JP5856814B2 - 画像解析方法および画像解析装置 - Google Patents
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Description
図1は、一実施形態による画像解析装置を概略的に示している。この画像解析装置は、試料の蛍光観察のための走査型共焦点光学顕微鏡をベースに構成されている。
以下、図3を参照しながら画像解析の手順について説明する。また、各ステップについて、適宜、図4〜図11を参照しながら説明する。
試料Sの観察領域の1フレームまたは複数フレームの画像たとえば蛍光画像を取得する。蛍光画像は、光源ユニット111の1つのチャンネルと、それに対応する光検出ユニット131の1つのチャンネルとを介して取得したものである。各フレームの蛍光画像は、励起光の走査によって時系列的にデータが取得された複数のピクセルから構成されている。測定点は、実際には、xyz方向に空間的広がりを有しており、ピクセルは、この測定点の空間的広がりに対応した大きさを有する。蛍光画像の各ピクセルのデータは、たとえば、対応する測定点から発せられる蛍光の強度である。
取得した1フレームまたは複数フレームのおのおのの観察領域の画像たとえば蛍光画像に対して1つまたは複数の解析領域を設定する。複数の解析領域は、空間的に異なる領域であり、通常、互いに離れていて重複していない。解析領域は、二次元の観察領域に対しては二次元の領域であり、三次元の観察領域に対しては、通常、三次元の領域であるが、二次元の領域であってもよい。図6では、複数フレームf1〜f100のおのおのの観察領域の蛍光画像に対して1つの解析領域A1が設定されており、解析領域A1は細胞の核外に位置している。また図7では、複数フレームf1〜f100のおのおのの観察領域の蛍光画像に対して2つの解析領域A1,A2が設定されており、解析領域A1は細胞の核外に位置し、解析領域A2は細胞の核内に位置している。
各解析領域に対応するピクセルのデータを抽出する。図6には、抽出された複数フレームf1〜f100の解析領域A1のピクセルのデータすなわち画像が示されている。また図7には、抽出された複数フレームf1〜f100の解析領域A1,A2のピクセルのデータすなわち画像が示されている。
複数の相関計算にそれぞれ使用するデータペアの複数の時間間隔(遅延時間)を設定する。各時間間隔は、各相関計算のための積和計算に使用する複数ペアのピクセルのデータの取得時間の差に対応している。たとえば、ある時間間隔は、同じフレームの同じまたは異なる解析領域内の2つのピクセルに対応し、別の時間間隔は、異なるフレームの同じまたは異なる解析領域内の2つのピクセルに対応する。これらの時間間隔は、好ましくは、十分な回数の積和計算をおこなえるように設定される。
抽出したピクセルのデータを使用して相関計算をおこなう。相関計算に適用する計算式は、解析領域の画像が二次元画像か三次元画像かで異なる。さらに、相関計算の積和計算に使用する複数のデータペアのおのおのの2つのピクセルが同じ解析領域に属するか異なる解析領域に属するかで異なる。加えて、相関計算の積和計算に使用する複数のデータペアのおのおのの2つのピクセルが同じフレームの画像に属するか異なるフレームの画像に属するかで異なる。
ステップS5の相関計算の結果に対してフィッティングをおこなう。これにより、分子数と拡散時間の少なくとも一方を推定する。フィッティングに適用する計算式は、解析領域の画像が二次元画像か三次元画像かで異なる。
解析結果たとえば分子数または拡散定数の画像を保存する。必要であれば、分子数または拡散定数の画像を表示してよい。解析結果の表示は、すべての時間間隔に対する解析が終了した後におこなってもよい。解析結果の一例を図12と図13に示す。図12は、試料S中のある分子に関する空間相関値の計算結果を画像としてCRTに表示した例であり、図13は、図12の空間相関値の計算結果のフィッティング結果を示している。図12では、空間相互相関値の大きさをCRTの輝度で示している。
ステップS5〜ステップS7の操作によって一つの時間間隔に対する解析が終了する。ステップS4で設定した複数の時間間隔のおのおのについてステップS5〜ステップS7の操作を繰り返す。つまり、解析にまだ適用していない時間間隔が残っている間は、解析に適用する時間間隔を変更してステップS5に戻る。言い換えれば、複数の時間間隔のおのおのに対して相関計算をおこない、その複数の相関計算結果のおのおのに対してフィッティングをおこなう。
必要であれば、解析領域内の分子種の割合を計算する。計算に適用する式は次の通りである。
Claims (44)
- 複数のピクセルから構成された少なくとも1フレームの画像を取得する画像取得ステップと、
前記少なくとも1フレームの画像に対して少なくとも1つの解析領域を設定する解析領域設定ステップと、
各解析領域に対応するピクセルのデータを抽出するデータ抽出ステップと、
複数の相関計算にそれぞれ使用するデータペアの複数の時間間隔を設定する時間間隔設定ステップと、
抽出データを使用して前記複数の時間間隔のおのおのに対して相関計算をおこなう相関計算ステップと、
前記相関計算ステップによる複数の相関計算結果のおのおのに対してフィッティングをおこなうフィッティングステップを有している、画像解析方法。 - 前記画像取得ステップは、複数フレームの画像を取得し、
前記解析領域設定ステップは、各フレームの画像に対して1つの解析領域を設定し、前記解析領域は、各フレームの画像内の同じ領域である、請求項1に記載の画像解析方法。 - 前記相関計算ステップは、同じフレームの画像内の同じ解析領域内のピクセルのデータのペアを使用して相関計算をおこなうことを含む、請求項2に記載の画像解析方法。
- 前記相関計算ステップは、異なるフレームの画像内の同じ解析領域内のピクセルのデータのペアを使用して相関計算をおこなうことを含む、請求項2に記載の画像解析方法。
- 前記画像取得ステップは、複数フレームの画像を取得し、
前記解析領域設定ステップは、各フレームの画像に複数の解析領域を設定し、前記複数の解析領域は、それぞれ、各フレームの画像内の同じ領域である、請求項1に記載の画像解析方法。 - 前記相関計算ステップは、同じフレームの画像内の異なる解析領域内のピクセルのデータのペアを使用して相関計算をおこなうことを含む、請求項5に記載の画像解析方法。
- 前記相関計算ステップは、異なるフレームの画像内の異なる解析領域内のピクセルのデータのペアを使用して相関計算をおこなうことを含む、請求項5に記載の画像解析方法。
- 前記解析領域の画像は、二次元画像であり、
前記相関計算ステップは、次式を使用して相関計算をおこなう、
- 前記解析領域の画像は、二次元画像であり、
前記相関計算ステップは、次式を使用して相関計算をおこなう、
- 前記解析領域の画像は、二次元画像であり、
前記相関計算ステップは、次式を使用して相関計算をおこなう、
- 前記解析領域の画像は、三次元画像であり、
前記相関計算ステップは、次式を使用して相関計算をおこなう、
- 前記解析領域の画像は、三次元画像であり、
前記相関計算ステップは、次式を使用して相関計算をおこなう、
- 前記解析領域の画像は、三次元画像であり、
前記相関計算ステップは、次式を使用して相関計算をおこなう、
- 前記解析領域内のピクセルのデータを再構成するステップをさらに有しており、前記相関計算ステップは、再構成されたデータを使用して相関計算をおこなう、請求項1〜18のいずれかひとつに記載の画像解析方法。
- 各フレームの画像は、光走査によって時系列的にデータが取得された複数のピクセルから構成されている、請求項1〜19のいずれかひとつに記載の画像解析方法。
- 相関解析結果を表示するステップをさらに有している、請求項1〜20のいずれかひとつに記載の画像解析方法。
- 複数のピクセルから構成された少なくとも1フレームの画像を取得する画像取得部と、
前記少なくとも1フレームの画像に対して少なくとも1つの解析領域を設定する解析領域設定部と、
各解析領域に対応するピクセルのデータを抽出するデータ抽出部と、
複数の相関計算にそれぞれ使用するデータペアの複数の時間間隔を設定する時間間隔設定部と、
抽出データを使用して前記複数の時間間隔のおのおのに対して相関計算をおこなうとともに、複数の相関計算結果のおのおのに対してフィッティングをおこなう解析処理部を有している、画像解析装置。 - 前記画像取得部は、複数フレームの画像を取得し、
前記解析領域設定部は、各フレームの画像に対して1つの解析領域を設定し、前記解析領域は、各フレームの画像内の同じ領域である、請求項22に記載の画像解析装置。 - 前記解析処理部は、同じフレームの画像内の同じ解析領域内のピクセルのデータのペアを使用して相関計算をおこなう、請求項23に記載の画像解析装置。
- 前記解析処理部は、異なるフレームの画像内の同じ解析領域内のピクセルのデータのペアを使用して相関計算をおこなう、請求項23に記載の画像解析装置。
- 前記画像取得部は、複数フレームの画像を取得し、
前記解析領域設定部は、各フレームの画像に複数の解析領域を設定し、前記複数の解析領域は、それぞれ、各フレームの画像内の同じ領域である、請求項22に記載の画像解析装置。 - 前記解析処理部は、同じフレームの画像内の異なる解析領域内のピクセルのデータのペアを使用して相関計算をおこなう、請求項26に記載の画像解析装置。
- 前記解析処理部は、異なるフレームの画像内の異なる解析領域内のピクセルのデータのペアを使用して相関計算をおこなう、請求項26に記載の画像解析装置。
- 前記解析領域の画像は、二次元画像であり、
前記解析処理部は、次式を使用して相関計算をおこなう、
- 前記解析領域の画像は、二次元画像であり、
前記解析処理部は、次式を使用して相関計算をおこなう、
- 前記解析領域の画像は、二次元画像であり、
前記解析処理部は、次式を使用して相関計算をおこなう、
- 前記解析領域の画像は、三次元画像であり、
前記解析処理部は、次式を使用して相関計算をおこなう、
- 前記解析領域の画像は、三次元画像であり、
前記解析処理部は、次式を使用して相関計算をおこなう、
- 前記解析領域の画像は、三次元画像であり、
前記解析処理部は、次式を使用して相関計算をおこなう、
- 前記解析処理部は、前記解析領域内のピクセルのデータを再構成し、再構成したデータを使用して相関計算をおこなう、請求項22〜請求項39のいずれかひとつに記載の画像解析装置。
- 各フレームの画像は、光走査によって時系列的にデータが取得された複数のピクセルから構成されている、請求項22〜請求項40のいずれかひとつに記載の画像解析装置。
- 相関解析結果を表示する表示部をさらに有している、請求項22〜請求項41のいずれかひとつに記載の画像解析装置。
- 各フレームの画像の各ピクセルのデータは蛍光強度データである、請求項8〜請求項16のいずれかひとつに記載の画像解析方法。
- 各フレームの画像の各ピクセルのデータは蛍光強度データである、請求項29〜請求項37のいずれかひとつに記載の画像解析装置。
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