Nothing Special   »   [go: up one dir, main page]

JP2024530403A - 低免疫原性細胞におけるｙ染色体連鎖抗原の変化した発現 - Google Patents

低免疫原性細胞におけるｙ染色体連鎖抗原の変化した発現 Download PDF

Info

Publication number
JP2024530403A
JP2024530403A JP2024501501A JP2024501501A JP2024530403A JP 2024530403 A JP2024530403 A JP 2024530403A JP 2024501501 A JP2024501501 A JP 2024501501A JP 2024501501 A JP2024501501 A JP 2024501501A JP 2024530403 A JP2024530403 A JP 2024530403A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
cells
cell
chain
neuroligin
protocadherin
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
JP2024501501A
Other languages
English (en)
Inventor
シュレプファー，ソーニャ
リーバー，エドワード
ゴールドマン，ダニエル
Original Assignee
サナ バイオテクノロジー，インコーポレイテッド
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by サナ バイオテクノロジー，インコーポレイテッド filed Critical サナ バイオテクノロジー，インコーポレイテッド
Publication of JP2024530403A publication Critical patent/JP2024530403A/ja
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/461—Cellular immunotherapy characterised by the cell type used
    • A61K39/4611—T-cells, e.g. tumor infiltrating lymphocytes [TIL], lymphokine-activated killer cells [LAK] or regulatory T cells [Treg]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
    • A61K35/12—Materials from mammals; Compositions comprising non-specified tissues or cells; Compositions comprising non-embryonic stem cells; Genetically modified cells
    • A61K35/30—Nerves; Brain; Eyes; Corneal cells; Cerebrospinal fluid; Neuronal stem cells; Neuronal precursor cells; Glial cells; Oligodendrocytes; Schwann cells; Astroglia; Astrocytes; Choroid plexus; Spinal cord tissue
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
    • A61K35/12—Materials from mammals; Compositions comprising non-specified tissues or cells; Compositions comprising non-embryonic stem cells; Genetically modified cells
    • A61K35/34—Muscles; Smooth muscle cells; Heart; Cardiac stem cells; Myoblasts; Myocytes; Cardiomyocytes
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K35/00—Medicinal preparations containing materials or reaction products thereof with undetermined constitution
    • A61K35/12—Materials from mammals; Compositions comprising non-specified tissues or cells; Compositions comprising non-embryonic stem cells; Genetically modified cells
    • A61K35/37—Digestive system
    • A61K35/39—Pancreas; Islets of Langerhans
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/463—Cellular immunotherapy characterised by recombinant expression
    • A61K39/4631—Chimeric Antigen Receptors [CAR]
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/463—Cellular immunotherapy characterised by recombinant expression
    • A61K39/4634—Antigenic peptides; polypeptides
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/464—Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
    • A61K39/4643—Vertebrate antigens
    • A61K39/4644—Cancer antigens
    • A61K39/464402—Receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • A61K39/464411—Immunoglobulin superfamily
    • A61K39/464412—CD19 or B4
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K39/00—Medicinal preparations containing antigens or antibodies
    • A61K39/46—Cellular immunotherapy
    • A61K39/464—Cellular immunotherapy characterised by the antigen targeted or presented
    • A61K39/4643—Vertebrate antigens
    • A61K39/4644—Cancer antigens
    • A61K39/464466—Adhesion molecules, e.g. NRCAM, EpCAM or cadherins
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P35/00—Antineoplastic agents
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61P—SPECIFIC THERAPEUTIC ACTIVITY OF CHEMICAL COMPOUNDS OR MEDICINAL PREPARATIONS
    • A61P37/00—Drugs for immunological or allergic disorders
    • A61P37/02—Immunomodulators
    • A61P37/06—Immunosuppressants, e.g. drugs for graft rejection
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
    • C07K14/7051—T-cell receptor (TcR)-CD3 complex
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70503—Immunoglobulin superfamily
    • C07K14/70539—MHC-molecules, e.g. HLA-molecules
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K14/00—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof
    • C07K14/435—Peptides having more than 20 amino acids; Gastrins; Somatostatins; Melanotropins; Derivatives thereof from animals; from humans
    • C07K14/705—Receptors; Cell surface antigens; Cell surface determinants
    • C07K14/70596—Molecules with a "CD"-designation not provided for elsewhere
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
    • C07K16/18—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans
    • C07K16/28—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants
    • C07K16/2803—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies against material from animals or humans against receptors, cell surface antigens or cell surface determinants against the immunoglobulin superfamily
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
    • C12N15/09—Recombinant DNA-technology
    • C12N15/87—Introduction of foreign genetic material using processes not otherwise provided for, e.g. co-transformation
    • C12N15/90—Stable introduction of foreign DNA into chromosome
    • C12N15/902—Stable introduction of foreign DNA into chromosome using homologous recombination
    • C12N15/907—Stable introduction of foreign DNA into chromosome using homologous recombination in mammalian cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
    • C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
    • C12N5/0602—Vertebrate cells
    • C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
    • C12N5/0636—T lymphocytes
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N5/00—Undifferentiated human, animal or plant cells, e.g. cell lines; Tissues; Cultivation or maintenance thereof; Culture media therefor
    • C12N5/06—Animal cells or tissues; Human cells or tissues
    • C12N5/0602—Vertebrate cells
    • C12N5/0634—Cells from the blood or the immune system
    • C12N5/0646—Natural killers cells [NK], NKT cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N9/00—Enzymes; Proenzymes; Compositions thereof; Processes for preparing, activating, inhibiting, separating or purifying enzymes
    • C12N9/14—Hydrolases (3)
    • C12N9/16—Hydrolases (3) acting on ester bonds (3.1)
    • C12N9/22—Ribonucleases RNAses, DNAses
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N33/00—Investigating or analysing materials by specific methods not covered by groups G01N1/00 - G01N31/00
    • G01N33/48—Biological material, e.g. blood, urine; Haemocytometers
    • G01N33/50—Chemical analysis of biological material, e.g. blood, urine; Testing involving biospecific ligand binding methods; Immunological testing
    • G01N33/53—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor
    • G01N33/574—Immunoassay; Biospecific binding assay; Materials therefor for cancer
    • A—HUMAN NECESSITIES
    • A61—MEDICAL OR VETERINARY SCIENCE; HYGIENE
    • A61K—PREPARATIONS FOR MEDICAL, DENTAL OR TOILETRY PURPOSES
    • A61K2239/00—Indexing codes associated with cellular immunotherapy of group A61K39/46
    • A61K2239/26—Universal/off- the- shelf cellular immunotherapy; Allogenic cells or means to avoid rejection
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/50—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
    • C07K2317/52—Constant or Fc region; Isotype
    • C07K2317/53—Hinge
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
    • C07K2317/60—Immunoglobulins specific features characterized by non-natural combinations of immunoglobulin fragments
    • C07K2317/62—Immunoglobulins specific features characterized by non-natural combinations of immunoglobulin fragments comprising only variable region components
    • C07K2317/622—Single chain antibody (scFv)
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C07K2319/01—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif
    • C07K2319/02—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif containing a signal sequence
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07K—PEPTIDES
    • C07K2319/00—Fusion polypeptide
    • C07K2319/01—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif
    • C07K2319/03—Fusion polypeptide containing a localisation/targetting motif containing a transmembrane segment
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
    • C12N2310/10—Type of nucleic acid
    • C12N2310/20—Type of nucleic acid involving clustered regularly interspaced short palindromic repeats [CRISPRs]
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2506/00—Differentiation of animal cells from one lineage to another; Differentiation of pluripotent cells
    • C12N2506/45—Differentiation of animal cells from one lineage to another; Differentiation of pluripotent cells from artificially induced pluripotent stem cells
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
    • C12N2510/00—Genetically modified cells
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N2800/00—Detection or diagnosis of diseases
    • G01N2800/52—Predicting or monitoring the response to treatment, e.g. for selection of therapy based on assay results in personalised medicine; Prognosis

Landscapes

  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Cell Biology (AREA)
  • Biomedical Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Medicinal Chemistry (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Pharmacology & Pharmacy (AREA)
  • Animal Behavior & Ethology (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Veterinary Medicine (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Gastroenterology & Hepatology (AREA)
  • Mycology (AREA)
  • Toxicology (AREA)
  • Hematology (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Developmental Biology & Embryology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Urology & Nephrology (AREA)
  • General Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
  • Virology (AREA)
  • Plant Pathology (AREA)
  • Pathology (AREA)

Abstract

本明細書では、低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現ならびに低減されたＭＨＣ Ｉ及び／またはＭＨＣ ＩＩヒト白血球抗原分子の発現、ならびにＣＤ４７の過剰発現を含む、操作された細胞及び／または低免疫原性幹細胞、それから分化した操作された細胞及び／または低免疫原性細胞、ならびに操作された細胞及び／または低免疫原性ＣＡＲ－Ｔ細胞（初代、または操作された及び／または低免疫原性幹細胞から分化したもの）を含めた操作された細胞及び／または低免疫原性細胞、ならびに関連するそれらの使用方法及び生成方法が開示される。本明細書では、低減されたＴ細胞受容体の発現をさらに示す細胞が提供される。【選択図】なし

Description

関連出願の相互参照
本願は、２０２１年７月１４日に出願された米国仮出願第６３／２２１，８８７号、及び２０２１年１０月１４日に出願された米国仮出願第６３／２５５，９１４号に対する優先権を主張するものであり、同文献の各々の開示は参照によりその全体が本明細書に援用される。
既製のＣＡＲ－Ｔ細胞及び他の治療用細胞は、製造の容易性、品質管理、ならびに有害な汚染及びＴ細胞機能不全の回避を含め、自家細胞ベースの戦略を上回る利点を提供し得る。しかしながら、組織不適合Ｔ細胞に対する頑強な宿主対移植片免疫応答は、同種異系ＣＡＲ－Ｔ細胞の増殖及び存続を妨げ、このアプローチの有効性を軽減する。
動物モデル及びヒト患者の両方において、低免疫原性細胞移植が多数の障害、病態、及び疾患の処置への科学的に実現可能で臨床的に有望なアプローチであるという確固たる証拠がある。
レシピエントの免疫系による検出を避ける細胞ベースの治療法を生み出すための新規のアプローチ、組成物、及び方法に対する必要性が依然として存在する。
いくつかの実施形態では、未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびに主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含み、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドを含む、操作された細胞が本明細書で提供され、ここで、操作された細胞は、初代Ｔ細胞もしくはその子孫から増殖されるか、または人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）もしくはその子孫に由来する。
いくつかの実施形態では、未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含み、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドを含む、低免疫原性Ｔ細胞が本明細書で提供され、該低免疫原性Ｔ細胞は、初代Ｔ細胞もしくはその子孫から増殖されるか、またはｉＰＳＣもしくはその子孫に由来する。
いくつかの実施形態では、未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含み、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドを含む、非活性化Ｔ細胞が本明細書で提供され、ここで、非活性化Ｔ細胞は、初代Ｔ細胞もしくはその子孫から増殖されるか、またはｉＰＳＣもしくはその子孫に由来する。
いくつかの実施形態では、未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含み、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドを含む、膵島細胞が本明細書で提供され、該膵島細胞は、ｉＰＳＣもしくはその子孫に由来する。
いくつかの実施形態では、未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含み、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドを含む、心筋細胞が本明細書で提供され、該心筋細胞は、ｉＰＳＣもしくはその子孫に由来する。
いくつかの実施形態では、未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含み、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドを含む、グリア前駆細胞が本明細書で提供され、該心筋細胞は、ｉＰＳＣもしくはその子孫に由来する。
いくつかの実施形態では、未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含み、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドを含む、ＮＫ細胞が本明細書で提供され、該心筋細胞は、ｉＰＳＣもしくはその子孫に由来する。
いくつかの実施形態では、Ｙ染色体遺伝子は、Ｙ染色体連鎖抗原またはＹ染色体に関連する副組織適合性抗原である。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＹ染色体連鎖抗原は、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖である。
いくつかの実施形態では、該細胞は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現を有する。
いくつかの実施形態では、該細胞は、低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有する。
いくつかの実施形態では、該細胞は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有する。
いくつかの実施形態では、該細胞は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有するように遺伝子操作される。
いくつかの実施形態では、該細胞は、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖を発現しない。
いくつかの実施形態では、該細胞は、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しない。
いくつかの実施形態では、該細胞は、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖を発現せず、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しない。
いくつかの実施形態では、該細胞は、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しないように遺伝子操作される。
いくつかの実施形態では、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現は、それぞれＰＣＤＨ１１Ｙ及び／またはＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子のノックアウトによって引き起こされる。
いくつかの実施形態では、該細胞は、ヒト細胞または動物細胞に由来する。
いくつかの実施形態では、ヒト細胞または動物細胞は、Ｙ染色体を有しないドナー対象からのものである。
いくつかの実施形態では、ヒト細胞または動物細胞は、Ｙ染色体を有するドナー対象からのものであり、該細胞は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有するように遺伝子操作される。
いくつかの実施形態では、該細胞は、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖を発現しないように遺伝子操作される。
いくつかの実施形態では、該細胞は、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しないように遺伝子操作される。
いくつかの実施形態では、該細胞は、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖を発現しないように、かつニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しないように遺伝子操作される。
いくつかの実施形態では、該細胞は、患者とは異なる１以上のドナー対象から単離される細胞のプールから増殖されるかまたはそれに由来し、１以上のドナー対象は任意選択で、Ｙ染色体を有する１以上の対象、Ｙ染色体を有しない１以上の対象、またはＹ染色体を有する対象及びＹ染色体を有しない対象の混合を含む。
いくつかの実施形態では、該細胞は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集を使用して低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有するように遺伝子操作される。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集は、表２～５の配列のうちのいずれかを含む１つまたは複数のガイドＲＮＡを使用して実施される。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集は、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１２ａ、及びＣａｓ１２ｂからなる群から選択されるＣａｓエフェクタータンパク質を使用して実施される。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集は、以下からなる群から選択されるＣａｓエフェクタータンパク質を使用して実施される：（ａ）任意選択でＣａｓ３、Ｃａｓ８ａ、Ｃａｓ５、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ１０ｄ、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、及びＧＳＵ００５４からなる群から選択される、（ｂ）任意選択でＣａｓ９、Ｃｓｎ２、及びＣａｓ４からなる群から選択される、（ｃ）任意選択でＣａｓ１０、Ｃｓｍ２、Ｃｍｒ５、Ｃａｓ１０、Ｃｓｘ１１、及びＣｓｘ１０からなる群から選択される、（ｄ）任意選択でＣｓｆ１、（ｅ）任意選択でＣａｓ１２ａ、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｃ、Ｃ２ｃ４、Ｃ２ｃ８、Ｃ２ｃ５、Ｃ２ｃ１０、Ｃ２ｃ９、ＣａｓＸ（Ｃａｓ１２ｅ）、及びＣａｓＹ（Ｃａｓ１２ｄ）からなる群から選択される、ならびに（ｆ）任意選択でＣａｓ１３、Ｃａｓ１３ａ、Ｃ２ｃ２、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１３ｃ、及びＣａｓ１３ｄからなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集は、ドナー対象からエクスビボで実施される。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集は、レンチウイルスベクターを使用して実施される。
いくつかの実施形態では、該細胞は、未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減されたベータ－２－ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）及び／またはＭＨＣクラスＩＩトランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）の発現を含む。
いくつかの実施形態では、該細胞は、Ｂ２Ｍ及び／またはＣＩＩＴＡを発現しない。
いくつかの実施形態では、該細胞は、低減されたＲＨＤの発現を含む。
いくつかの実施形態では、該細胞は、ＲＨＤを発現しない。
いくつかの実施形態では、該細胞は、人工多能性幹細胞またはその子孫に由来する分化細胞である。
いくつかの実施形態では、分化細胞は、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、内皮細胞、膵島細胞、心筋細胞、平滑筋細胞、骨格筋細胞、肝細胞、グリア前駆細胞、ドーパミン作動性ニューロン、網膜色素上皮細胞、及び甲状腺細胞からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、該細胞は、初代免疫細胞またはその子孫である。
いくつかの実施形態では、初代免疫細胞またはその子孫は、Ｔ細胞またはＮＫ細胞である。
いくつかの実施形態では、該細胞は、低減されたＴＣＲ－アルファ及び／またはＴＣＲ－ベータの発現を含む。
いくつかの実施形態では、該細胞は、ＴＣＲ－アルファ及び／またはＴＣＲ－ベータを発現しない。
いくつかの実施形態では、該細胞は、１つまたは複数のキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードする第２の外因性ポリヌクレオチドをさらに含み、１つまたは複数のＣＡＲは、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、またはＢＣＭＡに対する特異性を有する細胞外リガンド結合ドメイン、ヒンジドメイン、膜貫通ドメイン、共刺激ドメイン、及び細胞内シグナル伝達ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、ＣＤ８αヒンジドメイン、ＣＤ２８ヒンジドメイン、またはＩｇＧ４ヒンジドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号９のアミノ酸配列を有するＣＤ８αヒンジドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号１０または１１３のアミノ酸配列を有するＣＤ２８ヒンジドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号１１または１２のアミノ酸配列を有するＩｇＧ４ヒンジドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、ＣＤ８α膜貫通ドメインまたはＣＤ２８膜貫通ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号１４のアミノ酸配列を有するＣＤ８α膜貫通ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号１５または１１４のアミノ酸配列を有するＣＤ２８膜貫通ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、４－１ＢＢ共刺激ドメイン、ＣＤ２８共刺激ドメイン、またはＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号１６のアミノ酸配列を有する４－１ＢＢ共刺激ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号１７のアミノ酸配列を有するＣＤ２８共刺激ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号１８または１１５のアミノ酸配列を有するＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号１９、３７、４５、５４、６３、７２、８１、もしくは１１８のうちのいずれか１つのｓｃＦｖ配列を含む細胞外リガンド結合ドメインを含むか、または及びＣＡＲは、配列番号２０、２５、３８、４２、４６、５０、６４、６８、７３、７７、１１９、もしくは１２３のうちのいずれか１つの重鎖及び軽鎖配列を含むｓｃＦｖ配列を有する。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号３２、３４、３６、１１７、または１２８のうちのいずれか１つの配列を有する。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号１１７に定められるアミノ酸配列、または配列番号１１７に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）のアミノ酸配列を含み、以下の構成要素、すなわちＣＤ８αシグナルペプチド、ＦＭＣ６３ ｓｃＦｖ（ＶＬ－Ｗｈｉｔｌｏｗリンカー－ＶＨ）、ＣＤ８αヒンジドメイン、ＣＤ８α膜貫通ドメイン、４－１ＢＢ共刺激ドメイン、及びＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを有する。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号４５に定められるアミノ酸配列、または配列番号４５に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または第２の外因性ポリヌクレオチドのうちの１つまたは複数は、該細胞の少なくとも一方のアレルの第１の特定の遺伝子座及び／または第２の特定の遺伝子座内に挿入される。
いくつかの実施形態では、第１の特定の遺伝子座及び／または第２の特定の遺伝子座は、セーフハーバーまたは標的遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、及びＴＲＢ遺伝子座からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、セーフハーバーまたは標的遺伝子座は、ＣＣＲ５遺伝子座、ＣＸＣＲ４遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子座、ＡＬＢ遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、Ｒｏｓａ遺伝子座、Ｆ３（ＣＤ１４２）遺伝子座、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、ＬＲＰ１（ＣＤ９１）遺伝子座、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または第２の外因性ポリヌクレオチドは、遺伝子療法ベクター、またはトランスポザーゼ、ＰｉｇｇｙＢａｃトランスポゾン、Ｓｌｅｅｐｉｎｇ Ｂｅａｕｔｙ（ＳＢ１１）トランスポゾン、Ｍｏｓ１トランスポゾン、及びＴｏｌ２トランスポゾンからなる群から選択されるトランスポザーゼシステムを使用して、細胞内に導入される。
いくつかの実施形態では、遺伝子療法ベクターは、レトロウイルスまたはフソソームである。
いくつかの実施形態では、レトロウイルスは、レンチウイルスベクターである。
いくつかの実施形態では、第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または第２の外因性ポリヌクレオチドは、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集を使用して細胞内に導入される。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集は、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１２ａ、及びＣａｓ１２ｂからなる群から選択されるＣａｓエフェクタータンパク質を使用して実施される。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集は、以下からなる群から選択されるＣａｓエフェクタータンパク質を使用して実施される：（ａ）任意選択でＣａｓ３、Ｃａｓ８ａ、Ｃａｓ５、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ１０ｄ、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、及びＧＳＵ００５４からなる群から選択される、（ｂ）任意選択でＣａｓ９、Ｃｓｎ２、及びＣａｓ４からなる群から選択される、（ｃ）任意選択でＣａｓ１０、Ｃｓｍ２、Ｃｍｒ５、Ｃａｓ１０、Ｃｓｘ１１、及びＣｓｘ１０からなる群から選択される、（ｄ）任意選択でＣｓｆ１、（ｅ）任意選択でＣａｓ１２ａ、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｃ、Ｃ２ｃ４、Ｃ２ｃ８、Ｃ２ｃ５、Ｃ２ｃ１０、Ｃ２ｃ９、ＣａｓＸ（Ｃａｓ１２ｅ）、及びＣａｓＹ（Ｃａｓ１２ｄ）からなる群から選択される、ならびに（ｆ）任意選択でＣａｓ１３、Ｃａｓ１３ａ、Ｃ２ｃ２、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１３ｃ、及びＣａｓ１３ｄからなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集は、ドナー対象からエクスビボで実施される。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集は、レンチウイルスベクターを使用して実施される。
いくつかの実施形態では、該細胞またはその子孫は、患者への投与時にＮＫ細胞媒介性細胞傷害作用を回避する。
いくつかの実施形態では、該細胞またはその子孫は、患者への投与時に成熟ＮＫ細胞による細胞溶解から保護される。
いくつかの実施形態では、該細胞またはその子孫は、患者への投与時にマクロファージによる貪食を回避する。
いくつかの実施形態では、該細胞またはその子孫は、患者への投与時に該細胞に対する免疫応答を誘導しない。
いくつかの実施形態では、該細胞またはその子孫は、患者への投与時に該細胞に対する抗体ベースの免疫応答を誘導しない。
いくつかの実施形態では、野生型細胞または対照細胞は、出発物質である。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞の集団と、薬学的に許容される添加剤、担体、希釈剤、または賦形剤とを含む、薬学的組成物が本明細書で提供される。
いくつかの実施形態では、該組成物は、低免疫原性Ｔ細胞の集団、非活性化Ｔ細胞の集団、低免疫原性ＣＤ１９ ＣＡＲ Ｔ細胞の集団、及び低免疫原性ＣＤ２２ ＣＡＲ Ｔ細胞の集団からなる群から選択される１つまたは複数の細胞の集団と、薬学的に許容される添加剤、担体、希釈剤、または賦形剤とを含む。
いくつかの実施形態では、細胞ベースの治療法が有益であろう疾患または病態を有する患者を処置する方法が本明細書で提供され、該方法は、本明細書に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞の集団を患者に投与することを含む。
いくつかの実施形態では、患者は、Ｙ染色体を有しない。
いくつかの実施形態では、患者は、Ｙ染色体遺伝子に感作されていない。
いくつかの実施形態では、患者は、Ｙ染色体遺伝子に感作されている。
いくつかの実施形態では、患者は、Ｙ染色体を有するドナー対象に由来する細胞療法またはＹ染色体遺伝子のうちの１つもしくは複数を他の方法で発現させた細胞療法を以前に受けた。
いくつかの実施形態では、患者は、男児を以前に妊娠した女性患者である。
いくつかの実施形態では、がんの処置を必要とする患者においてがんを処置する方法が本明細書で提供され、該方法は、本明細書に開示される初代免疫細胞の集団を患者に投与することを含む。
いくつかの実施形態では、初代免疫細胞は、Ｔ細胞及びＮＫ細胞からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、患者は、Ｙ染色体を有しない。
いくつかの実施形態では、患者は、Ｙ染色体遺伝子に感作されていない。
いくつかの実施形態では、患者は、Ｙ染色体遺伝子に感作されている。
いくつかの実施形態では、患者は、Ｙ染色体を有するドナー対象に由来する細胞療法またはＹ染色体遺伝子のうちの１つもしくは複数を他の方法で発現させた細胞療法を以前に受けた。
いくつかの実施形態では、患者は、男児を以前に妊娠した女性患者である。
いくつかの実施形態では、細胞ベースの治療法が有益であろう疾患または病態を有する患者に投与するために適切な細胞ベースの治療法を決定する方法が本明細書で提供され、該方法は、（ａ）患者からの生体試料が１つまたは複数のＹ染色体遺伝子に対する抗体を含むかどうかを、（ｉ）患者から生体試料を得ることまたは得たこと、（ｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、及び（ｉｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、によって決定することと、（ｂ）本明細書に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞の集団を投与することと、を含み、（ｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及びニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｖ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体のいずれも生体試料中に存在しない場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現も低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現も含まない。
いくつかの実施形態では、低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現を含む細胞ベースの治療法が有益であろう疾患または病態を有する患者を特定する方法が本明細書で提供され、該方法は、（ａ）患者からの生体試料が１つまたは複数のＹ染色体遺伝子に対する抗体を含むかどうかを、（ｉ）患者から生体試料を得ることまたは得たこと、（ｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、及び（ｉｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、によって決定することと、（ｂ）本明細書に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞の集団を患者に投与することと、を含み、（ｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及びニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｖ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体のいずれも生体試料中に存在しない場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現も低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現も含まない。
いくつかの実施形態では、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び／または低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含む細胞ベースの治療法が有益であろう疾患または病態を有する患者を特定するための方法が本明細書で提供され、該方法は、（ａ）患者からの生体試料がプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体を含むかどうかを、（ｉ）患者から生体試料を得ることまたは得たこと、（ｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、及び（ｉｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、によって決定することと、（ｂ）本明細書に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞の集団を患者に投与することと、を含み、（ｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及びニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｖ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体のいずれも生体試料中に存在しない場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現も低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現も含まない。
いくつかの実施形態では、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び／または低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含まない細胞ベースの治療法が、患者への投与時にＮＫ媒介性細胞傷害作用に感受性があるかどうかを決定する方法が本明細書で提供され、該方法は、（ａ）患者からの生体試料がプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体を含むかどうかを、（ｉ）患者から生体試料を得ることまたは得たこと、（ｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、及び（ｉｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、によって決定することと、（ｂ）本明細書に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞の集団を患者に投与することと、を含み、（ｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及びニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｖ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体のいずれも生体試料中に存在しない場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現も低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現も含まない。
いくつかの実施形態では、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び／または低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含まない細胞ベースの治療法が、患者への投与時に成熟ＮＫ細胞による溶解に感受性があるかどうかを決定する方法が本明細書で提供され、該方法は、（ａ）患者からの生体試料がプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体を含むかどうかを、（ｉ）患者から生体試料を得ることまたは得たこと、（ｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、及び（ｉｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、によって決定することと、（ｂ）本明細書に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞の集団を患者に投与することと、を含み、（ｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及びニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｖ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体のいずれも生体試料中に存在しない場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現も低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現も含まない。
いくつかの実施形態では、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び／または低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含まない細胞ベースの治療法が、患者への投与時にマクロファージによる貪食に感受性があるかどうかを決定する方法が本明細書で提供され、該方法は、（ａ）患者からの生体試料がプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体を含むかどうかを、（ｉ）患者から生体試料を得ることまたは得たこと、（ｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、及び（ｉｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、によって決定することと、（ｂ）本明細書に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞の集団を患者に投与することと、を含み、（ｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及びニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｖ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体のいずれも生体試料中に存在しない場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現も低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現も含まない。
いくつかの実施形態では、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び／または低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含まない細胞ベースの治療法が、患者への投与時に誘導性免疫応答に感受性があるかどうかを決定する方法が本明細書で提供され、該方法は、（ａ）患者からの生体試料がプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体を含むかどうかを、（ｉ）患者から生体試料を得ることまたは得たこと、（ｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、及び（ｉｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、によって決定することと、（ｂ）本明細書に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞の集団を患者に投与することと、を含み、（ｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及びニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｖ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体のいずれも生体試料中に存在しない場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現も低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現も含まない。
いくつかの実施形態では、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び／または低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含まない細胞ベースの治療法が、患者への投与時に誘導性の抗体ベースの免疫応答に感受性があるかどうかを決定する方法が本明細書で提供され、該方法は、（ａ）患者からの生体試料がプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体を含むかどうかを、（ｉ）患者から生体試料を得ることまたは得たこと、（ｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、及び（ｉｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、によって決定することと、（ｂ）本明細書に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞の集団を患者に投与することと、を含み、（ｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及びニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｖ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体のいずれも生体試料中に存在しない場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現も低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現も含まない。
いくつかの実施形態では、細胞ベースの治療法が有益であろう疾患または病態を有する患者を処置する方法が本明細書で提供され、該方法は、（ａ）患者からの生体試料が１つまたは複数のＹ染色体遺伝子に対する抗体を含むかどうかを、（ｉ）患者から生体試料を得ることまたは得たこと、（ｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、及び（ｉｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、によって決定することと、（ｂ）本明細書に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞の集団を患者に投与することと、を含み、（ｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及びニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｖ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体のいずれも生体試料中に存在しない場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現も低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現も含まない。
いくつかの実施形態では、Ｙ染色体遺伝子は、Ｙ染色体連鎖抗原またはＹ染色体に関連する副組織適合性抗原である。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＹ染色体連鎖抗原は、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖である。
いくつかの実施形態では、該細胞は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現を有する。
いくつかの実施形態では、該細胞は、低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有する。
いくつかの実施形態では、該細胞は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有する。
いくつかの実施形態では、該細胞は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有するように遺伝子操作される。
いくつかの実施形態では、該細胞は、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖を発現しない。
いくつかの実施形態では、該細胞は、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しない。
いくつかの実施形態では、該細胞は、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖を発現せず、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しない。
いくつかの実施形態では、該細胞は、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しないように遺伝子操作される。
いくつかの実施形態では、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現は、それぞれＰＣＤＨ１１Ｙ及び／またはＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子のノックアウトによって引き起こされる。
いくつかの実施形態では、該細胞は、ヒト細胞または動物細胞に由来する。
いくつかの実施形態では、ヒト細胞または動物細胞は、Ｙ染色体を有しないドナー対象からのものである。
いくつかの実施形態では、ヒト細胞または動物細胞は、Ｙ染色体を有するドナー対象からのものであり、該細胞は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有するように遺伝子操作される。
いくつかの実施形態では、該細胞は、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖を発現しないように遺伝子操作される。
いくつかの実施形態では、該細胞は、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しないように遺伝子操作される。
いくつかの実施形態では、該細胞は、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖を発現しないように、かつニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しないように遺伝子操作される。
いくつかの実施形態では、該細胞は、患者とは異なる１以上のドナー対象から単離される細胞のプールから増殖されるかまたはそれに由来し、１以上のドナー対象は任意選択で、Ｙ染色体を有する１以上の対象、Ｙ染色体を有しない１以上の対象、またはＹ染色体を有する対象及びＹ染色体を有しない対象の混合を含む。
いくつかの実施形態では、該細胞は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集を使用して低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有するように遺伝子操作される。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集は、表２～５の配列のうちのいずれかを含む１つまたは複数のガイドＲＮＡを使用して実施される。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集は、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１２ａ、及びＣａｓ１２ｂからなる群から選択されるＣａｓエフェクタータンパク質を使用して実施される。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集は、以下からなる群から選択されるＣａｓエフェクタータンパク質を使用して実施される：（ａ）任意選択でＣａｓ３、Ｃａｓ８ａ、Ｃａｓ５、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ１０ｄ、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、及びＧＳＵ００５４からなる群から選択される、（ｂ）任意選択でＣａｓ９、Ｃｓｎ２、及びＣａｓ４からなる群から選択される、（ｃ）任意選択でＣａｓ１０、Ｃｓｍ２、Ｃｍｒ５、Ｃａｓ１０、Ｃｓｘ１１、及びＣｓｘ１０からなる群から選択される、（ｄ）任意選択でＣｓｆ１、（ｅ）任意選択でＣａｓ１２ａ、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｃ、Ｃ２ｃ４、Ｃ２ｃ８、Ｃ２ｃ５、Ｃ２ｃ１０、Ｃ２ｃ９、ＣａｓＸ（Ｃａｓ１２ｅ）、及びＣａｓＹ（Ｃａｓ１２ｄ）からなる群から選択される、ならびに（ｆ）任意選択でＣａｓ１３、Ｃａｓ１３ａ、Ｃ２ｃ２、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１３ｃ、及びＣａｓ１３ｄからなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集は、ドナー対象からエクスビボで実施される。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集は、レンチウイルスベクターを使用して実施される。
いくつかの実施形態では、該細胞は、未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減されたＢ２Ｍ及び／またはＣＩＩＴＡの発現を含む。
いくつかの実施形態では、該細胞は、Ｂ２Ｍ及び／またはＣＩＩＴＡを発現しない。
いくつかの実施形態では、該細胞は、低減されたＲＨＤの発現を含む。
いくつかの実施形態では、該細胞は、ＲＨＤを発現しない。
いくつかの実施形態では、該細胞は、人工多能性幹細胞またはその子孫に由来する分化細胞である。
いくつかの実施形態では、分化細胞は、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、内皮細胞、膵島細胞、心筋細胞、平滑筋細胞、骨格筋細胞、肝細胞、グリア前駆細胞、ドーパミン作動性ニューロン、網膜色素上皮細胞、及び甲状腺細胞からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、該細胞は、初代免疫細胞またはその子孫である。
いくつかの実施形態では、初代免疫細胞またはその子孫は、Ｔ細胞またはＮＫ細胞である。
いくつかの実施形態では、該細胞は、低減されたＴＣＲ－アルファ及び／またはＴＣＲ－ベータの発現を含む。
いくつかの実施形態では、該細胞は、ＴＣＲ－アルファ及び／またはＴＣＲ－ベータを発現しない。
いくつかの実施形態では、該細胞は、１つまたは複数のＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドをさらに含み、１つまたは複数のＣＡＲは、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、またはＢＣＭＡに対する特異性を有する細胞外リガンド結合ドメイン、ヒンジドメイン、膜貫通ドメイン、共刺激ドメイン、及び細胞内シグナル伝達ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、ＣＤ８αヒンジドメイン、ＣＤ２８ヒンジドメイン、またはＩｇＧ４ヒンジドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号９のアミノ酸配列を有するＣＤ８αヒンジドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号１０または１１３のアミノ酸配列を有するＣＤ２８ヒンジドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号１１または１２のアミノ酸配列を有するＩｇＧ４ヒンジドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、ＣＤ８α膜貫通ドメインまたはＣＤ２８膜貫通ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号１４のアミノ酸配列を有するＣＤ８α膜貫通ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号１５または１１４のアミノ酸配列を有するＣＤ２８膜貫通ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、４－１ＢＢ共刺激ドメイン、ＣＤ２８共刺激ドメイン、またはＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号１６のアミノ酸配列を有する４－１ＢＢ共刺激ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号１７のアミノ酸配列を有するＣＤ２８共刺激ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号１８または１１５のアミノ酸配列を有するＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号１９、３７、４５、５４、６３、７２、８１、もしくは１１８のうちのいずれか１つのｓｃＦｖ配列を含む細胞外リガンド結合ドメインを含むか、またはＣＡＲは、配列番号２０、２５、３８、４２、４６、５０、６４、６８、７３、７７、１１９、もしくは１２３のうちのいずれか１つの重鎖及び軽鎖配列を含むｓｃＦｖ配列を有する。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号３２、３４、３６、１１７、または１２８のうちのいずれか１つの配列を有する。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号１１７に定められるアミノ酸配列、または配列番号１１７に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）のアミノ酸配列を含み、以下の構成要素、すなわちＣＤ８αシグナルペプチド、ＦＭＣ６３ ｓｃＦｖ（ＶＬ－Ｗｈｉｔｌｏｗリンカー－ＶＨ）、ＣＤ８αヒンジドメイン、ＣＤ８α膜貫通ドメイン、４－１ＢＢ共刺激ドメイン、及びＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを有する。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号４５に定められるアミノ酸配列、または配列番号４５に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または第２の外因性ポリヌクレオチドのうちの１つまたは複数は、該細胞の少なくとも一方のアレルの第１の特定の遺伝子座及び／または第２の特定の遺伝子座内に挿入される。
いくつかの実施形態では、第１の特定の遺伝子座及び／または第２の特定の遺伝子座は、セーフハーバーまたは標的遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、及びＴＲＢ遺伝子座からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、セーフハーバーまたは標的遺伝子座は、ＣＣＲ５遺伝子座、ＣＸＣＲ４遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子座、ＡＬＢ遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、Ｒｏｓａ遺伝子座、Ｆ３（ＣＤ１４２）遺伝子座、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、ＬＲＰ１（ＣＤ９１）遺伝子座、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または第２の外因性ポリヌクレオチドは、遺伝子療法ベクター、またはトランスポザーゼ、ＰｉｇｇｙＢａｃトランスポゾン、Ｓｌｅｅｐｉｎｇ Ｂｅａｕｔｙ（ＳＢ１１）トランスポゾン、Ｍｏｓ１トランスポゾン、及びＴｏｌ２トランスポゾンからなる群から選択されるトランスポザーゼシステムを使用して、細胞内に導入される。
いくつかの実施形態では、遺伝子療法ベクターは、レトロウイルスまたはフソソームである。
いくつかの実施形態では、レトロウイルスは、レンチウイルスベクターである。
いくつかの実施形態では、第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または第２の外因性ポリヌクレオチドは、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集を使用して細胞内に導入される。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集は、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１２ａ、及びＣａｓ１２ｂからなる群から選択されるＣａｓエフェクタータンパク質を使用して実施される。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集は、以下からなる群から選択されるＣａｓエフェクタータンパク質を使用して実施される：（ａ）任意選択でＣａｓ３、Ｃａｓ８ａ、Ｃａｓ５、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ１０ｄ、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、及びＧＳＵ００５４からなる群から選択される、（ｂ）任意選択でＣａｓ９、Ｃｓｎ２、及びＣａｓ４からなる群から選択される、（ｃ）任意選択でＣａｓ１０、Ｃｓｍ２、Ｃｍｒ５、Ｃａｓ１０、Ｃｓｘ１１、及びＣｓｘ１０からなる群から選択される、（ｄ）任意選択でＣｓｆ１、（ｅ）任意選択でＣａｓ１２ａ、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｃ、Ｃ２ｃ４、Ｃ２ｃ８、Ｃ２ｃ５、Ｃ２ｃ１０、Ｃ２ｃ９、ＣａｓＸ（Ｃａｓ１２ｅ）、及びＣａｓＹ（Ｃａｓ１２ｄ）からなる群から選択される、ならびに（ｆ）任意選択でＣａｓ１３、Ｃａｓ１３ａ、Ｃ２ｃ２、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１３ｃ、及びＣａｓ１３ｄからなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集は、ドナー対象からエクスビボで実施される。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集は、レンチウイルスベクターを使用して実施される。
いくつかの実施形態では、該細胞またはその子孫は、患者への投与時にＮＫ細胞媒介性細胞傷害作用を回避する。
いくつかの実施形態では、該細胞またはその子孫は、患者への投与時に成熟ＮＫ細胞による細胞溶解から保護される。
いくつかの実施形態では、該細胞またはその子孫は、患者への投与時にマクロファージによる貪食を回避する。
いくつかの実施形態では、該細胞またはその子孫は、患者への投与時に該細胞に対する免疫応答を誘導しない。
いくつかの実施形態では、該細胞またはその子孫は、患者への投与時に該細胞に対する抗体ベースの免疫応答を誘導しない。
いくつかの実施形態では、野生型細胞または対照細胞は、出発物質である。
いくつかの実施形態では、患者において障害または病態を処置するための操作されたＴ細胞の集団の使用が本明細書で提供され、ここで、操作されたＴ細胞は、未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含み、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドを含み、ここで、操作されたＴ細胞は、初代Ｔ細胞もしくはその子孫から増殖されるか、またはｉＰＳＣもしくはその子孫に由来する。
いくつかの実施形態では、患者において障害または病態を処置するための操作された分化細胞の集団の使用が本明細書で提供され、ここで、操作された分化細胞は、未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含み、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドを含み、操作された分化細胞は、ｉＰＳＣまたはその子孫に由来する。
いくつかの実施形態では、Ｙ染色体遺伝子は、Ｙ染色体連鎖抗原またはＹ染色体に関連する副組織適合性抗原である。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＹ染色体連鎖抗原は、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖である。
いくつかの実施形態では、該細胞は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現を有する。
いくつかの実施形態では、該細胞は、低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有する。
いくつかの実施形態では、該細胞は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有する。
いくつかの実施形態では、該細胞は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有するように遺伝子操作される。
いくつかの実施形態では、該細胞は、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖を発現しない。
いくつかの実施形態では、該細胞は、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しない。
いくつかの実施形態では、該細胞は、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖を発現せず、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しない。
いくつかの実施形態では、該細胞は、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しないように遺伝子操作される。
いくつかの実施形態では、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現は、それぞれＰＣＤＨ１１Ｙ及び／またはＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子のノックアウトによって引き起こされる。
いくつかの実施形態では、該細胞は、ヒト細胞または動物細胞に由来する。
いくつかの実施形態では、ヒト細胞または動物細胞は、Ｙ染色体を有しないドナー対象からのものである。
いくつかの実施形態では、ヒト細胞または動物細胞は、Ｙ染色体を有するドナー対象からのものであり、該細胞は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有するように遺伝子操作される。
いくつかの実施形態では、該細胞は、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖を発現しないように遺伝子操作される。
いくつかの実施形態では、該細胞は、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しないように遺伝子操作される。
いくつかの実施形態では、該細胞は、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖を発現しないように、かつニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しないように遺伝子操作される。
いくつかの実施形態では、該細胞は、患者とは異なる１以上のドナー対象から単離される細胞のプールから増殖されるかまたはそれに由来し、１以上のドナー対象は任意選択で、Ｙ染色体を有する１以上の対象、Ｙ染色体を有しない１以上の対象、またはＹ染色体を有する対象及びＹ染色体を有しない対象の混合を含む。
いくつかの実施形態では、該細胞は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集を使用して低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有するように遺伝子操作される。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集は、表２～５の配列のうちのいずれかを含む１つまたは複数のガイドＲＮＡを使用して実施される。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集は、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１２ａ、及びＣａｓ１２ｂからなる群から選択されるＣａｓエフェクタータンパク質を使用して実施される。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集は、以下からなる群から選択されるＣａｓエフェクタータンパク質を使用して実施される：（ａ）任意選択でＣａｓ３、Ｃａｓ８ａ、Ｃａｓ５、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ１０ｄ、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、及びＧＳＵ００５４からなる群から選択される、（ｂ）任意選択でＣａｓ９、Ｃｓｎ２、及びＣａｓ４からなる群から選択される、（ｃ）任意選択でＣａｓ１０、Ｃｓｍ２、Ｃｍｒ５、Ｃａｓ１０、Ｃｓｘ１１、及びＣｓｘ１０からなる群から選択される、（ｄ）任意選択でＣｓｆ１、（ｅ）任意選択でＣａｓ１２ａ、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｃ、Ｃ２ｃ４、Ｃ２ｃ８、Ｃ２ｃ５、Ｃ２ｃ１０、Ｃ２ｃ９、ＣａｓＸ（Ｃａｓ１２ｅ）、及びＣａｓＹ（Ｃａｓ１２ｄ）からなる群から選択される、ならびに（ｆ）任意選択でＣａｓ１３、Ｃａｓ１３ａ、Ｃ２ｃ２、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１３ｃ、及びＣａｓ１３ｄからなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集は、ドナー対象からエクスビボで実施される。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集は、レンチウイルスベクターを使用して実施される。
いくつかの実施形態では、該細胞は、未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減されたＢ２Ｍ及び／またはＣＩＩＴＡの発現を含む。
いくつかの実施形態では、該細胞は、Ｂ２Ｍ及び／またはＣＩＩＴＡを発現しない。
いくつかの実施形態では、該細胞は、低減されたＲＨＤの発現を含む。
いくつかの実施形態では、該細胞は、ＲＨＤを発現しない。
いくつかの実施形態では、該細胞は、人工多能性幹細胞またはその子孫に由来する分化細胞である。
いくつかの実施形態では、分化細胞は、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、内皮細胞、膵島細胞、心筋細胞、平滑筋細胞、骨格筋細胞、肝細胞、グリア前駆細胞、ドーパミン作動性ニューロン、網膜色素上皮細胞、及び甲状腺細胞からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、該細胞は、初代免疫細胞またはその子孫である。
いくつかの実施形態では、初代免疫細胞またはその子孫は、Ｔ細胞またはＮＫ細胞である。
いくつかの実施形態では、該細胞は、低減されたＴＣＲ－アルファ及び／またはＴＣＲ－ベータの発現を含む。
いくつかの実施形態では、該細胞は、ＴＣＲ－アルファ及び／またはＴＣＲ－ベータを発現しない。
いくつかの実施形態では、該細胞は、１つまたは複数のＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドをさらに含み、１つまたは複数のＣＡＲは、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、またはＢＣＭＡに対する特異性を有する細胞外リガンド結合ドメイン、ヒンジドメイン、膜貫通ドメイン、共刺激ドメイン、及び細胞内シグナル伝達ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、ＣＤ８αヒンジドメイン、ＣＤ２８ヒンジドメイン、またはＩｇＧ４ヒンジドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号９のアミノ酸配列を有するＣＤ８αヒンジドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号１０または１１３のアミノ酸配列を有するＣＤ２８ヒンジドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号１１または１２のアミノ酸配列を有するＩｇＧ４ヒンジドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、ＣＤ８α膜貫通ドメインまたはＣＤ２８膜貫通ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号１４のアミノ酸配列を有するＣＤ８α膜貫通ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号１５または１１４のアミノ酸配列を有するＣＤ２８膜貫通ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、４－１ＢＢ共刺激ドメイン、ＣＤ２８共刺激ドメイン、またはＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号１６のアミノ酸配列を有する４－１ＢＢ共刺激ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号１７のアミノ酸配列を有するＣＤ２８共刺激ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号１８または１１５のアミノ酸配列を有するＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号１９、３７、４５、５４、６３、７２、８１、もしくは１１８のうちのいずれか１つのｓｃＦｖ配列を含む細胞外リガンド結合ドメインを含むか、またはＣＡＲは、配列番号２０、２５、３８、４２、４６、５０、６４、６８、７３、７７、１１９、もしくは１２３のうちのいずれか１つの重鎖及び軽鎖配列を含むｓｃＦｖ配列を有する。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号３２、３４、３６、１１７、または１２８のうちのいずれか１つの配列を有する。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号１１７に定められるアミノ酸配列、または配列番号１１７に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）のアミノ酸配列を含み、以下の構成要素、すなわちＣＤ８αシグナルペプチド、ＦＭＣ６３ ｓｃＦｖ（ＶＬ－Ｗｈｉｔｌｏｗリンカー－ＶＨ）、ＣＤ８αヒンジドメイン、ＣＤ８α膜貫通ドメイン、４－１ＢＢ共刺激ドメイン、及びＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを有する。
いくつかの実施形態では、１つまたは複数のＣＡＲは、配列番号４５に定められるアミノ酸配列、または配列番号４５に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）のアミノ酸配列を含む。
いくつかの実施形態では、第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または第２の外因性ポリヌクレオチドのうちの１つまたは複数は、該細胞の少なくとも一方のアレルの第１の特定の遺伝子座及び／または第２の特定の遺伝子座内に挿入される。
いくつかの実施形態では、第１の特定の遺伝子座及び／または第２の特定の遺伝子座は、セーフハーバーまたは標的遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、及びＴＲＢ遺伝子座からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、セーフハーバーまたは標的遺伝子座は、ＣＣＲ５遺伝子座、ＣＸＣＲ４遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子座、ＡＬＢ遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、Ｒｏｓａ遺伝子座、Ｆ３（ＣＤ１４２）遺伝子座、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、ＬＲＰ１（ＣＤ９１）遺伝子座、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または第２の外因性ポリヌクレオチドは、遺伝子療法ベクター、またはトランスポザーゼ、ＰｉｇｇｙＢａｃトランスポゾン、Ｓｌｅｅｐｉｎｇ Ｂｅａｕｔｙ（ＳＢ１１）トランスポゾン、Ｍｏｓ１トランスポゾン、及びＴｏｌ２トランスポゾンからなる群から選択されるトランスポザーゼシステムを使用して、操作されたＴ細胞内に導入される。
いくつかの実施形態では、遺伝子療法ベクターは、レトロウイルスまたはフソソームである。
いくつかの実施形態では、レトロウイルスは、レンチウイルスベクターである。
いくつかの実施形態では、第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または第２の外因性ポリヌクレオチドは、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集を使用して細胞内に導入される。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集は、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１２ａ、及びＣａｓ１２ｂからなる群から選択されるＣａｓエフェクタータンパク質を使用して実施される。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集は、以下からなる群から選択されるＣａｓエフェクタータンパク質を使用して実施される：（ａ）任意選択でＣａｓ３、Ｃａｓ８ａ、Ｃａｓ５、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ１０ｄ、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、及びＧＳＵ００５４からなる群から選択される、（ｂ）任意選択でＣａｓ９、Ｃｓｎ２、及びＣａｓ４からなる群から選択される、（ｃ）任意選択でＣａｓ１０、Ｃｓｍ２、Ｃｍｒ５、Ｃａｓ１０、Ｃｓｘ１１、及びＣｓｘ１０からなる群から選択される、（ｄ）任意選択でＣｓｆ１、（ｅ）任意選択でＣａｓ１２ａ、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｃ、Ｃ２ｃ４、Ｃ２ｃ８、Ｃ２ｃ５、Ｃ２ｃ１０、Ｃ２ｃ９、ＣａｓＸ（Ｃａｓ１２ｅ）、及びＣａｓＹ（Ｃａｓ１２ｄ）からなる群から選択される、ならびに（ｆ）任意選択でＣａｓ１３、Ｃａｓ１３ａ、Ｃ２ｃ２、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１３ｃ、及びＣａｓ１３ｄからなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集は、ドナー対象からエクスビボで実施される。
いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集は、レンチウイルスベクターを使用して実施される。
いくつかの実施形態では、該細胞またはその子孫は、患者への投与時にＮＫ細胞媒介性細胞傷害作用を回避する。
いくつかの実施形態では、該細胞またはその子孫は、患者への投与時に成熟ＮＫ細胞による細胞溶解から保護される。
いくつかの実施形態では、該細胞またはその子孫は、患者への投与時にマクロファージによる貪食を回避する。
いくつかの実施形態では、該細胞またはその子孫は、患者への投与時に該細胞に対する免疫応答を誘導しない。
いくつかの実施形態では、該細胞またはその子孫は、患者への投与時に該細胞に対する抗体ベースの免疫応答を誘導しない。
いくつかの実施形態では、野生型細胞または対照細胞は、出発物質である。
いくつかの実施形態では、未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含み、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドを含む、操作された細胞を生産するための方法が本明細書で提供され、該方法は、（ａ）単離された細胞を得ることと、（ｂ）細胞における１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現を低減させるように細胞を遺伝子改変することと、（ｃ）細胞におけるＭＨＣクラスＩヒト白血球抗原分子及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を低減させるように細胞を遺伝子改変することと、（ｄ）単離された細胞にＣＤ４７をコードするポリヌクレオチドを導入することと、を含み、それによって操作された細胞が生産される。
いくつかの実施形態では、未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含み、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドを含む、操作された細胞を生産するための方法が本明細書で提供され、該方法は、（ａ）単離された細胞を得ることと、（ｂ）細胞を、（ｉ）ＣＤ４結合因子またはＣＤ８結合因子、（ｉｉ）１つまたは複数のＹ染色体遺伝子座を標的とするＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集構成要素をコードするポリヌクレオチド、（ｉｉｉ）ＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原遺伝子座を標的とするＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集構成要素をコードするポリヌクレオチド、ならびに（ｉｖ）ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド、を含むレンチウイルスベクターを含む組成物と接触させることと、を含み、それによって操作された細胞が生産される。
低免疫原性細胞、その生産方法、及びその使用方法の詳細な説明は、２０１５年５月９日に出願されたＷＯ２０１６１８３０４１、２０１８年１月１４日に出願されたＷＯ２０１８１３２７８３、２０１８年３月２０日に出願されたＷＯ２０１８１７６３９０、２０１９年７月１７日に出願されたＷＯ２０２００１８６１５、２０１９年７月１７日に出願されたＷＯ２０２００１８６２０、２０２０年７月３１日に出願されたＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５、２０２０年７月３１日に出願されたＷＯ２０２１０２２２２３、２０２０年８月２４日に出願されたＷＯ２０２１０４１３１６、２０２１年、２０２０年４月２７日に出願されたＷＯ２０２１２２２２８５、及び２０２１年４月２７日に出願されたＷＯ２０２１２２２２８５に見出され、実施例、配列表、及び図を含めたこれらの開示は、参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。
アイソタイプ対照と比較した、雄性ドナーに由来するｉＰＳＣの細胞表面上のプロトカドヘリン－Ｙ及びニューロリギン－Ｙのレベルを測定するフローサイトメトリーデータを図示する。 アイソタイプ対照と比較した、女性ドナーに由来するｉＰＳＣの細胞表面上のプロトカドヘリン－Ｙ及びニューロリギン－Ｙのレベルを測定するフローサイトメトリーデータを図示する。 アイソタイプ対照と比較した、解凍後に分析した血液型Ｏを有する３名の男性ドナーからのＣＤ３＋ Ｔ細胞の細胞表面上のプロトカドヘリン－Ｙ及びニューロリギン－Ｙのレベルを測定するフローサイトメトリーデータを図示する。 アイソタイプ対照と比較した、解凍後に分析した血液型Ａを有する２名の男性ドナーからのＣＤ３＋ Ｔ細胞の細胞表面上のプロトカドヘリン－Ｙ及びニューロリギン－Ｙのレベルを測定するフローサイトメトリーデータを図示する。 アイソタイプ対照と比較した、解凍後に分析した２名の女性ドナーからのＣＤ３＋ Ｔ細胞の細胞表面上のプロトカドヘリン－Ｙ及びニューロリギン－Ｙのレベルを測定するフローサイトメトリーデータを図示する。 異なるボランティアからの血清を使用した、血液型Ｏを有する男性ドナーからのＨＩＰ Ｔ細胞に対するＣＤＣを示す。 異なるボランティアからの血清を使用した、血液型Ｏを有する男性ドナーからのＨＩＰ Ｔ細胞に対するＣＤＣを示す。 異なるボランティアからの血清を使用した、血液型Ｏを有する男性ドナーからのＨＩＰ Ｔ細胞に対するＣＤＣを示す。 異なるボランティアからの血清を使用した、血液型Ｏを有する男性ドナーからのＨＩＰ Ｔ細胞に対するＡＤＣＣ（ＮＫ細胞）を示す。 異なるボランティアからの血清を使用した、血液型Ｏを有する男性ドナーからのＨＩＰ Ｔ細胞に対するＡＤＣＣ（ＮＫ細胞）を示す。 異なるボランティアからの血清を使用した、血液型Ｏを有する男性ドナーからのＨＩＰ Ｔ細胞に対するＡＤＣＣ（ＮＫ細胞）を示す。 異なるボランティアからの血清及びフロー分析を使用した、血液型Ｏを有する男性ドナーからのＨＩＰ Ｔ細胞に対するＣＤＣ及びＡＤＣＣ（ＮＫ細胞）を示す。 異なるボランティアからの血清及びフロー分析を使用した、血液型Ｏを有する男性ドナーからのＨＩＰ Ｔ細胞に対するＣＤＣ及びＡＤＣＣ（ＮＫ細胞）を示す。 異なるボランティアからの血清及びフロー分析を使用した、血液型Ｏを有する男性ドナーからのＨＩＰ Ｔ細胞に対するＣＤＣ及びＡＤＣＣ（ＮＫ細胞）を示す。
本開示の他の目的、利点、及び実施形態は、以下の詳細な説明から明らかとなろう。
Ｉ．序論
本明細書では、ＷＯ２０１８１３２７８３、及び２０２１年１２月２３日に出願されたＰＣＴ／ＵＳ２１／６５１５７（同文献の各々は参照によりその全体が本明細書に援用される）に記載される低免疫編集プラットフォームに部分的に基づく、ヒト免疫回避細胞を含むがこれに限定されない、操作または改変された免疫回避細胞が記載される。対象の免疫によるこれらの初代及び／または幹細胞由来移植片の拒絶反応の問題を克服するために、本発明者らは、任意の移植可能な細胞種のための実用可能な供給源を代表する低免疫原性細胞（例えば、低免疫原性多能性細胞、それに由来する分化細胞、及び初代細胞）を開発しており、これを本明細書に記載する。かかる細胞は、レシピエント対象への投与時に適応免疫及び／または自然免疫による拒絶反応から保護される。有利なことに、本明細書に開示される細胞は、レシピエント対象への投与時に適応免疫及び自然免疫による拒絶反応から保護されるので、対象の遺伝子構成を問わず、レシピエント対象の免疫系によって拒絶されない。いくつかの実施形態では、操作された及び／または低免疫原性細胞は、１つもしくは複数のＹ染色体遺伝子を発現せず、及び／またはＭＨＣ Ｉ及び／またはＩＩ抗原分子及び／またはＴ細胞受容体を発現しない。ある特定の実施形態では、操作された及び／または低免疫原性細胞は、１つまたは複数のＹ染色体遺伝子を発現せず、ＭＨＣ Ｉ抗原を発現しない。ある特定の実施形態では、操作された及び／または低免疫原性細胞は、１つまたは複数のＹ染色体遺伝子を発現せず、ＭＨＣ Ｉ及び／またはＩＩ抗原分子及び／またはＴ細胞受容体を発現せず、ＣＤ４７タンパク質を過剰発現する。ある特定の実施形態では、操作された及び／または低免疫原性細胞は、１つまたは複数のＹ染色体遺伝子を発現せず、ＭＨＣ Ｉ及びＩＩ抗原分子及び／またはＴ細胞受容体を発現せず、ＣＤ４７タンパク質を過剰発現する。ある特定の実施形態では、低免疫原性Ｔ細胞等の操作された及び／または低免疫原性細胞は、１つまたは複数のＹ染色体遺伝子を発現せず、ＭＨＣ Ｉ及び／またはＩＩ抗原分子及び／またはＴ細胞受容体を発現せず、ＣＤ４７タンパク質を過剰発現し、外因性ＣＡＲを発現する。ある特定の実施形態では、低免疫原性Ｔ細胞等の操作された及び／または低免疫原性細胞は、１つまたは複数のＹ染色体遺伝子を発現せず、ＭＨＣ Ｉ及びＩＩ抗原分子及び／またはＴ細胞受容体を発現せず、ＣＤ４７タンパク質を過剰発現し、外因性ＣＡＲを発現する。
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される低免疫原性細胞は、自然免疫細胞による拒絶反応の対象とはならない。いくつかの事例では、低免疫原性細胞は、ＮＫ細胞媒介性溶解に感受性がない。いくつかの事例では、低免疫原性細胞は、マクロファージによる貪食に感受性がない。いくつかの実施形態では、低免疫原性細胞は、免疫応答を誘導しない。いくつかの実施形態では、低免疫原性細胞は、免疫抑制剤をほとんどから全く必要とすることなくレシピエント対象に移植される、普遍的に適合性の細胞または組織（例えば、普遍的ドナー細胞または組織）の供給源として有用である。かかる低免疫原性細胞は、例えば、多能性、ならびに移植が可能であること及び対応する生来の細胞と同様に機能することを含めて、移植時に細胞特異的特性及び特徴を保持する。
本明細書に開示される技術は、ヒト細胞における寛容原性因子の発現、ならびに１つまたは複数のＹ染色体遺伝子、及び任意選択でＭＨＣ Ｉ分子、ＭＨＣ ＩＩ分子、及び／またはＴＣＲの発現の調節（例えば、低減または排除）を利用する。いくつかの実施形態では、レアカットエンドヌクレアーゼ（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ、ＴＡＬＥＮ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、メガヌクレアーゼ、及びホーミングエンドヌクレアーゼシステム）を利用したゲノム編集技術もまた使用して、細胞における免疫応答に関与する遺伝子の発現が（例えば、遺伝子発現が影響を受けるように、免疫応答に関与する遺伝子のゲノムＤＮＡを欠失させることによって、またはかかる遺伝子へのゲノムＤＮＡの挿入によって）低減または排除される。いくつかの実施形態では、ゲノム編集技術または他の遺伝子調節技術を使用して、ヒト細胞において寛容性誘導（寛容原性）因子が挿入されて、細胞及びそれらの子孫（それから調製された任意の分化細胞を含む）がレシピエント対象への移植時に免疫認識を回避することを可能にする。かくして、本明細書に記載の細胞は、１つまたは複数のＹ染色体遺伝子、ＭＨＣ Ｉ分子、ＭＨＣ ＩＩ分子、及び／またはＴＣＲの発現に影響を及ぼす１つまたは複数の遺伝子及び因子の調節された発現を示し、レシピエント対象の免疫系を回避する。
ゲノム編集技術は、所望の遺伝子座部位での二本鎖ＤＮＡ切断を可能にする。これらの制御された二本鎖切断は、特定の遺伝子座部位にて相同組換えを促進する。このプロセスは、当該配列を認識してそれに結合し、当該核酸分子における二本鎖切断を誘導するエンドヌクレアーゼによる、染色体等の核酸分子の特定の配列の標的化に焦点を当てる。二本鎖切断は、誤りがちな（ｅｒｒｏｒ－ｐｒｏｎｅ）非相同末端結合（ＮＨＥＪ）または相同組換え（ＨＲ）のいずれかによって修復される。
驚くべきことに、男性ドナーからのｉＰＳＣ及びＴ細胞がＹ染色体抗原であるプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及びニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現することが見出された。これらの驚くべき知見は、低免疫原性ドナーＴ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、または心臓細胞等の低免疫原性細胞の供給源が、レシピエントの適応免疫系による検出及び排除を避けるためにＹ染色体を欠いているべきである、またはＹ染色体抗原の発現を低減させるように遺伝子改変されるべきであることを示唆する。
多数の実施形態の実施は、特にそれとは反対の指示がない限り、当業者の技能の範囲内である化学、生化学、有機化学、分子生物学、微生物学、組換えＤＮＡ技法、遺伝学、免疫学、及び細胞生物学の従来の方法を用いることになり、これらのうちの多くが例示説明の目的で下記に記載される。かかる技法は、文献において完全に説明される。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（３ｒｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，２００１）、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（２ｎｄ Ｅｄｉｔｉｏｎ，１９８９）、Ｍａｎｉａｔｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（１９８２）、Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，ｕｐｄａｔｅｄ Ｊｕｌｙ ２００８）、Ｓｈｏｒｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ａ Ｃｏｍｐｅｎｄｉｕｍ ｏｆ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｆｒｏｍ Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｕｂ．Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ ａｎｄ Ｗｉｌｅｙ－Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ、Ｇｌｏｖｅｒ，ＤＮＡ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ，ｖｏｌ．Ｉ ＆ ＩＩ（ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ，１９８５）、Ａｎａｎｄ，Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｃｏｍｐｌｅｘ Ｇｅｎｏｍｅｓ，（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９２）、Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ａｎｄ Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ（Ｂ．Ｈａｍｅｓ ＆ Ｓ．Ｈｉｇｇｉｎｓ，Ｅｄｓ．，１９８４）、Ｐｅｒｂａｌ，Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ（１９８４）、Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ，（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，１９９８）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ Ｑ．Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎ，Ａ．Ｍ．Ｋｒｕｉｓｂｅｅｋ，Ｄ．Ｈ．Ｍａｒｇｕｌｉｅｓ，Ｅ．Ｍ．Ｓｈｅｖａｃｈ ａｎｄ Ｗ．Ｓｔｒｏｂｅｒ，ｅｄｓ．，１９９１）、Ａｎｎｕａｌ Ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、ならびにＡｄｖａｎｃｅｓ ｉｎ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ等の刊行物における研究論文を参照されたい。
ＩＩ．定義
本開示に記載されるとき、以下の用語が用いられることになり、これらは下記に示されるように定義される。
本明細書で使用される「抗原」という用語は、免疫応答を誘発することができる分子を指す。抗原には、細胞、細胞抽出物、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、多糖類、多糖類コンジュゲート、多糖類及び他の分子のペプチド及び非ペプチド模倣体、低分子、脂質、糖脂質、炭水化物、ウイルス及びウイルス抽出物、ならびに寄生虫等の多細胞生物、ならびにアレルゲンが含まれるが、これらに限定されない。抗原という用語は、広義には、宿主の免疫系によって外来性と認識されるいずれの種類の分子も含む。
「自己免疫疾患」または「自己免疫障害」または「炎症性疾患」または「炎症性障害」という用語は、対象がそれ自身の組織及び／または細胞に対して免疫応答を発動する任意の疾患または障害を指す。自己免疫障害は、神経系、胃腸管系、及び内分泌系、ならびに皮膚及び他の結合組織、眼、血液及び血管の疾患を含むがこれらに限定されない、対象（例えば、ヒト）におけるほぼ全ての臓器系を侵す可能性がある。自己免疫疾患の例としては、橋本甲状腺炎、全身性エリテマトーデス、シェーグレン症候群、グレーブス病、強皮症、関節リウマチ、多発性硬化症、重症筋無力症、及び糖尿病が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される「がん」という用語は、細胞の過剰増殖であって、その固有の形質（例えば、正常な制御の喪失）が無制御な成長、分化の欠如、局所組織浸潤、及び転移をもたらすものとして定義される。本発明の方法に関して、がんは、急性リンパ性癌、急性骨髄性白血病、胞巣型横紋筋肉腫、膀胱癌、骨癌、脳癌、乳癌、肛門、肛門管、または肛門直腸の癌、眼癌、肝内胆管癌、関節の癌、頸部、胆嚢、または胸膜の癌、鼻、鼻腔、または中耳の癌、口腔癌、外陰部の癌、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性癌、結腸癌、食道癌、子宮頸癌、線維肉腫、消化管カルチノイド腫瘍、ホジキンリンパ腫、下咽頭癌、腎臓癌、喉頭癌、白血病、液体腫瘍、肝臓癌、肺癌、リンパ腫、悪性中皮腫、肥満細胞腫、黒色腫、多発性骨髄腫、鼻咽頭癌、非ホジキンリンパ腫、卵巣癌、膵臓癌、腹膜、大網、及び腸間膜の癌、咽頭癌、前立腺癌、直腸癌、腎癌、皮膚癌、小腸癌、軟組織癌、固形腫瘍、胃癌、精巣癌、甲状腺癌、尿管癌、及び膀胱癌のうちのいずれも含む、任意のがんであり得る。本明細書で使用されるとき、「腫瘍」という用語は、別途明確に指示されない限り、悪性型の細胞または組織の異常な成長を指し、良性型の組織は含まない。
「細胞」という用語は、任意のヒト細胞または動物細胞を指す。いくつかの実施形態では、細胞は、Ｙ染色体を有するドナー対象からのものであるヒト細胞または動物細胞である。いくつかの実施形態では、細胞は、Ｙ染色体を有しないドナー対象からのものであるヒト細胞または動物細胞である。
「慢性感染性疾患」という用語は、感染因子によって引き起こされる疾患であって、感染が持続しているものを指す。かかる疾患には、肝炎（Ａ、Ｂ、またはＣ）、ヘルペスウイルス（例えば、ＶＺＶ、ＨＳＶ－１、ＨＳＶ－６、ＨＳＶ－ＩＩ、ＣＭＶ、及びＥＢＶ）、及びＨＩＶ／ＡＩＤＳが含まれ得る。非ウイルス性の例としては、アスペルギルス症、カンジダ症、コクシジオイデス症、ならびにクリプトコッカス及びヒストプラズマ症に関連する疾患のような慢性真菌性疾患が挙げられ得る。慢性細菌性感染因子の非限定的な例は、Ｃｈｌａｍｙｄｉａ ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、Ｌｉｓｔｅｒｉａ ｍｏｎｏｃｙｔｏｇｅｎｅｓ、及びＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏｓｉｓであり得る。いくつかの実施形態では、障害は、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）感染症である。いくつかの実施形態では、障害は、後天性免疫不全症候群（ＡＩＤＳ）である。
本明細書で使用されるとき、「臨床的有効量」とは、疾患、障害、または病態の処置及び／または管理において臨床的有用性を提供するのに十分な量を指す。いくつかの実施形態では、臨床的有効量は、疾患、障害、または病態に対する標準治療に対して少なくとも１つの改善された臨床評価項目をもたらすことが示された量である。いくつかの実施形態では、臨床的有効量は、例えば、臨床試験において、疾患、障害、または病態を処置するための統計的に有意かつ意味のある有効性を提供するのに十分であることが実証された量である。いくつかの実施形態では、臨床的有効量は、治療上有効量でもある。他の実施形態では、臨床的有効量は、治療上有効量ではない。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の変化または改変（例えば、遺伝子変化または改変を含む）は、低減された標的または選択ポリヌクレオチド配列の発現をもたらす。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の変化または改変は、低減された標的または選択ポリペプチド配列の発現をもたらす。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の変化または改変は、増加した標的または選択ポリヌクレオチド配列の発現をもたらす。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の変化または改変は、増加した標的または選択ポリペプチド配列の発現をもたらす。
追加のまたは代替の実施形態では、本開示は、当業者に利用可能な任意の様態で、例えば、ＴＡＬＥＮシステムまたはＲＮＡ誘導型トランスポザーゼを利用して、標的ポリヌクレオチド配列を変化させることを企図する。ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ（例えば、Ｃａｓ９及びＣａｓ１２ａ）及びＴＡＬＥＮを利用した方法の例が本明細書に詳述されているが、本開示は、これらの方法／システムの使用に限定されないことを理解されたい。標的細胞における発現を低減または消失させるために、例えばＢ２Ｍを標的化する、当業者に既知の他の方法を本明細書で利用することができる。
「減少する」、「低減された」、「低減」、及び「減少」という用語は全て、統計学的に有意な量の減少を一般に意味するように本明細書で使用される。しかしながら、疑義を避けるために、「減少する」、「低減された」、「低減」、「減少」とは、参照レベルと比較して少なくとも１０％の減少、例えば、参照レベルと比較して少なくとも約２０％、もしくは少なくとも約３０％、もしくは少なくとも約４０％、もしくは少なくとも約５０％、もしくは少なくとも約６０％、もしくは少なくとも約７０％、もしくは少なくとも約８０％、もしくは少なくとも約９０％の減少、または最大１００％かつこれを含む減少（すなわち、参照試料と比較して不在のレベル）、または１０～１００％の任意の減少を意味する。いくつかの実施形態では、該細胞は、未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減された１つまたは複数の標的の発現を有するように操作される。
いくつかの実施形態では、記載される操作された及び／または低免疫原性細胞は、ｉＰＳＣもしくはその子孫に由来する。本明細書で使用されるとき、「ｉＰＳＣまたはその子孫に由来する」という用語は、生成される最初のｉＰＳＣ及びその任意の後続の子孫を包含する。本明細書で使用されるとき、「子孫」という用語は、例えば、第１世代子孫を包含し、すなわち、子孫は、例えば慣習的な増殖方法によって、最初のｉＰＳＣから直接派生するか、それから入手されるか、それから入手可能であるか、またはそれから派生可能である。「子孫」という用語はまた、第２、第３、第４、第５、第６、第７、またはそれよりも先の世代等のさらなる世代、すなわち、例えば慣習的な増殖方法によって、前の世代から派生するか、それから入手されるか、それから入手可能であるか、またはそれから派生可能である細胞の世代も包含する。「子孫」という用語はまた、最初のｉＰＳＣまたはその子孫の改変または変化に起因する改変された細胞も包含する。
「ドナー対象」という用語は、細胞を得ることができる動物、例えば、ヒトを指す。本明細書で互換的に使用される「非ヒト動物」及び「非ヒト哺乳動物」は、ラット、マウス、ウサギ、ヒツジ、ネコ、イヌ、ウシ、ブタ、及び非ヒト霊長類等の哺乳動物を含む。「ドナー対象」という用語はまた、哺乳動物、爬虫類、両生類、及び魚類を含むがこれらに限定されない、任意の脊椎動物も包含する。しかしながら、有利には、ドナー対象は、ヒト等の哺乳動物、または、例えば、イヌ、ネコ、ウマ等の飼育哺乳動物、もしくは、例えば、ウシ、ヒツジ、ブタ等の生産哺乳動物等の他の哺乳動物である。「ドナー対象」はまた、１よりも多くのドナー、例えば、１以上のヒトまたは非ヒト動物または非ヒト哺乳動物を指すこともできる。
「内在性」という用語は、細胞内に自然に存在する指示対象の分子またはポリペプチドを指す。同様に、この用語は、コーディング核酸の発現に関して使用される場合、細胞内に自然に含まれる、外因的に導入されたのではないコーディング核酸の発現を指す。同様に、この用語は、プロモーター配列に関して使用される場合、細胞内に自然に含まれる、外因的に導入されたのではないプロモーター配列を指す。
本明細書で使用される「操作された細胞」という用語は、操作された細胞が野生型細胞とは異なるように、例えば、遺伝子変化または改変を含めて、人間の介入によって少なくとも何らかの方法で変化させられた細胞を指す。
本明細書で使用されるとき、ポリヌクレオチドまたはポリペプチドを発現させる文脈において「外因性」という用語は、指示対象の分子または指示対象のポリペプチドが目的の細胞内に導入されることを意味することが意図される。ポリペプチドは、例えば、コーディング核酸を、染色体内への組み込みによって、またはプラスミドもしくは発現ベクター等の非染色体遺伝物質として等で、細胞の遺伝物質に導入することによって導入され得る。したがって、この用語は、コーディング核酸の発現に関して使用されるとき、発現可能な形態でのコーディング核酸の細胞内への導入を指す。
本開示の目的において、「遺伝子」は、遺伝子産物をコードするＤＮＡ領域、ならびに遺伝子産物の産生を調節する全てのＤＮＡ領域（かかる調節配列がコード配列及び／または転写された配列に隣接するか否かにかかわらず）を含む。したがって、遺伝子には、プロモーター配列、ターミネーター、翻訳調節配列、例えば、リボソーム結合部位及び内部リボソーム進入部位、エンハンサー、サイレンサー、インシュレーター、境界要素、複製起点、マトリックス付着部位、ならびに遺伝子座制御領域が含まれるが、必ずしもこれらに限定されない。
「遺伝子発現」とは、遺伝子に含まれる情報の遺伝子産物への変換を指す。遺伝子産物は、遺伝子の直接転写産物（例えば、ｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、ｒＲＮＡ、アンチセンスＲＮＡ、リボザイム、構造ＲＮＡ、または任意の他の種類のＲＮＡ）、またはｍＲＮＡの翻訳によって産生されるタンパク質であり得る。遺伝子産物にはまた、キャッピング、ポリアデニル化、メチル化、及び編集等のプロセスによって修飾されるＲＮＡ、ならびに、例えば、メチル化、アセチル化、リン酸化、ユビキチン化、ＡＤＰリボシル化、ミリストイル化、及び／またはグリコシル化によって修飾されるタンパク質も含まれる。
本明細書で使用される「遺伝子改変」という用語及びその文法上の等価物は、核酸、例えば、生物のゲノム内の核酸の１つまたは複数の変化を指し得る。例えば、遺伝子改変とは、遺伝子もしくは遺伝子の一部分または他の核酸配列の変化、付加、及び／または欠失を指し得る。遺伝子改変された細胞とはまた、遺伝子または遺伝子の一部分の付加、欠失、及び／または変化を有する細胞も指し得る。遺伝子改変された細胞とはまた、遺伝子または遺伝子部分ではない核酸配列の付加を有する細胞も指し得る。遺伝子改変には、例えば、標的遺伝子もしくは遺伝子の一部分または核酸配列の一過性のノックインまたはノックダウン機構、及び永久的なノックイン、ノックダウン、またはノックアウトをもたらす機構の両方が含まれる。遺伝子改変には、例えば、核酸配列の一過性のノックイン、及び永久的なノックインをもたらす機構の両方が含まれる。遺伝子改変にはまた、例えば、低減または増加した転写、低減または増加したｍＲＮＡ安定性、低減または増加した翻訳、及び低減または増加したタンパク質安定性が含まれる。
本明細書で使用されるとき、「移植すること（ｇｒａｆｔｉｎｇ）」、「投与すること」、「導入すること」、「埋め込むこと」、及び「移植すること（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔｉｎｇ）」という用語、ならびにその文法的変形は、導入された細胞の所望の部位での局在化もしくは少なくとも部分的な局在化または全身性導入（例えば、循環中へ）をもたらす方法または経路による、細胞（例えば、本明細書に記載の細胞）の、対象内への配置の文脈において互換的に使用される。細胞は、対象内の所望の部位に直接埋め込まれ得るか、または代替として、所望の箇所への送達をもたらす任意の適切な経路によって投与され得、ここで、埋め込まれた細胞または細胞の構成要素の少なくとも一部分は、生存したままである。対象への投与後の細胞の生存期間は、数時間、例えば、２４時間ほどの短期間から、数日、数年ほどの長期間であり得る。いくつかの実施形態では、細胞はまた、例えば、埋め込まれた細胞を埋め込み箇所に維持するとともに、埋め込まれた細胞の移動を避けるためにカプセル中で、脳内または皮下等の所望の部位以外の箇所に投与する（例えば、注射する）こともできる。
「ＨＬＡ」すなわち「ヒト白血球抗原」または「ＨＬＡ分子」すなわち「ヒト白血球抗原分子」複合体とは、ヒトにおいてＭＨＣタンパク質をコードする遺伝子複合体である。ＨＬＡ複合体を構成するこれらの細胞表面タンパク質は、抗原に対する免疫応答の調節を担う。ヒトにおいては、クラスＩ分子及びクラスＩＩ分子の２種のＭＨＣである「ＨＬＡ－Ｉ」及び「ＨＬＡ－ＩＩ」、または「ＨＬＡ－Ｉ分子」及び「ＨＬＡ－ＩＩ分子」が存在する。ＨＬＡ－Ｉには、細胞の内側からペプチドを提示するＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－Ｃの３種のタンパク質が含まれ、ＨＬＡ－Ｉ複合体によって提示される抗原が、キラーＴ細胞（別名、ＣＤ８＋ Ｔ細胞または細胞傷害性Ｔ細胞）を引き付ける。ＨＬＡ－Ｉタンパク質は、β－２ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）に会合している。ＨＬＡ－ＩＩには、細胞の外側から抗原をＴリンパ球に提示するＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＭ、ＨＬＡ－ＤＯＢ、ＨＬＡ－ＤＱ、及びＨＬＡ－ＤＲの５種のタンパク質が含まれる。これは、ＣＤ４＋細胞（別名、ヘルパーＴ細胞）を刺激する。「ＭＨＣ」または「ＨＬＡ」のいずれかの使用は、遺伝子がヒト（ＨＬＡ）またはマウス（ＭＨＣ）のどちらに由来するかに依存するため、限定することは意図されないことを理解されたい。故に、それが哺乳類細胞に関する場合、これらの用語は、本明細書で互換的に使用され得る。
本明細書で細胞を特徴付けるために使用されるとき、「低免疫原性」という用語は、一般に、かかる細胞が、かかる細胞を移植される対象による自然免疫または適応免疫拒絶反応を受けにくい、例えば、該細胞が、かかる細胞を移植される対象による同種異系拒絶反応を受けにくいことを意味する。例えば、改変を含まない同じ細胞種の細胞と比べて、かかる低免疫原性細胞は、約２．５％、５％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９７．５％、９９％、またはそれを超えて、かかる細胞を移植される対象による自然免疫または適応免疫拒絶反応を受けにくい可能性がある。いくつかの実施形態では、ゲノム編集技術を使用して、ＭＨＣ Ｉ及びＭＨＣ ＩＩ遺伝子の発現が調節され、ひいては低免疫原性細胞の生成に寄与する。いくつかの実施形態では、低免疫原性細胞は、ＭＨＣ不適合の同種異系レシピエントにおいて免疫拒絶反応を回避する。いくつかの事例では、本明細書に概説される低免疫原性幹細胞から生産される分化細胞は、ＭＨＣ不適合の同種異系レシピエントに投与された（例えば、移植された（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔｅｄ）または移植された（ｇｒａｆｔｅｄ））ときに免疫拒絶反応を回避する。いくつかの実施形態では、低免疫原性細胞は、Ｔ細胞媒介性の適応免疫による拒絶反応及び／または自然免疫細胞による拒絶反応から保護される。低免疫原性細胞、その生産方法、及びその使用方法の詳細な説明は、２０１５年５月９日に出願されたＷＯ２０１６１８３０４１、２０１８年１月１４日に出願されたＷＯ２０１８１３２７８３、２０１８年３月２０日に出願されたＷＯ２０１８１７６３９０、２０１９年７月１７日に出願されたＷＯ２０２００１８６１５、２０１９年７月１７日に出願されたＷＯ２０２００１８６２０、２０２０年７月３１日に出願されたＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５、２０２０年７月３１日に出願されたＷＯ２０２１０２２２２３、２０２０年８月２４日に出願されたＷＯ２０２１０４１３１６、２０２１年、２０２０年４月２７日に出願されたＷＯ２０２１２２２２８５、及び２０２１年４月２７日に出願されたＷＯ２０２１２２２２８５に見出され、実施例、配列表、及び図を含めたこれらの開示は、参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。
細胞の低免疫原性は、細胞が適応免疫応答及び自然免疫応答を誘発する能力またはかかる適応免疫応答及び自然免疫応答を誘発するのを回避する能力等の細胞の免疫原性を評価することによって決定することができる。かかる免疫応答は、当業者に認識されるアッセイを使用して測定することができる。いくつかの実施形態では、免疫応答アッセイは、Ｔ細胞増殖、Ｔ細胞活性化、Ｔ細胞殺傷、ドナー特異的抗体生成、ＮＫ細胞増殖、ＮＫ細胞活性化、及びマクロファージ活性に対する低免疫原性細胞の効果を測定する。場合によっては、低免疫原性細胞及びその派生物は、対象への投与時にＴ細胞及び／またはＮＫ細胞による減少した殺傷を受ける。いくつかの事例では、該細胞及びその派生物は、未改変または野生型の細胞と比較して減少したマクロファージの貪食を示す。いくつかの実施形態では、低免疫原性細胞は、レシピエント対象において対応する未改変の野生型細胞と比較して低減または減弱した免疫応答を誘発する。いくつかの実施形態では、低免疫原性細胞は、レシピエント対象において非免疫原性であるか、または免疫応答を誘発するに至らない。
２つ以上の核酸またはポリペプチド配列の文脈における「同一性」パーセントという用語は、下記に記載される配列比較アルゴリズム（例えば、ＢＬＡＳＴＰ及びＢＬＡＳＴＮまたは当業者に利用可能な他のアルゴリズム）のうちの１つを使用してまたは目視検査によって測定したとき、最大限に対応するように比較及びアライメントした場合に同じであるヌクレオチドまたはアミノ酸残基の指定のパーセンテージを有する、２つ以上の配列または部分配列を指す。用途に応じて、「同一性」パーセントは、比較されている配列のある領域にわたって、例えば、機能的ドメインにわたって存在し得るか、または代替として、比較される２つの配列の全長にわたって存在し得る。配列比較のために、典型的には、一方の配列は、試験配列の比較対象となる参照配列として機能する。配列比較アルゴリズムを使用する場合、試験配列及び参照配列をコンピュータに入力し、必要であれば部分配列の座標を指定し、配列アルゴリズムプログラムパラメータを指定する。次いで、配列比較アルゴリズムが、指定されたプログラムパラメータに基づいて、参照配列に対する試験配列（複数可）の配列同一性パーセントを算出する。
比較のための配列の最適なアライメントは、例えば、Ｓｍｉｔｈ ＆ Ｗａｔｅｒｍａｎ，Ａｄｖ．Ａｐｐｌ．Ｍａｔｈ．２：４８２（１９８１）の局所相同性アルゴリズムによって、Ｎｅｅｄｌｅｍａｎ ＆ Ｗｕｎｓｃｈ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４８：４４３（１９７０）の相同性アライメントアルゴリズムによって、Ｐｅａｒｓｏｎ ＆ Ｌｉｐｍａｎ，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ’ｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８５：２４４４（１９８８）の類似検索法によって、これらのアルゴリズムのコンピュータ実装によって（Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｆｔｗａｒｅ Ｐａｃｋａｇｅ，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ｇｒｏｕｐ，５７５ Ｓｃｉｅｎｃｅ Ｄｒ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．におけるＧＡＰ、ＢＥＳＴＦＩＴ、ＦＡＳＴＡ、及びＴＦＡＳＴＡ）、または目視検査によって実施することができる（全般的にはＡｕｓｕｂｅｌら（下記）を参照されたい）。
配列同一性及び配列類似性パーセントを決定するのに好適なアルゴリズムの一例は、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－４１０（１９９０）に記載される、ＢＬＡＳＴアルゴリズムである。ＢＬＡＳＴ解析を実施するためのソフトウェアは、Ｎａｔｉｏｎａｌ Ｃｅｎｔｅｒ ｆｏｒ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎを介して一般公開されている。
本明細書で使用される「免疫シグナル伝達因子」とは、場合によっては、免疫シグナル伝達経路を活性化する分子、タンパク質、ペプチド等を指す。
本明細書で使用される「免疫抑制因子」または「免疫調節因子」または「寛容原性因子」とは、細胞が投与、移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）、または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）時に宿主またはレシピエント対象の免疫系によって認識される能力を調節するかまたはそれに影響を及ぼす、低免疫因子、補体インヒビター、及び他の因子を含む。これらは、追加の遺伝子改変と組み合わせたものであってもよい。
「増加した」、「増加」、または「強化する」もしくは「活性化する」という用語は全て、本明細書で統計学的に有意な量の増加を一般に意味するように使用される。疑義を避けるために、「増加した」、「増加」、または「強化する」もしくは「活性化する」という用語は、参照レベルと比較して少なくとも１０％の増加、例えば、参照レベルと比較して少なくとも約２０％、もしくは少なくとも約３０％、もしくは少なくとも約４０％、もしくは少なくとも約５０％、もしくは少なくとも約６０％、もしくは少なくとも約７０％、もしくは少なくとも約８０％、もしくは少なくとも約９０％の増加、または最大１００％かつこれを含む増加、または１０～１００％の任意の増加、または参照レベルと比較して少なくとも約２倍、もしくは少なくとも約３倍、もしくは少なくとも約４倍、もしくは少なくとも約５倍、もしくは少なくとも約１０倍の増加、または２倍～１０倍超の任意の増加を意味する。いくつかの実施形態では、基底レベルとも称される参照レベルは、０である。
いくつかの実施形態では、変化は、インデルである。本明細書で使用されるとき、「インデル」とは、挿入、欠失、またはそれらの組み合わせに起因する変異を指す。当業者には理解されようが、ゲノム配列のコード領域におけるインデルは、インデルの長さが３の倍数でない限り、フレームシフト変異をもたらすことになる。いくつかの実施形態では、変化は、点変異である。本明細書で使用されるとき、「点変異」とは、ヌクレオチドのうちの１つを置き換える置換を指す。本開示の遺伝子編集（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）システムを使用して、標的ポリヌクレオチド配列において任意の長さのインデルまたは点変異を誘導することができる。
本明細書で使用されるとき、「ノックダウン」とは、標的ｍＲＮＡまたは対応する標的タンパク質の発現の低減を指す。ノックダウンは一般的に、ＲＮＡの発現レベルの低減を媒介しない非対照分子（例えば、非標的化対照ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、またはｍｉＲＮＡ）の投与または発現後に存在するレベルに対して報告される。いくつかの実施形態では、標的遺伝子のノックダウンは、条件付きもしくは誘導性ｓｈＲＮＡ、条件付きもしくは誘導性ｓｉＲＮＡ、条件付きもしくは誘導性ｍｉＲＮＡ、または条件付きもしくは誘導性ＣＲＩＳＰＲ干渉（ＣＲＩＳＰＲｉ）を用いて達成される。いくつかの実施形態では、標的遺伝子のノックダウンは、条件付きまたは誘導性デグロン法等のタンパク質ベースの方法を用いて達成される。いくつかの実施形態では、標的遺伝子のノックダウンは、ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡを含めた遺伝子改変、または遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）の使用によって達成される。
ノックダウンは一般的に、定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）増幅を使用してｍＲＮＡレベルを測定することによって、またはウェスタンブロットもしくは酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）によってタンパク質レベルを測定することによって評定される。タンパク質レベルの分析は、ｍＲＮＡ切断ならびに翻訳阻害の両方の評定を提供する。ノックダウンを測定するためのさらなる技法には、ＲＮＡ溶液ハイブリダイゼーション、ヌクレアーゼ保護、ノーザンハイブリダイゼーション、マイクロアレイを用いた遺伝子発現の監視、抗体結合、ラジオイムノアッセイ、及び蛍光活性化細胞解析が含まれる。当業者であれば、本明細書に記載の詳細に基づいて、本開示の遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）をどのように使用して、標的ポリヌクレオチド配列またはその一部分をノックアウトするかについて容易に理解しよう。
本明細書における「ノックイン（ｋｎｏｃｋ ｉｎ）」または「ノックイン（ｋｎｏｃｋ－ｉｎ）」とは、宿主細胞における染色体遺伝子座内へのＤＮＡ配列の挿入からもたらされる遺伝子改変を意味する。これは、ノックインされた遺伝子、遺伝子の一部分、または核酸配列挿入産物の発現の開始または発現レベルの増加、例えば、ＲＮＡ転写物レベル及び／またはコードされたタンパク質レベルの増加を引き起こす。当業者には理解されようが、これは、遺伝子もしくはその一部分の１つもしくは複数の追加のコピーを宿主細胞に挿入もしくは付加すること、または内在性遺伝子の調節構成要素を変化させることにより、作製されるタンパク質の発現を増加させること、または発現が所望される特定の核酸配列を挿入することを含めた、いくつかの方式で遂行することができる。これは、プロモーターを改変すること、異なるプロモーターを付加すること、エンハンサーを付加すること、他の調節要素を付加すること、または他の遺伝子発現配列を改変することによって遂行されてもよい。
本明細書で使用されるとき、「ノックアウト（ｋｎｏｃｋ ｏｕｔ）」または「ノックアウト（ｋｎｏｃｋ－ｏｕｔ）」は、標的ポリヌクレオチド配列の翻訳または機能を妨げるように、標的ポリヌクレオチド配列の全てまたは一部分を欠失させることを含む。例えば、ノックアウトは、標的ポリヌクレオチド配列の機能的ドメイン（例えば、ＤＮＡ結合ドメイン）内を含めて、標的ポリヌクレオチド配列内に挿入または欠失（「インデル」）を誘導することにより標的ポリヌクレオチド配列を変化させることによって、達成され得る。当業者であれば、本明細書に記載の詳細に基づいて、本開示の遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）をどのように使用して、標的ポリヌクレオチド配列またはその一部分をノックアウトするかについて容易に理解しよう。
いくつかの実施形態では、遺伝子改変または変化は、標的ポリヌクレオチド配列またはその一部分のノックアウトまたはノックダウンをもたらす。本開示の遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）を使用した標的ポリヌクレオチド配列またはその一部分のノックアウトは、様々な用途に有用であり得る。例えば、細胞内の標的ポリヌクレオチド配列のノックアウトを研究目的のためにインビトロで実施することができる。エクスビボ目的では、細胞内の標的ポリヌクレオチド配列のノックアウトは、（例えば、細胞における変異アレルをエクスビボでノックアウトし、ノックアウトされた変異アレルを含むそれらの細胞を対象に導入することによって）標的ポリヌクレオチド配列の発現に関連する障害を処置もしくは予防するか、または細胞の遺伝型もしくは表現型を変更するのに有用であり得る。
遺伝子発現の「調節」とは、遺伝子の発現レベルの変化を指す。発現の調節には、遺伝子活性化及び遺伝子抑制が含まれ得るが、これらに限定されない。調節はまた、完全であってもよく（すなわち、遺伝子発現が完全に不活性化されるか、または野生型のレベル以上まで活性化される）、またはそれは部分的であってもよい（遺伝子発現が部分的に低減されるか、または野生型のレベルのある割合まで部分的に活性化される）。
追加のまたは代替の態様では、本開示は、当業者に利用可能な任意の様態で、例えば、ＴＡＬエフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）またはジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）システム等のヌクレアーゼシステムを利用して、標的ポリヌクレオチド配列を変化させることを企図する。ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ（例えば、Ｃａｓ９及びＣａｓ１２ａ）及びＴＡＬＥＮを利用した方法の例が本明細書に詳述されているが、本開示は、これらの方法／システムの使用に限定されないことを理解されたい。標的細胞における発現を低減または消失させるために、当業者に既知の他の標的化方法を本明細書で利用することができる。本明細書で提供される方法を使用して、細胞内の標的ポリヌクレオチド配列を変化させることができる。本開示は、任意の目的のために細胞内の標的ポリヌクレオチド配列を変化させることを企図する。いくつかの実施形態では、細胞内の標的ポリヌクレオチド配列は、変異細胞を生産するように変化させられる。本明細書で使用されるとき、「変異細胞」とは、結果として生じる遺伝型がその元の遺伝型とは異なる細胞を指す。いくつかの事例では、「変異細胞」は、例えば、正常に機能している遺伝子が本開示の遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）システムを使用して変化させられる場合、変異表現型を示す。他の事例では、「変異細胞」は、例えば、本開示の遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）システムを使用して変異遺伝型が補正される場合、野生型表現型を示す。いくつかの実施形態では、細胞内の標的ポリヌクレオチド配列は、遺伝子変異を補正または修復するように（例えば、細胞に正常な表現型を取り戻すように）変化させられる。いくつかの実施形態では、細胞内の標的ポリヌクレオチド配列は、遺伝子変異を誘導するように（例えば、遺伝子またはゲノム要素の機能を破壊するように）変化させられる。
「ニューロリギン－４ Ｙ連鎖」、「ニューロリギン－４－Ｙ」、及び「ＮＬＧＮ４Ｙ」、ならびにそれらの変形は、ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子によってコードされるＹ染色体連鎖抗原を指す。
「作動的に連結された」または「作動可能に連結された」という用語は、２つ以上の構成要素（配列要素等）の並置に関して互換的に使用され、これらの構成要素は、両方の構成要素が正常に機能し、構成要素のうちの少なくとも１つが、その他の構成要素のうちの少なくとも１つに及ぼす機能を媒介し得るという可能性を許容するように配置される。例示説明として、プロモーター等の転写調節配列は、その転写調節配列が１つまたは複数の転写調節因子の存否に応答してコード配列の転写レベルを制御する場合、コード配列に作動的に連結されている。転写調節配列は、一般に、シスでコード配列と作動的に連結されるが、それに直接隣接している必要はない。例えば、エンハンサーは、コード配列に、それらが連続していない場合であっても、作動的に連結されている転写調節配列である。
「患者」または「レシピエント患者」という用語は、本明細書に記載される細胞による処置（予防的処置を含む）が提供される、動物、例えば、ヒトを指す。ヒト患者等の特定の動物に特有である感染症、病態、または疾患状態の処置の場合、患者という用語は、その特定の動物を指す。「患者」という用語はまた、哺乳動物、爬虫類、両生類、及び魚類を含むがこれらに限定されない、任意の脊椎動物も包含する。しかしながら、有利には、患者は、ヒト等の哺乳動物、または、例えば、イヌ、ネコ、ウマ等の飼育哺乳動物、もしくは、例えば、ウシ、ヒツジ、ブタ等の生産哺乳動物等の他の哺乳動物である。
本明細書で使用される「多能性幹細胞」は、内胚葉（例えば、胃壁、消化管、肺等）、中胚葉（例えば、筋肉、骨、血液、泌尿生殖器系組織等）、または外胚葉（例えば、上皮組織及び神経系組織）の３種の胚葉のうちのいずれかへと分化する潜在能力を有する。本明細書で使用される「多能性幹細胞」という用語はまた、「人工多能性幹細胞」または「ｉＰＳＣ」、すなわち非多能性細胞に由来する多能性幹細胞の一種も包含する。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞は、多能性細胞ではない細胞から生産または生成される。換言すれば、多能性幹細胞は、非多能性細胞の直接的または間接的な子孫であり得る。親細胞の例としては、種々の手段によって多能性で未分化の表現型を誘導するように再プログラミングされた体細胞が挙げられる。かかる「ｉＰＳ」または「ｉＰＳＣ」細胞は、ある特定の調節遺伝子の発現を誘導することによって、またはある特定のタンパク質の外因性の適用によって作出することができる。ｉＰＳ細胞の誘導のための方法は、当該技術分野で既知であり、下記にさらに記載される（例えば、Ｚｈｏｕ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ ２７（１１）：２６６７－７４（２００９）、Ｈｕａｎｇｆｕ ｅｔ ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２６（７）：７９５（２００８）、Ｗｏｌｔｊｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ４５８（７２３９）：７６６－７７０（２００９）、及びＺｈｏｕ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ ８：３８１－３８４（２００９）を参照されたく、同文献の各々は参照によりそれらの全体が本明細書に援用される）。人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）の生成は、下記に概説される。本明細書で使用されるとき、「ｈｉＰＳＣ」は、ヒト人工多能性幹細胞である。いくつかの実施形態では、本明細書で使用される「多能性幹細胞」はまた、間葉幹細胞（ＭＳＣ）、及び／または胚性幹細胞（ＥＳＣ）も包含する。
本明細書で使用されるとき、「プロモーター」、「プロモーター配列」、または「プロモーター領域」とは、ＲＮＡポリメラーゼに結合することが可能であり、下流のコードまたは非コード配列の転写の開始に関与するＤＮＡ調節領域／配列を指す。いくつかの例では、プロモーター配列は、転写開始部位を含み、バックグラウンドを上回る検出可能なレベルで転写を開始させるのに必要な最低限の数の塩基または要素を含むように上流に伸長する。いくつかの実施形態では、プロモーター配列は、転写開始部位、ならびにＲＮＡポリメラーゼの結合を担うタンパク質結合ドメインを含む。真核生物プロモーターは、常にではないがしばしば、「ＴＡＴＡ」ボックス及び「ＣＡＴ」ボックスを含有する。
いくつかの実施形態では、記載される操作された及び／または低免疫原性細胞は、初代Ｔ細胞もしくはその子孫から増殖される。本明細書で使用されるとき、「初代Ｔ細胞またはその子孫から増殖される」という用語は、ドナー対象から単離される最初の初代Ｔ細胞及びその任意の後続の子孫を包含する。本明細書で使用されるとき、「子孫」という用語は、例えば、第１世代子孫を包含し、すなわち、子孫は、例えば慣習的な増殖方法によって、最初の初代Ｔ細胞から直接派生するか、それから入手されるか、それから入手可能であるか、またはそれから派生可能である。「子孫」という用語はまた、第２、第３、第４、第５、第６、第７、またはそれよりも先の世代等のさらなる世代、すなわち、例えば慣習的な増殖方法によって、前の世代から派生するか、それから入手されるか、それから入手可能であるか、またはそれから派生可能である細胞の世代も包含する。「子孫」という用語はまた、最初の初代Ｔ細胞またはその子孫の改変または変化に起因する改変された細胞も包含する。
「プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖」、「プロトカドヘリン－１１－Ｙ」、及び「ＰＣＤＨ１１Ｙ」、ならびにそれらの変形は、ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子によってコードされるＹ染色体連鎖抗原を指す。
本明細書で使用されるとき、「調節配列」、「調節要素」、及び「制御要素」という用語は、互換的であり、発現させるポリヌクレオチド標的の上流（５’非コード配列）、その内部、または下流（３’非翻訳配列）にあるポリヌクレオチド配列を指す。調節配列は、例えば、限定されないが、転写のタイミング、転写の量もしくはレベル、ＲＮＡプロセシングもしくは安定性、及び／または関連する構造的ヌクレオチド配列の翻訳に影響を及ぼす。調節配列には、活性化因子結合配列、エンハンサー、イントロン、ポリアデニル化認識配列、プロモーター、リプレッサー結合配列、ステムループ構造、翻訳開始配列、翻訳リーダー配列、転写終結配列、翻訳終結配列、プライマー結合部位等が含まれ得る。ほとんどの場合、調節配列の厳密な境界は完全には定義されていないので、異なる長さのヌクレオチド配列が同一の調節活性またはプロモーター活性を有し得ることが認識される。
本明細書で使用される「セーフハーバー遺伝子座」とは、新たに挿入された遺伝要素が予測通りに機能することを可能にする様態での導入遺伝子または外因性遺伝子の発現を可能にし、また宿主細胞にリスクをもたらす様態での宿主ゲノムの変化を引き起こさない可能性がある、遺伝子座を指す。例となる「セーフハーバー」遺伝子座には、ＣＣＲ５遺伝子、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（別名、ＡＡＶＳ１）遺伝子、ＣＬＹＢＬ遺伝子、及び／またはＲｏｓａ遺伝子（例えば、ＲＯＳＡ２６）が含まれるが、これらに限定されない。
本明細書で使用される「標的遺伝子座」とは、導入遺伝子または外因性遺伝子の発現を可能にする遺伝子座を指す。例となる「標的遺伝子座」には、ＣＸＣＲ４遺伝子、アルブミン遺伝子、ＳＨＳ２３１遺伝子座、Ｆ３遺伝子（別名、ＣＤ１４２）、ＭＩＣＡ遺伝子、ＭＩＣＢ遺伝子、ＬＲＰ１遺伝子（別名、ＣＤ９１）、ＨＭＧＢ１遺伝子、ＡＢＯ遺伝子、ＲＨＤ遺伝子、ＦＵＴ１遺伝子、及び／またはＫＤＭ５Ｄ遺伝子（別名、ＨＹ）が含まれるが、これらに限定されない。外因性遺伝子をコードする外因性ポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、ＴＲＢＣ、ＣＣＲ５、Ｆ３（すなわち、ＣＤ１４２）、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＬＲＰ１、ＨＭＧＢ１、ＡＢＯ、ＲＨＤ、ＦＵＴ１、ＫＤＭ５Ｄ（すなわち、ＨＹ）、ＰＤＧＦＲａ、ＯＬＩＧ２、及び／またはＧＦＡＰのＣＤＳ領域に挿入され得る。外因性遺伝子をコードする外因性ポリヌクレオチドは、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（すなわち、ＡＡＶＳ１）またはＣＣＲ５のイントロン１または２に挿入され得る。外因性遺伝子をコードする外因性ポリヌクレオチドは、ＣＣＲ５のエクソン１または２または３に挿入され得る。外因性遺伝子をコードする外因性ポリヌクレオチドは、ＣＬＹＢＬのイントロン２に挿入され得る。外因性遺伝子をコードする外因性ポリヌクレオチドは、Ｃｈ－４：５８，９７６，６１３（すなわち、ＳＨＳ２３１）における５００ｂｐウィンドウに挿入され得る。外因性遺伝子をコードする外因性ポリヌクレオチドは、例えば、セーフハーバーまたは標的遺伝子座内のイントロン、エクソン、またはコード配列領域を含めた、外因性遺伝子の発現を可能にする前述のセーフハーバーまたは標的遺伝子座の任意の好適な領域に挿入され得る。
患者に関連して使用される「感作された」という用語は、外来細胞に反応する抗体を有する患者を指す。いくつかの実施形態では、本開示は、感作された対象の処置を企図する。例えば、本処置方法に企図される対象は、Ｙ染色体連鎖抗原を含む１つまたは複数の同種異系抗原にまたはそれに対して感作されている。いくつかの実施形態では、患者は、以前の妊娠または以前の同種異系移植片（例えば、同種異系細胞移植片、同種異系輸血、同種異系組織移植片、及び同種異系臓器移植片を含むがこれらに限定されない）から感作されている。いくつかの実施形態では、患者は、１つまたは複数の同種異系抗原に対して反応性のメモリーＢ細胞及び／またはメモリーＴ細胞を示す。
いくつかの実施形態では、本開示は、感作されていない対象の処置を企図する。例えば、本処置方法に企図される対象は、Ｙ染色体連鎖抗原を含む１つまたは複数の同種異系抗原にまたはそれに対して感作されていない。いくつかの実施形態では、患者は、以前の妊娠または以前の同種異系移植片（例えば、同種異系細胞移植片、同種異系輸血、同種異系組織移植片、及び同種異系臓器移植片を含むがこれらに限定されない）から感作されていない。いくつかの実施形態では、患者は、１つまたは複数の同種異系抗原に対して反応性のメモリーＢ細胞及び／またはメモリーＴ細胞を示さない。
本明細書で使用されるとき、「標的」とは、本明細書に記載の方法によって調節可能な低減された発現の対象となる遺伝子、遺伝子の一部分、ゲノムの一部分、またはタンパク質を指し得る。
本明細書で使用されるとき、「治療上有効量」とは、疾患、障害、または病態の処置及び／または管理において治療上の有益性を提供するのに十分な量を指す。いくつかの実施形態では、治療上有効量は、疾患、障害、もしくは病態の進行、または疾患、障害、もしくは病態の症状もしくは副作用を改善、軽減、安定化、逆行、減速、減弱、または遅延させるのに十分な量である。いくつかの実施形態では、治療上有効量は、臨床的有効量でもある。他の実施形態では、治療上有効量は、臨床的有効量ではない。
本明細書で使用されるとき、「処置すること」及び「処置」という用語は、対象が疾患の少なくとも１つの症状の低減または疾患の改善、例えば、有益なまたは所望の治療結果または臨床結果を有するように、治療上有効量または臨床的有効量の本明細書に記載の細胞を対象に投与することを含む。本技術の目的において、有益なまたは所望の治療結果または臨床結果には、検出可能であるか検出不能であるかにかかわらず、１つまたは複数の症状の緩和、疾患の程度の減弱、安定化した（すなわち、悪化していない）疾患状態、疾患進行の遅延または減速、疾患状態の改善または一時的緩和、及び寛解（部分的か完全かにかかわらず）が含まれるが、これらに限定されない。処置することは、処置を受けない場合に予想される生存期間と比較して生存期間を延長することを指し得る。故に、当業者は、処置が病状を改善し得るが、疾患に対する完全な治療ではない場合があることを認識している。いくつかの実施形態では、病態、疾患、または障害の１つまたは複数の症状は、病態、疾患、または障害の処置により少なくとも５％、少なくとも１０％、少なくとも２０％、少なくとも３０％、少なくとも４０％、または少なくとも５０％緩和される。
本技術の目的において、疾患処置の有益なまたは所望の治療結果または臨床結果には、検出可能であるか検出不能であるかにかかわらず、１つまたは複数の症状の緩和、疾患の程度の減弱、安定化した（すなわち、悪化していない）疾患状態、疾患進行の遅延または減速、疾患状態の改善または一時的緩和、及び寛解（部分的か完全かにかかわらず）が含まれるが、これらに限定されない。
「ベクター」または「構築物」は、遺伝子配列を標的細胞に移入することができる。典型的には、「ベクター構築物」、「発現ベクター」、及び「遺伝子移入ベクター」とは、目的の遺伝子の発現を導くことができ、遺伝子配列を標的細胞に移入し得る、任意の核酸構築物を意味する。故に、この用語は、クローニング、及び発現ビヒクル、ならびに組み込みベクターを含む。ベクターまたは構築物を細胞内に導入するための方法は、当業者に既知であり、これには脂質媒介性移入（すなわち、中性及びカチオン性脂質を含むリポソーム）、エレクトロポレーション、直接注入、細胞融合、粒子ボンバードメント、リン酸カルシウム共沈、ＤＥＡＥ－デキストラン媒介性移入、及びウイルスベクター媒介性移入が含まれるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、該細胞は、未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減されたまたは増加した１つまたは複数の標的の発現を有するように操作される。細胞の文脈における「野生型（ｗｉｌｄ－ｔｙｐｅ）」または「野生型（ｗｔ）」または「対照」とは、自然界に見出される任意の細胞を意味する。野生型または対照細胞の例としては、自然界に見出される初代細胞及びＴ細胞が挙げられる。しかしながら、例として、本明細書で使用されるとき、操作されたＴ細胞及び／または低免疫原性Ｔ細胞の文脈において、「野生型」または「対照」とはまた、低減された１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／またはクラスＩＩ分子及び／またはＴ細胞受容体の発現、及び／またはＣＤ４７タンパク質の過剰発現をもたらす核酸変化を含有し得るが、低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現を達成するような本開示の遺伝子編集手順を受けなかった、操作されたＴ細胞及び／または低免疫原性Ｔ細胞も意味し得る。例えば、本明細書で使用されるとき、「野生型」または「対照」とは、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、及び／またはＴＲＡＣの発現が低減またはノックアウトされた操作された細胞を意味する。同じく本明細書で使用されるとき、「野生型」または「対照」とは、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、及び／またはＴＲＢＣの発現が低減またはノックアウトされた操作された細胞を意味する。本明細書で使用されるとき、「野生型」または「対照」とはまた、ＣＤ４７タンパク質の過剰発現をもたらす核酸変化を含有し得るが、低減された１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／またはクラスＩＩ分子及び／またはＴ細胞受容体の発現をもたらすような遺伝子編集手順を受けなかった、操作された細胞も意味する。ｉＰＳＣまたはその子孫の文脈において、「野生型」または「対照」とはまた、多能性をもたらす核酸変化を含有し得るが、低減された１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／またはクラスＩＩ分子及び／またはＴ細胞受容体及び／または１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現、及び／またはＣＤ４７タンパク質の過剰発現を達成するような本開示の遺伝子編集手順を受けなかった、ｉＰＳＣまたはその子孫も意味する。例えば、本明細書で使用されるとき、「野生型」または「対照」とは、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、及び／またはＴＲＡＣの発現が低減またはノックアウトされたｉＰＳＣまたはその子孫を意味する。同じく本明細書で使用されるとき、「野生型」または「対照」とは、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、及び／またはＴＲＢＣの発現が低減またはノックアウトされたｉＰＳＣまたはその子孫を意味する。初代Ｔ細胞またはその子孫の文脈において、「野生型」または「対照」とはまた、低減された１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ分子及び／またはクラスＩＩ分子及び／またはＴ細胞受容体の発現をもたらす核酸変化を含有し得るが、低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現を達成するような本開示の遺伝子編集手順を受けなかった、初代Ｔ細胞またはその子孫も意味する。例えば、本明細書で使用されるとき、「野生型」または「対照」とは、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、及び／またはＴＲＡＣの発現が低減またはノックアウトされているが、低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現を達成するような遺伝子編集手順を受けなかった、初代Ｔ細胞またはその子孫を意味する。同じく本明細書で使用されるとき、「野生型」または「対照」とは、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、及び／またはＴＲＢＣの発現が低減またはノックアウトされているが、低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現を達成するような遺伝子編集手順を受けなかった、初代Ｔ細胞またはその子孫を意味する。また、初代Ｔ細胞またはその子孫の文脈において、「野生型」または「対照」とはまた、ＣＤ４７タンパク質の過剰発現をもたらす核酸変化を含有し得るが、低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現を達成するような遺伝子編集手順を受けなかった、初代Ｔ細胞またはその子孫も意味する。いくつかの実施形態では、野生型または対照細胞は、出発物質である。いくつかの実施形態では、出発物質は、１つまたは複数の遺伝子の発現が変化するように他の方法で改変または操作される。いくつかの実施形態では、「野生型」または「対照」とは、Ｙ染色体を有する細胞を指す。
本明細書で使用されるとき、「Ｙ染色体連鎖抗原」、「Ｙ染色体抗原」、「組織適合性Ｙ染色体連鎖抗原」、または「男性特異的抗原」、及びそれらの変形は、免疫応答を誘発することができる、Ｙ染色体上の遺伝子によってコードされるペプチドを指す。特に、ペプチドは、ＭＨＣ分子の関連において提示されたときに及び／または当該ペプチドに対する抗体が存在するときに免疫応答を誘発することができる。Ｙ染色体連鎖抗原には、Ｙ染色体上の遺伝子によってコードされる全タンパク質の抗原性部分である、または全タンパク質である抗原が含まれる。Ｙ染色体連鎖抗原の例としては、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖（ＰＣＤＨ１１Ｙ）、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖（ＮＬＧＮ４Ｙ）、Ｈ－Ｙ抗原等が挙げられるが、これらに限定されない。
特許請求の範囲は、いずれの任意選択的な要素も除外するように起草され得ることに留意されたい。したがって、この記述は、特許請求の範囲の要素の列挙に関連した「単に」、「のみ」等のような排他的な専門用語の使用のため、または「否定的な」制限の使用のための先行詞として役立つよう意図される。本開示を読むと当業者には明らかであるように、本明細書に記載及び例示される個々の実施形態の各々は、本開示の範囲または趣旨から逸脱することなく、他のいくつかの実施形態のうちのいずれかの特徴から容易に切り離されるか、またはそれと組み合わされる別々の構成要素及び特徴を有する。いずれの列挙される方法も、列挙される事象の順序で、または論理的に可能な任意の他の順序で実施され得る。本明細書に記載される方法及び材料と類似または同等の任意の方法及び材料が、本開示の実施または試験においても使用され得るが、代表的な例示的方法及び材料が次に記載される。
別途定義されない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、本技術が属する技術分野の当業者によって一般に理解される意味と同じ意味を有する。値の範囲が提供される場合、文脈上そうでないとする明確な指示がない限り下限値の単位の１０分の１までの、その範囲の上限値から下限値の間の各介在値、ならびにその記載範囲の任意の他の記載値または介在値が、本開示内に包含されることが理解される。これらのより小さい範囲の上限値及び下限値は独立して、より小さい範囲内に含まれてもよく、また、記載範囲内の任意の具体的に除外される限界値を条件として、本開示内に包含されてもよい。記載範囲が限界値の一方または両方を含む場合、それらの含まれる限界値の片方または両方を除外する範囲もまた本開示に含まれる。ある特定の範囲は、本明細書で、数値の前に「約」という用語を付けて提示される。「約」という用語は、それが前に付く数そのもの、ならびにこの用語が前に付く数に近いまたはそれに近似する数に文字通りの支持を提供するように本明細書で使用される。ある数が具体的に列挙される数に近いまたはそれに近似するかどうかを決定する際、その近いまたは近似する列挙されていない数は、提示される文脈において、具体的に列挙される数の実質的な同等値を提供する数であり得る。約という用語は、値のプラスまたはマイナス１０パーセント（１０％）を意味するように本明細書で使用される。例えば、「約１００」とは、９０～１１０の間の任意の数を指す。
本明細書で引用される全ての刊行物、特許、及び特許出願は、あたかもそれぞれ個々の刊行物、特許、または特許出願が、参照により援用されることが明確かつ個別に示された場合と同じ程度に、参照により本明細書に援用される。さらに、引用される各刊行物、特許、または特許出願は、それらの刊行物が関連して引用される内容を開示及び説明するために、参照により本明細書に援用される。いずれの刊行物の引用も、出願日より前のその開示のためのものであり、本明細書に記載の技術が、先行技術に基づいてかかる刊行物に先行する権利を有しないことを認めるものとして解釈されるべきではない。さらに、提供される刊行物の日付は、実際の刊行物の日付とは異なる場合があり、独立して確認する必要があり得る。
本技術をさらに説明する前に、本技術が記載される特定の実施形態に限定されず、かくして当然のことながら、様々であり得ることを理解されたい。本明細書で使用される専門用語は、特定の実施形態を説明するためのものにすぎず、本開示の範囲は添付の特許請求の範囲によってのみ限定されるため、限定するものとしては意図されないことも理解されたい。本明細書で使用される見出しは、限定するものではなく、読み手に方向性を与えることが意図されるにすぎないが、その内容は一般に、本明細書に開示される技術に当てはまることも理解されるべきである。
ＩＩＩ．発明を実施するための形態
Ａ．低免疫原性細胞
いくつかの実施形態では、本開示は、未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含み、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドを含む、操作された（例えば、改変及び遺伝子改変された）細胞を提供し、ここで、操作された細胞は、初代Ｔ細胞またはその子孫、人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）またはその子孫から増殖される。いくつかの実施形態では、該細胞はまた、ＮＫ細胞媒介性及び／または抗体ベースの免疫応答の活性化を回避することもできる。
いくつかの実施形態では、細胞は、人工多能性幹細胞、その任意の種類の分化細胞、初代免疫細胞、及び任意の組織の他の初代細胞である。いくつかの実施形態では、分化細胞は、心臓細胞及びその亜集団、神経細胞及びその亜集団、脳内皮細胞及びその亜集団、ドーパミン作動性ニューロン及びその亜集団、グリア前駆細胞及びその亜集団、内皮細胞及びその亜集団、甲状腺細胞及びその亜集団、肝細胞及びその亜集団、膵島細胞及びその亜集団、または網膜色素上皮細胞及びその亜集団である。いくつかの実施形態では、分化細胞は、Ｔ細胞及びその亜集団、ＮＫ細胞及びその亜集団、ならびに内皮細胞及びその亜集団である。いくつかの実施形態では、初代免疫細胞は、Ｔ細胞及びその亜集団ならびにＮＫ細胞及びその亜集団である。いくつかの実施形態では、初代組織細胞には、初代内皮細胞及びその亜集団が含まれる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及びニューロリギン－４ Ｙ連鎖ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、ＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態では、本開示は、多能性幹細胞（例えば、多能性幹細胞及び人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ））、かかる多能性幹細胞に由来する分化細胞（限定されないが、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、心臓細胞、神経細胞、脳内皮細胞、ドーパミン作動性ニューロン、グリア前駆細胞、内皮細胞、甲状腺細胞、肝細胞、膵島細胞、及び網膜色素上皮細胞等）、及び初代細胞（限定されないが、初代Ｔ細胞及び初代ＮＫ細胞等）を対象とする。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞、それに由来する分化細胞、例えば、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、心臓細胞、神経細胞、脳内皮細胞、ドーパミン作動性ニューロン、グリア前駆細胞、内皮細胞、甲状腺細胞、肝細胞、膵島細胞、及び網膜色素上皮細胞、ならびに初代Ｔ細胞及び初代ＮＫ細胞等の初代細胞は、低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現または発現の欠如に向けて操作され、いくつかの事例では、低減されたＴ細胞受容体（ＴＣＲ）複合体の発現または発現の欠如に向けて操作される。いくつかの実施形態では、低免疫（ＨＩＰ）Ｔ細胞及び初代Ｔ細胞は、低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現または発現の欠如に加えて、ＣＤ４７及びキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を過剰発現し、低減されたＴ細胞受容体（ＴＣＲ）複合体の発現を有するかまたはその発現を欠いている。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ３８、ＣＤ１２３、ＣＤ１３８、及びＢＣＭＡからなる群から選択されるいずれか１つに結合する抗原結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ１９特異的ＣＡＲである。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ２０特異的ＣＡＲである。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ２２特異的ＣＡＲである。いくつかの事例では、ＣＡＲは、ＣＤ３８特異的ＣＡＲである。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ１２３特異的ＣＡＲである。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ１３８特異的ＣＡＲである。いくつかの事例では、ＣＡＲは、ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲである。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、二重特異的ＣＡＲである。いくつかの実施形態では、二重特異的ＣＡＲは、ＣＤ１９／ＣＤ２０二重特異的ＣＡＲである。いくつかの実施形態では、二重特異的ＣＡＲは、ＣＤ１９／ＣＤ２２二重特異的ＣＡＲである。いくつかの実施形態では、二重特異的ＣＡＲは、ＢＣＭＡ／ＣＤ３８二重特異的ＣＡＲである。いくつかの実施形態では、記載される細胞は、ＣＤ１９特異的ＣＡＲ、ならびに、限定されないが、ＣＤ２０特異的ＣＡＲ、ＣＤ２２特異的ＣＡＲ、ＣＤ３８特異的ＣＡＲ、ＣＤ１２３特異的ＣＡＲ、ＣＤ１３８特異的ＣＡＲ、及びＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ等の異なるＣＡＲを発現する。いくつかの実施形態では、記載される細胞は、ＣＤ２０特異的ＣＡＲ、ならびに、限定されないが、ＣＤ２２特異的ＣＡＲ、ＣＤ３８特異的ＣＡＲ、ＣＤ１２３特異的ＣＡＲ、ＣＤ１３８特異的ＣＡＲ、ＣＤ１９特異的ＣＡＲ、及びＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ等の異なるＣＡＲを発現する。いくつかの実施形態では、記載される細胞は、ＣＤ２２特異的ＣＡＲ、ならびに、限定されないが、ＣＤ１９特異的ＣＡＲ、ＣＤ２０特異的ＣＡＲ、ＣＤ３８特異的ＣＡＲ、ＣＤ１２３特異的ＣＡＲ、ＣＤ１３８特異的ＣＡＲ、及びＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ等の異なるＣＡＲを発現する。いくつかの実施形態では、記載される細胞は、ＣＤ３８特異的ＣＡＲ、ならびに、限定されないが、ＣＤ２０特異的ＣＡＲ、ＣＤ２２特異的ＣＡＲ、ＣＤ１８特異的ＣＡＲ、ＣＤ１２３特異的ＣＡＲ、ＣＤ１３８特異的ＣＡＲ、及びＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ等の異なるＣＡＲを発現する。いくつかの実施形態では、記載される細胞は、ＣＤ１２３特異的ＣＡＲ、ならびに、限定されないが、ＣＤ２０特異的ＣＡＲ、ＣＤ２２特異的ＣＡＲ、ＣＤ３８特異的ＣＡＲ、ＣＤ１９特異的ＣＡＲ、ＣＤ１３８特異的ＣＡＲ、及びＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ等の異なるＣＡＲを発現する。いくつかの実施形態では、記載される細胞は、ＣＤ１３８特異的ＣＡＲ、ならびに、限定されないが、ＣＤ２０特異的ＣＡＲ、ＣＤ２２特異的ＣＡＲ、ＣＤ３８特異的ＣＡＲ、ＣＤ１２３特異的ＣＡＲ、ＣＤ１９特異的ＣＡＲ、及びＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ等の異なるＣＡＲを発現する。いくつかの実施形態では、記載される細胞は、ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ、ならびに、限定されないが、ＣＤ２０特異的ＣＡＲ、ＣＤ２２特異的ＣＡＲ、ＣＤ３８特異的ＣＡＲ、ＣＤ１２３特異的ＣＡＲ、ＣＤ１３８特異的ＣＡＲ、及びＣＤ１９特異的ＣＡＲ等の異なるＣＡＲを発現する。
いくつかの実施形態では、限定されないが、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、心臓細胞、神経細胞、脳内皮細胞、ドーパミン作動性ニューロン、グリア前駆細胞、内皮細胞、甲状腺細胞、肝細胞、膵島細胞、及び網膜色素上皮細胞等の、ｉＰＳＣに由来する低免疫細胞は、ＣＤ４７を過剰発現し、ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子のゲノム改変またはノックアウトもしくはノックダウンを含む。いくつかの実施形態では、限定されないが、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、心臓細胞、神経細胞、脳内皮細胞、ドーパミン作動性ニューロン、グリア前駆細胞、内皮細胞、甲状腺細胞、肝細胞、膵島細胞、及び網膜色素上皮細胞等の、ｉＰＳＣに由来する低免疫細胞は、ＣＤ４７を過剰発現し、ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子のゲノム改変またはノックアウトもしくはノックダウンを含む。いくつかの実施形態では、限定されないが、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、心臓細胞、神経細胞、脳内皮細胞、ドーパミン作動性ニューロン、グリア前駆細胞、内皮細胞、甲状腺細胞、肝細胞、膵島細胞、及び網膜色素上皮細胞等の、ｉＰＳＣに由来する低免疫細胞は、ＣＤ４７を過剰発現し、Ｂ２Ｍ遺伝子のゲノム改変またはノックアウトもしくはノックダウンを含む。いくつかの実施形態では、限定されないが、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、心臓細胞、神経細胞、脳内皮細胞、ドーパミン作動性ニューロン、グリア前駆細胞、内皮細胞、甲状腺細胞、肝細胞、膵島細胞、及び網膜色素上皮細胞等の、ｉＰＳＣに由来する低免疫細胞は、ＣＤ４７を過剰発現し、ＣＩＩＴＡ遺伝子のゲノム改変またはノックアウトもしくはノックダウンを含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙ－／－、ＮＬＧＮ４Ｙ－／－、Ｂ２Ｍ－／－、ＣＩＩＴＡ－／－、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙ－／－、ＮＬＧＮ４Ｙ－／－、Ｂ２Ｍ－／－、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙノックダウン、ＮＬＧＮ４Ｙノックダウン、Ｂ２Ｍノックダウン、ＣＩＩＴＡノックダウン、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙノックダウン、ＮＬＧＮ４Ｙノックダウン、Ｂ２Ｍノックダウン、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、ｉＰＳＣに由来する低免疫細胞は、低免疫原性人工多能性幹細胞等の人工多能性幹細胞を分化させることによって生産される。いくつかの実施形態では、該細胞は、未変化または未改変の野生型細胞または対照細胞を含めた野生型または対照細胞と比較して改変または操作される。いくつかの実施形態では、野生型細胞または対照細胞は、出発物質である。いくつかの実施形態では、出発物質は、操作された細胞を生成するために１つまたは複数の遺伝子の発現が変化するように他の方法で改変または操作される。
いくつかの実施形態では、限定されないが、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、心臓細胞、神経細胞、脳内皮細胞、ドーパミン作動性ニューロン、グリア前駆細胞、内皮細胞、甲状腺細胞、肝細胞、膵島細胞、及び網膜色素上皮細胞等の、ＥＳＣに由来する低免疫細胞は、ＣＤ４７を過剰発現し、ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子のゲノム改変またはノックアウトもしくはノックダウンを含む。いくつかの実施形態では、限定されないが、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、心臓細胞、神経細胞、脳内皮細胞、ドーパミン作動性ニューロン、グリア前駆細胞、内皮細胞、甲状腺細胞、肝細胞、膵島細胞、及び網膜色素上皮細胞等の、ＥＳＣに由来する低免疫細胞は、ＣＤ４７を過剰発現し、ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子のゲノム改変またはノックアウトもしくはノックダウンを含む。いくつかの実施形態では、限定されないが、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、心臓細胞、神経細胞、脳内皮細胞、ドーパミン作動性ニューロン、グリア前駆細胞、内皮細胞、甲状腺細胞、肝細胞、膵島細胞、及び網膜色素上皮細胞等の、ＥＳＣに由来する低免疫細胞は、ＣＤ４７を過剰発現し、Ｂ２Ｍ遺伝子のゲノム改変またはノックアウトもしくはノックダウンを含む。いくつかの実施形態では、限定されないが、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、心臓細胞、神経細胞、脳内皮細胞、ドーパミン作動性ニューロン、グリア前駆細胞、内皮細胞、甲状腺細胞、肝細胞、膵島細胞、及び網膜色素上皮細胞等の、ＥＳＣに由来する低免疫細胞は、ＣＤ４７を過剰発現し、ＣＩＩＴＡ遺伝子のゲノム改変またはノックアウトもしくはノックダウンを含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙ－／－、ＮＬＧＮ４Ｙ－／－、Ｂ２Ｍ－／－、ＣＩＩＴＡ－／－、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙ－／－、ＮＬＧＮ４Ｙ－／－、Ｂ２Ｍ－／－、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙノックダウン、ＮＬＧＮ４Ｙノックダウン、Ｂ２Ｍノックダウン、ＣＩＩＴＡノックダウン、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙノックダウン、ＮＬＧＮ４Ｙノックダウン、Ｂ２Ｍノックダウン、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、ｉＰＳＣに由来する低免疫細胞は、低免疫原性胚性幹細胞等の人工多能性幹細胞を分化させることによって生産される。いくつかの実施形態では、該細胞は、未変化または未改変の野生型細胞または対照細胞を含めた野生型または対照細胞と比較して改変または操作される。いくつかの実施形態では、野生型細胞または対照細胞は、出発物質である。いくつかの実施形態では、出発物質は、操作された細胞を生成するために１つまたは複数の遺伝子の発現が変化するように他の方法で改変または操作される。
いくつかの実施形態では、ｉＰＳＣに由来する低免疫（ＨＩＰ）Ｔ細胞、及び初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７及びキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を過剰発現し、ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子のゲノム改変またはノックアウトもしくはノックダウンを含む。いくつかの実施形態では、ｉＰＳＣに由来する低免疫（ＨＩＰ）Ｔ細胞、及び初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７及びキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を過剰発現し、ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子のゲノム改変またはノックアウトもしくはノックダウンを含む。いくつかの実施形態では、ｉＰＳＣに由来する低免疫（ＨＩＰ）Ｔ細胞、及び初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７及びキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を過剰発現し、Ｂ２Ｍ遺伝子のゲノム改変またはノックアウトもしくはノックダウンを含む。いくつかの実施形態では、ｉＰＳＣに由来する低免疫（ＨＩＰ）Ｔ細胞、及び初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７を過剰発現し、ＣＩＩＴＡ遺伝子のゲノム改変またはノックアウトもしくはノックダウンを含む。いくつかの実施形態では、ｉＰＳＣに由来する低免疫（ＨＩＰ）Ｔ細胞、及び初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７及びＣＡＲを過剰発現し、ＴＲＡＣ遺伝子のゲノム改変またはノックアウトもしくはノックダウンを含む。いくつかの実施形態では、ｉＰＳＣに由来する低免疫（ＨＩＰ）Ｔ細胞、及び初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７及びＣＡＲを過剰発現し、ＴＲＢ遺伝子のゲノム改変またはノックアウトもしくはノックダウンを含む。いくつかの実施形態では、ｉＰＳＣに由来する低免疫（ＨＩＰ）Ｔ細胞、及び初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７及びＣＡＲを過剰発現し、ＰＣＤＨ１１Ｙ、ＮＬＧＮ４Ｙ、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、及びＴＲＢ遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数のゲノム改変またはノックアウトもしくはノックダウンを含む。いくつかの実施形態では、ｉＰＳＣに由来する低免疫（ＨＩＰ）Ｔ細胞、及び初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７及びＣＡＲを過剰発現し、ＰＣＤＨ１１Ｙ、ＮＬＧＮ４Ｙ、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、及びＴＲＢ遺伝子のゲノム改変またはノックアウトもしくはノックダウンを含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＣＡＲもまた発現する、Ｂ２Ｍ－／－、ＣＩＩＴＡ－／－、ＴＲＡＣ－／－、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＣＡＲもまた発現する、Ｂ２Ｍ－／－、ＴＲＡＣ－／－、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、低免疫（ＨＩＰ）Ｔ細胞は、低免疫原性人工多能性幹細胞等の人工多能性幹細胞を分化させることによって生産される。いくつかの実施形態では、該細胞は、未変化または未改変の野生型細胞または対照細胞を含めた野生型または対照細胞と比較して改変または操作される。いくつかの実施形態では、野生型細胞または対照細胞は、出発物質である。いくつかの実施形態では、出発物質は、操作された細胞を生成するために１つまたは複数の遺伝子の発現が変化するように他の方法で改変または操作される。
いくつかの実施形態では、ｉＰＳＣに由来する低免疫（ＨＩＰ）Ｔ細胞、及び初代Ｔ細胞は、ＣＡＲもまた発現する、ＰＣＤＨ１１Ｙ－／－、ＮＬＧＮ４Ｙ－／－、Ｂ２Ｍ－／－、ＣＩＩＴＡ－／－、ＴＲＢ－／－、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、ｉＰＳＣに由来する低免疫（ＨＩＰ）Ｔ細胞、及び初代Ｔ細胞は、ＣＡＲもまた発現する、ＰＣＤＨ１１Ｙ－／－、ＮＬＧＮ４Ｙ－／－、Ｂ２Ｍ－／－、ＴＲＢ－／－、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＣＡＲもまた発現する、ＰＣＤＨ１１Ｙ－／－、ＮＬＧＮ４Ｙ－／－，Ｂ２Ｍ－／－、ＣＩＩＴＡ－／－、ＴＲＡＣ－／－、ＴＲＢ－／－、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＣＡＲもまた発現する、ＰＣＤＨ１１Ｙ－／－、ＮＬＧＮ４Ｙ－／－，Ｂ２Ｍ－／－、ＴＲＡＣ－／－、ＴＲＢ－／－、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。ある特定の実施形態では、該細胞は、ＣＡＲもまた発現する、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＴＲＡＣインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。ある特定の実施形態では、該細胞は、ＣＡＲもまた発現する、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＴＲＡＣインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。ある特定の実施形態では、該細胞は、ＣＡＲもまた発現する、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＴＲＢインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。ある特定の実施形態では、該細胞は、ＣＡＲもまた発現する、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＴＲＢインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。ある特定の実施形態では、該細胞は、ＣＡＲもまた発現する、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＴＲＡＣインデル／インデル、ＴＲＢインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。ある特定の実施形態では、該細胞は、ＣＡＲもまた発現する、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＴＲＡＣインデル／インデル、ＴＲＢインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＣＡＲもまた発現する、ＰＣＤＨ１１Ｙノックダウン、ＮＬＧＮ４Ｙノックダウン、Ｂ２Ｍノックダウン、ＣＩＩＴＡノックダウン、ＴＲＡＣノックダウン、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。ある特定の実施形態では、該細胞は、ＣＡＲもまた発現する、ＰＣＤＨ１１Ｙノックダウン、ＮＬＧＮ４Ｙノックダウン、Ｂ２Ｍノックダウン、ＣＩＩＴＡノックダウン、ＴＲＢノックダウン、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。ある特定の実施形態では、該細胞は、ＣＡＲもまた発現する、ＰＣＤＨ１１Ｙノックダウン、ＮＬＧＮ４Ｙノックダウン、Ｂ２Ｍノックダウン、ＣＩＩＴＡノックダウン、ＴＲＡＣノックダウン、ＴＲＢノックダウン、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＣＡＲもまた発現する、ＰＣＤＨ１１Ｙノックダウン、ＮＬＧＮ４Ｙノックダウン、Ｂ２Ｍノックダウン、ＴＲＡＣノックダウン、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。ある特定の実施形態では、該細胞は、ＣＡＲもまた発現する、ＰＣＤＨ１１Ｙノックダウン、ＮＬＧＮ４Ｙノックダウン、Ｂ２Ｍノックダウン、ＴＲＢノックダウン、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。ある特定の実施形態では、該細胞は、ＣＡＲもまた発現する、ＰＣＤＨ１１Ｙノックダウン、ＮＬＧＮ４Ｙノックダウン、Ｂ２Ｍノックダウン、ＴＲＡＣノックダウン、ＴＲＢノックダウン、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、未変化または未改変の野生型細胞または対照細胞を含めた野生型または対照細胞と比較して改変または操作される。いくつかの実施形態では、野生型細胞または対照細胞は、出発物質である。いくつかの実施形態では、出発物質は、操作された細胞を生成するために１つまたは複数の遺伝子の発現が変化するように他の方法で改変または操作される。
いくつかの実施形態では、記載される操作または改変された細胞は、多能性幹細胞、人工多能性幹細胞、かかる多能性幹細胞及び人工多能性幹細胞から分化したＮＫ細胞、かかる多能性幹細胞及び人工多能性幹細胞から分化したＴ細胞、または初代Ｔ細胞である。初代Ｔ細胞の非限定的な例としては、ＣＤ３＋ Ｔ細胞、ＣＤ４＋ Ｔ細胞、ＣＤ８＋ Ｔ細胞、ナイーブＴ細胞、制御性Ｔ（Ｔｒｅｇ）細胞、非制御性Ｔ細胞、Ｔｈ１細胞、Ｔｈ２細胞、Ｔｈ９細胞、Ｔｈ１７細胞、濾胞性ヘルパーＴ（Ｔｆｈ）細胞、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）、エフェクターＴ（Ｔｅｆｆ）細胞、セントラルメモリーＴ（Ｔｃｍ）細胞、エフェクターメモリーＴ（Ｔｅｍ）細胞、ＣＤ４５ＲＡを発現するエフェクターメモリーＴ細胞（ＴＥＭＲＡ細胞）、組織常在メモリー（Ｔｒｍ）細胞、仮想メモリーＴ細胞、自然メモリーＴ細胞、メモリー幹細胞（Ｔｓｃ）、γδＴ細胞、及びＴ細胞の任意の他のサブタイプが挙げられる。いくつかの実施形態では、初代Ｔ細胞は、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、メモリーＴ細胞、制御性Ｔ細胞、腫瘍浸潤リンパ球、及びそれらの組み合わせを含む群から選択される。ＮＫ細胞及び初代ＮＫ細胞の非限定的な例としては、未成熟ＮＫ細胞及び成熟ＮＫ細胞が挙げられる。いくつかの実施形態では、該細胞は、未変化または未改変の野生型細胞または対照細胞を含めた野生型または対照細胞と比較して改変または操作される。いくつかの実施形態では、野生型細胞または対照細胞は、出発物質である。いくつかの実施形態では、出発物質は、操作された細胞を生成するために１つまたは複数の遺伝子の発現が変化するように他の方法で改変または操作される。
いくつかの実施形態では、初代Ｔ細胞は、レシピエント対象（例えば、該細胞を投与される患者）とは異なる１以上のドナー対象からの初代Ｔ細胞のプールからのものである。初代Ｔ細胞は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、２０、５０、１００、またはそれよりも多くのドナー対象から入手し、一緒にプールすることができる。初代Ｔ細胞は、１以上、２以上、３以上、４以上、５以上、６以上、７以上、８以上、９以上、１０以上、２０以上、５０以上、または１００以上のドナー対象から入手し、一緒にプールすることができる。いくつかの実施形態では、初代Ｔ細胞は、１以上の個体から採取され、いくつかの事例では、初代Ｔ細胞または初代Ｔ細胞のプールは、インビトロで培養される。いくつかの実施形態では、初代Ｔ細胞または初代Ｔ細胞のプールは、ＣＤ４７を外因性で発現するように操作され、インビトロで培養される。
ある特定の実施形態では、初代Ｔ細胞または初代Ｔ細胞のプールは、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を発現するように操作される。ＣＡＲは、当業者に既知のいずれでもあり得る。有用なＣＡＲには、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ３８、ＣＤ１２３、ＣＤ１３８、及びＢＣＭＡを含む群から選択される抗原に結合するものが含まれる。場合によっては、ＣＡＲは、限定されないが、チサゲンレクルユーセル及びアキシカブタゲンシロルユーセル、または臨床試験で調査中のその他において使用されるもの等の、ＦＤＡ承認済みのＣＡＲ－Ｔ細胞療法で使用されるものと同じまたは同等である。
いくつかの実施形態では、初代Ｔ細胞または初代Ｔ細胞のプールは、未改変の初代Ｔ細胞と比較して低減された内在性Ｔ細胞受容体の発現を示すように操作される。ある特定の実施形態では、初代Ｔ細胞または初代Ｔ細胞のプールは、未改変の初代Ｔ細胞と比較して低減されたＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、またはＣＴＬＡ－４及びＰＤ－１の両方の発現を示すように操作される。Ｔ細胞を含めた細胞を遺伝子改変する方法は、例えば、ＷＯ２０２０／０１８６２０及びＷＯ２０１６／１８３０４１に詳述され、同文献の開示は参照により、表、付録、配列表、及び図を含めてそれらの全体が本明細書に援用される。
いくつかの実施形態では、ＣＡＲ－Ｔ細胞は、（ａ）抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及びシグナル伝達ドメインを含む第１世代ＣＡＲ、（ｂ）抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び少なくとも２つのシグナル伝達ドメインを含む第２世代ＣＡＲ、（ｃ）抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び少なくとも３つのシグナル伝達ドメインを含む第３世代ＣＡＲ、ならびに（ｄ）抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、３つまたは４つのシグナル伝達ドメイン、及びＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインを含む第４世代ＣＡＲを含む群から選択されるＣＡＲを含む。
いくつかの実施形態では、ＣＡＲ－Ｔ細胞は、抗原結合ドメイン、膜貫通、及び１つまたは複数のシグナル伝達ドメインを含むＣＡＲを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲはまた、リンカーも含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ１９抗原結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ２０抗原結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ２２結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＢＣＭＡ結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ２８またはＣＤ８α膜貫通ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ８αシグナルペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＷｈｉｔｌｏｗリンカーＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号９９）を含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲの抗原結合ドメインは、（ａ）新生細胞に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、（ｂ）Ｔ細胞に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、（ｃ）自己免疫疾患／障害及び／または炎症性疾患／障害に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、（ｄ）老化細胞に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、（ｅ）感染性疾患に特有の抗原を標的とする抗原結合ドメイン、及び（ｆ）細胞の細胞表面抗原に結合する抗原結合ドメインを含むがこれらに限定されない群から選択される。
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、１つまたは複数のリンカーをさらに含む。ｓｃＦｖの形式は一般に、２つの可変ドメインが柔軟なペプチド配列または「リンカー」によって、ＶＨ－リンカー－ＶＬまたはＶＬ－リンカー－ＶＨのいずれかの向きで連結されたものである。本明細書に鑑みて当該技術分野で既知の任意の好適なリンカーがＣＡＲで使用され得る。好適なリンカーの例としては、ＧＳベースのリンカー配列、及びＷｈｉｔｌｏｗリンカーＧＳＴＳＧＳＧＫＰＧＳＧＥＧＳＴＫＧ（配列番号９９）が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、リンカーは、ＧＳまたはｇｌｙ－ｓｅｒリンカーである。例となるｇｌｙ－ｓｅｒポリペプチドリンカーは、アミノ酸配列Ｓｅｒ（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）ｎ、ならびに（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）ｎ及び／または（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ３）ｎを含む。いくつかの実施形態では、ｎ＝１である。いくつかの実施形態では、ｎ＝２である。いくつかの実施形態では、ｎ＝３、すなわち、Ｓｅｒ（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）３である。いくつかの実施形態では、ｎ＝４、すなわち、Ｓｅｒ（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）４である。いくつかの実施形態では、ｎ＝５である。いくつかの実施形態では、ｎ＝６である。いくつかの実施形態では、ｎ＝７である。いくつかの実施形態では、ｎ＝８である。いくつかの実施形態では、ｎ＝９である。いくつかの実施形態では、ｎ＝１０である。別の例となるｇｌｙ－ｓｅｒポリペプチドリンカーは、アミノ酸配列Ｓｅｒ（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）ｎを含む。いくつかの実施形態では、ｎ＝１である。いくつかの実施形態では、ｎ＝２である。いくつかの実施形態では、ｎ＝３である。別の実施形態では、ｎ＝４である。いくつかの実施形態では、ｎ＝５である。いくつかの実施形態では、ｎ＝６である。別の例となるｇｌｙ－ｓｅｒポリペプチドリンカーは、（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ）ｎを含む。いくつかの実施形態では、ｎ＝１である。いくつかの実施形態では、ｎ＝２である。いくつかの実施形態では、ｎ＝３である。いくつかの実施形態では、ｎ＝４である。いくつかの実施形態では、ｎ＝５である。いくつかの実施形態では、ｎ＝６である。別の例となるｇｌｙ－ｓｅｒポリペプチドリンカーは、（Ｇｌｙ３Ｓｅｒ）ｎを含む。いくつかの実施形態では、ｎ＝１である。いくつかの実施形態では、ｎ＝２である。いくつかの実施形態では、ｎ＝３である。いくつかの実施形態では、ｎ＝４である。別の実施形態では、ｎ＝５である。さらに別の実施形態では、ｎ＝６である。別の例となるｇｌｙ－ｓｅｒポリペプチドリンカーは、（Ｇｌｙ４Ｓｅｒ３）ｎを含む。いくつかの実施形態では、ｎ＝１である。いくつかの実施形態では、ｎ＝２である。いくつかの実施形態では、ｎ＝３である。いくつかの実施形態では、ｎ＝４である。いくつかの実施形態では、ｎ＝５である。いくつかの実施形態では、ｎ＝６である。別の例となるｇｌｙ－ｓｅｒポリペプチドリンカーは、（Ｇｌｙ３Ｓｅｒ）ｎを含む。いくつかの実施形態では、ｎ＝１である。いくつかの実施形態では、ｎ＝２である。いくつかの実施形態では、ｎ＝３である。いくつかの実施形態では、ｎ＝４である。別の実施形態では、ｎ＝５である。さらに別の実施形態では、ｎ＝６である。
いくつかの実施形態では、抗原結合ドメインは、抗体、その抗原結合部分または断片、ｓｃＦｖ、及びＦａｂを含む群から選択される。いくつかの実施形態では、抗原結合ドメインは、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ３８、ＣＤ１２３、ＣＤ１３８、またはＢＣＭＡに結合する。いくつかの実施形態では、抗原結合ドメインは、限定されないがＦＭＣ６３等の抗ＣＤ１９ ｓｃＦｖである。いくつかの実施形態では、抗原結合ドメインは、抗ＣＤ２０ ｓｃＦｖである。いくつかの実施形態では、抗原結合ドメインは、抗ＣＤ２２ ｓｃＦｖである。いくつかの実施形態では、抗原結合ドメインは、抗ＢＣＭＡ ｓｃＦｖである。
いくつかの実施形態では、膜貫通ドメインは、ＴＣＲα、ＴＣＲβ、ＴＣＲζ、ＣＤ３ε、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、ＣＤ３ζ、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８α、ＣＤ８β、ＣＤ９、ＣＤ１６、ＣＤ２８、ＣＤ４５、ＣＤ２２、ＣＤ３３、ＣＤ３４、ＣＤ３７、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ／ＣＤ１５４、ＣＤ４５、ＣＤ６４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＯＸ４０／ＣＤ１３４、４－１ＢＢ／ＣＤ１３７、ＣＤ１５４、ＦｃεＲＩγ、ＶＥＧＦＲ２、ＦＡＳ、ＦＧＦＲ２Ｂ、及びそれらの機能的バリアントの膜貫通領域を含む群から選択される１つを含む。
いくつかの実施形態では、ＣＡＲのシグナル伝達ドメイン（複数可）は、共刺激ドメイン（複数可）を含む。例えば、シグナル伝達ドメイン（単数）が、共刺激ドメイン（単数）を含有し得る。あるいは、シグナル伝達ドメイン（単数）が、１つまたは複数の共刺激ドメインを含有し得る。ある特定の実施形態では、シグナル伝達ドメイン（単数）は、共刺激ドメイン（単数）を含む。他の実施形態では、シグナル伝達ドメイン（複数）は、共刺激ドメイン（複数）を含む。場合によっては、ＣＡＲが２つ以上の共刺激ドメインを含む場合、２つの共刺激ドメインは、同じでない。いくつかの実施形態では、共刺激ドメインは、同じでない２つの共刺激ドメインを含む。いくつかの実施形態では、共刺激ドメインは、Ｔ細胞活性化中のサイトカイン産生、ＣＡＲ－Ｔ細胞増殖、及び／またはＣＡＲ－Ｔ細胞存続を強化する。いくつかの実施形態では、共刺激ドメインは、Ｔ細胞活性化中のサイトカイン産生、ＣＡＲ－Ｔ細胞増殖、及び／またはＣＡＲ－Ｔ細胞存続を強化する。
本明細書に記載されるように、第４世代ＣＡＲは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、３つまたは４つのシグナル伝達ドメイン、及びＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインを含有し得る。いくつかの事例では、サイトカイン遺伝子は、操作された及び／または低免疫原性細胞の内在性または外因性サイトカイン遺伝子である。場合によっては、サイトカイン遺伝子は、炎症誘発性サイトカインをコードする。いくつかの実施形態では、炎症誘発性サイトカインは、ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－９、ＩＬ－１２、ＩＬ－１８、ＴＮＦ、ＩＦＮ－ガンマ、及びこれらの機能的断片を含む群から選択される。いくつかの実施形態では、ＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインは、転写因子またはその機能的ドメインもしくは断片を含む。
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ３ゼータ（ＣＤ３ζ）ドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアントを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、及び（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインもしくは４－１ＢＢドメイン、またはその機能的バリアントを含む。他の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、及び（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアントを含む。ある特定の実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアント、及び（ｉｖ）サイトカインまたは共刺激リガンド導入遺伝子を含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）抗ＣＤ１９ ｓｃＦｖ、（ｉｉ）ＣＤ８αヒンジ及び膜貫通ドメインまたはその機能的バリアント、（ｉｉｉ）４－１ＢＢ共刺激ドメインまたはその機能的バリアント、ならびに（ｉｖ）ＣＤ３ζシグナル伝達ドメインまたはその機能的バリアントを含む。
ＣＡＲ構築物を導入する方法またはＣＡＲ－Ｔ細胞を生産する方法は、当業者に周知されている。詳細な説明は、例えば、Ｖｏｒｍｉｔｔａｇ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．，２０１８，５３，１６２－１８１、及びＥｙｑｕｅｍ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０１７，５４３，１１３－１１７に見出される。
いくつかの実施形態では、初代Ｔ細胞に由来する細胞は、例えば、内在性Ｔ細胞受容体遺伝子（例えば、Ｔ細胞受容体アルファ定常領域（ＴＲＡＣ）またはＴ細胞受容体ベータ定常領域（ＴＲＢ））の破壊によって、低減された内在性Ｔ細胞受容体の発現を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるようなポリペプチド（例えば、キメラ抗原受容体、ＣＤ４７、または本明細書に開示される別の寛容原性因子）をコードする外因性核酸は、破壊されたＴ細胞受容体遺伝子にて挿入される。いくつかの実施形態では、ポリペプチドをコードする外因性核酸は、ＴＲＡＣまたはＴＲＢ遺伝子座にて挿入される。
いくつかの実施形態では、初代Ｔ細胞に由来する細胞は、低減された細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ４）及び／またはプログラム細胞死（ＰＤ１）の発現を含む。ＣＴＬＡ４、ＰＤ１、ならびにＣＴＬＡ４及びＰＤ１の両方の発現を低減または排除する方法には、限定されないが、レアカットエンドヌクレアーゼを利用する遺伝子改変技術、及びＲＮＡサイレンシングまたはＲＮＡ干渉技術等の、当業者に認識されるいずれも含まれ得る。レアカットエンドヌクレアーゼの非限定的な例としては、任意のＣａｓタンパク質、ＴＡＬＥＮ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、メガヌクレアーゼ、及び／またはホーミングエンドヌクレアーゼが挙げられる。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるようなポリペプチド（例えば、キメラ抗原受容体、ＣＤ４７、または本明細書に開示される別の寛容原性因子）をコードする外因性核酸は、ＣＴＬＡ４及び／またはＰＤ１遺伝子座にて挿入される。
いくつかの実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子は、細胞のあらかじめ選択された遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＡＲをコードする導入遺伝子は、細胞のあらかじめ選択された遺伝子座内に挿入される。ある特定の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、細胞のあらかじめ選択された遺伝子座内に挿入される。あらかじめ選択された遺伝子座は、セーフハーバーまたは標的遺伝子座であり得る。セーフハーバーまたは標的遺伝子座の非限定的な例としては、ＣＣＲ５遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（別名、ＡＡＶＳ１）遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、及びＲｏｓａ遺伝子座（例えば、ＲＯＳＡ２６遺伝子座）が挙げられるが、これらに限定されない。標的遺伝子座の非限定的な例としては、ＣＸＣＲ４遺伝子座、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、Ｆ３遺伝子座（別名、ＣＤ１４２）、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、ＬＲＰ１遺伝子座（別名、ＣＤ９１遺伝子座）、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座が挙げられるが、これらに限定されない。ＣＤ４７導入遺伝子は、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（すなわち、ＡＡＶＳ１）またはＣＣＲ５のイントロン１または２に挿入され得る。ＣＤ４７導入遺伝子は、ＣＣＲ５のエクソン１または２または３に挿入され得る。ＣＤ４７導入遺伝子は、ＣＬＹＢＬのイントロン２に挿入され得る。ＣＤ４７導入遺伝子は、Ｃｈ－４：５８，９７６，６１３（すなわち、ＳＨＳ２３１）における５００ｂｐウィンドウに挿入され得る。ＣＤ４７導入遺伝子は、例えば、セーフハーバーまたは標的遺伝子座内のイントロン、エクソン、またはコード配列領域を含めた、外因性遺伝子の発現を可能にする前述のセーフハーバーまたは標的遺伝子座の任意の好適な領域に挿入され得る。いくつかの実施形態では、あらかじめ選択された遺伝子座は、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、及びＴＲＢ遺伝子座からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、あらかじめ選択された遺伝子座は、Ｂ２Ｍ遺伝子座である。いくつかの実施形態では、あらかじめ選択された遺伝子座は、ＣＩＩＴＡ遺伝子座である。いくつかの実施形態では、あらかじめ選択された遺伝子座は、ＴＲＡＣ遺伝子座である。いくつかの実施形態では、あらかじめ選択された遺伝子座は、ＴＲＢ遺伝子座である。
いくつかの実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、同じ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、異なる遺伝子座内に挿入される。多くの事例では、ＣＤ４７導入遺伝子は、セーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。多くの事例では、ＣＡＲをコードする導入遺伝子は、セーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。いくつかの事例では、ＣＤ４７導入遺伝子は、Ｂ２Ｍ遺伝子座内に挿入される。いくつかの事例では、ＣＡＲをコードする導入遺伝子は、Ｂ２Ｍ遺伝子座内に挿入される。ある特定の事例では、ＣＤ４７導入遺伝子は、ＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入される。ある特定の事例では、ＣＡＲをコードする導入遺伝子は、ＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入される。特定の事例では、ＣＤ４７導入遺伝子は、ＴＲＡＣ遺伝子座内に挿入される。特定の事例では、ＣＡＲをコードする導入遺伝子は、ＴＲＡＣ遺伝子座内に挿入される。多くの他の事例では、ＣＤ４７導入遺伝子は、ＴＲＢ遺伝子座内に挿入される。多くの他の事例では、ＣＡＲをコードする導入遺伝子は、ＴＲＢ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、セーフハーバーまたは標的遺伝子座（例えば、ＣＣＲ５遺伝子座、ＣＸＣＲ４遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子座、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、Ｒｏｓａ遺伝子座、Ｆ３（ＣＤ１４２）遺伝子座、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、ＬＲＰ１（ＣＤ９１）遺伝子座、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座内に挿入される。
ある特定の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、セーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。ある特定の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、単一のプロモーターによって制御され、セーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。ある特定の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、それらの独自のプロモーターによって制御され、セーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。ある特定の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、ＴＲＡＣ遺伝子座内に挿入される。ある特定の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、単一のプロモーターによって制御され、ＴＲＡＣ遺伝子座内に挿入される。ある特定の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、それらの独自のプロモーターによって制御され、ＴＲＡＣ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、ＴＲＢ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、単一のプロモーターによって制御され、ＴＲＢ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、それらの独自のプロモーターによって制御され、ＴＲＢ遺伝子座内に挿入される。他の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、Ｂ２Ｍ遺伝子座内に挿入される。他の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、単一のプロモーターによって制御され、Ｂ２Ｍ遺伝子座内に挿入される。他の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、それらの独自のプロモーターによって制御され、Ｂ２Ｍ遺伝子座内に挿入される。種々の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、ＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入される。種々の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、単一のプロモーターによって制御され、ＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入される。種々の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は、それらの独自のプロモーターによって制御され、ＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入される。
いくつかの事例では、記載される任意の導入遺伝子の発現を制御するプロモーターは、構成的プロモーターである。他の事例では、記載される任意の導入遺伝子のためのプロモーターは、誘導性プロモーターである。いくつかの実施形態では、プロモーターは、ＥＦ１αプロモーターである。いくつかの実施形態では、プロモーターは、ＣＡＧプロモーターである。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は両方とも、構成的プロモーターによって制御される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子は両方とも、誘導性プロモーターによって制御される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子は、構成的プロモーターによって制御され、ＣＡＲをコードする導入遺伝子は、誘導性プロモーターによって制御される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子は、誘導性プロモーターによって制御され、ＣＡＲをコードする導入遺伝子は、構成的プロモーターによって制御される。様々な実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子は、ＥＦ１αプロモーターによって制御され、ＣＡＲをコードする導入遺伝子は、ＥＦ１αプロモーターによって制御される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子は、ＣＡＧプロモーターによって制御され、ＣＡＲをコードする導入遺伝子は、ＣＡＧプロモーターによって制御される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子は、ＣＡＧプロモーターによって制御され、ＣＡＲをコードする導入遺伝子は、ＥＦ１αプロモーターによって制御される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子は、ＥＦ１αプロモーターによって制御され、ＣＡＲをコードする導入遺伝子は、ＣＡＧプロモーターによって制御される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子の両方の発現は、単一のＥＦ１αプロモーターによって制御される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子及びＣＡＲをコードする導入遺伝子の両方の発現は、単一のＣＡＧプロモーターによって制御される。
別の実施形態では、本明細書に開示される本開示は、ＣＤ４７を過剰発現し（例えば、ＣＤ４７タンパク質を外因性で発現し）、低減されたＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を有するかまたはその発現を欠いており、低減されたＴ細胞受容体（ＴＣＲ）複合体の発現を有するかまたはその発現を欠いている、多能性幹細胞（例えば、多能性幹細胞及び人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ））、かかる多能性幹細胞に由来する分化細胞（例えば、低免疫（ＨＩＰ）Ｔ細胞、ＮＫ細胞、心臓細胞、神経細胞、脳内皮細胞、ドーパミン作動性ニューロン、グリア前駆細胞、内皮細胞、甲状腺細胞、肝細胞、膵島細胞、及び網膜色素上皮細胞）、及び初代Ｔ細胞を対象とする。いくつかの実施形態では、低免疫（ＨＩＰ）Ｔ細胞及び初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７を過剰発現し（例えば、ＣＤ４７タンパク質を外因性で発現し）、低減された１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を有するかまたはその発現を欠いており、低減されたＴ細胞受容体（ＴＣＲ）複合体の発現を有するかまたはその発現を欠いている。
いくつかの実施形態では、多能性幹細胞（例えば、多能性幹細胞及び人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ））、かかる多能性幹細胞に由来する分化細胞（例えば、低免疫（ＨＩＰ）Ｔ細胞、ＮＫ細胞、心臓細胞、神経細胞、脳内皮細胞、ドーパミン作動性ニューロン、グリア前駆細胞、内皮細胞、甲状腺細胞、肝細胞、膵島細胞、及び網膜色素上皮細胞）、及び初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７を過剰発現し、Ｂ２Ｍ遺伝子のゲノム改変を含む。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞、かかる多能性幹細胞に由来する分化細胞、及び初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７を過剰発現し、ＣＩＩＴＡ遺伝子のゲノム改変を含む。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞、限定されないが、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、心臓細胞、神経細胞、脳内皮細胞、ドーパミン作動性ニューロン、グリア前駆細胞、内皮細胞、甲状腺細胞、肝細胞、膵島細胞、及び網膜色素上皮細胞等の、かかる多能性幹細胞に由来する分化細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙ－／－、ＮＬＧＮ４Ｙ－／－、Ｂ２Ｍ－／－、ＣＩＩＴＡ－／－、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙ－／－、ＮＬＧＮ４Ｙ－／－、Ｂ２Ｍ－／－、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙノックダウン、ＮＬＧＮ４Ｙノックダウン、Ｂ２Ｍノックダウン、ＣＩＩＴＡノックダウン、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙノックダウン、ＮＬＧＮ４Ｙノックダウン、Ｂ２Ｍノックダウン、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞、かかる多能性幹細胞から分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７を過剰発現し、ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子のゲノム改変を含む。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞、かかる多能性幹細胞から分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７を過剰発現し、ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子のゲノム改変を含む。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞、かかる多能性幹細胞から分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７を過剰発現し、ＴＲＡＣ遺伝子のゲノム改変を含む。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞、かかる多能性幹細胞から分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７を過剰発現し、ＴＲＢ遺伝子のゲノム改変を含む。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞、かかる多能性幹細胞から分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７を過剰発現し、ＰＣＤＨ１１Ｙ、ＮＬＧＮ４Ｙ、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、及びＴＲＢ遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数のゲノム改変を含む。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞、かかる多能性幹細胞から分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７を過剰発現し、ＰＣＤＨ１１Ｙ、ＮＬＧＮ４Ｙ、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、及びＴＲＡＣ遺伝子のゲノム改変を含む。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞、かかる多能性幹細胞から分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７を過剰発現し、ＰＣＤＨ１１Ｙ、ＮＬＧＮ４Ｙ、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、及びＴＲＢ遺伝子のゲノム改変を含む。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞、かかる多能性幹細胞から分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７を過剰発現し、ＰＣＤＨ１１Ｙ、ＮＬＧＮ４Ｙ、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、及びＴＲＢ遺伝子のゲノム改変を含む。ある特定の実施形態では、多能性幹細胞、かかる多能性幹細胞に由来する分化細胞、及び初代Ｔ細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙ－／－、ＮＬＧＮ４Ｙ－／－、Ｂ２Ｍ－／－、ＣＩＩＴＡ－／－、ＴＲＡＣ－／－、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。ある特定の実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙ－／－、ＮＬＧＮ４Ｙ－／－、Ｂ２Ｍ－／－、ＴＲＡＣ－／－、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。ある特定の実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙ－／－、ＮＬＧＮ４Ｙ－／－、Ｂ２Ｍ－／－、ＣＩＩＴＡ－／－、ＴＲＢ－／－、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。ある特定の実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙ－／－、ＮＬＧＮ４Ｙ－／－、Ｂ２Ｍ－／－、ＴＲＢ－／－、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。ある特定の実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙ－／－、ＮＬＧＮ４Ｙ－／－、Ｂ２Ｍ－／－、ＣＩＩＴＡ－／－、ＴＲＡＣ－／－、ＴＲＢ－／－、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。ある特定の実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙ－／－、ＮＬＧＮ４Ｙ－／－、Ｂ２Ｍ－／－、ＴＲＡＣ－／－、ＴＲＢ－／－、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＴＲＡＣインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＴＲＡＣインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＴＲＢインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＴＲＢインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＴＲＡＣインデル／インデル、ＴＲＢインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＴＲＡＣインデル／インデル、ＴＲＢインデル／インデル、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙノックダウン、ＮＬＧＮ４Ｙノックダウン、Ｂ２Ｍノックダウン、ＣＩＩＴＡノックダウン、ＴＲＡＣノックダウン、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙノックダウン、ＮＬＧＮ４Ｙノックダウン、Ｂ２Ｍノックダウン、ＣＩＩＴＡノックダウン、ＴＲＢノックダウン、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙノックダウン、ＮＬＧＮ４Ｙノックダウン、Ｂ２Ｍノックダウン、ＣＩＩＴＡノックダウン、ＴＲＡＣノックダウン、ＴＲＢノックダウン、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙノックダウン、ＮＬＧＮ４Ｙノックダウン、Ｂ２Ｍノックダウン、ＴＲＡＣノックダウン、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙノックダウン、ＮＬＧＮ４Ｙノックダウン、Ｂ２Ｍノックダウン、ＴＲＢノックダウン、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙノックダウン、ＮＬＧＮ４Ｙノックダウン、Ｂ２Ｍノックダウン、ＴＲＡＣノックダウン、ＴＲＢノックダウン、ＣＤ４７ｔｇ細胞である。いくつかの実施形態では、記載される操作または改変された細胞は、多能性幹細胞（例えば、胚性幹細胞または人工多能性幹細胞）、かかる多能性幹細胞から分化したＴ細胞、または初代Ｔ細胞である。初代Ｔ細胞の非限定的な例としては、ＣＤ３＋ Ｔ細胞、ＣＤ４＋ Ｔ細胞、ＣＤ８＋ Ｔ細胞、ナイーブＴ細胞、制御性Ｔ（Ｔｒｅｇ）細胞、非制御性Ｔ細胞、Ｔｈ１細胞、Ｔｈ２細胞、Ｔｈ９細胞、Ｔｈ１７細胞、濾胞性ヘルパーＴ（Ｔｆｈ）細胞、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）、エフェクターＴ（Ｔｅｆｆ）細胞、セントラルメモリーＴ（Ｔｃｍ）細胞、エフェクターメモリーＴ（Ｔｅｍ）細胞、ＣＤ４５ＲＡを発現するエフェクターメモリーＴ細胞（ＴＥＭＲＡ細胞）、組織常在メモリー（Ｔｒｍ）細胞、仮想メモリーＴ細胞、自然メモリーＴ細胞、メモリー幹細胞（Ｔｓｃ）、γδＴ細胞、及びＴ細胞の任意の他のサブタイプが挙げられる。いくつかの実施形態では、該細胞は、未変化または未改変の野生型細胞または対照細胞を含めた野生型または対照細胞と比較して改変または操作される。いくつかの実施形態では、野生型細胞または対照細胞は、出発物質である。いくつかの実施形態では、出発物質は、操作された細胞を生成するために１つまたは複数の遺伝子の発現が変化するように他の方法で改変または操作される。
いくつかの実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子は、細胞のあらかじめ選択された遺伝子座内に挿入される。あらかじめ選択された遺伝子座は、セーフハーバーまたは標的遺伝子座であり得る。セーフハーバーまたは標的遺伝子座の非限定的な例としては、ＣＣＲ５遺伝子座、ＣＸＣＲ４遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子座、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、Ｒｏｓａ遺伝子座、Ｆ３（ＣＤ１４２）遺伝子座、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、ＬＲＰ１（ＣＤ９１）遺伝子座、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座が挙げられる。いくつかの実施形態では、あらかじめ選択された遺伝子座は、ＴＲＡＣ遺伝子座である。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子は、セーフハーバーまたは標的遺伝子座（例えば、ＣＣＲ５遺伝子座、ＣＸＣＲ４遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子座、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、Ｒｏｓａ遺伝子座、Ｆ３（ＣＤ１４２）遺伝子座、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、ＬＲＰ１（ＣＤ９１）遺伝子座、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座内に挿入される。ある特定の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子は、Ｂ２Ｍ遺伝子座内に挿入される。ある特定の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子は、Ｂ２Ｍ遺伝子座内に挿入される。ある特定の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子は、ＴＲＡＣ遺伝子座内に挿入される。ある特定の実施形態では、ＣＤ４７導入遺伝子は、ＴＲＢ遺伝子座内に挿入される。
いくつかの事例では、ＣＤ４７導入遺伝子の発現は、構成的プロモーターによって制御される。他の事例では、ＣＤ４７導入遺伝子の発現は、誘導性プロモーターによって制御される。いくつかの実施形態では、プロモーターは、ＥＦ１アルファ（ＥＦ１α）プロモーターである。いくつかの実施形態では、プロモーターは、ＣＡＧプロモーターである。
なおも別の実施形態では、本明細書に開示される本開示は、低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を有するかまたはその発現を欠いており、低減されたＴ細胞受容体（ＴＣＲ）複合体の発現を有するかまたはその発現を欠いている、多能性幹細胞（例えば、多能性幹細胞及び人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ））、かかる多能性幹細胞に由来するＴ細胞（例えば、低免疫（ＨＩＰ）Ｔ細胞）、及び初代Ｔ細胞を対象とする。いくつかの実施形態では、該細胞は、低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびにＭＨＣクラスＩ抗原分子、ＭＨＣクラスＩＩ抗原分子、及びＴＣＲ複合体の発現を有するかまたはその発現を欠いている。
いくつかの実施形態では、多能性幹細胞（例えば、ｉＰＳＣ）、それに由来する分化細胞（例えば、それから分化したＴ細胞、ＮＫ細胞、心臓細胞、神経細胞、脳内皮細胞、ドーパミン作動性ニューロン、グリア前駆細胞、内皮細胞、甲状腺細胞、肝細胞、膵島細胞、及び網膜色素上皮細胞）、及び初代Ｔ細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子のゲノム改変またはノックダウンを含む。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞（例えば、ｉＰＳＣ）、それに由来する分化細胞（例えば、それから分化したＴ細胞、ＮＫ細胞、心臓細胞、神経細胞、脳内皮細胞、ドーパミン作動性ニューロン、グリア前駆細胞、内皮細胞、甲状腺細胞、肝細胞、膵島細胞、及び網膜色素上皮細胞）、及び初代Ｔ細胞は、ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子のゲノム改変またはノックダウンを含む。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞（例えば、ｉＰＳＣ）、それに由来する分化細胞（例えば、それから分化したＴ細胞、ＮＫ細胞、心臓細胞、神経細胞、脳内皮細胞、ドーパミン作動性ニューロン、グリア前駆細胞、内皮細胞、甲状腺細胞、肝細胞、膵島細胞、及び網膜色素上皮細胞）、及び初代Ｔ細胞は、Ｂ２Ｍ遺伝子のゲノム改変またはノックダウンを含む。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞（例えば、ｉＰＳＣ）、それに由来する分化細胞（例えば、それから分化したＴ細胞、ＮＫ細胞、心臓細胞、神経細胞、脳内皮細胞、ドーパミン作動性ニューロン、グリア前駆細胞、内皮細胞、甲状腺細胞、肝細胞、膵島細胞、及び網膜色素上皮細胞）、及び初代Ｔ細胞は、ＣＩＩＴＡ遺伝子のゲノム改変またはノックダウンを含む。いくつかの実施形態では、ｉＰＳＣならびに、限定されないが、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、心臓細胞、神経細胞、脳内皮細胞、ドーパミン作動性ニューロン、グリア前駆細胞、内皮細胞、甲状腺細胞、肝細胞、膵島細胞、及び網膜色素上皮細胞等の、かかる多能性幹細胞に由来する分化細胞を含めた細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙ－／－、ＮＬＧＮ４Ｙ－／－、Ｂ２Ｍ－／－、ＣＩＩＴＡ－／－細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙ－／－、ＮＬＧＮ４Ｙ－／－、Ｂ２Ｍ－／－細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙノックダウン、ＮＬＧＮ４Ｙノックダウン、Ｂ２Ｍノックダウン、ＣＩＩＴＡノックダウン細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙノックダウン、ＮＬＧＮ４Ｙノックダウン、Ｂ２Ｍノックダウン細胞である。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞（例えば、ＥＳＣまたはｉＰＳＣ）、それから分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子のゲノム改変またはノックダウンを含む。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞（例えば、ＥＳＣまたはｉＰＳＣ）、それから分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞は、ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子のゲノム改変またはノックダウンを含む。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞（例えば、ＥＳＣまたはｉＰＳＣ）、それから分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞は、ＴＲＡＣ遺伝子のゲノム改変またはノックダウンを含む。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞（例えば、ｉＰＳＣ）、それから分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞は、ＴＲＢ遺伝子のゲノム改変またはノックダウンを含む。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞（例えば、ｉＰＳＣ）、それから分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞は、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、及びＴＲＡＣ遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数のゲノム改変またはノックダウンを含む。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞（例えば、ｉＰＳＣ）、それから分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙ、ＮＬＧＮ４Ｙ、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、及びＴＲＢ遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数のゲノム改変またはノックダウンを含む。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞（例えば、ｉＰＳＣ）、それから分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙ、ＮＬＧＮ４Ｙ、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、及びＴＲＢ遺伝子からなる群から選択される１つまたは複数のゲノム改変またはノックダウンを含む。ある特定の実施形態では、ｉＰＳＣ、それから分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞を含めた細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙ－／－、ＮＬＧＮ４Ｙ－／－、Ｂ２Ｍ－／－、ＣＩＩＴＡ－／－、ＴＲＡＣ－／－細胞である。ある特定の実施形態では、ｉＰＳＣ、それから分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞を含めた細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙ－／－、ＮＬＧＮ４Ｙ－／－、Ｂ２Ｍ－／－、ＴＲＡＣ－／－細胞である。ある特定の実施形態では、ｉＰＳＣ、それから分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞を含めた細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙ－／－、ＮＬＧＮ４Ｙ－／－、Ｂ２Ｍ－／－、ＣＩＩＴＡ－／－、ＴＲＢ－／－細胞である。ある特定の実施形態では、ｉＰＳＣ、それから分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞を含めた細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙ－／－、ＮＬＧＮ４Ｙ－／－、Ｂ２Ｍ－／－、ＴＲＢ－／－細胞である。ある特定の実施形態では、ｉＰＳＣ、それから分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞を含めた細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙ－／－、ＮＬＧＮ４Ｙ－／－、Ｂ２Ｍ－／－、ＣＩＩＴＡ－／－、ＴＲＡＣ－／－、ＴＲＢ－／－細胞である。ある特定の実施形態では、ｉＰＳＣ、それから分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞を含めた細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙ－／－、ＮＬＧＮ４Ｙ－／－、Ｂ２Ｍ－／－、ＴＲＡＣ－／－、ＴＲＢ－／－細胞である。いくつかの実施形態では、ｉＰＳＣ、それから分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞を含めた細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＴＲＡＣインデル／インデル細胞である。いくつかの実施形態では、ｉＰＳＣ、それから分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞を含めた細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＴＲＡＣインデル／インデル細胞である。いくつかの実施形態では、ｉＰＳＣ、それから分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞を含めた細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＴＲＢインデル／インデル細胞である。いくつかの実施形態では、ｉＰＳＣ、それから分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞を含めた細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＴＲＢインデル／インデル細胞である。いくつかの実施形態では、ｉＰＳＣ、それから分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞を含めた細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＴＲＡＣインデル／インデル、ＴＲＢインデル／インデル細胞である。いくつかの実施形態では、ｉＰＳＣ、それから分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞を含めた細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＴＲＡＣインデル／インデル、ＴＲＢインデル／インデル細胞である。いくつかの実施形態では、ＥＳＣ、ｉＰＳＣ、それらから分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞を含めた細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙノックダウン、ＮＬＧＮ４Ｙノックダウン、Ｂ２Ｍノックダウン、ＣＩＩＴＡノックダウン、ＴＲＡＣノックダウン細胞である。いくつかの実施形態では、ｉＰＳＣ、それから分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞を含めた細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙノックダウン、ＮＬＧＮ４Ｙノックダウン、Ｂ２Ｍノックダウン、ＣＩＩＴＡノックダウン、ＴＲＢノックダウン細胞である。いくつかの実施形態では、ＥＳＣ、ｉＰＳＣ、それらから分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞を含めた細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙノックダウン、ＮＬＧＮ４Ｙノックダウン、Ｂ２Ｍノックダウン、ＣＩＩＴＡノックダウン、ＴＲＡＣノックダウン、ＴＲＢノックダウン細胞である。いくつかの実施形態では、ＥＳＣ、ｉＰＳＣ、それらから分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞を含めた細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙノックダウン、ＮＬＧＮ４Ｙノックダウン、Ｂ２Ｍノックダウン、ＴＲＡＣノックダウン細胞である。いくつかの実施形態では、ｉＰＳＣ、それから分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞を含めた細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙノックダウン、ＮＬＧＮ４Ｙノックダウン、Ｂ２Ｍノックダウン、ＴＲＢノックダウン細胞である。いくつかの実施形態では、ＥＳＣ、ｉＰＳＣ、それらから分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞を含めた細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙノックダウン、ＮＬＧＮ４Ｙノックダウン、Ｂ２Ｍノックダウン、ＴＲＡＣノックダウン、ＴＲＢノックダウン細胞である。いくつかの実施形態では、記載される改変された細胞は、多能性幹細胞、人工多能性幹細胞、かかる多能性幹細胞及び人工多能性幹細胞から分化したＴ細胞、または初代Ｔ細胞である。初代Ｔ細胞の非限定的な例としては、ＣＤ３＋ Ｔ細胞、ＣＤ４＋ Ｔ細胞、ＣＤ８＋ Ｔ細胞、ナイーブＴ細胞、制御性Ｔ（Ｔｒｅｇ）細胞、非制御性Ｔ細胞、Ｔｈ１細胞、Ｔｈ２細胞、Ｔｈ９細胞、Ｔｈ１７細胞、濾胞性ヘルパーＴ（Ｔｆｈ）細胞、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）、エフェクターＴ（Ｔｅｆｆ）細胞、セントラルメモリーＴ（Ｔｃｍ）細胞、エフェクターメモリーＴ（Ｔｅｍ）細胞、ＣＤ４５ＲＡを発現するエフェクターメモリーＴ細胞（ＴＥＭＲＡ細胞）、組織常在メモリー（Ｔｒｍ）細胞、仮想メモリーＴ細胞、自然メモリーＴ細胞、メモリー幹細胞（Ｔｓｃ）、γδＴ細胞、及びＴ細胞の任意の他のサブタイプが挙げられる。
いくつかの実施形態では、該細胞は、未変化または未改変の野生型細胞または対照細胞を含めた野生型または対照細胞と比較して改変または操作される。いくつかの実施形態では、野生型細胞または対照細胞は、出発物質である。いくつかの実施形態では、出発物質は、ＰＣＤＨ１１Ｙ及び／またはＮＬＧＮ４Ｙを含むがこれらに限定されない、低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現を有するかまたはその発現を欠くように他の方法で改変または操作される。ＰＣＤＨ１１Ｙ及び／またはＮＬＧＮ４Ｙの発現の低減は、例えば、ＰＣＤＨ１１Ｙ及びＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子を直接標的化することによって、及び／またはそれらの転写、翻訳、もしくはタンパク質安定性に必要不可欠である構成要素を標的とすることによって遂行することができる。
本開示の細胞は、低減されたＭＨＣクラスＩ抗原分子、ＭＨＣクラスＩＩ抗原分子、及び／またはＴＣＲ複合体の発現または発現の欠如を示す。１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩ ＨＬＡ分子の発現の低減は、例えば、以下のうちの１つまたは複数によって遂行することができる：（１）多型ＨＬＡアレル（ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ）及びＭＨＣ－ＩＩ遺伝子を直接標的化すること、（２）Ｂ２Ｍの除去により、全てのＭＨＣ－Ｉ分子の表面輸送を阻止すること、（３）ＣＩＩＴＡの除去により、全てのＭＨＣ－ＩＩ分子の表面輸送を阻止すること、及び／または（４）ＨＬＡ発現に必要不可欠である、ＬＲＣ５、ＲＦＸ５、ＲＦＸＡＮＫ、ＲＦＸＡＰ、ＩＲＦ１、ＮＦ－Ｙ（ＮＦＹ－Ａ、ＮＦＹ－Ｂ、ＮＦＹ－Ｃを含む）、及びＣＩＩＴＡ等のＭＨＣエンハンセオソームの構成要素の欠失。
いくつかの実施形態では、ＨＬＡ発現は、個々のＨＬＡを標的化すること（例えば、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＱ、及び／またはＨＬＡ－ＤＲの発現をノックアウト、ノックダウン、または低減すること）、ＨＬＡ発現の転写レギュレーターを標的化すること（例えば、ＮＬＲＣ５、ＣＩＩＴＡ、ＲＦＸ５、ＲＦＸＡＰ、ＲＦＸＡＮＫ、ＮＦＹ－Ａ、ＮＦＹ－Ｂ、ＮＦＹ－Ｃ及び／またはＩＲＦ－１の発現をノックアウト、ノックダウン、または低減すること）、ＭＨＣクラスＩ分子の表面輸送を遮断すること（例えば、Ｂ２Ｍ及び／またはＴＡＰ１の発現をノックアウト、ノックダウン、または低減すること）、及び／またはＨＬＡ－Ｒａｚｏｒで標的化すること（例えば、ＷＯ２０１６１８３０４１を参照されたい）によって妨害される。
いくつかの実施形態では、多能性幹細胞、人工多能性幹細胞、かかる幹細胞に由来する分化細胞、及び初代Ｔ細胞を含むがこれらに限定されない、本明細書に開示される細胞は、ＭＨＣ－Ｉ分子及び／またはＭＨＣ－ＩＩ分子に対応する１つまたは複数のヒト白血球抗原分子（例えば、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＱ、及び／またはＨＬＡ－ＤＲ）を発現せず、故に低免疫原性であるとして特徴付けられる。例えば、ある特定の実施形態では、開示される多能性幹細胞及び人工多能性幹細胞は、該幹細胞またはそれから調製される分化した幹細胞が以下のＭＨＣ－Ｉ分子、すなわちＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－Ｃのうちの１つまたは複数を発現しないか、またはその発現の低減を示すように改変されている。いくつかの実施形態では、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－Ｃのうちの１つまたは複数が、細胞から「ノックアウト」され得る。ＨＬＡ－Ａ遺伝子、ＨＬＡ－Ｂ遺伝子、及び／またはＨＬＡ－Ｃ遺伝子がノックアウトされた細胞は、ノックアウトされた各遺伝子の低減された発現またはその排除を示し得る。
いくつかの実施形態では、ＨＬＡ遺伝子における保存領域を標的とすることによって全てのＭＨＣクラスＩアレルの同時欠失を可能にするガイドＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、またはｍｉＲＮＡは、ＨＬＡ Ｒａｚｏｒとして特定される。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡは、ＣＲＩＳＰＲシステムの一部である。代替の実施形態では、ｇＲＮＡは、ＴＡＬＥＮシステムの一部である。いくつかの実施形態では、ＨＬＡにおける特定された保存領域を標的とするＨＬＡ Ｒａｚｏｒが、ＷＯ２０１６１８３０４１に記載される。いくつかの実施形態では、特定された保存領域を標的とする複数のＨＬＡ Ｒａｚｏｒが利用される。ＨＬＡにおける保存領域を標的とする任意のガイド、ｓｉＲＮＡ、ｓｈＲＮＡ、またはｍｉＲＮＡ分子が、ＨＬＡ Ｒａｚｏｒとして作用し得ることが一般に理解される。
提供される方法は、限定されないが多能性幹細胞、分化細胞、及び初代Ｔ細胞等の細胞におけるＭＨＣクラスＩ分子の発現及び／またはＭＨＣクラスＩＩ分子の発現の不活性化または除去に有用である。いくつかの実施形態では、レアカットエンドヌクレアーゼ（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ、ＴＡＬＥＮ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、メガヌクレアーゼ、及びホーミングエンドヌクレアーゼシステム）を利用したゲノム編集技術もまた使用して、細胞における免疫応答に関与する遺伝子の発現が（例えば、遺伝子発現が影響を受けるように、免疫応答に関与する遺伝子のゲノムＤＮＡを欠失させることによって、またはかかる遺伝子へのゲノムＤＮＡの挿入によって）低減または排除される。ある特定の実施形態では、ゲノム編集技術または他の遺伝子調節技術を使用して、ヒト細胞において寛容性誘導因子が挿入されて、それらの細胞及びそれらから調製される分化細胞を低免疫原性細胞にする。かくして、操作された及び／または低免疫原性細胞は、ＭＨＣ Ｉ分子の発現及び／またはＭＨＣ ＩＩ分子の発現が低減または排除されている。いくつかの実施形態では、該細胞は、レシピエント対象において非免疫原性である（例えば、自然及び／または適応免疫応答を誘導しない）。
いくつかの実施形態では、該細胞は、ＣＤ４７、ならびにＤＵＸ４、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＩＬ－３９、ＦａｓＬ、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、Ｍｆｇｅ８、及びＳｅｒｐｉｎｂ９からなる群から選択される１つまたは複数の因子の発現を増加させるような改変を含む。
いくつかの実施形態では、該細胞は、ＭＨＣクラスＩ分子、ＭＨＣクラスＩＩ分子のいずれか、またはＭＨＣクラスＩ及びＭＨＣクラスＩＩ分子の発現を調節する、１つまたは複数の標的ポリヌクレオチド配列のゲノム改変を含む。いくつかの実施形態では、遺伝子編集システムを使用して、１つまたは複数の標的ポリヌクレオチド配列が改変される。いくつかの実施形態では、ＲＮＡｉシステムを使用して、１つまたは複数の標的ポリヌクレオチド配列の発現がノックダウンされる。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、及びＮＬＲＣ５を含む群から選択される１つまたは複数である。いくつかの実施形態では、該細胞は、Ｂ２Ｍ遺伝子に対する遺伝子編集改変を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＣＩＩＴＡ遺伝子に対する遺伝子編集改変を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＬＲＣ５遺伝子に対する遺伝子編集改変を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡ遺伝子に対する遺伝子編集改変を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、Ｂ２Ｍ及びＮＬＲＣ５遺伝子に対する遺伝子編集改変を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＣＩＩＴＡ及びＮＬＲＣ５遺伝子に対する遺伝子編集改変を含む。特定の実施形態では、該細胞は、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、及びＮＬＲＣ５遺伝子に対する遺伝子編集改変を含む。ある特定の実施形態では、細胞のゲノムは、ＨＬＡ発現の必要不可欠な構成要素を低減または欠失させるように変化させられている。いくつかの実施形態では、該細胞は、未変化または未改変の野生型細胞または対照細胞を含めた野生型または対照細胞と比較して改変または操作される。いくつかの実施形態では、野生型細胞または対照細胞は、出発物質である。いくつかの実施形態では、出発物質は、操作された細胞を生成するために１つまたは複数の遺伝子の発現が変化するように他の方法で改変または操作される。
いくつかの実施形態では、本開示は、遺伝子が、連続した一続きのゲノムＤＮＡを欠失させるように編集されており、それによって細胞またはその集団におけるＭＨＣクラスＩ分子の表面発現が低減または排除されたゲノムを含む、細胞（例えば、幹細胞、人工多能性幹細胞、分化細胞等の心臓細胞、神経細胞、脳内皮細胞、ドーパミン作動性ニューロン、グリア前駆細胞、内皮細胞、甲状腺細胞、肝細胞、膵島細胞、または網膜色素上皮細胞、造血幹細胞、初代ＮＫ細胞、ＣＡＲ－ＮＫ細胞、初代Ｔ細胞、またはＣＡＲ－Ｔ細胞）またはその集団を提供する。ある特定の実施形態では、本開示は、遺伝子が、連続した一続きのゲノムＤＮＡを欠失させるように編集されており、それによって細胞またはその集団におけるＭＨＣクラスＩＩ分子の表面発現が低減または排除されたゲノムを含む、細胞（例えば、幹細胞、人工多能性幹細胞、分化細胞等の心臓細胞、神経細胞、脳内皮細胞、ドーパミン作動性ニューロン、グリア前駆細胞、内皮細胞、甲状腺細胞、肝細胞、膵島細胞、または網膜色素上皮細胞、造血幹細胞、初代ＮＫ細胞、ＣＡＲ－ＮＫ細胞、初代Ｔ細胞、またはＣＡＲ－Ｔ細胞）またはその集団を提供する。多数の実施形態では、本開示は、１つまたは複数の遺伝子が、連続した一続きのゲノムＤＮＡを欠失させるように編集されており、それによって細胞またはその集団におけるＭＨＣクラスＩ及びＩＩ分子の表面発現が低減または排除されたゲノムを含む、細胞（例えば、幹細胞、人工多能性幹細胞、分化細胞等の心臓細胞、神経細胞、脳内皮細胞、ドーパミン作動性ニューロン、グリア前駆細胞、内皮細胞、甲状腺細胞、肝細胞、膵島細胞、または網膜色素上皮細胞、造血幹細胞、初代ＮＫ細胞、ＣＡＲ－ＮＫ細胞、初代Ｔ細胞、またはＣＡＲ－Ｔ細胞）またはその集団を提供する。
ある特定の実施形態では、１つまたは複数のＭＨＣ Ｉ分子及び／またはＭＨＣ ＩＩ分子（１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩ ＨＬＡ分子を含む）の発現は、連続した一続きのゲノムＤＮＡを標的化して欠失させ、それによってＢ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、及びＮＬＲＣ５からなる群から選択される標的遺伝子の発現が低減または排除されることによって調節される。いくつかの実施形態では、外因性ＣＤ４７タンパク質、及び不活性化または改変されたＣＩＩＴＡ遺伝子配列、ならびにいくつかの事例ではＢ２Ｍ遺伝子配列を不活性化または改変する追加の遺伝子改変を含む、遺伝子編集された細胞（例えば、改変されたヒト細胞）が本明細書に記載される。いくつかの実施形態では、外因性ＣＤ４７タンパク質、及び不活性化または改変されたＣＩＩＴＡ遺伝子配列、ならびにいくつかの事例ではＮＬＲＣ５遺伝子配列を不活性化または改変する追加の遺伝子改変を含む、遺伝子編集された細胞が本明細書に記載される。いくつかの実施形態では、外因性ＣＤ４７タンパク質、及び不活性化または改変されたＢ２Ｍ遺伝子配列、ならびにいくつかの事例ではＮＬＲＣ５遺伝子配列を不活性化または改変する追加の遺伝子改変を含む、遺伝子編集された細胞が本明細書に記載される。いくつかの実施形態では、外因性ＣＤ４７タンパク質、及び不活性化または改変されたＢ２Ｍ遺伝子配列、ならびにいくつかの事例ではＣＩＩＴＡ遺伝子配列及びＮＬＲＣ５遺伝子配列を不活性化または改変する追加の遺伝子改変を含む、遺伝子編集された細胞が本明細書に記載される。
本明細書では、以下のうちのいずれか１つの発現を調節する１つまたは複数の標的ポリヌクレオチド配列の改変を示す細胞が提供される：（ａ）ＭＨＣ Ｉ抗原分子、（ｂ）ＭＨＣ ＩＩ抗原分子、（ｃ）ＴＣＲ複合体、（ｄ）ＭＨＣ Ｉ抗原分子及びＭＨＣ ＩＩ抗原分子の両方、ならびに（ｅ）ＭＨＣ Ｉ及びＩＩ抗原分子ならびにＴＣＲ複合体。ある特定の実施形態では、改変は、ＣＤ４７の発現を増加させることを含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、外因性または組換えＣＤ４７ポリペプチドを含む。ある特定の実施形態では、改変は、キメラ抗原受容体の発現を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、外因性または組換えキメラ抗原受容体ポリペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、該細胞は、１つまたは複数のＭＨＣ Ｉ抗原分子、ＭＨＣ ＩＩ抗原分子、及び／またはＴＣＲ複合体の発現を調節する１つまたは複数の標的ポリヌクレオチド配列のゲノム改変を含む。いくつかの実施形態では、遺伝子編集システムを使用して、１つまたは複数の標的ポリヌクレオチド配列が改変される。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチド配列は、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、及びＴＲＢからなる群から選択される１つまたは複数の遺伝子を標的とする。ある特定の実施形態では、Ｔ細胞（例えば、低免疫原性ｉＰＳＣから分化したＴ細胞、及び初代Ｔ細胞）のゲノムは、ＨＬＡ及びＴＣＲの発現の必要不可欠な構成要素、例えば、ＨＬＡ－Ａ抗原、ＨＬＡ－Ｂ抗原、ＨＬＡ－Ｃ抗原、ＨＬＡ－ＤＰ抗原、ＨＬＡ－ＤＱ抗原、ＨＬＡ－ＤＲ抗原、ＴＣＲ－アルファ及びＴＣＲ－ベータを低減または欠失させるように変化させられている。
いくつかの実施形態では、本開示は、遺伝子が、連続した一続きのゲノムＤＮＡを欠失させるように編集されており、それによって細胞またはその集団におけるＭＨＣクラスＩ分子の表面発現が低減または排除されたゲノムを含む、細胞またはその集団を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、遺伝子が、連続した一続きのゲノムＤＮＡを欠失させるように編集されており、それによって細胞またはその集団におけるＭＨＣクラスＩＩ分子の表面発現が低減または排除されたゲノムを含む、細胞またはその集団を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、遺伝子が、連続した一続きのゲノムＤＮＡを欠失させるように編集されており、それによって細胞またはその集団におけるＴＣＲ分子の表面発現が低減または排除されたゲノムを含む、細胞またはその集団を提供する。多数の実施形態では、本開示は、１つまたは複数の遺伝子が、連続した一続きのゲノムＤＮＡを欠失させるように編集されており、それによって細胞またはその集団における１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ及びＩＩ分子ならびにＴＣＲ複合体分子の表面発現が低減または排除されたゲノムを含む、細胞またはその集団を提供する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞及び方法は、ＣＩＩＴＡ遺伝子配列を切断するようにヒト細胞をゲノム編集すること、ならびに、限定されないがＰＣＤＨ１１Ｙ、ＮＬＧＮ４Ｙ、Ｂ２Ｍ、ＴＲＡＣ、及びＴＲＢ等の、１つまたは複数の追加の標的ポリヌクレオチド配列を変化させるようにかかる細胞のゲノムを編集することを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞及び方法は、Ｂ２Ｍ遺伝子配列を切断するようにヒト細胞をゲノム編集すること、ならびに、限定されないがＰＣＤＨ１１Ｙ、ＮＬＧＮ４Ｙ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、及びＴＲＢ等の、１つまたは複数の追加の標的ポリヌクレオチド配列を変化させるようにかかる細胞のゲノムを編集することを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞及び方法は、ＴＲＡＣ遺伝子配列を切断するようにヒト細胞をゲノム編集すること、ならびに、限定されないがＰＣＤＨ１１Ｙ、ＮＬＧＮ４Ｙ、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、及びＴＲＢ等の、１つまたは複数の追加の標的ポリヌクレオチド配列を変化させるようにかかる細胞のゲノムを編集することを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞及び方法は、ＴＲＢ遺伝子配列を切断するようにヒト細胞をゲノム編集すること、ならびに、限定されないがＰＣＤＨ１１Ｙ、ＮＬＧＮ４Ｙ、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、及びＴＲＡＣ等の、１つまたは複数の追加の標的ポリヌクレオチド配列を変化させるようにかかる細胞のゲノムを編集することを含む。
本明細書では、野生型幹細胞と比べて低減されたＰＣＤＨ１１Ｙ及び／またはＮＬＧＮ４ＹならびにＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＣＩＩＴＡ、ＴＣＲ－アルファ、及びＴＣＲ－ベータの発現を含む、低免疫原性幹細胞が提供され、該低免疫原性幹細胞は、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド及びキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む一連の外因性ポリヌクレオチドをさらに含み、ここで、第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または第２の外因性ポリヌクレオチドは、該細胞の少なくとも一方のアレルの特定の遺伝子座内に挿入される。また、野生型初代Ｔ細胞と比べて低減されたＰＣＤＨ１１Ｙ及び／またはＮＬＧＮ４ＹならびにＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＣＩＩＴＡ、ＴＣＲ－アルファ、及びＴＣＲ－ベータの発現を含む、初代Ｔ細胞の任意のサブタイプを含めた低免疫原性初代Ｔ細胞が本明細書で提供され、該低免疫原性幹細胞は、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド及びキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む一連の外因性ポリヌクレオチドをさらに含み、ここで、第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または第２の外因性ポリヌクレオチドは、該細胞の少なくとも一方のアレルの特定の遺伝子座内に挿入される。さらに、野生型初代Ｔ細胞と比べて低減されたＰＣＤＨ１１Ｙ及び／またはＮＬＧＮ４ＹならびにＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＣＩＩＴＡ、ＴＣＲ－アルファ、及びＴＣＲ－ベータの発現を含む、低免疫原性人工多能性幹細胞から分化した低免疫原性Ｔ細胞が本明細書で提供され、該低免疫原性幹細胞は、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド及びキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む一連の外因性ポリヌクレオチドをさらに含み、ここで、第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または第２の外因性ポリヌクレオチドは、該細胞の少なくとも一方のアレルの特定の遺伝子座内に挿入される。
いくつかの実施形態では、記載される操作された細胞の集団は、患者への投与時にＮＫ細胞媒介性細胞傷害作用を回避する。いくつかの実施形態では、操作された細胞の集団は、ＮＫ細胞の１つまたは複数の亜集団によるＮＫ細胞媒介性細胞傷害作用を回避する。いくつかの実施形態では、操作された細胞の集団は、患者への投与時に未成熟及び／または成熟ＮＫ細胞を含めたＮＫ細胞による細胞溶解から保護される。いくつかの実施形態では、操作された細胞の集団は、患者への投与時にマクロファージによる貪食を回避する。いくつかの実施形態では、操作された細胞の集団は、患者への投与時に該細胞に対する自然及び／または適応免疫応答を誘導しない。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、安全スイッチを含む。本明細書で使用される「安全スイッチ」という用語は、下方制御または上方制御されたときに、例えば、宿主の免疫系による認識を通して、細胞の排除または死を引き起こす、目的の遺伝子またはタンパク質の発現を制御するためのシステムを指す。安全スイッチは、有害臨床事象の際に外因性分子によって発動されるように設計することができる。安全スイッチは、ＤＮＡ、ＲＮＡ、及びタンパク質レベルで発現を調節することによって操作することができる。安全スイッチには、有害事象に応答して細胞活性の制御を可能にするタンパク質または分子が含まれる。一実施形態では、安全スイッチは、非作動状態で発現される「殺傷スイッチ」であり、外部から提供される選択的な薬剤によりスイッチが作動されると、安全スイッチを発現している細胞にとって致死的である。一実施形態では、安全スイッチ遺伝子は、構築物における目的の遺伝子に対してシス作用型である。安全スイッチの作動は、細胞にそれ自体のみ、またはそれ自体及び隣接する細胞をアポトーシスまたは壊死により殺傷させる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞、例えば、幹細胞、人工多能性幹細胞、造血幹細胞、初代細胞、またはＴ細胞、ＣＡＲ－Ｔ細胞、ＮＫ細胞、及び／またはＣＡＲ－ＮＫ細胞を含むがこれらに限定されない分化細胞は、安全スイッチを含む。
いくつかの実施形態では、安全スイッチは、ＣＤ４７及びＳＩＲＰαの相互作用を阻害または遮断する治療剤を含む。いくつかの態様では、ＣＤ４７－ＳＩＲＰα遮断剤は、ＣＤ４７、ＳＩＲＰα、またはそれらの両方の細胞表面発現を中和、遮断、拮抗、または妨害する薬剤である。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７－ＳＩＲＰα遮断剤は、ＣＤ４７、ＳＩＲＰα、またはそれらの両方の相互作用を阻害または遮断する。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７－ＳＩＲＰα遮断剤（例えば、ＣＤ４７－ＳＩＲＰα遮断、阻害、低減、拮抗、中和、または妨害剤）は、ＣＤ４７に結合する抗体またはその断片、ＣＤ４７に結合する二重特異性抗体、ＣＤ４７に結合するイムノサイトカイン融合タンパク質、ＣＤ４７含有融合タンパク質、ＳＩＲＰαに結合する抗体またはその断片、ＳＩＲＰαに結合する二重特異性抗体、ＳＩＲＰαに結合するイムノサイトカイン融合タンパク質、ＳＩＲＰα含有融合タンパク質、及びそれらの組み合わせを含む群から選択される薬剤を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、「自殺遺伝子」（または「自殺スイッチ」）を含む。自殺遺伝子は、低免疫原性細胞が望まれない様態で増殖及び分裂するようなことがあれば、それらの細胞の死を引き起こすことができる。「自殺遺伝子」による除去アプローチは、特定の化合物によって作動されたときにのみ細胞殺傷をもたらすタンパク質をコードする、遺伝子移入ベクター内の自殺遺伝子を含む。自殺遺伝子は、無毒の化合物を毒性の高い代謝産物へと選択的に変換する酵素をコードし得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞、例えば、幹細胞、人工多能性幹細胞、造血幹細胞、初代細胞、またはＴ細胞、ＣＡＲ－Ｔ細胞、ＮＫ細胞、及び／またはＣＡＲ－ＮＫ細胞を含むがこれらに限定されない分化細胞は、自殺遺伝子を含む。
いくつかの実施形態では、記載される操作された細胞の集団は、レシピエント対象への投与時に低減されたレベルの免疫活性化を誘発するかまたは免疫活性化を誘発しない。いくつかの実施形態では、該細胞は、レシピエント対象において低減されたレベルの全身性ＴＨ１活性化を誘発するかまたは全身性ＴＨ１活性化を誘発しない。いくつかの実施形態では、該細胞は、レシピエント対象において低減されたレベルの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）の免疫活性化を誘発するかまたはＰＢＭＣの免疫活性化を誘発しない。いくつかの実施形態では、該細胞は、レシピエント対象への投与時に該細胞に対する低減されたレベルのドナー特異的ＩｇＧ抗体を誘発するかまたはドナー特異的ＩｇＧ抗体を誘発しない。いくつかの実施形態では、該細胞は、レシピエント対象において該細胞に対する低減されたレベルのＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生を誘発するかまたはＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生を誘発しない。いくつかの実施形態では、該細胞は、レシピエント対象への投与時に該細胞の低減されたレベルの細胞傷害性Ｔ細胞殺傷を誘発する。
Ｂ．ＣＩＩＴＡ
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される技術は、クラスＩＩトランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）の発現を標的化し、調節すること（例えば、低減または排除すること）によって、ＭＨＣ ＩＩ遺伝子の発現を調節する（例えば、低減または排除する）。いくつかの実施形態では、調節は、遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）を使用して起こる。
ＣＩＩＴＡは、ＬＲ、またはヌクレオチド結合ドメイン（ＮＢＤ）ロイシンリッチリピート（ＬＲＲ）ファミリーのタンパク質のメンバーであり、ＭＨＣエンハンセオソームと会合することによってＭＨＣ ＩＩの転写を制御する。
いくつかの実施形態では、本開示の標的ポリヌクレオチド配列は、ＣＩＩＴＡのバリアントである。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＣＩＩＴＡのホモログである。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＣＩＩＴＡのオルソログである。
いくつかの実施形態では、ＣＩＩＴＡの低減された発現またはその排除は、以下のＭＨＣクラスＩＩ分子、すなわちＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＭ、ＨＬＡ－ＤＯＡ、ＨＬＡ－ＤＯＢ、ＨＬＡ－ＤＱ、及びＨＬＡ－ＤＲのうちの１つまたは複数の発現を低減または排除する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、ＣＩＩＴＡタンパク質をコードする遺伝子座にて遺伝子改変を含む。換言すれば、該細胞は、ＣＩＩＴＡ遺伝子座にて遺伝子改変を含む。いくつかの事例では、ＣＩＩＴＡタンパク質をコードするヌクレオチド配列は、ＲｅｆＳｅｑ．番号ＮＭ＿０００２４６．４及びＮＣＢＩ Ｇｅｎｂａｎｋ番号Ｕ１８２５９に定められる。いくつかの事例では、ＣＩＩＴＡ遺伝子座は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号４２６１に記載される。ある特定の実例では、ＣＩＩＴＡのアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ ＧｅｎＢａｎｋ番号ＡＡＡ８８８６１．１として示される。ＣＩＩＴＡタンパク質及び遺伝子座の追加の説明は、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ３３０７６、ＨＧＮＣ参照番号７０６７、及びＯＭＩＭ参照番号６００００５に見出すことができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される操作された及び／または低免疫原性細胞は、ＣＩＩＴＡ遺伝子を標的とする遺伝子改変を含む。いくつかの実施形態では、レアカットエンドヌクレアーゼによるＣＩＩＴＡ遺伝子を標的とする遺伝子改変は、Ｃａｓタンパク質またはＣａｓタンパク質をコードするポリヌクレオチド、及びＣＩＩＴＡ遺伝子を特異的に標的化するための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＩＩＴＡ遺伝子を特異的に標的化するための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列は、ＷＯ２０１６１８３０４１の表１２の配列番号５１８４～３６３５２からなる群から選択され、同文献は参照により本明細書に援用される。いくつかの実施形態では、該細胞は、レシピエント対象において自然及び／または適応免疫応答を誘導する能力が低減されている。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるようなポリペプチド（例えば、キメラ抗原受容体、ＣＤ４７、または本明細書に開示される別の寛容原性因子）をコードする外因性核酸は、ＣＩＩＴＡ遺伝子にて挿入される。
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される操作された及び／または低免疫原性細胞は、ＣＩＩＴＡ発現のノックアウトを含み、それにより該細胞は、ＣＩＩＴＡ－／－である。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される操作された及び／または低免疫原性細胞は、ＣＩＩＴＡ遺伝子座内にインデルを導入し、それにより該細胞は、ＣＩＩＴＡインデル／インデルである。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される操作された及び／または低免疫原性細胞は、ＣＩＩＴＡ発現のノックダウンを含み、それにより該細胞は、ＣＩＩＴＡノックダウンである。
ＣＩＩＴＡ遺伝子が不活性化されているかどうかを試験するためのアッセイは、既知であるとともに、本明細書に記載される。いくつかの実施形態では、結果として生じるＣＩＩＴＡ遺伝子の遺伝子改変はＰＣＲによって、ＨＬＡ－ＩＩ発現の低減はＦＡＣＳ解析によってアッセイすることができる。別の実施形態では、ＣＩＩＴＡタンパク質発現は、ＣＩＩＴＡタンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、不活性化する遺伝子改変の存在が確認される。
Ｃ．Ｂ２Ｍ
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される技術は、アクセサリー鎖Ｂ２Ｍの発現を標的化し、調節すること（例えば、低減または排除すること）によって、ＭＨＣ－Ｉ遺伝子の発現を調節する（例えば、低減または排除する）。いくつかの実施形態では、調節は、遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）を使用して起こる。
Ｂ２Ｍの発現を調節すること（例えば、低減または欠失させること）によって、ＭＨＣ－Ｉ分子の表面輸送が遮断され、細胞を低免疫原性にする。いくつかの実施形態では、該細胞は、レシピエント対象において自然及び／または適応免疫応答を誘導する能力が低減されている。
いくつかの実施形態では、本開示の標的ポリヌクレオチド配列は、Ｂ２Ｍのバリアントである。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、Ｂ２Ｍのホモログである。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、Ｂ２Ｍのオルソログである。
いくつかの実施形態では、Ｂ２Ｍの発現の減少または排除は、以下のＭＨＣ Ｉ分子、すなわちＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－Ｃのうちの１つまたは複数の発現を低減または排除する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、Ｂ２Ｍタンパク質をコードする遺伝子座にて遺伝子改変を含む。換言すれば、該細胞は、Ｂ２Ｍ遺伝子座にて遺伝子改変を含む。いくつかの事例では、Ｂ２Ｍタンパク質をコードするヌクレオチド配列は、ＲｅｆＳｅｑ．番号ＮＭ＿００４０４８．４及びＧｅｎｂａｎｋ番号ＡＢ０２１２８８．１に定められる。いくつかの事例では、Ｂ２Ｍ遺伝子座は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号５６７に記載される。ある特定の実例では、Ｂ２Ｍのアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ ＧｅｎＢａｎｋ番号ＢＡＡ３５１８２．１として示される。Ｂ２Ｍタンパク質及び遺伝子座の追加の説明は、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ６１７６９、ＨＧＮＣ参照番号９１４、及びＯＭＩＭ参照番号１０９７００に見出すことができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される操作された及び／または低免疫原性細胞は、Ｂ２Ｍ遺伝子を標的とする遺伝子改変を含む。いくつかの実施形態では、レアカットエンドヌクレアーゼによるＢ２Ｍ遺伝子を標的とする遺伝子改変は、Ｃａｓタンパク質またはＣａｓタンパク質をコードするポリヌクレオチド、及びＢ２Ｍ遺伝子を特異的に標的化するための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｂ２Ｍ遺伝子を特異的に標的化するための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列は、ＷＯ２０１６１８３０４１の表１５の配列番号８１２４０～８５６４４からなる群から選択され、同文献は参照により本明細書に援用される。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるようなポリペプチド（例えば、キメラ抗原受容体、ＣＤ４７、または本明細書に開示される別の寛容原性因子）をコードする外因性核酸は、Ｂ２Ｍ遺伝子にて挿入される。
Ｂ２Ｍ遺伝子が不活性化されているかどうかを試験するためのアッセイは、既知であるとともに、本明細書に記載される。いくつかの実施形態では、結果として生じるＢ２Ｍ遺伝子の遺伝子改変はＰＣＲによって、ＨＬＡ－Ｉ発現の低減はＦＡＣＳ解析によってアッセイすることができる。別の実施形態では、Ｂ２Ｍタンパク質発現は、Ｂ２Ｍタンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、不活性化する遺伝子改変の存在が確認される。
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される操作された及び／または低免疫原性細胞は、Ｂ２Ｍ発現のノックアウトを含み、それにより該細胞は、Ｂ２Ｍ－／－である。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される操作された及び／または低免疫原性細胞は、Ｂ２Ｍ遺伝子座内にインデルを導入し、それにより該細胞は、Ｂ２Ｍインデル／インデルである。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される操作された及び／または低免疫原性細胞は、Ｂ２Ｍ発現のノックダウンを含み、それにより該細胞は、Ｂ２Ｍノックダウンである。
Ｄ．ＮＬＲＣ５
ある特定の実施形態では、本明細書に開示される技術は、ＮＬＲファミリー、ＣＡＲＤドメイン含有５／ＮＯＤ２７／ＣＬＲ１６．１（ＮＬＲＣ５）の発現を標的化し、調節すること（例えば、低減または排除すること）によって、ＭＨＣ－Ｉ遺伝子の発現を調節する（例えば、低減または排除する）。いくつかの実施形態では、調節は、遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）を使用して起こる。
ＮＬＲＣ５は、ＭＨＣ－Ｉ媒介性免疫応答のレギュレーターであり、ＣＩＩＴＡと同様に、ＮＬＲＣ５は、ＩＦＮ－γによって高度に誘導性であり、核内に移行することができる。ＮＬＲＣ５は、ＭＨＣ－Ｉ遺伝子のプロモーターを活性化し、ＭＨＣ－Ｉのみならず、ＭＨＣ－Ｉ抗原提示に関与する関連遺伝子の転写を誘導する。
いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＮＬＲＣ５のバリアントである。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＮＬＲＣ５のホモログである。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＮＬＲＣ５のオルソログである。
いくつかの実施形態では、ＮＬＲＣ５の発現の減少または排除は、以下のＭＨＣ Ｉ分子、すなわちＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－Ｃのうちの１つまたは複数の発現を低減または排除する。
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＬＲＣ５遺伝子を標的とする遺伝子改変を含む。いくつかの実施形態では、レアカットエンドヌクレアーゼによるＮＬＲＣ５遺伝子を標的とする遺伝子改変は、Ｃａｓタンパク質またはＣａｓタンパク質をコードするポリヌクレオチド、及びＮＬＲＣ５遺伝子を特異的に標的化するための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＮＬＲＣ５遺伝子を特異的に標的化するための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列は、ＷＯ２０１６１８３０４１の付録３または表１４の配列番号３６３５３～８１２３９からなる群から選択され、この開示は参照によりその全体が援用される。
ＮＬＲＣ５遺伝子が不活性化されているかどうかを試験するためのアッセイは、既知であるとともに、本明細書に記載される。いくつかの実施形態では、結果として生じるＮＬＲＣ５遺伝子の遺伝子改変はＰＣＲによって、ＨＬＡ－Ｉ発現の低減はＦＡＣＳ解析によってアッセイすることができる。別の実施形態では、ＮＬＲＣ５タンパク質発現は、ＮＬＲＣ５タンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、不活性化する遺伝子改変の存在が確認される。
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される操作された及び／または低免疫原性細胞は、ＮＬＲＣ５発現のノックアウトを含み、それにより該細胞は、ＮＬＲＣ５－／－である。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される操作された及び／または低免疫原性細胞は、ＮＬＲＣ５遺伝子座内にインデルを導入し、それにより該細胞は、ＮＬＲＣ５インデル／インデルである。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される操作された及び／または低免疫原性細胞は、ＮＬＲＣ５発現のノックダウンを含み、それにより該細胞は、ＮＬＲＣ５ノックダウンである。
Ｅ．ＴＲＡＣ
ある特定の実施形態では、本明細書に開示される技術は、Ｔ細胞受容体アルファ鎖の定常領域の発現を標的化し、調節すること（例えば、低減または排除すること）によって、ＴＲＡＣ遺伝子を含むＴＣＲ遺伝子の発現を調節する（例えば、低減または排除する）。いくつかの実施形態では、調節は、遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）を使用して起こる。
ＴＲＡＣの発現を調節すること（例えば、低減するまたは欠失させること）によって、ＴＣＲ分子の表面輸送が遮断される。いくつかの実施形態では、該細胞はまた、レシピエント対象において自然及び／または適応免疫応答を誘導する能力が低減されている。
いくつかの実施形態では、本開示の標的ポリヌクレオチド配列は、ＴＲＡＣのバリアントである。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＴＲＡＣのホモログである。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＴＲＡＣのオルソログである。
いくつかの実施形態では、ＴＲＡＣの発現の減少または排除は、ＴＣＲの表面発現を低減または排除する。
いくつかの実施形態では、限定されないが、多能性幹細胞、人工多能性幹細胞、人工多能性幹細胞から分化したＴ細胞、初代Ｔ細胞、及び初代Ｔ細胞に由来する細胞等の細胞は、ＴＲＡＣタンパク質をコードする遺伝子座にて遺伝子改変を含む。換言すれば、該細胞は、ＴＲＡＣ遺伝子座にて遺伝子改変を含む。いくつかの事例では、ＴＲＡＣタンパク質をコードするヌクレオチド配列は、Ｇｅｎｂａｎｋ番号Ｘ０２５９２．１に定められる。いくつかの事例では、ＴＲＡＣ遺伝子座は、ＲｅｆＳｅｑ．番号ＮＧ＿００１３３２．３及びＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２８７５５に記載される。ある特定の実例では、ＴＲＡＣのアミノ酸配列は、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ０１８４８として示される。ＴＲＡＣタンパク質及び遺伝子座の追加の説明は、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ０１８４８、ＨＧＮＣ参照番号１２０２９、及びＯＭＩＭ参照番号１８６８８０に見出すことができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される操作された及び／または低免疫原性細胞は、ＴＲＡＣ遺伝子を標的とする遺伝子改変を含む。いくつかの実施形態では、レアカットエンドヌクレアーゼによるＴＲＡＣ遺伝子を標的とする遺伝子改変は、Ｃａｓタンパク質またはＣａｓタンパク質をコードするポリヌクレオチド、及びＴＲＡＣ遺伝子を特異的に標的化するための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＴＲＡＣ遺伝子を特異的に標的化するための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列は、ＵＳ２０１６０３４８０７３の配列番号５３２～６０９及び９１０２～９７９７からなる群から選択され、同文献は参照により本明細書に援用される。
ＴＲＡＣ遺伝子が不活性化されているかどうかを試験するためのアッセイは、既知であるとともに、本明細書に記載される。いくつかの実施形態では、結果として生じるＴＲＡＣ遺伝子の遺伝子改変はＰＣＲによって、ＴＣＲの発現の低減はＦＡＣＳ解析によってアッセイすることができる。別の実施形態では、ＴＲＡＣタンパク質発現は、ＴＲＡＣタンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、不活性化する遺伝子改変の存在が確認される。
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される操作された及び／または低免疫原性細胞は、ＴＲＡＣ発現のノックアウトを含み、それにより該細胞は、ＴＲＡＣ－／－である。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される操作された及び／または低免疫原性細胞は、ＴＲＡＣ遺伝子座内にインデルを導入し、それにより該細胞は、ＴＲＡＣインデル／インデルである。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される操作された及び／または低免疫原性細胞は、ＴＲＡＣ発現のノックダウンを含み、それにより該細胞は、ＴＲＡＣノックダウンである。
Ｆ．ＴＲＢ
ある特定の実施形態では、本明細書に開示される技術は、Ｔ細胞受容体ベータ鎖の定常領域の発現を標的化し、調節すること（例えば、低減または排除すること）によって、Ｔ細胞抗原受容体、ベータ鎖をコードする遺伝子（例えば、ＴＲＢ、ＴＲＢＣ、またはＴＣＲＢ遺伝子）を含むＴＣＲ遺伝子の発現を調節する（例えば、低減または排除する）。いくつかの実施形態では、調節は、遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）を使用して起こる。
ＴＲＢの発現を調節すること（例えば、低減するまたは欠失させること）によって、ＴＣＲ分子の表面輸送が遮断される。いくつかの実施形態では、該細胞はまた、レシピエント対象において自然及び／または適応免疫応答を誘導する能力が低減されている。
いくつかの実施形態では、本開示の標的ポリヌクレオチド配列は、ＴＲＢのバリアントである。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＴＲＢのホモログである。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＴＲＢのオルソログである。
いくつかの実施形態では、ＴＲＢの発現の減少または排除は、ＴＣＲの表面発現を低減または排除する。
いくつかの実施形態では、限定されないが、多能性幹細胞、人工多能性幹細胞、人工多能性幹細胞から分化したＴ細胞、初代Ｔ細胞、及び初代Ｔ細胞に由来する細胞等の細胞は、ＴＲＢタンパク質をコードする遺伝子座にて遺伝子改変を含む。換言すれば、細胞は、ＴＲＢ遺伝子座にて遺伝子改変を含む。いくつかの事例では、ＴＲＢタンパク質をコードするヌクレオチド配列は、ＵｎｉＰｒｏｔ番号Ｐ０ＤＳＥ２に記載されている。いくつかの事例では、ＴＲＢ遺伝子座は、ＲｅｆＳｅｑ．番号ＮＧ＿００１３３３．２及びＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号６９５７に記載されている。ある特定の実例では、ＴＲＢのアミノ酸配列は、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ０１８４８として示される。ＴＲＢタンパク質及び遺伝子座の追加の説明は、ＧｅｎＢａｎｋ番号Ｌ３６０９２．２、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ０ＤＳＥ２、及びＨＧＮＣ参照番号１２１５５に見出すことができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される操作された及び／または低免疫原性細胞は、ＴＲＢ遺伝子を標的とする遺伝子改変を含む。いくつかの実施形態では、レアカットエンドヌクレアーゼによるＴＲＢ遺伝子を標的とする遺伝子改変は、Ｃａｓタンパク質またはＣａｓタンパク質をコードするポリヌクレオチド、及びＴＲＢ遺伝子を特異的に標的化するための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、ＴＲＢ遺伝子を特異的に標的化するための少なくとも１つのガイドリボ核酸配列は、ＵＳ２０１６０３４８０７３の配列番号６１０～７６５及び９７９８～１０５３２からなる群から選択され、同文献は参照により本明細書に援用される。
ＴＲＢ遺伝子が不活性化されているかどうかを試験するためのアッセイは、既知であるとともに、本明細書に記載される。いくつかの実施形態では、結果として生じるＴＲＢ遺伝子の遺伝子改変はＰＣＲによって、ＴＣＲの発現の低減はＦＡＣＳ解析によってアッセイすることができる。別の実施形態では、ＴＲＢタンパク質発現は、ＴＲＢタンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、不活性化する遺伝子改変の存在が確認される。
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される操作された及び／または低免疫原性細胞は、ＴＲＢ発現のノックアウトを含み、それにより該細胞は、ＴＲＢ－／－である。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される操作された及び／または低免疫原性細胞は、ＴＲＢ遺伝子座内にインデルを導入し、それにより該細胞は、ＴＲＢインデル／インデルである。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される操作された及び／または低免疫原性細胞は、ＴＲＢ発現のノックダウンを含み、それにより該細胞は、ＴＲＢノックダウンである。
Ｇ．ＣＤ１４２
ある特定の実施形態では、本明細書に開示される技術は、ＣＤ１４２（組織因子、因子ＩＩＩ、及びＦ３としても知られる）の発現を調節する（例えば、低減または排除する）。いくつかの実施形態では、調節は、遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）を使用して起こる。
いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＣＤ１４２またはＣＤ１４２のバリアントである。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＣＤ１４２のホモログである。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＣＤ１４２のオルソログである。
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＣＤ１４２遺伝子を標的とする遺伝子改変を含む。いくつかの実施形態では、レアカットエンドヌクレアーゼによるＣＤ１４２遺伝子を標的とする遺伝子改変は、Ｃａｓタンパク質またはＣａｓタンパク質をコードするポリヌクレオチド、及びＣＤ１４２遺伝子を特異的に標的化するための少なくとも１つのガイドリボ核酸（ｇＲＮＡ）配列を含む。ＣＤ１４２を標的とするｇＲＮＡ配列を特定するための有用な方法は、下記に記載される。
ＣＤ１４２遺伝子が不活性化されているかどうかを試験するためのアッセイは、既知であるとともに、本明細書に記載される。いくつかの実施形態では、結果として生じるＣＤ１４２遺伝子の遺伝子改変はＰＣＲによって、ＣＤ１４２発現の低減はＦＡＣＳ解析によってアッセイすることができる。別の実施形態では、ＣＤ１４２タンパク質発現は、ＣＤ１４２タンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、不活性化する遺伝子改変の存在が確認される。
ヒトＣＤ１４２についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０１Ｍ０９４５３０、ＨＧＮＣ番号３５４１、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ２１５２、ＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＭ＿００１１７８０９６．１、ＮＭ＿００１９９３．４、ＮＰ＿００１１７１５６７．１、及びＮＰ＿００１９８４．１、ＵｎｉＰｒｏｔ番号Ｐ１３７２６等で提供される。
Ｈ．ＲＨＤ
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される技術は、ＲＨＤ遺伝子の発現を標的化し、調節すること（例えば、低減または排除すること）によって、ＲｈＤ抗原の発現を調節する（例えば、低減または排除する）。いくつかの実施形態では、調節は、遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）を使用して起こる。いくつかの実施形態では、該細胞は、レシピエント対象において自然及び／または適応免疫応答を誘導する能力が低減されている。
いくつかの実施形態では、本開示の標的ポリヌクレオチド配列は、ＲＨＤ遺伝子のバリアントである。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＲＨＤ遺伝子のホモログである。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＲＨＤ遺伝子のオルソログである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、ＲｈＤ抗原タンパク質をコードする遺伝子座にて遺伝子改変を含む。換言すれば、該細胞は、ＲＨＤ遺伝子座にて遺伝子改変を含む。いくつかの事例では、ＲｈＤ抗原タンパク質をコードするヌクレオチド配列は、ＲｅｆＳｅｑ．番号ＮＭ＿００１１２７６９１．２、ＮＭ＿００１２８２８６８．１、ＮＭ＿００１２８２８６９．１、ＮＭ＿００１２８２８７１．１、もしくはＮＭ＿０１６１２４．４、またはＧｅｎｂａｎｋ番号Ｌ０８４２９に定められる。いくつかの事例では、ＲＨＤ遺伝子座は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号６００７に記載される。ある特定の実例では、ＲｈＤ抗原タンパク質のアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ ＧｅｎＢａｎｋ番号ＡＡＡ０２６７９．１として示される。ＲｈＤタンパク質及び遺伝子座の追加の説明は、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｑ０２１６１、ＨＧＮＣ参照番号１０００９、及びＯＭＩＭ参照番号１１１６８０に見出すことができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＲＨＤ遺伝子を標的とする遺伝子改変を含む。いくつかの実施形態では、ＲＨＤ遺伝子を標的とする遺伝子改変は、限定されないがＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ、ＴＡＬＥ－ヌクレアーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、他のウイルスベースの遺伝子編集システム、またはＲＮＡ干渉等の遺伝子編集ツールを使用して、ＲＨＤ遺伝子を遺伝子編集することによって生成される。いくつかの実施形態では、遺伝子編集は、ＲＨＤ遺伝子のコード配列を標的とする。いくつかの事例では、該細胞は、機能的ＲＨＤ遺伝子産物を生成しない。ＲＨＤ遺伝子産物の不在下では、該細胞は、Ｒｈ式血液型抗原を完全に欠いている。
いくつかの実施形態では、レアカットエンドヌクレアーゼによるＲＨＤ遺伝子を標的とする遺伝子改変は、Ｃａｓタンパク質またはＣａｓタンパク質をコードするポリヌクレオチド、及びＲＨＤ遺伝子を特異的に標的化するための少なくとも１つのガイドリボ核酸（ｇＲＮＡ）配列を含む。ＲＨＤを標的とするｇＲＮＡ配列を特定するための有用な方法は、下記に記載される。
ＲＨＤ遺伝子が不活性化されているかどうかを試験するためのアッセイは、既知であるとともに、本明細書に記載される。いくつかの実施形態では、結果として生じるＲＨＤ遺伝子の遺伝子改変はＰＣＲによって、ＲＨＤ発現の低減はＦＡＣＳ解析によってアッセイすることができる。別の実施形態では、ＲＨＤタンパク質発現は、ＲＨＤタンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、不活性化する遺伝子改変の存在が確認される。
Ｉ．ＣＴＬＡ－４
いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＣＴＬＡ－４またはＣＴＬＡ－４のバリアントである。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＣＴＬＡ－４のホモログである。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＣＴＬＡ－４のオルソログである。
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＣＴＬＡ－４遺伝子を標的とする遺伝子改変を含む。ある特定の実施形態では、初代Ｔ細胞は、ＣＴＬＡ－４遺伝子を標的とする遺伝子改変を含む。遺伝子改変は、初代Ｔ細胞及びＣＡＲ－Ｔ細胞を含むＴ細胞におけるＣＴＬＡ－４ポリヌクレオチド及びＣＴＬＡ－４ポリペプチドの発現を低減し得る。いくつかの実施形態では、レアカットエンドヌクレアーゼによるＣＴＬＡ－４遺伝子を標的とする遺伝子改変は、Ｃａｓタンパク質またはＣａｓタンパク質をコードするポリヌクレオチド、及びＣＴＬＡ－４遺伝子を特異的に標的化するための少なくとも１つのガイドリボ核酸（ｇＲＮＡ）配列を含む。ＣＴＬＡ－４を標的とするｇＲＮＡ配列を特定するための有用な方法は、下記に記載される。
ＣＴＬＡ－４遺伝子が不活性化されているかどうかを試験するためのアッセイは、既知であるとともに、本明細書に記載される。いくつかの実施形態では、結果として生じるＣＴＬＡ－４遺伝子の遺伝子改変はＰＣＲによって、ＣＴＬＡ－４発現の低減はＦＡＣＳ解析によってアッセイすることができる。別の実施形態では、ＣＴＬＡ－４タンパク質発現は、ＣＴＬＡ－４タンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、不活性化する遺伝子改変の存在が確認される。
ヒトＣＴＬＡ－４についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０２Ｐ２０３８６７、ＨＧＮＣ番号２５０５、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ １４９３、ＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＭ＿００５２１４．４、ＮＭ＿００１０３７６３１．２、ＮＰ＿００１０３２７２０．１及びＮＰ＿００５２０５．２、ＵｎｉＰｒｏｔ番号Ｐ１６４１０等で提供される。
Ｊ．ＰＤ－１
いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＰＤ－１またはＰＤ－１のバリアントである。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＰＤ－１のホモログである。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＰＤ－１のオルソログである。
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、プログラム細胞死タンパク質１（ＰＤ－１）タンパク質をコードする遺伝子またはＰＤＣＤ１遺伝子を標的とする遺伝子改変を含む。ある特定の実施形態では、初代Ｔ細胞は、ＰＤＣＤ１遺伝子を標的とする遺伝子改変を含む。遺伝子改変は、初代Ｔ細胞及びＣＡＲ－Ｔ細胞を含むＴ細胞におけるＰＤ－１ポリヌクレオチド及びＰＤ－１ポリペプチドの発現を低減し得る。いくつかの実施形態では、レアカットエンドヌクレアーゼによるＰＤＣＤ１遺伝子を標的とする遺伝子改変は、Ｃａｓタンパク質またはＣａｓタンパク質をコードするポリヌクレオチド、及びＰＤＣＤ１遺伝子を特異的に標的化するための少なくとも１つのガイドリボ核酸（ｇＲＮＡ）配列を含む。ＰＤ－１を標的とするｇＲＮＡ配列を特定するための有用な方法は、下記に記載される。
ＰＤＣＤ１遺伝子が不活性化されているかどうかを試験するためのアッセイは、既知であるとともに、本明細書に記載される。いくつかの実施形態では、結果として生じるＰＤＣＤ１遺伝子の遺伝子改変はＰＣＲによって、ＰＤ－１発現の低減はＦＡＣＳ解析によってアッセイすることができる。別の実施形態では、ＰＤ－１タンパク質発現は、ＰＤ－１タンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、不活性化する遺伝子改変の存在が確認される。
ＰＤＣＤ１遺伝子を含むヒトＰＤ－１についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０２Ｍ２４１８４９、ＨＧＮＣ番号８７６０、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ５１３３、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｑ１５１１６、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＭ＿００５０１８．２及びＮＰ＿００５００９．２で提供される。
Ｋ．ＣＤ４７
いくつかの実施形態では、本開示は、寛容原性因子（例えば、免疫調節ポリペプチド）ＣＤ４７を発現するように改変された細胞またはその集団を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＣＤ４７を発現するように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。いくつかの実施形態では、幹細胞は、外因性ＣＤ４７を発現する。いくつかの事例では、該細胞は、ヒトＣＤ４７ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクターを発現する。いくつかの実施形態では、該細胞は、相同性指向修復を使用して、ＣＤ４７をコードする組み込まれた外因性ポリヌクレオチドを含むように遺伝子改変される。いくつかの事例では、該細胞は、ヌクレオチド配列がセーフハーバーまたは標的遺伝子座の少なくとも一方のアレルに挿入されるように、ヒトＣＤ４７ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を発現する。いくつかの事例では、該細胞は、ヌクレオチド配列がＡＡＶＳ１遺伝子座の少なくとも一方のアレルに挿入されるように、ヒトＣＤ４７ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を発現する。いくつかの事例では、該細胞は、ヌクレオチド配列がセーフハーバーまたは標的遺伝子座の少なくとも一方のアレルに挿入されるように、ヒトＣＤ４７ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を発現する。いくつかの事例では、該細胞は、ヌクレオチド配列がＣＣＲ５遺伝子座の少なくとも一方のアレルに挿入されるように、ヒトＣＤ４７ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を発現する。いくつかの事例では、該細胞は、ヒトＣＤ４７ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を発現し、ここで、ヌクレオチド配列は、ＡＡＶＳ１遺伝子座の少なくとも一方のアレルに挿入される。いくつかの事例では、該細胞は、ヒトＣＤ４７ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を発現し、ここで、ヌクレオチド配列は、ＣＣＲ５遺伝子座の少なくとも一方のアレルに挿入される。いくつかの事例では、該細胞は、ヒトＣＤ４７ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を発現し、ここで、ヌクレオチド配列は、限定されないが、ＣＣＲ５遺伝子座、ＣＸＣＲ４遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子座、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、Ｒｏｓａ遺伝子座、Ｆ３（ＣＤ１４２）遺伝子座、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、ＬＲＰ１（ＣＤ９１）遺伝子座、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座等のセーフハーバーまたは標的遺伝子座の少なくとも一方のアレル内に挿入される。いくつかの事例では、該細胞は、ヒトＣＤ４７ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を発現し、ここで、ヌクレオチド配列は、ＴＲＡＣ遺伝子座の少なくとも一方のアレル内に挿入される。
ＣＤ４７は、白血球表面抗原であり、インテグリンの細胞接着及び調節において役割を有する。それは、細胞の表面上に発現し、循環マクロファージが当該細胞を食べないようにシグナル伝達する。
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ Ｒｅｆ．Ｓｅｑｕｅｎｃｅ番号ＮＰ＿００１７６８．１及びＮＰ＿９４２０８８．１に定められるアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ４７ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ Ｒｅｆ．Ｓｅｑｕｅｎｃｅ番号ＮＰ＿００１７６８．１及びＮＰ＿９４２０８８．１に定められるアミノ酸配列を有するＣＤ４７ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ Ｒｅｆ．番号ＮＭ＿００１７７７．３及びＮＭ＿１９８７９３．２に定められる配列に対して少なくとも８５％の配列同一性（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ４７に対するヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ Ｒｅｆ．Ｓｅｑｕｅｎｃｅ番号ＮＭ＿００１７７７．３及びＮＭ＿１９８７９３．２に定められるＣＤ４７に対するヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７ポリヌクレオチドをコードするヌクレオチド配列は、コドン最適化された配列である。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７ポリヌクレオチドをコードするヌクレオチド配列は、ヒトコドン最適化された配列である。
いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ Ｒｅｆ．Ｓｅｑｕｅｎｃｅ番号ＮＰ＿００１７６８．１及びＮＰ＿９４２０８８．１に定められるアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ４７ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ Ｒｅｆ．Ｓｅｑｕｅｎｃｅ番号ＮＰ＿００１７６８．１及びＮＰ＿９４２０８８．１に定められるアミノ酸配列を有するＣＤ４７ポリペプチドを含む。
シグナル配列を含む及びシグナル配列を含まないヒトＣＤ４７の例となるアミノ酸配列が表１で提供される。

Figure 2024530403000001
いくつかの実施形態では、該細胞は、配列番号９７のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ４７ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、配列番号９７のアミノ酸配列を有するＣＤ４７ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、配列番号９８のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ４７ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、配列番号９８のアミノ酸配列を有するＣＤ４７ポリペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、該細胞は、配列番号９７のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ４７ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、配列番号９７のアミノ酸配列を有するＣＤ４７ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、配列番号９８のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ４７ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、配列番号９８のアミノ酸配列を有するＣＤ４７ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ヌクレオチド配列は、特定の細胞における発現のためにコドン最適化される。
いくつかの実施形態では、好適な遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム、または本明細書に記載の遺伝子編集システムのうちのいずれか）を使用して、ＣＤ４７をコードするポリヌクレオチドの、低免疫原性細胞のゲノム遺伝子座内への挿入が容易にされる。場合によっては、ＣＤ４７をコードするポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、ＳＨＳ２３１、Ｆ３（ＣＤ１４２）、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＬＲＰ１（ＣＤ９１）、ＨＭＧＢ１、ＡＢＯ、ＲＨＤ、ＦＵＴ１、またはＫＤＭ５Ｄ遺伝子座等のセーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７をコードするポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７をコードするポリヌクレオチドは、本明細書で提供される表２１に示される遺伝子座のうちのいずれか１つに挿入される。ある特定の実施形態では、ＣＤ４７をコードするポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。
別の実施形態では、ＣＤ４７タンパク質発現は、ＣＤ４７タンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、外因性ＣＤ４７ ｍＲＮＡの存在が確認される。
Ｌ．ＣＤ２４
いくつかの実施形態では、本開示は、寛容原性因子（例えば、免疫調節ポリペプチド）ＣＤ２４を発現するように改変された細胞またはその集団を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＣＤ２４を発現するように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。いくつかの実施形態では、幹細胞は、外因性ＣＤ２４を発現する。いくつかの事例では、該細胞は、ヒトＣＤ２４ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクターを発現する。
熱安定性抗原または小細胞肺癌クラスター４抗原とも称されるＣＤ２４は、グリコシル化グリコシルホスファチジルイノシトールアンカー型表面タンパク質である（Ｐｉｒｒｕｃｃｅｌｌｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ，１９８６，１３６，３７７９－３７８４、Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｇｌｙｃｏｂｉｏｌｏｇｙ，２０１７，５７，８００－８０６）。それは自然免疫細胞上のＳｉｇｌｅｃ－１０に結合する。最近、Ｓｉｇｌｅｃ－１０を介してＣＤ２４が自然免疫チェックポイントとしての機能を果たすことが示された（Ｂａｒｋａｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０１９，５７２，３９２－３９６）。
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照番号ＮＰ＿００１２７８６６６．１、ＮＰ＿００１２７８６６７．１、ＮＰ＿００１２７８６６８．１、及びＮＰ＿０３７３６２．１に定められるアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するＣＤ２４ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に概説される細胞は、ＮＣＢＩ参照番号ＮＰ＿００１２７８６６６．１、ＮＰ＿００１２７８６６７．１、ＮＰ＿００１２７８６６８．１、及びＮＰ＿０３７３６２．１に定められるアミノ酸配列を有するＣＤ２４ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照番号ＮＭ＿００１２９７３７．１、ＮＭ＿００１２９７３８．１、ＮＭ＿００１２９１７３９．１、及びＮＭ＿０１３２３０．３に定められる配列に対して少なくとも８５％の配列同一性（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、またはそれを超える）を有するヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、該細胞は、ＮＣＢＩ参照番号ＮＭ＿００１２９７３７．１、ＮＭ＿００１２９７３８．１、ＮＭ＿００１２９１７３９．１、及びＮＭ＿０１３２３０．３に定められるヌクレオチド配列を含む。
いくつかの実施形態では、好適な遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム、または本明細書に記載の遺伝子編集システムのうちのいずれか）を使用して、ＣＤ２４をコードするポリヌクレオチドの、低免疫原性細胞のゲノム遺伝子座内への挿入が容易にされる。場合によっては、ＣＤ２４をコードするポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、ＳＨＳ２３１、Ｆ３（ＣＤ１４２）、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＬＲＰ１（ＣＤ９１）、ＨＭＧＢ１、ＡＢＯ、ＲＨＤ、ＦＵＴ１、またはＫＤＭ５Ｄ遺伝子座等のセーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＤ２４をコードするポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＤ２４をコードするポリヌクレオチドは、本明細書で提供される表２０に示される遺伝子座のうちのいずれか１つに挿入される。ある特定の実施形態では、ＣＤ２４をコードするポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。
別の実施形態では、ＣＤ２４タンパク質発現は、ＣＤ２４タンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、外因性ＣＤ２４ ｍＲＮＡの存在が確認される。
いくつかの実施形態では、好適な遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム、または本明細書に記載の遺伝子編集システムのうちのいずれか）を使用して、ＣＤ２４をコードするポリヌクレオチドの、低免疫原性細胞のゲノム遺伝子座内への挿入が容易にされる。場合によっては、ＣＤ２４をコードするポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、ＳＨＳ２３１、Ｆ３（別名、ＣＤ１４２）、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＬＲＰ１（別名、ＣＤ９１）、ＨＭＧＢ１、ＡＢＯ、ＲＨＤ、ＦＵＴ１、またはＫＤＭ５Ｄ遺伝子座等のセーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＤ２４をコードするポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＤ２４をコードするポリヌクレオチドは、本明細書で提供される表２０に示される遺伝子座のうちのいずれか１つに挿入される。ある特定の実施形態では、ＣＤ２４をコードするポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。
Ｍ．ＤＵＸ４
いくつかの実施形態では、本開示は、ＤＵＸ４等の寛容原性または免疫抑制因子の発現を増加させるように改変されたゲノムを含む細胞（例えば、幹細胞、人工多能性幹細胞、分化細胞、造血幹細胞、初代Ｔ細胞、またはＣＡＲ－Ｔ細胞）またはその集団を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＤＵＸ４の増加した発現をもたらすように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、外因性で発現させたＤＵＸ４タンパク質を含む細胞またはその集団を提供する。いくつかの実施形態では、ＤＵＸ４の増加した発現は、以下のＭＨＣ Ｉ分子、すなわちＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－Ｃのうちの１つまたは複数の発現を抑制、低減、または排除する。
ＤＵＸ４は、胚組織及び人工多能性幹細胞において活性をもち、正常な健常体細胞組織においてはサイレントである転写因子である（Ｆｅｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１５，ＥＬｉｆｅ４、Ｄｅ Ｉａｃｏ ｅｔ ａｌ．，２０１７，Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ．，４９，９４１－９４５、Ｈｅｎｄｒｉｃｋｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，２０１７，Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ．，４９，９２５－９３４、Ｓｎｉｄｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１０，ＰＬｏＳ Ｇｅｎｅｔ．，ｅ１００１１８１、Ｗｈｉｄｄｏｎ ｅｔ ａｌ．，２０１７，Ｎａｔ Ｇｅｎｅｔ．）。ＤＵＸ４発現は、ＭＨＣクラスＩ遺伝子発現（例えば、Ｂ２Ｍ、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－Ｃの発現）のＩＦＮ－ガンマ媒介性の誘導を遮断するように作用する。ＤＵＸ４発現は、ＭＨＣクラスＩによる抗原提示の抑制に関わっているとされている（Ｃｈｅｗ ｅｔ ａｌ．，Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔａｌ Ｃｅｌｌ，２０１９，５０，１－１４）。ＤＵＸ４は、切断段階の遺伝子発現（転写）プログラムにおける転写因子として機能する。その標的遺伝子には、コード遺伝子、非コード遺伝子、及び反復要素が含まれるが、これらに限定されない。
ＤＵＸ４の少なくとも２つのアイソフォームが存在し、このうち最も長いアイソフォームがＤＵＸ４のＣ末端に転写活性化ドメインを含む。これらのアイソフォームは、選択的スプライシングによって生み出される。例えば、Ｇｅｎｇ ｅｔ ａｌ．，２０１２，Ｄｅｖ Ｃｅｌｌ，２２，３８－５１、Ｓｎｉｄｅｒ ｅｔ ａｌ．，２０１０，ＰＬｏＳ Ｇｅｎｅｔ．，ｅ１００１１８１を参照されたい。ＤＵＸ４の活性なアイソフォームは、そのＮ末端にＤＮＡ結合ドメイン及びそのＣ末端に活性化ドメインを含む。例えば、Ｃｈｏｉ ｅｔ ａｌ．，２０１６，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓ，４４，５１６１－５１７３を参照されたい。
ＤＵＸ４のＣｐＧモチーフの数を低減することにより、ＤＵＸ４導入遺伝子のサイレンシングが減少することが示されている（Ｊａｇａｎｎａｔｈａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍａｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，２０１６，２５（２０）：４４１９－４４３１）。Ｊａｇａｎｎａｔｈａｎ ｅｔ ａｌ．，（上記参照）で提供される核酸配列は、ＤＵＸ４タンパク質配列を保存しながらＣｐＧ部位の総数を低減する１つまたは複数の塩基置換を含む、ＤＵＸ４のコドンが変化した配列を表す。この核酸配列は、Ａｄｄｇｅｎｅ（カタログ番号９９２８１）から市販されている。
多くの実施形態では、少なくとも１つまたは複数のポリヌクレオチドを利用して、細胞、例えば、幹細胞、人工多能性幹細胞、分化細胞、造血幹細胞、初代Ｔ細胞、またはＣＡＲ－Ｔ細胞によるＤＵＸ４の外因性発現を容易にしてもよい。
いくつかの実施形態では、好適な遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム、または本明細書に記載の遺伝子編集システムのうちのいずれか）を使用して、ＤＵＸ４をコードするポリヌクレオチドの、低免疫原性細胞のゲノム遺伝子座内への挿入が容易にされる。場合によっては、ＤＵＸ４をコードするポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、ＳＨＳ２３１、Ｆ３（ＣＤ１４２）、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＬＲＰ１（ＣＤ９１）、ＨＭＧＢ１、ＡＢＯ、ＲＨＤ、ＦＵＴ１、またはＫＤＭ５Ｄ遺伝子座等のセーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＤＵＸ４をコードするポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＤＵＸ４をコードするポリヌクレオチドは、本明細書で提供される表２０に示される遺伝子座のうちのいずれか１つに挿入される。ある特定の実施形態では、ＤＵＸ４をコードするポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。
いくつかの実施形態では、ＤＵＸ４をコードするポリヌクレオチド配列は、ＤＵＸ４タンパク質配列を保存しながらＣｐＧ部位の総数を低減する１つまたは複数の塩基置換を含む、ＤＵＸ４のコドンが変化したヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、ＣｐＧ部位の総数を低減する１つまたは複数の塩基置換を含む、ＤＵＸ４をコードするポリヌクレオチド配列は、２０２０年７月３１日に出願されたＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５の配列番号１に対して少なくとも８５％（例えば、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％）の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、ＤＵＸ４をコードするポリヌクレオチド配列は、ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５の配列番号１である。
いくつかの実施形態では、ＤＵＸ４をコードするポリヌクレオチド配列は、ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５で提供される、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、及び配列番号２９を含む群から選択される配列に対して少なくとも９５％（例えば、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％または１００％）の配列同一性を有するポリペプチド配列をコードするヌクレオチド配列である。いくつかの実施形態では、ＤＵＸ４をコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、及び配列番号２９を含む群から選択されるポリペプチド配列をコードするヌクレオチド配列である。配列番号２～２９として定められるアミノ酸配列は、ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５の図１Ａ～１Ｇに示される。
いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＣＮ６２２０９．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＣＮ６２２０９．１に定められるアミノ酸配列を含む。いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿００１２８０７２７．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿００１２８０７２７．１に定められるアミノ酸配列を含む。いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＣＰ３０４８９．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＣＰ３０４８９．１に定められるアミノ酸配列を含む。いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＵｎｉＰｒｏｔ番号Ｐ０ＣＪ８５．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＵｎｉＰｒｏｔ番号Ｐ０ＣＪ８５．１に定められるアミノ酸配列を含む。いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＵＡ６０６２２．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＵＡ６０６２２．１に定められるアミノ酸配列を含む。いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６８３．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６８３．１に定められるアミノ酸配列を含む。いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＣＮ６２２１０．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＣＮ６２２１０．１に定められるアミノ酸配列を含む。いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４７０６．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４７０６．１に定められるアミノ酸配列を含む。いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６８５．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６８５．１に定められるアミノ酸配列を含む。いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＣＰ３０４８８．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＣＰ３０４８８．１に定められるアミノ酸配列を含む。いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６８７．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６８７．１に定められるアミノ酸配列を含む。いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＣＰ３０４８７．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＣＰ３０４８７．１に定められるアミノ酸配列を含む。いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４７１７．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４７１７．１に定められるアミノ酸配列を含む。いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６９０．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６９０．１に定められるアミノ酸配列を含む。いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６８９．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６８９．１に定められるアミノ酸配列を含む。いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６９２．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６９２．１に定められるアミノ酸配列を含む。いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６９３．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６９３．１に定められるアミノ酸配列を含む。いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４７１２．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４７１２．１に定められるアミノ酸配列を含む。いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６９１．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６９１．１に定められるアミノ酸配列を含む。いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＵｎｉＰｒｏｔ番号Ｐ０ＣＪ８７．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＵｎｉＰｒｏｔ番号Ｐ０ＣＪ８７．１に定められるアミノ酸配列を含む。いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４７１４．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４７１４．１に定められるアミノ酸配列を含む。いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６８４．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６８４．１に定められるアミノ酸配列を含む。いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６９５．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６９５．１に定められるアミノ酸配列を含む。いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６９９．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＡＤＫ２４６９９．１に定められるアミノ酸配列を含む。いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿００１７６８．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿００１７６８に定められるアミノ酸配列を含む。いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿９４２０８８．１に定められる配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿９４２０８８．１に定められるアミノ酸配列を含む。いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５で提供される配列番号２８に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５で提供される配列番号２８のアミノ酸配列を含む。いくつかの事例では、ＤＵＸ４ポリペプチドは、ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５で提供される配列番号２９に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するアミノ酸配列、またはＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５で提供される配列番号２９のアミノ酸配列を含む。
他の実施形態では、寛容原性因子の発現は、発現ベクターを使用して容易にされる。いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＤＵＸ４タンパク質配列を保存しつつＣｐＧ部位の総数を低減するための１つまたは複数の塩基置換を含むコドン変化配列である、ＤＵＸ４をコードするポリヌクレオチド配列を含む。場合によっては、ＤＵＸ４のコドンが変化した配列は、ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５の配列番号１を含む。場合によっては、ＤＵＸ４のコドンが変化した配列は、ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５の配列番号１である。他の実施形態では、発現ベクターは、ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５の配列番号１を含むＤＵＸ４をコードするポリヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５の配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、及び配列番号２９を含む群から選択される配列に対して少なくとも９５％の配列同一性を有するＤＵＸ４ポリペプチド配列をコードするポリヌクレオチド配列を含む。いくつかの実施形態では、発現ベクターは、ＰＣＴ／ＵＳ２０２０／４４６３５の配列番号２、配列番号３、配列番号４、配列番号５、配列番号６、配列番号７、配列番号８、配列番号９、配列番号１０、配列番号１１、配列番号１２、配列番号１３、配列番号１４、配列番号１５、配列番号１６、配列番号１７、配列番号１８、配列番号１９、配列番号２０、配列番号２１、配列番号２２、配列番号２３、配列番号２４、配列番号２５、配列番号２６、配列番号２７、配列番号２８、及び配列番号２９を含む群から選択されるＤＵＸ４ポリペプチド配列をコードするポリヌクレオチド配列を含む。
ＤＵＸ４発現の増加は、ウェスタンブロット、ＥＬＩＳＡアッセイ、ＦＡＣＳアッセイ、イムノアッセイ等といった既知の技法を使用してアッセイすることができる。
Ｎ．追加の寛容原性因子
ある特定の実施形態では、１つまたは複数の寛容原性因子をゲノム編集された細胞に挿入または再挿入して、普遍的ドナー幹細胞、普遍的ドナーＴ細胞、または普遍的ドナー細胞等の、免疫特権が備わった普遍的ドナー細胞を作出することができる。ある特定の実施形態では、本明細書に開示される操作された及び／または低免疫原性細胞は、１つまたは複数の寛容原性因子を発現するようにさらに改変されている。例となる寛容原性因子には、限定されないが、ＣＤ４７、ＤＵＸ４、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ３５、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＦａｓＬ、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、Ｍｆｇｅ８、ＣＤ１６、ＣＤ５２、Ｈ２－Ｍ３、ＣＤ１６ Ｆｃ受容体、ＩＬ１５－ＲＦ、及びＳｅｒｐｉｎｂ９のうちの１つまたは複数が含まれる。いくつかの実施形態では、寛容原性因子は、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｇ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＦａｓＬ、Ｓｅｒｐｉｎｂ９、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、及びＭｆｇｅ８からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、寛容原性因子は、ＤＵＸ４、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＣＴＬＡ－４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、及びＩＬ－３５からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、寛容原性因子は、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｆ、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＣＴＬＡ－４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、及びＩＬ－３５からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、寛容原性因子は、ＣＤ４７、ＤＵＸ４、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ３５、ＣＤ４６、ＣＤ５５、ＣＤ５９、ＣＤ２００、ＨＬＡ－Ｃ、ＨＬＡ－Ｅ、ＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＨＬＡ－Ｇ、ＰＤ－Ｌ１、ＩＤＯ１、ＣＴＬＡ４－Ｉｇ、Ｃ１－インヒビター、ＩＬ－１０、ＩＬ－３５、ＦａｓＬ、ＣＣＬ２１、ＣＣＬ２２、Ｍｆｇｅ８、ＣＤ１６、ＣＤ５２、Ｈ２－Ｍ３、ＣＤ１６ Ｆｃ受容体、ＩＬ１５－ＲＦ、及びＳｅｒｐｉｎｂ９を含む群から選択される。
ヒトＣＤ２７（ＣＤ２７Ｌ受容体、腫瘍壊死因子受容体スーパーファミリーメンバー７、ＴＮＦＳＦ７、Ｔ細胞活性化抗原Ｓ１５２、Ｔｐ５５、及びＴ１４としても知られる）についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ１２Ｐ００８１４４、ＨＧＮＣ番号１１９２２、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ９３９、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ２６８４２、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＭ＿００１２４２．４及びＮＰ＿００１２３３．１で提供される。
ヒトＣＤ４６についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０１Ｐ２０７７５２、ＨＧＮＣ番号６９５３、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ４１７９、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ１５５２９、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＭ＿００２３８９．４、ＮＭ＿１５３８２６．３、ＮＭ＿１７２３５０．２、ＮＭ＿１７２３５１．２、ＮＭ＿１７２３５２．２ ＮＰ＿７５８８６０．１、ＮＭ＿１７２３５３．２、ＮＭ＿１７２３５９．２、ＮＭ＿１７２３６１．２、ＮＰ＿００２３８０．３、ＮＰ＿７２２５４８．１、ＮＰ＿７５８８６０．１、ＮＰ＿７５８８６１．１、ＮＰ＿７５８８６２．１、ＮＰ＿７５８８６３．１、ＮＰ＿７５８８６９．１、及びＮＰ＿７５８８７１．１で提供される。
ヒトＣＤ５５（別名、補体崩壊促進因子）についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０１Ｐ２０７３２１、ＨＧＮＣ番号２６６５、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ １６０４、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ０８１７４、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＭ＿０００５７４．４、ＮＭ＿００１１１４７５２．２、ＮＭ＿００１３００９０３．１、ＮＭ＿００１３００９０４．１、ＮＰ＿０００５６５．１、ＮＰ＿００１１０８２２４．１、ＮＰ＿００１２８７８３２．１、及びＮＰ＿００１２８７８３３．１で提供される。
ヒトＣＤ５９についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ１１Ｍ０３３７０４、ＨＧＮＣ番号１６８９、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ９６６、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ１３９８７、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿０００６０２．１、ＮＭ＿０００６１１．５、ＮＰ＿００１１２０６９５．１、ＮＭ＿００１１２７２２３．１、ＮＰ＿００１１２０６９７．１、ＮＭ＿００１１２７２２５．１、ＮＰ＿００１１２０６９８．１、ＮＭ＿００１１２７２２６．１、ＮＰ＿００１１２０６９９．１、ＮＭ＿００１１２７２２７．１、ＮＰ＿９７６０７４．１、ＮＭ＿２０３３２９．２、ＮＰ＿９７６０７５．１、ＮＭ＿２０３３３０．２、ＮＰ＿９７６０７６．１、及びＮＭ＿２０３３３１．２で提供される。
ヒトＣＤ２００についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０３Ｐ１１２３３２、ＨＧＮＣ番号７２０３、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ４３４５、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ４１２１７、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿００１００４１９６．２、ＮＭ＿００１００４１９６．３、ＮＰ＿００１３０５７５７．１、ＮＭ＿００１３１８８２８．１、ＮＰ＿００５９３５．４、ＮＭ＿００５９４４．６、ＸＰ＿００５２４７５３９．１、及びＸＭ＿００５２４７４８２．２で提供される。
ヒトＨＬＡ－Ｃについての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０６Ｍ０３１２７２、ＨＧＮＣ番号４９３３、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ３１０７、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ１０３２１、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿００２１０８．４及びＮＭ＿００２１１７．５で提供される。
ヒトＨＬＡ－Ｅについての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０６Ｐ０４７２８１、ＨＧＮＣ番号４９６２、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ３１３３、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ１３７４７、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿００５５０７．３及びＮＭ＿００５５１６．５で提供される。
ヒトＨＬＡ－Ｇについての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０６Ｐ０４７２５６、ＨＧＮＣ番号４９６４、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ３１３５、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ１７６９３、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿００２１１８．１及びＮＭ＿００２１２７．５で提供される。
ヒトＰＤ－Ｌ１またはＣＤ２７４についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０９Ｐ００５４５０、ＨＧＮＣ番号１７６３５、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ２９１２６、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｑ９ＮＺＱ７、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿００１２５４６３５．１、ＮＭ＿００１２６７７０６．１、ＮＰ＿０５４８６２．１、及びＮＭ＿０１４１４３．３で提供される。
ヒトＩＤＯ１についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０８Ｐ０３９８９１、ＨＧＮＣ番号６０５９、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ３６２０、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ１４９０２、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿００２１５５．１及びＮＭ＿００２１６４．５で提供される。
ヒトＩＬ－１０についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０１Ｍ２０６７６７、ＨＧＮＣ番号５９６２、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ３５８６、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ２２３０１、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿０００５６３．１及びＮＭ＿０００５７２．２で提供される。
ヒトＦａｓリガンド（ＦａｓＬ、ＦＡＳＬＧ、ＣＤ１７８、ＴＮＦＳＦ６等として知られる）についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０１Ｐ１７２６２８、ＨＧＮＣ番号１１９３６、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ３５６、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ４８０２３、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿０００６３０．１、ＮＭ＿０００６３９．２、ＮＰ＿００１２８９６７５．１、及びＮＭ＿００１３０２７４６．１で提供される。
ヒトＣＣＬ２１についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０９Ｍ０３４７０９、ＨＧＮＣ番号１０６２０、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ６３６６、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｏ００５８５、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿００２９８０．１及びＮＭ＿００２９８９．３で提供される。
ヒトＣＣＬ２２についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ１６Ｐ０５７３５９、ＨＧＮＣ番号１０６２１、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ６３６７、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｏ００６２６、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿００２９８１．２、ＮＭ＿００２９９０．４、ＸＰ＿０１６８７９０２０．１、及びＸＭ＿０１７０２３５３１．１で提供される。
ヒトＭｆｇｅ８についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ１５Ｍ０８８８９８、ＨＧＮＣ番号７０３６、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ４２４０、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｑ０８４３１、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿００１１０８０８６．１、ＮＭ＿００１１１４６１４．２、ＮＰ＿００１２９７２４８．１、ＮＭ＿００１３１０３１９．１、ＮＰ＿００１２９７２４９．１、ＮＭ＿００１３１０３２０．１、ＮＰ＿００１２９７２５０．１、ＮＭ＿００１３１０３２１．１、ＮＰ＿００５９１９．２、及びＮＭ＿００５９２８．３で提供される。
ヒトＳｅｒｐｉｎＢ９についての有用なゲノム、ポリヌクレオチド、及びポリペプチドの情報は、例えば、ＧｅｎｅＣａｒｄ識別記号ＧＣ０６Ｍ００２８８７、ＨＧＮＣ番号８９５５、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ ５２７２、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｐ５０４５３、ならびにＮＣＢＩ ＲｅｆＳｅｑ番号ＮＰ＿００４１４６．１、ＮＭ＿００４１５５．５、ＸＰ＿００５２４９２４１．１、及びＸＭ＿００５２４９１８４．４で提供される。
遺伝子及び因子（タンパク質）の発現を調節するための方法には、ゲノム編集技術、及びＲＮＡまたはタンパク質発現技術等が含まれる。これらの技術の全てについて、周知の組換え技法を使用して、本明細書に概説されるような組換え核酸が生成される。
いくつかの実施形態では、該細胞（例えば、幹細胞、人工多能性幹細胞、分化細胞、造血幹細胞、初代Ｔ細胞、またはＣＡＲ－Ｔ細胞）は、Ｂ２Ｍ及びＣＩＩＴＡ遺伝子を不活性化する遺伝子改変をもつとともに、ＣＤ４７及びＤＵＸ４、ＣＤ４７及びＣＤ２４、ＣＤ４７及びＣＤ２７、ＣＤ４７及びＣＤ４６、ＣＤ４７及びＣＤ５５、ＣＤ４７及びＣＤ５９、ＣＤ４７及びＣＤ２００、ＣＤ４７及びＨＬＡ－Ｃ、ＣＤ４７及びＨＬＡ－Ｅ、ＣＤ４７及びＨＬＡ－Ｅ重鎖、ＣＤ４７及びＨＬＡ－Ｇ、ＣＤ４７及びＰＤ－Ｌ１、ＣＤ４７及びＩＤＯ１、ＣＤ４７及びＣＴＬＡ４－Ｉｇ、ＣＤ４７及びＣ１－インヒビター、ＣＤ４７及びＩＬ－１０、ＣＤ４７及びＩＬ－３５、ＣＤ４７及びＩＬ－３９、ＣＤ４７及びＦａｓＬ、ＣＤ４７及びＣＣＬ２１、ＣＤ４７及びＣＣＬ２２、ＣＤ４７及びＭｆｇｅ８、ならびにＣＤ４７及びＳｅｒｐｉｎｂ９、ならびにそれらの任意の組み合わせを含む群から選択される複数の外因性ポリペプチドを発現する。いくつかの事例では、かかる細胞はまた、ＣＤ１４２遺伝子を不活性化する遺伝子改変をもつ。
いくつかの事例では、免疫拒絶反応を能動的に阻害するために、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム等の遺伝子編集システムを使用して、ＡＡＶＳ１遺伝子座等のセーフハーバーまたは標的遺伝子座内への寛容原性因子等の、寛容原性因子の挿入が容易にされる。いくつかの事例では、寛容原性因子は、発現ベクターを使用してセーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、セーフハーバーまたは標的遺伝子座は、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、ＳＨＳ２３１、Ｆ３（別名、ＣＤ１４２）、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＬＲＰ１（別名、ＣＤ９１）、ＨＭＧＢ１、ＡＢＯ、ＲＨＤ、ＦＵＴ１、またはＫＤＭ５Ｄ遺伝子座である。
いくつかの実施形態では、標的遺伝子（例えば、ＣＤ４７、ＤＵＸ４、または別の寛容原性因子遺伝子）の発現は、（１）内在性標的遺伝子（例えば、ＣＤ４７、ＤＵＸ４、または別の寛容原性因子遺伝子）に特異的な部位特異的結合ドメイン、及び（２）転写活性化因子を含有する、融合タンパク質またはタンパク質複合体の発現によって増加させられる。
いくつかの実施形態では、調節因子は、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）等の部位特異的ＤＮＡ結合核酸分子から構成される。いくつかの実施形態では、該方法は、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）としても知られるジンクフィンガータンパク質（ＺＦＰ）またはＺＦＰを含有する融合タンパク質等の、部位特異的ＤＮＡ結合標的化タンパク質によって達成される。
いくつかの実施形態では、調節因子は、標的領域にて遺伝子に特異的に結合またはハイブリダイズする、例えばＤＮＡ結合タンパク質またはＤＮＡ結合核酸を使用した、部位特異的結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、提供されるポリヌクレオチドまたはポリペプチドは、改変ヌクレアーゼ等の部位特異的ヌクレアーゼに連結されるかまたはそれと複合体化される。例えば、いくつかの実施形態では、投与は、改変ヌクレアーゼ、例えば、メガヌクレアーゼまたはＲＮＡ誘導型ヌクレアーゼ、例えば、規則的な間隔をもってクラスター化された短鎖回文配列核酸（ｃｌｕｓｔｅｒｅｄ ｒｅｇｕｌａｒｌｙ ｉｎｔｅｒｓｐｅｒｓｅｄ ｓｈｏｒｔ ｐａｌｉｎｄｒｏｍｉｃ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ）（ＣＲＩＳＰＲ）－Ｃａｓシステム、例えば、ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ９システムのＤＮＡ標的化タンパク質を含む融合体を使用して成し遂げられる。いくつかの実施形態では、ヌクレアーゼは、ヌクレアーゼ活性を欠くように改変される。いくつかの実施形態では、改変ヌクレアーゼは、触媒的に死んだｄＣａｓ９である。
いくつかの実施形態では、部位特異的結合ドメインは、ヌクレアーゼに由来し得る。例えば、Ｉ－ＳｃｅＩ、Ｉ－ＣｅｕＩ、ＰＩ－ＰｓｐＩ、ＰＩ－Ｓｃｅ、Ｉ－ＳｃｅＩＶ、Ｉ－ＣｓｍＩ、Ｉ－ＰａｎＩ、Ｉ－ＳｃｅＩＩ、Ｉ－ＰｐｏＩ、Ｉ－ＳｃｅＩＩＩ、Ｉ－ＣｒｅＩ、Ｉ－ＴｅｖＩ、Ｉ－ＴｅｖＩＩ、及びＩ－ＴｅｖＩＩＩ等のホーミングエンドヌクレアーゼ及びメガヌクレアーゼの認識配列。また、米国特許第５，４２０，０３２号、米国特許第６，８３３，２５２号、Ｂｅｌｆｏｒｔ ｅｔ ａｌ．，（１９９７）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５：３３７９－３３８８、Ｄｕｊｏｎ ｅｔ ａｌ．，（１９８９）Ｇｅｎｅ ８２：１１５－１１８、Ｐｅｒｌｅｒ ｅｔ ａｌ，（１９９４）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２２，１１２５－１１２７、Ｊａｓｉｎ（１９９６）Ｔｒｅｎｄｓ Ｇｅｎｅｔ．１２：２２４－２２８、Ｇｉｍｂｌｅ ｅｔ ａｌ．，（１９９６）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２６３：１６３－１８０、Ａｒｇａｓｔ ｅｔ ａｌ，（１９９８）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２８０：３４５－３５３、及びＮｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓカタログも参照されたい。加えて、ホーミングエンドヌクレアーゼ及びメガヌクレアーゼのＤＮＡ結合特異性は、非天然標的部位に結合するように操作され得る。例えば、Ｃｈｅｖａｌｉｅｒ ｅｔ ａｌ，（２００２）Ｍｏｌｅｃ．Ｃｅｌｌ １０：８９５－９０５、Ｅｐｉｎａｔ ｅｔ ａｌ，（２００３）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．３１：２９５２－２９６２、Ａｓｈｗｏｒｔｈ ｅｔ ａｌ，（２００６）Ｎａｔｕｒｅ ４４１：６５６－６５９、Ｐａｑｕｅｓ ｅｔ ａｌ，（２００７）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ ７：４９－６６、米国特許公開第２００７／０１１７１２８号を参照されたい。
ジンクフィンガー、ＴＡＬＥ、及びＣＲＩＳＰＲシステムの結合ドメインは、例えば、天然型ジンクフィンガーまたはＴＡＬＥタンパク質の認識ヘリックス領域を操作すること（１つまたは複数のアミノ酸を変化させること）によって、既定のヌクレオチド配列に結合するように「操作」され得る。操作されたＤＮＡ結合タンパク質（ジンクフィンガーまたはＴＡＬＥ）は、天然に存在しないタンパク質である。設計のための合理的基準は、置換規則の適用、ならびに既存のＺＦＰ及び／またはＴＡＬＥ設計及び結合データの情報を格納するデータベース内の情報を処理するためのコンピュータ化アルゴリズムを含む。例えば、米国特許第６，１４０，０８１号、同第６，４５３，２４２号、及び同第６，５３４，２６１号を参照されたく、また、ＷＯ９８／５３０５８、ＷＯ９８／５３０５９、ＷＯ９８／５３０６０、ＷＯ０２／０１６５３６、及びＷＯ０３／０１６４９６、ならびに米国公開第２０１１０３０１０７３号も参照されたい。
いくつかの実施形態では、部位特異的結合ドメインは、配列特異的様態でＤＮＡに結合する１つもしくは複数のジンクフィンガータンパク質（ＺＦＰ）またはそのドメインを含む。ＺＦＰまたはそのドメインは、亜鉛イオンの配位により構造が安定化される結合ドメイン内のアミノ酸配列の領域である、１つまたは複数のジンクフィンガーを介して配列特異的様態でＤＮＡに結合するタンパク質、またはより大きなタンパク質内のドメインである。
ＺＦＰの中には、個々のフィンガーの集合によって生成される、典型的には９～１８ヌクレオチド長の特異的ＤＮＡ配列を標的とする人工ＺＦＰドメインがある。ＺＦＰには、単一のフィンガードメインの長さがおよそ３０アミノ酸であり、単一のベータターンの２つのシステインとともに亜鉛へと配位結合した２つの不変のヒスチジン残基を含有するアルファヘリックスを含有し、２、３、４、５、または６つのフィンガーを有するものが含まれる。一般に、ＺＦＰの配列特異性は、ジンクフィンガーの認識ヘリックス上の４つのヘリックス位置（－１、２、３、及び６）にてアミノ酸置換を行うことによって変化させてもよい。故に、いくつかの実施形態では、ＺＦＰまたはＺＦＰ含有分子は、非天然型であり、例えば、選択する標的部位に結合するように操作される。例えば、Ｂｅｅｒｌｉ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２０：１３５－１４１、Ｐａｂｏ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．７０：３１３－３４０、Ｉｓａｌａｎ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１９：６５６－６６０、Ｓｅｇａｌ ｅｔ ａｌ．（２００１）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．１２：６３２－６３７、Ｃｈｏｏ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．１０：４１１－４１６、米国特許第６，４５３，２４２号、同第６，５３４，２６１号、同第６，５９９，６９２号、同第６，５０３，７１７号、同第６，６８９，５５８号、同第７，０３０，２１５号、同第６，７９４，１３６号、同第７，０６７，３１７号、同第７，２６２，０５４号、同第７，０７０，９３４号、同第７，３６１，６３５号、同第７，２５３，２７３号、及び米国特許公開第２００５／００６４４７４号、同第２００７／０２１８５２８号、同第２００５／０２６７０６１号を参照されたく、全て参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。
多くの遺伝子特異的な操作されたジンクフィンガーが市販されている。例えば、Ｓａｎｇａｍｏ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｒｉｃｈｍｏｎｄ，ＣＡ，ＵＳＡ）は、Ｓｉｇｍａ－Ａｌｄｒｉｃｈ（Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ，ＵＳＡ）と提携して、研究者がジンクフィンガーの構築及び検証を完全に省略することを可能にするジンクフィンガー構築のためのプラットフォーム（ＣｏｍｐｏＺｒ）を開発し、何千ものタンパク質に対して特異的に標的化されたジンクフィンガーを提供する（Ｇａｊ ｅｔ ａｌ．，Ｔｒｅｎｄｓ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，２０１３，３１（７），３９７－４０５）。いくつかの実施形態では、市販のジンクフィンガーが使用されるか、またはカスタム設計される。
いくつかの実施形態では、部位特異的結合ドメインは、転写活性化因子様タンパク質エフェクター（ＴＡＬＥ）タンパク質にあるような、天然型または操作された（非天然型）転写活性化因子様タンパク質（ＴＡＬ）のＤＮＡ結合ドメインを含む。例えば、米国特許公開第２０１１０３０１０７３号（参照によりその全体が本明細書に援用される）を参照されたい。
いくつかの実施形態では、部位特異的結合ドメインは、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムに由来する。一般に、「ＣＲＩＳＰＲシステム」とは、Ｃａｓ遺伝子をコードする配列、ｔｒａｃｒ（トランス活性化ＣＲＩＳＰＲ）配列（例えば、ｔｒａｃｒＲＮＡまたは活性な部分的ｔｒａｃｒＲＮＡ）、ｔｒａｃｒメイト配列（内在性ＣＲＩＳＰＲシステムの文脈において「ダイレクトリピート」及びｔｒａｃｒＲＮＡによりプロセシングされた部分的ダイレクトリピートを包含する）、ガイド配列（内在性ＣＲＩＳＰＲシステムの文脈において「スペーサー」、または「標的化配列」とも称される）、及び／またはＣＲＩＳＰＲ遺伝子座からの他の配列及び転写物を含めた、ＣＲＩＳＰＲ関連（「Ｃａｓ」）遺伝子の発現に関与するかまたはその活性を導く転写物及び他の要素を総称的に指す。
一般に、ガイド配列は、標的配列とハイブリダイズして、ＣＲＩＳＰＲ複合体の標的配列への配列特異的結合を導くのに十分な標的ポリヌクレオチド配列との相補性を有するポリヌクレオチド配列を含む、標的化ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ガイド配列とその対応する標的配列との間の相補性の程度は、好適なアライメントアルゴリズムを使用して最適にアライメントされたときに、約５０％以上、約６０％以上、約７５％以上、約８０％以上、約８５％以上、約９０％以上、約９５％以上、約９７．５％以上、約９９％以上、またはそれを超える。いくつかの例では、ｇＲＮＡの標的化ドメインは、標的核酸上の標的配列に相補的、例えば、少なくとも８０、８５、９０、９５、９８、または９９％相補的、例えば、完全に相補的である。
いくつかの実施形態では、標的部位は、標的遺伝子の転写開始部位の上流にある。いくつかの実施形態では、標的部位は、遺伝子の転写開始部位に隣接している。いくつかの実施形態では、標的部位は、遺伝子の転写開始部位の下流のＲＮＡポリメラーゼ休止部位に隣接している。
いくつかの実施形態では、標的化ドメインは、転写開始、１つもしくは複数の転写エンハンサーもしくは活性化因子、及び／またはＲＮＡポリメラーゼの結合を促進するための標的遺伝子のプロモーター領域を標的とするように構成される。１つまたは複数のｇＲＮＡを使用して、遺伝子のプロモーター領域を標的化することができる。いくつかの実施形態では、遺伝子の１つまたは複数の領域を標的化することができる。ある特定の態様では、標的部位は、遺伝子の転写開始部位（ＴＳＳ）のいずれかの側の６００塩基対以内にある。
エクソン配列ならびにプロモーター及び活性化因子を含む制御領域の配列を含めた、遺伝子を標的とする配列であるかまたはその配列を含むｇＲＮＡ配列を設計または同定することは、当業者の技能水準の範囲内である。ＣＲＩＳＰＲゲノム編集のためのゲノム全域にわたるｇＲＮＡデータベースが一般公開されており、これは、ヒトゲノムまたはマウスゲノムにおける遺伝子の構成的エクソン内の例となる単一ガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）標的配列を含む（例えば、ｇｅｎｅｓｃｒｉｐｔ．ｃｏｍ／ｇＲＮＡ－ｄａｔａｂａｓｅ．ｈｔｍｌを参照されたく、また、Ｓａｎｊａｎａ ｅｔ ａｌ．（２０１４）Ｎａｔ．Ｍｅｔｈｏｄｓ，１１：７８３－４、ｗｗｗ．ｅ－ｃｒｉｓｐ．ｏｒｇ／Ｅ－ＣＲＩＳＰ／、ｃｒｉｓｐｒ．ｍｉｔ．ｅｄｕ／も参照されたい）。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡ配列は、非標的遺伝子へのオフターゲット結合が最小である配列であるか、またはそれを含む。
いくつかの実施形態では、調節因子は、機能的ドメイン、例えば、転写活性化因子をさらに含む。
いくつかの実施形態では、転写活性化因子は、標的遺伝子の１つまたは複数の転写調節要素等の１つまたは複数の調節要素であるか、またはそれを含有し、それによって、上記で提供されるような部位特異的ドメインが認識されて、かかる遺伝子の発現を駆動する。いくつかの実施形態では、転写活性化因子は、標的遺伝子の発現を駆動する。場合によっては、転写活性化因子は、異種トランス活性化ドメインの全部または一部分であり得るか、またはそれを含有し得る。例えば、いくつかの実施形態では、転写活性化因子は、単純ヘルペス由来トランス活性化ドメイン、Ｄｎｍｔ３ａメチルトランスフェラーゼドメイン、ｐ６５、ＶＰ１６、及びＶＰ６４から選択される。
いくつかの実施形態では、調節因子は、ジンクフィンガー転写因子（ＺＦ－ＴＦ）である。いくつかの実施形態では、調節因子は、ＶＰ６４－ｐ６５－Ｒｔａ（ＶＰＲ）である。
ある特定の実施形態では、調節因子は、転写調節ドメインをさらに含む。一般的なドメインには、例えば、転写因子ドメイン（活性化因子、抑制因子、共活性化因子、共抑制因子）、サイレンサー、発がん遺伝子（例えば、ｍｙｃ、ｊｕｎ、ｆｏｓ、ｍｙｂ、ｍａｘ、ｍａｄ、ｒｅｌ、ｅｔｓ、ｂｃｌ、ｍｙｂ、ｍｏｓファミリーメンバー等）；ＤＮＡ修復酵素ならびにそれらの関連因子及び修飾因子；ＤＮＡ再構成酵素ならびにそれらの関連因子及び修飾因子；クロマチン関連タンパク質及びそれらの修飾因子（例えば、キナーゼ、アセチラーゼ、及びデアセチラーゼ）；ならびにＤＮＡ修飾酵素（例えば、ＤＮＭＴファミリーのメンバー等のメチルトランスフェラーゼ（例えば、ＤＮＭＴ１、ＤＮＭＴ３Ａ、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＤＮＭＴ３Ｌ等、トポイソメラーゼ、ヘリカーゼ、リガーゼ、キナーゼ、ホスファターゼ、ポリメラーゼ、エンドヌクレアーゼ）ならびにそれらの関連因子及び修飾因子が含まれる。例えば、米国公開第２０１３／０２５３０４０号（参照によりその全体が本明細書に援用される）を参照されたい。
活性化を達成するのに好適なドメインには、ＨＳＶ ＶＰ１６活性化ドメイン（例えば、Ｈａｇｍａｎｎ ｅｔ ａｌ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７１，５９５２－５９６２（１９７）を参照されたい）、核内ホルモン受容体（例えば、Ｔｏｒｃｈｉａ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．１０：３７３－３８３（１９９８）を参照されたい）、核内因子カッパＢのｐ６５サブユニット（Ｂｉｔｋｏ ＆ Ｂａｎｋ，Ｊ．Ｖｉｒｏｌ．７２：５６１０－５６１８（１９９８）及びＤｏｙｌｅ ＆ Ｈｕｎｔ，Ｎｅｕｒｏｒｅｐｏｒｔ ８：２９３７－２９４２（１９９７））、Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．５：３－２８（１９９８））、またはＶＰ６４等の人工キメラ機能的ドメイン（Ｂｅｅｒｌｉ ｅｔ ａｌ．，（１９９８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９５：１４６２３－３３）、及びデグロン（Ｍｏｌｉｎａｒｉ ｅｔ ａｌ．，（１９９９）ＥＭＢＯ Ｊ．１８，６４３９－６４４７）が含まれる。追加の例となる活性化ドメインには、Ｏｃｔ１、Ｏｃｔ－２Ａ、Ｓｐｌ、ＡＰ－２、及びＣＴＦ１（Ｓｅｉｐｅｌ ｅｔ ａｌ，ＥＭＢＯＪ．１１，４９６１－４９６８（１９９２）、ならびにｐ３００、ＣＢＰ、ＰＣＡＦ、ＳＲＣ１ ＰｖＡＬＦ、ＡｔＨＤ２Ａ、及びＥＲＦ－２が含まれる。例えば、Ｒｏｂｙｒ ｅｔ ａｌ，（２０００）Ｍｏｌ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ．１４：３２９－３４７、Ｃｏｌｌｉｎｇｗｏｏｄ ｅｔ ａｌ，（１９９９）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ ２３：２５５－２７５、Ｌｅｏ ｅｔ ａｌ，（２０００）Ｇｅｎｅ ２４５：１－１１、Ｍａｎｔｅｕｆｆｅｌ－Ｃｙｍｂｏｒｏｗｓｋａ（１９９９）Ａｃｔａ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｐｏｌ．４６：７７－８９、ＭｃＫｅｎｎａ ｅｔ ａｌ，（１９９９）Ｊ．Ｓｔｅｒｏｉｄ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．６９：３－１２、Ｍａｌｉｋ ｅｔ ａｌ，（２０００）Ｔｒｅｎｄｓ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．２５：２７７－２８３、及びＬｅｍｏｎ ｅｔ ａｌ，（１９９９）Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｇｅｎｅｔ．Ｄｅｖ．９：４９９－５０４を参照されたい。追加の例となる活性化ドメインには、ＯｓＧＡＩ、ＨＡＬＦ－１、Ｃｌ、ＡＰ１、ＡＲＦ－５、－６、－１、及び－８、ＣＰＲＦ１、ＣＰＲＦ４、ＭＹＣ－ＲＰ／ＧＰ、ならびにＴＲＡＢ１が含まれるが、これらに限定されない。例えば、Ｏｇａｗａ ｅｔ ａｌ，（２０００）Ｇｅｎｅ ２４５：２１－２９、Ｏｋａｎａｍｉ ｅｔ ａｌ，（１９９６）Ｇｅｎｅｓ Ｃｅｌｌｓ １：８７－９９、Ｇｏｆｆ ｅｔ ａｌ，（１９９１）Ｇｅｎｅｓ Ｄｅｖ．５：２９８－３０９、Ｃｈｏ ｅｔ ａｌ，（１９９９）Ｐｌａｎｔ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ ４０：４１９－４２９、Ｕｌｍａｓｏｎ ｅｔ ａｌ，（１９９９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９６：５８４４－５８４９、Ｓｐｒｅｎｇｅｒ－Ｈａｕｓｓｅｌｓ ｅｔ ａｌ，（２０００）Ｐｌａｎｔ Ｊ．２２：１－８、Ｇｏｎｇ ｅｔ ａｌ，（１９９９）Ｐｌａｎｔ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．４１：３３－４４、及びＨｏｂｏ ｅｔ ａｌ．，（１９９９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９６：１５，３４８－１５，３５３を参照されたい。
遺伝子抑制因子を作製するために使用され得る、例となる抑制ドメインには、ＫＲＡＢ Ａ／Ｂ、ＫＯＸ、ＴＧＦ－ベータ誘導性初期遺伝子（ＴＩＥＧ）、ｖ－ｅｒｂＡ、ＳＩＤ、ＭＢＤ２、ＭＢＤ３、ＤＮＭＴファミリーのメンバー（例えば、ＤＮＭＴ１、ＤＮＭＴ３Ａ、ＤＮＭＴ３Ｂ、ＤＮＭＴ３Ｌ等）、Ｒｂ、及びＭｅＣＰ２が含まれるが、これらに限定されない。例えば、Ｂｉｒｄ ｅｔ ａｌ，（１９９９）Ｃｅｌｌ ９９：４５１－４５４、Ｔｙｌｅｒ ｅｔ ａｌ，（１９９９）Ｃｅｌｌ ９９：４４３－４４６、Ｋｎｏｅｐｆｌｅｒ ｅｔ ａｌ，（１９９９）Ｃｅｌｌ ９９：４４７－４５０、及びＲｏｂｅｒｔｓｏｎ ｅｔ ａｌ，（２０００）Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔ．２５：３３８－３４２を参照されたい。追加の例となる抑制ドメインには、ＲＯＭ２及びＡｔＨＤ２Ａが含まれるが、これらに限定されない。例えば、Ｃｈｅｍ ｅｔ ａｌ，（１９９６）Ｐｌａｎｔ Ｃｅｌｌ ８：３０５－３２１、及びＷｕ ｅｔ ａｌ，（２０００）Ｐｌａｎｔ Ｊ．２２：１９－２７を参照されたい。
いくつかの事例では、ドメインは、染色体の後成的調節に関与する。いくつかの実施形態では、ドメインは、核局在性のヒストンアセチルトランスフェラーゼ（ＨＡＴ）（例えば、Ａ型）、例えば、ＭＹＳＴファミリーメンバーＭＯＺ、Ｙｂｆ２／Ｓａｓ３、ＭＯＦ、及びＴｉｐ６０、ＧＮＡＴファミリーメンバーＧｃｎ５またはｐＣＡＦ、ｐ３００ファミリーメンバーＣＢＰ、ｐ３００、またはＲｔｔ１０９（Ｂｅｍｄｓｅｎ ａｎｄ Ｄｅｎｕ（２００８）Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｓｔｒｕｃｔ Ｂｉｏｌ １８（６）：６８２－６８９）である。他の事例では、ドメインは、ヒストンデアセチラーゼ（ＨＤ ＡＣ）、例えば、クラスＩ（ＨＤＡＣ－１、２、３、及び８）、クラスＩＩ（ＨＤＡＣ ＩＩＡ（ＨＤＡＣ－４、５、７及び９）、ＨＤ ＡＣ ＩＩＢ（ＨＤＡＣ ６及び１０））、クラスＩＶ（ＨＤＡＣ－ｌ １）、クラスＩＩＩ（別名、サーチュイン（ＳＩＲＴ）；ＳＩＲＴ１～７）である（Ｍｏｔｔａｍａｌ ｅｔ ａｌ．，（２０１５）Ｍｏｌｅｃｕｌｅｓ ２０（３）：３８９８－３９４１を参照されたい）。いくつかの実施形態で使用される別のドメインは、ヒストンホスホリラーゼまたはキナーゼであり、例としては、ＭＳＫ１、ＭＳＫ２、ＡＴＲ、ＡＴＭ、ＤＮＡ－ＰＫ、Ｂｕｂｌ、ＶｐｒＢＰ、ＩＫＫ－ａ、ＰＫＣｐｉ、Ｄｉｋ／Ｚｉｐ、ＪＡＫ２、ＰＫＣ５、ＷＳＴＦ、及びＣＫ２が挙げられる。いくつかの実施形態では、メチル化ドメインが使用され、これはＥｚｈ２、ＰＲＭＴ１／６、ＰＲＭＴ５／７、ＰＲＭＴ ２／６、ＣＡＲＭ１、ｓｅｔ７／９、ＭＬＬ、ＡＬＬ－１、Ｓｕｖ ３９ｈ、Ｇ９ａ、ＳＥＴＤＢ１、Ｅｚｈ２、Ｓｅｔ２、Ｄｏｔｌ、ＰＲＭＴ１／６、ＰＲＭＴ５／７、ＰＲ－Ｓｅｔ７、及びＳｕｖ４－２０ｈ等の群から選定され得る。ＳＵＭＯ化及びビオチン化に関与するドメイン（Ｌｙｓ９、１３、４、１８、及び１２）もまたいくつかの実施形態で使用され得る（概説については、Ｋｏｕｓａｒｉｄｅｓ（２００７）Ｃｅｌｌ １２８：６９３－７０５を参照されたい）。
融合分子は、当業者に周知されているクローニング方法及び生化学的コンジュゲーション方法によって構築される。融合分子は、ＤＮＡ結合ドメイン及び機能的ドメイン（例えば、転写活性化または抑制ドメイン）を含む。融合分子はまた、任意選択で、核局在化シグナル（例えば、ＳＶ４０中型Ｔ抗原からのシグナル等）及びエピトープタグ（例えば、ＦＬＡＧ及びヘマグルチニン等）を含む。融合タンパク質（及びそれらをコードする核酸）は、融合体の構成要素の間で翻訳リーディングフレームが保存されるように設計される。
一方で機能的ドメイン（またはその機能的断片）のポリペプチド構成要素と、他方で非タンパク質ＤＮＡ結合ドメイン（例えば、抗生物質、インターカレーター、副溝結合剤、核酸）との間の融合体は、当業者に既知の生化学的コンジュゲーション方法によって構築される。例えば、Ｐｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏｍｐａｎｙ（Ｒｏｃｋｆｏｒｄ，ＩＬ）Ｃａｔａｌｏｇｕｅを参照されたい。副溝結合剤とポリペプチドとの間の融合体を作製するための方法及び組成物が記載されている。Ｍａｐｐ ｅｔ ａｌ，（２０００）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９７：３９３０－３９３５。同様に、ポリペプチド構成要素である機能ドメインと関連付けてｓｇＲＮＡ核酸である構成要素を含むＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ ＴＦ及びヌクレアーゼもまた、当業者に既知であるとともに、本明細書に詳述される。
いくつかの実施形態では、本開示は、細胞のゲノムがＣＤ４７を発現するように改変されているゲノムを含む、細胞（例えば、初代Ｔ細胞ならびに低免疫原性幹細胞及びその派生物）またはその集団を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＣＤ４７を発現するように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸を利用して、細胞株内へのＣＤ４７の挿入を容易にしてもよい。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸は、ＷＯ２０１６１８３０４１の表２９の配列番号２００７８４～２３１８８５からなる群から選択され、同文献は参照により本明細書に援用される。
いくつかの実施形態では、本開示は、細胞のゲノムがＨＬＡ－Ｃを発現するように改変されているゲノムを含む、細胞（例えば、初代Ｔ細胞ならびに低免疫原性幹細胞及びその派生物）またはその集団を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＨＬＡ－Ｃを発現するように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸を利用して、細胞株内へのＨＬＡ－Ｃの挿入を容易にしてもよい。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸は、ＷＯ２０１６１８３０４１の表１０の配列番号３２７８～５１８３からなる群から選択され、同文献は参照により本明細書に援用される。
いくつかの実施形態では、本開示は、細胞のゲノムがＨＬＡ－Ｅを発現するように改変されているゲノムを含む、細胞（例えば、初代Ｔ細胞ならびに低免疫原性幹細胞及びその派生物）またはその集団を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＨＬＡ－Ｅを発現するように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸を利用して、細胞株内へのＨＬＡ－Ｅの挿入を容易にしてもよい。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸は、ＷＯ２０１６１８３０４１の表１９の配列番号１８９８５９～１９３１８３からなる群から選択され、同文献は参照により本明細書に援用される。
いくつかの実施形態では、本開示は、細胞のゲノムがＨＬＡ－Ｆを発現するように改変されているゲノムを含む、細胞（例えば、初代Ｔ細胞ならびに低免疫原性幹細胞及びその派生物）またはその集団を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＨＬＡ－Ｆを発現するように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸を利用して、細胞株内へのＨＬＡ－Ｆの挿入を容易にしてもよい。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸は、ＷＯ２０１６１８３０４１の表４５の配列番号６８８８０８～３９９７５４からなる群から選択され、同文献は参照により本明細書に援用される。
いくつかの実施形態では、本開示は、細胞のゲノムがＨＬＡ－Ｇを発現するように改変されているゲノムを含む、細胞（例えば、初代Ｔ細胞ならびに低免疫原性幹細胞及びその派生物）またはその集団を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＨＬＡ－Ｇを発現するように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸を利用して、幹細胞株内へのＨＬＡ－Ｇの挿入を容易にしてもよい。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸は、ＷＯ２０１６１８３０４１の表１８の配列番号１８８３７２～１８９８５８からなる群から選択され、同文献は参照により本明細書に援用される。
いくつかの実施形態では、本開示は、細胞のゲノムがＰＤ－Ｌ１を発現するように改変されているゲノムを含む、細胞（例えば、初代Ｔ細胞ならびに低免疫原性幹細胞及びその派生物）またはその集団を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＰＤ－Ｌ１を発現するように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸を利用して、幹細胞株内へのＰＤ－Ｌ１の挿入を容易にしてもよい。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸は、ＷＯ２０１６１８３０４１の表２１の配列番号１９３１８４～２００７８３からなる群から選択され、同文献は参照により本明細書に援用される。
いくつかの実施形態では、本開示は、細胞のゲノムがＣＴＬＡ４－Ｉｇを発現するように改変されているゲノムを含む、細胞（例えば、初代Ｔ細胞ならびに低免疫原性幹細胞及びその派生物）またはその集団を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＣＴＬＡ４－Ｉｇを発現するように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸を利用して、幹細胞株内へのＣＴＬＡ４－Ｉｇの挿入を容易にしてもよい。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸は、配列表を含めてＷＯ２０１６１８３０４１に開示されるいずれか１つから選択される。
いくつかの実施形態では、本開示は、細胞のゲノムがＣＩ－インヒビターを発現するように改変されているゲノムを含む、細胞（例えば、初代Ｔ細胞ならびに低免疫原性幹細胞及びその派生物）またはその集団を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＣＩ－インヒビターを発現するように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸を利用して、幹細胞株内へのＣＩ－インヒビターの挿入を容易にしてもよい。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸は、配列表を含めてＷＯ２０１６１８３０４１に開示されるいずれか１つから選択される。
いくつかの実施形態では、本開示は、細胞のゲノムがＩＬ－３５を発現するように改変されているゲノムを含む、細胞（例えば、初代Ｔ細胞ならびに低免疫原性幹細胞及びその派生物）またはその集団を提供する。いくつかの実施形態では、本開示は、ＩＬ－３５を発現するように細胞のゲノムを変化させるための方法を提供する。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸を利用して、幹細胞株内へのＩＬ－３５の挿入を容易にしてもよい。ある特定の実施形態では、少なくとも１つのリボ核酸または少なくとも１対のリボ核酸は、配列表を含めてＷＯ２０１６１８３０４１に開示されるいずれか１つから選択される。
いくつかの実施形態では、寛容原性因子は、発現ベクターを使用して細胞において発現される。例えば、細胞においてＣＤ４７を発現させるための発現ベクターは、ＣＤ４７をコードするポリヌクレオチド配列を含む。発現ベクターは、誘導性発現ベクターであり得る。発現ベクターは、限定されないがレンチウイルスベクター等のウイルスベクターであり得る。いくつかの実施形態では、寛容原性因子は、フソゲン媒介性送達、または条件付きもしくは誘導性トランスポザーゼ、条件付きもしくは誘導性ＰｉｇｇｙＢａｃトランスポゾン、条件付きもしくは誘導性Ｓｌｅｅｐｉｎｇ Ｂｅａｕｔｙ（ＳＢ１１）トランスポゾン、条件付きもしくは誘導性Ｍｏｓ１トランスポゾン、及び条件付きもしくは誘導性Ｔｏｌ２トランスポゾンからなる群から選択されるトランスポザーゼシステムを使用して、細胞内に導入される。
いくつかの実施形態では、好適な遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム、または本明細書に記載の遺伝子編集システムのうちのいずれか）を使用して、寛容原性因子をコードするポリヌクレオチドの、低免疫原性細胞のゲノム遺伝子座内への挿入が容易にされる。場合によっては、寛容原性因子をコードするポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、ＳＨＳ２３１、Ｆ３（ＣＤ１４２）、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＬＲＰ１（ＣＤ９１）、ＨＭＧＢ１、ＡＢＯ、ＲＨＤ、ＦＵＴ１、またはＫＤＭ５Ｄ遺伝子座等のセーフまたは標的ハーバー遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、寛容原性因子をコードするポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、またはＴＲＢ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、寛容原性因子をコードするポリヌクレオチドは、本明細書で提供される表２～５に示される遺伝子座のうちのいずれか１つに挿入される。ある特定の実施形態では、寛容原性因子をコードするポリヌクレオチドは、プロモーターに作動可能に連結されている。
Ｏ．プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖
ある特定の実施形態では、本明細書に開示される本技術は、Ｙ染色体遺伝子の発現を標的化し、調節すること（例えば、低減または排除すること）によって、１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現を調節する（例えば、低減または排除する）。いくつかの実施形態では、調節は、遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）を使用して起こる。いくつかの実施形態では、該細胞は、レシピエント対象において自然及び／または適応免疫応答を誘導する能力が低減されている。
ある特定の実施形態では、本明細書に開示される本技術は、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖遺伝子、例えば、ＰＣＤＨ１１Ｙの発現を標的化し、調節すること（例えば、低減または排除すること）によって、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖抗原の発現を調節する（例えば、低減または排除する）。いくつかの実施形態では、調節は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを使用して起こる。いくつかの実施形態では、該細胞は、レシピエント対象において免疫応答を誘導する能力が低減されている。
いくつかの実施形態では、本開示の標的ポリヌクレオチド配列は、ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子のバリアントである。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子のホモログである。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子のオルソログである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖抗原タンパク質をコードする遺伝子座にて遺伝子改変を含む。換言すれば、該細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子座にて遺伝子改変を含む。いくつかの事例では、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖抗原タンパク質をコードするヌクレオチド配列は、ＲｅｆＳｅｑ．番号Ｎ ＮＭ＿００１２７８６１９．１、ＮＭ＿０３２９７１．２、ＮＭ＿０３２９７２．２、ＮＭ＿０３２９７３．２、もしくはＸＭ＿０１７０３００８２．１、またはＧｅｎｂａｎｋ番号ＡＪ２７６８０３、ＡＦ２７７０５３、ＡＦ３３２２１６、ＡＦ３３２２１７、ＡＪ５６４９５８、ＡＪ５６４９５９、ＡＪ５６４９６０、ＡＪ５６４９６１、ＡＪ５６４９６２、ＡＪ５６４９６３、ＡＪ５６４９６６、もしくはＡＪ５６４９６に定められる。いくつかの事例では、ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子座は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号８３２５９に記載される。ある特定の実例では、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖抗原のアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ ＧｅｎＢａｎｋ番号ＣＡＣ１３１２２．１、ＡＡＬ５５７２９．１、ＡＡＫ１３４６８．１、ＡＡＫ１３４６９．１、ＣＡＤ９２４２９．１、ＣＡＤ９２４３０．１、ＣＡＤ９２４３１．１、ＣＡＤ９２４３２．１、ＣＡＤ９２４３３．１、ＣＡＤ９２４３４．１、ＣＡＤ９２４３７．１、またはＣＡＤ９２４４０．１として示される。プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖抗原タンパク質及び遺伝子座の追加の説明は、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｑ９ＢＺＡ８、ＨＧＮＣ参照番号１５８１３、及びＯＭＩＭ参照番号４０００２２に見出すことができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される操作された及び／または低免疫原性細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子を標的とする遺伝子改変を含む。いくつかの実施形態では、ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子を標的とする遺伝子改変は、限定されないがＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ、ＴＡＬＥ－ヌクレアーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、他のウイルスベースの遺伝子編集システム、またはＲＮＡ干渉等の遺伝子編集ツールを使用して、ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子を遺伝子編集することによって生成される。いくつかの実施形態では、遺伝子編集は、ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子のコード配列を標的とする。いくつかの事例では、該細胞は、機能的ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子産物を生成しない。ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子産物の不在下では、該細胞は、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖抗原を完全に欠いている。
いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９またはＣａｓ１２ａ編集システムを使用して、遺伝子内に挿入または欠失を導入して、その機能を破壊するため、いくつかの事例では、それを不活性にするために、ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子の配列が標的化される。いくつかの実施形態では、単一ガイドＲＮＡが使用される。いくつかの実施形態では、二重ガイドＲＮＡが使用される。いくつかの実施形態では、表２Ａまたは表２ＢのｇＲＮＡ標的配列のうちのいずれか１つが使用される。いくつかの事例では、表２Ａ及び／または表２Ｂの１つよりも多くのｇＲＮＡ標的配列が遺伝子編集に使用される。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９編集システムは、Ｃａｓ９タンパク質またはその断片、ｔｒａｃｒＲＮＡ、及びｃｒＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ１２ａ編集システムは、Ｃａｓ１２ａタンパク質またはその断片及びｃｒＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、フレームシフト挿入－欠失が、遺伝子の任意のコード配列に導入される。いくつかの実施形態では、ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子の機能を破壊するために、遺伝子のＵＴＲ、イントロン、またはエクソン内の改変が加えられる。いくつかの実施形態では、表２Ａ及び／または表２ＢのｇＲＮＡ標的配列のうちのいずれか１つまたは複数を含むＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ編集が利用される。
いくつかの実施形態では、遺伝子を不活性化するために、改変がＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子に導入される。いくつかの実施形態では、ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子のエクソン１またはエクソン２またはエクソン３等のコーディングエクソンが標的化される。いくつかの事例では、Ｃａｓ編集システム、ならびにＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子の５’における配列を標的とするガイドＲＮＡ標的配列、及び限定されないがエクソン１または２等のエクソンに対するガイドＲＮＡ標的配列を使用して、欠失が生み出される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子のホモ接合型改変を含み、それによって遺伝子が不活性化される。
Figure 2024530403000002
Figure 2024530403000003
Figure 2024530403000004
Figure 2024530403000005
Figure 2024530403000006
Figure 2024530403000007
Figure 2024530403000008
Figure 2024530403000009
Figure 2024530403000010
Figure 2024530403000011
Figure 2024530403000012
Figure 2024530403000013
Figure 2024530403000014
Figure 2024530403000015
いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡ標的配列は、ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子のエクソン１またはエクソン２に対するものである。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡ標的配列は、エクソン１またはエクソン２を不活性化するためにフレームシフト変異を導入する、表２Ａ及び／または表２ＢのｇＲＮＡである。
いくつかの実施形態では、ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子の発現は、ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子のエクソン１またはエクソン２内の挿入または欠失によって部分的または完全に不活性化される。
ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子が不活性化されているかどうかを試験するためのアッセイは、既知であるとともに、本明細書に記載される。一実施形態では、結果として生じるＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子の遺伝子改変はＰＣＲによって、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖抗原タンパク質発現の低減はＦＡＣＳ解析によってアッセイすることができる。別の実施形態では、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖抗原タンパク質発現は、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖抗原タンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、不活性化する遺伝子改変の存在が確認される。
Ｐ．ニューロリギン－４ Ｙ連鎖
ある特定の実施形態では、本明細書に開示される本技術は、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖遺伝子、例えば、ＮＬＧＮ４Ｙの発現を標的化し、調節すること（例えば、低減または排除すること）によって、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖抗原の発現を調節する（例えば、低減または排除する）。いくつかの実施形態では、調節は、遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）を使用して起こる。いくつかの実施形態では、該細胞は、レシピエント対象において自然及び／または適応免疫応答を誘導する能力が低減されている。
いくつかの実施形態では、本開示の標的ポリヌクレオチド配列は、ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子のバリアントである。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子のホモログである。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子のオルソログである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖抗原タンパク質をコードする遺伝子座にて遺伝子改変を含む。換言すれば、該細胞は、ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子座にて遺伝子改変を含む。いくつかの事例では、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖抗原タンパク質をコードするヌクレオチド配列は、ＲｅｆＳｅｑ．番号Ｎ ＮＭ＿００１１６４２３８．１、ＮＭ＿００１２０６８５０．１、ＮＭ＿０１４８９３．４、ＸＭ＿０１７０３００３４．１、ＸＭ＿０１７０３００３５．１、ＸＭ＿０１７０３００３６．１、ＸＭ＿０１７０３００３７．１、ＸＭ＿０１７０３００３８．１、ＸＭ＿０１７０３００４０．１、もしくはＸＭ＿０１７０３００４１．１、またはＧｅｎｂａｎｋ番号ＡＦ３７６８０４、ＡＢ０２３１６８、ＢＸ５３７４２８、ＡＣ０１０７２６、ＡＣ０１０８７９、ＡＣ０１０９７９、ＡＣ０１１９０３、ＢＣ０３２５６７、ＢＣ１１３５２５、もしくはＢＣ１１３５５１に定められる。いくつかの事例では、ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子座は、ＮＣＢＩ遺伝子ＩＤ番号２２８２９に記載される。ある特定の実例では、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖抗原のアミノ酸配列は、ＮＣＢＩ ＧｅｎＢａｎｋ番号ＡＡＭ４６１１３．１、ＢＡＡ７６７９５．２、ＣＡＤ９７６７０．１、ＡＡＨ３２５６７．１、ＡＡＩ１３５２６．１、またはＡＡＩ１３５５２．１として示される。ニューロリギン－４ Ｙ連鎖抗原タンパク質及び遺伝子座の追加の説明は、Ｕｎｉｐｒｏｔ番号Ｑ８ＮＦＺ３、ＨＧＮＣ参照番号１５５２９、及びＯＭＩＭ参照番号４０００２８に見出すことができる。
いくつかの実施形態では、本明細書に概説される操作された及び／または低免疫原性細胞は、ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子を標的とする遺伝子改変を含む。いくつかの実施形態では、ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子を標的とする遺伝子改変は、限定されないがＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ、ＴＡＬＥ－ヌクレアーゼ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、他のウイルスベースの遺伝子編集システム、またはＲＮＡ干渉等の遺伝子編集ツールを使用して、ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子を遺伝子編集することによって生成される。いくつかの実施形態では、遺伝子編集は、ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子のコード配列を標的とする。いくつかの事例では、該細胞は、機能的ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子産物を生成しない。ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子産物の不在下では、該細胞は、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖抗原を完全に欠いている。
いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９またはＣａｓ１２ａ編集システムを使用して、遺伝子内に挿入または欠失を導入して、その機能を破壊するため、いくつかの事例では、それを不活性にするために、ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子の配列が標的化される。いくつかの実施形態では、単一ガイドＲＮＡが使用される。いくつかの実施形態では、二重ガイドＲＮＡが使用される。いくつかの実施形態では、表３、表４、及び／または表５のｇＲＮＡ標的配列のうちのいずれか１つが使用される。いくつかの事例では、表３、表４、及び／または表５の１つよりも多くのｇＲＮＡ標的配列が遺伝子編集に使用される。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９編集システムは、Ｃａｓ９タンパク質またはその断片、ｔｒａｃｒＲＮＡ、及びｃｒＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ１２ａ編集システムは、Ｃａｓ１２ａタンパク質またはその断片及びｃｒＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、フレームシフト挿入－欠失が、遺伝子の任意のコード配列に導入される。いくつかの実施形態では、ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子の機能を破壊するために、遺伝子のＵＴＲ、イントロン、またはエクソン内の改変が加えられる。いくつかの実施形態では、表３、表４、及び／または表５のｇＲＮＡ標的配列のうちのいずれか１つまたは複数を含むＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ編集が利用される。
いくつかの実施形態では、遺伝子を不活性化するために、改変がＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子に導入される。いくつかの実施形態では、ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子のエクソン３またはエクソン４またはエクソン５等のコーディングエクソンが標的化される。いくつかの事例では、Ｃａｓ編集システム、ならびにＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子の５’における配列を標的とするガイドＲＮＡ標的配列、及び限定されないがエクソン３またはエクソン４またはエクソン５等のエクソンに対するガイドＲＮＡ標的配列を使用して、欠失が生み出される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子のホモ接合型改変を含み、それによって遺伝子が不活性化される。
Figure 2024530403000016
Figure 2024530403000017
Figure 2024530403000018
Figure 2024530403000019
Figure 2024530403000020
Figure 2024530403000021
Figure 2024530403000022
Figure 2024530403000023
Figure 2024530403000024
Figure 2024530403000025
いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡ標的配列は、ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子のエクソン１またはエクソン２に対するものである。いくつかの実施形態では、ｇＲＮＡ標的配列は、エクソン３、エクソン４、またはエクソン５を不活性化するためにフレームシフト変異を導入する、表３、表４、及び／または表５のｇＲＮＡである。
いくつかの実施形態では、ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子の発現は、ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子のエクソン３、エクソン４、またはエクソン５内の挿入または欠失によって部分的または完全に不活性化される。
ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子が不活性化されているかどうかを試験するためのアッセイは、既知であるとともに、本明細書に記載される。一実施形態では、結果として生じるＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子の遺伝子改変ＰＣＲによって、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖抗原タンパク質発現の低減はＦＡＣＳ解析によってアッセイすることができる。別の実施形態では、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖抗原タンパク質発現は、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖抗原タンパク質に対する抗体によりプロービングされる細胞ライセートのウェスタンブロットを使用して検出される。別の実施形態では、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）を使用して、不活性化する遺伝子改変の存在が確認される。
Ｑ．キメラ抗原受容体
本明細書では、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を含む低免疫原性細胞が提供される。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ１９に結合する。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ２０に結合する。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ２２に結合する。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ１９に結合する。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ１９及びＣＤ２２に結合する。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、第１世代ＣＡＲ、第２世代ＣＡＲ、第３世代ＣＡＲ、及び第４世代ＣＡＲからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、単一の標的抗原に結合する単一の結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、１つよりも多くの標的抗原、例えば、２つ、３つ、またはそれよりも多くの標的抗原に結合する単一の結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、２つの結合ドメインを、各結合ドメインが異なる標的抗原に結合するように含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、２つの結合ドメインを、各結合ドメインが同じ標的抗原に結合するように含む。ＣＤ１９特異的ＣＡＲ、ＣＤ２０特異的ＣＡＲ、ＣＤ１９／ＣＤ２０二重特異的ＣＡＲ、ＣＤ２２特異的ＣＡＲ、及びＣＤ１９／ＣＤ２２二重特異的ＣＡＲを含めた例となるＣＡＲの詳細な説明は、ＷＯ２０１２／０７９０００、ＷＯ２０１６／１４９５７８、及びＷＯ２０２０／０１４４８２に見出され得、配列表及び図を含めたこれらの開示は、参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、２つの結合ドメインを、各結合ドメインが同じ標的抗原に結合するように含む。
いくつかの実施形態では、ＣＤ１９特異的ＣＡＲは、抗ＣＤ１９一本鎖抗体断片（ｓｃＦｖ）、ヒトＣＤ８αに由来するもの等の膜貫通ドメイン、４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）共刺激シグナル伝達ドメイン、及びＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ２０特異的ＣＡＲは、抗ＣＤ２０ ｓｃＦｖ、ヒトＣＤ８αに由来するもの等の膜貫通ドメイン、４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）共刺激シグナル伝達ドメイン、及びＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ１９／ＣＤ２０二重特異的ＣＡＲは、抗ＣＤ１９ ｓｃＦｖ、抗ＣＤ２０ ｓｃＦｖ、ヒトＣＤ８αに由来するもの等の膜貫通ドメイン、４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）共刺激シグナル伝達ドメイン、及びＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ２２特異的ＣＡＲは、抗ＣＤ２２ ｓｃＦｖ、ヒトＣＤ８αに由来するもの等の膜貫通ドメイン、４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）共刺激シグナル伝達ドメイン、及びＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ１９／ＣＤ２２二重特異的ＣＡＲは、抗ＣＤ１９ ｓｃＦｖ、抗ＣＤ２２ ｓｃＦｖ、ヒトＣＤ８αに由来するもの等の膜貫通ドメイン、４－１ＢＢ（ＣＤ１３７）共刺激シグナル伝達ドメイン、及びＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、Ｔ細胞によって担持される商用のＣＡＲ構築物を含む。商用のＣＡＲ－Ｔ細胞ベースの療法の非限定的な例としては、ブレクスカブタゲンオートルユーセル（ＴＥＣＡＲＴＵＳ（登録商標））、アキシカブタゲンシロルユーセル（ＹＥＳＣＡＲＴＡ（登録商標））、イデカブタゲンビクルユーセル（ＡＢＥＣＭＡ（登録商標））、リソカブタゲンマラルユーセル（ＢＲＥＹＡＮＺＩ（登録商標））、チサゲンレクルユーセル（ＫＹＭＲＩＡＨ（登録商標））、Ｃａｒｔｅｓｉａｎ ＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓからのＤｅｓｃａｒｔｅｓ－０８及びＤｅｓｃａｒｔｅｓ－１１、ＮｏｖａｒｔｉｓからのＣＴＬ１１９、Ｐｏｓｅｉｄａ ＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓからのＰ－ＢＭＣＡ－１０１、Ｐｒｅｃｉｓｉｏｎ ＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓからのＰＢＣＡＲ１９Ｂ及びＰＢＣＡＲ２６９Ａ、Ｆａｔｅ ＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓからのＦＴ８１９、ならびにＣｌｙａｄ ＯｎｃｏｌｏｇｙからのＣＹＡＤ－２１１が挙げられる。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の低免疫原性細胞は、抗原結合ドメインを含むキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の低免疫原性細胞は、抗原結合ドメインを含むキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を含む。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、抗原結合ドメインを含むキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）であるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び少なくとも１つのシグナル伝達ドメイン（例えば、１、２、または３つのシグナル伝達ドメイン）を含む第１世代ＣＡＲであるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び少なくとも２つのシグナル伝達ドメインを含む第２世代ＣＡＲを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び少なくとも３つのシグナル伝達ドメインを含む第３世代ＣＡＲを含む。いくつかの実施形態では、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、３つまたは４つのシグナル伝達ドメイン、及びＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインを含む第４世代ＣＡＲ。いくつかの実施形態では、抗原結合ドメインは、抗体、抗体断片、ｓｃＦｖ、またはＦａｂであるか、またはそれを含む。
１．抗原結合ドメイン（ＡＢＤ）は、新生細胞またはがん細胞に特有の抗原を標的とする
いくつかの実施形態では、抗原結合ドメイン（ＡＢＤ）は、新生細胞に特有の抗原を標的とする。換言すれば、抗原結合ドメインは、新生細胞またはがん細胞によって発現される抗原を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＢＤは、腫瘍関連抗原に結合する。いくつかの実施形態では、新生細胞に特有の抗原（例えば、新生細胞またはがん細胞に関連する抗原）または腫瘍関連抗原は、細胞表面受容体、イオンチャネル連結型受容体、酵素連結型受容体、Ｇタンパク質共役型受容体、受容体型チロシンキナーゼ、チロシンキナーゼ会合型受容体、受容体様チロシンホスファターゼ、受容体型セリン／トレオニンキナーゼ、受容体型グアニリルシクラーゼ、ヒスチジンキナーゼ会合型受容体、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）（ＥｒｂＢ１／ＥＧＦＲ、ＥｒｂＢ２／ＨＥＲ２、ＥｒｂＢ３／ＨＥＲ３、及びＥｒｂＢ４／ＨＥＲ４を含む）、線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）（ＦＧＦ１、ＦＧＦ２、ＦＧＦ３、ＦＧＦ４、ＦＧＦ５、ＦＧＦ６、ＦＧＦ７、ＦＧＦ１８、及びＦＧＦ２１を含む）、血管内皮細胞増殖因子受容体（ＶＥＧＦＲ）（ＶＥＧＦ－Ａ、ＶＥＧＦ－Ｂ、ＶＥＧＦ－Ｃ、ＶＥＧＦ－Ｄ、及びＰＩＧＦを含む）、ＲＥＴ受容体及びＥｐｈ受容体ファミリー（ＥｐｈＡ１、ＥｐｈＡ２、ＥｐｈＡ３、ＥｐｈＡ４、ＥｐｈＡ５、ＥｐｈＡ６、ＥｐｈＡ７、ＥｐｈＡ８、ＥｐｈＡ９、ＥｐｈＡ１０、ＥｐｈＢ１、ＥｐｈＢ２、ＥｐｈＢ３、ＥｐｈＢ４、及びＥｐｈＢ６）、ＣＸＣＲ１、ＣＸＣＲ２、ＣＸＣＲ３、ＣＸＣＲ４、ＣＸＣＲ６、ＣＣＲ１、ＣＣＲ２、ＣＣＲ３、ＣＣＲ４、ＣＣＲ５、ＣＣＲ６、ＣＣＲ８、ＣＦＴＲ、ＣＩＣ－１、ＣＩＣ－２、ＣＩＣ－４、ＣＩＣ－５、ＣＩＣ－７、ＣＩＣ－Ｋａ、ＣＩＣ－Ｋｂ、ベストロフィン、ＴＭＥＭ１６Ａ、ＧＡＢＡ受容体、グリシン受容体、ＡＢＣ輸送体、ＮＡＶ１．１、ＮＡＶ１．２、ＮＡＶ１．３、ＮＡＶ１．４、ＮＡＶ１．５、ＮＡＶ１．６、ＮＡＶ１．７、ＮＡＶ１．８、ＮＡＶ１．９、スフィンゴシン－１－リン酸受容体（Ｓ１Ｐ１Ｒ）、ＮＭＤＡチャネル、膜貫通型タンパク質、マルチスパン膜貫通型タンパク質、Ｔ細胞受容体モチーフ、Ｔ細胞アルファ鎖、Ｔ細胞β鎖、Ｔ細胞γ鎖、Ｔ細胞δ鎖、ＣＣＲ７、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ７、ＣＤ８、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ１１ｃ、ＣＤ１６、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２１、ＣＤ２２、ＣＤ２５、ＣＤ２８、ＣＤ３４、ＣＤ３５、ＣＤ４０、ＣＤ４５ＲＡ、ＣＤ４５ＲＯ、ＣＤ５２、ＣＤ５６、ＣＤ６２Ｌ、ＣＤ６８、ＣＤ８０、ＣＤ９５、ＣＤ１１７、ＣＤ１２７、ＣＤ１３３、ＣＤ１３７（４－１ＢＢ）、ＣＤ１６３、Ｆ４／８０、ＩＬ－４Ｒａ、Ｓｃａ－１、ＣＴＬＡ－４、ＧＩＴＲ、ＧＡＲＰ、ＬＡＰ、グランザイムＢ、ＬＦＡ－１、トランスフェリン受容体、ＮＫｐ４６、パーフォリン、ＣＤ４＋、Ｔｈ１、Ｔｈ２、Ｔｈ１７、Ｔｈ４０、Ｔｈ２２、Ｔｈ９、Ｔｆｈ、古典的Ｔｒｅｇ、ＦｏｘＰ３＋、Ｔｒ１、Ｔｈ３、Ｔｒｅｇ１７、ＴＲＥＧ、ＣＤＣＰ、ＮＴ５Ｅ、ＥｐＣＡＭ、ＣＥＡ、ｇｐＡ３３、ムチン、ＴＡＧ－７２、炭酸脱水酵素ＩＸ、ＰＳＭＡ、葉酸結合タンパク質、ガングリオシド（例えば、ＣＤ２、ＣＤ３、ＧＭ２）、ルイス－γ２、ＶＥＧＦ、ＶＥＧＦＲ１／２／３、αＶβ３、α５β１、ＥｒｂＢ１／ＥＧＦＲ、ＥｒｂＢ１／ＨＥＲ２、ＥｒＢ３、ｃ－ＭＥＴ、ＩＧＦ１Ｒ、ＥｐｈＡ３、ＴＲＡＩＬ－Ｒ１、ＴＲＡＩＬ－Ｒ２、ＲＡＮＫＬ、ＦＡＰ、テネイシン、ＰＤＬ－１、ＢＡＦＦ、ＨＤＡＣ、ＡＢＬ、ＦＬＴ３、ＫＩＴ、ＭＥＴ、ＲＥＴ、ＩＬ－１β、ＡＬＫ、ＲＡＮＫＬ、ｍＴＯＲ、ＣＴＬＡ－４、ＩＬ－６、ＩＬ－６Ｒ、ＪＡＫ３、ＢＲＡＦ、ＰＴＣＨ、スムーズンド、ＰＩＧＦ、ＡＮＰＥＰ、ＴＩＭＰ１、ＰＬＡＵＲ、ＰＴＰＲＪ、ＬＴＢＲ、ＡＮＴＸＲ１、葉酸受容体アルファ（ＦＲａ）、ＥＲＢＢ２（Ｈｅｒ２／ｎｅｕ）、ＥｐｈＡ２、ＩＬ－１３Ｒａ２、上皮成長因子受容体（ＥＧＦＲ）、メソテリン、ＴＳＨＲ、ＣＤ１９、ＣＤ１２３、ＣＤ２２、ＣＤ３０、ＣＤ１７１、ＣＳ－１、ＣＬＬ－１、ＣＤ３３、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、ＧＤ２、ＧＤ３、ＢＣＭＡ、ＭＵＣ１６（ＣＡ１２５）、Ｌ１ＣＡＭ、ＬｅＹ、ＭＳＬＮ、ＩＬ１３Ｒα１、Ｌ１－ＣＡＭ、Ｔｎ Ａｇ、前立腺特異膜抗原（ＰＳＭＡ）、ＲＯＲ１、ＦＬＴ３、ＦＡＰ、ＴＡＧ７２、ＣＤ３８、ＣＤ４４ｖ６、ＣＥＡ、ＥＰＣＡＭ、Ｂ７Ｈ３、ＫＩＴ、インターロイキン－１１受容体ａ（ＩＬ－１１Ｒａ）、ＰＳＣＡ、ＰＲＳＳ２１、ＶＥＧＦＲ２、ルイスＹ、ＣＤ２４、血小板由来成長因子受容体－ベータ（ＰＤＧＦＲ－ベータ）、ＳＳＥＡ－４、ＣＤ２０、ＭＵＣ１、ＮＣＡＭ、前立腺、ＰＡＰ、ＥＬＦ２Ｍ、エフリンＢ２、ＩＧＦ－１受容体、ＣＡＩＸ、ＬＭＰ２、ｇｐ１００、ｂｃｒ－ａｂｌ、チロシナーゼ、フコシルＧＭ１、ｓＬｅ、ＧＭ３、ＴＧＳ５、ＨＭＷＭＡＡ、ｏ－アセチル－ＧＤ２、葉酸受容体ベータ、ＴＥＭ１／ＣＤ２４８、ＴＥＭ７Ｒ、ＣＬＤＮ６、ＧＰＲＣ５Ｄ、ＣＸＯＲＦ６１、ＣＤ９７、ＣＤ１７９ａ、ＡＬＫ、ポリシアル酸、ＰＬＡＣｌ、ＧｌｏｂｏＨ、ＮＹ－ＢＲ－１、ＵＰＫ２、ＨＡＶＣＲ１、ＡＤＲＢ３、ＰＡＮＸ３、ＧＰＲ２０、ＬＹ６Ｋ、ＯＲ５１Ｅ２、ＴＡＲＰ、ＷＴ１、ＮＹ－ＥＳＯ－１、ＬＡＧＥ－１ａ、ＭＡＧＥ－Ａ１、レグマイン、ＨＰＶ Ｅ６、Ｅ７、ＥＴＶ６－ＡＭＬ、精子タンパク質１７、ＸＡＧＥ１、Ｔｉｅ２、ＭＡＤ－ＣＴ－１、ＭＡＤ－ＣＴ－２、主要組織適合性複合体クラスＩ関連遺伝子タンパク質（ＭＲ１）、ウロキナーゼ型プラスミノーゲン活性化因子受容体（ｕＰＡＲ）、Ｆｏｓ関連抗原１、ｐ５３、ｐ５３変異体、プロステイン、サバイビン、テロメラーゼ、ＰＣＴＡ－１／ガレクチン８、ＭｅｌａｎＡ／ＭＡＲＴ１、Ｒａｓ変異体、ｈＴＥＲＴ、肉腫転座切断点、ＭＬ－ＩＡＰ、ＥＲＧ（ＴＭＰＲＳＳ２ ＥＴＳ融合遺伝子）、ＮＡ１７、ＰＡＸ３、アンドロゲン受容体、サイクリンＢ１、ＭＹＣＮ、ＲｈｏＣ、ＴＲＰ－２、ＣＹＰＩＢ Ｉ、ＢＯＲＩＳ、ＳＡＲＴ３、ＰＡＸ５、ＯＹ－ＴＥＳ１、ＬＣＫ、ＡＫＡＰ－４、ＳＳＸ２、ＲＡＧＥ－１、ヒトテロメラーゼ逆転写酵素、ＲＵ１、ＲＵ２、腸カルボキシルエステラーゼ、ｍｕｔ ｈｓｐ７０－２、ＣＤ７９ａ、ＣＤ７９ｂ、ＣＤ７２、ＬＡＩＲ１、ＦＣＡＲ、ＬＩＬＲＡ２、ＣＤ３００ＬＦ、ＣＬＥＣ１２Ａ、ＢＳＴ２、ＥＭＲ２、ＬＹ７５、ＧＰＣ３、ＦＣＲＬ５、ＩＧＬＬ１、新生抗原、ＣＤ１３３、ＣＤ１５、ＣＤ１８４、ＣＤ２４、ＣＤ５６、ＣＤ２６、ＣＤ２９、ＣＤ４４、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ（ＨＬＡ－Ａ、Ｂ、Ｃ）、ＣＤ４９ｆ、ＣＤ１５１、ＣＤ３４０、ＣＤ２００、ｔｋｒＡ、ｔｒｋＢ、もしくはｔｒｋＣ、またはそれらの抗原断片もしくは抗原部分から選択される。
２．ＡＢＤは、Ｔ細胞に特有の抗原を標的とする
いくつかの実施形態では、抗原結合ドメインは、Ｔ細胞に特有の抗原を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＢＤは、Ｔ細胞に関連する抗原に結合する。いくつかの事例では、かかる抗原は、Ｔ細胞によって発現されるか、またはＴ細胞の表面上に位置する。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞に特有の抗原すなわちＴ細胞関連抗原は、Ｔ細胞に特有の細胞表面受容体、膜輸送タンパク質（例えば、イオンチャネルタンパク質、膜孔形成タンパク質等といった、例えば、能動または受動輸送タンパク質）、膜貫通型受容体、膜酵素、及び／または細胞接着タンパク質から選択される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞に特有の抗原は、Ｇタンパク質共役型受容体、受容体型チロシンキナーゼ、チロシンキナーゼ会合型受容体、受容体様チロシンホスファターゼ、受容体型セリン／トレオニンキナーゼ、受容体グアニリルシクラーゼ、ヒスチジンキナーゼ会合型受容体、ＡＫＴ１；ＡＫＴ２；ＡＫＴ３；ＡＴＦ２；ＢＣＬ１０；ＣＡＬＭ１；ＣＤ３Ｄ（ＣＤ３δ）；ＣＤ３Ｅ（ＣＤ３ε）；ＣＤ３Ｇ（ＣＤ３γ）；ＣＤ４；ＣＤ８；ＣＤ２８；ＣＤ４５；ＣＤ８０（Ｂ７－１）；ＣＤ８６（Ｂ７－２）；ＣＤ２４７（ＣＤ３ζ）；ＣＴＬＡ－４（ＣＤ１５２）；ＥＬＫ１；ＥＲＫ１（ＭＡＰＫ３）；ＥＲＫ２；ＦＯＳ；ＦＹＮ；ＧＲＡＰ２（ＧＡＤＳ）；ＧＲＢ２；ＨＬＡ－ＤＲＡ；ＨＬＡ－ＤＲＢ１；ＨＬＡ－ＤＲＢ３；ＨＬＡ－ＤＲＢ４；ＨＬＡ－ＤＲＢ５；ＨＲＡＳ；ＩＫＢＫＡ（ＣＨＵＫ）；ＩＫＢＫＢ；ＩＫＢＫＥ；ＩＫＢＫＧ（ＮＥＭＯ）；ＩＬ２；ＩＴＰＲ１；ＩＴＫ；ＪＵＮ；ＫＲＡＳ２；ＬＡＴ；ＬＣＫ；ＭＡＰ２Ｋ１（ＭＥＫ１）；ＭＡＰ２Ｋ２（ＭＥＫ２）；ＭＡＰ２Ｋ３（ＭＫＫ３）；ＭＡＰ２Ｋ４（ＭＫＫ４）；ＭＡＰ２Ｋ６（ＭＫＫ６）；ＭＡＰ２Ｋ７（ＭＫＫ７）；ＭＡＰ３Ｋ１（ＭＥＫＫ１）；ＭＡＰ３Ｋ３；ＭＡＰ３Ｋ４；ＭＡＰ３Ｋ５；ＭＡＰ３Ｋ８；ＭＡＰ３Ｋ１４（ＮＩＫ）；ＭＡＰＫ８（ＪＮＫ１）；ＭＡＰＫ９（ＪＮＫ２）；ＭＡＰＫ１０（ＪＮＫ３）；ＭＡＰＫ１１（ｐ３８β）；ＭＡＰＫ１２（ｐ３８γ）；ＭＡＰＫ１３（ｐ３８δ）；ＭＡＰＫ１４（ｐ３８α）；ＮＣＫ；ＮＦＡＴ１；ＮＦＡＴ２；ＮＦＫＢ１；ＮＦＫＢ２；ＮＦＫＢＩＡ；ＮＲＡＳ；ＰＡＫ１；ＰＡＫ２；ＰＡＫ３；ＰＡＫ４；ＰＩＫ３Ｃ２Ｂ；ＰＩＫ３Ｃ３（ＶＰＳ３４）；ＰＩＫ３ＣＡ；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３ＣＤ；ＰＩＫ３Ｒ１；ＰＫＣＡ；ＰＫＣＢ；ＰＫＣＭ；ＰＫＣＱ；ＰＬＣＹ１；ＰＲＦ１（パーフォリン）；ＰＴＥＮ；ＲＡＣ１；ＲＡＦ１；ＲＥＬＡ；ＳＤＦ１；ＳＨＰ２；ＳＬＰ７６；ＳＯＳ；ＳＲＣ；ＴＢＫ１；ＴＣＲＡ；ＴＥＣ；ＴＲＡＦ６；ＶＡＶ１；ＶＡＶ２；またはＺＡＰ７０であり得る。
３．ＡＢＤは、自己免疫疾患／障害及び／または炎症性疾患／障害に特有の抗原を標的とする
いくつかの実施形態では、抗原結合ドメインは、自己免疫疾患／障害及び／または炎症性疾患／障害に特有の抗原を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＢＤは、自己免疫障害または炎症性障害に関連する抗原に結合する。いくつかの事例では、抗原は、自己免疫疾患／障害及び／または炎症性疾患／障害に関連する細胞によって発現される。いくつかの実施形態では、自己免疫障害または炎症性障害は、慢性移植片対宿主病（ＧＶＨＤ）、ループス、関節炎、免疫複合体糸球体腎炎、グッドパスチャー症候群、ブドウ膜炎、肝炎、全身性硬化症または強皮症、Ｉ型糖尿病、多発性硬化症、寒冷凝集素症、尋常性天疱瘡、グレーブス病、自己免疫溶血性貧血、血友病Ａ、原発性シェーグレン症候群、血栓性血小板減少性紫斑病、視神経脊髄炎、エバンス症候群、ＩｇＭ媒介性ニューロパチー、クリオグロブリン血症、皮膚筋炎、特発性血小板減少症、強直性脊椎炎、水疱性類天疱瘡、後天性血管性浮腫、慢性蕁麻疹、抗リン脂質脱髄性多発ニューロパチー、及び自己免疫血小板減少症または好中球減少症または赤芽球癆から選択され、一方で、同種異系免疫疾患の例となる非限定的例としては、造血または実質臓器移植、輸血による同種異系感作（ａｌｌｏｓｅｎｓｉｔｉｚａｔｉｏｎ）（例えば、Ｂｌａｚａｒ ｅｔ ａｌ．，２０１５，Ａｍ．Ｊ．Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ，１５（４）：９３１－４１を参照されたい）または異種感作、胎児同種異系感作を伴う妊娠、新生児の同種異系免疫性血小板減少症、新生児溶血性疾患、酵素またはタンパク質補充療法、血液製剤、及び遺伝子療法で処置される遺伝性または後天性欠損障害の補充に伴い起こり得るもの等の外来抗原への感作が挙げられる。いくつかの実施形態では、自己免疫障害または炎症性障害に特有の抗原は、細胞表面受容体、イオンチャネル連結型受容体、酵素連結型受容体、Ｇタンパク質共役型受容体、受容体型チロシンキナーゼ、チロシンキナーゼ会合型受容体、受容体様チロシンホスファターゼ、受容体型セリン／トレオニンキナーゼ、受容体型グアニリルシクラーゼ、またはヒスチジンキナーゼ会合型受容体から選択される。
いくつかの実施形態では、ＣＡＲの抗原結合ドメインは、Ｂ細胞、形質細胞、または形質芽細胞上に発現したリガンドに結合する。いくつかの実施形態では、ＣＡＲの抗原結合ドメインは、ＣＤ１０、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ２４、ＣＤ２７、ＣＤ３８、ＣＤ４５Ｒ、ＣＤ１３８、ＣＤ３１９、ＢＣＭＡ、ＣＤ２８、ＴＮＦ、インターフェロン受容体、ＧＭ－ＣＳＦ、ＺＡＰ－７０、ＬＦＡ－１、ＣＤ３ガンマ、ＣＤ５、またはＣＤ２に結合する。例えば、ＵＳ２００３／００７７２４９、ＷＯ２０１７／０５８７５３、ＷＯ２０１７／０５８８５０、ＵＳ２０２１／０２３０２４５、ＷＯ２０１９／２０１９９５Ａ１、ＥＰ３７８１５９０Ａ１を参照されたく、同文献の内容は参照により本明細書に援用される。
４．ＡＢＤは、老化細胞に特有の抗原を標的とする
いくつかの実施形態では、抗原結合ドメインは、老化細胞に特有の抗原、例えば、ウロキナーゼ型プラスミノーゲン活性化因子受容体（ｕＰＡＲ）を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＢＤは、老化細胞に関連する抗原に結合する。いくつかの事例では、抗原は、老化細胞によって発現される。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、老化細胞の異常な蓄積を特徴とする障害、例えば、肝臓及び肺線維症、アテローム性動脈硬化症、糖尿病、ならびに骨関節炎の処置または予防に使用されてもよい。
５．ＡＢＤは、感染性疾患に特有の抗原を標的とする
いくつかの実施形態では、抗原結合ドメインは、感染性疾患に特有の抗原を標的とする。いくつかの実施形態では、ＡＢＤは、感染性疾患に関連する抗原に結合する。いくつかの事例では、抗原は、感染性疾患に罹患した細胞によって発現される。いくつかの実施形態では、該感染性疾患は、ＨＩＶ、Ｂ型肝炎ウイルス、Ｃ型肝炎ウイルス、ヒトヘルペスウイルス、ヒトヘルペスウイルス８（ＨＨＶ－８、カポジ肉腫関連ヘルペスウイルス（ＫＳＨＶ））、ヒトＴリンパ向性ウイルス－１（ＨＴＬＶ－１）、メルケル細胞ポリオーマウイルス（ＭＣＶ）、シミアンウイルス４０（ＳＶ４０）、エプスタイン・バールウイルス、ＣＭＶ、ヒトパピローマウイルスから選択される。いくつかの実施形態では、感染性疾患に特有の抗原は、細胞表面受容体、イオンチャネル連結型受容体、酵素連結型受容体、Ｇタンパク質共役型受容体、受容体型チロシンキナーゼ、チロシンキナーゼ会合型受容体、受容体様チロシンホスファターゼ、受容体型セリン／トレオニンキナーゼ、受容体型グアニリルシクラーゼ、ヒスチジンキナーゼ会合型受容体、ＨＩＶ Ｅｎｖ、ＨＩＶ－１ Ｅｎｖ上のｇｐ１２０またはＣＤ４誘導性エピトープから選択される。
６．ＡＢＤは、細胞の細胞表面抗原に結合する
いくつかの実施形態では、抗原結合ドメインは、細胞の細胞表面抗原に結合する。いくつかの実施形態では、細胞表面抗原は、特定のまたは具体的な細胞種に特有である（例えば、それによって発現される）。いくつかの実施形態では、細胞表面抗原は、１つよりも多くの種類の細胞に特有である。
いくつかの実施形態では、ＣＡＲの抗原結合ドメインは、Ｔ細胞上の細胞表面抗原等の、Ｔ細胞に特有の細胞表面抗原に結合する。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞に特有の抗原は、Ｔ細胞に特有の細胞表面受容体、膜輸送タンパク質（例えば、イオンチャネルタンパク質、膜孔形成タンパク質等といった、例えば、能動または受動輸送タンパク質）、膜貫通型受容体、膜酵素、及び／または細胞接着タンパク質であり得る。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞に特有の抗原は、Ｇタンパク質共役型受容体、受容体型チロシンキナーゼ、チロシンキナーゼ会合型受容体、受容体様チロシンホスファターゼ、受容体型セリン／トレオニンキナーゼ、受容体型グアニリルシクラーゼ、またはヒスチジンキナーゼ会合型受容体であり得る。
いくつかの実施形態では、ＣＡＲの抗原結合ドメインは、Ｔ細胞受容体に結合する。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞受容体は、ＡＫＴ１；ＡＫＴ２；ＡＫＴ３；ＡＴＦ２；ＢＣＬ１０；ＣＡＬＭ１；ＣＤ３Ｄ（ＣＤ３δ）；ＣＤ３Ｅ（ＣＤ３ε）；ＣＤ３Ｇ（ＣＤ３γ）；ＣＤ４；ＣＤ８；ＣＤ２８；ＣＤ４５；ＣＤ８０（Ｂ７－１）；ＣＤ８６（Ｂ７－２）；ＣＤ２４７（ＣＤ３ζ）；ＣＴＬＡ－４（ＣＤ１５２）；ＥＬＫ１；ＥＲＫ１（ＭＡＰＫ３）；ＥＲＫ２；ＦＯＳ；ＦＹＮ；ＧＲＡＰ２（ＧＡＤＳ）；ＧＲＢ２；ＨＬＡ－ＤＲＡ；ＨＬＡ－ＤＲＢ１；ＨＬＡ－ＤＲＢ３；ＨＬＡ－ＤＲＢ４；ＨＬＡ－ＤＲＢ５；ＨＲＡＳ；ＩＫＢＫＡ（ＣＨＵＫ）；ＩＫＢＫＢ；ＩＫＢＫＥ；ＩＫＢＫＧ（ＮＥＭＯ）；ＩＬ２；ＩＴＰＲ１；ＩＴＫ；ＪＵＮ；ＫＲＡＳ２；ＬＡＴ；ＬＣＫ；ＭＡＰ２Ｋ１（ＭＥＫ１）；ＭＡＰ２Ｋ２（ＭＥＫ２）；ＭＡＰ２Ｋ３（ＭＫＫ３）；ＭＡＰ２Ｋ４（ＭＫＫ４）；ＭＡＰ２Ｋ６（ＭＫＫ６）；ＭＡＰ２Ｋ７（ＭＫＫ７）；ＭＡＰ３Ｋ１（ＭＥＫＫ１）；ＭＡＰ３Ｋ３；ＭＡＰ３Ｋ４；ＭＡＰ３Ｋ５；ＭＡＰ３Ｋ８；ＭＡＰ３Ｋ１４（ＮＩＫ）；ＭＡＰＫ８（ＪＮＫ１）；ＭＡＰＫ９（ＪＮＫ２）；ＭＡＰＫ１０（ＪＮＫ３）；ＭＡＰＫ１１（ｐ３８β）；ＭＡＰＫ１２（ｐ３８γ）；ＭＡＰＫ１３（ｐ３８δ）；ＭＡＰＫ１４（ｐ３８α）；ＮＣＫ；ＮＦＡＴ１；ＮＦＡＴ２；ＮＦＫＢ１；ＮＦＫＢ２；ＮＦＫＢＩＡ；ＮＲＡＳ；ＰＡＫ１；ＰＡＫ２；ＰＡＫ３；ＰＡＫ４；ＰＩＫ３Ｃ２Ｂ；ＰＩＫ３Ｃ３（ＶＰＳ３４）；ＰＩＫ３ＣＡ；ＰＩＫ３ＣＢ；ＰＩＫ３ＣＤ；ＰＩＫ３Ｒ１；ＰＫＣＡ；ＰＫＣＢ；ＰＫＣＭ；ＰＫＣＱ；ＰＬＣＹ１；ＰＲＦ１（パーフォリン）；ＰＴＥＮ；ＲＡＣ１；ＲＡＦ１；ＲＥＬＡ；ＳＤＦ１；ＳＨＰ２；ＳＬＰ７６；ＳＯＳ；ＳＲＣ；ＴＢＫ１；ＴＣＲＡ；ＴＥＣ；ＴＲＡＦ６；ＶＡＶ１；ＶＡＶ２；またはＺＡＰ７０であり得る。
７．膜貫通ドメイン
いくつかの実施形態では、ＣＡＲの膜貫通ドメインは、Ｔ細胞受容体のアルファ、ベータ、またはゼータ鎖、ＣＤ２８、ＣＤ３イプシロン、ＣＤ４５、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８、ＣＤ９、ＣＤ１６、ＣＤ２２、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ６４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１３４、ＣＤ１３７、ＣＤ１５４、またはそれらの機能的バリアントの少なくとも膜貫通領域を含む。いくつかの実施形態では、膜貫通ドメインは、ＣＤ８α、ＣＤ８β、４－１ＢＢ／ＣＤ１３７、ＣＤ２８、ＣＤ３４、ＣＤ４、ＦｃεＲＩγ、ＣＤ１６、ＯＸ４０／ＣＤ１３４、ＣＤ３ζ、ＣＤ３ε、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、ＴＣＲα、ＴＣＲβ、ＴＣＲζ、ＣＤ３２、ＣＤ６４、ＣＤ６４、ＣＤ４５、ＣＤ５、ＣＤ９、ＣＤ２２、ＣＤ３７、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ／ＣＤ１５４、ＶＥＧＦＲ２、ＦＡＳ、及びＦＧＦＲ２Ｂ、またはそれらの機能的バリアントの少なくとも膜貫通領域（複数可）を含む。抗原結合ドメインが結合する。
８．シグナル伝達ドメイン（単数）または複数のシグナル伝達ドメイン
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＣＡＲは、Ｂ７－１／ＣＤ８０；Ｂ７－２／ＣＤ８６；Ｂ７－Ｈ１／ＰＤ－Ｌ１；Ｂ７－Ｈ２；Ｂ７－Ｈ３；Ｂ７－Ｈ４；Ｂ７－Ｈ６；Ｂ７－Ｈ７；ＢＴＬＡ／ＣＤ２７２；ＣＤ２８；ＣＴＬＡ－４；Ｇｉ２４／ＶＩＳＴＡ／Ｂ７－Ｈ５；ＩＣＯＳ／ＣＤ２７８；ＰＤ－１；ＰＤ－Ｌ２／Ｂ７－ＤＣ；ＰＤＣＤ６）；４－１ＢＢ／ＴＮＦＳＦ９／ＣＤ１３７；４－１ＢＢリガンド／ＴＮＦＳＦ９；ＢＡＦＦ／ＢＬｙＳ／ＴＮＦＳＦ１３Ｂ；ＢＡＦＦ Ｒ／ＴＮＦＲＳＦ１３Ｃ；ＣＤ２７／ＴＮＦＲＳＦ７；ＣＤ２７リガンド／ＴＮＦＳＦ７；ＣＤ３０／ＴＮＦＲＳＦ８；ＣＤ３０リガンド／ＴＮＦＳＦ８；ＣＤ４０／ＴＮＦＲＳＦ５；ＣＤ４０／ＴＮＦＳＦ５；ＣＤ４０リガンド／ＴＮＦＳＦ５；ＤＲ３／ＴＮＦＲＳＦ２５；ＧＩＴＲ／ＴＮＦＲＳＦ１８；ＧＩＴＲリガンド／ＴＮＦＳＦ１８；ＨＶＥＭ／ＴＮＦＲＳＦ１４；ＬＩＧＨＴ／ＴＮＦＳＦ１４；リンホトキシン－アルファ／ＴＮＦ－ベータ；ＯＸ４０／ＴＮＦＲＳＦ４；ＯＸ４０リガンド／ＴＮＦＳＦ４；ＲＥＬＴ／ＴＮＦＲＳＦ１９Ｌ；ＴＡＣＩ／ＴＮＦＲＳＦ１３Ｂ；ＴＬ１Ａ／ＴＮＦＳＦ１５；ＴＮＦ－アルファ；ＴＮＦ ＲＩＩ／ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ）；２Ｂ４／ＣＤ２４４／ＳＬＡＭＦ４；ＢＬＡＭＥ／ＳＬＡＭＦ８；ＣＤ２；ＣＤ２Ｆ－１０／ＳＬＡＭＦ９；ＣＤ４８／ＳＬＡＭＦ２；ＣＤ５８／ＬＦＡ－３；ＣＤ８４／ＳＬＡＭＦ５；ＣＤ２２９／ＳＬＡＭＦ３；ＣＲＡＣＣ／ＳＬＡＭＦ７；ＮＴＢ－Ａ／ＳＬＡＭＦ６；ＳＬＡＭ／ＣＤ１５０）；ＣＤ２；ＣＤ７；ＣＤ５３；ＣＤ８２／Ｋａｉ－１；ＣＤ９０／Ｔｈｙ１；ＣＤ９６；ＣＤ１６０；ＣＤ２００；ＣＤ３００ａ／ＬＭＩＲ１；ＨＬＡクラスＩ；ＨＬＡ－ＤＲ；Ｉｋａｒｏｓ；インテグリンアルファ４／ＣＤ４９ｄ；インテグリンアルファ４ベータ１；インテグリンアルファ４ベータ７／ＬＰＡＭ－１；ＬＡＧ－３；ＴＣＬ１Ａ；ＴＣＬ１Ｂ；ＣＲＴＡＭ；ＤＡＰ１２；デクチン－１／ＣＬＥＣ７Ａ；ＤＰＰＩＶ／ＣＤ２６；ＥｐｈＢ６；ＴＩＭ－１／ＫＩＭ－１／ＨＡＶＣＲ；ＴＩＭ－４；ＴＳＬＰ；ＴＳＬＰ Ｒ；リンパ球機能関連抗原－１（ＬＦＡ－１）；ＮＫＧ２Ｃ、ＣＤ３ゼータドメイン、免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、ＣＤ２７、ＣＤ２８、４－１ＢＢ、ＣＤ１３４／ＯＸ４０、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＰＤ－１、ＩＣＯＳ、リンパ球機能関連抗原－１（ＬＦＡ－１）、ＣＤ２、ＣＤ７、ＬＩＧＨＴ、ＮＫＧ２Ｃ、Ｂ７－Ｈ３、リガンドであって、ＣＤ８３と特異的に結合するもの、またはそれらの機能的断片のうちの１つまたは複数から選択される１つまたは少なくとも１つのシグナル伝達ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのシグナル伝達ドメインは、ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアントを含む。他の実施形態では、少なくとも１つのシグナル伝達ドメインは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、及び（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインもしくは４－１ＢＢドメイン、またはその機能的バリアントを含む。なおも他の実施形態では、少なくとも１つのシグナル伝達ドメインは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、及び（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアントを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも１つのシグナル伝達ドメインは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアント、及び（ｉｖ）サイトカインまたは共刺激リガンド導入遺伝子を含む。
いくつかの実施形態では、少なくとも２つのシグナル伝達ドメインは、ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアントを含む。他の実施形態では、少なくとも２つのシグナル伝達ドメインは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、及び（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインもしくは４－１ＢＢドメイン、またはその機能的バリアントを含む。なおも他の実施形態では、少なくとも１つのシグナル伝達ドメインは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、及び（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアントを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも２つのシグナル伝達ドメインは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアント、及び（ｉｖ）サイトカインまたは共刺激リガンド導入遺伝子を含む。
いくつかの実施形態では、少なくとも３つのシグナル伝達ドメインは、ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアントを含む。他の実施形態では、少なくとも３つのシグナル伝達ドメインは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、及び（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインもしくは４－１ＢＢドメイン、またはその機能的バリアントを含む。なおも他の実施形態では、少なくとも３つのシグナル伝達ドメインは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、及び（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアントを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも３つのシグナル伝達ドメインは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアント、及び（ｉｖ）サイトカインまたは共刺激リガンド導入遺伝子を含む。
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアントを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、及び（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインもしくは４－１ＢＢドメイン、またはその機能的バリアントを含む。
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、及び（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアントを含む。
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインもしくは４－１ＢＢドメイン、またはその機能的バリアント、及び／または（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアントを含む。
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、（ｉ）ＣＤ３ゼータドメインもしくは免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、またはその機能的バリアント、（ｉｉ）ＣＤ２８ドメインまたはその機能的バリアント、（ｉｉｉ）４－１ＢＢドメインもしくはＣＤ１３４ドメイン、またはその機能的バリアント、及び（ｉｖ）サイトカインまたは共刺激リガンド導入遺伝子を含む。
９．ＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメイン
いくつかの実施形態では、第１世代、第２世代、第３世代、または第４世代ＣＡＲは、ＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインをさらに含む。いくつかの実施形態では、サイトカイン遺伝子は、ＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインを含むＣＡＲを含む標的細胞にとって内在性または外因性である。いくつかの実施形態では、サイトカイン遺伝子は、炎症促進性サイトカインをコードする。いくつかの実施形態では、サイトカイン遺伝子は、ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－９、ＩＬ－１２、ＩＬ－１８、ＴＮＦ、もしくはＩＦＮ－ガンマ、またはそれらの機能的断片をコードする。いくつかの実施形態では、ＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインは、転写因子またはその機能的ドメインもしくは断片であるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲのシグナル伝達の成功時にサイトカイン遺伝子の発現を誘導するドメインは、転写因子またはその機能的ドメインもしくは断片であるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、転写因子またはその機能的ドメインもしくは断片は、活性化Ｔ細胞の核内因子（ＮＦＡＴ）、ＮＦ－ｋＢ、またはその機能的ドメインもしくは断片であるか、またはそれを含む。例えば、Ｚｈａｎｇ．Ｃ．ｅｔ ａｌ．，Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ ＣＡＲ－Ｔ ｃｅｌｌｓ．Ｂｉｏｍａｒｋｅｒ Ｒｅｓｅａｒｃｈ．５：２２（２０１７）、ＷＯ２０１６１２６６０８、Ｓｈａ，Ｈ．ｅｔ ａｌ．Ｃｈｉｍａｅｒｉｃ ａｎｔｉｇｅｎ ｒｅｃｅｐｔｏｒ Ｔ－ｃｅｌｌ ｔｈｅｒａｐｙ ｆｏｒ ｔｕｍｏｕｒ ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ．Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ Ｒｅｐｏｒｔｓ Ｊａｎ ２７，２０１７，３７（１）を参照されたい。
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、１つまたは複数のスペーサーをさらに含み、例えば、ここで、スペーサーは、抗原結合ドメインと膜貫通ドメインとの間の第１のスペーサーである。いくつかの実施形態では、第１のスペーサーは、免疫グロブリン定常領域またはそのバリアントもしくは改変バージョンの少なくとも一部分を含む。いくつかの実施形態では、スペーサーは、膜貫通ドメインとシグナル伝達ドメインとの間の第２のスペーサーである。いくつかの実施形態では、第２のスペーサーは、オリゴペプチドであり、例えば、ここで、オリゴペプチドは、限定されないがグリシン－セリンダブレット等のグリシン及びセリン残基を含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、２つ以上のスペーサー、例えば、抗原結合ドメインと膜貫通ドメインとの間のスペーサー及び膜貫通ドメインとシグナル伝達ドメインとの間のスペーサーを含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞のうちのいずれか１つは、ＣＡＲまたは第１世代ＣＡＲをコードする核酸を含む。いくつかの実施形態では、第１世代ＣＡＲは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及びシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、シグナル伝達ドメインは、Ｔ細胞活性化中の下流シグナル伝達を媒介する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞のうちのいずれか１つは、ＣＡＲまたは第２世代ＣＡＲをコードする核酸を含む。いくつかの実施形態では、第２世代ＣＡＲは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び２つのシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、シグナル伝達ドメインは、Ｔ細胞活性化中の下流シグナル伝達を媒介する。いくつかの実施形態では、シグナル伝達ドメインは、共刺激ドメインである。いくつかの実施形態では、共刺激ドメインは、Ｔ細胞活性化中のサイトカイン産生、ＣＡＲ－Ｔ細胞増殖、及び／またはＣＡＲ－Ｔ細胞存続を強化する。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞のうちのいずれか１つは、ＣＡＲまたは第３世代ＣＡＲをコードする核酸を含む。いくつかの実施形態では、第３世代ＣＡＲは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び少なくとも３つのシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、シグナル伝達ドメインは、Ｔ細胞活性化中の下流シグナル伝達を媒介する。いくつかの実施形態では、シグナル伝達ドメインは、共刺激ドメインである。いくつかの実施形態では、共刺激ドメインは、Ｔ細胞活性化中のサイトカイン産生、ＣＡＲ－Ｔ細胞増殖、及び／またはＣＡＲ－Ｔ細胞存続を強化する。いくつかの実施形態では、第３世代ＣＡＲは、少なくとも２つの共刺激ドメインを含む。いくつかの実施形態では、少なくとも２つの共刺激ドメインは、同じでない。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞のうちのいずれか１つは、ＣＡＲまたは第４世代ＣＡＲをコードする核酸を含む。いくつかの実施形態では、第４世代ＣＡＲは、抗原結合ドメイン、膜貫通ドメイン、及び少なくとも２、３、または４つのシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、シグナル伝達ドメインは、Ｔ細胞活性化中の下流シグナル伝達を媒介する。いくつかの実施形態では、シグナル伝達ドメインは、共刺激ドメインである。いくつかの実施形態では、共刺激ドメインは、Ｔ細胞活性化中のサイトカイン産生、ＣＡＲ－Ｔ細胞増殖、及び／またはＣＡＲ－Ｔ細胞存続を強化する。
１０．抗体またはその抗原結合部分を含むＡＢＤ
いくつかの実施形態では、ＣＡＲの抗原結合ドメインは、抗体またはその抗原結合部分であるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲの抗原結合ドメインは、ｓｃＦｖまたはＦａｂであるか、またはそれを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲ抗原結合ドメインは、ＣＤ１９抗体、ＣＤ２２抗体、Ｔ細胞アルファ鎖抗体、Ｔ細胞β鎖抗体、Ｔ細胞γ鎖抗体、Ｔ細胞δ鎖抗体、ＣＣＲ７抗体、ＣＤ３抗体、ＣＤ４抗体、ＣＤ５抗体、ＣＤ７抗体、ＣＤ８抗体、ＣＤ１１ｂ抗体、ＣＤ１１ｃ抗体、ＣＤ１６抗体、ＣＤ２０抗体、ＣＤ２１抗体、ＣＤ２５抗体、ＣＤ２８抗体、ＣＤ３４抗体、ＣＤ３５抗体、ＣＤ４０抗体、ＣＤ４５ＲＡ抗体、ＣＤ４５ＲＯ抗体、ＣＤ５２抗体、ＣＤ５６抗体、ＣＤ６２Ｌ抗体、ＣＤ６８抗体、ＣＤ８０抗体、ＣＤ９５抗体、ＣＤ１１７抗体、ＣＤ１２７抗体、ＣＤ１３３抗体、ＣＤ１３７（４－１ＢＢ）抗体、ＣＤ１６３抗体、Ｆ４／８０抗体、ＩＬ－４Ｒａ抗体、Ｓｃａ－１抗体、ＣＴＬＡ－４抗体、ＧＩＴＲ抗体ＧＡＲＰ抗体、ＬＡＰ抗体、グランザイムＢ抗体、ＬＦＡ－１抗体、ＭＲ１抗体、ｕＰＡＲ抗体、またはトランスフェリン受容体抗体のｓｃＦｖまたはＦａｂ断片を含む。
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、共刺激ドメインであるシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、第２の共刺激ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、少なくとも２つの共刺激ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、少なくとも３つの共刺激ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ２７、ＣＤ２８、４－１ＢＢ、ＣＤ１３４／ＯＸ４０、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＰＤ－１、ＩＣＯＳ、リンパ球機能関連抗原－１（ＬＦＡ－１）、ＣＤ２、ＣＤ７、ＬＩＧＨＴ、ＮＫＧ２Ｃ、Ｂ７－Ｈ３、リガンドであって、ＣＤ８３と特異的に結合するもののうちの１つまたは複数から選択される共刺激ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲが２つ以上の共刺激ドメインを含む場合、２つの共刺激ドメインは、異なる。いくつかの実施形態では、ＣＡＲが２つ以上の共刺激ドメインを含む場合、２つの共刺激ドメインは、同じである。
本明細書に記載のＣＡＲに加えて、種々のキメラ抗原受容体及びそれらをコードするヌクレオチド配列が当該技術分野で既知であり、本明細書に記載されるようなインビボ及びインビトロでの標的細胞のフソソーム送達及びリプログラミングに好適であろう。例えば、ＷＯ２０１３０４０５５７、ＷＯ２０１２０７９０００、ＷＯ２０１６０３０４１４、Ｓｍｉｔｈ Ｔ，ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｎａｎｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ．２０１７．ＤＯＩ：１０．１０３８／ＮＮＡＮＯ．２０１７．５７を参照されたく、同文献の開示は参照により本明細書に援用される。
１１．ＣＡＲの追加の説明
ある特定の実施形態では、該細胞は、ＣＡＲをコードする外因性ポリヌクレオチドを含んでもよい。ＣＡＲ（別名、キメラ免疫受容体、キメラＴ細胞受容体、または人工Ｔ細胞受容体）は、特定のタンパク質を標的とする新たな能力を宿主細胞（例えば、Ｔ細胞）に与えるように操作された受容体タンパク質である。この受容体は、それらが抗原結合機能及びＴ細胞活性化機能の両方を単一の受容体に組み合わせるため、キメラである。本開示のポリシストロン性ベクターを使用して、細胞ベースの療法において使用するための宿主細胞（例えば、Ｔ細胞）において、種々の標的抗原に対する１つまたは複数のＣＡＲを発現させてもよい。１つまたは複数の発現カセットによって発現されるＣＡＲは、同じであっても、異なってもよい。これらの実施形態では、ＣＡＲは、標的抗原に特異的に結合する細胞外結合ドメイン（別称、「結合剤」）、膜貫通ドメイン、及び細胞内シグナル伝達ドメインを含んでもよい。ある特定の実施形態では、ＣＡＲは、１つもしくは複数のシグナルペプチド、１つもしくは複数の細胞外ヒンジドメイン、及び／または１つもしくは複数の細胞内共刺激ドメインを含めた、１つまたは複数の追加の要素をさらに含んでもよい。ドメインは、互いに直接隣接してもよいし、またはドメインを連結する１つもしくは複数のアミノ酸が存在してもよい。ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列は、哺乳類配列、例えば、マウス配列、霊長類配列、ヒト配列、またはそれらの組み合わせに由来し得る。ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列が非ヒトである場合、ＣＡＲの配列は、ヒト化されてもよい。ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列はまた、哺乳類細胞、例えば、ヒト細胞における発現のために最適化されてもよい。これらの実施形態のうちのいずれかでは、ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列は、本明細書に開示されるヌクレオチド配列のうちのいずれかに対して少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であり得る。配列多様性は、コドン最適化、ヒト化、制限酵素ベースのクローニングの痕跡、及び／または機能的ドメインを連結する追加のアミノ酸残基等に起因し得る。
ある特定の実施形態では、ＣＡＲは、Ｎ末端にシグナルペプチドを含んでもよい。シグナルペプチドの非限定的な例としては、ＣＤ８αシグナルペプチド、ＩｇＫシグナルペプチド、及び顆粒球－マクロファージコロニー刺激因子受容体サブユニットアルファ（ＧＭＣＳＦＲ－α、別名、コロニー刺激因子２受容体サブユニットアルファ（ＣＳＦ２ＲＡ））シグナルペプチド、ならびにそれらのバリアントが挙げられ、これらのアミノ酸配列が下記の表６で提供される。
Figure 2024530403000026
ある特定の実施形態では、ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、１つの標的抗原または複数の標的抗原に特異的な１つまたは複数の抗体を含んでもよい。抗体は、抗体断片、例えばｓｃＦｖ、または単一ドメイン抗体断片、例えばＶＨＨであり得る。ある特定の実施形態では、ｓｃＦｖは、リンカーによって接続された抗体の重鎖可変領域（ＶＨ）及び軽鎖可変領域（ＶＬ）を含んでもよい。ＶＨ及びＶＬは、いずれの順序、すなわち、ＶＨ－リンカー－ＶＬまたはＶＬ－リンカー－ＶＨで接続されてもよい。リンカーの非限定的な例としては、Ｗｈｉｔｌｏｗリンカー、（Ｇ４Ｓ）ｎ（ｎは、正の整数、例えば、１、２、３、４、５、６等であり得る）リンカー、及びそのバリアントが挙げられる。ある特定の実施形態では、抗原は、腫瘍細胞上に限ってもしくはその上に優先的に発現される抗原、または自己免疫もしくは炎症性疾患に特有の抗原であり得る。例となる標的抗原には、ＣＤ５、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ２３、ＣＤ３０、ＣＤ７０、カッパ、ラムダ、及びＢ細胞成熟因子（ＢＣＭＡ）、Ｇタンパク質共役型受容体ファミリーＣグループ５メンバーＤ（ＧＰＲＣ５Ｄ）（白血病に関連する）；ＣＳ１／ＳＬＡＭＦ７、ＣＤ３８、ＣＤ１３８、ＧＰＲＣ５Ｄ、ＴＡＣＩ、及びＢＣＭＡ（骨髄腫に関連する）；ＧＤ２、ＨＥＲ２、ＥＧＦＲ、ＥＧＦＲｖＩＩＩ、Ｂ７Ｈ３、ＰＳＭＡ、ＰＳＣＡ、ＣＡＩＸ、ＣＤ１７１、ＣＥＡ、ＣＳＰＧ４、ＥＰＨＡ２、ＦＡＰ、ＦＲα、ＩＬ－１３Ｒα、メソテリン、ＭＵＣ１、ＭＵＣ１６、及びＲＯＲ１（固形腫瘍に関連する）が含まれるが、これらに限定されない。これらの実施形態のうちのいずれかでは、ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、宿主細胞における発現のために、または細胞外結合ドメインの機能を増加させるためのバリアント配列を有するようにコドン最適化され得る。
ある特定の実施形態では、ＣＡＲは、ヒンジドメイン、別称、スペーサーを含んでもよい。「ヒンジ」及び「スペーサー」という用語は、本開示で互換的に使用され得る。ヒンジドメインの非限定的な例としては、ＣＤ８αヒンジドメイン、ＣＤ２８ヒンジドメイン、ＩｇＧ４ヒンジドメイン、ＩｇＧ４ヒンジ－ＣＨ２－ＣＨ３ドメイン、及びそれらのバリアントが挙げられ、これらのアミノ酸配列が下記の表７で提供される。
Figure 2024530403000027
ある特定の実施形態では、ＣＡＲの膜貫通ドメインは、Ｔ細胞受容体のアルファ、ベータ、もしくはゼータ鎖、ＣＤ２８、ＣＤ３ε、ＣＤ４５、ＣＤ４、ＣＤ５、ＣＤ８、ＣＤ９、ＣＤ１６、ＣＤ２２、ＣＤ３３、ＣＤ３７、ＣＤ６４、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ１３４、ＣＤ１３７、ＣＤ１５４、またはこれらの配列の各々のヒトバージョンを含めたそれらの機能的バリアントの膜貫通領域を含んでもよい。他の実施形態では、膜貫通ドメインは、ＣＤ８α、ＣＤ８β、４－１ＢＢ／ＣＤ１３７、ＣＤ２８、ＣＤ３４、ＣＤ４、ＦｃεＲＩγ、ＣＤ１６、ＯＸ４０／ＣＤ１３４、ＣＤ３ζ、ＣＤ３ε、ＣＤ３γ、ＣＤ３δ、ＴＣＲα、ＴＣＲβ、ＴＣＲζ、ＣＤ３２、ＣＤ６４、ＣＤ６４、ＣＤ４５、ＣＤ５、ＣＤ９、ＣＤ２２、ＣＤ３７、ＣＤ８０、ＣＤ８６、ＣＤ４０、ＣＤ４０Ｌ／ＣＤ１５４、ＶＥＧＦＲ２、ＦＡＳ、及びＦＧＦＲ２Ｂ、またはこれらの配列の各々のヒトバージョンを含めたそれらの機能的バリアントの膜貫通領域を含んでもよい。表８は、少数の例となる膜貫通ドメインのアミノ酸配列を提供する。
Figure 2024530403000028
ある特定の実施形態では、ＣＡＲの細胞内シグナル伝達ドメイン及び／または細胞内共刺激ドメインは、Ｂ７－１／ＣＤ８０、Ｂ７－２／ＣＤ８６、Ｂ７－Ｈ１／ＰＤ－Ｌ１、Ｂ７－Ｈ２、Ｂ７－Ｈ３、Ｂ７－Ｈ４、Ｂ７－Ｈ６、Ｂ７－Ｈ７、ＢＴＬＡ／ＣＤ２７２、ＣＤ２８、ＣＴＬＡ－４、Ｇｉ２４／ＶＩＳＴＡ／Ｂ７－Ｈ５、ＩＣＯＳ／ＣＤ２７８、ＰＤ－１、ＰＤ－Ｌ２／Ｂ７－ＤＣ、ＰＤＣＤ６、４－１ＢＢ／ＴＮＦＳＦ９／ＣＤ１３７、４－１ＢＢリガンド／ＴＮＦＳＦ９、ＢＡＦＦ／ＢＬｙＳ／ＴＮＦＳＦ１３Ｂ、ＢＡＦＦ Ｒ／ＴＮＦＲＳＦ１３Ｃ、ＣＤ２７／ＴＮＦＲＳＦ７、ＣＤ２７リガンド／ＴＮＦＳＦ７、ＣＤ３０／ＴＮＦＲＳＦ８、ＣＤ３０リガンド／ＴＮＦＳＦ８、ＣＤ４０／ＴＮＦＲＳＦ５、ＣＤ４０／ＴＮＦＳＦ５、ＣＤ４０リガンド／ＴＮＦＳＦ５、ＤＲ３／ＴＮＦＲＳＦ２５、ＧＩＴＲ／ＴＮＦＲＳＦ１８、ＧＩＴＲリガンド／ＴＮＦＳＦ１８、ＨＶＥＭ／ＴＮＦＲＳＦ１４、ＬＩＧＨＴ／ＴＮＦＳＦ１４、リンホトキシン－アルファ／ＴＮＦβ、ＯＸ４０／ＴＮＦＲＳＦ４、ＯＸ４０リガンド／ＴＮＦＳＦ４、ＲＥＬＴ／ＴＮＦＲＳＦ１９Ｌ、ＴＡＣＩ／ＴＮＦＲＳＦ１３Ｂ、ＴＬ１Ａ／ＴＮＦＳＦ１５、ＴＮＦα、ＴＮＦ ＲＩＩ／ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、２Ｂ４／ＣＤ２４４／ＳＬＡＭＦ４、ＢＬＡＭＥ／ＳＬＡＭＦ８、ＣＤ２、ＣＤ２Ｆ－１０／ＳＬＡＭＦ９、ＣＤ４８／ＳＬＡＭＦ２、ＣＤ５８／ＬＦＡ－３、ＣＤ８４／ＳＬＡＭＦ５、ＣＤ２２９／ＳＬＡＭＦ３、ＣＲＡＣＣ／ＳＬＡＭＦ７、ＮＴＢ－Ａ／ＳＬＡＭＦ６、ＳＬＡＭ／ＣＤ１５０、ＣＤ２、ＣＤ７、ＣＤ５３、ＣＤ８２／Ｋａｉ－１、ＣＤ９０／Ｔｈｙ１、ＣＤ９６、ＣＤ１６０、ＣＤ２００、ＣＤ３００ａ／ＬＭＩＲ１、ＨＬＡクラスＩ、ＨＬＡ－ＤＲ、Ｉｋａｒｏｓ、インテグリンアルファ４／ＣＤ４９ｄ、インテグリンアルファ４ベータ１、インテグリンアルファ４ベータ７／ＬＰＡＭ－１、ＬＡＧ－３、ＴＣＬ１Ａ、ＴＣＬ１Ｂ、ＣＲＴＡＭ、ＤＡＰ１２、デクチン－１／ＣＬＥＣ７Ａ、ＤＰＰＩＶ／ＣＤ２６、ＥｐｈＢ６、ＴＩＭ－１／ＫＩＭ－１／ＨＡＶＣＲ、ＴＩＭ－４、ＴＳＬＰ、ＴＳＬＰ Ｒ、リンパ球機能関連抗原－１（ＬＦＡ－１）、ＮＫＧ２Ｃ、ＣＤ３ζ、免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）、ＣＤ２７、ＣＤ２８、４－１ＢＢ、ＣＤ１３４／ＯＸ４０、ＣＤ３０、ＣＤ４０、ＰＤ－１、ＩＣＯＳ、リンパ球機能関連抗原－１（ＬＦＡ－１）、ＣＤ２、ＣＤ７、ＬＩＧＨＴ、ＮＫＧ２Ｃ、Ｂ７－Ｈ３、リガンドであって、ＣＤ８３と特異的に結合するもの、及びこれらの配列の各々のヒトバージョンを含めたその機能的バリアントから選択される１つまたは複数のシグナル伝達ドメインを含んでもよい。いくつかの実施形態では、細胞内シグナル伝達ドメイン及び／または細胞内共刺激ドメインは、ＣＤ３ζドメイン、ＩＴＡＭ、ＣＤ２８ドメイン、４－１ＢＢドメイン、またはそれらの機能的バリアントから選択される１つまたは複数のシグナル伝達ドメインを含む。表９は、少数の例となる細胞内共刺激及び／またはシグナル伝達ドメインのアミノ酸配列を提供する。ある特定の実施形態では、下記に記載されるチサゲンレクルユーセルの場合のように、配列番号１８のＣＤ３ζシグナル伝達ドメインは、変異、例えば、アミノ酸１４位におけるグルタミン（Ｑ）からリジン（Ｋ）への変異を有してもよい（配列番号１１５を参照されたい）。
Figure 2024530403000029
ポリシストロン性ベクターが２つ以上のＣＡＲをコードする、ある特定の実施形態では、これら２つ以上のＣＡＲは、記載されるような同じ機能的ドメインまたは１つもしくは複数の異なる機能的ドメインを含んでもよい。例えば、２つ以上のＣＡＲは、配列類似性に起因する組換えのリスクを最小限に抑えるために、異なるシグナルペプチド、細胞外結合ドメイン、ヒンジドメイン、膜貫通ドメイン、共刺激ドメイン、及び／または細胞内シグナル伝達ドメインを含んでもよい。あるいは、代替として、２つ以上のＣＡＲは、同じドメインを含んでもよい。同じドメイン（複数可）及び／または骨格が使用される場合、組換えのリスクを最小限に抑えるためにヌクレオチド配列レベルでコドン多様化を導入することは任意選択的である。
ＣＤ１９ ＣＡＲ
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ１９ ＣＡＲ（「ＣＤ１９－ＣＡＲ」）であり、これらの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、ＣＤ１９ ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ１９ ＣＡＲは、シグナルペプチド、ＣＤ１９に特異的に結合する細胞外結合ドメイン、ヒンジドメイン、膜貫通ドメイン、細胞内共刺激ドメイン、及び／または細胞内シグナル伝達ドメインをタンデムで含んでもよい。
いくつかの実施形態では、ＣＤ１９ ＣＡＲのシグナルペプチドは、ＣＤ８αシグナルペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ８αシグナルペプチドは、配列番号６に定められるアミノ酸配列、または配列番号６に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、ＩｇＫシグナルペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ＩｇＫシグナルペプチドは、配列番号７に定められるアミノ酸配列、または配列番号７に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、ＧＭＣＳＦＲ－αまたはＣＳＦ２ＲＡシグナルペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ＧＭＣＳＦＲ－αまたはＣＳＦ２ＲＡシグナルペプチドは、配列番号８に定められるアミノ酸配列、または配列番号８に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、ＣＤ１９ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、ＣＤ１９、例えば、ヒトＣＤ１９に特異的である。ＣＤ１９ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、宿主細胞における発現のために、または細胞外結合ドメインの機能を増加させるためのバリアント配列を有するようにコドン最適化され得る。いくつかの実施形態では、細胞外結合ドメインは、免疫グロブリン分子、例えば、ｓｃＦｖの免疫原的に活性な部分を含む。
いくつかの実施形態では、ＣＤ１９ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、リンカーによって接続されたＦＭＣ６３の重鎖可変領域（ＶＨ）及び軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む、ＦＭＣ６３モノクローナル抗体（ＦＭＣ６３）に由来するｓｃＦｖを含む。ＦＭＣ６３及び派生したｓｃＦｖは、Ｎｉｃｈｏｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎ．３４（１６－１７）：１１５７－１１６５（１９９７）及びＰＣＴ出願公開第ＷＯ２０１８／２１３３３７号に記載されており、同文献の各々の内容全体は参照により本明細書に援用される。いくつかの実施形態では、ＦＭＣ６３由来ｓｃＦｖ全体（別称、ＦＭＣ６３ ｓｃＦｖ）及びその異なる部分のアミノ酸配列が下記の表１０で提供される。いくつかの実施形態では、ＣＤ１９特異的ｓｃＦｖは、配列番号１９、２０、もしくは２５に定められるアミノ酸配列、または配列番号１９、２０、もしくは２５に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＣＤ１９特異的ｓｃＦｖは、配列番号２１～２３及び２６～２８に定められるアミノ酸配列を有する１つまたは複数のＣＤＲを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＣＤ１９特異的ｓｃＦｖは、配列番号２１～２３に定められるアミノ酸配列を有する１つまたは複数のＣＤＲを有する軽鎖を含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＣＤ１９特異的ｓｃＦｖは、配列番号２６～２８に定められるアミノ酸配列を有する１つまたは複数のＣＤＲを有する重鎖を含んでもよい。これらの実施形態のいずれかでは、ＣＤ１９特異的ｓｃＦｖは、１つもしくは複数のアミノ酸置換、または特定される配列のうちのいずれかと少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）である配列を含む、１つまたは複数のＣＤＲを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＣＤ１９ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、本明細書に記載される１つまたは複数のＣＤＲを含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、ｓｃＦｖのＶＨ及びＶＬ部分を連結するリンカーは、配列番号２４に定められるアミノ酸配列を有するＷｈｉｔｌｏｗリンカーである。いくつかの実施形態では、Ｗｈｉｔｌｏｗリンカーは、異なるリンカー、例えば、配列番号３０に定められるアミノ酸配列を有する３×Ｇ４Ｓリンカーによって置き換えられてもよく、これにより配列番号２９に定められるアミノ酸配列を有する異なるＦＭＣ６３由来ｓｃＦｖが生じる。これらの実施形態のうちのある特定のものにおいて、ＣＤ１９特異的ｓｃＦｖは、配列番号２９に定められるアミノ酸配列、または配列番号２９に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。
Figure 2024530403000030
Figure 2024530403000031
いくつかの実施形態では、ＣＤ１９ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、例えば、（Ｂｅｊｃｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．５５：２３４６－２３５１（１９９５））、ＨＤ３７（Ｐｅｚｕｔｔｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３８（９）：２７９３－２７９９（１９８７））、４Ｇ７（Ｍｅｅｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｈｙｂｒｉｄｏｍａ ３：３０５－３２０（１９８４））、Ｂ４３（Ｂｅｊｃｅｋ（１９９５））、ＢＬＹ３（Ｂｅｊｃｅｋ（１９９５））、Ｂ４（Ｆｒｅｅｄｍａｎ ｅｔ ａｌ．，７０：４１８－４２７（１９８７））、Ｂ４ ＨＢ１２ｂ（Ｋａｎｓａｓ ＆ Ｔｅｄｄｅｒ，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４７：４０９４－４１０２（１９９１）、Ｙａｚａｗａ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ １０２：１５１７８－１５１８３（２００５）、Ｈｅｒｂｓｔ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．Ｅｘｐ．Ｔｈｅｒ．３３５：２１３－２２２（２０１０））、ＢＵ１２（Ｃａｌｌａｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，１４８（１０）：２９８３－２９８７（１９９２））、及びＣＬＢ－ＣＤ１９（Ｄｅ Ｒｉｅ Ｃｅｌｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１１８：３６８－３８１（１９８９））を含めた、ＣＤ１９に特異的な抗体に由来する。これらの実施形態のうちのいずれかでは、ＣＤ１９ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、該抗体のうちのいずれかのＶＨ、ＶＬ、及び／または１つもしくは複数のＣＤＲを含み得るか、またはそれからなり得る。
いくつかの実施形態では、ＣＤ１９ ＣＡＲのヒンジドメインは、ＣＤ８αヒンジドメイン、例えば、ヒトＣＤ８αヒンジドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ８αヒンジドメインは、配列番号９に定められるアミノ酸配列、または配列番号９に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、ヒンジドメインは、ＣＤ２８ヒンジドメイン、例えば、ヒトＣＤ２８ヒンジドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ２８ヒンジドメインは、配列番号１０に定められるアミノ酸配列、または配列番号１０に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、ヒンジドメインは、ＩｇＧ４ヒンジドメイン、例えば、ヒトＩｇＧ４ヒンジドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＩｇＧ４ヒンジドメインは、配列番号１１もしくは配列番号１２に定められるアミノ酸配列、または配列番号１１もしくは配列番号１２に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、ヒンジドメインは、ＩｇＧ４ヒンジ－Ｃｈ２－Ｃｈ３ドメイン、例えば、ヒトＩｇＧ４ヒンジ－Ｃｈ２－Ｃｈ３ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＩｇＧ４ヒンジ－Ｃｈ２－Ｃｈ３ドメインは、配列番号１３に定められるアミノ酸配列、または配列番号１３に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、ＣＤ１９ ＣＡＲの膜貫通ドメインは、ＣＤ８α膜貫通ドメイン、例えば、ヒトＣＤ８α膜貫通ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ８α膜貫通ドメインは、配列番号１４に定められるアミノ酸配列、または配列番号１４に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、膜貫通ドメインは、ＣＤ２８膜貫通ドメイン、例えば、ヒトＣＤ２８膜貫通ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ２８膜貫通ドメインは、配列番号１５に定められるアミノ酸配列、または配列番号１５に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、ＣＤ１９ ＣＡＲの細胞内共刺激ドメインは、４－１ＢＢ共刺激ドメインを含む。４－１ＢＢ、別名、ＣＤ１３７は、強力な共刺激シグナルをＴ細胞に伝達して、Ｔリンパ球の分化を促進するとともに長期生存を増強する。いくつかの実施形態では、４－１ＢＢ共刺激ドメインは、ヒトのものである。いくつかの実施形態では、４－１ＢＢ共刺激ドメインは、配列番号１６に定められるアミノ酸配列、または配列番号１６に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、細胞内共刺激ドメインは、ＣＤ２８共刺激ドメインを含む。ＣＤ２８は、Ｔ細胞上の別の共刺激分子である。いくつかの実施形態では、ＣＤ２８共刺激ドメインは、ヒトのものである。いくつかの実施形態では、ＣＤ２８共刺激ドメインは、配列番号１７に定められるアミノ酸配列、または配列番号１７に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＣＤ１９ ＣＡＲの細胞内共刺激ドメインは、記載される４－１ＢＢ共刺激ドメイン及びＣＤ２８共刺激ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、ＣＤ１９ ＣＡＲの細胞内シグナル伝達ドメインは、ＣＤ３ゼータ（ζ）シグナル伝達ドメインを含む。ＣＤ３ζは、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）と会合してシグナルを生み出し、免疫受容体チロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）を含有する。ＣＤ３ζシグナル伝達ドメインは、Ｔ細胞活性化に必要な最初のシグナルを機能的に伝達するのに十分である、ゼータ鎖の細胞質ドメインからのアミノ酸残基を指す。いくつかの実施形態では、ＣＤ３ζシグナル伝達ドメインは、ヒトのものである。いくつかの実施形態では、ＣＤ３ζシグナル伝達ドメインは、配列番号１８に定められるアミノ酸配列、または配列番号１８に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、例えば、配列番号１９もしくは配列番号２９に定められる配列を有するＣＤ１９特異的ｓｃＦｖ、配列番号９のＣＤ８αヒンジドメイン、配列番号１４のＣＤ８α膜貫通ドメイン、配列番号１６の４－１ＢＢ共刺激ドメイン、配列番号１８のＣＤ３ζシグナル伝達ドメイン、及び／またはそれらのバリアント（すなわち、開示される配列と少なくとも８０％同一、例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９同一である配列を有する）を含むＣＤ１９ ＣＡＲを含めた、ＣＤ１９ ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。これらの実施形態のうちのいずれかでは、ＣＤ１９ ＣＡＲは、記載されるシグナルペプチド（例えば、ＣＤ８αシグナルペプチド）を追加的に含んでもよい。
いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、例えば、配列番号１９もしくは配列番号２９に定められる配列を有するＣＤ１９特異的ｓｃＦｖ、配列番号１１もしくは配列番号１２のＩｇＧ４ヒンジドメイン、配列番号１５のＣＤ２８膜貫通ドメイン、配列番号１６の４－１ＢＢ共刺激ドメイン、配列番号１８のＣＤ３ζシグナル伝達ドメイン、及び／またはそれらのバリアント（すなわち、開示される配列と少なくとも８０％同一、例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９同一である配列を有する）を含むＣＤ１９ ＣＡＲを含めた、ＣＤ１９ ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。これらの実施形態のうちのいずれかでは、ＣＤ１９ ＣＡＲは、記載されるシグナルペプチド（例えば、ＣＤ８αシグナルペプチド）を追加的に含んでもよい。
いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、例えば、配列番号１９もしくは配列番号２９に定められる配列を有するＣＤ１９特異的ｓｃＦｖ、配列番号１０のＣＤ２８ヒンジドメイン、配列番号１５のＣＤ２８膜貫通ドメイン、配列番号１７のＣＤ２８共刺激ドメイン、配列番号１８のＣＤ３ζシグナル伝達ドメイン、及び／またはそれらのバリアント（すなわち、開示される配列と少なくとも８０％同一、例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９同一である配列を有する）を含むＣＤ１９ ＣＡＲを含めた、ＣＤ１９ ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。これらの実施形態のうちのいずれかでは、ＣＤ１９ ＣＡＲは、記載されるシグナルペプチド（例えば、ＣＤ８αシグナルペプチド）を追加的に含んでもよい。
いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、配列番号１１６に定められるＣＤ１９ ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含有する、または配列番号１１６に定められるヌクレオチド配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）である、発現カセットを含む（表１１を参照されたい）。コードされたＣＤ１９ ＣＡＲは、配列番号１１７に定められる対応するアミノ酸配列を有するか、または配列番号１１７に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であり、以下の構成要素、すなわちＣＤ８αシグナルペプチド、ＦＭＣ６３ ｓｃＦｖ（ＶＬ－Ｗｈｉｔｌｏｗリンカー－ＶＨ）、ＣＤ８αヒンジドメイン、ＣＤ８α膜貫通ドメイン、４－１ＢＢ共刺激ドメイン、及びＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを有する。
いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、ＣＤ１９ ＣＡＲの市販の実施形態をコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。Ｔ細胞によって発現及び／またはコードされるＣＤ１９ ＣＡＲの市販の実施形態の非限定的な例としては、チサゲンレクルユーセル、リソカブタゲンマラルユーセル、アキシカブタゲンシロルユーセル、及びブレクスカブタゲンオートルユーセルが挙げられる。
いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、チサゲンレクルユーセルまたはその一部分をコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。チサゲンレクルユーセルは、以下の構成要素、すなわちＣＤ８αシグナルペプチド、ＦＭＣ６３ ｓｃＦｖ（ＶＬ－３×Ｇ４Ｓリンカー－ＶＨ）、ＣＤ８αヒンジドメイン、ＣＤ８α膜貫通ドメイン、４－１ＢＢ共刺激ドメイン、及びＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを有する、ＣＤ１９ ＣＡＲを含む。チサゲンレクルユーセルにおけるＣＤ１９ ＣＡＲのヌクレオチド及びアミノ酸配列が表１１で提供され、これらの配列の注釈が表１２で提供される。
いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、リソカブタゲンマラルユーセルまたはその一部分をコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。リソカブタゲンマラルユーセルは、以下の構成要素、すなわちＧＭＣＳＦＲ－αまたはＣＳＦ２ＲＡシグナルペプチド、ＦＭＣ６３ ｓｃＦｖ（ＶＬ－Ｗｈｉｔｌｏｗリンカー－ＶＨ）、ＩｇＧ４ヒンジドメイン、ＣＤ２８膜貫通ドメイン、４－１ＢＢ共刺激ドメイン、及びＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを有する、ＣＤ１９ ＣＡＲを含む。リソカブタゲンマラルユーセルにおけるＣＤ１９ ＣＡＲのヌクレオチド及びアミノ酸配列が表１１で提供され、これらの配列の注釈が表１３で提供される。
いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、アキシカブタゲンシロルユーセルまたはその一部分をコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。アキシカブタゲンシロルユーセルは、以下の構成要素、すなわちＧＭＣＳＦＲ－αまたはＣＳＦ２ＲＡシグナルペプチド、ＦＭＣ６３ ｓｃＦｖ（ＶＬ－Ｗｈｉｔｌｏｗリンカー－ＶＨ）、ＣＤ２８ヒンジドメイン、ＣＤ２８膜貫通ドメイン、ＣＤ２８共刺激ドメイン、及びＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを有する、ＣＤ１９ ＣＡＲを含む。アキシカブタゲンシロルユーセルにおけるＣＤ１９ ＣＡＲのヌクレオチド及びアミノ酸配列が表１１で提供され、これらの配列の注釈が表１４で提供される。
いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、ブレクスカブタゲンオートルユーセルまたはその一部分をコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。ブレクスカブタゲンオートルユーセルは、以下の構成要素、すなわちＧＭＣＳＦＲ－αシグナルペプチド、ＦＭＣ６３ ｓｃＦｖ、ＣＤ２８ヒンジドメイン、ＣＤ２８膜貫通ドメイン、ＣＤ２８共刺激ドメイン、及びＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを有する、ＣＤ１９ ＣＡＲを含む。
いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、配列番号３１、３３、もしくは３５に定められるＣＤ１９ ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含有する、または配列番号３１、３３、もしくは３５に定められるヌクレオチド配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）である、発現カセットを含む。コードされたＣＤ１９ ＣＡＲは、それぞれ配列番号３２、３４、もしくは３６に定められる対応するアミノ酸配列を有するか、またはそれぞれ配列番号３２、３４、もしくは３６に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）である。
Figure 2024530403000032
Figure 2024530403000033
Figure 2024530403000034
Figure 2024530403000035
Figure 2024530403000036
Figure 2024530403000037
Figure 2024530403000038
Figure 2024530403000039
いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、配列番号３１、３３、もしくは３５に定められるＣＤ１９ ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含有する、または配列番号３１、３３、もしくは３５に定められるヌクレオチド配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）である、発現カセットを含む。コードされたＣＤ１９ ＣＡＲは、それぞれ配列番号３２、３４、もしくは３６に定められる対応するアミノ酸配列を有し、それぞれ配列番号３２、３４、もしくは３６に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）である。
ＣＤ２０ ＣＡＲ
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ２０ ＣＡＲ（「ＣＤ２０－ＣＡＲ」）であり、これらの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、ＣＤ２０ ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。ＣＤ２０は、Ｂ細胞の表面上においてプロＢ期ほどの早期から、Ｂ細胞成熟まで次第に増加するレベルで見られると同様に、ほとんどのＢ細胞腫瘍の細胞上でも見られる抗原である。ＣＤ２０陽性細胞はまた、ホジキン病、骨髄腫、及び胸腺腫の症例に見られるときもある。いくつかの実施形態では、ＣＤ２０ ＣＡＲは、シグナルペプチド、ＣＤ２０に特異的に結合する細胞外結合ドメイン、ヒンジドメイン、膜貫通ドメイン、細胞内共刺激ドメイン、及び／または細胞内シグナル伝達ドメインをタンデムで含んでもよい。
いくつかの実施形態では、ＣＤ２０ ＣＡＲのシグナルペプチドは、ＣＤ８αシグナルペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ８αシグナルペプチドは、配列番号６に定められるアミノ酸配列、または配列番号６に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、ＩｇＫシグナルペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ＩｇＫシグナルペプチドは、配列番号７に定められるアミノ酸配列、または配列番号７に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、ＧＭＣＳＦＲ－αまたはＣＳＦ２ＲＡシグナルペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ＧＭＣＳＦＲ－αまたはＣＳＦ２ＲＡシグナルペプチドは、配列番号８に定められるアミノ酸配列、または配列番号８に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、ＣＤ２０ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、ＣＤ２０、例えば、ヒトＣＤ２０に特異的である。ＣＤ２０ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、宿主細胞における発現のために、または細胞外結合ドメインの機能を増加させるためのバリアント配列を有するようにコドン最適化され得る。いくつかの実施形態では、細胞外結合ドメインは、免疫グロブリン分子、例えば、ｓｃＦｖの免疫原的に活性な部分を含む。
いくつかの実施形態では、ＣＤ２０ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、例えば、Ｌｅｕ１６、ＩＦ５、１．５．３、リツキシマブ、オビヌツズマブ、イブリツモマブ、オファツムマブ、トシツモマブ（ｔｏｓｉｔｕｍｕｍａｂ）、オドロネクスタマブ、ベルツズマブ、ウブリツキシマブ、及びオクレリズマブを含めた、ＣＤ２０に特異的な抗体に由来する。いくつかの実施形態では、ＣＤ２０ ＣＡＲは、例えば、表１５Ａに詳細に示されるようなＭＢ－１０６、ＵＣＡＲＴ２０、またはＣ－ＣＡＲ０６６を含めた、ＣＤ２０に特異的なＣＡＲに由来する。これらの実施形態のうちのいずれかでは、ＣＤ２０ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、該抗体または表１５Ａに詳細に示されるＣＡＲのうちのいずれかのＶＨ、ＶＬ、及び／または１つもしくは複数のＣＤＲを含み得るか、またはそれからなり得る。
Figure 2024530403000040
いくつかの実施形態では、ＣＤ２０ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、リンカーによって接続されたＬｅｕ１６の重鎖可変領域（ＶＨ）及び軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む、Ｌｅｕ１６モノクローナル抗体に由来するｓｃＦｖを含む。Ｗｕ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ．１４（１２）：１０２５－１０３３（２００１）を参照されたい。いくつかの実施形態では、リンカーは、３×Ｇ４Ｓリンカーである。他の実施形態では、リンカーは、本明細書に記載されるＷｈｉｔｌｏｗリンカーである。いくつかの実施形態では、Ｌｅｕ１６由来ｓｃＦｖ全体（別称、Ｌｅｕ１６ ｓｃＦｖ）及びその異なる部分の異なる部分のアミノ酸配列が下記の表１５Ｂで提供される。いくつかの実施形態では、ＣＤ２０特異的ｓｃＦｖは、配列番号３７、３８、もしくは４２に定められるアミノ酸配列、または配列番号３７、３８、もしくは４２に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＣＤ２０特異的ｓｃＦｖは、配列番号３９～４１、４３及び４４に定められるアミノ酸配列を有する１つまたは複数のＣＤＲを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＣＤ２０特異的ｓｃＦｖは、配列番号３９～４１に定められるアミノ酸配列を有する１つまたは複数のＣＤＲを有する軽鎖を含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＣＤ２０特異的ｓｃＦｖは、配列番号４３～４４に定められるアミノ酸配列を有する１つまたは複数のＣＤＲを有する重鎖を含んでもよい。これらの実施形態のいずれかでは、ＣＤ２０特異的ｓｃＦｖは、１つもしくは複数のアミノ酸置換、または特定される配列のうちのいずれかと少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）である配列を含む、１つまたは複数のＣＤＲを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＣＤ２０ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、本明細書に記載される１つまたは複数のＣＤＲを含むか、またはそれからなる。

Figure 2024530403000041
いくつかの実施形態では、ＣＤ２０ ＣＡＲのヒンジドメインは、ＣＤ８αヒンジドメイン、例えば、ヒトＣＤ８αヒンジドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ８αヒンジドメインは、配列番号９に定められるアミノ酸配列、または配列番号９に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、ヒンジドメインは、ＣＤ２８ヒンジドメイン、例えば、ヒトＣＤ２８ヒンジドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ２８ヒンジドメインは、配列番号１０に定められるアミノ酸配列、または配列番号１０に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、ヒンジドメインは、ＩｇＧ４ヒンジドメイン、例えば、ヒトＩｇＧ４ヒンジドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＩｇＧ４ヒンジドメインは、配列番号１１もしくは配列番号１２に定められるアミノ酸配列、または配列番号１１もしくは配列番号１２に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、ヒンジドメインは、ＩｇＧ４ヒンジ－Ｃｈ２－Ｃｈ３ドメイン、例えば、ヒトＩｇＧ４ヒンジ－Ｃｈ２－Ｃｈ３ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＩｇＧ４ヒンジ－Ｃｈ２－Ｃｈ３ドメインは、配列番号１３に定められるアミノ酸配列、または配列番号１３に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、ＣＤ２０ ＣＡＲの膜貫通ドメインは、ＣＤ８α膜貫通ドメイン、例えば、ヒトＣＤ８α膜貫通ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ８α膜貫通ドメインは、配列番号１４に定められるアミノ酸配列、または配列番号１４に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、膜貫通ドメインは、ＣＤ２８膜貫通ドメイン、例えば、ヒトＣＤ２８膜貫通ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ２８膜貫通ドメインは、配列番号１５に定められるアミノ酸配列、または配列番号１５に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、ＣＤ２０ ＣＡＲの細胞内共刺激ドメインは、４－１ＢＢ共刺激ドメイン、例えば、ヒト４－１ＢＢ共刺激ドメインを含む。いくつかの実施形態では、４－１ＢＢ共刺激ドメインは、配列番号１６に定められるアミノ酸配列、または配列番号１６に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、細胞内共刺激ドメインは、ＣＤ２８共刺激ドメイン、例えば、ヒトＣＤ２８共刺激ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ２８共刺激ドメインは、配列番号１７に定められるアミノ酸配列、または配列番号１７に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、ＣＤ２０ ＣＡＲの細胞内シグナル伝達ドメインは、ＣＤ３ゼータ（ζ）シグナル伝達ドメイン、例えば、ヒトＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ３ζシグナル伝達ドメインは、配列番号１８に定められるアミノ酸配列、または配列番号１８に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、例えば、配列番号３７に定められる配列を有するＣＤ２０特異的ｓｃＦｖ、配列番号９のＣＤ８αヒンジドメイン、配列番号１４のＣＤ８α膜貫通ドメイン、配列番号１６の４－１ＢＢ共刺激ドメイン、配列番号１８のＣＤ３ζシグナル伝達ドメイン、及び／またはそれらのバリアント（すなわち、開示される配列と少なくとも８０％同一、例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９同一である配列を有する）を含むＣＤ２０ ＣＡＲを含めた、ＣＤ２０ ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。
いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、例えば、配列番号３７に定められる配列を有するＣＤ２０特異的ｓｃＦｖ、配列番号１０のＣＤ２８ヒンジドメイン、配列番号１４のＣＤ８α膜貫通ドメイン、配列番号１６の４－１ＢＢ共刺激ドメイン、配列番号１８のＣＤ３ζシグナル伝達ドメイン、及び／またはそれらのバリアント（すなわち、開示される配列と少なくとも８０％同一、例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９同一である配列を有する）を含むＣＤ２０ ＣＡＲを含めた、ＣＤ２０ ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。
いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、例えば、配列番号３７に定められる配列を有するＣＤ２０特異的ｓｃＦｖ、配列番号１１もしくは配列番号１２のＩｇＧ４ヒンジドメイン、配列番号１４のＣＤ８α膜貫通ドメイン、配列番号１６の４－１ＢＢ共刺激ドメイン、配列番号１８のＣＤ３ζシグナル伝達ドメイン、及び／またはそれらのバリアント（すなわち、開示される配列と少なくとも８０％同一、例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９同一である配列を有する）を含むＣＤ２０ ＣＡＲを含めた、ＣＤ２０ ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。
いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、例えば、配列番号３７に定められる配列を有するＣＤ２０特異的ｓｃＦｖ、配列番号９のＣＤ８αヒンジドメイン、配列番号１５のＣＤ２８膜貫通ドメイン、配列番号１６の４－１ＢＢ共刺激ドメイン、配列番号１８のＣＤ３ζシグナル伝達ドメイン、及び／またはそれらのバリアント（すなわち、開示される配列と少なくとも８０％同一、例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９同一である配列を有する）を含むＣＤ２０ ＣＡＲを含めた、ＣＤ２０ ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。
いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、例えば、配列番号３７に定められる配列を有するＣＤ２０特異的ｓｃＦｖ、配列番号１０のＣＤ２８ヒンジドメイン、配列番号１５のＣＤ２８膜貫通ドメイン、配列番号１６の４－１ＢＢ共刺激ドメイン、配列番号１８のＣＤ３ζシグナル伝達ドメイン、及び／またはそれらのバリアント（すなわち、開示される配列と少なくとも８０％同一、例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９同一である配列を有する）を含むＣＤ２０ ＣＡＲを含めた、ＣＤ２０ ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。
いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、例えば、配列番号３７に定められる配列を有するＣＤ２０特異的ｓｃＦｖ、配列番号１１もしくは配列番号１のＩｇＧ４ヒンジドメイン、配列番号１５のＣＤ２８膜貫通ドメイン、配列番号１６の４－１ＢＢ共刺激ドメイン、配列番号１８のＣＤ３ζシグナル伝達ドメイン、及び／またはそれらのバリアント（すなわち、開示される配列と少なくとも８０％同一、例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９同一である配列を有する）を含むＣＤ２０ ＣＡＲを含めた、ＣＤ２０ ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。
ＣＤ２２ ＣＡＲ
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ２２ ＣＡＲ（「ＣＤ２２－ＣＡＲ」）であり、これらの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、ＣＤ２２ ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。Ｂ細胞受容体（ＢＣＲ）シグナル伝達に対する阻害性受容体として機能する、成熟Ｂ細胞の表面上に主として見られる膜貫通型タンパク質であるＣＤ２２。ＣＤ２２は、６０～７０％のＢ細胞リンパ腫及び白血病（例えば、Ｂ慢性リンパ性白血病、有毛細胞白血病、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、及びバーキットリンパ腫）において発現し、Ｂ細胞発生の早期段階における細胞表面上または幹細胞上には存在しない。いくつかの実施形態では、ＣＤ２２ ＣＡＲは、シグナルペプチド、ＣＤ２２に特異的に結合する細胞外結合ドメイン、ヒンジドメイン、膜貫通ドメイン、細胞内共刺激ドメイン、及び／または細胞内シグナル伝達ドメインをタンデムで含んでもよい。
いくつかの実施形態では、ＣＤ２２ ＣＡＲのシグナルペプチドは、ＣＤ８αシグナルペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ８αシグナルペプチドは、配列番号６に定められるアミノ酸配列、または配列番号６に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、ＩｇＫシグナルペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ＩｇＫシグナルペプチドは、配列番号７に定められるアミノ酸配列、または配列番号７に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、ＧＭＣＳＦＲ－αまたはＣＳＦ２ＲＡシグナルペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ＧＭＣＳＦＲ－αまたはＣＳＦ２ＲＡシグナルペプチドは、配列番号８に定められるアミノ酸配列、または配列番号８に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、ＣＤ２２ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、ＣＤ２２、例えば、ヒトＣＤ２２に特異的である。ＣＤ２２ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、宿主細胞における発現のために、または細胞外結合ドメインの機能を増加させるためのバリアント配列を有するようにコドン最適化され得る。いくつかの実施形態では、細胞外結合ドメインは、免疫グロブリン分子、例えば、ｓｃＦｖの免疫原的に活性な部分を含む。
いくつかの実施形態では、ＣＤ２２ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、例えば、ＳＭ０３、イノツズマブ、エプラツズマブ、モキセツモマブ、及びピナツズマブを含めた、ＣＤ２２に特異的な抗体に由来する。これらの実施形態のうちのいずれかでは、ＣＤ２２ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、該抗体のうちのいずれかのＶＨ、ＶＬ、及び／または１つもしくは複数のＣＤＲを含み得るか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、ＣＤ２２ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、リンカーによって接続されたｍ９７１の重鎖可変領域（ＶＨ）及び軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む、ｍ９７１モノクローナル抗体（ｍ９７１）に由来するｓｃＦｖを含む。いくつかの実施形態では、リンカーは、３×Ｇ４Ｓリンカーである。他の実施形態では、Ｗｈｉｔｌｏｗリンカーが代わりに使用されてもよい。いくつかの実施形態では、ｍ９７１由来ｓｃＦｖ全体（別称、ｍ９７１ ｓｃＦｖ）及びその異なる部分のアミノ酸配列が下記の表１６で提供される。いくつかの実施形態では、ＣＤ２２特異的ｓｃＦｖは、配列番号４５、４６、もしくは５０に定められるアミノ酸配列、または配列番号４５、４６、もしくは５０に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＣＤ２２特異的ｓｃＦｖは、配列番号４７～４９及び５１～５３に定められるアミノ酸配列を有する１つまたは複数のＣＤＲを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＣＤ２２特異的ｓｃＦｖは、配列番号４７～４９に定められるアミノ酸配列を有する１つまたは複数のＣＤＲを有する重鎖を含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＣＤ２２特異的ｓｃＦｖは、配列番号５１～５３に定められるアミノ酸配列を有する１つまたは複数のＣＤＲを有する軽鎖を含んでもよい。これらの実施形態のいずれかでは、ＣＤ２２特異的ｓｃＦｖは、１つもしくは複数のアミノ酸置換、または特定される配列のうちのいずれかと少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）である配列を含む、１つまたは複数のＣＤＲを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＣＤ２２ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、本明細書に記載される１つまたは複数のＣＤＲを含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、ＣＤ２２ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、親抗体ｍ９７１と比較して顕著に改善された（約２ｎＭから５０ｐＭ未満に改善された）ＣＤ２２結合親和性を有する、ｍ９７１の親和性成熟バリアントであるｍ９７１－Ｌ７に由来するｓｃＦｖを含む。いくつかの実施形態では、ｍ９７１－Ｌ７に由来するｓｃＦｖは、３×Ｇ４Ｓリンカーによって接続されたｍ９７１－Ｌ７のＶＨ及びＶＬを含む。他の実施形態では、Ｗｈｉｔｌｏｗリンカーが代わりに使用されてもよい。いくつかの実施形態では、ｍ９７１－Ｌ７由来ｓｃＦｖ全体（別称、ｍ９７１－Ｌ７ ｓｃＦｖ）及びその異なる部分のアミノ酸配列が下記の表１６で提供される。いくつかの実施形態では、ＣＤ２２特異的ｓｃＦｖは、配列番号５４、５５、もしくは５９に定められるアミノ酸配列、または配列番号５４、５５、もしくは５９に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＣＤ２２特異的ｓｃＦｖは、配列番号５６～５８及び６０～６２に定められるアミノ酸配列を有する１つまたは複数のＣＤＲを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＣＤ２２特異的ｓｃＦｖは、配列番号５６～５８に定められるアミノ酸配列を有する１つまたは複数のＣＤＲを有する重鎖を含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＣＤ２２特異的ｓｃＦｖは、配列番号６０～６２に定められるアミノ酸配列を有する１つまたは複数のＣＤＲを有する軽鎖を含んでもよい。これらの実施形態のいずれかでは、ＣＤ２２特異的ｓｃＦｖは、１つもしくは複数のアミノ酸置換、または特定される配列のうちのいずれかと少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）である配列を含む、１つまたは複数のＣＤＲを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＣＤ２２ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、本明細書に記載される１つまたは複数のＣＤＲを含むか、またはそれからなる。
Figure 2024530403000042
Figure 2024530403000043
いくつかの実施形態では、ＣＤ２２ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、免疫毒素ＨＡ２２またはＢＬ２２を含む。免疫毒素ＢＬ２２及びＨＡ２２は、細菌毒素に融合されたＣＤ２２に特異的なｓｃＦｖを含み、故にＣＤ２２を発現するがん細胞の表面に結合して、がん細胞を殺傷することができる治療剤である。ＢＬ２２は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ外毒素Ａの３８ｋＤａの切り詰め形態に融合された抗ＣＤ２２抗体ＲＦＢ４のｄｓＦｖを含む（Ｂａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．，１１：１５４５－５０（２００５））。ＨＡ２２（ＣＡＴ８０１５、モキセツモマブパスドトックス）は、ＢＬ２２の変異したより高親和性のバージョンである（Ｈｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２８０（１）：６０７－１７（２００５））。ＣＤ２２に特異的なＨＡ２２及びＢＬ２２の抗原結合ドメインの好適な配列は、例えば、米国特許第７，５４１，０３４号、同第７，３５５，０１２号、及び同第７，９８２，０１１号に開示され、同文献は参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。
いくつかの実施形態では、ＣＤ２２ ＣＡＲのヒンジドメインは、ＣＤ８αヒンジドメイン、例えば、ヒトＣＤ８αヒンジドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ８αヒンジドメインは、配列番号９に定められるアミノ酸配列、または配列番号９に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、ヒンジドメインは、ＣＤ２８ヒンジドメイン、例えば、ヒトＣＤ２８ヒンジドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ２８ヒンジドメインは、配列番号１０に定められるアミノ酸配列、または配列番号１０に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、ヒンジドメインは、ＩｇＧ４ヒンジドメイン、例えば、ヒトＩｇＧ４ヒンジドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＩｇＧ４ヒンジドメインは、配列番号１１もしくは配列番号１２に定められるアミノ酸配列、または配列番号１１もしくは配列番号１２に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、ヒンジドメインは、ＩｇＧ４ヒンジ－Ｃｈ２－Ｃｈ３ドメイン、例えば、ヒトＩｇＧ４ヒンジ－Ｃｈ２－Ｃｈ３ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＩｇＧ４ヒンジ－Ｃｈ２－Ｃｈ３ドメインは、配列番号１３に定められるアミノ酸配列、または配列番号１３に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、ＣＤ２２ ＣＡＲの膜貫通ドメインは、ＣＤ８α膜貫通ドメイン、例えば、ヒトＣＤ８α膜貫通ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ８α膜貫通ドメインは、配列番号１４に定められるアミノ酸配列、または配列番号１４に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、膜貫通ドメインは、ＣＤ２８膜貫通ドメイン、例えば、ヒトＣＤ２８膜貫通ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ２８膜貫通ドメインは、配列番号１５に定められるアミノ酸配列、または配列番号１５に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、ＣＤ２２ ＣＡＲの細胞内共刺激ドメインは、４－１ＢＢ共刺激ドメイン、例えば、ヒト４－１ＢＢ共刺激ドメインを含む。いくつかの実施形態では、４－１ＢＢ共刺激ドメインは、配列番号１６に定められるアミノ酸配列、または配列番号１６に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、細胞内共刺激ドメインは、ＣＤ２８共刺激ドメイン、例えば、ヒトＣＤ２８共刺激ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ２８共刺激ドメインは、配列番号１７に定められるアミノ酸配列、または配列番号１７に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、ＣＤ２２ ＣＡＲの細胞内シグナル伝達ドメインは、ＣＤ３ゼータ（ζ）シグナル伝達ドメイン、例えば、ヒトＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ３ζシグナル伝達ドメインは、配列番号１８に定められるアミノ酸配列、または配列番号１８に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、例えば、配列番号４５もしくは配列番号５４に定められる配列を有するＣＤ２２特異的ｓｃＦｖ、配列番号９のＣＤ８αヒンジドメイン、配列番号１４のＣＤ８α膜貫通ドメイン、配列番号１６の４－１ＢＢ共刺激ドメイン、配列番号１８のＣＤ３ζシグナル伝達ドメイン、及び／またはそれらのバリアント（すなわち、開示される配列と少なくとも８０％同一、例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９同一である配列を有する）を含むＣＤ２２ ＣＡＲを含めた、ＣＤ２２ ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。
いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、例えば、配列番号４５もしくは配列番号５４に定められる配列を有するＣＤ２２特異的ｓｃＦｖ、配列番号１０のＣＤ２８ヒンジドメイン、配列番号１４のＣＤ８α膜貫通ドメイン、配列番号１６の４－１ＢＢ共刺激ドメイン、配列番号１８のＣＤ３ζシグナル伝達ドメイン、及び／またはそれらのバリアント（すなわち、開示される配列と少なくとも８０％同一、例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９同一である配列を有する）を含むＣＤ２２ ＣＡＲを含めた、ＣＤ２２ ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。
いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、例えば、配列番号４５もしくは配列番号５４に定められる配列を有するＣＤ２２特異的ｓｃＦｖ、配列番号１１もしくは配列番号１２のＩｇＧ４ヒンジドメイン、配列番号１４のＣＤ８α膜貫通ドメイン、配列番号１６の４－１ＢＢ共刺激ドメイン、配列番号１８のＣＤ３ζシグナル伝達ドメイン、及び／またはそれらのバリアント（すなわち、開示される配列と少なくとも８０％同一、例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９同一である配列を有する）を含むＣＤ２２ ＣＡＲを含めた、ＣＤ２２ ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。
いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、例えば、配列番号４５もしくは配列番号５４に定められる配列を有するＣＤ２２特異的ｓｃＦｖ、配列番号９のＣＤ８αヒンジドメイン、配列番号１５のＣＤ２８膜貫通ドメイン、配列番号１６の４－１ＢＢ共刺激ドメイン、配列番号１８のＣＤ３ζシグナル伝達ドメイン、及び／またはそれらのバリアント（すなわち、開示される配列と少なくとも８０％同一、例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９同一である配列を有する）を含むＣＤ２２ ＣＡＲを含めた、ＣＤ２２ ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。
いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、例えば、配列番号４５もしくは配列番号５４に定められる配列を有するＣＤ２２特異的ｓｃＦｖ、配列番号１０のＣＤ２８ヒンジドメイン、配列番号１５のＣＤ２８膜貫通ドメイン、配列番号１６の４－１ＢＢ共刺激ドメイン、配列番号１８のＣＤ３ζシグナル伝達ドメイン、及び／またはそれらのバリアント（すなわち、開示される配列と少なくとも８０％同一、例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９同一である配列を有する）を含むＣＤ２２ ＣＡＲを含めた、ＣＤ２２ ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。
いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、例えば、配列番号４５もしくは配列番号５４に定められる配列を有するＣＤ２２特異的ｓｃＦｖ、配列番号１１もしくは配列番号１２のＩｇＧ４ヒンジドメイン、配列番号１５のＣＤ２８膜貫通ドメイン、配列番号１６の４－１ＢＢ共刺激ドメイン、配列番号１８のＣＤ３ζシグナル伝達ドメイン、及び／またはそれらのバリアント（すなわち、開示される配列と少なくとも８０％同一、例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９同一である配列を有する）を含むＣＤ２２ ＣＡＲを含めた、ＣＤ２２ ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。
ＢＣＭＡ ＣＡＲ
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＢＣＭＡ ＣＡＲ（「ＢＣＭＡ－ＣＡＲ」）であり、これらの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、ＢＣＭＡ ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。ＢＣＭＡは、Ｂ細胞系列の細胞上に発現した腫瘍壊死ファミリー受容体（ＴＮＦＲ）のメンバーであり、最終分化したＢ細胞または成熟Ｂリンパ球上で最も高発現する。ＢＣＭＡは、長期的な液性免疫を維持するための形質細胞の生存の媒介に関与する。ＢＣＭＡの発現は、多発性骨髄腫、ホジキンリンパ腫及び非ホジキンリンパ腫、種々の白血病、ならびに神経膠芽腫等のいくつかのがんに最近関連付けられている。いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ ＣＡＲは、シグナルペプチド、ＢＣＭＡに特異的に結合する細胞外結合ドメイン、ヒンジドメイン、膜貫通ドメイン、細胞内共刺激ドメイン、及び／または細胞内シグナル伝達ドメインをタンデムで含んでもよい。
いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ ＣＡＲのシグナルペプチドは、ＣＤ８αシグナルペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ８αシグナルペプチドは、配列番号６に定められるアミノ酸配列、または配列番号６に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、ＩｇＫシグナルペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ＩｇＫシグナルペプチドは、配列番号７に定められるアミノ酸配列、または配列番号７に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、シグナルペプチドは、ＧＭＣＳＦＲ－αまたはＣＳＦ２ＲＡシグナルペプチドを含む。いくつかの実施形態では、ＧＭＣＳＦＲ－αまたはＣＳＦ２ＲＡシグナルペプチドは、配列番号８に定められるアミノ酸配列、または配列番号８に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、ＢＣＭＡ、例えば、ヒトＢＣＭＡに特異的である。ＢＣＭＡ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、宿主細胞における発現のために、または細胞外結合ドメインの機能を増加させるためのバリアント配列を有するようにコドン最適化され得る。
いくつかの実施形態では、細胞外結合ドメインは、免疫グロブリン分子、例えば、ｓｃＦｖの免疫原的に活性な部分を含む。いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、例えば、ベランタマブ、エルラナタマブ（ｅｒｌａｎａｔａｍａｂ）、テクリスタマブ、ＬＣＡＲ－Ｂ３８Ｍ、及びシルタカブタゲンを含めた、ＢＣＭＡに特異的な抗体に由来する。これらの実施形態のうちのいずれかでは、ＢＣＭＡ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、該抗体のうちのいずれかのＶＨ、ＶＬ、及び／または１つもしくは複数のＣＤＲを含み得るか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、Ｃａｒｐｅｎｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．１９（８）：２０４８－２０６０（２０１３）に記載されるようなマウスモノクローナル抗体であるＣ１１Ｄ５．３に由来するｓｃＦｖを含む。また、ＰＣＴ出願公開第ＷＯ２０１０／１０４９４９号も参照されたい。Ｃ１１Ｄ５．３由来ｓｃＦｖは、Ｗｈｉｔｌｏｗリンカーによって接続されたＣ１１Ｄ５．３の重鎖可変領域（ＶＨ）及び軽鎖可変領域（ＶＬ）を含んでもよく、このアミノ酸配列が下記の表１７で提供される。いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ特異的細胞外結合ドメインは、配列番号６３、６４、もしくは６８に定められるアミノ酸配列、または配列番号６３、６４、もしくは６８に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ特異的細胞外結合ドメインは、配列番号６５～６７及び６９～７１に定められるアミノ酸配列を有する１つまたは複数のＣＤＲを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ特異的細胞外結合ドメインは、配列番号６５～６７に定められるアミノ酸配列を有する１つまたは複数のＣＤＲを有する軽鎖を含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ特異的細胞外結合ドメインは、配列番号６９～７１に定められるアミノ酸配列を有する１つまたは複数のＣＤＲを有する重鎖を含んでもよい。これらの実施形態のいずれかでは、ＢＣＭＡ特異的ｓｃＦｖは、１つもしくは複数のアミノ酸置換、または特定される配列のうちのいずれかと少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）である配列を含む、１つまたは複数のＣＤＲを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、本明細書に記載される１つまたは複数のＣＤＲを含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、Ｃａｒｐｅｎｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．１９（８）：２０４８－２０６０（２０１３）及びＰＣＴ出願公開第ＷＯ２０１０／１０４９４９号に記載されるような別のマウスモノクローナル抗体Ｃ１２Ａ３．２に由来するｓｃＦｖを含み、このアミノ酸配列もまた下記の表１７で提供される。いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ特異的細胞外結合ドメインは、配列番号７２、７３、もしくは７７に定められるアミノ酸配列、または配列番号７２、７３、もしくは７７に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ特異的細胞外結合ドメインは、配列番号７４～７６及び７８～８０に定められるアミノ酸配列を有する１つまたは複数のＣＤＲを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ特異的細胞外結合ドメインは、配列番号７４～７６に定められるアミノ酸配列を有する１つまたは複数のＣＤＲを有する軽鎖を含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ特異的細胞外結合ドメインは、配列番号７８～８０に定められるアミノ酸配列を有する１つまたは複数のＣＤＲを有する重鎖を含んでもよい。これらの実施形態のいずれかでは、ＢＣＭＡ特異的ｓｃＦｖは、１つもしくは複数のアミノ酸置換、または特定される配列のうちのいずれかと少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）である配列を含む、１つまたは複数のＣＤＲを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、本明細書に記載される１つまたは複数のＣＤＲを含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、Ｆｒｉｅｄｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒ．２９（５）：５８５－６０１（２０１８））でＢＢ２１２１と称される、ヒトＢＣＭＡに対して高い特異性を有するマウスモノクローナル抗体を含む。また、ＰＣＴ出願公開第ＷＯ２０１２１６３８０５号も参照されたい。
いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、Ｚｈａｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｈｅｍａｔｏｌ．Ｏｎｃｏｌ．１１（１）：１４１（２０１８）に記載されるような、ＢＣＭＡの２つのエピトープに結合することができる２本の重鎖（ＶＨＨ）でできた単一可変断片、別称、ＬＣＡＲ－Ｂ３８Ｍを含む。また、ＰＣＴ出願公開第ＷＯ２０１８／０２８６４７号も参照されたい。
いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、Ｌａｍ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｃｏｍｍｕｎ．１１（１）：２８３（２０２０）に記載されるような完全ヒト重鎖可変ドメイン（ＦＨＶＨ）、別称、ＦＨＶＨ３３を含む。また、ＰＣＴ出願公開第ＷＯ２０１９／００６０７２号も参照されたい。ＦＨＶＨ３３及びそのＣＤＲのアミノ酸配列が下記の表１７で提供される。いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ特異的細胞外結合ドメインは、配列番号８１に定められるアミノ酸配列、または配列番号８１に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ特異的細胞外結合ドメインは、配列番号８２～８４に定められるアミノ酸配列を有する１つまたは複数のＣＤＲを含んでもよい。これらの実施形態のいずれかでは、ＢＣＭＡ特異的細胞外結合ドメインは、１つもしくは複数のアミノ酸置換、または特定される配列のうちのいずれかと少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）である配列を含む、１つまたは複数のＣＤＲを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、本明細書に記載される１つまたは複数のＣＤＲを含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、米国特許第１１，０２６，９７５Ｂ２号に記載されるようなＣＴ１０３Ａ（またはＣＡＲ００８５）に由来するｓｃＦｖを含み、このアミノ酸配列が下記の表１７で提供される。いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ特異的細胞外結合ドメインは、配列番号１１８、１１９、もしくは１２３に定められるアミノ酸配列、または配列番号１１８、１１９、もしくは１２３に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ特異的細胞外結合ドメインは、配列番号１２０～１２２及び１２４～１２６に定められるアミノ酸配列を有する１つまたは複数のＣＤＲを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ特異的細胞外結合ドメインは、配列番号１２０～１２２に定められるアミノ酸配列を有する１つまたは複数のＣＤＲを有する軽鎖を含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ特異的細胞外結合ドメインは、配列番号１２４～１２６に定められるアミノ酸配列を有する１つまたは複数のＣＤＲを有する重鎖を含んでもよい。これらの実施形態のいずれかでは、ＢＣＭＡ特異的ｓｃＦｖは、１つもしくは複数のアミノ酸置換、または特定される配列のうちのいずれかと少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）である配列を含む、１つまたは複数のＣＤＲを含んでもよい。いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ ＣＡＲの細胞外結合ドメインは、本明細書に記載される１つまたは複数のＣＤＲを含むか、またはそれからなる。
さらに、ＢＣＭＡに向けられたＣＡＲ及び結合剤が、米国出願公開第２０２０／０２４６３８１Ａ１号及び同第２０２０／０３３９６９９Ａ１号に記載されており、同文献の各々の内容全体は参照により本明細書に援用される。
Figure 2024530403000044
Figure 2024530403000045
Figure 2024530403000046
Figure 2024530403000047
いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ ＣＡＲのヒンジドメインは、ＣＤ８αヒンジドメイン、例えば、ヒトＣＤ８αヒンジドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ８αヒンジドメインは、配列番号９に定められるアミノ酸配列、または配列番号９に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、ヒンジドメインは、ＣＤ２８ヒンジドメイン、例えば、ヒトＣＤ２８ヒンジドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ２８ヒンジドメインは、配列番号１０に定められるアミノ酸配列、または配列番号１０に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、ヒンジドメインは、ＩｇＧ４ヒンジドメイン、例えば、ヒトＩｇＧ４ヒンジドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＩｇＧ４ヒンジドメインは、配列番号１１もしくは配列番号１２に定められるアミノ酸配列、または配列番号１１もしくは配列番号１２に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、ヒンジドメインは、ＩｇＧ４ヒンジ－Ｃｈ２－Ｃｈ３ドメイン、例えば、ヒトＩｇＧ４ヒンジ－Ｃｈ２－Ｃｈ３ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＩｇＧ４ヒンジ－Ｃｈ２－Ｃｈ３ドメインは、配列番号１３に定められるアミノ酸配列、または配列番号１３に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ ＣＡＲの膜貫通ドメインは、ＣＤ８α膜貫通ドメイン、例えば、ヒトＣＤ８α膜貫通ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ８α膜貫通ドメインは、配列番号１４に定められるアミノ酸配列、または配列番号１４に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、膜貫通ドメインは、ＣＤ２８膜貫通ドメイン、例えば、ヒトＣＤ２８膜貫通ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ２８膜貫通ドメインは、配列番号１５に定められるアミノ酸配列、または配列番号１５に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ ＣＡＲの細胞内共刺激ドメインは、４－１ＢＢ共刺激ドメイン、例えば、ヒト４－１ＢＢ共刺激ドメインを含む。いくつかの実施形態では、４－１ＢＢ共刺激ドメインは、配列番号１６に定められるアミノ酸配列、または配列番号１６に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、細胞内共刺激ドメインは、ＣＤ２８共刺激ドメイン、例えば、ヒトＣＤ２８共刺激ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ２８共刺激ドメインは、配列番号１７に定められるアミノ酸配列、または配列番号１７に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ ＣＡＲの細胞内シグナル伝達ドメインは、ＣＤ３ゼータ（ζ）シグナル伝達ドメイン、例えば、ヒトＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ３ζシグナル伝達ドメインは、配列番号１８に定められるアミノ酸配列、または配列番号１８に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であるアミノ酸配列を含むか、またはそれからなる。
いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、例えば、記載されるＢＣＭＡ特異的細胞外結合ドメインのうちのいずれか、配列番号９のＣＤ８αヒンジドメイン、配列番号１４のＣＤ８α膜貫通ドメイン、配列番号１６の４－１ＢＢ共刺激ドメイン、配列番号１８のＣＤ３ζシグナル伝達ドメイン、及び／またはそれらのバリアント（すなわち、開示される配列と少なくとも８０％同一、例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９同一である配列を有する）を含むＢＣＭＡ ＣＡＲを含めた、ＢＣＭＡ ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。これらの実施形態のうちのいずれかでは、ＢＣＭＡ ＣＡＲは、記載されるシグナルペプチド（例えば、ＣＤ８αシグナルペプチド）を追加的に含んでもよい。
いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、例えば、記載されるＢＣＭＡ特異的細胞外結合ドメインのうちのいずれか、配列番号９のＣＤ８αヒンジドメイン、配列番号１４のＣＤ８α膜貫通ドメイン、配列番号１７のＣＤ２８共刺激ドメイン、配列番号１８のＣＤ３ζシグナル伝達ドメイン、及び／またはそれらのバリアント（すなわち、開示される配列と少なくとも８０％同一、例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、または少なくとも９９同一である配列を有する）を含むＢＣＭＡ ＣＡＲを含めた、ＢＣＭＡ ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。これらの実施形態のうちのいずれかでは、ＢＣＭＡ ＣＡＲは、記載されるシグナルペプチドを追加的に含んでもよい。
いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、配列番号１２７に定められるＢＣＭＡ ＣＡＲをコードするヌクレオチド配列を含有する、または配列番号１２７に定められるヌクレオチド配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）である、発現カセットを含む（表１８を参照されたい）。コードされたＢＣＭＡ ＣＡＲは、配列番号１２８に定められる対応するアミノ酸配列を有するか、または配列番号１２８に定められるアミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）であり、以下の構成要素、すなわちＣＤ８αシグナルペプチド、ＣＴ１０３Ａ ｓｃＦｖ（ＶＬ－Ｗｈｉｔｌｏｗリンカー－ＶＨ）、ＣＤ８αヒンジドメイン、ＣＤ８α膜貫通ドメイン、４－１ＢＢ共刺激ドメイン、及びＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを有する。
いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、例えば、イデカブタゲンビクルユーセル（ｉｄｅ－ｃｅｌ、別称ｂｂ２１２１）を含めたＢＣＭＡ ＣＡＲの市販の実施形態をコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。いくつかの実施形態では、ポリシストロン性ベクターは、イデカブタゲンビクルユーセルまたはその一部分をコードするヌクレオチド配列を含有する発現カセットを含む。イデカブタゲンビクルユーセルは、以下の構成要素、すなわちＢＢ２１２１結合剤、ＣＤ８αヒンジドメイン、ＣＤ８α膜貫通ドメイン、４－１ＢＢ共刺激ドメイン、及びＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを有する、ＢＣＭＡ ＣＡＲを含む。
Figure 2024530403000048
Figure 2024530403000049
Ｒ．低免疫原性細胞の特性
いくつかの実施形態では、低免疫原性幹細胞の集団は、対照幹細胞（例えば、野生型幹細胞または免疫原性幹細胞）と比較して多能性を保持する。いくつかの実施形態では、低免疫原性幹細胞の集団は、対照幹細胞（例えば、野生型幹細胞または免疫原性幹細胞）と比較して分化能を保持する。
いくつかの実施形態では、投与された低免疫原性分化細胞及びＣＡＲ－Ｔ細胞等の低免疫原性細胞の集団は、対象または患者において減少したまたはより低いレベルの免疫活性化を誘発する。いくつかの事例では、該細胞によって誘発される免疫活性化のレベルは、免疫原性細胞の投与によって生み出される免疫活性化のレベルと比較して少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％低い。いくつかの実施形態では、投与された低免疫原性細胞の集団は、対象または患者において免疫活性化を誘発するに至らない。
いくつかの実施形態では、投与された低免疫原性分化細胞及びＣＡＲ－Ｔ細胞等の低免疫原性細胞の集団は、対象または患者において減少したまたはより低いレベルのＴ細胞応答を誘発する。いくつかの事例では、該細胞によって誘発されるＴ細胞応答のレベルは、免疫原性細胞の投与によって生み出されるＴ細胞応答のレベルと比較して少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％低い。いくつかの実施形態では、投与された低免疫原性細胞の集団は、対象または患者において該細胞に対するＴ細胞応答を誘発するに至らない。
いくつかの実施形態では、投与された低免疫原性分化細胞及びＣＡＲ－Ｔ細胞等の低免疫原性細胞の集団は、対象または患者において減少したまたはより低いレベルのＮＫ細胞応答を誘発する。いくつかの事例では、該細胞によって誘発されるＮＫ細胞応答のレベルは、免疫原性細胞の投与によって生み出されるＮＫ細胞応答のレベルと比較して少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％低い。いくつかの実施形態では、投与された低免疫原性細胞の集団は、対象または患者において該細胞に対するＮＫ細胞応答を誘発するに至らない。
いくつかの実施形態では、投与された低免疫原性分化細胞及びＣＡＲ－Ｔ細胞等の低免疫原性細胞の集団は、対象または患者において減少したまたはより低いレベルのマクロファージによる貪食を誘発する。いくつかの事例では、該細胞によって誘発されるＮＫ細胞応答のレベルは、免疫原性細胞の投与によって生み出されるマクロファージ貪食のレベルと比較して少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％低い。いくつかの実施形態では、投与された低免疫原性細胞の集団は、対象または患者において該細胞のマクロファージによる貪食を誘発するに至らない。
いくつかの実施形態では、投与された低免疫原性分化細胞及びＣＡＲ－Ｔ細胞等の低免疫原性細胞の集団は、対象または患者において減少したまたはより低いレベルの全身性ＴＨ１活性化を誘発する。いくつかの事例では、該細胞によって誘発される全身性ＴＨ１活性化のレベルは、免疫原性細胞の投与によって生み出される全身性ＴＨ１活性化のレベルと比較して少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％低い。いくつかの実施形態では、投与された低免疫原性細胞の集団は、対象または患者において全身性ＴＨ１活性化を誘発するに至らない。
いくつかの実施形態では、投与された低免疫原性分化細胞及びＣＡＲ－Ｔ細胞等の低免疫原性細胞の集団は、対象または患者において減少したまたはより低いレベルのＮＫ細胞殺傷を誘発する。いくつかの事例では、該細胞によって誘発されるＮＫ細胞殺傷のレベルは、免疫原性細胞の投与によって生み出されるＮＫ細胞殺傷のレベルと比較して少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％低い。いくつかの実施形態では、投与された低免疫原性細胞の集団は、対象または患者においてＮＫ細胞殺傷を誘発するに至らない。
いくつかの実施形態では、投与された低免疫原性分化細胞及びＣＡＲ－Ｔ細胞等の低免疫原性細胞の集団は、対象または患者において減少したまたはより低いレベルの末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）の免疫活性化を誘発する。いくつかの事例では、該細胞によって誘発されるＰＢＭＣの免疫活性化のレベルは、免疫原性細胞の投与によって生み出されるＰＢＭＣの免疫活性化のレベルと比較して少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％低い。いくつかの実施形態では、投与された低免疫原性細胞の集団は、対象または患者においてＰＢＭＣの免疫活性化を誘発するに至らない。
いくつかの実施形態では、投与された低免疫原性分化細胞及びＣＡＲ－Ｔ細胞等の低免疫原性細胞の集団は、対象または患者において減少したまたはより低いレベルのドナー特異的ＩｇＧ抗体を誘発する。いくつかの事例では、該細胞によって誘発されるドナー特異的ＩｇＧ抗体のレベルは、免疫原性細胞の投与によって生み出されるドナー特異的ＩｇＧ抗体のレベルと比較して少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％低い。いくつかの実施形態では、投与された低免疫原性細胞の集団は、対象または患者においてドナー特異的ＩｇＧ抗体を誘発するに至らない。
いくつかの実施形態では、投与された低免疫原性分化細胞及びＣＡＲ－Ｔ細胞等の低免疫原性細胞の集団は、対象または患者において減少したまたはより低いレベルのドナー特異的ＩｇＭ抗体を誘発する。いくつかの事例では、該細胞によって誘発されるドナー特異的ＩｇＭ抗体のレベルは、免疫原性細胞の投与によって生み出されるドナー特異的ＩｇＭ抗体のレベルと比較して少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％低い。いくつかの実施形態では、投与された低免疫原性細胞の集団は、対象または患者においてドナー特異的ＩｇＭ抗体を誘発するに至らない。
いくつかの実施形態では、投与された低免疫原性分化細胞及びＣＡＲ－Ｔ細胞等の低免疫原性細胞の集団は、対象または患者において減少したまたはより低いレベルのＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生を誘発する。いくつかの事例では、該細胞によって誘発されるＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生のレベルは、免疫原性細胞の投与によって生み出されるＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生のレベルと比較して少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％低い。いくつかの実施形態では、投与された低免疫原性細胞の集団は、対象または患者においてＩｇＭ及びＩｇＧ抗体産生を誘発するに至らない。
いくつかの実施形態では、投与された低免疫原性分化細胞及びＣＡＲ－Ｔ細胞等の低免疫原性細胞の集団は、対象または患者において減少したまたはより低いレベルの細胞傷害性Ｔ細胞殺傷を誘発する。いくつかの事例では、該細胞によって誘発される細胞傷害性Ｔ細胞殺傷のレベルは、免疫原性細胞の投与によって生み出される細胞傷害性Ｔ細胞殺傷のレベルと比較して少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％低い。いくつかの実施形態では、投与された低免疫原性細胞の集団は、対象または患者において細胞傷害性Ｔ細胞殺傷を誘発するに至らない。
いくつかの実施形態では、投与された低免疫原性分化細胞及びＣＡＲ－Ｔ細胞等の低免疫原性細胞の集団は、対象または患者において減少したまたはより低いレベルの補体依存性細胞傷害作用（ＣＤＣ）を誘発する。いくつかの事例では、該細胞によって誘発されるＣＤＣのレベルは、免疫原性細胞の投与によって生み出されるＣＤＣのレベルと比較して少なくとも５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、または９９％低い。いくつかの実施形態では、投与された低免疫原性細胞の集団は、対象または患者においてＣＤＣを誘発するに至らない。
Ｓ．初代Ｔ細胞由来の治療用細胞
本明細書では、免疫認識を回避する、初代Ｔ細胞を含むがこれらに限定されない低免疫原性細胞が提供される。いくつかの実施形態では、操作された及び／または低免疫原性細胞は、初代Ｔ細胞等のＴ細胞から生産される（例えば、生成、培養、または派生させられる）。いくつかの事例では、初代Ｔ細胞は、対象または個体から入手される（例えば、採取、抽出、取り出し、または取得される）。いくつかの実施形態では、初代Ｔ細胞は、Ｔ細胞が１以上の対象（例えば、１以上の健常なヒトを含む１以上のヒト）からのものであるように、Ｔ細胞のプールから生産される。いくつかの実施形態では、初代Ｔ細胞のプールは、１～１００、１～５０、１～２０、１～１０、１以上、２以上、３以上、４以上、５以上、１０以上、２０以上、３０以上、４０以上、５０以上、または１００以上の対象からのものである。いくつかの実施形態では、ドナー対象は、患者（例えば、治療用細胞を投与されるレシピエント）とは異なる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞のプールは、患者からの細胞を含まない。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞のプールが入手されるドナー対象のうちの１以上は、患者とは異なる。
いくつかの実施形態では、操作された及び／または低免疫原性細胞は、患者（例えば、投与時にレシピエント）において自然及び／または適応免疫応答を活性化しない。障害を処置する必要がある対象（例えば、レシピエント）または患者に低免疫原性細胞の集団を投与することによって障害を処置する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の操作された及び／または低免疫原性細胞は、本明細書に記載のキメラ抗原受容体を含むがこれらに限定されないキメラ抗原受容体を発現するように操作された（例えば、改変される）Ｔ細胞を含む。いくつかの事例では、Ｔ細胞は、１以上の個体からの初代Ｔ細胞の集団または亜集団である。いくつかの実施形態では、操作または改変されたＴ細胞等の本明細書に記載のＴ細胞は、低減された内在性Ｔ細胞受容体の発現を含む。
いくつかの実施形態では、本開示は、ＣＤ４７及びＣＡＲを過剰発現するとともに、低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現を有し、低減された１つまたは複数のＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を有するかまたはその発現を欠いており、低減されたＴＣＲ複合体分子の発現を有するかまたはその発現を欠いている、低免疫原性初代Ｔ細胞を対象とする。本明細書で概説される細胞は、ＣＤ４７及びＣＡＲを過剰発現し、免疫認識を回避する。いくつかの実施形態では、初代Ｔ細胞は、低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現、ならびに低減されたＭＨＣクラスＩ抗原分子、ＭＨＣクラスＩＩ抗原分子、及び／またはＴＣＲ複合体分子のレベルまたは活性を示す。ある特定の実施形態では、初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７及びＣＡＲを過剰発現し、ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子に遺伝子改変を保有する。ある特定の実施形態では、初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７及びＣＡＲを過剰発現し、ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子に遺伝子改変を保有する。ある特定の実施形態では、初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７及びＣＡＲを過剰発現し、ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子に遺伝子改変及びＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子に遺伝子改変を保有する。ある特定の実施形態では、初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７及びＣＡＲを過剰発現し、Ｂ２Ｍ遺伝子にゲノム改変を保有する。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＤ４７及びＣＡＲを過剰発現し、ＣＩＩＴＡ遺伝子にゲノム改変を保有する。いくつかの実施形態では、初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７及びＣＡＲを過剰発現し、ＴＲＡＣ遺伝子にゲノム改変を保有する。いくつかの実施形態では、初代Ｔ細胞は、ＣＤ４７及びＣＡＲを過剰発現し、ＴＲＢ遺伝子にゲノム改変を保有する。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＤ４７及びＣＡＲを過剰発現し、以下の遺伝子、すなわちＰＣＤＨ１１Ｙ、ＮＬＧＮ４Ｙ、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、及びＴＲＢ遺伝子のうちの１つまたは複数にゲノム改変を保有する。
本開示の例となるＴ細胞は、細胞傷害性Ｔ細胞、ヘルパーＴ細胞、メモリーＴ細胞、セントラルメモリーＴ細胞、エフェクターメモリーＴ細胞、エフェクターメモリーＲＡ Ｔ細胞、制御性Ｔ細胞、組織浸潤リンパ球、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される。ある特定の実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＣＲ７、ＣＤ２７、ＣＤ２８、及びＣＤ４５ＲＡを発現する。いくつかの実施形態では、セントラルＴ細胞は、ＣＣＲ７、ＣＤ２７、ＣＤ２８、及びＣＤ４５ＲＯを発現する。他の実施形態では、エフェクターメモリーＴ細胞は、ＰＤ－１、ＣＤ２７、ＣＤ２８、及びＣＤ４５ＲＯを発現する。他の実施形態では、エフェクターメモリーＲＡ Ｔ細胞は、ＰＤ－１、ＣＤ５７、及びＣＤ４５ＲＡを発現する。
いくつかの実施形態では、Ｔ細胞は、改変された（例えば、操作された）Ｔ細胞である。場合によっては、改変されたＴ細胞は、該細胞に、損傷細胞、異形成細胞、感染細胞、免疫原性細胞、炎症細胞、悪性細胞、化生細胞、変異細胞、及びそれらの組み合わせのうちの少なくとも１つの表面上に発現した目的の抗原またはエピトープに特異的に結合する、少なくとも１つのキメラ抗原受容体を発現させる改変を含む。他の実例では、改変されたＴ細胞は、該細胞が隣接する細胞、組織、または臓器に近接する場合に、該細胞に、隣接する細胞、組織、または臓器における目的の生物学的効果を調節する少なくとも１つのタンパク質を発現させる改変を含む。初代Ｔ細胞に対する有用な改変は、ＵＳ２０１６／０３４８０７３及びＷＯ２０２０／０１８６２０に詳述され、同文献の開示は参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の操作された及び／または低免疫原性細胞は、本明細書に記載のキメラ抗原受容体を含むがこれらに限定されないキメラ抗原受容体を発現するように操作される（例えば、改変される）Ｔ細胞を含む。いくつかの事例では、Ｔ細胞は、１以上の個体からの初代Ｔ細胞の集団または亜集団である。いくつかの実施形態では、操作または改変されたＴ細胞等の本明細書に記載のＴ細胞は、低減された内在性Ｔ細胞受容体の発現を含む。いくつかの実施形態では、操作または改変されたＴ細胞等の本明細書に記載のＴ細胞は、低減された細胞傷害性Ｔリンパ球関連タンパク質４（ＣＴＬＡ－４）の発現を含む。他の実施形態では、操作または改変されたＴ細胞等の本明細書に記載のＴ細胞は、低減されたプログラム細胞死（ＰＤ－１）の発現を含む。ある特定の実施形態では、操作または改変されたＴ細胞等の本明細書に記載のＴ細胞は、低減されたＣＴＬＡ－４及びＰＤ－１の発現を含む。ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ならびにＣＴＬＡ－４及びＰＤ－１の両方の発現を低減または排除する方法には、限定されないが、レアカットエンドヌクレアーゼを利用する遺伝子改変技術、及びＲＮＡサイレンシングまたはＲＮＡ干渉技術等の、当業者に認識されるいずれも含まれ得る。レアカットエンドヌクレアーゼの非限定的な例としては、任意のＣａｓタンパク質、ＴＡＬＥＮ、ジンクフィンガーヌクレアーゼ、メガヌクレアーゼ、及びホーミングエンドヌクレアーゼが挙げられる。いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるようなポリペプチド（例えば、キメラ抗原受容体、ＣＤ４７、または本明細書に開示される別の寛容原性因子）をコードする外因性核酸は、ＣＴＬＡ－４及び／またはＰＤ－１遺伝子座にて挿入される。
いくつかの実施形態では、操作または改変されたＴ細胞等の本明細書に記載のＴ細胞は、ＰＤ－Ｌ１の強化された発現を含む。
いくつかの実施形態では、低免疫原性Ｔ細胞は、ＣＡＲをコードするポリヌクレオチドを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、ゲノム遺伝子座に挿入される。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、限定されないが、ＡＡＶＳ１、ＣＣＲ５、ＣＬＹＢＬ、ＲＯＳＡ２６、ＳＨＳ２３１、Ｆ３（別名、ＣＤ１４２）、ＭＩＣＡ、ＭＩＣＢ、ＬＲＰ１（別名、ＣＤ９１）、ＨＭＧＢ１、ＡＢＯ、ＲＨＤ、ＦＵＴ１、またはＫＤＭ５Ｄ遺伝子座等のセーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、ＴＲＢ、ＰＤ－１、またはＣＴＬＡ－４遺伝子に挿入される。
いくつかの実施形態では、低免疫原性Ｔ細胞は、発現ベクターを使用して細胞において発現されるＣＡＲをコードするポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、細胞のゲノムへのＣＡＲ配列の組み込みを媒介するウイルス発現ベクターを使用して細胞に導入される。例えば、細胞においてＣＡＲを発現させるための発現ベクターは、ＣＡＲをコードするポリヌクレオチド配列を含む。発現ベクターは、誘導性発現ベクターであり得る。発現ベクターは、限定されないがレンチウイルスベクター等のウイルスベクターであり得る。
本明細書で提供される低免疫原性Ｔ細胞は、Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病（Ｂ－ＡＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、肝臓癌、膵臓癌、乳癌、卵巣癌、結腸直腸癌、肺癌、非小細胞肺癌、急性骨髄性リンパ性白血病、多発性骨髄腫、胃癌、胃腺癌、膵臓腺癌、神経膠芽腫、神経芽細胞腫、肺扁平上皮癌、肝細胞癌、及び膀胱癌を含むがこれらに限定されない、好適ながんの処置に有用である。
Ｔ．低免疫原性多能性幹細胞から分化させた治療用細胞
本明細書では、免疫認識を回避する、多能性幹細胞に由来する細胞を含む低免疫原性細胞が提供される。いくつかの実施形態では、該細胞は、患者または対象（例えば、投与時にレシピエント）において自然及び／または適応免疫応答を活性化しない。障害を処置する方法が提供され、該方法は、それを必要とするレシピエント対象への低免疫原性細胞の集団の反復投与を含む。
いくつかの実施形態では、多能性幹細胞及びかかる多能性幹細胞から分化した任意の細胞は、低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現及び低減されたＭＨＣクラスＩヒト白血球抗原分子の発現を示すように改変される。他の実施形態では、多能性幹細胞及びかかる多能性幹細胞から分化した任意の細胞は、低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現ならびに低減されたＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を示すように改変される。ある特定の実施形態では、多能性幹細胞及びかかる多能性幹細胞から分化した任意の細胞は、低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現ならびに低減されたＴＣＲ複合体の発現を示すように改変される。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞及びかかる多能性幹細胞から分化した任意の細胞は、低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現ならびに低減されたＭＨＣクラスＩ及びＩＩヒト白血球抗原分子の発現を示すように改変される。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞及びかかる多能性幹細胞から分化した任意の細胞は、低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現ならびに低減されたＭＨＣクラスＩ及びＩＩヒト白血球抗原分子及びＴＣＲ複合体の発現を示すように改変される。
いくつかの実施形態では、多能性幹細胞及びかかる多能性幹細胞から分化した任意の細胞は、低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現ならびに低減されたＭＨＣクラスＩ及び／またはＩＩヒト白血球抗原分子の発現を示し、かつ増加したＣＤ４７の発現を示すように改変される。いくつかの事例では、該細胞は、１つまたは複数のＣＤ４７導入遺伝子を保有することによってＣＤ４７を過剰発現する。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞及びかかる多能性幹細胞から分化した任意の細胞は、低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現ならびに低減されたＭＨＣクラスＩ及びＩＩヒト白血球抗原分子の発現を示し、かつ増加したＣＤ４７の発現を示すように改変される。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞及びかかる多能性幹細胞から分化した任意の細胞は、低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現ならびに低減されたＭＨＣクラスＩ及びＩＩヒト白血球抗原分子及びＴＣＲ複合体の発現を示し、かつ増加したＣＤ４７の発現を示すように改変される。
いくつかの実施形態では、多能性幹細胞及びかかる多能性幹細胞から分化した任意の細胞は、低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現ならびに低減されたＭＨＣクラスＩ及び／またはＩＩヒト白血球抗原分子の発現を示し、増加したＣＤ４７の発現を示し、かつキメラ抗原受容体を外因性で発現するように改変される。いくつかの事例では、該細胞は、１つまたは複数のＣＤ４７導入遺伝子を保有することによってＣＤ４７ポリペプチドを過剰発現する。いくつかの事例では、該細胞は、１つまたは複数のＣＡＲ導入遺伝子を保有することによってＣＡＲポリペプチドを過剰発現する。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞及びかかる多能性幹細胞から分化した任意の細胞は、低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現ならびに低減されたＭＨＣクラスＩ及びＩＩヒト白血球抗原分子の発現を示し、増加したＣＤ４７の発現を示し、かつキメラ抗原受容体を外因性で発現するように改変される。いくつかの実施形態では、多能性幹細胞及びかかる多能性幹細胞から分化した任意の細胞は、低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現ならびに低減されたＭＨＣクラスＩ及びＩＩヒト白血球抗原分子及びＴＣＲ複合体の発現を示し、増加したＣＤ４７の発現を示し、かつキメラ抗原受容体を外因性で発現するように改変される。
かかる多能性幹細胞は、低免疫原性幹細胞である。かかる分化細胞は、低免疫原性細胞である。
本明細書に記載の多能性幹細胞のうちのいずれも、生物及び組織の任意の細胞に分化させることができる。いくつかの実施形態では、該細胞は、低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現、低減されたＭＨＣクラスＩ及び／またはＩＩヒト白血球抗原分子の発現、ならびに低減されたＴＣＲ複合体の発現を示す。いくつかの事例では、１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現は、同じ細胞種の未改変または野生型の細胞と比較して低減される。いくつかの事例では、ＭＨＣクラスＩ及び／またはＩＩヒト白血球抗原分子の発現は、同じ細胞種の未改変または野生型の細胞と比較して低減される。いくつかの事例では、ＴＣＲ複合体の発現は、同じ細胞種の未改変または野生型の細胞と比較して低減される。いくつかの実施形態では、該細胞は、増加したＣＤ４７の発現を示す。いくつかの事例では、ＣＤ４７の発現は、同じ細胞種の未改変または野生型の細胞と比較して、本開示によって包含される細胞において増加させられる。いくつかの実施形態では、該細胞は、外因性ＣＡＲの発現を示す。ＭＨＣクラスＩ及び／またはＩＩヒト白血球抗原分子ならびにＴＣＲ複合体のレベルを低減するとともに、ＣＤ４７及びＣＡＲの発現を増加させるための方法が、本明細書に記載される。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の方法において使用される細胞は、患者（例えば、レシピエント対象）に投与されたときに免疫認識及び応答を回避する。該細胞は、インビトロ及びインビボで免疫細胞による殺傷を回避することができる。いくつかの実施形態では、該細胞は、マクロファージ及びＮＫ細胞による殺傷を回避する。いくつかの実施形態では、該細胞は、免疫細胞または対象の免疫系によって無視される。換言すれば、本明細書に記載の方法に従って投与される細胞は、免疫系の免疫細胞によって検出可能でない。いくつかの実施形態では、該細胞は、覆い隠され、したがって免疫拒絶反応を避ける。
多能性幹細胞及びかかる多能性幹細胞から分化させた任意の細胞が免疫認識を回避するかどうかを決定する方法には、ＩＦＮ－γ Ｅｌｉｓｐｏｔアッセイ、ミクログリア殺傷アッセイ、細胞移植動物モデル、サイトカイン放出アッセイ、ＥＬＩＳＡ、生物発光イメージングまたはクロム放出アッセイまたは細胞解析のためのリアルタイム定量的マイクロエレクトロニクスバイオセンサーシステム（ｘＣＥＬＬｉｇｅｎｃｅ（登録商標）ＲＴＣＡ ｓｙｓｔｅｍ，Ａｇｉｌｅｎｔ）を使用した殺傷アッセイ、混合リンパ球反応、免疫蛍光解析等が含まれるが、これらに限定されない。
本明細書に概説される治療用細胞は、限定されないが、がん、遺伝子障害、慢性感染性疾患、自己免疫障害、神経学的障害等といった障害を処置するのに有用である。
１．低免疫原性多能性細胞から分化させたＴリンパ球
本明細書で提供される、Ｔリンパ球（初代Ｔ細胞を含めたＴ細胞）は、本明細書に記載のＨＩＰ細胞（例えば、低免疫原性ｉＰＳＣ）に由来する。多能性幹細胞（例えば、ｉＰＳＣ）からＣＡＲ－Ｔ細胞を含めたＴ細胞を生成するための方法は、例えば、Ｉｒｉｇｕｃｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ １２，４３０（２０２１）、Ｔｈｅｍｅｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ，１６（４）：３５７－３６６（２０１５）、Ｔｈｅｍｅｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ３１：９２８－９３３（２０１３）に記載される。
低免疫原性細胞に由来するＴリンパ球には、免疫認識を回避する初代Ｔ細胞が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、低免疫原性細胞は、初代Ｔ細胞等のＴ細胞から生産される（例えば、生成、培養、または派生させられる）。いくつかの事例では、初代Ｔ細胞は、対象または個体から入手される（例えば、採取、抽出、取り出し、または取得される）。いくつかの実施形態では、初代Ｔ細胞は、Ｔ細胞が１以上の対象（例えば、１以上の健常なヒトを含む１以上のヒト）からのものであるように、Ｔ細胞のプールから生産される。いくつかの実施形態では、初代Ｔ細胞のプールは、１～１００、１～５０、１～２０、１～１０、１以上、２以上、３以上、４以上、５以上、１０以上、２０以上、３０以上、４０以上、５０以上、または１００以上の対象からのものである。いくつかの実施形態では、ドナー対象は、患者（例えば、治療用細胞を投与されるレシピエント）とは異なる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞のプールは、患者からの細胞を含まない。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞のプールが入手されるドナー対象のうちの１以上は、患者とは異なる。
いくつかの実施形態では、低免疫原性細胞は、患者（例えば、投与時にレシピエント）において免疫応答を活性化しない。低免疫原性細胞の集団を、低免疫原性細胞の集団を必要とする対象（例えば、レシピエント）または患者に投与することによって障害を処置する方法が提供される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の低免疫原性細胞は、本明細書に記載のキメラ抗原受容体を含むがこれらに限定されないキメラ抗原受容体を発現するように操作された（例えば、改変される）Ｔ細胞を含む。いくつかの事例では、Ｔ細胞は、１以上の個体からの初代Ｔ細胞の集団または亜集団である。いくつかの実施形態では、操作または改変されたＴ細胞等の本明細書に記載のＴ細胞は、低減された内在性Ｔ細胞受容体の発現を含む。
いくつかの実施形態では、ＨＩＰ由来のＴ細胞は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）を含む。本明細書に記載のＣＡＲを含めて、任意の好適なＣＡＲが、ｈｙＨＩＰ由来のＴ細胞に含まれ得る。いくつかの実施形態では、低免疫原性人工多能性幹細胞由来のＴ細胞は、ＣＡＲをコードするポリヌクレオチドを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、ゲノム遺伝子座に挿入される。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、セーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、ＴＲＢ、ＰＤ－１、またはＣＴＬＡ－４遺伝子に挿入される。本明細書に記載の遺伝子編集法（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）を含めて、任意の好適な方法を使用して、ＣＡＲを低免疫原性細胞のゲノム遺伝子座内に挿入することができる。
本明細書で提供されるＨＩＰ由来Ｔ細胞は、神経系、胃腸管系、及び内分泌系、ならびに皮膚及び他の結合組織、眼、血液及び血管の疾患を含むがこれらに限定されない好適な自己免疫疾患／障害及び／または炎症性疾患／障害の処置に有用である。自己免疫疾患の例としては、橋本甲状腺炎、全身性エリテマトーデス、シェーグレン症候群、グレーブス病、強皮症、関節リウマチ、多発性硬化症、ＥＢＶ感染症に関連するＭＳ、重症筋無力症、及び糖尿病が挙げられるが、これらに限定されない。
２．低免疫原性多能性細胞に由来するＮＫ細胞
本明細書で提供される、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞は、本明細書に記載のＨＩＰ細胞（例えば、低免疫原性ｉＰＳＣ）に由来する。
ＮＫ細胞（「大顆粒リンパ球」とも定義される）は、リンパ球系共通前駆細胞（これはまたＢリンパ球及びＴリンパ球も生じさせる）から分化した細胞系列を表す。Ｔ細胞とは異なり、ＮＫ細胞は、原形質膜でＣＤ３を自然には含まない。重要な点として、ＮＫ細胞は、ＴＣＲを発現せず、典型的には、他の抗原特異的な細胞表面受容体（ならびにＴＣＲ及びＣＤ３、それらはまた免疫グロブリンＢ細胞受容体も発現せず、代わりに、典型的にはＣＤ１６及びＣＤ５６を発現する）もまた欠いている。ＮＫ細胞の細胞傷害性活性は、感作を必要しないが、ＩＬ－２を含めた様々なサイトカインによる活性化によって強化される。ＮＫ細胞は、一般に、抗原－受容体媒介性シグナル伝達に必要な適切または完全なシグナル伝達経路が欠如していると考えられ、故に、抗原受容体依存性シグナル伝達、活性化、及び増殖の能力があると考えられていない。ＮＫ細胞は細胞傷害性であり、それらの細胞傷害性活性を調節するために活性化及び阻害性受容体シグナル伝達の均衡を保つ。例えば、ＣＤ１６を発現しているＮＫ細胞は、感染細胞に結合した抗体のＦｃドメインに結合して、ＮＫ細胞の活性化をもたらし得る。対照的に、高レベルのＭＨＣクラスＩタンパク質／分子を発現している細胞に対しては活性が低減される。標的細胞に接触すると、ＮＫ細胞は、パーフォリン等のタンパク質、及びプロテアーゼ（グランザイム）等の酵素を放出する。パーフォリンは、標的細胞の細胞膜に孔を形成して、アポトーシスまたは細胞溶解を誘導することができる。
多能性幹細胞（例えば、ｉＰＳＣ）からＣＡＲ－ＮＫ細胞を含めたＮＫ細胞を生成するために使用され得るいくつかの技法が存在する。例えば、Ｚｈｕ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．２０１９；２０４８：１０７－１１９、Ｋｎｏｒｒ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ Ｔｒａｎｓｌ Ｍｅｄ．２０１３ ２（４）：２７４－８３．ｄｏｉ：１０．５９６６／ｓｃｔｍ．２０１２－００８４、Ｚｅｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｒｅｐｏｒｔｓ．２０１７ Ｄｅｃ １２；９（６）：１７９６－１８１２、Ｎｉ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．２０１３；１０２９：３３－４１、Ｂｅｒｎａｒｅｇｇｉ ｅｔ ａｌ．，Ｅｘｐ Ｈｅｍａｔｏｌ．２０１９ ７１：１３－２３、Ｓｈａｎｋａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｒｅｓ Ｔｈｅｒ．２０２０；１１（１）：２３４を参照されたく、同文献の全ては参照によりそれらの全体が、特に分化のための手法及び試薬に関して本明細書に援用される。分化は、一般にＣＤ５６、ＫＩＲ、ＣＤ１６、ＮＫｐ４４、ＮＫｐ４６、ＮＫＧ２Ｄ、ＴＲＡＩＬ、ＣＤ１２２、ＣＤ２７、ＣＤ２４４、ＮＫ１．１、ＮＫＧ２Ａ／Ｃ、ＮＣＲ１、Ｌｙ４９、ＣＤ４９ｂ、ＣＤ１１ｂ、ＫＬＲＧ１、ＣＤ４３、ＣＤ６２Ｌ、及び／またはＣＤ２２６を含むが、これらに限定されないＮＫ細胞関連及び／または特異的マーカーの存在を評価することによって、当該技術分野で既知であるようにアッセイすることができる。
３．心臓細胞
本明細書では、対象（例えば、レシピエント）へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）用に低免疫原性人工多能性（ＨＩＰ）細胞から分化させた心臓細胞種が提供される。当業者には理解されようが、分化のための方法は、既知の技法を使用して所望の細胞種に依存する。例となる心臓細胞種には、心筋細胞、結節心筋細胞、伝導心筋細胞（ｃｏｎｄｕｃｔｉｎｇ ｃａｒｄｉｏｍｙｏｃｙｔｅ）、稼働心筋細胞（ｗｏｒｋｉｎｇ ｃａｒｄｉｏｍｙｏｃｙｔｅ）、心筋細胞の前駆体細胞、心筋細胞の前駆細胞、心臓幹細胞、心筋細胞、心房心臓幹細胞、心室心臓幹細胞、心外膜細胞、造血細胞、血管内皮細胞、心内膜内皮細胞、心臓弁間質細胞、心臓ペースメーカー細胞等が含まれるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の心臓細胞は、小児期心筋症、加齢性心筋症、拡張型心筋症、肥大型心筋症、拘束型心筋症、慢性虚血性心筋症、周産期心筋症、炎症性心筋症、特発性心筋症、他の心筋症、心筋虚血再灌流傷害、心室機能不全、心不全、うっ血性心不全、冠動脈疾患、末期心臓疾患、アテローム性動脈硬化症、虚血、高血圧症、再狭窄、狭心症、リウマチ性心臓、動脈炎症、心血管疾患、心筋梗塞、心筋虚血、うっ血性心不全、心筋梗塞、心虚血、心外傷、心筋虚血、血管疾患、後天性心臓疾患、先天性心臓疾患、アテローム性動脈硬化症、冠動脈疾患、機能不全の伝導系、機能不全の冠動脈、肺高血圧症、心不整脈、筋ジストロフィー、筋肉量異常、筋肉変性、心筋炎、感染性心筋炎、薬物または毒素誘発性筋肉異常、過敏性心筋炎、及び自己免疫心内膜炎からなる群から選択される心臓障害を処置するために、レシピエント対象に投与される。
したがって、本明細書では、心外傷または心臓疾患もしくは障害の処置及び予防を必要とする対象における、心外傷または心臓疾患もしくは障害の処置及び予防のための方法が提供される。本明細書に記載の方法を使用して、いくつかの心臓疾患またはそれらの症状、例えば、心臓の構造及び／または機能への病理学的損傷をもたらすものを処置するか、改善させるか、予防するか、またはその進行を緩徐化することができる。「心臓疾患」、「心臓障害」、及び「心外傷」という用語は、本明細書で互換的に使用され、弁、内皮、梗塞領域、または心臓の他の構成要素もしくは構造を含めた心臓に関係する病態及び／または障害を指す。かかる心臓疾患または心臓関連疾患には、とりわけ、心筋梗塞、心不全、心筋症、先天性心臓欠陥、心臓弁疾患または機能不全、心内膜炎、リウマチ熱、僧帽弁逸脱症、感染性心内膜炎、肥大型心筋症、拡張型心筋症、心筋炎、心肥大、及び／または僧帽弁閉鎖不全症が含まれるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、心筋細胞前駆体には、成熟（最終段階）心筋細胞を含む子孫を生じさせることができる細胞が含まれる。心筋細胞の前駆体細胞は、多くの場合、ＧＡＴＡ－４、Ｎｋｘ２．５、及びＭＥＦ－２ファミリーの転写因子から選択される１つまたは複数のマーカーを使用して特定することができる。いくつかの事例では、心筋細胞は、以下のリストからの１つまたは複数のマーカー（ときには少なくとも２、３、４、または５つのマーカー）を発現する未成熟心筋細胞または成熟心筋細胞を指す：心臓トロポニンＩ（ｃＴｎｌ）、心臓トロポニンＴ（ｃＴｎＴ）、サルコメリックミオシン重鎖（ＭＨＣ）、ＧＡＴＡ－４、Ｎｋｘ２．５、Ｎ－カドヘリン、β２－アドレナリン受容体、ＡＮＦ、ＭＥＦ－２ファミリーの転写因子、クレアチンキナーゼＭＢ（ＣＫ－ＭＢ）、ミオグロビン、及び心房性ナトリウム利尿因子（ＡＮＦ）。いくつかの実施形態では、心臓細胞は、自発的な周期的収縮活動を示す。場合によっては、その心臓細胞が、適切なＣａ２＋濃度及び電解質の均衡を有する好適な組織培養環境で培養される場合、細胞は、培養培地にいずれの追加の構成成分も添加する必要なしに、細胞の一軸方向に周期的様態で収縮し、次いで収縮を解除することが観察され得る。いくつかの実施形態では、心臓細胞は、低免疫原性心臓細胞である。
いくつかの実施形態では、インビトロでの分化によって低免疫原性人工多能性幹細胞の集団から低免疫原性心臓細胞の集団を生産する方法は、（ａ）ＧＳＫ阻害剤を含む培養培地中で低免疫原性人工多能性幹細胞の集団を培養することと、（ｂ）ＷＮＴアンタゴニストを含む培養培地中で低免疫原性人工多能性幹細胞の集団を培養して、心臓前駆細胞（ｐｒｅ－ｃａｒｄｉａｃ ｃｅｌｌ）の集団を生産することと、（ｃ）インスリンを含む培養培地中で心臓前駆細胞の集団を培養して、低免疫心臓細胞の集団を生産することとを含む。いくつかの実施形態では、ＧＳＫ阻害剤は、ＣＨＩＲ－９９０２１、その誘導体、またはそのバリアントである。いくつかの事例では、ＧＳＫ阻害剤は、約２ｍＭ～約１０ｍＭの範囲の濃度である。いくつかの実施形態では、ＷＮＴアンタゴニストは、ＩＷＲ１、その誘導体、またはそのバリアントである。いくつかの事例では、ＷＮＴアンタゴニストは、約２ｍＭ～約１０ｍＭの範囲の濃度である。
いくつかの実施形態では、低免疫原性心臓細胞の集団は、非心臓細胞から単離される。いくつかの実施形態では、低免疫原性心臓細胞の単離された集団は、投与前に増殖させられる。ある特定の実施形態では、低免疫原性心臓細胞の単離された集団は、投与前に増殖させられ、凍結保存される。
人工多能性幹細胞または多能性幹細胞を心臓細胞に分化させるための他の有用な方法は、例えば、ＵＳ２０１７／０１５２４８５、ＵＳ２０１７／００５８２６３、ＵＳ２０１７／０００２３２５、ＵＳ２０１６／０３６２６６１、ＵＳ２０１６／００６８８１４、ＵＳ９，０６２，２８９、ＵＳ７，８９７，３８９、及びＵＳ７，４５２，７１８に記載される。人工多能性幹細胞または多能性幹細胞から心臓細胞を生産するための追加の方法は、例えば、Ｘｕ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ ａｎｄ Ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ，２００６，１５（５）：６３１－９、Ｂｕｒｒｉｄｇｅ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ，２０１２，１０：１６－２８、及びＣｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｒｅｓ，２０１５，ｌ５（２）：３６５－３７５に記載される。
種々の実施形態では、低免疫原性心臓細胞は、ＢＭＰ経路阻害剤、ＷＮＴシグナル伝達活性化剤、ＷＮＴシグナル伝達阻害剤、ＷＮＴアゴニスト、ＷＮＴアンタゴニスト、Ｓｒｃ阻害剤、ＥＧＦＲ阻害剤、ＰＣＫ活性化剤、サイトカイン、成長因子、心臓作用性剤（ｃａｒｄｉｏｔｒｏｐｉｃ ａｇｅｎｔ）、化合物等を含む培養培地中で培養され得る。
ＷＮＴシグナル伝達活性化剤には、ＣＨＩＲ９９０２１が含まれるが、これらに限定されない。ＰＣＫ活性化剤には、ＰＭＡが含まれるが、これらに限定されない。ＷＮＴシグナル伝達阻害剤には、ＫＹ０２１１１、ＳＯ３０３１（ＫＹ０１－Ｉ）、ＳＯ２０３１（ＫＹ０２－Ｉ）、及びＳＯ３０４２（ＫＹ０３－Ｉ）、及びＸＡＶ９３９から選択される化合物が含まれるが、これらに限定されない。Ｓｒｃ阻害剤には、Ａ４１９２５９が含まれるが、これらに限定されない。ＥＧＦＲ阻害剤には、ＡＧ１４７８が含まれるが、これらに限定されない。
ｉＰＳＣから心臓細胞を生成するための薬剤の非限定的な例としては、アクチビンＡ、ＢＭＰ４、Ｗｎｔ３ａ、ＶＥＧＦ、可溶性フリズルドタンパク質、シクロスポリンＡ、アンジオテンシンＩＩ、フェニルエフリン、アスコルビン酸、ジメチルスルホキシド、５－アザ－２’－デオキシシチジン等が挙げられる。
本明細書で提供される細胞は、低免疫原性多能性細胞の心臓細胞への分化を補助及び／または促進するための合成表面等の表面上で培養することができる。いくつかの実施形態では、表面は、選択される１つまたは複数のアクリレートモノマーのホモポリマーまたはコポリマーを含むがこれらに限定されない、ポリマー材料を含む。アクリレートモノマー及びメタクリレートモノマーの非限定的な例としては、テトラ（エチレングリコール）ジアクリレート、グリセロールジメタクリレート、１，４－ブタンジオールジメタクリレート、ポリ（エチレングリコール）ジアクリレート、ジ（エチレングリコール）ジメタクリレート、テトラ（エチレン（ｅｔｈｙｉｅｎｅ）グリコール）ジメタクリレート、１，６－ヘキサンジオールプロポキシレートジアクリレート、ネオペンチルグリコールジアクリレート、トリメチロールプロパンベンゾエートジアクリレート、トリメチロールプロパンエトキシレート（ｅｉｈｏｘｙｌａｔｅ）（１ＥＯ／ＱＨ）メチル、トリシクロ［５．２．１．０２，６］デカンジメタノールジアクリレート、ネオペンチルグリコールエトキシレートジアクリレート、及びトリメチロールプロパントリアクリレートが挙げられる。アクリレートは、当該技術分野で既知のように合成されるか、またはＰｏｌｙｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｉｎｃ．、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｉｎｃ．、及びＳａｒｔｏｍｅｒ，Ｉｎｃ．等の商業的供給業者から得られる。
ポリマー材料は、支持材料の表面上に分散させることができる。細胞を培養するのに好適である有用な支持材料には、セラミック物質、ガラス、プラスチック、ポリマーもしくはコポリマー、それらの任意の組み合わせ、または１つの材料の別の材料上へのコーティングが含まれる。いくつかの事例では、ガラスには、ソーダ石灰ガラス、パイレックスガラス、バイコールガラス、石英ガラス、ケイ素、またはこれらの誘導体もしくは同等物が含まれる。
いくつかの事例では、プラスチック、または樹枝状ポリマーを含めたポリマーには、ポリ（塩化ビニル）、ポリ（ビニルアルコール）、ポリ（メチルメタクリレート）、ポリ（酢酸ビニル－無水マレイン酸）、ポリ（ジメチルシロキサン）モノメタクリレート、環状オレフィンポリマー、フルオロカーボンポリマー、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリエチレンイミン、またはこれらの誘導体もしくは同等物が含まれる。いくつかの事例では、コポリマーには、ポリ（酢酸ビニル－ｃｏ－無水マレイン酸）、ポリ（スチレン－ｃｏ－無水マレイン酸）、ポリ（エチレン－ｃｏ－アクリル酸）、またはこれらの誘導体もしくは同等物が含まれる。
本明細書に記載されるように調製された心臓細胞の有効性は、処置なしでは左室壁組織の５５％が瘢痕組織となることにつながる心臓凍結損傷の動物モデルにおいて評定することができる（Ｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｔｈｏｒａｃ．Ｓｕｒｇ．６２：６５４，１９９６、Ｓａｋａｉ ｅｔ ａｌ．，Ａｎｎ．Ｔｈｏｒａｃ．Ｓｕｒｇ．８：２０７４，１９９９、Ｓａｋａｉ ｅｔ ａｌ．，Ｔｈｏｒａｃ．Ｃａｒｄｉｏｖａｓｃ．Ｓｕｒｇ．１１８：７１５，１９９９）。処置の成功は、瘢痕の面積を低減し、瘢痕の拡大を制限し、収縮期圧、拡張期圧、及び最大圧によって決定されるような心臓機能を改善し得る。心外傷はまた、左前下行枝の遠位部において塞栓コイルを使用してモデル化することもでき（Ｗａｔａｎａｂｅ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔ．７：２３９，１９９８）、処置の有効性を組織学的検査及び心機能によって評価することができる。
いくつかの実施形態では、投与は、対象の心臓組織内への埋め込み、静脈内注射、動脈内注射、冠動脈内注射、筋肉内注射、腹腔内注射、心筋内注射、経心内膜注射、経心外膜注射、または輸注を含む。
いくつかの実施形態では、操作された心臓細胞を投与される患者はまた、心臓薬も投与される。併用療法において使用するのに好適である心臓薬の例示的な例としては、成長因子、成長因子をコードするポリヌクレオチド、血管新生剤、カルシウムチャネル遮断薬、血圧降下剤、有糸分裂阻害剤、変力作用剤、アテローム生成抑制剤、抗凝血薬、ベータ遮断薬、抗不整脈剤、抗炎症剤、血管拡張剤、血栓溶解剤、強心配糖体、抗生物質、抗ウイルス剤、抗真菌剤、原虫を阻害する薬剤、硝酸塩、アンジオテンシン転換酵素（ＡＣＥ）阻害剤、アンジオテンシンＩＩ受容体アンタゴニスト、脳性ナトリウム利尿ペプチド（ＢＮＰ）、抗悪性腫瘍剤、ステロイド等が挙げられるが、これらに限定されない。
本明細書で提供される方法による療法の効果は、様々な方式で監視され得る。例えば、心電図（ＥＣＧ）またはホルターモニター（ｈｏｌｉｅｒ ｍｏｎｉｔｏｒ）を利用して、処置の有効性を決定することができる。ＥＣＧは、心臓のリズム及び電気インパルスの尺度であり、療法が対象の心臓における電気伝導を改善もしくは維持、予防、またはその性能低下を緩徐化したかどうかを決定するために非常に有効で非侵襲的な方法である。心臓異常、不整脈障害等を監視するために長時間にわたって装着され得る携帯型ＥＣＧであるホルターモニターの使用もまた、療法の有効性を評定するための信頼のおける方法である。ＥＣＧまたは核研究を使用して、心室機能の改善を決定することができる。
４．神経細胞
本明細書では、レシピエント対象へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）に有用である、低免疫原性人工多能性幹（ＨＩＰ）細胞から分化させた異なる神経細胞種が提供される。当業者には理解されようが、分化のための方法は、既知の技法を使用して所望の細胞種に依存する。例となる神経細胞種には、脳内皮細胞、ニューロン（例えば、ドーパミン作動性ニューロン）、グリア細胞等が含まれるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、人工多能性幹細胞の分化は、目的とする特定の所望の系列及び／または細胞種にそれらの分化を標的指向化するように、特定の細胞系列（複数可）を生み出すことが知られている特定の因子に細胞を曝露または接触させることによって実施される。いくつかの実施形態では、最終分化した細胞は、特化した表現型の特性または特徴を示す。ある特定の実施形態では、本明細書に記載の幹細胞は、神経外胚葉性、ニューロン、神経内分泌、ドーパミン作動性、コリン作動性、セロトニン作動性（５－ＨＴ）、グルタミン酸作動性、ＧＡＢＡ作動性、アドレナリン作動性、ノルアドレナリン作動性、交感神経ニューロン、副交感神経ニューロン、交感神経末梢ニューロン、またはグリア細胞集団に分化させられる。いくつかの事例では、グリア細胞集団には、ミクログリア（例えば、アメボイド型、ラミファイド型、活性化した食作用性、及び活性化した非食作用性）細胞集団、もしくはマクログリア（中枢神経系細胞：星状細胞、乏突起膠細胞、上衣細胞、及び放射状グリア；ならびに末梢神経系細胞：シュワン細胞及び衛星細胞）細胞集団、または前述の細胞のうちのいずれかの前駆体及び前駆細胞が含まれる。
異なる種類の神経細胞を生成するためのプロトコルは、ＰＣＴ出願第ＷＯ２０１０１４４６９６号、米国特許第９，０５７，０５３号、同第９，３７６，６６４号、及び同第１０，２３３，４２２号に記載される。低免疫原性多能性細胞を分化させるための方法の追加の説明は、例えば、Ｄｅｕｓｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，２０１９，３７，２５２－２５８及びＨａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，２０１９，１１６（２１），１０４４１－１０４４６に見出すことができる。神経学的障害または神経学的病態の動物モデルにおける神経細胞移植の効果を決定するための方法は、以下の参考文献に記載される：脊髄損傷については、Ｃｕｒｔｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ，２０１８，２２，９４１－９５０、パーキンソン病については、Ｋｉｋｕｃｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０１７，５４８：５９２－５９６、ＡＬＳについては、Ｉｚｒａｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２０１８，９（１）：１５２及びＩｚｒａｅｌ ｅｔ ａｌ．，ＩｎｔｅｃｈＯｐｅｎ，ＤＯＩ：１０．５７７２／ｉｎｔｅｃｈｏｐｅｎ．７２８６２、癲癇については、Ｕｐａｄｈｙａ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ，２０１９，１１６（１）：２８７－２９６。
５．脳内皮細胞
いくつかの実施形態では、神経細胞は、パーキンソン病、ハンチントン病、多発性硬化症、他の神経変性疾患または病態、注意欠陥多動性障害（ＡＤＨＤ）、トゥレット症候群（ＴＳ）、統合失調症、精神病、うつ病、他の神経精神性障害を処置するために対象に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の神経細胞は、脳卒中を処置または改善するために対象に投与される。いくつかの実施形態では、ニューロン及びグリア細胞が、筋萎縮性側索硬化症（ＡＬＳ）を有する対象に投与される。いくつかの実施形態では、脳内皮細胞が、脳出血の症状または影響を緩和するために投与される。いくつかの実施形態では、ドーパミン作動性ニューロンが、パーキンソン病を有する患者に投与される。いくつかの実施形態では、ノルアドレナリン作動性ニューロン、ＧＡＢＡ作動性介在ニューロンが、癲癇発作を経験した患者に投与される。いくつかの実施形態では、運動ニューロン、介在ニューロン、シュワン細胞、乏突起膠細胞、及びミクログリアが、脊髄損傷を経験した患者に投与される。
いくつかの実施形態では、脳内皮細胞（ＥＣ）、その前駆体、及び前駆細胞は、脳ＥＣまたは神経細胞の生成を促進する１つまたは複数の因子を含む培地中で細胞を培養することによって、表面上で多能性幹細胞（例えば、人工多能性幹細胞）から分化させられる。いくつかの事例では、培地は、以下のうちの１つまたは複数を含む：ＣＨＩＲ－９９０２１、ＶＥＧＦ、塩基性ＦＧＦ（ｂＦＧＦ）、及びＹ－２７６３２。いくつかの実施形態では、培地は、神経細胞の生存及び機能性を促進するように設計されたサプリメントを含む。
いくつかの実施形態では、脳内皮細胞（ＥＣ）、その前駆体、及び前駆細胞は、非馴化または馴化培地中で細胞を培養することによって、表面上で多能性幹細胞から分化させられる。いくつかの事例では、培地は、分化を促進または容易にする因子または低分子を含む。いくつかの実施形態では、培地は、ＶＥＧＲ、ＦＧＦ、ＳＤＦ－１、ＣＨＩＲ－９９０２１、Ｙ－２７６３２、ＳＢ４３１５４２、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の因子または低分子を含む。いくつかの実施形態では、分化用の表面は、１つまたは複数の細胞外マトリックスタンパク質を含む。表面を１つまたは複数の細胞外マトリックスタンパク質でコーティングすることができる。細胞は、懸濁液中で分化させ、次いで細胞生存を容易にするためにマトリゲル、ゼラチン、またはフィブリン／トロンビン形態等のゲルマトリックス形態に入れることができる。場合によっては、分化が、一般に細胞特異的マーカーの存在を評価することによって、当該技術分野で既知であるようにアッセイされる。
いくつかの実施形態では、脳内皮細胞は、ＣＤ３１、ＶＥカドヘリン、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される因子を発現または分泌する。ある特定の実施形態では、脳内皮細胞は、ＣＤ３１、ＣＤ３４、ＣＤ４５、ＣＤ１１７（ｃ－ｋｉｔ）、ＣＤ１４６、ＣＸＣＲ４、ＶＥＧＦ、ＳＤＦ－１、ＰＤＧＦ、ＧＬＵＴ－１、ＰＥＣＡＭ－１、ｅＮＯＳ、クローディン－５、オクルディン、ＺＯ－１、ｐ－糖タンパク質、フォン・ヴィレブランド因子、ＶＥ－カドヘリン、低密度リポタンパク質受容体ＬＤＬＲ、低密度リポタンパク質受容体関連タンパク質１ ＬＲＰ１、インスリン受容体ＩＮＳＲ、レプチン受容体ＬＥＰＲ、基底細胞接着分子ＢＣＡＭ、トランスフェリン受容体ＴＦＲＣ、終末糖化産物特異的受容体ＡＧＥＲ、レチノール取り込み受容体ＳＴＲＡ６、大型中性アミノ酸輸送体小サブユニット１ ＳＬＣ７Ａ５、興奮性アミノ酸輸送体３ ＳＬＣ１Ａ１、ナトリウム共役中性アミノ酸輸送体５ ＳＬＣ３８Ａ５、溶質キャリアファミリー１６メンバー１ ＳＬＣ１６Ａ１、ＡＴＰ依存性トランスロカーゼＡＢＣＢ１、ＡＴＰ－ＡＢＣＣ２結合カセット輸送体ＡＢＣＧ２、多剤耐性関連タンパク質１ ＡＢＣＣ１、小管多重特異性有機アニオン輸送体１ ＡＢＣＣ２、多剤耐性関連タンパク質４ ＡＢＣＣ４、及び多剤耐性関連タンパク質５ ＡＢＣＣ５からなる群から選択される因子のうちの１つまたは複数を発現または分泌する。
いくつかの実施形態では、脳ＥＣは、タイトジャンクションの高発現、高い電気抵抗、低窓性、小さな血管周囲腔、インスリン及びトランスフェリン受容体の高い分布率、ならびに多数のミトコンドリアからなる群から選択される特徴のうちの１つまたは複数を特徴とする。
いくつかの実施形態では、脳ＥＣは、正の選択戦略を使用して選択または精製される。いくつかの事例では、脳ＥＣは、限定されないがＣＤ３１等の内皮細胞マーカーに照らし合わせて選別される。換言すれば、ＣＤ３１陽性脳ＥＣが単離される。いくつかの実施形態では、脳ＥＣは、負の選択戦略を使用して選択または精製される。いくつかの実施形態では、ＴＲＡ－１－６０及びＳＳＥＡ－１を含むがこれらに限定されない多能性マーカーを発現する細胞について選択することによって、未分化または多能性幹細胞が除去される。
６．ドーパミン作動性ニューロン
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の低免疫原性人工多能性幹（ＨＩＰ）細胞は、ニューロン幹細胞、ニューロン前駆細胞、未成熟ドーパミン作動性ニューロン、及び成熟ドーパミン作動性ニューロンを含めたドーパミン作動性ニューロンに分化させられる。
場合によっては、「ドーパミン作動性ニューロン」という用語は、ドーパミン合成のための律速酵素であるチロシンヒドロキシラーゼ（ＴＨ）を発現するニューロン細胞を含む。いくつかの実施形態では、ドーパミン作動性ニューロンは、神経伝達物質ドーパミンを分泌し、ドーパミンヒドロキシラーゼをほとんどまたはまったく発現しない。ドーパミン作動性（ＤＡ）ニューロンは、以下のマーカーのうちの１つまたは複数を発現することができる：ニューロン特異的エノラーゼ（ＮＳＥ）、１－芳香族アミノ酸脱炭酸酵素、小胞モノアミン輸送体２、ドーパミン輸送体、Ｎｕｒｒ－ｌ、及びドーパミン－２受容体（Ｄ２受容体）。ある特定の実例では、「神経幹細胞」という用語は、神経細胞経路に沿って部分的に分化させられており、例えば、ネスチンを含めた１つまたは複数の神経マーカーを発現する、多能性細胞の集団を含む。神経幹細胞は、ニューロンまたはグリア細胞（例えば、星状細胞及び乏突起膠細胞）に分化させられてもよい。「神経前駆細胞」という用語は、ＦＯＸＡ２及び低レベルのｂ－チューブリンを発現するが、チロシンヒドロキシラーゼは発現しない培養細胞を含む。かかる神経前駆細胞は、本明細書に記載の因子等の適切な因子の培養時に、様々なニューロンサブタイプ、特に様々なドーパミン作動性ニューロンサブタイプに分化する能力を有する。
いくつかの実施形態では、低免疫原性人工多能性幹（ＨＩＰ）細胞に由来するＤＡニューロンは、神経変性疾患または病態を処置するために患者、例えば、ヒト患者に投与される。場合によっては、神経変性疾患または病態は、パーキンソン病、ハンチントン病、及び多発性硬化症からなる群から選択される。他の実施形態では、ＤＡニューロンは、注意欠陥多動性障害（ＡＤＨＤ）、トゥレット症候群（ＴＳ）、統合失調症、精神病、及びうつ病等の神経精神性障害の１つまたは複数の症状を処置または改善するために使用される。なおも他の実施形態では、ＤＡニューロンは、障害のあるＤＡニューロンを有する患者を処置するために使用される。
いくつかの実施形態では、ＤＡニューロン、その前駆体、及び前駆細胞は、１つまたは複数の因子または添加剤を含む培地中で幹細胞を培養することによって多能性幹細胞から分化させられる。ＤＡニューロンの分化、成長、増殖、維持、及び／または成熟を促進する有用な因子及び添加剤には、Ｗｎｔｌ、ＦＧＦ２、ＦＧＦ８、ＦＧＦ８ａ、ソニックヘッジホッグ（ＳＨＨ）、脳由来神経栄養因子（ＢＤＮＦ）、トランスフォーミング増殖因子（ＴＧＦ－ａ）、ＴＧＦ－ｂ、インターロイキン１ベータ、グリア細胞株由来神経栄養因子（ＧＤＮＦ）、ＧＳＫ－３阻害剤（例えば、ＣＨＩＲ－９９０２１）、ＴＧＦ－ｂ阻害剤（例えば、ＳＢ－４３１５４２）、Ｂ－２７サプリメント、ドルソモルフィン、プルモルファミン、ノギン、レチノイン酸、ｃＡＭＰ、アスコルビン酸、ニュールツリン、ノックアウト血清置換、Ｎ－アセチルシステイン、ｃ－ｋｉｔリガンド、それらの改変形態、それらの模倣体、それらの類似体、及びそれらのバリアントが含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、ＤＡニューロンは、ＷＮＴ経路、ＮＯＴＣＨ経路、ＳＨＨ経路、ＢＭＰ経路、ＦＧＦ経路等を活性化または阻害する１つまたは複数の因子の存在下で分化させられる。分化プロトコル及びその詳細な説明は、例えば、ＵＳ９，９６８，６３７、ＵＳ７，６７４，６２０、Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２００２，４１８，５０－５６、Ｂｊｏｒｋｌｕｎｄ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ，２００２，９９（４），２３４４－２３４９、Ｇｒｏｗ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ Ｔｒａｎｓｌ Ｍｅｄ．２０１６，５（９）：１１３３－４４、ならびにＣｈｏ ｅｔ ａｌ，ＰＮＡＳ，２００８，１０５：３３９２－３３９７に提供され、実施例、方法、図、及び結果の詳細な説明を含めたそれらの全体的な開示は、参照により本明細書に援用される。
いくつかの実施形態では、低免疫原性ドーパミン作動性ニューロンの集団は、非ニューロン細胞から単離される。いくつかの実施形態では、低免疫原性ドーパミン作動性ニューロンの単離された集団は、投与前に増殖させられる。ある特定の実施形態では、低免疫原性ドーパミン作動性ニューロンの単離された集団は、投与前に増殖させられ、凍結保存される。
ＤＡの分化を特性評価及び監視するとともに、ＤＡの表現型を評定するために、任意の数の分子マーカー及び遺伝子マーカーの発現を評価することができる。例えば、遺伝子マーカーの存在は、当業者に既知の種々の方法によって決定することができる。分子マーカーの発現は、限定されないが、ｑＰＣＲベースのアッセイ、イムノアッセイ、免疫細胞化学アッセイ、免疫ブロットアッセイ等といった定量法によって決定することができる。ＤＡニューロンに対する例となるマーカーには、ＴＨ、ｂ－チューブリン、ペアードボックスタンパク質（Ｐａｘ６）、インスリン遺伝子エンハンサータンパク質（Ｉｓｌ１）、ネスチン、ジアミノベンジジン（ＤＡＢ）、Ｇタンパク質活性化内向き整流カリウムチャネル２（ＧＩＲＫ２）、微小管関連タンパク質２（ＭＡＰ－２）、ＮＵＲＲ１、ドーパミン輸送体（ＤＡＴ）、フォークヘッドボックスタンパク質Ａ２（ＦＯＸＡ２）、ＦＯＸ３、ダブルコルチン、及びＬＩＭホメオボックス転写因子ｌ－ベータ（ＬＭＸ１Ｂ）等が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、ＤＡニューロンは、コリン、ＦＯＸＡ２、ＴｕＪ１、ＮＵＲＲ１、及びそれらの任意の組み合わせから選択されるマーカーのうちの１つまたは複数を発現する。
いくつかの実施形態では、ＤＡニューロンは、細胞の電気生理学的活性に従って評定される。細胞の電気生理学は、当業者に既知のアッセイを使用することによって評価することができる。例えば、全細胞及び穿孔パッチクランプ法、細胞の電気生理学的活性を検出するためのアッセイ、細胞の活動電位の規模及び持続期間を測定するためのアッセイ、ならびにＤＡ細胞のドーパミン産生を検出するための機能アッセイ。
いくつかの実施形態では、ＤＡニューロンの分化は、自発性律動的活動電位、及び脱分極電流の注入時のスパイク周波数適応を伴う高周波活動電位を特徴とする。他の実施形態では、ＤＡの分化は、ドーパミンの産生を特徴とする。産生されるドーパミンのレベルは、それが最大振幅の半分に達した時点での活動電位の幅（スパイク半値幅）を測定することによって算出される。
いくつかの実施形態では、分化したＤＡニューロンは、患者において静脈内にまたは特定の部位での注射によってのいずれかで移植される。いくつかの実施形態では、分化したＤＡ細胞は、パーキンソン病をもたらした変性を有するＤＡニューロンを置換するために、脳の黒質（特に緻密部内にまたはそれに隣接して）、腹側被蓋野（ＶＴＡ）、尾状核、被殻、側坐核、視床下核、またはそれらの任意の組み合わせに移植される。分化したＤＡ細胞は、細胞懸濁液として標的領域に注射することができる。代替として、分化したＤＡ細胞は、支持マトリックスまたは足場に（かかる送達デバイス内に収容された場合）埋め込むことができる。いくつかの実施形態では、足場は、生分解性である。他の実施形態では、足場は、生分解性ではない。足場は、天然または合成（人工）材料を含み得る。
ＤＡニューロンの送達は、限定されないがリポソーム、微粒子、またはマイクロカプセル等の好適なビヒクルを使用することによって達成することができる。他の実施形態では、分化したＤＡニューロンは、等張性賦形剤を含む薬学的組成物中で投与される。薬学的組成物は、ヒト投与のために十分に滅菌された条件下で調製される。いくつかの実施形態では、ＨＩＰ細胞から分化させたＤＡニューロンは、薬学的組成物の形態で供給される。細胞組成物の治療用製剤の一般原則は、Ｃｅｌｌ Ｔｈｅｒａｐｙ：Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ，Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ，ａｎｄ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ，Ｇ．Ｍｏｒｓｔｙｎ ＆ Ｗ．Ｓｈｅｒｉｄａｎ ｅｄｓ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，１９９６、及びＨｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｔｈｅｒａｐｙ，Ｅ．Ｂａｌｌ，Ｊ．Ｌｉｓｔｅｒ ＆ Ｐ．Ｌａｗ，Ｃｈｕｒｃｈｉｌｌ Ｌｉｖｉｎｇｓｔｏｎｅ，２０００に見出され、これらの開示は参照により本明細書に援用される。
幹細胞に由来するニューロン有用な説明及びその作製方法は、例えば、Ｋｉｒｋｅｂｙ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｒｅｐ，２０１２，１：７０３－７１４、Ｋｒｉｋｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０１１，４８０：５４７－５５１、Ｗａｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｒｅｐｏｒｔｓ，２０１８，１１（１）：１７１－１８２、Ｌｏｒｅｎｚ Ｓｔｕｄｅｒ，“Ｃｈａｐｔｅｒ ８－Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ ｆｏｒ Ｂｒｉｎｇｉｎｇ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ－Ｄｅｒｉｖｅｄ Ｄｏｐａｍｉｎｅ Ｎｅｕｒｏｎｓ ｔｏ ｔｈｅ ｃｌｉｎｉｃ－Ｔｈｅ ＮＹＳＴＥＭ Ｔｒｉａｌ”ｉｎ Ｐｒｏｇｒｅｓｓ ｉｎ Ｂｒａｉｎ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２０１７，ｖｏｌｕｍｅ ２３０，ｐｇ．１９１－２１２、Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｐｒｏｔｏｃ，２０１３，８：１６７０－１６７９、Ｕｐａｄｈｙａ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ Ｐｒｏｔｏｃ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｂｉｏｌ，３８，２Ｄ．７．１－２Ｄ．７．４７、米国公開出願第２０１６０１１５４４８号、ならびにＵＳ８，２５２，５８６、ＵＳ８，２７３，５７０、ＵＳ９，４８７，７５２、及びＵＳ１０，０９３，８９７に見出すことができ、これらの内容は、参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。
ＤＡニューロンに加えて、他のニューロン細胞、その前駆体、及び前駆細胞が、１つまたは複数の因子または添加剤を含む培地中で細胞を培養することによって、本明細書に概説されるＨＩＰ細胞から分化させられ得る。因子及び添加剤の非限定的な例としては、ＧＤＮＦ、ＢＤＮＦ、ＧＭ－ＣＳＦ、Ｂ２７、塩基性ＦＧＦ、塩基性ＥＧＦ、ＮＧＦ、ＣＮＴＦ、ＳＭＡＤ阻害剤、Ｗｎｔアンタゴニスト、ＳＨＨシグナル伝達活性化剤、及びそれらの任意の組み合わせが挙げられる。いくつかの実施形態では、ＳＭＡＤ阻害剤は、ＳＢ４３１５４２、ＬＤＮ－１９３１８９、ノギンＰＤ１６９３１６、ＳＢ２０３５８０、ＬＹ３６４９４７、Ａ７７－０１、Ａ－８３－０１、ＢＭＰ４、ＧＷ７８８３８８、ＧＷ６６０４、ＳＢ－５０５１２４、レルデリムマブ、メテリムマブ、ＧＣ－Ｉ００８、ＡＰ－１２００９、ＡＰ－１１０Ｉ４、ＬＹ５５０４１０、ＬＹ５８０２７６、ＬＹ３６４９４７、ＬＹ２１０９７６１、ＳＢ－５０５１２４、Ｅ－６１６４５２（ＲｅｐＳｏｘ ＡＬＫ阻害剤）、ＳＤ－２０８、ＳＭＩ６、ＮＰＣ－３０３４５、Ｋ２６８９４、ＳＢ－２０３５８０、ＳＤ－０９３、アクチビン－Ｍ１０８Ａ、Ｐ１４４、可溶性ＴＢＲ２－Ｆｃ、ＤＭＨ－１、ドルソモルフィン二塩酸塩、及びそれらの誘導体からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、Ｗｎｔアンタゴニストは、ＸＡＶ９３９、ＤＫＫ１、ＤＫＫ－２、ＤＫＫ－３、ＤＫＫ－４、ＳＦＲＰ－１、ＳＦＲＰ－２、ＳＦＲＰ－３、ＳＦＲＰ－４、ＳＦＲＰ－５、ＷＩＦ－１、Ｓｏｇｇｙ、ＩＷＰ－２、ＩＷＲ１、ＩＣＧ－００１、ＫＹ０２１１、Ｗｎｔ－０５９、ＬＧＫ９７４、ＩＷＰ－Ｌ６、及びその誘導体からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＳＨＨシグナル伝達活性化因子は、平滑化アゴニスト（ＳＡＧ）、ＳＡＧ類似体、ＳＨＨ、Ｃ２５－ＳＨＨ、Ｃ２４－ＳＨＨ、プルモルファミン、Ｈｇ－Ａｇ、及び／またはそれらの誘導体からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、ニューロンは、グルタミン酸イオンチャネル型受容体ＮＭＤＡ型サブユニット１ ＧＲＩＮ１、グルタミン酸脱炭酸酵素１ ＧＡＤ１、ガンマ－アミノ酪酸ＧＡＢＡ、チロシンヒドロキシラーゼＴＨ、ＬＩＭホメオボックス転写因子１－アルファＬＭＸ１Ａ、フォークヘッドボックスタンパク質Ｏ１ ＦＯＸＯ１、フォークヘッドボックスタンパク質Ａ２ ＦＯＸＡ２、フォークヘッドボックスタンパク質Ｏ４ ＦＯＸＯ４、ＦＯＸＧ１、２’，３’－環状－ヌクレオチド３’－ホスホジエステラーゼＣＮＰ、ミエリン塩基性タンパク質ＭＢＰ、チューブリンベータ鎖３ ＴＵＢ３、チューブリンベータ鎖３ ＮＥＵＮ、溶質キャリアファミリー１メンバー６ ＳＬＣ１Ａ６、ＳＳＴ、ＰＶ、カルビンジン、ＲＡＸ、ＬＨＸ６、ＬＨＸ８、ＤＬＸ１、ＤＬＸ２、ＤＬＸ５、ＤＬＸ６、ＳＯＸ６、ＭＡＦＢ、ＮＰＡＳ１、ＡＳＣＬ１、ＳＩＸ６、ＯＬＩＧ２、ＮＫＸ２．１、ＮＫＸ２．２、ＮＫＸ６．２、ＶＧＬＵＴ１、ＭＡＰ２、ＣＴＩＰ２、ＳＡＴＢ２、ＴＢＲ１、ＤＬＸ２、ＡＳＣＬ１、ＣｈＡＴ、ＮＧＦＩ－Ｂ、ｃ－ｆｏｓ、ＣＲＦ、ＲＡＸ、ＰＯＭＣ、ヒポクレチン、ＮＡＤＰＨ、ＮＧＦ、Ａｃｈ、ＶＡＣｈＴ、ＰＡＸ６、ＥＭＸ２ｐ７５、ＣＯＲＩＮ、ＴＵＪ１、ＮＵＲＲ１、及び／またはそれらの任意の組み合わせからなる群から選択されるマーカーのうちの１つまたは複数を発現する。
７．グリア細胞
いくつかの実施形態では、記載される神経細胞には、限定されないが、多能性幹細胞を治療上有効なグリア細胞等に分化させることによって生産されるミクログリア、星状細胞、乏突起膠細胞、上衣細胞、及びシュワン細胞、そのグリア前駆体、及びグリア前駆細胞等のグリア細胞が含まれる。低免疫原性多能性幹細胞の分化は、低免疫原性グリア細胞等の低免疫原性神経細胞を生産する。
いくつかの実施形態では、グリア細胞、その前駆体、及び前駆細胞は、レチノイン酸、ＩＬ－３４、Ｍ－ＣＳＦ、ＦＬＴ３リガンド、ＧＭ－ＣＳＦ、ＣＣＬ２、ＴＧＦベータ阻害剤、ＢＭＰシグナル伝達阻害剤、ＳＨＨシグナル伝達活性化因子、ＦＧＦ、血小板由来増殖因子ＰＤＧＦ、ＰＤＧＦＲ－アルファ、ＨＧＦ、ＩＧＦ１、ノギン、ＳＨＨ、ドルソモルフィン、ノギン、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される１つまたは複数の作用物質を含む培地中で多能性幹細胞を培養することによって生成される。ある特定の事例では、ＢＭＰシグナル伝達阻害剤は、ＬＤＮ１９３１８９、ＳＢ４３１５４２、またはそれらの組み合わせである。いくつかの実施形態では、グリア細胞は、ＮＫＸ２．２、ＰＡＸ６、ＳＯＸ１０、脳由来神経栄養因子ＢＤＮＦ、ニューロトロフィン（ｎｅｕｔｒｏｔｒｏｐｈｉｎ）－３ ＮＴ－３、ＮＴ－４、ＥＧＦ、毛様体神経栄養因子ＣＮＴＦ、神経増殖因子ＮＧＦ、ＦＧＦ８、ＥＧＦＲ、ＯＬＩＧ１、ＯＬＩＧ２、ミエリン塩基性タンパク質ＭＢＰ、ＧＡＰ－４３、ＬＮＧＦＲ、ネスチン、ＧＦＡＰ、ＣＤ１１ｂ、ＣＤ１１ｃ、ＣＸ３ＣＲ１、Ｐ２ＲＹ１２、ＩＢＡ－１、ＴＭＥＭ１１９、ＣＤ４５、及びそれらの任意の組み合わせを発現する。例となる分化培地は、当業者によって認識されるような、グリア細胞種の生成を容易または可能にし得る任意の特定の因子及び／または低分子を含むことができる。
インビトロ分化プロトコルに従って生成された細胞がグリア細胞の性質及び特徴を示すかどうかを決定するために、細胞を動物モデルに移植することができる。いくつかの実施形態では、グリア細胞は、免疫無防備状態のマウス、例えば、免疫無防備状態のシバラーマウスに注射される。グリア細胞は、マウスの脳に投与され、予め選択された一定時間後に、移植された細胞が評価される。いくつかの事例では、脳内の移植された細胞は、免疫染色及びイメージング法を使用することによって可視化される。いくつかの実施形態では、グリア細胞が既知のグリア細胞バイオマーカーを発現することが決定される。
幹細胞からグリア細胞、その前駆体、及び前駆細胞を生成するための有用な方法は、例えば、ＵＳ７，５７９，１８８、ＵＳ７，５９５，１９４、ＵＳ８，２６３，４０２、ＵＳ８，２０６，６９９、ＵＳ８，２５２，５８６、ＵＳ９，１９３，９５１、ＵＳ９，８６２，９２５、ＵＳ８，２２７，２４７、ＵＳ９，７０９，５５３、ＵＳ２０１８／０１８７１４８、ＵＳ２０１７／０１９８２５５、ＵＳ２０１７／０１８３６２７、ＵＳ２０１７／０１８２０９７、ＵＳ２０１７／２５３８５６、ＵＳ２０１８／０２３６００４、ＷＯ２０１７／１７２９７６、及びＷＯ２０１８／０９３６８１に見出される。多能性幹細胞を分化させるための方法は、例えば、Ｋｉｋｕｃｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０１７，５４８，５９２－５９６、Ｋｒｉｋｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２０１１，５４７－５５１、Ｄｏｉ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｒｅｐｏｒｔｓ，２０１４，２，３３７－５０、Ｐｅｒｒｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，２００４，１０１，１２５４３－１２５４８、Ｃｈａｍｂｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２００９，２７，２７５－２８０、及びＫｉｒｋｅｂｙ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｒｅｐｏｒｔｓ，２０１２，１，７０３－７１４に記載される。
脊髄損傷に対する神経細胞移植の有効性は、例えば、ＭｃＤｏｎａｌｄ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｍｅｄ．，１９９９，５：１４１０及びＫｉｍ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ，２００２，４１８：５０によって記載されるような、急性脊髄損傷のラットモデルにおいて評定することができる。例えば、移植の成功は、２～５週間後の病変における移植由来の細胞の存在、星状細胞、乏突起膠細胞、及び／またはニューロンへの分化、病変端部から脊髄に沿った移動、ならびに歩行、協調、及び体重負荷の改善を示し得る。具体的な動物モデルは、神経細胞種及び処置される神経学的疾患または神経学的病態に基づいて選択される。
神経細胞は、それらが意図される組織部位に生着し、機能的に不全の領域を再構成または再生することを可能にする様態で投与することができる。例えば、神経細胞は、処置されている疾患に応じて、中枢神経系の実質部位または髄腔内部位に直接移植することができる。いくつかの実施形態では、脳内皮細胞、ニューロン、ドーパミン作動性ニューロン、上衣細胞、星状細胞、ミクログリア細胞、乏突起膠細胞、及びシュワン細胞を含めた、本明細書に記載の神経細胞のうちのいずれも、静脈内、脊髄内、脳室内、髄腔内、動脈内、筋肉内、腹腔内、皮下、筋肉内、腹部内、眼内、眼球後、及びそれらの組み合わせを介して患者に注射される。いくつかの実施形態では、該細胞は、ボーラス注射または持続注入の形態で注射または移植（ｄｅｐｏｓｉｔｅｄ）される。ある特定の実施形態では、神経細胞は、脳内に、脳に適切（ａｐｐｏｓｉｔｅ）に、及びそれらの組み合わせへの注射によって投与される。注射は、例えば、対象の頭蓋に作製された穿頭孔を通して行うことができる。脳への神経細胞の投与に好適な部位には、脳室、側脳室、大槽、被殻、基底核、海馬皮質、線条体、脳の尾状領域、及びそれらの組み合わせが含まれるが、これらに限定されない。
本開示における使用に向けたのドーパミン作動性ニューロンを含めた神経細胞の追加の説明は、ＷＯ２０２０／０１８６１５に見出され、この開示は参照によりその全体が本明細書に援用される。
８．内皮細胞
本明細書では、対象（例えば、レシピエント）へのその後の移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｍｅｎｔ）用に種々の内皮細胞種に分化させられる低免疫原性多能性細胞が提供される。当業者には理解されようが、分化のための方法は、既知の技法を使用して所望の細胞種に依存する。
いくつかの実施形態では、対象となる低免疫原性多能性細胞から分化させられた内皮細胞は、患者、例えば、投与の必要があるヒト患者に投与される。内皮細胞は、限定されないが、心血管疾患、血管疾患、末梢血管疾患、虚血性疾患、心筋梗塞、うっ血性心不全、末梢血管閉塞性疾患、脳卒中、再灌流傷害、肢虚血、ニューロパチー（例えば、末梢ニューロパチーまたは糖尿病性ニューロパチー）、臓器不全（例えば、肝臓不全、腎臓不全等）、糖尿病、関節リウマチ、骨粗鬆症、血管損傷、組織損傷、高血圧症、冠動脈疾患に起因する狭心症及び心筋梗塞、腎血管性高血圧症、腎動脈狭窄に起因する腎不全、下肢の跛行等のような疾患または病態を患う患者に投与することができる。ある特定の実施形態では、患者は、一過性の虚血性発作または脳卒中を患ったことがあるか、またはそれを患っており、これは場合によっては、脳血管疾患に起因し得る。いくつかの実施形態では、操作された内皮細胞は、例えば、アテローム性動脈硬化症、心筋梗塞、及び肢虚血において起こるような組織虚血を処置するため、ならびに損傷した血管を修復するために投与される。いくつかの事例では、該細胞は、移植片の生体工学で使用される。
例えば、内皮細胞は、虚血組織の修復、血管及び心臓弁の形成、人工血管の工学、損傷を受けた血管の修復、ならびに操作された組織における血管の形成の誘導（例えば、移植前）のために細胞療法で使用され得る。追加として、内皮細胞は、作用物質を標的に送達し、腫瘍を処置するようにさらに改変され得る。
ある特定の実施形態では、血管細胞または血管新生を必要とする組織の修復または置換方法が本明細書で提供される。該方法は、かかる処置を必要とするヒト患者に、かかる組織における血管新生を促進するために単離された内皮細胞を含有する組成物を投与することを伴う。血管細胞または血管新生を必要とする組織は、とりわけ、心臓組織、肝臓組織、膵臓組織、腎組織、筋組織、神経組織、骨組織であり得、これは損傷を受けた、過剰な細胞死を特徴とする組織、損傷の危険性がある組織、または人工的に操作された組織であり得る。
いくつかの実施形態では、心臓疾患または障害に関連し得る血管疾患は、限定されないが、本明細書に記載されるように派生させた最終的な血管内皮細胞及び心内膜内皮細胞等の内皮細胞を投与することによって処置することができる。かかる血管疾患には、冠動脈疾患、脳血管疾患、大動脈狭窄、大動脈瘤、末梢動脈疾患、アテローム性動脈硬化症、静脈瘤、血管障害、冠灌流を欠いた心臓の梗塞領域、非治癒性創傷、糖尿病性もしくは非糖尿病性潰瘍、または血管の形成の誘導が望ましい任意の他の疾患もしくは障害が含まれるが、これらに限定されない。
ある特定の実施形態では、内皮細胞は、血管再建手術で使用される補綴インプラント（例えば、Ｄａｃｒｏｎ及びＧｏｒｔｅｘ等の合成材料で作製された血管）を改善するために使用される。例えば、重要な臓器または肢を灌流する病変動脈を置換するために、補綴動脈移植片が使用される場合が多い。他の実施形態では、操作された内皮細胞は、弁表面での血栓形成性を下げることによって塞栓形成の危険性を低下させるように補綴心臓弁の表面を覆うために使用される。
概説される内皮細胞は、組織及び／または単離された細胞を血管に移植するための周知の外科的技法を使用して、患者に移植することができる。いくつかの実施形態では、該細胞は、注射（例えば、心筋内注射、冠動脈内注射、経心内膜注射、経心外膜注射、経皮注射）、注入、移植、及び埋め込みによって患者の心臓組織に導入される。
内皮細胞の投与（送達）には、静脈内、動脈内（例えば、冠動脈内）、筋肉内、腹腔内、心筋内、経心内膜、経心外膜、鼻腔内投与ならびに髄腔内、及び注入技法を含む、皮下または非経口が含まれるが、これらに限定されない。
当業者には理解されようが、ＨＩＰ派生物は、細胞種及びこれらの細胞の最終的用途の両方に依存する当該技術分野で既知の技法を使用して移植される。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される主題のＨＩＰから分化させた細胞は、患者において静脈内にまたは特定の部位での注射によってのいずれかで移植される。特定の箇所で移植する場合、細胞は、それらが定着する間の分散を防止するためにゲルマトリックス中に縣濁させてもよい。
例となる内皮細胞種には、毛細血管内皮細胞、血管内皮細胞、大動脈内皮細胞、動脈内皮細胞、静脈内皮細胞、腎内皮細胞、脳内皮細胞、肝臓内皮細胞等が含まれるが、これらに限定されない。
本明細書に概説される内皮細胞は、１つまたは複数の内皮細胞マーカーを発現し得る。かかるマーカーの非限定的な例としては、ＶＥ－カドヘリン（ＣＤ１４４）、ＡＣＥ（アンジオテンシン転換酵素）（ＣＤ１４３）、ＢＮＨ９／ＢＮＦ１３、ＣＤ３１、ＣＤ３４、ＣＤ５４（ＩＣＡＭ－ｌ）、ＣＤ６２Ｅ（Ｅ－セレクチン）、ＣＤ１０５（エンドグリン）、ＣＤ１４６、エンドカン（ＥＳＭ－ｌ）、エンドグリクス－ｌ、エンドムチン、エオタキシン－３、ＥＰＡＳ１（内皮ＰＡＳドメインタンパク質１）、第ＶＩＩＩ因子関連抗原、ＦＬＩ－ｌ、Ｆｌｋ－ｌ（ＫＤＲ、ＶＥＧＦＲ－２）、ＦＬＴ－ｌ（ＶＥＧＦＲ－ｌ）、ＧＡＴＡ２、ＧＢＰ－ｌ（グアニル酸結合タンパク質－ｌ）、ＧＲＯ－アルファ、ＨＥＸ、ＩＣＡＭ－２（細胞間接着分子２）、ＬＭ０２、ＬＹＶＥ－ｌ、ＭＲＢ（マジックラウンドアバウト（ｍａｇｉｃ ｒｏｕｎｄａｂｏｕｔ））、ヌクレオリン、ＰＡＬ－Ｅ（病理解剖学的ライデン内皮（ｐａｔｈｏｌｏｇｉｓｃｈｅ ａｎａｔｏｍｉｅ Ｌｅｉｄｅｎ－ｅｎｄｏｔｈｅｌｉｕｍ）、ＲＴＫ、ｓＶＣＡＭ－ｌ、ＴＡＬＩ、ＴＥＭ１（腫瘍内皮マーカー１）、ＴＥＭ５（腫瘍内皮マーカー５）、ＴＥＭ７（腫瘍内皮マーカー７）、トロンボモジュリン（ＴＭ、ＣＤ１４１）、ＶＣＡＭ－ｌ（血管細胞接着分子－１）（ＣＤ１０６）、ＶＥＧＦ、ｖＷＦ（フォン・ヴィレブランド因子）、ＺＯ－ｌ、内皮細胞選択的接着分子（ＥＳＡＭ）、ＣＤ１０２、ＣＤ９３、ＣＤ１８４、ＣＤ３０４、及びＤＬＬ４が挙げられる。
いくつかの実施形態では、内皮細胞は、障害／病態を処置するかまたは障害／病態の症状を改善させるのに有用である、限定されないが酵素、ホルモン、受容体、リガンド、または薬物等の目的のタンパク質をコードする外因性遺伝子を発現するように遺伝子改変される。内皮細胞を遺伝子改変するための標準的方法は、例えば、ＵＳ５，６７４，７２２に記載される。
かかる内皮細胞を使用して、疾患の予防または治療において有用であるポリペプチドまたはタンパク質の構成的合成及び送達を提供することができる。このようにして、ポリペプチドは、個体の血流または身体の他の領域（例えば、中枢神経系）中に直接分泌される。いくつかの実施形態では、内皮細胞は、インスリン、血液凝固因子（例えば、第ＶＩＩＩ因子またはフォン・ヴィレブランド因子）、アルファ－１抗トリプシン、アデノシンデアミナーゼ、組織プラスミノーゲン活性化因子、インターロイキン（例えば、ＩＬ－１、ＩＬ－２、ＩＬ－３）等を分泌するように改変され得る。
ある特定の実施形態では、内皮細胞は、埋め込まれた移植片の文脈においてそれらの性能を改善するように改変され得る。非限定的で例示的な例としては、管腔内血塊形成を予防するための血栓溶解物質の分泌もしくは発現、平滑筋肥大に起因する管腔狭窄を予防するための平滑筋増殖の阻害物質の分泌、ならびに内皮細胞増殖を刺激し、移植片管腔の内皮細胞による裏打ちの範囲もしくは持続期間を改善するための内皮細胞分裂促進因子もしくは自己分泌因子の発現及び／または分泌が挙げられる。
いくつかの実施形態では、操作された内皮細胞は、治療的レベルの分泌産物を特定の臓器または肢に送達するのに利用される。例えば、インビトロで操作された（形質導入された）内皮細胞で裏打ちされた血管インプラントが、特定の臓器または肢に移植され得る。形質導入された内皮細胞の分泌産物は、灌流組織に高濃度で送達され、それによって標的とする解剖学的位置への所望の効果を達成するであろう。
他の実施形態では、内皮細胞は、血管新生化している腫瘍において、内皮細胞によって発現されるときに血管新生を妨害または阻害する遺伝子を含有するように遺伝子改変される。場合によっては、内皮細胞はまた、腫瘍処置の完了時に移植された内皮細胞の負の選択を可能にする、本明細書に記載の選択可能自殺遺伝子のうちのいずれか１つを発現するように遺伝子改変され得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の内皮細胞は、血管損傷、心血管疾患、血管疾患、末梢血管疾患、虚血性疾患、心筋梗塞、うっ血性心不全、末梢血管閉塞性疾患、高血圧症、虚血性組織損傷、再灌流傷害、肢虚血、脳卒中、ニューロパチー（例えば、末梢ニューロパチーまたは糖尿病性ニューロパチー）、臓器不全（例えば、肝不全、腎不全等）、糖尿病、関節リウマチ、骨粗鬆症、脳血管疾患、高血圧症、冠動脈疾患に起因する狭心症及び心筋梗塞、腎血管高血圧症、腎動脈狭窄に起因する腎不全、下肢の跛行、他の血管病態または疾患からなる群から選択される血管障害を処置するためにレシピエント対象に投与される。
いくつかの実施形態では、低免疫原性多能性細胞は、末梢動脈疾患に対処するために新たな血管を形成させるための内皮コロニー形成細胞（ＥＣＦＣ）に分化させられる。内皮細胞への分化のための技法は、既知である。例えば、Ｐｒａｓａｉｎ ｅｔ ａｌ．，ｄｏｉ：１０．１０３８／ｎｂｔ．３０４８を参照されたい（参照によりその全体が、特にヒト多能性幹細胞からの内皮細胞の生成のための方法及び試薬に関して、また移植技法に関して本明細書に援用される）。分化は、一般に内皮細胞関連もしくは特異的マーカーの存在を評価することによって、または機能的に測定することによって、当技術分野で既知であるようにアッセイすることができる。
いくつかの実施形態では、インビトロでの分化によって低免疫原性人工多能性幹（ＨＩＰ）細胞の集団から低免疫原性内皮細胞の集団を生産する方法は、（ａ）ＧＳＫ阻害剤を含む第１の培養培地中でＨＩＰ細胞の集団を培養することと、（ｂ）ＶＥＧＦ及びｂＦＧＦを含む第２の培養培地中でＨＩＰ細胞の集団を培養して、内皮前駆細胞の集団を生産することと、（ｃ）ＲＯＣＫ阻害剤及びＡＬＫ阻害剤を含む第３の培養培地中で内皮前駆細胞の集団を培養して、低免疫原性内皮細胞の集団を生産することとを含む。
いくつかの実施形態では、ＧＳＫ阻害剤は、ＣＨＩＲ－９９０２１、その誘導体、またはそのバリアントである。いくつかの事例では、ＧＳＫ阻害剤は、約１ｍＭ～約１０ｍＭの範囲の濃度である。いくつかの実施形態では、ＲＯＣＫ阻害剤は、Ｙ－２７６３２、その誘導体、またはそのバリアントである。いくつかの事例では、ＲＯＣＫ阻害剤は、約１ｐＭ～約２０ｐＭの範囲の濃度である。いくつかの実施形態では、ＡＬＫ阻害剤は、ＳＢ－４３１５４２、その誘導体、またはそのバリアントである。いくつかの事例では、ＡＬＫ阻害剤は、約０．５ｐＭ～約１０ｐＭの範囲の濃度である。
いくつかの実施形態では、第１の培養培地は、２ｐＭ～約１０ｐＭのＣＨＩＲ－９９０２１を含む。いくつかの実施形態では、第２の培養培地は、５０ｎｇ／ｍｌのＶＥＧＦ及び１０ｎｇ／ｍｌのｂＦＧＦを含む。他の実施形態では、第２の培養培地は、Ｙ－２７６３２及びＳＢ－４３１５４２をさらに含む。種々の実施形態では、第３の培養培地は、１０ｐＭのＹ－２７６３２及び１ｐＭのＳＢ－４３１５４２を含む。ある特定の実施形態では、第３の培養培地は、ＶＥＧＦ及びｂＦＧＦをさらに含む。特定の事例では、第１の培養培地及び／または第２の培地は、インスリンを含まない。
本明細書で提供される細胞は、低免疫原性多能性細胞の心臓細胞への分化を補助及び／または促進するための合成表面等の表面上で培養することができる。いくつかの実施形態では、表面は、選択される１つまたは複数のアクリレートモノマーのホモポリマーまたはコポリマーを含むがこれらに限定されない、ポリマー材料を含む。アクリレートモノマー及びメタクリレートモノマーの非限定的な例としては、テトラ（エチレングリコール）ジアクリレート、グリセロールジメタクリレート、１，４－ブタンジオールジメタクリレート、ポリ（エチレングリコール）ジアクリレート、ジ（エチレングリコール）ジメタクリレート、テトラ（エチレン（ｅｔｈｙｉｅｎｅ）グリコール）ジメタクリレート、１，６－ヘキサンジオールプロポキシレートジアクリレート、ネオペンチルグリコールジアクリレート、トリメチロールプロパンベンゾエートジアクリレート、トリメチロールプロパンエトキシレート（ｅｉｈｏｘｙｌａｔｅ）（１ ＥＯ／ＱＨ）メチル、トリシクロ［５．２．１．０２，６］デカンジメタノールジアクリレート、ネオペンチルグリコールエトキシレート（ｅｘｈｏｘｙｌａｔｅ）ジアクリレート、及びトリメチロールプロパントリアクリレートが挙げられる。アクリレートは、当該技術分野で既知のように合成されるか、またはＰｏｌｙｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｉｎｃ．、Ｓｉｇｍａ Ａｌｄｒｉｃｈ，Ｉｎｃ．、及びＳａｒｔｏｍｅｒ，Ｉｎｃ．等の商業的供給業者から得られる。
いくつかの実施形態では、内皮細胞は、ポリマーマトリックス上に播種されてもよい。場合によっては、ポリマーマトリックスは、生分解性である。好適な生分解性マトリックスは、当技術分野で周知であり、これにはコラーゲン－ＧＡＧ、コラーゲン、フィブリン、ＰＬＡ、ＰＧＡ、及びＰＬＡ／ＰＧＡコポリマーが含まれる。追加の生分解性材料には、ポリ（無水物）、ポリ（ヒドロキシ酸）、ポリ（オルトエステル）、ポリ（プロピルフマレート）、ポリ（カプロラクトン）、ポリアミド、ポリアミノ酸、ポリアセタール、生分解性ポリシアノアクリレート、生分解性ポリウレタン、及び多糖類が含まれる。
非生分解性ポリマーも同様に使用されてもよい。他の非生分解性であるが、それでも生体適合性であるポリマーには、ポリピロール、ポリアニブン（ｐｏｌｙａｎｉｂｎｅ）、ポリチオフェン、ポリスチレン、ポリエステル、非生分解性ポリウレタン、ポリ尿素、ポリ（エチレン酢酸ビニル）、ポリプロピレン、ポリメタクリレート、ポリエチレン、ポリカーボネート、及びポリ（エチレンオキシド）が含まれる。ポリマーマトリックスは、任意の形状で、例えば、粒子、スポンジ、管、球、ストランド、コイル状ストランド、毛細管網目構造、フィルム、繊維、メッシュ、またはシートとして、形成され得る。ポリマーマトリックスは、天然または合成の細胞外マトリックス材料及び因子を含むように改変され得る。
ポリマー材料は、支持材料の表面上に分散させることができる。細胞を培養するのに好適である有用な支持材料には、セラミック物質、ガラス、プラスチック、ポリマーもしくはコポリマー、それらの任意の組み合わせ、または１つの材料の別の材料上へのコーティングが含まれる。いくつかの事例では、ガラスには、ソーダ石灰ガラス、パイレックスガラス、バイコールガラス、石英ガラス、ケイ素、またはこれらの誘導体もしくは同等物が含まれる。
いくつかの事例では、プラスチック、または樹枝状ポリマーを含めたポリマーには、ポリ（塩化ビニル）、ポリ（ビニルアルコール）、ポリ（メチルメタクリレート）、ポリ（酢酸ビニル－無水マレイン酸）、ポリ（ジメチルシロキサン）モノメタクリレート、環状オレフィンポリマー、フルオロカーボンポリマー、ポリスチレン、ポリプロピレン、ポリエチレンイミン、またはこれらの誘導体もしくは同等物が含まれる。いくつかの事例では、コポリマーには、ポリ（酢酸ビニル－ｃｏ－無水マレイン酸）、ポリ（スチレン－ｃｏ－無水マレイン酸）、ポリ（エチレン－ｃｏ－アクリル酸）、またはこれらの誘導体もしくは同等物が含まれる。
いくつかの実施形態では、低免疫原性内皮細胞の集団は、非内皮細胞から単離される。いくつかの実施形態では、低免疫原性内皮細胞の単離された集団は、投与前に増殖させられる。ある特定の実施形態では、低免疫原性内皮細胞の単離された集団は、投与前に増殖させられ、凍結保存される。
本明細書で提供される方法における使用に向けた内皮細胞の追加の説明は、ＷＯ２０２０／０１８６１５に見出され、この開示は参照によりその全体が本明細書に援用される。
９．甲状腺細胞
いくつかの実施形態では、低免疫原性多能性細胞は、自己免疫性甲状腺炎に対処するために甲状腺ホルモンを分泌することができる甲状腺前駆細胞及び甲状腺濾胞オルガノイドに分化させられる。甲状腺細胞への分化のための技法は、当該技術分野で既知である。例えば、Ｋｕｒｍａｎｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ，２０１５ Ｎｏｖ ５；１７（５）：５２７－４２を参照されたい（参照によりその全体が、特にヒト多能性幹細胞からの甲状腺細胞の生成のための方法及び試薬に関して、また移植技法に関して本明細書に援用される）。分化は、一般に甲状腺細胞関連もしくは特異的マーカーの存在を評価することによって、または機能的に測定することによって、当技術分野で既知であるようにアッセイすることができる。
１０．肝細胞
いくつかの実施形態では、低免疫原性人工多能性幹（ＨＩＰ）細胞は、肝細胞機能の喪失または肝硬変に対処するために肝細胞に分化させられる。ＨＩＰ細胞を肝細胞に分化させるために使用され得るいくつかの技法が存在する。例えば、Ｐｅｔｔｉｎａｔｏ ｅｔ ａｌ ，ｄｏｉ：１０．１０３８／ｓｐｒｅ３２８８８，Ｓｎｙｋｅｒｓ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ，２０１１ ６９８：３０５－３１４，Ｓｉ－Ｔａｙｅｂ ｅｔ ａｌ．，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ，２０１０，５１：２９７－３０５及びＡｓｇａｒｉ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｒｅｖ，２０１３，９（４）：４９３－５０４を参照されたく、同文献の全ては参照によりそれらの全体が、特に分化のための手法及び試薬に関して本明細書に援用される。分化は、一般にアルブミン、アルファフェトプロテイン、及びフィブリノゲンを含むが、これらに限定されない肝細胞関連及び／または特異的マーカーの存在を評価することによって、当技術分野で既知であるようにアッセイすることができる。分化はまた、アンモニアの代謝、ＬＤＬ貯蔵及び取り込み、ＩＣＧ取り込み及び放出、ならびにグリコーゲン貯蔵等、機能的に測定することもできる。
１１．膵島細胞
いくつかの実施形態では、膵島細胞（別称、膵臓ベータ細胞）は、本明細書に記載の低免疫原性人工多能性幹（ＨＩＰ）細胞に由来する。いくつかの事例では、種々の膵島細胞種に分化させられる低免疫原性多能性細胞は、対象（例えば、レシピエント）に移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔｅｄ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｅｄ）される。当業者には理解されようが、分化のための方法は、既知の技法を使用して所望の細胞種に依存する。例となる膵島細胞種には、膵島前駆細胞、未成熟膵島細胞、成熟膵島細胞等が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の膵臓細胞は、糖尿病を処置するために対象に投与される。
いくつかの実施形態では、膵島細胞は、本明細書に記載の低免疫原性多能性細胞に由来する。多能性幹細胞を膵島細胞に分化させるための有用な方法は、例えば、ＵＳ９，６８３，２１５、ＵＳ９，１５７，０６２、及びＵＳ８，９２７，２８０に記載される。
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法によって生産される膵島細胞は、インスリンを分泌する。いくつかの実施形態では、膵島細胞は、内在性膵島細胞の少なくとも２つの特性、例えば、限定されないが、グルコースに応答したインスリンの分泌、及びベータ細胞マーカーの発現を示す。
例となるベータ細胞マーカーまたはベータ細胞前駆細胞マーカーには、ｃ－ペプチド、Ｐｄｘ１、グルコース輸送体２（Ｇｌｕｔ２）、ＨＮＦ６、ＶＥＧＦ、グルコキナーゼ（ＧＣＫ）、プロホルモン転換酵素（ＰＣ１／３）、Ｃｄｃｐｌ、ＮｅｕｒｏＤ、Ｎｇｎ３、Ｎｋｘ２．２、Ｎｋｘ６．１、Ｎｋｘ６．２、Ｐａｘ４、Ｐａｘ６、Ｐｔｆ１ａ、Ｉｓｌ１、Ｓｏｘ９、Ｓｏｘ１７、及びＦｏｘＡ２が含まれるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、単離された膵島細胞は、グルコースの増加に応答してインスリンを産生する。様々な実施形態では、単離された膵島細胞は、グルコースの増加に応答してインスリンを分泌する。いくつかの実施形態では、この細胞は、敷石の細胞形態及び／または約１７ｐｍ～約２５ｐｍの直径等の特有の形態を有する。
いくつかの実施形態では、低免疫原性多能性細胞は、Ｉ型真性糖尿病（Ｔ１ＤＭ）に対処するための移植用にベータ様細胞または島オルガノイドに分化させられる。細胞システムは、Ｔ１ＤＭに対処するための有望な方法である。例えば、Ｅｌｌｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｒｅｖ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌ Ｈｅｐａｔｏｌ．２０１７ Ｏｃｔ；１４（１０）：６１２－６２８を参照されたい（参照により本明細書に援用される）。さらに、Ｐａｇｌｉｕｃａら（Ｃｅｌｌ，２０１４，１５９（２）：４２８－３９）は、ヒトｉＰＳＣからのβ細胞の成功裏の分化に関して報告している（この内容は、参照によりその全体が、特にヒト多能性幹細胞からの機能的ヒトβ細胞の大規模生産について同文献で概説される方法及び試薬に関して本明細書に援用される）。さらに、Ｖｅｇａｓらは、ヒト多能性幹細胞からのヒトβ細胞の生産、続いて宿主による免疫による拒絶反応を回避するための封入について示している（Ｖｅｇａｓ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｍｅｄ，２０１６，２２（３）：３０６－１１（参照によりその全体が、特にヒト多能性幹細胞からの機能的ヒトβ細胞の大規模生産について同文献で概説される方法及び試薬に関して本明細書に援用される）。
いくつかの実施形態では、インビトロでの分化によって低免疫原性人工多能性幹（ＨＩＰ）細胞の集団から低免疫原性膵島細胞の集団を生産する方法は、（ａ）インスリン様成長因子、形質転換成長因子、ＦＧＦ、ＥＧＦ、ＨＧＦ、ＳＨＨ、ＶＥＧＦ、形質転換成長因子－ｂスーパーファミリー、ＢＭＰ２、ＢＭＰ７、ＧＳＫ阻害剤、ＡＬＫ阻害剤、ＢＭＰ１型受容体阻害剤、ならびにレチノイン酸からなる群から選択される１つまたは複数の因子を含む第１の培養培地中でＨＩＰ細胞の集団を培養して、未成熟膵島細胞の集団を生産することと、（ｂ）第１の培養培地とは異なる第２の培養培地中で未成熟膵島細胞の集団を培養して、低免疫膵島細胞の集団を生産することとを含む。いくつかの実施形態では、ＧＳＫ阻害剤は、ＣＨＩＲ－９９０２１、その誘導体、またはそのバリアントである。いくつかの事例では、ＧＳＫ阻害剤は、約２ｍＭ～約１０ｍＭの範囲の濃度である。いくつかの実施形態では、ＡＬＫ阻害剤は、ＳＢ－４３１５４２、その誘導体、またはそのバリアントである。いくつかの事例では、ＡＬＫ阻害剤は、約１ｐＭ～約１０ｐＭの範囲の濃度である。いくつかの実施形態では、第１の培養培地及び／または第２の培養培地は、動物血清を含まない。
いくつかの実施形態では、低免疫原性膵島細胞の集団は、非膵島細胞から単離される。いくつかの実施形態では、低免疫原性膵島細胞の単離された集団は、投与前に増殖させられる。ある特定の実施形態では、低免疫原性膵島細胞の単離された集団は、投与前に増殖させられ、凍結保存される。
分化は、一般にインスリンを含むがこれらに限定されないβ細胞関連または特異的マーカーの存在を評価することによって、当該技術分野で既知であるようにアッセイされる。分化はまた、グルコース代謝の測定等、機能的に測定することもできる。全般的には、Ｍｕｒａｒｏ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｓｙｓｔ．２０１６ Ｏｃｔ ２６；３（４）：３８５－３９４．ｅ３を参照されたい（参照によりその全体が、特に同文献で概説されるバイオマーカーに関して本明細書に援用される）。ひとたびベータ細胞が生成されると、それらは、門脈／肝臓、大網、胃腸粘膜、骨髄、筋肉、または皮下嚢に移植され得る（細胞懸濁液としてまたは本明細書で考察されるゲルマトリックス内でのいずれかで）。
本開示における使用に向けたドーパミン作動性ニューロンを含めた膵島細胞の追加の説明は、ＷＯ２０２０／０１８６１５に見出され、この開示は参照によりその全体が本明細書に援用される。
１２．網膜色素上皮（ＲＰＥ）細胞
本明細書では、記載される低免疫原性人工多能性幹（ＨＩＰ）細胞に由来する網膜色素上皮（ＲＰＥ）細胞が提供される。例えば、ヒトＲＰＥ細胞は、ヒトＨＩＰ細胞を分化させることによって生産することができる。いくつかの実施形態では、種々のＲＰＥ細胞種に分化させられる低免疫原性多能性細胞は、対象（例えば、レシピエント）に移植（ｔｒａｎｓｐｌａｎｔｅｄ）または移植（ｅｎｇｒａｆｔｅｄ）される。当業者には理解されようが、分化のための方法は、既知の技法を使用して所望の細胞種に依存する。
「ＲＰＥ」細胞という用語は、天然ＲＰＥ細胞の遺伝子発現プロファイルに類似または実質的に類似した遺伝子発現プロファイルを有する色素性網膜上皮細胞（ｐｉｇｍｅｎｔｅｄ ｒｅｔｉｎａｌ ｅｐｉｔｈｅｌｉａｌ ｃｅｌｌ）を指す。多能性幹細胞に由来するかかるＲＰＥ細胞は、平面基板上でコンフルエントの状態まで増殖させたときに天然ＲＰＥ細胞の多角形で平面状のシートの形態をもつことが可能である。
ＲＰＥ細胞は、黄斑変性を患う患者または損傷を受けたＲＰＥ細胞を有する患者に移植することができる。いくつかの実施形態では、患者は、加齢黄斑変性（ＡＭＤ）、初代ＡＭＤ、中期ＡＭＤ、後期ＡＭＤ、新生血管を伴わない加齢黄斑変性、ドライ型黄斑変性（ドライ型加齢黄斑変性）、ウェット型黄斑変性（ウェット型加齢黄斑変性）、若年性黄斑変性（ＪＭＤ）（例えば、スターガルト病、ベスト病、及び若年性網膜分離症）、レーバー先天性黒内障、または網膜色素変性症を有する。他の実施形態では、患者は、網膜剥離を患う。
例となるＲＰＥ細胞種には、網膜色素上皮（ＲＰＥ）細胞、ＲＰＥ前駆細胞、未成熟ＲＰＥ細胞、成熟ＲＰＥ細胞、機能的ＲＰＥ細胞等が含まれるが、これらに限定されない。
多能性幹細胞をＲＰＥ細胞に分化させるための有用な方法は、例えば、ＵＳ９，４５８，４２８及びＵＳ９，８５０，４６３に記載され、これらの開示は、明細書を含めてそれらの全体が参照により本明細書に援用される。ヒト人工多能性幹細胞からＲＰＥ細胞を生産するための追加の方法は、例えば、Ｌａｍｂａ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ，２００６，１０３（３４）：１２７６９－１２７７４、Ｍｅｌｌｏｕｇｈ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ，２０１２，３０（４）：６７３－６８６、Ｉｄｅｌｓｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ，２００９，５（４）：３９６－４０８、Ｒｏｗｌａｎｄ ｅｔ ａｌ．，Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｙ，２０１２，２２７（２）：４５７－４６６、Ｂｕｃｈｈｏｌｚ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ Ｔｒａｎｓ Ｍｅｄ，２０１３，２（５）：３８４－３９３、及びｄａ Ｃｒｕｚ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈ，２０１８，３６：３２８－３３７に見出すことができる。
ヒト多能性幹細胞は、Ｋａｍａｏ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｒｅｐｏｒｔｓ ２０１４：２：２０５－１８に概説される技法を使用して、ＲＰＥ細胞に分化させられた（参照によりその全体が、特に分化技法及び試薬について同文献で概説される方法及び試薬に関して本明細書に援用される）。また、Ｍａｎｄａｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎ Ｅｎｇｌ Ｊ Ｍｅｄ，２０１７，３７６：１０３８－１０４６も参照されたい（この内容は参照によりその全体が、ＲＰＥ細胞のシートの生成及び患者への移植のための技法に関して本明細書に援用される）。分化は、一般にＲＰＥ関連及び／または特異的マーカーの存在を評価することによって、または機能的に測定することによって、当技術分野で既知であるようにアッセイすることができる。例えば、Ｋａｍａｏ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｒｅｐｏｒｔｓ，２０１４，２（２）：２０５－１８を参照されたい（この内容は参照によりその全体が、特に結果の節の第１段落に概説されるマーカーに関して本明細書に援用される）。
いくつかの実施形態では、インビトロでの分化によって低免疫原性多能性細胞の集団から低免疫原性網膜色素上皮（ＲＰＥ）細胞の集団を生産する方法は、（ａ）アクチビンＡ、ｂＦＧＦ、ＢＭＰ４／７、ＤＫＫ１、ＩＧＦ１、ノギン、ＢＭＰ阻害剤、ＡＬＫ阻害剤、ＲＯＣＫ阻害剤、及びＶＥＧＦＲ阻害剤からなる群から選択される因子のうちのいずれか１つを含む第１の培養培地中で低免疫原性多能性細胞の集団を培養して、ＲＰＥ前駆細胞の集団を生産することと、（ｂ）第１の培養培地とは異なる第２の培養培地中でＲＰＥ前駆細胞の集団を培養して、低免疫原性ＲＰＥ細胞の集団を生産することとを含む。いくつかの実施形態では、ＡＬＫ阻害剤は、ＳＢ－４３１５４２、その誘導体、またはそのバリアントである。いくつかの事例では、ＡＬＫ阻害剤は、約２ｍＭ～約１０ｐＭの範囲の濃度である。いくつかの実施形態では、ＲＯＣＫ阻害剤は、Ｙ－２７６３２、その誘導体、またはそのバリアントである。いくつかの事例では、ＲＯＣＫ阻害剤は、約１ｐＭ～約１０ｐＭの範囲の濃度である。いくつかの実施形態では、第１の培養培地及び／または第２の培養培地は、動物血清を含まない。
分化は、一般にＲＰＥ関連及び／または特異的マーカーの存在を評価することによって、または機能的に測定することによって、当技術分野で既知であるようにアッセイすることができる。例えば、Ｋａｍａｏ ｅｔ ａｌ．，Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｒｅｐｏｒｔｓ，２０１４，２（２）：２０５－１８を参照されたい（この内容は参照によりその全体が、特に結果の節に関して本明細書に援用される）。
本開示における使用に向けたＲＰＥ細胞の追加の説明は、ＷＯ２０２０／０１８６１５に見出され、この開示は参照によりその全体が本明細書に援用される。
治療用途では、開示される方法に従って調製された細胞は、典型的には、等張性賦形剤を含む薬学的組成物の形態で供給することができ、ヒト投与のために十分に滅菌された条件下で調製される。細胞組成物の医薬製剤における一般原則については、“Ｃｅｌｌ Ｔｈｅｒａｐｙ：Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ，Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ，ａｎｄ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ，”ｂｙ Ｍｏｒｓｔｙｎ ＆ Ｓｈｅｒｉｄａｎ ｅｄｓ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，１９９６、及び“Ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｔｈｅｒａｐｙ，”Ｅ．Ｄ．Ｂａｌｌ，Ｊ．Ｌｉｓｔｅｒ ＆ Ｐ．Ｌａｗ，Ｃｈｕｒｃｈｉｌｌ Ｌｉｖｉｎｇｓｔｏｎｅ，２０００を参照されたい。細胞は、流通または臨床使用に好適なデバイスまたは容器に包装され得る。
１３．Ｔリンパ球
本明細書で提供される、Ｔリンパ球（Ｔ細胞）は、記載される低免疫原性人工多能性幹（ＨＩＰ）細胞に由来する。多能性幹細胞（例えば、ｉＰＳＣ）からＣＡＲ－Ｔ細胞を含めたＴ細胞を生成するための方法は、例えば、Ｉｒｉｇｕｃｈｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｃｏｍｍｕｎｉｃａｔｉｏｎｓ １２，４３０（２０２１）、Ｔｈｅｍｅｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ，１６（４）：３５７－３６６（２０１５）、Ｔｈｅｍｅｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ３１：９２８－９３３（２０１３）に記載される。
いくつかの実施形態では、低免疫原性人工多能性幹細胞由来のＴ細胞には、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）が含まれる。本明細書に記載のＣＡＲを含めて、任意の好適なＣＡＲが、低免疫原性人工多能性幹細胞由来のＴ細胞に含まれ得る。いくつかの実施形態では、低免疫原性人工多能性幹細胞由来のＴ細胞は、ＣＡＲをコードするポリヌクレオチドを含み、ここで、ポリヌクレオチドは、ゲノム遺伝子座に挿入される。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、セーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、ＴＲＢ、ＰＤ－１、またはＣＴＬＡ－４遺伝子に挿入される。本明細書に記載の遺伝子編集法（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）を含めて、任意の好適な方法を使用して、ＣＡＲを低免疫原性細胞のゲノム遺伝子座内に挿入することができる。
本明細書で提供されるＨＩＰ由来のＴ細胞は、Ｂ細胞急性リンパ芽球性白血病（Ｂ－ＡＬＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、肝臓癌、膵臓癌、乳癌、卵巣癌、結腸直腸癌、肺癌、非小細胞肺癌、急性骨髄性リンパ性白血病、多発性骨髄腫、胃癌、胃腺癌、膵臓腺癌、神経膠芽腫、神経芽細胞腫、肺扁平上皮癌、肝細胞癌、及び膀胱癌を含むがこれらに限定されない、好適ながんの処置に有用である。
Ｕ．遺伝子改変の方法
いくつかの実施形態では、本明細書のベクターは、細胞内または細胞のゲノム内等に、別の核酸分子を移入または輸送することができる核酸分子である。移入される核酸は、一般に、ベクター核酸分子へ連結される（例えばその中へ挿入される）。ベクターは、細胞内での自律複製を指示する配列を含んでもよいし、または宿主細胞ＤＮＡへの組み込みを可能にするのに十分な配列を含んでもよい。有用なベクターには、例えば、プラスミド（例えば、ＤＮＡプラスミドまたはＲＮＡプラスミド）、トランスポゾン、コスミド、細菌人工染色体、及びウイルスベクターが含まれる。有用なウイルスベクターには、例えば、複製欠損性のレトロウイルス及びレンチウイルスが含まれる。非ウイルスベクターは、細胞内への核酸分子の進入を容易にするために送達ビヒクルを必要とし得る。
ウイルスベクターは、核酸分子の移入、または細胞のゲノムへの組み込みもしくは核酸移入を媒介するウイルス粒子への組み込みを典型的に容易にする、ウイルス由来核酸要素を含む核酸分子を含み得る。ウイルスベクター粒子は、典型的には、種々のウイルス構成要素、及びときには核酸（複数可）に加えて宿主細胞の構成要素も含むことになる。ウイルスベクターは、例えば、核酸を細胞に、または移入された核酸（例えば、裸のＤＮＡとして）に移入することができるウイルスまたはウイルス粒子を含み得る。ウイルスベクター及び移入プラスミドは、主としてウイルスに由来する構造的及び／または機能的遺伝要素を含み得る。レトロウイルスベクターは、主としてレトロウイルスに由来する構造的及び機能的遺伝要素またはそれらの一部分を含有するウイルスベクターまたはプラスミドを含み得る。
本明細書に記載のいくつかのベクターにおいて、複製に寄与するかまたはそれに必須である１つまたは複数のタンパク質コード領域の少なくとも一部は、対応する野生型ウイルスと比較して存在しない場合がある。これにより、ウイルスベクターは複製欠損性となる。いくつかの実施形態では、該ベクターは、標的の非分裂宿主細胞に形質導入する及び／またはそのゲノムを宿主ゲノムに組み込むことができる。
いくつかの実施形態では、レトロウイルス核酸は、５’プロモーター（例えば、パッケージングされたＲＮＡ全体の発現を制御するため）、５’ＬＴＲ（例えば、Ｒ（ポリアデニル化尾部シグナル）及び／またはプライマー活性化シグナルを含むＵ５を含む）、プライマー結合部位、ｐｓｉパッケージングシグナル、核外搬出のためのＲＲＥ要素、導入遺伝子発現を制御するための導入遺伝子の直接上流のプロモーター、導入遺伝子（または他の外因性物質要素）、ポリプリントラクト、及び３’ＬＴＲ（例えば、変異したＵ３、Ｒ、及びＵ５を含む）のうちの１つまたは複数（例えば、それらの全て）を含む。いくつかの実施形態では、レトロウイルス核酸は、ｃＰＰＴ、ＷＰＲＥ、及び／またはインスレーター要素のうちの１つまたは複数をさらに含む。
レトロウイルスは、典型的には、そのゲノムＲＮＡの線状二本鎖ＤＮＡコピーへの逆転写によって複製し、その後、そのゲノムＤＮＡを宿主ゲノムに共有結合性で組み込む。野生型レトロウイルスゲノムの構造は、多くの場合、５’長鎖末端反復（ＬＴＲ）及び３’ＬＴＲを含み、それらの間または内部には、ゲノムがパッケージングされることを可能にするパッケージングシグナル、プライマー結合部位、宿主細胞ゲノムへの組み込みを可能にするための組み込み部位、ならびにウイルス粒子の組み立てを促進するパッケージング構成要素をコードするｇａｇ、ｐｏｌ、及びｅｎｖ遺伝子が位置する。より複雑なレトロウイルスは、ＨＩＶにおけるｒｅｖ及びＲＲＥ配列等、追加の特徴を有し、これらは組み込まれたプロウイルスのＲＮＡ転写物が、感染した標的細胞の核から細胞質に効率的に搬出されることを可能にする。プロウイルスにおいて、ウイルス遺伝子の両端には、長鎖末端反復（ＬＴＲ）と呼ばれる領域が位置する。ＬＴＲは、プロウイルスの組み込み及び転写に関与する。ＬＴＲはまた、エンハンサー－プロモーター配列としても機能し、ウイルス遺伝子の発現を制御することができる。レトロウイルスＲＮＡのカプシド形成は、ウイルスゲノムの５’末端に位置するｐｓｉ配列により起こる。
ＬＴＲ自体は、典型的には、Ｕ３、Ｒ、及びＵ５と呼ばれる３つの要素に分類され得る類似の（例えば、同一の）配列である。Ｕ３とは、ＲＮＡの３’末端に固有の配列に由来する。Ｒとは、ＲＮＡの両端で反復する配列に由来し、Ｕ５とは、ＲＮＡの５’末端に固有の配列に由来する。これら３つの要素のサイズは、異なるレトロウイルスの間で大幅に異なり得る。
ウイルスゲノムに関して、転写開始の部位は、典型的には、一方のＬＴＲにおけるＵ３とＲとの間の境界にあり、ポリ（Ａ）付加（終結）の部位は、他方のＬＴＲにおけるＲ及びＵ５との間の境界にある。Ｕ３は、細胞の及び場合によってはウイルスの転写活性化因子タンパク質に対して反応性のプロモーター及び複数のエンハンサー配列を含む、プロウイルスの転写制御要素のほとんどを含有する。一部のレトロウイルスは、遺伝子発現の調節に関与するタンパク質をコードする以下の遺伝子、すなわちｔｏｔ、ｒｅｖ、ｔａｘ、及びｒｅｘのうちのいずれか１つまたは複数を含む。
構造遺伝子ｇａｇ、ｐｏｌ、及びｅｎｖ自体に関しては、ｇａｇがウイルスの内部構造タンパク質をコードする。Ｇａｇタンパク質は、成熟タンパク質ＭＡ（マトリックス）、ＣＡ（カプシド）、及びＮＣ（ヌクレオカプシド）へとタンパク質分解性でプロセシングされる。ｐｏｌ遺伝子は、逆転写酵素（ＲＴ）をコードし、これは、ゲノムの複製を媒介する、ＤＮＡポリメラーゼ、関連するＲＮａｓｅ Ｈ及びインテグラーゼ（ＩＮ）を含有する。ｅｎｖ遺伝子は、細胞受容体タンパク質と特異的に相互作用する複合体を形成する、ビリオンの表面（ＳＵ）糖タンパク質及び膜貫通型（ＴＭ）タンパク質をコードする。この相互作用は、例えば、ウイルス膜と細胞膜との融合によって、感染を促進する。
複製欠損レトロウイルスベクターゲノムのｇａｇ、ｐｏｌ、及びｅｎｖは、存在しないか、機能的でない場合がある。ＲＮＡの両端のＲ領域は、典型的には、反復配列である。Ｕ５及びＵ３は、それぞれＲＮＡゲノムの５’末端及び３’末端における固有の配列を表す。レトロウイルスはまた、ｇａｇ、ｐｏｌ、及びｅｎｖ以外のタンパク質をコードする追加の遺伝子も含有し得る。追加の遺伝子の例としては（ＨＩＶにおける）、ｖｉｆ、ｖｐｒ、ｖｐｘ、ｖｐｕ、ｔａｔ、ｒｅｖ、及びｎｅｆのうちの１つまたは複数が挙げられる。ＥＩＡＶは、（とりわけ）追加の遺伝子Ｓ２を有する。
特定の実施形態における使用に好適な例示的なレトロウイルスには、モロニーマウス白血病ウイルス（Ｍ－ＭｕＬＶ）、モロニーマウス肉腫ウイルス（ＭｏＭＳＶ）、ハーベイマウス肉腫ウイルス（ＨａＭｕＳＶ）、マウス乳腺腫瘍ウイルス（ＭｕＭＴＶ）、テナガザル白血病ウイルス（ＧａＬＶ）、ネコ白血病ウイルス（ＦＬＶ）、スプーマウイルス、フレンドマウス白血病ウイルス、マウス幹細胞ウイルス（ＭＳＣＶ）及びラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ））、ならびにレンチウイルスが含まれるが、これらに限定されない。
いくつかの実施形態では、レトロウイルスは、ガンマレトロウイルスである。いくつかの実施形態では、レトロウイルスは、イプシロンレトロウイルスである。いくつかの実施形態では、レトロウイルスは、アルファレトロウイルスである。いくつかの実施形態では、レトロウイルスは、ベータレトロウイルスである。いくつかの実施形態では、レトロウイルスは、デルタレトロウイルスである。いくつかの実施形態では、レトロウイルスは、スプーマレトロウイルスである。いくつかの実施形態では、レトロウイルスは、内在性レトロウイルスである。いくつかの実施形態では、レトロウイルスは、レンチウイルスである。
いくつかの実施形態では、レトロウイルスまたはレンチウイルスベクターは、１つまたは複数のインスレーター要素、例えば、本明細書に記載のインスレーター要素をさらに含む。種々の実施形態では、該ベクターは、外因性物質をコードするポリヌクレオチドに作動可能に連結されたプロモーターを含む。該ベクターは、１つまたは複数のＬＴＲを有してもよく、ここで、いずれかのＬＴＲが、１つまたは複数のヌクレオチド置換、付加、または欠失等の１つまたは複数の改変を含む。該ベクターは、形質導入効率（例えば、ｃＰＰＴ／ＦＬＡＰ）、ウイルスパッケージング（例えば、プサイ（Ｙ）パッケージングシグナル、ＲＲＥ）を増加させるための１つもしくは複数のアクセサリー要素、及び／または外因性遺伝子の発現（例えば、ポリ（Ａ）配列）を増加させる他の要素をさらに含んでもよく、任意選択でＷＰＲＥまたはＨＰＲＥを含んでもよい。いくつかの実施形態では、レンチウイルス核酸は、例えば、５’から３’に、プロモーター（例えば、ＣＭＶ）、Ｒ配列（例えば、ＴＡＲを含む）、Ｕ５配列（例えば、組み込みのため）、ＰＢＳ配列（例えば、逆転写のため）、ＤＩＳ配列（例えば、ゲノム二量体化のため）、ｐｓｉパッケージングシグナル、部分的ｇａｇ配列、ＲＲＥ配列（例えば、核外搬出のため）、ｃＰＰＴ配列（例えば、核内移行のため）、外因性物質の発現を駆動するためのプロモーター、外因性物質をコードする遺伝子、ＷＰＲＥ配列（例えば、効率的な導入遺伝子発現のため）、ＰＰＴ配列（例えば、逆転写のため）、Ｒ配列（例えば、ポリアデニル化及び終結のため）、及びＵ５シグナル（例えば、組み込みのため）のうちの１つまたは複数、例えば、それらの全てを含む。
例示的なレンチウイルスには、ＨＩＶ（ヒト免疫不全ウイルス；ＨＩＶ１型及びＨＩＶ２型を含む）、ビスナ・マエディウイルス（ＶＭＶ）ウイルス、ヤギ関節炎－脳炎ウイルス（ＣＡＥＶ）、ウマ伝染性貧血ウイルス（ＥＩＡＶ）、ネコ免疫不全ウイルス（ＦＩＶ）、ウシ免疫不全ウイルス（ＢＩＶ）、及びサル免疫不全ウイルス（ＳＩＶ）が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、ＨＩＶベースのベクター骨格（すなわち、ＨＩＶシス作用型配列要素）が使用される。レンチウイルスベクターは、主としてレンチウイルスに由来する、ＬＴＲを含めた構造的及び機能的遺伝要素またはそれらの一部分を含有するウイルスベクターまたはプラスミドを含み得る。
複数の実施形態では、レンチウイルスベクター（例えば、レンチウイルス発現ベクター）は、レンチウイルス移入プラスミド（例えば、裸のＤＮＡとして）または感染性レンチウイルス粒子を含んでもよい。クローニング部位、プロモーター、調節要素、異種核酸等といった要素に関して、これらの要素の配列は、レンチウイルス粒子においてはＲＮＡ形態で存在し得、ＤＮＡプラスミドにおいてはＤＮＡ形態で存在し得ることを理解されたい。
複数の実施形態では、レンチウイルスベクターは、パッケージング構成要素の存在下で、標的細胞に感染することができるウイルス粒子にＲＮＡゲノムをパッケージングすることを可能にするのに十分なレトロウイルスの遺伝情報を有するベクターである。標的細胞の感染は、逆転写及び標的細胞ゲノムへの組み込みを含み得る。ＲＬＶは、典型的には、ベクターによって標的細胞に送達されることになる非ウイルスコード配列を運搬する。複数の実施形態では、ＲＬＶは、標的細胞内で独立して複製して感染性レトロウイルス粒子を産生することはできない。通常、ＲＬＶは、複製に関与する機能的ｇａｇ－ｐｏｌ及び／またはｅｎｖ遺伝子及び／または他の遺伝子を欠いている。該ベクターは、例えば、ＰＣＴ特許出願ＷＯ９９／１５６８３（同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される）に記載されるような、スプリット－イントロンベクターとして構成され得る。
いくつかの実施形態では、レンチウイルスベクターは、最小ウイルスゲノムを含み、例えば、ＷＯ９８／１７８１５（同文献は参照によりその全体が本明細書に援用される）に記載されるように、例えば、ウイルスベクターは、標的宿主細胞に感染し、形質導入し、それに目的のヌクレオチド配列を送達するために必要とされる機能性を提供するために、非必須要素を除去し、かつ必須要素を保持するように操作される。
最小レンチウイルスゲノムは、例えば、（５’）Ｒ－Ｕ５－１つまたは複数の第１のヌクレオチド配列－Ｕ３－Ｒ（３’）を含んでもよい。しかしながら、供給源細胞内でレンチウイルスゲノムを生産するために使用されるプラスミドベクターはまた、供給源細胞においてゲノムの転写を導くためのレンチウイルスゲノムに作動可能に連結された転写調節制御配列も含み得る。これらの調節配列は、転写されたレトロウイルス配列に関連する天然配列、例えば、５’Ｕ３領域を含んでもよいし、またはそれらは、別のウイルスプロモーター、例えばＣＭＶプロモーター等の異種プロモーターを含んでもよい。一部のレンチウイルスゲノムは、効率的なウイルス産生を促進するための追加の配列を含む。例えば、ＨＩＶの場合、ｒｅｖ及びＲＲＥ配列が含まれ得る。
いくつかの実施形態では、レアカットエンドヌクレアーゼは、レアカットエンドヌクレアーゼをコードする核酸の形態で、標的ポリヌクレオチド配列を含有する細胞内に導入される。核酸を細胞内に導入するプロセスは、任意の好適な技法によって達成され得る。好適な技法には、リン酸カルシウムまたは脂質媒介性トランスフェクション、エレクトロポレーション、及びウイルスベクターを使用した形質導入または感染が含まれる。いくつかの実施形態では、核酸は、ＤＮＡを含む。いくつかの実施形態では、核酸は、本明細書に記載されるような改変ＤＮＡを含む。いくつかの実施形態では、核酸は、ｍＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、核酸は、本明細書に記載されるような改変ｍＲＮＡ（例えば、合成の改変ｍＲＮＡ）を含む。
本開示は、本開示の遺伝子編集システム（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ）を利用して、当業者に利用可能な任意の様態で標的ポリヌクレオチド配列を変化させることを企図する。細胞内の標的ポリヌクレオチド配列を変化させることができる任意のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムが使用され得る。かかるＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムは、様々なＣａｓタンパク質を用いることができる（Ｈａｆｔ ｅｔ ａｌ．ＰＬｏＳ Ｃｏｍｐｕｔ Ｂｉｏｌ．２００５；１（６）ｅ６０）。ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムが細胞内の標的ポリヌクレオチド配列を変化させることを可能にするかかるＣａｓタンパク質の分子機構には、ＲＮＡ結合タンパク質、エンドヌクレアーゼ及びエキソヌクレアーゼ、ヘリカーゼ、ならびにポリメラーゼが含まれる。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムは、Ｉ型ＣＲＩＳＰＲシステムである。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムは、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムである。いくつかの実施形態では、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムは、Ｖ型ＣＲＩＳＰＲシステムである。
本開示のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを使用して、細胞における任意の標的ポリヌクレオチド配列を変化させることができる。当業者であれば、任意の特定の細胞において変化させるのに望ましい標的ポリヌクレオチド配列は、ゲノム配列の発現が障害に関連するかまたはさもなければ細胞内への病原体の進入を容易にする、任意のゲノム配列に対応してもよいことを容易に理解しよう。例えば、細胞において変化させるのに望ましい標的ポリヌクレオチド配列は、疾患に関連する単一ポリヌクレオチド多型を含有するゲノム配列に対応するポリヌクレオチド配列であってもよい。かかる例では、本開示のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを使用して、細胞において疾患に関連するＳＮＰを、それを野生型アレルと置き換えることによって補正することができる。別の例では、細胞内への病原体の進入または増殖の原因となる標的遺伝子のポリヌクレオチド配列が、標的遺伝子の機能を破壊して、病原体が細胞に進入するかまたは細胞の内部で増殖することを阻止するための好適な欠失または挿入の標的であり得る。
いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ゲノム配列である。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、ヒトゲノム配列である。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、哺乳動物ゲノム配列である。いくつかの実施形態では、標的ポリヌクレオチド配列は、脊椎動物ゲノム配列である。
いくつかの実施形態では、本開示のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムは、Ｃａｓタンパク質、及びＣａｓタンパク質を標的ポリヌクレオチド配列の標的モチーフに導くとともにそれにハイブリダイズすることができる少なくとも１～２つのリボ核酸を含む。本明細書で使用されるとき、「タンパク質」及び「ポリペプチド」とは、ペプチド結合によって接合された一続きのアミノ酸残基（すなわち、アミノ酸のポリマー）を指して互換的に使用され、修飾されたアミノ酸（例えば、リン酸化、糖化、グリコシル化等）及びアミノ酸類似体を含む。例となるポリペプチドまたはタンパク質には、遺伝子産物、天然型タンパク質、ホモログ、パラログ、断片、ならびに上記のものの他の同等物、バリアント、及び類似体が含まれる。
いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、１つまたは複数のアミノ酸置換または修飾を含む。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のアミノ酸置換は、保存的アミノ酸置換を含む。いくつかの事例では、置換及び／または修飾は、細胞においてタンパク質分解を阻止もしくは低減する、及び／またはポリペプチドの半減期を延長することができる。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ペプチド結合の置き換え（例えば、尿素、チオ尿素、カルバメート、スルホニル尿素等）を含み得る。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、天然に存在するアミノ酸を含み得る。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、代替のアミノ酸（例えば、Ｄ－アミノ酸、ベータ－アミノ酸、ホモシステイン、ホスホセリン等）を含み得る。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、部分構造（例えば、ＰＥＧ化、グリコシル化、脂質化、アセチル化、エンドキャッピング等）を含めるような修飾を含み得る。
［０００７］いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、コアＣａｓタンパク質、そのアイソフォーム、または任意のＣａｓタンパク質もしくはそのアイソフォームの類似の機能または活性を有する任意のＣａｓ様タンパク質を含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、コアＣａｓタンパク質を含む。例となるＣａｓコアタンパク質には、Ｃａｓ１、Ｃａｓ２、Ｃａｓ３、Ｃａｓ４、Ｃａｓ５、Ｃａｓ６、Ｃａｓ７、Ｃａｓ８、及びＣａｓ９が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、Ｖ型Ｃａｓタンパク質を含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、Ｅ．ｃｏｌｉサブタイプのＣａｓタンパク質（別名、ＣＡＳＳ２）を含む。Ｅ．Ｃｏｌｉサブタイプの例となるＣａｓタンパク質には、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｅ３、Ｃｓｅ４、及びＣａｓ５ｅが含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ＹｐｅｓｔサブタイプのＣａｓタンパク質（別名、ＣＡＳＳ３）を含む。Ｙｐｅｓｔサブタイプの例となるＣａｓタンパク質には、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、及びＣｓｙ４が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ＮｍｅｎｉサブタイプのＣａｓタンパク質（別名、ＣＡＳＳ４）を含む。Ｎｍｅｎｉサブタイプの例となるＣａｓタンパク質には、Ｃｓｎ１及びＣｓｎ２が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ＤｖｕｌｇサブタイプのＣａｓタンパク質（別名、ＣＡＳＳ１）を含む。Ｄｖｕｌｇサブタイプの例となるＣａｓタンパク質は、Ｃｓｄ１、Ｃｓｄ２、及びＣａｓ５ｄが含まれる。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ＴｎｅａｐサブタイプのＣａｓタンパク質（別名、ＣＡＳＳ７）を含む。Ｔｎｅａｐサブタイプの例となるＣａｓタンパク質には、Ｃｓｔ１、Ｃｓｔ２、Ｃａｓ５ｔが含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ＨｍａｒｉサブタイプのＣａｓタンパク質を含む。Ｈｍａｒｉサブタイプの例となるＣａｓタンパク質には、Ｃｓｈ１、Ｃｓｈ２、及びＣａｓ５ｈが含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ＡｐｅｒｎサブタイプのＣａｓタンパク質（別名、ＣＡＳＳ５）を含む。Ａｐｅｒｎサブタイプの例となるＣａｓタンパク質には、Ｃｓａ１、Ｃｓａ２、Ｃｓａ３、Ｃｓａ４、Ｃｓａ５、及びＣａｓ５ａが含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ＭｔｕｂｅサブタイプのＣａｓタンパク質（別名、ＣＡＳＳ６）を含む。Ｍｔｕｂｅサブタイプの例となるＣａｓタンパク質には、Ｃｓｍ１、Ｃｓｍ２、Ｃｓｍ３、Ｃｓｍ４、及びＣｓｍ５が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、ＲＡＭＰモジュールＣａｓタンパク質を含む。例となるＲＡＭＰモジュールＣａｓタンパク質には、Ｃｍｒ１、Ｃｍｒ２、Ｃｍｒ３、Ｃｍｒ４、Ｃｍｒ５、及びＣｍｒ６が含まれるが、これらに限定されない。例えば、Ｋｌｏｍｐｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ５７１，２１９－２２５（２０１９）、Ｓｔｒｅｃｋｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ３６５，４８－５３（２０１９）を参照されたい。Ｃａｓタンパク質の例としては、Ｃａｓ３、Ｃａｓ８ａ、Ｃａｓ５、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ１０ｄ、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、及び／またはＧＳＵ００５４が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、Ｃａｓ３、Ｃａｓ８ａ、Ｃａｓ５、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ１０ｄ、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、及び／またはＧＳＵ００５４を含む。Ｃａｓタンパク質の例としては、Ｃａｓ９、Ｃｓｎ２、及び／またはＣａｓ４が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、Ｃａｓ９、Ｃｓｎ２、及び／またはＣａｓ４を含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質の例としては、Ｃａｓ１０、Ｃｓｍ２、Ｃｍｒ５、Ｃａｓ１０、Ｃｓｘ１１、及び／またはＣｓｘ１０が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、Ｃａｓ１０、Ｃｓｍ２、Ｃｍｒ５、Ｃａｓ１０、Ｃｓｘ１１、及び／またはＣｓｘ１０を含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質の例としては、Ｃｓｆ１が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、Ｃｓｆ１を含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質の例としては、Ｃａｓ１２ａ、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｃ、Ｃ２ｃ４、Ｃ２ｃ８、Ｃ２ｃ５、Ｃ２ｃ１０、及びＣ２ｃ９；ならびにＣａｓＸ（Ｃａｓ１２ｅ）及びＣａｓＹ（Ｃａｓ１２ｄ）が挙げられるが、これらに限定されない。また、例えば、Ｋｏｏｎｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒ Ｏｐｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．２０１７；３７：６７－７８：“Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ，ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓ ｓｙｓｔｅｍｓ．”も参照されたい。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、Ｃａｓ１２ａ、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｃ、Ｃａｓ１２ｄ、Ｃａｓ１２ｅ、Ｃａｓ１２ｄ、及び／またはＣａｓ１２ｅを含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、Ｃａｓ１３、Ｃａｓ１３ａ、Ｃ２ｃ２、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１３ｃ、及び／またはＣａｓ１３ｄを含む。
いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、本明細書に記載のＣａｓタンパク質のうちのいずれか１つまたはその機能的部分を含む。本明細書で使用されるとき、「機能的部分」とは、少なくとも１つのリボ核酸（例えば、ガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ））と複合体化して、標的ポリヌクレオチド配列を切断するその能力を保持するペプチドの一部分を指す。いくつかの実施形態では、機能的部分は、ＤＮＡ結合ドメイン、少なくとも１つのＲＮＡ結合ドメイン、ヘリカーゼドメイン、及びエンドヌクレアーゼドメインからなる群から選択される、作動可能に連結されたＣａｓ９タンパク質の機能的ドメインの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、機能的部分は、ＤＮＡ結合ドメイン、少なくとも１つのＲＮＡ結合ドメイン、ヘリカーゼドメイン、及びエンドヌクレアーゼドメインからなる群から選択される、作動可能に連結されたＣａｓ１２ａ（別名、Ｃｐｆ１）タンパク質の機能的ドメインの組み合わせを含む。いくつかの実施形態では、機能的ドメインは、複合体を形成する。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質の機能的部分は、ＲｕｖＣ様ドメインの機能的部分を含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質の機能的部分は、ＨＮＨヌクレアーゼドメインの機能的部分を含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ１２ａタンパク質の機能的部分は、ＲｕｖＣ様ドメインの機能的部分を含む。
いくつかの実施形態では、外因性Ｃａｓタンパク質は、ポリペプチド形態で細胞内に導入され得る。ある特定の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、細胞透過ポリペプチドまたは細胞透過ペプチドにコンジュゲートまたは融合され得る。本明細書で使用されるとき、「細胞透過ポリペプチド」及び「細胞透過ペプチド」とは、細胞内への分子の取り込みを容易にするポリペプチドまたはペプチドをそれぞれ指す。細胞透過ポリペプチドは、検出可能な標識を含有し得る。
ある特定の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、荷電タンパク質（例えば、正電荷、負電荷、または全体的に中性の電荷を保有する）にコンジュゲートまたは融合され得る。かかる連結は、共有結合性であり得る。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、Ｃａｓタンパク質が細胞を透過する能力を顕著に増加させるために、超陽性荷電したＧＦＰに融合され得る（Ｃｒｏｎｉｃａｎ ｅｔ ａｌ．ＡＣＳ Ｃｈｅｍ Ｂｉｏｌ．２０１０；５（８）：７４７－５２）。ある特定の実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、細胞内へのその進入を容易にするためにタンパク質形質導入ドメイン（ＰＴＤ）に融合され得る。例となるＰＴＤには、Ｔａｔ、オリゴアルギニン、及びペネトラチンが含まれる。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、細胞透過ペプチドに融合されたＣａｓ９ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、ＰＴＤに融合されたＣａｓ９ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、ｔａｔドメインに融合されたＣａｓ９ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、オリゴアルギニンドメインに融合されたＣａｓ９ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、ペネトラチンドメインに融合されたＣａｓ９ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ９タンパク質は、超陽性荷電したＧＦＰに融合されたＣａｓ９ポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ１２ａタンパク質は、細胞透過ペプチドに融合されたＣａｓ１２ａポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ１２ａタンパク質は、ＰＴＤに融合されたＣａｓ１２ａポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ１２ａタンパク質は、ｔａｔドメインに融合されたＣａｓ１２ａポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ１２ａタンパク質は、オリゴアルギニンドメインに融合されたＣａｓ１２ａポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ１２ａタンパク質は、ペネトラチンドメインに融合されたＣａｓ１２ａポリペプチドを含む。いくつかの実施形態では、Ｃａｓ１２ａタンパク質は、超陽性荷電したＧＦＰに融合されたＣａｓ１２ａポリペプチドを含む。
いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、Ｃａｓタンパク質をコードする核酸の形態で、標的ポリヌクレオチド配列を含有する細胞内に導入され得る。核酸を細胞内に導入するプロセスは、任意の好適な技法によって達成され得る。好適な技法には、リン酸カルシウムまたは脂質媒介性トランスフェクション、エレクトロポレーション、及びウイルスベクターを使用した形質導入または感染が含まれる。いくつかの実施形態では、核酸は、ＤＮＡを含む。いくつかの実施形態では、核酸は、本明細書に記載されるような改変ＤＮＡを含む。いくつかの実施形態では、核酸は、ｍＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、核酸は、本明細書に記載されるような改変ｍＲＮＡ（例えば、合成の改変ｍＲＮＡ）を含む。
いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、１～２つのリボ核酸と複合体化される。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、２つのリボ核酸と複合体化される。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、１つのリボ核酸と複合体化される。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、本明細書に記載されるような改変核酸（例えば、合成の改変ｍＲＮＡ）によってコードされる。
本開示の方法は、Ｃａｓタンパク質を標的ポリヌクレオチド配列の標的モチーフに導くとともにそれにハイブリダイズすることができる、任意のリボ核酸の使用を企図する。いくつかの実施形態では、リボ核酸のうちの少なくとも１つは、ｔｒａｃｒＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、リボ核酸のうちの少なくとも１つは、ＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）を含む。いくつかの実施形態では、単一のリボ核酸は、Ｃａｓタンパク質を細胞内の標的ポリヌクレオチド配列の標的モチーフに導くとともにそれにハイブリダイズするガイドＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、リボ核酸の少なくとも１つは、Ｃａｓタンパク質を細胞内の標的ポリヌクレオチド配列の標的モチーフに導くとともにそれにハイブリダイズするガイドＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、１～２つのリボ核酸の両方が、Ｃａｓタンパク質を細胞内の標的ポリヌクレオチド配列の標的モチーフに導くとともにそれにハイブリダイズするガイドＲＮＡを含む。当業者には理解されようが、本開示のリボ核酸は、用いられる特定のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムに応じて様々な異なる標的モチーフにハイブリダイズし、標的ポリヌクレオチドの配列にハイブリダイズするように選択され得る。１～２つのリボ核酸はまた、標的ポリヌクレオチド配列以外の核酸配列とのハイブリダイゼーションを最小限に抑えるようにも選択され得る。いくつかの実施形態では、１～２つのリボ核酸は、細胞における全ての他のゲノムヌクレオチド配列と比較したときに少なくとも２つのミスマッチを含有する標的モチーフにハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、１～２つのリボ核酸は、細胞における全ての他のゲノムヌクレオチド配列と比較したときに少なくとも１つのミスマッチを含有する標的モチーフにハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、１～２個のリボ核酸は、Ｃａｓタンパク質によって認識されるデオキシリボ核酸モチーフに直接隣接する標的モチーフにハイブリダイズするように設計される。いくつかの実施形態では、１～２つのリボ核酸の各々は、標的モチーフ間に位置する変異対立遺伝子を挟む、Ｃａｓタンパク質によって認識されるデオキシリボ核酸モチーフに直接隣接する標的モチーフにハイブリダイズするように設計される。
いくつかの実施形態では、１～２つのリボ核酸の各々が、Ｃａｓタンパク質を細胞内の標的ポリヌクレオチド配列の標的モチーフに導くとともにそれにハイブリダイズするガイドＲＮＡを含む。
いくつかの実施形態では、１つまたは２つのリボ核酸（例えば、ガイドＲＮＡ）は、標的ポリヌクレオチド配列の同じ鎖上の配列に相補的であり、及び／またはそれにハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、１つまたは２つのリボ核酸（例えば、ガイドＲＮＡ）は、標的ポリヌクレオチド配列の反対の鎖上の配列に相補的であり、及び／またはそれにハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、１つまたは２つのリボ核酸（例えば、ガイドＲＮＡ）は、標的ポリヌクレオチド配列の反対の鎖上の配列には相補的でなく、及び／またはそれにはハイブリダイズしない。いくつかの実施形態では、１つまたは２つのリボ核酸（例えば、ガイドＲＮＡ）は、標的ポリヌクレオチド配列の重複する標的モチーフに相補的であり、及び／またはそれにハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、１つまたは２つのリボ核酸（例えば、ガイドＲＮＡ）は、標的ポリヌクレオチド配列のオフセット標的モチーフに相補的であり、及び／またはそれにハイブリダイズする。
いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質をコードする核酸及び少なくとも１～２つのリボ核酸をコードする核酸は、ウイルス形質導入（例えば、レンチウイルス形質導入）を介して細胞内に導入される。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、１～２つのリボ核酸と複合体化される。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、２つのリボ核酸と複合体化される。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、１つのリボ核酸と複合体化される。いくつかの実施形態では、Ｃａｓタンパク質は、本明細書に記載されるような改変核酸（例えば、合成の改変ｍＲＮＡ）によってコードされる。
本明細書に記載の遺伝子のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓベースの標的化に有用な例となるｇＲＮＡ配列が表１９で提供される。これらの配列は、２０１６年５月９日に出願されたＷＯ２０１６１８３０４１に見出すことができ、表、付録、及び配列表を含めたこの開示は、参照によりその全体が本明細書に援用される。
Figure 2024530403000050
本明細書に記載される遺伝子のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓベースの標的化に有用な他の例となるｇＲＮＡ配列は、２０２２年５月２０日に出願されたＰＣＴ／ＵＳ２２／３０３９４で提供され、表、付録、及び配列表を含めた同文献の開示は、参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。
いくつかの実施形態では、本技術の細胞は、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）手法を使用して作製される。
「ＴＡＬＥ－ヌクレアーゼ」（ＴＡＬＥＮ）とは、転写活性化因子様エフェクター（ＴＡＬＥ）に典型的に由来する核酸結合ドメイン及び核酸標的配列を切断するための１つのヌクレアーゼ触媒ドメインからなる融合タンパク質を意図する。触媒ドメインは、好ましくはヌクレアーゼドメイン、より好ましくは、例えば、Ｉ－ＴｅｖＩ、ＣｏｌＥ７、ＮｕｃＡ、及びＦｏｋ－Ｉのような、エンドヌクレアーゼ活性を有するドメインである。多数の実施形態では、ＴＡＬＥドメインは、例えば、Ｉ－ＣｒｅＩ及びＩ－Ｏｎｕｌまたはそれらの機能的バリアントのような、メガヌクレアーゼに融合され得る。より好ましい実施形態では、該ヌクレアーゼは、モノマーＴＡＬＥ－ヌクレアーゼである。モノマーＴＡＬＥ－ヌクレアーゼは、ＷＯ２０１２１３８９２７に記載される操作されたＴＡＬリピートとＩ－ＴｅｖＩの触媒ドメインとの融合体等の、特異的認識及び切断のために二量体化を必要としないＴＡＬＥ－ヌクレアーゼである。転写活性化因子様エフェクター（ＴＡＬＥ）は、細菌種Ｘａｎｔｈｏｍｏｎａｓ由来のタンパク質であり、複数の反復配列を含み、各反復配列が、１２位及び１３位において核酸標的配列の各ヌクレオチド塩基に特異的である二残基（ＲＶＤ）を含む。類似のモジュール式塩基対塩基核酸結合特性（ｍｏｄｕｌａｒ ｂａｓｅ－ｐｅｒ－ｂａｓｅ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ｂｉｎｄｉｎｇ ｐｒｏｐｅｒｔｉｅｓ）を有する結合ドメイン（ＭＢＢＢＤ）もまた、出願人によって最近発見された異なる細菌種における新たなモジュール式タンパク質に由来し得る。この新たなモジュール式タンパク質は、ＴＡＬリピートよりも大きな配列可変性を示すという利点を有する。好ましくは、異なるヌクレオチドの認識に関連するＲＶＤは、Ｃを認識するためのＨＤ、Ｔを認識するためのＮＧ、Ａを認識するためのＮＩ、ＧまたはＡを認識するためのＮＮ、Ａ、Ｃ、Ｇ、またはＴを認識するためのＮＳ、Ｔを認識するためのＨＧ、Ｔを認識するためのＩＧ、Ｇを認識するためのＮＫ、Ｃを認識するためのＨＡ、Ｃを認識するためのＮＤ、Ｃを認識するためのＨＩ、Ｇを認識するためのＨＮ、Ｇを認識するためのＮＡ、ＧまたはＡを認識するためのＳＮ及びＴを認識するためのＹＧ、Ａを認識するためのＴＬ、ＡまたはＧを認識するためのＶＴ、ならびにＡを認識するためのＳＷである。別の実施形態では、必要不可欠なアミノ酸１２及び１３は、ヌクレオチドＡ、Ｔ、Ｃ、及びＧに対するそれらの特異性を調節するため、ならびに特にこの特異性を強化するために、他のアミノ酸残基に向けて変異させることができる。ＴＡＬＥＮキットは、市販されている。
いくつかの実施形態では、該細胞は、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）を使用して操作される。「ジンクフィンガー結合タンパク質」と、亜鉛イオンの配位によるタンパク質構造の安定化の結果として、好ましくは配列特異的様態で、ＤＮＡ、ＲＮＡ、及び／またはタンパク質に結合するタンパク質またはポリペプチドである。ジンクフィンガー結合タンパク質という用語は、ジンクフィンガータンパク質またはＺＦＰと略称される場合が多い。個々のＤＮＡ結合ドメインは、典型的には、「フィンガー」と称される。ＺＦＰは、少なくとも１つのフィンガー、典型的には２つのフィンガー、３つのフィンガー、または６つのフィンガーを有する。各フィンガーは、２～４塩基対のＤＮＡ、典型的には３または４塩基対のＤＮＡに結合する。ＺＦＰは、標的部位または標的セグメントと呼ばれる核酸配列に結合する。各フィンガーは、典型的には、およそ３０アミノ酸の亜鉛キレート化ＤＮＡ結合サブドメインを含む。このクラスの単一のジンクフィンガーは、単一のベータターンの２つのシステイン残基とともに亜鉛と配位結合した２つの不変のヒスチジン残基を含むアルファヘリックスからなることが、研究により実証されている（例えば、Ｂｅｒｇ ＆ Ｓｈｉ，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２７１：１０８１－１０８５（１９９６）を参照されたい）。
いくつかの実施形態では、本開示の細胞は、ホーミングエンドヌクレアーゼを使用して作製される。かかるホーミングエンドヌクレアーゼは、当該技術分野で周知されている（Ｓｔｏｄｄａｒｄ ２００５）。ホーミングエンドヌクレアーゼは、ＤＮＡ標的配列を認識し、一本鎖または二本鎖切断を生じさせる。ホーミングエンドヌクレアーゼは、高度に特異的であり、長さ１２～４５塩基対（ｂｐ）の範囲、通常は長さ１４～４０ｂｐの範囲のＤＮＡ標的部位を認識する。本技術によるホーミングエンドヌクレアーゼは、例えば、ＬＡＧＬＩＤＡＤＧエンドヌクレアーゼ、ＨＮＨエンドヌクレアーゼ、またはＧＩＹ－ＹＩＧエンドヌクレアーゼに対応し得る。本開示による好ましいホーミングエンドヌクレアーゼは、Ｉ－ＣｒｅＩバリアントであり得る。
いくつかの実施形態では、本技術の細胞は、メガヌクレアーゼを使用して作製される。メガヌクレアーゼは、定義上、大きな配列を認識する配列特異的エンドヌクレアーゼである（Ｃｈｅｖａｌｉｅｒ，Ｂ．Ｓ．ａｎｄ Ｂ．Ｌ．Ｓｔｏｄｄａｒｄ，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，２００１，２９，３７５７－３７７４）。それらは、生細胞において固有の部位を切断し、それによって切断部位の近傍で遺伝子の標的化を１０００倍以上強化することができる（Ｐｕｃｈｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９３，２１，５０３４－５０４０、Ｒｏｕｅｔ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９４，１４，８０９６－８１０６、Ｃｈｏｕｌｉｋａ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９５，１５，１９６８－１９７３、Ｐｕｃｈｔａ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ，１９９６，９３，５０５５－５０６０、Ｓａｒｇｅｎｔ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９７，１７，２６７－７７、Ｄｏｎｏｈｏ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ，１９９８，１８，４０７０－４０７８、Ｅｌｌｉｏｔｔ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９８，１８，９３－１０１、Ｃｏｈｅｎ－Ｔａｎｎｏｕｄｊｉ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．，１９９８，１８，１４４４－１４４８）。
いくつかの実施形態では、本技術の細胞は、寛容原性因子等のポリペプチドの発現をノックダウンする（例えば、減少させる、排除する、または阻害する）ためのＲＮＡサイレンシングまたはＲＮＡ干渉（ＲＮＡｉ）を使用して作製される。有用なＲＮＡｉ法は、合成ＲＮＡｉ分子、低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）、ＰＩＷＩ相互作用ＮＲＡ（ｐｉＲＮＡ）、低分子ヘアピン型ＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）、マイクロＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ）、及び当業者に認識される他の一過性ノックダウン法を利用するものを含む。配列特異的ｓｈＲＮＡ、ｓｉＲＮＡ、ｍｉＲＮＡ等を含めたＲＮＡｉのための試薬は、市販されている。例えば、多能性幹細胞において、細胞にＣＩＩＴＡ ｓｉＲＮＡを導入するかまたはＣＩＩＴＡ ｓｈＲＮＡ発現ウイルスを形質導入することによって、ＣＩＩＴＡをノックダウンすることができる。いくつかの実施形態では、ＲＮＡ干渉を用いて、ＣＩＩＴＡ、Ｂ２Ｍ、ＮＬＲＣ５、ＴＣＲ－アルファ、及びＴＣＲ－ベータからなる群から選択される少なくとも１つの発現が低減または阻害される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される細胞は、免疫特権が備わった細胞または低免疫原性細胞を作出するために、１つまたは複数の免疫因子（標的ポリペプチドを含む）の発現を低減するように遺伝子改変される。ある特定の実施形態では、本明細書に開示される細胞（例えば、幹細胞、人工多能性幹細胞、分化細胞、造血幹細胞、初代Ｔ細胞、及びＣＡＲ－Ｔ細胞）は、１つまたは複数の標的ポリヌクレオチドの発現を低減するような１つまたは複数の遺伝子改変を含む。かかる標的ポリヌクレオチド及びポリペプチドの非限定的な例としては、ＣＩＩＴＡ、Ｂ２Ｍ、ＮＬＲＣ５、ＣＴＬＡ－４、ＰＤ－１、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－ＢＭ、ＨＬＡ－Ｃ、ＲＦＸ－ＡＮＫ、ＮＦＹ－Ａ、ＲＦＸ５、ＲＦＸ－ＡＰ、ＮＦＹ－Ｂ、ＮＦＹ－Ｃ、ＩＲＦ１、及びＴＡＰ１が挙げられる。
いくつかの実施形態では、遺伝子改変は、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムを使用して起こる。１つまたは複数の標的ポリヌクレオチドの発現を調節すること（例えば、低減するまたは欠失させること）によって、かかる細胞は、レシピエント対象に移植されたときに減少した免疫活性化を示す。いくつかの実施形態では、該細胞は、例えば、投与時にレシピエント対象または患者において低免疫原性と見なされる。
Ｉ．遺伝子編集システム
いくつかの実施形態では、１つまたは複数の遺伝子をノックアウト、ノックダウン、または他の方法で改変するように細胞を遺伝子改変するための方法は、当該技術分野で既知の、例えば、ジンクフィンガーヌクレアーゼ（ＺＦＮ）、転写活性化因子様エフェクターヌクレアーゼ（ＴＡＬＥＮ）、メガヌクレアーゼ、トランスポザーゼ、及び規則的な間隔をもってクラスター化された短鎖反復回文配列（ＣＲＩＳＰＲ）／Ｃａｓシステムを含めた部位特異的ヌクレアーゼ、ならびにニッカーゼシステム、塩基編集システム、プライム編集システム、及び遺伝子書き込みシステムを使用することを含む。
ｉ．ＺＦＮ
ＺＦＮは、細菌ＦｏｋＩ制限酵素のエンドヌクレアーゼドメインに結合したジンクフィンガー含有転写因子から適応された数々の部位特異的ＤＮＡ結合ドメインを含む融合タンパク質である。ＺＦＮは、１つまたは複数（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれよりも多く）のＤＮＡ結合ドメインまたはジンクフィンガードメインを有してもよい。例えば、Ｃａｒｒｏｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｅｔｉｃｓ Ｓｏｃｉｅｔｙ ｏｆ Ａｍｅｒｉｃａ（２０１１）１８８：７７３－７８２、Ｋｉｍ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９９６）９３：１１５６－１１６０を参照されたい。各ジンクフィンガードメインは、１つまたは複数の亜鉛イオンによって安定化された小さなタンパク質の構造モチーフであり、通常、３～４ｂｐのＤＮＡ配列を認識する。タンデムドメインは、故に、細胞のゲノム内で固有である長いヌクレオチド配列に結合する可能性があり得る。
特異性が知られている種々のジンクフィンガーを組み合わせて、約６、９、１２、１５、または１８ｂｐの配列を認識するマルチフィンガーポリペプチドを生み出すことができる。ファジーディスプレイ、酵母ワンハイブリッドシステム、細菌ワンハイブリッド及びツーハイブリッドシステム、ならびに哺乳類細胞を含む、特定の配列を認識するジンクフィンガー（及びそれらの組み合わせ）を生成するための種々の選択及びモジュール式組立て技法が利用可能である。ジンクフィンガーは、既定の核酸配列に結合するように操作され得る。既定の核酸配列に結合するようにジンクフィンガーを操作するための基準は、当該技術分野で既知である。例えば、Ｓｅｒａ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（２００２）４１：７０７４－７０８１、Ｌｉｕ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ（２００８）２４：１８５０－１８５７を参照されたい。
ＦｏｋＩヌクレアーゼドメインまたは他の二量体ヌクレアーゼドメインを含有するＺＦＮは、二量体として機能する。故に、非回文型ＤＮＡ部位を標的化するためにＺＦＮの対が必要とされる。２つの個々のＺＦＮは、それらのヌクレアーゼが適切に離間した状態でＤＮＡの相対する鎖に結合しなければならない。Ｂｉｔｉｎａｉｔｅ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ（１９９８）９５：１０５７０－１０５７５を参照されたい。ゲノム内の特定の部位を切断するために、ＺＦＮの対は、一方が順方向鎖上、他方が逆方向鎖上で、当該部位の両側に位置する２つの配列を認識するように設計される。ＺＦＮが当該部位のそれぞれの側で結合すると、ヌクレアーゼドメインは二量体化し、当該部位にてＤＮＡを切断して、５’オーバーハングを伴うＤＳＢを生じさせる。次いでＨＤＲを使用して、相同性アームが両側に位置する所望の変異を含有する修復鋳型の一助により、特定の変異を誘導することができる。修復鋳型は通常、細胞に導入される外因性二本鎖ＤＮＡベクターである。Ｍｉｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（２０１１）２９：１４３－１４８、Ｈｏｃｋｅｍｅｙｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．（２０１１）２９：７３１－７３４を参照されたい。
ｉｉ．ＴＡＬＥＮ
ＴＡＬＥＮは、標的遺伝子を編集するために使用され得る人工ヌクレアーゼの別の例である。ＴＡＬＥＮは、長いＤＮＡ配列に結合し、それを認識する１０～３０個のリピートを有するタンデムアレイを通常含む、ＴＡＬＥリピートと呼ばれるＤＮＡ結合ドメインに由来する。各リピートは、３３～３５アミノ酸長であり、このうち２つの隣接するアミノ酸（反復可変性二残基（ｒｅｐｅａｔ－ｖａｒｉａｂｌｅ ｄｉ－ｒｅｓｉｄｕｅ）またはＲＶＤと呼ばれる）が４つのＤＮＡ塩基対のうちの１つに対する特異性を付与する。故に、標的ＤＮＡ配列においてリピートと塩基対との間に１対１の対応関係が存在する。
ＴＡＬＥＮは、１つまたは複数のＴＡＬＥ ＤＮＡ結合ドメイン（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはそれよりも多く）をヌクレアーゼドメイン、例えば、ＦｏｋＩエンドヌクレアーゼドメインに融合することによって人工的に生産される。Ｚｈａｎｇ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．（２０１１）２９：１４９－１５３を参照されたい。ＴＡＬＥＮにおける使用に向けてＦｏｋＩに対するいくつかの変異が作製されており、これらは、例えば、切断特異性または活性を改善する。Ｃｅｒｍａｋ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（２０１１）３９：ｅ８２、Ｍｉｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．（２０１１）２９：１４３－１４８、Ｈｏｃｋｅｍｅｙｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．（２０１１）２９：７３１－７３４、Ｗｏｏｄ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ（２０１１）３３３：３０７、Ｄｏｙｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｔｈｏｄｓ（２０１０）８：７４－７９、Ｓｚｃｚｅｐｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ（２００７）２５：７８６－７９３、Ｇｕｏ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（２０１０）２００：９６を参照されたい。ＦｏｋＩドメインは二量体として機能するため、適切な向き及び間隔での、標的ゲノム内の部位に対する固有のＤＮＡ結合ドメインを有する２つの構築物を必要とする。ＴＡＬＥ ＤＮＡ結合ドメインとＦｏｋＩヌクレアーゼドメインとの間のアミノ酸残基の数、及び２つの個々のＴＡＬＥＮ結合部位の間の塩基の数の両方が、高レベルの活性を達成するために重要なパラメータであるようである。Ｍｉｌｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．（２０１１）２９：１４３－１４８。
操作されたＴＡＬＥリピートをヌクレアーゼドメインと組み合わせることによって、任意の所望のＤＮＡ配列に特異的な部位特異的ヌクレアーゼを生産することができる。ＺＦＮに類似して、ＴＡＬＥＮを細胞内に導入して、ゲノム内の所望の標的部位にてＤＳＢを生じさせることができるため、これを使用して、類似のＨＤＲ媒介性経路で遺伝子をノックアウトまたは変異をノックインすることができる。Ｂｏｃｈ，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．（２０１１）２９：１３５－１３６、Ｂｏｃｈ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ（２００９）３２６：１５０９－１５１２、Ｍｏｓｃｏｕ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ（２００９）３２６：３５０１を参照されたい。
ｉｉｉ．メガヌクレアーゼ
メガヌクレアーゼは、大きなＤＮＡ配列（１４～４０塩基対）を認識し、切断する能力を特徴とする、エンドヌクレアーゼファミリー内の酵素である。メガヌクレアーゼは、ヌクレアーゼ活性及び／またはＤＮＡ認識に影響を及ぼすそれらの構造モチーフに基づいて複数のファミリーに群分けされる。最も普及し、最もよく知られたメガヌクレアーゼは、ＬＡＧＬＩＤＡＤＧファミリー内のタンパク質であり、それらの名称は保存されたアミノ酸配列に帰する。Ｃｈｅｖａｌｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（２００１）２９（１８）：３７５７－３７７４を参照されたい。一方で、ＧＩＹ－ＹＩＧファミリーメンバーは、ＧＩＹ－ＹＩＧモジュールを有し、これは７０～１００残基長であり、４つの不変残基を有し、このうち２つが活性に必要とされる、４つまたは５つの保存された配列モチーフを含む。Ｖａｎ Ｒｏｅｙ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｓｔｒｕｃｔ．Ｂｉｏｌ．（２００２）９：８０６－８１１を参照されたい。Ｈｉｓ－Ｃｙｓファミリーのメガヌクレアーゼは、数百個のアミノ酸残基を包含する領域にわたって高度に保存された一連のヒスチジン及びシステインを特徴とする。Ｃｈｅｖａｌｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（２００１）２９（１８）：３７５７－３７７４を参照されたい。ＮＨＮファミリーのメンバーは、アスパラギン残基に囲まれた２対の保存されたヒスチジンを含有するモチーフによって定義される。Ｃｈｅｖａｌｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（２００１）２９（１８）：３７５７－３７７４を参照されたい。
特異性要件の高さに起因して特定の標的ＤＮＡ配列に対する天然メガヌクレアーゼを特定する見込みが低いため、変異誘発法及び高スループットスクリーニング法を含めた種々の方法を使用して、固有の配列を認識するメガヌクレアーゼバリアントが作出されている。例えば、既定の核酸配列に結合するように、変化したＤＮＡ結合特異性を有するメガヌクレアーゼを操作するための戦略は、当該技術分野で既知である。例えば、Ｃｈｅｖａｌｉｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．（２００２）１０：８９５－９０５、Ｅｐｉｎａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ（２００３）３１：２９５２－２９６２、Ｓｉｌｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（２００６）３６１：７４４－７５４、Ｓｅｌｉｇｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ（２００２）３０：３８７０－３８７９、Ｓｕｓｓｍａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ（２００４）３４２：３１－４１、Ｄｏｙｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ａｍ Ｃｈｅｍ Ｓｏｃ（２００６）１２８：２４７７－２４８４、Ｃｈｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ Ｄｅｓ Ｓｅｌ（２００９）２２：２４９－２５６、Ａｒｎｏｕｌｄ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｍｏｌ Ｂｉｏｌ．（２００６）３５５：４４３－４５８、Ｓｍｉｔｈ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．（２００６）３６３（２）：２８３－２９４を参照されたい。
ＺＦＮ及びＴＡＬＥＮと同様に、メガヌクレアーゼは、ゲノムＤＮＡにＤＳＢを作出することができ、これにより、例えばＮＨＥＪを介して、不適切に修復される場合にフレームシフト変異が作出され得、細胞における標的遺伝子の発現の減少につながる。代替として、メガヌクレアーゼとともに外来ＤＮＡを細胞内に導入することができる。外来ＤＮＡの配列及び染色体配列に応じて、このプロセスを使用して、標的遺伝子を改変することができる。Ｓｉｌｖａ ｅｔ ａｌ．，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ（２０１１）１１：１１－２７を参照されたい。
ｉｖ．トランスポザーゼ
トランスポザーゼは、トランスポゾンの末端に結合し、切り貼り機構または複製型転移機構によってゲノムの別の部分へのその移動を触媒する酵素である。トランスポザーゼをＣＲＩＳＰＥＲ／Ｃａｓシステム等の他のシステムと連結することによって、ゲノムＤＮＡの部位特異的挿入または操作を可能にする新たな遺伝子編集ツールを開発することができる。触媒的に不活性なＣａｓエフェクタータンパク質及びＴｎ７様トランスポゾンを使用する、トランスポゾンを使用した２つの既知のＤＮＡ組み込み方法が存在する。トランスポザーゼ依存性のＤＮＡ組み込みは、ゲノム内にＤＳＢを誘発せず、これはより安全でより特異的なＤＮＡ組み込みを保証し得る。
ｖ．ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム
ＣＲＩＳＰＲシステムは元々、獲得免疫の一形態を提供する、侵入するファージ及びプラスミドに対する防御に関与するシステムとして原核生物（例えば、細菌及び古細菌）において発見された。今では、それは研究及び臨床応用で普及した遺伝子編集ツールとして適応され、使用されている。
ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステムは一般に、少なくとも２つの構成要素、すなわち１つまたは複数のガイドＲＮＡ（ｇＲＮＡ）及びＣａｓタンパク質を含む。Ｃａｓタンパク質は、標的部位にＤＳＢを導入するヌクレアーゼである。ＣＲＩＳＰＲ－Ｃａｓシステムは、以下の２つの主要なクラスに該当する：クラス１システムは、核酸を分解するために複数のＣａｓタンパク質の複合体を使用し、クラス２システムは、同じ目的のために単一の大きなＣａｓタンパク質を使用する。クラス１は、Ｉ型、ＩＩＩ型、及びＩＶ型に分類され、クラス２は、ＩＩ型、Ｖ型、及びＶＩ型に分類される。遺伝子編集用途に適応された異なるＣａｓタンパク質には、Ｃａｓ３、Ｃａｓ４、Ｃａｓ５、Ｃａｓ８ａ、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１０、Ｃａｓ１２、Ｃａｓ１２ａ（Ｃｐｆ１）、Ｃａｓ１２ｂ（Ｃ２ｃ１）、Ｃａｓ１２ｃ（Ｃ２ｃ３）、Ｃａｓ１２ｄ（ＣａｓＹ）、Ｃａｓ１２ｅ（ＣａｓＸ）、Ｃａｓ１２ｆ（Ｃ２ｃ１０）、Ｃａｓ１２ｇ、Ｃａｓ１２ｈ、Ｃａｓ１２ｉ、Ｃａｓ１２ｋ（Ｃ２ｃ５）、Ｃａｓ１３、Ｃａｓ１３ａ（Ｃ２ｃ２）、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１３ｃ、Ｃａｓ１３ｄ、Ｃ２ｃ４、Ｃ２ｃ８、Ｃ２ｃ９、Ｃｍｒ５、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｆ１、Ｃｓｍ２、Ｃｓｎ２、Ｃｓｘ１０、Ｃｓｘ１１、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、及びＭａｄ７が含まれるが、これらに限定されない。最も広く使用されるＣａｓ９が、例示説明として本明細書に記載される。これらのＣａｓタンパク質は、異なる源の種を起源とし得る。例えば、Ｃａｓ９は、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓまたはＳ．ａｕｒｅｕｓに由来し得る。
元の微生物ゲノム内で、ＩＩ型ＣＲＩＳＰＲシステムは、宿主ゲノム内のアレイとしてコードされるＣＲＩＳＰＲリピート配列の間に侵入ＤＮＡからの配列を組み込む。ＣＲＩＳＰＲリピートアレイからの転写物は、各々がＣＲＩＳＰＲリピートの部分のみならず「プロトスペーサー」配列として知られる侵入ＤＮＡから転写された可変配列を内部にもつ、ＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｃｒＲＮＡ）へとプロセスされる。各ｃｒＲＮＡは、第２のトランス活性化ＣＲＩＳＰＲ ＲＮＡ（ｔｒａｃｒＲＮＡ）とハイブリダイズし、これらの２つのＲＮＡが、Ｃａｓ９ヌクレアーゼと複合体を形成する。ｃｒＲＮＡのプロトスペーサーにコードされる部分は、相補的な標的ＤＮＡ配列を、それらが「プロトスペーサー隣接モチーフ」（ＰＡＭ）として知られる短い配列に隣接することを条件として、切断するようにＣａｓ９複合体を導く。
その発見以来、ＣＲＩＳＰＲシステムは、細菌からヒト細胞を含めた真核細胞に及ぶ広範な細胞及び生物において配列特異的ＤＳＢ及び標的化ゲノム編集を誘導するために適応されてきた。遺伝子編集用途でのその使用においては、人工的に設計された合成ｇＲＮＡが元のｃｒＲＮＡ：ｔｒａｃｒＲＮＡ複合体を置き換えている。例えば、ｇＲＮＡは、ｃｒＲＮＡ、テトラループ、及びｔｒａｃｒＲＮＡから構成される単一ガイドＲＮＡ（ｓｇＲＮＡ）であり得る。ｃｒＲＮＡは通常、目的の標的ＤＮＡを認識するようにユーザー設計される相補的領域（別称、スペーサー、通常は約２０ヌクレオチド長）を含む。ｔｒａｃｒＲＮＡ配列は、Ｃａｓヌクレアーゼ結合のための足場領域を含む。ｃｒＲＮＡ配列及びｔｒａｃｒＲＮＡ配列は、テトラループによって連結され、各々が互いとハイブリダイズするための短いリピート配列を有し、故にキメラｓｇＲＮＡを生成する。ｇＲＮＡに存在するスペーサーまたは相補的領域の配列を単に変更することによって、Ｃａｓヌクレアーゼのゲノム標的を変更することができる。相補的領域は、標準的なＲＮＡ－ＤＮＡ相補的塩基対合規則によりＣａｓヌクレアーゼを標的ＤＮＡ部位に導く。
Ｃａｓヌクレアーゼが機能するためには、ＰＡＭがゲノムＤＮＡ内の標的配列の直ぐ下流に存在しなければならない。Ｃａｓタンパク質によるＰＡＭの認識は、隣接するゲノム配列を不安定化すると考えられ、ｇＲＮＡによる配列の問合せを可能にして、一致する配列が存在する場合にｇＲＮＡ－ＤＮＡ対合をもたらす。ＰＡＭの特定の配列は、Ｃａｓ遺伝子の種に応じて様々である。例えば、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓに由来する、最も一般的に使用されるＣａｓ９ヌクレアーゼは、５’－ＮＧＧ－３’のＰＡＭ配列を認識するか、またはそれよりも低い効率で５’－ＮＡＧ－３’を認識する（ここで、「Ｎ」は任意のヌクレオチドであることができる）。代替のＰＡＭを用いる他のＣａｓヌクレアーゼバリアントもまた特性評価され、ゲノム編集に成功裏に使用されている。これらは下記の表２０に要約される。
Figure 2024530403000051
いくつかの実施形態では、Ｃａｓヌクレアーゼは、それらの活性、特異性、認識、及び／または他の特性を変化させるための１つまたは複数の変異を含んでもよい。例えば、Ｃａｓヌクレアーゼは、オフターゲット効果を軽減するためにその忠実度を変化させる１つまたは複数の変異を有してもよい（例えば、ｅＳｐＣａｓ９、ＳｐＣａｓ９－ＨＦ１、ＨｙｐａＳｐＣａｓ９、ＨｅＦＳｐＣａｓ９、及びｅｖｏＳｐＣａｓ９は、ＳｐＣａｓ９の高忠実度バリアントである）。別の例として、Ｃａｓヌクレアーゼは、そのＰＡＭ特異性を変化させる１つまたは複数の変異を有してもよい。
ｖｉ．ニッカーゼ
Ｃａｓ（特にＣａｓ９）ヌクレアーゼのヌクレアーゼドメインを独立して変異させて、ＤＮＡ「ニッカーゼ」と称される酵素を生成することができる。ニッカーゼは、例えばＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ９を含めた通常のＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓヌクレアーゼ（ｎｕｃｌｅａｓ）システムと同じ特異性で、一本鎖切断を導入することができる。ニッカーゼを用いて、遺伝子編集システムにおいて有用であり得る二本鎖切断を生じさせることができる（Ｍａｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈ，３１（９）：８３３－８３８（２０１３）、Ｍａｌｉ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｔｈｏｄｓ，１０：９５７－９６３（２０１３）、Ｍａｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３３９（６１２１）：８２３－８２６（２０１３））。いくつかの事例では、２つのＣａｓニッカーゼが使用される場合、切断末端の各々において平滑末端の代わりに長いオーバーハングが生み出され、これにより正確な遺伝子組み込み及び挿入に対する追加の制御が可能となる（Ｍａｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈ，３１（９）：８３３－８３８（２０１３）、Ｍａｌｉ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｔｈｏｄｓ，１０：９５７－９６３（２０１３）、Ｍａｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３３９（６１２１）：８２３－８２６（２０１３））。両方のニッキングＣａｓ酵素がそれらの標的ＤＮＡに有効に切れ目を入れなければならないため、対合したニッカーゼは、二本鎖切断Ｃａｓベースのシステムと比較してより低いオフターゲット効果を有し得る（Ｒａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｅｌｌ，１５５（２）：４７９－４８０（２０１３）、Ｍａｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈ，３１（９）：８３３－８３８（２０１３）、Ｍａｌｉ ｅｔ ａｌ．Ｎａｔｕｒｅ Ｍｅｔｈｏｄｓ，１０：９５７－９６３（２０１３）、Ｍａｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ，３３９（６１２１）：８２３－８２６（２０１３））。
Ｖ．寛容原性因子及び／またはキメラ抗原受容体の組換え発現方法
これらの技術の全てについて、周知の組換え技法を使用して、本明細書に概説されるような組換え核酸が生成される。ある特定の実施形態では、寛容原性因子またはキメラ抗原受容体をコードする組換え核酸は、発現構築物において１つまたは複数の制御ヌクレオチド配列に作動可能に連結されてもよい。制御ヌクレオチド配列は、一般に、処置される宿主細胞及びレシピエント対象に適切であろう。様々な宿主細胞に対して、数多くの種類の適切な発現ベクター及び好適な制御配列が当該技術分野で既知である。典型的には、１つまたは複数の制御ヌクレオチド配列には、プロモーター配列、リーダーまたはシグナル配列、リボソーム結合部位、転写開始及び終結配列、翻訳開始及び終結配列、ならびにエンハンサーまたは活性化因子配列が含まれ得るが、これらに限定されない。当該技術分野で既知であるような構成的または誘導性プロモーターもまた企図される。プロモーターは、天然型プロモーター、または１つよりも多くのプロモーターの要素を組み合わせたハイブリッドプロモーター、または合成プロモーターのいずれであってもよい。発現構築物は、細胞においてプラスミド等のエピソーム上に存在してもよいし、または発現構築物は、遺伝子座等の染色体に挿入されてもよい。いくつかの実施形態では、発現ベクターは、形質転換された宿主細胞の選択を可能にするための選択可能マーカー遺伝子を含む。いくつかの実施形態には、少なくとも１つの制御配列に作動可能に連結されたバリアントポリペプチドをコードするヌクレオチド配列を含む、発現ベクターを含む。本明細書で使用するための制御配列には、プロモーター、エンハンサー、及び他の発現制御要素が含まれる。いくつかの実施形態では、発現ベクターは、形質転換される宿主細胞、発現させることが望まれる特定のバリアントポリペプチド、ベクターのコピー数、そのコピー数を制御する能力、及び／またはベクターによってコードされる任意の他のタンパク質、例えば、抗生物質マーカーの発現の選定に対して設計される。
好適な哺乳類プロモーターの例としては、例えば、以下の遺伝子からのプロモーター、すなわち、伸長因子１アルファ（ＥＦ１α）プロモーター、ＣＡＧプロモーター、ハムスターのユビキチン／Ｓ２７ａプロモーター（ＷＯ９７／１５６６４）、サル空胞ウイルス４０（ＳＶ４０）初期プロモーター、アデノウイルス主要後期プロモーター、マウスメタロチオネイン－Ｉプロモーター、ラウス肉腫ウイルス（ＲＳＶ）の長鎖末端反復配列領域、マウス乳腺腫瘍ウイルスプロモーター（ＭＭＴＶ）、モロニーマウス白血病ウイルス長鎖末端反復配列領域、及びヒトサイトメガロウイルス（ＣＭＶ）の初期プロモーターが挙げられる。他の異種哺乳類プロモーターの例は、アクチン、免疫グロブリン、または熱ショックプロモーター（複数可）である。追加の実施形態では、哺乳類宿主細胞において使用するためのプロモーターは、ポリオーマウイルス、鶏痘ウイルス（１９８９年７月５日に公開されたＵＫ２，２１１，５０４）、ウシパピローマウイルス、トリ肉腫ウイルス、サイトメガロウイルス、レトロウイルス、Ｂ型肝炎ウイルス、及びサルウイルス４０（ＳＶ４０）等のウイルスのゲノムから得ることができる。さらなる実施形態では、異種哺乳類プロモーターが使用される。例としては、アクチンプロモーター、免疫グロブリンプロモーター、及び熱ショックプロモーターが挙げられる。ＳＶ４０の初期及び後期プロモーターは、ＳＶ４０ウイルス複製起点も含有するＳＶ４０制限断片として好都合に得られる（Ｆｉｅｒｓ ｅｔ ａｌ，Ｎａｔｕｒｅ ２７３：１１３－１２０（１９７８））。ヒトサイトメガロウイルスの最初期プロモーターは、ＨｉｎｄＩＩＩ制限酵素断片として好都合に得られる（Ｇｒｅｅｎａｗａｙ ｅｔ ａｌ，Ｇｅｎｅ １８：３５５－３６０（１９８２））。前述の参考文献は、参照によりそれらの全体が援用される。
いくつかの実施形態では、発現ベクターは、バイシストロン性またはマルチシストロン性発現ベクターである。バイシストロン性またはマルチシストロン性発現ベクターは、（１）オープンリーディングフレームの各々に融合された複数のプロモーター、（２）遺伝子の間のスプライシングシグナルの挿入、（３）発現が単一のプロモーターによって駆動される遺伝子の融合、及び（４）遺伝子の間のタンパク質分解切断部位の挿入（自己切断ペプチド）または遺伝子の間の内部リボソーム進入部位（ＩＲＥＳ）の挿入を含んでもよい。
本明細書に記載のポリヌクレオチドを細胞内に導入するプロセスは、任意の好適な技法によって達成することができる。好適な技法には、リン酸カルシウムまたは脂質媒介性トランスフェクション、エレクトロポレーション、フソゲン、及びウイルスベクターを使用した形質導入または感染が含まれる。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、ウイルス形質導入を介して細胞内に導入されるか（例えば、ＡＡＶ形質導入、レンチウイルス形質導入）、またはウイルスベクター上で他の方法で送達される（例えば、フソゲン媒介性送達）。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、フソゲン媒介性送達、または条件付きもしくは誘導性トランスポザーゼ、条件付きもしくは誘導性ＰｉｇｇｙＢａｃトランスポゾン、条件付きもしくは誘導性Ｓｌｅｅｐｉｎｇ Ｂｅａｕｔｙ（ＳＢ１１）トランスポゾン、条件付きもしくは誘導性Ｍｏｓ１トランスポゾン、及び条件付きもしくは誘導性Ｔｏｌ２トランスポゾンからなる群から選択されるトランスポザーゼシステムを介して細胞内に導入される。
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される細胞は、低免疫原性細胞の１つまたは複数のゲノム遺伝子座に挿入された１つまたは複数の外因性ポリヌクレオチドを含むように遺伝子改変される。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、目的のタンパク質、例えば、キメラ抗原受容体をコードする。本明細書に記載の遺伝子編集法（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）を含めて、任意の好適な方法を使用して、外因性ポリヌクレオチドを低免疫原性細胞のゲノム遺伝子座内に挿入することができる。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、例えば、ベクターを用いた、ウイルス形質導入を使用して細胞の少なくとも一方のアレルに挿入される。いくつかの実施形態では、ベクターは、外因性ポリヌクレオチドを運搬するシュードタイプ化された自己不活性化レンチウイルスベクターである。いくつかの実施形態では、ベクターは、水疱性口炎ＶＳＶ－Ｇエンベロープでシュードタイプ化され、外因性ポリヌクレオチドを運搬する自己不活性化レンチウイルスベクターである。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、ウイルス形質導入を使用して細胞の少なくとも一方のアレルに挿入される。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、レンチウイルスベースのウイルスベクターを使用して細胞の少なくとも一方のアレルに挿入される。
細胞の活性化、例えば、Ｔ細胞（例えば、ＣＤ８＋ Ｔ細胞）の活性化を一般に伴う、本明細書に記載のポリヌクレオチドを細胞内に導入するある特定の方法とは異なり、好適な技法を利用して、ポリヌクレオチドを非活性化Ｔ細胞内に導入することができる。好適な技法には、ＣＤ３、ＣＤ８、及び／またはＣＤ２８に結合する１つまたは複数の抗体、またはその断片もしくは一部分（例えば、ｓｃＦｖ及びＶＨＨ）（これらはビーズに結合している場合も、していない場合もある）によるＣＤ８＋ Ｔ細胞等のＴ細胞の活性化が挙げられるが、これらに限定されない。驚くべきことに、Ｔ細胞内へのポリヌクレオチドのフソゲン媒介性導入は、１つまたは複数の活性化抗体またはその断片もしくは一部分（例えば、ＣＤ３、ＣＤ８、及び／またはＣＤ２８）と以前に接触させられていない非活性化Ｔ細胞（例えば、ＣＤ８＋ Ｔ細胞）において実施される。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞内へのポリヌクレオチドのフソゲン媒介性導入は、インビボで（例えば、Ｔ細胞が対象に投与された後に）実施される。他の実施形態では、Ｔ細胞内へのポリヌクレオチドのフソゲン媒介性導入は、インビトロで（例えば、Ｔ細胞が対象に投与される前に）実施される。
本明細書では、野生型Ｔ細胞と比べて低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＣＩＩＴＡ、ＴＣＲ－アルファ、及び／またはＴＣＲ－ベータの発現を含む非活性化Ｔ細胞が提供され、ここで、非活性化Ｔ細胞は、ＣＤ４７をコードする第１の遺伝子をさらに含む。いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、野生型Ｔ細胞と比べて低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＣＩＩＴＡ、ＴＣＲ－アルファ、及び／またはＴＣＲ－ベータの発現を含み、ここで、非活性化Ｔ細胞は、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドをさらに含む。
いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、抗ＣＤ３抗体、抗ＣＤ２８抗体、Ｔ細胞活性化サイトカイン、または可溶性Ｔ細胞共刺激分子で処理されていない。いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、活性化マーカーを発現しない。いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＣＤ３及びＣＤ２８を発現し、ここで、ＣＤ３及び／またはＣＤ２８は、不活性である。
いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体は、ＯＫＴ３である。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ２８抗体は、ＣＤ２８．２である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞活性化サイトカインは、ＩＬ－２、ＩＬ－７、ＩＬ－１５、及びＩＬ－２１からなるＴ細胞活性化サイトカインの群から選択される。いくつかの実施形態では、可溶性Ｔ細胞共刺激分子は、抗ＣＤ２８抗体、抗ＣＤ８０抗体、抗ＣＤ８６抗体、抗ＣＤ１３７Ｌ抗体、及び抗ＩＣＯＳ－Ｌ抗体からなる可溶性Ｔ細胞共刺激分子の群から選択される。
いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、初代Ｔ細胞である。他の実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、本開示の操作された及び／または低免疫原性細胞から分化させられる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＤ８＋ Ｔ細胞である。
いくつかの実施形態では、第１の外因性ポリヌクレオチドは、ＣＤ４７をコードする。
いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードする第２の外因性ポリヌクレオチドをさらに含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ１９特異的ＣＡＲ、ＣＤ２０特異的ＣＡＲ、ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ、及びＣＤ２２特異的ＣＡＲからなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、第１及び／または第２の外因性ポリヌクレオチドは、レンチウイルスベクターを含めたウイルスベクターによって運搬される。いくつかの実施形態では、第１及び／または第２の外因性ポリヌクレオチドは、ＣＤ８結合因子を含むレンチウイルスベクターによって運搬される。いくつかの実施形態では、第１及び／または第２の外因性ポリヌクレオチドは、フソゲン媒介性送達、または条件付きもしくは誘導性トランスポザーゼ、条件付きもしくは誘導性ＰｉｇｇｙＢａｃトランスポゾン、条件付きもしくは誘導性Ｓｌｅｅｐｉｎｇ Ｂｅａｕｔｙ（ＳＢ１１）トランスポゾン、条件付きもしくは誘導性Ｍｏｓ１トランスポゾン、及び条件付きもしくは誘導性Ｔｏｌ２トランスポゾンからなる群から選択されるトランスポザーゼシステムを使用して、細胞内に導入される。
いくつかの実施形態では、第１及び／または第２の外因性ポリヌクレオチドは、Ｔ細胞の少なくとも一方のアレルの特定の遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、特定の遺伝子座は、セーフハーバーまたは標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、及びＴＲＢ遺伝子座からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドは、セーフハーバーまたは標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、及びＴＲＢ遺伝子座からなる群から選択される特定の遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドは、セーフハーバーまたは標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、及びＴＲＢ遺伝子座からなる群から選択される特定の遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドは、異なる遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドは、同じ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドは、ＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドは、ＴＲＡＣ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドは、ＴＲＢ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチド及びＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドは、セーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、セーフハーバーまたは標的遺伝子座は、ＣＣＲ５遺伝子座、ＣＸＣＲ４遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子座、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、Ｒｏｓａ遺伝子座、Ｆ３（ＣＤ１４２）遺伝子座、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、ＬＲＰ１（ＣＤ９１）遺伝子座、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及び／またはＨＬＡ－Ｃ抗原を発現しない。いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、Ｂ２Ｍを発現しない。いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＱ、及び／またはＨＬＡ－ＤＲ抗原を発現しない。いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＣＩＩＴＡを発現しない。いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＴＣＲ－アルファを発現しない。いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＴＣＲ－ベータを発現しない。いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＴＣＲ－アルファ及びＴＣＲ－ベータを発現しない。
いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＴＲＡＣ遺伝子座内に挿入されたＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド及び／またはＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＴＲＡＣインデル／インデル細胞である。いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＴＲＡＣ遺伝子座内に挿入されたＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド及びＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＴＲＡＣインデル／インデル細胞である。いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＴＲＢ遺伝子座内に挿入されたＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド及び／またはＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＴＲＡＣインデル／インデル細胞である。いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＴＲＢ遺伝子座内に挿入されたＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド及びＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＴＲＡＣインデル／インデル細胞である。いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、Ｂ２Ｍ遺伝子座内に挿入されたＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド及び／またはＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＴＲＡＣインデル／インデル細胞である。いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、Ｂ２Ｍ遺伝子座内に挿入されたＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド及びＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＴＲＡＣインデル／インデル細胞である。いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入されたＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド及び／またはＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＴＲＡＣインデル／インデル細胞である。いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入されたＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド及びＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＴＲＡＣインデル／インデル細胞である。
いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＴＲＡＣ遺伝子座内に挿入されたＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド及び／またはＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＴＲＢインデル／インデル細胞である。いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＴＲＡＣ遺伝子座内に挿入されたＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド及びＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＴＲＢインデル／インデル細胞である。いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＴＲＢ遺伝子座内に挿入されたＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド及び／またはＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＴＲＢインデル／インデル細胞である。いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＴＲＢ遺伝子座内に挿入されたＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド及びＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＴＲＢインデル／インデル細胞である。いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、Ｂ２Ｍ遺伝子座内に挿入されたＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド及び／またはＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＴＲＢインデル／インデル細胞である。いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、Ｂ２Ｍ遺伝子座内に挿入されたＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド及びＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＴＲＢインデル／インデル細胞である。いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入されたＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド及び／またはＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＴＲＢインデル／インデル細胞である。いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、ＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入されたＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド及びＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＴＲＢインデル／インデル細胞である。
本明細書では、野生型Ｔ細胞と比べて低減されたＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＣＩＩＴＡ、ＴＣＲ－アルファ、及び／またはＴＣＲ－ベータの発現を含む、操作されたＴ細胞が提供され、ここで、操作されたＴ細胞は、ＣＤ８結合因子を含むレンチウイルスベクターによって運搬される、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドをさらに含む。いくつかの実施形態では、操作されたＴ細胞は、野生型Ｔ細胞と比べて低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、ＨＬＡ－Ｃ、ＣＩＩＴＡ、ＴＣＲ－アルファ、及び／またはＴＣＲ－ベータの発現を含み、ここで、操作されたＴ細胞は、ＣＤ８結合因子を含むレンチウイルスベクターによって運搬される、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドをさらに含む。
いくつかの実施形態では、操作されたＴ細胞は、初代Ｔ細胞である。他の実施形態では、操作されたＴ細胞は、本開示の低免疫原性細胞から分化させられる。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＤ８＋ Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞は、ＣＤ４＋ Ｔ細胞である。
いくつかの実施形態では、操作されたＴ細胞は、活性化マーカーを発現しない。いくつかの実施形態では、操作されたＴ細胞は、ＣＤ３及びＣＤ２８を発現し、ここで、ＣＤ３及び／またはＣＤ２８は、不活性である。
いくつかの実施形態では、操作されたＴ細胞は、抗ＣＤ３抗体、抗ＣＤ２８抗体、Ｔ細胞活性化サイトカイン、または可溶性Ｔ細胞共刺激分子で処理されていない。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ３抗体はＯＫＴ３であり、抗ＣＤ２８抗体はＣＤ２８．２であり、Ｔ細胞活性化サイトカインは、ＩＬ－２、ＩＬ－７、ＩＬ－１５、及びＩＬ－２１からなる群から選択される１つまたは複数のＴ細胞活性化サイトカインの群から選択され、可溶性Ｔ細胞共刺激分子は、抗ＣＤ２８抗体、抗ＣＤ８０抗体、抗ＣＤ８６抗体、抗ＣＤ１３７Ｌ抗体、及び抗ＩＣＯＳ－Ｌ抗体からなる可溶性Ｔ細胞共刺激分子の群から選択される。いくつかの実施形態では、操作されたＴ細胞は、ＩＬ－２、ＩＬ－７、ＩＬ－１５、及びＩＬ－２１からなる群から選択される１つまたは複数のＴ細胞活性化サイトカインで処理されていない。いくつかの事例では、サイトカインは、ＩＬ－２である。いくつかの実施形態では、１つまたは複数のサイトカインは、ＩＬ－２であり、別のサイトカインは、ＩＬ－７、ＩＬ－１５、及びＩＬ－２１からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードする第２の外因性ポリヌクレオチドをさらに含む。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ１９特異的ＣＡＲ及びＣＤ２２特異的ＣＡＲからなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、操作されたＴ細胞は、キメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードする第２の外因性ポリヌクレオチドをさらに含む。いくつかの実施形態では、第１及び／または第２の外因性ポリヌクレオチドは、Ｔ細胞の少なくとも一方のアレルの特定の遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、特定の遺伝子座は、セーフハーバーまたは標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、及びＴＲＢ遺伝子座からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドは、セーフハーバーまたは標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、及びＴＲＢ遺伝子座からなる群から選択される特定の遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドは、セーフハーバーまたは標的遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、及びＴＲＢ遺伝子座からなる群から選択される特定の遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド及びＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドは、異なる遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド及びＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドは、同じ遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド及びＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、ＴＲＢ遺伝子座、またはセーフハーバーもしくは標的遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、セーフハーバーまたは標的遺伝子座は、ＣＣＲ５遺伝子座、ＣＸＣＲ４遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子座、アルブミン遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、Ｒｏｓａ遺伝子座、Ｆ３（ＣＤ１４２）遺伝子座、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、ＬＲＰ１（ＣＤ９１）遺伝子座、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座からなる群から選択される。
いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ１９特異的ＣＡＲ及びＣＤ２２特異的ＣＡＲからなる群から選択される。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ１９特異的ＣＡＲである。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ２２特異的ＣＡＲである。いくつかの実施形態では、ＣＡＲは、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、ＣＤ３８、ＣＤ１２３、ＣＤ１３８、及びＢＣＭＡからなる群から選択されるいずれか１つに結合する抗原結合ドメインを含む。
いくつかの実施形態では、操作されたＴ細胞は、ＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及び／またはＨＬＡ－Ｃ抗原を発現せず、操作されたＴ細胞は、Ｂ２Ｍを発現せず、操作されたＴ細胞は、ＨＬＡ－ＤＰ、ＨＬＡ－ＤＱ、及び／またはＨＬＡ－ＤＲ抗原を発現せず、操作されたＴ細胞は、ＣＩＩＴＡを発現せず、及び／または操作されたＴ細胞は、ＴＣＲ－アルファ及びＴＣＲ－ベータを発現しない。
いくつかの実施形態では、第１及び／または第２の外因性ポリヌクレオチドは、ウイルス形質導入を使用してＴ細胞の少なくとも一方のアレルに挿入される。いくつかの実施形態では、第１及び／または第２の外因性ポリヌクレオチドは、レンチウイルスベースのウイルスベクターを使用してＴ細胞の少なくとも一方のアレルに挿入される。
いくつかの実施形態では、操作されたＴ細胞は、ＴＲＡＣ遺伝子座内、ＴＲＢ遺伝子座内、Ｂ２Ｍ遺伝子座、またはＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入されたＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド及び／またはＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＴＲＡＣインデル／インデル細胞である。いくつかの実施形態では、操作されたＴ細胞は、ＴＲＡＣ遺伝子座内、ＴＲＢ遺伝子座内、Ｂ２Ｍ遺伝子座、またはＣＩＩＴＡ遺伝子座内に挿入されたＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド及び／またはＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドを含む、ＰＣＤＨ１１Ｙインデル／インデル、ＮＬＧＮ４Ｙインデル／インデル、Ｂ２Ｍインデル／インデル、ＣＩＩＴＡインデル／インデル、ＴＲＢインデル／インデル細胞である。
いくつかの実施形態では、本開示の非活性化Ｔ細胞及び／または操作されたＴ細胞は、対象内にある。他の実施形態では、本開示の非活性化Ｔ細胞及び／または操作されたＴ細胞は、インビトロにある。
いくつかの実施形態では、本開示の非活性化Ｔ細胞及び／または操作されたＴ細胞は、ＣＤ８結合因子を発現する。いくつかの実施形態では、ＣＤ８結合因子は、抗ＣＤ８抗体である。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ８抗体は、マウス抗ＣＤ８抗体、ウサギ抗ＣＤ８抗体、ヒト抗ＣＤ８抗体、ヒト化抗ＣＤ８抗体、ラクダ科動物（例えば、ラマ、アルパカ、ラクダ）抗ＣＤ８抗体、及びそれらの断片からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、その断片は、ｓｃＦｖまたはＶＨＨである。いくつかの実施形態では、ＣＤ８結合因子は、ＣＤ８アルファ鎖及び／またはＣＤ８ベータ鎖に結合する。
いくつかの実施形態では、ＣＤ８結合因子は、ウイルスエンベロープに組み込まれた膜貫通ドメインに融合される。いくつかの実施形態では、レンチウイルスベクターは、ウイルス融合タンパク質でシュードタイプ化される。いくつかの実施形態では、ウイルス融合タンパク質は、その天然受容体への結合を低減するような１つまたは複数の改変を含む。
いくつかの実施形態では、ウイルス融合タンパク質は、ＣＤ８結合因子に融合される。いくつかの実施形態では、ウイルス融合タンパク質は、ＣＤ８結合因子に融合されたニパウイルスＦ糖タンパク質及びニパウイルスＧ糖タンパク質を含む。いくつかの実施形態では、レンチウイルスベクターは、Ｔ細胞活性化分子またはＴ細胞共刺激分子を含まない。いくつかの実施形態では、本開示の非活性化Ｔ細胞及び／または操作されたＴ細胞は、対象内にある。他の実施形態では、本開示の非活性化Ｔ細胞及び／または操作されたＴ細胞は、インビトロにある。
いくつかの実施形態では、本開示の非活性化Ｔ細胞及び／または操作されたＴ細胞は、ＣＤ８結合因子を発現する。いくつかの実施形態では、ＣＤ８結合因子は、抗ＣＤ８抗体である。いくつかの実施形態では、抗ＣＤ８抗体は、マウス抗ＣＤ８抗体、ウサギ抗ＣＤ８抗体、ヒト抗ＣＤ８抗体、ヒト化抗ＣＤ８抗体、ラクダ科動物（例えば、リャマ、アルパカ、ラクダ）抗ＣＤ８抗体、及びその断片からなる群から選択される。いくつかの実施形態では、その断片は、ｓｃＦｖまたはＶＨＨである。いくつかの実施形態では、ＣＤ８結合因子は、ＣＤ８アルファ鎖及び／またはＣＤ８ベータ鎖に結合する。
いくつかの実施形態では、ＣＤ８結合因子は、ウイルスエンベロープに組み込まれた膜貫通ドメインに融合される。いくつかの実施形態では、レンチウイルスベクターは、ウイルス融合タンパク質でシュードタイプ化される。いくつかの実施形態では、ウイルス融合タンパク質は、その天然受容体への結合を低減するような１つまたは複数の改変を含む。
いくつかの実施形態では、ウイルス融合タンパク質は、ＣＤ８結合因子に融合される。いくつかの実施形態では、ウイルス融合タンパク質は、ＣＤ８結合因子に融合されたニパウイルスＦ糖タンパク質及びニパウイルスＧ糖タンパク質を含む。いくつかの実施形態では、レンチウイルスベクターは、Ｔ細胞活性化分子またはＴ細胞共刺激分子を含まない。いくつかの実施形態では、レンチウイルスベクターは、第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または第２の外因性ポリヌクレオチドをコードする。
いくつかの実施形態では、第１の対象への移入後に、非活性化Ｔ細胞または操作されたＴ細胞は、第２の対象への移入後の野生型細胞と比較して低減される、（ａ）Ｔ細胞応答、（ｂ）ＮＫ細胞応答、及び（ｃ）マクロファージ応答からなる群から選択される１つまたは複数の応答を示す。いくつかの実施形態では、第１の対象及び第２の対象は、異なる対象である。いくつかの実施形態では、マクロファージ応答は、貪食である。
いくつかの実施形態では、対象への移入後に、非活性化Ｔ細胞または操作されたＴ細胞は、対象への移入後の野生型細胞と比較して、（ａ）対象における低減されたＴＨ１活性化、（ｂ）対象における低減されたＮＫ細胞殺傷、及び（ｃ）対象における全ＰＢＭＣによる低減された殺傷からなる群から選択される１つまたは複数を示す。
いくつかの実施形態では、対象への移入後に、非活性化Ｔ細胞または操作されたＴ細胞は、対象への移入後の野生型細胞と比較して、（ａ）対象における低減されたドナー特異的抗体、（ｂ）対象における低減されたＩｇＭまたはＩｇＧ抗体、及び（ｃ）対象における低減された補体依存性細胞傷害作用（ＣＤＣ）からなる群から選択される１つまたは複数を誘発する。
いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞または操作されたＴ細胞は、対象の内部で、ＣＤ８結合因子を含むレンチウイルスベクターにより形質導入される。いくつかの実施形態では、レンチウイルスベクターは、ＣＡＲ及び／またはＣＤ４７をコードする遺伝子を運搬する。
いくつかの実施形態では、ＣＡＲ及び／またはＣＤ４７をコードする遺伝子は、遺伝子療法ベクター、またはトランスポザーゼ、ＰｉｇｇｙＢａｃトランスポゾン、Ｓｌｅｅｐｉｎｇ Ｂｅａｕｔｙ（ＳＢ１１）トランスポゾン、Ｍｏｓ１トランスポゾン、及びＴｏｌ２トランスポゾンからなる群から選択されるトランスポザーゼシステムを使用して、細胞内に導入される。いくつかの実施形態では、遺伝子療法ベクターは、レトロウイルスまたはフソソームである。
いくつかの実施形態では、第１の対象への移入後に、非活性化Ｔ細胞または操作されたＴ細胞は、第２の対象への移入後の野生型細胞と比較して低減される、（ａ）Ｔ細胞応答、（ｂ）ＮＫ細胞応答、及び（ｃ）マクロファージ応答からなる群から選択される１つまたは複数の応答を示す。いくつかの実施形態では、第１の対象及び第２の対象は、異なる対象である。いくつかの実施形態では、マクロファージ応答は、貪食である。
いくつかの実施形態では、対象への移入後に、非活性化Ｔ細胞または操作されたＴ細胞は、対象への移入後の野生型細胞と比較して、（ａ）対象における低減されたＴＨ１活性化、（ｂ）対象における低減されたＮＫ細胞殺傷、及び（ｃ）対象における全ＰＢＭＣによる低減された殺傷からなる群から選択される１つまたは複数を示す。
いくつかの実施形態では、対象への移入後に、非活性化Ｔ細胞または操作されたＴ細胞は、対象への移入後の野生型細胞と比較して、（ａ）対象における低減されたドナー特異的抗体、（ｂ）対象における低減されたＩｇＭまたはＩｇＧ抗体、及び（ｃ）対象における低減された補体依存性細胞傷害作用（ＣＤＣ）からなる群から選択される１つまたは複数を誘発する。
いくつかの実施形態では、非活性化Ｔ細胞または操作されたＴ細胞は、対象の内部で、ＣＤ８結合因子を含むレンチウイルスベクターにより形質導入される。いくつかの実施形態では、レンチウイルスベクターは、ＣＡＲ及び／またはＣＤ４７をコードする遺伝子を運搬する。
本明細書では、本開示の非活性化Ｔ細胞及び／または操作されたＴ細胞の集団と、薬学的に許容される添加剤、担体、希釈剤、または賦形剤とを含む、薬学的組成物が提供される。
本明細書では、本開示の非活性化Ｔ細胞及び／または操作されたＴ細胞の集団、または本開示の１つもしくは複数の薬学的組成物を含む、組成物を対象に投与することを含む方法が提供される。
いくつかの実施形態では、対象は、該組成物の投与の前、後、及び／またはそれと同時にＴ細胞活性化処置を施与されない。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞活性化処置は、リンパ球枯渇を含む。
本明細書では、がんを患う対象を処置する方法が提供され、該方法は、本開示の非活性化Ｔ細胞及び／または操作されたＴ細胞の集団、または本開示の１つもしくは複数の薬学的組成物を含む、組成物を対象に投与することを含み、ここで、対象は、該組成物の投与の前、後、及び／またはそれと同時にＴ細胞活性化処置を施与されない。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞活性化処置は、リンパ球枯渇を含む。
本明細書では、腫瘍細胞を認識し、殺傷する必要がある対象における腫瘍細胞を認識し、殺傷することができるＴ細胞を対象の内部で増殖させるための方法が提供され、該方法は、本開示の非活性化Ｔ細胞及び／または操作されたＴ細胞の集団、または本開示の１つもしくは複数の薬学的組成物を含む、組成物を対象に投与することを含み、ここで、対象は、該組成物の投与の前、後、及び／またはそれと同時にＴ細胞活性化処置を施与されない。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞活性化処置は、リンパ球枯渇を含む。
本明細書では、本開示の非活性化Ｔ細胞及び／または操作されたＴ細胞の集団と、薬学的に許容される添加剤、担体、希釈剤、または賦形剤とを含む、薬学的組成物が提供される。
本明細書では、本開示の非活性化Ｔ細胞及び／または操作されたＴ細胞の集団、または本開示の１つもしくは複数の薬学的組成物を含む、組成物を対象に投与することを含む方法が提供される。
いくつかの実施形態では、対象は、該組成物の投与の前、後、及び／またはそれと同時にＴ細胞活性化処置を施与されない。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞活性化処置は、リンパ球枯渇を含む。
本明細書では、自己免疫疾患／障害及び／または炎症性疾患／障害を患う対象を処置する方法が提供され、該方法は、本開示の非活性化Ｔ細胞及び／または操作されたＴ細胞の集団、または本開示の１つもしくは複数の薬学的組成物を含む、組成物を対象に投与することを含み、ここで、対象は、該組成物の投与の前、後、及び／またはそれと同時にＴ細胞活性化処置を施与されない。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞活性化処置は、リンパ球枯渇を含む。
本明細書では、腫瘍細胞を認識し、殺傷する必要がある対象における腫瘍細胞を認識し、殺傷することができるＴ細胞を対象の内部で増殖させるための方法が提供され、該方法は、本開示の非活性化Ｔ細胞及び／または操作されたＴ細胞の集団、または本開示の１つもしくは複数の薬学的組成物を含む、組成物を対象に投与することを含み、ここで、対象は、該組成物の投与の前、後、及び／またはそれと同時にＴ細胞活性化処置を施与されない。いくつかの実施形態では、Ｔ細胞活性化処置は、リンパ球枯渇を含む。
本明細書では、対象における疾患または障害を処置するための投与レジメンが提供され、該レジメンは、本開示の非活性化Ｔ細胞及び／または操作されたＴ細胞の集団、または本開示の１つもしくは複数の薬学的組成物、ならびに薬学的に許容される添加剤、担体、希釈剤、または賦形剤を含む、薬学的組成物の投与を含み、ここで、薬学的組成物は、約１～３回の治療上有効用量で投与される。
本明細書では、対象における疾患または障害を処置するための投与レジメンが提供され、該レジメンは、本開示の非活性化Ｔ細胞及び／または操作されたＴ細胞の集団、または本開示の１つもしくは複数の薬学的組成物、ならびに薬学的に許容される添加剤、担体、希釈剤、または賦形剤を含む、薬学的組成物の投与を含み、ここで、薬学的組成物は、約１～３回の臨床的有効用量で投与される。
ひとたび変化させられると、本明細書に記載の分子のうちのいずれかの発現の存在について、ウェスタンブロット、ＥＬＩＳＡアッセイ、ＦＡＣＳアッセイ、他のイムノアッセイ、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）等といった既知の技法を使用してアッセイすることができる。
Ｗ．人工多能性幹細胞の生成
本技術は、低免疫原性多能性細胞の生産方法を提供する。いくつかの実施形態では、該方法は、多能性幹細胞を生成することを含む。マウス及びヒト多能性幹細胞（ｉＰＳＣと総称される；マウス細胞の場合はｍｉＰＳＣ、またはヒト細胞の場合はｈｉＰＳＣ）の生成は、一般に当該技術分野で既知である。当業者には理解されようが、ｉＰＳＣの生成のための様々な異なる方法が存在する。元々の誘導は、Ｏｃｔ３／４、Ｓｏｘ２、ｃ－Ｍｙｃ、及びＫｌｆ４の４つの転写因子のウイルスによる導入を使用してマウス胚性または成体線維芽細胞から行われた。Ｔａｋａｈａｓｈｉ ａｎｄ Ｙａｍａｎａｋａ Ｃｅｌｌ １２６：６６３－６７６（２００６）を参照されたい（参照によりその全体が、特にその中で概説される技法に関して本明細書に援用される）。それ以来、いくつかの方法が開発されてきた。概観についてはＳｅｋｉ ｅｔ ａｌ，Ｗｏｒｌｄ Ｊ．Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ ７（１）：１１６－１２５（２０１５）、及びＬａｋｓｈｍｉｐａｔｈｙ ａｎｄ Ｖｅｒｍｕｒｉ，ｅｄｉｔｏｒｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ：Ｐｌｕｒｉｐｏｔｅｎｔ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ｓｐｒｉｎｇｅｒ ２０１３を参照されたく、同文献はいずれも、参照によりそれらの全体が、とりわけｈｉＰＳＣを生成するための方法（例えば、後者の参考文献の第３章を参照されたい）に関して本明細書に明示的に援用される。
一般に、ｉＰＳＣは、通常はエピソームベクターを使用して導入される、宿主細胞における１つまたは複数の再プログラミング因子の一過性発現によって生成される。これらの条件下では、少量の細胞が誘導されて、ｉＰＳＣとなる（一般に、このステップの効率は低いため、選択マーカーは使用されない）。ひとたび細胞が「再プログラミング」され、多能性となると、それらはエピソームベクター（複数可）を喪失し、内在性遺伝子を使用して当該因子を産生する。
同じく当業者には理解されようが、使用され得るまたは使用される再プログラミング因子の数は、様々であり得る。一般的に、より少数の再プログラミング因子が使用される場合、多能性状態への細胞の形質転換の効率、ならびに「多能性」は下がり、例えば、より少数の再プログラミング因子は、完全に多能性でないが、より少数の細胞種に分化することのみ可能であり得る細胞をもたらし得る。
いくつかの実施形態では、単一の再プログラミング因子ＯＣＴ４が使用される。他の実施形態では、２つの再プログラミング因子ＯＣＴ４及びＫＬＦ４が使用される。他の実施形態では、３つの再プログラミング因子ＯＣＴ４、ＫＬＦ４、及びＳＯＸ２が使用される。他の実施形態では、４つの再プログラミング因子ＯＣＴ４、ＫＬＦ４、ＳＯＸ２、及びｃ－Ｍｙｃが使用される。他の実施形態では、ＳＯＫＭＮＬＴ、すなわちＳＯＸ２、ＯＣＴ４（ＰＯＵ５Ｆ１）、ＫＬＦ４、ＭＹＣ、ＮＡＮＯＧ、ＬＩＮ２８、及びＳＶ４０Ｌ Ｔ抗原から選択される５、６、または７つの再プログラミング因子が使用され得る。一般に、これらの再プログラミング因子遺伝子は、当該技術分野で既知であり、市販されているようなエピソームベクター上で提供される。
一般に、当該技術分野で既知であるように、ｉＰＳＣは、本明細書に記載されるような再プログラミング因子を一過性で発現させることによって、限定されないが血液細胞、線維芽細胞等といった非多能性細胞から作製される。
Ｘ．低免疫原性表現型及び多能性の保持に関するアッセイ
ひとたび操作された及び／または低免疫原性細胞が生成されると、それらは、ＷＯ２０１６１８３０４１及びＷＯ２０１８１３２７８３に記載されるように、それらの低免疫原性及び／または多能性の保持に関してアッセイされ得る。
いくつかの実施形態では、低免疫原性は、ＷＯ２０１８１３２７８３の図１３及び図１５に例として挙げられるようないくつかの技法を使用してアッセイされる。これらの技法は、同種異系宿主への移植、及び宿主免疫系を回避する低免疫原性多能性細胞の増殖（例えば、奇形腫）に対する監視を含む。いくつかの事例では、低免疫原性多能性細胞の派生物が、ルシフェラーゼを発現するように形質導入され、次いで生物発光イメージングを使用して追跡され得る。同様に、かかる細胞に対する宿主動物のＴ細胞及び／またはＢ細胞応答が、細胞が宿主動物において免疫反応を引き起こさないことを確認するために試験される。Ｔ細胞応答は、Ｅｌｉｓｐｏｔ、ＥＬＩＳＡ、ＦＡＣＳ、ＰＣＲ、またはマスサイトメトリー（ＣＹＴＯＦ）によって評定される。Ｂ細胞応答または抗体応答は、ＦＡＣＳまたはルミネックスを使用して評定される。追加としてまたは代替として、細胞は、ＷＯ２０１８１３２７８３の図１４及び１５に一般に示されるように、それらが自然免疫応答、例えば、ＮＫ細胞による殺傷を回避する能力に関してアッセイされ得る。
いくつかの実施形態では、細胞の免疫原性は、当業者に認識されるＴ細胞増殖アッセイ、Ｔ細胞活性化アッセイ、及びＴ細胞殺傷アッセイ等のＴ細胞イムノアッセイを使用して評価される。場合によっては、Ｔ細胞増殖アッセイは、細胞をインターフェロン－ガンマで前処理することと、細胞を標識したＴ細胞と共培養し、あらかじめ選択された一定時間後にＴ細胞集団（または増殖しているＴ細胞集団）の存在をアッセイすることとを含む。場合によっては、Ｔ細胞活性化アッセイは、Ｔ細胞を本明細書に概説される細胞と共培養することと、Ｔ細胞におけるＴ細胞活性化マーカーの発現レベルを決定することとを含む。
本明細書に概説される細胞の免疫原性を評定するために、インビボアッセイを実施することができる。いくつかの実施形態では、低免疫原性細胞の生存及び免疫原性は、同種異系ヒト化免疫不全マウスモデルを使用して決定される。いくつかの事例では、低免疫原性多能性幹細胞は、同種異系ヒト化ＮＳＧ－ＳＧＭ３マウスに移植され、細胞拒絶反応、細胞生存、及び奇形腫形成に関してアッセイされる。いくつかの事例では、移植された低免疫原性多能性幹細胞またはその分化細胞は、マウスモデルにおいて長期生存を示す。
細胞の低免疫原性を含めた免疫原性を決定するための追加の技法は、例えば、Ｄｅｕｓｅ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，２０１９，３７，２５２－２５８及びＨａｎ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｃ Ｎａｔｌ Ａｃａｄ Ｓｃｉ ＵＳＡ，２０１９，１１６（２１），１０４４１－１０４４６に記載され、図、図の凡例、及び方法の説明を含めたこれらの開示は、参照によりそれらの全体が本明細書に援用される。
同様に、多能性の保持は、いくつかの方式で試験される。いくつかの実施形態では、多能性は、本明細書に一般に記載されるとともに、ＷＯ２０１８１３２７８３の図２９に示されるように、ある特定の多能性特異的因子の発現によってアッセイされる。追加としてまたは代替として、多能性細胞は、多能性の指標として１つまたは複数の細胞種に分化させられる。
当業者には理解されようが、多能性細胞におけるＭＨＣ Ｉ機能（細胞がヒト細胞に由来する場合はＨＬＡ Ｉ）の低減は、当該技術分野で既知であるとともに下記に記載されるような技法、例えば、ＨＬＡ複合体に結合する標識抗体を使用した、例えば、ヒト主要組織適合性ＨＬＡクラスＩ抗原分子のアルファ鎖に結合する市販のＨＬＡ－Ａ、ＨＬＡ－Ｂ、及びＨＬＡ－Ｃ抗体を使用したＦＡＣＳ技法を使用して、測定することができる。
加えて、ＨＬＡ Ｉ複合体が細胞表面上に発現していないことを確認するために、細胞を試験することができる。これは、上記で考察したようなＨＬＡ細胞表面の１つまたは複数の構成要素に対する抗体を使用してＦＡＣＳ解析によってアッセイすることができる。
多能性細胞またはその派生物におけるＭＨＣ ＩＩ機能（細胞がヒト細胞に由来する場合はＨＬＡ ＩＩ）の低減の成功は、当該タンパク質に対する抗体を使用したウェスタンブロッティング、ＦＡＣＳ技法、ＲＴ－ＰＣＲ技法等といった、当該技術分野で既知の技法を使用して測定することができる。
加えて、ＨＬＡ ＩＩ複合体が細胞表面上に発現していないことを確認するために、細胞を試験することができる。ここでもまた、このアッセイは、当該技術分野で既知であるように行われ（例えば、ＷＯ２０１８１３２７８３の図２１を参照されたい）、一般には、ヒトＨＬＡクラスＩＩ ＨＬＡ－ＤＲ、ＤＰ、及びほとんどのＤＱ抗原に結合する市販の抗体に基づくウェスタンブロットまたはＦＡＣＳ解析のいずれかを使用して行われる。
１つまたは複数のＨＬＡ Ｉ及びＩＩ（またはＭＨＣ Ｉ及びＩＩ）分子の低減に加えて、本技術の操作された及び／または低免疫原性細胞は、マクロファージの食作用及びＮＫ細胞殺傷に対して低減された感受性を有する。結果として生じる低免疫原性細胞は、ＴＣＲ複合体の低減または欠如及び１つまたは複数のＣＤ４７導入遺伝子の発現に起因して、免疫マクロファージ及び自然経路を「回避する」。
Ｙ．外因性ポリヌクレオチド
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される操作された及び／または低免疫原性細胞は、低免疫原性細胞の１つまたは複数のゲノム遺伝子座に挿入された１つまたは複数の外因性ポリヌクレオチドを含むように遺伝子改変される。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、目的のタンパク質、例えば、キメラ抗原受容体をコードする。本明細書に記載の遺伝子編集法（例えば、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓシステム）を含めて、任意の好適な方法を使用して、外因性ポリヌクレオチドを低免疫原性細胞のゲノム遺伝子座内に挿入することができる。
外因性ポリヌクレオチドは、低免疫原性細胞の任意の好適なゲノム遺伝子座内に挿入され得る。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、本明細書に記載されるセーフハーバーまたは標的遺伝子座内に挿入される。好適なセーフハーバー及び標的遺伝子座には、ＣＣＲ５遺伝子、ＣＸＣＲ４遺伝子、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ（別名、ＡＡＶＳ１）遺伝子、アルブミン遺伝子、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子、Ｒｏｓａ遺伝子（例えば、ＲＯＳＡ２６）、Ｆ３遺伝子（別名、ＣＤ１４２）、ＭＩＣＡ遺伝子、ＭＩＣＢ遺伝子、ＬＲＰ１遺伝子（別名、ＣＤ９１）、ＨＭＧＢ１遺伝子、ＡＢＯ遺伝子、ＲＨＤ遺伝子、ＦＵＴ１遺伝子、ＰＤＧＦＲａ遺伝子、ＯＬＩＧ２遺伝子、ＧＦＡＰ遺伝子、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子（別名、ＨＹ）が含まれるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、セーフハーバーまたは標的遺伝子座のイントロン、エクソン、またはコード配列領域内に挿入（ｉｎｔｅｒｅｓｔｅｄ）される。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、内在性遺伝子内に挿入され、この挿入が、内在性遺伝子のサイレンシングまたは低減された発現を引き起こす。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、ＴＲＢ、ＰＤ－１またはＣＴＬＡ－４遺伝子座内に挿入される。外因性ポリヌクレオチドの挿入に向けた例となるゲノム遺伝子座が表２１に示される。

Figure 2024530403000052
Figure 2024530403000053
Ｃａｓ９ガイドに関しては、全てのＣａｓ９ガイドに対するスペーサー配列が表２３で提供され、２０ｎｔのガイド配列は固有のガイド配列に対応し、例えば、表２２に列挙されるものを含めた、本明細書に記載されるもののうちのいずれかであり得るという説明付きである。
Figure 2024530403000054
いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドを含む低免疫原性細胞は、例えば、本明細書に記載される、低免疫原性人工多能性細胞（ＨＩＰ）に由来する。かかる低免疫原性細胞には、例えば、心臓細胞、神経細胞、脳内皮細胞、ドーパミン作動性ニューロン、グリア前駆細胞、内皮細胞、甲状腺細胞、膵島細胞（ベータ細胞）、網膜色素上皮細胞、ＮＫ細胞、及びＴ細胞が含まれる。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドを含む低免疫原性細胞は、膵臓ベータ細胞、Ｔ細胞（例えば、初代Ｔ細胞）、またはグリア前駆細胞である。
いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、外因性ＣＤ４７ポリペプチド（例えば、ヒトＣＤ４７ポリペプチド）をコードし、外因性ポリペプチドは、本明細書に開示されるようなセーフハーバーもしくは標的遺伝子座またはセーフハーバーもしくは標的部位、または内在性遺伝子のサイレンシングもしくは低減された発現を引き起こすゲノム遺伝子座内に挿入される。いくつかの実施形態では、ポリヌクレオチドは、Ｂ２Ｍ、ＣＩＩＴＡ、ＴＲＡＣ、ＴＲＢ、ＰＤ１またはＣＴＬＡ４遺伝子座内に挿入される。
いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドを含む低免疫原性細胞は、初代Ｔ細胞、または低免疫原性多能性細胞（例えば、低免疫原性ｉＰＳＣ）に由来するＴ細胞である。例となる実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、キメラ抗原受容体（例えば、本明細書に記載のＣＡＲのうちのいずれか）である。いくつかの実施形態では、外因性ポリヌクレオチドは、低免疫原性細胞における外因性ポリヌクレオチドの発現用のプロモーターに作動可能に連結されている。
Ｚ．薬学的に許容される担体
いくつかの実施形態では、本明細書で提供される薬学的組成物は、薬学的に許容される担体をさらに含む。許容される担体、賦形剤、または安定剤は、用いられる投薬量及び濃度でレシピエントに無毒であり、これには、リン酸、クエン酸、及び他の有機酸等の緩衝剤；アスコルビン酸及びメチオニンを含めた酸化防止剤；防腐剤（塩化オクタデシルジメチルベンジルアンモニウム；塩化ヘキサメトニウム；塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム；フェノール、ブチル、またはベンジルアルコール；メチルパラベンまたはプロピルパラベン等のアルキルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３－ペンタノール；及びｍ－クレゾール等）；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；血清アルブミン、ゼラチン、もしくは免疫グロブリン等のタンパク質；ポリビニルピロリドン等の親水性ポリマー；グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、もしくはリジン等のアミノ酸；グルコース、マンノース、もしくはデキストリンを含めた単糖、二糖、及び他の炭水化物；ＥＤＴＡ等のキレート剤；スクロース、マンニトール、トレハロース、もしくはソルビトール等の糖；ナトリウム等の塩形成対イオン；金属錯体（例えば、Ｚｎ－タンパク質錯体）；塩化ナトリウム等の塩；及び／またはポリソルベート（ＴＷＥＥＮ（商標））、ポロキサマー（ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商標））、もしくはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）等の非イオン性界面活性剤が含まれる。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、薬学的に許容される緩衝剤（例えば、中性緩衝生理食塩水またはリン酸緩衝生理食塩水）を含む。
いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、乳酸ＣｒｙｏＳｔｏｒ（登録商標）、リンゲル液、ＰｌａｓｍａＬｙｔｅ－Ａ（商標）、イスコフ改変ダルベッコ培地、Ｎｏｒｍｏｓｏｌ－Ｒ（商標）、Ｖｅｅｎ－Ｄ（商標）、Ｐｏｌｙｓａｌ（登録商標）、及びハンクス平衡塩溶液（フェノールレッドを含有しない）からなる群から選択される１つまたは複数の電解質ベース溶液を含む。これらのベース溶液は、哺乳類の細胞外生理液の組成におおよそ近似している。
いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、アラビノガラクタン、グリセロール、ポリビニルピロリドン（ＰＶＰ）、デキストロース、デキストラン、トレハロース、スクロース、ラフィノース、ヒドロキシエチルデンプン（ＨＥＳ）、プロピレングリコール、ヒト血清アルブミン（ＨＳＡ）、及びジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）からなる群から選択される１つまたは複数の凍結保護剤を含む。いくつかの実施形態では、薬学的に許容される緩衝剤は、中性緩衝生理食塩水またはリン酸緩衝生理食塩水である。いくつかの実施形態では、本明細書で提供される薬学的組成物は、ＣｒｙｏＳｔｏｒ（登録商標）ＣＳＢ、Ｐｌａｓｍａ－Ｌｙｔｅ－Ａ（商標）、ＨＳＡ、ＤＭＳＯ、及びトレハロースのうちの１つまたは複数を含む。
ＣｒｙｏＳｔｏｒ（登録商標）は、浸透／膨脹剤、フリーラジカルスカベンジャー、ならびにアポトーシスを最小限に抑えるため、虚血／再灌流傷害を最小限に抑えるため、及び最大数の生存性機能性細胞の解凍後回収率を最大化するためのエネルギー源を含有する細胞内様最適化溶液である。ＣｒｙｏＳｔｏｒ（登録商標）は、血清及びタンパク質を含まず、非免疫原性である。ＣｒｙｏＳｔｏｒ（登録商標）は、ＵＳＰグレード以上の原料からｃＧＭＰ製造される。ＣｒｙｏＳｔｏｒ（登録商標）は、０％、２％、５％、または１０％ＤＭＳＯを用いて事前製剤化された溶液のファミリーである。ＣｒｙｏＳｔｏｒ（登録商標）ＣＳＢは、ＣｒｙｏＳｔｏｒ（登録商標）のＤＭＳＯ不含バージョンである。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、約０～１００％、５～９５％、１０～９０％、１５～８５％、２０～８０％、３０～８０％、４０～８０％、５０～８０％、６０～８０％、７０～８０％、２５～７５％、３０～７０％、３５～６５％、４０～６０％、または４５～５５％（ｗ／ｗ）の濃度でＣｒｙｏＳｔｏｒ（登録商標）ＣＳＢのベース溶液を含む。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、約０％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％（ｗ／ｗ）の濃度でＣｒｙｏＳｔｏｒ（登録商標）ＣＳＢのベース溶液を含む。
ＰｌａｓｍａＬｙｔｅ－Ａ（商標）は、非ポリマー性血漿増量剤であり、培地に見られるものと同様の必須の塩及び栄養素を含有するが、ヒト注入のために承認されていない（例えば、フェノールレッド）、またはＵ．Ｓ．Ｐ．グレードで利用可能でない、組織培地に見られる追加の成分を含有しない。ＰｌａｓｍａＬｙｔｅ－Ａ（商標）は、約１４０ｍＥｑ／リットルのナトリウム（Ｎａ）、約５ｍＥｑ／リットルのカリウム（Ｋ）、約３ｍＥｑ／リットルのマグネシウム（Ｍｇ）、約９８ｍＥｑ／リットルの塩化物（Ｃｌ）、約２７ｍＥｑ／リットルのアセタート、及び約２３ｍＥｑ／リットルのグルコネートを含有する（ＰｌａｓｍａＬｙｔｅ－Ａ（商標）は、Ｂａｘｔｅｒ，Ｈｙｌａｎｄ Ｄｉｖｉｓｉｏｎ，Ｇｌｅｎｄａｌｅ Ｃａｌｉｆ．，製品番号２Ｂ２５４３から市販されている）。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、約０～１００％、５～９５％、１０～９０％、１５～８５％、１５～８０％、１５～７５％、１５～７０％、１５～６５％、１５～６０％、１５～５５％、１５～５０％、１５～４５％、１５～４０％、１５～３５％、１５～３０％、１５～２５％、２０～８０％、２０～７５％、２０～７０％、２０～６５％、２０～６０％、２０～５５％、２０～５０％、２０～４５％、２０～４０％、２０～３５％、２０～３０％、２５～７５％、３０～７０％、３５～６５％、４０～６０％、または４５～５５％（ｗ／ｗ）の濃度でＰｌａｓｍａＬｙｔｅ－Ａ（商標）のベース溶液を含む。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、約０％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または１００％（ｗ／ｗ）の濃度でＰｌａｓｍａＬｙｔｅ－Ａ（商標）のベース溶液を含む。
いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、約０～１０％、０．３～９．３％、０．３～８．３％、０．３～７．３％、０．３～６．３％、０．３～５．３％、０．３～４．３％、０．３～３．３％、０．３～２．３％、０．３～１．３％、０．６～８．３％、０．９～７．３％、１．２～６．３％、１．５～５．３％、１．８～４．３％、または２．１～３．３％（ｗ／ｖ）の濃度でヒト血清アルブミン（ＨＳＡ）を含む。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、約０％、０．３％、０．６％、０．９％、１．２％、１．５％、１．８％、２．１％、２．４％、２．７％、３．０％、３．３％、３．６％、３．９％、４．３％、４．６％、４．９％、５．３％、５．６％、５．９％、６．３％、６．６％、６．９％、７．３％、７．６％、７．９％、８．３％、８．６％、８．９％、９．３％、９．６％、９．９％、または１０％（ｗ／ｖ）の濃度でＨＳＡを含む。
いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、約０～１０％、０．５～９．５％、１～９％、１．５～８．５％、２～８％、３～８％、４～８％、５～８％、６～８％、７～８％、２．５～７．５％、３～７％、３．５～６．５％、４～６％、または４．５～５．５％（ｖ／ｖ）の濃度でジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）を含む。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、約０％、０．２５％、０．５％、０．７５％、１．０％，１．２５％、１．５％、１．７５％、２．０％、２．２５％、２．５％、２．７５％、３．０％、３．２５％、３．５％、３．７５％、４．０％、４．２５％、４．５％、４．７５％、５．０％、５．２５％、５．５％、５．７５％、６．０％、６．２５％、６．５％、６．７５％、７．０％、７．２５％、７．５％、７．７５％、８．０％、８．２５％、８．５％、８．７５％、９．０％、９．２５％、９．５％、９．７５％、または１０．０％（ｖ／ｖ）の濃度でＨＳＡを含む。
いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、約０～５００ｍＭ、５０～４５０ｍＭ、１００～４００ｍＭ、１５０～３５０ｍＭ、または２００～３００ｍＭの濃度でトレハロースを含む。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、約０ｍＭ、１０ｍＭ、２０ｍＭ、３０ｍＭ、４０ｍＭ、５０ｍＭ、６０ｍＭ、７０ｍＭ、８０ｍＭ、９０ｍＭ、１００ｍＭ、１２５ｍＭ、１５０ｍＭ、１７５ｍＭ、２００ｍＭ、２２５ｍＭ、２５０ｍＭ、２７５ｍＭ、３００ｍＭ、３２５ｍＭ、３５０ｍＭ、３７５ｍＭ、４００ｍＭ、４２５ｍＭ、４５０ｍＭ、４７５ｍＭ、または５００ｍＭの濃度でトレハロースを含む。
例となる薬学的組成物の構成成分が表２４に示される。
Figure 2024530403000055
いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、本明細書に記載の操作された及び／または低免疫原性細胞と、３１．２５％（ｖ／ｖ）のＰｌａｓｍａ－Ｌｙｔｅ Ａ、３１．２５％（ｖ／ｖ）の５％デキストロース／０．４５％塩化ナトリウム、１０％デキストラン４０（ＬＭＤ）／５％デキストロース、２０％（ｖ／ｖ）の２５％ヒト血清アルブミン（ＨＳＡ）、及び７．５％（ｖ／ｖ）のジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）を含む薬学的に許容される担体とを含む。
ＡＡ．製剤形態及び投薬レジメン
任意の治療上有効量の本明細書に記載の細胞が、処置されている適応症に応じて薬学的組成物に含まれ得る。該細胞の非限定的な例としては、本明細書に記載の初代Ｔ細胞、低免疫原性人工多能性幹細胞から分化したＴ細胞、及び低免疫原性人工多能性幹細胞から分化した他の細胞が挙げられる。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、少なくとも約１×１０２、５×１０２、１×１０３、５×１０３、１×１０４、５×１０４、１×１０５、５×１０５、１×１０６、５×１０６、１×１０７、５×１０７、１×１０８、５×１０８、１×１０９、５×１０９、１×１０１０、または５×１０１０個の細胞を含む。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、最大約１×１０２、５×１０２、１×１０３、５×１０３、１×１０４、５×１０４、１×１０５、５×１０５、１×１０６、５×１０６、１×１０７、５×１０７、１×１０８、５×１０８、１×１０９、５×１０９、１×１０１０、または５×１０１０個の細胞を含む。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、最大約６．０×１０８個の細胞を含む。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、最大約８．０×１０８個の細胞を含む。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、少なくとも約１×１０２－５×１０２、５×１０２－１×１０３、１× １０３－５×１０３、５×１０３－１×１０４、１×１０４－５×１０４、５×１０４－１×１０５、１×１０５－５×１０５、５×１０５－１×１０６、１×１０６－５×１０６、５×１０６－１×１０７、１×１０７－５×１０７、５×１０７－１×１０８、１×１０８－５×１０８、５×１０８－１×１０９、１×１０９－５×１０９、５×１０９－１×１０１０、または１×１０１０－５×１０１０個の細胞を含む。例となる実施形態では、薬学的組成物は、約１．０×１０６～約２．５×１０８個の細胞を含む。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、約２．０×１０６～約２．０×１０８個の細胞、例えば、限定されないが、初代Ｔ細胞、低免疫原性人工多能性幹細胞から分化したＴ細胞を含む。
いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、少なくとも５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２５０、３００、３５０、４００、または５００ｍｌの体積を有する。例となる実施形態では、薬学的組成物は、最大で約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２５０、３００、３５０、４００、または５００ｍｌの体積を有する。例となる実施形態では、薬学的組成物は、約５、１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、９５、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２５０、３００、３５０、４００、または５００ｍｌの体積を有する。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、約１～５０ｍｌ、５０～１００ｍｌ、１００～１５０ｍｌ、１５０～２００ｍｌ、２００～２５０ｍｌ、２５０～３００ｍｌ、３００～３５０ｍｌ、３５０～４００ｍｌ、４００～４５０ｍｌ、または４５０～５００ｍｌの体積を有する。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、約１～５０ｍｌ、５０～１００ｍｌ、１００～１５０ｍｌ、１５０～２００ｍｌ、２００～２５０ｍｌ、２５０～３００ｍｌ、３００～３５０ｍｌ、３５０～４００ｍｌ、４００～４５０ｍｌ、または４５０～５００ｍｌの体積を有する。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、約１～１０ｍｌ、１０～２０ｍｌ、２０～３０ｍｌ、３０～４０ｍｌ、４０～５０ｍｌ、５０～６０ｍｌ、６０～７０ｍｌ、７０～８０ｍｌ、７０～８０ｍｌ、８０～９０ｍｌ、または９０～１００ｍｌの体積を有する。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、約５ｍｌ～約８０ｍｌの範囲の体積を有する。例となる実施形態では、薬学的組成物は、約１０ｍｌ～約７０ｍｌの範囲の体積を有する。ある特定の実施形態では、薬学的組成物は、約１０ｍｌ～約５０ｍｌの範囲の体積を有する。
具体的な量／投薬レジメンは、個体の体重、性別、年齢、及び健康；細胞の製剤形態、生化学的特質、生物活性、生物学的利用能、及び副作用、ならびに完全な治療レジメンにおける細胞の数及び固有性に応じて様々である。
いくつかの実施形態では、治療上有効用量または臨床的有効用量の薬学的組成物は、約１０ｍｌ～５０ｍｌの体積で約１．０×１０５～約２．５×１０８個の細胞を含み、薬学的組成物は、単回の治療上有効用量または臨床的有効用量として投与される。場合によっては、治療上有効用量または臨床的有効用量は、約１０ｍｌ～５０ｍｌの体積で約１．０×１０５～約２．５×１０８個の本明細書に記載の初代Ｔ細胞を含む。場合によっては、治療上有効用量または臨床的有効用量は、約１０ｍｌ～５０ｍｌの体積で約１．０×１０５～約２．５×１０８個の上述した初代Ｔ細胞を含む。種々の実例では、治療上有効用量または臨床的有効用量は、約１０ｍｌ～５０ｍｌの体積で約１．０×１０５～約２．５×１０８個の本明細書に記載の低免疫原性人工多能性幹細胞から分化したＴ細胞を含む。いくつかの実施形態では、治療上有効用量または臨床的有効用量は、約１０ｍｌ～５０ｍｌの体積で１．０×１０５、１．１×１０５、１．２×１０５、１．３×１０５、１．４×１０５、１．５×１０５、１．６×１０５、１．７×１０５、１．８×１０５、１．９×１０５、２．０×１０５、２．１×１０５、２．２×１０５、２．３×１０５、２．４×１０５、２．５×１０５、１．０×１０６、１．１×１０６、１．２×１０６、１．３×１０６、１．４×１０６、１．５×１０６、１．６×１０６、１．７×１０６、１．８×１０６、１．９×１０６、２．０×１０６、２．１×１０６、２．２×１０６、２．３×１０６、２．４×１０６、２．５×１０６、１．０×１０７、１．１×１０７、１．２×１０７、１．３×１０７、１．４×１０７、１．５×１０７、１．６×１０７、１．７×１０７、１．８×１０７、１．９×１０７、２．０×１０７、２．１×１０７、２．２×１０７、２．３×１０７、２．４×１０７、２．５×１０７、１．０×１０８、１．１×１０８、１．２×１０８、１．３×１０８、１．４×１０８、１．５×１０８、１．６×１０８、１．７×１０８、１．８×１０８、１．９×１０８、２．０×１０８、２．１×１０８、２．２×１０８、２．３×１０８、２．４×１０８、または２．５×１０８個の本明細書に記載の低免疫原性人工多能性幹細胞から分化したＴ細胞である。他の実例では、治療上有効用量または臨床的有効用量は、約１．０×１０５～約２．５×１０８個未満である範囲の初代Ｔ細胞または低免疫原性人工多能性幹細胞から分化したＴ細胞を含めたＴ細胞である。なおも他の実例では、治療上有効用量または臨床的有効用量は、約１．０×１０５～約２．５×１０８個超である範囲の初代Ｔ細胞及び低免疫原性人工多能性幹細胞から分化したＴ細胞を含めたＴ細胞である。
いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、５０ｋｇ以下の対象に関して体重１ｋｇ当たり約１．０×１０５～約１．０×１０７個の細胞（初代Ｔ細胞及び低免疫原性人工多能性幹細胞から分化したＴ細胞等）の単回の治療上有効用量または臨床的有効用量として投与される。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、５０ｋｇ以下の対象に関して体重１ｋｇ当たり約０．５×１０５～約１．０×１０７、約１．０×１０５～約１．０×１０７、約１．０×１０５～約１．０×１０７、約５．０×１０５～約１×１０７、約１．０×１０６～約１×１０７、約５．０×１０６～約１．０×１０７、約１．０×１０５～約５．０×１０６、約１．０×１０５～約１．０×１０６、約１．０×１０５～約５．０×１０５、約１．０×１０５～約５．０×１０６、約２．０×１０５～約５．０×１０６、約３．０×１０５～約５．０×１０６、約４．０×１０５～約５．０×１０６、約５．０×１０５～約５．０×１０６、約６．０×１０５～約５．０×１０６、約７．０×１０５～約５．０×１０６、約８．０×１０５～約５．０×１０６、または約９．０×１０５～約５．０×１０６個の細胞の単回の治療上有効用量または臨床的有効用量として投与される。いくつかの実施形態では、治療上有効用量または臨床的有効用量は、５０ｋｇ以下の対象に関して体重１ｋｇ当たり０．５×１０５、０．６×１０５、０．７×１０５、０．８×１０５、０．９×１０５、１．０×１０５、１．１×１０５、１．２×１０５、１．３×１０５、１．４×１０５、１．５×１０５、１．６×１０５、１．７×１０５、１．８×１０５、１．９×１０５、２．０×１０５、２．１×１０５、２．２×１０５、２．３×１０５、２．４×１０５、２．５×１０５、２．６×１０５、２．７×１０５、２．８×１０５、２．９×１０５、３．０×１０５、３．１×１０５、３．２×１０５、３．３×１０５、３．４×１０５、３．５×１０５、３．６×１０５、３．７×１０５、３．８×１０５、３．９×１０５、４．０×１０５、４．１×１０５、４．２×１０５、４．３×１０５、４．４×１０５、４．５×１０５、４．６×１０５、４．７×１０５、４．８×１０５、４．９×１０５、５．０×１０５、０．５×１０６、０．６×１０６、０．７×１０６、０．８×１０６、０．９×１０６、１．０×１０６、１．１×１０６、１．２×１０６、１．３×１０６、１．４×１０６、１．５×１０６、１．６×１０６、１．７×１０６、１．８×１０６、１．９×１０６、２．０×１０６、２．１×１０６、２．２×１０６、２．３×１０６、２．４×１０６、２．５×１０６、２．６×１０６、２．７×１０６、２．８×１０６、２．９×１０６、３．０×１０６、３．１×１０６、３．２×１０６、３．３×１０６、３．４×１０６、３．５×１０６、３．６×１０６、３．７×１０６、３．８×１０６、３．９×１０６、４．０×１０６、４．１×１０６、４．２×１０６、４．３×１０６、４．４×１０６、４．５×１０６、４．６×１０６、４．７×１０６、４．８×１０６、４．９×１０６、５．０×１０６、５．１×１０６、５．２×１０６、５．３×１０６、５．４×１０６、５．５×１０６、５．６×１０６、５．７×１０６、５．８×１０６、５．９×１０６、６．０×１０６、６．１×１０６、６．２×１０６、６．３×１０６、６．４×１０６、６．５×１０６、６．６×１０６、６．７×１０６、６．８×１０６、６．９×１０６、７．０×１０６、７．１×１０６、７．２×１０６、７．３×１０６、７．４×１０６、７．５×１０６、７．６×１０６、７．７×１０６、７．８×１０６、７．９×１０６、８．０×１０６、８．１×１０６、８．２×１０６、８．３×１０６、８．４×１０６、８．５×１０６、８．６×１０６、８．７×１０６、８．８×１０６、８．９×１０６、９．０×１０６、９．１×１０６、９．２×１０６、９．３×１０６、９．４×１０６、９．５×１０６、９．６×１０６、９．７×１０６、９．８×１０６、９．９×１０６、０．５×１０７、０．６×１０７、０．７×１０７、０．８×１０７、０．９×１０７、または１．０×１０７個の細胞である。いくつかの実施形態では、治療上有効用量または臨床的有効用量は、５０ｋｇ以下の対象に関して体重１ｋｇ当たり約０．２×１０６～約５．０×１０６個の細胞である。ある特定の実施形態では、治療上有効用量または臨床的有効用量は、５０ｋｇ以下の対象に関して体重１ｋｇ当たり約０．２×１０６～約５．０×１０６個未満である範囲の細胞である。または臨床的有効用量。例となる実施形態では、単回の治療上有効用量または臨床的有効用量は、約１０ｍｌ～５０ｍｌの体積である。いくつかの実施形態では、治療上有効用量または臨床的有効用量は、静脈内に投与される。
例となる実施形態では、該細胞は、５０ｋｇ超の対象に関して約１．０×１０６～約５．０×１０８個の細胞（初代Ｔ細胞及び低免疫原性人工多能性幹細胞から分化したＴ細胞等）の単回の治療上有効用量で投与される。いくつかの実施形態では、薬学的組成物は、５０ｋｇ以下の対象に関して体重１ｋｇ当たり約０．５×１０６～約１．０×１０９、約１．０×１０６～約１．０×１０９、約１．０×１０６～約１．０×１０９、約５．０×１０６～約１．０×１０９、約１．０×１０７～約１．０×１０９、約５．０×１０７～約１．０×１０９、約１．０×１０６～約５．０×１０７、約１．０×１０６～約１．０×１０７、約１．０×１０６～約５．０×１０７、約１．０×１０７～約５．０×１０８、約２．０×１０７～約５．０×１０８、約３．０×１０７～約５．０×１０８、約４．０×１０７～約５．０×１０８、約５．０×１０７～約５．０×１０８、約６．０×１０７～約５．０×１０８、約７．０×１０７～約５．０×１０８、約８．０×１０７～約５．０×１０８、または約９．０×１０７～約５．０×１０８個の細胞の単回の治療上有効用量または臨床的有効用量として投与される。いくつかの実施形態では、治療上有効用量または臨床的有効用量は、５０ｋｇ以下の対象に関して体重１ｋｇ当たり１．０×１０６、１．１×１０６、１．２×１０６、１．３×１０６、１．４×１０６、１．５×１０６、１．６×１０６、１．７×１０６、１．８×１０６、１．９×１０６、２．０×１０６、２．１×１０６、２．２×１０６、２．３×１０６、２．４×１０６、２．５×１０６、２．６×１０６、２．７×１０６、２．８×１０６、２．９×１０６、３．０×１０６、３．１×１０６、３．２×１０６、３．３×１０６、３．４×１０６、３．５×１０６、３．６×１０６、３．７×１０６、３．８×１０６、３．９×１０６、４．０×１０６、４．１×１０６、４．２×１０６、４．３×１０６、４．４×１０６、４．５×１０６、４．６×１０６、４．７×１０６、４．８×１０６、４．９×１０６、５．０×１０６、５．１×１０６、５．２×１０６、５．３×１０６、５．４×１０６、５．５×１０６、５．６×１０６、５．７×１０６、５．８×１０６、５．９×１０６、６．０×１０６、６．１×１０６、６．２×１０６、６．３×１０６、６．４×１０６、６．５×１０６、６．６×１０６、６．７×１０６、６．８×１０６、６．９×１０６、７．０×１０６、７．１×１０６、７．２×１０６、７．３×１０６、７．４×１０６、７．５×１０６、７．６×１０６、７．７×１０６、７．８×１０６、７．９×１０６、８．０×１０６、８．１×１０６、８．２×１０６、８．３×１０６、８．４×１０６、８．５×１０６、８．６×１０６、８．７×１０６、８．８×１０６、８．９×１０６、９．０×１０６、９．１×１０６、９．２×１０６、９．３×１０６、９．４×１０６、９．５×１０６、９．６×１０６、９．７×１０６、９．８×１０６、９．９×１０６、１．０×１０７、１．１×１０７、１．２×１０７、１．３×１０７、１．４×１０７、１．５×１０７、１．６×１０７、１．７×１０７、１．８×１０７、１．９×１０７、２．０×１０７、２．１×１０７、２．２×１０７、２．３×１０７、２．４×１０７、２．５×１０７、２．６×１０７、２．７×１０７、２．８×１０７、２．９×１０７、３．０×１０７、３．１×１０７、３．２×１０７、３．３×１０７、３．４×１０７、３．５×１０７、３．６×１０７、３．７×１０７、３．８×１０７、３．９×１０７、４．０×１０７、４．１×１０７、４．２×１０７、４．３×１０７、４．４×１０７、４．５×１０７、４．６×１０７、４．７×１０７、４．８×１０７、４．９×１０７、５．０×１０７、５．１×１０７、５．２×１０７、５．３×１０７、５．４×１０７、５．５×１０７、５．６×１０７、５．７×１０７、５．８×１０７、５．９×１０７、６．０×１０７、６．１×１０７、６．２×１０７、６．３×１０７、６．４×１０７、６．５×１０７、６．６×１０７、６．７×１０７、６．８×１０７、６．９×１０７、７．０×１０７、７．１×１０７、７．２×１０７、７．３×１０７、７．４×１０７、７．５×１０７、７．６×１０７、７．７×１０７、７．８×１０７、７．９×１０７、８．０×１０７、８．１×１０７、８．２×１０７、８．３×１０７、８．４×１０７、８．５×１０７、８．６×１０７、８．７×１０７、８．８×１０７、８．９×１０７、９．０×１０７、９．１×１０７、９．２×１０７、９．３×１０７、９．４×１０７、９．５×１０７、９．６×１０７、９．７×１０７、９．８×１０７、９．９×１０７、１．０×１０８、１．１×１０８、１．２×１０８、１．３×１０８、１．４×１０８、１．５×１０８、１．６×１０８、１．７×１０８、１．８×１０８、１．９×１０８、２．０×１０８、２．１×１０８、２．２×１０８、２．３×１０８、２．４×１０８、２．５×１０８、２．６×１０８、２．７×１０８、２．８×１０８、２．９×１０８、３．０×１０８、３．１×１０８、３．２×１０８、３．３×１０８、３．４×１０８、３．５×１０８、３．６×１０８、３．７×１０８、３．８×１０８、３．９×１０８、４．０×１０８、４．１×１０８、４．２×１０８、４．３×１０８、４．４×１０８、４．５×１０８、４．６×１０８、４．７×１０８、４．８×１０８、４．９×１０８、または５．０×１０８個の細胞である。ある特定の実施形態では、該細胞は、５０ｋｇ超の対象に関して約１．０×１０７～約２．５×１０８個の細胞の単回の治療上有効用量または臨床的有効用量で投与される。いくつかの実施形態では、該細胞は、５０ｋｇ超の対象に関して約１．０×１０７～約２．５×１０８個未満である範囲の細胞の単回の治療上有効用量または臨床的有効用量で投与される。いくつかの実施形態では、該細胞は、５０ｋｇ超の対象に関して約１．０×１０７～約２．５×１０８個超である範囲の細胞の単回の治療上有効用量または臨床的有効用量で投与される。いくつかの実施形態では、用量は、静脈内に投与される。例となる実施形態では、単一の治療上有効用量または臨床的有効用量は、約１０ｍｌ～５０ｍｌの体積である。いくつかの実施形態では、治療上有効用量または臨床的有効用量は、静脈内に投与される。
例となる実施形態では、治療上有効用量または臨床的有効用量は、１分当たり約１～５０ｍｌ、１分当たり１～４０ｍｌ、１分当たり１～３０ｍｌ、１分当たり１～２０ｍｌ、１分当たり１０～２０ｍｌ、１分当たり１０～３０ｍｌ、１分当たり１０～４０ｍｌ、１分当たり１０～５０ｍｌ、１分当たり２０～５０ｍｌ、１分当たり３０～５０ｍｌ、１分当たり４０～５０ｍｌの速度で静脈内に投与される。多数の実施形態では、薬学的組成物は、静脈内投与用の１つまたは複数の輸液バッグ中で保管される。いくつかの実施形態では、用量は、１０分、１５分、２０分、２５分、３０分、３５分、４０分、４５分、５０分、５５分、６０分、７０分、８０分、９０分、１２０分、１５０分、１８０分、２４０分、または３００分以下で完全に投与される。
いくつかの実施形態では、薬学的組成物の単一の治療上有効用量または臨床的有効用量は、単一の輸液バッグに存在する。他の実施形態では、薬学的組成物の単一の治療上有効用量または臨床的有効用量は、２、３、４、または５個の別個の輸液バッグに分割される。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、複数の用量、例えば、２、３、４、５、６回またはそれを超える用量で投与され、ここで、複数の用量は合わせて、治療上有効用量または臨床的有効用量レジメンを構成する。いくつかの実施形態では、複数の用量の各用量は、１～２４時間の範囲を空けて対象に投与される。いくつかの事例では、後続の用量は、最初のまたは先行する用量から約１時間～約２４時間（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、または約２４時間）後に投与される。いくつかの実施形態では、複数の用量の各用量は、約１日～２８日の範囲を空けて対象に投与される。いくつかの事例では、後続の用量は、最初のまたは先行する用量から約１日～約２８日（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、または約２８日）後に投与される。ある特定の実施形態では、複数の用量の各用量は、１週間～約６週間の範囲を空けて対象に投与される。ある特定の事例では、後続の用量は、最初のまたは先行する用量から約１週間～約６週間（例えば、約１、２、３、４、５、または６週間）後に投与される。いくつかの実施形態では、複数の用量の各用量は、約１ヶ月間～約１２ヶ月間の範囲を空けて対象に投与される。いくつかの事例では、後続の用量は、最初のまたは先行する用量から約１ヶ月～約１２ヶ月（例えば、約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、または１２ヶ月）後に投与される。
いくつかの実施形態では、対象は、第１の時点で第１の投薬レジメンを投与され、次いでその後、第２の時点で第２の投薬レジメンを投与される。いくつかの実施形態では、第１の投薬レジメンは、第２の投薬レジメンと同じである。他の実施形態では、第１の投薬レジメンは、第２の投薬レジメンとは異なる。いくつかの事例では、第１の投薬レジメン及び第２の投薬レジメンにおける細胞の数は、同じである。いくつかの事例では、第１の投薬レジメン及び第２の投薬レジメンにおける細胞の数は、異なる。場合によっては、第１の投薬レジメン及び第２の投薬レジメンにおける用量の数は、同じである。場合によっては、第１の投薬レジメン及び第２の投薬レジメンにおける用量の数は、異なる。
いくつかの実施形態では、第１の投薬レジメンは、第１のＣＡＲを発現する低免疫（ＨＩＰ）Ｔ細胞または初代Ｔ細胞を含み、第２の投薬レジメンは、第２のＣＡＲを発現する低免疫（ＨＩＰ）Ｔ細胞または初代Ｔ細胞を含み、第１のＣＡＲ及び第２のＣＡＲは異なるものとなっている。例えば、第１のＣＡＲ及び第２のＣＡＲは、異なる標的抗原に結合する。場合によっては、第１のＣＡＲは、ある抗原に結合するｓｃＦｖを含み、第２のＣＡＲは、異なる抗原に結合するｓｃＦｖを含む。いくつかの実施形態では、第１の投薬レジメンは、第１のＣＡＲを発現する低免疫（ＨＩＰ）Ｔ細胞または初代Ｔ細胞を含み、第２の投薬レジメンは、第２のＣＡＲを発現する低免疫（ＨＩＰ）Ｔ細胞または初代Ｔ細胞を含み、第１のＣＡＲ及び第２のＣＡＲは同じものとなっている。第１の投薬レジメンは、第２の投薬レジメンから少なくとも１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、７ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、１０ヶ月、１１ヶ月、１２ヶ月、１～３ヶ月、１～６ヶ月、４～６ヶ月、３～９ヶ月、３～１２ヶ月、またはそれを超える月数を空けて対象に投与され得る。いくつかの実施形態では、対象は、疾患（例えば、自己免疫疾患）の経過において複数の投薬レジメンを投与され、投薬レジメンのうちの少なくとも２つは、同じ種類の本明細書に記載の低免疫（ＨＩＰ）Ｔ細胞または初代Ｔ細胞を含む。他の実施形態では、複数の投薬レジメンのうちの少なくとも２つは、異なる種類の本明細書に記載の低免疫（ＨＩＰ）Ｔ細胞または初代Ｔ細胞を含む。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＣＤ１９特異的（ＣＤ１９）ＣＡＲ－Ｔ細胞は、約５０×１０６～約１１０×１０６（例えば、５０×１０６、５１×１０６、５２×１０６、５３×１０６、５４×１０６、５５×１０６、５６×１０６、５７×１０６、５８×１０６、５９×１０６、６０×１０６、６１×１０６、６２×１０６、６３×１０６、６４×１０６、６５×１０６、６６×１０６、６７×１０６、６８×１０６、６９×１０６、７０×１０６、７１×１０６、７２×１０６、７３×１０６、７４×１０６、７５×１０６、７６×１０６、７７×１０６、７８×１０６、７９×１０６、８０×１０６、８１×１０６、８２×１０６、８３×１０６、８４×１０６、８５×１０６、８６×１０６、８７×１０６、８８×１０６、８９×１０６、９０×１０６、９１×１０６、９２×１０６、９３×１０６、９４×１０６、９５×１０６、９６×１０６、９７×１０６、９８×１０６、９９×１０６、１００×１０６、１０１×１０６、１０２×１０６、１０３×１０６、１０４×１０６、１０５×１０６、１０６×１０６、１０７×１０６、１０８×１０６、１０９×１０６、または１１０×１０６）個の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞の用量で対象に投与される。いくつかの実施形態では、用量は、治療上有効量の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞である。他の実施形態では、用量は、臨床的有効量の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞は、ＣＤ１９特異的ＣＡＲを発現するＣＤ４＋ Ｔ細胞及びＣＤ１９特異的ＣＡＲを発現するＣＤ８＋ Ｔ細胞を約１：１の比で含む。いくつかの実施形態では、該細胞のＣＤ１９特異的ＣＡＲは、リソカブタゲンマラルユーセル（ＢＲＥＹＡＮＺＩ（登録商標））、その構造的同等物、またはその機能的同等物である。
いくつかの実施形態では、対象は、約５０×１０６～約１１０×１０６（例えば、５０×１０６、５１×１０６、５２×１０６、５３×１０６、５４×１０６、５５×１０６、５６×１０６、５７×１０６、５８×１０６、５９×１０６、６０×１０６、６１×１０６、６２×１０６、６３×１０６、６４×１０６、６５×１０６、６６×１０６、６７×１０６、６８×１０６、６９×１０６、７０×１０６、７１×１０６、７２×１０６、７３×１０６、７４×１０６、７５×１０６、７６×１０６、７７×１０６、７８×１０６、７９×１０６、８０×１０６、８１×１０６、８２×１０６、８３×１０６、８４×１０６、８５×１０６、８６×１０６、８７×１０６、８８×１０６、８９×１０６、９０×１０６、９１×１０６、９２×１０６、９３×１０６、９４×１０６、９５×１０６、９６×１０６、９７×１０６、９８×１０６、９９×１０６、１００×１０６、１０１×１０６、１０２×１０６、１０３×１０６、１０４×１０６、１０５×１０６、１０６×１０６、１０７×１０６、１０８×１０６、１０９×１０６、または１１０×１０６）個の本明細書に記載の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞を投与される。いくつかの実施形態では、用量は、治療上有効量の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞である。他の実施形態では、用量は、臨床的有効量の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞である。いくつかの事例では、生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞の５０％は、ＣＤ１９特異的ＣＡＲを発現するＣＤ４＋ Ｔ細胞であり、生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞の５０％は、ＣＤ１９特異的ＣＡＲを発現するＣＤ８＋ Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞のＣＤ１９特異的ＣＡＲは、リソカブタゲンマラルユーセル（ＢＲＥＹＡＮＺＩ（登録商標））、その構造的同等物、またはその機能的同等物である。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞は、体重１ｋｇ当たり約２×１０６の用量で対象に投与される。いくつかの実施形態では、投与される最大用量は、約２×１０８個の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、用量は、治療上有効量の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞である。他の実施形態では、用量は、臨床的有効量の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞のＣＤ１９特異的ＣＡＲは、アキシカブタゲンシロルユーセル（ＹＥＳＣＡＲＴＡ（登録商標））、その構造的同等物、またはその機能的同等物と同じＣＤ１９特異的ＣＡＲである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞は、体重１ｋｇ当たり約２×１０６の用量で対象に投与される。いくつかの実施形態では、約２×１０８個の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞の最大用量が、体重約１００ｋｇ以上の患者に投与される。いくつかの実施形態では、用量は、治療上有効量の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞である。他の実施形態では、用量は、臨床的有効量の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞のＣＤ１９特異的ＣＡＲは、ブレクスカブタゲンオートルユーセル（ＴＥＣＡＲＴＵＳ（登録商標））、その構造的同等物、またはその機能的同等物と同じＣＤ１９特異的ＣＡＲである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞は、最大約２×１０８個の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞の用量で対象に投与される。いくつかの実施形態では、対象は、約５０ｋｇ以下の体重を有する対象に関して体重１ｋｇ当たり約０．２×１０６～約５．０×１０６（例えば、約０．２×１０６、０．４×１０６、０．５×１０６、０．６×１０６、０．８×１０６、０．９×１０６、１．０×１０６、１．２×１０６、１．４×１０６、１．５×１０６、１．６×１０６、１．８×１０６、１．９×１０６、２．０×１０６、２．２×１０６、２．４×１０６、２．５×１０６、２．６×１０６、２．８×１０６、２．９×１０６、３．０×１０６、３．２×１０６、３．４×１０６、３．５×１０６、３．６×１０６、３．８×１０６、３．９×１０６、４．０×１０６、４．２×１０６、４．４×１０６、４．５×１０６、４．６×１０６、４．８×１０６、４．９×１０６、または５．０×１０６）個の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞を投与される。いくつかの実施形態では、対象は、約５０ｋｇ超の体重を有する対象に関して約０．１×１０８～約２．５×１０８（例えば、約０．１×１０６、０．２×１０６、０．４×１０６、０．５×１０６、０．６×１０６、０．８×１０６、０．９×１０６、１．０×１０６、１．２×１０６、１．４×１０６、１．５×１０６、１．６×１０６、１．８×１０６、１．９×１０６、２．０×１０６、２．２×１０６、２．４×１０６、または２．５×１０６）個の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞を投与される。いくつかの実施形態では、対象は、約０．６×１０８～約６．０×１０８（例えば、約０．６×１０８、０．８×１０８、０．９×１０８、１．０×１０８、１．２×１０８、１．４×１０８、１．５×１０８、１．６×１０８、１．８×１０８、１．９×１０８、２．０×１０８、２．２×１０８、２．４×１０８、２．５×１０８、２．６×１０８、２．８×１０８、２．９×１０８、３．０×１０８、３．２×１０８、３．４×１０８、３．５×１０８、３．６×１０８、３．８×１０８、３．９×１０８、４．０×１０８、４．２×１０８、４．４×１０８、４．５×１０８、４．６×１０８、４．８×１０８、４．９×１０８、５．０×１０８、５．２×１０８、５．４×１０８、５．５×１０８、５．６×１０８、５．８×１０８、５．９×１０８、または６．０×１０８）個の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞を投与される。いくつかの実施形態では、用量は、治療上有効量の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞である。他の実施形態では、用量は、臨床的有効量の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞のＣＤ１９特異的ＣＡＲは、チサゲンレクルユーセル（ＫＹＭＲＩＡＨ（登録商標））、その構造的同等物、またはその機能的同等物と同じＣＤ１９特異的ＣＡＲである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞のうちのいずれかの単回用量は、約５０×１０６～約１１０×１０６（例えば、５０×１０６、５１×１０６、５２×１０６、５３×１０６、５４×１０６、５５×１０６、５６×１０６、５７×１０６、５８×１０６、５９×１０６、６０×１０６、６１×１０６、６２×１０６、６３×１０６、６４×１０６、６５×１０６、６６×１０６、６７×１０６、６８×１０６、６９×１０６、７０×１０６、７１×１０６、７２×１０６、７３×１０６、７４×１０６、７５×１０６、７６×１０６、７７×１０６、７８×１０６、７９×１０６、８０×１０６、８１×１０６、８２×１０６、８３×１０６、８４×１０６、８５×１０６、８６×１０６、８７×１０６、８８×１０６、８９×１０６、９０×１０６、９１×１０６、９２×１０６、９３×１０６、９４×１０６、９５×１０６、９６×１０６、９７×１０６、９８×１０６、９９×１０６、１００×１０６、１０１×１０６、１０２×１０６、１０３×１０６、１０４×１０６、１０５×１０６、１０６×１０６、１０７×１０６、１０８×１０６、１０９×１０６、または１１０×１０６）個の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞を含む。いくつかの実施形態では、用量は、治療上有効量の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞である。他の実施形態では、用量は、臨床的有効量の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞は、ＣＤ１９特異的ＣＡＲを発現するＣＤ４＋ Ｔ細胞及びＣＤ１９特異的ＣＡＲを発現するＣＤ８＋ Ｔ細胞を約１：１の比で含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ１９特異的ＣＡＲは、リソカブタゲンマラルユーセル（ＢＲＥＹＡＮＺＩ（登録商標））、その構造的同等物、またはその機能的同等物と同じＣＤ１９特異的ＣＡＲである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞のうちのいずれかの単回用量は、約２×１０８個の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞のうちのいずれかの単一の輸液バッグは、約６８ｍＬの細胞懸濁液中に約２×１０８個の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞を含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ１９特異的ＣＡＲは、アキシカブタゲンシロルユーセル（ＹＥＳＣＡＲＴＡ（登録商標））、その構造的同等物、またはその機能的同等物と同じＣＤ１９特異的ＣＡＲである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞のうちのいずれかの単回用量は、約２×１０８個の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞のうちのいずれかの単一の輸液バッグは、約６８ｍＬの細胞懸濁液中に約２×１０８個の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞を含む。いくつかの実施形態では、ＣＤ１９特異的ＣＡＲは、ブレクスカブタゲンオートルユーセル（ＴＥＣＡＲＴＵＳ（登録商標））、その構造的同等物、またはその機能的同等物と同じＣＤ１９特異的ＣＡＲである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞のうちのいずれかの単回用量は、５０ｋｇ以下の体重を有する対象に関して体重１ｋｇ当たり約０．２×１０６～約５．０×１０６（例えば、約０．２×１０６、０．３×１０６、０．４×１０６、０．５×１０６、０．６×１０６、０．７×１０６、０．８×１０６、０．９×１０６、１．０×１０６、１．１×１０６、１．２×１０６、１．３×１０６、１．４×１０６、１．５×１０６、１．６×１０６、１．７×１０６、１．８×１０６、１．９×１０６、２．０×１０６、２．１×１０６，２．２×１０６、２．３×１０６、２．４×１０６、２．５×１０６、２．６×１０６、２．７×１０６、２．８×１０６、２．９×１０６、３．０×１０６、３．１×１０６、３．２×１０６、３．３×１０６、３．４×１０６、３．５×１０６、３．６×１０６、３．７×１０６、３．８×１０６、３．９×１０６、４．０×１０６、４．１×１０６、４．２×１０６、４．３×１０６、４．４×１０６、４．５×１０６、４．６×１０６、４．７×１０６、４．８×１０６、４．９×１０６、または５．０×１０６）個の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞のうちのいずれかの単回用量は、５０ｋｇ超の体重を有する対象に関して体重１ｋｇ当たり約０．１×１０８～約２．５×１０８（例えば、約０．１×１０６、０．２×１０６、０．３×１０６、０．４×１０６、０．５×１０６、０．６×１０６、０．７×１０６、０．８×１０６、０．９×１０６、１．０×１０６、１．１×１０６、１．２×１０６、１．３×１０６、１．４×１０６、１．５×１０６、１．６×１０６、１．７×１０６、１．８×１０６、１．９×１０６、２．０×１０６、２．１×１０６、２．２×１０６、２．３×１０６、２．４×１０６、または２．５×１０６）個の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞のうちのいずれかの単回用量は、約０．６×１０８～約６．０×１０８（例えば、約０．６×１０８、０．７×１０８、０．８×１０８、０．９×１０８、１．０×１０８、１．１×１０８，１．２×１０８、１．３×１０８、１．４×１０８、１．５×１０８、１．６×１０８、１．７×１０８、１．８×１０８、１．９×１０８、２．０×１０８、２．１×１０８、２．２×１０８、２．３×１０８、２．４×１０８、２．５×１０８、２．６×１０８、２．７×１０８、２．８×１０８、２．９×１０８、３．０×１０８、３．１×１０８、３．２×１０８、３．３×１０８、３．４×１０８、３．５×１０８、３．６×１０８、３．７×１０８、３．８×１０８、３．９×１０８、４．０×１０８、４．１×１０８、４．２×１０８、４．３×１０８、４．４×１０８、４．５×１０８、４．６×１０８、４．７×１０８、４．８×１０８、４．９×１０８、５．０×１０８、５．１×１０８、５．２×１０８、５．３×１０８、５．４×１０８、５．５×１０８、５．６×１０８、５．７×１０８、５．８×１０８、５．９×１０８、または６．０×１０８）個の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞のうちのいずれかの単一の輸液バッグは、約１０ｍＬ～約５０ｍＬの細胞懸濁液中に約０．６×１０８～約６．０×１０８（例えば、約０．６×１０８、０．７×１０８、０．８×１０８、０．９×１０８、１．０×１０８、１．１×１０８、１．２×１０８、１．３×１０８、１．４×１０８、１．５×１０８、１．６×１０８、１．７×１０８、１．８×１０８、１．９×１０８、２．０×１０８、２．１×１０８、２．２×１０８、２．３×１０８、２．４×１０８、２．５×１０８、２．６×１０８、２．７×１０８、２．８×１０８、２．９×１０８、３．０×１０８、３．１×１０８、３．２×１０８、３．３×１０８、３．４×１０８、３．５×１０８、３．６×１０８、３．７×１０８、３．８×１０８、３．９×１０８、４．０×１０８、４．１×１０８、４．２×１０８、４．３×１０８、４．４×１０８、４．５×１０８、４．６×１０８、４．７×１０８、４．８×１０８、４．９×１０８、５．０×１０８、５．１×１０８、５．２×１０８、５．３×１０８、５．４×１０８、５．５×１０８、５．６×１０８、５．７×１０８、５．８×１０８、５．９×１０８、または６．０×１０８）個の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞を含む。いくつかの実施形態では、用量は、治療上有効量の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞である。他の実施形態では、用量は、臨床的有効量の生存性ＣＤ１９特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞のＣＤ１９特異的ＣＡＲは、チサゲンレクルユーセル（ＫＹＭＲＩＡＨ（登録商標））、その構造的同等物、またはその機能的同等物と同じＣＤ１９特異的ＣＡＲである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＢＣＭＡ特異的（ＢＣＭＡ）ＣＡＲ－Ｔ細胞は、約２５０×１０６～約５００×１０６（例えば、２５０×１０６、２５５×１０６、２６０×１０６、２６５×１０６、２７０×１０６、２７５×１０６、２８０×１０６、２８５×１０６、２９０×１０６、２９５×１０６、３００×１０６、３０５×１０６、３１０×１０６、３１５×１０６、３２０×１０６、３２５×１０６、３３０×１０６、３３５×１０６、３４０×１０６、３４５×１０６、３５０×１０６、３５５×１０６、３６０×１０６、３６５×１０６、３７０×１０６、３７５×１０６、３８０×１０６、３８５×１０６、３９０×１０６、３９５×１０６、４００×１０６、４０５×１０６、４１０×１０６、４１５×１０６、４２０×１０６、４２５×１０６、４３０×１０６、４３５×１０６、４４０×１０６、４４５×１０６、４５０×１０６、４５５×１０６、４６０×１０６、４６５×１０６、４７０×１０６、４７５×１０６、４８０×１０６、４８５×１０６、４９０×１０６、４９５×１０６、または５００×１０６）個の生存性ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞の用量で対象に投与される。いくつかの実施形態では、用量は、治療上有効量の生存性ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞である。他の実施形態では、用量は、臨床的有効量の生存性ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、生存性ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞は、ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲを発現するＣＤ４＋ Ｔ細胞及びＢＣＭＡ特異的ＣＡＲを発現するＣＤ８＋ Ｔ細胞を約１：１の比で含む。いくつかの実施形態では、該細胞のＢＣＭＡ特異的ＣＡＲは、イデカブタゲンビクルユーセル（ＡＢＥＣＥＭＡ（登録商標））、その構造的同等物、またはその機能的同等物である。
いくつかの実施形態では、対象は、約２５０×１０６～約５００×１０６（例えば、２５０×１０６、２５５×１０６、２６０×１０６、２６５×１０６、２７０×１０６、２７５×１０６、２８０×１０６、２８５×１０６、２９０×１０６、２９５×１０６、３００×１０６、３０５×１０６、３１０×１０６、３１５×１０６、３２０×１０６、３２５×１０６、３３０×１０６、３３５×１０６、３４０×１０６、３４５×１０６、３５０×１０６、３５５×１０６、３６０×１０６、３６５×１０６、３７０×１０６、３７５×１０６、３８０×１０６、３８５×１０６、３９０×１０６、３９５×１０６、４００×１０６、４０５×１０６、４１０×１０６、４１５×１０６、４２０×１０６、４２５×１０６、４３０×１０６、４３５×１０６、４４０×１０６、４４５×１０６、４５０×１０６、４５５×１０６、４６０×１０６、４６５×１０６、４７０×１０６、４７５×１０６、４８０×１０６、４８５×１０６、４９０×１０６、４９５×１０６、または５００×１０６）個の本明細書に記載の生存性ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞を投与される。いくつかの実施形態では、用量は、治療上有効量の生存性ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞である。他の実施形態では、用量は、臨床的有効量の生存性ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞である。いくつかの事例では、生存性ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞の５０％は、ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲを発現するＣＤ４＋ Ｔ細胞であり、生存性ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞の５０％は、ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲを発現するＣＤ８＋ Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞のＢＣＭＡ特異的ＣＡＲは、イデカブタゲンビクルユーセル（ＡＢＥＣＥＭＡ（登録商標））、その構造的同等物、またはその機能的同等物である。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞は、最大約５×１０８個の生存性ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞の用量で対象に投与される。いくつかの実施形態では、対象は、体重１ｋｇ当たり約２．５×１０８～約５．０×１０８（例えば、約０．２×１０８、０．４×１０８、０．５×１０８、０．６×１０８、０．８×１０８、０．９×１０８、１．０×１０８、１．２×１０８、１．４×１０８、１．５×１０８、１．６×１０８、１．８×１０８、１．９×１０８、２．０×１０８、２．２×１０８、２．４×１０８、２．５×１０８、２．６×１０８、２．８×１０８、２．９×１０８、３．０×１０８、３．２×１０８、３．４×１０８、３．５×１０８、３．６×１０８、３．８×１０８、３．９×１０８、４．０×１０８、４．２×１０８、４．４×１０８、４．５×１０８、４．６×１０８、４．８×１０８、４．９×１０８、または５．０×１０８）個の生存性ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞を投与される。いくつかの実施形態では、用量は、治療上有効量の生存性ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞である。他の実施形態では、用量は、臨床的有効量の生存性ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞のＢＣＭＡ特異的ＣＡＲは、イデカブタゲンビクルユーセル（ＡＢＥＣＥＭＡ（登録商標））、その構造的同等物、またはその機能的同等物と同じＢＣＭＡ特異的ＣＡＲである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞のうちのいずれかの単回用量は、約２５０×１０６～約５００×１０６（例えば、２５０×１０６、２５５×１０６、２６０×１０６、２６５×１０６、２７０×１０６、２７５×１０６、２８０×１０６、２８５×１０６、２９０×１０６、２９５×１０６、３００×１０６、３０５×１０６、３１０×１０６、３１５×１０６、３２０×１０６、３２５×１０６、３３０×１０６、３３５×１０６、３４０×１０６、３４５×１０６、３５０×１０６、３５５×１０６、３６０×１０６、３６５×１０６、３７０×１０６、３７５×１０６、３８０×１０６、３８５×１０６、３９０×１０６、３９５×１０６、４００×１０６、４０５×１０６、４１０×１０６、４１５×１０６、４２０×１０６、４２５×１０６、４３０×１０６、４３５×１０６、４４０×１０６、４４５×１０６、４５０×１０６、４５５×１０６、４６０×１０６、４６５×１０６、４７０×１０６、４７５×１０６、４８０×１０６、４８５×１０６、４９０×１０６、４９５×１０６、または５００×１０６）個の生存性ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞を含む。いくつかの実施形態では、用量は、治療上有効量の生存性ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞である。他の実施形態では、用量は、臨床的有効量の生存性ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、生存性ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞は、ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲを発現するＣＤ４＋ Ｔ細胞及びＢＣＭＡ特異的ＣＡＲを発現するＣＤ８＋ Ｔ細胞を約１：１の比で含む。いくつかの実施形態では、ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲは、イデカブタゲンビクルユーセル（ＡＢＥＣＥＭＡ（登録商標））、その構造的同等物、またはその機能的同等物と同じＢＣＭＡ特異的ＣＡＲである。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞のうちのいずれかの単回用量は、体重１ｋｇ当たり約２５０×１０６～約５００×１０６（例えば、２５０×１０６、２５５×１０６、２６０×１０６、２６５×１０６、２７０×１０６、２７５×１０６、２８０×１０６、２８５×１０６、２９０×１０６、２９５×１０６、３００×１０６、３０５×１０６、３１０×１０６、３１５×１０６、３２０×１０６、３２５×１０６、３３０×１０６、３３５×１０６、３４０×１０６、３４５×１０６、３５０×１０６、３５５×１０６、３６０×１０６、３６５×１０６、３７０×１０６、３７５×１０６、３８０×１０６、３８５×１０６、３９０×１０６、３９５×１０６、４００×１０６、４０５×１０６、４１０×１０６、４１５×１０６、４２０×１０６、４２５×１０６、４３０×１０６、４３５×１０６、４４０×１０６、４４５×１０６、４５０×１０６、４５５×１０６、４６０×１０６、４６５×１０６、４７０×１０６、４７５×１０６、４８０×１０６、４８５×１０６、４９０×１０６、４９５×１０６、または５００×１０６）個の生存性ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞のうちのいずれかの単回用量は、体重１ｋｇ当たり約２．５×１０８～約５．０×１０８（例えば、約０．２×１０８、０．４×１０８、０．５×１０８、０．６×１０８、０．８×１０８、０．９×１０８、１．０×１０８、１．２×１０８、１．４×１０８、１．５×１０８、１．６×１０８、１．８×１０８、１．９×１０８、２．０×１０８、２．２×１０８、２．４×１０８、２．５×１０８、２．６×１０８、２．８×１０８、２．９×１０８、３．０×１０８、３．２×１０８、３．４×１０８、３．５×１０８、３．６×１０８、３．８×１０８、３．９×１０８、４．０×１０８、４．２×１０８、４．４×１０８、４．５×１０８、４．６×１０８、４．８×１０８、４．９×１０８、または５．０×１０８）個の生存性ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞のうちのいずれかの単回用量は、約２．５×１０８～約５．０×１０８（例えば、約０．２×１０８、０．４×１０８、０．５×１０８、０．６×１０８、０．８×１０８、０．９×１０８、１．０×１０８、１．２×１０８、１．４×１０８、１．５×１０８、１．６×１０８、１．８×１０８、１．９×１０８、２．０×１０８、２．２×１０８、２．４×１０８、２．５×１０８、２．６×１０８、２．８×１０８、２．９×１０８、３．０×１０８、３．２×１０８、３．４×１０８、３．５×１０８、３．６×１０８、３．８×１０８、３．９×１０８、４．０×１０８、４．２×１０８、４．４×１０８、４．５×１０８、４．６×１０８、４．８×１０８、４．９×１０８、または５．０×１０８）個の生存性ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞のうちのいずれかの単一の輸液バッグは、約１０ｍＬ～約５００ｍＬの細胞懸濁液中に約２．５×１０８～約５．０×１０８（例えば、約０．２×１０８、０．４×１０８、０．５×１０８、０．６×１０８、０．８×１０８、０．９×１０８、１．０×１０８、１．２×１０８、１．４×１０８、１．５×１０８、１．６×１０８、１．８×１０８、１．９×１０８、２．０×１０８、２．２×１０８、２．４×１０８、２．５×１０８、２．６×１０８、２．８×１０８、２．９×１０８、３．０×１０８、３．２×１０８、３．４×１０８、３．５×１０８、３．６×１０８、３．８×１０８、３．９×１０８、４．０×１０８、４．２×１０８、４．４×１０８、４．５×１０８、４．６×１０８、４．８×１０８、４．９×１０８、または５．０×１０８）個の生存性ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞を含む。いくつかの実施形態では、細胞懸濁液は、約５０ｍＬ、２５０ｍＬ、または約５００ｍＬである。いくつかの実施形態では、用量は、治療上有効量の生存性ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞である。他の実施形態では、用量は、臨床的有効量の生存性ＢＣＭＡ特異的ＣＡＲ－Ｔ細胞である。いくつかの実施形態では、該細胞のＢＣＭＡ特異的ＣＡＲは、イデカブタゲンビクルユーセル（ＡＢＥＣＥＭＡ（登録商標））、その構造的同等物、またはその機能的同等物と同じＢＣＭＡ特異的ＣＡＲである。
ＢＢ．Ｔ細胞を含めた低免疫原性細胞を投与するための方法
本明細書にさらに詳細に記載されるように、本明細書では、低免疫原性細胞、特に低免疫原性Ｔ細胞の投与により病態、障害、または障害を有する患者を処置するための方法が提供される。理解されようが、療法のタイミング及び／または組み合わせに関連する本明細書に記載の全ての複数の実施形態に関して、該細胞の投与は、所望の部位での導入細胞の少なくとも部分的な局在化をもたらす方法または経路によって遂行される。細胞は、所望の部位に直接注入、埋め込み、または移植され得るか、または代替として、対象内の所望の箇所への送達をもたらす任意の適切な経路によって投与され得、ここで、埋め込まれた細胞または細胞の構成要素の少なくとも一部分は、生存したままである。
本明細書では、病態、障害、または障害を有する患者を処置するための方法が提供され、該方法は、対象、例えば、ヒト患者への低免疫原性細胞（例えば、本明細書に記載の初代Ｔ細胞、低免疫原性人工多能性幹細胞から分化したＴ細胞、または低免疫原性人工多能性幹細胞から分化した他の細胞）の集団の投与を含む。例えば、限定されるが、ＣＤ３＋ Ｔ細胞、ＣＤ４＋ Ｔ細胞、ＣＤ８＋ Ｔ細胞、ナイーブＴ細胞、制御性Ｔ（Ｔｒｅｇ）細胞、非制御性Ｔ細胞、Ｔｈ１細胞、Ｔｈ２細胞、Ｔｈ９細胞、Ｔｈ１７細胞、濾胞性ヘルパーＴ（Ｔｆｈ）細胞、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）、エフェクターＴ（Ｔｅｆｆ）細胞、セントラルメモリーＴ（Ｔｃｍ）細胞、エフェクターメモリーＴ（Ｔｅｍ）細胞、ＣＤ４５ＲＡを発現するエフェクターメモリーＴ細胞（ＴＥＭＲＡ細胞）、組織常在型メモリー（Ｔｒｍ）細胞、仮想メモリーＴ細胞、自然メモリーＴ細胞、メモリー幹細胞（Ｔｓｃ）、γδＴ細胞、及びＴ細胞の任意の他のサブタイプ等の低免疫原性初代Ｔ細胞の集団が、病態、障害、または障害を処置するために患者に投与される。いくつかの実施形態では、免疫抑制剤及び／または免疫調節剤（限定されないが、リンパ球枯渇剤等）は、低免疫原性細胞の集団の投与前に患者に投与されない。いくつかの実施形態では、免疫抑制剤及び／または免疫調節剤は、該細胞の投与の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４日前、またはそれよりも前に投与される。いくつかの実施形態では、免疫抑制剤及び／または免疫調節剤は、該細胞の投与の少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間前、またはそれよりも前に投与される。多数の実施形態では、免疫抑制剤及び／または免疫調節剤は、該細胞の投与後に患者に投与されないか、または該細胞の投与から少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４日後、もしくはそれよりも後に投与される。いくつかの実施形態では、免疫抑制剤及び／または免疫調節剤は、該細胞の投与から少なくとも１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間、１０週間後、またはそれよりも後に投与される。免疫抑制剤及び／または免疫調節剤が細胞の投与前または後に患者に投与されるいくつかの実施形態では、投与は、１つまたは複数のＭＨＣ Ｉ及び／またはＭＨＣ ＩＩ分子の発現を有し、かつＣＤ４７の外因性発現を有しない細胞に必要とされよう投薬量よりも低い投薬量である。
免疫抑制剤及び／または免疫調節剤（限定されないが、リンパ球枯渇剤等）の非限定的な例としては、シクロスポリン、アザチオプリン、ミコフェノール酸、ミコフェノール酸モフェチル、プレドニゾン等のコルチコステロイド、メトトレキサート、金塩、スルファサラジン、抗マラリア薬、ブレキナール、レフルノミド、ミゾリビン、１５－デオキシスペルグアリン、６－メルカプトプリン、シクロホスファミド、ラパマイシン、タクロリムス（ＦＫ－５０６）、ＯＫＴ３、抗胸腺細胞グロブリン、チモペンチン、チモシン－α、及び類似の薬剤が挙げられる。いくつかの実施形態では、免疫抑制剤及び／または免疫調節剤は、ＩＬ－２受容体のｐ７５に結合する抗体、例えば、ＭＨＣ、ＣＤ２、ＣＤ３、ＣＤ４、ＣＤ７、ＣＤ２８、Ｂ７、ＣＤ４０、ＣＤ４５、ＩＦＮ－ガンマ、ＴＮＦ－アルファ、ＩＬ－４、ＩＬ－５、ＩＬ－６Ｒ、ＩＬ－６、ＩＧＦ、ＩＧＦＲ１、ＩＬ－７、ＩＬ－８、ＩＬ－１０、ＣＤ１１ａ、またはＣＤ５８に結合する抗体、及びそれらのリガンドのうちのいずれかに結合する抗体からなる免疫抑制抗体の群から選択される。いくつかの実施形態では、かかる免疫抑制剤及び／または免疫調節剤は、可溶性ＩＬ－１５Ｒ、ＩＬ－１０、Ｂ７分子（例えば、Ｂ７－１、Ｂ７－２、それらのバリアント、及びそれらの断片）、負のＴ細胞制御因子の阻害剤であるＩＣＯＳ及びＯＸ４０（ＣＴＬＡ－４に対する抗体等）、ならびに類似の薬剤から選択され得る。
免疫抑制剤及び／または免疫調節剤が細胞の投与前または後に患者に投与されるいくつかの実施形態では、投与は、１つまたは複数のＭＨＣ Ｉ及び／またはＭＨＣ ＩＩ分子の発現、ＴＣＲの発現を有し、かつＣＤ４７の外因性発現を有しない細胞に必要とされよう投薬量よりも低い投薬量である。免疫抑制剤及び／または免疫調節剤が細胞の１回目の投与前または後に患者に投与されるいくつかの実施形態では、投与は、１つまたは複数のＭＨＣ Ｉ及び／またはＭＨＣ ＩＩ分子の発現、ＴＣＲの発現を有し、かつＣＤ４７の外因性発現を有しない細胞に必要とされよう投薬量よりも低い投薬量である。
いくつかの実施形態では、記載される細胞は、ＣＤ９４、ＫＩＲ２ＤＬ４、ＰＤ－１、阻害性ＮＫ細胞受容体、及び活性化ＮＫ受容体からなる群から選択される１つまたは複数の受容体に結合し、及び／またはそれと相互作用する治療剤と共投与される。いくつかの事例では、治療剤は、ＮＫ細胞の１つまたは複数の亜集団を含めたＮＫ細胞の表面上の受容体に結合する。いくつかの実施形態では、治療剤は、抗体ならびにその断片及びバリアント、抗体模倣体、低分子、遮断ペプチド、及び受容体アンタゴニストからなる群から選択される。
治療用途では、開示される方法に従って調製された細胞は、典型的には、等張性賦形剤を含む薬学的組成物の形態で供給することができ、ヒト投与のために十分に滅菌された条件下で調製される。細胞組成物の医薬製剤における一般原則については、“Ｃｅｌｌ Ｔｈｅｒａｐｙ：Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｔｒａｎｓｐｌａｎｔａｔｉｏｎ，Ｇｅｎｅ Ｔｈｅｒａｐｙ，ａｎｄ Ｃｅｌｌｕｌａｒ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ，”ｂｙ Ｍｏｒｓｔｙｎ ＆ Ｓｈｅｒｉｄａｎ ｅｄｓ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓ，１９９６、及び“Ｈｅｍａｔｏｐｏｉｅｔｉｃ Ｓｔｅｍ Ｃｅｌｌ Ｔｈｅｒａｐｙ，”Ｅ．Ｄ．Ｂａｌｌ，Ｊ．Ｌｉｓｔｅｒ ＆ Ｐ．Ｌａｗ，Ｃｈｕｒｃｈｉｌｌ Ｌｉｖｉｎｇｓｔｏｎｅ，２０００を参照されたい。細胞は、流通または臨床使用に好適なデバイスまたは容器に包装され得る。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、マウスタンパク質、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞タンパク質に対して、または本明細書に記載の組成物の任意の構成成分に対してＩ型過敏症またはアナフィラキシー反応を有することが知られている患者において禁忌とされる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）を有するかまたは有したことがある患者において禁忌とされる。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、重度の活動性感染症を有する患者において使用することは推奨されない。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、リツキシマブ（リツキサン（登録商標））で以前に処置されたことがある、自己免疫疾患／障害及び／または炎症性疾患／障害を有する対象に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、リツキシマブ（リツキサン（登録商標））で以前に処置されたことがあり、リツキシマブ処置が奏功しなかった及び／またはそれに応答しなかった、自己免疫疾患／障害及び／または炎症性疾患／障害を有する対象に投与される。いくつかの実施形態では、患者（ｐａｔｅｎｔ）は、関節リウマチ（ＲＡ）を有する。いくつかの実施形態では、患者は、ＲＡを有し、リツキシマブ処置は、メトトレキサートと併用される。いくつかの実施形態では、患者は、中等度から重症の活動性ＲＡを有する成人患者である。いくつかの実施形態では、患者は、中等度から重症の活動性ＲＡを有する成人患者であり、リツキシマブ処置は、メトトレキサートと併用される。いくつかの実施形態では、患者は、１つまたは複数のＴＮＦアンタゴニスト療法に対する応答が不十分である、中等度から重症の活動性ＲＡを有する成人患者であり、リツキシマブ処置は、メトトレキサートと併用される。いくつかの実施形態では、メトトレキサートと併用されるＲＡに対するリツキシマブ用量は、２週間間隔で２回の１０００ｍｇの静脈内注入（１コース）を２４週間毎に及び／または臨床評価に基づいて行うが、１６週間より早期とならないようにする。いくつかの実施形態では、各注入の３０分前にメチルプレドニゾロン１００ｍｇの静脈内または同等のグルココルチコイドが推奨される。
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、リツキシマブ（リツキサン（登録商標））で以前に処置されたことがある、自己免疫疾患／障害及び／または炎症性疾患／障害を有する対象に投与される。いくつかの実施形態では、本明細書に記載の細胞は、リツキシマブ（リツキサン（登録商標））で以前に処置されたことがあり、リツキシマブ処置が奏功しなかった及び／またはそれに応答しなかった、自己免疫疾患／障害及び／または炎症性疾患／障害を有する対象に投与される。いくつかの実施形態では、患者（ｐａｔｅｎｔ）は、多発血管炎性肉芽腫症（ＧＰＡ）（ウェゲナー肉芽腫症）を有する。いくつかの実施形態では、患者（ｐａｔｅｎｔ）は、グルココルチコイドと併用される成人患者における顕微鏡的多発血管炎（ＭＰＡ）を有する。いくつかの実施形態では、グルココルチコイドと併用されるＧＰＡ及びＭＰＡに対するリツキシマブ用量は、３７５ｍｇ／ｍ２を週１回、４週間である。いくつかの実施形態では、リツキシマブは、単回使用バイアル中の１００ｍｇ／１０ｍＬ溶液として投与される。いくつかの実施形態では、リツキシマブは、単回使用バイアル中の５００ｍｇ／５０ｍＬ溶液として投与される。
ＣＣ．抗体の存在を検出するための方法
いくつかの実施形態では、患者からの生体試料は、試料が１つまたは複数のＹ染色体遺伝子に対する抗体を含むかどうかを決定するためにアッセイされる。
生体試料中の抗体を検出する方法は、当該技術分野で周知されている。いくつかの実施形態では、抗プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖抗体及び／または抗ニューロリギン－４ Ｙ連鎖は、酵素結合免疫吸着測定法（ＥＬＩＳＡ）、核酸及び試験（ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ ａｎｄ ｔｅｓｔｉｎｇ）、ウェスタンブロッティング等といった当該技術分野で定着している任意の方法を使用して、患者から得られた生体試料から検出される。
いくつかの実施形態では、生体試料は、患者から得られた血漿試料、末梢血試料、尿試料、痰／唾液試料、または血清試料である。
いくつかの実施形態では、該方法は、細胞ベースの治療法が有益であろう疾患または病態を有する患者に投与するために適切な細胞ベースの治療法を決定するために使用される。いくつかの実施形態では、該方法は、低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現を含む細胞ベースの治療法が有益であろう疾患または病態を有する患者を特定するために使用される。いくつかの実施形態では、該方法は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び／または低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含まない細胞ベースの治療法が、患者への投与時にＮＫ媒介性細胞傷害作用に感受性があるかどうかを決定するために使用される。いくつかの実施形態では、該方法は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び／または低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含まない細胞ベースの治療法が、患者への投与時に成熟ＮＫ細胞による溶解に感受性があるかどうかを決定するために使用される。いくつかの実施形態では、該方法は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び／または低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含まない細胞ベースの治療法が、患者への投与時にマクロファージによる貪食に感受性があるかどうかを決定するために使用される。いくつかの実施形態では、該方法は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び／または低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含まない細胞ベースの治療法が、患者への投与時に誘導性免疫応答に感受性があるかどうかを決定するために使用される。いくつかの実施形態では、該方法は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び／または低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含まない細胞ベースの治療法が、患者への投与時に誘導性の抗体ベースの免疫応答に感受性があるかどうかを決定するために使用される。いくつかの実施形態では、該方法は、細胞ベースの治療法が有益であろう疾患または病態を有する患者を処置する方法において使用される。
いくつかの実施形態では、該方法は、（ａ）患者からの生体試料が１つまたは複数のＹ染色体遺伝子に対する抗体を含むかどうかを、（ｉ）患者から生体試料を得ることまたは得たこと、（ｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、及び（ｉｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、によって決定することと、（ｂ）請求項１～５０のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、またはグリア前駆細胞の集団を患者に投与することと、を含み、（ｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及びニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が生体試料中に存在する場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、（ｉｖ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体のいずれも生体試料中に存在しない場合、該細胞の集団は、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現も低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現も含まない。
ＩＶ．実施例
実施例１：ｉＰＳＣ上及びＴ細胞上のプロトカドヘリン－Ｙ及びニューロリギン－Ｙの発現
ｉＰＳＣ
プロトカドヘリン－Ｙ及び／またはニューロリギン－ＹがｉＰＳＣ上に発現しているかどうかを決定するために、標準的な技法を使用して雄性アカゲザルに由来するｉＰＳＣをプロトカドヘリン－Ｙ及びニューロリギン－Ｙ発現に関して分析した。ｉＰＳＣはフローサイトメトリーによって（標準的な方法を使用して）分析した。女性のヒトに由来するｉＰＳＣが対照としての役目を果たした。
細胞を抗Ｆｃ受容体抗体でブロックし、アイソタイプ対照と一致する濃度の抗プロトカドヘリン－Ｙ抗体または抗ニューロリギン－Ｙ抗体で染色した。図１Ａ及び１Ｂに示されるように、プロトカドヘリン－Ｙ及びニューロリギン－Ｙの両方が雄性ドナーに由来するｉＰＳＣ上に発現していた。プロトカドヘリン－Ｙまたはニューロリギン－Ｙのいずれも女性ドナーに由来するｉＰＳＣ上には発現していなかった。
理論に束縛されるものではないが、プロトカドヘリン－Ｙ及びニューロリギン－ＹがｉＰＳＣ上に発現しているという驚くべき知見は、Ｙ染色体にコードされる抗原が女性レシピエントにおいて外来抗原として認識されて、Ｔ細胞及びＢ細胞活性化につながる可能性があることを示唆する。
Ｔ細胞
プロトカドヘリン－Ｙ及び／またはニューロリギン－ＹがＴ細胞上に発現しているかどうかを決定するために、５名の男性ドナーからのＴ細胞をＣＤ３発現に関して選別してＣＤ３＋集団を生成し、標準的な技法を使用してＣＤ３＋ Ｔ細胞をプロトカドヘリン－Ｙ及びニューロリギン－Ｙ発現に関して分析した。Ｔ細胞は解凍後にフローサイトメトリーによって（標準的な方法を使用して）分析した。２名の女性ドナーからのＣＤ３＋ Ｔ細胞が対照としての役目を果たした。
細胞を抗Ｆｃ受容体抗体でブロックし、アイソタイプ対照と一致する濃度の抗プロトカドヘリン－Ｙ抗体または抗ニューロリギン－Ｙ抗体で染色した。図２Ａ、２Ｂ、及び２Ｃに示されるように、プロトカドヘリン－Ｙ及びニューロリギン－Ｙの両方が男性ドナーに由来するＴ細胞上に発現していた。プロトカドヘリン－Ｙまたはニューロリギン－Ｙのいずれも女性ドナーに由来するＴ細胞上には発現していなかった。
理論に束縛されるものではないが、プロトカドヘリン－Ｙ及びニューロリギン－ＹがＴ細胞上に発現しているという驚くべき知見は、Ｙ染色体にコードされる抗原が女性レシピエントにおいて外来抗原として認識されて、Ｔ細胞及びＢ細胞活性化につながる可能性があることを示唆する。
ＡＤＣＣ（抗体依存性細胞傷害作用）及びＣＤＣ（補体依存性細胞傷害作用）
男性ＨＩＰ Ｔ細胞（＝ＨＬＡ－Ｉ／ＩＩ ＫＯ；ＣＤ４７ ＫＩ）を、男性、女性、女児を妊娠した後の女性、及び男児を妊娠した後の女性からの血清とともにインキュベートした。ＣＤＣ及びＡＤＣＣ機構によるＨＩＰ Ｔ細胞の殺傷を、Ｘｃｅｌｌｉｇｅｎｃｅ細胞殺傷アッセイを使用して分析した。
図３～５に示されるように、男性由来ＨＩＰ Ｔ細胞は、抗Ｈ－Ｙ抗体を有する女性、すなわち女児ではなく男児を以前に妊娠したことにより感作された女性からの血清中のＮＫ細胞及びＣＤＣによって殺傷された。

Claims (236)

  1. 未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびに主要組織適合性複合体（ＭＨＣ）クラスＩ及び／またはクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含み、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドを含む、操作された細胞であって、初代Ｔ細胞もしくはその子孫から増殖されるか、または人工多能性幹細胞（ｉＰＳＣ）もしくはその子孫に由来する、前記操作された細胞。
  2. 未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含み、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドを含む、低免疫原性Ｔ細胞であって、初代Ｔ細胞もしくはその子孫から増殖されるか、またはｉＰＳＣもしくはその子孫に由来する、前記低免疫原性Ｔ細胞。
  3. 未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含み、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドを含む、非活性化Ｔ細胞であって、初代Ｔ細胞もしくはその子孫から増殖されるか、またはｉＰＳＣもしくはその子孫に由来する、前記非活性化Ｔ細胞。
  4. 未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含み、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドを含む、膵島細胞であって、ｉＰＳＣまたはその子孫に由来する、前記膵島細胞。
  5. 未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含み、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドを含む、心筋細胞であって、ｉＰＳＣまたはその子孫に由来する、前記心筋細胞。
  6. 未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含み、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドを含む、グリア前駆細胞であって、前記心筋細胞が、ｉＰＳＣまたはその子孫に由来する、前記グリア前駆細胞。
  7. 未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含み、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドを含む、ＮＫ細胞であって、前記心筋細胞が、ｉＰＳＣまたはその子孫に由来する、前記ＮＫ細胞。
  8. 前記Ｙ染色体遺伝子が、Ｙ染色体連鎖抗原または前記Ｙ染色体に関連する副組織適合性抗原である、請求項１～７のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  9. 前記１つまたは複数のＹ染色体連鎖抗原が、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖である、請求項８に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  10. 前記細胞が、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現を有する、請求項１～９のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  11. 前記細胞が、低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有する、請求項１～１０のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  12. 前記細胞が、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有する、請求項１～１１のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  13. 前記細胞が、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有するように遺伝子操作される、請求項１～１２のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  14. 前記細胞が、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖を発現しない、請求項１～１３のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  15. 前記細胞が、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しない、請求項１～１４のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  16. 前記細胞が、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖を発現せず、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しない、請求項１～１５のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  17. 前記細胞が、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しないように遺伝子操作される、請求項１～１６のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  18. 低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現が、それぞれ前記ＰＣＤＨ１１Ｙ及び／またはＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子のノックアウトによって引き起こされる、請求項１～１７のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  19. 前記細胞が、ヒト細胞または動物細胞に由来する、請求項１～１８のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  20. 前記ヒト細胞または動物細胞が、Ｙ染色体を有しないドナー対象からのものである、請求項１９に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  21. 前記ヒト細胞または動物細胞が、Ｙ染色体を有するドナー対象からのものであり、前記細胞が、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有するように遺伝子操作される、請求項１９に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  22. 前記細胞が、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖を発現しないように遺伝子操作される、請求項２１に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  23. 前記細胞が、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しないように遺伝子操作される、請求項２１に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  24. 前記細胞が、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖を発現しないように、かつニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しないように遺伝子操作される、請求項２１に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  25. 前記細胞が、患者とは異なる１以上のドナー対象から単離される細胞のプールから増殖されるかまたはそれに由来し、前記１以上のドナー対象が任意選択で、Ｙ染色体を有する１以上の対象、Ｙ染色体を有しない１以上の対象、またはＹ染色体を有する対象及びＹ染色体を有しない対象の混合を含む、請求項１～２４のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  26. 前記細胞が、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集を使用して低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有するように遺伝子操作される、請求項１～２５のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  27. 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集が、表２～５の配列のうちのいずれかを含む１つまたは複数のガイドＲＮＡを使用して実施される、請求項２６に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  28. 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集が、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１２ａ、及びＣａｓ１２ｂからなる群から選択されるＣａｓエフェクタータンパク質を使用して実施される、請求項１～２７のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  29. 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集が、以下からなる群から選択されるＣａｓエフェクタータンパク質を使用して実施される、請求項２８に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞：
    ａ．任意選択でＣａｓ３、Ｃａｓ８ａ、Ｃａｓ５、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ１０ｄ、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、及びＧＳＵ００５４からなる群から選択される、
    ｂ．任意選択でＣａｓ９、Ｃｓｎ２、及びＣａｓ４からなる群から選択される、
    ｃ．任意選択でＣａｓ１０、Ｃｓｍ２、Ｃｍｒ５、Ｃａｓ１０、Ｃｓｘ１１、及びＣｓｘ１０からなる群から選択される、
    ｄ．任意選択でＣｓｆ１、
    ｅ．任意選択でＣａｓ１２ａ、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｃ、Ｃ２ｃ４、Ｃ２ｃ８、Ｃ２ｃ５、Ｃ２ｃ１０、Ｃ２ｃ９、ＣａｓＸ（Ｃａｓ１２ｅ）、及びＣａｓＹ（Ｃａｓ１２ｄ）からなる群から選択される、ならびに
    ｆ．任意選択でＣａｓ１３、Ｃａｓ１３ａ、Ｃ２ｃ２、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１３ｃ、及びＣａｓ１３ｄからなる群から選択される。
  30. 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集が、ドナー対象からエクスビボで実施される、請求項２６～２９のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  31. 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集が、レンチウイルスベクターを使用して実施される、請求項３０に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  32. 前記細胞が、未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減されたベータ－２－ミクログロブリン（Ｂ２Ｍ）及び／またはＭＨＣクラスＩＩトランス活性化因子（ＣＩＩＴＡ）の発現を含む、請求項１～３１のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  33. 前記細胞が、Ｂ２Ｍ及び／またはＣＩＩＴＡを発現しない、請求項３２に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  34. 前記細胞が、低減されたＲＨＤの発現を含む、請求項１～３３のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  35. 前記細胞が、ＲＨＤを発現しない、請求項３４に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  36. 前記細胞が、人工多能性幹細胞またはその子孫に由来する分化細胞である、請求項１～３５のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  37. 前記分化細胞が、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、内皮細胞、膵島細胞、心筋細胞、平滑筋細胞、骨格筋細胞、肝細胞、グリア前駆細胞、ドーパミン作動性ニューロン、網膜色素上皮細胞、及び甲状腺細胞からなる群から選択される、請求項３６に記載の操作された細胞。
  38. 前記細胞が、初代免疫細胞またはその子孫である、請求項１～３７のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  39. 前記初代免疫細胞またはその子孫が、Ｔ細胞またはＮＫ細胞である、請求項３８に記載の操作された細胞。
  40. 前記細胞が、低減されたＴＣＲ－アルファ及び／またはＴＣＲ－ベータの発現を含む、請求項１～３９のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、または非活性化Ｔ細胞。
  41. 前記細胞が、ＴＣＲ－アルファ及び／またはＴＣＲ－ベータを発現しない、請求項４０に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、または非活性化Ｔ細胞。
  42. 前記細胞が、１つまたは複数のキメラ抗原受容体（ＣＡＲ）をコードする第２の外因性ポリヌクレオチドをさらに含み、前記１つまたは複数のＣＡＲが、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、またはＢＣＭＡに対する特異性を有する細胞外リガンド結合ドメイン、ヒンジドメイン、膜貫通ドメイン、共刺激ドメイン、及び細胞内シグナル伝達ドメインを含む、請求項１～４１のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、またはＮＫ細胞。
  43. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、ＣＤ８αヒンジドメイン、ＣＤ２８ヒンジドメイン、またはＩｇＧ４ヒンジドメインを含む、請求項４２に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、またはＮＫ細胞。
  44. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号９のアミノ酸配列を有するＣＤ８αヒンジドメインを含む、請求項４３に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、またはＮＫ細胞。
  45. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号１０または１１３のアミノ酸配列を有するＣＤ２８ヒンジドメインを含む、請求項４３に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、またはＮＫ細胞。
  46. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号１１または１２のアミノ酸配列を有するＩｇＧ４ヒンジドメインを含む、請求項４３に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、またはＮＫ細胞。
  47. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、ＣＤ８α膜貫通ドメインまたはＣＤ２８膜貫通ドメインを含む、請求項４２～４６のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、またはＮＫ細胞。
  48. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号１４のアミノ酸配列を有するＣＤ８α膜貫通ドメインを含む、請求項４７に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、またはＮＫ細胞。
  49. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号１５または１１４のアミノ酸配列を有するＣＤ２８膜貫通ドメインを含む、請求項４７に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、またはＮＫ細胞。
  50. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、４－１ＢＢ共刺激ドメイン、ＣＤ２８共刺激ドメイン、またはＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを含む、請求項４２～４９のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、またはＮＫ細胞。
  51. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号１６のアミノ酸配列を有する４－１ＢＢ共刺激ドメインを含む、請求項５０に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、またはＮＫ細胞。
  52. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号１７のアミノ酸配列を有するＣＤ２８共刺激ドメインを含む、請求項５０に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、またはＮＫ細胞。
  53. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号１８または１１５のアミノ酸配列を有するＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを含む、請求項５０に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、またはＮＫ細胞。
  54. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号１９、３７、４５、５４、６３、７２、８１、もしくは１１８のうちのいずれか１つのｓｃＦｖ配列を含む細胞外リガンド結合ドメインを含むか、または前記ＣＡＲが、配列番号２０、２５、３８、４２、４６、５０、６４、６８、７３、７７、１１９、もしくは１２３のうちのいずれか１つの重鎖及び軽鎖配列を含むｓｃＦｖ配列を有する、請求項４２～５３のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、またはＮＫ細胞。
  55. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号３２、３４、３６、１１７、または１２８のうちのいずれか１つの配列を有する、請求項４２～５４のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、またはＮＫ細胞。
  56. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号１１７に定められるアミノ酸配列、または配列番号１１７に定められる前記アミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）のアミノ酸配列を含み、以下の構成要素、すなわちＣＤ８αシグナルペプチド、ＦＭＣ６３ ｓｃＦｖ（ＶＬ－Ｗｈｉｔｌｏｗリンカー－ＶＨ）、ＣＤ８αヒンジドメイン、ＣＤ８α膜貫通ドメイン、４－１ＢＢ共刺激ドメイン、及びＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを有する、請求項４２～５５のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、またはＮＫ細胞。
  57. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号４５に定められるアミノ酸配列、または配列番号４５に定められる前記アミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）のアミノ酸配列を含む、請求項４２～５５のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、またはＮＫ細胞。
  58. 前記第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または前記第２の外因性ポリヌクレオチドのうちの１つまたは複数が、前記細胞の少なくとも一方のアレルの第１の特定の遺伝子座及び／または第２の特定の遺伝子座内に挿入される、請求項１～５７のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、ＮＫ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  59. 前記第１の特定の遺伝子座及び／または前記第２の特定の遺伝子座が、セーフハーバーまたは標的遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、及びＴＲＢ遺伝子座からなる群から選択される、請求項５８に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  60. 前記セーフハーバーまたは前記標的遺伝子座が、ＣＣＲ５遺伝子座、ＣＸＣＲ４遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子座、ＡＬＢ遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、Ｒｏｓａ遺伝子座、Ｆ３（ＣＤ１４２）遺伝子座、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、ＬＲＰ１（ＣＤ９１）遺伝子座、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座からなる群から選択される、請求項５９に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  61. 前記第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または前記第２の外因性ポリヌクレオチドが、遺伝子療法ベクター、またはトランスポザーゼ、ＰｉｇｇｙＢａｃトランスポゾン、Ｓｌｅｅｐｉｎｇ Ｂｅａｕｔｙ（ＳＢ１１）トランスポゾン、Ｍｏｓ１トランスポゾン、及びＴｏｌ２トランスポゾンからなる群から選択されるトランスポザーゼシステムを使用して、前記細胞内に導入される、請求項１～６０のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  62. 前記遺伝子療法ベクターが、レトロウイルスまたはフソソームである、請求項６１に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  63. 前記レトロウイルスが、レンチウイルスベクターである、請求項６２に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  64. 前記第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または前記第２の外因性ポリヌクレオチドが、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集を使用して前記細胞内に導入される、請求項１～６３のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  65. 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集が、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１２ａ、及びＣａｓ１２ｂからなる群から選択されるＣａｓエフェクタータンパク質を使用して実施される、請求項１～６４のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  66. 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集が、以下からなる群から選択されるＣａｓエフェクタータンパク質を使用して実施される、請求項６５に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞：
    ａ．任意選択でＣａｓ３、Ｃａｓ８ａ、Ｃａｓ５、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ１０ｄ、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、及びＧＳＵ００５４からなる群から選択される、
    ｂ．任意選択でＣａｓ９、Ｃｓｎ２、及びＣａｓ４からなる群から選択される、
    ｃ．任意選択でＣａｓ１０、Ｃｓｍ２、Ｃｍｒ５、Ｃａｓ１０、Ｃｓｘ１１、及びＣｓｘ１０からなる群から選択される、
    ｄ．任意選択でＣｓｆ１、
    ｅ．任意選択でＣａｓ１２ａ、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｃ、Ｃ２ｃ４、Ｃ２ｃ８、Ｃ２ｃ５、Ｃ２ｃ１０、Ｃ２ｃ９、ＣａｓＸ（Ｃａｓ１２ｅ）、及びＣａｓＹ（Ｃａｓ１２ｄ）からなる群から選択される、ならびに
    ｆ．任意選択でＣａｓ１３、Ｃａｓ１３ａ、Ｃ２ｃ２、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１３ｃ、及びＣａｓ１３ｄからなる群から選択される。
  67. 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集が、ドナー対象からエクスビボで実施される、請求項６４～６６のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  68. 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集が、レンチウイルスベクターを使用して実施される、請求項６７に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  69. 前記細胞または前記その子孫が、患者への投与時にＮＫ細胞媒介性細胞傷害作用を回避する、請求項１～６８のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  70. 前記細胞または前記その子孫が、患者への投与時に成熟ＮＫ細胞による細胞溶解から保護される、請求項１～６９のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  71. 前記細胞または前記その子孫が、患者への投与時にマクロファージによる貪食を回避する、請求項１～７０のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  72. 前記細胞または前記その子孫が、患者への投与時に前記細胞に対する免疫応答を誘導しない、請求項１～７１のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  73. 前記細胞または前記その子孫が、患者への投与時に前記細胞に対する抗体ベースの免疫応答を誘導しない、請求項１～７２のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  74. 前記野生型細胞または前記対照細胞が、出発物質である、請求項１～７３のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞。
  75. 請求項１～７４のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞の集団と、薬学的に許容される添加剤、担体、希釈剤、または賦形剤とを含む、薬学的組成物。
  76. 前記組成物が、低免疫原性Ｔ細胞の集団、非活性化Ｔ細胞の集団、低免疫原性ＣＤ１９ ＣＡＲ Ｔ細胞の集団、及び低免疫原性ＣＤ２２ ＣＡＲ Ｔ細胞の集団からなる群から選択される１つまたは複数の細胞の集団と、薬学的に許容される添加剤、担体、希釈剤、または賦形剤とを含む、請求項７５に記載の薬学的組成物。
  77. 細胞ベースの治療法が有益であろう疾患または病態を有する患者を処置する方法であって、請求項１～７６のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞の集団を前記患者に投与することを含む、前記方法。
  78. 前記患者が、Ｙ染色体を有しない、請求項７７に記載の方法。
  79. 前記患者が、前記Ｙ染色体遺伝子に感作されていない、請求項７７または７８に記載の方法。
  80. 前記患者が、前記Ｙ染色体遺伝子に感作されている、請求項７７または７８に記載の方法。
  81. 前記患者が、Ｙ染色体を有するドナー対象に由来する細胞療法または前記Ｙ染色体遺伝子のうちの１つもしくは複数を他の方法で発現させた細胞療法を以前に受けた、請求項８０に記載の方法。
  82. 前記患者が、男児を以前に妊娠した女性患者である、請求項８０または８１に記載の方法。
  83. がんの処置を必要とする患者において前記がんを処置する方法であって、請求項１～３または７～７４のいずれか１項に記載の初代免疫細胞の集団を前記患者に投与することを含む、前記方法。
  84. 前記初代免疫細胞が、Ｔ細胞及びＮＫ細胞からなる群から選択される、請求項８３に記載の方法。
  85. 前記患者が、Ｙ染色体を有しない、請求項８３または８４に記載の方法。
  86. 前記患者が、前記Ｙ染色体遺伝子に感作されていない、請求項８３～８５のいずれか１項に記載の方法。
  87. 前記患者が、前記Ｙ染色体遺伝子に感作されている、請求項８３～８５のいずれか１項に記載の方法。
  88. 前記患者が、Ｙ染色体を有するドナー対象に由来する細胞療法または前記Ｙ染色体遺伝子のうちの１つもしくは複数を他の方法で発現させた細胞療法を以前に受けた、請求項８７に記載の方法。
  89. 前記患者が、男児を以前に妊娠した女性患者である、請求項８７または８８に記載の方法。
  90. 細胞ベースの治療法が有益であろう疾患または病態を有する患者に投与するために適切な細胞ベースの治療法を決定する方法であって、
    （ａ）前記患者からの生体試料が１つまたは複数のＹ染色体遺伝子に対する抗体を含むかどうかを、
    （ｉ）前記患者から生体試料を得ることまたは得たこと、
    （ｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、
    （ｉｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、
    によって決定することと、
    （ｂ）請求項１～７４のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞の集団を前記患者に投与することと、を含み、
    （ｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在する場合、前記細胞の集団は低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現を含み、
    （ｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在する場合、前記細胞の集団は低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、
    （ｉｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及びニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在する場合、前記細胞の集団は低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、
    （ｉｖ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体のいずれも前記生体試料中に存在しない場合、前記細胞の集団は低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現も低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現も含まない、前記方法。
  91. 低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現を含む細胞ベースの治療法が有益であろう疾患または病態を有する患者を特定する方法であって、
    （ａ）前記患者からの生体試料が１つまたは複数のＹ染色体遺伝子に対する抗体を含むかどうかを、
    （ｉ）前記患者から生体試料を得ることまたは得たこと、
    （ｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、
    （ｉｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、
    によって決定することと、
    （ｂ）請求項１～７４のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞の集団を前記患者に投与することと、を含み、
    （ｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在する場合、前記細胞の集団は低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現を含み、
    （ｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在する場合、前記細胞の集団は低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、
    （ｉｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及びニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在する場合、前記細胞の集団は低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、
    （ｉｖ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体のいずれも前記生体試料中に存在しない場合、前記細胞の集団は低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現も低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現も含まない、前記方法。
  92. 低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含む細胞ベースの治療法が有益であろう疾患または病態を有する患者を特定するための方法であって、
    （ａ）前記患者からの生体試料がプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体を含むかどうかを、
    （ｉ）前記患者から生体試料を得ることまたは得たこと、
    （ｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、
    （ｉｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、
    によって決定することと、
    （ｂ）請求項１～７４のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞の集団を前記患者に投与することと、を含み、
    （ｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在する場合、前記細胞の集団は低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現を含み、
    （ｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在する場合、前記細胞の集団は低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、
    （ｉｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及びニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在する場合、前記細胞の集団は低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、
    （ｉｖ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体のいずれも前記生体試料中に存在しない場合、前記細胞の集団は低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現も低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現も含まない、前記方法。
  93. 低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び／または低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含まない細胞ベースの治療法が、患者への投与時にＮＫ媒介性細胞傷害作用に感受性があるかどうかを決定する方法であって、
    （ａ）前記患者からの生体試料がプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体を含むかどうかを、
    （ｉ）前記患者から生体試料を得ることまたは得たこと、
    （ｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、
    （ｉｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、
    によって決定することと、
    （ｂ）請求項１～７４のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞の集団を前記患者に投与することと、を含み、
    （ｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在する場合、前記細胞の集団は低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現を含み、
    （ｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在する場合、前記細胞の集団は低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、
    （ｉｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及びニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在する場合、前記細胞の集団は低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、
    （ｉｖ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体のいずれも前記生体試料中に存在しない場合、前記細胞の集団は低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現も低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現も含まない、前記方法。
  94. 低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び／または低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含まない細胞ベースの治療法が、患者への投与時に成熟ＮＫ細胞による溶解に感受性があるかどうかを決定する方法であって、
    （ａ）前記患者からの生体試料がプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体を含むかどうかを、
    （ｉ）前記患者から生体試料を得ることまたは得たこと、
    （ｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、
    （ｉｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、
    によって決定することと、
    （ｂ）請求項１～７４のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞の集団を前記患者に投与することと、を含み、
    （ｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在する場合、前記細胞の集団は低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現を含み、
    （ｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在する場合、前記細胞の集団は低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、
    （ｉｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及びニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在する場合、前記細胞の集団は低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、
    （ｉｖ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体のいずれも前記生体試料中に存在しない場合、前記細胞の集団は低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現も低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現も含まない、前記方法。
  95. 低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び／または低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含まない細胞ベースの治療法が、患者への投与時にマクロファージによる貪食に感受性があるかどうかを決定する方法であって、
    （ａ）前記患者からの生体試料がプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体を含むかどうかを、
    （ｉ）前記患者から生体試料を得ることまたは得たこと、
    （ｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、
    （ｉｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、
    によって決定することと、
    （ｂ）請求項１～７４のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞の集団を前記患者に投与することと、を含み、
    （ｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在する場合、前記細胞の集団は低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現を含み、
    （ｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在する場合、前記細胞の集団は低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、
    （ｉｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及びニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在する場合、前記細胞の集団は低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、
    （ｉｖ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体のいずれも前記生体試料中に存在しない場合、前記細胞の集団は低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現も低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現も含まない、前記方法。
  96. 低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び／または低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含まない細胞ベースの治療法が、患者への投与時に誘導性免疫応答に感受性があるかどうかを決定する方法であって、
    （ａ）前記患者からの生体試料がプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体を含むかどうかを、
    （ｉ）前記患者から生体試料を得ることまたは得たこと、
    （ｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、
    （ｉｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、
    によって決定することと、
    （ｂ）請求項１～７４のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞の集団を前記患者に投与することと、を含み、
    （ｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在する場合、前記細胞の集団は低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現を含み、
    （ｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在する場合、前記細胞の集団は低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、
    （ｉｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及びニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在する場合、前記細胞の集団は低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、
    （ｉｖ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体のいずれも前記生体試料中に存在しない場合、前記細胞の集団は低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現も低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現も含まない、前記方法。
  97. 低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び／または低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含まない細胞ベースの治療法が、患者への投与時に誘導性の抗体ベースの免疫応答に感受性があるかどうかを決定する方法であって、
    （ａ）前記患者からの生体試料がプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体を含むかどうかを、
    （ｉ）前記患者から生体試料を得ることまたは得たこと、
    （ｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、
    （ｉｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、
    によって決定することと、
    （ｂ）請求項１～７４のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞の集団を前記患者に投与することと、を含み、
    （ｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在する場合、前記細胞の集団は低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現を含み、
    （ｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在する場合、前記細胞の集団は低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、
    （ｉｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及びニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在する場合、前記細胞の集団は低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、
    （ｉｖ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体のいずれも前記生体試料中に存在しない場合、前記細胞の集団は低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現も低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現も含まない、前記方法。
  98. 細胞ベースの治療法が有益であろう疾患または病態を有する患者を処置する方法であって、
    （ａ）前記患者からの生体試料が１つまたは複数のＹ染色体遺伝子に対する抗体を含むかどうかを、
    （ｉ）前記患者から生体試料を得ることまたは得たこと、
    （ｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、
    （ｉｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在するかどうかを決定するためのアッセイを実施することまたは実施したこと、
    によって決定することと、
    （ｂ）請求項１～７４のいずれか１項に記載の操作された細胞、低免疫原性Ｔ細胞、非活性化Ｔ細胞、膵島細胞、心筋細胞、グリア前駆細胞、またはＮＫ細胞の集団を前記患者に投与することと、を含み、
    （ｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在する場合、前記細胞の集団は低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現を含み、
    （ｉｉ）ニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在する場合、前記細胞の集団は低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、
    （ｉｉｉ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体及びニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体が前記生体試料中に存在する場合、前記細胞の集団は低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を含み、
    （ｉｖ）プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖に対する抗体またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖に対する抗体のいずれも前記生体試料中に存在しない場合、前記細胞の集団は低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現も低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現も含まない、前記方法。
  99. 前記Ｙ染色体遺伝子が、Ｙ染色体連鎖抗原または前記Ｙ染色体に関連する副組織適合性抗原である、請求項７７～９８のいずれか１項に記載の方法。
  100. 前記１つまたは複数のＹ染色体連鎖抗原が、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖である、請求項９９に記載の方法。
  101. 前記細胞が、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現を有する、請求項７７～１００のいずれか１項に記載の方法。
  102. 前記細胞が、低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有する、請求項７７～１０１のいずれか１項に記載の方法。
  103. 前記細胞が、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有する、請求項７７～１０２のいずれか１項に記載の方法。
  104. 前記細胞が、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有するように遺伝子操作される、請求項７７～１０３のいずれか１項に記載の方法。
  105. 前記細胞が、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖を発現しない、請求項７７～１０４のいずれか１項に記載の方法。
  106. 前記細胞が、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しない、請求項７７～１０５のいずれか１項に記載の方法。
  107. 前記細胞が、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖を発現せず、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しない、請求項７７～１０６のいずれか１項に記載の方法。
  108. 前記細胞が、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しないように遺伝子操作される、請求項７７～１０７のいずれか１項に記載の方法。
  109. 低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現が、それぞれ前記ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子及び／または前記ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子のノックアウトによって引き起こされる、請求項７７～１０８のいずれか１項に記載の方法。
  110. 前記細胞が、ヒト細胞または動物細胞に由来する、請求項７７～１０９のいずれか１項に記載の方法。
  111. 前記ヒト細胞または動物細胞が、Ｙ染色体を有しないドナー対象からのものである、請求項１１０に記載の方法。
  112. 前記ヒト細胞または動物細胞が、Ｙ染色体を有するドナー対象からのものであり、前記細胞が、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有するように遺伝子操作される、請求項１１０に記載の方法。
  113. 前記細胞が、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖を発現しないように遺伝子操作される、請求項１１２に記載の方法。
  114. 前記細胞が、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しないように遺伝子操作される、請求項１１２に記載の方法。
  115. 前記細胞が、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖を発現しないように、かつニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しないように遺伝子操作される、請求項１１２に記載の方法。
  116. 前記細胞が、前記患者とは異なる１以上のドナー対象から単離される細胞のプールから増殖されるかまたはそれに由来し、前記１以上のドナー対象が任意選択で、Ｙ染色体を有する１以上の対象、Ｙ染色体を有しない１以上の対象、またはＹ染色体を有する対象及びＹ染色体を有しない対象の混合を含む、請求項７７～１１５のいずれか１項に記載の方法。
  117. 前記細胞が、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集を使用して低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有するように遺伝子操作される、請求項７７～１１６のいずれか１項に記載の方法。
  118. 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集が、表２～５の配列のうちのいずれかを含む１つまたは複数のガイドＲＮＡを使用して実施される、請求項１１７に記載の方法。
  119. 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集が、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１２ａ、及びＣａｓ１２ｂからなる群から選択されるＣａｓエフェクタータンパク質を使用して実施される、請求項１１７～１１８のいずれか１項に記載の方法。
  120. 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集が、以下からなる群から選択されるＣａｓエフェクタータンパク質を使用して実施される、請求項１１９に記載の方法：
    ａ．任意選択でＣａｓ３、Ｃａｓ８ａ、Ｃａｓ５、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ１０ｄ、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、及びＧＳＵ００５４からなる群から選択される、
    ｂ．任意選択でＣａｓ９、Ｃｓｎ２、及びＣａｓ４からなる群から選択される、
    ｃ．任意選択でＣａｓ１０、Ｃｓｍ２、Ｃｍｒ５、Ｃａｓ１０、Ｃｓｘ１１、及びＣｓｘ１０からなる群から選択される、
    ｄ．任意選択でＣｓｆ１、
    ｅ．任意選択でＣａｓ１２ａ、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｃ、Ｃ２ｃ４、Ｃ２ｃ８、Ｃ２ｃ５、Ｃ２ｃ１０、Ｃ２ｃ９、ＣａｓＸ（Ｃａｓ１２ｅ）、及びＣａｓＹ（Ｃａｓ１２ｄ）からなる群から選択される、ならびに
    ｆ．任意選択でＣａｓ１３、Ｃａｓ１３ａ、Ｃ２ｃ２、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１３ｃ、及びＣａｓ１３ｄからなる群から選択される。
  121. 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集が、ドナー対象からエクスビボで実施される、請求項１１７～１２０のいずれか１項に記載の方法。
  122. 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集が、レンチウイルスベクターを使用して実施される、請求項１２１に記載の方法。
  123. 前記細胞が、未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減されたＢ２Ｍ及び／またはＣＩＩＴＡの発現を含む、請求項７７～１２２のいずれか１項に記載の方法。
  124. 前記細胞が、Ｂ２Ｍ及び／またはＣＩＩＴＡを発現しない、請求項１２３に記載の方法。
  125. 前記細胞が、低減されたＲＨＤの発現を含む、請求項７７～１２４のいずれか１項に記載の方法。
  126. 前記細胞が、ＲＨＤを発現しない、請求項１２５に記載の方法。
  127. 前記細胞が、人工多能性幹細胞またはその子孫に由来する分化細胞である、請求項７７～１２６のいずれか１項に記載の方法。
  128. 前記分化細胞が、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、内皮細胞、膵島細胞、心筋細胞、平滑筋細胞、骨格筋細胞、肝細胞、グリア前駆細胞、ドーパミン作動性ニューロン、網膜色素上皮細胞、及び甲状腺細胞からなる群から選択される、請求項１２７に記載の方法。
  129. 前記細胞が、初代免疫細胞またはその子孫である、請求項７７～１２６のいずれか１項に記載の方法。
  130. 前記初代免疫細胞またはその子孫が、Ｔ細胞またはＮＫ細胞である、請求項１２９に記載の操作された細胞。
  131. 前記細胞が、低減されたＴＣＲ－アルファ及び／またはＴＣＲ－ベータの発現を含む、請求項７７～１３０のいずれか１項に記載の方法。
  132. 前記細胞が、ＴＣＲ－アルファ及び／またはＴＣＲ－ベータを発現しない、請求項１３１に記載の方法。
  133. 前記細胞が、１つまたは複数のＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドをさらに含み、前記１つまたは複数のＣＡＲが、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、またはＢＣＭＡに対する特異性を有する細胞外リガンド結合ドメイン、ヒンジドメイン、膜貫通ドメイン、共刺激ドメイン、及び細胞内シグナル伝達ドメインを含む、請求項７７～１３２のいずれか１項に記載の方法。
  134. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、ＣＤ８αヒンジドメイン、ＣＤ２８ヒンジドメイン、またはＩｇＧ４ヒンジドメインを含む、請求項１３３に記載の方法。
  135. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号９のアミノ酸配列を有するＣＤ８αヒンジドメインを含む、請求項１３４に記載の方法。
  136. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号１０または１１３のアミノ酸配列を有するＣＤ２８ヒンジドメインを含む、請求項１３４に記載の方法。
  137. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号１１または１２のアミノ酸配列を有するＩｇＧ４ヒンジドメインを含む、請求項１３４に記載の方法。
  138. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、ＣＤ８α膜貫通ドメインまたはＣＤ２８膜貫通ドメインを含む、請求項１３３～１３７のいずれか１項に記載の方法。
  139. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号１４のアミノ酸配列を有するＣＤ８α膜貫通ドメインを含む、請求項１３８に記載の方法。
  140. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号１５または１１４のアミノ酸配列を有するＣＤ２８膜貫通ドメインを含む、請求項１３８に記載の方法。
  141. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、４－１ＢＢ共刺激ドメイン、ＣＤ２８共刺激ドメイン、またはＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを含む、請求項１３３～１４０のいずれか１項に記載の方法。
  142. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号１６のアミノ酸配列を有する４－１ＢＢ共刺激ドメインを含む、請求項１４１に記載の方法。
  143. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号１７のアミノ酸配列を有するＣＤ２８共刺激ドメインを含む、請求項１４１に記載の方法。
  144. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号１８または１１５のアミノ酸配列を有するＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを含む、請求項１４１に記載の方法。
  145. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号１９、３７、４５、５４、６３、７２、８１、もしくは１１８のうちのいずれか１つのｓｃＦｖ配列を含む細胞外リガンド結合ドメインを含むか、または前記ＣＡＲが、配列番号２０、２５、３８、４２、４６、５０、６４、６８、７３、７７、１１９、もしくは１２３のうちのいずれか１つの重鎖及び軽鎖配列を含むｓｃＦｖ配列を有する、請求項１３３～１４４のいずれか１項に記載の方法。
  146. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号３２、３４、３６、１１７、または１２８のうちのいずれか１つの配列を有する、請求項１３３～１４５のいずれか１項に記載の方法。
  147. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号１１７に定められるアミノ酸配列、または配列番号１１７に定められる前記アミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）のアミノ酸配列を含み、以下の構成要素、すなわちＣＤ８αシグナルペプチド、ＦＭＣ６３ ｓｃＦｖ（ＶＬ－Ｗｈｉｔｌｏｗリンカー－ＶＨ）、ＣＤ８αヒンジドメイン、ＣＤ８α膜貫通ドメイン、４－１ＢＢ共刺激ドメイン、及びＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを有する、請求項１３３～１４６のいずれか１項に記載の方法。
  148. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号４５に定められるアミノ酸配列、または配列番号４５に定められる前記アミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）のアミノ酸配列を含む、請求項１３３～１４６のいずれか１項に記載の方法。
  149. 前記第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または前記第２の外因性ポリヌクレオチドのうちの１つまたは複数が、前記細胞の少なくとも一方のアレルの第１の特定の遺伝子座及び／または第２の特定の遺伝子座内に挿入される、請求項７７～１４８のいずれか１項に記載の方法。
  150. 前記第１の特定の遺伝子座及び／または前記第２の特定の遺伝子座が、セーフハーバーまたは標的遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、及びＴＲＢ遺伝子座からなる群から選択される、請求項１４９に記載の方法。
  151. 前記セーフハーバーまたは前記標的遺伝子座が、ＣＣＲ５遺伝子座、ＣＸＣＲ４遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子座、ＡＬＢ遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、Ｒｏｓａ遺伝子座、Ｆ３（ＣＤ１４２）遺伝子座、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、ＬＲＰ１（ＣＤ９１）遺伝子座、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座からなる群から選択される、請求項１５０に記載の方法。
  152. 前記第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または前記第２の外因性ポリヌクレオチドが、遺伝子療法ベクター、またはトランスポザーゼ、ＰｉｇｇｙＢａｃトランスポゾン、Ｓｌｅｅｐｉｎｇ Ｂｅａｕｔｙ（ＳＢ１１）トランスポゾン、Ｍｏｓ１トランスポゾン、及びＴｏｌ２トランスポゾンからなる群から選択されるトランスポザーゼシステムを使用して、前記細胞内に導入される、請求項７７～１５１のいずれか１項に記載の方法。
  153. 前記遺伝子療法ベクターが、レトロウイルスまたはフソソームである、請求項１５２に記載の方法。
  154. 前記レトロウイルスが、レンチウイルスベクターである、請求項１５３に記載の方法。
  155. 前記第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または前記第２の外因性ポリヌクレオチドが、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集を使用して前記細胞内に導入される、請求項７７～１５４のいずれか１項に記載の方法。
  156. 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集が、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１２ａ、及びＣａｓ１２ｂからなる群から選択されるＣａｓエフェクタータンパク質を使用して実施される、請求項７７～１５５のいずれか１項に記載の方法。
  157. 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集が、以下からなる群から選択されるＣａｓエフェクタータンパク質を使用して実施される、請求項１５６に記載の方法：
    ａ．任意選択でＣａｓ３、Ｃａｓ８ａ、Ｃａｓ５、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ１０ｄ、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、及びＧＳＵ００５４からなる群から選択される、
    ｂ．任意選択でＣａｓ９、Ｃｓｎ２、及びＣａｓ４からなる群から選択される、
    ｃ．任意選択でＣａｓ１０、Ｃｓｍ２、Ｃｍｒ５、Ｃａｓ１０、Ｃｓｘ１１、及びＣｓｘ１０からなる群から選択される、
    ｄ．任意選択でＣｓｆ１、
    ｅ．任意選択でＣａｓ１２ａ、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｃ、Ｃ２ｃ４、Ｃ２ｃ８、Ｃ２ｃ５、Ｃ２ｃ１０、Ｃ２ｃ９、ＣａｓＸ（Ｃａｓ１２ｅ）、及びＣａｓＹ（Ｃａｓ１２ｄ）からなる群から選択される、ならびに
    ｆ．任意選択でＣａｓ１３、Ｃａｓ１３ａ、Ｃ２ｃ２、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１３ｃ、及びＣａｓ１３ｄからなる群から選択される。
  158. 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集が、ドナー対象からエクスビボで実施される、請求項１５５～１５７のいずれか１項に記載の方法。
  159. 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集が、レンチウイルスベクターを使用して実施される、請求項１５８に記載の方法。
  160. 前記細胞または前記その子孫が、患者への投与時にＮＫ細胞媒介性細胞傷害作用を回避する、請求項７７～１５９のいずれか１項に記載の方法。
  161. 前記細胞または前記その子孫が、患者への投与時に成熟ＮＫ細胞による細胞溶解から保護される、請求項７７～１６０のいずれか１項に記載の方法。
  162. 前記細胞または前記その子孫が、患者への投与時にマクロファージによる貪食を回避する、請求項７７～１６１のいずれか１項に記載の方法。
  163. 前記細胞または前記その子孫が、患者への投与時に前記細胞に対する免疫応答を誘導しない、請求項７７～１６２のいずれか１項に記載の方法。
  164. 前記細胞または前記その子孫が、患者への投与時に前記細胞に対する抗体ベースの免疫応答を誘導しない、請求項７７～１６３のいずれか１項に記載の方法。
  165. 前記野生型細胞または前記対照細胞が、出発物質である、請求項７７～１６４のいずれか１項に記載の方法。
  166. 患者において障害または病態を処置するための操作されたＴ細胞の集団の使用であって、前記操作されたＴ細胞が、未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含み、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドを含み、前記操作されたＴ細胞が、初代Ｔ細胞もしくはその子孫から増殖されるか、またはｉＰＳＣもしくはその子孫に由来する、前記使用。
  167. 患者において障害または病態を処置するための操作された分化細胞の集団の使用であって、前記操作された分化細胞が、未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含み、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドを含み、前記操作された分化細胞が、ｉＰＳＣまたはその子孫に由来する、前記使用。
  168. 前記Ｙ染色体遺伝子が、Ｙ染色体連鎖抗原または前記Ｙ染色体に関連する副組織適合性抗原である、請求項１６６または１６７に記載の使用。
  169. 前記１つまたは複数のＹ染色体連鎖抗原が、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖である、請求項１６８に記載の使用。
  170. 前記細胞が、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現を有する、請求項１６６～１６９のいずれか１項に記載の使用。
  171. 前記細胞が、低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有する、請求項１６６～１７０のいずれか１項に記載の使用。
  172. 前記細胞が、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖の発現及び低減されたニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有する、請求項１６６～１７１のいずれか１項に記載の使用。
  173. 前記細胞が、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有するように遺伝子操作される、請求項１６６～１７２のいずれか１項に記載の使用。
  174. 前記細胞が、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖を発現しない、請求項１６６～１７３のいずれか１項に記載の使用。
  175. 前記細胞が、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しない、請求項１６６～１７４のいずれか１項に記載の使用。
  176. 前記細胞が、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖を発現せず、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しない、請求項１６６～１７５のいずれか１項に記載の使用。
  177. 前記細胞が、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しないように遺伝子操作される、請求項１６６～１７６のいずれか１項に記載の使用。
  178. 低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現が、それぞれ前記ＰＣＤＨ１１Ｙ遺伝子及び／または前記ＮＬＧＮ４Ｙ遺伝子のノックアウトによって引き起こされる、請求項１６６～１７７のいずれか１項に記載の使用。
  179. 前記細胞が、ヒト細胞または動物細胞に由来する、請求項１６６～１７８のいずれか１項に記載の使用。
  180. 前記ヒト細胞または動物細胞が、Ｙ染色体を有しないドナー対象からのものである、請求項１７９に記載の使用。
  181. 前記ヒト細胞または動物細胞が、Ｙ染色体を有するドナー対象からのものであり、前記細胞が、低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有するように遺伝子操作される、請求項１７９に記載の使用。
  182. 前記細胞が、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖を発現しないように遺伝子操作される、請求項１８１に記載の使用。
  183. 前記細胞が、ニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しないように遺伝子操作される、請求項１８１に記載の使用。
  184. 前記細胞が、プロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖を発現しないように、かつニューロリギン－４ Ｙ連鎖を発現しないように遺伝子操作される、請求項１８１に記載の使用。
  185. 前記細胞が、前記患者とは異なる１以上のドナー対象から単離される細胞のプールから増殖されるかまたはそれに由来し、前記１以上のドナー対象が任意選択で、Ｙ染色体を有する１以上の対象、Ｙ染色体を有しない１以上の対象、またはＹ染色体を有する対象及びＹ染色体を有しない対象の混合を含む、請求項１６６～１８４のいずれか１項に記載の使用。
  186. 前記細胞が、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集を使用して低減されたプロトカドヘリン－１１ Ｙ連鎖及び／またはニューロリギン－４ Ｙ連鎖の発現を有するように遺伝子操作される、請求項１６６～１８５のいずれか１項に記載の使用。
  187. 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集が、表２～５の配列のうちのいずれかを含む１つまたは複数のガイドＲＮＡを使用して実施される、請求項１８６に記載の使用。
  188. 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集が、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１２ａ、及びＣａｓ１２ｂからなる群から選択されるＣａｓエフェクタータンパク質を使用して実施される、請求項１８６～１８７のいずれか１項に記載の使用。
  189. 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集が、以下からなる群から選択されるＣａｓエフェクタータンパク質を使用して実施される、請求項１８８に記載の使用：
    ａ．任意選択でＣａｓ３、Ｃａｓ８ａ、Ｃａｓ５、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ１０ｄ、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、及びＧＳＵ００５４からなる群から選択される、
    ｂ．任意選択でＣａｓ９、Ｃｓｎ２、及びＣａｓ４からなる群から選択される、
    ｃ．任意選択でＣａｓ１０、Ｃｓｍ２、Ｃｍｒ５、Ｃａｓ１０、Ｃｓｘ１１、及びＣｓｘ１０からなる群から選択される、
    ｄ．任意選択でＣｓｆ１、
    ｅ．任意選択でＣａｓ１２ａ、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｃ、Ｃ２ｃ４、Ｃ２ｃ８、Ｃ２ｃ５、Ｃ２ｃ１０、Ｃ２ｃ９、ＣａｓＸ（Ｃａｓ１２ｅ）、及びＣａｓＹ（Ｃａｓ１２ｄ）からなる群から選択される、ならびに
    ｆ．任意選択でＣａｓ１３、Ｃａｓ１３ａ、Ｃ２ｃ２、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１３ｃ、及びＣａｓ１３ｄからなる群から選択される。
  190. 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集が、ドナー対象からエクスビボで実施される、請求項１８６～１８９のいずれか１項に記載の使用。
  191. 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集が、レンチウイルスベクターを使用して実施される、請求項１４４に記載の使用。
  192. 前記細胞が、未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減されたＢ２Ｍ及び／またはＣＩＩＴＡの発現を含む、請求項１６６～１９１のいずれか１項に記載の使用。
  193. 前記細胞が、Ｂ２Ｍ及び／またはＣＩＩＴＡを発現しない、請求項１９２に記載の使用。
  194. 前記細胞が、低減されたＲＨＤの発現を含む、請求項１６６～１９３のいずれか１項に記載の使用。
  195. 前記細胞が、ＲＨＤを発現しない、請求項１９４に記載の使用。
  196. 前記細胞が、人工多能性幹細胞またはその子孫に由来する分化細胞である、請求項１６６～１９５のいずれか１項に記載の使用。
  197. 前記分化細胞が、Ｔ細胞、ＮＫ細胞、内皮細胞、膵島細胞、心筋細胞、平滑筋細胞、骨格筋細胞、肝細胞、グリア前駆細胞、ドーパミン作動性ニューロン、網膜色素上皮細胞、及び甲状腺細胞からなる群から選択される、請求項１９６に記載の使用。
  198. 前記細胞が、初代免疫細胞またはその子孫である、請求項１６６～１９５のいずれか１項に記載の使用。
  199. 前記初代免疫細胞またはその子孫が、Ｔ細胞またはＮＫ細胞である、請求項１９８に記載の使用。
  200. 前記細胞が、低減されたＴＣＲ－アルファ及び／またはＴＣＲ－ベータの発現を含む、請求項１６６～１９９のいずれか１項に記載の使用。
  201. 前記細胞が、ＴＣＲ－アルファ及び／またはＴＣＲ－ベータを発現しない、請求項２００に記載の使用。
  202. 前記細胞が、１つまたは複数のＣＡＲをコードする第２の外因性ポリヌクレオチドをさらに含み、前記１つまたは複数のＣＡＲが、ＣＤ１９、ＣＤ２０、ＣＤ２２、またはＢＣＭＡに対する特異性を有する細胞外リガンド結合ドメイン、ヒンジドメイン、膜貫通ドメイン、共刺激ドメイン、及び細胞内シグナル伝達ドメインを含む、請求項１６６～２０１のいずれか１項に記載の使用。
  203. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、ＣＤ８αヒンジドメイン、ＣＤ２８ヒンジドメイン、またはＩｇＧ４ヒンジドメインを含む、請求項２０２に記載の使用。
  204. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号９のアミノ酸配列を有するＣＤ８αヒンジドメインを含む、請求項２０３に記載の使用。
  205. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号１０または１１３のアミノ酸配列を有するＣＤ２８ヒンジドメインを含む、請求項２０３に記載の使用。
  206. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号１１または１２のアミノ酸配列を有するＩｇＧ４ヒンジドメインを含む、請求項２０３に記載の使用。
  207. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、ＣＤ８α膜貫通ドメインまたはＣＤ２８膜貫通ドメインを含む、請求項２０２～２０６のいずれか１項に記載の使用。
  208. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号１４のアミノ酸配列を有するＣＤ８α膜貫通ドメインを含む、請求項２０７に記載の使用。
  209. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号１５または１１４のアミノ酸配列を有するＣＤ２８膜貫通ドメインを含む、請求項２０７に記載の使用。
  210. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、４－１ＢＢ共刺激ドメイン、ＣＤ２８共刺激ドメイン、またはＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを含む、請求項２０２～２０９のいずれか１項に記載の使用。
  211. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号１６のアミノ酸配列を有する４－１ＢＢ共刺激ドメインを含む、請求項２１０に記載の使用。
  212. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号１７のアミノ酸配列を有するＣＤ２８共刺激ドメインを含む、請求項２１０に記載の使用。
  213. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号１８または１１５のアミノ酸配列を有するＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを含む、請求項２１０に記載の使用。
  214. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号１９、３７、４５、５４、６３、７２、８１、もしくは１１８のうちのいずれか１つのｓｃＦｖ配列を含む細胞外リガンド結合ドメインを含むか、または前記ＣＡＲが、配列番号２０、２５、３８、４２、４６、５０、６４、６８、７３、７７、１１９、もしくは１２３のうちのいずれか１つの重鎖及び軽鎖配列を含むｓｃＦｖ配列を有する、請求項２０２～２１３のいずれか１項に記載の使用。
  215. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号３２、３４、３６、１１７、または１２８のうちのいずれか１つの配列を有する、請求項２０２～２１４のいずれか１項に記載の使用。
  216. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号１１７に定められるアミノ酸配列、または配列番号１１７に定められる前記アミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）のアミノ酸配列を含み、以下の構成要素、すなわちＣＤ８αシグナルペプチド、ＦＭＣ６３ ｓｃＦｖ（ＶＬ－Ｗｈｉｔｌｏｗリンカー－ＶＨ）、ＣＤ８αヒンジドメイン、ＣＤ８α膜貫通ドメイン、４－１ＢＢ共刺激ドメイン、及びＣＤ３ζシグナル伝達ドメインを有する、請求項２０２～２１５のいずれか１項に記載の使用。
  217. 前記１つまたは複数のＣＡＲが、配列番号４５に定められるアミノ酸配列、または配列番号４５に定められる前記アミノ酸配列と少なくとも８０％同一（例えば、少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、少なくとも９９％、または１００％同一）のアミノ酸配列を含む、請求項２０２～２１６のいずれか１項に記載の使用。
  218. 前記第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または前記第２の外因性ポリヌクレオチドのうちの１つまたは複数が、前記細胞の少なくとも一方のアレルの第１の特定の遺伝子座及び／または第２の特定の遺伝子座内に挿入される、請求項１６６～２１７のいずれか１項に記載の使用。
  219. 前記第１の特定の遺伝子座及び／または前記第２の特定の遺伝子座が、セーフハーバーまたは標的遺伝子座、ＲＨＤ遺伝子座、Ｂ２Ｍ遺伝子座、ＣＩＩＴＡ遺伝子座、ＴＲＡＣ遺伝子座、及びＴＲＢ遺伝子座からなる群から選択される、請求項２１８に記載の使用。
  220. 前記セーフハーバーまたは前記標的遺伝子座が、ＣＣＲ５遺伝子座、ＣＸＣＲ４遺伝子座、ＰＰＰ１Ｒ１２Ｃ遺伝子座、ＡＬＢ遺伝子座、ＳＨＳ２３１遺伝子座、ＣＬＹＢＬ遺伝子座、Ｒｏｓａ遺伝子座、Ｆ３（ＣＤ１４２）遺伝子座、ＭＩＣＡ遺伝子座、ＭＩＣＢ遺伝子座、ＬＲＰ１（ＣＤ９１）遺伝子座、ＨＭＧＢ１遺伝子座、ＡＢＯ遺伝子座、ＦＵＴ１遺伝子座、及びＫＤＭ５Ｄ遺伝子座からなる群から選択される、請求項２１９に記載の使用。
  221. 前記第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または前記第２の外因性ポリヌクレオチドが、遺伝子療法ベクター、またはトランスポザーゼ、ＰｉｇｇｙＢａｃトランスポゾン、Ｓｌｅｅｐｉｎｇ Ｂｅａｕｔｙ（ＳＢ１１）トランスポゾン、Ｍｏｓ１トランスポゾン、及びＴｏｌ２トランスポゾンからなる群から選択されるトランスポザーゼシステムを使用して、前記操作されたＴ細胞内に導入される、請求項１６６～２２０のいずれか１項に記載の使用。
  222. 前記遺伝子療法ベクターが、レトロウイルスまたはフソソームである、請求項２２１に記載の使用。
  223. 前記レトロウイルスが、レンチウイルスベクターである、請求項２２２に記載の使用。
  224. 前記第１の外因性ポリヌクレオチド及び／または前記第２の外因性ポリヌクレオチドが、ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集を使用して前記細胞内に導入される、請求項１６６～２２３のいずれか１項に記載の使用。
  225. 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集が、Ｃａｓ９、Ｃａｓ１２ａ、及びＣａｓ１２ｂからなる群から選択されるＣａｓエフェクタータンパク質を使用して実施される、請求項１７７～２２４のいずれか１項に記載の使用。
  226. 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集が、以下からなる群から選択されるＣａｓエフェクタータンパク質を使用して実施される、請求項２２５に記載の使用：
    ａ．任意選択でＣａｓ３、Ｃａｓ８ａ、Ｃａｓ５、Ｃａｓ８ｂ、Ｃａｓ８ｃ、Ｃａｓ１０ｄ、Ｃｓｅ１、Ｃｓｅ２、Ｃｓｙ１、Ｃｓｙ２、Ｃｓｙ３、及びＧＳＵ００５４からなる群から選択される、
    ｂ．任意選択でＣａｓ９、Ｃｓｎ２、及びＣａｓ４からなる群から選択される、
    ｃ．任意選択でＣａｓ１０、Ｃｓｍ２、Ｃｍｒ５、Ｃａｓ１０、Ｃｓｘ１１、及びＣｓｘ１０からなる群から選択される、
    ｄ．任意選択でＣｓｆ１、
    ｅ．任意選択でＣａｓ１２ａ、Ｃａｓ１２ｂ、Ｃａｓ１２ｃ、Ｃ２ｃ４、Ｃ２ｃ８、Ｃ２ｃ５、Ｃ２ｃ１０、Ｃ２ｃ９、ＣａｓＸ（Ｃａｓ１２ｅ）、及びＣａｓＹ（Ｃａｓ１２ｄ）からなる群から選択される、ならびに
    ｆ．任意選択でＣａｓ１３、Ｃａｓ１３ａ、Ｃ２ｃ２、Ｃａｓ１３ｂ、Ｃａｓ１３ｃ、及びＣａｓ１３ｄからなる群から選択される。
  227. 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集が、ドナー対象からエクスビボで実施される、請求項２２４～２２６のいずれか１項に記載の使用。
  228. 前記ＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集が、レンチウイルスベクターを使用して実施される、請求項２２７に記載の使用。
  229. 前記細胞または前記その子孫が、患者への投与時にＮＫ細胞媒介性細胞傷害作用を回避する、請求項１６６～２２８のいずれか１項に記載の使用。
  230. 前記細胞または前記その子孫が、患者への投与時に成熟ＮＫ細胞による細胞溶解から保護される、請求項１６６～２２９のいずれか１項に記載の使用。
  231. 前記細胞または前記その子孫が、患者への投与時にマクロファージによる貪食を回避する、請求項１６６～２３０のいずれか１項に記載の使用。
  232. 前記細胞または前記その子孫が、患者への投与時に前記細胞に対する免疫応答を誘導しない、請求項１６６～２３１のいずれか１項に記載の使用。
  233. 前記細胞または前記その子孫が、患者への投与時に前記細胞に対する抗体ベースの免疫応答を誘導しない、請求項１６６～２３２のいずれか１項に記載の使用。
  234. 前記野生型細胞または前記対照細胞が、出発物質である、請求項１７７～２３３のいずれか１項に記載の方法。
  235. 未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含み、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドを含む、操作された細胞を生産するための方法であって、
    （ａ）単離された細胞を得ることと、
    （ｂ）前記細胞における１つまたは複数のＹ染色体遺伝子の発現を低減させるように前記細胞を遺伝子改変することと、
    （ｃ）前記細胞におけるＭＨＣクラスＩヒト白血球抗原分子及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を低減させるように前記細胞を遺伝子改変することと、
    （ｄ）前記単離された細胞にＣＤ４７をコードするポリヌクレオチドを導入することと、を含み、それによって前記操作された細胞が生産される、前記方法。
  236. 未変化または未改変の野生型または対照細胞と比べて低減された１つまたは複数のＹ染色体遺伝子ならびにＭＨＣクラスＩ及び／またはＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原分子の発現を含み、ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチドを含む、操作された細胞を生産するための方法であって、
    （ａ）単離された細胞を得ることと、
    （ｂ）前記細胞を、
    （ｉ）ＣＤ４結合因子またはＣＤ８結合因子、
    （ｉｉ）前記１つまたは複数のＹ染色体遺伝子座を標的とするＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集構成要素をコードするポリヌクレオチド、
    （ｉｉｉ）前記ＭＨＣクラスＩ及び／または前記ＭＨＣクラスＩＩヒト白血球抗原遺伝子座を標的とするＣＲＩＳＰＲ／Ｃａｓ遺伝子編集構成要素をコードするポリヌクレオチド、ならびに
    （ｉｖ）ＣＤ４７をコードする第１の外因性ポリヌクレオチド、を含むレンチウイルスベクターを含む組成物と接触させることと、を含み、それによって前記操作された細胞が生産される、前記方法。
JP2024501501A 2021-07-14 2022-07-12 低免疫原性細胞におけるｙ染色体連鎖抗原の変化した発現 Pending JP2024530403A (ja)

Applications Claiming Priority (5)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US202163221887P 2021-07-14 2021-07-14
US63/221,887 2021-07-14
US202163255914P 2021-10-14 2021-10-14
US63/255,914 2021-10-14
PCT/US2022/036874 WO2023287827A2 (en) 2021-07-14 2022-07-12 Altered expression of y chromosome-linked antigens in hypoimmunogenic cells

Publications (1)

Publication Number Publication Date
JP2024530403A true JP2024530403A (ja) 2024-08-21

Family

ID=83691250

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2024501501A Pending JP2024530403A (ja) 2021-07-14 2022-07-12 低免疫原性細胞におけるｙ染色体連鎖抗原の変化した発現

Country Status (8)

Country Link
US (1) US20240316198A1 (ja)
EP (1) EP4370544A2 (ja)
JP (1) JP2024530403A (ja)
KR (1) KR20240046319A (ja)
AU (1) AU2022309875A1 (ja)
CA (1) CA3225283A1 (ja)
IL (1) IL310089A (ja)
WO (1) WO2023287827A2 (ja)

Families Citing this family (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB202218755D0 (en) * 2022-12-13 2023-01-25 Replay Holdings Llc Compositions and methods for non-immunogenicity
WO2024227096A1 (en) * 2023-04-28 2024-10-31 Sana Biotechnology, Inc. Anti-cd19 car t cells for treating b-cell malignancies and autoimmune diseases

Family Cites Families (100)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
GB8724885D0 (en) 1987-10-23 1987-11-25 Binns M M Fowlpox virus promotors
US5674722A (en) 1987-12-11 1997-10-07 Somatix Therapy Corporation Genetic modification of endothelial cells
US5420032A (en) 1991-12-23 1995-05-30 Universitge Laval Homing endonuclease which originates from chlamydomonas eugametos and recognizes and cleaves a 15, 17 or 19 degenerate double stranded nucleotide sequence
US5792632A (en) 1992-05-05 1998-08-11 Institut Pasteur Nucleotide sequence encoding the enzyme I-SceI and the uses thereof
DE19539493A1 (de) 1995-10-24 1997-04-30 Thomae Gmbh Dr K Starker homologer Promotor aus Hamster
GB9526131D0 (en) 1995-12-21 1996-02-21 Celltech Therapeutics Ltd Recombinant chimeric receptors
WO1998017815A1 (en) 1996-10-17 1998-04-30 Oxford Biomedica (Uk) Limited Retroviral vectors
AU740904B2 (en) 1997-03-20 2001-11-15 Government Of The United States Of America, As Represented By The Secretary Of The Department Of Health And Human Services, The Recombinant antibodies and immunoconjugates targeted to CD-22 bearing cells and tumors
US6361996B1 (en) 1997-05-07 2002-03-26 University Of Utah Research Foundation Neuroepithelial stem cells and glial-restricted intermediate precursors
GB9710809D0 (en) 1997-05-23 1997-07-23 Medical Res Council Nucleic acid binding proteins
GB9710807D0 (en) 1997-05-23 1997-07-23 Medical Res Council Nucleic acid binding proteins
GB9720465D0 (en) 1997-09-25 1997-11-26 Oxford Biomedica Ltd Dual-virus vectors
US6140081A (en) 1998-10-16 2000-10-31 The Scripps Research Institute Zinc finger binding domains for GNN
US8263402B1 (en) 1998-10-19 2012-09-11 Cornell Research Foundation, Inc. Method for isolating and purifying oligodendrocytes and oligodendrocyte progenitor cells
US6667176B1 (en) 2000-01-11 2003-12-23 Geron Corporation cDNA libraries reflecting gene expression during growth and differentiation of human pluripotent stem cells
US7070934B2 (en) 1999-01-12 2006-07-04 Sangamo Biosciences, Inc. Ligand-controlled regulation of endogenous gene expression
US6599692B1 (en) 1999-09-14 2003-07-29 Sangamo Bioscience, Inc. Functional genomics using zinc finger proteins
US6453242B1 (en) 1999-01-12 2002-09-17 Sangamo Biosciences, Inc. Selection of sites for targeting by zinc finger proteins and methods of designing zinc finger proteins to bind to preselected sites
US6534261B1 (en) 1999-01-12 2003-03-18 Sangamo Biosciences, Inc. Regulation of endogenous gene expression in cells using zinc finger proteins
US7030215B2 (en) 1999-03-24 2006-04-18 Sangamo Biosciences, Inc. Position dependent recognition of GNN nucleotide triplets by zinc fingers
US6794136B1 (en) 2000-11-20 2004-09-21 Sangamo Biosciences, Inc. Iterative optimization in the design of binding proteins
ATE309536T1 (de) 1999-12-06 2005-11-15 Sangamo Biosciences Inc Methoden zur verwendung von randomisierten zinkfingerprotein-bibliotheken zur identifizierung von genfunktionen
AU5077401A (en) 2000-02-08 2001-08-20 Sangamo Biosciences Inc Cells for drug discovery
US8273570B2 (en) 2000-05-16 2012-09-25 Riken Process of inducing differentiation of embryonic cell to cell expressing neural surface marker using OP9 or PA6 cells
JP2002060786A (ja) 2000-08-23 2002-02-26 Kao Corp 硬質表面用殺菌防汚剤
US7067317B2 (en) 2000-12-07 2006-06-27 Sangamo Biosciences, Inc. Regulation of angiogenesis with zinc finger proteins
EP1421177A4 (en) 2001-08-20 2006-06-07 Scripps Research Inst ZINC FINGER FASTENING DOMAINS FOR CNN
ATE468348T1 (de) 2001-09-26 2010-06-15 Government Of The Us Secretary Mutierte anti-cd22-antikörper mit erhöhter affinität zu cd22-exprimierenden leukämiezellen
US7262054B2 (en) 2002-01-22 2007-08-28 Sangamo Biosciences, Inc. Zinc finger proteins for DNA binding and gene regulation in plants
CA2476376C (en) 2002-02-15 2014-10-21 Cornell Research Foundation, Inc. Myelination of congenitally dysmyelinated forebrains using oligodendrocyte progenitor cells
US20050101014A1 (en) 2002-07-11 2005-05-12 Keirstead Hans S. Oligodendrocytes derived from human embryonic stem cells for remyelination and treatment of spinal cord injury
US7361635B2 (en) 2002-08-29 2008-04-22 Sangamo Biosciences, Inc. Simultaneous modulation of multiple genes
CA2518577A1 (en) 2003-03-12 2004-09-23 Reliance Life Sciences Pvt. Ltd. Derivation of terminally differentiated dopaminergic neurons from human embryonic stem cells
US7888121B2 (en) 2003-08-08 2011-02-15 Sangamo Biosciences, Inc. Methods and compositions for targeted cleavage and recombination
JP4813364B2 (ja) 2003-11-25 2011-11-09 アメリカ合衆国 突然変異型抗ｃｄ２２抗体および免疫複合体
US7972854B2 (en) 2004-02-05 2011-07-05 Sangamo Biosciences, Inc. Methods and compositions for targeted cleavage and recombination
US7452718B2 (en) 2004-03-26 2008-11-18 Geron Corporation Direct differentiation method for making cardiomyocytes from human embryonic stem cells
JP2008506359A (ja) 2004-04-08 2008-03-06 サンガモ バイオサイエンシズ インコーポレイテッド ジンクフィンガータンパク質による神経因性疼痛の処置
JP4903689B2 (ja) 2004-04-08 2012-03-28 サンガモ バイオサイエンシズ インコーポレイテッド 神経障害および神経変性症状を治療するための方法と組成物
KR20130099253A (ko) 2005-06-22 2013-09-05 제론 코포레이션 영장류 다능성 줄기 세포의 심근세포 계통 세포로의 분화
JP5937292B2 (ja) 2005-10-18 2016-06-22 デューク大学 配列特異性およびｄｎａ−結合親和度が変更された、合理設計メガヌクレアーゼ
EP2028268A1 (en) 2007-08-20 2009-02-25 Université Libre De Bruxelles Generation of neuronal cells from pluripotent stem cells
EP2217252A2 (en) 2007-10-29 2010-08-18 Hadasit Medical Research Services & Development Limited Human stem cell-derived neural precursors for treatment of autoimmune diseases of the central nervous system
US8227247B2 (en) 2007-12-20 2012-07-24 Wisconsin Alumni Research Foundation Method of generating myelinating oligodendrocytes
WO2009132083A2 (en) 2008-04-22 2009-10-29 President And Fellows Of Harvard College Compositions and methods for promoting the generation of pdx1+ pancreatic cells
EP2283116B1 (en) 2008-05-08 2016-09-28 University Of Rochester Treating myelin diseases with optimized cell preparations
WO2010008486A2 (en) 2008-06-24 2010-01-21 Parkinsons Institute Pluripotent cell lines and methods of use thereof
US9683215B2 (en) 2008-08-22 2017-06-20 President And Fellows Of Harvard College Methods of reprogramming cells
CN102325878A (zh) 2008-12-23 2012-01-18 斯特姆塞尔思加利福尼亚有限公司 少突胶质前体细胞的靶向细胞群及制备与使用方法
US8507274B2 (en) 2009-02-06 2013-08-13 President And Fellows Of Harvard College Compositions and methods for promoting the generation of definitive endoderm
AU2010224160A1 (en) 2009-03-10 2011-09-22 Biogen Idec Ma Inc. Anti-BCMA antibodies
WO2010144696A1 (en) 2009-06-11 2010-12-16 Burnham Institute For Medical Research Directed differentiation of stem cells
US9057053B2 (en) 2010-01-19 2015-06-16 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Direct conversion of cells to cells of other lineages
WO2011130675A2 (en) 2010-04-16 2011-10-20 The Mclean Hospital Corporation Dopaminergic neurons differentiated from pluripotent stem cells and uses of thereof
AU2011256838B2 (en) 2010-05-17 2014-10-09 Sangamo Therapeutics, Inc. Novel DNA-binding proteins and uses thereof
EP3399026B1 (en) 2010-06-14 2024-06-26 The Scripps Research Institute Reprogramming of cells to a new fate
CN103429734A (zh) 2010-10-26 2013-12-04 卡斯西部储备大学 用于产生神经胶质细胞的群体的分化方法
CN103492406B (zh) 2010-12-09 2022-07-26 宾夕法尼亚大学董事会 嵌合抗原受体-修饰的t细胞治疗癌症的用途
US20140329314A1 (en) 2011-03-29 2014-11-06 Christopher O'Sullivan Enriched populations of cardiomyocyte lineage cells from pluripotent stem cells
DK2694644T3 (en) 2011-03-30 2018-04-16 Cellular Dynamics Int Inc Priming of pluripotent stem cells for neural differentiation
EP2694089B1 (en) 2011-04-05 2024-06-05 Cellectis New tale-protein scaffolds and uses thereof
FI3415531T3 (fi) 2011-05-27 2023-09-07 Glaxo Group Ltd Bcma:aa (cd269/tnfrsf17) sitovia proteiineja
CN111500665A (zh) 2011-07-21 2020-08-07 小利兰·斯坦福大学托管委员会 来自患者的诱导性多能干细胞的心肌细胞及其使用方法
EA201490636A1 (ru) 2011-09-16 2014-08-29 Дзе Трастиз Оф Дзе Юниверсити Оф Пенсильвания Сконструированные с помощью рнк t-клетки для лечения злокачественных новообразований
WO2013056072A1 (en) 2011-10-13 2013-04-18 Wisconsin Alumni Research Foundation Generation of cardiomyocytes from human pluripotent stem cells
US9850463B2 (en) 2012-02-01 2017-12-26 The Regents Of The University Of California Methods of culturing retinal pigmented epithelium cells, including xeno-free production, RPE enrichment, and cryopreservation
KR102084539B1 (ko) 2012-02-29 2020-03-04 상가모 테라퓨틱스, 인코포레이티드 헌팅턴병을 치료하기 위한 방법 및 조성물
WO2013184809A1 (en) 2012-06-05 2013-12-12 The Regents Of The University Of California Methods and compositions for the rapid production of retinal pigmented epithelial cells from pluripotent cells
JP6541577B2 (ja) 2013-02-06 2019-07-10 ユニバーシティー オブ ロチェスター ミエリン障害の治療のための誘導多能性細胞由来オリゴデンドロサイト前駆細胞
AU2014256876B2 (en) 2013-04-26 2020-11-12 Cornell, University Cortical interneurons and other neuronal cells produced by the directed differentiation of pluripotent and multipotent cells
ES2846860T3 (es) 2014-05-22 2021-07-29 New York Stem Cell Found Inc Oligodendrocitos funcionales derivados de células madre pluripotentes y métodos de producción y uso de los mismos
WO2015182765A1 (ja) 2014-05-30 2015-12-03 国立大学法人京都大学 低分子化合物を用いた多能性幹細胞の心筋分化誘導法
EP2990416B1 (en) 2014-08-29 2018-06-20 GEMoaB Monoclonals GmbH Universal chimeric antigen receptor expressing immune cells for targeting of diverse multiple antigens and method of manufacturing the same and use of the same for treatment of cancer, infections and autoimmune disorders
US9765299B2 (en) 2014-09-10 2017-09-19 Wisconsin Alumni Research Foundation Chemically defined albumin-free conditions for cardiomyocyte differentiation of human pluripotent stem cells
WO2016126608A1 (en) 2015-02-02 2016-08-11 Novartis Ag Car-expressing cells against multiple tumor antigens and uses thereof
WO2016149578A1 (en) 2015-03-19 2016-09-22 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Dual specific anti-cd22-anti-cd19 chimeric antigen receptors
KR20180020125A (ko) 2015-03-27 2018-02-27 프레지던트 앤드 펠로우즈 오브 하바드 칼리지 변형된 t 세포 및 이의 제조 및 사용 방법
US9724432B2 (en) 2015-04-30 2017-08-08 University Of Rochester Non-human mammal model of human degenerative disorder, uses thereof, and method of treating human degenerative disorder
CN107921148A (zh) 2015-05-08 2018-04-17 哈佛学院校长同事会 通用供体干细胞和相关方法
CN105384825B (zh) 2015-08-11 2018-06-01 南京传奇生物科技有限公司 一种基于单域抗体的双特异性嵌合抗原受体及其应用
CA2995634A1 (en) 2015-08-15 2017-02-23 Asterias Biotherapeutics, Inc. Stem cell-derived oligodendrocyte progenitor cells for the treatment of white matter stroke
CN108348620A (zh) 2015-09-28 2018-07-31 明尼苏达大学董事会 嵌合抗原受体(car)t细胞作为获得自体免疫和同种免疫的治疗性干预
WO2017058753A1 (en) 2015-09-28 2017-04-06 Trustees Of Dartmouth College Chimeric antigen receptor, regulatory cells and methods of use
CA3016575A1 (en) 2016-03-03 2017-09-08 New York Stem Cell Foundation, Inc. Microglia derived from pluripotent stem cells and methods of making and using the same
WO2017172976A1 (en) 2016-03-29 2017-10-05 The Regents Of The University Of California Methods for promoting oligodendrocyte regeneration and remyelination
WO2018093681A1 (en) 2016-11-15 2018-05-24 Neuralstem, Inc. Multipotent neural stem cells that express platelet derived growth factor (pdgf) receptor and methods of use thereof
CA3049766A1 (en) * 2017-01-13 2018-07-19 The Regents Of The University Of California Immunoengineered pluripotent cells
WO2018176390A1 (zh) 2017-03-31 2018-10-04 深圳市立昌机电设备有限公司 绕线机的安全防备方法及系统
US11980640B2 (en) 2017-05-15 2024-05-14 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Bicistronic chimeric antigen receptors and their uses
KR20200049757A (ko) 2017-06-30 2020-05-08 더 유나이티드 스테이츠 오브 어메리카, 애즈 리프리젠티드 바이 더 세크러테리, 디파트먼트 오브 헬쓰 앤드 휴먼 서비씨즈 인간 도메인을 갖는 항-b 세포 성숙화 항원 키메라성 항원 수용체
WO2019149250A1 (zh) 2018-02-01 2019-08-08 南京驯鹿医疗技术有限公司 一种结合bcma的嵌合抗原受体(car)及其应用
TWI728308B (zh) 2018-02-01 2021-05-21 大陸商南京馴鹿醫療技術有限公司 一種結合ｂｃｍａ的嵌合抗原受體（ｃａｒ）及其應用
JP7438953B2 (ja) 2018-02-01 2024-02-27 イノベント バイオロジックス （スウツォウ） カンパニー，リミテッド 完全ヒト化抗ｂ細胞成熟抗原（ｂｃｍａ）の単鎖抗体およびその応用
WO2019201995A1 (en) 2018-04-20 2019-10-24 Medizinische Hochschule Hannover Chimeric antigen receptor and car-t cells that bind a herpes virus antigen
CA3105694A1 (en) 2018-07-12 2020-01-16 The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services Affinity matured cd22-specific monoclonal antibody and uses thereof
BR112021000639A2 (pt) 2018-07-17 2021-04-13 The Regents Of The University Of California Célula-tronco pluripotente induzida hipoimunogênica (hip) isolada, célula car-t hipoimune isolada, método de tratamento de um paciente com câncer por meio da administração de uma composição, população pura de células car-t hipoimunes, e método de produção de células car-t hipoimunes isoladas
KR20210032454A (ko) * 2018-07-17 2021-03-24 더 리젠츠 오브 더 유니버시티 오브 캘리포니아 면역조작된 만능성 세포로부터의 분화 세포
US20220267732A1 (en) 2019-08-01 2022-08-25 Sana Biotechnology, Inc. Dux4 expressing cells and uses thereof
JP2022546317A (ja) 2019-08-23 2022-11-04 サナ バイオテクノロジー，インコーポレイテッド Ｃｄ２４発現細胞およびそれらの用途
JP2023523431A (ja) 2020-04-27 2023-06-05 サナ バイオテクノロジー，インコーポレイテッド 低免疫原性細胞の反復投与

Also Published As

Publication number Publication date
WO2023287827A2 (en) 2023-01-19
KR20240046319A (ko) 2024-04-08
WO2023287827A3 (en) 2023-03-30
EP4370544A2 (en) 2024-05-22
IL310089A (en) 2024-03-01
AU2022309875A1 (en) 2024-01-25
WO2023287827A8 (en) 2023-11-09
CA3225283A1 (en) 2023-01-19
US20240316198A1 (en) 2024-09-26
WO2023287827A9 (en) 2023-02-23

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US20220049226A1 (en) Methods of treating sensitized patients with hypoimmunogenic cells, and associated methods and compositions
KR20230017780A (ko) 면역저하성 세포의 반복 투여
US20240316198A1 (en) Altered expression of y chromosome-linked antigens in hypoimmunogenic cells
US20240226164A1 (en) Hypoimmunogenic cells comprising engineered hla-e or hla-g
JP2024532772A (ja) 低免疫原性細胞における遺伝子発現を変化させるための誘導性システム
JP2024534771A (ja) 補体媒介性炎症反応を低減するための同種異系細胞療法のための遺伝子改変細胞
CN116490605A (zh) 以低免疫性细胞治疗敏感性患者的方法以及相关方法和组合物
US20240358761A1 (en) Genetically modified cells for allogeneic cell therapy
CN118043344A (zh) Y染色体连锁抗原在低免疫原性细胞中表达的改变
CN117355602A (zh) 包含工程化hla-e或hla-g的低免疫原性细胞
JP2024531234A (ja) 同種異系細胞療法のための遺伝子改変された初代細胞
EP4384193A2 (en) Genetically modified cells for allogeneic cell therapy to reduce instant blood mediated inflammatory reactions
CN118076362A (zh) 用于改变低免疫原性细胞中的基因表达的诱导型系统
CN118451178A (zh) 用于同种异体细胞疗法的遗传修饰原代细胞