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JP2022538673A - アフリカ豚熱ワクチン - Google Patents

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Abstract

アフリカ豚熱ウイルス(ASFV)に対して免疫原性であると予測されるペプチド、及び該ペプチドを含むワクチン組成物が本明細書に開示されている。いくつかの実施形態では、これらの組成物は、配列番号2~2273に記載のアミノ酸配列を含む1つ以上のペプチドを含むか、またはそれらからなる。他の実施形態では、該組成物は、1つ以上の該ペプチドを含む、ウイルスベクター、または宿主細胞、またはそれらの組み合わせを含む。他の実施形態では、該組成物は、1つ以上の該ペプチドを含む核酸分子を含む。開示される組成物は、担体、アジュバント、追加の治療薬、またはそれらの組み合わせなどであるがこれらに限定されない、1つ以上の追加の成分を含むことができる。該組成物を含む容器及びキットについて記載される。該組成物の使用は、動物に免疫応答を誘導するため、またはASFVに対して動物を免疫化するために、動物へ投与することを含むことができる。投与は、筋肉内または鼻腔内投与など、本明細書に記載の様々な方法のうちの1つ以上を使用して達成することができる。【選択図】図3

Description

関連出願の相互参照
本出願は、米国特許法第119条(e)の下で、2019年6月28日に出願された米国特許仮出願第62/868,483号、及び2019年11月27日に出願された同第62/941,381号の先の出願日の優先権を主張するものである。仮出願第62/868,483号及び同第62/941,381号は、それらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。
本開示は、アフリカ豚熱ウイルス(ASFV)に関連するペプチドもしくはペプチドの混合物を含む、または1つ以上のそのようなペプチドを含む1つ以上のベクターを含む組成物の実施形態、ならびにASFVに対する免疫応答を誘発するため、及び/またはウイルス感染に関連する症状を和らげるもしくは阻害するために、そのような組成物(複数可)を投与するための方法の実施形態に関する。
共同研究契約の当事者
Phibro Animal Health Holdings,Inc.及びLife Science Research Israel Ltd.は、本出願で開示及び特許請求される主題が作成された日以前に共同研究契約を締結しており、そのような主題は共同研究契約の範囲内で行われた活動の結果として作成された。
アフリカ豚熱ウイルス(ASFV)によって引き起こされるアフリカ豚熱(ASF)は、感染率及び死亡率が高いこともあり、家畜ブタに影響を与える最も深刻なウイルス性疾患の1つである。ASFV感染は、通常、家畜ブタ類において死亡率が100%に近い急性出血性疾患を引き起こす。ウイルスは、摂取、接触、またはOrnithodoros属のダニを介して伝染する可能性がある。
ASFVは、1920年代にケニアで最初に確認され、アフリカで風土病的流行状態にあり、野生の豚種がウイルスのリザーバーとして機能している。1950年代に、ASFVはスペイン、ポルトガル、イタリア、及びフランスを含むヨーロッパ全体に拡散したが、1990年代半ばまでには、イタリアのサルデーニャ島を除いて、これらの国々から根絶された。しかし、この疾患は2007年にジョージア州に持ち込まれ、その後、東欧及びロシアに拡散した。このウイルスは世界中に拡散し続けており、現在37の国または地域で報告されている。2018年には、ハンガリー、ブルガリア、ベルギー、及び中国を含む少なくとも4ヶ国が、初めてのASFVのアウトブレイクを国際獣疫事務局(OIE;http://www.oie.int/)に報告した。
中国での最初のASFの症例は、2018年8月3日に報告された。2019年1月19日までに、中国各地の23の省または地域で、少なくとも100件のASFの症例が発生した。ASFは中国全土に拡散し続けており、世界のブタ類頭数の50%以上を占める中国国内の家畜ブタ類頭数が深刻に脅かされている。ASFVは、Asfarviridae科の唯一のメンバーであり、直鎖状の二本鎖DNAゲノムを持つ。ASFは現在、リアルタイムPCRによるウイルス遺伝子の検出と部分ゲノム配列解析によって中国では診断される。現在、ASFを予防する効果的なワクチンはなく、したがって、この疾患は養豚産業及び世界の食料安全保障の両方に大きな脅威をもたらしている。
本開示の特定の実施形態は、ASFVに関連する免疫原性ペプチド(複数可)、及び配列番号2~2273から選択される1つ以上のそのようなペプチドを含む組成物に関する。特定の実施形態では、ペプチドは、ASFV株,China/2018/AnhuiXCGQによって発現される。組成物は、配列番号2~2273から選択される1つ以上のペプチドをコードする、核酸分子、宿主細胞、及び/またはベクター、例えばウイルスベクターもしくは細菌ベクターを含み得る。
本開示のいくつかの実施形態は、1つ以上の配列番号2~2273の免疫原性ペプチド、1つ以上の構築物(例えば、1つ以上の配列番号2310~2330のアミノ酸配列)、1つ以上のドメイン(実施例3に記載のように、本明細書では「ホットスポット」とも呼ばれる;例えば、1つ以上の配列番号2331~2335のアミノ酸配列)、及び/または1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、1つ以上の配列番号2323~2329のタンパク質及び/または配列番号2339~2345の核酸)に関する。組成物は、1つ以上のペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長及び/または部分長ASFVタンパク質を含むかまたはコードする1つ以上のベクター、及び/または細胞、及び/または核酸分子を含み得る。
開示されたペプチド、構築物、組成物、単離された核酸、ベクター、及び/または宿主細胞を使用するための方法の実施形態も提供される。例えば、1つ以上のペプチド、組成物、単離された核酸、ベクター、及び/または宿主細胞は、例えば、経口投与、筋肉内投与、局所投与、及び/または粘膜投与によって、動物、例えば有蹄類、さらにより具体的にはブタ類に投与され、免疫応答を刺激し、動物において免疫を誘導し、及び/またはウイルス感染、例えばASFに関連するウイルス感染に関連する少なくとも1つの症状を軽減もしくは改善し得る。そのような方法は、成体及び/または幼若動物を治療または予防的にワクチン接種するために使用することができる。いくつかの実施形態では、組成物は、薬学的に許容される担体、アジュバント、追加の治療薬、またはそれらの組み合わせを含み得る。追加の治療法には、ASFの病状を軽減または緩和する化合物もしくは組成物、または他の組成物、例えば、ブタ類に一般的な他の感染症、特にASFによって悪化する可能性のある感染症または病状に対するワクチンが含まれ得る。
特定の実施形態は、ペプチドの1つ以上のアミノ酸が別の1つ以上のアミノ酸で置換されている、またはペプチド中のアミノ酸が挿入もしくは欠失されている、またはそれらの組み合わせである配列番号2~2273の1つ以上のペプチドを、得られたペプチド(複数可)が、免疫応答を誘導する、及び/またはASFVに関連する1つ以上の症状を改善することができるという条件で、そのペプチドを含む。ペプチドは、組換え技術を使用する化学合成及び/または細胞内合成を含む、任意の適切な技術によって生成することができる。いくつかの実施形態は、5~少なくとも50アミノ酸長、例えば、6~40、8~30、10~20、または8~11アミノ酸長の1つ以上のペプチドを含む。開示された免疫原性ペプチド(複数可)は、例えば、ペプチドコンフォメーションの安定化、酵素分解に対するペプチド安定性の改善、in vivoでのペプチド安定性の改善、またはそれらの組み合わせの目的で修飾され得る。そのような修飾には、例えば、グリコシル化、PEG化、脂質化、環化、アセチル化、アミド化、コンジュゲーション、D-アミノ酸取り込み、類似の修飾、またはそれらの組み合わせが含まれ得る。
いくつかの開示された実施形態は、1つ以上の配列番号2~2273のペプチドのアミノ酸配列をコードする1つ以上の単離された核酸分子、または1つ以上の核酸分子のヌクレオチドの一部もしくはいずれかを他のヌクレオチドで置換した結果として生じるもの、または1つ以上のそのようなヌクレオチドの挿入もしくは欠失の結果として生じるものに関するが、得られたペプチドが免疫応答を誘導する、及び/またはASFに関連する1つ以上の症状を改善することができるという条件で、それらに関する。いくつかの実施形態は、配列番号2~2273の少なくとも1つのペプチドをコードする1つ以上の核酸分子を含む組成物に関する。1つ以上の配列番号2~2273のペプチドをコードする核酸分子は、追加の構成要素、例えば、発現制御配列、選択関連配列、複数のクローニング部位、類似の配列、またはそれらの組み合わせなどをコードすることもできる。
本明細書に開示されるペプチドは、例えば、推定免疫原性ペプチドの高密度クラスターを同定することができる、及び/または予測されるMHC結合親和性に基づいて潜在的に免疫原性ペプチドを同定することができる予測アルゴリズムなどの様々なバイオインフォマティクスアプローチを使用して同定することができ、そして同定した。開示されたペプチドの免疫原性は、例えば、ELISA及び/またはELISpotアッセイを含む、in vitroもしくはin vivoでの免疫応答を測定するための様々な方法を使用して、及び/またはワクチン接種後のチャレンジされたブタ類における症状発症を観察するための様々な方法を使用して、検証することができる。そのような方法は当業者に知られており、本発明は特定のアッセイを使用することに限定されない。
複数の種類及びバージョンのベクター、核酸分子、及び宿主細胞が、1つ以上の配列番号2~2273のペプチド、1つ以上の構築物(例えば、1つ以上の配列番号2310~2330のアミノ酸配列)、1つ以上のドメイン(実施例3に記載のように、本明細書では「ホットスポット」とも呼ばれる;例えば、1つ以上の配列番号2331~2335のアミノ酸配列)、及び/または1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、1つ以上の配列番号2323~2329のタンパク質及び/または配列番号2339~2345の核酸)をコードする、及び/または発現する。いくつかの実施形態では、1つ以上のペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長もしくは部分長ASFVタンパク質をコードする1つ以上の核酸分子は、動物に投与するための、ウイルスベクター、宿主細胞、及び/またはより大きな核酸構築物、例えばプラスミドに組み込まれる。ベクター、核酸分子、及び宿主細胞を産生する方法は、当技術分野の通常の当業者に知られており、本開示は、特定のベクター、核酸分子、もしくは宿主細胞の産生方法を使用すること、または特定のベクター、核酸分子、もしくは細胞型に限定されない。
動物、例えば有蹄動物を含む哺乳動物、特定の実施形態ではブタ類への投与のための、1つ以上の開示されたペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長もしくは部分長のASFVタンパク質を含む1つ以上のベクター、及び/または宿主細胞、及び/または核酸分子を含む組成物もまた開示される。いくつかの実施形態では、1つ以上の組成物は、ASFVに対する免疫応答を誘発するために、及び/またはASFVに対して対象を免疫化するために使用され得る。組成物は、溶液または懸濁液、例えばPBS、水、有機溶媒、または懸濁助剤、または別の許容可能な担体中にあり得る。組成物は、動物に直接投与するために、乾燥形態、錠剤形態、または粉末形態、例えば凍結乾燥であり得る、あるいは、例えば、PBS、水、有機溶媒、または別の許容可能な担体で再構成することができる。組成物はまた、ゲルまたはシロップ形態であり得る。
開示された免疫原性組成物は、他の薬剤を含み得る。いくつかの実施形態は、1つ以上の開示されたペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長もしくは部分長ASFVタンパク質をコードする治療有効量のDNA構築物、または1つ以上のペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長もしくは部分長ASFVタンパク質をコードする治療有効量のベクター、または1つ以上のペプチドを含む治療有効量の細胞と共に、1つ以上の追加成分を含む医薬組成物に関する。追加の成分には、1つ以上のアジュバント、担体、及び/または他の治療薬、例えば、ASFの症状、またはASFによって悪化する病状もしくは感染症を軽減もしくは緩和する他のワクチン及び/または化合物もしくは組成物などが含まれ得るが、これらに限定されない。
組成物は、1つ以上の化学的方法、組換え技術、及び/または酵素反応を使用して免疫原性ポリマーを形成するために重合によって組み合わされた配列番号2~2273の2つ以上のペプチドを含み得る。配列番号2~2273による免疫原性ポリマー中のペプチドは、直接隣接していてもよく、または他の配列によって分離されていてもよい。組成物は、1つ以上の化学的方法、組換え技術、及び/または酵素反応を使用して免疫原性ポリマーを形成するために重合によって組み合わされた2つ以上の開示されたペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長もしくは部分長ASFVタンパク質を含み得る。免疫原性ポリマー中のペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長もしくは部分長ASFVタンパク質は、直接隣接していてもよく、または他の配列によって分離されていてもよい。
シナモン抽出物、シナモン抽出物の1つ以上の画分、及び/またはシナモン抽出物の1つ以上の沈殿物を含む、シナモン由来の組成物も提供される。特定の実施形態は、シナモン樹皮(Cinnamomum種)の水性抽出物に関するが、他の極性溶媒も使用してもよい。有用な抽出組成物は、任意の適切なプロセスによって作製することができる。特定の実施形態は、水溶液の形成に関するものであり、次いでこれを遠心分離し、抗ウイルス活性画分を含む上清を収集することができる。溶液の沈殿物はまた、蒸発によって、または例えば、塩、例えば塩化物塩などの沈殿助剤を添加することによって、形成され得る。
特定の実施形態は、有効量のシナモン抽出物、シナモン抽出物の1つ以上の画分、及び/またはシナモン抽出物の1つ以上の沈殿物を、医薬品または栄養補助組成物に適した担体と共に含む、感染症の治療のための医薬組成物または栄養補助組成物に関する。このような組成物はまた、本明細書に開示される1つ以上の免疫原性ペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長もしくは部分長ASFVタンパク質を含む1つ以上のペプチド、ベクター、宿主細胞、及び/または核酸分子を含むことができる。このような組成物はまた、少なくとも1つの追加の治療または栄養補助成分などの他の成分を含むことができる。そのように形成された化合物及び/または組成物は、抗ウイルス活性を有し、経口、経鼻、非経口、皮下、及び/または筋肉内などの当業者によって理解される任意の適切な方法によって投与することができる。
ASFを有する可能性がある、またはASFを有するリスクがある対象、例えば、動物、特にブタ類を、1つ以上の開示されたペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長もしくは部分長ASFVタンパク質と共に、及び/または本明細書に開示された1つ以上のペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長もしくは部分長ASFVタンパク質を含む1つ以上の核酸、ベクター、宿主細胞、または組成物、またはそれらの組み合わせと共に、治療する方法の実施形態もまた提供される。動物は、当業者に知られている1つ以上の方法によって、そのような組成物を投与され得る。例示的な投与方法には、局所、経口、皮下、経皮、髄腔内、筋肉内、静脈内、腹腔内、及び同様の投与経路、またはそれらの組み合わせが含まれるが、これらに限定されない。特定の実施形態では、組成物は、単回用量または複数回用量(例えば、ブースター)として投与され得る。異なる投与は、1つ以上の異なる組成物、組成物の組み合わせ、またはそれらの量を含み得る。例えば、第2の投与は、投与された第1の組成物と同じ、または異なる組成物で行うことができる。
対象に投与される用量は、経時的に対象に有効な治療的反応を誘導するため、またはASFV感染を阻害するために十分でなければならない。有効な治療的反応には、1回以上の用量、例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、または10回の用量、より典型的には2~4回の用量を、同じまたは異なる時期に必要とし得る。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のペプチド、ベクター、核酸分子、または宿主細胞、またはそれらの組み合わせを含む1つ以上の組成物を動物に投与して、ASFVに対する免疫応答を生成し、及び/またはASFVに対して動物を免疫化することができる。用量は、対象ごとに異なっていてもよく、または同じであってもよい。適切な用量は、日常的な実験を使用して当業者によって決定することができる。
また、1つ以上の開示されたペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長もしくは部分長ASFVタンパク質、または1つ以上のペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長もしくは部分長ASFVタンパク質、またはそれらの組み合わせを含む1つ以上の核酸、ベクター、宿主細胞、または組成物を動物に投与し、動物において免疫応答を誘発または刺激するための方法の実施形態も提供される。一実施形態では、本方法は、1つ以上の開示されたペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長もしくは部分長ASFVタンパク質を発現するウイルスベクターを含む組成物を使用して、動物をASFVに対してワクチン接種または免疫化することを含む。他の実施形態では、動物は、1つ以上の開示されたペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長もしくは部分長ASFVタンパク質を発現するウイルスベクターを含む1つ以上の組成物を投与され、続いて、弱毒化生ASFVを含むワクチンを投与される。免疫応答が誘発または刺激されたかどうかを決定する方法は、当業者に知られている。いくつかの実施形態では、免疫応答は、病気の軽減(症状の軽減または改善など)、ウイルス力価の低下、死亡率の低下、またはそれらの組み合わせが観察された場合に達成される。
特定の開示された実施形態は、中和されたウイルス組成物、特に、ウイルスがシナモン抽出物との接触によって中和される中和されたAFSVウイルスに関する。中和されたウイルス組成物は、対象にワクチン接種するために使用することができる。例えば、この方法は、シナモン抽出物で中和されたAFSVウイルス組成物を提供すること、及び該組成物を対象にワクチン接種することを含み得る。対象は、有蹄動物などの哺乳動物であり得、さらにより具体的にはブタ類であり得る。
また、1つ以上の開示されたペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長もしくは部分長ASFVタンパク質、または1つ以上のペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長もしくは部分長ASFVタンパク質を含む1つ以上の核酸、ベクター、宿主細胞、または組成物、またはそれらの組み合わせを含む容器も提供される。容器は再利用可能または使い捨てであり得る。1つ以上のそのような容器を含むキットも提供される。キット内の1つ以上の容器は、1つ以上の追加の成分を含むことができる。いくつかの例では、キットはまた、動物への1つ以上の組成物、または1つ以上の追加の成分、またはそれらの組み合わせの投与を可能にする1つ以上のデバイス(複数可)を含む。
本発明の前述及び他の目的、特徴、及び利点は、添付の図を参照して進む以下の詳細な説明からより明らかになるであろう。
ASFV China/2018/AnhuiXCGQ株(GenBank受託番号MK128995.1)の完全なゲノムを、ヨークシャー、ランドレース、及びデュロックのブタ類品種系統の既知のSLAクラスI対立遺伝子に関連するCD8+エピトープについてスクリーニングした。候補ペプチドは、4つの基準に従って評価した:(1)SLAクラスI分子に対するペプチドの予測される結合親和性;(2)陽性応答物を濃縮する方法としての推定エピトープの高密度クラスター内の位置;(3)SLA対立遺伝子のカバー率及び高頻度に存在する対立遺伝子の優先順位付け;(4)ソースタンパク質の性質(免疫原を優先する)。212,394の推定ペプチドのうち2,272をさらに評価するために選択した。ELISpotアッセイを使用して、2,272個のペプチドをさらにスクリーニングした。 Elispotの結果の提供-陽性プールの分離-2S、3S、5S、7S、10S、14S、6H、7Hと表記される8頭のブタ類のリンパ球を使用して実施されたELISpotアッセイを使用してスクリーニングされたペプチドのプール(プールあたり約8~9ペプチド)に関する。合計238の「陽性」プール(スポットの数がしきい値に達した、または超えたプール)から33のプールが選択された。33の陽性プールには267個のペプチドが含まれ、これにフルスクリーンで陽性と判定された9個の個別のペプチドを加えて(合計276個のペプチド)、さらに試験を行った。 ELISpotアッセイを使用して個別に評価されたプールスクリーン(図2)で同定された276個のペプチドに関するElispotの結果(陽性プール分離)を提供する。コンカナバリンA(ConA)を陽性対照として使用し、陰性対照(培地のみ)を許容しきい値及び厳密しきい値を算出するために使用した(「培地の平均」は培地のみのウェル内のスポットの平均数を示し、ブタ類のプレートごとに個別に計算され、「STDEV_P」は、母集団全体に基づく標準偏差を示す)。試験した276個のペプチドのうち、201個は、これらのELISpotアッセイで計算された許容しきい値(付録IV)に達した、または超えており、201個のペプチドのうち125は、厳密しきい値(付録VIII)に達した、または超えた。厳密しきい値に達した、または超えた125個のペプチドのうち、少なくとも20のスポットがカウントされた77個のペプチドが特定された(付録V)。 図3に記載の77個のペプチドは、ASFVタンパク質内のそれらの位置にマッピングされた(付録V-VI)。77個のペプチドのうち44個が、7つのASFVタンパク質内にクラスター化された(付録VII)。配列番号619、621、633、636、639、640、645、651、652、653、及び662のペプチドは、ASFVタンパク質A238L、IκB様タンパク質(GenBank受託番号AYW34011.1)にマッピングされた。 配列番号496、497、527、529、541、及び544のペプチドは、ASFVタンパク質A224L(IAP様タンパク質p27;GenBank受託番号AYW34004.1)にマッピングされた(付録VII)。 配列番号377、400、404、435、447、449、455、456、457、461、462、463、及び467のペプチドは、ASFVタンパク質MGF_505-7R(GenBank受託番号AYW34001.1)にマッピングされた(付録VII)。 配列番号553、554、561、578、584、及び589のペプチドは、ASFVタンパク質MGF_360-15R(GenBank受託番号AYW34010.1)にマッピングされた(付録VII)。 配列番号1248、1253、及び1280のペプチドは、ASFVジンクフィンガータンパク質B385R(GenBank受託番号AYW34052.1)にマッピングされた(付録VII)。 配列番号468、469、及び478のペプチドは、ASFVタンパク質MGF_505-9R(GenBank受託番号AYW34002.1)にマッピングされた(付録VII)。 配列番号67及び69のペプチドは、ASFVタンパク質MGF_110-3L(GenBank受託番号AYW33963.1)にマッピングされた(付録VII)。 図11~34は、22℃(図11~21)または37℃(図22~34)のいずれかでE.coliにおいて発現した54の構築物のそれぞれについて、クマシーブルー染色ゲル及びウエスタンブロッティングの結果を、各構築物の予想される分子量及び特定の1つ以上のタグと共に示す。1~54と標識された構築物の配列は、配列番号2310~2330に提供されている。各構築物には検出目的でHisタグが含まれていたが、特定の構築物には、HLT、Sumo、またはMBPなどの少なくとも1つの追加の融合タンパク質も含まれていた。図11、14、17、18、21、22、25、27、30、及び33において、表の3列目に「His」のみが示されている場合、構築物にはHisタグが含まれているが、融合タンパク質は含まない(融合タンパク質を含むものとして示されている構築物は、Hisタグも含む)。タンパク質を収集し、次いで、ポリアクリルアミドゲル電気泳動を使用して分離した。クマシーブルー染色ゲル及びウエスタンブロットに示されているように、「M」はバンド分子量を表すマーカーレーンを示し、「S」は細胞培養上清から収集されたタンパク質を表し、「P」は細胞ペレットから収集されたタンパク質を表す。[図11]列1の各構築物に関連する予想分子量(kDa単位)(列2)と、タグ及び/または融合タンパク質(列3)を提供する表を示す。図11に列挙された構築物(構築物1~14)の発現分析結果は、図12のクマシーブルー染色ゲル及び図13のウエスタンブロットに示されている。 22℃で増殖させたE.coli培養物の細胞ペレット(P)または上清(S)から収集されたタンパク質を示すクマシーブルー染色ゲルの画像を提供する。E.coli培養物は、それぞれ構築物1~14の1つを発現した(図11)。 図12のクマシーブルー染色ゲルに対応するウエスタンブロットの画像を示す。抗His抗体を使用して検出された、構築物1~14(図11)の相対的発現レベルが示されている。 列1の各構築物に関連する予想分子量(kDa単位)(列2)と、タグ及び/または融合タンパク質(列3)を提供する表を示す。図14に列挙された構築物(構築物15~28)の発現分析結果は、図15のクマシーブルー染色ゲル及び図16のウエスタンブロットに示されている。 22℃で増殖させたE.coli培養物の細胞ペレット(P)または上清(S)から収集されたタンパク質を示すクマシーブルー染色ゲルの画像を提供する。E.coli培養物は、それぞれ構築物15~28の1つを発現した(図14)。 図15のクマシーブルー染色ゲルに対応するウエスタンブロットの画像を示す。抗His抗体を使用して検出された、構築物15~28(図14)の相対的発現レベルが示されている。 クマシーブルー染色ゲル及び対応するウエスタンブロットの表及び画像を示す。表(下)は、列1の各構築物(構築物29~32)に関連する予想分子量(kDa単位)(列2)と、タグ及び/または融合タンパク質(列3)を提供する。クマシーブルー染色ゲル(左)は、22℃で増殖させたE.coliの細胞ペレット(P)または上清(S)から収集されたタンパク質を示す。ウエスタンブロット(右)は、抗His抗体を用いて検出された構築物29~32の相対的発現レベルを示す。 列1の各構築物に関連する予想分子量(kDa単位)(列2)と、タグ及び/または融合タンパク質(列3)を提供する表を示す。図18に列挙された構築物(構築物33~47)の発現分析結果は、図19のクマシーブルー染色ゲル及び図20のウエスタンブロットに示されている。 22℃で増殖させたE.coli培養物の細胞ペレット(P)または上清(S)から収集されたタンパク質を示すクマシーブルー染色ゲルの画像を提供する。E.coli培養物は、それぞれ構築物33~47の1つを発現した(図18)。 図19のクマシーブルー染色ゲルに対応するウエスタンブロットの画像を示す。抗His抗体を使用して検出された、構築物33~47(図18)の相対的発現レベルが示されている。 クマシーブルー染色ゲル及び対応するウエスタンブロットの表及び画像を示す。表(下)は、列1の各構築物(構築物48~54)に関連する予想分子量(kDa単位)(列2)と、タグ及び/または融合タンパク質(列3)を提供する。クマシーブルー染色ゲル(左)は、22℃で増殖させたE.coliの細胞ペレット(P)または上清(S)から収集されたタンパク質を示す。ウエスタンブロット(右)は、抗His抗体を用いて検出された構築物48~54の相対的発現レベルを示す。 列1の各構築物に関連する予想分子量(kDa単位)(列2)と、タグ及び/または融合タンパク質(列3)を提供する表を示す。図22に列挙された構築物(構築物5~14)の発現分析結果は、図23のクマシーブルー染色ゲル及び図24のウエスタンブロットに示されている。 37℃で増殖させたE.coli培養物の細胞ペレット(P)または上清(S)から収集されたタンパク質を示すクマシーブルー染色ゲルの画像を提供する。E.coli培養物は、それぞれ構築物5~14の1つを発現した(図22)。 図23のクマシーブルー染色ゲルに対応するウエスタンブロットの画像を示す。抗His抗体を使用して検出された、構築物5~14(図22)の相対的発現レベルが示されている。 列1の各構築物に関連する予想分子量(kDa単位)(列2)と、タグ及び/または融合タンパク質(列3)を提供する表を示す。図25に列挙された構築物(構築物15~24)の発現分析結果は、図26のウエスタンブロットに示されている。 ウエスタンブロットの画像を示す。抗His抗体を使用して検出された、構築物15~24(図25)の相対的発現レベルが示されている。 列1の各構築物に関連する予想分子量(kDa単位)(列2)と、タグ及び/または融合タンパク質(列3)を提供する表を示す。図27に列挙された構築物(構築物25~37)の発現分析結果は、図28のクマシーブルー染色ゲル及び図29のウエスタンブロットに示されている。 37℃で増殖させたE.coli培養物の細胞ペレット(P)または上清(S)から収集されたタンパク質を示すクマシーブルー染色ゲルの画像を提供する。E.coli培養物は、それぞれ構築物25~37の1つを発現した(図27)。 図28のクマシーブルー染色ゲルに対応するウエスタンブロットの画像を示す。抗His抗体を使用して検出された、構築物25~37(図27)の相対的発現レベルが示されている。 列1の各構築物に関連する予想分子量(kDa単位)(列2)と、タグ及び/または融合タンパク質(列3)を提供する表を示す。図30に列挙された構築物(構築物1~4、38~39、及び41~48)の発現分析結果は、図31のクマシーブルー染色ゲル及び図32のウエスタンブロットに示されている。 37℃で増殖させたE.coli培養物の細胞ペレット(P)または上清(S)から収集されたタンパク質を示すクマシーブルー染色ゲルの画像を提供する。E.coli培養物は、それぞれ構築物1~4、38~39、及び41~48の1つを発現した(図30)。 図31のクマシーブルー染色ゲルに対応するウエスタンブロットの画像を示す。抗His抗体を使用して検出された、構築物1~4、38~39、及び41~48(図30)の相対的発現レベルが示されている。 列1の各構築物に関連する予想分子量(kDa単位)(列2)と、タグ及び/または融合タンパク質(列3)を提供する表を示す。図30に列挙された構築物(構築物49~54)の発現分析結果は、図34のクマシーブルー染色ゲル及びウエスタンブロットに示されている。 クマシーブルー染色ゲル及び対応するウエスタンブロットの画像を示す。クマシーブルー染色ゲル(左)は、37℃で増殖させたE.coli培養物の細胞ペレット(P)または上清(S)から収集されたタンパク質を示す。E.coli培養物は、それぞれ構築物49~54の1つを発現した(図33)。ウエスタンブロット(右)は、抗His抗体を使用して検出された、構築物49~54の相対的発現レベルを示す。
配列表
添付の配列表に列挙されている核酸配列とアミノ酸配列は、米国特許法施行規則第1.822条で規定されている、アミノ酸については標準的な3文字コードを用い、ヌクレオチド塩基については標準文字略号を使用して示される。各核酸配列の一本鎖のみが示されているが、示されている鎖を参照することによって、相補鎖が含まれるものと理解される。配列表は、2020年1月23日に0.68MBで作成されたASCIIテキストファイルとして送信され、参照により本明細書に組み込まれる。
配列番号1は、ASFV株China/2018/AnhuiXCGQのゲノム核酸配列である。
配列番号2~2273は、ASFVに関連するペプチド、特にASFVに対する免疫応答を刺激する免疫原性ペプチドのアミノ酸配列である。
配列番号2274~2291は、付録VIの18個のペプチドをコードすることができる例示的なDNA配列である。配列番号2274の核酸は、配列番号67のペプチドをコードすることができる。配列番号2275の核酸は、配列番号69のペプチドをコードすることができる。配列番号2276の核酸は、配列番号70のペプチドをコードすることができる。配列番号2277の核酸は、配列番号279のペプチドをコードすることができる。配列番号2278の核酸は、配列番号435のペプチドをコードすることができる。配列番号2279の核酸は、配列番号461のペプチドをコードすることができる。配列番号2280の核酸は、配列番号469のペプチドをコードすることができる。配列番号2281の核酸は、配列番号478のペプチドをコードすることができる。配列番号2282の核酸は、配列番号486のペプチドをコードすることができる。配列番号2283の核酸は、配列番号547のペプチドをコードすることができる。配列番号2284の核酸は、配列番号548のペプチドをコードすることができる。配列番号2285の核酸は、配列番号549のペプチドをコードすることができる。配列番号2286の核酸は、配列番号561のペプチドをコードすることができる。配列番号2287の核酸は、配列番号589のペプチドをコードすることができる。配列番号2288の核酸は、配列番号639のペプチドをコードすることができる。配列番号2289の核酸は、配列番号652のペプチドをコードすることができる。配列番号2290の核酸は、配列番号653のペプチドをコードすることができる。配列番号2291の核酸は、配列番号1253のペプチドをコードすることができる。各例示的なDNA配列において、文字「R」はアデニンまたはグアニンを表し、「K」はグアニンまたはチミンを表し、「H」はアデニン、シトシン、またはチミンを表し、「D」はアデニン、グアニン、またはチミンを表し、「Y」はシトシンまたはチミンを表し、「S」はシトシンまたはグアニンを表し、Bはシトシン、グアニン、またはチミンを表し、「N」はアデニン、グアニン、シトシン、またはチミンを表し、「M」はアデニンまたはシトシンを表し、「W」はアデニンまたはチミンを表し、「V」はアデニン、シトシン、またはグアニンを表す。
配列番号2292~2309は、付録VIの18個のペプチドをコードすることができる例示的なRNA配列である。配列番号2292の核酸は、配列番号67のペプチドをコードすることができる。配列番号2293の核酸は、配列番号69のペプチドをコードすることができる。配列番号2294の核酸は、配列番号70のペプチドをコードすることができる。配列番号2295の核酸は、配列番号279のペプチドをコードすることができる。配列番号2296の核酸は、配列番号435のペプチドをコードすることができる。配列番号2297の核酸は、配列番号461のペプチドをコードすることができる。配列番号2298の核酸は、配列番号469のペプチドをコードすることができる。配列番号2299の核酸は、配列番号478のペプチドをコードすることができる。配列番号2300の核酸は、配列番号486のペプチドをコードすることができる。配列番号2301の核酸は、配列番号547のペプチドをコードすることができる。配列番号2302の核酸は、配列番号548のペプチドをコードすることができる。配列番号2303の核酸は、配列番号549のペプチドをコードすることができる。配列番号2304の核酸は、配列番号561のペプチドをコードすることができる。配列番号2305の核酸は、配列番号589のペプチドをコードすることができる。配列番号2306の核酸は、配列番号639のペプチドをコードすることができる。配列番号2307の核酸は、配列番号652のペプチドをコードすることができる。配列番号2308の核酸は、配列番号653のペプチドをコードすることができる。配列番号2309の核酸は、配列番号1253のペプチドをコードすることができる。各例示的なDNA配列において、文字「R」はアデニンまたはグアニンを表し、「K」はグアニンまたはウラシルを表し、「H」はアデニン、シトシン、またはウラシルに対応し、「D」はアデニン、グアニン、またはウラシルを表し、「Y」はシトシンまたはウラシルを表し、「S」はシトシンまたはグアニンを表し、Bはシトシン、グアニン、またはウラシルを表し、「N」はアデニン、グアニン、シトシン、またはウラシルを表し、「M」はアデニンまたはシトシンを表し、「W」はアデニンまたはウラシルを表し、「V」はアデニン、シトシン、またはグアニンを表す。
配列番号2310~2330は、例えば、1つ以上のプラスミドベクター(pHLT、pSumo、及び/またはpMBPなど)またはウイルスベクター(仮性狂犬病ウイルスベクターなど)または類似のものを使用して宿主細胞において発現することができる構築物である。したがって、配列番号2310~2330の各構築物は、HLT、Sumo、またはMBPなどのN末端融合タンパク質をさらに含み得る。配列番号2310~2330の1つ以上の構築物に付着させることができる例示的な融合タンパク質配列は、配列番号2336~2338に提供される。さらに、各構築物は、構築物のN末端(構築物が融合タンパク質を含まない場合)または構築物に付着した融合タンパク質のN末端のいずれかに接続されたN末端HisタグなどのHisタグを含み得る。構築物は、C末端リンカー(GSSG)及びHiBiTタグ(GSGWRLFKKLS)をさらに含むこともできる。各構築物について、ドメイン(ASFVタンパク質内のペプチドクラスター化の領域、実施例3に記載されるように「ホットスポット」とも呼ばれ、配列番号2331~2335として個別に提供される)、完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(配列番号2323~2329に提供される)、及び/または配列番号2~2273のペプチドは、それらが構築物配列に現れる順序で提供される。
配列番号2310は、ドメイン10.1及び1.1を含み、構築物1及び2に対応する。
配列番号2311は、ドメイン3.1及び11.1を含み、構築物3及び4に対応する。
配列番号2312は、ドメイン10.1、3.1d、11.1、及び1.1を含み、構築物5及び6に対応する。
配列番号1213は、ドメイン10.1、3.1d、1.1、及び11.1を含み、構築物7及び8に対応する。
配列番号2314は、ドメイン10.1、配列番号70、478、469、及び486のペプチド、ドメイン3.1d、配列番号547、548、549、1253、及び279のペプチド、ならびにドメイン1.1、11.1を含み、構築物9、10、及び55に対応する。
配列番号2315は、配列番号639、548、653、589、67、69、561、461、279、547、435、478、652、486、1253、70、469、及び549のペプチドを含み、構築物11~14に対応する。
配列番号2316は、配列番号639、548、653、589、67、69、561、461、279、547、435、478、652、486、1253、70、469、及び549のペプチドを、個々のペプチド配列を分離するスペーサー(GPGPG)と共に含み、構築物15~18に対応する。
配列番号2317は、配列番号639、548、653、589、67、69、561、461、279、547、435、478、652、486、1253、70、469、及び549のペプチドを、個々のペプチド配列を分離するスペーサー(AAY)と共に含み、構築物19~22に対応する。
配列番号2318は、配列番号639、548、653、589、67、69、486、561、461、279、547、435、478、1253、70、652、469、及び549のペプチドを含み、構築物23~26に対応する。
配列番号2319は、配列番号639、548、653、589、67、69、486、561、461、279、547、435、478、1253、70、652、469、及び549のペプチドを、個々のペプチド配列を分離するスペーサー(GPGPG)と共に含み、構築物27~30に対応する。
配列番号2320は、配列番号639、548、653、589、67、69、486、561、461、279、547、435、478、1253、70、652、469、及び549のペプチドを、個々のペプチド配列を分離するスペーサー(GPGPG)と共に含み、構築物31~34に対応する。
配列番号2321は、配列番号478、279、652、1253、469、363、462、377、400、187、404、461、463、496、589、70、486、32、278、128、435、653、456、492、561、548、468、67、447、549、449、69、639、547、455、467、101、及び457のペプチドを含み、構築物35~37に対応する。
配列番号2322は、配列番号478、279、652、1253、469、363、462、377、400、187、404、461、463、496、589、70、486、32、278、128、435、653、456、492、561、548、468、67、447、549、449、69、639、547、455、467、101、457、640、645、670、553、711、662、621、633、651、541、584、529、497、544、527、636、578、619、554、1156、1248、1280、1288、1440、2021、2204、1561、1437、1106、1584、1556、1560、743、1531、2112、及び1049のペプチドを、ペプチド101及び457を分離するスペーサー(GPGPG)と、ペプチド619及び554を分離するスペーサー(AAY)と共に含み、構築物38~40に対応する。
配列番号2323は、GenBank受託番号AYW33963.1のASFVタンパク質を含み、構築物41及び48に対応する。
配列番号2324は、GenBank受託番号AYW34001.1のASFVタンパク質を含み、構築物42及び49に対応する。
配列番号2325は、GenBank受託番号AYW34002.1のASFVタンパク質を含み、構築物43及び50に対応する。
配列番号2326は、GenBank受託番号AYW34004.1のASFVタンパク質を含み、構築物44及び51に対応する。
配列番号2327は、GenBank受託番号AYW34010.1のASFVタンパク質を含み、構築物45及び52に対応する。
配列番号2328は、GenBank受託番号AYW34011.1のASFVタンパク質を含み、構築物46及び53に対応する。
配列番号2329は、GenBank受託番号AYW34052.1のASFVタンパク質を含み、構築物47及び54に対応する。
配列番号2330は、配列番号639、548、653、589、67、69、561、461、279、547、435、478、652、486、1253、70、469、及び549のペプチドを、ペプチド653及び589、652及び486、ならびに1253及び70間のGPGPGスペーサー配列と、69及び56、279及び547ペプチド配列間のAAYスペーサー配列と共に含む構築物56である。
配列番号2331はドメイン1.1である。
配列番号2332はドメイン3.1である。
配列番号2333はドメイン3.1dである。
配列番号2334はドメイン10.0である。
配列番号2335はドメイン11.1である。
配列番号2336は、例示的なSumo融合タンパク質である。
配列番号2337は、例示的なMBP融合タンパク質である。
配列番号2338はBacillus stearothermophilus E2pのリポイルドメインであり、HLT融合タンパク質の全部または一部に含まれる。
配列番号2339は、GenBank受託番号AYW33963.1のASFVタンパク質をコードするヌクレオチド配列である。
配列番号2340は、GenBank受託番号AYW34001.1のASFVタンパク質をコードするヌクレオチド配列である。
配列番号2341は、GenBank受託番号AYW34002.1のASFVタンパク質をコードするヌクレオチド配列である。
配列番号2342は、GenBank受託番号AYW34004.1のASFVタンパク質をコードするヌクレオチド配列である。
配列番号2343は、GenBank受託番号AYW34010.1のASFVタンパク質をコードするヌクレオチド配列である。
配列番号2344は、GenBank受託番号AYW34011.1のASFVタンパク質をコードするヌクレオチド配列である。
配列番号2345は、GenBank受託番号AYW34052.1のASFVタンパク質をコードするヌクレオチド配列である。
ワクチン接種によるブタ類の防御免疫の誘導に関連するASFV細胞傷害性Tリンパ球(CTL)エピトープの同定は、T細胞集団の不均一性と、ブタ白血球抗原(SLA)クラスI抗原結合特異性の違いにより部分的に困難である。しかし、ブタ類におけるASFの蔓延及び影響を軽減するために、有効なワクチンが必要とされている。
ASFVゲノムには、保存された中央領域(CCR)と、左右両方の可変領域が含まれ、それぞれに異なる数の5つの多重遺伝子ファミリー(MGF)遺伝子が含まれる。CCR遺伝子産物は、ウイルスの複製とアセンブリ、及び免疫回避と宿主細胞機能の調節に関与する。ASFVゲノム間のばらつきは、主にMGFメンバーの喪失または獲得に起因する。
ブタ類は、毒性の低いASFV分離株に感染しても生き延びることができ、慢性的に感染する可能性がある。生き残った動物は、該ウイルスの関連する分離株による攻撃に耐性があり、家畜ブタ類がASFVに対する防御免疫を発達させることができることを示している。無症候性の非毒性ASFV感染中、ブタ類ではナチュラルキラー細胞の活性が増加し、この細胞型がASFV免疫に関与していることを示唆している。さらに、ASFV免疫ブタ類のCD8+リンパ球の枯渇は、関連する毒性ウイルスに対する防御免疫を無効にする。このことは、ASFV特異的抗体の存在だけでは、ASFV感染から防御するには不十分であり、CD8+リンパ球サブセットがASFV防御免疫において重要な役割を果たしていることを示唆している。
本開示は、免疫原性ペプチド、及びそのようなペプチドを含む組成物に関する。開示されたペプチドは、ASFVに対する免疫応答を誘発または刺激する、免疫原性ペプチド組成物、及び/または核酸ベースワクチン、ウイルスもしくは細菌ベクターベースワクチン、または宿主細胞ベースワクチン、及び/またはそれらの組み合わせを形成するために使用される。そのような免疫原性組成物は、追加の治療薬、例えばASFの症状を軽減もしくは緩和することを目的とした化合物もしくは組成物、または他の組成物、例えばブタ類に一般的な他の感染症に対するワクチンと組み合わせて動物に投与することができる。
I.略語
ASF アフリカ豚熱
ASFV アフリカ豚熱ウイルス
CCID50 細胞培養感染用量50%
CCR 保護された中央地域
CTL 細胞傷害性Tリンパ球
dpv (最初の)ワクチン接種後の日数
ELISA 酵素結合免疫吸着アッセイ
ELISpot 酵素結合免疫吸着スポットアッセイ
INF-γ インターフェロンガンマ
MDA 母体由来の移行抗体
MGF マルチ遺伝子ファミリー
MHC 主要組織適合遺伝子複合体
MS 質量分析
PBMC 末梢血マクロファージ細胞
PCR ポリメラーゼ連鎖反応
qPCR 定量的ポリメラーゼ連鎖反応
SLA ブタ白血球抗原
II.用語及び定義
特に明記しない限り、専門用語は、当業者によって理解されるであろう従来の使用法に従って使用される。分子生物学の一般的な用語の定義は、Lewin’s Genes X,ed.Krebs et al,Jones and Bartlett Publishers,2009(ISBN 0763766321);Kendrew et al.(eds.),The Encyclopedia of Molecular Biology,Blackwell Publishers,1994(ISBN 0632021829);Robert A.Meyers(ed.),Molecular Biology and Biotechnology:A Comprehensive Desk Reference,Wiley,John & Sons,Inc.,1995(ISBN 0471186341);及びGeorge P.Redei,Encyclopedic Dictionary of Genetics,Genomics,Proteomics and Informatics,3rd Edition,Springer,2008(ISBN:1402067534)に見出され得る。
以下の用語及び略語の説明は、本開示をよりよく説明し、当業者が本開示を実施するように導くために提供されている。本明細書で使用される場合、「含む(comprising)」は「含む(including)」を意味し、単数形「a」または「an」または「the」は、文脈が明確に別段の指示をしない限り、1つまたは複数を指す。「または」という用語は、文脈が明確に別段の指示をしない限り、述べられた代替要素の単一の要素または2つ以上の要素の組み合わせを指す。
本明細書で言及される全ての刊行物、特許出願、特許、及び他の参考文献は、参照によってその全体が組み込まれる。本明細書に記載のGenBank受託番号に関連する全ての配列は、本出願の優先日現在、参照によりその全体が組み込まれている。矛盾する場合には、用語の説明を含む本明細書が優先される。
本明細書に記載のものと類似または同等の方法及び材料を使用して本開示を実施または試験することができるが、適切な方法及び材料を以下に説明する。材料、方法、及び例は、例示に過ぎず、限定的であることは意図されない。本開示の他の特徴は、以下の詳細な説明及び特許請求の範囲から当業者に明らかになるであろう。
特に指示されない限り、明細書または特許請求の範囲で使用される成分の量、分子量、パーセンテージ、温度、時間などを表す全ての数値は、「約」という用語によって変更されるものとして理解されるべきである。したがって、暗示的にまたは明示的に特に指示されない限り、記載された数値パラメータは、求められる所望の特性及び/または標準的な試験条件/方法の下での検出限界に依存し得る近似値である。実施形態を議論された先行技術から直接的かつ明示的に区別する場合、「約」という単語が引用されない限り、実施形態の番号は概算ではない。
開示された配列表中のアミノ酸残基は、保存的に置換され得るか、または同様の特性及び特徴を有する別の残基によって置換され得る。通常、保存的置換は、得られるペプチドの活性にほとんどまたはまったく影響を与えない。1つの非限定的な例では、組成物の1つのペプチド中のチロシン残基は、トリプトファン残基で置換されている。ペプチドは、1つ以上の保存的アミノ酸置換を含む化学置換によって生成することができ、または、例えば、PCRまたは部位特異的変異誘発などの標準手順を使用してそのペプチドをコードする核酸配列を操作することによって生成することができる。以下の表1は、本開示の範囲内にある明示的に開示されたペプチド配列の保存的アミノ酸置換を提供する。
Figure 2022538673000002
本開示の様々な実施形態の検討を容易にするために、特定の用語の以下の説明が提供される:
アジュバント:本明細書で使用される「アジュバント」という用語は、例えば、動物の免疫系、例えば哺乳動物の免疫系による抗原(例えば、ASFV抗原)に対する免疫応答を増強することによって、開示された免疫原性組成物の有効性を増強する任意の物質またはビヒクルを意味する。アジュバントを使用して、本明細書に開示される組成物(複数可)を、例えばASFVワクチン組成物の一部として、形成することができる。本明細書に開示される組成物のいくつかの実施形態に含まれるアジュバントには、アルミニウム塩、例えばリン酸アルミニウムまたは水酸化アルミニウム;様々な種類の油、例えば植物油、鉱油、またはシナモン油(参照により本明細書に組み込まれる、米国特許第2006/0275515号「Antiviral preparations obtained from a natural cinnamon extract」を参照のこと);水中油型アジュバント、例えばEmulsigen(登録商標)、Emulsigen(登録商標)-D、Emulsigen(登録商標)-DL90、Emulsigen(登録商標)-P、Emulsigen(登録商標)-BCL、Emulsimune(登録商標)、またはTS6;Amphigen(登録商標);プルロニックポリオール;サポニン系アジュバント、例えばサポニン、Quil A、及びQS-21;非イオン性ブロックコポリマー;マイクロ流動化エマルジョン、例えばMF59;油中水型アジュバント、例えばISA 720、ISA 71 VG、ISA 35、ISA 51、またはISA 50V;水中油中水型アジュバント、例えばISA 206またはISA 201(例えばMontanide ISA 201 VG);フロイント完全アジュバント;フロイント不完全アジュバント;ポリラクチドグリコリド(PLGA);Toll様受容体(TLR)リガンド系アジュバント、例えばR848(レシキモド);カルボマー系アジュバント、例えば934Pまたは971Pを含むもの;ポリマー系アジュバント、例えばCarbigen(商標)またはPolygen(商標);免疫刺激複合体(ISCOM);リポソーム;多糖類;誘導体化された多糖類;オリゴヌクレオチド;サイトカイン;細菌誘導体、例えばトレハロース-6,6-ジベヘネート(TDB)または環状ジグアニル酸一リン酸(c-di-GMP);ウイルス誘導体、例えばポリイノシン酸-ポリシチジル酸(ポリ(I:C));またはそれらの組み合わせが含まれ得るが、これらに限定されない。
「粘膜アジュバント化された」または「粘膜アジュバント」は、粘膜と相互作用することができ、免疫応答を刺激し得るアジュバントまたは他の化合物、例えば、ポリマーを指す。粘膜アジュバントに関する追加情報は、参照により本明細書に組み込まれる米国特許第10,279,031号によって提供される。粘膜には、視(眼)膜、口腔膜、鼻咽頭膜、肛門膜、または膣膜が含まれる。刺激され得る免疫応答には、IgM、IgG、IgA、またはそれらの組み合わせが含まれ得る。そのようなアジュバントを含む組成物は、動物の粘膜に適用され得る。粘膜アジュバントは、粘膜に(一般に非共有結合的に)付着し得るという点で、「粘膜付着性」である可能性がある。粘膜付着性を有する特定のアジュバントには、Carbomer及びCarbopolなどのポリアクリル酸を含むものなどのポリマーを含むアジュバント、または水中油型アジュバントが含まれるが、これらに限定されない。さらに、ナノ粒子を含むアジュバントを鼻腔内投与に使用することができる。当業者は、粘膜付着性アジュバントが上記のアジュバントのいずれか1つまたは組み合わせを含み得ることを理解している。
投与する(administer)、投与すること(administering)、または投与(administration):本明細書で使用する場合、組成物(例えば、免疫原性組成物)を動物に投与することは、組成物を動物に適用、与える、または接触させることを意味する。投与は、例えば、局所、経口、皮下、経皮、髄腔内、筋肉内、静脈内、腹腔内、鼻腔内、及び同様の経路、またはそれらの組み合わせなどの様々な経路によって達成することができる。
本明細書で使用される場合、組成物を粘膜に投与することは、例えば、噴霧及び/または滴下などにより、組成物を動物の口、鼻腔、または眼に直接配置することによって、組成物を動物に直接投与することを含む。組成物を粘膜的に投与することはまた、動物が摂取するための組成物を提供するなど、動物が組成物をそれ自体に投与するように組成物を提供することを含む。組成物を提供する例示的な方法には、組成物を動物に噴霧すること、及び/または組成物を皮膚に局所的に適用すること、または動物が食べる形態で組成物を提供することが含まれるが、これらに限定されない。当業者は、噴霧液滴がブタ類の口、鼻腔、及び/または眼に直接入る可能性があるため、噴霧も直接投与を容易にし得ることを理解するであろう。組成物を動物に投与する別の例示的な方法は、例えば、組成物の液体製剤の注射によるなどの筋肉内投与によるものである。
開示された組成物は、例えば、皮内、動脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、または静脈内経路、またはそれらの組み合わせなどによる非経口投与用に処方され得る。組成物の非経口製剤の例には、注射できる懸濁液、注射できる溶液、エマルジョン、及び注射用の許容可能なビヒクルに溶解または懸濁できる乾燥製品が含まれるが、これらに限定されない。さらに、組成物の徐放性非経口製剤は、調製もしくは投与され得るか、またはその両方である。そのような投与に適した材料には、アルコールまたはアルコールの混合物(mixture or alcohols)、例えば、C1-C10アルコール、例えば、エタノール、プロパノール、ブタノール、ペンタノール、ヘキサノール、ヘプタノール、オクタノール、ノナノール、及び/またはデカノール;ポリオール、例えば、ポリエチレングリコール;滅菌水;グルコース溶液;生理食塩水;水性ビヒクル、例えば、塩化ナトリウム、デキストロース、デキストロース液、塩化ナトリウム液、リンゲル液、またはラクトリンゲル液、またはそれらの組み合わせなどであるが、これらに限定されない;非水性ビヒクル、例えばオレイン酸エチル、ピーナッツ油、コーン油、綿実油、ゴマ油、またはミリスチン酸イソプロピル、またはそれらの組み合わせなどであるが、これらに限定されない;レシピエントの血液内で製剤を等張性にする静菌薬、緩衝剤、抗酸化剤、または溶質、またはそれらの組み合わせを含むことができる水性及び非水性の等張性滅菌注射液;ならびに無菌であり得、可溶化剤、安定剤、増粘剤、懸濁剤、及び防腐剤、またはそれらの組み合わせを含むことができる非水性及び水性懸濁液が含まれる。組成物の製剤は、ボトル、アンプル、シリンジ、チューブ、カプセル、及びバイアルなどの単位用量または複数回用量の容器で提供することができる。
アフリカ豚熱(ASF):「アフリカ豚熱」はASFVによって引き起こされ、通常は出血熱として現れる。ASFは、世界中の家畜ブタ類及び野生ブタ類の両方に影響を及ぼす伝染性が高く死に至る病であり、家畜ブタ類の死亡率は100%に近い。
アフリカ豚熱ウイルス(ASFV):「アフリカ豚熱ウイルス」は、ブタ類においてASFを引き起こすウイルスである。ウイルスは、摂取、接触、またはOrnithodoros属のダニを介して伝染する可能性がある。ASFVは、Asfarviridae科の唯一のメンバーであり、直鎖状の二本鎖DNAゲノムを持つ。特定の実施形態では、ASFVゲノムは、170~193kbpであり、151~167個の遺伝子をコードする。ASFVゲノムには、約125kbpの保存された中央領域(CCR)と、左右両方の可変領域が含まれ、それぞれに異なる数の5つの多重遺伝子ファミリー(MGF)遺伝子が含まれる。CCR遺伝子産物は、ウイルスの複製とアセンブリ、及び免疫回避と宿主細胞機能の調節に関与する。ASFVゲノム間のばらつきは、主にMGFメンバーの喪失または獲得に起因する。
ASFVの複数の株が同定されており、ASFVの核酸配列は公開されている。例えば、Ken06.Bus(GenBank受託番号KM111295.1;本出願の優先日現在GenBankに存在するものとして参照により組み込まれる)として同定されたASFV株は、例示的なASFVゲノム配列を提供する。
動物:「動物」とは、生きている多細胞脊椎生物、例えば哺乳動物及び鳥類を含むカテゴリーを指す。哺乳動物という用語には、ヒト、及び有蹄動物、特にブタ類などの非ヒト哺乳動物の両方が含まれる。「ブタ類」(本明細書では「豚/ブタ」とも呼ばれる)には、Sus属のメンバー、例えばSus scrofa、例えばSus scrofa domesticus、例えばヨークシャー、デュロック、及び/またはランドレースのブタ類品種系統が含まれる。
抗体:「抗体」は、Bリンパ球によって産生される免疫グロブリン分子である。抗体は、特定の抗原(免疫原)によってヒトまたは他の動物において誘発される。抗体は、何らかの実証可能な方法で抗原と特異的に反応することを特徴とする。「抗体応答を誘発する」とは、抗体の産生を誘導する抗原または他の分子の能力を指す。
抗原:「抗原」とは、動物に注射または吸収される組成物を含む、動物における抗体の産生またはT細胞応答を刺激することができる化合物、組成物、または物質を指す。
本技術での使用に適したウイルス抗原には、不活化(または死滅)ウイルス、及び/またはウイルスから単離、精製、または誘導され得るウイルスペプチド(複数可)またはタンパク質(複数可)が含まれる。ウイルス抗原は、細胞培養物または他の基質などの基質上で増殖するウイルスに由来することができるか、またはそれらは組換えで由来もしくは発現され得るか、またはそれらは合成され得る。典型的には、ウイルス抗原は、ライフサイクルの少なくとも1つの段階の間にウイルスの表面に露出するエピトープを含むが、これらに限定されない。ウイルス抗原は、複数の血清型または分離株間で保存され得る。ウイルス抗原には、本明細書に開示される1つ以上のウイルスに由来する抗原が含まれる。
弱毒化(attenuated)、弱毒化(attenuation):「弱毒化」ウイルスは、病気を引き起こす可能性がある弱毒化されていない形態のウイルスと比較して弱い、及び/または毒性が低いウイルスである。弱毒化ウイルスは、免疫応答及び/または免疫を刺激し得るが、病気を引き起こすことはできない。培養物及び/またはレシピエントにおける弱毒化ウイルスの複製は、弱毒化ウイルスが由来する株(複数可)の複製と同じであるか、類似しているか、または異なっていてもよい。弱毒化は、単一のステップ及び/または複数のステップを含む1つ以上の方法を使用してウイルスを改変することによって達成され得る。例えば、弱毒化突然変異及び/または遺伝子再集合などの弱毒化遺伝子改変は、部位特異的変異誘発、化学的方法、照射、及び/または組換え技術を介して、ウイルスゲノムのコード領域及び/または非コード領域に導入され得る。そのような方法は当業者によく知られている。他の方法で病気を引き起こすウイルスの弱毒化形態は、継代などの培養技術によって同定されることもあり、及び/またはヒトの介入によって誘導、作成、または引き起こされないウイルスゲノムの遺伝的差異に起因することもある。弱毒化ウイルスが、弱毒化ウイルスが由来する株(複数可)と比較して、類似のまたは低下した抗原性を維持するかどうかを決定する方法もまた、当業者によく知られている。そのような方法は、例えば化学的選別、及び/または、例えばプローブハイブリダイゼーションまたはPCRなどによる核酸スクリーニングを含み得る。例えば、本明細書に開示される特定の実施形態のウイルスベクターなどの弱毒化ウイルスを使用して、レシピエント、例えば動物、例えばブタ類において、免疫応答を刺激し、及び/または免疫を誘導することができる。
シナモン:「シナモン」という用語は、Cinnamomum属の1つ以上のメンバーに由来する生成物(複数可)、例えばシナモン抽出物、シナモン抽出物の画分、及び/またはシナモン抽出物の沈殿物などを指す。そのようなメンバーには、例えば、C.zeylanicum、C.cassia(C.aromaticum)、C.camphora、C.burmannii、C.verum、C.loureiroi、C.citriodorum、C.dubium、C.japonicum、C.kanehirae、C.virens、C.tamala、C.parthenoxylon、C.mercadoi、C.glaucescens、C.malabatrum、C.cambodianum、Cinnamomum属の任意の他のメンバー、またはそれらの組み合わせが含まれ得る。通常、1つ以上の生成物は、1つ以上の適切な抽出、画分、及び/または沈殿法及び/または同様の方法によって、Cinnamomum属の1つ以上のメンバーの樹皮及び/または葉に由来する。
組み合わせ:組み合わせは、少なくとも1つの成分の有効期間が少なくとも1つの他の成分の有効期間とオーバーラップするように投与される2つ以上の成分を含む。成分は組成物であり得る。いくつかの実施形態では、投与される全ての成分の有効期間は互いにオーバーラップしている。3つの成分を含む組み合わせの例示的な実施形態では、投与される第1の成分の有効期間は、第2及び第3の成分の有効期間とオーバーラップし得るが、第2の成分の有効期間は、独立して、第3の成分の有効期間とオーバーラップしても、オーバーラップしなくてもよい。4つの成分を含む組み合わせの例示的な実施形態では、投与される第1の成分の有効期間は、第2、第3、及び第4の成分の有効期間とオーバーラップし、第2の成分の有効期間は、第1及び第4の成分の有効期間とオーバーラップするが、第3の成分の有効期間とはオーバーラップせず、第4の成分の有効期間は、第2及び第3の成分の有効期間とのみオーバーラップする。組み合わせは、成分を含む組成物、2つ以上の個々の成分を含む組成物、または1つ以上の成分と別の別個の成分(または複数の成分)を含む組成物、または残りの成分(複数可)を含む組成物(複数可)であり得る。いくつかの実施形態では、2つ以上の成分は、実質的に同時にまたは任意の順序で連続して投与される2つ以上の異なる成分、2つ以上の異なる時間に投与される同じ成分、またはそれらの組み合わせを含み得る。
十分な条件:「十分な条件」という用語は、所望の活性を可能にする、例えば、2つの核酸分子間の特異的結合もしくはハイブリダイゼーションを可能にする、または核酸の増幅及び/または検出を可能にする、任意の環境を指す。そのような環境には、特定のインキュベーション条件(時間及び/または温度など)、または例えば溶液(例えば、緩衝剤(複数可)、塩(複数可)、金属イオン(複数可)、界面活性剤(複数可)、ヌクレオチド(複数可)、酵素(複数可)など)中の特定の因子の存在及び/または濃度が含まれ得るが、これらに限定されない。
有効量:「有効量」または「治療有効量」または「免疫刺激量」という用語は、所望の生物学的結果を誘発するのに十分である薬剤(例えば、本明細書で単独で、組み合わせて、または潜在的に他の治療薬(複数可)と組み合わせて提供される1つ以上の実施形態)の量を指す。その結果は、疾患の徴候、症状、もしくは原因の改善もしくは緩和、または生物系の任意の他の所望の変化であり得る。この量は、処置される病状、病状の進行段階、ならびに適用される製剤の種類及び濃度と共に変化し得る。いくつかの実施形態では、免疫刺激性組成物の有効量は、対象に投与された場合、検出可能な免疫応答を引き起こすのに十分な量である。そのような応答は、例えば、免疫刺激性組成物において提供される1つ以上のエピトープに特異的な抗体の生成を含み得る。あるいは、応答は、免疫刺激性組成物において提供される1つ以上のエピトープに対するTヘルパーまたはCTLベースの応答を含み得る。これらの3つの応答は全て、ナイーブ細胞またはメモリー細胞から発生する可能性がある。他の実施形態では、免疫刺激性組成物の「防御有効量」は、対象に投与された場合、対象に防御免疫を付与するのに十分な量である。任意の所与の場合における適切な量は、当業者には容易に明らかになるか、または日常的な実験、例えばワクチン接種及び抗体応答の観察またはワクチン接種後のチャレンジなどによって決定することができ、ワクチン接種された動物は、同様にチャレンジされた非ワクチン接種動物よりもパフォーマンスが良好である。
コードする:「コードする」とは、ヌクレオチドの定義された配列(例えば、rRNA、tRNA、及びmRNA)もしくはアミノ酸の定義された配列及びそれらから生じる生物学的特性のいずれかを有する、生物学的プロセスにおいて他のポリマー及び巨大分子を合成するためのテンプレートとして機能する、遺伝子、cDNA、またはmRNAなどのポリヌクレオチド内のヌクレオチドの特定の配列の固有の特性を指す。したがって、遺伝子は、その遺伝子によって生成されたmRNAの転写及び翻訳が、例えば、細胞または他の生物系において、タンパク質を生成することができる場合、タンパク質をコードする。遺伝子またはcDNAの、コード鎖(そのヌクレオチド配列がmRNA配列と同一であり、通常、配列表に提供される)及び非コード鎖(転写のテンプレートとして使用される)の両方が、その遺伝子またはcDNAのタンパク質または他の産物をコードしていると呼ぶことができる。特に明記しない限り、「アミノ酸配列をコードするヌクレオチド配列」は、互いに縮重したバージョンであり、同じアミノ酸配列をコードする全てのヌクレオチド配列を含む。タンパク質及びRNAをコードするヌクレオチド配列には、イントロン、エクソン、またはその両方が含まれ得る。
エピトープ:「エピトープ」は抗原決定基である。これらは、抗原性のある、すなわち免疫応答を誘発する分子上の化学基またはペプチド配列である。T細胞エピトープは抗原提示細胞の表面に提示され、そこでMHC分子に結合する。マクロファージ、樹状細胞、及びB細胞などのプロフェッショナル抗原提示細胞は、MHCクラスIIペプチドの提示に特化しているが、ほとんどの有核体細胞はMHCクラスIペプチドを提示する。MHCクラスI分子によって提示されるT細胞エピトープは、通常、8~11アミノ酸長のペプチドであるのに対し、MHCクラスII分子は、13~17アミノ酸長のより長いペプチドを提示する。抗体は、配列番号2~2273から選択される1つ以上の免疫原性ペプチドなどのペプチド上の特定の抗原性エピトープに特異的に結合する。いくつかの例では、開示されたペプチドはエピトープである。
発現:「発現」は、核酸配列の転写及び/または翻訳を指す。例えば、遺伝子は、そのDNAがRNAまたはRNAフラグメントに転写されるときに発現され得、いくつかの例では、それは、mRNAを形成するために処理される。遺伝子はまた、そのmRNAがタンパク質またはタンパク質フラグメントなどのアミノ酸配列に翻訳されるときに発現され得る。特定の例では、異種遺伝子は、RNAに転写されるときに発現される。別の特定の例では、異種遺伝子は、そのRNAがアミノ酸配列に翻訳されるときに発現される。発現の調節は、転写、翻訳、RNA輸送及びプロセシング、mRNAなどの中間分子の分解、または特定のタンパク質分子が生成された後の特定のタンパク質分子の活性化、不活性化、区画化、もしくは分解の制御によるものを含むことができる。
発現制御配列:「発現制御配列」は、それらが作動可能に連結されている異種核酸配列の発現を調節する核酸配列である。発現制御配列は、核酸配列の転写及び必要に応じて翻訳を制御及び調節する場合、核酸配列に作動可能に連結される。したがって、発現制御配列は、適切なプロモーター、エンハンサー、転写ターミネーター、タンパク質をコードする遺伝子の前の開始コドン(ATG)、イントロンのスプライシングシグナル、mRNAの適切な翻訳を可能にするその遺伝子の正しいリーディングフレームの維持、及び停止コドンを含み得る。「制御配列」という用語は、最低でも、その存在が発現に影響を与え得る構成要素を含み、その存在が有利である追加の構成要素(例えば、リーダー配列及び融合パートナー配列)も含み得ることが意図される。発現制御配列は、プロモーターを含むことができる。
発現ベクター:「発現ベクター」は、発現されるヌクレオチド配列に作動可能に連結された発現制御配列を含む組換えポリヌクレオチドを含むベクターである。発現ベクターは、発現に十分な要素を含む;発現のための他の要素は、宿主細胞によって、またはin vitro発現系において供給され得る。発現ベクターには、組換えポリヌクレオチドを組み込んだ、コスミド、プラスミド(例えば、裸の、またはリポソームに含まれる)、及びウイルス(例えば、レンチウイルス、レトロウイルス、アデノウイルス、及びアデノ随伴ウイルス)などの当技術分野で知られている全てのものが含まれる。
宿主細胞:「宿主細胞」とは、ベクターを増殖させ、そのDNAを発現させることができる細胞(複数可)を指す。細胞は、真核性または原核性であり得る。細胞は、哺乳動物、例えばブタ類細胞であり得る。「宿主細胞」はまた、対象の宿主細胞の任意の子孫を含む。複製中に突然変異が起こる可能性があるため、全ての子孫が親細胞と同一であり得る、または同一でない場合があることが理解される。そのような子孫は、「宿主細胞」という用語が使用される場合に含まれると理解される。
免疫応答:「免疫応答」とは、抗原ペプチドなどの刺激に対する、B細胞、T細胞、マクロファージ、または多形核球などの免疫系の細胞の応答である。免疫応答は、例えば、インターフェロンまたはサイトカインを分泌する上皮細胞を含む、宿主防御応答に関与する体の任意の細胞を含み得る。免疫応答には、自然免疫応答または炎症が含まれるが、これらに限定されない。本明細書で使用される場合、防御免疫応答は、対象を感染から保護する(感染を予防するか、または感染に関連する疾患の発症を予防する)免疫応答を指す。免疫応答を測定する方法は、当業者に知られており、例えば、リンパ球(B細胞またはT細胞など)の増殖及び/または活性、サイトカインもしくはケモカインの分泌、炎症、抗体産生などの測定を含む。
免疫刺激性組成物:本明細書で使用される「免疫刺激性組成物」及び「免疫原性組成物」という用語は、対象において免疫応答(または免疫原性応答)を刺激または誘発するのに有用な組成物を意味する。免疫刺激性組成物は、タンパク質抗原、タンパク質抗原を発現するために使用される核酸分子(ベクターなど)、またはそれらの組み合わせであり得る。いくつかの実施形態では、免疫原性応答は、免疫刺激性組成物が指向するウイルスによる感染または疾患の進行に対して対象がよりよく抵抗することを可能にするという点で、防御的である、または防御的免疫を提供する。
免疫化:対象の免疫系の刺激(ワクチン接種など)を通じて、感染症(ASFVなど)による感染から対象(哺乳動物、特にブタ類など)を保護すること。
免疫原:動物に注射または吸収される組成物を含む、動物における抗体の産生またはT細胞応答などの免疫応答を刺激することができる化合物、組成物、または物質。免疫原の特定の非限定的な例には、配列番号2~2273の免疫原性ペプチド、配列番号2310~2330の構築物、配列番号2331~2335のドメイン、及び/または完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、配列番号2323~2329の1つ以上のタンパク質)、及び/またはそのようなペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長及び/または部分長ASFVタンパク質をコードする核酸、ベクター、及び/または宿主細胞。
不活化:本開示の文脈において、「不活化」ウイルスは、宿主または宿主細胞において感染を確立することができない程度に改変されたウイルスである。ウイルスは、例えば、化学物質、熱、pHの変化、及び/または照射(例えば、紫外線またはガンマ線照射)を使用して不活化させることができる。不活化ウイルスは「殺された」とも呼ばれる。「化学的に不活化された」ウイルスは、ベータプロピオラクトン、ホルムアルデヒド、グルタルアルデヒド、2,2’-ジチオジピリジン、またはバイナリーエチレンイミンによる処理などの化学的方法を使用して不活化されたウイルスである。ウイルスワクチンの不活化方法のレビューについては、Delrue et al.(Expert Rev Vaccines 11(6):695-719,2012)を参照のこと。
感染:感染またはチャレンジとは、対象が、病気を引き起こす可能性のある有機体に曝露され、その有機体に曝露されたときに対象が疾患の1つ以上の臨床徴候に苦しむことを意味する。
単離、単離した:「単離された」生物学的成分(核酸など)は、生物学的成分または他の成分(例えば、染色体及び染色体外DNA、RNA、及びタンパク質などの、成分が共に天然に存在する生物学的成分)から実質的に分離または精製されている。「単離された」核酸には、標準的な精製方法によって精製された核酸が含まれる。この用語はまた、宿主細胞における組換え発現によって調製され、その後、精製された核酸、ならびに化学的に合成及び精製された核酸分子を包含する。単離物は絶対純度を必要とせず、例えば、所望の材料との元の混合物中の少なくとも50%、60%、70%、75%、80%、85%、90%、95%、98%、99%、または、99.9%の成分が除去された核酸分子が含まれ得る。別の例として、単離された生物学的成分は、細胞内の自然環境または他の生成容器内にある生物学的成分よりも、生物学的成分がより濃縮されたものである。単離された核酸は、溶液(例えば、水または水溶液)中であり得るか、または乾燥されていてもよい。
ペプチド:「ペプチド」は、ペプチド結合によって結合された少なくとも2つのアミノ酸、より一般的にはアミド結合によって一緒に結合された2つ以上のアミノ酸を有するポリマーである。25以上のアミノ酸を有するペプチドなどの特定のペプチドは、ポリペプチドと呼ばれることがある。アミノ酸がアルファ-アミノ酸の場合、L-光学異性体、D-光学異性体、またはそれらの組み合わせを使用することができる。本明細書で使用される「ペプチド」という用語は、任意のアミノ酸配列を包含することを意図し、糖タンパク質などの修飾配列を含み、天然に存在するアミノ酸配列、ならびに組換えまたは合成的に生成されるものを包含する。「残基」または「アミノ酸残基」という用語は、ペプチドに組み込まれるアミノ酸を指す。本明細書に開示される例示的なペプチドには、配列番号2~2273のペプチド、配列番号2310~2330の構築物、配列番号2331~2335のドメイン、及び例えば配列番号2323~2329のASFVタンパク質が含まれる。
ポリヌクレオチド、核酸分子:「核酸分子」または「ポリヌクレオチド」という用語は、特に明記しない限り、少なくとも2塩基長のヌクレオチドのポリマー形態を指す。核酸分子は、cDNA、ゲノムDNA、RNA、及び/または混合ポリマー、及び/または上記の合成形態のセンス鎖及びアンチセンス鎖の両方を含み得る。本明細書で使用される「核酸分子」という用語は、「核酸」及び「ポリヌクレオチド」と同義である。この用語は、特に明記しない限り、一本鎖及び二本鎖形態のDNAを含む。ポリヌクレオチドは、天然に存在するヌクレオチド、ならびに天然に存在する及び/または天然に存在しないヌクレオチド結合によって一緒に連結された修飾ヌクレオチドのいずれかまたは両方を含み得る。ヌクレオチドは、リボヌクレオチド、デオキシリボヌクレオチド、またはいずれかのヌクレオチドの修飾形態であることができる。
組換えポリヌクレオチドは、それが由来する有機体の天然に存在するゲノムにおいて、それがすぐに隣接する両方のコード配列(5’末端に1つ及び3’末端に1つ)とすぐに隣接しないポリヌクレオチドを含む。組換え核酸分子はまた、天然に存在しないもの、または2つの他の分離した配列セグメントの人工的な組み合わせによって作製される配列を有するものであり得る。この人工的な組み合わせは、化学合成によって、または例えば当業者に知られている遺伝子工学技術によってなど、核酸の単離されたセグメントの人工的な操作によって達成される。したがって、この用語には、例えば、ベクターに、自律複製プラスミドもしくはウイルスに、または原核生物もしくは真核生物のゲノムDNAに、または他の配列とは独立した別個の分子(例えば、cDNA)として存在するものに、組み込まれる組換えDNA分子が含まれる。
予防:病気の予防とは、病気の完全な発症を阻害することを指す。
治療:病気または病的状態の徴候または症状が発症し始めた後、それを改善する治療的介入を指す。
改善:病気の1つ以上の徴候または症状の数または重症度の低下を指す。
プロモーター:「プロモーター」は、転写を指示するのに十分な最小限の核酸配列である。プロモーターは、通常、遺伝子の転写開始部位に隣接する(及びその上流の)5’領域に位置し、一般に、遺伝子の発現を指示する機能的なTATAボックスを含む。プロモーターは、一般に構造エレメントと機能エレメントの両方を含み、関連する遺伝子の転写を調節するための制御点を提供する。プロモーター依存性遺伝子発現を、細胞型特異的、組織特異的、または外部シグナルもしくは薬剤によって誘導可能にするのに十分なプロモーターエレメントも含まれる;このようなエレメントは、遺伝子の5’または3’領域に位置し得る。構成的プロモーターと誘導性プロモーターの両方が含まれる(例えば、Bitter et al.,Methods in Enzymology 153:516-544,1987を参照のこと)。例えば、細菌系においてクローニングする場合、誘導性プロモーター、例えば、バクテリオファージラムダのpL、plac、ptrp、ptac(ptrp-lacハイブリッドプロモーター)などを使用することができる。一実施形態では、哺乳動物細胞系においてクローニングする場合、哺乳動物細胞のゲノムに由来するプロモーター(メタロチオネインプロモーターなど)または哺乳動物ウイルスに由来するプロモーター(レトロウイルスの長い末端反復、アデノウイルス後期プロモーター、ワクシニアウイルス7.5Kプロモーターなど)を使用することができる。組換えDNAまたは合成技術によって産生されるプロモーターもまた、核酸配列の転写を提供するために使用され得る。
ポリヌクレオチドは、プロモーター配列を含む発現ベクターに挿入することができ、これは、宿主の挿入された遺伝子配列の効率的な転写を容易にする。発現ベクターは、通常、複製起点、プロモーター、及び形質転換細胞の表現型選択を可能にする特定の核酸配列を含む。
精製された:「精製された」という用語は、絶対純度を必要とせず、むしろ、それは相対的な用語として意図される。したがって、例えば、精製されたタンパク質、ウイルス、核酸、または他の化合物は、関連するタンパク質及び他の汚染物質から全体的または部分的に単離されたものである。特定の実施形態では、「実質的に精製された」という用語は、細胞、細胞培養培地、または他の粗調製物から単離され、タンパク質、細胞破片、及び他の成分などの初期調製物の様々な成分を除去するための精製に供されたタンパク質、ウイルス、核酸、または他の化合物を指す。
組換え:組換え核酸、タンパク質、またはウイルスは、天然に存在しない配列を有する、または2つの他の分離した配列セグメントの人工的な組み合わせによって作製される配列を有するものである。この人工的な組み合わせは、多くの場合、化学合成によって、またはより一般的には、例えば遺伝子工学技術によって、核酸の単離されたセグメントを操作することによって達成される。組換えという用語は、天然の核酸分子、タンパク質、またはウイルスの一部の追加、置換、または欠失によってのみ改変された核酸、タンパク質、及びウイルスを含む。
試料:「試料」(または「生物学的試料」)とは、特定の実施形態では、DNA(例えば、ゲノムDNAまたはcDNA)、RNA(mRNAを含む)、タンパク質、またはそれらの組み合わせを含む有機体から得られる検体を指す。例としては、単離された核酸、細胞、タンパク質、ペプチド、細胞ライセート、染色体調製物、組織、及び体液(例えば、血液、血液の派生物及び画分(血清など))、抽出された胆汁、生検または外科的に除去された組織(例えば、非固定の、凍結された、ホルマリンで固定された、及び/またはパラフィンに埋め込まれた組織を含む)、剖検材料、涙、乳、皮膚の擦傷、表面洗浄液、尿、痰、脳脊髄液、前立腺液、膿、骨髄穿刺液、中耳液、気管支肺胞洗浄液、気管吸引液、鼻咽頭スワブまたは吸引液、口腔咽頭スワブまたは吸引液、鼻洗浄液、または唾液が含まれるが、これらに限定されない。一例では、試料は、例えば、ASFVに特異的なウイルスペプチドを含む。特定の例では、試料は、直接使用するか(例えば、採取したてのもの、または凍結)、または使用前に、例えば、抽出(例えば、核酸の)、固定(例えば、ホルマリンを使用して)、及び/またはワックスへの包埋(ホルマリン固定パラフィン包埋組織試料など)によって操作することができる。
配列同一性/類似性:2つ以上の核酸配列間、または2つ以上のアミノ酸配列間の同一性/類似性は、配列間の同一性または類似性で表される。配列同一性は、同一性のパーセントで測定でき;パーセンテージが高いほど、配列はより同一になる。配列類似性は、類似性のパーセントで測定でき(保存的なアミノ酸置換を考慮に入れる);パーセンテージが高いほど、配列はより類似する。核酸またはアミノ酸配列のホモログまたはオルソログは、標準的な方法を使用して整列させた場合、比較的高度の配列同一性/類似性を有する。いくつかの実施形態では、1つ以上の開示されたペプチドは、1つ以上の配列番号2~2273のペプチドのアミノ酸配列(複数可)に対して、少なくとも80%の配列同一性(例えば、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、または100%)を有する1つ以上のアミノ酸配列を含み得る。いくつかの実施形態では、1つ以上の配列番号2~2273のペプチドをコードする1つ以上の開示された核酸分子は、1つ以上のペプチドをコードする配列番号1の1つ以上の対応する核酸配列に対して、少なくとも80%の配列同一性(例えば、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%、99.1%、99.2%、99.3%、99.4%、99.5%、99.6%、99.7%、99.8%、99.9%、または100%)を有する1つ以上の核酸配列を含み得る。
比較、及び配列同一性または類似性を決定するための配列アラインメント方法は、当業者に知られている。様々なプログラム及びアライメントアルゴリズムについては、以下に記載される:Smith&Waterman,Adv.Appl.Math.2:482,1981;Needleman&Wunsch,J.Mol.Biol.48:443,1970;Pearson&Lipman,Proc.Natl.Acad.Sci.USA 85:2444,1988;Higgins&Sharp,Gene,73:237-44,1988;Higgins&Sharp,CABIOS 5:151-3,1989;Corpet et al.,Nuc.Acids Res.16:10881-90,1988;Huang et al.Computer Appls.in the Biosciences 8,155-65,1992;及びPearson et al.,Meth.Mol.Bio.24:307-31,1994.Altschul et al.,J.Mol.Biol.215:403-10,1990は、配列アラインメント方法及び相同性計算の詳細な考察を示す。
NCBI ベーシックローカルアラインメント検索ツール(BLAST)(Altschul et al.,J.Mol.Biol.215:403-10,1990)は、配列分析プログラムblastp、blastn、blastx、tblastn、及びtblastxに関連して使用される、アメリカ国立生物工学情報センター(NCBI、National Library of Medicine,Building 38A,Room 8N805,Bethesda,MD 20894)、及びインターネット上を含む、いくつかの情報源から入手可能である。追加情報はNCBIのウェブサイトで見つけることができる。
BLASTNは核酸配列を比較するために使用され、BLASTPはアミノ酸配列を比較するために使用される。2つの比較された配列が相同性を共有する場合、指定された出力ファイルは、それらの相同性領域をアラインメントされた配列として提示する。2つの比較された配列が相同性を共有しない場合、指定された出力ファイルは、アラインメントされた配列として提示しない。
対象:「対象」とは、ヒト及びヒト以外の哺乳動物(例えば、マウス、ラット、ウサギ、ヒツジ、ブタ類、ウマ、ウシ、及びヒト以外の霊長類)の両方を含むカテゴリーである任意の多細胞脊椎生物である。本発明の特定の開示された実施形態は、具体的には有蹄類、さらにより具体的には、Sus属、例えば、Sus scrofa及びSus scrofa domesticusを含むSuidae科のメンバーに関し、ブタ類は、少なくともSus属を含み、具体的な例としてはSus scrofa及びSus scrofa domesticusである。
形質転換:「形質転換」細胞は、当業者に知られている分子生物学技術を使用して核酸分子が導入された細胞である。この用語は、プラスミドベクターによるトランスフェクション、ウイルスベクターによる形質転換、及びリポフェクション、エレクトロポレーション、及び/またはパーティクルガン加速器による裸のDNAの導入を含む、核酸分子が細胞に導入される可能性のある全ての技術を包含する。
ワクチン:「ワクチン」とは、免疫応答を刺激することができる免疫原性物質、または免疫原性物質を含む組成物を指す。ワクチンは、感染症または他の種類の疾患(複数可)を予防、改善、または治療するために投与することができる。免疫原性物質は、弱毒化または不活化された微生物(細菌またはウイルスなど)、または抗原性タンパク質(VLPを含む)、ペプチド、またはそれらに由来するもしくはそれらをコードするDNA、またはそれらの組み合わせを含み得る。弱毒化ワクチンは、毒性の低い形態を生成するように改変された毒性のある有機体であるが、それにもかかわらず、毒性形態に対する抗体及び免疫応答を誘発する能力を保持している。不活化ワクチンは、化学物質または熱で殺された以前は毒性のあった微生物であるが、毒性のある微生物に対する抗体を誘発する。ワクチンは、予防的(prophylactic)(予防的(preventative))及び治療的応答の両方を誘発する可能性がある。投与方法はワクチンによって異なるが、接種、摂取、吸入、または他の投与形態が含まれ得る。ワクチンは、免疫応答を高めるためにアジュバントと共に投与することができる。
ベクター:ベクターは、宿主細胞に複製及び/または組み込まれるベクターの能力を破壊することなく、外来核酸の挿入を可能にする核酸分子である。ベクターは、複製起点などの宿主細胞内での複製を可能にする核酸配列を含むことができる。挿入ベクターは、それ自体を宿主核酸に挿入することができる。ベクターはまた、1つ以上の選択可能なマーカー遺伝子及び他の遺伝子エレメントを含むことができる。発現ベクターは、挿入された遺伝子(複数可)の転写及び翻訳を可能にする調節配列を含むベクターである。
ウイルス様粒子(VLP):ウイルス様粒子は、1つ以上のウイルスタンパク質で構成されているが、ウイルスゲノムを欠く。VLPはウイルスゲノムを欠いているため、非感染性である。
III.実施形態の概要
ASFVに関連する免疫原性ペプチドが開示されており、特定の実施形態では、1つ以上の配列番号2~2273のペプチド、1つ以上の配列番号2310~2330の構築物、配列番号2331~2335の1つ以上のドメイン(本明細書では実施例3に記載の「ホットスポット」とも呼ばれる)、及び/または1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、配列番号2323~2329の1つ以上のタンパク質)、またはペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長及び/または部分長ASFVタンパク質のうちの少なくとも1つを含むベクター(複数可);ペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長及び/または部分長ASFVタンパク質のうちの少なくとも1つを含む細胞(複数可)、またはペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長及び/または部分長ASFVタンパク質のうちの少なくとも1つをコードする核酸構築物を含む。いくつかの実施形態では、開示された組成物は、薬学的に許容される担体、アジュバント、追加の治療薬、またはそれらの組み合わせを含み得る。
開示された組成物は、組成物を動物に送達するために通常使用される様々な経路によって、動物、特にブタ類に投与するために処方することができる。いくつかの実施形態では、組成物は、鼻腔内投与のために処方される。他の実施形態では、組成物は筋肉内投与用に処方される。
本明細書に開示される1つ以上の組成物を含む容器も提供される。容器は、再利用可能または使い捨てであり得る。いくつかの実施形態では、容器はシリンジである。いくつかの例では、シリンジは再利用可能である。他の例では、シリンジは使い捨てである。使い捨てシリンジは、一般に、単回用量の組成物を含む。いくつかの実施形態では、容器は、バイアルまたはボトル、例えば、ガラスまたはプラスチックのバイアルまたはボトルである。いくつかの実施形態では、バイアルは単回用量の組成物を含む。他の実施形態では、バイアルは、2回以上の用量の組成物、例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、または10回以上の用量の組成物を含む。バイアルは、組成物を加える前に滅菌することができる。
本明細書に開示される1つ以上の容器を含むキットも提供される。いくつかの実施形態では、キットは、ボトル(例えば、組成物を含むボトル)、シリンジ、針、またはそれらの任意の組み合わせを含む。1つの非限定的な例では、キットは、組成物を含むシリンジを含むことができる。別の非限定的な例では、キットは、空のシリンジを含むことができる。組成物は、溶液または懸濁液、例えばPBSまたは水など、または別の許容可能な担体中にあり得る。本明細書に開示される組成物は、乾燥形態、錠剤形態、及び/または粉末形態、例えば、凍結乾燥であり得る。乾燥形態、粉末形態、及び/または凍結乾燥形態はまた、例えばPBS、水、有機溶媒、または別の許容可能な担体で再構成することができる。組成物はまた、ゲルまたはシロップ形態であり得る。キット内の1つ以上の容器は、1つ以上の追加の成分、例えば、アジュバント、担体、安定剤、追加の治療薬、もしくはそれらの組み合わせを含むことができ、または追加の1つ以上の成分は、キット内の1つ以上の個別の容器に含まれ得る。いくつかの例では、キットはまた、1つ以上の組成物、または1つ以上の追加の成分、またはそれらの組み合わせの動物への投与を可能にするデバイス(複数可)を含む。そのようなデバイスの例には、例えば、鼻の薬物送達装置、または筋肉内薬物送達デバイスなどのシリンジまたは注射噴霧器が含まれる。キットは、例えば、投与の指示、及び/または組成物内のペプチド、ベクター、細胞、核酸構築物、またはそれらの組み合わせについて説明する情報などの、組成物(複数可)の詳細を含む文書を(例えば、同じ箱にまたは別々に)含むことができる。
1つ以上の開示されたペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長及び/または部分長ASFVタンパク質、及び/または1つ以上のペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長及び/または部分長ASFVタンパク質を含む1つ以上の核酸、ベクター、宿主細胞、及び/または組成物を動物に投与する方法の実施形態も開示される。動物に、本明細書に開示される治療有効量の1つ以上のペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長及び/または部分長ASFVタンパク質、及び/または1つ以上のペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長及び/または部分長ASFVタンパク質を含む1つ以上の核酸、ベクター、宿主細胞、及び/または組成物を投与することにより、動物において免疫応答を誘発する、及び/またはASFVに対して動物を免疫化する方法の実施形態も提供される。いくつかの実施形態では、組成物は、筋肉内に投与される。いくつかの実施形態では、組成物は、鼻腔内に投与される。いくつかの実施形態では、動物は哺乳動物である。いくつかの実施形態では、哺乳動物はブタ類である。いくつかの実施形態では、ブタ類はSus scrofa domesticusである。
開示された組成物は、成体及び/または幼若動物を治療する(ワクチン接種など)ために使用することができる。したがって、いくつかの実施形態では、動物は成体動物である。他の実施形態では、動物は幼若動物である。
A.アフリカ豚熱ウイルス分離株
いくつかの実施形態では、開示された組成物は、1つ以上の免疫原性ASFVペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長及び/または部分長ASFVタンパク質を含む。特定の実施形態では、開示された組成物は、化学合成、ペプチド単離、及び/または組換え法によって生成される、1つ以上の配列番号2~2273のペプチドを含む。配列番号2~2273の天然ペプチドは、ASFV株、China/2018/AnhuiXCGQによって表される。ASFV株 China/2018/AnhuiXCGQゲノムは、参照により本明細書に組み込まれる配列番号1によって提供される。当業者は、本明細書に開示される技術が、China/2018/AnhuiXCGQ以外のASFV株に適用可能であることを理解するであろう。配列番号2~2273のペプチドなどのASFV免疫原性ペプチドを生成するために使用することができる他の例示的な(非限定的な)ASFV株を表2に示す。1つの非限定的な例では、組成物は、配列番号2~2273から選択される、1~100、または2~100、または1~50、または2~50、または2~25ペプチド、または5~25ペプチド、例えば1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、または25ペプチドを発現するウイルスベクターを含み、該ペプチドは、ASFV株、例えばChina/2018/AnhuiXCGQ ASFV株(受託番号MK128995.1)によって発現される、またはその中に含まれると予測される免疫原性エピトープである。
1つ以上の配列番号2~2273の免疫原性ペプチド、1つ以上の配列番号2310~2330の構築物、配列番号2331~2335の1つ以上のドメイン、及び/または配列番号2323~2329の1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質を含む組成物は、1つ以上のASFV株に対して、例えば2、3、4、5、10、20、または25株に対して(例えば、1~40のASFV株に対して)免疫応答を誘発または刺激し得るか、免疫化をもたらし得る。1つの非限定的な例では、配列番号2~2273から選択される1つ以上のペプチドを発現するウイルスベクターを含む組成物は、表2に列挙されているようなASFVの1つ以上の株に対して動物を免疫化するために使用することができる。
Figure 2022538673000003
B.核酸分子
特定の開示された実施形態は、1つ以上の配列番号2~2273のペプチドのアミノ酸配列をコードする1つ以上の核酸分子、1つ以上の配列番号2310~2330の構築物、配列番号2331~2335の1つ以上のドメイン、及び/または配列番号2323~2329の1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、配列番号2339~2345の1つ以上の核酸分子)を含む、または得られたペプチドが依然として免疫応答を誘導するか、感染の徴候または症状を改善するのに適しており、好ましくは、対応する1つ以上のペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長及び/または部分長ASFVタンパク質と免疫遺伝学的に同等であるという条件で、1つ以上の核酸分子のヌクレオチドの一部またはいずれかを他のヌクレオチドで置換することから生じるもの、またはそのようなヌクレオチドの1つ以上を挿入または欠失することから生じるものを含む。この情報に基づいて、当業者は、例えば、配列番号3のペプチド、または配列番号29のペプチド、または配列番号1092のペプチドに対応する、ASFVゲノム内の核酸配列または他のASFV核酸配列(例えば、DNA、cDNA、またはRNA配列など)を同定することができる。これは、例えば、欧州分子生物学研究所(EMBL-EBI)の欧州バイオインフォマティクス研究所が提供するGeneWiseなどのペアワイズ配列アラインメントツールを使用することによって、例えば、添付の配列番号1で提供される、ASFVゲノム、例えば、ASFV株 China/2018/AnhuiXCGQのゲノム、及び1つ以上の開示されたペプチド配列をアラインメントすることによって達成することができる。
いくつかの開示された実施形態は、1つ以上のDNA、cDNA、及び/またはRNA分子などの1つ以上の単離された核酸分子に関する。いくつかの実施形態では、組成物は、配列番号2~2273の少なくとも1つのペプチドをコードする1つ以上の核酸分子、1つ以上の配列番号2310~2330の構築物、配列番号2331~2335の1つ以上のドメイン、及び/または配列番号2323~2329の1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、配列番号2339~2345の1つ以上の核酸分子)を含み得る。1つ以上のペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長及び/または部分長ASFVタンパク質をコードする本明細書に開示される核酸分子はまた、追加の成分、例えば、1つ以上の複数クローニング部位、1つ以上の発現制御配列(例えば、異種プロモーター)、及び/または1つ以上の選択関連配列、例えば抗生物質耐性による選択を可能にする核酸配列などをコードし得る。1つの非限定的な例では、2つ以上、例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、または30の配列番号2~2273のペプチドをコードする核酸分子は、細胞及び/またはウイルスベクターもしくは細菌ベクターによって発現される、ペプチド及び追加の成分を含むより大きな核酸分子に組み込まれる。別の非限定的な例では、1つ以上の配列番号2~2273のペプチドをコードする核酸分子は、発現したペプチドの1つ以上に対して免疫応答を刺激または誘発するために動物に投与できるDNAワクチンに組み込まれる。
C.ペプチド
特定の開示された実施形態は、配列番号2~2273から選択される免疫原性ペプチド、配列番号2310~2330から選択される構築物、配列番号2331~2335から選択されるドメイン、及び/または配列番号2323~2329から選択される完全長及び/または部分長ASFVタンパク質に関する。いくつかの実施形態は、1つ以上のペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長及び/または部分長ASFVタンパク質を含み、結果として生じるペプチド(複数可)が免疫応答を誘発するか、またはウイルス感染の徴候または症状を改善することができるという条件で、ペプチドの少なくとも1つのアミノ酸は別の1つ以上のアミノ酸で置換されるか、またはペプチドのアミノ酸は挿入もしくは欠失されるか、またはそれらの組み合わせである。いくつかの実施形態は、完全タンパク質、または1~200アミノ酸の1つ以上のペプチドを含み、この範囲内の任意の数のアミノ酸、例えば5~少なくとも50アミノ酸長、例えば6~40、7~30、または8~20アミノ酸長を有するペプチド、特定の実施形態では8~11個のアミノ酸を有するペプチドを含む。
特定の実施形態では、免疫原性組成物は、配列番号2~2273から選択される1つ以上のペプチドを含む。1つの非限定的な例では、組成物のペプチド(複数可)は合成であり、当業者に周知の技術を使用して化学的に生成される。別の非限定的な例では、組成物のペプチド(複数可)は、当業者に知られている組換え技術を使用して細胞内合成から得られる。他の実施形態では、組成物に含まれる1つ以上のペプチドは、核酸構築物、ベクター(複数可)、細胞(複数可)、またはそれらの組み合わせによって発現されるか、それらの中に含まれるか、またはその両方である。さらに他の実施形態では、ペプチドは、単離されたペプチドであり得る。
開示された免疫原性ペプチド(複数可)は、例えば、ペプチドコンフォメーションの安定化、酵素分解に対するペプチド安定性の改善、in vivoでのペプチド安定性の改善、またはそれらの組み合わせの目的のために改変され得る。そのような修飾には、例えば、グリコシル化、PEG化、脂質化、環化、アセチル化、アミド化、コンジュゲーション、D-アミノ酸取り込み、類似の修飾、またはそれらの組み合わせが含まれ得る。
ブタにおけるブタ白血球抗原(SLA)とも呼ばれるブタ主要組織適合遺伝子複合体(MHC)は、ウイルス感染及びワクチン接種に対するブタ類の免疫応答に関連している。SLAクラスI糖タンパク質は、全ての有核細胞に存在し、最も一般的には感染細胞の細胞質に由来する内因性抗原を提示する。SLAクラスI遺伝子クラスターには、SLA-1、SLA-2、及びSLA-3の3つの構成的に発現する遺伝子が含まれており、これらは全て高度に多形である。これらの遺伝子の異なる対立遺伝子型は、異なるペプチドクラスに対して結合特異性を持つタンパク質を生成する。感染細胞の表面上のSLAクラスI分子によって提示されるペプチドは、通常、8~11アミノ酸長である。細胞傷害性T細胞上のCD8共受容体によるSLAクラスI糖タンパク質の認識は、感染細胞の破壊につながり、適応免疫応答の細胞媒介性免疫応答成分を開始する。細胞媒介性免疫応答は、体液性応答(すなわち、Bリンパ球によるウイルス特異的抗体の合成)と共に、同じまたは密接に関連するウイルスによるその後の感染に対して、より迅速な免疫応答(及び免疫)を可能にする長寿命の「記憶細胞」の産生をもたらす。
高親和性免疫原性ペプチドを予測することを目的とした新世代のアルゴリズムは、結合親和性(例えば、単一事象を表すMHC分子に対する)のみに焦点を当てていないため、多数の偽陽性を含む膨大なリストの推定ペプチドを得る可能性は低くなっている。本明細書に開示されるペプチドは、例えば、推定免疫原性ペプチドの高密度クラスターを同定することができ、及び/または予測されるMHC結合親和性に基づいて潜在的に免疫原性ペプチドを同定することができる予測アルゴリズムなどの様々なバイオインフォマティクスアプローチを使用して生成することができ、そして生成された。例えば、Zvi et al.(PLoS ONE 7(5):e36440,2012;参照により本明細書に組み込まれる)は、部分的に、オーバーラップする予測エピトープのクラスターをマッピングし、エピトープの密度に従ってそのような「ホットスポット」領域をランク付けすることにより、T細胞応答を誘発する細菌Francisella tularensisの推定免疫原性エピトープの能力を評価した。この方法は、古典的な結合親和性ベースのアルゴリズムを補完する。同様に、NetMHCpan-4.0アルゴリズムは、in silico由来の結合親和性情報と、質量分析(MS)由来の溶出リガンドを統合することにより、ペプチドとMHCクラスI分子との相互作用を予測する(Jurtz,et al.J.Immunol 199(9):3360-3368,2017;参照により本明細書に組み込まれる)。このアプローチは、MHCクラスI提示経路におけるペプチド処理ステップ及び提示ペプチドの長さ分布に関する有用性の高まったMS由来の情報を組み込み、in silico由来の結合親和性情報のみから一般的に生じる偽陽性ヒットの数を減らす。
開示されたペプチドの免疫原性は、in vitroまたはin vivoで免疫応答を測定するための様々な方法を使用して検証することができる。そのような方法は当業者によく知られており、本発明は特定のアッセイを使用することに限定されない。1つの非限定的な例では、関連するペプチドを合成し、次いで、酵素結合免疫吸着スポット(ELISpot)アッセイを使用して、末梢血リンパ球または脾臓由来細胞に対してスクリーニングすることができる。別の非限定的な例では、動物は、1つ以上の異なる時間間隔で、様々な濃度の所与の組成物(複数可)を1回または複数回投与され得、処理動物血清対未処理動物血清中の抗ペプチド抗体の存在は、酵素結合免疫吸着アッセイ(ELISA)を使用して確立することができる。別の非限定的な例では、動物は、1つ以上の異なる時間間隔で、様々な濃度の所与の組成物(複数可)を1回または複数回投与され、ASFV株でチャレンジされ、ASF症状について経時的に観察され得る。
D.構築物
いくつかの実施形態では、1つ以上の配列番号2~2273のペプチド、配列番号2331~2335の1つ以上のドメイン(「ホットスポット」とも呼ばれる、実施例3を参照)、及び/または1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、配列番号2323~2329の1つ以上のタンパク質)は、より大きなアミノ酸構築物に組み込まれている。例示的な構築物は、配列番号2310~2330として提供される。そのような構築物は、例えば、N末端HLT、Sumo、及び/またはMBP融合タンパク質をさらに含むことができる。そのような構築物は、N末端Hisタグを含むことができる。例えば、構築物が、HLT、Sumo、及び/またはMBP融合タンパク質を含む場合、Hisタグを融合タンパク質のN末端に付加することができる。
いくつかの実施形態では、1つ以上の構築物に含まれる、1つ以上の配列番号2~2273のペプチド、配列番号2331~2335の1つ以上のドメイン、及び/または1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、配列番号2323~2329の1つ以上のタンパク質)は、1つ以上のペプチド、ドメイン、及び/または完全長及び/または部分長ASFVタンパク質をコードする全てまたは一部(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、または25)の配列の間に1つ以上のスペーサー配列(例えば、GPGPG及び/またはAAY)をさらに含み得る。本明細書に開示される構築物において使用することができる追加のスペーサー配列は当業者に知られており、本開示は本明細書に開示される特定のスペーサー配列に限定されない。
いくつかの実施形態では、構築物は、1つ以上の検出配列をコードする1つ以上のヌクレオチド配列と、任意選択で、リンカー(GSSGなど)を含む。リンカー及び検出配列は、例えば、1つ以上のペプチド、ドメイン、完全長及び/または部分長ASFVタンパク質、及び/またはスペーサー配列をコードする配列のC末端に位置することができ、リンカーが構築物のC末端と検出配列のN末端の間に配置されるようにする。リンカー及び検出配列、ならびに例えば、宿主細胞、ライセート、上清、対象、及び/または対象から得られた試料中のタンパク質を検出するために発現配列にタグを付ける方法が当業者に知られており、本開示は、1つもしくは任意の特定の検出配列または1つもしくは任意の特定のリンカー配列に限定されない。例示的な検出配列は、例えば、宿主細胞培養物、例えば、1つ以上の核酸分子で形質転換されたE.coli細胞を含む宿主細胞培養物から収集されたライセート中及び/または上清中などの、1つ以上の核酸分子の発現から生じるタンパク質産物の検出に有用なHiBiT(Promega)配列GSGWRLFKKLS(または任意選択で例示的なリンカーを有するGSSGGSGWRLFKKLS)である。別の例示的な検出配列は、例えば、宿主細胞培養物、例えば、1つ以上の核酸分子で形質転換されたE.coli細胞を含む宿主細胞培養物から収集されたライセート中及び/または上清中などの、1つ以上の核酸分子の発現から生じるタンパク質産物の検出に有用なヒスチジンタグ(His-tag)をコードする配列(例えば、アミノ酸配列HHHHHHをコードするヌクレオチド配列であり、各HはCACまたはCATコドンによってコードされる)である。
E.ベクター及び宿主細胞
1つ以上の配列番号2~2273のペプチド、配列番号2310~2330の1つ以上の構築物、1つ以上の配列番号2331~2335のドメイン、及び/または1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、1つ以上の配列番号2323~2329のタンパク質及び/または配列番号2339~2345の核酸)を含む複数の種類及びバージョンのベクター、核酸分子、及び細胞は、本発明の範囲内にある。ベクター、核酸分子、及び細胞を産生する方法は当業者に知られており、本開示は、1つ以上の特定のベクター、核酸分子、または宿主細胞の産生方法を使用すること、または特定のベクター、核酸分子、または細胞種類に限定されない。一般に、1つ以上の配列番号2~2273のペプチドを含むかまたは産生するベクター及び宿主細胞は、1つ以上の配列番号2~2273のペプチドをコードする1つ以上の核酸分子(例えば、配列番号2286~2309の1つ以上の核酸分子)を含み、通常、ペプチドを発現するために生成される。例えば、DNAワクチンにおいて使用するために生成されたプラスミドなどの裸の核酸分子は、核酸分子による細胞形質転換後、通常、1つ以上の配列番号2~2273のペプチドを発現するように生成される。したがって、本明細書に記載の少なくとも1つのベクター、核酸分子、または宿主細胞、またはそれらの組み合わせを含む1つ以上の組成物を動物に投与して、例えば、ASFVに対する免疫応答を生成し、及び/またはASFVに対して動物を免疫化し、またはASFに関連する1つ以上の症状を改善もしくは排除することができる。
いくつかの実施形態では、1つ以上の配列番号2~2273のペプチド、1つ以上の配列番号2331~2335のドメイン、及び/または1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、1つ以上の配列番号2323~2329のタンパク質及び/または配列番号2339~2345の核酸)をコードする1つ以上の核酸分子は、例えば、宿主細胞における1つ以上の核酸分子の発現を測定するために、より大きな核酸構築物に組み込まれる。例示的な構築物は、配列番号2310~2330として提供される。そのような構築物は、例えば、pHLT、pSumo、及び/またはpMBPプラスミドなどの1つ以上のプラスミドベクターをさらに含み得、例えば、N末端HLT、Sumo、及び/またはMBP融合タンパク質を付加することができる。そのような構築物は、N末端Hisタグを含むことができる。例えば、構築物が、HLT、Sumo、及び/またはMBP融合タンパク質を含む場合、Hisタグを融合タンパク質のN末端に付加することができる。
いくつかの実施形態では、1つ以上の構築物に含まれる、1つ以上の配列番号2~2273のペプチド、配列番号2331~2335の1つ以上のドメイン、及び/または1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、配列番号2323~2329の1つ以上のタンパク質及び/または配列番号2339~2345の核酸)をコードする核酸分子は、1つ以上のペプチド、ドメイン、及び/または完全長及び/または部分長ASFVタンパク質をコードする全てまたは一部(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、15、20、または25)のヌクレオチド配列の間に1つ以上のスペーサー配列(例えば、GPGPG及び/またはAAY)をさらに含む。本明細書に開示される核酸分子において使用することができる追加のスペーサー配列は当業者に知られており、本開示は本明細書に開示される特定のスペーサー配列に限定されない。
いくつかの実施形態では、構築物は、1つ以上の検出配列をコードする1つ以上のヌクレオチド配列と、任意選択で、リンカー(GSSGなど)を含む。リンカー及び検出配列は、例えば、1つ以上のペプチド、ドメイン、完全長及び/または部分長ASFVタンパク質、及び/またはスペーサー配列をコードするヌクレオチド配列のC末端に位置することができ、リンカーが構築物のC末端と検出配列のN末端の間に配置されるようにする。リンカー及び検出配列、ならびに例えば、宿主細胞、ライセート、上清、対象、及び/または対象から得られた試料中の核酸分子またはタンパク質を検出するために発現配列にタグを付ける方法が当業者に知られており、本開示は、1つもしくは任意の特定の検出配列または1つもしくは任意の特定のリンカー配列に限定されない。例示的な検出配列は、例えば、宿主細胞培養物、例えば、1つ以上の核酸分子で形質転換されたE.coli細胞を含む宿主細胞培養物から収集されたライセート中及び/または上清中などの、1つ以上の核酸分子の発現から生じるタンパク質産物の検出に有用なHiBiT(Promega)配列GSGWRLFKKLS(または任意選択で例示的なリンカーを有するGSSGGSGWRLFKKLS)をコードする核酸分子である。別の例示的な検出配列は、例えば、宿主細胞培養物、例えば、1つ以上の核酸分子で形質転換されたE.coli細胞を含む宿主細胞培養物から収集されたライセート中及び/または上清中などの、1つ以上の核酸分子の発現から生じるタンパク質産物の検出に有用なヒスチジンタグ(His-tag)をコードする配列(例えば、アミノ酸配列HHHHHHをコードするヌクレオチド配列であり、各HはCACまたはCATコドンによってコードされる)である。
いくつかの実施形態では、1つ以上の配列番号2~2273のペプチド、1つ以上の配列番号2310~2330の構築物、配列番号2331~2335の1つ以上のドメイン、及び/または1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、配列番号23232~3229の1つ以上のタンパク質及び/または配列番号2339~2345の核酸)は、例えば、動物に直接導入するためのプラスミドなど、より大きな核酸構築物に組み込まれる。そのような核酸構築物は、生理食塩水注射、パーティクルガン加速器、対象にDNAもしくはRNAワクチンを投与するための任意の適切な既知のもしくは今後発見される方法、またはそれらの組み合わせなどの任意の適切な技術によって動物に導入することができ、そのような方法は、当業者によって知られているか、または理解されるであろう。1つの非限定的な例では、配列番号2~2273の、1つ以上、例えば、1、2、3、4、5、8、10、15、または20などのペプチドをコードする1つ以上の核酸分子はプラスミドに組み込まれ、プラスミドを含む組成物がブタ類に投与される。
いくつかの実施形態では、1つ以上の配列番号2~2273のペプチド、1つ以上の配列番号2310~2330の構築物、1つ以上の配列番号2331~2335のドメイン、及び/または1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、1つ以上の配列番号2323~2329のタンパク質及び/または配列番号2339~2345の核酸)をコードする核酸分子(複数可)は、ウイルスベクターに組み込まれ得る。いくつかの実施形態では、ウイルスベクターは、ヘルペスウイルス、アデノウイルス、サーコウイルス、アルファウイルス、オルソポックスウイルス、アブラウイルス、スイポックスウイルス、またはそれらの任意の組み合わせであり得る。1つの非限定的な例では、ウイルスベクターは、仮性狂犬病ウイルス、ブタサーコウイルス、シンドビスウイルス、ワクシニアウイルス、ニューカッスルウイルス、または豚痘ウイルスである。1つの特定の非限定的な例では、配列番号2~2273の、1つ以上、例えば、1、2、3、4、5、8、10、15、または20などのペプチドをコードする核酸分子は、ワクシニアウイルスベクターに組み込まれ、ベクターを含む組成物がブタ類に投与される。
他の実施形態では、1つ以上の配列番号2~2273のペプチド、1つ以上の配列番号2310~2330の構築物、1つ以上の配列番号2331~2335のドメイン、及び/または1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、1つ以上の配列番号2323~2329のタンパク質及び/または配列番号2339~2345の核酸)をコードする核酸分子(複数可)は、宿主細胞に組み込まれ得る。1つの非限定的な例では、宿主細胞は、例えば、Pichia属またはSaccharomyces属の酵母などの組換え酵母である。特定の非限定的な例では、組換え酵母は、Pichia pastorisまたはSaccharomyces cerevisiaeである。別の非限定的な例では、宿主細胞は、例えば、Salmonella、Escherichia、Listeria、Shigella、Pseudomonas、Bordetella、Bacillus、Yersinia、Mycobacterium、Lactobacillus、Lactococcus、またはVibrio属の細菌などの組換え原核生物である。特定の非限定的な例では、組換え細菌は、Salmonella enterica、Escherichia coli、Listeria monocytogenes、Shigella flexneri、Pseudomonas aeruginosa、Bacillus subtilis、Yersinia enterocolitica、Mycobacterium smegmatis、Mycobacterium bovis、Lactococcus lactis、またはVibrio anguillarumである。核酸分子が細胞に導入され得るいくつかの技術のうちの1つによって、1つ以上の核酸分子を宿主細胞に組み込むことができる。例えば、1つ以上の配列番号2~2273のペプチドをコードするプラスミドによる形質転換などの技術は、当業者に一般的に知られている。1つの特定の非限定的な例では、1つ以上、例えば、1、2、3、4、5、8、10、15、または20などの、配列番号2~2273のペプチドをコードするプラスミドは、Saccharomyces cerevisiae宿主細胞に組み込まれ、形質転換された宿主細胞を含む組成物がブタ類に投与される。別の特定の非限定的な例では、配列番号2~2273の、1つ以上、例えば、1、2、3、4、5、8、10、15、または20などのペプチドをコードするプラスミドは、Salmonella enterica宿主細胞に組み込まれ、形質転換された宿主細胞を含む組成物がブタ類に投与される。
IV.組成物
1つ以上の配列番号2~2273の免疫原性ペプチド、1つ以上の配列番号2310~2330の構築物、1つ以上の配列番号2331~2335のドメイン、及び/または1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、1つ以上の配列番号2323~2329のタンパク質及び/または配列番号2339~2345の核酸)を含む、及び/または1つ以上のペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長及び/または部分長ASFVタンパク質を含むかまたはコードする1つ以上のベクター及び/または細胞及び/または核酸分子を含む、組成物が本明細書に開示される。開示された組成物は、動物、特にブタ類に投与することができる。1つ以上の組成物を使用して、例えば、ASFVに対する免疫応答を誘発し、ASFVに対して対象を免疫化し、ASFに関連する1つ以上の症状を改善及び/または排除し、及び/またはアウトブレイク前のワクチンとして作用することによって将来のアウトブレイクを和らげることができる。
いくつかの実施形態では、組成物は、1つ以上の配列番号2~2273のペプチド、1つ以上の配列番号2310~2330の構築物、1つ以上の配列番号2331~2335のドメイン、及び/または1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、1つ以上の配列番号2323~2329のタンパク質及び/または配列番号2339~2345の核酸)を含む。他の実施形態では、組成物は、開示された1つ以上のペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長もしくは部分長ASFVタンパク質を含む、例えばウイルスベクターまたは細菌ベクターなどのベクター(複数可)を含む。1つの非限定的な例では、ウイルスベクターは仮性狂犬病ウイルスである。別の非限定的な例では、ウイルスベクターは改変ワクシニアアンカラウイルスである。他の実施形態では、組成物は、1つ以上のペプチド、構築物、ドメイン、及び/または完全長もしくは部分長ASFVタンパク質をコードするDNAプラスミド及び/または他の核酸構築物を含む。別の実施形態では、本発明は、核酸構築物及び/または他のコード配列の発現を通じて得られる、1つ以上の配列番号2~2273のペプチドに関する。別の実施形態では、本発明は、開示されたペプチドをコードする遺伝子構築物を含む細胞及び/またはベクターに関する。1つの非限定的な例では、1つ以上の配列番号2~2273のペプチド、1つ以上の構築物(例えば、1つ以上の配列番号2310~2330のアミノ酸配列)、1つ以上のドメイン(実施例3に記載のように、本明細書では「ホットスポット」とも呼ばれる;例えば、1つ以上の配列番号2331~2335のアミノ酸配列)、及び/または1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、1つ以上の配列番号2323~2329のタンパク質及び/または配列番号2339~2345の核酸)は、細胞内に発現される及び/または1つ以上のベクターによって発現される。したがって、配列番号2~2273に従ってペプチドを発現及び/または生成するプロセスは、本発明の追加の態様を構成する。そのようなペプチドはまた、本開示が属する当業者によって一般的に理解されるように、合成的に生成され得る。1つの非限定的な例では、組成物は、当業者に周知の組換え技術を使用して細胞内合成から得られた化学的に合成されたペプチド(複数可)を含む。
開示された免疫原性組成物は、他の薬剤を含み得る。いくつかの実施形態は、1つ以上の配列番号2~2273のペプチド、1つ以上の配列番号2310~2330の構築物、1つ以上の配列番号2331~2335のドメイン、及び/または1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、1つ以上の配列番号2323~2329のタンパク質及び/または配列番号2339~2345の核酸)を含む治療有効量のDNAもしくはRNA構築物、または1つ以上のペプチド、ドメイン、及び/またはASFVタンパク質を含む治療有効量のベクター、または1つ以上のペプチド、ドメイン、及び/またはASFVタンパク質を含む治療有効量の細胞と共に、1つ以上の追加成分を含む医薬組成物に関する。非限定的な例では、追加の成分は、適切な担体、例えばPBSなど、及び適切なアジュバントである。いくつかの実施形態では、ペプチド、核酸構築物、ベクター、及び/または細胞は、生理食塩水、緩衝生理食塩水、デキストロース、水、グリセロール、油、エタノール、またはそれらの組み合わせなどの許容可能な担体中に存在する。担体、または担体を含む組成物、またはその両方は、無菌であり得る。組成物はまた、適切な量のpH緩衝剤、または湿潤剤、または乳化剤を含むことができる。組成物はまた、例えば、許容可能な緩衝剤、防腐剤、浸透圧を調整するための塩などの従来の医薬品物質を含むことができる。組成物はまた、アジュバント材料、例えば、油性アジュバント、水中油型アジュバント、油中水型アジュバント、水中油中水型アジュバント、水酸化アルミニウム、水酸化カリウム、完全フロイントアジュバント、不完全フロイントアジュバント、サポニン、スクアレン、免疫刺激複合体(ISCOM)、リポソーム、多糖類、誘導体化多糖類、オリゴヌクレオチド、サイトカイン、細菌誘導体、ウイルス誘導体、ゲルアジュバント、例えばEmulsigen-Dなど、またはカルボマー系アジュバント、例えばCarbigenなどを含むことができる。組成物は、例えば、オキシムライゲーション、ネイティブケミカルライゲーション、チオエーテルライゲーション、アルデヒド基とヒドラジン(NH2NH-)基とのヒドラジンライゲーション、マレイミド-チオール基反応、CuAAC反応などによる化学的コンジュゲーションによって、1つ以上のアジュバントと組み合わされた1つ以上の配列番号2~2273のペプチドを含むことができる。組成物は、1つ以上の化学的方法、組換え技術、及び/または酵素反応を使用して、重合によって組み合わされた1つ以上の配列番号2~2273のペプチドを含み得る。開示された組成物はまた、例えば、グリコシル化、PEG化、脂質化、環化、アセチル化、アミド化、コンジュゲーション、D-アミノ酸取り込み、類似の修飾、またはそれらの組み合わせなどの修飾を受けた、1つ以上の配列番号2~2273のペプチドを含むことができる。組成物は、溶液または懸濁液、シロップ、エマルジョン、マイクロエマルジョン、エアロゾル、錠剤、ピル、カプセル、ゲル、徐放性製剤、または粉末であり得る。1つの非限定的な例では、組成物は、凍結乾燥された粉末、または液体である。組成物は、従来の結合剤及び担体、例えばトリグリセリドを含む、坐剤として処方することができる。経口製剤は、標準的な担体、例えば、デンプン、マンニトール、サッカリンナトリウム、ラクトース、セルロース、ステアリン酸マグネシウム、炭酸マグネシウム、またはそれらの組み合わせなどを含むことができる。粘膜製剤は、例えば、キトサンなどの粘膜付着性ポリマーを含むことができる。開示された組成物はまた、例えば、サブユニットワクチン、弱毒生ウイルスワクチン、DNAワクチン、RNAiワクチン、不活化ワクチン、細菌ワクチン、酵母ワクチン、またはそれらの組み合わせを含むがこれらに限定されない他のワクチンなどの1つ以上の追加の治療薬を含み得る。そのようなワクチンはまた、例えば、ブタ繁殖・呼吸障害症候群ウイルスワクチン、ブタサーコウイルス-2ワクチン、免疫去勢ワクチン、他の特定のワクチン、またはそれらの組み合わせを含み得る。他の治療薬はまた、ASFの症状を軽減または緩和することを目的とした化合物または組成物、例えば、抗炎症薬、止瀉薬、食欲刺激薬、抗悪心薬、呼吸器作用薬、鉄デキストラン、またはそれらの組み合わせなどを含み得る。
V.免疫応答を刺激及び測定する方法
開示された発明はまた、開示された組成物を使用する方法の実施形態に関する。例えば、一実施形態は、本明細書に記載の少なくとも1つのペプチド、ベクター、核酸分子、及び/または組成物を提供し、それらの有効量をブタ類などの動物に投与することを含む。本開示の方法の1つの非限定的な例は、1つ以上の配列番号2~2273のペプチド、1つ以上の配列番号2310~2330の構築物、1つ以上の配列番号2331~2335のドメイン、及び/または1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、1つ以上の配列番号2323~2329のタンパク質及び/または配列番号2339~2345の核酸)に対して、動物において免疫応答を誘発または刺激することを含む。別の非限定的な例では、本方法は、1つ以上の配列番号2~2273のペプチド、1つ以上の配列番号2310~2330の構築物、1つ以上の配列番号2331~2335のドメイン、及び/または1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、1つ以上の配列番号2323~2329のタンパク質及び/または配列番号2339~2345の核酸)を発現するウイルスベクターを含む組成物を使用して、ASFVに対して動物をワクチン接種または免疫化することを含む。いくつかの実施形態では、組成物は、例えば、筋肉内投与または鼻腔内投与などの任意の適切な投与経路を使用して投与される。開示された組成物の少なくとも1つを投与することができる動物の例には、ASFVに感染することができる(または感染している)動物が含まれる。そのような動物の例には、哺乳動物対象、有蹄動物、例えば妊娠中の雌ブタなどのブタ類が含まれるが、これらに限定されない。組成物を投与される動物は、成体または幼体であり得る。
開示された組成物は、動物においてASFVに対する免疫応答を刺激または誘発するために使用することができる。いくつかの例では、本方法は、動物においてASFVに対する免疫応答を誘発するために、1つ以上の配列番号2~2273のペプチド、1つ以上の配列番号2310~2330の構築物、1つ以上の配列番号2331~2335のドメイン、及び/または1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、1つ以上の配列番号2323~2329のタンパク質及び/または配列番号2339~2345の核酸)を含む治療有効量の組成物を、動物、特にブタ類に対して投与することを含む。免疫応答が誘発または刺激されたかどうかを決定する方法は、当業者に知られている。いくつかの例では、病気の減少(症状の減少など)、ウイルス力価の減少、死亡率の低下、またはそれらの組み合わせが観察された場合に免疫応答が達成される。いくつかの例では、開示された方法は、組成物を完全に、または例えば、組成物を投与されていない同等の動物と比較して、少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、または少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、または少なくとも90%、投与された動物においてASFV感染の症状を軽減する。いくつかの例では、開示された組成物または方法、またはその両方が、組成物を投与された動物においてウイルス力価を、例えば、組成物を投与されていない同等の動物と比較して、例えば、少なくとも10%~少なくとも100%、20%~少なくとも100%、30%~少なくとも100%、40%~少なくとも100%、50%~少なくとも100%、60%~少なくとも100%、70%~少なくとも100%、80%~少なくとも100%、90%~少なくとも100%、少なくとも2倍、少なくとも3倍、少なくとも4倍、または少なくとも5倍減少させる。いくつかの例では、開示された方法は、例えば、組成物を投与されていない同等の動物と比較して、組成物を投与された動物におけるその後のウイルスチャレンジ後の生存を、少なくとも10%、少なくとも20%、少なくとも30%、少なくとも40%、または少なくとも50%、少なくとも60%、少なくとも70%、少なくとも80%、少なくとも90%、または少なくとも95%増加させる。
いくつかの例では、本方法は、1つ以上の配列番号2~2273のペプチド、1つ以上の配列番号2310~2330の構築物、1つ以上の配列番号2331~2335のドメイン、及び/または1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、1つ以上の配列番号2323~2329のタンパク質及び/または配列番号2339~2345の核酸)を発現するウイルスベクターを含む治療有効量の組成物を投与し、それによりASFVに対して動物を免疫化することを含む。いくつかの例では、病気の減少(症状の減少など)、ウイルス力価の減少、死からの保護、またはそれらの組み合わせが観察された場合に免疫応答が達成される。
いくつかの実施形態では、動物は、治療有効量の約1~約100μgの、配列番号2~2273のペプチドの少なくとも1つ、1つ以上の配列番号2310~2330の構築物、1つ以上の配列番号2331~2335のドメイン、及び/または1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、1つ以上の配列番号2323~2329のタンパク質及び/または配列番号2339~2345の核酸)のそれぞれを、(例えば、筋肉内)投与することができる。いくつかの実施形態では、動物は、治療有効量の約103~約109CCID50、例えば、約106CCID50の、1つ以上の配列番号2~2273のペプチド、1つ以上の配列番号2310~2330の構築物、1つ以上の配列番号2331~2335のドメイン、及び/または1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、1つ以上の配列番号2323~2329のタンパク質及び/または配列番号2339~2345の核酸)を発現する少なくとも1つのウイルスベクター、例えば、仮性狂犬病ウイルスまたは改変ワクシニアアンカラウイルスのそれぞれを、(例えば、筋肉内)投与することができる。しかしながら、当業者は、動物に投与するための、治療有効量(例えばASFV感染に対して保護を提供する量)の、例えば、1つ以上の配列番号2~2273のペプチド、1つ以上の配列番号2310~2330の構築物、1つ以上の配列番号2331~2335のドメイン、及び/または1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、1つ以上の配列番号2323~2329のタンパク質及び/または配列番号2339~2345の核酸)、または1つ以上のペプチド、ドメイン、及び/またはASFVタンパク質を発現するウイルスベクターを決定することができる。
本明細書に開示される組成物が、免疫保護の成功を達成するなど、免疫応答を刺激または誘発できる(または刺激したまたは誘発した)かどうかを決定する方法は当業者に知られており、本開示は、特定のアッセイの使用に限定されない。本明細書で提供される組成物の投与に続いて、1つ以上のアッセイを実施して、結果として生じる免疫応答を評価することができる。1つの非限定的な例では、ベースラインまたは対照を提供するために、組成物の投与の前に1つ以上のアッセイも実施される。血液、血清、及び/または末梢血マクロファージ細胞(PBMC)試料などの試料は、組成物の投与後に動物から収集することができる。いくつかの例では、試料(複数可)は、最初の投与から少なくとも1週間目、少なくとも2週間目、少なくとも3週間目、少なくとも4週間目、少なくとも5週間目、少なくとも8週間目、または少なくとも10週間目(例えば、1、2、3、4、5、6、7、8、9、10、11、または12週)に収集される。追加の試料も、例えば、同じまたは異なる組成物(複数可)のその後の投与後に得ることができる。
VI.投与方法
ペプチド、免疫原性組成物、ベクター、細胞、及び/または核酸構築物の実施形態は、医薬組成物(複数可)を動物に導入するために通常使用される任意の経路によって動物に投与することができる。投与方法には、筋肉内、経口、静脈内、皮内、腹腔内、皮下、非経口、粘膜、直腸、膣、吸入、鼻腔内、またはそれらの組み合わせが含まれるが、これらに限定されない。非経口投与、例えば、筋肉内、静脈内、または皮下投与などは、通常、注射によって達成される。投与は、局所的または全身的、またはそれらの組み合わせであり得る。注射剤は、例えば、エマルジョンとして、注射前の液体中の溶液または懸濁液に適した固体形態として、または液体懸濁液または溶液として調製することができる。注射用懸濁液または溶液は、滅菌粉末、錠剤、顆粒、または同様のもの、またはそれらの組み合わせから調製することができる。
動物に投与される組成物(複数可)は、少なくとも1つの許容可能な担体と共に投与され得る。許容される担体は、部分的に、投与される特定の組成物、及び組成物を投与するために使用される特定の方法によって決定される。したがって、本開示の組成物の多種多様な許容可能な製剤が存在する。
非経口投与用の調製物は、滅菌水性または非水性溶液、懸濁液、及び/またはエマルジョン、例えば水中油型及び/または油中水型エマルジョンなどを含む。非経口投与用の調製物はまた、アジュバント及び/またはポリマー、例えば、CpGオリゴデオキシヌクレオチド(CpG ODN)、Carbigen、Polygen、ISA 201または206(例えば、Montanide ISA 201 VG)、Quil-A、トレハロース-6,6-ジベヘネート(TBD)、toll様受容体(TLR)リガンド系アジュバント(例えばTLR7/8アジュバント、例えばR848(レシキモド))、環状ジグアニル酸一リン酸(c-di-GMP)、ポリイノシン酸-ポリシチジル酸(ポリ(I:C))、またはそれらの組み合わせなどを含むことができる。非水性溶液の例は、アルコールまたはグリコール、例えば、プロピレングリコール、ポリエチレングリコール、植物油、例えばオリーブ油、及び注入可能な有機エステル、例えばオレイン酸エチルである。水性担体としては、水、アルコール性/水性溶液、エマルジョン、または懸濁液が挙げられ、生理食塩水及び緩衝媒体を含む。非経口ビヒクルとしては、塩化ナトリウム溶液、リンガーデキストロース、デキストロースと塩化ナトリウム、乳酸化リンガー液、または固定油が挙げられる。静脈内ビヒクルとしては、液体及び栄養補充薬、電解質補充薬(例えば、リンガーデキストロースベースのもの)などが挙げられる。例えば、抗菌剤、抗酸化剤、キレート化剤、不活性ガスなどの防腐剤及び他の添加剤が存在し得る。
いくつかの例では、開示された実施形態は、経口、鼻腔内、肺、直腸、及び膣などの粘膜ワクチン接種のために製剤化されている。1つの非限定的な例では、これは鼻腔内投与によって達成される。例えば、開示された組成物は、1つ以上の粘膜と相互作用する1つ以上の生分解性ポリマー担体を含むことができる。ポリマー、例えば、ポリラクチド-co-グリコリド(PLGA)、キトサン(例えば、N-トリメチルキトサン(TMC)系ナノ粒子などのキトサンナノ粒子の形態で)、アルギン酸塩(例えば、アルギン酸ナトリウム)、カルボポール、及びカルボポール系ポリマーを含むことができる。組成物は、例えばデンプンと組み合わせて、アルギン酸ナトリウムまたはカルボポールなどの1つ以上の親水性ポリマーを含むことができる。組成物は、経鼻投与に使用される粒子送達システムとして処方することができる。したがって、組成物は、リポソーム、免疫刺激複合体(ISCOM)、及び/またはポリマー粒子、例えばビロソームを含むことができる。組成物はまた、細菌起源の1つ以上のリポペプチド、またはそれらの合成誘導体、例えば、Pam3Cys(Pam2Cys、単鎖/多鎖型パルミチン酸及びリポアミノ酸(LAA))を含み得る。組成物はまた、1つ以上のアジュバント、例えば、1つ以上のCpGオリゴデオキシヌクレオチド(CpG ODN)、Flt3リガンド、Carbigen、c-ジ-GMP、ポリ(I:C)、及びモノホスホリル脂質A(MLA)などを含み得る。
本明細書に開示される組成物は、母体由来の抗体(MDA)陽性動物に投与することができる。所与のワクチンが体液性免疫反応を刺激する場合、雌ブタはMDAを子ブタに移す可能性があり、これは子ブタにワクチン接種する機会を遅らせる可能性がある。しかしながら、T細胞エピトープワクチンはMDAによって遅延されない場合がある。
A.投与のタイミング
開示される組成物は、単回用量または複数回用量(例えば、ブースター)として投与され得る。いくつかの例では、第1の投与の後に第2の投与が続く。例えば、第2の投与は、投与された第1の組成物と同じ、または異なる組成物で行うことができる。1つの特定の非限定的な例では、第2の投与は、投与される第1の組成物と同じ組成物で行うことができる。別の特定の非限定的な例では、第2の投与は、投与される第1の組成物と異なる組成物で行うことができる。例えば、第1の組成物が配列番号2~2273から選択される10個のペプチドを含む場合、第2の組成物は、配列番号2~2273から選択される20個の異なるペプチドを含むことができ、30個全てのペプチドが異なる。いくつかの例では、動物は、1つ以上の配列番号2~2273のペプチド、1つ以上の配列番号2310~2330の構築物、1つ以上の配列番号2331~2335のドメイン、及び/または1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、1つ以上の配列番号2323~2329のタンパク質及び/または配列番号2339~2345の核酸)を発現するウイルスベクターを含む1つ以上の組成物を投与され、続いて、弱毒化生ASFVを含む1つ以上のワクチンが投与される。
いくつかの例では、組成物(複数可)は、複数回用量、例えば、2、3、4、5、6、7、8、9、または10回の用量(例えば、2~4回の用量)で投与される。これらの例では、投与間のタイミングは、少なくとも1週間、少なくとも2週間、少なくとも3週間、少なくとも4週間、少なくとも6週間、少なくとも8週間、少なくとも12週間、少なくとも2ヶ月、少なくとも3ヶ月、少なくとも4ヶ月、少なくとも5ヶ月、少なくとも6ヶ月、少なくとも1年、少なくとも2年、少なくとも5年、または少なくとも10年、例えば1~4週間、2~3週間、1~6ヶ月、2~4ヶ月、1~10年、または2~5年、またはそれらの組合せであり得る。少なくとも3回の投与が行われる1つの非限定的な例では、第1の投与と第2の投与、及び第2の投与と第3の投与間のタイミングは、同じであっても異なっていてもよい。
B.投薬量
患者に投与される用量は、本発明の文脈において、患者において有益な治療応答を経時的にもたらすか、またはASFV感染を阻害するのに十分であるべきである。用量は、対象の種、年齢、体重、及び全身状態、治療される感染の重症度、用量が感染に対する治療、緩和、または接種に使用されているかどうか、使用される特定の組成物、及び/または投与様式に応じて、対象間で変化し得る。適切な用量は、日常的な実験を使用して当業者によって決定することができる。
いくつかの実施形態では、動物は、約0.1~約100μgの、組成物中の所与のペプチド、例えば、約1μg~約5μg、約1μg~約50μg、約1μg~約25μg、約5μg~約20μg、または約10μg~約15μgの、組成物中の少なくとも1つのペプチドのそれぞれを、(例えば、筋肉内)投与される。1つの特定の非限定的な例では、対象は、約10μg、約15μg、約20μg、または約30μgの、少なくとも2つの異なるペプチドのそれぞれを、(例えば、筋肉内)投与される。1つの非限定的な例では、動物は、第1の投与量で1つの組成物、第2の投与量で第2の組成物、及び第3の投与量で第3の組成物を投与される。さらに、各投与時の組成物(複数可)は、同じであっても異なっていてもよい。
いくつかの実施形態では、動物は、配列番号2~2273の少なくとも1つのペプチド、1つ以上の配列番号2310~2330の構築物、1つ以上の配列番号2331~2335のドメイン、及び/または1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、1つ以上の配列番号2323~2329のタンパク質及び/または配列番号2339~2345の核酸)を発現する約102~約109CCID50の仮性狂犬病ウイルスベクターまたは改変ワクシニアアンカラウイルスベクター、例えば、単回用量内の、約103~約105、104~約106、105~約107、106~約108、または約107~約109の、ウイルスベクターを、(例えば、筋肉内)投与される。1つの特定の非限定的な例では、対象は、同じまたは異なる1つ以上の配列番号2~2273のペプチド、1つ以上の配列番号2310~2330の構築物、1つ以上の配列番号2331~2335のドメイン、及び/または1つ以上の完全長及び/または部分長ASFVタンパク質(例えば、1つ以上の配列番号2323~2329のタンパク質及び/または配列番号2339~2345の核酸)を発現する約104、約105、約106、約107CCID50の、少なくとも2つのウイルスベクターのそれぞれを、(例えば、筋肉内)投与される。別の非限定的な例では、動物は、第1の投与量で1つのウイルスベクター、第2の投与量で第2のウイルスベクター、及び第3の投与量で第3のウイルスベクターを投与される。
VII.シナモン抽出物アジュバント
本明細書に開示される組成物のいくつかの実施形態に含まれるアジュバントは、シナモン油などのシナモン由来生成物を含むことができる(参照により本明細書に組み込まれる米国特許第2006/0275515号「Antiviral preparations obtained from a natural cinnamon extract」を参照のこと)。特定のシナモン由来アジュバントは、抽出によって、または抽出組成物を分画することによって生成される組成物に関する。特定の実施形態は、シナモン樹皮(Cinnamomum種)の水性抽出物に関するが、他の極性溶媒、例えばアルコール及びグリコールなどを使用してもよい。抽出物中または抽出物の画分中の1つ以上の化合物を処理して沈殿物を形成してもよい。例えば、抽出物の活性抗ウイルス画分は、280nmで15~20ODの吸光度を有する可能性があり、及び/または例えば約15ODで、10kDaを超える分子量を有する1つ以上の物質を含み得る。1つの好ましい実施形態では、抗ウイルス活性を有するシナモン樹皮の単離された活性画分は、さらに、以下の化学的性質のうちの1つ以上を有する:
1.KCl、NaCl、MgCl2、SrCl2、CuCl2、またはZnCl2などの様々な塩化物塩によって沈殿する。
2.280nmで15OD/mg.cmの吸光度を示す。
3.0.1M NaOH、または0.1M HCl、または0.1MH2SO4でのインキュベーション後、ほとんどの活性を維持する。
4.比較的安価で単純な方法で、水溶液、または有機溶液、例えばアルコール溶媒やアセトンに抽出することができる。
5.冷蔵庫内もしくは室温で、安定した粉末として、または溶液中で、長期間(少なくとも2年)維持することができる。
6.熱安定性があるため、少なくとも134℃までの温度で滅菌することができる。
有用な抽出組成物は、任意の適切なプロセスによって作製することができる。1つの適切な実施形態は、シナモン樹皮粉末を形成すること、及びシナモン樹皮粉末を含む溶液または懸濁液を形成することを含む。このプロセスは、水性溶媒または有機溶媒のいずれかを使用して適切な溶液を形成することを含み得る。特定の実施形態は水溶液の形成に関するものであり、次いで該溶液を遠心分離し、抗ウイルス活性画分を含む上清を収集することができる。沈殿物はまた、蒸発によって、または沈殿助剤、例えば塩、より具体的には塩化物塩、例えばKCl、NaCl、MgCl2、SrCl2、CuCl2、ZnCl2、またはそれらの組み合わせを加えることによって形成され得る。
沈殿物はさらに分画または精製することができる。そのようなプロセスの1つがクロマトグラフィープロセスである。例えば、沈殿物をpH約7の水に溶解することができる。溶液をセファロースカラムに加え、緩衝剤と糖類で溶出することができる。より具体的なプロセスは、pH7.0の0.02Mのリン酸緩衝剤を使用して溶液を形成すること、0.15MのKClまたは0.08MのMgCl2を添加することによって沈殿物を形成すること、沈殿物を水またはpH7.0の0.01Mのリン酸緩衝剤に溶解すること、沈殿物溶液をセファロース4Bカラムに加えること、ならびにリン酸緩衝液及びガラクトースを使用して段階的に溶出を実行することを含み、活性抗ウイルス物質は0.15Mのガラクトースでカラムから溶出する。
1つの好ましい実施形態では、シナモン抽出物は、以下のプロセスを使用して得られる:
(i)シナモン樹皮を粉末に粉砕し、それを水性緩衝剤中で撹拌して溶液を得ることと、
(ii)溶液を遠心分離し、上清を分離することと、
(iii)例えば塩化物塩などの塩を導入して沈殿物を得ること。
このプロセスは、以下のステップをさらに含み得る:
(iv)上記のステップ(iii)で得られた沈殿物を水または本質的に中性のpHの緩衝剤に溶解することと、
(v)溶液をセファロースまたはSephadexカラムで分離することと、
(vi)適切な緩衝剤及び様々な濃度の糖類、好ましくはガラクトースで溶液を溶出して、抗ウイルス画分を得ること。
別の好ましい実施形態では、シナモン抽出物は、シナモン樹皮、Cinnamomum種から、以下の方法を使用して得られる:
(i)樹皮を粉末に粉砕することと、
(ii)0.01Mまたは0.02M、pH7.0の水性リン酸緩衝剤中で樹皮を攪拌することと、
(iii)遠心分離により上清を分離し、粗中和抽出物として使用することと、
(iv)0.15MのKClまたは0.08MのMgCl2を使用して粗抽出物中の有効成分を沈殿させることと、
(v)沈殿物を水またはpH7.0の0.01Mのリン酸緩衝剤に溶解することと、
(vi)溶液をセファロース4Bのカラムにロードした後、リン酸緩衝剤と様々な濃度のガラクトースで段階的に溶出することと、
(vii)0.15Mのガラクトースによってカラムから活性抗ウイルス物質を溶出すること。
栄養補助組成物及び/または医薬組成物は、有効量の抽出液、その分離した画分、沈殿物、該沈殿物を含む組成物、及び/またはそれらの組み合わせのいずれかを使用して、薬学的または栄養学的に許容される担体を添加することによって、形成することができる。そのような組成物はまた、本明細書に開示されるように、ペプチド、核酸、ベクター、宿主細胞、またはそれらの組成物のうちの1つまたは2つ以上を含むことができる。このような組成物はまた、少なくとも1つの追加の治療または栄養補助成分などの他の成分を含むことができる。
そのように形成された化合物及び/または組成物は、抗ウイルス活性を有する。一般に、ウイルスは、アフリカ豚熱ウイルス、オルソミクソウイルス、パラミクソウイルス、ヘルペスウイルス、レトロウイルス、コロナウイルス、ヘパドナウイルス、ポックスウイルス、トガウイルス、フラビウイルス、フィロウイルス、ラブドウイルス、及びブニヤウイルスなどのエンベロープウイルスであり得る。したがって、開示された実施形態はまた、それを必要とする対象に、治療有効量のシナモン抽出物組成物、シナモン抽出物沈殿物組成物、または本明細書に開示される1つ以上のASFVペプチドと組み合わせた場合のそのような組成物を投与することを含むウイルス感染の治療方法に関する。そのような組成物は、経口、経鼻、非経口、皮下、及び/または筋肉内などの当業者によって理解される任意の適切な方法によって投与することができる。
特定の開示された実施形態は、免疫化のための中和ウイルスを産生するための方法、及び中和ウイルスを使用して産生される中和ウイルスワクチンに関する。そのような一実施形態は、ASFVなどの天然ウイルスを、有効量のシナモン抽出物組成物及び/またはシナモン抽出物沈殿物組成物と接触させることを含む。中和されたウイルスを含むワクチン製剤は、上記のように対象に投与することができる。
シナモン樹皮の分離された活性画分は、280nmで15OD/mg・cm3の吸光度を示し得る。活性画分は、0.1MのNaOHまたは0.1MのHClなどの酸または塩基中でのインキュベーション後も活性を維持する。そのような活性成分を含む固体の活性画分及び溶液は、室温以下で、数年などのかなりの期間、保管することができる。活性沈殿物画分は熱安定性があり、100℃を超える温度、場合によっては少なくとも134℃までの温度で滅菌できる。
本発明の組成物は、感染した赤血球細胞を、赤血球に事前吸着されたウイルスの活性から保護し得る。したがって、本発明のシナモン抽出物は、ウイルスがすでに事前吸着された細胞の効果的な治療と見なすことができる。さらに、本発明のシナモン抽出物の細胞への事前吸着は、その後のウイルス感染から細胞を保護するのに予防効果を有する可能性がある。加えて、本発明の組成物は、本明細書に開示される1つ以上の組成物のシナモン抽出物及び/または1つ以上の他の成分に事前吸着された(この1つ以上の組成物は次に細胞と接触される)ウイルスの活性から感染赤血球細胞を保護する。
本発明はまた、本発明のシナモン抽出物を薬学的または栄養学的に許容される担体と一緒に含む、栄養補助組成物または医薬組成物であり得る組成物に関する。組成物は、液体、固体、または半固体の状態であり得る。
さらに、本発明は、有効成分として有効量のシナモン抽出物を、医薬組成物または栄養補助組成物に適した担体と一緒に含む、感染症の治療のための医薬組成物または栄養補助組成物に関する。
本発明はさらに、ウイルス感染に苦しむ対象を治療するための方法に関する。この方法は、そのような治療を必要とする対象に、本明細書に開示される有効量の組成物を投与することを含む。ウイルス感染は、好ましくは、エンベロープウイルス感染、より好ましくは、オルトミクソウイルス、パラミクソウイルス、ヘルペスウイルス、レトロウイルス、コロナウイルス、ヘパドナウイルス、ポックスウイルス、トガウイルス、フラビウイルス、フィロウイルス、ラブドウイルス、またはブニヤウイルス科のウイルスであり、最も好ましくは、ウイルス感染は、トリインフルエンザウイルス、インフルエンザウイルス、パラインフルエンザウイルス(本明細書では「センダイウイルス」とも呼ばれる)、NDVウイルス(パラミクソウイルス)、HIVウイルス、HSV-1ウイルス、HSFVウイルス、ASFV、TILV(オルトミクソウイルス)、及びKHV(ヘルペスウイルス)から選択されるウイルスによって引き起こされる。
活性物質は、以下の3つのステップによって単離された:a)樹皮を市場で購入し、粉末に粉砕された後、水性リン酸緩衝剤0.01M~0.02M、pH7.0中で一晩撹拌した。上清を遠心分離によって分離し、粗中和抽出物として使用した;b)粗抽出物中の活性物質を、KCl 0.15Mまたは0.08MのMgCl2によって沈殿させ、沈殿物を、水または0.01Mのリン酸緩衝剤、pH7.0(CE ppt)に溶解した;c)この溶液をセファロース4Bのカラムに入れ、リン酸緩衝剤と様々な濃度のガラクトースで段階的に溶出した。活性抗ウイルス物質は、0.15Mのガラクトースによってカラムから溶出することができる。
赤血球凝集価(HAU)は、4%の洗浄したヒト赤血球を使用して測定できる。ウイルス溶血活性は、最初に遊離ウイルスを1mlの4%の洗浄したヒト赤血球に室温で15分間付着させ、次に感染細胞を37℃で3時間インキュベートした後、遠心分離することによってin vitroで試験した。ウイルスの溶血活性は、540nmでの上清の吸光度を測定することによって決定される。
特定の実施形態では、シナモン抽出物沈殿物を水または0.01Mのリン酸緩衝剤に溶解し、pH7.0のリン酸緩衝剤0.01Mで前洗浄した10mlのセファロース4Bカラムに添加することができる。カラムを緩衝剤で洗浄した後、ガラクトース0.15M、0.3M、及び様々な濃度のアセトニトリルで段階的に溶出することができる。活性抗ウイルス物質は、0.15Mのガラクトースまたは分画IIによってカラムから溶出された分画bにおいて見出された。
様々な量の粗抽出物をインフルエンザA PR8ウイルスの256 HAU試料とインキュベートして、ウイルスの溶血活性に対する阻害効果を試験した。ウイルスの溶血活性は、250μgの粗抽出物によって完全に阻害された。
様々な量の粗抽出物をセンダイウイルスの256 HAU試料とインキュベートして、ウイルスの溶血活性に対する阻害効果を試験した。ウイルスのみ、または粗抽出物のみを対照として使用した。ウイルスの溶血活性は、250μgの粗抽出物によって完全に阻害された。
シナモン抽出物画分は水に対して透析される。活性成分は、分子量10KDa以上(透析バッグのカットオフ値)であることが確認された。
In vivo抗ウイルス活性は、マウスを使用して決定される。マウスに、128 HAUのインフルエンザAウイルスのみ、または250μgの粗抽出物と混合したインフルエンザA、または粗抽出物のみ、を含む250μlのPBSを注射した。ウイルスのみに感染したマウスは体重が減り、ほとんどが7~10日以内に死亡した。ウイルスと粗抽出物の混合物を注射されたマウスは、粗抽出物のみを注射されたマウスと同等の体重増加を続けた。
マウスは、64 HAUのセンダイウイルスのみ、125μgの粗抽出物と混合したウイルス、または粗抽出物のみ、を含む50μlの水を吸入させた。マウスの体重を2~3日間隔で測定した。ウイルスのみに感染したマウスは体重が減り、ほとんどが7~10日以内に死亡した。ウイルスと粗抽出物の混合物で鼻腔内処理したマウスは回復し、体重が増加した。各群には10匹のマウスが含まれた。
マウスに、室温で30分間、250μgのシナモン抽出物阻害剤とプレインキュベートした128 HAUのインフルエンザA PR8を注射した。マウスの体重を2~3日ごとに3週間測定した。阻害剤とプレインキュベートしたウイルスに感染したマウスでは死亡は発生しなかった。
HSV1の100 PFUアリコートを、本発明による50μgのシナモン抽出物沈殿物と混合した。HSVのみを含む細胞を分離し、プレートから洗浄した。50μgのシナモン抽出物沈殿物と混合したHSVを含む細胞は影響を受けなかった。これは、本発明の抽出物がVero細胞をHSV-1感染から保護することを立証した。
試験はまた、阻害と、本発明によるシナモン抽出物及び/またはシナモン抽出物沈殿物の量の増加との間に直接的な相関関係があることを立証した。
また、マウスは、125μgのシナモン抽出物またはシナモン抽出物沈殿物と20分間プレインキュベートされた32 HAUのセンダイウイルスに感染しているか、またはウイルス感染直後にシナモン抽出物もしくはシナモン抽出物沈殿物で処理される。阻害剤で治療されたマウスは感染後8日で体重が増加し始めたが(P=0.017)、阻害剤で処理されなかった対照群は体重が減少し続けた。
マウスは、125μgのシナモン抽出物またはシナモン抽出物沈殿物と混合された32 HAUのセンダイウイルスで鼻腔内に免疫された。対照群は水のみを与えられた。免疫化の3週間後、両方の群のマウスに64 HAUのセンダイウイルスのみを感染させた。免疫化されたマウスは、その後のウイルス感染の影響を受けず、体重が増え続けた(P=0.013)。
マウスは、シナモン抽出物またはシナモン抽出物沈殿物と混合されたセンダイウイルスによって経口または皮下のいずれかで免疫された。ウイルスとシナモン抽出物またはシナモン抽出物沈殿物の3回目の投与の2週間後、対照マウスと同様に、両方の群のマウスに80 HAUのセンダイウイルスを感染させた。免疫化されたマウスは、その後のウイルス感染の影響を受けず、体重が増え続け、経口投与と皮下投与の間に違いは観察されなかった。
HIV-1活性は、細胞培養におけるシンシチウム形成のモデルを使用して、MT2細胞(CD4+T細胞)で試験される。20~120μlアリコートのシナモン抽出物沈殿物0.5mg/mlを、室温で最終容量200μlのRPMI培地で50μlウイルスと共に5分間インキュベートした。各混合物90μlを2回ずつ細胞に加えた。3日後、シナモン抽出物沈殿物のない対照ウェルの95~100%でシンシチウムが観察され、他のウェルと比較して100%の感染力として機能した。ただし、8~10μlでのシナモン抽出物沈殿物8~10μgは、ウイルスを完全に中和した。
VNFによるトリインフルエンザH9N2の阻害は、以前に行われたように、in vitro溶血アッセイによって試験された(Borkow and Ovadia,1994,1999)。インフルエンザウイルスの溶血活性(赤血球からのヘモグロビンの放出)をヒト赤血球において調べた。洗浄した希釈赤血球を、ウイルスのみ、またはシナモン抽出物もしくはシナモン抽出物沈殿物と室温で20分間プレインキュベートしたウイルスと混合した。PBSで洗浄して過剰なウイルスを除去した後、pH4.6の0.1Mクエン酸ナトリウム緩衝剤200μlを3分間添加してウイルスを赤血球と融合させた。次に、混合物をPBSで洗浄し、遠心分離し、0.8mlのPBS中で37℃で3時間インキュベートした。インタクトな赤血球を遠心分離によって除去し、各試料の上清からの300μlのアリコートをELISAプレートのウェルに入れて、540nmでELISAプレートリーダーにおける吸光度測定を行った。ウイルスの溶血活性は、本発明によるシナモン抽出物またはシナモン抽出物沈殿物によって用量依存的に中和された。
シナモン抽出物またはシナモン抽出物沈殿物も、遊離ウイルスと同様に、感染細胞に付着した後のトリインフルエンザウイルスの溶血活性を阻害した。
ニューカッスル病ウイルス(NDV)の血球凝集活性も試験された。本発明による10mgのシナモン抽出物またはシナモン抽出物沈殿物とのウイルス(108 EID50)のプレインキュベーションは、血球凝集阻害をもたらした。
シナモン抽出物またはシナモン抽出物沈殿物によるIn-vivo(In-ova)トリインフルエンザH9N2の中和もまた試験した。4.5mgの本発明によるシナモン抽出物沈殿物及び107 EID50のインフルエンザH9N2を含む1ミリリットルを室温で20分間インキュベートした後、この混合物からの10倍希釈液を調製した。各希釈液0.1mlを、10個の発育ニワトリSPF卵の各尿膜腔に注入した。ウイルスのみまたはシナモン抽出物沈殿物の希釈液を対照として使用した(各群10個の卵)。シナモン抽出物沈殿物は、ウイルス感染力を5log減少させ、同様の割合で胚生存率を増加させた。
シナモン抽出物またはシナモン抽出物沈殿物によるIn vivoニューカッスル病ウイルス(NDV)の中和もまた試験した。5mgの本発明によるシナモン抽出物沈殿物及び108 EID50のニューカッスル病ウイルスを含む1mlを室温で20分間インキュベートした後、この混合物からの10倍希釈液を調製した。各希釈液0.1mlを、10個のニワトリSPF卵の各尿膜腔に注入した。ウイルスのみ及びシナモン抽出物またはシナモン抽出物沈殿物のみを対照として使用した。シナモン抽出物またはシナモン抽出物沈殿物は、ウイルス感染力を5log減少させ、同様に胚生存率を増加させた。
シナモン抽出物沈殿物と組み合わせたNDVのワクチン接種後のヒヨコの血清力価を検証した。第1の群のin ovoワクチン接種は、胚発生の18日目に、1mgのVNFとプレインキュベートした105.3 EID50のNDVを含む0.1mlのPBSをSPFニワトリ卵に注射することによって実施した。第2の群は1~2日後に眼内ワクチン接種を受けた。ワクチン接種されていないヒヨコを対照として使用した。血液試料を定期的に採取し、血清力価を段階希釈した各血清の血球凝集阻害アッセイによって決定した。in ovoワクチン接種後の血清力価は、眼内ワクチン接種と同じくらい良好であった。
VIII.実施例
以下の実施例は、本開示のある特定の特徴及び/または実施形態を例証するために提供される。これらの実施例は、本開示を記載された特定の特徴または実施形態に限定するものとして解釈されるべきではない。特許請求の範囲によって定義される本発明の趣旨に含まれるその中の変更及び他の使用は、当業者に生じるであろう。
実施例1
ペプチドの予測及び合成
この例では、ASFVに対して免疫原性の推定ペプチドを予測し、in vitro及びin vivoの両方における有効性研究のためにペプチドを合成する方法について説明する。
ASFV China/2018/AnhuiXCGQ株(GenBank受託番号MK128995.1)の完全なゲノムを、ヨークシャー、ランドレース、及びデュロックのブタ類品種系統の既知のSLAクラスI対立遺伝子に関連するCD8+エピトープについてスクリーニングした。候補ペプチドは、4つの基準に従って評価した:(1)SLAクラスI分子に対するペプチドの予測される結合親和性;(2)陽性応答物を濃縮する方法としての推定エピトープの高密度クラスター内の位置;(3)SLA対立遺伝子のカバー率及び高頻度に存在する対立遺伝子の優先順位付け;(4)ソースタンパク質の性質(免疫原を優先する)。212,394の推定ペプチドのうち2,272をさらに評価するために選択した(図1)。
最初に、ヨークシャー、ランドレース、及びデュロックの品種系統で見つかった合計49のSLA対立遺伝子が特定され、MHCクラスターツールを使用して29のスーパータイプに機能的にクラスター化した。機能的オーバーラップの場合、ペプチド結合予測において使用するために、所与のスーパータイプから1つの代表的な対立遺伝子を選択した(代表的な対立遺伝子は表3に太字で示される)。代表的な対立遺伝子の選択は、クラスターマッピング分析によって生成された予測精度値に基づいた。ASFV China/2018/AnhuiXCGQ株プロテオーム全体(179のオープンリーディングフレーム生成物)を使用して、SLAクラスI分子に結合すると予測されるペプチドを特定するためにコンピュータ分析を実施した。NetMHCpan-4.0アルゴリズムは、in silico由来の結合親和性情報と、MSデータ由来の溶出リガンドを統合することにより、MHCクラスI分子とのペプチド相互作用を予測する(Jurtz,et al.J.Immunol 199(9):3360-3368,2017)。したがって、NetMHCpan-4.0アルゴリズムは、ASFVに対して免疫原性であると予測されるペプチドを生成する可能性がある。このアルゴリズムは、表3に太字で示されている29の代表的な対立遺伝子のそれぞれについて、ASFV China/2018/AnhuiXCGQ株(GenBank受託番号MK128995.1)の179のオープンリーディングフレームに由来する8、9、10、または11アミノ酸長のペプチド(合計212,394ペプチド)の結合親和性を予測するために使用された。212,394ペプチドのうち、31,868ペプチドが1つ以上のスーパータイプの対立遺伝子をカバーしていた(図1)。
Figure 2022538673000004
Figure 2022538673000005
SLA-1*0401、SLA-2*0402、SLA-3*0402、SLA-1*0702、及びSLA-2*0502対立遺伝子は、デュロック、ヨークシャー、及びランドレースの品種系統内を含むブタ類集団において非常に高頻度に見られる。コンピュータによって決定された31,867のペプチドは、これら5つの一般的な対立遺伝子のカバー率について試験され、合計2,559のペプチドが、5つの対立遺伝子のうち少なくとも3つをカバーしていた。評価するためのペプチドの数をさらに減らすために、2,556のリストから、(ヨークシャー、ランドレース、及びデュロックの品種系統に関連する49のSLA対立遺伝子のうち)一般に少なくとも15の対立遺伝子をカバーするペプチドのみを選択した。この1,190のペプチドリストは、サブセットC(カバー率によって選択されたペプチド)として示された。
SLAクラスI分子に結合すると予測された31,868のペプチドは、イスラエル生物学研究所で開発されたHotSpotsプログラムパッケージを使用して実施されたクラスターマッピング分析においてさらに使用された。クラスターは、最小8アミノ酸長(最短の予測ペプチド長)で最大25アミノ酸長のペプチドとして定義した。クラスターには2つ以上のペプチドが含まれ、各ペプチドは別のペプチドとオーバーラップまたはタンデムになっている。マッピング分析により、31,815の固有ペプチドを含む9,654のクラスターが生成された(クラスター領域間のオーバーラップによる重複の除去後)。クラスター密度は単位長あたりのエピトープ数として定義及び計算され、得られた密度は0.11~1.56の範囲であった。高密度(1.21~1.56)クラスターに位置するペプチドを、さらなる分析のために選択した。524の選択されたペプチドはサブセットH(ホットスポットから選択されたペプチド)として指定した。
特定のASFVタンパク質は既知の免疫原であり、及び/またはブタ類における免疫調節及び/または病原性に関与している。したがって、17のそのようなASFVタンパク質(合計2,666のペプチド)に由来する8~11アミノ酸長のペプチドを、対立遺伝子のカバー率について評価した。ヨークシャー、ランドレース、及びデュロックの品種系統に関連する5つの高頻度の対立遺伝子の少なくとも1つと、49のSLA対立遺伝子の少なくとも6つをカバーするペプチドを、さらなる特性評価のために選択した。これらの750ペプチドは、サブセットA(抗原から選択されたペプチド)として示された。
実験的評価のための推定エピトープの最終リストは、上記の3つのサブセット(サブセットC、H、及びA)から集められた。冗長性(2つ以上のサブセットに共通のペプチド、またはサブセット内で冗長なペプチド)を除去した後、最終的なリストは2,272の固有のペプチドで構成された(図1)。
ペプチドは、1つ以上の合成化学的方法を使用して合成することができ、及び/または1つ以上の組換え技術を使用する細胞内合成から得ることができる。この例では、ASFVに対して免疫原性であると予測されるペプチドは、第1のアミノ酸のC末端がポリアクリルアミドなどの活性化された固体支持体に結合する固相法を使用して合成される。入ってくるアミノ酸のカルボキシル基は、成長しているアミノ酸鎖のN末端に結合している(C-N合成)。段階的合成により、各ペプチド鎖に一度に1つずつアミノ酸が追加される。化学基は、ペプチド合成中の非特異的反応をブロックするために使用される。入ってくるアミノ酸のC末端カルボン酸はカルボジイミドを使用して活性化され、1-ヒドロキシベンゾトリアゾール(HOBt)はアミノ酸カップリング中のラセミ化のリスクを減らすために使用される。所与のペプチドの合成の完了時に、保護基が酸分解を使用して除去される。合成されたペプチドは逆相クロマトグラフィーを使用して精製され、90%未満の純度が実証される。
実施例2
ペプチド検証
この例では、ASFVに対して免疫原性の推定ペプチドをスクリーニングするために有効なin vitro法について説明する。この例で説明されているペプチドは、バイオインフォマティクス法を使用して予測され、次いで、実施例1で説明されている化学的合成法を使用して生成される。この例で説明されているin vitro選択プロセスを使用すると、潜在的なエピトープの数が減り、最も有望な候補のみの実行可能数をさらに評価することができるようになる。
ASFVに対して免疫原性であると予測される合成ペプチドは、ELISpotアッセイにおいて末梢血リンパ球に対してスクリーニングされ、これにより、ペプチドへの反応において、事前に曝露されたリンパ球(ASFVに曝露されたブタ類から収集されたリンパ球)からのインターフェロン分泌物の検出(単一細胞レベルで)が可能になる。末梢血リンパ球は、低用量の弱毒化ASFV China/2018/AnhuiXCGQ株で以前にチャレンジされた、または生きたASFV China/2018/AnhuiXCGQに曝露されたブタ類から収集された。ブタ類にチャレンジするために使用されたASFVは、初代ブタ肺胞マクロファージで増殖し、qPCR及び血球吸着アッセイを使用して定量化した。
インターフェロンガンマ(IFN-γ)を検出するためのELISpotアッセイをマイクロプレートで実施した。すぐに使用できるブタIFN-γELISpotアッセイキットは、複数の供給業者から市販されている。ブタIFN-γに特異的な抗体をPVDFで裏打ちされたマイクロプレートにプレコートした。所与の合成ペプチドで刺激されたリンパ球(ASFVに事前に曝露された)をマイクロプレートのウェルにピペットで移し、刺激された細胞によって分泌されたIFN-γを各細胞のすぐ近くに固定化された抗体によって捕捉した。洗浄により細胞をウェルから除去し、IFN-γに結合した固定化抗体をビオチン化検出抗体、続いてストレプトアビジンにコンジュゲートしたアルカリホスファターゼと共にインキュベートした。固定化された抗体が刺激された細胞によって分泌されたIFN-γに結合したウェルの各位置に、濃い青から黒色の沈殿物が形成された。得られたスポットは、この目的のために設計された自動プレートリーダーを使用してカウントした。
ASFVに対して免疫原性であると予測された各ペプチドのELISpotアッセイ結果の分析により、この研究で設定された特定のしきい値を超える強力な免疫応答を生成する候補ペプチドの数が大幅に少なくなった。これらの候補は、ブタ類におけるASFVに対する免疫応答を刺激する、またはブタ類をASFVに対して免疫化するための組成物をさらに開発するための、最も有望なペプチドと考えられている。
この研究では、2つの分析が実施された:生物情報学的に同定された候補ペプチドの2,272を全て評価した「フルスクリーン」と、プールあたり8または9のペプチドを含むペプチドのプールを使用して実施した「プールスクリーン」である。フルスクリーンは、9H(農場Hの動物9)及び14S(農場Sの動物14)で示される2頭のブタ類から収集されたリンパ球を使用して実施した。陰性対照(NC)バックグラウンドを使用して、許容しきい値と厳密しきい値を次のように計算した:
許容しきい値(PT)=培地の平均+2*STDEV_P
厳密しきい値(ST)=培地の平均+5*STDEV_P
式中、「培地の平均」は培地のみのウェル内のスポットの平均数を示し、ブタ類のプレートごとに個別に計算され、「STDEV_P」は、母集団全体に基づく標準偏差を示す。各ブタ類について計算されたしきい値を表4に示す。「陽性」ペプチド(すなわち、しきい値を超えるスポット数を持つペプチド)は、さらなる開発及び実験分析のための最も有望なペプチドと見なされた。
Figure 2022538673000006
表5は、動物14S及び9Hから収集されたリンパ球を使用して、生物情報学的に同定された2,272のペプチド全てのフルスクリーンにおいて同定された陽性ペプチドの数を示す。フルスクリーンにおいて同定された陽性ペプチドは、ELISpotアッセイの結果(各ペプチドについてカウントされたスポット数)と共に、付録II(動物14S)及びIII(動物9H)に示される。動物14Sと動物9Hに共通する許容しきい値を超えていると同定された陽性ペプチドが13個である一方、ブタ類9Hに固有のものが46個、ブタ類14Sに固有のものが198個であった。厳密しきい値を超える共通の陽性ペプチドはなく、ブタ類14Sに固有のものが14個、ブタ類9Hに固有のものが7個であった。
Figure 2022538673000007
最初のプールスクリーニングは、2,272個のペプチドから選択された8~9個のペプチドのプールを使用して行われ、3H、5H、6H、7H、8H、2S、7S、10S、14Sと表示された9頭のブタ類のリンパ球を使用した。この最初のプールスクリーニングでは、許容しきい値を超える238個の「陽性」ペプチドプール(すなわち、しきい値を超えるスポット数を持つペプチドプール)と、厳密しきい値を超える128個のペプチドプールが同定された。表6は、各ブタ類において同定された陽性ペプチドプール(それぞれ8または9個のペプチドを含む)の数を示す(しきい値は表4において各ブタ類について示されている)。
Figure 2022538673000008
表7は、1頭以上の動物において陽性と同定されたプール数を示す。
Figure 2022538673000009
許容しきい値を超える238個の陽性プールのうち33個を、さらなる分析のために選択した。これらの33個のプールのうち、22個が、選択された8頭のブタ(3S、5S、14S、6H、7H、2S、7S、及び10S)のうち少なくとも5頭で交差反応性を示したために選択され、8個のプールが、スクリーニングされた合計15頭のブタのうち7頭において交差反応性を示したために選択され、3個のプールが、フルスクリーンにおいてブタ14Sと反応することが示されている少なくとも3個の個々のペプチドがそれぞれ含まれているために選択された。33個の陽性プールの合計276個のペプチドを、陽性対照としてコンカナバリンA(ConA)を使用して、ELISpotスクリーニングを介して個別に評価した(図2及び3)。これらの276個のペプチドのうち、201個は許容しきい値を超えていると同定され(付録IV)、201個のペプチドのうち、125個は厳密しきい値を超えていると同定された(図3、付録VIII)。さらに、厳密しきい値を超えていると同定された77個のペプチドは、ELISpotアッセイにおいて20個以上のスポットを生成した(図1、付録V)。これらの77個のペプチドのうち、ELISpotアッセイにおいて最も多くのスポットを生成した18個のペプチドを「トップ」ペプチドと指定した(図1、付録VI)。
実施例3
免疫原性構築物のアセンブリ及び発現
この実施例は、配列番号2~2273の1つ以上のペプチド、以下のこの実施例で定義される1つ以上の「ドメイン」、及び/または1つ以上のASFV免疫原性タンパク質をコードする1つ以上の完全長もしくは部分長アミノ酸配列を含むアミノ酸構築物のアセンブリ及び発現について記載している。
実施例2に記載のように、ELISpotアッセイにおいて厳密しきい値を超えていると同定された77個のペプチドは、ウェルあたり20個以上のスポットを生成した(図1、付録V)。これらの77個のペプチドは、ASFVタンパク質内のそれらの位置にマッピングされた(付録V-VI)。77個のペプチドのうち44個が、以下のGenBank受託番号を有する7つのASFVタンパク質AYW34011.1(A238L,IκB様アンキリンリピートを含む;図4;配列番号2366~2367)、AYW34004.1(A224L,IAP様タンパク質p27;図5;配列番号2368~2369)、AYW34001.1(MGF_505~7R;図6;配列番号2370~2371)、AYW34010.1(MGF_360~15R;図7;配列番号2372~2373)、AYW34052.1(亜鉛フィンガータンパク質B385R;図8;配列番号2374~2375)、AYW34002.1(MGF_505-9R;図9;配列番号2376~2377)、及びAYW33963.1(MGF_110-3L;図10;配列番号2378~2379)内にクラスター化される(付録VII)。この実施例における「ドメイン」は、7つのASFVタンパク質内のペプチドクラスタリングの領域(「ホットスポット」とも呼ばれる)である。
付録VIIから選択された1つ以上のペプチド、1つ以上のASFVドメイン(配列番号2331~2335に示される「ホットスポット」)、及び/または1つ以上の完全長及び/または部分長ASFV免疫原性タンパク質(配列番号2323~2329及び/または配列番号2339~2345の核酸に示される)の様々な組み合わせは、配列番号2310~2330の発現構築物にアセンブリされた。各構築物は、ウエスタンブロット分析を介して発現を検出するためにC末端にヒスチジンタグ(His-タグ)、ライセートでの発現検出のためにN末端リンカー配列(GSSG)とHiBiT配列(GSGWRLFKKLS)を含んだ。ペプチドを含む特定の構築物はまた、個々のペプチド配列間のスペーサー配列(GPGPGまたはAAY)を含む。7つのASFVタンパク質(付録VII)内でクラスター化することが見出された44個のペプチドから選択されたペプチド配列を含む構築物には、発現をサポートするためにN末端にHLT、Sumo、またはマルトース結合タンパク質(MBP)配列も含まれた。例示的なSumo及びMBP配列は、それぞれ配列番号2336(及び2337に対応する(参照により本明細書に組み込まれるNP_418458.1に対応する))に提供されている。MBP融合タンパク質を含む構築物の場合、pMAL-c2ベクターのMBP配列を使用して、MBPをツイストベクターに合成的にクローニングした。Sumo融合タンパク質を含む構築物の場合、Champion pET SUMOベクター(Thermofisher)のSumo配列を使用して、Sumoをツイストベクターに合成的にクローニングした。HLTタンパク質は、Bacillus Stearothermophilus E2p(配列番号2338)のリポイルドメインに、N末端Hisタグ及び最適化されたタバコエッチウイルス(TEV)プロテアーゼ切断部位を付加したものである。B.Stearothermophilus E2p(配列番号2338)のリポイルドメインに関する追加情報は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、Packman et al.,Amino acid sequence analysis of the lipoyl and peripheral subunit-binding domains in the lipoate acetyltransferase component of the pyruvate dehydrogenase complex from Bacillus stearothermophilus,Biochem.J.,1988,252:79-86に見出すことができる。HLT融合タンパク質、及び天然変性領域を含むタンパク質の溶解性を高めることができる同様の融合タンパク質に関する追加情報は、参照によりその全体が本明細書に組み込まれる、Lebediker&Danieli,Production of prone-to-aggregate proteins,FEBS Letters,2014,588(2):236-246に見出すことができる。構築物55及び56は、仮性狂犬病ウイルスベクターにおいて使用するためのツイストクローニングベクターで購入した。
各構築物は、22℃及び37℃でE.Coliにおいて発現させた。各構築物は独立してポリエチレングリコール(PEG)コンピテントE.Coliを熱ショック法を用いて形質転換させた。簡単に説明すると、100μLのコンピテント細胞を氷上でチューブに移した。所定の構築物を含むプラスミドをチューブに加え、混合物を氷上で4℃でインキュベートし、続いて42℃で45秒、氷上で2分間インキュベートした。室温のSOC培地(0.9mL)をチューブに加え、シェーカー内で37℃で1時間から90分間インキュベートした。次に、形質転換された細胞をプレーティングした(プレートあたり100μL)。プレートには、使用するベクターに応じて適切な選択した抗生物質を含めることができる。
22℃での細胞増殖は培養上清から発現産物を収集できるように可溶性発現を促進するが、37℃での増殖は、細胞ペレットの成分として収集できる封入体における構築物の発現を促進する。各構築物の発現レベルは、培養上清及びペレット化細胞からタンパク質を単離することによって評価した。簡単に説明すると、封入体中のタンパク質は、次のプロトコルを使用して細胞から単離された:細胞ペレットを最初にTriton X-100で、2番目にTriton X-114で、3番目に1%のCHAPS試薬で、4番目に6モルの尿素で洗浄した。次に、ペレットを凍結し、使用前に-80℃で保管した。
培養上清及び細胞ペレットから収集されたタンパク質は、クマシーブルー染色及び免疫ブロッティングを使用して評価した。タンパク質を、ポリアクリルアミドゲル電気泳動を使用して分離した。ゲルをクマシーブルーで染色してイメージングした後、タンパク質をPVDFメンブレンに転写し、抗His抗体を使用したウエスタンブロッティングで検出した。図11~34は、22℃(図11~21)または37℃(図22~34)のいずれかでE.coliにおいて発現した54の構築物のそれぞれについて、ゲル染色及びウエスタンブロッティングの結果を、各構築物の予想される分子量及び特定の1つ以上のタグと共に示す。1~54と標識された構築物の配列は、配列番号2310~2330に提供されている。構築物1~54にはそれぞれ検出目的でN末端Hisタグが含まれていたが、特定の構築物には、HLT、Sumo、またはMBPなどの構築物配列のN末端に直接付加した少なくとも1つの融合タンパク質も含まれていた。融合タンパク質を含む構築物の場合、Hisタグは融合タンパク質のN末端に付加された。本実施例で試験された構築物には、以下の融合タンパク質が含まれていた:構築物1:HLT;2:Sumo;3:HLT;4:Sumo;5:HLT;6:Sumo;7:HLT;8:Sumo;9:HLT;10:Sumo;11:融合タンパク質なし;12:HLT;13:Sumo;14:MBP;15:融合タンパク質なし;16:HLT;17:Sumo;18:MBP;19:融合タンパク質なし;20:HLT;21:Sumo;22:MBP;23:融合タンパク質なし;24:HLT;25:Sumo;26:MBP;27:融合タンパク質なし;28:HLT;29:Sumo;30:MBP;31:融合タンパク質なし;32:HLT;33:Sumo;34:MBP;35:融合タンパク質なし;36:HLT;37:Sumo;38:融合タンパク質なし;39:HLT;40:Sumo;41-47:HLT;48-54:Sumo。
クマシーブルー染色ゲル及び/またはウエスタンブロットを示す図11~34のそれぞれにおいて、「M」はバンド分子量を表すマーカーレーンを示し、「S」は細胞培養上清から収集されたタンパク質を表し、「P」は細胞ペレットから収集されたタンパク質を表す。
表8には、評価された54の構築物のそれぞれの発現所見の要約が提供される。表8の列2は、所与の発現構築物が検出されたところ(細胞ペレット内または培養上清/可溶性画分内)を示している。ウエスタンブロッティングにより、主に細胞ペレット内のE.Coliでの構築物発現に起因するタンパク質生成物が検出された。タンパク質は、構築物41~47の培養上清において検出されたが、同じ構築物の細胞ペレットよりも低レベルであった。構築物1、3、6、9、10、11、13、16、24、27、28、及び31は強い発現を示し、さらなる最適化のために選択された。これらの構築物を、今回は自己誘導培地(AI)とTerrific Broth(TB)の2種類の培地において、E.coliでの発現について再度評価した。表8の「最適化のための構築物」の列は、評価した各構築物の発現の定性的評価(強い発現または弱い発現)を、その構築物のE.coliでの発現のための最適培地(AI及び/またはTB)と共に提供する。培地最適化研究における強い発現に基づいて、in vivo検証研究のために構築物がさらに選択された。特定の構築物はそれらの融合タンパク質(MBP、Sump、またはHLT)のみが異なるため、それ以外で配列同一性を共有する所与の構築物の群について、構築物ごとに1つの融合タンパク質のみを検証研究に選択した。
Figure 2022538673000010
Figure 2022538673000011
Figure 2022538673000012
実施例4
組成物投与とin vivoでの分析
この実施例は、ブタ類におけるASFVに対する免疫応答を誘導し、ASFVに対してブタ類を免疫化(ワクチン接種)するための、配列番号2~2273の1つ以上のペプチド及び/または配列番号2310~2330の1つ以上の構築物を発現するウイルスベクターを含む1つ以上の組成物の能力を評価することを目的としたin vivo検証研究について記載している。
選択されたベクター、この実施例では仮性狂犬病ウイルスベクターによって発現されるペプチドは、実施例2に記載のELISpotアッセイを使用してブタ末梢血リンパ球で測定された特定のしきい値を超える免疫応答を生成するペプチドの能力に基づいて(1)配列番号2~2733から選択され、及び/または実施例3に記載されている発現レベルに基づいて(2)配列番号2310~2330から選択される。
ELISpotアッセイの結果に基づいて、最も有望な10の候補ペプチドが選択される。各ペプチドを個別に発現する仮性狂犬病ウイルスベクターが生成され、これらのベクターを含むワクチン組成物も生成される。ブタ類での最初の試験では、液相ブロッキングELISAで測定した場合、10種類の組成物のいくつかは適切な体液性免疫応答を誘導する。次に、適切な体液性免疫応答を誘導した組成物の各ペプチドを発現する新しい仮性狂犬病ウイルスベクターが生成される。新しいベクターを含む2つの組成物が生成される:1つはアジュバント添加、もう1つはアジュバント添加されていないが、それ以外は同じ成分を含む。
同様に、配列番号2310~2330の5つの最も有望な候補構築物を、構築物55及び56と共に、発現解析に基づいて選択した。各構築物を個別に発現する仮性狂犬病ウイルスベクターが生成され、新しいベクターを含む組成物が生成される:1つはアジュバント添加、もう1つはアジュバント添加されていないが、それ以外は同じ成分を含む。
ブタ類において免疫応答を刺激し、ASFVチャレンジに対する保護を提供する組成物の能力が評価される。生成されたウイルスベクターごとに、2つの群のブタ類が筋肉内または鼻腔内にワクチン接種される。第1の群はウイルスベクターを含むアジュバント化されていない組成物を与えられ、第2の群はウイルスベクターを含むアジュバント化された組成物を与えられる。各群のワクチン接種されたブタ類の1つのサブセットは、最初の投薬後、例えば(最初の)ワクチン接種の28日後(dpv)に、ある間隔で同じ組成物の2回目の用量を投与される。ワクチン接種されたブタ類の第2のサブセットは、最初の投薬後、例えば180dpvの、異なる間隔で2回目の用量が投与される。ワクチン接種されたブタ類の第3のサブセットは、28dpvで2回目の用量が投与され、180dpvで3回目の用量が投与される。処理されたブタ類の免疫応答を評価するために、ワクチン接種前(0日目)、及び最初の投与の4、7、14、28、56、180、208、270、及び298日後に、ブタ類から血清試料を収集する。さらに、母体由来の抗体(MDA)力価を研究するために、ワクチン接種された雌ブタから生まれた21日齢及び42日齢の子ブタから血清試料を収集する。
各群のワクチン接種されたブタ類のサブセットは、最初のワクチン投与から50日後に、初代ブタ肺胞マクロファージで増殖したASFV China/2018/AnhuiXCGQ株を用いてチャレンジされ、qPCR及び血球吸着アッセイを用いて定量化した。血清試料は、チャレンジされていない(ワクチン接種のみ)ブタ類と同じスケジュールでチャレンジされたブタ類から収集される。
この研究の全ての動物の血清試料は、ペプチド特異的抗体の検出のために液相ブロッキングELISAを使用して分析される。IFN-γは4dpvから血清中で検出可能である。0、28、及び180日目にワクチン接種されたブタ類は、最高のペプチド特異的抗体価298dpvを示すが、ワクチンを1回だけ投与したブタ類(0日目)では、270日目までに抗体を検出できない。アジュバントワクチンを投与されたブタ類は、アジュバントを含まないワクチンを投与されたブタ類よりも高いペプチド特異的抗体力価を有する。免疫化された雌ブタから生まれた子ブタは21日目に高い受動抗体価を示すが、力価は42日目までに低下し、免疫化された雌ブタから生まれた子ブタは生後約2ヶ月までにブースターを受ける必要があることを示唆している。チャレンジされた動物では、ASFVゲノムと感染性ウイルスはチャレンジ後5日目と10日目に検出可能である。対照(ワクチン未接種)ブタは急性ASFの症状を呈すが、ワクチンを接種した動物は症状を呈さないか、軽度にとどまる。ASFVゲノムは、ワクチン接種されたブタ類でのチャレンジの60日後に検出可能であるが、レベルは60日目までに大幅に低下した。感染性ウイルスは、チャレンジ後35日目までにチャレンジされたブタ類では検出できない。全てのワクチン接種された動物は組成物によく耐え、組成物に起因する負の副作用は観察されない。この研究の結果は、ASFV感染からブタ類を保護するためのワクチンの開発において、1つ以上のASFV特異的ペプチドを発現するウイルスベクターの使用を支持している。
実施例5
組成物投与とin vivoでの分析
この実施例は、付録Vの1つ以上のペプチドの及び/または付録VIの1つ以上のペプチドを発現するウイルスベクターを含む1つ以上の組成物が、ブタ類においてASFVに対する免疫応答を誘導し、ブタ類をASFVに対して免疫化する能力を評価するために使用したin vivo検証試験について説明するものである。
ペプチドは、この試験において使用するために化学的に合成された。この試験の主な目的は、異なるアジュバントを含む合成ペプチドを含む組成物を使用して、プライムブーストワクチン接種後の細胞性免疫応答を評価することであった。さらに、動物のCD8応答を評価し、いくつかの承認されたアジュバントを使用した動物の免疫応答を比較した。
1.研究デザイン
1.3頭の妊娠した雌ブタが別々のケージの動物施設に配置した。施設内で約30頭の新生子ブタを分娩させた。
2.分娩の3日後、子ブタは各子ブタごとに右脚に鉄注射(例えば、Ferraject 200,Eurovet Animal Health)をした。
3.分娩の2週間後、子ブタの体重を測定し、最も体重の多い子ブタを実験用に選択した。子ブタは5つの群に分け、1群3頭で、各群は品種のばらつきを大きくするために各母ブタから1頭ずつとする。
4.分娩の3週間後、ELISpot最適化の試験には含まれていなかった3頭の子ブタから血液を採取した。
5.4週齢の12頭の耳に印を付けたブタに以下のワクチンを接種した。
群1:ブタ3頭ずつに、Emusigen P中の付録Vの77個のペプチドを含む組成物を左脚に筋肉内にワクチン接種し、Carbigen+c-di-GMP中の付録Vの77個のペプチドを含む組成物を鼻腔内にワクチン接種した。
群2:ブタ3頭ずつに、Emusigen P中の付録VIの18個のペプチドを含む組成物を左脚に筋肉内にワクチン接種し、Carbigen+c-di-GMP中の付録VIの18個のペプチドを含む組成物を鼻腔内にワクチン接種した。
群3:ブタ3頭ずつに、ISA 201+Quil-A+R848+TDB中の付録Vの77個のペプチドを含む組成物を左脚に筋肉内にワクチン接種し、Carbigen+c-di-GMP+poly(I:C)中の付録Vの77個のペプチドを含む組成物を鼻腔内にワクチン接種した。
群4:ブタ3頭ずつに、ISA 201+Quil-A+R848+TDB中の付録VIの18個のペプチドを含む組成物を左脚に筋肉内にワクチン接種し、Carbigen+c-di-GMP+poly(I:C)中の付録VIの18個のペプチドを含む組成物を鼻腔内にワクチン接種した。
群5(対照ブタ):2頭のブタをワクチン未接種の対照として使用した。
Figure 2022538673000013
6.2回目のワクチン接種(ブースト)は、最初のワクチン接種の3週間後に行われた(ブタあたり同じ投与量)。全血試料は、最初のワクチン接種の34、35、55、56、62、及び63日後の試験中に収集された。62日目と63日目の収集は任意選択であり、必要に応じて実施した。
7.全ての採血は、チューブあたり8mLの全血でCPTチューブに行われた。群1及び群3用の3つのCPTチューブ。群2、4、及び5用の2つのCPTチューブ。
Figure 2022538673000014
Figure 2022538673000015
2.動物の研究-動物の選択と同定
3頭の妊娠した雌ブタが別々のケージの動物施設に配置した。施設内で約30頭の新生子ブタを出産させた。出産後3日目に、各子ブタの右脚に鉄注射を投与した。表9に示すように、3週齢の14頭の耳に印を付けたブタにワクチン接種した。
3.材料
3.1アジュバント
MONTANIDE ISA 201 VG:水中油中水型(W/O/W)エマルジョンの製剤用に開発された鉱油ベースのアジュバントである。これは、特定の濃縮された軽質鉱油と、マンニトールと植物由来の精製オレイン酸から得られた高度に精製された乳化剤がベースとなっている。MONTANIDE ISA 201 VGには、動物由来の成分は含まれていない。MONTANIDE ISA 201 VGを含むワクチン製剤は、短期及び長期の免疫を誘導する。従来のダブルエマルジョンと比較して、MONTANIDE ISA 201 VGエマルジョンは安定しており、粘度が低く、注射が容易である。
ワクチン調製:
ワンステッププロセスで100gのワクチンを調製するために:
1.MONTANIDE ISA 201 VG 50g
2.水性抗原培地50g
大量に調製する場合、MONTANIDE ISA 201VG密度は20℃で約0.83である。
混合する前に、各相を31℃まで加熱する。安定した調製物は、水性媒体を低せん断攪拌下でMONTANIDE ISA 201 VGに混合することによって得られる(温度を30℃以上に維持するため)。配合後、エマルジョンを冷却する。
CARBIGEN(商標)及びPOLYGEN(商標)(Carbigen)は、MVPのポリマー型アジュバントである。その粘膜接着特性のために、CARBIGENは粘膜(例えば、鼻腔内)に不活化された抗原を提示するために特に適用可能である。不活化された抗原とCARBIGENを組み込んだ鼻腔内ワクチンは、ウマ、ブタ、及び小動物において成功裏に使用される。また、それはPCV2抗原のアジュバント添加において並外れた性能を示している。
使用説明:
1.酸に安定な抗原を使用して、1~10%v/vのCARBIGENを抗原に加え、1~8時間よく混合し、10NのNaOHでpHを約7.0に慎重に上げる。*さらに12~24時間混合する。必要に応じて、pHを6.8~7.2に再調整する。
2.酸に不安定な抗原を使用して、ミキサーを備えた容器に10%v/vのCARBIGENを添加する。10NのNaOHを使用してCARBIGENのpHを調整し、抗原が損傷することなく耐えることのできるpHまで下げる。*抗原が耐えることのできるpHが低いほど、アジュバント特性が向上する。アジュバントが適切なpHに調整されたら、総抗原量の約10%を加え、少なくとも30分間混合する。pHは下がる場合がある。pHは再調整し、残りの抗原を添加する。最終pHを6.8~7.2の間に調整する。少なくともさらに12時間(一晩)混合し、必要に応じてpHを再調整する。充填する前にpHを再確認する。粘度を下げるために、少量のNaClまたはPBSを抗原またはCARBIGENに添加してもよい。
*注意:pHを7.5よりも上げないこと。HClまたは他の酸を添加してpHを下げると、NaOHを過剰に添加した場合に、アジュバントの効果が低下する可能性がある。
MVP製品であるEMULSIGEN(登録商標)は、ブタの筋肉内注射と皮下注射の両方でUSDAによって承認された水中油型アジュバントを含む最初のワクチンにおいて使用された。1982年の承認以来、45ヶ国で世界的に使用されており、全ての動物種で一貫して安全かつ効果的であるという確かな実績がある。
使用説明:
1.ほとんどの抗原について、EMULSIGEN-Pを10%~20%(v/v)で使用することが推奨される。
2.EMULSIGEN-Pは、抗原に添加する前に、最大2時間穏やかに混合する必要がある。抗原への添加中は、標準的な装置(例えば、ライトニングミキサーまたはマグネチックスターラー)を使用して、2~24時間穏やかに混合することが推奨される。
3.充填中も穏やかに生成物を混ぜ続け、均一性を確保する。
4.生成物含有EMULSIGEN-Pは、多種多様な動物に筋肉内または皮下投与することができる。
5.最終的なワクチンは、保管中に上部にクリーミング層ができるのが普通である。これは、抗原性または免疫原性に悪影響を及ぼさない。全ての成分を再混合するには、注入前にバイアルを単純に反転させるだけで十分である。
Quil-A(登録商標)アジュバントは、世界のワクチンアジュバント市場をリードするBrenntag BiosectorがGMPで生産し、一貫性と免疫刺激能を確保する独自のプロセスで精製したサポニンアジュバントである。Quil-Aアジュバントは、多種多様な動物用ワクチンにおいて、ならびにヒト及び動物への応用を目的とした免疫学的研究において使用される。Quil-Aアジュバントは、南米の樹木Quillaja saponaria Molinaからのサポニンの水抽出可能な画分を含む。
原液の調製(10mg/ml)
1.Quil-Aアジュバント100mgを量る。清潔な容器に入れる。
2.Quil-Aアジュバント100mgに蒸留水10mlを加える。
3.全ての材料が溶解するまで、マグネチックスターラーを使用して混合する。
4.凍結乾燥粉末を溶解した直後に、0.22ミクロンの滅菌フィルターに通して、クラスB環境の層流(クラスA)下で滅菌容器に入れる。
5.滅菌ろ過後、Quil-Aアジュバント溶液は使用するまで凍結保存する必要がある。凍結融解サイクルが繰り返されないように、アリコートを準備する。
6.アルカリ加水分解のリスクがあるため、Quil-Aアジュバントを8.5を超えるpHにさらさないこと。
TDB:トレハロース-6,6-ジベヘネート(TDB)は、マイコバクテリアの細胞壁成分であるトレハロース6,6’ジミコレート(TDM、コードファクターとしても知られている)の非毒性合成類似体である。
原液懸濁液の調製(1mg/ml)
1.100μLのDMSOを1mgのTBD VacciGradeに添加し、60℃で加熱し(約15~30秒)、ボルテックスする。
2.再懸濁したら、すぐに900μLの滅菌生理食塩水(提示のもの)またはリン酸緩衝生理食塩水(Ca2+及びMg2+を含まないPBS)を加え、60℃で10~15分間加熱し、30秒間ボルテックスしてホモジナイズする。
3.4℃で保存するか、またはすぐに使用できるように緩衝剤を使用して希釈液を調製する。再懸濁した生成物は、4℃で6ヶ月間保存できる。各使用の前に、懸濁液を室温に戻し、30秒間ボルテックスして均質化する。
R848(レシキモド):低分子量のイミダゾキノリン化合物は、強力な抗ウイルス及び抗腫瘍活性を持つ免疫応答修飾因子である。R848は、FDA承認の臨床ワクチン試験でアジュバントとして評価される。
滅菌原液の調製(1mg/mL)
1.5mgのR848 VacciGradeバイアルに5mLのエンドトキシンフリーの生理用水を加えて、1mg/mLの溶液を得た。
2.上下にピペッティングして溶液を混合する。
c-di-GMP:環状ジグアニル酸一リン酸(c-di-GMP)は、細菌によって産生される細胞内シグナル伝達分子である。c-di-GMPの投与は、in vitro及びin vivoで強力な免疫応答を誘発する可能性がある。
滅菌原液の調製(1mg/mL)
1.1mgのc-di-GMP VacciGradeバイアルに1mLのエンドトキシンフリーの生理用水を加えて、1mg/mLの溶液を得た。
2.上下にピペッティングして溶液を混合する。
Poly(I:C)HMW:ポリイノシン酸-ポリシチジル酸は、ウイルス感染に関連する分子パターンである二本鎖RNA(dsRNA)の合成類似体である。天然及び合成の両方のdsRNAは、1型インターフェロン(INF)及び他のサイトカイン産生を誘導することが知られている。Poly(I:C)はTLR3によって認識される。
滅菌原液の調製(1mg/mL)
1.10mgのPoly(I:C)バイアルに10mLのエンドトキシンフリーの生理用水を加えて、1mg/mLの溶液を得た。
2.上下にピペッティングして溶液を混合する。
3.混合物を65~70℃で10分間加熱する。適切なアニーリングを確保するために、溶液を室温で1時間冷却する。
3.2ペプチド
ELISpotスクリーニングで同定された77個のASFV陽性ペプチドは、JPT(Berlin)によって少なくとも70%の純度で化学的に合成された。これらの77個の陽性ペプチド(それぞれがELISpotアッセイにおいて20個以上のスポットを生成した)のうち、18個のペプチドがELISpotスコアに関して「トップ」の陽性として定義された(図1~3)。この試験では、2つのペプチド混合物が試験された。最初の混合物には77個のペプチド全てが含まれており、2番目の混合物には18個の「トップ」ペプチドのみが含まれていた。
各ペプチドの原液は、5mg/mLの濃度で生成された。100μLのDMSOと900μLの注射用水に溶解したペプチド554を除いて、全てのペプチドを1mLの注射用水に溶解した。2つのストックプレートを調製し、ワクチンが調製されるまで-70℃で凍結した。作業は無菌状態で行った。
4.ワクチン調製:
研究中、ワクチン接種は、各群ごとのワクチン接種指示に従って、群ごとに2回実施された(ワクチン接種の時点については表10及び11を参照)。さらに、ワクチンの調製手順は、各ワクチン接種イベントごとに説明される。
群1-Emulsigen Pワクチン中の77個のペプチド
筋肉内ワクチン:125μgの各ペプチドをEmulsigen Pアジュバントと混合して、総量を5mL(5回分)にした。最終用量には、1mLの注入量で各ペプチドから25μgが含まれていた。1mLのワクチンを各ブタの左脚に注射した。
Figure 2022538673000016
群2-Emulsigen Pワクチン中の18個のペプチド
筋肉内ワクチン:125μgの各ペプチドをEmulsigen Pアジュバントと混合して、総量を5mL(5回投与)にした。最終用量には、1mLの注入量で各ペプチドから25μgが含まれていた。1mLのワクチンを各ブタの左脚に注射した。
Figure 2022538673000017
群3-ISA 201とQuil-AとR848とTDBワクチン中の77個のペプチド
筋肉内ワクチン:125μgの各ペプチドを、ISA 201(50%,w/w)、150μgのQuil-A、50μgのR848、及び50μgのTDBと混合して総量を5mL(5回投与)にした。最終用量には、1mLの注入量で各ペプチドから25μgが含まれていた。1mLのワクチンを各ブタの左脚に注射した。
Figure 2022538673000018
群4-ISA 201とQuil-AとR848とTDBワクチン中の18個のペプチド
筋肉内ワクチン:125μgの各ペプチドを、ISA 201(50%,w/w)、150μgのQuil-A、50μgのR848、及び50μgのTDBと混合して総量を5mL(5回投与)にした。最終用量には、1mLの注入量で各ペプチドから25μgが含まれていた。1mLのワクチンを各ブタの左脚に注射した。
Figure 2022538673000019
群1及び3-CarbigenとC-Di-GMPワクチン中の77個のペプチド
鼻腔内ワクチン:120μgの各ペプチドを10%(v/v)のCarbigen、50μgのc-di-GMP、及び50μgのpoly(I:C)と混合して、総量を8mL(8回分)にした。最終用量には、1mLの注入量に15μgの各ペプチドが含まれていた。MAD Nasal Drug Delivery Device(Teleflex)を使用して、0.5mLのワクチンを各ブタの鼻孔に投与した(ブタあたり合計1.0mL)。
Figure 2022538673000020
群2及び4-Carbigenとc-di-GMPワクチン中の18個のペプチド
鼻腔内ワクチン:120μgの各ペプチドを10%(v/v)のCarbigen、50μgのc-di-GMP、及び50μgのpoly(I:C)と混合して、総量を8mL(8回分)にした。最終用量には、1mLの注入量に15μgの各ペプチドが含まれていた。MAD Nasal Drug Delivery Device(Teleflex)を使用して、0.5mLのワクチンを各ブタの鼻孔に投与した。
Figure 2022538673000021
5.採血手順:
表10に示す採血時点(ワクチン接種後)で、群1~4の動物から全血(8mL)をCPTチューブに採取した。
1.作業は可能な限り無菌状態で行った。調製:室温でアルコール70%、ガーゼ、バキュテイナ(20G)、CPTチューブ(容積:8mL)。
2.スネアで動物を拘束し、壁または角にしっかり閉じ込める;あるいは、ブタ類をスリングに入れたり、小さいブタをVトラフに保持したり、入れたりしてもよい。
3.必要に応じて清掃し、表面の汚れ及びごみを取り除く。頸動脈の溝の位置を確認し、肩のポイントと胸骨柄のポイントを合わせる。ベベルを上にして、皮膚に対して垂直に針を挿入する。
4.バキュテイナを使用する場合は、針を挿入したら、針を安定させ、バキュテイナチューブをハブに押し込む。静脈に当たっていれば、血液はチューブに自然に流れ込む。充填されたチューブを取り外し、新しいチューブと交換することにより、複数のチューブを充填できる。
5.静脈を見逃した場合は、バキュテイナを付けたまま、血管が貫通するまで慎重に針を刺し直すことができる。血管はかなり深く、針から逃げる可能性がある。通常、動物への苦痛と静脈への潜在的な損傷を最小限に抑えるために、一度に2~3回の試行を行う必要がある。
6.あるいは、針とシリンジを使用することもできる。使用する前に軽く引いて、シリンジのシールを破る。
7.空気を抜き、針をシリンジに取り付けたまま、90°の角度でしっかりと針を挿入し、シリンジを吸引して挿入を確認し、血液を採取する。
8.採取が完了したら、バキュテイナチューブを取り外す。次に、注射部位に圧力をかけ、針を取り外す。承認されたシャープスコンテナに針を捨てる。
9.CPTチューブに入れた血液は、室温で保管すること。血液試料は、IIBRまたはPhibroのメンバーによって1時間以内に収集される。
10.十分な止血を行うため、30~60秒間圧迫すること。
6.包含/除外基準と包含後の削除基準:
包含:病気の徴候のない臨床的及び行動的に健康な動物。動物は最低1週間の順応後に実験を開始した。順応期間中、動物は検査を受け、健康に見え続けた場合にのみ実験を開始した。
除外:実験に関係のない広範囲の負傷及び/または病気を有する動物。ワクチン接種手順による病気(食欲不振など)。
有害事象の報告と記録:ブタは1日2回検査を受けた。有害事象は文書化され、研究責任者に通知された。
7.動物の管理と飼育:
研究で使用された動物の健康状態は、順応期間に入る前、研究の開始点の1週間前に決定された。健康な動物のみが、研究開始前の7日間、実験室条件に順応させた。ブタは群ケージに入れられた(実験群に応じて)。
動物の取り扱いは、国立衛生研究所(NIH)及びIsraeli Council for Experiments on Animalsのガイドラインに従って実施された。動物は、アクセスが制限された大型動物ユニット(Biotech Farm Site)内で、コンクリート床の飼育小屋に収容された。飼育小屋は、1日1回、週6日清掃された。
動物には、市販の子ブタ用の飼料、子ブタ用の医療用プレスターター(Kefar yeoshua’feedmil,Kefar yeoshua’,Israel)を1日2回、1日当たり所定の豚の体重の約2~4%与え、ブタは自動給水弁から供給される飲料水を自由摂取できるようにした。環境条件は、温度を24±6℃に維持し、相対湿度(RH)を約30~70%、12時間の明期と12時間の暗期のサイクルに設定した。RHと温度は毎日記録した。
8.試験担当者の安全性:
この研究で使用された手順は、オペレーターにとってリスクが低いと考えられている。全ての手順は、必要な全ての保護装置を使用して実施した。こぼれたものが浸透するのを防ぐため、フェイスマスクを使用した。
研究生成物の廃棄:Biotech farmが承認した手順による。
研究動物の廃棄:Biotech farmが承認した手順による。
9.ワクチン接種の評価:
ワクチン接種後のいくつかの時点で、血液をCPTチューブに収集し、末梢血単核細胞(PBMC)を分離して細胞性免疫応答を測定した。細胞(ウェルあたり2.5*105、5*105、1*106)を各ペプチドとインキュベートした。陽性対照はコンカナバリンA(ConA)であり、陰性対照は培地のみとした。ELISpotアッセイは、CTLまたはMabTech IFNγ ELISPOTキットを使用して実施した。
開示された発明の原理が適用され得る多くの可能な実施形態を考慮すると、当業者であれば、例示された実施形態は本発明の好ましい例に過ぎず、本発明の範囲を限定するものと見なすべきではないことを認識することができる。むしろ、本発明の範囲は、以下の特許請求の範囲により定義される。したがって、これらの請求項の範囲及び趣旨に該当する全てのものを本発明者らの発明として主張する。
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Claims (58)

  1. 配列番号2~2273から選択されるアミノ酸配列を含むペプチド。
  2. 前記ペプチドが、
    5~50アミノ酸長、
    6~40アミノ酸長、
    8~30アミノ酸長、
    10~20アミノ酸長、または
    8~11アミノ酸長である、請求項1に記載のペプチド。
  3. 前記ペプチドが、本質的に、配列番号2~2273から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項1に記載のペプチド。
  4. 配列番号2310~2335から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1に記載のペプチド。
  5. 前記ペプチドが、本質的に、配列番号2310~2335から選択されるアミノ酸配列からなる、請求項4に記載のペプチド。
  6. 前記ペプチドが、グリコシル化、PEG化、脂質化、環化、アセチル化、アミド化、またはコンジュゲートされた、D-アミノ酸の取り込みを受けた、またはそれらの組み合わせである、請求項1~5に記載のペプチド。
  7. 請求項1~6に記載の少なくとも1つのペプチドを含む、免疫原性組成物。
  8. 治療有効量のシナモン抽出溶液、前記シナモン抽出溶液の画分、前記シナモン抽出溶液の沈殿物、及び/またはそれらの組み合わせをさらに含む、請求項3に記載の組成物。
  9. アジュバント、担体、少なくとも1つの追加の治療薬、またはそれらの組み合わせから選択される少なくとも1つの追加の成分をさらに含む、請求項7~8に記載の組成物。
  10. 前記組成物が、油性アジュバント、水中油型アジュバント、油中水型アジュバント、水中油中水型アジュバント、免疫刺激複合体(ISCOM)、リポソーム、多糖類、誘導体化多糖類、オリゴヌクレオチド、サイトカイン、細菌誘導体、ウイルス誘導体、水酸化アルミニウム、水酸化カリウム、完全フロイントアジュバント、不完全フロイントアジュバント、サポニン、スクアレン、ゲルアジュバント、またはカルボマー系アジュバントから選択される少なくとも1つの材料を含む、請求項7~9に記載の組成物。
  11. 注射、エアロゾル送達、鼻腔内投与、経口投与、局所投与、またはそれらの組み合わせによる投与のために製剤化された、請求項7~10のいずれか一項に記載の組成物。
  12. ブタ類への投与のために製剤化された、請求項7~11に記載の組成物。
  13. 2つ以上のペプチドを含む、請求項7~12に記載の組成物。
  14. 前記少なくとも1つのペプチドが、配列番号2、3、7、11、17、18、21、57、67、69、70、94、95、97、98、99、100、102、103、109、110、113、124、138、139、147、149、154、159、161、162、163、169、171、172、179、186、187、188、189、191、195、198、201、202、205、231、234、241、247、251、253、257、266、269、270、274、275、278、279、280、283、287、293、294、297、309、321、328、329、330、333、335、343、345、357、370、371、375、379、385、386、389、425、429、435、437、447、462、463、467、469、471、477、478、481、517、527、554、555、557、559、563、569、570、573、608、609、619、621、625、633、646、647、651、655、661、662、665、675、687、701、703、711、713、724、725、726、735、746、750、756、762、769、770、771、784、788、790、810、815、816、818、819、823、825、826、827、842、848、849、860、863、865、869、872、880、896、908、917、918、920、921、923、925、926、931、934、954、955、960、962、963、971、972、986、991、1000、1006、1009、1010、1013、1026、1028、1035、1047、1048、1049、1064、1065、1090、1091、1092、1094、1101、1102、1106、1107、1118、1129、1139、1141、1156、1184、1187、1193、1194、1196、1202、1203、1204、1210、1227、1228、1231、1239、1248、1264、1265、1276、1277、1278、1279、1285、1286、1287、1288、1295、1296、1302、1318、1319、1323、1329、1338、1340、1345、1347、1348、1366、1368、1369、1370、1372、1375、1377、1378、1379、1382、1385、1388、1389、1390、1394、1399、1400、1413、1415、1426、1432、1436、1437、1438、1441、1448、1452、1454、1460、1461、1468、1469、1470、1471、1472、1480、1482、1483、1484、1485、1488、1491、1492、1499、1500、1501、1503、1507、1508、1509、1510、1511、1512、1514、1517、1518、1523、1528、1531、1541、1543、1544、1556、1557、1564、1566、1567、1571、1573、1574、1576、1577、1580、1592、1601、1619、1627、1628、1630、1631、1633、1648、1649、1651、1658、1666、1668、1669、1684、1685、1693、1698、1701、1706、1719、1736、1744、1749、1750、1758、1759、1760、1761、1776、1785、1823、1824、1828、1835、1836、1840、1849、1850、1852、1853、1863、1864、1868、1872、1873、1875、1877、1880、1882、1896、1897、1905、1908、1911、1912、1916、1923、1929、1941、1942、1944、1945、1953、1960、1969、1982、1986、1989、1991、2032、2034、2036、2037、2038、2044、2052、2053、2061、2068、2075、2076、2080、2087、2092、2097、2099、2103、2104、2118、2125、2126、2127、2128、2129、2134、2144、2146、2153、2159、2166、2175、2183、2185、2205、2211、2213、2214、2218、2220、2221、2222、2223、2225、2228、2229、2236、2239、2241、2242、2245、2247、2251、2252、2253、2255、2262、2265、2266、またはそれらの組み合わせから選択される、請求項7~13のいずれか一項に記載の組成物。
  15. 前記少なくとも1つのペプチドが、配列番号56、64、66、69、70、84、85、241、275、278、279、280、283、285、297、309、321、328、329、335、357、369、386、439、447、449、458、467、469、478、523、534、554、557、565、585、607、608、625、633、635、641、647、653、703、724、725、726、743、744、756、757、769、784、827、835、836、839、842、847、848、849、857、860、865、869、872、880、884、888、889、896、906、908、920、921、923、925、926、931、954、960、962、963、971、977、1001、1006、1019、1020、1024、1033、1049、1065、1080、1090、1091、1106、1107、1111、1120、1127、1129、1139、1141、1150、1151、1159、1172、1184、1187、1188、1196、1204、1205、1207、1212、1227、1228、1264、1265、1278、1279、1287、1288、1295、1296、1345、1347、1348、1370、1372、1375、1379、1388、1390、1394、1400、1413、1436、1437、1454、1459、1461、1468、1472、1483、1484、1488、1491、1499、1501、1503、1507、1509、1510、1511、1512、1514、1517、1519、1523、1528、1531、1543、1544、1556、1566、1567、1571、1573、1580、1619、1627、1628、1630、1631、1633、1648、1649、1651、1658、1685、1693、1701、1706、1718、1736、1749、1750、1753、1759、1761、1767、1783、1810、1814、1823、1824、1828、1830、1835、1836、1840、1841、1852、1864、1873、1875、1880、1912、1923、1941、1950、1952、1955、1982、1986、1989、1991、2037、2038、2075、2092、2118、2125、2126、2127、2134、2137、2139、2140、2141、2142、2146、2159、2166、2171、2175、2181、2183、2185、2193、2194、2197、2205、2211、2213、2222、2223、2225、2241、2242、2251、2252、2265、2266、またはそれらの組み合わせから選択される、請求項7~13のいずれか一項に記載の組成物。
  16. 前記少なくとも1つのペプチドが、配列番号1、2、3、8、9、18、26、32、36、37、67、69、70、81、84、87、89、93、94、99、100、101、118、124、128、129、159、173、180、185、186、187、192、193、210、220、221、265、268、271、272、275、277、278、279、283、284、285、294、302、308、312、313、343、357、360、363、364、365、369、370、371、375、377、386、394、400、404、405、435、447、449、452、455、456、457、461、462、463、467、468、469、478、486、492、496、497、527、529、541、544、547、548、549、553、554、559、561、570、578、584、588、589、619、621、633、636、639、640、645、647、651、652、653、662、670、680、681、711、713、728、731、732、743、773、796、822、828、885、888、914、927、957、1012、1019、1049、1064、1069、1096、1104、1106、1111、1141、1156、1188、1196、1203、1233、1248、1253、1256、1280、1282、1288、1295、1325、1340、1345、1348、1372、1374、1380、1437、1440、1464、1472、1512、1531、1543、1556、1560、1561、1584、1623、1635、1652、1653、1676、1715、1740、1744、1745、1823、1832、1836、1860、1865、1911、1924、1929、1952、1991、2020、2021、2044、2049、2112、2113、2136、2204、2205、またはそれらの組み合わせから選択される、請求項7~13のいずれか一項に記載の組成物。
  17. 前記少なくとも1つのペプチドが、配列番号32、67、69、70、101、128、187、278、279、363、377、400、404、435、447、449、455、456、457、461、462、463、467、468、469、478、486、492、496、497、527、529、541、544、547、548、549、553、554、561、578、584、589、619、621、633、636、639、640、645、651、652、653、662、670、711、713、743、1049、1106、1156、1248、1253、1280、1282、1288、1437、1440、1531、1556、1560、1561、1584、1991、2021、2112、2204、またはそれらの組み合わせから選択される、請求項7~13のいずれか一項に記載の組成物。
  18. 前記少なくとも1つのペプチドが、配列番号67、69、70、279、435、461、469、478、486、547、548、549、561、589、639、652、653、1253、またはそれらの組み合わせから選択される、請求項7~13のいずれか一項に記載の組成物。
  19. 請求項1~9に記載の2~500ペプチド、
    請求項1~9に記載の2~250ペプチド、
    請求項1~15に記載の2~100ペプチド、または
    請求項1~15に記載の8~15ペプチドを含む、請求項7~18のいずれか一項に記載の免疫原性組成物。
  20. 配列番号2~2273から選択されるアミノ酸配列を含む少なくとも1つのペプチドをコードする単離された核酸分子。
  21. 前記少なくとも1つのペプチドが、配列番号2、3、7、11、17、18、21、57、67、69、70、94、95、97、98、99、100、102、103、109、110、113、124、138、139、147、149、154、159、161、162、163、169、171、172、179、186、187、188、189、191、195、198、201、202、205、231、234、241、247、251、253、257、266、269、270、274、275、278、279、280、283、287、293、294、297、309、321、328、329、330、333、335、343、345、357、370、371、375、379、385、386、389、425、429、435、437、447、462、463、467、469、471、477、478、481、517、527、554、555、557、559、563、569、570、573、608、609、619、621、625、633、646、647、651、655、661、662、665、675、687、701、703、711、713、724、725、726、735、746、750、756、762、769、770、771、784、788、790、810、815、816、818、819、823、825、826、827、842、848、849、860、863、865、869、872、880、896、908、917、918、920、921、923、925、926、931、934、954、955、960、962、963、971、972、986、991、1000、1006、1009、1010、1013、1026、1028、1035、1047、1048、1049、1064、1065、1090、1091、1092、1094、1101、1102、1106、1107、1118、1129、1139、1141、1156、1184、1187、1193、1194、1196、1202、1203、1204、1210、1227、1228、1231、1239、1248、1264、1265、1276、1277、1278、1279、1285、1286、1287、1288、1295、1296、1302、1318、1319、1323、1329、1338、1340、1345、1347、1348、1366、1368、1369、1370、1372、1375、1377、1378、1379、1382、1385、1388、1389、1390、1394、1399、1400、1413、1415、1426、1432、1436、1437、1438、1441、1448、1452、1454、1460、1461、1468、1469、1470、1471、1472、1480、1482、1483、1484、1485、1488、1491、1492、1499、1500、1501、1503、1507、1508、1509、1510、1511、1512、1514、1517、1518、1523、1528、1531、1541、1543、1544、1556、1557、1564、1566、1567、1571、1573、1574、1576、1577、1580、1592、1601、1619、1627、1628、1630、1631、1633、1648、1649、1651、1658、1666、1668、1669、1684、1685、1693、1698、1701、1706、1719、1736、1744、1749、1750、1758、1759、1760、1761、1776、1785、1823、1824、1828、1835、1836、1840、1849、1850、1852、1853、1863、1864、1868、1872、1873、1875、1877、1880、1882、1896、1897、1905、1908、1911、1912、1916、1923、1929、1941、1942、1944、1945、1953、1960、1969、1982、1986、1989、1991、2032、2034、2036、2037、2038、2044、2052、2053、2061、2068、2075、2076、2080、2087、2092、2097、2099、2103、2104、2118、2125、2126、2127、2128、2129、2134、2144、2146、2153、2159、2166、2175、2183、2185、2205、2211、2213、2214、2218、2220、2221、2222、2223、2225、2228、2229、2236、2239、2241、2242、2245、2247、2251、2252、2253、2255、2262、2265、2266、またはそれらの組み合わせから選択される、請求項20に記載の単離された核酸分子。
  22. 前記少なくとも1つのペプチドが、配列番号56、64、66、69、70、84、85、241、275、278、279、280、283、285、297、309、321、328、329、335、357、369、386、439、447、449、458、467、469、478、523、534、554、557、565、585、607、608、625、633、635、641、647、653、703、724、725、726、743、744、756、757、769、784、827、835、836、839、842、847、848、849、857、860、865、869、872、880、884、888、889、896、906、908、920、921、923、925、926、931、954、960、962、963、971、977、1001、1006、1019、1020、1024、1033、1049、1065、1080、1090、1091、1106、1107、1111、1120、1127、1129、1139、1141、1150、1151、1159、1172、1184、1187、1188、1196、1204、1205、1207、1212、1227、1228、1264、1265、1278、1279、1287、1288、1295、1296、1345、1347、1348、1370、1372、1375、1379、1388、1390、1394、1400、1413、1436、1437、1454、1459、1461、1468、1472、1483、1484、1488、1491、1499、1501、1503、1507、1509、1510、1511、1512、1514、1517、1519、1523、1528、1531、1543、1544、1556、1566、1567、1571、1573、1580、1619、1627、1628、1630、1631、1633、1648、1649、1651、1658、1685、1693、1701、1706、1718、1736、1749、1750、1753、1759、1761、1767、1783、1810、1814、1823、1824、1828、1830、1835、1836、1840、1841、1852、1864、1873、1875、1880、1912、1923、1941、1950、1952、1955、1982、1986、1989、1991、2037、2038、2075、2092、2118、2125、2126、2127、2134、2137、2139、2140、2141、2142、2146、2159、2166、2171、2175、2181、2183、2185、2193、2194、2197、2205、2211、2213、2222、2223、2225、2241、2242、2251、2252、2265、2266、またはそれらの組み合わせから選択される、請求項20に記載の単離された核酸分子。
  23. 前記少なくとも1つのペプチドが、配列番号1、2、3、8、9、18、26、32、36、37、67、69、70、81、84、87、89、93、94、99、100、101、118、124、128、129、159、173、180、185、186、187、192、193、210、220、221、265、268、271、272、275、277、278、279、283、284、285、294、302、308、312、313、343、357、360、363、364、365、369、370、371、375、377、386、394、400、404、405、435、447、449、452、455、456、457、461、462、463、467、468、469、478、486、492、496、497、527、529、541、544、547、548、549、553、554、559、561、570、578、584、588、589、619、621、633、636、639、640、645、647、651、652、653、662、670、680、681、711、713、728、731、732、743、773、796、822、828、885、888、914、927、957、1012、1019、1049、1064、1069、1096、1104、1106、1111、1141、1156、1188、1196、1203、1233、1248、1253、1256、1280、1282、1288、1295、1325、1340、1345、1348、1372、1374、1380、1437、1440、1464、1472、1512、1531、1543、1556、1560、1561、1584、1623、1635、1652、1653、1676、1715、1740、1744、1745、1823、1832、1836、1860、1865、1911、1924、1929、1952、1991、2020、2021、2044、2049、2112、2113、2136、2204、2205、またはそれらの組み合わせから選択される、請求項20に記載の単離された核酸分子。
  24. 前記少なくとも1つのペプチドが、配列番号32、67、69、70、101、128、187、278、279、363、377、400、404、435、447、449、455、456、457、461、462、463、467、468、469、478、486、492、496、497、527、529、541、544、547、548、549、553、554、561、578、584、589、619、621、633、636、639、640、645、651、652、653、662、670、711、713、743、1049、1106、1156、1248、1253、1280、1282、1288、1437、1440、1531、1556、1560、1561、1584、1991、2021、2112、2204、またはそれらの組み合わせから選択される、請求項20に記載の単離された核酸分子。
  25. 前記少なくとも1つのペプチドが、配列番号67、69、70、279、435、461、469、478、486、547、548、549、561、589、639、652、653、1253、またはそれらの組み合わせから選択される、請求項20に記載の単離された核酸分子。
  26. 前記少なくとも1つのペプチドが、配列番号2274~2309のいずれか1つ以上の核酸配列によってコードされる、請求項20に記載の単離された核酸分子。
  27. 配列番号2310~2335から選択されるアミノ酸配列を含む少なくとも1つのペプチドをコードする、請求項20に記載の単離された核酸分子。
  28. 配列番号2~2273から選択されるアミノ酸配列を含む、追加の少なくとも1つのペプチドをさらにコードする、請求項27に記載の単離された核酸分子。
  29. 前記核酸がDNAである、前記核酸がRNAである、または前記核酸がDNA及びRNAの両方を含む、請求項20~28に記載の単離された核酸分子。
  30. 1つ以上の前記ペプチドの間に位置する1つ以上のスペーサー配列をさらに含み、前記スペーサー配列がGPGPG、AAY、またはそれらの組み合わせを含む、請求項20~29に記載の単離された核酸分子。
  31. 前記核酸分子が、発現制御配列、選択関連配列、複数のクローニング部位を含む配列、またはそれらの組み合わせに作動可能に連結される、請求項20~30に記載の単離された核酸分子。
  32. 請求項20~31のいずれか一項に記載の単離された核酸分子を含むベクター。
  33. 前記ベクターがウイルスベクターであり、前記ウイルスがヘルペスウイルス、アデノウイルス、サーコウイルス、アルファウイルス、オルソポックスウイルス、アブラウイルス、またはポックスウイルスである、請求項32に記載のベクター。
  34. 前記ウイルスが、仮性狂犬病ウイルス、ブタサーコウイルス、シンドビスウイルス、ワクシニアウイルス、ニューカッスルウイルス、またはスイポックスウイルスである、請求項33に記載のウイルスベクター。
  35. 請求項32~34に記載のベクターを含む、単離された宿主細胞。
  36. 前記細胞が、
    組換え酵母細胞、
    Saccharomyces属もしくはPichia属から選択された組換え酵母細胞、または
    Saccharomyces cerevisiaeもしくはPichia pastorisから選択された組換え酵母細胞である、請求項35に記載の単離された宿主細胞。
  37. 前記細胞が、
    組換え細菌細胞、
    Salmonella、Escherichia、Listeria、Shigella、Pseudomonas、Bordetella、Bacillus、Yersinia、Mycobacterium、Lactobacillus、Lactococcus、もしくはVibrioから選択される組換え細菌細胞、または
    Salmonella enterica、Escherichia coli、Listeria monocytogenes、Shigella flexneri、Pseudomonas aeruginosa、Bacillus subtilis、Yersinia enterocolitica、Mycobacterium smegmatis、Mycobacterium bovis、Lactococcus lactis、もしくはVibrio anguillarumから選択される組換え細菌細胞である、請求項35に記載の単離された宿主細胞。
  38. 組成物であって、
    請求項20~31に記載の単離された核酸分子、請求項32~34に記載のベクター、請求項35~37に記載の宿主細胞、またはそれらの組み合わせと、
    アジュバント、担体、別の治療薬、及びそれらの組み合わせから選択される追加の成分と、を含む、前記組成物。
  39. 治療有効量のシナモン抽出溶液、シナモン抽出溶液の分離画分、シナモン抽出溶液からの沈殿物、及び/またはそれらの組み合わせをさらに含む、請求項38に記載の組成物。
  40. 注射、エアロゾル送達、鼻腔内投与、経口投与、局所投与、またはそれらの組み合わせによる投与のために製剤化された、請求項38~39のいずれか一項に記載の組成物。
  41. ブタ類への投与のために製剤化された、請求項38~40のいずれか一項に記載の組成物。
  42. 請求項1~41のいずれかに記載の、有効量の1つ以上のペプチド、組成物、単離された核酸、ベクター、宿主細胞、またはそれらの組み合わせを動物に投与することを含む、方法。
  43. 前記動物がブタ類である、請求項42に記載の方法。
  44. 請求項1~41のいずれか一項に記載の、有効量の1つ以上のペプチド、組成物、単離された核酸、ベクター、宿主細胞、またはそれらの組み合わせの投与の前、同時、または後に、治療薬、弱毒生ASFVワクチン、治療有効量のシナモン抽出溶液、シナモン抽出溶液の画分、シナモン抽出溶液の沈殿物、及びそれらの組み合わせを前記動物に投与することをさらに含む、請求項42~43に記載の方法。
  45. 前記方法が、
    前記動物におけるASFVによる感染を軽減もしくは予防する、
    ASFに関連する少なくとも1つの症状を軽減もしくは改善する、または
    その両方を行う、請求項42~44に記載の方法。
  46. 注射、エアロゾル送達、鼻腔内投与、経口投与、局所投与、またはそれらの組み合わせによる、前記1つ以上のペプチド、組成物、単離された核酸、ベクター、宿主細胞、またはそれらの組み合わせの投与を含む、請求項42~45に記載の方法。
  47. 請求項1~41に記載の、1つ以上のペプチド、組成物、単離された核酸、ベクター、宿主細胞、またはそれらの組み合わせを含む、容器。
  48. 前記容器が、シリンジ、バイアル、チューブ、アンプル、カプセル、またはボトルである、請求項47に記載の容器。
  49. 請求項47~48の容器を含むキット。
  50. 前記1つ以上のペプチド、組成物、単離された核酸、ベクター、宿主細胞、またはそれらの組み合わせの、その投与に関する指示書、またはその成分の説明書、またはその両方をさらに含む、請求項49に記載のキット。
  51. 前記1つ以上のペプチド、組成物、単離された核酸、ベクター、宿主細胞、またはそれらの組み合わせを、動物に投与するための1つ以上のデバイスをさらに含む、請求項49~50に記載のキット。
  52. 前記シナモン抽出物の1つ以上の活性抗ウイルス画分が280nmで15~20ODの吸光度を有する、及び/または分子量が10kDaより大きい1つ以上の物質を含む、請求項7~19及び38~41に記載の組成物。
  53. ウイルスに感染した対象を治療するための方法であって、
    請求項1~6に記載の治療有効量の少なくとも1つのペプチド、
    請求項7~19及び38~41のいずれか一項に記載の治療有効量の免疫原性組成物、
    請求項32~34に記載の治療有効量のベクター、
    請求項35~37に記載の治療有効量の宿主細胞、またはそれらの組み合わせを、それを必要とする対象に投与することを含む、前記方法。
  54. シナモン抽出物、前記シナモン抽出物の1つ以上の画分、前記シナモン抽出物の1つ以上の沈殿物、またはそれらの組み合わせを組み合わせて提供することをさらに含む、請求項53に記載の方法。
  55. 提供することが、
    前記シナモン抽出物、前記シナモン抽出物の前記1つ以上の画分、前記シナモン抽出物の前記1つ以上の沈殿物、またはそれらの組み合わせを形成することと、
    (a)前記シナモン抽出物、前記シナモン抽出物の前記1つ以上の画分、前記シナモン抽出物の前記1つ以上の沈殿物、またはそれらの組み合わせ、ならびに(b)請求項1~6に記載の1つ以上のペプチド、請求項7~19及び38~41に記載の組成物、請求項20~31に記載の単離された核酸分子、請求項32~34に記載のベクター、請求項35~37に記載の宿主細胞、またはそれらの組み合わせ、を含む組成物を形成することと、
    (a)前記シナモン抽出物、前記シナモン抽出物の前記1つ以上の画分、前記シナモン抽出物の前記1つ以上の沈殿物、またはそれらの組み合わせ、ならびに(b)請求項1~6に記載の1つ以上のペプチド、請求項7~19及び38~41に記載の組成物、請求項20~31に記載の単離された核酸分子、請求項32~34に記載のベクター、請求項35~37に記載の宿主細胞、またはそれらの組み合わせ、を含む前記組成物を前記対象に提供することと、を含む請求項54に記載の方法。
  56. ASFVウイルス及びシナモン抽出物を含む、中和されたウイルス組成物。
  57. シナモン抽出物で中和されたAFSVウイルス組成物を提供することと、
    前記組成物を対象にワクチン接種することと、を含む方法。
  58. 前記対象がブタ類である、請求項57に記載の方法。
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