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JP2019504063A - がんの治療方法と、治療法に対する臨床的感度の予測因子としてのバイオマーカーの使用 - Google Patents

がんの治療方法と、治療法に対する臨床的感度の予測因子としてのバイオマーカーの使用 Download PDF

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Abstract

がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が高い対象の特定方法であって、がんであるその対象に、その治療化合物を投与することと、その対象から試料を採取することと、その対象から得た試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すこと、その対象の試料中のそのバイオマーカーのレベルが、そのバイオマーカーの参照レベルと比べて変化した場合に、その対象を、その治療化合物に応答する可能性が高いと診断することを含み、その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物である方法。【a化１】Ｉ【選択図】図１Ａ

Description

１．技術分野
本発明で提供するのは、いくつかの実施形態では、がん（例えば、リンパ腫、多発性骨髄腫（ＭＭ）及び急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）などの白血病）のような様々な疾患と障害の患者において、特定の化合物に対する臨床的感度と治療応答性を予測及びモニタリングする際に、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、ＩＫＺＦ１、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断ＰＡＲＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物またはＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物などの特定のバイオマーカーを使用する方法である。さらに提供するのは、この方法を行うためのキットである。また、提供するのは、特定の実施形態では、疾患の治療における、化合物の有効性を判断する方法である。
２．背景技術
がんは、一定の正常な組織に由来する異常細胞数の増加、隣接組織へのこれらの異常細胞の浸潤、またはリンパもしくは血液による、所属リンパ節及び遠隔部位への悪性細胞の拡散（転移）によって主に特徴付けられる。概して、がんは、固形がんと血液がんに分類される。固形がんの例としては、メラノーマ、副腎癌、乳癌、腎細胞癌、膵臓癌及び小細胞肺癌（ＳＣＬＣ）などが挙げられるが、これらに限らない。
血液がんには概して、リンパ腫、白血病及び骨髄腫という３つの主なタイプが含まれる。リンパ腫とは、リンパ系に由来するがんを指す。リンパ腫としては、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）及び末梢性Ｔ細胞リンパ腫（ＰＴＣＬ）などが挙げられるが、これらに限らない。白血病とは、造血組織の悪性新生物を指す。急性白血病は主に、未分化細胞集団に関するものであり、慢性白血病は、より成熟した細胞形態に関するものである。急性白血病は、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）と急性骨髄芽球性白血病（ＡＭＬ）のタイプに分けられる。Ｔｈｅ Ｍｅｒｃｋ Ｍａｎｕａｌ，９４６−９４９（１７ｔｈ ｅｄ．１９９９）。慢性白血病は、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）または慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）に分けられる。Ｔｈｅ Ｍｅｒｃｋ Ｍａｎｕａｌ，９４９−９５２（１７ｔｈ ｅｄ．１９９９）。骨髄腫は、骨髄中の形質細胞のがんである。骨髄腫は、多くの部位において、骨髄中で生じることが多いので、多発性骨髄腫（ＭＭ）という場合が多い。
現在のがん治療は、患者の腫瘍性細胞を根絶するための手術、化学療法、ホルモン療法及び／または放射線治療を伴うことがある（例えば、Ｓｔｏｃｋｄａｌｅ，Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，ｖｏｌ．３，Ｃｈａｐｔｅｒ１２，Ｓｅｃｔｉｏｎ ＩＶ（Ｒｕｂｅｎｓｔｅｉｎ ａｎｄ Ｆｅｄｅｒｍａｎ ｅｄｓ．，１９９８を参照されたい）。最近では、がん治療は、生物学的療法または免疫療法を伴うこともできる。これらのアプローチはいずれも、患者に大きな不利益をもたらすことがある。
したがって、がん（リンパ腫（例えばＮＨＬ）、ＭＭ、白血病（例えばＡＭＬ）及び固形がんが挙げられるが、これらに限らない）の患者の治療に用いることのできる新たな方法、治療及び組成物に対する需要は非常に大きい。
がんの治療に安全かつ有効に用いることができる化合物をもたらすために、多くの研究が行われている。これらの化合物の臨床的有効性を正確に予測することは容易にはできない。通常、最低でも数カ月の治療を必要とする患者の応答の点でしか測定できないからである。従来の方法の欠点に鑑みると、特定の化合物の薬力学的な活性の検出、定量及び特徴付けを行うための効率的で高感度かつ正確な方法を開発するニーズが存在する。本発明は、これらのニーズとその他のニーズを満たすものである。
３．発明の概要
一態様では、本発明で提供するのは、がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が高い対象の特定方法であって、
（ａ）その治療化合物をその対象に投与することと、
（ｂ）その対象から試料を採取することと、
（ｃ）その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
（ｄ）その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、そのバイオマーカーの参照レベルと異なる場合に、その対象を、その治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、試料中のバイオマーカーのレベルは、そのバイオマーカーの参照レベルよりも高い。別の実施形態では、試料中のバイオマーカーのレベルは、そのバイオマーカーの参照レベルよりも低い。
別の態様では、本発明で提供するのは、がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が高い対象の特定方法であって、
（ａ）その対象から試料を採取することと、
（ｂ）その治療化合物をその試料に投与することと、
（ｃ）その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
（ｄ）その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、そのバイオマーカーの参照レベルと異なる場合に、その対象を、その治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、試料中のバイオマーカーのレベルは、そのバイオマーカーの参照レベルよりも高い。別の実施形態では、試料中のバイオマーカーのレベルは、そのバイオマーカーの参照レベルよりも低い。
別の態様では、本発明で提供するのは、がんの治療方法であって、
（ａ）そのがんである対象から試料を採取することと、
（ｂ）その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
（ｃ）その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、そのバイオマーカーの参照レベルと異なる場合に、その対象を、治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）その治療化合物を治療上有効な量、その対象に投与することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、試料中のバイオマーカーのレベルは、そのバイオマーカーの参照レベルよりも高い。別の実施形態では、試料中のバイオマーカーのレベルは、そのバイオマーカーの参照レベルよりも低い。
さらに別の態様では、本発明で提供するのは、がんであるかまたはがんの疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性の予測方法であって、
（ａ）その治療化合物をその対象に投与することと、
（ｂ）その対象から試料を採取することと、
（ｃ）その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
（ｄ）その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たそのバイオマーカーのレベルと異なる場合に、その対象を、その治療化合物によるがんの治療に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、試料中のバイオマーカーのレベルは、そのバイオマーカーの参照レベルよりも高い。別の実施形態では、試料中のバイオマーカーのレベルは、そのバイオマーカーの参照レベルよりも低い。
さらに別の態様では、本発明で提供するのは、がんであるかまたはがんの疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性の予測方法であって、
（ａ）その対象から試料を採取することと、
（ｂ）その治療化合物をその試料に投与することと、
（ｃ）その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
（ｄ）その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たそのバイオマーカーのレベルと異なる場合に、その対象を、その治療化合物によるがんの治療に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、試料中のバイオマーカーのレベルは、そのバイオマーカーの参照レベルよりも高い。別の実施形態では、試料中のバイオマーカーのレベルは、そのバイオマーカーの参照レベルよりも低い。
さらに別の態様では、本発明で提供するのは、対象のがんの治療における治療化合物の有効性のモニタリング方法であって、
（ａ）その治療化合物をその対象に投与することと、
（ｂ）その対象から試料を採取することと、
（ｃ）その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
（ｄ）その試料中のそのバイオマーカーのレベルを、参照試料から得たそのバイオマーカーのレベルと比較することであって、その参照物質と比較したときのレベルの変化によって、その対象のがんの治療におけるその治療化合物の有効性が示される、前記比較することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、参照物質よりもレベルが上昇していることによって、対象のがんの治療における治療化合物の有効性が示される。別の実施形態では、参照物質よりもレベルが低下していることによって、対象のがんの治療における治療化合物の有効性が示される。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、その方法は、治療化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、その治療化合物を治療上有効な量投与することをさらに含む。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、その方法は、第２の活性剤または支持療法剤を治療上有効な量投与することをさらに含む。いくつかの実施形態では、この第２の活性剤は、造血成長因子、サイトカイン、抗がん剤（例えばチェックポイントインヒビター）、抗生物質、ｃｏｘ−２インヒビター、免疫調節剤、免疫抑制剤、コルチコステロイド、がん抗原に特異的に結合する治療抗体、またはそれらの薬理学的に活性な変異体もしくは誘導体である。特定の実施形態では、この抗がん剤は、チェックポイントインヒビターである。
本明細書で使用する場合、かつ別段に示されていない限り、「免疫調節化合物」または「免疫調節剤」という用語は、ＬＰＳ誘導性単球ＴＮＦ−α、ＩＬ−１β、ＩＬ−１２、ＩＬ−６、ＭＩＰ−１α、ＭＣＰ−１、ＧＭ−ＣＳＦ、Ｇ−ＣＳＦ及びＣＯＸ−２の１つ以上の産生を阻害する特定の有機小分子を含むことができる。本明細書に開示されている免疫調節化合物は、ＴＮＦ−α ｍＲＮＡの分解を高めることができる。さらに、理論に拘束されるものではないが、本明細書に開示されている免疫調節化合物は、Ｔ細胞の強力な共刺激因子であるとともに、細胞の増殖を用量依存的な形で劇的に増大させることができる。また、本明細書に開示されている免疫調節化合物は、ＣＤ４＋Ｔ細胞サブセットに対する共刺激作用よりも、ＣＤ８＋Ｔ細胞サブセットに対する共刺激作用の方が大きくてよい。加えて、この化合物は、骨髄系細胞の応答に対する抗炎症特性を有することができるが、Ｔ細胞を効率的に共刺激して、ＩＬ−２、ＩＦＮ−γをさらに多い量で産生させ、Ｔ細胞の増殖とＣＤ８＋Ｔ細胞の細胞障害活性を高めることもできる。さらに、特定の理論に拘束されるものではないが、本明細書に開示されている免疫調節化合物は、サイトカインの活性化を通じて間接的に、また直接、ナチュラルキラー（「ＮＫ」）細胞とナチュラルキラーＴ（「ＮＫＴ」）細胞に作用できるとともに、ＮＫ細胞が有益なサイトカイン（ＩＦＮ−γなどであるが、これに限らない）を産生する能力を高めて、ＮＫ細胞とＮＫＴ細胞の細胞障害活性を高めることができる。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、参照物質は、治療化合物を対象に投与する前に、その対象から得たコントロール試料を用いることによって調製し、そのコントロール試料は、試料と同じ供給源のものである。本発明で提供する各種方法の別の実施形態では、参照物質は、がんではない健常な対象から得たコントロール試料を用いることによって調製し、そのコントロール試料は、試料と同じ供給源のものである。本発明で提供する各種方法の別の実施形態では、参照物質は、がんではない健常な対象群から得たコントロール試料を用いることによって調製し、そのコントロール試料は、試料と同じ供給源のものである。本発明で提供する各種方法の別の実施形態では、参照物質は、がんである第２の対象から得たコントロール試料を用いることによって調製し、そのコントロール試料は、試料と同じ供給源のものである。本発明で提供する各種方法のさらに別の実施形態では、参照物質は、がんの対象群から得たコントロール試料を用いることによって調製し、そのコントロール試料は、試料と同じ供給源のものである。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、がんは、多発性骨髄腫（ＭＭ）、リンパ腫または白血病である。いくつかの実施形態では、がんは、ＭＭである。いくつかの実施形態では、がんは、リンパ腫である。別の実施形態では、がんは、白血病である。いくつかの実施形態では、白血病は、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）または急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である。具体的実施形態では、白血病は、ＡＭＬである。具体的実施形態では、白血病は、再発性であるか、難治性であるか、または従来療法に対して耐性である。いくつかの実施形態では、がんは、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である。
本発明で提供する方法のいくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＣＲＢＮに直接または間接的に影響されるタンパク質である。特定の実施形態では、バイオマーカーは、ＣＲＢＮに直接影響されるタンパク質（ＣＲＢＮ基質など）である。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＣＲＢＮに間接的に影響されるタンパク質（ＣＲＢＮ基質に影響される下流タンパク質など）である。本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ関連タンパク質（ＣＡＰ）である。いくつかの実施形態では、このＣＡＰは、ＣＲＢＮの基質である。いくつかの実施形態では、ＣＡＰは、特定の条件下におけるＣＲＢＮの結合パートナーである。いくつかの実施形態では、ＣＡＰは、ＣＲＢＮ基質の影響を受ける下流因子である。
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、小胞体ストレス応答（ＵＰＲ）における機能を有するものである。特定の実施形態では、バイオマーカーは、ＧＣＮ２関連シグナリング経路における機能を有するものである。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ４関連シグナリング経路における機能を有するものである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＩＲＥ１関連シグナリング経路における機能を有するものである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＸＢＰ１関連シグナリング経路における機能を有するものである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ６関連シグナリング経路における機能を有するものである。特定の実施形態では、バイオマーカーは、アポトーシス経路における機能を有するものである。別の実施形態では、バイオマーカーは、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）経路のＲＮＡ基質である。
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１及びＧＳＰＴ２からなる群から選択したｅＲＦ３ファミリーメンバーである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１及びＧＳＰＴ２からなる群から選択したｅＲＦ３ファミリーメンバーであり、そのバイオマーカーのレベルは、参照物質よりも低い。一実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１である。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ２である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１であり、ＧＳＰＴ１のレベルは、参照物質よりも低い。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ２であり、ＧＳＰＴ２のレベルは、参照物質よりも低い。
特定の実施形態では、バイオマーカーは、ＩＫＺＦ１である。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＩＫＺＦ１であり、ＩＫＺＦ１のレベルは、参照物質よりも低い。
特定の実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３及びＤＤＩＴ３からなる群から選択されている。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３及びＤＤＩＴ３からなる群から選択されており、そのバイオマーカーのレベルは、参照物質よりも高い。一実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ４である。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ３である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＤＤＩＴ３である。一実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ４であり、ＡＴＦ４のレベルは、参照物質よりも高い。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ３であり、ＡＴＦ３のレベルは、参照物質よりも高い。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＤＤＩＴ３であり、ＤＤＩＴ３のレベルは、参照物質よりも高い。
特定の実施形態では、バイオマーカーは、切断ＰＡＲＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物及びＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物からなる群から選択されている。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、切断ＰＡＲＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物及びＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物からなる群から選択されており、そのバイオマーカーのレベルは、参照物質よりも高い。一実施形態では、バイオマーカーは、切断ＰＡＲＰである。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物である。一実施形態では、バイオマーカーは、切断ＰＡＲＰであり、切断ＰＡＲＰのレベルは、参照物質よりも高い。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物であり、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物のレベルは、参照物質よりも高い。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物であり、ＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物のレベルは、参照物質よりも高い。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、バイオマーカーのレベルは、そのバイオマーカーのタンパク質レベルを割り出すことによって測定する。
本発明で提供する各種方法の別の実施形態では、本発明で提供する方法は、試料内のタンパク質と、バイオマーカータンパク質に免疫特異的に結合する第１の抗体とを接触させることをさらに含む。
一実施形態では、本発明で提供する方法は、
（ｉ）第１の抗体に結合したバイオマーカータンパク質と、検出可能な標識を有する第２の抗体とを接触させることであって、その第２の抗体が、バイオマーカータンパク質に免疫特異的に結合するとともに、その第２の抗体が、バイオマーカータンパク質上のエピトープのうち、第１の抗体とは異なるエピトープに免疫特異的に結合する、前記接触させることと、
（ｉｉ）バイオマーカータンパク質に結合した第２の抗体の存在を検出することと、
（ｉｉｉ）第２の抗体における検出可能な標識の量に基づき、バイオマーカータンパク質の量を割り出すことと、をさらに含む。
別の実施形態では、本発明で提供する方法は、
（ｉ）バイオマーカータンパク質に結合した第１の抗体と、検出可能な標識を有する第２の抗体とを接触させることであって、その第２の抗体が、第１の抗体に免疫特異的に結合する、前記接触させることと、
（ｉｉ）第１の抗体に結合した第２の抗体の存在を検出することと、
（ｉｉｉ）第２の抗体における検出可能な標識の量に基づき、バイオマーカータンパク質の量を割り出すことと、をさらに含む。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、バイオマーカーのレベルは、そのバイオマーカーのｍＲＮＡレベルを割り出すことによって測定する。本発明で提供する各種方法の別の実施形態では、バイオマーカーのレベルは、そのバイオマーカーのｃＤＮＡレベルを割り出すことによって測定する。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、治療化合物は、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１は、ハロ置換アリールであり、
Ｒ２とＲ３はそれぞれハロである。
一実施形態では、治療化合物は、
２−（３−クロロ−４−メチルフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
２−（４−クロロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−メトキシフェニル）アセトアミド、
２−（３−クロロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−フルオロフェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−ｐ−トリルアセトアミド、
２−（３，４−ジクロロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
２−（２−クロロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（２−（トリフルオロメチル）フェニル）アセトアミド、
２−（４−ｔｅｒｔ−ブチルフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−フェニルアセトアミド、
２−（３−クロロ−４−フルオロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−（トリフルオロメチルチオ）フェニル）アセトアミド、
２−（２，６−ジフルオロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−ｏ−トリルアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（２−フルオロフェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２−（２−エトキシフェニル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（２−（トリフルオロメトキシ）フェニル）アセトアミド、
２−（３−ブロモ−４−（トリフルオロメトキシ）フェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
２−（３−クロロ−４−メトキシフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−ｍ−トリルアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−イソプロポキシフェニル）アセトアミド、
２−（３，４−ジフルオロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−フルオロフェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（トリフルオロメチル）ピリジン−２−イル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−イソプロピルフェニル）アセトアミド、
２−（２，４−ジクロロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（２−メトキシフェニル）アセトアミド、
２−（４−シクロプロピルフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
２−（４−クロロ−２−フルオロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
２−（４−クロロ−３−フルオロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−フルオロ−２−メチルフェニル）アセトアミド、
２−（３−クロロ−２−メチルフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−フルオロ−２−（トリフルオロメチル）フェニル）アセトアミド、
２−（４−クロロ−２−メチルフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−フルオロ−２−メチルフェニル）アセトアミド、
２−（４−クロロ−２−（トリフルオロメチル）フェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
２−シクロヘキシル−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
２−（４−クロロ−２−（トリフルオロメトキシ）フェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（２−メトキシエトキシ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（２−ヒドロキシエトキシ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（２−ヒドロキシエチル）フェニル）アセトアミド、
２−（３−（ジメチルアミノ）フェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（ピペリジン−１−イル）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−モルホリノフェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−フルオロ−２−イソプロポキシフェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（２−（２，２，２−トリフルオロエトキシ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２−（２−エトキシ−４−フルオロフェニル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（２−イソプロポキシフェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（２−フルオロ−４−イソプロポキシフェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（モルホリノメチル）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−フルオロ−２−（２，２，２−トリフルオロエトキシ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−イソプロポキシ−２−メチルフェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−イソプロポキシ−３−メチルフェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−フルオロ−４−イソプロポキシフェニル）アセトアミド、
２−（３−クロロ−４−イソプロポキシフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（２−メチル−４−（トリフルオロメトキシ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（２−フルオロ−４−（トリフルオロメトキシ）フェニル）アセトアミド、
２−（５−クロロピリジン−２−イル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（５−フルオロピリジン−２−イル）アセトアミド、
２−（２，４−ジフルオロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
２−（４−ブロモフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（２−（２−メトキシエトキシ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（１−ヒドロキシシクロヘキシル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（１−ヒドロキシシクロペンチル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−メチル−４−（トリフルオロメトキシ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２−（３−エトキシピリジン−２−イル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−メチルピリジン−２−イル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（５−メチルピリジン−２−イル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２−（２−エトキシ−６−フルオロフェニル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４’−フルオロビフェニル−４−イル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２−（２−エトキシ−５−フルオロフェニル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
２−シクロペンチル−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
２−（３−クロロ−４−（トリフルオロメトキシ）フェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−メトキシ−２−（トリフルオロメチル）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（２−（２−ヒドロキシエトキシ）フェニル）アセトアミド、
２−（４−クロロ−２−エトキシフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（２−ヒドロキシフェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（２−（メチルアミノ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−イソプロポキシ−２−（トリフルオロメチル）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−メチルシクロヘキシル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（２−イソプロポキシエトキシ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−ヒドロキシフェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（（４−メチルピペラジン−１−イル）メチル）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−メチル−２−（トリフルオロメチル）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（２−（２−メトキシエトキシ）エトキシ）フェニル）アセトアミド、
２−（３−（２−（ジメチルアミノ）エトキシ）フェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（５−イソプロピルピリジン−２−イル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（２−（メチルスルホニル）エトキシ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（３−（メチルスルホニル）プロピル）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−（２−フルオロプロパン−２−イル）フェニル）アセトアミド、
２−（１−ベンジル−６−オキソ−１，６−ジヒドロピリジン−３−イル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（５−メトキシピリジン−２−イル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（１−メチル−６−オキソ−１，６−ジヒドロピリジン−３−イル）アセトアミド、
２−（５−ｔｅｒｔ−ブチルピリジン−２−イル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
２−（５−シクロプロピルピリジン−２−イル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（５−イソプロポキシピリジン−２−イル）アセトアミド、
２−（５−ブロモピリジン−２−イル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−フルオロ−２−（トリフルオロメトキシ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−フルオロシクロヘキシル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−（メチルスルホニル）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（メチルスルホニル）フェニル）アセトアミド、
２−（２−アミノピリミジン−５−イル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（５−（トリフルオロメチルチオ）ピリジン−２−イル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（２−（メチルアミノ）エトキシ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（１−メチル−６−オキソ−１，６−ジヒドロピリダジン−３−イル）アセトアミド、
２−（２−アミノピリミジン−４−イル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（ピリミジン−４−イル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（２−（ピペリジン−１−イル）エトキシ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（２−モルホリノエトキシ）フェニル）アセトアミド、
２−（３−（２−（４，４−ジフルオロピペリジン−１−イル）エトキシ）フェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（１−メチル−６−オキソ−１，６−ジヒドロピリダジン−４−イル）アセトアミド及び
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（４−メチルピペラジン−１−イル）フェニル）アセトアミドからなる群から選択されている。
具体的実施形態では、治療化合物は、２−（４−クロロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド（化合物Ｄ）、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形である。
別の具体的実施形態では、治療化合物は、２−（４−フルオロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド（化合物Ｅ）、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形である。
４．図面の簡単な説明
図１Ａ及び１Ｂには、化合物Ｄが、各種のＡＭＬ細胞株において、ＧＳＰＴ１の分解を誘導したことが示されている。図１Ａには、ＮＢ４細胞株において、化合物Ｄが、ＧＳＰＴ１とＩＫＺＦ１の分解（プロテアソームインヒビターＭＧ１３２によってブロックできる）を誘導したことが示されている。図１Ａには、ポマリドミドとレナリドミドが、ＩＫＺＦ１の分解を誘導したが、ＧＳＰＴ１レベルには有意な作用は及ぼさなかったことも示されている。図１Ｂには、化合物Ｄが、ＨＮＴ−３４、ＫＧ−１、ＨＬ−６０及びＵ９３７を含む４つの異なるＡＭＬ細胞株において、ＧＳＰＴ１の分解を様々な程度で誘導したことが示されている。図１Ｂには、化合物Ｄが、非感受性ＡＭＬ細胞株ＯＣＩ−ＡＭＬ３において、ＧＳＰＴ１に対してほとんど作用を及ぼさなかったことも示されている。
図２Ａ〜２Ｄには、ＯＣＩ−ＡＭＬ２細胞とＭＯＬＭ−１３細胞において、化合物Ｄの抗増殖作用と、化合物Ｄの誘導による、ＧＳＰＴ１の分解が、ＣＲＢＮ依存性であることが示されている。図２Ａ及び２Ｂには、ＯＣＩ−ＡＭＬ２細胞（図２Ａ）とＭＯＬＭ−１３細胞（図２Ｂ）において、化合物Ｄの抗増殖作用が、ＣＲＢＮ依存性であることが示されている。図２Ｃ及び２Ｄには、ＯＣＩ−ＡＭＬ２細胞（図２Ｃ）とＭＯＬＭ−１３細胞（図２Ｄ）において、化合物Ｄの誘導による、ＧＳＰＴ１の分解が、ＣＲＢＮ依存性であることが示されている。
図３Ａ〜３Ｃには、ＧＳＰＴ１の安定化により、化合物Ｄの抗増殖作用が阻害されたことが示されている。図３Ａには、完全長ＧＳＰＴ１と、１〜１３８番目のアミノ酸が欠失したＧＳＰＴ１の配列が示されている。図３Ｂには、ＨＡ−ＧＳＰＴ１−Ｇ５７５ＮとＨＡ−ＧＳＰＴ１−Δ（１−１３８）−Ｇ５７５ＮにおけるＧ５７５Ｎという変異によって、化合物Ｄの誘導による、ＨＡ−ＧＳＰＴ１とＨＡ−ＧＳＰＴ１−Δ（１−１３８）の分解が防止されたことが示されている。図３Ｃには、安定化したＧＳＰＴ１−Ｇ５７５ＮとＧＳＰＴ１−Δ（１−１３８）−Ｇ５７５Ｎの過剰発現によって、化合物Ｄの抗増殖作用が阻害されたことが示されている。
図４Ａ〜４Ｋには、各種細胞株において、ＧＳＰＴ１特異的ｓｈＲＮＡによって、ＧＳＰＴ１の発現がノックダウンされ、細胞の増殖が阻害されたことが示されている。図４Ａには、ＧＳＰＴ１特異的ｓｈＲＮＡ（ｓｈＧＳＰＴ１−１、ｓｈＧＳＰＴ１−２、ｓｈＧＳＰＴ１−３及びｓｈＧＳＰＴ１−４など）を発現する２９３ＦＴヒト胎児腎細胞において、様々な程度で細胞の増殖が阻害されたことと、ｓｈＧＳＰＴ１−４を用いてＧＳＰＴ１を枯渇したところ、ｅＲＦ１とＣＲＢＮのレベルが低下したことが示されている。図４Ｂ〜４Ｋには、ＫＧ１（図４Ｂ及び４Ｅ）、Ｕ９３７（図４Ｃ及び４Ｅ）、ＮＢ−４（図４Ｄ及び４Ｅ）、Ｋａｓｕｍｉ−１（図４Ｆ及び４Ｉ）、ＨＬ−６０（図４Ｇ及び４Ｉ）、ＭＶ−４−１１（図４Ｈ及び４Ｉ）、ならびにＯＣＩ−ＡＭＬ３（図４Ｊ及び４Ｋ）を含む７つのＡＭＬ細胞株において、ＧＳＰＴ１の発現がノックダウンされたこと（図４Ｅ、４Ｉ及び４Ｋ）と、細胞の成長が阻害されたこと（図４Ｂ〜４Ｄ、４Ｆ、４Ｈ及び４Ｊ）が示されている。
図５Ａ〜５Ｈには、各種のＡＭＬ細胞株において、ＧＳＰＴ１の過剰発現によって、化合物Ｄの抗増殖作用が低下したことが示されている。図５Ａ〜５Ｄには、ヒト組織球性リンパ腫細胞株Ｕ９３７（図５Ａ及び５Ｂ）と、急性骨髄性白血病細胞株ＭＯＬＭ−１３（図５Ｃ及び５Ｄ）において、化合物Ｄ（図５Ａ及び５Ｃ）と化合物Ｅ（図５Ｂ及び５Ｄ）によって、細胞の増殖が阻害されたことと、ゲノム編集ツールのＣＲＩＳＰＲを用いてＣＲＢＮを枯渇させることによって、抗増殖作用が妨げられたとともに、ＥＦ１ａプロモーターによって、外因性ＧＳＰＴ１を過剰発現させることによって、抗増殖作用が劇的に低下したことが示されている。図５Ｅ〜５Ｈには、ＯＣＩ−ＡＭＬ２細胞（図５Ｅ及び５Ｆ）とＭＯＬＭ−１３細胞（図５Ｇ及び５Ｈ）において、ＧＳＰＴ１（図５Ｆ及び５Ｈ）の過剰発現によって、化合物Ｄ（図５Ｅ及び５Ｇ）の抗増殖作用が低下したことが示されている。
図６Ａ〜６Ｅには、ＧＳＰＴ１の枯渇によって、急性骨髄性白血病細胞株ＡＭＬ３及びＫＧ１が、化合物Ｄと化合物Ｅに感作されたことが示されている。図６Ａ〜６Ｄには、ＫＧ１細胞（図６Ａ及び６Ｂ）とＡＭＬ細胞（図６Ｃ及び６Ｄ）において、ＧＳＰＴ１の発現をｓｈＧＳＰＴ１−１またはｓｈＧＳＰＴ１−３によってダウンレギュレーションしたところ、化合物Ｄ（図６Ａ及び６Ｃ）と化合物Ｅ（図６Ｂ及び６Ｄ）が、特に高濃度で、抗増殖作用を示したことと、その抗増殖作用が向上したことが示されている。図６Ｅには、ｓｈＧＳＰＴ１−１とｓｈＧＳＰＴ１−３の両方によって、ＧＳＰＴ１とｅＲＦ１の発現が低下したことが示されている。
図７Ａ及び７Ｂには、ヒト急性骨髄芽球性白血病細胞株ＫＧ１において、化合物Ｄの誘導による小胞体ストレス応答（ＵＰＲ）が、アポトーシス細胞死よりも先に生じたことが示されている。図７Ａには、化合物Ｄによって、ＧＳＰＴ１とＢＩＰ（ＣＴ−ＲｍＡｂによって検出した場合）の分解が誘導されたことが示されている。図７Ｂには、化合物Ｄによる処置に応答して、ｐ−ｅＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断カスパーゼ３及び切断ＰＡＲＰのレベルが上昇したことが示されている。
図８Ａ及び８Ｂには、ＫＧ１細胞において、化合物Ｄと化合物Ｅによって、アポトーシスが誘導されたことが示されている。図８Ａには、化合物Ｄと化合物Ｅの両方によって、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２及びＢＩＰ（ＣＴ−Ａｂによって検出した場合）のレベルが低下したことが示されている。図８Ｂには、化合物Ｄと化合物Ｅの両方によって、ＡＴＦ−３、ＤＤＩＴ３、切断カスパーゼ３及び切断ＰＡＲＰのレベルが上昇したことが示されている。
図９Ａ及び９Ｂには、ＫＧ１細胞において、アポトーシスマーカーの出現よりも先に、化合物Ｄの誘導による、ＡＴＦ４経路の活性化が生じたことが示されている。図９Ａには、化合物Ｄによって、ＧＳＰＴ１の分解が誘導されたとともに、化合物Ｄによる処置から２時間後には、ｐ−ｅＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３及びＣＨＯＰ（すなわちＤＤＩＴ３）のレベルが上昇したことが示されている。図９Ｂには、化合物Ｄによる処置からおよそ６時間後に、切断カスパーゼ８、切断カスパーゼ９、切断カスパーゼ３、切断カスパーゼ７及び切断ＰＡＲＰのようなアポトーシスマーカーのレベルが上昇したことが示されている。
図１０Ａ及び１０Ｂには、ＯＣＩ−ＡＭＬ２細胞において、ＧＳＰＴ１の安定化によって、化合物Ｄによる、ＡＴＦ４経路の活性化が阻止されたことが示されている。図１０Ａには、ＨＡ−ＧＳＰＴ１−Ｇ５７５ＮとＨＡ−ＧＳＰＴ１−Δ（１−１３８）−Ｇ５７５ＮにおけるＧ５７５Ｎという変異によって、化合物Ｄの誘導による、ＨＡ−ＧＳＰＴ１とＨＡ−ＧＳＰＴ１−Δ（１−１３８）の分解が防止されたことが示されている。ｐ−ｅＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＣＨＯＰ／ＤＤＩＴ３（図１０Ａ）、切断カスパーゼ８、切断カスパーゼ９、切断カスパーゼ３、切断カスパーゼ７及び切断ＰＡＲＰ（図１０Ｂ）のレベルが変化しなかったことによって示されているように、ＧＳＰＴ１の安定化によって、化合物Ｄによる、ＡＴＦ４とアポトーシス経路の活性化が阻止された。
ＫＧ−１細胞において、化合物Ｄによって、ＡＴＦ４経路が活性化されたことが示されている。
ＫＧ−１細胞において、化合物Ｄによって、ＩＲＥ１経路とＡＴＦ６経路が活性化されたことが示されている。
Ｕ９３７細胞において、ＰＥＲＫの消失によって、ＴＧの誘導によるＵＰＲとアポトーシスが遅延したことが示されている。
Ｕ９３７細胞では、ＰＥＲＫの消失によって、化合物Ｄの誘導によるＵＰＲとアポトーシスが影響を受けなかったことが示されている。
Ｕ９３７細胞において、ＧＣＮ２の消失によって、化合物Ｄの誘導による、ＡＴＦ４と切断カスパーゼ３の増大がブロックされたことが示されている。
Ｕ９３７細胞において、ＧＣＮ２の枯渇によって、化合物Ｄによる、アポトーシスの用量依存的な誘導が妨げられたことが示されている。
Ｕ９３７細胞において、化合物Ｄによって、ＡＴＦ４とアポトーシス経路の活性化が時間依存的に誘導されたことと、ＧＣＮ２の枯渇によって、これらの作用が妨げられたことが示されている。
図１８Ａ及び１８Ｂには、ＡＭＬ細胞株ＯＣＩ−ＡＭＬ２（図１８Ａ）とＭＶ−４−１１（図１８Ｂ）において、ＧＣＮ２のノックアウトによって、化合物Ｄの誘導による、ＡＴＦ−４経路とアポトーシスの誘導が阻止されたことが示されている。
ＯＣＩ−ＡＭＬ２細胞において、化合物Ｄの誘導によるアポトーシスには、ＨＲＩが不要であることが示されている。
ＯＣＩ−ＡＭＬ２細胞において、化合物Ｄの誘導によるアポトーシスには、ＰＫＲが不要であることが示されている。
ＩＲＥ１の除去によって、ＴＧ（上のパネル）または化合物Ｄ（下のパネル）の誘導による、ＸＢＰ１の蓄積が防止されたことが示されている。
化合物Ｄによる、ＡＴＦ４経路の活性化とアポトーシスの誘導には、ＩＲＥ１が不要であることが示されている。
同じ遺伝的背景を有するＵ９３７細胞において、ＧＣＮ２の消失によって、化合物Ｄによるアポトーシスの誘導が妨げられたことが示されている。
ＧＣＮ２の過剰発現によって、化合物Ｄに対する細胞の感度が低下したことが示されており、これは、ＡＴＦ４経路の低レベルの慢性的活性化によるものと見られる。
図２５Ａ〜２５Ｃには、Ｕ９３７ ＧＣＮ２ノックアウト細胞において、野生型のＧＣＮ２の再導入によって、化合物Ｄの誘導による、ＡＴＦ−４経路の活性化、アポトーシス及び抗増殖性が回復したが、変異体ＧＣＮ２の再導入によっては回復しなかったことが示されている。図２５Ａには、Ｕ９３７クローン３細胞と、ＧＣＮ２−／− ４−３によるＧＣＮ２ノックアウトＵ９３７細胞と、ＥＦ１ａ−ＧＣＮ２をトランスフェクションしたＧＣＮ２ノックアウトＵ９３７細胞と、ＰＧＫ−ＧＣＮ２をトランスフェクションしたＧＣＮ２ノックアウトＵ９３７細胞とを播種した４８ウェルプレート中のＣｅｌｌ ＴｉｔｅｒＧｌｏが示されている。図２５Ｂには、野生型のＧＣＮ２の再導入によって、化合物Ｄの誘導による、ＡＴＦ−４経路の活性化とアポトーシスが回復したが、変異体ＧＣＮ２の再導入によっては回復しなかったことが示されている。図２５Ｃには、野生型のＧＣＮ２の再導入によって、化合物Ｄの抗増殖作用が回復したが、変異体ＧＣＮ２の再導入によっては回復しなかったことが示されている。
図２６Ａ及び２６Ｂには、翻訳リードスルーが、ｐ−ｅＩＦ２αレベルの上昇の原因ではないことが示されている。図２６Ａには、化合物ＤとＧ４１８によって、翻訳リードスルーが同程度のレベルで誘導されたことが示されている。図２６Ｂには、化合物Ｄによって、ｐ−ｅＩＦ２αレベルが上昇したが、Ｇ４１８による影響はなかったことが示されている。
ＡＴＦ４、ＡＴＦ３及びＤＤＩＴ３が、化合物Ｄ及び化合物Ｅの誘導によるアポトーシスの予測バイオマーカーとして機能することと、化合物Ｄまたは化合物Ｅによる処理に応答して、ＧＳＰＴ１のレベルが低下し、ｐ−ｅＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断カスパーゼ３及び切断ＰＡＲＰのレベルが上昇したことが示されている。
図２８Ａ及び２８Ｂには、ＧＳＰＴ１を、ＰＢＭＣにおける化合物の毒性のバイオマーカーとして使用できることが示されている。図２８Ａには、正常な末梢血単核球（ＰＢＭＣ）における化合物の毒性の予測が示されている。図２８Ａには、化合物Ｄと化合物Ｅによって、ＧＳＰＴ１の発現が低下したが、ｐ−ｅＩＦ２α、ＡＴＦ３（スプライシングバリアント中の可能性が高い）及びＤＤＩＴ３のレベルが上昇し、その結果、切断カスパーゼ３の増大により、カスパーゼ３が活性化したことが示されている。そして、その切断カスパーゼ３が、ＰＡＲＰを切断することによってＰＡＲＰを不活化し、アポトーシスを誘導した。図２８Ｂには、２人の正常なドナー（ＩＤ番号４３２８及び４３７９）と２人のＡＭＬ患者（ＩＤ番号１１ＳＨ及び０９Ｐ６）から得たＰＢＭＣにおいて、化合物Ｄによる処置に応答したＧＳＰＴ１レベルが示されている。
図２９Ａ〜２９Ｊには、各種のＡＭＬ細胞株において、化合物Ｄが、ＵＰＲ経路の活性化とＮＭＤ経路の阻害に及ぼした作用が示されている。図２９Ａ〜２９Ｆには、ＫＧ−１細胞において、化合物Ｄによる処理が、ＵＰＲ経路とＮＭＤ経路に及ぼした作用が示されている。図２９Ａ及び２９Ｂには、化合物Ｄによって、ＡＴＦ３（図２９Ａ）とＤＤＩＴ３（ＣＨＯＰ）（図２９Ｂ）のｍＲＮＡレベルが上昇したことが示されている。図２９Ｃ及び２９Ｄには、化合物Ｄによって、ＳＲＳＦ３−１（ＮＭＤ転写産物）（図２９Ｃ）のｍＲＮＡレベルが上昇したが、ＳＲＳＦ３−３（正常転写産物）（図２９Ｄ）のｍＲＮＡレベルは上昇しなかったことが示されている。図２９Ｅ及び２９Ｆには、化合物Ｄによって、ＳＲＳＦ６−１（ＮＭＤ転写産物）（図２９Ｅ）のｍＲＮＡレベルが上昇したが、ＳＲＳＦ６−３（正常転写産物）（図２９Ｆ）のｍＲＮＡレベルは上昇しなかったことが示されている。図２９Ｇ〜２９Ｊには、ＨＬ−６０細胞において、化合物Ｄによる処理が、ＵＰＲ経路とＮＭＤ経路に及ぼす作用が示されている。化合物Ｄによって、ＡＴＦ３（図２９Ｇ）、ＤＤＩＴ３（ＣＨＯＰ、図２９Ｈ）、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物（図２９Ｉ）、ＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物（図２９Ｊ）のレベルが上昇したが、ＳＲＳＦ３非ＮＭＤ（正常）転写産物（図２９Ｉ）及びＳＲＳＦ６非ＮＭＤ（正常）転写産物（図２９Ｊ）は上昇しなかった。
図３０Ａ〜３０Ｄには、ＫＧ−１（図３０Ａ及び３０Ｂ）とＨＬ−６０（図３０Ｃ及び３０Ｄ）における、ＧＳＰＴ１の減少、ＵＰＲ経路の活性化及びＮＭＤ経路の阻害と、アポトーシス誘導との相関関係が示されている。図３０Ａ〜３０Ｃでは、２４時間時点におけるカスパーゼ３／７の活性化が、８時間時点におけるＧＳＰＴ１タンパク質の低下と、ＡＴＦ３、ＣＨＯＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物及びＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物の向上と比較されている。図３０Ｂ〜３０Ｄでは、４８時間時点におけるカスパーゼ３／７の活性化が、８時間時点におけるＧＳＰＴ１タンパク質の低下と、ＡＴＦ３、ＣＨＯＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物及びＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物の向上と比較されている。
図３１Ａ及び３１Ｂには、試験したＡＭＬ細胞株のうち最も感受性の高いＨＮＴ−３４において、化合物Ｄによって、アポトーシスが誘導されたことが示されている。図３１Ａには、異なる処理時間長における化合物Ｄのアポトーシス誘導のＥＣ５０値が示されている。図３１Ｂには、異なる処理時間長において、各種濃度の化合物Ｄによって誘導されたアポトーシスレベルが示されている。
図３２Ａ〜３２Ｇには、ＨＮＴ−３４細胞においては、化合物Ｄによって、ＵＰＲ経路が誘導され、その後、アポトーシスが誘導された（図３２Ａ〜３２Ｅ）が、ＰＢＭＣにおいては、作用が低下した（図３２Ｆ及び３２Ｇ）ことが示されている。図３２Ａには、各種濃度の化合物Ｄによる異なる時間長での処置に応答したＨＮＴ−３４細胞中のＧＳＰＴ１、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３及びＰＡＲＰのウエスタンブロット解析が示されている。図３２Ｂ〜３２Ｅでは、ＧＳＰＴ１（図３２Ｂ）、ＡＴＦ３（図３２Ｃ）、ＡＴＦ４（図３２Ｄ）及び切断ＰＡＲＰ（図３２Ｅ）のウエスタンブロット強度が定量されている。図３２Ｆには、各種濃度の化合物Ｄによる異なる時間長での処置に応答したＰＢＭＣにおけるＧＳＰＴ１のウエスタンブロット解析が示されている。図３２Ｇでは、ＰＢＭＣにおけるＧＳＰＴ１のウエスタンブロット強度が定量されている。
図３３Ａ〜３３Ｄには、ＨＮＴ−３４細胞（図３３Ａ及び３３Ｃ）とＰＢＭＣ（図３３Ｂ及び３３Ｄ）において、各種濃度の化合物Ｄによる異なる時間長での処置に応答したＡＴＦ３（図３３Ａ及び３３Ｂ）とＤＤＩＴ３（図３３Ｃ及び３３Ｄ）のｍＲＮＡレベルが示されている。
ＨＮＴ−３４細胞において、化合物ＤがＧＳＰＴ１の発現に時間依存的及び濃度依存的に及ぼす作用が示されている。
図３５Ａ〜３５Ｄには、９つのＡＭＬ細胞株パネルにおいて、４時間（図３５Ａ）、８時間（図３５Ｂ）、２０時間（図３５Ｃ）及び２４時間（図３５Ｄ）の処置で、化合物ＤがＧＳＰＴ１の発現に濃度依存的に及ぼす作用が示されている。
ＡＭＬ細胞パネルにおけるＧＳＰＴ１レベルの低下とアポトーシスの誘導との正の関連性が示されている。
５．発明を実施するための形態
本発明で提供する方法は、生体試料中の特定の分子（例えば、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡまたはタンパク質）のレベルの変化、例えば、レベルの上昇及び／またはレベルの低下を用いて、がん（例えば、ＭＤＳ、リンパ腫、ＭＭまたは白血病）であるかまたはがんの疑いのある対象の、治療化合物（例えば化合物Ｄもしくは化合物Ｅ、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形）に対する応答性を予測できるという発見に部分的に基づいている。
５．１ 定義
本明細書で使用する場合、「がん」という用語としては、固形がんと血液がんが挙げられるが、これらに限らない。「がん」という用語は、組織または器官の疾患を指し、膀胱、骨、血液、脳、乳房、頸部（ｃｅｒｖｉｘ）、胸部、大腸、子宮内膜、食道、眼、頭部、腎臓、肝臓、リンパ節、肺、口腔、頸部（ｎｅｃｋ）、卵巣、膵臓、前立腺、直腸、皮膚、胃、精巣、咽喉及び子宮の癌が挙げられるが、これらに限らない。具体的ながんとしては、進行性悪性腫瘍、アミロイドーシス、神経芽腫、髄膜腫、血管周囲細胞腫、多発性脳転移、多形性膠芽腫、神経膠肉腫、脳幹グリオーマ、予後不良の悪性脳腫瘍、悪性グリオーマ、再発悪性グリオーマ、退形成星性細胞腫、退形成乏突起神経膠腫、神経内分泌腫瘍、直腸腺癌、大腸癌（ステージ３及びステージ４の大腸癌を含む）、切除不能な大腸癌、転移性肝細胞癌、カポジ肉腫、核型急性骨髄芽球性白血病、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、皮膚Ｔ細胞性リンパ腫、皮膚Ｂ細胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、低悪性度濾胞性リンパ腫、悪性メラノーマ、悪性中皮腫、悪性胸水中皮腫症候群、腹膜癌、漿液性乳頭状癌、婦人科肉腫、軟部組織肉腫、強皮症、皮膚血管炎、ランゲルハンス細胞組織球増殖症、平滑筋肉腫、進行性骨化性線維異形成症、ホルモン抵抗性前立腺癌、切除後のハイリスク軟部組織肉腫、切除不能な肝細胞癌、ワルデンシュトレーム型マクログロブリン血症、くすぶり型骨髄腫、無症候性骨髄腫、卵管癌、アンドロゲン非依存性前立腺癌、アンドロゲン依存性ステージＩＶ非転移性前立腺癌、ホルモン非感受性前立腺癌、化学療法非感受性前立腺癌、甲状腺乳頭癌、濾胞性甲状腺癌、甲状腺髄様癌、ならびに平滑筋腫が挙げられるが、これらに限らない。
本明細書で使用する場合、「腫瘍」という用語は、悪性または良性を問わず、すべての腫瘍性細胞の成長及び増殖と、すべての前がん細胞、前がん組織、がん細胞及びがん組織を指す。「腫瘍性」とは、本明細書で使用する場合、悪性か良性かを問わず、いずれの形態の異常調節細胞または無秩序細胞の成長であって、その結果、異常な組織の成長に至るものを指す。したがって、「腫瘍性細胞」には、異常調節細胞または無秩序細胞が成長している悪性細胞と良性細胞が含まれる。
本明細書で使用する場合、「血液がん」または「血液の悪性腫瘍」とは、体の造血系及び免疫系（骨髄及びリンパ組織）のがんを指す。このようながんとしては、白血病、リンパ腫（非ホジキンリンパ腫）、ホジキン病（ホジキンリンパ腫ともいう）及び骨髄腫が挙げられる。一実施形態では、骨髄腫は、多発性骨髄腫である。いくつかの実施形態では、白血病は、例えば、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、成人Ｔ細胞白血病、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、有毛細胞白血病、骨髄異形成症、骨髄増殖性疾患、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、１型ヒトリンパ球向性ウイルス（ＨＴＬＶ−１）白血病、肥満細胞症またはＢ細胞急性リンパ芽球性白血病である。いくつかの実施形態では、リンパ腫は、例えば、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（ＤＬＢＣＬ）、Ｂ細胞免疫芽球性リンパ腫、小非分割細胞性リンパ腫、１型ヒトリンパ球向性ウイルス（ＨＴＬＶ−１）白血病／リンパ腫、成人Ｔ細胞リンパ腫、末梢性Ｔ細胞リンパ腫（ＰＴＣＬ）、皮膚Ｔ細胞性リンパ腫（ＣＴＣＬ）、マントル細胞リンパ腫（ＭＣＬ）、ホジキンリンパ腫（ＨＬ）、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、ＡＩＤＳ関連性リンパ腫、濾胞性リンパ腫、小リンパ球性リンパ腫、Ｔ細胞／組織球豊富型大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、形質転換リンパ腫、縦隔原発（胸腺）大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、脾臓辺縁帯リンパ腫、リヒタートランスフォーメーション、節性辺縁帯リンパ腫またはＡＬＫ陽性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫である。一実施形態では、血液がんは、例えば、ＤＬＢＣＬ、濾胞性リンパ腫または辺縁帯リンパ腫を含む緩慢性リンパ腫である。
「白血病」という用語は、造血組織の悪性新生物を指す。白血病としては、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病及び急性骨髄芽球性白血病が挙げられるが、これらに限らない。白血病は、再発性であることも、難治性であることも、または従来療法に対して耐性であることもできる。
「骨髄異形成症候群」という用語は、血液の１つ以上の細胞成分（赤血球、白血球（リンパ球以外）及び血小板（またはその前駆細胞である巨核球））の産生異常によって特徴付けられる血液の状態を指し、不応性貧血（ＲＡ）、環状鉄芽球を伴うＲＡ（ＲＡＲＳ）、芽球過剰のＲＡ（ＲＡＥＢ）、多血球系異形成を伴う不応性血球減少症（ＲＣＭＤ）、単一血球系統の異形成を伴う不応性血球減少症（ＲＣＵＤ）、分類不能型骨髄異形成症候群（ＭＤＳ−Ｕ）、ｄｅｌ（５ｑ）単独の染色体異常を伴う骨髄異形成症候群、治療関連骨髄性腫瘍及び慢性骨髄単球性白血病（ＣＭＭＬ）という障害が含まれる。
本明細書で使用する場合、「前骨髄球性白血病」または「急性前骨髄球性白血病」とは、骨髄系の細胞における成熟血液細胞不全と、前骨髄球という未熟細胞の過剰が見られる、骨髄の悪性腫瘍を指す。この白血病は通常、１５番染色体と１７番染色体の領域の転座によって特徴付けられる。
本明細書で使用する場合、「急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）」（「急性リンパ芽球性白血病」としても知られている）とは、初期の無顆粒白血球細胞、すなわちリンパ球の異常な成長と発生を原因とする悪性疾患を指す。
本明細書で使用する場合、「Ｔ細胞白血病」とは、Ｔリンパ球またはＴ細胞という、リンパ系の特定の細胞が悪性化している疾患を指す。Ｔ細胞は、正常時には、ウイルス感染細胞と、外来細胞と、がん細胞を攻撃するとともに、免疫応答を調節する物質を産生することができる白血球細胞である。
本明細書で使用する場合、かつ別段の定めのない限り、「治療する」、「治療すること」及び「治療」という用語は、患者が特定のがんを罹患しているときに行う処置であって、がんの重症度を低下させるか、またはがんの進行を遅らせるか、もしくはゆっくりにする処置を指す。
「感受性」または「感受性を有する」という用語は、化合物による治療について使用する場合には、治療する腫瘍または疾患の進行の抑制または低下における、化合物の有効性の程度を指す相対的な用語である。例えば、「感受性の向上」という用語は、化合物との関連で、細胞または腫瘍の治療について使用する場合には、腫瘍を治療する有効性が少なくとも約５％以上向上することを指す。
本明細書で使用する場合、「化合物」及び「治療化合物」という用語は、同義的に用いられており、式Ｉの化合物が含まれる。化合物の非限定的な例としては、下記の５．７項で開示されているものが挙げられる。
本明細書で使用する場合、かつ別段の定めのない限り、化合物の「治療上有効な量」という用語は、がんの治療もしくは管理の際に治療効果をもたらすか、またはがんの存在と関連する１つ以上の症状を遅らせたり、もしくは最小限にしたりするのに十分な量である。化合物の治療上有効な量とは、単独の治療剤、または他の療法と組み合わせる治療剤の量であって、がんの治療または管理の際に治療効果をもたらす量を意味する。「治療上有効な量」という用語は、治療法全体を改善したり、がんの症状もしくは原因を軽減もしくは回避したり、または別の治療剤の治療有効性を高めたりする量を含むことができる。この用語は、生体分子（例えば、タンパク質、酵素、ＲＮＡもしくはＤＮＡ）、細胞、組織、系、動物またはヒトの生物学的または医学的応答であって、研究者、獣医、医師または臨床医によって求められている応答を誘発するのに十分な化合物量も指す。
「応答性」または「応答する」という用語は、治療に関して使用する場合には、治療する疾患、例えばＭＭまたはＡＭＬの症状の抑制または軽減における治療有効性の程度を指す。例えば、「応答性の向上」という用語は、細胞または対象の治療に関して使用する場合には、当該技術分野において知られているいずれかの方法を用いて測定したときに、疾患の症状を抑制または軽減する有効性が、対照の治療（例えば、同じ細胞もしくは対象、または異なる細胞もしくは対象の治療）よりも向上することを指す。特定の実施形態では、この有効性の向上は、少なくとも約５％、少なくとも約１０％、少なくとも約２０％、少なくとも約３０％、少なくとも約４０％または少なくとも約５０％である。
本明細書で使用する場合、「対象の有効な応答」、「患者の有効な応答」及び「患者の腫瘍の有効な応答」という用語は、患者に対する治療効果がいずれかに向上することを指す。「患者の腫瘍の有効な応答」は、例えば、腫瘍の進行速度が約５％、約１０％、約２５％、約５０％または約１００％低下することであることができる。「患者の腫瘍の有効な応答」は、例えば、がんの身体的症状が約５％、約１０％、約２５％、約５０％または約１００％軽減することであることができる。「患者の腫瘍の有効な応答」は、例えば、遺伝子の発現、細胞数、アッセイ結果、腫瘍のサイズなどのいずれかの好適な手段によって測定した場合に、患者の応答が、約５％、約１０％、約２５％、約５０％、約１００％、約２００％または約２００％超向上することであることができる。
がんまたはがん関連疾患の改善は、完全な応答または部分的な応答として特徴付けることができる。「完全な応答」とは、臨床的に検出可能な疾患が見られないとともに、いずれかの過去の異常な放射線検査結果、骨髄及び脳脊髄液（ＣＳＦ）または異常なモノクローナルタンパク質測定値が正常化することを指す。「部分的な応答」とは、新たな病変のない状態で、すべての測定可能な腫瘍量（すなわち、対象に存在する悪性細胞の数、腫瘍塊の体積測定値、または異常なモノクローナルタンパク質の量）が、少なくとも約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％または約９０％減少することを指す。「治療」という用語では、完全な応答と部分的な応答の両方が想定されている。
「見込み」という用語は概して、ある事象の確率の上昇を指す。「見込み」という用語では、患者の腫瘍の応答の有効性に関して使用する場合には、概して、腫瘍の進行速度または腫瘍細胞の成長速度が低下する確率の上昇が想定されている。「見込み」という用語は、患者の腫瘍の応答の有効性に関して使用する場合には、概して、腫瘍治療の進展の増大を証明し得る指標（ｍＲＮＡまたはタンパク質の発現など）の向上も意味することができる。
「予測する」という用語は概して、事前に判断したり、見定めたりすることを意味する。がん治療の有効性を「予測する」ために使用する場合には、例えば、「予測する」という用語は、最初、治療の開始前、または治療期間が実質的に進む前に、がん治療の転帰の見込みを判断できることを意味することができる。
「モニタリングする」という用語は、本明細書で使用する場合、概して、活性の管理、監督、統制、観察、追跡または監視を指す。例えば、「化合物の有効性をモニタリングする」という用語は、患者または腫瘍細胞培養液のがんを治療する有効性を追跡することを指す。同様に、「モニタリングする」という用語は、個別に、または臨床試験において、患者コンプライアンスに関して使用する場合には、患者が実際に、処方どおりに試験薬を服用していることを追跡または確認することを指す。モニタリングは、例えば、ｍＲＮＡまたはタンパク質バイオマーカーの発現を追跡することによって行うことができる。
「腫瘍」とは、本明細書で使用する場合、悪性か良性かを問わず、すべての腫瘍性細胞の成長及び増殖と、すべての前がん細胞、前がん組織、がん細胞及びがん組織を指す。「腫瘍性」とは、本明細書で使用する場合、悪性か良性かを問わず、いずれの形態の異常調節細胞または無秩序細胞の成長であって、その結果、異常な組織の成長に至るものを指す。したがって、「腫瘍性細胞」には、異常調節細胞または無秩序細胞が成長している悪性細胞と良性細胞が含まれる。
本明細書で使用する場合、「セレブロン関連タンパク質」または「ＣＡＰ」とは、直接もしくは間接的に、セレブロン（ＣＲＢＮ）と相互作用するか、またはＣＲＢＮに結合するタンパク質を指す。例えば、この用語は、セレブロンに直接結合するいずれかのタンパク質と、ＣＲＢＮ経路の間接的な下流エフェクターであるいずれかのタンパク質を指す。特定の実施形態では、「セレブロン関連タンパク質」または「ＣＡＰ」は、ＣＲＢＮの基質、例えば、ＣＲＢＮを伴うＥ３ユビキチンリガーゼ複合体のタンパク質基質、またはその下流基質である。いくつかの実施形態では、「セレブロン関連タンパク質」または「ＣＡＰ」は、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、ＩＫＺＦ１、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３またはＤＤＩＴ３である。
「調節する」という用語は、本明細書で使用する場合、分子の活性または生体機能を制御すること（分子の活性または生体機能を高めたり、または低下させたりすることなど）を指す。
「がん」及び「がん性」という用語は、無秩序細胞の成長によって典型的に特徴付けられる、哺乳動物の生理的状態を指すか、またはこの状態を記述するものである。がんの例としては、血液がん（例えば、多発性骨髄腫、リンパ腫及び白血病）と、固形がんが挙げられるが、これらに限らない。
「難治性」または「耐性」という用語は、強力な治療の後でも、患者のリンパ系、血液及び／または造血組織（例えば骨髄）に、残存がん細胞（例えば、白血病細胞またはリンパ腫細胞）がある状況を指す。
「再発した」という用語は、治療後にがんが寛解した患者のリンパ系、血液及び／または造血組織（例えば骨髄）で、がん細胞（例えば、白血病細胞またはリンパ腫細胞）が再発したとともに、正常な血液細胞が減少した状態を指す。
「生物学的マーカー」または「バイオマーカー」は、検出されることで、特定の生体状態（例えば、がんの存在など）を示す物質である。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、個別に判定できる。別の実施形態では、いくつかのバイオマーカーを同時に測定できる。
いくつかの実施形態では、「バイオマーカー」によって、疾患のリスクもしくは進行、または所定の治療に対する疾患の感受性と相関し得るｍＲＮＡ発現レベルの変化が示される。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡなどの核酸である。
追加の実施形態では、「バイオマーカー」によって、疾患のリスクもしくは進行、または治療に対する患者の感受性と相関し得るポリペプチドまたはタンパク質の発現レベルの変化が示される。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ポリペプチドもしくはタンパク質、またはその断片であることができる。特定のタンパク質の相対レベルは、当該技術分野において知られている方法によって割り出すことができる。例えば、抗体ベースの方法（イムノブロット、酵素結合免疫吸着法（ＥＬＩＳＡ）または他の方法など）を使用することができる。
「ポリペプチド」及び「タンパク質」という用語は、本明細書で同義的に用いられている場合、ペプチド結合によって連なって結合している３つ以上のアミノ酸のポリマーを指す。「ポリペプチド」という用語には、タンパク質、タンパク質断片、タンパク質類似体、オリゴペプチドなどが含まれる。「ポリペプチド」という用語は、本明細書で使用する場合、ペプチドも指すこともできる。ポリペプチドを構成するアミノ酸は、天然由来であっても、合成したものであってもよい。ポリペプチドは、生体試料から精製できる。ポリペプチド、タンパク質またはペプチドには、修飾ポリペプチド、修飾タンパク質及び修飾ペプチド、例えば、グリコポリペプチド、グリコタンパク質もしくはグリコペプチド、またはリポポリペプチド、リポタンパク質もしくはリポペプチドも含まれる。
本明細書で同義的に用いられている場合、「抗体」、「免疫グロブリン」または「Ｉｇ」という用語には、完全にアセンブルされた抗体と、抗原に特異的に結合する能力を保持している抗体断片が含まれる。本発明で提供する抗体としては、合成抗体、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、組み換え作製した抗体、多特異性抗体（二重特異性抗体を含む）、ヒト抗体、ヒト化抗体、キメラ抗体、イントラボディ、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）（例えば、単特異性ｓｃＦｖ、二重特異性ｓｃＦｖなどを含む）、ラクダ化抗体、Ｆａｂ断片、Ｆ（ａｂ’）断片、ジスルフィド結合Ｆｖ（ｓｄＦｖ）、抗イディオタイプ（抗Ｉｄ）抗体、及び上記のいずれかのうちのエピトープ結合断片が挙げられるが、これらに限らない。具体的には、本発明で提供する抗体としては、免疫グロブリン分子と、免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な部分、すなわち、ＣＲＢＮ抗原に免疫特異的に結合する抗原結合部位を含む抗原結合ドメインまたは分子（例えば、抗ＣＲＢＮ抗体の１つ以上の相補性決定領域（ＣＤＲ））が挙げられる。本発明で提供する抗体は、免疫グロブリン分子のいずれかのクラス（例えば、ＩｇＧ、ＩｇＥ、ＩｇＭ、ＩｇＤ及びＩｇＡ）またはいずれかのサブクラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１及びＩｇＡ２）のものであることができる。いくつかの実施形態では、抗ＣＲＢＮ抗体は、完全ヒトモノクローナルＣＲＢＮ抗体のような完全ヒトＣＲＢＮ抗体である。特定の実施形態では、本発明で提供する抗体は、ＩｇＧ抗体またはそのサブクラス（例えば、ヒトＩｇＧ１またはＩｇＧ４）である。
「抗原結合ドメイン」、「抗原結合領域」、「抗原結合断片」という用語と、類似の用語は、抗原と相互作用するとともに、その結合物質に、その抗原に対する特異性と親和性をもたらすアミノ酸残基を含む抗体部分（例えばＣＤＲ）を指す。抗原結合領域は、齧歯動物（例えば、ウサギ、ラットまたはハムスター）及びヒトのようないずれかの動物種に由来するものであることができる。いくつかの実施形態では、抗原結合領域は、ヒト由来のものである。
「エピトープ」という用語は、本明細書で使用する場合、抗原の表面上の領域のうち、抗体の１つ以上の抗原結合領域に結合でき、哺乳動物（例えばヒト）のような動物において、抗原活性または免疫原性活性を有し、免疫応答を誘発できる局所領域を指す。免疫原性活性を有するエピトープは、動物において抗体応答を誘発するポリペプチド部分である。抗原活性を有するエピトープは、抗体が免疫特異的に結合するポリペプチド部分であり、この結合は、当該技術分野において周知のいずれかの方法によって、例えば、本明細書に記載されているイムノアッセイによって判断する。抗原エピトープは必ずしも、免疫原性を有する必要はない。エピトープは通常、アミノ酸または糖側鎖などの化学的に活性な分子表面基からなり、特有の三次元構造の特徴と、特有の荷電特性を有する。エピトープに寄与するポリペプチド領域は、そのポリペプチドの連続するアミノ酸であってもよく、またはエピトープは、そのポリペプチドの２つ以上の非連続領域から生じたものであってもよい。エピトープは、抗原の三次元表面機構であっても、なくてもよい。
「完全ヒト抗体」及び「ヒト抗体」という用語は、本明細書では同義的に用いられており、ヒト可変領域と、いくつかの実施形態では、ヒト定常領域とを含む抗体を指す。具体的な実施形態では、これらの用語は、ヒト由来の可変領域と定常領域とを含む抗体を指す。「完全ヒト抗体」という用語には、Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．９１−３２４２（５ｔｈ ｅｄ．１９９１）によって説明されているように、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列に対応する可変領域と定常領域とを有する抗体が含まれる。
「組み換えヒト抗体」という語句には、宿主細胞にトランスフェクションした組み換え発現ベクターを用いて発現させた抗体、組み換えコンビナトリアルヒト抗体ライブラリーから単離した抗体、ヒト免疫グロブリン遺伝子のトランスジェニック及び／または染色体導入動物（例えば、マウスまたはウシ）から単離した抗体（例えば、Ｔａｙｌｏｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１９９２，２０：６２８７−６２９５を参照されたい）のように、組み換え手段によって調製、発現、作製もしくは単離されるヒト抗体、または、ヒト免疫グロブリン遺伝子配列を他のＤＮＡ配列にスプライシングすることを伴ういずれかの他の手段によって調製、発現、作製もしくは単離される抗体が含まれる。このような組み換えヒト抗体は、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列に由来する可変領域と定常領域とを有することができる。Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．，Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．９１−３２４２（５ｔｈ ｅｄ．１９９１）を参照されたい。特定の実施形態では、しかしながら、このような組み換えヒト抗体に対して、インビトロ変異誘発（または、ヒトＩｇ配列のトランスジェニック動物を用いるときには、インビボ体細胞変異誘発）を行うので、組み換え抗体の重鎖可変領域と軽鎖可変領域のアミノ酸配列は、ヒト生殖細胞系の重鎖可変配列と軽鎖可変配列に由来するとともに、それらの配列に関連するが、天然では、インビボのヒト抗体生殖細胞系レパートリーには存在できない配列である。
「モノクローナル抗体」という用語は、均質な抗体または実質的に均質な抗体の集団から得られた抗体を指し、各モノクローナル抗体は典型的には、抗原上の１つのエピトープを認識することになる。いくつかの実施形態では、「モノクローナル抗体」は、本明細書で使用する場合、１つのハイブリドーマ細胞またはその他の細胞によって産生される抗体であり、その抗体は、１つのエピトープのみに免疫特異的に結合し、その結合は、ＥＬＩＳＡ、または当該技術分野において知られているか、または本明細書に示されている実施例におけるその他の抗原結合アッセイもしくは競合結合アッセイによって判定する。「モノクローナル」という用語は、いずれかの特定の抗体作製方法に限定されない。例えば、本発明で提供するモノクローナル抗体は、Ｋｏｈｌｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ １９７５，２５６：４９５−４９７に記載されているようなハイブリドーマ法によって作製しても、本明細書に記載されているような技法を用いて、ファージライブラリーから単離してもよい。クローナル細胞株と、その細胞株によって発現されるモノクローナル抗体を調製するその他の方法は、当該技術分野において周知である。例えば、Ｓｈｏｒｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｃｈａｐｔｅｒ １１（Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，５ｔｈ ｅｄ．２００２）を参照されたい。その他のモノクローナル抗体を作製するその他の例示的な方法は、本明細書の実施例に示されている。
「ポリクローナル抗体」とは、本明細書で使用する場合、多くのエピトープを有するタンパク質に対する免疫原性応答の際に産生される抗体集団を指し、したがって、そのタンパク質の同じエピトープまたは異なるエピトープに対する多種多様な抗体を含む。ポリクローナル抗体の作製方法は、当該技術分野において知られている。例えば、Ｓｈｏｒｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｃｈａｐｔｅｒ １１（Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，ｅｄｓ．，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ａｎｄ Ｓｏｎｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，５ｔｈ ｅｄ．２００２）を参照されたい。
「セレブロン」または「ＣＲＢＮ」という用語と、類似の用語は、ヒトＣＲＢＮタンパク質（例えば、ＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＰ＿０５７３８６のヒトＣＲＢＮアイソフォーム１、またはＧｅｎＢａｎｋアクセッション番号ＮＰ＿００１１６６９５３のヒトＣＲＢＮアイソフォーム２（それぞれ、参照により、その全体が本明細書に援用される））と、そのＳＮＰバリアントを含む関連ポリペプチドのように、いずれかのＣＲＢＮのアミノ酸配列を含むポリペプチド（「ポリペプチド」、「ペプチド」及び「タンパク質」は、本明細書では同義的に用いられている）を指す。関連ＣＲＢＮポリペプチドとしては、アレルバリアント（例えばＳＮＰバリアント）、スプライスバリアント、断片、誘導体、置換バリアント、欠失バリアント、挿入バリアント、融合ポリペプチド及び種間相同体（特定の実施形態では、ＣＲＢＮ活性を保持している、及び／または抗ＣＲＢＮ免疫応答を引き起こすのに十分であるもの）が挙げられる。
「発現する」または「発現」という用語は、本明細書で使用する場合、遺伝子から転写して、その遺伝子の２本の核酸鎖のうちの１本の領域と少なくとも部分的に相補的なＲＮＡ核酸分子をもたらすことを指す。「発現する」または「発現」という用語は、本明細書で使用する場合、ＲＮＡ分子から翻訳して、タンパク質、ポリペプチドまたはその一部をもたらすことも指す。
「レベル」という用語は、バイオマーカー分子の量、蓄積または比率を指す。レベルは、例えば、遺伝子によってコードされたメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）の量もしくは合成速度、遺伝子によってコードされたポリペプチドもしくはタンパク質の量もしくは合成速度、または細胞もしくは生体液に蓄積された生体分子の量もしくは合成速度によって表すことができる。「レベル」という用語は、試料中の分子の絶対量、またはその分子の相対量を定常状態または非定常状態の条件下で求めたものを指す。
「アップレギュレーションされている」ｍＲＮＡは概して、所定の治療または条件によって増加する。「ダウンレギュレーションされている」ｍＲＮＡは概して、所定の治療または条件に応じて、そのｍＲＮＡの発現レベルが低下していることを指す。場合により、ｍＲＮＡレベルは、所定の治療または条件によって変化しないままである場合もある。患者試料由来のｍＲＮＡは、薬物で治療した場合、未治療のコントロールと比べて、「アップレギュレーションする」場合もある。このアップレギュレーションは、例えば、比較用コントロールのｍＲＮＡレベルの約５％、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約１００％、約２００％、約３００％、約５００％、約１，０００％、約５，０００％またはこれを超える程度上昇することであることができる。あるいは、ｍＲＮＡは、特定の化合物またはその他の薬剤の投与に応答して、「ダウンレギュレーション」するか、または低下したレベルで発現する場合もある。ダウンレギュレーションしたｍＲＮＡは、例えば、比較用コントロールｍＲＮＡレベルの約９９％、約９５％、約９０％、約８０％、約７０％、約６０％、約５０％、約４０％、約３０％、約２０％、約１０％、約１％またはこれを下回るレベルで存在し得る。
同様に、患者試料由来のポリペプチドまたはタンパク質バイオマーカーのレベルは、薬物で治療すると、未治療のコントロールと比べて、上昇する場合がある。この上昇は、比較用コントロールタンパク質レベルの約５％、約１０％、約２０％、約３０％、約４０％、約５０％、約６０％、約７０％、約８０％、約９０％、約１００％、約２００％、約３００％、約５００％、約１，０００％、約５，０００％またはこれを超えるレベルであることができる。あるいは、タンパク質バイオマーカーのレベルは、特定の化合物またはその他の薬剤の投与に応答して、低下する場合もある。この低下は、例えば、比較用コントロールタンパク質レベルの約９９％、約９５％、約９０％、約８０％、約７０％、約６０％、約５０％、約４０％、約３０％、約２０％、約１０％、約１％またはこれを下回るレベルで存在することができる。
「割り出す」、「測定する」、「評価する（ｅｖａｌｕａｔｉｎｇ）」、「評価する（ａｓｓｅｓｓｉｎｇ）」及び「アッセイする」という用語は、本明細書で使用する場合、概して、いずれかの形態の測定を指し、ある要素が存在するか否かを判断することを含む。これらの用語には、定量及び／または定性的な判定が含まれる。評価は、相対的であることも、絶対的であることもある。「存在を評価する」こととしては、存在する物の量を割り出すことと、有無を割り出すことを挙げることができる。
「核酸」及び「ポリヌクレオチド」という用語は、本明細書では、ヌクレオチド、例えば、デオキシリボヌクレオチドもしくはリボヌクレオチドで構成されたいずれかの長さのポリマー、または合成によって作製した化合物であって、２本の天然の核酸と同様に、天然の核酸と配列特異的にハイブリダイズできる、例えば、ワトソン・クリック塩基対相互作用に関与できるものを説明する目的で、同義的に用いられている。本明細書で、ポリヌクレオチド配列に関して使用する場合、「塩基（ｂａｓｅｓ）」（または「塩基（ｂａｓｅ）」）という用語は、「ヌクレオチド（ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ）」（または「ヌクレオチド（ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ）」）、すなわち、ポリヌクレオチドのモノマーサブユニットと同義である。「ヌクレオシド」及び「ヌクレオチド」という用語は、既知のプリン塩基及びピリミジン塩基のみならず、修飾された他の複素環式塩基も含む部分を含むように意図されている。このような修飾には、メチル化プリンもしくはメチル化ピリミジン、アシル化プリンもしくはアシル化ピリミジン、アルキル化リボースまたは他の複素環が含まれる。加えて、「ヌクレオシド」及び「ヌクレオチド」という用語は、従来のリボース糖とデオキシリボース糖のみならず、他の糖も含む部分も含む。修飾ヌクレオシドまたは修飾ヌクレオチドは、糖部分に対する修飾も含み、例えば、そのヒドロキシル基の１つ以上が、ハロゲン原子もしくは脂肪族基と置き換えられているか、またはエーテル、アミンなどとして官能化されている。「類似体」という用語は、模倣体、誘導体として文献で認識されている構造的特徴を有する分子、類似の構造を有する分子、または他の同様の用語を指し、例えば、非天然ヌクレオチドが組み込まれたポリヌクレオチド、ヌクレオチド模倣体（２’−修飾ヌクレオシドなど）、ペプチド核酸、オリゴマーヌクレオシドホスホネート及び置換基（保護基または連結部分など）が付加されているいずれのポリヌクレオチドも含む。
「相補的」という用語は、ポリヌクレオチドの配列に基づく、ポリヌクレオチド間の特異的な結合を指す。本明細書で使用する場合、第１のポリヌクレオチドと第２のポリヌクレオチドは、ストリンジェントな条件でのハイブリダイゼーションアッセイにおいて、互いに結合し合う場合、例えば、ハイブリダイゼーションアッセイにおいて、所定のレベルまたは検出可能なレベルのシグナルを生成する場合、相補的である。ポリヌクレオチドの部分は、従来の塩基対形成規則（例えば、ＡはＴ（またはＵ）と対になり、ＧはＣと対になる）に従う場合、互いに相補的であるが、ミスマッチ配列、挿入配列または欠失配列の小さな領域（例えば約３塩基未満）が存在してもよい。
２つの核酸配列との関連においては、「配列同一性」または「同一性」という用語は、その２つの配列における残基のうち、所定の比較ウィンドウにわたって最大一致するようにアラインメントしたときに同じである残基を指し、付加、欠失及び置換を考慮することができる。
ポリヌクレオチドとの関連においては、様々な文法形態の「実質的な同一性」または「相同」という用語は、概して、あるポリヌクレオチドが、参照配列に対して所望の同一性、例えば、少なくとも６０％の同一性、少なくとも７０％の同一性、少なくとも８０％の同一性、少なくとも９０％の同一性及び少なくとも９５％の同一性を有する配列を含むことを意味する。ヌクレオチド配列が実質的に同一であるかどうかの別の尺度は、２つの分子が、ストリンジェントな条件下で互いにハイブリダイズするかどうかである。
「単離した」及び「精製した」という用語は、物質（ｍＲＮＡ、ＤＮＡまたはタンパク質など）が、その物質を含む試料の相当部分を占めるように、すなわち、その物質が、典型的に、天然の状態または未単離の状態で存在する割合を上回るように、その物質を単離することを指す。典型的に、試料の相当部分とは、例えば、試料の１％超、２％超、５％超、１０％超、２０％超、５０％超またはそれを上回る割合、通常は最大で約９０％〜１００％を占める。例えば、単離したｍＲＮＡの試料は、典型的に、少なくとも約１％の全ｍＲＮＡを含む。ポリヌクレオチドの精製技法は、当該技術分野において周知であり、例えば、ゲル電気泳動、イオン交換クロマトグラフィー、アフィニティクロマトグラフィー、フローソーティング及び密度による沈降が挙げられる。
本明細書で使用する場合、「結合した」という用語は、直接的または間接的な結合を示す。化学的構造との関連においては、「結合した（ｂｏｕｎｄ）」（または「結合した（ｂｏｎｄｅｄ）」）とは、２つの部分を直接連結するか、２つの部分を間接的に連結する（例えば、連結基または分子のいずれかの他の介在部分を介して連結する）化学結合が存在することを指すことができる。この化学結合は、共有結合、イオン結合、配位錯体、水素結合、ファンデルワールス相互作用または疎水性スタッキングであってもよいし、複数のタイプの化学結合の特徴を示すものであってもよい。特定のケースでは、「結合した」には、その結合が直接的である実施形態と、その結合が間接的である実施形態とが含まれる。
「試料」という用語は、本明細書で使用する場合、典型的には（ただし、必須ではない）、流体形態の物質または物質の混合物であって、１つ以上の目的成分を含む物質または物質の混合物に関するものである。
「生体試料」とは、本明細書で使用する場合、生体組織の試料または生体液由来の試料を含め、生体対象から得た試料であって、インビボまたはインサイチュで得たか、到達したかまたは採取した試料を指す。生体試料には、前がん細胞、前がん組織、がん細胞またはがん組織を含む生体対象領域から得た試料も含まれる。このような試料は、哺乳動物から単離した器官、組織及び細胞であることができるが、これらに限らない。例示的な生体試料としては、細胞溶解液、細胞培養液、細胞株、組織、口腔組織、胃腸組織、器官、細胞小器官、生体液、血液試料、尿試料、皮膚試料などが挙げられるが、これらに限らない。好ましい生体試料としては、全血、部分精製血液、ＰＢＭＣ、組織生検体などが挙げられるが、これらに限らない。
「アナライト」という用語は、本明細書で使用する場合、試料の既知または未知の構成要素を指す。
「捕捉物質」という用語は、本明細書で使用する場合、その物質がｍＲＮＡまたはタンパク質と結合して、ｍＲＮＡまたはタンパク質を不均一混合物から濃縮させるのに十分である相互作用を通じて、ｍＲＮＡまたはタンパク質と結合する物質を指す。
「プローブ」という用語は、本明細書で使用する場合、特異的標的のｍＲＮＡバイオマーカー配列に向けられる捕捉物質を指す。したがって、プローブセットの各プローブは、それぞれの標的ｍＲＮＡバイオマーカーを有する。プローブ／標的ｍＲＮＡ二本鎖は、プローブをその標的ｍＲＮＡバイオマーカーにハイブリダイズさせることによって形成される構造体である。
「核酸プローブ」または「オリゴヌクレオチドプローブ」という用語は、本発明で提供するｍＲＮＡバイオマーカーのような、相補的な配列の標的核酸に、通常は、水素結合を形成することによる相補的な塩基対合を通じて結合できる核酸を指す。本明細書で使用する場合、プローブは、天然の塩基（例えば、Ａ、Ｇ、ＣもしくはＴ）または修飾塩基（７−デアザグアノシン、イノシンなど）を含んでよい。加えて、プローブ内の塩基は、ハイブリダイゼーションに干渉しない限り、ホスホジエステル結合以外の結合によって連結されていてもよい。当業者であれば、プローブは、ハイブリダイゼーション条件のストリンジェンシーに応じて、そのプローブ配列と完全な相補性を持たない標的配列と結合し得ることがわかるであろう。プローブは、タグ、例えば、発色団、発光団、色原体で直接標識するか、ストレプトアビジン複合体が後で結合し得るビオチンで間接的に標識するのが好ましい。プローブの有無についてアッセイすることによって、目的の標的ｍＲＮＡバイオマーカーの有無を検出することができる。
「ストリンジェントなアッセイ条件」という用語は、そのアッセイにおいて所望のレベルの特異性をもたらすのに十分な相補性を持つ核酸の結合対、例えば、プローブと標的ｍＲＮＡの結合対を生成させるのに適合する一方で、所望の特異性をもたらすには相補性が不十分である結合メンバー間の結合対の形成には概して不適合である条件を指す。「ストリンジェントなアッセイ条件」という用語は、概して、ハイブリダイゼーション条件と洗浄条件を組み合わせたものを指す。
「標識」または「検出可能な部分」とは、核酸との関連においては、核酸と連結したときに、例えば、分光学的手段、光化学的手段、生化学的手段、免疫化学的手段または化学的手段によって、その核酸を検出可能にする組成物を指す。例示的な標識としては、放射性同位体、磁気ビーズ、金属ビーズ、コロイド粒子、蛍光色素、酵素、ビオチン、ジゴキシゲニン、ハプテンなどが挙げられるが、これらに限定されない。「標識した核酸またはオリゴヌクレオチドプローブ」は概して、共有結合、リンカー、または化学結合、またはイオン結合による非共有結合、ファンデルワールス力、静電引力、疎水性相互作用または水素結合のいずれかによって標識に結合したプローブであって、核酸またはプローブに結合した標識の存在を検出することによって、その核酸またはプローブの存在を検出できるようにしたものである。
「ポリメラーゼ連鎖反応」または「ＰＣＲ」という用語は、本明細書で使用する場合、概して、例えば、米国特許第４，６８３，１９５号に記載されているように、少量の核酸、ＲＮＡ及び／またはＤＮＡを増幅する手順を指す。概して、オリゴヌクレオチドプライマーを設計できるように、目的の領域の末端またはその領域を越える領域から得られる配列情報を入手する必要があり、これらのプライマーは、増幅するテンプレートの逆鎖の配列と同一または同様となる。これらの２つのプライマーの５’末端ヌクレオチドは、増幅する物質の末端と一致し得る。ＰＣＲを用いて、特定のＲＮＡ配列、全ゲノムＤＮＡ由来の特定のＤＮＡ配列及び全細胞ＲＮＡから転写したｃＤＮＡ、バクテリオファージまたはプラスミド配列などを増幅できる。概して、Ｍｕｌｌｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｓｙｍｐ．Ｑｕａｎｔ．Ｂｉｏｌ．１９８７，５１：２６３−２７３；ＰＣＲ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ（Ｓｔｏｃｋｔｏｎ Ｐｒｅｓｓ，ＮＹ，Ｅｒｌｉｃｈ，ｅｄ．，１９８９）を参照されたい。
「サイクル数」または「ＣＴ」という用語は、本明細書においてＰＣＲ法に関して使用するときには、蛍光レベルが所定の設定閾値レベルを超えるＰＣＲサイクル数を指す。ＣＴの測定を用いて、例えば、元の試料中のｍＲＮＡレベルを概算できる。ＣＴの測定値は、一方の核酸のＣＴをもう一方の核酸のＣＴから減じたときの「ｄＣＴ」すなわち「ＣＴ差」のスコアの観点で用いる場合が多い。
「互変異性体」とは、本明細書で使用する場合、化合物の異性体同士が平衡状態にあるものを指す。異性体の濃度は、化合物の存在する環境に左右されることになり、例えば、その化合物が固体であるか、または有機溶液もしくは水溶液中にあるかによって異なることがある。例えば、水溶液中では、ピラゾールには、下記の異性体が見られることがあり、これらの異性体は、互いの互変異性体と称される。
Figure 2019504063
本明細書で使用する場合、かつ別段に示されていない限り、「製薬学的に許容可能な塩」という用語には、その用語によって言及されている化合物の非毒性の酸付加塩と塩基付加塩が含まれる。許容可能な非毒性の酸付加塩としては、当該技術分野において知られている有機酸及び無機酸に由来するものが挙げられ、例えば、塩酸、臭化水素酸、リン酸、硫酸、メタンスルホン酸、酢酸、酒石酸、乳酸、コハク酸、クエン酸、リンゴ酸、マレイン酸、ソルビン酸、アコニット酸、サリチル酸、フタル酸、エンボル酸、エナント酸などが挙げられる。本質的に酸性である化合物は、各種の製薬学的に許容可能な塩基と塩を形成できる。このような酸性化合物の製薬学的に許容可能な塩基付加塩を調製するのに使用できる塩基は、非毒性の塩基付加塩、すなわち、薬理学的に許容可能なカチオンを含む塩（アルカリ金属塩またはアルカリ土類金属塩（具体的には、カルシウム塩、マグネシウム塩、ナトリウム塩またはカリウム塩）などであるがこれらに限らない）を形成するものである。好適な有機塩基としては、Ｎ，Ｎ−ジベンジルエチレンジアミン、クロロプロカイン、コリン、ジエタノールアミン、エチレンジアミン、メグルミン（Ｎ−メチルグルカミン）、リシン及びプロカインが挙げられるが、これらに限らない。
本明細書で使用する場合、かつ別段に示されていない限り、「溶媒和物」という用語は、本発明で提供する化合物またはその塩であって、さらに、非共有結合分子間力によって結合した溶媒を化学量論的量または非化学量論的量で含むものを意味する。溶媒が水の場合、その溶媒和物は、水和物である。
本明細書で使用する場合、かつ別段に示されていない限り、「共結晶」という用語は、１つの結晶格子に２つ以上の化合物を含む結晶体を意味する。共結晶には、結晶格子内で非イオン性相互作用によって結合し合った２つ以上の不揮発性化合物の結晶性分子錯体が含まれる。本明細書で使用する場合、共結晶には、その結晶性分子錯体に、治療用化合物と、１つ以上の追加の不揮発性化合物（複数可）（本明細書では、カウンター分子（複数可）という）が含まれている医薬品共結晶が含まれる。医薬品共結晶中のカウンター分子は典型的には、製薬学的に許容可能な非毒性分子（例えば、食品添加物、保存剤、医薬品賦形剤またはその他の医薬活性成分（ＡＰＩ）など）である。いくつかの実施形態では、医薬品共結晶は、ＡＰＩの化学構造的一体性を損なうことなく、薬品の特定の物理化学的特性（例えば、溶解性、溶解速度、バイオアベイラビリティ及び／または安定性）を高める。例えば、Ｊｏｎｅｓ ｅｔ ａｌ．，ＭＲＳ Ｂｕｌｌｅｔｉｎ ２００６，３１，８７５−８７９、Ｔｒａｓｋ，Ｍｏｌ．Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃｓ ２００７，４（３）：３０１−３０９、Ｓｃｈｕｌｔｈｅｉｓｓ ＆ Ｎｅｗｍａｎ，Ｃｒｙｓｔａｌ Ｇｒｏｗｔｈ ＆ Ｄｅｓｉｇｎ ２００９，９（６）：２９５０−２９６７、Ｓｈａｎ ＆ Ｚａｗｏｒｏｔｋｏ，Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ Ｔｏｄａｙ ２００８，１３（９／１０）：４４０−４４６及びＶｉｓｈｗｅｓｈｗａｒ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍ．Ｓｃｉ．２００６，９５（３）：４９９−５１６を参照されたい。
本明細書で使用する場合、かつ別段の定めのない限り、「立体異性体」という用語には、本発明の鏡像異性的に／立体異性体的に純粋な化合物と鏡像異性的に／立体異性体的に濃縮された化合物のすべてが含まれる。
本明細書で使用する場合、かつ別段に示されていない限り、「立体異性体的に純粋な」という用語は、化合物の１つの立体異性体を含むとともに、その化合物の他の立体異性体を実質的に含まない組成物を意味する。例えば、キラル中心を１つ有する化合物の立体異性体的に純粋な組成物は、その化合物の逆のエナンチオマーを実質的に含まないことになる。キラル中心を２つ有する化合物の立体異性体的に純粋な組成物は、その化合物の他のジアステレオマーを実質的に含まないことになる。典型的な立体異性体的に純粋な化合物は、その化合物の１つの立体異性体を約８０重量％超、その化合物の他の立体異性体を約２０重量％未満、より好ましくは、その化合物の１つの立体異性体を約９０重量％超、その化合物の他の立体異性体を約１０重量％未満、さらに好ましくは、その化合物の１つの立体異性体を約９５重量％超、その化合物の他の立体異性体を約５重量％未満、最も好ましくは、その化合物の１つの立体異性体を約９７重量％超、その化合物の他の立体異性体を約３重量％未満含む。
本明細書で使用する場合、かつ別段に示されていない限り、「立体異性体的に濃縮された」という用語は、化合物の１つの立体異性体を約６０重量％超、好ましくは、約７０重量％超、より好ましくは、化合物の１つの立体異性体を約８０重量％超含む組成物を意味する。本明細書で使用する場合、かつ別段に示されていない限り、「鏡像異性的に純粋な」という用語は、キラル中心を１つ有する化合物の立体異性体的に純粋な組成物を意味する。同様に、「立体異性体的に濃縮された」という用語は、キラル中心を１つ有する化合物の立体異性体的に濃縮された組成物を意味する。
本明細書で使用する場合、かつ別段の定めのない限り、「プロドラッグ」という用語は、化合物の誘導体であって、生物学的条件下（インビトロまたはインビボ）で加水分解したり、酸化したり、または別段の形で反応したりして、その化合物をもたらすことのできる誘導体を意味する。プロドラッグの例としては、生加水分解性部分（生加水分解性アミド、生加水分解性エステル、生加水分解性カルバメート、生加水分解性カーボネート、生加水分解性ウレイド及び生加水分解性フォスフェート類似体など）を含む化合物が挙げられるが、これらに限らない。プロドラッグの他の例としては、−ＮＯ、−ＮＯ２、−ＯＮＯまたは−ＯＮＯ２部分を含む化合物が挙げられる。プロドラッグは典型的には、Ｂｕｒｇｅｒ’ｓ Ｍｅｄｉｃｉｎａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｄｒｕｇ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ，１７２−１７８，９４９−９８２（Ｍａｎｆｒｅｄ Ｅ．Ｗｏｌｆｆ，ｅｄ．，５ｔｈ ｅｄ．１９９５）及びＤｅｓｉｇｎ ｏｆ Ｐｒｏｄｒｕｇｓ（Ｈ．Ｂｕｎｄｇａａｒｄ，ｅｄ．，Ｅｌｓｅｌｖｉｅｒ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ １９８５）に記載されているような周知の方法を用いて調製できる。
化合物は、その原子の１つ以上において、非天然な割合の原子同位体を含むことができる点にも留意すべきである。例えば、化合物は、例えば、トリチウム（３Ｈ）、ヨウ素１２５（１２５Ｉ）、硫黄３５（３５Ｓ）または炭素１４（１４Ｃ）のような放射性同位体で放射線標識されていても、重水素（２Ｈ）、炭素１３（１３Ｃ）または窒素１５（１５Ｎ）などの同位体が濃縮されていてもよい。本明細書で使用する場合、「アイソトポローグ」は、同位体的に濃縮された化合物である。「同位体的に濃縮された」という用語は、その原子の天然の同位体組成以外の同位体組成を有する原子を指す。「同位体的に濃縮された」とは、その原子の天然の同位体組成以外の同位体組成を有する原子を少なくとも１つ含む化合物を指してもよい。「同位体組成」という用語は、所定の原子において存在する各同位体の量を指す。放射線標識化合物と、同位体的に濃縮されている化合物は、治療剤、例えば、がん治療剤、炎症治療剤、研究試薬、例えば、結合アッセイ試薬及び診断剤、例えば、インビボイメージング剤として有用である。本明細書に記載されているような化合物の同位体の変形形態はいずれも、放射性であるか否かにかかわらず、本発明で提供する実施形態の範囲に含まれるように意図されている。いくつかの実施形態では、本発明の化合物のアイソトポローグを提供し、例えば、このアイソトポローグは、重水素、炭素１３または窒素１５が濃縮された化合物である。いくつかの実施形態では、本発明で提供するアイソトポローグは、重水素が濃縮された化合物である。いくつかの実施形態では、本発明で提供するアイソトポローグは、重水素が濃縮された化合物であって、キラル中心で重水素化されている化合物である。いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、式Ｉの化合物のアイソトポローグであって、キラル中心で重水素化されているアイソトポローグである。いくつかの実施形態では、本明細書で提供するのは、化合物Ｃのアイソトポローグであって、キラル中心で重水素化されているアイソトポローグである。
アルキル基を除き、本明細書に記載されている基が「置換されている」というときには、それらの基は、いずれかの適切な１つの置換基または複数の置換基で置換されていてよい。置換基の実例は、本明細書に開示されている例示的な化合物と実施形態に見られるものと、ハロゲン（クロロ、ヨード、ブロモまたはフルオロ）、アルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、アルコキシアルキル、アミノ、アルキルアミノ、カルボキシ、ニトロ、シアノ、チオール、チオエーテル、イミン、イミド、アミジン、グアニジン、エナミン、アミノカルボニル、アシルアミノ、ホスホネート、ホスフィン、チオカルボニル、スルフィニル、スルホン、スルホンアミド、ケトン、アルデヒド、エステル、尿素、ウレタン、オキシム、ヒドロキシルアミン、アルコキシアミン、アラルコキシアミン、Ｎ−オキシド、ヒドラジン、ヒドラジド、ヒドラゾン、アジド、イソシアネート、イソチオシアネート、シアネート、チオシアネート、酸素（＝Ｏ）、Ｂ（ＯＨ）２、Ｏ（アルキル）アミノカルボニル、シクロアルキル（単環であっても、縮合型もしくは非縮合型の多環であってもよい（例えば、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチルもしくはシクロヘキシル））、またはヘテロシクリル（単環であっても、縮合型もしくは非縮合型の多環であってもよい（例えば、ピロリジル、ピペリジル、ピペラジニル、モルホリニルもしくはチアジニル）、単環または縮合型もしくは非縮合型の多環アリールまたはヘテロアリール（例えば、フェニル、ナフチル、ピロリル、インドリル、フラニル、チオフェニル、イミダゾリル、オキサゾリル、イソオキサゾリル、チアゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、ピラゾリル、ピリジル、キノリニル、イソキノリニル、アクリジニル、ピラジニル、ピリダジニル、ピリミジル、ベンズイミダゾリル、ベンゾチオフェニルまたはベンゾフラニル）アリールオキシ、アラルキルオキシ、ヘテロシクリルオキシ及びヘテロシクリルアルコキシである。
本明細書で使用する場合、かつ別段に示されていない限り、「アルキル」という用語は、本明細書で定められているような数の炭素原子を有する直鎖または分岐鎖の飽和炭化水素を指す。代表的な飽和直鎖アルキルとしては、−メチル、−エチル、−ｎ−プロピル、−ｎ−ブチル、−ｎ−ペンチル及び−ｎ−ヘキシルが挙げられ、飽和分岐鎖アルキルとしては、−イソプロピル、−ｓｅｃ−ブチル、−イソブチル、−ｔｅｒｔ−ブチル、−イソペンチル、２−メチルブチル、３−メチルブチル、２−メチルペンチル、３−メチルペンチル、４−メチルペンチル、２−メチルヘキシル、３−メチルヘキシル、４−メチルヘキシル、５−メチルヘキシル、２，３−ジメチルブチルなどが挙げられる。アルキルは、非置換であっても、置換されていてもよい。本明細書に記載されているアルキル基が「置換されている」というときには、そのアルキル基は、本明細書に開示されている例示的な化合物と実施形態で見られるような置換基と、ハロゲン（クロロ、ヨード、ブロモもしくはフルオロ）、アルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、アルコキシアルキル、アミノ、アルキルアミノ、カルボキシ、ニトロ、シアノ、チオール、チオエーテル、イミン、イミド、アミジン、グアニジン、エナミン、アミノカルボニル、アシルアミノ、ホスホネート、ホスフィン、チオカルボニル、スルフィニル、スルホン、スルホンアミド、ケトン、アルデヒド、エステル、尿素、ウレタン、オキシム、ヒドロキシルアミン、アルコキシアミン、アラルコキシアミン、Ｎ−オキシド、ヒドラジン、ヒドラジド、ヒドラゾン、アジド、イソシアネート、イソチオシアネート、シアネート、チオシアネート、Ｂ（ＯＨ）２またはＯ（アルキル）アミノカルボニルのようないずれかの１つの置換基または複数の置換基で置換されていてよい。
本明細書で使用する場合、かつ別段の定めのない限り、「シクロアルキル」という用語は、３〜１５個の炭素原子を含む飽和または部分飽和の環状アルキルであって、炭素原子間の交互二重結合または共鳴二重結合のないものを意味する。シクロアルキルは、１〜４個の環を含んでよい。非置換のシクロアルキルの例としては、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル及びアダマンチルが挙げられるが、これらに限らない。シクロアルキルは、下に定められているような置換基のうちの１つ以上で置換されていてもよい。シクロアルキルは、非置換であっても、置換されていてもよい。
本明細書で使用する場合、かつ別段の定めのない限り、「アルコキシ」という用語は、−Ｏ−（アルキル）を指し、そのアルキルは、本明細書で定義されているものである。アルコキシの例としては、−ＯＣＨ３、−ＯＣＨ２ＣＨ３、−Ｏ（ＣＨ２）２ＣＨ３、−Ｏ（ＣＨ２）３ＣＨ３、−Ｏ（ＣＨ２）４ＣＨ３及び−Ｏ（ＣＨ２）５ＣＨ３が挙げられるが、これらに限らない。
本明細書で使用する場合、「アリール」という用語は、５〜１４個の環原子を含む炭素環式芳香族環を意味する。炭素環式アリール基の環原子は、すべて炭素原子である。アリール環構造には、単環式、二環式または三環式化合物のように、１つ以上の環構造を有する化合物と、ベンゾ縮合型炭素環式部分（５，６，７，８−テトラヒドロナフチルなど）が含まれる。代表的なアリール基としては、フェニル、アントラセニル、フルオレニル、インデニル、アズレニル、フェナントレニル及びナフチルが挙げられる。アリールは、非置換であっても、置換されていてもよい。
本明細書で使用する場合、かつ別段の定めのない限り、「ヘテロアリール」という用語は、５〜１４個の環原子を含む芳香族環であって、その環原子のうち、少なくとも１つ（例えば、１つ、２つまたは３つ）が、ヘテロ原子（例えば、窒素、酸素または硫黄）である芳香族環を意味する。ヘテロアリール環構造には、単環式、二環式または三環式化合物のように、１つ以上の環構造を有する化合物と、縮合複素環部分が含まれる。ヘテロアリールの例としては、トリアゾリル、テトラゾリル、オキサジアゾリル、ピリジル、フリル、ベンゾフラニル、チオフェニル、チアゾリル、ベンゾチオフェニル、ベンゾイソオキサゾリル、ベンゾイソチアゾリル、キノリニル、イソキノリニル、ピロリル、インドリル、オキサゾリル、ベンズオキサゾリル、イミダゾリル、ベンズイミダゾリル、チアゾリル、ベンゾチアゾリル、イソオキサゾリル、ピラゾリル、イソチアゾリル、ピリダジニル、ピリミジニル、ピラジニル、トリアジニル、シンノリニル、フタラジニル、キナゾリニル、ベンゾキナゾリニル、キノキサリニル、アクリジニル、ピリミジル、オキサゾリル、ベンゾ［１，３］ジオキソール及び２，３−ジヒドロ−ベンゾ［１，４］ダイオキシンが挙げられるが、これらに限らない。ヘテロアリールは、非置換であっても、置換されていてもよい。
本明細書で使用する場合、かつ別段に示されていない限り、「複素環」という用語は、炭素原子と水素原子を含む単環または多環であって、任意に応じて、１つまたは２つの多重結合を有する単環または多環を意味し、その環原子は、少なくとも１つのヘテロ原子、具体的には、窒素、酸素及び硫黄から独立して選択した１〜３個のヘテロ原子を含む。複素環の環構造としては、単環式化合物、二環式化合物及び三環式化合物が挙げられるが、これらに限らない。具体的な複素環は、単環または二環式である。代表的な複素環としては、モルホリニル、ピロリジノニル、ピロリジニル、ピペリジニル、ピペラジニル、ヒダントイニル、バレロラクタミル、オキシラニル、オキセタニル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロピラニル、テトラヒドロピリジニル、テトラヒドロピリミジニル、テトラヒドロチオフェニル及びテトラヒドロチオピラニルが挙げられる。複素環は、非置換であっても、置換されていてもよい。
本明細書で使用する場合、かつ別段の定めのない限り、「ヘテロシクロアルキル」という用語は、その環内の炭素原子の少なくとも１つが、ヘテロ原子（例えば、窒素、酸素または硫黄）に置き換えられているシクロアルキル基を指す。ヘテロシクロアルキル環は、非置換であっても、置換されていてもよい。
本明細書で使用する場合、かつ別段の定めのない限り、「アルキレンジオキシ」という用語は、複数の−ＣＨ２基の両末端に酸素原子が付いたものを指し、その−ＣＨ２基は、任意に応じてアルキル基で置換されている。例としては、−Ｏ−ＣＨ２−Ｏ−（メチレンジオキシ）、−Ｏ−ＣＨ２ＣＨ２−Ｏ−（エチレンジオキシ）、−Ｏ−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２−Ｏ−（トリメチレンジオキシ）、−Ｏ−ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２ＣＨ２−Ｏ−（テトラメチレンジオキシ）、−Ｏ−ＣＨ（ＣＨ３）ＣＨ２−Ｏ−（α−メチルエチレンジオキシ）、−Ｏ−ＣＨ（Ｃ２Ｈ５）ＣＨ２−Ｏ−（α−エチルエチレンジオキシ）などが挙げられる。
本明細書で使用する場合、かつ別段の定めのない限り、「アルキルチオ」という用語は、Ｙ−Ｓ−という式を有する基を指し、この式中、Ｙは、上で定義したようなアルキルである。
「約」または「およそ」という用語は、当業者によって判断されるような、特定の値の許容可能な誤差を意味し、この誤差は部分的には、その値を測定したり、割り出したりする方法に左右される。特定の実施形態では、「約」または「およそ」という用語は、標準偏差が１、２、３または４以内であることを意味する。特定の実施形態では、「約」または「およそ」という用語は、所定の値または範囲の５０％、２０％、１５％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、０．５％または０．０５％以内であることを意味する。
図示されている構造と、その構造に与えられた名称との間に矛盾がある場合、図示されている構造が優先されることに留意されたい。加えて、さらに、構造または構造の一部の立体化学が、例えば、太線または破線で示されていない場合、その構造または構造の一部には、そのすべての立体異性体が含まれると解釈するものとする。
本明細書に示されている実施形態の実施の際には、別段に示されていない限り、分子生物学、微生物学及び免疫学の従来の技法を用いることとし、これらの技法は、当業者の技能の範囲内である。このような技法は、文献で十分に説明されている。特に好適な参照用テキストの例としては、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ （２ｄ ｅｄ．１９８９）、Ｇｌｏｖｅｒ，ｅｄ．，ＤＮＡ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ｖｏｌｕｍｅｓ Ｉ ａｎｄ ＩＩ（１９８５）、Ｇａｉｔ，ｅｄ．，Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ（１９８４）、Ｈａｍｅｓ ＆ Ｈｉｇｇｉｎｓ，ｅｄｓ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ（１９８４）、Ｈａｍｅｓ ＆ Ｈｉｇｇｉｎｓ，ｅｄｓ．，Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ ａｎｄ Ｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎ（１９８４）、Ｆｒｅｓｈｎｅｙ，ｅｄ．，Ａｎｉｍａｌ Ｃｅｌｌ Ｃｕｌｔｕｒｅ：Ｉｍｍｏｂｉｌｉｚｅｄ Ｃｅｌｌｓ ａｎｄ Ｅｎｚｙｍｅｓ（ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ，１９８６）、Ｉｍｍｕｎｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｌｏｎｄｏｎ）、Ｓｃｏｐｅｓ，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ（Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｖｅｒｌａｇ，Ｎ．Ｙ．，２ｄ ｅｄ．１９８７）及びＷｅｉｒ ＆ Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ，ｅｄｓ．，Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌｕｍｅｓ Ｉ−ＩＶ（１９８６）が挙げられる。
５．２ バイオマーカーとその使用方法
本発明で提供する方法は部分的には、がん（例えば、リンパ腫、ＭＭ、ＭＤＳまたは白血病）の対象のうち、所定の治療、例えば、式Ｉの化合物のような化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形に応答する対象においては、化合物で治療した際に、特定のバイオマーカーの検出可能な増加または減少が観察されるという所見と、その治療に対するその対象の応答性の予測に、これらのバイオマーカーのレベルを利用できるという所見に基づいている。いくつかの実施形態では、その化合物は、本明細書に記載されているようなものである。特定の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。一実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄである。別の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｅである。
「生物学的マーカー」または「バイオマーカー」とは、変化したり、及び／または検出されたりすることによって、特定の生体状態を示す物質である。いくつかの実施形態では、マーカーの示す内容は、所定の治療（例えば、式Ｉの化合物のような化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形）に対する疾患、例えばがん（例えば、リンパ腫、ＭＭ、ＭＤＳまたは白血病）の応答性である。
実施例に説明されているとともに、図に示されているように、特定のタンパク質及び／またはｍＲＮＡのレベルは、化合物Ｄまたは化合物Ｅによる治療に応答して変化する。これらのバイオマーカーとしては、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、ＩＫＺＦ１、ｅＲＦ１、ＢＩＰ、ＧＣＮ２、ｅＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＦＡＳ、ＩＲＥ１、ＸＢＰ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＥＤＥＭ１、ＡＴＦ６、カスパーゼ３、カスパーゼ７、カスパーゼ８、ＢＩＤ、カスパーゼ９、ＰＡＲＰ、Ｍｃｌ−１、ＳＲＳＦ３及びＳＲＳＦ６が挙げられる。したがって、いくつかの実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、ＩＫＺＦ１、ｅＲＦ１、ＢＩＰ、ＧＣＮ２、ｅＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＦＡＳ、ＩＲＥ１、ＸＢＰ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＥＤＥＭ１、ＡＴＦ６、カスパーゼ３、カスパーゼ７、カスパーゼ８、ＢＩＤ、カスパーゼ９、ＰＡＲＰ、Ｍｃｌ−１、ＳＲＳＦ３及びＳＲＳＦ６からなる群から選択されている。本発明で示されている各バイオマーカーには、その各種のアイソフォーム、リン酸化形態、切断形態、修飾形態及びスプライシングバリアントが含まれる。例えば、ｅＩＦ２αには、ｅＩＦ２αのリン酸化形態（すなわちｐ−ｅＩＦ２α）が含まれる。ＧＣＮ２には、ＧＣＮ２のリン酸化形態（すなわちｐ−ＧＣＮ２）が含まれる。ＢＩＰには、修飾形態（例えばＣ末端修飾ＢＩＰ）が含まれる。ＡＴＦ３には、ＡＴＦ３のスプライシングバリアントが含まれる。カスパーゼ３には、カスパーゼ３の切断形態が含まれる。カスパーゼ７には、カスパーゼ７の切断形態が含まれる。カスパーゼ８には、カスパーゼ８の切断形態が含まれる。カスパーゼ９には、カスパーゼ９の切断形態が含まれる。ＰＡＲＰには、ＰＡＲＰの切断形態が含まれる。したがって、いくつかの実施形態では、これらのバイオマーカーのアイソフォーム、リン酸化形態、切断形態、修飾形態及び／またはスプライシングバリアントのレベルは、化合物による治療に応答して、上昇または低下するので、バイオマーカーのこれらのアイソフォーム、リン酸化形態、切断形態、修飾形態及び／またはスプライシングバリアントを用いて、患者の応答を予測できる。
真核生物ペプチド鎖解離因子ＧＴＰ結合サブユニットＧＳＰＴ１は、ＧＳＰＴ１（Ｇ１−Ｓ期移行タンパク質１ホモログ）ともいう。ＧＳＰＴ１は、終止コドンのＵＡＡ、ＵＡＧ及びＵＧＡに応答する、翻訳の終止に関与するとともに、哺乳動物細胞の成長の調節にも関与する。ＧＳＰＴ１は、ｅＲＦ１の活性を刺激するとともに、一過性のＳＵＲＦ複合体（ｍＲＮＡのナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）の関連において、ＵＰＦ１を停滞リボソームに動員する複合体）の構成要素である。
真核生物ペプチド鎖解離因子ＧＴＰ結合サブユニットＧＳＰＴ２は、ＧＳＰＴ２（Ｇ１−Ｓ期移行タンパク質２ホモログ）ともいう。ＧＳＰＴ１のように、ＧＳＰＴ２も、終止コドンのＵＡＡ、ＵＡＧ及びＵＧＡに応答する、翻訳の終止に関与するとともに、一過性のＳＵＲＦ複合体（ｍＲＮＡのナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）の関連において、ＵＰＦ１を停滞リボソームに動員する複合体）の構成要素である。ＧＳＰＴ２は、ＥＴＦ１の解離因子活性の強力な刺激因子としての役割を果たすとともに、細胞周期の進展において役割を果たし得ることが示唆されている。加えて、ＧＳＰＴ２は、リボソーム及びＥＴＦ１依存性であるＧＴＰａｓｅ活性を呈することも示されている。
活性化転写因子４（ＡＴＦ４）は、ｃＡＭＰ応答エレメント結合タンパク質２（ＣＲＥＢ−２）としても知られている転写因子である。この因子は、ＡＰ−１ファミリー、ＣＲＥＢ及びＣＲＥＢ様タンパク質を含むＤＮＡ結合タンパク質ファミリーに属している。
活性化転写因子３（ＡＴＦ３）は、転写因子の哺乳動物活性化転写因子／ｃＡＭＰ応答エレメント結合（ＣＲＥＢ）タンパク質ファミリーに属している。ＡＴＦ３遺伝子は、がん細胞に曝露される多くのシグナルを含む様々なシグナルによって誘導され、細胞ストレス応答の複雑なプロセスに関与する。
ＤＮＡ損傷誘発性転写産物３（ＤＤＩＴ３）は、転写因子のＣＣＡＡＴ／エンハンサー結合タンパク質（Ｃ／ＥＢＰ）ファミリーのメンバーである。ＤＤＩＴ３は、Ｃ／ＥＢＰ相同タンパク質（ＣＨＯＰ）としても知られている。このタンパク質は、他のＣ／ＥＢＰメンバー（Ｃ／ＥＢＰ及びＬＡＰ（肝臓賦活剤タンパク質など）とヘテロ二量体を形成するとともに、それらのＤＮＡ結合活性を阻害することによって、優性ネガティブインヒビターとして機能する。ＤＤＩＴ３は、小胞体（ＥＲ）ストレス応答における多機能転写因子である。ＤＤＩＴ３は、多種多様な細胞ストレスに対する応答において不可欠な役割を果たし、ＥＲストレスに応答して、細胞周期の停止とアポトーシスを誘導する。
ＩＫＡＲＯＳファミリージンクフィンガー１（ＩＫＺＦ１、Ｉｋａｒｏｓとしても知られている）は、クロマチンリモデリングと関連するジンクフィンガーＤＮＡ結合タンパク質のファミリーに属する転写因子である。ＩＫＺＦ１の発現は、胎児と成人の血リンパ系に限定されており、リンパ球分化の調節因子として機能する。大半のアイソフォームでは、Ｃ末端ドメインが共通しており、このドメインは、ヘテロ二量体化またはホモ二量体化と他のタンパク質との相互作用とに必要な２つのジンクフィンガーモチーフを含む。しかしながら、アイソフォームにおいては、ＤＮＡを結合させるＮ末端ジンクフィンガーモチーフの数と、核局在化シグナルの存在が異なり、その結果、ＤＮＡ結合特性を有するメンバーと有さないメンバーが生じる。わずかなアイソフォームのみが、標的遺伝子のプロモーター内の特異的コアＤＮＡ配列エレメントへの高親和性結合をもたらす３つ以上の必須Ｎ末端ジンクモチーフを含む。非ＤＮＡ結合アイソフォームは主に、細胞質で見られ、優性ネガティブ因子として機能すると考えられている。いくつかの優性ネガティブアイソフォームの過剰発現は、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）のようなＢ細胞悪性腫瘍と関連付けられている。
真核生物解離因子１（ｅＲＦ１）は、ｍＲＮＡ配列内の３つの終止コドンをすべて認識して、新生ポリペプチドを解離させることによって、タンパク質の翻訳を終止させるタンパク質である。この因子は、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）の仕組みによって、合成が途中で終了したｍＲＮＡの分解を促すＳＵＲＦ複合体の構成要素である。
ＳＥＣ２４Ｄは、小胞輸送に関与するＳＥＣ２３／ＳＥＣ２４ファミリーのＳＥＣ２４サブファミリーのメンバーである。ＳＥＣ２４Ｄは、小胞の形成、カーゴの選択及び濃度に関与する。
ＤＮＡＪＢ９は、Ｊタンパク質ファミリーのメンバーである。Ｊタンパク質は、ｈｓｐ７０のＡＴＰａｓｅ活性を調節する。ＤＮＡＪＢ９は、ＵＰＲの間に、ＥＲストレスによって誘導され、ストレスを受ける細胞をアポトーシスから保護する際に役割を果たす。
ＤＮＡＪＣ６も、Ｊタンパク質ファミリーのメンバーであり、ＡＴＰａｓｅ活性を刺激することによって、分子シャペロン活性を調節する。ＤＮＡＪタンパク質は、保存された７０個のアミノ酸のＪドメイン（通常、Ｎ末端に位置する）と、グリシン／フェニルアラニン（Ｇ／Ｆ）リッチ領域と、ジンクフィンガードメインに似た４つのモチーフを含むシステインリッチドメインという最大３個の異なるドメインを有することがある。
Ｘボックス結合タンパク質１（ＸＢＰ１）は、Ｘボックスというプロモーターエレメントに結合することによって、ＭＨＣクラスＩＩ遺伝子を調節する転写因子である。このタンパク質は、１型Ｔ細胞白血病ウイルスプロモーターのプロモーター内のエンハンサーに結合する細胞内転写因子として同定されているｂＺＩＰタンパク質である。このタンパク質は、ウイルストランスアクチベーターのＤＮＡ結合パートナーとして作用することによって、ウイルスタンパク質の発現を増大させることができる。ＸＢＰ１は、ＥＲストレスの際にＵＰＲを調節する転写因子として機能する。
ＥＲ分解促進性マンノシダーゼα様１（ＥＤＥＭ１）とＥＲ分解促進性マンノシダーゼα様２（ＥＤＥＭ２）は、ＥＲ関連分解（ＥＲＡＤ）に直接関与し、ミスフォールディングした糖タンパク質を、Ｎ−グリカン非依存性の分解の標的とする。
低酸素時アップレギュレーション１（ＨＹＯＵ１）は、ヒートショックタンパク質７０ファミリーに属している。ＨＹＯＵ１の５’−ＵＴＲにおけるシス作動性セグメントは、ストレス依存性誘導に関与し、その結果、低酸素条件下で、ＥＲ内にＨＹＯＵ１を蓄積させる。ＨＹＯＵ１は、タンパク質のフォールディングとＥＲ内での分泌において重要な役割を果たす。ＨＹＯＵ１は、腫瘍、特に乳房腫瘍でもアップレギュレーションするとともに、腫瘍の侵襲性と関連付けられている。
ヒートショック７０ｋＤＡタンパク質５（ＨＳＰＡ５、ＢＩＰとしても知られている）は、ヒートショックタンパク質７０ファミリーのメンバーである。ＢＩＰは、保持目的でＥＲ内腔に逆輸送するのに、シスゴルジ内のＫＤＥＬレセプターとの結合を必要とするＥＲ内腔ＫＤＥＬタンパク質である。ＢＩＰは、ＵＰＲセンサーのＰＥＲＫ、ＩＲＥ１及びＡＴＦ６のＥＲ内腔ドメインと相互作用して、それらの活性化を防ぐ。ＢＩＰのＣ末端免疫活性の低下により、ＢＩＰの誤局在が示され、この誤局在により、ＢＩＰがＰＥＲＫ、ＩＲＥ１及びＡＴＦ６から解離して、ＵＰＲが誘導されると推定されている。
真核生物翻訳開始因子２α（ｅＩＦ２α）は、メチオニル開始ｔＲＮＡを４０Ｓリボソームサブユニットに結合させるとともに、ピューロマイシン感受性の８０Ｓ転写開始前複合体の形成を触媒する。ＩＬ−６シグナリング経路とＴＧＦ−βレセプターシグナリングは、その関連経路の一部である。
タンパク質フォスファターゼ１調節サブユニット１５Ａ（ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ）は、ＤＮＡ障害剤による治療と、ストレスによる成長停止状態の結果、ｍＲＮＡレベルが上昇する遺伝子群に属している。特定の細胞株では、ｐ５３の状態にかかわらず、電離性放射線によるＰＰＰ１Ｒ１５Ａの誘導が見られ、そのタンパク質応答は、電離性放射線照射後のアポトーシスと相関する。ＧＰＣＲシグナリングは、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ関連経路の１つである。
成長停止及びＤＮＡ損傷誘発性４５α（ＧＡＤＤ４５Ａ）は、ＤＮＡ障害剤による治療と、ストレスによる成長停止状態の結果、ｍＲＮＡレベルが上昇する遺伝子のファミリーのメンバーである。ＧＡＤＤ４５Ａは、ＭＴＫ１／ＭＥＫＫ４キナーゼを介してｐ３８／ＪＮＫ経路の活性化を媒介することによって、環境ストレスに応答する。ＤＮＡ損傷の誘発による、この遺伝子の転写は、ｐ５３依存性の機構とｐ５３非依存性の機構の両方によって媒介される。
腫瘍壊死因子レセプタースーパーファミリーメンバー１Ａ（ＴＮＦＲＳＦ１Ａ）は、ＴＮＦレセプターファミリーのメンバーである。ＴＮＦＲＳＦ１Ａは、ＴＮＦ−αに対する主要レセプターの１つである。ＴＮＦＲＳＦ１Ａは、ＮＦ−κＢを活性化し、アポトーシスを媒介し、炎症を調節する。抗アポトーシスタンパク質ＢＣＬ２関連ａｔｈａｎｏｇｅｎｅ４（ＢＡＧ４／ＳＯＤＤ）と、アダプタータンパク質ＴＲＡＤＯ及びＴＲＡＦ２は、ＴＮＦＲＳＦ１Ａと相互作用するので、ＴＮＦＲＳＦ１Ａによって媒介されるシグナル伝達において調節的役割を果たす。アダプター分子ＦＡＤＤは、カスパーゼ８を活性化ＴＮＦＲＳＦ１Ａに動員する。得られた細胞死誘導シグナリング複合体（ＤＩＳＣ）は、カスパーゼ８によるタンパク質分解の活性化を行い、この活性化により、システイン−アスパラギン酸プロテアーゼ（カスパーゼ）の媒介による、その後のアポトーシスカスケードが開始される。
腫瘍壊死因子レセプタースーパーファミリーメンバー１Ｂ（ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ）も、ＴＮＦレセプターファミリーのメンバーである。ＴＮＦＲＳＦ１Ｂは、ＴＮＦレセプター１と会合し、そのヘテロ複合体は、Ｅ３ユビキチンリガーゼ活性を有するｃ−ＩＡＰ１とｃ−ＩＡＰ２という２つの抗アポトーシスタンパク質を動員する。ｃ−ＩＡＰ１は、抗アポトーシスシグナルを媒介するＴＮＦレセプター関連因子２のユビキチン化と分解によって、ＴＮＦ誘導性アポトーシスを促す。
腫瘍壊死因子レセプタースーパーファミリーメンバー１０Ｂ（ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ）は、ＴＮＦレセプターファミリーのメンバーであり、細胞内細胞死ドメインを含む。ＴＮＦ関連アポトーシス誘導リガンド（ＴＮＦＳＦ１０／ＴＲＡＩＬ／ＡＰＯ−２Ｌ）により活性化すると、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂは、アポトーシスシグナルを伝達する。細胞死ドメインを含むアダプタータンパク質ＦＡＤＤは、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂによって媒介されるアポトーシスに必要となる。
ＢＨ３相互作用ドメイン（ＢＩＤ）は、アゴニストのＢＡＸまたはアンタゴニストのＢＣＬ２のいずれかとヘテロ二量体化する細胞死アゴニストである。ＢＩＤは、細胞死制御因子のＢＣＬ−２ファミリーのメンバーである。ＢＩＤは、カスパーゼ８によって誘導されるミトコンドリア損傷を媒介する。カスパーゼ８がＢＩＤを切断してから、ＢＩＤのＣ末端部分がミトコンドリアに移動して、シトクロムｃの放出を誘発する。
カスパーゼ８は、カスパーゼファミリーのメンバーである。カスパーゼの連続的な活性化は、アポトーシスにおいて中心的な役割を果たす。カスパーゼは、プロテアーゼ大サブユニットと、プロテアーゼ小サブユニットと、プロドメインとで構成された不活性な酵素前駆体として存在する。カスパーゼの活性化には、この大サブユニットと小サブユニットとからなるヘテロ二量体酵素を生成させるためのタンパク質分解が必要である。カスパーゼ８は、ＦＡＳと他のアポトーシス刺激によって誘導されるプログラム細胞死に関与する。カスパーゼ８は、Ｎ末端ＦＡＤＤ様細胞死エフェクタードメインを通じて、Ｆａｓ相互作用タンパク質ＦＡＤＤと相互作用できる。
カスパーゼ９は、カスパーゼファミリーのメンバーである。カスパーゼ９の活性化は、カスパーゼ活性化カスケードにおいて最も初期に行われるものの１つである。カスパーゼ９では、アポプトソーム（シトクロムｃとアポトーシスペプチダーゼ活性化因子１とのタンパク質複合体）によって、タンパク質の分解と活性化が行われる。カスパーゼ９は、腫瘍サプレッサーであり、アポトーシスにおいて中心的な役割を果たす。
カスパーゼ３も、カスパーゼファミリーのメンバーである。カスパーゼ３は、カスパーゼ６、７及び９を切断して、活性化する。カスパーゼ３自体は、カスパーゼ８、９及び１０によって処理される。
カスパーゼ７も、カスパーゼファミリーに属している。カスパーゼ７の前駆体は、カスパーゼ３と１０によって切断される。カスパーゼ７は、細胞死刺激によって活性化され、アポトーシスを誘導する。
ポリＡＤＰ−リボースポリメラーゼ（ＰＡＲＰ）は、各種の重要な細胞プロセス（分化、増殖及び腫瘍形質転換など）の調節に関与するタンパク質のファミリーである。ＰＡＲＰは、ＤＮＡ損傷からの細胞の回復に関与する分子イベントも調節する。
Ｆａｓ細胞表面細胞死レセプター（ＦＡＳ）は、ＴＮＦレセプターファミリーのメンバーである。このレセプターは、細胞死ドメインを含む。ＦＡＳは、プログラム細胞死の調節において中心的な役割を果たし、各種の悪性腫瘍と免疫系疾患に関与している。ＦＡＳとそのリガンドとの相互作用により、Ｆａｓ関連細胞死ドメインタンパク質（ＦＡＤＤ）と、カスパーゼ８と、カスパーゼ１０とを含む細胞死誘導シグナリング複合体の形成が可能になる。この複合体中のカスパーゼの自己タンパク質分解処理は、下流カスパーゼカスケードを誘発して、アポトーシスを導く。
Ｆａｓ関連細胞死ドメイン（ＦＡＤＤ）は、各種の細胞表面レセプターと相互作用し、細胞アポトーシスシグナルを媒介する。ＦＡＤＤは、そのＣ末端細胞死ドメインを通じて、ＦＡＳ、ＴＮＦレセプター、ＴＮＦＲＳＦ２５及びＴＮＦＳＦ１０／ＴＲＡＩＬレセプターによって動員させることができ、これらのレセプターによって開始される死シグナリングに関与する。ＦＡＤＤとレセプターとの相互作用により、ＦＡＤＤのＮ末端エフェクタードメインが現れ、その結果、カスパーゼ８を動員可能になり、それによって、カスパーゼカスケードを活性化させる。
イノシトール要求性酵素１（ＩＲＥ１、ＥＲＮ１としても知られている）は、キナーゼドメインとエンドヌクレアーゼドメインを有する膜貫通ＥＲタンパク質である。ＩＲＥ１は、ＵＰＲ経路の一部として、ミスフォールディングしたタンパク質の分解を調節する。ＩＲＥ１は、ＸＢＰ１ ｍＲＮＡのスプライシングを触媒して、活性型のＸＢＰ１タンパク質が産生されるようにする。活性ＸＢＰ１は、転写因子として、ＥＲＡＤ経路に関与する遺伝子をアップレギュレーションし、ＸＢＰ１の発現と、ＥＲシャペロンの合成を誘導する。
活性化転写因子６（ＡＴＦ６）は、ＥＲストレスの際に、ＵＰＲのための標的遺伝子を活性化する。ＡＴＦは、膜貫通ＥＲタンパク質であり、ＥＲストレスセンサー／トランスデューサーとして機能する。ＥＲストレス誘導性のタンパク質分解の後、ＡＴＦは、ＥＲシャペロンをコードする遺伝子のプロモーターに存在するＥＲストレス応答エレメント（ＥＲＳＥ）を介して、核転写因子として機能する。
骨髄細胞白血病１（Ｍｃｌ−１）は、ＢＣＬ−２ファミリーのメンバーである。ＢＣＬ−２ファミリーメンバーは、プログラム細胞死の制御因子である。選択的スプライシングによって、複数の転写バリアントが得られる。最長の遺伝子産物（アイソフォーム１）が、アポトーシスを阻害し、細胞の生存を高める一方で、それよりも短い遺伝子産物（アイソフォーム２及びアイソフォーム３）は、アポトーシスを促し、細胞死を誘導する。
一般制御現象必須因子２（Ｇｅｎｅｒａｌ Ｃｏｎｔｒｏｌ Ｎｏｎｄｅｒｅｐｒｅｓｓｉｂｌｅ ２）（ＧＣＮ２、ｅＩＦ２αキナーゼ４ともいう）は、ｅＩＦ２αをリン酸化して不活化し、その結果、タンパク質合成を抑制する４つのキナーゼのうちの１つである。アミノ酸欠乏により、ＧＣＮ２へのアンジャージｔＲＮＡの結合によって、ＧＣＮ２が活性化する。ｔＲＮＡの結合により、ＧＣＮ２のコンフォメーション変化が誘導され、それにより、ＡＴＰの結合と、ＧＣＮ２の自己リン酸化が促される。
セリン／アルギニンリッチスプライシング因子３（ＳＲＳＦ３、ＳＦＲＳ３ともいう）は、スプライセオソームの一部を形成するｐｒｅ−ｍＲＮＡスプライシング因子のセリン／アルギニン（ＳＲ）リッチファミリーのメンバーである。各ＳＲリッチファミリーメンバーは、ＲＮＡを結合するためのＲＮＡ認識モチーフ（ＲＲＭ）と、他のタンパク質を結合するためのＲＳドメインを含む。セリンとアルギニンに富むＲＳドメインは、これらのスプライシング因子間の相互作用を促す。ＳＲファミリータンパク質は、ｍＲＮＡのスプライシングと、ｍＲＮＡの核からの輸送と、翻訳に不可欠である。ＳＲＳＦ３には、完全長機能性タンパク質をコードする正常転写産物と、未成熟終止コドンを含むＮＭＤ転写産物（ＮＭＤ経路を通じて、除去することができる）という少なくとも２つの異なる転写バリアントが見出されている。
セリン／アルギニンリッチスプライシング因子６（ＳＲＳＦ６、ＳＦＲＳ６ともいう）も、ｐｒｅ−ｍＲＮＡスプライシング因子のセリン／アルギニン（ＳＲ）リッチファミリーのメンバーである。ＳＲＳＦ６は、別のファミリーメンバーＳＲＳＦ１２と相互作用することが示されている。選択的スプライシングにより、少なくとも、完全長機能性タンパク質をコードする正常転写産物と、未成熟終止コドンを含むＮＭＤ転写産物を含め、ＳＲＳＦ６の異なる転写バリアントが作製される。
本発明で提供する各種方法の特定の実施形態では、バイオマーカーは、例えば、タンパク質間相互作用（例えば、特定のＣＲＢＮ基質もしくはその下流エフェクター）を通じて、または各種の細胞経路（例えば、シグナル伝達経路）を通じて、セレブロン（ＣＲＢＮ）に直接または間接的に影響されるタンパク質である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ関連タンパク質（ＣＡＰ）である。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＣＲＢＮに直接または間接的に影響されるタンパク質のｍＲＮＡである。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＣＲＢＮに直接または間接的に影響されるタンパク質のｃＤＮＡである。タンパク質のＣＲＢＮには、少なくとも２つのアイソフォームが存在し、それらはそれぞれ、４４２アミノ酸長と、４４１アミノ酸長である。ＣＲＢＮは、最近、サリドマイドに結合して、出生異常を引き起こす重要な分子標的として同定された。Ｉｔｏ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２０１０，３２７：１３４５−１３５０を参照されたい。損傷ＤＮＡ結合タンパク質１（ＤＤＢ１）は、ＣＲＢＮと相互作用することが分かったので、サリドマイドと間接的に関連付けられた。さらに、サリドマイドは、インビトロで、ＣＲＢＮの自己ユビキチン化を阻害できたことから、サリドマイドが、Ｅ３ユビキチン−リガーゼインヒビターであることが示唆された。上記文献を参照されたい。重要なことに、この活性は、野生型細胞では、サリドマイドによって阻害されたが、ＣＲＢＮ結合部位の変異のうち、サリドマイドの結合を阻止する変異を有する細胞では、阻害されなかった。上記文献を参照されたい。サリドマイド結合部位は、ＣＲＢＮにおいて、保存性の高い１０４個のＣ末端アミノ酸領域にマッピングされた。上記文献を参照されたい。ＣＲＢＮにおける個々の点変異のＹ３８４ＡとＷ３８６Ａはいずれも、サリドマイドの結合に関して異常を示し、二重変異では、サリドマイド結合活性が最も低かった。上記文献を参照されたい。ＣＲＢＮとサリドマイドの催奇性作用との関連性は、ゼブラフィッシュの動物モデルとニワトリ胚で確認された。上記文献を参照されたい。
サリドマイドまたはその他の薬物の有効な作用に、ＣＲＢＮ、ＣＲＢＮ Ｅ３ユビキチン−リガーゼ複合体またはＣＲＢＮの１つ以上の基質に、それら薬物が結合することが必要なのかは、まだ分かっていない。これらの薬物と、ＣＲＢＮまたはＣＲＢＮ関連タンパク質との相互作用に関する理解は、薬物の有効性及び／または毒性の分子機序の解明を促進することになるとともに、有効性と毒性プロファイルの向上した新薬の開発につながることもある。
実施例に示されているように、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、ＩＫＺＦ１、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３及びＤＤＩＴ３のような特定のＣＡＰのレベルは、化合物ＤまたはＥによる治療に応答して変化する。したがって、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、ＩＫＺＦ１、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３及びＤＤＩＴ３からなる群から選択したＣＡＰである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１またはＧＳＰＴ２のようなｅＲＦ３ファミリーメンバーである。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ２である。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＩＫＺＦ１である。特定の実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３及びＤＤＩＴ３からなる群から選択したＣＡＰである。ある１つの具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ４である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ３である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＤＤＩＴ３である。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、ＩＫＺＦ１、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３もしくはＤＤＩＴ３の結合パートナー、その下流エフェクター、またはその影響を受ける細胞経路内の因子である。例えば、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ファミリーメンバーの結合パートナー、その下流エフェクター、またはその影響を受ける細胞経路内の因子である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ｅＲＦ１のような、ＧＳＰＴ１の結合パートナーである。
実施例に示されているように、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２またはＩＫＺＦ１のレベルは、化合物ＤまたはＥによる治療に応答して、参照物質よりも低下する。ｅＲＦ３ファミリーメンバーのダウンレギュレーションにより、タンパク質のミスフォールディング及び／または凝集、タンパク質の誤局在、ならびにタンパク質機能の直接的な変化などの作用が生じる。実施例に示されているように、影響を受ける細胞経路の１つは、小胞体ストレス応答（ＵＰＲ）（小胞体（ＥＲ）に関連する細胞ストレス応答）である。したがって、ＵＰＲまたはその下流経路に関与する因子またはタンパク質は、本開示によるバイオマーカーとして使用できる。ＵＰＲに関連する経路としては、ＡＴＦ４シグナリング経路（ＡＴＦ４関連シグナリング経路）及び関連アポトーシス経路、ＩＲＥ１シグナリング経路（ＩＲＥ１関連シグナリング経路）、ならびにＡＴＦ６シグナリング経路（ＡＴＦ６関連シグナリング経路）が挙げられるが、これらに限らない。したがって、いくつかの実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、ＥＲストレス経路における機能を有するものである。いくつかの実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、ＵＰＲ経路における機能を有するものである。特定の実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、ＡＴＦ４関連シグナリング経路における機能を有するものである。別の実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、ＩＲＥ１関連シグナリング経路における機能を有するものである。さらに別の実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、ＡＴＦ６関連シグナリング経路における機能を有するものである。いくつかの実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、ＦＡＳ／ＦＡＤＤ関連シグナリング及びアポトーシス経路における機能を有するものである。
ＡＴＦ４関連シグナリング経路は、リン酸化ｅＩＦ２αによって活性化されるシグナリング経路である。ＡＴＦ４の活性化により、ＡＴＦ３及びＤＤＩＴ３などの構成要素を含むその下流シグナリング経路が誘導される。また、これにより、細胞周期に関与するタンパク質機構の翻訳が抑制され、その結果、Ｇ１期において細胞周期が停止する。ＡＴＦ関連シグナリング経路は、ＡＴＦ４経路に直接または間接的に影響されるいずれかの下流経路を含む。したがって、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ４関連シグナリング経路における機能を有するものである。ＡＴＦ４関連シグナリング経路に関与する例示的なバイオマーカー（構成要素）としては、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＤＤＩＴ３、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＦＡＳ及びＦＡＤＤが挙げられるが、これらに限らない。
ｅＩＦ２αは、ＰＥＲＫ、ＧＣＮ２、ＰＫＲ及びＨＲＩを含む４つの異なるキナーゼによってリン酸化できる。したがって、ＡＴＦ４関連シグナリング経路は、ＰＥＲＫ、ＧＣＮ２、ＰＫＲ及び／またはＨＲＩによって活性化できる。実施例に示されているように、ＧＣＮ２は、化合物Ｄ誘導性のＡＴＦ４シグナリング経路にとって重要である。したがって、特定の実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、ＧＣＮ２関連シグナリング経路における機能を有するものである。ＧＣＮ２関連シグナリング経路に関与する例示的なバイオマーカー（構成要素）としては、ＧＣＮ２、ｅＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＤＤＩＴ３、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＦＡＳ及びＦＡＤＤが挙げられるが、これらに限らない。また、実施例に示されているように、ＧＣＮ２、ｅＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＧＡＤＤ４５Ａ及びＦＡＳなど、ＧＣＮ２関連シグナリング経路内のタンパク質のレベルは、化合物ＤまたはＥによる治療に応答して変化する。したがって、いくつかの実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、ＧＣＮ２、ｅＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＧＡＤＤ４５Ａ及びＦＡＳからなる群から選択されている。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＧＣＮ２である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ｅＩＦ２αである。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ４である。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ３である。ある１つの具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＤＤＩＴ３である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａである。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂである。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＧＡＤＤ４５Ａである。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＦＡＳである。
ＩＲＥ１関連シグナリング経路は、ＵＰＲの際に活性化される別のシグナリング経路である。ＵＰＲが活性化すると、ＩＲＥ１（ＥＲ膜貫通レセプター）は、ホモ二量体化とトランス自己リン酸化によって、自己活性化する。活性化ＩＲＥ１内腔ドメインは、２５２ｂｐのイントロンをスプライシングすることによって、転写因子ＸＢＰ１ ｍＲＮＡを活性化できる。活性化ＸＢＰ１は、ＵＰＲ関連遺伝子のストレスエレメントプロモーターに直接結合することによって、これらの標的遺伝子の発現をアップレギュレーションする。特定の実施形態では、バイオマーカーは、ＩＲＥ１関連シグナリング経路における機能を有するものである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＸＢＰ１関連シグナリング経路における機能を有するものである。ＩＲＥ１関連シグナリング経路に関与する例示的なバイオマーカー（構成要素）としては、ＩＲＥ１、ＸＢＰ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＤＮＡＪＣ６、ＥＤＥＭ１、ＥＤＥＭ２及びＨＹＯＵ１が挙げられるが、これらに限らない。ＸＢＰ１関連シグナリング経路に関与する例示的なバイオマーカー（構成要素）としては、ＸＢＰ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＤＮＡＪＣ６、ＥＤＥＭ１、ＥＤＥＭ２及びＨＹＯＵ１が挙げられるが、これらに限らない。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＩＲＥ１、ＸＢＰ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９及びＥＤＥＭ１のような、ＩＲＥ１関連経路内のタンパク質である。したがって、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＩＲＥ１、ＸＢＰ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９及びＥＤＥＭ１からなる群から選択されている。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＩＲＥ１である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＸＢＰ１である。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＳＥＣ２４Ｄである。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＤＮＡＪＢ９である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＥＤＥＭ１である。
ＡＴＦ６関連シグナリング経路も、ＵＰＲの際に活性化される。ＰＥＲＫとＩＲＥ１のように、ＡＴＦ６は、ＥＲ膜貫通レセプターである。ＵＰＲの活性化の際に、ＨＳＰＡ５がＡＴＦ６から解離すると、９０ｋＤａのＡＴＦ６全体がゴルジ体に移動し、ゴルジ体において、プロテアーゼによって切断されて、活性な５０ｋＤａの転写因子を形成し、この因子が核に移動する。この５０ｋＤａのＡＴＦ６は、ＵＰＲにおいてアップレギュレーションされる遺伝子上流のストレスエレメントプロモーターに結合する。特定の実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ６関連シグナリング経路における機能を有するものである。ＡＴＦ６関連シグナリング経路に関与する例示的なバイオマーカー（構成要素）としては、ＡＴＦ６、ＸＢＰ１、ＥＤＥＭ１、ＥＤＥＭ２、ＨＹＯＵ１及びＨＳＰＡ５が挙げられるが、これらに限らない。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ６、ＸＢＰ１及びＥＤＥＭ１のような、ＡＴＦ６関連経路内のタンパク質である。したがって、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ６、ＸＢＰ１及びＥＤＥＭ１からなる群から選択されている。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ６である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＸＢＰ１である。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＥＤＥＭ１である。
ＦＡＳ／ＦＡＤＤ関連シグナリング及びアポトーシス経路は、ＵＰＲの際に活性化することのある下流経路である。ＵＰＲの主な目的（タンパク質の翻訳の抑制、ミスフォールディングしたタンパク質の分解、及びシャペロンタンパク質の産生を増大させるシグナリング経路の活性化など）が達成されないと、ＵＰＲは、アポトーシスを誘導する。リガンドによって刺激されると、ＦＡＳレセプターは、三量体化する。アダプタータンパク質のＦＡＤＤは、アポトーシスの際に、ＦＡＳをプロカスパーゼ８及び１０と結合させて、細胞死誘導シグナリング複合体（ＤＩＳＣ）を形成させる。特定の実施形態では、バイオマーカーは、ＦＡＳ／ＦＡＤＤ関連シグナリング及びアポトーシス経路における機能を有するものである。ＦＡＳ／ＦＡＤＤ関連シグナリング及びアポトーシス経路に関与する例示的なバイオマーカー（構成要素）としては、ＦＡＳ、ＦＡＤＤ、カスパーゼ８、ＢＩＤ、カスパーゼ９、カスパーゼ３、カスパーゼ７及びＰＡＲＰが挙げられるが、これらに限らない。実施例に説明されているように、アポトーシス経路内のタンパク質のレベルは、化合物ＤまたはＥによる治療に応答して変化する。このようなタンパク質としては、カスパーゼ３、カスパーゼ７、カスパーゼ８、カスパーゼ９、ＰＡＲＰ及びＭｃｌ−１が挙げられる。したがって、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、カスパーゼ３、カスパーゼ７、カスパーゼ８、カスパーゼ９、ＰＡＲＰ及びＭｃｌ−１からなる群から選択されている。具体的実施形態では、バイオマーカーは、カスパーゼ３である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、カスパーゼ７である。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、カスパーゼ８である。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、カスパーゼ９である。ある１つの具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＰＡＲＰである。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、Ｍｃｌ−１である。
ＮＭＤ関連シグナリング経路は、ナンセンスｍＲＮＡバリアント、例えば、未成熟終止コドンを含む選択的スプライシング形態のｍＲＮＡを除去することによって、遺伝子の発現エラーを低減する、真核生物のサーベイランス経路である。ＮＭＤ経路における３つの主な構成要素には、ＵＰＦ１と、ＵＰＦ２と、ＵＰＦ３がある。ＵＰＦ２とＵＰＦ３は、ｍＲＮＡに結合するエキソン接合部複合体（ＥＪＣ）の一部である。ＵＰＦ１のリン酸化は、ＳＭＧ−１、ＳＭＧ−５、ＳＭＧ−６及びＳＭＧ−７によって媒介される。未成熟終止コドンを含むｍＲＮＡの選択的スプライシングバリアント（ＳＲＳＦ３及びＳＲＳＦ６のＮＭＤ転写産物など）をＮＭＤ経路によって除去して、異常なタンパク質を軽減できる。ＮＭＤ関連シグナリング経路に関与する例示的なバイオマーカーとしては、ＮＭＤ経路沿いの構成要素（例えば、ＵＰＦ１、ＵＰＦ２、ＵＰＦ３、ＳＭＧ−１、ＳＭＧ−５、ＳＭＧ−６及びＳＭＧ−７）と、ＮＭＤ経路のＲＮＡ基質（例えば、ＳＲＳＦ３及びＳＲＳＦ６のＮＭＤ転写産物）が挙げられるが、これらに限らない。実施例に説明されているように、ＮＭＤ経路のＲＮＡ基質のレベルは、化合物Ｄによる治療に応答して変化する。このようなＲＮＡ基質としては、ＳＲＳＦ３及びＳＲＳＦ６のＮＭＤ転写産物が挙げられる。したがって、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＵＰＦ１、ＵＰＦ２、ＵＰＦ３、ＳＭＧ−１、ＳＭＧ−５、ＳＭＧ−６及びＳＭＧ−７からなる群から選択されている。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＲＳＦ３またはＳＲＳＦ６のＮＭＤ転写産物である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＳＲＳＦ３のＮＭＤ転写産物である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＳＲＳＦ６のＮＭＤ転写産物である。
いくつかの実施形態では、測定するバイオマーカーには、１つのバイオマーカーが含まれる。特定の実施形態では、測定するバイオマーカーには、２つのバイオマーカーが含まれる。別の実施形態では、測定するバイオマーカーには、３つのバイオマーカーが含まれる。特定の実施形態では、測定するバイオマーカーには、４つのバイオマーカーが含まれる。いくつかの実施形態では、測定するバイオマーカーには、５つのバイオマーカーが含まれる。別の実施形態では、測定するバイオマーカーには、６つのバイオマーカーが含まれる。さらに別の実施形態では、測定するバイオマーカーには、７つのバイオマーカーが含まれる。特定の実施形態では、測定するバイオマーカーには、８つのバイオマーカーが含まれる。別の実施形態では、測定するバイオマーカーには、９つのバイオマーカーが含まれる。別の実施形態では、測定するバイオマーカーには、１０個以上のバイオマーカーが含まれる。
また、本発明で提供するのは、本発明で提供する化合物に対する予測因子または診断因子として、バイオマーカー、例えば、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、ＩＫＺＦ１、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断ＰＡＲＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物またはＳＦＳＲ６ ＮＭＤ転写産物を用いて、がんを治療または管理方する法である。特定の実施形態では、本発明で提供するのは、予測因子または診断因子として、本発明で示されている１つ以上のバイオマーカー、例えば、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、ＩＫＺＦ１、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断ＰＡＲＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物またはＳＦＳＲ６ ＮＭＤ転写産物のレベルを用いて、化合物による治療の対象であるがん患者、例えば、多発性骨髄腫、リンパ腫、ＭＤＳまたは白血病患者をスクリーニングまたは特定する方法である。いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、予測因子または診断因子として、バイオマーカー（例えば、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、ＩＫＺＦ１、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断ＰＡＲＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物またはＳＦＳＲ６ ＮＭＤ転写産物）のレベルを用いて、本発明で提供する化合物による治療に対する応答速度のより高い患者を選択する方法である。特定の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。一実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄである。別の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｅである。
一態様では、本発明で提供するのは、がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が高い対象の特定方法であって、
（ａ）その治療化合物をその対象に投与することと、
（ｂ）その対象から試料を採取することと、
（ｃ）その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
（ｄ）その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、そのバイオマーカーの参照レベルと異なる場合に、その対象を、その治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
別の態様では、本発明で提供するのは、がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が高い対象の特定方法であって、
（ａ）その対象から試料を採取することと、
（ｂ）その治療化合物をその試料に投与することと、
（ｃ）その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
（ｄ）その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、そのバイオマーカーの参照レベルと異なる場合に、その対象を、その治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
本発明で提供する方法のいくつかの実施形態では、がんの対象から得た試料に、治療化合物を投与するのは、インビトロで行う。別の実施形態では、がんの対象から得た試料に、治療化合物を投与するのは、インビボで行う。特定の実施形態では、試料は、細胞である。一実施形態では、その細胞を化合物と、ある期間にわたって、例えば、５分間、１０分間、１５分間、２０分間、２５分間、３０分間、３５分間、４０分間、４５分間、５０分間、５５分間、１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間、１１時間、１２時間、１３時間、１４時間、１５時間、１６時間、１７時間、１８時間、１９時間、２０時間、２１時間、２２時間、２３時間、２４時間、２日間、３日間、またはそれを超える期間、接触させる。別の実施形態では、細胞は、がんの対象（またはがんの疑いのある対象）から採取する。
いくつかの実施形態では、対象の試料中のバイオマーカーのレベルは、そのバイオマーカーの参照レベルよりも高い。別の実施形態では、対象の試料中のバイオマーカーのレベルは、そのバイオマーカーの参照レベルよりも低い。
別の態様では、対象が、治療化合物に応答する可能性が高いと診断されたときに、本発明で提供する方法は、その治療化合物を治療上有効な量、その対象に投与することをさらに含む。
したがって、いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんの治療方法であって、
（ａ）そのがんである対象から試料を採取することと、
（ｂ）その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
（ｃ）その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、そのバイオマーカーの参照レベルと異なる場合に、その対象を、治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）その治療化合物を治療上有効な量、その対象に投与することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
本発明で提供する方法の特定の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。一実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄである。別の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｅである。
本発明で提供する方法のいくつかの実施形態では、がんの対象に、治療化合物を投与するのは、インビトロで行う。別の実施形態では、がんの対象に、治療化合物を投与するのは、インビボで行う。特定の実施形態では、試料は、細胞である。一実施形態では、その細胞を化合物と、ある期間にわたって、例えば、５分間、１０分間、１５分間、２０分間、２５分間、３０分間、３５分間、４０分間、４５分間、５０分間、５５分間、１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間、１１時間、１２時間、１３時間、１４時間、１５時間、１６時間、１７時間、１８時間、１９時間、２０時間、２１時間、２２時間、２３時間、２４時間、２日間、３日間、またはそれを超える期間、接触させる。別の実施形態では、細胞は、がんの対象（またはがんの疑いのある対象）から採取する。
いくつかの実施形態では、対象の試料中のバイオマーカーのレベルは、そのバイオマーカーの参照レベルよりも高い。別の実施形態では、対象の試料中のバイオマーカーのレベルは、そのバイオマーカーの参照レベルよりも低い。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、治療化合物は、その治療化合物に応答する可能性が高い患者に投与する。また、本発明で提供するのは、過去にがんの治療を受けたことがあるが、標準的な療法に応答しない患者と、過去に治療を受けたことがない患者の治療方法である。いくつかの疾患または障害は、特定の年齢群に多く見られるが、本発明は、患者の年齢にかかわらず、患者を治療する方法も含む。本発明はさらに、問題の疾患または状態を治療するために手術を受けたことのある患者と、そのような手術を受けたことのない患者を治療する方法を含む。がん患者は、臨床症状が不均一であるとともに、臨床転帰が様々であるので、患者に行う治療は、その患者の予後に応じて変化し得る。熟練の臨床医であれば、過度の実験なしに、具体的な二次薬剤、手術のタイプ、及び薬物ベースではない標準的な療法のタイプのうち、個々のがん患者の治療に有効に使用できるものを容易に判断できる。
特定の実施形態では、本発明の化合物の治療上または予防上有効な量は、１日当たり約０．００５〜約１，０００ｍｇ、１日当たり約０．０１〜約５００ｍｇ、１日当たり約０．０１〜約２５０ｍｇ、１日当たり約０．０１〜約１００ｍｇ、１日当たり約０．１〜約１００ｍｇ、１日当たり約０．５〜約１００ｍｇ、１日当たり約１〜約１００ｍｇ、１日当たり約０．０１〜約５０ｍｇ、１日当たり約０．１〜約５０ｍｇ、１日当たり約０．５〜約５０ｍｇ、１日当たり約１〜約５０ｍｇ、１日当たり約０．０２〜約２５ｍｇまたは１日当たり約０．０５〜約１０ｍｇである。
特定の実施形態では、治療上または予防上有効な量は、１日当たり約０．１ｍｇ、約０．２ｍｇ、約０．５ｍｇ、約１ｍｇ、約２ｍｇ、約５ｍｇ、約１０ｍｇ、約１５ｍｇ、約２０ｍｇ、約２５ｍｇ、約３０ｍｇ、約４０ｍｇ、約４５ｍｇ、約５０ｍｇ、約６０ｍｇ、約７０ｍｇ、約８０ｍｇ、約９０ｍｇ、約１００ｍｇまたは約１５０ｍｇである。
一実施形態では、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形の１日当たりの推奨用量範囲は、本明細書に記載されている状態に関しては、１日当たり約０．１ｍｇ〜約５０ｍｇの範囲内であり、好ましくは、これを１日に１回または１日に数回に分けて投与する。いくつかの実施形態では、投与量は、１日当たり約１ｍｇ〜約５０ｍｇの範囲である。別の実施形態では、投与量は、１日当たり約０．５ｍｇ〜約５ｍｇの範囲である。１日当たりの具体的な用量としては、１日当たり０．１ｍｇ、０．２ｍｇ、０．５ｍｇ、１ｍｇ、２ｍｇ、３ｍｇ、４ｍｇ、５ｍｇ、６ｍｇ、７ｍｇ、８ｍｇ、９ｍｇ、１０ｍｇ、１１ｍｇ、１２ｍｇ、１３ｍｇ、１４ｍｇ、１５ｍｇ、１６ｍｇ、１７ｍｇ、１８ｍｇ、１９ｍｇ、２０ｍｇ、２１ｍｇ、２２ｍｇ、２３ｍｇ、２４ｍｇ、２５ｍｇ、２６ｍｇ、２７ｍｇ、２８ｍｇ、２９ｍｇ、３０ｍｇ、３１ｍｇ、３２ｍｇ、３３ｍｇ、３４ｍｇ、３５ｍｇ、３６ｍｇ、３７ｍｇ、３８ｍｇ、３９ｍｇ、４０ｍｇ、４１ｍｇ、４２ｍｇ、４３ｍｇ、４４ｍｇ、４５ｍｇ、４６ｍｇ、４７ｍｇ、４８ｍｇ、４９ｍｇまたは５０ｍｇが挙げられる。特定の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。一実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄである。別の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｅである。
具体的実施形態では、推奨開始投与量は、１日当たり０．５ｍｇ、１ｍｇ、２ｍｇ、３ｍｇ、４ｍｇ、５ｍｇ、１０ｍｇ、１５ｍｇ、２０ｍｇ、２５ｍｇまたは５０ｍｇであってよい。別の実施形態では、推奨開始投与量は、１日当たり０．５ｍｇ、１ｍｇ、２ｍｇ、３ｍｇ、４ｍｇまたは５ｍｇであってよい。用量は、１日当たり１０ｍｇ、１５ｍｇ、２０ｍｇ、２５ｍｇ、３０ｍｇ、３５ｍｇ、４０ｍｇ、４５ｍｇまたは５０ｍｇまで段階的に増やしてよい。具体的実施形態では、本発明の化合物は、１日当たり約２５ｍｇの量で、ＡＭＬを含む白血病の患者に投与できる。特定的な実施形態では、本発明の化合物は、１日当たり約１０ｍｇの量で、ＡＭＬを含む白血病の患者に投与できる。
特定の実施形態では、治療上または予防上有効な量は、約０．００１〜約１００ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約５０ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約２５ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約１０ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約９ｍｇ／ｋｇ／日、０．０１〜約８ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約７ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約６ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約５ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約４ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約３ｍｇ／ｋｇ／日、約０．０１〜約２ｍｇ／ｋｇ／日または約０．０１〜約１ｍｇ／ｋｇ／日である。
投与量は、ｍｇ／ｋｇ／日以外の単位で表すこともできる。例えば、非経口投与用の用量は、ｍｇ／ｍ２／日で表すことができる。当業者であれば、対象の所与の身長もしくは体重、またはこの両方に対して、用量をｍｇ／ｋｇ／日からｍｇ／ｍ２／日に変換する方法が容易に分かるであろう（ｗｗｗ．ｆｄａ．ｇｏｖ／ｃｄｅｒ／ｃａｎｃｅｒ／ａｎｉｍａｌｆｒａｍｅ．ｈｔｍを参照されたい）。例えば、６５ｋｇのヒトに対する１ｍｇ／ｋｇ／日の用量は、３８ｍｇ／ｍ２／日と概ね等しい。
特定の実施形態では、本発明の化合物の投与量は、その化合物の定常状態における血漿中濃度を約０．００１〜約５００μＭ、約０．００２〜約２００μＭ、約０．００５〜約１００μＭ、約０．０１〜約５０μＭ、約１〜約５０μＭ、約０．０２〜約２５μＭ、約０．０５〜約２０μＭ、約０．１〜約２０μＭ、約０．５〜約２０μＭまたは約１〜約２０μＭの範囲にするのに十分なものである。
別の実施形態では、本発明の化合物の投与量は、その化合物の定常状態における血漿中濃度を約５〜約１００ｎＭ、約５〜約５０ｎＭ、約１０〜約１００ｎＭ、約１０〜約５０ｎＭまたは約５０〜約１００ｎＭの範囲にするのに十分なものである。
本明細書で使用する場合、「定常状態における血漿中濃度」という用語は、本発明で提供する化合物、例えば、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形の投与から、ある期間経過後に到達する濃度である。定常状態に達すると、その化合物の血漿中濃度の時間依存性曲線で見られるピークとトラフは微小になる。
特定の実施形態では、本発明の化合物の投与量は、その化合物の最高血漿中濃度（ピーク濃度）を約０．００１〜約５００μＭ、約０．００２〜約２００μＭ、約０．００５〜約１００μＭ、約０．０１〜約５０μＭ、約１〜約５０μＭ、約０．０２〜約２５μＭ、約０．０５〜約２０μＭ、約０．１〜約２０μＭ、約０．５〜約２０μＭまたは約１〜約２０μＭの範囲にするのに十分なものである。
特定の実施形態では、本発明の化合物の投与量は、その化合物の最低血漿中濃度（トラフ濃度）を約０．００１〜約５００μＭ、約０．００２〜約２００μＭ、約０．００５〜約１００μＭ、約０．０１〜約５０μＭ、約１〜約５０μＭ、約０．０１〜約２５μＭ、約０．０１〜約２０μＭ、約０．０２〜約２０μＭ、約０．０２〜約２０μＭまたは約０．０１〜約２０μＭの範囲にするのに十分なものである。
特定の実施形態では、本発明の化合物の投与量は、その化合物の曲線下面積（ＡＵＣ）を約１００〜約１００，０００ｎｇ・ｈｒ／ｍＬ、約１，０００〜約５０，０００ｎｇ・ｈｒ／ｍＬ、約５，０００〜約２５，０００ｎｇ・ｈｒ／ｍＬまたは約５，０００〜約１０，０００ｎｇ・ｈｒ／ｍＬの範囲にするのに十分なものである。
特定の実施形態では、本発明で提供する方法の１つで治療する患者は、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形の投与前に、抗がん療法で治療したことがない者である。特定の実施形態では、本発明で提供する方法の１つで治療する患者は、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形の投与前に、抗がん療法で治療したことのある者である。特定の実施形態では、本発明で提供する方法の１つで治療する患者は、抗がん療法に対する薬物耐性を発現した者である。特定の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。一実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄである。別の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｅである。
治療する疾患と、対象の状態に応じて、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形は、非経口投与経路（例えば、筋内注射、筋内注入、腹腔内注射、腹腔内注入、静脈内注射、静脈内注入、ＣＩＶ、嚢内注射、嚢内注入、皮下注射もしくは皮下埋入）、吸入投与経路、経鼻投与経路、経腟投与経路、直腸投与経路、舌下投与経路または局所（例えば経皮もしくは局部）投与経路によって投与してよい。式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形は、好適な投与単位で、単独で、または各投与経路に適する製薬学的に許容可能な賦形剤、担体、アジュバント及びビヒクルと組み合わせて調合してよい。特定の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。一実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄである。別の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｅである。
一実施形態では、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形は、非経口投与する。別の実施形態では、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形は、静脈内投与する。特定の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。一実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄである。別の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｅである。
式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形は、単回用量（例えば単回ボーラス注射）として、または経時的に（例えば、経時的な持続注入もしくは経時的な分割ボーラス投与で）送達させることができる。本発明の化合物は、必要な場合、例えば、患者の疾患が安定もしくは退縮するまで、または患者の疾患が進行するかまたは許容不能な毒性が見られるまで、反復投与できる。例えば、固形がんに関しては、疾患の安定とは概して、測定可能な病変の垂直直径が、最後の測定値から２５％以上増大しないことを意味する。Ｔｈｅｒａｓｓｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｎａｔｌ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．２０００，９２（３）：２０５−２１６。疾患の安定またはその欠乏は、患者の症状の評価、身体診察、及びＸ線、ＣＡＴ、ＰＥＴ、ＭＲＩスキャンまたはその他の広く認められている評価様式を用いてイメージ化した腫瘍可視化など、当該技術分野において知られている方法によって判断する。特定の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。一実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄである。別の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｅである。
式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形は、１日に１回（ＱＤ）投与することも、１日当たりの用量を複数回（１日に２回（ＢＩＤ）、１日３回（ＴＩＤ）及び１日に４回（ＱＩＤ）など）に分けることもできる。加えて、この投与は、持続的（すなわち、連日または毎日）であることも、間欠的、例えば周期的（すなわち、数日、数週間または数カ月の休薬期間を含む）であることができる。本明細書で使用する場合、「毎日」という用語は、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形のような治療用化合物を、例えば、ある期間にわたって、各日に１回または２回以上投与すること意味するように意図されている。「持続」という用語は、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形のような治療用化合物を毎日、少なくとも１０日間〜５２週間連続で投与することを意味するように意図されている。「間欠的な」または「間欠的に」という用語は、本明細書で使用する場合、規則的な間隔または不規則な間隔のいずれかで、停止及び開始することを意味するように意図されている。例えば、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形の間欠的な投与は、１週間に１〜６日行うか、周期的に行う（例えば、２〜８週間連続で毎日投与してから、最長で１週間の休薬期間を設ける）か、または１日おきに行うものである。「周期化」という用語は、本明細書で使用する場合、休薬期間を設けながら、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形のような治療用化合物を毎日または持続的に投与することを意味するように意図されている。特定の実施形態では、休薬期間は、治療期間と同じ長さである。別の実施形態では、休薬期間は、治療期間と異なる長さである。いくつかの実施形態では、周期の長さは、１週間、２週間、３週間、４週間、５週間、６週間、７週間、８週間、９週間または１０週間である。周期化のいくつかの実施形態では、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形のような治療用化合物を１日、２日間、３日間、４日間、５日間、６日間、７日間、８日間、９日間、１０日間、１５日間、２０日間、２５日間または３０日間、毎日投与してから、休薬期間を設ける。特定的な実施形態では、４週間の周期の５日間、治療用化合物を毎日投与する。別の特定的な実施形態では、４週間の周期の１０日間、治療用化合物を毎日投与する。特定の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。一実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄである。別の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｅである。
いくつかの実施形態では、投与頻度は、ほぼ毎日〜ほぼ毎月の範囲内である。特定の実施形態では、投与は、１日に１回、１日に２回、１日に３回、１日に４回、１日おき、１週間に２回、１週間に１回、２週間おき、３週間おきまたは４週間おきである。一実施形態では、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を１日に１回投与する。別の実施形態では、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を１日に２回投与する。さらに別の実施形態では、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を１日に３回投与する。さらに別の実施形態では、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を１日に４回投与する。特定の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。一実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄである。別の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｅである。
特定の実施形態では、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を１日〜６カ月間、１週間〜３カ月間、１週間〜４週間、１週間〜３週間または１週間〜２週間、１日に１回投与する。特定の実施形態では、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を１週間、２週間、３週間または４週間、１日に１回投与する。一実施形態では、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を１週間、１日に１回投与する。別の実施形態では、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を２週間、１日に１回投与する。さらに別の実施形態では、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を３週間、１日に１回投与する。さらに別の実施形態では、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を４週間、１日に１回投与する。特定の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。一実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄである。別の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｅである。
また、本発明で提供するのは、バイオマーカー（例えば、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、ＩＫＺＦ１、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断ＰＡＲＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物またはＳＦＳＲ６ ＮＭＤ転写産物）を用いて、治療化合物に対する患者の応答性、または治療化合物の有効性を予測またはモニタリングする方法である。特定の実施形態では、本発明で提供するのは、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、ＩＫＺＦ１、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断ＰＡＲＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物またはＳＦＳＲ６ ＮＭＤ転写産物のレベルのような予測因子または診断因子を用いて、がん（例えば、多発性骨髄腫、リンパ腫、ＭＤＳもしくは白血病）であるかまたはがんの疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性を予測する方法である。いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、バイオマーカー（例えば、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、ＩＫＺＦ１、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断ＰＡＲＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物またはＳＦＳＲ６ ＮＭＤ転写産物）のレベルを予測因子または診断因子として用いて、対象のがん（例えば、多発性骨髄腫、リンパ腫、ＭＤＳまたは白血病）の、治療化合物による治療の有効性をモニタリングする方法である。特定の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。一実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄである。別の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｅである。
したがって、さらに別の態様では、本発明で提供するのは、がんであるかまたはがんの疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性の予測方法であって、
（ａ）その治療化合物をその対象に投与することと、
（ｂ）その対象から試料を採取することと、
（ｃ）その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
（ｄ）その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たそのバイオマーカーのレベルと異なる場合に、その対象を、その治療化合物によるがんの治療に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
さらに別の態様では、本発明で提供するのは、がんであるかまたはがんの疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性の予測方法であって、
（ａ）その対象から試料を採取することと、
（ｂ）その治療化合物をその試料に投与することと、
（ｃ）その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
（ｄ）その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たそのバイオマーカーのレベルと異なる場合に、その対象を、その治療化合物によるがんの治療に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
本発明で提供する方法の特定の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。一実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄである。別の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｅである。
本発明で提供する方法のいくつかの実施形態では、がんの対象から得た試料に、治療化合物を投与するのは、インビトロで行う。別の実施形態では、がんの対象から得た試料に、治療化合物を投与するのは、インビボで行う。いくつかの実施形態では、試料は、細胞である。一実施形態では、その細胞を化合物と、ある期間にわたって、例えば、５分間、１０分間、１５分間、２０分間、２５分間、３０分間、３５分間、４０分間、４５分間、５０分間、５５分間、１時間、２時間、３時間、４時間、５時間、６時間、７時間、８時間、９時間、１０時間、１１時間、１２時間、１３時間、１４時間、１５時間、１６時間、１７時間、１８時間、１９時間、２０時間、２１時間、２２時間、２３時間、２４時間、２日間、３日間、またはそれを超える期間、接触させる。例えば，別の実施形態では、細胞は、がんの対象（またはがんの疑いのある対象）から採取する。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、試料中のバイオマーカーのレベルは、参照試料から得られるそのバイオマーカーのレベルよりも高い。本発明で提供する各種方法の別の実施形態では、試料中のバイオマーカーのレベルは、参照試料から得られるそのバイオマーカーのレベルよりも低い。
さらに別の態様では、本発明で提供するのは、治療化合物による、対象のがん治療の有効性のモニタリング方法であって、
（ａ）その治療化合物をその対象に投与することと、
（ｂ）その対象から試料を採取することと、
（ｃ）その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
（ｄ）その試料中のそのバイオマーカーのレベルを、参照試料から得たそのバイオマーカーのレベルと比較することであって、その参照物質と比較したときのレベルの変化によって、その対象のがんの治療におけるその治療化合物の有効性が示される、前記比較することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
本発明で提供する方法の特定の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。一実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄである。別の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｅである。
いくつかの実施形態では、参照物質よりもレベルが上昇していることによって、対象のがんの治療における治療化合物の有効性が示される。別の実施形態では、参照物質よりもレベルが低下していることによって、対象のがんの治療における治療化合物の有効性が示される。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、その方法は、第２の活性剤または支持療法剤を治療上有効な量投与することをさらに含む。この第２の活性剤は、大分子（例えばタンパク質）であることも、小分子（例えば、合成無機分子、有機金属分子または有機分子）であることもできる。いくつかの実施形態では、第２の活性剤は、造血成長因子、サイトカイン、抗がん剤（例えばチェックポイントインヒビター）、抗生物質、ｃｏｘ−２インヒビター、免疫調節剤、免疫抑制剤、コルチコステロイド、がん抗原に特異的に結合する治療抗体、またはそれらの薬理学的に活性な変異体もしくは誘導体である。特定の実施形態では、この抗がん剤は、チェックポイントインヒビターである。
いくつかの実施形態では、第２の活性剤は、本発明で提供する化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形の投与と関連する有害作用を緩和できる小分子である。多くの第２の小分子活性剤は、本発明で提供する化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形とともに（例えば、その前、その後またはそれと同時に）投与すると、相乗作用をもたらすことができると考えられている。第２の小分子活性剤の例としては、抗がん剤、抗生物質、免疫抑制剤及びステロイドが挙げられるが、これらに限らない。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、参照物質は、治療化合物を対象に投与する前に、その対象から得たコントロール試料を用いることによって調製し、そのコントロール試料は、試料と同じ供給源のものである。本発明で提供する各種方法の別の実施形態では、参照物質は、がんではない健常な対象から得たコントロール試料を用いることによって調製し、そのコントロール試料は、試料と同じ供給源のものである。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、がんは、固形がんまたは血液がんである。いくつかの実施形態では、がんは、固形がんである。いくつかの実施形態では、固形がんは、転移性である。いくつかの実施形態では、固形がんは、肝細胞癌、メラノーマ、前立腺癌、卵巣癌または神経膠肉腫である。いくつかの実施形態では、がんは、血液腫瘍である。特定の実施形態では、血液腫瘍は、転移性である。本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、がんは、ＭＭである。特定の実施形態では、がんは、白血病である。本発明で示すがんには、ＣＬＬ、ＣＭＬ、ＡＬＬまたはＡＭＬのような各種タイプの白血病が含まれる。具体的実施形態では、白血病は、ＡＭＬである。具体的実施形態では、白血病は、再発性であるか、難治性であるか、または従来の療法に対して耐性である。特定の実施形態では、本発明で示すがんは、リンパ腫であり、ＮＨＬが挙げられるが、これに限らない。いくつかの実施形態では、本発明で示すがんは、ＮＨＬであり、ＤＬＢＣＬが挙げられるが、これに限らない。いくつかの実施形態では、本発明で示すがんは、ＭＤＳである。
いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、各種タイプのがんの治療、予防または管理を含む。一実施形態では、本発明で提供する方法は、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を治療上有効な量投与することによって、ＣＬＬ、ＣＭＬ、ＡＬＬまたはＡＭＬのような各種タイプの白血病を治療、予防または管理することを含む。特定の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。一実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄである。別の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｅである。
いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、対象の急性白血病の治療、予防または管理を含む。いくつかの実施形態では、この急性白血病は、ＡＭＬであり、ＡＭＬとしては、未分化ＡＭＬ（Ｍ０）、骨髄芽球性白血病（Ｍ１）、骨髄芽球性白血病（Ｍ２）、前骨髄球性白血病（Ｍ３またはＭ３亜型［Ｍ３Ｖ］）、骨髄単球性白血病（Ｍ４または好酸球増加を伴うＭ４亜型［Ｍ４Ｅ］）、単球性白血病（Ｍ５）、赤白血病（Ｍ６）及び巨核芽球性白血病（Ｍ７）が挙げられるが、これらに限らない。一実施形態では、急性骨髄性白血病は、未分化ＡＭＬ（Ｍ０）である。一実施形態では、急性骨髄性白血病は、骨髄芽球性白血病（Ｍ１）である。一実施形態では、急性骨髄性白血病は、骨髄芽球性白血病（Ｍ２）である。一実施形態では、急性骨髄性白血病は、前骨髄球性白血病（Ｍ３またはＭ３亜型［Ｍ３Ｖ］）である。一実施形態では、急性骨髄性白血病は、骨髄単球性白血病（Ｍ４または好酸球増加を伴うＭ４亜型［Ｍ４Ｅ］）である。一実施形態では、急性骨髄性白血病は、単球性白血病（Ｍ５）である。一実施形態では、急性骨髄性白血病は、赤白血病（Ｍ６）である。一実施形態では、急性骨髄性白血病は、巨核芽球性白血病（Ｍ７）である。したがって、対象のＡＭＬの治療、予防または管理方法は、その対象に、急性骨髄性白血病を治療、予防または管理するのに有効な量で、本発明で提供する化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を単独で、または第２の活性剤と組み合わせて投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、この方法は、対象に、ＡＭＬを治療、予防または管理するのに有効な量で、本発明で提供する化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を第２の活性剤と組み合わせて投与する工程を含む。
いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、対象の骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）を治療、予防及び／または管理することを含む。いくつかの実施形態では、ＭＤＳは、再発性、耐性または難治性ＭＤＳである。いくつかの実施形態では、ＭＤＳは、不応性貧血（ＲＡ）、環状鉄芽球を伴うＲＡ（ＲＡＲＳ）、芽球過剰のＲＡ（ＲＡＥＢ）、多血球系異形成を伴う不応性血球減少症（ＲＣＭＤ）、単一血球系統の異形成を伴う不応性血球減少症（ＲＣＵＤ）、分類不能型骨髄異形成症候群（ＭＤＳ−Ｕ）、ｄｅｌ（５ｑ）単独の染色体異常を伴う骨髄異形成症候群、治療関連骨髄性腫瘍及び慢性骨髄単球性白血病（ＣＭＭＬ）から選択されている。したがって、対象のＭＤＳの治療、予防または管理方法は、その対象に、ＭＤＳを治療、予防または管理するのに有効な量で、本発明で提供する化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を単独で、または第２の活性剤と組み合わせて投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、この方法は、対象に、ＭＤＳを治療、予防または管理するのに有効な量で、本発明で提供する化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を第２の活性剤と組み合わせて投与する工程を含む。
いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、対象のＡＬＬを治療、予防または管理することを含む。いくつかの実施形態では、ＡＬＬには、骨髄の芽球細胞（Ｂ細胞）、胸腺（Ｔ細胞）及びリンパ節に由来する白血病が含まれる。急性リンパ性白血病は、Ｆｒｅｎｃｈ−Ａｍｅｒｉｃａｎ−Ｂｒｉｔｉｓｈ（ＦＡＢ）形態分類スキームに従って、Ｌ１−成熟した形態を持つリンパ芽球（Ｔ細胞またはＢ前駆細胞）と、Ｌ２−未成熟かつ多形性（形状が様々な）リンパ芽球（Ｔ細胞またはＢ前駆細胞）と、Ｌ３−リンパ芽球（Ｂ細胞またはバーキット細胞）として分類できる。一実施形態では、ＡＬＬは、骨髄の芽球細胞（Ｂ細胞）に由来するものである。一実施形態では、ＡＬＬは、胸腺（Ｔ細胞）に由来するものである。一実施形態では、ＡＬＬは、リンパ節に由来するものである。一実施形態では、ＡＬＬは、成熟した形態を持つリンパ芽球（Ｔ細胞またはＢ前駆細胞）によって特徴付けられるＬ１型である。一実施形態では、ＡＬＬは、未熟かつ多形性（形状が様々な）リンパ芽球（Ｔ細胞またはＢ前駆細胞）によって特徴付けられるＬ２型である。一実施形態では、ＡＬＬは、リンパ芽球（Ｂ細胞またはバーキット細胞）によって特徴付けられるＬ３型である。特定の実施形態では、ＡＬＬは、Ｔ細胞白血病である。一実施形態では、Ｔ細胞白血病は、末梢性Ｔ細胞白血病である。別の実施形態では、Ｔ細胞白血病は、Ｔ細胞リンパ芽球性白血病である。別の実施形態では、Ｔ細胞白血病は、皮膚Ｔ細胞性白血病である。別の実施形態では、Ｔ細胞白血病は、成人Ｔ細胞白血病である。したがって、対象のＡＬＬの治療、予防または管理方法は、その対象に、ＡＬＬを治療、予防または管理するのに有効な量で、本発明で提供する化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を単独で、または第２の活性剤と組み合わせて投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、この方法は、対象に、ＡＬＬを治療、予防または管理するのに有効な量で、本発明で提供する化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を第２の活性剤と組み合わせて投与する工程を含む。
いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、対象のＣＭＬを治療、予防または管理することを含む。この方法は、対象に、慢性骨髄性白血病を治療、予防または管理するのに有効な量で、本発明で提供する化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を単独で、または第２の活性剤と組み合わせて投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、この方法は、対象に、ＣＭＬを治療、予防または管理するのに有効な量で、本発明で提供する化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を第２の活性剤と組み合わせて投与する工程を含む。
いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、対象のＣＬＬを治療、予防または管理することを含む。この方法は、対象に、慢性リンパ性白血病を治療、予防または管理するのに有効な量で、本発明で提供する化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を単独で、または第２の活性剤と組み合わせて投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、この方法は、対象に、ＣＬＬを治療、予防または管理するのに有効な量で、本発明で提供する化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を第２の活性剤と組み合わせて投与する工程を含む。
特定の実施形態では、本発明で提供するのは、ＮＨＬを含むリンパ腫の治療、予防または管理方法であって、リンパ腫の患者に、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を治療上有効な量、単独でまたは第２の活性剤と組み合わせて投与することを含む方法である。いくつかの実施形態では、この方法は、対象に、リンパ腫を治療、予防または管理するのに有効な量で、本発明で提供する化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を第２の活性剤と組み合わせて投与する工程を含む。いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、ＮＨＬ（ＤＬＢＣＬが挙げられるが、これに限らない）の治療または管理方法である。特定の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。一実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄである。別の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｅである。
特定の実施形態では、本発明で提供するのは、腎機能の低下した患者の疾患の治療、予防または管理方法である。特定の実施形態では、本発明で提供するのは、腎機能の低下した患者のがんの治療、予防または管理方法である。特定の実施形態では、本発明で提供するのは、疾患、加齢またはその他の患者因子（これらに限らない）により、腎機能の低下した患者に対して、適切な用量調節を行う方法である。
特定の実施形態では、本発明で提供するのは、腎機能の低下した患者のＭＭ（再発性／難治性ＭＭを含む）またはその症状の治療、予防または管理方法であって、腎機能の低下した再発性／難治性ＭＭ患者に、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を治療上有効な量、単独で、または第２の活性剤と組み合わせて投与することを含む方法である。いくつかの実施形態では、この方法は、腎機能の低下した患者の再発性／難治性ＭＭを治療、予防または管理するのに有効な量で、本発明で提供する化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を第２の活性剤と組み合わせて、その対象に投与する工程を含む。特定の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。一実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄである。別の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｅである。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、ＡＴＦ３、ＡＴＦ４、ＡＴＦ６、ＢＩＤ、ＢＩＰ、カスパーゼ３、カスパーゼ７、カスパーゼ８、カスパーゼ９、ＤＤＩＴ３、ＤＮＡＪＢ９、ＥＤＥＭ１、ｅＩＦ２α、ｅＲＦ１、ＦＡＳ、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＧＣＮ２、ＩＫＺＦ１、ＩＲＥ１、Ｍｃｌ−１、ＰＡＲＰ、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、ＳＥＣ２４Ｄ、ＳＲＳＦ３、ＳＲＳＦ６、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ及びＸＢＰ１からなる群から選択されている。本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、ＩＫＺＦ１、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３及びＤＤＩＴ３からなる群から選択されている。本発明で提供する各種方法の別の実施形態では、バイオマーカーは、切断ＰＡＲＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物及びＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物からなる群から選択されている。
一実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１である。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ２である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＩＫＺＦ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ｅＲＦ１である。一実施形態では、バイオマーカーは、ＢＩＰである。具体的実施形態では、バイオマーカーは、非修飾ＢＩＰである。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、Ｃ末端修飾ＢＩＰである。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＫＤＥＬ抗体によって認識できないＣ末端修飾ＢＩＰである。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＢＩＰの非修飾Ｃ末端を認識するＢＩＰ抗体によって認識できないＣ末端修飾ＢＩＰである。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＫＤＥＬ抗体と、ＢＩＰの非修飾Ｃ末端を認識するＢＩＰ抗体の両方によって認識できないＣ末端修飾ＢＩＰである。一実施形態では、バイオマーカーは、ＧＣＮ２である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、非リン酸化ＧＣＮ２である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、リン酸化ＧＣＮ２である。一実施形態では、バイオマーカーは、ｅＩＦ２αである。具体的実施形態では、バイオマーカーは、非リン酸化ｅＩＦ２αである。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、リン酸化ｅＩＦ２αである。一実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ４である。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ３である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ３のスプライシングバリアントである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＤＤＩＴ３である。一実施形態では、バイオマーカーは、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａである。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＧＡＤＤ４５Ａである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＦＡＳである。一実施形態では、バイオマーカーは、ＩＲＥ１である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、非リン酸化ＩＲＥ１である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、リン酸化ＩＲＥ１である。一実施形態では、バイオマーカーは、ＸＢＰ１である。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＥＣ２４Ｄである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＤＮＡＪＢ９である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＥＤＥＭ１である。一実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ６である。別の実施形態では、バイオマーカーは、カスパーゼ８である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、切断カスパーゼ８である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＢＩＤである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、カスパーゼ９である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、切断カスパーゼ９である。一実施形態では、バイオマーカーは、カスパーゼ３である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、切断カスパーゼ３である。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＰＡＲＰである。具体的実施形態では、バイオマーカーは、切断ＰＡＲＰである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、カスパーゼ７である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、切断カスパーゼ７である。さらなる実施形態では、バイオマーカーは、Ｍｃｌ−１である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＳＲＳＦ３である。別の実施形態では、バイオマーカーは、未成熟終止コドンを含む、ＳＲＳＦ３のスプライシングバリアント（例えばＳＲＳＦ３のＮＭＤ転写産物）である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＲＳＦ６である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、未成熟終止コドンを含む、ＳＲＳＦ６のスプライシングバリアント（例えばＳＲＳＦ６のＮＭＤ転写産物）である。
いくつかの実施形態では、バイオマーカーのレベルは、化合物による治療に応答して低下する。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、ＩＫＺＦ１、ｅＲＦ１、ＢＩＰ及びＭｃｌ−１からなる群から選択されており、バイオマーカーのレベルは、治療化合物に応答して、参照物質よりも低下する。
別の実施形態では、バイオマーカーのレベルは、化合物による治療に応答して上昇する。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３及びＤＤＩＴ３からなる群から選択されており、バイオマーカーのレベルは、治療化合物に応答して、参照物質よりも上昇する。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＸＢＰ１、ＥＤＥＭ１、ｅＩＦ２α、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、カスパーゼ８の切断形態、ＢＩＤ、カスパーゼ９の切断形態、カスパーゼ３の切断形態、カスパーゼ７の切断形態、切断ＰＡＲＰ、ＦＡＳ、ＳＲＳＦ３のＮＭＤ転写産物、ＳＲＳＦ６のＮＭＤ転写産物からなる群から選択されており、バイオマーカーのレベルは、化合物による治療に応答して上昇する。
本発明で提供する各種方法の特定の実施形態では、バイオマーカーは、例えば、タンパク質間相互作用（例えば、特定のＣＲＢＮ基質もしくはその下流エフェクター）を通じて、または各種の細胞経路（例えば、シグナル伝達経路）を通じて、ＣＲＢＮに直接または間接的に影響されるタンパク質である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＣＲＢＮ関連タンパク質（ＣＡＰ）である。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＣＲＢＮに直接または間接的に影響されるタンパク質のｍＲＮＡである。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＣＲＢＮに直接または間接的に影響されるタンパク質のｃＤＮＡである。
したがって、いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が高い対象の特定方法であって、
（ａ）その治療化合物をその対象に投与することと、
（ｂ）その対象から試料を採取することと、
（ｃ）その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーがＣＡＰである、前記割り出すことと、
（ｄ）その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、そのバイオマーカーの参照レベルと異なる場合に、その対象を、その治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が高い対象の特定方法であって、
（ａ）その対象から試料を採取することと、
（ｂ）その治療化合物をその試料に投与することと、
（ｃ）その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーがＣＡＰである、前記割り出すことと、
（ｄ）その試料中のバイオマーカーのレベルが、そのバイオマーカーの参照レベルと異なる場合に、その対象を、その治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんの治療方法であって、
（ａ）そのがんである対象から試料を採取することと、
（ｂ）その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーがＣＡＰである、前記割り出すことと、
（ｃ）その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、そのバイオマーカーの参照レベルと異なる場合に、その対象を、治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）その治療化合物を治療上有効な量、その対象に投与することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんであるかまたはがんの疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性の予測方法であって、
（ａ）その治療化合物をその対象に投与することと、
（ｂ）その対象から試料を採取することと、
（ｃ）その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーがＣＡＰである、前記割り出すことと、
（ｄ）その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たそのバイオマーカーのレベルと異なる場合に、その対象を、その治療化合物によるがんの治療に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんであるかまたはがんの疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性の予測方法であって、
（ａ）その対象から試料を採取することと、
（ｂ）その治療化合物をその試料に投与することと、
（ｃ）その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーがＣＡＰである、前記割り出すことと、
（ｄ）その試料中のそのバイオマーカーのレベルが、参照試料から得たそのバイオマーカーのレベルと異なる場合に、その対象を、その治療化合物によるがんの治療に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、対象のがんの、治療化合物による治療の有効性のモニタリング方法であって、
（ａ）その治療化合物をその対象に投与することと、
（ｂ）その対象から試料を採取することと、
（ｃ）その試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことであって、そのバイオマーカーがＣＡＰである、前記割り出すことと、
（ｄ）その試料中のそのバイオマーカーのレベルを、参照試料から得たそのバイオマーカーのレベルと比較することであって、その参照物質と比較したときのレベルの変化によって、その対象のがんの治療におけるその治療化合物の有効性が示される、前記比較することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
本発明で提供する方法の特定の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。一実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄである。別の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｅである。
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２及びＩＫＺＦ１からなる群から選択したＣＡＰである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１またはＧＳＰＴ２のようなｅＲＦ３ファミリーメンバーである。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ２である。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＩＫＺＦ１である。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２もしくはＩＫＺＦ１の結合パートナー、その下流エフェクター、またはその影響を受ける細胞経路内の因子である。例えば、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ｅＲＦ３ファミリーメンバーの結合パートナー、その下流エフェクター、またはその影響を受ける細胞経路内の因子である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ｅＲＦ１のような、ＧＳＰＴ１の結合パートナーである。
実施例に示されているように、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２またはＩＫＺＦ１などのバイオマーカーのレベルは、化合物ＤまたはＥによる処置に応答して、参照物質よりも低下する。したがって、いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２及びＩＫＺＦ１からなる群から選択されており、バイオマーカーのレベルは、化合物ＤまたはＥによる処置に応答して低下する。すなわち、本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２もしくはＩＫＺＦ１、またはそれらの影響を受けるタンパク質（もしくは因子）であり、このバイオマーカーのレベルは、参照物質よりも低い。
したがって、いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が高い対象の特定方法であって、
（ａ）その治療化合物をその対象に投与することと、
（ｂ）その対象から試料を採取することと、
（ｃ）その試料中のＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２またはＩＫＺＦ１のレベルを割り出すことと、
（ｄ）その試料中のＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２またはＩＫＺＦ１のレベルが、参照レベルよりも低い場合に、その対象を、その治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が高い対象の特定方法であって、
（ａ）その対象から試料を採取することと、
（ｂ）その治療化合物をその試料に投与することと、
（ｃ）その試料中のＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２またはＩＫＺＦ１のレベルを割り出すことと、
（ｄ）その試料中のＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２またはＩＫＺＦ１のレベルが、参照レベルよりも低い場合に、その対象を、その治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんの治療方法であって、
（ａ）そのがんである対象から試料を採取することと、
（ｂ）その試料中のＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２またはＩＫＺＦ１のレベルを割り出すことと、
（ｃ）その試料中のＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２またはＩＫＺＦ１のレベルが、参照レベルよりも低い場合に、その対象を、その治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）その治療化合物を治療上有効な量、その対象に投与することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんであるかまたはがんの疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性の予測方法であって、
（ａ）その治療化合物をその対象に投与することと、
（ｂ）その対象から試料を採取することと、
（ｃ）その試料中のＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２またはＩＫＺＦ１のレベルを割り出すことと、
（ｄ）その試料中のＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２またはＩＫＺＦ１のレベルが、参照試料から得たＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２またはＩＫＺＦ１のレベルよりも低い場合に、その対象を、その治療用化合物によるがんの治療に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんであるかまたはがんの疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性の予測方法であって、
（ａ）その対象から試料を採取することと、
（ｂ）その治療化合物をその試料に投与することと、
（ｃ）その試料中のＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２またはＩＫＺＦ１のレベルを割り出すことと、
（ｄ）その試料中のＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２またはＩＫＺＦ１のレベルが、参照試料から得たＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２またはＩＫＺＦ１のレベルよりも低い場合に、その対象を、その治療用化合物によるがんの治療に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、対象のがんの、治療化合物による治療の有効性のモニタリング方法であって、
（ａ）その治療化合物をその対象に投与することと、
（ｂ）その対象から試料を採取することと、
（ｃ）その試料中のＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２またはＩＫＺＦ１のレベルを割り出すことと、
（ｄ）その試料中のＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２またはＩＫＺＦ１のレベルを、参照試料から得たＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２またはＩＫＺＦ１のレベルと比較することであって、その参照物質よりもレベルが低下していることによって、その対象のがんの治療におけるその治療化合物の有効性が示される、前記比較することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
本発明で提供する方法の特定の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。一実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄである。別の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｅである。
具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１であり、がんは、多発性骨髄腫（ＭＭ）、リンパ腫または白血病である。具体的実施形態では、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別の具体的実施形態では、白血病は、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病または急性骨髄性白血病である。一実施形態では、白血病は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１であり、治療化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Ｄである。別の具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Ｅである。
別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ２であり、がんは、多発性骨髄腫（ＭＭ）、リンパ腫または白血病である。具体的実施形態では、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別の具体的実施形態では、白血病は、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病または急性骨髄性白血病である。一実施形態では、白血病は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ２であり、治療化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Ｄである。別の具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Ｅである。
別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＩＫＺＦ１であり、がんは、多発性骨髄腫（ＭＭ）、リンパ腫または白血病である。具体的実施形態では、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別の具体的実施形態では、白血病は、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病または急性骨髄性白血病である。一実施形態では、白血病は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＩＫＺＦ１であり、治療化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Ｄである。別の具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Ｅである。
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＵＰＲまたはその下流経路に関与する因子またはタンパク質である。特定の実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、ＥＲストレス経路における機能を有するものである。別の実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、ＮＭＤ経路における機能を有するものである。さらに別の実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、ＮＭＤ経路のＲＮＡ基質である。
別の実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、ＡＴＦ４関連シグナリング経路における機能を有するものである。いくつかの実施形態では、がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が高い対象を特定するか、がんであるかもしくはがんの疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性を予測するか、対象のがんの、治療化合物による治療の有効性をモニタリングするか、またはがんを治療するのに、ＡＴＦ４関連シグナリング経路に関与するバイオマーカーを用いる。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ４関連シグナリング経路に関与する因子またはタンパク質であって、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＤＤＩＴ３、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂ、ＦＡＳ及びＦＡＤＤからなる群から選択した因子またはタンパク質である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ４である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ３である。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａである。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂである。ある１つの具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＤＤＩＴ３である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＧＡＤＤ４５Ａである。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＴＮＦＲＳＦ１Ａである。一実施形態では、バイオマーカーは、ＴＮＦＲＳＦ１Ｂである。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＦＡＳである。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＦＡＤＤである。いくつかの実施形態では、がんは、多発性骨髄腫（ＭＭ）、リンパ腫または白血病である。具体的実施形態では、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別の具体的実施形態では、白血病は、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病または急性骨髄性白血病である。一実施形態では、白血病は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である。別の具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Ｄである。別の具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Ｅである。
別の実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、ＧＣＮ−２関連シグナリング経路における機能を有するものである。いくつかの実施形態では、がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が高い対象を特定するか、がんであるかもしくはがんの疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性を予測するか、対象のがんの、治療化合物による治療の有効性をモニタリングするか、またはがんを治療するのに、ＧＣＮ２関連シグナリング経路に関与するバイオマーカーを用いる。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＧＣＮ−２関連シグナリング経路に関与する因子またはタンパク質であって、ＧＣＮ２、ｅＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＧＡＤＤ４５Ａ及びＦＡＳからなる群から選択した因子またはタンパク質である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＧＣＮ２である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ｅＩＦ２αである。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ４である。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ３である。ある１つの具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＤＤＩＴ３である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａである。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂである。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＧＡＤＤ４５Ａである。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＦＡＳである。いくつかの実施形態では、がんは、多発性骨髄腫（ＭＭ）、リンパ腫または白血病である。具体的実施形態では、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別の具体的実施形態では、白血病は、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病または急性骨髄性白血病である。一実施形態では、白血病は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である。別の具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Ｄである。別の具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Ｅである。
別の実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、ＩＲＥ１関連シグナリング経路における機能を有するものである。いくつかの実施形態では、がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が高い対象を特定するか、がんであるかもしくはがんの疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性を予測するか、対象のがんの、治療化合物による治療の有効性をモニタリングするか、またはがんを治療するのに、ＩＲＥ１関連シグナリング経路に関与するバイオマーカーを用いる。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＩＲＥ１関連シグナリング経路に関与する因子またはタンパク質であって、ＩＲＥ１、ＸＢＰ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９及びＥＤＥＭ１からなる群から選択した因子またはタンパク質である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＩＲＥ１である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＸＢＰ１である。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＳＥＣ２４Ｄである。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＤＮＡＪＢ９である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＥＤＥＭ１である。いくつかの実施形態では、がんは、多発性骨髄腫（ＭＭ）、リンパ腫または白血病である。具体的実施形態では、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別の具体的実施形態では、白血病は、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病または急性骨髄性白血病である。一実施形態では、白血病は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である。別の具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Ｄである。別の具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Ｅである。
さらに別の実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、ＸＢＰ１関連シグナリング経路における機能を有するものである。いくつかの実施形態では、がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が高い対象を特定するか、がんであるかもしくはがんの疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性を予測するか、対象のがんの、治療化合物による治療の有効性をモニタリングすること、またはがんを治療するのに、ＸＢＰ１関連シグナリング経路に関与するバイオマーカーを用いる。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＸＢＰ１関連シグナリング経路に関与する因子またはタンパク質であって、ＸＢＰ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＤＮＡＪＣ６、ＥＤＥＭ１、ＥＤＥＭ２及びＨＹＯＵ１からなる群から選択した因子またはタンパク質である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＸＢＰ１である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＳＥＣ２４Ｄである。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＤＮＡＪＢ９である。一実施形態では、バイオマーカーは、ＤＮＡＪＣ６である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＥＤＥＭ１である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＥＤＥＭ２である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＨＹＯＵ１である。いくつかの実施形態では、がんは、多発性骨髄腫（ＭＭ）、リンパ腫または白血病である。具体的実施形態では、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別の具体的実施形態では、白血病は、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病または急性骨髄性白血病である。一実施形態では、白血病は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である。別の具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Ｄである。別の具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Ｅである。
さらに別の実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、ＡＴＦ６関連シグナリング経路における機能を有するものである。いくつかの実施形態では、がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が高い対象を特定するか、がんであるかもしくはがんの疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性を予測するか、対象のがんの、治療化合物による治療の有効性をモニタリングするか、またはがんを治療するのに、ＡＴＦ６関連シグナリング経路に関与するバイオマーカーを用いる。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ６関連シグナリング経路に関与する因子またはタンパク質であって、ＡＴＦ６、ＸＢＰ１及びＥＤＥＭ１からなる群から選択した因子またはタンパク質である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ６である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＸＢＰ１である。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＥＤＥＭ１である。いくつかの実施形態では、がんは、多発性骨髄腫（ＭＭ）、リンパ腫または白血病である。具体的実施形態では、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別の具体的実施形態では、白血病は、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病または急性骨髄性白血病である。一実施形態では、白血病は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である。別の具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Ｄである。別の具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Ｅである。
いくつかの実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、ＦＡＳ／ＦＡＤＤ関連シグナリング及びアポトーシス経路における機能を有するものである。いくつかの実施形態では、がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が高い対象を特定するか、がんであるかもしくはがんの疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性を予測するか、対象のがんの、治療化合物による治療の有効性をモニタリングするか、またはがんを治療するのに、ＦＡＳ／ＦＡＤＤ関連シグナリング経路及びアポトーシス経路に関与するバイオマーカーを用いる。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ６関連シグナリング及びアポトーシス経路に関与する因子またはタンパク質であって、カスパーゼ３、カスパーゼ７、カスパーゼ８、カスパーゼ９、ＰＡＲＰ及びＭｃｌ−１からなる群から選択した因子またはタンパク質である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、カスパーゼ３である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、カスパーゼ７である。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、カスパーゼ８である。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、カスパーゼ９である。ある１つの具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＰＡＲＰである。特定的な実施形態では、バイオマーカーは、切断ＰＡＲＰである。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、Ｍｃｌ−１である。いくつかの実施形態では、がんは、多発性骨髄腫（ＭＭ）、リンパ腫または白血病である。具体的実施形態では、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別の具体的実施形態では、白血病は、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病または急性骨髄性白血病である。一実施形態では、白血病は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である。別の具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Ｄである。別の具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Ｅである。
いくつかの実施形態では、本発明で示されているバイオマーカーは、ＮＭＤ関連シグナリング経路沿いの構成要素またはＮＭＤ関連シグナリングのＲＮＡ基質である。いくつかの実施形態では、がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が高い対象を特定するか、がんであるかもしくはがんの疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性を予測するか、対象のがんの、治療化合物による治療の有効性をモニタリングするか、またはがんを治療するのに、ＮＭＤ関連シグナリング経路に関与するバイオマーカーを用いる。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＮＭＤ関連シグナリング経路のＲＮＡ基質（例えば、ＳＲＳＦ３またはＳＲＳＦ６のＮＭＤ転写産物）である。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＳＲＳＦ３のＮＭＤ転写産物である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＳＲＳＦ６のＮＭＤ転写産物である。いくつかの実施形態では、がんは、多発性骨髄腫（ＭＭ）、リンパ腫または白血病である。具体的実施形態では、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別の具体的実施形態では、白血病は、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病または急性骨髄性白血病である。一実施形態では、白血病は、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である。別の具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Ｄである。別の具体的実施形態では、治療化合物は、化合物Ｅである。
いくつかのさらに具体的な実施形態では、ＧＣＮ２関連シグナリング経路に関与するバイオマーカーは、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３またはＤＤＩＴ３からなる群から選択されており、このバイオマーカーのレベルは、参照物質よりも上昇する。特定のさらに具体的な実施形態では、ＦＡＳ／ＦＡＤＤ関連シグナリング及びアポトーシス経路に関与するバイオマーカーは、切断ＰＡＲＰであり、このバイオマーカーのレベルは、参照物質よりも上昇する。別のさらに具体的な実施形態では、ＮＭＤ関連シグナリング経路に関与するバイオマーカーは、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物及びＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物からなる群から選択されており、このバイオマーカーのレベルは、参照物質よりも上昇する。
したがって、いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が高い対象の特定方法であって、
（ａ）その治療化合物をその対象に投与することと、
（ｂ）その対象から試料を採取することと、
（ｃ）その試料中のＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断ＰＡＲＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物またはＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物のレベルを割り出すことと、
（ｄ）その試料中のＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断ＰＡＲＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物またはＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物のレベルが、参照レベルよりも高い場合に、その対象を、その治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が高い対象の特定方法であって、
（ａ）その対象から試料を採取することと、
（ｂ）その治療化合物をその試料に投与することと、
（ｃ）その試料中のＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断ＰＡＲＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物またはＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物のレベルを割り出すことと、
（ｄ）その試料中のＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断ＰＡＲＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物またはＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物のレベルが、参照レベルよりも高い場合に、その対象を、その治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんの治療方法であって、
（ａ）対象から試料を採取することと、
（ｂ）その試料中のＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断ＰＡＲＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物またはＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物のレベルを割り出すことと、
（ｃ）その試料中のＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断ＰＡＲＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物またはＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物のレベルが、参照レベルよりも高い場合に、その対象を、治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
（ｄ）その治療化合物に応答する可能性が高いと診断された対象に、その治療化合物を治療上有効な量投与することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんであるかまたはがんの疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性の予測方法であって、
（ａ）その治療化合物をその対象に投与することと、
（ｂ）その対象から試料を採取することと、
（ｃ）その試料中のＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断ＰＡＲＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物またはＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物のレベルを割り出すことと、
（ｄ）その試料中のＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断ＰＡＲＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物またはＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物のレベルが、参照試料から得たＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断ＰＡＲＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物またはＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物のレベルよりも高い場合に、その対象を、その治療用化合物によるがんの治療に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、がんであるかまたはがんの疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性の予測方法であって、
（ａ）その対象から試料を採取することと、
（ｂ）その治療化合物をその試料に投与することと、
（ｃ）その試料中のＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断ＰＡＲＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物またはＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物のレベルを割り出すことと、
（ｄ）試料中のＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断ＰＡＲＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物またはＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物のレベルが、参照試料から得たＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断ＰＡＲＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物またはＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物のレベルよりも高い場合に、その対象を、その治療用化合物によるがんの治療に応答する可能性が高いと診断することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
いくつかの実施形態では、本発明で提供するのは、対象のがんの、治療化合物による治療の有効性のモニタリング方法であって、
（ａ）その治療化合物をその対象に投与することと、
（ｂ）その対象から試料を採取することと、
（ｃ）その試料中のＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断ＰＡＲＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物またはＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物のレベルを割り出すことと、
（ｄ）その試料中のＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断ＰＡＲＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物またはＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物のレベルのレベルを、参照試料から得たＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断ＰＡＲＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物またはＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物のレベルと比較することであって、その参照物質よりもレベルが上昇していることによって、その対象のがんの治療におけるその治療化合物の有効性が示される、前記比較することと、
を含み、
その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成する方法である。
本発明で提供する方法の特定の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。一実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄである。別の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｅである。
ある１つの具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ４であり、がんは、ＭＭ、リンパ腫または白血病である。一実施形態では、がんは、ＭＭである。具体的実施形態では、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別の具体的実施形態では、白血病は、ＣＬＬ、ＣＭＬ、ＡＬＬまたはＡＭＬである。一実施形態では、白血病は、ＡＭＬである。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ４であり、治療化合物は、化合物Ｄである。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ４であり、治療化合物は、化合物Ｅである。
具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ３であり、がんは、ＭＭ、リンパ腫または白血病である。一実施形態では、がんは、ＭＭである。具体的実施形態では、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別の具体的実施形態では、白血病は、ＣＬＬ、ＣＭＬ、ＡＬＬまたはＡＭＬである。一実施形態では、白血病は、ＡＭＬである。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ３であり、治療化合物は、化合物Ｄである。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ３であり、治療化合物は、化合物Ｅである。
別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＤＤＩＴ３であり、がんは、ＭＭ、リンパ腫または白血病である。一実施形態では、がんは、ＭＭである。具体的実施形態では、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別の具体的実施形態では、白血病は、ＣＬＬ、ＣＭＬ、ＡＬＬまたはＡＭＬである。一実施形態では、白血病は、ＡＭＬである。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＤＤＩＴ３であり、治療化合物は、化合物Ｄである。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＤＤＩＴ３であり、治療化合物は、化合物Ｅである。
ある１つの具体的実施形態では、バイオマーカーは、切断ＰＡＲＰであり、がんは、ＭＭ、リンパ腫または白血病である。一実施形態では、がんは、ＭＭである。具体的実施形態では、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別の具体的実施形態では、白血病は、ＣＬＬ、ＣＭＬ、ＡＬＬまたはＡＭＬである。一実施形態では、白血病は、ＡＭＬである。具体的実施形態では、バイオマーカーは、切断ＰＡＲＰであり、治療化合物は、化合物Ｄである。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、切断ＰＡＲＰであり、治療化合物は、化合物Ｅである。
別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物であり、がんは、ＭＭ、リンパ腫または白血病である。一実施形態では、がんは、ＭＭである。具体的実施形態では、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別の具体的実施形態では、白血病は、ＣＬＬ、ＣＭＬ、ＡＬＬまたはＡＭＬである。一実施形態では、白血病は、ＡＭＬである。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物であり、治療化合物は、化合物Ｄである。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物であり、治療化合物は、化合物Ｅである。
別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物であり、がんは、ＭＭ、リンパ腫または白血病である。一実施形態では、がんは、ＭＭである。具体的実施形態では、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別の具体的実施形態では、白血病は、ＣＬＬ、ＣＭＬ、ＡＬＬまたはＡＭＬである。一実施形態では、白血病は、ＡＭＬである。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物であり、治療化合物は、化合物Ｄである。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物であり、治療化合物は、化合物Ｅである。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、バイオマーカーのレベルは、そのバイオマーカーのタンパク質レベルを割り出すことによって測定する。
本発明で提供する各種方法の別の実施形態では、バイオマーカーのレベルは、そのバイオマーカーのｍＲＮＡレベルを割り出すことによって測定する。
本発明で提供する各種方法のさらに別の実施形態では、バイオマーカーのレベルは、そのバイオマーカーのｃＤＮＡレベルを割り出すことによって測定する。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、治療化合物は、下記の５．７項に記載されている化合物である。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、治療化合物は、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１は、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３はそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基は、１〜３個のＱという基であり、各Ｑは独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４は独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５は独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊは、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７はそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７は、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成している。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、治療化合物は、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１は、ハロ置換アリールであり、
Ｒ２とＲ３はそれぞれハロである。
具体的実施形態では、治療化合物は、２−（４−クロロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド（「化合物Ｄ」）、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形である。
別の具体的実施形態では、治療化合物は、２−（４−フルオロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド（「化合物Ｅ」）、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形である。
いくつかの実施形態では、治療化合物は、化合物Ｄであり、がんは、ＭＭ、リンパ腫または白血病である。一実施形態では、がんは、ＭＭである。具体的実施形態では、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別の具体的実施形態では、白血病は、ＣＬＬ、ＣＭＬ、ＡＬＬまたはＡＭＬである。一実施形態では、白血病は、ＡＭＬである。
いくつかの実施形態では、治療化合物は、化合物Ｅであり、がんは、ＭＭ、リンパ腫または白血病である。一実施形態では、がんは、ＭＭである。具体的実施形態では、がんは、リンパ腫である。いくつかの実施形態では、がんは、白血病である。別の具体的実施形態では、白血病は、ＣＬＬ、ＣＭＬ、ＡＬＬまたはＡＭＬである。一実施形態では、白血病は、ＡＭＬである。
いくつかの実施形態では、患者もしくは対象の応答性、または治療の有効性は、がんの患者の全生存期間（ＯＳ）、完全寛解率（ＣＲＲ）、客観的奏効率（ＯＲＲ）、無増悪期間、無再発生存率（ＲＦＳ）、無増悪生存期間（ＰＦＳ）、無イベント生存期間、寛解持続期間、奏効期間及び／または寛解／奏効までの時間によって割り出す。一実施形態では、がんは、血液がんである。特定の実施形態では、ＯＲＲには、完全寛解（ＣＲ）（すなわち、形態学的な無白血病状態、形態学的なＣＲ、細胞遺伝学的なＣＲ、分子的なＣＲ、及び血液の回復が不完全である形態学的なＣＲ）、ならびに部分寛解のすべての奏効が含まれる。
別の実施形態では、本発明で提供する各種方法は、がん、例えば血液がんである患者の全生存期間（ＯＳ）、完全寛解率（ＣＲＲ）、客観的奏効率（ＯＲＲ）、無増悪期間、無再発生存率（ＲＦＳ）、無増悪生存期間（ＰＦＳ）、無イベント生存期間、寛解持続期間、奏効持続期間及び／または寛解／奏効までの時間を向上させるためのものである。
本明細書で使用する場合、全生存期間（ＯＳ）とは、臨床試験において、無作為化時点から、いずれかの理由で死亡するまでの時間を意味する。無増悪生存期間（ＰＦＳ）とは、臨床試験において、無作為化時点から、憎悪または死亡するまでの時間を意味する。無イベント生存期間（ＥＦＳ）とは、試験登録時点から、いずれかの治療失敗イベント（疾患の進行、いずれかの理由による治療の中止、または死亡を含む）が見られるまでの時間を意味する。全奏効率（ＯＲＲ）とは、完全奏効を示した患者と部分奏効を示した患者の割合（％）の合計を意味する。奏効持続期間（ＤｏＲ）は、奏効を示してから、再発するか、または疾患が進行するまでの時間である。
５．３．バイオマーカーの検出及び定量方法
特定の実施形態では、本発明で提供するのは、生体試料由来のバイオマーカー（ＣＲＢＮまたはＣＲＢＮに直接もしくは間接的に影響されるタンパク質など）のタンパク質レベルの検出及び定量方法であって、試料内のタンパク質と、そのバイオマーカータンパク質に免疫特異的に結合する第１の抗体とを接触させることを含む方法である。いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、（ｉ）第１の抗体に結合したバイオマーカータンパク質と、検出可能な標識を有する第２の抗体とを接触させることであって、その第２の抗体が、バイオマーカータンパク質に免疫特異的に結合するとともに、その第２の抗体が、バイオマーカータンパク質上のエピトープのうち、第１の抗体とは異なるエピトープに免疫特異的に結合する、前記接触させることと、（ｉｉ）バイオマーカータンパク質に結合した第２の抗体の存在を検出することと、（ｉｉｉ）第２の抗体の検出可能な標識の量に基づき、バイオマーカータンパク質の量を割り出すことをさらに含む。別の実施形態では、本発明で提供する方法は、（ｉ）第１の抗体に結合したバイオマーカータンパク質と、検出可能な標識を有する第２の抗体とを接触させることであって、その第２の抗体が、第１の抗体に免疫特異的に結合する、前記接触させることと、（ｉｉ）第１の抗体に結合した第２の抗体の存在を検出することと、（ｉｉｉ）第２の抗体の検出可能な標識の量に基づき、バイオマーカータンパク質の量を割り出すことをさらに含む。
本発明で提供する各種方法のいくつかの実施形態では、この方法は、免疫組織化学二重染色を用いて、ＣＲＢＮまたはＣＲＢＮに直接もしくは間接的に影響されるタンパク質のようなバイオマーカーのレベルを割り出すことを含む。免疫組織化学二重染色アッセイでは、本発明で示されているバイオマーカーを標的とする第１の標識抗体と、がんのバイオマーカーを標的とする第２の標識抗体を用いて、本発明で示されているバイオマーカーと別のがんバイオマーカーを同時に検出する。このようなアッセイは、本発明で示されているバイオマーカーを検出及び測定する際の特異性、精度及び感受性を向上させることができる。いくつかの実施形態では、上記のがんバイオマーカーは、リンパ腫バイオマーカーである。別の実施形態では、がんバイオマーカーは、ＮＨＬバイオマーカーである。特定の実施形態では、がんバイオマーカーは、ＤＬＢＣＬバイオマーカーである。いくつかの実施形態では、がんバイオマーカーは、ＭＭバイオマーカーである。別の実施形態では、がんバイオマーカーは、白血病バイオマーカーである。さらに別の実施形態では、がんバイオマーカーは、ＡＭＬバイオマーカーである。
したがって、いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法は、（ｉ）試料内のタンパク質と、本発明で示されているバイオマーカーに免疫特異的に結合する第１の抗体とを接触させることであって、その第１の抗体が、第１の検出可能な標識と結合している、前記接触させることと、（ｉｉ）その試料内のタンパク質と、がんバイオマーカーに免疫特異的に結合する第２の抗体とを接触させることであって、その第２の抗体が、第２の検出可能な標識と結合している、前記接触させることと、（ｉｉｉ）それらのタンパク質に結合したその第１の抗体と第２の抗体の存在を検出することと、（ｉｖ）第１の抗体の検出可能な標識の量に基づき、本発明で示されているバイオマーカーのレベルを割り出すとともに、第２の抗体の検出可能な標識の量に基づき、がんバイオマーカーのレベルを割り出すことを含む。いくつかの実施形態では、がんバイオマーカーは、リンパ腫バイオマーカーである。別の実施形態では、がんバイオマーカーは、ＮＨＬバイオマーカーである。特定の実施形態では、がんバイオマーカーは、ＤＬＢＣＬバイオマーカーである。いくつかの実施形態では、がんバイオマーカーは、ＭＭバイオマーカーである。別の実施形態では、がんバイオマーカーは、白血病バイオマーカーである。さらに別の実施形態では、がんバイオマーカーは、ＡＭＬバイオマーカーである。
特定の実施形態では、本発明で提供するのは、生体試料由来のバイオマーカー（ＣＲＢＮまたは本発明で示されているバイオマーカーなど）のＲＮＡ（例えばｍＲＮＡ）レベルの検出及び定量方法であって、（ａ）その試料からＲＮＡを得ることと、（ｂ）そのＲＮＡと、そのＲＮＡ内の配列に特異的に結合するプライマーとを接触させて、前記ＲＮＡと相補的な配列を有する第１のＤＮＡ分子を生成させることと、（ｃ）上記のバイオマーカーをコードする遺伝子のセグメントに対応するＤＮＡを増幅することと、（ｄ）その増幅したＤＮＡの量に基づき、上記のバイオマーカーのＲＮＡレベルを割り出すことを含む方法である。
いくつかの実施形態では、上記のバイオマーカー（複数可）は、本発明で示されている他のバイオマーカー（複数可）（ＣＲＢＮ、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、ＩＫＺＦ１、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３及びＤＤＩＴ３など）と組み合わせて評価する。
本発明で提供する各種方法の特定の実施形態では、工程の２つ以上を順次に行う。本発明で提供する方法の別の実施形態では、工程の２つ以上を並行して（例えば同時に）行う。
ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、ＩＫＺＦ１、ｅＲＦ１、ＢＩＰ、ＧＣＮ２、ｅＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＦＡＳ、ＩＲＥ１、ＸＢＰ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＥＤＥＭ１、ＡＴＦ６、カスパーゼ３、カスパーゼ７、カスパーゼ８、カスパーゼ９、ＢＩＤ、ＰＡＲＰ、Ｍｃｌ−１、ＳＲＳＦ３、ＳＲＳＦ６またはこれらを組み合わせたものなどのバイオマーカーのタンパク質レベルの検出及び定量方法のためのものとして、本発明で示す例示的なアッセイは、ウエスタンブロット解析及び酵素結合免疫吸着法（ＥＬＩＳＡ）（例えばサンドイッチＥＬＩＳＡ）のようなイムノアッセイである。ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、ＩＫＺＦ１、ｅＲＦ１、ＢＩＰ、ＧＣＮ２、ｅＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＦＡＳ、ＩＲＥ１、ＸＢＰ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＥＤＥＭ１、ＡＴＦ６、カスパーゼ３、カスパーゼ７、カスパーゼ８、カスパーゼ９、ＢＩＤ、ＰＡＲＰ、Ｍｃｌ−１、ＳＲＳＦ３、ＳＲＳＦ６またはこれらを組み合わせたものなどのバイオマーカーのＲＮＡレベルの検出及び定量方法のためのものとして、本発明で示す例示的なアッセイは、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、例えば定量ＲＴ−ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）である。
ＣＲＢＮ、ＣＲＢＮに直接もしくは間接的に影響されるタンパク質（例えば、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、ＩＫＺＦ１、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３及びＤＤＩＴ３）、またはこれらを組み合わせたものなどのバイオマーカーのタンパク質レベルの検出及び定量方法のためのものとして、本発明で示す例示的なアッセイは、ウエスタンブロット解析及び酵素結合免疫吸着法（ＥＬＩＳＡ）（例えばサンドイッチＥＬＩＳＡ）のようなイムノアッセイである。ＣＲＢＮ、ＣＲＢＮに直接もしくは間接的に影響されるタンパク質（例えば、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、ＩＫＺＦ１、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３及びＤＤＩＴ３）、またはこれらを組み合わせたものなどのバイオマーカーのＲＮＡレベルの検出及び定量方法のためのものとして、本発明で示す例示的なアッセイは、逆転写ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ−ＰＣＲ）、例えば定量ＲＴ−ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）である。
５．４．対象、試料及び細胞のタイプ
特定の実施形態では、本発明で提供する各種方法では、対象または個体（例えば患者）由来の試料（例えば生体試料）を使用する。この対象は、がん（例えば、リンパ腫、ＭＭまたは白血病）の患者のような患者であることができる。対象は、哺乳動物、例えばヒトであることができる。対象は、男性または女性であることができ、成人、小児または乳児であることができる。試料は、がん（例えば、リンパ腫、ＭＭもしくは白血病）の活動期の最中のある時点、またはがん（例えば、リンパ腫、ＭＭもしくは白血病）が不活性なときに解析することができる。特定の実施形態では、対象由来の２つ以上の試料を採取することができる。
特定の実施形態では、本発明で提供する方法で用いる試料は、対象から得た体液を含む。体液の非限定的な例としては、血液（例えば全血）、血漿、羊水、房水、胆汁、耳垢、クーパー液、射精前液、乳び、び汁、膣液、間質液、リンパ液、月経血、母乳、粘液、胸膜液、膿汁、唾液、皮脂、精液、血清、汗、涙、尿、膣潤滑液、嘔吐物、水、糞便、体内液（脳及び脊髄周囲の脳脊髄液を含む）、滑液、細胞内液（細胞内側の流体）、ならびに硝子体液（眼球内の流体）が挙げられる。いくつかの実施形態では、試料は、血液試料である。血液試料は、例えば、Ｉｎｎｉｓ ｅｔ ａｌ，ｅｄｓ．，ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，１９９０）に記載されているような従来の技法を用いて採取できる。従来の技法または市販のキット、例えばＲｏｓｅｔｔｅＳｅｐキット（カナダ、バンクーバーのＳｔｅｉｎ Ｃｅｌｌ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を用いて、血液試料から、白血球細胞を分離することができる。従来の技法、例えば、磁気活性化細胞選別（ＭＡＣＳ）（カリフォルニア州オーバーンのＭｉｌｔｅｎｙｉ Ｂｉｏｔｅｃ）または蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）（カリフォルニア州サンノゼのＢｅｃｔｏｎ Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）を用いて、白血球細胞のサブ集団、例えば、単核球、Ｂ細胞、Ｔ細胞、単球、顆粒球またはリンパ球をさらに単離できる。
一実施形態では、血液試料は、約０．１ｍＬ〜約１０．０ｍＬ、約０．２ｍＬ〜約７ｍＬ、約０．３ｍＬ〜約５ｍＬ、約０．４ｍＬ〜約３．５ｍＬまたは約０．５ｍＬ〜約３ｍＬである。別の実施形態では、血液試料は、約０．３ｍＬ、約０．４ｍＬ、約０．５ｍＬ、約０．６ｍＬ、約０．７ｍＬ、約０．８ｍＬ、約０．９ｍＬ、約１．０ｍＬ、約１．５ｍＬ、約２．０ｍＬ、約２．５ｍＬ、約３．０ｍＬ、約３．５ｍＬ、約４．０ｍＬ、約４．５ｍＬ、約５．０ｍＬ、約６．０ｍＬ、約７．０ｍＬ、約８．０ｍＬ、約９．０ｍＬまたは約１０．０ｍＬである。
いくつかの実施形態では、本発明の方法で用いる試料は、生検標本（例えば腫瘍生検標本）を含む。生検標本は、いずれかの器官または組織、例えば、皮膚、肝臓、肺、心臓、大腸、腎臓、骨髄、歯、リンパ節、毛髪、脾臓、脳、乳房またはその他の器官から得たものであることができる。対象から試料を単離するには、当業者に知られているいずれかの生検技法、例えば、開放生検、非切開生検、コア生検、切開生検、切除生検または細針吸引生検を用いることができる。
一実施形態では、本発明で提供する方法で用いる試料は、対象が、疾患または障害に対する治療を受ける前に、対象から採取する。別の実施形態では、試料は、対象が、疾患または障害に対する治療を受けている最中に、対象から採取する。別の実施形態では、試料は、対象が、疾患または障害に対する治療を受けた後に、対象から採取する。各種の実施形態では、その治療には、化合物（例えば、下記の５．７項に示されている化合物）を対象に投与することが含まれる。
特定の実施形態では、本発明で提供する方法で用いる試料は、複数の細胞（がん（例えばリンパ腫、ＭＭまたは白血病）細胞など）を含む。このような細胞としては、いずれかのタイプの細胞、例えば、幹細胞、血液細胞（例えば末梢血単核球（ＰＢＭＣ））、リンパ球、Ｂ細胞、Ｔ細胞、単球、顆粒球、免疫細胞またはがん細胞を挙げることができる。
Ｂ細胞（Ｂリンパ球）としては、例えば、血漿Ｂ細胞、記憶Ｂ細胞、Ｂ１細胞、Ｂ２細胞、辺縁帯Ｂ細胞及び濾胞性Ｂ細胞が挙げられる。Ｂ細胞は、免疫グロブリン（抗体）とＢ細胞レセプターを発現できる。
特異的細胞集団は、市販の抗体（例えば、Ｑｕｅｓｔ Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ（カリフォルニア州サンファンカピストラーノ）またはＤａｋｏ（デンマーク）の抗体）を組み合わせたものを用いて得ることができる。
特定の実施形態では、本発明で提供する方法における細胞は、ＰＢＭＣである。特定の実施形態では、本発明で提供する方法で用いる試料は、疾患組織、例えば、がん（例えばリンパ腫、ＭＭまたは白血病）の個体から得たものである。
特定の実施形態では、化合物の作用を評価するか、作用機序を調べるか、またはバイオマーカーの参照レベルを確立するなどするための疾患モデルとして、細胞株を使用する。いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法で用いる細胞は、がん（例えばＡＭＬ）細胞株に由来するものである。一実施形態では、ＡＭＬ細胞株は、ＫＧ−１細胞株である。別の実施形態では、ＡＭＬ細胞株は、ＫＧ−１Ａ細胞株である。さらに別の実施形態では、ＡＭＬ細胞株は、ＫＡＳＵＭＩ−１細胞株である。さらに別の実施形態では、ＡＭＬ細胞株は、ＮＢ４細胞株である。一実施形態では、ＡＭＬ細胞株は、ＭＶ−４−１１細胞株である。別の実施形態では、ＡＭＬ細胞株は、ＭＯＬＭ−１３細胞株である。さらに別の実施形態では、ＡＭＬ細胞株は、ＨＬ−６０細胞株である。さらに別の実施形態では、ＡＭＬ細胞株は、Ｕ−９３７細胞株である。一実施形態では、ＡＭＬ細胞株は、ＯＣＩ−ＡＭＬ２細胞株である。別の実施形態では、ＡＭＬ細胞株は、ＯＣＩ−ＡＭＬ３細胞株である。さらに別の実施形態では、ＡＭＬ細胞株は、ＨＮＴ−３４細胞株である。さらに別の実施形態では、ＡＭＬ細胞株は、ＭＬ−２細胞株である。一実施形態では、ＡＭＬ細胞株は、ＡＭＬ−１９３細胞株である。別の実施形態では、ＡＭＬ細胞株は、Ｆ３６−Ｐ細胞株である。
特定の実施形態では、本発明で提供する方法は、健常な個体から得た細胞において、遺伝子の再構成を検出するのに有用である。特定の実施形態では、本発明で提供する方法で用いる細胞数は、１つの細胞〜約１０９個の細胞の範囲であることができる。いくつかの実施形態では、本発明で提供する方法で用いる細胞数は、約１×１０４個、約５×１０４個、約１×１０５個、約５×１０５個、約１×１０６個、約５×１０６個、約１×１０７個、約５×１０７個、約１×１０８個、約５×１０８個または約１×１０９個である。
対象から採取する細胞の数とタイプは、例えば、フローサイトメトリー、細胞選別、免疫細胞化学法（例えば、組織特異的抗体もしくは細胞マーカー特異的抗体による染色）、蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）、磁気活性化細胞選別（ＭＡＣＳ）のような標準的な細胞検出技法を用いて、細胞表面マーカーの変化を測定することによって、光学顕微鏡もしくは共焦点顕微鏡を用いて、細胞の形態を調べることによって、ならびに／またはＰＣＲ及び遺伝子発現プロファイリングのような、当該技術分野において周知である技法を用いて、遺伝子発現の変化を測定することによってモニタリングできる。これらの技法は、１つ以上の特定のマーカーに対して陽性である細胞を特定するのにも用いることができる。
特定の実施形態では、本発明で提供する方法において、細胞サブセットを使用する。特異的細胞集団の選別及び単離方法は、当該技術分野において周知であり、細胞のサイズ、形態、または細胞内マーカーもしくは細胞外マーカーに基づくことができる。このような方法としては、フローサイトメトリー、フローソーティング、ＦＡＣＳ、ビーズベースの分離法（磁気細胞選別など）、サイズベースの分離法（例えば、ふるい、障害物の配列またはフィルター）、マイクロフルイディクスデバイスでの選別、抗体ベースの分離法、沈降、親和性吸着、親和性抽出、密度勾配遠心分離、レーザーキャプチャーマイクロダイセクションなどが挙げられるが、これらに限らない。蛍光活性化細胞選別（ＦＡＣＳ）は、細胞を含む粒子を、その粒子の蛍光特性に基づき分離するための周知の方法である（Ｋａｍａｒｃｈ，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｅｎｚｙｍｏｌ．１９８７，１５１：１５０−１６５）。個々の粒子内の蛍光部分のレーザー励起により、わずかに帯電することで、混合物から陽性粒子と陰性粒子を電磁分離可能になる。一実施形態では、細胞表面マーカー特異的抗体またはリガンドは、別個の蛍光標識で標識されている。細胞をセルソーターで処理して、その細胞が、用いる抗体に結合する能力に基づき、細胞を分離させる。ＦＡＣＳで選別する粒子を９６ウェルプレートまたは３８４ウェルプレートの個々のウェルに直接入れて、分離とクローニングを促してよい。
一実施形態では、ＲＮＡ（例えばｍＲＮＡ）またはタンパク質を腫瘍から精製して、遺伝子またはタンパク質発現解析によって、バイオマーカーの有無を測定する。特定の実施形態では、バイオマーカーの有無は、定量リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、マイクロアレイ、フローサイトメトリーまたは免疫蛍光法によって測定する。別の実施形態では、バイオマーカーの有無は、ＥＬＩＳＡまたは当該技術分野において知られているその他の類似の方法によって測定する。
５．５ 試料中のｍＲＮＡレベルの検出方法
ｍＲＮＡレベルを検出または定量するいくつか方法が、当該技術分野において知られている。例示的な方法としては、ノーザンブロット、リボヌクレアーゼ保護アッセイ、ＰＣＲベースの方法などが挙げられるが、これらに限らない。バイオマーカー（例えば、ＣＲＢＮ、もしくはＣＲＢＮに直接もしくは間接的に影響されるタンパク質のｍＲＮＡ、またはその断片）のｍＲＮＡ配列を用いて、そのｍＲＮＡ配列と少なくとも部分的に相補的であるプローブを調製できる。そして、そのプローブを用いて、ＰＣＲベースの方法、ノーザンブロッティング、ディップスティックアッセイなどのようないずれかの好適なアッセイによって、試料中のｍＲＮＡを検出できる。
別の実施形態では、生体試料中の化合物の活性を試験するための核酸アッセイを準備できる。アッセイは典型的には、固体支持体と、その支持体と接触している少なくとも１つの核酸を含み、その核酸は、バイオマーカー（例えば、ＣＲＢＮまたはＣＲＢＮに直接もしくは間接的に影響されるタンパク質）のｍＲＮＡのように、患者への化合物による治療の際に発現が変化したｍＲＮＡの少なくとも一部に対応している。このアッセイは、試料中のそのｍＲＮＡの発現の変化を検出するための手段を有することもできる。
このアッセイ方法は、所望のｍＲＮＡ情報のタイプに応じて変化し得る。例示的な方法としては、ノーザンブロット及びＰＣＲベースの方法（例えばｑＲＴ−ＰＣＲ）が挙げられるが、これらに限らない。ｑＲＴ−ＰＣＲなどの方法は、試料中のｍＲＮＡの量を正確に定量することもできる。
いずれかの好適なアッセイプラットフォームを用いて、試料中のｍＲＮＡの存在を割り出すことができる。例えば、アッセイは、ディップスティック、膜、チップ、ディスク、テストストリップ、フィルター、マイクロスフィア、スライド、マルチウェルプレートまたは光ファイバーの形態であってよい。アッセイシステムは、ｍＲＮＡに対応する核酸が結合した固体支持体を有してもよい。固体支持体は、例えば、プラスチック、シリコン、金属、樹脂、ガラス、膜、粒子、沈殿物、ゲル、ポリマー、シート、球体、多糖、キャピラリー、フィルム、プレートまたはスライドを含んでよい。アッセイ構成要素は、ｍＲＮＡを検出するためのキットとして、一緒に調製及びパッケージ化することができる。
所望の場合、核酸を標識して、標識化したｍＲＮＡの集団を作製できる。概して、試料は、当該技術分野において周知である方法を用いて（例えば、ＤＮＡリガーゼ、ターミナルトランスフェラーゼを用いるか、またはＲＮＡ骨格を標識することによってなど）標識できる。例えば、Ａｕｓｕｂｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｓｈｏｒｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ，３ｒｄ ｅｄ．１９９５）、Ｓａｍｂｒｏｏｋ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．，３ｒｄ ｅｄ．２００１）を参照されたい。いくつかの実施形態では、試料は、蛍光標識で標識する。例示的な蛍光色素としては、キサンテン色素、フルオレセイン色素（例えば、フルオレセインイソチオシアネート（ＦＩＴＣ）、６−カルボキシフルオレセイン（ＦＡＭ）、６カルボキシ−２’，４’，７’，４，７−ヘキサクロロフルオレセイン（ＨＥＸ）、６−カルボキシ−４’，５’−ジクロロ−２’，７’−ジメトキシフルオレセイン（ＪＯＥ））、ローダミン色素（例えば、ローダミン１１０（Ｒ１１０）、Ｎ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テトラメチル−６−カルボキシローダミン（ＴＡＭＲＡ）、６−カルボキシ−Ｘ−ローダミン（ＲＯＸ）、５−カルボキシローダミン６Ｇ（Ｒ６Ｇ５またはＧ５）、６−カルボキシローダミン６Ｇ（Ｒ６Ｇ６またはＧ６））、シアニン色素（例えばＣｙ３、Ｃｙ５及びＣｙ７）、Ａｌｅｘａ色素（例えばＡｌｅｘａ−ｆｌｕｏｒ−５５５）、クマリン、ジエチルアミノクマリン、ウンベリフェロン、ベンズイミド色素（例えばＨｏｅｃｈｓｔ３３２５８）、フェナントリジン色素（例えばＴｅｘａｓ Ｒｅｄ）、エチジウム色素、アクリジン色素、カルバゾール色素、フェノキサジン色素、ポルフィリン色素、ポリメチン色素、ＢＯＤＩＰＹ色素、キノリン色素、ピレン、フルオレセインクロロトリアジニル、エオシン色素、テトラメチルローダミン、リサミン、ナフトフルオレセインなどが挙げられるが、これらに限らない。
いくつかの実施形態では、ｍＲＮＡ配列は、本発明で示されているバイオマーカーの少なくとも１つのｍＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、ＩＫＺＦ１、ｅＲＦ１、ＢＩＰ、ＧＣＮ２、ｅＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＦＡＳ、ＩＲＥ１、ＸＢＰ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＥＤＥＭ１、ＡＴＦ６、カスパーゼ３、カスパーゼ７、カスパーゼ８、カスパーゼ９、ＢＩＤ、ＰＡＲＰ、Ｍｃｌ−１、ＳＲＳＦ３、ＳＲＳＦ６またはその断片のｍＲＮＡからなる群から選択されている。
一実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、ＩＫＺＦ１、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３及びＤＤＩＴ３またはその断片のｍＲＮＡからなる群から選択されている。一実施形態では、ｍＲＮＡは、ＧＳＰＴ１ ｍＲＮＡである。別の実施形態では、ｍＲＮＡは、ＧＳＰＴ２ ｍＲＮＡである。さらに別の実施形態では、ｍＲＮＡは、ＩＫＺＦ１ ｍＲＮＡである。別の実施形態では、ｍＲＮＡは、ＡＴＦ４ ｍＲＮＡである。さらに別の実施形態では、ｍＲＮＡは、ＡＴＦ３ ｍＲＮＡである。別の実施形態では、ｍＲＮＡは、ＤＤＩＴ３ ｍＲＮＡである。上記の核酸は、固体支持体上の特定のアドレス可能な位置に存在してよく、それぞれ、細胞または患者において、化合物で処置すると示差的に発現するｍＲＮＡ配列の少なくとも一部に対応している。
典型的なｍＲＮＡアッセイ方法は、１）表面に結合させた対象プローブを得る工程と、２）特異的な結合をもたらすのに十分な条件で、ｍＲＮＡ集団を、その表面結合プローブにハイブリダイズさせる工程と、（３）ハイブリダイズ後に洗浄して、その表面結合プローブに特異的に結合しなかった核酸を除去する工程と、（４）ハイブリダイズしたｍＲＮＡを検出する工程を含むことができる。これらの各工程で用いる試薬と、その使用条件は、具体的な用途によって変化し得る。
ハイブリダイゼーションは、好適なハイブリダイゼーション条件下で行うことができ、この条件は、所望されるストリンジェンシーの点で異なり得る。典型的な条件は、相補的な結合メンバー間、すなわち、表面に結合させた対象プローブと、試料中の相補的なｍＲＮＡとの間のプローブ／標的複合体を固体表面上に生成させるのに十分な条件である。特定の実施形態では、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件を使用してよい。
ハイブリダイゼーションは典型的には、ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で行う。標準的なハイブリダイゼーション技法（例えば、試料中の標的ｍＲＮＡの、プローブへの特異的な結合をもたらすのに十分な条件下）は、Ｋａｌｌｉｏｎｉｅｍｉ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ １９９２，２５８：８１８−８２１及び国際特許出願公開第ＷＯ９３／１８１８６号に記載されている。一般的な技法のいくつかの手引書、例えばＴｉｊｓｓｅｎ，Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ ｗｉｔｈ Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｐｒｏｂｅｓ，Ｐａｒｔｓ Ｉ ａｎｄ ＩＩ（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ａｍｓｔｅｒｄａｍ １９９３）が入手可能である。インサイチュハイブリダイゼーションに適する技法の説明については、Ｇａｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．１９８１，２１：４７０−４８０、Ａｎｇｅｒｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｇｅｎｅｔｉｃ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ｍｅｔｈｏｄｓ，Ｖｏｌ ７，ｐｇｓ４３−６５（Ｐｌｅｎｕｍ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，Ｓｅｔｌｏｗ ａｎｄ Ｈｏｌｌａｅｎｄｅｒ，ｅｄｓ．１９８５）を参照されたい。温度、塩濃度、ポリヌクレオチド濃度、ハイブリダイゼーション時間及び洗浄条件のストリンジェンシーなどを含む適切な条件の選択は、試料の供給源、捕捉物質の同一性、予測される相補性の度合いなどを含む実験設計に左右されることになり、当業者であれば、日常的な実験の要素として決定することができる。
当業者であれば、代替的であるが、同等のハイブリダイゼーション条件と洗浄条件を用いて、同程度のストリンジェンシーの条件をもたらすことができる旨を容易に認識するであろう。
ｍＲＮＡのハイブリダイゼーション手順後、典型的には、表面に結合したポリヌクレオチドを洗浄して、未結合の核酸を除去する。洗浄は、いずれかの利便的な洗浄プロトコールを用いて行ってよく、その洗浄条件は典型的には、上記のように、ストリンジェントである。続いて、標準的な技法を用いて、標的ｍＲＮＡのプローブへのハイブリダイゼーションを検出する。
ＰＣＲベースの方法のような他の方法を用いて、ＣＲＢＮまたはＣＲＢＮに直接もしくは間接的に影響されるタンパク質の発現を検出することもできる。ＰＣＲの方法の例は、米国特許第６，９２７，０２４号で見ることができ、この特許は、参照により、その全体が本明細書に援用される。ＲＴ−ＰＣＲの方法の例は、米国特許第７，１２２，７９９号で見ることができ、この特許は、参照により、その全体が本明細書に援用される。蛍光インサイチュＰＣＲの方法は、米国特許第７，１８６，５０７号で見ることができ、この特許は、参照により、その全体が本明細書に援用される。
いくつかの実施形態では、ＲＮＡ標的の検出と定量の両方に、定量逆転写ＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）を用いることができる（Ｂｕｓｔｉｎ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ．Ｓｃｉ．２００５，１０９：３６５−３７９）。ｑＲＴ−ＰＣＲによって得られる定量結果は概して、定性的データよりも情報量が多い。したがって、いくつかの実施形態では、ｑＲＴ−ＰＣＲベースのアッセイは、細胞ベースのアッセイの際に、ｍＲＮＡレベルを測定するのに有用であることがある。ｑＲＴ−ＰＣＲの方法は、患者の治療をモニタリングするのにも有用である。ｑＲＴ−ＰＣＲベースの方法の例は、例えば、米国特許第７，１０１，６６３号で見ることができ、この特許は、参照により、その全体が本明細書に援用される。
通常の逆転写酵素ＰＣＲと、アガロースゲルによる解析とは対照的に、ｑＲＴ−ＰＣＲでは、定量結果が得られる。ｑＲＴ−ＰＣＲの更なる利点は、使用が比較的容易なことと、簡便であることである。Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ７５００のようなｑＲＴ−ＰＣＲ用の計器が市販されており、試薬も、ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙなどが市販されている。例えば、ＴａｑＭａｎ（登録商標）Ｇｅｎｅ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ Ａｓｓａｙｓをメーカーの指示に従って使用することができる。これらのキットは、ヒト、マウス及びラットｍＲＮＡ転写産物の迅速で信頼性の高い検出と定量を行うための調合済みの遺伝子発現アッセイである。例示的なｑＲＴ−ＰＣＲプログラムは、例えば、５０℃で２分、９５℃で１０分、９５℃で１５秒を４０サイクル後に、６０℃で１分行うものである。
特定のアンプリコンの蓄積と関連する蛍光シグナルが閾値と交差するサイクル数（ＣＴという）を割り出すために、例えば、比較ＣＴ相対定量算出法を用いる７５００ Ｒｅａｌ−Ｔｉｍｅ ＰＣＲ Ｓｙｓｔｅｍ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｖｓ．というソフトウェアを用いて、データを解析できる。この方法を用いる場合、出力は、発現レベルの倍率変化として表される。いくつかの実施形態では、閾値レベルは、ソフトウェアによって自動的に決定されるように選択できる。いくつかの実施形態では、閾値レベルは、ベースラインを上回るが、増幅曲線の指数関数的増加領域の範囲内となるように十分低くなるよう設定する。
５．６ 試料中のポリペプチドレベルまたはタンパク質レベルの検出方法
いくつかのタンパク質検出方法と定量方法を用いて、ＣＲＢＮまたはＣＲＢＮに直接もしくは間接的に影響されるタンパク質のようなバイオマーカーのレベルを測定できる。いずれかの好適なタンパク質定量方法を用いることができる。いくつかの実施形態では、抗体ベースの方法を使用する。使用できる例示的な方法としては、イムノブロッティング（ウエスタンブロット）、ＥＬＩＳＡ、免疫組織化学法、フローサイトメトリー、サイトメトリービーズアレイ、質量分析などが挙げられるが、これらに限らない。直接ＥＬＩＳＡ、間接ＥＬＩＳＡ及びサンドイッチＥＬＩＳＡを含め、いくつかのタイプのＥＬＩＳＡが広く用いられている。
いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、ＩＫＺＦ１、ｅＲＦ１、ＢＩＰ、ＧＣＮ２、ｅＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＦＡＳ、ＩＲＥ１、ＸＢＰ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＥＤＥＭ１、ＡＴＦ６、カスパーゼ３、カスパーゼ７、カスパーゼ８、カスパーゼ９、ＢＩＤ、ＰＡＲＰ、Ｍｃｌ−１、ＳＲＳＦ３及びＳＲＳＦ６のタンパク質からなる群から選択されている。特定の実施形態では、バイオマーカーは、ＣＲＢＮに直接または間接的に影響されるタンパク質である。一実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、ＩＫＺＦ１、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３及びＤＤＩＴ３からなる群から選択されている。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２及びＩＫＺＦ１からなる群から選択されている。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３及びＤＤＩＴ３からなる群から選択されている。具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１である。別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ２である。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＩＫＺＦ１である。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ４である。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ３である。さらに別の具体的実施形態では、バイオマーカーは、ＤＤＩＴ３である。
５．７ 化合物
特定の実施形態では、本発明で提供するのは、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１は、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３はそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基は、１〜３個のＱという基であり、各Ｑは独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４は独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５は独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊは、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７はそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７は、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成している。
一実施形態では、本発明で提供するのは、下記の式ＩＩの化合物、
Figure 2019504063
 ＩＩ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、上記の式中、
Ｒ１は、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その基は、１〜３個のＱという基であり、各Ｑは独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４は独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５は独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊは、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７はそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７は、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成している。
一実施形態では、本発明の化合物は、式Ｉまたは式ＩＩを有し、式中、Ｒ１は、任意に置換されたアリールであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基は、１〜３個のＱという基であり、各Ｑは独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４は独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５は独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊは、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７はそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７は、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成している。
一実施形態では、化合物は、式Ｉまたは式ＩＩのものであり、式中、Ｒ１は、任意に置換されたアリール、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたヘテロシクリルまたは任意に置換されたヘテロアリールであり、Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基は、１〜３個のＱという基であり、各Ｑは独立して、ハロ、アルキル、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５または−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、各Ｒ４は独立して、直接結合またはアルキレンであり、各Ｒ５は独立して、水素、ハロ、アルキル、アルコキシ、ハロアルコキシまたはハロアルキルであり、ｉ）Ｒ６とＲ７はそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはｉｉ）Ｒ６とＲ７は、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成している。
一実施形態では、化合物は、式Ｉまたは式ＩＩを有しており、式中、Ｒ１は、任意に置換されたフェニル、任意に置換されたシクロヘキシル、任意に置換されたピペリジニルまたは任意に置換されたピリジルであり、Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基は、１〜３個のＱという基であり、各Ｑは独立して、ハロ、アルキル、−Ｒ４ＯＲ５または−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、各Ｒ４は独立して、直接結合またはアルキレンであり、各Ｒ５は独立して、水素、ハロ、アルキル、アルコキシ、ハロアルコキシまたはハロアルキルであり、ｉ）Ｒ６とＲ７はそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはｉｉ）Ｒ６とＲ７は、それらを置換する窒素原子と一体になって、５もしくは６員のヘテロシクリル環を形成している。
一実施形態では、化合物は、式Ｉまたは式ＩＩのものであり、式中、Ｒ１は、任意に置換されたフェニル、任意に置換されたシクロヘキシル、任意に置換されたピペリジニルまたは任意に置換されたピリジルであり、Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基は、１〜３個のＱという基であり、各Ｑは独立して、ブロモ、フルオロ、クロロ、メチル、イソプロピル、ｔｅｒｔブチルトリフルオロメチル、メトキシ、エトキシ、イソプロピルオキシ、メトキシエトキシ、イソプロピルオキシエトキシ、トリフルオロメトキシ、メチルアミノ、ジメチルアミノまたはピペリジニルである。
一実施形態では、化合物は、式Ｉまたは式ＩＩを有しており、式中、Ｒ１は、任意に置換されたアリールであり、Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基は、１〜３個のＱという基であり、各Ｑは独立して、ハロ、アルキル、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、各Ｒ４は独立して、直接結合またはアルキレンであり、各Ｒ５は独立して、水素、ハロ、アルキルまたはハロアルキルであり、Ｒ６とＲ７はそれぞれ独立して、水素またはアルキルである。
一実施形態では、化合物は、式Ｉまたは式ＩＩを有しており、式中、Ｒ１は、任意に置換されたアリールであり、Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基は、１〜３個のＱという基であり、各Ｑは独立して、フルオロ、クロロ、メチル、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＳＲ５または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、各Ｒ４は独立して、直接結合またはメチレンであり、各Ｒ５は独立して、水素、メチル、エチルまたはトリフルオロメチルであり、Ｒ６とＲ７はそれぞれ独立して、水素またはメチルである。
一実施形態では、化合物は、式Ｉまたは式ＩＩを有しており、式中、Ｒ１は、任意に置換されたフェニルであり、Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基は、１〜３個のＱという基であり、各Ｑは独立して、フルオロ、クロロ、メチル、ｔｅｒｔブチル、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＳＲ５または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｏ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、各Ｒ４は独立して、直接結合またはメチレンであり、各Ｒ５は独立して、水素、メチル、エチルまたはトリフルオロメチルであり、Ｒ６とＲ７はそれぞれ独立して、水素またはメチルである。
一実施形態では、本発明で提供するのは、下記の式ＩＩＩの化合物、
Figure 2019504063
 ＩＩＩ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
各Ｑ１は独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、アルコキシアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４は独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５は独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊは、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７はそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７は、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成しており、
ｎは、０〜３である。
一実施形態では、本発明で提供するのは、式ＩＩＩの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、または製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｑ１は、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４は独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５は独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｒ６とＲ７は、
ｉ）それぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、または
ｉｉ）それらを置換する窒素原子と一体になって、５もしくは６員のヘテロシクリルを形成しているものとして選択されており、
ｎは、０〜３である。
一実施形態では、本発明における化合物は、式ＩＩＩのものであり、式中、Ｑ１は、水素、Ｂｒ、Ｃｌ、Ｆ、メチル、イソプロピル、t−ブチル、イソプロピル、シクロプロピル、−ＣＦ３、−ＯＨ、−ＳＣＨ３、−ＳＣＦ３、−Ｃ（ＣＨ３）２Ｆ、−ＯＣＨ３、−ＯＣＦ３、−ＯＣＨ２ＣＨ３、−ＯＣＨ（ＣＨ３）２、−ＯＣＨ２ＣＦ３、−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３、−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ（ＣＨ３）２、−Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３、−ＮＨＣＨ３、−Ｎ（ＣＨ３）２、−Ｏ（ＣＨ２）２−モルホリニル、ピペリジル、モルホリニル、−ＣＨ２−モルホリニル、−Ｏ（ＣＨ２）２−４，４−ジフルオロ−１−ピペリジルまたはｐ−フルオロフェニルである。
一実施形態では、本発明で提供するのは、下記の式ＩＶの化合物、
Figure 2019504063
 ＩＶ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｑ２は、水素、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４は独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５は独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊは、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７はそれぞれ独立して、水素またはアルキルである。
一実施形態では、本発明における化合物は、式ＩＶのものであり、式中、Ｑ２は、水素、ハロ、アルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５または−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、Ｒ４は独立して、直接結合またはアルキレンであり、Ｒ５は、水素、アルキルまたはハロアルキルであり、Ｒ６とＲ７はそれぞれ独立して、水素またはアルキルである。いくつかの実施形態では、Ｑ２は、水素、Ｂｒ、Ｃｌ、Ｆ、メチル、イソプロピル、ｔ−ブチル、イソプロピル、−ＯＣＨ３、−ＳＣＨ３、−Ｃ（ＣＨ３）２Ｆ、−ＯＣＨ（ＣＨ３）２、−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３またはｐ−フルオロフェニルである。
一実施形態では、本発明で提供するのは、下記の式Ｖの化合物、
Figure 2019504063
 Ｖ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｑ３とＱ４はそれぞれ独立して、水素、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４は独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５は独立して、水素、アルキル、ハロアルキル、ヒドロキシアルキルまたはアルコキシアルキルであり、
Ｊは、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７はそれぞれ独立して、水素またはアルキルである。
一実施形態では、本発明における化合物は、式Ｖのものであり、式中、Ｑ４とＱ３はそれぞれ独立して、水素、ハロ、アルキル、アルコキシアルキル、−Ｒ４ＯＲ５または−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、Ｒ４は、直接結合またはアルキレンであり、Ｒ５は、水素、アルキルまたはハロアルキルであり、Ｒ６とＲ７はそれぞれ独立して、水素またはアルキルである。いくつかのこのような実施形態では、Ｑ４とＱ３はそれぞれ独立して、水素、Ｆ、メチル、−ＣＦ３、−ＯＨ、−ＯＣＦ３、−ＯＣＨ２ＣＨ３、ＯＣＨ（ＣＨ３）２、−ＯＣＨ２ＣＦ３または−ＮＨＣＨ３である。
一実施形態では、本発明における化合物は、式Ｖのものであり、式中、Ｑ４は、水素であり、Ｑ３は、水素、ハロ、アルキル、アルコキシアルキル、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ５であり、Ｒ４は、直接結合またはアルキレンであり、Ｒ５は、水素、アルキルまたはハロアルキルであり、Ｒ６とＲ７はそれぞれ独立して、水素またはアルキルである。
一実施形態では、本発明で提供するのは、下記の式ＶＩの化合物、
Figure 2019504063
 ＶＩ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｑ４とＱ５はそれぞれ独立して、水素、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４は独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５は独立して、水素、アルキル、ハロアルキル、アルコキシアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊは、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７はそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７は、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成している。
一実施形態では、本発明における化合物は、式ＶＩのものであり、式中、Ｑ４とＱ５はそれぞれ独立して、水素、ハロ、アルキル、アルコキシアルキル、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ５であり、Ｒ４は、直接結合またはアルキレンであり、Ｒ５は、水素、アルキルまたはハロアルキルであり、Ｒ６とＲ７は、それらを置換する窒素原子と一体になって、６員のヘテロシクリルを形成している。いくつかのこのような実施形態では、Ｑ４とＱ５はそれぞれ独立して、水素、Ｆ、Ｃｌ、−ＯＨ、メチル、−ＣＦ３、−ＮＨＣＨ３、−Ｎ（ＣＨ３）２、−ＯＣＦ３、−ＯＣＨ２ＣＨ３、−ＯＣＨ２ＣＦ３、−ＯＣＨ（ＣＨ３）２、−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３、−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ（ＣＨ３）２、−Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３、Ｏ（ＣＨ２）２−モルホリニル、ピペリジル、モルホリニル、−ＣＨ２−モルホリニルまたは−Ｏ（ＣＨ２）２−４，４−ジフルオロ−１−ピペリジルである。
一実施形態では、本発明で提供するのは、下記の式ＶＩＩの化合物、
Figure 2019504063
 ＶＩＩ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｑ５は、水素、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４は独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５は独立して、水素、アルキル、ハロアルキル、アルコキシアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊは、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７はそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７は、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成している。
一実施形態では、本発明における化合物は、式ＶＩＩのものであり、式中、Ｑ５は、水素、ハロ、アルキル、アルコキシアルキル、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ５であり、Ｒ４は、直接結合またはアルキレンであり、Ｒ５は、水素、アルキルまたはハロアルキルであり、Ｒ６とＲ７は、それらを置換する窒素原子と一体になって、６員のヘテロシクリルを形成している。いくつかのこのような実施形態では、Ｑ５は、水素、Ｆ、Ｃｌ、メチル、ピペリジル、モルホリニル、−ＣＨ２−モルホリニル、−Ｎ（ＣＨ３）２、−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３、−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ（ＣＨ３）２、−Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３または−Ｏ（ＣＨ２）２−４，４−ジフルオロ−１−ピペリジルである。
一実施形態では、本発明で提供するのは、下記の式ＶＩＩＩの化合物、
Figure 2019504063
 ＶＩＩＩ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｑ２とＱ５はそれぞれ独立して、水素、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４は独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５は独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊは、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７はそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７は、それらを置換する窒素原子と一体になって、６員のヘテロシクリルを形成している。
一実施形態では、本発明における化合物は、式ＶＩＩＩのものであり、式中、Ｑ２とＱ５はそれぞれ独立して、水素、ハロ、アルキル、アルコキシアルキル、任意に置換されたアリールまたは−Ｒ４ＯＲ５であり、Ｒ４は、直接結合またはアルキレンであり、Ｒ５は、水素、アルキルまたはハロアルキルである。いくつかのこのような実施形態では、Ｑ２とＱ５はそれぞれ独立して、水素、Ｆ、Ｂｒ、Ｃｌ、メチル、イソプロピル、t−ブチル、−Ｃ（ＣＨ３）２Ｆ、ｐ−フルオロフェニル、シクロプロピル、−Ｎ（ＣＨ３）２、−ＯＣＨ３、−ＯＣＨ（ＣＨ３）２、−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３、−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ（ＣＨ３）２、−Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３、−Ｏ（ＣＨ２）２Ｏ（ＣＨ２）２ＯＣＨ３、−ＯＣＦ３、−Ｏ（ＣＨ２）２−４，４−ジフルオロ−１−ピペリジル、−ＳＣＦ３、モルホリニル、ピペリジルまたはＣＨ２−モルホリニルである。
一実施形態では、本発明で提供する化合物は、
２−（３−クロロ−４−メチルフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
２−（４−クロロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−メトキシフェニル）アセトアミド、
２−（３−クロロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−フルオロフェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−ｐ−トリルアセトアミド、
２−（３，４−ジクロロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
２−（２−クロロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（２−（トリフルオロメチル）フェニル）アセトアミド、
２−（４−ｔｅｒｔ−ブチルフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−フェニルアセトアミド、
２−（３−クロロ−４−フルオロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−（トリフルオロメチルチオ）フェニル）アセトアミド、
２−（２，６−ジフルオロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−ｏ−トリルアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（２−フルオロフェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２−（２−エトキシフェニル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（２−（トリフルオロメトキシ）フェニル）アセトアミド、
２−（３−ブロモ−４−（トリフルオロメトキシ）フェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
２−（３−クロロ−４−メトキシフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−ｍ−トリルアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−イソプロポキシフェニル）アセトアミド、
２−（３，４−ジフルオロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−フルオロフェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（トリフルオロメチル）ピリジン−２−イル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−イソプロピルフェニル）アセトアミド、
２−（２，４−ジクロロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（２−メトキシフェニル）アセトアミド、
２−（４−シクロプロピルフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
２−（４−クロロ−２−フルオロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
２−（４−クロロ−３−フルオロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−フルオロ−２−メチルフェニル）アセトアミド、
２−（３−クロロ−２−メチルフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−フルオロ−２−（トリフルオロメチル）フェニル）アセトアミド、
２−（４−クロロ−２−メチルフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−フルオロ−２−メチルフェニル）アセトアミド、
２−（４−クロロ−２−（トリフルオロメチル）フェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
２−シクロヘキシル−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
２−（４−クロロ−２−（トリフルオロメトキシ）フェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（２−メトキシエトキシ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（２−ヒドロキシエトキシ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−（２−メトキシエトキシ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（２−ヒドロキシエチル）フェニル）アセトアミド、
２−（３−（ジメチルアミノ）フェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（ピペリジン−１−イル）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−モルホリノフェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−フルオロ−２−イソプロポキシフェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（２−（２，２，２−トリフルオロエトキシ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２−（２−エトキシ−４−フルオロフェニル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（２−イソプロポキシフェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（２−フルオロ−４−イソプロポキシフェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（モルホリノメチル）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−フルオロ−２−（２，２，２−トリフルオロエトキシ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−イソプロポキシ−２−メチルフェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−イソプロポキシ−３−メチルフェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−フルオロ−４−イソプロポキシフェニル）アセトアミド、
２−（３−クロロ−４−イソプロポキシフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（２−メチル−４−（トリフルオロメトキシ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（２−フルオロ−４−（トリフルオロメトキシ）フェニル）アセトアミド、
２−（５−クロロピリジン−２−イル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（５−フルオロピリジン−２−イル）アセトアミド、
２−（２，４−ジフルオロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
２−（４−ブロモフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（２−（２−メトキシエトキシ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（１−ヒドロキシシクロヘキシル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（１−ヒドロキシシクロペンチル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−メチル−４−（トリフルオロメトキシ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２−（３−エトキシピリジン−２−イル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−メチルピリジン−２−イル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（５−メチルピリジン−２−イル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２−（２−エトキシ−６−フルオロフェニル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４’−フルオロビフェニル−４−イル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２−（２−エトキシ−５−フルオロフェニル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
２−シクロペンチル−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
２−（３−クロロ−４−（トリフルオロメトキシ）フェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−メトキシ−２−（トリフルオロメチル）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（２−（２−ヒドロキシエトキシ）フェニル）アセトアミド、
２−（４−クロロ−２−エトキシフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（２−ヒドロキシフェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（２−（メチルアミノ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−イソプロポキシ−２−（トリフルオロメチル）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−メチルシクロヘキシル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（２−イソプロポキシエトキシ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−ヒドロキシフェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（（４−メチルピペラジン−１−イル）メチル）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−メチル−２−（トリフルオロメチル）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（２−（２−メトキシエトキシ）エトキシ）フェニル）アセトアミド、
２−（３−（２−（ジメチルアミノ）エトキシ）フェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（５−イソプロピルピリジン−２−イル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（２−（メチルスルホニル）エトキシ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（３−（メチルスルホニル）プロピル）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−（２−フルオロプロパン−２−イル）フェニル）アセトアミド、
２−（１−ベンジル−６−オキソ−１，６−ジヒドロピリジン−３−イル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（５−メトキシピリジン−２−イル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（１−メチル−６−オキソ−１，６−ジヒドロピリジン−３−イル）アセトアミド、
２−（５−ｔｅｒｔ−ブチルピリジン−２−イル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
２−（５−シクロプロピルピリジン−２−イル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（５−イソプロポキシピリジン−２−イル）アセトアミド、
２−（５−ブロモピリジン−２−イル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−フルオロ−２−（トリフルオロメトキシ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−フルオロシクロヘキシル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−（メチルスルホニル）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（メチルスルホニル）フェニル）アセトアミド、
２−（２−アミノピリミジン−５−イル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（５−（トリフルオロメチルチオ）ピリジン−２−イル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（２−（メチルアミノ）エトキシ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（１−メチル−６−オキソ−１，６−ジヒドロピリダジン−３−イル）アセトアミド、
２−（２−アミノピリミジン−４−イル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（ピリミジン−４−イル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（２−（ピペリジン−１−イル）エトキシ）フェニル）アセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（２−モルホリノエトキシ）フェニル）アセトアミド、
２−（３−（２−（４，４−ジフルオロピペリジン−１−イル）エトキシ）フェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド、
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（１−メチル−６−オキソ−１，６−ジヒドロピリダジン−４−イル）アセトアミド及び
Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（３−（４−メチルピペラジン−１−イル）フェニル）アセトアミドからなる群から選択されている。
具体的実施形態では、治療化合物は、２−（４−クロロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド（化合物Ｄ）、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形である。
別の具体的実施形態では、治療化合物は、２−（４−フルオロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド（化合物Ｅ）、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形である。
本発明で提供する各種化合物は、１つ以上のキラル中心を含み、エナンチオマーの混合物（例えばラセミ混合物）またはジアステレオマーの混合物として存在できる。本発明で提供する方法には、上記のような化合物の立体異性体的に純粋な形態と、それらの形態の混合物を使用することが含まれる。例えば、本発明で提供する方法では、特定の化合物のエナンチオマーを等量または不等量含む混合物を使用してよい。これらの異性体は、不斉合成しても、キラルカラムまたはキラル分割剤などの標準的な技法を使用して分割してもよい。Ｊａｃｑｕｅｓ ｅｔ ａｌ．，Ｅｎａｎｔｉｏｍｅｒｓ，Ｒａｃｅｍａｔｅｓ ａｎｄ Ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎｓ（Ｗｉｌｅｙ−Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８１）、Ｗｉｌｅｎ ｅｔ ａｌ．，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ １９７７，３３：２７２５−２７３６、Ｅｌｉｅｌ，Ｓｔｅｒｅｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ｏｆ Ｃａｒｂｏｎ Ｃｏｍｐｏｕｎｄｓ（ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ，ＮＹ，１９６２）、Ｗｉｌｅｎ，Ｔａｂｌｅｓ ｏｆ Ｒｅｓｏｌｖｉｎｇ Ａｇｅｎｔｓ ａｎｄ Ｏｐｔｉｃａｌ Ｒｅｓｏｌｕｔｉｏｎｓ，ｐ．２６８（Ｅｌｉｅｌ，ｅｄ．，Ｕｎｉｖ．ｏｆ Ｎｏｔｒｅ Ｄａｍｅ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｏｔｒｅ Ｄａｍｅ，ＩＮ，１９７２）を参照されたい。
また、本発明で提供するのは、本発明で提供する化合物を同位体的に濃縮したアナログである。医薬を同位体的に濃縮して（例えば重水素化して）、薬物動態（「ＰＫ」）と、薬力学的作用（「ＰＤ」）と、毒性プロファイルを改善することは、いくつかのクラスの薬物で過去に示されている。例えば、Ｌｉｊｉｎｓｋｙ ｅｔ．ａｌ．，Ｆｏｏｄ Ｃｏｓｍｅｔ．Ｔｏｘｉｃｏｌ．，２０：３９３（１９８２）、Ｌｉｊｉｎｓｋｙ ｅｔ．ａｌ．，Ｊ．Ｎａｔ．Ｃａｎｃｅｒ Ｉｎｓｔ．，６９：１１２７（１９８２）、Ｍａｎｇｏｌｄ ｅｔ．ａｌ．，Ｍｕｔａｔｉｏｎ Ｒｅｓ．３０８：３３（１９９４）、Ｇｏｒｄｏｎ ｅｔ．ａｌ．，Ｄｒｕｇ Ｍｅｔａｂ．Ｄｉｓｐｏｓ．，１５：５８９（１９８７）、Ｚｅｌｌｏ ｅｔ．ａｌ．，Ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ，４３：４８７（１９９４）、Ｇａｔｅｌｙ ｅｔ．ａｌ．，Ｊ．Ｎｕｃｌ．Ｍｅｄ．，２７：３８８（１９８６）、Ｗａｄｅ Ｄ，Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．Ｉｎｔｅｒａｃｔ．１１７：１９１（１９９９）を参照されたい。
いずれかの特定の理論に拘束される訳ではないが、薬物の同位体的な濃縮を用いて、例えば、（１）不要な代謝物を低減もしくは排除したり、（２）親薬物の半減期を延長したり、（３）所望の作用をもたらすのに必要な投与数を減らしたり、（４）所望の作用をもたらすのに必要な投与量を軽減したり、（５）いずれかの活性代謝物が形成される場合、その形成を増大させたり、ならびに／または（６）特定の組織において、有害な代謝物の産生を軽減したり、ならびに／もしくは併用療法（その併用療法が意図的か否かは問わない）のために、有効性の向上した薬物及び／もしくは安全性の向上した薬物を作製したりできる。
原子が、その同位体の１つに置換されると、化学反応の反応速度が変化する場合が多い。この現象は、速度論的同位体効果（「ＫＩＥ」）として知られている。例えば、Ｃ−Ｈ結合が、化学反応における律速段階（すなわち、遷移状態のエネルギーが最も高い段階）の際に分断される場合、その水素の重水素への置換により、反応速度が遅くなり、その反応プロセスが遅くなる。この現象は、重水素速度論的同位体効果（「ＤＫＩＥ」）として知られている（例えば、Ｆｏｓｔｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ａｄｖ．Ｄｒｕｇ Ｒｅｓ．，ｖｏｌ．１４，ｐｐ．１−３６（１９８５）、Ｋｕｓｈｎｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｃａｎ．Ｊ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．，ｖｏｌ．７７，ｐｐ．７９−８８（１９９９））を参照されたい）。
ＤＫＩＥの程度は、Ｃ−Ｈ結合が分断される所定の反応の速度と、水素が重水素に置換されている場合の同じ反応との速度の比として表すことができる。ＤＫＩＥは、約１（同位体効果のない場合）から、非常に大きな数（５０を超える数など）までに及ぶことができ、５０を超える場合は、水素を重水素に置換すると、その反応が、５０倍超遅くなり得ることを意味する。特定の理論に拘束されるものではないが、ＤＫＩＥ値が高いのは、部分的には、不確定性原理の結果であるトンネリングとして知られる現象によるものと見られる。トンネリングは、水素原子の小さい質量に起因するとともに、プロトンの関与する遷移状態が、所要の活性化エネルギーのない状態で形成される場合があり得るために生じる。重水素の質量は水素よりも重いので、統計的には、この現象を起こす可能性が水素よりもかなり低い。
トリチウム（「Ｔ」）は、水素の放射性同位体であり、研究、核融合炉、中性子発生装置及び放射性医薬品で用いられている。トリチウムは、核内に中性子を２つ有するとともに、原子量が約３である水素原子である。トリチウムは、天然においては、環境内で最も低い濃度で存在し、Ｔ２Ｏとして見られることが最も一般的である。トリチウムは、ゆっくり分解し（半減期＝１２．３年）、ヒトの皮膚の外層を通過できない低エネルギーのβ粒子を放出する。この同位体に関連する主な危険は、内部被ばくであるが、重大な健康リスクを引き起こすには、大量に摂取しなければならない。トリチウムは、危険なレベルに到達するまでに必要な消費量が重水素よりも少ない。水素がトリチウム（「Ｔ」）に置換されると、重水素よりも強固な結合が得られ、重水素よりも数値的に大きい同位体効果が得られる。
同様に、他の元素の同位体への置換（炭素の１３Ｃまたは１４Ｃへの置換、硫黄の３３Ｓ、３４Ｓまたは３６Ｓへの置換、窒素の１５Ｎへの置換、及び酸素の１７Ｏまたは１８Ｏへの置換が挙げられるが、これらに限らない）により、同様の速度論的同位体効果が得られる。
動物の体では、その循環系から、治療剤などの外来物質を除去する目的で、様々な酵素が発現される。このような酵素の例としては、腎排泄のために、これらの外来物質と反応して、極性の向上した中間体または代謝物に変換させるシトクロムＰ４５０酵素（「ＣＹＰ」）、エステラーゼ、プロテアーゼ、レダクターゼ、デヒドロゲナーゼ及びモノアミンオキシダーゼが挙げられる。特に一般的な医薬化合物代謝反応のいくつかは、炭素−水素（Ｃ−Ｈ）結合を炭素−酸素（Ｃ−Ｏ）または炭素−炭素（Ｃ−Ｃ）π結合のいずれかに酸化することを伴う。得られる代謝物は、生理的条件下で安定であることも、不安定であることもあり、親化合物と実質的に異なる薬物動態プロファイル、薬力学プロファイル、及び急性かつ長期的な毒性プロファイルを有し得る。多くの薬物では、このような酸化は急速である。その結果、これらの薬物では、複数回投与したり、または１日当たりの投与量を多くしたりする必要があることが多い。
本発明で提供する化合物の特定の位置で同位体的に濃縮すると、天然の同位体組成を有する同様の化合物と比べて、本発明で提供する化合物の薬物動態プロファイル、薬理学的プロファイル及び／または毒物学的プロファイルに影響を及ぼす検出可能なＫＩＥを得ることができる。一実施形態では、代謝の際のＣ−Ｈ結合切断部位において、重水素濃縮を行う。
化合物を試験して、所望の抗増殖活性を有する化合物を同定するには、標準的な生理学的手順、薬理学的手順及び生化学的手順を利用可能である。
このようなアッセイとしては、例えば、結合アッセイ、放射能取り込みアッセイのような生化学的アッセイと、様々な細胞ベースのアッセイが挙げられる。本発明で提供する化合物は、当業者に知られている方法によって、また、本明細書の実施例の項に示されている手順と同様の手順と、その通常的な修正形態に従って調製できる。
化合物を調製するための例示的な反応スキームを以下に示す。
Figure 2019504063
上記の詳細な説明と付随の例は、例示的なものに過ぎず、主題の範囲を限定するものとして解釈すべきでないことが分かる。開示されている実施形態に対する各種の変更と修正は、当業者には明らかであろう。このような変更と修正（本発明で示す化学構造、置換基、誘導体、中間体、合成、調合及び／または使用方法に関する変更と修正が挙げられるが、これらに限らない）は、本発明の趣旨と範囲から逸脱しなければ、行ってよい。本明細書で参照されている米国特許と文献は、参照により援用される。
５．８ 医薬組成物
特定の実施形態では、本発明で提供するのは、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を含む医薬組成物である。いくつかの実施形態では、本発明で提供する医薬組成物は、本発明で提供する化合物の１つ以上を治療上有効な量と、製薬学的に許容可能な担体、希釈剤または賦形剤とを含む。いくつかの実施形態では、化合物は、その組成物における唯一の製薬学的活性成分として調合しても、他の活性成分と組み合わせてもよい。特定の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄまたは化合物Ｅである。一実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｄである。別の実施形態では、式Ｉの化合物は、化合物Ｅである。
化合物は、注射、舌下及び口腔内、直腸、経腟、眼局所、耳内、経鼻、吸入、霧状化、皮膚または経皮などの様々な投与経路に適する医薬組成物に調合できる。典型的には、上記の化合物は、当該技術分野において周知である技法と手順を用いて、医薬組成物に調合する（例えば、Ａｎｓｅｌ，Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ Ｄｏｓａｇｅ Ｆｏｒｍｓ，（７ｔｈ ｅｄ．１９９９）を参照されたい）。
本発明の組成物では、有効濃度の１つ以上の化合物または製薬学的に許容可能な塩が、好適な製剤用担体またはビヒクルと混合されている。特定の実施形態では、組成物中の化合物の濃度は、投与したときに、固形がんと血液がんを含むがんの症状及び／または進行のうちの１つ以上を治療、予防または改善する量を送達するのに有効な濃度である。
活性化合物は、治療する患者に、望ましくない副作用のない状態で、治療上有用な作用をもたらすのに十分な量にする。治療上有効な濃度は、本明細書に記載されているインビトロ系とインビボ系において、化合物を試験してから、その試験結果から、ヒトへの投与量について推定することによって、実験で定めてよい。医薬組成物中の活性化合物の濃度は、その活性化合物の吸収、組織分布、不活化及び排泄率、その化合物の物理化学的特徴、投与スケジュール、投与量、ならびに当業者に知られているその他の要因に左右されることになる。
製薬学上、治療上活性な化合物とその塩は、単位投与形態または複数回投与形態で調合及び投与する。単位投与形態とは、本明細書で使用する場合、ヒトと動物の対象に適する物理的に別個の単位を指し、当該技術分野において知られているようにして、個別に包装されている。各単位用量には、必要な製剤用担体、ビヒクルまたは希釈剤と併せて、所望の治療作用をもたらすのに十分な所定量の治療上活性な化合物が含まれる。単位投与形態の例としては、アンプル、シリンジ、及び個別包装の錠剤またはカプセル剤が挙げられる。単位投与形態は、それを分割して、または複数で投与してもよい。複数回投与形態は、分割して単位投与形態を投与するために、同じ単位投与形態が複数、１つの容器に包装されているものである。複数回投与形態の例としては、錠剤もしくはカプセル剤の入ったバイアルもしくはボトル、または数パイントもしくは数ガロンのボトルが挙げられる。すなわち、複数回投与形態は、パッケージ内で分割されていない状態で、単位用量が複数集まったものである。
正確な投与量と治療期間は、治療する疾患の相関的要素であり、既知の試験プロトコールを用いて、またはインビボもしくはインビトロ試験データから推定することによって、実験で定めてよいことは分かる。濃度と投与量の値は、緩和対象の状態の重症度によっても変化し得ることに留意されたい。いずれかの特定の対象では、時間の経過とともに、個々のニーズと、組成物を投与するかまたはその投与について指導する専門家の判断に従って、具体的な投与レジメンを調節する必要があることと、本明細書に定められている濃度範囲は、例示的なものに過ぎず、特許請求されている組成物の範囲または実施を限定するようには意図されていないことをさらに理解されたい。
非経口投与、皮内投与、皮下投与または局所投与で用いる液剤または懸濁剤は、滅菌希釈剤（水、生理食塩水、固定油、ポリエチレングリコール、グリセリン、プロピレングリコール、ジメチルアセトアミドまたはその他の合成溶媒など）、抗菌剤（ベンジルアルコール及びメチルパラベンなど）、抗酸化剤（アスコルビン酸及び重硫酸ナトリウムなど）、キレート剤（エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）など）、緩衝剤（アセテート、シトレート及びフォスフェートなど）、ならびに浸透圧調節剤（ナトリウムクロライドまたはデキストロースなど）のうちの構成要素のいずれかを含むことができる。非経口調製剤は、ガラス、プラスチックまたはその他の好適な材料で作られたアンプル、ペン、使い捨て式シリンジ、または単位投与量もしくは複数回投与量バイアルに入れることができる。
化合物の溶解性が不十分な場合には、化合物を可溶化する方法を用いてもよい。このような方法は、当業者に知られており、ジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）のような共溶媒を用いること、ＴＷＥＥＮ（登録商標）のような界面活性剤を用いること、または化合物を水酸化ナトリウム水溶液、炭酸水素ナトリウム水溶液もしくは塩酸水溶液に溶解することが挙げられるが、これらに限らない。
徐放調製剤を調製することもできる。徐放調製剤の好適な例としては、本発明で提供する化合物を含む固体疎水性ポリマーの半透性マトリックスであって、そのマトリックスが、成形品、例えば、フィルムまたはマイクロカプセルの形態であるものが挙げられる。徐放マトリックスの例としては、イオントフォレシスパッチ、ポリエステル、ヒドロゲル（例えば、ポリ（２−ヒドロキシエチル−メタクリレート）またはポリ（ビニルアルコール））、ポリラクチド、Ｌ−グルタミン酸とエチル−Ｌ−グルタメートとのコポリマー、非分解性エチレン−ビニルアセテート、分解性乳酸−グリコール酸コポリマー（ＬＵＰＲＯＮ ＤＥＰＯＴ（商標）（乳酸−グリコール酸コポリマーとロイプロリドアセテートで構成された注射用マイクロスフィア）など）、及びポリ−Ｄ−（−）−３−ヒドロキシ酪酸が挙げられる。エチレン−ビニルアセテートのようなポリマーと、乳酸−グリコール酸により、１００日にわたって、分子を放出できるようになるが、特定のヒドロゲルは、これよりも短い期間で、タンパク質を放出させる。カプセル化した化合物が、体内に長期間留まるときには、その化合物は、３７℃で水分に暴露されると、変性または凝集でき、その結果、生物学的活性が消失し、その構造が変化する可能性がある。関与する作用機序に応じて、安定化のために、合理的な方策を考案できる。例えば、その凝集機序が、チオ−ジスルフィド交換を通じて分子間Ｓ−Ｓ結合の形成であることを見出した場合には、安定化は、スルフヒドリル残基を修飾し、酸性溶液から凍結乾燥し、水分含量を制御し、適当な添加剤を使用し、特定のポリマーマトリックス組成物を作ることによって行ってよい。
本発明で提供する組成物であって、ラクトースを含まない組成物は、当該技術分野において周知であるとともに、例えば、Ｔｈｅ Ｕ．Ｓ．Ｐｈａｒｍａｃｏｐｅｉａ（ＵＳＰ）に列挙されている賦形剤を含むことができる。概して、ラクトースを含まない組成物は、活性成分と、結合剤／充填剤と、潤沢剤を、製薬学的に適合性があり、製薬学的に許容可能である量で含む。ラクトースを含まない例示的な剤形は、活性成分と、微結晶性セルロースと、アルファ化デンプンと、マグネシウムステアレートを含む。
さらに、本発明で提供する化合物を含む無水の医薬組成物と剤形も含む。本発明で提供する無水の医薬組成物と剤形は、当業者に知られているように、無水または低水分量の成分と、低水分条件または低湿条件を用いて調製できる。無水医薬組成物は、その無水性が保たれるように調製及び保存しなければならない。したがって、無水組成物は、好適な製剤キットに含めることができるように、水への暴露を防ぐことが知られている材料を用いて包装する。好適な包装材の例としては、密閉ホイル、プラスチック、単位用量用容器（例えばバイアル）、ブリスターパック及びストリップパックが挙げられるが、これらに限らない。
活性成分を０．００１％〜１００％の範囲で含み、残部が非毒性の担体からなる剤形または組成物を調製してよい。いくつかの実施形態では、想定されている組成物は、活性成分を約０．００５％〜約９５％含む。別の実施形態では、想定されている組成物は、活性成分を約０．０１％〜約９０％含む。別の実施形態では、想定されている組成物は、活性成分を約０．１％〜約８５％含む。別の実施形態では、想定されている組成物は、活性成分を約０．１％〜約７５〜９５％含む。
この組成物は、所望の組み合わせの特性を得るために、他の活性化合物を含んでよい。本発明で提供する化合物または本明細書に記載されているようなその製薬学的に許容可能な塩は、有益なことに、治療または予防目的で、上で言及した疾患または病状（固形がんまたは血液がんなど）の１つ以上の治療において有用なことが一般技術分野で知られている別の薬理剤とともに投与してもよい。このような併用療法が、本発明で提供する組成物と治療方法のさらなる態様を構成することを理解されたい。
５．８．１ 注射剤、液剤及び乳剤
本発明の組成物の非経口投与としては、静脈内投与、皮下投与及び筋内投与が挙げられる。非経口投与用の組成物としては、すぐに注射できる滅菌液剤、滅菌乾燥可溶性物（使用直前に溶媒と組み合わせる状態になっている凍結乾燥粉末など）、すぐに注射できる滅菌懸濁剤、及び滅菌乳剤が挙げられる。この液剤は、水性であっても、非水性であってもよい。単位投与用の非経口調製剤は、アンプル、バイアルまたは注射針付きシリンジに入っている。非経口投与の調製剤はいずれも、当該技術分野において知られているとともに、実施されているように、滅菌されていなければならない。
非経口調製剤で用いる製薬学的に許容可能な担体としては、水性ビヒクル、非水性ビヒクル、抗菌剤、等張化剤、緩衝剤、抗酸化剤、局所麻酔剤、懸濁化及び分散剤、乳化剤、金属イオン封鎖またはキレート剤、ならびにその他の製薬学的に許容可能な物質が挙げられる。
水性ビヒクルの例としては、ナトリウムクロライド注射液、リンゲル注射液、等張デキストロース注射液、注射用滅菌水、デキストロース及び乳酸リンゲル注射液が挙げられる。非水性非経口ビヒクルとしては、綿実油、コーン油、ゴマ油及びラッカセイ油などの植物油の固定油が挙げられる。複数回投与用容器に入れる非経口調製剤には、静菌濃度または静真菌濃度の抗菌剤を加えなければならず、この抗菌剤としては、フェノールまたはクレゾール、水銀剤、ベンジルアルコール、クロロブタノール、メチル及びプロピル−ｐ−ヒドロキシ安息香酸エステル、チメロサール、ベンザルコニウムクロライド、ならびにベンゼトニウムクロライドが挙げられる。等張化剤としては、ナトリウムクロライドとデキストロースが挙げられる。緩衝剤としては、フォスフェートとシトレートが挙げられる。抗酸化剤としては、重硫酸ナトリウムが挙げられる。局所麻酔剤としては、プロカインヒドロクロライドが挙げられる。懸濁化及び分散剤としては、ナトリウムカルボキシメチルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース及びポリビニルピロリドンが挙げられる。乳化剤としては、ポリソルベート８０（ＴＷＥＥＮ（登録商標）８０）が挙げられる。金属イオン封鎖剤または金属イオンのキレート剤としては、ＥＤＴＡが挙げられる。製剤用担体としては、水混和性ビヒクル用のエチルアルコール、ポリエチレングリコール及びプロピレングリコール、ならびにｐＨ調整用の水酸化ナトリウム、塩酸、クエン酸または乳酸も挙げられる。
注射剤は、局部投与と全身投与用に設計されている。典型的には、治療する組織（複数可）に対して活性化合物を少なくとも約０．１％ｗ／ｗから、約９０％ｗ／ｗ以上までの濃度（１％ｗ／ｗ超など）で含めるように、治療上有効な投与量を調合する。この活性成分は、１回投与しても、時間間隔をあけて、投与量を多くのより少量に分けて投与してもよい。正確な投与量と治療期間は、治療する組織の相関的要素であり、既知の試験プロトコールを用いて、またはインビボもしくはインビトロ試験データから推定することによって、実験で定めてよいことが分かる。濃度と投与量の値は、治療する個体の年齢によって変化し得ることにも留意されたい。いずれかの特定の対象では、時間の経過とともに、個々のニーズと、製剤を投与するかまたはその投与について指導する専門家の判断に従って、具体的な投与レジメンを調節する必要があることと、本明細書に定められている濃度範囲は、例示的なものに過ぎず、特許請求されている製剤の範囲または実施を限定するようには意図されていないことをさらに理解されたい。
５．８．２ 凍結乾燥粉末
本発明においてさらに目的とするものは、投与の際に、液剤、乳剤及びその他の混合物として再構成できる凍結乾燥粉末である。この凍結乾燥粉末は、固体またはゲルとして再構成と調合をしてもよい。
滅菌凍結乾燥粉末は、本発明で提供する化合物またはその製薬学的に許容可能な塩を好適な溶媒に溶解することによって調製する。この溶媒は、安定性を向上させる賦形剤、またはその粉末もしくはその粉末から調製した再構成済みの液剤の他の薬理学的構成成分を含んでよい。用いてよい賦形剤としては、デキストロース、ソルビトール、フルクトース、コーンシロップ、キシリトール、グリセリン、グルコース、スクロースまたはその他の好適な賦形剤が挙げられるが、これらに限らない。溶媒は、シトレート、フォスフェートまたは当業者に知られているその他の緩衝剤のような緩衝剤も含んでよい。続いて、上記の溶液を滅菌ろ過してから、当業者に知られている標準的な条件下で凍結乾燥することによって、所望の製剤が得られる。概して、得られた液剤は、凍結乾燥用のバイアルに分けて入れる。各バイアルには、その化合物の単回投与量または複数回投与量を入れることになる。凍結乾燥粉末は、適切な条件（約４℃〜室温など）で保存することができる。
一態様では、この凍結乾燥製剤は、投与前に、好適な希釈剤で適切な濃度に再構成するのに適している。一実施形態では、凍結乾燥製剤は、室温において安定している。一実施形態では、凍結乾燥製剤は、室温において、最長で約２４カ月安定している。一実施形態では、凍結乾燥製剤は、室温において、最長で約２４カ月、最長で約１８カ月、最長で約１２カ月、最長で約６カ月、最長で約３カ月または最長で約１カ月安定している。一実施形態では、凍結乾燥製剤は、保存時、４０℃／７５％ＲＨの加速条件下で、最長で約１２カ月、最長で約６カ月または最長で約３カ月安定している。
いくつかの実施形態では、凍結乾燥製剤は、静脈内投与用に水溶液で再構成するのに適している。特定の実施形態では、本発明で提供する凍結乾燥製剤は、水で再構成するのに適している。一実施形態では、再構成済み水溶液は、再構成してから、室温において、最長で約２４時間安定している。一実施形態では、再構成済みの水溶液は、再構成してから、室温において、約１〜２４時間、２〜２０時間、２〜１５時間、２〜１０時間安定している。一実施形態では、再構成済みの水溶液は、再構成してから、室温において、最長で約２０時間、１５時間、１２時間、１０時間、８時間、６時間、４時間または２時間安定している。特定の実施形態では、再構成した凍結乾燥製剤は、ｐＨが約４〜５である。
特定の実施形態では、凍結乾燥製剤は、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形と、緩衝剤と、充填剤を含む。
一実施形態では、凍結乾燥製剤は、その凍結乾燥製剤の総重量に対して、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を約０．１〜２％と、緩衝剤を約１〜１５％と、充填剤を約７０〜９５％含む。
特定の実施形態では、凍結乾燥製剤は、その凍結乾燥製剤の総重量に対して、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を約０．１〜約２％で含む。いくつかの実施形態では、凍結乾燥製剤は、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形をバイアル、例えば２０ｍｌのバイアル内に、約０．１ｍｇ〜約５ｍｇの量で含む。
特定の実施形態では、凍結乾燥製剤は、凍結乾燥製剤の総重量に対して、シトレート緩衝剤を約５％〜約２５％の量で含む。一実施形態では、シトレート緩衝剤は、無水クエン酸と無水ナトリウムシトレートを含む。
いくつかの実施形態では、凍結乾燥製剤中の充填剤は、Ｃａｐｔｉｓｏｌ（登録商標）、マンニトールまたはＫｌｅｐｔｏｓｅ（登録商標）、例えば、β−シクロデキストリン、ヒドロキシプロピルβ−シクロデキストリン及びメチル化β−シクロデキストリンを含む。
凍結乾燥製剤は、患者に非経口投与する目的で、いずれかの製薬学的に許容可能な希釈剤を用いて再構成できる。このような希釈剤としては、注射用滅菌水（ＳＷＦＩ）、５％デキストロース水溶液（Ｄ５Ｗ）または共溶媒系が挙げられるが、これらに限らない。いずれかの量の希釈剤を用いて、凍結乾燥製剤を再構成して、好適な注射用液剤を調製するようにしてよい。したがって、希釈剤の量は、凍結乾燥製剤を溶解するのに十分な量でなければならない。一実施形態では、１〜５ｍＬまたは１〜３ｍＬの希釈剤を用いて凍結乾燥製剤を再構成して、式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形の終濃度を約０．１〜５ｍｇ／ｍＬ、約０．１〜１ｍｇ／ｍＬまたは約０．５〜１ｍｇ／ｍＬにする。特定の実施形態では、再構成済みの液剤中の式Ｉの化合物、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形の終濃度は、約０．５ｍｇ／ｍＬである。特定の実施形態では、０．０５〜０．５ｍｇ／ｍＬの終濃度を得るための再構成希釈剤の体積は、２ｍｌ〜２０ｍｌの間で変動する。特定の実施形態では、所要投与量に応じて、複数のバイアルを再構成に用いてよい。
５．８．３ 局所投与
局所混合物は、局部投与と全身投与用に、説明されているようにして調製する。得られる混合物は、溶液、懸濁液、乳濁液などであってよく、その混合物をクリーム、ゲル、軟膏剤、乳剤、液剤、エリキシル剤、ローション剤、懸濁剤、チンキ剤、パスタ剤、発泡剤、エアゾール剤、灌注剤、噴霧剤、坐剤、絆創膏剤、皮膚パッチまたは局所投与に適するいずれかの他の製剤として調合する。
化合物またはその製薬学的に許容可能な塩は、局所投与（吸入によるなど）用のエアゾール剤として調合してよい（例えば、炎症性疾患、特にぜんそくの治療に有用なステロイドを送達するためのエアゾール剤について説明している米国特許第４，０４４，１２６号、同第４，４１４，２０９号及び同第４，３６４，９２３号を参照されたい）。気道に投与するためのこれらの製剤は、ネブライザー用のエアゾール剤もしくは液剤、または通気用の超微粒粉末の形態であって、単独で、またはラクトースのような不活性担体と組み合わせた形態であることができる。このようなケースでは、製剤の粒径は、５０マイクロメートル未満または１０マイクロメートル未満となる。
これらの液剤、特に、眼科用途として意図されている液剤は、適度な塩を含むｐＨ約５〜７の０．０１％〜１０％等張液として調合してよい。
５．８．４ 他の投与経路用の組成物
本発明では、経皮パッチ及び直腸投与のような他の投与経路も想定されている。
例えば、直腸投与用の医薬品剤形は、全身作用のための肛門坐剤、カプセル剤及び錠剤である。肛門坐剤とは、本明細書で使用する場合、直腸内に挿入する固形物であって、体温で融解または軟化して、１つ以上の薬理学上または治療上活性な成分を放出する固形物を意味する。肛門坐剤で用いる製薬学的に許容可能な物質としては、基剤（またはビヒクル）と、融点を上昇させる物質が挙げられる。基剤の例としては、例えば、ココアバター（テオブロマ油）、グリセリンゼラチン、カーボワックス（ポリオキシエチレングリコール）、ならびに脂肪酸のモノグリセリド、ジグリセリド及びトリグリセリドの適切な混合物が挙げられる。各種基剤を組み合わせたものを用いてもよい。坐剤の融点を上昇させる物質としては、例えば、ゲイロウとワックスが挙げられる。肛門坐剤は、圧縮法または成形のいずれかによって調製してよい。肛門坐剤の例示的な重量は、約２〜３グラムである。
５．８．５ 徐放組成物
本発明で提供する活性成分は、放出制御手段によって、または当業者に周知である送達器具によって投与できる。例としては、米国特許第３，８４５，７７０号、同第３，９１６，８９９号、同第３，５３６，８０９号、同第３，５９８，１２３号、同第４，００８，７１９号、同第５，６７４，５３３号、同第５，０５９，５９５号、同第５，５９１，７６７号、同第５，１２０，５４８号、同第５，０７３，５４３号、同第５，６３９，４７６号、同第５，３５４，５５６号、同第５，６３９，４８０号、同第５，７３３，５６６号、同第５，７３９，１０８号、同第５，８９１，４７４号、同第５，９２２，３５６号、同第５，９７２，８９１号、同第５，９８０，９４５号、同第５，９９３，８５５号、同第６，０４５，８３０号、同第６，０８７，３２４号、同第６，１１３，９４３号、同第６，１９７，３５０号、同第６，２４８，３６３号、同第６，２６４，９７０号、同第６，２６７，９８１号、同第６，３７６，４６１号、同第６，４１９，９６１号、同第６，５８９，５４８号、同第６，６１３，３５８号、同第６，６９９，５００号及び同第６，７４０，６３４号（それぞれ、参照により、本明細書に援用される）に記載されているものが挙げられるが、これらに限らない。このような剤形を用いて、例えば、ヒドロプロピルメチルセルロース、その他のポリマーマトリックス、ゲル、透過性膜、浸透圧システム、多層コーティング、微小粒子、リポソーム、マイクロスフィアまたはこれらを組み合わせたものによって、１つ以上の活性成分を徐放または制御放出させて、様々な割合で所望の放出プロファイルをもたらすことができる。本明細書に記載されている製剤を含め、当業者に知られている好適な放出制御型製剤は、本発明で提供する活性成分とともに用いる目的で容易に選択できる。
放出制御型の医薬品にはいずれも、非制御型の対応物よりも、薬物療法を改善させるという共通の目的がある。一実施形態では、最適に設計した放出制御型調製剤を医療において用いることは、最低限の薬物を用いて、最小限の期間で、状態を治癒または制御することによって特徴付けられる。特定の実施形態では、放出制御型製剤の利点としては、薬物活性の延長と、投与頻度の軽減と、患者コンプライアンスの向上が挙げられる。加えて、放出制御型製剤を用いて、作用開始時間またはその他の特徴（薬物の血中レベルなど）に影響を及ぼすことができるので、副作用（例えば有害作用）の発生に影響を及ぼすことができる。
大半の放出制御型製剤は、所望の治療効果を即座にもたらす量の薬物（活性成分）を最初に放出した後に、そのレベルの治療効果または予防効果を長期間保つように、別の量の薬物を徐々に、かつ持続的に放出するように設計されている。体内で薬物をこの一定レベルに保つためには、代謝される薬物と、体内から排泄される薬物の量を補充する速度で、薬物が剤形から放出されなければならない。活性成分の放出制御は、各種条件（ｐＨ、温度、酵素、水、その他の生理的条件または化合物が挙げられるが、これらに限らない）によって刺激できる。
特定の実施形態では、この薬剤は、静脈内注入、埋め込み型浸透圧ポンプ、経皮パッチ、リポソームまたはその他の投与様式を用いて投与してよい。一実施形態では、ポンプを用いてよい。Ｓｅｆｔｏｎ，ＣＲＣ Ｃｒｉｔ．Ｒｅｆ．Ｂｉｏｍｅｄ．Ｅｎｇ．１９８７，１４：２０１−２４０、Ｂｕｃｈｗａｌｄ ｅｔ ａｌ．，Ｓｕｒｇｅｒｙ １９８０，８８：５０７−５１６、Ｓａｕｄｅｋ ｅｔ ａｌ．，Ｎ．Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．１９８９，３２１：５７４−５７９を参照されたい。別の実施形態では、ポリマー材を用いることができる。さらに別の実施形態では、放出制御システムは、治療標的の近くに配置でき、その結果、全身用量の一部しか必要としない。例えば、Ｇｏｏｄｓｏｎ，Ｍｅｄｉｃａｌ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｏｆ Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｒｅｌｅａｓｅ，ｖｏｌ．２，ｐｐ．１１５−１３８（１９８４）を参照されたい。
いくつかの実施形態では、放出制御器具を対象の不適切な免疫応答部位または腫瘍の近くに導入する。他の放出制御システムは、Ｌａｎｇｅｒによる論評（Ｓｃｉｅｎｃｅ １９９０，２４９：１５２７−１５３３）で考察されている。活性成分は、固体の内部マトリックス（例えば、ポリメチルメタクリレート、ポリブチルメタクリレート、可塑化または非可塑化ポリビニルクロライド、可塑化ナイロン、可塑化ポリエチレンテレフタレート、天然ゴム、ポリイソプレン、ポリイソブチレン、ポリブタジエン、ポリエチレン、エチレン−ビニルアセテートコポリマー、シリコーンゴム、ポリジメチルシロキサン、シリコーンカーボネートコポリマー、親水性ポリマー（アクリル酸とメタクリル酸のエステルのヒドロゲル、コラーゲン、架橋ポリビニルアルコール及び架橋部分加水分解ポリビニルアセテートなど））に分散させることができる。いくつかの実施形態では、この内部マトリックスは、外側のポリマー膜（例えば、ポリエチレン、ポリプロピレン、エチレン／プロピレンコポリマー、エチレン／エチルアクリレートコポリマー、エチレン／ビニルアセテートコポリマー、シリコーンゴム、ポリジメチルシロキサン、ネオプレンゴム、塩素化ポリエチレン、ポリビニルクロライド、ビニルアセテートとのビニルクロライドコポリマー、ビニリデンクロライド、エチレン、プロピレン、アイオノマーポリエチレンテレフタレート、ブチルゴム、エピクロルヒドリンゴム、エチレン／ビニルアルコールコポリマー、エチレン／ビニルアセテート／ビニルアルコールターポリマー及びエチレン／ビニルオキシエタノールコポリマー）によって囲まれている。特定の実施形態では、外側のポリマー膜は、体液に溶解しない。そして、活性成分は、放出速度制御段階において、外側のポリマー膜を通って拡散する。このような非経口用組成物に含まれる活性成分の割合は、その具体的性質と対象のニーズに左右される。
５．８．６ 標的化製剤
本発明で提供する化合物またはその製薬学的に許容可能な塩は、治療する対象の特定の組織、レセプターまたは体のその他の区域を標的にするように調合してもよい。このような標的方法は、数多くが当業者に周知である。このような標的方法はいずれも、本発明において、本発明の組成物での使用が想定されている。標的方法の非限定的な例については、例えば、米国特許第６，３１６，６５２号、同第６，２７４，５５２号、同第６，２７１，３５９号、同第６，２５３，８７２号、同第６，１３９，８６５号、同第６，１３１，５７０号、同第６，１２０，７５１号、同第６，０７１，４９５号、同第６，０６０，０８２号、同第６，０４８，７３６号、同第６，０３９，９７５号、同第６，００４，５３４号、同第５，９８５，３０７号、同第５，９７２，３６６号、同第５，９００，２５２号、同第５，８４０，６７４号、同第５，７５９，５４２号及び同第５，７０９，８７４号を参照されたい。
一実施形態では、組織標的化リポソーム（腫瘍標的化リポソームなど）を含むリポソーム懸濁液も、製薬学的に許容可能な担体として適していることがある。これらのリポソームは、当業者に知られている方法に従って調製してよい。例えば、リポソーム製剤は、米国特許第４，５２２，８１１号に記載されているようにして調製してよい。簡潔に述べると、多重膜ベシクル（ＭＬＶ）のようなリポソームは、卵ホスファチジルコリンと脳ホスファチジルセリン（７：３のモル比）をフラスコの内側で乾燥させることによって形成してよい。二価カチオンのないリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）に本発明で提供する化合物を溶解させたものを加え、脂質膜が分散するまで、フラスコを振とうする。得られたベシクルを洗浄して、封入されなかった化合物を除去し、遠心分離によってペレット化してから、ＰＢＳに再懸濁する。
５．８．７ 製品
本発明の化合物または製薬学的に許容可能な塩は、包装材と、本発明で提供する化合物またはその製薬学的に許容可能な塩であって、固形がんと血液腫瘍を含むがんの１つ以上の症状または進行を治療、予防または改善するために用いる化合物またはその塩と、その化合物またはその製薬学的に許容可能な塩が、固形がんと血液腫瘍を含むがんの１つ以上の症状または進行を治療、予防または改善するために用いるものであることを示しているラベルとを含む製品として包装できる。
本発明で提供する製品は、包装材を含む。医薬品を包装するのに用いる包装材は、当業者に周知である。例えば、米国特許第５，３２３，９０７号、同第５，０５２，５５８号及び同第５，０３３，２５２号を参照されたい。医薬用包装材の例としては、ブリスターパック、ボトル、チューブ、吸入器、ポンプ、バッグ、バイアル、容器、シリンジ、ペン、ボトル、ならびに選択された製剤と、意図されている投与及び治療様式に適するいずれかの包装材が挙げられるが、これらに限らない。本発明で提供する化合物及び組成物の様々な製剤が想定されている。
５．９ キット
一態様では、本発明で提供するのは、がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が高い対象を特定するためのキットであって、その治療化合物で処置した試料中のバイオマーカーのレベルを検出するための手段を含み、その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成しているキットである。
別の態様では、本発明で提供するのは、がんを治療するためのキットであって、治療化合物で処置した試料中のバイオマーカーのレベルを検出する手段を含み、その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成しているキットである。
さらに別の態様では、本発明で提供するのは、がんであるかまたはがんの疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性を予測するためのキットであって、その治療化合物で処置した試料中のバイオマーカーのレベルを検出するための手段を含み、その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成しているキットである。
さらに別の態様では、本発明で提供するのは、対象のがんの治療における治療化合物の有効性をモニタリングするためのキットであって、その治療化合物で処置した試料中のバイオマーカーのレベルを検出するための手段を含み、その治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
Figure 2019504063
 Ｉ
またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
Ｒ１の置換基が存在するとき、その置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
Ｊが、ＯまたはＳであり、
Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成しているキットである。
本発明で提供する各種キットの特定の実施形態では、治療化合物は、化合物Ｄである。別の実施形態では、治療化合物は、化合物Ｅである。
特定の実施形態では、本発明で提供する各種キットによって検出するバイオマーカーは、ＣＡＰである。いくつかの実施形態では、そのバイオマーカーには、１つのＣＡＰが含まれる。別の実施形態では、バイオマーカーには、２つのＣＡＰが含まれる。さらに別の実施形態では、バイオマーカーには、３つのＣＡＰが含まれる。さらに別の実施形態では、バイオマーカーには、４つのＣＡＰが含まれる。いくつかの実施形態では、バイオマーカーには、５つのＣＡＰが含まれる。特定の実施形態では、バイオマーカーには、６つのＣＡＰが含まれる。別の実施形態では、バイオマーカーには、７つのＣＡＰが含まれる。さらに別の実施形態では、バイオマーカーには、８つのＣＡＰが含まれる。さらに別の実施形態では、バイオマーカーには、９つのＣＡＰが含まれる。いくつかの実施形態では、バイオマーカーには、１０個以上のＣＡＰが含まれる。
特定の実施形態では、本発明で提供する各種キットによって検出するバイオマーカーは、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、ＩＫＺＦ１、ｅＲＦ１、ＢＩＰ、ＧＣＮ２、ｅＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ、ＧＡＤＤ４５Ａ、ＦＡＳ、ＩＲＥ１、ＸＢＰ１、ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＥＤＥＭ１、ＡＴＦ６、カスパーゼ３、カスパーゼ７、カスパーゼ８、カスパーゼ９、ＢＩＤ、ＰＡＲＰ、Ｍｃｌ−１、ＳＲＳＦ３及びＳＲＳＦ６からなる群から選択したＣＡＰである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２、ＩＫＺＦ１、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３及びＤＤＩＴ３からなる群から選択されている。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ１である。特定の実施形態では、バイオマーカーは、ＧＳＰＴ２である。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＩＫＺＦ１である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ４である。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ３である。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＤＤＩＴ３である。
特定の実施形態では、本発明で提供する各種キットによって検出するバイオマーカーは、ＵＰＲにおける機能を有するものである。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、ＧＣＮ２関連シグナリング経路における機能を有するものである。別の実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ４関連シグナリング経路における機能を有するものである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＩＲＥ１関連シグナリング経路における機能を有するものである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＸＢＰ１関連シグナリング経路における機能を有するものである。特定の実施形態では、バイオマーカーは、ＡＴＦ６関連シグナリング経路における機能を有するものである。別の実施形態では、バイオマーカーは、アポトーシス経路における機能を有するものである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＮＭＤ経路における機能を有するものである。さらに別の実施形態では、バイオマーカーは、ＮＭＤ経路のＲＮＡ基質である。
本発明で提供する各種キットの特定の実施形態では、試料は、腫瘍生検標本、節部生検標本、または骨髄、脾臓、肝臓、脳もしくは乳房から採取した生検標本から得る。
本発明で提供する各種キットのいくつかの実施形態では、がんは、血液がんである。特定の実施形態では、血液がんは、多発性骨髄腫、白血病及びリンパ腫からなる群から選択されている。一実施形態では、白血病は、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病または急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である。具体的実施形態では、白血病は、ＡＭＬである。特定の実施形態では、白血病は、再発性であるか、難治性であるか、または従来療法に対して耐性である。
特定の実施形態では、本発明で提供するのは、１つ以上のバイオマーカーのｍＲＮＡレベルを検出するためのキットである。特定の実施形態では、このキットは、１つ以上のバイオマーカーのｍＲＮＡに特異的に結合する１つ以上のプローブを含む。特定の実施形態では、このキットは、洗浄液をさらに含む。特定の実施形態では、このキットは、ハイブリダイゼーションアッセイを行うための試薬と、ｍＲＮＡの単離または精製手段と、検出手段と、ポジティブコントロール及びネガティブコントロールをさらに含む。特定の実施形態では、このキットは、キットを使用するための説明をさらに含む。このキットは、家庭用途、臨床用途または研究用途に合わせて作ることができる。
特定の実施形態では、本発明で提供するのは、１つ以上のバイオマーカーのタンパク質レベルを検出するためのキットである。特定の実施形態では、このキットは、タンパク質バイオマーカーを認識する抗体をコートしたディップスティックと、洗浄液と、アッセイを行うための試薬と、タンパク質の単離または精製手段と、検出手段と、ポジティブコントロール及びネガティブコントロールを含む。特定の実施形態では、このキットは、キットを使用するための説明をさらに含む。このキットは、家庭用途、臨床用途または研究用途に合わせて作ることができる。
このようなキットでは、例えば、ディップスティック、膜、チップ、ディスク、テストストリップ、フィルター、マイクロスフィア、スライド、マルチウェルプレートまたは光ファイバーを用いることができる。このキットの固体支持体は、例えば、プラスチック、シリコン、金属、樹脂、ガラス、膜、粒子、沈殿物、ゲル、ポリマー、シート、球体、多糖、キャピラリー、フィルム、プレートまたはスライドであることができる。生体試料は、例えば、細胞培養液、細胞株、組織、器官、細胞小器官、生体液、血液試料、尿試料または皮膚試料であることができる。
別の実施形態では、このキットは、固体支持体、その支持体に結合させる核酸であって、ｍＲＮＡの少なくとも２０塩基、５０塩基、１００塩基、２００塩基、３５０塩基またはそれを超える塩基と相補的である核酸と、生体試料におけるそのｍＲＮＡの発現を検出するための手段を含む。
具体的実施形態では、医薬キットまたはアッセイキットは、容器内に、化合物またはその医薬組成物を含み、さらに、１つ以上の容器内に、ＲＮＡを単離するための構成要素を含む。別の具体的実施形態では、医薬キットまたはアッセイキットは、容器内に、化合物または医薬組成物を含み、さらに、１つ以上の容器内に、ＲＴ−ＰＣＲ、ｑＲＴ−ＰＣＲ、ディープシーケンシングまたはマイクロアレイを行うための構成要素を含む。
特定の実施形態では、本発明で提供するキットでは、定量リアルタイムＰＣＲ（ｑＲＴ−ＰＣＲ）、マイクロアレイ、フローサイトメトリーまたは免疫蛍光法によって、バイオマーカーの発現を検出するための手段を用いる。別の実施形態では、バイオマーカーの発現は、ＥＬＩＳＡベースの手法または当該技術分野において知られているその他の類似の方法によって測定する。
別の具体的実施形態では、医薬キットまたはアッセイキットは、容器内に、化合物またはその医薬組成物を含み、さらに、１つ以上の容器内に、タンパク質を単離するための構成要素を含む。別の具体的実施形態では、医薬キットまたはアッセイキットは、容器内に、化合物または医薬組成物を含み、さらに、１つ以上の容器内に、フローサイトメトリーまたはＥＬＩＳＡを行うための構成要素を含む。
別の態様では、本発明で提供するのは、バイオマーカーを測定するためのキットであって、本発明で示されているバイオマーカーまたはそのバイオマーカー（例えば１つ、２つ、３つ、４つ、５つまたは６つ以上のバイオマーカー）のサブセットの１つ以上の遺伝子産物の量を測定するのに必要な物質を供給するキットである。このようなキットは、ＲＮＡまたはタンパク質を測定するのに必要な物質と試薬を含んでよい。いくつかの実施形態では、このようなキットは、マイクロアレイを含み、このマイクロアレイは、本発明で示されているバイオマーカーもしくはバイオマーカーのサブセット、またはそれらをいずれかに組み合わせたものの１つ以上の遺伝子産物にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド、ＤＮＡ及び／またはＲＮＡ断片で構成されている。いくつかの実施形態では、上記のようなキットは、バイオマーカーもしくはバイオマーカーのサブセット、またはその両方のＲＮＡ産物またはＲＮＡ産物のｃＤＮＡコピーのいずれかのＰＣＲ用プライマーを含んでよい。いくつかの実施形態では、このようなキットは、ＰＣＲ用のプライマーと、ｑＰＣＲ用のプローブを含んでよい。いくつかの実施形態では、このようなキットは、複数のプライマーと、複数のプローブを含んでよく、本発明で示されているバイオマーカーまたはバイオマーカーのサブセットの複数の遺伝子産物を同時に測定できるように、そのプローブのいくつかは、異なるフルオロフォアを有する。いくつかの実施形態では、このようなキットは、ＲＮＡからｃＤＮＡを作製するための物質と試薬をさらに含んでよい。いくつかの実施形態では、このようなキットは、本発明で示されているバイオマーカーまたはバイオマーカーのサブセットのタンパク質産物に対して特異的な抗体を含んでよい。加えて、このようなキットは、生体試料からＲＮＡ及び／またはタンパク質を単離するための物質と試薬を含んでもよい。加えて、このようなキットは、生体試料から単離したＲＮＡからｃＤＮＡを合成するための物質と試薬を含んでよい。いくつかの実施形態では、このようなキットは、コンピューター可読媒体に組み込まれたコンピュータープログラム製品であって、患者が臨床的に、化合物に対する感受性を有するかを予測するための製品を含んでよい。いくつかの実施形態では、このキットは、説明とともに、コンピューター可読媒体に組み込まれたコンピュータープログラム製品を含んでよい。
いくつかの実施形態では、このようなキットは、本発明で示されているバイオマーカーまたはバイオマーカーのサブセットの１つ以上の核酸産物の発現を測定する。この実施形態に従って、キットは、本発明で示されているバイオマーカーまたは本バイオマーカーのサブセットの特定の核酸産物の発現を測定するのに必要な物質と試薬を含んでよい。例えば、マイクロアレイまたはＲＴ−ＰＣＲキットは、特定の条件用に作製してよいとともに、本発明で示されているバイオマーカーまたはバイオマーカーのサブセットの特定のＲＮＡ転写産物のレベルを測定して、患者の血液がんが臨床的に、化合物に対する感受性を有するかを予測するのに必要なそれらの試薬と物質のみを含んでよい。あるいは、いくつかの実施形態では、キットは、本発明で示されているバイオマーカー以外の遺伝子の特定の核酸産物の発現を測定するのに必要な物質と試薬を含むことができる。例えば、特定の実施形態では、キットは、本発明で示されているバイオマーカー以外の少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、少なくとも４５個、少なくとも５０個またはそれを超える数の遺伝子の発現レベルを測定するのに必要な試薬と物質に加えて、本発明で示されているバイオマーカーの１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個またはそれを超える数の遺伝子の発現レベルを測定するのに必要な物質と試薬を含む。別の実施形態では、キットは、本発明で示されているバイオマーカーの少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、少なくとも４５個、少なくとも５０個またはそれを超える数と、本発明で示されているバイオマーカーではない遺伝子のうちの１個、２個、３個、４個、５個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１２５個、１５０個、１７５個、２００個、２２５個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個またはこれを超える数の遺伝子の発現レベルを測定するのに必要な試薬と物質を含む。特定の実施形態では、キットは、本発明で示されているバイオマーカーの遺伝子のうちの少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、少なくとも４５個、少なくとも５０個またはこれを超える数の遺伝子と、本発明で示されているバイオマーカーではない遺伝子のうちの１〜１０個、１〜１００個、１〜１５０個、１〜２００個、１〜３００個、１〜４００個、１〜５００個、１〜１０００個、２５〜１００個、２５〜２００個、２５〜３００個、２５〜４００個、２５〜５００個、２５〜１０００個、１００〜１５０個、１００〜２００個、１００〜３００個、１００〜４００個、１００〜５００個、１００〜１０００個または５００〜１０００個の発現レベルを測定するのに必要な試薬と物質を含む。
核酸マイクロアレイキットでは、キットは概して、固体支持体表面に結合させたプローブを含む。このような実施形態の１つでは、プローブは、オリゴヌクレオチドプローブ、または１５０ヌクレオチド長〜８００ヌクレオチド長の範囲であるプローブを含む、さらに長いプローブのいずれかであることができる。プローブは、検出可能な標識で標識してよい。具体的実施形態では、プローブは、本発明で示されているバイオマーカーの遺伝子産物のうちの１つ以上に対して特異的である。マイクロアレイキットは、アッセイ行うための説明と、そのアッセイの実施により得られるデータを解釈及び解析する方法を含んでよい。具体的実施形態では、キットは、患者の血液がんが臨床的に、化合物に対する感受性を有するかを予測するための説明を含む。本発明のキットは、ハイブリダイゼーション試薬、及び／またはプローブが標的核酸配列にハイブリダイズすると生成されるシグナルを検出するのに必要な試薬も含んでよい。概して、マイクロアレイキット用の物質と試薬は、１つ以上の容器に入っている。キットの各構成要素は概して、それぞれ好適な容器に入っている。
特定の実施形態では、核酸マイクロアレイキットは、本発明で示されているバイオマーカーの遺伝子以外の遺伝子のうちの少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、少なくとも４５個、少なくとも５０個またはこれを超える数の遺伝子の発現レベルを測定するのに必要な試薬と物質に加えて、本発明で示されているバイオマーカーまたはそれを組み合わせたものの遺伝子のうちの１個、２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個またはこれを超える数の遺伝子の発現レベルを測定するのに必要な物質と試薬を含む。別の実施形態では、核酸マイクロアレイキットは、本発明で示されているバイオマーカーまたはこれらを組み合わせたものの遺伝子のうちの少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、少なくとも４５個、少なくとも５０個またはこれを超える数の遺伝子と、本発明で示されているバイオマーカーの遺伝子ではない遺伝子のうちの１個、２個、３個、４個、５個、１０個、１５個、２０個、２５個、３０個、３５個、４０個、４５個、５０個、５５個、６０個、６５個、７０個、７５個、８０個、８５個、９０個、９５個、１００個、１２５個、１５０個、１７５個、２００個、２２５個、２５０個、３００個、３５０個、４００個、４５０個またはこれを超える数の遺伝子の発現レベルを測定するのに必要な試薬と物質を含む。別の実施形態では、核酸マイクロアレイキットは、本発明で示されているバイオマーカーまたはこれらをいずれかに組み合わせたものの遺伝子のうちの少なくとも１個、少なくとも２個、少なくとも３個、少なくとも４個、少なくとも５個、少なくとも６個、少なくとも７個、少なくとも８個、少なくとも９個、少なくとも１０個、少なくとも１５個、少なくとも２０個、少なくとも２５個、少なくとも３０個、少なくとも３５個、少なくとも４０個、少なくとも４５個、少なくとも５０個またはこれを超える数の遺伝子と、本発明で示されているバイオマーカーの遺伝子ではない１〜１０個、１〜１００個、１〜１５０個、１〜２００個、１〜３００個、１〜４００個、１〜５００個、１〜１０００個、２５〜１００個、２５〜２００個、２５〜３００個、２５〜４００個、２５〜５００個、２５〜１０００個、１００〜１５０個、１００〜２００個、１００〜３００個、１００〜４００個、１００〜５００個、１００〜１０００個または５００〜１０００の遺伝子の発現レベルを測定するのに必要な試薬と物質を含む。
定量ＰＣＲでは、キットは概して、事前に選択したプライマーであって、特定の核酸配列に対して特異的なプライマーを含む。定量ＰＣＲキットは、核酸を増幅するのに適する酵素（例えば、Ｔａｑポリメラーゼのようなポリメラーゼ）と、デオキシヌクレオチドと、増殖反応に必要な緩衝剤も含んでよい。定量ＰＣＲキットは、ある状態と関連するか、その状態を示す核酸配列に対して特異的なプローブも含んでよい。プローブは、フルオロフォアで標識されていてもいなくてもよい。プローブは、クエンチャー分子で標識されていてもいなくてもよい。いくつかの実施形態では、定量ＰＣＲキットは、酵素（例えば、ＡＭＶ、ＭＭＬＶなどのような逆転写酵素）と、逆転写用のプライマーとともに、デオキシヌクレオチドと、逆転写反応に必要な緩衝剤を含め、逆転写ＲＮＡに適する構成要素も含んでよい。定量ＰＣＲキットの各構成要素は概して、それぞれ好適な容器に入っている。したがって、これらのキットは、概して、それぞれ個々の試薬、酵素、プライマー及びプローブに好適な別々の容器を含む。さらに、定量ＰＣＲキットは、その反応を行うための説明と、その反応の実施により得られるデータを解釈及び解析する方法も含んでよい。具体的実施形態では、キットは、患者の血液がんが臨床的に、化合物に対する感受性を有するかを予測するための説明を含む。
抗体ベースのキットでは、キットは、例えば、（１）目的のペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質に結合する第１の抗体（固体支持体に結合させてもさせなくてもよい）と、任意に応じて、（２）第１の抗体、またはペプチド、ポリペプチドもしくはタンパク質のいずれかに結合するとともに、検出可能な標識（例えば、蛍光標識、放射性同位体または酵素）にコンジュゲートされている第２の異なる抗体とを含むことができる。具体的実施形態では、目的のペプチド、ポリペプチドまたはタンパク質は、状態（例えば疾患）と関連するか、または状態を示すものである。抗体ベースのキットは、免疫沈降を行うためのビーズも含んでよい。抗体ベースのキットの各構成要素は概して、それぞれ好適な容器に入っている。したがって、これらのキットは概して、各抗体と試薬に好適な別々の容器を含む。さらに、抗体ベースのキットは、アッセイを行うための説明と、そのアッセイの実施によって得られるデータを解釈及び解析する方法を含んでよい。具体的実施形態では、キットは、患者の血液がんが臨床的に、化合物に対する感受性を有するかを予測するための説明を含む。
一実施形態では、本発明で提供するキットは、本発明で提供する化合物、またはその製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、立体異性体、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形を含む。キットは、追加の活性剤（本明細書に開示されている活性剤が挙げられるが、これらに限らない）をさらに含んでよい。
本発明で提供するキットは、活性成分を投与するのに用いる器具をさらに含んでよい。このような器具の例としては、シリンジ、点滴袋、パッチ及び吸入器が挙げられるが、これらに限らない。
キットは、移植用の細胞または血液と、１つ以上の活性成分を投与するのに使用できる製薬学的に許容可能なビヒクルをさらに含んでよい。例えば、非経口投与のために再構成する必要のある固体形態で活性成分を供給する場合、キットは、活性成分を溶解して、微粒子を含まない滅菌溶液であって、非経口投与に適する溶液を形成できる好適なビヒクル用の密閉容器を含むことができる。製薬学的に許容可能なビヒクルの例としては、注射用水のＵＳＰ、水性ビヒクル（ナトリウムクロライド注射液、リンゲル注射液、デキストロース注射液、デキストロース及びナトリウムクロライド注射液及び乳酸リンゲル注射液などであるが、これらに限らない）、水混和性ビヒクル（エチルアルコール、ポリエチレングリコール及びポリプロピレングリコールなどであるが、これらに限らない）、ならびに非水性ビヒクル（コーン油、綿実油、ラッカセイ油、ゴマ油、エチルオレエート、イソプロピルミリステート及びベンジルベンゾエートなどであるが、これらに限らない）が挙げられるが、これらに限らない。
本発明で提供する方法とキットの特定の実施形態では、タンパク質の精製、試料の標識または固相アッセイの実施のために固相支持体を使用する。本明細書に開示されている方法を行うのに適する固相の例としては、ビーズ、粒子、コロイド、単一表面、チューブ、マルチウェルプレート、マイクロタイタープレート、スライド、膜、ゲル及び電極が挙げられる。固相が粒子状物質（例えばビーズ）である場合、その固相は、一実施形態では、マルチウェルプレートのウェルに配分して、固相支持体の並行処理を可能にする。
本発明で提供する各種の方法及び／またはキットのいずれかにおいては、例えば、１つ以上の試薬（核酸プライマー、固体支持体などであるが、これらに限らない）に関して、上記の実施形態をいずれかに組み合わせたものも想定されていることに留意する。
本発明の特定の実施形態は、下記の非限定的な例によって例示されている。
下記の実施例は、別段に詳細に説明されている場合を除き、当業者に周知であるとともに、当業者にとって定型的である標準的な技法を用いて行われている。実施例は、単に例示的なものとして意図されている。
６．１ ２−（４−クロロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド（化合物Ｄ）の調製
Ａ．メチル４−ブロモ−２−メチルベンゾエート：メタノール（１Ｌ）中の４−ブロモ−２−メチル安息香酸（１００ｇ、４６５．０２ミリモル）と濃硫酸（５２ｍＬ）を合わせて、６５℃まで１８時間加熱した。その反応物を濃縮し、残渣をエチルアセテート（５００ｍＬ）で希釈し、飽和炭酸水素ナトリウム溶液（１５０ｍＬ）、水（２００ｍＬ）、ブライン（２５０ｍＬ）で洗浄し、硫酸ナトリウムで乾燥した。有機相を減圧下で濃縮し、高真空下でさらに乾燥して、メチル４−ブロモ−２−メチルベンゾエート（１０２ｇ、４４５．２７ミリモル、収率９５％）を赤色の液体として得た。１Ｈ ＮＭＲ （４００ ＭＨｚ， クロロホルム−ｄ１） δ ７．７８ （ｄ， Ｊ ＝ ８．３ Ｈｚ， １Ｈ），７．４５ − ７．３０ （ｍ， ２Ｈ），３．８８ （ｓ， ３Ｈ），２．５７ （ｓ， ３Ｈ）。
Ｂ．メチル−４−ブロモ−２−（ブロモメチル）ベンゾエート：アセトニトリル（６００ｍＬ）中のメチル４−ブロモ−２−メチルベンゾエート（１０２ｇ、４４５．２７ミリモル）と、ＮＢＳ（７９．２ｇ、４４５．２７ミリモル）と、アゾイソブチロニトリル（２．５８ｇ、１６ミリモル）を合わせ、８５℃で１８時間還流した。その混合物を濃縮し、その残渣に、ジクロロメタン（１５０ｍＬ）を加えた。得られた固体をろ過によって取り出した。このろ液を濃縮し、フラッシュカラムクロマトグラフィー（ヘキサン中の０〜４％ＥｔＯＡｃ）によって精製した。生成物を含む画分を減圧下で濃縮し、高真空下でさらに乾燥して、メチル−４−ブロモ−２−（ブロモメチル）ベンゾエート（１００ｇ、３２４．７０ミリモル、収率７２．９％）を灰白色の固体として得た。１Ｈ ＮＭＲ （３００ ＭＨｚ， ジメチルスルホキシド−ｄ６） δ ７．８８ （ｄ， Ｊ ＝ ２．２ Ｈｚ，１Ｈ），７．８２ （ｄｄ， Ｊ ＝ ８．４，２．１ Ｈｚ， １Ｈ），７．７２ − ７．６４ （ｍ， １Ｈ），５．００ （ｓ， ２Ｈ），３．８８ （ｓ， ３Ｈ）。
Ｃ．３−（５−ブロモ−１−オキソイソインドリン−２−イル）ピペリジン−２，６−ジオン：メチル−４−ブロモ−２−（ブロモメチル）ベンゾエート（１００ｇ、３２４．７０ミリモル）と、３−アミノピペリジン−２，６−ジオンヒドロクロライド（５３．２ｇ、３２４．７０ミリモル）と、トリエチルアミン（１１３．２９ｍＬ、８１１．７５ミリモル）と、乾燥ジメチルホルムアミド（４００ｍＬ）を合わせ、室温で、不活性雰囲気下において１８時間攪拌した。その反応物を５℃まで冷却し、室温で２時間、継続的に攪拌しながら、水（４００ｍＬ）、酢酸（１１５ｍＬ）、ジエチルエーテル（３００ｍＬ）で希釈した。得られた固体をろ過し、エーテル（１００ｍＬ）で洗浄し、高真空下でさらに乾燥して、３−（５−ブロモ−１−オキソイソインドリン−２−イル）ピペリジン−２，６−ジオン（４６ｇ、１４２．３５ミリモル、収率４３．８％）を明るい青色の固体として得た。ＭＳ （ＥＳＩ） ｍ／ｚ ３２５．０ ［Ｍ＋１］＋。
Ｄ．２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−カルボニトリル：３−（５−ブロモ−１−オキソイソインドリン−２−イル）ピペリジン−２，６−ジオン（４６ｇ、１４２．３５ミリモル）と、１，１’−ビス（ジフェニルホスフィノ）フェロセン（７８８ｍｇ、１．４２３ミリモル）と、シアン化亜鉛（２５ｇ、２１３．５２ミリモル）と、亜鉛アセテート（７．８３ｇ、４２．７ミリモル）と、乾燥ジメチルホルムアミド（３６０ｍＬ）を合わせ、脱気してから、トリス（ジベンジリデンアセトン）ジパラジウム（０）（０．３６４ｇ、０．３９８ミリモル）を加えた。この混合物を脱気し、３回アルゴン置換してから、１２０℃で２０時間攪拌した。この混合物を室温まで冷却し、ろ過し、シリカカラムクロマトグラフィー（ジクロロメタン中の０〜５％メタノール）によって精製した。生成物を含む画分を合わせ、溶媒を減圧下で除去してから、高真空下でさらに乾燥して、２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−カルボニトリル（２２ｇ、８１．７８ミリモル、収率５７．２％）を褐色の固体として得た。ＭＳ （ＥＳＩ） ｍ／ｚ ２６８．０ ［Ｍ−Ｈ＋］。
Ｅ．３−（５−（アミノメチル）−１−オキソイソインドリン−２−イル）ピペリジン−２，６−ジオン：２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−カルボニトリル（１０ｇ、３７．１３ミリモル）と、メタンスルホン酸（２．６ｍＬ、４０．８５ミリモル）と、１０％乾燥パラジウム炭（４ｇ）と、ジメチルアセトアミド（３２０ｍＬ）を合わせ、水素化容器中で振とうし、５０Ｐｓｉ、４０℃に２０時間保った。水素雰囲気を脱気し、混合物をセライトパッドでろ過し、水（１００ｍＬ）で洗浄し、濃縮した。得られた残渣に、１％メタノール−ジクロロメタンを加え、これをろ過し、高真空下で乾燥して、３−（５−（アミノメチル）−１−オキソイソインドリン−２−イル）ピペリジン−２，６−ジオン（５．６ｇ、１５．１７ミリモル、収率４０％）を灰白色の固体として得た。ＭＳ （ＥＳＩ） ｍ／ｚ ２７２．０ ［Ｍ−１］。
Ｆ．２−（４−クロロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド：ＤＭＦ（３ｍＬ）中の３−（５−（アミノメチル）−１−オキソイソインドリン−２−イル）ピペリジン−２，６−ジオンメタンスルホネート（０．２００ｇ、０．５４１ミリモル）に、ＨＡＴＵ（０．２２６ｇ、０．５９６ミリモル）と、２−（４−クロロフェニル）−２，２−ジフルオロ酢酸（０．１１２ｇ、０．５４１ミリモル）を加えてから、Ｎ−エチル−Ｎ−イソプロピルプロパン２−アミン（０．２６２ｍｌ、１．６２４ミリモル）を加えた。２５℃で１６時間攪拌した。３０ｍＬの水を加えて、ろ過した。ＥｔＯＡｃですすぎ、真空下で乾燥して、２−（４−クロロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド（０．０８０ｇ、０．１７３ミリモル、収率３２．０％）を白色の固体として得た。１Ｈ ＮＭＲ （５００ ＭＨｚ， ＤＭＳＯ−ｄ ６） δ ｐｐｍ １０．９８ （ｓ， １ Ｈ） ９．６８ （ｔ， Ｊ ＝ ６．１５ Ｈｚ，１ Ｈ） ７．６９ （ｄ， Ｊ ＝ ７．８８ Ｈｚ， １ Ｈ） ７．５８ − ７．６６ （ｍ， ４ Ｈ） ７．３３ − ７．４４ （ｍ， ２ Ｈ） ５．１１ （ｄｄ， Ｊ ＝ １３．２４， ５．０４ Ｈｚ， １ Ｈ） ４．３９ − ４．５０ （ｍ， ３ Ｈ） ４．２４ − ４．３５ （ｍ， １ Ｈ） ２．８５ − ２．９８ （ｍ， １ Ｈ） ２．６１ （ｄｄ， Ｊ ＝ １５．２９， ２．０５ Ｈｚ， １ Ｈ） ２．３９ （ｄｄ， Ｊ ＝ １２．９３， ４．７３ Ｈｚ， １ Ｈ） １．９５ − ２．０７ （ｍ， １ Ｈ）。ＭＳ （ＥＳＩ） ｍ／ｚ ４６２．０ ［Ｍ＋１］＋。
６．２ Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−フルオロフェニル）アセトアミド（化合物Ｅ）の調製
３−（５−（アミノメチル）−１−オキソイソインドリン−２−イル）ピペリジン−２，６−ジオンは、実施例５．１で示した方法を用いて調製できる。ＤＭＦ（３ｍＬ）中の３−（５−（アミノメチル）−１−オキソイソインドリン−２−イル）ピペリジン−２，６−ジオンメタンスルホネート（０．２００ｇ、０．５４１ミリモル）に、ＨＡＴＵ（０．２２６ｇ、０．５９６ミリモル）と、２，２−ジフルオロ−２−（４−フルオロフェニル）酢酸（０．１０３ｇ、０．５４１ミリモル）を加えてから、Ｎ−エチル−Ｎ−イソプロピルプロパン２−アミン（０．２６２ｍｌ、１．６２４ミリモル）を加えた。２５℃で１６時間攪拌した。３０ｍＬの水を加えて、ろ過した。ＥｔＯＡｃですすぎ、真空下で乾燥して、Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロ−２−（４−フルオロフェニル）アセトアミド（０．１００ｇ、０．２２５ミリモル、収率４１．５％）を白色の固体として得た。１ Ｈ ＮＭＲ （５００ ＭＨｚ， ＤＭＳＯ−ｄ ６） δ ｐｐｍ １０．９８ （ｂｒ．ｓ．， １ Ｈ） ９．６６ （ｔ， Ｊ ＝ ５．９９ Ｈｚ， １ Ｈ） ７．５８ − ７．７３ （ｍ， ３ Ｈ） ７．２９ − ７．４７ （ｍ， ４ Ｈ） ５．１１ （ｄｄ， Ｊ ＝ １３．４０，５．２０ Ｈｚ，１ Ｈ） ４．３８ − ４．５３ （ｍ， ３ Ｈ） ４．２４ − ４．３６ （ｍ， １ Ｈ） ２．８１ − ３．００ （ｍ， １ Ｈ） ２．５６ − ２．６７ （ｍ， １ Ｈ） ２．４０ （ｑｄ， Ｊ ＝ １３．１９， ４．５７ Ｈｚ， １ Ｈ） １．９１ − ２．０７ （ｍ， １ Ｈ）。
６．３ 化合物Ｄは、ＡＭＬ細胞株にわたって広範な抗増殖作用を有する。
過剰なＡＭＬ細胞株を化合物Ｄの段階希釈液で処置した。各細胞株における化合物Ｄの抗増殖作用のＩＣ５０値（７２時間のＣＴＧアッセイで割り出したもの）が、表１にまとめられている。
表１．ＡＭＬ細胞株における化合物Ｄの抗増殖作用のＩＣ５０値
Figure 2019504063
対照的に、化合物ＤのＩＣ５０値は、非腫瘍形成性ヒト肝細胞株ＴＨＬＥ−２では、およそ１０μＭであったとともに、健常なドナーのＰＢＭＣにおけるＩＣ５０値は、１０μＭ超であった（データは示されていない）。
図１Ａには、代表的なものとして、ＮＢ４細胞株において、化合物Ｄが、ＧＳＰＴ１とＩＫＺＦ１の分解（プロテアソームインヒビターのＭＧ１３２によってブロックできる）を誘導したことが示されている。対照的に、ポマリドミドとレナリドミドには、ＧＳＰＴ１レベルに対する有意な作用は見られなかったが、化合物ＤがＩＫＺＦ１の分解を誘導した濃度よりもかなり低い濃度で、ＩＫＺＦ１の分解を誘導した。これにより、化合物Ｄでは、細胞の増殖を阻害する作用機序がポマリドミド及びレナリドミドとは異なることが示唆されている。
図１Ｂには、化合物Ｄに４時間曝露した場合のＧＳＰＴ１タンパク質の減少度が、化合物Ｄの抗増殖能（表１においてＩＣ５０値として示されている）と相関していることが示されている。試験した５つのＡＭＬ細胞株の中でも、ＨＮＴ−３４細胞株において、化合物Ｄの抗増殖活性が最も強力であった（ＩＣ５０は３ｎＭであった）とともに、ＧＳＰＴ１タンパク質の消失の誘導が最も大きかった。その一方で、化合物Ｄの抗増殖作用に対して比較的非感受性であるＯＣＩ−ＡＭＬ３細胞株では、ＧＳＰＴ１タンパク質のレベルは、わずかしか変化しなかった。ＯＣＩ−ＡＭＬ３細胞では、化合物Ｄが、ＧＳＰＴ１の減少に対する作用を有さないことから、化合物Ｄの誘導による、細胞成長の阻害には、ＧＳＰＴ１タンパク質の消失が必須であることが示されている。
６．４ 化合物Ｄの抗増殖作用と、化合物Ｄの誘導による、ＧＳＰＴ１の分解は、ＣＲＢＮ依存性である。
ＯＣＩ−ＡＭＬ２とＭＯＬＭ−１３という２つの異なるＡＭＬ細胞株と、それらのＣＲＢＮ−／−対応物を化合物Ｄの段階希釈液で処置した。図２Ａと図２Ｂに示されているように、親ＯＣＩ−ＡＭＬ２細胞（図２Ａ）と親ＭＯＬＭ−１３細胞（図２Ｂ）では、化合物Ｄは、用量依存的な抗増殖作用を示した。ＣＲＢＮを枯渇したところ、この作用が完全に阻害されたことから、これらの細胞における化合物Ｄの抗増殖作用は、ＣＲＢＮ依存性であることが示唆された。ウエスタンブロットによって、親細胞（図２Ｃ及び２Ｄ、左パネル）では、１００ｎＭの化合物Ｄによって、ＧＳＰＴ１の分解が誘導されたことと、ＣＲＢＮ−／− ＯＣＩ−ＡＭＬ２細胞（図２Ｃ、右パネル）と、ＣＲＢＮ−／− ＭＯＬＭ−１３細胞（図２Ｄ、右パネル）では、同じ濃度の化合物Ｄによって、ＧＳＰＴ１の分解を誘導できなかったことが示されている。したがって、化合物Ｄの誘導による、ＧＳＰＴ１の分解も、ＣＲＢＮ依存性である。
異なるＣＲＢＮ結合化合物の化合物Ｆであって、ＡＭＬ血液がん細胞株以外の株（多発性骨髄腫など）において抗増殖活性を示した化合物Ｆは、試験した１１個のＡＭＬ細胞株（化合物Ｄの成長阻害活性に対する感受性を有していた１０個の細胞株を含む）のいずれにおいても、細胞の成長を阻害しなかった（データは示されていない）。しかしながら、化合物Ｄの存在下で、過剰な化合物ＦをＫＧ−１ ＡＭＬ細胞培養液に加えたところ、おそらく、化合物ＤのＣＲＢＮに対する結合との競合により、化合物Ｄの抗増殖活性が低下した。化合物Ｆが、化合物Ｄの抗増殖作用に及ぼす相対的な影響は、化合物Ｆの濃度の向上とともに、漸次的に増大した（表２）。１００μＭの化合物Ｆの存在下では、化合物Ｄが細胞の成長を阻害する能力は、ＩＣ５０が０．０１μＭ（化合物Ｆの非存在下）から６．８μＭ（化合物Ｆの存在下）に変化したことによって示されているように、およそ６０分の１に低下したとともに、化合物Ｄが、アポトーシスを誘導する能力は、ＥＣ５０が０．０２μＭ（化合物Ｆの非存在下）から８μＭ（化合物Ｆの存在下）に変化したことによって示されているように、およそ４０分の１に低下した（表２）。これらの結果から、化合物ＤとＣＲＢＮとの相互作用が、化合物Ｄの抗増殖活性における重要な要因であることが明らかになった。
表２．化合物Ｆとの競合によって、化合物Ｄが細胞の成長を阻害する能力とアポトーシスを誘導する能力が低下した。
Figure 2019504063
６．５ ＧＳＰＴ１の安定化によって、化合物Ｄの抗増殖作用が阻害された。
ＧＳＰＴ１の安定化により、化合物Ｄの抗増殖作用に対する耐性が付与されるのかをさらに調べるために、Ｇ５７５Ｎの変異を有するＨＡ標識ＧＳＰＴ１（ＨＡ−ＧＳＰＴ１−Ｇ５７５Ｎ）と、１〜１３８番目のアミノ酸が欠失しているとともに、Ｇ５７５Ｎの変異を有するＨＡ標識ＧＳＰＴ１（ＨＡ−ＧＳＰＴ１−Δ（１−１３８）−Ｇ５７５Ｎ）をＯＣＩ−ＡＭＬ２細胞において過剰発現させた。ＧＳＰＴ１におけるＧ５７５Ｎという変異によって、ＧＳＰＴ１は、ＣＲＢＮユビキチンＥ３−リガーゼ複合体による分解に対する耐性を得る。図３Ａには、完全長ＧＳＰＴ１と、１〜１３８番目のアミノ酸が欠失したＧＳＰＴ１が示されている。図３Ｂには、親ＯＣＩ−ＡＭＬ２細胞における野生型ＧＳＰＴ１は、化合物Ｄによる処置によって分解したが、ＨＡ−ＧＳＰＴ１−Ｇ５７５ＮとＨＡ−ＧＳＰＴ１−Δ（１−１３８）−Ｇ５７５Ｎは、化合物Ｄの存在下で、インタクトな状態を保ったことが示されている。親ＯＣＩ−ＡＭＬ２細胞と、ＥＦ１ａ−ＧＳＰＴ１−Ｇ５７５ＮまたはＥＦ１ａ−ＧＳＰＴ１−Δ（１−１３８）−Ｇ５７５ＮをトランスフェクションしたＯＣＩ−ＡＭＬ２細胞において、化合物Ｄの抗増殖作用を調べた。図３Ｃには、ＧＳＰＴ１−Ｇ５７５ＮとＧＳＰＴ１−Δ（１−１３８）−Ｇ５７５Ｎの過剰発現によって、化合物Ｄの抗増殖作用が阻害されたことが示されており、これにより、ＯＣＩ−ＡＭＬ２細胞においては、ＧＳＰＴ１を安定化すると、化合物Ｄの抗増殖作用に対する耐性が付与されることが示唆されている。
６．６ ＧＳＰＴ１の枯渇により、細胞の増殖が阻害された。
各種のＧＳＰＴ１領域を特異的に標的とするｓｈＲＮＡを発現する２９３ＦＴヒト胎児腎細胞において、ＧＳＰＴ１の枯渇が、細胞の増殖に及ぼす作用を割り出した。図４Ａに示されているように、感染から７日目に、発現ベクターを単独で含むか、またはＧＳＰＴ１特異的ではないコントロールのｓｈＲＮＡを有する細胞では、正常な細胞増殖が見られたが、ＧＳＰＴ１特異的ｓｈＲＮＡ（ｓｈＧＳＰＴ１−１、ｓｈＧＳＰＴ１−２、ｓｈＧＳＰＴ１−３及びｓｈＧＳＰＴ１−４など）を発現する細胞では、細胞の増殖が様々な程度で阻害された。
図４Ａでは、感染細胞中の各種遺伝子の発現レベルも測定した。発現ベクター単独またはコントロールｓｈＲＮＡの場合と比べて、４つのＧＳＰＴ１特異的ｓｈＲＮＡはいずれも、ＧＳＰＴ１の発現をブロックした。特に、ｓｈＧＳＰＴ１−４は、ｅＲＦ１とＣＲＢＮの発現を低下させた。したがって、ＧＳＰＴ１を枯渇させたところ、おそらく、ｅＲＦ１／ＧＳＰＴ１（ＧＳＰＴ１）複合体の不活化により、細胞の増殖が阻害された。
７つのＡＭＬ細胞株（ＫＧ１、Ｕ９３７、ＮＢ−４、Ｋａｓｕｍｉ−１、ＨＬ−６０、ＭＶ−４−１１及びＯＣＩ−ＡＭＬ３）において、ＧＳＰＴ１の枯渇と、抗増殖活性との直接的な関連性を調べた。７つのすべての細胞株において、ＧＳＰＴ１のノックダウンにより、細胞の増殖と生存能が低下した（４つの異なるｓｈＲＮＡはそれぞれ、化合物Ｄでインキュベートした場合の作用を本質的に模倣するものであった）（図４Ｂ〜４Ｋ）。ＯＣＩ−ＡＭＬ３（化合物Ｄの抗増殖活性に対する感受性が最も低いＡＭＬ細胞株）でも、ＧＳＰＴ１のノックダウンは、化合物Ｄの非存在下で、細胞の成長の阻害を誘導するのに有効であった（図４Ｊ〜４Ｋ）。
６．７ Ｕ９３７細胞、ＭＯＬＭ１３細胞及びＯＣＩ−ＡＭＬ２細胞において、ＧＳＰＴ１の過剰発現により、化合物Ｄと化合物Ｅの抗増殖作用がアンタゴナイズされた。
ヒト組織球性リンパ腫細胞株Ｕ９３７と、ヒト白血病細胞株ＭＯＬＭ１３において、ＧＳＰＴ１の過剰発現によって、化合物Ｄと化合物Ｅの抗増殖作用にもたらされる作用を割り出した。治療化合物（例えば、化合物Ｄまたは化合物Ｅ）は、０．００１μＭから１０μＭまで漸増させた。細胞の増殖は、処置から４８時間後に、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ細胞生存能アッセイによって測定した。図５Ａ〜５Ｄに示されているように、親細胞では、化合物Ｄと化合物Ｅによって、細胞の増殖が阻害された。一方で、ＣＲＢＮ−/−細胞では、この抗増殖作用が完全に妨げられたことから、これらの化合物の抗増殖作用がＣＲＢＮ依存性であることが示唆されている。しかしながら、図５Ａ〜５Ｄに示されているように、ＥＦ１αプロモーターによって、外因性ＧＳＰＴ１を過剰産生させたところ、化合物Ｄと化合物Ｅの抗増殖作用が低下した。この結果から、ＧＳＰＴ１の過剰発現により、化合物Ｄと化合物Ｅの抗増殖作用がアンタゴナイズされたことが示唆されている。
２つの異なるプロモーター（ＥＦ１αまたはサイトメガロウイルス［ＣＭＶ］）を用いて、ＯＣＩ−ＡＭＬ２細胞とＭＯＬＭ−１３細胞において、レンチウイルストランスダクションによって、外因性ＧＳＰＴ１の過剰産生を駆動した（図５Ｆ及び５Ｈ、トランスダクション細胞抽出物のＤＭＳＯレーン）。ＯＣＩ−ＡＭＬ２親細胞（図５Ｆ、左パネル）とＭＯＬＭ−１３親細胞（図５Ｈ、左パネル）を化合物Ｄでインキュベートしたところ、内因性ＧＳＰＴ１の活発な分解が誘発された。対照的に、トランスダクション細胞において、ＥＦ１αプロモーターによってＧＳＰＴ１の過剰発現を誘導したところ、化合物Ｄの誘導による、ＧＳＰＴ１の枯渇が相殺された（図５Ｆ、右パネル［ＯＣＩ−ＡＭＬ２］及び図５Ｈ、右パネル［ＭＯＬＭ−１３］）。トランスダクション細胞における細胞増殖の評価結果から、ＥＦ１αプロモーターによってＧＳＰＴ１の過剰発現を誘導したところ、化合物Ｄの抗増殖作用が、対応する親細胞で見られた作用よりも実質的に低下したことが明らかになった（図５Ｅ［ＯＣＩ−ＡＭＬ２］及び図５Ｇ［ＭＯＬＭ−１３］）。親細胞と、ＧＳＰＴ１過剰発現細胞との間では、ＣＲＢＮタンパク質のレベルの有意差は観察されなかった（図５Ｆ及び５Ｈ）。これらの結果から、ＡＭＬ細胞における、化合物Ｄの媒介による、ＧＳＰＴ１の低下に対する作用と、成長阻害との関連性が示されている。
６．８ ＧＳＰＴ１の枯渇により、急性骨髄性白血病細胞株ＡＭＬ３とＫＧ１が、化合物Ｄと化合物Ｅに感作された。
ヒト急性骨髄性白血病細胞株ＡＭＬとＫＧ１でも、ＧＳＰＴ１の枯渇によって、化合物Ｄと化合物Ｅの抗増殖作用に及ぶ作用を割り出した。コントロールｓｈＲＮＡ、ｓｈＧＳＰＴ１−１またはｓｈＧＳＰＴ１−３を発現するレンチウイルスベクターに細胞を７日間感染させてから、０．０００１μＭ〜１μＭの漸増量のＤＭＳＯ、化合物Ｄまたは化合物Ｅで処置した。処置から２日後に、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ細胞生存能によって、細胞の増殖を測定した。図６Ａ〜６Ｄに示されているように、親細胞、またはＧＳＰＴ１特異的ではないコントロールｓｈＲＮＡに感染させた細胞では、化合物Ｄと化合物Ｅは、特に高い濃度において、抗増殖作用を示した。一方で、ｓｈＧＳＰＴ１−１またはｓｈＧＳＰＴ１−３によって、ＧＳＰＴ１の発現を枯渇させたところ、この抗増殖作用は劇的に向上した。図６Ｅに示されているように、ＫＧ１細胞とＡＭＬ３細胞において、ノックダウンから７日目に、ＧＳＰＴ１の発現レベルを測定した。ｓｈＧＳＰＴ１−１とｓｈＧＳＰＴ１−３のいずれも、ＧＳＰＴ１とｅＲＦ１の発現を低下させたとともに、ＣＲＢＮの発現をわずかに低下させた。
６．９ ヒト急性骨髄芽球性白血病細胞株ＫＧ１において、化合物Ｄの誘導による小胞体ストレス応答（ＵＰＲ）は、アポトーシス細胞死よりも先に生じた。
化合物Ｄの誘導によってＧＳＰＴ１が分解される細胞作用を、ＫＧ１細胞においてさらに調べた。細胞をＤＭＳＯ単独または２００ｎＭの化合物Ｄで処置した。２時間後、４時間後または６時間後、ＵＰＲ経路またはアポトーシス経路沿いの各種の細胞構成要素の発現レベルを測定した。図７Ａに示されているように、化合物Ｄは、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２及びＢＩＰ（ＣＴ−ＲｍＡｂによって検出した場合）の分解を誘導した。ＢＩＰの低下は、ＵＰＲを示している。同様に、図７Ｂに示されているように、化合物Ｄは、ＡＴＦ−４と、その下流標的のＡＴＦ−３の発現を増大させた。ｐ−ｅＩＦ２α、ＤＤＩＴ３、切断カスパーゼ３、切断カスパーゼ８、切断カスパーゼ９及び切断ＰＡＲＰのレベルも増大したことから、アポトーシスの開始が示唆された。
６．１０ ヒト急性骨髄芽球性白血病細胞株ＫＧ１において、化合物Ｄと化合物Ｅは、アポトーシスを誘導した。
化合物Ｄまたは化合物Ｅの誘導によって、ＧＳＰＴ１が分解される細胞作用を、ＫＧ１細胞においてさらに調べた。細胞をＤＭＳＯ単独、２００ｎＭの化合物Ｄまたは２００ｎＭの化合物Ｅで処置した。８時間後または１２時間後に、ＵＰＲ経路またはアポトーシス経路沿いの各種の細胞構成要素の発現レベルを測定した。図８Ａに示されているように、化合物Ｄまたは化合物Ｅは、ＧＳＰＴ１、ＧＳＰＴ２及びＢＩＰ（ＣＴ−Ａｂによって検出した場合）の分解を誘導した。ＢＩＰの低下は、ＵＰＲを示している。同様に、図８Ｂに示されているように、化合物Ｄまたは化合物Ｅは、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断カスパーゼ３、切断カスパーゼ８及び切断ＰＡＲＰのレベルを上昇させたことから、アポトーシスの開始が示唆された。
６．１１ ＫＧ−１細胞において、化合物Ｄの誘導による、ＡＴＦ４経路の活性化は、アポトーシスマーカーの出現よりも先に生じた。
化合物Ｄで処置した場合の細胞イベントの時系列をさらに調べるために、ＫＧ１細胞をＤＭＳＯ単独または２００ｎＭの化合物Ｄで処置した。２時間、４時間、６時間、８時間、１０時間または１２時間の時点で、ＡＴＦ４経路またはアポトーシス経路沿いの各種の細胞構成要素の発現レベルを測定した。図９Ａに示されているように、化合物Ｄによって、２時間という早い時点にＧＳＰＴ１の分解が誘導されたとともに、ＡＴＦ４経路沿いの構成要素であるｐ−ｅＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３及びＣＨＯＰ（すなわちＤＤＩＴ３）のレベルが上昇した。図９Ｂには、切断カスパーゼ８、切断カスパーゼ９、切断カスパーゼ３、切断カスパーゼ７及び切断ＰＡＲＰなどのアポトーシスマーカーのレベルが、およそ６時間の時点に上昇し始めたことが示されている。これらのデータによって、化合物Ｄによって、ＡＴＦ４経路の活性化が誘導されてから、アポトーシスに至ったことが示された。
６．１２ ＯＣＩ−ＡＭＬ２細胞において、ＧＳＰＴ１を安定化させたところ、化合物Ｄによる、ＡＴＦ４経路の活性化が阻止された。
親ＯＣＩ−ＡＭＬ２細胞と、ＨＡ−ＧＳＰＴ１−Ｇ５７５ＮまたはＨＡ−ＧＳＰＴ１−Δ（１−１３８）−Ｇ５７５Ｎを発現するＯＣＩ−ＡＭＬ２細胞をＤＭＳＯ単独または２００ｎＭの化合物Ｄで処置した。図１０Ａには、ＨＡ−ＧＳＰＴ１−Ｇ５７５ＮまたはＨＡ−ＧＳＰＴ１−Δ（１−１３８）−Ｇ５７５Ｎを発現するＯＣＩ−ＡＭＬ２細胞が、親ＯＣＩ−ＡＭＬ２細胞と同じようには、化合物Ｄに応答しなかったことが示されている。例えば、化合物Ｄが、親細胞において、ｐ−ｅＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＣＨＯＰ／ＤＤＩＴ３、切断カスパーゼ８、切断カスパーゼ９、切断カスパーゼ３、切断カスパーゼ７及び切断ＰＡＲＰのレベルを誘導したのに対して、それらの細胞構成要素のレベルは、ＨＡ−ＧＳＰＴ１−Ｇ５７５ＮまたはＨＡ−ＧＳＰＴ１−Δ（１−１３８）−Ｇ５７５Ｎを発現する細胞においては、未変化のままであった（図１０Ａ及び１０Ｂ）。ＨＡ−ＧＳＰＴ１−Ｇ５７５ＮまたはＨＡ−ＧＳＰＴ１−Δ（１−１３８）−Ｇ５７５Ｎを発現する細胞の、化合物Ｄによる処置に対する耐性は、図１０Ａに示されているように、ＧＳＰＴ１の安定化によるものと見られる。
６．１３ ＫＧ−１細胞において、化合物Ｄによって、ＡＴＦ４経路が活性化された。
ＫＧ−１細胞をＤＭＳＯ単独または２００ｎＭの化合物Ｄで処置した。処置から２時間、４時間または６時間の時点で、ＡＴＦ４経路沿いの各種の細胞構成要素のｍＲＮＡ発現レベルを測定した。図１１には、ＫＧ１細胞における、化合物Ｄの誘導による、ＡＴＦ−４、ＡＴＦ−３、ＤＤＩＴ３／ＣＨＯＰ、ＰＰＰ１Ｒ１５Ａ、ＧＡＤＤ４５Ａ及びＴＮＦＲＳＦ１０Ｂ（ｅＩＦ２αキナーゼ（複数可）／ｐ−ｅＩＦ２α／ＡＴＦ４経路沿いの構成要素）の発現が示されている。
６．１４ ＫＧ−１細胞において、化合物Ｄによって、ＩＲＥ１経路とＡＴＦ６経路が活性化された。
ＫＧ−１細胞をＤＭＳＯ単独または２００ｎＭの化合物Ｄで処置した。処置から２時間、４時間または６時間の時点で、ＩＲＥ１経路またはＡＴＦ６経路沿いの各種の細胞構成要素のｍＲＮＡ発現レベルを測定した。図１２には、ＫＧ１細胞における、化合物Ｄの誘導による、ＳＥＣ２４Ｄ、ＤＮＡＪＢ９、ＥＤＥＭ１及びＸＢＰ１（ＩＲＥ１経路またはＡＴＦ６経路沿いの構成要素）の発現が示されている。
６．１５ ＰＥＲＫの消失によって、ＴＧの誘導によるＵＰＲとアポトーシスが遅延した。
Ｕ９３７細胞において、ＣＲＩＳＰＲによる遺伝子編集によって、ＰＥＲＫ−/−コンストラクト１またはＰＥＲＫ−/−コンストラクト２を用いて、ＰＥＲＫ（４つのｅＩＦ２αキナーゼのうちの１つ）をノックアウトした。図１３には、野生型Ｕ９３７細胞において、０．５μＭのＴＧによって、ＵＰＲとアポトーシスが誘導されたが、ＰＥＲＫをノックアウトした細胞では、ＴＧの作用が遅延したことが示されている。例えば、野生型Ｕ９３７細胞では、ｐ−ｅＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＣＨＯＰ／ＤＤＩＴ３、切断カスパーゼ８及び切断カスパーゼ３のレベルは、ＴＧによる処置から４時間後に上昇したが、ＰＥＲＫノックアウト細胞では、ｐ−ｅＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＣＨＯＰ、切断カスパーゼ８及び切断カスパーゼ３のレベルは、ＴＧによる処置から８時間後または１６時間後まで上昇しなかった。
６．１６ ＰＥＲＫの消失によって、化合物Ｄの誘導によるアポトーシスは影響を受けなかった。
図１４には、野生型Ｕ９３７細胞と、ＰＥＲＫをノックアウトしたＵ９３７細胞において、２μＭの化合物Ｄによってアポトーシスが誘導されたことが示されている。例えば、野生型Ｕ９３７細胞とＰＥＲＫノックアウトＵ９３７細胞の両方において、化合物Ｄによる処置後、ＧＳＰＴ１とＭｃｌ−１のレベルは低下し、ｐ−ｅＩＦ２α、ＡＴＦ４及び切断カスパーゼ３のレベルは上昇した。このことから、ＰＥＲＫの消失によって、化合物Ｄの誘導によるアポトーシスは影響を受けなかったので、ＰＥＲＫが、化合物Ｄによる処置によって活性化されるｅＩＦ２αキナーゼではないことが示唆されている。
６．１７ Ｕ９３７細胞では、ＧＣＮ２の消失によって、化合物Ｄによる、アポトーシスの誘導がブロックされた。
Ｕ９３７細胞において、ＧＣＮ２ ＣＲＩＳＰＲコンストラクト１またはＧＣＮ２ ＣＲＩＳＰＲコンストラクト４を用いて、ＣＲＩＳＰＲによる遺伝子編集によって、ＧＣＮ２（４つのｅＩＦ２αキナーゼのうちの１つ）をノックアウトした。図１５には、野生型Ｕ９３７細胞では、４μＭの化合物Ｄによって、ＡＴＦ４経路とアポトーシスが誘導されたが、ＧＣＮ２をノックアウトしたＵ９３７細胞では、化合物Ｄのこれらの作用がブロックされたことが示されている。例えば、野生型Ｕ９３７細胞では、化合物Ｄによる処置後、ＧＳＰＴ１のレベルは低下し、ＡＴＦ４と切断カスパーゼ３のレベルは上昇した。ＧＣＮ２ノックアウトＵ９３７細胞では、化合物Ｄによる処置後、ＡＴＦ４と切断カスパーゼ３の誘導は、有意にブロックされたが、ＧＳＰＴ１のレベルは低下した。このことから、ＧＣＮ２の消失によって、化合物Ｄの誘導による、ＡＴＦ４経路の活性化とアポトーシスがブロックされたので、ＧＣＮ２が、化合物Ｄによる処置によって活性化されるｅＩＦ２αキナーゼであることが示唆されている。
図１６には、Ｕ９３７細胞において、ＧＣＮ２の枯渇によって、化合物Ｄによる、アポトーシスの用量依存的な誘導が妨げられたことが示されている。親Ｕ９３７細胞、クローン２細胞及びクローン３細胞では、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＣＨＯＰ／ＤＤＩＴ３、切断カスパーゼ８及び切断カスパーゼ３のレベルの上昇によって示されているように、０．５〜４．５μＭの化合物Ｄによって、ＡＴＦ４経路とアポトーシスが誘導された。対照的に、ＧＣＮ２−／− Ｔ１−２８細胞とＧＣＮ２−／− Ｔ４−３細胞では、化合物Ｄで処理しても、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＣＨＯＰ／ＤＤＩＴ３、切断カスパーゼ８及び切断カスパーゼ３のレベルは変化しなかったが、ＧＳＰＴ１は、化合物Ｄに応答して分解された。したがって、Ｕ９３７細胞では、ＧＣＮ２の除去によって、化合物Ｄによる、ＡＴＦ４経路とアポトーシスの用量依存的な活性化がブロックされた。
図１７には、Ｕ９３７細胞において、化合物Ｄによって、ＡＴＦ４経路とアポトーシスの活性化が時間依存的に誘導されたことと、ＧＣＮ２の枯渇によって、これらの作用が妨げられたことが示されている。例えば、野生型Ｕ９３７細胞では、４μＭの化合物Ｄによって、ＧＳＰＴ１の分解と、ＡＴＦ４経路の活性化と、アポトーシスが誘導された（ｐ−ｅＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＣＨＯＰ／ＤＤＩＴ３及び切断カスパーゼ３のレベルの上昇によって示された）。しかし、ＧＣＮ２をノックアウトしたＵ９３７細胞では、化合物Ｄによって、ＧＳＰＴ１の分解は誘導されたものの、化合物Ｄで処置しても、ｐ−ｅＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＣＨＯＰ／ＤＤＩＴ３及び切断カスパーゼ３のレベルは、未変化のままであった。したがって、ＧＣＮ２の消失によって、化合物Ｄの誘導による、ＡＴＦ４経路の活性化とアポトーシスがブロックされた。
６．１８ ＡＭＬ細胞株ＯＣＩ−ＡＭＬ２とＭＶ−４−１１では、ＧＣＮ２の消失によって、化合物Ｄによる、ＡＴＦ−４経路とアポトーシスの誘導が阻止された。
ＡＭＬ細胞株ＯＣＩ−ＡＭＬ２クローン１４と、ＯＣＩ−ＡＭＬ２のＧＣＮ２ノックアウトクローン１〜１３を化合物Ｄの段階希釈液（０．３３０ｎＭ、１μＭ、３．３μＭ）で２４時間処置した。図１８Ａには、ＧＣＮ２のノックアウトによって、化合物Ｄの誘導による、ＧＳＰＴ１の分解には影響は及ばなかったが、化合物Ｄの誘導による、ｅＩＦ２αのリン酸化が阻止され、その後、ＡＴＦ−４経路が活性化し（ＡＴＦ−４とＣＨＯＰのレベルの上昇によって示されている）、アポトーシスが生じた（切断カスパーゼ８と切断カスパーゼ３のレベルの上昇によって示されている）ことが示されている。別のＡＭＬ細胞株のＭＶ−４−１１でも、同様の作用が観察された（図１８Ｂに示されている）。
６．１９ ＨＲＩは、化合物Ｄによる、アポトーシスの誘導には必須ではない。
Ｕ９３７細胞において、ＨＲＩ ＣＲＩＳＰＲコンストラクト３を用いて、ＣＲＩＳＰＲによる遺伝子編集によって、ＨＲＩ（４つのｅＩＦ２αキナーゼの１つ）をノックアウトした。野生型Ｕ９３７細胞またはＨＲＩ ＣＲＩＳＰＲノックアウトＵ９３７細胞を４μＭの化合物Ｄで１６時間処置した。図１９には、ＨＲＩのノックアウトによって、化合物Ｄの誘導による、ｐ−ｅＩＦ２αと切断カスパーゼ３のレベルの上昇には影響が及ばなかったことが示されており、これにより、化合物Ｄによる、ＡＴＦ４経路の活性化とアポトーシスの誘導には、ＨＲＩは必須でないと見られることが示されている。
６．２０ ＰＫＲは、化合物Ｄによる、アポトーシスの誘導には必須ではない。
Ｕ９３７細胞において、ＰＫＲ ＣＲＩＳＰＲコンストラクト４を用いて、ＣＲＩＳＰＲによる遺伝子編集によって、ＰＫＲ（４つのｅＩＦ２αキナーゼのうちの別のキナーゼ）をノックアウトした。野生型Ｕ９３７細胞またはＰＫＲ ＣＲＩＳＰＲノックアウトＵ９３７細胞を２μＭの化合物Ｄで１６時間処置した。図２０には、ＰＫＲのノックアウトによって、化合物Ｄの誘導による、ＡＴＦ４と切断カスパーゼ３のレベルの上昇には影響が及ばなかったことが示されており、化合物Ｄによる、ＡＴＦ４経路の活性化とアポトーシスの誘導には、ＰＫＲも不要と見られることが示されている。
６．２１ ＩＲＥ１の除去によって、ＴＧまたは化合物Ｄの誘導による、ＸＢＰ１の蓄積が防止された。
Ｕ９３７細胞において、ＩＲＥ１ ＣＲＩＳＰＲコンストラクトを用いて、ＣＲＩＳＰＲによる遺伝子編集によって、ＩＲＥ１（ＸＢＰ１経路を活性化するキナーゼ）をノックアウトした。野生型Ｕ９３７細胞またはＩＲＥ１ ＣＲＩＳＰＲノックアウトＵ９３７細胞を０．５μＭのＴＧで６時間、または４μＭの化合物Ｄで８時間、１６時間もしくは３２時間処置してから、ＸＢＰ１アッセイを行った。図２１には、ＩＲＥ１のノックアウトによって、ＴＧ（上のパネル）または化合物Ｄ（下のパネル）の誘導による、ＸＢＰ１レベルの上昇が有効にブロックされたことが示されており、ＴＧと化合物Ｄの両方が、ＩＲＥ１を通じて、ＸＢＰ１経路を活性化させることが示された。
６．２２ ＩＲＥ１の消失によって、化合物Ｄによる、アポトーシスの誘導には影響が及ばなかった。
野生型Ｕ９３７細胞またはＩＲＥ１ ＣＲＩＳＰＲノックアウトＵ９３７細胞を４μＭの化合物Ｄで１６時間処置した。図２２には、ＩＲＥ１のノックアウトによって、化合物Ｄの誘導による、ＡＴＦ４と切断カスパーゼ３のレベルの上昇には影響が及ばなかったことが示されており、化合物Ｄによる、ＡＴＦ４経路の活性化とアポトーシスの誘導には、ＩＲＥ１は不要であることが示されている。
６．２３ 同じ遺伝的背景を持つＵ９３７細胞において、ＧＣＮ２の消失によって、化合物Ｄによる、アポトーシスの誘導が妨げられた。
Ｕ９３７クローン３細胞と、ＧＣＮ２−／− ４−１８によってＧＣＮ２をノックアウトしたＵ９３７クローン３細胞と、ＧＣＮ２−／− ４−３によってＧＣＮ２をノックアウトしたＵ９３７細胞を４μＭの化合物Ｄで８時間、１６時間または２４時間処置した。図２３には、Ｕ９３７クローン３細胞とＵ９３７細胞の両方において、ＧＣＮ２のノックアウトによって、化合物Ｄの誘導によるアポトーシスが妨げられたことが示されている。例えば、化合物Ｄの誘導による、ＡＴＦ４と切断カスパーゼ３のレベルの上昇は、ＧＣＮ２ノックアウトによって妨げられた。しかしながら、ｅＩＦ２αのリン酸化は、完全にはブロックされなかったが、Ｕ９３７クローン３よりも遅延したことから、ＧＣＮ２が正常時にｅＩＦ２αをリン酸化する時点よりも遅く、別のキナーゼ（ＧＣＮ２以外）がｅＩＦ２αをリン酸化すると見られることが示唆されている。
６．２４ ＧＣＮ２を過剰発現させたところ、おそらく、ＡＴＦ４経路の低レベルの慢性的活性化により、化合物Ｄに対する細胞の感度が低下した。
Ｕ９３７クローン３細胞と、ＧＣＮ２−／− ４−３によるＧＣＮ２ノックアウトＵ９３７細胞と、ＥＦ１ａ−ＧＣＮ２をトランスフェクションしたＧＣＮ２ノックアウトＵ９３７細胞と、ＰＧＫ−ＧＣＮ２をトランスフェクションしたＧＣＮ２ノックアウトＵ９３７細胞を４μＭの化合物Ｄで２４時間処置した。トランスフェクション細胞では、ＥＦ１ａプロモーターまたはＰＧＫプロモーターのいずれかで、外因性ＧＣＮ２の発現を駆動した。図２４には、ＥＦ１ａプロモーターの駆動によって、ＧＣＮ２を過剰発現させたところ、化合物Ｄに対する細胞の感度が低下したことが示されており、これは、ＡＴＦ４経路の低レベルの慢性的活性化によるものと見られ、この慢性的活性化は、化合物Ｄで処置しなかった細胞において、ＡＴＦ４のレベルがわずかに上昇したことによって示されている。対照的に、ＰＧＫ−ＧＣＮ２をトランスフェクションした細胞では、ＧＣＮ２の発現は非常に低レベルであったので、ＡＴＦ４レベルは、化合物Ｄで処置しなかった細胞では低かったとともに、それらの細胞では、化合物Ｄの誘導によるアポトーシスに対する感度がそれほど低下しなかった（化合物Ｄによる処置後の切断カスパーゼ３レベルの上昇によって示されている）。
６．２５ Ｕ９３７ ＧＣＮ２ヌル細胞において、野生型ＧＣＮ２の再導入によって、化合物Ｄの誘導による、アポトーシスの誘導と、化合物Ｄの抗増殖作用が回復したが、変異ＧＣＮ２の再導入によっては回復しなかった。
図２５Ａには、Ｕ９３７クローン３細胞と、ＧＣＮ２−／− ４−３によるＧＣＮ２ノックアウトＵ９３７細胞と、ＥＦ１ａ−ＧＣＮ２をトランスフェクションしたＧＣＮ２ノックアウトＵ９３７細胞と、ＰＧＫ−ＧＣＮ２をトランスフェクションしたＧＣＮ２ノックアウトＵ９３７細胞を播種した４８ウェルプレートにおけるＣｅｌｌ ＴｉｔｅｒＧｌｏが示されている。細胞は、化合物Ｄの段階希釈液（１ｎＭ、１０ｎＭ、１００ｎＭ、１μＭ及び１０μＭ）で処置した。Ｃｅｌｌ ＴｉｔｅｒＧｌｏデータから、ＧＣＮ２のノックアウトによって、化合物Ｄの誘導によるアポトーシスに対する耐性が付与されたことと、外因性ＧＣＮ２の再導入によって、化合物Ｄの抗増殖作用が回復したことが示されている。実施例６．２４の結果と一致することに、ＥＦ１ａプロモーターによるＧＣＮ２の過剰発現によって、ＰＧＫプロモーターからＧＣＮ２を発現する細胞と比べて、化合物Ｄの誘導によるアポトーシスに対する細胞の感度が低下した。
Ｔ８９９Ａ／Ｔ９０４Ａ（ＧＣＮ２の自己リン酸化をブロックする）、Ｋ６１９Ｒ（キナーゼ活性を妨げる）及びＦ１１４３Ｌ／Ｒ１１４４Ｌ（ｔＲＮＡの結合をブロックする）を含む各種のＧＣＮ２変異体を作製した。野生型ＧＣＮ２または上記のような変異体をＵ９３７ ＧＣＮ２ヌル細胞に再導入し、それらの細胞を４μＭの化合物Ｄで２４時間処置した。図２５Ｂには、野生型のＧＣＮ２の再導入によって、化合物Ｄの誘導による、ＡＴＦ−４経路の活性化とアポトーシスが回復したが、変異体の再導入によっては回復しなかったことが示されている。増殖アッセイでは、野生型ＧＣＮ２または上記のような変異体をＵ９３７ ＧＣＮ２ヌル細胞に再導入し、それらの細胞を化合物Ｄの段階希釈液（１０ｎＭ、１００ｎＭ、１μＭ及び１０μＭ）で処置した。図２５Ｃには、野生型のＧＣＮ２の再導入によって、化合物Ｄの抗増殖作用が回復したが、変異体の再導入によっては回復しなかったことが示されている。
６．２６ 翻訳リードスルーは、ｐ−ｅＩＦ２レベルの上昇の原因ではない。
アミノ酸飢餓が原因で、ｅＩＦ２αをリン酸化するＧＣＮ２が活性化することが知られている。ＧＳＰＴ１は、正常な翻訳の終止を媒介するので、化合物ＤによりＧＳＰＴ１が枯渇されると、終止コドンがリードスルーされることがあるという仮説が立てられる。化合物Ｄによって誘導される翻訳リードスルーが、ｐ−ｅＩＦ２αレベルの上昇に寄与するのかを調べた。Ｆｌｕｃ／Ｎｌｕｃ−Ｇ３６Ａリードスルーレポーターを安定的に発現するＯＣＩ−ＡＭＬ２細胞を３００μｇ／ｍＬのＧ４１８または２００ｎＭの化合物Ｄで、２時間、４時間、６時間、８時間、１０時間、１２時間または１６時間処置した。ｐ−ｅＩＦ２αのレベルをイムノブロット解析によって測定した。ＡＭＬ２リードスルーアッセイを行って、リードスルーレポーターを測定した。図２６Ａには、化合物ＤとＧ４１８によって、翻訳リードスルーが同程度のレベルで誘導されたことが示されている。図２６Ｂには、化合物Ｄによって、ｐ−ｅＩＦ２αレベルが上昇したが、Ｇ４１８には、ｐ−ｅＩＦ２αレベルに対する作用がほとんど見られなかったことが示されている。すなわち、図２６Ａと図２６Ｂに示されている結果を総合すると、翻訳リードスルーは、ｐ−ｅＩＦ２αレベルの上昇の原因ではないと見られることが示されている。
６．２７ ＧＳＰＴ１、ｐ−ｅＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断カスパーゼ３及び切断ＰＡＲＰは、化合物Ｄと化合物Ｅの誘導によるアポトーシスの予測バイオマーカーとして機能する。
１μＭの化合物Ｄまたは１μＭの化合物Ｅで処置した細胞において、ＡＴＦ４経路とアポトーシス経路沿いの各種遺伝子の発現レベルを測定した。図２７に示されているように、ＧＳＰＴ１のレベルは、化合物Ｄまたは化合物Ｅによる処置に応答して低下した。ｓｈＲＮＡによってＧＳＰＴ１をノックダウンした細胞では、化合物Ｄと化合物Ｅのいずれによっても、ｐ−ｅＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３及びＤＤＩＴ３のレベルが上昇し、その結果、切断カスパーゼ３の増大により、カスパーゼ３が活性化した。そして、その切断カスパーゼ３が、ＰＡＲＰを切断することによってＰＡＲＰを不活化し、アポトーシスを誘導した。
したがって、ＧＳＰＴ１、ｐ−ｅＩＦ２α、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断カスパーゼ３及び切断ＰＡＲＰは、化合物Ｄまたは化合物Ｅの誘導によるアポトーシスを示すバイオマーカーとして機能できる。
６．２８ 正常な末梢血単核球（ＰＢＭＣ）における化合物毒性の予測
ＰＢＭＣにおいて、ＧＳＰＴ１、ｐ−ｅＩＦ２α、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３及び下流のアポトーシス指標のレベルによって、化合物の毒性をモニタリングした。ＰＢＭＣを１ｎＭ、１０ｎＭ、１００ｎＭまたは１０００ｎＭの化合物Ｄまたは化合物Ｅで２０時間処置した。図２８Ａに示されているように、化合物Ｄと化合物Ｅのいずれによっても、ＧＳＰＴ１の発現は低下したが、ｐ−ｅＩＦ２αと、ＡＴＦ３（スプライシングバリアント内の可能性が高い）と、ＤＤＩＴ３のレベルは上昇し、その結果、切断カスパーゼ３の増大により、カスパーゼ３が活性化した。そして、その切断カスパーゼ３が、ＰＡＲＰを切断することによってＰＡＲＰを不活化し、アポトーシスを誘導した。したがって、ＧＳＰＴ１、ｐ−ｅＩＦ２α、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断カスパーゼ３及び切断ＰＡＲＰは、化合物の毒性を予測するバイオマーカーとして機能できる。
正常なヒトＰＢＭＣ（ＩＤ番号４３２８及び４３７９）とＡＭＬ患者ＰＢＭＣ（ＩＤ番号１１ＳＨ及び０９Ｐ６）において、ウエスタン解析によって、化合物Ｄの媒介による、ＧＳＰＴ１タンパク質レベルの低下を評価した（図２８Ｂ）。ウエスタンブロットによる定量によって、正常なＰＢＭＣ試料と、１つのＡＭＬ患者ＰＢＭＣ試料（ＩＤ番号１１ＳＨ）の両方において、濃度依存的かつ時間依存的にＧＳＰＴ１タンパク質が減少したことが示された。ＩＤ番号０９Ｐ６のＡＭＬ患者ＰＢＭＣ試料では、ＧＳＰＴ１の基底発現は、ほとんど観察されなかった。ＩＤ番号１１ＳＨのＡＭＬ患者試料におけるＧＳＰＴ１の濃度依存的な低下は、感受性ＡＭＬ細胞株で観察されたものと同程度で、１００ｎＭの化合物Ｄによって、８時間時点で、ＧＳＰＴ１が８６％低下した（表３）。２つの正常なＰＢＭＣ試料では、１００ｎＭの化合物Ｄに対するＧＳＰＴ１の応答性は低く、ＧＳＰＴ１の低下率は、８時間時点で、３９％と６７％に過ぎなかった（表３）。したがって、ＧＳＰＴ１タンパク質レベルは、ＰＢＭＣにおいて、化合物毒性のバイオマーカーとして機能できる。
表３．正常なドナーとＡＭＬ患者から得たＰＢＭＣにおける、化合物Ｄによる、ＧＳＰＴ１レベルの低下
Figure 2019504063
６．２９ ＫＧ−１細胞とＨＬ−６０細胞において、化合物Ｄによって、ＵＰＲ経路が誘導されたとともに、ＮＭＤ経路が阻害された。
化合物Ｄは、ＫＧ−１細胞において、用量依存的かつ時間依存的に、ＵＰＲストレスＲＮＡ、ＡＴＦ３及びＣＨＯＰ、ならびにナンセンス変異依存分解機構（ＮＭＤ）ＲＮＡのＳＲＳＦ３及びＳＲＳＦ６を調節する。ＫＧ−１細胞を１０ｃｍ２皿に播種し、一晩インキュベートした。翌日、ＫＧ−１細胞を６点用量応答（０ｎＭ、３ｎＭ、１０ｎＭ、３０ｎＭ、１００ｎＭ、３００ｎＭ）の化合物Ｄによって処置し、２時間、４時間、８時間及び２０時間インキュベートした。細胞をディッシュから取り出し、ＲＮＡの単離（Ｑｉａｇｅｎ ＲＮＡ単離キット）用に細胞ペレットを調製した。ＮａｎｏＤｒｏｐという分光光度計を用いて、全ＲＮＡを定量し、１μｇの全ＲＮＡを用いて、ｃＤＮＡを逆転写した。各試料に対して、ＡＴＦ３、ＣＨＯＰ、ならびにＳＲＳＦ３及びＳＲＳＦ６のＮＭＤ転写産物と正常転写産物の両方に対するプライマーセットを用いて、定量ＰＣＲを反復して行った。データは、１８Ｓハウスキーピング遺伝子と、２時間のＤＭＳＯによるコントロールで二重に補正した。各時点において、ｎＭ単位の薬物濃度（ｘ軸）に対して、補正済みのＲＮＡ発現（ｙ軸）をプロットした。ＳＲＳＦ３−１ ＮＭＤは、ＳＲＳＦ３のＮＭＤ転写産物の増殖物を、ＳＲＳＦ６−１ ＮＭＤは、ＳＲＳＦ６のＮＭＤ転写産物の増殖物を示している。ＳＲＳＦ３−３ Ｎｏｒｍａｌは、ＳＲＳＦ３遺伝子の正常転写産物の増殖物を、ＳＲＳＦ６−３ Ｎｏｒｍａｌは、ＳＲＳＦ６遺伝子の正常転写産物の増殖物を示している。化合物ＤによってＫＧ−１細胞を処置したところ、ＡＴＦ３、ＣＨＯＰ、ならびにＳＲＳＦ３及びＳＲＳＦ６のＮＭＤ転写産物の用量依存的かつ時間依存的な増加が観察された。
図２９Ａ〜２９Ｆには、ＫＧ−１細胞において、化合物Ｄによる処置によって、ＵＰＲ経路とＮＭＤ経路に及んだ作用が示されている。図２９Ａと図２９Ｂには、１００ｎＭの化合物Ｄによって、ＡＴＦ３（図２９Ａ）とＤＤＩＴ３（ＣＨＯＰ）（図２９Ｂ）のｍＲＮＡレベルが、治療の４時間以内に増加したことが示されている。ＡＴＦ３とＣＨＯＰの増加は、３０ｎＭ以上の化合物Ｄでは、治療の８時間以内に観察された。加えて、１００ｎＭ以上の化合物Ｄによって、ＡＴＦ３のｍＲＮＡレベルがおよそ１００倍に、ＤＤＩＴ３（ＣＨＯＰ）のｍＲＮＡレベルがおよそ１０倍に誘導された。図２９Ｃと図２９Ｄには、１００ｎＭの化合物Ｄによって、ＳＲＳＦ３−１（ＮＭＤの対象となる転写産物）（図２９Ｃ）のｍＲＮＡレベルは上昇したが、ＳＲＳＦ３−３（正常転写産物）（図２９Ｄ）のレベルは、処置の８時間以内には上昇しなかったことが示されている。図２９Ｅと２９Ｆには、化合物Ｄによって、ＳＲＳＦ６−１（ＮＭＤ転写産物）（図２９Ｅ）のｍＲＮＡレベルは上昇したが、ＳＲＳＦ６−３（正常転写産物）（図２９Ｆ）のレベルは、処置の８時間以内には上昇しなかったことが示されている。したがって、ＮＭＤ転写産物の蓄積により、化合物Ｄが、ＫＧ−１細胞において、ＮＭＤ経路を阻害したことが示されている。ＮＭＤ経路の阻害は、ＧＳＰＴ１の分解によるものと見られる。
ＡＴＦ３、ＣＨＯＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物（ＳＲＳＦ３−１）及びＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物（ＳＲＳＦ６−１）が、化合物Ｄの誘導により、濃度依存的かつ時間依存的に増加することは、別の感受性ＡＭＬ細胞株のＨＬ−６０でも同様に観察された。ＨＬ−６０細胞を１００ｎＭ以上の化合物Ｄで処置したところ、ＡＴＦ３、ＣＨＯＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物及びＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物の発現が増大したが、非ＮＭＤ転写産物（ＳＲＳＦ３−３及びＳＲＳＦ６−３）は、８時間の時点では増大しなかった（図２９Ｇ〜２９Ｊ）。３０ｎＭの化合物Ｄ濃度では、２０時間の時点に、ＡＴＦ３、ＣＨＯＰ及びＮＭＤ転写産物の増加が観察されたが、これよりも高い薬物濃度では、ＡＴＦ３とＣＨＯＰの発現の増大は横ばいであった（図２９Ｇ〜２９Ｊ）。化合物Ｄの試験濃度範囲では、２時間及び４時間の時点においては、遺伝子調節の有意な変化は観察されなかった。
６．３０ ＫＧ−１細胞株とＨＬ−６０細胞株におけるＧＳＰＴ１の減少、ＵＰＲ経路の活性化及びＮＭＤ経路の阻害と、アポトーシス誘導との相関関係
ＫＧ−１とＨＬ−６０という２つの感受性ＡＭＬ細胞株において、ＧＳＰＴ１タンパク質の濃度依存的な減少と、ＡＴＦ３、ＣＨＯＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物及びＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物のＲＮＡ発現の８時間時点での増大を、２４時間時点（図３０Ａ［ＫＧ−１］、図３０Ｃ［ＨＬ−６０］）と、４８時間時点（図３０Ｂ［ＫＧ−１］、図３０Ｄ［ＨＬ−６０］）におけるカスパーゼ３／７の活性化（アポトーシス）と比較した。
ＨＬ−６０細胞において、３０ｎＭ以上の化合物Ｄによって、８時間時点で、ＧＳＰＴ１の完全な低下が観察された一方で、ＡＴＦ３、ＣＨＯＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物及びＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物は、１００ｎＭ以上の化合物Ｄによって増大した（図３０Ｃ）。４１ｎＭ〜１２３ｎＭの化合物Ｄ濃度において、２４時間時点で、アポトーシスの誘導が観察され、平均増大率はそれぞれ９％と１９％であった（図３０Ｃ）。４８時間時点の方が、高いアポトーシス誘導率が観察された（図３０Ｄ）。
化合物Ｄで処置したＫＧ−１細胞でも、同様の結果が観察され、１００ｎＭ以上の濃度によって、ＧＳＰＴ１タンパク質レベルが９０％超低下した一方で、ＡＴＦ３、ＣＨＯＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物及びＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物のＲＮＡの発現が誘導された（図３０Ａ）。２４時間時点でアポトーシスの誘導が観察され、アポトーシスの平均増大率は、４１ｎＭの化合物Ｄにおいて１１％、１２３ｎＭの化合物Ｄにおいて１６％であった（図３０Ａ）。４８時間時点の方が、高いアポトーシス誘導率が観察された（図３０Ｂ）。
６．３１ 感受性の最も高いＡＭＬ細胞株であるＨＮＴ−３４では、化合物Ｄによって、インキュベーションから８〜１６時間の時点で、アポトーシスが誘導された。
細胞を０．０１μＭ、０．１μＭまたは１μＭの化合物Ｄで、所定の時間間隔（例えば、１時間、２時間、４時間、８時間、１６時間、２４時間、４８時間または７２時間）でインキュベートした。処置の最後に、細胞を洗浄し、７２時間のインキュベーションの残りの期間にわたって、１０００倍過剰のグルタルアミドを含む培地において、化合物Ｄの非存在下で再度インキュベートした。７２時間の時点に、アネキシンＶ／７−アミノアクチノマイシンＤ（７−ＡＡＤ）フローサイトメトリーによって、すべての培養液のアポトーシスについて評価した。感受性の最も高いＡＭＬ細胞株のＨＮＴ−３４では、細胞は、１００ｎＭの化合物Ｄによる処置から８〜１６時間以内にアポトーシスを起こしたとともに、インキュベーションの８〜１６時間以内に、アポトーシス率が最も高かった（図３１Ｂ）。ＨＮＴ−３４細胞における半最大アポトーシス応答に必要な化合物Ｄ濃度は、最初の２４時間の経過時間で徐々に低下し、この２４時間時点の効能は、化合物Ｄに７２時間曝露した培養液で見られた効能と同程度であった（図３１Ａ）。
６．３２ ＨＮＴ−３４細胞では、化合物Ｄによって、ＵＰＲが誘導され、それに続いて、アポトーシスが誘導されたが、ＰＢＭＣでは、作用の低下が見られた。
化合物Ｄ（１ｎＭ、１０ｎＭ及び１００ｎＭ）でインキュベーションした後のＨＮＴ−３４ ＡＭＬ細胞と正常なＰＢＭＣのウエスタンブロット解析によって、ＧＳＰＴ１の分解の時間的経過をモニタリングした（図３２Ａ〜３２Ｄ）。ＨＮＴ−３４細胞では、１０ｎＭの化合物Ｄでインキュベーションしてから２時間以内に、ＧＳＰＴ１の分解が明らかに認められ、ＡＴＦ４タンパク質の誘導は８時間の時点、ＡＴＦ３タンパク質は１２時間の時点に見られ、ＰＡＲＰの切断は２４時間の時点に見られた（図３２Ａ［ブロット］、図３２Ｂ〜３２Ｅ［デンシトメトリー測定結果］）。１０ｎＭの化合物Ｄでインキュベートした健常なＰＢＭＣにおけるＧＳＰＴ１の分解は、４時間の時点に明らかに認められた（図３２Ｆ及び３２Ｇ）が、ＵＰＲ経路内のタンパク質の誘導またはＰＡＲＰの切断は見られなかった。
ＨＮＴ−３４細胞におけるＵＰＲ因子ＡＴＦ３とＤＤＩＴ３のｍＲＮＡ誘導動態も、ＰＢＭＣにおける動態とは大きく異なっていた。ＨＮＴ−３４細胞では、化合物Ｄによって、８時間以内に、ＡＴＦ３とＤＤＩＴ３のｍＲＮＡが誘導された（図３３Ａ及び３３Ｃ）。対照的に、化合物Ｄでインキュベートした健常なＰＢＭＣでは、ＡＴＦ３またはＤＤＩＴ３のｍＲＮＡの誘導は、８時間までには検出されなかった（図３３Ｂ及び３３Ｄ）。正常なＰＢＭＣでは、ＧＳＰＴ１の分解が明らかに認められたにもかかわらず、アポトーシスが見られなかったことから、この化合物に関して、治療可能時間域の潜在性がさらに裏付けられた。このことは、正常な成人リンパ球における方が、腫瘍細胞よりも、化合物Ｄで観察される細胞毒性が低いこと（データは示されていない）とも一致している。
６．３３ 化合物Ｄで処置したＡＭＬ細胞株のパネルにおける、ＧＳＰＴ１の減少とアポトーシス応答との相関関係
化合物Ｄの媒介によるアポトーシスに対する感度が異なる９つのＡＭＬ細胞株のパネルにおいて、化合物ＤがＧＳＰＴ１タンパク質レベルに及ぼす作用を、ウエスタン解析によって評価した。化合物ＤのアポトーシスＥＣ５０値は、表４にまとめられている。ＧＳＰＴ１タンパク質レベルの低下は、９つのＡＭＬ細胞株のうちの８つにおいては、３〜１０００ｎＭの範囲にわたって濃度依存的であったとともに、相対的に感受性の低い１つのＡＭＬ細胞株においては、３００〜１０００ｎＭの範囲にわたって濃度依存的であった。化合物Ｄによる、ＧＳＰＴ１の減少の時間的経過についても、４８時間の時点まで調べた。ＨＮＴ−３４細胞、ＨＬ−６０細胞及びＭＬ−２細胞では、試験を行ったすべての濃度（３〜３００ｎＭ）の化合物Ｄの存在下で、１〜２０時間の期間を通じて、ＧＳＰＴ１の進行性分解が明らかに認められ、ＨＮＴ−３４細胞またはＨＬ−６０細胞では、１００ｎＭまたは３００ｎＭの化合物Ｄにおいて、ＧＳＰＴ１は、２０時間の時点には、ほとんど残っていなかった（図３４及び図３５Ｃ）。ＫＧ−１細胞とＯＣＩ−ＡＭＬ２細胞では、３〜１０００ｎＭの化合物Ｄにおいて、ＧＳＰＴ１の時間依存的な減少も観察され、ＫＧ−１細胞では、１００〜３００ｎＭにおいて、２４時間の時点で、またはＯＣＩ−ＡＭＬ２細胞では、３００ｎＭ及び１０００ｎＭにおいて、２４時間の時点で、ＧＳＰＴ１は、ほとんど残っていなかった（図３５Ｄ）。ＧＳＰＴ１の消失は、Ｋａｓｕｍｉ−１細胞、ＡＭＬ−１９３細胞及びＦ３６−Ｐ細胞における方がゆっくりであった。ＯＣＩ−ＡＭＬ３細胞では、化合物Ｄによって、ＧＳＰＴ１タンパク質レベルはあまり低下しなかった。ＯＣＩ−ＡＭＬ３細胞では、３００ｎＭと１０００ｎＭにおいて、２４時間時点と４８時間時点で、ＧＳＰＴ１のほんのわずかな消失が観察された。
表４．ＡＭＬ細胞株における、化合物Ｄの誘導によるアポトーシス
Figure 2019504063
ＧＳＰＴ１のタンパク質レベルは、１００ｎＭの化合物Ｄによって、感受性の高い細胞株ＨＮＴ−３４、ＨＬ−６０及びＫＧ−１では、４時間の時点に、８０％超低下し、細胞株ＯＣＩ−ＡＭＬ２及びＭＬ−２では、８時間の時点に低下した（図３５Ａ及び３５Ｂ、表５）。ＨＮＴ−３４細胞、ＨＬ−６０細胞及びＫＧ−１細胞では、８時間の時点に、ＧＳＰＴ１の９０％超の低下が観察された。感受性が中程度の細胞株のＫａｓｕｍｉ−１とＡＭＬ−１９３においては、ＧＳＰＴ１の低下範囲は、それぞれ５１％〜６１％であった一方で、非感受性細胞株のＦ３６−ＰとＯＣＩ−ＡＭＬ３においては、ＧＳＰＴ１の低下範囲は、３００ｎＭの化合物Ｄにおいて、８時間の時点で、それぞれ１８％〜３７％であった。ＯＣＩ−ＡＭＬ３以外のすべての細胞株では、１００ｎＭの化合物Ｄにおいて、２０〜２４時間の時点に、ＧＳＰＴ１が８０％超低下した。
表５．ＡＭＬ細胞株パネルにおける、化合物Ｄの媒介による、ＧＳＰＴ１の低下とカスパーゼ３／７の活性化
Figure 2019504063
 ａ：Ｆ３６−ＰにおけるＧＳＰＴ１の変化は、８時間時点では、濃度依存的ではなかった。
ｂ：３ｎＭと３００ｎＭとの間の視覚的補間値
これらの９つのＡＭＬ細胞株において、化合物Ｄの媒介による、８時間時点のＧＳＰＴ１の低下を、１２時間、２４時間及び４８時間の時点におけるカスパーゼ３／７の活性化（アポトーシス）の誘導と比較した。表５に示されているように、８時間時点では、ＧＳＰＴ１タンパク質の低下は、３２％（ＯＣＩ−ＡＭＬ３）〜１００％（ＨＬ−６０及びＨＮＴ−３４）の範囲であった。５つの細胞株のうちの４つの細胞において、アポトーシスが、２４時間の時点で観察されたとともに、ＧＳＰＴ１の低下率が、１００ｎＭの化合物Ｄにおいて８０％超であった（ＨＬ−６０、ＨＮＴ−３４、ＫＧ−１、ＭＬ−２）が、ＯＣＩ−ＡＭＬ２細胞株は唯一の例外であった。ＡＭＬ細胞パネルでは、ＧＳＰＴ１の低下レベルと、アポトーシス誘導との間に、正の関連性（Ｒ２＝０．５０、Ｒ＝０．７１、ｐ値＝４．８６Ｅ−００２）が観察され（図３６）、９０％超のＧＳＰＴ１低下率は、アポトーシスの誘導と相関していた。
本明細書では、例示目的で、具体的な実施形態について説明してきたが、本発明で提供するものの趣旨と範囲から逸脱しなければ、各種の修正を行ってよいことは上記から明らかであろう。上で言及した参照文献はいずれも、参照により、その全体が本明細書に援用される。

Claims (57)

  1. がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が高い対象の特定方法であって、
    （ａ）前記治療化合物を前記対象に投与することと、
    （ｂ）前記対象から試料を採取することと、
    （ｃ）前記試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
    （ｄ）前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記バイオマーカーの参照レベルと異なる場合に、前記対象を、前記治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
    を含み、
    前記治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
    Figure 2019504063
     Ｉ
    またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
    Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
    Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
    Ｒ１の置換基が存在するとき、前記置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
    各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
    各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
    Ｊが、ＯまたはＳであり、
    Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成している前記方法。
  2. がんの対象のうち、治療化合物に応答する可能性が高い対象の特定方法であって、
    （ａ）前記対象から試料を採取することと、
    （ｂ）前記治療化合物を前記試料に投与することと、
    （ｃ）前記試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
    （ｄ）前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記バイオマーカーの参照レベルと異なる場合に、前記対象を、前記治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
    を含み、
    前記治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
    Figure 2019504063
     Ｉ
    またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
    Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
    Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
    Ｒ１の置換基が存在するとき、前記置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
    各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
    各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
    Ｊが、ＯまたはＳであり、
    Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成している前記方法。
  3. 前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記バイオマーカーの前記参照レベルよりも高い、請求項１または請求項２に記載の方法。
  4. 前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記バイオマーカーの前記参照レベルよりも低い、請求項１または請求項２に記載の方法。
  5. がんの治療方法であって、
    （ａ）前記がんである対象から試料を採取することと、
    （ｂ）前記試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
    （ｃ）前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記バイオマーカーの参照レベルと異なる場合に、前記対象を、前記治療化合物に応答する可能性が高いと診断することと、
    （ｄ）前記治療化合物を治療上有効な量、前記対象に投与することと、
    を含み、
    前記治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
    Figure 2019504063
     Ｉ
    またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
    Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
    Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
    Ｒ１の置換基が存在するとき、前記置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
    各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
    各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
    Ｊが、ＯまたはＳであり、
    Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７は、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成している前記方法。
  6. 前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記バイオマーカーの前記参照レベルよりも高い、請求項５に記載の方法。
  7. 前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記バイオマーカーの前記参照レベルよりも低い、請求項５に記載の方法。
  8. がんであるかまたはがんの疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性の予測方法であって、
    （ａ）前記治療化合物を前記対象に投与することと、
    （ｂ）前記対象から試料を採取することと、
    （ｃ）前記試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
    （ｄ）前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、参照試料から得た前記バイオマーカーのレベルと異なる場合に、前記対象を、前記治療化合物による前記がんの治療に応答する可能性が高いと診断することと、
    を含み、
    前記治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
    Figure 2019504063
     Ｉ
    またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
    Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
    Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
    Ｒ１の置換基が存在するとき、前記置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
    各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
    各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
    Ｊが、ＯまたはＳであり、
    Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成している前記方法。
  9. がんであるかまたはがんの疑いのある対象の、治療化合物に対する応答性の予測方法であって、
    （ａ）前記対象から試料を採取することと、
    （ｂ）前記治療化合物を前記試料に投与することと、
    （ｃ）前記試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
    （ｄ）前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、参照試料から得た前記バイオマーカーのレベルと異なる場合に、前記対象を、前記治療化合物による前記がんの治療に応答する可能性が高いと診断することと、
    を含み、
    前記治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
    Figure 2019504063
     Ｉ
    またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
    Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
    Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
    Ｒ１の置換基が存在するとき、前記置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
    各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
    各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
    Ｊが、ＯまたはＳであり、
    Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成している前記方法。
  10. 前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記バイオマーカーの前記参照レベルよりも高い、請求項８または請求項９に記載の方法。
  11. 前記試料中の前記バイオマーカーのレベルが、前記バイオマーカーの前記参照レベルよりも低い、請求項８または請求項９に記載の方法。
  12. 対象のがんの治療における治療化合物の有効性のモニタリング方法であって、
    （ａ）前記治療化合物を前記対象に投与することと、
    （ｂ）前記対象から試料を採取することと、
    （ｃ）前記試料中のバイオマーカーのレベルを割り出すことと、
    （ｄ）前記試料中の前記バイオマーカーのレベルを、参照試料から得た前記バイオマーカーのレベルと比較することであって、前記参照物質と比較したときのレベルの変化によって、前記対象の前記がんの治療における前記治療化合物の有効性が示される、前記比較することと、
    を含み、
    前記治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
    Figure 2019504063
     Ｉ
    またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
    Ｒ１が、Ｈ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたアリール、任意に置換されたヘテロアリールまたは任意に置換されたヘテロシクリルであり、
    Ｒ２とＲ３がそれぞれハロであり、
    Ｒ１の置換基が存在するとき、前記置換基が、１〜３個のＱという基であり、各Ｑが独立して、アルキル、ハロ、ハロアルキル、ヒドロキシル、アルコキシ、任意に置換されたシクロアルキル、任意に置換されたシクロアルキルアルキル、任意に置換されたアリール、−Ｒ４ＯＲ５、−Ｒ４ＳＲ５、−Ｒ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）、−Ｒ４ＯＲ４Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）または−Ｒ４ＯＲ４Ｃ（Ｊ）Ｎ（Ｒ６）（Ｒ７）であり、
    各Ｒ４が独立して、アルキレン、アルケニレンまたは直接結合であり、
    各Ｒ５が独立して、水素、アルキル、ハロアルキルまたはヒドロキシアルキルであり、
    Ｊが、ＯまたはＳであり、
    Ｒ６とＲ７がそれぞれ独立して、水素もしくはアルキルであるか、またはＲ６とＲ７が、それらを置換する窒素原子と一体になって、１つもしくは２つのハロ、アルキルもしくはハロアルキルで任意に置換された５もしくは６員のヘテロシクリルもしくはヘテロアリール環を形成している前記方法。
  13. 前記参照物質よりもレベルが上昇していることによって、前記対象の前記がんの治療における前記治療化合物の有効性が示される、請求項１２に記載の方法。
  14. 前記参照物質よりもレベルが低下していることによって、前記対象の前記がんの治療における前記治療化合物の有効性が示される、請求項１２に記載の方法。
  15. 前記治療化合物に応答する可能性が高いと診断された前記対象に、前記治療化合物を治療上有効な量投与することをさらに含む、請求項１〜４及び８〜１１のいずれか１項に記載の方法。
  16. 第２の活性剤または支持療法剤を治療上有効な量投与することをさらに含む、請求項５〜７及び１５のいずれか１項に記載の方法。
  17. 前記第２の活性剤が、造血成長因子、サイトカイン、抗がん剤、抗生物質、ｃｏｘ−２インヒビター、免疫調節剤、免疫抑制剤、コルチコステロイド、がん抗原に特異的に結合する治療抗体、またはそれらの薬理学的に活性な変異体もしくは誘導体である、請求項１６に記載の方法。
  18. 前記治療化合物を前記対象に投与する前に、前記対象から得たコントロール試料を用いることによって、前記参照物質を調製し、前記コントロール試料が、前記試料と同じ供給源のものである、請求項１〜１７のいずれか１項に記載の方法。
  19. がんではない健常な対象から得たコントロール試料を用いることによって、前記参照物質を調製し、前記コントロール試料が、前記試料と同じ供給源のものである、請求項１〜１７のいずれか１項に記載の方法。
  20. 前記がんが、多発性骨髄腫（ＭＭ）、リンパ腫または白血病である、請求項１〜１９のいずれか１項に記載の方法。
  21. 前記がんが、リンパ腫である、請求項１〜１９のいずれか１項に記載の方法。
  22. 前記がんが、白血病である、請求項１〜１９のいずれか１項に記載の方法。
  23. 前記白血病が、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、急性リンパ芽球性白血病、急性骨髄性白血病または骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）である、請求項２２に記載の方法。
  24. 前記白血病が、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である、請求項２２に記載の方法。
  25. 前記白血病が、再発性であるか、難治性であるか、または従来療法に対して耐性である、請求項２２〜２４のいずれか１項に記載の方法。
  26. 前記バイオマーカーが、ＣＲＢＮ関連タンパク質である、請求項１〜２５のいずれか１項に記載の方法。
  27. 前記バイオマーカーが、小胞体ストレス応答（ＵＰＲ）における機能を有するものである、請求項１〜２５のいずれか１項に記載の方法。
  28. 前記バイオマーカーが、ＧＣＮ２関連シグナリング経路における機能を有するものである、請求項１〜２５のいずれか１項に記載の方法。
  29. 前記バイオマーカーが、ＡＴＦ４関連シグナリング経路における機能を有するものである、請求項１〜２５のいずれか１項に記載の方法。
  30. 前記バイオマーカーが、ＩＲＥ１関連シグナリング経路における機能を有するものである、請求項１〜２５のいずれか１項に記載の方法。
  31. 前記バイオマーカーが、ＸＢＰ１関連シグナリング経路における機能を有するものである、請求項１〜２５のいずれか１項に記載の方法。
  32. 前記バイオマーカーが、ＡＴＦ６関連シグナリング経路における機能を有するものである、請求項１〜２５のいずれか１項に記載の方法。
  33. 前記バイオマーカーが、アポトーシス経路における機能を有するものである、請求項１〜２５のいずれか１項に記載の方法。
  34. 前記バイオマーカーが、ナンセンス変異依存ｍＲＮＡ分解機構（ＮＭＤ）経路のＲＮＡ基質である、請求項１〜２５のいずれか１項に記載の方法。
  35. 前記バイオマーカーが、ＧＳＰＴ１及びＧＳＰＴ２からなる群から選択したｅＲＦ３ファミリーメンバーである、請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法。
  36. 前記バイオマーカーのレベルが、参照物質よりも低い、請求項３５に記載の方法。
  37. 前記バイオマーカーが、ＧＳＰＴ１である、請求項３５に記載の方法。
  38. 前記バイオマーカーが、ＧＳＰＴ２である、請求項３５に記載の方法。
  39. 前記バイオマーカーが、ＩＫＺＦ１である、請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法。
  40. 前記バイオマーカーのレベルが、参照物質よりも低い、請求項３９に記載の方法。
  41. 前記バイオマーカーが、ＡＴＦ４、ＡＴＦ３、ＤＤＩＴ３、切断ＰＡＲＰ、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物及びＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物からなる群から選択されている、請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法。
  42. 前記バイオマーカーのレベルが、参照物質よりも高い、請求項４１に記載の方法。
  43. 前記バイオマーカーが、ＡＴＦ４である、請求項４１に記載の方法。
  44. 前記バイオマーカーが、ＡＴＦ３である、請求項４１に記載の方法。
  45. 前記バイオマーカーが、ＤＤＩＴ３である、請求項４１に記載の方法。
  46. 前記バイオマーカーが、切断ＰＡＲＰである、請求項４１に記載の方法。
  47. 前記バイオマーカーが、ＳＲＳＦ３ ＮＭＤ転写産物である、請求項４１に記載の方法。
  48. 前記バイオマーカーが、ＳＲＳＦ６ ＮＭＤ転写産物である、請求項４１に記載の方法。
  49. 前記バイオマーカーのタンパク質レベルを割り出すことによって、前記バイオマーカーのレベルを測定する、請求項１〜４８のいずれか１項に記載の方法。
  50. 前記試料内のタンパク質と、前記バイオマーカータンパク質に免疫特異的に結合する第１の抗体とを接触させることを含む、請求項４９に記載の方法。
  51. （ｉ）前記第１の抗体に結合した前記バイオマーカータンパク質と、検出可能な標識を有する第２の抗体とを接触させることであって、前記第２の抗体が、前記バイオマーカータンパク質に免疫特異的に結合するとともに、前記第２の抗体が、前記バイオマーカータンパク質上のエピトープのうち、前記第１の抗体とは異なるエピトープに免疫特異的に結合する、前記接触させることと、
    （ｉｉ）前記バイオマーカータンパク質に結合した前記第２の抗体の存在を検出することと、
    （ｉｉｉ）前記第２の抗体の検出可能な標識の量に基づき、前記バイオマーカータンパク質の量を割り出すことと、
    をさらに含む、請求項５０に記載の方法。
  52. （ｉ）前記バイオマーカータンパク質に結合した前記第１の抗体と、検出可能な標識を有する第２の抗体とを接触させることであって、前記第２の抗体が、前記第１の抗体に免疫特異的に結合する、前記接触させることと、
    （ｉｉ）前記第１の抗体に結合した前記第２の抗体の存在を検出することと、
    （ｉｉｉ）前記第２の抗体の検出可能な標識の量に基づき、前記バイオマーカータンパク質の量を割り出すことと、
    をさらに含む、請求項５０に記載の方法。
  53. 前記バイオマーカーのｍＲＮＡレベルを割り出すことによって、前記バイオマーカーのレベルを測定する、請求項１〜４８のいずれか１項に記載の方法。
  54. 前記バイオマーカーのｃＤＮＡレベルを割り出すことによって、前記バイオマーカーのレベルを測定する、請求項１〜４８のいずれか１項に記載の方法。
  55. 前記治療化合物が、下記の式Ｉの化合物、
    Figure 2019504063
     Ｉ
    またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形であり、式中、
    Ｒ１が、ハロ置換アリールであり、
    Ｒ２とＲ３がそれぞれハロである、請求項１〜５４のいずれか１項に記載の方法。
  56. 前記治療化合物が、２−（４−クロロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド（化合物Ｄ）、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形である、請求項１〜５４のいずれか１項に記載の方法。
  57. 前記治療化合物が、２−（４−フルオロフェニル）−Ｎ−（（２−（２，６−ジオキソピペリジン−３−イル）−１−オキソイソインドリン−５−イル）メチル）−２，２−ジフルオロアセトアミド（化合物Ｅ）、またはその立体異性体もしくは立体異性体混合物、互変異性体、製薬学的に許容可能な塩、溶媒和物、アイソトポローグ、プロドラッグ、水和物、共結晶、包接化合物もしくは結晶多形である、請求項１〜５４のいずれか１項に記載の方法。
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