FR2796395A1 - NEW PLANT SGS3 GENE AND ITS USE - Google Patents
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Abstract
Description
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Nouveau gène SGS3 de plante et son utilisation
La présente invention concerne un nouveau gène SGS3 de plante et son utilisation pour la préparation de plantes génétiquement modifiées. New SGS3 plant gene and its use
The present invention relates to a new plant gene SGS3 and its use for the preparation of genetically modified plants.
On connaît de l'état de la technique des méthodes permettant d'intégrer des gènes hétérologues dans le génome des plantes de différentes espèces. Pour les procédés de transformation des cellules végétales et de régénération des plantes, on citera notamment les brevets et demandes de brevet suivants : 4,459,355, US 4,536,475, US 5,464,763, US 5,177,010, US 5,187,073, EP 267,159, EP 604 662, EP 672 752, US 4,945,050, US 5,036,006, US 5,100,792, US 5,371,014, US 5,478,744, US 5,179,022, US 5,565,346, US 5,484,956, US 5,508,468, US 5,538,877, US 5,554,798, US 5,489,520, US 5,510,318, US 5,204,253, US 5,405,765, EP 442 174, EP 486 233, EP 486 234, EP 539 563, EP 674 725, WO 91/02071 et WO 95/06128. Methods for integrating heterologous genes into the genome of plants of different species are known from the state of the art. For the processes of transformation of plant cells and regeneration of plants, mention may be made in particular of the following patents and patent applications: 4,459,355, US 4,536,475, US 5,464,763, US 5,177,010, US 5,187,073, EP 267,159, EP 604 662, EP 672 752, US 4,945,050, US 5,036,006, US 5,100,792, US 5,371,014, US 5,478,744, US 5,179,022, US 5,565,346, US 5,484,956, US 5,508,468, US 5,538,877, US 5,554,798, US 5,489,520, US 5,510,318, US 5,204,253, US 5,204,253,175 486 233, EP 486 234, EP 539 563, EP 674 725, WO 91/02071 and WO 95/06128.
Le niveau d'expression du gène hétérologue dépendra de différents facteurs, dont le locus d'intégration du gène hétérologue dans le génome de la plante transformée et les phénomènes dits de " silencing ". Il est en effet connu de l'état de la technique que l'expression d'un gène hétérologue dans une plante peut être inhibée totalement ou en partie dans la descendance des plantes transformées régénérées, quand bien même le dit gène s'exprime correctement dans la plante régénérée directement issue de la cellule transformée. Les gènes hétérologues introduits peuvent parfois subir une inactivation épigénétique (inactivation ne s'accompagnant d'aucune modification de séquence). The level of expression of the heterologous gene will depend on various factors, including the locus of integration of the heterologous gene in the genome of the transformed plant and the so-called "silencing" phenomena. It is in fact known from the state of the art that the expression of a heterologous gene in a plant can be totally or partially inhibited in the progeny of regenerated transformed plants, even if the said gene is expressed correctly in the regenerated plant coming directly from the transformed cell. The introduced heterologous genes can sometimes undergo epigenetic inactivation (inactivation not accompanied by any sequence modification).
Lorsque les gènes présentent des homologies avec des gènes de l'organisme hôte, l'inactivation peut affecter également l'expression de ces gènes hôtes et engendrer des effets délétères pour l'organisme (co-inactivation). Deux mécanismes distincts d'inactivation ont été mis en évidence chez les végétaux supérieurs, se traduisant soit par un blocage de la transcription (inactivation transcriptionnelle) soit par une dégradation des ARN (inactivation post-transcriptionnelle). When the genes have homologies with genes of the host organism, the inactivation can also affect the expression of these host genes and generate deleterious effects for the organism (co-inactivation). Two distinct mechanisms of inactivation have been demonstrated in higher plants, resulting either in blocking transcription (transcriptional inactivation) or in degradation of RNA (post-transcriptional inactivation).
Ces phénomènes d'inactivation, révélés accidentellement par la transgenèse, reflètent certainement des processus fondamentaux du contrôle épigénétique de l'expression des gènes, et leur étude constitue donc un moyen original d'accès à la compréhension des mécanismes de régulation mis enjeu au cours du développement des plantes. La mise en évidence de ces phénomènes soulève par ailleurs de nombreuses questions quant à l'utilisation de plantes transgéniques tant pour des programmes d'amélioration variétale que pour des études de physiologie moléculaire. These inactivation phenomena, accidentally revealed by transgenesis, certainly reflect fundamental processes of epigenetic control of gene expression, and their study therefore constitutes an original means of access to the understanding of the regulatory mechanisms involved during the plant development. The highlighting of these phenomena also raises many questions about the use of transgenic plants both for varietal improvement programs and for molecular physiology studies.
Ainsi, des plantes homozygotes monolocus obtenues avec un gène codant la protéine
GUS sous le contrôle du promoteur CamV 35S (35S-UidA) ont présenté une inactivation du transgène quel que soit le nombre de copies du transgène insérées au locus. Le phénomène se met en place au cours du développement de chaque génération indiquant une réversibilité méiotique. Des plantes haploïdes issues de la culture d'anthères de transformants homozygotes inactivés portant une seule copie du transgène ont montré une Thus, homozygous monolocus plants obtained with a gene encoding the protein
GUSs under the control of the CamV 35S promoter (35S-UidA) showed inactivation of the transgene regardless of the number of copies of the transgene inserted at the locus. The phenomenon takes place during the development of each generation indicating a meiotic reversibility. Haploid plants from the culture of anthers of inactivated homozygous transformants carrying a single copy of the transgene have shown
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réactivation du gène suivie d'une inactivation au cours du développement, suggérant que la méiose était nécessaire au déclenchement du processus de réactivation, mais que le déclenchement de l'inactivation au cours du développement ne nécessitait pas de fertilisation, et ne résultait pas de l'interaction entre différentes copies du transgène. Enfin, des expériences de run-on ont montré que le phénomène survenait au niveau posttranscriptionnel (Elmayan et Vaucheret, Plant J. 9:787-797,1996). gene reactivation followed by inactivation during development, suggesting that meiosis was necessary to initiate the reactivation process, but that initiation of inactivation during development did not require fertilization, and was not the result of interaction between different copies of the transgene. Finally, run-on experiments have shown that the phenomenon occurs at the post-transcriptional level (Elmayan and Vaucheret, Plant J. 9: 787-797,1996).
En induisant une mutation des plantes transformées, il est possible, non seulement d'éliminer ces phénomènes d'inhibition, mais encore d'augmenter le niveau d'expression des gènes hétérologues dans cette plante mutée (Elmayan et al., 1998, Plant Cell 10:1747- 1757, 1998). By inducing a mutation in transformed plants, it is possible not only to eliminate these inhibition phenomena, but also to increase the level of expression of heterologous genes in this mutated plant (Elmayan et al., 1998, Plant Cell 10: 1747-1757, 1998).
On a maintenant isolé un nouveau gène de plante, dénommé SGS3, impliqué dans les phénomènes d'inactivation post-transcriptionnelle dans les plantes transgéniques et dans la résistance des plantes aux infections virales. L'inhibition de ce gène conduit à l'inhibition des phénomènes d'inactivation post- transcriptionnelle en particulier dans les plantes transgéniques comprenant un gène hétérologue codant pour un peptide ou une protéine particuliers, permettant un niveau d'expression dudit peptide ou de ladite protéine à un niveau particulièrement élevé. L'invention a également pour objet la surexpression du gène SGS3 pour la préparation de plantes plus résistantes aux infections virales. We have now isolated a new plant gene, called SGS3, involved in post-transcriptional inactivation phenomena in transgenic plants and in the resistance of plants to viral infections. The inhibition of this gene leads to the inhibition of post-transcriptional inactivation phenomena in particular in transgenic plants comprising a heterologous gene coding for a particular peptide or protein, allowing a level of expression of said peptide or said protein at a particularly high level. Another subject of the invention is the overexpression of the SGS3 gene for the preparation of plants more resistant to viral infections.
Description des figures FIGURE 1: Mutants sgs3
Description de la liste de séquences SEQ ID NO.1:Gène SGS3 d'Arabidopsis thaliana SEQ ID NO. 2 : ADNc du gène SGS3 d'Arabidopsis thaliana
SEQ ID NO. 3 : Polypeptide SGS3 d'Arabidopsis thaliana
Description de l'invention Polynucléotides SGS3
La présente invention concerne des polynucleotides SGS3, en particulier des polynucléotides comprenant un gène SGS3 de plante. Préférentiellement, les polynucléotides de la présente invention comprennent la séquence codante d'un gène SGS3 de plante. Le gène SGS3 peut être isolé chez les plantes dicotylédones, comme Arabidopsis, le tabac, le colza, le tournesol, le soja, le coton, le trèfle, la lentille d'eau (lemnae) ou chez les plantes monocotylédones comme le riz, le maïs ou le blé. De manière avantageuse, le gène SGS3 est isolé chez les plantes dicotylédones, en particulier les crucifères comme Arabidopsis ou le colza. De préférence, les polynucléotides de l'invention comprennent un gène SGS3 d'Arabidopsis thaliana. Description of the figures FIGURE 1: Mutants sgs3
Description of the sequence list SEQ ID NO.1: SGS3 gene of Arabidopsis thaliana SEQ ID NO. 2: cDNA of the SGS3 gene of Arabidopsis thaliana
SEQ ID NO. 3: SGS3 polypeptide from Arabidopsis thaliana
Description of the Invention SGS3 Polynucleotides
The present invention relates to SGS3 polynucleotides, in particular polynucleotides comprising a plant SGS3 gene. Preferably, the polynucleotides of the present invention comprise the coding sequence of a plant SGS3 gene. The SGS3 gene can be isolated in dicotyledonous plants, such as Arabidopsis, tobacco, rapeseed, sunflower, soybean, cotton, clover, duckweed (lemnae) or in monocotyledonous plants such as rice, corn or wheat. Advantageously, the SGS3 gene is isolated in dicotyledonous plants, in particular cruciferous plants such as Arabidopsis or rapeseed. Preferably, the polynucleotides of the invention comprise a SGS3 gene from Arabidopsis thaliana.
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Le terme "polynucléotides SGS3" désigne l'ensemble des polynucléotides de la présente invention, de préférence, les polynucléotides de la séquence génomique de SGS3, les polynucléotides de la séquence de l'ADNc de SGS3, ainsi que les polynucléotides codant pour les polypeptides SGS3 de la présente invention. Le terme "polynucléotides SGS3" désigne également des polynucléotides recombinants comprenant les dits polynucléotides. The term "SGS3 polynucleotides" designates all of the polynucleotides of the present invention, preferably, the polynucleotides of the genomic sequence of SGS3, the polynucleotides of the cDNA sequence of SGS3, as well as the polynucleotides encoding the SGS3 polypeptides of the present invention. The term "SGS3 polynucleotides" also denotes recombinant polynucleotides comprising the said polynucleotides.
Selon la présente invention, on entend par "polynucléotide " une chaine nucléotidique simple brin ou son complémentaire ou une chaine nucléotidique double brin pouvant être de type ADN ou ARN. De préférence, les polynucléotides de l'invention sont de type ADN, notamment d'ADN double brin. Le terme "polynucléotide" désigne également les oligonucléotides et les polynucléotides modifiés. According to the present invention, the term "polynucleotide" means a single-stranded nucleotide chain or its complement or a double-stranded nucleotide chain which may be of DNA or RNA type. Preferably, the polynucleotides of the invention are of the DNA type, in particular double stranded DNA. The term "polynucleotide" also denotes modified oligonucleotides and polynucleotides.
Les polynucléotides de la présente invention sont isolés ou purifiés de leur environnement naturel. De préférence, les polynucléotides de la présente invention peuvent être préparés par les techniques classiques de biologie moléculaire telles que décrites par Sambrook et al. ( Molecular Cloning : A Labratory Manual, 1989) ou par synthèse chimique. The polynucleotides of the present invention are isolated or purified from their natural environment. Preferably, the polynucleotides of the present invention can be prepared by conventional techniques of molecular biology as described by Sambrook et al. (Molecular Cloning: A Labratory Manual, 1989) or by chemical synthesis.
L'invention comprend des polynucléotides de la séquence génomique du gène SGS3. Cette séquence génomique comprend 5 exons (positions 696-1658, 1732-2023, 2135-2379,2482-2648, 2739-2949 de la SEQ ID NO. 1), 4 introns (positions 1659-1731, 2024-2134,2380-2481, 2649-2738 de la SEQ ID NO.l) et des séquences régulatrices en 5' et en 3'. Dans un mode de réalisation préféré de l'invention, les polynucléotides de la séquence génomique de SGS3 comprennent un polynucléotide choisi parmi les polynucléotides suivants : a) le polynucléotide de la SEQ ID NO. 1, b) un polynucléotide comprenant au moins un exon de la SEQ ID NO. 1; c) un polynucléotide comprenant une combinaison d'exons de la SEQ ID NO. 1. The invention includes polynucleotides of the genomic sequence of the SGS3 gene. This genomic sequence includes 5 exons (positions 696-1658, 1732-2023, 2135-2379,2482-2648, 2739-2949 of SEQ ID NO. 1), 4 introns (positions 1659-1731, 2024-2134,2380- 2481, 2649-2738 of SEQ ID NO.l) and regulatory sequences in 5 'and 3'. In a preferred embodiment of the invention, the polynucleotides of the genomic sequence of SGS3 comprise a polynucleotide chosen from the following polynucleotides: a) the polynucleotide of SEQ ID NO. 1, b) a polynucleotide comprising at least one exon of SEQ ID NO. 1; c) a polynucleotide comprising a combination of exons of SEQ ID NO. 1.
La présente invention concerne également un polynucléotide comprenant une séquence régulatrice en 5' ou en 3' du gène SGS3. Dans un premier mode de réalisation, l'invention concerne un polynucléotide de régulation en 5' comprenant le polynucléotide dont la séquence est comprise entre la position 1 et la position 695 de la SEQ ID NO. 1. The present invention also relates to a polynucleotide comprising a regulatory sequence 5 ′ or 3 ′ of the SGS3 gene. In a first embodiment, the invention relates to a 5 'regulatory polynucleotide comprising the polynucleotide whose sequence is between position 1 and position 695 of SEQ ID NO. 1.
Dans un deuxième mode de réalisation, l'invention concerne un polynucléotide de régulation en 3' comprenant le polynucléotide dont la séquence est comprise entre la position 2950 et la position 3275 de la SEQ ID NO. 1. In a second embodiment, the invention relates to a 3 'regulatory polynucleotide comprising the polynucleotide whose sequence is between position 2950 and position 3275 of SEQ ID NO. 1.
L'invention a également pour objet un promoteur du gène SGS3 d'Arabidopsis thaliana. De préférence, le promoteur du gène SGS3 comprend un polynucléotide dont la séquence est comprise entre la position 1 et la position 695 de la SEQ ID NO. 1. Dans un autre mode de réalisation de l'invention, le promoteur du gène SGS3 comprend un fragment biologiquement actif d'un polynucléotide dont la séquence est comprise entre la position 1 et la position 695 de la SEQ ID NO. 1. The invention also relates to a promoter of the SGS3 gene of Arabidopsis thaliana. Preferably, the promoter of the SGS3 gene comprises a polynucleotide whose sequence is between position 1 and position 695 of SEQ ID NO. 1. In another embodiment of the invention, the promoter of the SGS3 gene comprises a biologically active fragment of a polynucleotide whose sequence is between position 1 and position 695 of SEQ ID NO. 1.
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Par "fragment biologiquement actif' on entend ci-dessus un polynucléotide ayant une activité promotrice et de préférence une activité promotrice dans les plantes. Les techniques permettant d'établir l'activité promotrice d'un polynucléotide sont bien connues de l'homme du métier. Ces techniques impliquent classiquement l'utilisation d'un vecteur d'expression comprenant dans le sens de la transcription le polynucléotide à tester et un gène rapporteur (voir Sambrook et al., Molecular Cloning : A Labratory Manual, 1989). By "biologically active fragment" is meant above a polynucleotide having a promoter activity and preferably a promoter activity in plants. The techniques for establishing the promoter activity of a polynucleotide are well known to those skilled in the art. These techniques conventionally involve the use of an expression vector comprising, in the direction of transcription, the polynucleotide to be tested and a reporter gene (see Sambrook et al., Molecular Cloning: A Labratory Manual, 1989).
L'invention concerne aussi une séquence terminatrice du gène SGS3 d'Arabidopsis thaliana. De préférence, la séquence terminatrice du gène SGS3 comprend un polynucléotide dont la séquence est comprise entre la position 2950 et la position 3275 de la SEQ ID NO. 1. Dans un autre mode de réalisation de l'invention, la séquence terminatrice du gène SGS3 comprend un fragment biologiquement actif d'un polynucléotide dont la séquence est comprise entre la position 2950 et la position 3275 de la SEQ ID NO. 1. The invention also relates to a terminator sequence of the SGS3 gene of Arabidopsis thaliana. Preferably, the terminator sequence of the SGS3 gene comprises a polynucleotide whose sequence is between position 2950 and position 3275 of SEQ ID NO. 1. In another embodiment of the invention, the terminator sequence of the SGS3 gene comprises a biologically active fragment of a polynucleotide whose sequence is between position 2950 and position 3275 of SEQ ID NO. 1.
L'invention concerne aussi des polynucléotides de l'ADNc de SGS3. De manière préférée, les polynucléotides de la séquence codante d'un gène SGS3 de plante comprennent des polynucléotides de la SEQ ID NO. 2. The invention also relates to polynucleotides of the SGS3 cDNA. Preferably, the polynucleotides of the coding sequence of a plant SGS3 gene comprise polynucleotides of SEQ ID NO. 2.
L'invention a également pour objet des polynucléotides comprenant un polynucléotide codant pour un polypeptide choisi parmi les polypeptides suivants : a) le polypeptide de la SEQ ID NO.3; b) un polypeptide homologue à un polypeptide de la SEQ ID NO. 3 ; c) un fragment d'un polypeptide tel que défini en a) ou b). A subject of the invention is also polynucleotides comprising a polynucleotide coding for a polypeptide chosen from the following polypeptides: a) the polypeptide of SEQ ID NO.3; b) a polypeptide homologous to a polypeptide of SEQ ID NO. 3; c) a fragment of a polypeptide as defined in a) or b).
L'invention s'étend également aux polynucléotides comprenant un polynucléotide choisi parmi les polynucléotides suivants: a) le polynucléotide de la SEQ ID NO. 1; b) le polynucléotide de la SEQ ID NO. 2 ; c) un polynucléotide homologue à un polynucléotide tel que défini en a) ou b) d) un polynucléotide capable de s'hybrider de manière sélective à un polynucléotide tel que défini en a) ou b); e) un fragment d'un polynucléotide tel que défini en a), b), c) ou d). The invention also extends to polynucleotides comprising a polynucleotide chosen from the following polynucleotides: a) the polynucleotide of SEQ ID NO. 1; b) the polynucleotide of SEQ ID NO. 2; c) a polynucleotide homologous to a polynucleotide as defined in a) or b) d) a polynucleotide capable of hybridizing selectively to a polynucleotide as defined in a) or b); e) a fragment of a polynucleotide as defined in a), b), c) or d).
Par " fragment " on entend selon l'invention un polynucléotide d'au moins 10, 20, 30, 50,100, 200,300, 400,500 nucléotides contigus de la séquence de référence. De préférence ces fragments conservent la fonction de la séquence de référence. By "fragment" is meant according to the invention a polynucleotide of at least 10, 20, 30, 50,100, 200,300, 400,500 contiguous nucleotides of the reference sequence. Preferably, these fragments retain the function of the reference sequence.
Par " homologue " on entend selon l'invention un polynucléotide présentant une ou plusieurs modifications de séquence par rapport à la séquence de référence. Ces modifications peuvent être des délétions, des additions ou des substitutions d'un ou plusieurs nucléotides de la séquence de référence. De manière avantageuse, le pourcentage d'homologie sera d'au moins 70 %, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% et de préférence d'au moins 98% et plus préférentiellement d'au moins 99% par rapport à la séquence de référence. Les méthodes de mesure et d'identification des homologies entre les séquences d'acides nucléiques sont bien connues de l'homme du métier. On peut employer par By "homologous" is meant according to the invention a polynucleotide having one or more sequence modifications compared to the reference sequence. These modifications can be deletions, additions or substitutions of one or more nucleotides of the reference sequence. Advantageously, the percentage of homology will be at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95% and preferably at least 98% and more preferably at least 99% by compared to the reference sequence. The methods for measuring and identifying the homologies between the nucleic acid sequences are well known to those skilled in the art. You can use by
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exemple les programmes PILEUP ou BLAST (notamment Altschul et al., J.Mol.Evol., 36 :290-300, 1993 ; Altschul et al., J.Mol.Biol., 215 :403-10, 1990). L'invention concerne donc des polynucléotides comprenant des polynucléotides présentant au moins 70 %, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% et de préférence au moins 98% et plus préférentiellement au moins 99% d'homologie avec les polynucléotides SGS3, les polynucléotides de la SEQ ID NO.1 ou les polynucléotides de la SEQ ID NO. 2. De préférence l'invention concerne un polynucléotide comprenant un polynucléotide d'au moins 50,100, 200, 300, 400, 500,
1000 nucléotides présentant au moins 70 %, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% et de préférence au moins 98% et plus préférentiellement au moins 99% d'homologie avec les polynucléotides SGS3, les polynucléotides de la SEQ ID NO.1 ou les polynucléotides de la
SEQ ID NO. 2. De préférence, ces homologues conservent la fonction de la séquence de référence. example the PILEUP or BLAST programs (in particular Altschul et al., J. Mol.Evol., 36: 290-300, 1993; Altschul et al., J.Mol.Biol., 215: 403-10, 1990). The invention therefore relates to polynucleotides comprising polynucleotides having at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% and preferably at least 98% and more preferably at least 99% homology with polynucleotides SGS3, polynucleotides of SEQ ID NO.1 or polynucleotides of SEQ ID NO. 2. Preferably, the invention relates to a polynucleotide comprising a polynucleotide of at least 50,100, 200, 300, 400, 500,
1000 nucleotides having at least 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% and preferably at least 98% and more preferably at least 99% homology with the polynucleotides SGS3, the polynucleotides of SEQ ID NO.1 or the polynucleotides of the
SEQ ID NO. 2. Preferably, these homologs retain the function of the reference sequence.
Par " séquence capable de s'hybrider de manière sélective ", on entend selon l'invention les séquences qui s'hybrident avec la séquence de référence à un niveau supérieur au bruit de fond de manière significative. Le niveau du signal généré par l'interaction entre la séquence capable de s'hybrider de manière sélective et les séquences de référence est généralement 10 fois, de préférence 100 fois plus intense que celui de l'interaction des autres séquences d'ADN générant le bruit de fond. Les conditions d'hybridation stringentes permettant une hybridation sélective sont bien connues de l'homme du métier. En général la température d'hybridation et de lavage est inférieure d'au moins 5 C au Tm de la séquence de référence à un pH donné et pour une force ionique donnée. Typiquement la température d'hybridation est d'au moins 30 C pour un polynucléotide de 15 à 50 nucléotides et d'au moins 60 C pour un polynucléotide de plus de 50 nucléotides. A titre d'exemple, l'hybridation est réalisée dans le tampon suivant : SSC, 50 mM Tris-HCI (pH 7.5), 1 mM EDTA, 0. 02% PVP, 0.02% Ficoll, 0. 02% BSA,
500 g/ml denatured salmon sperm DNA. Les lavages sont par exemple réalisés successivement à faible stringence dans un tampon 2X SSC, 0,1%SDS, à moyenne stringence dans un tampon 0,5X SSC, 01%SDS et à forte stringence dans un tampon 0,1X
SSC, 0,1%SDS. L'hybridation peut bien entendu être effectuée selon d'autres méthodes usuelles bien connues de l'homme du métier (voir notamment Sambrook et al., Molecular
Cloning : A Labratory Manual, 1989). L'invention concerne donc des polynucléotides comprenant un polynucléotide capable de s'hybrider de manière sélective avec le polynucléotide de la SEQ ID NO.1 ou le polynucléotide de la SEQ ID NO. 2. De préférence, l'invention concerne un polynucléotide comprenant un polynucléotide d'au moins 50, 100, 200,300, 400,500, 1000 nucléotides capable de s'hybrider de manière sélective avec le polynucléotide de la SEQ ID NO.1 ou le polynucléotide de la SEQ ID
NO. 2. Préférentiellement, ces polynucléotides s'hybridant de manière sélective à un polynucléotide de référence conservent la fonction de la séquence de référence. By "sequence capable of selective hybridization" is meant according to the invention the sequences which hybridize with the reference sequence at a level above the background noise significantly. The level of the signal generated by the interaction between the sequence capable of selective hybridization and the reference sequences is generally 10 times, preferably 100 times more intense than that of the interaction of the other DNA sequences generating the background noise. The stringent hybridization conditions allowing selective hybridization are well known to those skilled in the art. In general, the hybridization and washing temperature is at least 5 ° C. lower than the Tm of the reference sequence at a given pH and for a given ionic strength. Typically the hybridization temperature is at least 30 ° C. for a polynucleotide of 15 to 50 nucleotides and at least 60 ° C. for a polynucleotide of more than 50 nucleotides. By way of example, the hybridization is carried out in the following buffer: SSC, 50 mM Tris-HCl (pH 7.5), 1 mM EDTA, 0.02% PVP, 0.02% Ficoll, 0.02% BSA,
500 g / ml denatured salmon sperm DNA. The washes are for example carried out successively at low stringency in a 2X SSC buffer, 0.1% SDS, at medium stringency in a 0.5X SSC buffer, 01% SDS and at high stringency in a 0.1X buffer
SSC, 0.1% SDS. The hybridization can of course be carried out according to other usual methods well known to those skilled in the art (see in particular Sambrook et al., Molecular
Cloning: A Labratory Manual, 1989). The invention therefore relates to polynucleotides comprising a polynucleotide capable of hybridizing selectively with the polynucleotide of SEQ ID NO.1 or the polynucleotide of SEQ ID NO. 2. Preferably, the invention relates to a polynucleotide comprising a polynucleotide of at least 50, 100, 200,300, 400,500, 1,000 nucleotides capable of hybridizing selectively with the polynucleotide of SEQ ID NO.1 or the polynucleotide of the SEQ ID
NO. 2. Preferably, these polynucleotides which selectively hybridize to a reference polynucleotide retain the function of the reference sequence.
La présente invention a également pour objet des polynucléotides antisens permettant l'inhibition de l'expression d'un gène SGS3 de plante. Les polynucléotides antisens The present invention also relates to antisense polynucleotides allowing the inhibition of the expression of a plant SGS3 gene. Antisense polynucleotides
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s'hybrident spécifiquement à l'ARNm d'un gène SGS3 de plante interférant ainsi avec l'expression de ce gène. Les techniques d'inhibition de l'expression d'une protéine par un polynucléotide antisens sont bien connues de l'homme du métier et largement décrites dans la littérature notamment par Judelson et al. (Gene, 133 :63-69,1993) ainsi que par Prokish et al. (Mol.Gen.Genet. 256:104-114, 1997). specifically hybridize to the mRNA of a plant SGS3 gene thus interfering with the expression of this gene. Techniques for inhibiting the expression of a protein by an antisense polynucleotide are well known to those skilled in the art and widely described in the literature, in particular by Judelson et al. (Gene, 133: 63-69,1993) as well as by Prokish et al. (Mol.Gen.Genet. 256: 104-114, 1997).
Les polynucléotides antisens de la présente invention s'hybrident à l'ARNm d'un gène SGS3 de plante sur toute sa longueur ou seulement à une partie de l'ARNm d'un gène SGS3 de plante. Les polynucléotides antisens de la présente invention peuvent être parfaitement complémentaires à l'ARNm d'un gène SGS3 de plante ou suffisamment homologues pour permettre l'appariement et l'inhibition de l'expression d'un gène SGS3 de plante. The antisense polynucleotides of the present invention hybridize to the mRNA of a plant SGS3 gene over its entire length or only to part of the mRNA of a plant SGS3 gene. The antisense polynucleotides of the present invention can be perfectly complementary to the mRNA of a plant SGS3 gene or sufficiently homologous to allow pairing and inhibition of the expression of a plant SGS3 gene.
La présente invention a donc également pour objet des polynucléotides comprenant un polynucléotide antisens d'un gène SGS3 de plante et préférentiellement un polynucléotide antisens de la séquence codante du gène SGS3 de la SEQ ID NO. 2. The present invention therefore also relates to polynucleotides comprising an antisense polynucleotide of a plant SGS3 gene and preferably an antisense polynucleotide of the coding sequence of the SGS3 gene of SEQ ID NO. 2.
Préférentiellement, les polynucléotides antisens de la présente invention sont dérivés d'un polynucléotide de la SEQ ID NO. 2. Selon un premier mode de réalisation, les polynucléotides antisens de la présente invention comprennent le polynucléotide de la SEQ ID No.2. Selon un deuxième mode de réalisation, les polynucléotides antisens de la présente invention comprennent un fragment d'au moins 100 nucléotides, de préférence d'au moins 500 nucléotides et préférentiellement d'au moins 1000 nucléotides de la SEQ ID NO.2. Selon un troisième mode de réalisation, les polynucléotides antisens de la présente invention comprennent un polynucléotide présentant au moins 85%, 90%, 95% et de préférence au moins 98% et plus préférentiellement au moins 99% d'homologie avec un polynucléotide de la SEQ ID NO. 2. Selon un autre mode de réalisation les polynucléotides antisens de la présente invention comprennent un polynucléotide présentant au moins 85%, 90%, 95% et de préférence au moins 98% et plus préférentiellement au moins 99% d'homologie avec un fragment d'au moins 100 nucléotides, de préférence d'au moins 500 nucléotides et préférentiellement d'au moins
1000 nucléotides de la SEQ ID NO.2. Preferably, the antisense polynucleotides of the present invention are derived from a polynucleotide of SEQ ID NO. 2. According to a first embodiment, the antisense polynucleotides of the present invention comprise the polynucleotide of SEQ ID No.2. According to a second embodiment, the antisense polynucleotides of the present invention comprise a fragment of at least 100 nucleotides, preferably of at least 500 nucleotides and preferably of at least 1000 nucleotides of SEQ ID NO.2. According to a third embodiment, the antisense polynucleotides of the present invention comprise a polynucleotide having at least 85%, 90%, 95% and preferably at least 98% and more preferably at least 99% homology with a polynucleotide of the SEQ ID NO. 2. According to another embodiment, the antisense polynucleotides of the present invention comprise a polynucleotide having at least 85%, 90%, 95% and preferably at least 98% and more preferably at least 99% of homology with a fragment d '' at least 100 nucleotides, preferably at least 500 nucleotides and preferably at least
1000 nucleotides of SEQ ID NO.2.
De préférence, les polynucléotides antisens de la présente invention inhibent spécifiquement l'expression d'un gène SGS3 chez les plantes. Preferably, the antisense polynucleotides of the present invention specifically inhibit the expression of an SGS3 gene in plants.
Selon un mode de réalisation préféré, les polynucléotide antisens de la présente invention sont exprimés dans les cellules végétales ou les plantes à partir d'une cassette d'expression. According to a preferred embodiment, the antisense polynucleotide of the present invention are expressed in plant cells or plants from an expression cassette.
La présente invention concerne l'utilisation d'un polynucléotide ou d'un fragment d'un polynucléotide de la SEQ ID NO. 1 et de la SEQ ID NO. 2 selon l'invention pour l'identification du gène SGS3 dans d'autres plantes. Le clonage s'effectue par exemple par criblage de banques d'ADNc ou de banques d'ADN génomique avec un polynucléotide ou un fragment d'un polynucléotide de la SEQ ID NO.1et de la SEQ ID NO.2. Ces banques peuvent également être criblés par PCR à l'aide d'oligonucléotides spécifiques ou dégénérés dérivés de la SEQ ID NO.l ou de la SEQ ID NO.2. Les techniques de The present invention relates to the use of a polynucleotide or of a fragment of a polynucleotide of SEQ ID NO. 1 and SEQ ID NO. 2 according to the invention for the identification of the SGS3 gene in other plants. Cloning is carried out, for example, by screening cDNA libraries or genomic DNA libraries with a polynucleotide or a fragment of a polynucleotide of SEQ ID NO.1 and SEQ ID NO.2. These libraries can also be screened by PCR using specific or degenerate oligonucleotides derived from SEQ ID NO.l or SEQ ID NO.2. The techniques of
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construction et de criblage de ces banques sont bien connues de l'homme du métier (voir notamment Sambrook et al., Molecular Cloning : Labratory Manual, 1989). Des gènes SGS3 de plante peuvent également être identifiés dans les bases de données par BLAST nucléotidique ou protéique à l'aide des SEQ ID NO. 1-3. Construction and screening of these banks are well known to those skilled in the art (see in particular Sambrook et al., Molecular Cloning: Labratory Manual, 1989). Plant SGS3 genes can also be identified in databases by nucleotide or protein BLAST using SEQ ID NOs. 1-3.
De préférence, on vérifie que les gènes clonés assurent la même fonction que le gène SGS3 d'Arabidopsis thaliana par introduction des gènes identifiés dans des mutants SGS3 et par test de restauration de l'inactivation post-transcriptionnelle (voir ci-dessous). Preferably, it is verified that the cloned genes perform the same function as the SGS3 gene of Arabidopsis thaliana by introduction of the genes identified in SGS3 mutants and by test for restoration of post-transcriptional inactivation (see below).
Polypeptides SGS3
La présente invention concerne également des polypeptides SGS3. Le terme "polypeptides SGS3" désigne l'ensemble des polypeptides de la présente invention ainsi que les polypeptides pour lesquels codent les polynucléotides de la présente invention. Le terme "polypeptides SGS3" désigne également des protéines de fusion, des protéines recombinantes ou des protéines chimères comprenant ces polypeptides. Dans la présente description le terme "polypeptide" désigne également des protéines et des peptides ainsi que des polypeptides modifiés. SGS3 polypeptides
The present invention also relates to SGS3 polypeptides. The term "SGS3 polypeptides" designates all of the polypeptides of the present invention as well as the polypeptides for which the polynucleotides of the present invention encode. The term "SGS3 polypeptides" also refers to fusion proteins, recombinant proteins or chimeric proteins comprising these polypeptides. In the present description, the term "polypeptide" also denotes proteins and peptides as well as modified polypeptides.
Les polypeptides de l'invention sont isolés ou purifiés de leur environnement naturel. The polypeptides of the invention are isolated or purified from their natural environment.
Les polypeptides peuvent être préparés au moyen de différents procédés. Ces procédés sont notamment la purification à partir de sources naturelles telles que des cellules exprimant naturellement ces polypeptides, la production de polypeptides recombinants par des cellules hôtes appropriées et leur purification ultérieure, la production par synthèse chimique ou, enfin, une combinaison de ces différentes approches. Ces différents procédés de production sont bien connus de l'homme du métier. Ainsi, les polypeptides SGS3 de la présente invention peuvent être isolés à partir de plantes exprimant des polypeptides SGS3. The polypeptides can be prepared by various methods. These methods include purification from natural sources such as cells naturally expressing these polypeptides, production of recombinant polypeptides by appropriate host cells and their subsequent purification, production by chemical synthesis or, finally, a combination of these different approaches. . These various production methods are well known to those skilled in the art. Thus, the SGS3 polypeptides of the present invention can be isolated from plants expressing SGS3 polypeptides.
De préférence les polypeptides SGS3 de la présente invention sont isolés à partir d'organisme hôtes recombinants exprimant un polypeptide SGS3 hétérologue ou exprimant un polypeptide SGS3 naturel sous le contrôle d'un promoteur hétérologue. Ces organismes sont préférentiellement choisis parmi les bactéries, les levures, les champignons, les cellules animales , les cellules végétales ou les plantes. Preferably the SGS3 polypeptides of the present invention are isolated from recombinant host organisms expressing a heterologous SGS3 polypeptide or expressing a natural SGS3 polypeptide under the control of a heterologous promoter. These organisms are preferably chosen from bacteria, yeasts, fungi, animal cells, plant cells or plants.
La présente invention a pour objet un polypeptide de séquence SEQ ID NO.3ainsi qu'un un polypeptide comprenant un polypeptide de séquence SEQ ID NO. 3. L'invention comprend également des polypeptides comprenant un fragment ou un homologue d'un polypeptide SGS3 et plus particulièrement du polypeptide de la SEQ ID NO. 3. The subject of the present invention is a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 3 as well as a polypeptide comprising a polypeptide of sequence SEQ ID NO. 3. The invention also comprises polypeptides comprising a fragment or a homolog of a SGS3 polypeptide and more particularly of the polypeptide of SEQ ID NO. 3.
Le terme "fragment" d'un polypeptide désigne un polypeptide comprenant une partie mais pas la totalité du polypeptide dont il est dérivé. L'invention concerne un polypeptide comprenant un fragment d'au moins 10, 15, 20,25, 30,35, 40,50 acides aminés d'un polypeptide de la SEQ ID NO.3. De préférence, ces fragments conservent au moins une activité biologique du polypeptide dont ils sont dérivés. Préférentiellement, cette activité concerne l'inactivation post-transcriptionelle chez les plantes. The term "fragment" of a polypeptide refers to a polypeptide comprising part but not all of the polypeptide from which it is derived. The invention relates to a polypeptide comprising a fragment of at least 10, 15, 20.25, 30.35, 40.50 amino acids of a polypeptide of SEQ ID NO.3. Preferably, these fragments retain at least one biological activity of the polypeptide from which they are derived. Preferably, this activity relates to post-transcriptional inactivation in plants.
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Le terme "homologue" désigne un polypeptide selon l'invention désigne un polypeptide pouvant présenter une délétion, une addition ou une substitution d'au moins un acide aminé. L'invention a pour objet un polypeptide présentant au moins 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% et préférentiellement 99% d'acides aminés identiques avec un polypeptide de la SEQ ID NO. 3. De préférence, ces polypeptides homologues conservent la même activité biologique. Préférentiellement, cette activité concerne l'inactivation posttranscriptionelle chez les plantes. The term "homologous" denotes a polypeptide according to the invention denotes a polypeptide which may have a deletion, an addition or a substitution of at least one amino acid. The subject of the invention is a polypeptide having at least 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, 98% and preferably 99% of identical amino acids with a polypeptide of SEQ ID NO. 3. Preferably, these homologous polypeptides retain the same biological activity. Preferably, this activity relates to posttranscriptional inactivation in plants.
Cassettes d'expression
Le gène SGS3 peut être exprimé ou sur-exprimé dans différents organismes hôtes tels que les plantes. La présente invention concerne notamment la sur-expression du gène SGS3 dans les plantes ou les cellules végétales pour améliorer leur résistance aux virus. Expression tapes
The SGS3 gene can be expressed or over-expressed in different host organisms such as plants. The present invention relates in particular to the overexpression of the SGS3 gene in plants or plant cells to improve their resistance to viruses.
Le gène SGS3 peut être exprimé dans un organisme hôte sous le contrôle du promoteur SGS3 de la présente invention ou sous le contrôle d'un promoteur hétérologue et de préférence sous le contrôle d'un promoteur fonctionnel dans les plantes. Selon un mode de réalisation de l'invention, un polynucléotide codant pour un polypeptide SGS3 est inséré dans une cassette d'expression en utilisant des techniques de clonage bien connues de l'homme du métier. Cette cassette d'expression comprend les éléments nécessaires à la transcription et à la traduction des séquences codant pour le polypeptide SGS3. The SGS3 gene can be expressed in a host organism under the control of the SGS3 promoter of the present invention or under the control of a heterologous promoter and preferably under the control of a promoter functional in plants. According to one embodiment of the invention, a polynucleotide encoding an SGS3 polypeptide is inserted into an expression cassette using cloning techniques well known to those skilled in the art. This expression cassette includes the elements necessary for transcription and translation of the sequences coding for the SGS3 polypeptide.
Avantageusement, cette cassette d'expression comprend à la fois des éléments permettant de faire produire un polypeptide SGS 3 par une cellule hôte et des éléments nécessaires à la régulation de cette expression. Dans un premier mode de réalisation, les cassettes d'expression selon l'invention comprennent, dans le sens de la transcription, un promoteur fonctionnel dans un organisme hôte, un gène SGS3 de plante ou la séquence codante d'un gène SGS3 de plante et une séquence terminatrice dans ledit organisme hôte. Dans un autre mode de réalisation, les cassettes d'expression selon l'invention comprennent, dans le sens de la transcription, un promoteur fonctionnel dans un organisme hôte, un polynucléotide codant pour un polypeptide SGS3et une séquence terminatrice dans ledit organisme hôte. Préférentiellement, la cassette d'expression comprend, dans le sens de la transcription, un promoteur fonctionnel dans un organisme hôte, un polynucléotide choisi parmi les polynucléotides suivants: a) un polynucléotides codant pour un polypeptide SGS3 de la SEQ ID NO. 3, pour un homologue ou pour un fragment d'un polypeptide de la SEQ ID NO.3; b) un polynucléotide de la SEQ ID NO. 1; c) un polynucléotide de la SEQ ID NO. 2 ; d) un polynucléotide homologue à un polynucléotide tel que défini en b) ou c); e) un polynucléotide capable de s'hybrider de manière spécifique à un polynucléotide tel que défini en b) ou c); f) un polynucléotide comprenant un fragment d'un polynucléotide tel que défini en b), c), d) et e). Advantageously, this expression cassette comprises both elements making it possible to have an SGS 3 polypeptide produced by a host cell and elements necessary for the regulation of this expression. In a first embodiment, the expression cassettes according to the invention comprise, in the direction of transcription, a functional promoter in a host organism, a plant SGS3 gene or the coding sequence of a plant SGS3 gene and a terminator sequence in said host organism. In another embodiment, the expression cassettes according to the invention comprise, in the direction of transcription, a promoter functional in a host organism, a polynucleotide coding for an SGS3 polypeptide and a terminator sequence in said host organism. Preferably, the expression cassette comprises, in the direction of transcription, a promoter functional in a host organism, a polynucleotide chosen from the following polynucleotides: a) a polynucleotides encoding a polypeptide SGS3 of SEQ ID NO. 3, for a homolog or for a fragment of a polypeptide of SEQ ID NO.3; b) a polynucleotide of SEQ ID NO. 1; c) a polynucleotide of SEQ ID NO. 2; d) a polynucleotide homologous to a polynucleotide as defined in b) or c); e) a polynucleotide capable of hybridizing specifically to a polynucleotide as defined in b) or c); f) a polynucleotide comprising a fragment of a polynucleotide as defined in b), c), d) and e).
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et une séquence terminatrice dans ledit organisme hôte. and a terminator sequence in said host organism.
Dans un autre mode de réalisation, les cassettes d'expression de la présente invention permettent l'expression d'un polynucléotide antisens pour l'inhibition de l'expression du gène SGS3 dans une plante. Pour l'expression d'un polynucléotide antisens dans une plante les cassettes d'expression selon l'invention comprennent, dans le sens de la transcription, un promoteur fonctionnel dans un organisme hôte, un polynucléotide antisens de la séquence codante d'un gène SGS3 de plante et une séquence terminatrice fonctionnelle dans ledit organisme hôte. De préférence, les cassettes d'expression selon l'invention comprennent, dans le sens de la transcription, un promoteur fonctionnel dans un organisme hôte, un polynucléotide antisens de la séquence codante du gène SGS3 de la SEQ ID NO. 2 et une séquence terminatrice fonctionnelle dans ledit organisme hôte. Préférentiellement, les polynucléotides antisens de la présente invention sont exprimés sous le contrôle d'un promoteur inductible. In another embodiment, the expression cassettes of the present invention allow the expression of an antisense polynucleotide for the inhibition of expression of the SGS3 gene in a plant. For the expression of an antisense polynucleotide in a plant, the expression cassettes according to the invention comprise, in the direction of transcription, a promoter functional in a host organism, an antisense polynucleotide of the coding sequence of a SGS3 gene. of a plant and a functional terminator sequence in said host organism. Preferably, the expression cassettes according to the invention comprise, in the direction of transcription, a promoter functional in a host organism, an antisense polynucleotide of the coding sequence of the SGS3 gene of SEQ ID NO. 2 and a functional terminator sequence in said host organism. Preferably, the antisense polynucleotides of the present invention are expressed under the control of an inducible promoter.
Le promoteur SGS3 peut être utilisé pour exprimer un gène hétérologue dans un organisme hôte et notamment dans les cellules végétales ou dans les plantes. L'invention a donc également pour objet des cassettes d'expression comprenant le promoteur d'un gène SGS3 de plante associé de manière fonctionnelle à une séquence codant pour une protéine hétérologue. permettant l'expression de ladite protéine dans les cellules végétales ou les plantes. Dans un mode de réalisation, la cassette d'expression selon l'invention comprend, dans le sens de la transcription, le promoteur SGS3 d'Arabidopsis thaliana, la séquence codante pour la protéine hétérologue et une séquence terminatrice fonctionnelle dans les cellules végétales et les plantes. De préférence, la cassette d'expression selon l'invention comprend, dans le sens de la transcription, un polynucléotide dont la séquence est comprise entre la position 1 et la position 695 de la SEQ ID NO. 1 ou un fragment biologiquement actif du polynucléotide dont la séquence est comprise entre la position 1 et la position 695 de la SEQ ID NO. 1, la séquence codant pour un polypeptide hétérologue et une séquence terminatrice fonctionnelle dans les cellules végétales et les plantes. The SGS3 promoter can be used to express a heterologous gene in a host organism and in particular in plant cells or in plants. The invention therefore also relates to expression cassettes comprising the promoter of a plant SGS3 gene operatively associated with a sequence coding for a heterologous protein. allowing the expression of said protein in plant cells or plants. In one embodiment, the expression cassette according to the invention comprises, in the direction of transcription, the SGS3 promoter from Arabidopsis thaliana, the coding sequence for the heterologous protein and a functional terminator sequence in plant cells and plants. Preferably, the expression cassette according to the invention comprises, in the direction of transcription, a polynucleotide whose sequence is between position 1 and position 695 of SEQ ID NO. 1 or a biologically active fragment of the polynucleotide whose sequence is between position 1 and position 695 of SEQ ID NO. 1, the sequence coding for a heterologous polypeptide and a terminator sequence functional in plant cells and plants.
Les cassettes d'expression, selon la présente invention, peuvent en outre inclure toute autre séquence nécessaire à l'expression du gène d'intérêt, comme par exemple des éléments de régulation ou des séquences signal permettant l'adressage du polypeptide d'intérêt. The expression cassettes according to the present invention can also include any other sequence necessary for the expression of the gene of interest, such as for example regulatory elements or signal sequences allowing the addressing of the polypeptide of interest.
Les techniques de construction de ces cassettes d'expression sont largement décrites dans la littérature (voir notamment Sambrook et al., Molecular Cloning : A Labratory
Manual, 1989). The construction techniques of these expression cassettes are widely described in the literature (see in particular Sambrook et al., Molecular Cloning: A Labratory
Manual, 1989).
La présente invention a également pour objet un polynucléotide comprenant une cassette d'expression selon l'invention et notamment un vecteur comprenant une cassette d'expression selon l'invention. The present invention also relates to a polynucleotide comprising an expression cassette according to the invention and in particular a vector comprising an expression cassette according to the invention.
Avantageusement les cassettes d'expression selon la présente invention sont insérées dans un vecteur pour leur réplication ou pour la transformation d'un organisme hôte. Advantageously, the expression cassettes according to the present invention are inserted into a vector for their replication or for the transformation of a host organism.
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Certains éléments des cassettes d'expression selon l'invention sont illustrés cidessous à titre non limitatif. Certain elements of the expression cassettes according to the invention are illustrated below without implied limitation.
Promoteurs
Tout type de séquence promotrice peut être utilisée dans les cassettes d'expression selon l'invention. Le choix du promoteur dépendra notamment de l'organisme hôte choisi pour l'expression du gène d'intérêt. La présente invention concerne plus particulièrement la transformation des plantes. Le choix du promoteur utilisé dans la cassette d'expression détermine l'expression temporelle et spatiale du gène d'intérêt. Certains promoteurs permettent une expression spécifique dans certains tissus de la plante (racines, feuilles ou graines par exemple) ou dans certaines cellules de la plante. Certains promoteurs permettent une expression constitutive alors que d'autres promoteurs sont au contraire inductibles. Comme séquence de régulation promotrice dans les plantes, on peut utiliser toute séquence promotrice d'un gène s'exprimant naturellement dans les plantes en particulier un promoteur s'exprimant notamment dans les feuilles des plantes, comme par exemple des promoteurs dits constitutifs d'origine bactérienne, virale ou végétale ou encore des promoteurs dits lumière dépendants comme celui d'un gène de la petite sous-unité de ribulose- biscarboxylase/oxygénase (RuBisCO) de plante ou tout promoteur convenable connu pouvant être utilisé. Parmi les promoteurs d'origine végétale on citera les promoteurs d'histone tels que décrits dans la demande EP 0 507 698, ou le promoteur d'actine de riz (US 5,641,876). Parmi les promoteurs d'un gène de virus de plante, on citera celui de la mosaïque du choux fleur (CAMV 19S ou 35S), ou le promoteur du circovirus (AU 689 311). On peut encore utiliser une séquence de régulation promotrice spécifique de régions ou de tissus particuliers des plantes, et plus particulièrement des promoteurs spécifiques des graines ( Datla et al., Biotechnology Ann. Rev. 3:269-296,
1997). On peut également employer un promoteur inductible avantageusement choisi parmi les promoteurs de phénylalanine ammoniac lyase (PAL), d'HMG-CoA reductase (HMG), de chitinases, de glucanases, d'inhibiteurs de proteinase (PI), de gènes de la famille PR1, de la nopaline synthase (nos) ou du gène vspB (US 5 670 349), le promoteur HMG2 (US 5 670 349), le promoteur de la beta-galactosidase (ABG1) de pomme ou le promoteur de l'amino cyclopropane carboxylate syntase (ACC synthase) de pomme (WO 98/45445). Promoters
Any type of promoter sequence can be used in the expression cassettes according to the invention. The choice of promoter will depend in particular on the host organism chosen for the expression of the gene of interest. The present invention relates more particularly to the transformation of plants. The choice of promoter used in the expression cassette determines the temporal and spatial expression of the gene of interest. Certain promoters allow specific expression in certain tissues of the plant (roots, leaves or seeds for example) or in certain cells of the plant. Some promoters allow constitutive expression while other promoters are on the contrary inducible. As promoter regulatory sequence in plants, any promoter sequence of a gene expressing itself naturally in plants can be used, in particular a promoter expressing in particular in the leaves of plants, such as for example so-called promoters of original origin. bacterial, viral or vegetable or also so-called light-dependent promoters such as that of a gene for the small ribulose-biscarboxylase / oxygenase (RuBisCO) subunit of a plant or any suitable known promoter which can be used. Among the promoters of plant origin, mention will be made of the histone promoters as described in application EP 0 507 698, or the rice actin promoter (US Pat. No. 5,641,876). Among the promoters of a plant virus gene, there may be mentioned that of the cauliflower mosaic (CAMV 19S or 35S), or the circovirus promoter (AU 689 311). It is also possible to use a promoter regulatory sequence specific for particular regions or tissues of plants, and more particularly promoters specific for seeds (Datla et al., Biotechnology Ann. Rev. 3: 269-296,
1997). It is also possible to use an inducible promoter advantageously chosen from the promoters of phenylalanine ammonia lyase (PAL), of HMG-CoA reductase (HMG), of chitinases, of glucanases, of proteinase inhibitors (PI), of genes of the family. PR1, nopaline synthase (nos) or the vspB gene (US 5,670,349), the HMG2 promoter (US 5,670,349), the apple beta-galactosidase (ABG1) promoter or the amino cyclopropane promoter apple carboxylate syntase (ACC synthase) (WO 98/45445).
On pourra également utiliser le promoteur du gène SGS3 d'Arabidopsis thaliana. The promoter of the SGS3 gene from Arabidopsis thaliana can also be used.
Séquences de régulation de l'expression
Dans les cassettes d'expression de la présente invention on peut utiliser toute séquence de régulation permettant d'augmenter le niveau d'expression de la séquence codante insérée dans ladite cassette d'expression. Selon l'invention, on peut notamment utiliser, en association avec la séquence de régulation promotrice, d'autres séquences de régulation, qui sont situées entre le promoteur et la séquence codante, telles que des activateurs de transcription ("enhancer"). Parmi les séquences leader dérivées de virus on citera par exemple l'activateur du virus de la mosaïque du tabac (TMV) décrit dans la Expression regulation sequences
In the expression cassettes of the present invention, any regulatory sequence can be used which makes it possible to increase the level of expression of the coding sequence inserted in said expression cassette. According to the invention, it is possible in particular to use, in association with the promoter regulatory sequence, other regulatory sequences which are located between the promoter and the coding sequence, such as transcription activators ("enhancer"). Among the leader sequences derived from viruses, mention will be made, for example, of the activator of the tobacco mosaic virus (TMV) described in the
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demande WO 87/07644, ou l'activateur du virus etch du tabac (TEV). Différentes séquences dérivées d'introns de plantes peuvent également être utilisées pour augmenter le niveau d'expression du gène d'intérêt notamment chez les plantes monocotylédones. On citera par exemple l'intron I du gène de mais AdhI (Callis et al., Genes Develop., 1:1183- 1200, 1987). application WO 87/07644, or the activator of the etch tobacco virus (TEV). Different sequences derived from plant introns can also be used to increase the level of expression of the gene of interest, especially in monocotyledonous plants. We may cite, for example, the intron I of the corn gene AdhI (Callis et al., Genes Develop., 1: 1183-1200, 1987).
Séquences terminatrices
Une grande variété de séquences terminatrices sont utilisables dans les cassettes d'expression selon l'invention. Ces séquences permettent la terminaison de la transcription et la polyadénylation de l'ARNm. Toute séquence terminatrice fonctionnelle dans l'organisme hôte sélectionné peut être utilisée. Pour l'expression dans les plantes on peut notamment utiliser le terminateur nos d'Agrobacterium tumefaciens, ou encore des séquences terminatrices d'origine végétale, comme par exemple le terminateur d'histone (voir EP 0 633 317), le terminateur CaMV 35 S et le terminateur tml. Ces séquences terminatrices sont utilisables dans les plantes monocotylédones et dicotylédones. Terminating sequences
A wide variety of terminator sequences can be used in the expression cassettes according to the invention. These sequences allow the termination of transcription and polyadenylation of the mRNA. Any terminator sequence functional in the selected host organism can be used. For expression in plants, it is possible in particular to use the terminator nos of Agrobacterium tumefaciens, or alternatively terminator sequences of plant origin, such as for example the histone terminator (see EP 0 633 317), the terminator CaMV 35 S and the tml terminator. These terminator sequences are usable in monocotyledonous and dicotyledonous plants.
La séquence terminatrice du gène SGS3 d'Arabidopsis thaliana est un autre exemple de séquence terminatrice utilisable dans les cassettes d'expression selon l'invention. The terminator sequence of the SGS3 gene from Arabidopsis thaliana is another example of a terminator sequence which can be used in the expression cassettes according to the invention.
Gènes hétérologues
Tout gène d'intérêt peut être exprimé dans un organisme hôte sous le contrôle d'un promoteur SGS3. De préférence, le promoteur SGS3 est utilisé pour l'expression d'un gène hétérologue dans des cellule de plante ou dans une plante. Les gènes d'intérêt pouvant être exprimés dans les plantes sous le contrôle d'un promoteur SGS3 sont plus largement illustrés ci-dessous. Heterologous genes
Any gene of interest can be expressed in a host organism under the control of an SGS3 promoter. Preferably, the SGS3 promoter is used for the expression of a heterologous gene in plant cells or in a plant. The genes of interest which can be expressed in plants under the control of an SGS3 promoter are more widely illustrated below.
Vecteurs
La présente invention concerne également des vecteurs de transformation ou d'expression comprenant au moins un polynucléotide SGS3 ou une cassette d'expression selon la présente invention. Les vecteurs de la présente invention sont notamment utilisés pour transformer un organisme hôte et pour exprimer un polypeptide SGS3 ou un polynucléotide SGS3 dans ledit organisme hôte. L'organisme hôte est par exemple une bactérie, une levure, un champignon, une cellule de plante ou une plante. Ce vecteur peut notamment être constitué par un plasmide, un cosmide, un bactériophage ou un virus dans lequel est inséré un polynucléotide SGS3 ou une cassette d'expression selon l'invention. De manière générale, tout vecteur capable de se maintenir, de s'autorépliquer ou de se propager dans une cellule hôte afin d'induire l'expression d'un polynucléotide ou d'un polypeptide peut être utilisé. Vectors
The present invention also relates to transformation or expression vectors comprising at least one SGS3 polynucleotide or an expression cassette according to the present invention. The vectors of the present invention are used in particular for transforming a host organism and for expressing an SGS3 polypeptide or an SGS3 polynucleotide in said host organism. The host organism is for example a bacterium, a yeast, a fungus, a plant cell or a plant. This vector can in particular consist of a plasmid, a cosmid, a bacteriophage or a virus into which is inserted a polynucleotide SGS3 or an expression cassette according to the invention. In general, any vector capable of maintaining, of self-replicating or of propagating in a host cell in order to induce the expression of a polynucleotide or of a polypeptide can be used.
Les techniques de construction de ces vecteurs et les techniques d'insertion d'une séquence appropriée dans ces vecteurs sont largement décrites dans la littérature (voir notamment Sambrook et al., Molecular Cloning : Labratory Manual, 1989). The techniques for constructing these vectors and the techniques for inserting an appropriate sequence into these vectors are widely described in the literature (see in particular Sambrook et al., Molecular Cloning: Labratory Manual, 1989).
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Avantageusement, les vecteurs selon l'invention comprennent au moins une origine de réplication. De manière préférée, les vecteurs de l'invention comprennent également au moins un marqueur de sélection et de préférence un marqueur de sélection utilisable dans les cellules végétales ou dans les plantes. Parmi les marqueurs de sélection, on peut citer les gènes de résistance aux antibiotiques tel que le gène nptll pour la résistance à la kanamycine (Bevan et al., Nature 304:184-187, 1983) et le gène hph pour la résistance à l'hygromycine (Gritz et al., Gene 25:179-188, 1983). On citera également les gènes de tolérance aux herbicides tel que le gène bar (White et al., NAR 18:1062, 1990) pour la tolérance au bialaphos, le gène EPSPS (US 5,188,642) pour la tolérance au glyophosate ou encore le gène HPPD (WO 96/38567) pour la tolérance aux isoxazoles. On pourra également utiliser les gènes codant pour des enzymes rapporteurs facilement identifiables comme l'enzyme GUS ou des gènes codant pour des pigments et des enzymes régulant la production de pigments dans les cellules transformées. De tels gènes marqueurs de sélection sont notamment décrits dans les demandes de brevet EP 242 236, EP 242 246, GB 2 197 653, WO 91/02071, WO 95/06128, WO 96/38567 ou WO 97/04103. Advantageously, the vectors according to the invention comprise at least one origin of replication. Preferably, the vectors of the invention also comprise at least one selection marker and preferably a selection marker usable in plant cells or in plants. Among the selection markers, there may be mentioned antibiotic resistance genes such as the npt11 gene for resistance to kanamycin (Bevan et al., Nature 304: 184-187, 1983) and the hph gene for resistance to 'hygromycin (Gritz et al., Gene 25: 179-188, 1983). We will also mention the herbicide tolerance genes such as the bar gene (White et al., NAR 18: 1062, 1990) for bialaphos tolerance, the EPSPS gene (US 5,188,642) for glyophosate tolerance or the HPPD gene. (WO 96/38567) for tolerance to isoxazoles. It will also be possible to use the genes coding for easily identifiable reporter enzymes such as the enzyme GUS or genes coding for pigments and enzymes regulating the production of pigments in the transformed cells. Such selection marker genes are described in particular in patent applications EP 242 236, EP 242 246, GB 2 197 653, WO 91/02071, WO 95/06128, WO 96/38567 or WO 97/04103.
Avantageusement, ces vecteurs sont utilisés pour la transformation d'un organisme hôte. L'homme du métier choisira les vecteurs de transformation appropriés notamment en fonction de l'organisme hôte à transformer et en fonction de la technique de transformation mise en #uvre. Advantageously, these vectors are used for the transformation of a host organism. Those skilled in the art will choose the appropriate transformation vectors in particular as a function of the host organism to be transformed and as a function of the transformation technique used.
Pour la transformation des cellules végétales ou des plantes, il s'agira notamment d'un virus qui peut être employé pour la transformation des plantes développées et contenant en outre ses propres éléments de réplication et d'expression. De manière préférentielle, le vecteur de transformation des cellules végétales ou des plantes selon l'invention est un plasmide. For the transformation of plant cells or plants, it will in particular be a virus which can be used for the transformation of developed plants and which additionally contains its own elements of replication and expression. Preferably, the vector for transforming plant cells or plants according to the invention is a plasmid.
De nombreux vecteurs ont été développés pour la transformation des plantes avec Agrobacterium tumefaciens. D'autres vecteurs sont utilisés pour les techniques de transformation ne reposant pas sur l'utilisation d'Agrobacterium. Ces vecteurs sont bien connus de l'homme du métier et largement décrits dans la littérature. Many vectors have been developed for the transformation of plants with Agrobacterium tumefaciens. Other vectors are used for transformation techniques not based on the use of Agrobacterium. These vectors are well known to those skilled in the art and widely described in the literature.
Transformation
L'invention a encore pour objet un procédé de transformation des organismes hôtes, en particulier des cellules végétales avec un polynucléotide SGS3, une cassette d'expression ou un vecteur de transformation ou d'expression selon l'invention. Transformation
The subject of the invention is also a method of transforming host organisms, in particular plant cells with an SGS3 polynucleotide, an expression cassette or a transformation or expression vector according to the invention.
Selon la présente invention la transformation de l'organisme hôte peut être obtenue par tout moyen connu approprié, les techniques de transformation et notamment de transformation des plantes sont amplement décrites dans la littérature spécialisée. Pour les procédés de transformation des cellules végétales et de régénération des plantes, on citera notamment les brevets et demandes de brevet suivants : 4,459,355, US 4,536,475, US
5,464,763, US 5,177,010, US 5,187,073, EP 267,159, EP 604 662, EP 672 752, US 4,945,050, US 5,036,006, US 5,100,792, US 5,371,014, US 5,478,744, US 5,179,022, US According to the present invention, the transformation of the host organism can be obtained by any suitable known means, the techniques of transformation and in particular of transformation of plants are amply described in the specialized literature. For the processes of transformation of plant cells and regeneration of plants, mention will be made in particular of the following patents and patent applications: 4,459,355, US 4,536,475, US
5,464,763, US 5,177,010, US 5,187,073, EP 267,159, EP 604 662, EP 672 752, US 4,945,050, US 5,036,006, US 5,100,792, US 5,371,014, US 5,478,744, US 5,179,022, US
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5,565,346, US 5,484,956, US 5,508,468, US 5,538,877, US 5,554,798, US 5,489,520, US 5,510,318, US 5,204,253, US 5,405,765, EP 442 174, EP 486 233, EP 486 234, EP 539 563, EP 674 725, WO 91/02071, WO 95/06128 et WO 99/19497. 5,565,346, US 5,484,956, US 5,508,468, US 5,538,877, US 5,554,798, US 5,489,520, US 5,510,318, US 5,204,253, US 5,405,765, EP 442 174, EP 486 233, EP 486 234, EP 539 563, EP 674 725, WO 91/02071 , WO 95/06128 and WO 99/19497.
Certaines techniques utilisent Agrobacterium notamment pour la transformation des dicotylédones. Une série de méthodes consistent à utiliser comme moyen de transfert dans la plante un gène chimère inséré dans un plasmide Ti d'Agrobacterium tumefaciens ou Ri d'Agrobacterium rhizogenes. D'autres méthodes consistent àbombarder des cellules, des protoplastes ou des tissus avec des particules auxquelles sont accrochées les séquences d'ADN. D'autres méthodes peuvent également être utilisées telles que la micro-injection ou l'électroporation, ou encore la précipitation directe au moyen de PEG. Certain techniques use Agrobacterium in particular for the transformation of dicotyledons. A series of methods consists in using as a means of transfer into the plant a chimeric gene inserted into a Ti plasmid of Agrobacterium tumefaciens or Ri of Agrobacterium rhizogenes. Other methods include bombarding cells, protoplasts or tissues with particles to which the DNA sequences are attached. Other methods can also be used such as micro-injection or electroporation, or even direct precipitation using PEG.
L'homme du métier fera le choix de la méthode appropriée en fonction de la nature de l'organisme hôte, en particulier de la cellule végétale ou de la plante. Those skilled in the art will choose the appropriate method depending on the nature of the host organism, in particular the plant cell or the plant.
Organismes hôtes
La présente invention concerne également un organisme hôte transformé avec un polynucléotide SGS3, une cassette d'expression ou un vecteur selon l'invention. Host organizations
The present invention also relates to a host organism transformed with a polynucleotide SGS3, an expression cassette or a vector according to the invention.
Par organisme hôte, on entend en particulier selon l'invention tout organisme mono ou pluricellulaire, inférieur ou supérieur, en particulier choisi parmi les bactéries, les levures, les champignons ou les cellules végétales et les plantes. De manière avantageuse, les bactéries sont choisies parmi Escherichia coli, les levures sont choisies parmi Pichia pastoris et Saccharomyces cerevisae, les champignons sont choisis parmi Aspergillus niger. De manière préférentielle, l'organisme hôte est une cellule végétale ou une plante. By host organism is meant in particular according to the invention any mono or multicellular organism, lower or higher, in particular chosen from bacteria, yeasts, fungi or plant cells and plants. Advantageously, the bacteria are chosen from Escherichia coli, the yeasts are chosen from Pichia pastoris and Saccharomyces cerevisae, the fungi are chosen from Aspergillus niger. Preferably, the host organism is a plant cell or a plant.
Par "cellule végétale", on entend selon l'invention toute cellule issue d'une plante et pouvant constituer des tissus indifférenciés tels que des cals, des tissus différenciés tels que des embryons, des parties de plantes, des plantes ou des semences. By "plant cell" is meant according to the invention any cell originating from a plant and which can constitute undifferentiated tissues such as calluses, differentiated tissues such as embryos, parts of plants, plants or seeds.
On entend par "plante" selon l'invention, tout organisme multicellulaire différencié capable de photosynthèse, en particulier monocotylédones ou dicotylédones, plus particulièrement des plantes de culture destinées ou non à l'alimentation animale ou humaine, comme le maïs, le blé, l'orge, le sorgho, le colza, le soja, le riz, la canne à sucre, la betterave, le tabac, le coton, le trèfle, la lentille d'eau (lemnae) etc. The term "plant" according to the invention means any differentiated multicellular organism capable of photosynthesis, in particular monocotyledons or dicotyledons, more particularly crop plants intended or not for animal or human food, such as corn, wheat, l barley, sorghum, rapeseed, soy, rice, sugar cane, beet, tobacco, cotton, clover, duckweed (lemnae) etc.
Selon un mode particulier de réalisation de l'invention, l'organisme hôte comprend au moins un autre gène hétérologue codant pour un peptide, un polypeptide ou une protéine d'intérêt. Le polynucléotide comprenant un polynucléotide SGS3 selon l'invention et le ou les autres gènes hétérologues peuvent avoir été introduits dans l'organisme hôte simultanément au moyen d'un même vecteur les comprenant, ou au moyen de plusieurs vecteurs, ou de manière séquentielle au moyen de plusieurs vecteurs, ou encore par croisement de plusieurs organismes hôtes, chacun comprenant un gène hétérologue. According to a particular embodiment of the invention, the host organism comprises at least one other heterologous gene coding for a peptide, a polypeptide or a protein of interest. The polynucleotide comprising a SGS3 polynucleotide according to the invention and the other heterologous gene (s) may have been introduced into the host organism simultaneously by means of the same vector comprising them, or by means of several vectors, or sequentially by means of several vectors, or by crossing several host organisms, each comprising a heterologous gene.
Par gène hétérologue, on entend selon l'invention tout gène introduit de manière artificielle dans l'organisme hôte, et plus particulièrement intégré de manière artificielle dans son génome, les méthodes permettant cette introduction ou intégration pouvant être By heterologous gene is meant according to the invention any gene introduced artificially into the host organism, and more particularly artificially integrated into its genome, the methods allowing this introduction or integration can be
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celles décrites précédemment, le contenu des références citées étant incorporé ici par référence. those described above, the content of the cited references being incorporated here by reference.
Le gène hétérologue, autre que les polynucléotides SGS3 selon l'invention, peut être un gène comprenant une séquence codante et les éléments de régulation en 5' et 3' de ladite séquence codante non modifiés par rapport au gène naturel, réintroduit de manière artificielle dans le génome d'un organisme hôte pouvant être de la même espèce que celui d'où le gène a été isolé, ou d'une espèce différente. Le gène hétérologue peut également être un gène chimère ou une cassette d'expression comprenant une séquence codante d'origine, végétale, bactérienne, fongique, virale ou animale, sous le contrôle d'éléments de régulation fonctionnels dans l'organisme hôte, différents de ceux naturellement liés fonctionnellement à la séquence codante. The heterologous gene, other than the SGS3 polynucleotides according to the invention, can be a gene comprising a coding sequence and the regulatory elements 5 'and 3' of said coding sequence unmodified relative to the natural gene, artificially reintroduced into the genome of a host organism may be of the same species as that from which the gene was isolated, or of a different species. The heterologous gene can also be a chimeric gene or an expression cassette comprising a coding sequence of origin, plant, bacterial, fungal, viral or animal, under the control of functional regulatory elements in the host organism, different from those naturally linked functionally to the coding sequence.
La présente invention a encore pour objet les plantes contenant des cellules transformées telles que définies ci-dessus, en particulier les plantes régénérées à partir des cellules transformées et leur descendance. La régénération est obtenue par tout procédé approprié qui dépend de la nature de l'espèce, comme par exemple décrit dans les références ci-dessus. The present invention also relates to plants containing transformed cells as defined above, in particular plants regenerated from the transformed cells and their progeny. The regeneration is obtained by any suitable process which depends on the nature of the species, as for example described in the references above.
La présente invention concerne aussi les plantes génétiquement modifiées dans le génome desquelles un polynucléotide SGS3 ou une cassette d'expression selon l'invention sont intégrés de manière stable et transmissible par reproduction sexuée. The present invention also relates to genetically modified plants in the genome of which an SGS3 polynucleotide or an expression cassette according to the invention are integrated in a stable and transmissible manner by sexual reproduction.
La présente invention concerne également des plantes obtenues par croisement des plantes régénérées ci-dessus avec d'autres plantes. Elle concerne aussi les graines de plantes transformées. The present invention also relates to plants obtained by crossing the regenerated plants above with other plants. It also relates to the seeds of transformed plants.
Mutants sgs3
L'invention concerne également des mutants sgs3 dans lesquels le gène SGS3 est inactivé. L'inactivation de ce gène conduit à l'inhibition des phénomènes d'inactivation post-transcriptionnelle chez ces mutants. Sgs3 mutants
The invention also relates to sgs3 mutants in which the SGS3 gene is inactivated. Inactivation of this gene leads to the inhibition of post-transcriptional inactivation phenomena in these mutants.
L'inactivation du gène SGS3 dans les plantes peut être obtenue au moyen de différentes techniques de mutagenèse, de mutagenèse dirigée, de "gene machine" ou par des techniques de recombinaison homologue (Kempin, S.A.et al., Targeted disruption in Arabidopsis, Nature 389 :802-803, Ces techniques sont bien connues de l'homme du métier. Parmi les techniques de mutagenèse on citera les techniques de mutagenèse chimique. On citera également les techniques de mutagenèse utilisant des éléments transposables permettant l'inactivation de gènes par insertion. Lorsque les techniques de mutagenèse utilisées ne permettent pas de spécifiquement inactiver le gène SGS3, les mutants obtenus sont criblés pour identifier les mutants affectés dans le gène SGS3. Ce criblage peut être un criblage phénotypique ou un criblage basé sur l'amplification et le séquençage du gène SGS3 dans les mutants selon des techniques décrites dans la littérature. Inactivation of the SGS3 gene in plants can be achieved by different mutagenesis techniques, site-directed mutagenesis, "gene machine" or by homologous recombination techniques (Kempin, SA et al., Targeted disruption in Arabidopsis, Nature 389: 802-803, These techniques are well known to those skilled in the art. Among the mutagenesis techniques, mention will be made of chemical mutagenesis techniques. Mention will also be made of mutagenesis techniques using transposable elements allowing the inactivation of genes by insertion. When the mutagenesis techniques used do not make it possible to specifically inactivate the SGS3 gene, the mutants obtained are screened to identify the mutants affected in the SGS3 gene. This screening can be a phenotypic screening or a screening based on amplification and sequencing. of the SGS3 gene in mutants according to techniques described in the literature.
Parmi les techniques de mutagenèse dirigée on citera la chimeraplasty (US 6,010,907). Among the techniques of site-directed mutagenesis, mention will be made of chimeraplasty (US 6,010,907).
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Dans un mode de réalisation particulier de l'invention des mutants sont obtenus selon le procédé décrit par Elmayan et al. (Plant Cell, 10:1747-1757, 1998) par traitement de graines avec une solution d'EMS (ethyl methanesulfonate) à 0,4%. Les mutants sont ensuite analysés pour identifier les mutants affectés dans le gène SGS3. Ce criblage peut par exemple s'effectuer par PCR. In a particular embodiment of the invention mutants are obtained according to the method described by Elmayan et al. (Plant Cell, 10: 1747-1757, 1998) by treating seeds with 0.4% EMS (ethyl methanesulfonate) solution. The mutants are then analyzed to identify the mutants affected in the SGS3 gene. This screening can for example be carried out by PCR.
La présente invention concerne également l'utilisation de mutants SGS3 pour l'identification de gènes SGS3 dans d'autres espèces végétales telles que par exemple le tabac, le colza, le tournesol, le soja, le coton, le riz, le maïs, le sorgho, l'orge ou le blé. Les homologues fonctionnels de SGS3 chez d'autres espèces sont identifiés par complémentation des mutants sgs3 selon l'invention. Un polynucléotide qui restaure le phénotype sauvage d'inactivation post-transcriptionnelle est cloné. La séquence de ce polynucléotide est ensuite déterminée afin d'identifier les éléments constitutifs du gène cloné. The present invention also relates to the use of SGS3 mutants for the identification of SGS3 genes in other plant species such as, for example, tobacco, rapeseed, sunflower, soybeans, cotton, rice, corn, sorghum, barley or wheat. The functional counterparts of SGS3 in other species are identified by complementing the sgs3 mutants according to the invention. A polynucleotide that restores the wild phenotype of post-transcriptional inactivation is cloned. The sequence of this polynucleotide is then determined in order to identify the constituent elements of the cloned gene.
Inhibition/Inactivation de SGS3 et expression de gènes hétérologues dans les plantes
Le développement des techniques de transferts génétiques a permis l'expression de gènes dans les plantes notamment en vue de l'amélioration de leur propriétés agronomiques ou pour la production de protéines d'intérêt. Cependant, les phénomènes d'inactivation post-transcriptionnelle constituent un obstacle important à la stabilité de l'expression des transgènes dans les plantes. Ces phénomènes de suppression de l'expression du transgène sont particulièrement fréquents dans le cadre de transgènes fortement exprimés. La présente invention concerne un nouveau gène de plante SGS3. Inhibition / Inactivation of SGS3 and expression of heterologous genes in plants
The development of genetic transfer techniques has made it possible to express genes in plants, in particular with a view to improving their agronomic properties or for the production of proteins of interest. However, post-transcriptional inactivation phenomena constitute an important obstacle to the stability of the expression of transgenes in plants. These phenomena of suppression of the expression of the transgene are particularly frequent in the context of strongly expressed transgenes. The present invention relates to a new plant gene SGS3.
L'inhibition ou l'inactivation de ce gène SGS3 dans les plantes provoquent une inhibition du phénomène d'inactivation post-transcriptionnelle et permet donc d'obtenir des plantes dans lesquelles l'expression des gènes hétérologues est plus stable ainsi que des plantes dans lesquelles le niveau d'expression des gènes hétérologues est plus élevé. Inhibition or inactivation of this SGS3 gene in plants causes inhibition of the post-transcriptional inactivation phenomenon and therefore makes it possible to obtain plants in which the expression of heterologous genes is more stable as well as plants in which the level of expression of heterologous genes is higher.
Inactivation/inhibition du gène SGS3 dans les plantes
Dans un premier mode de réalisation l'invention concerne un procédé pour exprimer un gène hétérologue dans une plante caractérisé en ce qu'il comprend la transformation de la plante avec le gène hétérologue et l'inhibition de l'expression du gène SGS3 dans ladite plante. Préférentiellement, l'inhibition de l'expression du gène SGS3 comprend la transformation de la plante avec un polynucléotide comprenant un polynucléotide choisi parmi les polynucléotides suivants: a) un polynucléotide antisens de la séquence codante d'un gène SGS3 de plante; b) un polynucléotide antisens de la séquence codante du gène SGS3 de la SEQ ID
NO.2; c) une cassette d'expression comprenant, dans le sens de la transcription, un promoteur fonctionnel dans un organisme hôte, un polynucléotide tel que défini en a) ou b) et une séquence terminatrice fonctionnelle dans ledit organisme hôte. Inactivation / inhibition of the SGS3 gene in plants
In a first embodiment, the invention relates to a method for expressing a heterologous gene in a plant, characterized in that it comprises the transformation of the plant with the heterologous gene and the inhibition of the expression of the SGS3 gene in said plant. . Preferably, the inhibition of the expression of the SGS3 gene comprises transforming the plant with a polynucleotide comprising a polynucleotide chosen from the following polynucleotides: a) an antisense polynucleotide of the coding sequence of a plant SGS3 gene; b) an antisense polynucleotide of the coding sequence of the SGS3 gene of SEQ ID
NO.2; c) an expression cassette comprising, in the direction of transcription, a promoter functional in a host organism, a polynucleotide as defined in a) or b) and a terminator sequence functional in said host organism.
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Dans un autre mode de réalisation l'invention concerne un procédé pour exprimer un gène hétérologue dans une plante caractérisé en ce qu'il comprend la transformation de la plante avec le gène hétérologue et l'inactivation de l'expression du gène SGS3 dans ladite plante. In another embodiment the invention relates to a method for expressing a heterologous gene in a plant characterized in that it comprises the transformation of the plant with the heterologous gene and the inactivation of the expression of the SGS3 gene in said plant .
Dans le cadre de la présente invention il est bien entendu que l'étape d'inactivation ou d'inhibition du gène SGS3 de plante et l'étape de transformation de la plante avec un gène hétérologue peuvent être réalisés simultanément sur une même plante ou de manière séquentielle ou encore par croisements de plusieurs plantes. Les procédés selon l'invention peuvent donc également comprendre des étapes de régénération des plantes, de multiplication asexuée ou de croisements des plantes. In the context of the present invention, it is clearly understood that the step of inactivation or inhibition of the plant SGS3 gene and the step of transformation of the plant with a heterologous gene can be carried out simultaneously on the same plant or sequentially or by crossing several plants. The methods according to the invention can therefore also include stages of plant regeneration, asexual multiplication or crossing of plants.
Gènes hétérologues
Différents gènes hétérologues d'intérêt peuvent être exprimés dans les plantes dans lesquelles l'expression du gène SGS3 est inhibé ou inactivé. De préférence, le gène hétérologue code pour des peptides, des protéines ou des enzymes. Il peut s'agir de protéines rapporteurs, des marqueurs de sélection ou de peptides ou de protéines d'intérêt conférant à l'organisme hôte de nouvelles propriétés, plus particulièrement de nouvelles propriétés agronomiques pour les plantes transformées. Heterologous genes
Different heterologous genes of interest can be expressed in plants in which the expression of the SGS3 gene is inhibited or inactivated. Preferably, the heterologous gene codes for peptides, proteins or enzymes. They can be reporter proteins, selection markers or peptides or proteins of interest which confer new properties on the host organism, more particularly new agronomic properties for transformed plants.
Parmi les gènes conférant de nouvelles propriétés agronomiques aux plantes transformées, on peut citer les gènes conférant une tolérance à certains herbicides, ceux conférant une résistance à certains insectes, ceux conférant une tolérance à certaines maladies, etc. De tels gènes sont notamment décrits dans les demandes de brevet WO 91/02071 et WO 95/06128. Among the genes conferring new agronomic properties on transformed plants, there may be mentioned the genes conferring tolerance to certain herbicides, those conferring resistance to certain insects, those conferring tolerance to certain diseases, etc. Such genes are described in particular in patent applications WO 91/02071 and WO 95/06128.
Parmi les gènes conférant une tolérance à certains herbicides, on peut citer le gène Bar conférant une tolérance au bialaphos, le gène codant pour une EPSPS appropriée conférant une résistance aux herbicides ayant l'EPSPS comme cible comme le glyphosate et ses sels (US 4,535,060, US 4,769,061, US 5,094,945, US 4,940,835, US 5,188,642, US 4,971,908, US 5,145,783, US 5,310,667, US 5,312,910, US 5,627,061, US 5,633,435, FR 2 736 926), le gène codant pour la glyphosate oxydoréductase (US 5,463,175), ou encore un gène codant pour une HPPD conférant une tolérance aux herbicides ayant pour cible l'HPPD comme les isoxazoles, notamment l'isoxafutole (FR 95 06800, FR 95 13570), les dicétonitriles (EP 496 630, EP 496 631) ou les tricétones, notamment la sulcotrione (EP 625 505, EP 625 508, US 5,506,195). De tels gènes codant pour une HPPD conférant une tolérance aux herbicides ayant pour cible l'HPPD sont décrits dans la demande de brevet WO 96/38567. Among the genes conferring tolerance to certain herbicides, mention may be made of the Bar gene conferring tolerance to bialaphos, the gene coding for an appropriate EPSPS conferring resistance to herbicides having EPSPS as target such as glyphosate and its salts (US 4,535,060, US 4,769,061, US 5,094,945, US 4,940,835, US 5,188,642, US 4,971,908, US 5,145,783, US 5,310,667, US 5,312,910, US 5,627,061, US 5,633,435, FR 2,736,926), the gene encoding glyphosate oxidoreductase5 (US.4) a gene coding for an HPPD conferring tolerance to herbicides targeting HPPD such as isoxazoles, in particular isoxafutole (FR 95 06800, FR 95 13570), diketonitriles (EP 496 630, EP 496 631) or triketones, in particular sulcotrione (EP 625 505, EP 625 508, US 5,506,195). Such genes coding for HPPD conferring tolerance to herbicides targeting HPPD are described in patent application WO 96/38567.
Parmi les protéines d'intérêt conférant de nouvelles propriétés de résistance aux insectes, on citera plus particulièrement les protéines Bt largement décrites dans la littérature et bien connues de l'homme du métier. On citera aussi les protéines extraites de bactéries comme Photorabdus (WO 97/17432 & WO 98/08932). Among the proteins of interest conferring new insect resistance properties, there will be mentioned more particularly the Bt proteins widely described in the literature and well known to those skilled in the art. Mention will also be made of proteins extracted from bacteria such as Photorabdus (WO 97/17432 & WO 98/08932).
Parmi les protéines ou peptides d'intérêt conférant de nouvelles propriétés de résistance aux maladies on citera notamment les chitinases, les glucanases, l'oxalate Among the proteins or peptides of interest which confer new disease resistance properties, mention will be made in particular of chitinases, glucanases, oxalate
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oxydase, toutes ces protéines et leurs séquences codantes étant largement décrites dans la littérature, ou encore les peptides antibactériens et/ou antifongiques, en particulier les peptides de moins de 100 acides aminés riches en cystéines comme les thionines ou défensines de plantes, et plus particulièrement les peptides lytiques de toutes origines comprenant un ou plusieurs ponts disulfures entre les cystéines et des régions comprenant des acides aminés basiques, notamment les peptides lytiques suivants : l'androctonine (WO 97/30082 et PCT/FR98/01814, déposée le 18 août 1998) ou la drosomicine (PCT/FR98/01462, déposée le 8 juillet 1998). oxidase, all these proteins and their coding sequences being widely described in the literature, or also antibacterial and / or antifungal peptides, in particular peptides of less than 100 amino acids rich in cysteines such as thionines or plant defensins, and more particularly lytic peptides of all origins comprising one or more disulfide bridges between cysteines and regions comprising basic amino acids, in particular the following lytic peptides: androctonine (WO 97/30082 and PCT / FR98 / 01814, deposited on August 18, 1998 ) or drosomicin (PCT / FR98 / 01462, filed July 8, 1998).
Selon un mode particulier de réalisation de l'invention, la protéine ou peptide d'intérêt est choisi parmi les peptides éliciteurs fongiques, en particulier les élicitines (Kamoun & al., 1993 ; & al., 1995). According to a particular embodiment of the invention, the protein or peptide of interest is chosen from fungal eliciting peptides, in particular elicitins (Kamoun & al., 1993; & al., 1995).
On peut également citer les gènes modifiant la constitution des plantes modifiées, en particulier la teneur et la qualité de certains acides gras essentiels (EP 666 918) ou encore la teneur et la qualité des protéines, en particuliers dans les feuilles et/ou les graines desdites plantes. On citera en particulier les gènes codant pour des protéines enrichies en acides aminés soufrés (Korit et al., Eur. J. Biochem. 195 :329-334, WO 98/20133 ; WO 97/41239 ; WO 95/31554 ; WO 94/20828 ; WO 92/14822). Ces protéines enrichies en acides aminés soufrés auront également pour fonction de piéger et stocker la cystéine et/ou la méthionine excédentaire, permettant d'éviter les problèmes éventuels de toxicité liés à une surproduction de ces acides aminés soufrés en les piégeant. On peut citer également des gènes codant pour des peptides riches en acides aminés soufrés et plus particulièrement en cystéines, les dits peptides ayant également une activité antibactérienne et/ou antifongique. On citera plus particulièrement les défensines de plantes, de même que les peptides lytiques de toute origine, et plus particulièrement les peptides lytiques suivants: l'androctonine (WO 97/30082 et PCT/FR98/01814, déposée le 18 août 1998) ou la drosomicine (PCT/FR98/01462, déposée le 8 juillet 1998). Mention may also be made of the genes modifying the constitution of the modified plants, in particular the content and quality of certain essential fatty acids (EP 666 918) or also the content and quality of proteins, in particular in the leaves and / or seeds. of said plants. Mention will in particular be made of the genes coding for proteins enriched in sulfur amino acids (Korit et al., Eur. J. Biochem. 195: 329-334, WO 98/20133; WO 97/41239; WO 95/31554; WO 94 / 20828; WO 92/14822). These proteins enriched in sulfur amino acids will also have the function of trapping and storing excess cysteine and / or methionine, making it possible to avoid the possible problems of toxicity linked to an overproduction of these sulfur amino acids by trapping them. Mention may also be made of genes coding for peptides rich in sulfur amino acids and more particularly in cysteines, the said peptides also having antibacterial and / or antifungal activity. Mention will more particularly be made of plant defensins, as well as lytic peptides of any origin, and more particularly the following lytic peptides: androctonine (WO 97/30082 and PCT / FR98 / 01814, deposited on August 18, 1998) or drosomicin (PCT / FR98 / 01462, filed July 8, 1998).
Les organismes hôtes de la présente invention peuvent également être utilisés pour la production de protéines d'intérêt dans les plantes ou "molecular farming". En effet l'invention concerne notamment des plantes transformées permettant d'obtenir des niveaux d'expressions de gènes hétérologues plus élevés. Parmi les protéines d'intérêt, on citera notamment les peptides et les protéines de mammifères. La production d'immunoglobulines (US 5,990,385 ; US 5,639,947,5,959,177) et d'interféron (US
4,956,282) ont par exemple été décrits dans les plantes. The host organisms of the present invention can also be used for the production of proteins of interest in plants or "molecular farming". Indeed, the invention relates in particular to transformed plants making it possible to obtain higher levels of expression of heterologous genes. Among the proteins of interest, mention will in particular be made of peptides and mammalian proteins. The production of immunoglobulins (US 5,990,385; US 5,639,947,5,959,177) and interferon (US
4,956,282) have for example been described in plants.
Toutes les méthodes ou opérations décrites ci-dessous dans les exemples sont données à titre d'exemples et correspondent à un choix, effectué parmi les différentes méthodes disponibles pour parvenir au même résultat. Ce choix n'a aucune incidence sur la qualité du résultat et par conséquent, toute méthode adaptée peut être utilisée par l'homme de l'art pour parvenir au même résultat. La plupart des méthodes d'ingénierie des fragments All the methods or operations described below in the examples are given by way of examples and correspond to a choice made from among the different methods available to achieve the same result. This choice does not affect the quality of the result and therefore, any suitable method can be used by those skilled in the art to achieve the same result. Most methods of fragment engineering
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d'ADN sont décrites dans "Current Protocols in Molecular Biology" Volumes 1 et 2, Ausubel F.M. et al ou dans Sambrook et al 1989. of DNA are described in "Current Protocols in Molecular Biology" Volumes 1 and 2, Ausubel F.M. et al or in Sambrook et al 1989.
Exemples
Exemple 1
Isolement et identification du gène SGS3 d'Arabidopsis @
Le mutant SGS3 (affecté dans le gène SGS3) a été obtenu à partir du même protocole expérimental que celui ayant permis l'isolement des mutants sgsl et sgs2 (Elmayan et al., Plant Cell 10:1747-1757, 1998). La lignée de départ était la lignée L1. L1est une lignée transgénique obtenue par transformation de plantes de l'écotype Columbia par la construction 23b (Elmayan et Vaucheret, Plant J. 9 :787-797, La lignée Ll ne comporte qu'un seul locus transgénique. L'activité glucuronidase dans la lignée L1 est de 4000 nmol de 4-methylumbelliferone par minute et par microgramme de proteines totales dans les premiers jours du développement. Cette activité décroît ensuite très rapidement pour devenir inférieure à 5 nmol de 4-methylumbelliferone par minute et par microgramme de proteines totales 11jours après la germination. L'inactivation de l'expression du transgène 35S-uidA est post-transcriptionnelle, ainsi que l'ont demontré les expériences de "run-on" mettant en évidence une forte transcription du transgène 35S-uidA dans les plantes L1 montrant une très faible activité GUS (Elmayan et al., Plant Cell 10:1747-1757,
1998). Pour l'obtention de plantes mutantes de la lignée L1, 3000 graines de la lignée L1 ont été imbibées 16 heures dans une solution d'EMS (ethyl methanesulfonate) à 0,4%. Les graines ont ensuite été semées et les plantes obtenues ont été cultivées en serre jusqu'à obtenir des graines d'autofécondation. Celles-ci ont été à nouveau semées en serre et dans les plantes obtenues, l'activité GUS a été mesurée 1 mois après la germination. Les plantes présentant une activité élevée à ce stade ont été à la fois croisées avec des plantes de l'écotype Columbia (pour vérifier que le locus transgénique reste sensible à l'inactivation post-transcriptionnelle), rétrocroisées avec la lignée LI (pour évaluer l'état de récessivité vs dominance des mutations obtenues) et croisées entre elles (pour classer les différents mutants obtenus en groupe de complémentation, chaque groupe définissant un gène). 6 mutants indépendants sgs3 ont ainsi été isolés. Ces 6 mutations sont récessives. L'activité
GUS dans ces 6 lignées mutantes, 1 mois après germination, est comprise entre 2500 et
3500 nmol de 4-methylumbelliferone par minute et par microgramme de proteines totales.. Examples
Example 1
Isolation and identification of the SGS3 gene from Arabidopsis @
The SGS3 mutant (affected in the SGS3 gene) was obtained using the same experimental protocol as that which allowed the isolation of the sgsl and sgs2 mutants (Elmayan et al., Plant Cell 10: 1747-1757, 1998). The starting line was line L1. L1 is a transgenic line obtained by transformation of plants of the Columbia ecotype by construction 23b (Elmayan and Vaucheret, Plant J. 9: 787-797, The Ll line has only one transgenic locus. The glucuronidase activity in the line L1 is 4000 nmol of 4-methylumbelliferone per minute and per microgram of total protein in the first days of development. This activity then decreases very quickly to become less than 5 nmol of 4-methylumbelliferone per minute and per microgram of total protein 11 days after germination. The inactivation of the expression of the 35S-uidA transgene is post-transcriptional, as demonstrated by the run-on experiments showing a strong transcription of the 35S-uidA transgene in L1 plants. showing very low GUS activity (Elmayan et al., Plant Cell 10: 1747-1757,
1998). To obtain mutant plants of the L1 line, 3000 seeds of the L1 line were soaked for 16 hours in a 0.4% solution of EMS (ethyl methanesulfonate). The seeds were then sown and the plants obtained were cultivated in a greenhouse until seeds for self-fertilization were obtained. These were again sown in the greenhouse and in the plants obtained, the GUS activity was measured 1 month after germination. The plants showing high activity at this stage were both crossed with plants of the Columbia ecotype (to verify that the transgenic locus remains sensitive to post-transcriptional inactivation), backcrossed with the LI line (to evaluate the 'state of recessivity vs dominance of the mutations obtained) and crossed between them (to classify the different mutants obtained as a complementation group, each group defining a gene). 6 independent sgs3 mutants were thus isolated. These 6 mutations are recessive. The activity
GUS in these 6 mutant lines, 1 month after germination, is between 2500 and
3500 nmol of 4-methylumbelliferone per minute and per microgram of total proteins.
L'activité GUS dans ces lignées mutantes, 1 mois après germination, est comprise entre 2500 et 3500 nmol de 4-methylumbelliferone par minute et par microgramme de protéines totales. Pour confirmer que les mutations sgs3 affectent l'expression du transgène 35S-
GUS au niveau transcriptionnel, l'activité GUS, l'accumulation de l'ARNm et le taux de transcription ont été mesurés par des tests fluorimétriques, par l'analyse de blots d'ARNm et par des expériences de "run-on". L'activité GUS est multipliée par un facteur de 300 dans les mutants sgs2 par rapport à la lignée L1alors que l'accumulation de l'ARNm est The GUS activity in these mutant lines, 1 month after germination, is between 2,500 and 3,500 nmol of 4-methylumbelliferone per minute and per microgram of total proteins. To confirm that the sgs3 mutations affect the expression of the 35S- transgene
GUS at transcriptional level, GUS activity, mRNA accumulation and transcription rate were measured by fluorimetric tests, by analysis of mRNA blots and by run-on experiments. The GUS activity is multiplied by a factor of 300 in the sgs2 mutants compared to the L1 line while the accumulation of mRNA is
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multipliée par un facteur de 250. Le taux de transcription n'est que multiplié par un facteur de 2. 6 par rapport à la lignée LI. Pour vérifier que les mutations sgs33 protégeaient de l'inactivation post-transcriptionnelle d'un autre gène que le gène uidA, un des mutants sgs3 (nommé sgs3-2) a été croisée avec la lignée 2a3 (Elmayan et al., Plant Cell 10:1747-1757, 1998). La lignée 2a3 est une lignée transgénique d'Arabidopsis thaliana résultant de la transformation d'une plante de l'écotype Columbia par la construction 2a (Elmayan et al., Plant Cell 10:1747-1757, 1998) contenant la partie transcrite du gène NIA2 d'Arabidopsis codant la nitrate reductase sous le contrôle du promoteur 35S et le gène de résistance à l'hygromycine hpt. Toutes les plantes de la lignée 2a3 homozygotes pour la construction 2a présentent une inactivation post-transcriptionnelle des gènes Nia2 (transgéniques et endogènes) conduisant à la chlorose de la plante puis à sa mort. Lorsque le locus transgénique 2a3 est à l'état hétérozygote, seule une partie des plantes subissent l'inactivation post-transcriptionnelle. Le stade à laquelle se met en place cette inactivation est variable d'une plante à l'autre. Chez certaines plantes l'inactivation est suffisamment tardive pour permettre la production de pollen et de graines. Les plantes hybrides issues du croisement entre le mutant sgs3-2 et la lignée 2a3 ont été cultivées en serre et les graines d'autofécondation ont été récoltées. Celles-ci ont été semées en serre et les plantes obtenues ne présentant pas de chlorose ont été conservées pour récolter leur graines d'autofécondation. Nous avons alors semé les différents lots de graines sur un milieu gélosé contenant 20mg/1 d'hygromycine. Parmi ceux-ci, certains ne donnaient que des plantes résistantes à l'hygromycine et ne montrant aucun signe de chlorose tout au long de leur développement. Parmi ces lignées résistantes à l'inactivation post-transcriptionnelle des gènes de nitrate reductase, certaines étaient également homozygotes pour la construction 23b. Nous avons également montré que les plantes de toutes ces lignées présentaient une activité GUS élevée tout au long de leur développement. Ces résultats montrent donc que la mutation sgs3, non seulement protège de l'inactivation post- transcriptionnelle du transgène 35S-uidA mais également des transgènes et gènes endogènes NIA2. Certaines de ces lignées résistantes à l'inactivation post- transcriptionnelle des gènes de nitrate reductase et homozygote pour le locus 2a3 ne possédaient plus la construction 23b. Ces plantes ont été nommées SGS3-2 2a3. multiplied by a factor of 250. The transcription rate is only multiplied by a factor of 2.6 compared to the LI line. To verify that the sgs33 mutations protected from the post-transcriptional inactivation of a gene other than the uidA gene, one of the sgs3 mutants was crossed with the 2a3 line (Elmayan et al., Plant Cell 10 : 1747-1757, 1998). Line 2a3 is a transgenic line of Arabidopsis thaliana resulting from the transformation of a plant of the Columbia ecotype by construct 2a (Elmayan et al., Plant Cell 10: 1747-1757, 1998) containing the transcribed part of the gene NIA2 from Arabidopsis encoding nitrate reductase under the control of the 35S promoter and the hygromycin hpt resistance gene. All the plants of the 2a3 line homozygous for the 2a construction have a post-transcriptional inactivation of the Nia2 genes (transgenic and endogenous) leading to chlorosis of the plant and then to its death. When the transgenic locus 2a3 is in the heterozygous state, only part of the plants undergo post-transcriptional inactivation. The stage at which this inactivation takes place varies from one plant to another. In some plants inactivation is late enough to allow the production of pollen and seeds. The hybrid plants resulting from the cross between the mutant sgs3-2 and the line 2a3 were cultivated in the greenhouse and the seeds for self-fertilization were harvested. These were sown in the greenhouse and the plants obtained without chlorosis were kept to harvest their seeds for self-fertilization. We then sowed the different lots of seeds on an agar medium containing 20 mg / 1 of hygromycin. Among these, some only gave plants resistant to hygromycin and showing no sign of chlorosis throughout their development. Among these lines resistant to post-transcriptional inactivation of the nitrate reductase genes, some were also homozygous for construction 23b. We have also shown that the plants of all these lines exhibit a high GUS activity throughout their development. These results therefore show that the sgs3 mutation not only protects from post-transcriptional inactivation of the 35S-uidA transgene but also from the endogenous NIA2 transgenes and genes. Some of these lines resistant to post-transcriptional inactivation of the nitrate reductase and homozygous genes for the locus 2a3 no longer had the construction 23b. These plants were named SGS3-2 2a3.
Afin de déterminer le rôle biologique du gène correspondant aux mutations sgs3, des mutant sgs3-1 ont été inoculées avec le virus de la mosaique du concombre (CMV) souche
I17F. Sur les plantes sauvages, l'infection par cette souche virale conduit à des plantes dont le développement est plus lent et altérée : de la rosette plus petites, hampe florale longue mais très souple, fertilité réduite mais non nulle. Chez les mutants sgs3-l, l'infection par cette souche virale conduit à une altération accrue du développement : les plantes ont un port particulièrement buissonant, les feuilles de la rosette sont petites et vrillées, la hampe florale atteint en fin de développement une taille de l'ordre de 5 cm, les plantes sont complètement stériles. Ces expériences montrent donc que le gène In order to determine the biological role of the gene corresponding to the sgs3 mutations, sgs3-1 mutants were inoculated with the cucumber mosaic virus (CMV) strain.
I17F. On wild plants, infection with this viral strain leads to plants whose development is slower and altered: smaller rosettes, long but very flexible flower stalks, reduced but not zero fertility. In the mutants sgs3-l, infection with this viral strain leads to an increased alteration of development: the plants have a particularly bushy habit, the leaves of the rosette are small and twisted, the flower stalk reaches a size at the end of development of the order of 5 cm, the plants are completely sterile. These experiments therefore show that the gene
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correspondant aux mutations sgs3 permet de limiter les effets négatifs sur le développement causés par l'infection du virus CMV. corresponding to the sgs3 mutations makes it possible to limit the negative effects on development caused by the infection of the CMV virus.
Deux mutants sgs3-1 et sgs3-2 ont été croisées avec des plantes de l'écotype Landsberg. Sur ces plantes hybrides (FI) résultant de ces croisements, les graines d'autofécondation ont été récoltées. Ces graines ont été semées in vitro sur un milieu gélosé contenant 50 mg/l de kanamycine afin de sélectionner les plantes (F2) possédant le transgène 23b. Ces plantes résistantes à la kanamycine ont été repiquées et cultivées en serre. L'activité GUS dans ces plantes a été mesurée à différents stades de leur développement. Seules les plantes présentant une activité GUS élevée tout au long du développement (et donc homozygote pour la mutation sgs3) ont été conservées et les graines d'autofécondation ont été récoltées. 120 lignées F2 homozygotes pour la mutation sgs3-1 (lignées F2-1) et 90 lignées F2 homozygotes pour la mutation sgs3-2 (lignées F2-2) ont été ainsi obtenues. Les graines d'autofécondation de chacune de ces lignées ont été semées en serre et pour chaque lignée un pool de plantes a été récolté afin d'en extraire l'ADN. Ces ADN ont été utilisés pour localiser les mutations sgs3 sur le génome d'Arabidopsis. La localisation initiale a été réalisé grâce aux lignées F2-1. Les lignées F2- 2 nous ont ensuite permis de vérifier que la mutation sgs3-2 était localisée dans la même région du génome que la mutation sgs3-l. Ces analyses ont montré que les mutations sgs3 étaient situées entre les marqueurs moléculaires 13H2L et 3B3D. Le polymorphisme correspondant au marqueur moléculaire 13H2L a été révélé par l'hybridation (de type Southern blot) de l'ADN total de plantes d'Arabidopsis, digéré par l'enzyme de restriction HindIII, par un fragment d'ADN radioactif correspondant à l'extrémité gauche du chromosome artificiel de levure (YAC) 13H2 (sonde 13H2L). Le polymorphisme correspondant au marqueur moléculaire 3B3D a été révélé par l'hybridation (de type
Southern blot) de l'ADN total de plantes d'Arabidopsis, digéré par l'enzyme de restriction HindIII, par un fragment d'ADN radioactif correspondant à l'extrémité droit du YAC 3B3 (sonde 3B3). Two mutants sgs3-1 and sgs3-2 were crossed with plants of the Landsberg ecotype. On these hybrid plants (FI) resulting from these crosses, the seeds of self-fertilization were harvested. These seeds were sown in vitro on an agar medium containing 50 mg / l of kanamycin in order to select the plants (F2) having the transgene 23b. These kanamycin resistant plants were transplanted and grown in the greenhouse. GUS activity in these plants has been measured at different stages of their development. Only plants with high GUS activity throughout development (and therefore homozygous for the sgs3 mutation) were preserved and the seeds for self-fertilization were harvested. 120 homozygous F2 lines for the sgs3-1 mutation (F2-1 lines) and 90 homozygous F2 lines for the sgs3-2 mutation (F2-2 lines) were thus obtained. The self-fertilization seeds of each of these lines were sown in a greenhouse and for each line a pool of plants was harvested in order to extract the DNA. These DNAs were used to locate the sgs3 mutations on the Arabidopsis genome. The initial localization was carried out using the F2-1 lines. The F2-2 lines then allowed us to verify that the sgs3-2 mutation was localized in the same region of the genome as the sgs3-1 mutation. These analyzes showed that the sgs3 mutations were located between the molecular markers 13H2L and 3B3D. The polymorphism corresponding to the molecular marker 13H2L was revealed by hybridization (of the Southern blot type) of the total DNA of Arabidopsis plants, digested with the restriction enzyme HindIII, by a fragment of radioactive DNA corresponding to l left end of the artificial yeast chromosome (YAC) 13H2 (probe 13H2L). The polymorphism corresponding to the molecular marker 3B3D was revealed by hybridization (of the type
Southern blot) of the total DNA of Arabidopsis plants, digested with the restriction enzyme HindIII, with a fragment of radioactive DNA corresponding to the right end of YAC 3B3 (probe 3B3).
Par hybridation moléculaire de type Southern sur une membrane sur laquelle a été transférée l'ADN d'une banque de chromosome artificiel de bactéries (BAC IGF) par les fragment d'ADN radioactif correspondant aux sondes 13H2L et 3B3D, nous avons pu déterminer que ces 2 fragments d'ADN hybridaient sur un même BAC : le BAC F20I20. By Southern type molecular hybridization on a membrane to which DNA from an artificial chromosome library of bacteria (BAC IGF) has been transferred by the radioactive DNA fragments corresponding to probes 13H2L and 3B3D, we were able to determine that these 2 DNA fragments hybridized on the same BAC: BAC F20I20.
Ces résultats montrent donc que les mutations sgs3-1 et sgs3-2 affectaient une séquence d'ADN comprise dans le BAC F20I20. These results therefore show that the sgs3-1 and sgs3-2 mutations affected a DNA sequence included in BAC F20I20.
De l'ADN du BAC F20I20 a ensuite été purifié. Il a été partiellement digéré par l'enzyme de restriction Sau3AI. Les fragments d'ADN résultant ont été clonés au site
BamHI de l'ADN de transfert du plasmide binaire (permettant la transformation de plantes via Agrobacterium) pBin+. Les plasmides résultant ont été introduit dans E. coli puis dans la souche d'Agrobacterium tumefaciens C58pMP90. Les souches bactériennes résultantes ont été utilisées pour transformer des plantes des lignées sgs3-2 2a3. La souche bactérienne 356 a permis d'obtenir 20 lignées transgéniques. Parmi ces 20 lignées, 19 ont BAC F20I20 DNA was then purified. It was partially digested with the restriction enzyme Sau3AI. The resulting DNA fragments were cloned at the site
BamHI of the binary plasmid transfer DNA (allowing the transformation of plants via Agrobacterium) pBin +. The resulting plasmids were introduced into E. coli and then into the Agrobacterium tumefaciens C58pMP90 strain. The resulting bacterial strains were used to transform plants of the sgs3-2 2a3 lines. The bacterial strain 356 made it possible to obtain 20 transgenic lines. Among these 20 lines, 19 have
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montré des signes de chlorose identiques à ceux observés sur la lignée 2a3. Sur 3 de ces plantes nous avons pu montré par hybridation de type northern en utilisant comme sonde le gène NIA2 d'Arabidopsis thaliana, que cette chlorose résultait de la non accumulation des transcrits des gènes de nitrate réductase (transgéniques et endogènes) et donc était due à l'inactivation post-transcriptionnelle des gènes de nitrate réductase. Parmi ces 19 plantes, 2 ont donné des graines d'autofécondation. Les plantes issues de ces graines, cultivées en serre, ont également montré des signes de chlorose. showed signs of chlorosis identical to those observed on line 2a3. On 3 of these plants we were able to show by northern type hybridization using as a probe the NIA2 gene of Arabidopsis thaliana, that this chlorosis resulted from the non-accumulation of transcripts of the nitrate reductase genes (transgenic and endogenous) and therefore was due to post-transcriptional inactivation of the nitrate reductase genes. Among these 19 plants, 2 gave seeds for self-fertilization. The plants grown from these seeds, grown in the greenhouse, have also shown signs of chlorosis.
La séquence d'ADN inséré au site BamHI du plasmide pBin+ et ayant conduit à l'isolement de la souche bactérienne 356 a été déterminée. Des sous-clones du clone 356 ont été réalisés dans le vecteur pBin+ et la même lignée sgs3-2 2a3 a été transformée par ces sous-clones afin de déterminer ceux capables de restaurer la fonction du gène SGS3. Le plus petit sous-clone capable de restaurer cette fonction constitue le gène SGS3 tel qu'il est decrit dans ce brevet. Par analyse informatique l'ORF de SGS3 a pu être prédite. La séquence du cDNA contenant l'ORF du gène SGS3 et donc la position des séquences promotrices, terminatrices et introniques de SGS3 ont été vérifiées après avoir isolé et cloné cette séquence. Pour l'isoler nous avons d'abord réalisé une réaction de reversetranscription à partir d'ARN total d'Arabidopsis thaliana. Puis nous avons réalisé une réaction de PCR sur ce pool de cDNA à l'aide du couple de primers p356AD' AAAATGAGTTCTAGGGCTGGTCC) et P356Y' (GTCTCAATCATCTTCATTGTGAAGGCC). Ces primers sont situés aux 2 extrémités de l'ORF de SGS3. Ce produit de PCR a été cloné et séquence. The DNA sequence inserted at the BamHI site of the plasmid pBin + and which led to the isolation of the bacterial strain 356 was determined. Subclones of clone 356 were made in the vector pBin + and the same sgs3-2 2a3 line was transformed by these subclones in order to determine those capable of restoring the function of the SGS3 gene. The smallest subclone capable of restoring this function constitutes the SGS3 gene as described in this patent. By computer analysis the ORS of SGS3 could be predicted. The sequence of the cDNA containing the ORF of the SGS3 gene and therefore the position of the promoter, terminator and intronic sequences of SGS3 were verified after having isolated and cloned this sequence. To isolate it, we first carried out a reverse transcription reaction from total RNA from Arabidopsis thaliana. Then we carried out a PCR reaction on this cDNA pool using the pair of primers p356AD 'AAAATGAGTTCTAGGGCTGGTCC) and P356Y' (GTCTCAATCATCTTCATTGTGAAGGCC). These primers are located at the 2 ends of the SGS3 ORF. This PCR product has been cloned and sequenced.
En utilisant le logiciel BLAST aucune homologie significative n'a pu être trouvée entre la séquence SGS3 (en nucléotides ou en acides aminés) et une quelconque séquence présente dans les bases de données. Using the BLAST software, no significant homology could be found between the SGS3 sequence (in nucleotides or amino acids) and any sequence present in the databases.
Exemple 2
Analyse des mutants sgs3
La séquence du gène SGS3 a été déterminée dans 5 mutants sgs3. Une réaction de
PCR a été effectuée sur l'ADN génomique de ces 5 mutants en utilisant les primers p356AD' et P356Y' (voir exemple 1). Cette réaction permet l'amplification de tout le gène SGS3. Le fragment amplifié grâce à cette réaction de PCR a été séquence. Example 2
Analysis of sgs3 mutants
The sequence of the SGS3 gene has been determined in 5 sgs3 mutants. A reaction from
PCR was carried out on the genomic DNA of these 5 mutants using the primers p356AD 'and P356Y' (see example 1). This reaction allows the amplification of the entire SGS3 gene. The fragment amplified by this PCR reaction was sequenced.
Cinq mutations ponctuelles distinctes ont ainsi été identifiés chez les différents mutants sgs3. Ces mutations correspondent à quatre codons stop et un changement d'acide aminé. Les différentes mutations observés chez les mutants sgs3 sont représentés dans la figure 1. L'acide aminé marqué en gras indique la position de la mutation dans le polypeptide SGS3. * indique la présence d'un codon stop et () indique un nouvel acide aminé substitué à l'acide aminé marqué en gras touché par la mutation. Five distinct point mutations have thus been identified in the various sgs3 mutants. These mutations correspond to four stop codons and a change in amino acid. The different mutations observed in the sgs3 mutants are represented in FIG. 1. The amino acid marked in bold indicates the position of the mutation in the SGS3 polypeptide. * indicates the presence of a stop codon and () indicates a new amino acid substituted for the amino acid marked in bold affected by the mutation.
Exemple 3 Example 3
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Construction de cassettes d'expression pour la surexpression et l'inhibition de SGS3
On réalise d'abord une réaction de type PCR sur de l'ADN complémentaire d'Arabidopsis thaliana en utilisant comme amorces les oligonucléotidiques suivants : p356AD' : AAAATGAGTTCTAGGGCTGGTCC P356Y' : GTCTCAATCATCTTCATTGTGAAGGCC
La séquence nucléotidique ainsi obtenue est ensuite traitée avec l'enzyme klenow pour générer aux extrémités de la séquence amplifiée des extrémités franches . Puis la séquence est clonée entre le promoteur 35S et le terminateur du virus de la mosaïque du chou-fleur au site SmaI du vecteur pRT 100. Construction of expression cassettes for overexpression and inhibition of SGS3
First of all, a PCR type reaction is carried out on DNA complementary to Arabidopsis thaliana, using the following oligonucleotides as primers: p356AD ': AAAATGAGTTCTAGGGCTGGTCC P356Y': GTCTCAATCATCTTCATTGTGAAGGCC
The nucleotide sequence thus obtained is then treated with the klenow enzyme to generate blunt ends at the ends of the amplified sequence. The sequence is then cloned between the 35S promoter and the cauliflower mosaic virus terminator at the SmaI site of the vector pRT 100.
Pour la surexpression de SGS3 on sélectionne les clones tels que la séquence correspondant à p356AD' se situe près du promoteur 35S. Pour l'inhibition de SGS3 on sélectionne les clones tels que la séquence correspondant à p356Y' se situe près du promoteur 35S. Cette construction Assgs3 permet l'expression d'un ARNm anti-sens de l'ARNm de SGS3. For overexpression of SGS3, the clones are selected such that the sequence corresponding to p356AD 'is located near the 35S promoter. For SGS3 inhibition, clones are selected such that the sequence corresponding to p356Y 'is located near the 35S promoter. This Assgs3 construction allows the expression of an anti-sense mRNA of the SGS3 mRNA.
Exemple 4
Transformation des plantes
Les cassettes d'expression construites tel qu'il est décrit ci-dessus sont ensuite introduites dans un vecteur binaire pour permettre leur introduction via Agrobacterium tumefaciens dans les plantes. Le vecteur binaire utilisé est le plasmide pBIN+ (Van Engelen et al., Transgenic Research 4,288-290, 1995). Ceci est réalisé en digérant les constructions obtenues ci-dessus par l'enzyme SphI (qui libère les cassettes d'expression) et en liguant le produit de cette digestion au plasmide pBIN+ digéré par l'enzyme SphI.Example 4
Transformation of plants
The expression cassettes constructed as described above are then introduced into a binary vector to allow their introduction via Agrobacterium tumefaciens into plants. The binary vector used is the plasmid pBIN + (Van Engelen et al., Transgenic Research 4,288-290, 1995). This is done by digesting the constructions obtained above with the enzyme SphI (which releases the expression cassettes) and by ligating the product of this digestion with the plasmid pBIN + digested with the enzyme SphI.
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