を有すようにならない。ある態様では、腫瘍は、結腸直腸がん腫瘍、ＮＳＣＬＣがん腫瘍、または卵巣がん腫瘍である。一部の態様では、対象は、齧歯類であり、齧歯類における結腸直腸がん腫瘍はＡＯＭ誘導性腫瘍である。

本明細書に記載のワクチンは、種々の経路によって送達することができる。送達経路としては、経口（頬側および舌下を含む）、直腸、経鼻、局所、経皮パッチ剤、肺内、膣内、坐薬、もしくは非経口（筋肉内、動脈内、くも膜下腔内、皮内、腹腔内、皮下および静脈内）投与またはエアロゾル化、吸入もしくは吹送による投与に適した形式を挙げることができる。薬物送達システムに関する一般情報は、Anselら、Pharmaceutical Dosage Forms and DrugDelivery Systems（Lippencott Williams & Wilkins、Baltimore Md.（１９９９年）に見いだすことができる。本明細書に記載のワクチンは、筋肉に投与することもでき、皮内もしくは皮下注射を介して、またはイオン導入によってなど、経皮投与することもできる。ワクチンの表皮投与を使用することができる。

いくつかの場合には、ワクチンは、鼻腔を介して投与するために製剤化することもできる。経鼻投与に適した製剤は、担体が固体である場合、嗅剤が摂取されるように、すなわち、鼻の近くに保持した散剤の容器から鼻腔を通して急速吸入することによって投与される、例えば約１０〜約５００ミクロンの範囲の粒子サイズを有する粗粉末を含んでよい。製剤は、経鼻スプレー、点鼻剤、またはネブライザーによるエアロゾル投与によるものであってよい。製剤は、ワクチンの水性または油性溶液を含んでよい。

ワクチンは、懸濁剤、シロップ剤またはエリキシル剤などの液体の調製物であってよい。ワクチンは、滅菌懸濁剤または乳剤などの、非経口、皮下、皮内、筋肉内または静脈内投与（例えば、注射による投与）のための調製物であってもよい。

ワクチンは、単回免疫用の材料を含んでもよく、多数回免疫用の材料を含んでもよい（すなわち、「複数回用量」キット）。複数回用量の配合には防腐剤を含めることが好ましい。複数回用量用の組成物に防腐剤を含める代わりに（またはそれに加えて）、材料を取り出すための無菌アダプターを有する容器に組成物を含有させることができる。

ワクチンは、約０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、または１．０ｍＬの投薬体積で投与することができる。時には、ワクチンは、例えば１ｍｌ超の高用量で投与することができる。

一部の態様では、本明細書に記載の組成物を、それを必要とする対象に、ワクチンとして投与する。いくつかの場合には、対象を、多抗原結腸直腸がんワクチン、多抗原ＮＳＣＬＣがんワクチン、または多抗原卵巣がんワクチンを用いて免疫する。いくつかの場合には、対象を、１回用量のワクチンを用いて免疫する。他の場合では、対象を、１回超の用量のワクチンを用いて免疫する。ある態様では、対象を、１回超、２回超、３回超、４回超、５回超、６回超、７回超、８回超、９回超、１０回超、１１回超、１２回超、１３回超、１４回超、１５回超、１６回超、１７回超、１８回超、１９回超または２０回超の用量のワクチンを用いて免疫する。ある態様では、対象を、３回用量のワクチンを用いて免疫する。

一部の態様では、対象が１回超の用量のワクチンを受ける場合では、第１の用量とその後の用量のワクチンのそれぞれの間に時間が経過する。いくつかの場合には、第１の用量とその後の用量のワクチンのそれぞれの間に経過する時間は、数秒、数分、数時間、数日、数週間、数カ月または数年である。ある態様では、１回超の用量を、間隔をあけて対象に投与する。いくつかの場合には、間隔は、数秒、数分、数時間、数日、数週間、数カ月または数年にわたる。いくつかの場合には、対象は、追加刺激用量を受ける。ある態様では、追加刺激を、対象に１回超、２回超、３回超、４回超、５回超、６回超、７回超、８回超、９回超、１０回超、１１回超、１２回超、１３回超、１４回超、１５回超、１６回超、１７回超、１８回超、１９回超または２０回超の追加刺激用量のワクチンで投与する。ある態様では、対象は、最大３回のワクチンの追加刺激を受ける。

いくつかの場合には、間隔は、ワクチンの各用量間で同じある。いくつかの場合には、間隔は、ワクチンの各追加刺激の間で同じである。いくつかの場合には、間隔は、ワクチンの各用量間で異なる。いくつかの場合には、間隔は、ワクチンの各追加刺激の間で異なる。

ある態様では、１回超の用量を、少なくとも１日の間隔で対象に投与する。いくつかの場合には、間隔は、１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、１４日、１５日、１６日、１７日、１８日、１９日、２０日、２１日、２２日、２３日、２４日、２５日、２６日、２７日、２８日、２９日または３０日である。他の場合では、間隔は、数日の範囲であり、一部の態様では、数日の範囲は、１〜５日、１〜７日、１〜１０日、３〜１５日、５〜１０日、５〜１５日、５〜２０日、７〜１０日、７〜１５日、７〜２０日、７〜２５日、１０〜１５日、１０〜２０日、１０〜２５日、１５〜２０日、１５〜２５日、１５〜３０日、２０〜３０日、２０〜３５日、２０〜４０日、２０〜５０日、２５〜５０日、３０〜５０日、３５〜５０日、または４０〜５０日である。

一部の態様では、対象を、ワクチンの投与後に評価する。いくつかの場合には、対象を、ワクチンの最終投与から１カ月以内に（例えば、短期）評価する。ある態様では、短期とは、ワクチンの最終投与後１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、１４日、１５日、１６日、１７日、１８日、１９日、２０日、２１日、２２日、２３日、２４日、２５日、２６日、２７日、２８日、２９日、３０日または３１日である。いくつかの場合には、対象を、ワクチンの最終投与から４カ月以内に（例えば、長期）評価する。ある態様では、長期とは、ワクチンの最終投与後１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間、１１週間、１２週間、１３週間、１４週間、１５週間、１６週間、１７週間、１８週間、１９週間、２０週間、２１週間、２２週間、２３週間、２４週間、２５週間、２６週間、２７週間、２８週間、２９週間、３０週間または３１週間である。

いくつかの場合には、対象は、ワクチン用量の最終投与後に少なくとも１回の追加刺激用量のワクチンを受ける。ある態様では、少なくとも１回の追加刺激用量を、対象に、ワクチン用量の最終投与の１週間後、２週間後、３週間後、４週間後、５週間後、６週間後、７週間後、８週間後、９週間後、１０週間後、１１週間後、１２週間後、１３週間後、１４週間後、１５週間後、１６週間後、１７週間後、１８週間後、１９週間後、２０週間後、２１週間後、２２週間後、２３週間後、２４週間後、２５週間後、２６週間後、２７週間後、２８週間後、２９週間後、３０週間後または３１週間後に投与する。いくつかの場合には、対象は、１回の追加刺激用量、２回の追加刺激用量、３回の追加刺激用量、４回の追加刺激用量、５回の追加刺激用量、６回の追加刺激用量、７回の追加刺激用量、８回の追加刺激用量、９回の追加刺激用量、１０回の追加刺激用量、１１回の追加刺激用量、１２回の追加刺激用量、１３回の追加刺激用量、１４回の追加刺激用量、１５回の追加刺激用量、１６回の追加刺激用量、１７回の追加刺激用量、１８回の追加刺激用量、１９回の追加刺激用量、２０回の追加刺激用量、２１回の追加刺激用量、２２回の追加刺激用量、２３回の追加刺激用量、２４回の追加刺激用量、２５回の追加刺激用量、２６回の追加刺激用量、２７回の追加刺激用量、２８回の追加刺激用量、２９回の追加刺激用量または３０回の追加刺激用量を受ける。

本開示は、さらなる態様では、皮内投与デバイスおよび本明細書に記載のワクチン製剤を含む医薬キットを提供する。一部の態様では、デバイスは、すでにワクチンが充填されて供給されることが好ましい。一部の態様では、ワクチンは、本明細書に記載の従来の筋肉内ワクチンよりも小さな液体体積、特に約０．０５ｍｌから０．２ｍｌの間の体積であることが好ましい。一部の態様では、デバイスは、ワクチンを真皮に投与するための短針送達デバイスであることが好ましい。

本明細書に記載の皮内ワクチンと共に使用するのに適したデバイスとしては、ＵＳ４，８８６，４９９、ＵＳ５，１９０，５２１、ＵＳ５，３２８，４８３、ＵＳ５，５２７，２８８、ＵＳ４，２７０，５３７、ＵＳ５，０１５，２３５、ＵＳ５，１４１，４９６、ＵＳ５，４１７，６６２に記載されているものなどの短針デバイスが挙げられる。一部の態様では、皮内ワクチンは、参照により本明細書に組み込まれるＷＯ９９／３４８５０に記載されているものなどの、針の皮膚への有効な貫入長を限定するデバイス、およびそれらの機能的等価物によっても投与される。液体ジェット式注射器によってまたは角質層に穴をあけ、真皮に到達するジェットをもたらす針によって液体ワクチンを真皮に送達するジェット注射デバイスも適切である。ジェット注射デバイスは、例えば、ＵＳ５，４８０，３８１、ＵＳ５，５９９，３０２、ＵＳ５，３３４，１４４、ＵＳ５，９９３，４１２、ＵＳ５，６４９，９１２、ＵＳ５，５６９，１８９、ＵＳ５，７０４，９１１、ＵＳ５，３８３，８５１、ＵＳ５，８９３，３９７、ＵＳ５，４６６，２２０、ＵＳ５，３３９，１６３、ＵＳ５，３１２，３３５、ＵＳ５，５０３，６２７、ＵＳ５，０６４，４１３、ＵＳ５，５２０，６３９、ＵＳ４，５９６，５５６、ＵＳ４，７９０，８２４、ＵＳ４，９４１，８８０、ＵＳ４，９４０，４６０、ＷＯ９７／３７７０５およびＷＯ９７／１３５３７に記載されている。圧縮ガスを使用して散剤形態のワクチンを皮膚の外層を通って真皮まで加速させる、弾道的な散剤／粒子送達デバイスも適切である。さらに、一部の態様では、皮内投与の古典的なマントー法において従来のシリンジを使用する。しかし、従来のシリンジの使用には、高度に熟練した操作者が必要であり、したがって、高度に熟練した使用者を伴わずに正確に送達することが可能なデバイスが好ましい。

本開示の別の場合は、対象または対象の集団における疾患を予防し、かつ／または疾患の重症度を低下させるために、対象または対象の集団を疾患に対して免疫する方法に関する。方法は、疾患を有する（または疾患を有さないと考えられる）対象または対象の集団に本開示の組成物を投与するステップを含む。

本開示の一事例の組成物は、当業者に周知の技法を使用して投与することができる。一部の態様では、化合物を製剤化し、遺伝学的免疫によって投与することが好ましい。製剤および投与の技法は、「Remington's Pharmaceutical Sciences」、第１８版、１９９０年、Mack Publishing Co.、Easton、Paに見いだされる。一部の態様では、適切な経路としては、ほんの２、３挙げると、筋肉内、皮内、皮下、髄内注射、ならびに、くも膜下腔内、直接脳室内、静脈内、腹腔内、鼻腔内、または眼内注射などの非経口送達が挙げられる。他の経路としては、経口または経皮送達が挙げられる。一部の態様では、本開示の一事例の組成物は、注射用に、水溶液、好ましくは、ハンクス液、リンゲル液、または生理的食塩水緩衝液などの、生理的に適合する緩衝液中に製剤化される。

一部の態様では、筋肉内、皮内、皮下、鼻腔内、嚢内、脊髄内、胸骨内、および静脈内注射を含む非経口適用には、注射可能滅菌溶液、好ましくは油性溶液または水溶液、ならびに懸濁剤、乳剤、または坐剤を含めた埋め込み物が特に適する。一部の態様では、注射用の製剤は、防腐剤が添加された単位剤形、例えば、アンプルまたは複数回用量容器で提供してもよい。一部の態様では、組成物は、油性または水性ビヒクル中の懸濁剤、溶液または乳剤などの形態をとり、懸濁化剤、安定化剤および／または分散剤などの配合剤を含有する。あるいは、他の態様では、活性成分は、使用する前に適切なビヒクル、例えば、滅菌パイロジェンフリー水を用いて構成するための粉末の形態である。

一部の態様では、経腸適用のためには、錠剤、糖剤、液剤、滴剤、坐剤、またはカプセル剤が特に適する。一部の態様では、医薬組成物を、結合剤（例えば、アルファ化トウモロコシデンプン、ポリビニルピロリドンまたはヒドロキシプロピルメチルセルロース）；充填剤（例えば、ラクトース、結晶セルロースまたはリン酸水素カルシウム）；滑沢剤（例えば、ステアリン酸マグネシウム、タルクまたはシリカ）；崩壊剤（例えば、ジャガイモデンプンまたはデンプングリコール酸ナトリウム）；または湿潤剤（例えば、ラウリル硫酸ナトリウム）などの薬学的に許容される賦形剤を用いて、従来の手段によって調製する。一部の態様では、錠剤を、当技術分野で周知の方法によってコーティングする。一部の態様では、経口投与用の液体の調製物は、例えば、溶液、シロップ剤もしくは懸濁剤の形態をとる、または、使用する前に水もしくは他の適切なビヒクルを用いて構成するための乾燥生成物として提供される。一部の態様では、そのような液体の調製物を、懸濁化剤（例えば、ソルビトールシロップ剤、セルロース誘導体または水素化食用脂肪）；乳化剤（例えば、レシチンまたはアラビアゴム）；非水性のビヒクル（例えば、アーモンド油、油性エステル、エチルアルコールまたは分画植物油）；および防腐剤（例えば、メチルまたはプロピル−ｐ−ヒドロキシ安息香酸またはソルビン酸）などの薬学的に許容される添加剤を用いて従来の手段によって調製する。一部の態様では、調製物は、必要に応じて緩衝塩、香味剤、着色料および甘味剤も含有する。一部の態様では、加糖ビヒクルを使用したシロップ剤、エリキシル剤などを使用する。

一部の態様では、持続または定方向放出組成物、例えば、リポソーム、または、例えば、マイクロカプセル封入、多重コーティングなどにより活性化合物が示差的に分解可能なコーティングで保護された組成物を製剤化する。一部の態様では、新しい化合物をフリーズドライし、得られた凍結乾燥物を、例えば、注射用製品を調製するために使用することも可能である。

吸入による投与のために、本開示の一事例に従って使用するための化合物は、適切な噴射剤、例えば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロエタン、二酸化炭素または他の適切なガスを使用して、加圧したパックまたはネブライザーからのエアロゾル噴霧剤供給の形態で都合よく送達される。加圧エアロゾルの場合では、一部の態様では、投薬単位を、計量された量を送達するための弁をもたらすことによって決定する。一部の態様では、吸入器または吹き入れ器に使用するための、化合物とラクトースまたはデンプンなどの適切な粉末基剤の粉末混合物を含有する、例えばゼラチンのカプセル剤およびカートリッジを製剤化する。局所または経皮適用としては、局所適用に適合し、好ましくは水よりも大きな動的粘性を有する担体を含む、噴霧可能でない形態、粘性〜半固体の形態、または固体形態を挙げることができる。適切な製剤としては、これらに限定されないが、溶液、懸濁剤、乳剤、クリーム剤、軟膏剤、散剤、リニメント剤、膏薬、エアロゾルなどが挙げられ、これらは、所望であれば、浸透圧に影響を及ぼすためなどで、滅菌または補助的な薬剤、例えば、防腐剤、安定剤、湿潤剤、緩衝液または塩と混合する。局所適用に関しては、好ましくは固体または液体の不活性な担体材料と組み合わせた活性成分が、スクイーズボトルに包装されている、または加圧された揮発性の通常は気体の噴射剤、例えばフレオンとの混和物である、噴霧可能なエアロゾル調製物も適切である。一部の態様では、組成物は、活性成分を含有する１つまたは複数の単位剤形を含有するパックまたはディスペンサーデバイスで提供されてよい。一部の態様では、パックは、ブリスターパックなどの金属またはプラスチックホイルを含む。一部の態様では、パックまたはディスペンサーデバイスは、投与のための説明書を伴う。

本開示の一事例によると、組成物は、当業者に周知の薬学的に許容される賦形剤、担体、緩衝液、安定剤または他の材料を含む。そのような材料は無毒性であるべきであり、活性成分の有効性に干渉すべきでない。一部の態様では、担体または他の材料の正確な性質は、投与経路、例えば、静脈内、皮膚または皮下、粘膜内（例えば、消化管）、鼻腔内、筋肉内、または腹腔内経路に依存する。

「対象」とは、限定することなく、ヒト、ならびにチンパンジーおよび他の類人猿およびサル種などの非ヒト霊長類を含めた他の霊長類；ウシ、ヒツジ、ブタ、ヤギおよびウマなどの農場動物；イヌおよびネコなどの飼育哺乳動物；マウス、ラットおよびモルモットなどの齧歯類を含めた実験動物；ニワトリ、シチメンチョウおよび他のキジ類の鳥類、アヒル、ガチョウなどの家禽、野鳥および猟鳥を含めた鳥類などの任意のメンバーを指す。この用語は、特定の年齢を示すものではない。したがって、成体および新生児個体のどちらも包含されるものとする。上記の脊椎動物種の全ての免疫系が同様に作動するので、本開示は、これらの脊椎動物のいずれかを伴う使用を意図している。

一般に、「生物活性のある」という用語は、化合物（タンパク質またはペプチドを含む）が、ｉｎｖｉｖｏ（すなわち、天然の生理的環境）またはｉｎｖｉｔｒｏ（すなわち、実験室条件下）で測定または観察される、細胞または生物体の代謝または他のプロセスに対する効果を有する少なくとも１つの検出可能な活性を有することを示す。

組成物の免疫原性
一部の態様では、本明細書に記載の組成物の免疫原性を対象において評価する。いくつかの場合には、組成物（例えば、プラスミドに基づくワクチン）によりコードされるエピトープをレシピエント対象において評価する。ある態様では、レシピエント対象は、齧歯類、非ヒト霊長類またはヒトである。いくつかの場合には、齧歯類はマウスである。

一部の態様では、本明細書に記載の組成物および方法により、対象において抗原性ペプチドのエピトープに対する免疫応答が引き出される。いくつかの場合には、組成物は、結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんワクチンである。いくつかの場合には、結腸直腸がんワクチンは、多抗原結腸直腸がんワクチンである。いくつかの場合には、ＮＳＣＬＣワクチンは、多抗原ＮＳＣＬＣワクチンである。いくつかの場合には、卵巣がんワクチンは、多抗原卵巣がんワクチンである。

一部の態様では、免疫応答は、Ｉ型免疫応答、ＩＩ型免疫応答またはＩ型免疫応答とＩＩ型免疫応答の両方である。いくつかの場合には、Ｉ型免疫応答は、抗原特異的Ｔ細胞による炎症性サイトカイン（例えば、ＩＦＮ−γ、ＴＮＦ−α）の分泌をもたらす。一部の態様では、炎症性サイトカイン（例えば、Ｉ型サイトカイン）は、ワクチンによってコードされる（例えば、核酸、プラスミド）または送達される（例えば、ペプチド、タンパク質）少なくとも１つのエピトープを発現する細胞を死滅させる細胞傷害性Ｔ細胞を活性化する。いくつかの場合には、ＴｈＩサイトカインは、追加の免疫細胞を活性化する。いくつかの場合には、ＩＩ型免疫応答は、調節性Ｔ細胞による免疫抑制性サイトカイン（例えば、ＩＬ−１０、ＩＬ−４およびＩＬ−５）の分泌をもたらす。一部の態様では、免疫抑制性サイトカイン（例えば、ＩＩ型サイトカイン）は、ワクチンによってコードされる（例えば、核酸、プラスミド）または送達される（例えば、ペプチド、タンパク質）少なくとも１つの抗原エピトープを発現する細胞を死滅させるのではなくＴｈ１免疫応答を抑制する、調節性Ｔ細胞を活性化する。

一部の態様では、対象においてＴｈ１またはＴｈ２免疫応答、またはその両方が起こるかどうかは、エピトープとＭＨＣ−Ｔ細胞受容体相互作用の間の親和性の結果である。いくつかの場合には、結合性ペプチドのＭＨＣ分子に対する親和性は高い。他の場合では、結合性ペプチドのＭＨＣ分子に対する親和性は低い。いくつかの場合には、親和性の低い結合性ペプチドはＴｈ１応答を誘導する。他の場合では、高親和性の結合性ペプチドはＴｈ２応答を誘導する。一部の態様では、候補結合性ペプチドのＭＨＣ分子に対する親和性をスクリーニングする。ある態様では、候補結合性ペプチドによって誘導されるＩＦＮ−γおよびＩＬ−１０分泌を、本明細書に記載の通りまたは当業者に公知の技法を使用して決定する。

一部の態様では、ワクチンの免疫原性を、対象において、当業者に公知の複数の方法のいずれかを使用して分析する。いくつかの場合には、免疫原性を、対象に投与するワクチンによりコードされるペプチドの対象における発現を検出することによって分析する。ある態様では、検出方法は、ＥＬＩＳＰＯＴ、ＥＬＩＳＡ、ウエスタンブロッティング、フローサイトメトリー、組織学的検査、クロマトグラフィー、質量分析などを含む。一部の態様では、対象においてワクチンに応答して生じる、単離されたペプチドに対する免疫原性を分析する。いくつかの場合には、対象から取得した腫瘍細胞、がん細胞、脾臓細胞または正常細胞の試料を分析する。

いくつかの場合には、免疫原性を分析するために対象からリンパ球を単離する。ある態様では、脾臓、リンパ節および／または流入領域リンパ節からリンパ球を単離する。いくつかの場合には、単回用量のワクチンを投与した後にリンパ球を単離する。他の場合では、複数回用量のワクチンの最後の用量を投与した後にリンパ球を単離する。ある態様では、単回用量のいずれのワクチンを投与しても、その１日後、２日後、３日後、４日後、５日後、６日後、７日後、８日後、９日後、１０日後、１１日後、１２日後、１３日後、１４日後、１５日後、１６日後、１７日後、１８日後、１９日後、２０日後、２１日後、２２日後、２３日後、２４日後、２５日後、２６日後、２７日後、２８日後、２９日後または３０日後にリンパ球を単離する。

いくつかの場合には、複数回用量のワクチンの最後の用量を投与した後にリンパ球を単離する。ある態様では、複数回用量のワクチンの最後の用量を投与した１日後、２日後、３日後、４日後、５日後、６日後、７日後、８日後、９日後、１０日後、１１日後、１２日後、１３日後、１４日後、１５日後、１６日後、１７日後、１８日後、１９日後、２０日後、２１日後、２２日後、２３日後、２４日後、２５日後、２６日後、２７日後、２８日後、２９日後または３０日後にリンパ球を単離する。

いくつかの場合には、タンパク質検出方法を使用して、対象によって産生される、組成物（例えば、プラスミドに基づくワクチン）の核酸によってコードされる各ペプチドの量を決定する。ある態様では、ＥＬＩＳＰＯＴを実施し、ＥＬＩＳＰＯＴによりＩＦＮ−γを検出する。別の態様では、異なるＥＬＩＳＰＯＴを実施し、ＥＬＩＳＰＯＴによりグランザイムＢを検出する。いくつかの場合には、タンパク質検出方法を使用して、対象によって産生される、組成物（例えば、プラスミドに基づくワクチン）に応答したタンパク質特異的Ｔ細胞の存在を決定する。ある態様では、ＥＬＩＳＰＯＴを実施し、ＥＬＩＳＰＯＴによりＩＦＮ−γを検出する。別の態様では、異なるＥＬＩＳＰＯＴを実施し、ＥＬＩＳＰＯＴによりグランザイムＢを検出する。

一部の態様では、ワクチンによりコードされるペプチドの免疫原性を、組成物（例えば、ワクチン）を投与した後の対象からの結果と、対照組成物（例えば、プラスミドによりコードされないまたはペプチドを有さない）を投与した後の対象からの本明細書に記載の方法の結果を比較することによって決定する。いくつかの場合には、対照はアジュバント単独である。他の場合では、対照は、陰性対照（例えば、抗原性ペプチドエピトープを欠くブランクプラスミド）である。一部の態様では、免疫原性を、産生されるＩＦＮ−ｇの量（例えば、ＥＬＩＳＰＯＴでのＩＦＮ−γ陽性スポット）の増加または産生される腫瘍特異的グランザイムＢの量（ＥＬＩＳＰＯＴでのグランザイムＢ陽性スポット）の増加によって決定する。一部の態様では、増加は、組成物（例えば、ワクチン）を投与した後の対象において、対照組成物を投与した対象と比較して観察される。いくつかの場合には、増加は、Ｐ値（例えば、ｐ＜０．０５）によって示される通り、対照とは統計学的に異なる。一部の態様では、ｐ＜０．０５で統計学的に異なれば統計的に有意である。

ある態様では、免疫原性の統計的有意性を、２つの群（群当たり対象ｎ＝１０）を比較することにより、少なくとも両側水準は０．０５であり得、真の効果量は２．０であり得る場合、９８％の検出力で決定する。いくつかの場合には、効果量は、特異的なＴ細胞応答レベルの平均値の差異を共通標準偏差で割ったものと定義される。一部の態様では、約１．５またはそれ未満の真の効果量は有意ではない。

一部の態様では、少なくとも１回用量のワクチンを投与した後に、追加のパラメータを分析する。いくつかの場合には、血液を対象から単離し、当業者に公知の血液に対する複数の試験を実施する。ある態様では、基礎代謝パネルおよび／または全血球計算を実施する。いくつかの場合には、追加の組織を検査する。ある態様では、少なくとも１回用量のワクチンを投与した後に、結腸、直腸、小腸、盲腸、虫垂、肛門管、腹膜、脾臓、皮膚、骨格筋、リンパ節、骨、骨髄、卵巣、輸卵管、子宮、末梢神経、脳、心臓、胸腺、肺、腎臓、肝臓および／または膵臓を検査する。

モデル系を使用した組成物の有効性
一部の態様では、複数のマウスモデル系を用いて本明細書に記載の組成物を利用する。いくつかの場合には、マウスモデルとして、遺伝的に多様なマウスモデルが挙げられる。ある態様では、マウスモデル系において使用されるマウスとして、ＡＰＣｍｉｎ突然変異マウスが挙げられる。別の態様では、モデルマウス系において使用されるマウスとして、アゾキシメタン（ＡＯＭ）の注射を受けたマウスが挙げられる。

いくつかの場合には、マウスモデルは、腫瘍移植モデルである。ある態様では、腫瘍移植モデルを使用して、本明細書に記載の組成物の治療有効性を分析する。ある態様では、腫瘍移植モデルは、ＭＣ−３８腫瘍移植モデルである。ある態様では、組成物は、結腸直腸がんワクチンである。いくつかの場合には、腫瘍細胞をマウスの皮下に移植する。一態様では、少なくとも１，０００、２，５００、５，０００、７，５００、１０，０００、１２，５００、１５，０００、１７，５００、２０，０００、２２，５００、２５，０００、２７，５００、３０，０００、３５，０００、４０，０００、４５，０００、５０，０００、７５，０００、１００，０００、１２５，０００、１５０，０００、１７５，０００、２００，０００、２２５，０００、２５０，０００、２７５，０００、３００，０００、３５０，０００、４００，０００、４５０，０００、５００，０００、７５０，０００、１，０００，０００、１，２５０，０００、１，５００，０００、１，７５０，０００、２，０００，０００、２，５００，０００、３，０００，０００、３，５００，０００、４，０００，０００、４，５００，０００、５，０００，０００、５，５００，０００、６，０００，０００、６，５００，０００、７，０００，０００、７，５００，０００、８，０００，０００、８，５００，０００、９，０００，０００、９，５００，０００または少なくとも１，０００，０００，０００個の腫瘍細胞をマウスの皮下に移植する。

一部の態様では、当業者に公知の方法を使用して腫瘍の成長を測定する。ある態様では、測定の方法として、腫瘍の直径、腫瘍の体積、腫瘍の質量などが挙げられる。いくつかの場合には、画像処理、抽出または組織学的技法を使用する。ある態様では、技法のいずれかは造影剤の使用を含む。

いくつかの場合には、ワクチンの有効性を対照（例えば、ワクチン接種していないマウスまたは対照ワクチンを用いて処置したマウス）と比較した腫瘍の成長のサイズによって決定する。ある態様では、ワクチン接種の不在下では、マウスの９０％超で腫瘍が発生し、ワクチン接種の存在下では、腫瘍の成長の６０％の阻害が観察される。いくつかの場合には、ワクチン接種により、腫瘍の成長の少なくとも２％、５％、７％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％または少なくとも９９％が阻害される。

一部の態様では、ワクチンの投与後に、対象は、１００％腫瘍を有さない。他の場合では、対象は、ワクチンの投与後に、１００％未満、腫瘍を有さない。ある態様では、対象は、ワクチンの投与後に、９９％、９５％、９０％、８５％、８０％、７５％、７０％、６５％、６０％、５５％、５０％、４５％、４０％、３５％、３０％、２５％、２０％、１５％未満または１０％未満、腫瘍を有さない。いくつかの場合には、対象は、ワクチンの投与の数時間後に、腫瘍を有さなくなる。一部の態様では、対象は、ワクチンの投与の１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間、１１時間、１２時間、１３時間、１４時間、１５時間、１６時間、１７時間、１８時間、１９時間、２０時間、２１時間、２２時間、２３時間、２４時間、２５時間、２６時間、２７時間、２８時間、２９時間、３０時間、３１時間、３２時間、３３時間、３４時間、３５時間、３６時間、３７時間、３８時間、３９時間、４０時間、４１時間、４２時間、４３時間、４４時間、４５時間、４６時間、４７時間、４８時間、４９時間、５０時間またはそれ超の後に腫瘍を有さなくなる。他の場合には、対象は、ワクチンの投与の数日後に腫瘍を有さなくなる。一態様では、対象は、ワクチンの投与の１日、２日、３日、４日、５日、６日、７日、８日、９日、１０日、１１日、１２日、１３日、１４日、１５日、１６日、１７日、１８日、１９日、２０日、２１日、２２日、２３日、２４日、２５日、２６日、２７日、２８日、２９日、３０日、３１日、３２日、３３日、３４日、３５日、３６日、３７日、３８日、３９日、４０日、４１日、４２日、４３日、４４日、４５日、４６日、４７日、４８日、４９日、５０日またはそれ超の後に腫瘍を有さなくなる。他の場合には、対象は、ワクチンの投与の数週間後に、腫瘍を有さなくなる。腫瘍を有さなくなる。一態様では、対象は、ワクチンの投与の１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間、１１週間、１２週間、１３週間、１４週間、１５週間、１６週間、１７週間、１８週間、１９週間、２０週間、２１週間、２２週間、２３週間、２４週間、２５週間、２６週間、２７週間、２８週間、２９週間、３０週間、３１週間、３２週間、３３週間、３４週間、３５週間、３６週間、３７週間、３８週間、３９週間、４０週間、４１週間、４２週間、４３週間、４４週間、４５週間、４６週間、４７週間、４８週間、４９週間、５０週間またはそれ超の後に、腫瘍を有さなくなる。他の場合には、対象は、ワクチンの投与の数か月後に、腫瘍を有さなくなる。一態様では、対象は、ワクチンの投与の１か月、２か月、３か月、４か月、５か月、６か月、７か月、８か月、９か月、１０か月、１１か月、１２か月、１３か月、１４か月、１５か月、１６か月、１７か月、１８か月、１９か月、２０か月、２１か月、２２か月、２３か月、２４か月、２５か月、２６か月、２７か月、２８か月、２９か月、３０か月、３１か月、３２か月、３３か月、３４か月、３５か月、３６か月、３７か月、３８か月、３９か月、４０か月、４１か月、４２か月、４３か月、４４か月、４５か月、４６か月、４７か月、４８か月、４９か月、５０か月またはそれ超の後に、腫瘍を有さなくなる。他の場合には、対象は、ワクチンの投与の数年後に、腫瘍を有さなくなる。一態様では、対象は、ワクチンの投与の１年、２年、３年、４年、５年、６年、７年、８年、９年、１０年、１１年、１２年、１３年、１４年、１５年、１６年、１７年、１８年、１９年、２０年、２１年、２２年、２３年、２４年、２５年、２６年、２７年、２８年、２９年、３０年、３１年、３２年、３３年、３４年、３５年、３６年、３７年、３８年、３９年、４０年、４１年、４２年、４３年、４４年、４５年、４６年、４７年、４８年、４９年、５０年またはそれ超の後に、腫瘍を有さなくなる。

いくつかの場合には、ワクチンの有効性を、対照（例えば、ワクチン接種していないマウス）と比較した、ワクチン接種した対象（例えば、マウス）において産生されるＩＦＮ−γの量によって決定する。いくつかの場合には、ワクチンの有効性を、対照（例えば、ワクチン接種していないマウス）と比較した、ワクチン接種した対象（例えば、マウス）において産生されるＩＬ−１０の量によって決定する。

一部の態様では、エピトープに特異的な免疫応答のポリクローナル性を評価する。いくつかの場合には、ポリクローナル性の評価を、投与されたワクチンのエピトープに応答したＩｇＧ抗体の産生を評価することによって実施する。いくつかの場合には、ＩｇＧは１つの抗原に対して引き出される。他の場合では、ＩｇＧは多数の抗原に対して引き出される。いくつかの場合には、対象から取得した試料から溶解物を調製し、免疫前および免疫後の対象の血清から評価する。ある態様では、対象は、ＡＰＣｍｉｎマウスモデルのマウスであり、ＥＬＩＳＡまたはＥＬＩＳＰＯＴなどのペプチド検出の方法を使用してＩｇＧを検出する。

いくつかの場合には、ワクチン接種前の対象（例えば、マウス）とワクチン接種後の対象（例えば、マウス）の間の各抗原に対する応答を、統計学的方法を使用して分析する。ある態様では、統計学的方法は、一元配置ＡＮＯＶＡを使用した分析を含む。いくつかの場合には、対象（例えば、マウス）が、ワクチン接種の過程中に免疫を生じさせる抗原の数の分析を実施する。

組成物の毒性および安全性プロファイル
一部の態様では、本明細書に記載の組成物を毒性および安全性について評価する。当業者に公知の毒性および安全性を評価するための方法を本明細書に記載の組成物と一緒に使用することができる。いくつかの場合には、用量漸増研究を実施する。いくつかの場合には、毒性および安全性研究により、対象における疾患の発生、対象の器官に対する損傷、対象の組織に対する損傷、対象の細胞に対する損傷、血液障害などについてスクリーニングする。ある態様では、疾患は、自己免疫疾患を含む。

組成物の製造および品質管理
一部の態様では、本明細書に記載の組成物（例えば、プラスミドに基づくワクチン）の製造および試験をｃＧＭＰＢｉｏｌｏｇｉｃｓＰｒｏｄｕｃｔｉｏｎＦａｃｉｌｉｔｉｅｓ（ＢＰＦ）の現行の標準に従って実施する。一部の態様では、プロセス展開は、それぞれがカナマイシン選択マーカーを伴う適切なプラスミド構築物を含有する候補細胞（例えば、細胞株（複数可））をｃＧＭＰＢＰＦに移すことを含む。いくつかの場合には、研究バンクを細菌ストックから生成する。ある態様では、後のｃＧＭＰ製造に適合させることができる規模調整したパイロット産生を利用してプラスミドの収率および純度を評価する。いくつかの場合には、予備製造バッチ記録および品質管理試験スケジュールを確立する。ある態様では、マスターセルバンク（複数可）を各細菌ストックから生成する。いくつかの場合には、品質管理試験を、プラスミドおよび宿主細胞の同一性、プラスミドのコピー数、純度、生存能力、および抗生物質耐性の保持（プラスミド保持）を含めて実施する。

いくつかの場合には、完成させ、承認された製造バッチ記録および標準操作手順はｃＧＭＰ産生に従い、ワクチンプラスミド（複数可）の精製およびロット放出基準を策定することができる。いくつかの場合には、最終的なバルク／プールし、精製した製品の品質管理試験を現行の規制ガイドラインに従って行い、次いで、確認されたフィル・アンド・フィニッシュ標準操作手順に従って単回用量単位としてバイアル充填することができる。一部の態様では、ｃＧＭＰ規制に従って、バイアル充填された製品は、最終製品の発売前に品質管理試験を受ける。

免疫原性
一部の態様では、ワクチンは、対象において免疫原性応答を引き出す。いくつかの場合には、免疫後に引き出される免疫応答の型を決定する。ある態様では、本明細書に記載の組成物は、対象に投与するとＴｈ１免疫応答を引き出す。いくつかの場合には、Ｔｈ１免疫応答は、ワクチンの少なくとも１つのペプチドを認識する抗原特異的Ｔ細胞の形成および持続を含む。ある態様では、ペプチドは、幹細胞および／またはＥＭＴ抗原である。

一部の態様では、抗原特異的Ｔ細胞から分泌されるサイトカインの型を評価することによって免疫応答の型を決定する。いくつかの場合には、ＥＬＩＳＰＯＴアッセイを使用してサイトカインの型を同定する。ある態様では、ＥＬＩＳＰＯＴ法は、抗原刺激後（例えば、７２時間）に試料上清を分析することを含む。いくつかの場合には、試料上清をサイトカインのパネルについて評価する。いくつかの場合には、評価は、多重分析である。ある態様では、サイトカインの多重分析は、Ｔｈ１に関するサイトカイン（例えば、ＩＦＮ−ｇ、ＩＬ−２、ＴＮＦ−ａ、ＩＬ−１ｂ、ＧＭ−ＣＳＦ）、Ｔｈ１７に関するサイトカイン（ＩＬ−１７）、およびＴｈ２に関するサイトカイン（例えば、ＩＬ−６、ＩＬ−４、ＩＬ−１０、ＩＬ−１３）を含む。いくつかの場合には、試料上清中のＴＧＦ−βの存在を分析する。ある態様では、ＥＬＩＳＡ法を使用してＴＧＦ−βを分析する。いくつかの場合には、分泌の規模またはパターンが、ワクチン接種後の臨床転帰のバイオマーカーとしての機能を果たす。

一部の態様では、多重化サイトカインデータからヒートマップを生成する。いくつかの場合には、ヒートマップを、ワクチン接種に伴う抗原特異的サイトカインの増加（例えば、赤色）または減少（例えば、青色）の規模に関して色分けする。ある態様では、色の強度により、応答の最低四分位数（例えば、青白い）から最高四分位数（例えば、鮮明）までが象徴される。いくつかの場合には、ヒートマップは、少なくとも１つの免疫抗原に対する免疫応答の型の特異的なパターンおよび規模を示す。ある態様では、ヒートマップは、サイトカイン分泌の規模を示す。

いくつかの場合には、対象は、タンパク質特異的前駆体の発生の発生頻度が大多数の免疫抗原に対して１：２０，０００ＰＢＭＣよりもロバストであることにより、免疫されたと分類される。いくつかの場合には、対象が抗原のいずれかに対して既存の免疫を有する場合には、応答はベースライン応答の２倍超に強化される。

いくつかの場合には、免疫原性の分析により、Ｔｈ１抗原特異的免疫応答の規模を決定する。ある態様では、ウェル当たりＰＢＭＣ２．０×１０^５個から３．５×１０^５個の間で直線的かつ正確であり、検出限界が１：６０，０００であり、検出効率が９３％であるＩＦＮ−ｇＥＬＩＳＰＯＴを実施することによってＴｈ１応答を決定する。いくつかの場合には、ワクチン前およびワクチン後の試料を同時に分析して変動性を補正する。ある態様では、新鮮に単離されたＰＢＭＣと比較して、凍結細胞における抗原特異的Ｔ細胞応答を保存する凍結保存方法を使用する。いくつかの場合には、試料は、１μｇ／ｍｌのタンパク質抗原（例えば、提唱された候補抗原、ヒトミオグロビン（陰性対照）の全てに対する組換えタンパク質が利用可能である）または１μｇ／ｍｌのＣＭＶ溶解物および０．５Ｕ／ｍｌのｔｔ（陽性対照）を含み、ペプチド抗原はワクチン中に１０μｇ／ｍｌで包含される。

一部の態様では、結腸直腸がんワクチンは、統計学的方法を使用して分析される免疫学的成功を示す。多くの場合、ワクチンの免疫学的成功とは、ワクチン中のプラスミドによって発現される抗原の５０％超に対して免疫応答（例えば、Ｔｈ１）が出現することである。いくつかの場合には、２２対象の群にワクチンを投与し、したがって、真の成功率が４０％である場合、観察される成功率が５０％を超過する確率は０．１未満であり得る。ある態様では、観察される成功率は、０．０６である。いくつかの場合には、２２対象の群にワクチンを投与し、したがって、真の成功率が７０％である場合、観察される成功率が５０％を超過する確率は、０．７超である。

ある態様では、２２患者の群の使用により、少なくとも８０％の信頼度で、推定免疫学的応答率が真の奏効率の少なくとも０．１４であり得ることが実証される。いくつかの場合には、対象の半分で免疫原性応答が引き出された場合には、真の効果量が１．５である場合、検出力は統計的有意性（両側水準０．０５）および連続尺度の差異について少なくとも９１％である。ある態様では、スピアマンの相関係数を使用して、２つの連続尺度の間の相関を推定する。いくつかの場合には、データにより、より大きな集団における予測奏効率を推定する。

別の態様では、対象の２５％でワクチンに対する免疫原性応答が引き出される。いくつかの場合には、免疫原性応答を有する対象の２５％はワクチンの効果を評価するためのベースラインである。いくつかの場合には、真の奏効率は６０％であり、ここで、２２対象の群の使用により、２５％の固定した率（有意性０．０５の片側水準）と比較して、統計的に有意な奏効率について９７％の検出力がもたらされる。

適用
一部の態様では、本明細書に記載の組成物を、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がんなどのがんを予防するためのワクチンを必要とする対象に投与する。一部の態様では、がんを予防するためのワクチンを必要とする対象に投与するために本明細書に記載の方法と本明細書に記載の組成物を組み合わせる。いくつかの場合には、ワクチンの投与により、細胞がワクチンの構成成分であるタンパク質を上昇したレベルで発現し始めると細胞の排除が開始される。いくつかの場合には、タンパク質は、幹細胞／ＥＭＴに関連する。ある態様では、正常細胞が、例えば結腸直腸がん細胞、ＮＳＣＬＣ細胞、または卵巣がん細胞などのがん細胞に悪性転換する間、上昇したレベルのタンパク質が発現される。いくつかの場合には、疾患が臨床的に明らかになる前に結腸直腸がん細胞、ＮＳＣＬＣ細胞、または卵巣がん細胞を排除することにより、対象において結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんの出現が予防される。

一部の態様では、結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんを予防するためのワクチンを対象に投与する単回用量で投与し、用量は、プラスミド当たり少なくとも１０μｇ、１５μｇ、２０μｇ、２５μｇ、３０μｇ、３５μｇ、４０μｇ、４５μｇ、５０μｇ、５５μｇ、６０μｇ、６５μｇ、７０μｇ、７５μｇ、８０μｇ、８５μｇ、８６μｇ、８７μｇ、８８μｇ、８９μｇ、９０μｇ、９１μｇ、９２μｇ、９３μｇ、４μｇ、９５μｇ、９６μｇ、９７μｇ、９８μｇ、９９μｇ、１００μｇ、１０１μｇ、１０２μｇ、１０３μｇ、１０４μｇ、１０５μｇ、１０６μｇ、１０７μｇ、１０８μｇ、１０９μｇ、１１０μｇ、１１１μｇ、１１２μｇ、１１３μｇ、１１４μｇ、１１５μｇ、１１６μｇ、１１７μｇ、１１８μｇ、１１９μｇ、１２０μｇ、１２５μｇ、１３０μｇ、１３５μｇ、１４０μｇ、１４５μｇ、１５０μｇ、１５５μｇ、１６０μｇ、１６５μｇ、１７０μｇ、１７５μｇ、１８０μｇ、１８５μｇ、１９０μｇ、１９５μｇ、または少なくとも２００μｇである。ある態様では、対象に投与する単回用量はプラスミド当たり１００μｇである。

一部の態様では、結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんを予防するためのワクチンを対象に投与する１回超の用量で投与し、各用量は、プラスミド当たり少なくとも１０μｇ、１５μｇ、２０μｇ、２５μｇ、３０μｇ、３５μｇ、４０μｇ、４５μｇ、５０μｇ、５５μｇ、６０μｇ、６５μｇ、７０μｇ、７５μｇ、８０μｇ、８５μｇ、８６μｇ、８７μｇ、８８μｇ、８９μｇ、９０μｇ、９１μｇ、９２μｇ、９３μｇ、４μｇ、９５μｇ、９６μｇ、９７μｇ、９８μｇ、９９μｇ、１００μｇ、１０１μｇ、１０２μｇ、１０３μｇ、１０４μｇ、１０５μｇ、１０６μｇ、１０７μｇ、１０８μｇ、１０９μｇ、１１０μｇ、１１１μｇ、１１２μｇ、１１３μｇ、１１４μｇ、１１５μｇ、１１６μｇ、１１７μｇ、１１８μｇ、１１９μｇ、１２０μｇ、１２５μｇ、１３０μｇ、１３５μｇ、１４０μｇ、１４５μｇ、１５０μｇ、１５５μｇ、１６０μｇ、１６５μｇ、１７０μｇ、１７５μｇ、１８０μｇ、１８５μｇ、１９０μｇ、１９５μｇ、または少なくとも２００μｇである。いくつかの場合には、対象に投与する各用量は、対象に投与した前の用量よりも多いまたは少ない。

一部の態様では、本明細書に記載の組成物を、結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんなどのがんを処置するためのワクチンを必要とする対象に投与する。一部の態様では、がんを処置するためのワクチンを必要とする対象に投与するために本明細書に記載の方法と本明細書に記載の組成物を組み合わせる。いくつかの場合には、ワクチンの投与により、ワクチンの構成成分であるタンパク質を上昇したレベルで発現する細胞の排除が開始される。いくつかの場合には、タンパク質は幹細胞／ＥＭＴに関連する。ある態様では、例えば結腸直腸がん細胞、ＮＳＣＬＣ細胞、または卵巣がん細胞などのがん細胞によって上昇したレベルのタンパク質が発現される。いくつかの場合には、疾患が臨床的に明らかになった後に結腸直腸がん細胞、ＮＳＣＬＣ細胞、または卵巣がん細胞を排除することにより、対象において結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんの持続および伝播が予防される。

一部の態様では、結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんを処置するためのワクチンを、対象に投与する単回用量で投与し、用量は、プラスミド当たり少なくとも１０μｇ、１５μｇ、２０μｇ、２５μｇ、３０μｇ、３５μｇ、４０μｇ、４５μｇ、５０μｇ、５５μｇ、６０μｇ、６５μｇ、７０μｇ、７５μｇ、８０μｇ、８５μｇ、８６μｇ、８７μｇ、８８μｇ、８９μｇ、９０μｇ、９１μｇ、９２μｇ、９３μｇ、４μｇ、９５μｇ、９６μｇ、９７μｇ、９８μｇ、９９μｇ、１００μｇ、１０１μｇ、１０２μｇ、１０３μｇ、１０４μｇ、１０５μｇ、１０６μｇ、１０７μｇ、１０８μｇ、１０９μｇ、１１０μｇ、１１１μｇ、１１２μｇ、１１３μｇ、１１４μｇ、１１５μｇ、１１６μｇ、１１７μｇ、１１８μｇ、１１９μｇ、１２０μｇ、１２５μｇ、１３０μｇ、１３５μｇ、１４０μｇ、１４５μｇ、１５０μｇ、１５５μｇ、１６０μｇ、１６５μｇ、１７０μｇ、１７５μｇ、１８０μｇ、１８５μｇ、１９０μｇ、１９５μｇ、または少なくとも２００μｇである。ある態様では、対象に投与する単回用量はプラスミド当たり１００μｇである。

一部の態様では、結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんを処置するためのワクチンを対象に投与する１回超の用量で投与し、各用量は、プラスミド当たり少なくとも１０μｇ、１５μｇ、２０μｇ、２５μｇ、３０μｇ、３５μｇ、４０μｇ、４５μｇ、５０μｇ、５５μｇ、６０μｇ、６５μｇ、７０μｇ、７５μｇ、８０μｇ、８５μｇ、８６μｇ、８７μｇ、８８μｇ、８９μｇ、９０μｇ、９１μｇ、９２μｇ、９３μｇ、４μｇ、９５μｇ、９６μｇ、９７μｇ、９８μｇ、９９μｇ、１００μｇ、１０１μｇ、１０２μｇ、１０３μｇ、１０４μｇ、１０５μｇ、１０６μｇ、１０７μｇ、１０８μｇ、１０９μｇ、１１０μｇ、１１１μｇ、１１２μｇ、１１３μｇ、１１４μｇ、１１５μｇ、１１６μｇ、１１７μｇ、１１８μｇ、１１９μｇ、１２０μｇ、１２５μｇ、１３０μｇ、１３５μｇ、１４０μｇ、１４５μｇ、１５０μｇ、１５５μｇ、１６０μｇ、１６５μｇ、１７０μｇ、１７５μｇ、１８０μｇ、１８５μｇ、１９０μｇ、１９５μｇ、または少なくとも２００μｇである。いくつかの場合には、対象に投与する各用量は、対象に投与した前の用量よりも多いまたは少ない。

対象
一部の態様では、本明細書に記載の組成物を、例えば結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんなどのがんに対するワクチンを必要とする対象に投与する。一部の態様では、がんに対するワクチンを必要とする対象に投与するために本明細書に記載の方法と本明細書に記載の組成物を組み合わせる。いくつかの場合には、ワクチンを、がんを有さない対象に投与する。他の場合では、ワクチンを、例えば結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんなどのがんを有したことがある対象に投与する。さらに他の場合には、ワクチンを、例えば結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんなどのがんを有する対象に投与する。

いくつかの場合には、対象は、健康な個体である。いくつかの場合には、対象は、例えば結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、または卵巣がんなどのがんを有する個体である。ある態様では、個体は、患者である。いくつかの場合には、対象は、ヒト個体である。他の場合では、対象は、非ヒト個体である。ある態様では、非ヒト個体として、非ヒト霊長類、サル、マカク、ヒヒ、チンパンジー、オランウータン、マウス、ラット、モルモット、ウサギ、ウマ、ウシ、ブタ、イヌ、ネコ、または、結腸直腸がん、ＮＳＣＬＣ、もしくは卵巣がんが発生する可能性があるまたはそれを有する任意の個体が挙げられる。

結腸直腸がんの型
一部の態様では、本明細書に記載の組成物を、結腸直腸がんに対するワクチンを必要とする対象に投与する。一部の態様では、結腸直腸がんに対するワクチンを必要とする対象に投与するために本明細書に記載の方法と本明細書に記載の組成物を組み合わせる。多くの場合、結腸直腸がんは、任意の型の結腸直腸がんであり、例えば、結腸直腸がんは、腺癌、粘液性腺癌、印環細胞腺癌、消化管カルチノイド腫瘍、原発性結腸直腸リンパ腫、消化管間質腫瘍、平滑筋肉腫、黒色腫、または扁平上皮細胞癌である。時には、結腸直腸がんは、再発、不応性、または転移結腸直腸がんである。本明細書に記載の組成物を、再発、不応性、または転移結腸直腸がんを処置するために投与することができる。

いくつかの場合には、対象は、特定のグレードの結腸直腸がんに分類される。ある態様では、結腸直腸がんのグレードは、グレードＸ、グレード１、グレード２、グレード３またはグレード４である。別の態様では、結腸直腸がんは、細管形成、核グレードおよび／または分裂速度のカテゴリーによって示される。さらに別の態様では、各カテゴリーを１から３の間の特定のスコアに割り当てる。いくつかの場合には、対象は、特定の病期の結腸直腸がんを有する。いくつかの場合には、病期は、腫瘍、所属リンパ節および／または遠隔転移に基づいて割り当てられる。ある態様では、腫瘍に割り当てられる病期は、ＴＸ、Ｔ０、Ｔｉｓ、Ｔ１、Ｔ２、Ｔ３またはＴ４である。ある態様では、所属リンパ節に割り当てられる病期は、ＮＸ、Ｎ０、Ｎ１、Ｎ２またはＮ３である。ある態様では、遠隔転移に割り当てられる病期は、ＭＸ、Ｍ０またはＭ１である。いくつかの場合には、病期は、０期、Ｉ期、ＩＩ期、ＩＩＩ期またはＩＶ期である。多くの場合、結腸直腸がんは、がんの１つ超のグレード、または病期に分類される。

非小細胞肺がん
一部の態様では、本明細書に記載の組成物を、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）に対するワクチンを必要とする対象に投与する。一部の態様では、ＮＳＣＬＣがんに対するワクチンを必要とする対象に投与するために本明細書に記載の方法と本明細書に記載の組成物を組み合わせる。時には、ＮＳＣＬＣがんは、再発、不応性、または転移ＮＳＣＬＣがんである。本明細書に記載の組成物を、再発、不応性、または転移ＮＳＣＬＣがんを処置するために投与することができる。

非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）は、最も一般的な型の肺がんであり得る。ＮＳＣＬＣは、ＳＣＬＣなどの他の型の肺がんと比較して成長が遅いがんであり得る。ＮＳＣＬＣには、腺癌、扁平上皮細胞癌、大細胞癌、および大細胞神経内分泌腫瘍を含む約４つの亜型があり得る。腺癌は、腺様の性質を有し、肺の内層を形成する細胞で始まる。腺癌は、肺胞で始まり得る上皮内腺癌（ＡＩＳ）と、より小さな腺癌肺腫瘍を包含し得る微小浸潤腺癌（ＭＩＡ）にさらに細分することができる。扁平上皮細胞癌は、気道の通路を裏打ちする薄い扁平細胞において生じ得る。大細胞癌は、成長が速い形態のＮＳＣＬＣを含む。大細胞神経内分泌腫瘍（large cell neurodendocrine tumor）は、大細胞癌と比較して、成長が最も速い形態のＮＳＣＬＣを含む。

いくつかの場合には、対象は、ＮＳＣＬＣがんの特定のグレードまたは病期分類で分類される。ある態様では、ＮＳＣＬＣのグレードまたは病期分類は、Ｉ期、ＩＩ期、ＩＩＩ期、およびＩＶ期を含む。Ｉ期は、がんが肺にのみ位置し、いかなるリンパ節にも拡散していない場合を包含する。ＩＩ期は、がんが肺および近くのリンパ節に存在する場合を包含する。ＩＩＩ期は、がんが肺および胸部の中央のリンパ節に位置する場合を包含する。さらに、ＩＩＩ期は、ＩＩＩＡ期とＩＩＩＢ期に細分することができる。ＩＩＩＡ期は、がんが、がんが発生した胸部の同じ側のリンパ節に拡散している場合を示す。ＩＩＩＢ期は、がんが、がんが発生した胸部の逆側のリンパ節に拡散している場合を示す。ＩＶ期は、がんが、両方の肺、肺周囲の領域内の体液、または体の別の部分に拡散している場合を包含する。

卵巣がん
一部の態様では、本明細書に記載の組成物を、卵巣がんに対するワクチンを必要とする対象に投与する。一部の態様では、卵巣がんに対するワクチンを必要とする対象に投与するために本明細書に記載の方法と本明細書に記載の組成物を組み合わせる。時には、卵巣がんは、再発、不応性、または転移卵巣がんである。本明細書に記載の組成物を、再発、不応性、または転移卵巣がんを処置するために投与することができる。時には、組成物は、ＥＧＦＲエピトープを含む。ＥＧＦＲエピトープは、配列番号１１〜１３のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性のアミノ酸配列を有するエピトープを含む。時には、組成物は、ＥＧＦＲエピトープと、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、またはＶＣＰから選択される１つまたは複数の追加のエピトープとを含む。

追加の治療剤
いくつかの場合には、本明細書に記載のがんワクチン（例えば、結腸直腸がん、非小細胞肺がん、または卵巣がんワクチン）を追加の治療剤と組み合わせて患者に投与する。いくつかの場合には、追加の治療剤は、化学療法剤、ステロイド、免疫療法剤、標的療法、またはこれらの組合せである。

一部の実施形態では、追加の治療剤は、アドリアマイシン、ダクチノマイシン、ブレオマイシン、ビンブラスチン、シスプラチン、アシビシン；アクラルビシン；アコダゾール塩酸塩；アクロニン；アドゼレシン；アルデスロイキン；アルトレタミン；アンボマイシン；酢酸アメタントロン；アミノグルテチミド；アムサクリン；アナストロゾール；アントラマイシン；アスパラギナーゼ；アスペルリン；アザシチジン；アゼテパ；アゾトマイシン；バチマスタット；ベンゾデパ；ビカルタミド；ビサントレン塩酸塩；メシル酸ビスナフィド；ビゼレシン；ブレオマイシン硫酸塩；ブレキナルナトリウム；ブロピリミン；ブスルファン；カクチノマイシン；カルステロン；カラセミド；カルベチマー；カルボプラチン；カルムスチン；カルビシン塩酸塩；カルゼレシン；セデフィンゴール；クロラムブシル；シロレマイシン；クラドリビン；メシル酸クリスナトール；シクロホスファミド；シタラビン；ダカルバジン；ダウノルビシン塩酸塩；デシタビン；デキソルマプラチン；デザグアニン；メシル酸デザグアニン；ジアジクオン；ドキソルビシン；ドキソルビシン塩酸塩；ドロロキシフェン；ドロロキシフェンクエン酸塩；プロピオン酸ドロモスタノロン；デュアゾマイシン；エダトレキサート；塩酸エフロルニチン；エルサミトルシン；エンロプラチン；エンプロマート；エピプロピジン；エピルビシン塩酸塩；エルブロゾール；エソルビシン塩酸塩；エストラムスチン；エストラムスチンリン酸エステルナトリウム；エタニダゾール；エトポシド；リン酸エトポシド；エトプリン；塩酸ファドロゾール；ファザラビン；フェンレチニド；フロクスウリジン；リン酸フルダラビン；フルオロウラシル；フルロシタビン；ホスキドン；ホストリエシンナトリウム；ゲムシタビン；ゲムシタビン塩酸塩；ヒドロキシウレア；イダルビシン塩酸塩；イホスファミド；イイモフォシン（ｉｉｍｏｆｏｓｉｎｅ）；インターロイキンＩＩ（組換えインターロイキンＩＩまたはｒＩＬ２を含む）、インターフェロンアルファ−２ａ；インターフェロンアルファ−２ｂ；インターフェロンアルファ−ｎ１；インターフェロンアルファ−ｎ３；インターフェロンベータ−１ａ；インターフェロンガンマ−１ｂ；イプロプラチン；塩酸イリノテカン；ランレオチド酢酸塩；レトロゾール；酢酸リュープロリド；リアロゾール塩酸塩；ロメテレキソールナトリウム；ロムスチン；ロソキサントロン塩酸塩；マソプロコール；マイタンシン；塩酸メクロレタミン；酢酸メゲストロール；酢酸メレンゲストロール；メルファラン；メノガリル；メルカプトプリン；メトトレキサート；メトトレキサートナトリウム；メトプリン；メツレデパ；ミチンドミド；ミトカルシン；ミトクロミン；ミトギリン；ミトマルシン；マイトマイシン；ミトスペル；ミトタン；ミトキサントロン塩酸塩；ミコフェノール酸；ノコダゾール（nocodazoie）；ノガラマイシン；オルマプラチン；オキシスラン；ペグアスパラガーゼ；ペリオマイシン；ペンタムスチン；ペプロマイシン硫酸塩；ペルホスファミド；ピポブロマン；ピポスルファン；ピロキサントロン塩酸塩；プリカマイシン；プロメスタン；ポルフィマーナトリウム；ポルフィロマイシン；プレドニムスチン；プロカルバジン塩酸塩；ピューロマイシン；ピューロマイシン塩酸塩；ピラゾフリン；リボプリン；ログレチミド；サフィンゴール；サフィンゴール塩酸塩；セムスチン；シムトラゼン；スパルフォセート二ナトリウム；スパルソマイシン；スピロゲルマニウム塩酸塩；スピロムスチン；スピロプラチン；ストレプトニグリン；ストレプトゾシン；スロフェヌル；タリソマイシン；テコガランナトリウム；テガフール；テロキサントロン塩酸塩；テモポルフィン；テニポシド；テロキシロン；テストラクトン；チアミプリン；チオグアニン；チオテパ；チアゾフリン；チラパザミン；トレミフェンクエン酸塩；酢酸トレストロン；リン酸トリシリビン；トリメトレキサート；グルクロン酸トリメトレキサート；トリプトレリン；ツブロゾール塩酸塩；ウラシルマスタード；ウレデパ；バプレオチド；ベルテポルフィン；硫酸ビンブラスチン；硫酸ビンクリスチン；ビンデシン；硫酸ビンデシン；硫酸ビネピジン；硫酸ビングリシネート；硫酸ビンロイロシン；酒石酸ビノレルビン；硫酸ビンロシジン；硫酸ビンゾリジン；ボロゾール；ゼニプラチン；ジノスタチン；ゾルビシン塩酸塩から選択される。

一部の実施形態では、追加の治療剤は、２０−エピ−１、２５ジヒドロキシビタミンＤ３；５−エチニルウラシル；アビラテロン；アクラルビシン；アシルフルベン；アデシペノール；アドゼレシン；アルデスロイキン；ＡＬＬ−ＴＫアンタゴニスト；アルトレタミン；アンバムスチン；アミドックス（amidox）；アミホスチン；アミノレブリン酸；アムルビシン；アムサクリン；アナグレリド；アナストロゾール；アンドログラホリド；血管新生阻害剤；アンタゴニストＤ；アンタゴニストＧ；アンタレリックス；抗背側化形態形成タンパク質−１（ａｎｔｉ−ｄｏｒｓａｌｉｚｉｎｇｍｏｒｐｈｏｇｅｎｅｔｉｃｐｒｏｔｅｉｎ−１）；抗アントロゲン薬、前立腺癌；抗エストロゲン薬；アンチネオプラストン；アンチセンスオリゴヌクレオチド；グリシン酸アフィディコリン；アポトーシス遺伝子修飾因子；アポトーシス調節因子；アプリン酸；ａｒａ−ＣＤＰ−ＤＬ−ＰＴＢＡ；アルギニンデアミナーゼ；アスラクリン；アタメスタン；アトリムスチン；アキシナスタチン１；アキシナスタチン２；アキシナスタチン３；アザセトロン；アザトキシン；アザチロシン；バッカチンＩＩＩ誘導体；バラノール；バチマスタット；ＢＣＲ／ＡＢＬアンタゴニスト；ベンゾクロリン；ベンゾイルスタウロスポリン；ベータラクタム誘導体；ベータ−アレチン；ベータクラマイシンＢ；ベツリン酸；ｂＦＧＦ阻害剤；ビカルタミド；ビサントレン；ビサジリジニルスペルミン；ビスナフィド；ビストラテンＡ；ビゼレシン；ブレフレート；ブロピリミン；ブドチタン；ブチオニンスルホキシミン；カルシポトリオール；カルホスチンＣ；カンプトテシン誘導体；カナリアポックスＩＬ−２；カペシタビン；カルボキサミド−アミノ−トリアゾール；カルボキシアミドトリアゾール；ＣａＲｅｓｔＭ３；ＣＡＲＮ７００；軟骨由来阻害剤；カルゼレシン；カゼインキナーゼ阻害剤（ＩＣＯＳ）；カスタノスペルミン；セクロピンＢ；セトロレリクス；クロリン；クロロキノキサリンスルホンアミド；シカプロスト；シス−ポルフィリン；クラドリビン；クロミフェン類似体；クロトリマゾール；コリスマイシンＡ；コリスマイシンＢ；コンブレタスタチンＡ４；コンブレタスタチン類似体；コナゲニン；クランベシジン８１６；クリスナトール；クリプトフィシン８；クリプトフィシンＡ誘導体；クラシンＡ；シクロペンタントラキノン；シクロプラタム；シペマイシン；シタラビンオクホスフェート；細胞溶解因子；シトスタチン；ダクリキシマブ；デシタビン；デヒドロジデムニンＢ；デスロレリン；デキサメタゾン；デキシホスファミド；デクスラゾキサン；デクスベラパミル；ジアジクオン；ジデムニンＢ；ジドックス；ジエチルノルスペルミン；ジヒドロ−５−アザシチジン；９−ジオキサマイシン；ジフェニルスピロムスチン；ドコサノール；ドラセトロン；ドキシフルリジン；ドロロキシフェン；ドロナビノール；デュオカルマイシンＳＡ；エブセレン；エコムスチン；エデルホシン；エドレコロマブ；エフロルニチン；エレメン；エミテフール；エピルビシン；エプリステリド；エストラムスチン類似体；エストロゲンアゴニスト；エストロゲンアンタゴニスト；エタニダゾール；リン酸エトポシド；エキセメスタン；ファドロゾール；ファザラビン；フェンレチニド；フィルグラスチム；フィナステリド；フラボピリドール；フレゼラスチン；フルアステロン；フルダラビン；塩酸フルオロダウノルニシン；ホルフェニメックス；ホルメスタン；フォストリエシン；フォテムスチン；ガドリニウムテキサフィリン；硝酸ガリウム；ガロシタビン；ガニレリクス；ゼラチナーゼ阻害剤；ゲムシタビン；グルタチオン阻害剤；ヘプスルファム；ヘレグリン；ヘキサメチレンビスアセトアミド；ヒペリシン；イバンドロン酸（ｉｂａｎｄｒｏｎｉｃａｃｉｄ）；イダルビシン；イドキシフェン；イドラマントン；イルモホシン；イロマスタット；イミダゾアクリドン；イミキモド；免疫賦活薬ペプチド；インスリン−例えば、増殖因子−１受容体阻害剤など；インターフェロンアゴニスト；インターフェロン；インターロイキン；イオベングアン；ヨードドキソルビシン；イポメアノール、４−；イロプラクト；イルソグラジン；イソベンガゾール；イソホモハリコンドリンＢ；イタセトロン；ジャスプラキノリド；カハラリドＦ；ラメラリン−Ｎトリアセテート；ランレオチド；レイナマイシン；レノグラスチム；硫酸レンチナン；レプトルスタチン；レトロゾール；白血病抑制因子；白血球アルファインターフェロン；ロイプロリド＋エストロゲン＋プロゲステロン；リュープロレリン；レバミソール；リアロゾール；直鎖ポリアミン類似体；親油性二糖ペプチド；親油性白金化合物；リソクリンアミド７；ロバプラチン；ロムブリシン；ロメテレキソール；ロニダミン；ロソキサントロン；ロバスタチン；ロキソリビン；ラルトテカン；ルテチウムテキサフィリン；リソフィリン；溶解性ペプチド；マイタンシン；マンノスタチンＡ；マリマスタット；マソプロコール；マスピン；マトリライシン阻害剤；マトリックスメタロプロテイナーゼ阻害剤；メノガリル；メルバロン；メテレリン；メチオニナーゼ；メトクロプラミド；ＭＩＦ阻害剤；ミフェプリストン；ミルテホシン；ミリモスチム；ミスマッチ二本鎖ＲＮＡ；ミトグアゾン；ミトラクトール；マイトマイシン類似体；ミトナフィド；ミトトキシン線維芽細胞増殖因子−サポリン；ミトキサントロン；モファロテン；モルグラモスチム；モノクローナル抗体、ヒト絨毛膜ゴナドトロピン；モノホスホリルリピドＡ＋ミオバクテリウム細胞壁ｓｋ；モピダモール；多剤耐性遺伝子阻害剤；多腫瘍抑制因子１に基づく療法薬（ｍｕｌｔｉｐｌｅｔｕｍｏｒｓｕｐｐｒｅｓｓｏｒ１ −ｂａｓｅｄｔｈｅｒａｐｙ）；マスタード抗がん剤；ミカペルオキシドＢ；マイコバクテリア細胞壁抽出物；ミリアポロン；Ｎ−アセチルジナリン；Ｎ−置換ベンズアミド；ナファレリン；ナグレスチップ；ナロキソン＋ペンタゾシン；ナパビン；ナフテルピン；ナルトグラスチム；ネダプラチン；ネモルビシン；ネリドロン酸；中性エンドペプチダーゼ；ニルタミド；ニサマイシン；一酸化窒素修飾物質；窒素酸化物抗酸化剤；ニトルリン；Ｏ６−ベンジルグアニン；オクトレオチド；オキセノン；オリゴヌクレオチド；オナプリストン；オンダンセトロン；オンダンセトロン；オラシン；経口サイトカイン誘導因子；オルマプラチン；オサテロン；オキサリプラチン；オキサウノマイシン；パラウアミン；パルミトイルリゾキシン；パミドロン酸；パナキシトリオール；パノミフェン；パラバクチン；パゼリプチン；ペグアスパラガーゼ；ペルデシン；ペントサンポリ硫酸ナトリウム；ペントスタチン；ペントロゾール；ペルフルブロン；ペルホスファミド；ペリリルアルコール；フェナジノマイシン；フェニル酢酸；ホスファターゼ阻害剤；ピシバニール；ピロカルピン塩酸塩；ピラルビシン；ピリトレキシム；プラセチンＡ；プラセチンＢ；プラスミノーゲン活性化因子阻害因子；白金複合体；白金化合物；白金−トリアミン複合体；ポルフィマーナトリウム；ポルフィロマイシン；プレドニゾン；プロピルビス−アクリドン；プロスタグランジンＪ２；プロテアソーム阻害剤；プロテインＡに基づく免疫修飾物質；プロテインキナーゼＣ阻害剤；プロテインキナーゼＣ阻害剤、微細藻類の；タンパク質チロシンホスファターゼ阻害剤；プリンヌクレオシドホスホリラーゼ阻害剤；プルプリン；ピラゾロアクリジン；ピリドキシル化ヘモグロビンポリオキシエチレンコンジュゲート；ｒａｆアンタゴニスト；ラルチトレキセド；ラモセトロン；ｒａｓファルネシルタンパク質トランスフェラーゼ阻害剤；ｒａｓ阻害剤；ｒａｓ−ＧＡＰ阻害剤；脱メチル化レテリプチン；レニウムＲｅ１８６エチドロネート；リゾキシン；リボザイム；ＲＩＩレチンアミド；ログレチミド；ロヒツキン；ロムルチド；ロキニメックス；ルビギノンＢ１；ルボキシル；サフィンゴール；サイントピン；ＳａｒＣＮＵ；サルコフィトールＡ；サルグラモスチム；Ｓｄｉ１模倣物；セムスチン；セネッセンス由来阻害剤１；センスオリゴヌクレオチド；シグナルトランスダクション阻害剤；シグナルトランスダクション修飾物質；単鎖抗原結合性タンパク質；シゾフィラン；ソブゾキサン；ボロカプト酸ナトリウム；フェニル酢酸ナトリウム；ソルベロール；ソマトメジン結合性タンパク質；ソネルミン；スパルホス酸；スピカマイシンＤ；スピロムスチン；スプレノペンチン；スポンギスタチン１；スクアラミン；幹細胞阻害剤；幹細胞分裂阻害剤；スチピアミド；ストロメライシン阻害剤；スルフィノシン；超活性血管作用性腸ペプチドアンタゴニスト；スラジスタ；スラミン；スワインソニン；合成グルコサミノグリカン；タリムスチン；タモキシフェンメチオジド；タウロムスチン；タザロテン；テコガランナトリウム；テガフール；テルラピリリウム；テロメラーゼ阻害剤；テモポルフィン；テモゾロミド；テニポシド；テトラクロロデカオキシド（ｔｅｔｒａｃｈｌｏｒｏｄｅｃａｏｘｉｄｅ）；テトラゾミン；タリブラスチン；チオコラリン；トロンボポエチン；トロンボポエチン模倣物；チマルファシン；チモポイエチン受容体アゴニスト；チモトリナン；甲状腺刺激ホルモン；エチルエチオプルプリンスズ；チラパザミン；二塩化物チタノセン；トプセンチン；トレミフェン；全能性幹細胞因子；翻訳阻害剤；トレチノイン；トリアセチルウリジン；トリシリビン；トリメトレキサート；トリプトレリン；トロピセトロン；ツロステリド；チロシンキナーゼ阻害剤；チロホスチン；ＵＢＣ阻害剤；ウベニメクス；尿生殖洞由来成長阻害因子；ウロキナーゼ受容体アンタゴニスト；バプレオチド；バリオリンＢ；ベクター系、赤血球遺伝子療法薬；ベラレソール；ベラミン；バーディン；ベルテポルフィン；ビノレルビン；ビンキサルチン；ビタキシン；ボロゾール；ザノテロン；ゼニプラチン；ジラスコルブ；およびジノスタチンスチマラマーから選択される。

一部の実施形態では、追加の治療剤は、微小管の安定化に起因してＧ２−Ｍ期の細胞を静止させることによって作用する薬剤、例えば、エルブロゾール（Ｒ−５５１０４としても公知）、ドラスタチン１０（ＤＬＳ−１０およびＮＳＣ−３７６１２８としても公知）、イセチオン酸ミボブリン（ＣＩ−９８０としても公知）、ビンクリスチン、ＮＳＣ−６３９８２９、ディスコデルモリド（ＮＶＰ−ＸＸ−Ａ−２９６としても公知）、ＡＢＴ−７５１（Ａｂｂｏｔｔ、Ｅ−７０１０としても公知）、アルトリルチン（例えば、アルトリルチンＡおよびアルトリルチンＣなど）、スポンギスタチン（例えば、スポンギスタチン１、スポンギスタチン２、スポンギスタチン３、スポンギスタチン４、スポンギスタチン５、スポンギスタチン６、スポンギスタチン７、スポンギスタチン８、およびスポンギスタチン９など）、セマドチン塩酸塩（ＬＵ−１０３７９３およびＮＳＣ−Ｄ−６６９３５６）、エポチロン（例えば、エポチロンＡ、エポチロンＢ、エポチロンＣ（デスオキシエポチロンＡまたはｄＥｐｏＡとしても公知）、エポチロンＤ（ＫＯＳ−８６２、ｄＥｐｏＢ、およびデスオキシエポチロンＢとも称される）、エポチロンＥ、エポチロンＦ、エポチロンＢＮ−オキシド、エポチロンＡＮ−オキシド、１６−アザ−エポチロンＢ、２１−アミノエポチロンＢ（ＢＭＳ−３１０７０５としても公知）、２１−ヒドロキシエポチロンＤ（デスオキシエポチロンＦおよびｄＥｐｏＦとしても公知）、２６−フルオロエポチロンなど）、アウリスタチンＰＥ（ＮＳＣ−６５４６６３としても公知）、ソブリドチン（ＴＺＴ−１０２７としても公知）、ＬＳ−４５５９−Ｐ（Ｐｈａｒｍａｃｉａ、ＬＳ−４５７７としても公知）、ＬＳ−４５７８（Ｐｈａｒｍａｃｉａ、ＬＳ−４７７−Ｐとしても公知）、ＬＳ−４４７７（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）、ＬＳ−４５５９（Ｐｈａｒｍａｃｉａ）、ＲＰＲ−１１２３７８（Ａｖｅｎｔｉｓ）、硫酸ビンクリスチン、ＤＺ−３３５８（Ｄａｉｉｃｈｉ）、ＦＲ−１８２８７７（Ｆｕｊｉｓａｗａ、ＷＳ−９８８５Ｂとしても公知）、ＧＳ−１６４（Ｔａｋｅｄａ）、ＧＳ−１９８（Ｔａｋｅｄａ）、ＫＡＲ−２（ＨｕｎｇａｒｉａｎＡｃａｄｅｍｙｏｆＳｃｉｅｎｃｅｓ）、ＢＳＦ−２２３６５１（ＢＡＳＦ、ＩＬＸ−６５１およびＬＵ−２２３６５１としても公知）、ＳＡＨ−４９９６０（Ｌｉｌｌｙ／Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＳＤＺ−２６８９７０（Ｌｉｌｌｙ／Ｎｏｖａｒｔｉｓ）、ＡＭ−９７（Ａｒｍａｄ／協和発酵）、ＡＭ−１３２（Ａｒｍａｄ）、ＡＭ−１３８（Ａｒｍａｄ／協和発酵）、ＩＤＮ−５００５（Ｉｎｄｅｎａ）、クリプトフィシン５２（ＬＹ−３５５７０３としても公知）、ＡＣ−７７３９（味の素株式会社、ＡＶＥ−８０６３ＡおよびＣＳ−３９．ＨＣＩとしても公知）、ＡＣ−７７００（味の素株式会社、ＡＶＥ−８０６２、ＡＶＥ−８０６２Ａ、ＣＳ−３９−Ｌ−Ｓｅｒ．ＨＣＩ、およびＲＰＲ−２５８０６２Ａとしても公知）、ビチレブアミド、ツブリシンＡ、カナデンソール、センタウレイジン（ＮＳＣ−１０６９６９としても公知）、Ｔ−１３８０６７（Ｔｕｌａｒｉｋ、Ｔ−６７、ＴＬ−１３８０６７およびＴＩ−１３８０６７としても公知）、ＣＯＢＲＡ−１（ＰａｒｋｅｒＨｕｇｈｅｓＩｎｓｔｉｔｕｔｅ、ＤＤＥ−２６１およびＷＨＩ−２６１としても公知）、Ｈ１０（ＫａｎｓａｓＳｔａｔｅＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）、Ｈ１６（ＫａｎｓａｓＳｔａｔｅＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）、オンコシジンＡ１（ＢＴＯ−９５６およびＤＩＭＥとしても公知）、ＤＤＥ−３１３（ＰａｒｋｅｒＨｕｇｈｅｓＩｎｓｔｉｔｕｔｅ）、フィジアノリドＢ、ラウリマリド、ＳＰＡ−２（ＰａｒｋｅｒＨｕｇｈｅｓＩｎｓｔｉｔｕｔｅ）、ＳＰＡ−１（ＰａｒｋｅｒＨｕｇｈｅｓＩｎｓｔｉｔｕｔｅ、ＳＰＩＫＥＴ−Ｐとしても公知）、３−ＩＡＡＢＵ（Ｃｙｔｏｓｋｅｌｅｔｏｎ／Ｍｔ．ＳｉｎａｉＳｃｈｏｏｌｏｆＭｅｄｉｃｉｎｅ、ＭＦ−５６９としても公知）、ナルコシン（ＮＳＣ−５３６６としても公知）、ナスカピン、Ｄ−２４８５１（ＡｓｔａＭｅｄｉｃａ）、Ａ−１０５９７２（Ａｂｂｏｔｔ）、ヘミアステリン、３−ＢＡＡＢＵ（Ｃｙｔｏｓｋｅｌｅｔｏｎ／Ｍｔ．ＳｉｎａｉＳｃｈｏｏｌｏｆＭｅｄｉｃｉｎｅ、ＭＦ−１９１としても公知）、ＴＭＰＮ（ＡｒｉｚｏｎａＳｔａｔｅＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ）、バナドセンアセチルアセトネート、Ｔ−１３８０２６（Ｔｕｌａｒｉｋ）、モンサトロール、イナノシン（ＮＳＣ−６９８６６６としても公知）、３−ｌＡＡＢＥ（Ｃｙｔｏｓｋｅｌｅｔｏｎ／Ｍｔ．ＳｉｎａｉＳｃｈｏｏｌｏｆＭｅｄｉｃｉｎｅ）、Ａ−２０４１９７（Ａｂｂｏｔｔ）、Ｔ−６０７（Ｔｕｉａｒｉｋ、Ｔ−９００６０７としても公知）、ＲＰＲ−１１５７８１（Ａｖｅｎｔｉｓ）、エリュテロビン（例えば、デスメチルエロイテロビン、デスアセチルエロイテロビン、イソエロイテロビンＡ、およびＺ−エリュテロビンなど）、カリベオシド、カリベオリン、ハリコンドリンＢ、Ｄ−６４１３１（ＡｓｔａＭｅｄｉｃａ）、Ｄ−６８１４４（ＡｓｔａＭｅｄｉｃａ）、ジアゾナミドＡ、Ａ−２９３６２０（Ａｂｂｏｔｔ）、ＮＰＩ−２３５０（Ｎｅｒｅｕｓ）、タッカロノリドＡ、ＴＵＢ−２４５（Ａｖｅｎｔｉｓ）、Ａ−２５９７５４（Ａｂｂｏｔｔ）、ジオゾスタチン、（−）−フェニルアヒスチン（ＮＳＣＬ−９６Ｆ０３７としても公知）、Ｄ−６８８３８（ＡｓｔａＭｅｄｉｃａ）、Ｄ−６８８３６（ＡｓｔａＭｅｄｉｃａ）、ミオセベリンＢ、Ｄ−４３４１１（Ｚｅｎｔａｒｉｓ、Ｄ−８１８６２としても公知）、Ａ−２８９０９９（Ａｂｂｏｔｔ）、Ａ−３１８３１５（Ａｂｂｏｔｔ）、ＨＴＩ−２８６（ＳＰＡ−１１０、トリフルオロ酢酸塩としても公知）（Ｗｙｅｔｈ）、Ｄ−８２３１７（Ｚｅｎｔａｒｉｓ）、Ｄ−８２３１８（Ｚｅｎｔａｒｉｓ）、ＳＣ−１２９８３（ＮＣＩ）、レスベラスタチンリン酸ナトリウム、ＢＰＲ−ＯＹ−００７（ＮａｔｉｏｎａｌＨｅａｌｔｈＲｅｓｅａｒｃｈＩｎｓｔｉｔｕｔｅｓ）、およびＳＳＲ−２５０４１１（Ｓａｎｏｆｉ）から選択される。

一部の実施形態では、追加の治療剤は、細胞シグナル伝達ネットワーク（例えば、ホスファチジルイノシトール３−キナーゼ（ＰＩ３Ｋ）シグナル伝達経路、Ｂ細胞受容体およびＩｇＥ受容体からのシグナル伝達）などの腫瘍微小環境に影響を及ぼす薬剤から選択される。腫瘍微小環境に影響を及ぼす薬剤の例としては、ＰＩ３Ｋシグナル伝達阻害剤、ｓｙｃキナーゼ阻害剤、プロテインキナーゼ阻害剤、例えば、ダサチニブ、エルロチニブ、エベロリムス、ゲフィチニブ、イマチニブ、ラパチニブ、ニロチニブ、パゾパニブ（pazonanib）、ソラフェニブ、スニチニブ、テムシロリムスなど；他の血管新生阻害剤、例えば、ＧＴ−１１１、ＪＩ−１０１、Ｒ１５３０など；他のキナーゼ阻害剤、例えば、ＡＣ２２０、ＡＣ４８０、ＡＣＥ−０４１、ＡＭＧ９００、ＡＰ２４５３４、Ａｒｒｙ−６１４、ＡＴ７５１９、ＡＴ９２８３、ＡＶ−９５１、アキシチニブ、ＡＺＤ１１５２、ＡＺＤ７７６２、ＡＺＤ８０５５、ＡＺＤ８９３１、バフェチニブ、ＢＡＹ７３−４５０６、ＢＧＪ３９８、ＢＧＴ２２６、ＢＩ８１１２８３、ＢＩ６７２７、ＢＩＢＦ１１２０、ＢＩＢＷ２９９２、ＢＭＳ−６９０１５４、ＢＭＳ−７７７６０７、ＢＭＳ−８６３２３３、ＢＳＫ−４６１３６４、ＣＡＬ−１０１、ＣＥＰ−１１９８１、ＣＹＣ１１６、ＤＣＣ−２０３６、ジナシクリブ、ドビチニブ乳酸塩、Ｅ７０５０、ＥＭＤ１２１４０６３、ＥＮＭＤ−２０７６、ホスタマチニブジナトリウム、ＧＳＫ２２５６０９８、ＧＳＫ６９０６９３、ＩＮＣＢ１８４２４、ＩＮＮＯ−４０６、ＪＮＪ−２６４８３３２７、ＪＸ−５９４、ＫＸ２−３９１、リニファニブ、ＬＹ２６０３６１８、ＭＧＣＤ２６５、ＭＫ−０４５７、ＭＫ１４９６、ＭＬＮ８０５４、ＭＬＮ８２３７、ＭＰ４７０、ＮＭＳ−１１１６３５４、ＮＭＳ−１２８６９３７、ＯＮ０１９１９．Ｎａ、ＯＳＩ−０２７、ＯＳＩ−９３０、Ｂｔｋ阻害剤、ＰＦ−００５６２２７１、ＰＦ−０２３４１０６６、ＰＦ−０３８１４７３５、ＰＦ−０４２１７９０３、ＰＦ−０４５５４８７８、ＰＦ−０４６９１５０２、ＰＦ−３７５８３０９、ＰＨＡ−７３９３５８、ＰＬＣ３３９７、プロゲニポイエチン、Ｒ５４７、Ｒ７６３、ラムシルマブ、レゴラフェニブ、ＲＯ５１８５４２６、ＳＡＲ１０３１６８、ＳＣＨ７２７９６５、ＳＧＩ−１１７６、ＳＧＸ５２３、ＳＮＳ−３１４、ＴＡＫ−５９３、ＴＡＫ−９０１、ＴＫＩ２５８、ＴＬＮ−２３２、ＴＴＰ６０７、ＸＬ１４７、ＸＬ２２８、ＸＬ２８１ＲＯ５１２６７６６、ＸＬ４１８、ＸＬ７６５などが挙げられる。

一部の実施形態では、追加の治療剤は、マイトジェン活性化プロテインキナーゼシグナル伝達の阻害剤、例えば、Ｕ０１２６、ＰＤ９８０５９、ＰＤ１８４３５２、ＰＤ０３２５９０１、ＡＲＲＹ−１４２８８６、ＳＢ２３９０６３、ＳＰ６００１２５、ＢＡＹ４３−９００６、ワートマニン、またはＬＹ２９４００２；Ｓｙｋ阻害剤；ｍＴＯＲ阻害剤；および抗体（例えば、リツキサン）から選択される。

一部の実施形態では、追加の治療剤は、インターフェロン、インターロイキン、腫瘍壊死因子、増殖因子などから選択される。

一部の実施形態では、追加の治療剤は、アンセスチム、フィルグラスチム、レノグラスチム、モルグラモスチム、ペグフィルグラスチム、サルグラモスチム；インターフェロン、例えば、天然のインターフェロンアルファ、インターフェロンアルファ−２ａ、インターフェロンアルファ−２ｂ、インターフェロンアルファｃｏｎ−１、インターフェロンアルファ−ｎ１、天然のインターフェロンベータ、インターフェロンベータ−１ａ、インターフェロンベータ−１ｂ、インターフェロンガンマ、ペグインターフェロンアルファ−２ａ、ペグインターフェロンアルファ−２ｂなど；インターロイキン、例えば、アルデスロイキン、オプレルベキンなど；他の免疫賦活薬、例えば、ＢＣＧワクチン、酢酸グラチラマー、ヒスタミン二塩酸塩、イムノシアニン、レンチナン、黒色腫ワクチン、ミファムルチド、ペガデマーゼ、ピドチモド、プレリキサホル、ポリＩ：Ｃ、ポリＩＣＬＣ、ロキニメックス、タソネルミン、チモペンチンなど；免疫抑制剤、例えば、アバタセプト、アベチムス、アレファセプト、抗リンパ球免疫グロブリン（ウマ）、抗胸腺細胞免疫グロブリン（ウサギ）、エクリズマブ、エファリズマブ、エベロリムス、グスペリムス、レフルノミド、ムロマブ−ＣＤ３、ミコフェノール酸、ナタリズマブ、シロリムスなど；ＴＮＦアルファ阻害剤、例えば、アダリムマブ、アフェリモマブ、セルトリズマブペゴル、エタネルセプト、ゴリムマブ、インフリキシマブなど；インターロイキン阻害剤、例えば、アナキンラ、バシリキシマブ、カナキヌマブ、ダクリズマブ、メポリズマブ、リロナセプト、トシリズマブ、ウステキヌマブなど；カルシニューリン阻害剤、例えば、シクロスポリン、タクロリムスなど；他の免疫抑制剤、例えば、アザチオプリン、レナリドマイド、メトトレキサート、サリドマイドなどから選択される。

一部の実施形態では、追加の治療剤は、アダリムマブ、アレムツズマブ、バシリキシマブ、ベバシズマブ、セツキシマブ、セルトリズマブペゴル、ダクリズマブ、エクリズマブ、エファリズマブ、ゲムツズマブ、イブリツモマブチウキセタン、インフリキシマブ、ムロモナブ−ＣＤ３、ナタリズマブ、パニツムマブ、ラニビズマブ、リツキシマブ、トシツモマブ、トラスツズマブなど、またはこれらの組合せから選択される。

一部の実施形態では、追加の治療剤は、モノクローナル抗体、例えば、アレムツズマブ、ベバシズマブ、カツマキソマブ、セツキシマブ、エドレコロマブ、ゲムツズマブ、パニツムマブ、リツキシマブ、トラスツズマブなど；免疫抑制剤、エクリズマブ、エファリズマブ、ムロマブ−ＣＤ３、ナタリズマブ；ＴＮＦアルファ阻害剤、例えば、アダリムマブ、アフェリモマブ、セルトリズマブペゴル、ゴリムマブ、インフリキシマブなど；インターロイキン阻害剤、バシリキシマブ、カナキヌマブ、ダクリズマブ、メポリズマブ、トシリズマブ、ウステキヌマブ；放射性医薬品、イブリツモマブチウキセタン、トシツモマブ；他のモノクローナル抗体、例えば、アバゴボマブ、アデカツムマブ、アレムツズマブ、抗ＣＤ３０モノクローナル抗体Ｘｍａｂ２５１３、抗ＭＥＴモノクローナル抗体ＭｅｔＭａｂ、アポリズマブ、アポマブ、アルシツモマブ、バシリキシマブ、二重特異性抗体２Ｂ１、ブリナツモマブ、ブレンツキシマブベドチン、カプロマブペンデチド、シクツムマブ、クラウジキシマブ、コナツムマブ、ダセツズマブ、デノスマブ、エクリズマブ、エプラツズマブ、エプラツズマブ、エルツマキソマブ、エタラシズマブ、フィギツムマブ、フレソリムマブ、ガリキシマブ、ガニツマブ、ゲムツズマブオゾガマイシン、グレムバツムマブ、イブリツモマブ、イノツズマブオゾガマイシン、イピリムマブ、レクサツムマブ、リンツズマブ、リンツズマブ、ルカツムマブ、マパツムマブ、マツズマブ、ミラツズマブ、モノクローナル抗体ＣＣ４９、ネシツムマブ、ニモツズマブ、オレゴボマブ、ペルツズマブ、ラムシルマブ（ramacurimab）、ラニビズマブ、シプリズマブ、ソネプシズマブ、タネズマブ、トシツモマブ、トラスツズマブ、トレメリムマブ、ツコツズマブセルモロイキン、ベルツズマブ、ビシリズマブ、ヴォロシキシマブ、ザルツムマブなどから選択される。

一部の実施形態では、追加の治療剤は、ナイトロジェンマスタード、例えば、ベンダムスチン、クロラムブシル、クロルメチン、シクロホスファミド、イホスファミド、メルファラン、プレドニムスチン、トロホスファミドなど；ブスルファン、マンノスルファン、トレオスルファンのようなスルホン酸アルキル；カルボコン、チオテパ、トリアジクオンのようなエチレンイミン；カルムスチン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、ラニムスチン、セムスチン、ストレプトゾシンのようなニトロソウレア；エポキシド、例えば、エトグルシドなど；他のアルキル化剤、例えば、ダカルバジン、ミトブロニトール、ピポブロマン、テモゾロミドなど；葉酸類似体、例えば、メトトレキサート、ペメトレキセド（permetrexed）、プララトレキセート、ラルチトレキセドなど；プリン類似体、例えば、クラドリビン、クロファラビン、フルダラビン、メルカプトプリン、ネララビン、チオグアニンなど；ピリミジン類似体、例えば、アザシチジン、カペシタビン、カルモフール、シタラビン、デシタビン、フルオロウラシル、ゲムシタビン、テガフールなど；ビンカアルカロイド、例えば、ビンブラスチン、ビンクリスチン、ビンデシン、ビンフルニン、ビノレルビンなど；ポドフィロトキシン誘導体、例えば、エトポシド、テニポシドなど；コルヒチン誘導体、例えば、デメコルチンなど；タキサン、例えば、ドセタキセル、パクリタキセル、パクリタキセルポリグルメクスなど；他の植物アルカロイドおよび天然物、例えば、トラベクテジンなど；アクチノマイシン、例えば、ダクチノマイシンなど；アントラサイクリン、例えば、アクラルビシン、ダウノルビシン、ドキソルビシン、エピルビシン、イダルビシン、ミトキサントロン、ピラルビシン、バルルビシン、ゾルビンシンなど；他の細胞傷害性抗生物質、例えば、ブレオマイシン、イキサベピロン、マイトマイシン、プリカマイシンなど；白金化合物、例えば、カルボプラチン、シスプラチン、オキサリプラチン、サトラプラチンなど；メチルヒドラジン、例えば、プロカルバジンなど；感作物質、例えば、アミノレブリン酸、エファプロキシラル、メチルアミノレブリン酸、ポルフィマーナトリウム、テモポルフィンなど；プロテインキナーゼ阻害剤、例えば、ダサチニブ、エルロチニブ、エベロリムス、ゲフィチニブ、イマチニブ、ラパチニブ、ニロチニブ、パゾパニブ、ソラフェニブ、スニチニブ、テムシロリムスなど；他の抗新生物剤、例えば、アリトレチノイン、アルトレタミン、アムサクリン（amzacrine）、アナグレリド、三酸化ヒ素、アスパラギナーゼ、ベキサロテン、ボルテゾミブ、セレコキシブ、デニロイキンジフチトクス、エストラムスチン、ヒドロキシカルバミド、イリノテカン、ロニダミン、マソプロコール、ミルテホシン（miltefosein）、ミトグアゾン、ミトタン、オブリメルセン、ペグアスパラガーゼ、ペントスタチン、ロミデプシン、シチマジーンセラデノベック、チアゾフリン、トポテカン、トレチノイン、ボリノスタットなど；エストロゲン、例えば、ジエチルスチルベノール、エチニルエストラジオール、ホスフェストロール、リン酸ポリエストラジオールなど；プロゲストーゲン、例えば、ゲストノロン、メドロキシプロゲステロン、メゲストロールなど；ゴナドトロピン放出ホルモン類似体、例えば、ブセレリン、ゴセレリン、リュープロレリン、トリプトレリンなど；抗エストロゲン剤、例えば、フルベストラント、タモキシフェン、トレミフェンなど；抗アンドロゲン薬、例えば、ビカルタミド、フルタミド、ニルタミド、酵素阻害剤、アミノグルテチミド、アナストロゾール、エキセメスタン、ホルメスタン、レトロゾール、ボロゾールなど；他のホルモンアンタゴニスト、例えば、アバレリクス、デガレリクスなど；免疫賦活薬、例えば、ヒスタミン二塩酸塩、ミファムルチド、ピドチモド、プレリキサホル、ロキニメックス、チモペンチンなど；免疫抑制剤、例えば、エベロリムス、グスペリムス、レフルノミド、ミコフェノール酸、シロリムスなど；カルシニューリン阻害剤、例えば、シクロスポリン、タクロリムスなど；他の免疫抑制剤、例えば、アザチオプリン、レナリドマイド、メトトレキサート、サリドマイドなど；および放射性医薬品、例えば、イオベングアンなどから選択される。

一部の実施形態では、追加の治療剤は、チェックポイント阻害剤から選択される。例示的なチェックポイント阻害剤としては、以下が挙げられる：

ＰＤ−Ｌ１阻害剤、例えば、ＧｅｎｅｎｔｅｃｈのＭＰＤＬ３２８０Ａ（ＲＧ７４４６）、ＢｉｏＸｃｅｌｌからの抗マウスＰＤ−Ｌ１抗体クローン１０Ｆ．９Ｇ２（Ｃａｔ番号ＢＥ０１０１）、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｅｙｅｒ’ｓＳｑｕｉｂｂからの抗ＰＤ−Ｌ１モノクローナル抗体ＭＤＸ−１１０５（ＢＭＳ−９３６５５９）およびＢＭＳ−９３５５５９、ＭＳＢ００１０７１８Ｃ、マウス抗ＰＤ−Ｌ１クローン２９Ｅ．２Ａ３、ならびにＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａのＭＥＤＩ４７３６など；

ＰＤ−Ｌ２阻害剤、例えば、ＧｌａｘｏＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅのＡＭＰ−２２４（Ａｍｐｌｉｍｍｕｎｅ）、およびｒＨＩｇＭ１２Ｂ７など；

ＰＤ−１阻害剤、例えば、ＢｉｏＸｃｅｌｌからの抗マウスＰＤ−１抗体クローンＪ４３（Ｃａｔ番号ＢＥ００３３−２）、ＢｉｏＸｃｅｌｌからの抗マウスＰＤ−１抗体クローンＲＭＰ１−１４（Ｃａｔ番号ＢＥ０１４６）、マウス抗ＰＤ−１抗体クローンＥＨ１２、ＭｅｒｃｋのＭＫ−３４７５抗マウスＰＤ−１抗体（Ｋｅｙｔｒｕｄａ、ペムブロリズマブ、ランブロリズマブ）、ＡＮＢ０１１、抗体ＭＤＸ−１１０６（ＯＮＯ−４５３８）として公知のＡｎａｐｔｙｓＢｉｏの抗ＰＤ−１抗体、Ｂｒｉｓｔｏｌ−ＭｙｅｒｓＳｑｕｉｂｂのヒトＩｇＧ４モノクローナル抗体ニボルマブ（Ｏｐｄｉｖｏ（登録商標）、ＢＭＳ−９３６５５８、ＭＤＸ１１０６）、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａのＡＭＰ−５１４およびＡＭＰ−２２４、ならびにＣｕｒｅＴｅｃｈＬｔｄからのピジリズマブ（ＣＴ−０１１）など；

ＣＴＬＡ−４阻害剤、例えば、ＢｒｉｓｔｏｌＭｅｙｅｒｓＳｑｕｉｂｂの抗ＣＴＬＡ−４抗体イピリムマブ（Ｙｅｒｖｏｙ（登録商標）、ＭＤＸ−０１０、ＢＭＳ−７３４０１６およびＭＤＸ−１０１としても公知）、Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅからの抗ＣＴＬＡ４抗体、クローン９Ｈ１０、Ｐｆｉｚｅｒのトレメリムマブ（ＣＰ−６７５，２０６、チシリムマブ）、およびＡｂｃａｍからの抗ＣＴＬＡ４抗体クローンＢＮＩ３など；

ＬＡＧ３阻害剤、例えば、ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅからの抗Ｌａｇ−３抗体クローンｅＢｉｏＣ９Ｂ７Ｗ（Ｃ９Ｂ７Ｗ）、ＬｉｆｅＳｐａｎＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓからの抗Ｌａｇ３抗体ＬＳ−Ｂ２２３７、ＩｍｍｕｔｅｐからのＩＭＰ３２１（ＩｍｍｕＦａｃｔ）、抗Ｌａｇ３抗体ＢＭＳ−９８６０１６、およびＬＡＧ−３キメラ抗体Ａ９Ｈ１２など；

Ｂ７−Ｈ３阻害剤、例えばＭＧＡ２７１など；

ＫＩＲ阻害剤、例えば、リリルマブ（ＩＰＨ２１０１）など；

ＣＤ１３７（４１ＢＢ）阻害剤、例えば、ウレルマブ（ＢＭＳ−６６３５１３、Ｂｒｉｓｔｏｌ−ＭｙｅｒｓＳｑｕｉｂｂ）、ＰＦ−０５０８２５６６（抗４−１ＢＢ、ＰＦ−２５６６、Ｐｆｉｚｅｒ）、またはＸｍＡｂ−５５９２（Ｘｅｎｃｏｒ）など；

ＰＳ阻害剤、例えば、バビツキシマブなど；

ならびに、抗体（例えば、モノクローナル抗体、ヒト、ヒト化、またはキメラ抗体）もしくはその断片、ＲＮＡｉ分子、またはＴＩＭ３、ＣＤ５２、ＣＤ３０、ＣＤ２０、ＣＤ３３、ＣＤ２７、ＯＸ４０（ＣＤ１３４）、ＧＩＴＲ、ＩＣＯＳ、ＢＴＬＡ（ＣＤ２７２）、ＣＤ１６０、２Ｂ４、ＬＡＩＲ１、ＴＩＧＨＴ、ＬＩＧＨＴ、ＤＲ３、ＣＤ２２６、ＣＤ２、もしくはＳＬＡＭに対する小分子などの阻害剤。

一部の実施形態では、追加の治療剤は、ＣＤ４０アゴニストである。ＣＤ４０アゴニストは、抗体もしくはその断片または小分子であってよい。例示的なＣＤ４０アゴニストとしては、ダセツズマブ（dacetuzmumab）（ＳｅａｔｔｌｅＧｅｎｅｔｉｃｓからのＳＧＮ−４０またはｈｕＳ２Ｃ６）、ＳＥＡ−ＣＤ４０（ＳｅａｔｔｌｅＧｅｎｅｔｉｃｓ）、ＣＰ−８７０，８９３（Ｐｆｉｚｅｒ）、ＣｈｉＬｏｂ７／４（ＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＳｏｕｔｈａｍｐｔｏｎ）、またはＡＤＣ−１０１３が挙げられる。追加のＣＤ４０アゴニストとしては、Medina-Echeverzら、「Agonistic CD40 antibodyinduces immune-mediated liver damage and modulates tumor-induced myeloidsuppressive cells」、J. for ImmunoTherapy of Cancer ２巻（３号）：１７４頁（２０１４年）に記載されているＦＧＫ−４５などのものを挙げることができる。

試料
免疫原性、安全性および／または毒性を分析するための試料は、個体から単離することができる。いくつかの場合には、試料は、全血、分画血液、血清、血漿、汗、涙、耳液（ｅａｒｆｌｏｗ）、痰、リンパ液、骨髄懸濁液、リンパ液、尿、唾液、精液、膣液（ｖａｇｉｎａｌｆｌｏｗ）、糞便、経頸管洗浄液、脳脊髄液、脳液（ｂｒａｉｎｆｌｕｉｄ）、腹水、母乳、硝子体液、眼房水、皮脂、内リンパ、腹腔液、胸膜液、耳垢、心外膜液（ｅｐｉｃａｒｄｉａｌｆｌｕｉｄ）、ならびに呼吸器、腸管および泌尿生殖器の分泌液からなる群から選択することができる。いくつかの場合には、試料は、組織、多くの場合、生検試料であってよい。例えば、生検材料は、皮膚組織、結腸組織、直腸組織、腺組織、骨格筋組織および／または脂肪組織を含有してよい。

キット
１つまたは複数の本明細書に記載の方法と共に使用するためのキットおよび製造品も本発明において提供される。キットは、本明細書に記載されているポリペプチドのうちの１つもしくは複数および／または核酸分子のうちの１つもしくは複数、例えば、配列番号１〜４５と同定されるポリペプチドおよび核酸分子、または、配列番号１〜４５からなる群から選択されるポリペプチドもしくは核酸分子に対して少なくとも４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、またはそれ超の配列相同性がある配列を有するポリペプチドおよび／もしくは核酸分子などを含有してよい。キットは、本明細書に記載のポリペプチドのうちの１つまたは複数をコードする核酸も含有してよい。キットは、ワクチンの作出および送達に必要なアジュバント、試薬、および緩衝液をさらに含有してよい。

キットは、バイアル、チューブなどの１つまたは複数の容器を受けるように区画化された担体、パッケージ、または容器も含んでよく、容器（複数可）のそれぞれが、本明細書に記載の方法において使用されるポリペプチドおよびアジュバントなどの別々の要素のうちの１つを含む。適切な容器としては、例えば、ビン、バイアル、シリンジ、および試験管が挙げられる。容器は、ガラスまたはプラスチックなどの種々の材料から形成されていてよい。
本発明において提供される製造品は、包装材料を含有する。医薬包装材料の例としては、これらに限定されないが、ブリスターパック、ビン、チューブ、バッグ、容器、ビン、ならびに選択された製剤および意図された投与形式および処置に適した任意の包装材料が挙げられる。

キットは、典型的には、内容物および／または使用説明書が列挙されたラベル、ならびに使用説明書を伴う添付文書を含む。典型的には説明書のセットも含まれる。

本発明の好ましい実施形態が本明細書において示され、記載されているが、そのような実施形態が単に例として提供されていることは当業者には明白であろう。当業者は、本発明から逸脱することなく多数の変形、変化および置換をすぐに思いつくであろう。本明細書に記載の本発明の実施形態に対する種々の代替を本発明の実施において使用することができることが理解されるべきである。以下に記載の特許請求の範囲が本発明の範囲を定義すること、それによりこれらの特許請求の範囲に入る方法および構造ならびにそれらの等価物が包含されることが意図されている。

（実施例１）
結腸直腸がん抗原の同定およびヒトとマウスの間での相同性が高いＭＨＣクラスＩＩ結合性エピトープの決定
「タンパク質発現」および「予後不良」および「結腸直腸がん」という用語を使用してＰｕｂＭｅｄでの文献検索を実施した。検索により、１２５件の論文が得られ、それらから、以下の基準を使用して、８種のタンパク質をさらなる評価のために選択した：（１）発現の発生率；（２）予後不良の独立した予測因子、（３）初期の疾患再発の独立した予測因子、および（４）結腸がん病原性における公知の生物学的機能。表１は、８種のタンパク質：ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰを示す。

ヒト対象。図１は、結腸直腸がん患者５０名を、各候補タンパク質に対する抗体応答について評価したことを示す。結腸直腸がん患者の年齢は３１歳〜８３歳にわたり（中央値６１．５歳）、５０％が女性であった。図２は、病期第１期（１２％）、病期第２期（１６％）、病期第３期（２８％）、および病期第４期（３４％）の結腸直腸がん患者の血清を含めたことを示す。血清は全て、分注し、摂氏−８０度で保管した。図３は、正常なドナー５０名の年齢が２３歳〜８４歳にわたり（中央値５１．５歳）、３２％が女性であったことを示す。血清は全て、分注し、摂氏−８０度で保管した。志願者対照１０名および結腸直腸がん患者１０名から末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を採取し、凍結保存した。

組換えタンパク質を使用した間接ＥＬＩＳＡアッセイ。提唱された候補抗原の全てについて、タンパク質を合成した。候補抗原に対するＩｇＧ抗体応答を、Park（２００８年）に以前記載されている通り、ＩｍｍｕｌｕｘＨＢ平底マイクロプレートを炭酸緩衝液中１００ｎｇ／ｍｌのヒト全長組換えタンパク質を用いて一晩コーティングするという調整を伴って、間接ＥＬＩＳＡによって評価した。展開させたプレートを４５０ｎｍにおいて読み取った。結果を、Cecil（２０１３年）に以前記載されている通り、緩衝液をコーティングしたウェルのＯＤからタンパク質をコーティングしたウェルのＯＤを引いたものとして算出した。

間接ＥＬＩＳＡアッセイの評価およびウエスタンブロットによる検証。試験した全てのタンパク質が免疫原性であった、すなわち、分析された少なくとも１名の個体で、適切な特異性対照を用いた間接ＥＬＩＳＡによって実証することができる特異的な抗原を対象とする検出可能なＩｇＧ抗体免疫が実証された。抗体応答は、志願者対照ならびにがん患者のどちらにおいても同定することができた。特定の抗原に対する免疫の発生率を記述するために、対照集団の平均μｇ／ｍｌおよび２標準偏差を使用して、９５％の信頼度で応答が陽性であるとみなされるカットオフ値を決定した。ヒト血清ＩｇＧ応答を、ＧｒａｐｈＰａｄＰｒｉｓｍバージョン５．０を使用して、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して評価し、有意性をｐ＜０．０５に設定した。図４は、ＣＤＣ２５Ｂについてのカットオフ値が０．５１μｇ／ｍｌに決定されたことを示す。図５は、ＣＯＸ２についてのカットオフ値が０．６３μｇ／ｍｌに決定されたことを示す。図６は、ＥＧＦＲについてのカットオフ値が２．５７μｇ／ｍｌに決定されたことを示す。図７は、ＦＡＳＣＩＮＩについてのカットオフ値が１．４４μｇ／ｍｌに決定されたことを示す。図８は、ＩＧＦ１Ｒについてのカットオフ値が３．７７μｇ／ｍｌに決定されたことを示す。図９は、ＰＲＬ３についてのカットオフ値が０．９３μｇ／ｍｌに決定されたことを示す。図１０は、ＲＣＡＳ１についてのカットオフ値が２．１２μｇ／ｍｌに決定されたことを示す。図１１は、ＶＣＰについてのカットオフ値が３．３８μｇ／ｍｌに決定されたことを示す。図４〜１１では、ｙ軸にタンパク質特異的血清ＩｇＧ（μｇ／ｍｌ）が示され、ｘ軸に実験群が示されている。正常対照の平均および２標準偏差が点線で示されており、また、がん群と正常対照群の間でｐ＜０．０５でのカットオフが示されている。試験した抗原の全てに対する抗体が、結腸直腸がん患者において、志願正常ドナー対照と比較して有意に上昇した。

ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＦＡＳＣＩＮ１、およびＲＣＡＳ１について陽性および陰性の試料をPark（２００８年）に以前記載されている通りウエスタンブロット法によって検証した。３００ｎｇの組換えＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＦＡＳＣＩＮ１、およびＲＣＡＳ１を、抗ＣＤＣ２５Ｂ、抗ＣＯＸ２、抗ＦＡＳＣＩＮ１、抗ＲＣＡＳ１ポリクローナル抗体または実験用血清を用いてプローブしたＭｉｎｉ−ＰＲＯＴＥＡＮＴＧＸゲル上で分離した。

エピトープマッピングのための候補抗原の同定。結腸直腸がんに関連する免疫原性タンパク質８種全てを、エピトープマッピングを進めるために選択した。

（実施例２）
広域な高親和性で結合する結腸直腸がん抗原由来クラスＩＩエピトープの同定
ｉｎｓｉｌｉｃｏマッピングに従って構築されるペプチド。Park（２００８年）に記載の通り、ペプチド配列を予測し、スクリーニングした。８種のタンパク質についてヒートマップおよび結合親和性スコアを生成し、エピトープを最も高い予測される結合親和性によって順位づけた。ヒトとマウスの間で９０％以上の相同性が共有される最終的なペプチドを選択した。最も高い予測される結合親和性を有するペプチドを選択し、合成した。ペプチドを合成し、高速液体クロマトグラフィーによって精製し、次いで、凍結乾燥した。表２に、８種の抗原に対する、選択し、合成した４５種のペプチドを列挙する。表３は、候補タンパク質ごとのペプチドカバレッジの中央値が全配列の２１％（４〜５４％の範囲）であったことを示す。

ＩＦＮ−γ ＥＬＩＳｐｏｔアッセイ。ウェブに基づくアルゴリズムに由来するＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＦＡＳＣＩＮ１、およびＲＣＡＳ１タンパク質、ならびにＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＦＡＳＣＩＮ１、およびＲＣＡＳ１ペプチドは、ヒトＭＨＣＩＩエピトープに結合し、がん患者において、志願正常ドナー対照と比較してＴｈ１免疫をより大きな応答の規模で誘導することが予測された。ＰＢＭＣを抗原特異的ＩＦＮ−γ ＥＬＩＳｐｏｔによって評価した。細胞を、１０μｇ／ｍｌの選択されたＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＦＡＳＣＩＮ１、およびＲＣＡＳ１ペプチド、ＨＩＶｐ１７（ＧｅｎｅｍｅｄＳｙｎｔｈｅｓｉｓＩｎｃ．）、ＰＨＡ（１μｇ／ｍｌ、Ｓｉｇｍａ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）、ＣＥＦ（２．５μｇ／ｍｌ、ＡｎａＳｐｅｃ、Ｆｒｅｍｏｎｔ、ＣＡ）を伴う培地、またはゲンタマイシン、Ｌ−グルタミンを伴うＸ−Ｖｉｖｏ１５、およびフェノールレッド（Ｌｏｎｚａ、Ｗａｌｋｅｒｓｖｉｌｌｅ、ＭＤ）培地単独中、ウェル当たり２×１０^５個で、５％ＣＯ_２インキュベーター中、摂氏３７度で７日間プレーティングした。５日目に、組換えヒトＩＬ−２（１０Ｕ／ｍｌ）を添加した。８日目に、２×１０^５個のペプチドを負荷した（上記と同じ濃度）自己由来の放射線照射した（３００００ｒａｄ）ヒトＰＢＭＣを元の培養物に添加し、２４時間インキュベートすることによって第２のｉｎｖｉｔｒｏ刺激を実施した。ＭｉｌｌｉｐｏｒｅＭｕｌｔｉＳｃｒｅｅｎ９６ウェルアッセイプレート（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ、Ｈｏｕｓｔｏｎ、ＴＸ）をＰＢＳ中２％ウシ血清アルブミンでコーティングし、その後、ＰＢＭＣ培養物と一緒に２４時間インキュベートした。多数回洗浄した後、０．１μｇ／ｍｌのビオチン化抗ヒトＩＦＮ−γ（クローン１−Ｄ１Ｋ、Ｍａｂｔｅｃｈ、Ｍａｒｉｅｍｏｎｔ、ＯＨ）を２時間で添加した。Park ２００８年およびCecil ２０１３年に以前記載されている通り、ＥＬＩＳｐｏｔアッセイを展開し、補正したウェル当たりのスポット数に関して統計的有意性を算出した。各ペプチドについて、結腸直腸がんおよび志願者対照についての補正したウェル当たりのスポット数（ＣＳＰＷ）を、チューキーウィスカーを用いた四分位間の箱ひげ図として示す。ＣＳＰＷの中央値が横棒によって示され、志願正常ドナー対照と比較して、^＊ｐ＜０．０５または^＊＊＊ｐ＜０．００１である。図１２では、ｙ軸にＩＦＮ−γについてのＣＳＰＷが示され、ｘ軸に結腸直腸がんおよび志願正常ドナー対照において試験したＣＤＣ２５Ｂ抗原（ｒＣＤＣ２５Ｂ、ｐ１３０、およびｐ４０５）が示されている。図１３では、ｙ軸にＩＦＮ−γについてのＣＳＰＷが示され、ｘ軸に結腸直腸がんおよび志願正常ドナー対照において試験したＣＯＸ２抗原（ｒＣＯＸ２、ｐ８１、ｐ２７９、およびｐ５３８）が示されている。図１４では、ｙ軸にＩＦＮ−γについてのＣＳＰＷが示され、ｘ軸に結腸直腸がんおよび志願正常ドナー対照において試験したＦＡＳＣＩＮ１抗原（ｒＦＡＳＣＩＮ１、ｐ２１、ｐ１３８、ｐ１９０、およびｐ３７４）が示されている。図１５では、ｙ軸にＩＦＮ−γについてのＣＳＰＷが示され、ｘ軸に結腸直腸がんおよび志願正常ドナー対照において試験したＲＣＡＳ１抗原（ｒＲＣＡＳ１、ｐ８、ｐ９１、ｐ１２６、およびｐ１６１）が示されている。図１６では、ｙ軸にＩＦＮ−γについてのＣＳＰＷが示され、ｘ軸に結腸直腸がんおよび志願正常ドナー対照において試験した抗原（ＨＩＶｐ１７、ＰＨＡ、ｔｔ、およびＣＥＦ）が示されている。

（実施例３）
結腸直腸がん抗原を標的とするペプチドワクチンの構築ならびに３種のマウスモデルを使用した安全性および免疫原性の決定
３種のマウスモデル：ＡＰＣｍｉｎマウスモデル、ＡＯＭマウスモデル、およびＭＣ−３８マウスモデルを使用した、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰからのペプチドを含有するペプチドに基づくワクチン構築物の免疫原性および効果の決定。表４は、３種のマウスモデルにおけるペプチド有効性の要約を示す。

ＡＰＣｍｉｎマウスモデル。ＡＰＣｍｉｎの子孫を、Ｍｉｎ突然変異の存在について、以下のプライマーを使用してＰＣＲにより遺伝子型決定した：野生型：５’−ＧＣＣＡＴＣＣＣＴＴＣＡＣＧＴＴＡＧ−３’（配列番号４６）、共通５’−ＴＴＣＣＡＣＴＴＴＧＧＣＡＴＡＡＧＧＣ−３’（配列番号４７）、突然変異体：５’−ＴＣＣＴＧＡＧＡＡＡＧＡＣＡＧＡＡＧＴＴＡ−３’（配列番号４８）。Ｍｉｎ突然変異について試験陽性の雄マウスおよび雌マウスの両方を研究に含め、群にランダム化した。

ＡＰＣｍｉｎのｉｎ−ｖｉｖｏ実験。マウスを４〜６週齢時にＣＦＡ／ＩＦＡ、ＰＢＳ、およびワクチン群として免疫した。各群に、７〜１０日ごとに１回、合計３回の用量を皮下注射し（１００μｌのＰＢＳ、５０μｌのＰＢＳを伴う５０μｌのＣＦＡ、５０μｌのＣＦＡを伴うペプチド当たり５０μｇ）、第３のワクチンの４〜５週間後に１回追加刺激した。ワクチン組成物に含まれるペプチドについては表５を参照されたい。第１のワクチン後にＣＦＡをＩＦＡで置き換えた。全てのマウスを１４〜１７週齢時に屠殺し、胃腸管を採取し、腫瘍を計数した。

図１７は、ＣＤＣ２５Ｂに由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける小腸腫瘍負荷が有意に阻害されることを示す。ｙ軸に小腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＰＣｍｉｎの免疫群が示されている。各値の点は、マウス１匹の小腸における腫瘍の数を示す。ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（ｎ＝１０）とＣＤＣ２５Ｂを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（群のｎ＝８）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．０００３であり、統計的に有意であった。図１８は、ＣＤＣ２５Ｂに由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける結腸腫瘍負荷は有意に阻害されないことを示す。ｙ軸に結腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＰＣｍｉｎの免疫群が示されている。各値の点は、マウス１匹の結腸における腫瘍の数を示す。ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（ｎ＝１０）とＣＤＣ２５Ｂを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（群のｎ＝８）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．７４であり、統計的に有意ではなかった。

図１９は、ＣＯＸ２に由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける小腸腫瘍負荷が有意に阻害されることを示す。ｙ軸に小腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＰＣｍｉｎの免疫群が示されている。各値の点は、マウス１匹の小腸における腫瘍の数を示す。ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（ｎ＝１０）とＣＯＸ２を用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（群のｎ＝８）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＜０．０００１であり、統計的に有意であった。図２０は、ＣＯＸ２に由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける結腸腫瘍負荷は有意に阻害されないことを示す。ｙ軸に結腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＰＣｍｉｎの免疫群が示されている。各値の点は、マウス１匹の結腸における腫瘍の数を示す。ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（ｎ＝１０）とＣＯＸ２を用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（群のｎ＝８）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．８４であり、統計的に有意ではなかった。

図２１は、ＣＤＣ２５ＢおよびＣＯＸ２に由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＰＣｍｉｎマウス（群当たりマウスｎ＝８）における腫瘍負荷が有意に阻害されることを示す。ｙ軸に小腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸に実験群が示されている。各値の点は、マウス１匹の小腸における腫瘍の数を示す。ＣＦＡ対照群と比較した、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値は^＊ｐ＜０．０５または^＊＊ｐ＜０．００５で統計的に有意であった。

図２２は、ＥＧＦＲに由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける小腸腫瘍負荷が有意に阻害されることを示す。ｙ軸に小腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＰＣｍｉｎの免疫群が示されている。各値の点は、マウス１匹の小腸における腫瘍の数を示す。ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（ｎ＝１０）とＥＧＦＲを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（群のｎ＝８）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＜０．０００１であり、統計的に有意であった。図２３は、ＥＧＦＲに由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける結腸腫瘍負荷は有意に阻害されないことを示す。ｙ軸に結腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＰＣｍｉｎの免疫群が示されている。各値の点は、マウス１匹の結腸における腫瘍の数を示す。ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（ｎ＝１０）とＥＧＦＲを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（群のｎ＝８）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．７１であり、統計的に有意ではなかった。

図２４は、ＦＡＳＣＩＮ１に由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける小腸腫瘍負荷が有意に阻害されることを示す。ｙ軸に小腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＰＣｍｉｎの免疫群が示されている。各値の点は、マウス１匹の小腸における腫瘍の数を示す。ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（ｎ＝１０）とＦＡＳＣＩＮ１を用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（群のｎ＝９）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＜０．０００１であり、統計的に有意であった。図２５は、ＦＡＳＣＩＮ１に由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける結腸腫瘍負荷は有意に阻害されないことを示す。ｙ軸に結腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＰＣｍｉｎの免疫群が示されている。各値の点は、マウス１匹の結腸における腫瘍の数を示す。ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（ｎ＝１０）とＦＡＳＣＩＮ１を用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（群のｎ＝９）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．９３であり、統計的に有意ではなかった。

図２６は、ＩＧＦ１Ｒに由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける小腸腫瘍負荷が有意に阻害されることを示す。ｙ軸に小腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＰＣｍｉｎの免疫群が示されている。各値の点は、マウス１匹の小腸における腫瘍の数を示す。ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（ｎ＝１０）とＩＧＦ１Ｒを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（群のｎ＝１０）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．００１６であり、統計的に有意であった。図２７は、ＩＧＦ１Ｒに由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける結腸腫瘍負荷は有意に阻害されないことを示す。ｙ軸に結腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＰＣｍｉｎの免疫群が示されている。各値の点は、マウス１匹の結腸における腫瘍の数を示す。ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（ｎ＝１０）とＩＧＦ１Ｒを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（群のｎ＝１０）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．０７８であり、統計的に有意ではなかった。

図２８は、ＰＲＬ３に由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける小腸腫瘍負荷が有意に阻害されることを示す。ｙ軸に小腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＰＣｍｉｎの免疫群が示されている。各値の点は、マウス１匹の小腸における腫瘍の数を示す。ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（ｎ＝１０）とＰＲＬ３を用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（群のｎ＝１３）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．０００６であり、統計的に有意であった。図２９は、ＰＲＬ３に由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける結腸腫瘍負荷は有意に阻害されないことを示す。ｙ軸に結腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＰＣｍｉｎの免疫群が示されている。各値の点は、マウス１匹の結腸における腫瘍の数を示す。ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（ｎ＝１０）とＰＲＬ３を用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（群のｎ＝１３）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．４２であり、統計的に有意ではなかった。

図３０は、ＲＣＡＳ１に由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける小腸腫瘍負荷が有意に阻害されることを示す。ｙ軸に小腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＰＣｍｉｎの免疫群が示されている。各値の点は、マウス１匹の小腸における腫瘍の数を示す。ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（ｎ＝１０）とＲＣＡＳ１を用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（群のｎ＝１１）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．００２であり、統計的に有意であった。図３１は、ＲＣＡＳ１に由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける結腸腫瘍負荷は有意に阻害されないことを示す。ｙ軸に結腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＰＣｍｉｎの免疫群が示されている。各値の点は、マウス１匹の結腸における腫瘍の数を示す。ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（ｎ＝１０）とＲＣＡＳ１を用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（群のｎ＝１１）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．２４であり、統計的に有意ではなかった。

図３２は、ＶＣＰに由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける小腸腫瘍負荷が有意に阻害されることを示す。ｙ軸に小腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＰＣｍｉｎの免疫群が示されている。各値の点は、マウス１匹の小腸における腫瘍の数を示す。ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（ｎ＝１０）とＶＣＰを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（群のｎ＝１１）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．００１７であり、統計的に有意であった。図３３は、ＶＣＰに由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける結腸腫瘍負荷が有意に阻害されることを示す。ｙ軸に結腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＰＣｍｉｎの免疫群が示されている。各値の点は、マウス１匹の結腸における腫瘍の数を示す。ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（ｎ＝１０）とＶＣＰを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（群のｎ＝１１）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．０１４であり、統計的に有意ではなかった。

図３４は、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３の組合せであるＭＩＸに由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける小腸腫瘍負荷が有意に阻害されることを示す。ｙ軸に小腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＰＣｍｉｎの免疫群が示されている。各値の点は、マウス１匹の小腸における腫瘍の数を示す。ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（ｎ＝１０）とＭＩＸを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（群のｎ＝１０）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＜０．０００１であり、統計的に有意であった。図３５は、ＭＩＸに由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける結腸腫瘍負荷が有意に阻害されることを示す。ｙ軸に結腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＰＣｍｉｎの免疫群が示されている。各値の点は、マウス１匹の結腸における腫瘍の数を示す。ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（ｎ＝１０）とＭＩＸを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（群のｎ＝１０）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．００８６であり、統計的に有意ではなかった。

ＡＰＣｍｉｎ生存研究のｉｎ−ｖｉｖｏ実験。マウスを４〜６週齢時にＣＦＡ／ＩＦＡ、ＰＢＳ、およびワクチン群で免疫した。各群に、７〜１０日ごとに１回、合計３回の用量を皮下注射し（１００μｌのＰＢＳ、５０μｌのＰＢＳを伴う５０μｌのＣＦＡ、５０μｌのＣＦＡを伴うペプチド当たり５０μｇ）、第３のワクチン後、４〜５週間ごとに追加刺激ワクチンを与えた。ワクチン組成物に含まれるペプチドについては表６を参照されたい。第１のワクチン後にＣＦＡをＩＦＡで置き換えた。マウスを、週２回、健康およびウェルビーイングについて観察し、瀕死であれば屠殺した。屠殺時に、小腸を採取し、小腸腫瘍を計数した。

図３６は、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３ペプチドに由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＰＣｍｉｎマウスにおける小腸腫瘍負荷が有意に阻害されないことを示す。ｙ軸に小腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＰＣｍｉｎの免疫群が示されている。各値の点は、マウス１匹の小腸における腫瘍の数を示す。対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（ｎ＝４）とワクチン群、ＣＤＣ２５Ｂを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（ｎ＝７、ｐ＝０．６５）、ＣＯＸ２を用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（ｎ＝８、ｐ＝０．２４）、ＰＲＬ３を用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（ｎ＝６、ｐ＝０．８４）の間で統計的に有意ではなかった。

ＡＰＣｍｉｎ毒性学研究のｉｎ−ｖｉｖｏ実験。ＰＢＳを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（ｎ＝２）、ＣＦＡを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（ｎ＝３）、ＣＤＣ２５Ｂを用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（ｎ＝６）、ＣＯＸ２を用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（ｎ＝２）、およびＰＲＬ３を用いて免疫したＡＰＣｍｉｎマウス（ｎ＝２）からの血液を、血清分離のために凝固活性化チューブに移し、血漿のためにリチウムヘパリンチューブに移した。正常なＣ５７ＢＩ６／Ｊ対照からのデータを「The Jackson Laboratory Densitometric survey of 11 inbred strains ofmice. MPD: jaxpheno1. Mouse Phenome Database web site、TheJackson Laboratory、Bay Harbor、MaineUSA. http://phenome.jax.org, May 2013」から取得した。チューキーの多重比較検定を使用してＰ値を算出した。^＊＝ｐ＜０．０５、^＊＊＝ｐ＜０．０１、^＊＊＊＝ｐ＜０．００１。

図３７は、ＰＢＳを用いて免疫したマウス、ＣＦＡを用いて免疫したマウス、ＣＤＣ２５Ｂを用いて免疫したマウス、ＣＯＸ２を用いて免疫したマウス、およびＰＲＬ３を用いて免疫したマウスからの血液をＡＳＴ、ＡＬＴ、ＢＵＮ、ＡＬＰ、コレステロール、およびグルコース／血清について分析したことを示す。ｙ軸に血清中の化学化合物のレベルが１リットル当たりの単位または１デシリットル当たりのミリグラム数で示されている。ｘ軸にマウスの免疫群が示されている。

ＡＰＣｍｉｎＩＦＮ−γ研究のｉｎ−ｖｉｖｏ実験。９６ウェルＭＡＩＰＳニトロセルロースプレートを７０％ＥｔＯＨに予め浸漬し、１０μｇ／ｍｌの抗マウスＩＦＮ−γ抗体と一緒に一晩インキュベートした。翌日、プレートをＰＢＳで３回洗浄し、摂氏３７度のＣＯ_２インキュベーター中、ＰＢＳ＋２％ＢＳＡを用いて２時間にわたってブロッキングした。プレートをＰＢＳで３回洗浄し、単離したマウス脾細胞をウェル当たり細胞３×１０^５個でプレーティングした（抗原当たり６反復）。抗原を添加し、プレートを摂氏３７度のＣＯ_２インキュベーターに７２時間入れた。陽性対照はＰＨＡ（５μｇ／ｍｌ）、ＰＭＡ／Ｉ（２μｇ／ｍｌ）、およびＣＤ３（１：１０，０００）であり、陰性対照は抗原なしのウェルであり、ペプチドは全て２０μｇ／ｍｌで添加した。プレートを１×ＰＢＳで１回洗浄し、次いで、ＰＢＳ＋０．０５％Ｔｗｅｅｎ緩衝液で２回洗浄した。

図３８〜３９については、ｙ軸にＰＲＬ３ペプチドによる免疫に対するＩＦＮ−γ応答がウェル当たりの平均スポット数（６ウェルの反復）と一緒に示されており、ｘ軸にｔ細胞を刺激するために使用した抗原が示されている。柱の上のアスタリスク（^＊）は、対応のない、両側スチューデントｔ検定、ｐ＜０．０５を使用した、抗原なしのウェルと比較した有意性を示す。ＥＬＩＳｐｏｔ図の隣の表は、個々の免疫したマウスの屠殺時の週齢および小腸腫瘍計数を示す。図３８は、ＰＲＬ３抗原を用いて免疫したマウス８匹（Ｍ１５８、Ｆ１８８、Ｆ１９１、Ｆ１６２、Ｆ１８２、Ｍ２１９、Ｍ２２１、およびＭ２２４）についてのＩＦＮ−γ応答を示す。図３９は、ＰＲＬ３抗原を用いて免疫したマウス５匹（Ｆ２２８、Ｆ２３６、Ｆ２４６、Ｆ２３５、およびＦ２４３）についてのＩＦＮ−γ応答を示す。

ＡＯＭマウスモデル。ＡＯＭマウスｉｎ−ｖｉｖｏ実験。ＦＶＢマウスを、６週齢時に、ＣＦＡ／ＩＦＡ、ＰＢＳ、およびワクチン群として免疫した。各群に、１０〜１４日ごとに１回、合計３回の用量を皮下注射し（１００μｌのＰＢＳ、５０μｌのＰＢＳを伴う５０μｌのＣＦＡ、５０μｌのＣＦＡを伴うペプチド当たり５０μｇ）、第３のワクチン後、４〜５週間ごとに追加刺激を与えた。ワクチン組成物に含まれるペプチドについては表７を参照されたい。第１のワクチン後にＣＦＡをＩＦＡで置き換えた。第３のワクチンの７日後に、マウスにアゾキシメタン（ＡＯＭ）を１０ｍｇ／ｋｇで、週２回、６週間にわたって注射した。全てのマウスを２６週齢時に屠殺し、結腸内の腫瘍を計数した。

図４０は、ＣＤＣ２５Ｂに由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＯＭマウスにおける結腸腫瘍負荷が有意に阻害されることを示す。ｙ軸に結腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＯＭの免疫群が示されている。ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＡＯＭマウス（ｎ＝１０）とＣＤＣ２５Ｂを用いて免疫したＡＯＭマウス（群のｎ＝１０）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．００２であり、統計的に有意であった。

図４１は、ＣＯＸ２に由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＯＭマウスにおける結腸腫瘍負荷が有意に阻害されることを示す。ｙ軸に結腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＯＭの免疫群が示されている。ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＡＯＭマウス（ｎ＝１０）とＣＯＸ２を用いて免疫したＡＯＭマウス（群のｎ＝１０）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＜０．０００１であり、統計的に有意であった。

図４２は、ＥＧＦＲに由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＯＭマウスにおける結腸腫瘍負荷が有意に阻害されることを示す。ｙ軸に結腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＯＭの免疫群が示されている。ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＡＯＭマウス（ｎ＝４）とＥＧＦＲを用いて免疫したＡＯＭマウス（群のｎ＝１０）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．０１であり、統計的に有意であった。

図４３は、ＦＡＳＣＩＮ１に由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＯＭマウスにおける結腸腫瘍負荷は有意に阻害されないことを示す。ｙ軸に結腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＯＭの免疫群が示されている。ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＡＯＭマウス（ｎ＝１０）とＦＡＳＣＩＮ１を用いて免疫したＡＯＭマウス（群のｎ＝１０）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．０５であり、統計的に有意であった。

図４４は、ＩＧＦ１Ｒに由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＯＭマウスにおける結腸腫瘍負荷は有意に阻害されないことを示す。ｙ軸に結腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＯＭの免疫群が示されている。ＰＢＳを用いて免疫したＡＯＭマウス（ｎ＝９）とＩＧＦ１Ｒを用いて免疫したＡＯＭマウス（群のｎ＝１０）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．５４であり、統計的に有意であった。Ｐ値はＰＢＳ対照群と比較したものであり、ＣＦＡ対照群はＡＯＭの過剰投薬に起因して死亡した。

図４５は、ＰＲＬ３に由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＯＭマウスにおける結腸腫瘍負荷は有意に阻害されないことを示す。ｙ軸に結腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＯＭの免疫群が示されている。ＰＢＳを用いて免疫したＡＯＭマウス（ｎ＝９）とＰＲＬ３を用いて免疫したＡＯＭマウス（群のｎ＝１０）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．５３であり、統計的に有意であった。Ｐ値はＰＢＳ対照群と比較したものであり、ＣＦＡ対照群はＡＯＭの過剰投薬に起因して死亡した。

図４６は、ＲＣＡＳ１に由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＯＭマウスにおける結腸腫瘍負荷は有意に阻害されないことを示す。ｙ軸に結腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＯＭの免疫群が示されている。ＰＢＳを用いて免疫したＡＯＭマウス（ｎ＝９）とＲＣＡＳ１を用いて免疫したＡＯＭマウス（群のｎ＝８）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．１４であり、統計的に有意であった。Ｐ値はＰＢＳ対照群と比較したものであり、ＣＦＡ対照群はＡＯＭの過剰投薬に起因して死亡した。

図４７は、ＶＣＰに由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＯＭマウスにおける結腸腫瘍負荷は有意に阻害されないことを示す。ｙ軸に結腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＯＭの免疫群が示されている。ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＡＯＭマウス（ｎ＝１０）とＶＣＰを用いて免疫したＡＯＭマウス（群のｎ＝７）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．１であり、統計的に有意であった。

図４８は、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３の組合せであるＭＩＸに由来するペプチドを用いた免疫により、ＡＯＭマウスにおける結腸腫瘍負荷が有意に阻害されることを示す。ｙ軸に結腸腫瘍計数が示されており、ｘ軸にＡＯＭの免疫群が示されている。ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＡＯＭマウス（ｎ＝１０）とＭＩＸを用いて免疫したＡＯＭマウス（群のｎ＝８）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＜０．０００１であり、統計的に有意であった。

ＡＯＭＩＦＮ−γ研究のｉｎ−ｖｉｖｏ実験。９６ウェルＭＡＩＰＳニトロセルロースプレートを７０％ＥｔＯＨに予め浸漬し、１０μｇ／ｍｌの抗マウスＩＦＮ−γ抗体と一緒に一晩インキュベートした。翌日、プレートをＰＢＳで３回洗浄し、摂氏３７度のＣＯ_２インキュベーター中、ＰＢＳ＋２％ＢＳＡを用いて２時間にわたってブロッキングした。プレートをＰＢＳで３回洗浄し、単離したマウス脾細胞をウェル当たり細胞３×１０^５個でプレーティングした（抗原当たり６反復）。抗原を添加し、プレートを摂氏３７度のＣＯ_２インキュベーターに７２時間入れた。陽性対照はＰＨＡ（５μｇ／ｍｌ）、ＰＭＡ／Ｉ（２μｇ／ｍｌ）、およびＣＤ３（１：１０，０００）であり、陰性対照は抗原なしのウェルであり、ペプチドは全て２０μｇ／ｍｌで添加した。プレートを１×ＰＢＳで１回洗浄し、次いで、ＰＢＳ＋０．０５％Ｔｗｅｅｎ緩衝液で２回洗浄した。ＰＢＳ＋０．０５％Ｔｗｅｅｎ中５μｇ／ｍｌの抗マウスＩＦＮ−γ抗体を各ウェルに添加し、プレートを摂氏４度で一晩インキュベートした。プレートをＰＢＳ＋０．０５％Ｔｗｅｅｎで２回洗浄し、次いで、ＰＢＳで１回洗浄した。希釈したストレプトアビジン−ＨＲＰをプレートに添加し、室温で４５分インキュベートした。ＡＥＣＥＬＩＳＰＯＴＳｕｂｓｔｒａｔｅｋｉｔを使用してプレートを展開した。抗原なしの対照ウェルおよび／または対照と比較して統計学的に異なる（ｐ＜０．０５）タンパク質特異的ＩＦＮ−γ産生スポットの数の増加を免疫応答の指標として取得した。

図４９〜５１については、ｙ軸にペプチドによる免疫に対するＩＦＮ−γ応答がｎ＝３マウスのプールおよびウェル当たりの平均スポット数（６ウェルの反復）と一緒に示されており、ｘ軸にｔ細胞を刺激するために使用した抗原が示されている。柱の上のアスタリスク（^＊）は、対応のない両側スチューデントｔ検定、ｐ＜０．０５を使用した、抗原なしのウェルと比較した有意性を示す。ＥＬＩＳｐｏｔ図の隣の表は、個々の免疫したマウスの屠殺時の週齢および結腸腫瘍計数を示す。図４９は、ＣＤＣ２５Ｂ抗原：ＣＤＣ２５Ｂ、ｐ１３０−１５０、およびｐ４０５−４２７を用いて免疫したマウス３匹（Ｆ３１、Ｆ３２、およびＦ３８）についてのＩＦＮ−γ応答を示す。図５０は、ＰＲＬ３抗原：ＰＲＬ−３、ｐ１２−３０、ｐ３３−５３、ｐ８１−９５、ｐ１０４−１２２、およびｐ１２４−１４２を用いて免疫したマウス３匹（Ｆ９１、Ｆ９３、Ｆ９５）についてのＩＦＮ−γ応答を示す。図５１は、ＲＣＡＳ１抗原：ＲＣＡＳ１、ｐ８−２７、ｐ９１−１１０、ｐ１２６−１４８、およびｐ１６１−１８１を用いて免疫したマウス３匹（Ｆ１２１、Ｆ１２４、およびＦ１２６）についてのＩＦＮ−γ応答を示す。

図５２〜５４については、ｙ軸にＩＧＦ１Ｒペプチドによる免疫に対するＩＦＮ−γ応答がウェル当たりの平均スポット数（６ウェルの反復）と一緒に示されており、ｘ軸にｔ細胞を刺激するために使用した抗原が示されている。柱の上のアスタリスク（^＊）は、対応のない両側スチューデントｔ検定、ｐ＜０．０５を使用した、抗原なしのウェルと比較した有意性を示す。ＥＬＩＳｐｏｔ図の隣の表は、個々の免疫したマウスの屠殺時の週齢および結腸腫瘍計数を示す。図５２は、ＩＧＦ１Ｒを用いて免疫したマウス１０匹（Ｆ６１、Ｆ６２、Ｆ６３、Ｆ６４、Ｆ６５、Ｆ６６、Ｆ６７、Ｆ６８、Ｆ６９、およびＦ７０）についてのＩＦＮ−γ応答を示す。図５３は、ＰＲＬ３を用いて免疫したマウス１０匹（Ｆ９１、Ｆ９２、Ｆ９３、Ｆ９４、Ｆ９５、Ｆ９６、Ｆ９７、Ｆ９８、Ｆ９９、およびＦ１００）についてのＩＦＮ−γ応答を示す。図５４は、ＲＣＡＳ１を用いて免疫したマウス８匹（Ｆ１２１、Ｆ１２４、Ｆ１２５、Ｆ１２７、Ｆ１２８、Ｆ１２９、およびＦ１３０）についてのＩＦＮ−γ応答を示す。

ＡＯＭｍＲＮＡ研究のｉｎ−ｖｉｖｏ実験。以前に記載されている通り（Broussard、２０１３年）、免疫したマウスから全ＲＮＡを単離し、遺伝子発現を定量化した。表８は、使用した特異的なｍＲＮＡプライマーを示す。

図５５は、ＣＤＣ２５Ｂを用いて免疫したＡＯＭマウス、ＣＯＸ２を用いて免疫したＡＯＭマウス、ＦＡＳＣＩＮ１を用いて免疫したＡＯＭマウス、およびＲＣＡＳ１を用いて免疫したＡＯＭマウスについてのｍＲＮＡレベルを示す。ｙ軸にはＰＢＳに対して正規化した相対的なｍＲＮＡ発現が示されている。ｘ軸には、ＡＯＭ処置したＦＶＢマウス結腸腫瘍における実験群が示されている。算出したｐ値はＰＢＳ処置したマウスにおける発現とペプチド免疫したマウスにおける発現の差異であり、^＊ｐ＜０．０５、^＊＊ｐ＜０．０１、^＊＊＊ｐ＜０．００１である。

ＡＯＭタンパク質発現ｉｎ−ｖｉｖｏ研究実験。ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１、ＩＧＦ１Ｒ、ＰＲＬ３、ＲＣＡＳ１、およびＶＣＰに由来するペプチドを用いて免疫したマウスの結腸腫瘍から単離したタンパク質を使用して、以前に記載されている通り（Broussard、２０１３年）ウエスタンブロットを実施した。使用する特定の試薬にはＣＤＣ２５Ｂ（ヤギポリクローナルＡＦ１６４９、Ｒ＆ＤＳｙｓｔｅｍｓ、Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ、ＭＮ）、ＣＯＸ２（ウサギポリクローナルａｂ１５１９１、ＡｂｃａｍＩｎｃ．、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、ＭＡ）、ＥＧＦＲ（ヤギポリクローナル、ＡＦ１２８０、Ｒ＆ＤＳｙｓｔｅｍｓ）、ＦＡＳＣＩＮ１（マウスモノクローナルＤ−１０、ｓｃ−４６６７５、ＳａｎｔａＣｒｕｚＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ、ＳａｎｔａＣｒｕｚ、ＣＡ）、ＩＧＦ１Ｒ（ウサギポリクローナルＮ−２０、ｓｃ−７１２、ＳａｎｔａＣｒｕｚＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）、ＰＲＬ３（マウスモノクローナル３１８、ｓｃ−１３０３５５、ＳａｎｔａＣｒｕｚＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）、ＲＣＡＳ１（ヤギポリクローナル、ａｂ５２０３２、ＡｂｃａｍＩｎｃ．）、ＶＣＰ（ウサギポリクローナルＨ−１２０、ｓｃ−２０７９９、ＳａｎｔａＣｒｕｚＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）、および組換えヒトタンパク質（全てＡｂｎｏｖａ、Ｊｈｏｎｇｌｉ、Ｔａｉｗａｎ製）：ＣＤＣ２５Ｂ（ａｂ１５８０７４、Ａｂｃａｍ）、ＣＯＸ２（ｐｔｇｓ２）（ａｂ１５９２７９、Ａｂｃａｍ）、ＥＧＦＲ、ＦＡＳＣＩＮ１（ＴＰ３０３０３１、ＯｒｉｇｅｎｅＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）、ＰＲＬ３（ｐｔｐ４ａ３）、ＲＣＡＳ１（ｅｂａｇ９）（ＴＰ３１５６６７、ＯｒｉｇｅｎｅＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）、ＶＣＰおよびＩＧＦ１ＲをトランスフェクトしたＣＯＳ７細胞溶解物２０μｇ（Cecilら、２０１２年）を含めた。

図５６は、ＣＤＣ２５Ｂを用いて免疫したＡＯＭマウス、ＣＯＸ２を用いて免疫したＡＯＭマウス、ＦＡＳＣＩＮ１を用いて免疫したＡＯＭマウス、およびＲＣＡＳ１を用いて免疫したＡＯＭマウスについてのタンパク質発現を示す。ｙ軸には、チューブリンに対して正規化した相対的なタンパク質発現が示されている。ｘ軸には、ＡＯＭ処置したＦＶＢマウス結腸腫瘍における実験群が示されている（ｎ＝１）。算出したｐ値はＰＢＳ処置したマウスにおける発現とペプチド免疫したマウスにおける発現の差異であり、^＊ｐ＜０．０５、^＊＊ｐ＜０．０１、^＊＊＊ｐ＜０．００１である。

ＭＣ−３８マウスモデル。ＭＣ−３８腫瘍移植のｉｎ−ｖｉｖｏ実験。マウスを、６週齢時にＣＦＡ／ＩＦＡ、ＰＢＳ、およびワクチン群として免疫した。各群に、１０〜１４日ごとに１回、合計３回の用量を皮下注射した（１００μｌのＰＢＳ、５０μｌのＰＢＳを伴う５０μｌのＣＦＡ、５０μｌのＣＦＡを伴うペプチド当たり５０μｇ）。ワクチン組成物に含まれるペプチドについては表９を参照されたい。第２および第３のワクチンについてはＣＦＡをＩＦＡで置き換えた。最終的なワクチンの２週間後に、４×１０^４個のＭＣ−３８細胞（マウス腺癌）を皮下移植し、１週間当たり２〜３回、ノギスを用いて腫瘍の成長を測定した。腫瘍の体積を長さ×幅×高さ×π／６として算出し、これは、楕円体の標準の体積算出である。対照マウスにおける腫瘍サイズが１０００ｍｍ^３超に達したらマウスを屠殺した。

図５７は、ＣＤＣ２５Ｂに由来するペプチドを用いた免疫により、ＭＣ−３８腫瘍移植マウスにおける腫瘍の体積が有意に阻害されることを示す。ｙ軸に腫瘍の体積がｍｍ^３単位で示されており、ｘ軸にＣ５７Ｂｌ／６マウスの免疫群におけるＭＣ−３８腫瘍移植からの日数が示されている。１８日目のＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＣ５７Ｂｌ／６マウス（ｎ＝４）とＣＤＣ２５Ｂを用いて免疫したＣ５７Ｂｌ／６マウス（ｎ＝８）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．０００３であり、統計的に有意であった。ＭＣ−３８腫瘍を移植した１８日後にマウスを屠殺した。

図５８は、ＣＯＸ２に由来するペプチドを用いた免疫により、ＭＣ−３８腫瘍移植マウスにおける腫瘍の体積が有意に阻害されることを示す。ｙ軸に腫瘍の体積がｍｍ^３単位で示されており、ｘ軸にＣ５７Ｂｌ／６マウスの免疫群におけるＭＣ−３８腫瘍移植からの日数が示されている。１８日目のＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＣ５７Ｂｌ／６マウス（ｎ＝４）とＣＯＸ２を用いて免疫したＣ５７Ｂｌ／６マウス（ｎ＝８）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＜０．０００１であり、統計的に有意であった。ＭＣ−３８腫瘍を移植した１８日後にマウスを屠殺した。

図５９は、ＥＧＦＲに由来するペプチドを用いた免疫により、ＭＣ−３８腫瘍移植マウスにおける腫瘍の体積は有意に阻害されないことを示す。ｙ軸に腫瘍の体積がｍｍ^３単位で示されており、ｘ軸にＣ５７Ｂｌ／６マウスの免疫群におけるＭＣ−３８腫瘍移植からの日数が示されている。対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値は２３日目に、ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＣ５７Ｂｌ／６マウス（ｎ＝３）とＥＧＦＲを用いて免疫したＣ５７Ｂｌ／６マウス（ｎ＝３）の間で、ｐ＝０．０６であり、統計的に有意ではなかった。ＭＣ−３８腫瘍を移植した２３日後にマウスを屠殺した。

図６０は、ＦＡＳＣＩＮ１に由来するペプチドを用いた免疫により、ＭＣ−３８腫瘍移植マウスにおける腫瘍の体積が有意に阻害されることを示す。ｙ軸に腫瘍の体積がｍｍ^３単位で示されており、ｘ軸にＣ５７Ｂｌ／６マウスの免疫群におけるＭＣ−３８腫瘍移植からの日数が示されている。２３日目のＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＣ５７Ｂｌ／６マウス（ｎ＝３）とＦＡＳＣＩＮ１を用いて免疫したＣ５７Ｂｌ／６マウス（ｎ＝３）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．００８であり、統計的に有意であった。ＭＣ−３８腫瘍を移植した２３日後にマウスを屠殺した。

図６１は、ＩＧＦ１Ｒに由来するペプチドを用いた免疫により、ＭＣ−３８腫瘍移植マウスにおける腫瘍の体積は有意に阻害されないことを示す。ｙ軸に腫瘍の体積がｍｍ^３単位で示されており、ｘ軸にＣ５７Ｂｌ／６マウスの免疫群におけるＭＣ−３８腫瘍移植からの日数が示されている。２３日目に、ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＣ５７Ｂｌ／６マウス（ｎ＝５）とＩＧＦ１Ｒを用いて免疫したＣ５７Ｂｌ／６マウス（ｎ＝８）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．３であり、統計的に有意ではなかった。ＣＦＡ／ＩＦＡで免疫したマウスをＭＣ−３８腫瘍移植の２３日後に屠殺し、ＩＧＦ１Ｒで免疫したマウスを腫瘍移植の２８〜３２日後に屠殺した。

図６２は、ＰＲＬ３に由来するペプチドを用いた免疫により、ＭＣ−３８腫瘍移植マウスにおける腫瘍の体積が有意に阻害されることを示す。ｙ軸に腫瘍の体積がｍｍ^３単位で示されており、ｘ軸にＣ５７Ｂｌ／６マウスの免疫群におけるＭＣ−３８腫瘍移植からの日数が示されている。２０日目のＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＣ５７Ｂｌ／６マウス（ｎ＝３）とＰＲＬ３を用いて免疫したＣ５７Ｂｌ／６マウス（ｎ＝３）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＜０．０００１であり、統計的に有意であった。ＭＣ−３８腫瘍を移植した２３日後にマウスを屠殺した。

図６３は、ＰＲＬ３に由来するペプチドを用いた免疫により、ＭＣ−３８腫瘍移植マウスにおける腫瘍の体積が有意に阻害されることを示す。ｙ軸に腫瘍の体積がｍｍ^３単位で示されており、ｘ軸にＣ５７Ｂｌ／６マウスの免疫群におけるＭＣ−３８腫瘍移植からの日数が示されている。２３日目のＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＣ５７Ｂｌ／６マウス（ｎ＝５）とＰＲＬ３を用いて免疫したＣ５７Ｂｌ／６マウス（ｎ＝４）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．００６２であり、統計的に有意であった。ＭＣ−３８腫瘍を移植した２３日後にマウスを屠殺した。

図６４は、ＰＲＬ３に由来するペプチドを用いた免疫により、ＭＣ−３８腫瘍移植マウスにおける腫瘍の体積が有意に阻害されることを示す。ｙ軸に腫瘍の体積がｍｍ^３単位で示されており、ｘ軸にＣ５７Ｂｌ／６マウスの免疫群におけるＭＣ−３８腫瘍移植からの日数が示されている。１８日目のＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＣ５７Ｂｌ／６マウス（ｎ＝４）とＰＲＬ３を用いて免疫したＣ５７Ｂｌ／６マウス（ｎ＝４）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．００２６であり、統計的に有意であった。ＭＣ−３８腫瘍を移植した１８日後にマウスを屠殺した。

図６５は、ＲＣＡＳ１に由来するペプチドを用いた免疫により、ＭＣ−３８腫瘍移植マウスにおける腫瘍の体積が有意に阻害されることを示す。ｙ軸に腫瘍の体積がｍｍ^３単位で示されており、ｘ軸にＣ５７Ｂｌ／６マウスの免疫群におけるＭＣ−３８腫瘍移植からの日数が示されている。２３日目のＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＣ５７Ｂｌ／６マウス（ｎ＝３）とＲＣＡＳ１を用いて免疫したＣ５７Ｂｌ／６マウス（ｎ＝３）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．０１であり、統計的に有意であった。ＭＣ−３８腫瘍を移植した２３日後にマウスを屠殺した。

図６６は、ＲＣＡＳ１に由来するペプチドを用いた免疫により、ＭＣ−３８腫瘍移植マウスにおける腫瘍の体積が有意に阻害されることを示す。ｙ軸に腫瘍の体積がｍｍ^３単位で示されており、ｘ軸にＣ５７Ｂｌ／６マウスの免疫群におけるＭＣ−３８腫瘍移植からの日数が示されている。２３日目のＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＣ５７Ｂｌ／６マウス（ｎ＝４）とＲＣＡＳ１を用いて免疫したＣ５７Ｂｌ／６マウス（ｎ＝４）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．０４６であり、統計的に有意であった。ＭＣ−３８腫瘍を移植した２３日後にマウスを屠殺した。

図６７は、ＲＣＡＳ１に由来するペプチドを用いた免疫により、ＭＣ−３８腫瘍移植マウスにおける腫瘍の体積が有意に阻害されることを示す。ｙ軸に腫瘍の体積がｍｍ^３単位で示されており、ｘ軸にＣ５７Ｂｌ／６マウスの免疫群におけるＭＣ−３８腫瘍移植からの日数が示されている。１８日目のＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＣ５７Ｂｌ／６マウス（ｎ＝４）とＲＣＡＳ１を用いて免疫したＣ５７Ｂｌ／６マウス（ｎ＝４）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．００３１であり、統計的に有意であった。ＭＣ−３８腫瘍を移植した１８日後にマウスを屠殺した。

図６８は、ＶＣＰに由来するペプチドを用いた免疫により、ＭＣ−３８腫瘍移植マウスにおける腫瘍の体積は有意に阻害されないことを示す。ｙ軸に腫瘍の体積がｍｍ^３単位で示されており、ｘ軸にＣ５７Ｂｌ／６マウスの免疫群におけるＭＣ−３８腫瘍移植からの日数が示されている。２３日目に、ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＣ５７Ｂｌ／６マウス（ｎ＝３）とＶＣＰを用いて免疫したＣ５７Ｂｌ／６マウス（ｎ＝３）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＝０．６５であり、統計的に有意であった。ＭＣ−３８腫瘍を移植した２３日後にマウスを屠殺した。

図６９は、ＣＤＣ２５Ｂ、ＣＯＸ２、およびＰＲＬ３の組合せであるＭＩＸに由来するペプチドを用いた免疫により、ＭＣ−３８腫瘍移植マウスにおける腫瘍の体積が有意に阻害されることを示す。ｙ軸に腫瘍の体積がｍｍ^３単位で示されており、ｘ軸にＣ５７Ｂｌ／６マウスの免疫群におけるＭＣ−３８腫瘍移植からの日数が示されている。１８日目に、ＣＦＡ／ＩＦＡを用いて免疫したＣ５７Ｂｌ／６マウス（ｎ＝４）とＭＩＸを用いて免疫したＣ５７Ｂｌ／６マウス（ｎ＝８）の間で、対応のない両側スチューデントｔ検定を使用して算出したｐ値はｐ＜０．０００１であり、統計的に有意であった。ＭＣ−３８腫瘍を移植した１８日後にマウスを屠殺した。

ＭＣ−３８ＩＦＮ−γ研究のｉｎ−ｖｉｖｏ実験。９６ウェルＭＡＩＰＳニトロセルロースプレート（Ｍｉｌｌｉｐｏｒｅ）を７０％ＥｔＯＨに予め浸漬し、１０μｇ／ｍｌの抗マウスＩＦＮ−ｇ抗体（Ｍａｂｔｅｃｈ）と一緒に一晩インキュベートした。翌日、プレートをＰＢＳで３回洗浄し、ＰＢＳ＋２％ＢＳＡを用い、３７℃のＣＯ_２インキュベーター中で２時間にわたってブロッキングした。プレートをＰＢＳで３回洗浄し、単離したマウス脾細胞をウェル当たり細胞３×１０^５個でプレーティングした（抗原当たり６反復）。抗原を添加し、プレートを３７℃のＣＯ_２インキュベーターに７２時間入れた。陽性対照はＰＨＡ（５μｇ／ｍＬ）、ＰＭＡ／Ｉ（２μｇ／ｍＬ）、およびＣＤ３（１：１０，０００）であり、陰性対照は抗原なしのウェルであり、ペプチドは全て２０μｇ／ｍＬで添加した。プレートを１×ＰＢＳで１回洗浄し、次いで、ＰＢＳ＋０．０５％Ｔｗｅｅｎ緩衝液で２回洗浄した。抗マウスＩＦＮ−γ抗体（Ｍａｂｔｅｃｈ）をＰＢＳ＋０．０５％Ｔｗｅｅｎ中５μｇ／ｍｌで各ウェルに添加し、プレートを４℃で一晩インキュベートした。プレートをＰＢＳ＋０．０５％Ｔｗｅｅｎで２回洗浄し、次いで、ＰＢＳで１回洗浄した。希釈したストレプトアビジン−ＨＲＰ（Ｍａｂｔｅｃｈ）をプレートに添加し、室温で４５分インキュベートした。ＡＥＣＥＬＩＳＰＯＴＳｕｂｓｔｒａｔｅｋｉｔ（ＢＤＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使用してプレートを展開した。抗原なしの対照ウェルおよび／または対照と統計学的に異なる（ｐ＜０．０５）タンパク質特異的ＩＦＮ−ｇ産生スポットの数の増加を免疫応答の指標として取得した。

図７０については、ｙ軸にＩＧＦ１Ｒペプチドによる免疫に対するＩＦＮ−γ応答がウェル当たりの平均スポット数（６ウェルの反復）と一緒に示されており、ｘ軸にｔ細胞を刺激するために使用した抗原が示されている。柱の上のアスタリスク（^＊）は、対応のない両側スチューデントｔ検定、ｐ＜０．０５を使用した、抗原なしのウェルと比較した有意性を示す。ＥＬＩＳｐｏｔ図の隣の表は、個々の免疫したマウスのＭＣ−３８腫瘍移植からの日数、ｍｍ^３単位の腫瘍の体積、および屠殺時の週齢を示す。

図７１については、ｙ軸にＰＲＬ３ペプチドによる免疫に対するＩＦＮ−γ応答がウェル当たりの平均スポット数（６ウェルの反復）と一緒に示されており、ｘ軸にｔ細胞を刺激するために使用した抗原が示されている。柱の上のアスタリスク（^＊）は、対応のない両側スチューデントｔ検定、ｐ＜０．０５を使用した、抗原なしのウェルと比較した有意性を示す。ＥＬＩＳｐｏｔ図の隣の表は、個々の免疫したマウスのＭＣ−３８腫瘍移植からの日数、ｍｍ^３単位の腫瘍の体積、および屠殺時の週齢を示す。

ＣＤ４およびＣＤ８枯渇研究を伴うＭＣ−３８腫瘍移植のｉｎ−ｖｉｖｏ実験。Ｃ５７Ｂｌ６／Ｊ雌マウスをＴｈｅＪａｃｋｓｏｎＬａｂｏｒａｔｏｒｙ（ＳａｎＤｉｅｇｏ、ＣＡ）から５週齢で購入した。１週間の順化後、マウスに、ＰＢＳ単独（ｎ＝５）またはワクチン＋アジュバント（ｎ＝２０）を用いて、２週間離して３回、皮下にワクチン接種した。第１のワクチンには完全フロイントアジュバントを使用し、その後のワクチンには不完全フロイントアジュバント（Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）を使用した。最終的なワクチンの２週間後に、マウスを、ＭＣ３８細胞４０，０００個を皮下に用いて攻撃した。触知できる腫瘍が発生したら、ワクチン接種群当たりｎ＝５のマウスに、１００μｇの抗ラットＩｇＧ２ｂ、１００μｇの抗ＣＤ８、または２５０μｇの抗ＣＤ４（ＵＣＳＦＭｏｎｏｃｌｏｎａｌＡｎｔｉｂｏｄｙＣｏｒｅ、ＳａｎＦｒａｎｃｉｓｃｏ、ＣＡ）のいずれかを３日間連続して腹腔内注射した。抗体を、研究を終了するまで週２回継続した。マウスを２〜３日ごとに腫瘍の成長についてノギスを使用してモニターした。腫瘍の体積を長さ×幅×高さ×０．５２３６として算出した。図７２は、ＣＤＣ２５Ｂで免疫した、ＩｇＧ、ＣＤ８、およびＣＤ４枯渇ＭＣ−３８マウスについての腫瘍の体積を示す。図７３は、ＣＯＸ２で免疫した、ＩｇＧ、ＣＤ８、およびＣＤ４枯渇ＭＣ−３８マウスについての腫瘍の体積を示す。図７４は、ＦＡＳＣＩＮ１で免疫した、ＩｇＧ、ＣＤ８、およびＣＤ４枯渇ＭＣ−３８マウスについての腫瘍の体積を示す。

（実施例４）
ヒトワクチンを開発するための広域なＭＨＣクラスＩＩエピトープを同定する方法
最も発生頻度の高いＨＬＡ−ＤＲタンパク質１４種に対する予測ＭＨＣＩＩエピトープを、３つの異なる公的に入手可能なアルゴリズムから集約した結果を使用して同定した。アルゴリズムにより生成したエピトープ結合スコアを使用して、「広域エピトープ」と称される、多数のＨＬＡ−ＤＲタンパク質と相互作用するエピトープを含有することが予測されるタンパク質配列内にエピトープをマッピングした。アルゴリズムによってスクリーニングされた１４種のＨＬＡ−ＤＲタンパク質は、HLA-DRB1*0101、HLA-DRB1*0301、HLA-DRB1*0401、HLA-DRB1*0404、HLA-DRB1*0405、HLA-DRB1*0701、HLA-DRB1*0802、HLA-DRB1*0901、HLA-DRB1*1101、HLA-DRB1*1201、HLA-DRB1*1302、HLA-DRB1*1501、HLA-DRB4*0101およびHLA-DRB5*0101であった。使用したウェブに基づくアルゴリズムは、ＳＹＦＰＥＩＴＨＩ（http://www.syfpeithi.de/Scripts/MHCServer.dll/EpitopePrediction.htm）、ＰＲＯＰＲＥＤ（http://www.imtech.res.in/raghava/propred/）、およびＲＡＮＫＰＥＰ（http://imed.med.ucm.es/Tools/rankpep.html）であった。スクリーニングのために利用可能なＨＬＡ−ＤＲタンパク質の数は各ウェブサイトで変動した（上に列挙されている１４種のうち６種、１１種、または１３種）。クエリタンパク質配列をＮＣＢＩデータベースから得、アルゴリズム検索エンジンに入力するためにＦＡＳＴＡ形式でコピーし、各ＨＬＡ−ＤＲタンパク質について上位２０のスコアリングされたエピトープを使用してクエリタンパク質の「ＭＨＣＩＩヒートマップ」を作成した。エピトープ予測データを集約し、解析するために、ＭＳＥｘｃｅｌに基づくワークブックを創出し、「ＭＨＣＩＩヒートマップ鋳型」と称した。３種のアルゴリズムのそれぞれは、同定されたエピトープのための異なる数値スコアリングシステムを有するので、異なる検索方法からの結果を集約する前にまずエピトープスコアを正規化した。エピトープスコアを正規化するために、全てのスコアを各アルゴリズムによって得られる上位のスコアで割り、したがって、予測される親和性が最も高いエピトープは１．０の正規化スコアを有するようにした。次いで、正規化されたスコアを、いくつかの埋め込まれた方程式および関数を伴うＭＨＣＩＩヒートマップ鋳型にペーストし、以下の課題を実施した：（ｉ）特定のエピトープの各アミノ酸をエピトープの正規化されたスコアに割り当て、（ｉｉ）各アミノ酸位にエピトープを有する異なるＨＬＡ−ＤＲタンパク質／対立遺伝子の数を算出し、グラフ化し、（ｉｉｉ）すべてのアミノ酸位のすべてのエピトープの正規化されたスコアの合計を算出し、グラフ化し、（ｉｖ）正規化されたスコアの合計とＨＬＡ−ＤＲ対立遺伝子の数の積である、「多重スコア」を算出し、グラフ化した。多重スコアは、エピトープの結合強度とエピトープの広域性の両方を示し、この値を使用してクエリタンパク質のＭＨＣＩＩヒートマップを作成した。アミノ酸位（ｘ軸）と多重スコア（ｙ軸）のグラフにより、広域エピトープを含有することが予測されるタンパク質領域を容易に可視化することが可能になる。さらに、ＭＳＡｃｃｅｓｓアプリケーションを作成してＭＨＣＩＩヒートマップ鋳型の垂直方向の欄へのＦＡＳＴＡタンパク質配列のインプットを単純化した。タンパク質配列を入力したら、免疫学的アッセイのためのペプチド選択を補助するために、アミノ酸を多重スコア値に基づいて色分けすることによってＭＨＣＩＩヒートマップ図を作成することができる。一般に、色分けにより、７５〜１００％、５０〜７５％、２５〜５０％、および１０〜２５％の多重スコアが示される。

複合スコアに基づいてペプチドを構築した。ヒトドナー４０名からの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）を、タンパク質の最低２５％を包含する予測エピトープによって誘導される抗原特異的ＩＦＮ−ガンマ（ｇ）およびＩＬ−１０産生についてＥＬＩＳＰＯＴによって評価した。ＩＦＮ−ｇＥＬＩＳＰＯＴに関しては、細胞を、１０μｇ／ｍＬの種々のペプチドまたはＨＩＶｐ１７、ＰＨＡ（１μｇ／ｍｌ）、ＣＥＦ（２．５μｇ／ｍＬ）を伴う培地、または培地単独中、ウェル当たり２×１０^５個（９６ウェルプレート）で、５％ＣＯ２中、３７℃で７日間プレーティングした。５日目に、組換えヒトＩＬ−２（１０Ｕ／ｍｌ）を添加した。８日目に、第２のｉｎｖｉｔｒｏ刺激（ＩＶＳ）を、ペプチド負荷した（上記と同じ濃度）自己由来の放射線照射した（３０００ｒａｄ）ヒトＰＢＭＣ２×１０^５個を元の培養物に添加し、２４時間インキュベートすることによって実施した。９６ウェルのニトロセルロースプレートを１０μｇ／ｍｌの抗ヒトＩＦＮ−ｇでコーティングした。洗浄したニトロセルロースプレートを、ＤＰＢＳ中２％ウシ血清アルブミンを用いてブロッキングし、その後、ＰＢＭＣ培養物と一緒に２４時間インキュベートした。広範に洗浄した後、ビオチン化抗ヒトＩＦＮ−ｇを２時間で添加した。ＩＬ−１０ＥＬＩＳＰＯＴに関しては、抗ヒトＩＬ−１０をコーティングした（２μｇ／ｍｌ）ニトロセルロース９６ウェルプレートを上記の通りブロッキングした。ＰＢＭＣ濃度およびペプチド刺激は、ＰＨＡを２０μｇ／ｍｌで使用した以外は上記の通りであった。広範に洗浄した後、ビオチン化抗ヒトＩＬ−１０を２時間で添加した。広範に洗浄した後、１μｇ／ｍＬのストレプトアビジン−ＡＰを４５分で添加した。プレートをＢＣＩＰおよびＮＢＴ溶液と一緒にインキュベートすることによってスポットを可視化し、Ｃ．Ｔ．Ｌ．ＥＬＩＳＰＯＴプレートリーダーでスポットを計数した。生データをＴＶＧデータベースＥＬＩＳＰＯＴツールにインポートし、実験ウェルにおける５つの反復からの平均スポット数と抗原なしの対照ウェルからの平均数の間の統計的有意差（ｐ＜０．０５）によって陽性応答を定義した。予測されるクラスＩＩ特異的ペプチドのそれぞれについてＥＬＩＳＰＯＴ応答の規模および発生頻度の両方を以下のアルゴリズム：（補正したウェル当たりの平均スポット数）×（応答するドナーのパーセント）を使用して解析したＴＨ１／ＴＨ２比を出した。抗原特異的Ｔ細胞により刺激した培地を使用したＩ型およびＩＩ型サイトカインについてのＥＬＩＳＡアッセイから、ならびに複合Ｔｈ１／Ｔｈ２表現型についての多重アッセイによってＴＨ１／ＴＨ２活性比も導き出した。発生率および規模をこれらの解析に同様に組み入れた。図７５は、試験したＥＧＦＲペプチドのそれぞれのＴｈ１（ＩＦＮガンマ）刺激活性とＴｈ２（ＩＬ１０）刺激活性の比較を示す。

参考文献
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Ramduth D, Day CL, Thobak gale CF, Mkhwanazi NP, de Pierres C, ReddyS, van der Stok M, Mncube X, Nair K, Moodley ES, Kaufmann DE, Streeck H,Coovadia HM, Kiepiela P, Goulder PJ, Walker BD (2009) Immunodominant HIV-1infections. PLoS ONE 4:e5013

Claims

ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む単離され精製されたプラスミドを含む組成物であって、前記ポリペプチドが、複数の配列を含み、前記複数の配列が、配列番号１〜２から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列から選択される第１の配列、配列番号３〜５から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列から選択される第２の配列、および、配列番号２７〜３１から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列から選択される第３の配列を含み、前記組成物が対象において免疫応答を引き出し、前記対象が結腸直腸がんを有する、組成物。
前記複数の配列が、配列番号２３〜２６から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列をさらに含む、請求項１に記載の組成物。
配列番号１〜２、３〜５および２７〜３１から選択される配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を各々有する前記複数の配列が、配列番号１〜２、３〜５および２７〜３１から選択される少なくとも８個連続したアミノ酸を有する、請求項１から２のいずれか一項に記載の組成物。
前記複数の配列が、配列番号２３〜２６から選択される配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列をさらに含み、配列番号２３〜２６から選択される少なくとも８個連続したアミノ酸を有する、請求項２から３のいずれか一項に記載の組成物。
前記複数の配列が、複数の隣接した配列である、請求項１から４のいずれか一項に記載の組成物。
前記複数の隣接した配列が、前記複数の配列のうちの１つまたは複数の配列の間にリンカーをさらに含む、請求項５に記載の組成物。
賦形剤をさらに含む、請求項１から６のいずれか一項に記載の組成物。
組成物であって、
ａ）第１のポリペプチドをコードする第１のヌクレオチド配列を含む第１の単離され精製されたプラスミドであって、前記第１のポリペプチドが、配列番号１〜２から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１つの配列を含む、プラスミド、
ｂ）第２のポリペプチドをコードする第２のヌクレオチド配列を含む第２の単離され精製されたプラスミドであって、前記第２のポリペプチドが、配列番号３〜５から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１つの配列を含む、プラスミド、ならびに
ｃ）第３のポリペプチドをコードする第３のヌクレオチド配列を含む第３の単離され精製されたプラスミドであって、前記第３のポリペプチドが、配列番号２７〜３１から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する少なくとも１つの配列を含む、プラスミド
を含み、前記組成物が対象において免疫応答を引き出し、前記対象が結腸直腸がんを有する、組成物。
配列番号１〜２から選択される配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する前記第１のポリペプチドの前記少なくとも１つの配列が、配列番号１〜２から選択される配列からの少なくとも８個連続したアミノ酸を有する、請求項８に記載の組成物。
配列番号３〜５から選択される配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する前記第２のポリペプチドの前記少なくとも１つの配列が、配列番号３〜５から選択される配列からの少なくとも８個連続したアミノ酸を有する、請求項８または９に記載の組成物。
前記第１のポリペプチドの少なくとも１つの配列が、複数の隣接した配列である、請求項８から１０のいずれか一項に記載の組成物。
前記第２のポリペプチドの少なくとも１つの配列が、複数の隣接した配列である、請求項８から１０のいずれか一項に記載の組成物。
前記隣接した配列が、前記複数の隣接した配列のうちの２つまたはそれより多くの配列の間にリンカーをさらに含む、請求項１１に記載の組成物。
前記隣接した配列が、前記複数の隣接した配列のうちの２つまたはそれより多くの配列の間にリンカーをさらに含む、請求項１２に記載の組成物。
前記第１のポリペプチドが、配列番号１〜２から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列から選択される第１の配列、配列番号３〜１０から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列から選択される第２の配列、ならびに配列番号２７〜３０から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列から選択される第３の配列からなる、請求項８から１４のいずれか一項に記載の組成物。
前記第２のポリペプチドが、配列番号１〜２から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列から選択される第１の配列、配列番号３〜１０から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列から選択される第２の配列、ならびに配列番号２７〜３０から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列から選択される第３の配列からなる、請求項８から１５のいずれか一項に記載の組成物。
賦形剤をさらに含む、請求項８から１６のいずれか一項に記載の組成物。
処置を必要とする被験体を処置する方法において使用するための組成物であって、ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含むプラスミドを含み、前記ポリペプチドは複数の配列を含み、前記複数の配列は、配列番号１〜２から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列から選択される第１の配列、配列番号３〜５から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列から選択される第２の配列、および配列番号２７〜３１から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する第３の配列を含み、前記組成物が対象において免疫応答を引き出し、前記対象が結腸直腸がんを有する、組成物。
前記ポリペプチドが、配列番号２３〜２６から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列をさらに含む、請求項１８に記載の組成物。
前記ポリペプチドが、配列番号１〜２から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列から選択される第１の配列、配列番号３〜１０から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列から選択される第２の配列、および配列番号２７〜３０から選択されるアミノ酸配列に対して少なくとも９０％の配列同一性を有する配列から選択される第３の配列からなる、請求項１８または１９に記載の組成物。
結腸直腸がんの寛解持続時間が延長される、請求項１８から２０のいずれか一項に記載の組成物。
前記組成物が、皮下注射、皮内注射、筋肉内注射、血管内注射、局所適用または吸入によって投与されることを特徴とする、請求項１８から２１のいずれか一項に記載の組成物。