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JP2022505921A - Cll1を標的とする抗体およびその応用 - Google Patents

Cll1を標的とする抗体およびその応用 Download PDF

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JP2022505921A JP2021523007A JP2021523007A JP2022505921A JP 2022505921 A JP2022505921 A JP 2022505921A JP 2021523007 A JP2021523007 A JP 2021523007A JP 2021523007 A JP2021523007 A JP 2021523007A JP 2022505921 A JP2022505921 A JP 2022505921A
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ワン,ペン
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Cafa Therapeutics Ltd
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Abstract

Figure 2022505921000001
本発明は、CLL1を標的とする抗体およびその応用を提供する。本発明によって提供されるCLL1特異的抗体は、CLL1に対してより高い親和性を有し、キメラ抗原受容体修飾のT細胞に調製された後、CLL1を発現する細胞に対して明らかな殺傷効果を有する。

Description

本発明は、腫瘍免疫治療または診断の分野に属し、より具体的には、本発明は、CLL1を標的とする抗体およびその応用に関する。
急性骨髄性白血病(AML)は、成ヒトの急性白血病の最も一般的なタイプである。最も伝統的な治療方法は、同種造血幹細胞移植であるが、移植の初期または後期に関連する合併症が存在し、同時に手術後再発の可能性が存在する。現在、AMLを治療する化学療法薬物には、主にダウノルビシン(DNR)、イダルビシン(デメトキシダウノマイシン)、およびシタラビン等があり、化学療法や放射線療法は、ある程度AMLに明らかな阻害効果があるが、副作用が強く、再発しやすいため、臨床コンプライアンスに影響を及ぼすため、AMLに対する新しい治療法が急務となっている。
ヒトC型レクチン様分子1(CLL1)は、II型膜貫通タンパク質であり、それの発現は、骨髄性細胞およびほとんどのAML細胞に限定される。さらに、CLL1は、白血病幹細胞(LSCs)で発現するが、造血幹細胞(HSCs)では発現せず、従って、CLL1は、AMLを治療する潜在的な標的である。
現在、研究者らは、例えば、CN104736562Bが抗CLL1抗体を開示する等の、抗CLL1抗体の研究を行っているが、市場には、AMLの治療に使用できる抗CLL1抗体がない。
本発明の目的は、CLL1を標的とする特異的抗体を提供することである。
第1の態様において、本発明は、CLL1を標的とする抗体を提供し、前記抗体は、
SYXMXに示されるHCDR1、XSGGSTXYAX1011Gに示されるHCDR2、およびSEQ ID NO:40または41に示されるHCDR3、ならびにRASQSISSX12LX13に示されるLCDR1、X14ASX15LX16Sに示されるLCDR2、およびQQX17YSX18PX1920Tに示されるLCDR3を有し、
ここで、前記Xは、AまたはYから選択され、Xは、SまたはHから選択され、Xは、AまたはIであり、Xは、IまたはFから選択され、Xは、SまたはNから選択され、Xは、GまたはPから選択され、Xは、YまたはSから選択され、Xは、DまたはQから選択され、Xは、SまたはKから選択され、X10は、VまたはFから選択され、X11は、KまたはQから選択され、X12は、WまたはYから選択され、X13は、AまたはNから選択され、X14は、DまたはVから選択され、X15は、NまたはSから選択され、X16は、EまたはQから選択され、X17は、YまたはSから選択され、X18は、YまたはTから選択され、X19は、MまたはLから選択され、X20は、Iであるか、または存在しない。
好ましい実施形態において、前記抗体は、
(1)その重鎖可変領域がSEQ ID NO:35または36に示されるHCDR1を含むか、および/またはSEQ ID NO:37、38または39に示されるHCDR2を含むか、および/またはSEQ ID NO:40または41に示されるHCDR3を含む抗体、
(2)その軽鎖可変領域がSEQ ID NO:42、43または44に示されるLCDR1を含むか、および/またはSEQ ID NO:45、46、47または48に示されるLCDR2を含むか、および/またはSEQ ID NO:49または50に示されるLCDR3を含む抗体、
(3)(1)に記載の重鎖可変領域および(2)に記載の軽鎖可変領域を含む抗体、および
(4)(1)~(3)のいずれか1項に記載の抗体と同じまたは類似の活性を有する(1)~(3)のいずれか1項に記載の抗体の変異体からなる群から選択される。
好ましい実施形態において、前記抗体LCDR1には、RASQSISSX12LX13からRASQWIARX12LX13への突然変異が生じており、好ましくは、前記突然変異したLCDR1の配列は、SEQ ID NO:44に示される。
好ましい実施形態において、前記抗体HCDR2のXは、AISGまたはIFNPである。
好ましい実施形態において、前記抗体HCDR2には、XSGGSTXYAX1011GからXGGGSTXYAX1011Gへの突然変異が生じており、好ましくは、前記突然変異されたHCDR2の配列は、SEQ ID NO:39に示される。
好ましい実施形態において、前記抗体は、
(1)SEQ ID NO:35に示されるHCDR1、SEQ ID NO:37に示されるHCDR2、およびSEQ ID NO:40に示されるHCDR3、ならびにSEQ ID NO:42に示されるLCDR1、SEQ ID NO:45に示されるLCDR2、およびSEQ ID NO:49に示されるLCDR3を含む抗体、
(2)SEQ ID NO:36に示されるHCDR1、SEQ ID NO:38に示されるHCDR2、およびSEQ ID NO:41に示されるHCDR3、ならびにSEQ ID NO:43に示されるLCDR1、SEQ ID NO:46に示されるLCDR2、およびSEQ ID NO:50に示されるLCDR3を含む抗体、
(3)SEQ ID NO:35に示されるHCDR1、SEQ ID NO:37に示されるHCDR2、およびSEQ ID NO:40に示されるHCDR3、ならびにSEQ ID NO:44に示されるLCDR1、SEQ ID NO:47に示されるLCDR2、およびSEQ ID NO:49に示されるLCDR3を含む抗体、
(4)SEQ ID NO:36に示されるHCDR1、SEQ ID NO:38に示されるHCDR2、およびSEQ ID NO:41に示されるHCDR3、ならびにSEQ ID NO:43に示されるLCDR1、SEQ ID NO:48に示されるLCDR2、およびSEQ ID NO:50に示されるLCDR3を含む抗体、
(5)SEQ ID NO:36に示されるHCDR1、SEQ ID NO:39に示されるHCDR2、およびSEQ ID NO:41に示されるHCDR3、ならびにSEQ ID NO:43に示されるLCDR1、SEQ ID NO:48に示されるLCDR2、およびSEQ ID NO:50に示されるLCDR3を含む抗体、および
(6)(1)~(5)のいずれか1項に記載の抗体と同じまたは類似の活性を有する(1)~(5)のいずれか1項に記載の抗体の変異体から選択される。
好ましい実施形態において、前記抗体は、
(1)重鎖可変領域には、SEQ ID NO:1に示されるアミノ酸配列、SEQ ID NO:5に示されるアミノ酸配列、SEQ ID NO:13に示されるアミノ酸配列、SEQ ID NO:67に示されるアミノ酸配列、SEQ ID NO:68に示されるアミノ酸配列、SEQ ID NO:69に示されるアミノ酸配列を有する抗体、
(2)軽鎖可変領域には、SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列、SEQ ID NO:7に示されるアミノ酸配列、SEQ ID NO:11に示されるアミノ酸配列、SEQ ID NO:15に示されるアミノ酸配列を有する抗体、
(3)(1)に記載の抗体の重鎖可変領域および(2)に記載の抗体の軽鎖可変領域を含む抗体、および
(4)(1)~(3)のいずれか1項に記載の抗体と同じまたは類似の活性を有する(1)~(3)のいずれか1項に記載の抗体の変異体から選択される。
好ましい実施形態において、前記抗体は、
(1)重鎖可変領域には、SEQ ID NO:1に示されるアミノ酸配列を有し、軽鎖可変領域には、SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列を有する抗体、
(2)重鎖可変領域には、SEQ ID NO:5に示されるアミノ酸配列を有し、軽鎖可変領域には、SEQ ID NO:7に示されるアミノ酸配列を有する抗体、
(3)重鎖可変領域には、SEQ ID NO:1に示されるアミノ酸配列を有し、軽鎖可変領域には、SEQ ID NO:11に示されるアミノ酸配列を有する抗体、
(4)重鎖可変領域には、SEQ ID NO:13に示されるアミノ酸配列を有し、軽鎖可変領域には、SEQ ID NO:15に示されるアミノ酸配列を有する抗体、
(5)重鎖可変領域には、SEQ ID NO:5に示されるアミノ酸配列を有し、軽鎖可変領域には、SEQ ID NO:15に示されるアミノ酸配列を有する抗体、および
(6)(1)~(5)のいずれか1項に記載の抗体と同じまたは類似の活性を有する(1)~(5)のいずれか1項に記載の抗体の変異体から選択される。
好ましい実施形態において、前記抗体の軽鎖可変領域には、SEQ ID NO:43に示されるLCDR1、SEQ ID NO:48に示されるLCDR2、およびSEQ ID NO:50に示されるLCDR3を有し、
好ましくは、前記軽鎖可変領域には、SEQ ID NO:15に示されるアミノ酸配列を有し、
より好ましくは、前記抗体の軽鎖可変領域には、SEQ ID NO:15に示されるアミノ酸配列を有し、前記抗体の重鎖可変領域には、SEQ ID NO:5、13、67、68または69に示されるアミノ酸配列を有する。
第2の態様において、本発明は、本発明の第1の態様に記載の抗体と同じ抗原決定部位を識別する抗体を提供する。
好ましい実施形態において、本発明によって提供される第1の態様または第2の態様の抗体は、完全ヒト抗体である。
好ましい実施形態において、本発明によって提供される第1の態様または第2の態様の抗体は、完全抗体、scFv、単一ドメイン抗体、Fabフラグメント、Fvフラグメント、およびF(ab’)フラグメントである。
第3の態様において、本発明は、本発明の第1のまたは第2の態様に記載の抗体をコードする核酸を提供する。
第4の態様において、本発明は、本発明の第3の態様に記載の核酸を含む発現ベクターを提供する。
第5の態様において、本発明は、本発明の第4の態様に記載の発現ベクターを含むか、またはゲノムに本発明の第3の態様に記載の核酸が組み込まれた宿主細胞を提供する。
第6の態様において、本発明は、腫瘍を治療する薬物の調製、または腫瘍を診断する試薬の調製に使用される、本発明の第1の態様または第2の態様に記載の抗体の用途を提供する。
具体的な実施例において、前記腫瘍は、急性骨髄性白血病(AML)、慢性骨髄性白血病(CML)、慢性骨髄単球性白血病(CMML)、骨髄異形成症候群(MDS)、多発性骨髄腫瘍または骨髄線維症である。
具体的な実施例において、前記腫瘍は、CLL1陽性腫瘍である。
第7の態様において、本発明は、免疫コンジュゲートを提供し、前記免疫コンジュゲートは、
本発明の第1の態様または第2の態様に記載の抗体、および連結される機能性分子を含み、前記機能性分子は、腫瘍表面マーカーを標的とする分子、腫瘍を阻害する分子、免疫細胞の表面マーカーを標的とする分子、および検出可能なマーカーから選択される。
好ましい実施形態において、前記腫瘍を阻害する分子は、抗腫瘍サイトカインまたは抗腫瘍毒素であり、好ましくは、前記サイトカインは、IL-12、IL-15、I型インターフェロンおよびTNF-アルファーの一つまたは複数を含む。
好ましい実施形態において、前記免疫細胞の表面マーカーを標的とする分子は、免疫細胞の表面マーカーに結合する抗体またはリガンド(ligand)である。好ましくは、前記免疫細胞の表面マーカーは、CD3、CD16およびCD28の一つまたは複数を含み、より好ましくは、前記免疫細胞表面マーカーに結合する抗体は、抗CD3抗体である。
好ましい実施形態において、前記免疫細胞の表面マーカーを標的とする分子は、T細胞、NK細胞またはNKT細胞の表面マーカーに結合する抗体である。
第8の態様において、本発明は、本発明の第7の態様に記載の多機能性免疫コンジュゲートをコードする核酸を提供する。
第9の態様において、腫瘍を治療する薬物の調製、または腫瘍を診断する試薬の調製に使用される本発明の第7の態様に記載の免疫コンジュゲートの用途を提供する。
具体的な実施例において、前記腫瘍は、急性骨髄性白血病(AML)、慢性骨髄性白血病(CML)、慢性骨髄単球性白血病(CMML)、骨髄異形成症候群(MDS)、多発性骨髄腫瘍または骨髄線維症である。
具体的な実施例において、前記腫瘍は、CLL1陽性腫瘍である。
第10の態様において、本発明は、細胞外ドメイン、膜貫通ドメインおよび細胞内シグナルドメインを含むキメラ抗原受容体を提供し、前記キメラ抗原受容体は、本発明の第1のまたは第2の態様に記載の抗体を含む。
好ましい実施形態において、前記抗体は、一本鎖抗体または単一ドメイン抗体である。
好ましい実施形態において、前記キメラ抗原受容体の細胞内シグナルドメインは、一つまたは複数の共刺激シグナルドメインおよび/または一次シグナルドメイン。
好ましい実施形態において、前記キメラ抗原受容体は、ヒンジドメインをさらに含む。
好ましい実施形態において、前記キメラ抗原受容体の膜貫通ドメインは、TCRのアルファー(alpha)、ベータ(beta)、ゼータ(zeta)鎖、CD3ε,CD3ζ、CD4、CD5,CD8α、CD9、CD16、CD22、CD27、CD28、CD33、CD37、CD45、CD64、CD80、CD86、CD134、CD137、CD152、CD154およびPD1の分子の膜貫通領域の一つまたは複数から選択され、および/または
前記共刺激シグナルドメインは、CARD11、CD2、CD7、CD27、CD28、CD30、CD40、CD54、CD83、OX0、CD137、CD134、CD150、CD152、CD223、CD270、PD-L2、PD-L1、CD278、DAP10、LAT、NKD2C、SLP76、TRIM、FcεRIγ、MyD88および41BBLの分子の細胞内シグナル領域の一つまたは複数から選択され、および/または
前記一次シグナルドメインは、TCRξ、FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD5、CD22、CD79a、CD79b、CD278、CD66dおよびCD3ζの分子の一次シグナルドメインの一つまたは複数から選択される。
好ましい具体的な実施形態において、前記膜貫通ドメインは、CD8α,CD4,CD45,PD1,CD154およびCD28の分子の膜貫通領域の一つまたは複数から選択され、および/または
前記共刺激シグナルドメインは、CD137、CD134、CD28およびOX0の分子の細胞内シグナル領域一つまたは複数から選択され、および/または
前記一次シグナルドメインは、CD3ζの一次シグナルドメインから選択される。
より好ましい具体的な実施形態において、前記膜貫通ドメインは、CD8αまたはCD28の膜貫通領域から選択され、前記共刺激シグナルドメインは、CD137またはCD28の細胞内シグナル領域から選択され、前記一次シグナルドメインは、CD3ζの一次シグナルドメインから選択される。
好ましい実施形態において、前記キメラ抗原受容体は、
本発明の第1または第2の態様に記載の抗体、CD8の膜貫通領域およびCD3ζの一次シグナルドメイン、
本発明の第1または第2の態様に記載の抗体、CD8の膜貫通領域、CD137の細胞内シグナルドメインおよびCD3ζの一次シグナルドメイン、
本発明の第1または第2の態様に記載の抗体、CD28の膜貫通領域、CD28の細胞内シグナルドメインおよびCD3ζの一次シグナルドメイン、または
本発明の第1または第2の態様に記載の抗体、CD28の膜貫通領域、CD28の細胞内シグナルドメイン、CD137の細胞内シグナル領域およびCD3ζの一次シグナルドメインの順序で連結される抗体、膜貫通領域および細胞内シグナル領域を含む。
好ましい実施形態において、前記キメラ抗原受容体は、SEQ ID NO:9、10、55、56、57、58、59、60、61、62、63、64、65または66に示される配列を有する。
第11の態様において、本発明は、本発明の第10の態様に記載のキメラ抗原受容体をコードする核酸を提供する。
第12の態様において、本発明は、本発明の第11の態様に記載の核酸を含む発現ベクターを提供する。
第13の態様において、本発明は、ウイルスを提供し、前記ウイルスは、本発明の第12の態様に記載のベクターを含む。
好ましい実施形態において、前記ウイルスは、レンチウイルスまたはレトロウイルスである。
第14の態様において、本発明は、腫瘍を治療する薬物の調製に使用される、本発明の第10の態様に記載のキメラ抗原受容体、または本発明の第11の態様に記載の核酸、または本発明の第12の態様に記載の発現ベクター、または本発明の第13の態様に記載のウイルスの用途を提供する。好ましくは、前記薬物は、遺伝子修飾された免疫細胞を含む薬物である。
好ましい実施形態において、具体的な実施例において、前記腫瘍は、急性骨髄性白血病(AML)、慢性骨髄性白血病(CML)、慢性骨髄単球性白血病(CMML)、骨髄異形成症候群(MDS)、多発性骨髄腫瘍または骨髄線維症である。
好ましい実施形態において、前記腫瘍は、CLL1陽性腫瘍である。
第15の態様において、本発明は、本発明の第11の態様に記載の核酸、または本発明の第12の態様に記載の発現ベクターまたは本発明の第13の態様に記載のウイルスが形質導入されるか、または本発明の第10の態様に記載のキメラ抗原受容体が発現される、遺伝子修飾された免疫細胞を提供する。
好ましい実施形態において、前記免疫細胞は、Tリンパ球,NK細胞またはNKT細胞から選択されるのが好ましい。
好ましい実施形態において、前記遺伝子修飾された免疫細胞は、本発明の第10の態様に記載のキメラ抗原受容体以外の第二の配列が発現され、前記第二の配列は、サイトカイン、または別のキメラ抗原受容体、またはケモカイン受容体、またはPD-1発現を低下させるsiRNA、またはPD-L1を遮断するタンパク質、またはTCR、または安全スイッチを含み、
好ましくは、前記サイトカインは、IL-12、IL-15、IL-21およびI型インターフェロンの一つまたは複数を含み、
好ましくは、前記ケモカイン受容体は、CCR2、CCR5、CXCR2およびCXCR4の一つまたは複数を含み、
好ましくは、前記安全スイッチは、iCaspase-9、トランケート(Truancated)EGFRおよびRQR8の一つまたは複数を含む。
第16の態様において、本発明提は、本発明の第15の態様に記載の免疫細胞の用途を提供し、前記遺伝子修飾された免疫細胞は、腫瘍を治療する薬物の調製に使用される。
好ましい実施形態において、前記腫瘍は、急性骨髄性白血病(AML)、慢性骨髄性白血病(CML)、慢性骨髄単球性白血病(CMML)、骨髄異形成症候群(MDS)、多発性骨髄腫瘍または骨髄線維症である。
好ましい実施形態において、前記腫瘍は、CLL1陽性腫瘍である。
第17の態様において、本発明は、
本発明の第1のまたは第2の態様に記載の抗体または当該抗体コードする核酸、または
本発明の第7の態様に記載の免疫コンジュゲートまたは当該コンジュゲートをコードする核酸、または
本発明の第15の態様に記載の遺伝子修飾された免疫細胞を含む医薬組成物を提供する。
本発明の範囲内で、本発明の上記の各技術的特徴と以下(例えば、実施例)に具体的に説明される各技術的特徴との間を、互いに組み合わせることにより、新しいまたは好ましい技術的解決策を構成することができることに理解されたい。スペースに限りがあるため、ここでは繰り返さない。
抗体4F2および25H8のELISA測定結果を示す。 抗体4F2および25H8のBiacore測定結果を示す。 FACsによって検出された抗体4F2および25H8とHL60/U937細胞およびk562との結合状況を示す。 抗体7F8および12G4mのELISA測定結果を示す。 抗体7F8および12G4mのBiacore測定結果を示す。
FACsによって検出された抗体7F8および12G4mとHL60/U937細胞およびk562との結合状況を示す。 抗体7F8および12G4mとヒトCLL1とが結合するELISA測定結果を示す。 抗体7F8および12G4mのモノマー比の検出結果を示す。 SDS PAGE分析によって精製された抗CLL1 scFv_Fc抗体(還元条件)を示す。
FACsによって検出されたU937細胞に結合する抗体7F8、12G4m、4F2および25H8のEC50を示す。 FACsによって検出されたCLL1-CAR TウイルスがTリンパ球を感染する陽性率を示す。 本発明の抗体および先行技術の抗体のインビトロ殺傷毒性試験の結果を示す。 本発明の抗体のインビトロ殺傷毒性試験の結果を示す。
本発明者らは、広範囲にわたる詳細な研究を通じて、特異性が高く、結合能力が良好な抗CLL1抗体を開発した。これに基づいて、本発明を完了した。
本明細書で使用される科学的および技術的用語は、当業者によって一般に理解されているものと同じまたは類似の意味を有する。本発明を容易に理解するために、いくつかの用語を次のように定義する。
本発明における「CLL1」という用語は、II型膜貫通タンパク質である「C型レクチン様分子-1(C-Type Lectin-Like Molecule-1)」を指す。具体的な実施例において、CLL1とは、ヒトCLL1を指す。
本明細書における「抗体」という用語は、免疫系の抗原結合タンパク質を指す。本明細書で言及された「抗体」という用語は、抗原結合領域を有する完全な全長抗体およびその「抗原結合部分」または「抗原結合領域」に保持されたその任意のフラグメント、または一本鎖可変フラグメント(scFv)等のその一本鎖を含む。天然抗体とは、ジスルフィド結合によって互いに結合される少なくとも二つの重鎖(H)および二つの軽鎖(L)、またはその抗原結合フラグメントを含む糖タンパク質を指す。「抗体」という用語は、原核細胞で発現される抗体、非グリコシル化抗体並びに抗原に結合する抗体フラグメントおよび以下に記載される等の、すべての組換え形態の抗体(特に、本明細書に記載の抗体)をさらに含む。各重鎖は、重鎖可変領域(本明細書では、VHと略される)および重鎖定常領域からなる。各軽鎖は、軽鎖可変領域(本明細書では、VLと略される)および軽鎖定常領域からなる。VHおよびVLは、相補性決定領域(CDR)と呼ばれる超可変領域にさらに細分化されることができ、フレームワーク領域(FR)と呼ばれるより保存された領域に散在する。各VHおよびVLは、三つのCDRおよび四つのFRからなり、それらは、アミノ末端からカルボキシ末端までFR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4の順に配置される。重鎖および軽鎖の可変領域は、抗原に相互作用する結合ドメインを含む。抗体の定常領域は、当該免疫グロブリンと宿主組織または因子との結合を仲介し、前記宿主組織または因子は、免疫系の様々な細胞(例えば、エフェクター細胞)および古典的補体系の第1の成分(C1q)を含む。
抗体フラグメントは、(i)Fab’およびFab’-SHを含む、VL、VH、CLおよびCH1ドメインで構成されるFabフラグメント、(ii)VHおよびCH1ドメインで構成されるFdフラグメント、(iii)単一抗体のVLおよびVHドメインで構成されるFvフラグメント、(iv)単一の可変領域で構成されるdAbフラグメント(Wardら、1989、Nature341:544-546)、(v)連結された二つのFabフラグメントを含む二価フラグメント等の、F(ab’)フラグメント、(vi)一本鎖Fv分子抗原結合部位(Birdら、1988、Science242:423-426、Hustonら、1988、Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A85:58795883)、(vii)二重特異性一本鎖Fvダイマー(PCT/US92/09965)、(viii)「ダイソーム」または「トリソーム」、遺伝子融合によって構築された多価または多重特異性フラグメント(Tomlinsonら、2000、Methods Enzymol.326:461-479、WO94/1380、Holligerら、1993、Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A90:6444-6448)、および(ix)同じまたは異なる抗体と遺伝的に融合するscFv(Coloma&Morrison、1997、Nature Biotechnology15、159163)を含むが、これらに限定されない。
本明細書で使用される「親抗体」または「親免疫グロブリン」という用語は、修飾されていない抗体を含み、前記抗体は、その後に修飾されて変異体を生成する。前記親抗体は、天然に存在する抗体、または天然に存在する抗体の変異体または操作されたバージョンであり得る。親抗体は、抗体自体、前記親抗体を含む組成物、またはそのコーディングアミノ酸配列を指すことができる。本明細書で使用される「親抗体」または「親免疫グロブリン」という用語は、その後に修飾されてヒト化抗体を生成するマウス抗体またはキメラ抗体を含む。
本明細書で使用される「変異体抗体」または「抗体変異体」という用語は、親と比較して少なくとも一つのアミノ酸が修飾されるため、親抗体配列とは異なる抗体配列を含む。本明細書の変異体抗体配列は、好ましくは、親抗体配列と少なくとも約80%、最も好ましくは、少なくとも約90%、より好ましくは、少なくとも約95%のアミノ酸配列相同性を有する。抗体変異体は、抗体本身、前記親抗体を含む組成物、またはそのコーディングアミノ酸配列を指すことができる。
本明細書で使用される「変異体」という用語は、親と比較して少なくとも一つのアミノ酸が修飾されるため、親抗体配列とは異なる抗体配列を含む。具体的な実施形態において、本明細書の変異体抗体配列は、親抗体配列と少なくとも約80%、好ましくは、少なくとも約90%、より好ましくは、少なくとも約95%、より好ましくは、少なくとも約97%、より好ましくは、なくとも約98%、最も好ましくは、少なくとも約99%のアミノ酸配列相同性を有する。抗体変異体は、抗体自体、前記親抗体を含む組成物、または他のアミノ酸をコードする配列を含むことができる。「アミノ酸修飾」という用語は、アミノ酸置換、付加および/または欠失を含み、「アミノ酸置換」とは、親ポリペプチド配列の特定の位置のアミノ酸を別のアミノ酸で置き換えることを指す。例えば、置換R94Kとは、94番目のアルギニンのリジンによる置換を指し、本明細書で使用される「アミノ酸插入」とは、親ポリペプチド配列の特定の位置でのアミノ酸の付加を指す。本明細書で使用される「アミノ酸欠失」または「欠失」とは、親ポリペプチド配列の特定の位置でのアミノ酸の除去を指す。
本発明で論じられるすべての免疫グロブリン重鎖定常領域の位置は、カバット(Kabat)のEUインデックスに従って番号が付けられる(カバットら、1991、免疫学的に関心のあるたんぱく質の配列(sequences of proteins of immunological interest)、第5版、米国公衆衛生局(United States Public Health Service)、国立衛生研究所(National Institutes of Health)、ベセスダ(Bethesda)、全文は、参照により統合される)。「カバットのEUインデックス」とは、Edelmanら、1969、生化学(Biochemistry)63:78-85に記載されるように、ヒトIgG1EU抗体の残基番号付けを指す。
本明細書で使用される「抗原決定部位」という用語は、エピトープとも呼ばれ、CLL1タンパク質配列の連続配列からなるか、またはCLL1タンパク質配列が連続していない3次元構造からなることができる。
「単一ドメイン抗体」という用語は、抗体の重鎖可変ドメインの全部または一部を含むか、または軽鎖可変ドメインの全部または一部を含む抗体フラグメントを指す。例えば、一つの重鎖可変領域(VHH)のみを含む。
「免疫エフェクター細胞」とも呼ばれる、「免疫細胞」という用語は、免疫応答に関与し、例えば、T細胞、B細胞、ナチュラル殺傷(NK)細胞、ナチュラル殺傷T(NKT)細胞、樹状細胞、CIK細胞、マクロファージ、マスト細胞等の、免疫効果を生成する細胞を指す。いくつかの実施形態において、前記免疫エフェクター細胞は、T細胞、NK細胞、NKT細胞である。いくつかの実施形態において、前記T細胞は、自己T細胞、異種T細胞、同種異系T細胞であり得る。いくつかの実施形態において、前記NK細胞は、同種異系NK細胞であり得る。
本明細書で使用される「キメラ抗原受容体」または「CAR」という用語は、抗原に結合できる細胞外ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞質シグナルを構造ドメインに伝達するポリペプチド(即ち、細胞内シグナルドメイン)を含むことを指し、細胞内シグナルドメインとは、特定のシグナル伝達経路を介して第二のメッセンジャーを生成することにより細胞活性を調節するために細胞に情報を伝達するタンパク質、または一次シグナルドメインを含む、以下に定義される刺激分子に由来する機能的シグナル伝達ドメイン(即ち、共刺激シグナルドメイン)をさらに含むことができる、そのようなメッセンジャーに対応することによりエフェクターとして機能するタンパク質を指す。細胞内シグナルドメインは、CAR細胞(例えば、CART細胞)の免疫エフェクター機能を促進できるシグナルを生成し、CART細胞等の、免疫エフェクター機能の例としては、細胞溶解活性およびサイトカイン分泌を含む補助活性を含む。
「一次シグナルドメイン」という用語は、刺激的な方法でTCR複合体の初期活性化を調節する。一方では、一次シグナルドメインは、例えば、TCR/CD3複合体とペプチドをロードしたMHC分子の結合によって引き起こされることにより、T細胞反応(増殖、活性化、分化等を含むが、これらに限定されない)を仲介する。刺激的に作用する一次シグナルドメインは、免疫受容体チロシン活性化モチーフまたはITAMのシグナル伝達モチーフを含むことができる。本発明において、特定に有用であるITAMを含む一次シグナルドメインの例としては、TCRξ、FcRγ、FcRβ、CD3γ、CD3δ、CD3ε、CD5、CD22、CD79a、CD79b、CD278(「ICOS」とも呼ばれる)およびCD66dに由来する配列を含むが、これらに限定されず、本発明のCARの特別なCARの特例において、本発明の任意の一つまたは複数のCARにおける細胞内シグナル伝達ドメインは、CD3ξの一次シグナルドメイン等の、細胞内シグナル伝達配列を含む。
「共刺激シグナルドメイン」という用語は、「共刺激分子」を指し、T細胞上の牽連する結合パートナーであり、共刺激リガンドに特異的に結合することにより、T細胞の共刺激反応を媒介し、例えば、増殖等を含むが、これらに限定されない。共刺激分子は、効果的な免疫反応に必要な、非抗原受容体の細胞表面分子またはそのリガンドである。共刺激分子は、MHCI分子、BTLAおよびTollリガンド受容体、ならびにOX40、CD2、CD27、CD28、CDS、ICAM-1、LFA-1(CD11a/CD18)および4-1BB(CD137)を含むが、これらに限定されない。
本発明において、一態様において、CARは、キメラ融合タンパク質を含み、前記タンパク質は、細胞外抗原識別ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞内シグナル伝達ドメインを含み、前記細胞内シグナル伝達ドメインは、刺激分子に由来する機能的なシグナル伝達ドメインを含む。一態様において、CARは、キメラ融合タンパク質を含み、前記タンパク質は、細胞外抗原識別ドメイン、膜貫通ドメイン、および細胞内シグナル伝達ドメインを含み、前記細胞内シグナル伝達ドメインは、共刺激分子に由来する機能的なシグナル伝達ドメインおよび刺激分子に由来する機能的なシグナル伝達ドメインを含む。一態様において、CARは、キメラ融合タンパク質を含み、前記タンパク質は、細胞外抗原識別ドメイン、膜貫通ドメインおよび細胞内伝達ドメインを含み、前記細胞内シグナル伝達ドメインは、一つまたは複数の共刺激分子に由来する少なくとも二つの機能的なシグナル伝達ドメインおよび刺激分子に由来する機能的なシグナル伝達ドメインを含む。一態様において、CARは、CAR融合タンパク質のアミノ酸(ND末端)に任意のリーダー配列を含む。一態様において、CARは、細胞外抗原識別ドメインのN末端にリーダー配列をさらに含み、ここで、リーダー配列は、CARの細胞加工および細胞膜への局在化の間に、選択的に抗原識別ドメイン(例えば、scFv)から切り取られる。
本明細書における「CD3ξ」という用語は、GenBankアクセッション番号BAG36664.1によって提供されるタンパク質、またはマウス、げっ歯類、サルおよび類人猿等の非ヒト種に由来する同等の残基として定義される。「CD3ξドメイン」は、ξ鎖の細胞質ドメインからのアミノ酸残基として定義され、T細胞の活性化に必要な初期シグナルを十分に機能的に伝達する。一態様において、ξの細胞質ドメインは、GenBankアクセッション番号BAG36664.1の残基52~164、およびその機能的オルソゴルとして、マウス、げっ歯類動物、サル、類人猿等の、非ヒト種に由来する同等の残基を含む。
本明細書における「4-1BB」という用語は、GenBankアクセッション番号AAA62478.2のアミノ酸配列、またはマウス、げっ歯類動物、サル、類人猿等の非ヒト種に由来する同等の残基を有する、TNFRスーパーファミリーのメンバーを指し、「4-1BB共刺激ドメイン」は、GenBankアクセッション番号AAA62478.2のアミノ酸配列214-255、またはマウス、げっ歯類動物、サル、類人猿等の非ヒト種に由来する同等の残基として定義される。一態様において、「4-1BB共刺激ドメイン」は、SEQ ID NO:23で提供される配列、またはマウス、げっ歯類動物、サル、類人猿等の非ヒト種に油愛する同等の残基である。
本明細書における「インターフェロン」という用語は、全長インターフェロン、または全長野生型インターフェロンの生物学的活性(例えば、全長の少なくとも80%、好ましくは、少なくとも90%、より好ましくは、少なくとも95%、98%または99%を維持する)を基本的に維持するインターフェロンフラグメント(切り捨てられたインターフェロン)またはインターフェロン突然変異体を指す。インターフェロンは、I型インターフェロン(例えば、インターフェロンαおよびインターフェロンβ)およびII型インターフェロン(例えば、インターフェロンγ)を含む。
場合によっては、「T細胞」は、胸腺で免疫学的活性を有する成熟T細胞に分化および成熟する、骨髄由来の多能性幹細胞であり得る。場合によっては、「T細胞」は、特定の表現型の特徴を有する細胞集団、または異なる表現型の特徴を有する混合細胞集団であり得、例えば、「T細胞」は、幹細胞様記憶性T細胞(stem cell-like memory T cells、Tscm細胞)、中央記憶性T細胞(Tcm)、エフェクターT細胞(Tef、Teff)、調節性T細胞(tregs)および/またはエフェクターメモリーT細胞(Tem)等の少なくとも一つのT細胞サブグループを含む細胞であり得る。場合によっては、「T細胞」は、γδT細胞等の、特定のサブタイプのT細胞であり得る。
T細胞は、PBMC、骨髄、リンパ節組織、臍帯血、胸腺組織ならびに感染部位、腹水、胸水、脾臓組織および腫瘍に由来する組織等の多くの供給源から入手することができる。ある場合によっては、FicollTM分離等の、当業者に知られている任意の数の技術を使用して、個体から収集された血液からT細胞を取得することができる。一実施形態において、個人の循環血液からの細胞は、単一の採決によって得られる。アフェレーシス製品は、一般にT細胞、単球、顆粒球、B細胞、他の有核白血球、赤血球および血小板等のリンパ球を含む。一実施形態において、アフェレーシス収集によって収集された細胞を洗浄して血漿分子を除去し、細胞を適切な緩衝液または培地に入れて、後続の処理段階に使用される。あるいは、癌と診断された患者からの健康なドナーに由来する細胞を誘導することができる。
本発明の抗体またはその変異体は、様々な標的化抗腫瘍および腫瘍を診断する薬物の調製、特にCLL1を標的とする免疫エフェクター細胞の調製に適用することができる。
抗CLL1抗体
本発明において、抗体を含む、scFvベースの抗原結合領域を有する抗原結合タンパク質が記載されている。ヒトscFvファージディスプレイライブラリーからscFvを選択する。これらの分子は、精密な特異性を示す。例えば、当該抗体は、HL60およびU937細胞を安定的に識別することができるが、k562細胞を識別しない。
いくつかの実施形態において、本発明は、scFv配列を有する抗体を含み、前記scFv配列は、一つまたは複数の重鎖定常領域と融合して、ヒト免疫グロブリンFc領域を有する抗体を形成して、二価タンパク質を生成することにより、抗体の全体的な親和性および安定性を向上させる。さらに、Fc部分は、親和性測定、治療薬の標的送達、免疫エフェクター細胞を使用してFcによって媒介した細胞毒性および他の多くの応用に使用される抗体を固定するために、例えば、抗原定量化研究で使用される抗体と他の分子(蛍光染料、細胞毒素および放射性同位元素等)の直接結合を可能にする。
本明細書で提供される結果は、CLL1を標的とする際の本発明の抗体の特異性、感度および有用性を強調する。
本発明の分子は、ファージディスプレイを使用して、一本鎖可変フラグメント(scFv)を同定および選択することに基づいて、前記一本鎖可変フラグメントのアミノ酸配列は、CLL1に対する分子の特異性を与え、本発明のすべての抗原結合タンパク質の基礎を形成する。従って、前記scFvを使用して、全長抗体、FabおよびF(ab’)等のそのフラグメント、融合タンパク質(scFv_Fcを含む)、多価抗体、即ち、同じ抗原または異なる抗原に対して一つ以上の特異性を有する抗体、例えば、二重特異性T細胞結合抗体(BiTE)、トリア抗体(Cuestaら、多価抗体:設計が進化をこう得る場合(Multivalent antibodies:when design surpasses evolution)、Trends in Biotechnology28:355-362、2010)等の、一連の異なる「抗体」分子を設計することができる。
抗原結合タンパク質が全長抗体である実施形態において、本発明の抗体の重鎖および軽鎖は、全長(例えば、抗体は、少なくとも一つ、好ましくは、二つの完全な重鎖、および少なくとも一つ、好ましくは、二つの完全な掲載を含むことができる)であるか、または抗原結合部分(Fab、F(ab’)、FvまたはscFv)を含むことができる。他の実施形態において、抗体重鎖定常領域は、IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgM、IgA1、IgA2、IgDおよびIgEから選択される。抗体タイプの選択は、設計された抗体によって引き起こされる免疫エフェクター細胞に依存する。組換え免疫グロブリンを構築する場合、様々な免疫グロブリンのアイソタイプの定常領域の適切なアミノ酸配列および多種多様な抗体を生成するための方法が当業者に知られている。
第1の態様において、本発明は、CLL1に結合する抗体またはそのフラグメントを提供し、前記抗体は、
SYXMXに示されるHCDR1、XSGGSTXYAX1011Gに示されるHCDR2、およびSEQ ID NO:40または41に示されるHCDR3、ならびにRASQSISSX12LX13に示されるLCDR1、X14ASX15LX16Sに示されるLCDR2、およびQQX17YSX18PX1920Tに示されるLCDR3を有し、ここで、前記Xは、AまたはYから選択され、Xは、SまたはHから選択され、Xは、AまたはIであり、Xは、IまたはFから選択され、Xは、SまたはNから選択され、Xは、GまたはPから選択され、Xは、YまたはSから選択され、Xは、DまたはQから選択され、Xは、SまたはKから選択され、X10は、VまたはFから選択され、X11は、KまたはQから選択され、X12は、WまたはYから選択され、X13は、AまたはNから選択され、X14は、DまたはVから選択され、X15は、NまたはSから選択され、X16は、EまたはQから選択され、X17は、YまたはSから選択され、X18は、YまたはTから選択され、X19は、MまたはLから選択され、X20は、Iから選択されるか、または存在しない。
好ましい実施形態において、SEQ ID NO:35および36の任意のアミノ酸配列を含む重鎖CDR1、および/またはSEQ ID NO:37、38および39の任意のアミノ酸配列を含む重鎖CDR2、および/またはSEQ ID NO:40および41の任意のアミノ酸配列を含む、重鎖CDR3を含む。別の態様において、本発明は、CLL1に結合する抗体またはそのフラグメントを提供し、SEQ ID NO:42、43および44の任意のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR1、および/またはSEQ ID NO:45、46、47および48の任意のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR2、および/またはSEQ ID NO:49および50の任意のアミノ酸配列を含む、軽鎖CDR3を含む。別の態様において、本発明は、CLL1に結合する抗体またはそのフラグメントを提供し、SEQ ID NO:35および36任意のアミノ酸配列を含む重鎖CDR1、および/またはSEQ ID NO:37、38および39の任意のアミノ酸配列を含む重鎖CDR2、および/またはSEQ ID NO:40および41の任意のアミノ酸配列を含む重鎖CDR3を含むか、および/またはSEQ ID NO:42、43および44の任意のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR1、および/またはSEQ ID NO:45、46、47および48の任意のアミノ酸配列的軽鎖CDR2、および/またはSEQ ID NO:49および50の任意のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR3を含む。好ましくは、前記CLL1に結合する抗体またはそのフラグメントは、SEQ ID NO:35および36の任意のアミノ酸配列を含む重鎖CDR1、SEQ ID NO:37、38および39の任意のアミノ酸配列を含む重鎖CDR2、SEQ ID NO:40、41の任意のアミノ酸配列を含む重鎖CDR3、および/またはSEQ ID NO:42、43および44の任意のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR1、SEQ ID NO:45、46、47および48の任意のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR2、SEQ ID NO:49および50の任意のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR3を含む。より好ましくは、前記CLL1に結合する抗体またはそのフラグメントは、SEQ ID NO:35および36の任意のアミノ酸配列を含む重鎖CDR1、SEQ ID NO:37、38および39の任意のアミノ酸配列を含む重鎖CDR2、SEQ ID NO:40および41の任意のアミノ酸配列を含む重鎖CDR3を含み、SEQ ID NO:42、43および44の任意のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR1、SEQ ID NO:45、46、47および48の任意のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR2、SEQ ID NO:49および50の任意のアミノ酸配列を含む軽鎖CDR3を含む。
別の態様において、本発明は、SEQ ID NO:1、5、13、67、68および69から選択される重鎖可変領域配列を含む、CLL1に結合する抗体またはそのフラグメントを提供する。
別の態様において、本発明は、SEQ ID NO:3、7、11および15から選択される軽鎖可変領域配列を含む、CLL1に結合する抗体またはそのフラグメントを提供する。
これらの重鎖および軽鎖可変領域配列がそれぞれCLL1に結合することができることを考慮すると、重鎖および軽鎖可変領域配列を「混合およびマッチング」させて、本発明の抗CLL1結合分子を生成することができる。
別の態様において、本発明は、CLL1に結合する抗体またはそのフラグメントの変異体を提供する。従って、本発明は、重鎖または軽鎖の可変領域配列と少なくとも80%同一である重鎖および/または軽鎖可変領域を有する、抗体またはそのフラグメントを提供する。好ましくは、重鎖および/または軽鎖可変領域のアミノ酸配列の相同性は、少なくとも85%、より好ましくは、少なくとも90%、最も好ましくは、少なくとも95%、特に96%、より特に、97%、さらにより特に、98%、最も特に、99%、例えば、80%、81%、82%、83%、84%、85%、86%、87%、88%、89%、90%、91%、92%、93%、94%、95%、96%、97%、98%、99%および100%を含む。変異体は、本発明に記載の抗体を親抗体として使用して、酵母ライブラリースクリーニング、ファージライブラリースクリーニング、および点突然変異等の方法によって得られることができる。
別の態様において、本発明によって提供される抗体LCDR1には、RASQSISSX12LX13からRASQWIARX12LX13への突然変異が生じており、例えば、突然変異したLCDR1の配列は、SEQ ID NO:44に示される。
別の態様において、本発明によって提供される抗体HCDR2「XSGGSTXYAX1011G」のXは、AISGまたはIFNPから選択される。
別の態様において、前記抗体HCDR2には、XSGGSTXYAX1011GからXGGGSTXYAX1011Gへの突然変異が生じており、例えば、突然変異されたHCDR2の配列は、SEQ ID NO:39に示される。
別の態様において、本発明の抗体の重鎖可変領域に対して、突然変異させることができ、例えば、重鎖可変領域は、SEQ ID NO:13からSEQ ID NO:67、68または69に突然変異する。
別の態様において、本発明は、前述の抗CLL1抗体と同じ抗原決定部位を識別する抗体を提供する。
抗CLL1抗体特性
例えば、抗CLL1抗体の結合能力等の抗体を評価する標準的な測定は、当技術分野で知られており、例えば、ELISA、biacore、Westernブロットおよびフローサイトメトリー分析を含む。適切な測定は、実施例に詳細に記載されている。
核酸、ベクターおよび宿主細胞
本発明は、CLL1に結合する抗体およびそのフラグメントをコードする単離された核酸、ベクターおよび前記核酸またはベクターを含む宿主細胞をさらに提供する。核酸は、無傷の細胞、細胞溶解液、または部分的に精製されたか、または実質的に精製された形態の中に位置することができる。
標準的な分子生物学技術を使用して、本発明の核酸得ることができ、例えば、標準的なPCR増幅またはcDNAクローニング技術を使用して、抗体をコードする軽鎖および重鎖またはVHおよびVLセグメントをコードするcDNAを得ることができる。免疫グロブリン遺伝子ライブラリー(例えば、ファージディスプレイ技術を使用する)から得られた抗体については、抗体をコードする一つまたは複数の核酸をライブラリーから回収することができる。外因性核酸を宿主細胞に導入する方法は、当技術分野で一般に知られており、使用される宿主細胞によって異なることができる。
好ましい本発明の核酸分子は、重鎖可変領域をコードするSEQ ID NO:2、6および14から選択されるものであるか、および/または軽鎖可変領域をコードするSEQ ID NO:4、8、12および16から選択されるものである。より好ましいののような核酸分子は、重鎖をコードするSEQ ID NO:2配列、軽鎖をコードするSEQ ID NO:4配列または重鎖をコードするSEQ ID NO:6配列、軽鎖をコードするSEQ ID NO:8配列または重鎖をコードするSEQ ID NO:2配列、軽鎖をコードするSEQ ID NO:12配列または重鎖をコードするSEQ ID NO:14配列、軽鎖をコードするSEQ ID NO:16配列を含む。
タンパク質を発現させるために、本発明の抗体をコードする核酸を発現ベクターに組み込まれることができる。様々な発現ベクターは、タンパク質の発現に使用されることができる。発現ベクターは、自己複製する染色インビトロベクター、または宿主ゲノムに組み込まれるベクターを含むことができる。本発明で使用される発現ベクターは、タンパク質が哺乳動物細胞、細菌、昆虫細胞、酵母およびインビトロシステムで発現させることを可能にするものを含むが、これらに限定されない。当技術分野で知られているように、様々な発現ベクターは、市販または他の方法で得ることができる。本発明では、抗体を発現させるために使用することができる。
免疫コンジュゲート
本発明は、本明細書に記載の抗体を含み、少なくとも一つの他のタイプの機能性分子をさらに含む、多機能性免疫コンジュゲートを提供する。前記機能性分子は、腫瘍表面マーカーを標的とする分子、腫瘍を阻害する分子、免疫細胞の表面マーカーを標的とする分子または検出可能なマーカーから選択されるが、これらに限定されない。前記抗体と前記機能性分子とは、共有結合、カップリング、付着、架橋等の方法によってコンジュゲートを形成することができる。
好ましい方法として、前記免疫コンジュゲートは、本発明の抗体、および少なくとも一つの腫瘍表面マーカーを標的とする分子または腫瘍を阻害する分子を含むことができる。前記腫瘍を阻害する分子は、抗腫瘍サイトカイン、または抗腫瘍毒素であり得、好ましくは、前記サイトカインは、IL-2、IL-7、IL-12、IL-15、I型IFN、およびTNF-アルファーを含む(これらに限定されない)。具体的な実施形態において、前記腫瘍表面マーカーを標的とする分子は、本発明の抗体が標的とする同じ腫瘍の表面マーカーを標的とする分子である。例えば、前記腫瘍表面マーカーを標的とする分子は、腫瘍表面マーカーに結合する抗体またはリガンドであり得、例えば、本発明の抗体と相乗的に作用して、腫瘍細胞をより正確に標的化することができる。
好ましい方法として、前記免疫コンジュゲートは、本発明の抗体および検出可能なマーカーを含むことができる。前記検出可能なマーカーは、例えば、酵素、補欠分子族、蛍光材料、発光材料、生物発光材料、放射性材料、陽電子放出金属および非放射性常磁性金属イオン等の、蛍光マーカーおよび発色マーカーを含むが、これらに限定されない。一つ以上のマーカーを含むこともできる。検出および/または分析および/または診断の目的のために、抗体を標識するための標識は、例えば、免疫組織化学染色(組織)サンプル、フローサイトメトリー等の、使用される特定の検出/分析/診断技術および/または方法に依存する。当業者は、当技術分野で知られている検出/分析/診断技術および/または方法に適した標識がよく知られている。
好ましい方法として、前記免疫コンジュゲートは、本発明の抗体および免疫細胞の表面マーカーを標的とする分子を含むことができる。前記免疫細胞の表面マーカーを標的とする分子は、免疫細胞を識別することができ、本発明の抗体を保有して免疫細胞に運び、同時に本発明の抗体が免疫細胞を腫瘍細胞に標的させることができることにより、免疫細胞が腫瘍を特異的に殺傷するようにする、免疫細胞の表面マーカーに結合する抗体またはリガンドであり得る。前記免疫細胞の表面マーカーは、CD3、CD16およびCD28から選択されることができ、より好ましくは、免疫細胞の表面マーカーに結合する抗体は、抗CD3抗体である。免疫細胞は、T細胞、NK細胞、およびNKT細胞から選択されることができる。
直接または間接(例えば、リンカーを介して)のコンジュゲーションによって免疫コンジュゲートを化学的に生成する方法として、前記免疫コンジュゲートは、融合タンパク質として生成されることができ、前記融合タンパク質は、本発明の抗体および他の適切なタンパク質を含む。融合タンパク質は、当技術分野で知られている方法によって精製することができ、例えば、核酸分子を構築し、次に前記核酸分子を発現させることにより組換えて生成し、前記核酸分子は、フレームに適合する、抗体をコードするヌクレオチド配列および適切な標識をコードするヌクレオチド配列を含む。
本発明の別の態様は、本発明の少なくとも一つの抗体、その機能的変異体または免疫コンジュゲートをコードする核酸分子を提供する。関連する配列が得られたら、組換え法を使用して、関連する配列を大量に得ることができる。これは、それをベクターにクローニングし、細胞に移し、次に従来の方法によって増殖した宿主細胞から関連する配列を単離することにより得られる。
本発明は、上記の適切なDNA配列および適切なプロモーターまたは制御配列を含むベクターにさらに関する。これらのベクターは、タンパク質を発現できるように、適切な宿主細胞の形質転換に使用されることができる。宿主細胞は、細菌細胞等の原核細胞、または酵母細胞等の下等真核細胞、または哺乳動物細胞等の高等真核細胞であり得る。
抗CLL1抗体を含むキメラ抗原受容体
本発明は、本発明の抗体または抗体フラグメントを含む様々なキメラ抗原受容体(CAR)を提供し、当該CAR-T細胞は、抗腫瘍特性を示す。いくつかの実施形態において、CARをコードするウイルスベクターは、細胞(例えば、T細胞)の形質導入のために使用される。いくつかの実施形態において、ウイルスベクターは、レンチウイルスベクターである。いくつかの実施形態において、細胞は、CARを安定的に発現することができる。
好ましい例において、CARのCLL1結合部分は、scFv抗体フラグメントであり、由来するIgG抗体と比較して、同等の親和性結合を維持し、例えば、相当な効果で同じ抗原に結合する。当該抗体フラグメントは、機能的であり、それにより、免疫反応の活性化、標的抗原からのシグナル伝達の開始の阻害、キナーゼ活性の阻害等の生化学的反応を提供する。従って、本発明は、T細胞に操作される、WT1結合ドメインを含むCLL1-CAR、および養子免疫療法に使用される方法を提供する。
一態様において、CARの抗CLL1抗原結合ドメインは、由来するマウス配列scFvと比較したヒト化scFv抗体フラグメントである。
一態様において、本発明のCARは、特定の抗体の抗原結合ドメインと細胞内シグナル伝達分子とを組み合わせる。例えば、いくつかの態様において、細胞内シグナル伝達分子は、CD3ξ鎖、4-1BBならびにCD28シグナル伝達モジュールおよびその組み合わせを含むが、これらに限定されない。
一態様において、CLL1-CARは、CD137(4-1BB)シグナル伝達ドメイン、CD28シグナル伝達ドメイン、CD3ξシグナルドメイン、およびそれらの任意の組み合わせを選択する、少なくとも一つの細胞内シグナル伝達ドメインを含む。一態様において、CLL1-CARは、一つまたは複数の非CD137(4-1BB)またはCD28の共刺激分子に由来する、少なくとも一つの細胞内シグナル伝達ドメインを含む。
一例としては、CLL1-CARの配列は、4F2 28Z(SEQ ID NO:55)、4F2 BBZ(SEQ ID NO:56)、4F2 28BBZ(SEQ ID NO:57)、25H8 28Z(SEQ ID NO:58)、25H8 BBZ(SEQ ID NO:59)、25H8 28BBZ(SEQ ID NO:60)、7F8 28Z(SEQ ID NO:61)、7F8 BBZ(SEQ ID NO:62)、7F8 28BBZ(SEQ ID NO:63)、12G4m 28Z(SEQ ID NO:64)、12G4m BBZ(SEQ ID NO:65)、12G4m 28BBZ(SEQ ID NO:66)、12G4m(M1331)8Z(SEQ ID NO:73)、12G4m(M1331)BBZ(SEQ ID NO:9)、および12G4m(M1331)8BBZ(SEQ ID NO:10)であり得、前述SEQ ID NO:55-66、SEQ ID NO:73、およびSEQ ID NO:9-10の膜貫通ドメインおよび細胞内ドメインは、当業者によって従来の膜貫通ドメインおよび細胞内ドメインで置き換えることができ、すべて本発明の保護範囲に含まれる。
キメラ抗原受容体修飾されたT細胞
本発明は、本発明に記載のキメラ抗原受容体を含む免疫細胞を提供する。
別の態様において、本発明によって提供されるキメラ抗原受容体修飾されたT細胞は、外因性サイトカインのコード配列を保有し、好ましくは、前記サイトカインは、IL-12、IL-15またはIL-21を含む。前記免疫細胞は、好ましくは、Tリンパ球、NK細胞またはNKT細胞から選択される。
一方、本発明によって提供されるキメラ抗原受容体修飾されたT細胞は、例えば、天然PD-1、またはPD-L1に結合できる突然変異PD-1、またはPD-L1に結合できる天然または突然変異PD-1のフラグメント、または抗PD-L1抗体等の、PD-L1ブロッカーまたはPD-L1を遮断するタンパク質を保有する。
医薬組成物
本発明の抗体、当該抗体を含む免疫コンジュゲートおよび遺伝子修飾された免疫細胞は、医薬組成物または診断試薬の調製に適用することができる。前記組成物は、有効量の前記抗体、免疫コンジュゲートまたは免疫細胞を含むことに加えて、薬学的に許容されるベクターをさらに含むことができる。「薬学的に許容される」という用語は、分子実体および組成物が動物またはヒトに適切に投与された場合、有害、アレルギーまたは他の有害反応を引き起こさないことを指す。
薬学的に許容されるベクターまたはその成分として使用できるいくつかの物質の具体的な例としては、例えば、ラクトース(lactose)、グルコース(glucose)およびスクロース(sucrose)等の糖(sugars)、例えば、トウモロコシデンプン(corn starch)および馬鈴薯デンプン(potato starch)等のデンプン(starches)、例えば、ナトリウムカルボキシメチルセルロース(sodium carboxymethyl cellulose)、エチルセルロース(ethyl cellulose)およびメチルセルロース(methyl cellulose)等のセルロース(cellulose)およびその誘導体(derivatives)、トラガカント粉末(Tragacant Gum powder)、モルト(malt)、ゼラチン(gelatin)、タルク(talc)、例えば、ステアリン酸(stearic acid)およびステアリン酸マグネシウム(magnesium stearate)等の固体潤滑剤(solid lubricants)、硫酸カルシウム(calcium sulfate)、例えば、ピーナッツ油(peanut oil)、綿実油(cottonseed oil)、ゴマ油(sesame oil)、オリーブ油(olive oil)、トウモロコシ油(corn oil)およびカカオバター(cocoa butter)等の植物油(vegetable oils)、例えば、プロピレングリコール(propylene glycol)、グリセリン(Glycerin)、ソルビトール(sorbitol)、マンニトール(mannitol)およびポリエチレングリコール(polyethylene glycol)等のポリオール(polyols)、アルギン酸(alginic acid)、例えば、トゥイーン(Tween)等の乳化剤(emulsifiers)、例えば、ラウリル硫酸ナトリウム(sodium lauryl sulfate)等の湿潤剤(wetting agents)、着色剤(coloring agents)、香味剤(flavoring agents)、錠剤(tableting)、安定剤(stabilizers)、酸化防止剤(antioxidants)、防腐剤(Preservatives)、パイロジェンフリー水(pyrogen-free water)、等張塩溶液(isotonic salt solution)、およびリン酸塩緩衝液(phosphate buffer)等である
本発明の組成物は、必要に応じて、様残な剤形にすることができ、医師は、患者のタイプ、年齢、体重、一般的な病状、および投与方法等の要因に従って、患者にとって有益な剤形を決定することができる。投与方法は、たとえば、注射または他の治療方法であり得る。
本発明の利点は、次のとおりである。
1.本発明は、CLL1に対する特異的抗体を提供する。
2.本発明の抗体は、CLL1に対して、より高い親和性を有し、キメラ抗原受容体修飾されたT細胞に調製された後、CLL1を発現する細胞に対して、明らかな殺傷効果を有する。
3.本発明は、前記抗体を用いて調製したキメラ抗原受容体修飾されたT細胞を提供し、従って、本発明の抗体および免疫エフェクター細胞は、急性骨髄性白血病の治療に安全かつ効果的に適用することができる。
以下、本発明は、具体的実施例と併せてされに説明される。これらの実施例は、本発明を説明するためにのみ使用され、本発明の範囲を限定するものではないことを理解されたい。以下の実施例において、具体的条件を示さない実験方法は、通常、例えば、J.Sambrookら、分子クローニング:実験マニュアル(New York:Cold Spring Harbor Laboratory Press、1989)、第3版、科学出版社、2002に記載される条件等の従来の条件、またはメーカーによって提案された条件に従う。
実施例1:完全ヒトファージディスプレイライブラリーを使用したCLL1に特異的なscFvのスクリーニング
本発明で使用されるファージディスプレイライブラリーは、本社によって構築された完全ヒト天然のscFvファージライブラリーであり、貯蔵体積は、1E+11である。当業者に知られたいるスクリーニング方法を使用して、CLL1に非常に特異的なscFvフラグメントを得る。要するに、10ug/mlの抗原CLL1-huFc(真核生物発現後に、プロテイン(protein)Aフィラーを使用した培養上清の親和性精製によって調製される)およびヒトFcセグメントをそれぞれ免疫チューブでコーティングする。Fcセグメントの影響を減少させるために、ファージライブラリーをヒトFcセグメントでコーティングされた免疫チューブに加え、1時間結合させる。上清を取り、CLL1-huFcでコーティングされた免疫チューブに加えて、1.5時間結合させた後、非特異的ファージを洗い流し、結合したファージを溶出し、対数増殖期の大腸菌TG1に感染する。増殖したファージを培養物から溶出し、増殖したファージライブラリーを次のスクリーニングのためにPEG/NaCl沈殿によって精製する。パニングは、CLL1特異的に結合するscFvファージクローンを濃縮するために3~4サイクル実行される。CLL1-huFcの標準的なELISA法によって陽性クローンを決定し、ELISA検出マップは、図1に示される。ELISAは、抗体の特異性を検証するために、無関係な抗原としてヒトFcセグメントを使用する。
スクリーニングした後、二つの特異的に結合するHL60およびU937細胞(HL60/U937は、CLL1陽性細胞であり、k562は、CLL1陰性細胞である)(図3)を得、クローン名は、4F2および25H8であり、4F2および25H8のBiacoreマップは、図2に示される。シーケンシング分析後、4F2の重鎖可変領域は、SEQ ID NO:1に示されるアミノ酸配列であり、軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列であり、25H8の重鎖可変領域は、SEQ ID NO:5に示されるアミノ酸配列であり、軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:7に示されるアミノ酸配列である。
カバット(Kabat)のEUインデックス分析によると、4F2のHCDR1のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:35に示され、HCDR2のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:37に示され、HCDR3のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:40に示され、LCDR1のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:42に示され、LCDR2のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:45に示され、LCDR3のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:49に示される。
25H8のHCDR1のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:36に示され、HCDR2のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:38に示され、HCDR3のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:41に示され、LCDR1のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:43に示され、LCDR2のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:46に示され、LCDR3のアミノ酸配列は、SEQ ID NO:50に示される。
実施例2:抗体の親和性成熟
ファージディスプレイ技術を使用して、親和性成熟を行う。
親抗体として4F2および25H8を使用して、それぞれ軽鎖可変領域のLCDR1およびLCDR2に対して、ランダムの突然変異を加え、親和性が成熟したファージライブラリーを構築する。2ラウンドのスクリーニングの後、ELISA検出のために単一クローンを選択し、陽性クローンをシーケンシングし、発現させ、精製し、上記の実験を要約すると、7F8(4F2から由来する)および12G4(25H8から由来する)という名称のヒトCLL1に高い親和性と特異的結合を有する合計二つの抗体を得る。
シーケンシング後、7F8の重鎖可変領域は、SEQ ID NO:1に示されるアミノ酸配列であり、軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:11に示されるアミノ酸配列であり、12G4の重鎖可変領域は、SEQ ID NO:5に示されるアミノ酸配列であり、軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:15に示されるアミノ酸配列である。
7F8のLCDR1の配列は、SEQ ID NO:44に示され、LCDR2の配列は、SEQ ID NO:47に示され、LCDR3および重鎖のCDR領域の配列は、親抗体(4F2)と一致する。
12G4のLCDR1の配列は、25H8の配列と同じであり、LCDR2の配列は、SEQ ID NO:48に示され、LCDR3および重鎖のCDR領域の配列は、親抗体(25H8)と一致する。
ここで、12G4は、重鎖のCDR2領域に一つのグリコシル化部位を含み、ここで、セリンをグリシンに突然変異させた後、12G4mという名称の新しい抗体を得、12G4mのHCDR2の配列は、SEQ ID NO:39に示される。
12G4mの重鎖可変領域は、SEQ ID NO:13に示されるアミノ酸配列であり、軽鎖可変領域は、SEQ ID NO:15に示されるアミノ酸配列である。
ELISAによって、7F8および12G4mのscFVとヒトCLL1との結合状況を検出し、有意な結合(図4を参照)を示す。
7F8および12G4mのscFvをBiacoreによって検出し、結果は、図5に示され、結果は、親和性が親抗体の親和性の約10倍向上させたことを示す。
ELISAは、無関係な抗原としてヒトFcセグメントを使用して、抗体の特異性を検証する。抗体7F8および12G4mのscFvとCLL1発現陽性細胞との特異的結合を図6に示され、図から、抗体は、陽性細胞に特異的に結合できるが、陰性細胞に結合できないことが分かる(HL60およびU937は、CLL1発現陽性細胞であり、k562は、CLL1非発現陰性細胞である)。
実施例3:ELISAによる7F8および12G4m抗体と異なる種のCLL1との結合の検出
標準的なELISAによって、抗体7F8および12G4mの種の特異性を検出する。ヒトCLL1-hFc、マウスCLL1-hFc、サルCLL1-hFcを4℃下でELISAプレートに1ug/mlで一晩コーティングし、室温下で2%MPBSで1~2時間ブロックし、200nMの抗体7F8/12G4m(scFv)を加えて、室温下で1時間インキュベートし、二次抗体を抗Hisマウスモノクローナル抗体で1:1000に希釈し、三次抗体をヤギ抗マウス-HRPで1:2000に希釈し、室温下で1時間インキュベートした後発色し、1M濃硫酸を停止した後にOD450を読み取り、図7に示される。抗体7F8および12G4mは、ヒトCLL1にのみ結合し、マウスCLL1およびサルCLL1には結合しない。
実施例4:CLL1抗体scFv-Fc形態の構築およびそのモノマー比の検出
抗CLL1抗体7F8および12G4mとヒトIgGのFcセグメントとを融合発現し、293Fectinトランスフェクション試薬で293F細胞をトランスフェクトし、6日目に上清を収集し、プロテインAフィラーを使用してアフィニティー精製し、精製した後タンパク質をGE XK16/40空クロマトグラフィーカラムに通し、モノマーピークを収集し、モノマー比を検出し、ここで、抗体7F8のモノマー比は、99.30%であり、抗体12G4mのモノマー比は、58.50%であり、結果は、図8に示される。
抗体7F8タンパク質をカットオフフローが10KDであるミリポア(millipore)限外ろ過チューブで濃縮し、OD280/吸光係数で濃度を敷く停止、結果は、表1に示され、SDS-PAGEサンプリングして実行し、結果は、図9に示される。
表1
Figure 2022505921000002
12G4mに対して、分解および重合改造を行う。Discovery studioソフトウェアを介して、12G4mの3Dモデルを確立し、潜在的な凝集部位を分析し、ソフトウェア予測を通じて、これらの部位に対して点突然変異を行い、突然変異後の抗体をscFv-Fc形態でヒトIgGのFcセグメントと融合させ、293F細胞を介して発現させ、発現生成物を生成した後、SECによりモノマー比を検出し、結果によると、それぞれ、重鎖可変領域の9番目のアラニンのプロリン(12G4m-A9P)への突然変異、93番目のバリンのイソロイシン(12G4m-V93I)への突然変異、113番目のメチオニンのロイシン(12G4m-M133I)への突然変異等の三つのモノマー比が12G4mよりも明らかに優れた突然変異体を得、ここで、12G4m-M133Iのモノマー比は、95%以上に達することを示す。
12G4m-A9P、12G4m-V93Iおよび12G4m-M133Iの突然変異部位は、すべて重鎖可変領域に存在し、その重鎖可変領域の配列は、それぞれSEQ ID NO:67、68および69に示される。
12G4m-A9PのscFv配列は、SEQ ID NO:70に示され、12G4m-V93IのscFv配列は、SEQ ID NO:71に示され、12G4m-M133IのscFv配列は、SEQ ID NO:72に示される。
実施例5:FACsを使用した抗体とU937細胞との結合EC50の測定
実施例4で得られたscFv-Fc融合タンパク質を使用して、FACsによって抗CLL1抗体のEC50を検出し、具体的な手順は次のとおりである。U937細胞を96ウェルU型底板に1×10細胞/ウェルで加え、4℃下でFcRブロッキング(blocking)試薬で30分間密閉し、300uL/ウェルの1% FBSで細胞を2回洗浄し、次に、勾配希釈した100μLのCLL1抗体7F8、12G4m、4F2および25H8(1000nmol/mLを開始濃度として、5倍希釈、7つの濃度勾配)を加え、混合した後、4℃下で45分間インキュベートし、遠心分離して上清を除去し、300uL/ウェルの1%FBSで細胞を2回洗浄する。FITC標識ヤギ抗ヒト(Goat anti human)Fc(Jackson Immuno Research、コード番号(Code number):109-095-098)を1%FBSで200倍に希釈し、細胞に添加し、4℃下で45分間インキュベートした後、遠心分離して、上清液を除去し、300μL/ウェルの1%FBSで細胞を2回洗浄する。最後に、細胞を200μL/ウェルの1%FBSで再懸濁し、フローサイトメトリーによって検出する。図10に示されるように、抗ヒトCLL1抗体7F8、12G4m、4F2および25H8のEC50値は、それぞれ0.06474nM、0.4271nM、0.7370nMおよび0.1638nMであり、そのEC50値は、すべて1nMよりも小さく、良好な細胞殺傷効果を示す。
実施例6:抗CLL1キメラ抗原受容体プラスミド(CAR)の構築
a.抗CLL1抗体7F8キメラ抗原受容体プラスミドの構築
PRRLSIN-cPPT.EF-1α(Addgeneから購入する)をベクターとして使用して、PRRLSIN-cPPT.EF-1α-7F8-28Z、PRRLSIN-cPPT.EF-1α-7F8-BBZおよびPRRLSIN-cPPT.EF-1α-7F8-28BBZを含む、抗体7F8の第2世代キメラ抗原受容体を発現するレンチウイルスプラスミドを構築する。
7F8-28Z配列は、CD8αシグナルペプチド(SEQ ID NO:17)、7F8scFV(SEQ ID NO:31)、CD8ヒンジ(hinge)(SEQ ID NO:19)、CD28膜貫通領域(SEQ ID NO:51)および細胞内シグナル伝達ドメイン(SEQ ID NO:53)ならびにCD3ξ(SEQ ID NO:25)からなり、7F8-BBZ配列は、CD8αシグナルペプチド(SEQ ID NO:17)、7F8scFV(SEQ ID NO:31)、CD8ヒンジ(SEQ ID NO:19)および膜貫通領域(SEQ ID NO:21)、CD137細胞内シグナル伝達ドメイン(SEQ ID NO:23)ならびにCD3ξ(SEQ ID NO:25)からなり、7F8-28BBZ配列は、CD8αシグナルペプチド(SEQ ID NO:17)、7F8scFV(SEQ ID NO:31)、CD8ヒンジ(SEQ ID NO:19)、CD28膜貫通領域(SEQ ID NO:51)および細胞内シグナル伝達ドメイン(SEQ ID NO:53)、CD137細胞内シグナル伝達ドメイン(SEQ ID NO:23)ならびにCD3ξ(SEQ ID NO:25)からなる。
b.抗CLL1抗体12G4mキメラ抗原受容体プラスミドの構築
PRRLSIN-cPPT.EF-1αをベクターとして使用して、PRRLSIN-cPPT.EF-1α-12G4m-28Z、PRRLSIN-cPPT.EF-1α-12G4m-BBZおよびPRRLSIN-cPPT.EF-1α-12G4m-28BBZを含む、抗体12G4mの第2世代キメラ抗原受容体を発現するレンチウイルスプラスミドを構築する。
12G4m-28Z配列は、CD8αシグナルペプチド(SEQ ID NO:17)、12G4m scFV(SEQ ID NO:33)、CD8ヒンジ(SEQ ID NO:19)、CD28膜貫通領域(SEQ ID NO:51)および細胞内シグナル伝達ドメイン(SEQ ID NO:53)ならびにCD3ξ(SEQ ID NO:25)からなり、12G4m-BBZ配列は、CD8αシグナルペプチド(SEQ ID NO:17)、12G4m scFV(SEQ ID NO:33)、CD8ヒンジ(SEQ ID NO:19)および膜貫通領域(SEQ ID NO:21)、CD137細胞内シグナル伝達ドメイン(SEQ ID NO:23)ならびにCD3ξ(SEQ ID NO:25)からなり、12G4m-28BBZ配列は、CD8αシグナルペプチド(SEQ ID NO:17)、12G4m scFV(SEQ ID NO:33)、CD8ヒンジ(SEQ ID NO:19)、CD137細胞内シグナル伝達ドメイン(SEQ ID NO:23)およびCD3ξ(SEQ ID NO:25)からなる。
c.抗CLL1抗体12G4m-M1331(本明細書において、12G4m(M1331)とも表記される)キメラ抗原受容体プラスミドの構築
PRRLSIN-cPPT.EF-1αをベクターとして使用して、PRRLSIN-cPPT.EF-1α-12G4m(M1331)-BBZであり、抗体12G4m-M1331の第2世代キメラ抗原受容体を発現するレンチウイルスプラスミドを構築する。12G4m(M1331)-28Z配列は、CD8αシグナルペプチド(SEQ ID NO:17)、12G4m(M1331)scFV(SEQ ID NO:72)、CD8ヒンジ(SEQ ID NO:19)、CD28膜貫通領域(SEQ ID NO:51)および細胞内シグナル伝達ドメイン(SEQ ID NO:53)ならびにCD3ξ(SEQ ID NO:25)からなり、12G4m(M1331)-BBZ配列は、CD8αシグナルペプチド(SEQ ID NO:17)、12G4m(M1331)scFV(SEQ ID NO:72)、CD8ヒンジ(SEQ ID NO:19)および膜貫通領域(SEQ ID NO:21)、CD137細胞内シグナル伝達ドメイン(SEQ ID NO:23)ならびにCD3ξ(SEQ ID NO:25)からなり、12G4m(M1331)-28BBZ配列は、CD8αシグナルペプチド(SEQ ID NO:17)、12G4m(M1331)scFV(SEQ ID NO:72)、CD8ヒンジ(SEQ ID NO:19)、CD137細胞内シグナル伝達ドメイン(SEQ ID NO:23)およびCD3ξ(SEQ ID NO:25)からなる。
実施例7:CLL1特異的CARウイルスパッケージングおよびCAR T感染の陽性率の検出
まず、リン酸カルシウム法でレンチウイルスをパッケージングし、ウイルス上清をPEG8000/NaClによって精製し、精製した後、FACS法でウイルスを滴下検出し、フローサイトメトリーの検出結果によると、7F8-CART、12G4m-CARTおよび12G4m-M1331CARTウイルス力価は、それぞれ2.37E+08、1.41E+08および7.99E+07である。
次に、ウイルスを使用して、CD3/CD28磁気ビーズによって48時間活性化した後のT細胞に感染し,ウイルス体積(mL)=細胞数xMOI値(MOI=10)/力価を加え、7F8-BBZ CAR T、12G4m-BBZ CAR Tおよび12G4m(M1331)-BBZ -CARTの細胞を得、FACS法を使用して、感染した後9日目のCAR発現の陽性率を検出し、結果は、図11に示され、7F8-BBZ CAR TのCAR陽性率は、41.94%であり、12G4m-BBZ CAR TのCAR陽性率は、60.14%であり、12G4m(M1331)-BBZ CAR TのCAR陽性率は、55.64%である。
実施例8:CLL1を標的とする陽性細胞のインビトロ殺傷毒性の検出
従来技術で報告された抗体抗体M26(CN104736562B)を陽性対照として選択し、従来の方法を使用して、M26-BBZ CAR Tを調製する。CytoTox 96非放射性細胞毒性検出キット(プロメガ(Promega)会社)を使用する。具体的な方法は、CytoTox 96非放射性細胞毒性検出キットの説明書を参照する。
エフェクター細胞:3:1、1:1、1:3および1:9のエフェクター標的比に従って、それぞれ96ウェルプレートに非形質導入(Untransduced、UTD)T細胞、7F8-BBZ CART細胞、および12G4m-BBZ CART細胞を接種する。
標的細胞:50μLの2×10/mLのCLL1発現陽性のHL-60およびU937細胞ならびにCLL1発現陰性のK562細胞をそれぞれ対応する96ウェルプレートに接種する。
実験結果は、図12に示され、対照グループUTDと比較して、本発明の7F8-BBZ CAR T、12G4m-BBZ CAR Tは、CLL1発現陽性のHL-60およびU937細胞に対して、エフェクター標的比が3:1、1:1および1:3である場合、すべて有意な毒性殺傷効果を有するが、CLL1発現陰性のK562細胞に対して、殺傷効果がほとんどない。さらに、CLL1発現陽性のHL-60およびU937細胞に対して、12G4m-BBZ CAR Tは、すべて従来技術M26-BBZ CAR Tよりもより優れた殺傷効果を示すが、7F8-BBZ CAR Tは、HL-60に対する殺傷効果もM26-BBZ CAR Tよりも優れる。
実施例9:マウスにおけるインビボ細胞殺傷実験
1)実験のグループ分け:6~8週齢の雌NPGマウスを6匹ずつランダムに四つのグループに分け、それぞれ、非形質導入T(UTD)、12G4m-BBZ CARTグループ(1.0×10/匹マウス)、12G4m-BBZ CARTグループ(2.0×10/匹マウス)、および12G4m-BBZ CART(4.0×10/匹マウス)細胞治療グループである。
2)皮下移植腫瘍の接種:対数増殖期および良好な増殖状態のHL-60細胞を収集し、細胞密度を1.5×10/mLに調整し、NPGマウスの右腋窩の皮下部位に200μLの細胞懸濁液、即ち、各マウスに3.0×10の腫瘍細胞を接種し、接種日記を0日目として記録する。
3)CAR-T細胞の再注入:腫瘍の平均体積が約122mm3である場合、即ち、腫瘍接種後8日目に、対応する数の12G4m BBZ細胞または非形質導入T細胞対照を注入する。結果によると、CAR T注射した14日後、UTD対照グループと比較して、各グループがすべて明らかな抗腫瘍効果を示し、12G4m-BBZ細胞濃度が2.0×10である場合、腫瘍阻害率は、57.35%であり、12G4m-BBZ細胞濃度が4.0×10である場合、腫瘍阻害率は、72.89%である。同時に、マウスの体重は、UTD対照グループと比較して、有意な変化はない。
実施例10:12G4m(M1331)-BBZ CARTのインビトロ殺傷結果
実施例8の方法を参照して、12G4m(M1331)-BBZ CARTのインビトロ殺傷効果を検出する。
エフェクター細胞:9:1、3:1および1:1のエフェクター標的比に従って、96ウェルプレートに非形質導入(UTD)T細胞、7F8-BBZ CART細胞、12G4m-BBZ CART細胞、および12G4m(M1331)-BBZ CART細胞を接種する。
標的細胞:50μLの2×10/mLのCLL1発現陽性のHL-60およびU937細胞ならびにCLL1発現陰性のK562細胞をそれぞれ96ウェルプレートに接種する。
実験結果は、図13に示され、結果によると、対照グループUTDと比較して、本発明の7F8-BBZ CAR T、12G4m-BBZ CAR T、および12G4m(M1331)-BBZ CARTは、CLL1発現陽性のHL-60およびU937細胞に対して、すべて有意な毒性殺傷効果を有するが、CLL1発現陰性のK562細胞に対して、殺傷効果がほとんどない。
本発明で言及されたすべての文書は、あたかも各文書が個別に参照として引用されたかのように、本出願における参照として引用される。さらに、本発明の上記の教示内容を読んだ後、当業者は本発明に様々な変更または修正を加えることができ、これらの同等の形態も、本出願の添付の請求範囲によって定義される範囲に含まれる。
本発明で使用される配列は、以下の表に要約されている。
Figure 2022505921000003
Figure 2022505921000004
Figure 2022505921000005
Figure 2022505921000006
Figure 2022505921000007
Figure 2022505921000008
Figure 2022505921000009

Claims (31)

  1. CLL1を標的とする抗体であって、
    SYXMXに示されるHCDR1、XSGGSTXYAX1011Gに示されるHCDR2、およびSEQ ID NO:40または41に示されるHCDR3、ならびにRASQSISSX12LX13に示されるLCDR1、X14ASX15LX16Sに示されるLCDR2、およびQQX17YSX18PX1920Tに示されるLCDR3を有し、
    ここで、前記Xは、AまたはYから選択され、Xは、SまたはHから選択され、Xは、AまたはIであり、Xは、IまたはFから選択され、Xは、SまたはNから選択され、Xは、GまたはPから選択され、Xは、YまたはSから選択され、Xは、DまたはQから選択され、Xは、SまたはKから選択され、X10は、VまたはFから選択され、X11は、KまたはQから選択され、X12は、WまたはYから選択され、X13は、AまたはNから選択され、X14は、DまたはVから選択され、X15は、NまたはSから選択され、X16は、EまたはQから選択され、X17は、YまたはSから選択され、X18は、YまたはTから選択され、X19は、MまたはLから選択され、X20は、Iであるか、または存在しないことを特徴とする、
    前記抗体。
  2. (1)その重鎖可変領域がSEQ ID NO:35または36に示されるHCDR1を含むか、および/またはSEQ ID NO:37、38または39に示されるHCDR2を含むか、および/またはSEQ ID NO:40または41に示されるHCDR3を含む抗体、
    (2)その軽鎖可変領域がSEQ ID NO:42、43または44に示されるLCDR1を含むか、および/またはSEQ ID NO:45、46、47または48に示されるLCDR2を含むか、および/またはSEQ ID NO:49または50に示されるLCDR3を含む抗体、
    (3)(1)に記載の重鎖可変領域および(2)に記載の軽鎖可変領域を含む抗体、
    (4)(1)~(3)のいずれか1つに記載の抗体と同じまたは類似の活性を有する、(1)~(3)のいずれか1つに記載の抗体の変異体
    の群のいずれかから選択されることを特徴とする、
    請求項1に記載の抗体。
  3. 前記抗体LCDR1には、RASQSISSX12LX13からRASQWIARX12LX13への突然変異が生じており、
    好ましくは、前記突然変異したLCDR1の配列は、SEQ ID NO:44に示されることを特徴とする、
    請求項1に記載の抗体。
  4. 前記抗体HCDR2のXが、AISGまたはIFNPであることを特徴とする、
    請求項1に記載の抗体。
  5. 前記抗体HCDR2には、XSGGSTXYAX1011GからXGGGSTXYAX1011Gへの突然変異が生じており、
    好ましくは、前記突然変異されたHCDR2の配列は、SEQ ID NO:39に示されることを特徴とする、
    請求項1または4に記載の抗体。
  6. (1)SEQ ID NO:35に示されるHCDR1、SEQ ID NO:37に示されるHCDR2、およびSEQ ID NO:40に示されるHCDR3、ならびにSEQ ID NO:42に示されるLCDR1、SEQ ID NO:45に示されるLCDR2、およびSEQ ID NO:49に示されるLCDR3を含む抗体、
    (2)SEQ ID NO:36に示されるHCDR1、SEQ ID NO:38に示されるHCDR2、およびSEQ ID NO:41に示されるHCDR3、ならびにSEQ ID NO:43に示されるLCDR1、SEQ ID NO:46に示されるLCDR2、およびSEQ ID NO:50に示されるLCDR3を含む抗体、
    (3)SEQ ID NO:35に示されるHCDR1、SEQ ID NO:37に示されるHCDR2、およびSEQ ID NO:40に示されるHCDR3、ならびにSEQ ID NO:44に示されるLCDR1、SEQ ID NO:47に示されるLCDR2、およびSEQ ID NO:49に示されるLCDR3を含む抗体、
    (4)SEQ ID NO:36に示されるHCDR1、SEQ ID NO:38に示されるHCDR2、およびSEQ ID NO:41に示されるHCDR3、ならびにSEQ ID NO:43に示されるLCDR1、SEQ ID NO:48に示されるLCDR2、およびSEQ ID NO:50に示されるLCDR3を含む抗体、
    (5)SEQ ID NO:36に示されるHCDR1、SEQ ID NO:39に示されるHCDR2、およびSEQ ID NO:41に示されるHCDR3、ならびにSEQ ID NO:43に示されるLCDR1、SEQ ID NO:48に示されるLCDR2、およびSEQ ID NO:50に示されるLCDR3を含む抗体、および
    (6)(1)~(5)のいずれか1つに記載の抗体と同じまたは類似の活性を有する(1)~(5)のいずれか1つに記載の抗体の変異体の群
    のいずれかから選択されることを特徴とする、
    請求項2に記載の抗体。
  7. (1)重鎖可変領域に、SEQ ID NO:1に示されるアミノ酸配列、SEQ ID NO:5に示されるアミノ酸配列、SEQ ID NO:13に示されるアミノ酸配列、SEQ ID NO:67に示されるアミノ酸配列、SEQ ID NO:68に示されるアミノ酸配列、SEQ ID NO:69に示されるアミノ酸配列を有する抗体、
    (2)軽鎖可変領域に、SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列、SEQ ID NO:7に示されるアミノ酸配列、SEQ ID NO:11に示されるアミノ酸配列、SEQ ID NO:15に示されるアミノ酸配列を有する抗体、
    (3)(1)に記載の抗体の重鎖可変領域および(2)に記載の抗体の軽鎖可変領域を含む抗体、
    (4)(1)~(3)のいずれか1つに記載の抗体と同じまたは類似の活性を有する(1)~(3)のいずれか1つに記載の抗体の変異体の群
    のいずれかから選択されることを特徴とする、
    請求項2に記載の抗体。
  8. (1)重鎖可変領域には、SEQ ID NO:1に示されるアミノ酸配列を有し、軽鎖可変領域には、SEQ ID NO:3に示されるアミノ酸配列を有する抗体、
    (2)重鎖可変領域には、SEQ ID NO:5に示されるアミノ酸配列を有し、軽鎖可変領域には、SEQ ID NO:7に示されるアミノ酸配列を有する抗体、
    (3)重鎖可変領域には、SEQ ID NO:1に示されるアミノ酸配列を有し、軽鎖可変領域には、SEQ ID NO:11に示されるアミノ酸配列を有する抗体、
    (4)重鎖可変領域には、SEQ ID NO:13に示されるアミノ酸配列を有し、軽鎖可変領域には、SEQ ID NO:15に示されるアミノ酸配列を有する抗体、
    (5)重鎖可変領域には、SEQ ID NO:5に示されるアミノ酸配列を有し、軽鎖可変領域には、SEQ ID NO:15に示されるアミノ酸配列を有する抗体、
    (6)(1)~(5)のいずれか1つに記載の抗体と同じまたは類似の活性を有する(1)~(5)のいずれか1つに記載の抗体の変異体
    から選択されることを特徴とする、
    請求項7に記載の抗体。
  9. 軽鎖可変領域に、SEQ ID NO:43に示されるLCDR1、SEQ ID NO:48に示されるLCDR2、およびSEQ ID NO:50に示されるLCDR3を有し、
    好ましくは、前記軽鎖可変領域に、SEQ ID NO:15に示されるアミノ酸配列を有し、
    より好ましくは、前記軽鎖可変領域に、SEQ ID NO:15に示されるアミノ酸配列を有し、重鎖可変領域に、SEQ ID NO:5、13、67、68または69に示されるアミノ酸配列を有することを特徴とする、
    請求項2に記載の抗体。
  10. 請求項1~9のいずれか一項に記載の抗体と同じ抗原決定部位を識別する抗体。
  11. 完全ヒト抗体であることを特徴とする、
    請求項1~10のいずれか一項に記載の抗体。
  12. 完全抗体、scFv、単一ドメイン抗体、Fabフラグメント、Fvフラグメント、またはF(ab’)フラグメントであることを特徴とする、
    請求項1~10のいずれか一項に記載の抗体。
  13. 請求項1~12のいずれか一項に記載の抗体をコードする核酸。
  14. 請求項13に記載の核酸を含むことを特徴とする、発現ベクター。
  15. 請求項14に記載の発現ベクターを含むか、またはゲノムに請求項13に記載の核酸が組み込まれたことを特徴とする、宿主細胞。
  16. 腫瘍を治療する薬物の調製、または腫瘍を診断する試薬の調製に使用されることを特徴とする、請求項1~12のいずれか一項に記載の抗体の用途。
  17. 請求項1~12のいずれか一項に記載の抗体、および連結される機能性分子を含み、
    前記機能性分子は、腫瘍表面マーカーを標的とする分子、腫瘍を阻害する分子、免疫細胞の表面マーカーを標的とする分子、および検出可能なマーカーから選択される、免疫コンジュゲート。
  18. 腫瘍を阻害する分子が、抗腫瘍サイトカインまたは抗腫瘍毒素であることを特徴とする、
    請求項17に記載の免疫コンジュゲート。
  19. 免疫細胞の表面マーカーを標的とする分子が、免疫細胞の表面マーカーに結合する抗体またはリガンド(ligand)であることを特徴とする、
    請求項17に記載の免疫コンジュゲート。
  20. 免疫細胞の表面マーカーを標的とする分子が、T細胞、NK細胞またはNKT細胞の表面マーカーに結合する抗体であることを特徴とする、
    請求項19に記載の免疫コンジュゲート。
  21. 請求項17~20のいずれか一項に記載の免疫コンジュゲートをコードする核酸。
  22. 請求項1~12のいずれか一項に記載の抗体を含むことを特徴とする、キメラ抗原受容体。
  23. 一本鎖抗体または単一ドメイン抗体であることを特徴とする、
    請求項22に記載のキメラ抗原受容体。
  24. 請求項22に記載のキメラ抗原受容体をコードする核酸。
  25. 請求項24に記載の核酸を含むことを特徴とする、発現ベクター。
  26. 請求項25に記載のベクターを含むことを特徴とする、ウイルス。
  27. 請求項24に記載の核酸が形質導入されるか、または請求項22に記載のキメラ抗原受容体が発現されることを特徴とする、遺伝子修飾された免疫細胞。
  28. キメラ抗原受容体に加えて、第二の配列がさらに発現されることを特徴とする、
    請求項27に記載の遺伝子修飾された免疫細胞。
  29. 第二の配列が、サイトカイン、または別のキメラ抗原受容体、またはケモカイン受容体、またはPD-1発現を低下させるsiRNA、またはPD-L1を遮断するタンパク質、またはTCR、または安全スイッチを含むことを特徴とする、
    請求項28に記載の免疫細胞。
  30. 腫瘍を治療する薬物の調製に使用される請求項28に記載の遺伝子修飾された免疫細胞の用途。
  31. 請求項1~12のいずれか一項に記載の抗体または当該抗体をコードする核酸、または
    請求項17~20のいずれか一項に記載の免疫コンジュゲートまたは当該コンジュゲートをコードする核酸、または
    請求項27~29のいずれか一項に記載の遺伝子修飾された免疫細胞を含むことを特徴とする、医薬組成物。
JP2021523007A 2018-10-26 2019-10-28 Cll1を標的とする抗体およびその応用 Pending JP2022505921A (ja)

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