JP2020537632A - ダイナミックヒト重鎖抗体ライブラリー - Google Patents
ダイナミックヒト重鎖抗体ライブラリー Download PDFInfo
- Publication number
- JP2020537632A JP2020537632A JP2020510115A JP2020510115A JP2020537632A JP 2020537632 A JP2020537632 A JP 2020537632A JP 2020510115 A JP2020510115 A JP 2020510115A JP 2020510115 A JP2020510115 A JP 2020510115A JP 2020537632 A JP2020537632 A JP 2020537632A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- hvr
- seq
- amino acid
- acid sequence
- formula
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 claims abstract description 210
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 claims abstract description 210
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 claims abstract description 210
- 239000013598 vector Substances 0.000 claims abstract description 68
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 claims abstract description 58
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 53
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 claims abstract description 53
- 229920001184 polypeptide Polymers 0.000 claims abstract description 51
- 150000001413 amino acids Chemical class 0.000 claims description 1106
- 229910052717 sulfur Inorganic materials 0.000 claims description 363
- 229910052757 nitrogen Inorganic materials 0.000 claims description 199
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 claims description 157
- 239000000427 antigen Substances 0.000 claims description 88
- 102000036639 antigens Human genes 0.000 claims description 88
- 108091007433 antigens Proteins 0.000 claims description 88
- 230000027455 binding Effects 0.000 claims description 88
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 88
- 238000009739 binding Methods 0.000 claims description 85
- 229910052698 phosphorus Inorganic materials 0.000 claims description 44
- 108091007491 NSP3 Papain-like protease domains Proteins 0.000 claims description 19
- 238000012216 screening Methods 0.000 claims description 16
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 claims description 11
- 230000001580 bacterial effect Effects 0.000 claims description 9
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 claims description 9
- 239000013604 expression vector Substances 0.000 claims description 8
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 claims description 7
- 210000005253 yeast cell Anatomy 0.000 claims description 6
- 238000005094 computer simulation Methods 0.000 claims description 5
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 claims description 4
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 claims description 4
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 claims description 3
- 238000004090 dissolution Methods 0.000 claims description 2
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 claims 292
- 238000010586 diagram Methods 0.000 abstract 1
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 description 27
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 25
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 19
- 102000008394 Immunoglobulin Fragments Human genes 0.000 description 16
- 108010021625 Immunoglobulin Fragments Proteins 0.000 description 16
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 16
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 14
- 238000013461 design Methods 0.000 description 14
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 14
- 239000013612 plasmid Substances 0.000 description 14
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 13
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 13
- 230000035772 mutation Effects 0.000 description 13
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 13
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 13
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 13
- 239000000047 product Substances 0.000 description 13
- NFGXHKASABOEEW-UHFFFAOYSA-N 1-methylethyl 11-methoxy-3,7,11-trimethyl-2,4-dodecadienoate Chemical compound COC(C)(C)CCCC(C)CC=CC(C)=CC(=O)OC(C)C NFGXHKASABOEEW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 11
- 108060003951 Immunoglobulin Proteins 0.000 description 11
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 11
- 102000018358 immunoglobulin Human genes 0.000 description 11
- 239000002245 particle Substances 0.000 description 11
- 239000004475 Arginine Substances 0.000 description 10
- 239000004472 Lysine Substances 0.000 description 10
- KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N Lysine Natural products NCCCCC(N)C(O)=O KDXKERNSBIXSRK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N arginine Natural products OC(=O)C(N)CCCNC(N)=N ODKSFYDXXFIFQN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 10
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 10
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 10
- 102000016928 DNA-directed DNA polymerase Human genes 0.000 description 9
- 108010014303 DNA-directed DNA polymerase Proteins 0.000 description 9
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 9
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 8
- 230000006870 function Effects 0.000 description 8
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 8
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 238000010276 construction Methods 0.000 description 7
- 238000004520 electroporation Methods 0.000 description 7
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 7
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 7
- 241000894007 species Species 0.000 description 7
- 235000000346 sugar Nutrition 0.000 description 7
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 6
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 description 6
- 239000011230 binding agent Substances 0.000 description 6
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 6
- 239000000499 gel Substances 0.000 description 6
- 238000001502 gel electrophoresis Methods 0.000 description 6
- 238000002823 phage display Methods 0.000 description 6
- 230000008569 process Effects 0.000 description 6
- 238000011160 research Methods 0.000 description 6
- 239000011347 resin Substances 0.000 description 6
- 229920005989 resin Polymers 0.000 description 6
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 description 6
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 5
- 241000588724 Escherichia coli Species 0.000 description 5
- 229960000723 ampicillin Drugs 0.000 description 5
- AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N ampicillin Chemical compound C1([C@@H](N)C(=O)N[C@H]2[C@H]3SC([C@@H](N3C2=O)C(O)=O)(C)C)=CC=CC=C1 AVKUERGKIZMTKX-NJBDSQKTSA-N 0.000 description 5
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 5
- 238000013459 approach Methods 0.000 description 5
- 210000004408 hybridoma Anatomy 0.000 description 5
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 5
- 238000004091 panning Methods 0.000 description 5
- 238000013492 plasmid preparation Methods 0.000 description 5
- 238000002818 protein evolution Methods 0.000 description 5
- 108010047041 Complementarity Determining Regions Proteins 0.000 description 4
- WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N Glucose Natural products OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H](O)[C@@H]1O WQZGKKKJIJFFOK-GASJEMHNSA-N 0.000 description 4
- 108010076504 Protein Sorting Signals Proteins 0.000 description 4
- FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M Sodium chloride Chemical compound [Na+].[Cl-] FAPWRFPIFSIZLT-UHFFFAOYSA-M 0.000 description 4
- 241000251539 Vertebrata <Metazoa> Species 0.000 description 4
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 4
- -1 antibodies Proteins 0.000 description 4
- 239000011324 bead Substances 0.000 description 4
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 4
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 4
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 4
- 108020001507 fusion proteins Proteins 0.000 description 4
- 102000037865 fusion proteins Human genes 0.000 description 4
- 239000008103 glucose Substances 0.000 description 4
- 210000003292 kidney cell Anatomy 0.000 description 4
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 4
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 4
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 3
- 108010032595 Antibody Binding Sites Proteins 0.000 description 3
- 241000699802 Cricetulus griseus Species 0.000 description 3
- PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N Glycerine Chemical compound OCC(O)CO PEDCQBHIVMGVHV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 108010054477 Immunoglobulin Fab Fragments Proteins 0.000 description 3
- 102000001706 Immunoglobulin Fab Fragments Human genes 0.000 description 3
- 239000004098 Tetracycline Substances 0.000 description 3
- 238000001042 affinity chromatography Methods 0.000 description 3
- 210000004102 animal cell Anatomy 0.000 description 3
- 238000012575 bio-layer interferometry Methods 0.000 description 3
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 3
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 3
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 3
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 3
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 3
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 3
- 230000013595 glycosylation Effects 0.000 description 3
- 238000006206 glycosylation reaction Methods 0.000 description 3
- 229940072221 immunoglobulins Drugs 0.000 description 3
- 210000003734 kidney Anatomy 0.000 description 3
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 3
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 3
- 229910052751 metal Inorganic materials 0.000 description 3
- 239000002184 metal Substances 0.000 description 3
- 150000002739 metals Chemical class 0.000 description 3
- 210000001672 ovary Anatomy 0.000 description 3
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 3
- 239000000758 substrate Substances 0.000 description 3
- 229960002180 tetracycline Drugs 0.000 description 3
- 229930101283 tetracycline Natural products 0.000 description 3
- 235000019364 tetracycline Nutrition 0.000 description 3
- 150000003522 tetracyclines Chemical class 0.000 description 3
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 3
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 3
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 2
- QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 2-amino-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol;hydron;chloride Chemical compound Cl.OCC(N)(CO)CO QKNYBSVHEMOAJP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- IVLXQGJVBGMLRR-UHFFFAOYSA-N 2-aminoacetic acid;hydron;chloride Chemical compound Cl.NCC(O)=O IVLXQGJVBGMLRR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 108010049777 Ankyrins Proteins 0.000 description 2
- 102000008102 Ankyrins Human genes 0.000 description 2
- 241000282472 Canis lupus familiaris Species 0.000 description 2
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 description 2
- SRBFZHDQGSBBOR-IOVATXLUSA-N D-xylopyranose Chemical compound O[C@@H]1COC(O)[C@H](O)[C@H]1O SRBFZHDQGSBBOR-IOVATXLUSA-N 0.000 description 2
- 102000012410 DNA Ligases Human genes 0.000 description 2
- 108010061982 DNA Ligases Proteins 0.000 description 2
- 241000252212 Danio rerio Species 0.000 description 2
- 108700022150 Designed Ankyrin Repeat Proteins Proteins 0.000 description 2
- RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N Diethyl ether Chemical compound CCOCC RTZKZFJDLAIYFH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000002965 ELISA Methods 0.000 description 2
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 2
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 2
- 241000282326 Felis catus Species 0.000 description 2
- 102000016359 Fibronectins Human genes 0.000 description 2
- 108010067306 Fibronectins Proteins 0.000 description 2
- 241000238631 Hexapoda Species 0.000 description 2
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 2
- 102000019298 Lipocalin Human genes 0.000 description 2
- 108050006654 Lipocalin Proteins 0.000 description 2
- 206010035226 Plasma cell myeloma Diseases 0.000 description 2
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 2
- 241001441724 Tetraodontidae Species 0.000 description 2
- 229930193936 anticarin Natural products 0.000 description 2
- PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N arabinose Natural products OCC(O)C(O)C(O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 210000003719 b-lymphocyte Anatomy 0.000 description 2
- 238000002819 bacterial display Methods 0.000 description 2
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 2
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 2
- SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N beta-D-Pyranose-Lyxose Natural products OC1COC(O)C(O)C1O SRBFZHDQGSBBOR-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102000023732 binding proteins Human genes 0.000 description 2
- 108091008324 binding proteins Proteins 0.000 description 2
- 210000004899 c-terminal region Anatomy 0.000 description 2
- 238000004422 calculation algorithm Methods 0.000 description 2
- 230000001413 cellular effect Effects 0.000 description 2
- 230000009260 cross reactivity Effects 0.000 description 2
- 239000012228 culture supernatant Substances 0.000 description 2
- 125000004122 cyclic group Chemical group 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 239000012636 effector Substances 0.000 description 2
- 238000012869 ethanol precipitation Methods 0.000 description 2
- 210000004602 germ cell Anatomy 0.000 description 2
- 210000003494 hepatocyte Anatomy 0.000 description 2
- 125000002887 hydroxy group Chemical group [H]O* 0.000 description 2
- 230000016784 immunoglobulin production Effects 0.000 description 2
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 description 2
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 description 2
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 2
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 2
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 description 2
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 2
- 235000013336 milk Nutrition 0.000 description 2
- 239000008267 milk Substances 0.000 description 2
- 210000004080 milk Anatomy 0.000 description 2
- 201000000050 myeloid neoplasm Diseases 0.000 description 2
- ABLZXFCXXLZCGV-UHFFFAOYSA-N phosphonic acid group Chemical group P(O)(O)=O ABLZXFCXXLZCGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 125000003367 polycyclic group Chemical group 0.000 description 2
- 210000001236 prokaryotic cell Anatomy 0.000 description 2
- 125000006239 protecting group Chemical group 0.000 description 2
- 238000005096 rolling process Methods 0.000 description 2
- 238000003118 sandwich ELISA Methods 0.000 description 2
- 239000011780 sodium chloride Substances 0.000 description 2
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 2
- 150000008163 sugars Chemical class 0.000 description 2
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 2
- 230000009261 transgenic effect Effects 0.000 description 2
- 101100295756 Acinetobacter baumannii (strain ATCC 19606 / DSM 30007 / JCM 6841 / CCUG 19606 / CIP 70.34 / NBRC 109757 / NCIMB 12457 / NCTC 12156 / 81) omp38 gene Proteins 0.000 description 1
- 241000251468 Actinopterygii Species 0.000 description 1
- 229920001817 Agar Polymers 0.000 description 1
- 241000269350 Anura Species 0.000 description 1
- 101100136076 Aspergillus oryzae (strain ATCC 42149 / RIB 40) pel1 gene Proteins 0.000 description 1
- 241000271566 Aves Species 0.000 description 1
- 108010071023 Bacterial Outer Membrane Proteins Proteins 0.000 description 1
- ZOXJGFHDIHLPTG-UHFFFAOYSA-N Boron Chemical compound [B] ZOXJGFHDIHLPTG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000283690 Bos taurus Species 0.000 description 1
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 241000282836 Camelus dromedarius Species 0.000 description 1
- 241000282465 Canis Species 0.000 description 1
- 241000283707 Capra Species 0.000 description 1
- 108090000565 Capsid Proteins Proteins 0.000 description 1
- 101710132601 Capsid protein Proteins 0.000 description 1
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical group [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 206010008342 Cervix carcinoma Diseases 0.000 description 1
- 241000282552 Chlorocebus aethiops Species 0.000 description 1
- 101710094648 Coat protein Proteins 0.000 description 1
- 108091026890 Coding region Proteins 0.000 description 1
- 241000699800 Cricetinae Species 0.000 description 1
- HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N D-ribofuranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H]1O HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N 0.000 description 1
- 108090000626 DNA-directed RNA polymerases Proteins 0.000 description 1
- 102000004163 DNA-directed RNA polymerases Human genes 0.000 description 1
- 241000283086 Equidae Species 0.000 description 1
- 241000724791 Filamentous phage Species 0.000 description 1
- 241000233866 Fungi Species 0.000 description 1
- 241000287828 Gallus gallus Species 0.000 description 1
- 102000003886 Glycoproteins Human genes 0.000 description 1
- 108090000288 Glycoproteins Proteins 0.000 description 1
- 102100021181 Golgi phosphoprotein 3 Human genes 0.000 description 1
- 108091060210 Heavy strand Proteins 0.000 description 1
- 102000001554 Hemoglobins Human genes 0.000 description 1
- 108010054147 Hemoglobins Proteins 0.000 description 1
- 102000006496 Immunoglobulin Heavy Chains Human genes 0.000 description 1
- 108010019476 Immunoglobulin Heavy Chains Proteins 0.000 description 1
- 108010029660 Intrinsically Disordered Proteins Proteins 0.000 description 1
- 101150008942 J gene Proteins 0.000 description 1
- 241000914000 Lutjanus adetii Species 0.000 description 1
- 241000282567 Macaca fascicularis Species 0.000 description 1
- 241000282560 Macaca mulatta Species 0.000 description 1
- 101710125418 Major capsid protein Proteins 0.000 description 1
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 1
- 102000008300 Mutant Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010021466 Mutant Proteins Proteins 0.000 description 1
- 241000244206 Nematoda Species 0.000 description 1
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 1
- 101710141454 Nucleoprotein Proteins 0.000 description 1
- 108020005187 Oligonucleotide Probes Proteins 0.000 description 1
- 241000283973 Oryctolagus cuniculus Species 0.000 description 1
- 229910019142 PO4 Inorganic materials 0.000 description 1
- 241000282579 Pan Species 0.000 description 1
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 1
- 241000276498 Pollachius virens Species 0.000 description 1
- 229920001213 Polysorbate 20 Polymers 0.000 description 1
- 241000288906 Primates Species 0.000 description 1
- 101710083689 Probable capsid protein Proteins 0.000 description 1
- 239000004365 Protease Substances 0.000 description 1
- 101100084022 Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) lapA gene Proteins 0.000 description 1
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 1
- 108020004511 Recombinant DNA Proteins 0.000 description 1
- 102100037486 Reverse transcriptase/ribonuclease H Human genes 0.000 description 1
- 108091028664 Ribonucleotide Proteins 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N Ribose Natural products OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N 0.000 description 1
- 241000283984 Rodentia Species 0.000 description 1
- 241000256248 Spodoptera Species 0.000 description 1
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 1
- 210000001744 T-lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N Thiophosphoric acid Chemical class OP(O)(S)=O RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000006105 Uterine Cervical Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 238000012452 Xenomouse strains Methods 0.000 description 1
- DHKHKXVYLBGOIT-UHFFFAOYSA-N acetaldehyde Diethyl Acetal Natural products CCOC(C)OCC DHKHKXVYLBGOIT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 150000001241 acetals Chemical class 0.000 description 1
- 125000002015 acyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 239000008272 agar Substances 0.000 description 1
- 239000000556 agonist Substances 0.000 description 1
- 125000003342 alkenyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000000217 alkyl group Chemical group 0.000 description 1
- 239000002168 alkylating agent Substances 0.000 description 1
- 229940100198 alkylating agent Drugs 0.000 description 1
- HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N alpha-D-Furanose-Ribose Natural products OCC1OC(O)C(O)C1O HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- SRBFZHDQGSBBOR-STGXQOJASA-N alpha-D-lyxopyranose Chemical compound O[C@@H]1CO[C@H](O)[C@@H](O)[C@H]1O SRBFZHDQGSBBOR-STGXQOJASA-N 0.000 description 1
- 229940059260 amidate Drugs 0.000 description 1
- 230000009435 amidation Effects 0.000 description 1
- 238000007112 amidation reaction Methods 0.000 description 1
- 150000001412 amines Chemical group 0.000 description 1
- 238000004873 anchoring Methods 0.000 description 1
- 238000010171 animal model Methods 0.000 description 1
- 239000005557 antagonist Substances 0.000 description 1
- 230000000890 antigenic effect Effects 0.000 description 1
- PYMYPHUHKUWMLA-WDCZJNDASA-N arabinose Chemical compound OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-WDCZJNDASA-N 0.000 description 1
- 101150042295 arfA gene Proteins 0.000 description 1
- 125000003118 aryl group Chemical group 0.000 description 1
- 238000004166 bioassay Methods 0.000 description 1
- 230000004071 biological effect Effects 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 1
- 229910052796 boron Inorganic materials 0.000 description 1
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 1
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 1
- 150000004657 carbamic acid derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 125000004432 carbon atom Chemical group C* 0.000 description 1
- 230000003197 catalytic effect Effects 0.000 description 1
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 1
- 201000010881 cervical cancer Diseases 0.000 description 1
- 238000012512 characterization method Methods 0.000 description 1
- 239000002738 chelating agent Substances 0.000 description 1
- 230000004186 co-expression Effects 0.000 description 1
- 230000021615 conjugation Effects 0.000 description 1
- 239000000356 contaminant Substances 0.000 description 1
- 230000008878 coupling Effects 0.000 description 1
- 238000010168 coupling process Methods 0.000 description 1
- 238000005859 coupling reaction Methods 0.000 description 1
- 239000013078 crystal Substances 0.000 description 1
- 210000004748 cultured cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000012258 culturing Methods 0.000 description 1
- 125000000392 cycloalkenyl group Chemical group 0.000 description 1
- 125000000753 cycloalkyl group Chemical group 0.000 description 1
- 210000000805 cytoplasm Anatomy 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 238000011033 desalting Methods 0.000 description 1
- MCWXGJITAZMZEV-UHFFFAOYSA-N dimethoate Chemical compound CNC(=O)CSP(=S)(OC)OC MCWXGJITAZMZEV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-N dithiophosphoric acid Chemical class OP(O)(S)=S NAGJZTKCGNOGPW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 238000010828 elution Methods 0.000 description 1
- 238000012407 engineering method Methods 0.000 description 1
- NPUKDXXFDDZOKR-LLVKDONJSA-N etomidate Chemical compound CCOC(=O)C1=CN=CN1[C@H](C)C1=CC=CC=C1 NPUKDXXFDDZOKR-LLVKDONJSA-N 0.000 description 1
- 230000005284 excitation Effects 0.000 description 1
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 1
- 230000001605 fetal effect Effects 0.000 description 1
- 230000005714 functional activity Effects 0.000 description 1
- 238000002825 functional assay Methods 0.000 description 1
- 230000002538 fungal effect Effects 0.000 description 1
- 230000036541 health Effects 0.000 description 1
- 210000005260 human cell Anatomy 0.000 description 1
- 230000002209 hydrophobic effect Effects 0.000 description 1
- 230000001900 immune effect Effects 0.000 description 1
- 230000036039 immunity Effects 0.000 description 1
- 238000003018 immunoassay Methods 0.000 description 1
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 1
- 238000005462 in vivo assay Methods 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 1
- 238000006317 isomerization reaction Methods 0.000 description 1
- SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N kanamycin Chemical compound O[C@@H]1[C@@H](O)[C@H](O)[C@@H](CN)O[C@@H]1O[C@H]1[C@H](O)[C@@H](O[C@@H]2[C@@H]([C@@H](N)[C@H](O)[C@@H](CO)O2)O)[C@H](N)C[C@@H]1N SBUJHOSQTJFQJX-NOAMYHISSA-N 0.000 description 1
- 229930027917 kanamycin Natural products 0.000 description 1
- 229960000318 kanamycin Drugs 0.000 description 1
- 229930182823 kanamycin A Natural products 0.000 description 1
- 238000002898 library design Methods 0.000 description 1
- 244000144972 livestock Species 0.000 description 1
- 210000005265 lung cell Anatomy 0.000 description 1
- 210000004698 lymphocyte Anatomy 0.000 description 1
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 1
- MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N methamphetamine Chemical compound CN[C@@H](C)CC1=CC=CC=C1 MYWUZJCMWCOHBA-VIFPVBQESA-N 0.000 description 1
- YACKEPLHDIMKIO-UHFFFAOYSA-N methylphosphonic acid Chemical compound CP(O)(O)=O YACKEPLHDIMKIO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 230000000813 microbial effect Effects 0.000 description 1
- 244000005700 microbiome Species 0.000 description 1
- 239000003607 modifier Substances 0.000 description 1
- 238000010369 molecular cloning Methods 0.000 description 1
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 1
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 1
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 239000002751 oligonucleotide probe Substances 0.000 description 1
- 238000002515 oligonucleotide synthesis Methods 0.000 description 1
- 101150087557 omcB gene Proteins 0.000 description 1
- 101150115693 ompA gene Proteins 0.000 description 1
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 1
- 101150040383 pel2 gene Proteins 0.000 description 1
- 101150050446 pelB gene Proteins 0.000 description 1
- 210000001322 periplasm Anatomy 0.000 description 1
- 101150009573 phoA gene Proteins 0.000 description 1
- 235000021317 phosphate Nutrition 0.000 description 1
- 150000003013 phosphoric acid derivatives Chemical group 0.000 description 1
- 229920000729 poly(L-lysine) polymer Polymers 0.000 description 1
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 1
- 239000000256 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Substances 0.000 description 1
- 235000010486 polyoxyethylene sorbitan monolaurate Nutrition 0.000 description 1
- 229920000136 polysorbate Polymers 0.000 description 1
- 230000004481 post-translational protein modification Effects 0.000 description 1
- 238000001556 precipitation Methods 0.000 description 1
- 125000002924 primary amino group Chemical group [H]N([H])* 0.000 description 1
- 230000002797 proteolythic effect Effects 0.000 description 1
- 230000005180 public health Effects 0.000 description 1
- 230000002285 radioactive effect Effects 0.000 description 1
- 238000002708 random mutagenesis Methods 0.000 description 1
- 238000003753 real-time PCR Methods 0.000 description 1
- 230000008707 rearrangement Effects 0.000 description 1
- 238000010188 recombinant method Methods 0.000 description 1
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 1
- 238000012552 review Methods 0.000 description 1
- 239000002336 ribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002652 ribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 238000002702 ribosome display Methods 0.000 description 1
- 238000005070 sampling Methods 0.000 description 1
- 238000007423 screening assay Methods 0.000 description 1
- 230000003248 secreting effect Effects 0.000 description 1
- 230000028327 secretion Effects 0.000 description 1
- 238000002864 sequence alignment Methods 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 238000004904 shortening Methods 0.000 description 1
- 230000002269 spontaneous effect Effects 0.000 description 1
- 238000012289 standard assay Methods 0.000 description 1
- 239000011550 stock solution Substances 0.000 description 1
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 1
- 238000002198 surface plasmon resonance spectroscopy Methods 0.000 description 1
- 239000000725 suspension Substances 0.000 description 1
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 1
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 1
- 239000003053 toxin Substances 0.000 description 1
- 231100000765 toxin Toxicity 0.000 description 1
- 108700012359 toxins Proteins 0.000 description 1
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 1
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 1
- 238000011830 transgenic mouse model Methods 0.000 description 1
- 230000007704 transition Effects 0.000 description 1
- 241000701447 unidentified baculovirus Species 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
- 238000002424 x-ray crystallography Methods 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K16/00—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies
- C07K16/005—Immunoglobulins [IGs], e.g. monoclonal or polyclonal antibodies constructed by phage libraries
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
- C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
- C40B40/00—Libraries per se, e.g. arrays, mixtures
- C40B40/04—Libraries containing only organic compounds
- C40B40/06—Libraries containing nucleotides or polynucleotides, or derivatives thereof
- C40B40/08—Libraries containing RNA or DNA which encodes proteins, e.g. gene libraries
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C40—COMBINATORIAL TECHNOLOGY
- C40B—COMBINATORIAL CHEMISTRY; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES
- C40B50/00—Methods of creating libraries, e.g. combinatorial synthesis
- C40B50/04—Methods of creating libraries, e.g. combinatorial synthesis using dynamic combinatorial chemistry techniques
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/20—Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin
- C07K2317/21—Immunoglobulins specific features characterized by taxonomic origin from primates, e.g. man
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/50—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
- C07K2317/51—Complete heavy chain or Fd fragment, i.e. VH + CH1
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/50—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
- C07K2317/56—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments variable (Fv) region, i.e. VH and/or VL
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/50—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
- C07K2317/56—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments variable (Fv) region, i.e. VH and/or VL
- C07K2317/565—Complementarity determining region [CDR]
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C07—ORGANIC CHEMISTRY
- C07K—PEPTIDES
- C07K2317/00—Immunoglobulins specific features
- C07K2317/50—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments
- C07K2317/56—Immunoglobulins specific features characterized by immunoglobulin fragments variable (Fv) region, i.e. VH and/or VL
- C07K2317/569—Single domain, e.g. dAb, sdAb, VHH, VNAR or nanobody®
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- General Chemical & Material Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Virology (AREA)
- Peptides Or Proteins (AREA)
- Micro-Organisms Or Cultivation Processes Thereof (AREA)
- Preparation Of Compounds By Using Micro-Organisms (AREA)
Abstract
Description
本明細書中に記載されるまたは参照される技法及び手順は、当業者によって一般に十分に理解されており、従来の方法論、例えば、Sambrook et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual 3d edition(2001)Cold Spring Harbor Laboratory Press,Cold Spring Harbor,N.Y.;Current Protocols in Molecular Biology(F.M.Ausubel,et al.eds.,(2003));the series Methods in Enzymology(Academic Press,Inc.):PCR 2:A Practical Approach(M.J.MacPherson,B.D.Hames and G.R.Taylor eds.(1995)),Harlow and Lane,eds.(1988)Antibodies,A Laboratory Manual,and Animal Cell Culture(R.I.Freshney,ed.(1987));Oligonucleotide Synthesis(M.J.Gait,ed.,1984);Methods in Molecular Biology,Humana Press;Cell Biology:A Laboratory Notebook(J.E.Cellis,ed.,1998)Academic Press;Animal Cell Culture(R.I.Freshney),ed.,1987);Introduction to Cell and Tissue Culture(J.P.Mather and P.E.Roberts,1998)Plenum Press;Cell and Tissue Culture:Laboratory Procedures(A.Doyle,J.B.Griffiths,and D.G.Newell,eds.,1993−8)J.Wiley and Sons;Handbook of Experimental Immunology(D.M.Weir and C.C.Blackwell,eds.);Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells(J.M.Miller and M.P.Calos,eds.,1987);PCR:The Polymerase Chain Reaction,(Mullis et al.,eds.,1994);Current Protocols in Immunology(J.E.Coligan et al.,eds.,1991);Short Protocols in Molecular Biology(Wiley and Sons,1999);Immunobiology(C.A.Janeway and P.Travers,1997);Antibodies(P.Finch,1997);Antibodies:A Practical Approach(D.Catty.,ed.,IRL Press,1988−1989);Monoclonal Antibodies:A Practical Approach(P.Shepherd and C.Dean,eds.,Oxford University Press,2000);Using Antibodies:A Laboratory Manual(E.Harlow and D.Lane(Cold Spring Harbor Laboratory Press,1999);The Antibodies(M.Zanetti and J.D.Capra,eds.,Harwood Academic Publishers,1995);及びCancer:Principles and Practice of Oncology(V.T.DeVita et al.,eds.,J.B.Lippincott Company,1993)に記載される、広く利用されている方法論などを使用して、一般的に用いられる。
本開示を詳述する前に、本開示は、特定の組成物または生物系に限定されず、当然のことながら、変わり得ることを理解されたい。また、本明細書で使用される用語は、特定の実施形態を記載する目的でのみ使用され、限定を意図するものではないことを理解されたい。
本開示のある特定の態様は、ポリヌクレオチド、例えば、抗体重鎖可変領域(VH)または軽鎖可変領域(VL)をコードするポリヌクレオチドのライブラリーに関する。本開示のライブラリーは、HVR−H1、HVR−H2、及びHVR−H3を含む重鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを1つ以上含有し得、当該HVR−H1及びHVR−H2は、本明細書に記載されるHVR−H1及び/またはHVR−H2のいずれかである。
FW−H1は、EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASG(配列番号165)であり、
FW−H2は、RQAPGKGLEW(配列番号166)であり、
FW−H3は、TISRDNSKNTLYLQLNSLRAEDTAVYYC(配列番号167)であり、
FW−H4は、WGQGTLVTVSS(配列番号168)である。
本明細書で提供されるのは、本明細書に記載されるライブラリーから定義及び選択される抗体である。本開示のある特定の態様は、抗体の軽鎖もしくは重鎖のHVR、HVRを含む可変領域及び/またはそれをコードするポリヌクレオチド(複数可)に関する。いくつかの実施形態において、HVR及び/または可変領域は、抗体フラグメント、全長抗体、または単鎖可変フラグメント(scFv)の一部である。
表1:重鎖HVR配列
FW−H1は、EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASG(配列番号165)であり、
FW−H2は、RQAPGKGLEW(配列番号166)であり、
FW−H3は、TISRDNSKNTLYLQLNSLRAEDTAVYYC(配列番号167)であり、
FW−H4は、WGQGTLVTVSS(配列番号168)である。
本明細書で更に提供されるのは、本開示の同一の重鎖可変領域を有する二重特異性抗体である(例えば、異なる結合特異性を有する2つの軽鎖可変領域と、2つの同一の重鎖可変領域とを有する)。いくつかの実施形態において、二重特異性抗体は、2つの異なる軽鎖を含み、第1の軽鎖は、カッパCLドメイン(例えば、ヒトカッパCLドメイン)を含み、第2の軽鎖は、ラムダCLドメイン(例えば、ヒトラムダCLドメイン)を含む。カッパCLドメイン及びラムダCLドメインを含む二重特異性抗体の作製方法及び/または精製方法は、当該技術分野において知られている(例えば、Fischer et al.(2015),Nat.Commun.6:6113;US20140179547参照)。例えば、a)2つの同一の重鎖可変領域(例えば、本明細書に記載される重鎖可変領域のいずれか1つ)と、b)第1の軽鎖可変領域及びカッパCLドメインを含む第1の軽鎖と、c)第2の軽鎖可変領域及びラムダCLドメインを含む第2の軽鎖(例えば、カッパCLドメインを含む第2の軽鎖の定常領域がラムダCLドメインに置き換えられている)と、を含む、二重特異性抗体を構築し、発現させることができる(例えば、1つ以上の発現ベクターにクローニングし、1つ以上の好適な宿主細胞で発現させる)。この方法で構築され、得られた二重特異性IgG(例えば、カッパとラムダの両方のCLドメインを含む二重特異性IgG)は、以下のステップを使用して精製することができる。まず、プロテインAまたはIgG−CH1 CaptureSelectアフィニティークロマトグラフィーを使用して、培養上清からトータルIgGを回収する。これにより、遊離軽鎖及び他の夾雑物が除去される。次に、KappaSelectアフィニティー樹脂を使用して、カッパCLドメインを含有するIgGを捕捉し、ラムダCLドメインのみを含有する軽鎖を含む単一特異性IgGをカラムフロースルーで除去する。最後に、LambdaFabSelectアフィニティー樹脂を使用して、純粋な二重特異性カッパ−ラムダボディを回収し、樹脂に結合しないカッパCLドメインのみを含有する軽鎖を有する単一特異性IgGから分離する。あるいは、二重特異性共通重鎖IgG(例えば、上記のようなIgG)をプロテインAによって精製し、異なる軽鎖の生物物理学的特性の1つ以上の違い(例えば、異なる分子量、異なる等電点(pI)など)に基づいた、各軽鎖CLドメインに特異的な樹脂を使用して分けることができる。
別の態様において、本明細書で提供されるのは、本開示のポリヌクレオチドのライブラリーを含むキットである。いくつかの実施形態において、キットは、例えば、目的の抗体HVRまたは可変領域を特定するために、ライブラリーを発現、修飾、スクリーニング、または別の方法で使用するための説明を含む、添付文書を更に含む。いくつかの実施形態において、キットは、例えば、ポリヌクレオチド(例えば、合成ポリヌクレオチド)のうちの1つ以上を保存、移動、トランスフェクト、または別の方法で使用するための1つ以上のバッファーを更に含む。いくつかの実施形態において、キットは、ポリヌクレオチドのうちの1つ以上を保存するための1つ以上の容器を更に含む。いくつかの実施形態において、キットは、例えば、ポリヌクレオチドのうちの1つ以上を宿主細胞にトランスフェクションするための1つ以上のベクターを更に含む。
抗体可変ドメインの可変性を構造レベルで理解するために、抗体可変ドメインの幾何学的アラインメントをマッピングし、更に、その幾何学的アラインメントに基づいて、構造エントロピー及び配列エントロピーを計算するアルゴリズムを開発した。そのようなアプローチを取ることは、よく確立されたV(D)J遺伝子再構成プロセスによって決定される抗体多様性の古典的理論を、ダイナミックユニットによる立体構造多様性(Linus Paulingによる鋳型指向立体構造選択;例えば、James,L.and Tawfik,D.“Conformational diversity and protein evolution−a 60−year−old hypothesis revisited”,Trends Biochem Sci.2003 Jul;28(7):361−8参照)と組み合わせて併用し、抗体結合部位の選択及び適合によって、ほぼ無限のエピトープ空間のサンプリングを可能にするものである。一例として、本アルゴリズムを使用して、113のヒト抗体可変重鎖ドメインの高解像度結晶構造に関する構造及び配列の可変性を解析した。可変重鎖ドメインの全ての位置について、エントロピーを計算し、それをプロットした(図1A;構造エントロピーは太線、配列エントロピーは点線)。幾何学的アラインメントに基づいた構造エントロピー及び配列エントロピーの計算によって得られた結果を使用して、超可変(HVR)領域を特定し、これらの可変領域上の重要な位置を特定した。比較のために、例示的な抗体重鎖可変ドメイン配列のHVR(上記の方法によって定義)及びCDR(Kabatによって定義)を特定した(図1B)。
重鎖ライブラリーの構築
重鎖ライブラリーの構築を開始するために、可変領域HVR−H1について、表2に示される式に基づき、3グループの縮重オリゴを設計し、112のユニークHVR−H1配列を得た。可変領域HVR−H2については、表2に示される式に基づき、7グループの縮重オリゴを設計し、565のユニークHVR−H2配列を得た。合成した縮重オリゴを、次のプロトコルにより、二本鎖DNAに変換した。0.75μLの0.2μM鋳型オリゴを、10μLの5x PrimeSTARバッファー、4μLのdNTP混合物、1μLの100μMフォワードプライマー、1μLの100μMリバースプライマー、0.5μLのPrimeSTAR HS DNA Polymerase(2.5U/μL)、及び33μLの水と混合した。PCR溶液を96℃で5分間予熱し、次いで、14サイクル(96℃で15秒、60℃で15秒、72℃で6秒)を実施し、続いて、72℃で3分間伸長した。VH_vr1は、プライマーペアF_1999(CGTTTGTCCTGTGCAGCTTCCGG)(配列番号211)及びR_1999(CGAGGCCCTTACCCGGGGCCTGACG)(配列番号212)を使用して増幅し、一方、VH_vr2は、プライマーペアF_2003(CCGGGTAAGGGCCTCGAGTGG)(配列番号213)及びR_2003(GAGCACGTCCGTTCGAATTGTCGCGACTTATAG)(配列番号214)を使用して増幅した。
表2:HVR−H1及びHVR−H2設計バリアント配列の式
軽鎖ライブラリーの構築を開始するために、可変領域VL_vr1及びVL_vr2のそれぞれについて、縮重オリゴ18グループ及び定義済みオリゴ5つを設計した。これらを、次のプロトコルにより二本鎖DNAに変換した。0.75μLの0.2μM鋳型オリゴを、10μLの5x PrimeSTARバッファー、4μLのdNTP混合物、1μLの100μMフォワードプライマー、1μLの100μMリバースプライマー、0.5μLのPrimeSTAR HS DNA Polymerase(2.5U/μL)、及び33μLの水と混合した。PCR溶液を96℃で5分間予熱し、次いで、14サイクル(96℃で15秒、60℃で15秒、72℃で6秒)を実施し、続いて、72℃で3分間伸長した。VL_vr1は、プライマーペアF_2898(TACTTATGTAGGCGATCGGGTCACCATCACCTGC)(配列番号217)及びR_2898(CGGAGCTTTTCCTGGTTTCTGTTGATAC)(配列番号218)を使用して増幅し、一方、VL_vr2は、プライマーペアF_2013(GAAACCAGGAAAAGCTCCGAAG)(配列番号219)及びR_2013(CGTCCCGGAACCGGATCCAGAGAAGCGAG)(配列番号220)を使用して増幅した。
ダイナミックライブラリーは、VH−vr123ライブラリーに由来する重鎖ライブラリーと、Fad40−vr123ライブラリーに由来する軽鎖ライブラリーとから構成された。VH−vr123ライブラリープラスミドとFad40−vr123ライブラリープラスミドの両方をBspEI及びSpeI(Thermo Scientific)で消化した。VH−vr123ライブラリーに由来する重鎖をコードするDNAフラグメントを、Fad40−vr123ライブラリーに由来するベクター骨格にクローニングした。ローリングサークル増幅(RCA)前に、ライゲーション産物を脱塩した(QIAquick(登録商標)PCR Purification Kit(QIAGEN))。RCAは、以下のように実施した。40ngのライゲーション産物を、10μLの10x NEBuffer4、50μLの100μM pd(N)8、及び水(最大88.5μL)と混合し、95℃で3分間加熱し、1サイクルずつ1℃下がる65サイクル(各サイクル30秒)でアニーリングした。10μLの10mM dNTPミックス、1μLの100×BSA、及び0.5μLのPhi29DNAポリメラーゼを添加した後、アニーリングした反応物を30℃で一晩インキュベートした。RCA産物を最初にNotIで消化し、DNAフラグメントを精製し(QIAquick(登録商標)PCR Purification Kit)、Acc65Iで更に消化した。次いで、消化した産物をT4 DNAリガーゼ(Thermo Scientific)でライゲートした。エタノール沈殿による精製後、ライゲーション産物でER2738細胞をエレクトロポレーションによって形質転換した。プレートから合計1.4*1010のコロニーを回収し(2xYT、1%グルコース、100μg/mLのアンピシリン)、DPL6ライブラリーを作製した。
ダイナミックライブラリーファージミド粒子の調製
抗原パンニングのためのダイナミックライブラリーファージミド粒子を調製するために、ダイナミックライブラリーを含むER2738細胞(上の実施例2に記載)5.0リットルを、0.1の開始OD600で、2xYT、2%グルコース、100μg/mLのアンピシリン及び12.5μg/mLのテトラサイクリンを含む培地中に播種した。培養液を、250rpmで振盪しながら、0.6〜0.8のOD600に達するまで、37℃で成長させた。次いで、多重感染度(MOI)10で、37℃で30分間、細胞にM13KO7ヘルパーファージを感染させた。感染したER2738細胞を、2xYT、100μg/mLのアンピシリン及び50μg/mLのカナマイシンを含む3.2リットルの培地中、22℃で一晩、成長させた。次いで、培養上清を10,000rpmで15分間、遠心分離によって回収し、0.45μmの低結合メンブレンフィルター(Corning)に通して濾過した。次いで、PEG/NaClを使用して、濾過した上清からファージミド粒子を沈殿させ、PBS中に再懸濁した。PEG/NaClによる沈殿と、それに続くPBS中への再懸濁のラウンドを追加で実施した。ファージ濃度をOD268の測定(OD268の1単位を約1*1013ファージ粒子/mLと仮定)によって決定し、プラークアッセイによって確認した。ライブラリーファージミド粒子を、20%グリセロール中、−80℃で保存した。
1〜30μg/mlの濃度の抗原タンパク質をMaxisorpストリップ(Thermo Scientific、カタログ番号446469)上に4℃で一晩コーティングした。各ライブラリーに対して、複数の抗原ウェルを準備した。コーティングしたウェルを、まず、5%ミルク含有PBSを用いて、室温で1〜2時間ブロッキングし、PBSで洗浄した。次いで、1,100μL/ウェルのファージミド粒子溶液(典型的に、2%ミルク含有PBS中、1〜5*1012個のファージ)を4つの平行ウェルに添加し、1〜2時間インキュベートした。次いで、Tween 20の濃度を上げながら(0.1%から0.3%)、PBSでウェルを数回洗浄し、最後にPBSだけで洗浄した。結合したファージミド粒子を、100μLの0.2Mグリシン−HClを用いて、室温で10分間、ウェルから溶出した。溶出したファージを、直ちに、18μLの1M Tris−HClで中和した(pH9.1)。
溶出した濃縮ファージプールを次のように更に増幅した。溶出したファージミド粒子をER2738細胞に37℃で30分間、感染させた。次いで、感染細胞を、2%グルコース、100μg/mLのアンピシリン及び12.5μg/mLのテトラサイクリンを含む2xYT寒天プレート上に播種した。プレートからコロニーを回収し、100mlの2%グルコース、100μg/mLのアンピシリン及び12.5μg/mLのテトラサイクリン中で成長させ、M13KO7ヘルパーファージを感染させた。増幅したファージを上記プロセスによって精製及び定量した。通常、パンニングの最終ラウンド後に溶出したファージを使用してER2738細胞の感染を行い、得られたER2738コロニーを上清ELISAスクリーニングアッセイのために採取した。
細菌上清中に存在するFabを測定するために、高感度サンドイッチElisaアッセイを構築した。マイクロプレートをポリクローナル抗ヒトIgG(Fab特異的)(Sigma I5260)でコーティングして、細菌上清中に存在するFabを捕捉し、次いで、HRP標識ヤギ抗ヒトFcを使用して、Fabの捕捉量を検出した。各ウェルのA450を測定して、Fab結合活性を決定した。一次ヒットは、ELISAシグナルがバックグラウンドの少なくとも2倍であるものと定義し、以下の実施例(実施例4)で更に特徴付けた。
表3:ポジティブヒットしたHVR−H1及びHVR−H2設計バリアント配列の式
上の実施例3で特定された一次ヒットに対応するFabに、His6タグをCH1ドメインのC末端にタグ付けし、E.coliで過剰発現させ、Ni−NTA樹脂(Thermo Fisher Scientific)により、製造元の説明書に従って精製した。親和性をForteBio Octet RED96 Systemによって測定した。簡潔に述べれば、抗原Fc−His融合タンパク質(Sino Biological #10039−H03H)を捕捉するために、AHCセンサー(抗ヒトIgG−Fc捕捉ディップ及び読み取りバイオセンサー)を使用し、カイネティクスバッファーで5〜10μg/mLまで希釈した精製Fabを含有するウェル中に浸漬させた(SForteBio,Anti−human IgG Capture(AHC)Biosensors,Product Insert 41−0072−PD(2008);Yang et al.(2016),Anal.Biochem.508:78−96も参照)。取得したForteBioデータをData Acquisitionソフトウェア7.1で処理し、カイネティクスデータを1:1 Langmuir結合モデルにフィッティングさせた。Fabの溶解温度をDifferential Scanning Fluorimetry(DSF)アッセイによって測定した。簡潔に述べれば、qPCR装置(リアルタイムPCR)を使用して、温度及び蛍光モニタリングを行った。SYPRO(登録商標)Orangeを5000xストック溶液50倍から100xにPBSバッファーで希釈し、16μlの各Fab(約0.5mg/ml)を96ウェルマイクロプレートの各ウェルに添加し、4μlの100x SYPRO(登録商標)Orangeと混合した。LightCycler(登録商標)480 Systemを使用して、蛍光強度を測定した。励起波長は483nmに設定し、発光波長は568nmに設定した。温度を25℃から90℃へ毎分1.2〜1.3℃の増分で上昇させ、各測定温度で15秒の平衡時間を適用した。LightCycler(登録商標)480 Softwareを使用してデータを解析した。疎水性露出の中点であるTmは、一次蛍光遷移の一次導関数の最大値に対応する温度として定義した。(Lavinder et al.(2009),J.Am.Chem.Soc.131:3794−3795;Ericsson et al.(2006),Analytical Biochemistry 357:289−298;Phillips and Hernandez de la Pena(2011),Current Protocols in Mol.Biol.94:10.28.1−10.28.15も参照)。
重鎖ライブラリーのロバスト性及び柔軟性を更に調べるために、107〜280及び更には単一の軽鎖(すなわち、共通の軽鎖)にまで及ぶ多様性を有する種々の軽鎖ライブラリーと重鎖をペアリングすることによって、上の実施例4に記載される14の標的抗原に対してライブラリーをスクリーニングした。軽鎖自体の柔軟性及び/またはダイナミック多様性を探索しながら、重鎖と軽鎖の両ライブラリーにおける多様性設計の限界を、それぞれのペアリングパートナーの物理的サイズ(例えば、107〜280、20、及び単一の軽鎖にまで及ぶ多様性を有する軽鎖ライブラリー)を調整することによって探索した。ダイナミック重鎖ライブラリーとのペアリングにおけるこれらのダイナミック軽鎖ライブラリーの能力は、既知の困難な標的抗原に対する多様な抗体ヒット/リードを作製及び操作する際のライブラリー設計に対して、強い論理的根拠を与えた。試験したライブラリーのそれぞれから高い親和性を有するポジティブヒットを特定し、合計690のユニークポジティブヒットを測定し、親和性データにより確認した(表4)。異なる標的に結合する能力及びそのエピトープ変異(限定するものではないが、約60%の配列同一性を有するヒト標的とマウス標的での種交差反応に示されるような2つの種間のエピトープ認識の微細な違いを含む)を調べた。HVR−H1_1、HVR−H1_2、またはHVRH−1_3と、HVR−H2_1、HVR−H2_2、またはHVRH−2_3、HVR−H2_4、HVR−H_5、HVRH−2_6、またはHVR−H2_7の各組み合わせを使用したポジティブヒットを観察した。これらの結果は、抗体(及び/または代替タンパク質)のスカフォールドにグラフト化または設計された場合、治療、診断及び/または研究試薬の幅広い標的を認識する、抗体及びタンパク質ライブラリーの作製に、これらのダイナミック超可変領域ユニットを使用する威力及び潜在力を示している。抗体(及び/または非抗体)スカフォールドの設計及び構築における、幅広い多様性(例えば、107〜280、更に単一のユニーク配列までの範囲)を有する軽鎖ライブラリーとペアリングした場合のこれらの重鎖超可変領域ユニットのダイナミック特性は、治療、診察及び/または研究環境で有用な新規結合試薬を創生するダイナミック抗体設計コンセプトの強力な実証である。
表4:確認されたヒットの親和性データ
表5:HVR−H1及びHVR−H2設計バリアントの標的結合能力
表7:新しいHVR−H1及びHVR−H2の配列使用
配列
特に明記しない限り、ポリペプチド配列は全て、N末端からC末端への記載である。
特に明記しない限り、ポリヌクレオチド配列は全て、5’から3’への記載である。
設計したHVR−H1配列1:FTFTDYGIHWV(配列番号1)
設計したHVR−H1配列2:FTFTGYAIHWV(配列番号2)
設計したHVR−H1配列3:FTFTNYGIHWV(配列番号3)
設計したHVR−H1配列4:YTFSDYAIHWV(配列番号4)
設計したHVR−H1配列5:YTFSDYGIHWV(配列番号5)
設計したHVR−H1配列6:YTFSGYAIHWV(配列番号6)
設計したHVR−H1配列7:YTFSGYGIHWV(配列番号7)
設計したHVR−H1配列8:YTFSNYGIHWV(配列番号8)
設計したHVR−H1配列9:YTFSSYGIHWV(配列番号9)
設計したHVR−H1配列10:YTFSGYWIHWV(配列番号10)
設計したHVR−H1配列11:YTFSNYWIHWV(配列番号11)
設計したHVR−H1配列12:FTFSGYWIHWV(配列番号12)
設計したHVR−H1配列13:FTFSNYWIHWV(配列番号13)
設計したHVR−H1配列14:YTFSDYWIHWV(配列番号14)
設計したHVR−H1配列15:YSISSGHHWAWI(配列番号15)
設計したHVR−H1配列16:YSISSGHYWNWI(配列番号16)
設計したHVR−H1配列17:YSISSGHYWSWI(配列番号17)
設計したHVR−H1配列18:YSISSGHYWTWI(配列番号18)
設計したHVR−H1配列19:YSISSGYHWAWI(配列番号19)
設計したHVR−H1配列20:YSISSGYHWDWI(配列番号20)
設計したHVR−H1配列21:YSISSGYHWGWI(配列番号21)
設計したHVR−H1配列22:YSISSGYHWNWI(配列番号22)
設計したHVR−H1配列23:YSISSGYHWSWI(配列番号23)
設計したHVR−H1配列24:YSISSGHHWDWI(配列番号24)
設計したHVR−H1配列25:YSISSGYYWDWI(配列番号25)
設計したHVR−H1配列26:YSISSGYYWNWI(配列番号26)
設計したHVR−H1配列27:YSISSGYYWTWI(配列番号27)
設計したHVR−H1配列28:YSITSGHHWAWI(配列番号28)
設計したHVR−H1配列29:YSITSGHHWDWI(配列番号29)
設計したHVR−H1配列30:YSITSGHHWGWI(配列番号30)
設計したHVR−H1配列31:YSITSGHHWNWI(配列番号31)
設計したHVR−H1配列32:YSITSGHHWSWI(配列番号32)
設計したHVR−H1配列33:YSISSGHHWGWI(配列番号33)
設計したHVR−H1配列34:YSITSGHYWAWI(配列番号34)
設計したHVR−H1配列35:YSITSGHYWDWI(配列番号35)
設計したHVR−H1配列36:YSITSGHYWGWI(配列番号36)
設計したHVR−H1配列37:YSITSGHYWNWI(配列番号37)
設計したHVR−H1配列38:YSITSGHYWSWI(配列番号38)
設計したHVR−H1配列39:YSITSGYHWAWI(配列番号39)
設計したHVR−H1配列40:YSITSGYHWGWI(配列番号40)
設計したHVR−H1配列41:YSISSGHHWNWI(配列番号41)
設計したHVR−H1配列42:YSITSGYHWNWI(配列番号42)
設計したHVR−H1配列43:YSITSGYHWSWI(配列番号43)
設計したHVR−H1配列44:YSITSGYYWDWI(配列番号44)
設計したHVR−H1配列45:YSISSGHHWTWI(配列番号45)
設計したHVR−H1配列46:YSISSGHYWDWI(配列番号46)
設計したHVR−H1配列47:FSLSTSGVAVSWI(配列番号47)
設計したHVR−H1配列48:FSLSTGGVAVGWI(配列番号48)
設計したHVR−H1配列49:FSLSTGGVAVSWI(配列番号49)
設計したHVR−H1配列50:FSLSTGGVGVAWI(配列番号50)
設計したHVR−H1配列51:FSLSTGGVGVSWI(配列番号51)
設計したHVR−H1配列52:FSLSTSGVAVAWI(配列番号52)
設計したHVR−H1配列53:FTFSDYAIHWV(配列番号137)
設計したHVR−H1配列54:FTFSDYGIHWV(配列番号138)
設計したHVR−H1配列55:YTFSNYAIHWV(配列番号139)
設計したHVR−H1配列56:YTFSSYAIHWV(配列番号140)
設計したHVR−H1配列57:YTFTDYAIHWV(配列番号141)
設計したHVR−H1配列58:YTFTDYGIHWV(配列番号142)
設計したHVR−H1配列59:YTFTNYAIHWV(配列番号143)
設計したHVR−H1配列60:YTFTNYGIHWV(配列番号144)
設計したHVR−H1配列61:FTFSGYGIHWV(配列番号145)
設計したHVR−H1配列62:FTFSNYAIHWV(配列番号146)
設計したHVR−H1配列63:FTFSSYGIHWV(配列番号147)
設計したHVR−H1配列64:FTFSDYWIHWV(配列番号148)
設計したHVR−H1配列65:FTFTSYWIHWV(配列番号149)
設計したHVR−H1配列66:YSISSGYYWGWI(配列番号150)
設計したHVR−H1配列67:YSITSGYYWNWI(配列番号151)
設計したHVR−H1配列68:YSITSGYYWSWI(配列番号152)
設計したHVR−H1配列69:YSISSGHYWAWI(配列番号153)
設計したHVR−H1配列70:YSISSGHYWGWI(配列番号154)
設計したHVR−H1配列71:FSLSTSGVAVGWI(配列番号155)
設計したHVR−H1配列72:FSLSTSGVGVAWI(配列番号156)
設計したHVR−H1配列73:FSLSTSGVGVGWI(配列番号157)
設計したHVR−H1配列74:FSLSTGGVGVGWI(配列番号158)
設計したHVR−H2配列1:LARIDWDDDKRYSPSLKSRL(配列番号53)
設計したHVR−H2配列2:LALIDWDDDKRYSPSLKSRL(配列番号54)
設計したHVR−H2配列3:LALIDWDDDKRYSTSLKSRL(配列番号55)
設計したHVR−H2配列4:LALIDWDDDKYYSPSLKSRL(配列番号56)
設計したHVR−H2配列5:LALIDWADDKYYSPSLKSRL(配列番号57)
設計したHVR−H2配列6:LALIDWAGDKSYSTSLKSRL(配列番号58)
設計したHVR−H2配列7:LARIDWDDDKYYSPSLKSRL(配列番号59)
設計したHVR−H2配列8:LARIDWDDDKYYSTSLKSRL(配列番号60)
設計したHVR−H2配列9:LARIDWDGDKYYSTSLKSRL(配列番号61)
設計したHVR−H2配列10:IGDIYHSGSTYYSPSLKSRV(配列番号62)
設計したHVR−H2配列11:IGEIYHSGSTYYSPSLKSRV(配列番号63)
設計したHVR−H2配列12:IGEIYYSGSTYYSPSLKSRV(配列番号64)
設計したHVR−H2配列13:IGSIYHSGNTNYNPSLKSRV(配列番号65)
設計したHVR−H2配列14:IGEIYHSGNTYYNPSLKSRV(配列番号66)
設計したHVR−H2配列15:IGEIYHSGSTYYNPSLKSRV(配列番号67)
設計したHVR−H2配列16:IGEIYYSGSTYYNPSLKSRV(配列番号68)
設計したHVR−H2配列17:IGDIYHSGNTYYNPSLKSRV(配列番号69)
設計したHVR−H2配列18:IGDIYHSGSTYYNPSLKSRV(配列番号70)
設計したHVR−H2配列19:VSAISGYGDTTYYADSVKGRF(配列番号71)
設計したHVR−H2配列20:VSAISGYGGSTYYADSVKGRF(配列番号72)
設計したHVR−H2配列21:VSAISGYGGTTYYADSVKGRF(配列番号73)
設計したHVR−H2配列22:VSGISGAGDTTYYADSVKGRF(配列番号74)
設計したHVR−H2配列23:VSGISGDGDTTYYADSVKGRF(配列番号75)
設計したHVR−H2配列24:VSGISGDGGSTYYADSVKGRF(配列番号76)
設計したHVR−H2配列25:VSGISGYGDTTYYADSVKGRF(配列番号77)
設計したHVR−H2配列26:VSGISGYGGTTYYADSVKGRF(配列番号78)
設計したHVR−H2配列27:VSVISGDGDTTYYADSVKGRF(配列番号79)
設計したHVR−H2配列28:VSVISGYGGSTYYADSVKGRF(配列番号80)
設計したHVR−H2配列29:VSGISGDGSTTYYADSVKGRF(配列番号81)
設計したHVR−H2配列30:VSGISGYGSTTYYADSVKGRF(配列番号82)
設計したHVR−H2配列31:VSVISGSGSTTYYADSVKGRF(配列番号83)
設計したHVR−H2配列32:VSVISGYGSSTYYADSVKGRF(配列番号84)
設計したHVR−H2配列33:VSVISGYGSTTYYADSVKGRF(配列番号85)
設計したHVR−H2配列34:VSAISGYGSTTYYADSVKGRF(配列番号86)
設計したHVR−H2配列35:VSSISGYGDTTYYADSVKGRF(配列番号87)
設計したHVR−H2配列36:VSSISGYGGSTYYADSVKGRF(配列番号88)
設計したHVR−H2配列37:VSSISGYGGTTYYADSVKGRF(配列番号89)
設計したHVR−H2配列38:VSYISGAGDTTYYADSVKGRF(配列番号90)
設計したHVR−H2配列39:VSSISGAGDTTYYADSVKGRF(配列番号91)
設計したHVR−H2配列40:VSYISGAGGTTYYADSVKGRF(配列番号92)
設計したHVR−H2配列41:VSYISGDGDTTYYADSVKGRF(配列番号93)
設計したHVR−H2配列42:VSYISGDGGSTYYADSVKGRF(配列番号94)
設計したHVR−H2配列43:VSYISGDGGTTYYADSVKGRF(配列番号95)
設計したHVR−H2配列44:VSYISGSGDTTYYADSVKGRF(配列番号96)
設計したHVR−H2配列45:VSSISGAGGSTYYADSVKGRF(配列番号97)
設計したHVR−H2配列46:VSYISGYGDTTYYADSVKGRF(配列番号98)
設計したHVR−H2配列47:VSYISGYGGTTYYADSVKGRF(配列番号99)
設計したHVR−H2配列48:VSSISGAGGTTYYADSVKGRF(配列番号100)
設計したHVR−H2配列49:VSSISGDGDTTYYADSVKGRF(配列番号101)
設計したHVR−H2配列50:VSSISGDGGTTYYADSVKGRF(配列番号102)
設計したHVR−H2配列51:VSSISGAGSSTYYADSVKGRF(配列番号103)
設計したHVR−H2配列52:VSSISGAGSTTYYADSVKGRF(配列番号104)
設計したHVR−H2配列53:VSSISGDGSSTYYADSVKGRF(配列番号105)
設計したHVR−H2配列54:VSSISGDGSTTYYADSVKGRF(配列番号106)
設計したHVR−H2配列55:VSSISGYGSSTYYADSVKGRF(配列番号107)
設計したHVR−H2配列56:VSSISGYGSTTYYADSVKGRF(配列番号108)
設計したHVR−H2配列57:IGWINPNRGDTKYAQKFQGRV(配列番号109)
設計したHVR−H2配列58:IGWINPNRGDTNYAQKFQGRV(配列番号110)
設計したHVR−H2配列59:IGWINPNRGGTKYAQKFQGRV(配列番号111)
設計したHVR−H2配列60:IGWINPNRGGTNYAQKFQGRV(配列番号112)
設計したHVR−H2配列61:IGWINPNRGSTKYAQKFQGRV(配列番号113)
設計したHVR−H2配列62:IGWINPNRGSTNYAQKFQGRV(配列番号114)
設計したHVR−H2配列63:IGRINPNFGDTNYAQKFQGRV(配列番号115)
設計したHVR−H2配列64:IGWINPNFGDTNYAQKFQGRV(配列番号116)
設計したHVR−H2配列65:IGWINPNFGSTKYAQKFQGRV(配列番号117)
設計したHVR−H2配列66:IGWINPNFGSTNYAQKFQGRV(配列番号118)
設計したHVR−H2配列67:IGIINPNRGDTKYAQKFQGRV(配列番号119)
設計したHVR−H2配列68:IGIINPNRGDTNYAQKFQGRV(配列番号120)
設計したHVR−H2配列69:IGIINPNFGDTNYAQKFQGRV(配列番号121)
設計したHVR−H2配列70:IGWISPSGGGTKYAQKFQGRV(配列番号122)
設計したHVR−H2配列71:IGWISPSGGGTNYAQKFQGRV(配列番号123)
設計したHVR−H2配列72:IGWISPSSGGTKYAQKFQGRV(配列番号124)
設計したHVR−H2配列73:IGWISPSSGGTNYAQKFQGRV(配列番号125)
設計したHVR−H2配列74:IGWIYPSGGGTKYAQKFQGRV(配列番号126)
設計したHVR−H2配列75:IGWIYPSGGGTNYAQKFQGRV(配列番号127)
設計したHVR−H2配列76:IGWISPSGGSTNYAQKFQGRV(配列番号128)
設計したHVR−H2配列77:IGWISPSSGSTKYAQKFQGRV(配列番号129)
設計したHVR−H2配列78:IGWISPSSGSTNYAQKFQGRV(配列番号130)
設計したHVR−H2配列79:IGWISPSGGSTKYAQKFQGRV(配列番号131)
設計したHVR−H2配列80:IGIIYPSGGGTNYAQKFQGRV(配列番号132)
設計したHVR−H2配列81:IGIISPSGGGTKYAQKFQGRV(配列番号133)
設計したHVR−H2配列82:IGIISPSGGGTNYAQKFQGRV(配列番号134)
設計したHVR−H2配列83:IGIIYPSGGSTNYAQKFQGRV(配列番号135)
設計したHVR−H2配列84:VGRIKSKTDGYTTEYAAPVKGRF(配列番号136)
設計したHVR−H2配列85:VSAISGSGSTTYYADSVKGRF(配列番号159)
設計したHVR−H2配列86:VSSISGSGDTTYYADSVKGRF(配列番号160)
設計したHVR−H2配列87:VSSISGSGGSTYYADSVKGRF(配列番号161)
設計したHVR−H2配列88:VSSISGSGGTTYYADSVKGRF(配列番号162)
設計したHVR−H2配列89:VSSISGDGGSTYYADSVKGRF(配列番号163)
設計したHVR−H2配列90:VSSISGSGSTTYYADSVKGRF(配列番号164)
フレームワークFW−H1配列:EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASG(配列番号165)
フレームワークFW−H2配列:RQAPGKGLEW(配列番号166)
フレームワークFW−H3配列:TISSRDNSKNTLYLQLNSLRAEDTAVYYC(配列番号167)
フレームワークFW−H4配列:WGQGTLVTVSS(配列番号168)
ヒットID 4029−VH
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYSITSGYHWGWIRQAPGKGLEWVSYISGAGDTTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQLNSLRAEDTAVYYCARDYGDYYGFDYWGQGTLVTVSS(配列番号169)
ヒットID 4029−VL
DIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVDFYGISFLAWYQQKPGKAPKLLIYDASNLETGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYRTPFTFGQGTKVEIKR(配列番号170)
ヒットID 7097−VH
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYSISSGHHWDWIRQAPGKGLEWVSYISGAGDTTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQLNSLRAEDTAVYYCAREGSDAVLGDWFAYWGQGTLVTVSS(配列番号171)
ヒットID 7097−VL
DIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGISSYLAWYQQKPGKAPKLLIYDASNLETGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYYSTPLTFGQGTKVEIKR(配列番号172)
ヒットID 5906−VH
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYSISSGYHWNWIRQAPGKGLEWVSYISGDGDTTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQLNSLRAEDTAVYYCARDLGGYYGWGRYFDYWGQGTLVTVSS(配列番号173)
ヒットID 5906−VL
DIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSYLAWYQQKPGKAPKLLIYDASNLETGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPLTFGQGTKVEIKR(配列番号174)
ヒットID 7040−VH
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYSISSGYYWNWIRQAPGKGLEWIGWISPSGGSTNYAQKFQGRVTISRDNSKNTLYLQLNSLRAEDTAVYYCARDLTAGGFDYWGQGTLVTVSS(配列番号175)
ヒットID 7040−VL
DIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQGISSYLAWYQQKPGKAPKLLIYDASNLETGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYYSTPLTFGQGTKVEIKR(配列番号176)
ヒットID 5924−VH
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYSISSGYHWGWIRQAPGKGLEWIGIISPSSGSTKYAQKFQGRVTISRDNSKNTLYLQLNSLRAEDTAVYYCARGAGVHYALDYWGQGTLVTVSS(配列番号177)
ヒットID 5924−VL
DIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSYLAWYQQKPGKAPKLLIYDASNLETGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPLTFGQGTKVEIKR(配列番号178)
ヒットID 4034−VH
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYSISSGHYWNWIRQAPGKGLEWVSSISGYGSTTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQLNSLRAEDTAVYYCARERYYGSTDYAFDYWGQGTLVTVSS(配列番号179)
ヒットID 4034−VL
DIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCSASSRVSHVFWYQQKPGKAPKLLIYAASTLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYFCLQGTHFPWTFGQGTKVEIKR(配列番号180)
ヒットID 6010−VH
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYSISSGHYWNWIRQAPGKGLEWIGWINPNRGDTNYAQKFQGRVTISRDNSKNTLYLQLNSLRAEDTAVYYCARDYYGDFDYWGQGTLVTVSS(配列番号181)
ヒットID 6010−VL
DIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQKPGKAPKLLIYDASNLETGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQHHYGTPLTFGQGTKVEIKR(配列番号182)
ヒットID 7183−VH
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYSISSGHYWNWIRQAPGKGLEWVSSISGYGDTTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQLNSLRAEDTAVYYCAREGSDTVLGDWFAYWGQGTLVTVSS(配列番号183)
ヒットID 7183−VL
DIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQKPGKAPKLLIYDASNRATGIPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPPTFGQGTKVEIKR(配列番号184)
ヒットID 4036−VH
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFSLSTSGVGVGWIRQAPGKGLEWIGEIYHSGSTYYSPSLKSRVTISRDNSKNTLYLQLNSLRAEDTAVYYCARERYGSYYFDYWGQGTLVTVSS(配列番号185)
ヒットID 4036−VL
DIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVDFYGKSFLDWYQQKPGKAPKLLIYDASSLESGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYYRIPPTFGQGTKVEIKR(配列番号186)
ヒットID 5115−VH
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYSISSGHYWGWIRQAPGKGLEWIGEIYHSGSTYYSPSLKSRVTISRDNSKNTLYLQLNSLRAEDTAVYYCARESYYAFDYWGQGTLVTVSS(配列番号187)
ヒットID 5115−VL
DIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSYLAWYQQKPGKAPKLLIYAASTLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQYYTTPLTFGQGTKVEIKR(配列番号188)
ヒットID 5404−VH
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYSISSGYHWAWIRQAPGKGLEWIGEIYHSGSTYYSPSLKSRVTISR
DNSKNTLYLQLNSLRAEDTAVYYCARSPYYYGVFDYWGQGTLVTVSS(配列番号189)
ヒットID 5404−VL
DIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCSASSRVGSVYWYQQKPGKAPKLLIYDASNLETGVPSRFSGSGSGTDFTLT
ISSLQPEDFATYYCQQYTHDPVTFGQGTKVEIKR(配列番号190)
ヒットID 3757−VH
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFTDYGIHWVRQAPGKGLEWIGWISPSGGGTKYAQKFQGRVTISRDNSKNTLYLQLNSLRAEDTAVYYCARHSYYGVGDFDYWGQGTLVTVSS(配列番号191)
ヒットID 3757−VL
DIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSYLAWYQQKPGKAPKLLIYDASNLETGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPLTFGQGTKVEIKR(配列番号192)
ヒットID 5103−VH
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFTDYGIHWVRQAPGKGLEWIGWISPSGGGTKYAQKFQGRVTISRDNSKNTLYLQLNSLRAEDTAVYYCARHSYYGVGDFDYWGQGTLVTVSS(配列番号193)
ヒットID 5103−VL
DIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSVSSYLAWYQQKPGKAPKLLIYDASNLETGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSTPLTFGQGTKVEIKR(配列番号194)
ヒットID 4027−VH
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGYSITSGHHWNWIRQAPGKGLEWIGWISPSSGGTKYAQKFQGRVTISRDNSKNTLYLQLNSLRAEDTAVYYCARGFDGFHYWGQGTLVTVSS(配列番号195)
ヒットID 4027−VL
DIQLTQSPSSLSASVGDRVTITCRASESVDFYGISFLPWYQQKPGKAPKLLIYDASNRATGIPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSYSWPWTFGQGTKVEIKR(配列番号196)
図1B中のVH
EVQLVESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFTSYGIHWVRQAPGKGLEWVSGISGAGDTTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQLNSLRAEDTAVYYCARERDYDFDYWGQGTLVTVSS(配列番号197)
式(I)
X1TFX2X3YX4IHWV(式中、X1はFまたはYであり、X2はSまたはTであり、X3はD、G、N、またはSであり、X4はA、G、またはWである)(配列番号198)
式(II)
YSIX1SGX2X3WX4WI(式中、X1はSまたはTであり、X2はHまたはYであり、X3はHまたはYであり、X4はA、D、G、N、S、またはTである)(配列番号199)
式(III)
FSLSTX1GVX2VX3WI(式中、X1はGまたはSであり、X2はAまたはGであり、X3はA、G、S、またはTである)(配列番号200)
式(IV)
LAX1IX2WX3X4DKX5YSX6SLKSRL(式中、X1はLまたはRであり、X2はDまたはYであり、X3はA、D、S、またはYであり、X4はDまたはGであり、X5はR、S、またはYであり、X6はPまたはTである)(配列番号201)
式(V)
IGX1IX2X3SGSTYYSPSLKSRV(式中、X1はA、D、E、S、またはYであり、X2はSまたはYであり、X3はHまたはYである)(配列番号202)
式(VI)
IGX1IYX2SGX3TX4YNPSLKSRV(式中、X1はD、E、R、S、またはYであり、X2はHまたはYであり、X3はNまたはSであり、X4はNまたはYである)(配列番号203)
式(VII)
VSX1ISGX2GX3X4TYYADSVKGRF(式中、X1はA、G、S、V、またはYであり、X2はA、D、S、またはYであり、X3はD、G、またはSであり、X4はSまたはTである)(配列番号204)
式(VIII)
IGX1INPNX2GX3TX4YAQKFQGRV(式中、X1はI、R、またはWであり、X2はFまたはRであり、X3はD、G、またはSであり、X4はKまたはNである)(配列番号205)
式(IX)
IGX1IX2PSX3GX4TX5YAQKFQGRV(式中、X1はI、R、またはWであり、X2はSまたはYであり、X3はGまたはSであり、X4はD、G、またはSであり、X5はKまたはNである)(配列番号206)
式(X)
VGRIX1SKX2X3GX4TTX5YAAX6VKGRF(式中、X1はKまたはRであり、X2はAまたはTであり、X3はDまたはYであり、X4はGまたはYであり、X5はDまたはEであり、X6はPまたはSである)(配列番号207)
式(XI)
IGX1IX2X3SGSTYYSPSLKSRV(式中、X1はA、D、またはEであり、X2はSまたはYであり、X3はHまたはYである)(配列番号208)
式(XII)
IGX1IYX2SGX3TX4YNPSLKSRV(式中、X1はD、E、またはSであり、X2はHまたはYであり、X3はNまたはSであり、X4はNまたはYである)(配列番号209)
式(XIII)
VGRIX1SKX2X3GX4TTEYAAX5VKGRF(式中、X1はKまたはRであり、X2はAまたはTであり、X3はDまたはYであり、X4はGまたはYであり、X5はPまたはSである)(配列番号210)
プライマーF_1999
CGTTTGTCCTGTGCAGCTTCCGG(配列番号211)
プライマーR_1999
CGAGGCCCTTACCCGGGGCCTGACG(配列番号212)
プライマーF_2003
CCGGGTAAGGGCCTCGAGTGG(配列番号213)
プライマーR_2003
GAGCACGTCCGTTCGAATTGTCGCGACTTATAG(配列番号214)
プライマーS1089
ACAACTGAACAGCTTAAGAGCTGAGGACACTGCCGTCTATTATTG(配列番号215)
プライマーS1090
GAGGAGACGGTGACTAGTGTTCCTTGACCCCA(配列番号216)
プライマーF_2898
TACTTATGTAGGCGATCGGGTCACCATCACCTGC(配列番号217)
プライマーR_2898
CGGAGCTTTTCCTGGTTTCTGTTGATAC(配列番号218)
プライマーF_2013
GAAACCAGGAAAAGCTCCGAAG(配列番号219)
プライマーR_2013
CGTCCCGGAACCGGATCCAGAGAAGCGAG(配列番号220)
プライマーF2929
ACCATCAGCAGTCTGCAGCCGGAAGACTTCGCAAC(配列番号221)
プライマーR2929
GATCTCCACCTTGGTACCCTGTCCGAA(配列番号222)
HVR−H3配列1:ARDLGGYYGWGRYFDY(配列番号223)
HVR−H3配列2:ARDLTAGGFDY(配列番号224)
HVR−H3配列3:ARDPGVGGFDV(配列番号225)
HVR−H3配列4:ARDPGYTWYFDV(配列番号226)
HVR−H3配列5:ARDYGDYYGFDY(配列番号227)
HVR−H3配列6:ARDYGYTWYFDV(配列番号228)
HVR−H3配列7:ARDYYGDFDY(配列番号229)
HVR−H3配列8:AREGSDAVLGDWFAY(配列番号230)
HVR−H3配列9:AREGSDTVLGDWFAY(配列番号231)
HVR−H3配列10:ARERYGSYYFDY(配列番号232)
HVR−H3配列11:ARERYYGSTDYAFDY(配列番号233)
HVR−H3配列12:ARESYYAFDY(配列番号234)
HVR−H3配列13:ARGAGVHYALDY(配列番号235)
HVR−H3配列14:ARGFDGFHY(配列番号236)
HVR−H3配列15:ARGFYGGALDV(配列番号237)
HVR−H3配列16:ARGGGGYYFDV(配列番号238)
HVR−H3配列17:ARGGGLGFDY(配列番号239)
HVR−H3配列18:ARGGLGPFDI(配列番号240)
HVR−H3配列19:ARGGSDTVIGDWFAY(配列番号241)
HVR−H3配列20:ARGGVGPFDI(配列番号242)
HVR−H3配列21:ARGGYGGYLDV(配列番号243)
HVR−H3配列22:ARGLSSGYFDY(配列番号244)
HVR−H3配列23:ARGSWYFDV(配列番号245)
HVR−H3配列24:ARGTRGLDY(配列番号246)
HVR−H3配列25:ARGYSDYFDY(配列番号247)
HVR−H3配列26:ARGYYYGRAFDY(配列番号248)
HVR−H3配列27:ARHSYYGVGDFDY(配列番号249)
HVR−H3配列28:ARLFEGFPY(配列番号250)
HVR−H3配列29:ARLYDYFAY(配列番号251)
HVR−H3配列30:ARSGYYALDY(配列番号252)
HVR−H3配列31:ARSPYYYGVFDY(配列番号253)
HVR−H3配列32:ARSYVYFDY(配列番号254)
HVR−H3配列33:ARDGLGLRGVYYYYYGLDV(配列番号255)
HVR−H3配列34:ARVGESGGIESPYYYYGLDV(配列番号256)
HVR−L1配列1:RASESVDFYGISFLP(配列番号257)
HVR−L1配列2:RASQSVDFYGISFLA(配列番号258)
HVR−L1配列3:RASQSVDFYGKSFLD(配列番号259)
HVR−L1配列4:SASSRVGSVY(配列番号260)
HVR−L1配列5:SASSRVSHVF(配列番号261)
HVR−L1配列6:RASQGISSYLA(配列番号262)
HVR−L1配列7:RASQSVSSYLA(配列番号263)
HVR−L1配列8:RASQSISSYLN(配列番号264)
HVR−L3配列1:FCLQGTHFPWT(配列番号265)
HVR−L3配列2:YCQQSYRTPFT(配列番号266)
HVR−L3配列3:YCQQSYSWPWT(配列番号267)
HVR−L3配列4:YCQQYTHDPVT(配列番号268)
HVR−L3配列5:YCQQYYRIPPT(配列番号269)
HVR−L3配列6:YCQHHYGTPLT(配列番号270)
HVR−L3配列7:YCQQSYSTPLT(配列番号271)
HVR−L3配列8:YCQQSYSTPPT(配列番号272)
HVR−L3配列9:YCQQYYSTPLT(配列番号273)
HVR−L3配列10:YCQQYYTTPLT(配列番号274)
Claims (80)
- ポリヌクレオチドを含むライブラリーであって、前記ポリヌクレオチドのうちの1つは、HVR−H1、HVR−H2及びHVR−H3を含む抗体重鎖可変領域をコードし、
前記HVR−H1は、
(式I)X1TFX2X3YX4IHWV(配列番号198)(式中、X1はFまたはYであり、X2はSまたはTであり、X3はD、G、N、またはSであり、X4はA、G、またはWである);
(式II)YSIX1SGX2X3WX4WI(配列番号199)(式中、X1はSまたはTであり、X2はHまたはYであり、X3はHまたはYであり、X4はA、D、G、N、S、またはTである);及び
(式III)FSLSTX1GVX2VX3WI(配列番号200)(式中、X1はGまたはSであり、X2はAまたはGであり、X3はA、G、S、またはTである)
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、
前記HVR−H2は、
(式IV)LAX1IX2WX3X4DKX5YSX6SLKSRL(配列番号201)(式中、X1はLまたはRであり、X2はDまたはYであり、X3はA、D、S、またはYであり、X4はDまたはGであり、X5はR、S、またはYであり、X6はPまたはTである);
(式V)IGX1IX2X3SGSTYYSPSLKSRV(配列番号202)(式中、X1はA、D、E、S、またはYであり、X2はSまたはYであり、X3はHまたはYである);
(式VI)IGX1IYX2SGX3TX4YNPSLKSRV(配列番号203)(式中、X1はD、E、R、S、またはYであり、X2はHまたはYであり、X3はNまたはSであり、X4はNまたはYである);
(式VII)VSX1ISGX2GX3X4TYYADSVKGRF(配列番号204)(式中、X1はA、G、S、V、またはYであり、X2はA、D、S、またはYであり、X3はD、G、またはSであり、X4はSまたはTである);
(式VIII)IGX1INPNX2GX3TX4YAQKFQGRV(配列番号205)(式中、X1はI、R、またはWであり、X2はFまたはRであり、X3はD、G、またはSであり、X4はKまたはNである);
(式IX)IGX1IX2PSX3GX4TX5YAQKFQGRV(配列番号206)(式中、X1はI、R、またはWであり、X2はSまたはYであり、X3はGまたはSであり、X4はD、G、またはSであり、X5はKまたはNである);及び
(式X)VGRIX1SKX2X3GX4TTX5YAAX6VKGRF(配列番号207)(式中、X1はKまたはRであり、X2はAまたはTであり、X3はDまたはYであり、X4はGまたはYであり、X5はDまたはEであり、X6はPまたはSである)
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む、
前記ライブラリー。 - 前記ポリヌクレオチドの少なくとも2つ、少なくとも3つ、少なくとも4つ、少なくとも5つまたは少なくとも10が、HVR−H1、HVR−H2及びHVR−H3を含む重鎖可変領域をコードし、
前記HVR−H1は、
(式I)X1TFX2X3YX4IHWV(配列番号198)(式中、X1はFまたはYであり、X2はSまたはTであり、X3はD、G、N、またはSであり、X4はA、G、またはWである);
(式II)YSIX1SGX2X3WX4WI(配列番号199)(式中、X1はSまたはTであり、X2はHまたはYであり、X3はHまたはYであり、X4はA、D、G、N、S、またはTである);及び
(式III)FSLSTX1GVX2VX3WI(配列番号200)(式中、X1はGまたはSであり、X2はAまたはGであり、X3はA、G、S、またはTである)
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、
前記HVR−H2は、
(式IV)LAX1IX2WX3X4DKX5YSX6SLKSRL(配列番号201)(式中、X1はLまたはRであり、X2はDまたはYであり、X3はA、D、S、またはYであり、X4はDまたはGであり、X5はR、S、またはYであり、X6はPまたはTである);
(式V)IGX1IX2X3SGSTYYSPSLKSRV(配列番号202)(式中、X1はA、D、E、S、またはYであり、X2はSまたはYであり、X3はHまたはYである);
(式VI)IGX1IYX2SGX3TX4YNPSLKSRV(配列番号203)(式中、X1はD、E、R、S、またはYであり、X2はHまたはYであり、X3はNまたはSであり、X4はNまたはYである);
(式VII)VSX1ISGX2GX3X4TYYADSVKGRF(配列番号204)(式中、X1はA、G、S、V、またはYであり、X2はA、D、S、またはYであり、X3はD、G、またはSであり、X4はSまたはTである);
(式VIII)IGX1INPNX2GX3TX4YAQKFQGRV(配列番号205)(式中、X1はI、R、またはWであり、X2はFまたはRであり、X3はD、G、またはSであり、X4はKまたはNである);
(式IX)IGX1IX2PSX3GX4TX5YAQKFQGRV(配列番号206)(式中、X1はI、R、またはWであり、X2はSまたはYであり、X3はGまたはSであり、X4はD、G、またはSであり、X5はKまたはNである);及び
(式X)VGRIX1SKX2X3GX4TTX5YAAX6VKGRF(配列番号207)(式中、X1はKまたはRであり、X2はAまたはTであり、X3はDまたはYであり、X4はGまたはYであり、X5はDまたはEであり、X6はPまたはSである)
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む、
請求項1に記載のライブラリー。 - 前記HVR−H2が、
(式XI)IGX1IX2X3SGSTYYSPSLKSRV(配列番号208)(式中、X1はA、D、またはEであり、X2はSまたはYであり、X3はHまたはYである);
(式XII)IGX1IYX2SGX3TX4YNPSLKSRV(配列番号209)(式中、X1はD、E、またはSであり、X2はHまたはYであり、X3はNまたはSであり、X4はNまたはYである);及び
(式XIII)VGRIX1SKX2X3GX4TTEYAAX5VKGRF(配列番号210)(式中、X1はKまたはRであり、X2はAまたはTであり、X3はDまたはYであり、X4はGまたはYであり、X5はPまたはSである)
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む、
請求項1または2に記載のライブラリー。 - 前記ポリヌクレオチドのそれぞれが、HVR−H1、HVR−H2及びHVR−H3を含む重鎖をコードし、前記HVR−H1は、配列番号1〜52及び137〜158からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1〜3のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 前記ポリヌクレオチドのそれぞれが、HVR−H1、HVR−H2及びHVR−H3を含む重鎖をコードし、前記HVR−H1は、配列番号1〜52からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1〜4のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 前記ポリヌクレオチドのそれぞれが、HVR−H1、HVR−H2及びHVR−H3を含む重鎖をコードし、前記HVR−H2は、配列番号53〜136及び159〜164からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1〜5のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 前記ポリヌクレオチドのそれぞれが、HVR−H1、HVR−H2及びHVR−H3を含む重鎖をコードし、前記HVR−H2は、配列番号53〜136からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1〜6のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 前記ポリヌクレオチドが、約6.5*104未満のHVR−H1配列とHVR−H2配列のユニークな組み合わせを含む、請求項1〜7のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 前記ポリヌクレオチドが、約6700未満のHVR−H1配列とHVR−H2配列のユニークな組み合わせを含む、請求項8に記載のライブラリー。
- 前記ポリヌクレオチドが、約6660以下のHVR−H1配列とHVR−H2配列のユニークな組み合わせを含む、請求項9に記載のライブラリー。
- 前記重鎖可変領域が、配列番号1〜52及び137〜158からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むHVR−H1を含み、前記抗体のHVR−H2が、配列番号53〜136及び159〜164からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1〜10のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 前記重鎖可変領域が、配列番号1〜52からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むHVR−H1を含み、前記抗体のHVR−H2が、配列番号53〜136からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項1〜11のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 前記重鎖可変領域が、HVR−H1、HVR−H2、及びHVR−H3の3つを含み、前記HVR−H1及びHVR−H2は、式(II)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(IX)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(II)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(VII)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(I)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(VII)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(I)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(IX)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(II)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(IV)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(II)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(V)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(II)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(VI)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(I)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(VI)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(III)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(VI)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(III)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(VII)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(II)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(VIII)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(I)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(V)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(III)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(V)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;ならびに式(I)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(VIII)のアミノ酸配列を含むHVR−H2からなる群から選択される、請求項1に記載のライブラリー。
- 前記重鎖可変領域が、HVR−H1、HVR−H2、及びHVR−H3の3つを含み、前記HVR−H1及びHVR−H2は、配列番号157のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号63のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号1のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号122のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号138のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号63のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号154のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号63のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号158のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号161のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号158のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号63のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号145のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号128のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号22のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号61のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号31のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号63のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号153のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号63のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号155のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号67のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号156のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号100のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号51のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号162のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号138のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号123のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号139のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号110のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号8のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号126のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号13のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号129のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号31のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号124のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号25のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号130のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号150のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号132のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号158のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号162のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号12のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号82のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号149のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号117のアミノ酸配列を含むHVR−H2;ならびに配列番号7のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号134のアミノ酸配列を含むHVR−H2からなる群から選択される、請求項1に記載のライブラリー。
- 前記重鎖可変領域が、配列番号223〜256からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むHVR−H3を含む、請求項1〜14のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 前記重鎖可変領域が、配列番号165のアミノ酸配列を含むFW−H1、配列番号166のアミノ酸配列を含むFW−H2、配列番号167のアミノ酸配列を含むFW−H3、及び/または配列番号168のアミノ酸配列を含むFW−H4を含む、請求項1〜15のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 前記重鎖可変領域が、配列番号169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、及び195からなる群から選択される配列を含む、請求項1に記載のライブラリー。
- 前記ポリヌクレオチドが、全長抗体重鎖をコードする、請求項1〜17のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 抗体軽鎖可変領域をコードするポリヌクレオチドを更に含む、請求項1〜18のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 前記抗体軽鎖可変領域が、HVR−L1、HVR−L2及びHVR−L3を含み、前記HVR−L1は、配列番号257〜264からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、及び/または前記HVR−L3は、配列番号265〜274からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項19に記載のライブラリー。
- 抗体軽鎖可変領域をコードする前記ポリヌクレオチドが、少なくとも1つのユニーク配列を含む、請求項19または20に記載のライブラリー。
- 抗体軽鎖可変領域をコードする前記ポリヌクレオチドが、少なくとも約280のユニーク配列を含む、請求項19〜21のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 抗体軽鎖可変領域をコードする前記ポリヌクレオチドが、少なくとも約105のユニーク配列を含む、請求項19〜22のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 複数のユニーク抗体をコードするポリヌクレオチドを含む、ライブラリーであって、各抗体は、重鎖可変領域及び軽鎖可変領域を含み、前記複数の各抗体の前記重鎖可変領域は、同一の配列を含み、HVR−H1、HVR−H2及びHVR−H3を含み、前記HVR−H1は、
(式I)X1TFX2X3YX4IHWV(配列番号198)(式中、X1はFまたはYであり、X2はSまたはTであり、X3はD、G、N、またはSであり、X4はA、G、またはWである);
(式II)YSIX1SGX2X3WX4WI(配列番号199)(式中、X1はSまたはTであり、X2はHまたはYであり、X3はHまたはYであり、X4はA、D、G、N、S、またはTである);及び
(式III)FSLSTX1GVX2VX3WI(配列番号200)(式中、X1はGまたはSであり、X2はAまたはGであり、X3はA、G、S、またはTである)
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、
前記HVR−H2は、
(式IV)LAX1IX2WX3X4DKX5YSX6SLKSRL(配列番号201)(式中、X1はLまたはRであり、X2はDまたはYであり、X3はA、D、S、またはYであり、X4はDまたはGであり、X5はR、S、またはYであり、X6はPまたはTである);
(式V)IGX1IX2X3SGSTYYSPSLKSRV(配列番号202)(式中、X1はA、D、E、S、またはYであり、X2はSまたはYであり、X3はHまたはYである);
(式VI)IGX1IYX2SGX3TX4YNPSLKSRV(配列番号203)(式中、X1はD、E、R、S、またはYであり、X2はHまたはYであり、X3はNまたはSであり、X4はNまたはYである);
(式VII)VSX1ISGX2GX3X4TYYADSVKGRF(配列番号204)(式中、X1はA、G、S、V、またはYであり、X2はA、D、S、またはYであり、X3はD、G、またはSであり、X4はSまたはTである);
(式VIII)IGX1INPNX2GX3TX4YAQKFQGRV(配列番号205)(式中、X1はI、R、またはWであり、X2はFまたはRであり、X3はD、G、またはSであり、X4はKまたはNである);
(式IX)IGX1IX2PSX3GX4TX5YAQKFQGRV(配列番号206)(式中、X1はI、R、またはWであり、X2はSまたはYであり、X3はGまたはSであり、X4はD、G、またはSであり、X5はKまたはNである);及び
(式X)VGRIX1SKX2X3GX4TTX5YAAX6VKGRF(配列番号207)(式中、X1はKまたはRであり、X2はAまたはTであり、X3はDまたはYであり、X4はGまたはYであり、X5はDまたはEであり、X6はPまたはSである)
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む、
前記ライブラリー。 - 前記HVR−H2が、
(式XI)IGX1IX2X3SGSTYYSPSLKSRV(配列番号208)(式中、X1はA、D、またはEであり、X2はSまたはYであり、X3はHまたはYである);
(式XII)IGX1IYX2SGX3TX4YNPSLKSRV(配列番号209)(式中、X1はD、E、またはSであり、X2はHまたはYであり、X3はNまたはSであり、X4はNまたはYである);及び
(式XIII)VGRIX1SKX2X3GX4TTEYAAX5VKGRF(配列番号210)(式中、X1はKまたはRであり、X2はAまたはTであり、X3はDまたはYであり、X4はGまたはYであり、X5はPまたはSである)
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む、
請求項24に記載のライブラリー。 - 前記重鎖可変領域が、配列番号1〜52及び137〜158からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むHVR−H1を含む、請求項24または25に記載のライブラリー。
- 前記重鎖可変領域が、配列番号1〜52からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むHVR−H1を含む、請求項24〜26のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 前記重鎖可変領域が、配列番号53〜136及び159〜164からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むHVR−H2を含む、請求項24〜27のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 前記重鎖可変領域が、配列番号53〜136からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むHVR−H2を含む、請求項24〜28のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 前記重鎖可変領域が、配列番号1〜52及び137〜158からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むHVR−H1と、配列番号53〜136及び159〜164からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むHVR−H2と、を含む、請求項24〜29のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 前記重鎖可変領域が、配列番号1〜52からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むHVR−H1を含み、前記抗体のHVR−H2が、配列番号53〜136からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項24〜30のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 前記重鎖可変領域が、HVR−H1、HVR−H2、及びHVR−H3の3つを含み、前記HVR−H1及びHVR−H2は、式(II)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(IX)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(II)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(VII)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(I)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(VII)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(I)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(IX)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(II)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(IV)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(II)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(V)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(II)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(VI)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(I)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(VI)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(III)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(VI)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(III)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(VII)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(II)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(VIII)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(I)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(V)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(III)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(V)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;ならびに式(I)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(VIII)のアミノ酸配列を含むHVR−H2からなる群から選択される、請求項24に記載のライブラリー。
- 前記重鎖可変領域が、HVR−H1、HVR−H2、及びHVR−H3の3つを含み、前記HVR−H1及びHVR−H2は、配列番号157のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号63のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号1のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号122のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号138のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号63のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号154のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号63のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号158のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号161のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号158のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号63のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号145のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号128のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号22のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号61のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号31のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号63のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号153のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号63のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号155のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号67のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号156のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号100のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号51のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号162のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号138のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号123のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号139のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号110のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号8のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号126のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号13のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号129のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号31のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号124のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号25のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号130のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号150のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号132のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号158のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号162のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号12のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号82のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号149のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号117のアミノ酸配列を含むHVR−H2;ならびに配列番号7のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号134のアミノ酸配列を含むHVR−H2からなる群から選択される、請求項24に記載のライブラリー。
- 前記重鎖可変領域が、配列番号223〜256からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むHVR−H3を含む、請求項24〜33のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 前記重鎖可変領域が、配列番号165のアミノ酸配列を含むFW−H1、配列番号166のアミノ酸配列を含むFW−H2、配列番号167のアミノ酸配列を含むFW−H3、及び/または配列番号168のアミノ酸配列を含むFW−H4を含む、請求項24〜34のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 前記重鎖可変領域が、配列番号配列番号169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、及び195からなる群から選択される配列を含む、請求項24に記載のライブラリー。
- 前記軽鎖可変領域が、HVR−L1、HVR−L2及びHVR−L3を含み、前記HVR−L1は、配列番号257〜264からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、及び/または前記HVR−L3は、配列番号265〜274からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項24〜36のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 前記ライブラリー中の前記抗体の前記軽鎖可変領域が、少なくとも1つのユニーク配列を有する、請求項24〜37のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 前記ライブラリー中の前記抗体の前記軽鎖可変領域が、少なくとも約280のユニーク配列を有する、請求項24〜38のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 前記ライブラリー中の前記抗体の前記軽鎖可変領域が、少なくとも約105のユニーク配列を有する、請求項24〜39のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 前記抗体重鎖可変領域の前記HVR−H1及びHVR−H2のうちの少なくとも1つが、構造決定及び/またはコンピューターモデリングによって評価されたとき、複数の立体構造を取る、請求項1〜40のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 前記抗体重鎖可変領域をコードする前記ポリヌクレオチドのうちの少なくとも1つがベクター中にある、請求項1〜41のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 前記ベクターが、発現ベクターである、請求項42に記載のライブラリー。
- 前記ベクターが、ディスプレイベクターである、請求項42に記載のライブラリー。
- 前記抗体重鎖可変領域をコードする前記ポリヌクレオチドのうちの少なくとも1つが細胞中にある、請求項1〜44のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 前記細胞が、細菌、酵母、または哺乳類の細胞である、請求項45に記載のライブラリー。
- ポリヌクレオチドを含む非ヒト動物であって、前記ポリヌクレオチドのうちの1つは、HVR−H1、HVR−H2及びHVR−H3を含む抗体重鎖可変領域をコードし、
前記HVR−H1は、
(式I)X1TFX2X3YX4IHWV(配列番号198)(式中、X1はFまたはYであり、X2はSまたはTであり、X3はD、G、N、またはSであり、X4はA、G、またはWである);
(式II)YSIX1SGX2X3WX4WI(配列番号199)(式中、X1はSまたはTであり、X2はHまたはYであり、X3はHまたはYであり、X4はA、D、G、N、S、またはTである);及び
(式III)FSLSTX1GVX2VX3WI(配列番号200)(式中、X1はGまたはSであり、X2はAまたはGであり、X3はA、G、S、またはTである)
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、
前記HVR−H2は、
(式IV)LAX1IX2WX3X4DKX5YSX6SLKSRL(配列番号201)(式中、X1はLまたはRであり、X2はDまたはYであり、X3はA、D、S、またはYであり、X4はDまたはGであり、X5はR、S、またはYであり、X6はPまたはTである);
(式V)IGX1IX2X3SGSTYYSPSLKSRV(配列番号202)(式中、X1はA、D、E、S、またはYであり、X2はSまたはYであり、X3はHまたはYである);
(式VI)IGX1IYX2SGX3TX4YNPSLKSRV(配列番号203)(式中、X1はD、E、R、S、またはYであり、X2はHまたはYであり、X3はNまたはSであり、X4はNまたはYである);
(式VII)VSX1ISGX2GX3X4TYYADSVKGRF(配列番号204)(式中、X1はA、G、S、V、またはYであり、X2はA、D、S、またはYであり、X3はD、G、またはSであり、X4はSまたはTである);
(式VIII)IGX1INPNX2GX3TX4YAQKFQGRV(配列番号205)(式中、X1はI、R、またはWであり、X2はFまたはRであり、X3はD、G、またはSであり、X4はKまたはNである);
(式IX)IGX1IX2PSX3GX4TX5YAQKFQGRV(配列番号206)(式中、X1はI、R、またはWであり、X2はSまたはYであり、X3はGまたはSであり、X4はD、G、またはSであり、X5はKまたはNである);及び
(式X)VGRIX1SKX2X3GX4TTX5YAAX6VKGRF(配列番号207)(式中、X1はKまたはRであり、X2はAまたはTであり、X3はDまたはYであり、X4はGまたはYであり、X5はDまたはEであり、X6はPまたはSである)
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む、
前記非ヒト動物。 - 前記非ヒト動物が、哺乳類である、請求項47に記載の非ヒト動物。
- 表面上に提示された少なくとも1つのポリペプチドを含むファージであって、前記少なくとも1つのポリペプチドは、HVR−H1、HVR−H2及びHVR−H3を含む抗体重鎖可変領域を含む抗原結合ドメインを含み、前記HVR−H1は、
(式I)X1TFX2X3YX4IHWV(配列番号198)(式中、X1はFまたはYであり、X2はSまたはTであり、X3はD、G、N、またはSであり、X4はA、G、またはWである);
(式II)YSIX1SGX2X3WX4WI(配列番号199)(式中、X1はSまたはTであり、X2はHまたはYであり、X3はHまたはYであり、X4はA、D、G、N、S、またはTである);及び
(式III)FSLSTX1GVX2VX3WI(配列番号200)(式中、X1はGまたはSであり、X2はAまたはGであり、X3はA、G、S、またはTである)
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、
前記HVR−H2は、
(式IV)LAX1IX2WX3X4DKX5YSX6SLKSRL(配列番号201)(式中、X1はLまたはRであり、X2はDまたはYであり、X3はA、D、S、またはYであり、X4はDまたはGであり、X5はR、S、またはYであり、X6はPまたはTである);
(式V)IGX1IX2X3SGSTYYSPSLKSRV(配列番号202)(式中、X1はA、D、E、S、またはYであり、X2はSまたはYであり、X3はHまたはYである);
(式VI)IGX1IYX2SGX3TX4YNPSLKSRV(配列番号203)(式中、X1はD、E、R、S、またはYであり、X2はHまたはYであり、X3はNまたはSであり、X4はNまたはYである);
(式VII)VSX1ISGX2GX3X4TYYADSVKGRF(配列番号204)(式中、X1はA、G、S、V、またはYであり、X2はA、D、S、またはYであり、X3はD、G、またはSであり、X4はSまたはTである);
(式VIII)IGX1INPNX2GX3TX4YAQKFQGRV(配列番号205)(式中、X1はI、R、またはWであり、X2はFまたはRであり、X3はD、G、またはSであり、X4はKまたはNである);
(式IX)IGX1IX2PSX3GX4TX5YAQKFQGRV(配列番号206)(式中、X1はI、R、またはWであり、X2はSまたはYであり、X3はGまたはSであり、X4はD、G、またはSであり、X5はKまたはNである);及び
(式X)VGRIX1SKX2X3GX4TTX5YAAX6VKGRF(配列番号207)(式中、X1はKまたはRであり、X2はAまたはTであり、X3はDまたはYであり、X4はGまたはYであり、X5はDまたはEであり、X6はPまたはSである)
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む、
前記ファージ。 - HVR−H1、HVR−H2及びHVR−H3を含む重鎖可変領域を含む抗体重鎖であって、前記HVR−H1は、
(式I)X1TFX2X3YX4IHWV(配列番号198)(式中、X1はFまたはYであり、X2はSまたはTであり、X3はD、G、N、またはSであり、X4はA、G、またはWである);
(式II)YSIX1SGX2X3WX4WI(配列番号199)(式中、X1はSまたはTであり、X2はHまたはYであり、X3はHまたはYであり、X4はA、D、G、N、S、またはTである);及び
(式III)FSLSTX1GVX2VX3WI(配列番号200)(式中、X1はGまたはSであり、X2はAまたはGであり、X3はA、G、S、またはTである)
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、
前記HVR−H2は、
(式IV)LAX1IX2WX3X4DKX5YSX6SLKSRL(配列番号201)(式中、X1はLまたはRであり、X2はDまたはYであり、X3はA、D、S、またはYであり、X4はDまたはGであり、X5はR、S、またはYであり、X6はPまたはTである);
(式V)IGX1IX2X3SGSTYYSPSLKSRV(配列番号202)(式中、X1はA、D、E、S、またはYであり、X2はSまたはYであり、X3はHまたはYである);
(式VI)IGX1IYX2SGX3TX4YNPSLKSRV(配列番号203)(式中、X1はD、E、R、S、またはYであり、X2はHまたはYであり、X3はNまたはSであり、X4はNまたはYである);
(式VII)VSX1ISGX2GX3X4TYYADSVKGRF(配列番号204)(式中、X1はA、G、S、V、またはYであり、X2はA、D、S、またはYであり、X3はD、G、またはSであり、X4はSまたはTである);
(式VIII)IGX1INPNX2GX3TX4YAQKFQGRV(配列番号205)(式中、X1はI、R、またはWであり、X2はFまたはRであり、X3はD、G、またはSであり、X4はKまたはNである);
(式IX)IGX1IX2PSX3GX4TX5YAQKFQGRV(配列番号206)(式中、X1はI、R、またはWであり、X2はSまたはYであり、X3はGまたはSであり、X4はD、G、またはSであり、X5はKまたはNである);及び
(式X)VGRIX1SKX2X3GX4TTX5YAAX6VKGRF(配列番号207)(式中、X1はKまたはRであり、X2はAまたはTであり、X3はDまたはYであり、X4はGまたはYであり、X5はDまたはEであり、X6はPまたはSである)
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む、
前記抗体重鎖。 - 前記重鎖可変領域が、配列番号1〜52及び137〜158からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むHVR−H1を含む、請求項50に記載の抗体重鎖。
- 前記重鎖可変領域が、配列番号1〜52からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むHVR−H1を含む、請求項50または51に記載の抗体重鎖。
- 前記重鎖可変領域が、配列番号53〜136及び159〜164からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むHVR−H2を含む、請求項50〜52のいずれか1項に記載の抗体重鎖。
- 前記重鎖可変領域が、配列番号53〜136からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むHVR−H2を含む、請求項50〜53のいずれか1項に記載の抗体重鎖。
- 前記重鎖可変領域が、配列番号1〜52及び137〜158からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むHVR−H1と、配列番号53〜136及び159〜164からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む抗体のHVR−H2と、を含む、請求項50〜54のいずれか1項に記載の抗体重鎖。
- 前記重鎖可変領域が、配列番号1〜52からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むHVR−H1と、配列番号53〜136からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む抗体のHVR−H2と、を含む、請求項50〜55のいずれか1項に記載の抗体重鎖。
- 前記重鎖可変領域が、HVR−H1、HVR−H2、及びHVR−H3の3つを含み、前記HVR−H1及びHVR−H2は、式(II)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(IX)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(II)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(VII)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(I)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(VII)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(I)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(IX)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(II)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(IV)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(II)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(V)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(II)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(VI)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(I)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(VI)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(III)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(VI)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(III)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(VII)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(II)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(VIII)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(I)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(V)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;式(III)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(V)のアミノ酸配列を含むHVR−H2;ならびに式(I)のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び式(VIII)のアミノ酸配列を含むHVR−H2からなる群から選択される、
請求項50に記載の抗体重鎖。 - 前記重鎖可変領域が、HVR−H1、HVR−H2、及びHVR−H3の3つを含み、前記HVR−H1及びHVR−H2は、配列番号157のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号63のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号1のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号122のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号138のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号63のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号154のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号63のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号158のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号161のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号158のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号63のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号145のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号128のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号22のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号61のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号31のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号63のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号153のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号63のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号155のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号67のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号156のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号100のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号51のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号162のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号138のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号123のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号139のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号110のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号8のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号126のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号13のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号129のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号31のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号124のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号25のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号130のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号150のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号132のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号158のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号162のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号12のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号82のアミノ酸配列を含むHVR−H2;配列番号149のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号117のアミノ酸配列を含むHVR−H2;ならびに配列番号7のアミノ酸配列を含むHVR−H1及び配列番号134のアミノ酸配列を含むHVR−H2からなる群から選択される、請求項50に記載の抗体重鎖。
- 前記重鎖可変領域が、配列番号223〜256からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むHVR−H3を含む、請求項50〜58のいずれか1項に記載の抗体重鎖。
- 前記重鎖可変領域が、配列番号165のアミノ酸配列を含むFW−H1、配列番号166のアミノ酸配列を含むFW−H2、配列番号167のアミノ酸配列を含むFW−H3、及び/または配列番号168のアミノ酸配列を含むFW−H4を含む、請求項50〜59のいずれか1項に記載の抗体重鎖。
- 前記重鎖可変領域が、配列番号169、171、173、175、177、179、181、183、185、187、189、191、193、及び195からなる群から選択される配列を含む、請求項50に記載の抗体重鎖。
- 重鎖及び軽鎖を含む抗体であって、前記重鎖が、請求項50〜61のいずれか1項に記載の重鎖である、前記抗体。
- 約10−7〜約10−11Mの平衡解離定数(Kd)で、少なくとも1つの標的に結合する、請求項62に記載の抗体。
- 前記抗体が、約60℃〜約90℃の溶解温度(Tm)を有する、請求項62または63に記載の抗体。
- 抗原結合ドメインを含むライブラリーであって、前記抗原結合ドメインのうちの1つは、HVR−H1、HVR−H2及びHVR−H3を含む抗体重鎖可変領域を含み、前記HVR−H1は、
(式I)X1TFX2X3YX4IHWV(配列番号198)(式中、X1はFまたはYであり、X2はSまたはTであり、X3はD、G、N、またはSであり、X4はA、G、またはWである);
(式II)YSIX1SGX2X3WX4WI(配列番号199)(式中、X1はSまたはTであり、X2はHまたはYであり、X3はHまたはYであり、X4はA、D、G、N、S、またはTである);及び
(式III)FSLSTX1GVX2VX3WI(配列番号200)(式中、X1はGまたはSであり、X2はAまたはGであり、X3はA、G、S、またはTである)
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、
前記HVR−H2は、
(式IV)LAX1IX2WX3X4DKX5YSX6SLKSRL(配列番号201)(式中、X1はLまたはRであり、X2はDまたはYであり、X3はA、D、S、またはYであり、X4はDまたはGであり、X5はR、S、またはYであり、X6はPまたはTである);
(式V)IGX1IX2X3SGSTYYSPSLKSRV(配列番号202)(式中、X1はA、D、E、S、またはYであり、X2はSまたはYであり、X3はHまたはYである);
(式VI)IGX1IYX2SGX3TX4YNPSLKSRV(配列番号203)(式中、X1はD、E、R、S、またはYであり、X2はHまたはYであり、X3はNまたはSであり、X4はNまたはYである);
(式VII)VSX1ISGX2GX3X4TYYADSVKGRF(配列番号204)(式中、X1はA、G、S、V、またはYであり、X2はA、D、S、またはYであり、X3はD、G、またはSであり、X4はSまたはTである);
(式VIII)IGX1INPNX2GX3TX4YAQKFQGRV(配列番号205)(式中、X1はI、R、またはWであり、X2はFまたはRであり、X3はD、G、またはSであり、X4はKまたはNである);
(式IX)IGX1IX2PSX3GX4TX5YAQKFQGRV(配列番号206)(式中、X1はI、R、またはWであり、X2はSまたはYであり、X3はGまたはSであり、X4はD、G、またはSであり、X5はKまたはNである);及び
(式X)VGRIX1SKX2X3GX4TTX5YAAX6VKGRF(配列番号207)(式中、X1はKまたはRであり、X2はAまたはTであり、X3はDまたはYであり、X4はGまたはYであり、X5はDまたはEであり、X6はPまたはSである)
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む、
前記ライブラリー。 - 前記重鎖可変領域が、配列番号223〜256からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むHVR−H3を含む、請求項65に記載のライブラリー。
- 前記抗原結合ドメインが、抗体軽鎖可変領域を更に含む、請求項65または66に記載のライブラリー。
- 前記抗体軽鎖可変領域が、HVR−L1、HVR−L2及びHVR−L3を含み、前記HVR−L1は、配列番号257〜264からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、及び/または前記HVR−L3は、配列番号265〜274からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項67に記載のライブラリー。
- 前記ライブラリーがファージを含み、前記抗原結合ドメインが前記ライブラリーの少なくとも1つのファージの表面上に提示される、請求項65〜68のいずれか1項に記載のライブラリー。
- 請求項1〜46のいずれか1項に記載のライブラリーのポリヌクレオチド配列を準備し、組み立てることを含む、ライブラリーの調製方法。
- (a)複数の立体構造を有する配列を含む1、2または3つの重鎖HVRを選択するステップと、(b)ポリヌクレオチド配列を組み立てて、複数の抗体重鎖可変領域配列をコードするポリヌクレオチドのライブラリーを生成するステップと、を含む、抗体ライブラリーの作製方法。
- 前記抗体重鎖可変領域配列が、ヒト抗体配列である、請求項71に記載の方法。
- 前記抗体重鎖可変領域が、HVR−H1、HVR−H2、及びHVR−H3を含み、前記HVR−H1は、
(式I)X1TFX2X3YX4IHWV(配列番号198)(式中、X1はFまたはYであり、X2はSまたはTであり、X3はD、G、N、またはSであり、X4はA、G、またはWである);
(式II)YSIX1SGX2X3WX4WI(配列番号199)(式中、X1はSまたはTであり、X2はHまたはYであり、X3はHまたはYであり、X4はA、D、G、N、S、またはTである);及び
(式III)FSLSTX1GVX2VX3WI(配列番号200)(式中、X1はGまたはSであり、X2はAまたはGであり、X3はA、G、S、またはTである)
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、
前記HVR−H2は、
(式IV)LAX1IX2WX3X4DKX5YSX6SLKSRL(配列番号201)(式中、X1はLまたはRであり、X2はDまたはYであり、X3はA、D、S、またはYであり、X4はDまたはGであり、X5はR、S、またはYであり、X6はPまたはTである);
(式V)IGX1IX2X3SGSTYYSPSLKSRV(配列番号202)(式中、X1はA、D、E、S、またはYであり、X2はSまたはYであり、X3はHまたはYである);
(式VI)IGX1IYX2SGX3TX4YNPSLKSRV(配列番号203)(式中、X1はD、E、R、S、またはYであり、X2はHまたはYであり、X3はNまたはSであり、X4はNまたはYである);
(式VII)VSX1ISGX2GX3X4TYYADSVKGRF(配列番号204)(式中、X1はA、G、S、V、またはYであり、X2はA、D、S、またはYであり、X3はD、G、またはSであり、X4はSまたはTである);
(式VIII)IGX1INPNX2GX3TX4YAQKFQGRV(配列番号205)(式中、X1はI、R、またはWであり、X2はFまたはRであり、X3はD、G、またはSであり、X4はKまたはNである);
(式IX)IGX1IX2PSX3GX4TX5YAQKFQGRV(配列番号206)(式中、X1はI、R、またはWであり、X2はSまたはYであり、X3はGまたはSであり、X4はD、G、またはSであり、X5はKまたはNである);及び
(式X)VGRIX1SKX2X3GX4TTX5YAAX6VKGRF(配列番号207)(式中、X1はKまたはRであり、X2はAまたはTであり、X3はDまたはYであり、X4はGまたはYであり、X5はDまたはEであり、X6はPまたはSである)
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む、
請求項71に記載の方法。 - 2つの抗体重鎖可変領域及び2つの同一の軽鎖可変領域を含む、二重特異性抗体の生成方法であって、(a)第1の抗原に結合する第1の抗原結合ドメインをスクリーニングすることであって、前記第1の抗原結合ドメインは、第1の抗体重鎖可変領域及び第1の抗体軽鎖可変領域を含み、前記第1の抗体重鎖可変領域は、HVR−H1、HVR−H2、及びHVR−H3を含み、前記HVR−H1は、
(式I)X1TFX2X3YX4IHWV(配列番号198)(式中、X1はFまたはYであり、X2はSまたはTであり、X3はD、G、N、またはSであり、X4はA、G、またはWである);
(式II)YSIX1SGX2X3WX4WI(配列番号199)(式中、X1はSまたはTであり、X2はHまたはYであり、X3はHまたはYであり、X4はA、D、G、N、S、またはTである);及び
(式III)FSLSTX1GVX2VX3WI(配列番号200)(式中、X1はGまたはSであり、X2はAまたはGであり、X3はA、G、S、またはTである)
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、
前記HVR−H2は、
(式IV)LAX1IX2WX3X4DKX5YSX6SLKSRL(配列番号201)(式中、X1はLまたはRであり、X2はDまたはYであり、X3はA、D、S、またはYであり、X4はDまたはGであり、X5はR、S、またはYであり、X6はPまたはTである);
(式V)IGX1IX2X3SGSTYYSPSLKSRV(配列番号202)(式中、X1はA、D、E、S、またはYであり、X2はSまたはYであり、X3はHまたはYである);
(式VI)IGX1IYX2SGX3TX4YNPSLKSRV(配列番号203)(式中、X1はD、E、R、S、またはYであり、X2はHまたはYであり、X3はNまたはSであり、X4はNまたはYである);
(式VII)VSX1ISGX2GX3X4TYYADSVKGRF(配列番号204)(式中、X1はA、G、S、V、またはYであり、X2はA、D、S、またはYであり、X3はD、G、またはSであり、X4はSまたはTである);
(式VIII)IGX1INPNX2GX3TX4YAQKFQGRV(配列番号205)(式中、X1はI、R、またはWであり、X2はFまたはRであり、X3はD、G、またはSであり、X4はKまたはNである);
(式IX)IGX1IX2PSX3GX4TX5YAQKFQGRV(配列番号206)(式中、X1はI、R、またはWであり、X2はSまたはYであり、X3はGまたはSであり、X4はD、G、またはSであり、X5はKまたはNである);及び
(式X)VGRIX1SKX2X3GX4TTX5YAAX6VKGRF(配列番号207)(式中、X1はKまたはRであり、X2はAまたはTであり、X3はDまたはYであり、X4はGまたはYであり、X5はDまたはEであり、X6はPまたはSである)
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む、前記スクリーニングすることと、
(b)第2の抗原に結合する第2の抗原結合ドメインをスクリーニングすることであって、前記第2の抗原結合ドメインは、第2の抗体重鎖可変領域及び第2の抗体軽鎖可変領域を含み、前記第2の抗体重鎖可変領域は、前記第1の抗体重鎖可変領域と同じ配列を有する、前記スクリーニングすることと、
(c)前記第1の抗原結合ドメイン及び前記第2の抗原結合ドメインを含む二重特異性抗体を生成することと、を含む、
前記生成方法。 - 二重特異性抗体であって、(a)第1の重鎖可変領域及び第1の軽鎖可変領域を含む第1の結合ドメインであって、第1の標的に結合する、前記第1の結合ドメインと、(b)第2の重鎖可変領域及び第2の軽鎖可変領域を含む第2の結合ドメインであって、前記第2の結合ドメインは、第2の標的に結合し、前記第2の重鎖可変領域は、前記第1の重鎖可変領域配列と同一の配列を有する、前記第2の結合ドメインと、を含み、前記第1及び第2の重鎖可変領域のそれぞれは、HVR−L1、HVR−L2及びHVR−L3を含み、前記HVR−H1は、
(式I)X1TFX2X3YX4IHWV(配列番号198)(式中、X1はFまたはYであり、X2はSまたはTであり、X3はD、G、N、またはSであり、X4はA、G、またはWである);
(式II)YSIX1SGX2X3WX4WI(配列番号199)(式中、X1はSまたはTであり、X2はHまたはYであり、X3はHまたはYであり、X4はA、D、G、N、S、またはTである);及び
(式III)FSLSTX1GVX2VX3WI(配列番号200)(式中、X1はGまたはSであり、X2はAまたはGであり、X3はA、G、S、またはTである)
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含み、
前記HVR−H2は、
(式IV)LAX1IX2WX3X4DKX5YSX6SLKSRL(配列番号201)(式中、X1はLまたはRであり、X2はDまたはYであり、X3はA、D、S、またはYであり、X4はDまたはGであり、X5はR、S、またはYであり、X6はPまたはTである);
(式V)IGX1IX2X3SGSTYYSPSLKSRV(配列番号202)(式中、X1はA、D、E、S、またはYであり、X2はSまたはYであり、X3はHまたはYである);
(式VI)IGX1IYX2SGX3TX4YNPSLKSRV(配列番号203)(式中、X1はD、E、R、S、またはYであり、X2はHまたはYであり、X3はNまたはSであり、X4はNまたはYである);
(式VII)VSX1ISGX2GX3X4TYYADSVKGRF(配列番号204)(式中、X1はA、G、S、V、またはYであり、X2はA、D、S、またはYであり、X3はD、G、またはSであり、X4はSまたはTである);
(式VIII)IGX1INPNX2GX3TX4YAQKFQGRV(配列番号205)(式中、X1はI、R、またはWであり、X2はFまたはRであり、X3はD、G、またはSであり、X4はKまたはNである);
(式IX)IGX1IX2PSX3GX4TX5YAQKFQGRV(配列番号206)(式中、X1はI、R、またはWであり、X2はSまたはYであり、X3はGまたはSであり、X4はD、G、またはSであり、X5はKまたはNである);及び
(式X)VGRIX1SKX2X3GX4TTX5YAAX6VKGRF(配列番号207)(式中、X1はKまたはRであり、X2はAまたはTであり、X3はDまたはYであり、X4はGまたはYであり、X5はDまたはEであり、X6はPまたはSである)
からなる群から選択される式に従うアミノ酸配列を含む、
前記二重特異性抗体。 - 前記第1の重鎖可変領域が、第1の重鎖定常領域に連結され、前記第2の重鎖可変領域が、第2の重鎖定常領域に連結され、前記第1の抗体軽鎖可変領域が、第1の軽鎖定常領域に連結され、前記第2の抗体軽鎖可変領域が、第2の軽鎖定常領域に連結され、前記第1及び前記第2の抗体重鎖が、同一の配列を有する、請求項75に記載の二重特異性抗体。
- 請求項1〜46のいずれか1項に記載のポリヌクレオチドのライブラリーを含む、キット。
- ポリヌクレオチドを含むライブラリーであって、前記ポリヌクレオチドのうちの1つは、HVR−H1、HVR−H2及びHVR−H3を含む抗体重鎖可変領域をコードし、前記HVR−H1は、配列番号1〜52からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、及び/または前記HVR−H2は、配列番号53〜136からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、前記ライブラリー。
- 前記HVR−H1が、配列番号1、4、5、7、8、9、11、13、16、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、31、33、34、38、40、42、43、45、47、49、50、及び51からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、及び/または前記HVR−H2が、配列番号53、60、63、65、66、67、70、82、89、93、95、105、109、110、117、121、122、123、124、128、129、130、131、132、及び134からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む、請求項78に記載のライブラリー。
- 前記重鎖可変領域が、配列番号223〜256からなる群から選択されるアミノ酸配列を含むHVR−H3を含む、請求項78または79に記載のライブラリー。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
JP2022180076A JP2023025026A (ja) | 2017-08-21 | 2022-11-10 | ダイナミックヒト重鎖抗体ライブラリー |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
PCT/CN2017/098299 WO2019036842A1 (en) | 2017-08-21 | 2017-08-21 | DYNAMIC LIBRARIES OF HUMAN HEAVY CHAIN ANTIBODIES |
Related Child Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2022180076A Division JP2023025026A (ja) | 2017-08-21 | 2022-11-10 | ダイナミックヒト重鎖抗体ライブラリー |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2020537632A true JP2020537632A (ja) | 2020-12-24 |
Family
ID=65438261
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2020510115A Pending JP2020537632A (ja) | 2017-08-21 | 2017-08-21 | ダイナミックヒト重鎖抗体ライブラリー |
JP2022180076A Withdrawn JP2023025026A (ja) | 2017-08-21 | 2022-11-10 | ダイナミックヒト重鎖抗体ライブラリー |
Family Applications After (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2022180076A Withdrawn JP2023025026A (ja) | 2017-08-21 | 2022-11-10 | ダイナミックヒト重鎖抗体ライブラリー |
Country Status (12)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US11578426B2 (ja) |
EP (1) | EP3673101A4 (ja) |
JP (2) | JP2020537632A (ja) |
KR (2) | KR20240110891A (ja) |
CN (1) | CN111279024B (ja) |
AU (1) | AU2017428737B2 (ja) |
BR (1) | BR112020003622A2 (ja) |
CA (1) | CA3072143A1 (ja) |
IL (1) | IL272696B1 (ja) |
SG (1) | SG11202001551YA (ja) |
WO (1) | WO2019036842A1 (ja) |
ZA (1) | ZA202001114B (ja) |
Families Citing this family (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2019036855A1 (en) | 2017-08-21 | 2019-02-28 | Adagene Inc. | ANTI-CD137 MOLECULES AND THEIR USE |
AU2017428934B2 (en) | 2017-08-21 | 2023-07-20 | Adagene Inc. | Dynamic human antibody light chain libraries |
WO2019148444A1 (en) | 2018-02-02 | 2019-08-08 | Adagene Inc. | Anti-ctla4 antibodies and methods of making and using the same |
WO2019148445A1 (en) | 2018-02-02 | 2019-08-08 | Adagene Inc. | Precision/context-dependent activatable antibodies, and methods of making and using the same |
US11834512B2 (en) | 2020-05-04 | 2023-12-05 | The Regents Of The University Of California | Inhibiting anti-ENPP1 antibodies |
WO2023193239A1 (en) * | 2022-04-08 | 2023-10-12 | Peter Peizhi Luo | Anti-cd28 antibodies and methods of use thereof |
Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH04211395A (ja) * | 1990-02-01 | 1992-08-03 | Behringwerke Ag | 合成ヒト抗体の遺伝子バンクの製造および使用 |
WO2003044198A1 (fr) * | 2001-11-22 | 2003-05-30 | Keio University | Banque d'anticorps artificiels dotee d'un super repertoire |
JP2013534130A (ja) * | 2010-07-16 | 2013-09-02 | アディマブ, エルエルシー | 抗体ライブラリー |
JP2013539461A (ja) * | 2010-08-16 | 2013-10-24 | ノビミューン エスアー | 多重特異性多価抗体の生成方法 |
WO2016062989A1 (en) * | 2014-10-22 | 2016-04-28 | Crescendo Biologics Limited | Human vh domain scaffolds |
Family Cites Families (30)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US4816567A (en) | 1983-04-08 | 1989-03-28 | Genentech, Inc. | Recombinant immunoglobin preparations |
GB8823869D0 (en) | 1988-10-12 | 1988-11-16 | Medical Res Council | Production of antibodies |
US5959177A (en) | 1989-10-27 | 1999-09-28 | The Scripps Research Institute | Transgenic plants expressing assembled secretory antibodies |
DE69120146T2 (de) | 1990-01-12 | 1996-12-12 | Cell Genesys Inc | Erzeugung xenogener antikörper |
EP0546073B1 (en) | 1990-08-29 | 1997-09-10 | GenPharm International, Inc. | production and use of transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies |
US5545806A (en) | 1990-08-29 | 1996-08-13 | Genpharm International, Inc. | Ransgenic non-human animals for producing heterologous antibodies |
US5625126A (en) | 1990-08-29 | 1997-04-29 | Genpharm International, Inc. | Transgenic non-human animals for producing heterologous antibodies |
US5661016A (en) | 1990-08-29 | 1997-08-26 | Genpharm International Inc. | Transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies of various isotypes |
US5633425A (en) | 1990-08-29 | 1997-05-27 | Genpharm International, Inc. | Transgenic non-human animals capable of producing heterologous antibodies |
US7018809B1 (en) | 1991-09-19 | 2006-03-28 | Genentech, Inc. | Expression of functional antibody fragments |
WO1993008829A1 (en) | 1991-11-04 | 1993-05-13 | The Regents Of The University Of California | Compositions that mediate killing of hiv-infected cells |
US5866344A (en) | 1991-11-15 | 1999-02-02 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Antibody selection methods using cell surface expressed libraries |
US20030036092A1 (en) | 1991-11-15 | 2003-02-20 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Directed evolution of enzymes and antibodies |
US5789199A (en) | 1994-11-03 | 1998-08-04 | Genentech, Inc. | Process for bacterial production of polypeptides |
US5731168A (en) | 1995-03-01 | 1998-03-24 | Genentech, Inc. | Method for making heteromultimeric polypeptides |
US5840523A (en) | 1995-03-01 | 1998-11-24 | Genetech, Inc. | Methods and compositions for secretion of heterologous polypeptides |
JP4312259B2 (ja) | 1995-04-27 | 2009-08-12 | アムジェン フレモント インク. | 免疫したゼノマウス(XenoMouse)に由来するヒト抗体 |
EP0823941A4 (en) | 1995-04-28 | 2001-09-19 | Abgenix Inc | HUMAN ANTIBODIES DERIVED FROM IMMUNIZED XENO MOUSES |
KR20080059467A (ko) | 1996-12-03 | 2008-06-27 | 아브게닉스, 인크. | 복수의 vh 및 vk 부위를 함유하는 사람 면역글로불린유전자좌를 갖는 형질전환된 포유류 및 이로부터 생성된항체 |
US6040498A (en) | 1998-08-11 | 2000-03-21 | North Caroline State University | Genetically engineered duckweed |
US7125978B1 (en) | 1999-10-04 | 2006-10-24 | Medicago Inc. | Promoter for regulating expression of foreign genes |
MXPA02003456A (es) | 1999-10-04 | 2002-10-23 | Medicago Inc | Metodo para regular la transcripcion de genes foraneos. |
US7785903B2 (en) | 2004-04-09 | 2010-08-31 | Genentech, Inc. | Variable domain library and uses |
US8052974B2 (en) | 2005-05-12 | 2011-11-08 | Crucell Holland B.V. | Host cell specific binding molecules capable of neutralizing viruses and uses thereof |
EP1957531B1 (en) | 2005-11-07 | 2016-04-13 | Genentech, Inc. | Binding polypeptides with diversified and consensus vh/vl hypervariable sequences |
US9441034B2 (en) | 2008-03-27 | 2016-09-13 | Zymogenetics, Inc. | Compositions and methods for inhibiting PDGFRβ and VEGF-A |
WO2014139130A1 (en) | 2013-03-14 | 2014-09-18 | Adagene Inc. | An integrated system for library construction, affinity binder screening and expression thereof |
CN103603057B (zh) * | 2013-07-03 | 2016-01-06 | 深圳大学 | 基于可感染病毒颗粒型抗体重链库/轻链库的抗体筛选和制备方法 |
US11078286B2 (en) | 2015-09-20 | 2021-08-03 | The United States Of America, As Represented By The Secretary, Department Of Health And Human Services | Monoclonal antibodies specific for fibroblast growth factor receptor 4 (FGFR4) and methods of their use |
AU2017428934B2 (en) | 2017-08-21 | 2023-07-20 | Adagene Inc. | Dynamic human antibody light chain libraries |
-
2017
- 2017-08-21 CN CN201780094151.XA patent/CN111279024B/zh active Active
- 2017-08-21 WO PCT/CN2017/098299 patent/WO2019036842A1/en unknown
- 2017-08-21 KR KR1020247022149A patent/KR20240110891A/ko active Search and Examination
- 2017-08-21 IL IL272696A patent/IL272696B1/en unknown
- 2017-08-21 US US16/640,679 patent/US11578426B2/en active Active
- 2017-08-21 SG SG11202001551YA patent/SG11202001551YA/en unknown
- 2017-08-21 EP EP17922682.4A patent/EP3673101A4/en active Pending
- 2017-08-21 AU AU2017428737A patent/AU2017428737B2/en active Active
- 2017-08-21 KR KR1020207007876A patent/KR20200038996A/ko not_active IP Right Cessation
- 2017-08-21 CA CA3072143A patent/CA3072143A1/en active Pending
- 2017-08-21 BR BR112020003622-6A patent/BR112020003622A2/pt unknown
- 2017-08-21 JP JP2020510115A patent/JP2020537632A/ja active Pending
-
2020
- 2020-02-21 ZA ZA2020/01114A patent/ZA202001114B/en unknown
-
2022
- 2022-11-10 JP JP2022180076A patent/JP2023025026A/ja not_active Withdrawn
-
2023
- 2023-01-11 US US18/153,070 patent/US20240240358A1/en active Pending
Patent Citations (5)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JPH04211395A (ja) * | 1990-02-01 | 1992-08-03 | Behringwerke Ag | 合成ヒト抗体の遺伝子バンクの製造および使用 |
WO2003044198A1 (fr) * | 2001-11-22 | 2003-05-30 | Keio University | Banque d'anticorps artificiels dotee d'un super repertoire |
JP2013534130A (ja) * | 2010-07-16 | 2013-09-02 | アディマブ, エルエルシー | 抗体ライブラリー |
JP2013539461A (ja) * | 2010-08-16 | 2013-10-24 | ノビミューン エスアー | 多重特異性多価抗体の生成方法 |
WO2016062989A1 (en) * | 2014-10-22 | 2016-04-28 | Crescendo Biologics Limited | Human vh domain scaffolds |
Non-Patent Citations (4)
Title |
---|
J. MOL. BIOL. 2004, VOL.338, PP.299-310, JPN6021036210, ISSN: 0004823871 * |
J. MOL. BIOL. 2004, VOL.340, PP.1073-1093, JPN6021036214, ISSN: 0004823870 * |
J. MOL. BIOL. 2008, VOL.382, PP.779-789, JPN6021036207, ISSN: 0004594470 * |
METHODS MOL. BIOL., 2009, VOL.525, 81-XIII, JPN6021036208, ISSN: 0004594469 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
SG11202001551YA (en) | 2020-03-30 |
AU2017428737A1 (en) | 2020-03-05 |
EP3673101A4 (en) | 2021-03-24 |
US11578426B2 (en) | 2023-02-14 |
AU2017428737A8 (en) | 2020-03-12 |
CA3072143A1 (en) | 2019-02-28 |
IL272696B1 (en) | 2024-09-01 |
EP3673101A1 (en) | 2020-07-01 |
ZA202001114B (en) | 2024-06-26 |
WO2019036842A1 (en) | 2019-02-28 |
US20200248336A1 (en) | 2020-08-06 |
CN111279024A (zh) | 2020-06-12 |
JP2023025026A (ja) | 2023-02-21 |
KR20200038996A (ko) | 2020-04-14 |
BR112020003622A2 (pt) | 2020-09-01 |
AU2017428737B2 (en) | 2024-02-15 |
IL272696A (en) | 2020-04-30 |
US20240240358A1 (en) | 2024-07-18 |
KR20240110891A (ko) | 2024-07-16 |
CN111279024B (zh) | 2024-07-19 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP2023025026A (ja) | ダイナミックヒト重鎖抗体ライブラリー | |
JP5797642B2 (ja) | 合成ポリペプチドライブラリーおよび天然で多様化されたポリペプチドバリアントを作製するための方法 | |
JP2022033762A (ja) | ダイナミックヒト抗体軽鎖ライブラリー | |
JP6867302B2 (ja) | タンパク質の特徴を改善する方法 | |
KR101796689B1 (ko) | 안정화된 면역글로불린가변도메인 선별방법 및 선별된 도메인의 응용 | |
US20190002558A1 (en) | Compositions and methods for the identification and isolation of cell-membrane protein specific binding moieties | |
KR20230128290A (ko) | 가변 중쇄 전용 라이브러리, 이의 제조 방법, 및 이의용도 |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20200821 |
|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20200821 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20210914 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20211213 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20220210 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20220314 |
|
A02 | Decision of refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20220712 |
|
C60 | Trial request (containing other claim documents, opposition documents) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C60 Effective date: 20221110 |
|
C116 | Written invitation by the chief administrative judge to file amendments |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C116 Effective date: 20221122 |
|
C22 | Notice of designation (change) of administrative judge |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: C22 Effective date: 20221122 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20240412 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20240513 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20240618 |