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JP2020514413A - ペプチドワクチン - Google Patents

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JP2020514413A JP2019568814A JP2019568814A JP2020514413A JP 2020514413 A JP2020514413 A JP 2020514413A JP 2019568814 A JP2019568814 A JP 2019568814A JP 2019568814 A JP2019568814 A JP 2019568814A JP 2020514413 A JP2020514413 A JP 2020514413A
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シゾヴスキー、ゾルト
ソモギー、エステル
パンヤ、カタリン
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トレオス バイオ ゼットアールティー
トレオス バイオ ゼットアールティー
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Abstract

本開示はポリペプチド、及び、がん、特に乳がん、卵巣がん、並びに結腸直腸がんの予防と治療において用途を見出すポリペプチドを含む医薬組成物に関連する。本開示は、そのペプチドを含む医薬組成物を投与することにより、被験者において細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘導する又はがんを治療する方法、及び、治療のために被験者を同定するコンパニオン診断の方法にも関連する。そのペプチドは高いパーセンテージの患者において免疫原性であるＴ細胞エピトープを含む。【選択図】 なし

Description

分野
本開示はがん、特にとりわけ乳がん、卵巣がん、及び結腸直腸がんの予防又は治療において用途を見出すポリペプチドとワクチンに関連する。
背景
既存の薬物では効果的な予防又は治療ができないため、世界的中で数百万人の人々ががんで亡くなっている。既存の免疫応答を再活性化する現在のチェックポイント阻害剤の免疫療法は、一部のがん患者に臨床的利益をもたらすことができる。新たな免疫応答を誘導する現在のがんワクチンは免疫原性が乏しく、ほとんどの患者に利益をもたらさない。
広範囲に及ぶ個体間の腫瘍ゲノムの不均一のため、６３，２２０のユニークな腫瘍の最近の解析によって、がんワクチンは各患者に特異的に作製する必要があることが明らかとなった(Hartmaieret al. Genome Medicine 2017 9:16)。最新技術を使用して、ＨＬＡ特異的ながんワクチンを大規模な集団に拡大することは現在実現不可能である。
抗原提示細胞（ＡＰＣ）において、タンパク質抗原は処理されてペプチドになる。これらのペプチドは、ヒト白血球抗原分子（ＨＬＡ）に結合し、Ｔ細胞に対するペプチド−ＨＬＡ複合体として細胞表面に提示される。異なる個体は異なるＨＬＡ分子を発現し、異なるＨＬＡ分子は異なるペプチドを提示する。よって本技術分野の先端技術によると、ペプチド、又はより大きなポリペプチドの断片は、特定のヒト被験者により発現されるＨＬＡ分子により提示された場合に、その被験者に対して免疫原性であると同定される。言い換えれば本技術分野の先端技術は、免疫原性ペプチドをＨＬＡ拘束性エピトープとして説明している。しかしながら、ＨＬＡ拘束性エピトープは、そのＨＬＡ分子を発現する個体の一部においてのみＴ細胞応答を誘導する。ある個体でＴ細胞応答を活性化するペプチドは、ＨＬＡ対立遺伝子のマッチングに関わらず、他の個体では非活性である。よって如何にして個体のＨＬＡ分子が、Ｔ細胞応答を積極的に活性化する抗原由来のエピトープを提示するかは以前には知られていなかった。
本明細書中に提供されているように、個体によって発現されている複数のＨＬＡは、Ｔ細胞応答を引き起こすために同じペプチドを提示する必要がある。よって特定の個体に対して免疫原性であるポリペプチド抗原の断片は、その個体により発現される複数のクラスＩ（細胞傷害性Ｔ細胞を活性化する）又はクラスＩＩ（ヘルパーＴ細胞を活性化する）ＨＬＡに結合することができるものである。例えば本発明者らは、被験者の少なくとも３つのＨＬＡ Ｉ型に結合するＴ細胞エピトープの存在は、その被験者においてポリペプチドに対する免疫応答を予測させると見い出した。
この発見に基づいて本発明者らは、高い割合の個体において少なくとも３つのクラスＩ ＨＬＡに結合することができる、特定の乳がん、卵巣がん、及び／又は結腸直腸がんに関連しているポリペプチド抗原（がん精巣抗原抗原（ＣＴＡ））に由来するＴ細胞エピトープを同定した。これらのＴ細胞エピト−プ、又はそのＴ細胞エピトープを含んでいる抗原の断片は、これらの抗原を発現している腫瘍細胞に対して特異的な免疫応答を誘導するのに、及びがんを治療又は予防するのに有用である。
第１の態様において本開示は、下記（ａ）〜（ｃ）の最大５０個の連続するアミノ酸の断片；
（ａ）ＴＳＰ５０、ＥｐＣＡＭ、ＳＰＡＧ９、ＣＡＧＥ１、ＦＢＸＯ３９、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、ＬＥＭＤ１、ＭＡＧＥ−Ａ８、ＭＡＧＥ−Ａ６、及びＭＡＧＥ−Ａ３から選択される結腸直腸がん関連抗原であって、該断片は配列番号２１〜４０及び２３４〜２５０のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列を含む、結腸直腸がん関連抗原；
（ｂ）ＰＩＷＩＬ−４、ＷＴ１、ＥｐＣＡＭ、ＢＯＲＩＳ、ＡＫＡＰ−４、ＯＹ−ＴＥＳ−１、ＳＰ１７、ＰＩＷＩＬ−２、ＰＩＷＩＬ−３、ＳＰＡＧ９、ＰＲＡＭＥ、ＨＩＷＩ、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、及びＡＫＡＰ−３から選択される卵巣がん関連抗原であって、該断片は配列番号２７２〜３０１のいずれか１つのアミノ酸配列を含む、卵巣がん関連抗原；及び／又は
（ｃ）ＰＩＷＩＬ−２、ＡＫＡＰ−４、ＥｐＣＡＭ、ＢＯＲＩＳ、ＨＩＷＩ、ＳＰＡＧ９、ＰＬＵ−１、ＴＳＧＡ１０、ＯＤＦ−４、ＳＰ１７、ＲＨＯＸＦ−２、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＳＡＲ−３５、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＮＹ−ＢＲ−１、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、ＭＡＧＥ−Ａ１１、ＨＯＭ−ＴＥＳ−８５、及びＮＹ−ＥＳＯ−１から選択される乳がん関連抗原であって、該断片は配列番号１〜２０、２４及び１７２〜１９４のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列を含む、乳がん関連抗原
を含むポリペプチドを提供する。
特定の場合に本開示は、
（ａ）ＴＳＰ５０、ＥｐＣＡＭ、ＳＰＡＧ９、ＣＡＧＥ１、ＦＢＸＯ３９、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、ＭＡＧＥ−Ａ８、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ３、及びＬＥＭＤ１から選択される結腸直腸がん関連抗原の断片であって、該断片は配列番号２１〜４０及び２３４〜２５０のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列を含む、断片である；又は
（ｂ）ＴＳＰ５０、ＥｐＣＡＭ、ＳＰＡＧ９、ＣＡＧＥ１、ＦＢＸＯ３９、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、ＭＡＧＥ−Ａ８、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ３、及びＬＥＭＤ１から選択される１つ以上の結腸直腸がん関連抗原の２つ以上の断片を含むか、又は２つ以上の断片からなり、各断片は配列番号２１〜４０及び２３４〜２５０のいずれか１つから選択される異なるアミノ酸配列を含み、任意選択で該断片は該ポリペプチド内で重複しているか又は端と端とを並べて配置されている；又は
（ｃ）ＰＩＷＩＬ−４、ＷＴ１、ＥｐＣＡＭ、ＢＯＲＩＳ、ＡＫＡＰ−４、ＯＹ−ＴＥＳ−１、ＳＰ１７、ＰＩＷＩＬ−２、ＰＩＷＩＬ−３、ＳＰＡＧ９、ＰＲＡＭＥ、ＨＩＷＩ、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、及びＡＫＡＰ−３から選択される卵巣がん関連抗原の断片であって、該断片は配列番号２７２〜３０１のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列を含む、断片である；又は
（ｄ）ＰＩＷＩＬ−４、ＷＴ１、ＥｐＣＡＭ、ＢＯＲＩＳ、ＡＫＡＰ−４、ＯＹ−ＴＥＳ−１、ＳＰ１７、ＰＩＷＩＬ−２、ＰＩＷＩＬ−３、ＳＰＡＧ９、ＰＲＡＭＥ、ＨＩＷＩ、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、及びＡＫＡＰ−３から選択される１つ以上の卵巣がん関連抗原の２つ以上の断片を含むか、又は２つ以上の断片からなり、各断片は配列番号２７２〜３０１のいずれか１つから選択される異なるアミノ酸配列を含み、任意選択で該断片は該ポリペプチド内で重複しているか又は端と端とを並べて配置されている；又は
（ｅ）ＳＰＡＧ９、ＡＫＡＰ−４、ＢＯＲＩＳ、ＮＹ−ＳＡＲ−３５、ＮＹ−ＢＲ−１、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、ＭＡＧＥ−Ａ１１、ＰＲＡＭＥ、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＨＯＭ−ＴＥＳ−８５、ＰＩＷＩＬ−２、ＥｐＣＡＭ、ＨＩＷＩ、ＰＬＵ−１、ＴＳＧＡ１０、ＯＤＦ−４、ＳＰ１７、ＲＨＯＸＦ−２から選択される乳がん関連抗原の断片であって、該断片は配列番号１〜２０、２４及び１７２〜１９４のいずれか１つに由来するアミノ酸配列を含む、断片；又は
（ｆ）ＳＰＡＧ９、ＡＫＡＰ−４、ＢＯＲＩＳ、ＮＹ−ＳＡＲ−３５、ＮＹ−ＢＲ−１、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、ＭＡＧＥ−Ａ１１、ＰＲＡＭＥ、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＨＯＭ−ＴＥＳ−８、ＰＩＷＩＬ−２、ＥｐＣＡＭ、ＨＩＷＩ、ＰＬＵ−１、ＴＳＧＡ１０、ＯＤＦ−４、ＳＰ１７、ＲＨＯＸＦ−２から選択される１つ以上の乳がん関連抗原の２つ以上の断片を含むか、又は２つ以上の断片からなり、各断片は配列番号１〜２０、２４及び１７２〜１９４のいずれか１つから選択される異なるアミノ酸配列を含み、任意選択で該断片は該ポリペプチド内で重複しているか又は端と端とを並べて配置されている、
であるポリペプチドを提供する。
特定の場合には該ポリペプチドは、
（ａ）ＴＳＰ５０、ＥｐＣＡＭ、ＳＰＡＧ９、ＣＡＧＥ１、ＦＢＸＯ３９、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、ＭＡＧＥ−Ａ８、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ３、及びＬＥＭＤ１；
（ｂ）ＰＩＷＩＬ−４、ＷＴ１、ＥｐＣＡＭ、ＢＯＲＩＳ、ＡＫＡＰ−４、ＯＹ−ＴＥＳ−１、ＳＰ１７、ＰＩＷＩＬ−２、ＰＩＷＩＬ−３、ＳＰＡＧ９、ＰＲＡＭＥ、ＨＩＷＩ、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、及びＡＫＡＰ−３；及び／又は
（ｃ）ＳＰＡＧ９、ＡＫＡＰ−４、ＢＯＲＩＳ、ＮＹ−ＳＡＲ−３５、ＮＹ−ＢＲ−１、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、ＭＡＧＥ−Ａ１１、ＰＲＡＭＥ、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＨＯＭ−ＴＥＳ−８、ＰＩＷＩＬ−２、ＥｐＣＡＭ、ＨＩＷＩ、ＰＬＵ−１、ＴＳＧＡ１０、ＯＤＦ−４、ＳＰ１７、及びＲＨＯＸＦ−２；
の断片を含むか、又はその断片からなり、
各断片は、配列番号２１〜４０及び２３４〜２５０；配列番号２７２〜３０１；及び／又は配列番号１〜２０、２４、及び１７２〜１９４から選択される異なるアミノ酸配列を含む。場合によって該ポリペプチドは、配列番号４１〜８０、２５１〜２７１、３０２〜３３１、及び１９６〜２３３から選択される１つ以上のアミノ酸配列を含むか、又は１つ以上のアミノ酸配列からなる。
場合によって該ポリペプチドは、配列番号４１〜８０、１９５〜２３３、２５１〜２７１、及び３０２〜３３１から選択されるか、又は配列番号８１〜１４２、３３２〜３４６、及び４３５〜４４９から選択される、１つ以上のアミノ酸配列を含むか、又は１つ以上のアミノ酸配列からなる。
さらなる態様において本開示は、上記で述べた２つ以上のポリペプチドのパネルを提供し、各ペプチドは、配列番号２１〜４０及び２３４〜２５０から選択される；又は配列番号２７２〜３０１から選択される；又は配列番号１〜２０、２４、及び１７２〜１９４から選択される；又は配列番号１〜４０、２３４〜２５０、２７２〜３０１、及び１７２〜１９４から選択される、異なるアミノ酸配列を含むか、又は異なるアミノ酸配列からなる。場合によってポリペプチドのパネルは、配列番号１３０、１２１、１３１、１２４、１３４、１２６及び／又は配列番号４３５〜４４９のアミノ酸配列を含むか又はそのアミノ酸配列からなる、１つ以上のペプチドを含むか又は１つ以上のペプチドからなる。
さらなる態様において本開示は、有効成分として上記で述べたポリペプチド若しくはペプチドのペネルを１つ以上有する、又は有効成分として配列番号２１〜４０及び２３４〜２５０；配列番号２７２〜３０１；及び／又は配列番号１〜２０、２４及び１７２〜１９４から選択される；若しくは有効成分として配列番号１３０、１２１、１３１、１２４、１３４、１２６及び／又は４３５〜４４９から選択される少なくとも２つアミノ酸配列を含むポリペプチドを有する、医薬組成物又はキットを提供する。
さらなる態様において本開示は、免疫応答を誘導する（例えば被験者におけるワクチン接種、免疫療法の提供、又は細胞傷害性Ｔ細胞応答の誘導）方法を提供し、本方法は、上記で述べた医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルをその被験者に投与することを含む。本方法は、乳がん、卵巣がん、又は結腸直腸がん等のがんの治療方法であってもよい。
さらなる態様において本開示は、
−免疫応答を誘導する方法において使用するための、又はがんの治療方法において使用するための、上記で述べた医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルであって、任意選択で乳がん、卵巣がん、又は結腸直腸がんである；及び
−免疫応答を誘導するための又はがんを治療するための医薬の製造における、上記で述べたペプチド又はペプチドのパネルの使用であって、任意選択で乳がん、卵巣がん、又は結腸直腸がんである、
を提供する。
さらなる態様において本開示は、上記で述べた医薬組成物の投与により細胞傷害性Ｔ細胞応答を示す可能性が高いであろうヒト被験者を同定する方法を提供し、該方法は、
（ｉ）該医薬組成物の有効成分のポリペプチドが、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである配列を含むことを決定する工程；及び
（ｉｉ）該医薬組成物の投与に対して細胞傷害性Ｔ細胞応答を示す可能性が高いと該被験者を同定する工程を含む。
さらなる態様において本開示は、上記で述べた治療方法に対して臨床応答を示す可能性が高いであろう被験者を同定する方法を提供し、該方法は、
（ｉ）有効成分のポリペプチドが２つ以上の異なるアミノ酸配列を含むことを決定する工程であって、各アミノ酸配列が、
ａ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピト−プである；及び
ｂ．該被験者のがん細胞により発現されるがん関連抗原の断片である、
である；並びに、
（ｉｉ）該治療方法に対して臨床応答を示す可能性が高いと該被験者を同定する工程を含む。
さらなる態様において本開示は、請求項１０に記載の治療方法に対する特定のヒト被験者が臨床応答を示すであろう可能性を決定する方法を提供し、
１つ以上の下記の因子；
（ａ）有効成分のポリペプチド中での、それぞれが該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、より多数のアミノ酸配列及び／又は異なるアミノ酸配列の存在；
（ｂ）Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び、
Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープ、
の両方である少なくとも１つのアミノ酸配列を含む、より多数の標的ポリペプチド抗原であって、任意選択で、該標的ポリペプチド抗原は該被験者で発現され、さらに任意選択で、該標的ポリペプチド抗原はその被験者から得られた１つ以上の試料中に存在する、標的ポリペプチド抗原、
（ｃ）該被験者が標的ポリペプチド抗原を発現するより高い確率、任意選択で該標的ポリペプチド抗原、及び／又は任意選択で、
Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び、
Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
ことの両方である少なくとも１つのアミノ酸配列を含むと決定された標的ポリペプチド抗原、の閾値の数；及び／又は、
（ｄ）被験者が発現すると予測されるより多数の標的ポリペプチド抗原であって、任意選択で該被験者が閾値確率で発現するより多数の標的ポリペプチド抗原、及び／又は任意選択で、
Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び
Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
ことの両方である少なくとも１つのアミノ酸配列を含むと決定された、より多数の標的ポリペプチド抗原、
が臨床応答のより高い可能性に対応している方法を提供する。
場合によって該がん関連抗原は、ＴＳＰ５０、ＥｐＣＡＭ、ＳＰＡＧ９、ＣＡＧＥ１、ＦＢＸＯ３９、ＳＵＲＶＩＶＩ Ｎ、ＬＥＭＤ１、ＭＡＧＥ−Ａ８、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＰＩＷＩＬ−４、ＷＴ１、ＢＯＲＩＳ、ＡＫＡＰ−４、ＯＹ−ＴＥＳ−１、ＳＰ１７、ＰＩＷＩＬ−２、ＰＩＷＩＬ−３、ＰＲＡＭＥ、ＨＩＷＩ、ＰＬＵ−１、ＴＳＧＡ１０、ＯＤＦ−４、ＲＨＯＸＦ−２、ＮＹ−ＳＡＲ−３５、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＮＹ−ＢＲ−１、ＭＡＧＥ−Ａ１１、ＨＯＭ−ＴＥＳ−８５、ＮＹ−ＥＳＯ−１、及びＡＫＡＰ−３であってもよい。場合によって上記の方法は、該被験者のがん細胞により１つ以上のがん関連抗原が発現されていることを決定する工程を含む。該がん関連抗原は、該被験者から得られた１つ以上の試料中に存在してもよい。
場合によって、該被験者の治療方法として、該医薬組成物又はキットの有効成分のポリペプチドの投与を選択してもよい。医薬組成物又は有効成分のポリペプチドの投与により、該被験者をさらに治療してもよい。
さらなる態様において本開示は上記で述べた治療方法を提供し、該被験者は、上記で述べた方法による治療に対して、臨床応答を示す可能性が高い、又は臨床応答を示す上記の最小の可能性の閾値（threshold minimum likelihood）を有すると同定された。
さらなる態様において本開示は、上記で述べた治療方法に対する臨床応答を示さない可能性が高いヒト被験者を同定する方法を提供し、該方法は、
（ｉ）該医薬組成物の有効成分のポリペプチドが、それぞれが該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、２つ以上の異なるアミノ酸配列を含まないことを決定する工程；及び
（ｉｉ）該治療方法に対して臨床応答を示さない可能性が高いと該被験者を同定する工程を含む。
上記の方法は、その被験者のＨＬＡクラスＩ遺伝子型を決定する工程を含んでもよい。
ここで、本開示を、限定ではなく例示として、添付する図面を参照することにより、より詳細に説明する。この開示を与えられたときに、多くの均等な改変と変形は当業者にとって明らかであろう。従って、説明された開示の例示的な態様は例示であって、限定的ではないと見做される。本開示の範囲から逸脱することなく、述べられた態様に種々の変更を行うことができる。本明細書中で引用された全ての文書は、前後に関わらず、参照によりその全体が明示的に組み込まれる。
本開示は、述べられた態様と好適な特徴の組み合わせを、かかる組み合わせは明らかに容認できない場合、又は明示的に回避されると述べられた場合を除き、含む。本明細書及び添付された特許請求の範囲において使用されるように、単数形の“a”、“an”及び“the”は、その内容がそうではないことを明確に規定しない限り、複数形への言及を含む。よって、例えば、「ペプチド(a peptide)」への言及は、２つ以降のかかるペプチドを含む。
本明細書では、セクションの見出しは便宜のためにのみ使用されており、決して限定するものと解釈されるべきではない。
ＨＬＡ拘束性ＰＥＰＩバイオマーカーのＲＯＣ曲線。 診断の正確度を決定するための、１以上のＰＥＰＩ３＋試験のＲＯＣ曲線。 ＣＤ８＋Ｔ細胞応答アッセイで使用したペプチドプールの間で最新技術のアッセイにより測定された、ＣＤ８＋Ｔ細胞応答と比較したＨＬＡクラスＩ ＰＥＰＩ３＋の分布。Ａ：ＨＬＡクラスＩ拘束性ＰＥＰＩ３＋。Ｔ細胞応答とＰＥＰＩ３＋ペプチドの間の全体的な一致パーセント（Overall Percent of Agreement: ＯＰＡ）９０％は、個体のワクチン誘導Ｔ細胞応答セットの予測のための、発明されたペプチドの有用性を示している。Ｂ：クラスＩ ＨＬＡ拘束性エピトープ（ＰＥＰＩ３＋）。予測されたエピトープとＣＤ８＋Ｔ細胞応答の間のＯＰＡは２８％であった（統計学的有意性なし）。最も暗い灰色：真陽性（ＴＰ）、ペプチドとＴ細胞応答の両者が検出された；明るい灰色：偽陰性（ＦＮ）、Ｔ細胞応答のみが検出された；最も明るい灰色：偽陽性（ＦＰ）、ペプチドのみが検出された；暗い灰色：真陰性（ＴＮ）：ペプチドもＴ細胞応答も検出されなかった。 ＣＤ８＋Ｔ細胞応答アッセイで使用したペプチドプールの間で最新技術のアッセイにより測定された、ＣＤ８＋Ｔ細胞応答と比較したＨＬＡクラスＩ ＰＥＰＩ３＋の分布。Ａ：ＨＬＡクラスＩ拘束性ＰＥＰＩ３＋。Ｔ細胞応答とＰＥＰＩ３＋ペプチドの間の全体的な一致パーセント（Overall Percent of Agreement: ＯＰＡ）９０％は、個体のワクチン誘導Ｔ細胞応答セットの予測のための、発明されたペプチドの有用性を示している。Ｂ：クラスＩ ＨＬＡ拘束性エピトープ（ＰＥＰＩ３＋）。予測されたエピトープとＣＤ８＋Ｔ細胞応答の間のＯＰＡは２８％であった（統計学的有意性なし）。最も暗い灰色：真陽性（ＴＰ）、ペプチドとＴ細胞応答の両者が検出された；明るい灰色：偽陰性（ＦＮ）、Ｔ細胞応答のみが検出された；最も明るい灰色：偽陽性（ＦＰ）、ペプチドのみが検出された；暗い灰色：真陰性（ＴＮ）：ペプチドもＴ細胞応答も検出されなかった。 最新技術のアッセイで使用したペプチドプールの間で該アッセイにより測定された、ＣＤ４＋Ｔ細胞応答と比較したＨＬＡクラスＩＩ ＰＥＰＩの分布。Ａ：ＨＬＡクラスＩＩ拘束性ＰＥＰＩ４＋。ＰＥＰＩ４＋とＣＤ４＋Ｔ細胞応答の間のＯＰＡ６７％（ｐ＝０．００２）。Ｂ：クラスＩＩ ＨＬＡ拘束性エピトープ。クラスＩＩ ＨＬＡ拘束性エピトープとＣＤ４＋Ｔ細胞応答の間のＯＰＡは６６％であった（統計学的有意性なし）。最も暗い灰色：真陽性（ＴＰ）、ペプチドとＴ細胞応答の両者が検出された；明るい灰色：偽陰性（ＦＮ）、Ｔ細胞応答のみが検出された；最も明るい灰色：偽陽性（ＦＰ）、ペプチドのみが検出された；暗い灰色：真の陰性（ＴＮ）：ペプチドもＴ細胞応答も検出されなかった。 １８人のＶＩＮ−３と５人の子宮頸癌の患者の、ＨＰＶ−１６ＬＰＶワクチン特異的なＴ細胞応答セットを規定する、複数のＨＬＡ結合ペプチド。各患者のＬＰＶ抗原に由来する、ＨＬＡクラスＩ拘束性ＰＥＰＩ３カウント（ＡとＢ）及びＨＬＡクラスＩＩ拘束性ＰＥＰＩ３カウント（ＣとＤ）。明るい灰色：臨床試験の中でワクチン接種後に測定された免疫応答者；暗い灰色；臨床試験でワクチン接種後に測定された免疫非応答者。結果は、３つ以上のＨＬＡクラスＩ結合ペプチドはＣＤ８＋Ｔ細胞応答性を予測し、４つ以上のＨＬＡクラスＩＩ結合ペプチドはＣＤ４＋Ｔ細胞応答性を予測することを示している。 ２人の患者のＨＰＶワクチン特異的なＴ細胞応答セットを規定する複数のＨＬＡクラスＩ結合ペプチド。Ａ：ＨＰＶワクチン中の４つのＨＰＶ抗原。ボックスはＮ末端からＣ末端までのアミノ酸配列の長さを表わす。Ｂ：２人の患者の複数のＨＬＡ結合ペプチドの同定プロセス：患者のＩＤの右側から４桁のＨＬＡ遺伝子型としてラベルされた患者のＨＬＡ配列。患者１２−１１と患者１４−５のＨＬＡ（ＰＥＰＩ１＋）のそれぞれに結合できる５４つと９１つのエピトープの１番目のアミノ酸の位置を線で示した。ＰＥＰＩ２は、患者の複数のＨＬＡに結合できるＰＥＰＩ１＋から選択されたペプチドを表わす（ＰＥＰＩ２＋）。ＰＥＰＩ３は、患者の３つ以上のＨＬＡに結合できるペプチドを表わす（ＰＥＰＩ３＋）。ＰＥＰＩ４は、患者の４つ以上のＨＬＡに結合できるペプチドを表わす（ＰＥＰＩ４＋）。ＰＥＰＩ５は、患者の５つ以上のＨＬＡに結合できるペプチドを表わす（ＰＥＰＩ５＋）。ＰＥＰＩ６は、患者の６つ以上のＨＬＡに結合できるペプチドを表わす（ＰＥＰＩ６＋）。Ｃ：２人の患者のＤＮＡワクチン特異的なＰＥＰＩ３＋セットは、それらのワクチンに特異的なＴ細胞応答を特徴付ける。 臨床試験で決定されたペプチド標的の、１以上のＰＥＰＩ３＋のスコアとＣＴＬ応答率の間の相関関係。 免疫療法ワクチンの、１以上のＰＥＰＩ３＋のスコアと臨床の免疫応答率（ＩＰＲ）の間の相関関係。破線：９５％信頼区間。 免疫療法ワクチンの、２つ以上のＰＥＰＩ３＋のスコアと疾患制御率（ＤＣＲ）の間の相関関係。点線：９５％信頼区間。 ペプチドホットスポット解析例：モデル集団の４３３人の患者に関するＰＲＡＭＥ抗原ホットスポット。ｙ軸上にあるのはモデル集団の４３３人の患者であり、ｘ軸上にあるのはＰＲＡＭＥ抗原（ＣＴＡ）のアミノ酸配列である。各データポイントは、特定されたアミノ酸位置で出発する、１人の患者の３つ以上のＨＬＡクラスＩにより提示されるＰＥＰＩを表す。ＰＲＡＭＥ抗原の２つの最も頻度が高いＰＥＰＩ（最良ＥＰＩと呼ばれる）を、暗い灰色で強調している（ペプチドホットスポット＝ＰＥＰＩホットスポット）。 ヒト乳がん組織中の腫瘍特異的な抗原（ＣＴＡ）の発現頻度データを解析することにより計算されたＣＴＡ発現曲線（細胞株のデータは含まれていない）。 選択された１０の異なるＣＴＡの発現頻度に由来する複数抗原応答の計算に基づいた、乳がんについての抗原発現分布。Ａ：発現した抗原数についての予測値（ＡＧ５０）を計算するための非累積的分布。この値はおそらく６．１４のワクチン抗原が乳がん細胞によって発現されるであろうことを示す。Ｂ：発現した抗原の最小数の累積的分布曲線（ＣＴＡ発現曲線）。これは最小４つのワクチン抗原が、乳がん細胞の中で９５％の確率で発現するであろうことを示している（ＡＧ９５）。 ＰＥＰＩ提示抗原：乳がんワクチンに対する、１つ以上のＰＥＰＩを有する乳がんワクチン特異的なＣＴＡ抗原（「ＡＰ」と呼ばれる）の、モデル集団（ｎ＝４３３）内での分布。Ａ：ＡＰの非累積的分布であって、ここでＡＰの平均数は：ＡＰ５０＝５．３０であり、モデル集団の中で平均してほぼ６つのＣＴＡがＰＥＰＩを有するであろうことを意味している。Ｂ：モデル集団（ｎ＝４３３）における、ＡＰの最小数の累積的分布曲線。これはモデル集団（ｎ＝４３３）の９５％において、少なくとも１つのワクチン抗原がＰＥＰＩを有するであろうことを示している（ＡＰ９５＝１）。 乳がんについてのＣＴＡ発現率によって計算された、モデル集団（ｎ＝４３３）内での、ＰＥＰＩが提示された発現抗原（腫瘍により発現された乳がんワクチン特異的なＣＴＡ抗原であり、それについて１つ以上のＰＥＰＩが予測され、「ＡＧＰ」と呼ばれる）の分布。Ａ：ＡＧＰの非累積的分布であって、ここでＰＥＰＩにより提示された発現したＣＴＡの数についての予測値は、ＡＧＰ５０＝３．３７である。ＡＧＰ５０は、開示された乳がんワクチンが、選択されていない患者集団の中で乳がんを攻撃する有効性の指標である。ＡＧＰ５０＝３．３７は、少なくとも３つのワクチン由来のＣＴＡがおそらく乳がん細胞によって発現され、モデル集団の中でＰＥＰＩを提示するであろうことを意味している。Ｂ：モデル集団（ｎ＝４３３）内でのＡＧＰの最小数の累積的分布曲線は、集団の９２％においてワクチンＣＴＡの少なくとも１つがＰＥＰＩを提示し、集団の残りの８％はＡＧＰを全く有していないであろうことを示している（ＡＧＰ９５＝０、ＡＧＰ９２＝１）。 ヒト結腸直腸がん組織において腫瘍特異的抗原（ＣＴＡ）の発現頻度データを解析することにより計算されたＣＴＡ発現曲線（細胞株のデータは含まれていない）。 選択された７つの異なるＣＴＡの発現頻度に由来する複数抗原応答の計算に基づいた、結腸直腸がんについての抗原発現分布。Ａ：結腸直腸がんの中でのワクチン抗原の発現数（ＡＧ５０）について予測値を計算するための非累積的分布。Ｂ：発現した抗原の最小数の累積的分布曲線（ＣＴＡ発現曲線）。これは最小３つの抗原が結腸直腸がん細胞の中に９５％の確率で発現するであろうことを示す（ＡＧ９５）。 結腸直腸がんについての、モデル集団（ｎ＝４３３）内でＰＥＰＩが提示された抗原（１つ以上のＰＥＰＩが予測される、結腸直腸がんワクチン特異的なＣＴＡ抗原。「ＡＰ」と呼ばれる）の分布。Ａ：ＡＰの非累積的分布であってＡＰの平均数は：ＡＰ５０＝４．７３であり、モデル集団の中でＰＥＰＩにより平均５つのＣＴＡが提示されるであろうことを意味する。Ｂ：モデル集団（ｎ＝４３３）内での、ＡＰの最小数の累積的分布曲線。これはモデル集団（ｎ＝４３３）の９５％においてＰＥＰＩにより２つ以上の抗原が提示されるであろうことを示す（ＡＰＧ９５＝２） 結腸直腸がんについてのＣＴＡ発現率により計算された、モデル集団（ｎ＝４３３）内でのＰＥＰＩが提示された発現抗原（１つ以上のＰＥＰＩが予測される、腫瘍により発現された結腸直腸がんワクチン特異的なＣＴＡ抗原。「ＡＧＰ」と呼ばれる）の分布。Ａ：ＡＧＰの非累積的な分布であり、ＰＥＰＩにより提示された発現ＣＴＡの数についての予測値はＡＧＰ５０＝２．５４である。ＡＧＰ５０は、選択されていない患者集団内で開示された結腸直腸がんワクチンが、結腸直腸がんを攻撃する有効性の指標である。ＡＧＰ５０＝２．５４は、モデル集団内で、少なくとも２〜３つのワクチン由来のＣＴＡを結腸直腸がん細胞は発現しされ、ＰＥＰＩを提示するであろうことを意味している。Ｂ：モデル集団（ｎ＝４３３）内でのＡＧＰの最小数の累積的分布曲線であり、少なくとも１つのワクチンＣＴＡが発現し、集団の９３％においてＰＥＰＩも提示するであろう（ＡＧＰ９３＝１）ことを示している。 ３０ｍｅｒのペプチド内の、ＨＬＡクラスＩとＨＬＡクラスＩＩ結合エピトープ内で重複するアミノ酸の例示的な位置の概要を示している。 一般集団内でのポリＰＥＰＩ１０１８ＣＲＣワクチンの抗原性。被験者におけるポリＰＥＰＩ１０１８の抗原性はＡＰカウントにより決定され、それは被験者においてＴ細胞応答を誘導するワクチン抗原の数を示唆している。ＰＥＰＩ試験を使用して、モデル集団内の４３３人の各被験者についてポリＰＥＰＩ１０１８のＡＰカウントを決定し、その後モデル集団についてＡＰ５０カウントを計算した。モデル集団内のポリＰＥＰＩ１０１８のＡＰ５０は４．７３である。一般集団におけるポリＰＥＰＩ１０１８の中の免疫原性抗原（すなわち、１つ以上のＰＥＰＩを有する抗原）の平均数は４．７３である。略語：ＡＰ＝１つ以上のＰＥＰＩを有する抗原。左パネル：累積的分布曲線。右パネル：区別できる分布曲線。 一般集団におけるポリＰＥＰＩ１０１８ワクチンの有効性。ワクチン内の中のＰＥＰＩが腫瘍細胞により提示されるときには、ワクチンにより誘導されるＴ細胞は腫瘍細胞を認識して殺すことができる。ＡＧＰの数（ＰＥＰＩを有する発現抗原）は個体におけるワクチンの有効性の指標であり、ポリＰＥＰＩ１０１８の有効性と抗原性の両方に依存する。ポリＰＥＰＩ１０１８の中の免疫原性ＣＴＡの平均数（すなわちＡＰ[１つ以上のＰＥＰＩを有する発現抗原]）は、モデル集団内で２．５４である。モデル集団内の被験者において、ポリＰＥＰＩ１０１８が複数の抗原に対するＴ細胞応答を誘導する可能性（すなわちｍＡＧＰ）は７７％である。 ＸＹＺ患者の腫瘍細胞でのワクチン抗原の発現確率。ワクチン療法において１２個の標的抗原のうち５個がこの患者の腫瘍で発現する確率は９５％超である。その結果として、１２個のペプチドワクチンを一緒に使用すると、９５％の確率で少なくとも５個の卵巣がん抗原に対して免疫応答を誘導できる（ＡＧＰ９５）。各ペプチドが患者ＸＹＺにおける免疫応答を誘導するであろう確率は、８４％である。ＡＧＰ５０は平均（期待値）であり７．９である（これは、ＸＹＺ患者の腫瘍への攻撃におけるワクチンの有効性の尺度である）。 個別化された（ＰＩＴ）ワクチンで治療された患者ＸＹＺのＭＲＩ所見である。この後期の、かなりの程度まで予備治療された子宮癌患者は、ＰＩＴワクチン治療後に予期されない客観的な反応を有した。これらのＭＲＩ所見から、化学療法と組み合わせたＰＩＴワクチンは、該患者の腫瘍負荷を有意に低減したことが示唆される。該患者は現在ＰＩＴワクチン治療を継続している。 ABC患者の腫瘍細胞におけるワクチン抗原発現の確率。ワクチンにおいて、１３つの標的抗原のうち４つが患者の腫瘍で発現する確率は９５％を超える。その結果として、１２つのペプチドワクチンを一緒に用いると、少なくとも４つの乳癌抗原に対して、９５％の確率で免疫応答を誘導することができる（ＡＧＰ９５）。各ペプチドがABC患者における免疫応答を誘導するであろう確率は、８４％である。ＡＧＰ５０は離散確率分布の平均（期待値）であり６．４５である（これは、ＡＢＣ患者の腫瘍への攻撃におけるワクチンの有効性の尺度である）。
配列の説明
配列番号１〜２０は、表１７に記載の９ｍｅｒのＴ細胞エピトープを示す。
配列番号２１〜４０は、表２０に記載の９ｍｅｒのＴ細胞エピトープを示す。
配列番号４１〜６０は、表１７の中に述べられた１５ｍｅｒのＴ細胞エピトープを示す。
配列番号６１〜８０は、表２０に記載の１５ｍｅｒのＴ細胞エピトープを示す。
配列番号８１〜１１１は、表１８ａに記載の乳がんワクチンペプチドを示す。
配列番号１１２〜１４２は、表２１ａに記載の結腸直腸がんワクチンペプチドを示す。
配列番号１４３〜１５８は、乳がん、結腸直腸がん、及び／又は卵巣がん関連抗原を示す。
配列番号１５９〜１７１は、表１０に記載の追加のペプチド配列を示す。
配列番号１７２〜１９４は、表１７に記載の９ｍｅｒのＴ細胞エピトープを示す。
配列番号１９５〜２３３は、表１７に記載の１５ｍｅｒのＴ細胞エピトープを示す。
配列番号２３４〜２５０は、表２０に記載のさらなる９ｍｅｒのＴ細胞エピトープを示す。
配列番号２５１〜２７１は、表２０に記載のさらなる１５ｍｅｒのＴ細胞エピトープを示す。
配列番号２７２〜３０１は、表２３に記載の９ｍｅｒのＴ細胞エピトープを示す。
配列番号３０２〜３３１は、表２３に記載の１５ｍｅｒのＴ細胞エピトープを示す。
配列番号３３２〜３４６は、表２４に記載の卵巣がんワクチンペプチドを示す。
配列番号３４７〜３６１は、乳がん、結腸直腸がん、及び／又は卵巣がん関連抗原を示す。
配列番号３６２〜３７４は、表３８に記載の患者ＸＹＺのために設計された個別化されたワクチンペプチドを示す。
配列番号３７５〜３８６は、表４１に記載の患者ＡＢＣのために設計された個別化されたワクチンペプチドを示す。
配列番号３８７〜４３４は、表３２に記載のさらなる９ｍｅｒのＴ細胞エピトープを示す。
配列番号４３５〜４４９は、表１８ａに記載のさらなる乳がんワクチンペプチドを示す。
詳細な説明
ＨＬＡ遺伝子型
ＨＬＡはヒトゲノムの最も多型な遺伝子によりコードされている。各人は、３つのＨＬＡクラスＩ分子（ＨＬＡ−Ａ＊、ＨＬＡ−Ｂ＊、ＨＬＡ−Ｃ＊）と４つのＨＬＡクラスＩＩ分子（ＨＬＡ−ＤＰ＊、ＨＬＡ−ＤＱ＊、ＨＬＡ−ＤＲＢ１＊、ＨＬＡ−ＤＲＢ３＊/４＊/５＊）の、母方及び父方の対立遺伝子を有する。実際には、各人は、同じタンパク質抗原由来の異なるエピトープを提示する、６つのＨＬＡクラスＩ分子と８つのＨＬＡクラスＩＩ分子の異なる組み合わせを発現する。ＨＬＡ分子の機能はＴ細胞応答を制御することである。しかしながら、最新の知識でも、如何にしてヒトのＨＬＡがＴ細胞の活性化を制御するかは不明であった。
ＨＬＡ分子のアミノ酸配列を指定するのに使用される命名法は以下のとおりである：遺伝子名＊対立遺伝子：タンパク質番号であり、例えば、ＨＬＡ−Ａ＊０２：２５のようになる。この例において、「０２」は対立遺伝子を指す。ほとんどの場合、対立遺伝子は血清型により定義され、所定の対立遺伝子のタンパク質は他の血清学的アッセイにおいて互いに反応しないであろうことを意味する。タンパク質番号（上記の例では「２５」）は、タンパク質が発見されると連続して割り当てられる。新しいタンパク質番号は、異なるアミノ酸配列を有する全てのタンパク質に割り当てられる（例えば、配列中の１つのアミノ酸の変化でさえ、異なるタンパク質番号であると見做される）。所定の遺伝子座の核酸配列についてのさらなる情報を、ＨＬＡの命名法に付加してもよいが、かかる情報は本明細書に記載の方法には必要とされない。
個体のＨＬＡクラスＩ遺伝子型又はＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型は、個体の各クラスＩ又はクラスＩＩＨＬＡの実際のアミノ酸配列を指すことがあり、又は上記のように、最小限各ＨＬＡ遺伝子の対立遺伝子及びタンパク質番号を指定する、命名法を指すこともある。ＨＬＡ遺伝子型は任意の適した方法を用いて決定され得る。例えば、配列は、本技術分野で既知の方法及びプロトコールを用いたＨＬＡの遺伝子座のシークエンシングを介して、決定され得る。あるいは、本技術分野で既知の方法を用いて、個体のＨＬＡセットがデータベース中に貯蔵され、アクセスされ得る。
一部の被験者は、同じＨＬＡ分子をコードする２つのＨＬＡ対立遺伝子を有し得る（例えば、同型接合体の場合には、ＨＬＡ−Ａ＊０２：２５の２つのコピー）。これらの対立遺伝子によってコードされるＨＬＡ分子は、同じＴ細胞エピト−プの全てに結合する。本開示の目的のために、本明細書で使用される「被験者の少なくとも２つのＨＬＡ分子に結合すること」は、１人の被験者における２つの同一のＨＬＡ対立遺伝子によってコードされるＨＬＡ分子に結合することを包含する。言い換えれば、「被験者の少なくとも２つのＨＬＡ分子に結合すること」などは、他に「被験者の少なくとも２つのＨＬＡ対立遺伝子によりコードされるＨＬＡ分子に結合すること」と表現され得る。
ポリペプチド
本開示はＣＴＡから得られ、ヒト集団の高い割合に対して免疫原性であるポリペプチドに関連する。
本明細書で使用される「ポリペプチド」との用語は、一続き（string）のアミノ酸として特徴付けられた全長タンパク質、タンパク質の一部、又はペプチドを指す。本明細書で使用される「ペプチド」との用語は、２、又は３、又は４、又は５、又は６、又は７、又は８、又は９、又は１０、又は１１、又は１２、又は１３、又は１４、又は１５と、１０、又は１１、又は１２、又は１３、又は１４、又は１５、又は２０、又は２５、又は３０、又は３５、又は４０、又は４５、又は５０、又は５５、又は６０との間のアミノ酸を含む短いポリペプチドをいう。
明細書で使用される「断片」又は「ポリペプチドの断片」との用語は、参照ポリペプチドと比較して典型的には長さが短く、共通する部分について該参照ポリペプチドと同一のアミノ酸配列を含む一続き（string）のアミノ酸又はアミノ酸配列を指す。本開示によるかかる断片は、適切な場合、構成成分であるより大きなポリペプチドに含まれていてもよい。場合によって該断片は、そのポリペプチドの全長例えば、その全ポリペプチド（９アミノ酸ペプチドなど）が単一のＴ細胞エピトープ、を含んでもよい。場合によって明細書で言及される断片は、２、又は３、又は４、又は５、又は６、又は７、又は８、又はと９と、２０、又は２５、又は３０、又は３５、又は４０、又は５０アミノ酸の間であってもよい。
本明細書で使用される「エピトープ」又は「Ｔ細胞エピトープ」との用語は、１つ以上のＨＬＡに対する結合親和性を有する（結合することができる）、タンパク質抗原内に含まれる連続するアミノ酸の配列を指す。エピトープはＨＬＡ及び抗原特異的であるが（既知の方法で予測される、ＨＬＡ−エピト−プの対）、被験者特異的ではない。エピトープ、Ｔ細胞エピトープ、ポリペプチド、ポリペプチドの断片、又はポリペプチド若しくはその断片を含む組成物は、それが特定のヒト被験者においてＴ細胞応答（細胞傷害性Ｔ細胞応答又はヘルパーＴ細胞応答）を誘導することができる場合には、その被験者に対して「免疫原性」である。場合によっては、ヘルパーＴ細胞応答は、Ｔｈ１型ヘルパーＴ細胞応答である。場合によっては、エピトープ、Ｔ細胞エピトープ、ポリペプチド、ポリペプチドの断片、又はポリペプチド若しくはその断片を含む組成物が、特定のヒト被験者のわずか１つのＨＬＡ分子に結合することができる異なるＴ細胞エピトープ（又は場合によっては２つのそれぞれ異なるＴ細胞エピトープ）よりも、該被験者におけるＴ細胞応答又は免疫応答を誘導する可能性が高い場合には、それは該被験者に対して免疫原性である。
「Ｔ細胞応答」及び「免疫応答」との用語は、本明細書中で互換的に使用され、１つ以上のＨＬＡ−エピトープ結合対の認識後のＴ細胞の活性化、及び／又は１つ以上のエフェクター機能の誘導を指す。場合によっては、ＨＬＡクラスＩＩ分子は、長く続くＣＴＬ応答と抗体応答の両者の誘導に関連するヘルパー応答を刺激するため、「免疫応答」にはは抗体応答が含まれる。エフェクター機能には細胞傷害性、サイトカイン産生、及び増殖が含まれる。本開示によれば、エピトープ、Ｔ細胞エピトープ、又はポリペプチドの断片が、特定の被験者の少なくとも２つ、若しくは場合によっては少なくとも３つのクラスＩ、又は少なくとも２つ、若しくは場合によっては少なくとも３つ若しくは少なくとも４つのクラスＩＩのＨＬＡに結合することができる場合には、それは該被験者に対して免疫原性である。
本開示の目的のために、「個人用エピトープ（personalepitope）」、又は「ＰＥＰＩ」との用語を作り出し、ＨＬＡ特異的なエピト−プと被験者特異的なエピト−プとを区別した。「ＰＥＰＩ」は、特定のヒト被験者の１つ以上のＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるポリペプチドの連続するアミノ酸の配列からなるポリペプチドの断片である。他の場合では、「ＰＥＰＩ」は、特定のヒト被験者の１つ以上のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープであるポリペプチドの連続するアミノ酸の配列からなるポリペプチドの断片である。言い換えれば、「ＰＥＰＩ」は、特定の個体のＨＬＡセットにより認識されるＴ細胞エピト−プであり、従ってＨＬＡと抗原に加えて被験者に特異的である。ＨＬＡと抗原のみに対して特異的な「エピトープ」とは対照的に、異なる個体は、それぞれ異なるT細胞エピトープに結合する異なるＨＬＡ分子を有するため、ＰＥＰＩは個体に特異的である。ＰＥＰＩのこの被験者特異性によって、個別化されたがんワクチンを作ることが可能となる。
本明細書で使用される「ＰＥＰＩ１」は、個体の１つのＨＬＡクラスＩ分子（又は、特定の分脈ではＨＬＡクラスＩＩ分子）に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。「ＰＥＰＩ１＋」は、個体の１つ以上のＨＬＡクラスＩ分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。
「ＰＥＰＩ２」は、個体の２つのＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。「ＰＥＰＩ２＋」は、個体の２つ以上のＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片、すなわち、本開示の方法に従って同定される断片を指す。
「ＰＥＰＩ３」は、個体の３つのＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。「ＰＥＰＩ３＋」は、個体の３つ以上のＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合することができるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。
「ＰＥＰＩ４」は、個体の４つのＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。「ＰＥＰＩ４＋」は、個体の４つ以上のＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。
「ＰＥＰＩ５」は、個体の５つのＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。「ＰＥＰＩ５＋」は、個体の５つ以上のＨＬＡクラスＩ（又はＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。
「ＰＥＰＩ６」は、個体の６つ全てのＨＬＡクラスＩ（又は６つのＨＬＡクラスＩＩ）分子に結合できるペプチド又はポリペプチドの断片を指す。
一般的に言えば、ＨＬＡクラスＩ分子により提示されるエピト−プは約９アミノ酸長であり、ＨＬＡクラスＩＩ分子により提示されるエピト−プは約１５アミノ酸長である。しかしながら、この開示の目的のために、エピトープは、該エピトープがＨＬＡに結合することができる限り、９つよりも多い若しくは少ないアミノ酸長であってもよく（ＨＬＡクラスＩの場合）、又は１５つのアミノ酸長であってもよい（ＨＬＡクラスＩＩの場合）。例えば、クラスＩＨＬＡに結合することができるエピト−プは７又は８又は９と、９又は１０又は１１との間のアミノ酸長であってもよい。クラスＩＩＨＬＡに結合することができるエピト−プは、１３又は１４又は１５と、１５又は１６又は１７との間のアミノ酸長であってもよい。
被験者の所定のＨＬＡは、ＡＰＣ内でのタンパク質抗原のプロセシングによって生成される、限られた数の異なるペプチドをＴ細胞に提示するであろう。本明細書で使用される「表示（display）」又は「提示（present）」は、ＨＬＡとの関連で使用されるときには、ペプチド（エピト−プ）とＨＬＡとの間の結合を指す。これに関して、ペプチドを「表示する」又は「提示する」ことは、ペプチドを「結合」することと同義である。
本技術分野で既知の技術を用いて、既知のＨＬＡに結合するであろうエピトープを決定することは可能である。同じ方法が直接比較される複数のＨＬＡ−エピト−プに結合する対を決定するために使用されることを前提として、任意の適切な方法が使用され得る。例えば生化学的な解析が使用され得る。所定のＨＬＡにより結合されることが既知のエピト−プのリストを使用することも可能である。どのエピトープが所定のＨＬＡにより結合され得るかを決定するために、予測ソフトウェア又はモデリングソフトウェアを使用することも可能である。例を表１に示す。場合によっては、５０００ｎＭ未満、２０００ｎＭ未満、１０００ｎＭ未満、又は５００ｎＭ未満のＩＣ５０又は予測されたＩＣ５０を有する場合に、Ｔ細胞エピトープは所定のＨＬＡに結合することができる。
態様によって本開示のペプチドは、１つ以上のＣＴＡの１つ以上の断片を含むか、１つ以上の断片からなってもよい。ＣＴＡは典型的には、健康な細胞の胚発生を過ぎると発現しない。健康な成人では、ＣＴＡの発現は、ＨＬＡを発現せず、Ｔ細胞に抗原を提示できない男性生殖細胞に限定される。よって、ＣＴＡは、がん細胞で発現した場合には、発現性のネオアンチゲンであると考えられる。
ＣＴＡの発現は、（ｉ）腫瘍細胞に対して特異的であり、（ｉｉ）原発腫瘍よりも転移腫瘍でより頻度が高く、（ｉｉｉ）同じ患者の転移腫瘍間で保存されている（Gajewski ed. Targeted Therapeutics in Melanoma. Springer New York. 2012）ので、ＣＴＡは癌ワクチンの標的として良い選択である。
本開示のペプチドは、ＳＰＡＧ９（配列番号１４３）、ＡＫＡＰ−４（配列番号１４４）、ＢＯＲＩＳ（配列番号１４５）、ＮＹ−ＳＡＲ−３５（配列番号１４６）、ＮＹ−ＢＲ−１（配列番号１４７）、ＳＵＲＶＩＶＩＮ（配列番号１４８）、ＭＡＧＥ−Ａ１１（配列番号１４９）、ＰＲＡＭＥ（配列番号１５０）、ＭＡＧＥ−Ａ９（配列番号１５１）、ＨＯＭ−ＴＥＳ−８５（配列番号１５２）、ＰＩＷＩＬ−２（配列番号３４９）、ＥｐＣＡＭ（配列番号１５４）、ＨＩＷＩ（配列番号３５０）、ＰＬＵ−１（配列番号３５１）、ＴＳＧＡ１０（配列番号３５１）、ＯＤＦ−４（配列番号３５２）、ＳＰ１７（配列番号３５４）、ＲＨＯＸＦ−２（配列番号３５５）、及びＮＹ−ＥＳＯ−１（配列番号３５６）から選択される１つ以上の乳がん関連抗原；ＰＩＷＩＬ−４（配列番号３５７）、ＷＴ１（配列番号３５８）、ＥｐＣＡＭ（配列番号１５４）、ＢＯＲＩＳ（配列番号１４５）、ＡＫＡＰ−４（配列番号１４４）、ＯＹ−ＴＥＳ−１（配列番号３５９）、ＳＰ１７（配列番号３５４）、ＰＩＷＩＬ−２（配列番号３４９）、ＰＩＷＩＬ−３（配列番号３６０）、ＳＰＡＧ９（配列番号１４３）、ＰＲＡＭＥ（配列番号１５０）、ＨＩＷＩ（配列番号３５０）、ＳＵＲＶＩＶＩＮ（配列番号１４８）、及びＡＫＡＰ−３（配列番号３６１）から選択される１つ以上の卵巣がん関連抗原；及び／又は、ＴＳＰ５０（配列番号１５３）、ＥｐＣＡＭ（配列番号１５４）、ＳＰＡＧ９（配列番号１４３）、ＣＡＧＥ１（配列番号１５５）、ＦＢＸＯ３９（配列番号１５６）、ＳＵＲＶＩＶＩＮ（配列番号１４８）、ＭＡＧＥ−Ａ８（配列番号１５７）、ＭＡＧＥ−Ａ６（配列番号１５８）、ＬＥＭＤ１（配列番号３４８）及びＭＡＧＥ−Ａ３（配列番号３４７）から選択される１つ以上の結腸直腸がん関連抗原、の１つ以上の断片を含むか、又は１つ以上の断片からなってもよい。場合によってペプチドは、配列番号４１〜８０、又はＴ細胞の活性化／集団に亘る全ての型のＨＬＡへの結合に最適化された配列番号４１〜８０から、又は配列番号４１〜８０、１９５〜２３３、２５１〜２７１、及び３０２〜３３１から選択される１つ以上のアミノ酸配列を含むか、又は１つ以上のアミノ酸配列からなる。
場合によってアミノ酸配列は、標的ポリペプチド抗原の配列の一部ではない、追加のアミノ酸が、Ｎ末端及び／又はＣ末端に隣接しており、言い換えればそれは、標的ポリペプチド抗原の中の選択された断片に隣接して見出される連続するアミノ酸と同じ配列ではない。場合によって配列は、最大４１又は３５又は３０又は２５又は２０又は１５又は１０又は９又は８又は７又は６又は５又は４又は３又は２又は１つの追加のアミノ酸が、Ｎ末端及び／又はＣ末端に隣接しているか、又は標的ポリペプチド抗原の断片の間にある。他の場合には、各ポリペプチドは、標的ポリペプチド抗原の断片からなるか、又は単一のペプチド内で端と端とを並べて配置されている（ペプチドの端から端に連続して配置されている）若しくは重複する（２つ以上の断片は部分的に重複する配列を含み、例えば同じポリペプチド内の２つのＰＥＰＩがお互いに５０アミノ酸以内にある）２つ以上の断片からなるか、のいずれかである。
異なるポリペプチドの断片、又は同じポリペプチドの異なる領域に由来する断片が改変されたペプチド内で共に接続された場合、該接続部（join）又は接合部（junction）の周りにネオエピトープが生成される可能性がある。かかるネオエピトープは、接続部又は接合部のいずれかの側の各断片に由来する少なくとも１つのアミノ酸を包含し、本明細書では接合部の（junctional）アミノ酸配列とする場合がある。ネオエピトープは健康な細胞に対する望ましくないＴ細胞応答（自己免疫）を誘導し得る。正常で健康なヒト細胞で発現するタンパク質の断片に相当するネオエピトープ、及び／又は被験者の少なくとも２つ、場合によっては少なくとも３つ、若しくは少なくとも４つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができる、又は場合によってはその被験者の少なくとも２つ、少なくとも３つ、又は４つ、若しくは５つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるネオエピトープを回避、除去、又は最小化するために、ペプチドを設計してもよく、又はスクリーニングしてもよい。場合によってはペプチドを設計し、又はポリペプチドをスクリーニングして、治療意図集団内のヒト被験者の閾値を超えるパーセンテージで、集団の個々の被験者により発現される少なくとも２つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することを可能とする、接合部の（junctional）ネオエピト−プを有するポリペプチドを除外する。場合によって閾値は、前記集団の２０％、又は１５％、又は１０％、又は５％、又は２％、又は１％、又は０．５％である。アラインメントは、ＢＬＡＳＴアルゴリズムなどの既知の方法を用いて決定され得る。ＢＬＡＳＴ解析を行うためのソフトウェアは、国立生物工学情報センター（http://www.ncbi.nlm.nih.gov/）を介して公開されている。
ワクチン又は免疫療法組成物の中に、個体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができる少なくとも２つのポリペプチド断片（エピトープ）の存在（２つ以上のＰＥＰＩ３＋）が、臨床応答を予測する。言い換えれば、２つ以上のＰＥＰＩ３＋がワクチン又は免疫療法組成物の有効成分のポリペプチド内で同定できる場合には、個体は臨床応答者である可能性が高い。組成物ポリペプチドの少なくとも２つの複数ＨＬＡ結合ＰＥＰＩは、両方とも単一の抗原（例えば、ワクチンにより標的化される単一の腫瘍関連抗原に由来する２つの複数のＨＬＡ結合ＰＥＰＩを含むポリペプチドワクチン）を標的とし得、又は異なる抗原（例えば、１つの腫瘍関連抗原に由来する１つの複数ＨＬＡ結合ＰＥＰＩ、及び異なる腫瘍関連抗原に由来する第２の複数ＨＬＡ結合ＰＥＰＩを含むポリペプチドワクチン）を標的とし得る。
理論に拘束されることを望むものではないが、本発明者は、少なくとも２つの複数のＨＬＡ結合ＰＥＰＩを含むワクチン／免疫療法から臨床的利益が得られる可能性が増加する１つの理由は、がん若しくは腫瘍細胞又はＨＩＶなどのウイルス若しくは病原体に感染した細胞などの罹患細胞集団は、影響を受けた被験者内及び被験者間の両方でしばしば不均一であると信じている。例えば特定のがん患者は、ワクチンの特定のがん関連標的ポリペプチド抗原を発現又は過剰発現し得るし、又は発現し得なく、又はそれらのがんは不均一な細胞集団を含み得るが、その一部は抗原を（過剰）発現し、一部は発現しない。加えて、患者は標的ＰＥＰＩの変異を介して組成物に対する耐性ができる可能性が低くなるため、より多数のＨＬＡ結合ＰＥＰＩがワクチン／免疫療法に含まれるか又は標的とされる場合には、耐性ができる可能性が低下する。
現在、ほとんどのワクチン及び免疫療法組成物は、単一のポリペプチド抗原のみを標的としている。しかしながら本開示によれば、場合によっては２つ以上の異なるポリペプチド抗原を標的とする医薬組成物を提供することが有益である。例えばほとんどのがんと腫瘍は不均一性であり、これは、被験者の異なるがん又は腫瘍細胞は異なる抗原を（過剰に）発現することを意味する。異なるがん患者の腫瘍細胞はまた、腫瘍関連抗原の様々な組み合わせを発現する。有効である可能性が最も高い抗がん免疫原性組成物は、腫瘍によって発現される複数の抗原、（従って個々のヒト被験者において又は集団において、より多くのがん又は腫瘍細胞）によって発現される複数の抗原を標的とするものである。
単一の治療の中で複数の最良ＥＰＩを組み合わせること（共に複数のＰＥＰＩを含む１つ以上の医薬組成物の投与）の有益な効果は、下記の実施例１５と１６の中で述べられている個別化されたワクチンポリペプチドによって説明される。卵巣がんにおける例示的なＣＴＡ発現の確率は下記の通りである：ＢＡＧＥ：３０％；ＭＡＧＥ Ａ９：３７％；ＭＡＧＥ Ａ４：３４％；ＭＡＧＥ Ａ１０：５２％。患者ＸＹＺがＢＡＧＥ及びＭＡＧＥ Ａ９のみにＰＥＰＩを含むワクチンで治療された場合、ｍＡＧＰ（ＰＥＰＩを有する複数の発現した抗原）を有する確率は１１％となる。患者ＸＹＺがＭＡＧＥ Ａ４及びＭＡＧＥ Ａ１０についてのＰＥＰＩのみを含むワクチンで治療された場合、ｍｕｌｔｉＡＧＰを有する確率は１９％となる。しかしながら、ワクチンがこれら４つのＣＴＡ（ＢＡＧＥ、ＭＡＧＥ Ａ９、ＭＡＧＥ Ａ４、及びＭＡＧＥ Ａ１０）の全てを含んでいる場合、ｍＡＧＰを有する確率は５０％となる。言い換えれば効果は、両方の２つのＰＥＰＩ治療のｍＡＧＰの複合確率（ＢＡＧＥ／ＭＡＧＥについてのｍＡＧＰの確率＋ＭＡＧＥ Ａ４とＭＡＧＥ Ａ１０についてのｍＡＧＰの確率）よりも高くなる。実施例２１に記載の患者ＸＹＺのＰＩＴワクチンはさらに９つのＰＥＰＩを含み、よってｍＡＧＰを有する確率は９９．９５％超である。
同様に、乳がんにおける例示的なＣＴＡ発現の確率は以下の通りである：ＭＡＧＥ Ｃ２：２１％；ＭＡＧＥ Ａ１：３７％；ＳＰＣ１：３８％；ＭＡＧＥ Ａ９：４４％。ＭＡＧＥ Ｃ２：２１％及びＭＡＧＥ Ａ１のみにＰＥＰＩを含むワクチンによる患者ＡＢＣの治療は、７％のｍＡＧＰの確率を示す。ＳＰＣ１：３８％；ＭＡＧＥ Ａ９のみにＰＥＰＩを含むワクチンによる患者ＡＢＣの治療は、１１％のｍＡＧＰの確率を示す。ＭＡＧＥ Ｃ２：２１％；ＭＡＧＥ Ａ１：３７％；ＳＰＣ１：３８％；ＭＡＧＥ Ａ９にＰＥＰＩを含むワクチンでの患者ＡＢＣの治療は、４４％（４４＞７＋１１）のｍＡＧＰの確率を有する。実施例２２に記載の患者ＡＢＣのＰＩＴワクチンは、さらに８つのＰＥＰＩを含み、よってｍＡＧＰを有する確率は９９．９３％超である。
従って場合によっては、本開示のポリペプチド若しくはポリペプチドのパネル、又は本開示の医薬組成物若しくはキットの有効成分のポリペプチドは、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４若しくは２５個の上記で議論したＣＴＡなどの腫瘍関連抗原の又はＣＴＡの、少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４若しくは２５の断片の任意の組み合わせを含むか、又はその組み合わせからなってもよい。各断片は、配列番号１〜４０から選択される；若しくは配列番号１〜２０から選択される；若しくは配列番号２１〜４０から選択される；若しくは配列番号１〜２０、２４、及び１７２〜１９４から選択される；若しくは配列番号２１〜４０、及び２３４〜２５０から選択される；若しくは配列番号２７２〜３０１から選択される；若しくは配列番号１〜４０、１７２〜１９４、及び２３４〜２５０から選択される；若しくは配列番号２１〜４０、２３４〜２５０、及び２７２〜３０１から選択される；若しくは配列番号１〜２０、２４、１７２〜１９４、及び２７２〜３０１から選択される；若しくは配列番号１〜４０、１７２〜１９４、２３４〜２５０、及び２７２〜３０１から選択される；若しくは配列番号４１〜６０、６４、及び１９５〜２３３から選択される；若しくは配列番号６１〜８０、及び２５１〜２７１から選択される；若しくは配列番号３０２〜３３１から選択される；若しくは配列番号４１〜８０、１９５〜２３３、及び２５１〜２７１から選択される；若しくは配列番号６１〜８０、２５１〜２７１、及び３０２〜３３１から選択される；若しくは配列番号４１〜６０、６４、１９１〜２３３、及び３０２〜３３１から選択される；若しくは配列番号４１〜８０、１９５〜２３３、２５１〜２７１、及び
３３２〜３４６から選択される；若しくは配列番号１〜２０、２４、４１〜６０、６４、１７２〜１９４、及び１９５〜２３３から選択される；若しくは配列番号２１〜４０、６１〜８０、２３４〜２５０、及び２５１〜２７１から選択される；若しくは配列番号２７１〜３３１から選択される；若しくは配列番号１〜８０、１７２〜１９４、１９５〜２３３、２３４〜２５０、及び２５１〜２７１から選択される；若しくは配列番号２１〜４０、６１〜８０、２３４〜２５０、２５１〜２７１、２７２〜３０１、及び３０２〜３３１から選択される；若しくは配列番号１〜８０、１７２〜２３３、２３４〜２７１、及び２７２〜３３１から選択される；若しくは配列番号８１〜１１１、及び４３５〜４４９から選択される；若しくは配列番号１１２〜１４２から選択される；若しくは配列番号３３２〜３４６から選択される；若しくは配列番号８１〜１４２から選択される；若しくは配列番号１１２〜１４２、及び３３２〜３４６から選択される；若しくは配列番号８１〜１１１、４３５〜４４９、及び３３２〜３４６から選択される；若しくは配列番号８１〜１４２、及び３３２〜３４６から選択される；若しくは配列番号４１〜６０、
６４、８１〜１１１、４３５〜４４９、及び１９５〜２３３から選択される；若しくは配列番号６１〜８０、１１２〜１４２、及び２５１〜２７１から選択される；若しくは配列番号３０２〜３４６から選択される；若しくは配列番号４１〜１４２、１９５〜２３３、及び２５１〜２７１から選択される；若しくは配列番号６１〜８０、１１２〜１４２、２５１〜２７１、及び３０２〜３４６から選択される；若しくは配列番号４１〜６０、６４、８１〜１１１、４３５〜４４９、１９５〜２３３、及び３０２〜３４６から選択される；若しくは配列番号４１〜１４２、１９５〜２３３、２５１〜２７１、及び３０２〜３４６から選択される；若しくは配列番号１〜２０、２４、４１〜６０、６４、８１〜１１１、４３５〜４４９、及び１７２〜２３３から選択される；若しくは配列番号２１〜４０、６１〜８０、１１２〜１４２、若しくは２３４〜２７１から選択される；若しくは配列番号２７２〜３４６から選択される；若しくは配列番号１〜１４２、及び１７２〜２７１から選択される；若しくは配列番号２１〜４０、６１〜８０、１１２〜１４２、及び２３４〜３４６から選択される；若しくは配列番号１〜２０、２４、４１〜６０、６４、８１〜１１１、４３５〜４４９、１７２〜２３３、及び２７２〜３４６から選択される；若しくは配列番号１〜１４２、及び１７２〜３４６から選択される；若しくは配列番号１〜２、若しくは１〜３、若しくは４、若しくは５、若しくは６、若しくは７、若しくは８、若しくは９、若しくは１０、若しくは１１、若しくは１２、若しくは１３、若しくは１４、若しくは１５、若しくは１６、若しくは１７、若しくは１８、若しくは１９、若しくは配列番号２０〜２１、若しくは２０〜２２、若しくは２３、若しくは２４、若しくは２５、若しくは２６、若しくは２７、若しくは２８、若しくは２９、若しくは３０、若しくは３１、若しくは３２、若しくは３３、若しくは３４、若しくは３５、若しくは３６、若しくは３７、若しくは３８、若しくは３９から選択されるアミノ酸配列を有する異なる標的エピトープ；又は配列番号４１〜８０、若しくは配列番号４１〜６０、若しくは配列番号６１〜８０；若しくは配列番号４１〜４２、若しくは４１〜４３、若しくは４１〜４４、若しくは４１〜４５、若しくは４１〜４６、若しくは４１〜４７、若しくは４１〜４８、若しくは４１〜４９、若しくは５０、若しくは５１、若しくは５２、若しくは５３、若しくは５４、若しくは５５、若しくは５６、若しくは５７、若しくは５８、若しくは５９、配列番号６０〜６１、若しくは６０〜６２、若しくは６０〜６３、若しくは６０〜６４、若しくは６０〜６５、若しくは６０〜６６、若しくは６０〜６７、若しくは６０〜６８、若しくは６０〜６９、若しくは６０〜７０、若しくは６０〜７１、若しくは６０〜７２、若しくは６０〜７３、若しくは６０〜７４、若しくは６０〜７５、若しくは６０〜７６、若しくは６０〜７７、若しくは６０〜７８、若しくは６０〜７９から選択される異なるアミノ酸配列；配列番号８１〜１４２から選択される；若しくは配列番号８１〜８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０、若しくは１１１から選択される；若しくは配列番号８１〜１０５から選択される；若しくは配列番号９９、１００、９２、９３、１０１、１０３、１０４、１０５、及び９８から選択される；若しくは配列番号１１２〜１４２から選択される；若しくは配列番号１１２〜１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、１３３、１３４、１３５、１３６、１３７、１３８、１３９、１４０、１４１若しくは１４２から選択される；若しくは配列番号１１２〜１３４から選択される；若しくは配列番号１２１、１２４、１２６、１２７、１３０、１３１、１３２、１３３、及び１３４から選択される；若しくは配列番号１〜２、若しくは１〜３、若しくは４、若しくは５、若しくは６、若しくは７、若しくは８、若しくは９、若しくは１０、若しくは１１、若しくは１２、若しくは１３、若しくは１４、若しくは１５、若しくは１６、若しくは１７、若しくは１８、若しくは１９、若しくは配列番号２０〜２１、若しくは２０〜２２、若しくは２３、若しくは２４、若しくは２５、若しくは２６、若しくは２７、若しくは２８、若しくは２９、若しくは３０、若しくは３１、若しくは３２、若しくは３３、若しくは３４、若しくは３５、若しくは３６、若しくは３７、若しくは３８、若しくは３９から選択される異なるアミノ酸配列；又は配列番号４１〜８０、若しくは配列番号４１〜６０、若しくは配列番号６１〜８０；若しくは配列番号４１〜４２、若しくは４１〜４３、若しくは４１〜４４、若しくは４１〜４５、若しくは４１〜４６、若しくは４１〜４７、若しくは４１〜４８、若しくは４１〜４９、若しくは５０、若しくは５１、若しくは５２、若しくは５３、若しくは５４、若しくは５５、
若しくは５６、若しくは５７、若しくは５８、若しくは５９、配列番号６０〜６１、若しくは６０〜６２、若しくは６０〜６３、若しくは６０〜６４、若しくは６０〜６５、若しくは６０〜６６、若しくは６０〜６７、若しくは６０〜６８、若しくは６０〜６９、若しくは６０〜７０、若しくは６０〜７１、若しくは６０〜７２、若しくは６０〜７３、若しくは６０〜７４、若しくは６０〜７５、若しくは６０〜７６、若しくは６０〜７７、若しくは６０〜７８、若しくは６０〜７９から選択される異なるアミノ酸配列；配列番号８１〜１４２から選択される；若しくは配列番号８１〜８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００、１０１、１０２、１０３、１０５、１０６、１０７、１０８、１０９、１１０若しくは１１１から選択される；若しくは配列番号８１〜１０５から選択される；若しくは配列番号９９、１００、９２、９３、１０１、１０３、１０４、１０５、及び９８から選択される；若しくは配列番号１１２〜１４２から選択される；若しくは配列番号１１２〜１１３、１１４、１１５、１１６、１１７、１１８、１１９、１２０、１２１、１２３、１２４、１２５、１２６、１２７、１２８、１２９、１３０、１３１、１３２、１３３、１３４、１３５、１３６、１３７、１３８、１３９、１４０、１４１、若しくは１４２から選択される；若しくは配列番号１１２〜１３４から選択される；若しくは配列番号１２１、１２４、１２６、１２７、１３０、１３１、１３２、１３３、及び１３４から選択される；若しくは配列番号１３０、１２１、１３１、１２４、１３４、１２６から選択される；若しくは配列番号４３５〜４４９から選択される；若しくは配列番号１２、３２、１９及び／又は３９、及び／又は配列番号２１、４１、２３、及び／又は４３、及び／又は配列番号１７２、１７７、１９５及び／又は２０３、及び／又は配列番号１、４１及び／又は１９７、及び／又は配列番号４、４４及び／又は２０１、及び／又は配列番号１、４、４４、１９７及び／又は２０１、及び／又は配列番号１、４１、１９７、１８４及び／又は２１２、及び／又は配列番号３、４３及び／又は２００、及び／又は配列番号３、４３、２００、７及び／又は４７、及び／又は配列番号１０、５０及び／又は２２０、及び／又は配列番号２４、６４及び／又は２０２、及び／又は配列番号６、４６及び／又は２０９、及び／又は配列番号１８２、２１０、１８５及び／又は２１３、及び／又は配列番号１４、５４、２２５並びに２２６、及び／又は配列番号１９０、２１８、１１、５１及び／又は２１９、及び／又は配列番号１２、２２４及び／又は５２、及び／又は配列番号１９７、２２７及び／又は２２８、及び／又は配列番号１７、２２９、２３０及び／又は５７、及び／又は配列番号２１、２５２、６１及び／又は２５３、及び／又は配列番号２３、６３及び／又は２５６、及び／又は配列番号２１、２５２、６１、２５３、２３、６３及び／又は２５６、及び／又は配列番号２３７及び／又は２３８、及び／又は配列番号２６及び／又は２４０、及び／又は配列番号２４２、２４４、２６３及び／又は２６５、及び／又は配列番号２９、６９及び／又は２５９、及び／又は配列番号２４、６４及び／又は２５５、及び／又は配列番号２３６、２５７及び／又は２５８、及び／又は配列番号２７、６７、２４１及び／又は２６２、及び／又は配列番号２５２、２４９及び／又は２６４、及び／又は配列番号３５、２５０及び／又は７５、及び／又は配列番号２５２、２４９、２６４、３５、２５０及び／又は７５、及び／又は配列番号３６、２６６及び／又は７６、及び／又は配列番号３６、２６６、７６、３９及び／又は７９、
及び／又は配列番号３８、２６８及び／又は７８、及び／又は配列番号３８、２６８、７８、２４６及び／又は２７０、及び／又は配列番号２４５、２６９、及び／又は２４８、及び／又は配列番号２４５、２６９、２４８、４０及び／又は８０、及び／又は配列番号２７２、３０２、２８１及び／又は３１１、及び／又は配列番号２７６、３０６、３００及び／又は３３０、及び／又は配列番号２７６、３０６、２８９及び／又は３１９、及び／又は配列番号２７７、３０７、２８３及び／又は３１３、及び／又は配列番号２７７、３０７、２９０及び／又は３２０、及び／又は配列番号２８２、３１２、２９７及び／又は３２７を除くこれらの群の配列の何れかより選択される異なるアミノ酸配列、又は配列番号１４３〜１５８及び３４７〜３５１；及び／又は配列番号１８、１９及び／又は２０及び／又は配列番号３４〜４０；及び／又は１２％、若しくは１３％、若しくは１４％、若しくは１７．６％、若しくは１７．８％、若しくは１８％、若しくは２０％、若しくは２１％、若しくは２２％、若しくは２２．２％、若しくは２４％、若しくは２５％、若しくは２７％、若しくは２８％、若しくは３０％、若しくは３１％、若しくは３１．５％、若しくは３２％、若しくは３２．５％、若しくは３５％未満のＮ％＊Ｂ％値を有する表１７、２０及び／又は２３に示されるペプチドに相当する配列番号、の抗原の何れか１つ以上において互いに５０〜６０アミノ酸以内にある、本明細書に開示された配列の任意の他の組み合わせの配列、を含むか又はそれからなる。場合によってはポリペプチドのパネルは、配列番号１３０、１２１、１３１、１２４、１３４、１２６及び／又は配列番号４３５〜４４９のアミノ酸配列を含む、又はそれらのアミノ酸配列からなる、１個以上のポリペプチドを含む又はそのポリペプチドからなる。
場合によって本開示は、任意の２つ以上のペプチドのパネル、又は上記で述べたペプチドの群を提供する。例えばそのパネルは、そのようなペプチドを２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５個以上含んでもよい。場合によってそのパネルは、配列番号９９、１００、９２、９３、１０１、１０３、１０４、１０５及び９８のアミノ酸配列；又は配列番号１２１、１２４、１２６、１２７、１３０、１３１、１３２、１３３及び１３４のアミノ酸配列の全て若しくは任意の組み合わせを含むか又はそれからなるペプチド、を含むか又はそれからなる。場合によってそのパネルは、配列番号１３０、１２１、１３１、１２４、１３４、１２６及び又は配列番号４３５〜４４９のアミノ酸配列の全て若しくは任意の組み合わせを含むか又はそれからなるペプチドを含むか又はそれからなる。
医薬組成物、治療方法及び投与方法
いくつかの態様において本開示は、有効成分として１つ以上のポリペプチドを有する、上記の医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルに関する。これらは、被験者に対する、免疫応答の誘導、治療、ワクチン接種、又は免疫療法を提供する方法において使用するためのものであってもよく、医薬組成物はワクチン又は免疫療法組成物であってもよい。かかる治療は、１つ以上のポリペプチド又は治療の有効成分のポリペプチドの全てを共に含む医薬組成物を、被験者に投与することを含む。複数のポリペプチド又は医薬組成物を一緒に又は順次投与してもよく、例えば全ての医薬組成物又はポリペプチドを１年、又は６か月、又は３か月、又は６０日、又は５０日、又は４０日、又は３０日の期間内に被験者に投与してもよい。
本明細書で使用される「有効成分（active ingredient）」との用語は、免疫応答を誘導することを意図するポリペプチドを指し、被験者への投与後にインビボで産生されるワクチン又は免疫療法組成物のポリペプチド産物を含み得る。ＤＮＡ又はＲＮＡの免疫療法組成物において、ポリペプチドは、組成物が投与された被験者の細胞によりインビボで産生され得る。細胞ベースの組成物において、ポリペプチドは、組成物の細胞、例えば、ポリペプチドでパルスされた（pulsed with）、又はポリペプチドをコードする発現コンストラクトを含む自家の樹状細胞又は抗原提示細胞、によって処理され及び／又は提示され得る。医薬組成物は、１つ以上の有効成分のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド又は細胞を含んでもよい。
組成物／キットは、任意選択で少なくとも１つの薬学的に許容可能な希釈剤、担体、若しくは保存剤、及び／又は如何なるＰＥＰＩも含まない追加のポリペプチドをさらに含んでもよい。ポリペプチドは改変されたものでもあっても、又は非自然発生のものであってもよい。キットは、それぞれが１つ以上の有効成分のペプチドを含む１つ以上の別個の容器を含んでもよい。組成物／キットは、がんなどの個体の疾患を予防、診断、緩和、治療、又は治癒するための個別化された医薬であってもよい。
本明細書に記載の免疫原性若しくは医薬組成物又はキットは、１つ以上の免疫原性ペプチドに加えて、薬学的に許容可能な賦形剤、担体、希釈剤、緩衝剤、安定化剤、保存剤、アジュバント、又は当業者によく知られた他の材料を含んでもよい。かかる材料は、好ましくは非毒性であり、好ましくは有効成分の薬学的活性に干渉しない。薬学的担体又は希釈剤は、例えば、水含有溶液であってもよい。担体又は他の材料の正確な性質は投与経路、例えば、経口、静脈内、皮膚又は皮下、鼻、筋肉内、皮内、及び腹腔内の経路、に依存し得る。
本開示の医薬組成物は１つ以上の「薬学的に許容可能な担体」を含んでもよい。これらは典型的には、タンパク質、糖類、ポリ乳酸、ポリグリコール酸、高分子アミノ酸、アミノ酸共重合体、スクロース（Paoletti et al., 2001, Vaccine, 19:2118）、トレハロース（WO 00/56365）、ラクト−ス、及び脂質凝集体（油滴又はリポソームなど）などの大きく、ゆっくりと代謝される高分子である。かかる担体は、当業者によく知られている。医薬組成物はまた、水、生理食塩水、グリセロール等の希釈剤も含んでもよい。さらに、湿潤剤又は乳化剤、ｐＨ緩衝物質などの補助物質が存在してよい。無菌の発熱物質を含まないリン酸緩衝生理食塩水は、典型的な担体である（Gennaro, 2000, Remington: The Science and Practice of Pharmacy, 20th edition, ISBN:0683306472）。
本開示の医薬組成物は、凍結乾燥されてもよいし、又は水性の形態、即ち溶液又は懸濁液であってもよい。この型の液体製剤は、水性媒体中で再構成する必要なく、組成物をそれらが包装された形態から直接投与することを可能にし、よって注射に理想的である。医薬組成物は、バイアルに入れて提供されてもよく、又は予め充填されたシリンジに入れて提供されてもよい。シリンジは針付きで、又は針なしで供給されてもよい。シリンジは単回投与量を含むが、一方バイアルは単回投与量又は複数回投与量を含み得る。
本開示の液体製剤は、凍結乾燥された形態から他の薬剤を再構成するのにも適している。医薬組成物がそのような即時の再構成のために使用される場合には、本開示は、２つのバイアルを含み得る、又は１つの予め充填されたシリンジ及び１つのバイアルを含み得るキットを提供し、シリンジの内容物は注射の前にバイアルの内容物を再構成するために使用される。
本開示の医薬組成物は、特に複数回投与の形式で包装される場合、抗菌剤を含んでもよい。２−フェノキシエタノール又はパラベン（メチル、エチル、プロピルパラベン）等の抗菌剤を使用してもよい。任意の保存剤は、低レベルで存在することが好ましい。保存剤は外から添加されてもよく、及び／又は、混合された組成物を形成するバルク抗原の成分であってもよい（例えば百日咳抗原中に保存剤として存在する）。
本開示の医薬組成物は、洗浄剤、例えば、Ｔｗｅｅｎ（ポリソルベート）、ＤＭＳＯ（ジメチルスルホキシド）、ＤＭＦ（ジメチルホルムアミド）を含んでいてもよい。洗浄剤は一般的には例えば０．０１％未満の低レベルで存在するが、例えば０．０１〜５０％のより高いレベルで使用してもよい。
本開示の医薬組成物は、ナトリウム塩（例えば塩化ナトリウム）、及び（例えばリン酸緩衝液の使用により）遊離のリン酸イオンを溶液中に含んでもよい。
特定の態様において、医薬組成物は、ペプチドを抗原提示細胞に送達するため、又は安定性を増加させるため、のいずれかのために適切な媒体（vehicle）中にカプセル化されてもよい。当業者に理解されるように、本開示の医薬組成物を送達するために様々な媒体が適している。適切に構築された流体送達システムの非限定的な例として、ナノ粒子、リポソーム、マイクロエマルジョン、ミセル、デンドリマー、及び他のリン脂質含有システムが含まれ得る。医薬組成物を送達媒体に組み込む方法は、本技術分野で既知である。
組成物の免疫原性を増加させるために、医薬組成物は１つ以上のアジュバント及び／又はサイトカインを含んでもよい。
適切なアジュバントとして、水酸化アルミニウム又はリン酸アルミニウムなどのアルミニウム塩が挙げられるが、カルシウム、鉄若しくは亜鉛の塩であってもよく、又はアシル化チロシン若しくはアシル化糖の不溶性懸濁液であってもよく、又はカチオン性若しくはアニオン性の誘導体化糖類、ポリホスファゼン、生分解性ミクロスフェア、モノホスホリル脂質Ａ（ＭＰＬ）、（例えば毒性が低減された）脂質Ａ誘導体、３−Ｏ−デアセチル化ＭＰＬ［３Ｄ−ＭＰＬ］、クイル（quil）Ａ、サポニン、ＱＳ２１、フロイント不完全アジュバント（Ｄｉｆｃｏ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、デトロイト、ミシガン州）、メルクアジュバント６５（Ｍｅｒｃｋ ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｉｎｃ．，ローウェイ、ニュージャージー州）、ＡＳ−２（Ｓｍｉｔｈ−Ｋｌｉｎｅ Ｂｅｅｃｈａｍ、フィラデルフィア、ペンシルバニア州）、ＣｐＧオリゴヌクレオチド、生体接着剤及び粘膜接着剤、微粒子、リポソーム、ポリオキシエチレンエーテル製剤、ポリオキシエチレンエステル製剤、ムラミルペプチド又はイミダゾキノロン化合物（例えば、イミキモド（imiquamod）及びその同族体）であってもよい。本開示においてアジュバントとしての使用に適しているヒトの免疫調節剤としては、インターロイキン（例えば、ＩＬ−１、ＩＬ−２、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−１２等）、マクロファージコロニー刺激因子（Ｍ−ＣＳＦ）、腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）、顆粒球−マクロファージコロニー刺激因子（ＧＭ−ＣＳＦ）などのサイトカインが挙げられる。
いくつかの実施態様において、組成物は、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ−５１（Ｓｅｐｐｉｃ，Ｉｎｃ．、フェアフィールド、ニュージャージー州、アメリカ合衆国）、ＱＳ−２１（Ａｑｕｉｌｉａ Ｂｉｏｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．、レキシントン、マサシューセッツ州、アメリカ合衆国）、ＧＭ−ＣＳＦ、シクロホスファミド（cyclophosamide）、カルメット−ゲラン桿菌（ＢＣＧ）、コリネバクテリウム・パルバム、レバミソール、アジメゾン（azimezone）、イソプリニゾン（isoprinizone）、ジニトロクロロベンゼン（ＤＮＣＢ）、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）、フロイントアジュバント（完全又は不完全）、ミネラルゲル、水酸化アルミニウム（Ａｌｕｍ）、リソレシチン、プルロニックポリオール、ポリアニオン、油乳剤、ジニトロフェノール、ジフテリア毒素（ＤＴ）からなる群から選択されるアジュバントを含む。
例としてサイトカインは、ＴＧＦ−α及びＴＧＦ−βなど（ただしこれらに限定されない）のトランスフォーミング増殖因子（ＴＧＦ）（；インスリン様成長因子−Ｉ及び／又はインスリン様成長因子−ＩＩ；エリスロポエチン（ＥＰＯ）；骨誘導因子；インターフェロン−α、−β、及び−γなど（ただしこれらに限定されない）のインターフェロン（ＩＦＮ）；マクロファージ−ＣＳＦ（Ｍ−ＣＳＦなど（ただしこれらに限定されない）のコロニー刺激因子（ＣＳＦ）；顆粒球−マクロファージ−ＣＳＦ（ＧＭ−ＣＳＦ）；及び顆粒球−ＣＳＦ（Ｇ−ＣＳＦ）からなる群から選択されてもよい。いつくかの態様において、サイトカインは、ＮＧＦ−βなどの神経成長因子；血小板成長因子；ＴＧＦ−α及びＴＧＦ−βなど（ただしこれらに限定されない）のトランスフォーミング増殖因子（ＴＧＦ）；インスリン様成長因子−Ｉ及びインスリン様成長因子−ＩＩ；エリスロポエチン（ＥＰＯ）；骨誘導因子；（ＩＦＮ−α、ＩＦＮ−β、ＩＦＮ−γなど（ただしこれらに限定されない）のインターフェロン；マクロファージ−ＣＳＦ（Ｍ−ＣＳＦ）、顆粒球−マクロファージ−ＣＳＦ（ＧＭ−ＣＳＦ）、及び顆粒球−ＣＳＦ（Ｇ−ＣＳＦ）などのコロニー刺激因子（ＣＳＦ）；ＩＬ−１、ＩＬ−１α、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１１、ＩＬ−１２；ＩＬ−１３、ＩＬ−１４、ＩＬ−１５、ＩＬ−１６、ＩＬ−１７、ＩＬ−１８など（ただしこれらに限定されない）のインターロイキン（Ｉl；ＬＩＦ；ｋｉｔリガント又はＦＬＴ−３；アンジオスタチン；トロンボスポンジン；エンドスタチン；腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）；及びＬＴからなる群から選択される。
アジュバント又はサイトカインを、１投与当たり約０．０１ｍｇ〜約１０ｍｇの用量で、好ましくは１投与当たり約０．２ｍｇから約５ｍｇの用量で添加され得ると予想される。あるいは、アジュバント又はサイトカインは、約０．０１〜５０％の濃度、好ましくは約２％〜３０％の濃度であり得る。
特定の態様において、本開示の医薬組成物は、既知の技術に従って適切な滅菌条件下で、アジュバント及び／又はサイトカインを本開示のペプチドと物理的に混合することによって調製され、最終生成物が作製される。
本発明のポリペプチド断片の適切な組成物及び投与方法の例は、Esseku and Adeyeye (2011)及びVan den Mooter G. (2006)で提供されている。ワクチン及び免疫療法組成物の調製は一般的に、Vaccine Designの“The subunit and adjuvant approach” (Powell M. F. & Newman M. J.編集 (1995) Plenum Press New York)に記載されている。同様に想定されるリポソーム内へのカプセル化は、Fullerton、米国特許4,235,877に記載されている。
いくつかの実施態様において、本明細書に開示された組成物は、核酸ワクチンとして調製される。いくつかの実施態様において、核酸ワクチンはＤＮＡワクチンである。いくつかの実施態様において、ＤＮＡワクチン又は遺伝子ワクチンは、プロモーター、並びに適切な転写及び翻訳制御要素、並びに１つ以上の本開示のポリペプチドをコードする核酸配列を有するプラスミドを含む。いくつかの実施態様において、プラスミドは、例えば発現レベル、細胞内標的化、又はプロテアソームプロセシングを強化するための配列も含む。いくつかの実施態様において、ＤＮＡワクチンは、本開示の１つ以上のポリペプチドをコードする核酸配列を含むウイルスベクターを含む。追加の態様において、本明細書で開示された組成物は、生体試料と免疫応答性を有すると決定されたペプチドをコードする１つ以上の核酸を含む。例えば、いくつかの実施態様において、組成物は、患者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子及び／又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである断片を含む１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０又はそれ以上のペプチドをコードする１つ以上の核酸配列を含む。いくつかの実施態様において、ペプチドは、がんで発現する抗原に由来する。いくつかの実施態様において、ＤＮＡ又は遺伝子ワクチンは、ワクチンの効果の増強、免疫システムの刺激又は免疫抑制の低減などがもたらされる免疫応答を操作するための免疫調節分子もコードする。ＤＮＡワクチン又は遺伝子ワクチンの免疫原性を増強するための戦略として、異種のバージョンの抗原のコード化、抗原のＴ細胞を活性化又は連合認識（associative recognition）を引き起こす分子への融合、ＤＮＡベクターによるプライミングとそれに続くウイルスベクターによるブースト、及び免疫調節分子の使用が挙げられる。いくつかの実施態様において、ＤＮＡワクチンは、数ある形態の中で特に、針、遺伝子銃、エアロゾル注入器により、パッチ（patch）で、マイクロニードルを介して、擦過傷（abrasion）によって導入される。いくつかの形態において、ＤＮＡワクチンはリポソーム又は他の形態のナノボディに組み込まれる。いくつかの実施態様において、ＤＮＡワクチンとして、トランスフェクション剤；プロタミン；プロタミンリポソーム；多糖類粒子；カチオン性ナノエマルジョン；カチオン性ポリマー；カチオン性ポリマーリポソーム；カチオン性ナノ粒子；カチオン性脂質及びコレステロールのナノ粒子；カチオン性脂質、コレステロール及びＰＥＧナノ粒子；デンドリマーナノ粒子からなる群から選択される送達システムが挙げられる。いくつかの実施態様において、ＤＮＡワクチンは、吸入又は摂取によって投与される。いくつかの実施態様において、ＤＮＡワクチンは、血液、胸腺、膵臓、皮膚、筋肉、腫瘍、又は他の部位に導入される。
いくつかの実施態様において、本明細書に開示された組成物は、ＲＮＡワクチンとして調製される。いくつかの実施態様において、ＲＮＡは非複製ｍＲＮＡ、又はウイルス由来の自己増幅ＲＮＡである。いくつかの実施態様において、非複製ｍＲＮＡは、本明細書に開示されたペプチドをコードし、５’及び３’の非翻訳領域（ＵＴＲ）を含む。いくつかの実施態様において、ウイルス由来の自己増幅ＲＮＡは、本明細書に開示されるペプチドのみならず、細胞内ＲＮＡ増幅及び豊富なタンパク質発現を可能とするウイルス複製機構もコードする。いくつかの実施態様において、ＲＮＡは個体に直接導入される。いくつかの実施態様において、ＲＮＡは化学的に合成されるか、又はインビトロで転写される。いくつかの実施態様において、ｍＲＮＡは、Ｔ７、Ｔ３、又はＳｐ６ファージＲＮＡポリメラーゼを用いて直鎖状ＤＮＡ鋳型から作製され、得られる生成物は、本明細書に開示されるペプチドをコードするオープンリーディングフレーム、隣接するＵＴＲ、５’キャップ、及びポリ（Ａ）テールを含む。いくつかの実施態様において、ワクシニアウイルスのキャッピング酵素を用いるか、又は合成キャップ若しくは抗リバースキャップアナログ（anti-reverse cap analog）を組み込むことにより、転写反応中又はその後に、種々のバージョンの５’キャップが付加される。いくつかの実施態様において、最適な長さのポリ（Ａ）テールが、コード化ＤＮＡ鋳型から直接又はポリ（Ａ）ポリメラーゼを使用するかのいずれかにより、ｍＲＮＡに付加される。ＲＮＡは、患者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ及び／又は少なくとも３つのＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである断片を含む１つ以上のペプチドをコードする。いくつかの実施態様において、断片は、がんで発現する抗原に由来する。いくつかの実施態様において、ＲＮＡは、安定性及び翻訳を強化するためのシグナルを含む。いくつかの実施態様において、ＲＮＡは、半減期を増加するための非天然ヌクレオチド、又は免疫刺激プロファイルを変える修飾ヌクレオシドも含む。いくつかの実施態様において、ＲＮＡは、数ある形態の中で特に、針、遺伝子銃、エアロゾル注入器により、パッチ（patch）で、マイクロニードルを介して、擦過傷（abrasion）によって導入される。一部の形態において、ＲＮＡワクチンは、ＲＮＡの細胞内取り込みを促進し、それを分解から保護するリポソーム又は他の形態のナノボディに組み込まれる。いくつかの実施態様において、ＲＮＡワクチンとして、トランスフェクション剤；プロタミン；プロタミンリポソーム；多糖類粒子；カチオン性ナノエマルジョン；カチオン性ポリマー；カチオン性ポリマーリポソーム；カチオン性ナノ粒子；カチオン性脂質及びコレステロールナノ粒子；カチオン性脂質、コレステロール及びＰＥＧナノ粒子；デンドリマーナノ粒子；及び／又は裸の（naked）ｍＲＮＡ；インビボのエレクトロポレーションによる裸のｍＲＮＡ；プロタミンと複合体を形成したｍＲＮＡ；正に荷電した水中油型カチオン性ナノエマルジョンに関連したｍＲＮＡ；化学修飾されたデンドリマーに関連し、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）−脂質と複合体を形成したｍＲＮＡ；ＰＥＧ−脂質ナノ粒子の中でプロタミンと複合体を形成したｍＲＮＡ；ポリエチレンイミン（ＰＥＩ）等のカチオン性ポリマーに関連したｍＲＮＡ；ＰＥＩ及び脂質成分等のカチオン性ポリマーに関連したｍＲＮＡ；多糖類（例えばキトサン）粒子又はゲルに関連したｍＲＮＡ；カチオン性脂質ナノ粒子（例えば、１，２−ジオレオイルオキシ−３−トリメチルアンモニウムプロパン（ＤＯＴＡＰ）又はジオレオイルホスファチジルエタノールアミン（ＤＯＰＥ）脂質）中のｍＲＮＡ；カチオン性脂質及びコレステロールと複合体を形成したｍＲＮＡ；又はカチオン性脂質、コレステロール及びＰＥＧ−脂質と複合体を形成したｍＲＮＡからなる群から選択される送達システムが挙げられる。いくつかの実施態様において、ＲＮＡワクチンは、吸入又は摂取によって投与される。いくつかの実施態様において、ＲＮＡは、血液、胸腺、膵臓、皮膚、筋肉、腫瘍、若しくは他の部位に、及び／又は、皮内、筋肉内、皮下、鼻腔内、節内、静脈内、膵臓内、腫瘍内、若しくは他の送達経路により導入される。
ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド成分は、裸の（naked）ヌクレオチド配列であってもよく、又はカチオン性脂質、ポリマー、若しくは標的化システムと組み合わせてもよい。それらは、任意の利用可能な技術によって送達され得る。例えば、ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドは、針注射によって、好ましくは皮内、皮下、又は筋肉内に導入され得る。あるいは、ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドは、粒子に媒介される遺伝子送達等の送達装置を使用して、皮膚を横切って直接送達してもよい。ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドは、例えば経鼻、経口、又は直腸内投与によって、皮膚、又は筋肉表面に局所的に投与してもよい。
ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドのコンストラクトの取り込みは、いくつかの既知のトランスフェクション技術、例えばトランスフェクション剤の使用を含むもの、により強化されてもよい。これらの薬剤の例として、カチオン性薬剤、例えば、リン酸カルシウム、及びＤＥＡＥ−デキストラン、並びにリポフェクタント、例えばリポフェクタム及びトランスフェクタムが挙げられる。投与されるポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドの投与量は変更することができる。
典型的には、投与は「予防的有効量」又は「治療的有効量」（場合によって、予防が治療と見做され得る）であり、これは個体に臨床応答をもたらすか又は臨床的利益、例えば、疾患若しくは状態の発症を予防若しくは遅延、１つ以上の症状の改善、寛解の誘導若しくは延長、又は再燃（relapse）若しくは再発（recurrence）の遅延、を示すのに十分である。
投与量は様々なパラメーター、特に使用される物質；治療を受ける個体の年齢、体重、並びに状態；投与の経路；及び必要とされる投与療法、によって決定される。各投与量における抗原の量は、免疫応答を誘導する量として選択される。医師は任意の特定の個体に必要とされる投与経路と投与量を決定することができるであろう。投与量は単回投与量として提供されてもよく、複数回投与量として、例えば規則的な間隔を空けて、例えば１時間に２回、３回、又は４回の投与量とし、提供されてもよい。典型的にはペプチド、ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチドは、粒子に媒介された送達のため、１ｐｇから１ｍｇ、より典型的には１ｐｇから１０μｇの範囲内で、他の経路のため、１μｇから１ｍｇ、より典型的には１〜１００μｇ、より典型的には５〜５０μｇの範囲内で投与される。一般的には、各投与量は０．０１〜３ｍｇの抗原を含むと予想される。特定のワクチンについての最適量は、被験者の免疫応答の観察に関する研究によって確認することができる。
上記の技術とプロトコールの例は、Remington's Pharmaceutical Sciences, 第20版, 2000年, 出版 Lippincott, Williams & Wilkinsに見い出すことができる。
本開示によるいくつかの場合において、複数のペプチド又はペプチドの組成物が投与される。２つ以上の医薬組成物は、一緒に／同時に、及び／又は異る時間に若しくは順次投与され得る。よって本開示は、医薬組成物のセット及びその使用を含む。異なるペプチド、任意選択で異なる抗原を標的とするペプチド、の組み合わせを使用することは、腫瘍の遺伝的異質性と個体のＨＬＡの異質性の課題を克服するために重要である。本開示のペプチドを組み合わせて使用することは、ワクチン接種から臨床上の利益を受けることができる個体の群を拡大する。ある治療方法に使用するために製造された本開示のペプチドの複数の医薬組成物が製剤を定義し得る。
投与経路として、経鼻内、経口、皮下、皮内、及び筋肉内が挙げられるが、それらに限定される訳ではない。皮下投与は特に好適である。皮下投与は、例えば、腹部、上腕又は太腿の側面及び前面、背中の肩甲骨領域、又は上部腹背両面の臀部領域への注射であってもよい。
本開示の組成物は１回又はそれ以上の投与量で、及び他の投与経路によって投与され得る。例えば、かかる他の経路として、皮内、静脈内、血管内、動脈内、腹腔内、髄腔内、気管内、心臓内、肺葉内（intralobally）、骨髄内、肺内、及び膣内投与が挙げられる。治療を所望する期間に依って、本開示による組成物は、１回又は数回、断続的に、例えば数か月又は数年間、月１回、異なる投与量で投与され得る。
経口投与のための固体製剤として、カプセル、錠剤、カプレット、丸薬、粉末、ペレット、及び顆粒が挙げられる。かかる固体の剤形において、有効成分は通常、１つ以上の薬学的に許容可能な賦形剤と組み合わされており、その例を上記で詳述した。経口製剤はまた、水性懸濁液、エリキシル剤、又はシロップとして投与され得る。これらについて、有効成分は様々な甘味剤又は香味剤、着色剤、及び必要に応じて乳化剤及び／又は懸濁剤、並びに水、エタノール、グリセリン、及びそれらの組み合わせ等の希釈剤と組み合わされてもよい。
本開示の１つ以上の組成物を投与してもよく、本開示による治療のための方法及び使用を、単独で又は他の医薬組成物又は治療、例えば化学療法及び／又は免疫療法及び／又はワクチンと組み合わせて行ってもよい。他の治療用組成物又は治療は、例えば本明細書中で議論したものの１つ以上であってもよく、本開示の組成物又は治療と同時又は順次（前又は後）のいずれかで投与してもよい。
場合によっては、チェックポイント阻害療法、共刺激抗体、化学療法、及び／又は放射線療法、標的療法、又はモノクローナル抗体療法と組み合わせて治療を行ってもよい。化学療法は、ワクチン接種により誘導される腫瘍特異的な細胞傷害性Ｔ細胞によって殺傷される腫瘍を感作することが実証されている（Ramakrishnan et al. J Clin Invest. 2010; 120(4):1111-1124）。チェックポイント阻害剤の例は、ＣＴＬＡ−４阻害剤、イピリムマブ、及びプログラム細胞死−１／プログラム細胞死リガンド−１（ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１）シグナル伝達阻害剤、ニボルマブ（Nibolumab）、ペンブロリズマブ、アテゾリズマブ、及びデュルバルマブである。化学療法剤の例として、メクロレタミン（ＮＨ２）、シクロホスファミド、イホスファミド、メルファラン（Ｌ−サルコリシン）、及びクロラムブシルなどのナイトロジェンマスタードを含むアルキル化剤；アントラサイクリン；エポチロン；カルムスチン（ＢＣＮＵ）、ロムスチン（ＣＣＮＵ）、セムスチン（メチル−ＣＣＮＵ）、及びストレプトゾシン（ストレプトゾトシン）などのニトロソウレア；ダカルバジン（decarbazine）（ＤＴＩＣ；ジメチルトリアゼノイミダゾール−カルボキサミド）などのトリアゼン；ヘキサメチルメラニン、チオテパなどのエチレンイミン／メチルメラミン；ブスルファンなどのスルホン酸アルキル；メトトレキサート（アメトプテリン）などの葉酸類似体を含む代謝拮抗剤；アルキル化剤、代謝拮抗剤、フルオロウラシル（５−フルオロウラシル；５−ＦＵ）、フロキシウリジン（フルオロデオキシウリジン；ＦＵｄＲ）及びシタラビン（シトシンアラビノシド）などのピリミジン類似体；メルカプトプリン（６−メルカプトプリン；６−ＭＰ）、チオグアニン（６−チオグアニン；ＴＧ）及びペントスタチン（２’−デオキシコホルマイシン）などのプリン類似体及び関連阻害剤；エピポドフィロトキシン；Ｌ−アスパラギナーゼなどの酵素；ＩＮＦα、ＩＬ−２、Ｇ−ＣＳＦ、及びＧＭ−ＣＳＦなどの生物学的応答調節物質；シスプラチン（ｃｉｃ−ＤＤＰ）、オキサリプラチン及びカルボプラチンなどの白金配位錯体；ミトキサントロン及びアントラサイクリンなどのアントラセンジオン；ヒドロキシ尿素などの置換尿素；プロカルバジン（Ｎ−メチルヒドラジン、ＭＩＨ）及びプロカルバジンを含むメチルヒドラジン誘導体；ミトタン（ｏ，ｐ’−ＤＤＤ）及びアミノグルテチミド等の副腎皮質抑制剤；タキソール及び類似体／誘導体；プレドニゾン及び同等物、デキサメタゾン及びアミノグルテチミドなどのアドレノコルチコステロイド拮抗薬、カプロン酸ヒドロキシプロゲステロン、酢酸メドロキシプロゲステロン及び酢酸メゲストロールなどのプロゲスチン、ジエチルスチルベストロール及びエチニルエストラジオール同等物などのエストロゲン、タモキシフェンなどの抗エステロゲン剤、プロピオン酸テストステロン及びフルオキシメステロン／同等物を含むアンドロゲン、フルタミド、ゴナドトロピン関連ホルモン類似体及びロイプロリドなどの抗アンドロゲン、及びフルタミド等の非ステロイド抗アンドロゲン剤を含むホルモン並びにアゴニスト／アンタゴニスト；ビンブラスチン（ＶＬＢ）及びビンクリスチンなどのビンカアルカロイド、エトポシド及びテニポシドなどのエピポドフィロトキシン、ダクチノマイシン（アクチノマイシンＣ）、ダウノルビシン（ダウノマイシン；ルビドマイシン）、ドキソルビシン、ブレオマイシン、プリカマイシン（ミトラマイシン）及びマイトマイシン（マイトマイシンＤ）などの抗生物質；Ｌ−アスパラギナーゼなどの酵素、及びインターフェロンアルフェノンなどの生物学的応答調節物質を含む天然物が挙げられる。
場合によって本治療方法は、ワクチン接種の方法又は免疫療法を提供する方法である。本明細書で使用される「免疫療法」は、個体の免疫応答を誘導又は増強することによる、疾患又は状態の予防又は治療である。特定の実施態様において、免疫療法は、個体に１つ以上の薬物を投与してＴ細胞応答を誘発することを含む療法を指す。特定の態様において、免疫療法は、１つ以上のＰＥＰＩを含むポリペプチドの個体への投与又は発現により、クラスＩ ＨＬＡと併せてそれらの細胞表面上に１つ以上のＰＥＰＩを提示する細胞を認識して殺傷するＴ細胞応答を誘発することを含む療法を指す。他の特定の実施態様において、免疫療法は、１つ以上のＰＥＰＩを個体に投与して、それらの細胞表面上に１つ以上のＰＥＰＩを含む腫瘍関連抗原（ＴＡＡ）又はがん精巣抗原（ＣＴＡ）を提示する細胞に対する細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘発することを含む療法を指す。他の実施態様において、免疫療法は、クラスＩＩ ＨＬＡにより提示される１つ以上のＰＥＰＩを含むポリペプチドの個体への投与又は発現により、Ｔヘルパー応答を誘発して、クラスＩ ＨＬＡと併せてそれらの細胞表面上に１つ以上のＰＥＰＩを提示する罹患細胞を認識して殺傷する細胞傷害性Ｔ細胞に共刺激を提供することを含む療法を指す。さらなる他の特定の実施態様において、免疫療法は、１つ以上の薬物の個体への投与により既存のＴ細胞を再活性化して標的細胞を殺傷することを含む療法を指す。理論は、細胞傷害性Ｔ細胞応答が１つ以上のＰＥＰＩを提示する細胞を除去し、それによって個体の臨床的状態を改善するというものである。場合によっては、免疫療法は腫瘍を治療するために用いられ得る。他の例では免疫療法は、細胞内病原体に基づく疾患又は障害を治療するために用いられ得る。
場合によって本開示は、がんの治療又は固形腫瘍の治療に関する。場合によって治療は、乳がん、卵巣がん、又は結腸直腸がんの治療である。他の場合にはその治療は、本明細書に述べられた本ペプチドの標的腫瘍関連抗原を発現する任意の他のがん又は固形腫瘍、又はかかる標的ポリペプチド抗原が被験者の幾らかの又は高いパーセンテージで発現している任意のがんの治療であってもよい。治療は、任意の細胞、組織、又は器官の型のがん又は悪性若しくは良性腫瘍のものであってもよい。がんは転移性であっても、転移性でなくてもよい。例示的ながんとして、がん腫、肉腫、リンパ腫、白血病、胚細胞腫瘍、又は芽細胞腫が挙げられる。がんはホルモンに関連若しくは依存するがん（例えば、エスロトゲン又はアンドロゲン関連のがん）であってもなくてもよい。
ポリペプチドと患者の選択
特定のポリペプチド抗原、特に、ワクチン接種及び免疫療法で一般的に使用されている、かかる抗原に由来する短いペプチドは、ごく一部のヒト被験者においてのみ免疫応答を誘導する。本開示のポリペプチドは、一般集団の高い割合において免疫応答を誘導するように特に選択されるが、ＨＬＡ遺伝子型の不均一性のために、それらは全ての個体に有効ではない可能性がある。ＨＬＡ遺伝子型集団の不均一性は、本明細書に記載のワクチンに対する免疫応答率又は臨床応答率が異なるヒトの亜集団間で異なるであろうことを意味する。場合によって本明細書に記載のワクチンは、特定の又は標的の亜集団、例えばアジア人の集団、又はベトナム人、中国人、及び／又は日本人の集団を治療するために使用される。
本開示はまた、本開示のペプチドを含む医薬組成物の投与に対する細胞傷害性Ｔ細胞応答を示すであろう可能性が高いヒト被験者（予想される応答者）を同定する方法、及び被験者が細胞傷害性Ｔ細胞応答を示すであろう可能性を予測する方法を提供する。
本明細書で提供されるように、被験者の複数のＨＬＡによるＴ細胞エピトープの提示は、通常はＴ細胞応答を引き起こすために必要である。本発明者らによって決定されたように、所与のポリペプチドに対する細胞傷害性Ｔ細胞応答を最良の予測因子は、被験者の３つ以上のＨＬＡクラスＩにより提示される少なくとも１つのＴ細胞エピトープの存在である（≧１ ＰＥＰＩ３＋）。従って、被験者の少なくとも３つのＨＬＡに結合することができる１つ以上のＴ細胞エピトープの、医薬組成物の有効成分のペプチド内での存在は、医薬組成物の投与に対して細胞傷害性Ｔ細胞応答を示す被験者を予測する。該被験者は免疫応答者である可能性が高い。
場合によって、被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープは、配列番号１〜４０、又は配列番号１〜４０、１７２〜１９４、２３４〜２５０、及び２７２〜３０１のいずれか１つアミノ酸配列を有する。他の場合には、Ｔ細胞エピトープは、医薬組成物の１つ以上のペプチド内に異なるアミノ酸配列を有してもよい。
本発明者らはさらに、個体の少なくとも３つのＨＬＡに結合することができる少なくとも２つのエピトープの、ワクチン又は免疫療法組成物中での存在が、臨床応答を予測することを発見した。言い換えれば、個体がワクチン又は免疫療法組成物の有効成分のポリペプチド内に合計で２つ以上のＰＥＰＩ３＋を有し、これらのＰＥＰＩ３＋が該個体で実際に発現する抗原配列に由来する場合（例えば、該個体の標的腫瘍細胞が、標的腫瘍関連抗原を発現する場合）には、該個体は臨床応答者（すなわち、臨床的に関連する免疫応答者）である可能性が高い。
従って本開示の幾つかの態様は、本開示に従った治療方法に対して臨床応答を示すであろう被験者を同定する方法、又は被験者が臨床応答を示すであろう可能性を予測する方法に関連する。本明細書で使用される「臨床応答」又は「臨床的利益（clinical benefit）」とは、疾患若しくは状態の発症の予防若しくは遅延、１つ以上の症状の改善、寛解の誘導若しくは延長、又は再燃（relapse）若しくは再発（recurrence）若しくは悪化の遅延、又は被験者の疾患状態における任意の他の改善若しくは安定化であり得る。適切な場合には「臨床応答」は、固形腫瘍における応答評価基準（Response Evaluation Criteria In Solid Tumors）（ＲＥＣＩＳＴ）ガイドラインで定義された「疾患の制御」又は「客観的応答」と相関関係を有し得る。
態様によって本方法は、ＳＰＡＧ９、ＡＫＡＰ−４、ＢＯＲＩＳ、ＮＹ−ＳＡＲ−３５、ＮＹ−ＢＲ−１、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、ＭＡＧＥ−Ａ１１、ＰＲＡＭＥ、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＨＯＭ−ＴＥＳ−８５、ＴＳＰ５０、ＥｐＣＡＭ、ＣＡＧＥ１、ＦＢＸＯ３９、ＭＡＧＥ−Ａ８、及びＭＡＧＥ−Ａ６から選択される１つ以上のがん関連抗原が、がんにより発現されていると決定することを含む。例えばがん関連抗原の発現は、本技術分野で既知の方法を使用して、被験者から得た試料、例えば腫瘍生検の中で検出されてもよい。
本発明者らは、ワクチン又は免疫療法組成物が、患者のがん又は腫瘍細胞により発現される抗原を標的とすること、及び抗原の標的配列が患者のＨＬＡクラスＩに結合できること（ＨＬＡ拘束性エピトープ）だけでは不十分であることを発見した。本組成物は、標的抗原を発現し、該標的抗原の単一のＴ細胞エピトープに結合する３つ以上のＨＬＡクラスＩを有することの両方である患者においてのみ有効である可能性が高い。さらに上記のように、患者の少なくとも３つのＨＬＡに結合する少なくとも２つのエピトープは、一般的に、臨床的に関連する免疫応答を誘導するために必要とされる。
よって本方法は、医薬組成物の有効成分のペプチドが、それぞれａ）上記のように決定された、被験者のがん細胞により発現されるがん関連抗原の断片であり；及びｂ）該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープ、である２つ以上の異なるアミノ酸配列を含むことを決定することをさらに含む。
場合によっては、被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピト−プは、配列番号１〜４０、又は配列番号１〜４０、１７２〜１９４、２３４〜２５０、及び２７２〜３０１のいずれか１つのアミノ酸配列を有する。他の場合には、Ｔ細胞エピト−プは、医薬組成物の１つ以上のペプチド内に異なるアミノ酸配列を有してもよい。
場合によっては、被験者が、本明細書に記載したようなペプチドワクチン又は免疫療法組成物に対して臨床応答を示すであろう可能性を、被験者のがん又は腫瘍細胞で標的抗原が発現するかどうかを知ることなく、及び／又は被験者のＨＬＡクラスＩ遺伝子型を決定することなく、決定することができる。疾患における既知の抗原発現頻度（例えば、乳がん又は結腸直腸がんのような腫瘍の種類でのＭＡＧＥ−Ａ３）、及び／又は標的集団中の被験者のＨＬＡクラスＩとクラスＩＩ遺伝子型についての既知の頻度（例えば、民族集団、一般集団、罹患集団）を代わりに使用してもよい。さらに、本明細書で同定及び説明したように、疾患において複数の頻度で発現する標的抗原中の、集団全体で最も高い頻度で提示されたＰＥＰＩ（最良ＥＰＩ）を標的とするペプチドを組み合わせることにより、患者の高い割合で有効であるがんワクチンレジーム（regime）を設計することが可能である。しかしながら、本明細書に記載のコンパニオン診断法を用いて、臨床応答を示す可能性が最も高い患者を予め選択することは、治療される患者の臨床応答率を増加させるであろう。
（ｉ）有効成分のポリペプチド中のより多数のＨＬＡ結合ＰＥＰＩの存在；（ｉｉ）より多くの標的ポリペプチド抗原中のＰＥＰＩの存在；及び（ｉｉｉ）被験者において又は該被験者の罹患細胞における標的ポリペプチド抗原の発現によって、被験者が治療に応答するであろう可能性は増加する。場合によっては、例えば、標的ポリペプチド抗原が被験者から得られた試料中に存在する場合、該被験者における標的ポリペプチド抗原の発現は既知であってもよい。他の場合には、特定の被験者、又は特定の被験者の罹患細胞が、特定の標的ポリペプチド抗原又はその任意の組み合わせを（過剰）発現する確率は、集団発現頻度データ（population expression frequency data）、例えば乳がん、結腸直腸がん、卵巣がんの中に抗原が発現する確率を用いて決定してもよい。集団発現頻度データは、被験者−及び／又は疾患に適合した集団又は治療意図集団（intent-to-treat population）に関連し得る。例えば、特定のがん（例えば乳がん）における、又は特定のがんを有する被験者における、特定のがん関連抗原の発現の頻度又は確率は、腫瘍（例えば乳がんの腫瘍試料）中の抗原を検出することによって決定することができる。場合によってはかかる発現頻度を、公開された数値と科学論文から決定してもよい。場合によっては本開示の方法は、関連する集団における関連する標的ポリペプチド抗原の発現頻度を決定する工程を含む。
個々のヒト被験者及びヒト被験者の集団におけるワクチンの活性／効果を予測する様々な薬力学的バイオマーカーが開示されている。これらのバイオマーカーは、より効果的なワクチンの開発を促進し、開発費用も削減し、様々な組成物を評価及び比較するために使用できる。バイオマーカーの例は下記の通りである。
・ＡＧ９５−ワクチンの効力：特定の腫瘍型が９５％の確率で発現するがんワクチンにおける抗原の数。ＡＧ９５はワクチンの効力の指標であり、ワクチン抗原の免疫原性には依存しない。ＡＧ９５は腫瘍抗原発現率のデータから計算される。かかるデータは、論文審査がある（peer reviewed）科学雑誌に公表された実験から取得できる。技術的には、ＡＧ９５はワクチン中の抗原の二項分布から決定され、可能性がある全ての変動と発現率を考慮に入れる。
・ＰＥＰＩ３＋カウント−被験者におけるワクチンの免疫原性：ワクチンに由来するＰＥＰＩ３＋は、被験者の少なくとも３つのＨＬＡに結合し、Ｔ細胞応答を誘導する個人用（personal）エピトープである。ＰＥＰＩ３＋は、完全な４桁の（4-digit）ＨＬＡ遺伝子型が知られている被験者においてＰＥＰＩ３＋試験を使用して決定できる。
・ＡＰカウント−被験者におけるワクチンの抗原性：ＰＥＰＩ３＋を有するワクチン抗原の数。ワクチンは罹患細胞により発現される標的ポリペプチド抗原に由来する配列を含む。ＡＰカウントは、ＰＥＰＩ３＋を含むワクチン中の抗原の数であり、ＡＰカウントは、被験者でＴ細胞応答を誘導できるワクチン中の抗原の数を表す。ＡＰカウントは、被験者のＨＬＡ遺伝子型のみに依存し、被験者の疾患、年齢、及び薬物には依存しないため、被験者のワクチン抗原特異的なＴ細胞応答を特徴付ける。正しい値は、０（抗原によりＰＥＰＩが提示されない）と抗原の最大数（すべての抗原がＰＥＰＩを提示する）との間である。
・ＡＰ５０−集団内のワクチンの抗原性：集団内のＰＥＰＩを有するワクチン抗原の平均数。ＡＰ５０は、集団内の被験者のＨＬＡ遺伝子型に依存するため、所定の集団内のワクチン−抗原特異的なＴ細胞応答を特徴付けに適している。
・ＡＧＰカウント−被験者におけるワクチンの有効性：ＰＥＰＩを用いて腫瘍で発現するワクチン抗原の数である。ＡＧＰカウントは、ワクチンが認識し、それに対するＴ細胞応答を誘導する（標的に命中する）腫瘍抗原の数を示す。ＡＧＰカウントは、被験者の腫瘍におけるワクチン−抗原発現率と、被験者のＨＬＡ遺伝子型に依存する。正しい値は、０（発現した抗原によりＰＥＰＩ提示されない）と抗原の最大数（すべての抗原が発現してＰＥＰＩを提示する）との間である。
・ＡＧＰ５０−集団におけるがんワクチンの有効性：集団内のＰＥＰＩで示された腫瘍で発現するワクチン抗原（即ち、ＡＧＰ）の平均数。ＡＧＰ５０は、ワクチンにより誘導されたＴ細胞応答が認識できる腫瘍抗原の平均数を示す。ＡＧＰ５０は、示された腫瘍型における抗原の発現率と、標的集団における抗原の免疫原性に依存している。ＡＧＰ５０は、異なる集団におけるワクチンの有効性を評価することができ、同じ集団における異なるワクチンを比較するために使用できる。ＡＧＰ５０の計算は、発現されたワクチン抗原に対して被験者におけるＰＥＰＩ３＋の出現により発現が重み付けられることを除いて、ＡＧ５０に使用されるものと類似している。各被験者が各ワクチン抗原に由来するＰＥＰＩを有する理論上の集団においては、ＡＧＰ５０はＡＧ５０と等しくなる。被験者が如何なるワクチン抗原に由来するＰＥＰＩも有さない他の理論上の集団においては、ＡＧＰ５０は０になる。一般的には下記の記載が有効である：０≦ＡＧＰ５０≦ＡＧ５０。
・ｍＡＧＰ−可能性の高い応答者を選択するためのバイオマーカー候補：がんワクチンが、示された腫瘍で発現した複数の抗原に対するＴ細胞応答を誘導する可能性。ｍＡＧＰは、腫瘍内のワクチン抗原の発現率、及び被験者におけるワクチン由来ＰＥＰＩの存在から計算される。技術的にはＡＧＰ分布に基づいて、ｍＡＧＰは複数のＡＧＰ（２つ以上のＡＧＰ）の確率の合計である。
上記の予測の結果を、被験者の治療に関する医師の決定を知らせるために使用してもよい。従って、場合によって本開示の方法は、被験者が、本明細書に記載の治療に対するＴ細胞応答及び／又は臨床応答を示すこと、又は示す可能性が高いことを予測し、本方法は該ヒト被験者のための治療を選択することをさらに含む。場合によっては、標的ポリペプチド抗原（任意選択でその標的ポリペプチド抗原が発現する（発現すると予測される））の予め規定された数で標的化された被験者の応答の可能性が、予め決定された閾値を上回っている場合には、治療のために被験者が選択される。場合によっては、標的ポリペプチド抗原又はエピトープの数は２である。場合によっては、標的ポリペプチド抗原又はエピトープの数は、３、又は４、又は５、又は６、又は７、又は８、又は９、又は１０である。本方法は、ヒト被験者に治療を施すことをさらに含んでもよい。あるいは、本方法は、被験者が免疫応答及び／又は臨床応答を示さないことを予測し得、該被験者のための異なる治療を選択することをさらに含み得る。
本開示のさらなる態様−（１）
１．１つ以上のペプチドを含む医薬組成物であって、各ペプチドは、配列番号１１２〜１４２のいずれか１つのアミノ酸配列の異なる１つを含む、医薬組成物。
２．２つ以上のペプチド、３つ以上のペプチド、４つ以上のペプチド、５つ以上のペプチド、又は６つ以上のペプチドを含む、項１の医薬組成物。
３．２つのペプチドを含み、各ペプチドは、配列番号１２１と１２４のアミノ酸配列の異なる１つを含む、項１の医薬組成物。
４．４つのペプチドを含み、各ペプチドは、配列番号１２６、１３０、１３１、及び１３４のアミノ酸配列の異なる１つを含む、項１の医薬組成物。
５．６つのペプチドを含み、各ペプチドは、配列番号１２１、１２４、１２６、１３０、１３１、及び１３４のアミノ酸配列の異なる１つを含む、項１の医薬組成物。
６．ＴＳＰ５０、ＥｐＣＡＭ、ＳＰＡＧ９、ＣＡＧＥ１、ＦＢＸＯ３９、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、ＭＡＧＥ−Ａ８、及びＭＡＧＥ−Ａ６から選択される抗原の断片を含む、少なくとも１つの追加ペプチドをさらに含む、項５の医薬組成物。
７．１つ以上の追加ペプチドを含み、その１つ以上の追加ペプチドはそれぞれ、配列番号１１２〜１２０、１２２、１２３、１２５、１２７〜１２９、１３２、１３３、及び１３５〜１４２のいずれか１つのアミノ酸配列の異なる１つを含む、項５の医薬組成物。
８．薬学的に許容可能なアジュバント、希釈剤、担体、保存剤、又はそれらの組み合わせをさらに含む、項１の医薬組成物。
９．アジュバントが、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ−５１、ＱＳ−２１、ＧＭ−ＣＳＦ、シクロホスファミド（cyclophosamide）、カルメット−ゲラン桿菌（ＢＣＧ）、コリネバクテリウム・パルバム、レバミソール、アジメゾン（azimezone）、イソプリニゾン（isoprinisone）、ジニトロクロロベンゼン（ＤＮＣＢ）、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）、フロイントアジュバント（完全）、フロイントアジュバント（不完全）、ミネラルゲル、水酸化アルミニウム（Ａｌｕｍ）、リソレシチン、プルロニックポリオール、ポリアニオン、油乳剤、ジニトロフェノール、ジフテリア毒素（ＤＴ）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、項８の医薬組成物。
１０．１つ以上のペプチドをコードする１つ以上の核酸分子を含み、各ペプチドは、配列番号１１２〜１４２のいずれか１つのアミノ酸配列の異なる１つを含む、医薬組成物。
１１．項１の医薬組成物の投与に対して臨床応答を示す可能性が高いであろう、がんを有するヒト被験者を同定及び治療する方法であって、該方法は、
（ｉ）該被験者の生体試料をアッセイして、該被験者のＨＬＡ遺伝子型を決定する工程；
（ｉｉ）該医薬組成物が、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである２つ以上の配列を含むと決定する工程；
（ｉｉｉ）各抗原について集団発現データ（population expression data）を使用して、該被験者の腫瘍が、工程（ｉｉ）で同定されたＴ細胞エピトープに対応する１つ以上の抗原を発現する確率を決定し、該被験者が該医薬組成物の投与に対して臨床応答を示す可能性を同定する工程；及び
（ｉｖ）項１の組成物を同定された被験者に投与する工程、
を含む方法。
１２．被験者が結腸直腸がんを有する、項１１の方法。
１３．医薬組成物が、２つ以上のペプチド、３つ以上のペプチド、４つ以上のペプチド、５つ以上のペプチド、又は６つ以上のペプチドを含む、項１１の方法。
１４．医薬組成物が２つのペプチドを含み、各ペプチドが、配列番号１２１と１２４のアミノ酸配列の異なる１つを含む、項１１の方法。
１５．医薬組成物が４つのペプチドを含み、各ペプチドは、配列番号１２６、１３０、１３１、及び１３４のアミノ酸配列の異なる１つを含む、項１１の方法。
１６．医薬組成物が６つのペプチドを含み、各ペプチドは、配列番号１２１、１２４、１２６、１３０、１３１、及び１３４のアミノ酸配列の異なる１つを含む、項１１の方法。
１７．医薬組成物が、ＴＳＰ５０、ＥｐＣＡＭ、ＳＰＡＧ９、ＣＡＧＥ１、ＦＢＸＯ３９、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、ＭＡＧＥ−Ａ８、及びＭＡＧＥ−Ａ６から選択される抗原の断片を含む、少なくとも１つの追加ペプチドをさらに含む、項１１の方法。
１８．医薬組成物が１つ以上の追加ペプチドをさらに含み、その１つ以上の追加ペプチドはそれぞれ、配列番号１１２〜１２０、１２２、１２３、１２５、１２７〜１２９、１３２、１３３、及び１３５〜１４２のいずれか１つのアミノ酸配列の異なる１つを含む、項１１の方法。
１９．医薬組成物が薬学的に許容可能なアジュバント、希釈剤、担体、保存剤、又はそれらの組み合わせをさらに含む、項１１の方法。
２０．アジュバントが、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ−５１、ＱＳ−２１、ＧＭ−ＣＳＦ、シクロホスファミド（cyclophosamide）、カルメット−ゲラン桿菌（ＢＣＧ）、コリネバクテリウム・パルバム、レバミソール、アジメゾン（azimezone）、イソプリニゾン（isoprinisone）、ジニトロクロロベンゼン（ＤＮＣＢ）、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）、フロイントアジュバント（完全）、フロイントアジュバント（不完全）、ミネラルゲル、水酸化アルミニウム（Ａｌｕｍ）、リソレシチン、プルロニックポリオール、ポリアニオン、油乳剤、ジニトロフェノール、ジフテリア毒素（ＤＴ）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、項１９の方法。
２１．化学療法剤、チェックポイント阻害剤、標的療法、放射線療法、他の免疫療法、又はそれらの組み合わせを、同定された被験者に投与する工程をさらに含む、項１１の方法。
２２．投与工程の前に、
（ｉ）被験者に由来する腫瘍試料をアッセイして、医薬組成物の３つ以上のペプチドが２つ以上の異なるアミノ酸配列を含むと決定する工程であって、各アミノ酸配列は、
ａ．工程（ｉ）で決定されたように、該被験者のがん細胞により発現されたがん関連抗原の断片である、及び
ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、
である、決定する工程；及び
（ｉｉ）該被験者は、該治療方法に対して臨床応答を示す可能性が高いと確認する工程、
をさらに含む、項１３の方法。
本開示のさらなる態様−（２）
乳がん
１．１つ以上のペプチドを含む医薬組成物であって、各ペプチドは、配列番号８１〜１１１及び４３５〜４４９のいずれか１つのアミノ酸配列の異なる１つを含む、医薬組成物。
２．２つ以上のペプチド、３つ以上のペプチド、４つ以上のペプチド、５つ以上のペプチド、６つ以上のペプチド、７つ以上のペプチド、８つ以上のペプチド、９つ以上のペプチド、１０個以上のペプチド、１１個以上のペプチド、又は１２個以上のペプチドを含む、項１の医薬組成物。
３．９つのペプチドを含み、各ペプチドは、配列番号９２、９３、９８、９９〜１０１、及び１０３〜１０５のアミノ酸配列の異なる１つを含む、項１の医薬組成物。
４．ＰＩＷＩＬ−２、ＡＫＡＰ−４、ＥｐＣＡＭ、ＢＯＲＩＳ、ＨＩＷＩ、ＳＰＡＧ９、ＰＬＵ−１、ＴＳＧＡ１０、ＯＤＦ−４、ＳＰ１７、ＲＨＯＸＦ−２、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＳＡＲ−３５、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＮＹ−ＢＲ−１、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、ＭＡＧＥ−Ａ１１、ＨＯＭ−ＴＥＳ−８５、及びＮＹ−ＥＳＯ−１から選択される抗原の断片を含む、少なくとも１つの追加ペプチドをさらに含む、項１の医薬組成物。
５．抗原の断片が、配列番号１〜２０、２４、及び１７２〜１９４のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列を含む、項４の医薬組成物。
６．抗原の断片が、配列番号４１〜６０、及び１９５〜２３３のいずれか１つから選択させるアミノ酸配列を含む、項４の医薬組成物。
７．薬学的に許容可能なアジュバント、希釈剤、担体、保存剤、又はそれらの組み合わせをさらに含む、項１の医薬組成物。
８．アジュバントが、各アミノ酸配列は、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ−５１、ＱＳ−２１、ＧＭ−ＣＳＦ、シクロホスファミド（cyclophosamide）、カルメット−ゲラン桿菌（ＢＣＧ）、コリネバクテリウム・パルバム、レバミソール、アジメゾン（azimezone）、イソプリニゾン（isoprinisone）、ジニトロクロロベンゼン（ＤＮＣＢ）、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）、フロイントアジュバント（完全）、フロイントアジュバント（不完全）、ミネラルゲル、水酸化アルミニウム（Ａｌｕｍ）、リソレシチン、プルロニックポリオール、ポリアニオン、油乳剤、ジニトロフェノール、ジフテリア毒素（ＤＴ）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、項７の医薬組成物。
９．１つ以上のペプチドをコードする１つ以上の核酸分子を含み、各ペプチドは、配列番号８１〜１１１及び４３５〜４４９のいずれか１つのアミノ酸配列の異なる１つを含む、医薬組成物。
１０．１つ以上の核酸分子が、２つ以上のペプチド、３つ以上のペプチド、４つ以上のペプチド、５つ以上のペプチド、６つ以上のペプチド、７つ以上のペプチド、８つ以上のペプチド、９つ以上のペプチド、１０個以上のペプチド、１１個以上のペプチド、又は１２個以上のペプチドをコードする、項９の医薬組成物。
１１．１つ以上の核酸分子が９つのペプチドをコードし、各ペプチドが、配列番号９２、９３、９８、９９〜１０１、及び１０３〜１０５のアミノ酸配列の異なる１つを含む、項９の医薬組成物。
１２．１つ以上の核酸分子が、ＰＩＷＩＬ−２、ＡＫＡＰ−４、ＥｐＣＡＭ、ＢＯＲＩＳ、ＨＩＷＩ、ＳＰＡＧ９、ＰＬＵ−１、ＴＳＧＡ１０、ＯＤＦ−４、ＳＰ１７、ＲＨＯＸＦ−２、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＳＡＲ−３５、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＮＹ−ＢＲ−１、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、ＭＡＧＥ−Ａ１１、ＨＯＭ−ＴＥＳ−８５、及びＮＹ−ＥＳＯ−１から選択される抗原の断片を含む、少なくとも１つの追加ペプチドをコードする、項９の医薬組成物。
１３．抗原の断片が、配列番号１〜２０、２４、及び１７２〜１９４のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列を含む、項１２の医薬組成物。
１４．抗原の断片が、配列番号４１〜６０、及び１９５〜２３３のいずれか１つから選択させるアミノ酸配列を含む、項１２の医薬組成物。
１５．薬学的に許容可能なアジュバント、希釈剤、担体、保存剤、又はそれらの組み合わせをさらに含む、項９の医薬組成物。
１６．アジュバントが、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ−５１、ＱＳ−２１、ＧＭ−ＣＳＦ、シクロホスファミド（cyclophosamide）、カルメット−ゲラン桿菌（ＢＣＧ）、コリネバクテリウム・パルバム、レバミソール、アジメゾン（azimezone）、イソプリニゾン（isoprinisone）、ジニトロクロロベンゼン（ＤＮＣＢ）、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）、フロイントアジュバント（完全）、フロイントアジュバント（不完全）、ミネラルゲル、水酸化アルミニウム（Ａｌｕｍ）、リソレシチン、プルロニックポリオール、ポリアニオン、油乳剤、ジニトロフェノール、ジフテリア毒素（ＤＴ）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、項１５の医薬組成物。
１７．項１の医薬組成物の投与に対して臨床応答を示す可能性が高いであろう、がんを有するヒト被験者を同定及び治療する方法であって、
（ｉ）該被験者の生体試料をアッセイして、該被験者のＨＬＡ遺伝子型を決定する工程；
（ｉｉ）該医薬組成物が、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである２つ以上の配列を含む、と決定する工程；
（ｉｉｉ）各抗原についての集団発現データ（population expression data）を用いて、被験者の腫瘍が、工程（ｉｉ）で同定されたＴ細胞エピトープに対応する１つ以上の抗原を発現する確率を決定し、該被験者が該医薬組成物の投与に対して臨床応答を示す可能性を同定する工程；及び
（ｉｖ）項１の組成物を同定された被験者に投与する工程、
を含む方法。
１８．被験者が乳がんを有する、項１７の方法。
１９．医薬組成物が２つ以上のペプチド、３つ以上のペプチド、４つ以上のペプチド、５つ以上のペプチド、６つ以上のペプチド、７つ以上のペプチド、８つ以上のペプチド、９つ以上のペプチド、１０個以上のペプチド、１１個以上のペプチド、又は１２個以上のペプチドを含む、項１７の方法。
２０．医薬組成物が９つのペプチドを含み、各ペプチドが、配列番号９２、９３、９８、９９〜１０１、及び１０３〜１０５のアミノ酸配列の異なる１つを含む、項１７の方法。
２１．医薬組成物が、ＰＩＷＩＬ−２、ＡＫＡＰ−４、ＥｐＣＡＭ、ＢＯＲＩＳ、ＨＩＷＩ、ＳＰＡＧ９、ＰＬＵ−１、ＴＳＧＡ１０、ＯＤＦ−４、ＳＰ１７、ＲＨＯＸＦ−２、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＳＡＲ−３５、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＮＹ−ＢＲ−１、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、ＭＡＧＥ−Ａ１１、ＨＯＭ−ＴＥＳ−８５、及びＮＹ−ＥＳＯ−１から選択される抗原の断片を含む、少なくとも１つの追加ペプチドをさらに含む、項１７の方法。
２２．抗原の断片が、配列番号１〜２０、２４、及び１７２〜１９４のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列を含む、項２１の方法。
２３．抗原の断片が、配列番号４１〜６０、及び１９５〜２３３のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列を含む、項２１の方法。
２４．医薬組成物が薬学的に許容可能なアジュバント、希釈剤、担体、保存剤、又はそれらの組み合わせをさらに含む、項１７の方法。
２５．アジュバントが、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ−５１、ＱＳ−２１、ＧＭ−ＣＳＦ、シクロホスファミド（cyclophosamide）、カルメット−ゲラン桿菌（ＢＣＧ）、コリネバクテリウム・パルバム、レバミソール、アジメゾン（azimezone）、イソプリニゾン（isoprinisone）、ジニトロクロロベンゼン（ＤＮＣＢ）、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）、フロイントアジュバント（完全）、フロイントアジュバント（不完全）、ミネラルゲル、水酸化アルミニウム（Ａｌｕｍ）、リソレシチン、プルロニックポリオール、ポリアニオン、油乳剤、ジニトロフェノール、ジフテリア毒素（ＤＴ）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、項２４の方法。
２６．化学療法剤、チェックポイント阻害剤、標的療法、放射線療法、他の免疫療法、又はそれらの組み合わせを同定された被験者に投与する工程をさらに含む、項１７の方法。
２７．投与工程の前に、
（ｉｉｉ）被験者に由来する腫瘍試料をアッセイして、医薬組成物の３つ以上のペプチドが、２つ以上の異なるアミノ酸配列を含むと決定する工程であって、各アミノ酸配列は、
ａ．工程（ｉ）で決定されたように、該被験者のがん細胞により発現されたがん関連抗原の断片である、及び
ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである；及び
（ｉｖ）該被験者は、該治療方法に対して臨床応答を示す可能性が高いと確認する工程、
をさらに含む、項１７の方法。
２８．項１の医薬組成物の投与に対して、免疫応答を示す可能性が高いであろう、がんを有するヒト被験者を同定及び治療する方法であって、
（ｉ）該被験者の生体試料をアッセイして、該被験者のＨＬＡ遺伝子型を決定する工程；
（ｉｉ）医薬組成物が、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである１つ以上の配列を含むと決定する工程；及び
（ｉｉｉ）項１の組成物を同定された被験者に投与する工程、
を含む方法。
２９．ａ．１つ以上のペプチドを含む第１の医薬組成物であって、各ペプチドが、配列番号８１〜１１１及び４３５〜４４９のいずれか１つのアミノ酸配列の異なる１つを含む第１の医薬組成物；及び
ｂ．１つ以上のペプチドを含む第２の異なる医薬組成物であって、各ペプチドが、配列番号８１〜１１１及び４３５〜４４９のいずれか１つのアミノ酸配列の異なる１つを含む第２の異なる医薬組成物、
を含むキット。
３０．２つ以上のポリペプチドを発現する核酸分子を含む医薬組成物であって、各ポリペプチドは、ＰＩＷＩＬ−２、ＡＫＡＰ−４、ＥｐＣＡＭ、ＢＯＲＩＳ、ＨＩＷＩ、ＳＰＡＧ９、ＰＬＵ−１、ＴＳＧＡ１０、ＯＤＦ−４、ＳＰ１７、ＲＨＯＸＦ−２、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＳＡＲ−３５、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＮＹ−ＢＲ−１、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、ＭＡＧＥ−Ａ１１、ＨＯＭ−ＴＥＳ−８５、及びＮＹ−ＥＳＯ−１から選択される抗原の最大５０個の連続するアミノ酸の断片を含み、各断片が、配列番号１〜２０、２４、及び１７２〜１９４のいずれか１つから選択される異なるアミノ酸配列を含む、医薬組成物。
３１．１つ以上のペプチドを含む医薬組成物であって、各ペプチドが配列番号３３２〜３４６のいずれか１つのアミノ酸配列の異なる１つを含む、医薬組成物。
３２．２つ以上のペプチド、３つ以上のペプチド、４つ以上のペプチド、５つ以上のペプチド、６つ以上のペプチド、７つ以上のペプチド、８つ以上のペプチド、９つ以上のペプチド、１０個以上のペプチド、１１個以上のペプチド、１２個以上のペプチド、１３個以上のペプチド、１４個以上のペプチド、又は１５個以上のペプチドを含む、項３１の医薬組成物。
３３．１５個のペプチドを含み、各ペプチドが配列番号３３２〜３４６のアミノ酸配列の異なる１つを含む、項３１の医薬組成物。
３４．ＰＩＷＩＬ−４、ＷＴ１、ＥｐＣＡＭ、ＢＯＲＩＳ、ＡＫＡＰ−４、ＯＹ−ＴＥＳ−１、ＳＰ１７、ＰＩＷＩＬ−２、ＰＩＷＩＬ−３、ＳＰＡＧ９、ＰＲＡＭＥ、ＨＩＷＩ、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、及びＡＫＡＰ−３から選択される抗原の断片を含む、少なくとも１つの追加のペプチドをさらに含む、項３１の医薬組成物。
３５．該断片が配列番号２７２〜３０１のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列を含む、項３４の医薬組成物。
３６．該断片が配列番号３０２〜３３１のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列を含む、項３４の医薬組成物。
３７．薬学的に許容可能なアジュバント、希釈剤、担体、保存剤、又はそれらの組み合わせをさらに含む、項３１の医薬組成物。
３８．アジュバントが、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ−５１、ＱＳ−２１、ＧＭ−ＣＳＦ、シクロホスファミド（cyclophosamide）、カルメット−ゲラン桿菌（ＢＣＧ）、コリネバクテリウム・パルバム、レバミソール、アジメゾン（azimezone）、イソプリニゾン（isoprinisone）、ジニトロクロロベンゼン（ＤＮＣＢ）、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）、フロイントアジュバント（完全）、フロイントアジュバント（不完全）、ミネラルゲル、水酸化アルミニウム（Ａｌｕｍ）、リソレシチン、プルロニックポリオール、ポリアニオン、油乳剤、ジニトロフェノール、ジフテリア毒素（ＤＴ）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、項３７の医薬組成物。
３９．１つ以上のペプチドをコードする１つ以上の核酸分子を含み、各ペプチドが、配列番号３３２〜３４６のいずれか１つのアミノ酸配列の異なる１つを含む、医薬組成物。
４０．１つ以上の核酸分子が、２つ以上のペプチド、３つ以上のペプチド、４つ以上のペプチド、５つ以上のペプチド、６つ以上のペプチド、７つ以上のペプチド、８つ以上のペプチド、９つ以上のペプチド、１０個以上のペプチド、１１個以上のペプチド、１２個以上のペプチド、１３個以上のペプチド、１４個以上のペプチド、又は１５個以上のペプチドをコードする、項３９の医薬組成物。
４１．１つ以上の核酸分子が１５個のペプチドをコードし、各ペプチドが配列番号３３２〜３４６のアミノ酸配列の異なる１つを含む、項３９の医薬組成物。
４２．１つ以上の核酸分子が、ＰＩＷＩＬ−４、ＷＴ１、ＥｐＣＡＭ、ＢＯＲＩＳ、ＡＫＡＰ−４、ＯＹ−ＴＥＳ−１、ＳＰ１７、ＰＩＷＩＬ−２、ＰＩＷＩＬ−３、ＳＰＡＧ９、ＰＲＡＭＥ、ＨＩＷＩ、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、及びＡＫＡＰ−３から選択される抗原の断片を含む、少なくとも１つの追加のペプチドをコードする、項３９の医薬組成物。
４３．該断片が、配列番号２７２〜３０１のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列を含む、項４２の医薬組成物。
４４．該断片が、配列番号３０２〜３３１のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列を含む、項４２の医薬組成物。
４５．薬学的に許容可能なアジュバント、希釈剤、担体、保存剤、又はそれらの組み合わせをさらに含む、項３９の医薬組成物。
４６．アジュバントが、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ−５１、ＱＳ−２１、ＧＭ−ＣＳＦ、シクロホスファミド（cyclophosamide）、カルメット−ゲラン桿菌（ＢＣＧ）、コリネバクテリウム・パルバム、レバミソール、アジメゾン（azimezone）、イソプリニゾン（isoprinisone）、ジニトロクロロベンゼン（ＤＮＣＢ）、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）、フロイントアジュバント（完全）、フロイントアジュバント（不完全）、ミネラルゲル、水酸化アルミニウム（Ａｌｕｍ）、リソレシチン、プルロニックポリオール、ポリアニオン、油乳剤、ジニトロフェノール、ジフテリア毒素（ＤＴ）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、項４５の医薬組成物。
４７．項２８の医薬組成物の投与に対して、臨床応答を示す可能性が高いであろう、がんを有するヒト被験者を同定及び治療する方法であって、
（ｉ）該被験者の生体試料をアッセイして、該被験者のＨＬＡ遺伝子型を決定する工程；
（ｉｉ）該医薬組成物が、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである２つ以上の配列を含む、と決定する工程；
（ｉｉｉ）各抗原についての集団発現データ（population expression data）を用いて、該被験者の腫瘍が、工程（ｉｉ）で同定されたＴ細胞エピトープに対応する１つ以上の抗原を発現する確率を決定し、該被験者が該医薬組成物の投与に対して臨床応答を示す可能性を同定する工程；及び
（ｉｖ）項２８の組成物を同定された被験者に投与する工程、
を含む方法。
４８．該被験者が卵巣がんを有する、項４７の方法。
４９．医薬組成物が、２つ以上のペプチド、３つ以上のペプチド、４つ以上のペプチド、５つ以上のペプチド、６つ以上のペプチド、７つ以上のペプチド、８つ以上のペプチド、９つ以上のペプチド、１０個以上のペプチド、１１個以上のペプチド、１２個以上のペプチド、１３個以上のペプチド、１４個以上のペプチド、又は１５個以上のペプチドを含む、項４７の方法。
５０．医薬組成物が１５個のペプチドを含み、各ペプチドが配列番号３３２〜３４６のアミノ酸配列の異なる１つを含む、項４７の方法。
５１．医薬組成物が、ＰＩＷＩＬ−４、ＷＴ１、ＥｐＣＡＭ、ＢＯＲＩＳ、ＡＫＡＰ−４、ＯＹ−ＴＥＳ−１、ＳＰ１７、ＰＩＷＩＬ−２、ＰＩＷＩＬ−３、ＳＰＡＧ９、ＰＲＡＭＥ、ＨＩＷＩ、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、及びＡＫＡＰ−３から選択される抗原の断片を含む、少なくとも１つの追加のペプチドをさらに含む、項４７の方法。
５２．該断片が、配列番号２７２〜３０１のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列を含む、項５１の方法。
５３．該断片が、配列番号３０２〜３３１のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列を含む、項５１の方法。
５４．薬学的に許容可能なアジュバント、希釈剤、担体、保存剤、又はそれらの組み合わせをさらに含む、項４７の方法。
５５．アジュバントが、Ｍｏｎｔａｎｉｄｅ ＩＳＡ−５１、ＱＳ−２１、ＧＭ−ＣＳＦ、シクロホスファミド（cyclophosamide）、カルメット−ゲラン桿菌（ＢＣＧ）、コリネバクテリウム・パルバム、レバミソール、アジメゾン（azimezone）、イソプリニゾン（isoprinisone）、ジニトロクロロベンゼン（ＤＮＣＢ）、キーホールリンペットヘモシアニン（ＫＬＨ）、フロイントアジュバント（完全）、フロイントアジュバント（不完全）、ミネラルゲル、水酸化アルミニウム（Ａｌｕｍ）、リソレシチン、プルロニックポリオール、ポリアニオン、油乳剤、ジニトロフェノール、ジフテリア毒素（ＤＴ）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、項５４の方法。
５６．化学療法剤、チェックポイント阻害剤、標的療法、放射線療法、他の免疫療法、又はそれらの組み合わせを、同定された被験者に投与する工程をさらに含む、項４７の方法。
５７．投与工程の前に、
被験者に由来する腫瘍試料をアッセイして、医薬組成物の３つ以上のペプチドが２つ以上の異なるアミノ酸配列を含むと決定する工程であって、各アミノ酸配列は、
ａ．工程（ｉ）で決定されたように、該被験者のがん細胞により発現されるがん関連抗原の断片である、及び
ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである；及び
該被験者は、該治療方法に対して臨床応答を示す可能性が高いと確認する工程、
をさらに含む、項４７の方法。
５８．項３１の医薬組成物の投与に対して、免疫応答を示す可能性が高いであろう、がんを有するヒト被験者を同定及び治療する方法であって、
（ｉ）該被験者の生体試料をアッセイして、該被験者のＨＬＡ遺伝子型を決定する工程；
（ｉｉ）該医薬組成物が、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである１つ以上の配列を含むと決定する工程；及び
（ｉｉｉ）項３１の組成物を同定された被験者に投与する工程、
を含む方法。
５９．ａ．１つ以上のペプチドを含む第１の医薬組成物であって、各ペプチドが、配列番号３３２〜３４６のいずれか１つのアミノ酸配列の異なる１つを含む第１の医薬組成物；及び
ｂ．１つ以上のペプチドを含む第２の異なる医薬組成物であって、各ペプチドが、配列番号３３２〜３４６のいずれか１つのアミノ酸配列の異なる１つを含む第２の異なる医薬組成物、
を含むキット。
６０．２つ以上のポリペプチドを発現する核酸分子を含む医薬組成物であって、各ポリペプチドが、ＰＩＷＩＬ−４、ＷＴ１、ＥｐＣＡＭ、ＢＯＲＩＳ、ＡＫＡＰ−４、ＯＹ−ＴＥＳ−１、ＳＰ１７、ＰＩＷＩＬ−２、ＰＩＷＩＬ−３、ＳＰＡＧ９、ＰＲＡＭＥ、ＨＩＷＩ、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、及びＡＫＡＰ−３から選択される抗原の最大５０個の連続するアミノ酸の断片を含み、
各断片は、配列番号２７２〜３０１のいずれか１つから選択される異なるアミノ酸配列を含む、医薬組成物。
実施例１ ＨＬＡ−エピトープ結合の予測プロセスと検証
特定のＨＬＡとエピトープ（９ｍｅｒのペプチド）との間の予測された結合は、エピトープ予測のための免疫エピトープデータベースのツール（www.iedb.org）に基づいている。
ＨＬＡ Ｉ−エピト−プの結合の予測プロセスを、実験室での実験により決定されたＨＬＡ Ｉ−エピト−プ対との比較により検証した。データセットは、論文審査がある刊行物又は公共の免疫学的データベースで報告されたＨＬＡ Ｉ−エピト−プ対に従った。
実験的に決定したデータセットとの一致の割合を決定した（表２）。データセットの結合ＨＬＡ Ｉ−エピト−プ対は、９３％の確率で正しく予測された。偶然にも、非結合ＨＬＡ Ｉ−エピト−プ対も９３％の確率で正しく予測された。

複数のＨＬＡ結合エピトープの予測の正確度を測定した。真陽性及び真陰性の両者の予測についての９３％の確率と、偽陽性及び偽陰性の予測についての７％（＝１００％−９３％）の確率を使用した解析の特異度及び感度に基づいて、ヒトにおける複数のＨＬＡ結合エピトープの存在確率を計算することができる。エピトープに複数のＨＬＡが結合する確率は、エピトープに結合するＨＬＡの数と実際の結合の予測された最小数の関係を示す。ＰＥＰＩの定義ごとに、３はエピトープに結合するＨＬＡの予測最小数である（太字）。

検証されたＨＬＡ−エピトープ結合予測プロセスを使用して、以下の実施例で記載の全てのＨＬＡ−エピトープ結合対を決定した。
実施例２ 複数のＨＬＡによるエピトープ提示は、細胞傷害性Ｔリンパ球（ＣＴＬ）応答を予測する
個体の１つ以上のＨＬＡ Ｉによるポリペプチド抗原の1つ以上のエピトープの提示は、ＣＴＬ応答が予測されることを決定した。
研究を、７１人のがん患者と９人のＨＩＶ感染患者について行われた、６件の臨床試験の遡及的解析により行った（表４）１−７。これらの研究の患者を、ＨＰＶワクチン、３つの異なるＮＹ−ＥＳＯ−１特異的ながんワクチン、１つのＨＩＶ−１ワクチン、及びメラノーマ患者でＮＹ−ＥＳＯ−１抗原に対するＣＴＬを再活性化することが示されたＣＴＬＡ−４特異的なモノクロ−ナル抗体（イピリムマブ）で治療した。これらの臨床治験の全てにおいて、ワクチン接種後の研究被験者で抗原特異的なＣＤ８＋ＣＴＬ応答（免疫原性）を測定した。場合によっては、ＣＴＬ応答と臨床応答の相関関係が報告された。
データの入手可能性以外の如何なる理由でも、遡及研究から患者を除外しなかった。１５７の患者データセット（表４）を標準的な乱数発生器で無作為化し、訓練と評価研究のための２つの独立したコーホートを作成した。場合によってコーホートは、同じ患者からの複数のデータセットを含み、４８人の患者からの７６のデータセットの訓練コーホートと、５１人の患者からの８１のデータセットの試験／検証コーホートをもたらした。

訓練データセットの報告されたＣＴＬ応答を、ワクチン抗原のエピトープ（９ｍｅｒ）のＨＬＡ Ｉ拘束プロファイル（HLA I restriction profile）と比較した。各患者の抗原配列及びＨＬＡ Ｉ遺伝子型を、公開されたタンパク質配列のデータベース又は論文審査がある刊行物から取得し、ＨＬＡ Ｉ−エピトープ結合の予測プロセスを、患者の臨床ＣＴＬ応答データに対して盲検とした。各患者の少なくとも１つ（ＰＥＰＩ１＋）、又は少なくとも２つ（ＰＥＰＩ２＋）、又は少なくとも３つ（ＰＥＰＩ３＋）、又は少なくとも４つ（ＰＥＰＩ４＋）、又は少なくとも５つ（ＰＥＰＩ５＋）、又は全６つ（ＰＥＰＩ６）のＨＬＡクラスＩ分子に結合すると予測される各抗原由来のエピトープの数を決定し、結合したＨＬＡの数を報告されたＣＴＬ応答についての分類指標（classifier）として使用した。真の陽性率（感度）と真の陰性率（特異度）を、各分類指標（ＨＬＡ結合の数）についての訓練データセットから個別に決定した。
各分類指標に対してＲＯＣ解析を行った。ＲＯＣ曲線において、真の陽性率（感度）を、種々のカットオフポイントについて、偽陽性率（１−特異度）の関数としてプロットした（図１）。ＲＯＣ曲線の各ポイントは、特定の決定閾値（エピトープ（ＰＥＰＩ）カウント）に対応する感度／特異度の対を表す。ＲＯＣ曲線の下の領域（ＡＵＣ）を、分類指標が２つの診断群（ＣＴＬ応答者又は非応答者）をいかに良く区別できるかの基準である。
分析により、被験者の複数のクラスＩ ＨＬＡによる予測されるエピト−プ提示（ＰＥＰＩ２＋、ＰＥＰＩ３＋、ＰＥＰＩ４＋、ＰＥＰＩ５＋、又はＰＥＰＩ６）は、いずれも場合にも、単に１つのみ又は複数のＨＬＡクラスＩによるエピトープ提示よりも、より良好な予測指標であることが明らかとなった（ＰＥＰＩ１＋、ＡＵＣ＝０．４８、表５）。

個体のＣＴＬ応答は、個体の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩにより提示され得る抗原のエピトープを考慮することによって、最も良く予測された（ＰＥＰＩ３＋、ＡＵＣ＝０．６５、表５）。陽性のＣＴＬ応答を最も良く予測したＰＥＰＩ３＋の閾値カウント（個体の３つ以上のＨＬＡにより提示される抗原特異的なエピトープの数）は１であった（表６）。言い換えれば、少なくとも１つの抗原由来のエピトープが、被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩにより提示され（≧１ ＰＥＰＩ３＋）、次いで該抗原は少なくとも１つのＣＴＬクローンを引き起こし、そして該被験者はＣＴＬ応答者である可能性が高い。１以上のＰＥＰＩ３＋の閾値を使用して、可能性の高いＣＴＬ応答者を予測することにより（（「≧１ ＰＥＰＩ３＋ 試験」）、７６％の診断感度が提供された（表１２）。
実施例３ １以上のＰＥＰＩ３＋試験の検証
５１人の患者からの８１のデータセットの試験コーホートを使用して、抗原特異的なＣＴＬ応答を予測するための１以上のＰＥＰＩ３＋の閾値を検証した。試験コーホートの各データセットについて、１以上のＰＥＰＩ３＋閾値が満たされるかどうかを決定した（個体の少なくとも３つのクラスＩ ＨＬＡにより提示される、少なくとも１つの抗原由来エピトープ）。これを、臨床試験から報告された実験的に決定したＣＴＬ応答と比較した（表７）。
臨床的検証により、ＰＥＰＩ３＋ペプチドは、個体においてＣＴＬ応答を８４％の確率で誘導することが実証された。８４％は、ＰＥＰＩ３＋予測の解析検証で決定されたのと同じ値であり、個体の少なくとも３つのＨＬＡに結合するエピトープである（表３）。これらのデータは、個体においてＰＥＰＩにより免疫応答が誘導されるという強力な証拠を提供する。

ＰＥＰＩ３＋カウントをカットオフ値として使用して、ＲＯＣ解析は診断の正確度を決定した（図２）。ＡＵＣ値は０．７３であった。ＲＯＣ解析では、０．７〜０．８のＡＵＣが一般的に公正な診断であると考えられる。
少なくとも１のＰＥＰＩ３＋のカウント（≧１ ＰＥＰＩ３＋）は、試験データセットにおいてＣＴＬ応答を最もよく予測した（表８）。この結果により、訓練中に決定された閾値が確認された（表５）。

実施例４ １以上のＰＥＰＩ３＋試験はＣＤ８＋ＣＴＬ応答性を予測する
１以上のＰＥＰＩ３＋試験を、ペプチド抗原に対する特定のヒト被験者のＣＴＬ応答を予測するために以前報告された方法と比較した。
２つの異なる臨床試験でＨＰＶ−１６合成ロングペプチドワクチン（ＬＰＶ）を投与された２８人の子宮頸がん及びＶＩＮ−３の患者のＨＬＡ遺伝子型を、ＤＮＡ試料から決定した８ ８ ９ １０。ＬＶＰは、ＨＰＶ−１６ウイルスの腫瘍性タンパク質Ｅ６とＥ７を覆うロングペプチドからなる。これらの刊行物からＬＰＶのアミノ酸配列を取得した。刊行物は、ワクチンの重複ペプチドのプールに対する各ワクチン接種した患者のＴ細胞応答も報告している。
各患者について、少なくとも３つの患者のクラスＩ ＨＬＡ（ＰＥＰＩ３＋）により提示されたＬＶＰのエピトープ（９ｍｅｒ）を同定し、ペプチドプール間のそれらの分布を決定した。少なくとも１つのＰＥＰＩ３＋（≧１ ＰＥＰＩ３＋）を含むペプチドは、ＣＴＬ応答を誘導すると予測された。ＰＥＰＩ３＋を含まないペプチドは、ＣＴＬ応答を誘導しないと予測された。
１以上のＰＥＰＩ３＋試験は、ワクチン接種後に測定された５１２の陰性ＣＴＬ応答のうち４８９を正しく予測し、４０の陽性ＣＴＬ応答のうち８を正しく予測した（図３Ａ）。全体として、１以上のＰＥＰＩ３＋試験と実験的に決定されたＣＤ８＋Ｔ細胞応答の応答性との一致は９０％であった（ｐ＜０．００１）。
各患者について、少なくとも１つの患者のクラスＩ ＨＬＡ（≧１ ＰＥＰＩ１＋、ＨＬＡ拘束性エピト−プの予測、先行技術の方法）により提示されたエピトープのペプチドプール間の分布も決定した。≧１ ＰＥＰＩ１＋は、ワクチン接種後に測定された５１２の陰性ＣＴＬ応答のうち１１６を正しく予測し、４０の陽性ＣＴＬ応答のうち３７を正しく予測した（図３Ｂ）。全体として、ＨＬＡ拘束性エピト−プの予測（≧１ ＰＥＰＩ１＋）及びＣＤ８＋Ｔ細胞応答性との一致は２８％であった（有意差なし）。
実施例５ ＨＬＡクラスＩＩ拘束性ＣＤ４＋ヘルパーＴ細胞エピトープの予測
２つの異なる臨床試験（実施例４で詳しく述べた）でＨＰＶ−１６合成ロングペプチドワクチン（ＬＰＶ）を投与された、２８人の子宮頸がんとＶＩＮ−３患者のＬＶＰワクチン接種後のＣＤ４＋Ｔヘルパー応答について調査した。最新のツールは１０７のうち８４の陽性応答（ヒトのＤＰ対立遺伝子についてのペプチドプールに対する陽性ＣＤ４＋Ｔ細胞応答性）を予測したため（感度＝７８％）、ＨＬＡクラスＩＩ拘束性エピトープの予測の感度は７８％であった。３１のうち７の陰性応答を除外できるため、特異度は２２％であった。全体として、ＨＬＡ拘束性クラスＩＩエピト−プ予測とＣＤ４＋Ｔ細胞応答性との一致は６６％であり、統計学的に有意ではなかった。
実施例６
１以上のＰＥＰＩ３＋試験は全長ＬＰＶポリペプチドに対すＴ細胞応答を予測する
実施例４及び５で報告したのと同じ試験を使用して、１以上のＰＥＰＩ３＋試験を用いて、ＬＰＶワクチンの全長Ｅ６及びＥ７ポリペプチド抗原に対する患者のＣＤ８＋及びＣＤ４＋のＴ細胞応答を予測した。結果を、実験的に決定された応答と比較し、報告した。試験は、陽性のＣＤ８＋Ｔ細胞応答性の試験結果を示す１５人のＶＩＮ−３患者のうち、１１人のＣＤ８＋Ｔ細胞応答性（ＰＥＰＩ３＋）（感度７３％、ＰＰＶ８５％）と、５人の子宮頸がん患者のうち２人のＣＤ８＋Ｔ細胞応答性を正しく予測した（感度４０％、ＰＰＶ１００％）。ＣＤ４＋Ｔ細胞の応答性は（ＰＥＰＩ４＋）、ＶＩＮ−３及び子宮頸がんの患者の両方で１００％正しく予測された（図５）。
クラスＩ及びクラスＩＩのＨＬＡ拘束性ＰＥＰＩ３＋カウントが、ＬＶＰのワクチン接種された患者に対する報告された臨床的利益と相関することも観察された。より高いＰＥＰＩ３＋カウントを示す患者は、３か月には既に完全な又は部分的な応答の何れかを示した。
実施例７ 事例研究
ｐＧＸ３００１は、リンカーを間に挟んだ全長Ｅ６及びＥ７抗原を含むＨＰＶ１６ベースのＤＮＡワクチンである。ｐＧＸ３００２は、リンカーを間に挟んだ全長Ｅ６及びＥ７抗原を含むＨＰＶ１８ベースのＤＮＡワクチンである。フェーズＩＩの臨床試験では、ｐＧＸ３００１とｐＧＸ３００２の両方のワクチンを接種した（ＶＧＸ−３１００ワクチン接種）１子宮頸がんを有する１７人のＨＰＶ感染患者のＴ細胞応答を調査した。
図５〜図６は、２人の例示的な患者（患者１２−１１及び患者１４−５）について、２つのＨＰＶ−１６及び２つのＨＰＶ−１８抗原の全長配列内に、これらの患者の少なくとも１つ（ＰＥＰＩ１＋）、少なくとも２つ（ＰＥＰＩ２＋）、少なくとも３つ（ＰＥＰＩ３＋）、少なくとも４つ（ＰＥＰＩ４＋）、少なくとも５つ（ＰＥＰＩ５＋）、又は全６つ（ＰＥＰＩ６）のクラスＩ ＨＬＡによって提示された各エピトープ（９ｍｅｒ）の位置を示す。
患者１２−１１は混合ワクチンについて、全体で５４のＰＥＰＩ１＋カウントを示した（１つ以上のクラスＩ ＨＬＡにより提示された５４つのエピトープ）。患者１４−５は９１のＰＥＰＩ１＋カウントを示した。よって患者１４−５は４つのＨＰＶ抗原に関して、患者１２−１１よりも高いＰＥＰＩ１＋カウント示す。ＰＥＰＩ１＋は、患者１２−１１及び１４−５の異なるワクチン抗原特異的なＨＬＡ拘束性エピトープセットを表す。これら２人の患者の間で２７つのＰＥＰＩ１＋のみが共通していた。
ＰＥＰＩ３＋カウント（３つ以上の患者のクラスＩ ＨＬＡによって提示されたエピトープの数）の場合、患者１２−１１及び１４−５の結果は逆転した。患者１２−１１が示すＰＥＰＩ３＋カウントは８であり、４つのＨＰＶ１６／１８抗原のそれぞれに少なくとも１つのＰＥＰＩ３＋が含まれていた。患者１４−５が示すＰＥＰＩ３＋カウントは０であった。
これら２人の患者の報告された免疫応答は、ＰＥＰＩ１＋カウントではなく、ＰＥＰＩ３＋カウントと一致した。患者１２−１１は、ＥＬＩＳｐｏｔにより測定されたように、ワクチン接種後に４つの抗原のそれぞれに対する免疫応答を発生させ、一方、患者１４−５はワクチンの４つの抗原の何れに対しても免疫応答を発生させなかった。試験における１７人の患者全てのＰＥＰＩ１＋及びＰＥＰＩ３＋のセットを比較した場合、類似したパターンが観察された。ＰＥＰＩ１＋カウントと、臨床試験から報告された実験的に決定されたＴ細胞応答の間に相関関係は無かった。しかし、1以上のＰＥＰＩ３＋試験により予測されたＴ細胞免疫と、報告されたＴ細胞免疫との間には相関関係が観察された。1以上のＰＥＰＩ３＋試験は、ＨＰＶ ＤＮＡワクチンに対する免疫応答者を予測した。
さらに、患者のＰＥＰＩ３＋セットの多様性は、がんワクチンの試験で通常見られるＴ細胞応答の多様性に類似していた。患者１２−３及び１２−６は、患者１４−５と類似し、ＨＰＶワクチンがＴ細胞免疫を引き起すことができないと予測するＰＥＰＩ３＋を有していなかった。他の全ての患者は、ＨＰＶワクチンがＴ細胞免疫を引き起すことができる可能性を予測する少なくとも１つのＰＥＰＩ３＋を有していた。１１人の患者は、ＨＰＶワクチンがポリクローン性のＴ細胞応答を引き起こす可能性が高いと予測する複数のＰＥＰＩ３＋を有していた。患者１５−２及び１５−３は、両方のＨＰＶのＥ６に対するより高いＴ細胞免疫を開始することができたが、Ｅ７に対する免疫は低かった。他の患者である１５−１及び１２−１１は、それぞれＨＰＶ１８及びＨＰＶ１６のＥ７に対して同じ大きさの応答を示した。
実施例８ インシリコ試験を実施して大規模集団の正確なワクチン標的の候補を同定するためのモデル集団の設計
完全な４桁（digit）のＨＬＡクラスＩ遺伝子型（２ｘＨＬＡ−Ａ＊ｘｘ：ｘｘ；２ｘＨＬＡ−Ｂ＊ｘｘ：ｘｘ；２ｘＨＬＡ−Ｃ＊ｘｘ：ｘｘ）及び人口統計情報（demographic information）を有する４３３人の被験者のインシリコヒト試験コーホートを実施した。このモデル集団は、現在知られている対立遺伝子Ｇ群の８５％超を代表する合計１５２の異なるＨＬＡ対立遺伝子を有する、民族が混合した被験者を有する。
４桁のＨＬＡ遺伝子型と人口統計情報で特徴付けられる７１８９人の被験者を含む「大集団（Big Population）」のデータベースも確立した。大集団は３２８の異なるＨＬＡクラスＩ対立遺伝子を有する。モデル集団のＨＬＡ対立遺伝子の分布は、大集団と有意に相関していた（表９）（ピアソンｐ＜０．００１）。よって、４３３人の患者モデル集団は、１６倍大きな集団を代表している。
モデル集団は、ＨＬＡの多様性及びＨＬＡの頻度により与えられる人類の８５％を代表している。
実施例９ 複数のＨＬＡ結合エピトープの同定に基づくインシリコ試験は、報告された臨床試験のＴ細胞応答率を予測する
この研究の目的は、実施例８に記載したようなモデル集団を、ワクチンのＣＴＬ応答率を予測するのに使用（例えば、インシリコ有効性試験で使用）できるかどうかを決定することであった。
被験者の亜集団でＴ細胞応答を誘導したがん抗原に由来する１２のペプチドワクチンを、論文審査がある刊行物から同定した。これらのペプチドは、合計で１７２人の患者（４つの民族）を登録した臨床試験で調査されている。ワクチンペプチドによって誘導されたＴ細胞応答は、血液検体から決定され、報告されている。臨床試験で測定された陽性のＴ細胞応答を示す研究対象のパーセントとしての免疫応答率を決定した（図７）。

実施例８に記載のモデル集団の４３３人の各被験者において、１以上のＰＥＰＩ３＋試験で、１２のペプチドを調査した。各ペプチドの「１以上のＰＥＰＩ３＋スコア」は、被験者に特異的な少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ（１以上のＰＥＰＩ３＋）に結合できる少なくとも１つのワクチン由来のエピトープを有するモデル集団の被験者割合として計算された。対応する臨床試験が患者をＨＬＡ対立遺伝子で選択した集団について階層化した場合、モデル集団もまた、それぞれの対立遺伝子を有する被験者についてフィルタリングされた（filtered）（例えば：ＷＴ１、ＨＬＡ−Ａ＊０２０１）。
試験から報告された実験的に決定された応答率を、１以上のＰＥＰＩ３＋スコアと比較した。対となるデータに基づき全体一致率（ＯＰＡ）を計算した（表１１）。１以上のＰＥＰＩ３＋スコアと応答率の間に線形相関関係が観察された（Ｒ２＝０．７７）（図７）。この結果は、個体の複数のＨＬＡに結合すると予測されたペプチドの同定は、臨床試験の結果をインシリコで予測するのに有用であることを示している。

実施例１０ 複数のＨＬＡ結合エピトープの同定に基づくインシリコ試験は、臨床試験ＩＩの報告されたＴ細胞応答率を予測する
ペプチド又はＤＮＡベースのワクチンで実施された、公表された免疫応答率（ＩＲＲ）を使用した１９の臨床試験を同定した（表１９）。これらの試験には、６０４人の患者（９つの民族）が関与し、腫瘍及びウイルス抗原に由来する３８のワクチンをカバーしている。ワクチン抗原特異的なＣＴＬ応答を各試験患者で測定し、臨床試験集団の応答率を計算して報告した。
１９の臨床試験の各ワクチンペプチドを、モデル集団の各被験者において、１以上のＰＥＰＩ３＋試験で調査した。各ペプチドについての１以上のＰＥＰＩ３＋スコアを、少なくとも１つのワクチン由来のＰＥＰＩ３＋を有するモデル集団の被験者の割合として計算した。試験から報告された実験的に決定した応答率を、実施例９のようにＰＥＰＩスコアと比較した（表２０）。応答率と１以上のＰＥＰＩ３＋スコアの間に、線形相関関係（Ｒ２＝０．７０）が観察された（図８）。この結果により、個体の複数のＨＬＡに結合すると予測されたペプチドの同定により、被験者のＴ細胞応答を予測することができ、インシリコ試験で臨床試験の結果を予測できることが確認された。


実施例１１ 複数のペプチドワクチン中の複数のＨＬＡ結合エピトープの同定に基づくインシリコ試験は、報告された臨床試験の免疫応答率を予測する
ＩＭＡ９０１は、ヒトがん組織内に自然に存在する腫瘍関連ペプチド（ＴＵＭＡＰ）に由来する９つのペプチドを含む腎細胞がん（ＲＣＣ）用の治療ワクチンである。進行したＲＣＣを有する合計９６人のＨＬＡ−Ａ＊０２＋被験者を、２つの独立した臨床試験（フェーズＩとフェーズＩＩ）においてＩＭＡ９０１で治療した。ＩＭＡ９０１の９つのペプチドのそれぞれは、ＨＬＡ−Ａ２拘束性エピトープとして先行技術において同定した。現在受け入れられている標準に基づくと、それらの存在は腎臓がん患者で検出されており、試験患者はペプチドのそれぞれを提示することができる少なくとも１つのＨＬＡ分子を有するように特別に選択されているため、それらは全て、試験被験者の腎臓がんに対するＴ細胞応答をブーストする強力な候補ペプチドである。
モデル集団の中の各被験者について、ＩＭＡ９０１ワクチンの９つのペプチドのうち３つ以上のＨＬＡに結合することができるペプチドの数を決定した。ＩＭＡ９０１ワクチンの各ペプチドは９ｍｅｒであるため、これはＰＥＰＩ３＋カウントに対応する。結果を、フェーズＩ及びフェーズＩＩの臨床試験で報告された免疫応答率と比較した（表１４）。
フェーズＩ及びフェーズＩＩの研究結果は、異なる試験コーホートにおける同じワクチンに対する免疫応答の変動性を示している。しかしながら、全体として、２以上のＰＥＰＩ３＋試験により予測された応答率と、報告された臨床応答率の間には良好な一致があった。
遡及的解析において、上記の試験の臨床研究者は、ＩＭＡ９０１ワクチンの複数のペプチドに応答した被験者は、１つのペプチドのみに応答した、又は応答しなかった被験者よりも、疾患の制御（安定疾患（stable disease）、部分奏効（partial response））を経験する可能性が有意に高い（ｐ＝０．０１９）ことを見い出した。複数のペプチドに応答した８人の被験者のうち６人（７５％）は、０個及び１個のペプチドの応答者のそれぞれ１４％及び３３％とは対照的に、試験で臨床的利益を経験した。無作為化フェーズＩＩ試験では、複数のＴＵＭＡＰに対する免疫応答がより長い全生存期間と関連することが確かめられた。
ＰＥＰＩの存在はＴＵＭＡＰに対する応答者を正確に予測したため、ＩＭＡ９０１に対する臨床応答者はＴＵＭＡＰ由来の２つ以上のＰＥＰＩを提示できる可能性が高い患者である。この亜集団はＨＬＡ−Ａ＊０２で選択された患者の２７％のみにすぎず、臨床試験の結果によれば、この亜集団の７５％が臨床的利益を経験すると予測される。同じ臨床試験の結果は、患者の選択がＴＵＭＡＰ由来の３つ以上のＰＥＰＩに基づいた場合、この集団はＨＬＡ−Ａ＊０２で選択された患者集団の３％のみを代表するに過ぎないとしても、１００％の患者が臨床的利益を経験することを示唆している。これらの結果は、疾患制御率（安定疾患又は部分奏効）は、ＩＭＡ９０１臨床試験で研究された患者集団において３％と２７％の間であることを示唆している。完全奏効が存在しない場合、これらの患者の一部のみが生存の利益を経験できる。
これらの結果は、ＩＭＡ９０１のフェーズＩＩＩ臨床試験において生存率の改善が無いことを説明する。また、これらの結果は、研究集団のＨＬＡ−Ａ＊０２の富化は、ＩＭＡ９０１のフェーズＩＩＩ試験における主要な全生存期間のエンドポイント（endpoint）に到達するには十分ではないことも実証した。ＩＭＡ９０１の試験研究者が指摘したように、ペプチドワクチンに対する可能性が高い応答者を選択するためのコンパニオン診断（ＣＤｘ）の開発の必要性がある。これらの結果は、２つ以上のＴＵＭＡＰ特異的なＰＥＰＩを有する患者の選択は、ＩＭＡ９０１の有意な臨床的利益を示すのに十分な富化（enrichment）を提供し得ることも示唆している。
実施例１２ ワクチン由来の複数のＨＬＡ結合エピトープの同定に基づくインシリコ試験は、報告された実験的臨床応答率を予測する
実施例８に記載のモデル集団で決定された免疫療法ワクチンの２以上のＰＥＰＩ３＋スコアと、臨床試験で決定された報告された疾患制御率（ＤＣＲ、完全奏効（complete response）及び部分奏効及び安定疾患を有する患者の比率）との間の相関関係を決定した。
公表された疾患制御率（ＤＣＲ）又は奏効率（objective response rate）（ＯＲＲ）を有する、ペプチド−及びＤＮＡ−ベースの免疫療法ワクチンを用いて実施された１７の臨床試験を、論文審査がある科学雑誌から同定した（表１５）。これらの試験には５９４人の患者（５つの民族）が関与し、２９の腫瘍及びウイルスの抗原をカバーした。臨床試験のための現在の標準である、固形腫瘍における応答評価基準（ＲＥＣＩＳＴ）に従ってＤＣＲを決定したが、臨床応答は最大の断面寸法の変化に基づいている４２、４３、４４。ＤＣＲのデータを入手できない場合には、RECISガイドラインに従って定義された、奏効率（ＯＲＲ）のデータを使用した。
表１６は、モデル集団の各ワクチンについて２以上のＰＥＰＩ３＋スコアを、公表されたＤＣＲ又はＯＲＲと比較している。予測されたＤＣＲと測定されたＤＣＲの間の相関関係が観察され、癌ワクチンの免疫原性のみならず効力も、個体の複数のＨＬＡ配列に依存する（Ｒ２＝０．７６）というさらなる証拠を提供している（図９）。




実施例１３ 大集団のための乳がんワクチンの設計と組成物
我々は上記で述べたＰＥＰＩ３＋試験を用いて、患者の大きなパーセンテージに有効な乳がんワクチンにおいて使用するためのペプチドを、腫瘍の抗原と患者のＨＬＡの両者の不均一性を考慮して設計した。
乳がんのＣＴＡを同定し、論文審査がある刊行物の中で報告されたように、乳がん腫瘍試料内に見い出される抗原の全般的な発現頻度に基づいてランク付けした(Chen et al. Multiple Cancer/Testis Antigens Are Preferentially Expressed in Hormone-Receptor Negative and High-Grade Breast Cancers. Plos One 2011; 6(3): e17876.; Kanojia et al. Sperm-Associated Antigen 9, a Novel Biomarker for Early Detection of Breast Cancer. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev 2009; 18(2):630 -639.; Saini et al. A Novel Cancer Testis Antigen, A-Kinase Anchor Protein 4 (AKAP4) Is a Potential Biomarker for Breast Cancer. Plos One 2013; 8(2): e57095)。
ランク付けされた発現率に基づいて我々は、最も高い頻度で発現したＣＴＡを、乳がんワクチンのための標的抗原として選択した。選択された乳がん特異的なＣＴＡの発現率を図１１に描く。
標的ＣＴＡから免疫原性のペプチドを選択するために我々はＰＥＰＩ３＋試験と実施例８の中で述べたモデル集団を使用して、モデル集団内の個体の少なくとも３つのＨＬＡにより最も高い頻度で提示される９ｍｅｒのエピト−プ（ＰＥＰＩ３＋）を同定した。我々は本明細書でそれらのエピトープを「最良ＥＰＩ」と称する。ＰＲＡＭＥ抗原についての「ＰＥＰＩ３＋ホットスポット」の解析と最良ＥＰＩの同定の実例を、図１０に示す。
我々は、各ＣＴＡについて報告された発現頻度を、モデル集団内のＰＥＰＩ３＋ホットスポットの頻度により乗じ、個体の最も高い割合において乳がん抗原に対する免疫応答を誘導するであろうＴ細胞エピトープ（９ｍｅｒ）を同定した（表１７）。我々はその後選択された９ｍｅｒをそれぞれ含んでいる１５ｍｅｒを選択した（表１７）。下記の実施例１９の中で述べるプロセスを使用して、最も多い被験者の最も多いＨＬＡクラスＩＩに結合するように１５ｍｅｒを選択した。それらの１５ｍｅｒは、最も高い割合の被験者において、ＣＴＬとＴヘルパー応答の両方を誘導することができた。



その後我々は３１の３０ｍｅｒペプチドを設計した（表１８ａ）。３０ｍｅｒはそれぞれ２つの最適化された１５ｍｅｒ断片からなり、それらは一般的に異なる頻度が高いＣＴＡに由来し、端と端とを並べて配置され、各断片は表１７からの９ｍｅｒ（最良ＥＰＩ）の１つを含んでいる。これらの３０ｍｅｒペプチドの９つをペプチドのパネルのために選択し、ポリＰＥＰＩ９１５と称する（表１８ｂ）。ポリＰＥＰＩ９１５により標的化された１０個のＣＴＡの発現頻度を、単独で又は組み合わせて図１１に示す。



ポリＰＥＰＩ９１５の特性解析
ワクチン又は免疫療法の治療方法の中で複数のＣＴＡを標的とするペプチド配列を含むことにより、腫瘍の不均一性に対処することができる。ポリＰＥＰＩ９１５組成物は１０個の異なるＣＴＡを標的とする。これら１０個のＣＴＡについての抗原発現率に基づいて、がん細胞の中で発現する抗原の予測される平均数（ＡＧ５０）及び９５％の可能性で発現する抗原の最小数（ＡＧ９５）をモデル化した。図１２の抗原発現曲線によって示されるように、９５％の個体が、１０個の標的抗原の最小４つ（ＡＧ９５＝４）を発現した。
上記で述べたＡＧ値は標的患者集団からは独立に、ワクチンを特徴付ける。それらは、特定のがん（例えば乳がん）が、特定のワクチン又は免疫療法組成物により標的化される抗原を発現する可能性を予測するのに使用できる。ＡＧ値は既知の腫瘍不均一性に基づくが、ＨＬＡの不均一性は考慮に入れていない。
ある集団のＨＬＡ不均一性は、免疫療法又はワクチン組成物の観点から、ＰＥＰＩ３＋を提示している抗原の数により特徴付けることができる。これらはワクチン特異的なＣＴＡ抗原であって、これらについて１つ以上のＰＥＰＩ３＋が予測され、本明細書では「ＡＰ」と称する。ＰＥＰＩ３＋を有する抗原の平均数（ＡＰ５０）は、如何にしてワクチンがその組成物により標的化される抗原に対する免疫応答を誘導できるかを示す（乳がんワクチン特異的な免疫応答）。ポリＰＥＰＩ９１５組成物は平均５．３個のワクチン抗原に対して免疫応答を誘導することができ（ＡＰ５０＝５．３０）、９５％のモデル集団は少なくとも１つのワクチン抗原に対して免疫応答を誘導することができる（ＡＰ９５＝１）（図１３）。
さらにワクチンを、「ＰＥＰＩ」を有する抗原を示すＡＧＰ値によって特徴付けることもできる。このパラメーターは先の２つのパラメーターの組み合わせであり：（１）ＡＧは特定の腫瘍型における抗原発現頻度に依存するが、集団の中の個体のＨＬＡ遺伝子型には依存せず、（２）ＡＰは抗原の発現頻度を考慮することなく、集団の中の個体のＨＬＡ遺伝子型に依存する。ＡＧＰは疾患内のワクチン抗原の発現頻度と集団内の個体のＨＬＡ遺伝子型の両者に依存する。
乳がんのＡＧとモデル集団内のＡＰのデータを組み合わせることにより、我々はポリＰＥＰＩ９１５のＡＧＰ値を決定し、その値は乳がんの中で発現している抗原に対する免疫応答を誘導するワクチン抗原の確率分布を表わす。ポリＰＥＰＩ９１５について、モデル集団内のＡＧＰ５０値は３．３７である。ＡＧＰ９２＝１は、少なくとも１つの発現したワクチン抗原に対して、モデル集団内の９２％の被験者が免疫応答を誘導することを意味する（図１４）。
実施例１４ 乳がんワクチンのためのコンパニオン診断を用いた患者の選択
特定の患者が１つ以上のがんワクチンペプチドによる治療に対して、免疫応答又は臨床応答を示すであろう可能性を、例えば上記で述べたように、（ｉ）ワクチンペプチド内のＰＥＰＩ３＋の同定（患者の少なくとも３つのＨＬＡに結合することができる９ｍｅｒエピトープ）；及び／又は（ｉｉ）例えば腫瘍生検により測定されるような、患者のがん細胞内に発現する標的抗原の決定、に基づいて決定することができる。理想的には両方のパラメーターが決定され、その患者の治療において使用するために、最適なワクチンペプチドの組み合わせが選択される。しかしながら、例えば生検による発現した腫瘍抗原の決定が、不可能であったり、勧められなかったり、生検の誤りによって信頼できないならば（例えば、腫瘍の少ない部分又は転移した腫瘍から採取された生検の組織試料は、患者内で発現するＣＴＡの完全なレパートリーを表わさない）、ＰＥＰＩ３＋解析を単独で使用してもよい。
実施例１５ ポリＰＥＰＩ９１５と競合的乳癌ワクチンとの比較
我々は上記で述べたインシリコ臨床試験を使用して、臨床試験で研究された競合的乳がんワクチンの免疫応答率を予測した（表１９）。これらの製品の免疫応答率は３％と９１％の間であった。
単一のペプチドワクチンは３％〜２３％の個体で免疫原性であった。比較して配列番号８１〜１１１から選択されたアミノ酸配列を有するペプチドは、同じコーホートの４４％〜７３％の個体で免疫原性であった。この結果は、ポリＰＥＰＩ９１５内の各ペプチドの免疫原性が実質的に改善されていることを表わしている。
競合的な混合ペプチド製品の免疫応答率は１０〜６２％の間であった。本発明のポリＰＥＰＩ９１５の組み合わせ製品では、モデル集団内で９６％、乳がん患者内で９３％であり、免疫原性の改善を表わしている。

ポリＰＥＰＩ９１５ワクチンを使用することによる他の改善は、腫瘍回避の機会がより少ないことである。ポリＰＥＰＩ９１５ワクチン内の各３０ｍｅｒペプチドは２つの腫瘍抗原を標的とする。より多くの腫瘍抗原に対するＣＴＬは、単一の腫瘍抗原に対するＣＴＬよりも、不均一性の腫瘍細胞に対してより効果的である。
他の改善は、ポリＰＥＰＩ９１５ワクチンは、ワクチン接種に対して反応する可能性が高い個体を、それらのＨＬＡ遺伝子型（配列）、及び任意選択で本明細書に述べられた方法を使用したそれらの腫瘍内の抗原発現に基づいて同定できるというものである。ポリＰＥＰＩワクチンを有する医薬組成物は、そのＨＬＡがそのワクチンに由来する如何なるＰＥＰＩ３も提示できない個体に対しては投与されないであろう。臨床試験の間に、ポリＰＥＰＩ９１５治療方法におけるｍＡＧＰ又はＡＧＰの数と、個体の応答の持続時間の間の相関関係が作成されるであろう。１を超えるＡＧＰを有するワクチンの組み合わせは、不均一ながん細胞を破壊するのに必要とされる可能性が最も高い。ポリＰＥＰＩワクチンを有する医薬組成物は、ＨＬＡがそのワクチンに由来する如何なるＰＥＰＩ３も提示することができない個体には投与されないであろう。
実施例１６ 結腸直腸がんワクチンの設計と組成物
我々は、上記で述べたのと同じ設計方法を使用した、結腸直腸がんワクチン組成物に関する他の実施例を示す。我々は上記で述べたＰＥＰＩ３＋試験を使用し、腫瘍抗原と患者のＨＬＡの両方の不均一性を考慮して、患者の大きなパーセンテージで有効な、結腸直腸がんワクチンにおいて使用するためのペプチドを設計した。
結腸直腸がんのＣＴＡを同定し、論文審査がある刊行物の中で報告されたような乳がん腫瘍試料内に見出される全体的な抗原の発現頻度に基づいてランク付けした（図１５）(Choi J, Chang H. The expression of MAGE and SSX, and correlation of COX2, VEGF, and survivin in colorectal cancer. Anticancer Res 2012. 32(2):559-564.; Goossens-Beumer IJ, Zeestraten EC, Benard A, Christen T, Reimers MS, Keijzer R, SierCF, Liefers GJ, Morreau H, Putter H, Vahrmeijer AL, van de Velde CJ, Kuppen PJ. Clinical prognostic value of combined analysis of Aldh1, Survivin, and EpCAMexpression in colorectal cancer. Br J Cancer 2014. 110(12):2935-2944.; Li M, Yuan YH, Han Y, Liu YX, Yan L, Wang Y, Gu J. Expression profile of cancer-testis genes in 121 human colorectal cancer tissue and adjacent normal tissue. Clinical Cancer Res 2005. 11(5):1809-1814)。
ランク付けした発現率に基づいて我々は、結腸直腸がんワクチンのための標的抗原として最も発現頻度が高いＣＴＡを選択した。選択された乳がん特異的なＣＴＡの発現率を図１５の中に描く。
最も高い頻度で発現した結腸直腸がんのＣＴＡから免疫原性のペプチドを選択するために、我々はＰＥＰＩ３＋試験と実施例８の中で述べたモデル集団を使用して「最良ＥＰＩ」を同定した。
各ＣＴＡ（Ｎ％）について報告された発現頻度を、モデル集団内のＰＥＰＩ３＋のホットスポット（Ｂ％）の頻度により乗じ、個体の最も高い比率で結腸直腸がん抗原に対する免疫応答を誘導するであろうＴ細胞エピトープ（９ｍｅｒ）を同定した（表２０）。我々はその後、選択された９ｍｅｒをそれぞれ含んでいる１５ｍｅｒを選択した（表２０）。下記の実施例１９の中で述べられるプロセスを使用して、最も多くの被験者の最も多くのＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合する１５ｍｅｒを選択した。これらの１５ｍｅｒは、被験者の最も高い割合でＣＴＬとＴヘルパー応答の両方を誘導することができた。
その後我々は３１の３０ｍｅｒペプチドを設計した（表２１ａ）。３０ｍｅｒはそれぞれ２つの最適化された１５ｍｅｒ断片からなり、全般的に異なる頻度が高いＣＴＡに由来し、それぞれの各３０ｍｅｒは全般的に少なくとも１つの頻度が高いＨＬＡクラスＩＩ結合ＰＥＰＩを含んでいる。その１５ｍｅｒ断片は端と端とが配置され、それぞれは上記で述べた表２０に由来する９ｍｅｒ（最良ＥＰＩ）の１つを含んでいる。これらの３０ｍｅｒペプチドの９つをペプチドワクチンのパネルのために選択し、ポリＰＥＰＩ１０１５と称する（表２１ｂ）。ポリＰＥＰＩ１０１５により標的化される８つのＣＴＡの発現頻度を、単独で又は組み合わせて図１５に示す。

ポリＰＥＰＩ１０１５結腸直腸がんワクチンの特性解析
腫瘍の不均一性：ポリＰＥＰＩ１０１５組成物は８つの異なるＣＴＡを標的とする（図１５）。これら８つのＣＴＡについての抗原発現率に基づき、ＡＧ５０＝５．２２とＡＧ９５＝３（図１６）である。患者の不均一性：ＡＰ５０＝４．７３とＡＰ９５＝２（ＡＰ９５＝２）（図１７）。腫瘍と患者の両方の不均一性：ＡＧＰ５０＝３．１６とＡＧＰ９５＝１（モデル集団）（図１８）。
実施例１７ 結腸直腸がんワクチンペプチドと競合性結腸直腸がんワクチンの比較
我々は上記で述べたインシリコ臨床試験を使用して、最新技術であり最近開発されたＣＲＣペプチドワクチンのＴ細胞応答者の比率を決定し、ポリＰＥＰＩ１０１５のその値と比較した（表２２）。我々のＰＥＰＩ３＋試験は、競合性のワクチンは一部の被験者（２％〜７７％）において、１つの腫瘍抗原に対する免疫応答を誘導できることを示した。しかしながら２競合性複数抗原ワクチンについての複数抗原（複数ＰＥＰＩ）応答の決定は、応答者が無いか又は２％であるという結果となった。ワクチン組成物の１つの抗原の場合、又は２、３、４若しくは５つの抗原について、応答者の＊％は、ＨＬＡＩ（ＣＤ８＋Ｔ細胞応答）について１つ以上のＰＥＰＩ３＋を有するモデル集団由来の被験者の比率である。複数ＰＥＰＩ応答は腫瘍ワクチンにより誘導される臨床応答と相関し、競合性ワクチンのいずれも９８％の患者において臨床的利益を示すことはありそうにない。対照的に、我々は９５％の被験者において複数ＰＥＰＩ応答を予測し、患者の大多数における臨床的利益の可能性を示している。
実施例１８ 卵巣がんワクチンの設計と組成物
我々はＰＥＰＩ３＋試験を使用して、上記の実施例１３と１６の中で述べられたのと本質的に同じ設計方法を使用して、卵巣がんワクチンにおいて使用するためのペプチドを設計した。
我々は卵巣がんと関連したＣＴＡの報告された発現頻度（Ｎ％）を、モデル集団の内のＰＥＰＩ３＋ホットスポットの頻度（Ｂ％）により乗じ、もっとも高い割合の個体で卵巣がん抗原に対する免疫応答を誘導するであろうＴ細胞エピトープ（９ｍｅｒ）を同定した（表２３）。その後我々は選択された９ｍｅｒのそれぞれを包含している１５ｍｅｒを選択した（表２３）。下記の実施例２０で述べるプロセスを用いて、最大数の被験者の最大数のＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合するように１５ｍｅｒを選択した。
その後我々は１５の３０ｍｅｒペプチドを設計した（表２４）。
実施例１９ ポリＰＥＰＩ１０１８結腸直腸がんのために例示された設計手順による有効性
ポリＰＥＰＩ１０１８結腸直腸がん（ＣＲＣ）ワクチン（ポリＰＥＰＩ１０１８）組成物は、インビトロのコンパニオン診断試験（ＣＤｘ）を使用して可能性が高い応答者と同定された患者において、標準治療のＣＲＣ治療の選択肢に対する追加免疫治療として使用されることを意図するペプチドワクチンである。転移性結腸直腸がん患者においてポリＰＥＰＩ１０１８を評価するために、臨床試験が米国とイタリアで進行中である。その製品は６つのペプチド（実施例１６と１７の中で述べられたポリＰＥＰＩ１０１５の３０ｍｅｒペプチドの６つ）を含み、モンタナイドアジュバントと混合されている。その６つのペプチドは、ＣＲＣで最も頻度が高く発現している７つのがん精巣抗原（ＣＴＡ）に由来する１２個のエピトープに対するＴ細胞応答を誘導するように選択された。その６つのペプチドは、長期間続くＣＲＣ特異的なＴ細胞応答を誘導するのに最適化されている。その腫瘍内に発現した複数ＣＴＡに対するＴ細胞応答を示す可能性が高い患者を、コンパニオン診断（ＣＤｘ）で選択することができる。この実施例は、ポリＰＥＰＩ１０１８を設計するのに使用される正確なプロセスを述べている。このプロセスは、他のがんと疾患に対するワクチンを設計するのに適用することができる。
Ａ．複数抗原標的の選択
腫瘍抗原の選択は、がんワクチンの安全性と有効性のために必須である。良い抗原の特徴として、正常な組織内で発現が制限されており、それによって自己免疫が防がれる。幾つかのカテゴリーの抗原がこの要件を満たし、それには、独特に変異した抗原（例えばｐ５３）、ウイルス抗原（例えば子宮頸がんにおけるヒトパピローマウイルス抗原）、及び分化抗原（例えばＢ細胞リンパ腫におけるＣＤ２０）が含まれる。
がん精巣抗原（ＣＴＡ）は種々の型の腫瘍細胞と精巣細胞において発現しているが、如何なる他の正常体細胞組織又は細胞においては発現していないからために、本発明者らは標的抗原として複数のがん精巣抗原（ＣＴＡ）を選択した。ＣＴＡは少なくとも下記の理由のために、ワクチンのための望ましい標的である。
・組織学的により高い等級であり、臨床的により後期の段階の腫瘍は、より頻度が高いＣＴＡの発現を示す。
・腫瘍細胞の亜集団のみがあるＣＴＡを発現する。
・異なる型のがんは、それらのＣＴＡ発現の頻度において顕著に異なっている。
・ＣＴＡについて陽性である腫瘍はしばしば、１つ以上のＣＴＡの同時発現を示す。
・細胞表面抗原であると思われるＣＴＡは無く、よって、それらはがんワクチンのための独特の標的である（それらは抗体に基づいた免疫療法のために適した標的ではない）。
ポリＰＥＰＩ１０１８のための標的ＣＴＡを同定するために、本発明者らはＣＴＡ発現の知識基盤を構築した。この知識基盤は、発現率の順序でランク付けされた、ＣＲＣの中に発現したＣＴＡを含む。本発明者らによって実施された相関関係の研究（実施例１１を見よ）は、腫瘍細胞内に発現する複数の抗原に対してＣＴＬ応答を誘導するワクチンは、患者に利益をもたらすことができると示している。よってＣＲＣの中で高い発現率を有する７つのＣＴＡが選択され、ポリＰＥＰＩ１０１８の開発において包含された。詳細を表２５に述べる。
Ｂ．ＰＥＰＩ３＋バイオマーカーに基づいたワクチン設計により正確な標的化が達成される
上記で述べたようにＰＥＰＩ３＋バイオマーカーは、被験者のワクチンに誘導されたＴ細胞応答を予測する。本発明者らは抗原配列とＨＬＡ遺伝子型（実施例１、２、３）からＰＥＰＩを正確に同定するために、試験を開発して検証した。ＰＥＰＩ試験アルゴリズムを使用して、ポリＰＥＰＩ１０１８ＣＲＣワクチンの中に含まれるべき７つの標的ＣＴＡから、優勢な（dominant）ＰＥＰＩ（最良ＥＰＩ）を同定した。
ここに述べられたプロセスにより同定された優勢なＰＥＰＩは、最大の割合の被験者においてＣＴＬ応答を誘導することができる：
ｉ．モデル集団内の４３３人のそれぞれの被験者について、７つのＣＴＡ標的から、全てのＨＬＡクラスＩ結合ＰＥＰＩを同定し、
ｉｉ．最も大きな亜集団内に存在するＰＥＰＩである優勢なＰＥＰＩ（最良ＥＰＩ）を同定する。
ポリＰＥＰＩ１０１８内の７つのＣＴＡに由来する１２個の優勢なＰＥＰＩを表２６に示す。モデル集団内のＰＥＰＩ％は、示されたＰＥＰＩを有する４３３人の被験者の割合、すなわち示されたＰＥＰＩがＣＴＬ応答を誘導できる被験者の割合を示す。同定のプロセスの中で最適化の工程を使用したのに関わらず、優勢なＰＥＰＩのＣＴＬ応答の誘導には非常に高い変動性があった（１８％〜７８％）。
本発明者らは、最も多い患者の最も多くのＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合するように、それぞれの優勢なＰＥＰＩを最適化した。それはＣＤ８＋ＣＴＬ応答を増強できるＣＤ４＋ヘルパー細胞を誘導し、長く続くＴ細胞応答に寄与すると考えられるので、これは効率を促進するべきである。図４に示された実施例は、３つ以上のＨＬＡクラスＩＩ対立遺伝子に結合するＰＥＰＩはＴヘルパー細胞を活性化する可能性が最も高いことを表わしているからである。
ここで述べられたプロセスにより選ばれた１５ｍｅｒペプチドは、ＨＬＡクラスＩとクラスＩＩの両方に結合する優勢なＰＥＰＩを含む。よってこれらのペプチドは、最も高い割合の被験者においてＣＴＬとＴヘルパー応答の両方を誘導することができる。
プロセス：
１．４００人の正常なドナーのＨＬＡクラスＩＩ遺伝子型の同定＊
２．起源抗原とマッチするアミノ酸による、各９ｍｅｒの優勢なペプチド（表２０）の両側における伸長
３．ＩＥＤＢアルゴリズムを使用した、４００人の正常ドナーのＨＬＡクラスＩＩのＰＥＰＩの予測
４．最も高い割合の被験者がＨＬＡクラスＩＩ結合ＰＥＰＩを有する、１５ｍｅｒペプチドの選択
５．２つの１５ｍｅｒペプチドを接合する（joining）ときに、各ワクチンペプチド内に１つの優勢なＨＬＡクラスＩＩのＰＥＰＩが存在することの保証
ポリＰＥＰＩ１０１８内の７つのＣＴＡから得られた、１２個の最適化された１５ｍｅｒペプチドを表２７に表す。これらのペプチドは、異なるＨＬＡクラスＩＩ結合特性を有している。そのように最適化され、個別化されたワクチンを設計したにも関わらず、これらのペプチドの間にはＰＥＰＩ生成能（３つ以上のＨＬＡ結合）において高い変動性（０％〜１００％）があった。
３０ｍｅｒのワクチンペプチドは、より短いペプチドと比較して下記の利点を有する：
（ｉ）複数の正確に選択された腫瘍特異的な免疫原：各３０ｍｅｒは、関連集団（モデル集団に類似している）の大多数において、ＣＴＬとＴヘルパー応答を誘導することができる、２つの正確に選択されたがん特異的な免疫原性ペプチドを含んでいる。
（ｉｉ）天然の抗原提示を保証する。３０ｍｅｒ長のポリペプチドをプロドラッグと見ることも可能であり：それらはそれら自体では生物学的に活性ではないが、処理されて（processed）より小さなペプチド（９から１５アミノ酸長）になり、プロフェッショナル抗原提示細胞のＨＬＡ分子内に搭載（loaded）される。長いペプチドのワクチン接種からもたらされる抗原提示は、ＨＬＡクラスＩとクラスＩＩ分子の両方において提示されるための生理学的な経路を反映している。加えて細胞内での長いペプチドのプロセシングは、大きな無傷タンパク質のプロセシングよりもずっと効率が良い。
（ｉｉｉ）Ｔ細胞応答の寛容化の誘導を除外する。９ｍｅｒペプチドは、プロフェッショナル抗原提示細胞によるプロセシングを必要とせず、よってＨＬＡクラスＩ分子の外側に結合する。よって注入された短いペプチドは、表層ＨＬＡクラスＩを有する全ての有核細胞のＨＬＡクラスＩ分子に数多く結合するであろう。それに対して、２０ｍｅｒ未満の長さのペプチドは、ＨＬＡクラスＩに結合する前に、抗原提示細胞によって処理される。よって長いペプチドをワクチン接種することは寛容をもたらす可能性が低く、望みの抗腫瘍活性を促進するであろう。
（ｉｖ）複数のＨＬＡクラスＩＩ分子に結合することによりＴヘルパー応答を刺激できるから、長く続くＴ細胞応答を誘導する。
（ｖ）有用性。少数のペプチドのＧＭＰ製造、製剤、品質管理、及び投与（それぞれが上記の全ての特徴を有している）は、様々な特性を供給する複数のペプチドよりも実現可能性が高い。
ポリＰＥＰＩ１０１８内の各３０ｍｅｒペプチドは、２つのＨＬＡクラスＩ結合優勢ＰＥＰＩと、少なくとも１つの強力なＨＬＡクラスＩI結合ＰＥＰＩからなる。強力に結合するＰＥＰＩは、５０％超の個体において４つのＨＬＡクラスＩI対立遺伝子に結合する。よってワクチンペプチドは、（ＣＲＣワクチン設計のための関連集団である）一般集団内の個々の被験者のＨＬＡクラスＩとクラスＩＩ対立遺伝子の両方に適合（tailored）している。
上記で述べたように、被験者の中でＨＬＡ遺伝子型の変動性が高いことは、ポリＰＥＰＩ１０１８により誘導されるＴ細胞応答における高い変動性をもたらす。これにより、可能性が高い応答者を決定するＣＤｘの共開発が正当化される。実施例１１と１２の中で詳細に述べたように、ＰＥＰＩ３＋と２つ超のＰＥＰＩ３＋のバイオマーカーにより、ポリＰＥＰＩ１０１８によりワクチン接種された被験者の免疫応答と臨床応答をそれぞれ予測することができた。これらのバイオマーカーは、ポリＰＥＰＩ１０１８ＣＲＣワクチンに対する可能性が高い応答者を予測する、ＣＤｘを共開発するのに使用されるであろう。
実施例２０ ポリＰＥＰＩ１０１８ＣＲＣワクチンの組成物と免疫原性の解析
ポリＰＥＰＩ１０１８組成物について選択されたペプチドを表２８に示す。
ポリＰＥＰＩ１０１８のペプチドは、２つの混合物の中に調剤され、配列番号１３０、１３１のペプチドを含んでいるＭＩＸ１と、配列番号１２１、１２４、１３４、１２６ペプチドを含んでいるＭＩＸ２である。ＭＩＸ１とＭＩＸ２を連続的に投与してもよい。
免疫原性の特性解析
本発明者らはＰＥＰＩ３＋試験を使用して、完全なＨＬＡ遺伝子型データを有する３７人のＣＲＣ患者のコーホートにおいて、ポリＰＥＰＩ１０１８の免疫原性を特性解析した。臨床試験において使用されるであろうものと同じ９ｍｅｒのペプチドに対する、各患者におけるＴ細胞応答を予測した。これらのペプチドは、ポリＰＥＰＩ１０１８内の１２個の優勢なＰＥＰＩ３＋を表している。９ｍｅｒを表２６に示す。
ＰＥＰＩ３＋予測の特異度と感度は、特定のエピトープに結合すると予測されるＨＬＡの実際の数に依存する。特に本発明者らは、１つのＨＬＡに拘束性エピトープが、被験者においてＴ細胞応答を誘導する確率は典型的には４％であると決定し、それにより、ＨＬＡ拘束性エピトープ予測に基づく最先端の予測方法の感受性の乏しさが説明される。ＰＥＰＩ３＋の方法論を適用し本発明者らは、３７人のＣＲＣ患者において、ポリＰＥＰＩ１０１８により、それぞれの優勢なＰＥＰＩ３＋に対する特異的なＴ細胞応答が誘導されるであろう確率を決定した。この解析からの結果を表２９に要約する。


全体としてこれらの結果は、ポリＰＥＰＩ１０１８内で最も免疫原性が高いペプチドはＣＲＣ−Ｐ８であることを示し、それは最も多くの患者において３つ超のＨＬＡに結合すると予測される。最も免疫原性が小さいペプチドであるＣＲＣ−Ｐ３は、多くの患者において１つ超のＨＬＡに結合し、Ｔ細胞応答を誘導する機会を２２％有していた。Ｔ細胞応答を検出するのに使用されたバイオアッセイはＰＥＰＩ３＋よりも正確性が低いので、この計算はＣＲＣ患者におけるＴ細胞応答の最も正確な特性解析かもしれない。ＭＡＧＥ−Ａ８とＳＰＡＧ９はワクチンの設計のために使用されたモデル集団内で免疫原性であったが、ＭＡＧＥ−Ａ８特異的なＰＥＰＩ３＋は３７人のＣＲＣ患者の中に存在せず、１人の患者（３％）のみがＳＰＡＧ９特異的なＰＥＰＩ３＋を有していた。
さらに実施例８において述べられたモデル集団内と、既知のＨＬＡクラスＩ遺伝子型を有する２９５人のＣＲＣ患者内の、予測されたポリＰＥＰＩ１０１８応答率の特性解析を表３０と表３１に示す。
毒性の特性解析−ｉｍｍｕｎｏＢＬＡＳＴ
自己免疫などの有害な免疫応答を誘発する可能性を決定するために、任意の抗原を決定することができる方法を開発した。該方法を本明細書ではｉｍｍｕｎｏＢＬＡＳＴと言う。ポリＰＥＰＩ１０１８は、６つの３０ｍｅｒのポリペプチドを含む。各ポリペプチドはＣＲＣで発現する抗原に由来する２つの１５ｍｅｒペプチド断片からなる。ネオエピトープは、２つの１５ｍｅｒペプチドの接続領域で生成される可能性があり、健康な細胞に対する望ましくないＴ細胞応答（自己免疫）を誘導し得る。ＩｍｍｕｎｏＢＬＡＳＴの方法論を使用してこれを評価した。
ポリＰＥＰＩ１０１８の３０ｍｅｒの各成分に関する１６ｍｅｒのペプチドを設計した。各１６ｍｅｒは、３０ｍｅｒの最初の１５残基の末端から８つのアミノ酸と、３０ｍｅｒの第２の１５残基の始点から８つのアミノ酸を含み、よって２つの１５ｍｅｒの接続領域に正確に広がる。次いで、これらの１６ｍｅｒを解析し、タンパク質配列を配列データベースと比較して一致の統計学的な有意性を計算するＢＬＡＳＴ（https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi）を用いて、ヒト配列と部分的に類似する交差反応領域を同定した。８ｍｅｒはペプチドがエピトープを形成するために必要とされる最小の長さを表し、ＨＬＡ結合中のアンカーポイント間の距離であるため、１６ｍｅｒの中の８ｍｅｒを試験長として選択した。
図１９に示すように、ポリペプチド内のアミノ酸の位置に番号付けをした。ＨＬＡに結合しネオエピトープを形成できる潜在的な９ｍｅｒペプチドの開始位置は、８位〜１５位の８アミノ酸である。薬学的に活性なエピトープを形成できる１５ｍｅｒに含まれる腫瘍抗原由来のペプチドの開始位置は、１位〜７位と１６位−２２位での７＋７＝１４アミノ酸である。可能性のあるネオエピトープ生成ペプチドの比率は３６．４％（８／２２）である。
ＰＥＰＩ３＋試験は、接合領域の中の９ｍｅｒエピトープの間で、ネオエピトープとネオＰＥＰＩを同定するためのものであった。ポリＰＥＰＩ１０１８が望まれないＴ細胞応答を誘導する危険性を、接続領域の９ｍｅｒ中のＰＥＰＩ３＋を有する被験者の割合を決定することにより、モデル集団の４３３人の被験者で評価した。ネオエピト−プ／ネオＰＥＰＩ解析の結果を表３２に要約する。モデル集団の４３３人の被験者の中で、細胞内プロセシングにより生成され得ると平均予想エピトープの数は、４０．１２であった。ネオエピトープは頻繁に生成された；４０．１２のうちの１１．６１（２８．９％）のエピトープはネオエピトープである。ほとんどのペプチドをネオエピトープとして同定することができたが、ネオエピトープを提示する被験者の数は様々であった。
ポリＰＥＰＩ１０１８が有するエピト−プは、平均で５．２１のＰＥＰＩ３＋を作成する。これらのＰＥＰＩは、被験者のＴ細胞を活性化できる。潜在的なネオＰＥＰＩの量は、ネオエピトープよりもはるかに少なかった（３．７％）。一部の被験者では、これらのネオＰＥＰＩがＴ細胞活性化に関してＰＥＰＩと競合する可能性が僅かにある。重要なことに、活性化されたネオＰＥＰＩ特異的なＴ細胞は、健康な組織に標的を有さなかった。
標的ＣＴＡを除き、接合領域における８ｍｅｒはいずれのヒトタンパク質ともマッチしなかったために、ポリＰＥＰＩ１０１８内の各３０ｍｅｒペプチドを臨床試験のために放出した。
活性／効果の特性解析
本発明者らは個々のヒト被験者内のみならず、ヒト被験者の集団内においてワクチンの活性／効果を予測する薬力学バイオマーカーを開発した。これらのバイオマーカーは、より効果的なワクチンの開発を促進し、開発費用も低減させる。本発明らは下記のツールを有している：
抗原発現の知識基盤：本発明者らは論文審査がある（peer reviewed）科学専門誌に公表された実験から、腫瘍細胞により発現される腫瘍抗原に関するデータを収集し、腫瘍型により体系化してＣＴＡ発現レベルのデータベース（ＣＴＡデータベース、ＣＴＡＤＢ）を作成した。２０１７年４月現在で、ＣＴＡＤＢは４１，１３２の腫瘍標本に由来する１４５のＣＴＡに由来するデータを含んでおり、異なる型のがんの中のＣＴＡ発現頻度により体系化された。
インシリコ治験集団；本発明者らは幾つかの異なるモデル集団のＨＬＡ遺伝子型に関するデータも採取した。その集団内のそれぞれの個体は、完全な４桁のＨＬＡ遺伝子型と民族性のデータを有している。その集団を表３３に要約する。
これらのツール（又は潜在的に同等のデータベース若しくはモデル集団）を使用して、下記のマーカーを評価することができる：
・ＡＧ９５−ワクチンの効力：特定の腫瘍型が９５％の確率で発現するがんワクチンにおける抗原の数。ＡＧ９５はワクチンの効力の指標であり、ワクチン抗原の免疫原性には依存しない。ＡＧ９５はＣＴＡＤＢの中に収集されている腫瘍抗原発現率のデータから計算される。技術的には、ＡＧ９５はＣＴＡの二項分布から決定され、可能性がある全ての変動と発現率を考慮に入れる。本研究においてＡＧ９５は、発現した抗原のある数の確率を、抗原の最も広い範囲で積算することにより計算され、確率の合計は９５％以下である。正しい値は０（９５％の確率で発現しないと予測される）と抗原の最大数（９５％の確率で全ての抗原が発現している）の間である。
・ＰＥＰＩ３＋カウント−被験者におけるワクチンの免疫原性：ワクチンに由来するＰＥＰＩ３＋は、被験者においてＴ細胞応答を誘導する個人用（personal）エピトープである。ＰＥＰＩ３＋は、完全な４桁の（4-digit）ＨＬＡ遺伝子型が知られている被験者においてＰＥＰＩ３＋試験を使用して決定できる。
・ＡＰカウント−被験者におけるワクチンの抗原性：ＰＥＰＩ３＋を有するワクチン抗原の数。ポリＰＥＰＩ１０１８の様なワクチンは、腫瘍細胞により発現される抗原に由来する配列を含む。ＡＰカウントはＰＥＰＩ３＋を含むワクチンの中の抗原の数であり、ＡＰカウントは、被験者の中でＴ細胞応答を誘導できるワクチンの中の抗原の数を表す。ＡＰカウントは、被験者のＨＬＡ遺伝子型のみに依存し、被験者の疾患、年齢、及び薬物には依存しないため、被験者のワクチン抗原特異的なＴ細胞応答を特徴付ける。正しい値は、０（抗原によりＰＥＰＩが提示されない）と抗原の最大数（すべての抗原がＰＥＰＩを提示する）との間である。
・ＡＰ５０−集団内のワクチンの抗原性：集団内のＰＥＰＩを有するワクチン抗原の平均数。ＡＰ５０は、集団内の被験者のＨＬＡ遺伝子型に依存するため、所定の集団内のワクチン−抗原特異的なＴ細胞応答を特徴付けに適している。技術的にはＡＰカウントはモデル集団の中で計算され、その結果の二項分布を使用してＡＰ５０を計算する。
・ＡＧＰカウント−被験者におけるワクチンの有効性：ＰＥＰＩを用いて腫瘍で発現するワクチン抗原の数である。ＡＧＰカウントは、ワクチンが認識し、それに対するＴ細胞応答を誘導する（標的に命中する）腫瘍抗原の数を示す。ＡＧＰカウントは、被験者の腫瘍におけるワクチン−抗原発現率と、被験者のＨＬＡ遺伝子型に依存する。正しい値は、０（発現した抗原によりＰＥＰＩ提示されない）と抗原の最大数（すべての抗原が発現してＰＥＰＩを提示する）との間である。
・ＡＧＰ５０−集団におけるがんワクチンの有効性：集団内のＰＥＰＩで示された腫瘍で発現するワクチン抗原（即ち、ＡＧＰ）の平均数。ＡＧＰ５０は、ワクチンにより誘導されたＴ細胞応答が認識できる腫瘍抗原の平均数を示す。ＡＧＰ５０は、示された腫瘍型における抗原の発現率と、標的集団における抗原の免疫原性に依存している。ＡＧＰ５０は、異なる集団におけるワクチンの有効性を評価することができ、同じ集団における異なるワクチンを比較するために使用できる。ＡＧＰ５０の計算は、発現されたワクチン抗原に対して被験者におけるＰＥＰＩ３＋の出現により発現が重み付けられることを除いて、ＡＧ５０に使用されるものと類似している。各被験者が各ワクチン抗原に由来するＰＥＰＩを有する理論上の集団においては、ＡＧＰ５０はＡＧ５０と等しくなる。被験者が如何なるワクチン抗原に由来するＰＥＰＩも有さない他の理論上の集団においては、ＡＧＰ５０は０になる。一般的には下記の記載が有効である：０≦ＡＧＰ５０≦ＡＧ５０。
・ｍＡＧＰ−可能性の高い応答者を選択するためのバイオマーカー候補：がんワクチンが、示された腫瘍で発現した複数の抗原に対するＴ細胞応答を誘導する可能性。ｍＡＧＰは、ＣＲＣ内のワクチン抗原の発現率、及び被験者におけるワクチン由来ＰＥＰＩの存在から計算される。技術的にはＡＧＰ分布に基づいて、ｍＡＧＰは複数のＡＧＰ（２つ以上のＡＧＰ）の確率の合計である。
ＣＲＣを有する個々の患者においてポリＰＥＰＩ１０１８の抗原性と有効性を評価するための、これらのバイオマーカーの適用
表３４は、３７人のＣＲＣ患者において、ＡＰとＡＧＰ５０をそれぞれ使用した、ポリＰＥＰＩ１０１８の抗原性と有効性を示す。ポリＰＥＰＩ１０１８特異的なＴ細胞応答の高い変動性（表２９をみよ）から予測されたように、ＡＰとＡＧＰ５０は高い変動性を有する。ポリＰＥＰＩ１０１８の中で最も抗原性が高い抗原はＦＯＸＯ３９であり；各患者はＰＥＰＩ３＋を有していた。しかしながら、ＦＯＸＯ３９はＣＲＣ腫瘍の３９％のみに発現し、６１％の患者はその腫瘍を認識しないＦＯＸＯ３９特異的な応答を示すであろうことを示唆している。最も免疫原性が低い抗原はＭＡＧＥ−Ａ８であり；ＣＲＣ腫瘍の４４％においてその抗原は発現しているにも関わらず、３７人のＣＲＣ患者の何れもＰＥＰＩ３＋を有さなかった。これらの結果は、がんワクチンの有効性を決定するときに、抗原の発現と免疫原性の両方を考慮に入れ得ることを示している。
ＡＧＰ５０は、ＰＥＰＩを有するＣＲＣ腫瘍内に発現している抗原の平均数を示す。より高いＡＧＰ５０値は、ＣＲＣ細胞の中で発現しているより多くの抗原に対してワクチンがＴ細胞応答を誘導できることを示唆しているので、より高い値のＡＧＰ５０を有する患者はポリＰＥＰＩ１０１８に反応する可能性がより高い。
表３２の最後のカラムは、３７人の各ＣＲＣ患者におけるｍＡＧＰの確率（複数ＡＧＰ；すなわち、少なくとも２つのＡＧＰ）を示している。ＣＲＣを有する患者における平均ｍＡＧＰは６６％であり、ＣＲＣ患者が腫瘍の中に発現した複数の抗原に対してＴ細胞応答を誘導するであろう可能性は６６％であることを示唆している。
これらのバイオマーカーは、侵襲的な生検を必要としないので、ワクチン開発と日常的な臨床業務において即時の有用性を有する。抗原発現のデータは達成された腫瘍標本から得られ、データベース内で体系化することができる。４桁のＨＬＡ遺伝子型は唾液標本から決定することができる。これは移植と父親確定試験のために、全世界の認定された研究所によって行われている検証された試験である。これらの評価は薬物の開発者と医師が、免疫原性と腫瘍応答の活性、及びあり得る耐性の出現についてより深い洞察をすることを可能とするであろう。
集団内のポリＰＥＰＩ１０１８の抗原性と有効性を評価するための、これらのバイオマーカーの適用
一般集団におけるポリＰＥＰＩ１０１８ＣＲＣワクチンの抗原性
被験者におけるポリＰＥＰＩ１０１８の抗原性をＡＰカウントにより決定し、それは被験者においてＴ細胞応答を誘導するワクチン抗原の数を示唆している。ポリＰＥＰＩ１０１８のＡＰカウントを、ＰＥＰＩ試験を使用して、モデル集団内の４３３人の各被験者について決定し、その後そのモデル集団についてＡＰ５０カウントを計算した。図２０に見られるように、モデル集団におけるポリＰＥＰＩ１０１８のＡＰ５０は３．６２である。よって一般集団における、ポリＰＥＰＩ１０１８内の免疫原性抗原（すなわち1つ以上のＰＥＰＩを有する抗原）の平均数は３．６２である。
一般集団におけるポリＰＥＰＩ１０１８ＣＲＣワクチンの有効性
ワクチン内のＰＥＰＩが腫瘍細胞により提示される場合には、ワクチンにより誘導されたＴ細胞は腫瘍細胞を認識して殺すことができる。ＡＧＰ（ＰＥＰＩを有する発現抗原）の数は個体におけるワクチンの有効性の指標であり、ポリＰＥＰＩ１０１８の効力と免疫原性の両方に依存している。図２１に見られるように、ポリＰＥＰＩ１０１８内の免疫原性ＣＴＡの平均数（即ち、ＡＰ［１つ以上のＰＥＰＩを有する発現抗原］）は、モデル集団では２．５４である。モデル集団内の被験者において、ポリＰＥＰＩ１０１８が複数抗原に対するＴ細胞応答を誘導する可能性（即ちｍＡＧＰ）は７７％である。
異なる集団におけるポリＰＥＰＩ１０１８ＣＲＣワクチン活性の比較
表３５〜３７は、異なる集団におけるポリＰＥＰＩ１０１８の免疫原性、抗原性、及び有効性の比較を示す。
ＰＥＰＩ３＋とＡＰの平均数の結果は、全ての集団においてポリＰＥＰＩ１０１８は免疫原性と抗原性が高いことを示した；ポリＰＥＰＩ１０１８は、２．９〜３．７個のＣＲＣ抗原に対して、平均で３．７〜６．０個のＣＲＣ特異的なＴ細胞クローンを誘導することができる。ポリＰＥＰＩ１０１８の免疫原性はＣＲＣを有する患者と平均集団において類似しており（ｐ＞０．０５）、この類似性はＣＲＣ集団の規模が小さいことに依るのかもしれない。追加の解析は、ポリＰＥＰＩ１０１８は、アイルランド人又は一般集団と比較して、中国人の集団では免疫原性が顕著に高い（ｐ＜０．０００１）ことを示唆する。免疫原性におけるこの差は、ＡＧＰ５０により特徴付けられるワクチンの有効性にも反映され；ポリＰＥＰＩ１０１８は中国人の集団において最も有効であり、アイルランド人の集団では有効性が低い。ＣＤｘはポリＰＥＰＩ１０１８に対する可能性が高い反応者を選択するのに使用されるであろうから、民族性による差は、アイルランド人の個体と比べて治療に適しているかもしれない、中国人の個体のより高いパーセンテージにおいてのみ反映されるであろう。
実施例２１ 卵巣がんの治療のための個別化された免疫療法組成物
この実施例は、個別化された免疫療法組成物による卵巣がん患者の治療を説明するが、組成物は、本明細書に記載の開示に基づく患者のＨＬＡ遺伝子型に基づいて、患者のために特別に設計された。この実施例及び以下の実施例２２は、本開示が基づく細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘導するための被験者の複数のＨＬＡによるエピトープの結合に関する原理を支持する臨床データを提供する。
転移性卵巣腺がん患者ＸＹＺのＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩ遺伝子型を唾液試料から決定した。
患者ＸＹＺのために個別化された医薬組成物を作製するために、次の２つの基準をそれぞれ満たす１３個のペプチドを選択した：（ｉ）論文審査がある科学刊行物で報告されているように、卵巣がんで発現する抗原に由来する；及び（ｉｉ）患者ＸＹＺの少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである断片を含む、（表３８）。加えて各ペプチドは、患者のＨＬＡクラスＩＩの最大数に結合するように最適化される。
表３に示すＰＥＰＩ試験の検証によれば、この免疫療法組成物中の１１個のＰＥＰＩ３ペプチドは８４％の確率で、２つのＰＥＰＩ４ペプチド（ＰＯＣ０１−Ｐ２及びＰＯＣ０１−Ｐ５）は９８％の確率でＸＹＺにおいてＴ細胞応答を誘導することができる。Ｔ細胞応答は、卵巣がんで発現する１３個の抗原を標的とした。患者ＸＹＺにおけるこれらのがん抗原の発現は試験しなかった。代わりに、がん細胞を成功裡に殺傷する確率を、患者のがん細胞での抗原発現の確率及び、≧１ ＰＥＰＩ３＋試験(AGPカウント)の陽性的中率に基づいて決定した。ＡＧＰカウントは、被験者におけるワクチンの有効性を予測する：ＰＥＰＩを有する患者の腫瘍（卵巣腺がん）で発現するワクチン抗原の数。ＡＧＰカウントは、ワクチンが認識し、患者の腫瘍に対するＴ細胞応答を誘導する（標的に的中する）腫瘍抗原の数を示す。ＡＧＰカウントは、被験者の腫瘍におけるワクチン抗原の発現率と、被験者のＨＬＡ遺伝子型に依存する。正しい値は、０（発現した抗原によりＰＥＰＩが提示されていない）と、抗原の最大数（全ての抗原が発現しＰＥＰＩを提示する）の間である。
患者ＸＹＺが１２個の抗原の１個以上を発現するであろう確率を、図２２に示す。ＡＧＰ９５＝５、ＡＧＰ５０＝７．９、ｍＡＧＰ＝１００％、ＡＰ＝１３。
個体の少なくとも３つのＨＬＡに結合できる少なくとも２つのポリペプチド断片（エピト−プ）のワクチン又は免疫療法組成物中の存在(≧２ ＰＥＰＩ３＋)は、臨床応答を予測すると決定されたため、患者ＸＹＺのための医薬組成物は、１３個のペプチド（表３８）のうち少なくとも２個からなってもよい。ペプチドは合成され、薬学的に許容可能な溶媒に溶解され、注射の前にアジュバントと混合される。少なくとも２つのペプチドワクチンによる個別化された免疫療法を受けることが患者には望ましいが、がん細胞を殺傷する確率を高めて再発の可能性を減らすことがより好ましい。
患者ＸＹＺの治療のために、１２個のペプチドを、４×３／４ペプチド（ＰＯＣ０１／１、ＰＯＣ０１／２、ＰＯＣ０１／３、ＰＯＣ０１／４）として製剤化した。１回の治療サイクルは、１３個全てのペプチドを３０日以内に投与するものと規定された。
患者の病歴：
診断：転移性卵巣腺がん
年齢：５１
家族の既往歴：結腸がんと卵巣がん（母親）、乳がん（祖母）
腫瘍の病理
ＢＲＣＡＩ−１８５ｄｅｌＡＧ、ＢＲＡＦ−Ｄ５９４Ｙ、ＭＡＰ２Ｋ１−Ｐ２９３Ｓ、ＮＯＴＣＨＩ−Ｓ２４５０Ｎ
・２０１１：卵巣腺がんの最初の診断；ウェルトへイム（Wertheim）手術と化学療法；リンパ節除去
・２０１５：心膜脂肪組織における転移、切除
・２０１６：肝臓転移
・２０１７：後腹膜及び腸間膜のリンパ節が進行した；少量の腹水を伴う初期腹膜癌
過去の治療
・２０１２：パクリタキセル−カルボプラチン（６×）
・２０１４：カエリクス（caelyx）−カルボプラチン（１×）
・２０１６−２０１７（９か月）：リムパーザ（Lymparza）（オラパリブ）２×４００ｍｇ／日、経口
・２０１７：ハイカムチン注入 ５×２．５ｍｇ（３×１シリーズ／月）
２０１７年４月２１日にＰＩＴワクチン治療の開始
患者の腫瘍ＭＲＩ所見（基準日 ２０１６年４月１５日）
・疾患は主として肝臓とリンパ節に限られていた。ＭＲＩの使用は肺(pulmonary)転移の検出を制限する。
・２０１６年５月−２０１７年１月：オラパリブ治療
・２０１６年１２月２５日（ＰＩＴワクチン治療前）：ＦＵ２で得られた応答の確認により腫瘍量が劇的に減少した
・２０１７年１月−３月：ＴＯＰＯプロトコール（トポイソメラーゼ）
・２０１７年４月６日：ＦＵ３は、既存の病変の再成長と疾患の進行に至る新たな病変の出現を示した
・２０１７年４月２１日：ＰＩＴ開始
・２０１７年７月２１日（ＰＩＴの２回目のサイクル後）：ＦＵ４は病変の継続的な成長、脾臓の全般的な拡大、及び腹水の増加を伴う異常な膵傍シグナル（para pancreatic signal）を示した
・２０１７年７月２６日：ＣＢＰ＋Ｇｅｍ＋アバスチン
・２０１７年９月２０日（ＰＩＴの３回目のサイクル後）：ＦＵ５は病変成長の反転及び膵臓／膵傍シグナルの改善を示した。この所見は偽進行（pseudo progression）を示唆する
・２０１７年１１月２８日（ＰＩＴの４回目のサイクルの後）：ＦＵ６は、非標的病変の解決と共に最良の応答を示した
患者ＸＹＺのＭＲＩのデータを表４０及び図２３に示す。
実施例２２ 乳がんの治療のための個別化された免疫療法組成物の設計
転移性乳がん患者ＡＢＣのＨＬＡクラスＩ及びクラスＩＩの遺伝子型を唾液試料から決定した。患者ＡＢＣのための個別化された医薬組成物を作製するために、それぞれ次の２つの基準を満たす１２個のペプチドを選択した：（ｉ）論文審査がある科学刊行物で報告されているような乳がんで発現する抗原に由来；及び（ｉｉ）患者ＡＢＣの少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである断片を含む（表４１）。さらに、各ペプチドは、患者のＨＬＡクラスＩＩの最大数に結合するように最適化する１２個のペプチドは１２個の乳がん抗原を標的とする。患者ＡＢＣが１２個の抗原の１個以上を発現するであろう確率を図２４に示す。
予測される効力：ＡＧＰ９５＝４；ＰＩＴワクチンがＢＲＣ０９の乳がん細胞で発現する４つのＣＴＡに対するＣＴＬ応答を誘導する９５％の可能性。追加の効力パラメーター：ＡＧＰ５０＝６．３、ｍＡＧＰ＝１００％、ＡＰ＝１２。
１２個全てのペプチドの初回ワクチン接種後に検出された効力：腫瘍代謝活性の８３％の低下（ＰＥＴ ＣＴデータ）
患者ＡＢＣの治療のために、１２個のペプチドを、４×３ペプチド（ＰＢＲ０１／１、ＰＢＲ０１／２、ＰＢＲ０１／３、ＰＢＲ０１／４）として製剤化した。１回の治療サイクルを、３０日以内に１２個の異なるペプチドワクチンを全て投与することと定義した。
患者の病歴
診断：両側性転移性乳がん：右乳房はＥＲ陽性、ＰＲ陰性、Ｈｅｒ２陰性であり；左乳房はＥＲ、ＰＲ、及びＨｅｒ２陰性である。
最初の診断：２０１３年（ＰＩＴワクチン治療の４年前）
２０１６年：横隔膜の上下両方にリンパ節転移を伴う広範な転移性疾患。複数の肝臓及び肺転移。
２０１６年−２０１７年治療：エトロゾール、イブランス（パルボシクリブ）及びゾラデックス
結果
２０１７年３月７日：ＰＩＴワクチン治療の前
総胆管の起点の真の外因性圧迫及び肝内胆管全体の大規模な拡張を伴う、肝臓の多発性転移疾患。腹腔、肝門、及び後腹膜の腺症。
２０１７年５月２６日：ＰＩＴの１サイクルの後
検出された効力：肝臓、肺リンパ節、及びその他の転移での腫瘍代謝活性（ＰＥＴ ＣＴ）の８３％減少。
検出された安全性：皮膚応答
ワクチン投与後４８時間以内の注射部位での局所的な炎症
追跡調査：
ＲＢＣ−０９を５サイクルのＰＩＴワクチンで治療した。彼女は非常に気分がよく、２０１７年９月にＰＥＴ ＣＴ検査を拒否した。１１月に彼女は症状を示し、ＰＥＴ ＣＴスキャンにより進行性疾患が示されたが、彼女は全ての治療を拒否した。加えて彼女の腫瘍医は、彼女がパルボシクリブを春／夏以降服用していなかったことを見い出した。患者ＡＢＣは２０１８年１月に死亡した。
パルボシクリブ（pablocyclib）と個別化されたワクチンの組み合わせは、ワクチンの投与後に観察された顕著な初期応答の原因である可能性が高かった。パルボシクリブは、ＨＬＡによるＣＴＡ提示を増加させ、Ｔｒｅｇの増殖を減少させることにより、免疫療法の活性を改善することが示されている（Goel et al. Nature. 2017:471-475）。最大の効果を得るための最新の療法へのアドオンとしてＰＩＴワクチンを使用してもよい。
実施例２３ 末期の転移性乳がん患者の治療のための個別化された免疫療法組成物
患者ＢＲＣ０５は、右乳房に広範囲のがん性リンパ管炎（lymphangiosis carcinomatose）を有する炎症性乳がんと診断された。炎症性乳がん（ＩＢＣ）は稀であるが、局所的に進行した乳がんの攻撃的な形態である。その主症状は腫れと発赤であるため、炎症性乳がんと呼ばれる（乳房はしばしば炎症を起こしているように見える）。ほとんどの炎症性乳がんは、侵襲性の腺管がんである（乳管で発生）。この型の乳がんは、危険性が高いヒトパピローマウイルスのがんタンパク質の発現と関連している１。実際、この患者の腫瘍でＨＰＶ１６のＤＮＡが診断された。
２０１１年の患者のステージ（ＰＩＴワクチン治療の６年前）
Ｔ４：胸壁及び／又は皮膚への直接的な拡張を有する任意の大きさの腫瘍（潰瘍又は皮膚結節）
ｐＮ３ａ：１０以上の腋窩リンパ節への転移（少なくとも１つの２．０ｍｍ超の腫瘍沈着；又は鎖骨下リンパ（レベルＩＩＩの腋窩リンパ）節への転移
１４個のワクチンペプチドを患者ＲＢＣ０５のために設計して調製した（表４２）。集団発現データに基づいて、ペプチドＲＢＲＣ０５−Ｐ０１−Ｐ１０をこの患者のために作製した。表４２の最後の３つのペプチド（ＳＳＸ−２、ＭＯＲＣ、ＭＡＧＥ−ＢＩ）は、この患者の腫瘍で発現が直接測定された抗原から設計した。
Ｔ細胞応答は、ペプチドＰＢＲＣ０５＿Ｐ１、ＰＢＲＣ０５＿Ｐ２、ＰＢＲＣ０５＿Ｐ３、ＰＢＲＣ０５＿Ｐ４、ＰＢＲＣ０５＿Ｐ５、ＰＢＲＣ０５＿Ｐ６、ＰＢＲＣ０５＿Ｐ７の混合物による初回ワクチン接種の２週間後に末梢単核細胞の細胞を測定した。
結果から、７つのペプチドによる単回の免疫接種は、７つのペプチドのうち３つに対して強力なＴ細胞応答を誘導することが示され、強力なＭＡＧＥ−Ａ１１、ＮＹ−ＳＡＲ−３５、ＦＳＩＰＩ及びＭＡＧＥ−Ａ９に特異的なＴ細胞応答を示す。ＡＫＡＰ４とＮＹ−ＢＲ−１に対する弱い応答があり、ＳＰＡＧ９に対する応答はなかった。
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Claims (20)

  1. 下記（ａ）〜（ｃ）の最大５０個の連続するアミノ酸の断片；
    （ａ）ＴＳＰ５０、ＥｐＣＡＭ、ＳＰＡＧ９、ＣＡＧＥ１、ＦＢＸＯ３９、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、ＬＥＭＤ１、ＭＡＧＥ−Ａ８、ＭＡＧＥ−Ａ６、及びＭＡＧＥ−Ａ３から選択される結腸直腸がん関連抗原であって、該断片は配列番号２１〜４０、及び２３４〜２５０のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列を含む、結腸直腸がん関連抗原；
    （ｂ）ＰＩＷＩＬ−４、ＷＴ１、ＥｐＣＡＭ、ＢＯＲＩＳ、ＡＫＡＰ−４、ＯＹ−ＴＥＳ−１、ＳＰ１７、ＰＩＷＩＬ−２、ＰＩＷＩＬ−３、ＳＰＡＧ９、ＰＲＡＭＥ、ＨＩＷＩ、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、及びＡＫＡＰ−３から選択される卵巣がん関連抗原であって、該断片は配列番号２７２〜３０１のいずれか１つのアミノ酸配列を含む、卵巣がん関連抗原；及び／又は
    （ｃ）ＰＩＷＩＬ−２、ＡＫＡＰ−４、ＥｐＣＡＭ、ＢＯＲＩＳ、ＨＩＷＩ、ＳＰＡＧ９、ＰＬＵ−１、ＴＳＧＡ１０、ＯＤＦ−４、ＳＰ１７、ＲＨＯＸＦ−２、ＰＲＡＭＥ、ＮＹ−ＳＡＲ−３５、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＮＹ−ＢＲ−１、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、ＭＡＧＥ−Ａ１１、ＨＯＭ−ＴＥＳ−８５、及びＮＹ−ＥＳＯ−１から選択される乳がん関連抗原であって、該断片は配列番号１〜２０、２４及び１７２〜１９４のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列を含む、乳がん関連抗原；
    を含むポリペプチドであって、
    任意選択で、該断片は、乳がん、卵巣がん又は結腸直腸がん関連抗原の配列の一部ではない追加のアミノ酸がＮ末端及び／又はＣ末端に隣接している、ポリペプチド。
  2. 前記ポリペプチドが、
    ａ．ＴＳＰ５０、ＥｐＣＡＭ、ＳＰＡＧ９、ＣＡＧＥ１、ＦＢＸＯ３９、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、ＭＡＧＥ−Ａ８、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ３、及びＬＥＭＤ１から選択される結腸直腸がん関連抗原の断片であって、該断片は配列番号２１〜４０、及び２３４〜２５０のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列を含む、断片である；又は
    ｂ．ＴＳＰ５０、ＥｐＣＡＭ、ＳＰＡＧ９、ＣＡＧＥ１、ＦＢＸＯ３９、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、ＭＡＧＥ−Ａ８、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ３、及びＬＥＭＤ１から選択される１つ以上の結腸直腸がん関連抗原の２つ以上の断片を含むか、又は２つ以上の断片からなり、各断片は配列番号２１〜４０、及び２３４〜２５０のいずれか１つから選択される異なるアミノ酸配列を含み、任意選択で該断片は該ポリペプチド内で重複しているか又は端と端とを並べて配置されている；又は
    ｃ．ＰＩＷＩＬ−４、ＷＴ１、ＥｐＣＡＭ、ＢＯＲＩＳ、ＡＫＡＰ−４、ＯＹ−ＴＥＳ−１、ＳＰ１７、ＰＩＷＩＬ−２、ＰＩＷＩＬ−３、ＳＰＡＧ９、ＰＲＡＭＥ、ＨＩＷＩ、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、及びＡＫＡＰ−３からなる群から選択される卵巣がん関連抗原の断片であって、該断片は配列番号２７２〜３０１のいずれか１つから選択されるアミノ酸配列を含む、断片である；又は
    ｄ．ＰＩＷＩＬ−４、ＷＴ１、ＥｐＣＡＭ、ＢＯＲＩＳ、ＡＫＡＰ−４、ＯＹ−ＴＥＳ−１、ＳＰ１７、ＰＩＷＩＬ−２、ＰＩＷＩＬ−３、ＳＰＡＧ９、ＰＲＡＭＥ、ＨＩＷＩ、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、及びＡＫＡＰ−３から選択される１つ以上の卵巣がん関連抗原の断片の２つ以上の断片を含むか、又は２つ以上の断片からなり、各断片は配列番号２７２〜３０１のいずれか１つから選択される異なるアミノ酸配列を含み、任意選択で該断片は該ポリペプチド内で重複しているか又は端と端とを並べて配置されている；又は
    ｅ．ＳＰＡＧ９、ＡＫＡＰ−４、ＢＯＲＩＳ、ＮＹ−ＳＡＲ−３５、ＮＹ−ＢＲ−１、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、ＭＡＧＥ−Ａ１１、ＰＲＡＭＥ、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＨＯＭ−ＴＥＳ−８５、ＰＩＷＩＬ−２、ＥｐＣＡＭ、ＨＩＷＩ、ＰＬＵ−１、ＴＳＧＡ１０、ＯＤＦ−４、ＳＰ１７、ＲＨＯＸＦ−２から選択される乳がん関連抗原の断片であって、該断片は配列番号１〜２０、２４及び１７２〜１９４のいずれか１つに由来するアミノ酸配列を含む、断片；又は
    ｆ．ＳＰＡＧ９、ＡＫＡＰ−４、ＢＯＲＩＳ、ＮＹ−ＳＡＲ−３５、ＮＹ−ＢＲ−１、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、ＭＡＧＥ−Ａ１１、ＰＲＡＭＥ、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＨＯＭ−ＴＥＳ−８、ＰＩＷＩＬ−２、ＥｐＣＡＭ、ＨＩＷＩ、ＰＬＵ−１、ＴＳＧＡ１０、ＯＤＦ−４、ＳＰ１７、ＲＨＯＸＦ−２から選択される１つ以上の乳がん関連抗原の２つ以上の断片を含むか、又は２つ以上の断片からなり、各断片は配列番号１〜２０、２４及び１７２〜１９４のいずれか１つから選択される異なるアミノ酸配列を含み、任意選択で該断片は該ポリペプチド内で重複しているか又は端と端とを並べて配置されている；
    請求項１に記載のポリペプチド。
  3. 前記ポリペプチドが、少なくとも２つの異なるがん関連抗原の断片を含むか、又は少なくとも２つの異なるがん関連抗原の断片からなり、該がん関連抗原は、
    （ａ）ＴＳＰ５０、ＥｐＣＡＭ、ＳＰＡＧ９、ＣＡＧＥ１、ＦＢＸＯ３９、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、ＭＡＧＥ−Ａ８、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ３、及びＬＥＭＤ１；
    （ｂ）ＰＩＷＩＬ−４、ＷＴ１、ＥｐＣＡＭ、ＢＯＲＩＳ、ＡＫＡＰ−４、ＯＹ−ＴＥＳ−１、ＳＰ１７、ＰＩＷＩＬ−２、ＰＩＷＩＬ−３、ＳＰＡＧ９、ＰＲＡＭＥ、ＨＩＷＩ、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、及びＡＫＡＰ−３；及び／又は
    （ｃ）ＳＰＡＧ９、ＡＫＡＰ−４、ＢＯＲＩＳ、ＮＹ−ＳＡＲ−３５、ＮＹ−ＢＲ−１、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、ＭＡＧＥ−Ａ１１、ＰＲＡＭＥ、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＨＯＭ−ＴＥＳ−８、ＰＩＷＩＬ−２、ＥｐＣＡＭ、ＨＩＷＩ、ＰＬＵ−１、ＴＳＧＡ１０、ＯＤＦ−４、ＳＰ１７、及びＲＨＯＸＦ−２；
    から選択され、
    各断片は、配列番号２１〜４０及び２３４〜２５０；配列番号２７２〜３０１；及び／又は配列番号１〜２０、２４、及び１７２〜１９４から選択される異なるアミノ酸配列を含む、
    請求項１又は請求項２に記載のポリペプチド。
  4. 配列番号４１〜８０、２５１〜２７１、３０２〜３３１、及び１９６〜２３３から選択される１つ以上のアミノ酸配列を含むか、又は１つ以上のアミノ酸配列からなる、請求項１〜３のいずれか１項に記載のポリペプチド。
  5. 配列番号８１〜１４２、３３２〜３４６、及び４３５〜４４９のいずれか１つのアミノ酸配列を含むか、又は１つ以上のアミノ酸配列からなる、請求項１〜４のいずれか１項に記載のポリペプチド。
  6. （ａ）各ポリペプチドが、配列番号２１〜４０及び２３４〜２５０から選択される異なるアミノ酸配列を含む；又は
    （ｂ）各ポリペプチドが、配列番号２７２〜３０１から選択される異なるアミノ酸配列を含む；又は
    （ｃ）各ペプチドが、配列番号１〜２０、２４、及び１７２〜１９４から選択される異なるアミノ酸配列を含む；若しくは（ｃ）各ペプチドが、配列番号１〜４０、２３４〜２５０、２７２〜３０１、及び１７２〜１９４から選択される異なるアミノ酸配列を含む、
    請求項１〜５のいずれか１項に記載の２つ以上のポリペプチドのパネル。
  7. 配列番号１３０、１２１、１３１、１２４、１３４、１２６のアミノ酸配列を有する６つのペプチドを含む、請求項６に記載のポリペプチドのパネル。
  8. 請求項１〜５のいずれか１項に記載の１つ以上のポリペプチド、又は請求項６若しくは７に記載のポリペプチドのパネル、又は配列番号２１〜４０及び２３４〜２５０；配列番号２７２〜３０１；及び／又は配列番号１〜２０、２４及び１７２〜１９４から選択される少なくとも２つのアミノ酸配列を含むポリペプチドを有効成分として有する、医薬組成物若しくはキット。
  9. 請求項８に記載の医薬組成物を被験者に投与することを含む、被験者において免疫療法を提供する、又は細胞傷害性Ｔ細胞応答を誘導する、ワクチン接種の方法。
  10. がん、任意選択で結腸直腸がん、卵巣がん、又は乳がん、を治療する方法である、請求項９に記載の方法。
  11. 請求項８に記載の医薬組成物の投与に対して、細胞傷害性Ｔ細胞応答を示す可能性が高いであろうヒト被験者を同定する方法であって、
    （ｉ）該医薬組成物の有効成分のポリペプチドが、該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである配列を含むことを決定する工程；及び
    （ｉｉ）該医薬組成物の投与に対して細胞傷害性Ｔ細胞応答を示す可能性が高いと該被験者を同定する工程、
    を含む、方法。
  12. （ａ）ＴＳＰ５０、ＥｐＣＡＭ、ＳＰＡＧ９、ＣＡＧＥ１、ＦＢＸＯ３９、ＳＵＲＶＩＶＩＮ、ＬＥＭＤ１、ＭＡＧＥ−Ａ８、ＭＡＧＥ−Ａ６、ＭＡＧＥ−Ａ３、ＰＩＷＩＬ−４、ＷＴ１、ＢＯＲＩＳ、ＡＫＡＰ−４、ＯＹ−ＴＥＳ−１、ＳＰ１７、ＰＩＷＩＬ−２、ＰＩＷＩＬ−３、ＰＲＡＭＥ、ＨＩＷＩ、ＰＬＵ−１、ＴＳＧＡ１０、ＯＤＦ−４、ＲＨＯＸＦ−２、ＮＹ−ＳＡＲ−３５、ＭＡＧＥ−Ａ９、ＮＹ−ＢＲ−１、ＭＡＧＥ−Ａ１１、ＨＯＭ−ＴＥＳ−８５、ＮＹ−ＥＳＯ−１、及びＡＫＡＰ−３から選択される；及び
    （ｂ）ｉ．医薬組成物の有効成分のペプチドの断片である、及び
    ｉｉ．被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである、
    アミノ酸配列を含む、
    各抗原についての集団発現データを用いて、該被験者のがん細胞により発現される１つ以上のポリペプチド抗原を標的とする細胞傷害性Ｔ細胞応答を該被験者が示すであろう可能性を決定する工程をさらに含む、請求項１１に記載の方法。
  13. 請求項１０に記載の治療方法に対する臨床応答を示す可能性が高いであろう被験者を同定する方法であって、
    （ｉ）該医薬組成物の有効成分のポリペプチドが、それぞれ
    ａ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピト−プ；及び
    ｂ．該被験者のがん細胞により発現されるがん関連抗原の断片であって、任意選択で該がん関連抗原が該被験者から得られた試料中に存在する、断片
    である、２つ以上の異なるアミノ酸配列を含むことを決定する工程；及び
    （ｉｉ）該治療方法に対して臨床応答を示す可能性が高いと該被験者を同定する工程、
    を含む、方法。
  14. 請求項１０に記載の治療方法に対する特定のヒト被験者が臨床応答を示すであろう可能性を決定する方法であって、
    １つ以上の下記の因子；
    （ａ）有効成分のポリペプチド中での、それぞれが該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、より多数のアミノ酸配列、及び／又は異なるアミノ酸配列の存在；
    （ｂ）Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び、
    Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープ、
    の両方である少なくとも１つのアミノ酸配列を含む、より多数の標的ポリペプチド抗原であって、任意選択で、該標的ポリペプチド抗原は該被験者で発現され、さらに任意選択で、該標的ポリペプチド抗原は該被験者から得られた１つ以上の試料中に存在する、標的ポリペプチド抗原、
    （ｃ）該被験者が標的ポリペプチド抗原を発現するより高い確率であって、任意選択で該標的ポリペプチド抗原の閾値の数であり、及び／又は任意選択で、
    Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び、
    Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
    ことの両方である少なくとも１つのアミノ酸配列を含むと決定された標的ポリペプチド抗原である、確率；及び／又は、
    （ｄ）被験者が発現すると予測されるより多数の標的ポリペプチド抗原であって、任意選択で該被験者が閾値確率で発現するより多数の標的ポリペプチド抗原、及び／又は任意選択で、
    Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び
    Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
    ことの両方である少なくとも１つのアミノ酸配列を含むと決定された、より多数の標的ポリペプチド抗原；
    が、臨床応答のより高い可能性に対応する、方法。
  15. （ｉ）有効成分のポリペプチドによって標的化されるどのポリペプチド抗原が、
    Ａ．有効成分のポリペプチドに含まれる；及び
    Ｂ．該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩに結合することができるＴ細胞エピトープである、
    ことの両方であるアミノ酸配列を含むかを同定する工程；及び
    （ｉｉ）工程（ｉ）において同定された各抗原についての集団発現データを用いて、該被験者が、工程（ｉ）の少なくとも２つの異なるアミノ酸配列を共に含む、工程（ｉ）で同定された１つ以上の抗原を発現する確率を決定する工程；及び
    （ｉｉｉ）該被験者が、該医薬組成物、キット又はポリペプチドのパネルの投与に対して臨床応答を示すであろう可能性を決定する工程であって、工程（ｉｉ）で決定されたより高い確率が、臨床応答の可能性がより高いことに対応する、工程
    を含む、請求項１４に記載の方法。
  16. 少なくとも２つの異なるアミノ酸配列が、有効成分のポリペプチドにより標的化される２つの異なるポリペプチド抗原のアミノ酸配列中に含まれる、請求項１５に記載の方法。
  17. 被験者の治療方法として医薬組成物の投与を選択又は推奨することをさらに含み、任意選択で該医薬組成物を投与することにより該被験者を治療することをさらに含む、請求項１３〜１６のいずれか１項に記載の方法。
  18. 被験者が、請求項１３〜１６のいずれか１項に記載の方法による治療に対して臨床応答を示す可能性が高い、又は臨床応答を示す上記の最小の可能性の閾値を有すると同定された、請求項１０に記載の治療方法。
  19. 該治療が、化学療法、標的治療、又はチェックポイント阻害剤と組み合わされて施される、請求項９、１０、１７、及び１８のいずれか１項に記載の方法。
  20. 請求項１０に記載の治療方法に対して臨床応答を示さないであろう可能性が高いヒト被験者を同定する方法であって、
    （ｉ）該医薬組成物の有効成分のペプチドが、それぞれが該被験者の少なくとも３つのＨＬＡクラスＩ分子に結合することができるＴ細胞エピトープである２つ以上の異なるアミノ酸配列を含まないことを決定する工程；及び
    （ｉｉ）該治療方法に対して臨床応答を示さない可能性が高いと該被験者を同定する工程、
    を含む、方法。
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