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JP2023540429A - てんかんを治療するための方法及び組成物 - Google Patents

てんかんを治療するための方法及び組成物 Download PDF

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Abstract

本開示は、Grik2 mRNAを標的化することによって、てんかん、例えば、側頭葉てんかんを治療することを必要とする対象においてそれを行うための遺伝子療法に関する方法及び組成物を提供する。特に、本開示は、過剰興奮性神経回路においてGluK2タンパク質の発現を阻害し、てんかん型放電を阻害することができる阻害性RNA構築物を提供する。

Description

配列表
本出願は、ASCIIフォーマットで電子的に提出され、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、配列表を含む。上述のASCIIコピーは、2021年7月8日に作成され、「51460-003WO4_Sequence_Listing_7_8_21_ST25」という名称であり、425,553バイトのサイズである。
開示の分野
本開示は、てんかんの分野に含まれる。特に、本開示は、てんかん、例えば、側頭葉てんかんを治療するための方法及び組成物に関する。
側頭葉てんかん(TLE)は、成人における部分てんかんの最も一般的な形態である(てんかんの全ての形態の30~40%)。海馬が、TLEの病態生理学において重要な役割を果たすことは十分に確立されている。TLEのヒト患者及び動物モデルにおいて、神経回路の異常な再構成が起こる。ネットワーク再編成(「反応性可塑性(reactive plasticity)」)の最良の例のうちの1つは、海馬において歯状回顆粒細胞(DGC)上で新規な病態生理学的なグルタミン酸作動性シナプスを確立する再発性苔状線維(rMF)の発芽であり(Tauck and Nadler,1985、Represa et al.,1989a,1989b、Sutula et al.,1989、Gabriel et al.,2004)、再発性興奮性ループを引き起こす。rMFシナプスは、異所性カイニン酸型受容体(KAR)を介して作動する(Epsztein et al.,2005、Artinian et al.,2011,2015)。KARは、GluK1~GluK5サブユニットから組み立てられたテトラマーグルタミン酸受容体である。異種発現系において、GluK1、GluK2、及びGluK3は、ホモマー受容体を形成し得るが、GluK4及びGluK5は、GluK1~3サブユニットと組み合わせてヘテロマー受容体を形成し得る。ネイティブKARは、脳において広く分布し、海馬において高密度の受容体が見出され(Carta et al,2016,EJN)、TLEに関与する主要な構造である。本願発明者らによる以前の研究は、発作間欠期スパイク及び発作時放電を含むてんかん発作が、GluK2 KARサブユニットを欠くマウスにおいて顕著に減少することを確立した。更に、てんかん性活性は、異所性シナプスKARをブロックするGluK2/GluK5含有KARの薬理学的低分子アンタゴニストの使用後に大幅に減少した(Peret et al.,2014)。これらのデータは、DGCのrMFで異所性発現したKARが、TLEの慢性てんかん発作において大きな役割を果たすことを示している。したがって、DGCで発現し、GluK2/GluK5で構成される異常なKARは、薬剤抵抗性TLEの治療のための有望な標的を代表するものであると考えられる。
RNA干渉(RNAi)戦略が、多くの疾患標的について提案されている。RNAiベースの療法の成功した用途は、限定的である。RNAi療法薬は、中枢神経系(CNS)の場合と同様に、特に、複雑な遺伝子パターンが存在する場合には、RNA設計に情報を与えるための疑わしいオフターゲットドメインの予測、インビボでの遺伝子サイレンシング有効性の変動、及びオフターゲット効果の減少等の複数の課題に直面する。しかしながら、難治性TLEの治療に利用可能なRNAiベースの遺伝子療法は限定的である。したがって、発作障害、例えば、TLE(例えば、治療に難治性のTLE)の治療のための新しい治療モダリティの緊急な必要性が存在する。
Tauck DL,Nadler J V(1985)Evidence of functional mossy fiber sprouting in hippocampal formation of kainic acid-treated rats.J Neurosci 5:1016-1022 Represa A,Le Gall La Salle G,Ben-Ari Y(1989a)Hippocampal plasticity in the kindling model of epilepsy in rats.Neurosci Lett 99:345-350. Represa A,Robain O,Tremblay E,Ben-Ari Y(1989b)Hippocampal plasticity in childhood epilepsy.Neurosci Lett 99:351-355. Sutula T,Cascino G,Cavazos J,Parada I,Ramirez L(1989)Mossy fiber synaptic reorganization in the epileptic human temporal lobe.Ann Neurol 26:321-330. Gabriel S,Njunting M,Pomper JK,Merschhemke M,Sanabria ERG,Eilers A,Kivi A,Zeller M,Meencke H-J,Cavalheiro E a,Heinemann U,Lehmann T-N(2004)Stimulus and potassium-induced epileptiform activity in the human dentate gyrus from patients with and without hippocampal sclerosis.J Neurosci 24:10416-10430.
本開示は、てんかん、例えば、側頭葉てんかん(TLE)の治療又は予防を必要とする対象(例えば、ヒト)においてそれを行うための組成物及び方法を提供する。開示される方法は、てんかんを有するか、又はてんかんを発症するリスクがあると診断された対象に対して、グルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(Grik2)遺伝子によってコードされるmRNAを標的化する阻害性RNA(例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO、shRNA、siRNA、マイクロRNA、若しくはshmiRNA)、又はこれらをコードする核酸ベクター(例えば、レンチウイルスベクター、若しくはアデノ随伴ウイルス(AAV)ベクター、例えば、AAV9ベクター)の治療有効量の投与を含む。本開示はまた、開示されるASO薬剤又はそれをコードする核酸ベクターのうちの1つ以上を含有する薬学的組成物を特徴とする。
第1の態様において、本開示は、Grik2 mRNAの一本鎖領域内で特異的にハイブリダイズする800以下(例えば、800、750、700、650、600、550、500、450、400、350、300、250、200、150、100、90、80、70、60、50、40、30、29、28、27、26、25、24、23、22、21、20、又は19以下)のヌクレオチドの長さを有する単離されたポリヌクレオチドであって、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドが、18kcal/mol未満(例えば、17kcal/mol、16kcal/mol、15kcal/mol、14kcal/mol、13kcal/mol、12kcal/mol、11kcal/mol、10kcal/mol、9kcal/mol、8kcal/mol、7kcal/mol、6kcal/mol、5kcal/mol、4kcal/mol、3kcal/mol、2kcal/mol、又は1kcal/mol未満、又はそれより小さい)標的開放エネルギー(Target Opening Energy)を有し、(a)ポリヌクレオチドが、配列番号772~774(すなわち、欧州特許出願第EP19185533.7の配列番号1~3)のうちのいずれか1つの核酸配列を含まないか、(b)ポリヌクレオチドが、配列番号68、若しくは配列番号68及び配列番号649の核酸配列を含むか、又は(c)ポリヌクレオチドが、5.53kcal/mol~5.55kcal/mol(例えば、5.4kcal/mol)である総開放エネルギー(Total Opening energy)を有していない、単離されたポリヌクレオチドを提供する。
上述の態様のいくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を含まない。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号1~771の配列のうちのいずれか1つと組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、配列番号772~774のうちのいずれか1つの核酸配列は、5.53kcal/mol~5.55kcal/mol(例えば、5.4kcal/mol)である総開放エネルギーを有する。
別の態様において、本開示は、Grik2 mRNAの一本鎖領域内で特異的にハイブリダイズする23ヌクレオチド以下の長さを有する単離されたRNAポリヌクレオチドであって、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドが、18kcal/mol未満(例えば、17kcal/mol、16kcal/mol、15kcal/mol、14kcal/mol、13kcal/mol、12kcal/mol、11kcal/mol、10kcal/mol、9kcal/mol、8kcal/mol、7kcal/mol、6kcal/mol、5kcal/mol、4kcal/mol、3kcal/mol、2kcal/mol、又は1kcal/mol未満、又はそれより小さい)総開放エネルギー(Total Opening Energy)を有し、ポリヌクレオチドが、配列番号772~774のうちのいずれか1つの核酸配列を含まない、単離されたRNAポリヌクレオチドを提供する。
上述の態様のいくつかの実施形態において、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドは、5.53kcal/mol~5.55kcal/molである総開放エネルギーを有していない。いくつかの実施形態において、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドは、5.54kcal/mol未満である総開放エネルギーを有する。いくつかの実施形態において、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドは、5.54kcal/molより大きい総開放エネルギーを有する。いくつかの実施形態において、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドは、5.54kcal/mol未満であるか、又は5.54kcal/molより大きい総開放エネルギーを有する。
上述の態様のいくつかの実施形態において、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドは、-35kcal/molより大きい(例えば、-30kcal/mol、-25kcal/mol、-20kcal/mol、-15kcal/mol、-10kcal/mol、-5kcal/mol、-4kcal/mol、-3kcal/mol、-2kcal/mol、-1kcal/molより大きい、又はそれより大きい)二本鎖形成の/からのエネルギー(Energy of/from Duplex Formation)を有する。いくつかの実施形態において、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドは、-36.7kcal/mol~-36.5kcal/molである二本鎖形成のエネルギーを有しない。いくつかの実施形態において、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドは、-36.61kcal/molより大きい二本鎖形成のエネルギーを有する。いくつかの実施形態において、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドは、-36.61kcal/mol未満である二本鎖形成のエネルギーを有する。
いくつかの実施形態において、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドは、-24kcal/molより大きな(例えば、-20kcal/mol、-15kcal/mol、-10kcal/mol、-5kcal/mol、-4kcal/mol、-3kcal/mol、-2kcal/mol、-1kcal/molより大きな、又はそれより大きな)総結合エネルギー(Total Energy of Binding)を有する。いくつかの実施形態において、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドは、-29.5kcal/mol~-29.3kcal/molである総結合エネルギーを有しない。いくつかの実施形態において、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドは、-29.4kcal/molより大きい総結合エネルギーを有する。いくつかの実施形態において、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドは、-29.4kcal/mol未満である総結合エネルギーを有する。
いくつかの実施形態において、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドは、50%未満(例えば、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%、5%、4%、3%、2%、1%未満、又はそれより小さい)GC含有量を有する。いくつかの実施形態において、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドは、42.7%~47.6%であるGC含有量を有しない。いくつかの実施形態において、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドは、42.9%未満であるGC含有量を有する。いくつかの実施形態において、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドは、42.9%より大きいGC含有量を有する。いくつかの実施形態において、GC含有量は、ポリヌクレオチドについて決定される。いくつかの実施形態において、GC含有量は、ポリヌクレオチドに対して実質的に相補的である(例えば、10、9、8、7、6、5、4、3、2、又は1個以下のミスマッチを有する)配列について決定される。いくつかの実施形態において、GC含有量は、ポリヌクレオチドと、そのポリヌクレオチドに対して実質的に相補的である配列との間のハイブリダイゼーションによって形成される二本鎖について決定される。
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号1~771の配列のうちのいずれか1つと組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号68の配列と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号68及び649の配列と組み合わせた状態で、含まない。
別の態様において、本開示は、Grik2 mRNAの一本鎖領域内で特異的にハイブリダイズする800ヌクレオチド以下の長さを有する単離されたポリヌクレオチドであって、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドが、5.53~5.55kcal/molである総開放エネルギーを有さず、ポリヌクレオチドが、配列番号772~774のうちのいずれか1つの核酸配列を含まない、単離されたポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号1~771の配列のうちのいずれか1つ以上と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号68の配列と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号68及び649の配列と組み合わせた状態で、含まない。
別の態様において、本開示は、Grik2 mRNAの一本鎖領域内で特異的にハイブリダイズする800ヌクレオチド以下の長さを有する単離されたポリヌクレオチドであって、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドが、-36.7~-36.5kcal/molである二本鎖形成のエネルギーを有さず、ポリヌクレオチドが、配列番号772~774のうちのいずれか1つの核酸配列を含まない、単離されたポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号1~771の配列のうちのいずれか1つ以上と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号68の配列と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号68及び649の配列と組み合わせた状態で、含まない。
別の態様において、本開示は、Grik2 mRNAの一本鎖領域内で特異的にハイブリダイズする800ヌクレオチド以下の長さを有する単離されたポリヌクレオチドであって、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドが、-29.5~-29.3kcal/molである総結合エネルギーを有さず、ポリヌクレオチドが、配列番号772~774のうちのいずれか1つの核酸配列を含まない、単離されたポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号1~771の配列のうちのいずれか1つ以上と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号68の配列と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号68及び649の配列と組み合わせた状態で、含まない。
別の態様において、本開示は、Grik2 mRNAの一本鎖領域内で特異的にハイブリダイズする23ヌクレオチド以下の長さを有する単離されたRNAポリヌクレオチドであって、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドが、5.53~5.55kcal/molである総開放エネルギーを有さず、ポリヌクレオチドが、配列番号772~774のうちのいずれか1つの核酸配列を含まない、単離されたRNAポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号1~771の配列のうちのいずれか1つ以上と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号68の配列と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号68及び649の配列と組み合わせた状態で、含まない。
別の態様において、本開示は、Grik2 mRNAの一本鎖領域内で特異的にハイブリダイズする23ヌクレオチド以下の長さを有する単離されたRNAポリヌクレオチドであって、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドが、-36.7~-36.5kcal/molである二本鎖形成のエネルギーを有さず、ポリヌクレオチドが、配列番号772~774のうちのいずれか1つの核酸配列を含まない、単離されたRNAポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号1~771の配列のうちのいずれか1つ以上と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号68の配列と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号68及び649の配列と組み合わせた状態で、含まない。
別の態様において、本開示は、Grik2 mRNAの一本鎖領域内で特異的にハイブリダイズする23ヌクレオチド以下の長さを有する単離されたRNAポリヌクレオチドであって、ハイブリダイズされたポリヌクレオチドが、-29.5~-29.3kcal/molである総結合エネルギーを有さず、ポリヌクレオチドが、配列番号772~774のうちのいずれか1つの核酸配列を含まない、単離されたRNAポリヌクレオチドを提供する。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号1~771の配列のうちのいずれか1つ以上と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号68の配列と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号68及び649の配列と組み合わせた状態で、含まない。
上述の態様のいくつかの実施形態において、Grik2 mRNAの一本鎖領域は、ループ領域1~14からなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、(a)Grik2 mRNAのループ1領域、(b)Grik2 mRNAのループ2領域、(c)Grik2 mRNAのループ3領域、(d)Grik2 mRNAのループ4領域、(e)Grik2 mRNAのループ5領域、(f)Grik2 mRNAのループ6領域、(g)Grik2 mRNAのループ7領域、(h)Grik2 mRNAのループ8領域、(i)Grik2 mRNAのループ9領域、(j)Grik2 mRNAのループ10領域、(k)Grik2 mRNAのループ11領域、(l)Grik2 mRNAのループ12領域、(m)Grik2 mRNAのループ13領域、又は(n)Grik2 mRNAのループ14領域内で特異的にハイブリダイズする。
いくつかの実施形態において、ループ1のその領域は、配列番号145の少なくとも10個の(例えば、少なくとも11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、又は80個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされる。
いくつかの実施形態において、ループ2領域は、配列番号146の少なくとも10個の(例えば、少なくとも11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、又は80個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされる。
いくつかの実施形態において、ループ3領域は、配列番号147の少なくとも10個の(例えば、少なくとも11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、又は80個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされる。
いくつかの実施形態において、ループ4領域は、配列番号148の少なくとも10個の(例えば、少なくとも11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、又は80個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされる。
いくつかの実施形態において、ループ5領域は、配列番号149の少なくとも10個の(例えば、少なくとも11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、又は80個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされる。
いくつかの実施形態において、ループ6領域は、配列番号150の少なくとも10個の(例えば、少なくとも11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、又は80個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされる。
いくつかの実施形態において、ループ7領域は、配列番号151の少なくとも10個の(例えば、少なくとも11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、又は80個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされる。
いくつかの実施形態において、ループ8領域は、配列番号152の少なくとも10個の(例えば、少なくとも11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、又は80個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされる。
いくつかの実施形態において、ループ9領域は、配列番号153の少なくとも10個の(例えば、少なくとも11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、又は80個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされる。
いくつかの実施形態において、ループ10領域は、配列番号154の少なくとも10個の(例えば、少なくとも11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、又は80個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされる。
いくつかの実施形態において、ループ11領域は、配列番号155の少なくとも10個の(例えば、少なくとも11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、又は80個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされる。
いくつかの実施形態において、ループ12領域は、配列番号156の少なくとも10個の(例えば、少なくとも11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、又は80個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされる。
いくつかの実施形態において、ループ13領域は、配列番号157の少なくとも10個の(例えば、少なくとも11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、又は80個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされる。
いくつかの実施形態において、ループ14領域は、配列番号158の少なくとも10個の(例えば、少なくとも11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、又は80個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされる。
いくつかの実施形態において、配列同一性は、配列番号145~158のうちのいずれか1つの少なくとも15個の(例えば、少なくとも16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、又は80個の)連続ヌクレオチドにわたって決定される。いくつかの実施形態において、配列同一性は、配列番号145~158のうちのいずれか1つの少なくとも30個の(例えば、少なくとも35、40、45、50、55、60、65、70、75、又は80個の)連続ヌクレオチドにわたって決定される。いくつかの実施形態において、配列同一性は、配列番号145~158のうちのいずれか1つの少なくとも60個の(例えば、少なくとも65、70、75、又は80個の)連続ヌクレオチドにわたって決定される。いくつかの実施形態において、配列同一性は、配列番号145~158のうちのいずれか1つの全長にわたって決定される。
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、
(a)配列番号1の少なくとも5個の(例えば、少なくとも6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(b)配列番号4の少なくとも5個の(例えば、少なくとも6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(c)(i)配列番号5の少なくとも5個の(例えば、少なくとも6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、又は
(ii)配列番号6の少なくとも5個の(例えば、少なくとも6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(d)配列番号7の少なくとも5個の(例えば、少なくとも6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(e)配列番号96の少なくとも5個の(例えば、少なくとも6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(f)(i)配列番号8の少なくとも5個の(例えば、少なくとも6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(ii)配列番号98の少なくとも5個の(例えば、少なくとも6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、又は
(iii)配列番号99の少なくとも5個の(例えば、少なくとも6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(g)配列番号9の少なくとも5個の(例えば、少なくとも6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(h)配列番号63の少なくとも5個の(例えば、少なくとも6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(i)配列番号10の少なくとも5個の(例えば、少なくとも6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、又は
(j)配列番号11の少なくとも5個の(例えば、少なくとも6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、配列同一性は、配列番号1、4~11、63、96、98、又は99のうちのいずれか1つの少なくとも10個の(例えば、少なくとも11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって決定される。いくつかの実施形態において、配列同一性は、配列番号1、4~11、63、96、98、又は99のうちのいずれか1つの少なくとも15個の(例えば、少なくとも16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって決定される。いくつかの実施形態において、配列同一性は、配列番号1、4~11、63、96、98、又は99のうちのいずれか1つの少なくとも20個の(例えば、少なくとも20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって決定される。いくつかの実施形態において、配列同一性は、配列番号1、4~11、63、96、98、又は99のうちのいずれか1つの全長にわたって決定される。
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチドとGrik2 mRNAの一本鎖領域とによって形成される二本鎖構造を含み、二本鎖構造は、ポリヌクレオチドのヌクレオチドと、Grik2 mRNAの一本鎖領域のヌクレオチドとの間に少なくとも1つ(例えば、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、又はそれより多い)ミスマッチを含む。
いくつかの実施形態において、Grik2 mRNAの一本鎖領域は、ループ領域1~14からなる群から選択される。
いくつかの実施形態において、平均位置エントロピーは、23~79個のヌクレオチドにわたって計算される。
いくつかの実施形態において、Grik2 mRNAの一本鎖領域は、非対形成領域1~5からなる群から選択される。
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、(a)Grik2 mRNAの非対形成領域1、(b)Grik2 mRNAの非対形成領域2、(c)Grik2 mRNAの非対形成領域3、(d)Grik2 mRNAの非対形成領域4、又は(e)Grik2 mRNAの非対形成領域5内で特異的にハイブリダイズする。
いくつかの実施形態において、(a)非対形成領域1は、配列番号159の少なくとも10個の(例えば、少なくとも11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、又は80個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、(b)非対形成領域2は、配列番号160の少なくとも10個の(例えば、少なくとも11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、又は80個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、(c)非対形成領域3は、配列番号161の少なくとも10個の(例えば、少なくとも11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、又は80個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、(d)非対形成領域4は、配列番号162の少なくとも10個の(例えば、少なくとも11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、又は80個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、かつ/又は(e)非対形成領域5は、配列番号163の少なくとも10個の(例えば、少なくとも11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、又は80個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされる。
いくつかの実施形態において、配列同一性は、配列番号159~163のうちのいずれか1つの少なくとも15個の(例えば、少なくとも16、17、18、19、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、又は80個の)連続ヌクレオチドにわたって決定される。いくつかの実施形態において、配列同一性は、配列番号159~163のうちのいずれか1つの少なくとも30個の(例えば、少なくとも35、40、45、50、55、60、65、70、75、又は80個の)連続ヌクレオチドにわたって決定される。いくつかの実施形態において、配列同一性は、配列番号159~163のうちのいずれか1つの少なくとも60個の(例えば、少なくとも65、70、75、又は80個の)連続ヌクレオチドにわたって決定される。いくつかの実施形態において、配列同一性は、配列番号159~163のうちのいずれか1つの全長にわたって決定される。
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、
(a)(i)配列番号13の少なくとも5個の(例えば、少なくとも6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(ii)配列番号14の少なくとも5個の(例えば、少なくとも6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(iii)配列番号72の少なくとも5個の(例えば、少なくとも6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、又は
(iv)配列番号73の少なくとも5個の(例えば、少なくとも6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(b)配列番号15の少なくとも5個の(例えば、少なくとも6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、又は
(c)配列番号16の少なくとも5個の(例えば、少なくとも6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、配列同一性は、配列番号13~16、72、又は73のうちのいずれか1つの少なくとも10個の(例えば、少なくとも10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって決定される。いくつかの実施形態において、配列同一性は、配列番号13~16、72、又は73のうちのいずれか1つの少なくとも15個の(例えば、少なくとも15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって決定される。いくつかの実施形態において、配列同一性は、配列番号13~16、72、又は73のうちのいずれか1つの少なくとも20個の(例えば、少なくとも20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって決定される。いくつかの実施形態において、配列同一性は、配列番号13~16、72、又は73のうちのいずれか1つの全長にわたって決定される。いくつかの実施形態において、配列同一性は、配列番号13~16、72、又は73のうちのいずれか1つの30個以下の(例えば、30、25、20、15、10、9、8、7、6、5、4、3、又は2個以下の)連続ヌクレオチドにわたって決定される。いくつかの実施形態において、配列同一性は、配列番号13~16、72、又は73のうちのいずれか1つの25個以下の(例えば、25、20、15、10、9、8、7、6、5、4、3、又は2個以下の)連続ヌクレオチドにわたって決定される。
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、ポリヌクレオチドとGrik2 mRNAの一本鎖領域とによって形成される二本鎖構造を含み、二本鎖構造は、ポリヌクレオチドのヌクレオチドと、Grik2 mRNAの一本鎖領域のヌクレオチドとの間に少なくとも1つ(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15以上)ミスマッチを含む。
いくつかの実施形態において、平均位置エントロピーは、23~79個のヌクレオチドにわたって計算される。
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、Grik2 mRNAのコード配列にハイブリダイズする。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、(a)Grik2 mRNAのエクソン1内の領域、(b)Grik2 mRNAのエクソン2内の領域、(c)Grik2 mRNAのエクソン3内の領域、(d)Grik2 mRNAのエクソン4内の領域、(e)Grik2 mRNAのエクソン5内の領域、(f)Grik2 mRNAのエクソン6内の領域、(g)Grik2 mRNAのエクソン7内の領域、(h)Grik2 mRNAのエクソン8内の領域、(i)Grik2 mRNAのエクソン9内の領域、(j)Grik2 mRNAのエクソン10内の領域、(k)Grik2 mRNAのエクソン11内の領域、(l)Grik2 mRNAのエクソン12内の領域、(m)Grik2 mRNAのエクソン13内の領域、(n)Grik2 mRNAのエクソン14内の領域、(o)Grik2 mRNAのエクソン15内の領域、かつ/又は(p)Grik2 mRNAのエクソン16内の領域にハイブリダイズする。
いくつかの実施形態において、(a)Grik2 mRNAのエクソン1が、配列番号129の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、(b)Grik2 mRNAのエクソン2が、配列番号130の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、(c)Grik2 mRNAのエクソン3が、配列番号131の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、(d)Grik2 mRNAのエクソン4が、配列番号132の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、(e)Grik2 mRNAのエクソン5が、配列番号133の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、(f)Grik2 mRNAのエクソン6が、配列番号134の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、(g)Grik2 mRNAのエクソン7が、配列番号135の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、(h)Grik2 mRNAのエクソン8が、配列番号136の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、(i)Grik2 mRNAのエクソン9が、配列番号137の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、(j)Grik2 mRNAのエクソン10が、配列番号138の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、(k)Grik2 mRNAのエクソン11が、配列番号139の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、(l)Grik2 mRNAのエクソン12が、配列番号140の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、(m)Grik2 mRNAのエクソン13が、配列番号141の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、(n)Grik2 mRNAのエクソン14が、配列番号142の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、(o)Grik2 mRNAのエクソン15が、配列番号143の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、かつ/又は(p)Grik2 mRNAのエクソン16が、配列番号144の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされる。
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、
(a)配列番号1の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(b)(i)配列番号2の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(ii)配列番号3の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(iii)配列番号30の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(iv)配列番号31の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(v)配列番号36の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(vi)配列番号40の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(vii)配列番号59の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(viii)配列番号76の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(ix)配列番号80の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(x)配列番号81の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(xi)配列番号92の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、及び/又は
(xii)配列番号93の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(c)(i)配列番号40の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(ii)配列番号60の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(iii)配列番号68の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(iv)配列番号70の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、及び/又は
(v)配列番号86の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(d)(i)配列番号68の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(ii)配列番号69の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、及び/又は
(iii)配列番号70の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(e)(i)配列番号4の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(ii)配列番号5の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(iii)配列番号6の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(iv)配列番号56の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(v)配列番号57の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(vi)配列番号58の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(vii)配列番号91の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(viii)配列番号94の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、及び/又は
(ix)配列番号95の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(f)(i)配列番号20の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(ii)配列番号37の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(iii)配列番号38の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(iv)配列番号44の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(v)配列番号46の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(g)配列番号12の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(h)(i)配列番号7の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(ii)配列番号8の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(iii)配列番号96の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(iv)配列番号98の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、及び/又は
(v)配列番号99の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(i)(i)配列番号22の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(ii)配列番号39の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(iii)配列番号62の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(iv)配列番号74の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(v)配列番号75の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(vi)配列番号87の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(vii)配列番号88の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(viii)配列番号89の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、及び/又は
(ix)配列番号90の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(j)(i)配列番号82の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(ii)配列番号83の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(iii)配列番号84の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、及び/又は
(iv)配列番号85の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(k)(i)配列番号13の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(ii)配列番号14の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(iii)配列番号72の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、及び/又は
(iv)配列番号73の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(l)(i)配列番号34の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(ii)配列番号35の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(iii)配列番号77の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(iv)配列番号78の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、及び/又は
(v)配列番号79の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(m)配列番号51の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
並びに/又は
(n)(i)配列番号9の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(ii)配列番号10の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(iii)配列番号11の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(iv)配列番号15の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(v)配列番号16の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(vi)配列番号17の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(vii)配列番号18の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(viii)配列番号27の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(ix)配列番号32の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(x)配列番号33の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(xi)配列番号41の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(xii)配列番号49の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(xiii)配列番号50の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(xiv)配列番号52の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(xv)配列番号53の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、
(xvi)配列番号61の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列、及び/又は
(xvii)配列番号63の少なくとも5個の(例えば、少なくとも5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、又は100%の配列同一性を有する核酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、配列同一性は、配列番号1~12、13~18、20、22、27、30~41、44、46、49~53、56~63、68~70、72~92、又は94~99のうちのいずれか1つの少なくとも10個の(例えば、少なくとも10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって決定される。いくつかの実施形態において、配列同一性は、配列番号1~12、13~18、20、22、27、30~41、44、46、49~53、56~63、68~70、72~92、又は94~99のうちのいずれか1つの少なくとも15個の(例えば、少なくとも15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって決定される。いくつかの実施形態において、配列同一性は、配列番号1~12、13~18、20、22、27、30~41、44、46、49~53、56~63、68~70、72~92、又は94~99のうちのいずれか1つの少なくとも20個の(例えば、少なくとも20、21、又は22個の)連続ヌクレオチドにわたって決定される。いくつかの実施形態において、配列同一性は、配列番号1~12、13~18、20、22、27、30~41、44、46、49~53、56~63、68~70、72~92、又は94~99のうちのいずれか1つの全長にわたって決定される。
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号68の核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号68及び649の核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、5から3’へ、配列番号68、758、及び649の核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、5から3’へ、配列番号649、758、及び68の核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、5から3’へ、配列番号649、758、及び68の核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、5から3’へ、配列番号752、68、758、649、及び753の核酸配列を含む。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、5から3’へ、配列番号752、649、758、68、及び753の核酸配列を含む。
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、Grik2 mRNAの非コード配列にハイブリダイズする。いくつかの実施形態において、非コード配列は、Grik2 mRNAの5’非翻訳領域(UTR)を含む。いくつかの実施形態において、5’UTRは、配列番号126の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより大きな)配列同一性を有するポリヌクレオチドによってコードされる。いくつかの実施形態において、非コード配列は、Grik2 mRNAの3’UTRを含む。いくつかの実施形態において、3’UTRは、配列番号127の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより大きな)配列同一性を有するポリヌクレオチドによってコードされる。
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号115~681の核酸配列のうちのいずれか1つにハイブリダイズする。
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより大きな)配列同一性を有する
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)である。いくつかの実施形態において、ASOは、低分子干渉RNA(siRNA)、短ヘアピンRNA(shRNA)、マイクロRNA(miRNA)、又はshRNA適合マイクロRNA(shmiRNA)である。
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、19~21個のヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、19個のヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、20個のヌクレオチドである。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、21個のヌクレオチドである。
いくつかの実施形態において、Grik2 mRNAは、配列番号115、配列番号116、配列番号117、配列番号118、配列番号119、配列番号120、配列番号121、配列番号122、配列番号123、又は配列番号124の核酸配列によってコードされる。
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、細胞におけるGluk2タンパク質のレベルを減少させることができる。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、細胞におけるGluK2タンパク質のレベルを、少なくとも10%、少なくとも少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、又は少なくとも75%減少させる。いくつかの実施形態において、細胞は、ニューロンである。いくつかの実施形態において、ニューロンは、海馬ニューロンである。いくつかの実施形態において、海馬ニューロンは、歯状回顆粒細胞(DGC)である。
上述の態様のいくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を含まない。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号1~771のうちのいずれか1つの配列のうちのいずれか1つと組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号68の配列と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号68及び649の配列と組み合わせた状態で、含まない。
別の態様において、本開示は、上述の態様及び実施形態のポリヌクレオチドを含むベクターを提供する。いくつかの実施形態において、ベクターは、複製欠損性である。いくつかの実施形態において、複製欠損性ベクターは、ビリオンの合成、複製、及びパッケージングに必要な遺伝子のうちの1つ以上のコード領域を欠くベクターである。いくつかの実施形態において、ベクターは、哺乳動物ベクター、細菌ベクター、又はウイルスベクターである。いくつかの実施形態において、ベクターは、発現ベクターである。
いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、アデノ随伴ウイルス(AAV)、レトロウイルス、アデノウイルス、パルボウイルス、コロナウイルス、マイナス鎖RNAウイルス、オルトミクソウイルス、ラブドウイルス、パラミクソウイルス、プラス鎖RNAウイルス、ピコルナウイルス、アルファウイルス、二本鎖DNAウイルス、ヘルペスウイルス、エプスタインバーウイルス、サイトメガロウイルス、鶏痘ウイルス、及びカナリアポックスウイルスからなる群から選択される。いくつかの実施形態において、ベクターは、AAVベクターである。いくつかの実施形態において、AAVベクターは、AAV9又はAAVrh10ベクターである。
いくつかの実施形態において、ベクターは、米国仮特許出願第63/050,742号(参照により本明細書に組み込まれる)の表9又は表10に定義される配列のうちのいずれか1つを含有する発現カセットを含む。
いくつかの実施形態において、上述の態様のベクターは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を含まない。いくつかの実施形態において、ベクターは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号1~771の配列のうちのいずれか1つ以上と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、ベクターは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号68の配列と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、ベクターは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号68及び649の配列と組み合わせた状態で、含まない。
別の態様において、本開示は、表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される標的配列、又は表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される対応する標的配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択されるGrik2 mRNA標的配列に対して完全又は実質的に相補的である抗Grik2ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結されたhSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ、又はそれらに対して最大85%以上の配列同一性を有するそれらのバリアント)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。
別の態様において、本開示は、表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される標的配列、又は表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される対応する標的配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択されるGrik2 mRNA標的配列に対して完全又は実質的に相補的である抗Grik2ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結されたCaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ、又はそれらに対して最大85%以上の配列同一性を有するそれらのバリアント)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。
別の態様において、本開示は、表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される標的配列、又は表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される対応する標的配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択されるGrik2 mRNA標的配列に対して完全又は実質的に相補的である抗Grik2ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結されたCAGプロモーター(例えば、配列番号737、又はそれに対して最大85%以上の配列同一性を有するそのバリアント)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。
別の態様において、本開示は、表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される標的配列、又は表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される対応する標的配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択されるGrik2 mRNA標的配列に対して完全又は実質的に相補的である抗Grik2ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結されたCBAプロモーター(例えば、配列番号738、又はそれに対して最大85%以上の配列同一性を有するそのバリアント)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。
別の態様において、本開示は、表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される標的配列、又は表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される対応する標的配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択されるGrik2 mRNA標的配列に対して完全又は実質的に相補的である抗Grik2ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結されたU6プロモーター(例えば、配列番号728~733のうちのいずれか1つ、又はそれらに対して最大85%以上の配列同一性を有するそれらのバリアント)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。
別の態様において、本開示は、表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される標的配列、又は表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される対応する標的配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択されるGrik2 mRNA標的配列に対して完全又は実質的に相補的である抗Grik2ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結されたH1プロモーター(例えば、配列番号734、又はそれに対して最大85%以上の配列同一性を有するそのバリアント)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。
別の態様において、本開示は、表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される標的配列、又は表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される対応する標的配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択されるGrik2 mRNA標的配列に対して完全又は実質的に相補的である抗Grik2ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結された7SKプロモーター(例えば、配列番号746、又はそれに対して最大85%以上の配列同一性を有するそのバリアント)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。
別の態様において、本開示は、配列番号1~100のうちのいずれか1つ、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択される抗Grik2ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結されたhSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ、又はそれらに対して最大85%以上の配列同一性を有するそれらのバリアント)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。
別の態様において、本開示は、配列番号1~100のうちのいずれか1つ、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択される抗Grik2ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結されたCaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ、又はそれらに対して最大85%以上の配列同一性を有するそれらのバリアント)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。
別の態様において、本開示は、配列番号1~100のうちのいずれか1つ、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択される抗Grik2ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結されたCAGプロモーター(例えば、配列番号737、又はそれに対して最大85%以上の配列同一性を有するそのバリアント)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。
別の態様において、本開示は、配列番号1~100のうちのいずれか1つ、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択される抗Grik2ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結されたCBAプロモーター(例えば、配列番号738、又はそれに対して最大85%以上の配列同一性を有するそのバリアント)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。
別の態様において、本開示は、配列番号1~100のうちのいずれか1つ、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択される抗Grik2 ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結されたU6プロモーター(例えば、配列番号728~733のうちのいずれか1つ、又はそれらに対して最大85%以上の配列同一性を有するそれらのバリアント)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。
別の態様において、本開示は、配列番号1~100のうちのいずれか1つ、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択される抗Grik2ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結されたH1プロモーター(例えば、配列番号734、又はそれに対して最大85%以上の配列同一性を有するそのバリアント)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。
別の態様において、本開示は、配列番号1~100のうちのいずれか1つ、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択される抗Grik2ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結された7SKプロモーター(例えば、配列番号746、又はそれに対して最大85%以上の配列同一性を有するそのバリアント)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。別の態様において、本開示は、表9に記載される発現カセットのうちのいずれか1つから選択される発現カセットを提供する(「発明を実施するための形態」を参照されたい)。
別の態様において、本開示は、ステム-ループ配列を含有するヌクレオチド配列を含む発現カセットであって、ステム-ループ配列が、5’から3’へ、(i)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、MW(配列番号80)、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するガイドヌクレオチド配列を含む5’ステム-ループアーム、(ii)ループ領域であって、マイクロRNAループ配列を含む、ループ領域、(iii)ガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的であるパッセンジャーヌクレオチド配列を含む3’ステム-ループアームを含む、発現カセットを提供する。
別の態様において、本開示は、発現カセットであって、(a)ステム-ループ配列であって、5’から3’へ、(i)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、MW(配列番号80)、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するガイドヌクレオチド配列を含む5’ステム-ループアーム、(ii)ループ領域であって、マイクロRNAループ配列を含む、ループ領域、(iii)ガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的であるパッセンジャーヌクレオチド配列を含む3’ステム-ループアームを含む、ステム-ループ配列と、(b)上述のガイド配列に対して5’に位置する第1の隣接領域と、(c)上述のパッセンジャー配列に対して3’に位置する第2の隣接領域と、を含有するヌクレオチド配列を含む、発現カセットを提供する。
いくつかの実施形態において、上述の態様の発現カセットは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を含まない。いくつかの実施形態において、発現カセットは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号1~771の配列のうちのいずれか1つ以上と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、発現カセットは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号68の配列と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、発現カセットは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号68及び649の配列と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、発現カセットは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号68及び649の配列と組み合わせた状態で、含まない。
別の態様において、本開示は、ステム-ループ配列を含むヌクレオチド配列を含む発現カセットであって、ステム-ループ配列が、5’から3’へ、(i)ガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的であるパッセンジャーヌクレオチド配列を含む5’ステム-ループアーム、(ii)ループ領域であって、マイクロRNAループ配列を含む、ループ領域、(iii)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、MW(配列番号80)、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するガイドヌクレオチド配列を含む3’ステム-ループアームを含む、発現カセットを提供する。いくつかの実施形態において、発現カセットは、第2のステム-ループ配列を更に含み、第2のステム-ループ配列が、5’から3’へ、(i)第2のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第2のパッセンジャーヌクレオチド配列を含む第2の5’ステム-ループアーム、(ii)第2のループ領域であって、第2のマイクロRNAループ配列を含む、第2のループ領域、(iii)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、MW(配列番号80)、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する第2のガイドヌクレオチド配列を含む第2の3’ステム-ループアームを含む。いくつかの実施形態において、第1のステム-ループ配列及び第2のステム-ループ配列は、同一である。いくつかの実施形態において、第1のステム-ループ配列及び第2のステム-ループ配列は、異なっている。
別の態様において、本開示は、発現カセットであって、(a)ステム-ループ配列であって、5’から3’へ、(i)ガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的であるパッセンジャーヌクレオチド配列を含む5’ステム-ループアーム、(ii)ループ領域であって、マイクロRNAループ配列を含む、ループ領域、(iii)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、MW(配列番号80)、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するガイドヌクレオチド配列を含む3’ステム-ループアームを含む、ステム-ループ配列、(b)上述のガイド配列に対して5’に位置する第1の隣接領域、及び(c)上述のパッセンジャー配列に対して3’に位置する第2の隣接領域を含む、ヌクレオチド配列を含む、発現カセットを提供する。いくつかの実施形態において、発現カセットは、更に、(a)第2のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、(i)第2のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第2のパッセンジャーヌクレオチド配列を含む第2の5’ステム-ループアーム、(ii)第2のループ領域であって、第2のマイクロRNAループ配列を含む、第2のループ領域、(iii)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、MW(配列番号80)、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する第2のガイドヌクレオチド配列を含む第2の3’ステム-ループアームを含む、第2のステム-ループ配列と、(b)上述の第2のガイド配列に対して5’に位置する第3の隣接領域と、(c)上述の第2のパッセンジャー配列に対して3’に位置する第4の隣接領域と、を含む。いくつかの実施形態において、第1のステム-ループ配列及び第2のステム-ループ配列は、同一である。いくつかの実施形態において、第1のステム-ループ配列及び第2のステム-ループ配列は、異なっている。
上述の態様及び実施形態のいくつかの実施形態において、第1の隣接領域は、配列番号752、754、756、759、762、765、又は768のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、第2の隣接領域は、配列番号753、755、757、760、763、766、又は769のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、第1の隣接領域は、5’スペーサー配列と、5’隣接配列と、を含む。いくつかの実施形態において、第2の隣接領域は、3’スペーサー配列と、3’隣接配列と、を含む。
いくつかの実施形態において、マイクロRNAループ配列は、miR-30、miR-155、miR-218-1、又はmiR-124-3配列である。いくつかの実施形態において、マイクロRNAループ配列は、配列番号758、761、764、767、又は770のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、発現カセットは、U6プロモーター、H1プロモーター、7SKプロモーター、アポリポタンパク質E-ヒトアルファ1-アンチトリプシン(ApoE-hAAT)プロモーター、CAGプロモーター、CBAプロモーター、CK8プロモーター、mU1aプロモーター、伸長因子1α(EF1α)プロモーター、ヘルペス単純ウイルス(HSV)プロモーター、チロキシン結合グロブリン(TBG)プロモーター、シナプシン(SYN)プロモーター、RNA結合Fox-1ホモログ3(RBFOX3)プロモーター、カルシウム/カルモジュリン依存性タンパク質キナーゼII(CaMKII)プロモーター、ニューロン特異的エノラーゼ(NSE)プロモーター、血小板由来成長因子サブユニットβ(PDGFβ)プロモーター、小胞グルタミン酸トランスポーター(VGAT)プロモーター、ソマトスタチン(SST)プロモーター、神経ペプチドY(NPY)プロモーター、血管作動性腸管ペプチド(VIP)プロモーター、パルブアルブミン(PV)プロモーター、グルタミン酸デカルボキシラーゼ65(GAD65)プロモーター、グルタミン酸デカルボキシラーゼ67(GAD67)プロモーター、ドーパミン受容体D1(DRD1)プロモーター、ドーパミン受容体D2(DRD2)プロモーター、補体C1q様2(C1QL2)プロモーター、プロオピオメラノコルチン(POMC)プロモーター、プロスペロホメオボックス1(PROX1)プロモーター、微小管関連タンパク質1B(MAP1B)プロモーター、及びチューブリンアルファ1(T-α1/TUBA3)プロモーターからなる群から選択されるプロモーターを含む。いくつかの実施形態において、発現カセットは、SYNプロモーター(例えば、ヒトSYNプロモーター、例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ、又は配列番号682~682及び790のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)を含む。いくつかの実施形態において、発現カセットは、CAMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ、又は配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)を含む。いくつかの実施形態において、発現カセットは、C1QL2プロモーター(例えば、配列番号719若しくは配列番号791、又は配列番号719若しくは配列番号791の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)を含む。いくつかの実施形態において、プロモーターは、2つ以上のステム-ループ配列に作動可能に連結される。いくつかの実施形態において、プロモーターは、2つのステム-ループ配列(例えば、ベクター中にタンデムで存在する2つのステム-ループ配列)に作動可能に連結される。
いくつかの実施形態において、発現カセットは、配列番号775、777、779、781、783~788、796、798~801、803、805、807、809、811、813、817、819、及び821のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、発現カセットは、配列番号804、806、808、810、812、814、818、820、及び822のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するベクターに組み込まれる。
別の態様において、本開示は、発現カセットであって、5’から3’へ、(a)第1のプロモーター配列(例えば、本明細書に開示されるプロモーター配列のうちのいずれか1つ、例えば、表5に開示されるもの、例えば、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)、又はC1ql2プロモーター(例えば、配列番号719、若しくは配列番号791)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)、(b)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68、GI(配列番号77)、MW(配列番号80、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し、第1のプロモーターに対して作動可能に連結される、第1のガイドヌクレオチド配列、(c)任意選択的に、第2のプロモーター配列(例えば、本明細書に開示されるプロモーター配列のうちのいずれか1つ、例えば、表5に開示されるもの、例えば、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)、又はC1ql2プロモーター(例えば、配列番号719、若しくは配列番号791)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)、(b)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68、GI(配列番号77)、MW(配列番号80、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する第2のガイドヌクレオチド配列を含み、任意選択的に、第2のガイドヌクレオチド配列が、第2のプロモーターに作動可能に連結される、発現カセットを提供する。いくつかの実施形態において、第1のガイド配列及び/又は第2のガイド配列は、G9配列(配列番号68)、又はそれに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントである。いくつかの実施形態において、第1のガイド配列及び/又は第2のガイド配列は、GI配列(配列番号77)、又はそれに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントである。いくつかの実施形態において、第1のガイド配列及び/又は第2のガイド配列は、MW配列(配列番号80)、又はそれに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントである。いくつかの実施形態において、第1のガイド配列及び/又は第2のガイド配列は、MU配列(配列番号96)、又はそれに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントである。いくつかの実施形態において、第1のガイド配列は、G9配列(配列番号68)、又はそれに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントであり、第2のガイド配列は、GI配列(配列番号77)、又はそれに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントである。いくつかの実施形態において、第1のガイド配列は、G9配列(配列番号68)、又はそれに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントであり、第2のガイド配列は、MW配列(配列番号80)、又はそれに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントである。いくつかの実施形態において、第1のガイド配列は、GI配列(配列番号77)、又はそれに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントであり、第2のガイド配列は、G9配列(配列番号68)、又はそれに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントである。いくつかの実施形態において、第1のガイド配列は、GI配列(配列番号77)、又はそれに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントであり、第2のガイド配列は、MW配列(配列番号80)、又はそれに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントである。
いくつかの実施形態において、発現カセットは、配列番号785~788のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、第1のプロモーターは、SYNプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ、又はそれに対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントであり、任意選択的に、第2のプロモーターは、CAMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ、又はそれに対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントである。
上述の態様のいくつかの実施形態において、発現カセットは、第1のガイドヌクレオチド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第1のパッセンジャーヌクレオチド配列を更に含み、第1のパッセンジャーヌクレオチド配列は、第1のガイドヌクレオチド配列に対して5’又は3’に位置する。
上述の態様のいくつかの実施形態において、発現カセットは、第2のガイドヌクレオチド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第2のパッセンジャーヌクレオチド配列を更に含み、第2のパッセンジャーヌクレオチド配列は、第2のガイドヌクレオチド配列に対して5’又は3’に位置する。
上述の態様のいくつかの実施形態において、発現カセットは、更に、第1のガイド配列に対して5’に位置する、第1の5’隣接領域(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、及び768のうちのいずれか1つ、又はそれに対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントを含む。
上述の態様のいくつかの実施形態において、発現カセットは、第1のガイド配列に対して3’に位置する第1の3’隣接領域を更に含む。
上述の態様のいくつかの実施形態において、発現カセットは、第2のガイド配列に対して5’に位置する第2の5’隣接領域を更に含む。
上述の態様のいくつかの実施形態において、発現カセットは、第2のガイド配列に対して3’に位置する第2の3’隣接領域を更に含む。
上述の態様のいくつかの実施形態において、発現カセットは、第1のガイド配列と第1のパッセンジャー配列との間に位置する第1のループ領域を更に含み、第1のループ領域は、第1のマイクロRNAループ配列(例えば、配列番号758、761、764、767、及び770のうちのいずれか1つ、又はそれらに対して1、2、又は3個のヌクレオチド変化を有するそれらのバリアント)を含む。
上述の態様のいくつかの実施形態において、発現カセットは、第2のガイド配列と第2のパッセンジャー配列との間に位置する第2のループ領域を更に含み、第2のループ領域は、第2のマイクロRNAループ配列(例えば、配列番号758、761、764、767、及び770のうちのいずれか1つ、又はそれらに対して1、2、又は3個のヌクレオチド変化を有するそれらのバリアント)を含む。
別の態様において、本開示は、発現カセットであって、5’から3’へ、
(a)第1のプロモーター配列(例えば、本明細書に開示されるプロモーター配列のうちのいずれか1つ、例えば、表5に開示されるもの、例えば、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)、又はC1ql2プロモーター(例えば、配列番号719、若しくは配列番号791)、又はそれに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアント)、
(b)第1のパッセンジャーヌクレオチド配列に対して5’に位置する第1の5’隣接領域(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、及び768のうちのいずれか1つ、又はそれに対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアント)、
(c)第1のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、
(i)第1のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第1のパッセンジャーヌクレオチド配列を含む、第1の5’ステム-ループアーム、
(ii)第1のループ領域であって、第1のマイクロRNAループ配列を含む、第1のループ領域(例えば、配列番号758、761、764、767、及び770のうちのいずれか1つ、又はそれらに対して1、2、又は3個のヌクレオチド変化を有するそれらのバリアント)、
(iii)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68、GI(配列番号77)、MW(配列番号80、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する第1のガイドヌクレオチド配列を含む第1の3’ステム-ループアームを含む、第1のステム-ループ配列、
(d)上述の第1のガイドヌクレオチド配列に対して3’に位置する第1の3’隣接領域(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、及び769のうちのいずれか1つ、又はそれらに対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)、
(e)任意選択的に、第2のプロモーター配列(例えば、本明細書に開示されるプロモーター配列のうちのいずれか1つ、例えば、表5に開示されるもの、例えば、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)、又はC1ql2プロモーター(例えば、配列番号719、若しくは配列番号791)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)、
(f)第2のパッセンジャーヌクレオチド配列に対して5’に位置する第2の5’隣接領域(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、及び768のうちのいずれか1つ、又はそれらに対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)、
(g)第2のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、
(i)第2のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第2のパッセンジャーヌクレオチド配列を含む、第2の5’ステム-ループアーム、(ii)第2のループ領域であって、第2のマイクロRNAループ配列(例えば、配列番号758、761、764、767、及び770のうちのいずれか1つ、又はそれらに対して1、2、又は3個のヌクレオチド変化を有するそれらのバリアント)を含む、第2のループ領域、
(iii)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68、GI(配列番号77)、MW(配列番号80、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する第2のガイドヌクレオチド配列を含む、第2の3’ステム-ループアームを含む、第2のステム-ループ配列、
並びに
(h)上述の第2のガイドヌクレオチド配列に対して3’に位置する第2の3’隣接領域(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、及び769のうちのいずれか1つ)を含む、ヌクレオチド配列を含む、発現カセットを提供する。
いくつかの実施形態において、発現カセットは、配列番号785、787、及び788のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。
別の態様において、本開示は、発現カセットであって、5’から3’へ、
(a)第1のプロモーター配列(例えば、本明細書に開示されるプロモーター配列のうちのいずれか1つ、例えば、表5に開示されるもの、例えば、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)、又はC1ql2プロモーター(例えば、配列番号719、若しくは配列番号791)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)、
(b)第1のパッセンジャーヌクレオチド配列に対して5’に位置する第1の5’隣接領域(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、及び768のうちのいずれか1つ)、
(c)第1のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、
(i)第1のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第1のパッセンジャーヌクレオチド配列を含む、第1の5’ステム-ループアーム、
(ii)第1のループ領域であって、第1のマイクロRNAループ配列を含む、第1のループ領域(例えば、配列番号758、761、764、767、及び770のうちのいずれか1つ)、
(iii)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68、GI(配列番号77)、MW(配列番号80、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する第1のガイドヌクレオチド配列を含む、第1の3’ステム-ループアームを含む、第1のステム-ループ配列、
(d)上述の第1のガイドヌクレオチド配列に対して3’に位置する第1の3’隣接領域(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、及び769のうちのいずれか1つ)、
(e)任意選択的に、第2のプロモーター配列(例えば、本明細書に開示されるプロモーター配列のうちのいずれか1つ、例えば、表5に開示されるもの、例えば、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)、又はC1ql2プロモーター(例えば、配列番号719、若しくは配列番号791)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)、
(f)第2のガイドヌクレオチド配列に対して5’に位置する第2の5’隣接領域(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、及び768のうちのいずれか1つ)、
(g)第2のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、
(i)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68、GI(配列番号77)、MW(配列番号80、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するガイドヌクレオチド配列を含む、第2の5’ステム-ループアーム、
(ii)第2のループ領域であって、第2のマイクロRNAループ配列(例えば、配列番号758、761、764、767、及び770のうちのいずれか1つ)を含む、第2のループ領域、
(iii)第2のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第2のパッセンジャーヌクレオチド配列を含む、第2の3’ステム-ループアームを含む、第2のステム-ループ配列、
並びに
(h)上述の第2のパッセンジャーヌクレオチド配列に対して3’に位置する第2の3’隣接領域(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、及び769のうちのいずれか1つ)を含む、ヌクレオチド配列を含む、発現カセットを提供する。
別の態様において、本開示は、発現カセットであって、5’から3’へ、
(a)第1のプロモーター配列(例えば、本明細書に開示されるプロモーター配列のうちのいずれか1つ、例えば、表5に開示されるもの、例えば、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)、又はC1ql2プロモーター(例えば、配列番号719、若しくは配列番号791)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)、
(b)第1のガイドヌクレオチド配列に対して5’に位置する第1の5’隣接領域(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、及び768のうちのいずれか1つ)、
(c)第1のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、
(i)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68、GI(配列番号77)、MW(配列番号80、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する第1のガイドヌクレオチド配列を含む、第1の5’ステム-ループアーム、
(ii)第1のループ領域であって、第1のマイクロRNAループ配列を含む、第1のループ領域(例えば、配列番号758、761、764、767、及び770のうちのいずれか1つ)、
(iii)第1のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第1のパッセンジャーヌクレオチド配列を含む、第1の3’ステム-ループアームを含む、第1のステム-ループ配列、
(d)上述の第1のパッセンジャーヌクレオチド配列に対して3’に位置する第1の3’隣接領域(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、及び769のうちのいずれか1つ)、
(e)任意選択的に、第2のプロモーター配列(例えば、本明細書に開示されるプロモーター配列のうちのいずれか1つ、例えば、表5、例えば、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)、又はC1ql2プロモーター(例えば、配列番号719、若しくは配列番号791)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)、
(f)第2のパッセンジャーヌクレオチド配列に対して5’に位置する第2の5’隣接領域(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、及び768のうちのいずれか1つ)、
(g)第2のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、
(i)第2のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第2のパッセンジャーヌクレオチド配列を含む、第2の5’ステム-ループアーム、
(ii)第2のループ領域であって、第2のマイクロRNAループ配列(例えば、配列番号758、761、764、767、及び770のうちのいずれか1つ)を含む、第2のループ領域、
(iii)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68、GI(配列番号77)、MW(配列番号80、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する第2のガイドヌクレオチド配列を含む、第2の3’ステム-ループアームを含む、第2のステム-ループ配列、
並びに
(h)上述の第2のガイドヌクレオチド配列に対して3’に位置する第2の3’隣接領域(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、及び769のうちのいずれか1つ)を含む、ヌクレオチド配列を含む、発現カセットを提供する。
いくつかの実施形態において、発現カセットは、配列番号786の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。
別の態様において、本開示は、発現カセットであって、5’から3’へ、
(a)第1のプロモーター配列(例えば、本明細書に開示されるプロモーター配列のうちのいずれか1つ、例えば、表5に開示されるもの、例えば、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)、又はC1ql2プロモーター(例えば、配列番号719、若しくは配列番号791)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)、
(b)第1のガイドヌクレオチド配列に対して5’に位置する第1の5’隣接領域(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、及び768のうちのいずれか1つ)、
(c)第1のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、
(i)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68、GI(配列番号77)、MW(配列番号80、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する第1のガイドヌクレオチド配列を含む、第1の5’ステム-ループアーム、
(ii)第1のループ領域であって、第1のマイクロRNAループ配列を含む、第1のループ領域(例えば、配列番号758、761、764、767、及び770のうちのいずれか1つ)、
(iii)第1のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第1のパッセンジャーヌクレオチド配列を含む、第1の3’ステム-ループアームを含む、第1のステム-ループ配列、
(d)上述の第1のパッセンジャーヌクレオチド配列に対して3’に位置する第1の3’隣接領域(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、及び769のうちのいずれか1つ)、
(e)任意選択的に、第2のプロモーター配列(例えば、本明細書に開示されるプロモーター配列のうちのいずれか1つ、例えば、表5に開示されるもの、例えば、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)、又はC1ql2プロモーター(例えば、配列番号719、若しくは配列番号791)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)、
(f)第2のガイドヌクレオチド配列に対して5’に位置する第2の5’隣接領域(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、及び768のうちのいずれか1つ)、
(g)第2のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、
(i)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68、GI(配列番号77)、MW(配列番号80、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するガイドヌクレオチド配列を含む、第2の5’ステム-ループアーム、
(ii)第2のループ領域であって、第2のマイクロRNAループ配列(例えば、配列番号758、761、764、767、及び770のうちのいずれか1つ)を含む、第2のループ領域、
(iii)第2のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第2のパッセンジャーヌクレオチド配列を含む、第2の3’ステム-ループアームを含む、第2のステム-ループ配列、
並びに
(h)上述の第2のパッセンジャーヌクレオチド配列に対して3’に位置する第2の3’隣接領域(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、及び769のうちのいずれか1つ)を含む、ヌクレオチド配列を含む、発現カセットを提供する。
いくつかの実施形態において、第1のプロモーター及び/又は、任意選択的に、第2のプロモーターは、U6プロモーター、H1プロモーター、7SKプロモーター、アポリポタンパク質E-ヒトアルファ1-アンチトリプシンプロモーター、CAGプロモーター、CBAプロモーター、CK8プロモーター、mU1aプロモーター、伸長因子1αプロモーター、HSVプロモーター、チロキシン結合グロブリンプロモーター、シナプシンプロモーター、RNA結合Fox-1ホモログ3プロモーター、カルシウム/カルモジュリン依存性タンパク質キナーゼIIプロモーター、ニューロン特異的エノラーゼプロモーター、血小板由来成長因子サブユニットβ、小胞グルタミン酸トランスポータープロモーター、ソマトスタチンプロモーター、神経ペプチドYプロモーター、血管作動性腸管ペプチドプロモーター、パルブアルブミンプロモーター、グルタミン酸デカルボキシラーゼ65プロモーター、グルタミン酸デカルボキシラーゼ67プロモーター、ドーパミン受容体D1プロモーター、ドーパミン受容体D2プロモーター、補体C1q様2プロモーター、プロオピオメラノコルチンプロモーター、プロスペロホメオボックス1プロモーター、微小管関連タンパク質1Bプロモーター、及びチューブリンアルファ1プロモーターからなる群から選択される。
いくつかの実施形態において、第1のプロモーターは、SYNプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ、又はそれに対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントであり、任意選択的に、第2のプロモーターは、CAMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ、又はそれに対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントである。
いくつかの実施形態において、第1の5’隣接領域及び/又は第2の5’隣接領域は、配列番号752、754、756、759、762、765、及び768のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、第1の5’隣接領域及び/又は第2の5’隣接領域は、752、754、756、759、762、765、及び768の核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、第1の3’隣接領域及び/又は第2の3’隣接領域は、配列番号753、755、757、760、763、766、及び769のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、第1の3’隣接領域及び/又は第2の3’隣接領域は、配列番号753、755、757、760、763、766、及び769のうちのいずれか1つの核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、第1のマイクロRNAループ配列及び/又は第2のマイクロRNAループ配列は、miR-30、miR-155、miR-218-1、又はmiR-124-3配列である。いくつかの実施形態において、第1のマイクロRNAループ配列及び/又は第2のマイクロRNAループ配列は、配列番号758、761、764、767、及び770のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、第1のマイクロRNAループ配列及び/又は第2のマイクロRNAループ配列は、配列番号758、761、764、767、及び770のうちのいずれか1つの核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、発現カセットは、上述の発現カセットの5’末端上の5’末端逆位反復(ITR)配列と、上述の発現カセットの3’末端上の3’-ITR配列と、を含む。いくつかの実施形態において、5’-ITR及び3’ITR配列は、AAV2の5’-ITR及び3’ITR配列である。いくつかの実施形態において、5’-ITR配列は、配列番号746、又は配列番号747の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、5’-ITR配列は、配列番号746、又は配列番号747の核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、3’-ITR配列は、核酸配列配列番号748、配列番号749、又は配列番号789に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、3’-ITR配列は、核酸配列配列番号748、配列番号749、又は配列番号789を有するポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、発現カセットは、エンハンサー配列を更に含む。いくつかの実施形態において、エンハンサー配列は、配列番号745の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、エンハンサー配列は、配列番号745の核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、発現カセットは、イントロン配列を更に含む。いくつかの実施形態において、イントロン配列は、配列番号743、又は配列番号744の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、イントロン配列は、配列番号743、又は配列番号744の核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、発現カセットは、1つ以上のポリアデニル化シグナルを更に含む。いくつかの実施形態において、1つ以上のポリアデニル化シグナルは、ウサギベータ-グロビン(RBG)ポリアデニル化シグナルである。いくつかの実施形態において、RBGポリアデニル化シグナルは、配列番号750、配列番号751、又は配列番号792の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、RBGポリアデニル化シグナルは、配列番号750、配列番号751、又は配列番号792の核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、ポリアデニル化シグナルは、ウシ成長ホルモン(BGH)ポリアデニル化シグナルである。いくつかの実施形態において、BGHポリアデニル化シグナルは、配列番号793の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態において、BGHポリアデニル化シグナルは、配列番号793の核酸配列を有するポリヌクレオチドを含む。
いくつかの実施形態において、上述の態様及び実施形態の発現カセットは、上述の態様及び実施形態のベクターに組み込まれる。
いくつかの実施形態において、上述の態様の発現カセットは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を含まない。いくつかの実施形態において、発現カセットは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号1~771の配列のうちのいずれか1つ以上と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、発現カセットは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号68の配列と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、発現カセットは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を、配列番号68及び649の配列と組み合わせた状態で、含まない。
いくつかの実施形態において、発現カセットは、1つ以上の(例えば、1、2、又はそれより多くの)スタッファー配列を更に含む。いくつかの実施形態において、1つ以上のスタッファー配列は、発現カセットの3’末端に配置されている。いくつかの実施形態において、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号815の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する。いくつかの実施形態において、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号815の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも91%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する。いくつかの実施形態において、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号815の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する。いくつかの実施形態において、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号815の核酸配列に対して少なくとも99%の配列同一性を有する。いくつかの実施形態において、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号815の核酸配列を有する。いくつかの実施形態において、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号816の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する。いくつかの実施形態において、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号816の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも91%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する。いくつかの実施形態において、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号816の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する。いくつかの実施形態において、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号816の核酸配列に対して少なくとも99%の配列同一性を有する。いくつかの実施形態において、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号816の核酸配列を有する。
別の態様において、本開示は、細胞においてGrik2発現を阻害する方法であって、本方法が、細胞を、上述の態様及び実施形態の少なくとも1つのポリヌクレオチド、上述の態様及び実施形態のベクター、又は上述の態様及び実施形態の発現カセットと接触させることを含む、方法を提供する。
いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、Grik2 mRNAに特異的にハイブリダイズし、細胞においてGrik2の発現を阻害するか、又は減少させる。いくつかの実施形態において、本方法は、細胞におけるGrik2のレベルを減少させる。いくつかの実施形態において、本方法は、細胞におけるGrik2 mRNAのレベルを、Grik2 mRNAにハイブリダイズすることができない対照ポリヌクレオチドで処理された細胞におけるGluK2タンパク質のレベルと比較して、又はポリヌクレオチドで処理されていない細胞と比較して、少なくとも10%、少なくとも少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、又は少なくとも75%減少させる。いくつかの実施形態において、本方法は、細胞におけるGluk2タンパク質のレベルを減少させる。いくつかの実施形態において、本方法は、細胞におけるGluK2タンパク質のレベルを、Grik2 mRNAにハイブリダイズすることができない対照ポリヌクレオチドで処理された細胞におけるGluK2タンパク質のレベルと比較して、又はポリヌクレオチドで処理されていない細胞と比較して、少なくとも10%、少なくとも少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、又は少なくとも75%減少させる。
いくつかの実施形態において、細胞は、ニューロンである。いくつかの実施形態において、ニューロンは、海馬ニューロンである。いくつかの実施形態において、海馬ニューロンは、DGCである。いくつかの実施形態において、DGCは、異常な再発性苔状線維軸索を含む。細胞はまた、人工多能性幹細胞(iPSC)、例えば、Grik2を発現するiPSC由来のグルタミン酸作動性ニューロンに由来する神経細胞であり得る。
いくつかの実施形態において、上述の態様の方法は、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列の使用を含まない。いくつかの実施形態において、本方法は、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列の使用を、配列番号1~771の配列のうちのいずれか1つ以上と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、本方法は、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列の使用を、配列番号68の配列と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、本方法は、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列の使用を、配列番号68及び配列番号649の配列と組み合わせた状態で、含まない。
別の態様において、本開示は、障害を治療又は緩和することを必要とする対象においてそれを行う方法であって、本方法が、対象に、上述の態様及び実施形態の少なくとも1つのポリヌクレオチド、上述の態様及び実施形態のベクター、又は上述の態様及び実施形態の発現カセット(例えば、配列番号775、777、779、781、783~788、796、798~801、803、805、807、809、811、813、817、819、及び821のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む発現カセット)を投与することを含む、方法を提供する。
いくつかの実施形態において、障害は、てんかんである。いくつかの実施形態において、てんかんは、側頭葉てんかん(TLE)、慢性てんかん、及び/又は難治性てんかんである。いくつかの実施形態において、てんかんは、TLEである。いくつかの実施形態において、TLEは、外側TLE(lTLE)である。いくつかの実施形態において、TLEは、内側TLE(mTLE)である。
上述の実施形態のうちの1つ以上、又は各々において、対象は、ヒトである。
いくつかの実施形態において、上述の態様の方法は、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列の投与を含まない。いくつかの実施形態において、本方法は、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列の投与を、配列番号1~771の配列のうちのいずれか1つ以上と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列の投与を、配列番号68の配列と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、ポリヌクレオチドは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列の投与を、配列番号68及び配列番号649の配列と組み合わせた状態で、含まない。
別の態様において、本開示は、上述の態様及び実施形態のポリヌクレオチド、上述の態様及び実施形態のベクター、又は上述の態様及び実施形態の発現カセットと、薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤と、を含む、薬学的組成物を提供する。
いくつかの実施形態において、上述の態様の薬学的組成物は、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を有するポリヌクレオチドを含まない。いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を有するポリヌクレオチドを、配列番号1~771の配列のうちのいずれか1つ以上と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を有するポリヌクレオチドを、配列番号68の配列と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、薬学的組成物は、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を有するポリヌクレオチドを、配列番号68及び配列番号649の配列と組み合わせた状態で、含まない。
別の態様において、本開示は、上述の態様の薬学的組成物と、添付文書と、を含む、キットを提供する。いくつかの実施形態において、添付文書は、上述の態様及び実施形態の方法において薬学的組成物を使用するための説明書を含む。
いくつかの実施形態において、上述の態様のキットは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を有するポリヌクレオチドを含まない。いくつかの実施形態において、キットは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を有するポリヌクレオチドを、配列番号1~771の配列のうちのいずれか1つ以上と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、キットは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を有するポリヌクレオチドを、配列番号68の配列と組み合わせた状態で、含まない。いくつかの実施形態において、キットは、配列番号772~774のうちのいずれか1つの配列を有するポリヌクレオチドを、配列番号68及び配列番号649の配列と組み合わせた状態で、含まない。
定義
簡便のために、本明細書、実施例、及び添付の特許請求の範囲で使用されるいくつかの用語及び語句の意味を以下に提供する。別段の定めがない限り、又は内容から暗に示されない限り、以下の用語及び語句は、以下に提供される意味を含む。定義は、特定の実施形態を記載する際の補助となるように提供されるものであり、請求される技術を限定することを意図したものではない。別段の定義がない限り、本明細書で使用される全ての技術用語及び科学用語は、本技術が属する分野の当業者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。当該技術分野でのある用語の使用と、本明細書で提供されるその定義との間に明らかな矛盾がある場合、本明細書内で提供される定義が優先する。
本明細書において、文脈から別様に明確でない限り、(i)「1つの(a)」という用語は、「少なくとも1つ」を意味すると理解されてもよく、(ii)「又は」という用語は、「及び/又は」を意味すると理解されてもよく、(iii)「~を含む(including)」及び「~を含む(comprising)」という用語は、それら自体によって表されるか、又は1つ以上の追加の構成要素若しくはステップと合わせて、箇条書きされた構成要素若しくはステップを包含すると理解されてもよい。
「約」という用語は、引用されている値の±10%である量を指し、引用されている値の±5%、又は引用されている値の±2%であってもよい。
「3’非翻訳領域」及び「3’UTR」という用語は、mRNA分子(例えば、Grik2 mRNA)の終止コドンに対して3’の領域を指す。3’UTRは、タンパク質へと翻訳されないが、mRNA転写産物のポリアデニル化、局在化、安定化、及び/又は翻訳効率にとって重要な調節配列を含む。3’UTR中の調節配列は、エンハンサー、サイレンサー、AUリッチ要素、ポリAテール、ターミネーター、及びマイクロRNA認識配列を含み得る。「3’非翻訳領域」及び「3’UTR」という用語はまた、mRNA分子をコードする遺伝子の対応する領域を指し得る。
「5’非翻訳領域」及び「5’UTR」という用語は、開始コドンに対して5’であるmRNA分子(例えば、Grik2 mRNA)の領域を指す。この領域は、翻訳開始の調節にとって重要である。5’UTRは、完全に非翻訳性である場合があり、又はいくつかの生物において、その領域のいくつかが翻訳され得る。転写開始部位は、5’UTRの開始をマーキングし、開始コドンの前の1個のヌクレオチドで終了する。真核生物において、5’UTRは、開始コドンを保有するコザックコンセンサス配列を含む。5’UTRは、翻訳の調節にとって重要である上流のオープンリーディングフレームとしても知られているシス作用性調節要素を含み得る。この領域はまた、上流のAUGコドン及び終止コドンを保有し得る。その高いGC含有量を考慮すると、5’UTRは、翻訳の調節において役割を果たすヘアピンループ等の二次構造を形成し得る。「投与」という用語は、任意の効果的な経路によって、療法剤(例えば、本明細書に開示されるように、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)、又はそれをコードするベクター)を対象に提供するか、又は与えることを指す。例示的な投与経路は、本明細書及び以下に記載される(例えば、脳室内注射、髄腔内注射、実質内注射、静脈内注射、及び定位注射)。
「アデノ随伴ウイルスベクター」又は「AAVベクター」という用語は、限定されないが、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV13、AAV14、AAV15、AAV16、AAV.rh8、AAV.rh10、AAV.rh20、AAV.rh39、AAV.Rh74、AAV.RHM4-1、AAV.hu37、AAV.Anc80、AAV.Anc80L65、AAV.7m8、AAV.PHP.B、AAV.PHP.EB、AAV2.5、AAV2tYF、AAV3B、AAV.LK03、AAV.HSC1、AAV.HSC2、AAV.HSC3、AAV.HSC4、AAV.HSC5、AAV.HSC6、AAV.HSC7、AAV.HSC8、AAV.HSC9、AAV.HSC10、AAV.HSC11、AAV.HSC12、AAV.HSC13、AAV.HSC14、AAV.HSC15、AAV-TT、AAV-DJ8、又はAAV.HSC16を含む、アデノ随伴ウイルス血清型に由来するベクターを指す。AAVベクターは、全体的に、又は一部分(例えば、rep及び/又はcap遺伝子)が欠失しているが、機能的隣接ITR配列を保持する、AAV野生型遺伝子のうちの1つ以上を有し得る。機能的ITR配列は、AAVビリオンのレスキュー、複製、及びパッケージングを促進する。したがって、AAVベクターは、ウイルスの複製及びパッケージングのためにシスで必要とされるその配列(例えば、機能的ITR)を少なくとも含むと本明細書で定義される。ITRは、野生型ポリヌクレオチド配列である必要はなく、その配列が、機能的レスキュー、複製、及びパッケージングを提供する限り、例えば、ヌクレオチドの挿入、欠失、又は置換によって改変され得る。AAV発現ベクターは、既知の技術を使用して構築され、少なくとも、転写、転写開始領域を含む制御要素、目的のDNA(例えば、本開示のASO剤をコードするポリヌクレオチド)、及び転写終止領域の方向に作動可能に連結された構成要素として提供する。
「アデノ随伴ウイルス末端逆位反復」及び「AAV ITR」という用語は、DNA複製の起源として、また、ウイルスのためのパッケージングシグナルとして合わせてシスで機能するAAVゲノムの各末端に隣接する、当該技術分野で認識されている領域を指す。AAV ITRは、AAV repコード領域と合わせて、効率的な切除、及び哺乳動物ゲノム内の2つの隣接ITRの間を中断するポリヌクレオチド配列のインテグレーションを提供する。AAV ITR領域のポリヌクレオチド配列は、知られている。本明細書で使用される場合、「AAV ITR」は、必ずしも野生型ポリヌクレオチド配列を含まず、例えば、ヌクレオチドの挿入、欠失、又は置換によって改変され得る。それに加えて、AAV ITRは、限定されないが、特にAAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV13、AAV14、AAV15、AAV16、AAV.rh8、AAV.rh10、AAV.rh20、AAV.rh39、AAV.Rh74、AAV.RHM4-1、AAV.hu37、AAV.Anc80、AAV.Anc80L65、AAV.7m8、AAV.PHP.B、AAV.PHP.EB、AAV2.5、AAV2tYF、AAV3B、AAV.LK03、AAV.HSC1、AAV.HSC2、AAV.HSC3、AAV.HSC4、AAV.HSC5、AAV.HSC6、AAV.HSC7、AAV.HSC8、AAV.HSC9、AAV.HSC10、AAV.HSC11、AAV.HSC12、AAV.HSC13、AAV.HSC14、AAV.HSC15、AAV-TT、AAV-DJ8、又はAAV.HSC16を含む様々なAAV血清型のいずれかに由来し得る。更に、AAVベクター中の選択されたポリヌクレオチド配列に隣接する5’及び3’ITRは、これらが、例えば、宿主細胞ゲノム又はベクターからの目的の配列の切除及びレスキューを可能にし、AAV Rep遺伝子産物が細胞中に存在する場合にレシピエント細胞ゲノムへの異種配列のインテグレーションを可能にすることを意図するように機能する限り、同一、又は同じAAV血清型又は単離物に由来する必要はない。それに加えて、AAV ITRは、限定されないが、特に、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV13、AAV14、AAV15、AAV16、AAV.rh8、AAV.rh10、AAV.rh20、AAV.rh39、AAV.Rh74、AAV.RHM4-1、AAV.hu37、AAV.Anc80、AAV.Anc80L65、AAV.7m8、AAV.PHP.B、AAV.PHP.EB、AAV2.5、AAV2tYF、AAV3B、AAV.LK03、AAV.HSC1、AAV.HSC2、AAV.HSC3、AAV.HSC4、AAV.HSC5、AAV.HSC6、AAV.HSC7、AAV.HSC8、AAV.HSC9、AAV.HSC10、AAV.HSC11、AAV.HSC12、AAV.HSC13、AAV.HSC14、AAV.HSC15、AAV-TT、AAV-DJ8、又はAAV.HSC16を含む様々なAAV血清型のいずれかに由来し得る。
「アンチセンスオリゴヌクレオチド」及び「ASO」という用語は、標的mRNA分子(例えば、Grik2 mRNA)との相補的な塩基対形成によってハイブリダイズすることができ、mRNAの不安定化及び分解、又は翻訳の阻害によって、その発現を阻害することができる、オリゴヌクレオチドを指す。ASOの非限定的な例としては、低分子干渉RNA(siRNA)、短ヘアピンRNA(shRNA)、及びマイクロRNA(miRNA)が挙げられる。
「cDNA」という用語は、mRNA配列のDNA等価物である核酸配列(すなわち、チミジンで置換されたウリジンを有する)を指す。一般に、cDNA及びmRNAという用語は、当業者が、cDNA配列が、ウリジンがチミジンとして読み取られることを除き、mRNA配列と同じであることを理解しているため、特定の遺伝子(例えば、Grik2遺伝子)を参照する際に相互に置き換え可能に使用され得る。
「コード配列」という用語は、タンパク質又はその一部をコードするmRNA分子の核酸配列に対応する。これに関連して、「非コード配列」は、タンパク質又はその一部をコードしないmRNA分子の核酸配列に対応する。非コード配列の非限定的な例としては、5’及び3’非翻訳領域(UTR)、イントロン、ポリAテール、プロモーター、エンハンサー、ターミネーター、及び他のシス調節配列が挙げられる。
「相補的」という用語は、第2のヌクレオチド又はヌクレオシド配列に関連して第1のヌクレオチド又はヌクレオシドを記載するために使用される場合、第1のヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドが、第2のヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドと含む特定の条件下でハイブリダイズし、二本鎖構造を形成する能力を指す。かかる条件は、例えば、ストリンジェントな条件であってもよく、ストリンジェントな条件は、400mMのNaCl、40mMのPIPES(pH6.4)、1mMのEDTA、50℃、又は70℃で12~16時間、その後、洗浄を含み得る(例えば、「Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Sambrook,et al.(1989)Cold Spring Harbor Laboratory Pressを参照されたい)。他の条件、例えば、生物の内側で直面し得るような生理学的に関連する条件を適用し得る。ハイブリダイズされたヌクレオチド又はヌクレオシドの究極の適用に従う2つの配列の相補性の試験に最も適した条件のセットを決定するための方法は、当該技術分野でよく知られている。
「相補的な」配列は、本明細書で使用される場合、そのハイブリダイズする能力に関する上述の要求が満たされる限り、非ワトソンクリック塩基対、及び/又は非天然の代替的なヌクレオチドから形成される塩基対も含んでもよく、又は全体的にそれらから形成されてもよい。かかる非ワトソンクリック塩基対としては、限定されないが、G:Uゆらぎ、又はフーグスティーン型塩基対形成が挙げられる。本明細書に記載のオリゴヌクレオチドと標的配列との間の相補的な配列は、一方又は両方のヌクレオチド配列の全長にわたる、第2のヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドに対する、第1のヌクレオチド配列を含むオリゴヌクレオチド又はポリヌクレオチドの塩基対形成を含む。かかる配列は、本明細書において、お互いに対して「完全に相補的で」あると呼ばれる場合がある。第1の配列が、本明細書の第2の配列に関して「実質的相補的である」と称される場合、その2つの配列は、完全に相補的であってもよく、又はほとんどがその究極の用途に関連する条件下でハイブリダイズする(例えば、mRNA、例えばGrik2 mRNA)に結合し、その発現を阻害する)能力を保持しつつ、最大30個の塩基対の二本鎖の場合、ハイブリダイズすると1個以上であるが、一般的には10、9、8、7、6、5、4、3、2、又は1個以下のミスマッチ塩基対を形成し得る。例えば、ポリヌクレオチドは、その配列が、目的のmRNAの非中断部分に対して実質的に相補的である場合、その目的のmRNAの少なくとも一部に対して相補的である。
「相補性を有する領域」という用語は、内因性遺伝子(例えば、Grik2)の発現と干渉するように、遺伝子、一次転写産物、配列(例えば、標的配列)、又はプロセシングされたmRNAの全て又は一部に対して実質的に相補的であるオリゴヌクレオチド上の領域を指す。相補性を有する領域が、標的配列に対して完全に相補的ではない場合、ミスマッチは、分子の内部領域又は末端領域にあり得る。一般に、最も許容されるミスマッチは、末端領域(例えば、オリゴヌクレオチドの5’末端及び/又は3’末端の5、4、3、又は2個のヌクレオチド内)にある。
「保存的アミノ酸置換」、「保存的置換」、及び「保存的変異」という用語は、1つ以上のアミノ酸を、同様の物理化学的特性(例えば、極性、静電量、及び立体障害体積)を示す1つ以上の異なるアミノ酸に置換することを指す。これらの特性は、以下の表1に20種類の天然に存在するアミノ酸の各々についてまとめられている。
この表から、保存的アミノ酸置換ファミリーには、(i)G、A、V、L及びI、(ii)D及びE、(iii)C、S及びT、(iv)H、K及びR、(v)N及びQ、並びに(vi)F、Y及びWが含まれることが理解される。したがって、保存的変異又は置換は、1つのアミノ酸を、同じアミノ酸ファミリーのメンバーに置換したもの(例えば、SerをThrに、又はLysをArgに置換したものである。
「細胞をオリゴヌクレオチドと接触させる」(例えば、本明細書に開示されるオリゴヌクレオチド)という語句は、任意の可能な手段によって細胞と接触させることを含む。細胞をオリゴヌクレオチドと接触させることは、細胞をインビトロでオリゴヌクレオチドと接触させること、又は細胞をインビボでオリゴヌクレオチドと接触させることを含む。細胞をオリゴヌクレオチドと接触させることはまた、細胞を、ポリヌクレオチドをコードする核酸ベクター、又はそれを含有する薬学的組成物と接触させることを指し得る。接触させることは、直接的又は間接的に行われ得る。したがって、例えば、オリゴヌクレオチドは、本方法を個々に行うことによって細胞と物理的に接触させてもよく、又は代替的に、オリゴヌクレオチド剤は、その後で細胞との接触を可能にするか、又は引き起こす状況に置かれてもよい。細胞をインビトロで接触させることは、例えば、細胞をオリゴヌクレオチドとともにインキュベートすることによって行われ得る。細胞をインビボで接触させることは、例えば、オリゴヌクレオチドを、細胞が位置する組織の内部若しくは付近に注射することによって、又はオリゴヌクレオチド剤を、別の領域(例えば、血流若しくは皮下の空間)に注射することによって行われてもよく、その結果、上述の薬剤が、その後に、接触される細胞が位置する組織に到達する。接触するインビトロ法及びインビボ法の組み合わせも可能である。例えば、また、細胞をインビトロでオリゴヌクレオチドと接触させ、その後に、対象へと移植してもよい。
細胞をオリゴヌクレオチドと接触させることは、細胞への取り込み又は吸収を容易にすることによって、又はそれを行うことによって、「導入する」か、又は「細胞にオリゴヌクレオチドを送達すること」を含む。オリゴヌクレオチドの吸収又は取り込みは、独力での拡散、又は活性細胞プロセスによって、又は補助剤若しくはデバイスによって行うことができる。細胞へオリゴヌクレオチドを導入することは、インビトロ及び/又はインビボであり得る。例えば、インビボ導入のために、オリゴヌクレオチドは、組織部位に注射されてもよく、又は全身投与されてもよい。細胞へのインビトロ導入は、エレクトロポレーション及びリポフェクション等の当該技術分野で知られる方法を含む。別の例において、オリゴヌクレオチドは、形質導入によって、例えば、ポリヌクレオチドをコードするウイルスベクターによって、細胞へと導入することができる。ウイルスベクターは、コードされたポリヌクレオチドを発現させるために、細胞プロセシング(例えば、細胞内在化、カプシドシェディング、ポリヌクレオチドの転写、並びにDrosha及びDicerによるプロセシング)を受け得る。更なるアプローチは、本明細書で以下に記載されるか、及び/又は当該技術分野で知られている。
ある遺伝子(例えば、Grik2)に関して、「~の発現を破壊する」、「~の発現を阻害する」、又は「~の発現を減少させる」という用語は、機能的遺伝子産物(例えば、GluK2タンパク質)の形成を防止すること、又は減少させることを指す。遺伝子産物は、その通常の(野生型の)機能を充足する場合に、機能的である。ある遺伝子の発現の破壊は、その遺伝子によってコードされる機能的タンパク質の発現を防止するか、又は減少させる。遺伝子発現は、例えば、干渉RNA分子(例えば、ASO)、例えば、本明細書に記載されるものを使用することによって破壊され得る。
本明細書に記載の組成物、ベクター構築物、又はウイルスベクターの「有効量」、「治療有効量」、及び「十分な量」という用語は、対象(哺乳動物を含む、例えばヒト)に投与される場合、臨床結果を含め、有益又は所望の結果を生じさせるのに十分な量を指す。そのように、「有効量」、又はその類義語は、適用される文脈に依存して変わる。例えば、側頭葉てんかん(TLE)を治療するという文脈において、有効量は、ある組成物、ベクター構築物、又はウイルスベクターを投与せずに得られた応答と比較して、治療応答を達成するのに十分な、その組成物、ベクター構築物、又はウイルスベクターの量である。このような量に対応する本明細書に記載の所与の組成物の量は、例えば、所与の薬剤、薬学的製剤、投与経路、疾患若しくは障害の種類及びその重症度、対象の属性(例えば、年齢、性別、体重)、治療される宿主、及び/又はてんかんの場合において、てんかん性病巣のサイズ(例えば、脳体積)等の様々な因子に応じて変化する場合があるが、そうではなく当該技術分野でよく知られている方法に従って決定することもできる。また、本明細書で使用される場合、本開示の組成物、ベクター構築物、又はウイルスベクターの「治療有効量」は、対照と比較して、対象における有益又は所望の結果を生じさせる量である。本明細書で定義される場合、本開示の組成物、ベクター構築物、ウイルスベクター、又は細胞の治療有効量は、本明細書に記載される方法等の当該技術分野で知られている方法によって容易に決定され得る。投薬計画は、適切なエンドポイント療法応答(例えば、治療される対象におけるてんかん性発作の発生の統計的に有意な減少)を提供するために調節され得る。
「てんかん」という用語は、再発性てんかん性発作を伴い臨床的に存在する1つ以上の神経学的障害を指す。てんかんは、Classification and Terminology of the International League Against Epilepsy(ILAE、Berg et al.,2010)に従って、電気臨床的な症候群に従って分類することができる。これらの症候群は、発症時の年齢、明確な特定症候群(術後症候群)、及び構造的代謝的原因、例えば、以下によってカテゴリー分けすることができる。(A)発症時の年齢:(i)新生児期は、良性家族性新生児てんかん(BFNE)、早期ミオクロニー脳症(EME)、大田原症候群を含み、(ii)幼少期は、移行する焦点起始てんかん発作を伴う幼児のてんかん、ウエスト症候群、幼児におけるミオクロニーてんかん(MEI)、良性点頭てんかん、良性家族性点頭てんかん、ドラベ症候群、非進行性障害におけるミオクロニー脳症を含み、(iii)小児期は、熱性てんかん発作プラス(FS+)、パナイトポーラス症候群、ミオクロニー脱力(以前は脱力)発作を伴うてんかん、中心側頭棘波を伴う良性てんかん(BECTS)、常染色体優性夜間前頭葉てんかん(ADNFLE)、遅発性小児後頭葉てんかん(ガストー型)、ミオクロニー欠神てんかん、レノックス・ガストー症候群、睡眠時の連続性棘徐波を伴うてんかん性脳症(CSWS)、ランドウ・クレフナー症候群(LKS)、小児欠神てんかん(CAE)を含み、(iv)青年/成人期は、若年性欠神てんかん(JAE)若年性ミオクロニーてんかん(JME)、全般強直間代発作のみを伴うてんかん、進行性ミオクローヌスてんかん(PME)、聴覚的特徴を伴う常染色体優性てんかん(ADEAF)、他の家族性側頭葉てんかんを含み、(v)様々な年齢での発症は、様々な病巣を伴う家族性焦点てんかん(小児から成人まで)、反射てんかんを含み、(B)明確な特定症候群(術後症候群)は、内側側頭葉てんかん(MTLE)、ラスムッセン症候群、視床下部過誤腫を伴う笑い発作、片側けいれん片麻痺てんかんを含み、(C)構造的代謝的原因に起因し、それによって組織化されるてんかんは、皮質形成異常(片側巨脳症、異所形成等)、神経皮膚症候群(結節性硬化症及びスタージ・ウェーバー)、腫瘍、感染、外傷、血管腫、周産期障害、及び脳卒中を含む。「難治性てんかん」という用語は、薬学的治療に対して難治性であるてんかん、すなわち、現行の薬学的治療が、患者の疾患の有効な治療を可能にしないものを指す(例えば、Englot et al.J Neurosurg Pediatr 12:134-41(2013)を参照されたい)。
「エクソン」という用語は、遺伝子(例えば、Grik2遺伝子)のコード領域内の領域を指し、そのヌクレオチド配列は、対応するタンパク質のアミノ酸配列を決定する。「エクソン」という用語はまた、遺伝子から転写されたRNAの対応する領域を指す。エクソンは、プレmRNAへと転写され、遺伝子の選択的スプライシングに依存して、成熟mRNAに含まれ得る。プロセシング後に成熟mRNAに含まれるエクソンは、タンパク質へと翻訳される。エクソンの配列は、タンパク質のアミノ酸組成を決定付ける。代替的に、成熟mRNAに含まれるエクソンは、非コード性(例えば、タンパク質へと翻訳されないエクソン)であり得る。
「発現」という用語は、遺伝子又は核酸の発現という文脈で使用される場合、情報(遺伝子に含まれる)の遺伝子産物への変換を指す。遺伝子産物は、遺伝子の直接的な転写産物(例えば、mRNA、tRNA、rRNA、アンチセンスRNA、リボザイム、構造的RNA、又は任意の他の種類のRNA)、又はmRNAの翻訳によって産生されるタンパク質であり得る。遺伝子産物としてはまた、キャッピング、ポリアデニル化、メチル化、及び編集等のプロセスによって修飾されるmRNA、並びに例えば、メチル化、アセチル化、リン酸化、ユビキチン化、SUMO化、ADP-リボシル化、ミリストイル化、及びグリコシル化によって修飾されたタンパク質(例えば、GluK2)も挙げられる。
「発現する」という用語は、以下の事象のうちの1つ以上を指す。(1)DNA配列からのRNAテンプレートの産生(例えば、転写による)、(2)RNA転写産物のプロセシング(例えば、スプライシング、編集、5’cap形成、及び/又は3’末端プロセシングによる)、(3)RNAからポリペプチド又はタンパク質への翻訳、並びに(4)ポリペプチド又はタンパク質の翻訳後修飾。対象における目的の遺伝子の発現は、例えば、対象から得られる試料における、対応するタンパク質をコードするmRNAの量若しくは濃度の低下若しくは増加(例えば、本明細書に記載されるか、若しくは当該技術分野で知られているRNA検出手順、例えば、定量的ポリメラーゼ連鎖反応(qPCR)及びRNA seq技術を使用して評価されるような)、対応するタンパク質の量若しくは濃度の低下若しくは増加(例えば、本明細書に記載されるか、若しくは当該技術分野で知られているタンパク質検出方法、例えば、特に、酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)を使用して評価されるような)、及び/又は対応するタンパク質の活性の低下若しくは増加(例えば、イオンチャンネルの場合において、本明細書に記載されるか、若しくは当該技術分野で知られている電気生理学的方法を使用して評価されるような)を検出することによって明らかにすることができる。
「GluK2」という用語は、「GluR6」、「GRIK2」、「MRT6」、「EAA4」、又は「GluK6」としても知られており、現時点で使用されるIUPHAR命名法で命名されるような、グルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2タンパク質を指す(Collingridge,G.L.,Olsen,R.W.,Peters,J.,Spedding,M.,2009.A nomenclature for ligand-gated ion channels.Neuropharmacology 56,2-5)。「GluK2含有KAR」、「GluK2受容体」、「GluK2タンパク質」、及び「GluK2サブユニット」という用語は、全体で相互に置き換え可能に使用されてもよく、一般に、Grik2遺伝子によってコードされるか、又は発現されるタンパク質を指す。
「ガイド鎖」、又は「ガイド配列」という用語は、ステム-ループ構造の5’又は3’ステム-ループアームのいずれかに配置されるステム-ループRNA構造(例えば、shRNA又はマイクロRNA)の構成要素を指し、ガイド鎖/配列は、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害することができる、Grik2 mRNAアンチセンス配列(例えば、配列番号1~100のうちのいずれか1つ、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)を含む。ガイド鎖/配列はまた、追加の配列、例えば、スペーサー又はリンカー配列を含み得る。ガイド配列は、ステム-ループRNA構造のパッセンジャー鎖/配列に対して相補的又は実質的に相補的であり得る(例えば、5、4、3、2、又は1個以下のミスマッチを有する)。
「イオンチャネル型グルタミン酸受容体」という用語は、NMDA(N-メチル-D-アスパルテート)、AMPA(α-アミノ-3-ヒドロキシ-5-メチル-4-イソオキサゾールプロピオン酸)及びカイニン酸型受容体(KAR)のクラスのメンバーを含む。機能的KARは、GluK1、GluK2、GluK3、GluK4、及びGluK5サブユニットと呼ばれる5種類のサブユニットのホモマー又はヘテロマーの組み合わせからのテトラマー集合体へと組み立てられ得る(Reiner et al.,2012)。本開示の標的は、いくつかの場合において、GluK2及びGluK5で構成されるKAR複合体である。Grik2遺伝子の発現の阻害は、GluK5サブユニット自体が機能的なホモマーチャンネルを形成しないという観察結果を考慮すると、GluK2/GluK5カイニン酸型受容体機能を無効化するのに十分なものである。
「発現の阻害剤」は、遺伝子(例えば、Grik2遺伝子)の発現を阻害するか、又は低下させる生物学的効果を有する薬剤(例えば、本開示のASO剤)を指す。遺伝子(例えば、Grik2遺伝子)の発現を阻害すると、典型的には、標的細胞又は組織において遺伝子産物(タンパク質、例えば、GluK2タンパク質)の低下、又は更には全廃を引き起こすが、様々なレベルの阻害が達成され得る。発現を阻害するか、又は低下させることは、典型的には、ノックダウンと呼ばれる。
「単離されたポリヌクレオチド」という用語は、2つ以上の共有結合したヌクレオチドを含む、単離された分子を指す。このように共有結合したヌクレオチドはまた、核酸分子と呼ばれてもよい。一般に、「単離された」ポリヌクレオチドは、そこから得られる核酸配列に関して、人工であり、化学合成されており、精製されており、かつ/又は異種であるポリヌクレオチドを指す。
「マイクロRNA」という用語は、mRNA翻訳を調節し、したがって、標的タンパク質の存在量に影響を及ぼす、非コードRNAの短い(典型的には、約22個のヌクレオチド)配列を指す。いくつかのマイクロRNAは、単一の単シストロン性遺伝子から転写され、一方で、他のものは、多重遺伝子の遺伝子クラスターの一部として転写される。マイクロRNAの構造は、5’及び3’隣接配列と、ステムを含むヘアピン配列と、ステムループ配列と、を含み得る。細胞内のプロセシングの間、未成熟マイクロRNAは、Droshaによって先端切断され、5’及び3’隣接配列が切り離される。その後、マイクロRNA分子は、核から細胞質へと移行され、Dicerによるループ領域の切断を受ける。マイクロRNAの生物学的作用は、mRNA分子の領域(典型的には、3’非翻訳領域)に対する結合によって、翻訳調節のレベルで発揮され、mRNAの切断、分解、不安定化、及び/又はあまり効率的ではない翻訳を引き起こす。マイクロRNAのその標的に対する結合は、一般に、マイクロRNAのヘアピン配列内の短い(例えば、6~8個のヌクレオチドの)「シード領域」によって媒介される。本開示全体で、siRNAという用語は、その等価なmiRNAを含んでいてもよく、その結果、miRNAは、その等価なsiRNAと同じ標的に対する相同性を有する塩基を(例えば、シード領域中に)包含する。上述のように、マイクロRNAは、天然に存在しないマイクロRNA、例えば、1つ以上の異種核酸配列を有するマイクロRNAであり得る。
「ヌクレオチド」という用語は、修飾されているか、又は天然に存在するデオキシリボヌクレオチド又はリボヌクレオチドであると定義される。ヌクレオチドは、典型的には、プリン及びピリミジンを含み、チミジン、シチジン、グアノシン、アデノシン、及びウリジンを含む。本明細書で使用される「オリゴヌクレオチド」という用語は、上に定義されるヌクレオチド又は本明細書に開示される修飾ヌクレオチドのオリゴマーであると定義される。「オリゴヌクレオチド」という用語は、一本鎖又は二本鎖であり得る、3’-5’又は5’-3’に配向した核酸配列を指す。本開示の文脈で使用されるオリゴヌクレオチドは、特に、DNA又はRNAであり得る。この用語は、「オリゴヌクレオチド類似体」も含み、オリゴヌクレオチド類似体は、(i)修飾骨格構造、例えば、天然のオリゴヌクレオチド及びポリヌクレオチドにみられる標準的なホスホジエステル連結以外の骨格、及び(ii)任意選択的に、修飾糖部分、例えば、リボース又はデオキシリボース部分ではなく、モルホリノ部分を有するオリゴヌクレオチドを指す。オリゴヌクレオチド類似体は、ワトソンクリック塩基対形成におよって標準的なポリヌクレオチド塩基に水素結合することができる塩基を保持し、類似体の骨格は、標準的なポリヌクレオチド(例えば、一本鎖RNA又は一本鎖DNA)においてオリゴヌクレオチド類似体と塩基との間の配列特異的な様式でのかかる水素結合を可能にする様式で塩基を提示する。特に、類似体は、実質的に帯電していないリン含有骨格を有するものである。オリゴヌクレオチド類似体中の実質的に帯電していないリン含有骨格は、サブユニット連結の大部分、例えば、その連結の50~100%、典型的には、少なくとも60%~100%、又は75%、又は80%が、帯電しておらず、1個のリン原子を含有するものである。更に、「オリゴヌクレオチド」という用語は、転写のためのその通常の配向に対して逆であり、そのため、宿主細胞内で発現する標的遺伝子mRNA分子に対して相補的であるRNA又はDNA配列に対応する、オリゴヌクレオチド配列を指す。アンチセンスガイド鎖は、標的遺伝子の発現と干渉することができるという条件で、いくつかの異なる方法で構築され得る。例えば、アンチセンスガイド鎖は、標的遺伝子のコード領域(又はその一部)が、その補体(例えば、アンチセンス及びセンス遺伝子によってコードされるRNAが相補的であり得る)の転写を可能にするような転写についてのその正常な配向に対して逆相補的であることによって、構築され得る。オリゴヌクレオチドは、標的遺伝子と同じイントロン又はエクソンパターンを有している必要はなく、標的遺伝子の非コードセグメントは、ASO等のコードセグメントとして標的遺伝子発現のアンチセンス抑制を達成する際に等しく有効であり得る。いくつかの場合において、ASOは、標的遺伝子と同じエクソンパターンを有する。
オリゴヌクレオチドは、Grik2 mRNAに対する標的化及びハイブリダイゼーションを可能にする任意の長さを有するものであってもよく(例えば、オリゴヌクレオチドは、少なくともGrik2 mRNAの領域に対して完全に、又は実質的に相補的であり)、約10~50個の塩基対の長さ、例えば、約15~50個の塩基対の長さ、又は約18~50個の塩基対の長さ、例えば、約10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49、又は50個の塩基対の長さ、例えば、約15~30、15~29、15~28、15~27、15~26、15~25、15~24、15~23、15~22、15~21、15~20、15~19、15~18、15~17、18~30、18~29、18~28、18~27、18~26、18~25、18~24、18~23、18~22、18~21、18~20、19~30、19~29、19~28、19~27、19~26、19~25、19~24、19~23、19~22、19~21、19~20、20~30、20~29、20~28、20~27、20~26、20~25、20~24、20~23、20~22、20~21、21~30、21~29、21~28、21~27、21~26、21~25、21~24、21~23、又は21~22個の塩基対の長さの範囲であり得る。上述の引用される範囲及び長さの中間の範囲及び長さも、本開示の一部であると企図される。
「パッセンジャー鎖」、及び「パッセンジャー配列」という用語は、Grik2 mRNAアンチセンス配列(例えば、配列番号1~100のうちのいずれか1つ、又は配列番号1~108のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントに対して相補的又は実質的に相補的な(例えば、5、4、3、2、又は1個以下のミスマッチを有する)配列を含む、ステム-ループ構造の5’又は3’ステム-ループアームのいずれかに配置されるステム-ループRNA構造(例えば、shRNA又はマイクロRNA)の構成要素を指す。パッセンジャー鎖/配列はまた、追加の配列、例えば、スペーサー又はリンカー配列を含み得る。パッセンジャー配列は、ステム-ループRNA構造のガイド鎖/配列に対して相補的又は実質的に相補的であり得る。
「プラスミド」という用語は、その中に追加のDNAセグメントをライゲーションし得る、染色体外の環状の二本鎖DNA分子を指す。プラスミドは、ベクターの一種であり、それに連結された別の核酸を輸送することができる核酸分子である。特定のプラスミドは、中に導入される宿主細胞において自律複製が可能である(例えば、細菌の複製起点を有する細菌プラスミド、及びエピソーム哺乳動物プラスミド)。他のベクター(例えば、非エピソーム哺乳動物ベクター)は、宿主細胞に導入されると、宿主細胞のゲノムにインテグレーションされることが可能であり、それによって、宿主ゲノムとともに複製される。特定のプラスミドは、それに対して作動可能に連結される遺伝子の発現を指令することができる。
「位置エントロピー」という用語は、ポリヌクレオチド(例えば、Grik2 mRNA)内の個々のヌクレオチドに適用する場合、ヌクレオチドが、mRNA二次構造によって与えられる拘束及び局所的トポロジーが与えられると仮定することができる分子位置、構成、又は配置の数を表す熱力学的量を指す。特定のヌクレオチド位置での低い位置エントロピーは、ヌクレオチドが、少ない数の位置構成を占めることができることを示す。特定のヌクレオチド位置での高い位置エントロピーは、ヌクレオチドが、多い数の位置構成を占めることができることを示す。ポリヌクレオチド鎖内のヌクレオチドは、別のヌクレオチドとの塩基対形成に関与する結果として、低い位置エントロピーを示す場合があり、それによって、塩基対形成したヌクレオチドを仮定することができる位置構成の合計数を拘束し得る。逆に、ポリヌクレオチド内のヌクレオチドは、ハイブリダイズされない結果として、高い位置エントロピーを示す場合があり、それによって、塩基対形成したヌクレオチドと比較して、その位置構成に関して、より大きな自由度を有し得る。「平均位置エントロピー」という用語は、所与の配列の全てのヌクレオチド位置にわたる位置エントロピー値の平均値を指す。例えば、平均位置エントロピーは、少なくとも2個の(例えば、少なくとも(例えば、少なくとも2、5、10、15、20、25、30、35、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、125、150、175、200、300、400、500、600、700、800、900、1000個、又はそれより多くの)ヌクレオチドにわたって計算することができる。特定の例において、平均位置エントロピーは、2個以上のヌクレオチドにわたって計算される。別の例において、平均位置エントロピーは、5個以上のヌクレオチドにわたって計算される。別の例において、平均位置エントロピーは、10個以上のヌクレオチドにわたって計算される。別の例において、平均位置エントロピーは、15個以上のヌクレオチドにわたって計算される。別の例において、平均位置エントロピーは、20個以上のヌクレオチドにわたって計算される。別の例において、平均位置エントロピーは、25個以上のヌクレオチドにわたって計算される。別の例において、平均位置エントロピーは、30個以上のヌクレオチドにわたって計算される。別の例において、平均位置エントロピーは、35個以上のヌクレオチドにわたって計算される。別の例において、平均位置エントロピーは、40個以上のヌクレオチドにわたって計算される。別の例において、平均位置エントロピーは、45個以上のヌクレオチドにわたって計算される。別の例において、平均位置エントロピーは、50個以上のヌクレオチドにわたって計算される。別の例において、平均位置エントロピーは、55個以上のヌクレオチドにわたって計算される。別の例において、平均位置エントロピーは、60個以上のヌクレオチドにわたって計算される。別の例において、平均位置エントロピーは、65個以上のヌクレオチドにわたって計算される。別の例において、平均位置エントロピーは、70個以上のヌクレオチドにわたって計算される。別の例において、平均位置エントロピーは、75個以上のヌクレオチドにわたって計算される。別の例において、平均位置エントロピーは、80個以上のヌクレオチドにわたって計算される。別の例において、平均位置エントロピーは、85個以上のヌクレオチドにわたって計算される。別の例において、平均位置エントロピーは、90個以上のヌクレオチドにわたって計算される。別の例において、平均位置エントロピーは、95個以上のヌクレオチドにわたって計算される。別の例において、平均位置エントロピーは、100個以上のヌクレオチドにわたって計算される。
ポリヌクレオチド配列内のヌクレオチドの位置エントロピーを定量化するための方法は、当該技術分野でよく知られている。一本鎖ポリヌクレオチド、例えば、高い位置エントロピー(kcal/mol単位でゼロに近い)を有するmRNA又はRNA阻害剤の二次構造は、折り畳みアルゴリズム(例えばRNAfold)で予測される場合、その自身の構造内にステム-ループ等の強く安定な二本鎖を形成する尤度が低い。この予測される高い位置エントロピーの一本鎖RNAは、典型的には、その結合標的に対して高い親和性を示す(例えば、2015年5月21日に公開されたPCT国際公開第WO2015/073360号を参照されたい)。Grik2 mRNAの非対形成領域(非対形成ループ及び非対形成ステム)は、高い位置エントロピー(kcal/mol単位でゼロに近い)を有すると予測され、ガイド配列との相互作用にとって好ましい。
「プロモーター」という用語は、RNAポリメラーゼによって結合されるDNA上の認識配列を指す。ポリメラーゼは、ポリヌクレオチドの転写を駆動する。本明細書に記載の組成物及び方法とともに使用するのに適した例示的なプロモーターは、例えば、Sandelin et al.,Nature Reviews Genetics 8:424(2007)に記載され、その開示は、核酸調節要素に関する場合に参照により本明細書に組み込まれる。これに加えて、「プロモーター」という用語は、生体系において天然に存在しない調節DNA配列である合成プロモーターを指し得る。合成プロモーターは、天然に存在しないポリヌクレオチド配列と組み合わせた、天然に存在するプロモーターの一部を含有し、種々のポリヌクレオチド、ベクター、及び標的細胞型を使用して組換えDNAを発現するように最適化することができる。
参照ポリヌクレオチド又はポリペプチド配列に関して「配列同一性率(%)」は、必要に応じて、最大の配列同一性率を達成するために、配列をアラインメントし、ギャップを導入した後に、参照ポリヌクレオチド又はポリペプチド配列中の核酸又はアミノ酸と同一である、候補配列中の核酸又はアミノ酸の割合として定義される。核酸又はアミノ酸の配列同一性率を決定する目的のためのアラインメントは、例えば、BLAST、BLAST-2、又はMegalignソフトウエア等の公的に利用可能なコンピュータソフトウエアを使用して、当該技術分野でよく知られている種々の方法で達成することができる。十分に認識されている従来の方法を使用して、比較される配列の全長にわたる最大アラインメントを達成するのに必要な任意のアルゴリズムを含め、配列をアラインメントするために適切なパラメータを決定することができる。例えば、配列同一性率の値は、配列比較コンピュータプログラムBLASTを使用して生成され得る。実例として、所与の核酸又はアミノ酸(B)と比較した、それとの、又はそれに対する、所与の核酸又はアミノ酸配列(A)の配列同一性率(代替的に、所与の核酸又はアミノ酸(B)と比較した、それとの、又はそれに対する、特定の配列同一性率を有する、所与の核酸又はアミノ酸配列(A)として示され得る)は、以下のように計算される。
100×(分数X/Y)
ここで、Xは、A及びBの配列アラインメントプログラム(例えば、BLAST)のアラインメントにおける、そのプログラムによって同一のマッチとしてスコアリングされたヌクレオチド又はアミノ酸の数であり、Yは、Bにおける核酸の総数である。核酸又はアミノ酸配列Aの長さが、核酸又はアミノ酸配列Bの長さと等しくない場合、Bに対するAの配列同一性率は、Aに対するBの配列同一性率と等しくない。
「薬学的に許容される」という用語は、合理的なベネフィット/リスク比に相応する過剰な毒性、刺激、アレルギー応答、及び他の問題となる合併症がなく、対象、例えば、哺乳動物(例えば、ヒト)の組織と接触させるのに適した化合物、材料、組成物、及び/又は剤形を指す。
「薬学的組成物」という用語は、本明細書で使用される場合、薬学的に許容される賦形剤とともに製剤化される、本明細書に記載の化合物(例えば、ASO、又はそれを含有するベクター)を含有する組成物を表し、いくつかの場合において、哺乳動物における疾患の治療のための療法計画の一部として政府規制機関の承認を受けつつ製造又は販売され得る。薬学的組成物は、例えば、単位剤形(例えば、錠剤、カプセル、カプレット、ジェルキャップ、若しくはシロップ)での経口投与、局所投与(例えば、クリーム、ジェル、ローション、若しくは軟膏)、静脈内投与(例えば、粒状の塞栓物を含まない滅菌溶液として、及び静脈内用途に適した溶媒系における)、髄腔内注射、脳室内注射、実質内注射、又は任意の他の薬学的に許容される製剤で、製剤化され得る。
「薬学的に許容される賦形剤」は、患者において実質的に非毒性かつ非炎症性であるという特性を有する、本明細書に記載の化合物以外の任意の成分(例えば、活性化合物を懸濁又は溶解させることができるビヒクル)を指す。賦形剤としては、例えば、接着防止剤、抗酸化剤、結合剤、コーティング、圧縮助剤、崩壊剤、染料(色素)、エモリエント、乳化剤、充填剤(希釈剤)、膜形成剤又はコーティング、香味剤、香料、滑剤(流動促進剤)、滑沢剤、防腐剤、印刷インク、吸着媒、懸濁剤又は分散剤、甘味剤、及び水和水が挙げられる。例示的な賦形剤としては、限定されないが、ブチル化ヒドロキシトルエン(BHT)、炭酸カルシウム、リン酸カルシウム(二塩基性)、ステアリン酸カルシウム、クロスカルメロース、架橋ポリビニルピロリドン、クエン酸、クロスポビドン、システイン、エチルセルロース、ゼラチン、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、ラクトース、ステアリン酸マグネシウム、マルチトール、マンニトール、メチオニン、メチルセルロース、メチルパラベン、微結晶セルロース、ポリエチレングリコール、ポリビニルピロリドン、ポビドン、アルファ化デンプン、プロピルパラベン、パルミチン酸レチニル、シェラック、二酸化ケイ素、ナトリウムカルボキシメチルセルロース、クエン酸ナトリウム、デンプングリコール酸ナトリウム、ソルビトール、デンプン(トウモロコシ)、ステアリン酸、ショ糖、タルク、二酸化チタン、ビタミンA、ビタミンE、ビタミンC、及びキシリトールが挙げられる。
本明細書に記載の化合物(例えば、ASO、及びそれを含有するベクター)は、薬学的に許容される塩として調製することができるようなイオン性基を有し得る。これらの塩は、無機酸若しくは有機酸を伴う酸付加塩であってもよく、又は塩は、本明細書に記載の化合物の酸性形態である場合には、無機塩基若しくは有機塩基から調製され得る。多くの場合、化合物は、薬学的に許容される酸又は塩基の付加生成物として調製された薬学的に許容される塩として調製されるか、又は使用される。適切な薬学的に許容される酸及び塩基、並びに適切な塩の調製のための方法は、当該技術分野でよく知られている。塩は、無機及び有機の酸及び塩基を含む、薬学的に許容される非毒性の酸及び塩基から調製され得る。代表的な酸付加塩としては、酢酸塩、アジピン酸塩、アルギン酸塩、アスコルビン酸塩、アスパラギン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、安息香酸塩、重硫酸塩、ホウ酸塩、酪酸塩、カンホレート(camphorate)、カンファースルホン酸塩、クエン酸塩、シクロペンタンプロピオン酸塩、ジグルコン酸塩、ドデシル硫酸塩、エタンスルホン酸塩、フマル酸塩、グルコヘプトン酸塩、グリセロリン酸塩、ヘミ硫酸塩、ヘプトン酸塩、ヘキサン酸塩、臭化水素酸塩、塩酸塩、ヨウ化水素酸塩、2-ヒドロキシ-エタンスルホン酸塩、ラクトビオン酸塩、乳酸塩、ラウリン酸塩、ラウリル硫酸塩、リンゴ酸塩、マレイン酸塩、マロン酸塩、メタンスルホン酸塩、2-ナフタレンスルホン酸塩、ニコチン酸塩、硝酸塩、オレイン酸塩、シュウ酸塩、パルミチン酸塩、パモ酸塩、ペクチン酸塩、過硫酸塩、3-フェニルプロピオン酸塩、リン酸塩、ピクリン酸塩、ピバル酸塩、プロピオン酸塩、ステアリン酸塩、コハク酸塩、硫酸塩、酒石酸塩、チオシアン酸塩、トルエンスルホン酸塩、ウンデカン酸塩、及び吉草酸塩が挙げられる。代表的なアルカリ金属塩若しくはアルカリ土類金属塩としては、ナトリウム、リチウム、カリウム、カルシウム、及びマグネシウム、並びに非毒性アンモニウム、四級アンモニウム、及びアミンカチオン(限定されないが、アンモニウム、テトラメチルアンモニウム、テトラエチルアンモニウム、メチルアミン、ジメチルアミン、トリメチルアミン、トリエチルアミン、及びエチルアミンを含む)が挙げられる。
「調節配列」という用語は、遺伝子の転写又は翻訳を制御する、プロモーター、エンハンサー、及び他の発現制御要素(例えば、ポリアデニル化シグナル)を含む。かかる調節配列は、例えば、参照により本明細書に組み込まれるPerdew et al.,Regulation of Gene Expression(Humana Press,New York,NY,(2014))に記載される。
「標的」又は「標的化する」という用語は、ASO剤(例えば、本明細書に記載されるASO剤)が、Grik2遺伝子又はGluK2タンパク質をコードするmRNAに対する相補的な塩基対形成によって特異的に結合する能力を指す。
「一本鎖領域」という用語は、一本鎖である(例えば、mRNA内の他のヌクレオチドに対してハイブリダイズされない)か、又は実質的に一本鎖である(例えば、領域内のヌクレオチドの5%以下が、同じGrik2 mRNA分子の他のヌクレオチドに対してハイブリダイズされる)、Grik2 mRNA(例えば、配列番号115の核酸配列を有するGrik2 mRNA、又は配列番号115の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)の予測二次構造の領域に対応する。Grik2 mRNAの一本鎖領域の非限定的な例は、Grik2 mRNA(配列番号115)の予測ループ領域1~14(配列番号145~158)と、予測非対形成領域1~5(配列番号159~163)を含んでいた。
「低分子干渉RNA」及び「siRNA」という用語は、各々の鎖が、RNA、RNA類似体、又はRNA及びDNAを含む、二本鎖核酸を指す。siRNA分子は、19~23個のヌクレオチド(例えば、21個のヌクレオチド)を含み得る。siRNAは、典型的には、siRNA中の二本鎖領域が17~21個のヌクレオチド(例えば、19個のヌクレオチド)を含むように、各鎖の3’末端上に2bpのオーバーハングを有する。典型的には、siRNAのアンチセンス鎖は、標的遺伝子/RNAの標的配列と十分に相補的である。siRNA分子は、RNA干渉経路内で作動し、標的mRNA(例えば、Grik2 mRNA)に結合し、Dicer媒介性mRNA切断を介してmRNAを分解することによって、mRNA発現の阻害を引き起こす。本開示全体で、siRNAという用語は、その等価なmiRNAを含むことを意味しており、その結果、miRNAは、その等価なsiRNAと同じ標的に対する相同性を有する塩基を包含する。
「短ヘアピンRNA」及び「shRNA」という用語は、細胞中でステム-ループ構造を形成し、5~30個のヌクレオチドのループ領域と、ループ領域の両側に15~50個のヌクレオチドの長い相補的なRNAと、を含有し、相補的なRNA配列との間の塩基対形成によって二本鎖ステムを形成し、いくつかの場合において、各々のステムを形成する相補的な鎖の前及び後に追加の1~500個のヌクレオチドを含有する、50~100個のヌクレオチドの一本鎖RNAを指す。例えば、shRNAは、一般に、RNAポリメラーゼによる転写を停止させるためにヘアピンの3’に特定の配列を必要とする。かかるshRNAは、一般に、短い5’及び3’隣接配列を含むことに起因して、Droshaによるプロセシングを回避する。他のshRNA、例えば、「shRNA様マイクロRNA」は、RNAポリメラーゼIIから転写され、より長い5’及び3’隣接配列を含み、Droshaによる核におけるプロセシングを必要とし、その後に、切断したshRNAは、核から細胞質ゾルへと移行され、細胞質ゾルにおいてDicerによって更に切断される。siRNAと同様に、shRNAは、配列特異的な方法で標的mRNAに結合し、それによって、標的mRNAを切断し、破壊し、したがって、標的mRNAの発現を抑制する。
「対象」及び「患者」という用語は、動物(例えば、哺乳動物、例えば、ヒト)を指す。本明細書に記載の方法によって治療される対象は、てんかん(例えば、TLE)を有すると診断された対象、又はこの状態を発症するリスクのある対象であってもよい。診断は、当該技術分野で知られている任意の方法又は技術によって行われ得る。本開示に従って治療される対象は、標準的な試験を受けていてもよく、又は検査を行わずに、疾患又は状態に関連する1つ以上のリスク因子の存在に起因して、リスクのある対象として特定されていてもよい。
「側頭葉てんかん」、又は「TLE」という用語は、脳の側頭葉に由来する慢性及び再発性のてんかん発作(てんかん)を特徴とする慢性の神経学的状態を指す。TLEは、神経ネットワークのモルホ機能的再編成、及び海馬の歯状回の顆粒細胞からの再発性苔状線維の発芽を特徴とするため、この疾患は、無傷の脳組織における急性てんかん発作とは異なり、一方で、無傷の組織における急性てんかん発作は、このような回路特異的な再編成は関与しない。TLEは、脳の片方又は両方の半球におけるてんかん原性病巣の出現から生じ得る。
「形質導入」及び「形質導入する」という用語は、細胞内に核酸材料(例えば、ベクター、例えば、ウイルスベクター構築物、又はその一部)を導入し、その後で、その細胞において、核酸材料(例えば、ベクター構築物又はその一部)によってコードされるポリヌクレオチドを発現させる方法を指す。
「治療」又は「治療する」という用語は、疾患に冒されるリスクがあるか、又は疾患に冒されていた疑いがある患者、及び疾病状態であるか、疾患若しくは医学的状態に罹患していると診断された患者の治療を含む、予備的及び予防的治療、並びに根治又は疾患を改変する治療の両方を指す。治療はまた、臨床的再発の抑制を含む。障害若しくは再発する障害を予防し、治癒し、その発症を遅らせ、その重症度を減少させ、若しくはその1つ以上の症状を緩和するために、又はこのような治療を行わない状態で予想されるものを超えて対象の生存期間を延長させるために、治療は、医学的障害を有するか、又は最終的に障害を獲得し得る対象に行われ得る。「療法計画」とは、疾病の治療パターン、例えば、療法中に使用される投薬のパターンを意味する。療法計画は、誘導計画及び維持計画を含み得る。「誘導計画」又は「誘導期間」という語句は、疾患の初期治療に使用される療法計画(又は療法計画の一部)を指す。誘導計画の一般的な目標は、治療計画の初期期間中に、患者に対して高レベルの薬物を提供することである。誘導計画は、(一部分が、又は全体に)「負荷計画」を使用してもよく、負荷計画は、維持期間中に医師が使用するよりも多い用量の薬物を投与すること、維持期間中に医師が薬物を投与するよりも頻繁に薬物を投与すること、又はその両方を含み得る。「維持計画」又は「維持期間」という語句は、例えば、長期間(数ヶ月間又は数年間)にわたって患者を寛解状態に保つために、疾病の治療中に患者の維持のために使用される療法計画(又は療法計画の一部)を指す。維持計画は、連続療法(例えば、規則的な間隔、例えば、週、月、年の間隔で薬物を投与すること等)、又は間欠療法(例えば、中断される治療、間欠治療、再発時の治療、又は特定の所定の基準(例えば、疾患の顕現)を達成したときの治療)を使用し得る。
「ベクター」という用語は、核酸ベクター、例えば、DNAベクター、例えば、プラスミド、RNAベクター、又は別の適切なレプリコン(例えば、ウイルスベクター)を含む。原核細胞又は真核細胞への外因性ポリヌクレオチド又はタンパク質をコードするポリヌクレオチドの送達のために、種々のベクターが開発されてきた。かかる発現ベクターの例は、例えば、目的の核酸材料の発現に適したベクターに関する場合に参照により本明細書に組み込まれる、WO1994/011026に開示される。本明細書に記載の組成物及び方法とともに使用するのに適した発現ベクターは、ポリヌクレオチド配列と、例えば、哺乳動物細胞において異種核酸材料(例えば、ASO)の発現に使用される追加の配列要素と、を含有する。本明細書に記載のASO剤の発現に使用することができる特定のベクターとしては、遺伝子転写を指令する調節配列(例えば、プロモーター及びエンハンサー領域)を含有するプラスミドが挙げられる。本明細書に開示されるASO剤の発現のための他の有用なベクターは、これらのポリヌクレオチドの翻訳速度を増強するか、又は遺伝子転写から得られるRNAの安定性又は核外排出を改善するポリヌクレオチド配列を含有する。これらの配列要素としては、例えば、5’及び3’非翻訳領域、IRES、及び発現ベクター上に保有される遺伝子の効率的な転写を指令するためのポリアデニル化シグナル部位が挙げられる。本明細書に記載の組成物及び方法とともに使用するのに適した発現ベクターはまた、かかるベクターを含有する細胞の選択のためのマーカーをコードするポリヌクレオチドを含有し得る。適切なマーカーの例は、抗生物質、例えば、アンピシリン、クロラムフェニコール、カナマイシン、ノーセオトリシン、又はゼオシンに対する抵抗性をコードする遺伝子である。
「総結合自由エネルギー」という用語は、mRNA上の標的領域の開放、一本鎖ガイドの生成、及び一本鎖siRNAガイドのその一本鎖mRNA標的配列に対するハイブリダイゼーションを含め、Grik2 mRNA(例えば、配列番号115)上のその対応する標的配列にハイブリダイズするヌクレオチド又はポリヌクレオチド(例えば、本開示のASO剤)のプロセスの自由エネルギーに対応する、ヌクレオチド又はポリヌクレオチドの熱力学的特性(kcal/molで測定される)を指す。本開示の文脈において、特定のASO配列についての総結合自由エネルギーの負の値が大きいほど、一般に、上述のASOによるGrik2 mRNA発現のノックダウンの有効性の減少と関連があり、一方で、値がゼロに近いほど、一般に、ノックダウン有効性の増加を反映している。
「二本鎖形成からのエネルギー」という用語は、一本鎖mRNA配列(例えば、Grik2 mRNA)に対する一本鎖siRNAガイドのハイブリダイゼーションの自由エネルギーに対応する、ヌクレオチド又はポリヌクレオチドの熱力学的特性(kcal/molで測定される)を指す。本開示の文脈において、所与のヌクレオチド又はポリヌクレオチドについてのより負の二本鎖形成のエネルギー値は、二本鎖の形成が、二本鎖形成のエネルギーがよりゼロに近い二本鎖の形成よりも好ましいことを反映しており、また、Grik2 mRNA発現のノックダウン有効性の減少を反映している。したがって、この値は、二本鎖形成の好ましさとノックダウン効率との逆関係を示し、二本鎖形成のエネルギーが、二本鎖形成ではなく、(その逆の)二本鎖分離の好ましさを決定するための強い尺度を提供することを示唆している。したがって、二本鎖形成からのエネルギーの値の負が大きいほど、二本鎖はより安定になる。安定性の低いGrik2標的:ASO二本鎖は、おそらくそのプロセシビティの増加に起因して、ASOがGrik2 mRNA発現をノックダウンする際により有効である可能性があることを示し得るということになる。言い換えると、標的細胞との複合体中のASOは、異なるmRNA分子上の同じ領域を標的化するために、あまり安定ではない二本鎖から解かれる可能性が高く、これはその効率に直接的に関連するだろう。
「開放エネルギー」及び「総開放エネルギー」という用語は、標的位置でRNA二次構造を分解する(すなわち、開放する/アクセス可能にする)のに必要なエネルギーに対応する、ヌクレオチド又はポリヌクレオチドの熱力学的特性(kcal/molで測定される)を指し、潜在的に、付近の二次構造の分解、又は標的配列と二次構造を形成する遠位配列の関与を含む。本開示の文脈において、開放エネルギーの負の値が大きいほど、RNA二次構造を分解し、対応するASO配列のノックダウン有効性の減少を反映するのにより高いエネルギーを必要とすることを示す。この値は、折り畳みを解除するために必要なエネルギーが少ない標的配列が、折り畳みを解除する方に従いやすく、したがって、ASO結合へのアクセス可能性が高いと考えることができることを示す。
「GC含有量」及び「GC率(%)」という用語は、ポリヌクレオチド(例えば、本開示のASO、又はその完全又は実質的に相補的な配列)中の、グアニン(G)又はシトシン(C)のいずれかである塩基の割合を指す。2個の水素結合によって媒介されるA-T/U結合とは異なり、G-C結合は、3個の水素結合によって媒介される。より大きなGC含有量を有するポリヌクレオチド二本鎖は、より安定であり、二本鎖を分解するためにより多くのエネルギーを必要とする。この安定性は、必ずしも水素結合の数の増加によって与えられるものではなく、むしろより安定な塩基スタッキングによって与えられる。所与のポリヌクレオチドについて、GC含有量は、以下のように計算され得る。
図1A~1Qは、細胞におけるGluK2タンパク質の発現をノックダウン(KD)するためのグルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(Grik2) mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)構築物の特定及び評価を示す。(図1A)セントロイドエントロピーモデルであるRNAfoldによって予測されるような、ヒトGrik2 mRNAバリアント1(配列番号115)の予測二次構造。(図1B)Grik2 mRNAに対する複数の抗Grik2 ASOの予測結合領域。例示的な結合領域には、特定されたループ領域(1=ループ1(配列番号145)、2=ループ2(配列番号146)、3=ループ3(配列番号147)、4=ループ4(配列番号148)、5=ループ5(配列番号149)、6=ループ6(配列番号150)、7=非対形成1(配列番号159)、8=非対形成2(配列番号160)、9=ループ7(配列番号151)、10=ループ8(配列番号152)、11=ループ9(配列番号153)、12=ループ10(配列番号154)、13=非対形成3(配列番号161)、14=ループ11(配列番号155)、15=非対形成4(配列番号162)、16=非対形成5(配列番号163)、17=ループ12(配列番号156)、18=ループ13(配列番号157)、及び19=ループ14(配列番号158))、並びにステム様非対形成領域(それぞれ、配列番号159~163に対応するアラビア数字15~19によって示される)が含まれる。(図1C)Grik2 mRNA(配列番号115)の5’UTR(配列番号126、siRNA D3(配列番号48)、siRNA XZ(配列番号54)、siRNA CY(配列番号43)、siRNA D1(配列番号46)、siRNA GE(配列番号65)、siRNA CX(配列番号42)、siRNA Y0(配列番号55)、siRNA TG(配列番号23)、siRNA D0(配列番号45)、siRNA YB(配列番号67)、siRNA GF(配列番号64)、siRNA TD(配列番号26)、siRNA GH(配列番号66)、siRNA TE(配列番号25)、siRNA TJ(配列番号21)、siRNA TF(配列番号24)、siRNA YB/siSPOTR15(配列番号67)、siRNA ZZ/siSPOTR16(配列番号100)、siRNA GE/siSPOTR17(配列番号65)、siRNA D3/siSPOTR18(配列番号48)、siRNA CX/siSPOTR19(配列番号42)、siRNA GF/siSPOTR20(配列番号64)、siRNA GH/siSPOTR21(配列番号66)、siRNA TJ/siSPOTR22(配列番号21)、siRNA TG/siSPOTR23(配列番号23)、siRNA TD/siSPOTR24(配列番号26)、及びsiRNA TF/siSPOTR25(配列番号24))、並びにエクソン1(配列番号129、siRNA CK(配列番号29)、siRNA TC(配列番号28)、及びsiRNA TC/siSPOTR1(配列番号28))のコード配列(CDS)内の予測結合領域に対してアラインメントされた抗Grik2 ASO剤の模式図。(図1D)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン2(配列番号130)内の特定されたループ1領域(配列番号145)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(G0、配列番号1)の模式図。(図1E)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン10(配列番号138)内の特定されたループ5(配列番号149)及びループ6(配列番号150)領域に対してアラインメントされた、5つの例示的なASO配列(GD(配列番号7、MU(配列番号96)、MT(配列番号99)、MS(配列番号99)、及びG3(配列番号8))の模式図。(図1F)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン11(配列番号139)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(MJ(配列番号89)、TH(配列番号22、MI(配列番号90)、Y9(配列番号88)、TK(配列番号74)、Y8(配列番号87、TI(配列番号76、CU(配列番号39)、及びY7(配列番号62))を示す模式図。(図1G)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補ASO剤によるGrik2 mRNAのレポーターノックダウン率(表2も参照されたい)。(図1H)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補抗Grik2 ASO剤について非特異的なホタルルシフェラーゼ(ffluc)の減少。(図1I)空の対照ベクターからの残留ffluc発現の関数としてのGrik2 mRNAノックダウン率を示す散布図(標的化されたfflucノックダウン及び非特異的なfflucノックダウンの関係)。(図1J)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンしたsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが10kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1K)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが9.5kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1L)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1M)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1N)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1O)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1P)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験される19bpのsiRNAの各々におけるG又はCとして特定される塩基の率(GC含有量)の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1Q)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのGC含有量の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。 図1A~1Qは、細胞におけるGluK2タンパク質の発現をノックダウン(KD)するためのグルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(Grik2) mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)構築物の特定及び評価を示す。(図1A)セントロイドエントロピーモデルであるRNAfoldによって予測されるような、ヒトGrik2 mRNAバリアント1(配列番号115)の予測二次構造。(図1B)Grik2 mRNAに対する複数の抗Grik2 ASOの予測結合領域。例示的な結合領域には、特定されたループ領域(1=ループ1(配列番号145)、2=ループ2(配列番号146)、3=ループ3(配列番号147)、4=ループ4(配列番号148)、5=ループ5(配列番号149)、6=ループ6(配列番号150)、7=非対形成1(配列番号159)、8=非対形成2(配列番号160)、9=ループ7(配列番号151)、10=ループ8(配列番号152)、11=ループ9(配列番号153)、12=ループ10(配列番号154)、13=非対形成3(配列番号161)、14=ループ11(配列番号155)、15=非対形成4(配列番号162)、16=非対形成5(配列番号163)、17=ループ12(配列番号156)、18=ループ13(配列番号157)、及び19=ループ14(配列番号158))、並びにステム様非対形成領域(それぞれ、配列番号159~163に対応するアラビア数字15~19によって示される)が含まれる。(図1C)Grik2 mRNA(配列番号115)の5’UTR(配列番号126、siRNA D3(配列番号48)、siRNA XZ(配列番号54)、siRNA CY(配列番号43)、siRNA D1(配列番号46)、siRNA GE(配列番号65)、siRNA CX(配列番号42)、siRNA Y0(配列番号55)、siRNA TG(配列番号23)、siRNA D0(配列番号45)、siRNA YB(配列番号67)、siRNA GF(配列番号64)、siRNA TD(配列番号26)、siRNA GH(配列番号66)、siRNA TE(配列番号25)、siRNA TJ(配列番号21)、siRNA TF(配列番号24)、siRNA YB/siSPOTR15(配列番号67)、siRNA ZZ/siSPOTR16(配列番号100)、siRNA GE/siSPOTR17(配列番号65)、siRNA D3/siSPOTR18(配列番号48)、siRNA CX/siSPOTR19(配列番号42)、siRNA GF/siSPOTR20(配列番号64)、siRNA GH/siSPOTR21(配列番号66)、siRNA TJ/siSPOTR22(配列番号21)、siRNA TG/siSPOTR23(配列番号23)、siRNA TD/siSPOTR24(配列番号26)、及びsiRNA TF/siSPOTR25(配列番号24))、並びにエクソン1(配列番号129、siRNA CK(配列番号29)、siRNA TC(配列番号28)、及びsiRNA TC/siSPOTR1(配列番号28))のコード配列(CDS)内の予測結合領域に対してアラインメントされた抗Grik2 ASO剤の模式図。(図1D)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン2(配列番号130)内の特定されたループ1領域(配列番号145)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(G0、配列番号1)の模式図。(図1E)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン10(配列番号138)内の特定されたループ5(配列番号149)及びループ6(配列番号150)領域に対してアラインメントされた、5つの例示的なASO配列(GD(配列番号7、MU(配列番号96)、MT(配列番号99)、MS(配列番号99)、及びG3(配列番号8))の模式図。(図1F)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン11(配列番号139)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(MJ(配列番号89)、TH(配列番号22、MI(配列番号90)、Y9(配列番号88)、TK(配列番号74)、Y8(配列番号87、TI(配列番号76、CU(配列番号39)、及びY7(配列番号62))を示す模式図。(図1G)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補ASO剤によるGrik2 mRNAのレポーターノックダウン率(表2も参照されたい)。(図1H)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補抗Grik2 ASO剤について非特異的なホタルルシフェラーゼ(ffluc)の減少。(図1I)空の対照ベクターからの残留ffluc発現の関数としてのGrik2 mRNAノックダウン率を示す散布図(標的化されたfflucノックダウン及び非特異的なfflucノックダウンの関係)。(図1J)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンしたsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが10kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1K)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが9.5kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1L)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1M)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1N)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1O)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1P)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験される19bpのsiRNAの各々におけるG又はCとして特定される塩基の率(GC含有量)の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1Q)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのGC含有量の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。 図1A~1Qは、細胞におけるGluK2タンパク質の発現をノックダウン(KD)するためのグルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(Grik2) mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)構築物の特定及び評価を示す。(図1A)セントロイドエントロピーモデルであるRNAfoldによって予測されるような、ヒトGrik2 mRNAバリアント1(配列番号115)の予測二次構造。(図1B)Grik2 mRNAに対する複数の抗Grik2 ASOの予測結合領域。例示的な結合領域には、特定されたループ領域(1=ループ1(配列番号145)、2=ループ2(配列番号146)、3=ループ3(配列番号147)、4=ループ4(配列番号148)、5=ループ5(配列番号149)、6=ループ6(配列番号150)、7=非対形成1(配列番号159)、8=非対形成2(配列番号160)、9=ループ7(配列番号151)、10=ループ8(配列番号152)、11=ループ9(配列番号153)、12=ループ10(配列番号154)、13=非対形成3(配列番号161)、14=ループ11(配列番号155)、15=非対形成4(配列番号162)、16=非対形成5(配列番号163)、17=ループ12(配列番号156)、18=ループ13(配列番号157)、及び19=ループ14(配列番号158))、並びにステム様非対形成領域(それぞれ、配列番号159~163に対応するアラビア数字15~19によって示される)が含まれる。(図1C)Grik2 mRNA(配列番号115)の5’UTR(配列番号126、siRNA D3(配列番号48)、siRNA XZ(配列番号54)、siRNA CY(配列番号43)、siRNA D1(配列番号46)、siRNA GE(配列番号65)、siRNA CX(配列番号42)、siRNA Y0(配列番号55)、siRNA TG(配列番号23)、siRNA D0(配列番号45)、siRNA YB(配列番号67)、siRNA GF(配列番号64)、siRNA TD(配列番号26)、siRNA GH(配列番号66)、siRNA TE(配列番号25)、siRNA TJ(配列番号21)、siRNA TF(配列番号24)、siRNA YB/siSPOTR15(配列番号67)、siRNA ZZ/siSPOTR16(配列番号100)、siRNA GE/siSPOTR17(配列番号65)、siRNA D3/siSPOTR18(配列番号48)、siRNA CX/siSPOTR19(配列番号42)、siRNA GF/siSPOTR20(配列番号64)、siRNA GH/siSPOTR21(配列番号66)、siRNA TJ/siSPOTR22(配列番号21)、siRNA TG/siSPOTR23(配列番号23)、siRNA TD/siSPOTR24(配列番号26)、及びsiRNA TF/siSPOTR25(配列番号24))、並びにエクソン1(配列番号129、siRNA CK(配列番号29)、siRNA TC(配列番号28)、及びsiRNA TC/siSPOTR1(配列番号28))のコード配列(CDS)内の予測結合領域に対してアラインメントされた抗Grik2 ASO剤の模式図。(図1D)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン2(配列番号130)内の特定されたループ1領域(配列番号145)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(G0、配列番号1)の模式図。(図1E)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン10(配列番号138)内の特定されたループ5(配列番号149)及びループ6(配列番号150)領域に対してアラインメントされた、5つの例示的なASO配列(GD(配列番号7、MU(配列番号96)、MT(配列番号99)、MS(配列番号99)、及びG3(配列番号8))の模式図。(図1F)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン11(配列番号139)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(MJ(配列番号89)、TH(配列番号22、MI(配列番号90)、Y9(配列番号88)、TK(配列番号74)、Y8(配列番号87、TI(配列番号76、CU(配列番号39)、及びY7(配列番号62))を示す模式図。(図1G)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補ASO剤によるGrik2 mRNAのレポーターノックダウン率(表2も参照されたい)。(図1H)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補抗Grik2 ASO剤について非特異的なホタルルシフェラーゼ(ffluc)の減少。(図1I)空の対照ベクターからの残留ffluc発現の関数としてのGrik2 mRNAノックダウン率を示す散布図(標的化されたfflucノックダウン及び非特異的なfflucノックダウンの関係)。(図1J)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンしたsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが10kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1K)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが9.5kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1L)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1M)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1N)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1O)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1P)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験される19bpのsiRNAの各々におけるG又はCとして特定される塩基の率(GC含有量)の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1Q)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのGC含有量の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。 図1A~1Qは、細胞におけるGluK2タンパク質の発現をノックダウン(KD)するためのグルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(Grik2) mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)構築物の特定及び評価を示す。(図1A)セントロイドエントロピーモデルであるRNAfoldによって予測されるような、ヒトGrik2 mRNAバリアント1(配列番号115)の予測二次構造。(図1B)Grik2 mRNAに対する複数の抗Grik2 ASOの予測結合領域。例示的な結合領域には、特定されたループ領域(1=ループ1(配列番号145)、2=ループ2(配列番号146)、3=ループ3(配列番号147)、4=ループ4(配列番号148)、5=ループ5(配列番号149)、6=ループ6(配列番号150)、7=非対形成1(配列番号159)、8=非対形成2(配列番号160)、9=ループ7(配列番号151)、10=ループ8(配列番号152)、11=ループ9(配列番号153)、12=ループ10(配列番号154)、13=非対形成3(配列番号161)、14=ループ11(配列番号155)、15=非対形成4(配列番号162)、16=非対形成5(配列番号163)、17=ループ12(配列番号156)、18=ループ13(配列番号157)、及び19=ループ14(配列番号158))、並びにステム様非対形成領域(それぞれ、配列番号159~163に対応するアラビア数字15~19によって示される)が含まれる。(図1C)Grik2 mRNA(配列番号115)の5’UTR(配列番号126、siRNA D3(配列番号48)、siRNA XZ(配列番号54)、siRNA CY(配列番号43)、siRNA D1(配列番号46)、siRNA GE(配列番号65)、siRNA CX(配列番号42)、siRNA Y0(配列番号55)、siRNA TG(配列番号23)、siRNA D0(配列番号45)、siRNA YB(配列番号67)、siRNA GF(配列番号64)、siRNA TD(配列番号26)、siRNA GH(配列番号66)、siRNA TE(配列番号25)、siRNA TJ(配列番号21)、siRNA TF(配列番号24)、siRNA YB/siSPOTR15(配列番号67)、siRNA ZZ/siSPOTR16(配列番号100)、siRNA GE/siSPOTR17(配列番号65)、siRNA D3/siSPOTR18(配列番号48)、siRNA CX/siSPOTR19(配列番号42)、siRNA GF/siSPOTR20(配列番号64)、siRNA GH/siSPOTR21(配列番号66)、siRNA TJ/siSPOTR22(配列番号21)、siRNA TG/siSPOTR23(配列番号23)、siRNA TD/siSPOTR24(配列番号26)、及びsiRNA TF/siSPOTR25(配列番号24))、並びにエクソン1(配列番号129、siRNA CK(配列番号29)、siRNA TC(配列番号28)、及びsiRNA TC/siSPOTR1(配列番号28))のコード配列(CDS)内の予測結合領域に対してアラインメントされた抗Grik2 ASO剤の模式図。(図1D)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン2(配列番号130)内の特定されたループ1領域(配列番号145)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(G0、配列番号1)の模式図。(図1E)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン10(配列番号138)内の特定されたループ5(配列番号149)及びループ6(配列番号150)領域に対してアラインメントされた、5つの例示的なASO配列(GD(配列番号7、MU(配列番号96)、MT(配列番号99)、MS(配列番号99)、及びG3(配列番号8))の模式図。(図1F)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン11(配列番号139)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(MJ(配列番号89)、TH(配列番号22、MI(配列番号90)、Y9(配列番号88)、TK(配列番号74)、Y8(配列番号87、TI(配列番号76、CU(配列番号39)、及びY7(配列番号62))を示す模式図。(図1G)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補ASO剤によるGrik2 mRNAのレポーターノックダウン率(表2も参照されたい)。(図1H)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補抗Grik2 ASO剤について非特異的なホタルルシフェラーゼ(ffluc)の減少。(図1I)空の対照ベクターからの残留ffluc発現の関数としてのGrik2 mRNAノックダウン率を示す散布図(標的化されたfflucノックダウン及び非特異的なfflucノックダウンの関係)。(図1J)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンしたsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが10kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1K)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが9.5kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1L)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1M)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1N)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1O)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1P)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験される19bpのsiRNAの各々におけるG又はCとして特定される塩基の率(GC含有量)の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1Q)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのGC含有量の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。 図1A~1Qは、細胞におけるGluK2タンパク質の発現をノックダウン(KD)するためのグルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(Grik2) mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)構築物の特定及び評価を示す。(図1A)セントロイドエントロピーモデルであるRNAfoldによって予測されるような、ヒトGrik2 mRNAバリアント1(配列番号115)の予測二次構造。(図1B)Grik2 mRNAに対する複数の抗Grik2 ASOの予測結合領域。例示的な結合領域には、特定されたループ領域(1=ループ1(配列番号145)、2=ループ2(配列番号146)、3=ループ3(配列番号147)、4=ループ4(配列番号148)、5=ループ5(配列番号149)、6=ループ6(配列番号150)、7=非対形成1(配列番号159)、8=非対形成2(配列番号160)、9=ループ7(配列番号151)、10=ループ8(配列番号152)、11=ループ9(配列番号153)、12=ループ10(配列番号154)、13=非対形成3(配列番号161)、14=ループ11(配列番号155)、15=非対形成4(配列番号162)、16=非対形成5(配列番号163)、17=ループ12(配列番号156)、18=ループ13(配列番号157)、及び19=ループ14(配列番号158))、並びにステム様非対形成領域(それぞれ、配列番号159~163に対応するアラビア数字15~19によって示される)が含まれる。(図1C)Grik2 mRNA(配列番号115)の5’UTR(配列番号126、siRNA D3(配列番号48)、siRNA XZ(配列番号54)、siRNA CY(配列番号43)、siRNA D1(配列番号46)、siRNA GE(配列番号65)、siRNA CX(配列番号42)、siRNA Y0(配列番号55)、siRNA TG(配列番号23)、siRNA D0(配列番号45)、siRNA YB(配列番号67)、siRNA GF(配列番号64)、siRNA TD(配列番号26)、siRNA GH(配列番号66)、siRNA TE(配列番号25)、siRNA TJ(配列番号21)、siRNA TF(配列番号24)、siRNA YB/siSPOTR15(配列番号67)、siRNA ZZ/siSPOTR16(配列番号100)、siRNA GE/siSPOTR17(配列番号65)、siRNA D3/siSPOTR18(配列番号48)、siRNA CX/siSPOTR19(配列番号42)、siRNA GF/siSPOTR20(配列番号64)、siRNA GH/siSPOTR21(配列番号66)、siRNA TJ/siSPOTR22(配列番号21)、siRNA TG/siSPOTR23(配列番号23)、siRNA TD/siSPOTR24(配列番号26)、及びsiRNA TF/siSPOTR25(配列番号24))、並びにエクソン1(配列番号129、siRNA CK(配列番号29)、siRNA TC(配列番号28)、及びsiRNA TC/siSPOTR1(配列番号28))のコード配列(CDS)内の予測結合領域に対してアラインメントされた抗Grik2 ASO剤の模式図。(図1D)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン2(配列番号130)内の特定されたループ1領域(配列番号145)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(G0、配列番号1)の模式図。(図1E)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン10(配列番号138)内の特定されたループ5(配列番号149)及びループ6(配列番号150)領域に対してアラインメントされた、5つの例示的なASO配列(GD(配列番号7、MU(配列番号96)、MT(配列番号99)、MS(配列番号99)、及びG3(配列番号8))の模式図。(図1F)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン11(配列番号139)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(MJ(配列番号89)、TH(配列番号22、MI(配列番号90)、Y9(配列番号88)、TK(配列番号74)、Y8(配列番号87、TI(配列番号76、CU(配列番号39)、及びY7(配列番号62))を示す模式図。(図1G)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補ASO剤によるGrik2 mRNAのレポーターノックダウン率(表2も参照されたい)。(図1H)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補抗Grik2 ASO剤について非特異的なホタルルシフェラーゼ(ffluc)の減少。(図1I)空の対照ベクターからの残留ffluc発現の関数としてのGrik2 mRNAノックダウン率を示す散布図(標的化されたfflucノックダウン及び非特異的なfflucノックダウンの関係)。(図1J)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンしたsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが10kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1K)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが9.5kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1L)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1M)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1N)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1O)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1P)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験される19bpのsiRNAの各々におけるG又はCとして特定される塩基の率(GC含有量)の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1Q)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのGC含有量の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。 図1A~1Qは、細胞におけるGluK2タンパク質の発現をノックダウン(KD)するためのグルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(Grik2) mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)構築物の特定及び評価を示す。(図1A)セントロイドエントロピーモデルであるRNAfoldによって予測されるような、ヒトGrik2 mRNAバリアント1(配列番号115)の予測二次構造。(図1B)Grik2 mRNAに対する複数の抗Grik2 ASOの予測結合領域。例示的な結合領域には、特定されたループ領域(1=ループ1(配列番号145)、2=ループ2(配列番号146)、3=ループ3(配列番号147)、4=ループ4(配列番号148)、5=ループ5(配列番号149)、6=ループ6(配列番号150)、7=非対形成1(配列番号159)、8=非対形成2(配列番号160)、9=ループ7(配列番号151)、10=ループ8(配列番号152)、11=ループ9(配列番号153)、12=ループ10(配列番号154)、13=非対形成3(配列番号161)、14=ループ11(配列番号155)、15=非対形成4(配列番号162)、16=非対形成5(配列番号163)、17=ループ12(配列番号156)、18=ループ13(配列番号157)、及び19=ループ14(配列番号158))、並びにステム様非対形成領域(それぞれ、配列番号159~163に対応するアラビア数字15~19によって示される)が含まれる。(図1C)Grik2 mRNA(配列番号115)の5’UTR(配列番号126、siRNA D3(配列番号48)、siRNA XZ(配列番号54)、siRNA CY(配列番号43)、siRNA D1(配列番号46)、siRNA GE(配列番号65)、siRNA CX(配列番号42)、siRNA Y0(配列番号55)、siRNA TG(配列番号23)、siRNA D0(配列番号45)、siRNA YB(配列番号67)、siRNA GF(配列番号64)、siRNA TD(配列番号26)、siRNA GH(配列番号66)、siRNA TE(配列番号25)、siRNA TJ(配列番号21)、siRNA TF(配列番号24)、siRNA YB/siSPOTR15(配列番号67)、siRNA ZZ/siSPOTR16(配列番号100)、siRNA GE/siSPOTR17(配列番号65)、siRNA D3/siSPOTR18(配列番号48)、siRNA CX/siSPOTR19(配列番号42)、siRNA GF/siSPOTR20(配列番号64)、siRNA GH/siSPOTR21(配列番号66)、siRNA TJ/siSPOTR22(配列番号21)、siRNA TG/siSPOTR23(配列番号23)、siRNA TD/siSPOTR24(配列番号26)、及びsiRNA TF/siSPOTR25(配列番号24))、並びにエクソン1(配列番号129、siRNA CK(配列番号29)、siRNA TC(配列番号28)、及びsiRNA TC/siSPOTR1(配列番号28))のコード配列(CDS)内の予測結合領域に対してアラインメントされた抗Grik2 ASO剤の模式図。(図1D)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン2(配列番号130)内の特定されたループ1領域(配列番号145)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(G0、配列番号1)の模式図。(図1E)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン10(配列番号138)内の特定されたループ5(配列番号149)及びループ6(配列番号150)領域に対してアラインメントされた、5つの例示的なASO配列(GD(配列番号7、MU(配列番号96)、MT(配列番号99)、MS(配列番号99)、及びG3(配列番号8))の模式図。(図1F)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン11(配列番号139)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(MJ(配列番号89)、TH(配列番号22、MI(配列番号90)、Y9(配列番号88)、TK(配列番号74)、Y8(配列番号87、TI(配列番号76、CU(配列番号39)、及びY7(配列番号62))を示す模式図。(図1G)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補ASO剤によるGrik2 mRNAのレポーターノックダウン率(表2も参照されたい)。(図1H)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補抗Grik2 ASO剤について非特異的なホタルルシフェラーゼ(ffluc)の減少。(図1I)空の対照ベクターからの残留ffluc発現の関数としてのGrik2 mRNAノックダウン率を示す散布図(標的化されたfflucノックダウン及び非特異的なfflucノックダウンの関係)。(図1J)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンしたsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが10kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1K)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが9.5kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1L)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1M)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1N)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1O)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1P)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験される19bpのsiRNAの各々におけるG又はCとして特定される塩基の率(GC含有量)の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1Q)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのGC含有量の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。 図1A~1Qは、細胞におけるGluK2タンパク質の発現をノックダウン(KD)するためのグルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(Grik2) mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)構築物の特定及び評価を示す。(図1A)セントロイドエントロピーモデルであるRNAfoldによって予測されるような、ヒトGrik2 mRNAバリアント1(配列番号115)の予測二次構造。(図1B)Grik2 mRNAに対する複数の抗Grik2 ASOの予測結合領域。例示的な結合領域には、特定されたループ領域(1=ループ1(配列番号145)、2=ループ2(配列番号146)、3=ループ3(配列番号147)、4=ループ4(配列番号148)、5=ループ5(配列番号149)、6=ループ6(配列番号150)、7=非対形成1(配列番号159)、8=非対形成2(配列番号160)、9=ループ7(配列番号151)、10=ループ8(配列番号152)、11=ループ9(配列番号153)、12=ループ10(配列番号154)、13=非対形成3(配列番号161)、14=ループ11(配列番号155)、15=非対形成4(配列番号162)、16=非対形成5(配列番号163)、17=ループ12(配列番号156)、18=ループ13(配列番号157)、及び19=ループ14(配列番号158))、並びにステム様非対形成領域(それぞれ、配列番号159~163に対応するアラビア数字15~19によって示される)が含まれる。(図1C)Grik2 mRNA(配列番号115)の5’UTR(配列番号126、siRNA D3(配列番号48)、siRNA XZ(配列番号54)、siRNA CY(配列番号43)、siRNA D1(配列番号46)、siRNA GE(配列番号65)、siRNA CX(配列番号42)、siRNA Y0(配列番号55)、siRNA TG(配列番号23)、siRNA D0(配列番号45)、siRNA YB(配列番号67)、siRNA GF(配列番号64)、siRNA TD(配列番号26)、siRNA GH(配列番号66)、siRNA TE(配列番号25)、siRNA TJ(配列番号21)、siRNA TF(配列番号24)、siRNA YB/siSPOTR15(配列番号67)、siRNA ZZ/siSPOTR16(配列番号100)、siRNA GE/siSPOTR17(配列番号65)、siRNA D3/siSPOTR18(配列番号48)、siRNA CX/siSPOTR19(配列番号42)、siRNA GF/siSPOTR20(配列番号64)、siRNA GH/siSPOTR21(配列番号66)、siRNA TJ/siSPOTR22(配列番号21)、siRNA TG/siSPOTR23(配列番号23)、siRNA TD/siSPOTR24(配列番号26)、及びsiRNA TF/siSPOTR25(配列番号24))、並びにエクソン1(配列番号129、siRNA CK(配列番号29)、siRNA TC(配列番号28)、及びsiRNA TC/siSPOTR1(配列番号28))のコード配列(CDS)内の予測結合領域に対してアラインメントされた抗Grik2 ASO剤の模式図。(図1D)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン2(配列番号130)内の特定されたループ1領域(配列番号145)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(G0、配列番号1)の模式図。(図1E)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン10(配列番号138)内の特定されたループ5(配列番号149)及びループ6(配列番号150)領域に対してアラインメントされた、5つの例示的なASO配列(GD(配列番号7、MU(配列番号96)、MT(配列番号99)、MS(配列番号99)、及びG3(配列番号8))の模式図。(図1F)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン11(配列番号139)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(MJ(配列番号89)、TH(配列番号22、MI(配列番号90)、Y9(配列番号88)、TK(配列番号74)、Y8(配列番号87、TI(配列番号76、CU(配列番号39)、及びY7(配列番号62))を示す模式図。(図1G)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補ASO剤によるGrik2 mRNAのレポーターノックダウン率(表2も参照されたい)。(図1H)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補抗Grik2 ASO剤について非特異的なホタルルシフェラーゼ(ffluc)の減少。(図1I)空の対照ベクターからの残留ffluc発現の関数としてのGrik2 mRNAノックダウン率を示す散布図(標的化されたfflucノックダウン及び非特異的なfflucノックダウンの関係)。(図1J)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンしたsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが10kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1K)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが9.5kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1L)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1M)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1N)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1O)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1P)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験される19bpのsiRNAの各々におけるG又はCとして特定される塩基の率(GC含有量)の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1Q)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのGC含有量の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。 図1A~1Qは、細胞におけるGluK2タンパク質の発現をノックダウン(KD)するためのグルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(Grik2) mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)構築物の特定及び評価を示す。(図1A)セントロイドエントロピーモデルであるRNAfoldによって予測されるような、ヒトGrik2 mRNAバリアント1(配列番号115)の予測二次構造。(図1B)Grik2 mRNAに対する複数の抗Grik2 ASOの予測結合領域。例示的な結合領域には、特定されたループ領域(1=ループ1(配列番号145)、2=ループ2(配列番号146)、3=ループ3(配列番号147)、4=ループ4(配列番号148)、5=ループ5(配列番号149)、6=ループ6(配列番号150)、7=非対形成1(配列番号159)、8=非対形成2(配列番号160)、9=ループ7(配列番号151)、10=ループ8(配列番号152)、11=ループ9(配列番号153)、12=ループ10(配列番号154)、13=非対形成3(配列番号161)、14=ループ11(配列番号155)、15=非対形成4(配列番号162)、16=非対形成5(配列番号163)、17=ループ12(配列番号156)、18=ループ13(配列番号157)、及び19=ループ14(配列番号158))、並びにステム様非対形成領域(それぞれ、配列番号159~163に対応するアラビア数字15~19によって示される)が含まれる。(図1C)Grik2 mRNA(配列番号115)の5’UTR(配列番号126、siRNA D3(配列番号48)、siRNA XZ(配列番号54)、siRNA CY(配列番号43)、siRNA D1(配列番号46)、siRNA GE(配列番号65)、siRNA CX(配列番号42)、siRNA Y0(配列番号55)、siRNA TG(配列番号23)、siRNA D0(配列番号45)、siRNA YB(配列番号67)、siRNA GF(配列番号64)、siRNA TD(配列番号26)、siRNA GH(配列番号66)、siRNA TE(配列番号25)、siRNA TJ(配列番号21)、siRNA TF(配列番号24)、siRNA YB/siSPOTR15(配列番号67)、siRNA ZZ/siSPOTR16(配列番号100)、siRNA GE/siSPOTR17(配列番号65)、siRNA D3/siSPOTR18(配列番号48)、siRNA CX/siSPOTR19(配列番号42)、siRNA GF/siSPOTR20(配列番号64)、siRNA GH/siSPOTR21(配列番号66)、siRNA TJ/siSPOTR22(配列番号21)、siRNA TG/siSPOTR23(配列番号23)、siRNA TD/siSPOTR24(配列番号26)、及びsiRNA TF/siSPOTR25(配列番号24))、並びにエクソン1(配列番号129、siRNA CK(配列番号29)、siRNA TC(配列番号28)、及びsiRNA TC/siSPOTR1(配列番号28))のコード配列(CDS)内の予測結合領域に対してアラインメントされた抗Grik2 ASO剤の模式図。(図1D)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン2(配列番号130)内の特定されたループ1領域(配列番号145)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(G0、配列番号1)の模式図。(図1E)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン10(配列番号138)内の特定されたループ5(配列番号149)及びループ6(配列番号150)領域に対してアラインメントされた、5つの例示的なASO配列(GD(配列番号7、MU(配列番号96)、MT(配列番号99)、MS(配列番号99)、及びG3(配列番号8))の模式図。(図1F)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン11(配列番号139)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(MJ(配列番号89)、TH(配列番号22、MI(配列番号90)、Y9(配列番号88)、TK(配列番号74)、Y8(配列番号87、TI(配列番号76、CU(配列番号39)、及びY7(配列番号62))を示す模式図。(図1G)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補ASO剤によるGrik2 mRNAのレポーターノックダウン率(表2も参照されたい)。(図1H)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補抗Grik2 ASO剤について非特異的なホタルルシフェラーゼ(ffluc)の減少。(図1I)空の対照ベクターからの残留ffluc発現の関数としてのGrik2 mRNAノックダウン率を示す散布図(標的化されたfflucノックダウン及び非特異的なfflucノックダウンの関係)。(図1J)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンしたsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが10kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1K)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが9.5kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1L)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1M)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1N)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1O)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1P)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験される19bpのsiRNAの各々におけるG又はCとして特定される塩基の率(GC含有量)の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1Q)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのGC含有量の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。 図1A~1Qは、細胞におけるGluK2タンパク質の発現をノックダウン(KD)するためのグルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(Grik2) mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)構築物の特定及び評価を示す。(図1A)セントロイドエントロピーモデルであるRNAfoldによって予測されるような、ヒトGrik2 mRNAバリアント1(配列番号115)の予測二次構造。(図1B)Grik2 mRNAに対する複数の抗Grik2 ASOの予測結合領域。例示的な結合領域には、特定されたループ領域(1=ループ1(配列番号145)、2=ループ2(配列番号146)、3=ループ3(配列番号147)、4=ループ4(配列番号148)、5=ループ5(配列番号149)、6=ループ6(配列番号150)、7=非対形成1(配列番号159)、8=非対形成2(配列番号160)、9=ループ7(配列番号151)、10=ループ8(配列番号152)、11=ループ9(配列番号153)、12=ループ10(配列番号154)、13=非対形成3(配列番号161)、14=ループ11(配列番号155)、15=非対形成4(配列番号162)、16=非対形成5(配列番号163)、17=ループ12(配列番号156)、18=ループ13(配列番号157)、及び19=ループ14(配列番号158))、並びにステム様非対形成領域(それぞれ、配列番号159~163に対応するアラビア数字15~19によって示される)が含まれる。(図1C)Grik2 mRNA(配列番号115)の5’UTR(配列番号126、siRNA D3(配列番号48)、siRNA XZ(配列番号54)、siRNA CY(配列番号43)、siRNA D1(配列番号46)、siRNA GE(配列番号65)、siRNA CX(配列番号42)、siRNA Y0(配列番号55)、siRNA TG(配列番号23)、siRNA D0(配列番号45)、siRNA YB(配列番号67)、siRNA GF(配列番号64)、siRNA TD(配列番号26)、siRNA GH(配列番号66)、siRNA TE(配列番号25)、siRNA TJ(配列番号21)、siRNA TF(配列番号24)、siRNA YB/siSPOTR15(配列番号67)、siRNA ZZ/siSPOTR16(配列番号100)、siRNA GE/siSPOTR17(配列番号65)、siRNA D3/siSPOTR18(配列番号48)、siRNA CX/siSPOTR19(配列番号42)、siRNA GF/siSPOTR20(配列番号64)、siRNA GH/siSPOTR21(配列番号66)、siRNA TJ/siSPOTR22(配列番号21)、siRNA TG/siSPOTR23(配列番号23)、siRNA TD/siSPOTR24(配列番号26)、及びsiRNA TF/siSPOTR25(配列番号24))、並びにエクソン1(配列番号129、siRNA CK(配列番号29)、siRNA TC(配列番号28)、及びsiRNA TC/siSPOTR1(配列番号28))のコード配列(CDS)内の予測結合領域に対してアラインメントされた抗Grik2 ASO剤の模式図。(図1D)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン2(配列番号130)内の特定されたループ1領域(配列番号145)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(G0、配列番号1)の模式図。(図1E)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン10(配列番号138)内の特定されたループ5(配列番号149)及びループ6(配列番号150)領域に対してアラインメントされた、5つの例示的なASO配列(GD(配列番号7、MU(配列番号96)、MT(配列番号99)、MS(配列番号99)、及びG3(配列番号8))の模式図。(図1F)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン11(配列番号139)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(MJ(配列番号89)、TH(配列番号22、MI(配列番号90)、Y9(配列番号88)、TK(配列番号74)、Y8(配列番号87、TI(配列番号76、CU(配列番号39)、及びY7(配列番号62))を示す模式図。(図1G)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補ASO剤によるGrik2 mRNAのレポーターノックダウン率(表2も参照されたい)。(図1H)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補抗Grik2 ASO剤について非特異的なホタルルシフェラーゼ(ffluc)の減少。(図1I)空の対照ベクターからの残留ffluc発現の関数としてのGrik2 mRNAノックダウン率を示す散布図(標的化されたfflucノックダウン及び非特異的なfflucノックダウンの関係)。(図1J)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンしたsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが10kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1K)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが9.5kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1L)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1M)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1N)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1O)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1P)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験される19bpのsiRNAの各々におけるG又はCとして特定される塩基の率(GC含有量)の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1Q)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのGC含有量の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。 図1A~1Qは、細胞におけるGluK2タンパク質の発現をノックダウン(KD)するためのグルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(Grik2) mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)構築物の特定及び評価を示す。(図1A)セントロイドエントロピーモデルであるRNAfoldによって予測されるような、ヒトGrik2 mRNAバリアント1(配列番号115)の予測二次構造。(図1B)Grik2 mRNAに対する複数の抗Grik2 ASOの予測結合領域。例示的な結合領域には、特定されたループ領域(1=ループ1(配列番号145)、2=ループ2(配列番号146)、3=ループ3(配列番号147)、4=ループ4(配列番号148)、5=ループ5(配列番号149)、6=ループ6(配列番号150)、7=非対形成1(配列番号159)、8=非対形成2(配列番号160)、9=ループ7(配列番号151)、10=ループ8(配列番号152)、11=ループ9(配列番号153)、12=ループ10(配列番号154)、13=非対形成3(配列番号161)、14=ループ11(配列番号155)、15=非対形成4(配列番号162)、16=非対形成5(配列番号163)、17=ループ12(配列番号156)、18=ループ13(配列番号157)、及び19=ループ14(配列番号158))、並びにステム様非対形成領域(それぞれ、配列番号159~163に対応するアラビア数字15~19によって示される)が含まれる。(図1C)Grik2 mRNA(配列番号115)の5’UTR(配列番号126、siRNA D3(配列番号48)、siRNA XZ(配列番号54)、siRNA CY(配列番号43)、siRNA D1(配列番号46)、siRNA GE(配列番号65)、siRNA CX(配列番号42)、siRNA Y0(配列番号55)、siRNA TG(配列番号23)、siRNA D0(配列番号45)、siRNA YB(配列番号67)、siRNA GF(配列番号64)、siRNA TD(配列番号26)、siRNA GH(配列番号66)、siRNA TE(配列番号25)、siRNA TJ(配列番号21)、siRNA TF(配列番号24)、siRNA YB/siSPOTR15(配列番号67)、siRNA ZZ/siSPOTR16(配列番号100)、siRNA GE/siSPOTR17(配列番号65)、siRNA D3/siSPOTR18(配列番号48)、siRNA CX/siSPOTR19(配列番号42)、siRNA GF/siSPOTR20(配列番号64)、siRNA GH/siSPOTR21(配列番号66)、siRNA TJ/siSPOTR22(配列番号21)、siRNA TG/siSPOTR23(配列番号23)、siRNA TD/siSPOTR24(配列番号26)、及びsiRNA TF/siSPOTR25(配列番号24))、並びにエクソン1(配列番号129、siRNA CK(配列番号29)、siRNA TC(配列番号28)、及びsiRNA TC/siSPOTR1(配列番号28))のコード配列(CDS)内の予測結合領域に対してアラインメントされた抗Grik2 ASO剤の模式図。(図1D)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン2(配列番号130)内の特定されたループ1領域(配列番号145)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(G0、配列番号1)の模式図。(図1E)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン10(配列番号138)内の特定されたループ5(配列番号149)及びループ6(配列番号150)領域に対してアラインメントされた、5つの例示的なASO配列(GD(配列番号7、MU(配列番号96)、MT(配列番号99)、MS(配列番号99)、及びG3(配列番号8))の模式図。(図1F)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン11(配列番号139)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(MJ(配列番号89)、TH(配列番号22、MI(配列番号90)、Y9(配列番号88)、TK(配列番号74)、Y8(配列番号87、TI(配列番号76、CU(配列番号39)、及びY7(配列番号62))を示す模式図。(図1G)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補ASO剤によるGrik2 mRNAのレポーターノックダウン率(表2も参照されたい)。(図1H)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補抗Grik2 ASO剤について非特異的なホタルルシフェラーゼ(ffluc)の減少。(図1I)空の対照ベクターからの残留ffluc発現の関数としてのGrik2 mRNAノックダウン率を示す散布図(標的化されたfflucノックダウン及び非特異的なfflucノックダウンの関係)。(図1J)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンしたsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが10kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1K)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが9.5kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1L)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1M)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1N)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1O)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1P)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験される19bpのsiRNAの各々におけるG又はCとして特定される塩基の率(GC含有量)の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1Q)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのGC含有量の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。 図1A~1Qは、細胞におけるGluK2タンパク質の発現をノックダウン(KD)するためのグルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(Grik2) mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)構築物の特定及び評価を示す。(図1A)セントロイドエントロピーモデルであるRNAfoldによって予測されるような、ヒトGrik2 mRNAバリアント1(配列番号115)の予測二次構造。(図1B)Grik2 mRNAに対する複数の抗Grik2 ASOの予測結合領域。例示的な結合領域には、特定されたループ領域(1=ループ1(配列番号145)、2=ループ2(配列番号146)、3=ループ3(配列番号147)、4=ループ4(配列番号148)、5=ループ5(配列番号149)、6=ループ6(配列番号150)、7=非対形成1(配列番号159)、8=非対形成2(配列番号160)、9=ループ7(配列番号151)、10=ループ8(配列番号152)、11=ループ9(配列番号153)、12=ループ10(配列番号154)、13=非対形成3(配列番号161)、14=ループ11(配列番号155)、15=非対形成4(配列番号162)、16=非対形成5(配列番号163)、17=ループ12(配列番号156)、18=ループ13(配列番号157)、及び19=ループ14(配列番号158))、並びにステム様非対形成領域(それぞれ、配列番号159~163に対応するアラビア数字15~19によって示される)が含まれる。(図1C)Grik2 mRNA(配列番号115)の5’UTR(配列番号126、siRNA D3(配列番号48)、siRNA XZ(配列番号54)、siRNA CY(配列番号43)、siRNA D1(配列番号46)、siRNA GE(配列番号65)、siRNA CX(配列番号42)、siRNA Y0(配列番号55)、siRNA TG(配列番号23)、siRNA D0(配列番号45)、siRNA YB(配列番号67)、siRNA GF(配列番号64)、siRNA TD(配列番号26)、siRNA GH(配列番号66)、siRNA TE(配列番号25)、siRNA TJ(配列番号21)、siRNA TF(配列番号24)、siRNA YB/siSPOTR15(配列番号67)、siRNA ZZ/siSPOTR16(配列番号100)、siRNA GE/siSPOTR17(配列番号65)、siRNA D3/siSPOTR18(配列番号48)、siRNA CX/siSPOTR19(配列番号42)、siRNA GF/siSPOTR20(配列番号64)、siRNA GH/siSPOTR21(配列番号66)、siRNA TJ/siSPOTR22(配列番号21)、siRNA TG/siSPOTR23(配列番号23)、siRNA TD/siSPOTR24(配列番号26)、及びsiRNA TF/siSPOTR25(配列番号24))、並びにエクソン1(配列番号129、siRNA CK(配列番号29)、siRNA TC(配列番号28)、及びsiRNA TC/siSPOTR1(配列番号28))のコード配列(CDS)内の予測結合領域に対してアラインメントされた抗Grik2 ASO剤の模式図。(図1D)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン2(配列番号130)内の特定されたループ1領域(配列番号145)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(G0、配列番号1)の模式図。(図1E)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン10(配列番号138)内の特定されたループ5(配列番号149)及びループ6(配列番号150)領域に対してアラインメントされた、5つの例示的なASO配列(GD(配列番号7、MU(配列番号96)、MT(配列番号99)、MS(配列番号99)、及びG3(配列番号8))の模式図。(図1F)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン11(配列番号139)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(MJ(配列番号89)、TH(配列番号22、MI(配列番号90)、Y9(配列番号88)、TK(配列番号74)、Y8(配列番号87、TI(配列番号76、CU(配列番号39)、及びY7(配列番号62))を示す模式図。(図1G)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補ASO剤によるGrik2 mRNAのレポーターノックダウン率(表2も参照されたい)。(図1H)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補抗Grik2 ASO剤について非特異的なホタルルシフェラーゼ(ffluc)の減少。(図1I)空の対照ベクターからの残留ffluc発現の関数としてのGrik2 mRNAノックダウン率を示す散布図(標的化されたfflucノックダウン及び非特異的なfflucノックダウンの関係)。(図1J)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンしたsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが10kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1K)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが9.5kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1L)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1M)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1N)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1O)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1P)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験される19bpのsiRNAの各々におけるG又はCとして特定される塩基の率(GC含有量)の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1Q)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのGC含有量の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。 図1A~1Qは、細胞におけるGluK2タンパク質の発現をノックダウン(KD)するためのグルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(Grik2) mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)構築物の特定及び評価を示す。(図1A)セントロイドエントロピーモデルであるRNAfoldによって予測されるような、ヒトGrik2 mRNAバリアント1(配列番号115)の予測二次構造。(図1B)Grik2 mRNAに対する複数の抗Grik2 ASOの予測結合領域。例示的な結合領域には、特定されたループ領域(1=ループ1(配列番号145)、2=ループ2(配列番号146)、3=ループ3(配列番号147)、4=ループ4(配列番号148)、5=ループ5(配列番号149)、6=ループ6(配列番号150)、7=非対形成1(配列番号159)、8=非対形成2(配列番号160)、9=ループ7(配列番号151)、10=ループ8(配列番号152)、11=ループ9(配列番号153)、12=ループ10(配列番号154)、13=非対形成3(配列番号161)、14=ループ11(配列番号155)、15=非対形成4(配列番号162)、16=非対形成5(配列番号163)、17=ループ12(配列番号156)、18=ループ13(配列番号157)、及び19=ループ14(配列番号158))、並びにステム様非対形成領域(それぞれ、配列番号159~163に対応するアラビア数字15~19によって示される)が含まれる。(図1C)Grik2 mRNA(配列番号115)の5’UTR(配列番号126、siRNA D3(配列番号48)、siRNA XZ(配列番号54)、siRNA CY(配列番号43)、siRNA D1(配列番号46)、siRNA GE(配列番号65)、siRNA CX(配列番号42)、siRNA Y0(配列番号55)、siRNA TG(配列番号23)、siRNA D0(配列番号45)、siRNA YB(配列番号67)、siRNA GF(配列番号64)、siRNA TD(配列番号26)、siRNA GH(配列番号66)、siRNA TE(配列番号25)、siRNA TJ(配列番号21)、siRNA TF(配列番号24)、siRNA YB/siSPOTR15(配列番号67)、siRNA ZZ/siSPOTR16(配列番号100)、siRNA GE/siSPOTR17(配列番号65)、siRNA D3/siSPOTR18(配列番号48)、siRNA CX/siSPOTR19(配列番号42)、siRNA GF/siSPOTR20(配列番号64)、siRNA GH/siSPOTR21(配列番号66)、siRNA TJ/siSPOTR22(配列番号21)、siRNA TG/siSPOTR23(配列番号23)、siRNA TD/siSPOTR24(配列番号26)、及びsiRNA TF/siSPOTR25(配列番号24))、並びにエクソン1(配列番号129、siRNA CK(配列番号29)、siRNA TC(配列番号28)、及びsiRNA TC/siSPOTR1(配列番号28))のコード配列(CDS)内の予測結合領域に対してアラインメントされた抗Grik2 ASO剤の模式図。(図1D)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン2(配列番号130)内の特定されたループ1領域(配列番号145)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(G0、配列番号1)の模式図。(図1E)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン10(配列番号138)内の特定されたループ5(配列番号149)及びループ6(配列番号150)領域に対してアラインメントされた、5つの例示的なASO配列(GD(配列番号7、MU(配列番号96)、MT(配列番号99)、MS(配列番号99)、及びG3(配列番号8))の模式図。(図1F)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン11(配列番号139)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(MJ(配列番号89)、TH(配列番号22、MI(配列番号90)、Y9(配列番号88)、TK(配列番号74)、Y8(配列番号87、TI(配列番号76、CU(配列番号39)、及びY7(配列番号62))を示す模式図。(図1G)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補ASO剤によるGrik2 mRNAのレポーターノックダウン率(表2も参照されたい)。(図1H)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補抗Grik2 ASO剤について非特異的なホタルルシフェラーゼ(ffluc)の減少。(図1I)空の対照ベクターからの残留ffluc発現の関数としてのGrik2 mRNAノックダウン率を示す散布図(標的化されたfflucノックダウン及び非特異的なfflucノックダウンの関係)。(図1J)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンしたsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが10kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1K)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが9.5kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1L)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1M)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1N)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1O)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1P)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験される19bpのsiRNAの各々におけるG又はCとして特定される塩基の率(GC含有量)の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1Q)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのGC含有量の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。 図1A~1Qは、細胞におけるGluK2タンパク質の発現をノックダウン(KD)するためのグルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(Grik2) mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)構築物の特定及び評価を示す。(図1A)セントロイドエントロピーモデルであるRNAfoldによって予測されるような、ヒトGrik2 mRNAバリアント1(配列番号115)の予測二次構造。(図1B)Grik2 mRNAに対する複数の抗Grik2 ASOの予測結合領域。例示的な結合領域には、特定されたループ領域(1=ループ1(配列番号145)、2=ループ2(配列番号146)、3=ループ3(配列番号147)、4=ループ4(配列番号148)、5=ループ5(配列番号149)、6=ループ6(配列番号150)、7=非対形成1(配列番号159)、8=非対形成2(配列番号160)、9=ループ7(配列番号151)、10=ループ8(配列番号152)、11=ループ9(配列番号153)、12=ループ10(配列番号154)、13=非対形成3(配列番号161)、14=ループ11(配列番号155)、15=非対形成4(配列番号162)、16=非対形成5(配列番号163)、17=ループ12(配列番号156)、18=ループ13(配列番号157)、及び19=ループ14(配列番号158))、並びにステム様非対形成領域(それぞれ、配列番号159~163に対応するアラビア数字15~19によって示される)が含まれる。(図1C)Grik2 mRNA(配列番号115)の5’UTR(配列番号126、siRNA D3(配列番号48)、siRNA XZ(配列番号54)、siRNA CY(配列番号43)、siRNA D1(配列番号46)、siRNA GE(配列番号65)、siRNA CX(配列番号42)、siRNA Y0(配列番号55)、siRNA TG(配列番号23)、siRNA D0(配列番号45)、siRNA YB(配列番号67)、siRNA GF(配列番号64)、siRNA TD(配列番号26)、siRNA GH(配列番号66)、siRNA TE(配列番号25)、siRNA TJ(配列番号21)、siRNA TF(配列番号24)、siRNA YB/siSPOTR15(配列番号67)、siRNA ZZ/siSPOTR16(配列番号100)、siRNA GE/siSPOTR17(配列番号65)、siRNA D3/siSPOTR18(配列番号48)、siRNA CX/siSPOTR19(配列番号42)、siRNA GF/siSPOTR20(配列番号64)、siRNA GH/siSPOTR21(配列番号66)、siRNA TJ/siSPOTR22(配列番号21)、siRNA TG/siSPOTR23(配列番号23)、siRNA TD/siSPOTR24(配列番号26)、及びsiRNA TF/siSPOTR25(配列番号24))、並びにエクソン1(配列番号129、siRNA CK(配列番号29)、siRNA TC(配列番号28)、及びsiRNA TC/siSPOTR1(配列番号28))のコード配列(CDS)内の予測結合領域に対してアラインメントされた抗Grik2 ASO剤の模式図。(図1D)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン2(配列番号130)内の特定されたループ1領域(配列番号145)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(G0、配列番号1)の模式図。(図1E)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン10(配列番号138)内の特定されたループ5(配列番号149)及びループ6(配列番号150)領域に対してアラインメントされた、5つの例示的なASO配列(GD(配列番号7、MU(配列番号96)、MT(配列番号99)、MS(配列番号99)、及びG3(配列番号8))の模式図。(図1F)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン11(配列番号139)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(MJ(配列番号89)、TH(配列番号22、MI(配列番号90)、Y9(配列番号88)、TK(配列番号74)、Y8(配列番号87、TI(配列番号76、CU(配列番号39)、及びY7(配列番号62))を示す模式図。(図1G)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補ASO剤によるGrik2 mRNAのレポーターノックダウン率(表2も参照されたい)。(図1H)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補抗Grik2 ASO剤について非特異的なホタルルシフェラーゼ(ffluc)の減少。(図1I)空の対照ベクターからの残留ffluc発現の関数としてのGrik2 mRNAノックダウン率を示す散布図(標的化されたfflucノックダウン及び非特異的なfflucノックダウンの関係)。(図1J)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンしたsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが10kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1K)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが9.5kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1L)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1M)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1N)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1O)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1P)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験される19bpのsiRNAの各々におけるG又はCとして特定される塩基の率(GC含有量)の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1Q)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのGC含有量の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。 図1A~1Qは、細胞におけるGluK2タンパク質の発現をノックダウン(KD)するためのグルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(Grik2) mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)構築物の特定及び評価を示す。(図1A)セントロイドエントロピーモデルであるRNAfoldによって予測されるような、ヒトGrik2 mRNAバリアント1(配列番号115)の予測二次構造。(図1B)Grik2 mRNAに対する複数の抗Grik2 ASOの予測結合領域。例示的な結合領域には、特定されたループ領域(1=ループ1(配列番号145)、2=ループ2(配列番号146)、3=ループ3(配列番号147)、4=ループ4(配列番号148)、5=ループ5(配列番号149)、6=ループ6(配列番号150)、7=非対形成1(配列番号159)、8=非対形成2(配列番号160)、9=ループ7(配列番号151)、10=ループ8(配列番号152)、11=ループ9(配列番号153)、12=ループ10(配列番号154)、13=非対形成3(配列番号161)、14=ループ11(配列番号155)、15=非対形成4(配列番号162)、16=非対形成5(配列番号163)、17=ループ12(配列番号156)、18=ループ13(配列番号157)、及び19=ループ14(配列番号158))、並びにステム様非対形成領域(それぞれ、配列番号159~163に対応するアラビア数字15~19によって示される)が含まれる。(図1C)Grik2 mRNA(配列番号115)の5’UTR(配列番号126、siRNA D3(配列番号48)、siRNA XZ(配列番号54)、siRNA CY(配列番号43)、siRNA D1(配列番号46)、siRNA GE(配列番号65)、siRNA CX(配列番号42)、siRNA Y0(配列番号55)、siRNA TG(配列番号23)、siRNA D0(配列番号45)、siRNA YB(配列番号67)、siRNA GF(配列番号64)、siRNA TD(配列番号26)、siRNA GH(配列番号66)、siRNA TE(配列番号25)、siRNA TJ(配列番号21)、siRNA TF(配列番号24)、siRNA YB/siSPOTR15(配列番号67)、siRNA ZZ/siSPOTR16(配列番号100)、siRNA GE/siSPOTR17(配列番号65)、siRNA D3/siSPOTR18(配列番号48)、siRNA CX/siSPOTR19(配列番号42)、siRNA GF/siSPOTR20(配列番号64)、siRNA GH/siSPOTR21(配列番号66)、siRNA TJ/siSPOTR22(配列番号21)、siRNA TG/siSPOTR23(配列番号23)、siRNA TD/siSPOTR24(配列番号26)、及びsiRNA TF/siSPOTR25(配列番号24))、並びにエクソン1(配列番号129、siRNA CK(配列番号29)、siRNA TC(配列番号28)、及びsiRNA TC/siSPOTR1(配列番号28))のコード配列(CDS)内の予測結合領域に対してアラインメントされた抗Grik2 ASO剤の模式図。(図1D)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン2(配列番号130)内の特定されたループ1領域(配列番号145)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(G0、配列番号1)の模式図。(図1E)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン10(配列番号138)内の特定されたループ5(配列番号149)及びループ6(配列番号150)領域に対してアラインメントされた、5つの例示的なASO配列(GD(配列番号7、MU(配列番号96)、MT(配列番号99)、MS(配列番号99)、及びG3(配列番号8))の模式図。(図1F)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン11(配列番号139)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(MJ(配列番号89)、TH(配列番号22、MI(配列番号90)、Y9(配列番号88)、TK(配列番号74)、Y8(配列番号87、TI(配列番号76、CU(配列番号39)、及びY7(配列番号62))を示す模式図。(図1G)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補ASO剤によるGrik2 mRNAのレポーターノックダウン率(表2も参照されたい)。(図1H)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補抗Grik2 ASO剤について非特異的なホタルルシフェラーゼ(ffluc)の減少。(図1I)空の対照ベクターからの残留ffluc発現の関数としてのGrik2 mRNAノックダウン率を示す散布図(標的化されたfflucノックダウン及び非特異的なfflucノックダウンの関係)。(図1J)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンしたsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが10kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1K)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが9.5kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1L)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1M)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1N)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1O)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1P)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験される19bpのsiRNAの各々におけるG又はCとして特定される塩基の率(GC含有量)の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1Q)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのGC含有量の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。 図1A~1Qは、細胞におけるGluK2タンパク質の発現をノックダウン(KD)するためのグルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(Grik2) mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)構築物の特定及び評価を示す。(図1A)セントロイドエントロピーモデルであるRNAfoldによって予測されるような、ヒトGrik2 mRNAバリアント1(配列番号115)の予測二次構造。(図1B)Grik2 mRNAに対する複数の抗Grik2 ASOの予測結合領域。例示的な結合領域には、特定されたループ領域(1=ループ1(配列番号145)、2=ループ2(配列番号146)、3=ループ3(配列番号147)、4=ループ4(配列番号148)、5=ループ5(配列番号149)、6=ループ6(配列番号150)、7=非対形成1(配列番号159)、8=非対形成2(配列番号160)、9=ループ7(配列番号151)、10=ループ8(配列番号152)、11=ループ9(配列番号153)、12=ループ10(配列番号154)、13=非対形成3(配列番号161)、14=ループ11(配列番号155)、15=非対形成4(配列番号162)、16=非対形成5(配列番号163)、17=ループ12(配列番号156)、18=ループ13(配列番号157)、及び19=ループ14(配列番号158))、並びにステム様非対形成領域(それぞれ、配列番号159~163に対応するアラビア数字15~19によって示される)が含まれる。(図1C)Grik2 mRNA(配列番号115)の5’UTR(配列番号126、siRNA D3(配列番号48)、siRNA XZ(配列番号54)、siRNA CY(配列番号43)、siRNA D1(配列番号46)、siRNA GE(配列番号65)、siRNA CX(配列番号42)、siRNA Y0(配列番号55)、siRNA TG(配列番号23)、siRNA D0(配列番号45)、siRNA YB(配列番号67)、siRNA GF(配列番号64)、siRNA TD(配列番号26)、siRNA GH(配列番号66)、siRNA TE(配列番号25)、siRNA TJ(配列番号21)、siRNA TF(配列番号24)、siRNA YB/siSPOTR15(配列番号67)、siRNA ZZ/siSPOTR16(配列番号100)、siRNA GE/siSPOTR17(配列番号65)、siRNA D3/siSPOTR18(配列番号48)、siRNA CX/siSPOTR19(配列番号42)、siRNA GF/siSPOTR20(配列番号64)、siRNA GH/siSPOTR21(配列番号66)、siRNA TJ/siSPOTR22(配列番号21)、siRNA TG/siSPOTR23(配列番号23)、siRNA TD/siSPOTR24(配列番号26)、及びsiRNA TF/siSPOTR25(配列番号24))、並びにエクソン1(配列番号129、siRNA CK(配列番号29)、siRNA TC(配列番号28)、及びsiRNA TC/siSPOTR1(配列番号28))のコード配列(CDS)内の予測結合領域に対してアラインメントされた抗Grik2 ASO剤の模式図。(図1D)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン2(配列番号130)内の特定されたループ1領域(配列番号145)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(G0、配列番号1)の模式図。(図1E)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン10(配列番号138)内の特定されたループ5(配列番号149)及びループ6(配列番号150)領域に対してアラインメントされた、5つの例示的なASO配列(GD(配列番号7、MU(配列番号96)、MT(配列番号99)、MS(配列番号99)、及びG3(配列番号8))の模式図。(図1F)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン11(配列番号139)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(MJ(配列番号89)、TH(配列番号22、MI(配列番号90)、Y9(配列番号88)、TK(配列番号74)、Y8(配列番号87、TI(配列番号76、CU(配列番号39)、及びY7(配列番号62))を示す模式図。(図1G)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補ASO剤によるGrik2 mRNAのレポーターノックダウン率(表2も参照されたい)。(図1H)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補抗Grik2 ASO剤について非特異的なホタルルシフェラーゼ(ffluc)の減少。(図1I)空の対照ベクターからの残留ffluc発現の関数としてのGrik2 mRNAノックダウン率を示す散布図(標的化されたfflucノックダウン及び非特異的なfflucノックダウンの関係)。(図1J)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンしたsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが10kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1K)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが9.5kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1L)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1M)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1N)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1O)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1P)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験される19bpのsiRNAの各々におけるG又はCとして特定される塩基の率(GC含有量)の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1Q)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのGC含有量の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。 図1A~1Qは、細胞におけるGluK2タンパク質の発現をノックダウン(KD)するためのグルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(Grik2) mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)構築物の特定及び評価を示す。(図1A)セントロイドエントロピーモデルであるRNAfoldによって予測されるような、ヒトGrik2 mRNAバリアント1(配列番号115)の予測二次構造。(図1B)Grik2 mRNAに対する複数の抗Grik2 ASOの予測結合領域。例示的な結合領域には、特定されたループ領域(1=ループ1(配列番号145)、2=ループ2(配列番号146)、3=ループ3(配列番号147)、4=ループ4(配列番号148)、5=ループ5(配列番号149)、6=ループ6(配列番号150)、7=非対形成1(配列番号159)、8=非対形成2(配列番号160)、9=ループ7(配列番号151)、10=ループ8(配列番号152)、11=ループ9(配列番号153)、12=ループ10(配列番号154)、13=非対形成3(配列番号161)、14=ループ11(配列番号155)、15=非対形成4(配列番号162)、16=非対形成5(配列番号163)、17=ループ12(配列番号156)、18=ループ13(配列番号157)、及び19=ループ14(配列番号158))、並びにステム様非対形成領域(それぞれ、配列番号159~163に対応するアラビア数字15~19によって示される)が含まれる。(図1C)Grik2 mRNA(配列番号115)の5’UTR(配列番号126、siRNA D3(配列番号48)、siRNA XZ(配列番号54)、siRNA CY(配列番号43)、siRNA D1(配列番号46)、siRNA GE(配列番号65)、siRNA CX(配列番号42)、siRNA Y0(配列番号55)、siRNA TG(配列番号23)、siRNA D0(配列番号45)、siRNA YB(配列番号67)、siRNA GF(配列番号64)、siRNA TD(配列番号26)、siRNA GH(配列番号66)、siRNA TE(配列番号25)、siRNA TJ(配列番号21)、siRNA TF(配列番号24)、siRNA YB/siSPOTR15(配列番号67)、siRNA ZZ/siSPOTR16(配列番号100)、siRNA GE/siSPOTR17(配列番号65)、siRNA D3/siSPOTR18(配列番号48)、siRNA CX/siSPOTR19(配列番号42)、siRNA GF/siSPOTR20(配列番号64)、siRNA GH/siSPOTR21(配列番号66)、siRNA TJ/siSPOTR22(配列番号21)、siRNA TG/siSPOTR23(配列番号23)、siRNA TD/siSPOTR24(配列番号26)、及びsiRNA TF/siSPOTR25(配列番号24))、並びにエクソン1(配列番号129、siRNA CK(配列番号29)、siRNA TC(配列番号28)、及びsiRNA TC/siSPOTR1(配列番号28))のコード配列(CDS)内の予測結合領域に対してアラインメントされた抗Grik2 ASO剤の模式図。(図1D)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン2(配列番号130)内の特定されたループ1領域(配列番号145)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(G0、配列番号1)の模式図。(図1E)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン10(配列番号138)内の特定されたループ5(配列番号149)及びループ6(配列番号150)領域に対してアラインメントされた、5つの例示的なASO配列(GD(配列番号7、MU(配列番号96)、MT(配列番号99)、MS(配列番号99)、及びG3(配列番号8))の模式図。(図1F)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン11(配列番号139)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(MJ(配列番号89)、TH(配列番号22、MI(配列番号90)、Y9(配列番号88)、TK(配列番号74)、Y8(配列番号87、TI(配列番号76、CU(配列番号39)、及びY7(配列番号62))を示す模式図。(図1G)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補ASO剤によるGrik2 mRNAのレポーターノックダウン率(表2も参照されたい)。(図1H)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補抗Grik2 ASO剤について非特異的なホタルルシフェラーゼ(ffluc)の減少。(図1I)空の対照ベクターからの残留ffluc発現の関数としてのGrik2 mRNAノックダウン率を示す散布図(標的化されたfflucノックダウン及び非特異的なfflucノックダウンの関係)。(図1J)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンしたsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが10kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1K)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが9.5kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1L)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1M)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1N)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1O)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1P)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験される19bpのsiRNAの各々におけるG又はCとして特定される塩基の率(GC含有量)の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1Q)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのGC含有量の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。 図1A~1Qは、細胞におけるGluK2タンパク質の発現をノックダウン(KD)するためのグルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(Grik2) mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)構築物の特定及び評価を示す。(図1A)セントロイドエントロピーモデルであるRNAfoldによって予測されるような、ヒトGrik2 mRNAバリアント1(配列番号115)の予測二次構造。(図1B)Grik2 mRNAに対する複数の抗Grik2 ASOの予測結合領域。例示的な結合領域には、特定されたループ領域(1=ループ1(配列番号145)、2=ループ2(配列番号146)、3=ループ3(配列番号147)、4=ループ4(配列番号148)、5=ループ5(配列番号149)、6=ループ6(配列番号150)、7=非対形成1(配列番号159)、8=非対形成2(配列番号160)、9=ループ7(配列番号151)、10=ループ8(配列番号152)、11=ループ9(配列番号153)、12=ループ10(配列番号154)、13=非対形成3(配列番号161)、14=ループ11(配列番号155)、15=非対形成4(配列番号162)、16=非対形成5(配列番号163)、17=ループ12(配列番号156)、18=ループ13(配列番号157)、及び19=ループ14(配列番号158))、並びにステム様非対形成領域(それぞれ、配列番号159~163に対応するアラビア数字15~19によって示される)が含まれる。(図1C)Grik2 mRNA(配列番号115)の5’UTR(配列番号126、siRNA D3(配列番号48)、siRNA XZ(配列番号54)、siRNA CY(配列番号43)、siRNA D1(配列番号46)、siRNA GE(配列番号65)、siRNA CX(配列番号42)、siRNA Y0(配列番号55)、siRNA TG(配列番号23)、siRNA D0(配列番号45)、siRNA YB(配列番号67)、siRNA GF(配列番号64)、siRNA TD(配列番号26)、siRNA GH(配列番号66)、siRNA TE(配列番号25)、siRNA TJ(配列番号21)、siRNA TF(配列番号24)、siRNA YB/siSPOTR15(配列番号67)、siRNA ZZ/siSPOTR16(配列番号100)、siRNA GE/siSPOTR17(配列番号65)、siRNA D3/siSPOTR18(配列番号48)、siRNA CX/siSPOTR19(配列番号42)、siRNA GF/siSPOTR20(配列番号64)、siRNA GH/siSPOTR21(配列番号66)、siRNA TJ/siSPOTR22(配列番号21)、siRNA TG/siSPOTR23(配列番号23)、siRNA TD/siSPOTR24(配列番号26)、及びsiRNA TF/siSPOTR25(配列番号24))、並びにエクソン1(配列番号129、siRNA CK(配列番号29)、siRNA TC(配列番号28)、及びsiRNA TC/siSPOTR1(配列番号28))のコード配列(CDS)内の予測結合領域に対してアラインメントされた抗Grik2 ASO剤の模式図。(図1D)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン2(配列番号130)内の特定されたループ1領域(配列番号145)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(G0、配列番号1)の模式図。(図1E)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン10(配列番号138)内の特定されたループ5(配列番号149)及びループ6(配列番号150)領域に対してアラインメントされた、5つの例示的なASO配列(GD(配列番号7、MU(配列番号96)、MT(配列番号99)、MS(配列番号99)、及びG3(配列番号8))の模式図。(図1F)Grik2 mRNA(配列番号115)のエクソン11(配列番号139)に対してアラインメントされた、例示的なASO剤(MJ(配列番号89)、TH(配列番号22、MI(配列番号90)、Y9(配列番号88)、TK(配列番号74)、Y8(配列番号87、TI(配列番号76、CU(配列番号39)、及びY7(配列番号62))を示す模式図。(図1G)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補ASO剤によるGrik2 mRNAのレポーターノックダウン率(表2も参照されたい)。(図1H)デュアルルシフェラーゼレポーターアッセイにおける、種々の候補抗Grik2 ASO剤について非特異的なホタルルシフェラーゼ(ffluc)の減少。(図1I)空の対照ベクターからの残留ffluc発現の関数としてのGrik2 mRNAノックダウン率を示す散布図(標的化されたfflucノックダウン及び非特異的なfflucノックダウンの関係)。(図1J)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンしたsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが10kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1K)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での標的開放エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。標的開放エネルギーが9.5kcal/mol未満のsiRNAの濃縮クラスターは、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関していた。(図1L)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1M)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での二本鎖形成のエネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央及び右側の棒グラフ)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1N)ルシフェラーゼレポーターアッセイにおいて試験される全ての19bpのsiRNAについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1O)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのkcal/mol単位での総結合エネルギーの平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。(図1P)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験される19bpのsiRNAの各々におけるG又はCとして特定される塩基の率(GC含有量)の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフは、左から右へ、以下を表す。試験された全ての19bpのsiRNA、レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNA、又はレポーター発現を66%未満までノックダウンしたsiRNA。(図1Q)ルシフェラーゼレポーターアッセイによって試験されるような、その19bpの等価物のノックダウン率に対する、全ての21bpのガイドについてのGC含有量の平均(SEMを含む)値の棒グラフ。データの棒グラフ(中央、右側)は、レポーター誘導性Gluk2発現を66%を超えてノックダウンした等価なsiRNA、又は発現を66%未満までノックダウンした等価なsiRNAによって分けられた。 図2A~2Jは、ウイルスベクター媒介性Grik2 mRNAサイレンシングによるGluK2ノックダウンの検証を示す。(図2A~2D)図2A~2Jに記載される実験に利用される例示的なベクター。(図2A)hSynプロモーター(配列番号682)の制御下で、対照スクランブル配列(配列番号771)をコードするレンチウイルスベクター(CM845)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2B)U6プロモーター(配列番号772)の制御下で、shRNAとしてGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするレンチウイルスベクター(CM946)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2C)hSynプロモーター(配列番号683)の制御下で、miRNAとしてGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするレンチウイルスベクター(CM962)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2D)hSynプロモーター(pAAV-hSyn-EGFP、配列番号682)の制御下で、GFPをコードするAAVベクターについての例示的なプラスミドマップ。(図2E)レンチウイルス(LV)-ヒトシナプシンプロモーター(hSyn(配列番号682))-緑色蛍光タンパク質(GFP)プラスミド構築物で感染した、培養されたラット海馬ニューロンの明視野画像(左パネル)及び蛍光画像(右パネル)。GFP免疫蛍光は、培養されたニューロンの80%より多くで観察された。(図2F)短ヘアピンRNA(LV-U6(配列番号772)-G9(shRNA)、又はGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするマイクロRNA(LV-hSyn(配列番号683)-G9(miRNA)構築物、又は対照配列(配列番号771、hSynプロモーター(配列番号682)の制御下)のいずれかで、レンチウイルスにより媒介されるGrik2 mRNAのノックダウン後のラット海馬ニューロンから得られたGluK2タンパク質及びアクチンのウェスタンブロット。(図2G)細胞においてAAV媒介性ウイルス形質導入に使用されるAAV発現カセットの模式図。(図2H)抗Grik2 ASO配列(G9、配列番号68)、又はスクランブル対照配列(LV:配列番号771、AAV:GC-配列番号101)をコードするレンチウイルス又はAAV9ベクターで感染した海馬ニューロンについて、対照条件における値に対して正規化された、アクチンに対するGluK2タンパク質の相対的レベルを表す棒グラフ。(図2I)異なるウイルスによりコードされる抗Grik2 ASO配列(G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、XY(配列番号83)、Y9(配列番号88)、GG(配列番号91))、及び対照配列(GC、配列番号101)で治療したマウス初代皮質ニューロンにおける、ウェスタンブロットによってアッセイされるような、GluK2タンパク質の相対的レベルを示すプロット。(図2J)RT-qPCRによって測定されるような、hSynプロモーター(配列番号683)の調節制御下で、5種類のGrik2 mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、Y9(配列番号88)、XY(配列番号83)、又はMU(配列番号96))、又はスクランブル対照配列(GC、配列番号101)のうちの1つをコードするプラスミドベクターを用いた、細胞密度17,500個の細胞/ウェル(17.5k c/w)で培養された人工多能性幹細胞(iPSC)由来のグルタミン酸作動性ニューロン(GlutaNeurons)の脂質ベースのトランスフェクションから5日後に測定されたGrik2 mRNA発現の倍率変化の棒グラフを示す。 図2A~2Jは、ウイルスベクター媒介性Grik2 mRNAサイレンシングによるGluK2ノックダウンの検証を示す。(図2A~2D)図2A~2Jに記載される実験に利用される例示的なベクター。(図2A)hSynプロモーター(配列番号682)の制御下で、対照スクランブル配列(配列番号771)をコードするレンチウイルスベクター(CM845)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2B)U6プロモーター(配列番号772)の制御下で、shRNAとしてGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするレンチウイルスベクター(CM946)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2C)hSynプロモーター(配列番号683)の制御下で、miRNAとしてGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするレンチウイルスベクター(CM962)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2D)hSynプロモーター(pAAV-hSyn-EGFP、配列番号682)の制御下で、GFPをコードするAAVベクターについての例示的なプラスミドマップ。(図2E)レンチウイルス(LV)-ヒトシナプシンプロモーター(hSyn(配列番号682))-緑色蛍光タンパク質(GFP)プラスミド構築物で感染した、培養されたラット海馬ニューロンの明視野画像(左パネル)及び蛍光画像(右パネル)。GFP免疫蛍光は、培養されたニューロンの80%より多くで観察された。(図2F)短ヘアピンRNA(LV-U6(配列番号772)-G9(shRNA)、又はGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするマイクロRNA(LV-hSyn(配列番号683)-G9(miRNA)構築物、又は対照配列(配列番号771、hSynプロモーター(配列番号682)の制御下)のいずれかで、レンチウイルスにより媒介されるGrik2 mRNAのノックダウン後のラット海馬ニューロンから得られたGluK2タンパク質及びアクチンのウェスタンブロット。(図2G)細胞においてAAV媒介性ウイルス形質導入に使用されるAAV発現カセットの模式図。(図2H)抗Grik2 ASO配列(G9、配列番号68)、又はスクランブル対照配列(LV:配列番号771、AAV:GC-配列番号101)をコードするレンチウイルス又はAAV9ベクターで感染した海馬ニューロンについて、対照条件における値に対して正規化された、アクチンに対するGluK2タンパク質の相対的レベルを表す棒グラフ。(図2I)異なるウイルスによりコードされる抗Grik2 ASO配列(G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、XY(配列番号83)、Y9(配列番号88)、GG(配列番号91))、及び対照配列(GC、配列番号101)で治療したマウス初代皮質ニューロンにおける、ウェスタンブロットによってアッセイされるような、GluK2タンパク質の相対的レベルを示すプロット。(図2J)RT-qPCRによって測定されるような、hSynプロモーター(配列番号683)の調節制御下で、5種類のGrik2 mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、Y9(配列番号88)、XY(配列番号83)、又はMU(配列番号96))、又はスクランブル対照配列(GC、配列番号101)のうちの1つをコードするプラスミドベクターを用いた、細胞密度17,500個の細胞/ウェル(17.5k c/w)で培養された人工多能性幹細胞(iPSC)由来のグルタミン酸作動性ニューロン(GlutaNeurons)の脂質ベースのトランスフェクションから5日後に測定されたGrik2 mRNA発現の倍率変化の棒グラフを示す。 図2A~2Jは、ウイルスベクター媒介性Grik2 mRNAサイレンシングによるGluK2ノックダウンの検証を示す。(図2A~2D)図2A~2Jに記載される実験に利用される例示的なベクター。(図2A)hSynプロモーター(配列番号682)の制御下で、対照スクランブル配列(配列番号771)をコードするレンチウイルスベクター(CM845)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2B)U6プロモーター(配列番号772)の制御下で、shRNAとしてGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするレンチウイルスベクター(CM946)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2C)hSynプロモーター(配列番号683)の制御下で、miRNAとしてGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするレンチウイルスベクター(CM962)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2D)hSynプロモーター(pAAV-hSyn-EGFP、配列番号682)の制御下で、GFPをコードするAAVベクターについての例示的なプラスミドマップ。(図2E)レンチウイルス(LV)-ヒトシナプシンプロモーター(hSyn(配列番号682))-緑色蛍光タンパク質(GFP)プラスミド構築物で感染した、培養されたラット海馬ニューロンの明視野画像(左パネル)及び蛍光画像(右パネル)。GFP免疫蛍光は、培養されたニューロンの80%より多くで観察された。(図2F)短ヘアピンRNA(LV-U6(配列番号772)-G9(shRNA)、又はGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするマイクロRNA(LV-hSyn(配列番号683)-G9(miRNA)構築物、又は対照配列(配列番号771、hSynプロモーター(配列番号682)の制御下)のいずれかで、レンチウイルスにより媒介されるGrik2 mRNAのノックダウン後のラット海馬ニューロンから得られたGluK2タンパク質及びアクチンのウェスタンブロット。(図2G)細胞においてAAV媒介性ウイルス形質導入に使用されるAAV発現カセットの模式図。(図2H)抗Grik2 ASO配列(G9、配列番号68)、又はスクランブル対照配列(LV:配列番号771、AAV:GC-配列番号101)をコードするレンチウイルス又はAAV9ベクターで感染した海馬ニューロンについて、対照条件における値に対して正規化された、アクチンに対するGluK2タンパク質の相対的レベルを表す棒グラフ。(図2I)異なるウイルスによりコードされる抗Grik2 ASO配列(G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、XY(配列番号83)、Y9(配列番号88)、GG(配列番号91))、及び対照配列(GC、配列番号101)で治療したマウス初代皮質ニューロンにおける、ウェスタンブロットによってアッセイされるような、GluK2タンパク質の相対的レベルを示すプロット。(図2J)RT-qPCRによって測定されるような、hSynプロモーター(配列番号683)の調節制御下で、5種類のGrik2 mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、Y9(配列番号88)、XY(配列番号83)、又はMU(配列番号96))、又はスクランブル対照配列(GC、配列番号101)のうちの1つをコードするプラスミドベクターを用いた、細胞密度17,500個の細胞/ウェル(17.5k c/w)で培養された人工多能性幹細胞(iPSC)由来のグルタミン酸作動性ニューロン(GlutaNeurons)の脂質ベースのトランスフェクションから5日後に測定されたGrik2 mRNA発現の倍率変化の棒グラフを示す。 図2A~2Jは、ウイルスベクター媒介性Grik2 mRNAサイレンシングによるGluK2ノックダウンの検証を示す。(図2A~2D)図2A~2Jに記載される実験に利用される例示的なベクター。(図2A)hSynプロモーター(配列番号682)の制御下で、対照スクランブル配列(配列番号771)をコードするレンチウイルスベクター(CM845)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2B)U6プロモーター(配列番号772)の制御下で、shRNAとしてGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするレンチウイルスベクター(CM946)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2C)hSynプロモーター(配列番号683)の制御下で、miRNAとしてGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするレンチウイルスベクター(CM962)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2D)hSynプロモーター(pAAV-hSyn-EGFP、配列番号682)の制御下で、GFPをコードするAAVベクターについての例示的なプラスミドマップ。(図2E)レンチウイルス(LV)-ヒトシナプシンプロモーター(hSyn(配列番号682))-緑色蛍光タンパク質(GFP)プラスミド構築物で感染した、培養されたラット海馬ニューロンの明視野画像(左パネル)及び蛍光画像(右パネル)。GFP免疫蛍光は、培養されたニューロンの80%より多くで観察された。(図2F)短ヘアピンRNA(LV-U6(配列番号772)-G9(shRNA)、又はGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするマイクロRNA(LV-hSyn(配列番号683)-G9(miRNA)構築物、又は対照配列(配列番号771、hSynプロモーター(配列番号682)の制御下)のいずれかで、レンチウイルスにより媒介されるGrik2 mRNAのノックダウン後のラット海馬ニューロンから得られたGluK2タンパク質及びアクチンのウェスタンブロット。(図2G)細胞においてAAV媒介性ウイルス形質導入に使用されるAAV発現カセットの模式図。(図2H)抗Grik2 ASO配列(G9、配列番号68)、又はスクランブル対照配列(LV:配列番号771、AAV:GC-配列番号101)をコードするレンチウイルス又はAAV9ベクターで感染した海馬ニューロンについて、対照条件における値に対して正規化された、アクチンに対するGluK2タンパク質の相対的レベルを表す棒グラフ。(図2I)異なるウイルスによりコードされる抗Grik2 ASO配列(G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、XY(配列番号83)、Y9(配列番号88)、GG(配列番号91))、及び対照配列(GC、配列番号101)で治療したマウス初代皮質ニューロンにおける、ウェスタンブロットによってアッセイされるような、GluK2タンパク質の相対的レベルを示すプロット。(図2J)RT-qPCRによって測定されるような、hSynプロモーター(配列番号683)の調節制御下で、5種類のGrik2 mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、Y9(配列番号88)、XY(配列番号83)、又はMU(配列番号96))、又はスクランブル対照配列(GC、配列番号101)のうちの1つをコードするプラスミドベクターを用いた、細胞密度17,500個の細胞/ウェル(17.5k c/w)で培養された人工多能性幹細胞(iPSC)由来のグルタミン酸作動性ニューロン(GlutaNeurons)の脂質ベースのトランスフェクションから5日後に測定されたGrik2 mRNA発現の倍率変化の棒グラフを示す。 図2A~2Jは、ウイルスベクター媒介性Grik2 mRNAサイレンシングによるGluK2ノックダウンの検証を示す。(図2A~2D)図2A~2Jに記載される実験に利用される例示的なベクター。(図2A)hSynプロモーター(配列番号682)の制御下で、対照スクランブル配列(配列番号771)をコードするレンチウイルスベクター(CM845)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2B)U6プロモーター(配列番号772)の制御下で、shRNAとしてGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするレンチウイルスベクター(CM946)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2C)hSynプロモーター(配列番号683)の制御下で、miRNAとしてGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするレンチウイルスベクター(CM962)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2D)hSynプロモーター(pAAV-hSyn-EGFP、配列番号682)の制御下で、GFPをコードするAAVベクターについての例示的なプラスミドマップ。(図2E)レンチウイルス(LV)-ヒトシナプシンプロモーター(hSyn(配列番号682))-緑色蛍光タンパク質(GFP)プラスミド構築物で感染した、培養されたラット海馬ニューロンの明視野画像(左パネル)及び蛍光画像(右パネル)。GFP免疫蛍光は、培養されたニューロンの80%より多くで観察された。(図2F)短ヘアピンRNA(LV-U6(配列番号772)-G9(shRNA)、又はGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするマイクロRNA(LV-hSyn(配列番号683)-G9(miRNA)構築物、又は対照配列(配列番号771、hSynプロモーター(配列番号682)の制御下)のいずれかで、レンチウイルスにより媒介されるGrik2 mRNAのノックダウン後のラット海馬ニューロンから得られたGluK2タンパク質及びアクチンのウェスタンブロット。(図2G)細胞においてAAV媒介性ウイルス形質導入に使用されるAAV発現カセットの模式図。(図2H)抗Grik2 ASO配列(G9、配列番号68)、又はスクランブル対照配列(LV:配列番号771、AAV:GC-配列番号101)をコードするレンチウイルス又はAAV9ベクターで感染した海馬ニューロンについて、対照条件における値に対して正規化された、アクチンに対するGluK2タンパク質の相対的レベルを表す棒グラフ。(図2I)異なるウイルスによりコードされる抗Grik2 ASO配列(G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、XY(配列番号83)、Y9(配列番号88)、GG(配列番号91))、及び対照配列(GC、配列番号101)で治療したマウス初代皮質ニューロンにおける、ウェスタンブロットによってアッセイされるような、GluK2タンパク質の相対的レベルを示すプロット。(図2J)RT-qPCRによって測定されるような、hSynプロモーター(配列番号683)の調節制御下で、5種類のGrik2 mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、Y9(配列番号88)、XY(配列番号83)、又はMU(配列番号96))、又はスクランブル対照配列(GC、配列番号101)のうちの1つをコードするプラスミドベクターを用いた、細胞密度17,500個の細胞/ウェル(17.5k c/w)で培養された人工多能性幹細胞(iPSC)由来のグルタミン酸作動性ニューロン(GlutaNeurons)の脂質ベースのトランスフェクションから5日後に測定されたGrik2 mRNA発現の倍率変化の棒グラフを示す。 図2A~2Jは、ウイルスベクター媒介性Grik2 mRNAサイレンシングによるGluK2ノックダウンの検証を示す。(図2A~2D)図2A~2Jに記載される実験に利用される例示的なベクター。(図2A)hSynプロモーター(配列番号682)の制御下で、対照スクランブル配列(配列番号771)をコードするレンチウイルスベクター(CM845)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2B)U6プロモーター(配列番号772)の制御下で、shRNAとしてGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするレンチウイルスベクター(CM946)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2C)hSynプロモーター(配列番号683)の制御下で、miRNAとしてGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするレンチウイルスベクター(CM962)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2D)hSynプロモーター(pAAV-hSyn-EGFP、配列番号682)の制御下で、GFPをコードするAAVベクターについての例示的なプラスミドマップ。(図2E)レンチウイルス(LV)-ヒトシナプシンプロモーター(hSyn(配列番号682))-緑色蛍光タンパク質(GFP)プラスミド構築物で感染した、培養されたラット海馬ニューロンの明視野画像(左パネル)及び蛍光画像(右パネル)。GFP免疫蛍光は、培養されたニューロンの80%より多くで観察された。(図2F)短ヘアピンRNA(LV-U6(配列番号772)-G9(shRNA)、又はGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするマイクロRNA(LV-hSyn(配列番号683)-G9(miRNA)構築物、又は対照配列(配列番号771、hSynプロモーター(配列番号682)の制御下)のいずれかで、レンチウイルスにより媒介されるGrik2 mRNAのノックダウン後のラット海馬ニューロンから得られたGluK2タンパク質及びアクチンのウェスタンブロット。(図2G)細胞においてAAV媒介性ウイルス形質導入に使用されるAAV発現カセットの模式図。(図2H)抗Grik2 ASO配列(G9、配列番号68)、又はスクランブル対照配列(LV:配列番号771、AAV:GC-配列番号101)をコードするレンチウイルス又はAAV9ベクターで感染した海馬ニューロンについて、対照条件における値に対して正規化された、アクチンに対するGluK2タンパク質の相対的レベルを表す棒グラフ。(図2I)異なるウイルスによりコードされる抗Grik2 ASO配列(G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、XY(配列番号83)、Y9(配列番号88)、GG(配列番号91))、及び対照配列(GC、配列番号101)で治療したマウス初代皮質ニューロンにおける、ウェスタンブロットによってアッセイされるような、GluK2タンパク質の相対的レベルを示すプロット。(図2J)RT-qPCRによって測定されるような、hSynプロモーター(配列番号683)の調節制御下で、5種類のGrik2 mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、Y9(配列番号88)、XY(配列番号83)、又はMU(配列番号96))、又はスクランブル対照配列(GC、配列番号101)のうちの1つをコードするプラスミドベクターを用いた、細胞密度17,500個の細胞/ウェル(17.5k c/w)で培養された人工多能性幹細胞(iPSC)由来のグルタミン酸作動性ニューロン(GlutaNeurons)の脂質ベースのトランスフェクションから5日後に測定されたGrik2 mRNA発現の倍率変化の棒グラフを示す。 図2A~2Jは、ウイルスベクター媒介性Grik2 mRNAサイレンシングによるGluK2ノックダウンの検証を示す。(図2A~2D)図2A~2Jに記載される実験に利用される例示的なベクター。(図2A)hSynプロモーター(配列番号682)の制御下で、対照スクランブル配列(配列番号771)をコードするレンチウイルスベクター(CM845)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2B)U6プロモーター(配列番号772)の制御下で、shRNAとしてGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするレンチウイルスベクター(CM946)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2C)hSynプロモーター(配列番号683)の制御下で、miRNAとしてGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするレンチウイルスベクター(CM962)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2D)hSynプロモーター(pAAV-hSyn-EGFP、配列番号682)の制御下で、GFPをコードするAAVベクターについての例示的なプラスミドマップ。(図2E)レンチウイルス(LV)-ヒトシナプシンプロモーター(hSyn(配列番号682))-緑色蛍光タンパク質(GFP)プラスミド構築物で感染した、培養されたラット海馬ニューロンの明視野画像(左パネル)及び蛍光画像(右パネル)。GFP免疫蛍光は、培養されたニューロンの80%より多くで観察された。(図2F)短ヘアピンRNA(LV-U6(配列番号772)-G9(shRNA)、又はGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするマイクロRNA(LV-hSyn(配列番号683)-G9(miRNA)構築物、又は対照配列(配列番号771、hSynプロモーター(配列番号682)の制御下)のいずれかで、レンチウイルスにより媒介されるGrik2 mRNAのノックダウン後のラット海馬ニューロンから得られたGluK2タンパク質及びアクチンのウェスタンブロット。(図2G)細胞においてAAV媒介性ウイルス形質導入に使用されるAAV発現カセットの模式図。(図2H)抗Grik2 ASO配列(G9、配列番号68)、又はスクランブル対照配列(LV:配列番号771、AAV:GC-配列番号101)をコードするレンチウイルス又はAAV9ベクターで感染した海馬ニューロンについて、対照条件における値に対して正規化された、アクチンに対するGluK2タンパク質の相対的レベルを表す棒グラフ。(図2I)異なるウイルスによりコードされる抗Grik2 ASO配列(G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、XY(配列番号83)、Y9(配列番号88)、GG(配列番号91))、及び対照配列(GC、配列番号101)で治療したマウス初代皮質ニューロンにおける、ウェスタンブロットによってアッセイされるような、GluK2タンパク質の相対的レベルを示すプロット。(図2J)RT-qPCRによって測定されるような、hSynプロモーター(配列番号683)の調節制御下で、5種類のGrik2 mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、Y9(配列番号88)、XY(配列番号83)、又はMU(配列番号96))、又はスクランブル対照配列(GC、配列番号101)のうちの1つをコードするプラスミドベクターを用いた、細胞密度17,500個の細胞/ウェル(17.5k c/w)で培養された人工多能性幹細胞(iPSC)由来のグルタミン酸作動性ニューロン(GlutaNeurons)の脂質ベースのトランスフェクションから5日後に測定されたGrik2 mRNA発現の倍率変化の棒グラフを示す。 図2A~2Jは、ウイルスベクター媒介性Grik2 mRNAサイレンシングによるGluK2ノックダウンの検証を示す。(図2A~2D)図2A~2Jに記載される実験に利用される例示的なベクター。(図2A)hSynプロモーター(配列番号682)の制御下で、対照スクランブル配列(配列番号771)をコードするレンチウイルスベクター(CM845)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2B)U6プロモーター(配列番号772)の制御下で、shRNAとしてGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするレンチウイルスベクター(CM946)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2C)hSynプロモーター(配列番号683)の制御下で、miRNAとしてGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするレンチウイルスベクター(CM962)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2D)hSynプロモーター(pAAV-hSyn-EGFP、配列番号682)の制御下で、GFPをコードするAAVベクターについての例示的なプラスミドマップ。(図2E)レンチウイルス(LV)-ヒトシナプシンプロモーター(hSyn(配列番号682))-緑色蛍光タンパク質(GFP)プラスミド構築物で感染した、培養されたラット海馬ニューロンの明視野画像(左パネル)及び蛍光画像(右パネル)。GFP免疫蛍光は、培養されたニューロンの80%より多くで観察された。(図2F)短ヘアピンRNA(LV-U6(配列番号772)-G9(shRNA)、又はGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするマイクロRNA(LV-hSyn(配列番号683)-G9(miRNA)構築物、又は対照配列(配列番号771、hSynプロモーター(配列番号682)の制御下)のいずれかで、レンチウイルスにより媒介されるGrik2 mRNAのノックダウン後のラット海馬ニューロンから得られたGluK2タンパク質及びアクチンのウェスタンブロット。(図2G)細胞においてAAV媒介性ウイルス形質導入に使用されるAAV発現カセットの模式図。(図2H)抗Grik2 ASO配列(G9、配列番号68)、又はスクランブル対照配列(LV:配列番号771、AAV:GC-配列番号101)をコードするレンチウイルス又はAAV9ベクターで感染した海馬ニューロンについて、対照条件における値に対して正規化された、アクチンに対するGluK2タンパク質の相対的レベルを表す棒グラフ。(図2I)異なるウイルスによりコードされる抗Grik2 ASO配列(G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、XY(配列番号83)、Y9(配列番号88)、GG(配列番号91))、及び対照配列(GC、配列番号101)で治療したマウス初代皮質ニューロンにおける、ウェスタンブロットによってアッセイされるような、GluK2タンパク質の相対的レベルを示すプロット。(図2J)RT-qPCRによって測定されるような、hSynプロモーター(配列番号683)の調節制御下で、5種類のGrik2 mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、Y9(配列番号88)、XY(配列番号83)、又はMU(配列番号96))、又はスクランブル対照配列(GC、配列番号101)のうちの1つをコードするプラスミドベクターを用いた、細胞密度17,500個の細胞/ウェル(17.5k c/w)で培養された人工多能性幹細胞(iPSC)由来のグルタミン酸作動性ニューロン(GlutaNeurons)の脂質ベースのトランスフェクションから5日後に測定されたGrik2 mRNA発現の倍率変化の棒グラフを示す。 図2A~2Jは、ウイルスベクター媒介性Grik2 mRNAサイレンシングによるGluK2ノックダウンの検証を示す。(図2A~2D)図2A~2Jに記載される実験に利用される例示的なベクター。(図2A)hSynプロモーター(配列番号682)の制御下で、対照スクランブル配列(配列番号771)をコードするレンチウイルスベクター(CM845)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2B)U6プロモーター(配列番号772)の制御下で、shRNAとしてGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするレンチウイルスベクター(CM946)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2C)hSynプロモーター(配列番号683)の制御下で、miRNAとしてGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするレンチウイルスベクター(CM962)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2D)hSynプロモーター(pAAV-hSyn-EGFP、配列番号682)の制御下で、GFPをコードするAAVベクターについての例示的なプラスミドマップ。(図2E)レンチウイルス(LV)-ヒトシナプシンプロモーター(hSyn(配列番号682))-緑色蛍光タンパク質(GFP)プラスミド構築物で感染した、培養されたラット海馬ニューロンの明視野画像(左パネル)及び蛍光画像(右パネル)。GFP免疫蛍光は、培養されたニューロンの80%より多くで観察された。(図2F)短ヘアピンRNA(LV-U6(配列番号772)-G9(shRNA)、又はGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするマイクロRNA(LV-hSyn(配列番号683)-G9(miRNA)構築物、又は対照配列(配列番号771、hSynプロモーター(配列番号682)の制御下)のいずれかで、レンチウイルスにより媒介されるGrik2 mRNAのノックダウン後のラット海馬ニューロンから得られたGluK2タンパク質及びアクチンのウェスタンブロット。(図2G)細胞においてAAV媒介性ウイルス形質導入に使用されるAAV発現カセットの模式図。(図2H)抗Grik2 ASO配列(G9、配列番号68)、又はスクランブル対照配列(LV:配列番号771、AAV:GC-配列番号101)をコードするレンチウイルス又はAAV9ベクターで感染した海馬ニューロンについて、対照条件における値に対して正規化された、アクチンに対するGluK2タンパク質の相対的レベルを表す棒グラフ。(図2I)異なるウイルスによりコードされる抗Grik2 ASO配列(G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、XY(配列番号83)、Y9(配列番号88)、GG(配列番号91))、及び対照配列(GC、配列番号101)で治療したマウス初代皮質ニューロンにおける、ウェスタンブロットによってアッセイされるような、GluK2タンパク質の相対的レベルを示すプロット。(図2J)RT-qPCRによって測定されるような、hSynプロモーター(配列番号683)の調節制御下で、5種類のGrik2 mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、Y9(配列番号88)、XY(配列番号83)、又はMU(配列番号96))、又はスクランブル対照配列(GC、配列番号101)のうちの1つをコードするプラスミドベクターを用いた、細胞密度17,500個の細胞/ウェル(17.5k c/w)で培養された人工多能性幹細胞(iPSC)由来のグルタミン酸作動性ニューロン(GlutaNeurons)の脂質ベースのトランスフェクションから5日後に測定されたGrik2 mRNA発現の倍率変化の棒グラフを示す。 図2A~2Jは、ウイルスベクター媒介性Grik2 mRNAサイレンシングによるGluK2ノックダウンの検証を示す。(図2A~2D)図2A~2Jに記載される実験に利用される例示的なベクター。(図2A)hSynプロモーター(配列番号682)の制御下で、対照スクランブル配列(配列番号771)をコードするレンチウイルスベクター(CM845)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2B)U6プロモーター(配列番号772)の制御下で、shRNAとしてGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするレンチウイルスベクター(CM946)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2C)hSynプロモーター(配列番号683)の制御下で、miRNAとしてGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするレンチウイルスベクター(CM962)についての例示的なレンチウイルスプラスミドマップ。(図2D)hSynプロモーター(pAAV-hSyn-EGFP、配列番号682)の制御下で、GFPをコードするAAVベクターについての例示的なプラスミドマップ。(図2E)レンチウイルス(LV)-ヒトシナプシンプロモーター(hSyn(配列番号682))-緑色蛍光タンパク質(GFP)プラスミド構築物で感染した、培養されたラット海馬ニューロンの明視野画像(左パネル)及び蛍光画像(右パネル)。GFP免疫蛍光は、培養されたニューロンの80%より多くで観察された。(図2F)短ヘアピンRNA(LV-U6(配列番号772)-G9(shRNA)、又はGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするマイクロRNA(LV-hSyn(配列番号683)-G9(miRNA)構築物、又は対照配列(配列番号771、hSynプロモーター(配列番号682)の制御下)のいずれかで、レンチウイルスにより媒介されるGrik2 mRNAのノックダウン後のラット海馬ニューロンから得られたGluK2タンパク質及びアクチンのウェスタンブロット。(図2G)細胞においてAAV媒介性ウイルス形質導入に使用されるAAV発現カセットの模式図。(図2H)抗Grik2 ASO配列(G9、配列番号68)、又はスクランブル対照配列(LV:配列番号771、AAV:GC-配列番号101)をコードするレンチウイルス又はAAV9ベクターで感染した海馬ニューロンについて、対照条件における値に対して正規化された、アクチンに対するGluK2タンパク質の相対的レベルを表す棒グラフ。(図2I)異なるウイルスによりコードされる抗Grik2 ASO配列(G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、XY(配列番号83)、Y9(配列番号88)、GG(配列番号91))、及び対照配列(GC、配列番号101)で治療したマウス初代皮質ニューロンにおける、ウェスタンブロットによってアッセイされるような、GluK2タンパク質の相対的レベルを示すプロット。(図2J)RT-qPCRによって測定されるような、hSynプロモーター(配列番号683)の調節制御下で、5種類のGrik2 mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、Y9(配列番号88)、XY(配列番号83)、又はMU(配列番号96))、又はスクランブル対照配列(GC、配列番号101)のうちの1つをコードするプラスミドベクターを用いた、細胞密度17,500個の細胞/ウェル(17.5k c/w)で培養された人工多能性幹細胞(iPSC)由来のグルタミン酸作動性ニューロン(GlutaNeurons)の脂質ベースのトランスフェクションから5日後に測定されたGrik2 mRNA発現の倍率変化の棒グラフを示す。 図3A~3Dは、マウスインビトロモデルにおける海馬てんかん性活性に対する、ウイルスによりコードされる抗Grik2 ASO剤の効果を示す。(図3A)スクランブル配列(配列番号101)を含有するAAV9-hSyn(配列番号682)-GFP-スクランブル構築物で感染した器官型海馬脳切片を示す蛍光画像。切片を、プロスペロホメオボックスタンパク質1(Prox1)抗体(Millipore)で免疫染色し、海馬の歯状回(DG)細胞を標識した。(図3B)マウス器官型海馬切片から記録されたEDの例示的な細胞外電圧トレース。(図3C)hSynプロモーター(LV及びAAV9-GC:配列番号682、AAV9-hSyn-G9:配列番号683)の制御下でのmiRNA構築物としての抗Grik2 ASO配列(G9、配列番号68、***、p<0.001;**、p<0.01)、又はスクランブル対照配列(AAV-GC(配列番号101)、LV-スクランブル(配列番号771))をコードするレンチウイルス又はAAV9ベクター、又はAAV9-GFP対照ベクターに感染したマウス海馬切片における、EDの周波数を表す棒グラフ。(図3D)指定のAAV9によってコードされる抗Grik2 ASO剤で治療されたマウス器官型海馬切片におけるEDの周波数を表す棒グラフ(AAV9-hSyn(配列番号683)-G9(配列番号68)-p=0.0004、AAV9-hSyn(配列番号683)-XY(配列番号91)-p=0.0008、AAV9-hSyn(配列番号683)-GI(配列番号85)-p=0.0478)、AAV9-hSyn(配列番号683)-Y9(配列番号96)、及びAAV9-hSyn(配列番号683)-GG(配列番号91)、又は対照スクランブル配列及びGFPタグ(AAV9-hSyn(配列番号682)-GFP-GC(配列番号101))。 図3A~3Dは、マウスインビトロモデルにおける海馬てんかん性活性に対する、ウイルスによりコードされる抗Grik2 ASO剤の効果を示す。(図3A)スクランブル配列(配列番号101)を含有するAAV9-hSyn(配列番号682)-GFP-スクランブル構築物で感染した器官型海馬脳切片を示す蛍光画像。切片を、プロスペロホメオボックスタンパク質1(Prox1)抗体(Millipore)で免疫染色し、海馬の歯状回(DG)細胞を標識した。(図3B)マウス器官型海馬切片から記録されたEDの例示的な細胞外電圧トレース。(図3C)hSynプロモーター(LV及びAAV9-GC:配列番号682、AAV9-hSyn-G9:配列番号683)の制御下でのmiRNA構築物としての抗Grik2 ASO配列(G9、配列番号68、***、p<0.001;**、p<0.01)、又はスクランブル対照配列(AAV-GC(配列番号101)、LV-スクランブル(配列番号771))をコードするレンチウイルス又はAAV9ベクター、又はAAV9-GFP対照ベクターに感染したマウス海馬切片における、EDの周波数を表す棒グラフ。(図3D)指定のAAV9によってコードされる抗Grik2 ASO剤で治療されたマウス器官型海馬切片におけるEDの周波数を表す棒グラフ(AAV9-hSyn(配列番号683)-G9(配列番号68)-p=0.0004、AAV9-hSyn(配列番号683)-XY(配列番号91)-p=0.0008、AAV9-hSyn(配列番号683)-GI(配列番号85)-p=0.0478)、AAV9-hSyn(配列番号683)-Y9(配列番号96)、及びAAV9-hSyn(配列番号683)-GG(配列番号91)、又は対照スクランブル配列及びGFPタグ(AAV9-hSyn(配列番号682)-GFP-GC(配列番号101))。 図3A~3Dは、マウスインビトロモデルにおける海馬てんかん性活性に対する、ウイルスによりコードされる抗Grik2 ASO剤の効果を示す。(図3A)スクランブル配列(配列番号101)を含有するAAV9-hSyn(配列番号682)-GFP-スクランブル構築物で感染した器官型海馬脳切片を示す蛍光画像。切片を、プロスペロホメオボックスタンパク質1(Prox1)抗体(Millipore)で免疫染色し、海馬の歯状回(DG)細胞を標識した。(図3B)マウス器官型海馬切片から記録されたEDの例示的な細胞外電圧トレース。(図3C)hSynプロモーター(LV及びAAV9-GC:配列番号682、AAV9-hSyn-G9:配列番号683)の制御下でのmiRNA構築物としての抗Grik2 ASO配列(G9、配列番号68、***、p<0.001;**、p<0.01)、又はスクランブル対照配列(AAV-GC(配列番号101)、LV-スクランブル(配列番号771))をコードするレンチウイルス又はAAV9ベクター、又はAAV9-GFP対照ベクターに感染したマウス海馬切片における、EDの周波数を表す棒グラフ。(図3D)指定のAAV9によってコードされる抗Grik2 ASO剤で治療されたマウス器官型海馬切片におけるEDの周波数を表す棒グラフ(AAV9-hSyn(配列番号683)-G9(配列番号68)-p=0.0004、AAV9-hSyn(配列番号683)-XY(配列番号91)-p=0.0008、AAV9-hSyn(配列番号683)-GI(配列番号85)-p=0.0478)、AAV9-hSyn(配列番号683)-Y9(配列番号96)、及びAAV9-hSyn(配列番号683)-GG(配列番号91)、又は対照スクランブル配列及びGFPタグ(AAV9-hSyn(配列番号682)-GFP-GC(配列番号101))。 図3A~3Dは、マウスインビトロモデルにおける海馬てんかん性活性に対する、ウイルスによりコードされる抗Grik2 ASO剤の効果を示す。(図3A)スクランブル配列(配列番号101)を含有するAAV9-hSyn(配列番号682)-GFP-スクランブル構築物で感染した器官型海馬脳切片を示す蛍光画像。切片を、プロスペロホメオボックスタンパク質1(Prox1)抗体(Millipore)で免疫染色し、海馬の歯状回(DG)細胞を標識した。(図3B)マウス器官型海馬切片から記録されたEDの例示的な細胞外電圧トレース。(図3C)hSynプロモーター(LV及びAAV9-GC:配列番号682、AAV9-hSyn-G9:配列番号683)の制御下でのmiRNA構築物としての抗Grik2 ASO配列(G9、配列番号68、***、p<0.001;**、p<0.01)、又はスクランブル対照配列(AAV-GC(配列番号101)、LV-スクランブル(配列番号771))をコードするレンチウイルス又はAAV9ベクター、又はAAV9-GFP対照ベクターに感染したマウス海馬切片における、EDの周波数を表す棒グラフ。(図3D)指定のAAV9によってコードされる抗Grik2 ASO剤で治療されたマウス器官型海馬切片におけるEDの周波数を表す棒グラフ(AAV9-hSyn(配列番号683)-G9(配列番号68)-p=0.0004、AAV9-hSyn(配列番号683)-XY(配列番号91)-p=0.0008、AAV9-hSyn(配列番号683)-GI(配列番号85)-p=0.0478)、AAV9-hSyn(配列番号683)-Y9(配列番号96)、及びAAV9-hSyn(配列番号683)-GG(配列番号91)、又は対照スクランブル配列及びGFPタグ(AAV9-hSyn(配列番号682)-GFP-GC(配列番号101))。 図4A~4Fは、側頭葉てんかん(TLE)のインビボマウスモデルにおける、Grik2標的化ASO剤の有効性を示す。(図4A)新規物体認識(NOR)タスクの実験設計の模式図。(図4B)ウイルスによりコードされるスクランブル配列(GC、配列番号101、AAV9-hSyn(配列番号682)-GFP-GC)、又は抗Grik2配列(G9、配列番号68、AAV9-hSyn(配列番号683)-G9)のいずれかを注射する7日前、又は注射して15日後に測定されるような、NORタスクを受けたマウスの識別指数(DI)を示す棒グラフ。(図4C)ウイルスによりコードされるスクランブル配列(GC、配列番号101)、又は抗Grik2配列(G9、配列番号68)のいずれかを注射する7日前、又は注射して15日後に測定されるような、NORタスクにおけるマウスによる総移動距離(cm)を示す棒グラフ。(図4D)ピロカルピンによる治療後のマウスから記録されるような、TLEのピロカルピンモデルにおいて誘導される脳波上のてんかん発作の例示的な電圧トレース。(図4E)ウイルスによりコードされるスクランブル対照配列(GC、配列番号101、n=3)、又はウイルスによりコードされる抗Grik2 ASO剤(G9、配列番号68、n=4)で治療したマウスにおける、5日間にわたる累積的てんかん発作持続時間(分)を示す棒グラフ。(図4F)ウイルスによりコードされるスクランブル対照配列(GC、配列番号101、n=5)、又はウイルスによりコードされる抗Grik2 ASO剤(G9、配列番号68、n=6)で治療したマウスにおける、5日間にわたる累積的てんかん発作数を示す棒グラフ。 図4A~4Fは、側頭葉てんかん(TLE)のインビボマウスモデルにおける、Grik2標的化ASO剤の有効性を示す。(図4A)新規物体認識(NOR)タスクの実験設計の模式図。(図4B)ウイルスによりコードされるスクランブル配列(GC、配列番号101、AAV9-hSyn(配列番号682)-GFP-GC)、又は抗Grik2配列(G9、配列番号68、AAV9-hSyn(配列番号683)-G9)のいずれかを注射する7日前、又は注射して15日後に測定されるような、NORタスクを受けたマウスの識別指数(DI)を示す棒グラフ。(図4C)ウイルスによりコードされるスクランブル配列(GC、配列番号101)、又は抗Grik2配列(G9、配列番号68)のいずれかを注射する7日前、又は注射して15日後に測定されるような、NORタスクにおけるマウスによる総移動距離(cm)を示す棒グラフ。(図4D)ピロカルピンによる治療後のマウスから記録されるような、TLEのピロカルピンモデルにおいて誘導される脳波上のてんかん発作の例示的な電圧トレース。(図4E)ウイルスによりコードされるスクランブル対照配列(GC、配列番号101、n=3)、又はウイルスによりコードされる抗Grik2 ASO剤(G9、配列番号68、n=4)で治療したマウスにおける、5日間にわたる累積的てんかん発作持続時間(分)を示す棒グラフ。(図4F)ウイルスによりコードされるスクランブル対照配列(GC、配列番号101、n=5)、又はウイルスによりコードされる抗Grik2 ASO剤(G9、配列番号68、n=6)で治療したマウスにおける、5日間にわたる累積的てんかん発作数を示す棒グラフ。 図4A~4Fは、側頭葉てんかん(TLE)のインビボマウスモデルにおける、Grik2標的化ASO剤の有効性を示す。(図4A)新規物体認識(NOR)タスクの実験設計の模式図。(図4B)ウイルスによりコードされるスクランブル配列(GC、配列番号101、AAV9-hSyn(配列番号682)-GFP-GC)、又は抗Grik2配列(G9、配列番号68、AAV9-hSyn(配列番号683)-G9)のいずれかを注射する7日前、又は注射して15日後に測定されるような、NORタスクを受けたマウスの識別指数(DI)を示す棒グラフ。(図4C)ウイルスによりコードされるスクランブル配列(GC、配列番号101)、又は抗Grik2配列(G9、配列番号68)のいずれかを注射する7日前、又は注射して15日後に測定されるような、NORタスクにおけるマウスによる総移動距離(cm)を示す棒グラフ。(図4D)ピロカルピンによる治療後のマウスから記録されるような、TLEのピロカルピンモデルにおいて誘導される脳波上のてんかん発作の例示的な電圧トレース。(図4E)ウイルスによりコードされるスクランブル対照配列(GC、配列番号101、n=3)、又はウイルスによりコードされる抗Grik2 ASO剤(G9、配列番号68、n=4)で治療したマウスにおける、5日間にわたる累積的てんかん発作持続時間(分)を示す棒グラフ。(図4F)ウイルスによりコードされるスクランブル対照配列(GC、配列番号101、n=5)、又はウイルスによりコードされる抗Grik2 ASO剤(G9、配列番号68、n=6)で治療したマウスにおける、5日間にわたる累積的てんかん発作数を示す棒グラフ。 図4A~4Fは、側頭葉てんかん(TLE)のインビボマウスモデルにおける、Grik2標的化ASO剤の有効性を示す。(図4A)新規物体認識(NOR)タスクの実験設計の模式図。(図4B)ウイルスによりコードされるスクランブル配列(GC、配列番号101、AAV9-hSyn(配列番号682)-GFP-GC)、又は抗Grik2配列(G9、配列番号68、AAV9-hSyn(配列番号683)-G9)のいずれかを注射する7日前、又は注射して15日後に測定されるような、NORタスクを受けたマウスの識別指数(DI)を示す棒グラフ。(図4C)ウイルスによりコードされるスクランブル配列(GC、配列番号101)、又は抗Grik2配列(G9、配列番号68)のいずれかを注射する7日前、又は注射して15日後に測定されるような、NORタスクにおけるマウスによる総移動距離(cm)を示す棒グラフ。(図4D)ピロカルピンによる治療後のマウスから記録されるような、TLEのピロカルピンモデルにおいて誘導される脳波上のてんかん発作の例示的な電圧トレース。(図4E)ウイルスによりコードされるスクランブル対照配列(GC、配列番号101、n=3)、又はウイルスによりコードされる抗Grik2 ASO剤(G9、配列番号68、n=4)で治療したマウスにおける、5日間にわたる累積的てんかん発作持続時間(分)を示す棒グラフ。(図4F)ウイルスによりコードされるスクランブル対照配列(GC、配列番号101、n=5)、又はウイルスによりコードされる抗Grik2 ASO剤(G9、配列番号68、n=6)で治療したマウスにおける、5日間にわたる累積的てんかん発作数を示す棒グラフ。 図4A~4Fは、側頭葉てんかん(TLE)のインビボマウスモデルにおける、Grik2標的化ASO剤の有効性を示す。(図4A)新規物体認識(NOR)タスクの実験設計の模式図。(図4B)ウイルスによりコードされるスクランブル配列(GC、配列番号101、AAV9-hSyn(配列番号682)-GFP-GC)、又は抗Grik2配列(G9、配列番号68、AAV9-hSyn(配列番号683)-G9)のいずれかを注射する7日前、又は注射して15日後に測定されるような、NORタスクを受けたマウスの識別指数(DI)を示す棒グラフ。(図4C)ウイルスによりコードされるスクランブル配列(GC、配列番号101)、又は抗Grik2配列(G9、配列番号68)のいずれかを注射する7日前、又は注射して15日後に測定されるような、NORタスクにおけるマウスによる総移動距離(cm)を示す棒グラフ。(図4D)ピロカルピンによる治療後のマウスから記録されるような、TLEのピロカルピンモデルにおいて誘導される脳波上のてんかん発作の例示的な電圧トレース。(図4E)ウイルスによりコードされるスクランブル対照配列(GC、配列番号101、n=3)、又はウイルスによりコードされる抗Grik2 ASO剤(G9、配列番号68、n=4)で治療したマウスにおける、5日間にわたる累積的てんかん発作持続時間(分)を示す棒グラフ。(図4F)ウイルスによりコードされるスクランブル対照配列(GC、配列番号101、n=5)、又はウイルスによりコードされる抗Grik2 ASO剤(G9、配列番号68、n=6)で治療したマウスにおける、5日間にわたる累積的てんかん発作数を示す棒グラフ。 図4A~4Fは、側頭葉てんかん(TLE)のインビボマウスモデルにおける、Grik2標的化ASO剤の有効性を示す。(図4A)新規物体認識(NOR)タスクの実験設計の模式図。(図4B)ウイルスによりコードされるスクランブル配列(GC、配列番号101、AAV9-hSyn(配列番号682)-GFP-GC)、又は抗Grik2配列(G9、配列番号68、AAV9-hSyn(配列番号683)-G9)のいずれかを注射する7日前、又は注射して15日後に測定されるような、NORタスクを受けたマウスの識別指数(DI)を示す棒グラフ。(図4C)ウイルスによりコードされるスクランブル配列(GC、配列番号101)、又は抗Grik2配列(G9、配列番号68)のいずれかを注射する7日前、又は注射して15日後に測定されるような、NORタスクにおけるマウスによる総移動距離(cm)を示す棒グラフ。(図4D)ピロカルピンによる治療後のマウスから記録されるような、TLEのピロカルピンモデルにおいて誘導される脳波上のてんかん発作の例示的な電圧トレース。(図4E)ウイルスによりコードされるスクランブル対照配列(GC、配列番号101、n=3)、又はウイルスによりコードされる抗Grik2 ASO剤(G9、配列番号68、n=4)で治療したマウスにおける、5日間にわたる累積的てんかん発作持続時間(分)を示す棒グラフ。(図4F)ウイルスによりコードされるスクランブル対照配列(GC、配列番号101、n=5)、又はウイルスによりコードされる抗Grik2 ASO剤(G9、配列番号68、n=6)で治療したマウスにおける、5日間にわたる累積的てんかん発作数を示す棒グラフ。 図5は、AAV9ベクターにおいてコードされる種々のGrik2 mRNA標的化マイクロRNA構築物のノックダウン有効性を示す棒グラフである。AAV9ベクターは、A-miR-30(S1)、E-miR-30(S2)、E-miR-155(S3)、E-miR-218(S4)、及びE-miR-124(S5)を含む、内因性マイクロRNAからの5’隣接領域、マイクロRNAループ配列、及び3’隣接領域を含有する5種類のマイクロRNA足場のうちの1つを組み込む。試験されるアンチセンス配列は、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、MW(配列番号80)、GU(配列番号96)、TO(配列番号14)、TK(配列番号74)、TH(配列番号22)、CQ(配列番号35)、XU(配列番号51)、XY(配列番号83)、Y9(配列番号88)、YA(配列番号63)、GG(配列番号91)、G8(配列番号92)、ME(配列番号69)、及びMD(配列番号70)であった。ノックダウン有効性は、「脂質のみ」対照と比較した、Grik2 mRNAメジアンの倍率変化として表される。hSynプロモーター(配列番号790)の制御下で、miRNAを発現するプラスミドのこのより大きなパネルを、人工多能性幹細胞(iPSC)由来のグルタミン酸作動性ニューロン(GlutaNeurons)へとトランスフェクトし、RT-qPCRによって、Grik2 mRNAレベルを減少させる能力について評価した。トランスフェクトされていない細胞(破線)と比較して、メジアン絶対偏差(MAD)=2を使用して機能的構築物(点線)を特定する場合に、構築物の大部分は、機能的であると決定された(すなわち、これらは、MADを下回るノックダウンGrik2 mRNAを示す)。試験された構築物の全ての中で、GI(配列番号77)-S2(配列番号798)、MW(配列番号80)-S4(配列番号799)、MW-S5(配列番号800)、及びG9(配列番号68)-S5(配列番号801)は、最も高い程度までGrik2 mRNAをノックダウンすることがわかった(すなわち、20%以上のノックダウン)。 図6A~6Gは、内因性miRNAからの5’隣接領域、マイクロRNAループ配列、及び3’隣接領域を含有するA-miR-30(S1)足場に組み込まれたアンチセンスガイド配列を含有する合成AAV9-miRNA構築物の構成の模式図を示す。構築物1(図6A)は、単一miRNA単一プロモーター構築物(配列番号775)であり、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、miR-30 5’隣接配列(配列番号752)、G9(配列番号68)の抗Grik2配列に対して実質的に相補的なパッセンジャー鎖配列、miR-30ループ配列(配列番号758)、G9(配列番号68)のガイド配列、miR-30 3’隣接配列(配列番号753)、ウサギベータ-グロビン(RBG)ポリAシグナル(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号789)を含有する。構築物2(図6B)は、単一miRNA二重プロモーター構築物(配列番号777)であり、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、C1ql2プロモーター配列(配列番号791)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、miR-30 5’隣接配列(配列番号752)、G9(配列番号68)の抗Grik2配列に対して実質的に相補的なパッセンジャー鎖配列、miR-30ループ配列(配列番号785)、G9(配列番号68)のガイド配列、miR-30 3’隣接配列(配列番号753)、RBGポリAシグナル(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。構築物3(図6C)は、自己相補性の二重miRNA(G9、配列番号68の2個のコピー)の単一プロモーター構築物(配列番号779)であり、hSynプロモーター(配列番号790)に隣接した5’末端に(すまわち、5’に)野生型AAV(wt)ITR、及びポリA配列の下流に変異体ITR(mITR)を含有する。構築物4(図6D、配列番号781)は、hSynプロモーター(配列番号790)がmITRに隣接しており、ポリA配列がwtITTRに隣接していることを除き、構築物3と同様である。構築物5(配列番号783)及び構築物6(配列番号784)は、プレmiRステム-ループ構造(5’隣接、ステム-ループ、及び3’隣接)が、3回連結しており、その結果、構築物が、同じmiRNA配列の3個のコピー(例えば、G9、配列番号68、構築物5)、又は異なるmiRNA配列の3個のコピー(図6E、構築物6、G9、GI(配列番号77)、MU(配列番号96))を含有することを除き、構築物1と同様である。構築物7(図6F、配列番号804)は、単一miRNA単一プロモーター構築物であって、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、miR-30 5’隣接配列(配列番号752)、G9(配列番号68)の抗Grik2配列に対して実質的に相補的なパッセンジャー鎖配列、miR-30ループ配列(配列番号758)、G9(配列番号68)のガイド配列、miR-30 3’隣接配列(配列番号753)、RBGポリAシグナル(配列番号792)、非コードスタッファー配列、及び3’ITR配列(配列番号789)を含有する。構築物8(図6G、配列番号810)は、単一miRNA単一プロモーター構築物であって、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリAシグナル(配列番号792)、非コードスタッファー配列、及び3’ITR配列(配列番号789)を含有する。 図6A~6Gは、内因性miRNAからの5’隣接領域、マイクロRNAループ配列、及び3’隣接領域を含有するA-miR-30(S1)足場に組み込まれたアンチセンスガイド配列を含有する合成AAV9-miRNA構築物の構成の模式図を示す。構築物1(図6A)は、単一miRNA単一プロモーター構築物(配列番号775)であり、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、miR-30 5’隣接配列(配列番号752)、G9(配列番号68)の抗Grik2配列に対して実質的に相補的なパッセンジャー鎖配列、miR-30ループ配列(配列番号758)、G9(配列番号68)のガイド配列、miR-30 3’隣接配列(配列番号753)、ウサギベータ-グロビン(RBG)ポリAシグナル(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号789)を含有する。構築物2(図6B)は、単一miRNA二重プロモーター構築物(配列番号777)であり、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、C1ql2プロモーター配列(配列番号791)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、miR-30 5’隣接配列(配列番号752)、G9(配列番号68)の抗Grik2配列に対して実質的に相補的なパッセンジャー鎖配列、miR-30ループ配列(配列番号785)、G9(配列番号68)のガイド配列、miR-30 3’隣接配列(配列番号753)、RBGポリAシグナル(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。構築物3(図6C)は、自己相補性の二重miRNA(G9、配列番号68の2個のコピー)の単一プロモーター構築物(配列番号779)であり、hSynプロモーター(配列番号790)に隣接した5’末端に(すまわち、5’に)野生型AAV(wt)ITR、及びポリA配列の下流に変異体ITR(mITR)を含有する。構築物4(図6D、配列番号781)は、hSynプロモーター(配列番号790)がmITRに隣接しており、ポリA配列がwtITTRに隣接していることを除き、構築物3と同様である。構築物5(配列番号783)及び構築物6(配列番号784)は、プレmiRステム-ループ構造(5’隣接、ステム-ループ、及び3’隣接)が、3回連結しており、その結果、構築物が、同じmiRNA配列の3個のコピー(例えば、G9、配列番号68、構築物5)、又は異なるmiRNA配列の3個のコピー(図6E、構築物6、G9、GI(配列番号77)、MU(配列番号96))を含有することを除き、構築物1と同様である。構築物7(図6F、配列番号804)は、単一miRNA単一プロモーター構築物であって、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、miR-30 5’隣接配列(配列番号752)、G9(配列番号68)の抗Grik2配列に対して実質的に相補的なパッセンジャー鎖配列、miR-30ループ配列(配列番号758)、G9(配列番号68)のガイド配列、miR-30 3’隣接配列(配列番号753)、RBGポリAシグナル(配列番号792)、非コードスタッファー配列、及び3’ITR配列(配列番号789)を含有する。構築物8(図6G、配列番号810)は、単一miRNA単一プロモーター構築物であって、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリAシグナル(配列番号792)、非コードスタッファー配列、及び3’ITR配列(配列番号789)を含有する。 図6A~6Gは、内因性miRNAからの5’隣接領域、マイクロRNAループ配列、及び3’隣接領域を含有するA-miR-30(S1)足場に組み込まれたアンチセンスガイド配列を含有する合成AAV9-miRNA構築物の構成の模式図を示す。構築物1(図6A)は、単一miRNA単一プロモーター構築物(配列番号775)であり、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、miR-30 5’隣接配列(配列番号752)、G9(配列番号68)の抗Grik2配列に対して実質的に相補的なパッセンジャー鎖配列、miR-30ループ配列(配列番号758)、G9(配列番号68)のガイド配列、miR-30 3’隣接配列(配列番号753)、ウサギベータ-グロビン(RBG)ポリAシグナル(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号789)を含有する。構築物2(図6B)は、単一miRNA二重プロモーター構築物(配列番号777)であり、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、C1ql2プロモーター配列(配列番号791)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、miR-30 5’隣接配列(配列番号752)、G9(配列番号68)の抗Grik2配列に対して実質的に相補的なパッセンジャー鎖配列、miR-30ループ配列(配列番号785)、G9(配列番号68)のガイド配列、miR-30 3’隣接配列(配列番号753)、RBGポリAシグナル(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。構築物3(図6C)は、自己相補性の二重miRNA(G9、配列番号68の2個のコピー)の単一プロモーター構築物(配列番号779)であり、hSynプロモーター(配列番号790)に隣接した5’末端に(すまわち、5’に)野生型AAV(wt)ITR、及びポリA配列の下流に変異体ITR(mITR)を含有する。構築物4(図6D、配列番号781)は、hSynプロモーター(配列番号790)がmITRに隣接しており、ポリA配列がwtITTRに隣接していることを除き、構築物3と同様である。構築物5(配列番号783)及び構築物6(配列番号784)は、プレmiRステム-ループ構造(5’隣接、ステム-ループ、及び3’隣接)が、3回連結しており、その結果、構築物が、同じmiRNA配列の3個のコピー(例えば、G9、配列番号68、構築物5)、又は異なるmiRNA配列の3個のコピー(図6E、構築物6、G9、GI(配列番号77)、MU(配列番号96))を含有することを除き、構築物1と同様である。構築物7(図6F、配列番号804)は、単一miRNA単一プロモーター構築物であって、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、miR-30 5’隣接配列(配列番号752)、G9(配列番号68)の抗Grik2配列に対して実質的に相補的なパッセンジャー鎖配列、miR-30ループ配列(配列番号758)、G9(配列番号68)のガイド配列、miR-30 3’隣接配列(配列番号753)、RBGポリAシグナル(配列番号792)、非コードスタッファー配列、及び3’ITR配列(配列番号789)を含有する。構築物8(図6G、配列番号810)は、単一miRNA単一プロモーター構築物であって、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリAシグナル(配列番号792)、非コードスタッファー配列、及び3’ITR配列(配列番号789)を含有する。 図6A~6Gは、内因性miRNAからの5’隣接領域、マイクロRNAループ配列、及び3’隣接領域を含有するA-miR-30(S1)足場に組み込まれたアンチセンスガイド配列を含有する合成AAV9-miRNA構築物の構成の模式図を示す。構築物1(図6A)は、単一miRNA単一プロモーター構築物(配列番号775)であり、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、miR-30 5’隣接配列(配列番号752)、G9(配列番号68)の抗Grik2配列に対して実質的に相補的なパッセンジャー鎖配列、miR-30ループ配列(配列番号758)、G9(配列番号68)のガイド配列、miR-30 3’隣接配列(配列番号753)、ウサギベータ-グロビン(RBG)ポリAシグナル(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号789)を含有する。構築物2(図6B)は、単一miRNA二重プロモーター構築物(配列番号777)であり、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、C1ql2プロモーター配列(配列番号791)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、miR-30 5’隣接配列(配列番号752)、G9(配列番号68)の抗Grik2配列に対して実質的に相補的なパッセンジャー鎖配列、miR-30ループ配列(配列番号785)、G9(配列番号68)のガイド配列、miR-30 3’隣接配列(配列番号753)、RBGポリAシグナル(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。構築物3(図6C)は、自己相補性の二重miRNA(G9、配列番号68の2個のコピー)の単一プロモーター構築物(配列番号779)であり、hSynプロモーター(配列番号790)に隣接した5’末端に(すまわち、5’に)野生型AAV(wt)ITR、及びポリA配列の下流に変異体ITR(mITR)を含有する。構築物4(図6D、配列番号781)は、hSynプロモーター(配列番号790)がmITRに隣接しており、ポリA配列がwtITTRに隣接していることを除き、構築物3と同様である。構築物5(配列番号783)及び構築物6(配列番号784)は、プレmiRステム-ループ構造(5’隣接、ステム-ループ、及び3’隣接)が、3回連結しており、その結果、構築物が、同じmiRNA配列の3個のコピー(例えば、G9、配列番号68、構築物5)、又は異なるmiRNA配列の3個のコピー(図6E、構築物6、G9、GI(配列番号77)、MU(配列番号96))を含有することを除き、構築物1と同様である。構築物7(図6F、配列番号804)は、単一miRNA単一プロモーター構築物であって、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、miR-30 5’隣接配列(配列番号752)、G9(配列番号68)の抗Grik2配列に対して実質的に相補的なパッセンジャー鎖配列、miR-30ループ配列(配列番号758)、G9(配列番号68)のガイド配列、miR-30 3’隣接配列(配列番号753)、RBGポリAシグナル(配列番号792)、非コードスタッファー配列、及び3’ITR配列(配列番号789)を含有する。構築物8(図6G、配列番号810)は、単一miRNA単一プロモーター構築物であって、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリAシグナル(配列番号792)、非コードスタッファー配列、及び3’ITR配列(配列番号789)を含有する。 図6A~6Gは、内因性miRNAからの5’隣接領域、マイクロRNAループ配列、及び3’隣接領域を含有するA-miR-30(S1)足場に組み込まれたアンチセンスガイド配列を含有する合成AAV9-miRNA構築物の構成の模式図を示す。構築物1(図6A)は、単一miRNA単一プロモーター構築物(配列番号775)であり、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、miR-30 5’隣接配列(配列番号752)、G9(配列番号68)の抗Grik2配列に対して実質的に相補的なパッセンジャー鎖配列、miR-30ループ配列(配列番号758)、G9(配列番号68)のガイド配列、miR-30 3’隣接配列(配列番号753)、ウサギベータ-グロビン(RBG)ポリAシグナル(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号789)を含有する。構築物2(図6B)は、単一miRNA二重プロモーター構築物(配列番号777)であり、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、C1ql2プロモーター配列(配列番号791)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、miR-30 5’隣接配列(配列番号752)、G9(配列番号68)の抗Grik2配列に対して実質的に相補的なパッセンジャー鎖配列、miR-30ループ配列(配列番号785)、G9(配列番号68)のガイド配列、miR-30 3’隣接配列(配列番号753)、RBGポリAシグナル(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。構築物3(図6C)は、自己相補性の二重miRNA(G9、配列番号68の2個のコピー)の単一プロモーター構築物(配列番号779)であり、hSynプロモーター(配列番号790)に隣接した5’末端に(すまわち、5’に)野生型AAV(wt)ITR、及びポリA配列の下流に変異体ITR(mITR)を含有する。構築物4(図6D、配列番号781)は、hSynプロモーター(配列番号790)がmITRに隣接しており、ポリA配列がwtITTRに隣接していることを除き、構築物3と同様である。構築物5(配列番号783)及び構築物6(配列番号784)は、プレmiRステム-ループ構造(5’隣接、ステム-ループ、及び3’隣接)が、3回連結しており、その結果、構築物が、同じmiRNA配列の3個のコピー(例えば、G9、配列番号68、構築物5)、又は異なるmiRNA配列の3個のコピー(図6E、構築物6、G9、GI(配列番号77)、MU(配列番号96))を含有することを除き、構築物1と同様である。構築物7(図6F、配列番号804)は、単一miRNA単一プロモーター構築物であって、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、miR-30 5’隣接配列(配列番号752)、G9(配列番号68)の抗Grik2配列に対して実質的に相補的なパッセンジャー鎖配列、miR-30ループ配列(配列番号758)、G9(配列番号68)のガイド配列、miR-30 3’隣接配列(配列番号753)、RBGポリAシグナル(配列番号792)、非コードスタッファー配列、及び3’ITR配列(配列番号789)を含有する。構築物8(図6G、配列番号810)は、単一miRNA単一プロモーター構築物であって、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリAシグナル(配列番号792)、非コードスタッファー配列、及び3’ITR配列(配列番号789)を含有する。 図6A~6Gは、内因性miRNAからの5’隣接領域、マイクロRNAループ配列、及び3’隣接領域を含有するA-miR-30(S1)足場に組み込まれたアンチセンスガイド配列を含有する合成AAV9-miRNA構築物の構成の模式図を示す。構築物1(図6A)は、単一miRNA単一プロモーター構築物(配列番号775)であり、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、miR-30 5’隣接配列(配列番号752)、G9(配列番号68)の抗Grik2配列に対して実質的に相補的なパッセンジャー鎖配列、miR-30ループ配列(配列番号758)、G9(配列番号68)のガイド配列、miR-30 3’隣接配列(配列番号753)、ウサギベータ-グロビン(RBG)ポリAシグナル(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号789)を含有する。構築物2(図6B)は、単一miRNA二重プロモーター構築物(配列番号777)であり、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、C1ql2プロモーター配列(配列番号791)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、miR-30 5’隣接配列(配列番号752)、G9(配列番号68)の抗Grik2配列に対して実質的に相補的なパッセンジャー鎖配列、miR-30ループ配列(配列番号785)、G9(配列番号68)のガイド配列、miR-30 3’隣接配列(配列番号753)、RBGポリAシグナル(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。構築物3(図6C)は、自己相補性の二重miRNA(G9、配列番号68の2個のコピー)の単一プロモーター構築物(配列番号779)であり、hSynプロモーター(配列番号790)に隣接した5’末端に(すまわち、5’に)野生型AAV(wt)ITR、及びポリA配列の下流に変異体ITR(mITR)を含有する。構築物4(図6D、配列番号781)は、hSynプロモーター(配列番号790)がmITRに隣接しており、ポリA配列がwtITTRに隣接していることを除き、構築物3と同様である。構築物5(配列番号783)及び構築物6(配列番号784)は、プレmiRステム-ループ構造(5’隣接、ステム-ループ、及び3’隣接)が、3回連結しており、その結果、構築物が、同じmiRNA配列の3個のコピー(例えば、G9、配列番号68、構築物5)、又は異なるmiRNA配列の3個のコピー(図6E、構築物6、G9、GI(配列番号77)、MU(配列番号96))を含有することを除き、構築物1と同様である。構築物7(図6F、配列番号804)は、単一miRNA単一プロモーター構築物であって、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、miR-30 5’隣接配列(配列番号752)、G9(配列番号68)の抗Grik2配列に対して実質的に相補的なパッセンジャー鎖配列、miR-30ループ配列(配列番号758)、G9(配列番号68)のガイド配列、miR-30 3’隣接配列(配列番号753)、RBGポリAシグナル(配列番号792)、非コードスタッファー配列、及び3’ITR配列(配列番号789)を含有する。構築物8(図6G、配列番号810)は、単一miRNA単一プロモーター構築物であって、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリAシグナル(配列番号792)、非コードスタッファー配列、及び3’ITR配列(配列番号789)を含有する。 図6A~6Gは、内因性miRNAからの5’隣接領域、マイクロRNAループ配列、及び3’隣接領域を含有するA-miR-30(S1)足場に組み込まれたアンチセンスガイド配列を含有する合成AAV9-miRNA構築物の構成の模式図を示す。構築物1(図6A)は、単一miRNA単一プロモーター構築物(配列番号775)であり、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、miR-30 5’隣接配列(配列番号752)、G9(配列番号68)の抗Grik2配列に対して実質的に相補的なパッセンジャー鎖配列、miR-30ループ配列(配列番号758)、G9(配列番号68)のガイド配列、miR-30 3’隣接配列(配列番号753)、ウサギベータ-グロビン(RBG)ポリAシグナル(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号789)を含有する。構築物2(図6B)は、単一miRNA二重プロモーター構築物(配列番号777)であり、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、C1ql2プロモーター配列(配列番号791)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、miR-30 5’隣接配列(配列番号752)、G9(配列番号68)の抗Grik2配列に対して実質的に相補的なパッセンジャー鎖配列、miR-30ループ配列(配列番号785)、G9(配列番号68)のガイド配列、miR-30 3’隣接配列(配列番号753)、RBGポリAシグナル(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。構築物3(図6C)は、自己相補性の二重miRNA(G9、配列番号68の2個のコピー)の単一プロモーター構築物(配列番号779)であり、hSynプロモーター(配列番号790)に隣接した5’末端に(すまわち、5’に)野生型AAV(wt)ITR、及びポリA配列の下流に変異体ITR(mITR)を含有する。構築物4(図6D、配列番号781)は、hSynプロモーター(配列番号790)がmITRに隣接しており、ポリA配列がwtITTRに隣接していることを除き、構築物3と同様である。構築物5(配列番号783)及び構築物6(配列番号784)は、プレmiRステム-ループ構造(5’隣接、ステム-ループ、及び3’隣接)が、3回連結しており、その結果、構築物が、同じmiRNA配列の3個のコピー(例えば、G9、配列番号68、構築物5)、又は異なるmiRNA配列の3個のコピー(図6E、構築物6、G9、GI(配列番号77)、MU(配列番号96))を含有することを除き、構築物1と同様である。構築物7(図6F、配列番号804)は、単一miRNA単一プロモーター構築物であって、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、miR-30 5’隣接配列(配列番号752)、G9(配列番号68)の抗Grik2配列に対して実質的に相補的なパッセンジャー鎖配列、miR-30ループ配列(配列番号758)、G9(配列番号68)のガイド配列、miR-30 3’隣接配列(配列番号753)、RBGポリAシグナル(配列番号792)、非コードスタッファー配列、及び3’ITR配列(配列番号789)を含有する。構築物8(図6G、配列番号810)は、単一miRNA単一プロモーター構築物であって、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター配列(配列番号790)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリAシグナル(配列番号792)、非コードスタッファー配列、及び3’ITR配列(配列番号789)を含有する。 図7は、図6A~6Eに記載される単一及び二重miRNA発現構築物(構築物1~6)のアルカリ性アガロースゲル電気泳動分析を示す写真である。単一プロモーター及び単一miRNAカセットをコードするプラスミドから産生されるベクターのゲノム内容(予想長さ:1.5kb)は、単一(1.5kb)、二重(3.0kb)、及び三重(4.5kb)パッケージングされたゲノムの混合物で構成されることがわかった。レーン番号は、以下のベクター構築物に対応している。1=構築物1(配列番号775)、2=構築物2(配列番号777)、3=構築物3(配列番号779)、4=構築物4(配列番号781)、5=構築物5(配列番号783)、6=構築物6(配列番号784)。 図8A~8Gは、AAVベクターとともに使用するのに適した二重プロモーターを有するAAV9二重miRNA発現構築物の模式図を示す。図8Aは、二重miRNA二重プロモーターベクター(DMTPV1)発現構築物(配列番号785)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー(「P」)鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド(「G」)配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Bは、二重siRNA発現構築物(DMTPV2、配列番号786)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-218 5’隣接配列(配列番号765)、MW(配列番号80)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-218ループ配列(配列番号767)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-218 3’隣接配列(配列番号766)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Cは、二重siRNA発現構築物(DMTPV3、配列番号787)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Dは、二重siRNA発現構築物(DMTPV4、配列番号788)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、MW(配列番号80)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Eは、二重siRNA発現構築物(DMTPV5)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-218 5’隣接配列(配列番号765)、MW(配列番号80)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-218ループ配列(配列番号767)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-218 3’隣接配列(配列番号766)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Fは、二重siRNA発現構築物(DMTPV6)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、E-miR-218 5’隣接配列(配列番号765)、MW(配列番号80)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-218ループ配列(配列番号767)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-218 3’隣接配列(配列番号766)、RBGポリA配列(配列番号792)、非コードスタッファー配列、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Gは、二重siRNA発現構築物(DMTPV7)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。 図8A~8Gは、AAVベクターとともに使用するのに適した二重プロモーターを有するAAV9二重miRNA発現構築物の模式図を示す。図8Aは、二重miRNA二重プロモーターベクター(DMTPV1)発現構築物(配列番号785)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー(「P」)鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド(「G」)配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Bは、二重siRNA発現構築物(DMTPV2、配列番号786)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-218 5’隣接配列(配列番号765)、MW(配列番号80)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-218ループ配列(配列番号767)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-218 3’隣接配列(配列番号766)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Cは、二重siRNA発現構築物(DMTPV3、配列番号787)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Dは、二重siRNA発現構築物(DMTPV4、配列番号788)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、MW(配列番号80)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Eは、二重siRNA発現構築物(DMTPV5)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-218 5’隣接配列(配列番号765)、MW(配列番号80)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-218ループ配列(配列番号767)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-218 3’隣接配列(配列番号766)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Fは、二重siRNA発現構築物(DMTPV6)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、E-miR-218 5’隣接配列(配列番号765)、MW(配列番号80)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-218ループ配列(配列番号767)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-218 3’隣接配列(配列番号766)、RBGポリA配列(配列番号792)、非コードスタッファー配列、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Gは、二重siRNA発現構築物(DMTPV7)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。 図8A~8Gは、AAVベクターとともに使用するのに適した二重プロモーターを有するAAV9二重miRNA発現構築物の模式図を示す。図8Aは、二重miRNA二重プロモーターベクター(DMTPV1)発現構築物(配列番号785)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー(「P」)鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド(「G」)配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Bは、二重siRNA発現構築物(DMTPV2、配列番号786)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-218 5’隣接配列(配列番号765)、MW(配列番号80)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-218ループ配列(配列番号767)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-218 3’隣接配列(配列番号766)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Cは、二重siRNA発現構築物(DMTPV3、配列番号787)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Dは、二重siRNA発現構築物(DMTPV4、配列番号788)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、MW(配列番号80)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Eは、二重siRNA発現構築物(DMTPV5)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-218 5’隣接配列(配列番号765)、MW(配列番号80)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-218ループ配列(配列番号767)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-218 3’隣接配列(配列番号766)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Fは、二重siRNA発現構築物(DMTPV6)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、E-miR-218 5’隣接配列(配列番号765)、MW(配列番号80)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-218ループ配列(配列番号767)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-218 3’隣接配列(配列番号766)、RBGポリA配列(配列番号792)、非コードスタッファー配列、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Gは、二重siRNA発現構築物(DMTPV7)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。 図8A~8Gは、AAVベクターとともに使用するのに適した二重プロモーターを有するAAV9二重miRNA発現構築物の模式図を示す。図8Aは、二重miRNA二重プロモーターベクター(DMTPV1)発現構築物(配列番号785)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー(「P」)鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド(「G」)配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Bは、二重siRNA発現構築物(DMTPV2、配列番号786)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-218 5’隣接配列(配列番号765)、MW(配列番号80)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-218ループ配列(配列番号767)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-218 3’隣接配列(配列番号766)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Cは、二重siRNA発現構築物(DMTPV3、配列番号787)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Dは、二重siRNA発現構築物(DMTPV4、配列番号788)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、MW(配列番号80)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Eは、二重siRNA発現構築物(DMTPV5)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-218 5’隣接配列(配列番号765)、MW(配列番号80)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-218ループ配列(配列番号767)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-218 3’隣接配列(配列番号766)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Fは、二重siRNA発現構築物(DMTPV6)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、E-miR-218 5’隣接配列(配列番号765)、MW(配列番号80)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-218ループ配列(配列番号767)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-218 3’隣接配列(配列番号766)、RBGポリA配列(配列番号792)、非コードスタッファー配列、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Gは、二重siRNA発現構築物(DMTPV7)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。 図8A~8Gは、AAVベクターとともに使用するのに適した二重プロモーターを有するAAV9二重miRNA発現構築物の模式図を示す。図8Aは、二重miRNA二重プロモーターベクター(DMTPV1)発現構築物(配列番号785)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー(「P」)鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド(「G」)配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Bは、二重siRNA発現構築物(DMTPV2、配列番号786)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-218 5’隣接配列(配列番号765)、MW(配列番号80)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-218ループ配列(配列番号767)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-218 3’隣接配列(配列番号766)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Cは、二重siRNA発現構築物(DMTPV3、配列番号787)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Dは、二重siRNA発現構築物(DMTPV4、配列番号788)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、MW(配列番号80)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Eは、二重siRNA発現構築物(DMTPV5)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-218 5’隣接配列(配列番号765)、MW(配列番号80)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-218ループ配列(配列番号767)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-218 3’隣接配列(配列番号766)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Fは、二重siRNA発現構築物(DMTPV6)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、E-miR-218 5’隣接配列(配列番号765)、MW(配列番号80)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-218ループ配列(配列番号767)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-218 3’隣接配列(配列番号766)、RBGポリA配列(配列番号792)、非コードスタッファー配列、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Gは、二重siRNA発現構築物(DMTPV7)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。 図8A~8Gは、AAVベクターとともに使用するのに適した二重プロモーターを有するAAV9二重miRNA発現構築物の模式図を示す。図8Aは、二重miRNA二重プロモーターベクター(DMTPV1)発現構築物(配列番号785)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー(「P」)鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド(「G」)配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Bは、二重siRNA発現構築物(DMTPV2、配列番号786)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-218 5’隣接配列(配列番号765)、MW(配列番号80)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-218ループ配列(配列番号767)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-218 3’隣接配列(配列番号766)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Cは、二重siRNA発現構築物(DMTPV3、配列番号787)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Dは、二重siRNA発現構築物(DMTPV4、配列番号788)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、MW(配列番号80)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Eは、二重siRNA発現構築物(DMTPV5)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-218 5’隣接配列(配列番号765)、MW(配列番号80)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-218ループ配列(配列番号767)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-218 3’隣接配列(配列番号766)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Fは、二重siRNA発現構築物(DMTPV6)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、E-miR-218 5’隣接配列(配列番号765)、MW(配列番号80)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-218ループ配列(配列番号767)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-218 3’隣接配列(配列番号766)、RBGポリA配列(配列番号792)、非コードスタッファー配列、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Gは、二重siRNA発現構築物(DMTPV7)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。 図8A~8Gは、AAVベクターとともに使用するのに適した二重プロモーターを有するAAV9二重miRNA発現構築物の模式図を示す。図8Aは、二重miRNA二重プロモーターベクター(DMTPV1)発現構築物(配列番号785)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー(「P」)鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド(「G」)配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Bは、二重siRNA発現構築物(DMTPV2、配列番号786)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-218 5’隣接配列(配列番号765)、MW(配列番号80)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-218ループ配列(配列番号767)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-218 3’隣接配列(配列番号766)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Cは、二重siRNA発現構築物(DMTPV3、配列番号787)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Dは、二重siRNA発現構築物(DMTPV4、配列番号788)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、MW(配列番号80)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Eは、二重siRNA発現構築物(DMTPV5)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-218 5’隣接配列(配列番号765)、MW(配列番号80)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-218ループ配列(配列番号767)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-218 3’隣接配列(配列番号766)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Fは、二重siRNA発現構築物(DMTPV6)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、E-miR-218 5’隣接配列(配列番号765)、MW(配列番号80)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-218ループ配列(配列番号767)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-218 3’隣接配列(配列番号766)、RBGポリA配列(配列番号792)、非コードスタッファー配列、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。図8Gは、二重siRNA発現構築物(DMTPV7)を示し、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有する。 図9A及び9Bは、単一siRNAベクター構築物(図9A、G9、配列番号68-構築物1(配列番号775)、GC、配列番号101)、及び二重miRNAベクター構築物(図9B、DMTPV1~4、配列番号それぞれ785~788)から産生されるベクターのcDNAのアルカリ性アガロースゲル分析を示す写真である。4種類全ての二重miRNAベクター構築物にわたる単一バンドは、二重発現構築物のベクターが、AAV9ベクターに単一パッケージングされていることを示す。 図9A及び9Bは、単一siRNAベクター構築物(図9A、G9、配列番号68-構築物1(配列番号775)、GC、配列番号101)、及び二重miRNAベクター構築物(図9B、DMTPV1~4、配列番号それぞれ785~788)から産生されるベクターのcDNAのアルカリ性アガロースゲル分析を示す写真である。4種類全ての二重miRNAベクター構築物にわたる単一バンドは、二重発現構築物のベクターが、AAV9ベクターに単一パッケージングされていることを示す。 qPCRによって測定されるような、単一で、又は異なるmiRNA配列(G9-S1(配列番号775)、GI-S1(配列番号796)、GI-S2(配列番号798)、MW-S4(配列番号799)、G9-S5(配列番号800)、若しくはこれらの組み合わせ)を含有する別の単一miRNA AAV9構築物と組み合わせて送達される単一miRNA AAV9構築物を使用した、GluK2タンパク質ノックダウンのインビトロ有効性を示す棒グラフを示す。2種類の異なる抗Grik2 miRNA配列(両方ともhSynプロモーター(配列番号790の制御下))の組み合わせでトランスフェクトされたGlutaNeuronsは、単一の種類の抗Grik2 miRNA配列でトランスフェクトされたGlutaNeuronsと同様のGluK2タンパク質のノックダウンを示し、このことは、GluK2発現をノックダウンするためのGrik2に対する1つより多い固有のアンチセンスガイド配列をコードするベクターの使用を裏付けている。ノックダウン有効性は、「脂質のみ」対照群と比較した、Grik2 mRNAレベルの倍率変化のメジアンの倍率変化として測定された。 hSynプロモーター(配列番号790)の制御下で、異なる単一miRNA AAV9発現ベクターの組み合わせ(GC(配列番号101)、G9-S1(配列番号775)、GI-S1(配列番号796)、又はG9-S1+GI-S1)でトランスフェクトされた、脱阻害されたマウス器官型海馬切片におけるてんかん性活性の周波数の棒グラフを示す。miRNA構築物の組み合わせであるG9-S1及びGI-S1は、各々のベクター個々と等価なてんかん性活性よく制度を示し、このことは、海馬回路におけるてんかん性活性を抑制するためのGrik2に対する1つより多い固有のアンチセンスガイド配列の使用を裏付けている。 hSyn.GI(配列番号77).S2(配列番号798)、hSyn.MW(配列番号80).S4(配列番号799)、hSyn.MW.S5(配列番号800)、hSyn.G9(配列番号68).S5(配列番号801)、CaMKII.GI.S4、CaMKII.MW.S5、CaMKII.G9.S5、DMTPV1(配列番号785)、DMTPV2(配列番号786)、DMTPV3(配列番号787)、及びDMTPV4(配列番号788)を含むいくつかのアンチセンス構築物のうちの1つを使用する、GlutaNeuronsにおけるGrik2のAAV9ベクター媒介性ノックアウトの後のqPCRによって測定されるGrik2 mRNAのレベルを表す棒グラフを示す。mRNAレベルを、RNAを産生しない全長ゲノムを含有するAAV.ヌルベクターで形質導入されたGlutaNeuronsと比較した。 図13A及び13Bは、ピロカルピンで処理されたマウス、及びいくつかの単一miRNAベクター構築物(GC(配列番号101)、G9-S1(配列番号775)、又はGI-S1(配列番号796))のうちの1つで治療したマウスを用いて行われたオープンフィールド試験の結果を示す。図13Aは、オープンフィールドにおける単一マウスについての追跡された運動の例示的なトレースを示す。図13Bは、抗Grik2 miRNA配列をコードするAAV9ベクターで治療したマウスによる、オープンフィールド試験における総移動距離を示す棒グラフを示す。非てんかん性マウス(すなわち、ピロカルピンで処理されていないマウス、n=20)、及びGC、G9-S1又はGI-S1で治療された慢性てんかん性マウス(それぞれn=9、n=8、n=9)。注射前及び注射後のデータを、Mann-Whitney検定を使用して比較した。*p<0.05及び**p<0.01。G9及びGIを用いた過剰運動の有意な減少に留意されたい。 図13A及び13Bは、ピロカルピンで処理されたマウス、及びいくつかの単一miRNAベクター構築物(GC(配列番号101)、G9-S1(配列番号775)、又はGI-S1(配列番号796))のうちの1つで治療したマウスを用いて行われたオープンフィールド試験の結果を示す。図13Aは、オープンフィールドにおける単一マウスについての追跡された運動の例示的なトレースを示す。図13Bは、抗Grik2 miRNA配列をコードするAAV9ベクターで治療したマウスによる、オープンフィールド試験における総移動距離を示す棒グラフを示す。非てんかん性マウス(すなわち、ピロカルピンで処理されていないマウス、n=20)、及びGC、G9-S1又はGI-S1で治療された慢性てんかん性マウス(それぞれn=9、n=8、n=9)。注射前及び注射後のデータを、Mann-Whitney検定を使用して比較した。*p<0.05及び**p<0.01。G9及びGIを用いた過剰運動の有意な減少に留意されたい。 図14は、抗Grik2構築物G9-S1(配列番号775)、GI-S1(配列番号796)、又はスクランブル対照構築物GC(配列番号101)(それぞれn=5、n=5、n=5)をコードするAAV9で治療した、ピロカルピン処理されたマウスにおける1日当たりのてんかん性発作の総数を示す棒グラフである。G9-S1及びGI-S1の生データを、一元配置ANOVA検定を使用して、GCと比較した。p<0.01。G9-S1及びGI-S1を用いたてんかん発作の抑制に留意されたい。 図15は、異なる用量で抗Grik2構築物G9(配列番号68)をコードするAAV9ベクターで治療したマウスによるオープンフィールド試験において、総移動距離を示す棒グラフである。異なる用量のG9:G9/1、G9/10、G9/100及びG9/1000(それぞれ、n=8、n=5、n=5、n=5)で治療した、慢性てんかん性マウス。GCは、対照構築物である(n=9)。注射前及び注射後のデータを、Mann-Whitney検定を使用して比較した。*p<0.05及び**p<0.01。G9及びG9/10の同様の効果に留意されたい。 図16は、以下のいくつかの用量のうちの1つでの抗Grik2構築物G9-S1/G9(配列番号775)をコードするAAV9ベクターで治療した、ピロカルピン処理されたマウスにおける1日当たりのてんかん性発作の総数を示す棒グラフである。G9/1、G9/10、G9/100及びG9/1000(それぞれ、n=6、n=4、n=2、n=2)。G9/1000を用いた場合とは異なり、G9及びG9/10を用いた同様の効果に留意されたい。 図17は、いくつかの二重miRNA二重プロモーター構築物(DMTPV1~4)のうちの1つをコードするAAV9ベクターで治療された、ピロカルピンで処理されたマウスによるオープンフィールド試験における総移動距離を示す棒グラフである。DMTPV1(配列番号785)、DMTPV2(配列番号786)、DMTPV3(配列番号787)、又はDMTPV4(配列番号788)(それぞれn=6、n=5、n=6、及びn=6)で治療した、非てんかん性マウス(n=20)及び慢性てんかん性マウス。注射前及び注射後のデータを、Mann-Whitney検定を使用して比較した。*p<0.05及び**p<0.01。DMTPV3及びDMTPV4を用いた過剰運動の有意な減少に留意されたい。 図18は、ピロカルピン処理されたマウスにおける1日当たりの自然発生するてんかん性発作の数に対する、オープンフィールド試験における総移動距離(cm)を示す散布図である。回帰分析は、過剰運動とてんかん発作の起こりやすさとの間の有意な相関関係を示す(R=0.7388、p<0.0001)。 図19は、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、DMTPV1(配列番号785)、DMTPV2(配列番号786)、DMTPV3(配列番号787)、及びDMTPV4(配列番号788)を含む、いくつかの抗Grik2 miRNA配列のうちの1つ、及び対照AAV9.hSyn.GFPベクターでのGlutaNeuronsの形質導入後のGrik2 mRNA発現を示す棒グラフである。試験した全ての二重miRNA構築物は、RNA配列決定を使用して測定される場合、GlutaNeuronsにおけるGrik2 mRNAレベルを減少させた。倍率変化は、対照に対するものである。 図20は、単一抗Grik2 miRNA配列G9(配列番号68)、二重miRNAベクターDMTPV3(配列番号787)をコードするベクターで治療したマウス、又は対照AAV9.hSyn.GFPベクターで治療したマウスのオープンフィールド試験における運動を示す棒グラフである。WTマウスを別個の対照として使用した。前=治療前、後=治療後。G9及びDMTPV3をコードするベクターは両方とも、マウスにおける過剰運動活性を有意に抑制し(p<0.01、Mann-Whitney検定)、このことは、過剰運動の抑制に対するこれらのベクターの強固な効果を示唆している。 図21は、DMTPV3(3.6×1010個のGC/脳)、DMTPV3/10(3.6×10個のGC/脳)、DMTPV3/100(3.6×10個のGC/脳)、及びDMTPV3/1000(3.6×10個のGC/脳)を含む、様々な用量のDMTPV3(配列番号787)で治療したマウスにおける、オープンフィールド試験における過剰運動活性の用量依存的減少を示す棒グラフである。対照マウスを、AAV9.hSyn.GFPベクター(3.6×1010個のGC/脳)で治療した。前=治療前、後=治療後。DMTPV3及びDMTPV3/10で治療したマウスは、対照マウスと比較して、過剰運動活性の有意な減少を示した(p<0.01、Mann-Whitney検定)。 図22は、抗Grik2単一miRNA構築物G9(配列番号68)若しくはGI(配列番号77)、又は二重miRNA構築物DMTPV3(配列番号787)をコードするベクターで更に治療した、ピロカルピン処理されたマウスにおける1日当たりのてんかん発作の数を示す棒グラフである。また、マウスを、スクランブルRNA配列GC(配列番号101)又はAAV9.hSyn.GFPをコードする対照ベクターで治療した。G9、GI、及びDMTPV3で治療したマウスは、1日当たりのてんかん発作数の有意な減少を示し、DMTPVは、G9及びGIと比較して、より大きな減少を示す(*p<0.05、**p<0.01、Mann-Whitney検定)。 図23、DIV 1の後にAAV9.GC(配列番号101).GFPで感染した、TLEを有するヒト患者から切除され、歯状回顆粒細胞のマーカー(PROX1)で染色された、器官型海馬脳切片の蛍光画像を示す。PROX1標識化は、歯状回の歯状回顆粒細胞において観察された。GFP標識化も、歯状回顆粒細胞において観察された。多くの細胞は、PROX1及びGFPの共標識化を示し、このことは、AAV9.GC.GFPが、歯状回顆粒細胞に強固に形質導入することができたことを示している。 図24は、ヒトTLE患者から切除された海馬組織における、抗Grik2 miRNA配列(G9、配列番号68、n=6対象からの17切片)、又はGI(配列番号77、2対象からの2切片)をコードするAAV9発現ベクターを使用したGluK2タンパク質ノックダウンの有効性を示す散布図である。GluK2タンパク質発現のノックダウンは、G9をコードするベクターで治療したヒト海馬組織の5種類のセットのうちの5種類で観察された。 図25は、TLEを有し、G9(配列番号68)をコードするベクターで治療したヒト患者から切除された器官型海馬切片からのGluK2タンパク質発現を示すウェスタンブロットゲルの画像を示す。G9は、GluK2タンパク質発現を、未治療切片と比較して40%減少させることができた。GluK2発現を、対照に対して正規化した。 図26A~26Cは、生理学的条件(ACSF)下でTLEを有するヒト患者からの器官型海馬切片からの実例となる局所電場電位の記録、及び記録されたてんかん性放電の定量化を示す。切片を、抗Grik2配列G9-S1(配列番号775、7切片、図26A)をコードするベクター、又はスクランブル配列GC及びGFPレポーター(配列番号101、6切片、図26B)をコードするベクターで治療した。挿入図は、より高い時間分解能での個々のてんかん性放電の電圧トレースを示す。4名のヒトTLE患者から得られた切片の中で、G9-S1は、てんかん性放電の発生を効果的に減少させるか、又は完全に排除することができた(図26C、**p<0.01)。 図26A~26Cは、生理学的条件(ACSF)下でTLEを有するヒト患者からの器官型海馬切片からの実例となる局所電場電位の記録、及び記録されたてんかん性放電の定量化を示す。切片を、抗Grik2配列G9-S1(配列番号775、7切片、図26A)をコードするベクター、又はスクランブル配列GC及びGFPレポーター(配列番号101、6切片、図26B)をコードするベクターで治療した。挿入図は、より高い時間分解能での個々のてんかん性放電の電圧トレースを示す。4名のヒトTLE患者から得られた切片の中で、G9-S1は、てんかん性放電の発生を効果的に減少させるか、又は完全に排除することができた(図26C、**p<0.01)。 図26A~26Cは、生理学的条件(ACSF)下でTLEを有するヒト患者からの器官型海馬切片からの実例となる局所電場電位の記録、及び記録されたてんかん性放電の定量化を示す。切片を、抗Grik2配列G9-S1(配列番号775、7切片、図26A)をコードするベクター、又はスクランブル配列GC及びGFPレポーター(配列番号101、6切片、図26B)をコードするベクターで治療した。挿入図は、より高い時間分解能での個々のてんかん性放電の電圧トレースを示す。4名のヒトTLE患者から得られた切片の中で、G9-S1は、てんかん性放電の発生を効果的に減少させるか、又は完全に排除することができた(図26C、**p<0.01)。 図27A~27Dは、ヒトTLE患者から切除された器官型海馬切片におけるGrik2発現の抑制を示す。DMTPV3(配列番号787)、又はAAV.hSyn.GFP対照ベクターで治療したヒト器官型海馬切片におけるGrik2遺伝子発現の散布図。DMTPV3は、qRT-PCRによって測定されるように、Grik2レベルのかなりの減少を示した(図27A)。DMTPV3、又はスクランブル対照配列GC(配列番号101、図27B)をコードするベクターで治療したヒトTLE患者から得られた、切除された器官型海馬脳切片から記録された例示的な電圧トレース。各々のアスタリスクは、てんかん性放電を表す。挿入図は、単一てんかん性放電のトレースを拡大したものを示す。DMTPV3で治療した切片は、てんかん性放電の完全な除外を示した(図27C)。GC、G9、AAV9.hSyn.GFP、又はDMTPV3で治療した切片において記録されたてんかん性放電の周波数の定量化を示す棒グラフ(図27D)。最初の2つの棒グラフ(GC及びG9で治療した群に対応する)は、図26Cに示されるものと同じであり、DMTPV3治療群との比較のために含まれることを留意されたい。 図27A~27Dは、ヒトTLE患者から切除された器官型海馬切片におけるGrik2発現の抑制を示す。DMTPV3(配列番号787)、又はAAV.hSyn.GFP対照ベクターで治療したヒト器官型海馬切片におけるGrik2遺伝子発現の散布図。DMTPV3は、qRT-PCRによって測定されるように、Grik2レベルのかなりの減少を示した(図27A)。DMTPV3、又はスクランブル対照配列GC(配列番号101、図27B)をコードするベクターで治療したヒトTLE患者から得られた、切除された器官型海馬脳切片から記録された例示的な電圧トレース。各々のアスタリスクは、てんかん性放電を表す。挿入図は、単一てんかん性放電のトレースを拡大したものを示す。DMTPV3で治療した切片は、てんかん性放電の完全な除外を示した(図27C)。GC、G9、AAV9.hSyn.GFP、又はDMTPV3で治療した切片において記録されたてんかん性放電の周波数の定量化を示す棒グラフ(図27D)。最初の2つの棒グラフ(GC及びG9で治療した群に対応する)は、図26Cに示されるものと同じであり、DMTPV3治療群との比較のために含まれることを留意されたい。 図27A~27Dは、ヒトTLE患者から切除された器官型海馬切片におけるGrik2発現の抑制を示す。DMTPV3(配列番号787)、又はAAV.hSyn.GFP対照ベクターで治療したヒト器官型海馬切片におけるGrik2遺伝子発現の散布図。DMTPV3は、qRT-PCRによって測定されるように、Grik2レベルのかなりの減少を示した(図27A)。DMTPV3、又はスクランブル対照配列GC(配列番号101、図27B)をコードするベクターで治療したヒトTLE患者から得られた、切除された器官型海馬脳切片から記録された例示的な電圧トレース。各々のアスタリスクは、てんかん性放電を表す。挿入図は、単一てんかん性放電のトレースを拡大したものを示す。DMTPV3で治療した切片は、てんかん性放電の完全な除外を示した(図27C)。GC、G9、AAV9.hSyn.GFP、又はDMTPV3で治療した切片において記録されたてんかん性放電の周波数の定量化を示す棒グラフ(図27D)。最初の2つの棒グラフ(GC及びG9で治療した群に対応する)は、図26Cに示されるものと同じであり、DMTPV3治療群との比較のために含まれることを留意されたい。 図27A~27Dは、ヒトTLE患者から切除された器官型海馬切片におけるGrik2発現の抑制を示す。DMTPV3(配列番号787)、又はAAV.hSyn.GFP対照ベクターで治療したヒト器官型海馬切片におけるGrik2遺伝子発現の散布図。DMTPV3は、qRT-PCRによって測定されるように、Grik2レベルのかなりの減少を示した(図27A)。DMTPV3、又はスクランブル対照配列GC(配列番号101、図27B)をコードするベクターで治療したヒトTLE患者から得られた、切除された器官型海馬脳切片から記録された例示的な電圧トレース。各々のアスタリスクは、てんかん性放電を表す。挿入図は、単一てんかん性放電のトレースを拡大したものを示す。DMTPV3で治療した切片は、てんかん性放電の完全な除外を示した(図27C)。GC、G9、AAV9.hSyn.GFP、又はDMTPV3で治療した切片において記録されたてんかん性放電の周波数の定量化を示す棒グラフ(図27D)。最初の2つの棒グラフ(GC及びG9で治療した群に対応する)は、図26Cに示されるものと同じであり、DMTPV3治療群との比較のために含まれることを留意されたい。 図28は、発現ベクターDMSPV1(配列番号811)及びDMTPV8(配列番号813)で治療したマウス皮質ニューロンにおける、対照AAV9.hSyn.GFPベクター及びhSyn.G9-A-miR-30ベンチマークベクター(配列番号775)と比較した、GluK2発現の割合を示す棒グラフである。データは、平均±S.E.M.として表される。発現構築物DMSPV1及びDMPTV8は、マウス皮質ニューロンにおいて、ベンチマークhSyn.G9-A-miR-30ベクターに匹敵するGluK2のノックダウンを引き起こした。 図29は、対照ベクターAAV9.hsyn.GFP(3.6E+9MOI、n=2)、DMSPV1(3.6E+9又は3.6E+8MOI、各MOIについてn=3)、DMTPV8(3.6E+9又は3.6E+8MOI、各MOIについてn=3)で治療する前(白色の棒グラフ)及び後(黒色の棒グラフ)のオープンフィールド箱における10分間の自然発生する探索の間の慢性てんかん性マウスによる総移動距離を示す棒グラフである。DMSPV1及びDMTPV8は、てんかん原性の行動代理である、マウスにおける過剰運動活性の用量依存的減少をもたらした。 図30は、本開示のAAVベクターの模式図であり、このAAVベクターは、5’から3’へ、 (a)AAV 5’ITR配列(例えば、配列番号746及び747のうちのいずれか1つ)と、 (b)プロモーター配列、例えば、 (i)hSynプロモーター(例えば、配列番号682、683、684、及び685のうちのいずれか1つ)、 (ii)NeuNプロモーター(例えば、配列番号686)、 (iii)CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)、 (iv)NSEプロモーター(例えば、配列番号692若しくは393)、 (v)PDGF-ベータプロモーター(例えば、配列番号694~696のうちのいずれか1つ)、 (vi)VGluTプロモーター(例えば、配列番号697~701のうちのいずれか1つ)、 (vii)SSTプロモーター(例えば、配列番号702若しくは703)、 (viii)NPYプロモーター(例えば、配列番号704)、 (ix)VIPプロモーター(例えば、配列番号705若しくは706)、 (x)PVプロモーター(例えば、配列番号707~709のうちのいずれか1つ)、 (xi)GAD65プロモーター(例えば、配列番号710~713のうちのいずれか1つ)、 (xii)GAD67プロモーター(例えば、配列番号714若しくは715)、 (xiii)DRD1プロモーター(例えば、配列番号716)、 (xiv)DRD2プロモーター(例えば、配列番号717若しくは718)、 (xv)C1QL2プロモーター(例えば、配列番号719)、 (xvi)POMCプロモーター(例えば、配列番号720)、 (xvii)PROX1プロモーター(例えば、配列番号721若しくは722)、 (xviii)MAP1Bプロモーター(例えば、配列番号723~725のうちのいずれか1つ)、 (xix)TUBA1Aプロモーター(例えば、配列番号726若しくは727)、 (xx)U6プロモーター(例えば、配列番号728~733のうちのいずれか1つ)、 (xxi)H1プロモーター(例えば、配列番号734)、 (xxii)7SKプロモーター(例えば、配列番号735)、 (xxiii)ApoE.hAATプロモーター(例えば、配列番号736)、 (xxiv)CAGプロモーター(例えば、配列番号737)、 (xxv)CBAプロモーター(例えば、配列番号738)、 (xxvi)CK8プロモーター(例えば、配列番号739)、 (xxvii)MU1Aプロモーター(例えば、配列番号740)、 (xxviii)EF1-アルファプロモーター(例えば、配列番号741)、及び (xxix)TBGプロモーター(配列番号742)のうちのいずれか1つと、 (c)ステム-ループ配列であって、 (i)5’隣接配列(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、及び768のうちのいずれか1つ)、 (ii)ガイド鎖(例えば、配列番号1~100のうちのいずれか1つ)、又はパッセンジャー鎖配列(例えば、配列番号1~100うちのいずれか1つに対して実質的若しくは完全に相補的である配列)を含有する5pステム-ループアーム、 (iii)マイクロRNAループ配列(例えば、配列番号758、761、764、767、及び770のうちのいずれか1つ)、及び (iv)パッセンジャー鎖(例えば、配列番号1~100のうちのいずれか1つに対して実質的若しくは完全に相補的である配列)、又はガイド鎖配列(例えば、配列番号1~100のうちのいずれか1つ)を含有する3pステム-ループアーム、及び (v)3’隣接配列(例えば、配列番号753、754、757、760、763、766、及び769のうちのいずれか1つ)を含有する、ステム-ループ配列と、 (d)3’非翻訳領域(UTR、例えば、配列番号750及び751のうちのいずれか1つ)と、 (e)AAV 3’ITR配列(例えば、配列番号748及び749のうちのいずれか1つ)と、を含有する。上述の要素のうちのいずれか1つの組み合わせを含有するAAVベクターは、本明細書に開示される方法に従って使用するのに適したものであり得る。 図31は、3.6E+9MOIの対照ベクター(CV、n=3)、3.6E+9MOIの構築物SMSPV4(n=4)、3.6E+8MOIの構築物SMSPV4(n=4)、3.6E+9MOIの構築物SMSPV5(n=4)、3.6E+8MOIの構築物SMSPV5(n=4)、3.6E+9MOIの構築物SMSPV6(n=4)、及び3.6E+8MOIの構築物SMSPV6(n=4)で治療する前(白色の棒グラフ)及び後(黒色の棒グラフ)のオープンフィールド箱における10分間の自然発生する探索の間の慢性てんかん性マウスによる総移動距離を示す棒グラフである。SMSPV4、SMSPV5、及びSMSPV6によるマウスの治療は、対照構築物とは異なり、てんかん性行動の代理となるマウスの過剰運動を減少させた。前=治療前、後=治療後、E8=3.6E+8MOI、E9=3.6E+9MOI。
対象(例えば、哺乳動物対象、例えば、ヒト)におけるてんかん、例えば、側頭葉てんかん(TLE、例えば、治療に難治性のTLE)の治療のための組成物及び方法が本明細書で記載される。例えば、グルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(Grik2)遺伝子によってコードされるmRNAを標的化する、治療有効量の阻害性RNA分子(例えば、アンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)又はこれらをコードする核酸ベクター、例えば、本明細書に記載されるもの)を、例えば、本明細書に記載の方法に従って投与し、てんかんを治療することを必要とする対象においてそれを行うことができる。TLEの治療のためのGrik2 mRNAを標的化するASO剤をコードする核酸ベクター(例えば、ウイルスベクター、例えば、レンチウイルスベクター又はアデノ随伴ウイルス(AAV)ベクター)を含有する組成物が本明細書で記載される。
Grik2
Grik2は、カイニン酸型アゴニストによって選択的に活性化させることができるイオンチャネル型グルタミン酸受容体サブユニットGluK2をコードする遺伝子である。GluK2含有カイニン酸型受容体(KAR)は、他のイオンチャネル型グルタミン酸受容体と同様に、グルタメートによる迅速なリガンドゲーティングを示し、ナトリウム及びカリウムに透過性のカチオンチャンネル孔を開放することによって作用する。KAR複合体は、KARサブユニットのヘテロマー集合体又はホモマー集合体としていくつかのサブユニットから組み立てられ得る。かかる受容体は、細胞外N末端と、リガンド結合ドメイン及び細胞内C末端が合わさって形成する大きなペプチドループを特徴とする。イオンチャネル型グルタミン酸受容体複合体自体は、リガンド依存性イオンチャンネルとして作用し、グルタメートが結合すると、神経膜を通る帯電イオンの通過を媒介する。一般に、KARは、GluK1、2及び/又は3(以前にはそれぞれGluR5、GluR6及びGluR7と命名されていた)、GluK4(KA1)及びGluK5(KA2)サブユニットのマルチマー集合体である(Collingridge,Neuropharmacology.2009 Jan;56(1):2-5)。KAR複合体に関与するサブユニットの種々の組み合わせは、多くの場合、特定のKARサブユニットをコードするmRNAのRNAスプライシング及び/又はRNA編集(例えば、アデノシンデアミナーゼによる、アデノシンからイノシンへの変換)によって決定される。更に、係るRNA修飾は、受容体の特性(例えば、チャンネルのカルシウム透過性を変化させること)に影響を与え得る。GluK2含有KARは、イオンチャネル型グルタミン酸受容体活性、及びその後にてんかん原性に関連する症状の緩和の調整に適した標的である。
側頭葉てんかん
てんかん原性は、てんかんの確立を引き起こし、病的な神経ネットワーク再編成を引き起こす細胞、分子、及び形態学的変化を引き起こしつつ、潜在的にあらわれ得るプロセスである。TLEは、てんかん原性病巣の解剖学的起源に基づいて、2つの主要な型によって特徴付けられる。内側側頭葉(特に、例えば、海馬、海馬傍回、海馬支脚、及び扁桃体)に由来するTLEは、内側TLE(mTLE)と呼ばれ、一方で、外側側頭葉(例えば、側頭新皮質)に由来するTLEは、外側TLE(lTLE)と称される。TLEの特徴的な追加の特徴としては、海馬のCA1、CA3、歯状回門、及び歯状回(DG)領域における神経細胞の死、GABA逆転電位の逆転、DGにおける顆粒細胞(GC)の分散、並びに歯状回GC上での病態生理学的な再発性興奮性シナプス(rMF-DGCシナプス)の形成を生じさせる再発性GC苔状線維の発芽が挙げられ得る。
様々な原因因子は、内側側頭葉硬化、外傷性脳損傷、脳感染(例えば、脳炎及び髄膜炎)、低酸素性脳損傷、卒中、脳腫瘍、遺伝的症候群、及び熱性てんかん発作を含むTLEの病因に起因している。CNSの可塑性は、発達状態及び脳領域に特異的な影響の受けやすさの両方に依存するため、脳損傷を有する全ての対象が、てんかんを発症するわけではない。DGを含む海馬は、TLEを引き起こす損傷に特に影響を受けやすい脳領域であることが特定されており、いくつかの場合において、治療抵抗性(すなわち、難治性)のてんかんと関連がある(Jarero-Basulto,J.J.,et al.Pharmaceuticals,2018,11,17;doi:10.3390/ph11010017)。興奮性グルタミン酸作動性シグナル伝達の増幅は、自然発生するてんかん発作を容易にし得る(Kuruba,et al.Epilepsy Behav.2009,14(Suppl.1),65-73)。化学的グルタミン酸阻害剤、例えば、NMDA受容体アンタゴニストは、グルタミン酸媒介性興奮毒性及び急性てんかん発作発生によるニューロンの死をブロックするか、又は減少させることが示されている。しかしながら、かかる薬剤は、TLEにおいて、良くない有効性を示す(Foster,AC,and Kemp,JA.Curr.Opin.Pharmacol.2006,6,7-17)。
理論によって束縛されることを望まないが、異常なrMF-DGCシナプスは、異所性GluK2含有KARを介して作動し(Epsztein et al.,2005、Artinian et al.,2011,2015)、TLEにおいて、慢性てんかん発作において重要な役割を果たし得る(Peret et al.,2014)。例えば、発作間欠期スパイク及び発作時イベント(すなわち、てんかん性脳活性の電気生理学的シグネチャ)は、GluK2受容体サブユニットを欠くトランスジェニックマウスにおいて、又はGluK2/GluK5受容体を阻害する薬理学的薬剤の存在下で、減少した(Peret et al.,2014、Crepel and Mulle,2015)。これらの理論を試験するために設計されたトランスジェニック動物モデルにおいて、GluK2のノックダウン又はサイレンシングが実行可能であるが、GluK2サブユニットにとって選択的であり、かつヒトにおいて使用するのに安全な阻害剤を設計することは、困難である。GluKサブユニットは、構造的に保存されており、そのDNAコード配列は、顕著な相同性を共有する。ホモマー及びヘテロマーのイオンチャネル型及び代謝調節型のグルタミン酸受容体に関する脳の複雑な遺伝子発現パターンは、任意の療法戦略を更に複雑化する。本明細書に開示される方法及び組成物は、Grik2 mRNAを標的化し、ニューロン又はアストログリアにおけるGluK2含有KARの発現を低下させる(例えば、ノックダウンする)ことによる、TLE(例えば、mTLE又はlTLE)の治療に適しており、例えば、神経回路(例えば、海馬回路)における自然発生するてんかん性放電の減少を促進する。そのように、本明細書に記載の組成物及び方法は、その疾患の生理学的原因を標的化し、根治療法に使用することができる。
Grik2 mRNAを標的化するオリゴヌクレオチド剤
TLEの臨床管理は、困難なことで有名であり、TLE患者の最大3分の1は、利用可能な医薬を使用して、衰弱させるてんかん発作を十分に制御することができない。これらの患者は、多くの場合、治療に難治性である再発性てんかん発作を経験する。かかるシナリオにおいて、TLE患者は、側頭葉におけるてんかん原性病巣の侵襲的かつ不可逆的な外科的切除に頼る場合があり、望ましくない認知欠損を引き起こす可能性がある。したがって、TLE患者のうちのかなりの割合が、薬剤抵抗性TLEを治療するための新規な療法手段を必要としている。本明細書に記載の組成物及び方法は、TLEの発症及び進行を引き起こす、その基礎にある分子病態生理学を治療するという利益を提供する。
本明細書に記載の組成物は、Grik2 mRNA(例えば、配列番号115~125のうちのいずれか1つ)を標的化する阻害性RNA構築物をコードするポリヌクレオチド(例えば、ASO剤、又はそれらをコードする核酸ベクター)を、本明細書に記載の方法に従って投与して、TLEを治療することができる。本明細書に記載の方法及び組成物を使用して、任意の種類のTLE、例えば、焦点てんかん発作を伴うTLE、全般てんかん発作を伴うTLE、mTLE、又はlTLEを有するTLE患者を治療することができる。更に、本明細書に開示される方法及び組成物を使用して、任意の病因、例えば、内側側頭葉硬化、外傷性脳損傷、脳感染(例えば、脳炎及び髄膜炎)、低酸素性脳損傷、卒中、脳腫瘍、遺伝的症候群、又は熱性てんかん発作から生じるTLEを治療し得る。本明細書に記載の組成物及び方法はまた、TLEを発症するリスクがある対象、例えば、TLE進行の潜伏期にある対象に予防的治療として投与され得る。
本明細書に開示される方法及び組成物によれば、ASOは、細胞(例えば、ニューロン、例えば、海馬ニューロン、例えば、歯状回の海馬ニューロン、例えば、歯状回顆粒細胞(DGC))においてGrik2 mRNAの分解を引き起こし、それによって、mRNAから機能的GluK2タンパク質への翻訳を防止することによって、Grik2 mRNAの発現を阻害し得る。
本明細書に開示されるGrik2 mRNAを標的化するASO剤は、1つ以上の脳領域において、てんかん性脳活性(例えば、てんかん性放電)の発生の頻度を低下させるか、又はその発生を完全に阻害するように作用し得る。かかる脳領域としては、限定されないが、内側側頭葉、外側側頭葉、前頭葉、又はより特定的には、海馬(例えば、DG、CA1、CA2、CA3、海馬支脚)、若しくは新皮質が挙げられ得る。DGのrMF-DGCにおけるGluK2含有KARの異常な発現に起因して、てんかん性脳活性の発生は、DGにおいて阻害され得る。
したがって、本開示は、CNS細胞におけるてんかん性放電(例えば、DGC)を減少させるための方法及び組成物であって、細胞と、有効量の配列番号1~100のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するASO、又はこれらをコードする核酸ベクターとを接触させることによる、方法及び組成物を提供する。
本開示のASO剤は、GluK2阻害剤であり得る。特に、GluK2阻害剤は、Grik2 mRNA発現阻害剤であり得る。GluK2の発現の阻害は、GluK5のレベルも阻害し得る(Ruiz et al,J Neuroscience 2005)。何らかの理論によって束縛されることを望まないが、本開示は、GluK5サブユニットのみではホモマー集合体を形成することができないため、GluK2のみを十分に除去すると、全てのGluK2/GluK5ヘテロマーを除去するはずであるという原理に基づく。
開示される方法及び組成物によれば、本明細書に開示されるASO剤は、15~50個のヌクレオチド(例えば、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、or 25、30、35、40、45、又は最大50個のヌクレオチド)の長さを有し得る。例えば、本明細書に開示されるASO剤は、15個のヌクレオチドの長さを有し得る。別の例において、ASO剤は、16個のヌクレオチドの長さを有する。別の例において、ASO剤は、17個のヌクレオチドの長さを有する。別の例において、ASO剤は、18個のヌクレオチドの長さを有する。別の例において、ASO剤は、19個のヌクレオチドの長さを有する。別の例において、ASO剤は、20個のヌクレオチドの長さを有する。別の例において、ASO剤は、21個のヌクレオチドの長さを有する。別の例において、ASO剤は、22個のヌクレオチドの長さを有する。別の例において、ASO剤は、23個のヌクレオチドの長さを有する。別の例において、ASO剤は、24個のヌクレオチドの長さを有する。別の例において、ASO剤は、25個のヌクレオチドの長さを有する。別の例において、ASO剤は、25~30個のヌクレオチドの長さを有する。別の例において、ASO剤は、30~35個のヌクレオチドの長さを有する。別の例において、ASO剤は、35~40個のヌクレオチドの長さを有する。別の例において、ASO剤は、40~45個のヌクレオチドの長さを有する。別の例において、ASO剤は、45~50個のヌクレオチドの長さを有する。
本開示のASO剤は、Grik2 mRNAの配列(例えば、配列番号115~689のうちのいずれか1つ)、又はそれらのバリアントの領域に対して少なくとも実質的に相補的又は完全に相補的である配列を含み、この相補性は、細胞内条件下で特異的な結合を得るのに十分である。例えば、本開示は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の少なくとも7個の(例えば、少なくとも7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22個、又はそれより多くの)連続ヌクレオチドに対して相補的であるアンチセンス配列を有するASO剤を企図する。特定の例において、ASO剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の7個の連続ヌクレオチドに対して相補的であるアンチセンス配列を有する。別の例において、ASO剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の8個の連続ヌクレオチドに対して相補的であるアンチセンス配列を有する。別の例において、ASO剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の9個の連続ヌクレオチドに対して相補的であるアンチセンス配列を有する。別の例において、ASO剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の10個の連続ヌクレオチドに対して相補的であるアンチセンス配列を有する。別の例において、ASO剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の11個の連続ヌクレオチドに対して相補的であるアンチセンス配列を有する。別の例において、ASO剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の12個の連続ヌクレオチドに対して相補的であるアンチセンス配列を有する。別の例において、ASO剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の13個の連続ヌクレオチドに対して相補的であるアンチセンス配列を有する。別の例において、ASO剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の14個の連続ヌクレオチドに対して相補的であるアンチセンス配列を有する。別の例において、ASO剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の15個の連続ヌクレオチドに対して相補的であるアンチセンス配列を有する。別の例において、ASO剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の16個の連続ヌクレオチドに対して相補的であるアンチセンス配列を有する。別の例において、ASO剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の17個の連続ヌクレオチドに対して相補的であるアンチセンス配列を有する。別の例において、ASO剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の18個の連続ヌクレオチドに対して相補的であるアンチセンス配列を有する。別の例において、ASO剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の19個の連続ヌクレオチドに対して相補的であるアンチセンス配列を有する。別の例において、ASO剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の20個の連続ヌクレオチドに対して相補的であるアンチセンス配列を有する。別の例において、ASO剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の21個の連続ヌクレオチドに対して相補的であるアンチセンス配列を有する。別の例において、ASO剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域の22個の連続ヌクレオチドに対して相補的であるアンチセンス配列を有する。なお別の例において、ASO剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域のヌクレオチドに対して100%相補的であるアンチセンス配列を有する。
本開示は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域(例えば、配列番号115~681に記載されるGrik2 mRNAの領域のうちのいずれか1つ)に結合すると、7~22個の(例えば、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、又は22個の)ヌクレオチド長のGrik2 mRNAと二本鎖構造を形成するASO剤を企図する。例えば、ASO剤とGrik2 mRNAとの間の二本鎖構造は、7個のヌクレオチド長であり得る。別の例において、ASO剤とGrik2 mRNAとの間の二本鎖構造は、8個のヌクレオチド長であり得る。別の例において、ASO剤とGrik2 mRNAとの間の二本鎖構造は、9個のヌクレオチド長であり得る。別の例において、ASO剤とGrik2 mRNAとの間の二本鎖構造は、10個のヌクレオチド長であり得る。別の例において、ASO剤とGrik2 mRNAとの間の二本鎖構造は、11個のヌクレオチド長であり得る。別の例において、ASO剤とGrik2 mRNAとの間の二本鎖構造は、12個のヌクレオチド長であり得る。別の例において、ASO剤とGrik2 mRNAとの間の二本鎖構造は、13個のヌクレオチド長であり得る。別の例において、ASO剤とGrik2 mRNAとの間の二本鎖構造は、14個のヌクレオチド長であり得る。別の例において、ASO剤とGrik2 mRNAとの間の二本鎖構造は、15個のヌクレオチド長であり得る。別の例において、ASO剤とGrik2 mRNAとの間の二本鎖構造は、16個のヌクレオチド長であり得る。別の例において、ASO剤とGrik2 mRNAとの間の二本鎖構造は、17個のヌクレオチド長であり得る。別の例において、ASO剤とGrik2 mRNAとの間の二本鎖構造は、18個のヌクレオチド長であり得る。別の例において、ASO剤とGrik2 mRNAとの間の二本鎖構造は、19個のヌクレオチド長であり得る。別の例において、ASO剤とGrik2 mRNAとの間の二本鎖構造は、20個のヌクレオチド長であり得る。別の例において、ASO剤とGrik2 mRNAとの間の二本鎖構造は、21個のヌクレオチド長であり得る。なお別の例において、ASO剤とGrik2 mRNAとの間の二本鎖構造は、10個のヌクレオチド長であり得る。
開示される方法及び組成物によれば、ASO剤(例えば、本明細書に開示されるASO剤のうちのいずれか1つ、例えば、配列番号1~100のASO配列のうちのいずれか1つ、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、Grik2 mRNAの1つ以上の領域とによって形成される二本鎖構造は、少なくとも1個の(例えば、少なくとも1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、又は15個の)ミスマッチを含み得る。例えば、二本鎖構造は、1個のミスマッチを含有し得る。別の例において、二本鎖構造は、2個のミスマッチを含有する。別の例において、二本鎖構造は、3個のミスマッチを含有する。別の例において、二本鎖構造は、4個のミスマッチを含有する。別の例において、二本鎖構造は、5個のミスマッチを含有する。別の例において、二本鎖構造は、6個のミスマッチを含有する。別の例において、二本鎖構造は、7個のミスマッチを含有する。別の例において、二本鎖構造は、8個のミスマッチを含有する。別の例において、二本鎖構造は、9個のミスマッチを含有する。別の例において、二本鎖構造は、10個のミスマッチを含有する。別の例において、二本鎖構造は、11個のミスマッチを含有する。別の例において、二本鎖構造は、12個のミスマッチを含有する。別の例において、二本鎖構造は、13個のミスマッチを含有する。別の例において、二本鎖構造は、14個のミスマッチを含有する。なお別の例において、二本鎖構造は、15個のミスマッチを含有する。
したがって、本開示の目的は、Grik2 mRNAを標的化する単離されたASO剤、合成ASO剤、又は組換えASO剤に関する。本開示のASO剤は、RNA又はDNAオリゴヌクレオチドを含む、任意の適切な型のものであり得る。したがって、開示される方法及び組成物は、ASO剤であるGrik2発現阻害剤を特徴とする(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、又はshmiRNA、又はshmiRNA)。アンチセンスRNA分子及びアンチセンスDNA分子を含む、ASO剤は、Grik2 mRNAに結合し、タンパク質翻訳を防止するか、又はmRNA分解を増加させ、それによって、GluK2タンパク質のレベル及び活性を低下させることによって、Grik2 mRNAの翻訳を直接的にブロックするように作用し得る。例えば、少なくとも約19個の塩基を有し、GluK2をコードするmRNA転写産物配列の固有領域に対する相補性を有するASO剤は、例えば、従来の技術(例えば、本明細書に開示される技術)によって合成され、例えば、本明細書に記載の他の経路の中で特に、静脈内注射又は注入、例えば、脳の領域への直接的な注射によって投与され得る。配列が既知である遺伝子の遺伝子発現を特異的に軽減するためのアンチセンス技術を使用するための方法は、当該技術分野でよく知られている(例えば、その各々が、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、米国特許第6,566,135号、第6,566,131号、第6,365,354号、第6,410,323号、第6,107,091号、第6,046,321号、及び第5,981,732号を参照されたい)。
特定の例において、本開示のGrik2 ASO剤は、低分子干渉RNA(siRNA)であり得る。Grik2遺伝子発現は、対象又は細胞を、低分子二本鎖RNA(dsRNA)、又はそれをコードするベクターと接触させることによって減少し、それによって、配列特異的な方法で(例えば、RNA干渉経路によって)、mRNAの分解によってGrik2発現を特異的に阻害することができる低分子二本鎖RNAを産生することができる。適切なdsRNA又はdsRNAをコードするベクターを選択するための方法は、配列が既知である遺伝子について、当該技術分野で知られている(例えば、各々が、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、Tuschl,T.et al.(1999)、Elbashir,S.M.et al.(2001)、Hannon,GJ.(2002)、McManus,MT.et al.(2002)、Brummelkamp,TR.et al.(2002)、米国特許第6,573,099号及び第6,506,559号、並びに国際特許公開第01/36646号、同第99/32619号、及び同第01/68836号を参照されたい)。
本開示のGrik2 ASO剤はまた、短ヘアピンRNA(shRNA)であり得る。shRNAは、RNA干渉を介して遺伝子発現をサイレンシングするために使用することができる密なヘアピンターンを作製するRNAの配列である。shRNAは、一般に、標的細胞に導入されるベクターを使用して発現され、一方で、ベクターは、多くの場合、shRNAが構成的に発現されることを確実にするために、ユビキタスU6プロモーターを利用する。このベクターは、通常、娘細胞に伝わり、遺伝子サイレンシングを細胞分裂後に維持することを可能にする。shRNAヘアピン構造は、siRNA内の細胞機構によって切断され、次いで、RNA誘導サイレンシング複合体(RISC)に結合する。この複合体は、それに結合するsiRNA配列にマッチするmRNAに結合し、これを切断する。
これに加えて、本開示のGrik2発現阻害剤は、マイクロRNA(miRNA)であり得る。miRNAは、当該技術分野で一般的な意味を有し、例えば、一般に、21~22個のヌクレオチドの長さであるが、19個から最大23個のヌクレオチドの長さが報告されており、これを使用して標的とされたmRNAの翻訳を抑制することができる、マイクロRNA分子を指す。miRNAは各々、より長い前駆体RNA分子(「前駆体miRNA」)からプロセシングされる。前駆体miRNAは、非タンパク質コード遺伝子から転写される。前駆体miRNAは、動物において、Dicerと呼ばれるリボヌクレアーゼIII様ヌクレアーゼ酵素によって切断される、ステム-ループ構造又はフォールド-バック様(fold-back-like)構造を形成することを可能にする2つの相補性を有する領域を有する。プロセシングされたmiRNAは、典型的には、標的mRNAの領域に対して完全又は実質的に相補的である「シード配列(seed sequence)」(典型的には6~8個のヌクレオチド)を含有するステムの一部である。プロセシングされたmiRNA(「成熟miRNA」とも呼ばれる)は、大きな複合体の一部となり、特定の標的遺伝子を下方調節する(例えば、翻訳を低下させるか、又はmRNAを分解する)。
更に、本開示のGluK2阻害剤は、miRNA適合shRNA(shmiRNA)である。shmiRNA剤は、マイクロRNA隣接配列及びループ配列を含有するマイクロRNA足場(例えば、miR-30足場)の-5pアーム又は-3pアーム内にアンチセンス配列を組み込んだキメラ分子を指す。shRNAと比較して、shmiRNAは、一般に、マイクロRNA由来の配列に基づいて、より長いステム-ループ構造を有し、完全又は実質的な相補性(例えば、ミスマッチ、G:Uゆらぎ)を示す-5p及び-3pアームを有する。それらのより長い配列及びプロセシングの必要性に起因して、shmiRNAは、一般に、Pol IIプロモーターから発現される。これらの構築物はまた、shRNA系の薬剤と比較して、毒性の減少を示すことが示されている。
複数のmiRNAを使用して、Grik2 mRNA発現(及びその後のその遺伝子産物GluK2)をノックダウンし得る。miRNAは、異なる標的転写産物に対して、又は単一標的転写産物の異なる結合部位に対して相補的であり得る。多重遺伝子又は多重遺伝子転写産物も利用して、標的遺伝子ノックダウンの有効性を増強させ得る。同じmiRNA又は異なるmiRNAをコードする多重遺伝子は、単一転写産物において一緒に調節されてもよく、又は単一ベクターカセット中の別個の転写産物として調節されてもよい。本開示のmiRNAは、ベクター、例えば、ウイルスベクター(限定されないが、組換えアデノ随伴ウイルス(rAAV)ベクター、レンチウイルスベクター、レトロウイルスベクター、及びレトロトランスポゾン系のベクター系)にパッケージングされ得る。
Grik2 mRNAのセンス標的配列に対して相補的(例えば、実質的又は完全に相補的)であるASOは、一般に、上述の阻害剤(例えば、siRNAs、shRNAs、miRNAs、又はshmiRNA)のうちのいずれかの産生のためにDNA配列によってコードされる。目的の二本鎖RNAをコードするDNAは、遺伝子カセット(例えば、DNAの転写がプロモーターによって制御される発現カセット)に組み込まれ得る。
アンチセンスオリゴヌクレオチド配列
本開示の方法及び組成物によれば、本明細書に開示される阻害性RNA剤は、以下に示されるように、表2に開示されるASO薬剤(例えば、配列番号1~100)、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの対応する核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントのうちのいずれか1つ以上を含み得る。ASO剤は、以下の表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載されるGrik2 mRNAの対応する標的配列、又は以下の表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される対応する標的配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントに結合し得る。
上述の配列は、本開示のベクターに組み込むことができるDNA(すなわち、cDNA)配列として表されるが、これらの配列はまた、細胞内のベクターから合成される対応するRNA配列として表されてもよい。当業者は、cDNA配列が、ウリジンをチミジンに置換したことを除き、mRNA配列と等価であり、本明細書の同じ目的、すなわち、Grik2 mRNAの発現を阻害するためのアンチセンスオリゴヌクレオチドの生成のために使用することができることを理解するだろう。DNAベクター(例えば、AAV)の場合において、アンチセンス核酸を含有するポリヌクレオチドは、DNA配列である。RNAベクターの場合において、導入遺伝子カセットは、本明細書に記載のアンチセンスDNA配列のRNA等価物である。
本開示のASO配列は、配列番号1の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号1の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号1の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号1の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号2の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号2の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号2の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号2の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号3の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号3の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号3の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号3の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号4の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号4の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号4の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号4の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号5の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号5の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号5の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号5の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号6の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号6の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号6の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号6の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号7の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号7の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号7の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号7の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号8の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号8の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号8の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号8の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号9の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号9の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号9の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号9の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号10の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号10の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号10の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号10の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号11の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号11の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号11の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号11の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号12の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号12の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号12の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号12の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号13の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号13の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号13の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号13の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号14の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号14の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号14の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号14の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号15の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号15の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号15の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号15の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号16の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号16の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号16の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号16の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号17の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号17の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号17の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号17の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号18の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号18の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号18の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号18の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号19の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号19の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号19の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号19の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号20の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号20の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号20の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号20の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号21の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号21の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号21の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号21の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号22の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号22の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号22の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号22の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号23の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号23の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号23の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号23の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号24の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号24の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号24の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号24の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号25の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号25の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号25の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号25の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号26の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号26の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号26の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号26の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号27の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号27の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号27の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号27の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号28の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号28の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号28の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号28の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号29の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号29の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号29の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号29の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号30の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号30の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号30の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号30の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号31の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号31の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号31の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号31の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号32の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号32の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号32の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号32の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号33の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号33の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号33の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号33の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号34の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号34の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号34の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号34の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号35の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号35の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号35の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号35の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号36の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号36の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号36の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号36の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号37の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号37の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号37の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号37の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号38の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号38の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号38の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号38の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号39の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号39の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号39の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号39の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号40の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号40の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号40の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号40の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号41の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号41の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号41の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号41の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号42の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号42の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号42の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号42の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号43の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号43の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号43の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号43の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号44の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号44の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号44の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号44の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号45の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号45の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号45の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号45の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号46の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号46の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号46の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号46の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号47の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号47の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号47の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号47の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号48の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号48の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号48の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号48の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号49の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号49の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号49の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号49の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号50の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号50の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号50の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号50の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号51の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号51の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号51の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号51の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号52の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号52の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号52の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号52の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号53の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号53の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号53の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号53の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号54の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号54の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号54の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号54の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号55の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号55の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号55の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号55の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号56の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号56の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号56の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号56の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号57の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号57の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号57の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号57の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号58の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号58の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号58の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号58の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号59の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号59の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号59の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号59の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号60の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号60の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号60の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号60の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号61の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号61の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号61の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号61の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号62の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号62の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号62の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号62の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号63の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号63の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号63の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号63の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号64の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号64の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号64の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号64の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号65の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号65の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号65の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号65の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号66の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号66の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号66の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号66の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号67の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号67の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号67の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号67の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号68の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号68の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号68の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号68の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号69の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号69の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号69の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号69の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号70の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号70の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号70の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号70の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号71の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号71の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号71の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号71の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号72の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号72の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号72の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号72の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号73の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号73の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号73の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号73の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号74の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号74の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号74の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号74の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号75の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号75の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号75の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号75の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号76の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号76の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号76の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号76の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号77の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号77の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号77の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号77の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号78の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号78の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号78の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号78の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号79の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号79の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号79の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号79の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号80の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号80の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号80の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号80の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号81の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号81の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号81の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号81の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号82の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号82の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号82の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号82の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号83の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号83の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号83の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号83の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号84の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号84の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号84の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号84の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号85の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号85の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号85の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号85の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号86の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号86の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号86の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号86の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号87の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号87の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号87の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号87の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号88の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号88の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号88の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号88の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号89の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号89の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号89の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号89の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号90の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号90の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号90の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号90の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号91の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号91の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号91の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号91の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号92の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号92の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号92の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号92の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号93の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号93の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号93の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号93の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号94の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号94の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号94の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号94の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号95の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号95の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号95の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号95の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号96の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号96の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号96の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号96の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号97の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号97の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号97の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号97の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号98の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号98の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号98の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号98の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号99の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号99の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号99の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号99の核酸配列を有し得る。
本開示のASO配列は、配列番号100の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。例えば、ASOは、配列番号100の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。別の例において、ASOは、配列番号100の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有し得る。更なる例において、ASOは、配列番号100の核酸配列を有し得る。
ゆらぎ塩基対を有するアンチセンスオリゴヌクレオチド
本開示は、1つ以上のゆらぎ塩基対を有するASO剤を更に特徴とする。4つの主なゆらぎ塩基対は、グアニン-ウラシル(G-U)、ヒポキサンチン-ウラシル(I-U)、ヒポキサンチン-アデニン(I-A)、及びヒポキサンチン-シトシン(I-C)であり、ヒポキサンチンは、ヌクレオシドイノシンを表す。G-Uゆらぎ塩基対は、G-C、A-T及びA-Uと同様の熱力学的安定性を示すことが示されている(Saxena et al,2003,J Biol Chem,278(45):44312-9)。
したがって、本開示は、配列番号115又は配列番号116の標的領域の補体に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するヌクレオチド配列を有するASO剤を提供する(例えば、ASOは、Grik2遺伝子配列のアンチセンス鎖に対して少なくとも85%の配列同一性を有し得る)。特に、本開示のASO剤は、対応するアラインメントされたヒトGrik2 mRNA転写産物(配列番号115又は配列番号116)に対して相補的ではない1、2、又は3個のヌクレオチドを有し得る。そのように、本開示のASO剤は、配列番号116又は配列番号115の標的領域の補体に対して少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、若しくはそれより多く)、少なくとも86%(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、若しくはそれより多く)、少なくとも87%(例えば、少なくとも87%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、若しくはそれより多く)、少なくとも88%(例えば、少なくとも88%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、若しくはそれより多く)、少なくとも89%(例えば、少なくとも89%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、若しくはそれより多く)、又は少なくとも90%(例えば、少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、若しくはそれより多く)同一であるヌクレオチド配列を有し得る。
アラインメントされたGrik2 mRNA配列の相補的な配列に対して100%同一ではないヌクレオチドは、ゆらぎヌクレオチドであり得る。
本明細書の表2に示されるように、5’末端において小文字「u」を有するASO剤は、表2に列挙される他のヒトASO剤と比較して、ヒトGrik2 mRNAの相補的な配列に対して同一である1つ少ないヌクレオチドを有する。5’末端に「u」を含むこと(G:Uゆらぎ塩基対が得られる)は、RISCローディングを改善するために実行された(siSPOTRソフトウエア、Boudreau,R.L.et al.,Nucleic Acid Res 2013, 41(1):e9)。
Grik2転写産物上の特定の領域に対して設計されたアンチセンスRNAによって媒介されるオフターゲット効果の可能性は、任意の数の公的に利用可能なアルゴリズムを使用して測定され得る。例えば、オンラインツールsiSPOTR(ワールドワイドウェブ.sispotr.icts.uiowa.edu/sispotr/index.html_で入手可能な「siRNA Sequence Probability-of-Off-Targeting Reduction」を使用することができる)。
特定のGrik2アンチセンス配列は、(オフターゲット予測因子プログラムsiSPOTRに基づいて)「特異的な」siSPOTRガイドであると決定され、配列番号115又は配列番号116(表3を参照されたい)を含む転写産物の配列特異的な阻害を維持しつつ、ヒトゲノムにおけるオフターゲット配列特異的遺伝子抑制を回避するか、又は減少させると予測されたアンチセンスRNAである。
特定のGrik2アンチセンスRNAは、(オフターゲット予測因子プログラムsiSPOTRに基づいて)「共有される」siSPOTRガイドであると決定され、ヒトゲノムにおけるオフターゲット配列特異的遺伝子抑制を回避するか、又は減少させ、ヒト、サル及びマウスGrik2 mRNA配列間の有意な共有された相同性を有すると予測されたアンチセンスRNAであり、配列番号115、配列番号116(が、配列番号117~125も)を含む転写産物の配列特異的な阻害を維持すると予想される。
本明細書に開示されるASO剤は、GluK2タンパク質(例えば、配列番号102~114のうちのいずれか1つを含むGluK2タンパク質、又は配列番号102の少なくともアミノ酸1~509を含むGluK2タンパク質)をコードするmRNAを標的化する。GluK2タンパク質をコードするmRNAは、配列番号102~114のうちのいずれか1つの配列を有するポリペプチドに対して、1つ以上のアミノ酸置換、例えば、1つ以上の保存的アミノ酸置換(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以上のアミノ酸置換、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10個以上の保存的アミノ酸置換)を含有するポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含み得る。
本明細書に開示されるGrik2 ASO剤は、例えば、バイオインフォマティクスツールを使用することによって、Grik2 mRNAの配列を開始点として使用することによって設計され得る。Grik2 mRNA配列は、NCBI Gene ID番号2898中に見出され得る。別の例において、配列番号102をコードするポリヌクレオチド配列、配列番号102の連続アミノ酸1~509をコードするポリヌクレオチド配列、又は配列番号102(UniProtKB Q13002-1)、配列番号103(UniProtKB Q13002-2)、配列番号104(UniProtKB Q13002-3)、配列番号105(UniProtKB Q13002-4)、配列番号106(UniProtKB Q13002-5)、配列番号107(UniProtKB Q13002-6)、配列番号108(UniProtKB Q13002-7)、配列番号109(NCBIアクセッション番号NP_001104738.2)、配列番号110(NCBIアクセッション番号NP_034479.3)、配列番号111(NCBIアクセッション番号NP_034479.3)、配列番号112(NCBIアクセッション番号XP_014992481.1)、配列番号113(NCBIアクセッション番号XP_014992483.1)、及び配列番号114(NCBIアクセッション番号NP_062182.1)のうちのいずれか1つのアミノ酸配列をコードするポリヌクレオチド配列を、GluK2タンパク質をコードするmRNAを標的化する核酸配列を設計するための基礎として使用することができる。GluK2受容体をコードするポリヌクレオチド配列は、配列番号115~125のうちのいずれか1つから選択され得る。
GluK2ポリペプチドは、配列番号102のアミノ酸配列を有していてもよく、又は配列番号102のアミノ酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであってもよく、以下に示される(UniProt Q13002-1、GRIK2_HUMANグルタミン酸受容体イオンチャネル型、カイニン酸型2)。
MKIIFPILSNPVFRRTVKLLLCLLWIGYSQGTTHVLRFGGIFEYVESGPMGAEELAFRFA
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ICNALGVPHIQTRWKHQVSDNKDSFYVSLYPDFSSLSRAILDLVQFFKWKTVTVVYDDST
GLIRLQELIKAPSRYNLRLKIRQLPADTKDAKPLLKEMKRGKEFHVIFDCSHEMAAGILK
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EFLYKSKKNAQLEKRSFCSAMVEELRMSLKCQRRLKHKPQAPVIVKTEEVINMHTFNDRR
LPGKETMA
(配列番号102)
GluK2ポリペプチドは、配列番号103のアミノ酸配列を有していてもよく、又は配列番号103のアミノ酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであってもよく、以下に示される(UniProt Q13002-2、グルタミン酸受容体イオンチャネル型のGRIK2_HUMANアイソフォーム2、カイニン酸型2)。
MKIIFPILSNPVFRRTVKLLLCLLWIGYSQGTTHVLRFGGIFEYVESGPMGAEELAFRFA
VNTINRNRTLLPNTTLTYDTQKINLYDSFEASKKACDQLSLGVAAIFGPSHSSSANAVQS
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VVENNFTLLNSFWFGVGALMQQGSELMPKALSTRIVGGIWWFFTLIIISSYTANLAAFLT
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AILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCPEEESKEASALGVQNIGGIFIVLAAGLVLSVFVAVG
EFLYKSKKNAQLEKESSIWLVPPYHPDTV
(配列番号103)
GluK2ポリペプチドは、配列番号104のアミノ酸配列を有していてもよく、又は配列番号104のアミノ酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであってもよく、以下に示される(UniProt Q13002-3、グルタミン酸受容体イオンチャネル型のGRIK2_HUMANアイソフォーム3、カイニン酸型2)。
MKIIFPILSNPVFRRTVKLLLCLLWIGYSQGTTHVLRFGGIFEYVESGPMGAEELAFRFA
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RLVEDGKYGAQDDANGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLAITYVREKVIDFSKPFMTLGISI
LYRKPNGTNPGVFSFLNPLSPDIWMYILLAYLGVSCVLFVIARF
(配列番号104)
GluK2ポリペプチドは、配列番号105のアミノ酸配列を有していてもよく、又は配列番号105のアミノ酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであってもよく、以下に示される(UniProt Q13002-4、グルタミン酸受容体イオンチャネル型のGRIK2_HUMANアイソフォーム4、カイニン酸型2)。
MKIIFPILSNPVFRRTVKLLLCLLWIGYSQGTTHVLRFGGIFEYVESGPMGAEELAFRFA
VNTINRNRTLLPNTTLTYDTQKINLYDSFEASKKACDQLSLGVAAIFGPSHSSSANAVQS
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KWWRGNGCPEEESKEASALGVQNIGGIFIVLAAGLVLSVFVAVGEFLYKSKKNAQLEKRS
FCSAMVEELRMSLKCQRRLKHKPQAPVIVKTEEVINMHTFNDRRLPGKETMA
(配列番号105)
GluK2ポリペプチドは、配列番号106のアミノ酸配列を有していてもよく、又は配列番号106のアミノ酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであってもよく、以下に示される(UniProt Q13002-5、グルタミン酸受容体イオンチャネル型のGRIK2_HUMANアイソフォーム5、カイニン酸型2)。
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(配列番号106)
GluK2ポリペプチドは、配列番号107のアミノ酸配列を有していてもよく、又は配列番号107のアミノ酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであってもよく、以下に示される(UniProt Q13002-6、グルタミン酸受容体イオンチャネル型のGRIK2_HUMANアイソフォーム6、カイニン酸型2)。
MKIIFPILSNPVFRRTVKLLLCLLWIGYSQGTTHVLRFGGIFEYVESGPMGAEELAFRFA
VNTINRNRTLLPNTTLTYDTQKINLYDSFEASKKACDQLSLGVAAIFGPSHSSSANAVQS
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EGKLHMMKEKWWRGNGCPEEESKEASALGVQNIGGIFIVLAAGLVLSVFVAVGEFLYKSK
KNAQLEKESSIWLVPPYHPDTV
(配列番号107)
GluK2ポリペプチドは、配列番号108のアミノ酸配列を有していてもよく、又は配列番号108のアミノ酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであってもよく、以下に示される(UniProt Q13002-7、グルタミン酸受容体イオンチャネル型のGRIK2_HUMANアイソフォーム7、カイニン酸型2)。
MKIIFPILSNPVFRRTVKLLLCLLWIGYSQGTTHVLRFGGIFEYVESGPMGAEELAFRFA
VNTINRNRTLLPNTTLTYDTQKINLYDSFEASKKACDQLSLGVAAIFGPSHSSSANAVQS
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RLVEDGKYGAQDDANGQWNGMVRELIDHKSVLVKSNEEGIQRVLTSDYAFLMESTTIEFV
TQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCP
EEESKEASALGVQNIGGIFIVLAAGLVLSVFVAVGEFLYKSKKNAQLEKRAKTKLPQDYV
FLPILESVSISTVLSSSPSSSSLSSCS
(配列番号108)
GluK2ポリペプチドは、配列番号109のアミノ酸配列を有していてもよく、又は配列番号109のアミノ酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであってもよく、以下に示される(NP_001104738.2、グルタミン酸受容体イオンチャネル型のGRIK2_MOUSEアイソフォーム1前駆体、カイニン酸型2)。
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(配列番号109)
GluK2ポリペプチドは、配列番号110のアミノ酸配列を有していてもよく、又は配列番号110のアミノ酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであってもよく、以下に示される(NP_034479.3、グルタミン酸受容体イオンチャネル型のGRIK2_MOUSEアイソフォーム2前駆体、カイニン酸型2)。
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(配列番号110)
GluK2ポリペプチドは、配列番号111のアミノ酸配列を有していてもよく、又は配列番号111のアミノ酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであってもよく、以下に示される(NP_001345795.2、グルタミン酸受容体イオンチャネル型のGRIK2_MOUSEアイソフォーム1前駆体、カイニン酸型2)。
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(配列番号111)
GluK2ポリペプチドは、配列番号112のアミノ酸配列を有していてもよく、又は配列番号112のアミノ酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであってもよく、以下に示される(XP_014992481.1、GRIK2_RHESUS MACAQUEアイソフォームX1、グルタミン酸受容体イオンチャネル型、カイニン酸型2)。
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(配列番号112)
GluK2ポリペプチドは、配列番号113のアミノ酸配列を有していてもよく、又は配列番号113のアミノ酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであってもよく、以下に示される(XP_014992483.1、GRIK2_RHESUS MACAQUEアイソフォームX1、グルタミン酸受容体イオンチャネル型、カイニン酸型2)。
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(配列番号113)
GluK2ポリペプチドは、配列番号114のアミノ酸配列を有していてもよく、又は配列番号114のアミノ酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであってもよく、以下に示される(NP_062182.1、グルタミン酸受容体イオンチャネル型のGRIK2_RAT前駆体、カイニン酸型2)。
MKIISPVLSNLVFSRSIKVLLCLLWIGYSQGTTHVLRFGGIFEYVESGPMGAEELAFRFAVNTINRNRTL
LPNTTLTYDTQKINLYDSFEASKKACDQLSLGVAAIFGPSHSSSANAVQSICNALGVPHIQTRWKHQVSDNKDSFYVSLYPDFSSLSRAILDLVQFFKWKTVTVVYDDSTGLIRLQELIKAPSRYNLRLKIRQLPADTKDAKPLLKEMKRGKEFHVIFDCSHEMAAGILKQALAMGMMTEYYHYIFTTLDLFALDVEPYRYSGVNMTGFRILNTENTQVSSIIEKWSMERLQAPPKPDSGLLDGFMTTDAALMYDAVHVVSVAVQQFPQMTVSSLQCNRHKPWRFGTRFMSLIKEAHWEGLTGRITFNKTNGLRTDFDLDVISLKEEGLEKIGTWDPASGLNMTESQKGKPANITDSLSNRSLIVTTILEEPYVLFKKSDKPLYGNDRFEGYCIDLLRELSTILGFTYEIRLVEDGKYGAQDDVNGQWNGMVRELIDHKADLAVAPLAITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKPNGTNPGVFSFLNPLSPDIWMYVLLACLGVSCVLFVIARFSPYEWYNPHPCNPDSDVVENNFTLLNSFWFGVGALMRQGSELMPKALSTRIVGGIWWFFTLIIISSYTANLAAFLTVERMESPIDSADDLAKQTKIEYGAVEDGATMTFFKKSKISTYDKMWAFMSSRRQSVLVKSNEEGIQRVLTSDYAFLMESTTIEFVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCPEEESKEASALGVQNIGGIFIVLAAGLVLSVFVAVGEFLYKSKKNAQLEKRSFCSAMVEELRMSLKCQRRLKHKPQAPVIVKTEEVINMHTFNDRRLPGKETMA
(配列番号114)
Grik2 mRNAは、表4に示されるように、5’及び3’非翻訳領域(UTR)を含有し、配列番号115の核酸配列を有するポリヌクレオチドであってもよく、又は配列番号115の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであってもよい(RefSeq NM_021956.1:4592 Homo sapiensグルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(GRIK2)、転写産物バリアント1、mRNA)。
Grik2 mRNAは、表4に示されるように、配列番号116の核酸配列を有するポリヌクレオチドであってもよく、又は配列番号116の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであってもよい(RefSeq NM_021956.4:294-3020 Homo sapiensグルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(GRIK2)、転写産物バリアント1、mRNA)。
これに追加して、又は代替的に、Grik2 mRNAは、表4に示されるように、配列番号117の核酸配列を有するポリヌクレオチドであってもよく、又は配列番号117の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであってもよい(RefSeq NM_175768.3:294-2903 Homo sapiensグルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(GRIK2)、転写産物バリアント2、mRNA)。
これに追加して、又は代替的に、Grik2 mRNAは、表4に示されるように、配列番号118の核酸配列を有するポリヌクレオチドであってもよく、又は配列番号118の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであってもよい(RefSeq NM_001166247.1:294-2972 Homo sapiensグルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(GRIK2)、転写産物バリアント3、mRNA)。
これに追加して、又は代替的に、Grik2 mRNAは、以下に示されるように、配列番号119の核酸配列を有するポリヌクレオチドであってもよく、又は配列番号119の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであってもよい(RefSeq NM_001111268.2 Mus musculusグルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(GRIK2)、転写産物バリアント4、mRNA)。
これに追加して、又は代替的に、Grik2 mRNAは、表4に示されるように、配列番号120の核酸配列を有するポリヌクレオチドであってもよく、又は配列番号120の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであってもよい(RefSeq NM_010349.4 Mus musculusグルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(GRIK2)、転写産物バリアント5、mRNA)。
これに追加して、又は代替的に、Grik2 mRNAは、表4に示されるように、配列番号121の核酸配列を有するポリヌクレオチドであってもよく、又は配列番号121の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであってもよい(RefSeq NM_001358866 Mus musculusグルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(GRIK2)、転写産物バリアント6、mRNA)。
これに追加して、又は代替的に、Grik2 mRNAは、表4に示されるように、配列番号122の核酸配列を有するポリヌクレオチドであってもよく、又は配列番号122の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであってもよい(RefSeq XM_015136995.2 Macaca mulattaグルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(GRIK2)、転写産物バリアント7、mRNA)。
これに追加して、又は代替的に、Grik2 mRNAは、表4に示されるように、配列番号123の核酸配列を有するポリヌクレオチドであってもよく、又は配列番号123の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであってもよい(RefSeq XM_015136997.2 Macaca mulattaグルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(GRIK2)、転写産物バリアントX1、mRNA)。
これに追加して、又は代替的に、Grik2 mRNAは、表4に示されるように、配列番号124の核酸配列を有するポリヌクレオチドであってもよく、又は配列番号124の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであってもよい(RefSeq NM_019309.2 Rattus norvegicusグルタミン酸イオンチャネル型受容体カイニン酸型サブユニット2(GRIK2)、mRNA)。
これに追加して、又は代替的に、Grik2 mRNAは、表4に示されるように、成熟GluK2ペプチドコード配列に対応し、配列番号125の核酸配列を有するポリヌクレオチド、又は配列番号125の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントを含む。
開示される方法及び組成物によれば、Grik2 mRNAは、表4に示されるように、5’UTR、例えば、配列番号126の核酸配列を有するポリヌクレオチド、又は配列番号126の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントによってコードされる5’UTRを含み得る。
Grik2 mRNAはまた、表4に示されるように、3’UTR、例えば、配列番号127の核酸配列を有するポリヌクレオチド、又は配列番号127の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントによってコードされる3’UTRを含み得る。
これに加えて、Grik2 mRNAは、表4に示されるように、Grik2シグナルペプチド配列、例えば、配列番号128の核酸配列、又は配列番号128の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントによってコードされるシグナルペプチド配列をコードするポリヌクレオチドを含み得る。
Grik2 mRNA標的領域
本開示のASO剤は、Grik2 mRNAの1つ以上の領域(例えば、本明細書で特定される1つ以上の領域)、例えば、翻訳開始部位(AUGコドン)、コード領域中の配列(例えば、本明細書に記載されるエクソン1~16のうちの1つ以上)、又はGrik2 mRNAの5’UTR若しくは3’UTRを有する領域を標的化し(例えば、特異的にハイブリダイズし)得る。これらの領域を標的化することによって、本開示のASO剤は、限定されないが、タンパク質翻訳のための部位へのmRNAの移行(例えば、核から細胞質への移行)、GluK2タンパク質へのmRNAの移行、mRNAのスプライシング若しくは成熟、及び/又はRNAによって担われ得る独立した触媒活性を含む、mRNAの正常な生物学的プロセシングと干渉し得る。かかるRNA機能との干渉の全体的な効果は、Gluk2タンパク質発現との干渉を引き起こし、それによって、細胞(例えば、ニューロン又はアストログリア細胞)においてGluK2発現を減少させるか、又は除外する。
Grik2標的配列は、アンチセンスRNAによる阻害又はノックダウンに修正可能であるGrik2 mRNA配列の一部又は領域(例えば、センス標的配列)である。核酸のいくつかの標的部位は、標的とされるGrik2転写産物の認識部位として特定された。以下の表4に示されるように、Grik2標的部位にハイブリダイズする(又はそれに結合する)種々のアンチセンスRNAは、本願発明者らによって特定されている。Grik2 mRNA標的核酸は、一次転写産物(RNA)の領域内のヌクレオチド配列、又はそれをコードするcDNAを含む。当業者は、cDNA配列が、ウリジンをチミジンに置換したことを除き、mRNA配列と等価であり、本明細書の同じ目的、すなわち、Grik2 mRNAの発現を阻害するためのアンチセンスオリゴヌクレオチドの生成のために使用することができることを理解するだろう。
本明細書に開示される方法及び組成物と組み合わせて使用され得る阻害性RNA構築物(例えば、本明細書に開示されるASO剤)は、Grik2 mRNAの1個以上の(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、12、13、14、15、16、17、18、19個、又はそれより多くの)標的領域に(例えば、それらとの相補的塩基対形成によって)結合することができるASO剤、例えば、配列番号115~125のGrik2 mRNA転写産物のうちのいずれか1つ、5’UTR(配列番号126)、3’UTR(配列番号127)、Grik2シグナルペプチドをコードする核酸配列(配列番号128)、Grik2 mRNAのエクソン1(配列番号129)、Grik2 mRNAのエクソン2(配列番号130)、Grik2 mRNAのエクソン3(配列番号131)、Grik2 mRNAのエクソン4(配列番号132)、Grik2 mRNAのエクソン5(配列番号133)、Grik2 mRNAのエクソン6(配列番号134)、Grik2 mRNAのエクソン7(配列番号135)、Grik2 mRNAのエクソン8(配列番号136)、Grik2 mRNAのエクソン9(配列番号137)、Grik2 mRNAのエクソン10(配列番号138)、Grik2 mRNAのエクソン11(配列番号139)、Grik2 mRNAのエクソン12(配列番号140)、Grik2 mRNAのエクソン13(配列番号141)、Grik2 mRNAのエクソン14(配列番号142)、Grik2 mRNAのエクソン15(配列番号143)、及びGrik2 mRNAのエクソン16(配列番号144)の少なくとも一部内のものを含む。配列番号115、又は配列番号116の少なくとも一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASOは、表2又は表3に列挙されるASO剤から選択され得る。
例えば、本開示の組換えASO剤は、配列番号115の少なくとも一部又は領域内のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含む。別の例において、ASO剤は、配列番号116の少なくとも一部又は領域内のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含む。
更なる例において、Grik2 mRNAを標的化する本開示のASO剤は、5’UTR(配列番号126)の少なくとも一部又は領域内のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含む。別の例において、Grik2 mRNAを標的化する本開示のASO剤は、3’UTR(配列番号127)の少なくとも一部又は領域内のヌクレオチド配列に相補的なヌクレオチド配列を含む。
開示されるASO剤は、Grik2 mRNAの1つ以上のエクソン、例えば、配列番号115の核酸配列、又は配列番号115の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントを有するGrik2 mRNAの1つ以上のエクソンにハイブリダイズし得る。したがって、ASO剤は、Grik2 mRNAのエクソン1、例えば、配列番号115のヌクレオチド位置1~408に位置するGrik2 mRNAのエクソン1の少なくとも一部又は領域内にハイブリダイズし得る。Grik2 mRNAのエクソン1の配列は、表4に示されるように、配列番号129の核酸配列、又は配列番号129の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
例えば、Grik2は、ヌクレオチド197~217(配列番号115)、215~235(配列番号115)、232~251(配列番号115)、232~252(配列番号115)、227~247(配列番号115)、29~48(配列番号116)、322~341(配列番号115)、29~49(配列番号116)、322~342(配列番号115)、182~202(配列番号115)、226~246(配列番号115)、253~272(配列番号115)、253~273(配列番号115)、139~159(配列番号115)、176~196(配列番号115)、241~261(配列番号115)、195~215(配列番号115)、42~62(配列番号115)、196~216(配列番号115)、又は30~49(配列番号115)を含む本明細書に開示されるASO剤を使用した標的化について企図される核酸を標的化する。これに加えて、Grik2 ASO剤は、ヌクレオチド197~217(配列番号115)、215~235(配列番号115)、232~251(配列番号115)、232~252(配列番号115)、227~247(配列番号115)、29~48(配列番号116)、322~341(配列番号115)、29~49(配列番号116)、322~342(配列番号115)、182~202(配列番号115)、226~246(配列番号115)、253~272(配列番号115)、253~273(配列番号115)、139~159(配列番号115)、176~196(配列番号115)、241~261(配列番号115)、195~215(配列番号115)、42~62(配列番号115)、196~216(配列番号115)、30~49(配列番号115)、又はそれらの断片若しくは一部内のGrik2 mRNAにハイブリダイズし得る。
配列番号116、又は配列番号115のエクソン1の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASO剤は、siRNA TJ(配列番号21)、siRNA TG(配列番号23)、siRNA TF(配列番号24)、siRNA TE 配列番号25)、siRNA TD(配列番号26)、siRNA TC(配列番号28)、siRNA CK(配列番号29)、siRNA CX(配列番号42)、siRNA CY(配列番号43)、siRNA D0(配列番号45)、siRNA D1(配列番号46)、siRNA D3(配列番号48)、siRNA XZ(配列番号54)、siRNA Y0(配列番号55)、siRNA GF(配列番号64)、siRNA ZZ(配列番号100)、siRNA GE(配列番号65)、siRNA GH(配列番号66)、若しくはsiRNA YB(配列番号67)、又はsiRNA TJ(配列番号21)、siRNA TG(配列番号23)、siRNA TF(配列番号24)、siRNA TE 配列番号25)、siRNA TD(配列番号26)、siRNA TC(配列番号28)、siRNA CK(配列番号29)、siRNA CX(配列番号42)、siRNA CY(配列番号43)、siRNA D0(配列番号45)、siRNA D1(配列番号46)、siRNA D3(配列番号48)、siRNA XZ(配列番号54)、siRNA Y0(配列番号55)、siRNA GF(配列番号64)、siRNA ZZ(配列番号100)、siRNA GE(配列番号65)、siRNA GH(配列番号66)、若しくはsiRNA YB(配列番号67)のうちのいずれかに対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するアンチセンスオリゴヌクレオチドから選択され得る。配列番号116、又は配列番号115のエクソン1の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASO剤は、少なくとも10%の(例えば、少なくとも10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)GluK2タンパク質ノックダウンを示し得る。これに加えて、Grik2アンチセンスオリゴヌクレオチドは、siRNA TJ(配列番号21)、siRNA TG(配列番号23)、siRNA TF(配列番号24)、siRNA TE(配列番号25)、siRNA TD(配列番号26)、siRNA TC(配列番号28)、siRNA CK(配列番号29)、siRNA CX(配列番号42)、siRNA CY(配列番号43)、siRNA D0(配列番号45)、siRNA D1(配列番号46)、siRNA D3(配列番号48)、siRNA XZ(配列番号54)、siRNA Y0(配列番号55)、siRNA GF(配列番号64)、siRNA ZZ(配列番号100)、siRNA GE(配列番号65)、siRNA GH(配列番号66)、若しくはsiRNA YB(配列番号67)、又は少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)その配列同一性を有するアンチセンスオリゴヌクレオチドから選択されてもよく、少なくとも10%の(例えば、少なくとも10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)GluK2ノックダウンを示す。
これに加えて、ASO剤は、Grik2 mRNAのエクソン2、例えば、配列番号115のヌクレオチド位置409~576に位置するGrik2 mRNAのエクソン2の少なくとも一部又は領域内でハイブリダイズし得る。Grik2 mRNAのエクソン2の配列は、表4に示されるように、配列番号130の核酸配列、又は配列番号130の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
例えば、Grik2は、配列番号115のヌクレオチド501~521、又は配列番号116のヌクレオチド208~228、又はそれらの断片若しくは一部を含む本明細書に開示されるASO剤を使用した標的化について企図される核酸を標的化する。
配列番号116、又は配列番号115のエクソン2の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASO剤は、siRNA G0(配列番号1)、又はsiRNA G0(配列番号1)に対して85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するアンチセンスオリゴヌクレオチドである。他の実施形態において、配列番号116、又は配列番号115のエクソン2の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2アンチセンスオリゴヌクレオチドは、75%より大きいGluK2ノックダウンを示す。なお他の実施形態において、Grik2アンチセンスオリゴヌクレオチドは、siRNA G0(配列番号1)、又は85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)その配列同一性を有するアンチセンスオリゴヌクレオチドであり、75%より大きい(例えば、少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)GluK2ノックダウンを示す。
ASO剤はまた、Grik2 mRNAのエクソン3、例えば、配列番号115のヌクレオチド位置577~834に位置するGrik2 mRNAのエクソン3の少なくとも一部又は領域内でハイブリダイズし得る。Grik2 mRNAのエクソン3の配列は、表4に示されるように、配列番号131の核酸配列、又は配列番号131の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
例えば、Grik2は、配列番号116のヌクレオチド307~327、又は配列番号115のヌクレオチド600~620、配列番号116のヌクレオチド352~372、又は配列番号115のヌクレオチド645~665、配列番号116のヌクレオチド381~400、又は配列番号115のヌクレオチド674~693、配列番号116のヌクレオチド381~401、又は配列番号115のヌクレオチド674~694、配列番号116のヌクレオチド380~400、又は配列番号115のヌクレオチド673~693、配列番号116のヌクレオチド534~554、又は配列番号115のヌクレオチド827~847、配列番号116のヌクレオチド308~328、又は配列番号115のヌクレオチド601~621、配列番号116のヌクレオチド396~416、又は配列番号115のヌクレオチド689~709、配列番号116のヌクレオチド355~375、又は配列番号115のヌクレオチド648~668、配列番号116のヌクレオチド357~377、又は配列番号115のヌクレオチド650~670、配列番号116のヌクレオチド424~444、又は配列番号115のヌクレオチド717~737、配列番号116のヌクレオチド429~449、又は配列番号115のヌクレオチド722~742、又はそれらの断片若しくは一部を含む本明細書に開示されるASO剤を使用した標的化について企図される核酸を標的化する。
配列番号116、又は配列番号115のエクソン3の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASO剤は、siRNA TV(配列番号2)、siRNA TU(配列番号3)、siRNA CL(配列番号30)、siRNA CM(配列番号31)、siRNA CR(配列番号36)、siRNA CV(配列番号40)、siRNA Y4(配列番号59)、siRNA MP(配列番号76)、siRNA MW(配列番号80)、siRNA MV(配列番号81)、siRNA G8(配列番号92)、又はsiRNA MF(配列番号93)、又はsiRNA TV(配列番号2)、siRNA TU(配列番号3)、siRNA CL(配列番号30)、siRNA CM(配列番号31)、siRNA CR(配列番号36)、siRNA CV(配列番号40)、siRNA Y4(配列番号59)、siRNA MP(配列番号76)、siRNA MW(配列番号80)、siRNA MV(配列番号81)、siRNA G8(配列番号92)、又はsiRNA MF(配列番号93)に対して85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するASOから選択される。これに加えて、配列番号116、又は配列番号115のエクソン3の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASOは、少なくとも15%の(例えば、少なくとも15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)GluK2ノックダウンを示し得る。なお他の実施形態において、Grik2 ASOは、siRNA TV(配列番号2)、siRNA TU(配列番号3)、siRNA CL(配列番号30)、siRNA CM(配列番号31)、siRNA CR(配列番号36)、siRNA CV(配列番号40)、siRNA Y4(配列番号59)、siRNA MP(配列番号76)、siRNA MW(配列番号80)、siRNA MV(配列番号81)、siRNA G8(配列番号92)、又はsiRNA MF(配列番号93)、又は85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)その配列同一性を有するASOから選択され、15%より大きい(例えば、少なくとも15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)GluK2ノックダウンを示す。
更に、開示されるASO剤は、Grik2 mRNAのエクソン4、例えば、配列番号115のヌクレオチド位置835~1016に位置するGrik2 mRNAのエクソン4の少なくとも一部又は領域内でハイブリダイズし得る。Grik2 mRNAのエクソン4の配列は、表4に示されるように、配列番号132の核酸配列、又は配列番号132の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
例えば、Grik2は、配列番号116のヌクレオチド534~554、又は配列番号115のヌクレオチド827~847、配列番号116)のヌクレオチド579~599、又は配列番号115のヌクレオチド872~892、配列番号116のヌクレオチド717~737、又は配列番号115のヌクレオチド1010~1030、配列番号116のヌクレオチド721~741、又は配列番号115)のヌクレオチド1014~1034、及び配列番号116のヌクレオチド559~579、又は配列番号115のヌクレオチド852~872、又はそれらの断片若しくは一部を含む本明細書に開示されるASO剤を使用した標的化について企図される核酸を標的化する。
配列番号116、又は配列番号115のエクソン4の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASOは、siRNA CV(配列番号40)、siRNA Y5(配列番号60)、siRNA G9(配列番号68)、siRNA MD(配列番号70)、又はsiRNA MK(配列番号86)、又はsiRNA CV(配列番号40)、siRNA Y5(配列番号60)、siRNA G9(配列番号68)、siRNA MD(配列番号70)、又はsiRNA MK(配列番号86)に対して85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するASOから選択される。これに加えて、配列番号116、又は配列番号115のエクソン4の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASOは、25%より大きい(例えば、少なくとも25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)GluK2ノックダウンを示す。なお更に、Grik2 ASOは、siRNA CV(配列番号40)、siRNA Y5(配列番号60)、siRNA G9(配列番号68)、siRNA MD(配列番号70)、又はsiRNA MK(配列番号86)、又は85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)その配列同一性を有するASOから選択され、25%より大きい(例えば、少なくとも25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)GluK2ノックダウンを示す。
これに加えて、ASO剤は、Grik2 mRNAのエクソン5、例えば、配列番号115のヌクレオチド位置1017~1070に位置するGrik2 mRNAのエクソン5の少なくとも一部又は領域内でハイブリダイズし得る。Grik2 mRNAのエクソン5の配列は、表4に示されるように、配列番号133の核酸配列、又は配列番号133の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
例えば、Grik2は、配列番号116のヌクレオチド717~737、又は配列番号115のヌクレオチド1010~1030、配列番号116のヌクレオチド728~747、又は配列番号115のヌクレオチド1021~1040、及び配列番号116のヌクレオチド721~741、又は配列番号115のヌクレオチド1014~1034、又はそれらの断片若しくは一部を含む本明細書に開示されるASO剤を使用した標的化について企図される核酸を標的化する。
配列番号116、又は配列番号115のエクソン5の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASOは、siRNA G9(配列番号68)、siRNA ME(配列番号69)、又はsiRNA MD(配列番号70)、又はsiRNA G9(配列番号68)、siRNA ME(配列番号69)配列番号69)、又はsiRNA MD(配列番号70)に対して85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するASOから選択される。これに加えて、配列番号116、又は配列番号115のエクソン5の少なくとも一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASOは、75%より大きい(例えば、少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)GluK2ノックダウンを示す。なお更に、Grik2 ASOは、siRNA G9(配列番号68)、siRNA ME(配列番号69)、又はsiRNA MD(配列番号70)、又は85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)その配列同一性を有するASOから選択され、75%より大きい(例えば、少なくとも75%、80%、85%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)GluK2ノックダウンを示す。
ASO剤はまた、Grik2 mRNAのエクソン6、例えば、配列番号115のヌクレオチド位置1071~1244に位置するGrik2 mRNAのエクソン6の少なくとも一部又は領域内でハイブリダイズし得る。Grik2 mRNAのエクソン6の配列は、表4に示されるように、配列番号134の核酸配列、又は配列番号134の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
例えば、Grik2は、配列番号116のヌクレオチド806~826、又は配列番号115のヌクレオチド1099~1119、配列番号116のヌクレオチド905~925、又は配列番号115のヌクレオチド1198~1218、配列番号116のヌクレオチド904~924、又は配列番号115のヌクレオチド1197~1217、配列番号116のヌクレオチド885~905、又は配列番号115のヌクレオチド1178~1198、配列番号116のヌクレオチド908~927、又は配列番号115のヌクレオチド1201~1220、配列番号116のヌクレオチド908~928、又は配列番号115のヌクレオチド1201~1221、配列番号116のヌクレオチド934~954、又は配列番号115のヌクレオチド1227~1247、配列番号116のヌクレオチド931~950、又は配列番号115のヌクレオチド1224~1243、及び配列番号116のヌクレオチド938~957、又は配列番号115のヌクレオチド1231~1250、又はそれらの断片若しくは一部を含む本明細書に開示されるASO剤を使用した標的化について企図される核酸を標的化する。
配列番号116、又は配列番号115のエクソン6の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASOは、siRNA TT(配列番号4)、siRNA G1(配列番号5)、siRNA G2(配列番号6)、siRNA Y1(配列番号56)、siRNA Y2(配列番号57)、siRNA Y3(配列番号58)、siRNA GG(配列番号91)、siRNA MH(配列番号94)、若しくはsiRNA MG(配列番号95)、又はsiRNA TT(配列番号4)、siRNA G1(配列番号5)、siRNA G2(配列番号6)、siRNA Y1(配列番号56)、siRNA Y2(配列番号57)、siRNA Y3(配列番号58)、siRNA GG(配列番号91)、siRNA MH(配列番号94)、若しくはsiRNA MG(配列番号95)に対して85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するASOから選択される。これに加えて、配列番号116、又は配列番号115のエクソン6の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASOは、20%より大きい(例えば、少なくとも20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)GluK2ノックダウンを示す。なお他の実施形態において、Grik2 ASOは、siRNA TT(配列番号4)、siRNA G1(配列番号5)、siRNA G2(配列番号6)、siRNA Y1(配列番号56)、siRNA Y2(配列番号57)、siRNA Y3(配列番号58)、siRNA GG(配列番号91)、siRNA MH(配列番号94)、若しくはsiRNA MG(配列番号95)、又は85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)その配列同一性を有するASOから選択され、20%より大きい(例えば、少なくとも20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)GluK2ノックダウンを示す。
これに加えて、ASO剤は、Grik2 mRNAのエクソン7、例えば、配列番号115のヌクレオチド位置1245~1388に位置するGrik2 mRNAのエクソン7の少なくとも一部又は領域内でハイブリダイズし得る。Grik2 mRNAのエクソン7の配列は、表4に示されるように、配列番号135の核酸配列、又は配列番号135の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
例えば、Grik2は、配列番号116のヌクレオチド1029~1049、又は配列番号115のヌクレオチド1322~1342、配列番号116のヌクレオチド985~1005、又は配列番号115のヌクレオチド1278~1298、配列番号116のヌクレオチド1057~1077、又は配列番号115のヌクレオチド1350~1370、配列番号116のヌクレオチド1058~1078、又は配列番号115のヌクレオチド1351~1371、及び配列番号116のヌクレオチド1043~1063、又は配列番号115のヌクレオチド1336~1356、又はそれらの断片若しくは一部を含む本明細書に開示されるASO剤を使用した標的化について企図される核酸を標的化する。
配列番号116、又は配列番号115のエクソン7の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASOは、siRNA TL(配列番号20)、siRNA CS(配列番号37)、siRNA CT(配列番号38)、siRNA CZ(配列番号44)、若しくはsiRNA D2(配列番号47)、又はsiRNA TL(配列番号20)、siRNA CS(配列番号37)、siRNA CT(配列番号38)、siRNA CZ(配列番号44)、若しくはsiRNA D2(配列番号47)に対して85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するASOから選択される。これに加えて、配列番号116、又は配列番号115のエクソン7の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASOは、45%より大きい(例えば、少なくとも45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)GluK2ノックダウンを示す。なお更に、Grik2 ASOは、siRNA TL(配列番号20)、siRNA CS(配列番号37)、siRNA CT(配列番号38)、siRNA CZ(配列番号44)、若しくはsiRNA D2(配列番号47)、又は85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)その配列同一性を有するASOから選択され、45%より大きい(例えば、少なくとも45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)GluK2ノックダウンを示す。
ASO剤は更に、Grik2 mRNAのエクソン8、例えば、配列番号115のヌクレオチド位置1389~1496に位置するGrik2 mRNAのエクソン8の少なくとも一部又は領域内でハイブリダイズし得る。Grik2 mRNAのエクソン8の配列は、表4に示されるように、配列番号136の核酸配列、又は配列番号136の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。エクソン8の一部又は領域を標的化するASO剤は、少なくとも10%の(例えば、少なくとも10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)GluK2ノックダウンを示し得る。
更に、ASO剤は、Grik2 mRNAのエクソン9、例えば、配列番号115のヌクレオチド位置1497~1610に位置するGrik2 mRNAのエクソン9の少なくとも一部又は領域内でハイブリダイズし得る。Grik2 mRNAのエクソン9の配列は、表4に示されるように、配列番号137の核酸配列、又は配列番号137の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
例えば、Grik2は、配列番号116のヌクレオチド1252~1272、又は配列番号115のヌクレオチド1545~1565、又はそれらの断片若しくは一部を含む本明細書に開示されるASO剤を使用した標的化について企図される核酸を標的化する。
配列番号116、又は配列番号115のエクソン9の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASOは、siRNA TQ(配列番号12)、又はsiRNA TQ(配列番号12)に対して85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するASOである。これに加えて、配列番号116、又は配列番号115のエクソン9の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASOは、50%より大きい(例えば、少なくとも50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)GluK2ノックダウンを示す。なお更に、Grik2 ASOは、siRNA TQ(配列番号12)、又は85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)その配列同一性を有するASOであり、50%より大きい(例えば、少なくとも50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)GluK2ノックダウンを示す。
ASO剤は、これに加えて、Grik2 mRNAのエクソン10、例えば、配列番号115のヌクレオチド位置1611~1817に位置するGrik2 mRNAのエクソン10にハイブリダイズし得る。Grik2 mRNAのエクソン10の配列は、表4に示されるように、配列番号138の核酸配列、又は配列番号138の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
例えば、Grik2は、配列番号116のヌクレオチド1396~1416、又は配列番号115のヌクレオチド1689~1709、配列番号116のヌクレオチド1496~1516、又は配列番号115のヌクレオチド1789~1809、配列番号116のヌクレオチド1417~1437、又は配列番号115のヌクレオチド1710~1730、配列番号116のヌクレオチド1483~1503、又は配列番号115のヌクレオチド1776~1796、及び配列番号116のヌクレオチド1491~1511、又は配列番号115のヌクレオチド1784~1804、又はそれらの断片若しくは一部を含む本明細書に開示されるASO剤を使用した標的化について企図される核酸を標的化する。
配列番号116、又は配列番号115のエクソン10の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASOは、siRNA GD(配列番号7)、G3(配列番号8)、siRNA MU(配列番号96)、siRNA MT(配列番号98)、若しくはsiRNA MS(配列番号99)、又はsiRNA GD(配列番号7)、G3(配列番号8)、siRNA MU(配列番号96)、siRNA MT(配列番号98)、若しくはsiRNA MS(配列番号99)に対して85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するASOから選択される。これに加えて、配列番号116、又は配列番号115のエクソン10の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASOは、50%より大きい(例えば、少なくとも50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)GluK2ノックダウンを示す。なお更に、Grik2 ASOは、GD(配列番号7)、G3(配列番号8)、siRNA MU(配列番号96)、siRNA MT(配列番号98)、若しくはsiRNA MS(配列番号99)、又は85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)その配列同一性を有するASOから選択され、50%より大きい(例えば、少なくとも50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)GluK2ノックダウンを示す。
更に、ASO剤は、Grik2 mRNAのエクソン11、例えば、配列番号115のヌクレオチド位置1818~2041に位置するGrik2 mRNAのエクソン11の少なくとも一部又は領域にハイブリダイズし得る。Grik2 mRNAのエクソン11の配列は、表4に示されるように、配列番号139の核酸配列、又は配列番号139の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
例えば、Grik2は、配列番号116のヌクレオチド1550~1570、又は配列番号115のヌクレオチド1843~1863、配列番号116のヌクレオチド1637~1657、又は配列番号115のヌクレオチド1930~1950、配列番号116のヌクレオチド1670~1690、又は配列番号115のヌクレオチド1963~1983、配列番号116のヌクレオチド1565~1585、又は配列番号115のヌクレオチド1858~1878、配列番号116のヌクレオチド1550~1569、又は配列番号115のヌクレオチド1843~1862、配列番号116のヌクレオチド1544~1563、又は配列番号115のヌクレオチド1837~1856、配列番号116のヌクレオチド1544~1564、又は配列番号115のヌクレオチド1837~1857、配列番号116のヌクレオチド1526~1546、及び配列番号116のヌクレオチド1541~1561、又は配列番号115のヌクレオチド1834~1854、又はそれらの断片若しくは一部を含む本明細書に開示されるASO剤を使用した標的化について企図される核酸を標的化する。
配列番号116、又は配列番号115のエクソン11の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASOは、siRNA TH(配列番号22)、siRNA CU(配列番号39)、siRNA Y7(配列番号62)、siRNA TK(配列番号74)、siRNA TI(配列番号75)、siRNA Y8(配列番号87)、siRNA Y9(配列番号88)、siRNA MJ(配列番号89)、若しくはsiRNA MI(配列番号90)、又は85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性siRNA TH(配列番号22)、siRNA CU(配列番号39)、siRNA Y7(配列番号62)、siRNA TK(配列番号74)、siRNA TI(配列番号75)、siRNA Y8(配列番号87)、siRNA Y9(配列番号88)、siRNA MJ(配列番号89)、若しくはsiRNA MI(配列番号90)を有するASOから選択される。これに加えて、配列番号116、又は配列番号115のエクソン11の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASOは、25%より大きい(例えば、少なくとも25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)GluK2ノックダウンを示す。なお更に、Grik2 ASOは、siRNA TH(配列番号22)、siRNA CU(配列番号39)、siRNA Y7(配列番号62)、siRNA TK(配列番号74)、siRNA TI(配列番号75)、siRNA Y8(配列番号87)、siRNA Y9(配列番号88)、siRNA MJ(配列番号89)、若しくはsiRNA MI(配列番号90)、又は85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)その配列同一性を有するASOから選択され、25%より大きい(例えば、少なくとも25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)GluK2ノックダウンを示す。
更なる例として、ASO剤は、Grik2 mRNAのエクソン12、例えば、配列番号115のヌクレオチド位置2042~2160に位置するGrik2 mRNAのエクソン12の少なくとも一部又は領域にハイブリダイズし得る。Grik2 mRNAのエクソン12の配列は、表4に示されるように、配列番号140の核酸配列、又は配列番号140の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
例えば、Grik2は、配列番号116のヌクレオチド1786~1805、又は配列番号115のヌクレオチド2079~2098、配列番号116のヌクレオチド1786~1806、又は配列番号115のヌクレオチド2079~2099、配列番号116のヌクレオチド1778~1797、又は配列番号115のヌクレオチド2071~2090、及び配列番号116のヌクレオチド1836~1856、又は配列番号115のヌクレオチド2129~2149、又はそれらの断片若しくは一部を含む本明細書に開示されるASO剤を使用した標的化について企図される核酸を標的化する。
配列番号116、又は配列番号115のエクソン12の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASOであって、siRNA XX(配列番号82)、siRNA XY(配列番号83)、siRNA MM(配列番号84)、若しくはsiRNA ML(配列番号85)、又はsiRNA XX(配列番号82)、siRNA XY(配列番号83)、siRNA MM(配列番号84)、若しくはsiRNA ML(配列番号85)に対して85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するASOから選択されるもの。これに加えて、配列番号116、又は配列番号115のエクソン12の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASOは、50%より大きい(例えば、少なくとも50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)GluK2ノックダウンを示す。なお更に、Grik2 ASOは、siRNA XX(配列番号82)、siRNA XY(配列番号83)、siRNA MM(配列番号84)、若しくはsiRNA ML(配列番号85)、又は85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)その配列同一性を有するASOから選択され、50%より大きい(例えば、少なくとも50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)GluK2ノックダウンを示す。
ASO剤はまた、Grik2 mRNAのエクソン13、例えば、配列番号115のヌクレオチド位置2161~2378に位置するGrik2 mRNAのエクソン13の少なくとも一部又は領域にハイブリダイズし得る。Grik2 mRNAのエクソン13の配列は、表4に示されるように、配列番号141の核酸配列、又は配列番号141の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
例えば、Grik2は、配列番号116のヌクレオチド1968~1987、又は配列番号115のヌクレオチド2213~2233、配列番号116のヌクレオチド1968~1988、又は配列番号115のヌクレオチド2213~2233、配列番号116のヌクレオチド1906~1926、又は配列番号115のヌクレオチド2199~2219、及び配列番号116のヌクレオチド1920~1940、又は配列番号115のヌクレオチド2213~2233、又はそれらの断片若しくは一部を含む本明細書に開示されるASO剤を使用した標的化について企図される核酸を標的化する。
配列番号116、又は配列番号115のエクソン13の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASOは、siRNA TP(配列番号13)、siRNA TO(配列番号14)、siRNA MR(配列番号72)、若しくはsiRNA MQ(配列番号73)、又はsiRNA TP(配列番号13)、siRNA TO(配列番号14)、siRNA MR(配列番号72)、若しくはsiRNA MQ(配列番号73)に対して85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するASOから選択される。これに加えて、配列番号116、又は配列番号115のエクソン13の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASOは、35%より大きい(例えば、少なくとも35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)GluK2ノックダウンを示す。なお更に、Grik2 ASOは、siRNA TP(配列番号13)、siRNA TO(配列番号14)、siRNA MR(配列番号72)、若しくはsiRNA MQ(配列番号73)、又は85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)その配列同一性を有するASOから選択され、35%より大きい(例えば、少なくとも35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)GluK2ノックダウンを示す。
これに加えて、ASO剤は、Grik2 mRNAのエクソン14、例えば、配列番号115のヌクレオチド位置2379~2604に位置するGrik2 mRNAのエクソン14の少なくとも一部又は領域にハイブリダイズし得る。Grik2 mRNAのエクソン14の配列は、表4に示されるように、配列番号142の核酸配列、又は配列番号142の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
例えば、Grik2は、配列番号116のヌクレオチド2209~2228、又は配列番号115のヌクレオチド2502~2521、配列番号116のヌクレオチド2209~2229、又は配列番号115のヌクレオチド2502~2522、配列番号116のヌクレオチド2308~2328、又は配列番号115のヌクレオチド2601~2621、配列番号116)のヌクレオチド2304~2323、又は配列番号115のヌクレオチド2597~2616、及び配列番号116のヌクレオチド2303~2323、又は配列番号115のヌクレオチド2596~2616、又はそれらの断片若しくは一部を含む本明細書に開示されるASO剤を使用した標的化について企図される核酸を標的化する。
配列番号116、又は配列番号115のエクソン14の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASOは、siRNA CP(配列番号34)、siRNA CQ(配列番号35)、siRNA GI(配列番号77)、siRNA MO(配列番号78)、若しくはsiRNA MN(配列番号79)、又はsiRNA CP(配列番号34)、siRNA CQ(配列番号35)、siRNA GI(配列番号77)、siRNA MO(配列番号78)、若しくはsiRNA MN(配列番号79)に対して85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するASOから選択される。これに加えて、配列番号116、又は配列番号115のエクソン14の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASOは、35%より大きい(例えば、少なくとも35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)GluK2ノックダウンを示す。なお更に、Grik2 ASOは、siRNA CP(配列番号34)、siRNA CQ(配列番号35)、siRNA GI(配列番号77)、siRNA MO(配列番号78)、若しくはsiRNA MN(配列番号79)、又は85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)その配列同一性を有するASOから選択され、35%より大きい(例えば、少なくとも35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)GluK2ノックダウンを示す。
ASO剤はまた、Grik2 mRNAのエクソン15、例えば、配列番号115のヌクレオチド位置2605~2855に位置するGrik2 mRNAのエクソン15の少なくとも一部又は領域にハイブリダイズし得る。Grik2 mRNAのエクソン15のヌクレオチド配列は、表4に示されるように、配列番号143の核酸配列、又は配列番号143の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
例えば、Grik2は、配列番号116のヌクレオチド2309~2329、又は配列番号115のヌクレオチド2602~2622、又はそれらの断片若しくは一部を含む本明細書に開示されるASO剤を使用した標的化について企図される核酸を標的化する。
配列番号116、又は配列番号115のエクソン15の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASOは、siRNA XU(配列番号51)、又はsiRNA XU(配列番号X)に対して85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するASOである。これに加えて、配列番号116、又は配列番号115のエクソン15の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASOは、50%より大きい(例えば、少なくとも50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)GluK2ノックダウンを示す。なお更に、Grik2 ASOは、siRNA XU(配列番号51)、又は85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)その配列同一性を有するASOであり、50%より大きい(例えば、少なくとも50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)GluK2ノックダウンを示す。
更に、ASO剤は、Grik2 mRNAのエクソン16、例えば、配列番号115のヌクレオチド位置2856~4592に位置するGrik2 mRNAのエクソン16の少なくとも一部又は領域にハイブリダイズし得る。Grik2 mRNAのエクソン16の配列は、表4に示されるように、配列番号144の核酸配列、又は配列番号144の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
例えば、Grik2は、配列番号116のヌクレオチド2632~2652、又は配列番号115のヌクレオチド2925~2945、配列番号115のヌクレオチド3382~3402、配列番号115のヌクレオチド3792~3812、配列番号115のヌクレオチド3347~3367、配列番号115のヌクレオチド3605~3625、配列番号116のヌクレオチド2581~2601、又はヌクレオチド2874~2893配列番号115、配列番号116のヌクレオチド2581~2601、又は配列番号115のヌクレオチド2874~2893、配列番号115のヌクレオチド4289~4309、配列番号115のヌクレオチド4274~4293、配列番号115のヌクレオチド4274~4294、配列番号115のヌクレオチド4078~4098、配列番号115のヌクレオチド3037~3057、配列番号115のヌクレオチド4417~4437、配列番号116のヌクレオチド2601~2620、又は配列番号115のヌクレオチド2894~2913、配列番号116のヌクレオチド2601~2621、又は配列番号115のヌクレオチド2894~2914、配列番号115のヌクレオチド3479~3499、及び配列番号115のヌクレオチド3085~3105、又はそれらの断片若しくは一部を含む本明細書に開示されるASO剤を使用した標的化について企図される核酸を標的化する。
配列番号116、又は配列番号115のエクソン16の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASOは、siRNA G4(配列番号9)、siRNA TS(配列番号10)、siRNA TR(配列番号11)、siRNA G5(配列番号15)、siRNA TN(配列番号16)、siRNA G6(配列番号18)、siRNA G7(配列番号19)、siRNA GJ(配列番号27)、siRNA CN(配列番号32)、siRNA CO(配列番号33)、siRNA CW(配列番号41)、siRNA XS(配列番号49)、siRNA XT(配列番号50)、siRNA XV(配列番号52)、siRNA XW(配列番号53)、siRNA Y6(配列番号61)、若しくはsiRNA YA(配列番号63)、又はsiRNA G4(配列番号9)、siRNA TS(配列番号10)、siRNA TR(配列番号11)、siRNA G5(配列番号15)、siRNA TN(配列番号16)、siRNA G6(配列番号18)、siRNA G7(配列番号19)、siRNA GJ(配列番号27)、siRNA CN(配列番号32)、siRNA CO(配列番号33)、siRNA CW(配列番号41)、siRNA XS(配列番号49)、siRNA XT(配列番号50)、siRNA XV(配列番号52)、siRNA XW(配列番号53)、siRNA Y6(配列番号61)、若しくはsiRNA YA(配列番号63)に対して85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するASOから選択される。これに加えて、配列番号116、又は配列番号115のエクソン16の一部又は領域内の核酸を標的化するGrik2 ASOは、5%より大きい(例えば、少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)GluK2ノックダウンを示す。なお更に、Grik2 ASOは、siRNA G4(配列番号9)、siRNA TS(配列番号10)、siRNA TR(配列番号11)、siRNA G5(配列番号15)、siRNA TN(配列番号16)、siRNA G6(配列番号18)、siRNA G7(配列番号19)、siRNA GJ(配列番号27)、siRNA CN(配列番号32)、siRNA CO(配列番号33)、siRNA CW(配列番号41)、siRNA XS(配列番号49)、siRNA XT(配列番号50)、siRNA XV(配列番号52)、siRNA XW(配列番号53)、siRNA Y6(配列番号61)、若しくはsiRNA YA(配列番号63)、又は85%より大きい(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)その配列同一性を有するASOから選択され、5%より大きい(例えば、少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)GluK2ノックダウンを示す。
アンチセンスオリゴヌクレオチド及びGrik2標的領域の熱力学的特性
RNA二次構造、例えば、本開示のアンチセンス剤、又はそれらにハイブリダイズする標的配列(例えば、Grik2標的配列)の対応する領域によって形成されるものは、熱力学から拝借した概念、例えば、エントロピー及び熱力学的自由エネルギーを記載して、記述することができる。熱力学的自由エネルギーは、一般に、一定温度でのプロセスにおいて系を実行し、そのプロセスが熱力学的に好ましいか、又は禁止されるかどうかを意味し得る仕事の最大量として記述される。簡潔に言うと、熱力学的自由エネルギーは、系が物理状態の変化を受ける能力を指す。ポリヌクレオチド(例えば、本開示のASO剤、又はその実質的に相補的な配列)の文脈内で、熱力学的自由エネルギーに基づく基準は、特定の二次構造が分解され得る際の容易さ(すなわち、アンチセンスオリゴヌクレオチド又はその部分的若しくは完全な補体のいずれかの二次RNA構造を開放させるのに必要なエネルギー)、RNA分子間若しくはRNA分子内の二本鎖形成から生成するエネルギー、並びに、各RNAを分解させるのに必要な総エネルギー及びそれ自体のハイブリダイゼーションのエネルギーを考慮して、あるRNA分子からそれ自体又は別のRNA分子に対する総結合エネルギーを記述することができる。
本開示は、一部には、RNA分子(例えば、本開示のASO構築物、又はその実質的に相補的な配列、例えば、Grik2標的領域)の熱力学的特徴を使用して、それを用いてアンチセンス分子が標的mRNAの発現をノックダウンすることができる有効性を予測し得るという本願発明者らによってなされた発見に基づく。したがって、本明細書に開示される組成物及び方法は、熱力学的パラメータを使用して、ASO配列又はその標的mRNA配列を特性決定し、mRNA発現のノックダウンの尤度を予測し得る。
特に、本開示は、特定のASO配列のその標的mRNA領域に対するノックダウン有効性を予測する際に有用である3つの別個の熱力学的パラメータ、すなわち、総結合自由エネルギー、二本鎖形成からのエネルギー、及び標的開放エネルギー(又は開放エネルギー)を提供する。RNA分子の熱力学的安定性を特性決定し、特定のASO剤のノックダウン有効性を予測するために使用され得る追加の概念は、RNA分子のGC(グアニン-シトシン、%)含有量である。本開示の文脈内で、ASOの総結合自由エネルギー(kcal/mol)は、ASOがその対応する標的mRNA配列にハイブリダイズするプロセスの自由エネルギーを指す。これには、mRNA(例えば、Grik2 mRNA)の標的領域を開放するのに必要なエネルギー、一本鎖アンチセンスガイド配列を生成するのに必要なエネルギー、及びポリヌクレオチドとその補体(完全又は実質的)との間のハイブリダイゼーションのエネルギーが含まれる。これに関連して、二本鎖形成からのエネルギーは、2つのRNA分子からの二本鎖構造の形成の好ましさ、その結果として、RNA二本鎖の安定性を示す熱力学的特性を指す。総開放エネルギーは、付近の二次構造の分解、又は標的配列と二次構造を形成する遠位配列の関与を含め、標的位置でRNA二次構造を分解する(すなわち、開放する/アクセス可能にする)のに必要なエネルギーを反映する熱力学的基準である。
したがって、本開示は、10kcal/mol未満(例えば、10kcal/mol、9kcal/mol、8kcal/mol、7kcal/mol、6kcal/mol、5kcal/mol、4kcal/mol、3kcal/mol、2kcal/mol、又は1kcal/mol未満)である総開放エネルギーを有するASO配列(例えば、本明細書に開示されるASO配列)を企図する。特定の例において、本開示のASO配列は、9kcal/mol未満(例えば、8kcal/mol、7kcal/mol、6kcal/mol、5kcal/mol、4kcal/mol、3kcal/mol、2kcal/mol、又は1kcal/mol未満、又はそれより小さい)である総開放エネルギーを有する。別の例において、本開示のASO配列は、8kcal/mol未満(例えば、7kcal/mol、6kcal/mol、5kcal/mol、4kcal/mol、3kcal/mol、2kcal/mol、又は1kcal/mol未満、又はそれより小さい)である総開放エネルギーを有する。別の例において、本開示のASO配列は、7kcal/mol未満(例えば、6kcal/mol、5kcal/mol、4kcal/mol、3kcal/mol、2kcal/mol、又は1kcal/mol未満、又はそれより小さい)である総開放エネルギーを有する。別の例において、本開示のASO配列は、6kcal/mol未満(例えば、5kcal/mol、4kcal/mol、3kcal/mol、2kcal/mol、又は1kcal/mol未満、又はそれより小さい)である総開放エネルギーを有する。別の例において、本開示のASO配列は、5kcal/mol未満(例えば、4kcal/mol、3kcal/mol、2kcal/mol、又は1kcal/mol未満、又はそれより小さい)である総開放エネルギーを有する。別の例において、本開示のASO配列は、4kcal/mol未満(例えば、3kcal/mol、2kcal/mol、又は1kcal/mol未満、又はそれより小さい)である総開放エネルギーを有する。別の例において、本開示のASO配列は、3kcal/mol未満(例えば、2kcal/mol、又は1kcal/mol未満、又はそれより小さい)である総開放エネルギーを有する。別の例において、本開示のASO配列は、2kcal/mol未満(例えば、1kcal/mol未満、又はそれより小さい)である総開放エネルギーを有する。別の例において、本開示のASO配列は、1kcal/mol未満である総開放エネルギーを有する。
更に、-41kcal/molより大きい(例えば、-40kcal/mol、-38kcal/mol、-35kcal/mol、-30kcal/mol、-25kcal/mol、-20kcal/mol、-15kcal/mol、-10kcal/mol、-5kcal/mol、-4kcal/mol、-3kcal/mol、-2kcal/mol、-1kcal/molより大きな、又はそれより大きい)二本鎖形成の/からのエネルギーを有するASO配列が本明細書に開示される。他の例において、本開示のASO配列は、-38kcal/molより大きい(例えば、-35kcal/mol、-30kcal/mol、-25kcal/mol、-20kcal/mol、-15kcal/mol、-10kcal/mol、-5kcal/mol、-4kcal/mol、-3kcal/mol、-2kcal/mol、-1kcal/mol、又はそれより大きい)二本鎖形成からのエネルギーを有する。いくつかの例において、本開示のASO配列は、-35kcal/molより大きい(例えば、-30kcal/mol、-25kcal/mol、-20kcal/mol、-15kcal/mol、-10kcal/mol、-5kcal/mol、-4kcal/mol、-3kcal/mol、-2kcal/mol、-1kcal/molより大きな、又はそれより大きい)二本鎖形成からのエネルギーを有する。特定の例において、本開示のASO配列は、-30kcal/molより大きい(例えば、-25kcal/mol、-20kcal/mol、-15kcal/mol、-10kcal/mol、-5kcal/mol、-4kcal/mol、-3kcal/mol、-2kcal/mol、-1kcal/molより大きな、又はそれより大きい)二本鎖形成からのエネルギーを有する。別の例において、本開示のASO配列は、-25kcal/molより大きい(例えば、-20kcal/mol、-15kcal/mol、-10kcal/mol、-5kcal/mol、-4kcal/mol、-3kcal/mol、-2kcal/mol、-1kcal/mol、又はそれより大きい)二本鎖形成からのエネルギーを有する。別の例において、本開示のASO配列は、-20kcal/molより大きい(例えば、-15kcal/mol、-10kcal/mol、-5kcal/mol、-4kcal/mol、-3kcal/mol、-2kcal/mol、-1kcal/molより大きな、又はそれより大きい)二本鎖形成からのエネルギーを有する。別の例において、本開示のASO配列は、-15kcal/molより大きい(例えば、-10kcal/mol、-5kcal/mol、-4kcal/mol、-3kcal/mol、-2kcal/mol、-1kcal/molより大きな、又はそれより大きい)二本鎖形成からのエネルギーを有する。別の例において、本開示のASO配列は、-10kcal/molより大きい(例えば、-5kcal/mol、-4kcal/mol、-3kcal/mol、-2kcal/mol、-1kcal/mol、又はそれより大きい)二本鎖形成からのエネルギーを有する。別の例において、本開示のASO配列は、-5kcal/molより大きい(例えば、-4kcal/mol、-3kcal/mol、-2kcal/mol、-1kcal/molより大きな、又はそれより大きい)二本鎖形成からのエネルギーを有する。別の例において、本開示のASO配列は、-4kcal/molより大きい(例えば、-3kcal/mol、-2kcal/mol、-1kcal/molより大きな、又はそれより大きい)二本鎖形成からのエネルギーを有する。別の例において、本開示のASO配列は、-3kcal/molより大きい(例えば、-3kcal/mol、-2kcal/mol、-1kcal/mol、又はそれより大きい)二本鎖形成からのエネルギーを有する。別の例において、本開示のASO配列は、-2kcal/molより大きい(例えば、-2kcal/mol、-1kcal/molより大きな、又はそれより大きい)二本鎖形成からのエネルギーを有する。別の例において、本開示のASO配列は、-1kcal/molより大きい二本鎖形成からのエネルギーを有する。
これに加えて、本開示は更に、-30.5kcal/molより大きい(例えば、-27kcal/mol、-24kcal/mol、-20kcal/mol、-15kcal/mol、-10kcal/mol、-5kcal/mol、-4kcal/mol、-3kcal/mol、-2kcal/mol、-1kcal/molより大きな、又はそれより大きい)総結合自由エネルギーを有するASO配列に関する。いくつかの例において、本開示のASO配列は、-27kcal/molより大きい(例えば、-24kcal/mol、-20kcal/mol、-15kcal/mol、-10kcal/mol、-5kcal/mol、-4kcal/mol、-3kcal/mol、-2kcal/mol、-1kcal/molより大きな、又はそれより大きい)総結合自由エネルギーを有する。なお別の例において、本開示のASO配列は、-24kcal/molより大きい(例えば、-20kcal/mol、-15kcal/mol、-10kcal/mol、-5kcal/mol、-4kcal/mol、-3kcal/mol、-2kcal/mol、-1kcal/molより大きな、又はそれより大きい)総結合自由エネルギーを有する。別の例において、本開示のASO配列は、-20kcal/molより大きい(例えば、-15kcal/mol、-10kcal/mol、-5kcal/mol、-4kcal/mol、-3kcal/mol、-2kcal/mol、-1kcal/molより大きな、又はそれより大きい)総結合自由エネルギーを有する。別の例において、本開示のASO配列は、-15kcal/molより大きい(例えば、-10kcal/mol、-5kcal/mol、-4kcal/mol、-3kcal/mol、-2kcal/mol、-1kcal/molより大きな、又はそれより大きい)総結合自由エネルギーを有する。別の例において、本開示のASO配列は、-10kcal/molより大きい(例えば、-5kcal/mol、-4kcal/mol、-3kcal/mol、-2kcal/mol、-1kcal/molより大きな、又はそれより大きい)総結合自由エネルギーを有する。別の例において、本開示のASO配列は、-5kcal/molより大きい(例えば、-4kcal/mol、-3kcal/mol、-2kcal/mol、-1kcal/molより大きな、又はそれより大きい)総結合自由エネルギーを有する。別の例において、本開示のASO配列は、-4kcal/molより大きい(例えば、-3kcal/mol、-2kcal/mol、-1kcal/molより大きな、又はそれより大きい)総結合自由エネルギーを有する。別の例において、本開示のASO配列は、-3kcal/molより大きい(例えば、-3kcal/mol、-2kcal/mol、-1kcal/molより大きな、又はそれより大きい)総結合自由エネルギーを有する。別の例において、本開示のASO配列は、-2kcal/molより大きい(例えば、-2kcal/mol、-1kcal/molより大きな、又はそれより大きい)総結合自由エネルギーを有する。別の例において、本開示のASO配列は、-1kcal/molより大きい総結合自由エネルギーを有する。
更に、本開示はまた、60%未満である(例えば、55%、50%、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%、5%、4%、3%、2%、1%未満、又はそれより小さい)GC含有量を有するASO配列を企図する。他の例において、ASO配列は、55%未満である(例えば、50%、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%、5%、4%、3%、2%、1%未満、又はそれより小さい)GC含有量を有する。なお他の例において、ASO配列は、50%未満である(例えば、45%、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%、5%、4%、3%、2%、1%未満、又はそれより小さい)GC含有量を有する。特定の例において、ASO配列は、45%未満である(例えば、40%、35%、30%、25%、20%、15%、10%、5%、4%、3%、2%、1%未満、又はそれより小さい)GC含有量を有する。別の例において、ASO配列は、40%未満である(例えば、35%、30%、25%、20%、15%、10%、5%、4%、3%、2%、1%未満、又はそれより小さい)GC含有量を有する。別の例において、ASO配列は、35%未満である(例えば、30%、25%、20%、15%、10%、5%、4%、3%、2%、1%未満、又はそれより小さい)GC含有量を有する。別の例において、ASO配列は、30%未満である(例えば、25%、20%、15%、10%、5%、4%、3%、2%、1%未満、又はそれより小さい)GC含有量を有する。別の例において、ASO配列は、35%未満である(例えば、30%、25%、20%、15%、10%、5%、4%、3%、2%、1%未満、又はそれより小さい)GC含有量を有する。別の例において、ASO配列は、25%未満である(例えば、20%、15%、10%、5%、4%、3%、2%、1%未満、又はそれより小さい)GC含有量を有する。別の例において、ASO配列は、20%未満である(例えば、15%、10%、5%、4%、3%、2%、1%未満、又はそれより小さい)GC含有量を有する。別の例において、ASO配列は、15%未満である(例えば、10%、5%、4%、3%、2%、1%未満、又はそれより小さい)GC含有量を有する。別の例において、ASO配列は、10%未満である(例えば、5%、4%、3%、2%、1%未満、又はそれより小さい)GC含有量を有する。別の例において、ASO配列は、5%未満である(例えば、4%、3%、2%、1%未満、又はそれより小さい)GC含有量を有する。別の例において、ASO配列は、4%未満である(例えば、3%、2%、1%未満、又はそれより小さい)GC含有量を有する。別の例において、ASO配列は、3%未満である(例えば、2%、1%未満、又はそれより小さい)GC含有量を有する。別の例において、ASO配列は、2%未満である(例えば、1%未満、又はそれより小さい)GC含有量を有する。別の例において、ASO配列は、1%未満であるGC含有量を有する。
生体分子、例えば、RNA分子(例えば、本開示のASO RNA分子、又はその実質的に相補的な配列)の熱力学的特徴を決定するための方法は、当該技術分野でよく知られている。例えば、Gruber et al.(Nucleic Acids Research 36:W70-4,2008)は、RNA配列の設計、並びにRNA分子の折り畳み及び熱力学的特徴の分析に使用することができるツールの集合をまとめたものである。Gruber et al.の開示は、RNA分子の熱力学的特性を決定する方法に関連する場合に参照により本明細書に組み込まれる。
Grik2 mRNA二次構造
RNA誘導サイレンシング複合体(RISC)は、低分子干渉RNA(siRNA)を含む一本鎖低分子RNA(smRNA)と、smRNA(例えば、ASO、例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA、又はshmiRNA)に対して相補的なmRNAを切断することができるエンドヌクレアーゼ的に活性なアルゴノートタンパク質で構成されるリボ核タンパク質粒子である(Pratt AJ,MacRae IJ. The RNA-induced silencing complex:a versatile gene-silencing machine.J Biol Chem.;284(27):17897-17901,2009、その全体が参照により本明細書に組み込まれる)。RISCローディングは、mRNAのノックダウン度を管理する種々の因子によって影響を受けることが示されている。標的mRNAのヌクレオチド配列及びアンチセンス配列は、不十分なRISCローディング、二本鎖の巻き戻し、及び特異性の低下に寄与し得る。標的部位二次構造は、smRNA相補性とは無関係に、RISC-標的アニーリングに影響を及ぼし得る。理論によって束縛されないが、低い塩基対形成確率及び/又は高い位置エントロピーを有すると判明しているGrik2転写産物の特定の標的部位二次構造(図1A及び図1Bのスケールで強度を高めつつ陰影が付けられている、実施例1も参照されたい)は、ガイド(例えば、アンチセンス配列)設計について特定され、優先される。これらの領域は、明確に描写されたループ領域(「セントロイドループ」、又は単に「ループ」)と、ステム様(「対形成していない」)領域として示される領域と、を含んでおり、各々が、二次Grik2 mRNA構造内で塩基対形成の低い確率を有する。優先度は、1つ以上の種において(最小限でもヒト、いくつかの場合において、少なくとももう1つの種のGrik2転写産物、例えば、マウス又はサルにおいて)、低い塩基対形成確率及び/又は高い位置エントロピーを有すると予測された領域に与えられた。実際に、予測二次Grik2 mRNA構造の多くのループ及びステム様非対形成領域(表4及び図1B)は、RNAup又は等価な計算によって決定されるように、種々のsiRNA及びmiRNAガイドとの対形成配置において好ましい、低いエネルギー要求、例えば、10未満、更には7.5kcal/mol未満の標的開放エネルギーを示す好ましい領域を含有する(実施例1B、表12、及び表13を参照されたい)。
そのように、Grik2 mRNAの二次構造部分又は領域内のGrik2標的核酸、例えば、ループ及び非対形成領域は、本開示のASO剤(例えば、配列番号1~108のうちのいずれか1つ)にハイブリダイズすると、Grik2の発現を減少させることができると特定されており、本発明の実施形態である。Grik2 mRNA内の例示的な二次構造領域について、表4及び図1Bを参照されたい。
したがって、開示されるASO剤は、Grik2 mRNA内の二次構造(例えば、ループ又は非対形成二次構造)に結合し得る。例えば、ASO剤は、Grik2 mRNAの二次構造内のループ領域、例えば、配列番号115のヌクレオチド位置494~524、又は配列番号116のヌクレオチド位置201~231に位置するループ1領域に結合し得る。ループ1領域は、表4に示されるように、配列番号145の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号145の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。したがって、開示されるASO剤は、Grik2 mRNAのループ1領域の少なくとも一部内で結合し得る。例えば、配列番号115又は116のループ1領域(配列番号145)の一部又は領域内の核酸配列を標的化するGrik2 ASO剤は、siRNA G0(配列番号1)、又はsiRNA G0(配列番号1)の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
別の場合において、ASO剤は、配列番号115のヌクレオチド位置1098~1124、又は配列番号116の位置805~831に位置するループ2領域に結合し得る。ループ2領域は、表4に示されるように、配列番号146の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号146の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。したがって、開示されるASO剤は、Grik2 mRNAのループ2領域の少なくとも一部内で結合し得る。例えば、配列番号115又は116のループ2領域(配列番号146)の一部又は領域内の核酸配列を標的化するGrik2 ASO剤は、siRNA TT(配列番号4)、又はsiRNA TT(配列番号4)の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
ASO剤はまた、配列番号115のヌクレオチド位置1197~1237、又は配列番号116の位置904~944に位置するループ3領域に結合するものであり得る。ループ3領域は、表4に示されるように、配列番号147の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号147の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。したがって、開示されるASO剤は、Grik2 mRNAのループ3領域の少なくとも一部内で結合し得る。例えば、配列番号115又は116のループ3領域(配列番号147)の一部又は領域内の核酸配列を標的化するGrik2 ASO剤は、siRNA G1(配列番号5)若しくはsiRNA G2(配列番号6)、又はsiRNA G1(配列番号5)若しくはsiRNA G2(配列番号6)の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
追加の例において、ASO剤は、配列番号115のヌクレオチド位置1543~1569、又は配列番号116の位置1250~1276に位置するループ4領域に結合するものであり得る。ループ4領域は、表4に示されるように、配列番号148の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号148の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。したがって、開示されるASO剤は、Grik2 mRNAのループ4領域の少なくとも一部内で結合し得る。
ASO剤はまた、配列番号115のヌクレオチド位置1667~1731、又は配列番号116の位置1374~1438に位置するループ5領域に結合するものであり得る。ループ5領域は、表4に示されるように、配列番号149の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号149の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。したがって、開示されるASO剤は、Grik2 mRNAのループ5領域の少なくとも一部内で結合し得る。例えば、配列番号115又は116のループ5領域(配列番号149)の一部又は領域内の核酸配列を標的化するGrik2 ASO剤は、siRNA GD(配列番号7)若しくはsiRNA MU(配列番号96)、又はsiRNA GD(配列番号7)若しくはsiRNA MU(配列番号96)の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
追加の例において、ASO剤は、配列番号115のヌクレオチド位置1767~1830、又は配列番号116の位置1474~1537に位置するループ6領域に結合するものであり得る。ループ6領域は、表4に示されるように、配列番号150の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号150の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。したがって、開示されるASO剤は、Grik2 mRNAのループ6領域の少なくとも一部内で結合し得る。例えば、配列番号115又は116のループ6領域(配列番号150)の一部又は領域内の核酸配列を標的化するGrik2 ASO剤は、siRNA G3(配列番号8)、siRNA MS(配列番号99)、若しくはsiRNA MT(配列番号98)、又はsiRNA G3(配列番号8)、siRNA MS(配列番号99)、若しくはsiRNA MT(配列番号98)の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
ASO剤はまた、配列番号115のヌクレオチド位置2693~2716、又は配列番号116の位置2400~2423に位置するループ7領域に結合するものであり得る。ループ7領域は、表4に示されるように、配列番号151の核酸配列、又は配列番号151の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。したがって、開示されるASO剤は、Grik2 mRNAのループ7領域の少なくとも一部内で結合し得る。
ASO剤はまた、配列番号115のヌクレオチド位置2916~2955、又は配列番号116の位置2623~2662に位置するループ8領域に結合するものであり得る。ループ8領域は、表4に示されるように、配列番号152の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号152の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。したがって、開示されるASO剤は、Grik2 mRNAのループ8領域の少なくとも一部内で結合し得る。例えば、配列番号115又は116のループ8領域(配列番号152)の一部又は領域内の核酸配列を標的化するGrik2 ASO剤は、siRNA G4(配列番号9)、又はsiRNA G4(配列番号9)の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
これに加えて、ASO剤は、配列番号115のヌクレオチド位置3065~3091に位置するループ9領域に結合するものであり得る。ループ9領域は、表4に示されるように、配列番号153の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号153の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。したがって、開示されるASO剤は、Grik2 mRNAのループ9領域の少なくとも一部内で結合し得る。例えば、配列番号115又は116のループ9領域(配列番号153)の一部又は領域内の核酸配列を標的化するGrik2 ASO剤は、siRNA YA(配列番号63)、又はsiRNA YA(配列番号63)の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
更に、ASO剤は、配列番号115のヌクレオチド位置3141~3163に位置するループ10領域に結合するものであり得る。ループ10領域は、表4に示されるように、配列番号154の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号154の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。したがって、開示されるASO剤は、Grik2 mRNAのループ10領域の少なくとも一部内で結合し得る。
更なる例において、ASO剤は、配列番号115のヌクレオチド位置3382~3413に位置するループ11領域に結合するものであり得る。ループ11領域は、表4に示されるように、配列番号155の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号155の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。したがって、開示されるASO剤は、Grik2 mRNAのループ11領域の少なくとも一部内で結合し得る。例えば、配列番号115又は116のループ11領域(配列番号155)の一部又は領域内の核酸配列を標的化するGrik2 ASO剤は、siRNA TS(配列番号10)、又はsiRNA TS(配列番号10)の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
ASO剤はまた、配列番号115のヌクレオチド位置3788~3856に位置するループ12領域に結合するものであり得る。ループ12領域は、表4に示されるように、配列番号156の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号156の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。したがって、開示されるASO剤は、Grik2 mRNAのループ12領域の少なくとも一部内で結合し得る。例えば、配列番号115又は116のループ2領域(配列番号156)の一部又は領域内の核酸配列を標的化するGrik2 ASO剤は、siRNA TR(配列番号11)、又はsiRNA TR(配列番号11)の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
ASO剤は、配列番号115のヌクレオチド位置4550~4592に位置するループ13領域に結合するものであり得る。ループ13領域は、表4に示されるように、配列番号157の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号157の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。したがって、開示されるASO剤は、Grik2 mRNAのループ13領域の少なくとも一部内で結合し得る。
更なる例において、ASO剤は、配列番号115のヌクレオチド位置4363~4386に位置するループ14領域に結合するものであり得る。ループ14領域は、表4に示されるように、配列番号158の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号158の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。したがって、開示されるASO剤は、Grik2 mRNAのループ14領域の少なくとも一部内で結合し得る。
代替的に、開示されるASO剤は、Grik2 mRNAの二次構造内の非対形成領域、例えば、配列番号115のヌクレオチド位置2209~2287、又は配列番号116の位置1916~1994に位置する非対形成領域1に結合するものであり得る。非対形成領域1は、表4に示されるように、配列番号159の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号159の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。したがって、本開示のASO剤は、Grik2 mRNAの非対形成領域1の少なくとも一部内で結合し得る。例えば、配列番号115又は116の非対形成領域1(配列番号159)の一部又は領域内の核酸配列を標的化するGrik2 ASO剤は、siRNA TP(配列番号13)、siRNA TO(配列番号14)、siRNA MR(配列番号72)、若しくはsiRNA MQ(配列番号73)、又はsiRNA TP(配列番号13)、siRNA TO(配列番号14)、siRNA MR(配列番号72)、若しくはsiRNA MQ(配列番号73)の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
更なる例において、ASO剤は、配列番号115のヌクレオチド位置2355~2391、又は配列番号116の位置2062~2098に位置する非対形成領域2に結合するものであり得る。非対形成領域2は、表4に示されるように、配列番号160の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号160の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。したがって、開示されるASO剤は、Grik2 mRNAの非対形成領域2の少なくとも一部内で結合し得る。
追加の例として、ASO剤は、配列番号115のヌクレオチド位置3324~3368に位置する非対形成領域3に結合するものであり得る。非対形成領域3は、表4に示されるように、配列番号161の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号161の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。したがって、本開示のASO剤は、Grik2 mRNAの非対形成領域3の少なくとも一部内で結合し得る。例えば、配列番号115又は116の非対形成領域3(配列番号161)の一部又は領域内の核酸配列を標的化するGrik2 ASO剤は、siRNA G5(配列番号15)、又はsiRNA G5(配列番号15)の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
本開示のASO剤はまた、配列番号115のヌクレオチド位置3587~3639に位置する非対形成領域4に結合するものであり得る。非対形成領域4は、表4に示されるように、配列番号162の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号162の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。ASO剤は、Grik2 mRNAの非対形成領域4の少なくとも一部内で結合し得る。例えば、配列番号115又は116の非対形成領域4(配列番号162)の一部又は領域内の核酸配列を標的化するGrik2 ASO剤は、siRNA TN(配列番号16)、又はsiRNA TN(配列番号16)の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
更に、ASO剤は、配列番号115のヌクレオチド位置3686~3713に位置する非対形成領域5に結合するものであり得る。非対形成領域5は、表4に示されるように、配列番号163の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号163の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。ASO剤は、Grik2 mRNAの非対形成領域5の少なくとも一部内で結合し得る。例えば、配列番号115又は116の非対形成領域5(配列番号163)の一部又は領域内の核酸配列を標的化するGrik2 ASO剤は、siRNA TM(配列番号17)、又はsiRNA TM(配列番号17)の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
本開示のASO剤はまた、配列番号582~681(表2を参照されたい)から選択されるヌクレオチド配列によってコードされるGrik2 mRNA(例えば、配列番号115)の領域のうちのいずれか1つ、又は配列番号164~581に記載されるヌクレオチド配列によってコードされるGrik2 mRNAの領域のうちのいずれか1つに対して完全又は実質的に相補性で結合し得る。例えば、本開示のASO剤は、配列番号582~681から選択されるGrik2 mRNA(例えば、配列番号115)の領域のうちのいずれか1つ、又は配列番号582~681のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントに結合するものであり得る。別の例において、本開示のASO剤は、配列番号582~681から選択されるGrik2 mRNA(例えば、配列番号115)の領域のうちのいずれか1つ、又は配列番号582~681のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントに結合するものであり得る。別の例において、本開示のASO剤は、配列番号582~681から選択されるGrik2 mRNA(例えば、配列番号115)の領域のうちのいずれか1つ、又は配列番号582~681のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントに結合するものであり得る。別の例において、本開示のASO剤は、配列番号582~681から選択されるGrik2 mRNA(例えば、配列番号115)の領域のうちのいずれか1つに結合するものであり得る。別の例において、本開示のASO剤は、配列番号164~581から選択されるGrik2 mRNA(例えば、配列番号115)の領域のうちのいずれか1つ、又は配列番号164~581のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントに結合するものであり得る。別の例において、本開示のASO剤は、配列番号164~581から選択されるGrik2 mRNA(例えば、配列番号115)の領域のうちのいずれか1つ、又は配列番号164~581のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントに結合するものであり得る。別の例において、本開示のASO剤は、配列番号164~581から選択されるGrik2 mRNA(例えば、配列番号115)の領域のうちのいずれか1つ、又は配列番号164~581のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントに結合するものであり得る。別の例において、本開示のASO剤は、配列番号164~581から選択されるGrik2 mRNA(例えば、配列番号115)の領域のうちのいずれか1つに結合するものであり得る。
修飾オリゴヌクレオチド
本明細書に開示されるASO剤は、天然に存在するヌクレオチド及び/又は修飾ヌクレオチドを含有し得る。オリゴヌクレオチドは、インビボでの安定性及び/又は療法有効性を増加させるために、修飾されてもよく、特に、化学修飾されてもよい。本開示のASO剤の有効性を改善する修飾、例えば、安定化する修飾、及び/又は標的転写産物の分解を回避するためにRNase H活性化を減少させる修飾は、当該技術分野で知られている(例えば、Bennett and Swayze,Annu.Rev.Pharmacol.Toxicol.50:259-293,2010、及びJuliano,Nucleic Acids Res.19;44(14):6518-48,2016を参照されたい)。特に、本開示の文脈で使用されるオリゴヌクレオチドは、修飾ヌクレオチドを含み得る。化学修飾は、(i)リン酸基で、(ii)糖部分上で、及び/又は(iii)オリゴヌクレオチドの全骨格構造上での3つの異なる部位で行われ得る。典型的には、化学修飾は、骨格修飾、ヘテロ環修飾、糖修飾、及びコンジュゲート化戦略を含む。
例えば、オリゴヌクレオチドは、オリゴデオキシリボヌクレオチド、オリゴリボヌクレオチド、低分子調節RNA(sRNA)、U7媒介性若しくはU1媒介性のASO、若しくはそのコンジュゲート産物、例えば、ペプチドコンジュゲート化若しくはナノ粒子複合体化ASO、骨格修飾によって化学修飾されたオリゴヌクレオチド、例えば、モルホリノ、ホスホロジアミデートモルホリノオリゴマー(ホスホロジアミデートモルホリノ、PMO)、ペプチド核酸(PNA)、ホスホロチオエート(PS)オリゴヌクレオチド、立体化学的に純粋なホスホロチオエート(PS)オリゴヌクレオチド、ホスホロアミデート修飾されたオリゴヌクレオチド、チオホスホロアミデート修飾されたオリゴヌクレオチド、及びメチルホスホネート修飾されたオリゴヌクレオチド;ヘテロ環修飾によって化学修飾されたオリゴヌクレオチド、例えば、二環修飾されたオリゴヌクレオチド、二環核酸(BNA)、三環修飾されたオリゴヌクレオチド、トリシクロ-DNA-アンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)、核酸塩基修飾、例えば、ピリミジン核酸塩基上の5-メチル置換、5-置換ピリミジン類似体、2-チオ-チミン修飾されたオリゴヌクレオチド、及びプリン修飾されたオリゴヌクレオチド;糖部分によって化学修飾されたオリゴヌクレオチド、例えば、ロックド核酸(LNA)オリゴヌクレオチド、2’,4’-メチレンオキシ架橋核酸(BNA)、エチレン架橋核酸(ENA)、拘束されたエチル(cEt)オリゴヌクレオチド、2’-修飾されたRNA、2’-及び4’-修飾されたオリゴヌクレオチド、例えば、2’-O-Me RNA(2’-OMe)、2’-O-メトキシエチルRNA(MOE)、2’-フルオロRNA(FRNA)、及び4’-チオ-修飾されたDNA及びRNA;コンジュゲート化戦略によって化学修飾されたオリゴヌクレオチド、例えば、N-アセチルガラクトサミン(GalNAc)オリゴヌクレオチドコンジュゲート、例えば、5’-GalNAc及び3’-GalNAc ASOコンジュゲート、脂質オリゴヌクレオチドコンジュゲート、細胞透過ペプチド(CPP)オリゴヌクレオチドコンジュゲート、標的化オリゴヌクレオチドコンジュゲート、抗体-オリゴヌクレオチドコンジュゲート、ポリマー-オリゴヌクレオチドコンジュゲート、例えば、PEG化及び標的リガンドを伴うもの;並びに例えば、Bennett and Swayze,2010(前出)、Wan and Seth,J Med Chem.59(21):9645-9667, 20116)、Juliano,2016(前出)、Lundin et al.,Hum Gene Ther.26(8):475-485,2015)、及びPrakash,Chem Biodivers.8(9):1616-1641,2011)に記載される化学修飾及びコンジュゲート戦略からなる群から選択され得る。実際に、インビボで使用するために、オリゴヌクレオチドを安定化してもよい。「安定化された」オリゴヌクレオチドは、インビボでの分解(例えば、エクソヌクレアーゼ又はエンドヌクレアーゼ)に比較的抵抗性であるオリゴヌクレオチドを指す。安定化は、長さ又は二次構造の関数であり得る。特に、オリゴヌクレオチド安定化は、リン酸骨格修飾、ホスホジエステル修飾、ホスホロチオエート(PS)骨格修飾、ホスホジエステル修飾とホスホロチオエート修飾の組み合わせ、チオホスホロアミデート修飾、2’修飾(2’-O-Me、2’-O-(2-メトキシエチル)(MOE)修飾、及び2’-フルオロ修飾)、メチルホスホネート、メチルホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、p-エトキシ、及びこれらの組み合わせによって達成することができる。
例えば、オリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエート誘導体(非架橋ホスホリル酸素原子の硫黄原子による置き換え)として使用されてもよく、これによりヌクレアーゼ消化に対する抵抗性が増加する。2’-メトキシエチル(MOE)修飾(例えば、IONIS Pharmaceuticalsによって上市されている修飾骨格)も有効である。これに追加して、又は代替的に、本開示のオリゴヌクレオチドは、糖の2’位に置換を有する誘導体である、完全に、部分的に、又は組み合わせた状態で修飾されたヌクレオチド、特に、以下の化学修飾を有するものが含まれ得る。O-メチル基(2’-O-Me)置換、2-メトキシエチル基(2’-O-MOE)置換、フルオロ基(2’-フルオロ)置換、クロロ基(2’-Cl)置換、ブロモ基(2’-Br)置換、シアニド基(2’-CN)置換、トリフルオロメチル基(2’-CF3)置換、OCF3基(2’-OCF3)置換、OCN基(2’-OCN)置換、O-アルキル基(2’-O-アルキル)置換、S-アルキル基(2’-S-アルキル)置換、N-アルキル基(2’-N-アルキル)置換、O-アルケニル基(2’-O-アルケニル)置換、S-アルケニル基(2’-S-アルケニル)置換、N-アルケニル基(2’-N-アルケニル)置換、SOCH3基(2’-SOCH3)置換、SO2CH3基(2’-SO2CH3)置換、ONO2基(2’-ONO2)置換、NO2基(2’-NO2)置換、N3基(2’-N3)置換、及び/又はNH2基(2’-NH2)置換。これに追加して、又は代替的に、本開示のオリゴヌクレオチドは、完全又は部分的に修飾されたヌクレオチドを含んでいてもよく、リボース部分を使用して、ロックド核酸(LNA)を産生し、共有結合性架橋が、リボースの2’酸素と4’酸素との間に形成され、3’-endo構成に固定する。これらの分子は、生物学的媒体中できわめて安定であり、LNAが四肢(Gapmer)に位置する場合等にはRNase Hを活性化し、相補的なRNA及びDNAと密なハイブリッドを形成することができる。
本開示の文脈で使用されるオリゴヌクレオチドは、LNA、2’-OMe類似体、2’-O-Met、2’-O-(2-メトキシエチル)(MOE)オリゴマー、2’-ホスホロチオエート類似体、2’-フルオロ類似体、2’-Cl類似体、2’-Br類似体、2’-CN類似体、2’-CF3類似体、2’-OCF3類似体、2’-OCN類似体、2’-O-アルキル類似体、2’-S-アルキル類似体、2’-N-アルキル類似体、2’-O-アルケニル類似体、2’-S-アルケニル類似体、2’-N-アルケニル類似体、2’-SOCH3類似体、2’-SO2CH3類似体、2’-ONO2類似体、2’-NO2類似体、2’-N3類似体、2’-NH2類似体、トリシクロ(tc)-DNA、U7短核内(sn)RNAs、トリシクロ-DNA-オリゴアンチセンス分子、及びこれらの組み合わせからなる群から選択される修飾ヌクレオチドを含み得る(2009年4月10日に出願された、米国仮特許出願第61/212,384号のTricyclo-DNA Antisense Oligonucleotides,Compositions and Methods for the Treatment of Disease、その完全な内容は、参照により本明細書に組み込まれる)。
特に、本開示に係るオリゴヌクレオチドは、LNAオリゴヌクレオチドであり得る。「LNA」(ロックド核酸)(又は「LNAオリゴヌクレオチド」)という用語は、LNAヌクレオチド及びLNA類似体ヌクレオチドとも呼ばれる1つ以上の二環、三環、又は多環のヌクレオシド類似体を含有するオリゴヌクレオチドを指す。LNAオリゴヌクレオチド、LNAヌクレオチド、及びLNA類似体ヌクレオチドは、一般に、国際公開第WO99/14226号及びその後の出願、国際公開第WO00/56746号、第WO00/56748号、第WO00/66604号、第WO01/25248号、第WO02/28875号、第WO02/094250号、第WO03/006475号、米国特許第6,043,060号、第6268490号、第6770748号、第6639051号、及び米国公開第2002/0125241号、第2003/0105309号、第2003/0125241号、第2002/0147332号、第2004/0244840号、及び第2005/0203042号に記載され、これらは全て、参照により本明細書に組み込まれる。LNAオリゴヌクレオチド及びLNA類似体オリゴヌクレオチドは、例えば、Proligo LLC、6200 Lookout Road,Boulder,CO 80301 USAから市販されている。
本開示のオリゴヌクレオチドの他の形態は、限定されないが、レンチウイルス又はアデノ随伴ウイルスに基づくウイルス移入法と組み合わせた、U1又はU7等の核内低分子RNAに連結したオリゴヌクレオチド配列である(Denti,MA,et al,2008、Goyenvalle,A,et al,2004)。
本開示のオリゴヌクレオチドの他の形態は、ペプチド核酸(PNA)である。ペプチド核酸において、オリゴヌクレオチドのデオキシリボース骨格は、糖よりもペプチドに類似する骨格と置き換えられる。各サブユニット、又はモノマーは、この骨格に接続した、天然に存在する塩基、又は天然に存在しない塩基を有する。1つのそのような骨格は、アミド結合によって連結されたN-(2-アミノエチル)グリシンの反復単位で構築される。デオキシリボース骨格からのラジカルの偏りのため、これらの化合物は、ペプチド核酸(PNA)と命名された(Dueholm et al.,New J.Chem.,1997,21,19-31)。PNAは、DNA及びRNAの両方に結合し、PNA/DNA又はPNA/RNA二本鎖を形成する。得られたPNA/DNA又はPNA/RNA二本鎖は、Tmによって決定されるように、対応するDNA/DNA、DNA/RNA又はRNA/RNA二本鎖よりも大きな親和性で結合する。この高い熱安定性は、PNA中の中性骨格に起因する、電荷反発の欠如に起因し得る。PNAの中性骨格はまた、PNA/DNA(RNA)二本鎖のTmを、塩濃度とは実際に無関係なものにする。したがって、PNA/DNA(RNA)二本鎖の相互作用は、イオン強度に非常に依存するDNA/DNA、DNA/RNA又はRNA/RNA二本鎖の相互作用よりも、更なる利点を与える。ホモピリミジンPNAは、アンチパラレル配向で相補的なDNA又はRNAに結合し、高い熱安定性を有する(PNA)2/DNA(RNA)三本鎖を形成することが示されている(例えば、Egholm,et al.,Science,1991,254,1497、Egholm,et al.,J.Am.Chem.Soc.,1992,114,1895、Egholm,et al.,J.Am.Chem.Soc.,1992,114,9677を参照されたい)。親和性の増加に加えて、PNAはまた、増加した特異性でDNA又はRNAに結合することが示されている。PNA/DNA二本鎖ミスマッチが、DNA/DNA二本鎖に対して溶融する場合、Tmの8~20℃の低下がみられる。この大きさのTmの低下は、ミスマッチが存在する対応するDNA/DNA二本鎖ではみられない。DNA又はRNA鎖に対するPNA鎖の結合は、2つの配向のうちの1つで起こり得る。その配向は、PNAのカルボキシル末端が、DNA又はRNAの5’末端の方を向いており、PNAのアミノ末端が、DNA又はRNAの3’末端の方を向いているように、5’から3’への配向においてDNA又はRNA鎖が相補的なPNA鎖に結合する場合、アンチパラレルと言われる。パラレル配向において、PNAのカルボキシル末端及びアミノ末端が、DNA又はRNAの5’-3’方向に対してちょうど逆である。オリゴヌクレオチドと比較したPNAの更なる利点は、そのポリアミド骨格(適切な核酸塩基を有するか、又はそれに接続した他の側鎖基を有する)が、ヌクレアーゼ又はプロテアーゼのいずれかによって認識されず、切断されないことである。結果として、PNAは、核酸及びペプチドとは異なり、酵素による分解に対して抵抗性である。WO92/20702は、対応するDNAよりも、相補的なDNA及びRNAにより密に結合するペプチド核酸(PNA)化合物を記載する。PNAは、相補的なDNAに対して強い結合親和性及び特異性を示している(Egholm,M.,et al.,Chem.Soc.,Chem.Commun.,1993,800、Egholm,M.,et.al.,Nature,1993,365,566、及びNielsen,P.,et.al.Nucl.Acids Res.,1993,21,197)。更に、PNAは、細胞抽出物において、ヌクレアーゼ抵抗性及び安定性を示す(Demidov,V.V.,et al.,Biochem.Pharmacol.,1994,48,1309-1313)。PNAの修飾としては、伸長された骨格(Hyrup,B.,et.al.Chem.Soc.,Chem.Commun.,1993,518)、骨格と核酸塩基との間の伸長されたリンカー、アミダ(amida)結合の反転(Lagriffoul,P.H.,et.al.,Biomed.Chem.Lett.,1994,4,1081)、及びアラニンに基づくキラル骨格の使用(Dueholm,K.L,et.al.,BioMed.Chem.Lett.,1994,4,1077)が含まれる。ペプチド核酸は、米国特許第5,539,082号及び米国特許第5,539,083号に記載される。ペプチド核酸は、米国特許第5,766,855号に更に記載される。
本開示のオリゴヌクレオチド(例えば、ASO剤)は、当該技術分野でよく知られている従来の方法によって得られ得る。例えば、本開示のオリゴヌクレオチドは、当該技術分野でよく知られているいくつかの手順のうちのいずれかを使用して、デノボで合成され得る。例えば、b-シアノエチルホスホロアミダイト法(Beaucage et al.,1981)、ヌクレオシド H-ホスホネート法(Garegg et al.,1986、Froehler et al.,1986、Garegg et al.,1986,Gaffney et al.,1988)。これらの化学は、市場で利用可能な自動化された様々な核酸合成機によって行うことができる。これらの核酸は、合成核酸と呼ばれる場合がある。代替的に、オリゴヌクレオチドは、プラスミド中で大規模で産生され得る(例えば、Sambrook,et al.,1989)。オリゴヌクレオチドは、既知の技術、例えば、制限酵素、エクソヌクレアーゼ又はエンドヌクレアーゼを使用するものを使用して、既存の核酸配列から調製することができる。この方法で調製されたオリゴヌクレオチドは、単離された核酸と呼ばれ得る。
オリゴヌクレオチドの送達及び有効性を増強されるためのアプローチ及び修飾、例えば、オリゴヌクレオチドの化学修飾、脂質及びポリマー系のナノ粒子又はナノ担体、標的剤(例えば、オリゴヌクレオチド送達を改善する炭水化物、ペプチド、抗体、アプタマー、脂質又は低分子、及び低分子)に対してオリゴヌクレオチドを連結することによるリガンド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートは、例えば、Juliano(2016、前出)に記載されるように、当該技術分野でよく知られている。親油性コンジュゲート及び脂質コンジュゲートとしては、脂肪酸-オリゴヌクレオチドコンジュゲート、ステロール-オリゴヌクレオチドコンジュゲート、及びビタミン-オリゴヌクレオチドコンジュゲートが挙げられる。
本開示のオリゴヌクレオチドは、WO2014/195432に記載されるように、少なくとも3つの飽和若しくは不飽和、特に飽和、直鎖若しくは分枝鎖、特に直鎖の2~30個の炭素原子、特に5~20個の炭素原子、より特定的には10~18個の炭素原子を含む炭化水素鎖を含む部分によって、3’末端又は5’末端での置換によっても修飾されてもよい。
本開示のオリゴヌクレオチドは、WO2014/195430に記載されるように、少なくとも1個のケタール官能基を含む部分によって、3’末端又は5’末端での置換によって修飾されてもよく、上述のケタール官能基のケタール炭素は、2つの飽和若しくは不飽和、特に飽和、直鎖若しくは分枝鎖、特に直鎖の1~22個の炭素原子、特に6~20個の炭素原子、特に10~19個の炭素原子、更により特定的には12~18個の炭素原子を含む炭化水素鎖を保有する。
これに加えて、本開示のオリゴヌクレオチドは、第2の分子に対してコンジュゲート化され得る。典型的には、第2の分子は、アプタマー、抗体、又はポリペプチドからなる群から選択され得る。例えば、本開示のオリゴヌクレオチドは、細胞透過ペプチドに対してコンジュゲート化され得る。細胞透過ペプチドは、当該技術分野でよく知られており、例えば、TATペプチドが挙げられる(例えば、Bechara and Sagan,FEBS Lett.587(12):1693-1702,2013を参照されたい)。
哺乳動物細胞へのオリゴヌクレオチド剤の送達
本開示のオリゴヌクレオチドはまた、当該技術分野で知られているポリマー、生分解性マイクロ粒子、又はマイクロカプセル送達デバイスを含む種々の膜分子集合体送達法を使用して送達され得る。例えば、コロイド分散系は、本明細書に記載のオリゴヌクレオチド剤の標的送達のために使用され得る。コロイド分散系としては、巨大分子複合体、ナノカプセル、ミクロスフェア、ビーズ、及び水中油エマルションを含む脂質ベースの系、ミセル、混合ミセル、及びリポソームが挙げられる。リポソームは、インビトロ及びインビボで送達ビヒクルとして有用である人工膜小胞である。0.2~4.0μmのサイズ範囲の大きな単層小胞(LUV)が、大きな巨大分子を含有するかなりの割合の水性緩衝液を封入することができることが示されている。リポソームは、作用部位に活性成分を移入させ、送達するのに有用である。リポソーム膜は、生体膜と構造的に類似しているため、リポソームが組織に適用される場合、リポソーム二重層は、細胞膜の二重層と融合する。リポソーム及び細胞の併合が進むにつれて、オリゴヌクレオチドを含む内部の水性内容物を細胞に送達し、そこでオリゴヌクレオチドが標的RNAに特異的に結合することができ、RNase H媒介性遺伝子サイレンシングを媒介することができる。いくつかの場合において、リポソームはまた、特異的に標的とされ、例えば、特定の細胞型にオリゴヌクレオチドを向かわせる。リポソームの組成物は、通常、通常はステロイド(特にコレステロール)と組み合わせたリン脂質の組み合わせである。他のリン脂質又は他の脂質も使用され得る。リポソームの物理的特徴は、pH、イオン強度、及び二価カチオンの存在に依存して変わる。
オリゴヌクレオチドを含有するリポソームは、種々の方法によって調製することができる。一例において、リポソームの脂質構成要素は、ミセルが脂質構成要素とともに形成されるように、洗剤中に溶解される。例えば、脂質構成要素は、両親媒性カチオン性脂質又は脂質コンジュゲートであり得る。洗剤は、高い臨界ミセル濃度を有していてもよく、非イオン性であり得る。例示的な洗剤としては、コーレート(cholate)、CHAPS、オクチルグルコシド、デオキシコーレート、及びラウロイルサルコシンが挙げられる。次いで、オリゴヌクレオチド調製物を、脂質構成要素を含むミセルに加える。脂質上のカチオン性基は、オリゴヌクレオチドと相互作用し、オリゴヌクレオチドの周囲に縮合してリポソームを形成する。縮合の後に、洗剤が、例えば、透析によって除去され、オリゴヌクレオチドのリポソーム調製物を得る。
必要な場合、縮合を補助する担体化合物は、例えば、制御された添加によって、縮合反応中に添加することができる。例えば、担体化合物は、核酸以外のポリマーであり得る(例えば、スペルミン又はスペルミジン)。縮合を好ましくするために、pHも調節することができる。
送達ビヒクルの構造的構成要素としてポリヌクレオチド/カチオン性脂質複合体を組み込む、安定なポリヌクレオチド送達ビヒクルを産生するための方法は、例えば、WO96/37194に更に記載されており、その内容全体は、参照により本明細書に組み込まれる。リポソーム製剤はまた、Feigner,P.L.et al.,(1987)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 8:7413-7417、米国特許第4,897,355号、米国特許第5,171,678号、Bangham et al.,(1965)M.Mol.Biol.23:238、Olson et al.,(1979)Biochim.Biophys.Acta 557:9、Szoka et al.,(1978)Proc.Natl.Acad.Sci.75:4194、Mayhew et al.,(1984)Biochim.Biophys.Acta 775:169、Kim et al.,(1983)Biochim.Biophys.Acta 728:339、及びFukunaga et al.,(1984)Endocrinol.115:757に記載される例示的な方法の1つ以上の態様を含み得る。送達ビヒクルとして使用するのに適したサイズの脂質凝集体を調製するための一般的に使用される技術としては、音波処理及び凍結解凍と抽出が挙げられる(例えば、Mayer et al.,(1986)Biochim.Biophys.Acta 858:161を参照されたい。一貫して小さく(50~200nm)、比較的均一な凝集体が望ましい場合、微小溶液操作を使用し得る(Mayhew et al.,(1984)Biochim.Biophys.Acta 775:169。これらの方法は、オリゴヌクレオチド調製物をリポソーム内にパッケージングするように容易に適合される。
リポソームは、2つの広いクラスに含まれる。カチオン性リポソームは、負に帯電した核酸分子と相互作用して安定な複合体を形成する、正に帯電したリポソームである。正に帯電した核酸/リポソーム複合体は、負に帯電した細胞表面に結合し、エンドソーム中に内在化される。エンドソーム内の酸性pHに起因して、リポソームは破裂し、その内容物を細胞の細胞質内に放出する(Wang et al.(1987)Biochem.Biophys.Res.Commun.,147:980-985)。
リポソームは、pH感受性であるか、又は負に帯電しており、その複合体よりも、核酸を捕捉する。核酸及び脂質は、両方とも同様に帯電しているため、複合体形成ではなく、反発が起こる。それにもかかわらず、いくつかの核酸は、これらのリポソームの水性内側の中に捕捉される。培養物中の細胞単層にチミジンキナーゼ遺伝子をコードする核酸を送達するために、pH感受性のリポソームが使用されてきた。外因性遺伝子の発現は、標的細胞において検出された(Zhou et al.(1992)Journal of Controlled Release,19:269-274)。
リポソーム組成物の1つの主な種類は、天然に由来するホスファチジルコリン以外のリン脂質を含む。天然のリポソーム組成物は、例えば、ジミリストイルホスファチジルコリン(DMPC)又はジパルミトイルホスファチジルコリン(DPPC)から形成され得る。アニオン性リポソーム組成物は、一般に、ジミリストイルホスファチジルグリセロールから形成され、一方で、アニオン性融合性リポソームは、主に、ジオレオイルホスファチジルエタノールアミン(DOPE)から形成される。別の種類のリポソーム組成物は、ホスファチジルコリン(PC)、例えば、大豆PC及び卵PCから形成される。別の種類は、リン脂質及び/又はホスファチジルコリン及び/又はコレステロールの混合物から形成される。
リポソームを細胞にインビトロ及びインビボで導入するための他の方法の例としては、米国特許第5,283,185号、米国特許第5,171,678号、WO94/00569、WO93/24640、WO91/16024、Feigner,(1994)J.Biol.Chem.269:2550、Nabel,(1993)Proc.Natl.Acad.Sci.90:11307、Nabel,(1992)Human Gene Ther.3:649、Gershon,(1993)Biochem.32:7143、及びStrauss,(1992)EMBO J.11:417が挙げられる。
リポソームはまた、このような特定の脂質を欠くリポソームと比較して、増強された循環寿命を生じる1つ以上の特定の脂質を含み、立体的に安定化されたリポソームであり得る。立体的に安定化されたリポソームの例は、リポソームの小胞を形成する脂質部分の一部が、(A)1つ以上の糖脂質、例えば、モノシアガングリオシドGM1を含むもの、又は(B)1つ以上の親水性ポリマー、例えば、ポリエチレングリコール(PEG)部分で誘導体化されたものである。何らかの特定の理論によって束縛されることを望まないが、ガングリオシド、スフィンゴミエリン、又はPEG誘導体化脂質を含有する、少なくとも立体的に安定化されたリポソームについて、これらの立体的に安定化されたリポソームの循環半減期の増強は、細網内皮系(RES)の細胞への取り込みの減少に由来すると当該技術分野では考えられている(Allen et al.,(1987)FEBS Letters,223:42、Wu et al.,(1993)Cancer Research,53:3765)。
1つ以上の糖脂質を含む種々のリポソームが、当該技術分野で知られている。Papahadjopoulos et al.(Ann.N.Y.Acad.Sci.,(1987),507:64)は、モノシアガングリオシドGM1、ガラクトセレブロシドサルフェート、及びホスファチジルイノシトールがリポソームの血液半減期を改善する能力を報告した。これらの所見は、Gabizon et al.(Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.,(1988),85:6949)によって詳しく説明された。米国特許第4,837,028号及びWO88/04924は、両方ともAllen et al.に対するものであり、(1)スフィンゴミエリン及び(2)ガングリオシドGM1、又はガラクトセレブロシド硫酸エステルを含むリポソームを開示する。米国特許第5,543,152号(Webb et al.)は、スフィンゴミエリンを含むリポソームを開示する。1,2-sn-ジミリストイルホスファチジルコリンを含むリポソームは、WO97/13499(Lim et al)に開示される。
本開示によれば、カチオン性リポソームを薬物送達ビヒクルとして使用してもよい。カチオン性リポソームは、細胞膜に融合することができるという利点を有する。非カチオン性リポソームは、血漿膜と効率的に融合することはできないが、インビボでマクロファージによって取り込まれ、これを使用して、オリゴヌクレオチドをマクロファージに送達することができる。
リポソームの更なる利点としては、以下のものが挙げられる。(i)天然リン脂質から得られるリポソームは、生体適合性かつ生分解性であり、(ii)リポソームは、広範囲にわたる水及び脂質可溶性薬物を組み込むことができ、(iii)リポソームは、その内部のコンパートメント中に封入されたオリゴヌクレオチドを、代謝及び分解から保護することができる(Rosoff, in ”Pharmaceutical Dosage Forms,”Lieberman,Rieger and Banker(編集),1988,volume 1,p.245)。リポソーム製剤の調製における重要な考慮事項は、脂質表面の電荷、小胞のサイズ、及びリポソームの水性体積である。
正に帯電した合成カチオン性脂質であるN-[1-(2,3-ジオレイルオキシ)プロピル]-N,N,N-トリメチルアンモニウムクロリド(DOTMA)を使用して、核酸と自然に相互作用する小さなリポソームを形成し、組織培養細胞の細胞膜の負に帯電した脂質と融合することができる脂質-核酸複合体を形成することができ、オリゴヌクレオチドの送達が起こる(例えば、Feigner,P.L.et al.,(1987)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 8:7413-7417、及びDOTMA及びDNAとのその使用の説明については米国特許第4,897,355号を参照されたい)。
DOTMA類似体である1,2-ビス(オレオイルオキシ)-3-(トリメチルアンモニア)プロパン(DOTAP)をリン脂質と組み合わせて使用して、DNA複合体化小胞を形成することができる。LIPOFECTIN(商標)Bethesda Research Laboratories、Gaithersburg,Md.)は、高度にアニオン性の核酸を、負に帯電したポリヌクレオチドと自然に相互作用して複合体を形成する正に帯電したDOTMAリポソームを含む、生きている組織培養細胞に送達するのに有効な薬剤である。十分に正に帯電したリポソームが使用される場合、得られる複合体の正味の電荷も正である。この方法で調製された正に帯電した複合体は、負に帯電した細胞表面と自然に接続し、血漿膜と融合し、機能的核酸を例えば組織培養細胞へと効率的に送達する。別の市販のカチオン性脂質である1,2-ビス(オレオイルオキシ)-3,3-(トリメチルアンモニア)プロパン(「DOTAP」)(Boehringer Mannheim、Indianapolis,Ind.)は、オレオイル部分がエーテル連結ではなくエステルによって連結されているという点でDOTMAとは異なる。
他の報告されているカチオン性脂質構成要素としては、例えば、2つの種類の脂質の1つにコンジュゲート化されているカルボキシスペルミンを含む、様々な部分にコンジュゲート化されたものが挙げられ、5-カルボキシスペルミルグリシンジオクタオレオイルアミン(「DOGS」)(TRANSFECTAM(商標)、Promega、Madison,Wis.)及びジパルミトイルホスファチジルエタノールアミン 5-カルボキシスペルミル-アミド(「DPPES」)等の化合物を含む(例えば、米国特許第5,171,678号を参照されたい)。
別のカチオン性脂質コンジュゲートとしては、DOPEと組み合わせてリポソーム内で製剤化された、コレステロールを用いた脂質の誘導体化(「DC-Chol」)が挙げられる(Gao,X.and Huang,L.,(1991)Biochim.Biophys.Res.Commun.179:280を参照されたい)。ポリリジンをDOPEにコンジュゲート化することによって作製されるリポポリリジンは、血清存在下でのトランスフェクションにとって有効であると報告されている(Zhou,X.et al.,(1991)Biochim.Biophys.Acta 1065:8)。特定の細胞株について、コンジュゲートカチオン性脂質を含有するこれらのリポソームは、DOTMA含有組成物よりも低い毒性を示し、より効率的なトランスフェクションを提供すると言われる。他の市販のカチオン性脂質製品としては、DMRIE及びDMRIE-HP(Vical、La Jolla,Calif.)及びリポフェクタミン(DOSPA)(Life Technology,Inc.、Gaithersburg,Md.)が挙げられる。オリゴヌクレオチドの送達に適した他のカチオン性脂質は、WO98/39359及びWO96/37194に記載される。
リポソームの標的化はまた、例えば、器官特異性、細胞特異性、及びオルガネラ特異性に基づくことも可能であり、当該技術分野で知られている。リポソーム標的化送達系の場合において、リポソーム二重層と安定に会合した状態で標的化リガンドを維持するために、脂質基をリポソームの脂質二重層に組み込むことができる。様々な連結基を、脂質鎖を標的化リガンドに接続するために使用することができる。追加の方法は、当該技術分野で知られており、例えば、米国特許出願公開第2006/0058255号に記載されており、その連結基は、参照により本明細書に組み込まれる。
オリゴヌクレオチド(例えば、本明細書に記載のASO剤)を含むリポソームは、高度に変形可能にすることができる。かかる変形性は、リポソームを、リポソームの平均半径より小さい孔を介して透過させることが可能になるだろう。例えば、トランスファーソームは、リポソームの更に別の種類であり、薬物送達ビヒクルのための魅力的な候補である、高度に変形可能な脂質凝集体である。トランスファーソームは、高度に変形化能であるため、液滴よりも小さい孔を通って透過することが容易に可能である液体液滴として記述することができる。トランスファーソームは、表面エッジの活性化因子(通常は界面活性剤)を標準的なリポソーム組成物に加えることによって作製することができる。オリゴヌクレオチドを含むトランスファーソームは、例えば、皮膚のケラチノサイトにオリゴヌクレオチドを送達するために、感染によって皮下に送達することができる。インタクトな哺乳動物の皮膚を通過するために、脂質小胞は、適切な経皮勾配の影響下で、各々が50nm未満の直径を有する一連の微細な孔を通過しなければならない。これに加えて、脂質特性に起因して、これらのトランスファーソームは、自己最適化し(例えば、皮膚の孔の形状に適合する)、自己修復することができ、多くの場合、断片化することなくその標的に到達することができ、多くの場合、自己装填される。血清アルブミンを皮膚に送達するために、トランスファーソームが使用されてきた。血清アルブミンのトランスファーソーム媒介性送達は、血清アルブミンを含有する溶液の皮下注射として有効であることが示されている。
本開示に修正可能な他の製剤は、2008年1月2日に出願された米国仮出願番号第61/018,616号、2008年1月2日に出願された第61/018,611号、2008年3月26日に出願された第61/039,748号、2008年4月22日に出願された第61/047,087号、及び2008年5月8日に出願された第61/051,528号に記載される。2007年10月3日に出願されたPCT出願番号第PCT/US2007/080331号も、本開示に修正可能である製剤を記載する。
界面活性剤は、エマルション(マイクロエマルションを含む)及びリポソーム等の製剤において幅広い用途が見出されている。天然及び合成の両方の多くの異なる種類の界面活性剤の特性を分類し、ランク分けする最も一般的な方法は、親水性親油性バランス(HLB)の使用による方法である。親水基(「頭部」としても知られる)の性質は、製剤に使用される異なる界面活性剤をカテゴリー分けするのに最も有用な手段を提供する(Rieger,Pharmaceutical Dosage Forms,Marcel Dekker,Inc.,New York,N.Y.,1988,p.285)。
界面活性剤分子がイオン化されない場合、非イオン性界面活性剤と分類される。非イオン性界面活性剤は、医薬品及び化粧品において幅広い用途が見出されており、広範囲のpH値にわたって使用可能である。一般に、そのHLB値は、その構造に応じて、2~約18の範囲である。非イオン性界面活性剤としては、非イオン性エステル、例えば、エチレングリコールエステル、プロピレングリコールエステル、グリセリルエステル、ポリグリセリルエステル、ソルビタンエステル、スクロースエステル、及びエトキシル化エステルが挙げられる。非イオン性アルカノールアミン及びエーテル、例えば、脂肪族アルコールエトキシレート、プロポキシル化アルコール、及びエトキシル化/プロポキシル化ブロックポリマーも、この種類に含まれる。ポリオキシエチレン界面活性剤は、非イオン性界面活性剤の種類の最も人気のあるメンバーである。
界面活性剤分子が、水に溶解又は分散するときに、負の電荷を保有する場合、その界面活性剤は、アニオン性と分類される。アニオン性界面活性剤としては、カルボキシレート(例えば、石鹸)、アシルラクチレート、アミノ酸のアシルアミド、硫酸のエステル、例えば、アルキルサルフェート及びエトキシル化アルキルサルフェート、スルホネート、例えば、アルキルベンゼンスルホネート、アシルイセチオネート、アシルタウレート、及びスルホサクシネート、及びホスフェートが挙げられる。アニオン性界面活性剤の種類の最も重要なメンバーは、アルキルサルフェート及び石鹸である。
界面活性剤分子が、水に溶解又は分散するときに、正の電荷を保有する場合、その界面活性剤は、カチオン性と分類される。カチオン性界面活性剤としては、四級アンモニウム塩及びエトキシル化アミンが挙げられる。四級アンモニウム塩は、このクラスの最も使用されるメンバーである。
界面活性剤分子が、正又は負のいずれかの電荷を保有する能力を有している場合、その界面活性剤は、両性と分類される。両性界面活性剤としては、アクリル酸誘導体、置換アルキルアミド、N-アルキルベタイン、及びホスファチドが挙げられる。
薬物製品、製剤、及びエマルション中の界面活性剤の使用は、総説にされている(Rieger,Pharmaceutical Dosage Forms,Marcel Dekker,Inc.,New York,N.Y.,1988,p.285)。
本開示の方法に使用するためのオリゴヌクレオチドは、ミセル製剤として提供することもできる。ミセルは、両親媒性分子が、分子の全ての疎水性部分が内側に向き、親水性部分が周囲の水相と接触するように残された球状構造に整列した、分子集合体の特定の種類である。環境が疎水性である場合、逆の配置が存在する。
脂質ナノ粒子ベースの送達方法
本開示のオリゴヌクレオチドは、脂質製剤(例えば、脂質ナノ粒子(LNP)、又は別の核酸-脂質粒子)中に完全に封入されていてもよい。LNPは、これらが静脈内注射後に長い循環寿命を示し、遠位部位(例えば、投与部位から物理的に離れた部位)で蓄積するため、全身適用にきわめて有用である。LNPは、PCT公開第WO00/03683号に示されるような、封入された縮合剤-核酸複合体を含む「pSPLP」を含む。本開示の粒子は、典型的には、約50nm~約150nm、より典型的には、約60nm~約130nm、より典型的には、約70nm~約110nm、最も典型的には、約70nm~約90nmの平均直径を有し、実質的に非毒性である。これに加えて、核酸は、本開示の核酸-脂質粒子中に存在する場合、水溶液中でヌクレアーゼによる分解に抵抗性である。核酸-脂質粒子及びそれらの調製方法は、例えば、米国特許第5,976,567号、第5,981,501号、第6,534,484号、第6,586,410号、第6,815,432号、米国公開第2010/0324120号、及びPCT公開第WO96/40964号に開示されている。
脂質と薬物の比率(質量/質量比)(例えば、脂質とオリゴヌクレオチドの比率)は、約1:1~約50:1、約1:1~約25:1、約3:1~約15:1、約4:1~約10:1、約5:1~約9:1、又は約6:1~約9:1の範囲であり得る。上述の引用される範囲の中間の範囲も、本開示の一部であると企図される。
カチオン性脂質の非限定的な例としては、N,N-ジオレイル-N,N-ジメチルアンモニウムクロリド(DODAC)、N,N-ジステアリル-N,N-ジメチルアンモニウムブロミド(DDAB)、N--(I-(2,3-ジオレオイルオキシ)プロピル)-N,N,N-トリメチルアンモニウムクロリド(DOTAP)、N--(I-(2,3-ジオレイルオキシ)プロピル)-N,N,N-トリメチルアンモニウムクロリド(DOTMA)、N,N-ジメチル-2,3-ジオレイルオキシ)プロピルアミン(DODMA)、1,2-ジリノレイルオキシ-N,N-ジメチルアミノプロパン(DLinDMA)、1,2-ジリノレニルオキシ-N,N-ジメチルアミノプロパン(DLenDMA)、1,2-ジリノレイルカルバモイルオキシ-3-ジメチルアミノプロパン(DLin-C-DAP)、1,2-ジリノレイオキシ-3-(ジメチルアミノ)アセトキシプロパン(DLin-DAC)、1,2-ジリノレイオキシ-3-モルホリノプロパン(DLin-MA)、1,2-ジリノレオイル-3-ジメチルアミノプロパン(DLinDAP)、1,2-ジリノレイルチオ-3-ジメチルアミノプロパン(DLin-S-DMA)、1-リノレオイル-2-リノレイルオキシ-3-ジメチルアミノプロパン(DLin-2-DMAP)、1,2-ジリノレイルオキシ-3-トリメチルアミノプロパンクロリド塩(DLin-TMA.Cl)、1,2-ジリノレオイル-3-トリメチルアミノプロパンクロリド塩(DLin-TAP.Cl)、1,2-ジリノレイルオキシ-3-(N-メチルピペラジノ)プロパン(DLin-MPZ)、若しくは3-(N,N-ジリノレイルアミノ)-1,2-プロパンジオール(DLinAP)、3-(N,N-ジオレイルアミノ)-1,2-プロパンジオ(DOAP)、1,2-ジリノレイルオキソ-3-(2-N,N-ジメチルアミノ)エトキシプロパン(DLin-EG-DMA)、1,2-ジリノレニルオキシ-N,N-ジメチルアミノプロパン(DLinDMA)、2,2-ジリノレイル-4-ジメチルアミノメチル-[1,3]-ジオキソラン(DLin-K-DMA)、若しくはそれらの類似体、(3aR,5s,6aS)-N,N-ジメチル-2,2-ジ((9Z,12Z)-オクタデカ-9,12-ジエンインテトラヒドロ--3aH-シクロペンタ[d][1,3]ジオキソール-5-アミン(ALN100)、(6Z,9Z,28Z,31Z)-ヘプタトリアコンタ-6,9,28,31-テトラエン-19-イル4-(ジメチルアミノ)ブタノエート(MC3)、1,1’-(2-(4-(2-((2-(ビス(2-ヒドロキシドデシル)アミノ)エチル)(2-ヒドロキシドデシル)アミノ)エチル)ピペラジン-1-イエエチラザンジイエジドデカン-2-オール(Tech G1)、又はこれらの混合物が挙げられる。カチオン性脂質は、例えば、粒子中に存在する総脂質の約20mol%~約50mol%、又は約40mol%含まれ得る。
イオン化可能/非カチオン性脂質は、限定されないが、ジステアロイルホスファチジルコリン(DSPC)、ジオレオイルホスファチジルコリン(DOPC)、ジパルミトイルホスファチジルコリン(DPPC)、ジオレオイルホスファチジルグリセロール(DOPG)、ジパルミトイルホスファチジルグリセロール(DPPG)、ジオレオイル-ホスファチジルエタノールアミン(DOPE)、パルミトイルオレオイルホスファチジルコリン(POPC)、パルミトイルオレオイルホスファチジルエタノールアミン(POPE)、ジオレオイル-ホスファチジルエタノールアミン 4-(N-マレイミドメチル)-シクロヘキサン-1-カルボキシレート(DOPE-mal)、ジパルミトイルホスファチジルエタノールアミン(DPPE)、ジミリストイルホスホエタノールアミン(DMPE)、ジステアロイル-ホスファチジル-エタノールアミン(DSPE)、16-O-モノメチルPE、16-O-ジメチルPE、18-1-trans PE、1-ステアロイル-2-オレオイル-ホスファチジエタノールアミン(SOPE)、コレステロール、又はこれらの混合物を含む、アニオン性脂質又は中性脂質であり得る。非カチオン性脂質は、コレステロールが含まれる場合、例えば、粒子中に存在する総脂質の約5mol%~約90mol%、約10mol%、又は約58mol%であり得る。
粒子の凝集を阻害するコンジュゲート化脂質は、例えば、限定されないが、PEG-ジアシルグリセロール(DAG)、PEG-ジアルキルオキシプロピル(DAA)、PEG-リン脂質、PEG-セラミド(Cer)、又はこれらの混合物を含む、ポリエチレングリコール(PEG)-脂質であり得る。PEG-DAAコンジュゲートは、例えば、PEG-ジラウリルオキシプロピル(Ci)、PEG-ジミリスチルオキシプロピル(Ci)、PEG-ジパルミチルオキシプロピル(Ci)、又はPEG-ジステアリルオキシプロピル(C])であり得る。粒子の凝集を防ぐコンジュゲート化脂質は、例えば、粒子中に存在する総脂質の0mol%~約20mol%、又は約2mol%であり得る。核酸-脂質粒子は、例えば、粒子中に存在する総脂質の約10mol%~約60mol%、又は約50mol%のコレステロールを更に含み得る。
リガンドに対してコンジュゲート化されたオリゴヌクレオチド
本開示のオリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドの活性、細胞分布、又は細胞取り込みを増強する、1つ以上のリガンド、部分、又はコンジュゲートに化学的に連結され得る。かかる部分としては、限定されないが、脂質部分、例えば、コレステロール部分(Letsinger et al.,(1989)Proc.Natl.Acid.Sci.USA,86:6553-6556)、コール酸(Manoharan et al.,(1994)Biorg.Med.Chem.Let.,4:1053-1060)、チオエーテル、例えば、ベリル-S-トリチルチオール(Manoharan et al.,(1992)Ann.N.Y.Acad.Sci.,660:306-309、Manoharan et al.,(1993)Biorg.Med.Chem.Let.,3:2765-2770)、チオコレステロール(Oberhauser et al.,(1992)Nucl.Acids Res.,20:533-538)、脂肪族鎖、例えば、ドデカンジオール又はウンデシル残基(Saison-Behmoaras et al.,(1991)EMBO J,10:1111-1118、Kabanov et al.,(1990)FEBS Lett.,259:327-330、Svinarchuk et al.,(1993)Biochimie,75:49-54)、リン脂質、例えば、ジ-ヘキサデシル-rac-グリセロール又はトリエチル-アンモニウム 1,2-ジ-O-ヘキサデシル-rac-グリセロ-3-ホスホネート(Manoharan et al.,(1995)Tetrahedron Lett.,36:3651-3654、Shea et al.,(1990)Nucl.Acids Res.,18:3777-3783)、ポリアミン又はポリえエチレングリコール鎖(Manoharan et al.,(1995)Nucleosides & Nucleotides,14:969-973)、又はアダマンタン酢酸(Manoharan et al.,(1995)Tetrahedron Lett.,36:3651-3654)、パルミチル部分(Mishra et al.,(1995) Biochim.Biophys.Acta,1264:229-237)、又はオクタデシルアミン又はヘキシルアミノ-カルボニルオキシコレステロール部分(Crooke et al.,(1996)J.Pharmacol.Exp.Ther.,277:923-937)が含まれる。
リガンドは、リガンドがその中に組み込まれるオリゴヌクレオチド剤の分布、標的化、若しくは寿命を改変してもよく、及び/又は例えば、かかるリガンドが存在しない種と比較して、選択された標的、例えば、分子、細胞若しくは細胞型、コンパートメント、例えば、細胞若しくは器官コンパートメント、組織、器官、若しくは身体の領域について増強された親和性を提供してもよい。
リガンドは、天然に存在する基質、例えば、タンパク質(例えば、ヒト血清アルブミン(HSA)、低密度リポタンパク質(LDL)、若しくはグロブリン);炭水化物(例えば、デキストラン、プルラン、キチン、キトサン、インスリン、シクロデキストリン、N-アセチルグルコサミン、N-アセチルガラクトサミン、若しくはヒアルロン酸);又は脂質を含み得る。リガンドはまた、組換え又は合成分子、例えば、合成ポリマー、例えば、合成ポリアミノ酸であり得る。ポリアミノ酸の例としては、ポリアミノ酸が挙げられ、ポリリジン(PLL)、ポリL-アスパラギン酸、ポリL-グルタミン酸、スチレン-無水マレイン酸コポリマー、ポリ(L-ラクチド-コ-グリコール化)コポリマー、ジビニルエーテル-無水マレイン酸コポリマー、N-(2-ヒドロキシプロピル)メタクリルアミドコポリマー(HMPA)、ポリエチレングリコール(PEG)、ポリビニルアルコール(PVA)、ポリウレタン、ポリ(2-エチルアクリル酸)、N-イソプロピルアクリルアミドポリマー、又はポリホスファジンである。ポリアミンの例としては、ポリエチレンイミン、ポリリジン(PLL)、スペルミン、スペルミジン、ポリアミン、シュードペプチド-ポリアミン、ペプチド模倣物ポリアミン、デンドリマーポリアミン、アルギニン、アミジン、プロタミン、カチオン性脂質、カチオン性ポルフィリン、ポリアミンの四級塩、又はアルファヘリカルペプチドが挙げられる。
リガンドはまた、腎臓細胞等の特定の細胞型に結合する、標的化基、例えば、細胞若しくは組織標的化剤、例えば、レクチン、糖タンパク質、脂質若しくはタンパク質、例えば、抗体も含み得る。標的化基は、チロトロピン、メラノトロピン、レクチン、糖タンパク質、表面タンパク質A、ムチン炭水化物、多価ラクトース、多価ガラクトース、N-アセチル-ガラクトサミン、N-アセチル-グルコサミン多価マンノース、多価フコース、グリコシル化ポリアミノ酸、多価ガラクトース、トランスフェリン、ビスホスホネート、ポリグルタメート、ポリアスパルテート、脂質、コレステロール、ステロイド、胆汁酸、フォレート、ビタミンB12、ビタミンA、ビオチン、又はRGDペプチド、又はRGDペプチド模倣物であり得る。
リガンドの他の例としては、染料、挿入剤(例えば、アクリジン)、架橋剤(例えば、ソラレン、マイトマイシンC)、ポルフィリン(TPPC4、テキサフィリン、サフィリン)、多環芳香族炭化水素(例えば、フェナジン、ジヒドロフェナジン)、人工エンドヌクレアーゼ(例えば、EDTA)、親油性分子、例えば、コレステロール、コール酸、アダマンタン酢酸、1-ピレン酪酸、ジヒドロテストステロン、1,3-ビス-O(ヘキサデシル)グリセロール、ゲラニルオキシヘキシル基、ヘキサデシルグリセロール、ボルネオール、メントール、1,3-プロパンジオール、ヘプタデシル基、パルミチン酸、ミリスチン酸、O3-(オレオイル)リトコール酸、O3-(オレオイル)コレン酸、ジメトキシトリチル、又はフェノキサジン)及びペプチドコンジュゲート(例えば、アンテナペディアペプチド、Tatペプチド)、アルキル化剤、ホスフェート、アミノ、メルカプト、PEG(例えば、PEG-40K)、MPEG、[MPEG]、ポリアミノ、アルキル、置換アルキル、放射性標識マーカー、酵素、ハプテン(例えば、ビオチン)、輸送/吸収促進剤(例えば、アスピリン、ビタミンE、葉酸)、合成リボヌクレアーゼ(例えば、イミダゾール、ビスイミダゾール、ヒスタミン、イミダゾールクラスター、アクリジン-イミダゾールコンジュゲート、テトラアザ大環状Eu3+複合体)、ジニトロフェニル、HRP、又はAPが挙げられる。
リガンドは、タンパク質、例えば、糖タンパク質、又はペプチド、例えば、共リガンドについて特異的な親和性を有する分子、又は肝細胞等の特定の細胞型に結合する抗体(例えば、抗体)であり得る。リガンドはまた、ホルモン及びホルモン受容体を含み得る。リガンドはまた、非ペプチド種、例えば、脂質、レクチン、炭水化物、ビタミン、共因子、多価ラクトース、多価ガラクトース、N-アセチル-ガラクトサミン、N-アセチル-グルコサミン多価マンノース、又は多価フコースを含み得る。
リガンドは、例えば、細胞の細胞骨格を破壊することによって、例えば、細胞の微小管、マイクロフィラメント、及び/又は中間フィラメントを破壊することによって、細胞へのオリゴヌクレオチド剤の取り込みを増加させることができる基質(例えば、薬物)であり得る。薬物は、例えば、タクソン、ビンクリスチン、ビンブラスチン、サイトカラシン、ノコダゾール、ジャプラキノリド(japlakinolide)、ラトランクリンA、ファロイジン、スウィンホリドA、インダノシン、又はミオセルビン(myoservin)であり得る。
本明細書に記載のオリゴヌクレオチドに接続したリガンドは、薬物動態調整剤(PK調整剤)として作用し得る。PK調整剤としては、脂溶性物、胆汁酸、ステロイド、リン脂質類似体、ペプチド、タンパク質結合剤、PEG、ビタミン等が挙げられる。例示的なPK調整剤としては、限定されないが、コレステロール、脂肪酸、コール酸、リトコール酸、ジアルキルグリセリド、ジアシルグリセリド、リン脂質、スフィンゴ脂質、ナプロキセン、イブプロフェン、ビタミンE、ビオチン等が挙げられる。いくつかのホスホロチオエート連結を含むオリゴヌクレオチドはまた、血清タンパク質に結合することが知られており、そのため、骨格中に複数のホスホロチオエート連結を含む、短いオリゴヌクレオチド、例えば、約5個の塩基、10個の塩基、15個の塩基、又は20個の塩基のオリゴヌクレオチドも、リガンドとして(例えば、PK調整リガンドとして)本開示に修正可能である。これに加えて、血清構成要素(例えば、血清タンパク質)に結合するアプタマーも、本明細書に記載の方法及び組成物においてPKを調整するリガンドとして使用するのに適している。
本開示のリガンドコンジュゲート化オリゴヌクレオチドは、例えば、オリゴヌクレオチドに対する連結分子の接続に由来するもの(以下に記載される)等、ペンダント反応性官能基を保有するオリゴヌクレオチドの使用によって合成されてもよい。この反応性オリゴヌクレオチドを、市販のリガンド、種々の保護基のうちのいずれかを保有するように合成されるリガンド、又はリガンドに接続する連結部分を有するリガンドと直接的に反応させ得る。
本開示のコンジュゲートに使用されるオリゴヌクレオチドは、固相合成のよく知られている技術によって簡便かつ日常的に行われ得る。かかる合成のための装置は、例えば、Applied Biosystems(Foster City,Calif.)を含むいくつかのベンダーによって販売される。当該技術分野で知られているこのような合成のための任意の他の手段も、これに加えて、又は代替的に使用され得る。他のオリゴヌクレオチド、例えば、ホスホロチオエート及びアルキル化誘導体を調製するために同様の技術を使用することも知られている。
本開示のリガンドコンジュゲート化オリゴヌクレオチド(例えば、本開示の配列特異的に連結したヌクレオシドを保有するリガンド分子)において、オリゴヌクレオチド及びオリゴヌクレオシドは、標準的なヌクレオチド若しくはヌクレオシド前駆体、連結部分をすでに保有するヌクレオチド若しくはヌクレオシドコンジュゲート前駆体、リガンド分子をすでに保有するリガンド-ヌクレオチド若しくはヌクレオシド-コンジュゲート前駆体、又は非ヌクレオシドリガンドを保有するビルディングブロックを利用して、適切なDNA合成機で組み立てられ得る。
すでに連結部分を保有するヌクレオチド-コンジュゲート前駆体を使用する場合、配列に特異的に連結したヌクレオシドの合成は、典型的には、完了しており、次いで、リガンド分子を連結部分と反応させ、リガンドコンジュゲート化オリゴヌクレオチドを形成する。本開示のオリゴヌクレオチド、又は連結したヌクレオシドは、市販されており、かつオリゴヌクレオチド合成で通常使用される標準的なホスホロアミダイト及び非標準的なホスホロアミダイトに加えて、リガンド-ヌクレオシドコンジュゲートに由来するホスホロアミダイトを使用して、自動化合成機によって合成され得る。
i.脂質コンジュゲート
本開示によれば、リガンド又はコンジュゲートは、脂質又は脂質系分子であり得る。かかる脂質又は脂質系分子は、血清タンパク質、例えば、ヒト血清アルブミン(HSA)に特異的に結合する。HSA結合リガンドは、標的組織、例えば、身体の非腎臓標的組織へのコンジュゲートの分布を可能にする。例えば、標的組織は、肝臓の実質細胞を含め、肝臓であり得る。HSAに結合することができる他の分子も、リガンドとして使用することができる。例えば、ナプロキセン又はアスピリンを使用することができる。脂質又は脂質系リガンドは、(a)コンジュゲートの分解に対する抵抗性を増加させることができ、(b)標的細胞又は細胞膜内の標的化若しくは輸送を増加させることができ、かつ/又は(c)これを使用して血清タンパク質、例えば、HSAに対する結合を調節することができる。
脂質系リガンドを使用して、標的組織に対するコンジュゲートの結合を阻害(例えば、制御)することができる。例えば、HSAにより強力に結合する脂質又は脂質系リガンドは、腎臓に対して標的化される可能性は低く、したがって、体内から排泄される可能性も低い。HSAにそれほど強力に結合しない脂質又は脂質系リガンドを使用して、コンジュゲートを腎臓に対して標的化することができる。
別の態様において、リガンドは、標的細胞(例えば、増殖中の細胞)によって取り込まれる部分(例えば、ビタミン)であってもよい。例示的なビタミンとしては、ビタミンA、E、及びKが挙げられる。
ii.細胞透過剤
リガンドはまた、細胞透過剤、例えば、ヘリカル細胞透過剤であり得る。特定の例において、この薬剤は、両親媒性である。例示的な薬剤は、tat等のペプチド、又はアンテナペディアである。薬剤がペプチドである場合、ペプチド模倣物、逆転異性体、非ペプチド、又は擬ペプチド連結、及びD-アミノ酸の使用を含め、修飾され得る。ヘリカル剤は、親油相及び疎油相を有するアルファ-ヘリカル剤であり得る。
リガンドは、ペプチド又はペプチド模倣物であり得る。ペプチド模倣物(本明細書ではオリゴペプチド模倣物とも呼ばれる)は、天然ペプチドに類似した所定の三次元構造に折り畳むことができる分子である。オリゴヌクレオチド剤に対するペプチド及びペプチド模倣物の接続は、例えば、細胞認識及び吸収を増強させることによって、オリゴヌクレオチドの薬物動態分布に影響を与え得る。ペプチド又はペプチド模倣物は、約5~50個のアミノ酸の長さ、例えば、約5、10、15、20、25、30、35、40、45、又は50個のアミノ酸の長さであり得る。
ペプチド又はペプチド模倣物は、例えば、細胞透過ペプチド、カチオン性ペプチド、両親媒性ペプチド、又は疎水性ペプチド(例えば、主にTyr、Trp、若しくはPheからなる)であり得る。ペプチド部分は、デンドリマーペプチド、拘束されたペプチド、又は架橋ペプチドであり得る。別の代替例において、ペプチド部分は、疎水性膜移行配列(MTS)を含み得る。例示的な疎水性MTS含有ペプチドは、アミノ酸配列AAVALLPAVLLALLAPを有するRFGFである。RFGF類似体(例えば、疎水性MTSを含有するアミノ酸配列AALLPVLLAAPも、標的化部分であり得る)。ペプチド部分は、「送達」ペプチドであってもよく、細胞膜を横切る、ペプチド、オリゴヌクレオチド、及びタンパク質を含む大きな極性分子を保有し得る。例えば、HIV Tatタンパク質(GRKKRRQRRRPPQ)及びDrosophila Antennapediaタンパク質(RQIKIWFQNRRMKWKK)からの配列は、送達ペプチドとして機能することができることがわかっている。ペプチド又はペプチド模倣物は、DNAのランダム配列、例えば、ファージディスプレイライブラリ、又は1ビーズ1化合物(OBOC)コンビナトリアルライブラリから特定されたペプチドによってコードされ得る(Lam et al.,Nature,354:82-84,1991)。細胞を標的化する目的のために組み込まれるモノマー単位を介してオリゴヌクレオチドにつなぎ止められたペプチド又はペプチド模倣物の例は、アルギニン-グリシン-アスパラギン酸(RGD)ペプチド、又はRGD模倣物である。ペプチド部分は、約5個のアミノ酸~約40個のアミノ酸の長さの範囲であり得る。ペプチド部分は、安定性を増加させるか、又は構成的特性を指令するような構造的修飾を有し得る。以下に記載の構造的修飾のいずれかを利用可能である。
RGDペプチドは、細胞標的に対して組成物を向かわせるための本開示の組成物において使用され得る。RGDペプチドは、線形又は環状であってもよく、特定の組織への標的化を容易にするために、修飾(例えば、グリコシル化又はメチル化)され得る。RGD含有ペプチド及びペプチド模倣物は、D-アミノ酸、及び合成RGD模倣物を含み得る。RGDに加えて、インテグリンリガンドを標的化する他の部分を使用し得る。このリガンドのいくつかのコンジュゲートは、PECAM-1又はVEGFを標的化する。
細胞透過ペプチドは、細胞、例えば、微生物細胞、例えば、細菌細胞若しくは真菌細胞、又は哺乳動物細胞、例えば、ヒト細胞を透過することができる。微生物細胞透過ペプチドは、例えば、α-ヘリカル線形ペプチド(例えば、LL-37若しくはCeropin P1)、ジスルフィド結合含有ペプチド(例えば、α-ディフェンシン、β-ディフェンシン、若しくはバクテネシン)、又は1個若しくは2個の優勢なアミノ酸のみを含有するペプチド(例えば、PR-39若しくはインドリシジン)であり得る。細胞透過ペプチドはまた、核局在化シグナル(NLS)を含み得る。例えば、細胞透過ペプチドは、二部構成の両親媒性ペプチド、例えば、MPGであってもよく、HIV-1 gp41の融合ペプチドドメイン及びSV40の大きなT抗原のNLSに由来する(Simeoni et al.,Nucl.Acids Res.31:2717-2724,2003)。
iii.炭水化物コンジュゲート
本開示の組成物及び方法によれば、オリゴヌクレオチドは、炭水化物を更に含み得る。炭水化物コンジュゲート化オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されるように、核酸のインビボ送達、及びインビボ療法の使用に適した組成物にとって有利である。本明細書で使用される場合、「炭水化物」は、少なくとも6個の炭素原子を有し(直鎖、分枝鎖、又は環状であってもよい)、各炭素原子に結合する酸素、窒素若しくは硫黄原子を有する、1個以上の単糖単位から構成される炭水化物自体、あるいは各々が少なくとも6個の炭素原子を有し(直鎖、分枝鎖、又は環状であってもよい)、各炭素原子に結合する酸素、窒素若しくは硫黄原子を有する1つ以上の単糖単位から構成される炭水化物部分をその一部として有する化合物のいずれかである化合物を指す。代表的な炭水化物としては、糖類(単糖、二糖、三糖、及び約4、5、6、7、8、又は9個の単糖単位を含有するオリゴ糖単位)、並びに多糖、例えば、デンプン、グリコーゲン、セルロース及び多糖ガムが挙げられる。特定の単糖としては、C5及びそれより大きい(例えば、C5、C6、C7、又はC8)糖が挙げられ、二糖及び三糖としては、2個又は3個の単糖単位(例えば、C5、C6、C7、又はC8)を有する糖が挙げられる。
特定の例において、本開示の組成物及び方法に使用するための炭水化物コンジュゲートは、単糖である。炭水化物コンジュゲートは、上述の1つ以上の追加のリガンド、例えば、限定されないが、PKモジュレーター及び/又は細胞透過ペプチドを更に含み得る。本開示の使用に適した追加の炭水化物コンジュゲート(及びリンカー)は、PCT公開第WO2014/179620及びWO2014/179627に記載されるものを含み、その内容全体は、参照により本明細書に組み込まれる。
iv.リンカー
本明細書に記載のコンジュゲート又はリガンドは、切断可能又は非切断可能であり得る様々なリンカーで、オリゴヌクレオチドに接続することができる。
リンカーは、典型的には、直接結合、又は酸素若しくは硫黄等の原子、NR、C(O)、C(O)NH、SO、SO、SONH若しくは原子鎖等の単位を含み、例えば、限定されないが、置換若しくは非置換のアルキル、置換若しくは非置換のアルケニル、置換若しくは非置換のアルキニル、アリールアルキル、アリールアルケニル、アリールアルキニル、ヘテロアリールアルキル、ヘテロアリールアルケニル、ヘテロアリールアルキニル、ヘテロシクリルアルキル、ヘテロシクリルアルケニル、ヘテロシクリルアルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリル、シクロアルキル、シクロアルケニル、アルキルアリールアルキル、アルキルアリールアルケニル、アルキルアリールアルキニル、アルケニルアリールアルキル、アルケニルアリールアルケニル、アルケニルアリールアルキニル、アルキニルアリールアルキル、アルキニルアリールアルケニル、アルキニルアリールアルキニル、アルキルヘテロアリールアルキル、アルキルヘテロアリールアルケニル、アルキルヘテロアリールアルキニル、アルケニルヘテロアリールアルキル、アルケニルヘテロアリールアルケニル、アルケニルヘテロアリールアルキニル、アルキニルヘテロアリールアルキル、アルキニルヘテロアリールアルケニル、アルキニルヘテロアリールアルキニル、アルキルヘテロシクリルアルキル、アルキルヘテロシクリルアルケニル、アルキルヘレロシクリルアルキニル(alkylhererocyclylalkynyl)、アルケニルヘテロシクリルアルキル、アルケニルヘテロシクリルアルケニル、アルケニルヘテロシクリルアルキニル、アルキニルヘテロシクリルアルキル、アルキニルヘテロシクリルアルケニル、アルキニルヘテロシクリルアルキニル、アルキルアリール、アルケニルアリール、アルキニルアリール、アルキルヘテロアリール、アルケニルヘテロアリール、アルキニルヘレロアリール(alkynylhereroaryl)(1つ以上のメチレンが、O、S、S(O)、SO、N(R)、C(O)によって中断又は停止されてもよい)、置換若しくは非置換アリール、置換若しくは非置換ヘテロアリール、置換若しくは非置換ヘテロ環を含み、Rは、水素、アシル、脂肪族又は置換脂肪族である。特定の例において、リンカーは、約1~24個の原子、2~24、3~24、4~24、5~24、6~24、6~18、7~18、8~18個の原子、7~17、8~17、6~16、7~17、又は8~16個の原子であり得る。
切断可能連結基は、細胞の外側では十分に安定であるが、標的細胞に侵入すると切断し、リンカーが一緒に保持している2つの部分を放出するものである。好ましい実施形態において、切断可能連結基は、標的細胞において、若しくは第1の参照条件(例えば、細胞内条件を模倣するか、若しくは表すように選択することができる)下で、対象の血液におけるよりも、若しくは第2の参照条件(例えば、血液若しくは血清でみられる条件を模倣するか、若しくは表すように選択することができる)下におけるよりも、少なくとも約10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍、若しくはそれより多く、又は少なくとも約100倍迅速に切断する。
切断可能連結基は、切断剤(例えば、pH、酸化還元電位、又は分解性分子の存在)の影響を受けやすい。一般に、切断剤は、血清若しくは血液におけるよりも、細胞内部でより頻繁に存在するか、又はより高いレベル又は活性で見出される。かかる分解剤の例としては、特定の基質に選択的であるか、若しくは基質特異性を有しない、酸化還元剤、例えば、細胞中に存在し、還元によって酸化還元切断可能連結基を分解することができる、酸化酵素若しくは還元酵素、又はメルカプタン等の酸化剤を含む;エステラーゼ;酸性環境を作り出すことができるエンドソーム又は薬剤、例えば、5以下のpHを生じさせるもの;一般的な酸として作用することによって酸切断可能連結基を加水分解又は分解することが出来る酵素、ペプチダーゼ(基質特異的であり得る)、及びホスファターゼが挙げられる。
切断可能連結基、例えば、ジスルフィド結合は、pHの影響を受けやすい場合がある。ヒト血清のpHは7.4であり、一方で、平均細胞内pHは、これよりわずかに低く、約7.1~7.3の範囲である。エンドソームは、より酸性のpHを有し(5.5~6.0の範囲)、リソソームは、ほぼ5.0であり、更に酸性のpHを有する。いくつかのリンカーは、好ましいpHで切断する切断可能連結基を有し、それによって、細胞の内側のリガンドからカチオン性脂質を放出するか、又は細胞の所望のコンパートメントへカチオン性脂質を放出する。
リンカーは、特定の酵素によって切断可能である切断可能連結基を含み得る。リンカーに組み込まれる切断可能連結基の種類は、標的とされる細胞に応じて変わり得る。例えば、肝臓標的化リガンドを、エステル基を含むリンカーを介してカチオン性脂質に連結し得る。肝臓細胞は、エステラーゼを豊富に含み、したがって、リンカーは、エステラーゼを豊富に含まない細胞型におけるよりも、肝臓細胞においてより効率的に切断される。エステラーゼを豊富に含む他の細胞型としては、肺、腎皮質、及び精巣の細胞が挙げられる。
ペプチド結合を含有するリンカーを、ペプチダーゼを豊富に含む細胞型(例えば、肝臓細胞及び滑膜細胞)を標的化する場合に使用することができる。
一般に、候補切断可能連結基の適切さは、分解剤(又は条件)が候補連結基を切断する能力を試験することによって評価することができる。血液中の切断に抵抗する能力について、又は他の非標的組織と接触した場合に、候補切断可能連結基を試験することも望ましい場合がある。したがって、第1の条件と第2の条件との間で相対的な切断されやすさを決定することができ、第1は、標的細胞における切断の指標であるように選択され、第2は、他の組織又は生体流体、例えば、血液又は血清における切断の指標であるように選択される。評価は、無細胞系において、細胞において、細胞培養物において、器官若しくは組織培養物において、又は動物全体において行うことができる。初期の評価を無細胞条件又は培養物条件で行い、動物全体において更なる評価によって確認することが有用であり得る。いくつかの場合において、有用な候補化合物は、細胞において(又は細胞内条件を模倣するように選択されたインビトロ条件下で)、血液若しくは血清(又は細胞外条件を模倣するように選択されたインビトロ条件下で)と比較して、少なくとも約2倍、4倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍、又は約100倍迅速に切断される。
a.酸化還元切断可能連結基
切断可能連結基は、還元又は酸化すると切断する酸化還元切断可能連結基であり得る。還元的な切断可能連結基の一例は、ジスルフィド連結基(--S--S--)である。候補切断可能連結基が、適切な「還元的な切断可能連結基」であるか、又は例えば、特定のオリゴヌクレオチド部分及び特定の標的剤とともに使用するのに適しているのかどうかを決定するために、本明細書に記載の方法に注目することができる。例えば、候補は、ジチオエリスリトール(DTE)、又は細胞(例えば、標的細胞)において観察され得る切断速度を模倣する当該技術分野で知られている試薬を使用した他の完全剤とのインキュベーションによって評価することができる。候補はまた、血液又は血清条件を模倣するように選択される条件下で評価することができる。候補化合物は、血液中で、最大約10%まで切断され得る。他の例において、有用な候補化合物は、細胞において(又は細胞内条件を模倣するように選択されたインビトロ条件下で)、血液(又は細胞外条件を模倣するように選択されたインビトロ条件下で)と比較して、少なくとも約2倍、4倍、10倍、20倍、30倍、40倍、50倍、60倍、70倍、80倍、90倍、又は約100倍迅速に分解する。候補化合物の切断速度は、細胞内媒体を模倣するように選択された条件下で、細胞外媒体を模倣するように選択された条件と比較して、標準的な酵素反応速度アッセイを使用して決定することができる。
b.リン酸系切断可能連結基
切断可能リンカーはまた、リン酸系切断可能連結基を含み得る。リン酸系切断可能連結基は、リン酸基を分解又は加水分解する薬剤によって切断される。細胞においてリン酸基を切断する薬剤の一例は、細胞におけるホスファターゼ等の酵素である。リン酸系切断可能連結基の例は、-O-P(O)(OR)-O-、
-O-P(S)(OR)-O-、-O-P(S)(SR)-O-、-S-P(O)(OR)-O-、-O-P(O)(OR)-S-、-S-P(O)(OR)-S-、
-O-P(S)(OR)-S-、-S-P(S)(OR)-O-、-O-P(O)(R)-O-、-O-P(S)(R)-O-、-S-P(O)(R)-O-、-S-P(S)(R)-O-、
-S-P(O)(R)-S-、-O-P(S)(R)-S-である。これらの候補は、上述のものに類似した方法を使用して評価することができる。
c.酸切断可能連結基
切断可能リンカーはまた、酸切断可能連結基を含み得る。酸切断可能連結基は、酸性条件下で切断される連結基である。好ましい実施形態において、酸切断可能連結基は、約6.5以下(例えば、6.0、5.75、5.5、5.25、5.0、又はそれより低い)pHを有する酸性環境において、又は一般的な酸として作用し得る酵素等の薬剤によって、切断する。細胞において、特定の低pHのオルガネラ(例えば、エンドソーム及びリソソーム)は、酸切断可能連結基のための切断環境を提供し得る。酸切断可能連結基の例としては、限定されないが、ヒドラゾン、エステル、及びアミノ酸のエステルが挙げられる。酸切断可能連結基は、一般式-C=NN--、C(O)O、又は--OC(O)を有し得る。好ましい実施形態は、エステルの酸素(アルコキシ基)に接続した炭素が、アリール基、置換アルキル基、ジメチルペンチル若しくはt-ブチル等の三級アルキル基である場合である。これらの候補は、上述のものに類似した方法を使用して評価することができる。
d.エステル系連結基
切断可能リンカーは、エステル系切断可能連結基を含み得る。エステル系切断可能連結基は、細胞においてエステラーゼ及びアミダーゼ等の酵素によって切断される。エステル系切断可能連結基の例としては、限定されないが、アルキレン、アルケニレン及びアルキニレン基のエステルが挙げられる。エステル切断可能連結基は、一般式--C(O)O--、又は--OC(O)--を有する。これらの候補は、上述のものに類似した方法を使用して評価することができる。
e.ペプチド系切断基
切断可能リンカーは、ペプチド系切断可能連結基を更に含み得る。ペプチド系切断可能連結基は、細胞においてペプチダーゼ及びプロテアーゼ等の酵素によって切断される。ペプチド系切断可能連結基は、アミノ酸間で形成されるペプチド結合であり、オリゴペプチド(例えば、ジペプチド、トリペプチド等)、及びポリペプチドが得られる。ペプチド系切断可能基は、アミド基(--C(O)NH--)を含まない。アミド基は、任意のアルキレン、アルケニレン、又はアルキネレン(alkynelene)の間に形成され得る。ペプチド結合は、アミノ酸の間に形成される特定の型のアミド結合であり、ペプチド及びタンパク質が得られる。ペプチド系切断可能基は、一般に、ペプチド及びタンパク質が得られる、アミノ酸の間に形成されるペプチド結合(すなわち、アミド結合)に限定され、完全なアミド官能基を含まない。ペプチド系切断可能連結基は、一般式--NHCHRAC(O)NHCHRBC(O)--を有し、式中、RA及びRBは、2つの隣接するアミノ酸のR基である。これらの候補は、上述のものに類似した方法を使用して評価することができる。
本開示のオリゴヌクレオチドは、リンカーを介して炭水化物にコンジュゲート化され得る。リンカーは、二価及び三価の分枝鎖リンカー基を含む。本開示の組成物及び方法のリンカーとの例示的なオリゴヌクレオチド炭水化物コンジュゲートは、限定されないが、PCT公開第WO2018/195165号の式24~35に記載されるものが挙げられる。
オリゴヌクレオチドコンジュゲートの調製を教示する代表的な米国特許としては、限定されないが、米国特許4,828,979号、第4,948,882号、第5,218,105号、第5,525,465号、第5,541,313号、第5,545,730号、第5,552,538号、第5,578,717号、第5,580,731号、第5,591,584号、第5,109,124号、第5,118,802号、第5,138,045号、第5,414,077号、第5,486,603号、第5,512,439号、第5,578,718号、第5,608,046号、第4,587,044号、第4,605,735号、第4,667,025号、第4,762,779号、第4,789,737号、第4,824,941号、第4,835,263号、第4,876,335号、第4,904,582号、第4,958,013号、第5,082,830号、第5,112,963号、第5,214,136号、第5,082,830号、第5,112,963号、第5,214,136号、第5,245,022号、第5,254,469号、第5,258,506号、第5,262,536号、第5,272,250号、第5,292,873号、第5,317,098号、第5,371,241号、第5,391,723号、第5,416,203号、第5,451,463号、第5,510,475号、第5,512,667号、第5,514,785号、第5,565,552号、第5,567,810号、第5,574,142号、第5,585,481号、第5,587,371号、第5,595,726号、第5,597,696号、第5,599,923号、第5,599,928号及び第5,688,941号、第6,294,664号、第6,320,017号、第6,576,752号、第6,783,931号、第6,900,297号、第7,037,646号、第8,106,022号が挙げられ、その各々の内容全体は、参照により本明細書に組み込まれる。
特定の場合において、オリゴヌクレオチドのヌクレオチドは、非リガンド基によって修飾され得る。いくつかの非リガンド分子は、オリゴヌクレオチドの活性、細胞分布、又は細胞取り込みを増強するために、オリゴヌクレオチドにコンジュゲート化されており、かかるコンジュゲート化を行うための手順は、科学文献で入手可能である。かかる非リガンド部分には、脂質部分、例えば、コレステロール(Kubo,T.et al.,Biochem.Biophys.Res.Comm,2007,365(1):54-61、Letsinger et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1989,86:6553)、コール酸(Manoharan et al.,Bioorg.Med.Chem.Lett.,1994,4:1053)、チオエーテル、例えば、ヘキシル-S-トリチルチオール(Manoharan et al.,Ann.N.Y.Acad.Sci.,1992,660:306、Manoharan et al.,Bioorg.Med.Chem.Let.,1993,3:2765)、チオコレステロール(Oberhauser et al.,Nucl.Acids Res.,1992,20:533)、脂肪族鎖、例えば、ドデカンジオール又はウンデシル残基(Saison-Behmoaras et al.,EMBO J.,1991,10:111、Kabanov et al.,FEBS Lett.,1990,259:327、Svinarchuk et al.,Biochimie,1993,75:49)、リン脂質、例えば、ジ-ヘキサデシル-rac-グリセロール又はトリエチルアンモニウム 1,2-ジ-O-ヘキサデシル-rac-グリセロ-3-H-ホスホネート(Manoharan et al.,Tetrahedron Lett.,1995,36:3651、Shea et al.,Nucl.Acids Res.,1990,18:3777)、ポリアミン又はポリエチレングルコール鎖(Manoharan et al.,Nucleosides&Nucleotides,1995,14:969)、又はアダマンタン酢酸(Manoharan et al.,Tetrahedron Lett.,1995,36:3651)、パルミチル部分(Mishra et al.,Biochim.Biophys.Acta,1995,1264:229)、又はオクタデシルアミン又はヘキシルアミノ-カルボニル-オキシコレステロール部分(Crooke et al.,J.Pharmacol.Exp.Ther.,1996,277:923)が含まれる。かかるオリゴヌクレオチドコンジュゲートの調製を教示する代表的な米国特許は、上に列挙されている。典型的なコンジュゲート化プロトコルは、配列の1つ以上の位置にアミノリンカーを有するオリゴヌクレオチドの合成を伴う。次いで、アミノ基を、適切なカップリング試薬又は活性化試薬を使用してコンジュゲート化される分子と反応させる。コンジュゲート化反応は、液相において、固体支持体にまだ結合しているオリゴヌクレオチドを用いて、又はオリゴヌクレオチドの切断後のいずれかで行うことができる。HPLCによるオリゴヌクレオチドコンジュゲートの精製は、典型的に、純粋なコンジュゲートを与える。
核酸ベクター
本明細書に開示される核酸剤の有効細胞内濃度は、その核酸剤をコードするポリヌクレオチドの安定な発現によって(例えば、哺乳動物細胞の核又はミトコンドリアゲノムへのインテグレーションによって)達成することができる。核酸は、Grik2 mRNAを標的化する阻害性RNA(例えば、本明細書に開示されるASO剤)である。かかる外因性核酸を哺乳動物細胞に導入するために、その薬剤のためのポリヌクレオチド配列は、ベクターに組み込まれ得る。ベクターを、形質転換、トランスフェクション、直接的な取り込み、プロジェクタイルボンバードメント、及びリポソーム中のベクターの封入を含む様々な方法によって、細胞へと導入することができる。細胞をトランスフェクト又は形質転換する適切な方法の例は、リン酸カルシウム沈殿、エレクトロポレーション、マイクロインジェクション、感染、リポフェクション、及び直接的な取り込みである。かかる方法は、例えば、Green et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual,Fourth Edition(Cold Spring Harbor University Press,New York(2014))、及びAusubel et al.,Current Protocols in Molecular Biology(John Wiley&Sons,New York(2015))により詳細に記載され、その各々の開示は、参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書に開示される薬剤はまた、かかる薬剤をコードするポリヌクレオチドを含有するベクターを、細胞膜のリン脂質に対して標的化することによって、哺乳動物細胞に導入することができる。例えば、ベクターは、ベクター分子を、全ての細胞膜リン脂質に対して親和性を有するウイルスタンパク質であるVSV-Gタンパク質に連結することによって、細胞膜の細胞外表面上のリン脂質に対して標的化することができる。このように、構築物は、当該技術分野の従来の通常の方法を使用して産生することができる。
高速の転写及び翻訳を達成することに加えて、哺乳動物細胞における外因性ポリヌクレオチドの安定な発現は、哺乳動物細胞の核ゲノムへの遺伝子を含有するポリヌクレオチドのインテグレーションによって達成することができる。哺乳動物細胞の核DNAへの外因性タンパク質をコードするポリヌクレオチドの送達及びインテグレーションのための様々なベクターが、開発されてきた。発現ベクターの例は、例えば、WO1994/011026に開示され、参照により本明細書に組み込まれる。本明細書に記載の組成物及び方法に使用するための発現ベクターは、Grik2標的化ASO剤をコードするポリヌクレオチド配列、及び例えば、これらの薬剤の発現及び/又は哺乳動物細胞のゲノムへのこれらのポリヌクレオチドのインテグレーションのために使用される追加の配列要素を含有する。使用することができる特定のベクターとしては、遺伝子転写を指令する調節配列(例えば、プロモーター及びエンハンサー領域)を含有するプラスミドが挙げられる。他の有用なベクターは、これらの遺伝子の翻訳速度を増強させるか、又は遺伝子転写から得られるmRNAの安定性又は核外排出を改善するポリヌクレオチド配列を含有する。これらの配列要素としては、例えば、5’及び3’UTR領域、IRES、及び発現ベクター上に保有される遺伝子の効率的な転写を指令するためのポリアデニル化シグナル部位が挙げられる。本明細書に記載の組成物及び方法とともに使用するのに適した発現ベクターはまた、かかるベクターを含有する細胞の選択のためのマーカーをコードするポリヌクレオチドを含有し得る。適切なマーカーの例は、抗生物質、例えば、アンピシリン、クロラムフェニコール、カナマイシン、ノーセオトリシンに対する抵抗性をコードする遺伝子である。
調節配列
本明細書に開示されるASO剤は、治療利益を誘発するのに十分に高いレベルで発現することが必要な場合がある。したがって、ポリヌクレオチド発現は、開示されるASO剤の強固な発現を駆動することができるプロモーター配列によって媒介され得る。本明細書に開示される方法及び組成物によれば、プロモーターは、異種プロモーターであり得る。「異種プロモーター」という用語は、本明細書で使用される場合、天然で所与のコード配列に作動可能に連結することが見出されていないプロモーターを指す。有用な異種制御配列は、一般に、哺乳動物又はウイルス遺伝子をコードする配列に由来するものを含む。
本開示の目的のために、異種プロモーター及び他の制御要素(例えば、CNS特異的誘導性プロモーター、エンハンサー等)は両方とも、特定の用途のものである。プロモーターは、その全体で、ネイティブ遺伝子(例えば、Grik2遺伝子)に由来していてもよく、又は異なる天然に存在するプロモーターに由来する異なる要素で構成されていてもよい。代替的に、プロモーターは、合成ポリヌクレオチド配列を含み得る。異なるプロモーターは、異なる組織若しくは細胞型において、又は異なる発達段階で、又は異なる環境条件に応答して、又は薬物若しくは転写補因子の存在若しくは非存在に応答して、遺伝子の発現を指令し得る。ユビキタスプロモーター、細胞型特異的プロモーター、組織特異的プロモーター、発達段階特異的プロモーター、及び条件付きプロモーター、例えば、薬物応答性プロモーター(例えば、テトラサイクリン応答性プロモーター)は、当該技術分野でよく知られている。
哺乳動物系において、以下の3種類のプロモーターが存在し、発現ベクターの構築のための候補である。(i)大きなリボソームRNAの転写を制御するPol Iプロモーター、(ii)mRNA(タンパク質へと翻訳される)、核内低分子RNA(snRNA)、及び内因性マイクロRNA(例えば、プレmRNAのイントロンから)の転写を制御するPol IIプロモーター、(iii)並びに低分子非コードRNAを固有に転写するPol IIIプロモーター。各々は、インビボでのRNAの発現のための構築物を設計する場合に考慮すべき利点及び制約を有する。例えば、Pol IIIプロモーターは、インビボでDNAテンプレートからASO剤(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA、又はshmiRNA)を合成するのに有用である。組織特異的発現に対するより大きな制御のために、Pol IIプロモーターが好ましいが、miRNAの転写にのみ使用することができる。しかしながら、Pol IIプロモーターが使用される場合、RNAが、siRNA、shRNA又はmiRNAとして機能し、インビボでペプチドへと翻訳されないように、翻訳開始シグナルを省くことが好ましい場合がある。
本明細書に記載の組成物及び方法とともに使用するのに適したポリヌクレオチドはまた、哺乳動物調節配列、例えば、プロモーター配列、及び任意選択的にエンハンサー配列の制御下で、Grik2 mRNAを標的化するASO剤をコードするものが挙げられる。哺乳動物細胞において、開示されるASO剤の発現に有用である例示的なプロモーターとしては、ユビキタスプロモーター、例えば、H1プロモーター、7SKプロモーター、アポリポタンパク質E-ヒトアルファ1-アンチトリプシンプロモーター、CK8プロモーター、マウスU1プロモーター(mU1a)、伸長因子1αプロモーター(EF-1α)プロモーター、チロキシン結合グロブリン(TBG)プロモーター、ホスホグリセリン酸キナーゼ(PKG)プロモーター、CAG((CMV)サイトメガロウイルスエンハンサー、ニワトリベータアクチンプロモーター(CBA)及びウサギベータグロビンイントロンのコンポジット)、SV40初期プロモーター、マウス乳房腫瘍ウイルスLTRプロモーター、アデノウイルスメジャー後期プロモーター(Ad MLP)、ヘルペス単純ウイルス(HSV)プロモーター、CMVプロモーター、例えば、CMV最初期プロモーター領域(CMV-IE)、ラウス肉腫ウイルス(RSV)プロモーター、及びU6プロモーター、又はそれらのバリアントが挙げられる。本明細書に開示される阻害性RNA配列の細胞型特異的発現を駆動する目的のために、細胞型特異的プロモーターを使用し得る。例えば、Grik2 ASO剤のニューロン特異的発現は、ニューロン特異的プロモーター、例えば、ヒトシナプシン1(hSyn)プロモーター、ヘキサリボヌクレオチド結合タンパク質-3(NeuN)プロモーター、Ca2+/カルモジュリン依存性タンパク質キナーゼII(CaMKII)プロモーター、チューブリンI(Tα-1)プロモーター、ニューロン特異的エノラーゼ(NSE)プロモーター、血小板由来成長因子ベータ鎖(PDGFβ)プロモーター、小胞グルタミン酸トランスポーター(VGLUT)プロモーター、ソマトスタチン(SST)プロモーター、神経ペプチドY(NPY)プロモーター、血管作動性腸管ペプチド(VIP)プロモーター、パルブアルブミン(PV)プロモーター、グルタミン酸デカルボキシラーゼ(GAD65若しくはGAD67)プロモーター、ドーパミン-1受容体(DRD1)及びドーパミン-2受容体(DRD2)のプロモーター、微小管関連タンパク質1B(MAP1B)、補体コンポーネント1qサブコンポーネント様2(C1ql2)プロモーター、プロオピオメラノコルチン(POMC)プロモーター、及びプロスペロホメオボックスタンパク質1(PROX1)プロモーターを使用して与えられ得る。hSyn及びCaMKIIプロモーターのバリアントは、Hioki et al.Gene Therapy14:872-82(2007)、及びSauerwald et al.J.Biol.Chem.265(25):14932-7(1990)に以前に記載されており、その開示は、特定のhSyn及びCaMKIIプロモーター配列に関する場合に本明細書に参照により組み込まれる。海馬のDG細胞においてポリヌクレオチド発現特異性を駆動するのに適したプロモーターとしては、C1ql2、POMC、及びPROX1プロモーターが挙げられる。
特定の例において、本開示の発現ベクターは、SYNプロモーター(例えば、ヒトSYNプロモーター(hSyn)、例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ、又は配列番号682~682及び790のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)を含む。別の例において、本開示の発現ベクターは、CAMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ、又は配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)を含む。なお別の例において、本開示の発現ベクターは、C1QL2プロモーター(例えば、配列番号719若しくは配列番号791、又は配列番号719若しくは配列番号791の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)を含む。
合成プロモーター、ハイブリッドプロモーター等はまた、本明細書に開示される方法及び組成物と組み合わせて使用され得る。これに加えて、非ウイルス遺伝子、例えば、マウスメタロチオネイン遺伝子に由来する配列も、本明細書での用途が見出される。係るプロモーター配列は、例えば、Stratagene(San Diego,CA)から市販されている。発現ベクター(例えば、プラスミド又はウイルスベクター、例えば、AAV又はレンチウイルスベクター)とともに使用するのに適した例示的なプロモーター配列は、以下の表5及び表6に提供される。
特定の例において、本開示のウイルスベクター(例えば、AAVベクター)は、ニューロン特異的プロモーター配列を組み込む。特定の例において、ニューロン特異的プロモーターは、ヒトSynプロモーター、例えば、配列番号682~685及び配列番号790のうちのいずれか1つの核酸配列を有するヒトSynプロモーター、又は配列番号682~685及び配列番号790のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
別の例において、ニューロン特異的プロモーターは、NeuNプロモーター配列、例えば、配列番号686のNeuNプロモーター配列、又は配列番号686の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
別の例において、ニューロン特異的プロモーターは、CaMKIIプロモーター配列、例えば、配列番号687~691及び配列番号802のうちのいずれか1つのCaMKIIプロモーター配列、又は配列番号687~691及び配列番号802のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
追加のCaMKIIプロモーターは、Wang et al.(Mol.Biol.Rep.35(1):37-44,2007)に記載されるヒトアルファCaMKIIプロモーター配列を含んでいてもよく、その開示は、CaMKIIプロモーター配列に関連する場合にその全体が本明細書に組み込まれる。
別の例において、ニューロン特異的プロモーターは、NSEプロモーター配列、例えば、配列番号692又は配列番号693のNSEプロモーター配列、又は配列番号692又は配列番号693の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
別の例において、ニューロン特異的プロモーターは、PDGFβプロモーター配列、例えば、配列番号694~696のPDGFβプロモーター配列、又は配列番号694~696の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
別の例において、ニューロン特異的プロモーターは、VGluTプロモーター配列、例えば、配列番号697~701のVGluTプロモーター配列、又は配列番号708~712の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
別の例において、ニューロン特異的プロモーターは、SSTプロモーター配列、例えば、配列番号702若しくは配列番号703のSSTプロモーター配列、又は配列番号702若しくは配列番号703の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
別の例において、ニューロン特異的プロモーターは、NPYプロモーター配列、例えば、配列番号704のNPYプロモーター配列、又は配列番号704の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
別の例において、ニューロン特異的プロモーターは、VIPプロモーター配列、例えば、配列番号705若しくは配列番号706のVIPプロモーター配列、又は配列番号705若しくは配列番号706の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
別の例において、ニューロン特異的プロモーターは、PVプロモーター配列、例えば、配列番号707~709のPVプロモーター配列、又は配列番号718~720の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
別の例において、ニューロン特異的プロモーターは、GAD65プロモーター配列、例えば、配列番号710~713のGAD65プロモーター配列、又は配列番号710~713の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
別の例において、ニューロン特異的プロモーターは、GAD67プロモーター配列、例えば、配列番号714若しくは配列番号715のGAD67プロモーター配列、又は配列番号714若しくは配列番号715の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
別の例において、ニューロン特異的プロモーターは、DRD1プロモーター配列、例えば、配列番号716のDRD1プロモーター配列、又は配列番号716の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
別の例において、ニューロン特異的プロモーターは、DRD2プロモーター配列、例えば、配列番号717若しくは配列番号718のDRD2プロモーター配列、又は配列番号717若しくは配列番号718の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
別の例において、ニューロン特異的プロモーターは、C1ql2プロモーター配列、例えば、配列番号719のC1ql2プロモーター配列、又は配列番号719若しくは配列番号791の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
別の例において、ニューロン特異的プロモーターは、POMCプロモーター配列、例えば、配列番号720のPOMCプロモーター配列、又は配列番号720の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
別の例において、ニューロン特異的プロモーターは、PROX1プロモーター配列、例えば、配列番号721若しくは配列番号722のPROX1プロモーター配列、又は配列番号737若しくは738の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
なお別の例において、ニューロン特異的プロモーターは、MAP1Bプロモーター配列、例えば、配列番号723~725のMAP1Bプロモーター配列、又は配列番号723~725の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
なお別の例において、ニューロン特異的プロモーターは、Tα-1プロモーター配列、例えば、配列番号726若しくは配列番号727のTα-1プロモーター配列、又は配列番号726若しくは配列番号727の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
別の例において、本開示のウイルスベクター(例えば、AAVベクター)は、本開示のアンチセンス構築物を発現することができるユビキタスプロモーター配列を組み込む。一例において、ユビキタスプロモーターは、RNA Pol II又はRNA Pol IIIプロモーターである。例示的なPol II及びPol IIIプロモーターは、Preece et al.Gene Ther.27:451-8(2020)、及びJawdekar et al.Biochim.Biophys.Acta 1779(5):295-305(2008)に記載されており、その開示は、RNA Pol II及びRNA Pol IIIプロモーターに関連する場合に本明細書に参照により組み込まれる。例えば、本開示のベクターに含まれるのに適したRNA Pol IIIプロモーターは、U6核内低分子1プロモーター、例えば、配列番号728~733若しくは772のうちのいずれか1つの核酸配列を有するU6核内低分子1プロモーター、又は配列番号728~733若しくは772のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも770%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
別の例において、RNA Pol IIIプロモーターは、H1プロモーター、例えば、配列番号734の核酸配列を有するH1プロモーター、又は配列番号734の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも770%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
別の例において、RNA Pol IIIプロモーターは、7SKプロモーター、例えば、配列番号735の核酸配列を有する7SKプロモーター、又は配列番号735の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも770%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
別の例において、ユビキタスプロモーターは、アポリポタンパク質E(ApoE)-ヒトアルファ1-アンチトリプシン(hAAT、ApoE-hAAT)プロモーター、例えば、配列番号736の核酸配列を有するApoE-hAATプロモーター、又は配列番号736の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも770%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
別の例において、ユビキタスプロモーターは、サイトメガロウイルス(CMV)初期エンハンサー要素、ニワトリベータ-アクチン遺伝子のプロモーター、第1のエクソン、及び第1のイントロン、並びにウサギベータ-グロビン遺伝子のスプライスアクセプター、例えば、配列番号737の核酸配列を有するCAGプロモーター、又は配列番号737の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも770%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントを含む、CAGプロモーターである。
別の例において、ユビキタスプロモーターは、ニワトリベータアクチン(CBA)プロモーター、例えば、配列番号738の核酸配列を有するCBAプロモーター、又は配列番号738の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも770%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
別の例において、ユビキタスプロモーターは、筋肉クレアチンキナーゼプロモーターのバリアント(CK8プロモーター)、例えば、配列番号739の核酸配列を有するCK8プロモーター、又は配列番号739の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも770%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
別の例において、ユビキタスプロモーターは、マウスU1核内低分子RNA(mU1a)プロモーター、例えば、配列番号740の核酸配列を有するmU1aプロモーター、又は配列番号740の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも770%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
別の例において、ユビキタスプロモーターは、伸長因子1アルファプロモーター(EF-1α)プロモーター、例えば、配列番号741の核酸配列を有するEF-1αプロモーター、又は配列番号741の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも770%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
別の例において、ユビキタスプロモーターは、チロキシン結合グロブリン(TBG)プロモーター、例えば、配列番号742の核酸配列を有するTBGプロモーター、又は配列番号742の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも770%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
開示されるASO剤をコードするポリヌクレオチドが、哺乳動物細胞の核DNAに組み込まれたら、このポリヌクレオチドの転写は、当該技術分野で知られている方法によって誘導され得る。例えば、発現は、哺乳動物細胞に、外部の化学試薬、例えば、哺乳動物プロモーターに対する転写因子及び/又はRNAポリメラーゼの結合を調整することによって遺伝子発現を調節する薬剤に曝露することによって誘導することができる。化学試薬は、例えば、プロモーターに結合しているレプレッサータンパク質を除去することによって、哺乳動物プロモーターに対するRNAポリメラーゼ及び/又は転写因子の結合を容易にするように機能し得る。代替的に、化学試薬は、プロモーターの下流に位置する遺伝子の転写速度が化学試薬の存在下で増加するように、RNAポリメラーゼ及び/又は転写因子に対する哺乳動物プロモーターの親和性を増強させるように機能し得る。上述の機構によるポリヌクレオチド転写を強化する化学試薬の例は、テトラサイクリン及びドキシサイクリンである。これらの試薬は、市販されており(Life Technologies、Carlsbad,CA)、確立されたプロトコルに従って遺伝子発現を促進するために、哺乳動物細胞に投与され得る。
本明細書に記載の組成物及び方法に使用するためのポリヌクレオチドに含まれ得る他のDNA配列要素は、エンハンサー配列である。エンハンサーは、DNAが、転写開始位置での転写因子及びRNAポリメラーゼの結合にとって好ましい三次元配向に適応するように、目的の遺伝子を含有するポリヌクレオチドにおける構成の変化を誘導する、別の種類の調節要素を表す。したがって、本明細書に記載の組成物及び方法に使用するためのポリヌクレオチドは、Grik2標的化ASO剤をコードするものを含み、それに加えて、哺乳動物エンハンサー配列を含む。現在、多くのエンハンサー配列が、哺乳動物遺伝子から既知であり、例は、哺乳動物グロビンエラスターゼ、アルブミン、α-フェトプロテイン、及びインスリンをコードする遺伝子からのエンハンサーである。本明細書に記載の組成物及び方法に使用するためのエンハンサーはまた、真核細胞を感染させることができるウイルスの遺伝材料に由来するものを含む。例は、複製起点(bp100~270)の後期側でのSV40エンハンサー、サイトメガロウイルス初期プロモーターエンハンサー、複製起点の後期側でのポリオーマエンハンサー、及びアデノウイルスエンハンサーである。真核生物遺伝子転写の活性化を誘導する追加のエンハンサー配列は、Yaniv et al.,Nature 297:17(1982)に記載されている。エンハンサーは、例えば、この遺伝子の5’位置又は3’位置に、本開示のアンチセンス構築物をコードするポリヌクレオチドを含有するベクターへとスプライシングされ得る。特定の配向において、エンハンサーは、プロモーターの5’側に配置され、次いで、本開示のASO剤をコードするポリヌクレオチドに対して5’に位置する。エンハンサー配列の非限定的な例は、以下の表7に提供される。
本明細書に記載の組成物及び方法に使用するためのポリヌクレオチドに含まれ得る追加の調節要素は、イントロン配列である。イントロン配列は、RNAスプライシング中に除去され、成熟mRNA産物を産生する、プレmRNA中に見出される非タンパク質コードRNA配列である。イントロン配列は、他の非コードRNA分子を産生するように更にプロセシングされ得るという点で、遺伝子発現の調節にとって重要である。選択的スプライシング、ナンセンス媒介性分解、及びmRNA核外排出は、イントロン配列によって調節されることが示されている生体プロセスである。イントロン配列はまた、イントロン媒介性の増強によって、導入遺伝子の発現を容易にし得る。イントロン配列の非限定的な例は、以下の表7に提供される。
本開示のベクターと組み合わせて使用可能な更なる調節要素としては、末端逆位反復(ITR)配列が挙げられる。ITR配列は、例えば、5’末端及び3’末端のAAVゲノム中に見出され、各々は、典型的には、約145塩基対を含有する。AAV ITR配列は、AAVベクターが細胞に組み込まれると相補的な鎖合成を容易にすることによって、AAVゲノム多重化にとって特に重要である。更に、ITRは、宿主細胞のゲノムへのAAVゲノムのインテグレーション及びAAVゲノムのカプシド形成にとって重要であることが示されている。ITR配列の非限定的な例は、以下の表7に提供される。
本開示のベクターに組み込むのに適した追加の調節要素としては、ポリアデニル化配列(すなわち、ポリA配列)が挙げられる。ポリA配列は、アデニン塩基の伸長部を含有するRNAテールである。これらの配列は、RNA分子の3’末端に付着し、成熟mRNA転写産物を産生する。いくつかの生体プロセスは、mRNAプロセシングに関連しており、輸送は、核外搬出、翻訳、及び安定性を含め、ポリA配列によって調整される。哺乳動物細胞において、ポリAテールを短縮化すると、mRNA分解の尤度が増加する。ポリA配列の非限定的な例は、以下の表7に提供される。
他の例において、本開示のウイルスベクター(例えば、AAVベクター)は、本開示のアンチセンス構築物の発現を容易にすることができる1つ以上の調節配列要素を組み込む。一例において、調節配列要素は、イントロン配列である。例えば、本開示のベクターに含まれるのに適したイントロン配列は、キメライントロン、例えば、配列番号743の核酸配列を有するキメライントロン、又は配列番号743の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
別の例において、イントロン配列は、免疫グロブリン重鎖可変4(VH4)イントロン、例えば、配列番号744の核酸配列を有するVH4配列、又は配列番号744の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
別の例において、調節配列要素は、エンハンサー配列である。例えば、エンハンサー配列は、CMVエンハンサー、例えば、配列番号745の核酸配列を有するCMVエンハンサー、又は配列番号745の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
別の例において、調節配列要素は、ITR配列、例えば、AAV ITR配列である。例えば、ITR配列は、AAV 5’ITR配列、例えば、配列番号746若しくは配列番号747の核酸配列を有するAAV 5’ITR配列、又は配列番号746若しくは配列番号747の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る。
別の例において、ITR配列は、AAV 3’ITR配列、例えば、配列番号748若しくは配列番号749の核酸配列を有するAAV 3’ITR配列、又は配列番号748若しくは配列番号749の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
別の例において、調節配列要素は、ポリアデニル化シグナル(すなわち、ポリAテール)である。例えば、本明細書に開示されるベクターとともに使用するのに適したポリアデニル化シグナルとしては、ウサギβ-グロビン(RBG)ポリアデニル化シグナル、例えば、配列番号750、配列番号751、若しくは配列番号792の核酸配列を有するRBGポリアデニル化シグナル、又は配列番号750、配列番号751、又は配列番号792の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも71%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントが挙げられる。開示される組成物及び方法と組み合わせて使用することができる別のポリアデニル化シグナルは、ウシ成長ホルモン(BGH)ポリアデニル化シグナル、例えば、配列番号793のBGHポリアデニル化シグナル、又は配列番号793の核酸配列に対して少なくとも70%(例えば、少なくとも71%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%以上)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
ウイルスベクター
ウイルスゲノムは、哺乳動物細胞への外因性ポリヌクレオチドの効率的な送達のために使用することができる豊富なベクター源を提供する。このようなゲノム内に含有されるポリヌクレオチドが、典型的には、汎用又は特定の形質導入によって哺乳動物細胞の核ゲノムへと組み込まれるため、ウイルスゲノムは、遺伝子送達のために特に有用なベクターである。これらのプロセスは、天然のウイルス複製サイクルの一部として起こり、遺伝子インテグレーションを誘導するために、タンパク質又は試薬を追加する必要はない。ウイルスベクターの例は、パルボウイルス(例えば、アデノ随伴ウイルス(AAV))、レトロウイルス(例えば、Retroviridaeファミリーウイルスベクター)、アデノウイルス(例えば、Ad5、Ad26、Ad34、Ad35、及びAd48)、コロナウイルス、マイナス鎖RNAウイルス、例えば、オルトミクソウイルス(例えば、インフルエンザウイルス)、ラブドウイルス(例えば、狂犬病及び水疱性口内炎ウイルス)、パラミクソウイルス(例えば、麻疹及びセンダイ)、プラス鎖RNAウイルス、例えば、ピコルナウイルス及びアルファウイルス、及びアデノウイルスを含む二本鎖DNAウイルス、ヘルペスウイルス(例えば、ヘルペス単純ウイルス1型及び2型、エプスタインバーウイルス、サイトメガロウイルス)、並びにポックスウイルス(例えば、ワクシニア、改変ワクシニアアンカラ(MVA)、鶏痘及びカナリアポックス)である。他のウイルスとしては、例えば、ノーウォークウイルス、トガウイルス、フラビウイルス、レオウイルス、パポバウイルス、ヘパドナウイルス、ヒトパピローマウイルス、ヒトフォーミーウイルス、及び肝炎ウイルスが挙げられる。レトロウイルスの例は、トリ白血病肉腫、トリC型ウイルス、哺乳動物C型、B型ウイルス、D型ウイルス、オンコレトロウイルス、HTLV-BLV群、レンチウイルス、アルファレトロウイルス、ガンマレトロウイルス、スピューマウイルスである(Coffin,J.M.,Retroviridae:The viruses and their replication,Virology,Third Edition(Lippincott-Raven,Philadelphia,(1996)))。他の例は、マウス白血病ウイルス、マウス肉腫ウイルス、マウス乳房腫瘍ウイルス、ウシ白血病ウイルス、ネコ白血病ウイルス、ネコ肉腫ウイルス、トリ白血病ウイルス、ヒトT細胞白血病ウイルス、ヒヒ内在性ウイルス、テナガザル白血病ウイルス、Mason Pfizerサルウイルス、サル免疫不全ウイルス、サル肉腫ウイルス、ラウス肉腫ウイルス、及びレンチウイルスである。他のベクターの例は、例えば、McVey et al.(米国特許第5,801,030号)に記載され、その教示は、参照により本明細書に組み込まれる。
AAVベクター
本明細書に記載の組成物の核酸は、例えば、本明細書に開示される方法と組み合わせて、細胞への導入を容易にするために、AAVベクター及び/又はAAVビリオンに組み込まれ得る。AAVベクターは、中枢神経系で使用することができ、適切なプロモーター及び血清型は、例えば、Pignataro et al.,J Neural Transm125(3):575-89(2017)に考察されており、その開示は、CNS遺伝子療法において有用なプロモーター及びAAV血清型に関する場合に参照により本明細書に組み込まれる。本明細書に記載の組成物及び方法に有用なrAAVベクターは、(1)発現される異種配列(例えば、Grik2 mRNA標的化ASO剤をコードするポリヌクレオチド)及び(2)異種遺伝子のインテグレーション及び発現を容易にするウイルス配列を含む、組換え核酸構築物である。ウイルス配列は、ビリオンへのDNAの複製及びパッケージングのためにシスで必要とされるAAVのこれらの配列(例えば、機能的ITR)を含み得る。かかるrAAVベクターはまた、マーカー又はレポーター遺伝子を含有し得る。有用なrAAVベクターは、全体的に、又は一部分が欠失しているが、機能的隣接ITR配列を保持するAAV WT遺伝子のうちの1つ以上を有する。AAV ITRは、特定の用途に適した任意の血清型のものであり得る。rAAVベクターを使用するための方法は、例えば、Tai et al.,J.Biomed. Sci.7:279(2000)、及びMonahan and Samulski,Gene Delivery 7:24(2000)に記載されており、その各々の開示は、遺伝子送達のためのAAVベクターに関する場合に参照により本明細書に組み込まれる。
本開示のASO剤(例えば、本明細書に記載されるsiRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA、又はshmiRNA)を組み込むためのベクターとして使用することができるAAVの例としては、例えば、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV13、AAV14、AAV15、AAV16、AAV.rh8、AAV.rh10、AAV.rh20、AAV.rh39、AAV.Rh74、AAV.RHM4-1、AAV.hu37、AAV.Anc80、AAV.Anc80L65、AAV.7m8、AAV.PHP.B、AAV.PHP.EB、AAV2.5、AAV2tYF、AAV3B、AAV.LK03、AAV.HSC1、AAV.HSC2、AAV.HSC3、AAV.HSC4、AAV.HSC5、AAV.HSC6、AAV.HSC7、AAV.HSC8、AAV.HSC9、AAV.HSC10、AAV.HSC11、AAV.HSC12、AAV.HSC13、AAV.HSC14、AAV.HSC15、AAV-TT、AAV-DJ8、及びAAV.HSC16が挙げられる。
本明細書に記載の核酸及びベクターは、細胞への核酸又はベクターの導入を容易にするために、rAAVビリオンに組み込まれ得る。AAVのカプシドタンパク質は、ビリオンの外側の非核酸部分を構成し、AAV cap遺伝子によってコードされる。cap遺伝子は、ビリオン集合体に必要とされる3つのウイルスコートタンパク質VP1、VP2、及びVP3をコードする。rAAVビリオンの構築は、例えば、US5,173,414、US5,139,941、US5,863,541、US5,869,305、US6,057,152、及びUS 6,376,237、並びにRabinowitz et al.,J.Virol.76:791(2002)、及びBowles et al.,J.Virol.77:423(2003)に記載されており、その各々の開示は、遺伝子送達のためのAAVベクターに関する場合に参照により本明細書に組み込まれる。
本明細書に記載の組成物及び方法と組み合わせて有用なrAAVビリオンとしては、AAV 1、2、3、4、5、6、7、8、9、10及びrh74を含む種々のAAV血清型に由来するものが挙げられる。中枢神経系中に位置し、又は中枢神経系に送達される細胞を標的化するために、AAV2、AAV9、及びAAV10は、特に有用であり得る。異なる血清型のAAVベクター及びAAVタンパク質の構築及び使用は、例えば、Chao et al.,Mol.Ther.2:619(2000)、Davidson et al.,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 97:3428(2000)、Xiao et al.,J.Virol.72:2224(1998)、Halbert et al.,J.Virol. 74:1524(2000)、Halbert et al.,J.Virol.75:6615(2001)、及びAuricchio et al.,Hum.Molec.Genet.10:3075(2001)に記載されており、その各々の開示は、遺伝子送達のためのAAVベクターに関する場合に参照により本明細書に組み込まれる。
シュードタイプrAAVベクターも、本明細書に記載の組成物及び方法と組み合わせて有用である。シュードタイプベクターとしては、所与の血清型(AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV13、AAV14、AAV15、AAV16、AAV.rh8、AAV.rh10、AAV.rh20、AAV.rh39、AAV.Rh74、AAV.RHM4-1、AAV.hu37、AAV.Anc80、AAV.Anc80L65、AAV.7m8、AAV.PHP.B、AAV.PHP.EB、AAV2.5、AAV2tYF、AAV3B、AAV.LK03、AAV.HSC1、AAV.HSC2、AAV.HSC3、AAV.HSC4、AAV.HSC5、AAV.HSC6、AAV.HSC7、AAV.HSC8、AAV.HSC9、AAV.HSC10、AAV.HSC11、AAV.HSC12、AAV.HSC13、AAV.HSC14、AAV.HSC15、AAV-TT、AAV-DJ8、又はAAV.HSC16)以外の血清型に由来するカプシド遺伝子を有する所与のシュードタイプ血清型のAAVベクターが挙げられる。例えば、AAVは、シュードタイプ組換えAAV(rAAV)ベクター、例えば、rAAV2/8又はrAAV2/9ベクターを含み得る。シュードタイプrAAVを産生し、使用するための方法は、当該技術分野で知られている(例えば、Duan et al.,J.Virol.,75:7662-7671(2001)、Halbert et al.,J.Virol.,74:1524-1532(2000)、Zolotukhin et al.,Methods 28:158-167(2002)、及びAuricchio et al.,Hum.Molec.Genet.10:3075-3081,(2001)を参照されたい。
ビリオンカプシド内に変異を有するAAVビリオンを使用して、変異していないカプシドビリオンよりも効果的に特定の細胞型を感染させ得る。例えば、適切なAAV変異体は、特定の細胞型に対してAAVを標的化するのを容易にするためのリガンド挿入変異を有し得る。挿入変異体、アラニンスクリーニング変異体、及びエピトープタグ変異体を含むAAVカプシド変異体の構築及び特徴は、Wu et al.,J.Virol.74:8635(2000)に記載される。本明細書に記載の方法に使用することができる他のrAAVビリオンとしては、ウイルスの分子育種によって、及びエクソンシャッフリングによって生成されるそれらのカプシドハイブリッドが挙げられる。例えば、Soong et al.,Nat.Genet.,25:436(2000)、及びKolman and Stemmer,Nat.Biotechnol.19:423(2001)を参照されたい。
本開示の組成物及び方法に使用されるrAAVは、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV13、AAV14、AAV15、AAV16、AAV.rh8、AAV.rh10、AAV.rh20、AAV.rh39、AAV.Rh74、AAV.RHM4-1、AAV.hu37、AAV.Anc80、AAV.Anc80L65、AAV.7m8、AAV.PHP.B、AAV.PHP.EB、AAV2.5、AAV2tYF、AAV3B、AAV.LK03、AAV.HSC1、AAV.HSC2、AAV.HSC3、AAV.HSC4、AAV.HSC5、AAV.HSC6、AAV.HSC7、AAV.HSC8、AAV.HSC9、AAV.HSC10、AAV.HSC11、AAV.HSC12、AAV.HSC13、AAV.HSC14、AAV.HSC15、AAV.HSC16、AAV-TT、AAVDJ8から選択されるAAVカプシドタンパク質からのカプシドタンパク質、又はそれらの誘導体、修飾、若しくはシュードタイプ、例えば、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV13、AAV14、AAV15、AAV16、AAV.rh8、AAV.rh10、AAV.rh20、AAV.rh39、AAV.Rh74、AAV.RHM4-1、AAV.hu37、AAV.Anc80、AAV.Anc80L65、AAV.7m8、AAV.PHP.B、AAV.PHP.EB、AAV2.5、AAV2tYF、AAV3B、AAV.LK03、AAV.HSC1、AAV.HSC2、AAV.HSC3、AAV.HSC4、AAV.HSC5、AAV.HSC6、AAV.HSC7、AAV.HSC8、AAV.HSC9、AAV.HSC10、AAV.HSC11、AAV.HSC12、AAV.HSC13、AAV.HSC14、AAV.HSC15、AAV-TT、AAV-DJ8若しくはAAV.HSC16から選択されるAAVカプシド血清型の例えばvp1、vp2及び/若しくはvp3配列に対して少なくとも80%同一であるか、又はより同一である、例えば、85%、85%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、若しくはそれより多く、すなわち最大100%同一であるカプシドタンパク質を含み得る。
AAVベクターは、本明細書に記載の方法に使用することができ、その全体が参照により組み込まれるZinn et al.,2015:1056-1068に記載されるように、Anc80又はAnc80L65ベクターであり得る。AAVベクターは、以下のアミノ酸挿入のうちの1つを含み得る。各々が、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9,193,956号、第9458517号、及び第9,587,282号、並びに米国特許出願第2016/0376323号に記載されるような、LGETTRP(‘956、‘517、‘282、若しくは‘323の配列番号14)、又はLALGETTRP(‘956、‘517、‘282、若しくは‘323の配列番号15)。代替的に、本明細書に記載の方法に使用されるAAVベクターは、その各々が、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第9,193,956号、第9,458,517号、及び第9,587,282号、並びに米国特許出願公開第2016/0376323号に記載されるような、AAV.7m8であり得る。更になお、本明細書に記載の方法に使用されるAAVベクターは、米国特許第9,585,971号に開示される任意のAAV、例えば、AAV-PHP.Bベクターであり得る。本明細書に記載の方法に使用される別のAAVベクターは、Chan et al.(Nat Neurosci.20(8):1172-1179,2017)に開示される任意のベクター、例えば、AAV.PHP.eBであってもよく、アミノ酸位置588と589との間に挿入されたペプチドと、修飾A587D/588Gを有するAAV9カプシドタンパク質を含む。更に、本明細書に記載される方法に使用されるAAVベクターは、米国特許第9,840,719号及びWO2015/013313に開示される任意のAAV、例えば、AAV.Rh74又はRHM4-1ベクターであってもよく、その各々が、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。これに加えて、本明細書に記載の方法に使用されるAAVベクターは、WO2014/172669に開示される任意のAAV、例えば、AAV rh.74であってもよく、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。本明細書に記載の方法に使用されるAAVベクターはまた、Georgiadis et al.,2016,Gene Therapy 23:857-862、及びGeorgiadis et al.,2018,Gene Therapy 25:450に記載されるように、AAV2/5ベクターであってもよく、その各々が、その全体が参照により組み込まれる。更なる例において、本明細書に記載の方法に使用されるAAVベクターは、WO2017/070491に開示される任意のAAVベクター、例えば、AAV2tYFベクターであってもよく、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。これに加えて、本明細書に記載の方法に使用されるAAVベクターは、Puzzo et al.,2017,Sci.Transl.Med.29(9):418に記載されるように、AAVLK03又はAAV3Bベクターであってもよく、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。追加の例において、本明細書に記載の方法に使用されるAAVベクターは、米国特許第8,628,966、US8,927,514、US9,923,120、及びWO2016/049230に開示される任意のAAV、例えば、HSC1、HSC2、HSC3、HSC4、HSC5、HSC6、HSC7、HSC8、HSC9、HSC10、HSC11、HSC12、HSC13、HSC14、HSC15、又はHSC16であってもよく、その各々が、その全体が参照により組み込まれる。
更に、本明細書に記載の方法に使用されるAAVベクターは、以下の特許及び特許出願のうちのいずれかに開示されるAAVベクターであってもよく、その各々が、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。米国特許第7,282,199号、第7,906,111号、第8,524,446号、第8,999,678号、第8,628,966号、第8,927,514号、第8,734,809号、US9,284,357、第9,409,953号、第9,169,299号、第9,193,956号、第9458517号、及び第9,587,282号、米国特許出願公開第2015/0374803号、第2015/0126588号、第2017/0067908号、第2013/0224836号、第2016/0215024号、第2017/0051257号、及び国際特許出願第PCT/US2015/034799号、第PCT/EP2015/053335号。rAAVベクターは、以下の特許及び特許出願のうちのいずれかに開示されるAAVカプシドベクターのvp1、vp2及び/又はvp3アミノ酸配列に対して少なくとも80%以上同一、例えば、85%、85%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、又はそれより多く同一のカプシドタンパク質を有していてもよく、その各々が、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。米国特許第7,282,199号、第7,906,111号、第8,524,446号、第8,999,678号、第8,628,966号、第8,927,514号、第8,734,809号、US9,284,357、第9,409,953号、第9,169,299号、第9,193,956号、第9458517号、及び第9,587,282号、米国特許出願公開第2015/0374803号、第2015/0126588号、第2017/0067908号、第2013/0224836号、第2016/0215024号、第2017/0051257号、及び国際特許出願第PCT/US2015/034799号、第PCT/EP2015/053335号。
これに加えて、rAAVベクターは、国際出願 公開第WO2003/052051号(例えば、‘051の配列番号2を参照されたい)、第WO2005/033321号(例えば、‘321の配列番号123及び88を参照されたい)、第WO03/042397号(例えば、‘397の配列番号2、81、85、及び97を参照されたい)、第WO2006/068888号(例えば、‘888の配列番号1及び3~6を参照されたい)、第WO2006/110689号(例えば、‘689の配列番号5~38を参照されたい)、第WO2009/104964号(例えば、‘964の配列番号1~5、7、9、20、22、24、及び31を参照されたい)、第W02010/127097号(例えば、‘097の配列番号5~38を参照されたい)、及び第WO2015/191508号(例えば、‘058の配列番号80~294を参照されたい)、及び米国出願公開第2015/0023924号(例えば、‘924の配列番号1、5~10を参照されたい)(その各々の内容が、その全体が参照により本明細書に組み込まれる)に開示されるカプシドタンパク質を有していてもよく、例えば、国際出願 公開第WO2003/052051号(例えば、‘051の配列番号2を参照されたい)、第WO2005/033321号(例えば、‘321の配列番号123及び88を参照されたい)、第WO03/042397号(例えば、‘397の配列番号2、81、85、及び97を参照されたい)、第WO2006/068888号(例えば、‘888の配列番号1及び3~6を参照されたい)、第WO2006/110689号(例えば、‘689の配列番号5~38を参照されたい)、第WO2009/104964号(例えば、‘964の配列番号1~5、7、9、20、22、24、及び31を参照されたい)、第W02010/127097号(例えば、‘097の配列番号5~38を参照されたい)、及び第WO2015/191508号(例えば、‘058の配列番号80~294を参照されたい)、及び米国出願公開第2015/0023924号(例えば、‘924の配列番号1、5~10を参照されたい)に開示されるAAVカプシドのvp1、vp2及び/又はvp3アミノ酸配列に対して少なくとも80%以上同一、例えば、85%、85%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.5%、又はそれより多く同一であるカプシドタンパク質を有するrAAVベクターであってもよい。
AAV系ウイルスベクターの核酸配列、並びに組換えAAV及びAAVカプシドを作製する方法は、例えば、米国特許第7,282,199号、第7,906,111号、第8,524,446号、第8,999,678号、第8,628,966号、第8,927,514号、第8,734,809号、US9,284,357、第9,409,953号、第9,169,299号、第9,193,956号、第9458517号、及び第9,587,282号、米国特許出願公開第2015/0374803号、第2015/0126588号、第2017/0067908号、第2013/0224836号、第2016/0215024号、第2017/0051257号、国際特許出願第PCT/US2015/034799号、第PCT/EP2015/053335号、第WO2003/052051号、第WO2005/033321号、第WO03/042397号、第WO2006/068888号、第WO2006/110689号、第WO2009/104964号、第W02010/127097号、及び第WO2015/191508号、及び米国出願公開第2015/0023924号に教示される。
したがって、rAAVベクターは、2つ以上のAAVカプシド血清型、例えば、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV13、AAV14、AAV15、AAV16、AAV.rh8、AAV.rh10、AAV.rh20、AAV.rh39、AAV.Rh74、AAV.RHM4-1、AAV.hu37、AAV.Anc80、AAV.Anc80L65、AAV.7m8、AAV.PHP.B、AAV.PHP.EB、AAV2.5、AAV2tYF、AAV3B、AAV.LK03、AAV.HSC1、AAV.HSC2、AAV.HSC3、AAV.HSC4、AAV.HSC5、AAV.HSC6、AAV.HSC7、AAV.HSC8、AAV.HSC9、AAV.HSC10、AAV.HSC11、AAV.HSC12、AAV.HSC13、AAV.HSC14、AAV.HSC15、AAV-TT、AAV-DJ8、又はAAV.HSC16から選択されるAAV血清型からのカプシドタンパク質を含有するカプシドを含み得る。
一本鎖AAV(ssAAV)ベクターを、開示される方法及び組成物と組み合わせて使用することができる。代替的に、自己相補性AAVベクター(scAAV)を使用し得る(例えば、その各々が、その全体が参照により本明細書に組み込まれる、Wu,2007,Human Gene Therapy,18(2):171-82、McCarty et al,2001,Gene Therapy,Vol.8,Number 16,Pages 1248-1254、及び米国特許第6,596,535号、第7,125,717号及び第7,456,683号を参照されたい)。
中枢神経系の中の細胞(限定されないが、ニューロン及び/又はグリア細胞を含む)への向性を有する組換えAAVベクターを、本開示のポリヌクレオチド剤(例えば、ASO剤)を送達するために使用することができる。かかるベクターとしては、非複製「rAAV」ベクター、特にAAV9又はAAVrh10カプシドを保有するものを挙げることができる。限定されないが、Wilsonによって米国特許第7,906,111号に記載されるもの(その全体が参照により本明細書に組み込まれ、AAV/hu.31及びAAV/hu.32が特に好ましい)、並びに米国特許第8,628,966号、米国特許第8,927,514号、及びSmith et al.,2014,Mol Ther 22:1625-1634(その各々が、その全体が参照により本明細書に組み込まれる)によって記載されるAAVバリアントカプシドを含む、AAVバリアントカプシドを使用し得る。更に、Tordo et al.(Brain141:2014-31、2018、その全体が参照により本明細書に組み込まれる)によって開示されるAAV-TTベクターは、天然AAV2単離物の中で保存されるアミノ酸配列を組み込んでおり、これを本開示の組成物及び方法と組み合わせて使用してもよい。AAV-TTバリアントカプシドは、AAV2、AAV9、及びAAVrh10と比較して、CNS全体で増強された向神経性及び強固な分布を示す。同様に、Hammond et al.(PLoSONE 12(2):e0188830、2017、その全体が参照により本明細書に組み込まれる)に開示されるAAV-DJ8ベクターは、優れた向神経性を示し、本開示の組成物及び方法とともに使用するのに適している場合がある。
特定の例において、本開示は、AAV9ベクターであって、(i)調節配列の制御下で、ITRによって隣接される、ASO配列(例えば、配列番号1~100のうちのいずれか1つ)をコードするポリヌクレオチドを含有する発現カセット、並びに(ii)AAV9カプシドタンパク質のアミノ酸配列を有するか、又はAAV9カプシドの生物学的機能を保持しつつ、AAV9カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対して少なくとも95%、96%、97%、98%、99%若しくは99.9%同一であるウイルスカプシドを含む、人工ゲノムを含むAAV9ベクターを特徴とする。コードされるAAV9カプシドは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる米国特許第7,906,111号に示される配列番号116の配列を有していてもよく、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30個のアミノ酸置換を有し、AAV9カプシドの生物学的機能を保持している。
また、AAVrh10ベクターであって、(i)調節要素の制御下で、ITRによって隣接される、ポリヌクレオチドを含有する発現カセット、並びに(ii)AAVrh10カプシドタンパク質のアミノ酸配列を有するか、又はAAVrh10カプシドの生物学的機能を保持しつつ、AAVrh10カプシドタンパク質のアミノ酸配列に対して少なくとも95%、96%、97%、98%、99%若しくは99.9%同一であるウイルスカプシドを含む、人工ゲノムを含むAAVrh10ベクターが本明細書で提供される。コードされるAAVrh10カプシドは、その全体が参照により本明細書に組み込まれる米国特許第9,790,427号に示される配列番号81の配列を有していてもよく、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30個のアミノ酸置換を有し、AAVrh10カプシドの生物学的機能を保持している。
遺伝子調節要素は、哺乳動物細胞(例えば、ニューロン)において機能的であるように選択され得る。作動可能に連結された構成要素を含有する得られた構築物は、(5’及び3’の)機能的AAV ITR配列によって隣接される。特定の例としては、哺乳動物CNSの細胞、特にニューロンへの向性を有し、それらにおける高い形質導入効率を有するAAV血清型に由来するベクターが挙げられる。異なる血清型の形質導入効率の概要及び比較が、本特許出願で提供される。特定の例において、AAV2、AAV5、AAV9、及びAAVrh10に基づくベクターは、例えば、ニューロン及び/又はグリア細胞に形質導入することによって、CNSにおけるポリヌクレオチドの長期間にわたる発現を指令する。
AAV ITRによって隣接される、目的のポリヌクレオチド(例えば、本明細書に記載のASO剤をコードするポリヌクレオチド)を有するAAV発現ベクターは、選択した配列を、そこから切断される主要なAAVオープンリーディングフレーム(「ORF」)を有していたAAVゲノムへと直接的に挿入することによって構築することができる。複製及びパッケージング機能が可能であるようにITRの十分な部分が保持されている限り、AAVゲノムの他の部分も、欠失していてもよい。かかる構築物を、当該技術分野でよく知られている技術を使用して設計することができる。例えば、米国特許第5,173,414号及び第5,139,941号、国際公開第WO92/01070号(1992年1月23日に公開された)及び第WO93/03769号(1993年3月4日に公開された)を参照されたい。代替的に、AAV ITRは、ウイルスゲノムから、又はそれを含有するAAVベクターから切断され、標準的な核酸ライゲーション技術を使用して、別のベクター中に存在する選択された核酸構築物の5’末端及び3’末端に融合させることができる。ITRを含有するAAVベクターは、例えば、米国特許第5,139,941号に記載されている。特に、いくつかのAAVベクターは、American Type Culture Collection(「ATCC」)からアクセッション番号53222、53223、53224、53225、及び53226で入手可能であり、そこに記載される。これに加えて、1つ以上の選択された核酸配列に対して5’及び3’に配置されたAAV ITRを含むように、キメラ遺伝子を合成によって産生し得る。哺乳動物CNS細胞におけるキメラ遺伝子配列の発現にとって好ましいコドンを使用してもよく、特定の場合において、ポリヌクレオチドのコドン最適化を、よく知られている方法によって行うことができる。完全なキメラ配列は、標準的な方法によって調製された重複するポリヌクレオチドから組み立てられる。AAVビリオンを産生するために、AAV発現ベクターを、既知の技術(例えば、トランスフェクションによる)を使用して、適切な宿主細胞へと導入する。いくつかのトランスフェクション技術は、当該技術分野で一般に知られている。特に適したトランスフェクション方法としては、リン酸カルシウム共沈殿、培養細胞への直接的なマイクロインジェクション、エレクトロポレーション、リポソーム媒介性遺伝子移入、脂質媒介性形質導入、及び高速微粒子銃を使用した核酸送達が挙げられる。
例えば、本開示の特定のウイルスベクターは、本開示の核酸配列(例えば、配列番号1~100のうちのいずれか1つ)に加えて、AAV2ウイルスに由来するITRを有するAAVベクタープラスミドの骨格、プロモーター、例えば、U6核内低分子1プロモーター若しくはそのバリアント、H1プロモーター、7SKプロモーター、ApoE-hAATプロモーター、CBAプロモーター、CK8プロモーター、mU1aプロモーター、EF-1αプロモーター、TBGプロモーター、マウスPGKプロモーター若しくはCAGプロモーター、又は任意のニューロンプロモーター、例えば、hSynプロモーター、NeuNプロモーター、CaMKIIプロモーター、Tα-1プロモーター、NSEプロモーター、PDGFβプロモーター、VGLUTプロモーター、SSTプロモーター、NPYプロモーター、VIPプロモーター、PVプロモーター、GAD65若しくはGAD67プロモーター、DRD1プロモーター、DRD2プロモーター、MAP1Bプロモーター、C1ql2プロモーター、POMCプロモーター、又はProx1プロモーター(WPPEの野生型又は変異体型を伴うか、又は伴わない)、並びにウサギベータ-グロビンポリA配列を含み得る(表5及び表6を参照されたい)。
本開示は更に、rAAVであって、(i)調節要素の制御下、ITRによって隣接されるポリヌクレオチドを含有する発現カセットと、(ii)AAVカプシドと、を含み、ポリヌクレオチドが、阻害性RNA(例えば、ASO、例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA、又はshmiRNA、特に、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列を有するASO、又は少なくともGrik2 mRNAの一部又は領域(例えば、配列番号115~681に記載されるGrik2 mRNAの一部又は領域のうちのいずれか1つ)に特異的に結合し、細胞(例えば、ニューロン)におけるGluK2タンパク質の発現を阻害する(例えば、ノックダウンする)配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントをコードする、rAAVに関する。
AAVベクターは、例えば、Grik2 mRNAに結合するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA、又はshmiRNA)配列と、hSynプロモーターと、を含み得る。例えば、AAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び配列番号790のうちのいずれか1つの核酸配列を有するhSynプロモーター、又は配列番号682~685若しくは配列番号790のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含有し得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、NeuNプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、NeuNプロモーター(例えば、配列番号686の核酸配列を有するNeuNプロモーター、又は配列番号686の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、CaMKIIプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び配列番号802のうちのいずれか1つの核酸配列を有するCaMKIIプロモーター、又は配列番号687~691及び配列番号802のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、NSEプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、NSEプロモーター(例えば、配列番号692若しくは693の核酸配列を有するNSEプロモーター、又は配列番号692若しくは693の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、PDGFβプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、PDGFβプロモーター(例えば、配列番号694~696のうちのいずれか1つの核酸配列を有するPDGFβプロモーター、又は配列番号694~696のうちのいずれか1つのうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、VGluTプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、VGluTプロモーター(例えば、配列番号697~701のうちのいずれか1つの核酸配列を有するVGluTプロモーター、又は配列番号708~712のうちのいずれか1つのうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、SSTプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、SSTプロモーター(例えば、配列番号702若しくは配列番号703の核酸配列を有するSSTプロモーター、又は配列番号702若しくは配列番号703のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、NPYプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、NPYプロモーター(例えば、配列番号704の核酸配列を有するNPYプロモーター、又は配列番号704の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、VIPプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、VIPプロモーター(例えば、配列番号705若しくは配列番号706の核酸配列を有するVIPプロモーター、又は配列番号705若しくは配列番号706の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、PVプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、PVプロモーター(例えば、配列番号707~709のうちのいずれか1つの核酸配列を有するPVプロモーター、又は配列番号707~709のうちのいずれか1つのうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、GAD65プロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、GAD65プロモーター(例えば、配列番号710~713のうちのいずれか1つの核酸配列を有するGAD65プロモーター、又は配列番号710~713のうちのいずれか1つのうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、GAD67プロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、GAD67プロモーター(例えば、配列番号714若しくは配列番号715の核酸配列を有するGAD67プロモーター、又は配列番号714若しくは715の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、DRD1プロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、DRD1プロモーター(例えば、配列番号716の核酸配列を有するDRD1プロモーター、又は配列番号716の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、DRD2プロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、DRD2プロモーター(例えば、配列番号717若しくは配列番号718の核酸配列を有するDRD2プロモーター、又は配列番号717若しくは配列番号718の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、C1ql2プロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、C1ql2プロモーター(例えば、配列番号719若しくは配列番号791の核酸配列を有するC1ql2プロモーター、又は配列番号719若しくは配列番号791の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、POMCプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、POMCプロモーター(例えば、配列番号720の核酸配列を有するPOMCプロモーター、又は配列番号720の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、を含み得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、PROX1プロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、PROX1プロモーター(例えば、配列番号721若しくは配列番号722の核酸配列を有するPROX1プロモーター、又は配列番号721若しくは配列番号722の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、MAP1Bプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、MAP1Bプロモーター(例えば、配列番号723~725のうちのいずれか1つの核酸配列を有するMAP1Bプロモーター、又は配列番号723~725のうちのいずれか1つのうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、Tα-1プロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、Tα-1プロモーター(例えば、配列番号726若しくは配列番号727の核酸配列を有するTα-1プロモーター、又は配列番号726若しくは配列番号727の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、U6プロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、U6プロモーター、例えば、配列番号728~733若しくは772のうちのいずれか1つの核酸配列を有するU6プロモーター、又は配列番号728~733若しくは772のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、を含み得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、H1プロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、H1プロモーター、例えば、配列番号734の核酸配列を有するH1プロモーター、又は配列番号734の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、を含み得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、7SKプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、7SKプロモーター、例えば、配列番号735の核酸配列を有する7SKプロモーター、又は配列番号735の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、を含み得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、ApoE-hAATプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、ApoE-hAATプロモーター、例えば、配列番号736の核酸配列を有するApoE-hAATプロモーター、又は配列番号736の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、を含み得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、CAGプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、CAGプロモーター、例えば、配列番号737の核酸配列を有するCAGプロモーター、又は配列番号737の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、を含み得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、CBAプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、CBAプロモーター、例えば、配列番号738の核酸配列を有するCBAプロモーター、又は配列番号738の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、を含み得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、CK8プロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、CK8プロモーター、例えば、配列番号739の核酸配列を有するCK8プロモーター、又は配列番号739の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、を含み得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、mU1aプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、mU1aプロモーター、例えば、配列番号740の核酸配列を有するmU1aプロモーター、又は配列番号740の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、を含み得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、EF-1αプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、EF-1αプロモーター、例えば、配列番号741の核酸配列を有するEF-1αプロモーター、又は配列番号741の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、を含み得る。
代替的に、AAVベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、TBGプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるAAVベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、TBGプロモーター、例えば、配列番号742の核酸配列を有するTBGプロモーター、又は配列番号742の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、を含み得る。
レトロウイルスベクター
本明細書に記載の方法及び組成物に使用される送達ベクターは、レトロウイルスベクターであり得る。本明細書に記載の方法及び組成物に使用され得るレトロウイルスベクターの1つの型は、レンチウイルスベクターである。レンチウイルスベクター(LV)は、レトロウイルスのサブセットであり、高い有効性を有し、ポリヌクレオチドの安定な長期間の発現を与える、広範囲の分裂又は非分裂細胞型を形質導入する。LVをパッケージングし、形質導入するための最適化戦略の概要は、Delenda,The Journal of Gene Medicine 6:S125(2004)に提供され、その開示が、参照により本明細書に組み込まれる。
レンチウイルスベースの遺伝子移入技術の使用は、目的のポリヌクレオチドが収容される高度に欠失したウイルスゲノムを保有する組換えレンチウイルス粒子のインビトロ産生に依存する。特に、組換えレンチウイルスは、(1)パッケージング構築物、すなわち、Revと一緒にGag-Pol前駆体を発現する(代替的にトランスで発現する)ベクター、(2)エンベロープ受容体を発現する、一般に、異種性を有するベクター、及び(3)全てのオープンリーディングフレームを欠いているが、発現される配列が挿入される場合の複製、カプシド化及び発現に必要とされる配列を維持するウイルスcDNAで構成されるトランスファーベクターの許容される細胞株でのトランス共発現によって回収される。
本明細書に記載の方法及び組成物に使用されるLVは、5’の長い末端反復(LTR)、HIVシグナル配列、HIV Psiシグナル5’-スプライス部位(SD)、デルタ-GAG要素、Rev応答性要素(RRE)、3’-スプライス部位(SA)、伸長因子(EF)1-アルファプロモーター、及び3’-自己不活性化LTR(SIN-LTR)のうちの1つ以上を含み得る。レンチウイルスベクターは、任意選択的に、その開示がWPREに関する場合に参照により本明細書に組み込まれるUS6,136,597に記載されるように、セントラルポリプリントラクト(cPPT)と、ウッドチャック肝炎ウイルス転写後調節要素(WPRE)と、を含む。レンチウイルスベクターは、pHR’骨格を更に含んでいてもよく、例えば以下に提供されるものを含んでいてもよい。
The Lentigen LV described in Lu et al.,Journal of Gene Medicine 6:963(2004)を使用して、DNA分子及び/又は形質導入細胞を発現し得る。本明細書に記載の方法及び組成物に使用されるLVは、5’の長い末端反復(LTR)、HIVシグナル配列、HIV Psiシグナル5’-スプライス部位(SD)、デルタ-GAG要素、Rev応答性要素(RRE)、3’-スプライス部位(SA)、伸長因子(EF)1-アルファプロモーター、及び3’-自己不活性化L TR(SIN-LTR)であり得る。任意選択的に、これらの領域のうちの1つ以上は、同様の機能を発揮する別の領域で置換される。
エンハンサー要素を使用して、修飾DNA分子の発現を増加させるか、又はレンチウイルスインテグレーション効率を増加させることができる。本明細書に記載の方法及び組成物に使用されるLVは、nef配列を含み得る。本明細書に記載の方法及び組成物に使用されるLVは、ベクターインテグレーションを増強させるcPPT配列を含み得る。cPPTは、(+)-鎖DNA合成の第2の起源として作用し、そのネイティブHIVゲノムの中央に部分的な鎖の重複を導入する。トランスファーベクター骨格にcPPT配列を導入すると、核輸送、及び標的細胞のDNAにインテグレーションされたゲノムの総量を強く増加させた。本明細書に記載の方法及び組成物に使用されるLVは、ウッドチャック転写後調節要素(WPRE)を含み得る。WPREは、転写産物の核外排出を促進することによって、及び/又は新生転写産物のポリアデニル化の効率を増加させることによって、転写レベルで作用し、したがって、細胞におけるmRNAの総量を増加させる。LVにWPREを付加することで、インビトロ及びインビボの両方で、いくつかの異なるプロモーターからのポリヌクレオチド発現のレベルを実質的に改善する。本明細書に記載の方法及び組成物に使用されるLVは、cPPT配列及びWPRE配列を両方とも含み得る。ベクターは、単一プロモーターからの複数ポリペプチドの発現を可能にするIRES配列も含み得る。
IRES配列に加えて、複数ポリヌクレオチドの発現を可能にする他の要素が有用である。本明細書に記載の方法及び組成物に使用されるベクターは、1つより多いポリヌクレオチドの発現を可能にする複数プロモーターを含み得る。将来的に特定される複数ポリヌクレオチドの発現を可能にする他の要素が有用であり、本明細書に記載の組成物及び方法とともに使用するのに適したベクターにおいて利用され得る。本明細書に記載の方法及び組成物に使用されるベクターは、臨床グレードのベクターであり得る。
したがって、レトロウイルスベクターは、開示される方法及び組成物と組み合わせて使用され得る。レトロウイルスは、その遺伝子を宿主ゲノムにインテグレーションし、大量の外来遺伝材料を移入し、広いスペクトルの種及び細胞型を感染させる能力に起因して、特定の細胞株にパッケージングされるために、遺伝子送達ベクターとして選択され得る。レトロウイルスベクターを構築するために、目的の遺伝子をコードする核酸を、特定のウイルス配列の代わりにウイルスゲノムに挿入して、複製欠損性であるウイルスを産生する。ビリオンを産生するために、gag、pol、及び/又はenv遺伝子を含有するが、LTR及び/又はパッケージング構成要素を含まない、パッケージング細胞株を構築する。cDNAを含有する組換えプラスミドが、レトロウイルスLTR及びパッケージング配列と一緒に、(例えば、リン酸カルシウム沈殿によって)この細胞株に導入される場合、パッケージング配列は、組換えプラスミドのRNA転写産物をウイルス粒子内にパッケージングすることが可能であり、次いで培養培地へと分泌される。次いで、組換えレトロウイルスを含有する媒体を集め、任意選択的に濃縮し、遺伝子移入に使用する。レトロウイルスベクターは、広範囲の細胞型を感染させることができる。
これに加えて、レンチウイルスベクターは、本明細書に開示される方法及び組成物と組み合わせて使用され得る。したがって、本開示の目的は、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA、又はshmiRNA)配列(例えば、配列番号1~100に記載されるASO配列のうちのいずれか1つ)を含むレンチウイルスベクターに関する。
したがって、レンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントを含み得る。レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO配列(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA、又はshmiRNA)と、hsynプロモーターと、を含み得る。
レンチウイルスベクターは、例えば、Grik2 mRNAに結合するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA、又はshmiRNA)配列と、hSynプロモーターと、を含み得る。例えば、レンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び配列番号790のうちのいずれか1つのうちのいずれか1つの核酸配列を有するhSynプロモーター、又は配列番号682~685及び配列番号790のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含有し得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、NeuNプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、NeuNプロモーター(例えば、配列番号686の核酸配列を有するNeuNプロモーター、又は配列番号686の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、を含み得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、CaMKIIプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び配列番号802のうちのいずれか1つのうちのいずれか1つの核酸配列を有するCaMKIIプロモーター、又は配列番号687~691及び配列番号802のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含有し得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、NSEプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、NSEプロモーター(例えば、配列番号692若しくは配列番号693の核酸配列を有するNSEプロモーター、又は配列番号692若しくは配列番号693の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、PDGFβプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、PDGFβプロモーター(例えば、配列番号694~696のうちのいずれか1つの核酸配列を有するPDGFβプロモーター、又は配列番号694~696のうちのいずれか1つのうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、VGluTプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、VGluTプロモーター(例えば、配列番号697~701のうちのいずれか1つの核酸配列を有するVGluTプロモーター、又は配列番号697~701のうちのいずれか1つのうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、SSTプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、SSTプロモーター(例えば、配列番号702若しくは配列番号703のうちのいずれか1つの核酸配列を有するSSTプロモーター、又は配列番号702若しくは配列番号703のうちのいずれか1つのうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、NPYプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、NPYプロモーター(例えば、配列番号704の核酸配列を有するNPYプロモーター、又は配列番号704のうちのいずれか1つのうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、VIPプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、VIPプロモーター(例えば、配列番号705若しくは配列番号706の核酸配列を有するVIPプロモーター、又は配列番号705若しくは配列番号706のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、PVプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、PVプロモーター(例えば、配列番号707~709のうちのいずれか1つの核酸配列を有するSPVプロモーター、又は配列番号707~709のうちのいずれか1つのうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、GAD65プロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、GAD65プロモーター(例えば、配列番号710~713のうちのいずれか1つの核酸配列を有するGAD65プロモーター、又は配列番号710~713のうちのいずれか1つのうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、GAD67プロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、GAD67プロモーター(例えば、配列番号714若しくは配列番号715の核酸配列を有するGAD67プロモーター、又は配列番号714若しくは配列番号715のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、DRD1プロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、DRD1プロモーター(例えば、配列番号716の核酸配列を有するDRD1プロモーター、又は配列番号716のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、DRD2プロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、DRD2プロモーター(例えば、配列番号717若しくは配列番号718の核酸配列を有するDRD2プロモーター、又は配列番号717若しくは配列番号718のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、C1ql2プロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、C1ql2プロモーター(例えば、配列番号719若しくは配列番号791の核酸配列を有するC1ql2プロモーター、又は配列番号719若しくは配列番号791の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、POMCプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、POMCプロモーター(例えば、配列番号720の核酸配列を有するPOMCプロモーター、又は配列番号720のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、PROX1プロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、PROX1プロモーター(例えば、配列番号721若しくは配列番号722の核酸配列を有するPROX1プロモーター、又は配列番号721若しくは配列番号722のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、MAP1Bプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、MAP1Bプロモーター(例えば、配列番号723~725のうちのいずれか1つの核酸配列を有するMAP1Bプロモーター、又は配列番号723~725のうちのいずれか1つのうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、Tα-1プロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、Tα-1プロモーター(例えば、配列番号726若しくは配列番号727の核酸配列を有するTα-1プロモーター、又は配列番号726若しくは配列番号727のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含み得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、U6プロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、U6プロモーター(例えば、配列番号728~733若しくは772のうちのいずれか1つの核酸配列を有するU6プロモーター、又は配列番号728~733若しくは772のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、を含み得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、H1プロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、H1プロモーター、例えば、配列番号734のうちのいずれか1つの核酸配列を有するH1プロモーター、又は配列番号734の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、を含み得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、7SKプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、7SKプロモーター、例えば、配列番号735の核酸配列を有する7SKプロモーター、又は配列番号735の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、を含み得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、ApoE-hAATプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、ApoE-hAATプロモーター、例えば、配列番号736の核酸配列を有するApoE-hAATプロモーター、又は配列番号736の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、を含み得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、CAGプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、CAGプロモーター、例えば、配列番号727の核酸配列を有するCAGプロモーター、又は配列番号737の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、を含み得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、CBAプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、CBAプロモーター、例えば、配列番号738の核酸配列を有するCBAプロモーター、又は配列番号738の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、を含み得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、CK8プロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、CK8プロモーター、例えば、配列番号739の核酸配列を有するCK8プロモーター、又は配列番号739の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、を含み得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、mU1aプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、mU1aプロモーター、例えば、配列番号740の核酸配列を有するmU1aプロモーター、又は配列番号740の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、を含み得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、EF-1αプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、EF-1αプロモーター、例えば、配列番号741の核酸配列を有するEF-1αプロモーター、又は配列番号741の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、を含み得る。
代替的に、レンチウイルスベクターは、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するASO(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA)配列と、TBGプロモーターと、を含み得る。例えば、開示されるレンチウイルスベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、TBGプロモーター、例えば、配列番号742の核酸配列を有するTBGプロモーター、又は配列番号742の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、を含み得る。
レンチウイルスは、複雑なレトロウイルスであり、一般的なレトロウイルス遺伝子であるgag、pol、及びenvに加えて、調節機能又は構造機能を有する他の遺伝子を含有する。複雑さが増すほど、潜伏感染の経過と同様に、ウイルスにその寿命を調節させることができる。レンチウイルスのいくつかの例としては、ヒト免疫不全ウイルス(HIV1、HIV2)、及びサル免疫不全ウイルス(SIV)が挙げられる。レンチウイルスベクターは、HIV毒性遺伝子の多重弱毒化によって生成されており、例えば、遺伝子env、vif、vpr、vpu、及びnefが欠失しており、ベクターを生物学的安全なものにする。レンチウイルスベクターは、当該技術分野で知られており、例えば、その両方が参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第6,013,516号及び5,994,136号を参照されたい。一般に、ベクターは、プラスミド系又はウイルス系であり、外来核酸を組み込むために、選択のために、また、核酸を宿主細胞に移送するために、必須の配列を保有するように構成される。目的のベクターのgag、pol、及びenv遺伝子も、当該技術分野で知られている。したがって、関連する遺伝子は、選択されたベクターへとクローニングされ、次いで、これを使用して、目的の標的細胞を形質転換する。非分裂細胞を感染させることができ、適切な宿主細胞が、パッケージングタンパク質(すなわち、gag、pol及びenv、並びにrev及びtat)を保有する2つ以上のベクターにトランスフェクトされる組換えレンチウイルスは、米国特許第5,994,136号に記載され、参照により本明細書に組み込まれる。この刊行物は、ウイルスのgag及びpol遺伝子をコードする核酸を提供することができる第1のベクターと、ウイルスのenvをコードする核酸を提供してパッケージング細胞を産生することができる第2のベクターと、を提供する。上述のパッケージング細胞に、異種遺伝子を提供するベクターを導入すると、目的の外来遺伝子を保有する感染性ウイルス粒子を放出するプロデューサー細胞が得られる。envは、ヒト及び他の種の細胞の形質導入を可能にする、両種性エンベロープタンパク質であり得る。典型的には、本開示の核酸分子又はベクターは、「制御配列」を含み、制御配列は、まとめて、プロモーター配列、ポリアデニル化シグナル、転写停止配列、上流調節ドメイン、複製起点、内部リボソーム進入部位(「IRES」)、エンハンサー等、まとまってレシピエント細胞におけるコード配列の複製、転写及び翻訳を提供するものを指す。選択されるコード配列が、適切な宿主細胞において複製され、転写され、翻訳され得る限り、これらの制御配列の全てが常に存在する必要はない。
ウイルス調節要素
ウイルス調節要素は、核酸分子を宿主細胞に導入するために使用される送達ビヒクルの構成要素である。ウイルス調節要素は、任意選択的に、レトロウイルス調節要素である。例えば、ウイルス調節要素は、HSC1又はMSCVからのLTR及びgag配列であり得る。レトロウイルス調節要素は、レンチウイルスからのものであってもよく、又は他のゲノム領域から特定される異種配列であってもよい。他のウイルス調節要素が既知のものになるにつれて、これらを、本明細書に記載の方法及び組成物とともに使用してもよい。
Grik2アンチセンスオリゴヌクレオチドをコードするウイルスベクター
本開示は、異種ポリヌクレオチドの送達のための核酸ベクターであって、ポリヌクレオチドが、Grik2 mRNAに特異的に結合し、細胞においてGluK2タンパク質の発現を阻害する、阻害性ASO剤(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA、又はshmiRNA)構築物をコードする、核酸ベクターに関する。したがって、本開示の目的は、Grik2 mRNAの少なくとも領域又は一部(例えば、配列番号115~681のうちのいずれか1つから選択されるGrik2 mRNAの領域又は一部のうちのいずれか1つ、又は配列番号115~681のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントに対して完全又は実質的に相補的であるオリゴヌクレオチド配列を含むベクターを提供する。本開示のベクターは、Grik2 mRNAの1つ以上の領域に対して完全又は実質的に相補的であるオリゴヌクレオチド配列の任意のバリアントを含み得る。これに加えて、本開示のベクターは、GluK2タンパク質の任意のバリアントをコードするGrik2 mRNAに対して完全又は実質的に相補的であるオリゴヌクレオチド配列の任意のバリアントを含み得る。
したがって、目的の二本鎖RNAをコードするDNAは、遺伝子カセット(例えば、DNAの転写がプロモーター及び/又は他の調節要素によって制御される発現カセット)に組み込まれる。DNAは、目的のGrik2 ASO(例えば、配列番号1~100のうちのいずれか1つ)を発現するベクターのかかる発現カセットに組み込まれ、標的細胞への送達のために目的のウイルスベクターによってカプシド化される。したがって、本開示のウイルスベクターは、任意のGrik2 mRNA転写産物アイソフォーム(例えば、配列番号115~124のうちのいずれか1つ)にハイブリダイズする任意のアンチセンスRNAをコードする。ウイルスベクターは、例えば、表2又は表3に列挙されるsiRNAのうちのいずれか1つをコードする。
本開示のベクターは、Grik2 mRNAの少なくとも一部又は領域(例えば、配列番号115~681に記載されるGrik2 mRNAの領域又は一部のうちのいずれか1つ、又は配列番号115~681のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントを認識するか、又はそれに結合するASOをコードするポリヌクレオチドを送達する。ASO剤をコードする異種ポリヌクレオチドは、細胞(例えば、哺乳動物細胞、例えば、ヒト細胞、例えば、神経細胞、例えば、DGC)内のかかるASOの処理を確実にする、より大きな構築物又は足場の一部であり得る。表2又は表3に列挙されるsiRNAのうちのいずれか1つをコードするポリヌクレオチドは、マイクロRNA遺伝子の前駆体若しくは一部(例えば、特に、miR-30、miR-155、miR-281-1、若しくはmiR-124-3)、例えば、マイクロRNA遺伝子の5’隣接領域、3’隣接領域、又はループ配列を含み得る。
したがって、本開示の目的は、発現ベクターであって、異種ポリヌクレオチドを含み、5’から3’へ、例えば、プロモーター(例えば、表5及び表6に記載されるプロモーターのうちのいずれか1つ)と、任意選択的に、イントロン(例えば、表7に記載されるイントロンのうちのいずれか1つ)と、Grik2 mRNA発現を阻害するASO剤(例えば、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列を有するASO剤、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントをコードするヌクレオチド配列と、ポリA配列(例えば、表7に記載されるポリA配列のうちのいずれか1つ)を含有する、発現ベクターに関する。発現ベクターはまた、5’末端逆位反復(ITR)から3’ITRへ、5’ITR(例えば、表7に記載される5’若しくは3’ITR配列のうちのいずれか1つ)と、プロモーターと、任意選択的に、イントロンと、Grik2 mRNA発現を阻害するASOをコードするヌクレオチド配列と、ポリA配列と、3’ITRと、を含み得る。発現ベクターは、更に、上述のベクター要素のうちのいずれかに接続したスペーサー及び/又はリンカー配列を含有し得る。
特定の例において、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、ステム-ループ構造を形成するステム及びループをコードするヌクレオチド配列を含んでいてもよく、ループは、表2又は表3二列挙されるASO剤のうちのいずれか1つをコードするヌクレオチド配列を含む。例えば、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、ループ領域をコードする核酸配列を含んでいてもよく、ループ領域は、全体的に、又は一部分が野生型マイクロRNA配列遺伝子(例えば、特に、miR-30、miR-155、miR-281-1、又はmiR-124-3)に由来していてもよく、又は完全に人工であってもよい。特定の例において、ループ領域は、miR-30aループ配列であり得る。更に、ステム-ループ構造は、ガイド配列(例えば、アンチセンスRNA配列、例えば、配列番号1~100のうちのいずれか1つ)と、ガイド配列の全て又は一部に対して相補的であるパッセンジャー配列と、を含み得る。例えば、パッセンジャー配列は、ガイド配列の10、9、8、7、6、5、4、3、2、若しくは1個のヌクレオチドを除き、ガイド配列のヌクレオチドの全てに対して相補的であってもよく、又はパッセンジャー配列は、配列番号1~100のうちのいずれか1つに対して相補的であってもよい。
プレmiRNA又はプリmiRNA足場は、本開示のガイド(すなわち、アンチセンス)配列を含む。プリmiRNA足場は、プレmiRNA足場を含み、プリmiRNAは、50~800ヌクレオチド長(例えば、50~800、75~700、100~600、150~500、200~400、又は250~300個のヌクレオチド)であり得る。特定の例において、プレmRNAは、50~100個のヌクレオチド(例えば、50~60、60~70、70~80、80~90、若しくは90~100個のヌクレオチド)、100~200個のヌクレオチド(例えば、110~120、120~130、130~140、140~150、150~160、160~170、170~180、180~190、若しくは190~200個のヌクレオチド)、200~300個のヌクレオチド(例えば、200~210、210~220、220~230、230~240、240~250、250~260、260~270、270~280、280~290、若しくは290~300個のヌクレオチド)、300~400個のヌクレオチド(例えば、300~310、310~320、320~330、330~340、340~350、350~360、360~370、370~380、380~390、若しくは390~400個のヌクレオチド)、400~500個のヌクレオチド(例えば、400~410、410~420、420~430、430~440、440~450、450~460、460~470、470~480、480~490、若しくは490~500個のヌクレオチド)、500~600個のヌクレオチド(例えば、500~510、510~520、520~530、530~540、540~550、550~560、560~570、570~580、580~590、若しくは590~600個のヌクレオチド)、600~700個のヌクレオチド(例えば、600~610、610~620、620~630、630~640、640~650、650~660、660~670、670~680、680~690、若しくは690~700個のヌクレオチド)、又は700~800個のヌクレオチド(例えば、700~710、710~720、720~730、730~740、740~750、750~760、760~770、770~780、780~790、若しくは790~800個のヌクレオチド)であり得る。これらの操作された足場は、プレmiRNAから、ガイド鎖及びパッセンジャー鎖を含む二本鎖RNAへのプロセシングを可能にする。そのように、プレmiRNAは、ガイド(すなわち、アンチセンス)RNAをコードする配列を含む5’アームと、野生型miRNA(例えば、特に、miR-30、miR-155、miR-281-1、又はmiR-124-3)に通常由来するループ配列と、ガイド鎖に対して完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー(すなわち、センス)鎖をコードする配列を含む3’アームと、を含む。プレmiRNA「ステム-ループ」構造は、一般に、50個のヌクレオチドより長く、例えば、50~150個のヌクレオチド(例えば、50~60、60~70、70~80、80~90、90~100、100~110、110~120、120~130、130~140、若しくは140~150個のヌクレオチド)、50~110個のヌクレオチド(例えば、50~60、60~70、70~80、80~90、90~100、100~110個のヌクレオチド)、又は50~80ヌクレオチド(例えば、50~60、60~70、70~80個のヌクレオチド)の長さである。プリmiRNAは、それぞれ5’アーム及び3’アームに隣接する、5’隣接配列及び3’隣接配列を更に含む。隣接配列は、必ずしも他の配列(アーム領域又はガイド配列)と連続しておらず、構造化されていない非対形成領域であり、また、全体的に、又は一部分が1つ以上の野生型プリmiRNA足場(例えば、特に、全体的に、又は一部分がmiR-30、miR-155、miR-281-1、又はmiR-124-3に由来するプリmiRNA足場)に由来していてもよい。隣接配列は、各々が、少なくとも4個のヌクレオチドの長さ、又は最大300個のヌクレオチドの長さ、又はそれより大きな長さ(例えば、4~300、10~275、20~250、30~225、40~200、50~175、60~150、70~125、80~100、又は90~95個のヌクレオチド)である。スペーサー配列は、上述の配列構造の間に中断するものとして存在していてもよく、ほとんどの場合において、連結ポリヌクレオチド、例えば、1~30個のヌクレオチド(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、又は30個のヌクレオチド)を提供し、全体的なプレmiRNA構造に対して機能性と干渉することなく柔軟性を提供する。スペーサーが、二本鎖RNAのプロセシングと干渉せず、スペーサーが、ガイドRNAと標的mRNA配列との結合/相互作用と干渉しない限り、スペーサーは、天然に存在するRNA、天然に存在する連結基の一部、ポリA若しくはポリU、又はヌクレオチドのランダム配列からの天然に存在する連結基に由来していてもよい。
本明細書に開示される方法及び組成物によれば、ヌクレオチド配列を含む発現ベクター又はポリヌクレオチドは、(i)ガイド(例えば、アンチセンス)鎖、及び任意選択的に5’スペーサー配列を含む5’ステム-ループアームと、(ii)パッセンジャー(例えば、センス)鎖、及び3’スペーサー配列を含む3’ステム-ループアームと、更にコードし得る。別の例において、ヌクレオチド配列を含む発現ベクター又はポリヌクレオチドは、(i)パッセンジャー鎖、及び任意選択的に5’スペーサー配列を含む5’ステム-ループアーム、並びに(ii)ガイド鎖、及び任意選択的に3’スペーサー配列を含む3’ステム-ループアームを更にコードし得る。別の例において、ウリジンゆらぎ塩基は、ガイド鎖の5’末端に存在する。更なる例において、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、ガイド配列の上流にリーディング5’隣接領域を含み、隣接領域は、任意の長さのものであってもよく、全体的に、若しくは一部分が野生型マイクロRNA配列に由来していてもよく、異種であるか、又は他の隣接領域若しくはループからの異なる起源のmiRNAに由来していてもよく、又は完全に人工であってもよい。3’隣接領域は、サイズ及び起源において、5’隣接領域を忠実に映し出すものであってもよく、3’隣接領域は、ガイド配列の下流(すなわち、3’)であってもよい。なお別の例において、5’隣接配列及び3’隣接配列の一方又は両方が存在しない。
発現ベクター又はポリヌクレオチドは、第1の隣接領域(例えば、表8に記載される5’隣接領域のうちのいずれか1つ)を更にコードするヌクレオチド配列を含んでいてもよく、上述の第1の隣接領域は、5’隣接配列と、任意選択的に、5’スペーサー配列と、を含む。特定の例において、第1の隣接領域は、上述のパッセンジャー鎖に対して上流(すなわち、5’)に位置する。別の例において、第2の隣接領域(例えば、表8に記載される3’隣接領域のうちのいずれか1つ)をコードするヌクレオチド配列を含む発現ベクター又はポリヌクレオチドであって、上述の第2の隣接領域は、3’隣接配列と、任意選択的に、3’スペーサー配列と、を含む。特定の例において、第1の隣接領域は、ガイド鎖に対して5’に位置する。
本明細書に開示される方法及び組成物によれば、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、
(a)ステム-ループ配列であって、5’から3’へ、
(i)表2若しくは表3に列挙されるASO配列(例えば、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、MW(配列番号80)、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多く)同一であるガイドヌクレオチド配列を含む5’ステム-ループアーム、
(ii)ループ領域にマイクロRNAループ配列(例えば、miR-30a、miR-155、miR-218-1、若しくはmiR-124-3ループ配列(例えば、配列番号758、764、767、若しくは770のうちのいずれか1つから選択される核酸を有するマイクロRNAループ配列)を含むマイクロRNAループ領域、
(iii)ガイド鎖に対して相補的又は実質的に相補的なパッセンジャーヌクレオチド配列を含む3’ステム-ループアームを含む、ステム-ループ配列と、
(b)5’隣接配列と、任意選択的に、5’スペーサー配列と、を含む第1の隣接領域であって、ガイド鎖に対して5’に位置する第1の隣接領域(例えば、表8に記載される5’隣接領域のうちのいずれか1つ)と、
(c)3’隣接配列と、任意選択的に、3’スペーサー配列と、を含む第2の隣接領域であって、パッセンジャー鎖に対して3’に位置する第2の隣接領域(例えば、表8に記載される3’隣接領域のうちのいずれか1つ)と、をコードするヌクレオチド配列を含み得る。
別の例において、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、
(a)ステム-ループ配列であって、5’から3’へ、
(i)ガイドヌクレオチド配列に対して相補的又は実質的に相補的であるパッセンジャーヌクレオチド配列を含む5’ステム-ループアーム、
(ii)ループ領域にマイクロRNAループ配列(例えば、miR-30a、miR-155、miR-218-1、若しくはmiR-124-3ループ配列(例えば、配列番号758、764、767、若しくは770のうちのいずれか1つから選択される核酸を有するマイクロRNAループ配列)を含むマイクロRNAループ領域、
(iii)表2若しくは表3に列挙されるASO配列(例えば、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、MW(配列番号80)、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多く)同一であるガイドヌクレオチド配列を含む3’ステム-ループアームを含む、ステム-ループ配列と、
(b)パッセンジャー鎖に対して5’に位置する第1の隣接領域(例えば、表8に記載される5’隣接領域のうちのいずれか1つ)と、
(c)3’隣接配列と、任意選択的に、3’スペーサー配列と、を含む第2の隣接領域であって、ガイド鎖に対して3’に位置する第2の隣接領域(例えば、表8に記載される3’隣接領域のうちのいずれか1つ)と、をコードするヌクレオチド配列を含む。
別の例において、発現ベクター又はポリヌクレオチドは、
(a)ステム-ループ配列であって、5’から3’へ、
(i)表2若しくは表3に列挙されるASO配列(例えば、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、MW(配列番号80)、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多く)同一であるガイドヌクレオチド配列を含む5’ステム-ループアーム、
(ii)ループ領域にマイクロRNAループ配列(例えば、miR-30a、miR-155、miR-218-1、若しくはmiR-124-3ループ配列(例えば、配列番号758、764、767、若しくは770のうちのいずれか1つから選択される核酸を有するマイクロRNAループ配列)を含むマイクロRNAループ領域、
(iii)ガイドヌクレオチド配列に対して相補的又は実質的に相補的であるパッセンジャーヌクレオチド配列を含む3’ステム-ループアームを含む、ステム-ループ配列と、
(b)ガイド鎖に対して5’に位置する5’隣接領域(例えば、表8に記載される5’隣接領域のうちのいずれか1つ)と、
(c)第2の隣接領域が、3’隣接配列と、任意選択的に、3’スペーサー配列と、を含む、パッセンジャー鎖に対して3’に位置する3’隣接領域(例えば、表8に記載される3’隣接領域のうちのいずれか1つ)と、をコードするヌクレオチド配列を含み得る。
上述のガイド鎖及びパッセンジャー鎖の長さは、19~50(例えば、19、20、21、22、23、24、25、26~30、31~35、36~40、41~45、又は46~50)ヌクレオチド長であり得る。特定の例において、ガイド鎖の長さは、19個のヌクレオチドである。別の例において、ガイド鎖の長さは、20個のヌクレオチドである。別の例において、ガイド鎖の長さは、21個のヌクレオチドである。別の例において、ガイド鎖の長さは、22個のヌクレオチドである。別の例において、ガイド鎖の長さは、23個のヌクレオチドである。別の例において、ガイド鎖の長さは、24個のヌクレオチドである。別の例において、ガイド鎖の長さは、25個のヌクレオチドである。別の例において、ガイド鎖の長さは、26~30個のヌクレオチドである。別の例において、ガイド鎖の長さは、31~35個のヌクレオチドである。別の例において、ガイド鎖の長さは、36~40個のヌクレオチドである。別の例において、ガイド鎖の長さは、41~45個のヌクレオチドである。別の例において、ガイド鎖の長さは、46~50個のヌクレオチドである。特定の例において、パッセンジャー鎖の長さは、19個のヌクレオチドである。別の例において、パッセンジャー鎖の長さは、20個のヌクレオチドである。別の例において、パッセンジャー鎖の長さは、21個のヌクレオチドである。別の例において、パッセンジャー鎖の長さは、22個のヌクレオチドである。別の例において、パッセンジャー鎖の長さは、23個のヌクレオチドである。別の例において、パッセンジャー鎖の長さは、24個のヌクレオチドである。別の例において、パッセンジャー鎖の長さは、25個のヌクレオチドである。別の例において、パッセンジャー鎖の長さは、26~30個のヌクレオチドである。別の例において、パッセンジャー鎖の長さは、31~35個のヌクレオチドである。別の例において、パッセンジャー鎖の長さは、36~40個のヌクレオチドである。別の例において、パッセンジャー鎖の長さは、41~45個のヌクレオチドである。別の例において、パッセンジャー鎖の長さは、46~50個のヌクレオチドである。
ガイド配列及びパッセンジャー配列の長さは、ガイド鎖及びパッセンジャー鎖が組み込まれるmiRNA足場に基づいて変動し得る。所与のガイドが、miRNA足場に適合される場合、ガイドの長さは、所与のmiRNA足場の天然構造及びプロセシングに合うように伸長され得る。例えば、E-miR-30足場によって産生されるガイド配列は、典型的には、22個のヌクレオチド長さである。ほとんどの足場について、ガイド配列は、標的mRNA配列に対して更に相補的であるように3’末端で伸長するが、いくつかの場合において、miRNA足場の配列に応じて、ガイドの5’開始部位を修飾することを伴っていてもよい。
特定の場合において、所与の構築物の標的化能力を改善するか、又は改変するために、miRNAガイド及びパッセンジャー鎖発現レベル及び/又はプロセシングパターンを改変することが望ましい場合がある。そのように、所与のmiRNAフレームワーク/足場内で、ガイド鎖及びパッセンジャー鎖の位置は、交換されてもよい(図6G)。このことは、スタッファー配列を含む設計の文脈においても可能性があり、又はスタッファーを含まない設計の文脈においても可能性がある。これに加えて、このことは、二重構築物(図8Gに示されるような)、又は連結した構築物(図8Fに示されるような)の文脈においても可能性がある。この変化に適応するために、ガイド鎖及び/又はパッセンジャー鎖の配列は、テンプレートの「親」設計から修飾され得る。代替的に、修飾は、ガイド及びパッセンジャー鎖の発現及び/又はプロセシングパターンにおける変化に影響を与えるために、ガイド及び/又はパッセンジャー鎖配列に対して行われ得る。
特定の例において、ベクター又はポリヌクレオチドは、miR-30a配列を含み、第1の隣接領域は、配列番号752、754、756、及び759のうちのいずれか1つに対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多く)同一であるヌクレオチド配列を含む(表8を参照されたい)。
いくつかの実施形態において、ベクター又はポリヌクレオチドは、miR-30a配列を含み、第2の隣接領域は、配列番号753、755、757、及び760のうちのいずれか1つに対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多く)同一であるヌクレオチド配列を含む(表8を参照されたい)。
別の例において、ベクター又はポリヌクレオチドは、ループ領域が、配列番号758若しくは配列番号761のヌクレオチド配列、又は配列番号758若しくは配列番号761に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多く)同一である配列を含む、miR-30a構造を含む(表8を参照されたい)。
特定の例において、ベクター又はポリヌクレオチドは、miR-155配列を含み、第1の隣接領域は、配列番号762に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多く)同一であるヌクレオチド配列を含む(表8を参照されたい)。
いくつかの実施形態において、ベクター又はポリヌクレオチドは、miR-155配列を含み、第2の隣接領域は、配列番号763に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多く)同一であるヌクレオチド配列を含む(表6を参照されたい)。
別の例において、ベクター又はポリヌクレオチドは、ループ領域が、配列番号764のヌクレオチド配列、又は配列番号764に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多く)同一である配列を含む、miR-155構造を含む(表8を参照されたい)。
特定の例において、ベクター又はポリヌクレオチドは、miR-218-1配列を含み、第1の隣接領域は、配列番号765に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多く)同一であるヌクレオチド配列を含む(表8を参照されたい)。
いくつかの実施形態において、ベクター又はポリヌクレオチドは、miR-218-1配列を含み、第2の隣接領域は、配列番号766に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多く)同一であるヌクレオチド配列を含む(表8を参照されたい)。
別の例において、ベクター又はポリヌクレオチドは、ループ領域が、配列番号767のヌクレオチド配列、又は配列番号767に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多く)同一である配列を含む、miR-218-1構造を含む(表8を参照されたい)。
特定の例において、ベクター又はポリヌクレオチドは、miR-124-3配列を含み、第1の隣接領域は、配列番号768に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多く)同一であるヌクレオチド配列を含む(表8を参照されたい)。
いくつかの実施形態において、ベクター又はポリヌクレオチドは、miR-124-3配列を含み、第2の隣接領域は、配列番号769に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多く)同一であるヌクレオチド配列を含む(表8を参照されたい)。
別の例において、ベクター又はポリヌクレオチドは、ループ領域が、配列番号770のヌクレオチド配列、又は配列番号770に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多く)同一である配列を含む、miR-124-3構造を含む(表8を参照されたい)。
発現ベクターは、プラスミドであってもよく、例えば、イントロン配列(例えば、配列番号743若しくは配列番号744のイントロン配列、又は配列番号743若しくは配列番号744の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、若しくはそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント、リンカー配列、又はスタッファー配列を含み得る。
したがって、本開示の目的は、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列を有するポリヌクレオチド、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントを含むベクターに関する。例えば、ベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも90%の(少なくとも90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するポリヌクレオチドを含み得る。別の例において、ベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも95%の(少なくとも95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するポリヌクレオチドを含み得る。本開示のベクターは、更に、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列を有するポリヌクレオチドを含み得る。
特に、ベクターは、配列番号1~100のうちのいずれか1つの配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、プロモーター(例えば、表5又は表6、又はaに列挙されるプロモーターのうちのいずれか1つ)と、を含み得る。
上で考察されるバリアントは、例えば、個々(例えば、多型)、選択的スプライシング形態等の間の対立遺伝子変動に起因して、天然に存在するバリアントを含み得る。バリアントという用語はまた、他の供給源又は生物からの本開示の遺伝子配列も含む。バリアントは、本開示に係る配列に対して実質的に相同性であり得る。本開示の遺伝子のバリアントはまた、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で、上に定義される配列(又はその相補的な鎖)にハイブリダイズする核酸配列を含む。典型的なストリンジェントハイブリダイゼーション条件は、30℃を超えるか、35℃を超えるか、又は42℃より過剰な温度、及び/又は約500mM未満、又は200mM未満の塩分濃度を含む。ハイブリダイゼーション条件は、例えば、温度、塩分濃度、及び/又はSDS、SSC等の他の試薬の濃度等を調整することによって調節され得る。
本開示は、更に、目的の標的細胞に異種ポリヌクレオチドを送達するための非ウイルスベクター(例えば、本明細書に開示されるGrik2標的化ASO剤をコードするポリヌクレオチドを含有するプラスミド)を提供する。他の例において、本開示のウイルスベクターは、AAVベクターアデノウイルス、レトロウイルス、レンチウイルス、又はヘルペスウイルスベクターであり得る。
1つ以上の発現カセットを使用し得る。各発現カセットは、目的のRNAをコードする配列に作動可能に連結されたプロモーター配列(例えば、神経細胞プロモーター)を少なくとも含み得る。各発現カセットは、追加の調節要素、スペーサー、イントロン、UTR、ポリアデニル化部位等からなり得る。発現カセットは、例えば、2つ以上のASO剤をコードするポリヌクレオチドに関して多重遺伝子であり得る。発現カセットは、更に、プロモーターと、目的の1つ以上のASO剤をコードする核酸と、ポリA配列と、を含み得る。特定の例において、発現カセットは、5’プロモーター配列と、目的の第1のASO剤(例えば、配列番号1~100のうちのいずれか1つ)をコードするポリヌクレオチド配列と、目的の第2のASO剤(例えば、配列番号1~100)をコードする配列と、ポリA配列-3’と、を含む。
ウイルスベクターは、抵抗性AmpR、カナマイシン、ハイグロマイシンB、ジェネティシン、ブラストサイジンS、ゲンタマイシン、カルベニシリン、クロラムフェニコール、ノーセオトリシン、又はピューロマイシンの遺伝子などの抗生物質抵抗性遺伝子をコードする核酸配列を更に含み得る。
例示的な発現カセット
本開示は、発現ベクター(例えば、プラスミド若しくはウイルスベクター(例えば、AAV若しくはレンチウイルスベクター))に組み込まれると、Grik2 mRNAにハイブリダイズし、その発現を阻害するASO剤(例えば、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列を有するASO剤)をコードする異種ポリヌクレオチドの発現を促進する、発現カセットを提供する。一般に、核酸ベクターに組み込まれた発現カセットは、異種遺伝子調節配列(例えば、プロモーター(例えば、表5若しくは表6に記載されるプロモーターのうちのいずれか1つ)、及び任意選択的に、エンハンサー配列(例えば、表7に記載されるエンハンサー配列))と、5’隣接配列(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、若しくは768のうちのいずれか1つ)と、ステム-ループ5’アーム、ループ配列(例えば、配列番号758、761、764、767、若しくは770のうちのいずれか1つ)、ステム-ループ3’アームを含有するステム-ループ配列と、3’隣接配列(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、若しくは769のうちのいずれか1つ)と、任意選択的に、ウッドチャック肝炎転写後調節要素(WRPE)と、ポリA配列(例えば、配列番号750、751、792、若しくは793)と、を含有する異種ポリヌクレオチドを含むだろう。AAVの場合において、発現カセットは、それぞれ、5’ITR及び3’ITR配列(例えば、表7に記載される5’又は3’ITR配列のうちのいずれか1つ)によって、その5’末端及び3’末端で隣接され得る。典型的には、本明細書に開示される方法及び組成物と組み合わせて使用するためのAAV2 ITR配列が企図されるが、本明細書に開示される他のAAV血清型からのITR配列も使用され得る(上の「AAVベクター」のセクションを参照されたい)。本開示の範囲を限定するものではないが、単に開示される方法及び組成物とともに使用するのに適した発現カセットを例示するために、表9及び表10(米国仮特許出願第63/050,742号からその全体が参照により本明細書に組み込まれる)は、それぞれ、ニューロン又はユビキタス的に導入遺伝子発現を誘導するのに有用な5’から3’方向へと移動する発現カセット要素を有する例示的な発現カセット構築物を特徴とする。構築物の一般的なアーキテクチャは、5’から3’の方向に配向する、
(i)5’ITR配列(AAVベクターのみについて、例えば、配列番号746若しくは配列番号747)と、
(ii)プロモーター配列(例えば、表5若しくは表6に列挙されるプロモーター配列のうちのいずれか1つ)と、
(iii)5’隣接配列(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、若しくは768のうちのいずれか1つ)と、
(iv)ステム-ループ配列であって、5’から3’方向に、
a.ステム-ループ5’アームであって、少なくとも配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して相補的若しくは実質的に相補的である(例えば、10個以下、9個以下、8個以下、7個以下、6、5個以下、4個以下、3個以下、2個以下、若しくは1個以下のミスマッチヌクレオチドを含有する)パッセンジャー配列を含有するガイド配列を含むステム-ループ5’アーム、
b.ループ配列(例えば、miR-30、miR-155、miR-218-1、若しくはmiR-124-3ループ配列、例えば、配列番号758、761、764、767、若しくは770のうちのいずれか1つのループ配列)、及び
c.ステム-ループ3’アームであって、少なくとも、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して実質的に相補的である(例えば、10個以下、9個以下、8個以下、7個以下、6、5個以下、4個以下、3個以下、2個以下、若しくは1個以下のミスマッチヌクレオチドを含有する)パッセンジャー配列を含有するガイド配列を含むステム-ループ3’アームを含む、ステム-ループ配列と、
(v)3’隣接配列(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、若しくは769のうちのいずれか1つ)と、
(vi)任意選択的に、WPRE配列と、
(vii)ポリA配列(例えば、配列番号750、配列番号751、配列番号792、若しくは配列番号793)と、
(viii)3’ ITR配列(AAVベクターのみについて、例えば、配列番号748、配列番号749、若しくは配列番号789)を少なくとも含む。
特定の例において、本開示は、表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される標的配列、又は表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される対応する標的配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択されるGrik2 mRNA標的配列に対して完全又は実質的に相補的である抗Grik2ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結されたhSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。
別の例において、本開示は、表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される標的配列、又は表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される対応する標的配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択されるGrik2 mRNA標的配列に対して完全又は実質的に相補的である抗Grik2ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結されたCaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。
別の例において、本開示は、表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される標的配列、又は表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される対応する標的配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択されるGrik2 mRNA標的配列に対して完全又は実質的に相補的である抗Grik2ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結されたCAGプロモーター(例えば、配列番号737)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。
別の例において、本開示は、表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される標的配列、又は表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される対応する標的配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択されるGrik2 mRNA標的配列に対して完全又は実質的に相補的である抗Grik2ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結されたCBAプロモーター(例えば、配列番号738)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。
別の例において、本開示は、表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される標的配列、又は表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される対応する標的配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択されるGrik2 mRNA標的配列に対して完全又は実質的に相補的である抗Grik2ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結されたU6プロモーター(例えば、配列番号728~733のうちのいずれか1つ)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。
別の例において、本開示は、表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される標的配列、又は表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される対応する標的配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択されるGrik2 mRNA標的配列に対して完全又は実質的に相補的である抗Grik2ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結されたH1プロモーター(例えば、配列番号734)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。
別の例において、本開示は、表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される標的配列、又は表4、若しくは配列番号164~681のうちのいずれか1つに記載される対応する標的配列に対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択されるGrik2 mRNA標的配列に対して完全又は実質的に相補的である抗Grik2ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結された7SKプロモーター(例えば、配列番号735)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。
別の例において、本開示は、配列番号1~100のうちのいずれか1つ、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択される抗Grik2ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結されたhSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。
別の例において、本開示は、配列番号1~100のうちのいずれか1つ、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択される抗Grik2ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結されたCaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。
別の例において、本開示は、配列番号1~100のうちのいずれか1つ、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択される抗Grik2ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結されたCAGプロモーター(例えば、配列番号737)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。
別の例において、本開示は、配列番号1~100のうちのいずれか1つ、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択される抗Grik2ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結されたCBAプロモーター(例えば、配列番号738)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。
別の例において、本開示は、配列番号1~100のうちのいずれか1つ、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択される抗Grik2ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結されたU6プロモーター(例えば、配列番号728~733のうちのいずれか1つ)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。
別の例において、本開示は、配列番号1~100のうちのいずれか1つ、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択される抗Grik2ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結されたH1プロモーター(例えば、配列番号734)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。
別の例において、本開示は、配列番号1~100のうちのいずれか1つ、又は配列番号1~100のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントからなる群から選択される抗Grik2ガイド配列を含むポリヌクレオチドに作動可能に連結された7SKプロモーター(例えば、配列番号735)と、ガイド配列に完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列と、を含む、発現カセットを提供する。
別の例において、本開示は、以下の表9に記載される発現カセットのうちのいずれか1つから選択される発現カセットを提供する。
別の例において、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して5個以下(例えば、5、4、3、2、又は1個以下)のミスマッチヌクレオチド(すなわち、ミスマッチ)を有する。別の例において、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して4個以下(例えば、4、3、2、又は1個以下)のミスマッチを有する。別の例において、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して3個以下(例えば、3、2、又は1個以下)のミスマッチを有する。別の例において、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して2個以下(例えば、2、又は1個以下)のミスマッチを有する。なお別の例において、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して1個以下のミスマッチを有する。
別の例において、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して10個以下(例えば、10、9、8、7、又は6個以下)のミスマッチヌクレオチド(すなわち、ミスマッチ)を有する。別の例において、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して9個以下(例えば、9、8、7、又は6個以下)のミスマッチを有する。別の例において、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して8個以下(例えば、8、7、又は6個以下)のミスマッチを有する。別の例において、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して7個以下(例えば、7、又は6個以下)のミスマッチを有する。別の例において、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して6個以下のミスマッチを有する。別の例において、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して5個以下のミスマッチを有する。別の例において、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して4個以下のミスマッチを有する。別の例において、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して3個以下のミスマッチを有する。別の例において、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して2個以下のミスマッチを有する。別の例において、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して実質的に相補的であるパッセンジャー配列は、配列番号1~100のうちのいずれか1つのASO配列に対して1個以下のミスマッチを有する。
米国仮特許出願第63/050,742号(その全体が参照により本明細書に組み込まれる)の表9又は表10に例示される発現構築物は、追加のベクター要素、例えば、調節配列(例えば、1つ以上のエンハンサー配列、ターミネーター配列、又はWPRE配列)、上述の配列のいずれかの間、又はそれらの内部にあるスタッファー配列及びリンカー配列、並びに細胞において異種ポリヌクレオチドの発現を促進するために使用することができる当該技術分野で知られている任意の他の従来の発現構築物要素を更に含み得る。表9及び表10は、例示的な発現カセットを提供し、その各々が、単一の行に示されており、識別子番号によって示されており(例えば、表9の例示的な発現カセット構成1~3800、及び表10の構成1~2000)、発現カセットの各要素は、5’から3’への方向に配向した一連の欄で表されている。
本開示の例示的な単シストロン性(すなわち、単一ASOコード)構築物は、A-miR-30足場に組み込まれたhSynプロモーター(配列番号790)及びASO G9(配列番号68)を含有するAAV(例えば、AAV9)構築物を含み得る(構築物1、図6Aを参照されたい)。かかる構築物は、配列番号775の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号775の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る(以下を参照されたい)。
注釈:太字=5’ITR配列、一本下線=プロモーター配列、斜体=5’隣接配列-ガイド配列-マイクロRNAループ配列-パッセンジャー配列-3’隣接配列、斜体+太字+一本下線:G9ガイド配列をコードするDNA、斜体+波状下線:G9パッセンジャー配列をコードするDNA、二本下線:ポリA配列、太字+小文字:3’ITR配列(配列番号789)。
上述の例示的な単シストロン性抗Grik2構築物は、A-miR-30足場に組み込まれたGrik2アンチセンスガイド配列(例えば、G9、配列番号68)を含んでいてもよく、その結果、マイクロRNAコード配列が、配列番号795の核酸配列を有するポリヌクレオチドであるか、又は配列番号795の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
注釈:斜体=5’隣接配列-ガイド配列-マイクロRNAループ配列-パッセンジャー配列-3’隣接配列、斜体+波状下線:パッセンジャー配列をコードするDNA、斜体+太字+一本下線:G9ガイド配列をコードするDNA。
本開示の別の例示的な単シストロン性抗Grik2構築物は、C1ql2プロモーター(配列番号791)及びhSynプロモーター(配列番号790)をタンデムで含有し、A-miR-30足場に組み込まれたASO G9(配列番号68)を含有するAAV(例えば、AAV9構築物を含み得る(構築物2、図6Bを参照されたい)。かかる構築物は、配列番号777の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号777の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る(以下を参照されたい)。
注釈:太字=5’ITR配列、一本下線+斜体=C1ql2プロモーター配列、一本下線:hSynプロモーター配列、斜体=5’隣接配列-ガイド配列-マイクロRNAループ配列-パッセンジャー配列-3’隣接配列、斜体+波状下線:パッセンジャー配列をコードするDNA、斜体+太字+一本下線:G9ガイド配列をコードするDNA、二本下線:ポリA配列、太字+小文字:3’ITR配列(配列番号789)。
上述の例示的な単シストロン性抗Grik2構築物は、マイクロRNA足場に組み込まれたGrik2アンチセンスガイド配列(例えば、G9、配列番号68)を含んでいてもよく、その結果、マイクロRNAコード配列が、配列番号778の核酸配列を有するポリヌクレオチドであるか、又は配列番号778の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
注釈:斜体=5’隣接配列-ガイド配列-マイクロRNAループ配列-パッセンジャー配列-3’隣接配列、斜体+波状下線:パッセンジャー配列をコードするDNA、斜体+太字+一本下線:G9ガイド配列をコードするDNA。
本開示の別の例示的な単シストロン性抗Grik2構築物は、A-miR-30足場に組み込まれた、5’ITR配列の下流にhSynプロモーター(配列番号790)、及びASO G9(配列番号68)を含有する自己相補性(sc)AAV(例えば、AAV9)構築物を含み得る(構築物3、図6Cを参照されたい)。かかる構築物は、配列番号779の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号779の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る(以下を参照されたい)。
注釈:太字=5’ITR配列、一本下線+斜体=hSynプロモーター配列、一本下線:hSynプロモーター配列、斜体=5’隣接配列-ガイド配列-マイクロRNAループ配列-パッセンジャー配列-3’隣接配列、斜体+波状下線:パッセンジャー配列をコードするDNA、斜体+太字+一本下線:G9ガイド配列をコードするDNA、二本下線:RBGポリA配列、二本下線+太字=BGHポリA配列(配列番号793)、太字+小文字:3’ITR配列(配列番号748)。
上述の例示的な単シストロン性抗Grik2構築物は、マイクロRNA足場に組み込まれたGrik2アンチセンスガイド配列(例えば、G9、配列番号68)を含んでいてもよく、その結果、マイクロRNAコード配列が、配列番号780の核酸配列を有するポリヌクレオチドであるか、又は配列番号780の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
注釈:斜体=5’隣接配列-ガイド配列-マイクロRNAループ配列-パッセンジャー配列-3’隣接配列、斜体+波状下線:パッセンジャー配列をコードするDNA、斜体+太字+一本下線:G9ガイド配列をコードするDNA。
本開示の別の例示的な単シストロン性抗Grik2構築物は、A-miR-30足場に組み込まれた、3’ITRに近位のhSynプロモーター(配列番号790)(「FLIP」)、及びASO G9(配列番号68)を含有するscAAV(例えば、scAAV9)構築物を含み得る(構築物4、図6Dを参照されたい)。かかる構築物は、配列番号781の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号781の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る(以下を参照されたい)。
注釈:太字=5’ITR配列、一本下線+斜体=hSynプロモーター配列、一本下線:hSynプロモーター配列、斜体=5’隣接配列-ガイド配列-マイクロRNAループ配列-パッセンジャー配列-3’隣接配列、斜体+波状下線:パッセンジャー配列をコードするDNA、斜体+太字+一本下線:G9ガイド配列をコードするDNA、二本下線:RBGポリA配列、二本下線+太字=BGHポリA配列(配列番号793)、太字+小文字:3’ITR配列(配列番号748)。なお、この場合において、ガイド配列は、全カセットが、5’ITRから3’ITRへとではなく、3’ITRから5’ITRへと読まれるため、「逆」である。
上述の例示的な単シストロン性抗Grik2構築物は、マイクロRNA足場に組み込まれたGrik2アンチセンスガイド配列(例えば、G9、配列番号68)を含んでいてもよく、その結果、マイクロRNAコード配列が、配列番号782(上鎖)若しくは配列番号794(下鎖)の核酸配列を有するポリヌクレオチドであるか、又は配列番号782若しくは配列番号794の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
注釈:斜体=5’隣接配列-ガイド配列-マイクロRNAループ配列-パッセンジャー配列-3’隣接配列、斜体+波状下線:パッセンジャー配列をコードするDNA、斜体+太字+一本下線:G9ガイド配列をコードするDNA。
本開示の別の例示的な単シストロン性抗Grik2構築物は、A-miR-30足場に組み込まれた、hSynプロモーター(配列番号790)及びASO G9(配列番号68)の3つの連結したコピーを含有するAAV(例えば、AAV9)構築物を含み得る(構築物5、図6Eを参照されたい)。かかる構築物は、配列番号783の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号783の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る(以下を参照されたい)。
注釈:太字=5’ITR配列、一本下線=プロモーター配列、斜体=5’隣接配列-ガイド配列-マイクロRNAループ配列-パッセンジャー配列-3’隣接配列、斜体+波状下線:パッセンジャー配列をコードするDNA、斜体+太字+一本下線:G9ガイド配列をコードするDNA、二本下線:ポリA配列、太字+小文字:3’ITR配列(配列番号789)、^=第1のコンカテマーの境界、*=第2のコンカテマーの境界、及び#=第3のコンカテマーの境界。
本開示の別の例示的な単シストロン性抗Grik2構築物は、各々がA-miR-30足場に組み込まれた、hSynプロモーター(配列番号790)、及びG9(配列番号68、GI(配列番号77、若しくはMU(配列番号96)を含む、異なるアンチセンス配列の3つの連結したコピーを含有するAAV(例えば、AAV9)構築物を含み得る(構築物6、図6Eを参照されたい)。かかる構築物は、配列番号784の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号784の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る(以下を参照されたい)。
注釈:太字=5’ITR配列、一本下線=プロモーター配列、斜体=5’隣接配列-ガイド配列-マイクロRNAループ配列-パッセンジャー配列-3’隣接配列、斜体+波状下線:ガイド配列(この順序で、G9、GI、MU)に対して相補的なパッセンジャー配列をコードするDNA、斜体+太字+一本下線:ガイド配列(この順序で、G9、GI、MU)をコードするDNA、二本下線:ポリA配列、太字+小文字:3’ITR配列(配列番号789)、^=第1のコンカテマーの境界、*=第2のコンカテマーの境界、及び#=第3のコンカテマーの境界。
他の場合において、G9 ASO配列(配列番号68)は、E-miR-124-3足場に組み込まれてもよく、その結果、マイクロRNAコード配列が、配列番号801の核酸配列を有するポリヌクレオチドであるか、又は配列番号801の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
注釈:斜体=5’隣接配列-ガイド配列-マイクロRNAループ配列-パッセンジャー配列-3’隣接配列、斜体+波状下線:G9パッセンジャー配列をコードするDNA、斜体+太字+一本下線:G9ガイド配列をコードするDNA。
本開示の別の単シストロン性抗Grik2構築物は、E-miR-124-3足場に組み込まれた、hSynプロモーター(配列番号790)抗Grik2アンチセンス配列G9(配列番号68)を含有するAAV(例えば、AAV9)構築物である。かかる構築物は、配列番号809の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号809の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る(以下を参照されたい)。配列番号809の発現構築物は、配列番号810の核酸配列、又は配列番号810の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントを有するベクターに組み込まれ得る。
注釈:一本下線:プロモーター配列、太字:ガイド配列及びパッセンジャー配列を含有するマイクロRNAステム-ループ構造、二本下線ポリA配列、斜体:スタッファー配列1、斜体+下線:スタッファー配列2。
本開示の別の単シストロン性抗Grik2構築物は、A-miR-30足場に組み込まれた、hSynプロモーター(配列番号790)及びASO GI(配列番号77)を含有するAAV(例えば、AAV9)構築物である。かかる構築物は、配列番号796の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号817の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る(以下を参照されたい)。
注釈:一本下線=プロモーター配列、斜体=5’隣接配列-ガイド配列-マイクロRNAループ配列-パッセンジャー配列-3’隣接配列、斜体+波状下線:GIパッセンジャー配列をコードするDNA、斜体+太字+一本下線:GIガイド配列をコードするDNA、二本下線:ポリA配列。
配列番号817の構築物は、配列番号796において以下に示されるように、5’ITR配列及び3’ITR配列を更に含有するベクターに組み込まれ得る。
注釈:太字=5’ITR配列、一本下線=プロモーター配列、斜体=5’隣接配列-ガイド配列-マイクロRNAループ配列-パッセンジャー配列-3’隣接配列、斜体+波状下線:GIパッセンジャー配列をコードするDNA、斜体+太字+一本下線:GIガイド配列をコードするDNA、二本下線:ポリA配列、太字+小文字:3’ITR配列(配列番号789)。
上述の例示的な単シストロン性抗Grik2構築物は、A-miR-30足場に組み込まれたGrik2アンチセンスガイド配列(例えば、GI、配列番号77)を含んでいてもよく、その結果、マイクロRNAコード配列が、配列番号797の核酸配列を有するポリヌクレオチドであるか、又は配列番号797の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
注釈:斜体=5’隣接配列-ガイド配列-マイクロRNAループ配列-パッセンジャー配列-3’隣接配列、斜体+波状下線:GIパッセンジャー配列をコードするDNA、斜体+太字+下線:GIガイド配列をコードするDNA。
GI抗Grik2配列(配列番号77)を組み込んだ別の抗Grik2構築物は、E-miR-30足場を含んでいてもよく、その結果、マイクロRNAコード配列が、配列番号798の核酸配列を有するポリヌクレオチドであるか、又は配列番号798の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
注釈:斜体=5’隣接配列-ガイド配列-マイクロRNAループ配列-パッセンジャー配列-3’隣接配列、斜体+太字+一本下線:GIガイド配列をコードするDNA、斜体+波状下線:GIパッセンジャー配列をコードするDNA。
本開示の別の単シストロン性抗Grik2構築物は、E-miR-30足場に組み込まれた、hSynプロモーター(配列番号790)、ASO GI(配列番号77)、並びにスタッファー配列(配列番号815及び816)を含有するAAV(例えば、AAV9)構築物である。かかる構築物は、配列番号803の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号803の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る(以下を参照されたい)。配列番号803の発現構築物、又はそのバリアントは、配列番号804の核酸配列、又は配列番号804の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントを有するベクターに組み込まれ得る。
注釈:一本下線:プロモーター配列、太字:ガイド配列及びパッセンジャー配列を含有するマイクロRNAステム-ループ構造、二本下線ポリA配列、斜体:スタッファー配列1(配列番号815)、斜体+下線:スタッファー配列2(配列番号816)。
アンチセンス構築物が、ASO配列MW(配列番号80)を含有する場合において、構築物は、E-miR-218-1足場を含んでいてもよく、その結果、マイクロRNAコード配列が、配列番号799の核酸配列を有するポリヌクレオチドであるか、又は配列番号799の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
注釈:斜体=5’隣接配列-ガイド配列-マイクロRNAループ配列-パッセンジャー配列-3’隣接配列、斜体+太字+一本下線:GIガイド配列をコードするDNA、斜体+波状下線:GIパッセンジャー配列をコードするDNA。
配列番号799の構築物は、以下の配列番号819に示されるように、hSynプロモーター(配列番号790)と、ポリA配列と、を更に含み得る。
注釈:一本下線=プロモーター配列、斜体=5’隣接配列-ガイド配列-マイクロRNAループ配列-パッセンジャー配列-3’隣接配列、斜体+波状下線:GIパッセンジャー配列をコードするDNA、斜体+太字+一本下線:GIガイド配列をコードするDNA、二本下線:ポリA配列。
本開示の別の単シストロン性抗Grik2構築物は、E-miR-218-1足場に組み込まれた、hSynプロモーター(配列番号790)、ASO MW(配列番号80)、並びに1つ以上のスタッファー配列(例えば、配列番号815及び/又は配列番号816)を含有するAAV(例えば、AAV9)構築物である。かかる構築物は、配列番号805の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号805の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る(以下を参照されたい)。配列番号805の発現構築物、又はそのバリアントは、配列番号806の核酸配列、又は配列番号806の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントを有するベクターに組み込まれ得る。
注釈:一本下線:プロモーター配列、太字:ガイド配列及びパッセンジャー配列を含有するマイクロRNAステム-ループ構造、二本下線ポリA配列、斜体:スタッファー配列1(配列番号815)、斜体+下線:スタッファー配列2(配列番号816)。
代替的に、ASO配列MW(配列番号80)を含有するアンチセンス構築物は、E-miR-124-3足場を含んでいてもよく、その結果、マイクロRNAコード配列が、配列番号800の核酸配列を有するポリヌクレオチドであるか、又は配列番号800の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントである。
注釈:斜体=5’隣接配列-ガイド配列-マイクロRNAループ配列-パッセンジャー配列-3’隣接配列、斜体+波状下線:MWパッセンジャー配列をコードするDNA、斜体+下線+灰色ハイライト:MWガイド配列をコードするDNA。
配列番号800の構築物は、以下の配列番号821に示されるように、hSynプロモーター(配列番号790)と、ポリA配列と、を更に含み得る。
注釈:一本下線=プロモーター配列、斜体=5’隣接配列-ガイド配列-マイクロRNAループ配列-パッセンジャー配列-3’隣接配列、斜体+波状下線:GIパッセンジャー配列をコードするDNA、斜体+太字+一本下線:GIガイド配列をコードするDNA、二本下線:ポリA配列。
本開示の別の単シストロン性抗Grik2構築物は、E-miR-124-3足場に組み込まれた、hSynプロモーター(配列番号790)、ASO MW(配列番号80)、並びに1つ以上のスタッファー配列(配列番号815及び/又は配列番号816)を含有するAAV(例えば、AAV9)構築物である。かかる構築物は、配列番号807の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号807の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る(以下を参照されたい)。配列番号807の発現構築物、又はそのバリアントは、配列番号808の核酸配列、又は配列番号808の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントを有するベクターに組み込まれ得る。
注釈:一本下線:プロモーター配列、太字:ガイド配列及びパッセンジャー配列を含有するマイクロRNAステム-ループ構造、二本下線ポリA配列、斜体:スタッファー配列1(配列番号815)、斜体+下線:スタッファー配列2(配列番号816)。
多重遺伝子miRNAカセット
隣接/ステム-ループ/隣接構築物(例えば、プリmiRNA)は、単一のmiRNA「カセット」として処理されてもよく、連結してもよい(例えば、1つ以上のプロモーターによって駆動される多重遺伝子配置で提供される)1個より多い(例えば、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10個、又はそれより多い)プレmiRステム-ループ配列が、より長い転写産物(例えば、イントロン)の任意のポリヌクレオチド配列中に、又は内因性マイクロRNA隣接配列(各ステム-ループに対して5’及び3’、例えば、-5p及び-3p配列)の間に埋め込まれてもよい。各プレmiRステム-ループ配列は、専用のプロモーターの制御下で発現され得る(例えば、その各々が独立して個々のプレmiRステム-ループ配列の発現を調節し、すなわち、各プロモーターが、他のものとは無関係に個々のマイクロRNAを産生するように機能する、別個のプロモーター配列を有する多重遺伝子構築物として)。5bp伸長されたステムを少なくとも提供することができる隣接配列が、ステム-ループのプロセシングにとって十分であることが示されている(Sun,et al.BioTechniques.41:59-63、2006年7月、参照により本明細書に組み込まれる)。スペーサー配列は、第1のmiRNA発現カセットの3’隣接配列と、第2のmiRNA発現カセットの5’隣接配列との間に配置され得る。スペーサー配列は、コード配列又は非コード(例えば、イントロン)配列に由来していてもよく、種々の長さを有しているが、ステム-ループ-隣接配列の一部とはされない(Rousset,F.et al.,Molecular Therapy:Nucleic Acids,14:352-63,2019、参照により本明細書に組み込まれる)。
例示的な発現カセットは、(a)Grik2 mRNAにハイブリダイズするガイドRNA配列を含有する第1のmiRNA配列をコードする第1のポリヌクレオチドと、(b)Grik2 mRNAにハイブリダイズするガイドRNA配列を含有する第2のmiRNA配列をコードする第2のポリヌクレオチドと、を含有するヌクレオチド配列を含み得る。例えば、発現カセットは、5’から3’へ、(a)ガイド鎖に対して5’に位置し、上述の第1の隣接配列が、第1の5’隣接配列(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、及び768のうちのいずれか1つ、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)を含む第1の5’隣接領域と、(b)第1のステム-ループ構造であって、(i)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、配列番号1~100)のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するガイドヌクレオチド配列を含む5’ステム-ループアーム、(ii)表6から選択されるマイクロRNA配列、又はそれに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントを含むループ領域、(iii)ガイド鎖に対して相補的又は実質的に相補的なパッセンジャーヌクレオチド配列を含む3’ステム-ループアームを含む、第1のステム-ループ構造と、(c)上述のパッセンジャー鎖及び3’スペーサー配列に対して3’に位置する第1の3’隣接領域(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、及び769のうちのいずれか1つ、又はそれに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、(d)ガイド鎖に対して5’に位置する第2の5’隣接領域(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、及び768のうちのいずれか1つ、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、(e)第2のステム-ループ構造であって、(i)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、配列番号1~100)のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するガイドヌクレオチド配列を含む5’ステム-ループアーム、(ii)表6から選択されるマイクロRNA配列、又はそれに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントを含有するループ領域、(iii)ガイド鎖に対して相補的又は実質的に相補的なパッセンジャーヌクレオチド配列を含む3’ステム-ループアームを含む、第2のステム-ループ構造と、(f)パッセンジャー鎖に対して3’に位置する3’隣接配列(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、及び769のうちのいずれか1つ、又はそれに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントを含む第2の3’隣接領域と、を含み得る。
第1の5’隣接配列、第1の3’隣接配列、第2の5’隣接配列、及び第2の3’隣接配列は、表6から選択され得る。
二重miRNA、単一プロモーター発現カセット
多重遺伝子又は多重遺伝子rAAV発現構築物は、ポリヌクレオチドXをコードする連続的な(例えば、連続又は非連続の)miRNAで構成される導入遺伝子を含み得る(例えば、(X)。Xポリヌクレオチドは、表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列のうちのいずれか1つ、ガイド配列に対して完全又は実質的に相補的であるパッセンジャー配列、表6に列挙される5’及び3’隣接配列のうちのいずれか1つ、並びに表6に列挙されるループ配列のうちのいずれか1つを含む。式(Xを有する多重遺伝子導入遺伝子は、プロモーター及び導入遺伝子が、式プロモーター-(Xを有し、nが1~10(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10)の整数であるように、導入遺伝子の5’末端に位置する単一プロモーターの制御下にある。
本開示の多重マイクロRNA構築物の非限定的な例は、単一プロモーター、例えば、内因性(E)-miR-30足場に埋め込まれた、hSynプロモーター(例えば、配列番号790)、GIアンチセンス配列(配列番号77)、及びE-miR-218-1足場に埋め込まれた、MWアンチセンス配列(配列番号80)を含む。かかる構築物は、配列番号811の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号811の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る(以下を参照されたい)。配列番号811の構築物、又はそのバリアントは、配列番号812の核酸配列、又は配列番号812の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントを有するベクターに組み込まれ得る。
注釈:一本下線:プロモーター配列、太字:ガイド配列及びパッセンジャー配列を含有するマイクロRNAステム-ループ構造、二本下線ポリA配列、斜体:スタッファー配列(配列番号815)。
二重miRNA、二重プロモーター発現カセット
1個より多い(例えば、少なくとも2、3、4、5、6、7、8、9、10個、又はそれより多くの)プレmiRステム-ループ配列を含有する多重遺伝子発現カセットは、各々の個々のプレmiRステム-ループ配列の発現を調節するための1個より多いプロモーター配列を含んでいてもよく、その結果、各々の個々のプレmiRステム-ループ配列は、専用のプロモーター配列に作動可能に連結される。このような場合において、発現構築物は、式(プロモーター-Xの構造を特徴とし、式中、Xが、表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列のうちのいずれか1つを含有するポリヌクレオチドであり、nが、1~10(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、又は10)の整数である。追加の調節要素、例えば、二次構造を形成することができる、エンハンサー配列、ターミネーター配列、ポリアデニル化シグナル、イントロン、及び/又は配列、例えば、本明細書に開示される調節要素のうちのいずれか1つは、プロモーター-X構造の5’末端及び/又は3’末端に作動可能に連結され得る。
特定の例において、二重miRNA発現カセットは、各々が個々のプロモーター配列(例えば、本明細書に開示されるプロモーター配列)の制御下で、2個のプレmiRステム-ループ配列を含む。二重miRNAカセット中の2個のプロモーターは、同一のプロモーター又は異なるプロモーターであり得る。
特定の例において、二重miRNA発現カセットは、5’から3’へ、(a)第1のプロモーター配列(例えば、本明細書に開示されるプロモーター配列のうちのいずれか1つ、例えば、表5、例えば、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)、又はC1ql2プロモーター(例えば、配列番号719若しくは配列番号791)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、(b)第1のパッセンジャーヌクレオチド配列(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、若しくは768のうちのいずれか1つ)に対して5’に位置する第1の5’隣接領域と、(c)第1のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、(i)第1のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第1のパッセンジャーヌクレオチド配列を含む第1の5’ステム-ループアーム、(ii)第1のマイクロRNAループ配列(例えば、配列番号758、761、764、767、若しくは770のうちのいずれか1つ)を含有する第1のループ領域、(iii)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、MW(配列番号80)、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれかに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する第1のガイドヌクレオチド配列を含有する第1の3’ステム-ループアームを含む、第1のステム-ループ配列と、(d)第1のガイドヌクレオチド配列(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、若しくは769のうちのいずれか1つ)に対して3’に位置する第1の3’隣接領域と、(e)任意選択的に、第2のプロモーター配列(例えば、本明細書に開示されるプロモーター配列のうちのいずれか1つ、例えば、表5、例えば、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)、又はC1ql2プロモーター(例えば、配列番号719若しくは配列番号791)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、(f)第2のパッセンジャーヌクレオチド配列(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、若しくは768のうちのいずれか1つ)に対して5’に位置する第2の5’隣接領域と、(g)第2のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、(i)第2のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第2のパッセンジャーヌクレオチド配列を含む第2の5’ステム-ループアーム、(ii)第2のマイクロRNAループ配列(例えば、配列番号758、761、764、767、若しくは770のうちのいずれか1つ)を含有する第2のループ領域、(iii)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、MW(配列番号80)、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれかに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する第2のガイドヌクレオチド配列を含有する第2の3’ステム-ループアームを含む、第2のステム-ループ配列と、(h)第2のガイドヌクレオチド配列(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、又は769のうちのいずれか1つ)に対して3’に位置する第2の3’隣接領域と、を含むヌクレオチド配列を含む。
別の例において、二重miRNA発現カセットは、5’から3’へ、(a)第1のプロモーター配列(例えば、本明細書に開示されるプロモーター配列のうちのいずれか1つ、例えば、表5、例えば、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)、又はC1ql2プロモーター(例えば、配列番号719若しくは配列番号791)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、(b)第1のパッセンジャーヌクレオチド配列(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、若しくは768のうちのいずれか1つ)に対して5’に位置する第1の5’隣接領域と、(c)第1のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、(i)第1のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第1のパッセンジャーヌクレオチド配列を含有する第1の5’ステム-ループアーム、(ii)第1のマイクロRNAループ配列(例えば、配列番号758、761、764、767、若しくは770のうちのいずれか1つ)を含有する第1のループ領域、(iii)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、MW(配列番号80)、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれかに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する第1のガイドヌクレオチド配列を含有する第1の3’ステム-ループアームを含む、第1のステム-ループ配列と、(d)第1のガイドヌクレオチド配列(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、若しくは769のうちのいずれか1つ)に対して3’に位置する第1の3’隣接領域と、(e)任意選択的に、第2のプロモーター配列(例えば、本明細書に開示されるプロモーター配列のうちのいずれか1つ、例えば、表5、例えば、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)、又はC1ql2プロモーター(例えば、配列番号719若しくは配列番号791)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、(f)第2のガイドヌクレオチド配列(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、若しくは768のうちのいずれか1つ)に対して5’に位置する第2の5’隣接領域と、(g)第2のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、(i)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、MW(配列番号80)、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれかに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するガイドヌクレオチド配列を含有する第2の5’ステム-ループアーム、(ii)第2のマイクロRNAループ配列(例えば、配列番号758、761、764、767、若しくは770のうちのいずれか1つ)を含有する第2のループ領域、(iii)第2のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第2のパッセンジャーヌクレオチド配列を含有する第2の3’ステム-ループアームを含む、第2のステム-ループ配列と、(h)第2のパッセンジャーヌクレオチド配列(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、又は769のうちのいずれか1つ)に対して3’に位置する第2の3’隣接領域と、を含むヌクレオチド配列を含む。
別の例において、二重miRNA発現カセットは、5’から3’へ、(a)第1のプロモーター配列(例えば、本明細書に開示されるプロモーター配列のうちのいずれか1つ、例えば、表5、例えば、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)、又はC1ql2プロモーター(例えば、配列番号719若しくは配列番号791)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、(b)第1のガイドヌクレオチド配列(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、若しくは768のうちのいずれか1つ)に対して5’に位置する第1の5’隣接領域と、(c)第1のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、(i)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、MW(配列番号80)、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれかに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する第1のガイドヌクレオチド配列を含有する第1の5’ステム-ループアーム、(ii)第1のマイクロRNAループ配列(例えば、配列番号758、761、764、767、若しくは770のうちのいずれか1つ)を含有する第1のループ領域、(iii)第1のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第1のパッセンジャーヌクレオチド配列を含有する第1の3’ステム-ループアームを含む、第1のステム-ループ配列と、(d)第1のパッセンジャーヌクレオチド配列(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、若しくは769のうちのいずれか1つ)に対して3’に位置する第1の3’隣接領域と、(e)任意選択的に、第2のプロモーター配列(例えば、本明細書に開示されるプロモーター配列のうちのいずれか1つ、例えば、表5、例えば、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)、又はC1ql2プロモーター(例えば、配列番号719若しくは配列番号791)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、(f)第2のパッセンジャーヌクレオチド配列(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、若しくは768のうちのいずれか1つ)に対して5’に位置する第2の5’隣接領域と、(g)第2のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、(i)第2のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第2のパッセンジャーヌクレオチド配列を含む第2の5’ステム-ループアーム、(ii)第2のマイクロRNAループ配列(例えば、配列番号758、761、764、767、若しくは770のうちのいずれか1つ)を含有する第2のループ領域、(iii)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、MW(配列番号80)、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれかに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する第2のガイドヌクレオチド配列を含有する第2の3’ステム-ループアームを含む、第2のステム-ループ配列と、(h)第2のガイドヌクレオチド配列(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、又は769のうちのいずれか1つ)に対して3’に位置する第2の3’隣接領域と、を含むヌクレオチド配列を含む。
別の例において、二重miRNA発現カセットは、5’から3’へ、(a)第1のプロモーター配列(例えば、本明細書に開示されるプロモーター配列のうちのいずれか1つ、例えば、表5、例えば、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)、又はC1ql2プロモーター(例えば、配列番号719若しくは配列番号791)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、(b)第1のガイドヌクレオチド配列(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、若しくは768のうちのいずれか1つ)に対して5’に位置する第1の5’隣接領域と、(c)第1のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、(i)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、MW(配列番号80)、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれかに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する第1のガイドヌクレオチド配列を含有する第1の5’ステム-ループアーム、(ii)第1のマイクロRNAループ配列(例えば、配列番号758、761、764、767、若しくは770のうちのいずれか1つ)を含有する第1のループ領域、(iii)第1のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第1のパッセンジャーヌクレオチド配列を含有する第1の3’ステム-ループアームを含む、第1のステム-ループ配列と、(d)第1のパッセンジャーヌクレオチド配列(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、若しくは769のうちのいずれか1つ)に対して3’に位置する第1の3’隣接領域と、(e)任意選択的に、第2のプロモーター配列(例えば、本明細書に開示されるプロモーター配列のうちのいずれか1つ、例えば、表5、例えば、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)、又はC1ql2プロモーター(例えば、配列番号719若しくは配列番号791)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、(f)第2のガイドヌクレオチド配列(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、若しくは768のうちのいずれか1つ)に対して5’に位置する第2の5’隣接領域と、(g)第2のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、(i)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、MW(配列番号80)、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれかに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するガイドヌクレオチド配列を含有する第2の5’ステム-ループアーム、(ii)第2のマイクロRNAループ配列(例えば、配列番号758、761、764、767、若しくは770のうちのいずれか1つ)を含有する第2のループ領域、(iii)第2のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第2のパッセンジャーヌクレオチド配列を含有する第2の3’ステム-ループアームを含む、第2のステム-ループ配列と、(h)第2のパッセンジャーヌクレオチド配列(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、又は769のうちのいずれか1つ)に対して3’に位置する第2の3’隣接領域と、を含むヌクレオチド配列を含む。
別の例において、二重miRNA発現カセットは、5’から3’へ、(a)5’ITR配列(例えば、配列番号746若しくは配列番号747の核酸配列を有するポリヌクレオチド、又は配列番号746若しくは配列番号747の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、(b)第1のプロモーター配列(例えば、本明細書、表5に開示されるプロモーター配列のうちのいずれか1つ、又は表5に列挙されるプロモーター配列、例えば、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)、又はC1ql2プロモーター(例えば、配列番号719若しくは配列番号791)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、(c)第1のパッセンジャーヌクレオチド配列(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、若しくは768のうちのいずれか1つ、又は配列番号752、754、756、759、762、765、若しくは768のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、(d)第1のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、(i)第1のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第1のパッセンジャーヌクレオチド配列を含有する第1の5’ステム-ループアーム、(ii)第1のマイクロRNAループ配列(例えば、配列番号758、761、764、767、若しくは770のうちのいずれか1つ、又は配列番号758、761、764、767、若しくは770に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)を含有する第1のループ領域、(iii)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、MW(配列番号80)、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれかに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する第1のガイドヌクレオチド配列を含有する第1の3’ステム-ループアームを含む、第1のステム-ループ配列と、(e)第1のガイドヌクレオチド配列(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、若しくは769のうちのいずれか1つ、又は配列番号753、755、757、760、763、766、若しくは769に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)に対して3’に位置する第1の3’隣接領域と、(f)BGHポリA配列(例えば、配列番号793、又は配列番号793に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、(g)任意選択的に、第2のプロモーター配列(例えば、本明細書、表5に開示されるプロモーター配列のうちのいずれか1つ、又は表5に列挙されるプロモーター配列、例えば、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)、又はC1ql2プロモーター(例えば、配列番号719若しくは配列番号791)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、(h)第2のパッセンジャー配列(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、若しくは768のうちのいずれか1つ、又は配列番号752、754、756、759、762、765、若しくは768のうちのいずれか1つ)に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、(i)第2のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、(i)第2のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第2のパッセンジャーヌクレオチド配列を含有する第2の5’ステム-ループアーム、(ii)第2のマイクロRNAループ配列(例えば、配列番号758、761、764、767、若しくは770のうちのいずれか1つ、又は配列番号758、761、764、767、若しくは770に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)を含有する第2のループ領域、(iii)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、MW(配列番号80)、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれかに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する第2のガイドヌクレオチド配列を含有する第2の3’ステム-ループアームを含む、第2のステム-ループ配列と、(j)第2のガイドヌクレオチド配列(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、若しくは769のうちのいずれか1つ、又は配列番号753、755、757、760、763、766、若しくは769に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)に対して3’に位置する第2の3’隣接領域と、(k)RBGポリA配列(例えば、配列番号750、配列番号751、若しくは配列番号792、又は配列番号750、配列番号751、若しくは配列番号792に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、3’ITR配列(例えば、配列番号748、配列番号749、若しくは配列番号789、又は配列番号748、配列番号749、若しくは配列番号789に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含むヌクレオチド配列を含む。
別の例において、二重miRNA発現カセットは、5’から3’へ、(a)5’ITR配列(例えば、配列番号746若しくは配列番号747の核酸配列を有するポリヌクレオチド、又は配列番号746若しくは配列番号747の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、(b)第1のプロモーター配列(例えば、本明細書、表5に開示されるプロモーター配列のうちのいずれか1つ、又は表5に列挙されるプロモーター配列、例えば、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)、又はC1ql2プロモーター(例えば、配列番号719若しくは配列番号791)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、(c)第1のパッセンジャーヌクレオチド配列(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、若しくは768のうちのいずれか1つ、又は配列番号752、754、756、759、762、765、若しくは768のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、(d)第1のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、(i)第1のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第1のパッセンジャーヌクレオチド配列を含有する第1の5’ステム-ループアーム、(ii)第1のマイクロRNAループ配列(例えば、配列番号758、761、764、767、若しくは770のうちのいずれか1つ、又は配列番号758、761、764、767、若しくは770に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)を含有する第1のループ領域、(iii)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、MW(配列番号80)、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれかに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する第1のガイドヌクレオチド配列を含有する第1の3’ステム-ループアームを含む、第1のステム-ループ配列と、(e)第1のガイドヌクレオチド配列(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、若しくは769のうちのいずれか1つ、又は配列番号753、755、757、760、763、766、若しくは769に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)に対して3’に位置する第1の3’隣接領域と、(f)BGHポリA配列(例えば、配列番号793、又は配列番号793に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、(g)任意選択的に、第2のプロモーター配列(例えば、本明細書、表5に開示されるプロモーター配列のうちのいずれか1つ、又は表5に列挙されるプロモーター配列、例えば、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)、又はC1ql2プロモーター(例えば、配列番号719若しくは配列番号791)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、(h)第2のパッセンジャー配列(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、若しくは768のうちのいずれか1つ、又は配列番号752、754、756、759、762、765、若しくは768のうちのいずれか1つ)に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、(i)第2のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、(i)第2のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第2のパッセンジャーヌクレオチド配列を含有する第2の5’ステム-ループアーム、(ii)第2のマイクロRNAループ配列(例えば、配列番号758、761、764、767、若しくは770のうちのいずれか1つ、又は配列番号758、761、764、767、若しくは770に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)を含有する第2のループ領域、(iii)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、MW(配列番号80)、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれかに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するガイドヌクレオチド配列を含有する第2の3’ステム-ループアームを含む、第2のステム-ループ配列と、(j)第2のパッセンジャーヌクレオチド配列(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、若しくは769のうちのいずれか1つ、又は配列番号753、755、757、760、763、766、若しくは769に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)に対して3’に位置する第2の3’隣接領域と、(k)RBGポリA配列(例えば、配列番号750、配列番号751、若しくは配列番号792、又は配列番号750、配列番号751、若しくは配列番号792に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、3’ITR配列(例えば、配列番号748、配列番号749、若しくは配列番号789、又は配列番号748、配列番号749、若しくは配列番号789に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含むヌクレオチド配列を含む。
別の例において、二重miRNA発現カセットは、5’から3’へ、(a)5’ITR配列(例えば、配列番号746若しくは配列番号747の核酸配列を有するポリヌクレオチド、又は配列番号746若しくは配列番号747の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、(b)第1のプロモーター配列(例えば、本明細書、表5に開示されるプロモーター配列のうちのいずれか1つ、又は表5に列挙されるプロモーター配列、例えば、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)、又はC1ql2プロモーター(例えば、配列番号719若しくは配列番号791)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、(c)第1のガイドヌクレオチド配列(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、若しくは768のうちのいずれか1つ、又は配列番号752、754、756、759、762、765、若しくは768のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、(d)第1のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、(i)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、MW(配列番号80)、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれかに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する第1のガイドヌクレオチド配列を含有する第1の5’ステム-ループアーム、(ii)第1のマイクロRNAループ配列(例えば、配列番号758、761、764、767、若しくは770のうちのいずれか1つ、又は配列番号758、761、764、767、若しくは770に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントを含有する第1のループ領域、(iii)第1のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第1のパッセンジャーヌクレオチド配列を含有する第1の3’ステム-ループアームを含む、第1のステム-ループ配列と、(e)第1のパッセンジャーヌクレオチド配列(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、若しくは769のうちのいずれか1つ、又は配列番号753、755、757、760、763、766、若しくは769に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)に対して3’に位置する第1の3’隣接領域と、(f)BGHポリA配列(例えば、配列番号793、又は配列番号793に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、(g)任意選択的に、第2のプロモーター配列(例えば、本明細書、表5に開示されるプロモーター配列のうちのいずれか1つ、又は表5に列挙されるプロモーター配列、例えば、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)、又はC1ql2プロモーター(例えば、配列番号719若しくは配列番号791)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、(h)第2のパッセンジャー配列(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、若しくは768のうちのいずれか1つ、又は配列番号752、754、756、759、762、765、若しくは768のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)に対して5’に位置する第2の5’隣接領域と、(i)第2のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、(i)第2のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第2のパッセンジャーヌクレオチド配列を含有する第2の5’ステム-ループアーム、(ii)第2のマイクロRNAループ配列(例えば、配列番号758、761、764、767、若しくは770のうちのいずれか1つ、又は配列番号758、761、764、767、若しくは770に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)を含有する第2のループ領域、(iii)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、MW(配列番号80)、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれかに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するガイドヌクレオチド配列を含有する第2の3’ステム-ループアームを含む、第2のステム-ループ配列と、(j)第2のガイドヌクレオチド配列(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、若しくは769のうちのいずれか1つ、又は配列番号753、755、757、760、763、766、若しくは769に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)に対して3’に位置する第2の3’隣接領域と、(k)RBGポリA配列(例えば、配列番号750、配列番号751、若しくは配列番号792、又は配列番号750、配列番号751、若しくは配列番号792に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、3’ITR配列(例えば、配列番号748、配列番号749、若しくは配列番号789、又は配列番号748、配列番号749、若しくは配列番号789に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含むヌクレオチド配列を含む。
別の例において、二重miRNA発現カセットは、5’から3’へ、(a)5’ITR配列(例えば、配列番号746若しくは配列番号747の核酸配列を有するポリヌクレオチド、又は配列番号746若しくは配列番号747の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、(b)第1のプロモーター配列(例えば、本明細書、表5に開示されるプロモーター配列のうちのいずれか1つ、又は表5に列挙されるプロモーター配列、例えば、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)、又はC1ql2プロモーター(例えば、配列番号719若しくは配列番号791)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントと、(c)第1のガイドヌクレオチド配列(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、若しくは768のうちのいずれか1つ、又は配列番号752、754、756、759、762、765、若しくは768のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)に対して5’に位置する第1の5’隣接領域と、(d)第1のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、(i)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、MW(配列番号80)、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれかに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する第1のガイドヌクレオチド配列を含有する第1の5’ステム-ループアーム、(ii)第1のマイクロRNAループ配列(例えば、配列番号758、761、764、767、若しくは770のうちのいずれか1つ、又は配列番号758、761、764、767、若しくは770に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントを含有する第1のループ領域、(iii)第1のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第1のパッセンジャーヌクレオチド配列を含有する第1の3’ステム-ループアームを含む、第1のステム-ループ配列と、(e)第1のパッセンジャーヌクレオチド配列(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、若しくは769のうちのいずれか1つ、又は配列番号753、755、757、760、763、766、若しくは769に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)に対して3’に位置する第1の3’隣接領域と、(f)BGHポリA配列(例えば、配列番号793、又は配列番号793に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、(g)任意選択的に、第2のプロモーター配列(例えば、本明細書、表5に開示されるプロモーター配列のうちのいずれか1つ、又は表5に列挙されるプロモーター配列、例えば、hSynプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ)、CaMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ)、又はC1ql2プロモーター(例えば、配列番号719若しくは配列番号791)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、(h)第2のガイドヌクレオチド配列(例えば、配列番号752、754、756、759、762、765、若しくは768のうちのいずれか1つ、又は配列番号752、754、756、759、762、765、若しくは768のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)に対して5’に位置する第2の5’隣接領域と、(i)第2のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、(i)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列(例えば、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、MW(配列番号80)、若しくはMU(配列番号96)、又はそれらに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)のうちのいずれかに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するガイドヌクレオチド配列を含有する第2の5’ステム-ループアーム、(ii)第2のマイクロRNAループ配列(例えば、配列番号758、761、764、767、若しくは770のうちのいずれか1つ、又は配列番号758、761、764、767、若しくは770に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)を含有する第2のループ領域、(iii)第2のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第2のパッセンジャーヌクレオチド配列を含有する第2の3’ステム-ループアームを含む、第2のステム-ループ配列と、(j)第2のパッセンジャーヌクレオチド配列(例えば、配列番号753、755、757、760、763、766、若しくは769のうちのいずれか1つ、又は配列番号753、755、757、760、763、766、若しくは769に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)に対して3’に位置する第2の3’隣接領域と、(k)RBGポリA配列(例えば、配列番号750、配列番号751、若しくは配列番号792、又は配列番号750、配列番号751、若しくは配列番号792に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、3’ITR配列(例えば、配列番号748、配列番号749、若しくは配列番号789、又は配列番号748、配列番号749、若しくは配列番号789に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアント)と、を含むヌクレオチド配列を含む。
一例において、第1のガイド配列は、G9配列(配列番号68)、又はそれに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントであり、第2のガイド配列は、GI配列(配列番号77)、又はそれに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントである。別の例において、第1のガイド配列は、G9配列(配列番号68)、又はそれに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントであり、第2のガイド配列は、MW配列(配列番号80)、又はそれに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントである。別の例において、第1のガイド配列は、GI配列(配列番号77)、又はそれに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントであり、第2のガイド配列は、G9配列(配列番号68)、又はそれに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントである。なお別の例において、第1のガイド配列は、GI配列(配列番号77)、又はそれに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントであり、第2のガイド配列は、MW配列(配列番号80)、又はそれに対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントである。
別の例において、第1のプロモーターは、SYNプロモーター(例えば、配列番号682~685及び790のうちのいずれか1つ、又はそれに対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントであり、任意選択的に、第2のプロモーターは、CAMKIIプロモーター(例えば、配列番号687~691及び802のうちのいずれか1つ、又はそれに対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそのバリアントである。
上述の二重miRNA発現カセットにおいて記載される配列についての配列同一性は、10~1500個(例えば、20~1400、30~1300、40~1200、50~1100、60~1000、70~900、80~800、90~700、100~600、200~500、又は300~400個)のヌクレオチドの範囲にわたって決定され得る。例えば、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、10個のヌクレオチドにわたって決定され得る。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、20個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、30個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、40個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、50個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、60個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、70個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、80個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、90個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、100個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、150個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、200個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、250個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、300個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、350個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、400個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、450個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、500個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、550個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、600個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、650個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、700個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、750個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、800個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、850個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、900個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、950個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、1000個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、1100個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、1200個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、1300個のヌクレオチドにわたって決定される。別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、1400個のヌクレオチドにわたって決定される。なお別の例において、上述の二重miRNA発現カセットに対する配列同一性は、1500個のヌクレオチドにわたって決定される。
上述の二重miRNA発現カセットは、U6プロモーター、H1プロモーター、7SKプロモーター、アポリポタンパク質E-ヒトアルファ1-アンチトリプシンプロモーター、CAGプロモーター、CBAプロモーター、CK8プロモーター、mU1aプロモーター、伸長因子1αプロモーター、チロキシン結合グロブリンプロモーター、シナプシンプロモーター、RNA結合Fox-1ホモログ3プロモーター、カルシウム/カルモジュリン依存性タンパク質キナーゼIIプロモーター、ニューロン特異的エノラーゼプロモーター、血小板由来成長因子サブユニットβ、小胞グルタミン酸トランスポータープロモーター、ソマトスタチンプロモーター、神経ペプチドYプロモーター、血管作動性腸管ペプチドプロモーター、パルブアルブミンプロモーター、グルタミン酸デカルボキシラーゼ65プロモーター、グルタミン酸デカルボキシラーゼ67プロモーター、ドーパミン受容体D1プロモーター、ドーパミン受容体D2プロモーター、補体C1q様2プロモーター、プロオピオメラノコルチンプロモーター、プロスペロホメオボックス1プロモーター、微小管関連タンパク質1Bプロモーター、及びチューブリンアルファ1プロモーターからなる群から選択されるプロモーターを含み得る。
本明細書に開示される二重miRNA発現カセットと組み合わせて使用するのに適したマイクロRNAループ配列は、miR-30、miR-155、miR-218-1、又はmiR-124-3ループ配列であり得る。
本開示の二重miRNA発現カセットはまた、発現カセットの5’末端上の5’-ITR(例えば、配列番号746若しくは配列番号747)、及び発現カセットの3’末端上の3’-ITR(例えば、配列番号748、749、及び789のうちのいずれか1つ)を組み込み得る。
更に、本明細書に開示される二重miRNA発現構築物は、第1の3’隣接領域の3’末端と第2のプロモーターの5’末端との間に作動可能に連結された第1のポリアデニル化(ポリA)シグナル、かつ/又は第2の3’隣接領域の第2の3’末端と3’ITRとの間に作動可能に連結された第2のポリAシグナルを含み得る。第1のポリAシグナル及び第2のポリAシグナルは、同一であってもよく(例えば、両方ともRBG若しくはBGHポリAシグナル)、又は異なっていてもよい(例えば、第1のポリAシグナルは、RBGポリAであり、第2のポリAシグナルは、BGHポリAであるか、又は第1のポリAシグナルは、BGHポリAであり、第2のポリAシグナルは、RBGポリAである)。
本開示の例示的な二重miRNA抗Grik2構築物は、A-miR-30足場に組み込まれたG9(配列番号68)ASO配列に作動可能に連結されたhSynプロモーター(配列番号790)、その後に、A-miR-30足場に組み込まれたGI(配列番号77)ASO配列に作動可能に連結されたCaMKIIプロモーター(配列番号802)を含有するAAV(例えば、AAV9)構築物を含み得る(DMTPV1)。かかる構築物は、配列番号785の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号785の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る(以下を参照されたい)。
注釈:太字=5’ITR配列、一本下線=プロモーター配列、斜体=5’隣接配列-ガイド配列-マイクロRNAループ配列-パッセンジャー配列-3’隣接配列、斜体+波状下線:ガイド配列(この順序で、G9及びGI)に対して相補的なパッセンジャー配列をコードするDNA、斜体+太字+一本下線:ガイド配列(この順序で、G9及びGI)をコードするDNA、二本下線:ポリA配列、太字+小文字:3’ITR配列(配列番号789)。
本開示の別の例示的な二重miRNA抗Grik2構築物は、E-miR-124-3足場に組み込まれた、G9(配列番号68)ASO配列に作動可能に連結されたhSynプロモーター(配列番号790)、その後に、E-miR-218足場に組み込まれたMW(配列番号80)ASO配列に作動可能に連結されたCaMKIIプロモーター(配列番号802)を含有するAAV(例えば、AAV9)構築物を含み得る(DMTPV2)。かかる構築物は、配列番号786の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号786の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る(以下を参照されたい)。
注釈:太字=5’ITR配列、一本下線=プロモーター配列、斜体=5’隣接配列-ガイド配列-マイクロRNAループ配列-パッセンジャー配列-3’隣接配列、斜体+波状下線:ガイド配列(この順序で、G9及びMW)に対して相補的なパッセンジャー配列をコードするDNA、斜体+太字+一本下線:ガイド配列(この順序で、G9及びMW)をコードするDNA、二本下線:ポリA配列、太字+小文字:3’ITR配列(配列番号789)。
本開示の別の例示的な二重miRNA抗Grik2構築物は、E-miR-30-3足場に組み込まれたGI(配列番号77)ASO配列に作動可能に連結されたhSynプロモーター(配列番号790)、その後に、E-miR-124-3足場に組み込まれたG9(配列番号68)ASO配列に作動可能に連結されたCaMKIIプロモーター(配列番号802)を含有するAAV(例えば、AAV9)構築物を含み得る(DMTPV3)。かかる構築物は、配列番号787の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号787の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る(以下を参照されたい)。
注釈:太字=5’ITR配列、一本下線=プロモーター配列、斜体=5’隣接配列-ガイド配列-マイクロRNAループ配列-パッセンジャー配列-3’隣接配列、斜体+波状下線:ガイド配列(この順序で、GI及びG9)に対して相補的なパッセンジャー配列をコードするDNA、斜体+太字+一本下線:ガイド配列(この順序で、GI及びG9)をコードするDNA、二本下線:ポリA配列、太字+小文字:3’ITR配列(配列番号789)。
本開示の別の例示的な二重miRNA抗Grik2構築物は、E-miR-30-3足場に組み込まれたGI(配列番号77)ASO配列に作動可能に連結されたhSynプロモーター(配列番号790)、その後に、E-miR-124-3足場に組み込まれたMW(配列番号80)ASO配列に作動可能に連結されたCaMKIIプロモーター(配列番号802)を含有するAAV(例えば、AAV9)構築物を含み得る(DMTPV4)。かかる構築物は、配列番号788の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号788の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る(以下を参照されたい)。
注釈:太字=5’ITR配列、一本下線=プロモーター配列、斜体=5’隣接配列-ガイド配列-マイクロRNAループ配列-パッセンジャー配列-3’隣接配列、斜体+波状下線:ガイド配列(この順序で、GI及びMW)に対して相補的なパッセンジャー配列をコードするDNA、斜体+太字+一本下線:ガイド配列(この順序で、GI及びMW)をコードするDNA、二本下線:ポリA配列、太字+小文字:3’ITR配列(配列番号789)。
本開示の別の例示的な二重miRNA抗Grik2構築物は、E-miR-30-3足場に組み込まれたGI(配列番号77)ASO配列に作動可能に連結されたhSynプロモーター(配列番号790)、その後に、E-miR-218-1足場に組み込まれたMW(配列番号80)ASO配列に作動可能に連結されたCaMKIIプロモーター(配列番号802)を含有するAAV(例えば、AAV9)構築物を含み得る(DMTPV8)。かかる構築物は、配列番号813の核酸配列を有していてもよく、又は配列番号813の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントであり得る(以下を参照されたい)。かかる発現カセットは、配列番号814の核酸配列、又は配列番号814の核酸配列に対して少なくとも85%の(少なくとも86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有するそれらのバリアントを有するベクターに組み込まれ得る。
注釈:一本下線:プロモーター配列、太字:ガイド配列及びパッセンジャー配列を含有するマイクロRNAステム-ループ構造、二本下線ポリA配列、斜体:スタッファー配列(配列番号816)。
複数のmiRNA配列を含有するAAVベクターの製造における改善
単一miRNA発現カセット(例えば、本明細書に開示される発現カセット)をコードするプラスミドを使用するAAVベクターの調製は、潜在的に、不適切なAAVゲノムパッケージングによって損なわれる可能性がある。第一に、プリmiRNA配列は短く(200個未満の塩基)、適切な長さに依存して、単一miRNAの発現を制御する単一プロモーターを有する導入遺伝子カセットの設計によって、AAVの最大パッケージング能力(約4.8kb)よりも顕著に短いAAVゲノムを生じる可能性がある。したがって、参加する全ゲノム長が2.4kb(AAVのパッケージング能力の半分)に満たない場合には、単一カプシドが、1つより多いベクターにロードされ得る可能性がある。このことは、AAVゲノムダイマー(又はトリマー)の産生を可能にする適切なエンドヌクレアーゼニッキングを行うことなく、ポリメラーゼリードスルーによって媒介することができ、次いで、適切な長さを有する場合には、AAVカプシド内でパッケージングされ得る。これにより、その後、AAVベクター粒子の集合に顕著な異種性が導入され、薬物製品の製造及び特性決定が、顕著により困難なものになる。
第二に、shRNA系及びmiRNA系の導入遺伝子は、固有に、miRNAヘアピンを含むことに起因する顕著な二次構造を有する。AAVゲノム内のこれらの内部二次構造は、AAVゲノム複製及びパッケージング中に「偽の」ITRとして機能する場合があり、完全及び部分的なベクターの混合物を含有するAAVベクター粒子の先端切断事象及び異種集合を生じることが示されている。
本願発明者らは、追加の配列(例えば、自己相補的AAVゲノム等を使用する、追加のプレmiRNAステム-ループ配列、第2のプロモーター配列、スタッファー配列(例えば、配列番号815及び/又は配列番号816)を用いたAAVパッケージング能力を下回るサイズを有するAAVゲノムのパディングが、部分的な(すなわち、先端切断された)AAVゲノムのコピーの組み込みを回避することによって、AAVパッケージングを実質的に改善することを発見した。したがって、本明細書に記載の構築物は、上述の配列をAAV発現カセットに組み込み、ベクターサイズを、最大AAVパッケージング能力に近い値まで増加させることによって、AAVゲノムの不適切なパッケージングを回避する。
例えば、単一プロモーターの制御下で1つのmiRNAを発現するか、又は2つの別個のプロモーター(二重構築物アプローチ)から2つのmiRNAを発現する構築物が、インビトロ/エクスビボ/インシリコ評価によって予測されるように、インビボで行ない得ない場合が存在し得る。これらの場合において、以下の戦略を実行して、AAVベクター粒子の同種の全長単一パッケージングされた集合を産生するゲノム長を確立することができる。
第一に、単一miRNA「ガイド」の発現が望ましい場合、スタッファー配列(例えば、配列番号815及び/又は配列番号816)を付加し、プロモーターを破壊することなく、AAVベクターの全長を増加させ得る。miRカセット自体。このスタッファーは、導入遺伝子カセットの下流(ポリA配列の3’)に付加され得る(例えば、図6F及び図6Gを参照されたい)。このスタッファーの長さ及び含有量は、AAVパッケージングの均質性を改善する能力を保持しつつ、変化させ得る。これに加えて、このスタッファーは、プロモーターの上流(5’)に配置され得る。スタッファー配列は、scAAVベクター又は一本鎖(ss)AAVベクターの文脈で利用され得る。いくつかの実施形態において、本開示のベクターは、1つ以上のスタッファー配列(例えば、1、2個、又はそれより多くのスタッファー配列)を含む。いくつかの実施形態において、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号815の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する。いくつかの実施形態において、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号815の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも91%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する。いくつかの実施形態において、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号815の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する。いくつかの実施形態において、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号815の核酸配列に対して少なくとも99%の配列同一性を有する。いくつかの実施形態において、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号815の核酸配列を有する。いくつかの実施形態において、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号816の核酸配列に対して少なくとも85%の(例えば、少なくとも86%、90%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する。いくつかの実施形態において、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号816の核酸配列に対して少なくとも90%の(例えば、少なくとも91%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する。いくつかの実施形態において、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号816の核酸配列に対して少なくとも95%の(例えば、少なくとも96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有する。いくつかの実施形態において、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号816の核酸配列に対して少なくとも99%の配列同一性を有する。いくつかの実施形態において、1つ以上のスタッファー配列は、配列番号816の核酸配列を有する。
第二に、1つより多いmiRNAが発現されるが、単一プロモーター戦略が選択される場合、ベクターは、複数のmiRNAカセットの連結によって調製することができる。同じ足場を使用する複数miRNAカセット(例えば、最大5個のmiRNAカセット)の転結は、ベクター内の相同性配列間の再組み合わせを引き起こす場合があり(図7)、非相同性隣接及びループ配列を有する異なる足場を使用するmiRNAカセットの連結は、このパッケージングの問題を緩和することができる(図8F)。追加のmiRNAカセットを含むことにより、適切な長さのベクターが得られない場合、スタッファー配列(例えば、配列番号815及び/又は配列番号816)を上述のように組み込み、パッケージング効率を改善するために長さを増加させ得る。
薬学的組成物
本明細書に記載のオリゴヌクレオチド、又はそれをコードする核酸ベクターは、インビボで投与するのに適した生物学的に適合する形態で哺乳動物(例えば、ヒト)対象に投与するための薬学的組成物へと製剤化され得る。
本明細書に開示される組成物は、対象(例えば、ヒト)への送達のために任意の適したビヒクル中で製剤化され得る。例えば、薬学的に許容される懸濁液、分散液、溶液、又はエマルションで製剤化され得る。適切な媒体としては、生理食塩水及びリポソーム調製物が挙げられる。より特定的には、薬学的に許容される担体は、滅菌水溶液又は非水性溶液、懸濁液、及びエマルションを含み得る。組換えヒトアルブミン(rAlbumin Human NF RECOMBUMIN(登録商標)Prime)はまた、AAVベクター(Albumedix、Nottingham UK)とともに安定剤として使用され得る。非水性溶媒の例は、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、オリーブ油等の植物油、及びオレイン酸エチル等の注射可能な有機エステルである。水性担体としては、生理食塩水及び緩衝化媒体を含め、水、アルコール性/水性の溶液、エマルション、又は懸濁液が挙げられる。静脈内投与に適したビヒクルとしては、流体及び栄養素の補給剤、電解質補給剤(例えば、Ringerデキストロースに基づくもの)等が挙げられる。
防腐剤及び他の添加剤、例えば、抗菌剤、抗酸化剤、キレート化剤、及び不活性気体等も存在してもよい。
コロイド分散系も、標的化遺伝子送達に使用してもよい。コロイド分散系としては、巨大分子複合体、ナノカプセル、ミクロスフェア、ビーズ、及び水中油エマルションを含む脂質ベースの系、ミセル、混合ミセル、及びリポソームが挙げられる。
本明細書に記載の組成物は、遊離塩基の形態で、塩、溶媒和物の形態で、また、プロドラッグとして使用され得る。全ての形態が、本明細書に記載の方法に含まれる。本開示の方法によれば、開示される化合物、又はその塩、溶媒和物、若しくはプロドラッグは、選択される投与経路に応じて、種々の形態で患者に投与され得る。
したがって、本明細書に記載の組成物を、例えば、経口、非経口、髄腔内、脳室内、実質内、口腔、舌下、経鼻、直腸、パッチ、ポンプ、又は経皮投与による投与のために製剤化されてもよく、それに従って製剤化された薬学的組成物であってもよい。非経口投与としては、静脈内、腹腔内、皮下、筋肉内、経上皮、経鼻、肺内、髄腔内、脳室内、実質内、直腸、及び局所投与態様が挙げられる。非経口投与は、選択された期間にわたる連続的な注入であり得る。
本明細書に記載の薬剤の溶液を、界面活性剤、例えば、ヒドロキシプロピルセルロースと適切に混合した水中で調製することができる。分散液を、グリセロール、液体ポリエチレングリコール、DMSO、及びアルコールを含むか、又は含まない、これらの混合物中で、及び油中で調製することもできる。通常の貯蔵及び使用の条件下で、これらの調製物は、微生物の成長を防止するために防腐剤を含有し得る。適切な製剤の選択及び調製のための従来の手順及び成分は、例えば、Remington’s Pharmaceutical Sciences (2012,22nd ed.)、及びThe United States Pharmacopeia:The National Formulary(USP 41 NF 36)(2018年に句会された)に記載される。注射可能な用途に適した薬学的形態としては、滅菌水溶液又は分散液、及び滅菌注射溶液又は分散液のその場での調製のための滅菌粉末が挙げられる。全ての場合において、その形態は、滅菌でなければならず、シリンジによって容易に投与され得る程度まで流体でなければならない。局所、領域、又は全身投与も適切な場合がある。本明細書に記載の組成物は、有利なことに、標的部位に、例えば、およそ1cmの間隔をあけられた注射又は複数の注射を行うことによって接触され得る。
本明細書に記載の組成物は、動物(例えば、ヒト)に単独で、又は薬学的に許容される担体と組み合わせて、投与されてもよく、本明細書で示される場合、その割合は、化合物の溶解性及び化学的性質、選択される投与経路、及び標準的な薬学的実施によって決定される。
したがって、本開示は、本明細書に開示されるASO剤(例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA、又はshmiRNA)を含有する薬学的組成物に関する。特に、本開示は、本開示のASO剤を含むベクターを含む組成物に関する。特定の例において、本開示は、本明細書に開示されるように、プロモーターに作動可能に連結された本開示のASOを含むベクター(例えば、レンチウイルス又はAAVベクター)を含有する薬学的組成物を提供する。薬学的組成物は、(a)ウイルスカプシド、及び(b)AAV ITRによって隣接される発現カセットを含む人工ポリヌクレオチドを含むAAVベクターを含んでいてもよく、発現カセットは、CNS細胞においてポリヌクレオチドの発現を制御する1つ以上の調節配列に作動可能に連結された、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害するオリゴヌクレオチドをコードするポリヌクレオチドを含む。
本明細書に開示されるASO剤を、薬学的に許容される賦形剤、及び任意選択的に、持続放出マトリックス、例えば、生分解性ポリマーと組み合わせて、薬学的組成物を形成し得る。「薬学的に」又は「薬学的に許容される」は、適切な場合に哺乳動物、特にヒトに投与される場合に、有害なアレルギー反応又は他の不都合な反応を引き起こさない分子エンティティ及び組成物を指す。薬学的に許容される担体又は賦形剤は、任意の種類の非毒性の固体、半固体、若しくは液体の充填剤、希釈剤、封入材料、又は製剤助剤を指す。本明細書に開示される薬学的組成物は、脳内(例えば、実質内若しくは脳室内)、筋肉内、静脈内、経皮、局所、経口、舌下、皮下、又は直腸投与のために製剤化され得る。単独で、又は別の療法剤と組み合わせた本組成物の活性構成要素(例えば、Grik2を標的化するASO剤)を、それを必要とする対象に、従来の薬学的支持体との混合物として単位投与形態で投与し得る。適切な単位投与形態としては、経口経路形態、例えば、錠剤、ゲルカプセル、粉末、顆粒及び経口懸濁液又は溶液、舌下及び口腔投与形態、エアロゾル、インプラント、皮下、経皮、局所、腹腔内、筋肉内、静脈内、真皮下、経皮、髄腔内、脳内、定位、及び経鼻投与形態、及び直腸投与形態が挙げられる。典型的には、薬学的組成物は、注射することができる製剤のために薬学的に許容されるビヒクルを含有する。これらは、特に、等張性で滅菌の生理食塩水溶液(リン酸一ナトリウム若しくは二ナトリウム、ナトリウム、カリウム、カルシウム若しくはマグネシウムの塩化物等、又はこのような塩の混合物)、又は乾燥させた、特に凍結乾燥させた組成物であって、滅菌水又は生理食塩水を添加すると、場合に応じて、注射溶液の構築が可能になるものであり得る。注射可能な用途に適した薬学的形態としては、滅菌水溶液又は分散液、ゴマ油、ピーナッツ油、又は水性プロピレングリコールを含む製剤、及び滅菌注射溶液又は分散液のその場での調製のための滅菌粉末が挙げられる。全ての場合において、その形態は、滅菌でなければならず、容易なシリンジ取り扱い性が促進される程度まで流体でなければならない。製造条件及び貯蔵条件下で安定でなければならず、微生物(例えば、細菌及び真菌)の混入作用に対して防御されなければならない。本開示の化合物を遊離塩基又は薬学的に許容される塩として含む溶液は、界面活性剤、例えば、ヒドロキシプロピルセルロースと適切に混合した水中で調製することができる。分散液を、グリセロール、液体ポリエチレングリコール、及びこれらの混合物中で、及び油中で調製することもできる。通常の貯蔵及び使用の条件下で、これらの調製物は、微生物の成長を防止するために防腐剤を含有し得る。本明細書に開示されるオリゴヌクレオチド剤は、中性形態又は塩形態で、組成物へと製剤化され得る。薬学的に許容される塩としては、酸付加塩(タンパク質の遊離アミノ基を用いて形成される)が挙げられ、無機酸、例えば、塩酸若しくはリン酸、又は例えば酢酸、シュウ酸、酒石酸、マンデル酸等の有機酸を用いて形成される。遊離カルボキシル基を用いて形成される塩はまた、無機塩基、例えば、ナトリウム、カリウム、アンモニウム、カルシウム、又は第二鉄の水酸化物、及びイソプロピルアミン、トリメチルアミン、ヒスチジン、プロカイン等の有機塩基に由来し得る。担体はまた、例えば、水、エタノール、ポリオール(例えば、グリセロール、プロピレングリコール、及び脂質ポリエチレングリコール等)、これらの適切な混合物、並びに植物油を含有する溶媒又は分散媒体であり得る。適切な流動性は、コーティング(例えば、レシチン)の使用によって、分散の場合には必要な粒径を維持することによって、及び界面活性剤の使用によって、維持することができる。微生物の作用の抑止は、様々な抗菌剤及び抗真菌剤、例えば、パラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸、チメロサール等によってもたらされ得る。いくつかの場合において、本開示の薬学的組成物は、等張剤、例えば、糖又は塩化ナトリウムを含み得るだろう。注射可能組成物の長期間にわたる吸収は、例えば、アルミニウムモノステアレート及びゼラチン等の吸収を遅らせる薬剤の使用によってもたらされ得る。滅菌注射可能溶液は、上に列挙された他の成分のいくつかを含む適切な溶媒中、必要な量で活性薬剤を組み込み、必要な場合には、その後に濾過滅菌することによって調製される。一般に、分散液は、種々の滅菌された活性成分を、基本的な分散媒体及び本明細書に開示されるものからの必要な追加の成分を含有する滅菌ビヒクルに組み込むことによって調製される。滅菌注射可能溶液の調製のための滅菌粉末の場合において、好ましい調製方法は、すでに滅菌濾過した溶液から活性成分及び任意の追加の望ましい成分の粉末が得られる高減圧乾燥及び凍結乾燥技術であってもよい。製剤化時に、溶液を、投薬量の要求に適合する方法で、治療に有効な量で投与する。製剤は、種々の剤形、例えば、上述の種類の注射可能溶液で容易に投与されるが、薬物放出カプセル等も使用することができる。水溶液での非経口投与のために、例えば、溶液は、必要な場合には、適切に緩衝化されるべきであり、液体希釈剤は、まず、十分な生理食塩水又はグルコースで等張化されるべきである。これらの特定の水溶液は、静脈内、筋肉内、皮下、及び腹腔内投与に特に適している。使用可能な滅菌水性媒体は、当該技術分野でよく知られている。例えば、1回の投薬量は、1mLの等張性NaCl溶液に溶解され、1000mLの皮下注入液に加えるか、又は提案される注入部位に注射することができる。投薬量のある程度の変動は、治療される対象の状態に応じて、必然して生じるだろう。投与を担う実施者は、任意の事象において、適切な患者情報及び当該技術分野で認識されている方法を使用して、個々の対象にとって適切な用量を決定することができる。
診断の方法
対象(例えば、ヒト対象)は、例えば、当該技術分野でよく知られている方法を使用して、てんかん(例えば、TLE)を有すると診断され、したがって、本明細書に開示される組成物及び方法を使用した治療が必要であると特定され得る。例えば、対象におけるてんかんの診断は、対象の脳において、てんかん原性病巣及びてんかん性活性の重症度を特定するための神経生理学的試験によって導かれ得る。当該技術分野でよく知られている例示的な神経生理学的試験法としては、脳波検査(EEG)、脳磁検査(MEG)、機能的MRI(fMRI)、単一光子放射断層撮影(SPECT)、及び陽電子放出断層撮影(PET)が挙げられる。EEG及びMEGは、高い時間分解能で皮質機能の連続的な測定値を提供し、発作間の(てんかん発作の間の期間の)てんかん性放電の検出を容易にし、これは、対象におけるてんかん性状態の陽性診断の指標であり得る。対象の年齢、病歴、及びライフスタイルに適した正常状態(例えば、参照集合、例えば、非てんかん性患者集団)と比較した対象における脳活性の比較を行い、対象におけるてんかんに関する診断を決定し得る。
対象は、限定されないが、TLE(例えば、mTLE又はlTLE)、両性ローランドてんかん、前頭葉てんかん、点頭てんかん、若年性ミオクロニーてんかん、若年性欠神てんかん、小児欠神てんかん(ピクノレプシー)、温水てんかん、レノックス・ガストー症候群、ランドウ・クレフナー症候群、ドラベ症候群、進行性ミオクローヌスてんかん、反射てんかん、ラスムッセン症候群、辺縁系てんかん、てんかん重積状態、腹性てんかん、汎発性両側ミオクローヌス、月経関連性てんかん、ジャクソン型発作障害、ラフォラ病、及び光感受性てんかんを含むいくつかのてんかん性状態のうちのいずれか1つを有すると診断され得る。てんかん性状態がTLEである場合において、TLEは、焦点てんかん発作又は全般てんかん発作を特徴とし得る。
開示される方法を使用して、特定の脳領域(例えば、内側側頭葉、外側前頭葉、前頭葉等)にてんかん原性病巣が局在化することに基づいて患者を診断することができる、てんかんの種類。また、てんかん性能活性の電気生理学的シグネチャを使用して、対象において特定の種類のてんかん又はてんかんのサブタイプを特定し得る。例えば、皮質領域(例えば、海馬又は大脳皮質)における速い(250~600Hz)の鋭敏なリップル波(SPW-R)の存在は、対象におけるTLEの陽性診断の指標であり得る。別の例において、レノックス・ガストー症候群は、多くの場合、新皮質及び視床にわたって記録される速く動く脳波振動(10~15Hz)の存在を特徴とする。更に、入院患者施設における対象の動画モニタリングは、患者が、てんかん性発作の行動学的徴候、例えば、全般けいれん、一時的な欠神(約10秒間続く期間にわたる意識レベルの低下)、トーヌス、ミオクローヌス、腸若しくは膀胱の制御喪失、舌を噛むこと、疲労感、頭痛、発話困難、異常な行動(例えば、一点凝視、又は手又は口の自動的な運動)、精神病、及び/又は限局性脱力を明らかに示すようにみえる場合には、患者におけるてんかん診断の指標であり得る。てんかんについて診断される対象からの自己報告の症状はまた、陽性診断の指標であり得る。このような自己報告の症状としては、既視感又は未視感の感覚、前兆、健忘、自然発生する理由のない恐怖及び不安感、吐き気、聴覚、視覚、嗅覚、味覚、又は幻触、視覚のゆがみ(例えば、巨視症若しくは小視症)、解離又は現実感喪失、共感覚、不快感若しくは多幸感、恐怖、怒り、又は言葉で言い表せない感覚が挙げられ得る。
薬学的使用
上述の組成物(例えば、ASO剤、又はそれをコードする核酸ベクター)を投与することによる、てんかん性状態を有するか、又は発症するリスクがあると診断された対象において、てんかん(例えば、TLE)を治療するための方法が、本明細書に開示される。投与すると、本開示のASO剤は、Grik2 mRNAに結合し、その発現を阻害することができる。本明細書に開示されるASO剤によるGrik2の標的化は、Grik2が転写され、(例えば、細胞若しくは複数の細胞を本開示のオリゴヌクレオチドと接触させることによって、又は本開示のオリゴヌクレオチドを、細胞が存在するか、若しくは存在した対象に投与することによって)治療されるか、又は治療されない、第1の細胞又は細胞群(例えば、神経細胞、かかる細胞は、例えば、対象中に、又は対象に由来する試料中に存在し得る)によって発現されるGrik2 mRNAのレベルの低下によって表されてもよい。特定の例において、Grik2の発現は、第1の細胞又は細胞群において、第1の細胞又は細胞群と実質的に同一であるが、そのように治療されていないか、又は治療されなかった第2の細胞又は細胞群(オリゴヌクレオチドで治療されていないか、又は目的の遺伝子を標的化するオリゴヌクレオチドで治療されていない対照細胞)と比較して、低下する。目的の遺伝子(例えば、Grik2)のmRNAのレベルの低下度は、以下の観点で表現され得る。
遺伝子(例えば、Grik2遺伝子)の発現レベルの変化は、目的の遺伝子の発現に機能的に連結するパラメータ(例えば、目的の遺伝子のタンパク質発現、又はタンパク質の下流のシグナル伝達)の減少という観点で評価され得る。目的の遺伝子の発現レベルの変化は、発現構築物から内因的又は異種で、及び当該技術分野で知られている任意のアッセイのいずれかによって、目的の遺伝子を発現する任意の細胞において決定され得る。
Grik2の発現レベルの変化は、細胞又は細胞群によって発現されるGluK2タンパク質のレベル(例えば、対象に由来する試料において発現するGluK2タンパク質のレベル)の低下によって表され得る。上に説明されるように、Grik2 mRNA抑制の評価について、治療される細胞又は細胞群におけるGluK2タンパク質発現のレベルの変化は、同様に、対照細胞又は細胞群におけるタンパク質のレベルの割合として表され得る。
Grik2遺伝子の発現の変化を評価するために使用され得る対照細胞又は細胞群としては、本開示のオリゴヌクレオチドとまだ接触していない細胞又は細胞群が挙げられる。例えば、対照細胞又は細胞群は、オリゴヌクレオチドによる対象の治療の前の個々の対象(例えば、ヒト、又は動物対象)に由来し得る。
細胞又は細胞群によって発現されるGrik2 mRNAのレベルは、mRNA発現を評価するために当該技術分野で知られている任意の方法を使用して決定され得る。例えば、試料におけるGrik2 mRNAの発現レベルは、転写されるポリアデニル化シグナル、又はその一部(例えば、mRNA)を検出することによって決定され得る。例えば、酸フェノール/グアニジンイソチオシアネート抽出(RNAzol B、Biogenesis)、RNEASY(商標)RNA調製キット(Qiagen)又はPAX遺伝子(PreAnalytix、Switzerland)を含むRNA抽出技術を使用して、RNAを細胞から抽出し得る。リボ核酸ハイブリダイゼーションを利用する典型的なアッセイフォーマットとしては、核ランオンアッセイ、RT-PCR、RNase保護アッセイ、ノーザンブロッティング、インサイチュハイブリダーゼーション、及びマイクロアレイ分析が挙げられる。循環mRNAは、PCT公開第WO2012/177906号に記載される方法を使用して検出されてもよく、その内容全体は、参照により本明細書に組み込まれる。目的の遺伝子の発現レベルはまた、核酸プローブを使用して決定され得る。「プローブ」という用語は、本明細書で使用される場合、特定の配列、例えば、mRNAに対して選択的に結合することができる任意の分子を指す。プローブは、当該技術分野でよく知られており、かつ従来の方法を使用して合成することができるか、又は適切な生物学的調製物に由来していてもよい。プローブは、標識化されるように特定的に設計され得る。プローブとして利用することができる分子の例としては、限定されないが、RNA、DNA、タンパク質、抗体、及び有機分子が挙げられる。
単離されたmRNAを、限定されないが、サザン又はノーザン分析、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)分析、及びプローブアレイを含む、ハイブリダイゼーション又は増幅アッセイに使用することができる。mRNAレベルの決定のための1つの方法は、単離されたmRNAと、目的の遺伝子のmRNAにハイブリダイズすることができる核酸分子(プローブ)とを接触させることを伴う。mRNAを固体表面に固定化し、例えば、単離されたmRNAをアガロースゲル上で移動させ、mRNAをゲルから膜(例えば、ニトロセルロース)に移すことによって、プローブと接触させ得る。また、mRNAを固体表面に固定化してもよく、mRNAを、例えば、AFFYMETRIX遺伝子チップアレイにおいて、プローブと接触させる。当該技術分野で既知のmRNA検出方法は、目的の遺伝子のmRNAのレベルを決定する際の使用に適応され得る。
試料において目的の遺伝子の発現レベルを決定するための代替的な方法は、例えば、試料中のmRNAの核酸増幅及び/又は逆転写酵素のプロセス(cDNAを調製するため)、例えば、RT-PCR(Mullis,1987、米国特許第4,683,202号に示される実験実施形態)、リガーゼ連鎖反応(Barany(1991)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 88:189-193)、自立型配列複製(Guatelli et al.(1990)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 87:1874-1878)、転写増幅系(Kwoh et al.(1989)Proc.Natl.Acad.Sci.USA 86:1173-1177)、Q-ベータレプリカーゼ(Lizardi et al.(1988)Bio/Technology 6:1197)、ローリングサークル複製(Lizardi et al.、米国特許第5,854,033号)、又は任意の核酸増幅方法、その後の当該技術分野でよく知られている技術を使用した、増幅分子の検出によるものを伴う。これらの検出スキームは、かかる分子が非常に少ない数で存在する場合、核酸分子の検出に特に有用である。本開示の特定の態様において、目的の遺伝子の発現レベルは、定量的蛍光性RT-PCR(すなわち、TAQMAN(商標)System)、又はDUAL-GLO(登録商標)Luciferaseアッセイによって決定される。
目的の遺伝子のmRNAの発現レベルは、膜ブロット(例えば、ノーザン、サザン、ドット等のハイブリダイゼーション分析に使用されるもの)、又はマイクロウェル、試料チューブ、ゲル、ビーズ又は繊維(又は結合した核酸を含む任意の固体支持体)を使用してモニタリングされ得る。参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第5,770,722号、第5,874,219号、第5,744,305号、第5,677,195号、及び第5,445,934号を参照されたい。遺伝子発現レベルの決定はまた、溶液中の核酸プローブを使用することを含み得る。
mRNA発現のレベルはまた、分岐DNA(bDNA)アッセイ、又はリアルタイムPCR(qPCR)を使用して評価され得る。このPCR法の使用は、本明細書で提示される実施例に記載され、例示される。かかる方法を、目的の遺伝子の核酸の検出にも使用することができる。
更に、Grik2遺伝子の発現によって産生されるGluK2タンパク質のレベルは、タンパク質レベルを測定するための当該技術分野で知られている任意の方法を使用して決定され得る。かかる方法としては、例えば、電気泳動、キャピラリー電気泳動、高速液体クロマトグラフィー(HPLC)、薄層クロマトグラフィー(TLC)、高拡散クロマトグラフィー(hyperdiffusion chromatography)、流体若しくはゲル沈降素反応、吸光分光法、比色アッセイ、分光光度アッセイ、フローサイトメトリー、免疫拡散(単一又は二重)、免疫電気泳動、ウェスタンブロッティング、ラジオイムノアッセイ(RIA)、酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)、免疫蛍光アッセイ、電気化学発光アッセイ等が挙げられる。かかるアッセイはまた、目的の遺伝子によって産生されるタンパク質の存在又は複製の指標であるタンパク質の検出に使用することもできる。これに加えて、上述のアッセイを使用して、タンパク質機能の回復又は変化をもたらす目的のmRNA配列の変化を報告し、それによって、療法の効果及び利益を対象に提供し、対象において障害を治療し、かつ/又は対象において障害の症状を減少させることができる。
したがって、Grik2 mRNA又はGluK2タンパク質発現を測定するための上述のアッセイを使用して、対象(例えば、てんかん、例えば、TLEを患う対象)を、本明細書に開示される1つ以上のASO剤(例えば、表2に記載されるASO剤のうちのいずれか1つ)、又はそれをコードする核酸ベクターによる治療的治療を必要とすると特定してもよい。例えば、TLEを有すると特定された患者は、制御することができない(例えば、治療抵抗性の、例えば、慢性の)てんかん発作を引き起こす脳の片方の半球の側頭葉内にてんかん原性病巣を示し得る。本明細書で考察されるように、かかるてんかん原性病巣は、例えば、再発性顆粒球細胞の苔状線維の異常な発芽、及び上述の苔状線維によって形成される再発性シナプスでのGrik2の異常な(すなわち、増加した)発現によって生じ得る。上述のアッセイを使用して、例えば、てんかん原性半球の海馬から、また、健康な半球における同じ領域から集めた脳組織に対する小さな生検を行うことによって、対象が、本明細書に開示されるGrik2 ASO剤のうちの1つ以上を使用した療法から利益を受けうるかどうかの決定を行うことができる。てんかん原性半球が、罹患していない半球と比較して、より高い(例えば、少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより大きい)レベルのGrik2 mRNA又はGluK2タンパク質の発現を示すことを示すことは、その患者が、本明細書に開示される方法及び組成物を使用した療法から利益を受け得ることを示すだろう。TLEを有する対象が、両方の脳半球にてんかん原性病巣が存在する場合において、Grik2 mRNA又はGluK2タンパク質レベルを、上述のアッセイを使用して、TLEに罹患した対象からの1つ以上の半球から得た海馬組織と、健康な対照対象の同じ半球から(例えば、TLEを有しない対象の死後組織から)の海馬組織との間で比較することができる。TLEに罹患した対象のてんかん原性半球が、健康な対象の同じ半球と比較して、より高い(例えば、少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより大きい)レベルのGrik2 mRNA又はGluK2タンパク質の発現を示すことを示すことは、TLEに罹患した対象が、開示される組成物及び方法による治療的治療から利益を受け得ることを示すだろう。また、治療が必要であることが疑われる対象の神経細胞におけるGrik2 mRNAレベル又はGluK2タンパク質レベルを、疾患状態を示すことが知られているこれらの分析物の標準又は参照レベルと比較することができる。
これに加えて、上述のアッセイを利用して、対象(例えば、TLE等のてんかんに罹患している対象)が、本明細書に開示される組成物及び方法を使用した治療に応答したかどうかを決定し得る。例えば、上に考察したように、てんかん原性脳半球からの海馬脳組織は、本明細書に開示される組成物及び方法による治療の前の小さな生検によって、TLEに罹患した対象から得ることができ、Grik2 mRNA又はGluK2タンパク質の発現は、上述のアッセイを使用して評価され得る。次いで、対象に、本明細書に開示される方法及び組成物に従って、治療を行い得る。開示される方法及び組成物による治療後(例えば、治療から1、5、10、15、30、60、90日後、又はそれより長い日数後)の患者の回復の後に、治療前に評価したのと同じ脳領域にわたって第2の生検を行ってもよく、Grik2 mRNA又はGluK2タンパク質のレベルを再び評価し得る。TLEに罹患した対象が、より低い(例えば、少なくとも5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%、50%、55%、60%、65%、70%、75%、80%、85%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより大きい)レベルのGrik2 mRNA又はGluK2タンパク質の発現を示すことを示すことは、その対象が、治療に対して応答性であることを示すだろう。代替的に、Grik2 mRNA又はGluK2タンパク質レベルを、1人以上の健康な対照対象からのそれらの発現に対して比較してもよい。治療後のTLEに罹患した患者におけるGrik2 mRNA又はGluK2タンパク質レベルが、1人以上の健康な対照対象におけるそれらのレベルと統計的に区別することができないことを示すことは、その患者が治療に応答性であることを示すだろう。また、治療される対象の神経細胞におけるGrik2 mRNAレベル又はGluK2タンパク質レベルを、疾患状態が存在しないことを示すことが知られているこれらの分析物の標準又は参照レベルと比較することができる。
治療の方法
てんかん(例えば、TLE)を有する対象を、本明細書に記載の組成物及び方法を使用して治療してもよい。組成物(例えば、ASO剤含有組成物、又はそれを含有するベクター)を、それを必要とする対象(例えば、てんかん(例えば、TLE)を有するか、又は有するリスクがあると診断された対象)に予防的治療として投与し得る。てんかんを発症するリスクがある対象は、てんかんの初期症状を示していてもよく、又は治療が行われるときにはまだ症候性でなくてもよい。
投与の経路
本明細書に開示される組成物を、標準的な方法を使用して、対象(例えば、TLEを有すると特定された対象)に投与してもよい。例えば、本明細書に開示される組成物を、例えば、全身投与を含む、いくつかの異なる経路のいずれかによって投与し得る。全身投与の非限定的な例としては、経腸(例えば、経口)、又は非経口(例えば、静脈内、動脈内、経粘膜、腹腔内、皮表、粘膜内(例えば、経鼻又は舌下)、筋肉内、又は経皮)投与が挙げられる。追加の投与経路としては、皮内、皮下、及び経皮注射が挙げられ得る。
本明細書に開示される組成物はまた、ASO剤、又はそれをコードする核酸ベクターを局所送達するのに適した方法を使用して投与され得る。局所投与の非限定的な例としては、皮表(例えば、局所)、動脈内、関節内、及び吸入経路が挙げられる。特に、開示される組成物を、対象の脳組織(例えば、神経細胞、例えば、ニューロン及び/又はアストログリア))に局所投与し得る。
特に、ASO剤、及びそれをコードする核酸ベクターを、対象の脳組織、例えば、てんかん性活性の増加を示すと決定されている脳組織に局所投与し得る。脳への局所投与は、一般に、ASO剤又はそれをコードする核酸ベクターの脳細胞(例えば、神経細胞)への送達に適した任意の方法を含み、その結果、選択されたシナプスによって接続した細胞集合の細胞の少なくとも一部分が、組成物と接触する。ベクターを、ニューロン、アストログリア、又は両方を含むCNSの任意の細胞に送達し得る。一般に、ベクターは、例えば、脊髄、脳幹(延髄、橋、及び中脳)、小脳、間脳(例えば、視床及び視床下部)、終脳(線条体、大脳皮質(例えば、後頭葉、側頭葉、頭頂、若しくは前頭葉における皮質領域)、又はこれらの組み合わせ、又はその中の細胞の任意の適切な部分集合を含む、CNSの細胞に送達される。更なる送達部位としては、赤核、扁桃体、嗅内野、及び視床の腹外側又は前核のニューロンが挙げられる。
本開示のベクターは、CNSの柔組織又は室に直接的に定位注射又はマイクロインジェクションによって送達され得る。特定の例において、本開示のベクターは、対象の脳における1つ以上のてんかん性病巣に直接的に送達され得る。例えば、対象に、不等皮質(例えば、海馬)又は新皮質(例えば、前頭葉)の片方又は両方の半球に直接的に定位注射することによって、本開示のベクターを投与し得る。特定の例において、対象に、海馬の片方又は両方の半球に直接的に定位注射することによって、本開示のベクターを投与する。代替的に、本開示のベクターを、例えば、限定されないがAAV9又はAAVrh10を含むCNS組織に対して向性を示すベクターの文脈で、静脈内注射によって投与し得る。
本開示のベクターを特定の領域及びCNS細胞の特定の集団に送達するために、ベクターを、定位マイクロインジェクションによって投与し得る。例えば、対象は、所定位置に外科的に固定された(頭蓋骨にネジ固定された)定位フレームベースを有し得る。定位フレームベースを有する脳(例えば、基準マーキングを有するMRIに適合する定位フレームベース)を、高解像度MRIを使用して撮像する。次いで、MRI画像をコンピュータに送り、定位ソフトウエアを走らせる。一連の冠状断画像、矢状断面画像、及び体軸断面画像を使用して、標的注射部位、及び脳へ本開示の組成物を注射するために使用されるカニューラ又は注射針の軌道を決定する。このソフトウエアは、直接的に、軌道を、定位フレームに適した三次元座標へと変換する。進入部位の上に孔をドリルで開け、定位装置を、所与の深さに移植した注射針とともに配置する。組成物(例えば、本明細書に開示される組成物)を標的部位に注射し得る。組成物が、産生するウイルス粒子ではなく、組み込みベクターを含む場合において、ベクターの広がりは最小であり、主に、注射部位からの受動的な拡散の機能による。拡散の程度は、流体担体に対するベクターの比を調節することによって制御され得る。
追加の投与経路はまた、直接的な視覚化をしながらのベクターの局所適用、例えば、表面の皮質適用、又は他の非定位適用を含んでいてもよい。ベクターを、髄腔内に(例えば、大槽に直接的に)、室に(例えば、脳室内(ICV)注射を使用して)、又は静脈内注射によって、送達し得る。
一例において、本開示の方法は、定位注射による脳内又は脳室内投与を含む。しかしながら、他の既知の送達方法も、本開示に従って適応され得る。例えば、CNSを通過する本組成物のより幅広い分布のために、例えば、腰椎穿刺によって、脳脊髄液に注射し得る。組成物を末梢神経系に向かわせるために、脊髄、1つ以上の末梢がんグリア、又は目的の身体部分の皮膚の下(皮下又は筋肉内)に注射し得る。特定の状況において、組成物を、血管内アプローチを介して投与し得る。例えば、組成物を、血液脳関門が破壊されるか、又は破壊されない状況において、動脈(頚動脈)内投与し得る。更に、より広範な送達のために、組成物を、マンニトールを含む高張性溶液の注入によって達成される血液脳関門の「開放」中に投与し得る。
任意の所与の場合における投与に最も適した経路は、投与される特定の組成物、対象、治療される特定のてんかん、薬学的製剤化方法、投与方法(例えば、投与時間及び投与経路)、対象の年齢、体重、性別、治療される疾患の重症度、対象の食事、及び対照の排泄速度に応じて変動するだろう。
組み合わせ療法
本明細書に開示される組成物を、他の療法剤又は物理的介入(例えば、リハビリテーション療法又は外科的介入)を含む1つ以上の追加の療法モダリティ(例えば、1、2、3、又はそれより多くの追加の療法モダリティ)と組み合わせて、それを必要とする対象(例えば、ヒト対象)に投与して、てんかん(例えば、TLE)を治療し得る。2つ以上の薬剤を同時に投与し得る(例えば、全ての薬剤の投与を15分、10分、5分、2分以内に行う)。薬剤はまた、共製剤によって同時に投与され得る。また、2つ以上の薬剤を、順次投与してもよく、その結果、2つ以上の薬剤の作用が重複し、その組み合わせられた効果が、ある症状、又は障害に関連する他のパラメータの減少が、1つの薬剤、又は単独で送達される治療、又は他方が存在しない状態で観察されるであろうものよりも大きくなるようなものである。2つ以上の治療の効果は、部分的に相加的、全体的に相加的、又は相加的よりも大きくてもよい(例えば、相乗的)。各療法剤の連続的又は実質的に同時の投与は、限定されないが、経口経路、静脈内経路、筋肉内経路、局所経路、及び粘膜組織を介する直接的な吸収を含む、任意の適切な経路によって行うことができる。療法剤を、同じ経路によって、又は異なる経路によって投与し得る。例えば、その組み合わせの第1の療法剤を静脈内注射によって投与してもよく、一方で、その組み合わせの第2の療法剤を、化合物が含浸されたマイクロカセットで局所的に投与してもよい。第1の療法剤を、第2の療法剤の直前又は直後に、最大1時間、最大2時間、最大3時間、最大4時間、最大5時間、最大6時間、最大7時間、最大8時間、最大9時間、最大10時間、最大11時間、最大12時間、最大13時間、14時間、最大16時間、最大17時間、18時間まで、最大19時間、最大20時間、最大21時間、最大22時間、最大23時間、最大24時間、又は最大1~7、1~14、1~21、又は1~30日前又は後に投与し得る。
対象が、てんかん(例えば、TLE)を有するか、又はそれを発症するリスクがあると診断される場合に、第2の療法剤は、1つ以上の抗てんかん薬(AED)を含んでいてもよく、限定されないが、バルプロエート、ラモトリギン、エトスクシミド、トピラマート、ラコサミド、レベチラセタム、クロバザム、スチリペントール、ベンゾジアゼピン、フェニトイン、カルバマゼピン、プリミドン、フェノバルビタール、ガバペンチン、プレガバリン、チアガビン、ゾニサミド、フェルバメート、及び/又はビガバトリンが挙げられる。いくつかの場合において、第2の療法モダリティは、外科的介入、例えば、当該技術分野でよく知られている方法を使用するてんかん原性脳領域の外科的切除(例えば、側頭葉切除)、例えば、放射線手術(例えば、ガンマナイフ、又はレーザーアブレーション)であり得る。本開示の方法及び組成物と一緒に投与することができる追加の療法モダリティとしては、迷走神経刺激、深部脳刺激、経頭蓋磁気刺激、及びケトジェニックダイエットが挙げられる。
特定の例において、対象に、コルチコステロイド単独、又はタロリムス若しくはラパマイシン(シロリムス)を、例えば、ミコフェノール酸と組み合わせた、又はプレドニゾロン及び/若しくはプレドニゾロン等のコルチコステロイドと組み合わせた計画を含め、免疫抑制剤を投与し得る。当該技術分野でよく知られている他の免疫抑制計画を、本開示の方法及び組成物と組み合わせて使用し得る。かかる免疫抑制治療を、遺伝子療法の前、後、又はそれと同時に行ってもよい。
投薬
本明細書に記載されるように治療され得る対象は、てんかん(例えば、TLE)を有するか、又はそれを発症するリスクがあると診断された対象である。開示される方法及び組成物を使用して治療され得る対象としては、例えば、てんかんの治療に関連する1つ以上の以前の療法介入を有していた対象、又はてんかんの治療のための以前の療法介入を有していなかった対象が挙げられる。
本開示のASO剤を、以下のうちの1つ以上(例えば、2つ以上、3つ以上、4つ以上)生じるのに有効な量及び時間で投与し得る。(a)対象の細胞におけるGrik2 mRNA及び/又はGluK2タンパク質のレベルを低下させる、(b)障害の発症を遅らせる、(c)対象の生存期間の増加、(d)対象の無増悪生存期間の増加、(e)GluK2タンパク質機能の回復又は変化、(f)てんかん発作再発のリスク減少、(g)CNSにおける興奮毒性及び関連する神経細胞死の減少、(h)CNSの罹患領域(例えば、海馬)における生理学的興奮-阻害バランスの回復、並びに/あるいは(i)てんかんの1つ以上の症状(例えば、てんかん性発作の頻度、持続時間、若しくは強度、脱力、欠神、突然の混乱、理解若しくは発話の問題、認識障害、運動障害、めまい、又はバランス若しくは協調運動の喪失、麻痺、及び感情の調節不全)の減少。
したがって、本開示は、てんかん(例えば、TLE)を治療することを必要とする対象においてそれを行う方法であって、本方法が、対象において、Grik2 mRNAに特異的に結合し、GluK2タンパク質の発現を阻害する阻害性RNA(例えば、ASO、例えば、siRNA、shRNA、miRNA、若しくはshmiRNA、又はshmiRNA)をコードするオリゴヌクレオチドを含むベクターを有効量投与することを含む、方法に関する。特に、本発明は、てんかんを治療することを必要とする対象においてそれを行う方法であって、対象に、治療有効量の本明細書に開示されるASO剤、又はそれをコードする核酸ベクターを投与することを含む、方法を提供する。
開示される方法及び組成物を利用して治療されるてんかんは、TLE(例えば、mTLE又はlTLE)、両性ローランドてんかん、前頭葉てんかん、点頭てんかん、若年性ミオクロニーてんかん、若年性欠神てんかん、小児欠神てんかん(ピクノレプシー)、温水てんかん、レノックス・ガストー症候群、ランドウ・クレフナー症候群、ドラベ症候群、進行性ミオクローヌスてんかん、反射てんかん、ラスムッセン症候群、辺縁系てんかん、てんかん重積状態、腹性てんかん、汎発性両側ミオクローヌス、月経関連性てんかん、ジャクソン型発作障害、ラフォラ病、及び光感受性てんかんであり得る。例えば、対象は、TLE(例えば、mTLE又はlTLE)、例えば、焦点てんかん発作又は全般てんかん発作を特徴とするTLEを有すると診断され得る。いくつかの場合において、てんかんは、慢性てんかん、例えば、治療に難治性であるてんかん(すなわち、薬剤抵抗性てんかん、例えば、薬剤抵抗性TLE)であり得る。
てんかんの治療のために、また、本明細書で考察されるようなてんかん発作及びてんかん性放電の症状を緩和するために、有用なポリヌクレオチドを、Grik2 mRNAの発現を阻害する機能的RNA、例えば、siRNA、shRNA、miRNA、又はshmiRNAをコードするベクターによって配置してもよい。
開示される組成物は、当業者によって適切であると決定される量で投与され得る。いくつかの場合において、rAAVは、対象当たり10、10、10、10、10、1010、1011、1012、1013、1014、又は1015個のゲノムコピー(GC)の用量で投与される。いくつかの実施形態において、rAAVは、10、10、10、10、10、1010、1011、1012、1013、又は1014GC/kg(対象の総重量)の用量で投与される。
いくつかの場合において、1×1012~5×1014GCが投与される。いくつかの場合において、小児患者又は成人患者に、1×1012~5×1014GCの一定用量が投与される。
いくつかの場合において、投薬量は、患者の脳質量1グラム当たりの(例えば、後頭下穿刺又は腰椎穿刺によって、例えば、髄腔内に注射された)患者の脳脊髄液(CSF)に投与されるGCの数によって測定される。いくつかの場合において、患者の脳質量1グラム当たり10、10、10、10、10、10、1010、1011、1012、1013、1014、又は1015個のゲノムコピーを投与する。いくつかの場合において、患者の脳質量1グラム当たり1×10個のゲノムコピーを投与する。いくつかの場合において、患者の脳質量1グラム当たり1×10個のゲノムコピーを投与する。いくつかの場合において、患者の脳質量1グラム当たり1×10個のゲノムコピーを投与する。いくつかの場合において、患者の脳質量1グラム当たり1×10個のゲノムコピーを投与する。いくつかの場合において、患者の脳質量1グラム当たり1×10個のゲノムコピーを投与する。いくつかの場合において、患者の脳質量1グラム当たり1×1010個のゲノムコピーを投与する。いくつかの場合において、患者の脳質量1グラム当たり5×1010個のゲノムコピーを投与する。いくつかの場合において、患者の脳質量1グラム当たり1×10~1×1011個のゲノムコピーを投与する。いくつかの場合において、患者の脳質量1グラム当たり1×10~5×1010個のゲノムコピーを投与する。いくつかの場合において、患者の脳質量1グラム当たり2×10~9×1010個のゲノムコピーを投与する。いくつかの場合において、患者の脳質量1グラム当たり5×10~1×1011個のゲノムコピーを投与する。他の場合において、患者の脳質量1グラム当たり、1×1010~5×1010個のゲノムコピーを投与する。他の実施形態において、患者の脳質量1グラム当たり1×1010~9×1010個のゲノムコピーを投与する。患者の(対象の)脳重量の概算は、MRI脳体積決定から得られ、これを脳質量に変換し、これを利用して、投与される薬物の正確な用量を計算する。脳重量はまた、公開されているデータベースを使用して、年齢範囲に基づいて概算され得る。
任意選択的に、開示される薬剤を、本明細書に記載されるように、対象への送達に適した薬学的に許容される組成物の一部として投与し得る。開示される薬剤は、当業者によって容易に決定され得るように、所望の投薬量を提供し、かつ/又は治療に有益な効果を誘発するのに十分な量で、これらの組成物内に含まれる。
本明細書に記載の開示される組成物を、対象を治療するか、又は上述のアウトカムのうちの1つを行う(例えば、対象における疾患の1つ以上の症状の減少)のに十分な量(例えば、有効量)及び時間で投与し得る。開示される組成物は、1回、又は1回より多く投与され得る。開示される組成物を、1日1回、1日2回、1日3回、2日ごとに1回、週に1回、週に2回、週に3回、隔週に1回、1ヶ月に1回、2ヶ月に1回、1年に2回、又は1年に1回投与し得る。治療は、別個(例えば、注射)で、又は連続的(例えば、インプラント若しくは注入ポンプによる治療)であり得る。対象を、治療に使用される投与の組成及び経路に応じて、本開示の組成物の投与から1週間後、2週間後、1ヶ月後、2ヶ月後、3ヶ月後、4ヶ月後、5ヶ月後、6ヶ月以上後に、治療有効性について評価し得る。治療有効性を評価する方法は、本明細書に開示される(例えば、「薬学的使用」を参照されたい)。評価のアウトカムに応じて、治療を継続してもよく、又は止めてもよく、治療頻度又は投薬量を変えてもよく、あるいは患者を、異なる開示される組成物で治療してもよい。対象を、別個の期間(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、若しくは12ヶ月間)、又は疾患若しくは状態が軽減するまで治療してもよく、又は治療は、治療される疾患若しくは状態の重症度及び性質に応じて、慢性的なものであってもよい。例えば、TLEを有すると診断され、本明細書に開示される組成物で治療される対象は、初期又はその後の治療経路が治療利益(例えば、本明細書に開示される症状のうちのいずれか1つの減少、又は対照の罹患した脳領域におけるGrik2 mRNAのレベル又はGluK2タンパク質レベルの減少)を誘発しない場合、1回以上の(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10回、又はそれより多くの)追加の治療を与えられ得る。
キット
本開示はまた、てんかん(例えば、TLE、例えば、治療難治性TLE)の予防又は治療において使用するための対象において、Grik2遺伝子(例えば、Grik2 mRNAを標的化するASO)の発現を阻害する、本明細書に開示される組成物を含む、キットを提供する。キットは、任意選択的に、対象に組成物を送達するための薬剤又はデバイスを含み得る。他の例において、キットは、1つ以上の滅菌アプリケーター、例えば、シリンジ又は針を含み得る。更に、キットは、任意選択的に、他の薬剤、例えば、麻酔薬又は抗生物質を含み得る。キットはまた、キットのユーザ、例えば、医師に本発明に開示される方法を実施させるために説明する添付文書を含み得る。
以下の実施例は、本明細書に記載の組成物及び方法をどのように使用し、作製し、評価し得るかについての記載を当業者に提供するように示され、純粋に本開示の例示を意図するものであり、本願発明者がその開示であると考える範囲を限定することを意図したものではない。
実施例1A:Grik2 mRNA標的化アンチセンスオリゴヌクレオチドの設計及び選択
Grik2 mRNA標的化アンチセンスオリゴヌクレオチドの設計
Grik2 mRNAの発現を標的化し、それを阻害することができるアンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)を開発するために、Homo sapiens、並びにMus musculus、Rattus norvegicus及びMacaca mulattaを含む他の動物モデル種からのNCBI GenBankデータベースから、Grik2 mRNA配列の集合(5’非翻訳領域(UTR)、コード領域(CDS)、及び3’UTR)を得た。病巣は、最も長い転写産物バリアント(すなわち、配列番号115)上に配置されたが、他の転写産物バリアントが、上述の集合に含まれていた。評価された配列には、配列番号115(NM_021956(H.sapiens))、配列番号117(NM_175768(H.sapiens))、配列番号118(NM_001166247(H.sapiens))、配列番号119(NM_001111268(M.musculus))、配列番号120(NM_010349(M.musculus))、配列番号121(NM_001358866(M.musculus))、配列番号122(XM_015136995(M.mulatta))、配列番号123(XM_015136997(M.mulatta))、配列番号124(NM_019309.2(R.norvegicus))が含まれる。配列アラインメントを、配列アラインメントプログラムMUSCLEを使用して行い、種間の顕著な配列相同性の領域を特定し、療法開発プロセス全体にわたって、所与のガイド配列が、目的の各々の種において所望の転写産物を効果的に標的化する尤度を増加させるという目的におけるこれらの領域に対して、ガイドRNA(すなわち、Grik2 mRNAとの相補的な塩基対形成に関与するASO配列)設計の好ましさを与えた。
その文献は、mRNAの二次構造が、RNA干渉(RNAi)によって標的とされる効率に顕著な影響を及ぼし得ることを示唆しており、二次構造を含有しない領域は、RNAi機構に更にアクセス可能であり、したがって、より効率的に標的化されるという仮説がなりたつ。逆に、塩基対形成に関与すると予測されるmRNAの領域は、RNA-RNA二本鎖を形成し、RNAi機構へのアクセス可能性が低く、RNAiアプローチによってそれほど効率的に標的化されないという仮説がなりたつ。Grik2 mRNAの二次構造は、任意の種について特性決定されない。したがって、折り畳まれたRNAの自由エネルギーを減少させること(すなわち、最小自由エネルギー構造、すなわちMFE)、又は全ての他の可能な折り畳まれた配向と比較して塩基対距離を減少させること(セントロイド)のいずれかに基づくアルゴリズムを使用する予測ソフトウエアを使用する戦略が考案された。この評価を、RNAfold WebServer(rna.tbi.univie.ac.at//cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi)を使用して、Homo sapiens、Mus musculus、及びMacaca mulattaからのGrik2 mRNAバリアント1に対して行った。低い塩基対形成確率及び/又は高い位置エントロピーを有する各転写物の領域(図1Aで黄色から青色に着色される)を、ガイド設計について特定し、優先した。これらの領域には、明確に描写されたループ領域(図1Bのアラビア数字1~14によって示される、それぞれ配列番号145~158に対応する)、及びステム様領域として示されるが、塩基対形成の確率が低い領域(図1Bのアラビア数字15~19によって示される、それぞれ配列番号159~163に対応する)が含まれていた。優先度は、1つより多い種において、低い塩基対形成確率及び/又は高い位置エントロピーを有すると予測された領域に与えられた。Grik2 mRNA(配列番号115)に対する種々の特定されたRNAiガイド配列のアラインメントを図1C~1Gに示す。
次いで、上に列挙した方法によって選択されたGrik2 mRNA中の目的の領域をインシリコで評価し、これらの領域を標的化するように設計された低分子阻害性RNAが、他の転写産物を標的化する可能性も有しており、非標的遺伝子の誤った調節に基づく望ましくないオフターゲット効果を引き起こす尤度を予測的に決定した。Grik2転写産物上の特定の領域に対して設計されたガイドRNAによって媒介されるオフターゲット効果の確率を予測的に評価するために、オンラインツールsiSPOTR(sispotr.icts.uiowa.edu/sispotr/index.html_で入手可能な「siRNA Sequence Probability-of-Off-Targeting Reduction」)を使用した。目的の転写産物を入力した後、このプログラムは、siRNA又はshRNAが他の転写産物を標的化する尤度を最小限に抑えつつ、目的の転写産物を標的化すると予測されるsiRNA又はshRNAのリスト(そのいずれかが合成ASOへと変換され、そのまま送達され得る)を特定する。siSPOTRはまた、示唆された低分子RNA分子からのシード配列(例えば、標的DNA又はmRNA配列、例えば、Grik2 mRNA配列との相補的な塩基対形成に関与する配列)が、既知の内因的に発現するマイクロRNA(miRNA)のシード配列にも対応する場合には、候補分子が、ネイティブmiRNAによって通常調節される経路を誤って調節し得ることを示唆する。これらの候補は、回避された。
RNAfold WebServerの使用の場合と同様に、Homo sapiens、Mus musculus、及びMacaca mulattaからの転写産物バリアント1を、ヒト及びマウストランスクリプトームの両方に対して、siSPOTRを使用して評価した。これにより、ヒト細胞(例えば、インビトロのための細胞株、又はエクスビボ標的検証のためのヒト切除物)、又はマウス細胞(例えば、インビボマウス有効性モデル)のいずれかにおいて、mRNAを標的化する尤度が低いことが予測された各転写物に由来する候補低分子RNAの特定が可能になった。また、これにより、ヒト及びマウス細胞の両方において最小限のオフターゲット効果を引き起こすことも予測された3種類全ての入力転写産物において標的化される配列において相同性であった候補低分子RNAの特定が可能になり、これは、薬物開発のプロセス中に種々のモデルにわたって有効性及びオフターゲットプロファイルの変動を両方とも最小限に抑えるために、特に関心が高いものである。
最後に、ルシフェラーゼレポーターシステムにおいて合成RNAガイドを使用して候補標的配列をスクリーニングする目的のために、ヒトゲノムから発現した任意のRNAが、提案された標的に対して有意な類似性(例えば、90%を超える、次いで80%を超える)を有するかどうか、したがって、Grik2に対して設計されたガイドによって標的化される確率を有し得るかどうかを決定するために、対応する21bpの標的配列を、「ある程度類似の配列(Somewhat similar sequences)」についてBLASTn(blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearchで入手可能)を使用して評価した。
細胞株レポーターアッセイを使用した、GluK2アンチセンスオリゴヌクレオチドのインビトロスクリーニング
ヒトGrik2(転写産物バリアント1)mRNA(5’及び3’UTRを含む)のための配列を、NCBI GenBank(NM_021956.4、配列番号115)から得て、合成し、pmiR-GLO-hGluK2と呼ばれるpMIR-GLO(Promega、カタログ番号E1330)二重ルシフェラーゼレポータープラスミドの観点で、ホスホグリセリン酸キナーゼ(PGK)プロモーターの制御下で、ホタルルシフェラーゼの3’UTRへとクローニングした。したがって、Grik2 mRNA発現におけるRNAi媒介性の減少も、ホタルルシフェラーゼ(ffluc)受容体タンパク質を減少させるため、PGKプロモーターからの発現は、ヒトGrik2 mRNAを標的化する低分子RNAガイドの評価を可能にするハイブリッドホタルルシフェラーゼ-ヒトGrik2 mRNAを生成した。ルシフェラーゼは、当該技術分野でよく知られている種々の方法によって定量化され得る。このレポータープラスミドはまた、その3’UTRに目的の任意の標的化配列を含有しないため、SV40プロモーターの制御下でウミシイタケルシフェラーゼレポーターをコードし、その発現が、正規化対照として機能した。次いで、ffluc:ウミシイタケシグナル(RLUで表現される)の比を報告し、無関係な低分子RNAガイド(陰性対照として使用される)が同じ方法で評価される場合に得られた比と比較した。したがって、Grik2 mRNAノックダウンの結果は、「GluK2ノックダウン%」(KD%とも呼ばれる)として報告され、GluK2タンパク質発現に対する何らかの非特異的な効果は、以下のように、陰性対照から得られた比に対する「残留発現%」として測定された。
ここで、5ngのpmiR-GLO-hGluK2を、低分子RNAガイドとともに、この特定の場合において、10pgのGrik2 mRNAに対して設計された合成siRNA、又は無関係な陰性対照ASOとともに、WT 293T細胞の96ウェルプレートに共トランスフェクトした。追加の対照として、ASO自体のトランスフェクションが、タンパク質発現に対してより一般的な包括的な効果を有していたかどうかを決定するために、各ASOは、ルシフェラーゼの3’UTRにGrik2 mRNA配列を含有せず、したがって、ffluc-hGluK2ハイブリッドmRNAを産生しない空のpmiR-GLOプラスミドで更に(別個のウェルで)共トランスフェクトした。トランスフェクションから48時間後、細胞を溶解し、ホタルルシフェラーゼ及びウミシイタケルシフェラーゼの発現をDual-Glo Luciferase Assay System(Promega)を使用して決定し、相対発光量(RLU)を報告した。上に考察されるように、pmiR-GLO-hGluK2レポーターと組み合わせて、Grik2 mRNAに対する実験的ASO剤の入ったウェルにおいて産生されるffluc:ウミシイタケルシフェラーゼの比を、無関係な陰性対照siRNAが入ったウェルから得られた比と比較して計算し、標的mRNA、この場合において、ffluc-hGluK2の「ノックダウン率」(KD%)として報告した(図1H、表2)。これらの値を使用して、どの低分子RNAガイドがGrik2 mRNA配列を効率的に標的化するかを決定した。これに加えて、pmiR-GLO-空レポーターと組み合わせて、Grik2に対する実験的ASO剤の入ったウェルにおいて産生されるffluc:ウミシイタケルシフェラーゼの比を、無関係な陰性対照ASOが入ったウェルから得られた比と比較して計算し、非標的化ffluc mRNAからの「残留ffluc発現率」として報告した(図1I)。これらの値を使用して、タンパク質発現のための代理物として非標的化fflucを使用して、どの低分子RNAガイドが、トランスフェクトされた細胞におけるタンパク質発現に対して非特異的な影響を有するかを決定した。これらの値を各ガイド候補についてプロットし、ffluc-hGluK2 mRNA発現を有意に減少させるが、非特異的な様式で非標的化ffluc発現と干渉しないガイドを特定した(図1J)。このプロットから、ガイド選択についてのカットオフ、すなわち、66%を超えるGluK2ノックダウン、及び66%を超える残留非標的化ffluc発現が確立された(グラフ上の点線)。
実施例1B:Grik2標的:siRNA二本鎖の熱力学的特性
以下の表10及び11に示されるように、RNAup WebServerを使用して、RNA-RNA相互作用及びその熱力学的特性を予測した。19個の塩基対(bp)のsiRNA(GluK2 mRNAとの相同性を有する19個の塩基)及び21個の塩基対のGrik2 siRNA(GluK2 mRNAとの相同性を有する19個の塩基を有する21個の塩基のガイドを有する)を照会し、以下のように、RNAupによって熱力学的特性を評価した。好ましいガイド特性を相関付けるために、総結合自由エネルギー、二本鎖形成からのエネルギー、及び標的開放エネルギー(開放エネルギーGrik2 mRNA)、及びこれらの計算を、各ガイドについてのノックダウン率(KD%、実施例1Aを参照されたい)及びGC%の決定と比較した。RNAupは、本質的に2つの段階におけるRNA-RNA相互作用の熱力学を計算した。第一に、潜在的な結合部位が対形成していないままである確立(例えば、標的部位を開放するのに必要な自由エネルギー)を算出し、次いで、この「アクセス可能性」を相互作用エネルギーと組み合わせて、総結合エネルギーを得る。
表10及び表11についての欄の定義:
KD%:候補siRNAとの共トランスフェクションによって達成される、ルシフェラーゼ-GluK2 mRNA(Grik2 mRNA、バリアント1、配列番号122)レポーター発現のノックダウン率(等価な19bpのRNAガイドの場合、実施例1Aに記載されるアッセイによって決定される)、2個のアステリスク(**)が付された細胞=33%未満のノックダウン(KD)、1個のアステリスク(*)が付された細胞=33~66%のKD、及びアステリスクを付されていない細胞=66%を超えるKD。
GC%:siRNAのガイド配列中のグアニン及びシトシンである塩基を合わせた割合。表10:2個のアステリスク(**)が付された細胞=60%を超えるGC、1個のアステリスク(*)が付された細胞=50~60%のGC、及びアステリスクを付されていない細胞=50%未満のGC、表11:2個のアステリスク(**)が付された細胞=55%を超えるGC、1個のアステリスク(*)が付された細胞=50~55%のGC、及びアステリスクを付されていない細胞=55%未満のGC。
太字のGrik2標的領域は、本開示の特定されたループ又は非対形成領域を意味する。
総結合自由エネルギー(kcal/mol):mRNA上の標的領域の開放、一本鎖ガイドの生成、及び一本鎖siRNAガイドのその一本鎖mRNA標的配列に対するハイブリダイゼーションを含む、Grik2 mRNA(配列番号122)上のその対応する標的配列にハイブリダイズするsiRNAのプロセスの自由エネルギー。表10:2個のアステリスク(**)が付された細胞=-28kcal/mol未満(最大のデルタG、最も負の値)、1個のアステリスク(*)が付された細胞=-23~-24kcal/mol、及びアステリスクを付されていない細胞=-24kcal/mol(最小のデルタG、ゼロに最も近い)。表11:2個のアステリスク(**)が付された細胞=-30.5kcal/mol未満(最大のデルタG、最も負の値)、1個のアステリスク(*)が付された細胞=-30.5~-27kcal/mol、及びアステリスクを付されていない細胞=-27kcal/mol(最小のデルタG、ゼロに最も近い)。
二本鎖形成からのエネルギー(kcal/mol):一本鎖mRNA標的配列に対する一本鎖siRNAガイドのハイブリダイゼーションの自由エネルギー。表10:2個のアステリスク(**)が付された細胞=-38kcal/mol未満(最大のデルタG、最も負の値)、1個のアステリスク(*)が付された細胞=-38~-35kcal/mol、及びアステリスクを付されていない細胞=-35kcal/mol(最小のデルタG、ゼロに最も近い)。表11:2個のアステリスク(**)が付された細胞=-41kcal/mol未満(最大のデルタG、最も負の値)、1個のアステリスク(*)が付された細胞=-41~-38kcal/mol、及びアステリスクを付されていない細胞=-38kcal/mol(最小のデルタG、ゼロに最も近い)。
開放エネルギーGluk2 mRNA(kcal/mol)(標的開放エネルギーとしても知られている):標的位置でRNA二次構造を分解するのに必要なエネルギー(付近の二次構造の分解、又は標的配列と二次構造を形成する遠位配列の関与を含み得る)。表10:2個のアステリスク(**)が付された細胞=最大のエネルギー要求(10kcal/molを超える=最大の正/最も好ましくない)、1個のアステリスク(*)が付された細胞=中程度のエネルギー要求(7.5~10kcal/mol、中程度の好ましさ)、及びアステリスクを付されていない細胞=最小のエネルギー要求(7.5kcal/mol未満、ゼロに最も近い/最も好ましい)。表11:2個のアステリスク(**)が付された細胞=最大のエネルギー要求(9.5kcal/molを超える=最大の正/最も好ましくない)、1個のアステリスク(*)が付された細胞=中程度のエネルギー要求(8~9.5kcal/mol、中程度の好ましさ)、及びアステリスクを付されていない細胞=最小のエネルギー要求(8kcal/mol未満、ゼロに最も近い/最も好ましい)。
GluK2 mRNAの開放エネルギー、二本鎖形成からのエネルギー、及び総結合自由エネルギーを決定するために、RNAup WebServer(rna.tbi.univie.ac.at//cgi-bin/RNAWebSuite/RNAup.cgi、ViennaRNA Web Servicesソフトウエアスイートの一部)を使用した(Lorenz,R.,Bernhart,S.H.,Honer zu Siederdissen,C.,Tafer,H.,Flamm,C.,Stadler,P.F.、及びHofacker,Ivo L.ViennaRNA Package 2.0,Algorithms for Molecular Biology,6:1 26,2011,doi:10.1186/1748-7188-6-26)。RNAupは、2つの入力RNAの各々を折り畳み(RNAfoldサーバであるrna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgiによって行われるように)、次いで折り畳まれたRNAの各々の熱力学に基づいて、入力RNAのハイブリダイゼーションに関連する種々の熱力学的値を計算する。これらには、いずれかのRNA(例えば、標的RNA及びsiRNA)上の二次構造を開放させるのに必要なエネルギー(kcal/mol単位で)、二本鎖形成(1つの折り畳まれていないRNAの他の折り畳まれていないRNAに対するハイブリダイゼーション)からの生成するエネルギー、及び各RNAを開放させるのに必要なエネルギーと、ハイブリダイゼーション自体のエネルギーの両方を考慮した相結合エネルギーが含まれる。
ここでRNAupを使用して、インビトロ又はインビボのいずれかで、実験設定においてsiRNA活性(例えば、ノックダウンの有効性)の予測因子であり得る閾値を決定するために、ヒトGrik2 mRNA(配列番号122(に対して結合するsiRNAガイド配列の熱力学的パラメータを計算した。結果は、19bpの合成RNAガイドについては表10に、21bpの成熟miRNAガイドについては表11に列挙している。この実験の目的のために、Grik2 mRNA配列に対して相同性/相補的である21塩基のsiRNA配列の19塩基(実施例1Aに記載されるようなインビトロルシフェラーゼレポーターアッセイで試験したそれらのsiRNA)を、全長ヒトGrik2 mRNAに対して照会した。このアプローチを、siRNA配列の19塩基に関して行ったが、折り畳み/折り畳み解除及びハイブリダイゼーションの原理は一般的に同等であると考えられるため、これを使用して、21bpの成熟miRNAについて行ったように、より長いASO、shRNA、miRNA、又はshmiRNAを照会することもできる。上述の熱力学的パラメータを記録し(表10及び11を参照されたい)、ルシフェラーゼレポーターアッセイにおけるノックダウン(KD)%との相関関係、したがって、所与のガイド配列の有効性を予測する能力について評価した。
標的開放エネルギー
候補ガイド配列が、GluK2 mRNA中のその対応する標的配列を開放するのに必要であると予測されるエネルギーに従ってランク付けされた場合、低い開放エネルギー要求を有する(0kcal/molに最も近い)ガイド標的領域と、レポーターノックダウンのためにより大きな能力を有すると決定されたそれらのガイドとの間に、明らかな相関関係が存在する。標的開放エネルギーは、0.88~17.71kcal/molの範囲であり、平均は8.12kcal/mol、メジアンは7.41kcal/molであった。レポーター発現を66%を超えてノックダウンしたsiRNAは、より低い標的開放エネルギーを有する傾向があり(平均=7.12kcal/mol、メジアン=6.66kcal/mol)、一方で、レポーター発現を効率的にノックダウンしなかったsiRNAは、より高い標的開放エネルギーを有していた(平均=8.74kcal/mol、メジアン=8.34kcal/mol)。両方の群で外れ値が存在したが(例えば、G0:KD%=83であるが開放エネルギー=17.24kcal/mol、及びMT:KD%=4であるが開放エネルギー=1.9kcal/mol)、66%を超えるレベルでレポーター発現をノックダウンしたsiRNAガイドの中に、より小さな開放エネルギーを有する標的が明らかに豊富に存在した。機構的に、折り畳みを解除するために必要なエネルギー入力が少ない標的配列が、折り畳みを解除する方に従いやすく、したがって、siRNA結合への「アクセス可能性が高い」と考えることができるということになる。更に、図1B及び表4に示されるように、予測二次Grik2ループ及び非対形成構造が豊富に存在する。例えば、Grik2 mRNAの一本鎖領域内で特異的にハイブリダイズする23個以下のヌクレオチドの長さを有するRNAガイドは、少なくとも10kcal/molより少ない好ましい開放エネルギーを示し、特定の場合において、7.5kcal/molより少ない開放エネルギーを示す。図1Bに示されるような予測二次Grik2ループ及び非対形成構造に結合する本明細書に開示されるガイドを含む、siRNAの濃縮クラスターは、10kcal/mol未満の標的開放エネルギーを有し、66%を超えるGluk2ノックダウンと相関関係にある。7.5kcal/mol未満の標的開放エネルギー予測値を有する19bpのGrik2標的化ガイドは、有効である可能性が高い。一方で、10kcal/molを超える標的開放エネルギー予測値は、いくつかの場合において、あまり好ましくない。8.0kcal/mol未満の標的開放エネルギー予測値を有する21bpのGrik2標的化ガイドは、有効である可能性が高い。一方で、9.5kcal/molを超える標的開放エネルギー予測値は、いくつかの場合において、あまり好ましくない(図1J及び1K)。
二本鎖形成のエネルギー
次いで、同じGrik2 mRNA/siRNAガイド配列対を照会し、二本鎖形成の予測エネルギーを決定した。より高いレポーターノックダウンを有するガイドと、より高い二本鎖形成のエネルギー(よりゼロに近い)を有するガイドとの間に、明らかな相関関係があった。二本鎖形成のエネルギーは、-42.7~-12.92kcal/molの範囲であり、平均が35.28kcal/mol、メジアンが-35.41kcal/molであった。66%を超えるKDを有するガイドsiRNA配列は、平均で、より高い二本鎖形成のエネルギーを有しており(平均=-33.5kcal/mol、メジアン=-33.3kcal/mol)、一方で、66%未満のKDを有するものは、平均で、より低い二本鎖形成のエネルギーを有していた(平均=-36.4kcal/mol、メジアン=-37.5kcal/mol)。より負の/より低い二本鎖形成のエネルギーは、所与の二本鎖の形成が、二本鎖形成のエネルギーが、より高い/よりゼロに近い二本鎖の形成よりも好ましいことを示す。したがって、二本鎖形成の好ましさと、siRNAガイド配列ノックダウン効率の効率との逆相関が存在し、これは直感に反するように思われる。しかしながら、このことは、二本鎖形成ではなく、(その逆の)二本鎖分離の好ましさを決定する場合に、二本鎖形成のエネルギーが、より重要であることを示唆している。この文脈において、本願発明者らは、この値を二本鎖安定性の尺度として参照し、この値が小さいほど、二本鎖がより安定である。標的:siRNA二本鎖があまり安定ではない場合、siRNAは、そのプロセシビティの増加に起因して、ノックダウンの視点からより効率的であり得る。すなわち、異なるmRNA分子上の同じ領域を標的化するために、あまり安定ではない二本鎖から解かれる可能性が高く、これはその効率に直接的に関連する。逆に、標的:siRNA二本鎖が安定すぎる場合、siRNA(RISCに結合する)は、その標的から解かれる可能性が低い。
-35kcal/molを超える二本鎖形成のエネルギーの予測値を有する19bpのGrik2標的化ガイドは、有効である可能性が高い。一方で、-39kcal/molを超える二本鎖形成のエネルギーの予測値は、いくつかの実施形態において、あまり好ましくない。-38kcal/molを超える二本鎖形成のエネルギーの予測値を有する21bpのGrik2標的化ガイドは、有効である可能性が高い。一方で、-41kcal/molを超える二本鎖形成のエネルギーの予測値は、いくつかの実施形態において、あまり好ましくない(図1L及び1M)。
総結合エネルギー
最後に、標的GluK2 mRNAに対する各siRNA/miRNAガイド配列について、総結合エネルギーを決定した。総結合エネルギーは、19bpのsiRNAガイドについて、-35.06~-9.89kcal/molの範囲であり、平均が-25.93kcal/mol、メジアンが-26.29kcal/molであった。66%を超えるのKDを有するsiRNA、又は66%未満のKDを有するsiRNAについて、総結合エネルギーの平均値は、顕著に差は無かった(-25.65kcal/molと、-26.25kcal/mol)が、メジアン値の差は、これより大きく(それぞれ、-25.35kcal/molと、26.66kcal/mol)、66%を超えるKDを有するsiRNAガイドは、ほとんどどれも-30kcal/mol未満の総結合エネルギーを有していなかった(61個のガイドのうちの13個が-30kcal/mol未満の総結合エネルギーを有していた、66%未満のKDのガイドと比較して、37個のうちの1個)。したがって、このことは、-30kcal/mol未満の総結合エネルギーが、いくつかの場合において、所与のガイド配列が標的mRNAを効率的にノックダウンする可能性が高いことを示すことを示唆している。
-24kcal/molを超える総結合エネルギー予測値を有する19bpのGrik2標的化ガイドは、有効である可能性が高い。一方で、-28kcal/molを超える総結合エネルギー予測値は、いくつかの実施形態において、あまり好ましくない。-27kcal/molを超える総結合エネルギー予測値を有する21bpのGrik2標的化ガイドは、有効である可能性が高い。一方で、-30.5kcal/molを超える総結合エネルギー予測値は、いくつかの実施形態において、あまり好ましくない(図1N及び1O)。
グアニン-シトシン(GC)含有量(GC%)
最後に、siRNA又はmiRNAガイド配列のGC含有量を決定した。レポーターアッセイにおいて66%を超えるKDを生じさせるsiRNAガイドの群は、平均で、66%未満のKDを有する残りのガイド(平均=56.4%、メジアン=57.9%)よりも低いGC含有量を有していた(平均=46.23%、メジアン=47.4%)。したがって、低いGC含有量は、ガイド効率の強い予測因子であり、逆に、高いGC含有量は、ガイド効率の非適応因子である。この相関関係に寄与する因子は、複雑であり、いくつかの熱力学的パラメータに関連する可能性がある。第一に、ガイド配列の低いGC値はまた、siRNA二本鎖のパッセンジャー配列(又は前駆体shRNA又はmiRNAステム)が、低い割合のGCを含有することを示しており、したがって、この二本鎖は、ガイド鎖及びパッセンジャー鎖へと容易に分離しやすく、A:U対形成からの「弱い」塩基対形成への寄与が豊富であることに起因して、ガイド鎖を「成熟させる」ことが可能である。mRNA中の標的配列が、それを標的化するガイド配列に関連し、したがって、所与のガイドが低いGC含有量を有する場合、標的配列は、完全に相補的ではない場合であっても、これも低いGC含有量を有する可能性がある。その標的配列の部位で顕著な二次構造が予測される場合、アンチセンスRNAによってアクセスされるために、「開放させる」のに必要なエネルギーは低く、本願発明者らは、それもsiRNA標的化にとって好ましいパラメータであると決定した。siRNA:標的二本鎖のGC含有量が低いことも、二本鎖のより低い安定性(二本鎖形成のエネルギーエネルギーによって測定されるような)を引き起こし、これも、より安定なG:C塩基対形成が欠如していることに起因しており、標的とされる追加のmRNA分子を許容するようにアンチセンスRNAが解かれることが可能になる。まとめると、siRNAのGC含有量は、ここに記載の他の熱力学的パラメータに直接的に関連し、上で確立したその相関関係と切り分けることはできないだろう。
50%未満のGC含有量値を有する19bpのGrik2標的化ガイドは、有効である可能性が高い。一方で、60%を超えるGC含有量値は、いくつかの実施形態において、あまり好ましくない。50%未満のGC含有量値を有する21bpのGrik2標的化ガイドは、有効である可能性が高い。一方で、55%を超えるGC含有量値は、いくつかの実施形態において、あまり好ましくない(図1P及び1Q)。
実施例2:マウス、げっ歯類、及びヒトモデル系におけるGrik2標的化アンチセンスオリゴヌクレオチド構築物の抗てんかん効果の検証
材料及び方法
マウスを使用したプロトコルについて、実験は、Institut National de la Sante et de la Recherche Medicale(INSERM)動物管理使用委員会によって承認を受け、European community council directives(2010/63/UE)に従って、Ministere de l’Education Nationale, de l’Enseignement Superieur et de la Rechercheによって認可を受けた。
マウス海馬器官型切片
すでに記載されているように(Peret et al.2014)、McIlwain組織チョッパーを使用して、野生型Swissマウス(P9~10)から器官型海馬切片培養物(350μm)を調製した。切片を、以下の培地1mLを含有する培養皿の内側のメッシュインサート(Millipore)の上に置いた。MEM 50%、HS 25%、HBSS 25%、HEPES 15mM、グルコース 6.5mg/mL、及びインスリン 0.1mg/mL。培養培地を、2~3日ごとに交換し、切片を、37℃/5%CO2で、インキュベーター中に維持した。
電気生理学的記録
マウス器官型切片を、30~32℃に維持した記録チャンバに、個々に移し、酸素を含む(95%のO及び5%CO2)ACSF(生理学的条件)、又はGABA受容体アンタゴニストであるガバジン(5μM、過剰興奮性の条件)を含有するACSF、又は5μMのガバジン及び50μMの4-APを含有するACSF(きわめて過剰興奮性の条件)を用い、連続的に灌流させた(2~3mL/分)。局所電場電位(LFP)の記録を、DGの顆粒細胞層に配置された単極ニクロム線を用いて行った。DAM-80増幅器(ローパスフィルタ:0.1Hz、ハイパスフィルタ:3KHz、World Precision Instruments、Sarasota,FL)を使用した。データを、コンピュータに対してDigidata 1440A(Molecular Devices)を用いてデジタル化し(20kHz)、Clampex 10.1ソフトウエア(PClamp、Molecular Devices)を使用して取得した。Clampfit 9.2(PClamp)及びMiniAnalysis 6.0.1(Synaptosoft、Decatur,GA)を使用して、シグナルをオフラインで分析した。
RNAiによる、Grik2 mRNAを標的化するウイルスベクターの設計及び産生
Smart選択設計(Dharmacon)を使用して、RNAi(例えば、ASO)配列を設計した(Birmingham et.al.,2007)。miR-30構造を使用した、shRNAとして、又はmiRNAとしてのいずれかのRNAi配列の効率を比較した。CAG(配列番号737)プロモーター又はhSynプロモーター制御下で、ヒトGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするレンチウイルス又はAAV9ベクターを使用した。
神経細胞培養物
Gestant雌ラットをJanvier Labs(Saint-Berthevin、France)から購入し、野生型マウスを製造した。欧州倫理規定(European ethical rules)に従って、動物を取扱い、安楽死させた。E18のSprague-Dawleyラットハイからの解離させた海馬ニューロン、又はP0マウスからの解離させた皮質ニューロンを、Kaech S. & Banker G(Culturing hippocampal neurons.Nat.Protoc.1,2406-2415(2006))に記載されるように調製した。ニューロンを、1mg/mLのポリリジンでコーティングされた6ウェルプレートに、500,000個/ウェルの濃度で2時間かけて接種した。ニューロンを、馴化Neurobasal培地(ラット)又はNeurobasal-A培地(マウス)中で培養し、2mMのL-グルタミン及び1 NeuroCult SM1 Neuronal supplement(STEMCELL Technologies)を補充し、3~4日ごとに新しいものに変えた。播種から2~3日後、培地の半分を取り出し、ウイルス構築物をMOI 75000とともに4時間かけて加えた。体積を減らした培地中でウイルス構築物と4時間接触させた後、Ara-C(3.4mM)を補充した新しい培地を加え、グリア細胞の成長を防止した。
ウェスタンブロッティング
感染から10日後、DIV12~13マウス、又はラット神経培養物を氷冷したPBSですすぎ、次いで150μLの溶解緩衝液(50mMのHEPES、100mMのNaCl、1%のグリセロール、0.5%のn-ドデシル β-D-マルトシド、pH7.2、抗プロテアーゼ及び抗ホスファターゼ)内に掻き取った。ホモジネートを、冷温で2時間かけてホイール上に保持し、8000g、4℃で15分間遠心分離処理し、細胞デブリを除去した。総タンパク質含有量を、Pierce BCAタンパク質アッセイキット(23225、ThermoScientific)によって、条件当たり10μLで2個の複製物において定量化した。
条件当たり10μgのタンパク質を、ウェスタンブロット分析のためにSDS-PAGEゲル上にロードした。予め染色したタンパク質ラダー(26619、ThermoScientific)を、重量を制御するためにロードした。試料を、4~15%勾配のプレキャストゲル(Bio-Rad)上で分離させ、次いで、イムノブロッティング分析のためにニトロセルロース膜に移した。Tris緩衝化生理食塩水Tween(登録商標)-20(TBST、28mMのTris、136.7mMのNaCl、0.05%のTween(登録商標)-20、pH7.4)中の5%ウシ血清アルブミン(BSA、Sigma)でブロックした後、シェーカープラットフォーム上で、試料を室温で1時間維持した。膜を、72KDaマーカーのレベルで、ラダーに従って2つの部分に切断した。各々の部分を、ブロック試薬で希釈したそれぞれの一次抗体(37516、ThermoScientific、抗体溶液は3回再使用することができた)を用いて、4℃で一晩インキュベートした。重い重量のタンパク質(72~250kDa)を有する膜部分を、1:2000に希釈したウサギ抗GluK2抗体(04-921、Merck)とともにインキュベートし、軽い重量のタンパク質(17~72kDa)を有する膜を、マウス抗β-アクチン抗体(A5316、Sigma)とともにインキュベートした。次の日に、膜をTBSTで各々15分間、3回洗浄した。ロバにおいて産生された適切なHRPコンジュゲート化二次抗体(Jackson ImmunoResearch)を、5%のBSA-TBST中で1:5000に希釈し、膜とともに室温で1時間インキュベートした。標的タンパク質を、ChemiDoc Touchシステム(Bio-Rad)での鮮明なWestern ECL(170-5060、Bio-Rad)による化学発光によって検出した。GluK2の理論分子量は、103kDaである。定量化のために、各レーンの化学発光シグナルの強度を、対照条件に対して正規化し、その後に、アクチンバンドに対して正規化した。
器官型切片のウイルス形質導入
マウス切片の形質導入のために、レンチウイルス又はAAV構築物を含有する1μLのPBSを、マウス切片についてDIV0で切片に直接的に落とした。ウイルス力価は、LV-対照について8×10個のゲノムコピー(GC)/mL、LV-G9-shRNAについて7.9×10個のGC/mL、LV-G9-miRNAについて3.0×10個のGC/mL、AAV9-G9-miRNAについて2.8×1013個のGC/mL、及びAAV9-GFP-GCについて9.0×1012であった。
免疫標識
Prox1、及びGFP免疫染色のために、切片を固定し、次いで、0.5%のTriton(登録商標)中に5%の正常ヤギ血清(NGS)を含有するブロック溶液中、室温で1時間かけて透過処理した(0.5%Triton(登録商標))。次いで、切片を、ポリクローナルウサギ抗Prox1抗体(Millipore)とともに、5%のNGS中、1:2000でインキュベートし、ポリクローナルニワトリ抗EGFP(Abcam、Cambridge,UK、RRID:AB-300798)とともに、0.5%のTriton(登録商標)中、1:1000で、4℃で一晩インキュベートした。切片を、二次抗体Alexa488(Invitrogen 1:500)中で2時間インキュベートし、次いで、Fluoromount(Thermo Fisher)でカバースリップをかけた。蛍光画像を、10X/0.3NA及び20X/0.8NA対物レンズを使用して、LSM800 Zeiss共焦点顕微鏡を用いて取得した。画像を、NIH ImageJソフトウエアを使用して処理した。
統計分析
全ての値は、別段の特定がない限り、平均±SEMとして与えられる。統計分析は、Graphpad Prism 7(GraphPad Software、La Jolla,CA)を使用して行われた。Shapiro-Wilk検定を使用して、データの正規性を決定した。パラメトリックスチューデントt検定(対応あり及び対応なし、両側)を使用して、データの正規分布した群を比較した。Mann-Whitney検定(対応なしデータ、両側)及びWilcoxon Signed Rank検定(対応ありデータ)を、正規分布していないデータに使用した。累積分布の比較のために、Kolmogorov-Smirnoff検定を使用した。複数群の比較のために、一元配置及び二元配置ANOVA検定を使用した。有意性のレベルは、p<0.05に設定した。群の測定値は、平均±SEMとして表され、エラーバーは、SEMも示す。
結果
RNA干渉による、GluK2の下方調節のためのウイルスベクターの設計及び検証
脳切片のてんかん性放電(ED)の生成におけるGluK2/GluK5 KARの具体的な役割を更に確認するために、GluK2/GluK5含有KARのレベルを下方調節するウイルス媒介性RNA干渉(RNAi)戦略を開発した。
ヒトGrik2 mRNAに対するいくつかのガイドRNA配列を、Smart選択設計を使用して設計した(Birmingham et al.Nature Methods 9:2068-78,2007)。初期実験は、ニューロンにおいてGluK2発現を下方調節することが潜在的に可能な、1つのRNAi配列(G9、配列番号68)を特定することができた。このRNAi配列の有効性を、最初にU6プロモーターの制御下でshRNAを使用して、及びhSyn1プロモーターの制御下でヒトmiR-30構造を使用したmiRNAを使用して評価した。これらの構築物は、LV又はAAV9ベクターのいずれかによって送達され(図2A~2D)、ウエスタンイムノブロッティングによって、ラット海馬ニューロン及びラット海馬ニューロンにおいて試験した。これらの実験に使用されるレンチウイルスベクター及びAAV9ベクターの例を以下の表12に記載する。
感染から10日後、GluK2タンパク質の総量をアクチンに対して正規化し、スクランブル対照構築物(LV:TTTGTGAGGGTCTGGTC(配列番号771)、AAV9:GC(配列番号101)、及びAAV-CAG(配列番号737)-EGFP構築物と比較して決定した。LV-hSyn(配列番号682)-EGFP構築物は、LVベクターによるニューロンの感染速度を概算することが可能であり、マウス器官型切片の40~50%程度であった(図2E)。細胞におけるAAV媒介性ウイルス形質導入に使用されるAAV発現カセットの例示的な模式図は、図2Gに示されている。アンチセンス配列G9(配列番号68)は、shRNAとして、miRNAとして、また、LVベクター及びAAV9ベクターの両方において、総GluK2タンパク質のレベルの減少において効率的であることが観察された(図2F)。ラット海馬培養物(図示せず)において、抗Grik2 mRNA配列(G9、配列番号68)をコードする異なるウイルス構築物は、GluK2タンパク質のレベルを有意に減少させたが、一方で、LV-スクランブル(配列番号771)は、有意な減少を示さなかった。ラット海馬ニューロンにおいて(図2H)、抗Grik2配列(G9、配列番号68)をコードする異なるウイルス構築物は、GluK2タンパク質のレベルを有意に減少させたが、一方で、LV-スクランブル(配列番号771)は、有意な減少を示さなかった。
抗Grik2配列(G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、XY(配列番号83)、Y9(配列番号88)、GG(配列番号91)、及び陰性対照配列(GC:UAAUGUUAGUCAUGUCCACcg、配列番号101)をコードするいくつかの他のウイルスベクターを、マウス初代皮質ニューロンにおいてそれらがGluK2タンパク質発現をノックダウンする能力について試験した(図2I)。培養した皮質ニューロンを、DIV3で、7.5×10の感染多重性で、抗Grik2配列をコードするウイルスベクターで形質導入し、各構築物を3個の複製物で試験した。形質導入の10日後に、細胞を溶解させた。以下の表13は、図2Iに提示されるデータに対して行われた統計分析のまとめを提供する。全てのアンチセンス構築物は、GluK2タンパク質レベルの統計的に有意な減少を示し、一方で、対照配列は、有意なノックタウンをもたらさなかった。
内因的に発現する細胞においてGrik2 mRNAの発現を評価することを意図した別個の実験セットにおいて、人工多能性幹細胞(iPSC)由来のグルタミン酸作動性ニューロン(iCell(登録商標)GlutaNeurons-FCDI)を、脂質系のトランスフェクション剤に組み込まれたhSynプロモーターの調節制御下で、5種類のGrik2 mRNAアンチセンスオリゴヌクレオチド(G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、Y9(配列番号88)、XY(配列番号83)、又はMU(配列番号96))のうちの1つ、又はスクランブル対照配列(GC、配列番号101)をコードするプラスミドでトランスフェクトした。トランスフェクション効率を、2:1及び4:1の比のDNA:脂質系トランスフェクション試薬を用いて比較した。TaqMan(商標)シングルプレックスリアルタイム定量的ポリメラーゼ連鎖反応(RT-qPCR)を使用して、トランスフェクション後の3個の複製物を含む384ウェルプレートにおいて、GlutaNeuronsにおけるGrik2ノックダウンのレベルを定量化した。GlutaNeuronsを、17,500個の細胞/ウェル(17.5k c/w)の密度で播種した。Grik2 mRNA発現を、GAPDHシグナルに対して正規化した。Grik2アンチセンス構築物をコードするプラスミドのトランスフェクションは、DNAと脂質試薬の比4:1で、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、及びY9(配列番号88)を含有する構築物について、5日後にGlutaNeuronsにおけるGrik2 mRNA発現を有意に低下させることが示された(図2J)。これらの所見は、Grik2遺伝子を内因的に発現する細胞におけるGrik2 mRNAの発現をノックダウンする際のGrik2アンチセンスオリゴヌクレオチドの有効性を示す。
マウス器官型海馬において、GluK2ノックダウンは、てんかん性活性を抑制する
標的細胞におけるAAV9構築物の発現を確認するために、AAV9-スクランブル-eGFPベクターで形質導入されたマウス海馬切片に対し、Prospero Homeobox 1(Prox1、Millipore)及び緑色蛍光タンパク質(GFP)免疫組織化学を行った。実際に、Prox1及びGFPの広範囲にわたる共標識を、DGニューロンにおいて観察し(図3A)、AAV9ベクターが、効率的にマウスDGニューロンを形質導入し、目的のポリヌクレオチドを発現することができることを示している。マウス海馬器官型切片において記録されるEDの周波数(図3Bに示される例示的な細胞外電圧トレース)を減少させる際の、shRNA又はmiRNAとしてのGrik2アンチセンス配列(G9、配列番号68)をコードするLV又はAAV構築物の有効性を、以前に記載されるように(Peret et al.,2014)、過剰興奮性を生成する細胞外培地において試験した(方法を参照されたい)。LV-hSyn(配列番号682)--G9-miRNA(配列番号68)は、対照条件(LV-hSyn(配列番号682)-スクランブル、配列番号771)と比較して、EDの周波数を強く減少させた(LV-G9-miRNAを用いると0.041±0.006Hz、n=24、LV-hSyn(配列番号682)-スクランブル(配列番号771)を用いると0.066±0.009Hz、n=12、p=0.0246、Mann-Whitney検定、図3C)。次に、これらのウイルスベクターが、ヒト遺伝子療法について一般的に選択されるため、AAVを有する構築物を試験した。AAV9血清型をこれらの実験に使用した。AAV9-hSyn(配列番号683)-G9(配列番号68)は、対照条件(AAV9-hSyn(配列番号682)-GC、配列番号101)と比較して、EDの周波数を有意に減少させた(AAV9-G9-miRNAを用いると0.025±0.007Hz、n=18、AAV9-GFP-GCを用いると0.061±0.007Hz、n=32、p=0.0004、一元配置ANOVA、図3C)。
種々の抗Grik2 ASO配列をコードする追加のAAV9構築物を、マウス器官型切片においてEDを抑制する能力について試験した。簡単に述べると、種々の異なる抗Grik2 ASO配列をコードするAAV9ベクターを、DIV0で、9×10個のゲノムコピー/mLのウイルス力価で、野生型マウス器官型切片(方法を参照されたい)に形質導入した。5μMのガバジンを含有する過剰興奮性培地における電気生理学的記録を、DIV10~11で行った。脱阻害された器官型切片調製物において生成するEDの阻害は、試験した5種類の(5種類のうちの)構築物(すなわち、G9(配列番号76)、XY(配列番号83)、GI(配列番号477)、Y9(配列番号88)、及びGG(配列番号91、図3D)において観察された。図3Dに示されるデータの統計分析のまとめを以下の表14に提供する。
実施例3:側頭葉てんかんのマウスモデルにおける、Grik2標的化アンチセンス構築物のインビボでの有効性
方法及び材料
Grik2標的化ASO剤のインビボでの有効性を評価するために、TLEのピロカルピン誘導モデルを、マウスにおいて、hSynプロモーター(配列番号682)の制御下でのウイルスによりコードされるスクランブル配列(GC、配列番号101)、又はhSynプロモーター(配列番号683)の制御下でのウイルスによりコードされる抗Grik2 ASO剤(G9、配列番号68)による治療と組み合わせて、使用した。0日目(D0)に、マウスに、背側(1mL/半球)及び腹側(1mL/半球、合計4mL/マウス)にプロカルピンの両側海馬内注射を与え、てんかん重積状態を誘導した。次いで、マウスに3~4週間与え、海馬回路の病態生理学的な再編成を起こさせた。ウイルスによりコードされるASO剤による注射の7日前(D60)に、マウスに対して行動評価を行った。本明細書で考察されるように、TLEの病因のための神経解剖学的基質は、記憶及び学習におけるその重要な役割がよく知られている脳領域である海馬である。学習及び記憶に対する、海馬へのGrik2標的化ASO剤を投与することの効果を評価するために、10匹のピロカルピン処理されたマウスを、まず、新規物体及びよく知っている物体を認識する能力についての新規物体認識(NOR)タスクで試験した。NORタスクの基本構造は、第1のセッション中に2つの同様の物体とともにマウスを存在させ、マウスに自由に探索させ、マウスを2つの物体に慣れさせることを伴う。マウスが物体に慣れてくると、これらの以前の新規であった物体を探索する傾向は減っていく。第2のセッションの開始前に、物体のうちの1つを新規物体と交換し、マウスに、再び両方の物体を探索させる。一般に、新規物体を探索するまでの待ち時間は、認識記憶の代理を提供し、すなわち、マウスは、よく知っている物体よりも、新規物体を探索するまでの待ち時間の方が短い。初期の行動評価から7日後((D67)に、マウスは、hSynプロモーター(配列番号682)の制御下で緑色蛍光タンパク質(GFP)を含むスクランブル対照配列(GC、配列番号101)、又はhSynプロモーター(配列番号683)の制御下でのGrik2標的化ASO配列(G9、配列番号68)のいずれかをコードするAAVベクターの9×1012個のゲノムコピー/mLの両側海馬注射を受けた。上述のASOをコードするベクターの詳細を以下の表15に記載する。
ウイルス構築物(D82)による注射を受けてから7日後、マウスに、再びNORタスクを行った。注射後NOR評価(D89)から7日後、マウスに、脳波検査(EEG)電極を海馬内に移植し、D96~D103までの5日間にわたって、脳波上のてんかん発作を記録した。記録は、COVID-19に起因して、更に継続されなかった。脳波上のてんかん発作は、EEG振幅がEEGベースラインの少なくとも2倍であり、持続時間が少なくとも6秒間である発作性事象であると定義された。
結果
TLEを有すると診断された患者は、多くの場合、てんかん性発作と組み合わせて、例えば、特に、学習及び記憶の欠損等の他の合併症を示す。ウイルスによりコードされるGrik2標的化アンチセンス構築物の投与によりインビボでGrik2発現の阻害があるかどうかを決定するために、NORタスク(図4A)を、アンチセンス構築物の注射前及び注射後にけいれん促進性ピロカルピンによって前処理されたマウスについて行った。試験及び訓練段階中の両方の物体を探索するのにかかる時間の差を測定する識別指数(DI)と、これも新規物体又はよく知っている物体を探索する傾向の代理である総移動距離とによって測定される場合、スクランブル対照配列(GC、配列番号101)をコードするAAVベクターを用いて後で治療される対照マウスは、抗Grik2配列(G9、配列番号76、図4B)をコードするAAVベクターを用いて後で治療されるマウスと同様に動いた。ウイルスベクター注射の後に、抗Grik2構築物で治療したマウスは、対照マウスと比較して、よく知っている物体よりも新規な物体の識別の改善を示した。同様に、ベクター注射の前に、対照マウス、及び抗Grik2配列を用いて後で治療されるマウスは、よく知っている物体及び新規物体を探索しつつ、同様の距離を移動した。ウイルスベクター注射の後に、抗Grik2構築物(G9、配列番号68)で治療したマウスは、対照マウス(すなわち、GC、配列番号101をコードするウイルスベクターを注射したマウス)と比較して、移動した時間の減少を示し、これは、運動探索を担う傾向の減少、及び新しい物体を探索する傾向の増加の指標である(図4C)。NORタスクデータの定量的分析を以下の表16及び表17に提供する。
その後、海馬内のEEG電極を移植されたマウスから、自然発生する脳波上のてんかん発作を記録した。脳波上のてんかん発作の例示的な電圧トレースを図4Dに提供する。Grik2標的化ASO剤(G9、配列番号68)をコードするAAVベクターにより治療されたマウスは、スクランブル配列(GC、配列番号101)を受けた対照マウスと比較して、5日間にわたって累積的てんかん発作持続時間(図4E)及び累積的てんかん発作数(図4F)の有意な減少を示した。上述の実験の定量的なまとめを以下の表18に提供する。
合わせると、これらの所見は、ウイルスによりコードされるGrik2標的化を使用したGrik2 mRNAの発現の阻害が、TLEのマウスモデルにおいて、てんかん発作の頻度及び持続期間を減少させるのに有効であることを示す。したがって、阻害性のGrik2標的化ASO剤は、ヒト患者におけるTLEの治療にとって有望な療法手段である。
実施例4:Grik2 mRNAを標的化するアンチセンスオリゴヌクレオチドをコードするウイルスベクターの投与によるヒト対象におけるてんかんの治療
対象、例えば、てんかん(例えば、TLE、例えば、mTLE又はlTLE)を有すると診断されたヒト対象(例えば、小児又は成人の対象)を、本明細書に記載の組成物で治療して、限定されないが、以下のうちの1つ以上(例えば、2つ以上、3つ以上、4つ以上)を含む、多くのてんかん症状のうちの1つを減少させることができる。(a)てんかん発作再発のリスク、(b)CNSにおける興奮毒性及び関連する神経細胞死の減少、(c)CNSの罹患した領域における生理学的興奮-阻害バランスの回復、(d)てんかんの1つ以上の症状(例えば、てんかん性発作の頻度、持続時間、若しくは強度、脱力、欠神、突然の混乱、理解若しくは発話の問題、認識障害、運動障害、めまい、又はバランス若しくは協調運動の喪失、麻痺、及び感情の調節不全)の減少、並びに(e)海馬における歯状回顆粒細胞の再発性苔状線維の病的な発芽。治療の方法は、任意選択的に、対象における本開示の組成物による治療のための候補として、患者を診断すること、又は特定することを含み得る。組成物は、Grik2 mRNAを標的化するASO剤、又はそれをコードするポリヌクレオチドを含有する核酸ベクター(例えば、ウイルスベクター、例えば、AAVベクター、例えば、AAV1、AAV2、AAV3、AAV4、AAV5、AAV6、AAV7、AAV8、AAV9、AAV10、AAV11、AAV12、AAV13、AAV14、AAV15、AAV16、AAV.rh8、AAV.rh10、AAV.rh20、AAV.rh39、AAV.Rh74、AAV.RHM4-1、AAV.hu37、AAV.Anc80、AAV.Anc80L65、AAV.7m8、AAV.PHP.B、AAV.PHP.EB、AAV2.5、AAV2tYF、AAV3B、AAV.LK03、AAV.HSC1、AAV.HSC2、AAV.HSC3、AAV.HSC4、AAV.HSC5、AAV.HSC6、AAV.HSC7、AAV.HSC8、AAV.HSC9、AAV.HSC10、AAV.HSC11、AAV.HSC12、AAV.HSC13、AAV.HSC14、AAV.HSC15、若しくはAAV.HSC16から選択される血清型のうちのいずれか1つを有するAAVベクター、又はレンチウイルスベクター)を含み得る。例示的なASOは、配列番号1~100の核酸配列のうちのいずれか1つに対して85%以上の(例えば、少なくとも85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、又はそれより多くの)配列同一性を有していてもよく、又は配列番号1~100の1つ以上の配列を有していてもよい。更に、ウイルスベクター(例えば、AAVベクター)は、表9若しくは表10に提供されるリストから選択される発現カセット(米国仮特許出願第63/050,742号から参照により組み込まれる)、又は図30若しくは表9に記載される構築物のうちのいずれか1つを含有していてもよい。
対象に、例えば、静脈内、腹腔内、皮下、若しくは経皮投与を含む任意の適切な手段によって、又は動物の中枢神経系に直接的に投与することによって(例えば、定位、実質内、髄腔内、又は脳室内注射)組成物を投与し得る。組成物は、治療有効量で投与されてもよく、例えば、対象当たり10、10、10、10、10、1010、1011、1012、1013、1014、又は1015個のゲノムコピー(GC)の用量で、10、10、10、10、10、1010、1011、1012、1013、又は1014個のGC/kg(対象の総重量)の用量で、患者の脳室量1グラム当たり10、10、10、10、10、1010、1011、1012、1013、1014、又は1015GCの用量で投与される。対象の脳重量の概算は、MRI脳体積決定から得られ、これを脳質量に変換し、これを利用して、投与される薬物の正確な用量を計算する。脳重量はまた、公開されているデータベースを使用して、年齢範囲に基づいて概算され得る。薬剤は、2ヶ月に1回、月に1回、2週間ごとに1回、又は週に少なくとも1回、又はそれより多く(例えば、週に1、2、3、4、5、6、又は7回、又はそれより多く)投与され得る。組成物を、第2の療法モダリティ、例えば、第2の療法剤(例えば、抗てんかん薬)、外科的介入(例えば、外科切除、放射線手術、ガンマナイフ、若しくはレーザーアブレーション)、迷走神経刺激、深部脳刺激、又は経頭蓋磁気刺激と組み合わせて投与し得る。
組成物を、以下のうちの1つ以上(例えば、2つ以上、3つ以上、4つ以上):(a)てんかん発作再発のリスク、(b)CNSにおける興奮毒性及び関連する神経細胞死の減少、(c)CNSの罹患した領域における生理学的興奮-阻害バランスの回復、(d)てんかんの1つ以上の症状(例えば、てんかん性発作の頻度、持続時間、若しくは強度、脱力、欠神、突然の混乱、理解若しくは発話の問題、認識障害、運動障害、めまい、又はバランス若しくは協調運動の喪失、麻痺、及び感情の調節不全)の減少、並びに(e)海馬における歯状回顆粒細胞の再発性苔状線維の病的な発芽を、10%以上(例えば、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、95%、又はそれより多く)低下させるのに有効な量及び時間で投与し得る。上に列挙したてんかんの症状を、標準的な方法、例えば、神経学的検査、脳波図、脳磁図、CTスキャン、PETスキャン、fMRIスキャン、動画撮影、及び視覚観察を使用して評価し得る。組成物を投与する前後からのてんかん症状の測定値を比較して、治療の有効性を評価することができる。上述のてんかんの症状の減少という所見は、その組成物が、対象において、てんかんを首尾良く治療したことを示す。
実施例5:マイクロRNA足場を使用した、Grik2 mRNAを標的化するアンチセンス発現構築物の設計
実施例1A及び実施例1Bに記載のsiRNAスクリーニングからのすでに述べた選択基準に基づき、A-miR-30足場(S1)に他の記載されるガイドを組み込んだ、追加の構築物を設計した(図6A~6E)。これらの追加のガイド配列のサブセットを、追加のmiRNA「足場」(内因性miRNAからの5’隣接領域、ループ領域、及び3’隣接領域を含有する)に組み込み、成熟miRNAの発現及びプロセシングを改善した(S2=E-miR-30足場、S3=E-miR-155足場、S4=E-miR-218-1足場、及びS5=E-miR-124-3足場)。hSynプロモーター(配列番号790)の制御下で、miRNAを発現するプラスミドのこのより大きなパネルを、人工多能性幹細胞(iPSC)由来のグルタミン酸作動性ニューロン(GlutaNeurons)へとトランスフェクトし、qPCRによって、Grik2 mRNAレベルを減少させる能力について評価した。トランスフェクトされていない細胞(破線)と比較して、メジアン絶対偏差(MAD)2を使用して機能的構築物(点線)を特定する場合に、構築物の大部分は、機能的であると決定された(すなわち、これらは、MADを下回るノックダウンGrik2 mRNAを示す)(図5)。試験されるアンチセンス配列には、G9(配列番号68)、GI(配列番号77)、MW(配列番号80)、GU(配列番号96)、TO(配列番号14)、TK(配列番号74)、TH(配列番号22)、CQ(配列番号35)、XU(配列番号51)、XY(配列番号83)、Y9(配列番号88)、YA(配列番号63)、GG(配列番号91)、G8(配列番号92)、ME(配列番号69)、及びMD(配列番号70)が含まれていた。これらの中で、GI(配列番号77)-S2(配列番号798)、MW(配列番号80)-S4(配列番号799)、MW-S5(配列番号800)、及びG9(配列番号68)-S5(配列番号801)は、最も高い程度までGrik2 mRNAをノックダウンすることがわかっており、したがって、最も機能的な構築物であると特定された(すなわち、20%以上のノックダウン)。
単一miRNAをコードするプラスミドを使用して調製されたAAVベクターは、以下の理由のために、不適切にパッケージングされたAAVが得られる場合がある。第一に、プリmiRNA配列は短く(200個未満の塩基)、適切な長さに依存して、単一miRNAの発現を制御する単一プロモーターを有する導入遺伝子カセットの設計によって、AAVの最大パッケージング能力(約4.8kb)よりも顕著に短いAAVゲノムを生じる可能性がある。したがって、参加する全ゲノム長が2.4kb(AAVのパッケージング能力の半分)に満たない場合には、単一カプシドが、1つより多いベクターにロードされ得る可能性がある。このことは、AAVゲノムダイマー(又はトリマー)の産生を可能にする適切なエンドヌクレアーゼニッキングを行うことなく、ポリメラーゼリードスルーによって媒介することができ、次いで、適切な長さを有する場合には、AAVカプシド内でパッケージングされ得る。これにより、その後、AAVベクター粒子の集合に顕著な異種性が導入され、薬物製品の製造及び特性決定が、顕著により困難なものになる。
第二に、shRNA系及びmiRNA系の導入遺伝子は、固有に、miRNAヘアピンを含むことに起因する顕著な二次構造を有する。AAVゲノム内のこれらの内部二次構造は、AAVゲノム複製及びパッケージング中に「偽の」ITRとして機能する場合があり、完全及び部分的なベクターの混合物を含有するAAVベクター粒子の望ましくない先端切断事象及び異種集合を生じることが示されている。
それらが適切にパッケージングされたAAVを産生する能力について、いくつかの構築物を試験した。これらの構築物の設計において実行されたこれらの戦略は、上に示した不適切なAAVゲノムパッケージングの課題を克服する。
いくつかの異なる長さ及びフォーマットで合成miRNAをコードするAAVベクターを産生し(図6A~6E)、ゲノムを抽出し、アルカリ性ゲル電気泳動によって評価し、ゲノムの長さ及び完全性を評価した(図7)。単一プロモーター及び単一miRNAカセットをコードするプラスミドから産生されるベクターprepのゲノム内容(予想長さ:1.5kb)は、単一(1.5kb)、二重(3.0kb)、及び三重(4.5kb)パッケージングされたゲノムの混合物で構成されることがわかり、このことは、短い長さのプロモーター-miRNA導入遺伝子カセットが、モノマー、ダイマー、及びトリマーのゲノムのパッケージングを可能にし、ベクターの57%のみが望ましいモノマーであることを示している(デンシトメトリーによる、表19)。
第2のプロモーターを第1のプロモーターの上流に付加し(タンデムプロモーターを生じ、全長ゲノム長さを、AAVのパッケージング能力の半分よりわずかに大きな2.9kbまで伸長し)た場合、ほとんど全てのベクターprepゲノムは、全長である(97%)。miRNAヘアピンを含むと、パッケージングされるゲノム長さが、全てがモノマー全長形態の倍数であったため、これらの2つのゲノムフォーマットのいずれかにおいて先端切断事象を誘導しなかった。
有効ゲノム長さを増加させる1つの方法は、二本鎖自己相補性ゲノムを有するAAVを産生することであり、ベクターの有効長さを二倍にする。このことは、5’ITRの場合には、変異体ITR(mITR)を導入することによって達成される。2種類のscAAVベクター(各々が単一プロモーター及び単一miRNAを含む)を、ゲノム完全性について評価した。片方は、野生型(wt)ITRに隣接してプロモーターを有し、もう一方は、mITRに隣接してプロモーターを有する。各配向について、ベクターの大部分は、全長であることがわかった(それぞれ、2.6kbが65%及び56%)。しかしながら、より小さな分子量のゲノム断片が得られる、顕著なゲノム先端切断事象、及び部分的にダイマーゲノムで構成されると思われる、より大きな分子量のゲノム(例えば、1個の全長ゲノム+1個の部分的に先端切断された断片)の証拠が存在した。約5.2kbのあまり突出していない種も明らかであり、全長のダイマーscAAVゲノムも存在していることの証拠であった。
miRNA発現も増加させつつ、ゲノム長さも増加させる別の方法は、追加のmiRNAモチーフ(単一miRNAの複数コピー、複数miRNAの単一コピー、又はこれらの組み合わせ)の導入、別個の成熟した機能的miRNAを産生する複数miRNAの発現であり、所与のmRNAの遠位領域を標的化する可能性も導入する。以下の連結したmiRNAを有する2種類の構築物を試験した。一方は、G9(配列番号68)-S1の3個のコピーを有し、もう一方は、G9-S1、GI(配列番号77)-S1、及びMU(配列番号96)-S1の各々の1個のコピーを有し、各々が2.2kbの予想された全長ゲノムを生じる(図7)。これらのゲノムが、AAVのパッケージング能力の半分より大きいくらいの短さに入るため、二重パッケージングの証拠が存在し、ゲノム集合のわずか30%が、望ましいモノマー全長ゲノムである。これに加えて、いくつかの部分ゲノムが検出され、その長さは、全体的なゲノム集団に顕著な異種性を導入する、3種類全てのカセットについてS1足場が含まれることに起因して、個々のmiRNAカセットの隣接配列における相同性配列間の組換え事象を示唆していた。これらの所見は、ベクターの長さを最大ベクター能力に近くするような単一miRNA発現構築物への追加配列の導入が、得られるゲノムの異種性を減少させ、より信頼性高く全長ベクターを産生することを示す。
実施例6:Grik2 mRNAを標的化する二重アンチセンス発現構築物は、AAV9ベクター中に単一パッケージングされる
上の実施例5の所見に基づき、この設定におけるAAVゲノム集合の均質性は、ssAAVフォーマットの長さ及び使用によってもたらされる。同様に配列したmiRNAが連結する危険を回避しつつ、これらの要求を満たす構築物を構築するために、2プロモーター2miRNAカセット戦略を適応した。このフォーマットにおいて、ここではhSyn(配列番号790)として例示される1つのプロモーターが、1つの足場において単一miRNAの発現を駆動し、1つのポリA配列では停止させ、その後に、ここではCaMKIIとして例示される第2のプロモーターが、異なる足場において第2のmiRNAの発現を駆動し、第2のポリA配列において停止させる。
このアプローチは、ゲノム内の配列相同性を最小限に抑え、ダイマー又はトリマーゲノムのパッケージングを回避するほど十分に長いゲノムが得られる(約3.7kb、全長の単一パッケージングされたAAVの長さ要求に十分に含まれる)。図7に示されるプラスミドスクリーニングの結果に基づき、上位の「ヒット」の固有のmiRNA足場の組み合わせを使用して、4種類のこのような「二重構築物」を作製した(DMTPV1~4)。
DMTPV1は、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、ウシ成長ホルモン(BGH)ポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、ウサギベータ-グロビン(RBG)ポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有していた(図8A)。
DMTPV2は、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-218 5’隣接配列(配列番号765)、MW(配列番号80)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-218ループ配列(配列番号767)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-218 3’隣接配列(配列番号766)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有していた(図8B)。
DMTPV3は、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、G9(配列番号68)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、G9のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有していた(図8C)。
DMTPV4は、5’から3’へ、5’ITR配列(配列番号746)、hSynプロモーター(配列番号790)、E-miR-30 5’隣接配列(配列番号759)、GI(配列番号77)に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-30ループ配列(配列番号761)、GI(配列番号77)のアンチセンスガイド配列、E-miR-30 3’隣接配列(配列番号760)、BGHポリA配列(配列番号793)、CaMKIIプロモーター配列(配列番号802)、E-miR-124-3 5’隣接配列(配列番号768)、MW(配列番号80)のアンチセンス配列に対して相補的であるセンスパッセンジャー鎖配列、E-miR-124-3ループ配列(配列番号770)、MW(配列番号80)のアンチセンスガイド配列、E-miR-124-3 3’隣接配列(配列番号769)、RBGポリA配列(配列番号792)、及び3’ITR配列(配列番号748)を含有していた(図8D)。
これらの二重構築物は、AAV9ベクターとして産生され、ゲノムの完全性に対する2つのプロモーター、2つのmiRNAカセット戦略の影響を評価した。2種類の単一プロモーター単一miRNAベクター(全長=1.5kb、ダイマー及びトリマーのパッケージングの証拠を示す)と比較すると、これらの二重構築物ベクターのゲノム内容は、約3.7kbの予想される全長サイズでの単一バンドの存在によって実証されるように、均質であることが示される(図9A及び図9B)。したがって、第2のプロモーター及び第2のmiRNAカセットの導入は、ゲノムの完全性を維持し、先端切断事象を回避し、標的化効率及び全miRNA発現を改善するという目標を伴う複数miRNAの発現を可能にしつつ、ゲノムがモノマーとしてパッケージングされるようにAAVゲノムの長さを増加させる有効な方法である。
実施例7:2種類の別個の抗Grik2 miRNA配列の組み合わせを使用する、Grik2 mRNAノックダウンのインビトロでの有効性
第1に、2種類の異なるmiRNAガイドが、同じベクター系で発現される場合、又は2つのベクターとして発現される場合に、等価ではないが、Grik2発現の効率的なノックダウンを媒介することができるかどうかを試験した。4種類のプラスミド構築物を選択し、組み合わせて二重構築物ベクターにした(図7の所見に基づく)。二重構築物ベクターのmiRNA構成要素は、GlutaNeuronsにおいて(トランスフェクトされるプラスミドの総量を一定に保ちつつ)、単一で、又は互いに組み合わせてトランスフェクトされ、Grik2 mRNAレベルをqPCRによって測定した(図10)。合わせてトランスフェクトされる場合、抗Grik2 miRNAの組み合わせ(両方ともシナプシンプロモーターの制御下)は、強固なGrik2 mRNAノックダウンを媒介することができ、このことは、Grik2に対する1つより多い固有のガイドを発現するベクターの使用を裏付けている。
次いで、単一プロモーター(hSyn)を有する異なる単一miRNAカセットを含有する抗Grik2 miRNAをコードするベクター調製物の能力を、以下のように、てんかん性活性を抑制する能力について試験した。
マウス海馬器官型切片:
すでに記載されているように(Peret et al.2014)、McIlwain組織チョッパーを使用して、WT Swissマウス(P9~P10)から器官型切片を調製した。切片を、以下の培地1mLを含有する培養皿の内側のメッシュインサート(Millipore)の上に置いた。MEM 50%、HS 25%、HBSS 25%、HEPES 15mM、グルコース 6.5mg/mL、及びインスリン 0.1mg/mL。培養培地を、2~3日ごとに交換し、切片を、37℃/5%COで、インキュベーター中に維持した。5DIVで培地にピロカルピン(0.5μM)を加え、7DIVで除去した。切片を、9DIV~11DIVの実験のために利用した。
器官型切片のウイルス感染
マウス器官型切片の感染のために、AAV9構築物を含有する培地(リン酸緩衝化生理食塩水)1μLを、切片についてDIV0で切片に直接的に落とした。
電気生理学的記録
マウス器官型切片を、30~32℃に維持した記録チャンバに、個々に移し、5μMのガバジン(Sigma-Aldrich)存在下での酸素を含む(95%のO及び5%CO)ACSF、以下を(mM単位で)NaCl、3.5のKCl、1.2のNaHPO、26のNaHCO、1.3のMgCl、2.0のCaCl、及び10のグルコース(pH約7.4)(Sigma-Aldrich)含有するACSFを用い、連続的に灌流させた(2~3mL/分)。局所電場電位(LFP)の記録を、歯状回の顆粒細胞層に配置された単極ニクロム線を用いて行った。DAM-80増幅器を記録に使用した(ローパスフィルタ、0.1Hz、ハイパスフィルタ、3KHz、World Precision Instruments、Sarasota,FL)。データを、コンピュータに対してDigidata 1440A(Molecular Devices)を用いてデジタル化し(20kHz)、Clampex 10.1ソフトウエア(PClamp、Molecular Devices)を使用して取得した。Clampfit 9.2(PClamp)及びMiniAnalysis 6.0.1(Synaptosoft、Decatur,GA)を使用して、シグナルをオフラインで分析した。
統計学
全ての値は、平均±SEMとして与えられる。統計分析は、GraphPad Prism(GraphPadソフトウエア5.01)を使用して行われた。
試験構築物:G9、GI、G9+GI。
試験されたベクターG9及びGI(以下の表20を参照)は、hSynプロモーターを使用してAAV9ウイルスベクターによって送達されるmiRNA配列に対応する。対照ベクターGCは、GFPと、hSynプロモーターの制御下でAAV9ウイルスベクターによって送達されたスクランブルmiRNA配列(GC、配列番号101)と、を含んでいた。
G9及びGIをコードする構築物は、混合し(単一送達されたものと等しい部分、同じ総ベクターコピー)、マウス器官型切片に適用すると、てんかん性活性を、少なくとも個々に各ベクターprepと等価な程度まで減少させることが示された(図11、及び以下の表21及び22)。
次いで、二重miRNA AAV9ベクターが、Grik2 mRNAノックダウンを媒介する能力を、ヒトiPSC由来のGlutaNeuronsにおいて評価した。細胞を、PEI及びラミニンで予めコーティングされた384ウェルプレートに、17,500個の細胞/ウェルの密度で接種し、11日間培養し、3×10個のGC/細胞のMOIで、AAVベクターを用いて形質導入し、形質導入から8日後に、qPCR分析のために採取した。AAV9.nullベクター(RNAを産生しない全長ゲノムを含有するAAV9、黒色の棒グラフ)で形質導入された細胞と比較し、メジアン絶対偏差(MAD)2を使用して機能的構築物(点線、値=0.9)を特定する場合、二重AAV9構築物(格子柄の棒グラフ)が、このMOIを有するこの時点で、単一構築物構成要素部分(hSyn構成要素=灰色の棒グラフ、CaMKII構成要素=白色の棒グラフ)よりも高い程度ではない場合でも、少なくとも等価な程度まで、有意なGrik2 mRNAノックダウンを媒介すると決定された(図12)。
実施例8:側頭葉てんかんのピロカルピン誘導性マウスモデルにおける、Grik2 mRNAを標的化する単一及び二重miRNA AAV9発現構築物のインビボでの有効性
TLEのマウスピロカルピン誘導性モデルを使用して、てんかん重積状態の誘導後の種々の発現構築物の投与と組み合わせた、インビボでのGrik2 mRNA標的化二重miRNA AAV発現ベクターの有効性を評価した。
材料及び方法
倫理
全ての実験は、Institut National de la Sante et de la Recherche Medicale(INSERM)動物管理使用委員会によって承認を受け、European community council directives(2010/63/UE)に従って、地域の倫理委員会(承諾番号APAFIS#9896-201605301121497v11)による評価に従って、Ministere de l’Education Nationale, de l’Enseignement Superieur et de la Rechercheによって認可を受けた。
慢性てんかん性マウス
実験を雄Swissマウスを使用して行った。マウスを、12時間の明/暗サイクルで、餌及び水に自由にアクセス出来る状態で、室温(20~22℃)に維持した。マウス(30~40g)に、スコポラミン(1mg/kg)を皮下(s.c.)で与えてから30分後に、ピロカルピン(300~350mg/kg)を腹腔内投与した。傾斜プロトコルを使用して、それによって、動物に、300mg/kgの初期用量を与え、その後、てんかん発作が起こるまで、30分ごとに半分の用量を与えた。WTマウスは、典型的には、てんかん重積状態(SE)に入る前に、少なくとも2回のてんかん発作を経験した。最初のてんかん発作から10分後に、カフェイン(40mg/kg)を投与した。てんかん重積状態(SE)の発生から1時間後に、ジアゼパム(10mg/kg)を投与した。
AAV注射
てんかん性マウス(SEから2ヶ月より後)を、イソフルラン麻酔薬で麻酔した(100%のO下、誘導のために5%、及び維持のために2%)。加熱パッドを使用して体温を維持し、定位固定の炎に入れた。リドカイン(2%)の局所投与の存在下で、海馬の背側及び腹側の歯状回にAAVを両側注射するために、4個の孔をドリルで開けた(AP-1.8mm、ML±1mm、DV-2mm、及びAP-3.3mm、ML±2.3mm、DV-2.5mm)。各々の注射について、Hamiltonシリンジを使用した。脳組織をカニューラの上を滑らせるために5分間遅らせた後、AAVを含有する溶液の体積=1.0μL/注射部位×4注射部位をゆっくりと注入した(速度:0.2μL/分)。注入の後、シリンジの軌跡に沿った溶液の逆流を防ぐために、シリンジを更に5分間、その場所に残した。回復の間、動物に、24時間後及び48時間後に5mg/kgの皮下カルプロフェン(Rimadyl(登録商標))を与えた。
運動活性
非てんかん性マウス及びてんかん性マウス(SEから2ヶ月より後)の運動を、AAV注射の1週間前及び2週間後に評価した。マウスを、環境に慣れさせるために実験の1日前に行動分析室に移した。マウスを、9:00~18:00の明/暗サイクルで、餌及び水に自由にアクセス出来る状態で、室温(20~22℃)に維持した。嗅覚による手がかりを防止するために、試験された動物と接触した全ての材料を、その後に、酢酸で洗浄した。第一に、自然発生する探索行動をオープンフィールド試験で試験した。簡単に述べると、マウスを、50×50×50cmの青色ポリ塩化ビニルの箱の中央に10分間置き、追跡ソフトウエアEthoVision Color(Noldus、The Netherlands)に接続したビデオカメラを用い、軌跡を記録した。5分間の探索の間にマウスによってカバーされる速度及び総距離を分析した。
EEG
てんかん性マウス(SEから2ヶ月より後)に、AAV注射から3週間後に、1つの深いワイヤ電極を移植した。上述のように、手術は、イソフルラン麻酔下で行った。電極を、歯状回(DG)に定位固定法で配置した(ブレグマからのPaxinos and Watson座標:AP-2.55mm、ML+1.65mm、DV-2.25mm)。小脳の上に配置された追加のネジは、接地電極として機能した。電極及びネジを、歯科用セメントで頭蓋骨に固定した。回復の間、動物に、24時間後及び48時間後に5mg/kgの皮下カルプロフェン(Rimadyl(登録商標))を与えた。EEG(増幅され(1000倍)、0.16~97Hzパスでフィルタリングし、500Hzで取得した)を、遠隔計測システム(Data Sciences International、St.Paul,MN)を使用して5日間にわたって、1日当たり24時間モニタリングした。海馬内EEGトレースは、DGに挿入された電極と、小脳の上に配置された電極との間の電位差を表していた。
統計学
全ての値は、平均±SEMとして与えられる。統計分析は、Graphpad Prism 7(GraphPad Software、La Jolla,CA)を使用して行われた。群間比較のために、生データをMann-Whitney検定によって分析した。複数群比較のために、生データを一元配置ANOVA検定によって分析した。有意性のレベルは、p<0.05に設定した。*p<0.05、**p<0.01、***p<0.001。
結果
試験項目
試験されたベクターであるG9(配列番号68)、GI(配列番号77)は、hSynプロモーター(配列番号790)下で、AAV9ウイルスベクターによって送達されるmiRNA配列に対応する。GC(配列番号101)及びAAV9.GFPは、対照ベクターに対応する。GC及びAAV9.GFPは、GFPと、スクランブルmiRNA配列と、GFP配列と、をそれぞれ含み、hSynプロモーター下で、AAV9ウイルスベクターによって送達される(以下の表23を参照されたい)。
G9及びGI miRNA構築物の有効性の評価
G9及びGIの有効性を、慢性てんかん性マウス(てんかん重積状態から2ヶ月より長く経った後)における過剰運動、てんかんの行動マーカー、及び自然発生する再発性てんかん発作について評価した。この実験のセットにおいて、GCを対照ベクターとして使用した。
過剰運動
G9及びGIをコードするベクターは、非てんかん性マウスと同様のレベルに対して、過剰運動の有意な低下を示した(図13A及び図13Bを参照されたい)。GC、対照ベクターを用い、有意な変化は観察されない(以下の表24を参照されたい)。
EEG
G9及びGIをコードする構築物は、GCをコードする構築物、対照ベクターと比較して、てんかん性発作の抑制を示した(図14及び以下の表25を参照されたい)。
G9をコードするAAV9構築物の用量応答
AAV9発現ベクターにおいてコードされるG9を使用した用量応答試験を、慢性てんかん性マウス(SEから2ヶ月より長く経った後)において行った。異なる希釈でのG9の用量応答の有効性(以下の表26を参照されたい)を、過剰運動、てんかんの行動マーカー、及び自然発生する再発性てんかん発作について評価した。この実験のセットにおいて、AAV9-GCを対照ベクターとして使用した。
過剰運動
G9は、用量応答有効性を示した。G9及びG9/10の同様の有効性を観察し、並びにGCを注射する前及び後を比較したときに、G9/1000の有効性の消失を観察した(図15及び以下の表27を参照されたい)。
EEG
初期データは、マウスにおけるG9をコードする構築物によるてんかん性発作の用量依存性抑制を示唆する(図16及び以下の表28を参照されたい)。
二重miRNA AAV9発現構築物
インビボでのGrik2 mRNA標的化二重miRNA AAV発現ベクターの有効性を決定するために、TLEのマウスピロカルピン誘導性モデルを、てんかん重積状態の誘導後の種々の単一siRNA及び二重miRNA AAV発現構築物の投与と組み合わせて使用した。
実験の一般構造は、以下の通りであった。第一に、マウスにおいて、ピロカルピンの全身投与によって、てんかん重積状態を誘導し、その後にジアゼパムによって停止させた。マウスには、回復のために約1週間与えた。次の3週間にわたって、ピロカルピン処理されたマウスを、安定した自然に発生するてんかん性発作の再発を示すまで(ピロカルピン処理の時間から約2ヶ月より長い)、てんかん発作についてモニタリングした。このベンチマークに到達したら、マウスを、再発性てんかん性発作の確立後の最初の1週間の間、オープンフィールドにおける運動について試験した。2~3週間の間、マウスを、複数の単一siRNA又は二重miRNA AAV発現ベクターのうちの1つで治療した。単一siRNA発現ベクターは、スクランブル対照配列(GC、配列番号101)、2種類のGrik2標的化配列(G9、配列番号68、若しくはGI、配列番号77)のうちの1つ、又はhSynプロモーター(配列番号790)制御下でのGFP導入遺伝子を含んでいた。二重miRNA発現構築物は、上に記載され、かつ以下の表29に詳細に示される、DSPTV1~4構築物のうちの1つが含まれていた。
治療から約15日後に、オープンフィールド試験を使用して、ピロカルピン及びいくつかのsiRNA発現構築物の1つで治療したマウスにおいて、運動を再び評価した。DSPTV3及びDSPTV4構築物は、マウスにおいて、ピロカルピン誘導性過剰運動の有意な抑制を示した(図17及び以下の表30)。AAV9-GFPを対照ベクターとして使用した。
てんかん発作と過剰運動との相関関係
マウスにおけるオープンフィールド試験の過剰運動の測定によって、Grik2を標的化するAAVによりコードされるmiRNA構築物の抗てんかん効果についての結論を描くために、治療後のてんかん発作数と過剰運動との間の相関関係を分析した。極端なてんかん発作の値は、外れ値分析ROUT(Q=1.000%)に基づいて除外した。上述の実験条件下で、1日当たりのてんかん性発作数と、実験マウスによるオープンフィールド試験における総移動距離との間に有意な相関関係が存在した(R=0.7388、p<0.0001)(図18)。したがって、過剰運動の測定値を、マウスにおけるてんかん性状態の指数として使用することができ、Grik2標的化アンチセンス構築物の抗てんかん原性効果を試験するための迅速かつ人道的なアプローチを可能にする。
結論
これらのデータは、Grik2 mRNAを標的化するRNAi配列を保有するAAVベクターを使用したGrik2遺伝子サイレンシングが、TLEにおける自然発生する慢性てんかん発作を予防するのに効率的な戦略であることを示す。
実施例9:マウスにおける二重抗Grik2構築物をコードするベクターのインビトロ及びインビボでの有効性
Grik2を内因的に発現する細胞における抗Grik2配列を含有する二重miRNAをコードするベクターの有効性を評価することを意図した実験の第1のセットにおいて、GlutaNeuronsを、単一抗Grik2 miRNA配列G9(配列番号68)若しくはGI(配列番号77)、二重抗Grik2配列をコードするベクターDMTPV1(配列番号785)、DMTPV2(配列番号786)、DMTPV3(配列番号787)、若しくはDMTPV4(配列番号788)をコードするAAV9ベクター、又は脂質系トランスフェクション試薬に組み込まれたRNA-nullベクターで形質導入した。TaqMan(商標)シングルプレックスリアルタイム定量的ポリメラーゼ連鎖反応(RT-qPCR)を使用して、トランスフェクション後の3個の複製物を含む384ウェルプレートにおいて、GlutaNeuronsにおけるGrik2ノックダウンのレベルを定量化した。GlutaNeuronsを、17,500個の細胞/ウェル(17.5k c/w)の密度で播種した。Grik2 mRNA発現を、GAPDHシグナルに対して正規化した。Grik2アンチセンス構築物をコードするAAV9ベクターの形質導入は、G9、GI、及びDMTPV1~4を含有する構築物について、5日後のGlutaNeuronsにおけるGrik2 mRNA発現を有意に低下させることを示した(図19)。これらの所見は、Grik2遺伝子を内因的に発現する細胞におけるGrik2 mRNAの発現をノックダウンする際のGrik2を標的化する二重miRNAをコードするベクターの有効性を示す。
第2の実験のセットにおいて、自然発生する探索行動を、G9(配列番号68)、DMTPV3(配列番号787)、AAV9.hSyn.GFPをコードするベクターで治療したマウス、又は未治療のマウスにおける歴史的な対照におけるオープンフィールド試験を用いて試験した。簡単に述べると、マウスを、50×50×50cmの青色ポリ塩化ビニルの箱の中央に10分間置き、追跡ソフトウエアEthoVision Color(Noldus、The Netherlands)に接続したビデオカメラを用い、軌跡を記録した。10分間の探索の間にマウスによってカバーされる総距離を分析した。G9及びDMTPV3で治療したマウスは、過剰運動活性において、有意な(p<0.01)減少を示した(図20)。
マウスにおける過剰運動活性に対するDMTPV3の効果の用量依存性を、以下の表31に示される4種類の用量にわたって試験した。
DMTPV3及びDMTPV3/10ベクターは、マウスへの投与後に過剰運動活性の有意な減少をもたらし(p<0.05、Mann-Whitney検定、図21)、それによって、マウスにおける運動活性に対する二重アンチセンスベクターの用量依存的効果を示している。
Grik2 mRNAを標的化する単一及び二重miRNAをコードするベクターの抗てんかん原性効果も、ピロカルピン処理されたマウスにおいて、単一G9(配列番号68)及びGI(配列番号77)アンチセンス配列をコードするベクター、二重miRNA DMTPV3(配列番号787)ベクター、又はスクランブル配列GC(配列番号101)若しくはAAV9.hSyn.GFPをコードする対照ベクターを使用して試験した。G9、GI、及びDMTPV3で治療したマウスは、1日当たりに経験したてんかん発作数の有意な減少を示し、DMTPV3は、G9又はGI単独よりも有意に大きな減少を示している(図22)。これらの所見は、Grik2 mRNAを標的化する二重miRNA構築物が、マウスにおいて、てんかん発作活性を抑制する強い効力を示すことを示している。
実施例10:ヒトてんかん患者からの器官型海馬切片において、Grik2 mRNAを標的化するAAVによりコードされるアンチセンス構築物を使用したGluK2タンパク質発現のノックダウン
ヒト脳組織においてGluK2タンパク質発現をノックダウンする際のGrik2 mRNA標的化アンチセンスオリゴヌクレオチドをコードするAAV9発現ベクターの有効性を評価するために、器官型海馬切片を、7名のヒトTLE患者(H7、H8、H10、H13、52、CBR15、及びH14)の切除された脳組織から得た。患者情報を以下の表32に提供する。
第一に、器官型海馬切片を、単一ヒトTLE患者から得て、ACSF中インビトロで11~12日間育成し、AAV9.GC(配列番号101).GFPベクターで治療した。その後、切片をProx1で免疫染色して、歯状回顆粒細胞を特定し、GFPで染色して、ベクターで形質導入された細胞を特定し、これを重ね合わせて、Prox1シグナルとGFPシグナルとの重複度を決定した。歯状回顆粒細胞の50%より多くが、GFPで標識され、GFPとProx1との間のかなりの重複が観察された(図23)。これらの結果は、RNAオリゴヌクレオチドをコードするAAV9ベクターが、ヒト歯状回顆粒細胞を強固にトランスフェクトすることができることを示している。
ヒト器官型切片を、Grik2 mRNA標的化アンチセンス構築物G9(配列番号68、6名のTLE患者からの17切片)、又はアンチセンス構築物GI(配列番号77、2名のTLE患者からの2切片)で治療した。ウェスタンブロットを、ベクターで治療された切片からのタンパク質溶解物について行った。GluK2タンパク質レベルを、アクチンに対して正規化し、定量化した。GluK2タンパク質発現のノックダウンは、G9で治療したヒト器官型海馬切片の5種類のセットのうちの5種類で観察された(図24)。G9で治療したヒト切片に対して行われた例示的なウェスタンブロットを図25に示し、未治療切片と比較して、GluK2レベルのおよそ40%の減少を示している。
実施例11:ヒト海馬切片におけるGrik2 mRNA標的化二重アンチセンス発現構築物のインビトロでの有効性
Grik2 mRNA標的化二重miRNA AAV発現ベクターの有効性を、ヒト対象から得られた器官型海馬切片を使用して、インビトロで試験した。
倫理
ヒト大脳皮質組織を使用した実験について、全ての患者は、書面による同意を与え、プロトコルは、CRB TBM/AP-HM(N°271KAI)の監督下、INSERM(N°2017-00031)及びAP-HM(N°M17-06)によって承認された。
てんかん患者から培養されたヒト海馬切片:
ヒト器官型切片を、薬物抵抗性TLEを有すると診断された4名の患者(11~58歳)からの海馬の外科的切除から調製した(Hopital de La Timone,Marseille,France)。組織ブロックを、病院から実験室へと、冷温(2~5℃)の酸素を含む改変人工脳脊髄液(mACSF)中で注意深く輸送し、mACSFは、(mM単位で)以下を含有していた。132のコリン、2.5のKCl、1.25のNaHPO、25のNaHCO、7のMgCl、0.5のCaCl、及び8のグルコース)。同じ溶液中、300~400μmの厚い切片を、ビブラトーム(Leica VT1200S)を使用して、バイオセイフティーキャビネット下で調製した。切断した後、切片を、同じ日に記録したか(急性切片)、又は記録の前にインビトロで数日間培養した(器官型切片、以下を参照されたい)。培養のために、切片を、酸素を含む「洗浄媒体」中、室温(22℃)で15分間すすいだ。洗浄媒体は、HEPES(20mM)を用いて完成させたHanks Balanced Salt Solution(HBSS)を含有していた。電気生理学的記録のために、グルコース(17mM)及び抗生物質(1%のAnti-Anti)を加えた。器官型切片を、6ウェルプレート(30mm Transwell)の個々の細胞培養インサート(PICMORG50)に配置した。1mLの培養培地を各ウェルに落とした。培養培地は、50%のMEM、25%のウマ又はヒト血清、15%のHBSS、2%のB27、0.5%の抗生物質、11.8mMのグルコース、及び20mMのスクロースを含有していた。培養プレートを、37℃/5%COで、インキュベーター中に維持した。培養培地を2日ごとに交換し、最初の週には抗生物質が含まれていた(Anti-Anti)。器官型切片の電気生理学的記録を、11~15DIV後に行った。
ヒト器官型切片のウイルス感染
感染のために、AAV9構築物を含有するPBS培地を、DIV1でヒト器官型切片に直接的に加えた。最終ウイルス力価は、それぞれ、構築物GC(配列番号101)G9-S1(配列番号775)、及びDMTPV3(配列番号787)について、1.8E+10GC/mLであった。AAV9.hSyn.GFPベクターを、G9-S1及びDMTPV3実験のための対照として使用した。試験したベクターについての詳細な情報を以下の表33に提供する。
電気生理学的記録
ヒト器官型切片を、30~32℃に維持した記録チャンバに、個々に移し、酸素を含む(95%のO及び5%CO)ACSF(生理学的条件)、又は過剰興奮性の条件(5μMのガバジン及び50μMの4-APを含有するACSF)を用い、連続的に灌流させた(2~3mL/分)。局所電場電位(LFP)の記録を、歯状回の顆粒細胞層に配置された単極ニクロム線を用いて行った。LFPをDAM-80増幅器で記録した(ローパスフィルタ、0.1Hz、ハイパスフィルタ、3KHz、World Precision Instruments、Sarasota,FL)。データを、コンピュータに対してDigidata 1440A(Molecular Devices)を用いてデジタル化し(20kHz)、Clampex10.1ソフトウエア(PClamp、Molecular Devices)を使用して取得した。Clampfit 9.2(PClamp)及びMiniAnalysis 6.0.1(Synaptosoft、Decatur,GA)を使用して、シグナルをオフラインで分析した。てんかん性放電(ED)は、持続時間が30msより長いLFPを伴うマルチユニット発火の増加からなる。
統計学
全ての値は、平均±SEMとして与えられる。統計分析は、Graphpad Prism 7(GraphPad Software、La Jolla,CA)を使用して行われた。群間比較のために、生データをMann-Whitney検定によって分析した。有意性のレベルは、p<0.05に設定した。
結果
Grik2標的化マイクロRNA配列G9-S1(配列番号775)をコードするAAV発現構築物、スクランブル対照配列GC(配列番号101)をコードする別個のAAV構築物、及びGrik2を標的化する二重miRNA構築物DMTPV3(配列番号787)をコードする第3のベクターを、生理学的条件で試験した(方法を参照されたい)。第一に、過剰興奮性溶液(方法を参照されたい)を使用して、自然発生するEDを生成するためのネットワークの機能を評価した。進行中の自然発生するEDを伴って応答した切片を選択した。次いで、これらの切片を、標準的な生理学的媒体に切り替え、30分間洗浄した。対照条件(例えば、GCをコードする構築物による切片の感染)において、切片は、多くの自然発生する再発性EDを示した(0.3±0.11Hz、n=6切片、図26A)。注目すべきことに、切片をG9-S1で治療すると、EDの抑制を観察した(ほぼ93%まで、0.019±0.013Hz、n=7切片、p=0.0029、Mann-Whitney検定、図26B~26C、表34)。
更に、二重アンチセンスベクターDMTPV3によるヒト器官型海馬切片の治療は、qRT-PCRに測定される場合、Grik2のレベルの実質的な減少をもたらした(図27A)。生理学的条件下(例えば、ACSF中)で切片に投与される場合、DMTPV3は、AAV9.hSyn.GFPで治療した切片(図27C~27D)と比較した場合、てんかん性放電における顕著な減少をもたらした(図27B)。
したがって、これらの所見は、Grik2 mRNAを標的化する単一及び二重のアンチセンス配列をコードするAAVベクターによるGluK2の下方調節が、難治性TLEを有する患者からの海馬組織におけるてんかん性活性を抑制するために有効な戦略である。
実施例12:パッケージングのベクター多重性の分析
スタッファー配列を含むことによってベクターの長さを増加させることの影響を評価した。ベクターに組み込まれるスタッファー(又はフィラー)配列は、遺伝子送達後の細胞毒性の明らかな欠如について選択された非コード配列であった。非コード配列内の転写開始又は完了に完了する調節要素の除去は、転写活性に関してスタッファー配列を不活性化した。
種々のゲノムサイズのベクターを、TapeStation法を使用した電気泳動によって評価した。DNA分子の分析を、D5000 Reagents(Agilent #5067-5593)を使用して、High Sensitivity(HS)D5000 ScreenTape(Agilent #5067-5592)のための製造業者が推奨したプロトコルに従って行った。TapeStationは、(一本鎖(ss)DNAではなく)二本鎖(ds)DNAを測定し、TapeStation評価は、塩基対においてdsAAVゲノム長さの等価な近似を形成するための2つの相補的なssAAVゲノムのアニーリングに依存する。SMSPV1(配列番号818)、SMSPV2(配列番号820)、及びSMSPV3(配列番号822)(SMSPV=単一マイクロRNA単一プロモーターベクター)として表35に例示される、AAVのパッケージング能力の50%未満を有するゲノムをコードするベクターは、各々が単一miRNAカセットをコードし、1.5~1.7kbのゲノム長さを有し、カプシド当たり複数の(例えば、2又は3の)ゲノムをパッケージングする可能性を有する。そのように、SMSPV1、SMSPV2、及びSMSPV3調製物からの「全」カプシドのわずか44%~61%が、単一AAVゲノムを含有する。スタッファー配列(例えば、配列番号815及び/又は配列番号816)の、これらの構築物(それぞれ、SMSPV4(配列番号804)、SMSPV5(配列番号806)、及びSMSPV6(配列番号808))の各々に対する付加は、単一AAVゲノムを含有する各ベクターprep内のカプシドの割合を72%~75%まで増加させる。最後に、2種類の別個のmiRNA(例えば、DMSPV1(配列番号812)、DMSPV=二重マイクロRNA単一プロモーターベクター)をコードする連結したゲノムに対するスタッファー配列の付加は、単一全長AAVゲノムを含有するカプシドの87%で生じる(表35を参照されたい)。
実施例13:マウス皮質ニューロンにおけるGluK2発現のインビトロでのノックダウン
生後0日目(P0)~P1のC57Bl6/Jマウスから解離させた皮質ニューロンを調製し、ウェル当たり5.5E+5個の細胞の濃度で6ウェルプレートに接種した。播種から2日後又は3日後(インビボでの日数DIV2~3)、培地の半分を除去し、ウイルスベクターをMOI 7.5E+4で加えた。DIV13で、マウス神経培養物を溶解し、溶解物をSDS-PAGE及びイムノブロッティングに使用した。イムノブロッティングのために、以下の抗体を適用した。1:2000に希釈したウサギ抗GluK2/3(クローンNL9 04-921、Merck-Millipore)、及び1:5000に希釈したマウス抗β-アクチン(A5316、Sigma)を一次抗体として使用して、1:15000に希釈した、ヤギにおいて産生された適切な800nmフルオロフォアコンジュゲート化二次抗体(IRDye 800ヤギ抗マウスLi-COR 926-32210又はIRDye 800ヤギ抗ウサギLi-COR 926-32211)を二次抗体として使用した。Li-CORで、800nmで蛍光を測定することによって、標的タンパク質を検出した。Empiria studioソフトウエアを用いて分析を行った。定量化のために、各レーンの蛍光シグナルの強度を、β-アクチン発現によって正規化し、次いで対照条件によって正規化した。これらの実験条件下、発現構築物DMTPV8(配列番号813)及びDMSPV1(配列番号812)は、それぞれ、対照ベクターに対して73±17%及び71±4%の減少を提示した(平均±S.E.M.、図28を参照されたい)。
実施例14:側頭葉てんかんのマウスモデルにおけるGluK2のインビボでのノックダウン
6~9週齢のSwiss雄マウスを使用して実験を行った。マウス(30~40g)に、スコポラミン(1mg/kg)を皮下(s.c.)で与えてから30分後に、ピロカルピン(300~350mg/kg)を腹腔内投与した。最初のてんかん発作から10分後に、カフェイン(40mg/kg)を投与した。てんかん重積状態の発生から1時間後に、ジアゼパム(10mg/kg)を投与した。AAV投与のために、てんかん性マウス(てんかん重積状態から2ヶ月より後)を、イソフルラン麻酔薬で麻酔した(100%のO2下、誘導のために5%、及び維持のために2%)。リドカイン(2%)の局所投与の存在下で、海馬の背側及び腹側の歯状回にAAVを両側注射するために、4個の孔をドリルで開けた(AP-1.8mm、ML±1mm、DV-2mm、及びAP-3.3mm、ML±2.3mm、DV-2.5mm)。各々の注射について、HamiltonシリンジをAAV送達に使用した。脳組織をカニューラの上を滑らせるために5分間遅らせた後、AAVを含有する溶液の体積=1.0μL/注射部位×4注射部位をゆっくりと注入した(速度:0.2μL/分)。てんかん性マウス(てんかん重積状態から2ヶ月より後)の運動を、AAV注射の1週間前及び2週間後に評価した。非てんかん性マウス(野生型Swiss雄マウス、18~21週齢)の運動も評価した。マウスを、環境に慣れさせるために実験の1日前に行動分析室に移した。マウスを、9:00~18:00の明/暗サイクルで、餌及び水に自由にアクセス出来る状態で、室温(20~22℃)に維持した。嗅覚による手がかりを防止するために、試験された動物と接触した全ての材料を、その後に、酢酸で洗浄した。第一に、自然発生する探索行動を、上述のオープンフィールド試験で試験した。簡単に述べると、マウスを、50×50×50cmの青色ポリ塩化ビニルの箱の中央に10分間置き、追跡ソフトウエアEthoVision Color(Noldus、The Netherlands)に接続したビデオカメラを用い、軌跡を記録した。10分間の自然発生する探索の間にマウスによってカバーされる速度及び総距離を分析した。
DMTPV8及びDMSPV1によるマウスの治療は、てんかん原性挙動の代理である、過剰運動を低下させた。過剰運動のこの低下は、用量依存的であった。両方の用量は、DMTPV8及びDMSPV1についての有効性を示したが、3.6×E+9は、3.6×E+8よりも有効であった。DMSPV1は、3.6×E+9の高用量で、試験した全ての条件の中で最も強い効果を有していた(図29)。
別個の実験のセットにおいて、マウスを、ベクター構築物SMSPV4(配列番号804)、SMSPV5(配列番号806)、又はSMSPV6(配列番号808)で治療し、上に記載したのと同じ方法で運動を試験した。これらの構築物によるマウスの治療は、過剰運動(てんかん原性挙動の代理)を低下させ、一方で、対照ベクター(CV)による治療は、何ら効果を有していなかった(図31)。CVは、mRNA又はタンパク質を産生しないが、その代わりに5’ITRから3’ITRまで、RBGポリA(配列番号751)、CpG欠失ニワトリベータアクチンイントロン(配列番号824)、及び配列番号823の非コードスタッファー配列を含有するゲノムを含有するAAVカプシドを模倣するように設計された。上流のRBGポリA配列は、他のAAVベクターとの正確なddPCR力価比較を可能にし、5’ITRからの任意の潜在的な転写を除外する。抗Grik2構築物による治療後の過剰運動の低下は、用量依存的であった。3.6×E+9及び3.6×E+8の両方の用量が、SMSPV6についての有効性を示したが、3.6×E+9は、SMSPV4について3.6×E+8よりも有効であった。SMSPV5について、3.6×E+9及び3.6×E+8の投薬量は両方とも同様の有効性を示した。SMSPV4は、試験した全ての条件の3.6×E+9の高用量で最も強い効果を有しており、一方で、3.6×E+8の低用量では、SMSPV4は、過剰運動に対して全く効果を有していなかった(図31)。
他の実施形態
記載される開示内容の種々の修飾及び変形は、本開示の範囲及び精神から逸脱しない限り、当業者には明らかであろう。本開示は、具体的な実施形態と組み合わせて記載されてきたが、特許請求の範囲の開示が、かかる具体的な実施形態に不当に限定されるべきではないことが理解されるべきである。実際に、当業者にとって自明な本開示を実施するために記載された態様の種々の修飾は、本開示の範囲内であることが意図される。
他の実施形態は、特許請求の範囲内にある。
参考文献
本明細書全体で、様々な参考文献が、本開示が関連する技術常識を記載している。これらの参考文献の開示は、本開示に参照により組み込まれる。
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Claims (140)

  1. Grik2 mRNAの一本鎖領域内で特異的にハイブリダイズする800ヌクレオチド以下の長さを有する単離されたポリヌクレオチドであって、ハイブリダイズされた前記ポリヌクレオチドが、18kcal/mol未満の標的開放エネルギー(Target Opening Energy)を有し、
    (a)前記ポリヌクレオチドが、配列番号772~774のうちのいずれか1つの核酸配列を含まないか、
    (b)前記ポリヌクレオチドが、配列番号68、若しくは配列番号68及び配列番号649の核酸配列を含むか、又は
    (c)前記ポリヌクレオチドが、5.53kcal/mol~5.55kcal/molである総開放エネルギー(Total Opening energy)を有していない、単離されたポリヌクレオチド。
  2. Grik2 mRNAの一本鎖領域内で特異的にハイブリダイズする23ヌクレオチド以下の長さを有する単離されたRNAポリヌクレオチドであって、ハイブリダイズされた前記ポリヌクレオチドが、18kcal/mol未満の総開放エネルギーを有し、前記ポリヌクレオチドが、配列番号772~774のうちのいずれか1つの核酸配列を含まない、単離されたRNAポリヌクレオチド。
  3. 前記ポリヌクレオチドが、5.4kcal/molより大きいか、又は5.4kcal/mol未満である総開放エネルギーを有する、請求項1又は2に記載のポリヌクレオチド。
  4. 前記ハイブリダイズされたポリヌクレオチドが、-35kcal/molより大きい二本鎖形成のエネルギー(Energy of Duplex Formation)を有する、請求項1~3のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
  5. 前記ハイブリダイズされたポリヌクレオチドが、-24kcal/molより大きな総結合エネルギー(Total Energy of Binding)を有する、請求項1~4のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
  6. 前記ハイブリダイズされたポリヌクレオチドが、50%未満であるGC含有量を有する、請求項1~5のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
  7. 前記Grik2 mRNAの前記一本鎖領域が、ループ領域1~14からなる群から選択される、請求項1~6のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
  8. 前記ポリヌクレオチドが、
    (a)前記Grik2 mRNAのループ1領域、
    (b)前記Grik2 mRNAのループ2領域、
    (c)前記Grik2 mRNAのループ3領域、
    (d)前記Grik2 mRNAのループ4領域、
    (e)前記Grik2 mRNAのループ5領域、
    (f)前記Grik2 mRNAのループ6領域、
    (g)前記Grik2 mRNAのループ7領域、
    (h)前記Grik2 mRNAのループ8領域、
    (i)前記Grik2 mRNAのループ9領域、
    (j)前記Grik2 mRNAのループ10領域、
    (k)前記Grik2 mRNAのループ11領域、
    (l)前記Grik2 mRNAのループ12領域、
    (m)前記Grik2 mRNAのループ13領域、又は
    (n)前記Grik2 mRNAのループ14領域内で特異的にハイブリダイズする、請求項1~7のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
  9. (a)前記ループ1領域が、配列番号145の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (b)前記ループ2領域が、配列番号146の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (c)前記ループ3領域が、配列番号147の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (d)前記ループ4領域が、配列番号148の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (e)前記ループ5領域が、配列番号149の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (f)前記ループ6領域が、配列番号150の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (g)前記ループ7領域が、配列番号151の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (h)前記ループ8領域が、配列番号152の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (i)前記ループ9領域が、配列番号153の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (j)前記ループ10領域が、配列番号154の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (k)前記ループ11領域が、配列番号155の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (l)前記ループ12領域が、配列番号156の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (m)前記ループ13領域が、配列番号157の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、かつ/又は
    (n)前記ループ14領域が、配列番号158の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされる、請求項7又は8に記載のポリヌクレオチド。
  10. 前記配列同一性が、配列番号145~158のうちのいずれか1つの少なくとも15個の連続ヌクレオチドにわたって決定される、請求項9に記載のポリヌクレオチド。
  11. 前記配列同一性が、配列番号145~158のうちのいずれか1つの少なくとも30個の連続ヌクレオチドにわたって決定される、請求項10に記載のポリヌクレオチド。
  12. 配列同一性が、配列番号145~158のうちのいずれか1つの少なくとも60個の連続ヌクレオチドにわたって決定される、請求項11に記載のポリヌクレオチド。
  13. 配列同一性が、配列番号145~158のうちのいずれか1つの全長にわたって決定される、請求項12に記載のポリヌクレオチド。
  14. 前記ポリヌクレオチドが、
    (a)配列番号1の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (b)配列番号4の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (c)(i)配列番号5の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、又は
    (ii)配列番号6の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (d)配列番号7の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (e)配列番号96の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (f)(i)配列番号8の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (ii)配列番号98の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、又は
    (iii)配列番号99の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (g)配列番号9の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (h)配列番号63の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (i)配列番号10の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、あるいは
    (j)配列番号11の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列を含む、請求項1~13のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
  15. 配列同一性が、配列番号1、4~11、63、96、98、又は99のうちのいずれか1つの少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって決定される、請求項14に記載のポリヌクレオチド。
  16. 配列同一性が、配列番号1、4~11、63、96、98、又は99のうちのいずれか1つの少なくとも15個の連続ヌクレオチドにわたって決定される、請求項15に記載のポリヌクレオチド。
  17. 配列同一性が、配列番号1、4~11、63、96、98、又は99のうちのいずれか1つの少なくとも20個の連続ヌクレオチドにわたって決定される、請求項16に記載のポリヌクレオチド。
  18. 配列同一性が、配列番号1、4~11、63、96、98、又は99のうちのいずれか1つの全長にわたって決定される、請求項17に記載のポリヌクレオチド。
  19. 前記ポリヌクレオチドが、前記ポリヌクレオチドと前記Grik2 mRNAの前記一本鎖領域とによって形成される二本鎖構造を含み、前記二本鎖構造が、前記ポリヌクレオチドのヌクレオチドと、前記Grik2 mRNAの前記一本鎖領域のヌクレオチドとの間に少なくとも1個のミスマッチを含む、請求項1~18のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
  20. 前記Grik2 mRNAの前記一本鎖領域が、ループ領域1~14からなる群から選択される、請求項19に記載のポリヌクレオチド。
  21. 前記総開放エネルギー、二本鎖形成のエネルギー、総結合エネルギー、及び/又はGC含有量が、23~79個のヌクレオチドにわたって計算される、請求項1~20のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
  22. 前記Grik2 mRNAの前記一本鎖領域が、非対形成領域1~5からなる群から選択される、請求項1~7のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
  23. 前記ポリヌクレオチドが、
    (a)前記Grik2 mRNAの非対形成領域1、
    (b)前記Grik2 mRNAの非対形成領域2、
    (c)前記Grik2 mRNAの非対形成領域3、
    (d)前記Grik2 mRNAの非対形成領域4、又は
    (e)前記Grik2 mRNAの非対形成領域5内で特異的にハイブリダイズする、請求項22に記載のポリヌクレオチド。
  24. (a)前記非対形成領域1が、配列番号159の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (b)前記非対形成領域2が、配列番号160の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (c)前記非対形成領域3が、配列番号161の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (d)前記非対形成領域4が、配列番号162の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、かつ/又は
    (e)前記非対形成領域5が、配列番号163の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされる、請求項22又は23に記載のポリヌクレオチド。
  25. 配列同一性が、配列番号159~163のうちのいずれか1つの少なくとも15個の連続ヌクレオチドにわたって決定される、請求項24に記載のポリヌクレオチド。
  26. 配列同一性が、配列番号159~163のうちのいずれか1つの少なくとも30個の連続ヌクレオチドにわたって決定される、請求項25に記載のポリヌクレオチド。
  27. 配列同一性が、配列番号159~163のうちのいずれか1つの少なくとも60個の連続ヌクレオチドにわたって決定される、請求項26に記載のポリヌクレオチド。
  28. 配列同一性が、配列番号159~163のうちのいずれか1つの全長にわたって決定される、請求項27に記載のポリヌクレオチド。
  29. 前記ポリヌクレオチドが、
    (a)(i)配列番号13の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (ii)配列番号14の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (iii)配列番号72の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、又は
    (iv)配列番号73の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (b)配列番号15の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、あるいは
    (c)配列番号16の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列を含む、請求項22~28のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
  30. 配列同一性が、配列番号13~16、72、又は73のうちのいずれか1つの少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって決定される、請求項29に記載のポリヌクレオチド。
  31. 配列同一性が、配列番号13~16、72、又は73のうちのいずれか1つの少なくとも15個の連続ヌクレオチドにわたって決定される、請求項30に記載のポリヌクレオチド。
  32. 配列同一性が、配列番号13~16、72、又は73のうちのいずれか1つの少なくとも20個の連続ヌクレオチドにわたって決定される、請求項31に記載のポリヌクレオチド。
  33. 配列同一性が、配列番号13~16、72、又は73のうちのいずれか1つの全長にわたって決定される、請求項32に記載のポリヌクレオチド。
  34. 配列同一性が、配列番号13~16、72、又は73のうちのいずれか1つの30個以下の連続ヌクレオチドにわたって決定される、請求項29~33のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
  35. 配列同一性が、配列番号13~16、72、又は73のうちのいずれか1つの25個以下の連続ヌクレオチドにわたって決定される、請求項34に記載のポリヌクレオチド。
  36. 前記ポリヌクレオチドが、前記ポリヌクレオチドと前記Grik2 mRNAの前記一本鎖領域とによって形成される二本鎖構造を含み、前記二本鎖構造が、前記ポリヌクレオチドのヌクレオチドと、前記Grik2 mRNAの前記一本鎖領域のヌクレオチドとの間に少なくとも1個のミスマッチを含む、請求項22~35のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
  37. 平均位置エントロピーが、23~79個のヌクレオチドにわたって計算される、請求項22~36のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
  38. 前記ポリヌクレオチドが、前記Grik2 mRNAのコード配列にハイブリダイズする、請求項1~37のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
  39. 前記ポリヌクレオチドが、
    (a)前記Grik2 mRNAのエクソン1内の領域、
    (b)前記Grik2 mRNAのエクソン2内の領域、
    (c)前記Grik2 mRNAのエクソン3内の領域、
    (d)前記Grik2 mRNAのエクソン4内の領域、
    (e)前記Grik2 mRNAのエクソン5内の領域、
    (f)前記Grik2 mRNAのエクソン6内の領域、
    (g)前記Grik2 mRNAのエクソン7内の領域、
    (h)前記Grik2 mRNAのエクソン8内の領域、
    (i)前記Grik2 mRNAのエクソン9内の領域、
    (j)前記Grik2 mRNAのエクソン10内の領域、
    (k)前記Grik2 mRNAのエクソン11内の領域、
    (l)前記Grik2 mRNAのエクソン12内の領域、
    (m)前記Grik2 mRNAのエクソン13内の領域、
    (n)前記Grik2 mRNAのエクソン14内の領域、
    (o)前記Grik2 mRNAのエクソン15内の領域、及び/又は
    (p)前記Grik2 mRNAのエクソン16内の領域にハイブリダイズする、請求項38に記載のポリヌクレオチド。
  40. (a)前記Grik2 mRNAのエクソン1が、配列番号129の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (b)前記Grik2 mRNAのエクソン2が、配列番号130の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (c)前記Grik2 mRNAのエクソン3が、配列番号131の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (d)前記Grik2 mRNAのエクソン4が、配列番号132の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (e)前記Grik2 mRNAのエクソン5が、配列番号133の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (f)前記Grik2 mRNAのエクソン6が、配列番号134の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (g)前記Grik2 mRNAのエクソン7が、配列番号135の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (h)前記Grik2 mRNAのエクソン8が、配列番号136の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (i)前記Grik2 mRNAのエクソン9が、配列番号137の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (j)前記Grik2 mRNAのエクソン10が、配列番号138の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (k)前記Grik2 mRNAのエクソン11が、配列番号139の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (l)前記Grik2 mRNAのエクソン12が、配列番号140の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (m)前記Grik2 mRNAのエクソン13が、配列番号141の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (n)前記Grik2 mRNAのエクソン14が、配列番号142の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、
    (o)前記Grik2 mRNAのエクソン15が、配列番号143の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされ、かつ/又は
    (p)前記Grik2 mRNAのエクソン16が、配列番号144の少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列によってコードされる、請求項39に記載のポリヌクレオチド。
  41. 前記ポリヌクレオチドが、
    (a)配列番号1の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (b)(i)配列番号2の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (ii)配列番号3の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (iii)配列番号30の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (iv)配列番号31の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (v)配列番号36の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (vi)配列番号40の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (vii)配列番号59の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (viii)配列番号76の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (ix)配列番号80の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (x)配列番号81の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (xi)配列番号92の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、及び/又は
    (xii)配列番号93の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (c)(i)配列番号40の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (ii)配列番号60の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (iii)配列番号68の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (iv)配列番号70の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、及び/又は
    (v)配列番号86の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (d)(i)配列番号68の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (ii)配列番号69の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、及び/又は
    (iii)配列番号70の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (e)(i)配列番号4の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (ii)配列番号5の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (iii)配列番号6の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (vi)配列番号56の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (v)配列番号57の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (vi)配列番号58の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (vii)配列番号91の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (viii)配列番号94の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、及び/又は
    (ix)配列番号95の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (f)(i)配列番号20の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (ii)配列番号37の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (iii)配列番号38の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (iv)配列番号44の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (v)配列番号46の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (g)配列番号12の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (h)(i)配列番号7の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (ii)配列番号8の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (iii)配列番号96の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (iv)配列番号98の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、及び/又は
    (v)配列番号99の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (i)(i)配列番号22の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (ii)配列番号39の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (iii)配列番号62の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (vi)配列番号74の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (v)配列番号75の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (vi)配列番号87の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (vii)配列番号88の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (viii)配列番号89の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、及び/又は
    (ix)配列番号90の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (j)(i)配列番号82の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (ii)配列番号83の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (iii)配列番号84の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、及び/又は
    (iv)配列番号85の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (k)(i)配列番号13の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (ii)配列番号14の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (iii)配列番号72の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、及び/又は
    (iv)配列番号73の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (l)(i)配列番号34の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (ii)配列番号35の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (iii)配列番号77の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (iv)配列番号78の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、及び/又は
    (v)配列番号79の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (m)配列番号51の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    並びに/又は
    (n)(i)配列番号9の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (ii)配列番号10の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (iii)配列番号11の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (iv)配列番号15の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (v)配列番号16の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (vi)配列番号17の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (vii)配列番号18の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (viii)配列番号27の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (ix)配列番号32の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (x)配列番号33の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (xi)配列番号41の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (xii)配列番号49の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (xiii)配列番号50の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (xiv)配列番号52の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (xv)配列番号53の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、
    (xvi)配列番号61の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列、及び/又は
    (xvii)配列番号63の少なくとも5個の連続ヌクレオチドにわたって少なくとも85%、90%、92%、95%、97%、99%、若しくは100%の配列同一性を有する核酸配列を含む、請求項40に記載のポリヌクレオチド。
  42. 配列同一性が、配列番号1~12、13~18、20、22、27、30~41、44、46、49~53、56~63、68~70、72~92、又は94~99のうちのいずれか1つの少なくとも10個の連続ヌクレオチドにわたって決定される、請求項41に記載のポリヌクレオチド。
  43. 配列同一性が、配列番号1~12、13~18、20、22、27、30~41、44、46、49~53、56~63、68~70、72~92、又は94~99のうちのいずれか1つの少なくとも15個の連続ヌクレオチドにわたって決定される、請求項42に記載のポリヌクレオチド。
  44. 配列同一性が、配列番号1~12、13~18、20、22、27、30~41、44、46、49~53、56~63、68~70、72~92、又は94~99のうちのいずれか1つの少なくとも20個の連続ヌクレオチドにわたって決定される、請求項43に記載のポリヌクレオチド。
  45. 配列同一性が、配列番号1~12、13~18、20、22、27、30~41、44、46、49~53、56~63、68~70、72~92、又は94~99のうちのいずれか1つの全長にわたって決定される、請求項44に記載のポリヌクレオチド。
  46. 前記ポリヌクレオチドが、配列番号68及び配列番号649の核酸配列を含む、請求項1に記載のポリヌクレオチド。
  47. 前記ポリヌクレオチドが、前記Grik2 mRNAの非コード配列にハイブリダイズする、請求項1~46のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
  48. 前記非コード配列が、前記Grik2 mRNAの5’非翻訳領域(UTR)を含む、請求項47に記載のポリヌクレオチド。
  49. 前記5’UTRが、配列番号126の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドによってコードされる、請求項48に記載のポリヌクレオチド。
  50. 前記非コード配列が、前記Grik2 mRNAの3’UTRを含む、請求項47に記載のポリヌクレオチド。
  51. 前記3’UTRが、配列番号127の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドによってコードされる、請求項50に記載のポリヌクレオチド。
  52. 前記ポリヌクレオチドが、配列番号115~681の核酸配列のうちのいずれか1つにハイブリダイズする、請求項1~51のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
  53. 前記ポリヌクレオチドが、配列番号1~100のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有する、請求項1~52のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
  54. 前記ポリヌクレオチドが、アンチセンスオリゴヌクレオチド(ASO)である、請求項1~53のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
  55. 前記ASOが、低分子干渉RNA(siRNA)、短ヘアピンRNA(shRNA)、マイクロRNA(miRNA)、又は短ヘアピン適合miRNA(shmiRNA)である、請求項54に記載のポリヌクレオチド。
  56. 前記ポリヌクレオチドが、19~21個のヌクレオチドである、請求項1~55のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
  57. 前記ポリヌクレオチドが、19個のヌクレオチドである、請求項56に記載のポリヌクレオチド。
  58. 前記ポリヌクレオチドが、20個のヌクレオチドである、請求項57に記載のポリヌクレオチド。
  59. 前記ポリヌクレオチドが、21個のヌクレオチドである、請求項58に記載のポリヌクレオチド。
  60. 前記Grik2 mRNAが、配列番号115、配列番号116、配列番号117、配列番号118、配列番号119、配列番号120、配列番号121、配列番号122、配列番号123、又は配列番号124の核酸配列によってコードされる、請求項1~59のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
  61. 前記ポリヌクレオチドが、細胞におけるGluk2タンパク質のレベルを減少させることができる、請求項1~60のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド。
  62. 前記ポリヌクレオチドが、前記細胞におけるGluK2タンパク質のレベルを、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、又は少なくとも75%減少させる、請求項61に記載のポリヌクレオチド。
  63. 前記細胞が、ニューロンである、請求項61又は62に記載のポリヌクレオチド。
  64. 前記ニューロンが、海馬ニューロンである、請求項63に記載のポリヌクレオチド。
  65. 前記海馬ニューロンが、歯状回顆粒細胞(DGC)である、請求項64に記載のポリヌクレオチド。
  66. 請求項1~65のいずれか一項に記載のポリヌクレオチドを含む、ベクター。
  67. 前記ベクターが、複製欠損性である、請求項66に記載のベクター。
  68. 前記ベクターが、哺乳動物ベクター、細菌ベクター、又はウイルスベクターである、請求項66又は67に記載のベクター。
  69. 前記ベクターが、発現ベクターである、請求項66~68のいずれか一項に記載のベクター。
  70. 前記ウイルスベクターが、アデノ随伴ウイルス(AAV)、レトロウイルス、アデノウイルス、パルボウイルス、コロナウイルス、マイナス鎖RNAウイルス、オルトミクソウイルス、ラブドウイルス、パラミクソウイルス、プラス鎖RNAウイルス、ピコルナウイルス、アルファウイルス、二本鎖DNAウイルス、ヘルペスウイルス、エプスタインバーウイルス、サイトメガロウイルス、鶏痘ウイルス、及びカナリアポックスウイルスからなる群から選択される、請求項68又は69に記載のベクター。
  71. 前記ベクターが、AAVベクターである、請求項70に記載のベクター。
  72. 前記AAVベクターが、AAV9又はAAVrh10ベクターである、請求項71に記載のベクター。
  73. 前記ベクターが、表9から選択される発現カセットを含む、請求項66~72のいずれか一項に記載のベクター。
  74. 発現カセットであって、
    (a)ステム-ループ配列であって、5’から3’へ、
    (i)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の配列同一性を有するガイドヌクレオチド配列を含む5’ステム-ループアーム、
    (ii)ループ領域であって、マイクロRNAループ配列を含む、ループ領域、
    (iii)前記ガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的なパッセンジャーヌクレオチド配列を含む3’ステム-ループアームを含む、ステム-ループ配列と、
    (b)前記ガイド配列に対して5’に位置する第1の隣接領域と、
    (c)前記パッセンジャー配列に対して3’に位置する第2の隣接領域と、を含むヌクレオチド配列を含む、発現カセット。
  75. 前記発現カセットが、表9に記載される構造のうちのいずれか1つを含む、請求項74に記載の発現カセット。
  76. 発現カセットであって、
    (a)ステム-ループ配列であって、5’から3’へ、
    (i)ガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的であるパッセンジャーヌクレオチド配列を含む5’ステム-ループアーム、
    (ii)ループ領域であって、マイクロRNAループ配列を含む、ループ領域、
    (iii)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の配列同一性を有するガイドヌクレオチド配列を含む3’ステム-ループアームを含む、ステム-ループ配列と、
    (b)前記ガイド配列に対して5’に位置する第1の隣接領域と、
    (c)前記パッセンジャー配列に対して3’に位置する第2の隣接領域と、を含むヌクレオチド配列を含む、発現カセット。
  77. 前記発現カセットが、表9に記載される構造のうちのいずれか1つを含む、請求項76に記載の発現カセット。
  78. 前記第1の隣接領域が、配列番号752、754、756、759、762、765、又は768のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項74~77のいずれか一項に記載の発現カセット。
  79. 前記第2の隣接領域が、配列番号753、755、757、760、763、766、又は769のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項74~78のいずれか一項に記載の発現カセット。
  80. 前記第1の隣接領域が、5’スペーサー配列と、5’隣接配列と、を含む、請求項74~79のいずれか一項に記載の発現カセット
  81. 前記第2の隣接領域が、3’スペーサー配列と、3’隣接配列と、を含む、請求項74~80のいずれか一項に記載の発現カセット。
  82. 前記マイクロRNAループ配列が、miR-30、miR-155、miR-218-1、又はmiR-124-3配列である、請求項74~81のいずれか一項に記載の発現カセット。
  83. 前記マイクロRNAループ配列が、配列番号758、761、764、767、又は770のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項82に記載の発現カセット。
  84. 前記発現カセットが、U6プロモーター、H1プロモーター、7SKプロモーター、アポリポタンパク質E-ヒトアルファ1-アンチトリプシンプロモーター、CAGプロモーター、CBAプロモーター、CK8プロモーター、mU1aプロモーター、伸長因子1αプロモーター、チロキシン結合グロブリンプロモーター、シナプシンプロモーター、RNA結合Fox-1ホモログ3プロモーター、カルシウム/カルモジュリン依存性タンパク質キナーゼIIプロモーター、ニューロン特異的エノラーゼプロモーター、血小板由来成長因子サブユニットβ、小胞グルタミン酸トランスポータープロモーター、ソマトスタチンプロモーター、神経ペプチドYプロモーター、血管作動性腸管ペプチドプロモーター、パルブアルブミンプロモーター、グルタミン酸デカルボキシラーゼ65プロモーター、グルタミン酸デカルボキシラーゼ67プロモーター、ドーパミン受容体D1プロモーター、ドーパミン受容体D2プロモーター、補体C1q様2プロモーター、プロオピオメラノコルチンプロモーター、プロスペロホメオボックス1プロモーター、微小管関連タンパク質1Bプロモーター、及びチューブリンアルファ1プロモーターからなる群から選択されるプロモーターを含む、請求項74~83のいずれか一項に記載の発現カセット。
  85. 前記発現カセットが、配列番号775、777、779、781、783~788、796、798~801、803、805、807、809、、813、817、819、及び821のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項76に記載の発現カセット。
  86. 発現カセットであって、5’から3’へ、
    (a)第1のプロモーター配列と、
    (b)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の配列同一性を有する第1のガイドヌクレオチド配列であって、前記第1のプロモーターに作動可能に連結される、第1のガイドヌクレオチド配列と、
    (c)第2のプロモーター配列と、
    (b)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の配列同一性を有する第2のガイドヌクレオチド配列であって、前記第2のプロモーターに作動可能に連結される、第2のガイドヌクレオチド配列と、を含む、発現カセット。
  87. 前記第1のガイドヌクレオチド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第1のパッセンジャーヌクレオチド配列を更に含み、前記第1のパッセンジャーヌクレオチド配列が、前記第1のガイドヌクレオチド配列に対して5’又は3’に位置する、請求項86に記載の発現カセット。
  88. 前記第2のガイドヌクレオチド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第2のパッセンジャーヌクレオチド配列を更に含み、前記第2のパッセンジャーヌクレオチド配列が、前記第2のガイドヌクレオチド配列に対して5’又は3’に位置する、請求項86又は87に記載の発現カセット。
  89. 前記第1のガイド配列に対して5’に位置する第1の5’隣接領域を更に含む、請求項86~88のいずれか一項に記載の発現カセット。
  90. 前記第1のガイド配列に対して3’に位置する第1の3’隣接領域を更に含む、請求項86~89のいずれか一項に記載の発現カセット。
  91. 前記第2のガイド配列に対して5’に位置する第2の5’隣接領域を更に含む、請求項86~90のいずれか一項に記載の発現カセット。
  92. 前記第2のガイド配列に対して3’に位置する第2の3’隣接領域を更に含む、請求項86~91のいずれか一項に記載の発現カセット。
  93. 前記第1のガイド配列と前記第1のパッセンジャー配列との間に位置する第1のループ領域を更に含み、前記第1のループ領域が、第1のマイクロRNAループ配列を含む、請求項86~92のいずれか一項に記載の発現カセット。
  94. 前記第2のガイド配列と前記第2のパッセンジャー配列との間に位置する第2のループ領域を更に含み、前記第2のループ領域が、第2のマイクロRNAループ配列を含む、請求項86~93のいずれか一項に記載の発現カセット。
  95. 前記発現カセットが、配列番号785~788のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項86に記載の発現カセット。
  96. 発現カセットであって、5’から3’へ、
    (a)第1のプロモーター配列と、
    (b)第1のパッセンジャーヌクレオチド配列に対して5’に位置する第1の5’隣接領域と、
    (c)第1のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、
    (i)第1のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である前記第1のパッセンジャーヌクレオチド配列を含む第1の5’ステム-ループアーム、
    (ii)第1のループ領域であって、第1のマイクロRNAループ配列を含む、第1のループ領域、
    (iii)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の配列同一性を有する第1のガイドヌクレオチド配列を含む第1の3’ステム-ループアームを含む、第1のステム-ループ配列と、
    (d)前記第1のガイドヌクレオチド配列に対して3’に位置する第1の3’隣接領域と、
    (e)第2のプロモーター配列と、
    (f)第2のパッセンジャーヌクレオチド配列に対して5’に位置する第2の5’隣接領域と、
    (g)第2のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、
    (i)第2のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である前記第2のパッセンジャーヌクレオチド配列を含む第2の5’ステム-ループアーム、
    (ii)第2のループ領域であって、第2のマイクロRNAループ配列を含む、第2のループ領域、
    (iii)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の配列同一性を有する第2のガイドヌクレオチド配列を含む第2の3’ステム-ループアームを含む、第2のステム-ループ配列と、
    (h)前記第2のガイドヌクレオチド配列に対して3’に位置する第2の3’隣接領域と、を含むヌクレオチド配列を含む、発現カセット。
  97. 発現カセットであって、5’から3’へ、
    (a)第1のプロモーター配列と、
    (b)第1のパッセンジャーヌクレオチド配列に対して5’に位置する第1の5’隣接領域と、
    (c)第1のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、
    (i)第1のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第1のパッセンジャーヌクレオチド配列を含む第1の5’ステム-ループアーム、
    (ii)第1のループ領域であって、第1のマイクロRNAループ配列を含む、第1のループ領域、
    (iii)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の配列同一性を有する第1のガイドヌクレオチド配列を含む第1の3’ステム-ループアームを含む、第1のステム-ループ配列と、
    (d)前記第1のガイドヌクレオチド配列に対して3’に位置する第1の3’隣接領域と、
    (e)第2のプロモーター配列と、
    (f)第2のガイドヌクレオチド配列に対して5’に位置する第2の5’隣接領域と、
    (g)第2のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、
    (i)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の配列同一性を有するガイドヌクレオチド配列を含む第2の5’ステム-ループアーム、
    (ii)第2のループ領域であって、第2のマイクロRNAループ配列を含む、第2のループ領域、
    (iii)前記第2のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第2のパッセンジャーヌクレオチド配列を含む第2の3’ステム-ループアームを含む、第2のステム-ループ配列と、
    (h)前記第2のパッセンジャーヌクレオチド配列に対して3’に位置する第2の3’隣接領域と、を含むヌクレオチド配列を含む、発現カセット。
  98. 発現カセットであって、5’から3’へ、
    (a)第1のプロモーター配列と、
    (b)第1のガイドヌクレオチド配列に対して5’に位置する第1の5’隣接領域と、
    (c)第1のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、
    (i)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の配列同一性を有する第1のガイドヌクレオチド配列を含む第1の5’ステム-ループアーム、
    (ii)第1のループ領域であって、第1のマイクロRNAループ配列を含む、第1のループ領域、
    (iii)前記第1のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第1のパッセンジャーヌクレオチド配列を含む第1の3’ステム-ループアームを含む、第1のステム-ループ配列と、
    (d)前記第1のパッセンジャーヌクレオチド配列に対して3’に位置する第1の3’隣接領域と、
    (e)第2のプロモーター配列と、
    (f)第2のパッセンジャーヌクレオチド配列に対して5’に位置する第2の5’隣接領域と、
    (g)第2のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、
    (i)第2のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第2のパッセンジャーヌクレオチド配列を含む第2の5’ステム-ループアーム、
    (ii)第2のループ領域であって、第2のマイクロRNAループ配列を含む、第2のループ領域、
    (iii)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の配列同一性を有する第2のガイドヌクレオチド配列を含む第2の3’ステム-ループアームを含む、第2のステム-ループ配列と、
    (h)前記第2のガイドヌクレオチド配列に対して3’に位置する第2の3’隣接領域と、を含むヌクレオチド配列を含む、発現カセット。
  99. 発現カセットであって、5’から3’へ、
    (a)第1のプロモーター配列と、
    (b)第1のガイドヌクレオチド配列に対して5’に位置する第1の5’隣接領域と、
    (c)第1のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、
    (i)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の配列同一性を有する第1のガイドヌクレオチド配列を含む第1の5’ステム-ループアーム、
    (ii)第1のループ領域であって、第1のマイクロRNAループ配列を含む、第1のループ領域、
    (iii)前記第1のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第1のパッセンジャーヌクレオチド配列を含む第1の3’ステム-ループアームを含む、第1のステム-ループ配列と、
    (d)前記第1のパッセンジャーヌクレオチド配列に対して3’に位置する第1の3’隣接領域と、
    (e)第2のプロモーター配列と、
    (f)第2のガイドヌクレオチド配列に対して5’に位置する第2の5’隣接領域と、
    (g)第2のステム-ループ配列であって、5’から3’へ、
    (i)表2及び/又は表3に列挙されるガイド配列のうちのいずれか1つに対して少なくとも85%の配列同一性を有するガイドヌクレオチド配列を含む第2の5’ステム-ループアーム、
    (ii)第2のループ領域であって、第2のマイクロRNAループ配列を含む、第2のループ領域、
    (iii)前記第2のガイド配列に対して相補的又は実質的に相補的である第2のパッセンジャーヌクレオチド配列を含む第2の3’ステム-ループアームを含む、第2のステム-ループ配列と、
    (h)前記第2のパッセンジャーヌクレオチド配列に対して3’に位置する第2の3’隣接領域と、を含むヌクレオチド配列を含む、発現カセット。
  100. 前記第1のプロモーター及び/又は前記第2のプロモーターが、U6プロモーター、H1プロモーター、7SKプロモーター、アポリポタンパク質E-ヒトアルファ1-アンチトリプシンプロモーター、CAGプロモーター、CBAプロモーター、CK8プロモーター、mU1aプロモーター、伸長因子1αプロモーター、チロキシン結合グロブリンプロモーター、シナプシンプロモーター、RNA結合Fox-1ホモログ3プロモーター、カルシウム/カルモジュリン依存性タンパク質キナーゼIIプロモーター、ニューロン特異的エノラーゼプロモーター、血小板由来成長因子サブユニットβ、小胞グルタミン酸トランスポータープロモーター、ソマトスタチンプロモーター、神経ペプチドYプロモーター、血管作動性腸管ペプチドプロモーター、パルブアルブミンプロモーター、グルタミン酸デカルボキシラーゼ65プロモーター、グルタミン酸デカルボキシラーゼ67プロモーター、ドーパミン受容体D1プロモーター、ドーパミン受容体D2プロモーター、補体C1q様2プロモーター、プロオピオメラノコルチンプロモーター、プロスペロホメオボックス1プロモーター、微小管関連タンパク質1Bプロモーター、及びチューブリンアルファ1プロモーターからなる群から選択される、請求項86~99のいずれか一項に記載の発現カセット。
  101. 前記第1の5’隣接領域及び/又は前記第2の5’隣接領域が、配列番号752、754、756、759、762、765、又は768のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項86~100のいずれか一項に記載の発現カセット。
  102. 前記第1の3’隣接領域及び/又は前記第2の3’隣接領域が、配列番号753、755、757、760、763、766、又は769のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項86~101のいずれか一項に記載の発現カセット。
  103. 前記第1のマイクロRNAループ配列及び/又は前記第2のマイクロRNAループ配列が、miR-30、miR-155、miR-218-1、又はmiR-124-3配列である、請求項86~102のいずれか一項に記載の発現カセット。
  104. 前記マイクロRNAループ配列が、配列番号758、761、764、767、又は770のうちのいずれか1つの核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項103に記載の発現カセット。
  105. 前記発現カセットが、前記発現カセットの5’末端上の5’末端逆位反復(ITR)配列と、前記発現カセットの3’末端上の3’-ITR配列と、を含む、請求項74~104のいずれか一項に記載の発現カセット。
  106. 前記5’-ITR及び3’ITR配列が、AAV2の5’-ITR及び3’ITR配列である、請求項105に記載の発現カセット。
  107. 前記5’-ITR配列が、配列番号746又は配列番号747の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項105又は106に記載の発現カセット。
  108. 前記3’-ITR配列が、核酸配列配列番号748、配列番号749、又は789に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項105~107のいずれか一項に記載の発現カセット。
  109. エンハンサー配列を更に含む、請求項74~108のいずれか一項に記載の発現カセット。
  110. 前記エンハンサー配列が、配列番号745の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項109に記載の発現カセット。
  111. イントロン配列を更に含む、請求項74~110のいずれか一項に記載の発現カセット。
  112. 前記イントロン配列が、配列番号743又は配列番号744の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項111に記載の発現カセット。
  113. 1つ以上のポリアデニル化シグナルを更に含む、請求項74~112のいずれか一項に記載の発現カセット。
  114. 前記1つ以上のポリアデニル化シグナルが、ウサギベータ-グロビン(RBG)ポリアデニル化シグナル又はウシ成長ホルモン(BGH)ポリアデニル化シグナルである、請求項113に記載の発現カセット。
  115. 前記RBGポリアデニル化シグナルが、配列番号750、配列番号751、又は配列番号792の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項114に記載の発現カセット。
  116. 前記BGHポリアデニル化シグナルが、配列番号793の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項114に記載の発現カセット。
  117. 前記発現カセットが、請求項66~73のいずれか一項に記載のベクターに組み込まれる、請求項74~116のいずれか一項に記載の発現カセット。
  118. 前記発現カセット配列が、配列番号785、配列番号787、又は配列番号788の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項96に記載の発現カセット。
  119. 前記発現カセットが、配列番号786の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有するポリヌクレオチドを含む、請求項98に記載の発現カセット。
  120. スタッファー配列を更に含む、請求項74~119のいずれか一項に記載の発現カセット。
  121. 前記スタッファー配列が、前記発現カセットの3’末端に配置されている、請求項120に記載の発現カセット。
  122. 前記スタッファー配列が、配列番号815又は配列番号816の核酸配列に対して少なくとも85%の配列同一性を有し、任意選択的に、前記スタッファー配列が、配列番号815又は配列番号816の核酸配列に対して少なくとも90%の配列同一性を有し、任意選択的に、前記スタッファー配列が、配列番号815又は配列番号816の核酸配列に対して少なくとも95%の配列同一性を有し、任意選択的に、前記スタッファー配列が、配列番号815又は配列番号816の核酸配列に対して少なくとも99%の配列同一性を有し、任意選択的に、前記スタッファー配列が、配列番号815又は配列番号816の核酸配列を有する、請求項120又は121に記載の発現カセット。
  123. 細胞においてGrik2発現を阻害する方法であって、前記細胞を、少なくとも1つの請求項1~65のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、請求項66~73のいずれか一項に記載のベクター、又は請求項74~122のいずれか一項に記載の発現カセットと接触させることを含む、方法。
  124. 前記ポリヌクレオチドが、Grik2 mRNAに特異的にハイブリダイズし、前記細胞においてGrik2の発現を阻害するか、又は減少させる、請求項123に記載の方法。
  125. 前記方法が、前記細胞におけるGluk2タンパク質のレベルを減少させる、請求項123又は124に記載の方法。
  126. 前記方法が、前記細胞におけるGluK2タンパク質のレベルを、少なくとも10%、少なくとも10%、少なくとも15%、少なくとも20%、少なくとも25%、少なくとも30%、少なくとも35%、少なくとも40%、少なくとも45%、少なくとも50%、少なくとも55%、少なくとも60%、少なくとも65%、少なくとも70%、又は少なくとも75%減少させる、請求項125に記載の方法。
  127. 前記細胞が、ニューロンである、請求項123~126のいずれか一項に記載の方法。
  128. 前記ニューロンが、海馬ニューロンである、請求項127に記載の方法。
  129. 前記海馬ニューロンが、DGCである、請求項128に記載の方法。
  130. 前記DGCが、異常な再発性苔状線維軸索を含む、請求項129に記載の方法。
  131. 障害を治療又は緩和することを必要とする対象においてそれを行う方法であって、前記対象に、少なくとも1つの請求項1~65のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、請求項66~73のいずれか一項に記載のベクター、又は請求項74~122のいずれか一項に記載の発現カセットを投与することを含む、方法。
  132. 前記障害が、てんかんである、請求項131に記載の方法。
  133. 前記てんかんが、側頭葉てんかん(TLE)、慢性てんかん、及び/又は難治性てんかんである、請求項132に記載の方法。
  134. 前記てんかんが、TLEである、請求項133に記載の方法。
  135. 前記TLEが、外側TLE(lTLE)である、請求項134に記載の方法。
  136. 前記TLEが、内側TLE(mTLE)である、請求項134に記載の方法。
  137. 前記対象が、ヒトである、請求項131~136のいずれか一項に記載の方法。
  138. 請求項1~65のいずれか一項に記載のポリヌクレオチド、請求項66~73のいずれか一項に記載のベクター、又は請求項74~122のいずれか一項に記載の発現カセットと、薬学的に許容される担体、希釈剤、又は賦形剤と、を含む、薬学的組成物。
  139. 請求項138に記載の薬学的組成物と、添付文書と、を含む、キット。
  140. 前記添付文書が、請求項131~137のいずれか一項に記載の方法において前記薬学的組成物を使用するための説明書を含む、請求項139に記載のキット。
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