JP2021083431A - 細胞解析方法、細胞解析装置、細胞解析システム、及び細胞解析プログラム - Google Patents
細胞解析方法、細胞解析装置、細胞解析システム、及び細胞解析プログラム Download PDFInfo
- Publication number
- JP2021083431A JP2021083431A JP2019217162A JP2019217162A JP2021083431A JP 2021083431 A JP2021083431 A JP 2021083431A JP 2019217162 A JP2019217162 A JP 2019217162A JP 2019217162 A JP2019217162 A JP 2019217162A JP 2021083431 A JP2021083431 A JP 2021083431A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- analysis
- cell
- data
- artificial intelligence
- cells
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 title claims abstract description 329
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 claims abstract description 232
- 238000013473 artificial intelligence Methods 0.000 claims abstract description 204
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 479
- 239000007850 fluorescent dye Substances 0.000 claims description 103
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 claims description 78
- 238000012545 processing Methods 0.000 claims description 36
- 208000031404 Chromosome Aberrations Diseases 0.000 claims description 33
- 208000005443 Circulating Neoplastic Cells Diseases 0.000 claims description 30
- 238000013528 artificial neural network Methods 0.000 claims description 27
- 238000007689 inspection Methods 0.000 claims description 25
- 230000002093 peripheral effect Effects 0.000 claims description 25
- 230000001678 irradiating effect Effects 0.000 claims description 3
- 238000013135 deep learning Methods 0.000 claims description 2
- 238000012549 training Methods 0.000 description 425
- 238000000034 method Methods 0.000 description 107
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 101
- 238000003860 storage Methods 0.000 description 47
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 45
- 230000008569 process Effects 0.000 description 37
- 230000003287 optical effect Effects 0.000 description 36
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 30
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 28
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 25
- 230000015654 memory Effects 0.000 description 25
- 238000012351 Integrated analysis Methods 0.000 description 24
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 24
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 22
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 22
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 22
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 19
- 239000000427 antigen Substances 0.000 description 16
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 description 16
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 description 16
- 230000005945 translocation Effects 0.000 description 16
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 15
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 15
- 238000002372 labelling Methods 0.000 description 15
- 206010008805 Chromosomal abnormalities Diseases 0.000 description 14
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 12
- 238000004590 computer program Methods 0.000 description 11
- 210000004940 nucleus Anatomy 0.000 description 11
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 11
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 10
- 210000003743 erythrocyte Anatomy 0.000 description 10
- 238000009434 installation Methods 0.000 description 10
- 239000013641 positive control Substances 0.000 description 10
- 239000004065 semiconductor Substances 0.000 description 10
- 239000013642 negative control Substances 0.000 description 9
- 210000000440 neutrophil Anatomy 0.000 description 9
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 8
- 102100023606 Retinoic acid receptor alpha Human genes 0.000 description 8
- 210000001772 blood platelet Anatomy 0.000 description 8
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 8
- 239000000975 dye Substances 0.000 description 8
- 208000032839 leukemia Diseases 0.000 description 8
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 8
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 8
- 108091008121 PML-RARA Proteins 0.000 description 7
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 7
- 238000001215 fluorescent labelling Methods 0.000 description 7
- 210000003463 organelle Anatomy 0.000 description 7
- 210000004881 tumor cell Anatomy 0.000 description 7
- 208000031261 Acute myeloid leukaemia Diseases 0.000 description 6
- 208000033776 Myeloid Acute Leukemia Diseases 0.000 description 6
- 102100026375 Protein PML Human genes 0.000 description 6
- 230000001154 acute effect Effects 0.000 description 6
- 238000000684 flow cytometry Methods 0.000 description 6
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 6
- 238000010186 staining Methods 0.000 description 6
- 239000012128 staining reagent Substances 0.000 description 6
- 238000013527 convolutional neural network Methods 0.000 description 5
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 5
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 5
- 210000003714 granulocyte Anatomy 0.000 description 5
- 238000012744 immunostaining Methods 0.000 description 5
- 238000009966 trimming Methods 0.000 description 5
- 208000006664 Precursor Cell Lymphoblastic Leukemia-Lymphoma Diseases 0.000 description 4
- 102100022596 Tyrosine-protein kinase ABL1 Human genes 0.000 description 4
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 4
- 210000000601 blood cell Anatomy 0.000 description 4
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 4
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 4
- 210000002230 centromere Anatomy 0.000 description 4
- 230000002949 hemolytic effect Effects 0.000 description 4
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 4
- 238000010801 machine learning Methods 0.000 description 4
- 230000036210 malignancy Effects 0.000 description 4
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 4
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 4
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 4
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 4
- 210000005259 peripheral blood Anatomy 0.000 description 4
- 239000011886 peripheral blood Substances 0.000 description 4
- 238000007781 pre-processing Methods 0.000 description 4
- 230000001360 synchronised effect Effects 0.000 description 4
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 4
- 101150023956 ALK gene Proteins 0.000 description 3
- 101000719121 Arabidopsis thaliana Protein MEI2-like 1 Proteins 0.000 description 3
- 101150049556 Bcr gene Proteins 0.000 description 3
- 101000857677 Homo sapiens Runt-related transcription factor 1 Proteins 0.000 description 3
- 102100025373 Runt-related transcription factor 1 Human genes 0.000 description 3
- 230000005856 abnormality Effects 0.000 description 3
- 210000003651 basophil Anatomy 0.000 description 3
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 3
- 210000003979 eosinophil Anatomy 0.000 description 3
- 230000005284 excitation Effects 0.000 description 3
- 230000006870 function Effects 0.000 description 3
- 210000000265 leukocyte Anatomy 0.000 description 3
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 3
- 210000001616 monocyte Anatomy 0.000 description 3
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 3
- WEVYNIUIFUYDGI-UHFFFAOYSA-N 3-[6-[4-(trifluoromethoxy)anilino]-4-pyrimidinyl]benzamide Chemical compound NC(=O)C1=CC=CC(C=2N=CN=C(NC=3C=CC(OC(F)(F)F)=CC=3)C=2)=C1 WEVYNIUIFUYDGI-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 101150033421 ABL gene Proteins 0.000 description 2
- 208000024893 Acute lymphoblastic leukemia Diseases 0.000 description 2
- 208000014697 Acute lymphocytic leukaemia Diseases 0.000 description 2
- 206010000871 Acute monocytic leukaemia Diseases 0.000 description 2
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 2
- 102100021569 Apoptosis regulator Bcl-2 Human genes 0.000 description 2
- XKRFYHLGVUSROY-UHFFFAOYSA-N Argon Chemical compound [Ar] XKRFYHLGVUSROY-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 208000010839 B-cell chronic lymphocytic leukemia Diseases 0.000 description 2
- 108091012583 BCL2 Proteins 0.000 description 2
- 208000032791 BCR-ABL1 positive chronic myelogenous leukemia Diseases 0.000 description 2
- 208000010833 Chronic myeloid leukaemia Diseases 0.000 description 2
- 102100024165 G1/S-specific cyclin-D1 Human genes 0.000 description 2
- 208000017604 Hodgkin disease Diseases 0.000 description 2
- 208000021519 Hodgkin lymphoma Diseases 0.000 description 2
- 208000010747 Hodgkins lymphoma Diseases 0.000 description 2
- 101001116548 Homo sapiens Protein CBFA2T1 Proteins 0.000 description 2
- 206010024305 Leukaemia monocytic Diseases 0.000 description 2
- 208000031422 Lymphocytic Chronic B-Cell Leukemia Diseases 0.000 description 2
- 206010025323 Lymphomas Diseases 0.000 description 2
- 101150113681 MALT1 gene Proteins 0.000 description 2
- 108700026676 Mucosa-Associated Lymphoid Tissue Lymphoma Translocation 1 Proteins 0.000 description 2
- 102100038732 Mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma translocation protein 1 Human genes 0.000 description 2
- 102100038895 Myc proto-oncogene protein Human genes 0.000 description 2
- 101710135898 Myc proto-oncogene protein Proteins 0.000 description 2
- 201000003793 Myelodysplastic syndrome Diseases 0.000 description 2
- 208000033761 Myelogenous Chronic BCR-ABL Positive Leukemia Diseases 0.000 description 2
- 208000015914 Non-Hodgkin lymphomas Diseases 0.000 description 2
- KPKZJLCSROULON-QKGLWVMZSA-N Phalloidin Chemical compound N1C(=O)[C@@H]([C@@H](O)C)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@H](C[C@@](C)(O)CO)NC(=O)[C@H](C2)NC(=O)[C@H](C)NC(=O)[C@@H]3C[C@H](O)CN3C(=O)[C@@H]1CSC1=C2C2=CC=CC=C2N1 KPKZJLCSROULON-QKGLWVMZSA-N 0.000 description 2
- 102100024952 Protein CBFA2T1 Human genes 0.000 description 2
- 101710150448 Transcriptional regulator Myc Proteins 0.000 description 2
- 208000037280 Trisomy Diseases 0.000 description 2
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 2
- 231100000005 chromosome aberration Toxicity 0.000 description 2
- 208000032852 chronic lymphocytic leukemia Diseases 0.000 description 2
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 description 2
- 238000012937 correction Methods 0.000 description 2
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 2
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 2
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 2
- 210000000805 cytoplasm Anatomy 0.000 description 2
- 238000004043 dyeing Methods 0.000 description 2
- 238000002073 fluorescence micrograph Methods 0.000 description 2
- 239000007789 gas Substances 0.000 description 2
- 238000011478 gradient descent method Methods 0.000 description 2
- 230000005484 gravity Effects 0.000 description 2
- 230000003394 haemopoietic effect Effects 0.000 description 2
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 2
- 208000003747 lymphoid leukemia Diseases 0.000 description 2
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 2
- 201000006894 monocytic leukemia Diseases 0.000 description 2
- 230000000877 morphologic effect Effects 0.000 description 2
- 208000025113 myeloid leukemia Diseases 0.000 description 2
- 238000010606 normalization Methods 0.000 description 2
- 238000004886 process control Methods 0.000 description 2
- XJMOSONTPMZWPB-UHFFFAOYSA-M propidium iodide Chemical compound [I-].[I-].C12=CC(N)=CC=C2C2=CC=C(N)C=C2[N+](CCC[N+](C)(CC)CC)=C1C1=CC=CC=C1 XJMOSONTPMZWPB-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 2
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 2
- 108091008726 retinoic acid receptors α Proteins 0.000 description 2
- 208000011580 syndromic disease Diseases 0.000 description 2
- FWBHETKCLVMNFS-UHFFFAOYSA-N 4',6-Diamino-2-phenylindol Chemical compound C1=CC(C(=N)N)=CC=C1C1=CC2=CC=C(C(N)=N)C=C2N1 FWBHETKCLVMNFS-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102100033793 ALK tyrosine kinase receptor Human genes 0.000 description 1
- 206010003445 Ascites Diseases 0.000 description 1
- 102100021631 B-cell lymphoma 6 protein Human genes 0.000 description 1
- 102100021662 Baculoviral IAP repeat-containing protein 3 Human genes 0.000 description 1
- 206010004593 Bile duct cancer Diseases 0.000 description 1
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 206010061764 Chromosomal deletion Diseases 0.000 description 1
- 208000036086 Chromosome Duplication Diseases 0.000 description 1
- 208000016718 Chromosome Inversion Diseases 0.000 description 1
- 108010058546 Cyclin D1 Proteins 0.000 description 1
- 230000004568 DNA-binding Effects 0.000 description 1
- 102100027842 Fibroblast growth factor receptor 3 Human genes 0.000 description 1
- 101710182396 Fibroblast growth factor receptor 3 Proteins 0.000 description 1
- 229920001917 Ficoll Polymers 0.000 description 1
- 208000034951 Genetic Translocation Diseases 0.000 description 1
- 102000001554 Hemoglobins Human genes 0.000 description 1
- 108010054147 Hemoglobins Proteins 0.000 description 1
- 101000971234 Homo sapiens B-cell lymphoma 6 protein Proteins 0.000 description 1
- 101000896224 Homo sapiens Baculoviral IAP repeat-containing protein 3 Proteins 0.000 description 1
- 101000980756 Homo sapiens G1/S-specific cyclin-D1 Proteins 0.000 description 1
- 101000610107 Homo sapiens Pre-B-cell leukemia transcription factor 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000596772 Homo sapiens Transcription factor 7-like 1 Proteins 0.000 description 1
- 101000666382 Homo sapiens Transcription factor E2-alpha Proteins 0.000 description 1
- 206010062767 Hypophysitis Diseases 0.000 description 1
- 102000004289 Interferon regulatory factor 1 Human genes 0.000 description 1
- 108090000890 Interferon regulatory factor 1 Proteins 0.000 description 1
- 208000035489 Monocytic Acute Leukemia Diseases 0.000 description 1
- 208000008900 Pancreatic Ductal Carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 206010061902 Pancreatic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 108010009711 Phalloidine Proteins 0.000 description 1
- 208000002151 Pleural effusion Diseases 0.000 description 1
- 101150016155 Pml gene Proteins 0.000 description 1
- 102100040171 Pre-B-cell leukemia transcription factor 1 Human genes 0.000 description 1
- 206010060862 Prostate cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000000236 Prostatic Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 108090000740 RNA-binding protein EWS Proteins 0.000 description 1
- 102000004229 RNA-binding protein EWS Human genes 0.000 description 1
- 101150077555 Ret gene Proteins 0.000 description 1
- 101150035397 Ros1 gene Proteins 0.000 description 1
- 208000000453 Skin Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 102100038313 Transcription factor E2-alpha Human genes 0.000 description 1
- 210000004100 adrenal gland Anatomy 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 239000003146 anticoagulant agent Substances 0.000 description 1
- 229940127219 anticoagulant drug Drugs 0.000 description 1
- 229910052786 argon Inorganic materials 0.000 description 1
- 210000001815 ascending colon Anatomy 0.000 description 1
- 210000000941 bile Anatomy 0.000 description 1
- 208000026900 bile duct neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 238000009534 blood test Methods 0.000 description 1
- 210000001185 bone marrow Anatomy 0.000 description 1
- 210000004534 cecum Anatomy 0.000 description 1
- 210000003855 cell nucleus Anatomy 0.000 description 1
- 239000006285 cell suspension Substances 0.000 description 1
- 210000003169 central nervous system Anatomy 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 210000001175 cerebrospinal fluid Anatomy 0.000 description 1
- 208000006990 cholangiocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 210000004292 cytoskeleton Anatomy 0.000 description 1
- 210000001731 descending colon Anatomy 0.000 description 1
- 239000003085 diluting agent Substances 0.000 description 1
- 210000001198 duodenum Anatomy 0.000 description 1
- 230000002124 endocrine Effects 0.000 description 1
- 210000002472 endoplasmic reticulum Anatomy 0.000 description 1
- 210000003238 esophagus Anatomy 0.000 description 1
- 239000012530 fluid Substances 0.000 description 1
- 230000002496 gastric effect Effects 0.000 description 1
- 210000004392 genitalia Anatomy 0.000 description 1
- 210000002288 golgi apparatus Anatomy 0.000 description 1
- 239000008187 granular material Substances 0.000 description 1
- 229910052736 halogen Inorganic materials 0.000 description 1
- 150000002367 halogens Chemical class 0.000 description 1
- CPBQJMYROZQQJC-UHFFFAOYSA-N helium neon Chemical compound [He].[Ne] CPBQJMYROZQQJC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000019691 hematopoietic and lymphoid cell neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 210000003958 hematopoietic stem cell Anatomy 0.000 description 1
- 239000003219 hemolytic agent Substances 0.000 description 1
- 229920000669 heparin Polymers 0.000 description 1
- ZFGMDIBRIDKWMY-PASTXAENSA-N heparin Chemical compound CC(O)=N[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](COS(O)(=O)=O)O[C@@H]1O[C@@H]1[C@@H](C(O)=O)O[C@@H](O[C@H]2[C@@H]([C@@H](OS(O)(=O)=O)[C@@H](O[C@@H]3[C@@H](OC(O)[C@H](OS(O)(=O)=O)[C@H]3O)C(O)=O)O[C@@H]2O)CS(O)(=O)=O)[C@H](O)[C@H]1O ZFGMDIBRIDKWMY-PASTXAENSA-N 0.000 description 1
- 229960001008 heparin sodium Drugs 0.000 description 1
- 210000003016 hypothalamus Anatomy 0.000 description 1
- 210000003405 ileum Anatomy 0.000 description 1
- 238000007901 in situ hybridization Methods 0.000 description 1
- 210000000936 intestine Anatomy 0.000 description 1
- 210000005061 intracellular organelle Anatomy 0.000 description 1
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 1
- 150000002632 lipids Chemical class 0.000 description 1
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 1
- 239000004973 liquid crystal related substance Substances 0.000 description 1
- 201000007270 liver cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000014018 liver neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 210000003712 lysosome Anatomy 0.000 description 1
- 230000001868 lysosomic effect Effects 0.000 description 1
- 208000015486 malignant pancreatic neoplasm Diseases 0.000 description 1
- QSHDDOUJBYECFT-UHFFFAOYSA-N mercury Chemical compound [Hg] QSHDDOUJBYECFT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229910052753 mercury Inorganic materials 0.000 description 1
- 210000001237 metamyelocyte Anatomy 0.000 description 1
- 210000003470 mitochondria Anatomy 0.000 description 1
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 1
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 1
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 1
- 208000030454 monosomy Diseases 0.000 description 1
- 210000001167 myeloblast Anatomy 0.000 description 1
- 210000003887 myelocyte Anatomy 0.000 description 1
- 210000001989 nasopharynx Anatomy 0.000 description 1
- 238000012758 nuclear staining Methods 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 210000001672 ovary Anatomy 0.000 description 1
- 210000003101 oviduct Anatomy 0.000 description 1
- 210000000496 pancreas Anatomy 0.000 description 1
- 201000002528 pancreatic cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000008443 pancreatic carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 201000008129 pancreatic ductal adenocarcinoma Diseases 0.000 description 1
- 210000002990 parathyroid gland Anatomy 0.000 description 1
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 1
- 230000001575 pathological effect Effects 0.000 description 1
- 239000000049 pigment Substances 0.000 description 1
- 210000003635 pituitary gland Anatomy 0.000 description 1
- XAEFZNCEHLXOMS-UHFFFAOYSA-M potassium benzoate Chemical compound [K+].[O-]C(=O)C1=CC=CC=C1 XAEFZNCEHLXOMS-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 238000003672 processing method Methods 0.000 description 1
- 210000004765 promyelocyte Anatomy 0.000 description 1
- 238000011002 quantification Methods 0.000 description 1
- 238000011084 recovery Methods 0.000 description 1
- 210000000664 rectum Anatomy 0.000 description 1
- 230000004044 response Effects 0.000 description 1
- 238000000926 separation method Methods 0.000 description 1
- 210000001599 sigmoid colon Anatomy 0.000 description 1
- 201000000849 skin cancer Diseases 0.000 description 1
- HLWRUJAIJJEZDL-UHFFFAOYSA-M sodium;2-[2-[bis(carboxymethyl)amino]ethyl-(carboxymethyl)amino]acetate Chemical compound [Na+].OC(=O)CN(CC(O)=O)CCN(CC(O)=O)CC([O-])=O HLWRUJAIJJEZDL-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 1
- 238000007447 staining method Methods 0.000 description 1
- 210000002784 stomach Anatomy 0.000 description 1
- 210000001685 thyroid gland Anatomy 0.000 description 1
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 1
- 210000003384 transverse colon Anatomy 0.000 description 1
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 description 1
- 238000002562 urinalysis Methods 0.000 description 1
- 210000003932 urinary bladder Anatomy 0.000 description 1
- 230000002485 urinary effect Effects 0.000 description 1
- 210000004291 uterus Anatomy 0.000 description 1
- 230000000007 visual effect Effects 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16H—HEALTHCARE INFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR THE HANDLING OR PROCESSING OF MEDICAL OR HEALTHCARE DATA
- G16H30/00—ICT specially adapted for the handling or processing of medical images
- G16H30/20—ICT specially adapted for the handling or processing of medical images for handling medical images, e.g. DICOM, HL7 or PACS
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06V—IMAGE OR VIDEO RECOGNITION OR UNDERSTANDING
- G06V20/00—Scenes; Scene-specific elements
- G06V20/60—Type of objects
- G06V20/69—Microscopic objects, e.g. biological cells or cellular parts
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N15/00—Investigating characteristics of particles; Investigating permeability, pore-volume or surface-area of porous materials
- G01N15/10—Investigating individual particles
- G01N15/14—Optical investigation techniques, e.g. flow cytometry
- G01N15/1429—Signal processing
- G01N15/1431—Signal processing the electronics being integrated with the analyser, e.g. hand-held devices for on-site investigation
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N15/00—Investigating characteristics of particles; Investigating permeability, pore-volume or surface-area of porous materials
- G01N15/10—Investigating individual particles
- G01N15/14—Optical investigation techniques, e.g. flow cytometry
- G01N15/1429—Signal processing
- G01N15/1433—Signal processing using image recognition
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N15/00—Investigating characteristics of particles; Investigating permeability, pore-volume or surface-area of porous materials
- G01N15/10—Investigating individual particles
- G01N15/14—Optical investigation techniques, e.g. flow cytometry
- G01N15/1434—Optical arrangements
- G01N15/1436—Optical arrangements the optical arrangement forming an integrated apparatus with the sample container, e.g. a flow cell
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
- G01N21/62—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
- G01N21/63—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
- G01N21/64—Fluorescence; Phosphorescence
- G01N21/6428—Measuring fluorescence of fluorescent products of reactions or of fluorochrome labelled reactive substances, e.g. measuring quenching effects, using measuring "optrodes"
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
- G01N21/62—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
- G01N21/63—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
- G01N21/64—Fluorescence; Phosphorescence
- G01N21/6486—Measuring fluorescence of biological material, e.g. DNA, RNA, cells
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06F—ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
- G06F18/00—Pattern recognition
- G06F18/20—Analysing
- G06F18/285—Selection of pattern recognition techniques, e.g. of classifiers in a multi-classifier system
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06N—COMPUTING ARRANGEMENTS BASED ON SPECIFIC COMPUTATIONAL MODELS
- G06N3/00—Computing arrangements based on biological models
- G06N3/02—Neural networks
- G06N3/04—Architecture, e.g. interconnection topology
- G06N3/045—Combinations of networks
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06N—COMPUTING ARRANGEMENTS BASED ON SPECIFIC COMPUTATIONAL MODELS
- G06N3/00—Computing arrangements based on biological models
- G06N3/02—Neural networks
- G06N3/08—Learning methods
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T7/00—Image analysis
- G06T7/0002—Inspection of images, e.g. flaw detection
- G06T7/0012—Biomedical image inspection
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06V—IMAGE OR VIDEO RECOGNITION OR UNDERSTANDING
- G06V10/00—Arrangements for image or video recognition or understanding
- G06V10/70—Arrangements for image or video recognition or understanding using pattern recognition or machine learning
- G06V10/87—Arrangements for image or video recognition or understanding using pattern recognition or machine learning using selection of the recognition techniques, e.g. of a classifier in a multiple classifier system
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N15/00—Investigating characteristics of particles; Investigating permeability, pore-volume or surface-area of porous materials
- G01N2015/0019—Means for transferring or separating particles prior to analysis, e.g. hoppers or particle conveyors
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N15/00—Investigating characteristics of particles; Investigating permeability, pore-volume or surface-area of porous materials
- G01N15/10—Investigating individual particles
- G01N2015/1028—Sorting particles
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N15/00—Investigating characteristics of particles; Investigating permeability, pore-volume or surface-area of porous materials
- G01N15/10—Investigating individual particles
- G01N15/14—Optical investigation techniques, e.g. flow cytometry
- G01N2015/1493—Particle size
- G01N2015/1495—Deformation of particles
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
- G01N21/62—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light
- G01N21/63—Systems in which the material investigated is excited whereby it emits light or causes a change in wavelength of the incident light optically excited
- G01N21/64—Fluorescence; Phosphorescence
- G01N21/6428—Measuring fluorescence of fluorescent products of reactions or of fluorochrome labelled reactive substances, e.g. measuring quenching effects, using measuring "optrodes"
- G01N2021/6439—Measuring fluorescence of fluorescent products of reactions or of fluorochrome labelled reactive substances, e.g. measuring quenching effects, using measuring "optrodes" with indicators, stains, dyes, tags, labels, marks
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T2207/00—Indexing scheme for image analysis or image enhancement
- G06T2207/10—Image acquisition modality
- G06T2207/10056—Microscopic image
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T2207/00—Indexing scheme for image analysis or image enhancement
- G06T2207/10—Image acquisition modality
- G06T2207/10064—Fluorescence image
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T2207/00—Indexing scheme for image analysis or image enhancement
- G06T2207/20—Special algorithmic details
- G06T2207/20081—Training; Learning
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T2207/00—Indexing scheme for image analysis or image enhancement
- G06T2207/20—Special algorithmic details
- G06T2207/20084—Artificial neural networks [ANN]
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06T—IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL
- G06T2207/00—Indexing scheme for image analysis or image enhancement
- G06T2207/30—Subject of image; Context of image processing
- G06T2207/30004—Biomedical image processing
- G06T2207/30024—Cell structures in vitro; Tissue sections in vitro
Landscapes
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Theoretical Computer Science (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Immunology (AREA)
- Computer Vision & Pattern Recognition (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Pathology (AREA)
- Medical Informatics (AREA)
- Nuclear Medicine, Radiotherapy & Molecular Imaging (AREA)
- Evolutionary Computation (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Artificial Intelligence (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Multimedia (AREA)
- Software Systems (AREA)
- Computing Systems (AREA)
- Data Mining & Analysis (AREA)
- Dispersion Chemistry (AREA)
- Radiology & Medical Imaging (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Signal Processing (AREA)
- Quality & Reliability (AREA)
- Databases & Information Systems (AREA)
- Mathematical Physics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Computational Linguistics (AREA)
- Microelectronics & Electronic Packaging (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Evolutionary Biology (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Optics & Photonics (AREA)
- Epidemiology (AREA)
- Primary Health Care (AREA)
Abstract
Description
図1を用いて、本発明の実施形態の概要を説明する。
本実施形態は、人工知能アルゴリズムを用いて細胞を解析する細胞解析方法に関する。細胞解析方法において、解析対象となる細胞を撮像した解析対象画像は、細胞を含む試料を流路に流し、前記流路内を通過する細胞を撮像して取得される。人工知能アルゴリズムに入力するための解析用データは、取得した前記解析対象画像から生成される。解析用データを人工知能アルゴリズムに入力すると、人工知能アルゴリズムによって、解析対象画像に含まれる細胞の性状を示すデータが生成される。解析対象画像は、流路内を通過する細胞を個々に撮像したものであることが好ましい。
第1の人工知能アルゴリズム50、及び第2の人工知能アルゴリズム53の訓練方法と訓練された第1の人工知能アルゴリズム60及び訓練された第2の人工知能アルゴリズム63を使った細胞の解析方法について図2から図12を用いて説明する。第1及び第2の人工知能アルゴリズム60,63は、ニューラルネットワーク構造を有する深層学習アルゴリズムであり得る。前記ニューラルネットワーク構造は、フルコネクトのディープニューラルネットワーク(FC−DNN)、畳み込みニューラルネットワーク(CNN)、自己回帰ニューラルネットワーク(RNN)、及びこれらの組み合わせから選択することができる。好ましくは、畳み込みニューラルネットワークである。
本実施形態は、染色体異常を検出するための第1の人工知能アルゴリズム50の訓練方法と、染色体異常を検出するための訓練された第1の人工知能アルゴリズム60を用いた細胞の解析方法に関する。ここで「訓練」又は「訓練する」という用語は、「生成」又は「生成する」という用語に置き換えて使用される場合がある。
図2及び図3を用いて染色体異常を検出するための第1の人工知能アルゴリズム50の訓練方法について説明する。図2には、15番染色体長腕(15q24.1)に座位する転写制御因子であるPML遺伝子と17番染色体長腕(17q21.2)に座位するレチノイン酸レセプターα(RARA)遺伝子が相互転座して形成されるPML−RARAキメラ遺伝子のFISH染色の画像を用いた例を示す。
図4を用いて解析画像80から、統合解析データ72の生成方法と、訓練された第1の人工知能アルゴリズム60を使用した細胞解析方法について説明する。解析画像80は、訓練画像70を撮像した方法と同様に撮像され得る。
i.本実施形態において、イメージングフローサイトメータでは、細胞を撮像する際に被写界の深度を拡大するためのExtended Depth of Field(EDF)フィルタを使用し、撮像後の画像の焦点深度に復元処理を行い検査者に細胞画像を提供する場合がある。しかし、本実施形態で使用される訓練画像70及び解析画像80は、EDFフィルタを使用して撮像した画像に対し、復元処理を行っていない画像であることが好ましい。復元処理を行っていない画像の例を図5に示す。図5は、PML−RARAキメラ遺伝子が陽性である細胞を示す。(A)と(B)は異なる細胞の画像である。図5(A)及び図5(B)の左側の画像は第1の蛍光標識を撮像した画像を示す。図5(A)及び図5(B)の右側の画像は、左側の細胞と同一細胞であって、左側の画像と同一視野において第2の蛍光標識を撮像した画像を示す。
本実施形態は、末梢循環腫瘍細胞を検出するための第2の人工知能アルゴリズム53の訓練方法と、末梢循環腫瘍細胞を検出するための訓練された第2の人工知能アルゴリズム63を用いた細胞の解析方法に関する。ここで「訓練」又は「訓練する」という用語は、「生成」又は「生成する」という用語に置き換えて使用される場合がある。
図9から図11を用いて末梢循環腫瘍細胞を検出するための第2の人工知能アルゴリズム53の訓練方法について説明する。
図12を用いて解析画像85から、統合解析データ72の生成方法と、訓練された第2の人工知能アルゴリズム63を使用した細胞解析方法について説明する。解析画像85は、訓練画像75を撮像した方法と同様に撮像され、前処理され得る。
i.本実施形態で使用される訓練画像75及び解析画像85は、EDFフィルタを使用して撮像した画像に対し、復元処理を行っていない画像であることが好ましい。
以下、図13から図21を用いて、第1から第3の実施形態にかかる細胞解析システム1000,2000,3000について説明する。
図13に、第1の実施形態に係る細胞解析システム1000のハードウエアの構成を示す。細胞解析システム1000は、人工知能アルゴリズムを訓練するための訓練装置200Aと、細胞撮像装置100Aと、細胞解析装置400Aを備え得る。細胞撮像装置100Aと細胞解析装置400Aは通信可能に接続されている。また、訓練装置200Aと、細胞解析装置400Aは、有線又は無線のネットワークで接続されうる。
(1)ハードウエアの構成
図14を用いて訓練装置200Aのハードウエアの構成を説明する。訓練装置200Aは、制御部20Aと、入力部26と、出力部27を備える。また、訓練装置200Aはネットワーク99と接続可能である。
図15に、訓練装置200Aの機能構成を示す。訓練装置200Aは、訓練データ生成部201と、訓練データ入力部202と、アルゴリズム更新部203と、訓練データデータベース(DB)204と、アルゴリズムデータベース(DB)205(a)、205(b)とを備える。図16に示すステップS11が訓練データ生成部201に該当する。図16に示すステップS12に示すステップS112が訓練データ入力部202に該当する。図16に示すステップS14がアルゴリズム更新部203に該当する。
訓練装置200Aの制御部20Aは、図16に示す訓練処理を行う。
制御部20Aは、図16のステップS11において、陽性訓練画像70PA,70PBから陽性統合訓練データ72Pを生成し、陰性訓練画像70NA,70NBから陰性統合訓練データ72Nを生成する。制御部20Aは、陽性統合訓練データ72Pと陰性統合訓練データ72Nのそれぞれに対応するラベル値74P又はラベル値74Nを付し、ラベル付き陽性統合訓練データ73P又はラベル付き陰性統合訓練データ73Nを生成する。ラベル付き陽性統合訓練データ73P又はラベル付き陰性統合訓練データ73Nは、訓練データ73として記憶部23に記録される。ラベル付き陽性統合訓練データ73P及びラベル付き陰性統合訓練データ73Nの生成方法は、上記2−1.で説明した通りである。
制御部20Aは、図16のステップS11において、陽性訓練画像75P1から75Pxから陽性統合訓練データ77Pを生成し、陰性訓練画像75N1から75Nxから陰性統合訓練データ77Nを生成する。制御部20Aは、陽性統合訓練データ77Pと陰性統合訓練データ77Nのそれぞれに対応するラベル値79P又はラベル値79Nを付し、ラベル付き陽性統合訓練データ78P又はラベル付き陰性統合訓練データ78Nを生成する。ラベル付き陽性統合訓練データ78P又はラベル付き陰性統合訓練データ78Nは、訓練データ78として記憶部23に記録される。ラベル付き陽性統合訓練データ78P及びラベル付き陰性統合訓練データ78Nの生成方法は、上記2−2.で説明した通りである。
本実施形態は、ステップS11〜S16の処理をコンピュータに実行させる、人工知能アルゴリズムを訓練するためのコンピュータプログラムを含む。
訓練画像70,75及び/又は解析画像80,85を撮像する細胞撮像装置100Aの構成を図17に示す。図17に示す細胞撮像装置100Aは、イメージングフローサイトメータを例示している。細胞撮像装置100Aの撮像装置としての動作は、細胞解析装置400Aによって制御される。
図17を用いて、細胞解析装置400Aのハードウエアの構成を説明する。細胞解析装置400Aは、細胞撮像装置100Aと通信可能に接続されている。細胞解析装置400Aは、制御部40Aと、入力部46と、出力部47と、メディアドライブ98を備える。また、細胞解析装置400Aはネットワーク99と接続可能である。
図18に、細胞解析装置400Aの機能構成を示す。細胞解析装置400Aは、解析データ生成部401と、解析データ入力部402と、解析部403と、解析データデータベース(DB)404と、アルゴリズムデータベース(DB)405(a)、405(b)とを備える。図19に示すステップS21が解析データ生成部401に該当する。図19に示すステップS22が解析データ入力部402に該当する。図19に示すステップS23が解析部403に該当する。解析データデータベース404は、解析データ82,88を格納する。
細胞解析装置400Aの制御部40Aは、図19に示す細胞解析処理を行う。本実施形態により、高い精度かつ高速での解析を容易にする。
本実施形態は、ステップS20からS26及びステップS221からS222の処理をコンピュータに実行させる、細胞の解析を行うためのコンピュータプログラムを含む。
(1)解析装置の変形例
第1の実施形態において、上記1.から4.では、撮像部160がイメージングフローサイトメータに備えられている例を説明した。しかし、イメージングフローサイトメータに変えて、図21及び図22に示す顕微鏡700を使用してもよい。ここで、図21に示す顕微鏡は、米国特許第2018−0074308号公報に開示されており、本明細書に組み込まれる。
第2の実施形態は、細胞からの信号強度に基づく波形データから人工知能アルゴリズムを用いて細胞を解析する方法に関する。
本実施形態は、生体試料に含まれる細胞を解析する細胞の解析方法に関する。解析方法は、個々の細胞に関する信号強度に対応する数値データを、ニューラルネットワーク構造を有する第3の人工知能アルゴリズム560又は第4の人工知能アルゴリズム563に入力する。そして、第3の人工知能アルゴリズム560又は第4の人工知能アルゴリズム563から出力された結果に基づいて、信号強度を取得した細胞の種別を細胞毎に判定する。
図23に示す例は、白血球、幼若顆粒球、異常細胞の種別を判定するための第3の人工知能アルゴリズムを訓練するために使用される訓練用波形データの生成方法の一例である。訓練用波形データである、前方散乱光の波形データ570a、側方散乱光の波形データ570b、及び側方蛍光の波形データ570cは、訓練対象の細胞に紐付けられている。前方散乱光の波形データ570a、側方散乱光の波形データ570b、及び側方蛍光の波形データ570cを併せて、訓練用波形データ570ともいう。訓練対象の細胞から取得される訓練用波形データ570a、570b、570cは、形態学的な分類に基づく細胞の種類が既知である細胞をフローサイトメトリーで測定した波形データであってもよい。あるいは、健常人のスキャッタグラムから既に細胞の種別が判定されている細胞の波形データを用いてもよい。また、健常人の細胞の種別が判定されている波形データとして、複数人から取得した細胞の波形データのプールを使用してもよい。訓練用波形データ570a、570b、570cを取得するための検体は、訓練対象の細胞と同種の細胞を含む試料から、訓練対象の細胞を含む検体と同様の検体処理方法で処理されることが好ましい。また、訓練用波形データ570a、570b、570cは、解析対象の細胞の取得条件と同様の条件で取得されることが好ましい。訓練用波形データ570a、570b、570cは、例えば公知のフローサイトメトリーやシースフロー電気抵抗法により、細胞毎に予め取得することができる。ここで、訓練対象の細胞が、赤血球又は血小板である場合には、訓練データは、シースフロー電気抵抗法によって取得される波形データとなり、波形データは、電気信号強度から得られる一種となる場合がある。
図25に解析対象である細胞の波形データを解析する方法の例を示す。波形データを用いた細胞解析方法では、解析対象の細胞から取得した前方散乱光の波形データ580a、側方散乱光の波形データ580b、及び側方蛍光の波形データ580cから解析データ585を生成する。波形データ580a、波形データ580b、及び波形データ580cを合わせて、解析用波形データ580ともいう。解析用波形データ580a、580b、580cは、例えば公知のフローサイトメトリーを用いて取得することができる。図25に示す例では、解析用波形データ580a、580b、580cは、Sysmex XN−1000を用いて訓練用波形データ570a、570b、570cと同様に取得する。解析用波形データ580a、580b、580cはそれぞれを生データの値で示すと例えば前方散乱光の数列データ582a、側方散乱光の数列データ582b、及び側方蛍光の数列データ582cのようになる。
本実施形態の波形データは、細胞解析システム5000において取得され得る。図26には、細胞解析システム5000の外観を示す。細胞解析システム5000は、測定ユニット(測定部ともいう)600と、測定ユニット600における試料の測定条件の設定や測定を制御するための処理ユニット100T,200Tを備える測定ユニット600と処理ユニット100T,200Tは相互に通信可能に有線、又は無線で接続されうる。以下に、測定ユニット600の構成例を示すが、本実施形態の実施形態は、以下の例示に限定されて解釈されるものではない。処理ユニット100T、又は処理ユニット200Tは、後述する訓練装置100T、又は細胞解析装置200Tとそれぞれ共用され得る。ここでは、処理ユニット100T、又は処理ユニット200Tとして、訓練装置100T、又は細胞解析装置200Tをそれぞれ使用する例を用いて説明する。
(1)第1の測定ユニットの構成
図26から図28を用いて、測定ユニット600が血液試料の有核細胞を検出するためのフローサイトメータである場合の構成例を説明する。
図28に示すように、フローサイトメータによる測定では、測定試料に含まれる細胞がフローサイトメータ内に備えられたフローセル(シースフローセル)4113を通過する際に、光源4111がフローセル4113に光を照射し、この光によってフローセル4113内の細胞から発せられる散乱光及び蛍光を検出する。
図30に、訓練装置100Tのハードウエア構成を例示する。訓練装置100Tは、制御部10Tと、入力部16と、出力部17を備える。また、訓練装置100Tはネットワーク99と接続可能である。
図31を参照すると、細胞解析装置200Tは、制御部20と、入力部26と、出力部27と、メディアドライブD98を備える。また、細胞解析装置200Tはネットワーク99と接続可能である。
図32を参照すると、訓練装置100Tの制御部10Tは、訓練データ生成部T101と、訓練データ入力部T102と、アルゴリズム更新部T103とを備える。図34に示すステップS1001が訓練データ生成部T101に該当する。図34に示すステップS1002が訓練データ入力部T102に該当する。図34に示すステップS1004がアルゴリズム更新部T103に該当する。訓練データデータベース(DB)T104と、アルゴリズムデータベース(DB)T105(a)、T105(b)とは、制御部10Tの記憶部13に記録され得る。
図33に、細胞解析装置200Tの機能構成を示す。細胞解析装置200Tは、解析データ生成部T201と、解析データ入力部T202と、解析部T203と、解析データデータベース(DB)T204と、アルゴリズムデータベース(DB)T205(a)、T205(b)とを備える。図35に示すステップS2001が解析データ生成部T201に該当する。図35に示すステップS2002が解析データ入力部T202に該当する。図35に示すステップS2003が解析部T403に該当する。解析用波形データ580は、測定ユニット600によって取得され、解析データデータベースT204に記憶される。訓練された複数の第3の人工知能アルゴリズム560は、アルゴリズムデータベースT205(a)に記憶される。第4の人工知能アルゴリズム563は、アルゴリズムデータベースT205(b)に記憶される。
図34に、訓練装置100Tの制御部10Tが行う処理の例を示す。
第2の実施形態は、ステップS1001〜S1006の処理をコンピュータに実行させる、人工知能アルゴリズムを訓練するためのコンピュータプログラムを含む。
本発明は上述した実施形態に限定して解釈されるものではない。例えば、上記実施形態においては、受け付けた検査項目に応じて使用するアルゴリズムを選択しているが、解析項目を受け付け、受け付けた解析項目に応じて使用するアルゴリズムを選択してもよい。
60,63,560,563 人工知能アルゴリズム
84,88,582 細胞の性状を示すデータ
400A,200B,200T 細胞解析装置
1000,5000, 細胞解析システム
110 フローセル
120,121,122,123 光源
160 撮像部
Claims (19)
- 細胞を解析する細胞解析方法であって、
試料に含まれる細胞の解析用データを生成し、
生成した前記解析用データの入力先となる人工知能アルゴリズムを、複数の人工知能アルゴリズムから選択し、
選択した前記人工知能アルゴリズムによって、前記細胞の性状を示すデータを前記解析用データに基づいて生成する、
前記細胞解析方法。 - 細胞を含む試料を流路に流し、
前記流路内を通過する前記細胞を撮像して解析対象画像を生成し、
生成した前記解析対象画像から前記解析用データを生成する、
請求項1に記載の細胞解析方法。 - 細胞を含む試料を流路に流し、
前記流路内を通過する個々の細胞に関する信号強度を取得し、
取得した前記信号強度から前記解析用データを生成する、
請求項1に記載の細胞解析方法。 - スライドに塗布された試料に含まれた細胞を顕微鏡により拡大して撮像して解析対象画像を生成し、
生成した前記解析対象画像から前記解析用データを生成する、
請求項1に記載の細胞解析方法。 - 前記解析対象画像は1つの細胞について複数の画像を含み、
前記解析用データは各画像からそれぞれ生成される、
請求項2に記載の細胞解析方法。 - 前記複数の画像が、核に存在する第1の蛍光標識を撮像した第1の蛍光画像と、核に存在する第2の蛍光標識を撮像した第2の蛍光画像を含む、請求項5に記載の細胞解析方法。
- 前記複数の画像が、前記細胞の明視野画像と、前記細胞の蛍光標識を撮像した蛍光画像を含む、請求項5に記載の細胞解析方法。
- 検査項目又は解析項目を受け付け、
受け付けた検査項目又は解析項目に基づいて、前記解析用データの生成に使用する前記画像を選択する、
請求項5から7のいずれか一項に記載の細胞解析方法。 - 検査項目又は解析項目を受け付け、
前記人工知能アルゴリズムは、受け付けた検査項目又は解析項目に基づいて選択される、
請求項1から8のいずれか一項に記載の細胞解析方法。 - 複数の解析モードから一の解析モードを受け付け、
前記人工知能アルゴリズムは、受け付けた解析モードに基づいて選択される、
請求項1から7のいずれか一項に記載の細胞解析方法。 - 前記解析モードは、解析モードを受け付けるためのモード受付画面を介して受け付ける、請求項10記載の細胞解析方法。
- 前記人工知能アルゴリズムが、ニューラルネットワーク構造を有する深層学習アルゴリズムである、請求項1から11のいずれか一項に記載の細胞解析方法。
- 前記複数の人工知能アルゴリズムは、染色体異常を有する細胞であるか否かを示すデータを生成するアルゴリズム、及び末梢循環腫瘍細胞であるか否かを示すデータを生成するアルゴリズムの少なくとも一方を含む、請求項1から12のいずれか一項に記載の細胞解析方法。
- 前記複数の人工知能アルゴリズムは、同一のコンピュータに記憶されている、請求項1から13のいずれか一項に記載の細胞解析方法。
- 細胞を解析する細胞解析装置であって、
試料に含まれる細胞の解析用データの入力先となる人工知能アルゴリズムを、複数の人工知能アルゴリズムから選択し、
選択した前記人工知能アルゴリズムによって、前記細胞の性状を示すデータを前記解析用データに基づいて生成する、ように構成された、
制御部を備える、前記細胞解析装置。 - 細胞を含む試料が流れるフローセルと、
前記フローセルを流れる試料に光を照射するための光源と、
前記光が照射された前記試料中の細胞を撮像する撮像部と、
制御部と、
を備えた、細胞解析システムであって
前記制御部は、
細胞を含む試料を流路に流し、前記流路内を通過する細胞を撮像した解析対象画像から生成した解析用データの入力先となる人工知能アルゴリズムを、複数の人工知能アルゴリズムから選択し、
選択した前記人工知能アルゴリズムによって、前記解析対象画像に含まれる前記細胞の性状を示すデータを前記解析用データに基づいて生成する、ように構成された、
前記細胞解析システム。 - 細胞を含む試料が流れる流路と、
前記流路を流れる試料中の細胞から信号を取得する信号取得部と、
制御部と、
を備えた、細胞解析システムであって
前記制御部は、
細胞を含む試料を流路に流し、前記流路内を通過する個々の細胞に関する信号強度を取得し、
取得した前記信号強度から解析用データを生成し、
前記解析用データの入力先となる人工知能アルゴリズムを、複数の人工知能アルゴリズムから選択し、
選択した前記人工知能アルゴリズムによって、前記細胞の性状を示すデータを前記解析用データに基づいて生成する、ように構成された、
前記細胞解析システム。 - 細胞を含む試料が塗布されたスライドを設置するステージを備える顕微鏡と、
前記顕微鏡により拡大された前記試料中の細胞を撮像する撮像部と、
制御部と、
を備えた、細胞解析システムであって
前記制御部は、
スライドに塗布された試料に含まれる細胞を前記顕微鏡により拡大して撮像した解析対象画像から生成した解析用データの入力先となる人工知能アルゴリズムを、複数の人工知能アルゴリズムから選択し、
選択した前記人工知能アルゴリズムによって、前記解析対象画像に含まれる前記細胞の性状を示すデータを前記解析用データに基づいて生成する、ように構成された、
前記細胞解析システム。 - コンピュータに、
試料に含まれる細胞の解析用データの入力先となる人工知能アルゴリズムを、複数の人工知能アルゴリズムから選択するステップと、
選択した前記人工知能アルゴリズムによって、前記細胞の性状を示すデータを前記解析用データに基づいて生成するするステップと、
を、含む処理を実行させる、細胞を解析する細胞解析プログラム。
Priority Applications (4)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2019217162A JP7545202B2 (ja) | 2019-11-29 | 2019-11-29 | 細胞解析方法、細胞解析装置、細胞解析システム、及び細胞解析プログラム |
CN202011328851.0A CN112967785A (zh) | 2019-11-29 | 2020-11-24 | 细胞解析方法、装置、系统及程序 |
US17/105,047 US12020492B2 (en) | 2019-11-29 | 2020-11-25 | Cell analysis method, cell analysis device, and cell analysis system |
EP20210018.6A EP3828761A1 (en) | 2019-11-29 | 2020-11-26 | Cell analysis method, cell analysis device, and cell analysis system |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2019217162A JP7545202B2 (ja) | 2019-11-29 | 2019-11-29 | 細胞解析方法、細胞解析装置、細胞解析システム、及び細胞解析プログラム |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2021083431A true JP2021083431A (ja) | 2021-06-03 |
JP7545202B2 JP7545202B2 (ja) | 2024-09-04 |
Family
ID=73598739
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2019217162A Active JP7545202B2 (ja) | 2019-11-29 | 2019-11-29 | 細胞解析方法、細胞解析装置、細胞解析システム、及び細胞解析プログラム |
Country Status (4)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US12020492B2 (ja) |
EP (1) | EP3828761A1 (ja) |
JP (1) | JP7545202B2 (ja) |
CN (1) | CN112967785A (ja) |
Families Citing this family (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
BR112021019977A2 (pt) | 2019-04-11 | 2021-12-07 | Agilent Technologies Inc | Interface de usuário configurada para facilitar a anotação de usuário para segmentação de instância dentro de amostra biológica |
EP3767587B1 (de) * | 2019-07-19 | 2024-10-23 | Euroimmun Medizinische Labordiagnostika AG | Detektion von präsenzen unterschiedlicher antinukleärer antikörper-fluoreszenzmustertypen und vorrichtung hierfür |
JP7543048B2 (ja) * | 2020-09-18 | 2024-09-02 | シスメックス株式会社 | 細胞分析方法及びシステム |
US20220351347A1 (en) * | 2021-02-25 | 2022-11-03 | California Institute Of Technology | Computational refocusing-assisted deep learning |
GB2607604A (en) * | 2021-06-08 | 2022-12-14 | Solentim Ltd | Brightfield and fluorescence image comparison |
JP7283642B1 (ja) * | 2021-09-29 | 2023-05-30 | 日東紡績株式会社 | 細胞または細胞核の豊富化方法 |
CN114067315B (zh) * | 2021-10-23 | 2022-11-29 | 广州市艾贝泰生物科技有限公司 | 细胞计数方法、装置、计算机设备和存储介质 |
WO2023129820A1 (en) * | 2021-12-30 | 2023-07-06 | Verily Life Sciences Llc | Detecting abnormal cells using autofluorescence microscopy |
Citations (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2002521066A (ja) * | 1998-07-27 | 2002-07-16 | アプライド スペクトラル イメイジング リミテッド | 蛍光インサイチューハイブリダイゼーションを行うための方法および組成物 |
JP2006333710A (ja) * | 2005-05-31 | 2006-12-14 | Nikon Corp | 細胞の自動良否判定システム |
JP2014529158A (ja) * | 2011-10-05 | 2014-10-30 | シレカ セラノスティクス エルエルシー | 生物試料をスペクトル画像により分析する方法およびシステム。 |
WO2017061155A1 (ja) * | 2015-10-08 | 2017-04-13 | ソニー株式会社 | 情報処理装置、情報処理方法及び情報処理システム |
WO2017104556A1 (ja) * | 2015-12-15 | 2017-06-22 | 東ソー株式会社 | 細胞検出装置および細胞回収装置 |
JP2018185759A (ja) * | 2017-04-27 | 2018-11-22 | シスメックス株式会社 | 画像解析方法、装置、プログラムおよび深層学習アルゴリズムの製造方法 |
JP2019095853A (ja) * | 2017-11-17 | 2019-06-20 | シスメックス株式会社 | 画像解析方法、装置、プログラムおよび学習済み深層学習アルゴリズムの製造方法 |
JP2019095212A (ja) * | 2017-11-17 | 2019-06-20 | 国立研究開発法人国立がん研究センター | 画像解析方法、画像解析装置、プログラム、学習済み深層学習アルゴリズムの製造方法および学習済み深層学習アルゴリズム |
Family Cites Families (9)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
AU2009212193B2 (en) * | 2008-02-08 | 2015-08-27 | Health Discovery Corporation | Method and system for analysis of flow cytometry data using support vector machines |
US20100053211A1 (en) * | 2008-06-27 | 2010-03-04 | Vala Sciences, Inc. | User interface method and system with image viewer for management and control of automated image processing in high content screening or high throughput screening |
EP3441767B1 (en) * | 2012-03-28 | 2021-02-24 | On-chip Biotechnologies Co., Ltd. | Apparatus for detecting degree of malignancy of circulating tumor cell unit, and kit for same |
US9309410B2 (en) | 2013-08-28 | 2016-04-12 | Xerox Corporation | Colorant compounds |
JP6619732B2 (ja) | 2013-10-28 | 2019-12-11 | モレキュラー デバイシーズ, エルエルシー | 顕微鏡画像内の個々の細胞を分類および識別するための方法およびシステム |
WO2016118915A1 (en) * | 2015-01-22 | 2016-07-28 | Becton, Dickinson And Company | Devices and systems for molecular barcoding of nucleic acid targets in single cells |
EP3455789A1 (en) | 2016-06-10 | 2019-03-20 | Amnis Corporation | A method to combine brightfield and fluorescent channels for cell image segmentation and morphological analysis using images obtained from imaging flow cytometer (ifc) |
JP6680653B2 (ja) | 2016-09-12 | 2020-04-15 | シスメックス株式会社 | 顕微鏡装置、顕微鏡システムおよび撮像方法 |
CN108362628A (zh) * | 2018-01-11 | 2018-08-03 | 天津大学 | 基于偏振衍射成像流式细胞仪的无标记细胞流式分选方法 |
-
2019
- 2019-11-29 JP JP2019217162A patent/JP7545202B2/ja active Active
-
2020
- 2020-11-24 CN CN202011328851.0A patent/CN112967785A/zh active Pending
- 2020-11-25 US US17/105,047 patent/US12020492B2/en active Active
- 2020-11-26 EP EP20210018.6A patent/EP3828761A1/en active Pending
Patent Citations (8)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2002521066A (ja) * | 1998-07-27 | 2002-07-16 | アプライド スペクトラル イメイジング リミテッド | 蛍光インサイチューハイブリダイゼーションを行うための方法および組成物 |
JP2006333710A (ja) * | 2005-05-31 | 2006-12-14 | Nikon Corp | 細胞の自動良否判定システム |
JP2014529158A (ja) * | 2011-10-05 | 2014-10-30 | シレカ セラノスティクス エルエルシー | 生物試料をスペクトル画像により分析する方法およびシステム。 |
WO2017061155A1 (ja) * | 2015-10-08 | 2017-04-13 | ソニー株式会社 | 情報処理装置、情報処理方法及び情報処理システム |
WO2017104556A1 (ja) * | 2015-12-15 | 2017-06-22 | 東ソー株式会社 | 細胞検出装置および細胞回収装置 |
JP2018185759A (ja) * | 2017-04-27 | 2018-11-22 | シスメックス株式会社 | 画像解析方法、装置、プログラムおよび深層学習アルゴリズムの製造方法 |
JP2019095853A (ja) * | 2017-11-17 | 2019-06-20 | シスメックス株式会社 | 画像解析方法、装置、プログラムおよび学習済み深層学習アルゴリズムの製造方法 |
JP2019095212A (ja) * | 2017-11-17 | 2019-06-20 | 国立研究開発法人国立がん研究センター | 画像解析方法、画像解析装置、プログラム、学習済み深層学習アルゴリズムの製造方法および学習済み深層学習アルゴリズム |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
JP7545202B2 (ja) | 2024-09-04 |
CN112967785A (zh) | 2021-06-15 |
US12020492B2 (en) | 2024-06-25 |
US20210164883A1 (en) | 2021-06-03 |
EP3828761A1 (en) | 2021-06-02 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP7545202B2 (ja) | 細胞解析方法、細胞解析装置、細胞解析システム、及び細胞解析プログラム | |
JP7475848B2 (ja) | 細胞解析方法、細胞解析装置、細胞解析システム、及び細胞解析プログラム、並びに訓練された人工知能アルゴリズムの生成方法、生成装置、及び生成プログラム | |
JP3466568B2 (ja) | 細胞ベースのスクリーニング用のシステム | |
CA2282658C (en) | A system for cell-based screening | |
US9133506B2 (en) | Methods and systems for analyzing biological samples | |
CN102257379B (zh) | 分析荧光颗粒的方法及装置 | |
US20130078636A1 (en) | Method for detecting and quantitating multiple subcellular components | |
JPH08507678A (ja) | 細胞遺伝子の分析法 | |
US20100208955A1 (en) | Method and device for automatically analyzing biological samples | |
WO2003016875A2 (en) | Flow-cytometric axial pattern analysis of multicellular organisms | |
Szalóki et al. | High throughput FRET analysis of protein–protein interactions by slide‐based imaging laser scanning cytometry | |
KR20020013970A (ko) | 마이크로볼륨 레이져 스캐닝 세포계측을 위한 시스템 | |
JP4630015B2 (ja) | 細胞分離回収方法および細胞分離チップおよび細胞分離装置 | |
CN116888256A (zh) | 细胞处理系统、细胞处理方法和学习数据创建方法 | |
AU2005289765A1 (en) | Method for detecting and quantitating multiple subcellular components | |
JP2006521785A (ja) | 細胞周期相データの決定 | |
Waggoner et al. | Multiparameter fluorescence imaging microscopy: reagents and instruments | |
WO2023189281A1 (ja) | 情報処理装置、情報処理方法、細胞培養システム、及びプログラム | |
Cecic et al. | Technologies supporting analytical cytology: clinical, research and drug discovery applications | |
Tarnok et al. | Multicolor immunophenotyping of tissue sections by Laser Scanning Cytometry (LSC) | |
Blumer et al. | Novel Methods of Microscopic Leukocyte Analysis in the Inflammatory Process | |
Mittag et al. | Technical and methodological basics of slide-based cytometry | |
Kim et al. | Cellular imaging-based biological analysis for cancer diagnostics and drug target development | |
Kotov et al. | Chrysalis: A new method for high-throughput histo-cytometry analysis of images and movies. Running title: Automation of quantitative image analysis using Chrysalis |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20221014 |
|
A977 | Report on retrieval |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007 Effective date: 20230913 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20230926 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20231127 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20240109 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20240408 |
|
A911 | Transfer to examiner for re-examination before appeal (zenchi) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A911 Effective date: 20240426 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20240730 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20240823 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 7545202 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |